lowQualScore : 1 333333 111111111 22222222222 222 333333333333333 1 1 1 22 22222 5555555555 33333 44 1 333 11 1 111 11 2 1111 1 222 9999999999999999999999999999999999999 1 1111111 3 11 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 33333333 111 1111 1 99999999999999999999 1 11 222222 22 3333333333333 1 11 22222222 111 1
lowQualScore : 3 3 6 444444 6 444444444 6 55555555555 777 999 4 66 9 9 4 777 4 2 777 666666666666666 4 7 4 777 777 4 5 4 6 4 44 55 4 88888 8888 66 5555555555 666 666 00000 1 9999 3 55 22 4 44 4 2 66 4 6 4 5 1 5 666 4 88 4 4 5 4 444 99 3 6 0 4444 55 4 7 1 5 6 111 777 1 1 1 4 1 4 2222222222222222222222222222222222222 3 4 3 4 777777 4 66 6 4444444 4 1 4 66 5 22 5 66 5 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 5 9999 8 5 3 5 77777777 333 3 4444 5 2 0 22222222222222222222 7 1 44 4 777777 8 6 6 44 7 0000000000000 2 5 3 5 6 99 66 44444444 6 99 6 444 1 8 6
lowQualScore : . . . ...... . ......... . ........... ... ... . .. . . . ... . . ... ............... . . . ... ... . . . . . .. .. . ..... .... .. .......... ... ... ..... . .... . .. .. . .. . . .. . . . . . . ... . .. . . . . ... .. . . . .... .. . . . . . ... ... . . . . . . ..................................... . . . . ...... . .. . ....... . . . .. . .. . .. . ............................................................................... . . .... . . . . ........ ... . .... . . . .................... . . .. . ...... . . . .. . ............. . . . . . .. .. ........ . .. . ... . . .
lowQualScore : 3 3 0 222222 7 000000000 4 55555555555 888 222 4 33 8 4 4 888 4 4 888 777777777777777 4 0 4 888 000 1 0 3 8 4 00 22 4 00000 6666 11 1111111111 444 444 00000 5 2222 2 55 55 0 88 0 5 55 0 0 0 0 1 3 444 0 11 0 0 0 0 000 44 6 2 8 2222 00 0 3 4 7 0 777 888 9 9 1 4 0 7 8888888888888888888888888888888888888 7 4 2 5 999999 7 11 0 4444444 4 1 4 11 0 55 5 99 0 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1 0 5555 1 7 0 7 99999999 888 2 8888 0 5 0 55555555555555555555 0 4 00 6 888888 0 0 7 99 3 0000000000000 9 7 7 7 7 22 88 22222222 7 22 7 000 4 0 0
consensus : GACGTATTT-CCGCTTGAAAC-GCGGTCTACTTTCGG-TTTAACGTTTTAGTCGAGGAAGAAAANGTATA---GAAC---CGC-CCAATT-TGACTCT-TGTGTGTGGAAGATAAAT-AAAGTATA---AG-ATTGA---GAAG---TC-A----T---GTA-AACGT-TTTAGT---CAACACCTTC---GATGGTCGAAAGGCGGTGCCGTATATCAACATTGAACACAA-CCCAAAATAGA-ACTTG-AAA--GTTG---AA--AAAGTGCA--TC-----GAA---GAA---TAGTCAAT--AATGGAGT--C-AACTCGCT--GCAAAT-CTGATGCTGGTCCGTC-AAACCGTAT-TTNT-GTTGA-CCAT-TCGTATGCTTC-AGG-TAC-GTA-T-TTAAATT-TTATATA---GACCCAA-ATTC-AAGATAAATCTGCAGGAGTATGAAA----TG--GA-TGTACTTAC-A-ATGGGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGTATACTATTTAAC-ATGT---ACATATCCATGA-AGCCTGAAATGTTGAT--------ANA----------ACTGACC---------CAAATCCAAGTC-AGAATTGTTTTTAAATG-ATAACAGAAC--AGTCTA-------T-ACGG-A--CCTAGTT-TTTAACTTGG--AT-TAATTAG---TNAG-TGGGG----CTAATTTTATGGGCA-TCCCA-AGCT---TTATT--------------GAAAGT--AT-T--TTTAGTAATA-AAT---TGTCAAACTCCTCTGTTA-TTTCCAAAAT-GTCCAGATGATG-CCATAGATAAACTAGGTTTGGA---AATTTATTAAATTNTGAT-CAAAATGTT-A-TGT-TGCCTTGCTTTTTTATTCCTATACATTCAAG-AAAGGTAACTC-----TTGTTAA-AGGAT-ATTTTATTACAAGGTTTT---TG--G-G---AAAAATTATC-ATGCGTTCC-TTTTTAAA-CTTTT--ATT-CA--------AT-TTTTGG--T-TT---GAAT-ATTAATTT
Reference ( gi|1 ) : GACGTGTTT-CCGCTTAAAAC-GCTGTCTACTTTCGG-TTTAACGTTTTCGTCAAGGAAGAAAAGGTATAT--GAAC---CGC-AGAATT-TGACTCT-TGTATGTGGAAGATAAAT-AAAGTATA---AG-ACTGA---GAAG---TA-A----T---GTA-AATGT-TTTAGT---CAACACCTTC---GATTGTCGAAATGTGGTGCCGTATTTCAACATTGAACACAA-CCAAAAATAGA-ACTTG-AAA--GTTG---AA--AAAGTGCAATTC-----GAA---GAA---TAGTCTAA--AATGAAGT--C-AACTCGCT--G--AAT-CTGATGCTGGTCCGTC-AAACCGTAT-TTCT-GTTGA-CTAT-TAGTATGCCTC-TTG-TAC-TTA-T-TGAAATT-TTATATA---GACCCAT-ATTC-AAGATTAATCTGCTGGAGTATGAAA----TG--GA-TGTACTTGC-A-ATGGGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATATACTATTTAAA-ATGT---ACATATCCATGA-AGCCTGAAATGTTGAT--------ATT-T--------GCTGACC---------CAAATCCAAATC-AGAATTGTTTTTGAATG-GTAACAGAAC--AGTTTA-------T-AC-G-A--CCTAGTT-TATAACTTAG--AT-TAATTAG---TCAG-CAGGG----CTAATTTTATGGATA-TCCCA-AACT---CTATT--------------GAAAGT--AT-T--TTTAGTAATA-AAT---TGTCAAAATCCTCTGTTA-TTTTCAAAAT-GTCCAGGTGAT--CCATAGATAAACTAGGTTTGGA---AATGTATTAAATTGTGAT-CAAAGTGTTCATTGT-TGCCATGTTTATTTATTCCTATACATTCAAA-AAGGGTAACTT-----TTGTTAA-AGGGT-ATTTTATAACAAGGCTTT---TG--G-G---AAAATTTATC-ATGTGCTCC-TTTTTAAA-CTTTT--ATT-CA--------AT-TTTTGG--T-TT---AAAT-ATT-ATTT
gi|5 : GACGTGTTT-TCGCTTGAAAC-A--ATCTACTTTCGG-TCTGACGCTTTAGTCGAGGAAGAAAACGTATAG--GAAC---CGC-ACAATT-TAACTC---GTGTGTGTAAGATAAAT-AAACTATA---AG-ATTGA---GAAG---TC-A----T---GTA-AACGT-TTTAGT---GAACACCTTC---GATGGTCGAAAGGCAGTGCCGTATATCAACTTTGACCACAA-CCGAAAATAGA-ACTTG-AAC--GTTG---AA--AAAGTGCTCGTC-----GAA---GAA---AAGTCAAT--AATAGAGT--C-AACTCCCTCAA--AAT-CTGATGCTGGTCCGTC-AAACCGTAT-TTCT-GGTGA-CCAT-TCGTATGCTTC-AGG-TAC-GTATT-TTAAATT-TTATATA---GACCCAC-ATTC-AAGATAAATCTGCAAGATTATGAAATCATTG--GA-TGTACTTAC-A-ATGGGT
gi|3 : taaaataaaatgttcctgcatattttaattgagtGACGTATTTTCCGCTTGAAAC-ATGGTCTACCTTTGA-TTTAACGTTTTAGTTGAGGAAGAAAATGTATATAAGAAC---CGC-ACAATT-TGACTCT-TGTGTGTGGAGGATAAA-----GTCTA---AG-ATAGA---GAAG---AA-A----TCAAGTA-AACGT-TTTAGT---CAACACCTTC---GATGGTCAAAAGGCGGTGCTGTATATCAACATTGAACACAA-CTCAAAATAGC-ACTTG-GAA--ATTG---AA--AAAGTGC---TC-----GAA---GAAGAATAGTGAGA--AATGGAGT--A-AATTCCCT--GCAAAT-CTGATGCTGGCCCATC-AAACCGTAT-TTGT-GTTGA-TCAT-TCGTATGCTTC-AGG-TAC-GTA-T-TTAAATT-TTATATA---GACATAA-ATTC-AAGATTAATCTACAGAAGAATGAAA----TG--GA-TATACTTAC-A-ATGAGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgaaagcgagtatgtaccatgggcacactatttaactgtttaacatacatgaagcctgaaatgttgattaaacggacccaaatccaagtcagaatttta
gi|11 : tccatattgtaactaagtGACGTATTT-CCGTTTGAAAC-ACAGTGTACTTTCGG-TTT-------TAGCCCAGGAAGAAA-------------C---CGC-CCAATT-TGACTCT-GGTGTGTGGAAGATAAAT-AAAGTATA---AA-ATTGATAAGAAG---TC-A----T---ATA-AACGT-TTTAGT---CAACACCTTA---GATGGTCGAAGGGCGGTGCCGTATATCAACATTGAACACAA-CCCAAAATAGA-ACTTG-AAAT-GGTGCACGA--AGATCGAAA--------GAA---GAA---TGGTCAAT--AATGGAGT--C-AACTCACT--GCAAAT-CTGATGCTGGTCCGTC--AACCGTAT-TTAT-GTTGA-CCAT-TCGAATGCTTC-AAG-TTC-GTA-T-TTAAATA-TCACATA---GATCCAA-ATTC-AAGGTAAATCTGCAGGAGTATGACA----TG--gtagtaggactagtgcctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngagtatactattttaatgtacatatccacgatccatgaaatgttaataaaactgacccaaatccaaatcagaattgtttttaaatggcaacagaacagactatacggatctagtttttaatttggattgattaa
gi|4 : gaaacgttcgttcataccataacctggtGACGTATTTTCCTCTTGAAACTG--GTCTACCTTTGA-TTTAACGTTTTAGTTGAGGAGAAGAATGTATAT--TAAGATACGC-ACAATT-TGACT-T-TGTGTGTG-AGGAT---T-AAAGT-TAGATAG-AC--A---GAAA---TC-A----A---GTA-A-CGT-TTTAGT---CAA-ACCTTC---GATGGTCAAAAGGCGGTGCTGTATATCAACATTGAACACAA-CTCAAAATAGGCACTTG-GAA---TTG---AA--AAAGTGC---TCGAGAAGAA---GAA---TAGTGAGA--AATGGAGT--TAAATTCCCT--GC-AAA-CTTATGCTGGCCCATCAAAACCGTAT-TTGT-GTTGA-TCAT-TCGTA-GCGTC-AGGTTAC-CGT-T-TTAAA-T-TTATATA---GA---ATAATTCTAAGATT-ATC-AC-AGAGAATGAAA----TG--GATTATACTTTTAA-ATGG
gi|15 : ggtccatattgtaactaagtGACGTATTT-CCGATTGAA---GCAGTCTACTTTCGGTTTTAACG-TTTAATCAAGGACGAAAAAGTATAG--GAAC---TGC-CCAAGT-TGACTCT-TGTGTGTGGAAGATAAAT-AAAGTATA---AG-ATTGA---GAAG----A--------------------TTTAGT---CAGCATCTTC---GATGGTCGAAAGGCGGTGCCGTATATCAACATTGAACACAA-CC-CAATTAGA-AC----------TTG---AA--AAGGTGCA---C-----GAA---GAtgtagaggacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagcaacagagtattactatttaatgtacatatcacgatccatgaatgttaataaactgcccaaatccaaatcagaattgtttttaatggcacaacagactatacggatcttagtttttaatttggttatta
gi|10 : aacgaaacgttcgctcatattgcaacctggtGACGTATTT-CCGTTTGAA-C-ACAGTCTACTTTCGG-TTT--------TGCCCAGGAAGAAA-------------C---CGCTCCAATT-T-ACTCTGTGT-TGTG-AAGATAAAT-AAAGTATA---A--ATTGA---TAAGAA-TACA----T---GTA-AACGTATTGAGT---CAACACTTAG---GATGGTCGAAGGGCGGT-CCGTATATCAACA-TGAACACAA-CC-CAAATAGA-ACTTA-GAATCGGTG---CACGAGAATGCGACAA-----GAA---GAA---TGGTC-AATTAATGGAGT--CAAACTCACT--GCAAATATTGATGCTGGTCCGTC--AACCGTATATTATGGGTGACCCATCTCGAATGCTTCAAAG-TACGGTA-TCTTAAATTATCAAAAG---GACCCA--GTT---AGGTAAAT-TGC-AGAGTATGACA----Tttg
gi|18 : agaacgaaacgttcgttcatattataacctggtCGTTTTAGTCGAGGAAGAAAAAGTATAG--GACC---CGC-CCAATT-TGACTC---GTGTGTGGAAGATAAAT-AAAGTATA---AG-ATTAA---GAAGAAATC-A----T---GTA-AACGT-TTTAGA---TAACACCGAC---GATGGTCGAAAGGCTGTACCGTATATTAACATTGAACACAATCC--AAACAG----TTG-AA----------AA--AAAGTGCA---C-----GAA---GAA---CAATa
gi|20 : GAAAAGG--------AAC---CGC-C-AATTGTGAACTT-TGTGTGTG-AAGATAAATTAAAGTATA---AGCCCTGA---GAAG---TC-AT---T---TTACAACGT-TTTAGTTTACAACACCTTCTGGGATCGTCggtcaa
gi|13 : caaaaacgttcatccatatttgtaatctgtgacgtattccgcttAT--GAAT---CGC-CCATTT-GGAC-CT-TGTGTGTGGAAGGTAAAT-AGACTATA---CG-ATTTA---GAA----TA-AAGCAT---GTG-AACGT-TTTAGT---CAAAATCTTC---GATGGTCGAAAGGCAATGCCGTG--TAAACATTGAACACAA-CCCCAAAAAGA-A---G-AA-----TG----------GT-CAAT-----------------------------AATGGAGCTGC-AATT--CT--G--A-------TGCTGGTTCGTC-AAATAA-AT-TTCT-TTTAA-CCAT-TCGTATGCTCC-AGG-TAC-GTA-T-TTAAATA-TTATATA---GACCTAA-ATTC-AAGATATTTCTGCAAGAGTATGAAA----TGAAGA-TGTAa
gi|16 : TTT---GATGGTCAAAAGGTGGTGCCGTATATCAACATTGAACACAA-CCCAAAATAGA-ACTTCTAAA--GATG---AA--AAAATGC---TT-----GAAAAAGAA---TAGTCAAT--AATGAAGT--C-AACTCGCT--GCAGAT-CTGATGCTGGTCCGTC-AAACCGTAT-TTCT-GTTGA-CCAT-TCGTATGCTTC-AGG-TAC-GTA-T-TTAAATT-TTATGTA---TATCCAA-ATTC-AAGATTAATCTGCAAGAGTATGAAATCATTG--GA-TGTAC
gi|6 : -----GAA---GAA---TGGTCAAT--AATGGAGT--T-AACTCGCT--GCAAAT-CTGATGCTG-TCCGTC-AAACAGTAT-TTAT-GTTGA-CCAT-TCGTATGCCTC-AGG-TAC-GTA-T-TTAAATT-TTATATA---GATCCAA-ATTC-AAGATAAATCTGCAGGAGCATGAAA----TG--AA-TGTACTTACAA-ATGGGT
gi|19 : aa-----GAA---GAA---TAGTCAAT--AATGAAAT--C-AACTCGCT--GCAAAT-CTGATGCTGGTCCGTC-AAACCGTAT-TTCT--TTGA-CCAT-TCGTAAGCTTC-AGG-TAC-GTA-T-TTAAATT-TTATATAATAGACCCAA-ATTG-AAGATTGATCTGCAGGAATATGAAA----TG--GA-TGTAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacaaaaatgtatctgtatcatggatatatgggtattctgtttaacatgtacatatccatgaagcctaaaatgttgataaaactaaatccgctgacaaatccaagtcagatttgtttttaaatgataacagtctatacggacc
gi|2 : aa---TAGTCAAT--AATGAAAT--C-AACTCGCT--GCAAAT-CTGATGCTGGTCCGTC-AAACCGTAT-TTCT--TTGA-CCAT-TCGTAAGCTTC-AGG-TAC-GTA-T-TTAAATT-TTATATAATAGACCCAA-ATTG-AAGATTGATCTGCAGGAATATGAAA----TG--GA-TGTACTTAC-A-ATGGGT
gi|9 : nCCAA-ATTC-AAGATAAATCTGCAGGAATATGAAA----TG--GA-TATACATAC-A-ATGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggtatactatttaaaatctccatgaaccctgaaatgttgataaaactgacacaaatccaagtcagaactgtttttaaattgtaacagaacagtctaataagtatacggacctagttttgaactttgattaattagtaagtggagctaattttatgggtatccctagctttattcaaaataaacaattgaaagtattttagtaataaaatgtcaaactcctctgttatttccaaaatgtccagatgatgccataggtaaactaggtttagaaatttattaaattgtgatcaaaatgttgccttgcttttttattcctatacattcaagaaaggtaactcttgttaaaggataattttattacaaggtttttgggaaaaaaaatatcacgtgttcctttttaaaccttttttcattttttttttttttggtttgaatattatttgttaaca
gi|7 : gggGATAAATCTGCAGGAATATGAAA----TG--GA-TATACATAC-ATATGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggatatatggttatattatttaacatatacatatccatgaagcctgtaatgtttattaaactgacccgcagctgacaaatccaagtcagaattgttttaaattataacaaaacattctatacggacctagtttttaacttggattaattagaaaataaaagaggagtctgacaattgtatgtattttagtaataaattgtcagactcc
gi|2 : GGTATACTATTTAAA-AT------C---TCCATGA-ACCCTGAAATGTTGAT--------AAA----------ACTGACA---------CAAATCCAAGTC-AGAACTGTTTTTAAATT-GTAACAGAAC--AGTCTAATAAGTAT-AC-GGA--CCTAGTT-TTGAACTTTG--AT-TAATTAG---TAAG-TGGAG----CTAATTTTATGGGTA-TCCCT-AGCT---TTATTCAAAATAAACAATTGAAAGT--AT-T--TT-AGTAATA-AAA---TGTCAAACTCCTCTGTTA-TTTCCAAAAT-GTCCAGATGATG-CCATAGGTAAACTAGGTTTAGA---AATTTATTAAATTGTGAT-CAAAATGTT--------GCCTTGCTTTTTTATTCCTATACATTCAAG-AAAGGTAACTC-----TTGTTAA-AGGATAATTTTATTACAAGGTTTT---TG--G-GAA-AAAAAATATC-ACGTGTTCC-TTTTTAAA-CCTTT--TTT-CATTTTTTTTTT-TTTTGG--T-TT---GAAT-ATT-ATTTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggatatatggttatattatttaactatatacatatcatgaagcctgtatgttcattaaactgcacccgcagctgacaaatccaagtcagaattgtttaaattatacaaaacattctatacggacctagtttttaacttggattaattagaaataaaagagagtctgacaattggtatgtatttagtaataaattgtcagactcctcttttattctaaaaatgtccagatgagccata
gi|8 : ntagtcaataatgaaatcaactcgctgcaaatctgatgctggtccgtcaaaccgtatttctttgaccattcgtaagcttcaggtacgtatttaaattttatataatagacccaaattgaagattgatctgcaggaatatgaaatggatgtacttacaatgggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngGGTATACTATTTAGT-ATGT---GCATATCCATGA-GGCCTGGAATGTTGAT--------A-A-A--------ACTGACC---------CCA--CTGACT----AATTGTTTTTAAATG-ATAA-A------AGTCTA-------T-ATGG-A--CCTAGTTCTTTAACTTGG--AT-TAATTAG---TCAGTCA-------CTAATTTTATGGGCA-TCCCA-AGCT---TTATT--------------CAAAACAAAC-A--TATAGTGATA-AAA---TGTCAAACTCCTCTGTTA-TTTCCAAAAT-GTCCATATGATG-CCATATATAATCT---TTTGG----AATGTATTAAATTCTGAT-CAAAA-----AATGT-TTCCTTTCTTTTTCAGTCCAATACATCCAAG-AAAGGTAACTCTTAAATTGTTAT-AGGAT-ATTCTATTCCTAGGTTTT---TG--GAA---AAAAATTATC-ATGTGTTNC-gttaaca
gi|6 : acttgGGTATTCTGTTTAAC-ATGT---ACATATCCATGA-AGCCTAAAATGTTGATAAAACTAAATC-C--------GCTGA-----------CAAATCCAAGTC-AGATTTGTTTTTAAATG-AT-----AAC--AGTCTA-------T-ACGG-A--CCaaacatatagtgataaaatgtcaaactcctctgttatttccaa
gi|12 : aagaagaatggtcaataatggagttaactcgctgcaaatctgatgctgtccgtcaaacagtatttatgttgaccattcgtatgcctcaggtacgtatttaaattttatatagatccaaattcaagataaatctgcaggagcatgaaatgaatgtacttacaaatgggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacaaaaatgtatctgtatcatggatatatgGGTATACTATTTAAC-ATGT---AC-TA-CCATCAGAGCCTGA----------------------------------------------CAAATCAAAGTCTAGAATTGTTTTT-AATGTATAACAGAA---AGTCTA-------TAACGG-A--CCTAGGT-TG-AGCTTGG--AT-TAATT-G---TAAA-TGGGGATGCCCAAGCTT-----TA-TTCCA-AATTAAACAATT--------------GGATGT--A--T--TTCAG-AATA-AATAAATGTCAAACTCCTCTG-TA-TTTCCAAAAT-GTCAATGT-ATGGCCATAGA-AAACTAGGTTTG
gi|3 : TATACTATTTTAA--TGT---ACATATCCACGA-TCCATGAAATGTTAAT--------AAA----------ACTGACC---------CAAATCCAAATC-AGAATTGTTTTTAAATG-GCAACAGAAC--AGACTA-------T-ACGG-A--TCTAGTT-TTTAATTTGG--AT-TGATTAacctagacatccaagaacggtaactcttgttaaaggatgtttcaatctgggtttttgaaaaaaaaattatcaatatgttcctttcatatctttttaatacaattttttgt
gi|9 : tccatattgtaactaagtgacgtattttccgcttgaaacatggtctacctttgatttaacgttttagttgaggaagaaaatgtatataagaaccgcacaatttgactcttgtgtgtggaggataaagtctaagatagagaagaaatcaagtaaacgttttagtcaacaccttcgatggtcaaaaggcggtgctgtatatcaacattgaacacaactcaaaatagcacttggaaattgaaaaagtgctcgaagaagaatagtgagaaatggagtaaattccctgcaaatctgatgctggcccatcaaaccgtatttgtgttgatcattcgtatgcttcaggtacgtatttaaattttatatagacataaattcaagattaatctacagaagaatgaaatggatatacttacaatgagtgtagtaggactagtgcctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngagTATATTATTTAAC-ATAT---ACATATCCATGA-AGCCTGTAATGTT--T--------ATTAA--------ACTGACCCGCAGCTGACAAATCCAAGTC-AGAATTG-TTTTAAATT-ATAACAAAAC--ATTCTA-------T-ACGG-A--CCTAGTT-TTTAACTTGG--AT-TAATTAG---AAAA-TAA--------AA----GAGGA-G-TCTGACAATT---GTAT-------------------GT--A--T--TTTAGTAATA-AAT---TGTCAGACTCCa
gi|7 : gggccaaattcaagataaatctgcaggaatatgaaatggatatacatacaatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggatatatggtTATATTATTTAACTATAT---ACATATC-ATGA-AGCCTG-TATGTTCATTAA-----ACT-GCACCCGCAGCTGA-----------CAAATCCAAGTC-AGAATTG--TTTAAATT-AT-ACAAAAC--ATTCTA-------T-ACGG-A--CCTAGTT-TTTAACTTGG--AT-TAATTAGAAAT-AA-AAGAG------AGTCT----GACA----------------ATT--------------G---GT--ATGTA-TTTAGTAATA-AAT---TGTCAGACTCCTCTTTTA-TTCTAAAAAT-GTCCAGATGAG--CCATA
gi|5 : gataaatctgcaggaatatgaaatggatatacatacatatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggatatatggtACACTATTTAAC--TGTTTAACATA--CATGA-AGCCTGAAATGTTGAT---------TA-A--------ACGGACC---------CAAATCCAAGTC-AGAATT
gi|4 : taaaataaaatgttcctgcatattttaattgagtgacgtgttttcgcttgaaacaatctactttcggtctgacgctttagtcgaggaagaaaacgtataggaaccgcacaatttaactcgtgtgtgtaagataaataaactataagattgagaagtcatgtaaacgttttagtgaacaccttcgatggtcgaaaggcagtgccgtatatcaactttgaccacaaccgaaaatagaacttgaacgttgaaaaagtgctcgtcgaagaaaagtcaataatagagtcaactccctcaaaatctgatgctggtccgtcaaaccgtatttctggtgaccattcgtatgcttcaggtacgtattttaaattttatatagacccacattcaagataaatctgcaagattatgaaatcattggatgtacttacaatgggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgaaagcgagtatgtaccatgggcTACTATTTAA---TGT---ACATATC-ACGA-TCCATGAA-TGTTAAT--------AA-----------ACTG-CC---------CAAATCCAAATC-AGAATTGTTTTT-AATG-G---CACAAC--AGACTA-------T-AC-G-GATCTTAGTT-TTTAATTTGGTTAT-TAtta
gi|8 : ggtccatattgtaactaagtgacgtattttcctcttgaaactggtctacctttgatttaacgttttagttgaggagaagaatgtatattaagatacgcacaatttgactttgtgtgtgaggattaaagttagatagacagaaatcaagtaacgttttagtcaaaccttcgatggtcaaaaggcggtgctgtatatcaacattgaacacaactcaaaataggcacttggaattgaaaaagtgctcgagaagaagaatagtgagaaatggagttaaattccctgcaaacttatgctggcccatcaaaaccgtatttgtgttgatcattcgtagcgtcaggttaccgttttaaatttatatagaataattctaagattatcacagagaatgaaatggattatacttttaaatggtgtagaggacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagcaacagagtatTAA-AGAACTAGGTCCA-------T-ATAG-A--CTT---T-TATCATTTAA--AAACAATTAG---TCAG-TGGGG----TCAGTTTTATCAACA-TTCCA-GGCC---TCATG--------------GA
gi|14 : acttgggtatactatttagtatgtgcataG---TCAG-TGGGG----GTAATTTTAAGAGCAATCCCA-AACT---TTATTCAAATAACAATT--GAAAGC--AT-TAGTTTAGTAATA-AAT----ATCAAA--CCTCTGTTAATTTCCAAAAT-TTCCA----------------------------GA---AATTTATTAAATTCTGATTCTAAAT----ATTGTCTGGC---TTTTTTTATTTCTGTACATTCAAGGAAGGGTAACTC-----TTGTTAA-AGGAC-ATTTAATTACAAAGGTTCGGGGG--G-G---GGAA-TTAT--ATGCGTTCCTTTTTTAAT-TTTTT--TTT-CA--------AT-ATTTGG--T-TT---GTATAATT-ATTTacttggattaattagtcagtcactaattttatgggcatcccaagctttattcaaaacaaacatatagtgataaaatgtcaaactcctctgttatttccaaaatgtccatatgatgccatatataatcttttggaatgtattaaattctgatcaaaaaatgtttcctttctttttcagtccaatacatccaagaaaggtaactcttaaattgttataggatattctattcctaggtttttggaaaaaaattatcatgtgttncaaacatatagtgataaaatgtcaaactcctctgttatttccaa
gi|17 : T--------------GAAAGT--AT-A--TTTAGTAATA-AAA---TGCCAAACTCCTCCGT-----------AT-GCCCAGATGGTG-CCAAAGATAAAATAGGTTTGGA---AATTTATTAAATTGTGAT-CAAAATGTT--------GCCTTGCTTTTCTATTCCAATACATTAAAG-AAAGATAACTG-----CTTTTAATAGGAT-ATTTTAT--CAAGGTTTT---GG--G-A---AAAAATTATC-ATGTGTTCC-TTTTTAAAACTTTT--AT--CA--------AT-TTTTGG--T-TT---GAAT-ATT-ATTTgtta
gi|9 : ATACAAT---TGTCAGACTCCTCTTTTA-TTTTCTAATTAATCCAAGT--------TAA--AAACTAGGTCCGTATAGAATGTTTTgttac
gi|12 : gggccaaattcaagataaatctgcaggaatatgaaatggatatacatacaatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggatatatggttatattatttaacatatacatatccatgaagcctgtaatgtttattaaactgacccgcagctgacaaatccaagtcagaattgttttaaattataacCCTAGACATCCAAG-AACGGTAACTC-----TTGTTAA-AGGAT-GTTTCA-ATCTGGGTTTT---TGAAA-A---AAAAATTATCAATATGTTCC-TTTCATAT-CTTTTTAATA-CA--------AT-TTTTTG--T-gtattttagtaataaattgtcagactcc
gi|22 : ggtatactatttaacatgtactaccatcagagcctgacaaatcaaagtctagaattgtttttaatgtataacagaaagtctataacggacctaggttgagcttggattaattgtaaatggggatgcccaagctttattccaaattaaacaattggatgtatttcagaataaataaatgtcaaactcctctgtatttccaaaatgtcaatgtatggccatagaaaactaggtttgaT-AATTTAT--TAAGGTTTT---TC--G-GTAAAAGATTTATC-ATGCGCC----TTTTAAA-CTTTT--ATTCCA--------AT-TTATGGTAT-TT---AATT-ATTAATTT
gi|21 : taTTTATTACAAGGTTTT---TG--GTA---AAAATTTATC-ATGTGTTCC-TTTTTAAA-CTTTT--ATTCCA--------ATATTATGG--TATTCTGAATT-ATTAATTTtgtta
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): CAAATTATACAGCATCCAGATTTGTCTTTCATATCTTT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 111 11 222222 111 2222222222 1 22222222 3333333333333 111 1111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11 11111 333333333 1111111 2222 111 11 888888888888888 2222222 1111 555555 11111 1111 1 22222222 111 1
lowQualScore : 1 5 222 22 0 0 77 222222 4 4 4 33 4 7 4 4 222 4444444444 4 4 4 777 666 0 66 0 00000000 4 55 0 7777777777777 555 555 555 3 7 2 3 3 3 1 55 3 3 0 3 3 3 3 3 3 3 222 3 3 4 1 3333 44 3 66 5 5 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 4 00 777 0 0 4 3 0 77 4 7777 00000 222222222 4 55 0 1 1 4444444 4 4 5 0 66 2222 1 0 333 8 1 0 44 1 1 666666666666666 2 0 0000000 1 0000 3 5 0 0 66666 1 3 3 0 0 1 8 111111 8 5 6 6 66666 6 5 33 0 66 66 1111 888 5 5 2 5 5 77 1 00000000 5 777 6 9
lowQualScore : . . ... .. . . .. ...... . . . .. . . . . ... .......... . . . ... ... . .. . ........ . .. . ............. ... ... ... . . . . . . . .. . . . . . . . . . . ... . . . . .... .. . .. . . .......................................................................................................................... . .. ... . . . . . .. . .... ..... ......... . .. . . . ....... . . . . .. .... . . ... . . . .. . . ............... . . ....... . .... . . . . ..... . . . . . . . ...... . . . . ..... . . .. . .. .. .... ... . . . . . .. . ........ . ... . .
lowQualScore : 4 0 000 99 1 2 88 555555 0 0 0 99 0 5 0 0 555 4444444444 0 0 0 000 444 6 22 8 00000000 0 55 8 0000000000000 888 888 888 3 3 0 6 6 6 0 00 6 6 2 6 6 6 6 6 6 6 777 3 3 8 4 1111 66 6 11 0 0 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 66 000 8 8 0 2 7 55 0 8888 00000 000000000 0 66 8 9 1 4444444 4 4 0 1 99 1111 0 6 444 4 6 4 11 6 7 222222222222222 2 5 2222222 9 3333 2 0 1 7 77777 7 2 2 8 6 0 0 444444 0 0 7 7 77777 7 7 55 5 99 99 0000 888 0 0 0 0 7 99 4 77777777 7 999 7 8
consensus : GACGTATTT-CCGCTTGAAACGCGGTCTACTTTCGGTTT-AACGTTTTAGTCGAGGAAGAAAANGTATA----G-AACC-GC-CCAATT-TGACTCTTGTGT-GTGGAAGATAAAT-AAAGTATAAG-ATTGA---GAA----G---T-CA-TGTA-AACGT-TTTAGT---CAACACCTTC---GATGGTCGAAAGGCGGTGCCGTATATCAACATTGAACACAACCCAAAATAGA-ACTTG-AAA--GTTG-AA--AAAGTG--CG--TC-----GAA---G---AA---TAGTCAA-TAATGGAGTC-AACTCGCTGCAAAT-CTGATGCTGGTCCGTC-AAACCGTAT-TTCT-GTTGA-CCAT-TCGTATGCTTC-AGG-TA-C-GTA-T-TTAAATT-TTAT---ATAGACCCA-AATTC-AAGATAAATCTGCAGGAGTATGAAA----TG--GA-TGTAC--TTAC-A-ATGGGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGTAT-ACTATTTAAC-ATGT---ACATATCCATGA-AGCCTGAAATGTTGATAAA-ACTG-A--CC-----C---------AAATCCAAGTC-AGAATTGTTTTTAAATG-ATAACAGAACAGTCTA-------TA-CGGA-CCTAGTT-TTTAACTTGG--ATTAATTAG----TAAGTGGGGCTAATTTTATGGGCA-TCCCAAGCTTTATTC-AA----A------GAAAGTA--T-T--TTTAGTAATAAAN---TGTCAAACTCCTCTGTTA-TTTCCAAAATGTCCAGATG-AT-GCCATAGATAAACTAGGTTTGGAAATTTATTAAATTGTGAT-CAAAAT-TT-AT-GTTGCCTTGCTTTTTTATTCCTATACATTCAAGAAAGG-TAACT-C-----TTGTTAA-AGGAT-ATTTTATTACAAGGTTTT--TG--G-G--AAAAA---TT-ATC-ATGTGTTCC-TTTTT-AAACTTTT--ATT-CA--------AT-TTTTGG---TTTGAA-TATT-ATTT
Reference ( family-1876 ) : GACGTATTT-CCGCTTGAAACGCGGTCTACTTTCGGTTT-AACGTTTTAGTCGAGGAAGAAAANGTATA----G-AACC-GC-CCAATT-TGACTCTTGTGT-GTGGAAGATAAAT-AAAGTATAAG-ATTGA---GAA----G---T-CA-TGTA-AACGT-TTTAGT---CAACACCTTC---GATGGTCGAAAGGCGGTGCCGTATATCAACATTGAACACAACCCAAAATAGA-ACTTG-AAA--GTTG-AA--AAAGTG--CA--TC-----GAA---G---AA---TAGTCAA-TAATGGAGTC-AACTCGCTGCAAAT-CTGATGCTGGTCCGTC-AAACCGTAT-TTNT-GTTGA-CCAT-TCGTATGCTTC-AGG-TA-C-GTA-T-TTAAATT-TTAT---ATAGACCCA-AATTC-AAGATAAATCTGCAGGAGTATGAAA----TG--GA-TGTAC--TTAC-A-ATGGGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGTAT-ACTATTTAAC-ATGT---ACATATCCATGA-AGCCTGAAATGTTGATANA-ACTG-A--CC-----C---------AAATCCAAGTC-AGAATTGTTTTTAAATG-ATAACAGAACAGTCTA-------TA-CGGA-CCTAGTT-TTTAACTTGG--ATTAATTAG----TNAGTGGGGCTAATTTTATGGGCA-TCCCAAGCTTTATT---------------GAAAGTA--T-T--TTTAGTAATAAAT---TGTCAAACTCCTCTGTTA-TTTCCAAAATGTCCAGATG-AT-GCCATAGATAAACTAGGTTTGGAAATTTATTAAATTNTGAT-CAAAATGTT-AT-GTTGCCTTGCTTTTTTATTCCTATACATTCAAGAAAGG-TAACT-C-----TTGTTAA-AGGAT-ATTTTATTACAAGGTTTT--TG--G-G--AAAAA---TT-ATC-ATGCGTTCC-TTTTT-AAACTTTT--ATT-CA--------AT-TTTTGG---TTTGAA-TATTAATTT
gi|1 : GACGTGTTT-CCGCTTAAAACGCTGTCTACTTTCGGTTT-AACGTTTTCGTCAAGGAAGAAAAGGTATAT---G-AACC-GC-AGAATT-TGACTCTTGTAT-GTGGAAGATAAAT-AAAGTATAAG-ACTGA---GAA----G---T-AA-TGTA-AATGT-TTTAGT---CAACACCTTC---GATTGTCGAAATGTGGTGCCGTATTTCAACATTGAACACAACCAAAAATAGA-ACTTG-AAA--GTTG-AA--AAAGTG--CAATTC-----GAA---G---AA---TAGTCTA-AAATGAAGTC-AACTCGCTG--AAT-CTGATGCTGGTCCGTC-AAACCGTAT-TTCT-GTTGA-CTAT-TAGTATGCCTC-TTG-TA-C-TTA-T-TGAAATT-TTAT---ATAGACCCA-TATTC-AAGATTAATCTGCTGGAGTATGAAA----TG--GA-TGTAC--TTGC-A-ATGGGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATAT-ACTATTTAAA-ATGT---ACATATCCATGA-AGCCTGAAATGTTGATATTTGCTG-A--CC-----C---------AAATCCAAATC-AGAATTGTTTTTGAATG-GTAACAGAACAGTTTA-------TA-CG-A-CCTAGTT-TATAACTTAG--ATTAATTAG----TCAGCAGGGCTAATTTTATGGATA-TCCCAAACTCTATT---------------GAAAGTA--T-T--TTTAGTAATAAAT---TGTCAAAATCCTCTGTTA-TTTTCAAAATGTCCAGGTG-AT--CCATAGATAAACTAGGTTTGGAAATGTATTAAATTGTGAT-CAAAGTGTTCATTGTTGCCATGTTTATTTATTCCTATACATTCAAAAAGGG-TAACT-T-----TTGTTAA-AGGGT-ATTTTATAACAAGGCTTT--TG--G-G--AAAAT---TT-ATC-ATGTGCTCC-TTTTT-AAACTTTT--ATT-CA--------AT-TTTTGG---TTTAAA-TATT-ATTT
gi|10 : GACGTATTT-CCGTTTGAA-CACAGTCTACTTTCGGTTT--------T-GCCCAGGAAGAAA---------------CC-GCTCCAATT-T-ACTCT-GTGTTGTG-AAGATAAAT-AAAGTATAA--ATTGA---TAA----GAA-TACA-TGTA-AACGTATTGAGT---CAACACTTAG---GATGGTCGAAGGGCGGT-CCGTATATCAACA-TGAACACAACCC-AAATAGA-ACTTA-GAATCGGTG-CACGAGAATG--CG--ACAA---GAA---G---AA---TGGTCAATTAATGGAGTCAAACTCACTGCAAATATTGATGCTGGTCCGTC--AACCGTATATTATGGGTGACCCATCTCGAATGCTTCAAAG-TA-CGGTA-TCTTAAATTATCAA---AAGGACCC--AGTT---AGGTAAAT-TGCA-GAGTATGACA----T
gi|11 : agaacgaaacgttcgttcatattataacctggtGACGTATTT-CCGTTTGAAACACAGTGTACTTTCGGTTT--------TAGCCCAGGAAGAAA---------------CC-GC-CCAATT-TGACTCTGGTGT-GTGGAAGATAAAT-AAAGTATAAA-ATTGATAAGAA----G---T-CA-TATA-AACGT-TTTAGT---CAACACCTTA---GATGGTCGAAGGGCGGTGCCGTATATCAACATTGAACACAACCCAAAATAGA-ACTTG-AAAT-GGTGCAC--GAAG-----A--TCGAAA-GAA---G---AA---TGGTCAA-TAATGGAGTC-AACTCACTGCAAAT-CTGATGCTGGTCCGTC--AACCGTAT-TTAT-GTTGA-CCAT-TCGAATGCTTC-AAG-TT-C-GTA-T-TTAAATA-TCAC---ATAGATCCA-AATTC-AAGGTAAATCTGCAGGAGTATGACA----TG--a
gi|12 : gaaacgttcgttcataccataacctggtGGTAT-ACTATTTAAC-ATGT---AC-TA-CCATCAGAGCCTGA----------------------------C---------AAATCAAAGTCTAGAATTGTTTTTAA-TGTATAACAGAA-AGTCTA-------TAACGGA-CCTAGGT-TG-AGCTTGG--ATTAATT-G----TAAATGGGG--------ATG------CCCAAGCTTTATTCCAAATTAAACAATTGGATGTA--T-T--TC-AG-AATAAATAAATGTCAAACTCCTCTGT-A-TTTCCAAAATGTC--AATGTATGGCCATAGA-AAACTAGGTTTG
gi|12 : CCTAGACATCCAAGAACGG-TAACT-C-----TTGTTAA-AGGAT-GTTTCAAT-CTGGGTTTT--TGAAA-A--AAAAA---TT-ATCAATATGTTCC-TTTCA-TATCTTTTTAATA-CA--------AT-TTTTTG---Tacctagacatccaagaacggtaactcttgttaaaggatgtttcaatctgggtttttgaaaaaaaaattatcaatatgttcctttcatatctttttaatacaattttttgt
gi|13 : ggtatactatttaacatgtactaccatcagagcctgacaaatcaaagtctagaattgtttttaatgtataacagaaagtctataacggacctaggttgagcttggattaattgtaaatggggatgcccaagctttattccaaattaaacaattggatgtatttcagaataaataaatgtcaaactcctctgtatttccaaaatgtcaatgtatggccatagaaaactaggtttga----G-AATC-GC-CCATTT-GGAC-CTTGTGT-GTGGAAGGTAAAT-AGACTATACG-ATTTA---GAATAAAG-----CA-TGTG-AACGT-TTTAGT---CAAAATCTTC---GATGGTCGAAAGGCAATGCCGTGTA--AACATTGAACACAACCC----------C--------------AA--AAAG----------------AA---G---AA---TGGTCAA-TAATGGAG---------CTGCAATT-CTGATGCTGGTTCGTC-AAATAA-AT-TTCT-TTTAA-CCAT-TCGTATGCTCC-AGG-TA-C-GTA-T-TTAAATA-TTAT---ATAGACCTA-AATTC-AAGATATTTCTGCAAGAGTATGAAA----TGAAGA-TGTA
gi|14 : atG----TCAGTGGGGGTAATTTTAAGAGCAATCCCAAACTTTATTCAAATAACAATT---GAAAGCA--T-TAGTTTAGTAATAAAT----ATCAAAC--CTCTGTTAATTTCC-AAA-------AT---T-TCCA-----------------GAAATTTATTAAATTCTGATTCTAAATATT-GT--CTGGCTT---TTTTTATTTCTGTACATTCAAGGAAGGGTAACT-C-----TTGTTAA-AGGAC-ATTTAATTACAAAGGTTCGGGG--G-G--GGGAA---TT-AT--ATGCGTTCCTTTTTT-AATTTTTT--TTT-CA--------AT-ATTTGG---TTTGTA-TAATTATTT
gi|15 : GACGTATTT-CCGATTGAA--GCAGTCTACTTTCGGTTTTAACGTTT-AATCAAGGACGAAAAAGTATA----GGAACT-GC-CCAAGT-TGACTCTTGTGT-GTGGAAGATAAAT-AAAGTATAAG-ATTGA---GAA----G--------------A----TTTAGT---CAGCATCTTC---GATGGTCGAAAGGCGGTGCCGTATATCAACATTGAACACAACCC-AATTAGA-AC----------TTG-AA--AAGGTG--CA---C-----GAA---G---Agtta
gi|16 : aacgaaacgttcgctcatattgcaacctggtTTT---GATGGTCAAAAGGTGGTGCCGTATATCAACATTGAACACAACCCAAAATAGA-ACTTCTAAA--GATG-AA--AAAATG--C---TT-----GAAAAAG---AA---TAGTCAA-TAATGAAGTC-AACTCGCTGCAGAT-CTGATGCTGGTCCGTC-AAACCGTAT-TTCT-GTTGA-CCAT-TCGTATGCTTC-AGG-TA-C-GTA-T-TTAAATT-TTAT---GTATATCCA-AATTC-AAGATTAATCTGCAAGAGTATGAAATCATTG--GA-TGTAC--ttg
gi|17 : T---------------GAAAGTA--T-A--TTTAGTAATAAAA---TGCCAAACTCCTCCGT-----------ATGCCCAGATG-GT-GCCAAAGATAAAATAGGTTTGGAAATTTATTAAATTGTGAT-CAAA------AT-GTTGCCTTGCTTTTCTATTCCAATACATTAAAGAAAGA-TAACTGC-----TT-TTAATAGGAT-ATTTTAT--CAAGGTTTT--GG--G-A--AAAAA---TT-ATC-ATGTGTTCC-TTTTTAAAACTTTT--A-T-CA--------AT-TTTTGG---TTTGAA-TATT-ATTT
gi|18 : CGTTTTAGTCGAGGAAGAAAAAGTATA----G-GACCCGC-CCAATT-TGACTC--GTGT-GTGGAAGATAAAT-AAAGTATAAG-ATTAA---GAA----GAAAT-CA-TGTA-AACGT-TTTAGA---TAACACCGAC---GATGGTCGAAAGGCTGTACCGTATATTAACATTGAACACAATCC-AAACAG----TTG-AA--------AA--AAAGTG--CA---C-----GAA---GAACAA---TGGTCAA-gttac
gi|19 : -----GAA---G---AA---TAGTCAA-TAATGAAATC-AACTCGCTGCAAAT-CTGATGCTGGTCCGTC-AAACCGTAT-TTCT--TTGA-CCAT-TCGTAAGCTTC-AGG-TA-C-GTA-T-TTAAATT-TTATATAATAGACCCA-AATTG-AAGATTGATCTGCAGGAATATGAAA----TG--GA-TGTA
gi|2 : aa---TAGTCAA-TAATGAAATC-AACTCGCTGCAAAT-CTGATGCTGGTCCGTC-AAACCGTAT-TTCT--TTGA-CCAT-TCGTAAGCTTC-AGG-TA-C-GTA-T-TTAAATT-TTATATAATAGACCCA-AATTG-AAGATTGATCTGCAGGAATATGAAA----TG--GA-TGTAC--TTAC-A-ATGGGT
gi|2 : nGGTAT-ACTATTTAAA-AT------C---TCCATGA-ACCCTGAAATGTTGATAAA-ACTG-A--CA-----C---------AAATCCAAGTC-AGAACTGTTTTTAAATT-GTAACAGAACAGTCTAATAAGTATA-CGGA-CCTAGTT-TTGAACTTTG--ATTAATTAG----TAAGTGGAGCTAATTTTATGGGTA-TCCCTAGCTTTATTCAAAATAAACAATT-GAAAGTA--T-T--TT-AGTAATAAAA---TGTCAAACTCCTCTGTTA-TTTCCAAAATGTCCAGATG-AT-GCCATAGGTAAACTAGGTTTAGAAATTTATTAAATTGTGAT-CAAA------AT-GTTGCCTTGCTTTTTTATTCCTATACATTCAAGAAAGG-TAACT-C-----TTGTTAA-AGGATAATTTTATTACAAGGTTTT--TG--G-GAAAAAAA---AT-ATC-ACGTGTTCC-TTTTT-AAACCTTT--TTT-CATTTTTTTTTT-TTTTGG---TTTGAA-TATT-ATTTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggtatactatttaaaatctccatgaaccctgaaatgttgataaaactgacacaaatccaagtcagaactgtttttaaattgtaacagaacagtctaataagtatacggacctagttttgaactttgattaattagtaagtggagctaattttatgggtatccctagctttattcaaaataaacaattgaaagtattttagtaataaaatgtcaaactcctctgttatttccaaaatgtccagatgatgccataggtaaactaggtttagaaatttattaaattgtgatcaaaatgttgccttgcttttttattcctatacattcaagaaaggtaactcttgttaaaggataattttattacaaggtttttgggaaaaaaaatatcacgtgttcctttttaaaccttttttcattttttttttttttggtttgaatattatttgttaaca
gi|20 : ntagtcaataatgaaatcaactcgctgcaaatctgatgctggtccgtcaaaccgtatttctttgaccattcgtaagcttcaggtacgtatttaaattttatataatagacccaaattgaagattgatctgcaggaatatgaaatggatgtacttacaatgggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnng----G-AACC-GC-C-AATTGTGAACTTTGTGT-GTG-AAGATAAATTAAAGTATAAGCCCTGA---GAA----G---T-CATTTTACAACGT-TTTAGTTTACAACACCTTCTGGGATCGTCgttaaca
gi|21 : caaaaacgttcatccatatttgtaatctgtgacgtattccgcttgaaaagTTTATTACAAGGTTTT--TG--G-T--AAAAA---TTTATC-ATGTGTTCC-TTTTT-AAACTTTT--ATTCCA--------ATATTATGGTATTCTGAATTATTAATTTa
gi|22 : aaAT-AATTTATTA--AGGTTTT--TC--G-G--TAAAAGATTT-ATC-ATGCG---C-CTTTT-AAACTTTT--ATTCCA--------AT-TTATGGTA-TTTAAT-TATTAATTTgttatc
gi|3 : tGACGTATTTTCCGCTTGAAACATGGTCTACCTTTGATTT-AACGTTTTAGTTGAGGAAGAAAATGTATATAA-G-AACC-GC-ACAATT-TGACTCTTGTGT-GTGGAGGATAAA-----GTCTAAG-ATAGA---GAA----GAAAT-CA-AGTA-AACGT-TTTAGT---CAACACCTTC---GATGGTCAAAAGGCGGTGCTGTATATCAACATTGAACACAACTCAAAATAGC-ACTTG-GAA--ATTG-AA--AAAGTG--C---TC-----GAA---G---AAGAATAGTGAG-AAATGGAGTA-AATTCCCTGCAAAT-CTGATGCTGGCCCATC-AAACCGTAT-TTGT-GTTGA-TCAT-TCGTATGCTTC-AGG-TA-C-GTA-T-TTAAATT-TTAT---ATAGACATA-AATTC-AAGATTAATCTACAGAAGAATGAAA----TG--GA-TATAC--TTAC-A-ATGAGTtgtta
gi|3 : tccatattgtaactaagtGTAT-ACTATTTTA--ATGT---ACATATCCACGA-TCCATGAAATGTTAATAAA-ACTG-A--CC-----C---------AAATCCAAATC-AGAATTGTTTTTAAATG-GCAACAGAACAGACTA-------TA-CGGA-TCTAGTT-TTTAATTTGG--ATTGATTAgtagtaggactagtgcctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngagtatactattttaatgtacatatccacgatccatgaaatgttaataaaactgacccaaatccaaatcagaattgtttttaaatggcaacagaacagactatacggatctagtttttaatttggattgattaa
gi|4 : tccatattgtaactaagtgacgtattttccgcttgaaacatggtctacctttgatttaacgttttagttgaggaagaaaatgtatataagaaccgcacaatttgactcttgtgtgtggaggataaagtctaagatagagaagaaatcaagtaaacgttttagtcaacaccttcgatggtcaaaaggcggtgctgtatatcaacattgaacacaactcaaaatagcacttggaaattgaaaaagtgctcgaagaagaatagtgagaaatggagtaaattccctgcaaatctgatgctggcccatcaaaccgtatttgtgttgatcattcgtatgcttcaggtacgtatttaaattttatatagacataaattcaagattaatctacagaagaatgaaatggatatacttacaatgagtgtagtaggactagtgcctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaGACGTATTTTCCTCTTGAAAC-TGGTCTACCTTTGATTT-AACGTTTTAGTTGAGGAGAAGAATGTATATTAAG-ATAC-GC-ACAATT-TGACT-TTGTGT-GTG-AGGAT---T-AAAGT-TA-G-ATAGACA-GAA----A---T-CA-AGTA-A-CGT-TTTAGT---CAA-ACCTTC---GATGGTCAAAAGGCGGTGCTGTATATCAACATTGAACACAACTCAAAATAGGCACTTG-GAA---TTG-AA--AAAGTG--C---TCGAGAAGAA---G---AA---TAGTGAG-AAATGGAGTTAAATTCCCTGCAAA--CTTATGCTGGCCCATCAAAACCGTAT-TTGT-GTTGA-TCAT-TCGTA-GCGTC-AGGTTACC-GT--T-TTAAA-T-TTAT---ATAGA---ATAATTCTAAGAT-TATC-ACA-GAGAATGAAA----TG--GATTATACTTTTA--A-ATGGa
gi|4 : ggtccatattgtaactaagtGTATTACTATTTAA---TGT---ACATATC-ACGA-TCCATGAA-TGTTAATA-A-ACTG----CC-----C---------AAATCCAAATC-AGAATTGTTTTTA-----ATGGCACAACAGACTA-------TA-CGGATCTTAGTT-TTTAATTTGGTTATTAtgtagaggacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagcaacagagtattactatttaatgtacatatcacgatccatgaatgttaataaactgcccaaatccaaatcagaattgtttttaatggcacaacagactatacggatcttagtttttaatttggttatta
gi|5 : ggtccatattgtaactaagtgacgtattttcctcttgaaactggtctacctttgatttaacgttttagttgaggagaagaatgtatattaagatacgcacaatttgactttgtgtgtgaggattaaagttagatagacagaaatcaagtaacgttttagtcaaaccttcgatggtcaaaaggcggtgctgtatatcaacattgaacacaactcaaaataggcacttggaattgaaaaagtgctcgagaagaagaatagtgagaaatggagttaaattccctgcaaacttatgctggcccatcaaaaccgtatttgtgttgatcattcgtagcgtcaggttaccgttttaaatttatatagaataattctaagattatcacagagaatgaaatggattatacttttaaatggtgtagaggacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagcaacagaGACGTGTTT-TCGCTTGAAACA--ATCTACTTTCGGTCT-GACGCTTTAGTCGAGGAAGAAAACGTATA----GGAACC-GC-ACAATT-TAACTC--GTGT-GTGTAAGATAAAT-AAACTATAAG-ATTGA---GAA----G---T-CA-TGTA-AACGT-TTTAGT---GAACACCTTC---GATGGTCGAAAGGCAGTGCCGTATATCAACTTTGACCACAACCGAAAATAGA-ACTTG-AAC--GTTG-AA--AAAGTGCTCG--TC-----GAA---G---AA---AAGTCAA-TAATAGAGTC-AACTCCCTCAAAAT-CTGATGCTGGTCCGTC-AAACCGTAT-TTCT-GGTGA-CCAT-TCGTATGCTTC-AGG-TA-C-GTATT-TTAAATT-TTAT---ATAGACCCA-CATTC-AAGATAAATCTGCAAGATTATGAAATCATTG--GA-TGTAC--TTAC-A-ATGGGT
gi|5 : taaaataaaatgttcctgcatattttaattgagtGGCAC-ACTATTTAAC--TGTTTAACATA--CATGA-AGCCTGAAATGTTGATTAA-ACGG-A--CC-----C---------AAATCCAAGTC-AGAATTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgaaagcgagtatgtaccatgggcacactatttaactgtttaacatacatgaagcctgaaatgttgattaaacggacccaaatccaagtcagaatttta
gi|6 : taaaataaaatgttcctgcatattttaattgagtgacgtgttttcgcttgaaacaatctactttcggtctgacgctttagtcgaggaagaaaacgtataggaaccgcacaatttaactcgtgtgtgtaagataaataaactataagattgagaagtcatgtaaacgttttagtgaacaccttcgatggtcgaaaggcagtgccgtatatcaactttgaccacaaccgaaaatagaacttgaacgttgaaaaagtgctcgtcgaagaaaagtcaataatagagtcaactccctcaaaatctgatgctggtccgtcaaaccgtatttctggtgaccattcgtatgcttcaggtacgtattttaaattttatatagacccacattcaagataaatctgcaagattatgaaatcattggatgtacttacaatgggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgaaagcgagtatgtaccatg-----GAA---G---AA---TGGTCAA-TAATGGAGTT-AACTCGCTGCAAAT-CTGATGCTG-TCCGTC-AAACAGTAT-TTAT-GTTGA-CCAT-TCGTATGCCTC-AGG-TA-C-GTA-T-TTAAATT-TTAT---ATAGATCCA-AATTC-AAGATAAATCTGCAGGAGCATGAAA----TG--AA-TGTAC--TTACAA-ATGGGTtta
gi|6 : aaGGTAT-TCTGTTTAAC-ATGT---ACATATCCATGA-AGCCTAAAATGTTGATAAA-ACTA-AATCCGCTGAC---------AAATCCAAGTC-AGATTTGTTTTTAAATG-AT-----AACAGTCTA-------TA-CGGA-CCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacaaaaatgtatctgtatcatggatatatgggtattctgtttaacatgtacatatccatgaagcctaaaatgttgataaaactaaatccgctgacaaatccaagtcagatttgtttttaaatgataacagtctatacggacc
gi|7 : aagaagaatggtcaataatggagttaactcgctgcaaatctgatgctgtccgtcaaacagtatttatgttgaccattcgtatgcctcaggtacgtatttaaattttatatagatccaaattcaagataaatctgcaggagcatgaaatgaatgtacttacaaatgggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacaaaaatgtatctgtatcatggatatatgGATAAATCTGCAGGAATATGAAA----TG--GA-TATAC--ATAC-ATATG
gi|7 : TAT-ATTATTTAACTATAT---ACATATC-ATGA-AGCCTGTA-TGTTCATTAA-ACTGCA--CC-----CGCAGCTGACAAATCCAAGTC-AGAATTGTTT--AAATT-ATA-CAAAACATTCTA-------TA-CGGA-CCTAGTT-TTTAACTTGG--ATTAATTAGAAA-TAAAAGAG---AGTCT----GACA------------ATT---------------G---GTA--TGTA-TTTAGTAATAAAT---TGTCAGACTCCTCTTTTA-TTCTAAAAATGTCCAGATG-A--GCCATAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggatatatggttatattatttaactatatacatatcatgaagcctgtatgttcattaaactgcacccgcagctgacaaatccaagtcagaattgtttaaattatacaaaacattctatacggacctagtttttaacttggattaattagaaataaaagagagtctgacaattggtatgtatttagtaataaattgtcagactcctcttttattctaaaaatgtccagatgagccata
gi|8 : gataaatctgcaggaatatgaaatggatatacatacatatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggatatatggtGGTAT-ACTATTTAGT-ATGT---GCATATCCATGA-GGCCTGGAATGTTGATAAA-ACTG-A--CC-----C---------CA--CTGACT----AATTGTTTTTAAATG-ATAA----A-AGTCTA-------TA-TGGA-CCTAGTTCTTTAACTTGG--ATTAATTAG----TCAGTCA--CTAATTTTATGGGCA-TCCCAAGCTTTATT---------------CAAAACAAAC-A--TATAGTGATAAAA---TGTCAAACTCCTCTGTTA-TTTCCAAAATGTCCATATG-AT-GCCATATATAATCT---TTTGG-AATGTATTAAATTCTGAT-CAAAA---A-AT-GTTTCCTTTCTTTTTCAGTCCAATACATCCAAGAAAGG-TAACT-CTTAAATTGTTAT-AGGAT-ATTCTATTCCTAGGTTTT--TG--GAA--AAAAA---TT-ATC-ATGTGTTNC-
gi|8 : acttgTAGTGATAAAA---TGTCAAACTCCTCTGTTA-TTTCCAAaaacatatagtgataaaatgtcaaactcctctgttatttccaa
gi|9 : acttgggtatactatttagtatgtgcatatccatgaggcctggaatgttgataaaactgaccccactgactaattgtttttaaatgataaaagtctatatggacctagttctttaacttggattaattagtcagtcactaattttatgggcatcccaagctttattcaaaacaaacatatagtgataaaatgtcaaactcctctgttatttccaaaatgtccatatgatgccatatataatcttttggaatgtattaaattctgatcaaaaaatgtttcctttctttttcagtccaatacatccaagaaaggtaactcttaaattgttataggatattctattcctaggtttttggaaaaaaattatcatgtgttncaaacataCCA-AATTC-AAGATAAATCTGCAGGAATATGAAA----TG--GA-TATAC--ATAC-A-ATG
gi|9 : gggTAT-ATTATTTAAC-ATAT---ACATATCCATGA-AGCCTGTAATGTTTATTAA-ACTG-A--CC-----CGCAGCTGACAAATCCAAGTC-AGAATTGTTTT-AAATT-ATAACAAAACATTCTA-------TA-CGGA-CCTAGTT-TTTAACTTGG--ATTAATTAGAAAATAAAAGAGG--AGTCT----GACA------------ATT---------------GTATGTA----T--TTTAGTAATAAAT---TGTCAGACTCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggatatatggttatattatttaacatatacatatccatgaagcctgtaatgtttattaaactgacccgcagctgacaaatccaagtcagaattgttttaaattataacaaaacattctatacggacctagtttttaacttggattaattagaaaataaaagaggagtctgacaattgtatgtattttagtaataaattgtcagactcc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): CAAATTATACAGCATCCAGATTTGTCTTTCATATCTTT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 111 11 222222 111 2222222222 1 22222222 3333333333333 111 1111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11 11111 333333333 1111111 1111 1 11111 777777777777777777777777777777 11 1111 666666666 11111 1111 1 22222222 111 1
lowQualScore : 1 5 222 22 0 0 77 222222 4 4 4 33 4 7 4 4 222 4444444444 4 4 4 777 666 0 66 0 00000000 4 55 0 9999999999999 555 555 555 3 7 2 3 3 3 1 55 3 3 0 3 3 3 3 3 3 3 222 3 3 4 1 3333 44 3 66 5 5 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 4 00 777 0 0 4 3 0 1 4 7777 00000 222222222 4 55 0 1 1 4444444 4 4 5 0 66 2222 8 1 1 1 1 5 55555 77 8 77 777777777777777777777777777777 66 22 3333 5 0 0 66666 1 3 3 0 0 8 333333333 8 6 6 66666 6 5 33 0 66 66 1111 888 5 5 5 5 77 1 00000000 5 777 6 6 3
lowQualScore : . . ... .. . . .. ...... . . . .. . . . . ... .......... . . . ... ... . .. . ........ . .. . ............. ... ... ... . . . . . . . .. . . . . . . . . . . ... . . . . .... .. . .. . . .......................................................................................................................... . .. ... . . . . . . . .... ..... ......... . .. . . . ....... . . . . .. .... . . . . . . ..... .. . .. .............................. .. .. .... . . . ..... . . . . . . ......... . . . ..... . . .. . .. .. .... ... . . . . .. . ........ . ... . . .
lowQualScore : 4 0 000 99 1 2 88 555555 0 0 0 99 0 5 0 0 555 4444444444 0 0 0 000 444 6 22 8 00000000 0 55 8 8888888888888 888 888 888 3 3 0 6 6 6 4 00 6 6 2 6 6 6 6 6 6 6 777 3 3 8 4 1111 66 6 11 0 0 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 66 000 8 8 0 2 7 2 0 8888 00000 000000000 0 66 8 9 1 4444444 4 4 0 1 99 1111 3 7 4 4 3 4 77777 99 9 99 777777777777777777777777777777 99 33 1111 0 1 7 77777 7 2 2 8 6 0 444444444 0 7 7 77777 7 7 55 5 99 99 0000 888 0 0 0 7 99 4 77777777 7 999 7 7 3
consensus : GACGTATTT-CCGCTTGAAACGCGGTCTACTTTCGGTTT-AACGTTTTAGTCGAGGAAGAAAANGTATA----G-AACC-GC-CCAATT-TGACTCTTGTGT-GTGGAAGATAAAT-AAAGTATAAG-ATTGA---GAA----G---T-CA-TGTA-AACGT-TTTAGT---CAACACCTTC---GATGGTCGAAAGGCGGTGCCGTATATCAACATTGAACACAACCCAAAATAGA-ACTTG-AAA--GTTG-AA--AAAGTG--CG--TC-----GAA---G---AA---TAGTCAA-TAATGGAGTC-AACTCGCTGCAAAT-CTGATGCTGGTCCGTC-AAACCGTAT-TTCT-GTTGA-CCAT-TCGTATGCTTC-AGG-TA-C-GTA-T-TTAAATT-TTAT---ATAGACCCA-AATTC-AAGATAAATCTGCAGGAGTATGAAA----TG--GA-TGTAC--TTAC-A-ATGGGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGTAT-ACTATTTAAC-ATGT---ACATATCCATGA-AGCCTGAAATGTTGATAAA-ACTG-A--CC-----C---------AAATCCAAGTC-AGAATTGTTTTTAAATG-ATAACAGAACAGTCTA-------TA-CGGA-CCTAGTT-TTTAACTTGG--ATTAATTAG----TNAGTGGGGCTAATTTTATGGGCA-TCC--CAAGCTT--TATTCAAA----------G--AAA---------GTATT--TTTAGTAATAAAN---TGTCAAACTCCTCTGTTA-TTTCCAAAATGTCCAGATG-AT-GCCATAGATAAACTAGGTTTGGAAATTTATTAAATTGTGAT-CAAAAT----AT-GTTGCCTTGCTTTTTT-ATTCCTATACATTCAAGAAAGG-TAACT-C-----TTGTTAA-AGGAT-ATTTTATTACAAGGTTTT--TG--G-G--AAAAA---TT-ATC-ATGTGTTCC-TTTTT-AAACTTTT--ATT-CA--------AT-TTTTGG---TTTGAA-T-ATT-ATTT
Reference ( family-1876 ) : GACGTATTT-CCGCTTGAAACGCGGTCTACTTTCGGTTT-AACGTTTTAGTCGAGGAAGAAAANGTATA----G-AACC-GC-CCAATT-TGACTCTTGTGT-GTGGAAGATAAAT-AAAGTATAAG-ATTGA---GAA----G---T-CA-TGTA-AACGT-TTTAGT---CAACACCTTC---GATGGTCGAAAGGCGGTGCCGTATATCAACATTGAACACAACCCAAAATAGA-ACTTG-AAA--GTTG-AA--AAAGTG--CG--TC-----GAA---G---AA---TAGTCAA-TAATGGAGTC-AACTCGCTGCAAAT-CTGATGCTGGTCCGTC-AAACCGTAT-TTCT-GTTGA-CCAT-TCGTATGCTTC-AGG-TA-C-GTA-T-TTAAATT-TTAT---ATAGACCCA-AATTC-AAGATAAATCTGCAGGAGTATGAAA----TG--GA-TGTAC--TTAC-A-ATGGGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGTAT-ACTATTTAAC-ATGT---ACATATCCATGA-AGCCTGAAATGTTGATAAA-ACTG-A--CC-----C---------AAATCCAAGTC-AGAATTGTTTTTAAATG-ATAACAGAACAGTCTA-------TA-CGGA-CCTAGTT-TTTAACTTGG--ATTAATTAG----TAAGTGGGGCTAATTTTATGGGCA-TCC--CAAGCTT--TATTCAAA----------G--AAA---------GTATT--TTTAGTAATAAAN---TGTCAAACTCCTCTGTTA-TTTCCAAAATGTCCAGATG-AT-GCCATAGATAAACTAGGTTTGGAAATTTATTAAATTGTGAT-CAAAAT--TTAT-GTTGCCTTGCTTTTTT-ATTCCTATACATTCAAGAAAGG-TAACT-C-----TTGTTAA-AGGAT-ATTTTATTACAAGGTTTT--TG--G-G--AAAAA---TT-ATC-ATGTGTTCC-TTTTT-AAACTTTT--ATT-CA--------AT-TTTTGG---TTTGAA-T-ATT-ATTT
gi|1 : GACGTGTTT-CCGCTTAAAACGCTGTCTACTTTCGGTTT-AACGTTTTCGTCAAGGAAGAAAAGGTATAT---G-AACC-GC-AGAATT-TGACTCTTGTAT-GTGGAAGATAAAT-AAAGTATAAG-ACTGA---GAA----G---T-AA-TGTA-AATGT-TTTAGT---CAACACCTTC---GATTGTCGAAATGTGGTGCCGTATTTCAACATTGAACACAACCAAAAATAGA-ACTTG-AAA--GTTG-AA--AAAGTG--CAATTC-----GAA---G---AA---TAGTCTA-AAATGAAGTC-AACTCGCTG--AAT-CTGATGCTGGTCCGTC-AAACCGTAT-TTCT-GTTGA-CTAT-TAGTATGCCTC-TTG-TA-C-TTA-T-TGAAATT-TTAT---ATAGACCCA-TATTC-AAGATTAATCTGCTGGAGTATGAAA----TG--GA-TGTAC--TTGC-A-ATGGGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATAT-ACTATTTAAA-ATGT---ACATATCCATGA-AGCCTGAAATGTTGATATTTGCTG-A--CC-----C---------AAATCCAAATC-AGAATTGTTTTTGAATG-GTAACAGAACAGTTTA-------TA-CG-A-CCTAGTT-TATAACTTAG--ATTAATTAG----TCAGCAGGGCTAATTTTATGGATA-TCC--CAAACTC--TATT--------------G--AAA---------GTATT--TTTAGTAATAAAT---TGTCAAAATCCTCTGTTA-TTTTCAAAATGTCCAGGTG-AT--CCATAGATAAACTAGGTTTGGAAATGTATTAAATTGTGAT-CAAAGTGTTCATTGTTGCCATGTTTATTT-ATTCCTATACATTCAAAAAGGG-TAACT-T-----TTGTTAA-AGGGT-ATTTTATAACAAGGCTTT--TG--G-G--AAAAT---TT-ATC-ATGTGCTCC-TTTTT-AAACTTTT--ATT-CA--------AT-TTTTGG---TTTAAA-T-ATT-ATTT
gi|10 : GACGTATTT-CCGTTTGAA-CACAGTCTACTTTCGGTTT--------T-GCCCAGGAAGAAA---------------CC-GCTCCAATT-T-ACTCT-GTGTTGTG-AAGATAAAT-AAAGTATAA--ATTGA---TAA----GAA-TACA-TGTA-AACGTATTGAGT---CAACACTTAG---GATGGTCGAAGGGCGGT-CCGTATATCAACA-TGAACACAACCC-AAATAGA-ACTTA-GAATCGGTG-CACGAGAATG--CG--ACAA---GAA---G---AA---TGGTCAATTAATGGAGTCAAACTCACTGCAAATATTGATGCTGGTCCGTC--AACCGTATATTATGGGTGACCCATCTCGAATGCTTCAAAG-TA-CGGTA-TCTTAAATTATCAA---AAGGACCC--AGTT---AGGTAAAT-TGCA-GAGTATGACA----T
gi|11 : agaacgaaacgttcgttcatattataacctggtGACGTATTT-CCGTTTGAAACACAGTGTACTTTCGGTTT--------TAGCCCAGGAAGAAA---------------CC-GC-CCAATT-TGACTCTGGTGT-GTGGAAGATAAAT-AAAGTATAAA-ATTGATAAGAA----G---T-CA-TATA-AACGT-TTTAGT---CAACACCTTA---GATGGTCGAAGGGCGGTGCCGTATATCAACATTGAACACAACCCAAAATAGA-ACTTG-AAAT-GGTGCAC--GAAG-----A--TCGAAA-GAA---G---AA---TGGTCAA-TAATGGAGTC-AACTCACTGCAAAT-CTGATGCTGGTCCGTC--AACCGTAT-TTAT-GTTGA-CCAT-TCGAATGCTTC-AAG-TT-C-GTA-T-TTAAATA-TCAC---ATAGATCCA-AATTC-AAGGTAAATCTGCAGGAGTATGACA----TG--a
gi|12 : gaaacgttcgttcataccataacctggtGGTAT-ACTATTTAAC-ATGT---AC-TA-CCATCAGAGCCTGA----------------------------C---------AAATCAAAGTCTAGAATTGTTTTTAA-TGTATAACAGAA-AGTCTA-------TAACGGA-CCTAGGT-TG-AGCTTGG--ATTAATT-G----TAAATGGGG--------ATG------CC--CAAGCTT--TATTCCAA----------ATTAAACAATTGGATGTATT--TC-AG-AATAAATAAATGTCAAACTCCTCTG-TA-TTTCCAAAATGTC--AATGTATGGCCATAGA-AAACTAGGTTTG
gi|12 : CCTAGACATCCAAGAACGG-TAACT-C-----TTGTTAA-AGGAT-GTTTCAAT-CTGGGTTTT--TGAAA-A--AAAAA---TT-ATCAATATGTTCC-TTTCA-TATCTTTTTAATA-CA--------AT-TTTTTG---Tacctagacatccaagaacggtaactcttgttaaaggatgtttcaatctgggtttttgaaaaaaaaattatcaatatgttcctttcatatctttttaatacaattttttgt
gi|13 : ggtatactatttaacatgtactaccatcagagcctgacaaatcaaagtctagaattgtttttaatgtataacagaaagtctataacggacctaggttgagcttggattaattgtaaatggggatgcccaagctttattccaaattaaacaattggatgtatttcagaataaataaatgtcaaactcctctgtatttccaaaatgtcaatgtatggccatagaaaactaggtttga----G-AATC-GC-CCATTT-GGAC-CTTGTGT-GTGGAAGGTAAAT-AGACTATACG-ATTTA---GAATAAAG-----CA-TGTG-AACGT-TTTAGT---CAAAATCTTC---GATGGTCGAAAGGCAATGCCGTGTA--AACATTGAACACAACCC----------C--------------AA--AAAG----------------AA---G---AA---TGGTCAA-TAATGGAG---------CTGCAATT-CTGATGCTGGTTCGTC-AAATAA-AT-TTCT-TTTAA-CCAT-TCGTATGCTCC-AGG-TA-C-GTA-T-TTAAATA-TTAT---ATAGACCTA-AATTC-AAGATATTTCTGCAAGAGTATGAAA----TGAAGA-TGTA
gi|14 : atG----TCAGTGGGGGTAATTTTAAGAGCAATCC--CAAACTT--TATTCAAATAACAATT--G--AAA---------GCATTAGTTTAGTAATAAA----TATCAAAC--CTCTGTTAATTTCC-AAA-------AT---T-TCCA-----------------GAAATTTATTAAATTCTGATTCTAAAT-------ATTGTCTGGCTTTTTTTATTTCTGTACATTCAAGGAAGGGTAACT-C-----TTGTTAA-AGGAC-ATTTAATTACAAAGGTTCGGGG--G-G--GGGAA---TT-AT--ATGCGTTCCTTTTTT-AATTTTTT--TTT-CA--------AT-ATTTGG---TTTGTA-TAATT-ATTT
gi|15 : GACGTATTT-CCGATTGAA--GCAGTCTACTTTCGGTTTTAACGTTT-AATCAAGGACGAAAAAGTATA----GGAACT-GC-CCAAGT-TGACTCTTGTGT-GTGGAAGATAAAT-AAAGTATAAG-ATTGA---GAA----G--------------A----TTTAGT---CAGCATCTTC---GATGGTCGAAAGGCGGTGCCGTATATCAACATTGAACACAACCC-AATTAGA-AC----------TTG-AA--AAGGTG--CA---C-----GAA---G---Agtta
gi|16 : aacgaaacgttcgctcatattgcaacctggtTTT---GATGGTCAAAAGGTGGTGCCGTATATCAACATTGAACACAACCCAAAATAGA-ACTTCTAAA--GATG-AA--AAAATG--C---TT-----GAAAAAG---AA---TAGTCAA-TAATGAAGTC-AACTCGCTGCAGAT-CTGATGCTGGTCCGTC-AAACCGTAT-TTCT-GTTGA-CCAT-TCGTATGCTTC-AGG-TA-C-GTA-T-TTAAATT-TTAT---GTATATCCA-AATTC-AAGATTAATCTGCAAGAGTATGAAATCATTG--GA-TGTAC--ttg
gi|17 : ----------G--AAA---------GTATA--TTTAGTAATAAAA---TGCCAAACTCCTCCGT-----------ATGCCCAGATG-GT-GCCAAAGATAAAATAGGTTTGGAAATTTATTAAATTGTGAT-CAAAAT-------GTTGCCTTGCTTTTCT-ATTCCAATACATTAAAGAAAGA-TAACTGC-----TT-TTAATAGGAT-ATTTTAT--CAAGGTTTT--GG--G-A--AAAAA---TT-ATC-ATGTGTTCC-TTTTTAAAACTTTT--A-T-CA--------AT-TTTTGG---TTTGAA-T-ATT-ATTT
gi|18 : tCGTTTTAGTCGAGGAAGAAAAAGTATA----G-GACCCGC-CCAATT-TGACTC--GTGT-GTGGAAGATAAAT-AAAGTATAAG-ATTAA---GAA----GAAAT-CA-TGTA-AACGT-TTTAGA---TAACACCGAC---GATGGTCGAAAGGCTGTACCGTATATTAACATTGAACACAATCC-AAACAG----TTG-AA--------AA--AAAGTG--CA---C-----GAA---GAACAA---TGGTCAA-gttac
gi|19 : -----GAA---G---AA---TAGTCAA-TAATGAAATC-AACTCGCTGCAAAT-CTGATGCTGGTCCGTC-AAACCGTAT-TTCT--TTGA-CCAT-TCGTAAGCTTC-AGG-TA-C-GTA-T-TTAAATT-TTATATAATAGACCCA-AATTG-AAGATTGATCTGCAGGAATATGAAA----TG--GA-TGTA
gi|2 : aa---TAGTCAA-TAATGAAATC-AACTCGCTGCAAAT-CTGATGCTGGTCCGTC-AAACCGTAT-TTCT--TTGA-CCAT-TCGTAAGCTTC-AGG-TA-C-GTA-T-TTAAATT-TTATATAATAGACCCA-AATTG-AAGATTGATCTGCAGGAATATGAAA----TG--GA-TGTAC--TTAC-A-ATGGGT
gi|2 : nGGTAT-ACTATTTAAA-AT------C---TCCATGA-ACCCTGAAATGTTGATAAA-ACTG-A--CA-----C---------AAATCCAAGTC-AGAACTGTTTTTAAATT-GTAACAGAACAGTCTAATAAGTATA-CGGA-CCTAGTT-TTGAACTTTG--ATTAATTAG----TAAGTGGAGCTAATTTTATGGGTA-TCC--CTAGCTT--TATTCAAAATAAACAATTG--AAA---------GTATT--TT-AGTAATAAAA---TGTCAAACTCCTCTGTTA-TTTCCAAAATGTCCAGATG-AT-GCCATAGGTAAACTAGGTTTAGAAATTTATTAAATTGTGAT-CAAA------AT-GTTGCCTTGCTTTTTT-ATTCCTATACATTCAAGAAAGG-TAACT-C-----TTGTTAA-AGGATAATTTTATTACAAGGTTTT--TG--G-GAAAAAAA---AT-ATC-ACGTGTTCC-TTTTT-AAACCTTT--TTT-CATTTTTTTTTT-TTTTGG---TTTGAA-T-ATT-ATTTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggtatactatttaaaatctccatgaaccctgaaatgttgataaaactgacacaaatccaagtcagaactgtttttaaattgtaacagaacagtctaataagtatacggacctagttttgaactttgattaattagtaagtggagctaattttatgggtatccctagctttattcaaaataaacaattgaaagtattttagtaataaaatgtcaaactcctctgttatttccaaaatgtccagatgatgccataggtaaactaggtttagaaatttattaaattgtgatcaaaatgttgccttgcttttttattcctatacattcaagaaaggtaactcttgttaaaggataattttattacaaggtttttgggaaaaaaaatatcacgtgttcctttttaaaccttttttcattttttttttttttggtttgaatattatttgttaaca
gi|20 : ntagtcaataatgaaatcaactcgctgcaaatctgatgctggtccgtcaaaccgtatttctttgaccattcgtaagcttcaggtacgtatttaaattttatataatagacccaaattgaagattgatctgcaggaatatgaaatggatgtacttacaatgggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnng----G-AACC-GC-C-AATTGTGAACTTTGTGT-GTG-AAGATAAATTAAAGTATAAGCCCTGA---GAA----G---T-CATTTTACAACGT-TTTAGTTTACAACACCTTCTGGGATCGTCgttaaca
gi|21 : caaaaacgttcatccatatttgtaatctgtgacgtattccgcttgaaaagTTTATTACAAGGTTTT--TG--G-T--AAAAA---TTTATC-ATGTGTTCC-TTTTT-AAACTTTT--ATTCCA--------ATATTATGGTATTCTGAATT-ATTAATTTa
gi|22 : aaAT-AATTTATTA--AGGTTTT--TC--G-G--TAAAAGATTT-ATC-ATGCG---C-CTTTT-AAACTTTT--ATTCCA--------AT-TTATGGTA-TTTAAT-T-ATTAATTTgttatc
gi|3 : tGACGTATTTTCCGCTTGAAACATGGTCTACCTTTGATTT-AACGTTTTAGTTGAGGAAGAAAATGTATATAA-G-AACC-GC-ACAATT-TGACTCTTGTGT-GTGGAGGATAAA-----GTCTAAG-ATAGA---GAA----GAAAT-CA-AGTA-AACGT-TTTAGT---CAACACCTTC---GATGGTCAAAAGGCGGTGCTGTATATCAACATTGAACACAACTCAAAATAGC-ACTTG-GAA--ATTG-AA--AAAGTG--C---TC-----GAA---G---AAGAATAGTGAG-AAATGGAGTA-AATTCCCTGCAAAT-CTGATGCTGGCCCATC-AAACCGTAT-TTGT-GTTGA-TCAT-TCGTATGCTTC-AGG-TA-C-GTA-T-TTAAATT-TTAT---ATAGACATA-AATTC-AAGATTAATCTACAGAAGAATGAAA----TG--GA-TATAC--TTAC-A-ATGAGTtgtta
gi|3 : tccatattgtaactaagtGTAT-ACTATTTTA--ATGT---ACATATCCACGA-TCCATGAAATGTTAATAAA-ACTG-A--CC-----C---------AAATCCAAATC-AGAATTGTTTTTAAATG-GCAACAGAACAGACTA-------TA-CGGA-TCTAGTT-TTTAATTTGG--ATTGATTAgtagtaggactagtgcctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngagtatactattttaatgtacatatccacgatccatgaaatgttaataaaactgacccaaatccaaatcagaattgtttttaaatggcaacagaacagactatacggatctagtttttaatttggattgattaa
gi|4 : tccatattgtaactaagtgacgtattttccgcttgaaacatggtctacctttgatttaacgttttagttgaggaagaaaatgtatataagaaccgcacaatttgactcttgtgtgtggaggataaagtctaagatagagaagaaatcaagtaaacgttttagtcaacaccttcgatggtcaaaaggcggtgctgtatatcaacattgaacacaactcaaaatagcacttggaaattgaaaaagtgctcgaagaagaatagtgagaaatggagtaaattccctgcaaatctgatgctggcccatcaaaccgtatttgtgttgatcattcgtatgcttcaggtacgtatttaaattttatatagacataaattcaagattaatctacagaagaatgaaatggatatacttacaatgagtgtagtaggactagtgcctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaGACGTATTTTCCTCTTGAAAC-TGGTCTACCTTTGATTT-AACGTTTTAGTTGAGGAGAAGAATGTATATTAAG-ATAC-GC-ACAATT-TGACT-TTGTGT-GTG-AGGAT---T-AAAGT-TA-G-ATAGACA-GAA----A---T-CA-AGTA-A-CGT-TTTAGT---CAA-ACCTTC---GATGGTCAAAAGGCGGTGCTGTATATCAACATTGAACACAACTCAAAATAGGCACTTG-GAA---TTG-AA--AAAGTG--C---TCGAGAAGAA---G---AA---TAGTGAG-AAATGGAGTTAAATTCCCTGCAAA--CTTATGCTGGCCCATCAAAACCGTAT-TTGT-GTTGA-TCAT-TCGTA-GCGTC-AGGTTACC-GT--T-TTAAA-T-TTAT---ATAGA---ATAATTCTAAGAT-TATC-ACA-GAGAATGAAA----TG--GATTATACTTTTA--A-ATGGa
gi|4 : ggtccatattgtaactaagtGTATTACTATTTAA---TGT---ACATATC-ACGA-TCCATGAA-TGTTAATAAA--CTG----CC-----C---------AAATCCAAATC-AGAATTGTTTTTA-----ATGGCACAACAGACTA-------TA-CGGATCTTAGTT-TTTAATTTGGTTATTAtgtagaggacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagcaacagagtattactatttaatgtacatatcacgatccatgaatgttaataaactgcccaaatccaaatcagaattgtttttaatggcacaacagactatacggatcttagtttttaatttggttatta
gi|5 : ggtccatattgtaactaagtgacgtattttcctcttgaaactggtctacctttgatttaacgttttagttgaggagaagaatgtatattaagatacgcacaatttgactttgtgtgtgaggattaaagttagatagacagaaatcaagtaacgttttagtcaaaccttcgatggtcaaaaggcggtgctgtatatcaacattgaacacaactcaaaataggcacttggaattgaaaaagtgctcgagaagaagaatagtgagaaatggagttaaattccctgcaaacttatgctggcccatcaaaaccgtatttgtgttgatcattcgtagcgtcaggttaccgttttaaatttatatagaataattctaagattatcacagagaatgaaatggattatacttttaaatggtgtagaggacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagcaacagaGACGTGTTT-TCGCTTGAAACA--ATCTACTTTCGGTCT-GACGCTTTAGTCGAGGAAGAAAACGTATA----GGAACC-GC-ACAATT-TAACTC--GTGT-GTGTAAGATAAAT-AAACTATAAG-ATTGA---GAA----G---T-CA-TGTA-AACGT-TTTAGT---GAACACCTTC---GATGGTCGAAAGGCAGTGCCGTATATCAACTTTGACCACAACCGAAAATAGA-ACTTG-AAC--GTTG-AA--AAAGTGCTCG--TC-----GAA---G---AA---AAGTCAA-TAATAGAGTC-AACTCCCTCAAAAT-CTGATGCTGGTCCGTC-AAACCGTAT-TTCT-GGTGA-CCAT-TCGTATGCTTC-AGG-TA-C-GTATT-TTAAATT-TTAT---ATAGACCCA-CATTC-AAGATAAATCTGCAAGATTATGAAATCATTG--GA-TGTAC--TTAC-A-ATGGGT
gi|5 : taaaataaaatgttcctgcatattttaattgagtGGCAC-ACTATTTAAC--TGTTTAACATA--CATGA-AGCCTGAAATGTTGATTAA-ACGG-A--CC-----C---------AAATCCAAGTC-AGAATTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgaaagcgagtatgtaccatgggcacactatttaactgtttaacatacatgaagcctgaaatgttgattaaacggacccaaatccaagtcagaatttta
gi|6 : taaaataaaatgttcctgcatattttaattgagtgacgtgttttcgcttgaaacaatctactttcggtctgacgctttagtcgaggaagaaaacgtataggaaccgcacaatttaactcgtgtgtgtaagataaataaactataagattgagaagtcatgtaaacgttttagtgaacaccttcgatggtcgaaaggcagtgccgtatatcaactttgaccacaaccgaaaatagaacttgaacgttgaaaaagtgctcgtcgaagaaaagtcaataatagagtcaactccctcaaaatctgatgctggtccgtcaaaccgtatttctggtgaccattcgtatgcttcaggtacgtattttaaattttatatagacccacattcaagataaatctgcaagattatgaaatcattggatgtacttacaatgggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgaaagcgagtatgtaccatg-----GAA---G---AA---TGGTCAA-TAATGGAGTT-AACTCGCTGCAAAT-CTGATGCTG-TCCGTC-AAACAGTAT-TTAT-GTTGA-CCAT-TCGTATGCCTC-AGG-TA-C-GTA-T-TTAAATT-TTAT---ATAGATCCA-AATTC-AAGATAAATCTGCAGGAGCATGAAA----TG--AA-TGTAC--TTACAA-ATGGGTtta
gi|6 : aaGGTAT-TCTGTTTAAC-ATGT---ACATATCCATGA-AGCCTAAAATGTTGATAAA-ACTA-AATCCGCTGAC---------AAATCCAAGTC-AGATTTGTTTTTAAATG-AT-----AACAGTCTA-------TA-CGGA-CCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacaaaaatgtatctgtatcatggatatatgggtattctgtttaacatgtacatatccatgaagcctaaaatgttgataaaactaaatccgctgacaaatccaagtcagatttgtttttaaatgataacagtctatacggacc
gi|7 : aagaagaatggtcaataatggagttaactcgctgcaaatctgatgctgtccgtcaaacagtatttatgttgaccattcgtatgcctcaggtacgtatttaaattttatatagatccaaattcaagataaatctgcaggagcatgaaatgaatgtacttacaaatgggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacaaaaatgtatctgtatcatggatatatgGATAAATCTGCAGGAATATGAAA----TG--GA-TATAC--ATAC-ATATG
gi|7 : TAT-ATTATTTAACTATAT---ACATATC-ATGA-AGCCTGTA-TGTTCATTAA-ACTGCA--CC-----CGCAGCTGACAAATCCAAGTC-AGAATTGTTT--AAATT-ATA-CAAAACATTCTA-------TA-CGGA-CCTAGTT-TTTAACTTGG------ATTAA----T---TAGAAATAA----AAGAGAG-TCTGACAA--TTGGTAT------------------------------GTATT--T--AGTAATAAAT---TGTCAGACTCCTCTTTTA-TTCTAAAAATGTCCAGATG-A--GCCATAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggatatatggttatattatttaactatatacatatcatgaagcctgtatgttcattaaactgcacccgcagctgacaaatccaagtcagaattgtttaaattatacaaaacattctatacggacctagtttttaacttggattaattagaaataaaagagagtctgacaattggtatgtatttagtaataaattgtcagactcctcttttattctaaaaatgtccagatgagccata
gi|8 : gataaatctgcaggaatatgaaatggatatacatacatatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggatatatggtGGTAT-ACTATTTAGT-ATGT---GCATATCCATGA-GGCCTGGAATGTTGATAAA-ACTG-A--CC-----C---------CA--CTGACT----AATTGTTTTTAAATG-ATAA----A-AGTCTA-------TA-TGGA-CCTAGTTCTTTAACTTGG--ATTAATTAG----TCAGTCA--CTAATTTTATGGGCA-TCC--CAAGCTT--TATTCAAA----------A--CAA---------ACATA--T--AGTGATAAAA---TGTCAAACTCCTCTGTTA-TTTCCAAAATGTCCATATG-AT-GCCATATATAATCT---TTTGG-AATGTATTAAATTCTGAT-CAAAA----AAT-GTTTCCTTTCTTTTTC-AGTCCAATACATCCAAGAAAGG-TAACT-CTTAAATTGTTAT-AGGAT-ATTCTATTCCTAGGTTTT--TG--GAA--AAAAA---TT-ATC-ATGTGTTNC-
gi|8 : acttgTAGTGATAAAA---TGTCAAACTCCTCTGTTA-TTTCCAAaaacatatagtgataaaatgtcaaactcctctgttatttccaa
gi|9 : acttgggtatactatttagtatgtgcatatccatgaggcctggaatgttgataaaactgaccccactgactaattgtttttaaatgataaaagtctatatggacctagttctttaacttggattaattagtcagtcactaattttatgggcatcccaagctttattcaaaacaaacatatagtgataaaatgtcaaactcctctgttatttccaaaatgtccatatgatgccatatataatcttttggaatgtattaaattctgatcaaaaaatgtttcctttctttttcagtccaatacatccaagaaaggtaactcttaaattgttataggatattctattcctaggtttttggaaaaaaattatcatgtgttncaaacataCCA-AATTC-AAGATAAATCTGCAGGAATATGAAA----TG--GA-TATAC--ATAC-A-ATG
gi|9 : gggTAT-ATTATTTAAC-ATAT---ACATATCCATGA-AGCCTGTAATGTTTATTAA-ACTG-A--CC-----CGCAGCTGACAAATCCAAGTC-AGAATTGTTTT-AAATT-ATAACAAAACATTCTA-------TA-CGGA-CCTAGTT-TTTAACTTGG--ATTAATTAGAAAATAAAAGAGG--AGTCTGA------------CAA-TTG--TAT------------------------------GTA-T--TTTAGTAATAAAT---TGTCAGACTCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggatatatggttatattatttaacatatacatatccatgaagcctgtaatgtttattaaactgacccgcagctgacaaatccaagtcagaattgttttaaattataacaaaacattctatacggacctagtttttaacttggattaattagaaaataaaagaggagtctgacaattgtatgtattttagtaataaattgtcagactcc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): CAAATTATACAGCATCCAGATTTGTCTTTCATATCTTT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 111 11 222222 111 2222222222 1 22222222 3333333333333 111 1111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11 11111 333333333 1111111 66666666666666666666666666666 11 1111 22222222 11111 1111 1 22222222 111 1
lowQualScore : 1 5 222 22 0 0 77 222222 4 4 4 33 4 7 4 4 222 4444444444 4 4 4 777 666 0 66 0 00000000 4 55 0 9999999999999 555 555 555 3 7 2 3 3 3 1 55 3 3 0 3 3 3 3 3 3 3 222 3 3 4 1 3333 44 3 66 5 5 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 4 00 777 0 0 4 3 0 55 7777 00000 222222222 4 55 0 1 1 4444444 4 4 5 0 66 7 777 3 88888 99 3 99 11111111111111111111111111111 66 77 3333 5 0 0 66666 1 3 3 0 0 8 88888888 8 6 6 66666 6 5 33 0 66 66 1111 888 5 5 5 5 77 1 00000000 5 777 6 6 3
lowQualScore : . . ... .. . . .. ...... . . . .. . . . . ... .......... . . . ... ... . .. . ........ . .. . ............. ... ... ... . . . . . . . .. . . . . . . . . . . ... . . . . .... .. . .. . . .......................................................................................................................... . .. ... . . . . . .. .... ..... ......... . .. . . . ....... . . . . .. . ... . ..... .. . .. ............................. .. .. .... . . . ..... . . . . . . ........ . . . ..... . . .. . .. .. .... ... . . . . .. . ........ . ... . . .
lowQualScore : 4 0 000 99 1 2 88 555555 0 0 0 99 0 5 0 0 555 4444444444 0 0 0 000 444 6 22 8 00000000 0 55 8 8888888888888 888 888 888 3 3 0 6 6 6 4 00 6 6 2 6 6 6 6 6 6 6 777 3 3 8 4 1111 66 6 11 0 0 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 66 000 8 8 0 2 7 22 8888 00000 000000000 0 66 8 9 1 4444444 4 4 0 1 99 5 222 2 33333 22 7 22 99999999999999999999999999999 99 88 1111 0 1 7 77777 7 2 2 8 6 0 66666666 0 7 7 77777 7 7 55 5 99 99 0000 888 0 0 0 7 99 4 77777777 7 999 7 7 3
consensus : GACGTATTT-CCGCTTGAAACGCGGTCTACTTTCGGTTT-AACGTTTTAGTCGAGGAAGAAAANGTATA----G-AACC-GC-CCAATT-TGACTCTTGTGT-GTGGAAGATAAAT-AAAGTATAAG-ATTGA---GAA----G---T-CA-TGTA-AACGT-TTTAGT---CAACACCTTC---GATGGTCGAAAGGCGGTGCCGTATATCAACATTGAACACAACCCAAAATAGA-ACTTG-AAA--GTTG-AA--AAAGTG--CG--TC-----GAA---G---AA---TAGTCAA-TAATGGAGTC-AACTCGCTGCAAAT-CTGATGCTGGTCCGTC-AAACCGTAT-TTCT-GTTGA-CCAT-TCGTATGCTTC-AGG-TA-C-GTA-T-TTAAATT-TTAT---ATAGACCCA-AATTC-AAGATAAATCTGCAGGAGTATGAAA----TG--GA-TGTAC--TTAC-A-ATGGGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGTAT-ACTATTTAAC-ATGT---ACATATCCATGA-AGCCTGAAATGTTGATA-AAACTG-A--CC-----C---------AAATCCAAGTC-AGAATTGTTTTTAAATG-ATAACAGAACAGTCTA-------TA-CGGA-CCTAGTT-TTTAACTTGG--ATTAATTAGTCAGTGGGGCTAATTTTATGGGCA-TCC--CAAGCTT--TATTCAAA----------G--AAA---------GTATT--TTTAGTAATAAAN---TGTCAAACTCCTCTGTTA-TTTCCAAAATGTCCAGATG-AT-GCCATAGATAAACTAGGTTTGGAAATTTATTAAATTGTGAT-CAAAATA-----TGTTGCCTTGCTTTTTT-ATTCCTATACATTCAAGAAAGG-TAACT-C-----TTGTTAA-AGGAT-ATTTTATTACAAGGTTTT--TG--G-G--AAAAA---TT-ATC-ATGTGTTCC-TTTTT-AAACTTTT--ATT-CA--------AT-TTTTGG---TTTGAA-T-ATT-ATTT
Reference ( family-1876 ) : GACGTATTT-CCGCTTGAAACGCGGTCTACTTTCGGTTT-AACGTTTTAGTCGAGGAAGAAAANGTATA----G-AACC-GC-CCAATT-TGACTCTTGTGT-GTGGAAGATAAAT-AAAGTATAAG-ATTGA---GAA----G---T-CA-TGTA-AACGT-TTTAGT---CAACACCTTC---GATGGTCGAAAGGCGGTGCCGTATATCAACATTGAACACAACCCAAAATAGA-ACTTG-AAA--GTTG-AA--AAAGTG--CG--TC-----GAA---G---AA---TAGTCAA-TAATGGAGTC-AACTCGCTGCAAAT-CTGATGCTGGTCCGTC-AAACCGTAT-TTCT-GTTGA-CCAT-TCGTATGCTTC-AGG-TA-C-GTA-T-TTAAATT-TTAT---ATAGACCCA-AATTC-AAGATAAATCTGCAGGAGTATGAAA----TG--GA-TGTAC--TTAC-A-ATGGGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGTAT-ACTATTTAAC-ATGT---ACATATCCATGA-AGCCTGAAATGTTGATA-AAACTG-A--CC-----C---------AAATCCAAGTC-AGAATTGTTTTTAAATG-ATAACAGAACAGTCTA-------TA-CGGA-CCTAGTT-TTTAACTTGG--ATTAATTAGTNAGTGGGGCTAATTTTATGGGCA-TCC--CAAGCTT--TATTCAAA----------G--AAA---------GTATT--TTTAGTAATAAAN---TGTCAAACTCCTCTGTTA-TTTCCAAAATGTCCAGATG-AT-GCCATAGATAAACTAGGTTTGGAAATTTATTAAATTGTGAT-CAAAATA-----TGTTGCCTTGCTTTTTT-ATTCCTATACATTCAAGAAAGG-TAACT-C-----TTGTTAA-AGGAT-ATTTTATTACAAGGTTTT--TG--G-G--AAAAA---TT-ATC-ATGTGTTCC-TTTTT-AAACTTTT--ATT-CA--------AT-TTTTGG---TTTGAA-T-ATT-ATTT
gi|1 : GACGTGTTT-CCGCTTAAAACGCTGTCTACTTTCGGTTT-AACGTTTTCGTCAAGGAAGAAAAGGTATAT---G-AACC-GC-AGAATT-TGACTCTTGTAT-GTGGAAGATAAAT-AAAGTATAAG-ACTGA---GAA----G---T-AA-TGTA-AATGT-TTTAGT---CAACACCTTC---GATTGTCGAAATGTGGTGCCGTATTTCAACATTGAACACAACCAAAAATAGA-ACTTG-AAA--GTTG-AA--AAAGTG--CAATTC-----GAA---G---AA---TAGTCTA-AAATGAAGTC-AACTCGCTG--AAT-CTGATGCTGGTCCGTC-AAACCGTAT-TTCT-GTTGA-CTAT-TAGTATGCCTC-TTG-TA-C-TTA-T-TGAAATT-TTAT---ATAGACCCA-TATTC-AAGATTAATCTGCTGGAGTATGAAA----TG--GA-TGTAC--TTGC-A-ATGGGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATAT-ACTATTTAAA-ATGT---ACATATCCATGA-AGCCTGAAATGTTGATATTTGCTG-A--CC-----C---------AAATCCAAATC-AGAATTGTTTTTGAATG-GTAACAGAACAGTTTA-------TA-C-GA-CCTAGTT-TATAACTTAG--ATTAATTAGTCAGCAGGGCTAATTTTATGGATA-TCC--CAAACTC--TATT--------------G--AAA---------GTATT--TTTAGTAATAAAT---TGTCAAAATCCTCTGTTA-TTTTCAAAATGTCCAGGTG-AT--CCATAGATAAACTAGGTTTGGAAATGTATTAAATTGTGAT-CAAAGTGTTCATTGTTGCCATGTTTATTT-ATTCCTATACATTCAAAAAGGG-TAACT-T-----TTGTTAA-AGGGT-ATTTTATAACAAGGCTTT--TG--G-G--AAAAT---TT-ATC-ATGTGCTCC-TTTTT-AAACTTTT--ATT-CA--------AT-TTTTGG---TTTAAA-T-ATT-ATTT
gi|10 : GACGTATTT-CCGTTTGAA-CACAGTCTACTTTCGGTTT--------T-GCCCAGGAAGAAA---------------CC-GCTCCAATT-T-ACTCT-GTGTTGTG-AAGATAAAT-AAAGTATAA--ATTGA---TAA----GAA-TACA-TGTA-AACGTATTGAGT---CAACACTTAG---GATGGTCGAAGGGCGGT-CCGTATATCAACA-TGAACACAACCC-AAATAGA-ACTTA-GAATCGGTG-CACGAGAATG--CG--ACAA---GAA---G---AA---TGGTCAATTAATGGAGTCAAACTCACTGCAAATATTGATGCTGGTCCGTC--AACCGTATATTATGGGTGACCCATCTCGAATGCTTCAAAG-TA-CGGTA-TCTTAAATTATCAA---AAGGACCC--AGTT---AGGTAAAT-TGCA-GAGTATGACA----T
gi|11 : agaacgaaacgttcgttcatattataacctggtGACGTATTT-CCGTTTGAAACACAGTGTACTTTCGGTTT--------TAGCCCAGGAAGAAA---------------CC-GC-CCAATT-TGACTCTGGTGT-GTGGAAGATAAAT-AAAGTATAAA-ATTGATAAGAA----G---T-CA-TATA-AACGT-TTTAGT---CAACACCTTA---GATGGTCGAAGGGCGGTGCCGTATATCAACATTGAACACAACCCAAAATAGA-ACTTG-AAAT-GGTGCAC--GAAG-----A--TCGAAA-GAA---G---AA---TGGTCAA-TAATGGAGTC-AACTCACTGCAAAT-CTGATGCTGGTCCGTC--AACCGTAT-TTAT-GTTGA-CCAT-TCGAATGCTTC-AAG-TT-C-GTA-T-TTAAATA-TCAC---ATAGATCCA-AATTC-AAGGTAAATCTGCAGGAGTATGACA----TG--a
gi|12 : gaaacgttcgttcataccataacctggtGGTAT-ACTATTTAAC-ATGT---AC-TA-CCATCAGAGCCTGA----------------------------C---------AAATCAAAGTCTAGAATTGTTTTTAA-TGTATAACAGAA-AGTCTA-------TAACGGA-CCTAGGT-TG-AGCTTGG--ATTAATT-GTAAATGGGG--------ATG------CC--CAAGCTT--TATTCCAA----------ATTAAACAATTGGATGTATT--TC-AG-AATAAATAAATGTCAAACTCCTCTG-TA-TTTCCAAAATGTC--AATGTATGGCCATAGA-AAACTAGGTTTG
gi|12 : CCTAGACATCCAAGAACGG-TAACT-C-----TTGTTAA-AGGAT-GTTTCAAT-CTGGGTTTT--TGAAA-A--AAAAA---TT-ATCAATATGTTCC-TTTCA-TATCTTTTTAATA-CA--------AT-TTTTTG---Tacctagacatccaagaacggtaactcttgttaaaggatgtttcaatctgggtttttgaaaaaaaaattatcaatatgttcctttcatatctttttaatacaattttttgt
gi|13 : ggtatactatttaacatgtactaccatcagagcctgacaaatcaaagtctagaattgtttttaatgtataacagaaagtctataacggacctaggttgagcttggattaattgtaaatggggatgcccaagctttattccaaattaaacaattggatgtatttcagaataaataaatgtcaaactcctctgtatttccaaaatgtcaatgtatggccatagaaaactaggtttga----G-AATC-GC-CCATTT-GGAC-CTTGTGT-GTGGAAGGTAAAT-AGACTATACG-ATTTA---GAATAAAG-----CA-TGTG-AACGT-TTTAGT---CAAAATCTTC---GATGGTCGAAAGGCAATGCCGTGTA--AACATTGAACACAACCC----------C--------------AA--AAAG----------------AA---G---AA---TGGTCAA-TAATGGAG---------CTGCAATT-CTGATGCTGGTTCGTC-AAATAA-AT-TTCT-TTTAA-CCAT-TCGTATGCTCC-AGG-TA-C-GTA-T-TTAAATA-TTAT---ATAGACCTA-AATTC-AAGATATTTCTGCAAGAGTATGAAA----TGAAGA-TGTA
gi|14 : atGTCAGTGGGGGTAATTTTAAGAGCAATCC--CAAACTT--TATTCAAATAACAATT--G--AAA---------GCATTAGTTTAGTAATAAA----TATCAAAC--CTCTGTTAATTTCC-AAA-------AT---T-TCCA-----------------GAAATTTATTAAATTCTGATTCTAAATA-----T--TGTCTGGCTTTTTTTATTTCTGTACATTCAAGGAAGGGTAACT-C-----TTGTTAA-AGGAC-ATTTAATTACAAAGGTTCGGGG--G-G--GGGAA---TT-AT--ATGCGTTCCTTTTTT-AATTTTTT--TTT-CA--------AT-ATTTGG---TTTGTA-TAATT-ATTT
gi|15 : GACGTATTT-CCGATTGAA--GCAGTCTACTTTCGGTTTTAACGTTT-AATCAAGGACGAAAAAGTATA----GGAACT-GC-CCAAGT-TGACTCTTGTGT-GTGGAAGATAAAT-AAAGTATAAG-ATTGA---GAA----G--------------A----TTTAGT---CAGCATCTTC---GATGGTCGAAAGGCGGTGCCGTATATCAACATTGAACACAACCC-AATTAGA-AC----------TTG-AA--AAGGTG--CA---C-----GAA---G---Agtta
gi|16 : aacgaaacgttcgctcatattgcaacctggtTTT---GATGGTCAAAAGGTGGTGCCGTATATCAACATTGAACACAACCCAAAATAGA-ACTTCTAAA--GATG-AA--AAAATG--C---TT-----GAAAAAG---AA---TAGTCAA-TAATGAAGTC-AACTCGCTGCAGAT-CTGATGCTGGTCCGTC-AAACCGTAT-TTCT-GTTGA-CCAT-TCGTATGCTTC-AGG-TA-C-GTA-T-TTAAATT-TTAT---GTATATCCA-AATTC-AAGATTAATCTGCAAGAGTATGAAATCATTG--GA-TGTAC--ttg
gi|17 : ----------G--AAA---------GTATA--TTTAGTAATAAAA---TGCCAAACTCCTCCGT-----------ATGCCCAGATG-GT-GCCAAAGATAAAATAGGTTTGGAAATTTATTAAATTGTGAT-CAAAAT-------GTTGCCTTGCTTTTCT-ATTCCAATACATTAAAGAAAGA-TAACTGC-----TT-TTAATAGGAT-ATTTTAT--CAAGGTTTT--GG--G-A--AAAAA---TT-ATC-ATGTGTTCC-TTTTTAAAACTTTT--A-T-CA--------AT-TTTTGG---TTTGAA-T-ATT-ATTT
gi|18 : tCGTTTTAGTCGAGGAAGAAAAAGTATA----G-GACCCGC-CCAATT-TGACTC--GTGT-GTGGAAGATAAAT-AAAGTATAAG-ATTAA---GAA----GAAAT-CA-TGTA-AACGT-TTTAGA---TAACACCGAC---GATGGTCGAAAGGCTGTACCGTATATTAACATTGAACACAATCC-AAACAG----TTG-AA--------AA--AAAGTG--CA---C-----GAA---GAACAA---TGGTCAA-gttac
gi|19 : -----GAA---G---AA---TAGTCAA-TAATGAAATC-AACTCGCTGCAAAT-CTGATGCTGGTCCGTC-AAACCGTAT-TTCT--TTGA-CCAT-TCGTAAGCTTC-AGG-TA-C-GTA-T-TTAAATT-TTATATAATAGACCCA-AATTG-AAGATTGATCTGCAGGAATATGAAA----TG--GA-TGTA
gi|2 : aa---TAGTCAA-TAATGAAATC-AACTCGCTGCAAAT-CTGATGCTGGTCCGTC-AAACCGTAT-TTCT--TTGA-CCAT-TCGTAAGCTTC-AGG-TA-C-GTA-T-TTAAATT-TTATATAATAGACCCA-AATTG-AAGATTGATCTGCAGGAATATGAAA----TG--GA-TGTAC--TTAC-A-ATGGGT
gi|2 : nGGTAT-ACTATTTAAA-AT------C---TCCATGA-ACCCTGAAATGTTGATA-AAACTG-A--CA-----C---------AAATCCAAGTC-AGAACTGTTTTTAAATT-GTAACAGAACAGTCTAATAAGTATA-CGGA-CCTAGTT-TTGAACTTTG--ATTAATTAGTAAGTGGAGCTAATTTTATGGGTA-TCC--CTAGCTT--TATTCAAAATAAACAATTG--AAA---------GTATT--TT-AGTAATAAAA---TGTCAAACTCCTCTGTTA-TTTCCAAAATGTCCAGATG-AT-GCCATAGGTAAACTAGGTTTAGAAATTTATTAAATTGTGAT-CAAA--A-----TGTTGCCTTGCTTTTTT-ATTCCTATACATTCAAGAAAGG-TAACT-C-----TTGTTAA-AGGATAATTTTATTACAAGGTTTT--TG--G-GAAAAAAA---AT-ATC-ACGTGTTCC-TTTTT-AAACCTTT--TTT-CATTTTTTTTTT-TTTTGG---TTTGAA-T-ATT-ATTTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggtatactatttaaaatctccatgaaccctgaaatgttgataaaactgacacaaatccaagtcagaactgtttttaaattgtaacagaacagtctaataagtatacggacctagttttgaactttgattaattagtaagtggagctaattttatgggtatccctagctttattcaaaataaacaattgaaagtattttagtaataaaatgtcaaactcctctgttatttccaaaatgtccagatgatgccataggtaaactaggtttagaaatttattaaattgtgatcaaaatgttgccttgcttttttattcctatacattcaagaaaggtaactcttgttaaaggataattttattacaaggtttttgggaaaaaaaatatcacgtgttcctttttaaaccttttttcattttttttttttttggtttgaatattatttgttaaca
gi|20 : ntagtcaataatgaaatcaactcgctgcaaatctgatgctggtccgtcaaaccgtatttctttgaccattcgtaagcttcaggtacgtatttaaattttatataatagacccaaattgaagattgatctgcaggaatatgaaatggatgtacttacaatgggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnng----G-AACC-GC-C-AATTGTGAACTTTGTGT-GTG-AAGATAAATTAAAGTATAAGCCCTGA---GAA----G---T-CATTTTACAACGT-TTTAGTTTACAACACCTTCTGGGATCGTCgttaaca
gi|21 : caaaaacgttcatccatatttgtaatctgtgacgtattccgcttgaaaagTTTATTACAAGGTTTT--TG--G-T--AAAAA---TTTATC-ATGTGTTCC-TTTTT-AAACTTTT--ATTCCA--------ATATTATGGTATTCTGAATT-ATTAATTTa
gi|22 : aaAT-AATTTATTA--AGGTTTT--TC--G-G--TAAAAGATTT-ATC-ATGCG---C-CTTTT-AAACTTTT--ATTCCA--------AT-TTATGGTA-TTTAAT-T-ATTAATTTgttatc
gi|3 : tGACGTATTTTCCGCTTGAAACATGGTCTACCTTTGATTT-AACGTTTTAGTTGAGGAAGAAAATGTATATAA-G-AACC-GC-ACAATT-TGACTCTTGTGT-GTGGAGGATAAA-----GTCTAAG-ATAGA---GAA----GAAAT-CA-AGTA-AACGT-TTTAGT---CAACACCTTC---GATGGTCAAAAGGCGGTGCTGTATATCAACATTGAACACAACTCAAAATAGC-ACTTG-GAA--ATTG-AA--AAAGTG--C---TC-----GAA---G---AAGAATAGTGAG-AAATGGAGTA-AATTCCCTGCAAAT-CTGATGCTGGCCCATC-AAACCGTAT-TTGT-GTTGA-TCAT-TCGTATGCTTC-AGG-TA-C-GTA-T-TTAAATT-TTAT---ATAGACATA-AATTC-AAGATTAATCTACAGAAGAATGAAA----TG--GA-TATAC--TTAC-A-ATGAGTtgtta
gi|3 : tccatattgtaactaagtGTAT-ACTATTTTA--ATGT---ACATATCCACGA-TCCATGAAATGTTAATA-AAACTG-A--CC-----C---------AAATCCAAATC-AGAATTGTTTTTAAATG-GCAACAGAACAGACTA-------TA-CGGA-TCTAGTT-TTTAATTTGG--ATTGATTAgtagtaggactagtgcctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngagtatactattttaatgtacatatccacgatccatgaaatgttaataaaactgacccaaatccaaatcagaattgtttttaaatggcaacagaacagactatacggatctagtttttaatttggattgattaa
gi|4 : tccatattgtaactaagtgacgtattttccgcttgaaacatggtctacctttgatttaacgttttagttgaggaagaaaatgtatataagaaccgcacaatttgactcttgtgtgtggaggataaagtctaagatagagaagaaatcaagtaaacgttttagtcaacaccttcgatggtcaaaaggcggtgctgtatatcaacattgaacacaactcaaaatagcacttggaaattgaaaaagtgctcgaagaagaatagtgagaaatggagtaaattccctgcaaatctgatgctggcccatcaaaccgtatttgtgttgatcattcgtatgcttcaggtacgtatttaaattttatatagacataaattcaagattaatctacagaagaatgaaatggatatacttacaatgagtgtagtaggactagtgcctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaGACGTATTTTCCTCTTGAAAC-TGGTCTACCTTTGATTT-AACGTTTTAGTTGAGGAGAAGAATGTATATTAAG-ATAC-GC-ACAATT-TGACT-TTGTGT-GTG-AGGAT---T-AAAGT-TA-G-ATAGACA-GAA----A---T-CA-AGTA-A-CGT-TTTAGT---CAA-ACCTTC---GATGGTCAAAAGGCGGTGCTGTATATCAACATTGAACACAACTCAAAATAGGCACTTG-GAA---TTG-AA--AAAGTG--C---TCGAGAAGAA---G---AA---TAGTGAG-AAATGGAGTTAAATTCCCTGCAAA--CTTATGCTGGCCCATCAAAACCGTAT-TTGT-GTTGA-TCAT-TCGTA-GCGTC-AGGTTACC-GT--T-TTAAA-T-TTAT---ATAGA---ATAATTCTAAGAT-TATC-ACA-GAGAATGAAA----TG--GATTATACTTTTA--A-ATGGa
gi|4 : ggtccatattgtaactaagtGTATTACTATTTAA---TGT---ACATATC-ACGA-TCCATGAA-TGTTAATA-AA-CTG----CC-----C---------AAATCCAAATC-AGAATTGTTTTTA-----ATGGCACAACAGACTA-------TA-CGGATCTTAGTT-TTTAATTTGGTTATTAtgtagaggacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagcaacagagtattactatttaatgtacatatcacgatccatgaatgttaataaactgcccaaatccaaatcagaattgtttttaatggcacaacagactatacggatcttagtttttaatttggttatta
gi|5 : ggtccatattgtaactaagtgacgtattttcctcttgaaactggtctacctttgatttaacgttttagttgaggagaagaatgtatattaagatacgcacaatttgactttgtgtgtgaggattaaagttagatagacagaaatcaagtaacgttttagtcaaaccttcgatggtcaaaaggcggtgctgtatatcaacattgaacacaactcaaaataggcacttggaattgaaaaagtgctcgagaagaagaatagtgagaaatggagttaaattccctgcaaacttatgctggcccatcaaaaccgtatttgtgttgatcattcgtagcgtcaggttaccgttttaaatttatatagaataattctaagattatcacagagaatgaaatggattatacttttaaatggtgtagaggacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagcaacagaGACGTGTTT-TCGCTTGAAACA--ATCTACTTTCGGTCT-GACGCTTTAGTCGAGGAAGAAAACGTATA----GGAACC-GC-ACAATT-TAACTC--GTGT-GTGTAAGATAAAT-AAACTATAAG-ATTGA---GAA----G---T-CA-TGTA-AACGT-TTTAGT---GAACACCTTC---GATGGTCGAAAGGCAGTGCCGTATATCAACTTTGACCACAACCGAAAATAGA-ACTTG-AAC--GTTG-AA--AAAGTGCTCG--TC-----GAA---G---AA---AAGTCAA-TAATAGAGTC-AACTCCCTCAAAAT-CTGATGCTGGTCCGTC-AAACCGTAT-TTCT-GGTGA-CCAT-TCGTATGCTTC-AGG-TA-C-GTATT-TTAAATT-TTAT---ATAGACCCA-CATTC-AAGATAAATCTGCAAGATTATGAAATCATTG--GA-TGTAC--TTAC-A-ATGGGT
gi|5 : taaaataaaatgttcctgcatattttaattgagtGGCAC-ACTATTTAAC--TGTTTAACATA--CATGA-AGCCTGAAATGTTGATT-AAACGG-A--CC-----C---------AAATCCAAGTC-AGAATTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgaaagcgagtatgtaccatgggcacactatttaactgtttaacatacatgaagcctgaaatgttgattaaacggacccaaatccaagtcagaatttta
gi|6 : taaaataaaatgttcctgcatattttaattgagtgacgtgttttcgcttgaaacaatctactttcggtctgacgctttagtcgaggaagaaaacgtataggaaccgcacaatttaactcgtgtgtgtaagataaataaactataagattgagaagtcatgtaaacgttttagtgaacaccttcgatggtcgaaaggcagtgccgtatatcaactttgaccacaaccgaaaatagaacttgaacgttgaaaaagtgctcgtcgaagaaaagtcaataatagagtcaactccctcaaaatctgatgctggtccgtcaaaccgtatttctggtgaccattcgtatgcttcaggtacgtattttaaattttatatagacccacattcaagataaatctgcaagattatgaaatcattggatgtacttacaatgggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgaaagcgagtatgtaccatg-----GAA---G---AA---TGGTCAA-TAATGGAGTT-AACTCGCTGCAAAT-CTGATGCTG-TCCGTC-AAACAGTAT-TTAT-GTTGA-CCAT-TCGTATGCCTC-AGG-TA-C-GTA-T-TTAAATT-TTAT---ATAGATCCA-AATTC-AAGATAAATCTGCAGGAGCATGAAA----TG--AA-TGTAC--TTACAA-ATGGGTtta
gi|6 : aaGGTAT-TCTGTTTAAC-ATGT---ACATATCCATGA-AGCCTAAAATGTTGATA-AAACTA-AATCCGCTGAC---------AAATCCAAGTC-AGATTTGTTTTTAAATG-AT-----AACAGTCTA-------TA-CGGA-CCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacaaaaatgtatctgtatcatggatatatgggtattctgtttaacatgtacatatccatgaagcctaaaatgttgataaaactaaatccgctgacaaatccaagtcagatttgtttttaaatgataacagtctatacggacc
gi|7 : aagaagaatggtcaataatggagttaactcgctgcaaatctgatgctgtccgtcaaacagtatttatgttgaccattcgtatgcctcaggtacgtatttaaattttatatagatccaaattcaagataaatctgcaggagcatgaaatgaatgtacttacaaatgggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacaaaaatgtatctgtatcatggatatatgGATAAATCTGCAGGAATATGAAA----TG--GA-TATAC--ATAC-ATATG
gi|7 : TAT-ATTATTTAACTATAT---ACATATC-ATGA-AGCCTGTA-TGTTCATT-AAACTGCA--CC-----CGCAGCTGACAAATCCAAGTC-AGAATTGTTT--AAATT-ATA-CAAAACATTCTA-------TA-CGGA-CCTAGTT-TTTAACTTGG------ATTAAT---TAGAAATAA----AAGAGAG-TCTGACAA--TTGGTAT------------------------------GTATT--T--AGTAATAAAT---TGTCAGACTCCTCTTTTA-TTCTAAAAATGTCCAGATG-A--GCCATAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggatatatggttatattatttaactatatacatatcatgaagcctgtatgttcattaaactgcacccgcagctgacaaatccaagtcagaattgtttaaattatacaaaacattctatacggacctagtttttaacttggattaattagaaataaaagagagtctgacaattggtatgtatttagtaataaattgtcagactcctcttttattctaaaaatgtccagatgagccata
gi|8 : gataaatctgcaggaatatgaaatggatatacatacatatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggatatatggtGGTAT-ACTATTTAGT-ATGT---GCATATCCATGA-GGCCTGGAATGTTGATA-AAACTG-A--CC-----C---------CA--CTGACT----AATTGTTTTTAAATG-ATAA----A-AGTCTA-------TA-TGGA-CCTAGTTCTTTAACTTGG--ATTAATTAGTCAGTCA--CTAATTTTATGGGCA-TCC--CAAGCTT--TATTCAAA----------A--CAA---------ACATA--T--AGTGATAAAA---TGTCAAACTCCTCTGTTA-TTTCCAAAATGTCCATATG-AT-GCCATATATAATCT---TTTGG-AATGTATTAAATTCTGAT-CAAAAAA-----TGTTTCCTTTCTTTTTC-AGTCCAATACATCCAAGAAAGG-TAACT-CTTAAATTGTTAT-AGGAT-ATTCTATTCCTAGGTTTT--TG--GAA--AAAAA---TT-ATC-ATGTGTTNC-
gi|8 : acttgTAGTGATAAAA---TGTCAAACTCCTCTGTTA-TTTCCAAaaacatatagtgataaaatgtcaaactcctctgttatttccaa
gi|9 : acttgggtatactatttagtatgtgcatatccatgaggcctggaatgttgataaaactgaccccactgactaattgtttttaaatgataaaagtctatatggacctagttctttaacttggattaattagtcagtcactaattttatgggcatcccaagctttattcaaaacaaacatatagtgataaaatgtcaaactcctctgttatttccaaaatgtccatatgatgccatatataatcttttggaatgtattaaattctgatcaaaaaatgtttcctttctttttcagtccaatacatccaagaaaggtaactcttaaattgttataggatattctattcctaggtttttggaaaaaaattatcatgtgttncaaacataCCA-AATTC-AAGATAAATCTGCAGGAATATGAAA----TG--GA-TATAC--ATAC-A-ATG
gi|9 : gggTAT-ATTATTTAAC-ATAT---ACATATCCATGA-AGCCTGTAATGTTTATT-AAACTG-A--CC-----CGCAGCTGACAAATCCAAGTC-AGAATTGTTTT-AAATT-ATAACAAAACATTCTA-------TA-CGGA-CCTAGTT-TTTAACTTGG--ATTAATTAGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggatatatggttatattatttaacatatacatatccatgaagcctgtaatgtttattaaactgacccgcagctgacaaatccaagtcagaattgttttaaattataacaaaacattctatacggacctagtttttaacttggattaattagaaaataaaagaggagtctgacaattgtatgtattttagtaataaattgtcagactcc
gi|9 : gggccaaattcaagataaatctgcaggaatatgaaatggatatacatacaatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggatatatggt---------GTATT--TT-AGTAATAAAT---TGTCAGACTCCaaaataaaagaggagtctgacaattgtatgtattttagtaataaattgtcagactcc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): CAAATTATACAGCATCCAGATTTGTCTTTCATATCTTT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 111 11 222222 111 2222222222 1 22222222 3333333333333 111 1111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11 11111 333333333 1111111 66666666666666666666666666666 11 1111 22222222 11111 1111 1 22222222 111 1
lowQualScore : 1 5 222 22 0 0 77 222222 4 4 4 33 4 7 4 4 222 4444444444 4 4 4 777 666 0 66 0 00000000 4 55 0 9999999999999 555 555 555 3 7 2 3 3 3 1 55 3 3 0 3 3 3 3 3 3 3 222 3 3 4 1 3333 44 3 66 5 5 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 4 00 777 0 0 4 3 0 55 7777 00000 222222222 4 55 0 1 1 4444444 4 4 5 0 66 6 777 3 88888 99 3 99 11111111111111111111111111111 66 77 3333 3 5 0 0 66666 1 3 3 0 0 8 88888888 8 6 6 66666 6 5 33 0 66 66 1111 888 5 5 5 5 77 1 00000000 5 777 6 6 3
lowQualScore : . . ... .. . . .. ...... . . . .. . . . . ... .......... . . . ... ... . .. . ........ . .. . ............. ... ... ... . . . . . . . .. . . . . . . . . . . ... . . . . .... .. . .. . . .......................................................................................................................... . .. ... . . . . . .. .... ..... ......... . .. . . . ....... . . . . .. . ... . ..... .. . .. ............................. .. .. .... . . . . ..... . . . . . . ........ . . . ..... . . .. . .. .. .... ... . . . . .. . ........ . ... . . .
lowQualScore : 4 0 000 99 1 2 88 555555 0 0 0 99 0 5 0 0 555 4444444444 0 0 0 000 444 6 22 8 00000000 0 55 8 8888888888888 888 888 888 3 3 0 6 6 6 4 00 6 6 2 6 6 6 6 6 6 6 777 3 3 8 4 1111 66 6 11 0 0 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 66 000 8 8 0 2 7 22 8888 00000 000000000 0 66 8 9 1 4444444 4 4 0 1 99 7 222 2 33333 22 7 22 99999999999999999999999999999 99 88 1111 2 0 1 7 77777 7 2 2 8 6 0 66666666 0 7 7 77777 7 7 55 5 99 99 0000 888 0 0 0 7 99 4 77777777 7 999 7 7 3
consensus : GACGTATTT-CCGCTTGAAACGCGGTCTACTTTCGGTTT-AACGTTTTAGTCGAGGAAGAAAANGTATA----G-AACC-GC-CCAATT-TGACTCTTGTGT-GTGGAAGATAAAT-AAAGTATAAG-ATTGA---GAA----G---T-CA-TGTA-AACGT-TTTAGT---CAACACCTTC---GATGGTCGAAAGGCGGTGCCGTATATCAACATTGAACACAACCCAAAATAGA-ACTTG-AAA--GTTG-AA--AAAGTG--CG--TC-----GAA---G---AA---TAGTCAA-TAATGGAGTC-AACTCGCTGCAAAT-CTGATGCTGGTCCGTC-AAACCGTAT-TTCT-GTTGA-CCAT-TCGTATGCTTC-AGG-TA-C-GTA-T-TTAAATT-TTAT---ATAGACCCA-AATTC-AAGATAAATCTGCAGGAGTATGAAA----TG--GA-TGTAC--TTAC-A-ATGGGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGTAT-ACTATTTAAC-ATGT---ACATATCCATGA-AGCCTGAAATGTTGATA-AAACTG-A--CC-----C---------AAATCCAAGTC-AGAATTGTTTTTAAATG-ATAACAGAACAGTCTA-------TA-CGGA-CCTAGTT-TTTAACTTGG--ATTAATTAGTCAGTGGGGCTAATTTTATGGGCA-TCC--CAAGCTT--TATTCAAA----------G--AAA---------GTATT--TTTAGTAATAAAN---TGTCAAACTCCTCTGTTA-TTTCCAAAATGTCCAGATG-AT-GCCATAGATAAACTAGGTTTGGAAATTTATTAAATTGTGAT-CAAAATA-----TGTTGCCTTGCTTTTTT-ATTCCTATACATTCAAGAAAGG-TAACT-C-----TTGTTAA-AGGAT-ATTTTATTACAAGGTTTT--TG--G-G--AAAAA---TT-ATC-ATGTGTTCC-TTTTT-AAACTTTT--ATT-CA--------AT-TTTTGG---TTTGAA-T-ATT-ATTT
Reference ( family-1876 ) : GACGTATTT-CCGCTTGAAACGCGGTCTACTTTCGGTTT-AACGTTTTAGTCGAGGAAGAAAANGTATA----G-AACC-GC-CCAATT-TGACTCTTGTGT-GTGGAAGATAAAT-AAAGTATAAG-ATTGA---GAA----G---T-CA-TGTA-AACGT-TTTAGT---CAACACCTTC---GATGGTCGAAAGGCGGTGCCGTATATCAACATTGAACACAACCCAAAATAGA-ACTTG-AAA--GTTG-AA--AAAGTG--CG--TC-----GAA---G---AA---TAGTCAA-TAATGGAGTC-AACTCGCTGCAAAT-CTGATGCTGGTCCGTC-AAACCGTAT-TTCT-GTTGA-CCAT-TCGTATGCTTC-AGG-TA-C-GTA-T-TTAAATT-TTAT---ATAGACCCA-AATTC-AAGATAAATCTGCAGGAGTATGAAA----TG--GA-TGTAC--TTAC-A-ATGGGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGTAT-ACTATTTAAC-ATGT---ACATATCCATGA-AGCCTGAAATGTTGATA-AAACTG-A--CC-----C---------AAATCCAAGTC-AGAATTGTTTTTAAATG-ATAACAGAACAGTCTA-------TA-CGGA-CCTAGTT-TTTAACTTGG--ATTAATTAGTCAGTGGGGCTAATTTTATGGGCA-TCC--CAAGCTT--TATTCAAA----------G--AAA---------GTATT--TTTAGTAATAAAN---TGTCAAACTCCTCTGTTA-TTTCCAAAATGTCCAGATG-AT-GCCATAGATAAACTAGGTTTGGAAATTTATTAAATTGTGAT-CAAAATA-----TGTTGCCTTGCTTTTTT-ATTCCTATACATTCAAGAAAGG-TAACT-C-----TTGTTAA-AGGAT-ATTTTATTACAAGGTTTT--TG--G-G--AAAAA---TT-ATC-ATGTGTTCC-TTTTT-AAACTTTT--ATT-CA--------AT-TTTTGG---TTTGAA-T-ATT-ATTT
gi|1 : GACGTGTTT-CCGCTTAAAACGCTGTCTACTTTCGGTTT-AACGTTTTCGTCAAGGAAGAAAAGGTATAT---G-AACC-GC-AGAATT-TGACTCTTGTAT-GTGGAAGATAAAT-AAAGTATAAG-ACTGA---GAA----G---T-AA-TGTA-AATGT-TTTAGT---CAACACCTTC---GATTGTCGAAATGTGGTGCCGTATTTCAACATTGAACACAACCAAAAATAGA-ACTTG-AAA--GTTG-AA--AAAGTG--CAATTC-----GAA---G---AA---TAGTCTA-AAATGAAGTC-AACTCGCTG--AAT-CTGATGCTGGTCCGTC-AAACCGTAT-TTCT-GTTGA-CTAT-TAGTATGCCTC-TTG-TA-C-TTA-T-TGAAATT-TTAT---ATAGACCCA-TATTC-AAGATTAATCTGCTGGAGTATGAAA----TG--GA-TGTAC--TTGC-A-ATGGGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATAT-ACTATTTAAA-ATGT---ACATATCCATGA-AGCCTGAAATGTTGATATTTGCTG-A--CC-----C---------AAATCCAAATC-AGAATTGTTTTTGAATG-GTAACAGAACAGTTTA-------TA-C-GA-CCTAGTT-TATAACTTAG--ATTAATTAGTCAGCAGGGCTAATTTTATGGATA-TCC--CAAACTC--TATT--------------G--AAA---------GTATT--TTTAGTAATAAAT---TGTCAAAATCCTCTGTTA-TTTTCAAAATGTCCAGGTG-AT--CCATAGATAAACTAGGTTTGGAAATGTATTAAATTGTGAT-CAAAGTGTTCATTGTTGCCATGTTTATTT-ATTCCTATACATTCAAAAAGGG-TAACT-T-----TTGTTAA-AGGGT-ATTTTATAACAAGGCTTT--TG--G-G--AAAAT---TT-ATC-ATGTGCTCC-TTTTT-AAACTTTT--ATT-CA--------AT-TTTTGG---TTTAAA-T-ATT-ATTT
gi|10 : GACGTATTT-CCGTTTGAA-CACAGTCTACTTTCGGTTT--------T-GCCCAGGAAGAAA---------------CC-GCTCCAATT-T-ACTCT-GTGTTGTG-AAGATAAAT-AAAGTATAA--ATTGA---TAA----GAA-TACA-TGTA-AACGTATTGAGT---CAACACTTAG---GATGGTCGAAGGGCGGT-CCGTATATCAACA-TGAACACAACCC-AAATAGA-ACTTA-GAATCGGTG-CACGAGAATG--CG--ACAA---GAA---G---AA---TGGTCAATTAATGGAGTCAAACTCACTGCAAATATTGATGCTGGTCCGTC--AACCGTATATTATGGGTGACCCATCTCGAATGCTTCAAAG-TA-CGGTA-TCTTAAATTATCAA---AAGGACCC--AGTT---AGGTAAAT-TGCA-GAGTATGACA----T
gi|11 : agaacgaaacgttcgttcatattataacctggtGACGTATTT-CCGTTTGAAACACAGTGTACTTTCGGTTT--------TAGCCCAGGAAGAAA---------------CC-GC-CCAATT-TGACTCTGGTGT-GTGGAAGATAAAT-AAAGTATAAA-ATTGATAAGAA----G---T-CA-TATA-AACGT-TTTAGT---CAACACCTTA---GATGGTCGAAGGGCGGTGCCGTATATCAACATTGAACACAACCCAAAATAGA-ACTTG-AAAT-GGTGCAC--GAAG-----A--TCGAAA-GAA---G---AA---TGGTCAA-TAATGGAGTC-AACTCACTGCAAAT-CTGATGCTGGTCCGTC--AACCGTAT-TTAT-GTTGA-CCAT-TCGAATGCTTC-AAG-TT-C-GTA-T-TTAAATA-TCAC---ATAGATCCA-AATTC-AAGGTAAATCTGCAGGAGTATGACA----TG--a
gi|12 : gaaacgttcgttcataccataacctggtGGTAT-ACTATTTAAC-ATGT---AC-TA-CCATCAGAGCCTGA----------------------------C---------AAATCAAAGTCTAGAATTGTTTTTAA-TGTATAACAGAA-AGTCTA-------TAACGGA-CCTAGGT-TG-AGCTTGG--ATTAATT-GTAAATGGGG--------ATG------CC--CAAGCTT--TATTCCAA----------ATTAAACAATTGGATGTATT--TC-AG-AATAAATAAATGTCAAACTCCTCTGT-A-TTTCCAAAATGTC--AATGTATGGCCATAGA-AAACTAGGTTTG
gi|12 : CCTAGACATCCAAGAACGG-TAACT-C-----TTGTTAA-AGGAT-GTTTCAAT-CTGGGTTTT--TGAAA-A--AAAAA---TT-ATCAATATGTTCC-TTTCA-TATCTTTTTAATA-CA--------AT-TTTTTG---Tacctagacatccaagaacggtaactcttgttaaaggatgtttcaatctgggtttttgaaaaaaaaattatcaatatgttcctttcatatctttttaatacaattttttgt
gi|13 : ggtatactatttaacatgtactaccatcagagcctgacaaatcaaagtctagaattgtttttaatgtataacagaaagtctataacggacctaggttgagcttggattaattgtaaatggggatgcccaagctttattccaaattaaacaattggatgtatttcagaataaataaatgtcaaactcctctgtatttccaaaatgtcaatgtatggccatagaaaactaggtttga----G-AATC-GC-CCATTT-GGAC-CTTGTGT-GTGGAAGGTAAAT-AGACTATACG-ATTTA---GAATAAAG-----CA-TGTG-AACGT-TTTAGT---CAAAATCTTC---GATGGTCGAAAGGCAATGCCGTGTA--AACATTGAACACAACCC----------C--------------AA--AAAG----------------AA---G---AA---TGGTCAA-TAATGGAG---------CTGCAATT-CTGATGCTGGTTCGTC-AAATAA-AT-TTCT-TTTAA-CCAT-TCGTATGCTCC-AGG-TA-C-GTA-T-TTAAATA-TTAT---ATAGACCTA-AATTC-AAGATATTTCTGCAAGAGTATGAAA----TGAAGA-TGTA
gi|14 : atGTCAGTGGGGGTAATTTTAAGAGCAATCC--CAAACTT--TATTCAAATAACAATT--G--AAA---------GCATTAGTTTAGTAATAAA----TATCAAAC--CTCTGTTAATTTCC-AAA-------AT---T-TCCA-----------------GAAATTTATTAAATTCTGATTCTAAATA-----T--TGTCTGGCTTTTTTTATTTCTGTACATTCAAGGAAGGGTAACT-C-----TTGTTAA-AGGAC-ATTTAATTACAAAGGTTCGGGG--G-G--GGGAA---TT-AT--ATGCGTTCCTTTTTT-AATTTTTT--TTT-CA--------AT-ATTTGG---TTTGTA-TAATT-ATTT
gi|15 : GACGTATTT-CCGATTGAA--GCAGTCTACTTTCGGTTTTAACGTTT-AATCAAGGACGAAAAAGTATA----GGAACT-GC-CCAAGT-TGACTCTTGTGT-GTGGAAGATAAAT-AAAGTATAAG-ATTGA---GAA----G--------------A----TTTAGT---CAGCATCTTC---GATGGTCGAAAGGCGGTGCCGTATATCAACATTGAACACAACCC-AATTAGA-AC----------TTG-AA--AAGGTG--CA---C-----GAA---G---Agtta
gi|16 : aacgaaacgttcgctcatattgcaacctggtTTT---GATGGTCAAAAGGTGGTGCCGTATATCAACATTGAACACAACCCAAAATAGA-ACTTCTAAA--GATG-AA--AAAATG--C---TT-----GAAAAAG---AA---TAGTCAA-TAATGAAGTC-AACTCGCTGCAGAT-CTGATGCTGGTCCGTC-AAACCGTAT-TTCT-GTTGA-CCAT-TCGTATGCTTC-AGG-TA-C-GTA-T-TTAAATT-TTAT---GTATATCCA-AATTC-AAGATTAATCTGCAAGAGTATGAAATCATTG--GA-TGTAC--ttg
gi|17 : ----------G--AAA---------GTATA--TTTAGTAATAAAA---TGCCAAACTCCTCCGT-----------ATGCCCAGATG-GT-GCCAAAGATAAAATAGGTTTGGAAATTTATTAAATTGTGAT-CAAAAT-------GTTGCCTTGCTTTTCT-ATTCCAATACATTAAAGAAAGA-TAACTGC-----TT-TTAATAGGAT-ATTTTAT--CAAGGTTTT--GG--G-A--AAAAA---TT-ATC-ATGTGTTCC-TTTTTAAAACTTTT--A-T-CA--------AT-TTTTGG---TTTGAA-T-ATT-ATTT
gi|18 : tCGTTTTAGTCGAGGAAGAAAAAGTATA----G-GACCCGC-CCAATT-TGACTC--GTGT-GTGGAAGATAAAT-AAAGTATAAG-ATTAA---GAA----GAAAT-CA-TGTA-AACGT-TTTAGA---TAACACCGAC---GATGGTCGAAAGGCTGTACCGTATATTAACATTGAACACAATCC-AAACAG----TTG-AA--------AA--AAAGTG--CA---C-----GAA---GAACAA---TGGTCAA-gttac
gi|19 : -----GAA---G---AA---TAGTCAA-TAATGAAATC-AACTCGCTGCAAAT-CTGATGCTGGTCCGTC-AAACCGTAT-TTCT--TTGA-CCAT-TCGTAAGCTTC-AGG-TA-C-GTA-T-TTAAATT-TTATATAATAGACCCA-AATTG-AAGATTGATCTGCAGGAATATGAAA----TG--GA-TGTA
gi|2 : aa---TAGTCAA-TAATGAAATC-AACTCGCTGCAAAT-CTGATGCTGGTCCGTC-AAACCGTAT-TTCT--TTGA-CCAT-TCGTAAGCTTC-AGG-TA-C-GTA-T-TTAAATT-TTATATAATAGACCCA-AATTG-AAGATTGATCTGCAGGAATATGAAA----TG--GA-TGTAC--TTAC-A-ATGGGT
gi|2 : nGGTAT-ACTATTTAAA-AT------C---TCCATGA-ACCCTGAAATGTTGATA-AAACTG-A--CA-----C---------AAATCCAAGTC-AGAACTGTTTTTAAATT-GTAACAGAACAGTCTAATAAGTATA-CGGA-CCTAGTT-TTGAACTTTG--ATTAATTAGTAAGTGGAGCTAATTTTATGGGTA-TCC--CTAGCTT--TATTCAAAATAAACAATTG--AAA---------GTATT--TT-AGTAATAAAA---TGTCAAACTCCTCTGTTA-TTTCCAAAATGTCCAGATG-AT-GCCATAGGTAAACTAGGTTTAGAAATTTATTAAATTGTGAT-CAAA--A-----TGTTGCCTTGCTTTTTT-ATTCCTATACATTCAAGAAAGG-TAACT-C-----TTGTTAA-AGGATAATTTTATTACAAGGTTTT--TG--G-GAAAAAAA---AT-ATC-ACGTGTTCC-TTTTT-AAACCTTT--TTT-CATTTTTTTTTT-TTTTGG---TTTGAA-T-ATT-ATTTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggtatactatttaaaatctccatgaaccctgaaatgttgataaaactgacacaaatccaagtcagaactgtttttaaattgtaacagaacagtctaataagtatacggacctagttttgaactttgattaattagtaagtggagctaattttatgggtatccctagctttattcaaaataaacaattgaaagtattttagtaataaaatgtcaaactcctctgttatttccaaaatgtccagatgatgccataggtaaactaggtttagaaatttattaaattgtgatcaaaatgttgccttgcttttttattcctatacattcaagaaaggtaactcttgttaaaggataattttattacaaggtttttgggaaaaaaaatatcacgtgttcctttttaaaccttttttcattttttttttttttggtttgaatattatttgttaaca
gi|20 : ntagtcaataatgaaatcaactcgctgcaaatctgatgctggtccgtcaaaccgtatttctttgaccattcgtaagcttcaggtacgtatttaaattttatataatagacccaaattgaagattgatctgcaggaatatgaaatggatgtacttacaatgggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnng----G-AACC-GC-C-AATTGTGAACTTTGTGT-GTG-AAGATAAATTAAAGTATAAGCCCTGA---GAA----G---T-CATTTTACAACGT-TTTAGTTTACAACACCTTCTGGGATCGTCgttaaca
gi|21 : caaaaacgttcatccatatttgtaatctgtgacgtattccgcttgaaaagTTTATTACAAGGTTTT--TG--G-T--AAAAA---TTTATC-ATGTGTTCC-TTTTT-AAACTTTT--ATTCCA--------ATATTATGGTATTCTGAATT-ATTAATTTa
gi|22 : aaAT-AATTTATTA--AGGTTTT--TC--G-G--TAAAAGATTT-ATC-ATGCG---C-CTTTT-AAACTTTT--ATTCCA--------AT-TTATGGTA-TTTAAT-T-ATTAATTTgttatc
gi|3 : tGACGTATTTTCCGCTTGAAACATGGTCTACCTTTGATTT-AACGTTTTAGTTGAGGAAGAAAATGTATATAA-G-AACC-GC-ACAATT-TGACTCTTGTGT-GTGGAGGATAAA-----GTCTAAG-ATAGA---GAA----GAAAT-CA-AGTA-AACGT-TTTAGT---CAACACCTTC---GATGGTCAAAAGGCGGTGCTGTATATCAACATTGAACACAACTCAAAATAGC-ACTTG-GAA--ATTG-AA--AAAGTG--C---TC-----GAA---G---AAGAATAGTGAG-AAATGGAGTA-AATTCCCTGCAAAT-CTGATGCTGGCCCATC-AAACCGTAT-TTGT-GTTGA-TCAT-TCGTATGCTTC-AGG-TA-C-GTA-T-TTAAATT-TTAT---ATAGACATA-AATTC-AAGATTAATCTACAGAAGAATGAAA----TG--GA-TATAC--TTAC-A-ATGAGTtgtta
gi|3 : tccatattgtaactaagtGTAT-ACTATTTTA--ATGT---ACATATCCACGA-TCCATGAAATGTTAATA-AAACTG-A--CC-----C---------AAATCCAAATC-AGAATTGTTTTTAAATG-GCAACAGAACAGACTA-------TA-CGGA-TCTAGTT-TTTAATTTGG--ATTGATTAgtagtaggactagtgcctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngagtatactattttaatgtacatatccacgatccatgaaatgttaataaaactgacccaaatccaaatcagaattgtttttaaatggcaacagaacagactatacggatctagtttttaatttggattgattaa
gi|4 : tccatattgtaactaagtgacgtattttccgcttgaaacatggtctacctttgatttaacgttttagttgaggaagaaaatgtatataagaaccgcacaatttgactcttgtgtgtggaggataaagtctaagatagagaagaaatcaagtaaacgttttagtcaacaccttcgatggtcaaaaggcggtgctgtatatcaacattgaacacaactcaaaatagcacttggaaattgaaaaagtgctcgaagaagaatagtgagaaatggagtaaattccctgcaaatctgatgctggcccatcaaaccgtatttgtgttgatcattcgtatgcttcaggtacgtatttaaattttatatagacataaattcaagattaatctacagaagaatgaaatggatatacttacaatgagtgtagtaggactagtgcctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaGACGTATTTTCCTCTTGAAAC-TGGTCTACCTTTGATTT-AACGTTTTAGTTGAGGAGAAGAATGTATATTAAG-ATAC-GC-ACAATT-TGACT-TTGTGT-GTG-AGGAT---T-AAAGT-TA-G-ATAGACA-GAA----A---T-CA-AGTA-A-CGT-TTTAGT---CAA-ACCTTC---GATGGTCAAAAGGCGGTGCTGTATATCAACATTGAACACAACTCAAAATAGGCACTTG-GAA---TTG-AA--AAAGTG--C---TCGAGAAGAA---G---AA---TAGTGAG-AAATGGAGTTAAATTCCCTGCAAA--CTTATGCTGGCCCATCAAAACCGTAT-TTGT-GTTGA-TCAT-TCGTA-GCGTC-AGGTTACC-GT--T-TTAAA-T-TTAT---ATAGA---ATAATTCTAAGAT-TATC-ACA-GAGAATGAAA----TG--GATTATACTTTTA--A-ATGGa
gi|4 : ggtccatattgtaactaagtGTATTACTATTTAA---TGT---ACATATC-ACGA-TCCATGAA-TGTTAATA-AA-CTG----CC-----C---------AAATCCAAATC-AGAATTGTTTTTA-----ATGGCACAACAGACTA-------TA-CGGATCTTAGTT-TTTAATTTGGTTATTAtgtagaggacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagcaacagagtattactatttaatgtacatatcacgatccatgaatgttaataaactgcccaaatccaaatcagaattgtttttaatggcacaacagactatacggatcttagtttttaatttggttatta
gi|5 : ggtccatattgtaactaagtgacgtattttcctcttgaaactggtctacctttgatttaacgttttagttgaggagaagaatgtatattaagatacgcacaatttgactttgtgtgtgaggattaaagttagatagacagaaatcaagtaacgttttagtcaaaccttcgatggtcaaaaggcggtgctgtatatcaacattgaacacaactcaaaataggcacttggaattgaaaaagtgctcgagaagaagaatagtgagaaatggagttaaattccctgcaaacttatgctggcccatcaaaaccgtatttgtgttgatcattcgtagcgtcaggttaccgttttaaatttatatagaataattctaagattatcacagagaatgaaatggattatacttttaaatggtgtagaggacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagcaacagaGACGTGTTT-TCGCTTGAAACA--ATCTACTTTCGGTCT-GACGCTTTAGTCGAGGAAGAAAACGTATA----GGAACC-GC-ACAATT-TAACTC--GTGT-GTGTAAGATAAAT-AAACTATAAG-ATTGA---GAA----G---T-CA-TGTA-AACGT-TTTAGT---GAACACCTTC---GATGGTCGAAAGGCAGTGCCGTATATCAACTTTGACCACAACCGAAAATAGA-ACTTG-AAC--GTTG-AA--AAAGTGCTCG--TC-----GAA---G---AA---AAGTCAA-TAATAGAGTC-AACTCCCTCAAAAT-CTGATGCTGGTCCGTC-AAACCGTAT-TTCT-GGTGA-CCAT-TCGTATGCTTC-AGG-TA-C-GTATT-TTAAATT-TTAT---ATAGACCCA-CATTC-AAGATAAATCTGCAAGATTATGAAATCATTG--GA-TGTAC--TTAC-A-ATGGGT
gi|5 : taaaataaaatgttcctgcatattttaattgagtGGCAC-ACTATTTAAC--TGTTTAACATA--CATGA-AGCCTGAAATGTTGATT-AAACGG-A--CC-----C---------AAATCCAAGTC-AGAATTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgaaagcgagtatgtaccatgggcacactatttaactgtttaacatacatgaagcctgaaatgttgattaaacggacccaaatccaagtcagaatttta
gi|6 : taaaataaaatgttcctgcatattttaattgagtgacgtgttttcgcttgaaacaatctactttcggtctgacgctttagtcgaggaagaaaacgtataggaaccgcacaatttaactcgtgtgtgtaagataaataaactataagattgagaagtcatgtaaacgttttagtgaacaccttcgatggtcgaaaggcagtgccgtatatcaactttgaccacaaccgaaaatagaacttgaacgttgaaaaagtgctcgtcgaagaaaagtcaataatagagtcaactccctcaaaatctgatgctggtccgtcaaaccgtatttctggtgaccattcgtatgcttcaggtacgtattttaaattttatatagacccacattcaagataaatctgcaagattatgaaatcattggatgtacttacaatgggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgaaagcgagtatgtaccatg-----GAA---G---AA---TGGTCAA-TAATGGAGTT-AACTCGCTGCAAAT-CTGATGCTG-TCCGTC-AAACAGTAT-TTAT-GTTGA-CCAT-TCGTATGCCTC-AGG-TA-C-GTA-T-TTAAATT-TTAT---ATAGATCCA-AATTC-AAGATAAATCTGCAGGAGCATGAAA----TG--AA-TGTAC--TTACAA-ATGGGTtta
gi|6 : aaGGTAT-TCTGTTTAAC-ATGT---ACATATCCATGA-AGCCTAAAATGTTGATA-AAACTA-AATCCGCTGAC---------AAATCCAAGTC-AGATTTGTTTTTAAATG-AT-----AACAGTCTA-------TA-CGGA-CCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacaaaaatgtatctgtatcatggatatatgggtattctgtttaacatgtacatatccatgaagcctaaaatgttgataaaactaaatccgctgacaaatccaagtcagatttgtttttaaatgataacagtctatacggacc
gi|7 : aagaagaatggtcaataatggagttaactcgctgcaaatctgatgctgtccgtcaaacagtatttatgttgaccattcgtatgcctcaggtacgtatttaaattttatatagatccaaattcaagataaatctgcaggagcatgaaatgaatgtacttacaaatgggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacaaaaatgtatctgtatcatggatatatgGATAAATCTGCAGGAATATGAAA----TG--GA-TATAC--ATAC-ATATG
gi|7 : TAT-ATTATTTAACTATAT---ACATATC-ATGA-AGCCTGTA-TGTTCATT-AAACTGCA--CC-----CGCAGCTGACAAATCCAAGTC-AGAATTGTTT--AAATT-ATA-CAAAACATTCTA-------TA-CGGA-CCTAGTT-TTTAACTTGG------ATTAAT---TAGAAATAA----AAGAGAG-TCTGACAA--TTGGTAT------------------------------GTATT--T--AGTAATAAAT---TGTCAGACTCCTCTTTTA-TTCTAAAAATGTCCAGATG-A--GCCATAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggatatatggttatattatttaactatatacatatcatgaagcctgtatgttcattaaactgcacccgcagctgacaaatccaagtcagaattgtttaaattatacaaaacattctatacggacctagtttttaacttggattaattagaaataaaagagagtctgacaattggtatgtatttagtaataaattgtcagactcctcttttattctaaaaatgtccagatgagccata
gi|8 : gataaatctgcaggaatatgaaatggatatacatacatatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggatatatggtGGTAT-ACTATTTAGT-ATGT---GCATATCCATGA-GGCCTGGAATGTTGATA-AAACTG-A--CC-----C---------CA--CTGACT----AATTGTTTTTAAATG-ATAA----A-AGTCTA-------TA-TGGA-CCTAGTTCTTTAACTTGG--ATTAATTAGTCAGTCA--CTAATTTTATGGGCA-TCC--CAAGCTT--TATTCAAA----------A--CAA---------ACATA--T--AGTGATAAAA---TGTCAAACTCCTCTGTTA-TTTCCAAAATGTCCATATG-AT-GCCATATATAATCT---TTTGG-AATGTATTAAATTCTGAT-CAAAAAA-----TGTTTCCTTTCTTTTTC-AGTCCAATACATCCAAGAAAGG-TAACT-CTTAAATTGTTAT-AGGAT-ATTCTATTCCTAGGTTTT--TG--GAA--AAAAA---TT-ATC-ATGTGTTNC-
gi|8 : acttgTAGTGATAAAA---TGTCAAACTCCTCTGTTA-TTTCCAAaaacatatagtgataaaatgtcaaactcctctgttatttccaa
gi|9 : acttgggtatactatttagtatgtgcatatccatgaggcctggaatgttgataaaactgaccccactgactaattgtttttaaatgataaaagtctatatggacctagttctttaacttggattaattagtcagtcactaattttatgggcatcccaagctttattcaaaacaaacatatagtgataaaatgtcaaactcctctgttatttccaaaatgtccatatgatgccatatataatcttttggaatgtattaaattctgatcaaaaaatgtttcctttctttttcagtccaatacatccaagaaaggtaactcttaaattgttataggatattctattcctaggtttttggaaaaaaattatcatgtgttncaaacataCCA-AATTC-AAGATAAATCTGCAGGAATATGAAA----TG--GA-TATAC--ATAC-A-ATG
gi|9 : gggTAT-ATTATTTAAC-ATAT---ACATATCCATGA-AGCCTGTAATGTTTATT-AAACTG-A--CC-----CGCAGCTGACAAATCCAAGTC-AGAATTGTTTT-AAATT-ATAACAAAACATTCTA-------TA-CGGA-CCTAGTT-TTTAACTTGG--ATTAATTAGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggatatatggttatattatttaacatatacatatccatgaagcctgtaatgtttattaaactgacccgcagctgacaaatccaagtcagaattgttttaaattataacaaaacattctatacggacctagtttttaacttggattaattagaaaataaaagaggagtctgacaattgtatgtattttagtaataaattgtcagactcc
gi|9 : gggccaaattcaagataaatctgcaggaatatgaaatggatatacatacaatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggatatatggt---------GTATT--TT-AGTAATAAAT---TGTCAGACTCCaaaataaaagaggagtctgacaattgtatgtattttagtaataaattgtcagactcc
blockSeqs : T A ACA TA AA TTAAG C T G TG T G T C TAA GAATA T C A TTA TGG A GC GAATCGG C CG CTCGAGAA AAA AAC GAA T A A A A A A GG C C A T C G T C A ATA T T A G TCAT AA T TT A T T CT TTA G A A AAT GCTGA GCAGCTGAC T GT G C ATAAGTA A T C TT A GGG T AGCAA GA G GG CCAAATTAAACAATTGGAT AG TT TAAA T A TATGG T T A T ATA T G G TTAAA T A TA GG AA GAA GAT T A T A TA C TTTTTTTT A TAT T A A
blockSeqs : T A ACA A AA TAAG . . . TT . G . . CA TAAAG . . . . . A A AAATGG . . ATCGAAA . . . . A A . . . A G . . . . . . . . . ATA . . A A TCAT . . . . . . C . . A A CA . GCAGCTGAC . T G C . . . . . C AGC T GGTA . A . CAAAATAAACAATTGAAA . TT A T . GTG A T A . AAA . . . . . . TA . . AA . . . . . . C . . TA . . A
blockSeqs : . A GCA A AT GG . . . TT . G . . . GAAAT . . . . . A A TAAAGA . . CGACAA . . . . . G . . . C T . . . . . . . . . . . . A A . . . . . . . A . . A A A . . . G G C . . . . . A AAA T AGAG . G . CAAATAACAATTGAAA . C A T . ATG T T A . AT . . . . . . TA . . A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . A ATG G AT GG . . . TT . G . . . GAAAT . . . . . A A GAAAT . . CTCGTC . . . . . G . . . C G . . . . . . . . . . . . T G . . . . . . . C . . A T A . . . G C C . . . . . C GG . GGCA . G . CAAAACAA . T T T . ATG T . . . A . . . . . . TA . . G . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . TG . AC G . . . TT . G . . . GT . . . . . A A AACGT . . CAC . . . . . G . . . C G . . . . . . . . . . . . T G . . . . . . . C . . A A A . . . T A C . . . . . . C . . . . . . . T A T . TT T . . . . . . . TC . . A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A . . G . . . TT . T . . . GT . . . . . . C GAAT . . CTT . . . . . C . . . C G . . . . . . . . . . . . T G . . . . . . . T . . A T A . . . G A C . . . . . . . A . . AG . . T . . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . G . . . T . . . . . AT . . . . . . A AA . . CAC . . . . . C . . . G G . . . . . . . . . . . . T A . . . . . . . C . . . A A . . . T . . . . . . . . . T . . . . . G . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . GT . . . . . . . T . . CTC . . . . . C . . . G G . . . . . . . . . . . . A G . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . C . . . . . . . . . . . . . A G . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . A G . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : G***** GAAT****** AAAT**** CTCA********* A* CAAAATAACAATTGGAA************ T* ATG** AA******
originalCons : GACGTATTT-CCGCTTGAAACGCGGTCTACTTTCGGTTT-AACGTTTTAGTCGAGGAAGAAAANGTATA----G-AACC-GC-CCAATT-TGACTCTTGTGT-GTGGAAGATAAAT-AAAGTATAAG-ATTGA---GAA----G---T-CA-TGTA-AACGT-TTTAGT---CAACACCTTC---GATGGTCGAAAGGCGGTGCCGTATATCAACATTGAACACAACCCAAAATAGA-ACTTG-AAA--GTTG-AA--AAAGTG--CG--TC-----GAA---G---AA---TAGTCAA-TAATGGAGTC-AACTCGCTGCAAAT-CTGATGCTGGTCCGTC-AAACCGTAT-TTCT-GTTGA-CCAT-TCGTATGCTTC-AGG-TA-C-GTA-T-TTAAATT-TTAT---ATAGACCCA-AATTC-AAGATAAATCTGCAGGAGTATGAAA----TG--GA-TGTAC--TTAC-A-ATGGGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGTAT-ACTATTTAAC-ATGT---ACATATCCATGA-AGCCTGAAATGTTGATA-AAACTG-A--CC-----C---------AAATCCAAGTC-AGAATTGTTTTTAAATG-ATAACAGAACAGTCTA-------TA-CGGA-CCTAGTT-TTTAACTTGG--ATTAATTAGTCAGTGGGGCTAATTTTATGGGCA-TCC--CAAGCTT--TATTCAAA----------G--AAA---------GTATT--TTTAGTAATAAAN---TGTCAAACTCCTCTGTTA-TTTCCAAAATGTCCAGATG-AT-GCCATAGATAAACTAGGTTTGGAAATTTATTAAATTGTGAT-CAAAATA-----TGTTGCCTTGCTTTTTT-ATTCCTATACATTCAAGAAAGG-TAACT-C-----TTGTTAA-AGGAT-ATTTTATTACAAGGTTTT--TG--G-G--AAAAA---TT-ATC-ATGTGTTCC-TTTTT-AAACTTTT--ATT-CA--------AT-TTTTGG---TTTGAA-T-ATT-ATTT
finalCons : GACGTATTT-CCGCTTGAAACGCGGTCTACTTTCGGTTT-AACGTTTTAGTCGAGGAAGAAAANGTATAG-----AACC-GC-CCAATT-TGACTCTTGTGT-GTGGAAGATAAAT-AAAGTATAAG-ATTGA---GAAGAAT------CA-TGTA-AACGT-TTTAGT---CAACACCTTC---GATGGTCGAAAGGCGGTGCCGTATATCAACATTGAACACAACCCAAAATAGA-ACTTGAAAT----TG-AA--AAAGTGCTCA---------GAA---G---AA---TAGTCAA-TAATGGAGTC-AACTCGCTGCAAAT-CTGATGCTGGTCCGTC-AAACCGTAT-TTCT-GTTGA-CCAT-TCGTATGCTTC-AGG-TA-C-GTA-T-TTAAATT-TTAT---ATAGACCCA-AATTC-AAGATAAATCTGCAGGAGTATGAAA----TG--GA-TGTAC--TTAC-A-ATGGGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGTAT-ACTATTTAAC-ATGT---ACATATCCATGA-AGCCTGAAATGTTGATA-AAACTG-A--CC-----C---------AAATCCAAGTC-AGAATTGTTTTTAAATG-ATAACAGAACAGTCTA-------TA-CGGA-CCTAGTT-TTTAACTTGG--ATTAATTAGTCAGTGGGGCTAATTTTATGGGCA-TCC--CAAGCTT--TATTCAAAATAACAATTGGAA------------GTATT--TT-AGTAATAAAN---TGTCAAACTCCTCTGTTA-TTTCCAAAATGTCCAGATGATG--CCATAGATAAACTAGGTTTGGAAATTTATTAAATTGTGAT-CAAAAA------TGTTGCCTTGCTTTTTT-ATTCCTATACATTCAAGAAAGG-TAACT-C-----TTGTTAA-AGGAT-ATTTTATTACAAGGTTTT--TG--G-G--AAAAA---TT-ATC-ATGTGTTCC-TTTTT-AAACTTTT--ATT-CA--------AT-TTTTGG---TTTGAA-T-ATT-ATTT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): CAAATTATACAGCATCCAGATTTGTCTTTCATATCTTT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 111 11 2222 222 2222222222222 444444444444 111 1111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11 11111 333333333 1111111 1111111 11111 2222222222 11111 1111 1 22222222 111 1
lowQualScore : 1 5 222 22 0 0 77 3333 4 4 4 4 33 4 7 4 4 4 000 4 4 4 4 777 666 99 66 4444444444444 4 55 0 000000000000 3 7 2 3 3 3 1 55 3 3 0 3 3 3 3 3 3 3 222 3 3 4 1 3333 44 3 66 5 5 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 4 00 777 0 0 4 3 0 55 7777 00000 222222222 4 55 0 1 1 4444444 4 4 5 66 3 5 3 1 8 0 0 4444444 7777 5 00000 0 777 5 5 0 0 66666 1 3 3 0 0 3333333333 6 8 6 6 66666 6 5 33 0 66 66 1111 888 5 5 5 5 77 1 00000000 5 777 6 6 3
lowQualScore : . . ... .. . . .. .... . . . . .. . . . . . ... . . . . ... ... .. .. ............. . .. . ............ . . . . . . . .. . . . . . . . . . . ... . . . . .... .. . .. . . .......................................................................................................................... . .. ... . . . . . .. .... ..... ......... . .. . . . ....... . . . .. . . . . . . . ....... .... . ..... . ... . . . . ..... . . . . . .......... . . . . ..... . . .. . .. .. .... ... . . . . .. . ........ . ... . . .
lowQualScore : 4 0 000 99 1 2 88 5555 0 0 0 0 99 0 5 0 0 0 888 0 0 0 0 000 444 77 22 9999999999999 0 55 7 999999999999 3 3 0 6 6 6 4 00 6 6 2 6 6 6 6 6 6 6 777 3 3 8 4 1111 66 6 11 0 0 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 66 000 8 8 0 2 7 22 8888 00000 000000000 0 66 8 9 1 4444444 4 4 0 99 2 0 2 4 0 8 6 6666666 0000 0 99999 8 888 3 0 1 7 77777 7 2 2 8 6 8888888888 0 0 7 7 77777 7 7 55 5 99 99 0000 888 0 0 0 7 99 4 77777777 7 999 7 7 3
consensus : GACGTATTT-CCGCTTGAAACGCGGTCTACTTTCGGTTT-AACGTTTTAGTCGAGGAAGAAAANGTATA----G-AACC-GC-CCAATT-TGACTCTTGTGT-GTGGAAGATAAAT-AAAGTATAAG-ATTGAGAA-GAA-T-CA-TGTA-AACGT-TTTAGT---CAACACCTTC---GATGGTCGAAAGGCGGTGCCGTATATCAACATTGAACACAACCC-AAAATAGA-ACTT--G-AA-A-T---TG-AA--AAAGTGC---TCGA--A--GAAGAATAGTCAA-TAATGGAGTC-AACTCGCTGCAAAT-CTGATGCTGGTCCGTC-AAACCGTAT-TTCT-GTTGA-CCAT-TCGTATGCTTC-AGG-TA-C-GTA-T-TTAAATT-TTAT---ATAGACCCA-AATTC-AAGATAAATCTGCAGGAGTATGAAA----TG--GA-TGTAC--TTAC-A-ATGGGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGTAT-ACTATTTAAC-ATGT---ACATATCCATGA-AGCCTGAAATGTTGATA-AAACTG-A--CC-----C---------AAATCCAAGTC-AGAATTGTTTTTAAATG-ATAACAGAACAGTCTA-------T-ACGGA-CCTAGTT-TTTAACTTGG--ATTAATTAGTCAGTGGGGCTAATTTTATGGGCA-TCCCAAGCTTTATTCAAAAT--AA-CAATTGAAA-GTA-T-T---TTAGTAATA---AAATGTCAAACTCCTCTGTTA-TTTCCAAAATGTCCAGATG-AT-GCCATAGATAAACTAGGTTTGGAAATTTATTAAATTGTGATC-AAA------AATGTTGCCTTGCTTTTTT-ATTCCTATACATTCAAGAAAGG-TAACT-C-----TTGTTAA-AGGAT-ATTTTATTACAAGGTTTT--TG--G-G--AAAAA---TT-ATC-ATGTGTTCC-TTTTT-AAACTTTT--ATT-CA--------AT-TTTTGG---TTTGAA-T-ATT-ATTT
Reference ( family-1876 ) : GACGTATTT-CCGCTTGAAACGCGGTCTACTTTCGGTTT-AACGTTTTAGTCGAGGAAGAAAANGTATA----G-AACC-GC-CCAATT-TGACTCTTGTGT-GTGGAAGATAAAT-AAAGTATAAG-ATTGAGAA-GAA-T-CA-TGTA-AACGT-TTTAGT---CAACACCTTC---GATGGTCGAAAGGCGGTGCCGTATATCAACATTGAACACAACCC-AAAATAGA-ACTT--G-AA-A-T---TG-AA--AAAGTGC---TC----A--GAAGAATAGTCAA-TAATGGAGTC-AACTCGCTGCAAAT-CTGATGCTGGTCCGTC-AAACCGTAT-TTCT-GTTGA-CCAT-TCGTATGCTTC-AGG-TA-C-GTA-T-TTAAATT-TTAT---ATAGACCCA-AATTC-AAGATAAATCTGCAGGAGTATGAAA----TG--GA-TGTAC--TTAC-A-ATGGGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGTAT-ACTATTTAAC-ATGT---ACATATCCATGA-AGCCTGAAATGTTGATA-AAACTG-A--CC-----C---------AAATCCAAGTC-AGAATTGTTTTTAAATG-ATAACAGAACAGTCTA-------T-ACGGA-CCTAGTT-TTTAACTTGG--ATTAATTAGTCAGTGGGGCTAATTTTATGGGCA-TCCCAAGCTTTATTCAAAAT--AA-CAATTGGAA-GTA-T-T---TTAGTAATA---AANTGTCAAACTCCTCTGTTA-TTTCCAAAATGTCCAGATG-AT-GCCATAGATAAACTAGGTTTGGAAATTTATTAAATTGTGATC-AAA------AATGTTGCCTTGCTTTTTT-ATTCCTATACATTCAAGAAAGG-TAACT-C-----TTGTTAA-AGGAT-ATTTTATTACAAGGTTTT--TG--G-G--AAAAA---TT-ATC-ATGTGTTCC-TTTTT-AAACTTTT--ATT-CA--------AT-TTTTGG---TTTGAA-T-ATT-ATTT
gi|1 : GACGTGTTT-CCGCTTAAAACGCTGTCTACTTTCGGTTT-AACGTTTTCGTCAAGGAAGAAAAGGTATAT---G-AACC-GC-AGAATT-TGACTCTTGTAT-GTGGAAGATAAAT-AAAGTATAAG-ACTGAGAA-G---T-AA-TGTA-AATGT-TTTAGT---CAACACCTTC---GATTGTCGAAATGTGGTGCCGTATTTCAACATTGAACACAACCA-AAAATAGA-ACTT--G-AA-AGT---TG-AA--AAAGTGCAATTC-------GAAGAATAGTCTA-AAATGAAGTC-AACTCGCTG--AAT-CTGATGCTGGTCCGTC-AAACCGTAT-TTCT-GTTGA-CTAT-TAGTATGCCTC-TTG-TA-C-TTA-T-TGAAATT-TTAT---ATAGACCCA-TATTC-AAGATTAATCTGCTGGAGTATGAAA----TG--GA-TGTAC--TTGC-A-ATGGGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATAT-ACTATTTAAA-ATGT---ACATATCCATGA-AGCCTGAAATGTTGATATTTGCTG-A--CC-----C---------AAATCCAAATC-AGAATTGTTTTTGAATG-GTAACAGAACAGTTTA-------T-AC-GA-CCTAGTT-TATAACTTAG--ATTAATTAGTCAGCAGGGCTAATTTTATGGATA-TCCCAAACTCT----------------ATTGAAA-GTATT-T---TTAGTAATA---AATTGTCAAAATCCTCTGTTA-TTTTCAAAATGTCCAGGTG-AT--CCATAGATAAACTAGGTTTGGAAATGTATTAAATTGTGATC-AAAGTGTTCATTGTTGCCATGTTTATTT-ATTCCTATACATTCAAAAAGGG-TAACT-T-----TTGTTAA-AGGGT-ATTTTATAACAAGGCTTT--TG--G-G--AAAAT---TT-ATC-ATGTGCTCC-TTTTT-AAACTTTT--ATT-CA--------AT-TTTTGG---TTTAAA-T-ATT-ATTT
gi|10 : GACGTATTT-CCGTTTGAA-CACAGTCTACTTTCGGTTT--------T-GCCCAGGAAGAAA---------------CC-GCTCCAATT-T-ACTCT-GTGTTGTG-AAGATAAAT-AAAGTATAA--ATTGATAA-GAA-TACA-TGTA-AACGTATTGAGT---CAACACTTAG---GATGGTCGAAGGGCGGT-CCGTATATCAACA-TGAACACAACCC--AAATAGA-ACTT--A-GA-A-TCGGTG-CACGAGAATGCGA-CA----A--GAAGAATGGTCAATTAATGGAGTCAAACTCACTGCAAATATTGATGCTGGTCCGTC--AACCGTATATTATGGGTGACCCATCTCGAATGCTTCAAAG-TA-CGGTA-TCTTAAATTATCAA---AAGGACCC--AGTT---AGGTAAAT-TGCA-GAGTATGACA----T
gi|11 : agaacgaaacgttcgttcatattataacctggtGACGTATTT-CCGTTTGAAACACAGTGTACTTTCGGTTT--------TAGCCCAGGAAGAAA---------------CC-GC-CCAATT-TGACTCTGGTGT-GTGGAAGATAAAT-AAAGTATAAA-ATTGATAA-GAAGT-CA-TATA-AACGT-TTTAGT---CAACACCTTA---GATGGTCGAAGGGCGGTGCCGTATATCAACATTGAACACAACCC-AAAATAGA-ACTT--G-AA-A-TGG-TGCAC--GAA--GA---TCGAA-A--GAAGAATGGTCAA-TAATGGAGTC-AACTCACTGCAAAT-CTGATGCTGGTCCGTC--AACCGTAT-TTAT-GTTGA-CCAT-TCGAATGCTTC-AAG-TT-C-GTA-T-TTAAATA-TCAC---ATAGATCCA-AATTC-AAGGTAAATCTGCAGGAGTATGACA----TG--a
gi|12 : gaaacgttcgttcataccataacctggtGGTAT-ACTATTTAAC-ATGT---AC-TA-CCATCAGAGCCTGA----------------------------C---------AAATCAAAGTCTAGAATTGTTTTT-AATGTATAACAGAA-AGTCTA-------TAACGGA-CCTAG-G-TTGAGCTTGG--ATTAATT-GTAAATGGGG--------ATG------CCCAAGCTTTATTCCAAATTAAA-CAATTGGAT-GTA-T-T---TCAG-AATAAATAAATGTCAAACTCCTCTG-TA-TTTCCAAAATGTC--AATGTATGGCCATAGA-AAACTAGGTTTG
gi|12 : CCTAGACATCCAAGAACGG-TAACT-C-----TTGTTAA-AGGAT-GTTTCAAT-CTGGGTTTT--TGAAA-A--AAAAA---TT-ATCAATATGTTCC-TTTCA-TATCTTTTTAATA-CA--------AT-TTTTTG---Tacctagacatccaagaacggtaactcttgttaaaggatgtttcaatctgggtttttgaaaaaaaaattatcaatatgttcctttcatatctttttaatacaattttttgt
gi|13 : ggtatactatttaacatgtactaccatcagagcctgacaaatcaaagtctagaattgtttttaatgtataacagaaagtctataacggacctaggttgagcttggattaattgtaaatggggatgcccaagctttattccaaattaaacaattggatgtatttcagaataaataaatgtcaaactcctctgtatttccaaaatgtcaatgtatggccatagaaaactaggtttga----G-AATC-GC-CCATTT-GGAC-CTTGTGT-GTGGAAGGTAAAT-AGACTATACG-ATTTAGAATAAA-G-CA-TGTG-AACGT-TTTAGT---CAAAATCTTC---GATGGTCGAAAGGCAATGCCGTGTA--AACATTGAACACAACCCCAAAA---------------------------------------------A--GAAGAATGGTCAA-TAATGGAG---------CTGCAATT-CTGATGCTGGTTCGTC-AAATAA-AT-TTCT-TTTAA-CCAT-TCGTATGCTCC-AGG-TA-C-GTA-T-TTAAATA-TTAT---ATAGACCTA-AATTC-AAGATATTTCTGCAAGAGTATGAAA----TGAAGA-TGTA
gi|14 : atGTCAGTGGGGGTAATTTTAAGAGCAATCCCAAACTTTATTCAAA-T--AA-CAATTGAAA-GCA-T-TAGTTTAGTAATA---AA-TATCAAAC--CTCTGTTAATTTCC-AAA-------AT---T-TCCA-----------------GAAATTTATTAAATTCTGATT-CTA------AATATTGTCTGGCTTTTTTTATTTCTGTACATTCAAGGAAGGGTAACT-C-----TTGTTAA-AGGAC-ATTTAATTACAAAGGTTCGGGG--G-G--GGGAA---TT-AT--ATGCGTTCCTTTTTT-AATTTTTT--TTT-CA--------AT-ATTTGG---TTTGTA-TAATT-ATTT
gi|15 : GACGTATTT-CCGATTGAA--GCAGTCTACTTTCGGTTTTAACGTTT-AATCAAGGACGAAAAAGTATA----GGAACT-GC-CCAAGT-TGACTCTTGTGT-GTGGAAGATAAAT-AAAGTATAAG-ATTGAGAA-GA------------------TTTAGT---CAGCATCTTC---GATGGTCGAAAGGCGGTGCCGTATATCAACATTGAACACAACCC--AATTAGA-AC-----------T---TG-AA--AAGGTGC---AC-------GAAGAgtta
gi|16 : aacgaaacgttcgctcatattgcaacctggtTTT---GATGGTCAAAAGGTGGTGCCGTATATCAACATTGAACACAACCC-AAAATAGA-ACTTCTA-AA-G-A---TG-AA--AAAATGC---TTGA--A--AAAGAATAGTCAA-TAATGAAGTC-AACTCGCTGCAGAT-CTGATGCTGGTCCGTC-AAACCGTAT-TTCT-GTTGA-CCAT-TCGTATGCTTC-AGG-TA-C-GTA-T-TTAAATT-TTAT---GTATATCCA-AATTC-AAGATTAATCTGCAAGAGTATGAAATCATTG--GA-TGTAC--ttg
gi|17 : TGAAA-GTA-TAT---TTAGTAATA---AAATGCCAAACTCCTCCGT-----------ATGCCCAGATG-GT-GCCAAAGATAAAATAGGTTTGGAAATTTATTAAATTGTGATC-AAA------A-TGTTGCCTTGCTTTTCT-ATTCCAATACATTAAAGAAAGA-TAACTGC-----TT-TTAATAGGAT-ATTTTAT--CAAGGTTTT--GG--G-A--AAAAA---TT-ATC-ATGTGTTCC-TTTTTAAAACTTTT--A-T-CA--------AT-TTTTGG---TTTGAA-T-ATT-ATTT
gi|18 : CGTTTTAGTCGAGGAAGAAAAAGTATA----G-GACCCGC-CCAATT-TGACTC--GTGT-GTGGAAGATAAAT-AAAGTATAAG-ATTAAGAA-GAAAT-CA-TGTA-AACGT-TTTAGA---TAACACCGAC---GATGGTCGAAAGGCTGTACCGTATATTAACATTGAACACAATCC--AAACAG----TT--G-AA----------AA--AAAGTGC---ACGA--A--GAACAATGGTCAA-gttac
gi|19 : ----A--GAAGAATAGTCAA-TAATGAAATC-AACTCGCTGCAAAT-CTGATGCTGGTCCGTC-AAACCGTAT-TTCT--TTGA-CCAT-TCGTAAGCTTC-AGG-TA-C-GTA-T-TTAAATT-TTATATAATAGACCCA-AATTG-AAGATTGATCTGCAGGAATATGAAA----TG--GA-TGTA
gi|2 : aTAGTCAA-TAATGAAATC-AACTCGCTGCAAAT-CTGATGCTGGTCCGTC-AAACCGTAT-TTCT--TTGA-CCAT-TCGTAAGCTTC-AGG-TA-C-GTA-T-TTAAATT-TTATATAATAGACCCA-AATTG-AAGATTGATCTGCAGGAATATGAAA----TG--GA-TGTAC--TTAC-A-ATGGGT
gi|2 : nGGTAT-ACTATTTAAA-AT------C---TCCATGA-ACCCTGAAATGTTGATA-AAACTG-A--CA-----C---------AAATCCAAGTC-AGAACTGTTTTTAAATT-GTAACAGAACAGTCTAATAAGTAT-ACGGA-CCTAGTT-TTGAACTTTG--ATTAATTAGTAAGTGGAGCTAATTTTATGGGTA-TCCCTAGCTTTATTCAAAAT--AAACAATTGAAA-GTA-T-T---TTAGTAATA---AAATGTCAAACTCCTCTGTTA-TTTCCAAAATGTCCAGATG-AT-GCCATAGGTAAACTAGGTTTAGAAATTTATTAAATTGTGATC--AA------AATGTTGCCTTGCTTTTTT-ATTCCTATACATTCAAGAAAGG-TAACT-C-----TTGTTAA-AGGATAATTTTATTACAAGGTTTT--TG--G-GAAAAAAA---AT-ATC-ACGTGTTCC-TTTTT-AAACCTTT--TTT-CATTTTTTTTTT-TTTTGG---TTTGAA-T-ATT-ATTTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggtatactatttaaaatctccatgaaccctgaaatgttgataaaactgacacaaatccaagtcagaactgtttttaaattgtaacagaacagtctaataagtatacggacctagttttgaactttgattaattagtaagtggagctaattttatgggtatccctagctttattcaaaataaacaattgaaagtattttagtaataaaatgtcaaactcctctgttatttccaaaatgtccagatgatgccataggtaaactaggtttagaaatttattaaattgtgatcaaaatgttgccttgcttttttattcctatacattcaagaaaggtaactcttgttaaaggataattttattacaaggtttttgggaaaaaaaatatcacgtgttcctttttaaaccttttttcattttttttttttttggtttgaatattatttgttaaca
gi|20 : ntagtcaataatgaaatcaactcgctgcaaatctgatgctggtccgtcaaaccgtatttctttgaccattcgtaagcttcaggtacgtatttaaattttatataatagacccaaattgaagattgatctgcaggaatatgaaatggatgtacttacaatgggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnng----G-AACC-GC-C-AATTGTGAACTTTGTGT-GTG-AAGATAAATTAAAGTATAAGCCCTGAGAA-G---T-CATTTTACAACGT-TTTAGTTTACAACACCTTCTGGGATCGTCgttaaca
gi|21 : caaaaacgttcatccatatttgtaatctgtgacgtattccgcttgaaaagTTTATTACAAGGTTTT--TG--G-T--AAAAA---TTTATC-ATGTGTTCC-TTTTT-AAACTTTT--ATTCCA--------ATATTATGGTATTCTGAATT-ATTAATTTa
gi|22 : aaAT-AATTTATTA--AGGTTTT--TC--G-G--TAAAAGATTT-ATC-ATGCG---C-CTTTT-AAACTTTT--ATTCCA--------AT-TTATGGTA-TTTAAT-T-ATTAATTTgttatc
gi|3 : tGACGTATTTTCCGCTTGAAACATGGTCTACCTTTGATTT-AACGTTTTAGTTGAGGAAGAAAATGTATATAA-G-AACC-GC-ACAATT-TGACTCTTGTGT-GTGGAGGATAAA-----GTCTAAG-ATAGAGAA-GAAAT-CA-AGTA-AACGT-TTTAGT---CAACACCTTC---GATGGTCAAAAGGCGGTGCTGTATATCAACATTGAACACAACTC-AAAATAGC-ACTT--GGAA-A-T---TG-AA--AAAGTGC---TCGA--A--GAAGAATAGTGAG-AAATGGAGTA-AATTCCCTGCAAAT-CTGATGCTGGCCCATC-AAACCGTAT-TTGT-GTTGA-TCAT-TCGTATGCTTC-AGG-TA-C-GTA-T-TTAAATT-TTAT---ATAGACATA-AATTC-AAGATTAATCTACAGAAGAATGAAA----TG--GA-TATAC--TTAC-A-ATGAGTtgtta
gi|3 : tccatattgtaactaagtGTAT-ACTATTTTA--ATGT---ACATATCCACGA-TCCATGAAATGTTAATA-AAACTG-A--CC-----C---------AAATCCAAATC-AGAATTGTTTTTAAATG-GCAACAGAACAGACTA-------T-ACGGA-TCTAGTT-TTTAATTTGG--ATTGATTAgtagtaggactagtgcctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngagtatactattttaatgtacatatccacgatccatgaaatgttaataaaactgacccaaatccaaatcagaattgtttttaaatggcaacagaacagactatacggatctagtttttaatttggattgattaa
gi|4 : tccatattgtaactaagtgacgtattttccgcttgaaacatggtctacctttgatttaacgttttagttgaggaagaaaatgtatataagaaccgcacaatttgactcttgtgtgtggaggataaagtctaagatagagaagaaatcaagtaaacgttttagtcaacaccttcgatggtcaaaaggcggtgctgtatatcaacattgaacacaactcaaaatagcacttggaaattgaaaaagtgctcgaagaagaatagtgagaaatggagtaaattccctgcaaatctgatgctggcccatcaaaccgtatttgtgttgatcattcgtatgcttcaggtacgtatttaaattttatatagacataaattcaagattaatctacagaagaatgaaatggatatacttacaatgagtgtagtaggactagtgcctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaGACGTATTTTCCTCTTGAAAC-TGGTCTACCTTTGATTT-AACGTTTTAGTTGAGGAGAAGAATGTATATTAAG-ATAC-GC-ACAATT-TGACT-TTGTGT-GTG-AGGAT---T-AAAGT-TA-G-ATAGACAG-AAA-T-CA-AGTA-A-CGT-TTTAGT---CAA-ACCTTC---GATGGTCAAAAGGCGGTGCTGTATATCAACATTGAACACAACTC-AAAATAGGCACTT--G-GA-A-T---TG-AA--AAAGTGC---TCGAGAA--GAAGAATAGTGAG-AAATGGAGTTAAATTCCCTGCAAA--CTTATGCTGGCCCATCAAAACCGTAT-TTGT-GTTGA-TCAT-TCGTA-GCGTC-AGGTTACC-GT--T-TTAAA-T-TTAT---ATAGA---ATAATTCTAAGAT-TATC-ACA-GAGAATGAAA----TG--GATTATACTTTTA--A-ATGGa
gi|4 : ggtccatattgtaactaagtGTATTACTATTTAA---TGT---ACATATC-ACGA-TCCATGAA-TGTTAATA-AA-CTG----CC-----C---------AAATCCAAATC-AGAATTGTTTTTA-----ATGGCACAACAGACTA-------T-ACGGATCTTAGTT-TTTAATTTGGTTATTAtgtagaggacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagcaacagagtattactatttaatgtacatatcacgatccatgaatgttaataaactgcccaaatccaaatcagaattgtttttaatggcacaacagactatacggatcttagtttttaatttggttatta
gi|5 : ggtccatattgtaactaagtgacgtattttcctcttgaaactggtctacctttgatttaacgttttagttgaggagaagaatgtatattaagatacgcacaatttgactttgtgtgtgaggattaaagttagatagacagaaatcaagtaacgttttagtcaaaccttcgatggtcaaaaggcggtgctgtatatcaacattgaacacaactcaaaataggcacttggaattgaaaaagtgctcgagaagaagaatagtgagaaatggagttaaattccctgcaaacttatgctggcccatcaaaaccgtatttgtgttgatcattcgtagcgtcaggttaccgttttaaatttatatagaataattctaagattatcacagagaatgaaatggattatacttttaaatggtgtagaggacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagcaacagaGACGTGTTT-TCGCTTGAAACA--ATCTACTTTCGGTCT-GACGCTTTAGTCGAGGAAGAAAACGTATAG---G-AACC-GC-ACAATT-TAACTC--GTGT-GTGTAAGATAAAT-AAACTATAAG-ATTGAGAA-G---T-CA-TGTA-AACGT-TTTAGT---GAACACCTTC---GATGGTCGAAAGGCAGTGCCGTATATCAACTTTGACCACAACCG-AAAATAGA-ACTT--G-AACG-T---TG-AA--AAAGTGC---TC----GTCGAAGAAAAGTCAA-TAATAGAGTC-AACTCCCTCAAAAT-CTGATGCTGGTCCGTC-AAACCGTAT-TTCT-GGTGA-CCAT-TCGTATGCTTC-AGG-TA-C-GTATT-TTAAATT-TTAT---ATAGACCCA-CATTC-AAGATAAATCTGCAAGATTATGAAATCATTG--GA-TGTAC--TTAC-A-ATGGGT
gi|5 : taaaataaaatgttcctgcatattttaattgagtGGCAC-ACTATTTAAC--TGTTTAACATA--CATGA-AGCCTGAAATGTTGATT-AAACGG-A--CC-----C---------AAATCCAAGTC-AGAATTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgaaagcgagtatgtaccatgggcacactatttaactgtttaacatacatgaagcctgaaatgttgattaaacggacccaaatccaagtcagaatttta
gi|6 : taaaataaaatgttcctgcatattttaattgagtgacgtgttttcgcttgaaacaatctactttcggtctgacgctttagtcgaggaagaaaacgtataggaaccgcacaatttaactcgtgtgtgtaagataaataaactataagattgagaagtcatgtaaacgttttagtgaacaccttcgatggtcgaaaggcagtgccgtatatcaactttgaccacaaccgaaaatagaacttgaacgttgaaaaagtgctcgtcgaagaaaagtcaataatagagtcaactccctcaaaatctgatgctggtccgtcaaaccgtatttctggtgaccattcgtatgcttcaggtacgtattttaaattttatatagacccacattcaagataaatctgcaagattatgaaatcattggatgtacttacaatgggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgaaagcgagtatgtaccatg----A--GAAGAATGGTCAA-TAATGGAGTT-AACTCGCTGCAAAT-CTGATGCTG-TCCGTC-AAACAGTAT-TTAT-GTTGA-CCAT-TCGTATGCCTC-AGG-TA-C-GTA-T-TTAAATT-TTAT---ATAGATCCA-AATTC-AAGATAAATCTGCAGGAGCATGAAA----TG--AA-TGTAC--TTACAA-ATGGGTtta
gi|6 : aGGTAT-TCTGTTTAAC-ATGT---ACATATCCATGA-AGCCTAAAATGTTGATA-AAACTA-AATCCGCTGAC---------AAATCCAAGTC-AGATTTGTTTTTAAATG-AT-----AACAGTCTA-------T-ACGGA-CCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacaaaaatgtatctgtatcatggatatatgggtattctgtttaacatgtacatatccatgaagcctaaaatgttgataaaactaaatccgctgacaaatccaagtcagatttgtttttaaatgataacagtctatacggacc
gi|7 : aagaagaatggtcaataatggagttaactcgctgcaaatctgatgctgtccgtcaaacagtatttatgttgaccattcgtatgcctcaggtacgtatttaaattttatatagatccaaattcaagataaatctgcaggagcatgaaatgaatgtacttacaaatgggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacaaaaatgtatctgtatcatggatatatgGATAAATCTGCAGGAATATGAAA----TG--GA-TATAC--ATAC-ATATG
gi|7 : TAT-ATTATTTAACTATAT---ACATATC-ATGA-AGCCTGTA-TGTTCATT-AAACTGCA--CC-----CGCAGCTGACAAATCCAAGTC-AGAATTGTTT--AAATT-ATA-CAAAACATTCTA-------T-ACGGA-CCTAGTT-TTTAACTTGG--ATTAATTAGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggatatatggttatattatttaactatatacatatcatgaagcctgtatgttcattaaactgcacccgcagctgacaaatccaagtcagaattgtttaaattatacaaaacattctatacggacctagtttttaacttggattaattagaaataaaagagagtctgacaattggtatgtatttagtaataaattgtcagactcctcttttattctaaaaatgtccagatgagccata
gi|7 : gataaatctgcaggaatatgaaatggatatacatacatatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggatatatggtT--GA-CAATTGGTATGTA-T-T---T-AGTAATA---AATTGTCAGACTCCTCTTTTA-TTCTAAAAATGTCCAGATG-A--GCCATAaaataaaagagagtctgacaattggtatgtatttagtaataaattgtcagactcctcttttattctaaaaatgtccagatgagccata
gi|8 : gataaatctgcaggaatatgaaatggatatacatacatatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggatatatggttatattatttaactatatacatatcatgaagcctgtatgttcattaaactgcacccgcagctgacaaatccaagtcagaattgtttaaattatacaaaacattctatacggacctagtttttaacttggattaattagaaataaaagagagtcGGTAT-ACTATTTAGT-ATGT---GCATATCCATGA-GGCCTGGAATGTTGATA-AAACTG-A--CC-----C---------CA--CTGACT----AATTGTTTTTAAATG-ATAA----A-AGTCTA-------T-ATGGA-CCTAGTTCTTTAACTTGG--ATTAATTAGTCAGTCA--CTAATTTTATGGGCA-TCCCAAGCTTTATTCAAAAC--AAACA---------TA-T-------AGTGATA---AAATGTCAAACTCCTCTGTTA-TTTCCAAAATGTCCATATG-AT-GCCATATATAATCT---TTTGG-AATGTATTAAATTCTGATCAAAA------AATGTTTCCTTTCTTTTTC-AGTCCAATACATCCAAGAAAGG-TAACT-CTTAAATTGTTAT-AGGAT-ATTCTATTCCTAGGTTTT--TG--GAA--AAAAA---TT-ATC-ATGTGTTNC-
gi|8 : acttgTAGTGATA---AAATGTCAAACTCCTCTGTTA-TTTCCAAaaacatatagtgataaaatgtcaaactcctctgttatttccaa
gi|9 : acttgggtatactatttagtatgtgcatatccatgaggcctggaatgttgataaaactgaccccactgactaattgtttttaaatgataaaagtctatatggacctagttctttaacttggattaattagtcagtcactaattttatgggcatcccaagctttattcaaaacaaacatatagtgataaaatgtcaaactcctctgttatttccaaaatgtccatatgatgccatatataatcttttggaatgtattaaattctgatcaaaaaatgtttcctttctttttcagtccaatacatccaagaaaggtaactcttaaattgttataggatattctattcctaggtttttggaaaaaaattatcatgtgttncaaacataCCA-AATTC-AAGATAAATCTGCAGGAATATGAAA----TG--GA-TATAC--ATAC-A-ATG
gi|9 : gggTAT-ATTATTTAAC-ATAT---ACATATCCATGA-AGCCTGTAATGTTTATT-AAACTG-A--CC-----CGCAGCTGACAAATCCAAGTC-AGAATTGTTTT-AAATT-ATAACAAAACATTCTA-------T-ACGGA-CCTAGTT-TTTAACTTGG--ATTAATTAGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggatatatggttatattatttaacatatacatatccatgaagcctgtaatgtttattaaactgacccgcagctgacaaatccaagtcagaattgttttaaattataacaaaacattctatacggacctagtttttaacttggattaattagaaaataaaagaggagtctgacaattgtatgtattttagtaataaattgtcagactcc
gi|9 : gggccaaattcaagataaatctgcaggaatatgaaatggatatacatacaatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggatatatggtT--GA-CAATTGTAT-GTA-T-T---TTAGTAATA---AATTGTCAGACTCCaaaataaaagaggagtctgacaattgtatgtattttagtaataaattgtcagactcc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): CAAATTATACAGCATCCAGATTTGTCTTTCATATCTTT