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gi|1 : ttctatttgtatcaatttgtatatcttttccattcgatttgcttta---------T---------TT---------C---------ATTTTGT----ATTGT--A-TA-------TT---T-CCATTT--G-T---AA----------TT----TA-TT-T-CTTCCATTTGAA-TTGCATA-----AT--TTGT---C---AT-TTGTATTG---TAT-----T-A----T-ATTTTATTT-GCAT----TGGAA-----------TGTATAA-A--TGTT-C-ATTTGCG-T-------T--GT---A-----T-CC---CAG---GGA-T--TGGT-----TAT---T-TAGGT-TT--G--T--TACATACATGTA-AG-C----TTT-C---ATT-G-----------GCTAAAT--------------CATAAA-------T---T----A------------------------TC--G-T-TTATCGTATAGTATGC----AT---GA------------GG--------------TT-------------TATAGGATGGTT--TACACGAGG---TCA--AG-TTCAG----GAGCCACATTTCGCAAAA--TACTGCATACATGTACCGTA-TTTGCTAAATGCAATGGCGagggattg
gi|1 : tgtccatttgtatttcatatctttcatttcagaattgcatattgtttcatttgtattgtatatttttaatttgcattggataattttt---------TC---------C---------ATTT-GT----ATTTC--A-TA-----TCTT---T-C-ATTTCAG-A---A-----------TTG-CATA-TTGT-T--TCATTTGTA-TTGTATA-----TT--T-TT---A---AT-TTGCATTG---GA------T-AATTTT-TTTTCATTTTGTAT--------------------TGTAT-A----TTTC-C-ATTTGTAAT-----T-T--AT---T----TC-TT---CCATTTGAA-T--TG-------CATAA-T-T---TGTC--A--T--TT-GTAT-TGTATTA-T----ATT-TT--ATT-T-----------GC---AT-------TGGAATGTATAAA-------T---G----T------------------------TC--A-T-TTG---CGTTGTATCC----CA---GG------------GA--------------TT-------------GG---------T--TAtgaa
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Reference ( family-1860 ) : ATGGCATGTCAAACGTTGC---A---A-TAT---------T--T---------C---------ATTT--GTATTGT--A----------------TA-----ATTTTCCAT-----T--T--G---------T---A-T-----TGT-----AT-AT--T-TTCCATTTGTATTG---TAT--ANT-----T-T-T-CAT-TTGNAT--TGTA--T-A------T-TTT-TCATT-T-G----TAT--TGT--T-G-CAT---A-A-TTTT-CA-TTTGTA-T----T-TATTATCT--TCCATTTGT-ATT-----------------GTAT--TT--T---------TT-----A---T-TTGT---A-----T---T--------GTAT---A--AT-T---TT-C---A-TT-T----G---T---AT-------TG-----TANA-A----------TTN---TTC--G--TTT---GT----ATT-GT-ATCC----GAG---G------------GA--------------TTT--G---------TTA---CA-AAGGATTTCATTGG-TTTAA----A----ACGTTTCGCNAGA--AA----G----TACATGTG--CCGTA-TTTGCTAAATGCAATGGCG
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gi|10 : tgtccatttgtatttcatatctttcatttcagaattgcatattgtttcatttgtattgtatatttttaatttgcattggataatttttATGGTATGTCAAACGTTGC---A---A-TAT---------T--T---------A---------ATCT-------------------------------------TTTCTAT-----T--T--G---------T---A-T-----TATCA---AA-AT--T-TTC-ATTTGCATTG---T-T--GAT-----T-T-T-CAT-TTGCAT--TGTA--T-AA-----T-GTT-TCATT-T-G----TAT--TCT-------AT---G-T-TTTC-TA-TTTGAA-T----TACATACTTT--TCCATCTGT-ATT-----------------ATGT--AA--C---------TT-----------TTCT---A-----T---T--------GCAT---A--AT-T---TC-C---AATT-T----T---T---AT-------TG-----TAAG-A----------TAT---TTC--A--CTT---GT----ATT-GT-ATCC----GAG---G------------Gtgaa
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gi|6 : ATGGCATATCAAACATTGT---A---A-TAT---------T--TGATCTTTTCT---------ATTT--GTATTGT--A----------------AC-----ATTTTTCAT-----T--T--A---------C---A-T-----TGT-----AT-AA--TACTTCATTTGTATTG---TAT--AAT-----T-T-T-C-------------TA--T-A------T-TTT-CCATT-T--------T--CAT--A-G-CAT---ATA-TTTT-CA-TTTGTA-T----T-CTTTATTT--TCTATATTT-ATT-----------------ACATGATT--T---------TCCATAAA---T-TTGT---A-----T---TATGTAACTGTAT---G--AT-T---TC-C---A-TT-T----G---T---AT-------TG-----CAAC-A----------TTA---TTC--A--GTT---GT----ATT-GT-ATCC----AAG---A------------GA--------------TTT--T---------TTgat
gi|7 : T--A----------------TG-----GTTTTTCAT-----T--T--G---------T---A-T-----TCT-----AT-AT--T-TCCCATTTGTATTG---TAT--ATT-----A-A-T-CGTGTTGTAT--TGTAG-T-A------T-TTTGCCATTGC-A----TAT--TGTAAT-T-AAT---A-A-TTTTACA-CTTGTG-TGATGC-TATCAT-T--TCCATTTGT-A----------------------------------------------A---T-TGAC---A-----T---T--------GTA----A--AT-T---TT-C---A-TTGT----G---C---AT-------TG-----T---------------TTA---T----G--TTT---GT----TTT-GT--TCC----GAT---G------------GAG-------------TTC--A---------TTA---
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TTAATGGGCTAAATTAATCATTGTCTATCGTGTGCACGATGTGTATAGGATGGTTTACACGAGGTCAAGTTCAGGGACCACGTTTCTTAGCCAGGACACTGCGTGTAATGTATC
Unaligned ( gi|27 ): GCATCAACATATGTCGATTTTGGAATGCAGACGAATGAT