lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111111 111111111111 2 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111 111111111 44444444444444
lowQualScore : 3333 1 1 4 44 1 5 1 1 222 1 44 333 3 55555 2 1 11 1 1 1 1 1 11 1 33 1 2 9999999999999 6666666666 3 66666666 1 111111111111 2 777777 1 1 1 2 55 6666666 1 1 22 5 22 0 22 0 1 2 4 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 2 444 4444 55 66 000000000 55 2 00000000000000 7 5 5 2 88 2
lowQualScore : .... . . . .. . . . . ... . .. ... . ..... . . .. . . . . . .. . .. . . ............. .......... . ........ . ............ . ...... . . . . .. ....... . . .. . .. . .. . . . . ................................................................................................................................ . ... .... .. .. ......... .. . .............. . . . . .. .
lowQualScore : 9999 7 6 3 88 4 7 3 3 333 2 11 333 6 55555 4 2 77 2 2 2 2 3 88 4 33 4 6 8888888888888 7777777777 1 22222222 5 444444444444 9 555555 4 4 4 9 99 1111111 5 7 44 2 44 4 44 5 8 1 4 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 9 777 1111 99 99 000000000 99 5 99999999999999 5 0 0 5 44 7
consensus : GTATATGAAAA----T-AA-A-C--T-T-CATTTC-AAC-A---ATA-TTT--C---AA-CA-----G-T-T--A-T-TG-A-AC-TT--TC-GTT--C-TGA-------------TATCTCTC----------AAA-GCC--------A-AG------------G-TCATT------G-A-G-AAG-AT--A-------TAC-CTTG-T--ATG-AG--G-AA--AAAGTT-CCT-TA-T----TAT-------TNAACTG--TT--TGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGGGAATNCNCGNACG-T---TA----TA--TT--A---------A--T-A------A-------CC-TT-T-ATCTC-AA--CAGT-CATG
Reference ( gi|11 ) : GTATATGAAAA----T-AA-A-C--T-T-CATTTC-AAC-A---ATA-TTT--C---AA-CA-----G-T-T--A-T-TG-A-AC-TT--TC-GTT--C-TGA-------------TATCTCTC----------AAA-GCC--------A-AG------------G-TCATT------G-A-G-AAG-AT--A-------TAC-CTTG-T--ATG-AG--GAAA--AAAGTT-CCT-TA-T---ATAT-------TTAACTG--TT--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCG-T---TA----TA--TT--A---------A--T-A------A-------CC-TT-T-ATCTC-AA--CAGT-CATG
gi|5 : GTATATGAAAA----T-AA-A-T--T-T-CATTTC-AAC-A---ATA-TTT--C---AT-CA-----G-T-T--A-T-TG-A-AC-TT--TC-GTT--C-TGA-------------TATCTCTC----------AAA-GCC--------A-AG------------T-TCATT------G-A-G-AAG-AT--A-------TGC-CTTG-T--ATG-AG--G-AA--AAAGTT-CCT-TA-TTAAACAG-------TTNNNNN--NN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCA-T---TA----CA--TT--A---------A--T-A------AC------CC-TT-T-ATCTC-TA--CAGT-TATG
gi|3 : tGTACATGAAAA----T-AA-A-C--T-T-CATTTC-AAC-A---ATA-TTTTTC---AA-CA-----G-C-T--A-T-TG-A-TT-TT--TC-GTT--C-TGA-------------TATCTCTC----------AAA-ACC--------A-AG------------G-TCATT------G-A-G-AAG-AT--A-------TAC-CTTG-T--ATG-AG--GAAA--AA-GTT-CCT-TG-T----TATGAAACTGTTNNNNN--NN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCG-T---TA----TA--TTTTA---------A--T-A------A-------CC-CT-TGATCTC-AA--CAGT-CATGg
gi|10 : GTATTTGAAAA----T-AA-A-C--T-T-CATTTC-AAC-A---ATA-TTT--C---AC-CA-----G-T-T--A-T-TG-A-AC-TT--TC-GTT--C-TGA-------------TATC
gi|19 : ttGTATATAGAAA----T-AATC-C--T-T-CATCTC-AAC-A---ATA-TTT--C---AA-CA-----A-T-A--A-T-TG-A-AT-GT--TT-GAT--C-TAAGGTTTCTCAATGTTATTTCTG----------AAATGTC--------A-AG------------GTTTATT------C-A-G-ATG-AC--A-------TAC-CTCT-T--ATG-AG--G-AT--AAAGTT-CCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgttatattaataaccctttatcgcaacagccatgg
gi|33 : tGTACATGAAAA----T-AA-ATC--T-T-CATTTC-AAC-A---ATA-GTT--C---AA-CA-----G--------T-TG-A-AC-TA--TC-GTT--C-TTA-------------TAatgttt
gi|38 : tGTATATGAAAA----T-AC-A-C--C-TACATTTC-AAC-A---ATC-TTT--C---AA-CA-----G-T-T--A-T-TG-A-
gi|32 : tGTATATGGAAA----T-AA-AAC--T-T-C-TTTC-AACAA---ATA-TTT--C---AA-CA-----GTT-T--A-T-TA-A-
gi|13 : cttTATAT-AGAA----T-AA-A-C--T-T-CATTTC-AAC-A---ATA-CTT--C---AA-CA-----G-T-T--A-T-TG-A-AC-TT--TC-GAT--C-TGA-------------TATCTCTT----------AAA-GCC--------A-AG------------G-TCATT------G-A-G-AAG-AT--A-------TAC-CTTG-T--ATG-AG--G-AA--AAAGTT-TCT-TA-T----TAT-------TAAACTG--TT----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG-T---TA----TA--TT--A---------A--T-A------AC------CC-TT-T-ATCTC-AA--CAGT-CATGgttatttcat
gi|23 : TATATGAAAA----T-AA-A-C--T-T-CATTTC-AGC-A---ATA-TTT--C---AA-CA-----G-T-T--A-T-TG-A-AC-TT--TC-GTT--C-TGA-------------TATCTCTT----------AAA-GCC--------A-AG------------G-TCATT------G-A-G-AAG-AT--A-------TAC-CTTG-T--ATG-AG--G-AA--AACGTT-CCT-TA-T---
gi|12 : aTGTATGAAAA----T-AA-A-C--A-T-CATTTC-AAT-A---ATA-TTT--C---AA-CA-----A-T-T--T-T-TT-A-AC-TT--TT-GTT--C-TGA-------------TATCTCTC----------AAA-GCC--------A-AG------------G-TCATT------G-A-G-GAG-CT--A-------TA------------------GGAA--AAAGTT-CCT-TA-T----TATCAAACTGTTNNNNN--NN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCG-T---TA----TA--TT--A---------A--T-A------A-------CCTTT-T-ATCTC-AA--CAGT-CATG
gi|22 : TATAAGAAAA----TTAA-C-C--T-T-CATTTCTAAC-ACCAATA-TTT--C---AA-CA-----G-T-T--G-T-TG-A-AC-AT--T--G-----------------------ATCTT-------------AG-GTC--------A-AG------------A-TCATT------C-A-G------T--A-------GAC-CTCA-T--AAG-AA--G-GA--AAGGTT-CCT-TA-T---
gi|31 : cttTATATGAAAGAAATT-AA-C-C--T-T-TATTAC-AAC-A---ATA-TTT--C---AA-CA-----G-T-T--A-T-TG-A-AT-TT--TT-GTT--C-TAA-------------ttcagcagc
gi|37 : TATCTGAAAA----A-AA-A-CCCT-T-CATTTC-AAC-A---ATA-TTT--C---A---A-----G-T-T--A-T-TG-
gi|6 : cttcACATGAAAA----T-AA-AAC--T-T-CATTTC-AAC-A---ATA-TTT--TTCAAA-CA-----G-C-T--A---TG-A-TT-TT--TC-GTTG-C-TGA-------------TAT-TCTC----------AAA-ACC--------A-AG------------G-TCATT------G-A-G-AAGAAT--AG------TAC-CTTG-T--ATG-AG--G-AA--AAAGTC-TCT-TG-T---TTA--------TAAACTG--TT--
gi|34 : ATATAAAAA----T-AA-G-C--T-TTCATTTC-AAC-A---ATA-TTT------AA-CA-----G-T-T--A-T-TG-A-AA-TT--Tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgttatattttaatacccttgatctcaagc
gi|9 : ggTATGAAAA----T-AA-A-C--T-T-TCCTTC-AAC-A---A-A-TTT--CA--AA-CA-----G-T-T--A-T-TGAA-AC-TT--TC-ATT--C-TGA-------------TATCTCT-----------AAA-GCC--------A-AG------------G-TCCTT------G-AGG-AAG-A---A-------TAC-TTTG-T--ATG-AG--G-----AAAGTT-CCT-TA-T----CAT-------TAAACTG--CTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGGGAATCCTCAAACA-T---TA----CG--TT--ATACATATTAA--T-A------A-------CC-TT-T-ATCTC--A--CAGT-TATgc
gi|29 : TATGAAAA----C-AA-A-CC-T-T-TATTTC-AAC-A---ATA-TTT--C---CA-AAGTGTTG-T-T--A-T-TG-A-AC-TC--TT-GTT--
gi|1 : cttgtataatatATGAAA-----T-GA-A-C--TGT-CATGTC-AAC-A---ATA-TTT--C---AATCA-----G-CGT--A-T-TG-A-CC-TT--GC-GTT--C-TGAAT-----------TATCTCTC----------TAA--CC--------A-AG------------GATCATTTGTAGAA-A-A-AAG-AG--A-------TAT-CATA-T--AAT-AGCCGAAATGAAA--T-CCTATA-T---A-AT-------TTAACtcaagat
gi|2 : tatgtactattgAAA----T-AA-A-C--T-TTCATTTC-AAC-A---ATA-TTT--C---AA-CA-----G-T-T--A-TATG-A-AC-TT--TC-ATT--C-TGA-------------TATCTCTT----------AAA-GAC--------A-TG------------G-TCGTT------G-A-GAAAG-ATTAA-------TAC-CTTG-T--ATG-AG--GAAA--AACGTT-CCT-TATT---ATA----------AACTG--cttggctttttgaaaccacggagtatatgctccatgtccacacaaaaacagaataggcaaataacctaatactggcaaagcattttgtaacgatgaggtcagctcaacattaccgctcatcattaataaccctttatctaacatcatggt
gi|4 : AAA----T-AA-A-C--T-TTCATTTC-AAC-A---ATA-TTTT-C---AA-CA-----G-T-T--A-T-TG-A-AC-TT--TC-ATT--C-T-A-------------TATCTCTT----------AAA-GC-----------AG------------G-TCGTT------G-A-G-AAG-ATTAA-------TAC-CTTG-T--ATG-AG--GAAA--AACGTT-CCT-TATT---ATA----------AACTG--Tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacatttacgttaatattattaatacatgtaacccttttctcaaacagtcatg
gi|20 : AAA----T-AA-A-CC-T-T-CGTTTC-AAC-A---ATA-TTT--C----A-CAG----G-T-TTAA-T-TG-A-ACTTT--TT-GCT--C-TCA-------------GATCTTTC----------AAG-GTCAATTTTGAA-AG------------G-T-ATTC-----C-A-G-AAG-GT--A-------TACTCTTG-T--CTG-AG----------ATTT-CCT-TA-T---nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacatttacgttaatattattaatacatgtaacccttttctcaaacagtcat
gi|15 : tagAA----T-AA-A-C--T-T-CATTTC-AAC-A---ATATTTT--C---AACCA-----G-T-T----T-AG-A-AC-TT--T--ATT----TGA-------------T-TCTCTT----------AAA-GAC--------A---------------G-T-GTT------G-A-G-AGA-AT--T-------TAC-CTTG-T--ATG-AG--G--A--AACGTT-C---TA-T---TTAT-------AAAACTG--TC--TGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCTCATT---TATT--TA--TT--G---------ATGT-A------AACATACACC-TTGT-ATCTC-AA--CAGT-CATGtca
gi|24 : -AA-C-C--T-T-CATTTC-AAC-A---ATA-GTT--C---AA-CA-----G-T-T--A-T-TG-A-AC-TT--TT-GGT--C-CAA-------------GATCTCTC----------AAA-A-T--------A-AGTTTTGAAAGGTCG-TCATT------A-A-G-ATG-AT--A-------TA
gi|7 : A-A-C--T-T-CATTTC-AAC-A---ATA-TTTT-C---AA-CA-----G-T-T--A-T-TG-A-AC-TT--TC-ATT--C-TGA-------------TATCTCTT----------AAA-GAC--------A-TG------------G-TCGTT------G-A-G-AAG-AT--A-------TAC-CTTG-T--ATGAAG--GAAA--AACGTT--CT-TA-T---TTAT-------AAAACTGNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACATTTACG-TTAATA----TA--TT--A---------A--T-AC-----ATGTAAC-CC-TT-T-ATCTCAAA--CAGT-CATGaaagttcattatttcaaca
gi|8 : atA-A-C--T-T-CATTTC-AT------ATA-TTT--C---AAACAT----G-T-T--A-T--G-A-A--TT--TC-GTT--C-TTA-------------TATCTCTC----------AAACGCT--------------------------TTTTTTC----G-A-G-AAG-ATTGA--------AC-CTTG-TGGATA-AG--GATA--TAAGTTCCCT-TA-A---ACAT-------TT
gi|14 : -C--T-T-CATTTC-AAC-A---ATA-TTT--C---AA-CA-----G-T-T--A-T-TG-A-AC-TT--TC-ATT--C-TGA-------------TATCTCTC----------AAA-GCC--------A-AG------------G-TCATT------G-A-G-AAG-AT--A-------TAC-TTTG-T--ATG-AG--G-AA--AATGTT-CCT-TA-T----CAT-------TAAACTG--CT--ttgataggcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatttacgtatattaataaccctgtaatctcaaaccagtcatg
gi|28 : -C--T-T-TATTTC-AAC-A---ATA-TTT--C---AA-CA-----G-T-T--T-T-TG-A-AC-TT--TT-AGT--C-TAA-------------GGTCTCTC----------AAG-GTCATATTAA-A-AG------------G-TCAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgttatacatattaataaccctttatctcaacagttatg
gi|27 : ac-C--T-T-CATTTT-AAC-A---ATA-TTT--A---AA-CA-----G-T-T--A-T-TG-A-TC-TT--TTAGAT--CAT---------------TGTCTCTC----------AAG-ATC--------ATGG------------G-TAAAG------G-G-A-AAG-AT----------TAC-agttattt
gi|30 : C-AAC-A---ATA-TTT--C---AA-CA-----G-------------A-AC-TT--TT-TAT--C-TAA-------------GGCCTCTCCGTCATTTCTGAG-GTC--------A-AA------------G-TCATT------C-A-G-AAG-AT--A-------TAC-CTtaaca
gi|16 : -AAC-A---ATA-CTT--C---AA-CA-----G-T-T--A-T-TG-A-AC-TT--TC-GAT--C-TAA-------------TATCTCTT----------AAA-GCC--------A-AT------------G-TCATT------G-A-G-AAG-AT--A-------TAC-CTTG-T--ATA-AG--G-AA--ATAGTT-TCT-TA-T----TAT-------TAAACTG--TT--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N---NN----NNCGTT--A---------A--TCA------ATAAC---CC-TT-T-ATCTC-AA--CAGT-CGTG
gi|21 : ---ATA-TTT--C---AA-CA-----GAT-C--AGC-TG-AGAC-TTATTC-GTTTCC-TAA-------------TATCTC-C----------AAA-GCC--------A-AG------------G-TCATA------GCA-G-AAGAAA--A-------TAC-CTTGTT--ATG--G--GAAA--AA
gi|26 : ataagaattaattaacaagcaaaattacttTA-TTT--C---AA-CA-----G-T-C--A-C-TG-A-AC-TT--TC-GTT--C-TAA-------------TATCTCTC----------AAA-GCC--------A-AG------------G-TCATA------G-A-G-AAG-AT--A-------TAC-CTTG-T--ATG-GG--G--A--AAAGTT-Cttttc
gi|25 : A-TTT--C---AA-CA-----A-T-T--A-T-TG-A-AC-TC--TC-GTT--G-TTA-------------AATCTCTC----------AAG-GTCATTTTTGGA-AGTTCGGA------G-TAATT------T-T-G-GAG-AT--ATACAATGTAC-CATG-T--ATG-AG--G-AA--AAAGTT-TCT-T
gi|39 : ----------AAA-GTC--------A-AG------------G-TCATT------C-A-G-AAG-AT--A-------TAC-CT
gi|35 : catttctga------------G-TCATT------G-A-G-AAG-AT--A-------TAC-CTT--T--ATGCAG--G--A--AAAGTT-Cctta
gi|40 : ttgtaatgaaatt------------G-TCATT------G-A-G-AAG-AT--A-------TAC-CTt
gi|36 : ttgtatgtgaaattCATT------C-A-G-AAG-AT--A-------TAC-CTTG-T--ATGAAG--AAAA--AAAAAT-CCT-TA-T------T-------TCAAC
gi|2 : CG-T---TAATATTA--TT--A---------A--T-ACATGTAA-------CC-CT-T-TTCTC-AAA-CAGT-CATGag
gi|4 : aaataaactttcatttcaacaatatttcaacagttatatgaactttcattctgatatctcttaaagacatggtcgttgagaaagattaataccttgtatgaggaaaaacgttccttattataaactgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacatttaCG-T---TAATATTA--TT--A---------A--T-ACATGTAA-------CC-CT-T-TTCTC-AAA-CAGT-CAT
gi|6 : aaataaactttcatttcaacaatattttcaacagttattgaactttcattctatatctcttaaagcaggtcgttgagaagattaataccttgtatgaggaaaaacgttccttattataaactgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacatttaCG-T---TA----TA--TTTTA---------A--T-A------C-------CC-TT-G-ATCTC-AA--
gi|10 : acatgaaaataaaacttcatttcaacaatatttttcaaacagctatgatttttcgttgctgatattctcaaaaccaaggtcattgagaagaatagtaccttgtatgaggaaaaagtctcttgtttataaactgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCG-T---TA----TA--TT--A---------A--T-A------AC------CC-TT-T-ATCGC-AA--CAGC-CATGgc
gi|18 : ttgtatttgaaaataaacttcatttcaacaatatttcaccagttattgaactttcgttctgatatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCA-T---TA----TA--TT--A---------A--T-A------A-------CCCTT-T-ATCTC-AA--CAGT-CATg
gi|17 : tattattaaactgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCG-T---TA----TAA-TT--G---------AG-T-A------AAC-----CC-TT-T-ATCTC-AA--CAGTACATG
gi|8 : atcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacattta---TA----TA--TT--A---------A--T-A------A-------CC-CTGTAATCTC-AAACCAGT-CATG
gi|14 : aacttcatttcatatatttcaaacatgttatgaatttcgttcttatatctctcaaacgctttttttcgagaagattgaaccttgtggataaggatataagttcccttaaacatttttgataggcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatttacgA----TA--TT--A---------A--T-A------A-------CCCTT-T-ATCTC-AA--CAGT-TATG
Alignments
lowQualScore : 1111111111111 11111111 111111111111 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11111111111111 33333333333333
lowQualScore : 3333 1 1 4 44 1 5 1 1 222 1 44 333 3 55555 2 1 11 1 1 1 1 1 11 1 33 1 0000000000000 6666666666 3 55555555 1 111111111111 1 1 777777 1 1 1 1 1 33 5555555 11 1 1 22 1 22 4444 22 4 3 1 1 1 33 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 2 444 44444444444444 33 55 66 55555 55 2 88888888888888 7 4 4 2 77 2
lowQualScore : .... . . . .. . . . . ... . .. ... . ..... . . .. . . . . . .. . .. . ............. .......... . ........ . ............ . . ...... . . . . . .. ....... .. . . .. . .. .... .. . . . . . .. ....................................................................................................... . ... .............. .. .. .. ..... .. . .............. . . . . .. .
lowQualScore : 7777 7 5 1 77 4 5 3 3 222 2 00 222 5 33333 4 2 66 2 2 2 2 3 88 3 22 3 9999999999999 5555555555 0 66666666 5 000000000000 4 3 222222 4 4 4 4 4 88 9999999 99 4 6 22 6 22 0000 22 8 8 9 2 8 99 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 5 444 88888888888888 22 66 55 99999 66 4 00000000000000 1 7 7 4 99 5
consensus : GTATATGAAAA----T-AA-A-C--T-T-CATTTC-AAC-A---ATA-TTT--C---AA-CA-----G-T-T--A-T-TG-A-AC-TT--TC-GTT--CTGA-------------TATCTCTC----------AAA-GCC--------A-AG------------G-TC-ATT------G-A-G-AAG-A-T--A-------T--AC-CTTG-T--ATG-AG--G--A-AA--AA-GTTCCTTA-T-TATTAAACTG--TT--TGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGGGAATNCNCGNACG-T---T---------A----T--A--TT--A-----A--T-A------A-------CC-TT-T-ATCTC-AA--CAGT-CATG
Reference ( family-180 ) : GTATATGAAAA----T-AA-A-C--T-T-CATTTC-AAC-A---ATA-TTT--C---AA-CA-----G-T-T--A-T-TG-A-AC-TT--TC-GTT--CTGA-------------TATCTCTC----------AAA-GCC--------A-AG------------G-TC-ATT------G-A-G-AAG-A-T--A-------T--AC-CTTG-T--ATG-AG--G--A-AA--AA-GTTCCTTA-T-TATTNAACTG--TT--TGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGGGAATNCNCGNACG-T---T---------A----T--A--TT--A-----A--T-A------A-------CC-TT-T-ATCTC-AA--CAGT-CATG
gi|1 : ATGAAA-----T-GA-A-C--TGT-CATGTC-AAC-A---ATA-TTT--C---AATCA-----G-CGT--A-T-TG-A-CC-TT--GC-GTT--CTGAAT-----------TATCTCTC----------TAA--CC--------A-AG------------GATC-ATTTGTAGAA-A-A-AAG-A-G--A-------T--AT-CATA-T--AAT-AGCCG--A-AATGAA-ATCCTATA-T-AATTTAAC
gi|10 : tatgtactattgGTATTTGAAAA----T-AA-A-C--T-T-CATTTC-AAC-A---ATA-TTT--C---AC-CA-----G-T-T--A-T-TG-A-AC-TT--TC-GTT--CTGA-------------TATCcttggctttttgaaaccacggagtatatgctccatgtccacacaaaaacagaataggcaaataacctaatactggcaaagcattttgtaacgatgaggtcagctcaacattaccgctcatcattaataaccctttatctaacatcatggt
gi|10 : ttCG-T---T---------A----T--A--TT--A-----A--T-A------AC------CC-TT-T-ATCGC-AA--CAGC-CATGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgttatattaataaccctttatcgcaacagccatgg
gi|11 : ttgtatttgaaaataaacttcatttcaacaatatttcaccagttattgaactttcgttctgatatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGTATATGAAAA----T-AA-A-C--T-T-CATTTC-AAC-A---ATA-TTT--C---AA-CA-----G-T-T--A-T-TG-A-AC-TT--TC-GTT--CTGA-------------TATCTCTC----------AAA-GCC--------A-AG------------G-TC-ATT------G-A-G-AAG-A-T--A-------T--AC-CTTG-T--ATG-AG--GA-A-AA--AA-GTTCCTTA-TATATTTAACTG--TT--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCG-T---T---------A----T--A--TT--A-----A--T-A------A-------CC-TT-T-ATCTC-AA--CAGT-CATGg
gi|12 : TGTATGAAAA----T-AA-A-C--A-T-CATTTC-AAT-A---ATA-TTT--C---AA-CA-----A-T-T--T-T-TT-A-AC-TT--TT-GTT--CTGA-------------TATCTCTC----------AAA-GCC--------A-AG------------G-TC-ATT------G-A-G-GAG-C-T--A-------T-----------------AG--G--A-AA--AA-GTTCCTTA-T-TATCAAACTG--TT--
gi|12 : CG-T---T---------A----T--A--TT--A-----A--T-A------A-------CCTTT-T-ATCTC-AA--CAGT-CATGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgttatattaataaccttttatctcaacagtcatg
gi|13 : tgtatgaaaataaacatcatttcaataatatttcaacaattttttaacttttgttctgatatctctcaaagccaaggtcattgaggagctataggaaaaagttccttattatcaaactgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTATAT-AGAA----T-AA-A-C--T-T-CATTTC-AAC-A---ATA-CTT--C---AA-CA-----G-T-T--A-T-TG-A-AC-TT--TC-GAT--CTGA-------------TATCTCTT----------AAA-GCC--------A-AG------------G-TC-ATT------G-A-G-AAG-A-T--A-------T--AC-CTTG-T--ATG-AG--G--A-AA--AA-GTTTCTTA-T-TATTAAACTG--TT----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG-T---T---------A----T--A--TT--A-----A--T-A------AC------CC-TT-T-ATCTC-AA--CAGT-CATG
gi|14 : -C--T-T-CATTTC-AAC-A---ATA-TTT--C---AA-CA-----G-T-T--A-T-TG-A-AC-TT--TC-ATT--CTGA-------------TATCTCTC----------AAA-GCC--------A-AG------------G-TC-ATT------G-A-G-AAG-A-T--A-------T--AC-TTTG-T--ATG-AG--G--A-AA--AT-GTTCCTTA-T-CATTAAACTG--CT--
gi|14 : ---------A----T--A--TT--A-----A--T-A------A-------CCCTT-T-ATCTC-AA--CAGT-TATGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgttatacatattaataaccctttatctcaacagttatg
gi|15 : cttcatttcaacaatatttcaacagttattgaactttcattctgatatctctcaaagccaaggtcattgagaagatatactttgtatgaggaaaatgttccttatcattaaactgctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgttatacAA----T-AA-A-C--T-T-CATTTC-AAC-A---ATATTTT--C---AACCA-----G-T-T----T-AG-A-AC-TT--T--ATT---TGA-------------T-TCTCTT----------AAA-GAC--------A---------------G-T--GTT------G-A-G-AGA-A-T--T-------T--AC-CTTG-T--ATG-AG--G----AA--AC-GTTC--TATT-TATAAAACTG--TC--TGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCTCATT---T---------ATT--T--A--TT--G-----ATGT-A------AACATACACC-TTGT-ATCTC-AA--CAGT-CATG
gi|16 : -AAC-A---ATA-CTT--C---AA-CA-----G-T-T--A-T-TG-A-AC-TT--TC-GAT--CTAA-------------TATCTCTT----------AAA-GCC--------A-AT------------G-TC-ATT------G-A-G-AAG-A-T--A-------T--AC-CTTG-T--ATA-AG--G--A-AA--TA-GTTTCTTA-T-TATTAAACTG--TT--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N---N---------N----N--NCGTT--A-----A--TCA------ATAAC---CC-TT-T-ATCTC-AA--CAGT-CGTG
gi|17 : ACG-T---T---------A----T--AA-TT--G-----AG-T-A------AAC-----CC-TT-T-ATCTC-AA--CAGTACATG
gi|18 : atcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatttTA-T-TATTAAACTG--TT--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-CA-T---T---------A----T--A--TT--A-----A--T-A------A-------CCCTT-T-ATCTC-AA--CAGT-CAT
gi|19 : GTATATAGAAA----T-AATC-C--T-T-CATCTC-AAC-A---ATA-TTT--C---AA-CA-----A-T-A--A-T-TG-A-AT-GT--TT-GAT--CTAAGGTTTCTCAATGTTATTTCTG----------AAATGTC--------A-AG------------G-TTTATT------C-A-G-ATG-A-C--A-------T--AC-CTCT-T--ATG-AG--G--A-TA--AA-GTTCCATG-T-T
gi|2 : tAAA----T-AA-A-C--T-TTCATTTC-AAC-A---ATA-TTT--C---AA-CA-----G-T-T--A-TATG-A-AC-TT--TC-ATT--CTGA-------------TATCTCTT----------AAA-GAC--------A-TG------------G-TC-GTT------G-A-GAAAG-A-TTAA-------T--AC-CTTG-T--ATG-AG--G--A-AA--AACGTTCCTTA-T-TA-TAAACTG--t
gi|2 : ACG-T---T---------AATATT--A--TT--A-----A--T-ACATGTAA-------CC-CT-T-TTCTC-AAA-CAGT-CATGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacatttacgttaatattattaatacatgtaacccttttctcaaacagtcatg
gi|20 : aaataaactttcatttcaacaatatttcaacagttatatgaactttcattctgatatctcttaaagacatggtcgttgagaaagattaataccttgtatgaggaaaaacgttccttattataaactgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacatttAAA----T-AA-A-CC-T-T-CGTTTC-AAC-A---ATA-TTT--C----A-CAG----G-T-TTAA-T-TG-A-ACTTT--TT-GCT--CTCA-------------GATCTTTC----------AAG-GTCAATTTTGAA-AG------------G-T--ATTC-----C-A-G-AAG-G-T--A-------T--ACTCTTG-T--CTG-AG------------A-TTTCCTTA-T-T
gi|21 : tag---ATA-TTT--C---AA-CA-----GAT-C--AGC-TG-AGAC-TTATTC-GTTTCCTAA-------------TATCTC-C----------AAA-GCC--------A-AG------------G-TC-ATA------GCA-G-AAGAA-A--A-------T--AC-CTTGTT--ATG--G--G--A-AA--AA-TTTTCca
gi|22 : ataagaattaattaacaagcaaaattacttTATAAGAAAA----TTAA-C-C--T-T-CATTTCTAAC-ACCAATA-TTT--C---AA-CA-----G-T-T--G-T-TG-A-AC-AT--T--G----------------------ATCTT-------------AG-GTC--------A-AG------------A-TC-ATT------C-A-G-------T--A-------G--AC-CTCA-T--AAG-AA--G--G-AA--AG-GTTCCTTA-T-T
gi|23 : cttTATATGAAAA----T-AA-A-C--T-T-CATTTC-AGC-A---ATA-TTT--C---AA-CA-----G-T-T--A-T-TG-A-AC-TT--TC-GTT--CTGA-------------TATCTCTT----------AAA-GCC--------A-AG------------G-TC-ATT------G-A-G-AAG-A-T--A-------T--AC-CTTG-T--ATG-AG--G--A-AA--AC-GTTCCTTA-T-tcagcagc
gi|24 : a-AA-C-C--T-T-CATTTC-AAC-A---ATA-GTT--C---AA-CA-----G-T-T--A-T-TG-A-AC-TT--TT-GGT--CCAA-------------GATCTCTC----------AAA-AT---------A-AGTTTTGAAAGGTCG-TC-ATT------A-A-G-ATG-A-T--A-------T--A------------------------A--AA-GTTCATTA-T---TTCAAC
gi|25 : A-TTT--C---AA-CA-----A-T-T--A-T-TG-A-AC-TC--TC-GTT--GTTA-------------AATCTCTC----------AAG-GTCATTTTTGGA-AGTTCGGA------G-TA-ATT------T-T-G-GAG-A-T--ATACAATGT--AC-CATG-T--ATG-AG--G--A-AA--AA-GTTTCTTa
gi|26 : TA-TTT--C---AA-CA-----G-T-C--A-C-TG-A-AC-TT--TC-GTT--CTAA-------------TATCTCTC----------AAA-GCC--------A-AG------------G-TC-ATA------G-A-G-AAG-A-T--A-------T--AC-CTTG-T--ATG--G--G--G-AA--AA-GTTC
gi|27 : -C--T-T-CATTTT-AAC-A---ATA-TTT--A---AA-CA-----G-T-T--A-T-TG-A-TC-TT--TTAGAT--C--AT------------TGTCTCTC----------AAG-ATC--------ATGG------------G-TA-AAG------G-G-A-AAG-A-T----------T--AC-
gi|28 : -C--T-T-TATTTC-AAC-A---ATA-TTT--C---AA-CA-----G-T-T--T-T-TG-A-AC-TT--TT-AGT--CTAA-------------GGTCTCTC----------AAG-GTCATATTAA-A-AG------------G-TC-Ataaca
gi|29 : acTATGAAAA----C-AA-A-CC-T-T-TATTTC-AAC-A---ATA-TTT--C---CA-AAGTGTTG-T-T--A-T-TG-A-AC-TC--TT-GTT--agttattt
gi|3 : cttgtataatatGTACATGAAAA----T-AA-A-C--T-T-CATTTC-AAC-A---ATA-TTTTTC---AA-CA-----G-C-T--A-T-TG-A-TT-TT--TC-GTT--CTGA-------------TATCTCTC----------AAA-ACC--------A-AG------------G-TC-ATT------G-A-G-AAG-A-T--A-------T--AC-CTTG-T--ATG-AG--G--A-AA--AA-GTTCCTTG-T-TATGAAACTG--TT--tcaagat
gi|3 : CG-T---T---------A----T--A--TTTTA-----A--T-A------A-------CC-CT-TGATCTC-AA--CAGT-CATGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgttatattttaataacccttgatctcaacagtcatg
gi|30 : gtacatgaaaataaacttcatttcaacaatatttttcaacagctattgatttttcgttctgatatctctcaaaaccaaggtcattgagaagatataccttgtatgaggaaaaagttccttgttatgaaactgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnC-AAC-A---ATA-TTT--C---AA-CA-----G-------------A-AC-TT--TT-TAT--CTAA-------------GGCCTCTCCGTCATTTCTGAG-GTC--------A-AA------------G-TC-ATT------C-A-G-AAG-A-T--A-------T--AC-CT
gi|31 : TATATGAAAGAAATT-AA-C-C--T-T-TATTAC-AAC-A---ATA-TTT--C---AA-CA-----G-T-T--A-T-TG-A-AT-TT--TT-GTT--CTAA-------------
gi|32 : GTATATGGAAA----T-AA-AAC--T-T-C-TTTC-AACAA---ATA-TTT--C---AA-CA-----GTT-T--A-T-TA-A-
gi|33 : cttGTACATGAAAA----T-AA-ATC--T-T-CATTTC-AAC-A---ATA-GTT--C---AA-CA-----G--------T-TG-A-AC-TA--TC-GTT--CTTA-------------TAgttatttcat
gi|34 : tATATAAAAA----T-AA-G-C--T-TTCATTTC-AAC-A---ATA-TTT------AA-CA-----G-T-T--A-T-TG-A-AA-TT--T
gi|35 : gg------------G-TC-ATT------G-A-G-AAG-A-T--A-------T--AC-CTT--T--ATG-CA--G--G-AA--AA-GTTCgc
gi|36 : ttgtaatgaaattC-ATT------C-A-G-AAG-A-T--A-------T--AC-CTTG-T--ATG-AA--GAAA-AA--AA-AATCCTTA-T---TTCAACt
gi|37 : TATCTGAAAA----A-AA-A-CCCT-T-CATTTC-AAC-A---ATA-TTT--C---A---A-----G-T-T--A-T-TG-ag
gi|38 : cttcGTATATGAAAA----T-AC-A-C--C-TACATTTC-AAC-A---ATC-TTT--C---AA-CA-----G-T-T--A-T-TG-A-
gi|39 : t----------AAA-GTC--------A-AG------------G-TC-ATT------C-A-G-AAG-A-T--A-------T--AC-CT
gi|4 : catttctgaAAA----T-AA-A-C--T-TTCATTTC-AAC-A---ATA-TTTT-C---AA-CA-----G-T-T--A-T-TG-A-AC-TT--TC-ATT--CT-A-------------TATCTCTT----------AAA-GC-----------AG------------G-TC-GTT------G-A-G-AAG-A-TTAA-------T--AC-CTTG-T--ATG-AG--G--A-AA--AACGTTCCTTA-T-TA-TAAACTG--Tctta
gi|4 : ACG-T---T---------AATATT--A--TT--A-----A--T-ACATGTAA-------CC-CT-T-TTCTC-AAA-CAGT-CATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacatttacgttaatattattaatacatgtaacccttttctcaaacagtcat
gi|40 : aaataaactttcatttcaacaatattttcaacagttattgaactttcattctatatctcttaaagcaggtcgttgagaagattaataccttgtatgaggaaaaacgttccttattataaactgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacattt------------G-TC-ATT------G-A-G-AAG-A-T--A-------T--AC-CT
gi|5 : ttgtatgtgaaattGTATATGAAAA----T-AA-A-T--T-T-CATTTC-AAC-A---ATA-TTT--C---AT-CA-----G-T-T--A-T-TG-A-AC-TT--TC-GTT--CTGA-------------TATCTCTC----------AAA-GCC--------A-AG------------T-TC-ATT------G-A-G-AAG-A-T--A-------T--GC-CTTG-T--ATG-AG--G--A-AA--AA-GTTCCTTA-T-TA---AACAG--TT--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N---N---------N----NNCA--TT--ACATTAA--T-A------AC------CC-TT-T-ATCTC-TA--CAGT-TATG
gi|6 : tACATGAAAA----T-AA-AAC--T-T-CATTTC-AAC-A---ATA-TTT--TTCAAA-CA-----G-C-T--A-T--G-A-TT-TT--TC-GTTG-CTGA-------------TAT-TCTC----------AAA-ACC--------A-AG------------G-TC-ATT------G-A-G-AAG-AAT--AG------T--AC-CTTG-T--ATG-AG--G--A-AA--AA-GTCTCTTG-T-TTATAAACTG--TT--g
gi|6 : CG-T---T---------A----T--A--TTTTA-----A--T-A------C-------CC-TT-G-ATCTC-AA--nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgttatattttaatacccttgatctcaagc
gi|7 : acatgaaaataaaacttcatttcaacaatatttttcaaacagctatgatttttcgttgctgatattctcaaaaccaaggtcattgagaagaatagtaccttgtatgaggaaaaagtctcttgtttataaactgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnA-A-C--T-T-CATTTC-AAC-A---ATA-TTTT-C---AA-CA-----G-T-T--A-T-TG-A-AC-TT--TC-ATT--CTGA-------------TATCTCTT----------AAA-GAC--------A-TG------------G-TC-GTT------G-A-G-AAG-A-T--A-------T--AC-CTTG-T--ATGAAG--G--A-AA--AACGTT-CTTATT-TATAAAACTGNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACATTTACG-TTAAT---------A----T--A--TT--A-----A--T-AC-----ATGTAAC-CC-TT-T-ATCTCAAA--CAGT-CATGgc
gi|8 : atA-A-C--T-T-CATTTC-AT------ATA-TTT--C---AAACAT----G-T-T--A-T--G-A-A--TT--TC-GTT--CTTA-------------TATCTCTC----------AAACGCT--------------------------TT-TTTTC----G-A-G-AAG-A-T----------TGAAC-CTTG-TGGATA-AG--G--ATAT--AA-GTTCCCT
gi|8 : ACG-T-------------A----T--A--TT--A-----A--T-A------A-------CC-CTGTAATCTC-AAACCAGT-CATGtaaacatttttgataggcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatttacgtatattaataaccctgtaatctcaaaccagtcatg
gi|9 : aacttcatttcatatatttcaaacatgttatgaatttcgttcttatatctctcaaacgctttttttcgagaagattgaaccttgtggataaggatataagttcccttaaacatttttgataggcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatttTATGAAAA----T-AA-A-C--T-T-TCCTTC-AAC-A---A-A-TTT--CA--AA-CA-----G-T-T--A-T-TGAA-AC-TT--TC-ATT--CTGA-------------TATCTCT-----------AAA-GCC--------A-AG------------G-TC-CTT------G-AGG-AAG-A----A-------T--AC-TTTG-T--ATG-AG--G-----A--AA-GTTCCTTA-T-CATTAAACTG--CTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGGGAATCCTCAAACA-T---TACGTTATACA----T--A--TT--A-----A--T-A------A-------CC-TT-T-ATCTC--A--CAGT-TAT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111 11111111 111111111111 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111111111111111 33333333333333
lowQualScore : 3333 1 1 4 44 1 5 1 1 222 1 44 333 3 55555 2 1 11 1 1 1 1 1 11 1 33 1 0000000000000 6666666666 3 55555555 1 111111111111 1 1 777777 1 1 1 1 1 33 5555555 11 1 1 22 1 22 4444 22 4 3 1 2 33 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2 666666666666666666 33 55 33 66666 55 2 99999999999999 7 5 5 2 88 2
lowQualScore : .... . . . .. . . . . ... . .. ... . ..... . . .. . . . . . .. . .. . ............. .......... . ........ . ............ . . ...... . . . . . .. ....... .. . . .. . .. .... .. . . . . .. ....................................................................................................... . .................. .. .. .. ..... .. . .............. . . . . .. .
lowQualScore : 7777 7 5 1 77 4 5 3 3 222 2 00 222 5 33333 4 2 66 2 2 2 2 3 88 3 22 3 9999999999999 5555555555 0 66666666 5 000000000000 4 3 222222 4 4 4 4 4 88 9999999 99 4 6 22 6 22 0000 22 8 6 8 5 77 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 7 666666666666666666 44 99 44 22222 99 5 44444444444444 5 0 0 5 44 5
consensus : GTATATGAAAA----T-AA-A-C--T-T-CATTTC-AAC-A---ATA-TTT--C---AA-CA-----G-T-T--A-T-TG-A-AC-TT--TC-GTT--CTGA-------------TATCTCTC----------AAA-GCC--------A-AG------------G-TC-ATT------G-A-G-AAG-A-T--A-------T--AC-CTTG-T--ATG-AG--G--A-AA--AA-GTTCCTTA-T-TATTAAAC-TG--TT--TGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGGGAATNCNCGNACG-T---T---------A----T--A--TT--A-----A--T-A------A-------CC-TT-T-ATCTC-AA--CAGT-CATG
Reference ( family-180 ) : GTATATGAAAA----T-AA-A-C--T-T-CATTTC-AAC-A---ATA-TTT--C---AA-CA-----G-T-T--A-T-TG-A-AC-TT--TC-GTT--CTGA-------------TATCTCTC----------AAA-GCC--------A-AG------------G-TC-ATT------G-A-G-AAG-A-T--A-------T--AC-CTTG-T--ATG-AG--G--A-AA--AA-GTTCCTTA-T-TATTAAAC-TG--TT--TGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGGGAATNCNCGNACG-T---T---------A----T--A--TT--A-----A--T-A------A-------CC-TT-T-ATCTC-AA--CAGT-CATG
gi|1 : ATGAAA-----T-GA-A-C--TGT-CATGTC-AAC-A---ATA-TTT--C---AATCA-----G-CGT--A-T-TG-A-CC-TT--GC-GTT--CTGAAT-----------TATCTCTC----------TAA--CC--------A-AG------------GATC-ATTTGTAGAA-A-A-AAG-A-G--A-------T--AT-CATA-T--AAT-AGCCG--A-AATGAA-ATCCTATA-T-AATTTAAC-
gi|10 : tatgtactattgGTATTTGAAAA----T-AA-A-C--T-T-CATTTC-AAC-A---ATA-TTT--C---AC-CA-----G-T-T--A-T-TG-A-AC-TT--TC-GTT--CTGA-------------TATCcttggctttttgaaaccacggagtatatgctccatgtccacacaaaaacagaataggcaaataacctaatactggcaaagcattttgtaacgatgaggtcagctcaacattaccgctcatcattaataaccctttatctaacatcatggt
gi|10 : ttCG-T---T---------A----T--A--TT--A-----A--T-A------AC------CC-TT-T-ATCGC-AA--CAGC-CATGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgttatattaataaccctttatcgcaacagccatgg
gi|11 : ttgtatttgaaaataaacttcatttcaacaatatttcaccagttattgaactttcgttctgatatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGTATATGAAAA----T-AA-A-C--T-T-CATTTC-AAC-A---ATA-TTT--C---AA-CA-----G-T-T--A-T-TG-A-AC-TT--TC-GTT--CTGA-------------TATCTCTC----------AAA-GCC--------A-AG------------G-TC-ATT------G-A-G-AAG-A-T--A-------T--AC-CTTG-T--ATG-AG--GA-A-AA--AA-GTTCCTTA-TATATTTAAC-TG--TT--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCG-T---T---------A----T--A--TT--A-----A--T-A------A-------CC-TT-T-ATCTC-AA--CAGT-CATGg
gi|12 : TGTATGAAAA----T-AA-A-C--A-T-CATTTC-AAT-A---ATA-TTT--C---AA-CA-----A-T-T--T-T-TT-A-AC-TT--TT-GTT--CTGA-------------TATCTCTC----------AAA-GCC--------A-AG------------G-TC-ATT------G-A-G-GAG-C-T--A-------T-----------------AG--G--A-AA--AA-GTTCCTTA-T-TATCAAAC-TG--TT--
gi|12 : CG-T---T---------A----T--A--TT--A-----A--T-A------A-------CCTTT-T-ATCTC-AA--CAGT-CATGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgttatattaataaccttttatctcaacagtcatg
gi|13 : tgtatgaaaataaacatcatttcaataatatttcaacaattttttaacttttgttctgatatctctcaaagccaaggtcattgaggagctataggaaaaagttccttattatcaaactgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTATAT-AGAA----T-AA-A-C--T-T-CATTTC-AAC-A---ATA-CTT--C---AA-CA-----G-T-T--A-T-TG-A-AC-TT--TC-GAT--CTGA-------------TATCTCTT----------AAA-GCC--------A-AG------------G-TC-ATT------G-A-G-AAG-A-T--A-------T--AC-CTTG-T--ATG-AG--G--A-AA--AA-GTTTCTTA-T-TATTAAAC-TG--TT----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG-T---T---------A----T--A--TT--A-----A--T-A------AC------CC-TT-T-ATCTC-AA--CAGT-CATG
gi|14 : -C--T-T-CATTTC-AAC-A---ATA-TTT--C---AA-CA-----G-T-T--A-T-TG-A-AC-TT--TC-ATT--CTGA-------------TATCTCTC----------AAA-GCC--------A-AG------------G-TC-ATT------G-A-G-AAG-A-T--A-------T--AC-TTTG-T--ATG-AG--G--A-AA--AT-GTTCCTTA-T-CATTAAAC-TG--CT--
gi|14 : ---------A----T--A--TT--A-----A--T-A------A-------CCCTT-T-ATCTC-AA--CAGT-TATGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgttatacatattaataaccctttatctcaacagttatg
gi|15 : cttcatttcaacaatatttcaacagttattgaactttcattctgatatctctcaaagccaaggtcattgagaagatatactttgtatgaggaaaatgttccttatcattaaactgctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgttatacAA----T-AA-A-C--T-T-CATTTC-AAC-A---ATATTTT--C---AACCA-----G-T-T----T-AG-A-AC-TT--T--ATT---TGA-------------T-TCTCTT----------AAA-GAC--------A---------------G-T--GTT------G-A-G-AGA-A-T--T-------T--AC-CTTG-T--ATG-AG--G----AA--AC-GTTC--TATT-TATAAAAC-TG--TC--TGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCTCATT---T---------ATT--T--A--TT--G-----ATGT-A------AACATACACC-TTGT-ATCTC-AA--CAGT-CATG
gi|16 : -AAC-A---ATA-CTT--C---AA-CA-----G-T-T--A-T-TG-A-AC-TT--TC-GAT--CTAA-------------TATCTCTT----------AAA-GCC--------A-AT------------G-TC-ATT------G-A-G-AAG-A-T--A-------T--AC-CTTG-T--ATA-AG--G--A-AA--TA-GTTTCTTA-T-TATTAAAC-TG--TT--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N---N---------N----N--NCGTT--A-----A--TCA------ATAAC---CC-TT-T-ATCTC-AA--CAGT-CGTG
gi|17 : ACG-T---T---------A----T--AA-TT--G-----AG-T-A------AAC-----CC-TT-T-ATCTC-AA--CAGTACATG
gi|18 : atcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatttTA-T-TATTAAAC-TG--TT--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-CA-T---T---------A----T--A--TT--A-----A--T-A------A-------CCCTT-T-ATCTC-AA--CAGT-CAT
gi|19 : GTATATAGAAA----T-AATC-C--T-T-CATCTC-AAC-A---ATA-TTT--C---AA-CA-----A-T-A--A-T-TG-A-AT-GT--TT-GAT--CTAAGGTTTCTCAATGTTATTTCTG----------AAATGTC--------A-AG------------G-TTTATT------C-A-G-ATG-A-C--A-------T--AC-CTCT-T--ATG-AG--G--A-TA--AA-GTTCCATG-T-T
gi|2 : tAAA----T-AA-A-C--T-TTCATTTC-AAC-A---ATA-TTT--C---AA-CA-----G-T-T--A-TATG-A-AC-TT--TC-ATT--CTGA-------------TATCTCTT----------AAA-GAC--------A-TG------------G-TC-GTT------G-A-GAAAG-A-TTAA-------T--AC-CTTG-T--ATG-AG--G--A-AA--AACGTTCCTTA-T-TA-TAAAC-TG--t
gi|2 : ACG-T---T---------AATATT--A--TT--A-----A--T-ACATGTAA-------CC-CT-T-TTCTC-AAA-CAGT-CATGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacatttacgttaatattattaatacatgtaacccttttctcaaacagtcatg
gi|20 : aaataaactttcatttcaacaatatttcaacagttatatgaactttcattctgatatctcttaaagacatggtcgttgagaaagattaataccttgtatgaggaaaaacgttccttattataaactgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacatttAAA----T-AA-A-CC-T-T-CGTTTC-AAC-A---ATA-TTT--C----A-CAG----G-T-TTAA-T-TG-A-ACTTT--TT-GCT--CTCA-------------GATCTTTC----------AAG-GTCAATTTTGAA-AG------------G-T--ATTC-----C-A-G-AAG-G-T--A-------T--ACTCTTG-T--CTG-AG------------A-TTTCCTTA-T-T
gi|21 : tag---ATA-TTT--C---AA-CA-----GAT-C--AGC-TG-AGAC-TTATTC-GTTTCCTAA-------------TATCTC-C----------AAA-GCC--------A-AG------------G-TC-ATA------GCA-G-AAGAA-A--A-------T--AC-CTTGTT--ATG--G--G--A-AA--AA-TTTTCca
gi|22 : ataagaattaattaacaagcaaaattacttTATAAGAAAA----TTAA-C-C--T-T-CATTTCTAAC-ACCAATA-TTT--C---AA-CA-----G-T-T--G-T-TG-A-AC-AT--T--G----------------------ATCTT-------------AG-GTC--------A-AG------------A-TC-ATT------C-A-G-------T--A-------G--AC-CTCA-T--AAG-AA--G--G-AA--AG-GTTCCTTA-T-T
gi|23 : cttTATATGAAAA----T-AA-A-C--T-T-CATTTC-AGC-A---ATA-TTT--C---AA-CA-----G-T-T--A-T-TG-A-AC-TT--TC-GTT--CTGA-------------TATCTCTT----------AAA-GCC--------A-AG------------G-TC-ATT------G-A-G-AAG-A-T--A-------T--AC-CTTG-T--ATG-AG--G--A-AA--AC-GTTCCTTA-T-tcagcagc
gi|24 : a-AA-C-C--T-T-CATTTC-AAC-A---ATA-GTT--C---AA-CA-----G-T-T--A-T-TG-A-AC-TT--TT-GGT--CCAA-------------GATCTCTC----------AAA-AT---------A-AGTTTTGAAAGGTCG-TC-ATT------A-A-G-ATG-A-T--A-------T--A------------------------A--AA-GTTCATTA-T-T
gi|25 : A-TTT--C---AA-CA-----A-T-T--A-T-TG-A-AC-TC--TC-GTT--GTTA-------------AATCTCTC----------AAG-GTCATTTTTGGA-AGTTCGGA------G-TA-ATT------T-T-G-GAG-A-T--ATACAATGT--AC-CATG-T--ATG-AG--G--A-AA--AA-GTTTCTTtcaaca
gi|26 : TA-TTT--C---AA-CA-----G-T-C--A-C-TG-A-AC-TT--TC-GTT--CTAA-------------TATCTCTC----------AAA-GCC--------A-AG------------G-TC-ATA------G-A-G-AAG-A-T--A-------T--AC-CTTG-T--ATG--G--G--G-AA--AA-GTTC
gi|27 : -C--T-T-CATTTT-AAC-A---ATA-TTT--A---AA-CA-----G-T-T--A-T-TG-A-TC-TT--TTAGAT--C--AT------------TGTCTCTC----------AAG-ATC--------ATGG------------G-TA-AAG------G-G-A-AAG-A-T----------T--AC-
gi|28 : -C--T-T-TATTTC-AAC-A---ATA-TTT--C---AA-CA-----G-T-T--T-T-TG-A-AC-TT--TT-AGT--CTAA-------------GGTCTCTC----------AAG-GTCATATTAA-A-AG------------G-TC-Ataaca
gi|29 : acTATGAAAA----C-AA-A-CC-T-T-TATTTC-AAC-A---ATA-TTT--C---CA-AAGTGTTG-T-T--A-T-TG-A-AC-TC--TT-GTT--agttattt
gi|3 : cttgtataatatGTACATGAAAA----T-AA-A-C--T-T-CATTTC-AAC-A---ATA-TTTTTC---AA-CA-----G-C-T--A-T-TG-A-TT-TT--TC-GTT--CTGA-------------TATCTCTC----------AAA-ACC--------A-AG------------G-TC-ATT------G-A-G-AAG-A-T--A-------T--AC-CTTG-T--ATG-AG--G--A-AA--AA-GTTCCTTG-T-TATGAAAC-TG--TT--tcaagat
gi|3 : CG-T---T---------A----T--A--TTTTA-----A--T-A------A-------CC-CT-TGATCTC-AA--CAGT-CATGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgttatattttaataacccttgatctcaacagtcatg
gi|30 : gtacatgaaaataaacttcatttcaacaatatttttcaacagctattgatttttcgttctgatatctctcaaaaccaaggtcattgagaagatataccttgtatgaggaaaaagttccttgttatgaaactgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnC-AAC-A---ATA-TTT--C---AA-CA-----G-------------A-AC-TT--TT-TAT--CTAA-------------GGCCTCTCCGTCATTTCTGAG-GTC--------A-AA------------G-TC-ATT------C-A-G-AAG-A-T--A-------T--AC-CT
gi|31 : TATATGAAAGAAATT-AA-C-C--T-T-TATTAC-AAC-A---ATA-TTT--C---AA-CA-----G-T-T--A-T-TG-A-AT-TT--TT-GTT--CTAA-------------
gi|32 : GTATATGGAAA----T-AA-AAC--T-T-C-TTTC-AACAA---ATA-TTT--C---AA-CA-----GTT-T--A-T-TA-A-
gi|33 : cttGTACATGAAAA----T-AA-ATC--T-T-CATTTC-AAC-A---ATA-GTT--C---AA-CA-----G--------T-TG-A-AC-TA--TC-GTT--CTTA-------------TAgttatttcat
gi|34 : tATATAAAAA----T-AA-G-C--T-TTCATTTC-AAC-A---ATA-TTT------AA-CA-----G-T-T--A-T-TG-A-AA-TT--T
gi|35 : gg------------G-TC-ATT------G-A-G-AAG-A-T--A-------T--AC-CTT--T--ATG-CA--G--G-AA--AA-GTTCgc
gi|36 : ttgtaatgaaattC-ATT------C-A-G-AAG-A-T--A-------T--AC-CTTG-T--ATG-AA--GAAA-AA--AA-AATCCTTA-T-Tt
gi|37 : TATCTGAAAA----A-AA-A-CCCT-T-CATTTC-AAC-A---ATA-TTT--C---A---A-----G-T-T--A-T-TG-tcaacag
gi|38 : cttcGTATATGAAAA----T-AC-A-C--C-TACATTTC-AAC-A---ATC-TTT--C---AA-CA-----G-T-T--A-T-TG-A-
gi|39 : t----------AAA-GTC--------A-AG------------G-TC-ATT------C-A-G-AAG-A-T--A-------T--AC-CT
gi|4 : catttctgaAAA----T-AA-A-C--T-TTCATTTC-AAC-A---ATA-TTTT-C---AA-CA-----G-T-T--A-T-TG-A-AC-TT--TC-ATT--CT-A-------------TATCTCTT----------AAA-GC-----------AG------------G-TC-GTT------G-A-G-AAG-A-TTAA-------T--AC-CTTG-T--ATG-AG--G--A-AA--AACGTTCCTTA-T-TA-TAAAC-TG--Tctta
gi|4 : ACG-T---T---------AATATT--A--TT--A-----A--T-ACATGTAA-------CC-CT-T-TTCTC-AAA-CAGT-CATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacatttacgttaatattattaatacatgtaacccttttctcaaacagtcat
gi|40 : aaataaactttcatttcaacaatattttcaacagttattgaactttcattctatatctcttaaagcaggtcgttgagaagattaataccttgtatgaggaaaaacgttccttattataaactgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacattt------------G-TC-ATT------G-A-G-AAG-A-T--A-------T--AC-CT
gi|5 : ttgtatgtgaaattGTATATGAAAA----T-AA-A-T--T-T-CATTTC-AAC-A---ATA-TTT--C---AT-CA-----G-T-T--A-T-TG-A-AC-TT--TC-GTT--CTGA-------------TATCTCTC----------AAA-GCC--------A-AG------------T-TC-ATT------G-A-G-AAG-A-T--A-------T--GC-CTTG-T--ATG-AG--G--A-AA--AA-GTTCC----T-TATTAAAC-AG--TT--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N---N---------N----NNCA--TT--ACATTAA--T-A------AC------CC-TT-T-ATCTC-TA--CAGT-TATG
gi|6 : tACATGAAAA----T-AA-AAC--T-T-CATTTC-AAC-A---ATA-TTT--TTCAAA-CA-----G-C-T--A-T--G-A-TT-TT--TC-GTTG-CTGA-------------TAT-TCTC----------AAA-ACC--------A-AG------------G-TC-ATT------G-A-G-AAG-AAT--AG------T--AC-CTTG-T--ATG-AG--G--A-AA--AA-GTCTCTTG-T-TTATAAAC-TG--TT--g
gi|7 : A-A-C--T-T-CATTTC-AAC-A---ATA-TTTT-C---AA-CA-----G-T-T--A-T-TG-A-AC-TT--TC-ATT--CTGA-------------TATCTCTT----------AAA-GAC--------A-TG------------G-TC-GTT------G-A-G-AAG-A-T--A-------T--AC-CTTG-T--ATGAAG--G--A-AA--AACGTT-CTTATT-TATAAAAC-TGNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACATTTACG-TTAAT---------A----T--A--TT--A-----A--T-AC-----ATGTAAC-CC-TT-T-ATCTCAAA--CAGT-CATGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgttatattttaatacccttgatctcaagc
gi|8 : atA-A-C--T-T-CATTTC-AT------ATA-TTT--C---AAACAT----G-T-T--A-T--G-A-A--TT--TC-GTT--CTTA-------------TATCTCTC----------AAACGCT--------------------------TT-TTTTC----G-A-G-AAG-A-T----------TGAAC-CTTG-TGGATA-AG--G--ATAT--AA-GTTCCC-------TTAAACATT--TT--TG
gi|8 : ACG-T-------------A----T--A--TT--A-----A--T-A------A-------CC-CTGTAATCTC-AAACCAGT-CATGataggcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatttacgtatattaataaccctgtaatctcaaaccagtcatg
gi|9 : aacttcatttcatatatttcaaacatgttatgaatttcgttcttatatctctcaaacgctttttttcgagaagattgaaccttgtggataaggatataagttcccttaaacatttttgataggcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatttTATGAAAA----T-AA-A-C--T-T-TCCTTC-AAC-A---A-A-TTT--CA--AA-CA-----G-T-T--A-T-TGAA-AC-TT--TC-ATT--CTGA-------------TATCTCT-----------AAA-GCC--------A-AG------------G-TC-CTT------G-AGG-AAG-A----A-------T--AC-TTTG-T--ATG-AG--G-----A--AA-GTTCCTTA-T-CATTAAAC-TG--CTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGGGAATCCTCAAACA-T---TACGTTATACA----T--A--TT--A-----A--T-A------A-------CC-TT-T-ATCTC--A--CAGT-TAT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111 11111111 111111111111 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111111111111111 33333333333333
lowQualScore : 3333 1 1 4 44 1 5 1 1 222 1 44 333 3 55555 2 1 11 1 1 1 1 1 11 1 33 1 0000000000000 6666666666 3 55555555 1 111111111111 1 1 777777 1 1 1 1 1 33 5555555 11 1 1 22 1 22 4444 22 4 3 1 2 33 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2 666666666666666666 33 55 33 66666 55 2 99999999999999 7 5 5 2 88 2
lowQualScore : .... . . . .. . . . . ... . .. ... . ..... . . .. . . . . . .. . .. . ............. .......... . ........ . ............ . . ...... . . . . . .. ....... .. . . .. . .. .... .. . . . . .. ....................................................................................................... . .................. .. .. .. ..... .. . .............. . . . . .. .
lowQualScore : 7777 7 5 1 77 4 5 3 3 222 2 00 222 5 33333 4 2 66 2 2 2 2 3 88 3 22 3 9999999999999 5555555555 0 66666666 5 000000000000 4 3 222222 4 4 4 4 4 88 9999999 99 4 6 22 6 22 0000 22 8 6 8 5 77 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 7 666666666666666666 44 99 44 22222 99 5 44444444444444 5 0 0 5 44 5
consensus : GTATATGAAAA----T-AA-A-C--T-T-CATTTC-AAC-A---ATA-TTT--C---AA-CA-----G-T-T--A-T-TG-A-AC-TT--TC-GTT--CTGA-------------TATCTCTC----------AAA-GCC--------A-AG------------G-TC-ATT------G-A-G-AAG-A-T--A-------T--AC-CTTG-T--ATG-AG--G--A-AA--AA-GTTCCTTA-T-TATTAAAC-TG--TT--TGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGGGAATNCNCGNACG-T---T---------A----T--A--TT--A-----A--T-A------A-------CC-TT-T-ATCTC-AA--CAGT-CATG
Reference ( family-180 ) : GTATATGAAAA----T-AA-A-C--T-T-CATTTC-AAC-A---ATA-TTT--C---AA-CA-----G-T-T--A-T-TG-A-AC-TT--TC-GTT--CTGA-------------TATCTCTC----------AAA-GCC--------A-AG------------G-TC-ATT------G-A-G-AAG-A-T--A-------T--AC-CTTG-T--ATG-AG--G--A-AA--AA-GTTCCTTA-T-TATTAAAC-TG--TT--TGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGGGAATNCNCGNACG-T---T---------A----T--A--TT--A-----A--T-A------A-------CC-TT-T-ATCTC-AA--CAGT-CATG
gi|1 : ATGAAA-----T-GA-A-C--TGT-CATGTC-AAC-A---ATA-TTT--C---AATCA-----G-CGT--A-T-TG-A-CC-TT--GC-GTT--CTGAAT-----------TATCTCTC----------TAA--CC--------A-AG------------GATC-ATTTGTAGAA-A-A-AAG-A-G--A-------T--AT-CATA-T--AAT-AGCCG--A-AATGAA-ATCCTATA-T-AATTTAAC-
gi|10 : tatgtactattgGTATTTGAAAA----T-AA-A-C--T-T-CATTTC-AAC-A---ATA-TTT--C---AC-CA-----G-T-T--A-T-TG-A-AC-TT--TC-GTT--CTGA-------------TATCcttggctttttgaaaccacggagtatatgctccatgtccacacaaaaacagaataggcaaataacctaatactggcaaagcattttgtaacgatgaggtcagctcaacattaccgctcatcattaataaccctttatctaacatcatggt
gi|10 : ttCG-T---T---------A----T--A--TT--A-----A--T-A------AC------CC-TT-T-ATCGC-AA--CAGC-CATGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgttatattaataaccctttatcgcaacagccatgg
gi|11 : ttgtatttgaaaataaacttcatttcaacaatatttcaccagttattgaactttcgttctgatatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGTATATGAAAA----T-AA-A-C--T-T-CATTTC-AAC-A---ATA-TTT--C---AA-CA-----G-T-T--A-T-TG-A-AC-TT--TC-GTT--CTGA-------------TATCTCTC----------AAA-GCC--------A-AG------------G-TC-ATT------G-A-G-AAG-A-T--A-------T--AC-CTTG-T--ATG-AG--GA-A-AA--AA-GTTCCTTA-TATATTTAAC-TG--TT--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCG-T---T---------A----T--A--TT--A-----A--T-A------A-------CC-TT-T-ATCTC-AA--CAGT-CATGg
gi|12 : TGTATGAAAA----T-AA-A-C--A-T-CATTTC-AAT-A---ATA-TTT--C---AA-CA-----A-T-T--T-T-TT-A-AC-TT--TT-GTT--CTGA-------------TATCTCTC----------AAA-GCC--------A-AG------------G-TC-ATT------G-A-G-GAG-C-T--A-------T-----------------AG--G--A-AA--AA-GTTCCTTA-T-TATCAAAC-TG--TT--
gi|12 : CG-T---T---------A----T--A--TT--A-----A--T-A------A-------CCTTT-T-ATCTC-AA--CAGT-CATGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgttatattaataaccttttatctcaacagtcatg
gi|13 : tgtatgaaaataaacatcatttcaataatatttcaacaattttttaacttttgttctgatatctctcaaagccaaggtcattgaggagctataggaaaaagttccttattatcaaactgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTATAT-AGAA----T-AA-A-C--T-T-CATTTC-AAC-A---ATA-CTT--C---AA-CA-----G-T-T--A-T-TG-A-AC-TT--TC-GAT--CTGA-------------TATCTCTT----------AAA-GCC--------A-AG------------G-TC-ATT------G-A-G-AAG-A-T--A-------T--AC-CTTG-T--ATG-AG--G--A-AA--AA-GTTTCTTA-T-TATTAAAC-TG--TT----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG-T---T---------A----T--A--TT--A-----A--T-A------AC------CC-TT-T-ATCTC-AA--CAGT-CATG
gi|14 : -C--T-T-CATTTC-AAC-A---ATA-TTT--C---AA-CA-----G-T-T--A-T-TG-A-AC-TT--TC-ATT--CTGA-------------TATCTCTC----------AAA-GCC--------A-AG------------G-TC-ATT------G-A-G-AAG-A-T--A-------T--AC-TTTG-T--ATG-AG--G--A-AA--AT-GTTCCTTA-T-CATTAAAC-TG--CT--
gi|14 : ---------A----T--A--TT--A-----A--T-A------A-------CCCTT-T-ATCTC-AA--CAGT-TATGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgttatacatattaataaccctttatctcaacagttatg
gi|15 : cttcatttcaacaatatttcaacagttattgaactttcattctgatatctctcaaagccaaggtcattgagaagatatactttgtatgaggaaaatgttccttatcattaaactgctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgttatacAA----T-AA-A-C--T-T-CATTTC-AAC-A---ATATTTT--C---AACCA-----G-T-T----T-AG-A-AC-TT--T--ATT---TGA-------------T-TCTCTT----------AAA-GAC--------A---------------G-T--GTT------G-A-G-AGA-A-T--T-------T--AC-CTTG-T--ATG-AG--G----AA--AC-GTTC--TATT-TATAAAAC-TG--TC--TGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCTCATT---T---------ATT--T--A--TT--G-----ATGT-A------AACATACACC-TTGT-ATCTC-AA--CAGT-CATG
gi|16 : -AAC-A---ATA-CTT--C---AA-CA-----G-T-T--A-T-TG-A-AC-TT--TC-GAT--CTAA-------------TATCTCTT----------AAA-GCC--------A-AT------------G-TC-ATT------G-A-G-AAG-A-T--A-------T--AC-CTTG-T--ATA-AG--G--A-AA--TA-GTTTCTTA-T-TATTAAAC-TG--TT--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N---N---------N----N--NCGTT--A-----A--TCA------ATAAC---CC-TT-T-ATCTC-AA--CAGT-CGTG
gi|17 : ACG-T---T---------A----T--AA-TT--G-----AG-T-A------AAC-----CC-TT-T-ATCTC-AA--CAGTACATG
gi|18 : atcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatttTA-T-TATTAAAC-TG--TT--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-CA-T---T---------A----T--A--TT--A-----A--T-A------A-------CCCTT-T-ATCTC-AA--CAGT-CAT
gi|19 : GTATATAGAAA----T-AATC-C--T-T-CATCTC-AAC-A---ATA-TTT--C---AA-CA-----A-T-A--A-T-TG-A-AT-GT--TT-GAT--CTAAGGTTTCTCAATGTTATTTCTG----------AAATGTC--------A-AG------------G-TTTATT------C-A-G-ATG-A-C--A-------T--AC-CTCT-T--ATG-AG--G--A-TA--AA-GTTCCATG-T-T
gi|2 : tAAA----T-AA-A-C--T-TTCATTTC-AAC-A---ATA-TTT--C---AA-CA-----G-T-T--A-TATG-A-AC-TT--TC-ATT--CTGA-------------TATCTCTT----------AAA-GAC--------A-TG------------G-TC-GTT------G-A-GAAAG-A-TTAA-------T--AC-CTTG-T--ATG-AG--G--A-AA--AACGTTCCTTA-T-TA-TAAAC-TG--t
gi|2 : ACG-T---T---------AATATT--A--TT--A-----A--T-ACATGTAA-------CC-CT-T-TTCTC-AAA-CAGT-CATGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacatttacgttaatattattaatacatgtaacccttttctcaaacagtcatg
gi|20 : aaataaactttcatttcaacaatatttcaacagttatatgaactttcattctgatatctcttaaagacatggtcgttgagaaagattaataccttgtatgaggaaaaacgttccttattataaactgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacatttAAA----T-AA-A-CC-T-T-CGTTTC-AAC-A---ATA-TTT--C----A-CAG----G-T-TTAA-T-TG-A-ACTTT--TT-GCT--CTCA-------------GATCTTTC----------AAG-GTCAATTTTGAA-AG------------G-T--ATTC-----C-A-G-AAG-G-T--A-------T--ACTCTTG-T--CTG-AG------------A-TTTCCTTA-T-T
gi|21 : tag---ATA-TTT--C---AA-CA-----GAT-C--AGC-TG-AGAC-TTATTC-GTTTCCTAA-------------TATCTC-C----------AAA-GCC--------A-AG------------G-TC-ATA------GCA-G-AAGAA-A--A-------T--AC-CTTGTT--ATG--G--G--A-AA--AA-TTTTCca
gi|22 : ataagaattaattaacaagcaaaattacttTATAAGAAAA----TTAA-C-C--T-T-CATTTCTAAC-ACCAATA-TTT--C---AA-CA-----G-T-T--G-T-TG-A-AC-AT--T--G----------------------ATCTT-------------AG-GTC--------A-AG------------A-TC-ATT------C-A-G-------T--A-------G--AC-CTCA-T--AAG-AA--G--G-AA--AG-GTTCCTTA-T-T
gi|23 : cttTATATGAAAA----T-AA-A-C--T-T-CATTTC-AGC-A---ATA-TTT--C---AA-CA-----G-T-T--A-T-TG-A-AC-TT--TC-GTT--CTGA-------------TATCTCTT----------AAA-GCC--------A-AG------------G-TC-ATT------G-A-G-AAG-A-T--A-------T--AC-CTTG-T--ATG-AG--G--A-AA--AC-GTTCCTTA-T-tcagcagc
gi|24 : a-AA-C-C--T-T-CATTTC-AAC-A---ATA-GTT--C---AA-CA-----G-T-T--A-T-TG-A-AC-TT--TT-GGT--CCAA-------------GATCTCTC----------AAA-AT---------A-AGTTTTGAAAGGTCG-TC-ATT------A-A-G-ATG-A-T--A-------T--A------------------------A--AA-GTTCATTA-T-T
gi|25 : A-TTT--C---AA-CA-----A-T-T--A-T-TG-A-AC-TC--TC-GTT--GTTA-------------AATCTCTC----------AAG-GTCATTTTTGGA-AGTTCGGA------G-TA-ATT------T-T-G-GAG-A-T--ATACAATGT--AC-CATG-T--ATG-AG--G--A-AA--AA-GTTTCTTtcaaca
gi|26 : TA-TTT--C---AA-CA-----G-T-C--A-C-TG-A-AC-TT--TC-GTT--CTAA-------------TATCTCTC----------AAA-GCC--------A-AG------------G-TC-ATA------G-A-G-AAG-A-T--A-------T--AC-CTTG-T--ATG--G--G--G-AA--AA-GTTC
gi|27 : -C--T-T-CATTTT-AAC-A---ATA-TTT--A---AA-CA-----G-T-T--A-T-TG-A-TC-TT--TTAGAT--C--AT------------TGTCTCTC----------AAG-ATC--------ATGG------------G-TA-AAG------G-G-A-AAG-A-T----------T--AC-
gi|28 : -C--T-T-TATTTC-AAC-A---ATA-TTT--C---AA-CA-----G-T-T--T-T-TG-A-AC-TT--TT-AGT--CTAA-------------GGTCTCTC----------AAG-GTCATATTAA-A-AG------------G-TC-Ataaca
gi|29 : acTATGAAAA----C-AA-A-CC-T-T-TATTTC-AAC-A---ATA-TTT--C---CA-AAGTGTTG-T-T--A-T-TG-A-AC-TC--TT-GTT--agttattt
gi|3 : cttgtataatatGTACATGAAAA----T-AA-A-C--T-T-CATTTC-AAC-A---ATA-TTTTTC---AA-CA-----G-C-T--A-T-TG-A-TT-TT--TC-GTT--CTGA-------------TATCTCTC----------AAA-ACC--------A-AG------------G-TC-ATT------G-A-G-AAG-A-T--A-------T--AC-CTTG-T--ATG-AG--G--A-AA--AA-GTTCCTTG-T-TATGAAAC-TG--TT--tcaagat
gi|3 : CG-T---T---------A----T--A--TTTTA-----A--T-A------A-------CC-CT-TGATCTC-AA--CAGT-CATGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgttatattttaataacccttgatctcaacagtcatg
gi|30 : gtacatgaaaataaacttcatttcaacaatatttttcaacagctattgatttttcgttctgatatctctcaaaaccaaggtcattgagaagatataccttgtatgaggaaaaagttccttgttatgaaactgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnC-AAC-A---ATA-TTT--C---AA-CA-----G-------------A-AC-TT--TT-TAT--CTAA-------------GGCCTCTCCGTCATTTCTGAG-GTC--------A-AA------------G-TC-ATT------C-A-G-AAG-A-T--A-------T--AC-CT
gi|31 : TATATGAAAGAAATT-AA-C-C--T-T-TATTAC-AAC-A---ATA-TTT--C---AA-CA-----G-T-T--A-T-TG-A-AT-TT--TT-GTT--CTAA-------------
gi|32 : GTATATGGAAA----T-AA-AAC--T-T-C-TTTC-AACAA---ATA-TTT--C---AA-CA-----GTT-T--A-T-TA-A-
gi|33 : cttGTACATGAAAA----T-AA-ATC--T-T-CATTTC-AAC-A---ATA-GTT--C---AA-CA-----G--------T-TG-A-AC-TA--TC-GTT--CTTA-------------TAgttatttcat
gi|34 : tATATAAAAA----T-AA-G-C--T-TTCATTTC-AAC-A---ATA-TTT------AA-CA-----G-T-T--A-T-TG-A-AA-TT--T
gi|35 : gg------------G-TC-ATT------G-A-G-AAG-A-T--A-------T--AC-CTT--T--ATG-CA--G--G-AA--AA-GTTCgc
gi|36 : ttgtaatgaaattC-ATT------C-A-G-AAG-A-T--A-------T--AC-CTTG-T--ATG-AA--GAAA-AA--AA-AATCCTTA-T-Tt
gi|37 : TATCTGAAAA----A-AA-A-CCCT-T-CATTTC-AAC-A---ATA-TTT--C---A---A-----G-T-T--A-T-TG-tcaacag
gi|38 : cttcGTATATGAAAA----T-AC-A-C--C-TACATTTC-AAC-A---ATC-TTT--C---AA-CA-----G-T-T--A-T-TG-A-
gi|39 : t----------AAA-GTC--------A-AG------------G-TC-ATT------C-A-G-AAG-A-T--A-------T--AC-CT
gi|4 : catttctgaAAA----T-AA-A-C--T-TTCATTTC-AAC-A---ATA-TTTT-C---AA-CA-----G-T-T--A-T-TG-A-AC-TT--TC-ATT--CT-A-------------TATCTCTT----------AAA-GC-----------AG------------G-TC-GTT------G-A-G-AAG-A-TTAA-------T--AC-CTTG-T--ATG-AG--G--A-AA--AACGTTCCTTA-T-TA-TAAAC-TG--Tctta
gi|4 : ACG-T---T---------AATATT--A--TT--A-----A--T-ACATGTAA-------CC-CT-T-TTCTC-AAA-CAGT-CATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacatttacgttaatattattaatacatgtaacccttttctcaaacagtcat
gi|40 : aaataaactttcatttcaacaatattttcaacagttattgaactttcattctatatctcttaaagcaggtcgttgagaagattaataccttgtatgaggaaaaacgttccttattataaactgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacattt------------G-TC-ATT------G-A-G-AAG-A-T--A-------T--AC-CT
gi|5 : ttgtatgtgaaattGTATATGAAAA----T-AA-A-T--T-T-CATTTC-AAC-A---ATA-TTT--C---AT-CA-----G-T-T--A-T-TG-A-AC-TT--TC-GTT--CTGA-------------TATCTCTC----------AAA-GCC--------A-AG------------T-TC-ATT------G-A-G-AAG-A-T--A-------T--GC-CTTG-T--ATG-AG--G--A-AA--AA-GTTCC----T-TATTAAAC-AG--TT--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N---N---------N----NNCA--TT--ACATTAA--T-A------AC------CC-TT-T-ATCTC-TA--CAGT-TATG
gi|6 : tACATGAAAA----T-AA-AAC--T-T-CATTTC-AAC-A---ATA-TTT--TTCAAA-CA-----G-C-T--A-T--G-A-TT-TT--TC-GTTG-CTGA-------------TAT-TCTC----------AAA-ACC--------A-AG------------G-TC-ATT------G-A-G-AAG-AAT--AG------T--AC-CTTG-T--ATG-AG--G--A-AA--AA-GTCTCTTG-T-TTATAAAC-TG--TT--g
gi|7 : A-A-C--T-T-CATTTC-AAC-A---ATA-TTTT-C---AA-CA-----G-T-T--A-T-TG-A-AC-TT--TC-ATT--CTGA-------------TATCTCTT----------AAA-GAC--------A-TG------------G-TC-GTT------G-A-G-AAG-A-T--A-------T--AC-CTTG-T--ATGAAG--G--A-AA--AACGTT-CTTATT-TATAAAAC-TGNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACATTTACG-TTAAT---------A----T--A--TT--A-----A--T-AC-----ATGTAAC-CC-TT-T-ATCTCAAA--CAGT-CATGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgttatattttaatacccttgatctcaagc
gi|8 : atA-A-C--T-T-CATTTC-AT------ATA-TTT--C---AAACAT----G-T-T--A-T--G-A-A--TT--TC-GTT--CTTA-------------TATCTCTC----------AAACGCT--------------------------TT-TTTTC----G-A-G-AAG-A-T----------TGAAC-CTTG-TGGATA-AG--G--ATAT--AA-GTTCCC-------TTAAACATT--TT--TG
gi|8 : ACG-T-------------A----T--A--TT--A-----A--T-A------A-------CC-CTGTAATCTC-AAACCAGT-CATGataggcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatttacgtatattaataaccctgtaatctcaaaccagtcatg
gi|9 : aacttcatttcatatatttcaaacatgttatgaatttcgttcttatatctctcaaacgctttttttcgagaagattgaaccttgtggataaggatataagttcccttaaacatttttgataggcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatttTATGAAAA----T-AA-A-C--T-T-TCCTTC-AAC-A---A-A-TTT--CA--AA-CA-----G-T-T--A-T-TGAA-AC-TT--TC-ATT--CTGA-------------TATCTCT-----------AAA-GCC--------A-AG------------G-TC-CTT------G-AGG-AAG-A----A-------T--AC-TTTG-T--ATG-AG--G-----A--AA-GTTCCTTA-T-CATTAAAC-TG--CTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGGGAATCCTCAAACA-T---TACGTTATACA----T--A--TT--A-----A--T-A------A-------CC-TT-T-ATCTC--A--CAGT-TAT
blockSeqs : AAAT T T A CC . T T A CCA T TT TCA C GTGTT A . TA G A A G T AT A TC G GGTTTCTCAATGT CGTCATTTCT T AATTTTGA T TTTTGAAAGGTC . T TC C G A A A TA TACAATG GA T T GG A . AAA . C T A A NN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGGGAATCCTCAAA T TACGTTATACA NC CG TT CATTA TG C AACATACA T G G A AC A
blockSeqs : . . . T C . T . . . . T A A G T . . . . . . . . . G G T . C ATTTTTGG . TTCGGA . . C . . . . . TA G . . . . . . AA . C T . . . TGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCT . TAATAT . A . . G . CATGTAAC C G A . A .
blockSeqs : . . . A C . A . . . . T . . T . . . . . . . . . . . G . . . ATATTAA . . . . . . . . . . . . . . . . . . AT . C . . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . TAATAT . . . . . . CATGTAA C . . . A .
blockSeqs : . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . TAATA . . . . . . CATGTAA . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACATTTA . TATT . . . . . . ATAAC . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . TA . . . . . . AAC . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . TA . . . . . . AC . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . TA . . . . . . AC . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . NN . . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . TA . . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . TA . . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . TA . . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . NN . . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . A . . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : ************* ****** ** ** A*************
originalCons : GTATATGAAAA----T-AA-A-C--T-T-CATTTC-AAC-A---ATA-TTT--C---AA-CA-----G-T-T--A-T-TG-A-AC-TT--TC-GTT--CTGA-------------TATCTCTC----------AAA-GCC--------A-AG------------G-TC-ATT------G-A-G-AAG-A-T--A-------T--AC-CTTG-T--ATG-AG--G--A-AA--AA-GTTCCTTA-T-TATTAAAC-TG--TT--TGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGGGAATNCNCGNACG-T---T---------A----T--A--TT--A-----A--T-A------A-------CC-TT-T-ATCTC-AA--CAGT-CATG
finalCons : GTATATGAAAA----T-AA-A-C--T-T-CATTTC-AAC-A---ATA-TTT--C---AA-CA-----G-T-T--A-T-TG-A-AC-TT--TC-GTT--CTGA-------------TATCTCTC----------AAA-GCC--------A-AG------------G-TC-ATT------G-A-G-AAG-A-T--A-------T--AC-CTTG-T--ATG-AG--G--A-AA--AA-GTTCCTTA-T-TATTAAAC-TG--TT--TGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGGGAATNCNCGNACG-T---T---------A----T--A--TT--A-----A--T-AA-------------CC-TT-T-ATCTC-AA--CAGT-CATG
Alignments
lowQualScore : 1111111111111 11111111 111111111111 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111111111111111 33333333333333
lowQualScore : 3333 1 1 4 44 1 5 1 1 222 1 44 333 3 55555 2 1 11 1 1 1 1 1 11 1 33 1 0000000000000 6666666666 3 55555555 1 111111111111 1 1 777777 1 1 1 1 1 33 5555555 11 1 1 22 1 22 4444 22 4 3 1 2 33 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2 666666666666666666 33 55 33 66666 55 2 99999999999999 7 5 5 2 88 2
lowQualScore : .... . . . .. . . . . ... . .. ... . ..... . . .. . . . . . .. . .. . ............. .......... . ........ . ............ . . ...... . . . . . .. ....... .. . . .. . .. .... .. . . . . .. ....................................................................................................... . .................. .. .. .. ..... .. . .............. . . . . .. .
lowQualScore : 7777 7 5 1 77 4 5 3 3 222 2 00 222 5 33333 4 2 66 2 2 2 2 3 88 3 22 3 9999999999999 5555555555 0 66666666 5 000000000000 4 3 222222 4 4 4 4 4 88 9999999 99 4 6 22 6 22 0000 22 8 6 8 5 77 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 7 666666666666666666 44 99 44 22222 99 5 44444444444444 5 0 0 5 44 5
consensus : GTATATGAAAA----T-AA-A-C--T-T-CATTTC-AAC-A---ATA-TTT--C---AA-CA-----G-T-T--A-T-TG-A-AC-TT--TC-GTT--CTGA-------------TATCTCTC----------AAA-GCC--------A-AG------------G-TC-ATT------G-A-G-AAG-A-T--A-------T--AC-CTTG-T--ATG-AG--G--A-AA--AA-GTTCCTTA-T-TATTAAAC-TG--TT--TGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGGGAATNCNCGNACG-T---T---------A----T--A--TT--A-----A--T-A------A-------CC-TT-T-ATCTC-AA--CAGT-CATG
Reference ( family-180 ) : GTATATGAAAA----T-AA-A-C--T-T-CATTTC-AAC-A---ATA-TTT--C---AA-CA-----G-T-T--A-T-TG-A-AC-TT--TC-GTT--CTGA-------------TATCTCTC----------AAA-GCC--------A-AG------------G-TC-ATT------G-A-G-AAG-A-T--A-------T--AC-CTTG-T--ATG-AG--G--A-AA--AA-GTTCCTTA-T-TATTAAAC-TG--TT--TGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGGGAATNCNCGNACG-T---T---------A----T--A--TT--A-----A--T-A------A-------CC-TT-T-ATCTC-AA--CAGT-CATG
gi|1 : ATGAAA-----T-GA-A-C--TGT-CATGTC-AAC-A---ATA-TTT--C---AATCA-----G-CGT--A-T-TG-A-CC-TT--GC-GTT--CTGAAT-----------TATCTCTC----------TAA--CC--------A-AG------------GATC-ATTTGTAGAA-A-A-AAG-A-G--A-------T--AT-CATA-T--AAT-AGCCG--A-AATGAA-ATCCTATA-T-AATTTAAC-
gi|10 : tatgtactattgGTATTTGAAAA----T-AA-A-C--T-T-CATTTC-AAC-A---ATA-TTT--C---AC-CA-----G-T-T--A-T-TG-A-AC-TT--TC-GTT--CTGA-------------TATCcttggctttttgaaaccacggagtatatgctccatgtccacacaaaaacagaataggcaaataacctaatactggcaaagcattttgtaacgatgaggtcagctcaacattaccgctcatcattaataaccctttatctaacatcatggt
gi|10 : ttCG-T---T---------A----T--A--TT--A-----A--T-A------AC------CC-TT-T-ATCGC-AA--CAGC-CATGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgttatattaataaccctttatcgcaacagccatgg
gi|11 : ttgtatttgaaaataaacttcatttcaacaatatttcaccagttattgaactttcgttctgatatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGTATATGAAAA----T-AA-A-C--T-T-CATTTC-AAC-A---ATA-TTT--C---AA-CA-----G-T-T--A-T-TG-A-AC-TT--TC-GTT--CTGA-------------TATCTCTC----------AAA-GCC--------A-AG------------G-TC-ATT------G-A-G-AAG-A-T--A-------T--AC-CTTG-T--ATG-AG--GA-A-AA--AA-GTTCCTTA-TATATTTAAC-TG--TT--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCG-T---T---------A----T--A--TT--A-----A--T-A------A-------CC-TT-T-ATCTC-AA--CAGT-CATGg
gi|12 : TGTATGAAAA----T-AA-A-C--A-T-CATTTC-AAT-A---ATA-TTT--C---AA-CA-----A-T-T--T-T-TT-A-AC-TT--TT-GTT--CTGA-------------TATCTCTC----------AAA-GCC--------A-AG------------G-TC-ATT------G-A-G-GAG-C-T--A-------T-----------------AG--G--A-AA--AA-GTTCCTTA-T-TATCAAAC-TG--TT--
gi|12 : CG-T---T---------A----T--A--TT--A-----A--T-A------A-------CCTTT-T-ATCTC-AA--CAGT-CATGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgttatattaataaccttttatctcaacagtcatg
gi|13 : tgtatgaaaataaacatcatttcaataatatttcaacaattttttaacttttgttctgatatctctcaaagccaaggtcattgaggagctataggaaaaagttccttattatcaaactgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTATAT-AGAA----T-AA-A-C--T-T-CATTTC-AAC-A---ATA-CTT--C---AA-CA-----G-T-T--A-T-TG-A-AC-TT--TC-GAT--CTGA-------------TATCTCTT----------AAA-GCC--------A-AG------------G-TC-ATT------G-A-G-AAG-A-T--A-------T--AC-CTTG-T--ATG-AG--G--A-AA--AA-GTTTCTTA-T-TATTAAAC-TG--TT----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG-T---T---------A----T--A--TT--A-----A--T-A------AC------CC-TT-T-ATCTC-AA--CAGT-CATG
gi|14 : -C--T-T-CATTTC-AAC-A---ATA-TTT--C---AA-CA-----G-T-T--A-T-TG-A-AC-TT--TC-ATT--CTGA-------------TATCTCTC----------AAA-GCC--------A-AG------------G-TC-ATT------G-A-G-AAG-A-T--A-------T--AC-TTTG-T--ATG-AG--G--A-AA--AT-GTTCCTTA-T-CATTAAAC-TG--CT--
gi|14 : ---------A----T--A--TT--A-----A--T-A------A-------CCCTT-T-ATCTC-AA--CAGT-TATGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgttatacatattaataaccctttatctcaacagttatg
gi|15 : cttcatttcaacaatatttcaacagttattgaactttcattctgatatctctcaaagccaaggtcattgagaagatatactttgtatgaggaaaatgttccttatcattaaactgctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgttatacAA----T-AA-A-C--T-T-CATTTC-AAC-A---ATATTTT--C---AACCA-----G-T-T----T-AG-A-AC-TT--T--ATT---TGA-------------T-TCTCTT----------AAA-GAC--------A---------------G-T--GTT------G-A-G-AGA-A-T--T-------T--AC-CTTG-T--ATG-AG--G----AA--AC-GTTC--TATT-TATAAAAC-TG--TC--TGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCTCATT---T---------ATT--T--A--TT--G-----ATGT-A------AACATACACC-TTGT-ATCTC-AA--CAGT-CATG
gi|16 : -AAC-A---ATA-CTT--C---AA-CA-----G-T-T--A-T-TG-A-AC-TT--TC-GAT--CTAA-------------TATCTCTT----------AAA-GCC--------A-AT------------G-TC-ATT------G-A-G-AAG-A-T--A-------T--AC-CTTG-T--ATA-AG--G--A-AA--TA-GTTTCTTA-T-TATTAAAC-TG--TT--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N---N---------N----N--NCGTT--A-----A--TCA------ATAAC---CC-TT-T-ATCTC-AA--CAGT-CGTG
gi|17 : ACG-T---T---------A----T--AA-TT--G-----AG-T-A------AAC-----CC-TT-T-ATCTC-AA--CAGTACATG
gi|18 : atcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatttTA-T-TATTAAAC-TG--TT--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-CA-T---T---------A----T--A--TT--A-----A--T-A------A-------CCCTT-T-ATCTC-AA--CAGT-CAT
gi|19 : GTATATAGAAA----T-AATC-C--T-T-CATCTC-AAC-A---ATA-TTT--C---AA-CA-----A-T-A--A-T-TG-A-AT-GT--TT-GAT--CTAAGGTTTCTCAATGTTATTTCTG----------AAATGTC--------A-AG------------G-TTTATT------C-A-G-ATG-A-C--A-------T--AC-CTCT-T--ATG-AG--G--A-TA--AA-GTTCCATG-T-T
gi|2 : tAAA----T-AA-A-C--T-TTCATTTC-AAC-A---ATA-TTT--C---AA-CA-----G-T-T--A-TATG-A-AC-TT--TC-ATT--CTGA-------------TATCTCTT----------AAA-GAC--------A-TG------------G-TC-GTT------G-A-GAAAG-A-TTAA-------T--AC-CTTG-T--ATG-AG--G--A-AA--AACGTTCCTTA-T-TA-TAAAC-TG--t
gi|2 : ACG-T---T---------AATATT--A--TT--A-----A--T-ACATGTAA-------CC-CT-T-TTCTC-AAA-CAGT-CATGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacatttacgttaatattattaatacatgtaacccttttctcaaacagtcatg
gi|20 : aaataaactttcatttcaacaatatttcaacagttatatgaactttcattctgatatctcttaaagacatggtcgttgagaaagattaataccttgtatgaggaaaaacgttccttattataaactgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacatttAAA----T-AA-A-CC-T-T-CGTTTC-AAC-A---ATA-TTT--C----A-CAG----G-T-TTAA-T-TG-A-ACTTT--TT-GCT--CTCA-------------GATCTTTC----------AAG-GTCAATTTTGAA-AG------------G-T--ATTC-----C-A-G-AAG-G-T--A-------T--ACTCTTG-T--CTG-AG------------A-TTTCCTTA-T-T
gi|21 : tag---ATA-TTT--C---AA-CA-----GAT-C--AGC-TG-AGAC-TTATTC-GTTTCCTAA-------------TATCTC-C----------AAA-GCC--------A-AG------------G-TC-ATA------GCA-G-AAGAA-A--A-------T--AC-CTTGTT--ATG--G--G--A-AA--AA-TTTTCca
gi|22 : ataagaattaattaacaagcaaaattacttTATAAGAAAA----TTAA-C-C--T-T-CATTTCTAAC-ACCAATA-TTT--C---AA-CA-----G-T-T--G-T-TG-A-AC-AT--T--G----------------------ATCTT-------------AG-GTC--------A-AG------------A-TC-ATT------C-A-G-------T--A-------G--AC-CTCA-T--AAG-AA--G--G-AA--AG-GTTCCTTA-T-T
gi|23 : cttTATATGAAAA----T-AA-A-C--T-T-CATTTC-AGC-A---ATA-TTT--C---AA-CA-----G-T-T--A-T-TG-A-AC-TT--TC-GTT--CTGA-------------TATCTCTT----------AAA-GCC--------A-AG------------G-TC-ATT------G-A-G-AAG-A-T--A-------T--AC-CTTG-T--ATG-AG--G--A-AA--AC-GTTCCTTA-T-tcagcagc
gi|24 : a-AA-C-C--T-T-CATTTC-AAC-A---ATA-GTT--C---AA-CA-----G-T-T--A-T-TG-A-AC-TT--TT-GGT--CCAA-------------GATCTCTC----------AAA-AT---------A-AGTTTTGAAAGGTCG-TC-ATT------A-A-G-ATG-A-T--A-------T--A------------------------A--AA-GTTCATTA-T-T
gi|25 : A-TTT--C---AA-CA-----A-T-T--A-T-TG-A-AC-TC--TC-GTT--GTTA-------------AATCTCTC----------AAG-GTCATTTTTGGA-AGTTCGGA------G-TA-ATT------T-T-G-GAG-A-T--ATACAATGT--AC-CATG-T--ATG-AG--G--A-AA--AA-GTTTCTTtcaaca
gi|26 : TA-TTT--C---AA-CA-----G-T-C--A-C-TG-A-AC-TT--TC-GTT--CTAA-------------TATCTCTC----------AAA-GCC--------A-AG------------G-TC-ATA------G-A-G-AAG-A-T--A-------T--AC-CTTG-T--ATG--G--G--G-AA--AA-GTTC
gi|27 : -C--T-T-CATTTT-AAC-A---ATA-TTT--A---AA-CA-----G-T-T--A-T-TG-A-TC-TT--TTAGAT--C--AT------------TGTCTCTC----------AAG-ATC--------ATGG------------G-TA-AAG------G-G-A-AAG-A-T----------T--AC-
gi|28 : -C--T-T-TATTTC-AAC-A---ATA-TTT--C---AA-CA-----G-T-T--T-T-TG-A-AC-TT--TT-AGT--CTAA-------------GGTCTCTC----------AAG-GTCATATTAA-A-AG------------G-TC-Ataaca
gi|29 : acTATGAAAA----C-AA-A-CC-T-T-TATTTC-AAC-A---ATA-TTT--C---CA-AAGTGTTG-T-T--A-T-TG-A-AC-TC--TT-GTT--agttattt
gi|3 : cttgtataatatGTACATGAAAA----T-AA-A-C--T-T-CATTTC-AAC-A---ATA-TTTTTC---AA-CA-----G-C-T--A-T-TG-A-TT-TT--TC-GTT--CTGA-------------TATCTCTC----------AAA-ACC--------A-AG------------G-TC-ATT------G-A-G-AAG-A-T--A-------T--AC-CTTG-T--ATG-AG--G--A-AA--AA-GTTCCTTG-T-TATGAAAC-TG--TT--tcaagat
gi|3 : CG-T---T---------A----T--A--TTTTA-----A--T-A------A-------CC-CT-TGATCTC-AA--CAGT-CATGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgttatattttaataacccttgatctcaacagtcatg
gi|30 : gtacatgaaaataaacttcatttcaacaatatttttcaacagctattgatttttcgttctgatatctctcaaaaccaaggtcattgagaagatataccttgtatgaggaaaaagttccttgttatgaaactgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnC-AAC-A---ATA-TTT--C---AA-CA-----G-------------A-AC-TT--TT-TAT--CTAA-------------GGCCTCTCCGTCATTTCTGAG-GTC--------A-AA------------G-TC-ATT------C-A-G-AAG-A-T--A-------T--AC-CT
gi|31 : TATATGAAAGAAATT-AA-C-C--T-T-TATTAC-AAC-A---ATA-TTT--C---AA-CA-----G-T-T--A-T-TG-A-AT-TT--TT-GTT--CTAA-------------
gi|32 : GTATATGGAAA----T-AA-AAC--T-T-C-TTTC-AACAA---ATA-TTT--C---AA-CA-----GTT-T--A-T-TA-A-
gi|33 : cttGTACATGAAAA----T-AA-ATC--T-T-CATTTC-AAC-A---ATA-GTT--C---AA-CA-----G--------T-TG-A-AC-TA--TC-GTT--CTTA-------------TAgttatttcat
gi|34 : tATATAAAAA----T-AA-G-C--T-TTCATTTC-AAC-A---ATA-TTT------AA-CA-----G-T-T--A-T-TG-A-AA-TT--T
gi|35 : gg------------G-TC-ATT------G-A-G-AAG-A-T--A-------T--AC-CTT--T--ATG-CA--G--G-AA--AA-GTTCgc
gi|36 : ttgtaatgaaattC-ATT------C-A-G-AAG-A-T--A-------T--AC-CTTG-T--ATG-AA--GAAA-AA--AA-AATCCTTA-T-Tt
gi|37 : TATCTGAAAA----A-AA-A-CCCT-T-CATTTC-AAC-A---ATA-TTT--C---A---A-----G-T-T--A-T-TG-tcaacag
gi|38 : cttcGTATATGAAAA----T-AC-A-C--C-TACATTTC-AAC-A---ATC-TTT--C---AA-CA-----G-T-T--A-T-TG-A-
gi|39 : t----------AAA-GTC--------A-AG------------G-TC-ATT------C-A-G-AAG-A-T--A-------T--AC-CT
gi|4 : catttctgaAAA----T-AA-A-C--T-TTCATTTC-AAC-A---ATA-TTTT-C---AA-CA-----G-T-T--A-T-TG-A-AC-TT--TC-ATT--CT-A-------------TATCTCTT----------AAA-GC-----------AG------------G-TC-GTT------G-A-G-AAG-A-TTAA-------T--AC-CTTG-T--ATG-AG--G--A-AA--AACGTTCCTTA-T-TA-TAAAC-TG--Tctta
gi|4 : ACG-T---T---------AATATT--A--TT--A-----A--T-ACATGTAA-------CC-CT-T-TTCTC-AAA-CAGT-CATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacatttacgttaatattattaatacatgtaacccttttctcaaacagtcat
gi|40 : aaataaactttcatttcaacaatattttcaacagttattgaactttcattctatatctcttaaagcaggtcgttgagaagattaataccttgtatgaggaaaaacgttccttattataaactgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacattt------------G-TC-ATT------G-A-G-AAG-A-T--A-------T--AC-CT
gi|5 : ttgtatgtgaaattGTATATGAAAA----T-AA-A-T--T-T-CATTTC-AAC-A---ATA-TTT--C---AT-CA-----G-T-T--A-T-TG-A-AC-TT--TC-GTT--CTGA-------------TATCTCTC----------AAA-GCC--------A-AG------------T-TC-ATT------G-A-G-AAG-A-T--A-------T--GC-CTTG-T--ATG-AG--G--A-AA--AA-GTTCC----T-TATTAAAC-AG--TT--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N---N---------N----NNCA--TT--ACATTAA--T-A------AC------CC-TT-T-ATCTC-TA--CAGT-TATG
gi|6 : tACATGAAAA----T-AA-AAC--T-T-CATTTC-AAC-A---ATA-TTT--TTCAAA-CA-----G-C-T--A-T--G-A-TT-TT--TC-GTTG-CTGA-------------TAT-TCTC----------AAA-ACC--------A-AG------------G-TC-ATT------G-A-G-AAG-AAT--AG------T--AC-CTTG-T--ATG-AG--G--A-AA--AA-GTCTCTTG-T-TTATAAAC-TG--TT--g
gi|7 : A-A-C--T-T-CATTTC-AAC-A---ATA-TTTT-C---AA-CA-----G-T-T--A-T-TG-A-AC-TT--TC-ATT--CTGA-------------TATCTCTT----------AAA-GAC--------A-TG------------G-TC-GTT------G-A-G-AAG-A-T--A-------T--AC-CTTG-T--ATGAAG--G--A-AA--AACGTT-CTTATT-TATAAAAC-TGNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACATTTACG-TTAAT---------A----T--A--TT--A-----A--T-AC-----ATGTAAC-CC-TT-T-ATCTCAAA--CAGT-CATGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgttatattttaatacccttgatctcaagc
gi|8 : atA-A-C--T-T-CATTTC-AT------ATA-TTT--C---AAACAT----G-T-T--A-T--G-A-A--TT--TC-GTT--CTTA-------------TATCTCTC----------AAACGCT--------------------------TT-TTTTC----G-A-G-AAG-A-T----------TGAAC-CTTG-TGGATA-AG--G--ATAT--AA-GTTCCC-------TTAAACATT--TT--TG
gi|8 : ACG-T-------------A----T--A--TT--A-----A--T-A------A-------CC-CTGTAATCTC-AAACCAGT-CATGataggcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatttacgtatattaataaccctgtaatctcaaaccagtcatg
gi|9 : aacttcatttcatatatttcaaacatgttatgaatttcgttcttatatctctcaaacgctttttttcgagaagattgaaccttgtggataaggatataagttcccttaaacatttttgataggcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatttTATGAAAA----T-AA-A-C--T-T-TCCTTC-AAC-A---A-A-TTT--CA--AA-CA-----G-T-T--A-T-TGAA-AC-TT--TC-ATT--CTGA-------------TATCTCT-----------AAA-GCC--------A-AG------------G-TC-CTT------G-AGG-AAG-A----A-------T--AC-TTTG-T--ATG-AG--G-----A--AA-GTTCCTTA-T-CATTAAAC-TG--CTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGGGAATCCTCAAACA-T---TACGTTATACA----T--A--TT--A-----A--T-A------A-------CC-TT-T-ATCTC--A--CAGT-TAT