lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 111111 222 111 33333333333333333333333333 11111111111 11111111 11111 11 1 3333 1111 22222222222222222222222222 1111 111 111 11111 222222222222 11 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 2 2 2 5 33 555 2 222222 555 555 44 3 3 111 88 88 5 0 55 4 77777777777777777777777777 99999999999 22222222 00000 99 55 55 8888 4 2 4444 55 5 3333 5 55555555555555555555555555 5 888 5 5 6 5 5 2222 222 7 99 555 4 55555 6 1 888888888888 66 2 11 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 44 3 3
lowQualScore : . . . . .. ... . ...... ... ... .. . . ... .. .. . . .. . .......................... ........... ........ ..... .. .. .. .... . . .... .. . .... . .......................... . ... . . . . . .... ... . .. ... . ..... . . ............ .. . .. ........................................................................................................................................ .. . .
lowQualScore : 2 5 5 0 44 666 5 222222 333 444 66 6 6 444 66 66 4 9 55 0 88888888888888888888888888 22222222222 11111111 22222 88 00 00 5555 0 2 5555 55 0 4444 0 44444444444444444444444444 0 888 0 0 9 7 7 1111 999 3 22 000 3 11111 6 5 777777777777 99 9 88 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 66 3 3
consensus : GCCACATC-AAGT-T-AA--TT--TGTAG-ATT------CTC--ATCCAC---CA--GCAA-CAA-AAA---AAT--T--GGGGCGGGTGGGA--GG-A--------------T---T-------TTATTT-----------TT--------CT-G---GAA-C--TT--TAAAAT----CTGAATAAATTCA--TA--GC-ACGT-A-AGAT---AGCA------TA-TG-CT-----G-TT---AAA-C-ATGCAA-AATGCA-ATT----ATA--CATGTATTAAGACT--CTA--TATTGNA----NAAATGAAAAC-AA--TTCCGAAA--AGTTN-AA-TGC----G---------------------AAAAAAA-----------------T--TGGGG-C---GG--GGCC-TTTT-GG-GATGTGG--CGGG-------CGG----GGAT--GAG-AATC-TA--------CAAA--TTAAC-TT-GATGT
Reference ( gi|6 ) : GCTACATC-AAGT-T-AA--TT--GGTAG-ATT------CTC--TTCCAC---CA--GCAA-CAA-AAA---AAT--T--GGGACAGGTGGGA--GG-A--------------T---T-------TTATTT-----------TT--------CT-G---GAT-C--TT--TAAAAT----CTCAATAAATT----TA--GC-ACAC-A-AGAT---GGCA------TA-TG-CT-----G-TT---AAA-C-ATACAA-AATACA-ATT----ATG--CATGTATTAAGACT--CTA--CATTGCA----GACATGAAAAC-AA--TTCCGAAA--AATTT-AACTGC----G---------------------AAAAAAA-----------------T--TGGGG-C---AG--GGCC-TTTT-GG-GATGTGG--CGGA-------CGG----GGAT--GAG-AATC-TATAC-TGTACAAA--TTAAC-TT-GATGT
gi|2 : GCCACATC-AAGT--------------AG-ATT------CTC--ATCCAC---CA--GCAA-CATTAAA---AAT--T--GGGGCAGGTGGGA--GG-A--------------T---T-------TTATTT-----------TT--------CT-G---GAA-C--TT--TAAGGT----CTGATTAAATTCA--CA--GC-ATGT-A-AGAT---AGCG------TA-TG-CT-----G-TT---AAA-C-ATTGAA-AAGGCA-GTTGTACATGTACATGTATTAAGACT--CTA--TATTGAA----TAAATGAACAC-AT--TT----GA--AGTTT-AA
gi|7 : aagGCCACATC-AAGT-T-AA--TC--TGTAG-ATT------GTC--ATCCAC---CA--GAAA-CAA-AGA---AAT--T--TGGGCGGGTGGGG--AG-A--------------T---T-------TTATTTATCTTTTATTGCT--------CT-G---GAA-C--TT--TCAAAT----CTGAATAAATTCA--TA--GC-ACGC-A-AAAT---AGCA------TA-AG-CT-----G-TT---AAG-C-ACGCTA-AATACA-ATC----ATA--CATGTA-TAAGACT--tagtctttattatattgcatgcagacatgaaaaaaaaattcctgaaatttgaagtaccgaaaaaaaaataaaaaatttgggggcggggccttttgggcaggcaaggatgagaatctttcaattaacttgatgtgg
gi|12 : cagGCTACATC-AAGT-T-TA--TT--TGTAG-ATT------CTC--ATCCAC---CA--ACAA-TGA-AAG---AAT--T--GGGGCGGATGGGA--GG-A--------------T---TTTATTAATTATTT-----------TT--------CT-G---GAA-C---A--TAGAAA----CTGAATGAATT----CA--aaaatcatagaattgcacactcttggttatttgtgccat
gi|16 : gGCCACATC-AAGT-T-AA--TT--TGTAG-ATT------TTC--ATCCACCTGCA--GCAA-CAA-AAA---AAG--T--G-----GGTGGGA--GA-A--------------T---T-------ATATTT-----------TT--------TT-
gi|9 : cGCCACATC-AAGT-T-AA--TT--CGTAG-ATT------CTC--ATCtt
gi|17 : caatagtcttcattatattgcatgtggacatgaaaattttccggaaacttgaactgctggggaaaaaaaaatgaaagtaaaaaatttttgggcggagccttttggcaatcggaGCCACATC-AAGT-A-AA--TT--TGTAG-ATT------CTC--ATCCAC---CA--GCAA-CAA-AAA---AAT--T--
gi|15 : gGCTAATTC-AACT-T-AA--TTTAGATAG-ATT------ATC------AC---CGTGGTCA-CAA-AAA---AATA-T--GGGGCGGGTGGGA--GG-A--------------TA--T-------TTA--T-----------TT--------CT-T---GAT-T--CT--TA
gi|2 : CCACATC-AAGT-T-AA--TT--GAAAG-ATT------CTC--ATCCttt
gi|14 : aaggccacatcaagtagattctcatccaccagcaacattaaaaattggggcaggtgggaggattttatttttctggaactttaaggtctgattaaattcacagcatgtaagatagcgtatgctgttaaacattgaaaaggcagttgtacatgtacatgtattaagactctatattgaataaatgaacacatttgaagtttaatagtctttattatattgcatgcagacatgaaaaaaaaattcctgaaatttgaagtaccgaaaaaaaaataaaaaatttgggggcggggccttttgggcaggcaaACATC-AAGT-T-AA--TT--TGTAG-ATT------CTC--ATCCAT---CA--GTAACCAA-AAAAATAAT--T--GGGGCAGGTGGGG--GG-ATTTTATTTTTTACTT---T-------TTATTT-----------TT--------CT-G---GAA-C--TT--TAAAAT----
gi|5 : ACATC-AAGT-T-AA--TT--TGTAG-ATT------CT
gi|10 : ttttattttccttggacaattcaaaatctgattaagttcatagcgaactaaaatagtataatgctcgggttaaaacctgcaaaatacatattattaatgtataagactacctgtttattgaataaatgaaccatgtgaaagatcaatattctttaatcatattggcaatgcggatatgaaaaaatttccaagaatttgaactgcggaaaaatatgaaacatttaaaaaaaaaattggggccgtgggccttttggatgaagcgggtggggatttaACATCCAAGT-T-AA--TT--TGTAG-ATTG-----CTCATTCCCAC---Ct
gi|3 : gtggggactttaagaaattcaggggaatttctcgaactgccgaaacaaattgaaacataaaaaatctttcggcgagggtctctcgagatagttaCATC-AAGT-T-AA--TT--TGTAG-ATT------CTCA-ATCCCC---CA--cggc
gi|11 : tataagtttaatttgtagattctcatccaccagcaacaaaaatattgggggcgggtgaaaggatgcatttttcatttatgctgtgactttaaaatggaactaaaatttataggcaagtttaaacatgcaaaatgcaattatacatgtataaggactctagcattggaaaaatggactaatttaaagttcaatagtctctttttattgcacaaaagatcctgttccagtcaaaaatgaaaaaagaaaaaattggggcgcgagggccttttgagagtggaacggagacgaaacggCATC-AAGT-T-AAATTT--CGTAG-ATTGTACGATTCCATCCCAC---CA--GCAA-CAA-AAA---AAT--TAAAGGGTGGGTGAGGCTGG-A--------------G---T-------TTATTT-----------TT--------TT-----TAT-C--TTTCTGGAAC----TTTAATGAATT----CA--
gi|1 : catC-AAGT-TTAA--TTTTGGTAGGATTA-----CTAA-TCCCAC---AA--GCAA-CAA-AAATA-AATCTT--GGGACAGATGGGA--GGTA--------------TATCT-------TTATTT-----------CT--------CT-G---AA--C--TT--TAAACT----CTGAATAAATTTTAATA--GCAACGT-ACAGATCGAGGCA------TAGTGACT-----G-TT---AAA-CTATAC
gi|4 : -AAGTGT-AT--TT--GG-AA-CTT------CTC--CCCCCC---CC--CCAA-AAA-AAA---AAT--T--GGGG-AGG--GGG--GG-A--------------T---T-------TTTTTT-----------TTTTTTTTTTCT-G---GAA-C--TT--TAAAAT----CTGAATAAATTCA--TA--GC-ATGT-A-AGATT--AGCAAATAATTA-TG-CTAGCTAG-TTGATAAA-C-ATGCAA-AATACA-ATT----ATA--CATGTATTAA-ACT--CTA--TAGTGtattcaataggagatctactacagttgggaataatatggtccacaatacaagcgagttcactagggtctttcttcattttttttaatgcgctacaaaaagatccttttcacgtcaaaaatgaaaaataaacaaaatttgggaaagggcccttttgaagattcgggcgagacaactatatatctacaattaactttgatgtgg
gi|3 : -AAGT-TTAA--TT--TGTAG-ATT------CTC--ATCCAC---CA--GCAA-CAA-AAA---TAT--TG-GGGGCGGGTGAAA--GG-ATGCATT--------T---T-------TCATTTA----------TG--------CT-GT--GA--C--TT--TAAAATGGAACT-A--AAATT----TA---T-AGGC-A-AG-T----------------------------TT---AAA-C-ATGCAA-AATGCA-ATT----ATA--CATGTATAAGGACT--CTAG-CATTGGA----AAAATG--GACTAA--TTT---AA--AGTTC-AAaatagaatgggcacatatcaaagttgcaatagtctttttctattgctgaaaaatccttaaatttcatgtcaaaaatgaacattttaaaaatttggacggggcctttaataatatgaaatgggggcaggcgggaa
gi|5 : tat--------------T---T-------TTATTT-----------TC--------CTTG---GA--CAATT--CAAAAT----CTGATTAAGTTCA--TA--GC-GAACTA-AAAT---AGTA------TAATG-CTCGG--G-TT---AAAAC-CTGCAA-AATACATATT----ATT--AATGTA-TAAGACTACCTGTTTATTGAA----TAAATGAAtagtctctttttattgcacaaaagatcctgttccagtcaaaaatgaaaaaagaaaaaattggggcgcgagggccttttgagagtggaacggagacgaaacggtgggggattgagaatctacaaattaacttgatg
gi|13 : -----------TT--------CT-GATAGATTC--TT--TAAAAT----A-CAATAAATCA---TA--GC-ATGT-A-AGAT---AGCA------TA-TG-CT-----GTTT---AAA-C-ATGCAACAATGCA-ATA----ATA--TATccatgtgaaagatcaatattctttaatcatattggcaatgcggatatgaaaaaatttccaagaatttgaactgcggaaaaatatgaaacatttaaaaaaaaaattggggccgtgggccttttggatgaagcgggtggggatttaagaatctacaaattaacttgatgtt
gi|8 : ttaaTAAATT----CACAGC-ATGT-A-AGAT---AGCA------TA-TC-CT-----G-TT---AAA-C-ATTGAA-AATGCA-ATT----GTA--CATGTATTAAGACT--TTA--TATTGAA----TAAATGAACAC-AT--TT----GA--AGTTC-AA-TGN----N---------------------NNNNNNN-----------------N--NNNNN-N---NN--NNNN-NNNTAGG-GATGTtcagctatttgaaacaa
gi|9 : tgatTA--TATTGCATGTGGACATGAAAAT-T---TTCCGGAA--ACTTG-AACTGCTGGGG---------------------AAAAAAAAATGAAAGTAAAAAATTT--TTGGG-C---GG--AGCC-TTTT-GGCAAT-----------------CGG----AGAT--GAG-AATC---------TACGAA--TTAAC-TT-GATGTtcca
gi|5 : caatagtcttcat--CAATGCG----GATATGAAAA--AA--TTTCCAAG--AATTTGAACTGC----GGAAAAATATGAAACATTTAAAAAAAAAA-----------------T--TGGGG-C---CGTGGGCC-TTTT-GG--ATGAAG--CGGG-------TGG----GGATTTAAG-AATC-TA--------CAAA--TTAAC-TT-GATGTggc
gi|2 : ttttattttccttggacaattcaaaatctgattaagttcatagcgaactaaaatagtataatgctcgggttaaaacctgcaaaatacatattattaatgtataagactacctgtttattgaataaatgaaccatgtgaaagatcaatattctttaatcatattggTGCA----GACATGAAAAA-AAAATTCCTGAA--ATTTG-AAGTACC---G---------------------AAAAAAAAATAAAAAAT-------T--TGGGGGC---GG--GGCC-TTTT-G-------GG--CAGG-------CAA----GGAT--GAG-AATC-T-TTC-------AA--TTAAC-TT-GATGTt
gi|10 : aaggccacatcaagtagattctcatccaccagcaacattaaaaattggggcaggtgggaggattttatttttctggaactttaaggtctgattaaattcacagcatgtaagatagcgtatgctgttaaacattgaaaaggcagttgtacatgtacatgtattaagactctatattgaataaatgaacacatttgaagtttaatagtctttattatattgcaCCGAAACAAATTG-AA--AC----A---------------------TAAAAAA-----------------TCTTTCGG-CG--AG--GGTC-TCTC-GA-GATA-GT--TAGG-------TGG----GAAT--GAGCAATC-TA--------CAAA--TTAAC-TTGGATGTgg
gi|1 : gtggggactttaagaaattcaggggaatttctcgaactgGAAA--AAT---AA------------------------------ACAAAAT-----------------T--TGGGA-A---AG--GGCCCTTTT-GAAGAT-T----CGGG-------CGA----G------AC-AA-C-TATATATCTACAA---TTAACTTT-GATGTcggc
gi|3 : caagtttaattttggtaggattactaatcccacaagcaacaaaaataaatcttgggacagatgggaggtatatctttatttctctgaactttaaactctgaataaattttaatagcaacgtacagatcgaggcatagtgactgttaaactatactattcaataggagatctactacagttgggaataatatggtccacaatacaagcgagttcactagggtctttcttcattttttttaatgcgctacaaaaagatccttttcacgtcaaaaatAAAAAA-----------------T--TGGGG-CGCGAG--GGCC-TTTT-GA-GA-GTGGAACGGAGACGAAACGGTGGGGGATT-GAG-AATC-TA--------CAAA--TTAAC-TT-GATGgg
gi|11 : tataagtttaatttgtagattctcatccaccagcaacaaaaatattgggggcgggtgaaaggatgcatttttcatttatgctgtgactttaaaatggaactaaaatttataggcaagtttaaacatgcaaaatgcaattatacatgtataaggactctagcattggaaaaatggactaatttaaagttcaatagtctctttttattgcacaaaagatcctgttccagtcaaaaatgaaaaaagG----GGAT--G-G-AATCGTACAA-TCTACGAAATTTAAC-TT-GATG
gi|7 : cat----GGAT--GAC-AATC-TA--------CAGA--TTAAC-TT-GATGTaccagcaacaaaaaaattaaagggtgggtgaggctggagtttattttttttatctttctggaactttaatgaattca
gi|12 : caggcc----GGAT--GAG-AATC-TA--------CAAA--TAAAC-TT-GATGTaccagaaacaaagaaatttgggcgggtggggagattttatttatcttttattgctctggaactttcaaatctgaataaattcatagcacgcaaaatagcataagctgttaagcacgctaaatacaatcatacatgtataagactaaaatcatagaattgcacactcttggttatttgtgccat
gi|14 : ggct----GGAT--GAG-AATC-TA--------CAAA--TTAAC-TT-GATGTaccaacaatgaaagaattggggcggatgggaggattttattaattatttttctggaacatagaaactgaatgaattca
gi|16 : ----GGAT--GAA-AATC-TA--------CAAA--TTAAC-TT-GATGTatcagtaaccaaaaaaataattggggcaggtggggggattttattttttactttttatttttctggaactttaaaat
gi|17 : cgcc----GGAT--GAG-AATC-TA--------CAAA--TTTAC-TT-GATGTacctgcagcaacaaaaaaagtgggtgggagaattatattttttttt
Alignments
lowQualScore : 1111111 111 22222222222222222222222222222222222 22222222222222222222 1111 111111 1111111 111111 11111 333333333 333333333333333333333333333333333333333333 222222 555555555555555555555555555555555 11 1111111
lowQualScore : 6 44 44 44 3 3 0000000 6 555 3 3 000 88888 55 666 77777777777777777777777777777777777 66666666666666666666 55 3 44 55 99 0 55 4 4 0000 555555 4 4 4 8888888 777 4 9999 4 4 222222 1 1 777 66 99 1 88888 4 0 1 5 222222222 55 1 55 111111111111111111111111111111111111111111 66 888 000000 555555555555555555555555555555555 66 33 5 5 8888888 3 5 5
lowQualScore : . .. .. .. . . ....... . ... . . ... ..... .. ... ................................... .................... .. . .. .. .. . .. . . .... ...... . . . ....... ... . .... . . ...... . . ... .. .. . ..... . . . . ......... .. . .. .......................................... .. ... ...... ................................. .. .. . . ....... . . .
lowQualScore : 7 66 66 66 3 3 8888888 7 888 3 3 444 88888 00 444 44444444444444444444444444444444444 00000000000000000000 00 6 66 00 55 5 55 0 0 8888 555555 0 0 0 5555555 000 0 4444 4 4 888888 1 9 888 11 55 0 00000 0 8 9 0 777777777 55 4 00 666666666666666666666666666666666666666666 11 444 222222 444444444444444444444444444444444 99 66 7 7 6666666 6 7 7
consensus : GCCACATCAAGTT-AA--TTT--G--TAG-ATT-CT-------CATCC-AC---CAGCAA-CAA-AAA---AAT--T--GGGGCGGGTGGGA--GG---A---------T-T-------TT--------------ATTT-----------T--------TCTGGAAC--TTTAAAAT-CTGAAT--AAATTC--ATAGC--ACGT--A-AGA-T---AGCA------T-A-TG-CT-----G-T---T-AAACAT----GCAA-AATGCA-AT------TATACATGTATT---AAGACT--CTA--TATTGNAT----A-AATGAANAC-AN--TTCCGAAA--AGTT-NAA-TGC----GAAAA---------AAA-----------------T--T--NGGGC--G---GGGCCTTT-------T-GG-GAT-GTGG-------------CGGGCGGGG--AT--GAG-A-ATC-------TACAAATTAAC-TT-GATGT
Reference ( family-1850 ) : GCCACATCAAGTT-AA--TTT--G--TAG-ATT-CT-------CATCC-AC---CAGCAA-CAA-AAA---AAT--T--GGGGCGGGTGGGA--GG---A---------T-T-------TT--------------ATTT-----------T--------TCTGGAAC--TTTAAAAT-CTGAAT--AAATTC--ATAGC--ACGT--A-AGA-T---AGCA------T-A-TG-CT-----G-T---T-AAACAT----GCAA-AATGCA-AT------TATACATGTATT---AAGACT--CTA--TATTGNAN----A-AATGAAAAC-AA--TTCCGAAA--AGTT-NAA-TGC----GAAAA---------AAA-----------------T--T--GGGGC--G---GGGCCTTT-------T-GG-GAT-GTGG-------------CGGGCGGGG--AT--GAG-A-ATC-------TACAAATTAAC-TT-GATGT
gi|1 : CAAGTTTAA--TTTTGG--TAGGATTACT-------AATCCCAC---AAGCAA-CAA-AAATA-AATCTT--GGGACAGATGGGA--GGTATA---------TCT-------TT--------------ATTT-----------C--------TCTG-AAC--TTTAAACT-CTGAAT--AAATTTTAATAGCA-ACGT--ACAGA-TCGAGGCA------T-AGTGACT-----G-T---T-AAAC
gi|1 : AAA--AATG-AAA-AAT----AAACA---------AAA-----------------T--T--TGGGAAAG---GGCCCTTT-------T-GAAGAT--T---------------CGGGCGAGACAAC--TAT-ATATC-------TAC-AATTAACTTT-GATGTtatactattcaataggagatctactacagttgggaataatatggtccacaatacaagcgagttcactagggtctttcttcattttttttaatgcgctacaaaaagatccttttcacgtcaaaaatgaaaaataaacaaaatttgggaaagggcccttttgaagattcgggcgagacaactatatatctacaattaactttgatgtgg
gi|10 : caagtttaattttggtaggattactaatcccacaagcaacaaaaataaatcttgggacagatgggaggtatatctttatttctctgaactttaaactctgaataaattttaatagcaacgtacagatcgaggcatagtgactgttaaactatactattcaataggagatctactacagttgggaataatatggtccacaatacaagcgagttcactagggtctttcttcattttttttaatgcgctacaaaaagatccttttcacgtcCCGAAACAAATT-GAA--AC----ATAAA---------AAA-----------------TCTT--TCGGC--GA--GGGTCTCT-------C-GA-GAT-A-GT-------------TAGGTGGGA--AT--GAGCA-ATC-------TACAAATTAAC-TTGGATGTgg
gi|11 : gtggggactttaagaaattcaggggaatttctcgaactgCATCAAGTT-AAATTTC--G--TAG-ATT-GTACGATTCCATCCCAC---CAGCAA-CAA-AAA---AAT--TAAAGGGTGGGTGAGGCTGG---AGTTTATTTTT-T-------TT--------------ATCT-----------T--------TCTGGAAC--TTTAA-----TGAAT--cggc
gi|12 : catGCTACATCAAGTT-TA--TTT--G--TAG-ATT-CT-------CATCC-AC---CAACAA-TGA-AAG---AAT--T--GGGGCGGATGGGA--GG---A---------T-TTTATTAATT--------------ATTT-----------T--------TCTGGAAC---ATAGAAA-CTGAAT--GAATTC--Atca
gi|13 : gC--TTTAAAATAC--AAT--AAAT-C--ATAGC--ATGT--A-AGA-T---AGCA------T-A-TG-CT-----GTT---T-AAACAT----GCAACAATGCA-AT------AATA----TATT---CAG-----CTA--T-TTGAAA----C-AA
gi|14 : ttaattctgatagattACATCAAGTT-AA--TTT--G--TAG-ATT-CT-------CATCC-AT---CAGTAACCAA-AAAAATAAT--T--GGGGCAGGTGGGG--GG---A---------T-T-------TTATTTTTTACTTTTTATTT-----------T--------TCTGGAAC--TTTAAAAT-
gi|15 : TCAACTT-AA--TTT--AGATAG-ATT-AT-------CA-CC-GT----GGTCA-CAA-AAA---AATA-T--GGGGCGGGTGGGA--GG---A---------TAT-------TT--------------ATTT-----------C--------T
gi|16 : gctaatGCCACATCAAGTT-AA--TTT--G--TAG-ATT-TT-------CATCC-ACCTGCAGCAA-CAA-AAA---AA---------GTGGGTGGGA--GA---A---------T-T-------AT--------------ATTT-----------T--------TTTtgattcttattt
gi|17 : cGCCACATCAAGTA-AA--TTT--G--TAG-ATT-CT-------CATCC-AC---CAGCAA-CAA-AAA---AAT--T--tt
gi|2 : gGCCACATCAAGT---------------AG-ATT-CT-------CATCC-AC---CAGCAA-CATTAAA---AAT--T--GGGGCAGGTGGGA--GG---A---------T-T-------TT--------------ATTT-----------T--------TCTGGAAC--TTTAAGGT-CTGATT--AAATTC--ACAGC--ATGT--A-AGA-T---AGCG------T-A-TG-CT-----G-T---T-AAACAT----TGAA-AAGGCA-GTTGTACATGTACATGTATT---AAGACT--CTA--TATTGAAT----A-AATGAACAC-AT--TT----GA--AGTT-TAA-T
gi|2 : aagTA--TATTGCATGCAGA-CATGAAAAA-AAAATTCCTGAA--ATTT-GAAGTACC---GAAAAAAAAATAAAAAA-----------------T--TTGGGGGC--G---GGGCCTTT-------T-G--------GG-------------CAGGCAAGG--AT--GAG-A-ATC-------TTTCAATTAAC-TT-GATGTagtctttattatattgcatgcagacatgaaaaaaaaattcctgaaatttgaagtaccgaaaaaaaaataaaaaatttgggggcggggccttttgggcaggcaaggatgagaatctttcaattaacttgatgtgg
gi|3 : aaggccacatcaagtagattctcatccaccagcaacattaaaaattggggcaggtgggaggattttatttttctggaactttaaggtctgattaaattcacagcatgtaagatagcgtatgctgttaaacattgaaaaggcagttgtacatgtacatgtattaagactctatattgaataaatgaacacatttgaagtttaatagtctttatAAGTTTAA--TTT--G--TAG-ATT-CT-------CATCC-AC---CAGCAA-CAA-AAA---TAT--TG-GGGGCGGGTGAAA--GG---ATGCATT---T-T-------TC--------------ATTTA----------T--------GCTGTGAC--TTTAAAAT--GGAACTAAAATTT--ATAG-----GC--A-AG--T-----------------------------T---T-AAACAT----GCAA-AATGCA-AT------TATACATGTATA---AGGACT--CTAG-CATTGGAA----A-AATG--GACTAA--TTT---AA--AGTT-CAA-Tgg
gi|3 : tat----GAAAA---------AA------------------T--T--GGGGC--GCGAGGGCCTTT-------T-GA-GA--GTGGAACGGAGACGAAACGGTGGGGG--ATT-GAG-A-ATC-------TACAAATTAAC-TT-GATGagtctctttttattgcacaaaagatcctgttccagtcaaaaatgaaaaaagaaaaaattggggcgcgagggccttttgagagtggaacggagacgaaacggtgggggattgagaatctacaaattaacttgatg
gi|4 : tataagtttaatttgtagattctcatccaccagcaacaaaaatattgggggcgggtgaaaggatgcatttttcatttatgctgtgactttaaaatggaactaaaatttataggcaagtttaaacatgcaaaatgcaattatacatgtataaggactctagcattggaaaaatggactaatttaaagttcaatagtctctttttattgcacaaaagatcctgttccagtcaaaaatgaaaaaaAAGTG-TA--TTT--G--GAA-CTT-CT-------CCCCC-CC---CCCCAA-AAA-AAA---AAT--T--GGGGAGGG---GG--GG---A---------T-T-------TT--------------TTTT-----------TTTTTTTTTTCTGGAAC--TTTAAAAT-CTGAAT--AAATTC--ATAGC--ATGT--A-AGATT---AGCAAATAATT-A-TG-CTAGCTAG-TTGAT-AAACAT----GCAA-AATACA-AT------TATACATGTATT---AA-ACT--CTA--TAGTGAAT----AGAATGGGCAC-AT--ATC---AA--AGTTGCAA-T
gi|4 : AA---------AAA-----------------T--T--TGGAC--G---GGGCCTTTAATAATAT-GA-AATGGGGG-------------CAGGCGGGA--Aagtctttttctattgctgaaaaatccttaaatttcatgtcaaaaatgaacattttaaaaatttggacggggcctttaataatatgaaatgggggcaggcgggaa
gi|5 : aagtgtatttggaacttctcccccccccccaaaaaaaaaattggggagggggggattttttttttttttttttctggaactttaaaatctgaataaattcatagcatgtaagattagcaaataattatgctagctagttgataaacatgcaaaatacaattatacatgtattaaactctatagtgaatagaatgggcacatatcaaagttgcaatagtctttttctattgctgaaaaatccttaaatttcatgtcaaaaatgaacatttt---------T-T-------TT--------------ATTT-----------T--------CCTTGGACAATTCAAAAT-CTGATT--AAGTTC--ATAGCGAAC-T--A-AAA-T---AGTA------TAA-TG-CTCGG--G-T---TAAAACCT----GCAA-AATACATAT------TATTAATGTA-T---AAGACTACCTGTTTATTGAAT----A-AATGAA
gi|5 : TGAAT--AAATGA--AC--C--ATGTGAA-AGA-T-----CAA-----T-A-TT-CT-------T---T-AATCATATTGGCAA---TGCG-GA------TATGAAAAAATTTCCAAGAAT--TTG--AACTGCGG----A-AA----AAT-A------TGAAA--CATT-TAA--------AAAAA---------AAA-----------------T--T--GGGGCC-GT--GGGCCTTT-------T-GG--AT-GAAG-------------CGGGTGGGG--ATTTAAG-A-ATC-------TACAAATTAAC-TT-GATGTccatgtgaaagatcaatattctttaatcatattggcaatgcggatatgaaaaaatttccaagaatttgaactgcggaaaaatatgaaacatttaaaaaaaaaattggggccgtgggccttttggatgaagcgggtggggatttaagaatctacaaattaacttgatgtt
gi|6 : ttttattttccttggacaattcaaaatctgattaagttcatagcgaactaaaatagtataatgctcgggttaaaacctgcaaaatacatattattaatgtataagactacctgtttatGCTACATCAAGTT-AA--TTG--G--TAG-ATT-CT-------CTTCC-AC---CAGCAA-CAA-AAA---AAT--T--GGGACAGGTGGGA--GG---A---------T-T-------TT--------------ATTT-----------T--------TCTGGATC--TTTAAAAT-CTCAAT--AAATT----TAGC--ACAC--A-AGA-T---GGCA------T-A-TG-CT-----G-T---T-AAACAT----ACAA-AATACA-AT------TATGCATGTATT---AAGACT--CTA--CATTGCAG----A-CATGAAAAC-AA--TTCCGAAA--AATT-TAACTGC----GAAAA---------AAA-----------------T--T--GGGGC--A---GGGCCTTT-------T-GG-GAT-GTGG-------------CGGACGGGG--AT--GAG-A-ATCTATACTGTACAAATTAAC-TT-GATGTt
gi|7 : GCCACATCAAGTT-AA--TCT--G--TAG-ATT-GT-------CATCC-AC---CAGAAA-CAA-AGA---AAT--T--TGGGCGGGTGGGG--AG---A---------T-T-------TT--------------ATTTATCTTTTATTGC--------TCTGGAAC--TTTCAAAT-CTGAAT--AAATTC--ATAGC--ACGC--A-AAA-T---AGCA------T-A-AG-CT-----G-T---T-AAGCAC----GCTA-AATACA-AT------CATACATGTA-T---AAGACT--
gi|8 : cagTGATT--AAATTC--ACAGC--ATGT--A-AGA-T---AGCA------T-A-TC-CT-----G-T---T-AAACAT----TGAA-AATGCA-AT------TGTACATGTATT---AAGACT--TTA--TATTGAAT----A-AATGAACAC-AT--TT----GA--AGTT-CAA-TGN----NNNNN---------NNN-----------------N--N--NNNNN--N---NNNNNNNN-------TAGG-GAT-GTaaaatcatagaattgcacactcttggttatttgtgccat
gi|9 : TA--TATTGCATGTGGA-CATGAAAAT-T---TTCCGGAA--ACTT-GAACTGCTGGGGAAAA---------AAAAATGAAAGTAAAAAATTT--T--TGGGC--G---GAGCCTTT-------T-GG----------------------CAATCGGAG--AT--GAG-A-ATC-------TACGAATTAAC-TT-GATGTtcca
Alignments
lowQualScore : 1111111 111 22222222222222222222222222222222222 22222222222222222222 1111 111111 1111111 111111 1111 22222222222 22222222 55555555555555555 11111111 555555555555555555555555555555555 1111111
lowQualScore : 6 44 44 44 3 3 0000000 6 555 3 3 000 88888 55 666 77777777777777777777777777777777777 66666666666666666666 55 3 44 55 99 0 55 4 4 0000 4 111111 4 4 4 8888888 777 4 9999 4 4 222222 1 1 777 66 99 1 8888 4 1 77777777777 55 1 55 88888888 00000000000000000 66 1 88888888 666666666666666666666666666666666 66 66 5 5 5 8888888 3 5 5
lowQualScore : . .. .. .. . . ....... . ... . . ... ..... .. ... ................................... .................... .. . .. .. .. . .. . . .... . ...... . . . ....... ... . .... . . ...... . . ... .. .. . .... . . ........... .. . .. ........ ................. .. . ........ ................................. .. .. . . . ....... . . .
lowQualScore : 7 66 66 66 3 3 8888888 7 888 3 3 444 88888 00 444 44444444444444444444444444444444444 00000000000000000000 00 6 66 00 55 5 55 0 0 8888 0 555555 0 0 0 5555555 000 0 4444 4 4 888888 1 9 888 11 55 0 9999 4 0 88888888888 55 4 00 99999999 66666666666666666 11 0 77777777 111111111111111111111111111111111 99 99 7 7 7 6666666 6 7 7
consensus : GCCACATCAAGTT-AA--TTT--G--TAG-ATT-CT-------CATCC-AC---CAGCAA-CAA-AAA---AAT--T--GGGGCGGGTGGGA--GG---A---------T-T-------TT--------------ATTT-----------T--------TCTGGAAC--TTTAAAAT-CTGAAT--AAATTC--ATAGC--ACGT--A-AGA-T---AGC-A------T-A-TG-CT-----G-T---T-AAACAT----GCAA-AATGCA-AT------TATACATGTATT---AAGACT--CTA--TATTGNAT----A-AATGAACACAT--TTCCGAAA--AGTT-NAA-TGC----GAAAAAAA-----------------T--TNGGG-C--G---GGGCCTTT-------T-GG-GAT-GTGG-------------CGGGCGGGG--A--T-GAG-A-ATC-------TACAAATTAAC-TT-GATGT
Reference ( family-1850 ) : GCCACATCAAGTT-AA--TTT--G--TAG-ATT-CT-------CATCC-AC---CAGCAA-CAA-AAA---AAT--T--GGGGCGGGTGGGA--GG---A---------T-T-------TT--------------ATTT-----------T--------TCTGGAAC--TTTAAAAT-CTGAAT--AAATTC--ATAGC--ACGT--A-AGA-T---AGC-A------T-A-TG-CT-----G-T---T-AAACAT----GCAA-AATGCA-AT------TATACATGTATT---AAGACT--CTA--TATTGNAT----A-AATGAANACAN--TTCCGAAA--AGTT-NAA-TGC----GAAAAAAA-----------------T--TNGGG-C--G---GGGCCTTT-------T-GG-GAT-GTGG-------------CGGGCGGGG--A--T-GAG-A-ATC-------TACAAATTAAC-TT-GATGT
gi|1 : CAAGTTTAA--TTTTGG--TAGGATTACT-------AATCCCAC---AAGCAA-CAA-AAATA-AATCTT--GGGACAGATGGGA--GGTATA---------TCT-------TT--------------ATTT-----------C--------TCTG-AAC--TTTAAACT-CTGAAT--AAATTTTAATAGCA-ACGT--ACAGA-TCGAGGC-A------T-AGTGACT-----G-T---T-AAAC
gi|1 : AAA--AATG-AAA-AAT----AAACAAAA-----------------T--TTGGG-AAAG---GGCCCTTT-------T-GAAGAT--T---------------CGGGCGAGACAA--C-TAT-ATATC-------TAC-AATTAACTTT-GATGTtatactattcaataggagatctactacagttgggaataatatggtccacaatacaagcgagttcactagggtctttcttcattttttttaatgcgctacaaaaagatccttttcacgtcaaaaatgaaaaataaacaaaatttgggaaagggcccttttgaagattcgggcgagacaactatatatctacaattaactttgatgtgg
gi|10 : caagtttaattttggtaggattactaatcccacaagcaacaaaaataaatcttgggacagatgggaggtatatctttatttctctgaactttaaactctgaataaattttaatagcaacgtacagatcgaggcatagtgactgttaaactatactattcaataggagatctactacagttgggaataatatggtccacaatacaagcgagttcactagggtctttcttcattttttttaatgcgctacaaaaagatccttttcacgtcAC--TGCCGAAACAAATT-GAA--AC----ATAAAAAA-----------------TCTTTCGG-C--GA--GGGTCTCT-------C-GA-GAT-A-GT-------------TAGGTGGGA--A--T-GAGCA-ATC-------TACAAATTAAC-TTGGATGTgg
gi|11 : gtggggactttaagaaattcaggggaatttctcgaCATCAAGTT-AAATTTC--G--TAG-ATT-GTACGATTCCATCCCAC---CAGCAA-CAA-AAA---AAT--TAAAGGGTGGGTGAGGCTGG---AGTTTATTTTT-T-------TT--------------ATCT-----------T--------TCTGGAAC--TTTAA-----TGAAT--cggc
gi|12 : catGCTACATCAAGTT-TA--TTT--G--TAG-ATT-CT-------CATCC-AC---CAACAA-TGA-AAG---AAT--T--GGGGCGGATGGGA--GG---A---------T-TTTATTAATT--------------ATTT-----------T--------TCTGGAAC---ATAGAAA-CTGAAT--GAATTC--Atca
gi|13 : gC--TTTAAAATAC--AAT--AAAT-C--ATAGC--ATGT--A-AGA-T---AGC-A------T-A-TG-CT-----GTT---T-AAACAT----GCAACAATGCA-AT------AATA----TATT---CAG-----CTA--T-TTGAA
gi|14 : ttaattctgatagattACATCAAGTT-AA--TTT--G--TAG-ATT-CT-------CATCC-AT---CAGTAACCAA-AAAAATAAT--T--GGGGCAGGTGGGG--GG---A---------T-T-------TTATTTTTTACTTTTTATTT-----------T--------TCTGGAAC--TTTAAAAT-acaa
gi|15 : TCAACTT-AA--TTT--AGATAG-ATT-AT-------CA-CC-GT----GGTCA-CAA-AAA---AATA-T--GGGGCGGGTGGGA--GG---A---------TAT-------TT--------------ATTT-----------C--------T
gi|16 : gctaatGCCACATCAAGTT-AA--TTT--G--TAG-ATT-TT-------CATCC-ACCTGCAGCAA-CAA-AAA---AA---------GTGGGTGGGA--GA---A---------T-T-------AT--------------ATTT-----------T--------TTTtgattcttattt
gi|17 : cGCCACATCAAGTA-AA--TTT--G--TAG-ATT-CT-------CATCC-AC---CAGCAA-CAA-AAA---AAT--T--tt
gi|2 : gGCCACATCAAGT---------------AG-ATT-CT-------CATCC-AC---CAGCAA-CATTAAA---AAT--T--GGGGCAGGTGGGA--GG---A---------T-T-------TT--------------ATTT-----------T--------TCTGGAAC--TTTAAGGT-CTGATT--AAATTC--ACAGC--ATGT--A-AGA-T---AGC-G------T-A-TG-CT-----G-T---T-AAACAT----TGAA-AAGGCA-GTTGTACATGTACATGTATT---AAGACT--CTA--TATTGAAT----A-AATGAACACAT--TT----GA--AGTT-TAA-T
gi|2 : aagTA--TATTGCATGCAGA-CATGAAAAAAAAATTCCTGAA--ATTT-GAAGTACC---GAAAAAAAAATAAAAAAT-------T--TGGGGGC--G---GGGCCTTT-------T-GG-G--------------------CAGGCAAGG--A--T-GAG-A-ATC-------TTTCAATTAAC-TT-GATGTagtctttattatattgcatgcagacatgaaaaaaaaattcctgaaatttgaagtaccgaaaaaaaaataaaaaatttgggggcggggccttttgggcaggcaaggatgagaatctttcaattaacttgatgtgg
gi|3 : aaggccacatcaagtagattctcatccaccagcaacattaaaaattggggcaggtgggaggattttatttttctggaactttaaggtctgattaaattcacagcatgtaagatagcgtatgctgttaaacattgaaaaggcagttgtacatgtacatgtattaagactctatattgaataaatgaacacatttgaagtttaatagtctttatAAGTTTAA--TTT--G--TAG-ATT-CT-------CATCC-AC---CAGCAA-CAA-AAA---TAT--TG-GGGGCGGGTGAAA--GG---ATGCATT---T-T-------TC--------------ATTTA----------T--------GCTGTGAC--TTTAAAAT--GGAACTAAAATTT--ATAG-----GC--A-AG--T------------------------------T---T-AAACAT----GCAA-AATGCA-AT------TATACATGTATA---AGGACT--CTAG-CATTGGAA----A-AATGGACTAAT--TT----AA--AGTT-CAA-Tgg
gi|3 : tat----GAAAAAA------------------T--TGGGG-C--GCGAGGGCCTTT-------T-GA-GA--GTGGAACGGAGACGAAACGGTGGGGG--A--TTGAG-A-ATC-------TACAAATTAAC-TT-GATGagtctctttttattgcacaaaagatcctgttccagtcaaaaatgaaaaaagaaaaaattggggcgcgagggccttttgagagtggaacggagacgaaacggtgggggattgagaatctacaaattaacttgatg
gi|4 : tataagtttaatttgtagattctcatccaccagcaacaaaaatattgggggcgggtgaaaggatgcatttttcatttatgctgtgactttaaaatggaactaaaatttataggcaagtttaaacatgcaaaatgcaattatacatgtataaggactctagcattggaaaaatggactaatttaaagttcaatagtctctttttattgcacaaaagatcctgttccagtcaaaaatgaaaaaaAAGTG-TA--TTT--G--GAA-CTT-CT-------CCCCC-CC---CCCCAA-AAA-AAA---AAT--T--GGGGAGGG---GG--GG---A---------T-T-------TT--------------TTTT-----------TTTTTTTTTTCTGGAAC--TTTAAAAT-CTGAAT--AAATTC--ATAGC--ATGT--A-AGATT---AGC-AAATAATT-A-TG-CTAGCTAG-TTGAT-AAACAT----GCAA-AATACA-AT------TATACATGTATT---AA-ACT--CTA--TAGTGAAT----AGAATGGGCACAT--ATC---AA--AGTTGCAA-T
gi|4 : AAAAA-----------------T--TTGGA-C--G---GGGCCTTTAATAATAT-GA-AATGGGGG-------------CAGGCGGGA--A--agtctttttctattgctgaaaaatccttaaatttcatgtcaaaaatgaacattttaaaaatttggacggggcctttaataatatgaaatgggggcaggcgggaa
gi|5 : aagtgtatttggaacttctcccccccccccaaaaaaaaaattggggagggggggattttttttttttttttttctggaactttaaaatctgaataaattcatagcatgtaagattagcaaataattatgctagctagttgataaacatgcaaaatacaattatacatgtattaaactctatagtgaatagaatgggcacatatcaaagttgcaatagtctttttctattgctgaaaaatccttaaatttcatgtcaaaaatgaacatttt---------T-T-------TT--------------ATTT-----------T--------CCTTGGACAATTCAAAAT-CTGATT--AAGTTC--ATAGCGAAC-T--A-AAA-T---AGT-A------TAA-TG-CTCGG--G-T---TAAAACCT----GCAA-AATACATAT------TATTAATGTA-T---AAGACTACCTGTTTATTGAAT----A-AATGAA
gi|5 : TGAAT--AAATGA--AC--C--ATGTGAA-AGA-T-----CAA------T-A-TT-CT-------T---T-AATCATATTGGC---AATGCG-GA------TATGAAAAAATTTCCAAGAAT--TTG--AACTGCGG----A-AA--AATA--------TGAAA--CATT-TAA--------AAAAAAAA-----------------T--TGGGGCC--GT--GGGCCTTT-------T--G-GAT-GAAG-------------CGGGTGGGG--ATTT-AAG-A-ATC-------TACAAATTAAC-TT-GATGTccatgtgaaagatcaatattctttaatcatattggcaatgcggatatgaaaaaatttccaagaatttgaactgcggaaaaatatgaaacatttaaaaaaaaaattggggccgtgggccttttggatgaagcgggtggggatttaagaatctacaaattaacttgatgtt
gi|6 : ttttattttccttggacaattcaaaatctgattaagttcatagcgaactaaaatagtataatgctcgggttaaaacctgcaaaatacatattattaatgtataagactacctgtttatGCTACATCAAGTT-AA--TTG--G--TAG-ATT-CT-------CTTCC-AC---CAGCAA-CAA-AAA---AAT--T--GGGACAGGTGGGA--GG---A---------T-T-------TT--------------ATTT-----------T--------TCTGGATC--TTTAAAAT-CTCAAT--AAATT----TAGC--ACAC--A-AGA-T---GGC-A------T-A-TG-CT-----G-T---T-AAACAT----ACAA-AATACA-AT------TATGCATGTATT---AAGACT--CTA--CATTGCAG----A-CATGAAAACAA--TTCCGAAA--AATT-TAACTGC----GAAAAAAA-----------------T--TGGGG-C--A---GGGCCTTT-------T-GG-GAT-GTGG-------------CGGACGGGG--A--T-GAG-A-ATCTATACTGTACAAATTAAC-TT-GATGTt
gi|7 : GCCACATCAAGTT-AA--TCT--G--TAG-ATT-GT-------CATCC-AC---CAGAAA-CAA-AGA---AAT--T--TGGGCGGGTGGGG--AG---A---------T-T-------TT--------------ATTTATCTTTTATTGC--------TCTGGAAC--TTTCAAAT-CTGAAT--AAATTC--ATAGC--ACGC--A-AAA-T---AGC-A------T-A-AG-CT-----G-T---T-AAGCAC----GCTA-AATACA-AT------CATACATGTA-T---AAGACT--
gi|8 : cagTGATT--AAATTC--ACAGC--ATGT--A-AGA-T---AGC-A------T-A-TC-CT-----G-T---T-AAACAT----TGAA-AATGCA-AT------TGTACATGTATT---AAGACT--TTA--TATTGAAT----A-AATGAACACAT--TT----GA--AGTT-CAA-TGN----NNNNNNNN-----------------N--NNNNN-N--N---NNNNNNNN-------TAGG-GAT-GTaaaatcatagaattgcacactcttggttatttgtgccat
gi|9 : TA--TATTGCATGTGGA-CATGAAAAT-T--TTCCGGAA--ACTT-GAACTGCTGGGGAAAAAAAAATGAAAGTAAAAAATTT--TTGGG-C--G---GAGCCTTT-------T-GG----------------------CAATCGGAG--A--T-GAG-A-ATC-------TACGAATTAAC-TT-GATGTtcca
Alignments
lowQualScore : 1111111 111 22222222222222222222222222222222222 22222222222222222222 1111 111111 1111111 111111 11 11111 2222222 222222222 33333333333333333 222222222 555555555555555555555555555555555 1111111
lowQualScore : 6 44 44 44 3 3 0000000 6 555 3 3 000 88888 55 666 77777777777777777777777777777777777 66666666666666666666 55 3 44 55 99 0 55 4 4 0000 4 111111 4 4 4 8888888 777 4 9999 4 4 222222 1 1 777 66 00 1 00000 5 111 8888888 55 44 777777777 11111111111111111 66 1 000000000 666666666666666666666666666666666 66 66 5 5 5 8888888 3 5 5
lowQualScore : . .. .. .. . . ....... . ... . . ... ..... .. ... ................................... .................... .. . .. .. .. . .. . . .... . ...... . . . ....... ... . .... . . ...... . . ... .. .. . ..... . ... ....... .. .. ......... ................. .. . ......... ................................. .. .. . . . ....... . . .
lowQualScore : 7 66 66 66 3 3 8888888 7 888 3 3 444 88888 00 444 44444444444444444444444444444444444 00000000000000000000 00 6 66 00 55 5 55 0 0 8888 0 555555 0 0 0 5555555 000 0 4444 4 4 888888 1 9 888 11 66 0 99999 0 999 0000000 00 66 000000000 11111111111111111 11 0 333333333 111111111111111111111111111111111 99 99 7 7 7 6666666 6 7 7
consensus : GCCACATCAAGTT-AA--TTT--G--TAG-ATT-CT-------CATCC-AC---CAGCAA-CAA-AAA---AAT--T--GGGGCGGGTGGGA--GG---A---------T-T-------TT--------------ATTT-----------T--------TCTGGAAC--TTTAAAAT-CTGAAT--AAATTC--ATAGC--ACGT--A-AGA-T---AGC-A------T-A-TG-CT-----G-T---T-AAACAT----GCAA-AATGCA-AT------TATACATGTATT---AAGACT--CTA--TATTGAAT----A-AATGAACACATTTC-CG--AAA--AGTT-NAA-TGC----GAAAAAAA-----------------T--TTGGG--C--G---GGGCCTTT-------T-GG-GAT-GTGG-------------CGGGCGGGG--A--T-GAG-A-ATC-------TACAAATTAAC-TT-GATGT
Reference ( family-1850 ) : GCCACATCAAGTT-AA--TTT--G--TAG-ATT-CT-------CATCC-AC---CAGCAA-CAA-AAA---AAT--T--GGGGCGGGTGGGA--GG---A---------T-T-------TT--------------ATTT-----------T--------TCTGGAAC--TTTAAAAT-CTGAAT--AAATTC--ATAGC--ACGT--A-AGA-T---AGC-A------T-A-TG-CT-----G-T---T-AAACAT----GCAA-AATGCA-AT------TATACATGTATT---AAGACT--CTA--TATTGNAT----A-AATGAACACATTTC-CG--AAA--AGTT-NAA-TGC----GAAAAAAA-----------------T--TNGGG--C--G---GGGCCTTT-------T-GG-GAT-GTGG-------------CGGGCGGGG--A--T-GAG-A-ATC-------TACAAATTAAC-TT-GATGT
gi|1 : CAAGTTTAA--TTTTGG--TAGGATTACT-------AATCCCAC---AAGCAA-CAA-AAATA-AATCTT--GGGACAGATGGGA--GGTATA---------TCT-------TT--------------ATTT-----------C--------TCTG-AAC--TTTAAACT-CTGAAT--AAATTTTAATAGCA-ACGT--ACAGA-TCGAGGC-A------T-AGTGACT-----G-T---T-AAAC
gi|1 : TTTCACGTCAAA--AATG-AAA-AAT----AAACAAAA-----------------T--TTGGG--AAAG---GGCCCTTT-------T-GAAGAT--T---------------CGGGCGAGACAA--C-TAT-ATATC-------TAC-AATTAACTTT-GATGTtatactattcaataggagatctactacagttgggaataatatggtccacaatacaagcgagttcactagggtctttcttcattttttttaatgcgctacaaaaagatccttttcacgtcaaaaatgaaaaataaacaaaatttgggaaagggcccttttgaagattcgggcgagacaactatatatctacaattaactttgatgtgg
gi|10 : caagtttaattttggtaggattactaatcccacaagcaacaaaaataaatcttgggacagatgggaggtatatctttatttctctgaactttaaactctgaataaattttaatagcaacgtacagatcgaggcatagtgactgttaaactatactattcaataggagatctactacagttgggaataatatggtccacaatacaagcgagttcactagggtctttcttcattttttttaatgcgctacaaaaagatcctC-CG--AAACAAATT-GAA--AC----ATAAAAAA-----------------TCTTTCGG--C--GA--GGGTCTCT-------C-GA-GAT-A-GT-------------TAGGTGGGA--A--T-GAGCA-ATC-------TACAAATTAAC-TTGGATGTgg
gi|11 : gtggggactttaagaaattcaggggaatttctcgaactgCATCAAGTT-AAATTTC--G--TAG-ATT-GTACGATTCCATCCCAC---CAGCAA-CAA-AAA---AAT--TAAAGGGTGGGTGAGGCTGG---AGTTTATTTTT-T-------TT--------------ATCT-----------T--------TCTGGAAC--TTTAA-----TGAAT--cggc
gi|12 : catGCTACATCAAGTT-TA--TTT--G--TAG-ATT-CT-------CATCC-AC---CAACAA-TGA-AAG---AAT--T--GGGGCGGATGGGA--GG---A---------T-TTTATTAATT--------------ATTT-----------T--------TCTGGAAC---ATAGAAA-CTGAAT--GAATTC--Atca
gi|13 : gC--TTTAAAATAC--AAT--AAAT-C--ATAGC--ATGT--A-AGA-T---AGC-A------T-A-TG-CT-----GTT---T-AAACAT----GCAACAATGCA-AT------AATA----TATT---CAG-----CTA--T-TTGAA
gi|14 : ttaattctgatagattACATCAAGTT-AA--TTT--G--TAG-ATT-CT-------CATCC-AT---CAGTAACCAA-AAAAATAAT--T--GGGGCAGGTGGGG--GG---A---------T-T-------TTATTTTTTACTTTTTATTT-----------T--------TCTGGAAC--TTTAAAAT-acaa
gi|15 : TCAACTT-AA--TTT--AGATAG-ATT-AT-------CA-CC-GT----GGTCA-CAA-AAA---AATA-T--GGGGCGGGTGGGA--GG---A---------TAT-------TT--------------ATTT-----------C--------T
gi|16 : gctaatGCCACATCAAGTT-AA--TTT--G--TAG-ATT-TT-------CATCC-ACCTGCAGCAA-CAA-AAA---AA---------GTGGGTGGGA--GA---A---------T-T-------AT--------------ATTT-----------T--------TTTtgattcttattt
gi|17 : cGCCACATCAAGTA-AA--TTT--G--TAG-ATT-CT-------CATCC-AC---CAGCAA-CAA-AAA---AAT--T--tt
gi|2 : gGCCACATCAAGT---------------AG-ATT-CT-------CATCC-AC---CAGCAA-CATTAAA---AAT--T--GGGGCAGGTGGGA--GG---A---------T-T-------TT--------------ATTT-----------T--------TCTGGAAC--TTTAAGGT-CTGATT--AAATTC--ACAGC--ATGT--A-AGA-T---AGC-G------T-A-TG-CT-----G-T---T-AAACAT----TGAA-AAGGCA-GTTGTACATGTACATGTATT---AAGACT--CTA--TATTGAAT----A-AATGAACACATTT-------GA--AGTT-TAA-T
gi|2 : aagC-CG--AAA--AAA--AAA-T--------AAAAAA-----------------T--TTGGGGGC--G---GGGCCTTT-------T-GG-G--------------------CAGGCAAGG--A--T-GAG-A-ATC-------TTTCAATTAAC-TT-GATGTagtctttattatattgcatgcagacatgaaaaaaaaattcctgaaatttgaagtaccgaaaaaaaaataaaaaatttgggggcggggccttttgggcaggcaaggatgagaatctttcaattaacttgatgtgg
gi|3 : aaggccacatcaagtagattctcatccaccagcaacattaaaaattggggcaggtgggaggattttatttttctggaactttaaggtctgattaaattcacagcatgtaagatagcgtatgctgttaaacattgaaaaggcagttgtacatgtacatgtattaagactctatattgaataaatgaacacatttgaagtttaatagtctttattatattgcatgcagacatgaaaaaaaaattcctgaaatttgaagtaAAGTTTAA--TTT--G--TAG-ATT-CT-------CATCC-AC---CAGCAA-CAA-AAA---TAT--TG-GGGGCGGGTGAAA--GG---ATGCATT---T-T-------TC--------------ATTTA----------T--------GCTGTGAC--TTTAAAAT--GGAACTAAAATTT--ATAG-----GC--A-AG--T------------------------------T---T-AAACAT----GCAA-AATGCA-AT------TATACATGTATA---AGGACT--CTAG-CATTGGAA----A-AATGGACTAATTT-------AA--AGTT-CAA-Tgg
gi|3 : tat----GAAAAAA------------------T--TGGGG--C--GCGAGGGCCTTT-------T-GA-GA--GTGGAACGGAGACGAAACGGTGGGGG--A--TTGAG-A-ATC-------TACAAATTAAC-TT-GATGagtctctttttattgcacaaaagatcctgttccagtcaaaaatgaaaaaagaaaaaattggggcgcgagggccttttgagagtggaacggagacgaaacggtgggggattgagaatctacaaattaacttgatg
gi|4 : tataagtttaatttgtagattctcatccaccagcaacaaaaatattgggggcgggtgaaaggatgcatttttcatttatgctgtgactttaaaatggaactaaaatttataggcaagtttaaacatgcaaaatgcaattatacatgtataaggactctagcattggaaaaatggactaatttaaagttcaatagtctctttttattgcacaaaagatcctgttccagtcaaaaatgaaaaaaAAGTG-TA--TTT--G--GAA-CTT-CT-------CCCCC-CC---CCCCAA-AAA-AAA---AAT--T--GGGGAGGG---GG--GG---A---------T-T-------TT--------------TTTT-----------TTTTTTTTTTCTGGAAC--TTTAAAAT-CTGAAT--AAATTC--ATAGC--ATGT--A-AGATT---AGC-AAATAATT-A-TG-CTAGCTAG-TTGAT-AAACAT----GCAA-AATACA-AT------TATACATGTATT---AA-ACT--CTA--TAGTGAAT----AGAATGGGCACATATC------AA--AGTTGCAA-T
gi|4 : AAAAA-----------------T--TTGGA--C--G---GGGCCTTTAATAATAT-GA-AATGGGGG-------------CAGGCGGGA--A--agtctttttctattgctgaaaaatccttaaatttcatgtcaaaaatgaacattttaaaaatttggacggggcctttaataatatgaaatgggggcaggcgggaa
gi|5 : aagtgtatttggaacttctcccccccccccaaaaaaaaaattggggagggggggattttttttttttttttttctggaactttaaaatctgaataaattcatagcatgtaagattagcaaataattatgctagctagttgataaacatgcaaaatacaattatacatgtattaaactctatagtgaatagaatgggcacatatcaaagttgcaatagtctttttctattgctgaaaaatccttaaatttcatgtcaaaaatgaacatttt---------T-T-------TT--------------ATTT-----------T--------CCTTGGACAATTCAAAAT-CTGATT--AAGTTC--ATAGCGAAC-T--A-AAA-T---AGT-A------TAA-TG-CTCGG--G-T---TAAAACCT----GCAA-AATACATAT------TATTAATGTA-T---AAGACTACCTGTTTATTGAAT----A-AATGAAC-CATGT------GAA--AGAT-CAA-T
gi|5 : TGAAT--AAATGA--AC--C--ATGTGAA-AGA-T-----CAA------T-A-TT-CT-------T---T-AATCATATTGGC---AATGCG-GA------TATGAAAAAATTTCCAAGAAT--TTG--AACTGCGG----A-AA--AATA-------TG--AAA--CATT-TAA--------AAAAAAAA-----------------T--TGGGGC-C--GT--GGGCCTTT-------T--G-GAT-GAAG-------------CGGGTGGGG--ATTT-AAG-A-ATC-------TACAAATTAAC-TT-GATGTattctttaatcatattggcaatgcggatatgaaaaaatttccaagaatttgaactgcggaaaaatatgaaacatttaaaaaaaaaattggggccgtgggccttttggatgaagcgggtggggatttaagaatctacaaattaacttgatgtt
gi|6 : ttttattttccttggacaattcaaaatctgattaagttcatagcgaactaaaatagtataatgctcgggttaaaacctgcaaaatacatattattaatgtataagactacctgtttatGCTACATCAAGTT-AA--TTG--G--TAG-ATT-CT-------CTTCC-AC---CAGCAA-CAA-AAA---AAT--T--GGGACAGGTGGGA--GG---A---------T-T-------TT--------------ATTT-----------T--------TCTGGATC--TTTAAAAT-CTCAAT--AAATT----TAGC--ACAC--A-AGA-T---GGC-A------T-A-TG-CT-----G-T---T-AAACAT----ACAA-AATACA-AT------TATGCATGTATT---AAGACT--CTA--CATTGCAG----A-CATGAAAACAATTC-CG--AAA--AATT-TAACTGC----GAAAAAAA-----------------T--TGGGG--C--A---GGGCCTTT-------T-GG-GAT-GTGG-------------CGGACGGGG--A--T-GAG-A-ATCTATACTGTACAAATTAAC-TT-GATGTt
gi|7 : GCCACATCAAGTT-AA--TCT--G--TAG-ATT-GT-------CATCC-AC---CAGAAA-CAA-AGA---AAT--T--TGGGCGGGTGGGG--AG---A---------T-T-------TT--------------ATTTATCTTTTATTGC--------TCTGGAAC--TTTCAAAT-CTGAAT--AAATTC--ATAGC--ACGC--A-AAA-T---AGC-A------T-A-AG-CT-----G-T---T-AAGCAC----GCTA-AATACA-AT------CATACATGTA-T---AAGACT--
gi|8 : cagTGATT--AAATTC--ACAGC--ATGT--A-AGA-T---AGC-A------T-A-TC-CT-----G-T---T-AAACAT----TGAA-AATGCA-AT------TGTACATGTATT---AAGACT--TTA--TATTGAAT----A-AATGAACACATTT-------GA--AGTT-CAA-TGN----NNNNNNNN-----------------N--NNNNN--N--N---NNNNNNNN-------TAGG-GAT-GTaaaatcatagaattgcacactcttggttatttgtgccat
gi|9 : TA--TATTGCATGTGGA-CATGAAAAT-TTTC-CG--GAA--ACTT-GAACTGCTGGGGAAAAAAAAATGAAAGTAAAAAATTT--TTGGG--C--G---GAGCCTTT-------T-GG----------------------CAATCGGAG--A--T-GAG-A-ATC-------TACGAATTAAC-TT-GATGTtcca
Alignments
lowQualScore : 1111111 111 22222222222222222222222222222222222 22222222222222222222 11 111111 11111 111111 11 1111 2222222 222222222 33333333333333333 22222222 555555555555555555555555555555555 11 1111111
lowQualScore : 6 44 44 44 3 3 0000000 6 555 3 3 000 88888 55 666 77777777777777777777777777777777777 66666666666666666666 55 3 55 55 00 4 4 777 222222 4 4 4 88888 4 777 4 5 5 444444 3 66 11 2222 5 1 7777777 55 44 777777777 11111111111111111 66 0 00000000 666666666666666666666666666666666 66 33 5 5 8888888 3 5 5
lowQualScore : . .. .. .. . . ....... . ... . . ... ..... .. ... ................................... .................... .. . .. .. .. . . ... ...... . . . ..... . ... . . . ...... . .. .. .... . . ....... .. .. ......... ................. .. . ........ ................................. .. .. . . ....... . . .
lowQualScore : 7 66 66 66 3 3 8888888 7 888 3 3 444 88888 00 444 44444444444444444444444444444444444 00000000000000000000 00 6 00 55 66 4 4 888 888888 4 4 4 99999 4 888 4 0 0 444444 2 99 99 1111 7 7 8888888 00 66 000000000 11111111111111111 11 1 33333333 111111111111111111111111111111111 99 66 7 7 6666666 6 7 7
consensus : GCCACATCAAGTT-AA--TTT--G--TAG-ATT-CT-------CATCC-AC---CAGCAA-CAA-AAA---AAT--T--GGGGCGGGTGGGA--GG---A---------T-T-------TT--------------ATTT-----------T--------TCTGGAAC--TTTAAAAT-CTGAAT--AAATTC--ATAGC--ACGTA-AGA-T---AGCA------T-A-TG-CT-----G-T---T-AAACATGCAA-AATGCA-AT------TATACATGTATTAAGACT--CTA--TATTGAAT----A-AATGAACACATTTC-CG--AAA--AGTT-NAA-TGC----GAAAAAAA-----------------T--TTGGG--C-G---GGGCCTTT-------T-G-GGAT-GTGG-------------CGGGCGGG--GAT--GAG-A-ATC-------TACAAATTAAC-TT-GATGT
Reference ( family-1850 ) : GCCACATCAAGTT-AA--TTT--G--TAG-ATT-CT-------CATCC-AC---CAGCAA-CAA-AAA---AAT--T--GGGGCGGGTGGGA--GG---A---------T-T-------TT--------------ATTT-----------T--------TCTGGAAC--TTTAAAAT-CTGAAT--AAATTC--ATAGC--ACGTA-AGA-T---AGCA------T-A-TG-CT-----G-T---T-AAACATGCAA-AATGCA-AT------TATACATGTATTAAGACT--CTA--TATTGAAT----A-AATGAACACATTTC-CG--AAA--AGTT-NAA-TGC----GAAAAAAA-----------------T--TTGGG--C-G---GGGCCTTT-------T-G-GGAT-GTGG-------------CGGGCGGG--GAT--GAG-A-ATC-------TACAAATTAAC-TT-GATGT
gi|1 : CAAGTTTAA--TTTTGG--TAGGATTACT-------AATCCCAC---AAGCAA-CAA-AAATA-AATCTT--GGGACAGATGGGA--GGTATA---------TCT-------TT--------------ATTT-----------C--------TCTG-AAC--TTTAAACT-CTGAAT--AAATTTTAATAGCA-ACGTACAGA-TCGAGGCA------T-AGTGACT-----G-T---T-AAAC
gi|1 : TTTCACGTCAAA--AATG-AAA-AAT----AAACAAAA-----------------T--TTGGGAAA-G---GGCCCTTT-------T-GAAGAT--T---------------CGGGCGAGACAAC--TAT-ATATC-------TAC-AATTAACTTT-GATGTtatactattcaataggagatctactacagttgggaataatatggtccacaatacaagcgagttcactagggtctttcttcattttttttaatgcgctacaaaaagatccttttcacgtcaaaaatgaaaaataaacaaaatttgggaaagggcccttttgaagattcgggcgagacaactatatatctacaattaactttgatgtgg
gi|10 : caagtttaattttggtaggattactaatcccacaagcaacaaaaataaatcttgggacagatgggaggtatatctttatttctctgaactttaaactctgaataaattttaatagcaacgtacagatcgaggcatagtgactgttaaactatactattcaataggagatctactacagttgggaataatatggtccacaatacaagcgagttcactagggtctttcttcattttttttaatgcgctacaaaaagatcctC-CG--AAACAAATT-GAA--AC----ATAAAAAA-----------------TCTTTCGG--C-GA--GGGTCTCT-------C-G-AGAT-A-GT-------------TAGGTGGG--AAT--GAGCA-ATC-------TACAAATTAAC-TTGGATGTgg
gi|11 : gtggggactttaagaaattcaggggaatttctcgaactgCATCAAGTT-AAATTTC--G--TAG-ATT-GTACGATTCCATCCCAC---CAGCAA-CAA-AAA---AAT--TAAAGGGTGGGTGAGGCTGG---AGTTTATTTTT-T-------TT--------------ATCT-----------T--------TCTGGAAC--TTTAA-----TGAAT--cggc
gi|12 : catGCTACATCAAGTT-TA--TTT--G--TAG-ATT-CT-------CATCC-AC---CAACAA-TGA-AAG---AAT--T--GGGGCGGATGGGA--GG---A---------T-TTTATTAATT--------------ATTT-----------T--------TCTGGAAC---ATAGAAA-CTGAAT--GAATTC--Atca
gi|13 : gC--TTTAAAATAC--AAT--AAAT-C--ATAGC--ATGTA-AGA-T---AGCA------T-A-TG-CT-----GTT---T-AAACATGCAACAATGCA-AT------AATA----TATTCAG-----CTA--T-TTGAA
gi|14 : ttaattctgatagattACATCAAGTT-AA--TTT--G--TAG-ATT-CT-------CATCC-AT---CAGTAACCAA-AAAAATAAT--T--GGGGCAGGTGGGG--GG---A---------T-T-------TTATTTTTTACTTTTTATTT-----------T--------TCTGGAAC--TTTAAAAT-acaa
gi|15 : TCAACTT-AA--TTT--AGATAG-ATT-AT-------CA-CC-GT----GGTCA-CAA-AAA---AATA-T--GGGGCGGGTGGGA--GG---A---------TAT-------TT--------------ATTT-----------C--------T
gi|16 : gctaatGCCACATCAAGTT-AA--TTT--G--TAG-ATT-TT-------CATCC-ACCTGCAGCAA-CAA-AAA---AA---------GTGGGTGGGA--GA---A---------T-T-------AT--------------ATTT-----------T--------TTTtgattcttattt
gi|17 : cGCCACATCAAGTA-AA--TTT--G--TAG-ATT-CT-------CATCC-AC---CAGCAA-CAA-AAA---AAT--T--tt
gi|2 : gGCCACATCAAGT---------------AG-ATT-CT-------CATCC-AC---CAGCAA-CATTAAA---AAT--T--GGGGCAGGTGGGA--GG---A---------T-T-------TT--------------ATTT-----------T--------TCTGGAAC--TTTAAGGT-CTGATT--AAATTC--ACAGC--ATGTA-AGA-T---AGCG------T-A-TG-CT-----G-T---T-AAACATTGAA-AAGGCA-GTTGTACATGTACATGTATTAAGACT--CTA--TATTGAAT----A-AATGAACACATTT-------GA--AGTT-TAA-T
gi|2 : aagC-CG--AAA--AAA--AAA-T--------AAAAAA-----------------T--TTGGGGGC-G---GGGCCTTT-------T-G-GG--------------------CAGGCAAG--GAT--GAG-A-ATC-------TTTCAATTAAC-TT-GATGTagtctttattatattgcatgcagacatgaaaaaaaaattcctgaaatttgaagtaccgaaaaaaaaataaaaaatttgggggcggggccttttgggcaggcaaggatgagaatctttcaattaacttgatgtgg
gi|3 : aaggccacatcaagtagattctcatccaccagcaacattaaaaattggggcaggtgggaggattttatttttctggaactttaaggtctgattaaattcacagcatgtaagatagcgtatgctgttaaacattgaaaaggcagttgtacatgtacatgtattaagactctatattgaataaatgaacacatttgaagtttaatagtctttattatattgcatgcagacatgaaaaaaaaattcctgaaatttgaagtaAAGTTTAA--TTT--G--TAG-ATT-CT-------CATCC-AC---CAGCAA-CAA-AAA---TAT--TG-GGGGCGGGTGAAA--GG---ATGCATT---T-T-------TC--------------ATTTA----------T--------GCTGTGAC--TTTAAAAT--GGAACTAAAATTT--ATAG-----GCA-AG--T-----------------------------T---T-AAACATGCAA-AATGCA-AT------TATACATGTATAAGGACT--CTAG-CATTGGAA----A-AATGGACTAATTT-------AA--AGTT-CAA-Tgg
gi|3 : tat----GAAAAAA------------------T--TGGGG--C-GCGAGGGCCTTT-------T-G-AGA--GTGGAACGGAGACGAAACGGTGGGG--GATT-GAG-A-ATC-------TACAAATTAAC-TT-GATGagtctctttttattgcacaaaagatcctgttccagtcaaaaatgaaaaaagaaaaaattggggcgcgagggccttttgagagtggaacggagacgaaacggtgggggattgagaatctacaaattaacttgatg
gi|4 : tataagtttaatttgtagattctcatccaccagcaacaaaaatattgggggcgggtgaaaggatgcatttttcatttatgctgtgactttaaaatggaactaaaatttataggcaagtttaaacatgcaaaatgcaattatacatgtataaggactctagcattggaaaaatggactaatttaaagttcaatagtctctttttattgcacaaaagatcctgttccagtcaaaaatgaaaaaaAAGTG-TA--TTT--G--GAA-CTT-CT-------CCCCC-CC---CCCCAA-AAA-AAA---AAT--T--GGGGAGGG---GG--GG---A---------T-T-------TT--------------TTTT-----------TTTTTTTTTTCTGGAAC--TTTAAAAT-CTGAAT--AAATTC--ATAGC--ATGTA-AGATT---AGCAAATAATT-A-TG-CTAGCTAG-TTGAT-AAACATGCAA-AATACA-AT------TATACATGTATTAA-ACT--CTA--TAGTGAAT----AGAATGGGCACATATC------AA--AGTTGCAA-T
gi|4 : AAAAA-----------------T--TTGGA--C-G---GGGCCTTTAATAATAT-G-AAATGGGGG-------------CAGGCGGG--AAagtctttttctattgctgaaaaatccttaaatttcatgtcaaaaatgaacattttaaaaatttggacggggcctttaataatatgaaatgggggcaggcgggaa
gi|5 : aagtgtatttggaacttctcccccccccccaaaaaaaaaattggggagggggggattttttttttttttttttctggaactttaaaatctgaataaattcatagcatgtaagattagcaaataattatgctagctagttgataaacatgcaaaatacaattatacatgtattaaactctatagtgaatagaatgggcacatatcaaagttgcaatagtctttttctattgctgaaaaatccttaaatttcatgtcaaaaatgaacatttt---------T-T-------TT--------------ATTT-----------T--------CCTTGGACAATTCAAAAT-CTGATT--AAGTTC--ATAGCGAAC-TA-AAA-T---AGTA------TAA-TG-CTCGG--G-T---TAAAACCTGCAA-AATACATAT------TATTAATGTA-TAAGACTACCTGTTTATTGAAT----A-AATGAAC-CATGT------GAA--AGAT-CAA-T
gi|5 : G--AAA--CATT-TAA--------AAAAAAAA-----------------T--TGGGG--CCGT--GGGCCTTT-------T-G-G-AT-GAAG-------------CGGGTGGG--GATTTAAG-A-ATC-------TACAAATTAAC-TT-GATGTattctttaatcatattggcaatgcggatatgaaaaaatttccaagaatttgaactgcggaaaaatatgaaacatttaaaaaaaaaattggggccgtgggccttttggatgaagcgggtggggatttaagaatctacaaattaacttgatgtt
gi|6 : ttttattttccttggacaattcaaaatctgattaagttcatagcgaactaaaatagtataatgctcgggttaaaacctgcaaaatacatattattaatgtataagactacctgtttattgaataaatgaaccatgtgaaagatcaatattctttaatcatattggcaatgcggatatgaaaaaatttccaagaatttgaactgcggaaaaatatGCTACATCAAGTT-AA--TTG--G--TAG-ATT-CT-------CTTCC-AC---CAGCAA-CAA-AAA---AAT--T--GGGACAGGTGGGA--GG---A---------T-T-------TT--------------ATTT-----------T--------TCTGGATC--TTTAAAAT-CTCAAT--AAATT----TAGC--ACACA-AGA-T---GGCA------T-A-TG-CT-----G-T---T-AAACATACAA-AATACA-AT------TATGCATGTATTAAGACT--CTA--CATTGCAG----A-CATGAAAACAATTC-CG--AAA--AATT-TAACTGC----GAAAAAAA-----------------T--TGGGG--C-A---GGGCCTTT-------T-G-GGAT-GTGG-------------CGGACGGG--GAT--GAG-A-ATCTATACTGTACAAATTAAC-TT-GATGTt
gi|7 : GCCACATCAAGTT-AA--TCT--G--TAG-ATT-GT-------CATCC-AC---CAGAAA-CAA-AGA---AAT--T--TGGGCGGGTGGGG--AG---A---------T-T-------TT--------------ATTTATCTTTTATTGC--------TCTGGAAC--TTTCAAAT-CTGAAT--AAATTC--ATAGC--ACGCA-AAA-T---AGCA------T-A-AG-CT-----G-T---T-AAGCACGCTA-AATACA-AT------CATACATGTA-TAAGACT--
gi|8 : cagTGATT--AAATTC--ACAGC--ATGTA-AGA-T---AGCA------T-A-TC-CT-----G-T---T-AAACATTGAA-AATGCA-AT------TGTACATGTATTAAGACT--TTA--TATTGAAT----A-AATGAACACATTT-------GA--AGTT-CAA-TGN----NNNNNNNN-----------------N--NNNNN--N-N---NNNNNNNN-------TAG-GGAT-GTaaaatcatagaattgcacactcttggttatttgtgccat
gi|9 : TA--TATTGCATGTGGA-CATGAAAAT-TTTC-CG--GAA--ACTT-GAACTGCTGGGGAAAAAAAAATGAAAGTAAAAAATTT--TTGGG--C-G---GAGCCTTT-------T-G-G---------------------CAATCGGA--GAT--GAG-A-ATC-------TACGAATTAAC-TT-GATGTtcca
Alignments
lowQualScore : 1111111 111 22222222222222222222222222222222222 22222222222222222222 11 111111 11111 111111 11 1111 2222222 222222222 33333333333333333 22222222 555555555555555555555555555555555 11 1111111
lowQualScore : 6 44 44 44 3 3 0000000 6 555 3 3 000 88888 55 666 77777777777777777777777777777777777 66666666666666666666 55 3 55 55 00 4 4 777 222222 4 4 4 88888 4 777 4 5 5 444444 3 66 11 2222 5 1 7777777 55 44 777777777 11111111111111111 66 0 00000000 666666666666666666666666666666666 66 33 5 5 8888888 3 5 5
lowQualScore : . .. .. .. . . ....... . ... . . ... ..... .. ... ................................... .................... .. . .. .. .. . . ... ...... . . . ..... . ... . . . ...... . .. .. .... . . ....... .. .. ......... ................. .. . ........ ................................. .. .. . . ....... . . .
lowQualScore : 7 66 66 66 3 3 8888888 7 888 3 3 444 88888 00 444 44444444444444444444444444444444444 00000000000000000000 00 6 00 55 66 4 4 888 888888 4 4 4 99999 4 888 4 0 0 444444 2 99 99 1111 7 7 8888888 00 66 000000000 11111111111111111 11 1 33333333 111111111111111111111111111111111 99 66 7 7 6666666 6 7 7
consensus : GCCACATCAAGTT-AA--TTT--G--TAG-ATT-CT-------CATCC-AC---CAGCAA-CAA-AAA---AAT--T--GGGGCGGGTGGGA--GG---A---------T-T-------TT--------------ATTT-----------T--------TCTGGAAC--TTTAAAAT-CTGAAT--AAATTC--ATAGC--ACGTA-AGA-T---AGCA------T-A-TG-CT-----G-T---T-AAACATGCAA-AATGCA-AT------TATACATGTATTAAGACT--CTA--TATTGAAT----A-AATGAACACATTTC-CG--AAA--AGTT-NAA-TGC----GAAAAAAA-----------------T--TTGGG--C-G---GGGCCTTT-------T-G-GGAT-GTGG-------------CGGGCGGG--GAT--GAG-A-ATC-------TACAAATTAAC-TT-GATGT
Reference ( family-1850 ) : GCCACATCAAGTT-AA--TTT--G--TAG-ATT-CT-------CATCC-AC---CAGCAA-CAA-AAA---AAT--T--GGGGCGGGTGGGA--GG---A---------T-T-------TT--------------ATTT-----------T--------TCTGGAAC--TTTAAAAT-CTGAAT--AAATTC--ATAGC--ACGTA-AGA-T---AGCA------T-A-TG-CT-----G-T---T-AAACATGCAA-AATGCA-AT------TATACATGTATTAAGACT--CTA--TATTGAAT----A-AATGAACACATTTC-CG--AAA--AGTT-NAA-TGC----GAAAAAAA-----------------T--TTGGG--C-G---GGGCCTTT-------T-G-GGAT-GTGG-------------CGGGCGGG--GAT--GAG-A-ATC-------TACAAATTAAC-TT-GATGT
gi|1 : CAAGTTTAA--TTTTGG--TAGGATTACT-------AATCCCAC---AAGCAA-CAA-AAATA-AATCTT--GGGACAGATGGGA--GGTATA---------TCT-------TT--------------ATTT-----------C--------TCTG-AAC--TTTAAACT-CTGAAT--AAATTTTAATAGCA-ACGTACAGA-TCGAGGCA------T-AGTGACT-----G-T---T-AAAC
gi|1 : TTTCACGTCAAA--AATG-AAA-AAT----AAACAAAA-----------------T--TTGGGAAA-G---GGCCCTTT-------T-GAAGAT--T---------------CGGGCGAGACAAC--TAT-ATATC-------TAC-AATTAACTTT-GATGTtatactattcaataggagatctactacagttgggaataatatggtccacaatacaagcgagttcactagggtctttcttcattttttttaatgcgctacaaaaagatccttttcacgtcaaaaatgaaaaataaacaaaatttgggaaagggcccttttgaagattcgggcgagacaactatatatctacaattaactttgatgtgg
gi|10 : caagtttaattttggtaggattactaatcccacaagcaacaaaaataaatcttgggacagatgggaggtatatctttatttctctgaactttaaactctgaataaattttaatagcaacgtacagatcgaggcatagtgactgttaaactatactattcaataggagatctactacagttgggaataatatggtccacaatacaagcgagttcactagggtctttcttcattttttttaatgcgctacaaaaagatcctC-CG--AAACAAATT-GAA--AC----ATAAAAAA-----------------TCTTTCGG--C-GA--GGGTCTCT-------C-G-AGAT-A-GT-------------TAGGTGGG--AAT--GAGCA-ATC-------TACAAATTAAC-TTGGATGTgg
gi|11 : gtggggactttaagaaattcaggggaatttctcgaactgCATCAAGTT-AAATTTC--G--TAG-ATT-GTACGATTCCATCCCAC---CAGCAA-CAA-AAA---AAT--TAAAGGGTGGGTGAGGCTGG---AGTTTATTTTT-T-------TT--------------ATCT-----------T--------TCTGGAAC--TTTAA-----TGAAT--cggc
gi|12 : catGCTACATCAAGTT-TA--TTT--G--TAG-ATT-CT-------CATCC-AC---CAACAA-TGA-AAG---AAT--T--GGGGCGGATGGGA--GG---A---------T-TTTATTAATT--------------ATTT-----------T--------TCTGGAAC---ATAGAAA-CTGAAT--GAATTC--Atca
gi|13 : gC--TTTAAAATAC--AAT--AAAT-C--ATAGC--ATGTA-AGA-T---AGCA------T-A-TG-CT-----GTT---T-AAACATGCAACAATGCA-AT------AATA----TATTCAG-----CTA--T-TTGAA
gi|14 : ttaattctgatagattACATCAAGTT-AA--TTT--G--TAG-ATT-CT-------CATCC-AT---CAGTAACCAA-AAAAATAAT--T--GGGGCAGGTGGGG--GG---A---------T-T-------TTATTTTTTACTTTTTATTT-----------T--------TCTGGAAC--TTTAAAAT-acaa
gi|15 : TCAACTT-AA--TTT--AGATAG-ATT-AT-------CA-CC-GT----GGTCA-CAA-AAA---AATA-T--GGGGCGGGTGGGA--GG---A---------TAT-------TT--------------ATTT-----------C--------T
gi|16 : gctaatGCCACATCAAGTT-AA--TTT--G--TAG-ATT-TT-------CATCC-ACCTGCAGCAA-CAA-AAA---AA---------GTGGGTGGGA--GA---A---------T-T-------AT--------------ATTT-----------T--------TTTtgattcttattt
gi|17 : cGCCACATCAAGTA-AA--TTT--G--TAG-ATT-CT-------CATCC-AC---CAGCAA-CAA-AAA---AAT--T--tt
gi|2 : gGCCACATCAAGT---------------AG-ATT-CT-------CATCC-AC---CAGCAA-CATTAAA---AAT--T--GGGGCAGGTGGGA--GG---A---------T-T-------TT--------------ATTT-----------T--------TCTGGAAC--TTTAAGGT-CTGATT--AAATTC--ACAGC--ATGTA-AGA-T---AGCG------T-A-TG-CT-----G-T---T-AAACATTGAA-AAGGCA-GTTGTACATGTACATGTATTAAGACT--CTA--TATTGAAT----A-AATGAACACATTT-------GA--AGTT-TAA-T
gi|2 : aagC-CG--AAA--AAA--AAA-T--------AAAAAA-----------------T--TTGGGGGC-G---GGGCCTTT-------T-G-GG--------------------CAGGCAAG--GAT--GAG-A-ATC-------TTTCAATTAAC-TT-GATGTagtctttattatattgcatgcagacatgaaaaaaaaattcctgaaatttgaagtaccgaaaaaaaaataaaaaatttgggggcggggccttttgggcaggcaaggatgagaatctttcaattaacttgatgtgg
gi|3 : aaggccacatcaagtagattctcatccaccagcaacattaaaaattggggcaggtgggaggattttatttttctggaactttaaggtctgattaaattcacagcatgtaagatagcgtatgctgttaaacattgaaaaggcagttgtacatgtacatgtattaagactctatattgaataaatgaacacatttgaagtttaatagtctttattatattgcatgcagacatgaaaaaaaaattcctgaaatttgaagtaAAGTTTAA--TTT--G--TAG-ATT-CT-------CATCC-AC---CAGCAA-CAA-AAA---TAT--TG-GGGGCGGGTGAAA--GG---ATGCATT---T-T-------TC--------------ATTTA----------T--------GCTGTGAC--TTTAAAAT--GGAACTAAAATTT--ATAG-----GCA-AG--T-----------------------------T---T-AAACATGCAA-AATGCA-AT------TATACATGTATAAGGACT--CTAG-CATTGGAA----A-AATGGACTAATTT-------AA--AGTT-CAA-Tgg
gi|3 : tat----GAAAAAA------------------T--TGGGG--C-GCGAGGGCCTTT-------T-G-AGA--GTGGAACGGAGACGAAACGGTGGGG--GATT-GAG-A-ATC-------TACAAATTAAC-TT-GATGagtctctttttattgcacaaaagatcctgttccagtcaaaaatgaaaaaagaaaaaattggggcgcgagggccttttgagagtggaacggagacgaaacggtgggggattgagaatctacaaattaacttgatg
gi|4 : tataagtttaatttgtagattctcatccaccagcaacaaaaatattgggggcgggtgaaaggatgcatttttcatttatgctgtgactttaaaatggaactaaaatttataggcaagtttaaacatgcaaaatgcaattatacatgtataaggactctagcattggaaaaatggactaatttaaagttcaatagtctctttttattgcacaaaagatcctgttccagtcaaaaatgaaaaaaAAGTG-TA--TTT--G--GAA-CTT-CT-------CCCCC-CC---CCCCAA-AAA-AAA---AAT--T--GGGGAGGG---GG--GG---A---------T-T-------TT--------------TTTT-----------TTTTTTTTTTCTGGAAC--TTTAAAAT-CTGAAT--AAATTC--ATAGC--ATGTA-AGATT---AGCAAATAATT-A-TG-CTAGCTAG-TTGAT-AAACATGCAA-AATACA-AT------TATACATGTATTAA-ACT--CTA--TAGTGAAT----AGAATGGGCACATATC------AA--AGTTGCAA-T
gi|4 : AAAAA-----------------T--TTGGA--C-G---GGGCCTTTAATAATAT-G-AAATGGGGG-------------CAGGCGGG--AAagtctttttctattgctgaaaaatccttaaatttcatgtcaaaaatgaacattttaaaaatttggacggggcctttaataatatgaaatgggggcaggcgggaa
gi|5 : aagtgtatttggaacttctcccccccccccaaaaaaaaaattggggagggggggattttttttttttttttttctggaactttaaaatctgaataaattcatagcatgtaagattagcaaataattatgctagctagttgataaacatgcaaaatacaattatacatgtattaaactctatagtgaatagaatgggcacatatcaaagttgcaatagtctttttctattgctgaaaaatccttaaatttcatgtcaaaaatgaacatttt---------T-T-------TT--------------ATTT-----------T--------CCTTGGACAATTCAAAAT-CTGATT--AAGTTC--ATAGCGAAC-TA-AAA-T---AGTA------TAA-TG-CTCGG--G-T---TAAAACCTGCAA-AATACATAT------TATTAATGTA-TAAGACTACCTGTTTATTGAAT----A-AATGAAC-CATGT------GAA--AGAT-CAA-T
gi|5 : G--AAA--CATT-TAA--------AAAAAAAA-----------------T--TGGGG--CCGT--GGGCCTTT-------T-G-G-AT-GAAG-------------CGGGTGGG--GATTTAAG-A-ATC-------TACAAATTAAC-TT-GATGTattctttaatcatattggcaatgcggatatgaaaaaatttccaagaatttgaactgcggaaaaatatgaaacatttaaaaaaaaaattggggccgtgggccttttggatgaagcgggtggggatttaagaatctacaaattaacttgatgtt
gi|6 : ttttattttccttggacaattcaaaatctgattaagttcatagcgaactaaaatagtataatgctcgggttaaaacctgcaaaatacatattattaatgtataagactacctgtttattgaataaatgaaccatgtgaaagatcaatattctttaatcatattggcaatgcggatatgaaaaaatttccaagaatttgaactgcggaaaaatatGCTACATCAAGTT-AA--TTG--G--TAG-ATT-CT-------CTTCC-AC---CAGCAA-CAA-AAA---AAT--T--GGGACAGGTGGGA--GG---A---------T-T-------TT--------------ATTT-----------T--------TCTGGATC--TTTAAAAT-CTCAAT--AAATT----TAGC--ACACA-AGA-T---GGCA------T-A-TG-CT-----G-T---T-AAACATACAA-AATACA-AT------TATGCATGTATTAAGACT--CTA--CATTGCAG----A-CATGAAAACAATTC-CG--AAA--AATT-TAACTGC----GAAAAAAA-----------------T--TGGGG--C-A---GGGCCTTT-------T-G-GGAT-GTGG-------------CGGACGGG--GAT--GAG-A-ATCTATACTGTACAAATTAAC-TT-GATGTt
gi|7 : GCCACATCAAGTT-AA--TCT--G--TAG-ATT-GT-------CATCC-AC---CAGAAA-CAA-AGA---AAT--T--TGGGCGGGTGGGG--AG---A---------T-T-------TT--------------ATTTATCTTTTATTGC--------TCTGGAAC--TTTCAAAT-CTGAAT--AAATTC--ATAGC--ACGCA-AAA-T---AGCA------T-A-AG-CT-----G-T---T-AAGCACGCTA-AATACA-AT------CATACATGTA-TAAGACT--
gi|8 : cagTGATT--AAATTC--ACAGC--ATGTA-AGA-T---AGCA------T-A-TC-CT-----G-T---T-AAACATTGAA-AATGCA-AT------TGTACATGTATTAAGACT--TTA--TATTGAAT----A-AATGAACACATTT-------GA--AGTT-CAA-TGN----NNNNNNNN-----------------N--NNNNN--N-N---NNNNNNNN-------TAG-GGAT-GTaaaatcatagaattgcacactcttggttatttgtgccat
gi|9 : TA--TATTGCATGTGGA-CATGAAAAT-TTTC-CG--GAA--ACTT-GAACTGCTGGGGAAAAAAAAATGAAAGTAAAAAATTT--TTGGG--C-G---GAGCCTTT-------T-G-G---------------------CAATCGGA--GAT--GAG-A-ATC-------TACGAATTAAC-TT-GATGTtcca
blockSeqs : T AT . GA . . ACGATTC C CTG C T AAT TAA CT . TTTTATTTTTTACTTTTT ATCTTTTATTGC AA A TA . GA . T . AATAAT A . . AGCTA T TGA A . T TGTACA T AC TT GTGG G T CCGA CA GC CTGCTGGGG AATGAAAGTAAAAAATT CT CGCGA TGAGAGTGGAACGGAGACGAAA . TT C . TATACTG A . G
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . AT . . GTTTATTTTTTTT TTTTTTTTT . . . . . . . . . . . . CGG . . . . . . T . G . . A CCGA . G CTGCG . . GGCG AATAATATGAAATGGGGG . T . . . C . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . TG . . TTTTATTAATT AT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . A CCGA . T TGNN . . CCGT TGGGATGTGG . . . . . A . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T . . TGCATTTTTC T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . A CCGG . A ACA . . CGA CGAGATAGT . . . . . A . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T . . TATTT T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . A C . C T . . CG TGGATGAAG . . . . . A . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T . . TTAT T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . C A . . CA TGGG . . . . . G . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T . . TTTT C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . NN TGG .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T . . TTTT T . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . CG
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T . . TTTT T . . . . . . C
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T . . TTTT T . . . . G
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . TTTT T
blockSeqCons : ** *** T**** *** TTTT******************************* ** ** *** CCGG*** TGCA***** CG****** TGAGATGGG************************ **
originalCons : GCCACATCAAGTT-AA--TTT--G--TAG-ATT-CT-------CATCC-AC---CAGCAA-CAA-AAA---AAT--T--GGGGCGGGTGGGA--GG---A---------T-T-------TT--------------ATTT-----------T--------TCTGGAAC--TTTAAAAT-CTGAAT--AAATTC--ATAGC--ACGTA-AGA-T---AGCA------T-A-TG-CT-----G-T---T-AAACATGCAA-AATGCA-AT------TATACATGTATTAAGACT--CTA--TATTGAAT----A-AATGAACACATTTC-CG--AAA--AGTT-NAA-TGC----GAAAAAAA-----------------T--TTGGG--C-G---GGGCCTTT-------T-G-GGAT-GTGG-------------CGGGCGGG--GAT--GAG-A-ATC-------TACAAATTAAC-TT-GATGT
finalCons : GCCACATCAAGTT-AA--TTT--G--TAG-ATT-CT-------CATCC-AC---CAGCAA-CAA-AAA---AATT----GGGGCGGGTGGGA--GG---ATTTT-------------------------------ATTT-----------T--------TCTGGAAC--TTTAAAAT-CTGAAT--AAATTC--ATAGC--ACGTA-AGA-T---AGCA------T-A-TG-CT-----G-T---T-AAACATGCAA-AATGCA-AT------TATACATGTATTAAGACT--CTA--TATTGAAT----A-AATGAACACATTTCCGG---AA--AGTT-NAATGCA-----AAAAAAA-----------------T--TTGGGCG------GGGCCTTTTGAGATGGG------------------------CGGGCGGG--GAT--GAG-A-ATC-------TACAAATTAAC-TT-GATGT
Alignments
lowQualScore : 1111111 111 22222222222222222222222222222222222 22222222222222222222 11 111111 11111 111111 11 2222 2222 4444444444444 333333333333333 22222222 555555555555555555555555555555555 1111111
lowQualScore : 6 44 44 44 3 3 0000000 6 555 3 3 000 88888 55 666 77777777777777777777777777777777777 66666666666666666666 55 3 55 55 00 4 4 777 222222 4 4 4 88888 4 777 4 5 5 444444 3 66 00 0 1111 5 0 66 8888 55 44 44 5555555555555 5 333333333333333 0 00000000 333333333333333333333333333333333 66 5 77 5 5 8888888 3 5 5
lowQualScore : . .. .. .. . . ....... . ... . . ... ..... .. ... ................................... .................... .. . .. .. .. . . ... ...... . . . ..... . ... . . . ...... . .. .. . .... . . .. .... .. .. .. ............. . ............... . ........ ................................. .. . .. . . ....... . . .
lowQualScore : 7 66 66 66 3 3 8888888 7 888 3 3 444 88888 00 444 44444444444444444444444444444444444 00000000000000000000 00 6 00 55 66 4 4 888 888888 4 4 4 99999 4 888 4 0 0 444444 2 99 66 7 2222 0 4 99 8888 00 00 66 4444444444444 0 999999999999999 1 33333333 444444444444444444444444444444444 99 0 99 7 7 6666666 6 7 7
consensus : GCCACATCAAGTT-AA--TTT--G--TAG-ATT-CT-------CATCC-AC---CAGCAA-CAA-AAA---AAT--T--GGGGCGGGTGGGA--GG---A---------T-T-------TT--------------ATTT-----------T--------TCTGGAAC--TTTAAAAT-CTGAAT--AAATTC--ATAGC--ACGTA-AGA-T---AGCA------T-A-TG-CT-----G-T---T-AAACATGCAA-AATGCA-AT------TATACATGTATTAAGACT--CTA--TATTGAAT----A-AATGAACACAT--TTCC-GAA--A-GTT-NAA-TGC---------AA-AAAAAAT---------------TTGGG--C-G---GGGCCTTT-------T-G-AGA-T--G-G------------GCGGGCGGG--GA-T--GAG-A-ATC-------TACAAATTAAC-TT-GATGT
Reference ( family-1850 ) : GCCACATCAAGTT-AA--TTT--G--TAG-ATT-CT-------CATCC-AC---CAGCAA-CAA-AAA---AAT--T--GGGGCGGGTGGGA--GG---A---------T-T-------TT--------------ATTT-----------T--------TCTGGAAC--TTTAAAAT-CTGAAT--AAATTC--ATAGC--ACGTA-AGA-T---AGCA------T-A-TG-CT-----G-T---T-AAACATGCAA-AATGCA-AT------TATACATGTATTAAGACT--CTA--TATTGAAT----A-AATGAACACAT--TTCCGGAA--A-GTT-NAA-TGC---------AA-AAAAAAT---------------TTGGG--C-G---GGGCCTTT-------T-G-AGA-T--G-G------------GCGGGCGGG--GA-T--GAG-A-ATC-------TACAAATTAAC-TT-GATGT
gi|1 : CAAGTTTAA--TTTTGG--TAGGATTACT-------AATCCCAC---AAGCAA-CAA-AAATA-AATCTT--GGGACAGATGGGA--GGTATA---------TCT-------TT--------------ATTT-----------C--------TCTG-AAC--TTTAAACT-CTGAAT--AAATTTTAATAGCA-ACGTACAGA-TCGAGGCA------T-AGTGACT-----G-T---T-AAAC
gi|1 : AA--A-ATG-AAA-AAT---------AA-ACAAAAT---------------TTGGGAAA-G---GGCCCTTT-------T-GAAGA-T-----------------TCGGGCGAGACAA-C--TAT-ATATC-------TAC-AATTAACTTT-GATGTtatactattcaataggagatctactacagttgggaataatatggtccacaatacaagcgagttcactagggtctttcttcattttttttaatgcgctacaaaaagatccttttcacgtcaaaaatgaaaaataaacaaaatttgggaaagggcccttttgaagattcgggcgagacaactatatatctacaattaactttgatgtgg
gi|10 : caagtttaattttggtaggattactaatcccacaagcaacaaaaataaatcttgggacagatgggaggtatatctttatttctctgaactttaaactctgaataaattttaatagcaacgtacagatcgaggcatagtgactgttaaactatactattcaataggagatctactacagttgggaataatatggtccacaatacaagcgagttcactagggtctttcttcattttttttaatgcgctacaaaaagatccttttcacgtcaCCGAAACAA-ATT-GAA--AC---------AT-AAAAAATCT-------------TTCGG--C-GA--GGGTCTCT-------C-G-AGA-T--A-G------------TTAGGTGGG--AA-T--GAGCA-ATC-------TACAAATTAAC-TTGGATGTgg
gi|11 : gtggggactttaagaaattcaggggaatttctcgaactgCATCAAGTT-AAATTTC--G--TAG-ATT-GTACGATTCCATCCCAC---CAGCAA-CAA-AAA---AAT--TAAAGGGTGGGTGAGGCTGG---AGTTTATTTTT-T-------TT--------------ATCT-----------T--------TCTGGAAC--TTTAA-----TGAAT--cggc
gi|12 : catGCTACATCAAGTT-TA--TTT--G--TAG-ATT-CT-------CATCC-AC---CAACAA-TGA-AAG---AAT--T--GGGGCGGATGGGA--GG---A---------T-TTTATTAATT--------------ATTT-----------T--------TCTGGAAC---ATAGAAA-CTGAAT--GAATTC--Atca
gi|13 : gC--TTTAAAATAC--AAT--AAAT-C--ATAGC--ATGTA-AGA-T---AGCA------T-A-TG-CT-----GTT---T-AAACATGCAACAATGCA-AT------AATA----TATTCAG-----CTA--T-TTGAA
gi|14 : ttaattctgatagattACATCAAGTT-AA--TTT--G--TAG-ATT-CT-------CATCC-AT---CAGTAACCAA-AAAAATAAT--T--GGGGCAGGTGGGG--GG---A---------T-T-------TTATTTTTTACTTTTTATTT-----------T--------TCTGGAAC--TTTAAAAT-acaa
gi|15 : TCAACTT-AA--TTT--AGATAG-ATT-AT-------CA-CC-GT----GGTCA-CAA-AAA---AATA-T--GGGGCGGGTGGGA--GG---A---------TAT-------TT--------------ATTT-----------C--------T
gi|16 : gctaatGCCACATCAAGTT-AA--TTT--G--TAG-ATT-TT-------CATCC-ACCTGCAGCAA-CAA-AAA---AA---------GTGGGTGGGA--GA---A---------T-T-------AT--------------ATTT-----------T--------TTTtgattcttattt
gi|17 : cGCCACATCAAGTA-AA--TTT--G--TAG-ATT-CT-------CATCC-AC---CAGCAA-CAA-AAA---AAT--T--tt
gi|2 : gGCCACATCAAGT---------------AG-ATT-CT-------CATCC-AC---CAGCAA-CATTAAA---AAT--T--GGGGCAGGTGGGA--GG---A---------T-T-------TT--------------ATTT-----------T--------TCTGGAAC--TTTAAGGT-CTGATT--AAATTC--ACAGC--ATGTA-AGA-T---AGCG------T-A-TG-CT-----G-T---T-AAACATTGAA-AAGGCA-GTTGTACATGTACATGTATTAAGACT--CTA--TATTGAAT----A-AATGAACACAT--TT----GA--A-GTT-TAA-T
gi|2 : aagTA--TATTGCATGCAGA-CATGAAAAAAAAATTCCTGAA--A-TTT-GAAGTACCGAAAAAAAAATAAAAAAT---------------TTGGGGGC-G---GGGCCTTT-------T-G----------G------------GCAGGCAAG--GA-T--GAG-A-ATC-------TTTCAATTAAC-TT-GATGTagtctttattatattgcatgcagacatgaaaaaaaaattcctgaaatttgaagtaccgaaaaaaaaataaaaaatttgggggcggggccttttgggcaggcaaggatgagaatctttcaattaacttgatgtgg
gi|3 : aaggccacatcaagtagattctcatccaccagcaacattaaaaattggggcaggtgggaggattttatttttctggaactttaaggtctgattaaattcacagcatgtaagatagcgtatgctgttaaacattgaaaaggcagttgtacatgtacatgtattaagactctatattgaataaatgaacacatttgaagtttaatagtctttatAAGTTTAA--TTT--G--TAG-ATT-CT-------CATCC-AC---CAGCAA-CAA-AAA---TAT--TG-GGGGCGGGTGAAA--GG---ATGCATT---T-T-------TC--------------ATTTA----------T--------GCTGTGAC--TTTAAAAT--GGAACTAAAATTT--ATAG-----GCA-AG--T-----------------------------T---T-AAACATGCAA-AATGCA-AT------TATACATGTATAAGGACT--CTAG-CATTGGAA----A-AATGGACTAAT--TT----AA--A-GTT-CAA-Tgg
gi|3 : tat---------AG-AAAAAAT---------------TGGGG--C-GCGAGGGCCTTT-------T-G-AGAGT--G-GAACGGAGACGAAACGGTGGGG--GATT--GAG-A-ATC-------TACAAATTAAC-TT-GATGagtctctttttattgcacaaaagatcctgttccagtcaaaaatgaaaaaagaaaaaattggggcgcgagggccttttgagagtggaacggagacgaaacggtgggggattgagaatctacaaattaacttgatg
gi|4 : tataagtttaatttgtagattctcatccaccagcaacaaaaatattgggggcgggtgaaaggatgcatttttcatttatgctgtgactttaaaatggaactaaaatttataggcaagtttaaacatgcaaaatgcaattatacatgtataaggactctagcattggaaaaatggactaatttaaagttcaatagtctctttttattgcacaaaagatcctgttccagtcaaaaatgaaaaaAAGTG-TA--TTT--G--GAA-CTT-CT-------CCCCC-CC---CCCCAA-AAA-AAA---AAT--T--GGGGAGGG---GG--GG---A---------T-T-------TT--------------TTTT-----------TTTTTTTTTTCTGGAAC--TTTAAAAT-CTGAAT--AAATTC--ATAGC--ATGTA-AGATT---AGCAAATAATT-A-TG-CTAGCTAG-TTGAT-AAACATGCAA-AATACA-AT------TATACATGTATTAA-ACT--CTA--TAGTGAAT----AGAATGGGCACAT--ATC---AA--A-GTTGCAA-T
gi|4 : AAAAAT---------------TTGGA--C-G---GGGCCTTTAATAATAT-G-AAA-TGGG-G------------GCAGGCGGG--AA-agtctttttctattgctgaaaaatccttaaatttcatgtcaaaaatgaacattttaaaaatttggacggggcctttaataatatgaaatgggggcaggcgggaa
gi|5 : aagtgtatttggaacttctcccccccccccaaaaaaaaaattggggagggggggattttttttttttttttttctggaactttaaaatctgaataaattcatagcatgtaagattagcaaataattatgctagctagttgataaacatgcaaaatacaattatacatgtattaaactctatagtgaatagaatgggcacatatcaaagttgcaatagtctttttctattgctgaaaaatccttaaatttcatgtcaaaaatgaacatttt---------T-T-------TT--------------ATTT-----------T--------CCTTGGACAATTCAAAAT-CTGATT--AAGTTC--ATAGCGAAC-TA-AAA-T---AGTA------TAA-TG-CTCGG--G-T---TAAAACCTGCAA-AATACATAT------TATTAATGTA-TAAGACTACCTGTTTATTGAAT----A-AATGAAC-CAT--GT---GAA--A-GAT-CAA-T
gi|5 : GAA--ACATT-TAA-------------AA-AAAAAAT---------------TGGGG--CCGT--GGGCCTTT-------T-G--GA-T--G-AA-----------GCGGGTGGG--GA-TTTAAG-A-ATC-------TACAAATTAAC-TT-GATGTattctttaatcatattggcaatgcggatatgaaaaaatttccaagaatttgaactgcggaaaaatatgaaacatttaaaaaaaaaattggggccgtgggccttttggatgaagcgggtggggatttaagaatctacaaattaacttgatgtt
gi|6 : ttttattttccttggacaattcaaaatctgattaagttcatagcgaactaaaatagtataatgctcgggttaaaacctgcaaaatacatattattaatgtataagactacctgtttattgaataaatgaaccatgtgaaagatcaatattctttaatcatattggcaatgcggatatgaaaaaatttccaagaatttgaactgcggaaaaatatGCTACATCAAGTT-AA--TTG--G--TAG-ATT-CT-------CTTCC-AC---CAGCAA-CAA-AAA---AAT--T--GGGACAGGTGGGA--GG---A---------T-T-------TT--------------ATTT-----------T--------TCTGGATC--TTTAAAAT-CTCAAT--AAATT----TAGC--ACACA-AGA-T---GGCA------T-A-TG-CT-----G-T---T-AAACATACAA-AATACA-AT------TATGCATGTATTAAGACT--CTA--CATTGCAG----A-CATGAAAACAA--TTCCGAAA--A-ATT-TAACTGC---------GA-AAAAAAT---------------TGGGG--C-A---GGGCCTTT-------T-G-GGA-T--GTG------------GCGGACGGG--GA-T--GAG-A-ATCTATACTGTACAAATTAAC-TT-GATGTt
gi|7 : GCCACATCAAGTT-AA--TCT--G--TAG-ATT-GT-------CATCC-AC---CAGAAA-CAA-AGA---AAT--T--TGGGCGGGTGGGG--AG---A---------T-T-------TT--------------ATTTATCTTTTATTGC--------TCTGGAAC--TTTCAAAT-CTGAAT--AAATTC--ATAGC--ACGCA-AAA-T---AGCA------T-A-AG-CT-----G-T---T-AAGCACGCTA-AATACA-AT------CATACATGTA-TAAGACT--
gi|8 : cagTGATT--AAATTC--ACAGC--ATGTA-AGA-T---AGCA------T-A-TC-CT-----G-T---T-AAACATTGAA-AATGCA-AT------TGTACATGTATTAAGACT--TTA--TATTGAAT----A-AATGAACACAT--TT----GA--A-GTT-CAA-TGN---------NN-NNNNNNN---------------NNNNN--N-N---NNNNNNNN-------TAG-GGA-T--G-aaaatcatagaattgcacactcttggttatttgtgccat
gi|9 : TA--TATTGCATGTGGA-CATGAAAAT-T--TTCCGGAA--A-CTT-GAACTGCTGGGGA---AA-AAAAAATGAAAGTAAAAAATTTTTGGG--C-G---GAGCCTTT-------T-G-----------------------GCAATCGGA--GA-T--GAG-A-ATC-------TACGAATTAAC-TT-GATGTttcca