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lowQualScore                  :         2  22 2222 22   2 5  2 11         2222222 4444  4 2 555  2 555 2 4  6 33       
lowQualScore                  :         .  .. .... ..   . .  . ..         ....... ....  . . ...  . ... . .  . ..       
lowQualScore                  :         0  88 3333 88   0 8  0 55         9999999 0000  0 0 555  0 555 0 0  7 11       
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Reference ( gi|22 )           :    TAGCT-CA--C--A-G--AGA-CAAA-GC-CGGGGGGAG-------C----TT-A-T---GC-T---A-T-AC-C--CTCGGCG
gi|15                         :    TAGCT-CA--C--G-G--AGA-CGAA-GG-C-GGGGGAG-------C----TT-A-TG--GC-TA--A-T-AC-C--TTCAGC
gi|5                          :    TAGCT-CA--A--C-G--AGA--GAA-GT-CGGGGGGAG-------A----TT-A-T---GC-T---A-TAAC-C--CTCGGctcggct
gi|4                          :  taTAGCT-CA--C--C-G--AGA-CGAA-GC-CGGGGGGGGGGGGGGAG----TT-A-T---GC-T---A-T-AA-C--CCCGGCacgtggcgtacc
gi|13                         :    TAGCT-CGTGC--C-G--AAA-CGAA-GT-CGGGG-GAG-------C----TTAA-T---GC-T---A-A-AC-C--CTCAGCGtcagcgtccc
gi|11                         : attTAGCTTCA--C--C-G--AGA-CGAA-GTTCGGGGGAAGG------C----TT-A-T---GC-TATGA-T-ACTC--CTCGGtcc
gi|23                         :    TAGCT-CA--C--C-T--AGA-CGAA-GT-C-GGGGGAG-------C----TT-A-T---AT-T---A-T-Agcgtc
gi|8                          :   tTAGCT-CA--CTCG-G--AGAACGAA-GTTCGGGGGGAG-------C----TT-AGT---AG-T---A-T-ACTC--CTCGGt
gi|24                         :   tTAGCT-CA--C--C-G--AGA-CGAA-GT-CGGAGGGAG-------C----Tttgtcg
gi|12                         :   atAGTT-CA--C--G-G--AGA-TGAA-GA-CGCGGGGAG-------C----TT-A-T---GC-T---A-T-AC-C--CCCGGCG
gi|19                         :     AGTT-CA--C--T-G--AGA-CGAA-GT-CGGGAGGAG-------C----TT-A-T---GC-T---A-T-AC-TGAGTCGGCGtcggcgtct
gi|7                          :     AGCT-CT--T--T-G--AGA-CGAA-GT-CGGGGGGGGGGGGA--C----TT-C-T---GC-T---A-T-AC-C--GTCGGCGt
gi|2                          :     AGCT-CA--C--C-G--AGG-GGGG-GG-GGGGGGGAG-------C----TT-A-T---GC-T---A-T-Atcggcga
gi|9                          :    taGCT-CA--C--C-G--AGA-CGAA-GT-CGAGGGGAG-------C----TT-A-----GC-T---A-TAAT-C--CTCGGCGtatattatccccgcatcagtgttcc
gi|16                         :     gGCT-CA--CC-ACG--AGA-CTAA-TA-CGGAAGGAG-------C----TT-A-T---GC-T---A-T-A--C--TTCGGCtcgcatgcgtc
gi|20                         :  ttatGCT-CA--C--C-G---GA-CGAACGT-CGGGGGG---------C----TTTC-T---GCGT---A-T-AC-C--CTCGGCGatcc
gi|17                         :       CT-CA--C--C-G--AGA-CGAA--T-CGGGGGGAG-------C----T--A-T---GC-T---A-T-ACAC--CTCGtcgg
gi|6                          :       CT-CA--C--T-G--AGA-CGAA-GT-AGGGGGGAG-------CTTAATT-A-T---GC-T---A-T-AC-C--GCCGGTGcactcggcgtcc
gi|10                         :       CT-CA--C--C-G--AGA-CGAA-AT-CGGGGGGA--------C----TT-A-TAACGC-T---T-T-AC-C--CCCGGCGtcggcgtccc
gi|18                         :    aatCT-CA--C--C-GCGAGA-CGAA-GT-CGGGGG-AG-------C----T--A-----GC-T---AAT-AC-C--CTCGGCGtcggtatc
gi|21                         :    agcCT-CA--CC-ACG--AAA-AAAA-AA-AGGGGGGGG-------------T-A-T---GC-T---A-T-AC-C--CCCGGtcac
gi|14                         :                                   GGGGGGAG-------C----TT-A-T---GC-T---A-T-AC-C--CCCGGCGagtcggc
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): AGCTGAGCTACGAGAACGAAGCGGGGGGGGGGGGGGGGCTATGCTATAACCGTCGGTGTCGGCGATCCC
Unaligned ( gi|3 ): CTCACAGGACGAAGGTTGGGGAAGGGGGGGGGGGCTTATCTGCCTATACCTCCTGGCGTCAGCGT






Alignments
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lowQualScore                  :         1  22  77 22   1    1 1 1     3333   1 0000000 3333  3 1 555  1 777  3  6 22       
lowQualScore                  :         .  ..  .. ..   .    . . .     ....   . ....... ....  . . ...  . ...  .  . ..       
lowQualScore                  :         8  55  55 55   8    8 8 8     9999   8 5555555 9999  8 9 222  9 111  8  3 99       
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Reference ( family-1804 )     :    TAGCT-CA--CC--G--AGA-CGAA-G-T-CGGGG----GGA-G-------C----TT-A-T---GC-T---AT-AC-C--CTCGGCG
gi|10                         :       CT-CA--CC--G--AGA-CGAA-A-T-CGGGG----GGA---------C----TT-A-TAACGC-T---TT-AC-C--CCCGGCG
gi|11                         : aatTAGCTTCA--CC--G--AGA-CGAA-GTT-CGGGG----GAAGG-------C----TT-A-T---GC-TATGAT-ACTC--CTCGGtcggtatc
gi|12                         :     AGTT-CA--CG--G--AGA-TGAA-G-A-CGCGG----GGA-G-------C----TT-A-T---GC-T---AT-AC-C--CCCGGCGgcgtc
gi|13                         :    TAGCT-CGTGCC--G--AAA-CGAA-G-T-C-GGG----GGA-G-------C----TTAA-T---GC-T---AA-AC-C--CTCAGCGtcggcgtct
gi|14                         :      att-CA--CC-----AGA-CGAA-G-T-GGGGGGGGGGGA-G-------C----TT-A-T---GC-T---AT-AC-C--CCCGGCGtcc
gi|15                         : caaTAGCT-CA--CG--G--AGA-CGAA-G-G-C-GGG----GGA-G-------C----TT-A-TG--GC-TA--AT-AC-C--TTCAGCgtcagc
gi|16                         :      GCT-CA--CCACG--AGA-CTAA-T-A-CGGAA----GGA-G-------C----TT-A-T---GC-T---AT-A--C--TTCGGCctcggct
gi|17                         :   ttatCT-CA--CC--G--AGA-CGAA---T-CGGGG----GGA-G-------C-----T-A-T---GC-T---AT-ACAC--CTCGatcc
gi|18                         :       CT-CA--CC--GCGAGA-CGAA-G-T-C-GGG----GGA-G-------C-----T-A-----GC-TA--AT-AC-C--CTCGGCGcactcggcgtcc
gi|19                         :  agcAGTT-CA--CT--G--AGA-CGAA-G-T-CGGGA----GGA-G-------C----TT-A-T---GC-T---AT-AC-TGAGTCGGCGtcac
gi|2                          :     AGCT-CA--CC--G--AGG-GGGG-G-G-GGGGG----GGA-G-------C----TT-A-T---GC-T---AT-At
gi|20                         :    taGCT-CA--CC--G---GA-CGAACG-T-CGGGG----GG----------C----TTTC-T---GCGT---AT-AC-C--CTCGGCGtatattatccccgcatcagtgttcc
gi|21                         :       CT-CA--CCACG--AAA-AAAA-A-A-AGGGG----GGG-G-------------T-A-T---GC-T---AT-AC-C--CCCGGtcgg
gi|22                         :    TAGCT-CA--CA--G--AGA-CAAA-G-C-CGGGG----GGA-G-------C----TT-A-T---GC-T---AT-AC-C--CTCGGCGagtcggc
gi|23                         :    TAGCT-CA--CC--T--AGA-CGAA-G-T-C-GGG----GGA-G-------C----TT-A-T---AT-T---AT-A
gi|24                         :   tTAGCT-CA--CC--G--AGA-CGAA-G-T-CGGAG----GGA-G-------C----Tt
gi|4                          :  atTAGCT-CA--CC--G--AGA-CGAA-G-C-CGGGG----GGG-GGGGGGGAG----TT-A-T---GC-T---AT-AA-C--CCCGGC
gi|5                          :    TAGCT-CA--AC--G--AGA--GAA-G-T-CGGGG----GGA-G-------A----TT-A-T---GC-T---ATAAC-C--CTCGGtcagcgtccc
gi|6                          :     taCT-CA--CT--G--AGA-CGAA-G-T-AGGGG----GGA-G-------CTTAATT-A-T---GC-T---AT-AC-C--GCCGGTGacgtggcgtacc
gi|7                          :     AGCT-CT--TT--G--AGA-CGAA-G-T-CGGGG----GGG-GGGGGA--C----TT-C-T---GC-T---AT-AC-C--GTCGGCGtcggcgtccc
gi|8                          :    TAGCT-CA--CTCGG--AGAACGAA-G-TTCGGGG----GGA-G-------C----TT-AGT---AG-T---AT-ACTC--CTCGGtcggcga
gi|9                          :     tGCT-CA--CC--G--AGA-CGAA-G-T-CGAGG----GGA-G-------C----TT-A-----GC-T---ATAAT-C--CTCGGCGttgtcg
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): AGCTGAGCTACGAGAACGAAGCGGGGGGGGGGGGGGGGCTATGCTATAACCGTCGGTGTCGGCGATCCC
Unaligned ( gi|3 ): CTCACAGGACGAAGGTTGGGGAAGGGGGGGGGGGCTTATCTGCCTATACCTCCTGGCGTCAGCGT






Alignments
lowQualScore                  :                                                1111111                                     
lowQualScore                  :         1  22  77 22   1    1 1 1     3333   1 0000000 3333  3 1 555  1 777  3  6 22       
lowQualScore                  :         .  ..  .. ..   .    . . .     ....   . ....... ....  . . ...  . ...  .  . ..       
lowQualScore                  :         8  55  55 55   8    8 8 8     9999   8 5555555 9999  8 9 222  9 111  8  3 99       
consensus                     :    TAGCT-CA--CC--G--AGA-CGAA-G-T-CGGGG----GGA-G-------C----TT-A-T---GC-T---AT-AC-C--CTCGGCG
Reference ( family-1804 )     :    TAGCT-CA--CC--G--AGA-CGAA-G-T-CGGGG----GGA-G-------C----TT-A-T---GC-T---AT-AC-C--CTCGGCG
gi|10                         :       CT-CA--CC--G--AGA-CGAA-A-T-CGGGG----GGA---------C----TT-A-TAACGC-T---TT-AC-C--CCCGGCG
gi|11                         : aatTAGCTTCA--CC--G--AGA-CGAA-GTT-CGGGG----GAAGG-------C----TT-A-T---GC-TATGAT-ACTC--CTCGGtcggtatc
gi|12                         :     AGTT-CA--CG--G--AGA-TGAA-G-A-CGCGG----GGA-G-------C----TT-A-T---GC-T---AT-AC-C--CCCGGCGgcgtc
gi|13                         :    TAGCT-CGTGCC--G--AAA-CGAA-G-T-C-GGG----GGA-G-------C----TTAA-T---GC-T---AA-AC-C--CTCAGCGtcggcgtct
gi|14                         :      att-CA--CC-----AGA-CGAA-G-T-GGGGGGGGGGGA-G-------C----TT-A-T---GC-T---AT-AC-C--CCCGGCGtcc
gi|15                         : caaTAGCT-CA--CG--G--AGA-CGAA-G-G-C-GGG----GGA-G-------C----TT-A-TG--GC-TA--AT-AC-C--TTCAGCgtcagc
gi|16                         :      GCT-CA--CCACG--AGA-CTAA-T-A-CGGAA----GGA-G-------C----TT-A-T---GC-T---AT-A--C--TTCGGCctcggct
gi|17                         :   ttatCT-CA--CC--G--AGA-CGAA---T-CGGGG----GGA-G-------C-----T-A-T---GC-T---AT-ACAC--CTCGatcc
gi|18                         :       CT-CA--CC--GCGAGA-CGAA-G-T-C-GGG----GGA-G-------C-----T-A-----GC-TA--AT-AC-C--CTCGGCGcactcggcgtcc
gi|19                         :  agcAGTT-CA--CT--G--AGA-CGAA-G-T-CGGGA----GGA-G-------C----TT-A-T---GC-T---AT-AC-TGAGTCGGCGtcac
gi|2                          :     AGCT-CA--CC--G--AGG-GGGG-G-G-GGGGG----GGA-G-------C----TT-A-T---GC-T---AT-At
gi|20                         :    taGCT-CA--CC--G---GA-CGAACG-T-CGGGG----GG----------C----TTTC-T---GCGT---AT-AC-C--CTCGGCGtatattatccccgcatcagtgttcc
gi|21                         :       CT-CA--CCACG--AAA-AAAA-A-A-AGGGG----GGG-G-------------T-A-T---GC-T---AT-AC-C--CCCGGtcgg
gi|22                         :    TAGCT-CA--CA--G--AGA-CAAA-G-C-CGGGG----GGA-G-------C----TT-A-T---GC-T---AT-AC-C--CTCGGCGagtcggc
gi|23                         :    TAGCT-CA--CC--T--AGA-CGAA-G-T-C-GGG----GGA-G-------C----TT-A-T---AT-T---AT-A
gi|24                         :   tTAGCT-CA--CC--G--AGA-CGAA-G-T-CGGAG----GGA-G-------C----Tt
gi|4                          :  atTAGCT-CA--CC--G--AGA-CGAA-G-C-CGGGG----GGG-GGGGGGGAG----TT-A-T---GC-T---AT-AA-C--CCCGGC
gi|5                          :    TAGCT-CA--AC--G--AGA--GAA-G-T-CGGGG----GGA-G-------A----TT-A-T---GC-T---ATAAC-C--CTCGGtcagcgtccc
gi|6                          :     taCT-CA--CT--G--AGA-CGAA-G-T-AGGGG----GGA-G-------CTTAATT-A-T---GC-T---AT-AC-C--GCCGGTGacgtggcgtacc
gi|7                          :     AGCT-CT--TT--G--AGA-CGAA-G-T-CGGGG----GGG-GGGGGA--C----TT-C-T---GC-T---AT-AC-C--GTCGGCGtcggcgtccc
gi|8                          :    TAGCT-CA--CTCGG--AGAACGAA-G-TTCGGGG----GGA-G-------C----TT-AGT---AG-T---AT-ACTC--CTCGGtcggcga
gi|9                          :     tGCT-CA--CC--G--AGA-CGAA-G-T-CGAGG----GGA-G-------C----TT-A-----GC-T---ATAAT-C--CTCGGCGttgtcg


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blockSeqs                     :         .  .   AC .    .    . . .     .      . GGGGA   .     T . .    . A    A  A . 
blockSeqs                     :         .  .   CG .    .    . . .     .      . .       .     . . .    . A    .  T . 
blockSeqs                     :         .  .   .  .    .    . . .     .      . .       .     . . .    . .    .  . . 
blockSeqs                     :         .  .   .  .    .    . . .     .      . .       .     . . .    . .    .  . . 
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blockSeqs                     :         .  .   .  .    .    . . .     .      . .       .     . . .    . .    .  . . 
blockSeqs                     :         .  .   .  .    .    . . .     .      . .       .     . . .    . .    .  . . 
blockSeqs                     :         .  .   .  .    .    . . .     .      . .       .     . . .    . .    .  . . 
blockSeqs                     :         .  .   .  .    .    . . .     .      . .       .     . . .    . .    .  . . 
blockSeqs                     :         .  .   .  .    .    . . .     .      . .       .     . . .    . .    .  . . 
blockSeqs                     :         .  .   .  .    .    . . .     .      . .       .     . . .    . .    .  . . 
blockSeqs                     :         .  .   .  .    .    . . .     .      . .       .     . . .    . .    .  . . 
blockSeqs                     :         .  .   .  .    .    . . .     .      . .       .     . . .    . .    .  . . 
blockSeqs                     :         .  .   .  .    .    . . .     .      . .       .     . . .    . .    .  . . 
blockSeqs                     :         .  .   .  .    .    . . .     .      . .       .     . . .    . .    .      
blockSeqs                     :         .  .   .  .    .    . . .     .      . .       .     . . .    . .    .      
blockSeqs                     :         .  .   .  .    .    . . .     .      . .       .                            


blockSeqCons                  :                                                                  ***
originalCons                  :    TAGCT-CA--CC--G--AGA-CGAA-G-T-CGGGG----GGA-G-------C----TT-A-T---GC-T---AT-AC-C--CTCGGCG
finalCons                     :    TAGCT-CA--CC--G--AGA-CGAA-G-T-CGGGG----GGA-G-------C----TT-A-T---GC-T---AT-AC-C--CTCGGCG
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): AGCTGAGCTACGAGAACGAAGCGGGGGGGGGGGGGGGGCTATGCTATAACCGTCGGTGTCGGCGATCCC
Unaligned ( gi|3 ): CTCACAGGACGAAGGTTGGGGAAGGGGGGGGGGGCTTATCTGCCTATACCTCCTGGCGTCAGCGT






Alignments
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lowQualScore                  :         1  22  77 22   1    1 1 1     3333   1 0000000 3333  3 1 555  1 777  3  6 22       
lowQualScore                  :         .  ..  .. ..   .    . . .     ....   . ....... ....  . . ...  . ...  .  . ..       
lowQualScore                  :         8  55  55 55   8    8 8 8     9999   8 5555555 9999  8 9 222  9 111  8  3 99       
consensus                     :    TAGCT-CA--CC--G--AGA-CGAA-G-T-CGGGG----GGA-G-------C----TT-A-T---GC-T---AT-AC-C--CTCGGCG
Reference ( family-1804 )     :    TAGCT-CA--CC--G--AGA-CGAA-G-T-CGGGG----GGA-G-------C----TT-A-T---GC-T---AT-AC-C--CTCGGCG
gi|10                         :       CT-CA--CC--G--AGA-CGAA-A-T-CGGGG----GGA---------C----TT-A-TAACGC-T---TT-AC-C--CCCGGCG
gi|11                         : aatTAGCTTCA--CC--G--AGA-CGAA-GTT-CGGGG----GAAGG-------C----TT-A-T---GC-TATGAT-ACTC--CTCGGtcggtatc
gi|12                         :     AGTT-CA--CG--G--AGA-TGAA-G-A-CGCGG----GGA-G-------C----TT-A-T---GC-T---AT-AC-C--CCCGGCGgcgtc
gi|13                         :    TAGCT-CGTGCC--G--AAA-CGAA-G-T-C-GGG----GGA-G-------C----TTAA-T---GC-T---AA-AC-C--CTCAGCGtcggcgtct
gi|14                         :      att-CA--CC-----AGA-CGAA-G-T-GGGGGGGGGGGA-G-------C----TT-A-T---GC-T---AT-AC-C--CCCGGCGtcc
gi|15                         : caaTAGCT-CA--CG--G--AGA-CGAA-G-G-C-GGG----GGA-G-------C----TT-A-TG--GC-TA--AT-AC-C--TTCAGCgtcagc
gi|16                         :      GCT-CA--CCACG--AGA-CTAA-T-A-CGGAA----GGA-G-------C----TT-A-T---GC-T---AT-A--C--TTCGGCctcggct
gi|17                         :   ttatCT-CA--CC--G--AGA-CGAA---T-CGGGG----GGA-G-------C-----T-A-T---GC-T---AT-ACAC--CTCGatcc
gi|18                         :       CT-CA--CC--GCGAGA-CGAA-G-T-C-GGG----GGA-G-------C-----T-A-----GC-TA--AT-AC-C--CTCGGCGcactcggcgtcc
gi|19                         :  agcAGTT-CA--CT--G--AGA-CGAA-G-T-CGGGA----GGA-G-------C----TT-A-T---GC-T---AT-AC-TGAGTCGGCGtcac
gi|2                          :     AGCT-CA--CC--G--AGG-GGGG-G-G-GGGGG----GGA-G-------C----TT-A-T---GC-T---AT-At
gi|20                         :    taGCT-CA--CC--G---GA-CGAACG-T-CGGGG----GG----------C----TTTC-T---GCGT---AT-AC-C--CTCGGCGtatattatccccgcatcagtgttcc
gi|21                         :       CT-CA--CCACG--AAA-AAAA-A-A-AGGGG----GGG-G-------------T-A-T---GC-T---AT-AC-C--CCCGGtcgg
gi|22                         :    TAGCT-CA--CA--G--AGA-CAAA-G-C-CGGGG----GGA-G-------C----TT-A-T---GC-T---AT-AC-C--CTCGGCGagtcggc
gi|23                         :    TAGCT-CA--CC--T--AGA-CGAA-G-T-C-GGG----GGA-G-------C----TT-A-T---AT-T---AT-A
gi|24                         :   tTAGCT-CA--CC--G--AGA-CGAA-G-T-CGGAG----GGA-G-------C----Tt
gi|4                          :  atTAGCT-CA--CC--G--AGA-CGAA-G-C-CGGGG----GGG-GGGGGGGAG----TT-A-T---GC-T---AT-AA-C--CCCGGC
gi|5                          :    TAGCT-CA--AC--G--AGA--GAA-G-T-CGGGG----GGA-G-------A----TT-A-T---GC-T---ATAAC-C--CTCGGtcagcgtccc
gi|6                          :     taCT-CA--CT--G--AGA-CGAA-G-T-AGGGG----GGA-G-------CTTAATT-A-T---GC-T---AT-AC-C--GCCGGTGacgtggcgtacc
gi|7                          :     AGCT-CT--TT--G--AGA-CGAA-G-T-CGGGG----GGG-GGGGGA--C----TT-C-T---GC-T---AT-AC-C--GTCGGCGtcggcgtccc
gi|8                          :    TAGCT-CA--CTCGG--AGAACGAA-G-TTCGGGG----GGA-G-------C----TT-AGT---AG-T---AT-ACTC--CTCGGtcggcga
gi|9                          :     tGCT-CA--CC--G--AGA-CGAA-G-T-CGAGG----GGA-G-------C----TT-A-----GC-T---ATAAT-C--CTCGGCGttgtcg
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): AGCTGAGCTACGAGAACGAAGCGGGGGGGGGGGGGGGGCTATGCTATAACCGTCGGTGTCGGCGATCCC
Unaligned ( gi|3 ): CTCACAGGACGAAGGTTGGGGAAGGGGGGGGGGGCTTATCTGCCTATACCTCCTGGCGTCAGCGT