lowQualScore : 111 1111111111111 1111111111 11 222222222222222222 2222222 111111 111111 2222222 11 11111111111111 11111 111111 2222222222222222222222222222222222 1111 111111111 111 222222222222 111111111111 111111 22222222222 11111111
lowQualScore : 5 5 5 333 5 5 5 5 9999999999999 2 7777777777 00 666666666666666666 5 4 555 5 5 1 8888 1111111 444444 66 2 6 55 44 55 77 555555 1111111 7 3 00 0 3 3 2 3 66666666666666 22222 55 5 55 333333 3 3 3 3 666 99999 3 5555555555555555555555555555555555 3333 3 44 222222222 333 888 77777 2 111111111111 555 3 88 2 2 5 33 2 444444444444 2 0 2 2 111111 00000000000 0 22222222 5555 2 2 2 99999 2 2 2 444 5 66 2 2 2 6666 2 2 2 3 3
lowQualScore : . . . ... . . . . ............. . .......... .. .................. . . ... . . . .... ....... ...... .. . . .. .. .. .. ...... ....... . . .. . . . . . .............. ..... .. . .. ...... . . . . ... ..... . .................................. .... . .. ......... ... ... ..... . ............ ... . .. . . . .. . ............ . . . . ...... ........... . ........ .... . . . ..... . . . ... . .. . . . .... . . . . .
lowQualScore : 0 0 0 888 0 0 0 0 9999999999999 2 1111111111 44 666666666666666666 0 3 999 7 7 7 3333 7777777 444444 99 4 0 00 99 00 11 444444 7777777 3 6 00 4 6 6 8 6 00000000000000 77777 00 5 00 333333 6 6 6 6 444 11111 6 4444444444444444444444444444444444 7777 1 22 333333333 999 999 11111 9 888888888888 444 1 00 9 9 7 00 9 666666666666 9 9 7 7 111111 44444444444 5 33333333 7777 7 7 7 33333 7 7 7 777 3 33 7 7 7 1111 9 9 9 1 1
consensus : TTTAAA-TG-TAG-T---AGAT-T-TTA-TAT-GATTAGGAAT---C----A----ATGTA-------T--TA-GGT--G-G-------A-----A-AAAAGGGTC-GTCACCAAAT-G-TAATAAT-A--GTCAAAT--CAA--TTTTTA------AT--TCTGATAATATTGT--CAATTTAAGA-A--AATT-AAG---T--AAATTTT--TN-AAAGT-T-A--TTC-A-TCA-A----A---------CTCTAT-----CCC--CTCC--A---T-TA-TGA-C-T-T---T-----GTATA-TA-----GT--AT----T-GC-T------T-C----AG--TNTG-T--AC---------AT---A---TGTA-----TA-TA------------C---T-G-TTAAT-TTA-T-CATA-TTG-TA------------T-ATTTG-TAT-GAA------TAC-T---------TGTG--------T----AT-A-T-CTT-----C-T-C-A---A-TAC--C-TT-T-GT----AC-AATTGGTA-A-AG-AGAA-TAAAGTAAT
Reference ( gi|9 ) : TTTAAA-TG-TAG-T---AGAT-T-TTA-TAT-GATTAGGAAT---C----A----ATGTA-------T--TA-AGT--G-G-------A-----A-AAAAGGGTC-ATCACCAAAT-G-TAATAAT-A--GTCAAAT--CGA--TTTTTA------AT--TCTGATAATACTGT--CAATTTAAGA-A--AATT-AAG---T--AAATTTT--TT-AAAGT-T-A--TTC-A-TCA-A----A---------CTCTAT-----CCC--CTTC--A---T-TA-TGA-C-T-T---T-----GTATA-TA-----AT--AT----T-GC-T------T-C----AG--TGTG-T--AC---------AT---A---TGTA-----TA-TA------------C---T-G-CTAAT-TTA-T-CATA-TTG-TA------------T-ATTTG-TAT-GAA------TAC-T---------TGTG--------T----AT-A-T-CTT-----C-T-C-A---A-TAC--C-TT-T-GT----AC-AATTGGTA-A-AG-AGAA-TAAAGTAAT
gi|6 : TTTAAA-TG-TAG-T---AGAT-T-TTA-TAT-GATTAGGAAT---C----A----ATGTACAGTGTAT--TA-GGT--G-G-------A-----A-GAACAGGTC-AGCACCAAAT-G-TAATAAT-T--GTCAAAT--CAA--TTTTTA------AT--TCTGATAATATTGT--CAATTTAAGA-A--AATT-AAG---T--AAATTGT--TG-AAAGT-T-A--TTC-A-TCA-A----A---------CTCTAT-----CCC--CTCC--A---T-TA-TGA-C-T-T---T-----GCATA-TA-----AT--AT----T-GC-T------T-C----AG--TTTG-T--AC---------AT---A---TGTA-----TA-TA------------
gi|4 : atcattatatagatatagtgaccatattagtttggaaaatgtaataatagattaccaatcgaagtgggtagatggtatggcatagaaatgtactttatgtaatgacaatgagattggtgatgaataccactatctaTCTAAA-TG-TAG-T---AGAT-T-TTA-TAT-GATTTTGAATTTTC----A----ATATA-------T--TA-GGTCAG-G-------A-----A-AAAAGG-TC-GTCACCAAAT-G-TAATGATTA--GTTAAAT--CAG--TTTTTA------AT--TCTGATAACATTGT--CAATTTAAA----------------T--AAATTTT--TT-AAAGT-T-A--TTC-A-TCA-ATTAAG---------CTCTAT-----CCC--CTCT--G---T-TA-TAA-C-T-G---T-----GTGTA-TA-----GT--AT----T-GC-T------T-C----AG--TCTG-C--AC---------AT---A---TGTA-----CA-TGTACATACATGTTC---T-G-TTAAT-TTA-T-CATA-TTG-TA------------C-AGTTG-TAT-GAA------TAC-T---------TGTG--------T----AT-A-T-CTT-----G-T---AGATA-TAC--C-TT-T-
gi|2 : aatgtactttatgtagtgaaaatgagattggtgatgaataccaTTTAAA-TG-TAG-T---AGAT-T-TTA-TAT-GATTATGAAT---T----ATCTAATATA-------T--TA-GGTCAG-G-------A-----A-AAGAGTTCC-GTCACCAA-T-G-TAA-AAT-A--GTCAAAT--C-A--TTTTTA------ATATTCTAATAATATTGT--CAATTTA-GA-A--AAT--GAG---T--AAAGTTT--A--AAAGT-T-A--T-C-A-TCA-A----A---------CTCTAT-----CCC--CTCC--A---T-----GA-C-T-T---T-----GTATA-TA-----GT--AA----T-GC-T--------C----AG--TTTG-T--AG---------AT---AATTTATA-----TA-TA------------C---T-G-TTAAT---A-T-CAT------------------------CTG-TAT-G--------TCC------------ATG--------T----AT-A-T-CAT-----C-TAC-A---A-TAC--C-TT-T-GT----AC-AATT-GTA-A-AGAAGAA-TAAAGTAAtctattctggttgtgcttttatgtgtacactgcaaataaaaattgtgtaggcctagacttgctatttttgttatttgggagtaaaa
gi|1 : tcttccgataagtatacatttttgtaatagcaaattcatgcaagggtcttgttatttctcgaagtggatgttttacctgaaaaatttaggatattgaaaaaataatatttggaggtattaatggcggaactaatatgaatgtttaaaagcatctaattgtgattcagttgggaaaaaaattggcatagtaatgttcaatttcatccaaaggagttctatcgtataaacaaagaaagattttgttttgaaaattatctcgatatgcttgatccttcagtgtagattcgtacttgtaataatagattacttatcgaagtggtatgatgtaattgaatacagaaaaatcacaaagaatgtaatttatgttactggaaatgagattggtgatgaataccactatctaatTTTAAA-TGCTAG-TT--AGATCT-TTA-TATCGATTAGGAAT---C----A----AT-TA-------T--TA-GGC--G-GC------A-----ATAAAAGCGTC-CTCACCAAAT-G-TACTAAT-ATAGTCAAA---CAA--TTTTTA------AT--TCCGATAATATTGT--CAATTTAAG--A--AATT-AAG---T---AATTTTCCTT-AAAGT-T-A--TTC-ATTCA-A----G---------CT-TAT-----CCC--CCCT--ACACT-TA-TGA-C-T-T---T-----GTAT--TA-----GT--AT----T-GC-T------T-C----AG--TCTG-T--AC---------AT---ATT-TGCA-----TA-TA------------CATGT-A-CT-GT-TTA---CATG-ATG-TAATCACATAATTGT-ATTTG-TAT-GAAC-----TAC-T---------TGTG--------T----AT-A-TCCTT-----CTT-C-A---ATTAC--C-TT-G-CT----AC-AATGTGTA-A-A
gi|3 : tttcaaatatggtgtaaattttgtaacttcaaatgcatgcaaggttcttggtttttcgaagtagattgttttaaatgaaaaatattactagatatttagatttcggttaaggttgttttgcaatggagaaacttgatttgaatgtttttttaaaaatgcaattaaagcaacgaattggctgatttagtttgaacaaaattggcatcagtaatgtaattcaatgttcatccaaaggagtttttatcgtataataaaaagattaagttttgttttgaaagttaccttgatatgctttgatccttagacagaattcagccatgtgtaattttcgtacatgttaataatatattaccgatccaagtgggagatggtatggatggaaaaatcacaagaaaatgtactttatctaatgaaaatgagattggtgatgaattaccactatctaTTCAAA--G-TAAAT---AGAT-T-T-A-TAT---TTAGAAAT---C----A----ATG------------TA-AGT--G-GATGAATAA-----G-AAAAGGGTC-A-CACCAAAC-G-T-ATAAT-A--TACTAAT----A--TTTTCA------AT--TCGTATAGGTTGGT--CAATTTAGGA-A--AATT-AAG---GA-AAATTTT--AA-AAAGT-T-ATTTTC-A-T-A-A----A---------CTCCGT-----CTC-----C--A---T-AA-GAA-C-TGT---T-----GTTTA-TA-----A---------T-GC-C------TGC----AG--ATTG-T--AC---------A----A---AGTA-----T--TA------------C---T-G-TTAAC-TCA-TGTATA-TGG-Tcgggtgaaacacaataaagg
gi|10 : ttaattgaattttacaaaactactagcaacgattgtgataccctttgaacaaaaatgcatagtattatcaattcaaatcaggaaattcttgtatcgttatataattaaattttgttttaaaaatcttgacctcagccagagataatttcgtaatgtaagcataccatattgagttgtagagatatgtataaggaaaaatcacaaagaaaattcttaggtaatgaaaatagatggttatatacacacttaaTTTAAAATG-TAG-T---AGAG-T-TTA-TAT-GATTAGAAAT---C----A----A-GTA-------T--TATAGG--T-G-------A-----A-AAAAGGg
gi|7 : ttctgtacatgtacaatgtacaatagccatgtgtagatttcgtacatgtaataatagattacatatcaaagttggtaaattggtataacataaatcacaaagaaagtgtattttatgtaatgaaaaatggaggatgtgatgaataccactatctaAAA-TG-TAG-T---AGAT-TATTAGTAT-AATTAGGAAT---C----A----ATGTA-------T--TA-GGT--G-G-------A-----A-GAAAATGCC-ATCACCAAATTG-TAATAAT-A--GGTAAATTCCAA--TTTTTA------AT--TTTGATAATATTGTTTCAATATCAGA-A--TAT--AAG------AAATT--------AAGTAT-AAATTT-T-TGA-A----A---------CTCTAT-----CCC---TCC--A---T-TA-TGA-C-T-T---T-----GTTTA-TA-----GT--A-----T-GCTT------T-C----AGT-TTTG-T--AC---------AT---A---TGTA-----TA-T-------------T---T-A-CT--TGTTA-T-CAT--TTA-TG------------TCATTTG-TAT-GAA------TACTT---------TATGAGATACTTT----GT-A-T-CT--------C-C-A---A-TAC--C-TT-TCGT----ACTGATTGGTATA-AG-AGAA-TAAATTA
gi|5 : atttattgtaatgaaaatgagatttggatgaattaccAA-TG-AAG-TTCTAGAT-T-TTA-TTT-GATTTAGAAT---CTGGTATT--ATATA-------TAATATAGT--GTG-------AGTAAGA-ATAAGGTTCTATCAGCAAAT-GATATAAAT-A--GTCAAAT--AAAATTTTTTAAAAAATAT--TTTGATAA-ATTGT--CAATTTAAGGTATTAATT-AAG---TAGAAATTTG--TT-GAAGT-TAA--CTCAA-TTACA----A---------CTTTTA-----CCC--CTCCCTATT-T-TATTGATC-T-TATGT-----ATATA-TA-----ATTAATTTAAT-G--T------T-C----AG--TTTGATAAAT---------AT---A---TGTA-----TATTA------------C---T-G-TTAAT-TTATT-CGTA-TTG-TA------------T-AATAA-TAT-Gga
gi|8 : ttttgtattagattaatgagaatttggtgtatgactcaaatatcccaatacgttactatcgatattataaatgttTTTTA------AT--TCTGAAAATATTGT--CAATTTAAGA-A--AATT-AAG---T--AAATTTT--TA-AAAGT-T-A--TTC-A-CCA-A----ACTCTGCCCCCTCTATAATGACTTTGCTTT--A---T-AA-TG--C-T-T---CAGACAGTACA-TAGGTATAT--AC----T-GT-TATTCTGT-C----ATATTGTA-T--ACTGTTAATCTATCCTA---T-TG-----TA-TA------------C---T-G-TTAAT-CTA-T-CATA-TTG-TA------------T-ATTTG-TAT-GAA------TAC-T---------TGTG--------T----AT-A-T-TTT-----C-T-C-A---A-TAC--C-AT-T-GT----AC-GTTT--------G-AGAA-TAAAGttatgatttaattat
gi|12 : aaatacttttatgcaaagaaaccaatagatcttcgattaaacagagtgtacataaaaaatcacgtaccaattaattctcaTAACATTGT--CACTTTTCAA-A--CATT-AAG---C--AAATTGT--GA-AAAGT-T-G--TCC-A-TCA-A----A---------CTCTGT-----CCC--CTCC--A---T-AA-TG----T-T---T-----ATACA-TG------T--AT------------------------G--TACG-T--AC---------ATGT-A---TGTA-----TA-TA------------A---T-GACCA----TA-C-CATA-TCG-TA------------T-ATT----AT---A------TA------------TGTA--------T----AT-A-T-CTT-----C-T-C-A---A-TAC--C-TT-T-GT----AA-TATTGGTA-A-GG-AGAA-TAATGTAAa
gi|11 : T--CAATT-GAGA-A--AATC-AAGACCC--AAA---------AGAAA-T-G--ACC-A-T-A-A----A----------TCTGT-----CCC--CTCC--A---AATA-TGA-CCT-T---T-----GTATA-TA-----GTC-AT----TAGC-T------T-CGTCTAG--AACA-T--AC---------ATGTAA---TGTA-----TA-TA------------C---T-T-TTAAT-TTA-T-CATA-ATATTA------------T-ATTTGATAT-GAA------TAC-----------TGTG--------T----AT-A-T-CTTG----C-T-C-A---A-TATTAC-TTAT-GT----AC-AATTGGTA-ACAG-AGAATTAAA
gi|13 : T--CAATTTAAGA-A--AATTTAAG---T--AGATTGT--TTGAAAGTAT-A------A-TCA-A----A---------CTTTGTT----CCC--CTCC--A---T-AG-TGA-C-T-T---T-----GTATAGT-------T--AT----T-GC-C------T------AG--TCTG-T--AC---------AT---A---TGTA------A-TA------------C---T-G--TAAT-TT--T-CTTG-TGA-TA------------T-ATCT--TCT-CAA------TAC-C---------T---------------------------------------------------T-T-GT----AC-AATTGGT----AG-AGAA-TA
gi|15 : attgtGTA-T--AC---------AT---A---TGTAGGTACTA-CATGTAC-------C---T-G-TTAAT-TTA-TACATAGTTG--A------------T-ATTTG-TAT-GAA------TACATGTAGCTTGATGTG--------T----AT-A-T-CAT-----C-T-C-A---ATTAC--C-TG-T-ATTCACAC-ACTGGGTA-A-AG-AGAA-TAGAATc
gi|17 : TA-T--AT---------AT---A---TACA-----TG-TA------------C---C-G-TTAAT-TTA-T-CATA-TTG-TA------------T-ATTTG-TAT-GAATACATGTAC-T---------TGTGT-------T----ATCA-T-CAT-----C-T-C-A---A-TAC--C-TT-T-GT----AC-AATTGGTA-A-AG-AGAA-TAAAGT
gi|18 : tttataca---A---TGTA-----TC-TA------------T---TTG-TTAAT-CTA-C-CATA-TTG-TA------------T-ATTTG-TATGGAA------TA--T---------TGTG--------T----AT-A-T-TTT-----C-T-C-A---A-TAC--C-TT-T-GT----TT-AA-TGGTA-A-AG-GGGA-
gi|19 : TAAT-T-A-T-CATA-TTG-TA------------T-A-TTG-TAT-GAA------TACTT---------TCTG--------T----AT-ATT-CTT-----C-T-C-A---A-TACA-C-TT-T-GT----AC-AA-TGGTT-A-AA-TGAA-GAAAt
gi|21 : ------------T-AATTA-TAT-TAC------GAC-T---------T-TG--------T----AT---T-CTT-----C-T-TTA---A-TAC--C-TT-T-GT----AC-AATTGTTA-A-AG-AGAA-TAAAATA
gi|20 : TTTG-TTT-GTA------TGT-G---------TGTG--------T----AA-A-T-GTTAGGATC-T-T-A---A-TAC--CCTT-T-GA----AC-AATGGGTA-A-AG-AGAA-TAAAGTAATttga
gi|22 : C-T---------GGTG--------TTTTGAT-A-T-CTT-----C-T-C-A---A-TAC--C-TT-T-GT----AC-AATTGGTA-A-AG-AGAA-TAAAGTAATtga
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TTAACATGTTCTTTAATTAGTAGATTACAAGTGTTTGTGTATCTACTTTTTGTATTCTAGTTGAGCTATTATGTGTGCACTGCAAAAAAACTTTGTAGGCCCATACTCGCTATGTTGTTTATTTGGAGTAAAAT
Unaligned ( gi|16 ): TGTGTATCTACCTTTATTGTATTCGTAGTTGAGCTATTATGTGTGGCACTGCGCAATAAAACTTTGTAGGCCGAATTAGCTCGCTATGTTTGTTATTGTCGCTATGTTGTTATTTTGGAGTAAAAT
Alignments
lowQualScore : 111 111111111 222222222222 111111111 11111 111111 1111111 111111 111111111111 111111111 2222222222222222222 1111111111 111111 11111111111
lowQualScore : 4 4 4 222 4 4 4 4 777 666666666 0 4 333333333333 4 999999999 4 66 2 888 5 5 0 5 66 666 66 11111 222222 66 1 77 33 5555555 3 999999 44 3 6666 3 3 8888 3 3 1 3 7777 3 44 000000 3 3 3 3 3 3 3 222222222222 444 3 3 3 2 1 99999 33 33 444 777 000000000 55 1111111111111111111 2 0000000000 33 2 55 5 2 33 2 5555 2 2 2 2 000000 55555555555 5 5555 2 2 2 88888 2 2 2 444 5 55 2 2 2 5555 2 2 2 2 2
lowQualScore : . . . ... . . . . ... ......... . . ............ . ......... . .. . ... . . . . .. ... .. ..... ...... .. . .. .. ....... . ...... .. . .... . . .... . . . . .... . .. ...... . . . . . . . ............ ... . . . . . ..... .. .. ... ... ......... .. ................... . .......... .. . .. . . .. . .... . . . . ...... ........... . .... . . . ..... . . . ... . .. . . . .... . . . . .
lowQualScore : 4 4 4 222 4 4 4 4 888 000000000 9 4 777777777777 4 777777777 4 11 5 222 0 0 4 0 99 222 11 11111 888888 11 3 99 88 4444444 3 222222 66 3 8888 3 3 6666 3 3 8 3 1111 3 66 777777 3 1 1 1 1 1 1 777777777777 111 1 1 1 9 0 33333 77 77 444 888 000000000 99 2222222222222222222 7 9999999999 44 5 99 0 5 44 5 3333 9 5 5 7 333333 11111111111 0 3333 5 5 5 88888 5 5 5 444 0 99 5 5 5 7777 7 7 7 9 9
consensus : TTTAAA-TG-TAG-T---AGAT-T-TTA-TAT-GATTAGGAAT---C----A----ATGT-A-------T----TAG-GT--G---G--AA-AA--AAGGGTC-GTCACCAAAT-G-TAATAAT-A--GTCAAAT--CAA--TT-----TTTA------AT--TCTGATAATATTGT--CAATTTAAGA-A-------AATT-AAG---T--A--AATT-TT--TNAAAGT-T-A--TTC-A-TCA-A----ACTCTGT-CCCCTCC--A---T-TA-TGA-C-T-T-TG-T-ATATA--------G-T-ATT-GC-T-T-CAG-TCTG-----T--ACA--T---A---TGTA---------TA--TA------------C------T-GT----------TA--ATTT-A--T-CATA-T--TG-T----ATATTTG-TAT-GA-A------TAC-T---------TGTG-T----AT-A-T-CTT-----C-T-C-A---A-TAC--C-TT-T-GT----AC-AATTGGTA-A-AG-AGAA-TAAAGTAAT
Reference ( family-1867 ) : TTTAAA-TG-TAG-T---AGAT-T-TTA-TAT-GATTAGGAAT---C----A----ATGT-A-------T----TAG-GT--G---G--AA-AA--AAGGGTC-GTCACCAAAT-G-TAATAAT-A--GTCAAAT--CAA--TT-----TTTA------AT--TCTGATAATATTGT--CAATTTAAGA-A-------AATT-AAG---T--A--AATT-TT--TNAAAGT-T-A--TTC-A-TCA-A----ACTCTAT-CCCCTCC--A---T-TA-TGA-C-T-T-TG-T-ATATA--------G-T-ATT-GC-T-T-CAG-TNTG-----T--ACA--T---A---TGTA---------TA--TA------------C------T-GT----------TA--ATTT-A--T-CATA-T--TG-T----ATATTTG-TAT-GA-A------TAC-T---------TGTG-T----AT-A-T-CTT-----C-T-C-A---A-TAC--C-TT-T-GT----AC-AATTGGTA-A-AG-AGAA-TAAAGTAAT
gi|1 : TTTAAA-TGCTAG-TT--AGATCT-TTA-TATCGATTAGGAAT---C----A----AT-T-A-------T----TAG-GC--G---GC-AATAA--AAGCGTC-CTCACCAAAT-G-TACTAAT-ATAGTCAAA---CAA--TT-----TTTA------AT--TCCGATAATATTGT--CAATTTAAG--A-------AATT-AAG---T-----AATT-TTCCTTAAAGT-T-A--TTC-ATTCA-A----GCT-TAT-CCCCCCT--ACACT-TA-TGA-C-T-T-TG-T-AT-TA--------G-T-ATT-GC-T-T-CAG-TCTG-----T--ACA--T---ATT-TGCA---------TA--TA------------CA-----T-GTACTGTTTACATG--ATGTAA--T-CACA-TAAT--T----GTATTTG-TAT-GA-AC-----TAC-T---------TGTG-T----AT-A-TCCTT-----CTT-C-A---ATTAC--C-TT-G-CT----AC-AATGTGTA-A-A
gi|10 : tttcaaatatggtgtaaattttgtaacttcaaatgcatgcaaggttcttggtttttcgaagtagattgttttaaatgaaaaatattactagatatttagatttcggttaaggttgttttgcaatggagaaacttgatttgaatgtttttttaaaaatgcaattaaagcaacgaattggctgatttagtttgaacaaaattggcatcagtaatgtaattcaatgttcatccaaaggagtttttatcgtataataaaaagattaagttttgttttgaaagttaccttgatatgctttgatccttagacagaattcagccatgtgtaattttcgtacatgttaataatatattaccgatccaagtgggagatggtatggatggaaaaatcacaagaaaatgtactttatctaatgaaaatgagattggtgatgaattaccactatctaTTTAAAATG-TAG-T---AGAG-T-TTA-TAT-GATTAGAAAT---C----A----A-GT-A-------TTA--TAG-GT------G--AA-AA--AAGGcgggtgaaacacaataaagg
gi|11 : ttctgtacatgtacaatgtacaatagccatgtgtagatttcgtacatgtaataatagattacatatcaaagttggtaaattggtataacataaatcacaaagaaagtgtattttatgtaatgaaaaatggaggatgtgatgaataccactatctaT--CAATT-GAGA-A-------AATC-AAGACCC--A--AA--------AGAAAT-G-A--C-C-A-T-A-A----A-TCTGT-CCCCTCC--A---AATA-TGA-CCT-T-TG-T-ATATA--------G-TCATTAGC-T-T-C-G-TCTAGAACAT--ACA--TGTAA---TGTA---------TA--TA------------C------T-TT----------TA--ATTT-A--T-CATA-A--TATT----ATATTTGATAT-GA-A------TAC-----------TGTG-T----AT-A-T-CTTG----C-T-C-A---A-TATTAC-TTAT-GT----AC-AATTGGTA-ACAG-AGAATTAAA
gi|12 : TAACATTGT--CACTTTTCAA-A-------CATT-AAG---C--A--AATT-GT--GAAAAGT-T-G--TCC-A-TCA-A----ACTCTGT-CCCCTCC--A---T-AA-TG----T-T-TA-T-ACAT---------G-T-AT-----------G-TACG-----T--ACATGT---A---TGTA---------TA--TA------------A------T-G------------A--CCAT-A--C-CATA-T--CG-T----ATAT----TAT----A------TA------------TGTA-T----AT-A-T-CTT-----C-T-C-A---A-TAC--C-TT-T-GT----AA-TATTGGTA-A-GG-AGAA-TAATGTAA
gi|13 : ATTGTT-CAATTTAAGA-A-------AATTTAAG---T--A--GATTGTT--TGAAAGTAT-A------A-TCA-A----ACTTTGTTCCCCTCC--A---T-AG-TGA-C-T-T-TG----TATA--------GTT-ATT-GC-C-T--AG-TCTG-----T--ACA--T---A---TGTA----------A--TA------------C------T-G-----------TA--ATTT----T-C-----------------------------------------T---------TGTGAT----AT-A-T-CTT-----C-T-C-A---A-TAC--C-TT-T-GT----AC-AATTGGT----AG-AGAA-TA
gi|15 : TA-----T--ACA--T---A---TGTAGGTACTACATG--TA------------CC-----T-GT----------TA--ATTT-A--TACATAGT--TG------ATATTTG-TAT-GA-A------TACATGTAGCTTGATGTG-T----AT-A-T-CAT-----C-T-C-A---ATTAC--C-TG-T-ATTCACAC-ACTGGGTA-A-AG-AGAA-TAGAATc
gi|17 : g-TTTA-----T--ACA--T---A---TATA---------TA--TA------------CATGTACC-GT----------TA--ATTT-A--T-CATA-T--TG-T----ATATTTG-TAT-GA-ATACATGTAC-T---------TGTGTT----ATCA-T-CAT-----C-T-C-A---A-TAC--C-TT-T-GT----AC-AATTGGTA-A-AG-AGAA-TAAAGT
gi|18 : ---A---TGTA---------TC--TA------------T------TTGT----------TA--ATCT-A--C-CATA-T--TG-T----ATATTTG-TATGGA-A------TA--T---------TGTG-T----AT-A-T-TTT-----C-T-C-A---A-TAC--C-TT-T-GT----TT-AA-TGGTA-A-AG-GGGA-
gi|19 : ----------TA--ATT--A--T-CATA-T--TG-T----ATA-TTG-TAT-GA-A------TACTT---------TCTG-T----AT-ATT-CTT-----C-T-C-A---A-TACA-C-TT-T-GT----AC-AA-TGGTT-A-AA-TGAA-GAAAt
gi|2 : TTTAAA-TG-TAG-T---AGAT-T-TTA-TAT-GATTATGAAT---T----ATCTAATAT-A-------T----TAG-GTCAG---G--AA-AA--GAGTTCC-GTCACCAA-T-G-TAA-AAT-A--GTCAAAT--CA---TT-----TTTA------ATATTCTAATAATATTGT--CAATTTA-GA-A-------AAT--GAG---T--A--AAGT-TT---AAAAGT-T-A--T-C-A-TCA-A----ACTCTAT-CCCCTCC--A---T-----GA-C-T-T-TG-T-ATATA--------G-T-AAT-GC-T---CAG-TTTG-----T--AGA--T---AATTTATA---------TA--TA------------C------T-GT----------TA--AT---A--T-CAT-----------------CTG-TAT-G---------TCC------------ATG-T----AT-A-T-CAT-----C-TAC-A---A-TAC--C-TT-T-GT----AC-AATT-GTA-A-AGAAGAA-TAAAGTAA
gi|20 : tcttccgataagtatacatttttgtaatagcaaattcatgcaagggtcttgttatttctcgaagtggatgttttacctgaaaaatttaggatattgaaaaaataatatttggaggtattaatggcggaactaatatgaatgtttaaaagcatctaattgtgattcagttgggaaaaaaattggcatagtaatgttcaatttcatccaaaggagttctatcgtataaacaaagaaagattttgttttgaaaattatctcgatatgcttgatccttcagtgtagattcgtacttgtaataatagattacttatcgaagtggtatgatgtaattgaatacagaaaaatcacaaagaatgtaatttatgttactggaaatgagattggtgatgaataccactatctaatTTTG-TTT-GT-A------TGT-G---------TGTG-T----AA-A-T-GTTAGGATC-T-T-A---A-TAC--CCTT-T-GA----AC-AATGGGTA-A-AG-AGAA-TAAAGTAAT
gi|21 : TAATTA-TAT-TA-C------GAC-T---------T-TG-T----AT---T-CTT-----C-T-TTA---A-TAC--C-TT-T-GT----AC-AATTGTTA-A-AG-AGAA-TAAAATAtga
gi|22 : C-T---------GGTG-TTTTGAT-A-T-CTT-----C-T-C-A---A-TAC--C-TT-T-GT----AC-AATTGGTA-A-AG-AGAA-TAAAGTAATttga
gi|3 : ttTTCAAA--G-TAAAT---AGAT-T-T-A-TAT---TTAGAAAT---C----A----ATGTAA-------G----TGG-AT--GAATA--AG-AA--AAGGGTC-A-CACCAAAC-G-T-ATAAT-A--TACTAAT----A--TT-----TTCA------AT--TCGTATAGGTTGGT--CAATTTAGGA-A-------AATT-AAG---GA-A--AATT-TT--AAAAAGT-T-ATTTTC-A-T-A-A----ACTCCGT----CTCC--A---T-AA-GAA-C-TGT-TG-T-TTATA--------A-----T-GC-C-TGCAG-ATTG-----T--ACA------A---AGTA---------T---TA------------C------T-GT----------TA--ACTC-A--TGTATA-T--GG-T----tga
gi|4 : ttaattgaattttacaaaactactagcaacgattgtgataccctttgaacaaaaatgcatagtattatcaattcaaatcaggaaattcttgtatcgttatataattaaattttgttttaaaaatcttgacctcagccagagataatttcgtaatgtaagcataccatattgagttgtagagatatgtataaggaaaaatcacaaagaaaattcttaggtaatgaaaatagatggttatatacacacttaaTCTAAA-TG-TAG-T---AGAT-T-TTA-TAT-GATTTTGAATTTTC----A----ATAT-A-------T----TAG-GTCAG---G--AA-AA--AAGG-TC-GTCACCAAAT-G-TAATGATTA--GTTAAAT--CAG--TT-----TTTA------AT--TCTGATAACATTGT--CAATTTAAA---------------------T--A--AATT-TT--TTAAAGT-T-A--TTC-A-TCA-ATTAAGCTCTAT-CCCCTCT--G---T-TA-TAA-C-T-G-TG-T-GTATA--------G-T-ATT-GC-T-T-CAG-TCTG-----C--ACA--T---A---TGTA---------CA--TGTACATACATGTTC------T-GT----------TA--ATTT-A--T-CATA-T--TG-T----ACAGTTG-TAT-GA-A------TAC-T---------TGTG-T----AT-A-T-CTT-----G-T---AGATA-TAC--C-TT-T-g
gi|5 : aatgtactttatgtagtgaaaatgagattggtgatgaataccaAA-TG-AAG-TTCTAGAT-T-TTA-TTT-GATTTAGAAT---CTGGTATT--ATAT-A-------TAATATAGTGT--G---AGTAA-GAATAAGGTTCTATCAGCAAAT-GATATAAAT-A--GTCAAAT--AAAATTT-----TTTAAAAAATAT--TTTGATAA-ATTGT--CAATTTAAGGTATT-----AATT-AAG---TAGA--AATT-TG--TTGAAGT-TAA--CTCAA-TTACA----ACTTTTA-CCCCTCCCTATT-T-TATTGATC-T-TATG-T-ATATATAATTAATT-T-AAT-G--T-T-CAG-TTTGA----TAAATA--T---A---TGTA---------TAT-TA------------C------T-GT----------TA--ATTT-AT-T-CGTA-T--TG-T----ATAATAA-TAT-Gtctattctggttgtgcttttatgtgtacactgcaaataaaaattgtgtaggcctagacttgctatttttgttatttgggagtaaaa
gi|6 : ttttgtattagattaatgagaatttggtgtatgactcaaatatcccaatacgttactatcgatattataaatgttTTTAAA-TG-TAG-T---AGAT-T-TTA-TAT-GATTAGGAAT---C----A----ATGT-ACAGTGTAT----TAG-GT--G---G--AA-GA--ACAGGTC-AGCACCAAAT-G-TAATAAT-T--GTCAAAT--CAA--TT-----TTTA------AT--TCTGATAATATTGT--CAATTTAAGA-A-------AATT-AAG---T--A--AATT-GT--TGAAAGT-T-A--TTC-A-TCA-A----ACTCTAT-CCCCTCC--A---T-TA-TGA-C-T-T-TG-C-ATATA--------A-T-ATT-GC-T-T-CAG-TTTG-----T--ACA--T---A---TGTA---------TA--TA------------ttatgatttaattat
gi|7 : atcattatatagatatagtgaccatattagtttggaaaatgtaataatagattaccaatcgaagtgggtagatggtatggcatagaaatgtactttatgtaatgacaatgagattggtgatgaataccactatctaAAA-TG-TAG-T---AGAT-TATTAGTAT-AATTAGGAAT---C----A----ATGT-A-------T----TAG-GT--G---G--AA-GA--AAATGCC-ATCACCAAATTG-TAATAAT-A--GGTAAATTCCAA--TT-----TTTA------AT--TTTGATAATATTGTTTCAATATCAGA-ATATAAGAAATT-AAG---T--ATAAATT-TT--TGAAA------------------------CTCTAT-CCC-TCC--A---T-TA-TGA-C-T-T-TG-T-TTATA--------G-T-A-T-GCTT-T-CAGTTTTG-----T--ACA--T---A---TGTA---------TATTTA------------CT-----T-GT----------TATCATTT-ATGT-CAT--T--TG-TATGAATACTT--TAT-GAGA------TAC-T---------T-TG-T----AT-C-T-C-----------C-A---A-TAC--C-TT-TCGT----ACTGATTGGTATA-AG-AGAA-TAAATTA
gi|8 : atttattgtaatgaaaatgagatttggatgaattaccAAT--TAA--TTCTCATTTTA------AT--TCTGAAAATATTGT--CAATTTAAGA-A-------AATT-AAG---T--A--AATT-TT--TAAAAGT-T-A--TTC-A-CCA-A----ACTCTGC-CCCCTCT--A---T-AA-TGA-C-T-T-TGCT-TTATA--------A-----T-GC-T-T-CAG-ACAG-----T--ACA--T---A---GGTA---------TA--TA------------C------T-GT----------TA--TTCT-G--T-CATA-T--TG-T----ATACTga
gi|8 : aaatacttttatgcaaagaaaccaatagatcttcgattaaacagagtgtacataaaaaatcacgtaccA-T-T-C-TG-TCATATT--------G-T-AT--AC-TGT-TAA-TCTA-----T--CC---T---A---T-TG---------TA--TA------------C------T-GT----------TA--ATCT-A--T-CATA-T--TG-T----ATATTTG-TAT-GA-A------TAC-T---------TGTG-T----AT-A-T-TTT-----C-T-C-A---A-TAC--C-AT-T-GT----AC-GTTT--------G-AGAA-TAAAGgttaatctatcctattgtatactgttaatctatcatattgtatatttgtatgaatacttgtgtatattttctcaataccattgtacgtttgagaataaaga
gi|9 : aaatacttttatgcaaagaaaccaatagatcttcgattaaacagagtgtacataaaaaatcacgtaccaattaattctcattttaattctgaaaatattgtcaatttaagaaaattaagtaaatttttaaaagttattcaccaaactctgccccctctataatgactttgctttataatgcttcagacagtacataggtatatactgttTTTAAA-TG-TAG-T---AGAT-T-TTA-TAT-GATTAGGAAT---C----A----ATGT-A-------T----TAA-GT--G---G--AA-AA--AAGGGTC-ATCACCAAAT-G-TAATAAT-A--GTCAAAT--CGA--TT-----TTTA------AT--TCTGATAATACTGT--CAATTTAAGA-A-------AATT-AAG---T--A--AATT-TT--TTAAAGT-T-A--TTC-A-TCA-A----ACTCTAT-CCCCTTC--A---T-TA-TGA-C-T-T-TG-T-ATATA--------A-T-ATT-GC-T-T-CAG-TGTG-----T--ACA--T---A---TGTA---------TA--TA------------C------T-GC----------TA--ATTT-A--T-CATA-T--TG-T----ATATTTG-TAT-GA-A------TAC-T---------TGTG-T----AT-A-T-CTT-----C-T-C-A---A-TAC--C-TT-T-GT----AC-AATTGGTA-A-AG-AGAA-TAAAGTAATa
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TTAACATGTTCTTTAATTAGTAGATTACAAGTGTTTGTGTATCTACTTTTTGTATTCTAGTTGAGCTATTATGTGTGCACTGCAAAAAAACTTTGTAGGCCCATACTCGCTATGTTGTTTATTTGGAGTAAAAT
Unaligned ( gi|16 ): TGTGTATCTACCTTTATTGTATTCGTAGTTGAGCTATTATGTGTGGCACTGCGCAATAAAACTTTGTAGGCCGAATTAGCTCGCTATGTTTGTTATTGTCGCTATGTTGTTATTTTGGAGTAAAAT
Alignments
lowQualScore : 111 111111111 222222222222 111111111 11111 111111 1111111 111111 111111 111111111111 111111111 11111111111111 1111111111 111111 11111111111
lowQualScore : 4 4 4 222 4 4 4 4 777 666666666 0 4 333333333333 4 999999999 4 66 888 5 5 0 5 66 666 66 11111 222222 66 1 44 3 0 4444444 44 3 333333 3 6666 3 3 8888 3 3 88888 3 0 3 44 000000 3 3 3 3 3 3 3 222222222222 444 3 3 3 3 99999 33 33 444 777 000000000 55 33333333333333 2 0000000000 33 2 55 5 2 33 2 5555 2 2 2 2 000000 55555555555 5 5555 2 2 2 88888 2 2 2 444 5 55 2 2 2 5555 2 2 2 2 2
lowQualScore : . . . ... . . . . ... ......... . . ............ . ......... . .. ... . . . . .. ... .. ..... ...... .. . .. . . ....... .. . ...... . .... . . .... . . ..... . . . .. ...... . . . . . . . ............ ... . . . . ..... .. .. ... ... ......... .. .............. . .......... .. . .. . . .. . .... . . . . ...... ........... . .... . . . ..... . . . ... . .. . . . .... . . . . .
lowQualScore : 4 4 4 222 4 4 4 4 888 000000000 9 4 777777777777 4 777777777 4 11 222 0 0 4 0 99 222 11 11111 888888 11 3 66 3 3 2222222 66 3 888888 3 8888 3 3 6666 3 3 88888 3 1 3 66 777777 3 1 1 1 1 1 1 777777777777 111 1 1 1 1 33333 77 77 444 888 000000000 99 55555555555555 7 9999999999 44 5 99 0 5 44 5 3333 9 5 5 7 333333 11111111111 0 3333 5 5 5 88888 5 5 5 444 0 99 5 5 5 7777 7 7 7 9 9
consensus : TTTAAA-TG-TAG-T---AGAT-T-TTA-TAT-GATTAGGAA---TC----A----ATGT-A-------T----TAG-GT--G---G--AA-AA--AAGGGTC-GTCACCAAA-TG-TAATAA-TA--GTCAAAT--CAA--TT-----TTTA------AT--TCTGATAATATTG--T-CAATTTAAGA-------A--AATT-AAG---T--AAATT-TT--TNAAAGT-T-A--TTC-A-TC----A-AACTCTGT-CCCCTCC--A---T-TA-TGA-C-T-T-TG-T-ATATA--------G-T-ATT-GC-T-T-CAG-TCTG-----T--ACA--T---A---TGTA---------TA--TA------------C-T-GT----------TA--ATTT-A--T-CATA-T--TG-T----ATATTTG-TAT-GA-A------TAC-T---------TGTG-T----AT-A-T-CTT-----C-T-C-A---A-TAC--C-TT-T-GT----AC-AATTGGTA-A-AG-AGAA-TAAAGTAAT
Reference ( family-1867 ) : TTTAAA-TG-TAG-T---AGAT-T-TTA-TAT-GATTAGGAA---TC----A----ATGT-A-------T----TAG-GT--G---G--AA-AA--AAGGGTC-GTCACCAAA-TG-TAATAA-TA--GTCAAAT--CAA--TT-----TTTA------AT--TCTGATAATATTG--T-CAATTTAAGA-------A--AATT-AAG---T--AAATT-TT--TNAAAGT-T-A--TTC-A-TC----A-AACTCTGT-CCCCTCC--A---T-TA-TGA-C-T-T-TG-T-ATATA--------G-T-ATT-GC-T-T-CAG-TCTG-----T--ACA--T---A---TGTA---------TA--TA------------C-T-GT----------TA--ATTT-A--T-CATA-T--TG-T----ATATTTG-TAT-GA-A------TAC-T---------TGTG-T----AT-A-T-CTT-----C-T-C-A---A-TAC--C-TT-T-GT----AC-AATTGGTA-A-AG-AGAA-TAAAGTAAT
gi|1 : TTTAAA-TGCTAG-TT--AGATCT-TTA-TATCGATTAGGAA---TC----A----AT-T-A-------T----TAG-GC--G---GC-AATAA--AAGCGTC-CTCACCAAA-TG-TACTAA-TATAGTCAAA---CAA--TT-----TTTA------AT--TCCGATAATATTG--T-CAATTTAAG--------A--AATT-AAG---T---AATT-TTCCTTAAAGT-T-A--TTC-ATTC----A-AGCT-TAT-CCCCCCT--ACACT-TA-TGA-C-T-T-TG-T-AT-TA--------G-T-ATT-GC-T-T-CAG-TCTG-----T--ACA--T---ATT-TGCA---------TA--TA------------CAT-GTACTGTTTACATG--ATGTAA--T-CACA-TAAT--T----GTATTTG-TAT-GA-AC-----TAC-T---------TGTG-T----AT-A-TCCTT-----CTT-C-A---ATTAC--C-TT-G-CT----AC-AATGTGTA-A-A
gi|10 : tttcaaatatggtgtaaattttgtaacttcaaatgcatgcaaggttcttggtttttcgaagtagattgttttaaatgaaaaatattactagatatttagatttcggttaaggttgttttgcaatggagaaacttgatttgaatgtttttttaaaaatgcaattaaagcaacgaattggctgatttagtttgaacaaaattggcatcagtaatgtaattcaatgttcatccaaaggagtttttatcgtataataaaaagattaagttttgttttgaaagttaccttgatatgctttgatccttagacagaattcagccatgtgtaattttcgtacatgttaataatatattaccgatccaagtgggagatggtatggatggaaaaatcacaagaaaatgtactttatctaatgaaaatgagattggtgatgaattaccactatctaTTTAAAATG-TAG-T---AGAG-T-TTA-TAT-GATTAGAAA---TC----A----A-GT-A-------TTA--TAG-GT------G--AA-AA--AAGGcgggtgaaacacaataaagg
gi|11 : ttctgtacatgtacaatgtacaatagccatgtgtagatttcgtacatgtaataatagattacatatcaaagttggtaaattggtataacataaatcacaaagaaagtgtattttatgtaatgaaaaatggaggatgtgatgaataccactatcta--T-CAATT-GAGA-------A--AATC-AAGACCC--AAA--------AGAAAT-G-A--C-C-A-T-----A-AA-TCTGT-CCCCTCC--A---AATA-TGA-CCT-T-TG-T-ATATA--------G-TCATTAGC-T-T-C-G-TCTAGAACAT--ACA--TGTAA---TGTA---------TA--TA------------C-T-TT----------TA--ATTT-A--T-CATA-A--TATT----ATATTTGATAT-GA-A------TAC-----------TGTG-T----AT-A-T-CTTG----C-T-C-A---A-TATTAC-TTAT-GT----AC-AATTGGTA-ACAG-AGAATTAAA
gi|12 : TAACATTG--T-CACTTTTCAA-------A--CATT-AAG---C--AAATT-GT--GAAAAGT-T-G--TCC-A-TC----A-AACTCTGT-CCCCTCC--A---T-AA-TG----T-T-TA-T-ACAT---------G-T-AT-----------G-TACG-----T--ACATGT---A---TGTA---------TA--TA------------A-T-G------------A--CCAT-A--C-CATA-T--CG-T----ATAT----TAT----A------TA------------TGTA-T----AT-A-T-CTT-----C-T-C-A---A-TAC--C-TT-T-GT----AA-TATTGGTA-A-GG-AGAA-TAATGTAA
gi|13 : ATTG--TTCAATTTAAGA-------A--AATTTAAG---T--AGATTGTT--TGAAAGTAT-A------A-TC----A-AACTTTGTTCCCCTCC--A---T-AG-TGA-C-T-T-TG----TATA--------GTT-ATT-GC-C-T--AG-TCTG-----T--ACA--T---A---TGTA----------A--TA------------C-T-G-----------TA--ATTT----T-C-----------------------------------------T---------TGTGAT----AT-A-T-CTT-----C-T-C-A---A-TAC--C-TT-T-GT----AC-AATTGGT----AG-AGAA-TA
gi|15 : TA-----T--ACA--T---A---TGTAGGTACTACATG--TA------------CCT-GT----------TA--ATTT-A--TACATAGT--TG------ATATTTG-TAT-GA-A------TACATGTAGCTTGATGTG-T----AT-A-T-CAT-----C-T-C-A---ATTAC--C-TG-T-ATTCACAC-ACTGGGTA-A-AG-AGAA-TAGAATc
gi|17 : gTA-----T--ATA--T---A---TACA---------TG--TA------------C-C-GT----------TA--ATTT-A--T-CATA-T--TG-T----ATATTTG-TAT-GA-ATACATGTAC-T---------TGTGTT----ATCA-T-CAT-----C-T-C-A---A-TAC--C-TT-T-GT----AC-AATTGGTA-A-AG-AGAA-TAAAGT
gi|18 : tttataca---A---TGTA---------TC--TA------------T-TTGT----------TA--ATCT-A--C-CATA-T--TG-T----ATATTTG-TATGGA-A------TA--T---------TGTG-T----AT-A-T-TTT-----C-T-C-A---A-TAC--C-TT-T-GT----TT-AA-TGGTA-A-AG-GGGA-
gi|19 : ----------TA--ATT--A--T-CATA-T--TG-T----ATA-TTG-TAT-GA-A------TACTT---------TCTG-T----AT-ATT-CTT-----C-T-C-A---A-TACA-C-TT-T-GT----AC-AA-TGGTT-A-AA-TGAA-GAAAt
gi|2 : TTTAAA-TG-TAG-T---AGAT-T-TTA-TAT-GATTATGAA---TT----ATCTAATAT-A-------T----TAG-GTCAG---G--AA-AA--GAGTTCC-GTCACCAA--TG-TAA-AA-TA--GTCAAAT--CA---TT-----TTTA------ATATTCTAATAATATTG--T-CAATTTA-GA-------A--AAT--GAG---T--AAAGT-TT---AAAAGT-T-A--T-C-A-TC----A-AACTCTAT-CCCCTCC--A---T-----GA-C-T-T-TG-T-ATATA--------G-T-AAT-GC-T---CAG-TTTG-----T--AGA--T---AATTTATA---------TA--TA------------C-T-GT----------TA--AT---A--T-CAT-----------------CTG-TAT-G---------TCC------------ATG-T----AT-A-T-CAT-----C-TAC-A---A-TAC--C-TT-T-GT----AC-AATT-GTA-A-AGAAGAA-TAAAGTAA
gi|20 : tcttccgataagtatacatttttgtaatagcaaattcatgcaagggtcttgttatttctcgaagtggatgttttacctgaaaaatttaggatattgaaaaaataatatttggaggtattaatggcggaactaatatgaatgtttaaaagcatctaattgtgattcagttgggaaaaaaattggcatagtaatgttcaatttcatccaaaggagttctatcgtataaacaaagaaagattttgttttgaaaattatctcgatatgcttgatccttcagtgtagattcgtacttgtaataatagattacttatcgaagtggtatgatgtaattgaatacagaaaaatcacaaagaatgtaatttatgttactggaaatgagattggtgatgaataccactatctaatTTTG-TTT-GT-A------TGT-G---------TGTG-T----AA-A-T-GTTAGGATC-T-T-A---A-TAC--CCTT-T-GA----AC-AATGGGTA-A-AG-AGAA-TAAAGTAAT
gi|21 : TAATTA-TAT-TA-C------GAC-T---------T-TG-T----AT---T-CTT-----C-T-TTA---A-TAC--C-TT-T-GT----AC-AATTGTTA-A-AG-AGAA-TAAAATAtga
gi|22 : C-T---------GGTG-TTTTGAT-A-T-CTT-----C-T-C-A---A-TAC--C-TT-T-GT----AC-AATTGGTA-A-AG-AGAA-TAAAGTAATttga
gi|3 : ttTTCAAA--G-TAAAT---AGAT-T-T-A-TAT---TTAGAAA---TC----A----ATGTAA-------G----TGG-AT--GAATA--AG-AA--AAGGGTC-A-CACCAAA-CG-T-ATAA-TA--TACTAAT----A--TT-----TTCA------AT--TCGTATAGGTTGG--T-CAATTTAGGA-------A--AATT-AAG---GA-AAATT-TT--AAAAAGT-T-ATTTTC-A-T-----A-AACTCCGT----CTCC--A---T-AA-GAA-C-TGT-TG-T-TTATA--------A-----T-GC-C-TGCAG-ATTG-----T--ACA------A---AGTA---------T---TA------------C-T-GT----------TA--ACTC-A--TGTATA-T--GG-T----tga
gi|4 : ttaattgaattttacaaaactactagcaacgattgtgataccctttgaacaaaaatgcatagtattatcaattcaaatcaggaaattcttgtatcgttatataattaaattttgttttaaaaatcttgacctcagccagagataatttcgtaatgtaagcataccatattgagttgtagagatatgtataaggaaaaatcacaaagaaaattcttaggtaatgaaaatagatggttatatacacacttaaTCTAAA-TG-TAG-T---AGAT-T-TTA-TAT-GATTTTGAATTTTC----A----ATAT-A-------T----TAG-GTCAG---G--AA-AA--AA-GGTC-GTCACCAAA-TG-TAATGATTA--GTTAAAT--CAG--TT-----TTTA------AT--TCTGATAACATTG--T-CAAT------------------TT-AAA---T--AAATT-TT--TTAAAGT-T-A--TTC-A-TCAATTA-AGCTCTAT-CCCCTCT--G---T-TA-TAA-C-T-G-TG-T-GTATA--------G-T-ATT-GC-T-T-CAG-TCTG-----C--ACA--T---A---TGTA---------CA--TGTACATACATGTTC-T-GT----------TA--ATTT-A--T-CATA-T--TG-T----ACAGTTG-TAT-GA-A------TAC-T---------TGTG-T----AT-A-T-CTT-----G-T---AGATA-TAC--C-TT-T-g
gi|5 : aatgtactttatgtagtgaaaatgagattggtgatgaataccaAA-TG-AAG-TTCTAGAT-T-TTA-TTT-GATTTAGAA---TCTGGTATT--ATAT-A-------TAATATAGTGT--G---AGTAA-GAATAAGGTTCTATCAGCAAA-TGATATAAA-TA--GTCAAAT--AAAATTT-----TTTAAAAAATAT--TTTGATAA-ATTG--T-CAATTTAAGGT------ATTAATT-AAG---TAGAAATT-TG--TTGAAGT-TAA--CTCAA-TT----ACAACTTTTA-CCCCTCCCTATT-T-TATTGATC-T-TATG-T-ATATATAATTAATT-T-AAT-G--T-T-CAG-TTTGA----TAAATA--T---A---TGTA---------TAT-TA------------C-T-GT----------TA--ATTT-AT-T-CGTA-T--TG-T----ATAATAA-TAT-Gtctattctggttgtgcttttatgtgtacactgcaaataaaaattgtgtaggcctagacttgctatttttgttatttgggagtaaaa
gi|6 : ttttgtattagattaatgagaatttggtgtatgactcaaatatcccaatacgttactatcgatattataaatgttTTTAAA-TG-TAG-T---AGAT-T-TTA-TAT-GATTAGGAA---TC----A----ATGT-ACAGTGTAT----TAG-GT--G---G--AA-GA--ACAGGTC-AGCACCAAA-TG-TAATAA-TT--GTCAAAT--CAA--TT-----TTTA------AT--TCTGATAATATTG--T-CAATTTAAGA-------A--AATT-AAG---T--AAATT-GT--TGAAAGT-T-A--TTC-A-TC----A-AACTCTAT-CCCCTCC--A---T-TA-TGA-C-T-T-TG-C-ATATA--------A-T-ATT-GC-T-T-CAG-TTTG-----T--ACA--T---A---TGTA---------TA--TA------------ttatgatttaattat
gi|7 : atcattatatagatatagtgaccatattagtttggaaaatgtaataatagattaccaatcgaagtgggtagatggtatggcatagaaatgtactttatgtaatgacaatgagattggtgatgaataccactatctaAAA-TG-TAG-T---AGAT-TATTAGTAT-AATTAGGAA---TC----A----ATGT-A-------T----TAG-GT--G---G--AA-GA--AAATGCC-ATCACCAAATTG-TAATAA-TA--GGTAAATTCCAA--TT-----TTTA------AT--TTTGATAATATTGTTT-CAATATCAGAATATAAGA--AATT-AAGTA-T--AAATT-TT--TG-----------------------A-AACTCTAT--CCCTCC--A---T-TA-TGA-C-T-T-TG-T-TTATA--------G-T-A-T-GCTT-T-CAGTTTTG-----T--ACA--T---A---TGTA---------TATTTA------------CTT-GT----------TATCATTT-ATGT-CAT--T--TG-TATGAATACTT--TAT-GAGA------TAC-T---------T-TG-T----AT-C-T-C-----------C-A---A-TAC--C-TT-TCGT----ACTGATTGGTATA-AG-AGAA-TAAATTA
gi|8 : atttattgtaatgaaaatgagatttggatgaattaccAAT--TAA--TTCTCATTTTA------AT--TCTGAAAATATTG--T-CAATTTAAGA-------A--AATT-AAG---T--AAATT-TT--TAAAAGT-T-A--TTC-A-CC----A-AACTCTGC-CCCCTCT--A---T-AA-TGA-C-T-T-TGCT-TTATA--------A-----T-GC-T-T-CAG-ACAG-----T--ACA--T---A---GGTA---------TA--TA------------C-T-GT----------TA--TTCT-G--T-CATA-T--TG-T----ATACTga
gi|8 : aaatacttttatgcaaagaaaccaatagatcttcgattaaacagagtgtacataaaaaatcacgtaccA-T-T-C-TG-TCATATT--------G-T-AT--AC-TGT-TAA-TCTA-----T--CC---T---A---T-TG---------TA--TA------------C-T-GT----------TA--ATCT-A--T-CATA-T--TG-T----ATATTTG-TAT-GA-A------TAC-T---------TGTG-T----AT-A-T-TTT-----C-T-C-A---A-TAC--C-AT-T-GT----AC-GTTT--------G-AGAA-TAAAGgttaatctatcctattgtatactgttaatctatcatattgtatatttgtatgaatacttgtgtatattttctcaataccattgtacgtttgagaataaaga
gi|9 : aaatacttttatgcaaagaaaccaatagatcttcgattaaacagagtgtacataaaaaatcacgtaccaattaattctcattttaattctgaaaatattgtcaatttaagaaaattaagtaaatttttaaaagttattcaccaaactctgccccctctataatgactttgctttataatgcttcagacagtacataggtatatactgttTTTAAA-TG-TAG-T---AGAT-T-TTA-TAT-GATTAGGAA---TC----A----ATGT-A-------T----TAA-GT--G---G--AA-AA--AAGGGTC-ATCACCAAA-TG-TAATAA-TA--GTCAAAT--CGA--TT-----TTTA------AT--TCTGATAATACTG--T-CAATTTAAGA-------A--AATT-AAG---T--AAATT-TT--TTAAAGT-T-A--TTC-A-TC----A-AACTCTAT-CCCCTTC--A---T-TA-TGA-C-T-T-TG-T-ATATA--------A-T-ATT-GC-T-T-CAG-TGTG-----T--ACA--T---A---TGTA---------TA--TA------------C-T-GC----------TA--ATTT-A--T-CATA-T--TG-T----ATATTTG-TAT-GA-A------TAC-T---------TGTG-T----AT-A-T-CTT-----C-T-C-A---A-TAC--C-TT-T-GT----AC-AATTGGTA-A-AG-AGAA-TAAAGTAATa
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TTAACATGTTCTTTAATTAGTAGATTACAAGTGTTTGTGTATCTACTTTTTGTATTCTAGTTGAGCTATTATGTGTGCACTGCAAAAAAACTTTGTAGGCCCATACTCGCTATGTTGTTTATTTGGAGTAAAAT
Unaligned ( gi|16 ): TGTGTATCTACCTTTATTGTATTCGTAGTTGAGCTATTATGTGTGGCACTGCGCAATAAAACTTTGTAGGCCGAATTAGCTCGCTATGTTTGTTATTGTCGCTATGTTGTTATTTTGGAGTAAAAT
Alignments
lowQualScore : 111 111111111 222222222222 111111111 11111 111111 1111111 111111 111111 111111111111 111111111 11111111111111 1111111111 111111 11111111111
lowQualScore : 4 4 4 222 4 4 4 4 777 666666666 0 4 333333333333 4 999999999 4 66 888 5 5 0 5 66 666 66 11111 222222 66 1 44 3 0 4444444 44 3 333333 3 6666 3 3 8888 3 3 88888 3 0 3 44 000000 3 3 3 3 3 3 3 222222222222 444 3 3 3 3 99999 33 33 444 777 000000000 55 33333333333333 2 0000000000 33 2 55 5 2 33 2 5555 2 2 2 2 000000 55555555555 5 5555 2 2 2 88888 2 2 2 444 5 55 2 2 2 5555 2 2 2 2 2
lowQualScore : . . . ... . . . . ... ......... . . ............ . ......... . .. ... . . . . .. ... .. ..... ...... .. . .. . . ....... .. . ...... . .... . . .... . . ..... . . . .. ...... . . . . . . . ............ ... . . . . ..... .. .. ... ... ......... .. .............. . .......... .. . .. . . .. . .... . . . . ...... ........... . .... . . . ..... . . . ... . .. . . . .... . . . . .
lowQualScore : 4 4 4 222 4 4 4 4 888 000000000 9 4 777777777777 4 777777777 4 11 222 0 0 4 0 99 222 11 11111 888888 11 3 66 3 3 2222222 66 3 888888 3 8888 3 3 6666 3 3 88888 3 1 3 66 777777 3 1 1 1 1 1 1 777777777777 111 1 1 1 1 33333 77 77 444 888 000000000 99 55555555555555 7 9999999999 44 5 99 0 5 44 5 3333 9 5 5 7 333333 11111111111 0 3333 5 5 5 88888 5 5 5 444 0 99 5 5 5 7777 7 7 7 9 9
consensus : TTTAAA-TG-TAG-T---AGAT-T-TTA-TAT-GATTAGGAA---TC----A----ATGT-A-------T----TAG-GT--G---G--AA-AA--AAGGGTC-GTCACCAAA-TG-TAATAA-TA--GTCAAAT--CAA--TT-----TTTA------AT--TCTGATAATATTG--T-CAATTTAAGA-------A--AATT-AAG---T--AAATT-TT--TNAAAGT-T-A--TTC-A-TC----A-AACTCTGT-CCCCTCC--A---T-TA-TGA-C-T-T-TG-T-ATATA--------G-T-ATT-GC-T-T-CAG-TCTG-----T--ACA--T---A---TGTA---------TA--TA------------C-T-GT----------TA--ATTT-A--T-CATA-T--TG-T----ATATTTG-TAT-GA-A------TAC-T---------TGTG-T----AT-A-T-CTT-----C-T-C-A---A-TAC--C-TT-T-GT----AC-AATTGGTA-A-AG-AGAA-TAAAGTAAT
Reference ( family-1867 ) : TTTAAA-TG-TAG-T---AGAT-T-TTA-TAT-GATTAGGAA---TC----A----ATGT-A-------T----TAG-GT--G---G--AA-AA--AAGGGTC-GTCACCAAA-TG-TAATAA-TA--GTCAAAT--CAA--TT-----TTTA------AT--TCTGATAATATTG--T-CAATTTAAGA-------A--AATT-AAG---T--AAATT-TT--TNAAAGT-T-A--TTC-A-TC----A-AACTCTGT-CCCCTCC--A---T-TA-TGA-C-T-T-TG-T-ATATA--------G-T-ATT-GC-T-T-CAG-TCTG-----T--ACA--T---A---TGTA---------TA--TA------------C-T-GT----------TA--ATTT-A--T-CATA-T--TG-T----ATATTTG-TAT-GA-A------TAC-T---------TGTG-T----AT-A-T-CTT-----C-T-C-A---A-TAC--C-TT-T-GT----AC-AATTGGTA-A-AG-AGAA-TAAAGTAAT
gi|1 : TTTAAA-TGCTAG-TT--AGATCT-TTA-TATCGATTAGGAA---TC----A----AT-T-A-------T----TAG-GC--G---GC-AATAA--AAGCGTC-CTCACCAAA-TG-TACTAA-TATAGTCAAA---CAA--TT-----TTTA------AT--TCCGATAATATTG--T-CAATTTAAG--------A--AATT-AAG---T---AATT-TTCCTTAAAGT-T-A--TTC-ATTC----A-AGCT-TAT-CCCCCCT--ACACT-TA-TGA-C-T-T-TG-T-AT-TA--------G-T-ATT-GC-T-T-CAG-TCTG-----T--ACA--T---ATT-TGCA---------TA--TA------------CAT-GTACTGTTTACATG--ATGTAA--T-CACA-TAAT--T----GTATTTG-TAT-GA-AC-----TAC-T---------TGTG-T----AT-A-TCCTT-----CTT-C-A---ATTAC--C-TT-G-CT----AC-AATGTGTA-A-A
gi|10 : tttcaaatatggtgtaaattttgtaacttcaaatgcatgcaaggttcttggtttttcgaagtagattgttttaaatgaaaaatattactagatatttagatttcggttaaggttgttttgcaatggagaaacttgatttgaatgtttttttaaaaatgcaattaaagcaacgaattggctgatttagtttgaacaaaattggcatcagtaatgtaattcaatgttcatccaaaggagtttttatcgtataataaaaagattaagttttgttttgaaagttaccttgatatgctttgatccttagacagaattcagccatgtgtaattttcgtacatgttaataatatattaccgatccaagtgggagatggtatggatggaaaaatcacaagaaaatgtactttatctaatgaaaatgagattggtgatgaattaccactatctaTTTAAAATG-TAG-T---AGAG-T-TTA-TAT-GATTAGAAA---TC----A----A-GT-A-------TTA--TAG-GT------G--AA-AA--AAGGcgggtgaaacacaataaagg
gi|11 : ttctgtacatgtacaatgtacaatagccatgtgtagatttcgtacatgtaataatagattacatatcaaagttggtaaattggtataacataaatcacaaagaaagtgtattttatgtaatgaaaaatggaggatgtgatgaataccactatcta--T-CAATT-GAGA-------A--AATC-AAGACCC--AAA--------AGAAAT-G-A--C-C-A-T-----A-AA-TCTGT-CCCCTCC--A---AATA-TGA-CCT-T-TG-T-ATATA--------G-TCATTAGC-T-T-C-G-TCTAGAACAT--ACA--TGTAA---TGTA---------TA--TA------------C-T-TT----------TA--ATTT-A--T-CATA-A--TATT----ATATTTGATAT-GA-A------TAC-----------TGTG-T----AT-A-T-CTTG----C-T-C-A---A-TATTAC-TTAT-GT----AC-AATTGGTA-ACAG-AGAATTAAA
gi|12 : TAACATTG--T-CACTTTTCAA-------A--CATT-AAG---C--AAATT-GT--GAAAAGT-T-G--TCC-A-TC----A-AACTCTGT-CCCCTCC--A---T-AA-TG----T-T-TA-T-ACAT---------G-T-AT-----------G-TACG-----T--ACATGT---A---TGTA---------TA--TA------------A-T-G------------A--CCAT-A--C-CATA-T--CG-T----ATAT----TAT----A------TA------------TGTA-T----AT-A-T-CTT-----C-T-C-A---A-TAC--C-TT-T-GT----AA-TATTGGTA-A-GG-AGAA-TAATGTAA
gi|13 : ATTG--TTCAATTTAAGA-------A--AATTTAAG---T--AGATTGTT--TGAAAGTAT-A------A-TC----A-AACTTTGTTCCCCTCC--A---T-AG-TGA-C-T-T-TG----TATA--------GTT-ATT-GC-C-T--AG-TCTG-----T--ACA--T---A---TGTA----------A--TA------------C-T-G-----------TA--ATTT----T-C-----------------------------------------T---------TGTGAT----AT-A-T-CTT-----C-T-C-A---A-TAC--C-TT-T-GT----AC-AATTGGT----AG-AGAA-TA
gi|15 : TA-----T--ACA--T---A---TGTAGGTACTACATG--TA------------CCT-GT----------TA--ATTT-A--TACATAGT--TG------ATATTTG-TAT-GA-A------TACATGTAGCTTGATGTG-T----AT-A-T-CAT-----C-T-C-A---ATTAC--C-TG-T-ATTCACAC-ACTGGGTA-A-AG-AGAA-TAGAATc
gi|17 : gTA-----T--ATA--T---A---TACA---------TG--TA------------C-C-GT----------TA--ATTT-A--T-CATA-T--TG-T----ATATTTG-TAT-GA-ATACATGTAC-T---------TGTGTT----ATCA-T-CAT-----C-T-C-A---A-TAC--C-TT-T-GT----AC-AATTGGTA-A-AG-AGAA-TAAAGT
gi|18 : tttataca---A---TGTA---------TC--TA------------T-TTGT----------TA--ATCT-A--C-CATA-T--TG-T----ATATTTG-TATGGA-A------TA--T---------TGTG-T----AT-A-T-TTT-----C-T-C-A---A-TAC--C-TT-T-GT----TT-AA-TGGTA-A-AG-GGGA-
gi|19 : ----------TA--ATT--A--T-CATA-T--TG-T----ATA-TTG-TAT-GA-A------TACTT---------TCTG-T----AT-ATT-CTT-----C-T-C-A---A-TACA-C-TT-T-GT----AC-AA-TGGTT-A-AA-TGAA-GAAAt
gi|2 : TTTAAA-TG-TAG-T---AGAT-T-TTA-TAT-GATTATGAA---TT----ATCTAATAT-A-------T----TAG-GTCAG---G--AA-AA--GAGTTCC-GTCACCAA--TG-TAA-AA-TA--GTCAAAT--CA---TT-----TTTA------ATATTCTAATAATATTG--T-CAATTTA-GA-------A--AAT--GAG---T--AAAGT-TT---AAAAGT-T-A--T-C-A-TC----A-AACTCTAT-CCCCTCC--A---T-----GA-C-T-T-TG-T-ATATA--------G-T-AAT-GC-T---CAG-TTTG-----T--AGA--T---AATTTATA---------TA--TA------------C-T-GT----------TA--AT---A--T-CAT-----------------CTG-TAT-G---------TCC------------ATG-T----AT-A-T-CAT-----C-TAC-A---A-TAC--C-TT-T-GT----AC-AATT-GTA-A-AGAAGAA-TAAAGTAA
gi|20 : tcttccgataagtatacatttttgtaatagcaaattcatgcaagggtcttgttatttctcgaagtggatgttttacctgaaaaatttaggatattgaaaaaataatatttggaggtattaatggcggaactaatatgaatgtttaaaagcatctaattgtgattcagttgggaaaaaaattggcatagtaatgttcaatttcatccaaaggagttctatcgtataaacaaagaaagattttgttttgaaaattatctcgatatgcttgatccttcagtgtagattcgtacttgtaataatagattacttatcgaagtggtatgatgtaattgaatacagaaaaatcacaaagaatgtaatttatgttactggaaatgagattggtgatgaataccactatctaatTTTG-TTT-GT-A------TGT-G---------TGTG-T----AA-A-T-GTTAGGATC-T-T-A---A-TAC--CCTT-T-GA----AC-AATGGGTA-A-AG-AGAA-TAAAGTAAT
gi|21 : TAATTA-TAT-TA-C------GAC-T---------T-TG-T----AT---T-CTT-----C-T-TTA---A-TAC--C-TT-T-GT----AC-AATTGTTA-A-AG-AGAA-TAAAATAtga
gi|22 : C-T---------GGTG-TTTTGAT-A-T-CTT-----C-T-C-A---A-TAC--C-TT-T-GT----AC-AATTGGTA-A-AG-AGAA-TAAAGTAATttga
gi|3 : ttTTCAAA--G-TAAAT---AGAT-T-T-A-TAT---TTAGAAA---TC----A----ATGTAA-------G----TGG-AT--GAATA--AG-AA--AAGGGTC-A-CACCAAA-CG-T-ATAA-TA--TACTAAT----A--TT-----TTCA------AT--TCGTATAGGTTGG--T-CAATTTAGGA-------A--AATT-AAG---GA-AAATT-TT--AAAAAGT-T-ATTTTC-A-T-----A-AACTCCGT----CTCC--A---T-AA-GAA-C-TGT-TG-T-TTATA--------A-----T-GC-C-TGCAG-ATTG-----T--ACA------A---AGTA---------T---TA------------C-T-GT----------TA--ACTC-A--TGTATA-T--GG-T----tga
gi|4 : ttaattgaattttacaaaactactagcaacgattgtgataccctttgaacaaaaatgcatagtattatcaattcaaatcaggaaattcttgtatcgttatataattaaattttgttttaaaaatcttgacctcagccagagataatttcgtaatgtaagcataccatattgagttgtagagatatgtataaggaaaaatcacaaagaaaattcttaggtaatgaaaatagatggttatatacacacttaaTCTAAA-TG-TAG-T---AGAT-T-TTA-TAT-GATTTTGAATTTTC----A----ATAT-A-------T----TAG-GTCAG---G--AA-AA--AA-GGTC-GTCACCAAA-TG-TAATGATTA--GTTAAAT--CAG--TT-----TTTA------AT--TCTGATAACATTG--T-CAAT------------------TT-AAA---T--AAATT-TT--TTAAAGT-T-A--TTC-A-TCAATTA-AGCTCTAT-CCCCTCT--G---T-TA-TAA-C-T-G-TG-T-GTATA--------G-T-ATT-GC-T-T-CAG-TCTG-----C--ACA--T---A---TGTA---------CA--TGTACATACATGTTC-T-GT----------TA--ATTT-A--T-CATA-T--TG-T----ACAGTTG-TAT-GA-A------TAC-T---------TGTG-T----AT-A-T-CTT-----G-T---AGATA-TAC--C-TT-T-g
gi|5 : aatgtactttatgtagtgaaaatgagattggtgatgaataccaAA-TG-AAG-TTCTAGAT-T-TTA-TTT-GATTTAGAA---TCTGGTATT--ATAT-A-------TAATATAGTGT--G---AGTAA-GAATAAGGTTCTATCAGCAAA-TGATATAAA-TA--GTCAAAT--AAAATTT-----TTTAAAAAATAT--TTTGATAA-ATTG--T-CAATTTAAGGT------ATTAATT-AAG---TAGAAATT-TG--TTGAAGT-TAA--CTCAA-TT----ACAACTTTTA-CCCCTCCCTATT-T-TATTGATC-T-TATG-T-ATATATAATTAATT-T-AAT-G--T-T-CAG-TTTGA----TAAATA--T---A---TGTA---------TAT-TA------------C-T-GT----------TA--ATTT-AT-T-CGTA-T--TG-T----ATAATAA-TAT-Gtctattctggttgtgcttttatgtgtacactgcaaataaaaattgtgtaggcctagacttgctatttttgttatttgggagtaaaa
gi|6 : ttttgtattagattaatgagaatttggtgtatgactcaaatatcccaatacgttactatcgatattataaatgttTTTAAA-TG-TAG-T---AGAT-T-TTA-TAT-GATTAGGAA---TC----A----ATGT-ACAGTGTAT----TAG-GT--G---G--AA-GA--ACAGGTC-AGCACCAAA-TG-TAATAA-TT--GTCAAAT--CAA--TT-----TTTA------AT--TCTGATAATATTG--T-CAATTTAAGA-------A--AATT-AAG---T--AAATT-GT--TGAAAGT-T-A--TTC-A-TC----A-AACTCTAT-CCCCTCC--A---T-TA-TGA-C-T-T-TG-C-ATATA--------A-T-ATT-GC-T-T-CAG-TTTG-----T--ACA--T---A---TGTA---------TA--TA------------ttatgatttaattat
gi|7 : atcattatatagatatagtgaccatattagtttggaaaatgtaataatagattaccaatcgaagtgggtagatggtatggcatagaaatgtactttatgtaatgacaatgagattggtgatgaataccactatctaAAA-TG-TAG-T---AGAT-TATTAGTAT-AATTAGGAA---TC----A----ATGT-A-------T----TAG-GT--G---G--AA-GA--AAATGCC-ATCACCAAATTG-TAATAA-TA--GGTAAATTCCAA--TT-----TTTA------AT--TTTGATAATATTGTTT-CAATATCAGAATATAAGA--AATT-AAGTA-T--AAATT-TT--TG-----------------------A-AACTCTAT--CCCTCC--A---T-TA-TGA-C-T-T-TG-T-TTATA--------G-T-A-T-GCTT-T-CAGTTTTG-----T--ACA--T---A---TGTA---------TATTTA------------CTT-GT----------TATCATTT-ATGT-CAT--T--TG-TATGAATACTT--TAT-GAGA------TAC-T---------T-TG-T----AT-C-T-C-----------C-A---A-TAC--C-TT-TCGT----ACTGATTGGTATA-AG-AGAA-TAAATTA
gi|8 : atttattgtaatgaaaatgagatttggatgaattaccAAT--TAA--TTCTCATTTTA------AT--TCTGAAAATATTG--T-CAATTTAAGA-------A--AATT-AAG---T--AAATT-TT--TAAAAGT-T-A--TTC-A-CC----A-AACTCTGC-CCCCTCT--A---T-AA-TGA-C-T-T-TGCT-TTATA--------A-----T-GC-T-T-CAG-ACAG-----T--ACA--T---A---GGTA---------TA--TA------------C-T-GT----------TA--TTCT-G--T-CATA-T--TG-T----ATACTga
gi|8 : aaatacttttatgcaaagaaaccaatagatcttcgattaaacagagtgtacataaaaaatcacgtaccA-T-T-C-TG-TCATATT--------G-T-AT--AC-TGT-TAA-TCTA-----T--CC---T---A---T-TG---------TA--TA------------C-T-GT----------TA--ATCT-A--T-CATA-T--TG-T----ATATTTG-TAT-GA-A------TAC-T---------TGTG-T----AT-A-T-TTT-----C-T-C-A---A-TAC--C-AT-T-GT----AC-GTTT--------G-AGAA-TAAAGgttaatctatcctattgtatactgttaatctatcatattgtatatttgtatgaatacttgtgtatattttctcaataccattgtacgtttgagaataaaga
gi|9 : aaatacttttatgcaaagaaaccaatagatcttcgattaaacagagtgtacataaaaaatcacgtaccaattaattctcattttaattctgaaaatattgtcaatttaagaaaattaagtaaatttttaaaagttattcaccaaactctgccccctctataatgactttgctttataatgcttcagacagtacataggtatatactgttTTTAAA-TG-TAG-T---AGAT-T-TTA-TAT-GATTAGGAA---TC----A----ATGT-A-------T----TAA-GT--G---G--AA-AA--AAGGGTC-ATCACCAAA-TG-TAATAA-TA--GTCAAAT--CGA--TT-----TTTA------AT--TCTGATAATACTG--T-CAATTTAAGA-------A--AATT-AAG---T--AAATT-TT--TTAAAGT-T-A--TTC-A-TC----A-AACTCTAT-CCCCTTC--A---T-TA-TGA-C-T-T-TG-T-ATATA--------A-T-ATT-GC-T-T-CAG-TGTG-----T--ACA--T---A---TGTA---------TA--TA------------C-T-GC----------TA--ATTT-A--T-CATA-T--TG-T----ATATTTG-TAT-GA-A------TAC-T---------TGTG-T----AT-A-T-CTT-----C-T-C-A---A-TAC--C-TT-T-GT----AC-AATTGGTA-A-AG-AGAA-TAAAGTAATa
blockSeqs : A . A TCT . A G . TTT TGGTATT A CAGTGTAT T GAATA . AT TAT T A T . TCC AT CTCAT AAAAAT AT C TT T ATATAAG TT T ACCC G GA A A TTTT A . CAATT C T CT TTTT T T C G A C C TAATTAATTT TTA T G G T GAACA AA TG GTA ATT GGTACTACA TT TACATACATGTTC T . TC . TG A G . T ATGA T A G G TACATG ATGTAGCTTGA A TTTG C T . AGGAT . A T GAT T TA C A C TCAC T T C A .
blockSeqs : . . . . . . . . . ATCTA . TAATA . CAGG . . GT . . . . C . . . . T . . T . . TAG . TG . . TC . . C . . . AAT . . . . . . . GTC TT . . . . A . . . . . T CC . . . . T G . . . . T . . . . TT T . . . . G . . . . . A . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A . TTA . CAGG . . GT . . . . C . . . . G . . . . . TAT . AA . . TT . . C . . . TA . . . . . . . GTT AT . . . . . . . . . . . CT . . . . . . . . . . T . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A . T . GAGT . . AG . . . . A . . . . C . . . . . GA . TT . . CT . . C . . . TA . . . . . . . GT TT . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . T . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A . G . GG . . AT . . . . C . . . . T . . . . . C . TT . . TT . . T . . . TA . . . . . . . GT AT . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . T . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A . T . GG . . AT . . . . T . . . . T . . . . . T . TG . . TT . . C . . . TT . . . . . . . GT TT . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . T . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A . T . GG . . A . . . . C . . . . T . . . . . T . TG . . TT . . C . . . TT . . . . . . . AT TT . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . A . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A . T . G . . . . . . . T . . . . . T . TA . . C . . C . . . TT . . . . . . . GT T . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . G . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T . TT . . T . . . . . . TA . . . . . . . GT T . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . A . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . A . . . . . . . . . TT . . . . . . . AT T . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . C . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . A . . . . . . . . . T . . . . . . . A T . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . C . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A T . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . T . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : *** GG******* ** TN** TN**** *** C************* ********** ** ******
originalCons : TTTAAA-TG-TAG-T---AGAT-T-TTA-TAT-GATTAGGAA---TC----A----ATGT-A-------T----TAG-GT--G---G--AA-AA--AAGGGTC-GTCACCAAA-TG-TAATAA-TA--GTCAAAT--CAA--TT-----TTTA------AT--TCTGATAATATTG--T-CAATTTAAGA-------A--AATT-AAG---T--AAATT-TT--TNAAAGT-T-A--TTC-A-TC----A-AACTCTGT-CCCCTCC--A---T-TA-TGA-C-T-T-TG-T-ATATA--------G-T-ATT-GC-T-T-CAG-TCTG-----T--ACA--T---A---TGTA---------TA--TA------------C-T-GT----------TA--ATTT-A--T-CATA-T--TG-T----ATATTTG-TAT-GA-A------TAC-T---------TGTG-T----AT-A-T-CTT-----C-T-C-A---A-TAC--C-TT-T-GT----AC-AATTGGTA-A-AG-AGAA-TAAAGTAAT
finalCons : TTTAAA-TG-TAG-T---AGAT-T-TTA-TAT-GATTAGGAA---TC----A----ATGT-A-------T----TAG-GTGG-------AA-AA--AAGGGTC-GTCACCAAA-TG-TAATAA-TA--GTCAAAT--CAA--TT-----TTTA------AT--TCTGATAATATTG--T-CAATTTAAGA-------A--AATT-AAG---T--AAATT-TTTN--AAAGT-T-A--TTC-A-TC----A-AACTCTGT-CCCCTCC--ATN----A-TGA-C-T-T-TG-T-ATATA--------G-T-ATT-GC-T-T-CAG-TCTG-----T--ACA--T---A---TGTA---------TA--TAC-------------T-GT----------TA--ATTT-A--T-CATA-T--TG-T----ATATTTG-TAT-GA-A------TAC-T---------TGTG-T----AT-A-T-CTT-----C-T-C-A---A-TAC--C-TT-T-GT----AC-AATTGGTA-A-AG-AGAA-TAAAGTAAT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TTAACATGTTCTTTAATTAGTAGATTACAAGTGTTTGTGTATCTACTTTTTGTATTCTAGTTGAGCTATTATGTGTGCACTGCAAAAAAACTTTGTAGGCCCATACTCGCTATGTTGTTTATTTGGAGTAAAAT
Unaligned ( gi|16 ): TGTGTATCTACCTTTATTGTATTCGTAGTTGAGCTATTATGTGTGGCACTGCGCAATAAAACTTTGTAGGCCGAATTAGCTCGCTATGTTTGTTATTGTCGCTATGTTGTTATTTTGGAGTAAAAT
Alignments
lowQualScore : 111 111111111 222222222222 111111111 11111 111111 1111111 111111 111111 111111111111 111111111 11111111111111 1111111111 111111 11111111111
lowQualScore : 4 4 4 222 4 4 4 4 777 666666666 0 4 333333333333 4 999999999 4 66 888 5 5 0 5 66 666 66 11111 222222 66 1 44 3 0 4444444 44 3 333333 3 6666 3 3 8888 3 3 88888 3 0 3 44 111111 3 3 3 3 3 3 3 222222222222 444 3 3 3 3 99999 33 33 444 777 000000000 55 33333333333333 2 0000000000 33 2 55 5 2 33 2 5555 2 2 2 2 000000 55555555555 5 5555 2 2 2 88888 2 2 2 444 5 55 2 2 2 5555 2 2 2 2 2
lowQualScore : . . . ... . . . . ... ......... . . ............ . ......... . .. ... . . . . .. ... .. ..... ...... .. . .. . . ....... .. . ...... . .... . . .... . . ..... . . . .. ...... . . . . . . . ............ ... . . . . ..... .. .. ... ... ......... .. .............. . .......... .. . .. . . .. . .... . . . . ...... ........... . .... . . . ..... . . . ... . .. . . . .... . . . . .
lowQualScore : 4 4 4 222 4 4 4 4 888 000000000 9 4 777777777777 4 777777777 4 11 222 0 0 4 0 99 222 11 11111 888888 11 3 66 3 3 2222222 66 3 888888 3 8888 3 3 6666 3 3 88888 3 1 3 66 222222 3 1 1 1 1 1 1 777777777777 111 1 1 1 1 33333 77 77 444 888 000000000 99 55555555555555 7 9999999999 44 5 99 0 5 44 5 3333 9 5 5 7 333333 11111111111 0 3333 5 5 5 88888 5 5 5 444 0 99 5 5 5 7777 7 7 7 9 9
consensus : TTTAAA-TG-TAG-T---AGAT-T-TTA-TAT-GATTAGGAA---TC----A----ATGT-A-------T----TAG-GT--G---G--AA-AA--AAGGGTC-GTCACCAAA-TG-TAATAA-TA--GTCAAAT--CAA--TT-----TTTA------AT--TCTGATAATATTG--T-CAATTTAAGA-------A--AATT-AAG---T--AAATT-TT--TNAAAGT-T-A--TTC-A-TC----A-AACTCTGT-CCCCTCC--A---TN-A-TGA-C-T-T-TG-T-ATATA--------G-T-ATT-GC-T-T-CAG-TCTG-----T--ACA--T---A---TGTA---------TA--TA------------C-T-GT----------TA--ATTT-A--T-CATA-T--TG-T----ATATTTG-TAT-GA-A------TAC-T---------TGTG-T----AT-A-T-CTT-----C-T-C-A---A-TAC--C-TT-T-GT----AC-AATTGGTA-A-AG-AGAA-TAAAGTAAT
Reference ( family-1867 ) : TTTAAA-TG-TAG-T---AGAT-T-TTA-TAT-GATTAGGAA---TC----A----ATGT-A-------T----TAG-GT--G---G--AA-AA--AAGGGTC-GTCACCAAA-TG-TAATAA-TA--GTCAAAT--CAA--TT-----TTTA------AT--TCTGATAATATTG--T-CAATTTAAGA-------A--AATT-AAG---T--AAATT-TT--TNAAAGT-T-A--TTC-A-TC----A-AACTCTGT-CCCCTCC--A---TN-A-TGA-C-T-T-TG-T-ATATA--------G-T-ATT-GC-T-T-CAG-TCTG-----T--ACA--T---A---TGTA---------TA--TA------------C-T-GT----------TA--ATTT-A--T-CATA-T--TG-T----ATATTTG-TAT-GA-A------TAC-T---------TGTG-T----AT-A-T-CTT-----C-T-C-A---A-TAC--C-TT-T-GT----AC-AATTGGTA-A-AG-AGAA-TAAAGTAAT
gi|1 : TTTAAA-TGCTAG-TT--AGATCT-TTA-TATCGATTAGGAA---TC----A----AT-T-A-------T----TAG-GC--G---GC-AATAA--AAGCGTC-CTCACCAAA-TG-TACTAA-TATAGTCAAA---CAA--TT-----TTTA------AT--TCCGATAATATTG--T-CAATTTAAG--------A--AATT-AAG---T---AATT-TTCCTTAAAGT-T-A--TTC-ATTC----A-AGCT-TAT-CCCCCCT--ACACTT-A-TGA-C-T-T-TG-T-AT-TA--------G-T-ATT-GC-T-T-CAG-TCTG-----T--ACA--T---ATT-TGCA---------TA--TA------------CAT-GTACTGTTTACATG--ATGTAA--T-CACA-TAAT--T----GTATTTG-TAT-GA-AC-----TAC-T---------TGTG-T----AT-A-TCCTT-----CTT-C-A---ATTAC--C-TT-G-CT----AC-AATGTGTA-A-A
gi|10 : tttcaaatatggtgtaaattttgtaacttcaaatgcatgcaaggttcttggtttttcgaagtagattgttttaaatgaaaaatattactagatatttagatttcggttaaggttgttttgcaatggagaaacttgatttgaatgtttttttaaaaatgcaattaaagcaacgaattggctgatttagtttgaacaaaattggcatcagtaatgtaattcaatgttcatccaaaggagtttttatcgtataataaaaagattaagttttgttttgaaagttaccttgatatgctttgatccttagacagaattcagccatgtgtaattttcgtacatgttaataatatattaccgatccaagtgggagatggtatggatggaaaaatcacaagaaaatgtactttatctaatgaaaatgagattggtgatgaattaccactatctaTTTAAAATG-TAG-T---AGAG-T-TTA-TAT-GATTAGAAA---TC----A----A-GT-A-------TTA--TAG-GT------G--AA-AA--AAGGcgggtgaaacacaataaagg
gi|11 : ttctgtacatgtacaatgtacaatagccatgtgtagatttcgtacatgtaataatagattacatatcaaagttggtaaattggtataacataaatcacaaagaaagtgtattttatgtaatgaaaaatggaggatgtgatgaataccactatcta--T-CAATT-GAGA-------A--AATC-AAGACCC--AAA--------AGAAAT-G-A--C-C-A-T-----A-AA-TCTGT-CCCCTCC--A---AATA-TGA-CCT-T-TG-T-ATATA--------G-TCATTAGC-T-T-C-G-TCTAGAACAT--ACA--TGTAA---TGTA---------TA--TA------------C-T-TT----------TA--ATTT-A--T-CATA-A--TATT----ATATTTGATAT-GA-A------TAC-----------TGTG-T----AT-A-T-CTTG----C-T-C-A---A-TATTAC-TTAT-GT----AC-AATTGGTA-ACAG-AGAATTAAA
gi|12 : TAACATTG--T-CACTTTTCAA-------A--CATT-AAG---C--AAATT-GT--GAAAAGT-T-G--TCC-A-TC----A-AACTCTGT-CCCCTCC--A---TA-A-TG----T-T-TA-T-ACAT---------G-T-AT-----------G-TACG-----T--ACATGT---A---TGTA---------TA--TA------------A-T-G------------A--CCAT-A--C-CATA-T--CG-T----ATAT----TAT----A------TA------------TGTA-T----AT-A-T-CTT-----C-T-C-A---A-TAC--C-TT-T-GT----AA-TATTGGTA-A-GG-AGAA-TAATGTAA
gi|13 : ATTG--TTCAATTTAAGA-------A--AATTTAAG---T--AGATTGTT--TGAAAGTAT-A------A-TC----A-AACTTTGTTCCCCTCC--A---TA-G-TGA-C-T-T-TG----TATA--------GTT-ATT-GC-C-T--AG-TCTG-----T--ACA--T---A---TGTA----------A--TA------------C-T-G-----------TA--ATTT----T-C-----------------------------------------T---------TGTGAT----AT-A-T-CTT-----C-T-C-A---A-TAC--C-TT-T-GT----AC-AATTGGT----AG-AGAA-TA
gi|15 : TA-----T--ACA--T---A---TGTAGGTACTACATG--TA------------CCT-GT----------TA--ATTT-A--TACATAGT--TG------ATATTTG-TAT-GA-A------TACATGTAGCTTGATGTG-T----AT-A-T-CAT-----C-T-C-A---ATTAC--C-TG-T-ATTCACAC-ACTGGGTA-A-AG-AGAA-TAGAATc
gi|17 : gTA-----T--ATA--T---A---TACA---------TG--TA------------C-C-GT----------TA--ATTT-A--T-CATA-T--TG-T----ATATTTG-TAT-GA-ATACATGTAC-T---------TGTGTT----ATCA-T-CAT-----C-T-C-A---A-TAC--C-TT-T-GT----AC-AATTGGTA-A-AG-AGAA-TAAAGT
gi|18 : tttataca---A---TGTA---------TC--TA------------T-TTGT----------TA--ATCT-A--C-CATA-T--TG-T----ATATTTG-TATGGA-A------TA--T---------TGTG-T----AT-A-T-TTT-----C-T-C-A---A-TAC--C-TT-T-GT----TT-AA-TGGTA-A-AG-GGGA-
gi|19 : ----------TA--ATT--A--T-CATA-T--TG-T----ATA-TTG-TAT-GA-A------TACTT---------TCTG-T----AT-ATT-CTT-----C-T-C-A---A-TACA-C-TT-T-GT----AC-AA-TGGTT-A-AA-TGAA-GAAAt
gi|2 : TTTAAA-TG-TAG-T---AGAT-T-TTA-TAT-GATTATGAA---TT----ATCTAATAT-A-------T----TAG-GTCAG---G--AA-AA--GAGTTCC-GTCACCAA--TG-TAA-AA-TA--GTCAAAT--CA---TT-----TTTA------ATATTCTAATAATATTG--T-CAATTTA-GA-------A--AAT--GAG---T--AAAGT-TT---AAAAGT-T-A--T-C-A-TC----A-AACTCTAT-CCCCTCC--A---T-----GA-C-T-T-TG-T-ATATA--------G-T-AAT-GC-T---CAG-TTTG-----T--AGA--T---AATTTATA---------TA--TA------------C-T-GT----------TA--AT---A--T-CAT-----------------CTG-TAT-G---------TCC------------ATG-T----AT-A-T-CAT-----C-TAC-A---A-TAC--C-TT-T-GT----AC-AATT-GTA-A-AGAAGAA-TAAAGTAA
gi|20 : tcttccgataagtatacatttttgtaatagcaaattcatgcaagggtcttgttatttctcgaagtggatgttttacctgaaaaatttaggatattgaaaaaataatatttggaggtattaatggcggaactaatatgaatgtttaaaagcatctaattgtgattcagttgggaaaaaaattggcatagtaatgttcaatttcatccaaaggagttctatcgtataaacaaagaaagattttgttttgaaaattatctcgatatgcttgatccttcagtgtagattcgtacttgtaataatagattacttatcgaagtggtatgatgtaattgaatacagaaaaatcacaaagaatgtaatttatgttactggaaatgagattggtgatgaataccactatctaatTTTG-TTT-GT-A------TGT-G---------TGTG-T----AA-A-T-GTTAGGATC-T-T-A---A-TAC--CCTT-T-GA----AC-AATGGGTA-A-AG-AGAA-TAAAGTAAT
gi|21 : TAATTA-TAT-TA-C------GAC-T---------T-TG-T----AT---T-CTT-----C-T-TTA---A-TAC--C-TT-T-GT----AC-AATTGTTA-A-AG-AGAA-TAAAATAtga
gi|22 : C-T---------GGTG-TTTTGAT-A-T-CTT-----C-T-C-A---A-TAC--C-TT-T-GT----AC-AATTGGTA-A-AG-AGAA-TAAAGTAATttga
gi|3 : ttTTCAAA--G-TAAAT---AGAT-T-T-A-TAT---TTAGAAA---TC----A----ATGTAA-------G----TGG-AT--GAATA--AG-AA--AAGGGTC-A-CACCAAA-CG-T-ATAA-TA--TACTAAT----A--TT-----TTCA------AT--TCGTATAGGTTGG--T-CAATTTAGGA-------A--AATT-AAG---GA-AAATT-TT--AAAAAGT-T-ATTTTC-A-T-----A-AACTCCGT----CTCC--A---TA-A-GAA-C-TGT-TG-T-TTATA--------A-----T-GC-C-TGCAG-ATTG-----T--ACA------A---AGTA---------T---TA------------C-T-GT----------TA--ACTC-A--TGTATA-T--GG-T----tga
gi|4 : ttaattgaattttacaaaactactagcaacgattgtgataccctttgaacaaaaatgcatagtattatcaattcaaatcaggaaattcttgtatcgttatataattaaattttgttttaaaaatcttgacctcagccagagataatttcgtaatgtaagcataccatattgagttgtagagatatgtataaggaaaaatcacaaagaaaattcttaggtaatgaaaatagatggttatatacacacttaaTCTAAA-TG-TAG-T---AGAT-T-TTA-TAT-GATTTTGAATTTTC----A----ATAT-A-------T----TAG-GTCAG---G--AA-AA--AA-GGTC-GTCACCAAA-TG-TAATGATTA--GTTAAAT--CAG--TT-----TTTA------AT--TCTGATAACATTG--T-CAAT------------------TT-AAA---T--AAATT-TT--TTAAAGT-T-A--TTC-A-TCAATTA-AGCTCTAT-CCCCTCT--G---TT-A-TAA-C-T-G-TG-T-GTATA--------G-T-ATT-GC-T-T-CAG-TCTG-----C--ACA--T---A---TGTA---------CA--TGTACATACATGTTC-T-GT----------TA--ATTT-A--T-CATA-T--TG-T----ACAGTTG-TAT-GA-A------TAC-T---------TGTG-T----AT-A-T-CTT-----G-T---AGATA-TAC--C-TT-T-g
gi|5 : aatgtactttatgtagtgaaaatgagattggtgatgaataccaAA-TG-AAG-TTCTAGAT-T-TTA-TTT-GATTTAGAA---TCTGGTATT--ATAT-A-------TAATATAGTGT--G---AGTAA-GAATAAGGTTCTATCAGCAAA-TGATATAAA-TA--GTCAAAT--AAAATTT-----TTTAAAAAATAT--TTTGATAA-ATTG--T-CAATTTAAGGT------ATTAATT-AAG---TAGAAATT-TG--TTGAAGT-TAA--CTCAA-TT----ACAACTTTTA-CCCCTCCCTATT-TT-ATTGATC-T-TATG-T-ATATATAATTAATT-T-AAT-G--T-T-CAG-TTTGA----TAAATA--T---A---TGTA---------TAT-TA------------C-T-GT----------TA--ATTT-AT-T-CGTA-T--TG-T----ATAATAA-TAT-Gtctattctggttgtgcttttatgtgtacactgcaaataaaaattgtgtaggcctagacttgctatttttgttatttgggagtaaaa
gi|6 : ttttgtattagattaatgagaatttggtgtatgactcaaatatcccaatacgttactatcgatattataaatgttTTTAAA-TG-TAG-T---AGAT-T-TTA-TAT-GATTAGGAA---TC----A----ATGT-ACAGTGTAT----TAG-GT--G---G--AA-GA--ACAGGTC-AGCACCAAA-TG-TAATAA-TT--GTCAAAT--CAA--TT-----TTTA------AT--TCTGATAATATTG--T-CAATTTAAGA-------A--AATT-AAG---T--AAATT-GT--TGAAAGT-T-A--TTC-A-TC----A-AACTCTAT-CCCCTCC--A---TT-A-TGA-C-T-T-TG-C-ATATA--------A-T-ATT-GC-T-T-CAG-TTTG-----T--ACA--T---A---TGTA---------TA--TA------------ttatgatttaattat
gi|7 : atcattatatagatatagtgaccatattagtttggaaaatgtaataatagattaccaatcgaagtgggtagatggtatggcatagaaatgtactttatgtaatgacaatgagattggtgatgaataccactatctaAAA-TG-TAG-T---AGAT-TATTAGTAT-AATTAGGAA---TC----A----ATGT-A-------T----TAG-GT--G---G--AA-GA--AAATGCC-ATCACCAAATTG-TAATAA-TA--GGTAAATTCCAA--TT-----TTTA------AT--TTTGATAATATTGTTT-CAATATCAGAATATAAGA--AATT-AAGTA-T--AAATT-TT--TG-----------------------A-AACTCTAT--CCCTCC--A---TT-A-TGA-C-T-T-TG-T-TTATA--------G-T-A-T-GCTT-T-CAGTTTTG-----T--ACA--T---A---TGTA---------TATTTA------------CTT-GT----------TATCATTT-ATGT-CAT--T--TG-TATGAATACTT--TAT-GAGA------TAC-T---------T-TG-T----AT-C-T-C-----------C-A---A-TAC--C-TT-TCGT----ACTGATTGGTATA-AG-AGAA-TAAATTA
gi|8 : atttattgtaatgaaaatgagatttggatgaattaccAAT--TAA--TTCTCATTTTA------AT--TCTGAAAATATTG--T-CAATTTAAGA-------A--AATT-AAG---T--AAATT-TT--TAAAAGT-T-A--TTC-A-CC----A-AACTCTGC-CCCCTCT--A---TA-A-TGA-C-T-T-TGCT-TTATA--------A-----T-GC-T-T-CAG-ACAG-----T--ACA--T---A---GGTA---------TA--TA------------C-T-GT----------TA--TTCT-G--T-CATA-T--TG-T----ATACTga
gi|8 : aaatacttttatgcaaagaaaccaatagatcttcgattaaacagagtgtacataaaaaatcacgtaccA-T-T-C-TG-TCATATT--------G-T-AT--AC-TGT-TAA-TCTA-----T--CC---T---A---T-TG---------TA--TA------------C-T-GT----------TA--ATCT-A--T-CATA-T--TG-T----ATATTTG-TAT-GA-A------TAC-T---------TGTG-T----AT-A-T-TTT-----C-T-C-A---A-TAC--C-AT-T-GT----AC-GTTT--------G-AGAA-TAAAGgttaatctatcctattgtatactgttaatctatcatattgtatatttgtatgaatacttgtgtatattttctcaataccattgtacgtttgagaataaaga
gi|9 : aaatacttttatgcaaagaaaccaatagatcttcgattaaacagagtgtacataaaaaatcacgtaccaattaattctcattttaattctgaaaatattgtcaatttaagaaaattaagtaaatttttaaaagttattcaccaaactctgccccctctataatgactttgctttataatgcttcagacagtacataggtatatactgttTTTAAA-TG-TAG-T---AGAT-T-TTA-TAT-GATTAGGAA---TC----A----ATGT-A-------T----TAA-GT--G---G--AA-AA--AAGGGTC-ATCACCAAA-TG-TAATAA-TA--GTCAAAT--CGA--TT-----TTTA------AT--TCTGATAATACTG--T-CAATTTAAGA-------A--AATT-AAG---T--AAATT-TT--TTAAAGT-T-A--TTC-A-TC----A-AACTCTAT-CCCCTTC--A---TT-A-TGA-C-T-T-TG-T-ATATA--------A-T-ATT-GC-T-T-CAG-TGTG-----T--ACA--T---A---TGTA---------TA--TA------------C-T-GC----------TA--ATTT-A--T-CATA-T--TG-T----ATATTTG-TAT-GA-A------TAC-T---------TGTG-T----AT-A-T-CTT-----C-T-C-A---A-TAC--C-TT-T-GT----AC-AATTGGTA-A-AG-AGAA-TAAAGTAATa
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TTAACATGTTCTTTAATTAGTAGATTACAAGTGTTTGTGTATCTACTTTTTGTATTCTAGTTGAGCTATTATGTGTGCACTGCAAAAAAACTTTGTAGGCCCATACTCGCTATGTTGTTTATTTGGAGTAAAAT
Unaligned ( gi|16 ): TGTGTATCTACCTTTATTGTATTCGTAGTTGAGCTATTATGTGTGGCACTGCGCAATAAAACTTTGTAGGCCGAATTAGCTCGCTATGTTTGTTATTGTCGCTATGTTGTTATTTTGGAGTAAAAT