lowQualScore : 2 5555555 111111 111 111 11111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111 333333333333 11 8888888888888888888888888888888888888888888 1 8888888888 22222222222 2222222222
lowQualScore : 6 2 0 4 0000000 6 999999 5 5 555 99 666 55 4 00000 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111111 0 666666666666 00 44 7777 4444444444444444444444444444444444444444444 333 66 2 55 55 4 33 8888888888 3 77777777777 7 55 1111111111 1
lowQualScore : . . . . ....... . ...... . . ... .. ... .. . ..... ....................................................................... ...... . ............ .. .. .... ........................................... ... .. . .. .. . .. .......... . ........... . .. .......... .
lowQualScore : 0 5 0 0 0000000 7 222222 7 0 222 44 111 11 0 00000 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 555555 8 555555555555 55 88 1111 3333333333333333333333333333333333333333333 222 22 9 00 00 7 88 7777777777 3 99999999999 0 00 5555555555 2
consensus : GTAAGAGGGTTCGCTACNCCACCGNNACCTCCAA-AATGA------ATG-ACAA-TG--CTANACA--TAA-TGAATGG-CA-----AT-----GC-N-AT---G----CAT-AAA-------------T--------T-----------ACG-------CCTCTGT------GCTAT-----ATAC--TGTACTA-TTTTCACGCATGT----A----A--C----TAGA---CGGCACTA-C-T-CAAGTCA-T-ATGTAATATTG-CTTAGAA--ATGTA--AATTGTGTAAAATAT---T-T-AAAACAGAAATAT--T---N---TAATTACA--TAT----------GGCTTGAAAACCAGTTTCACGCAT
Reference ( gi|1 ) : GTGAGAAAATTCAC-ATTCC--TGATGCCTCCAA-AATGA------ATG-ACAA-TA--CTGTACA--CAA-TGAATGG-CA-----AT-----GC-A-AT---G----CAT-GAA-------------T--------T-----------ACA-------CCTCTGT------GCTAT-----ATAC--TGTACTG-TTTTCATACATGT----A----A--C----TAGA---CGGCACTA-C-T-CAAGTCATT-ATGTAATATTG-CTTATAA--ATGTA--AACTGTGCAAAATACATGTATAAAAACAGAAATAT--T---A---CAATTGCA--TAT----------GGCTTGAAAACCAGTTTCATGCAT
gi|13 : GTAAGAGAGTTCAC-ATACC--CCAAACCCCCAA-AATGATAATGAATG-ACAAATG--CTACACA--TAA-TGAGTGG-CA-----AT---------------------AT-G----------------------------------------------CCTCTGT------GCTA------ATAT--TGTTATA-ATTTCATCCATGT----A----A--C----TAGA---TGACA
gi|2 : aGAAGATTAGCTACTCCACTGTCACCTCCAC-AGTGA------ATATAAAA-TG--CTAATCA--TAAATGAATGG-CA-----AT-----GCTACAT---GTATTCAT-AAA-------------T--------------------ATG-------CCTTTGT------GCTGT-----A--C--TGTAATA-TTCCCCTGCATGT----A----A--G----TAGA---CGGTACTA-C-T-CAAATCA-T-ATGTAATATTC-CTTCGAA--ATGTA--AATTGTGTAAAA------TATTAAAACAGAAATAT--T---C---TGATTACA--AAT----------GGTTTAAAAATCAGTATC
gi|6 : gtCTCCAACAATGA------ATA-GCAA-TG--CCACACA--TAA-TGAATGA-CA-----AT-----GC-T-AT---G----CAT-AAAATATAACAAATTCT--------T-----------AAG-------CCTCTGT------GCTGT-----AT----TGTACTA-TTTTCAAGCATAT----A----A--C----TGGA---C-----------------------TGT---------TTAGCA--ATGAA--AATTGTGTTAAATA---GT---AAAATAGAAATAT--T---
gi|3 : catataccccaca-AATGA------ATG-ACGA-TG--CTAAACA--AAA-TGAATGG-CA-----AT-----GT-A-ATTCAG----CAC-ATG-------------T--------T-----------ATG-------CCTATGC------ACTAT------TAT--TATACTA-TTTTCACCTATGT----AAGT-A--CACG-TAGA---TGGCAACA-G-TATATGTCA-T-ATGTCACAATG-TTTAGAA--GTGTA--AATTGTGTAGAA------TGTAAAAACAGAAATAT--T---T---TAATTACAGTCAT------------CTTGATAACCAGTTTCAttt
gi|4 : cccccatatcctaac-AATGA------ATG-ACAA-T-----GTAGAGGCAA-TTAATCA-CAGTTTAAT-----AC-T-AT---G----CAT-AAA-------------A--------T-----------ACAACGTATTCCTTTGTCTCGGTGCTAT-----A-ACAACGTATTC-CTTTGTCTCA-GT----G-------C----TATA---CTGGATTA-C-T------------TGTA---CTG-GTCATAC--ATGTA--AAGTGTGTAAAATA------TTAGAACAGAGATAT--TTCTA---CAA---CA--AAT----------GACTTGAAAACCAGTCTCATGTATa
gi|10 : tg-AATGC------ATG-GCTA-TATGCTGTGCAT-CAA----------------AT-----AC-A-AT---G-----AT-GTC-------------T--------T-----------ATG-------CCTCTGT------GCTA------A-AC--TGTACTA-TTTTTACCCATGTATTGA----A--G----TAGATTTCAGTAGTA-C-T-C------TT-ATGCAGTATTGTCTTACAaaggtt
gi|7 : G-ACAT-TG--CTA-ACA--AAT-TCAATGG-CA-----TT-----GC-T-AT---G----CATAAAA-------------TACTATGTAT-----------ACA-------CC-CTGT------ACTAT-----A-AC--TGTACTA-TTTCCACAAATGC----A----AGGA----TAGA---TGGCACCA-CTT-TAAGTC----ATGCAATATTA-TTTAGAA--ATATC--AGGTATGT-AAAT-----TATCAAAACAcagtgagtagatttttcat
gi|5 : CAA-TG--CTATACA--TAA-GGTATTA-CA-----ATAAACAGC-A-GA---A----AAC-AGA-------------T--------C-----------GTA-------TTTGTGT------GCTACTGTAAATAC--AGCACTA-TTCCCATGCATAT----ATGT-A--CAAGGTATA---TGACACTA-C-T-CAAGT---------GATGTT-----------AGGTG--AATTGTGCAAAATAT-----TAAAG---GAAATATA-T---AGTTCAATTCCA--CAT----------GATTTGAAAAattt
gi|8 : GAATGGGCA-----AT-----GC-T-AT---G----TAT-CAA-------------T--------TCACAAATTCTTACG-------CCTCTGT------GC-AT-----TTG---TGTACTAATTGTTACAAATGT----A----A---------------------A-C----AAGTAACC--TGTGATATTG-CTTAAAATTATATA--GACTGTGCAAAATAT-TGC-----AACAAAAATTT--T--------AATCACA--TAT----------aatggttgatatgaaaattg
gi|9 : AATGG-CA-----AT-----GC-T-AT---G----TAT-AAAATTCAACAAATTCT--------T-----------ACG-------CCTCTGT------GC-AT-----TTG---TGTACTA-ATTTTACAAATGT----A----A--C-------------------------AAGTAACC--TGTGATATTG-CTTGAAA--ATATATAGACTGTGCAAAATAT-TGC-----AACAAAAAT-T--T---T---TAATCACA--Tttc
gi|12 : TACTA-TTTTCACATGTGT----A------------TAGA---TGACACTA-T-T-CAAGCCA---ATGAAGCAT-G-TTTAGAA--ATGTA--CATTGTGTGAAATATCT----------------------------CAATTAAA--TAA----------AGTTTGAAAACACGTTTCATGCA
gi|11 : catcatgccaaacTCCATACATGT----ATTCAA--T----TAAA---AGAAACAAAT-T-CATGAAATTGAGGTAA-ATTG-TTGAAAA--ATGTA--CATTGTATAAAATAC-----TAAAA-CAGAAATATCTT---A---TAATTACA--TATT---------GGTTTGAAAACCGGTTCCACGCAagt
gi|14 : ----TAGA---TGGTATTA-C-T-CAGGTCAT--ATATGATATTG-TTTGAAA--ATGTA--AATC---------------ATCAAATCAGAAATAT--T---T---TAATTACA--TATCATAACATATGGTTTGAAAACTAGTTTCAaga
gi|18 : ACAGAAATAT--T---T---TTATTGCA--TAA----------GGCTTGAAAACCAGTTCCA
gi|17 : acAAATAT--T---A-----A----A--TAT----------AGCTTGAAAACCAGTTGCAAGCA
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): TGTATATTTGCCTTAGAAATGTTAAATTGTTGTTGTAAAATATCAAAACGGAAAATATTTTCATTACATTTTATTATTGGCTTAAAAATCGG
Unaligned ( gi|16 ): CCACAGATTTATTGAATTGCAATGCTATGTATAAAATTCAACAAATTCTTTACGCCCTCTGTGCATTTGGTACTAATTTTA
Alignments
lowQualScore : 11 444444 111111 11111 11111111 9999999999999999999999999999999999999999999999 333333333333 222222222 111111111111 33333333 1111111111 1111
lowQualScore : 222 0 33 1 333333 2 6 999999 5 5 5 0 4 3 3 11111 88888 2 44 555 99999999 3 5555555555555555555555555555555555555555555555 3 3 000000000000 3 5 7777 999999999 8888888 3 333333333333 333 666 77 2 6666 66666666 2 33 6666 2 3333333333 999 0000 4
lowQualScore : ... . .. . ...... . . ...... . . . . . . . ..... ..... . .. ... ........ . .............................................. . . ............ . . .... ......... ....... . ............ ... ... .. . .... ........ . .. .... . .......... ... .... .
lowQualScore : 000 7 22 0 888888 5 7 222222 7 0 9 1 0 3 3 77777 33333 2 66 888 22222222 3 4444444444444444444444444444444444444444444444 3 2 333333333333 1 0 1111 555555555 3333333 1 999999999999 222 777 99 9 1111 33333333 9 99 1111 0 5555555555 666 4444 6
consensus : GTGAGAAAATTCGC-TACCCCACTG-NACCTCCAA-AATGA------ATG-ACAA-TGCTANACATAA-TGAATGG-C-A-----AT-----GCTA--T---G--------CAT-AAA--------------T------------T---AC-------------G-CCTCTGTGCTAT-----ATAC--TGTACTA-TTTTCACGCATGT----A---AC----TAGA---CGGCACTACT-C-AAGTCA-TATGTA-ATATTG-C-TTAGAA--ATGT-AAATTGT----GTAAAATA------TTAAAACAG-AAATA--T----TTTAATT----------ACA---TA----TGGCTTGAAAACCAGTTTCATGCAT
Reference ( family-1786 ) : GTAAGAGGGTTCGC-TACNCCACCGNNACCTCCAA-AATGA------ATG-ACAA-TGCTANACATAA-TGAATGG-C-A-----AT-----GCNA--T---G--------CAT-AAA--------------T------------T---AC-------------G-CCTCTGTGCTAT-----ATAC--TGTACTA-TTTTCACGCATGT----A---AC----TAGA---CGGCACTACT-C-AAGTCA-TATGTA-ATATTG-C-TTAGAA--ATGT-AAATTGT----GTAAAATAT-----TTAAAACAG-AAATA--T----TNTAATT----------ACA---TA----TGGCTTGAAAACCAGTTTCACGCAT
gi|1 : GTGAGAAAATTCAC--ATTCC--TGATGCCTCCAA-AATGA------ATG-ACAA-TACTGTACACAA-TGAATGG-C-A-----AT-----GCAA--T---G--------CAT-GAA--------------T------------T---AC-------------A-CCTCTGTGCTAT-----ATAC--TGTACTG-TTTTCATACATGT----A---AC----TAGA---CGGCACTACT-C-AAGTCATTATGTA-ATATTG-C-TTATAA--ATGT-AAACTGT----GCAAAATACATGTATAAAAACAG-AAATA--T----TACAATT----------GCA---TA----TGGCTTGAAAACCAGTTTCATGCAT
gi|10 : AA-TGCATGG-CTAT----AT-----GCTG--T---G--------CATCAAA--------------TACAATGATGTCTT---AT-------------G-CCTCTGTGCTA------A-AC--TGTACTA-TTTTTACCCATGTATTGA---AG----TAGATTTCAGTAGTACT-C----T---TATGCA-GTATTGTC-TTA
gi|11 : GTA-A-ATTG-T-TGAAAA--ATGT-ACATTGT----ATAAAATA------CTAAAACAG-AAATATCT----TATAATT----------ACA---TAT---TGGTTTGAAAACCGGTTCCACGCAcacagtgagtagatttttcat
gi|12 : tccatacatgtattcaattaaaagaaacaaattcatgaaattgagTACTA-TTTTCACATGTGT----A---------TAGA---TGACACTATT-C-AAGCCA--ATGAA-GCAT-G-T-TTAGAA--ATGT-ACATTGT----GT--------------------G-AAATA--T----CTCAATT----------AAA---TA----AAGTTTGAAAACACGTTTCATGCAaga
gi|13 : catcatgccaaacGTAAGAGAGTTCACATACCCCA----AACCCCCAA-AATGATAATGAATG-ACAAATGCTACACATAA-TGAGTGG-C-A-----A-----------------------------------------------------------T---AT-------------G-CCTCTGTGCTA------ATAT--TGTTATA-ATTTCATCCATGT----A---AC----TAGA---TGACAagt
gi|14 : a----TAGA---TGGTATTACT-C-AGGTCA-TATATG-ATATTG-T-TTGAAA--ATGT-AAATCA-------------------TCAAATCAG-AAATA--T----TTTAATTACATATCATAACA---TA----TGGTTTGAAAACTAGTTTCA
gi|15 : TGTATAT-TTG-CCTTAGAA--ATGTTAAATTGTTGTTGTAAAATA------TCAAAACGGAAAATA--T----TTTCATT----------ACATTTTATTATTGGCTTAAAAATCGG
gi|16 : TAT-TGAATTG-C-A-----AT-----GCTA--T---G--------TAT-AAAATTCAACAAATTCTT------------T---AC-------------GCCCTCTGTGC-AT-----TTG----GTACTA-ATTTTA
gi|17 : ccacagatt-ATATT-----TAGCA--ATGT-AACTTGT----GTAAAATAT-----T------------------------AA--------------A---TA----TAGCTTGAAAACCAGTTGCAAGCA
gi|18 : ataaaacACAG-AAATA--T----TTTTATT----------GCA---TA----AGGCTTGAAAACCAGTTCCAagct
gi|2 : acGAAGATTAGC-TACTCCACTGTCACCTCCAC-AGTGA------ATATAAAA-TGCTAATCATAAATGAATGG-C-A-----AT-----GCTACAT---GTATT----CAT-AAA--------------T----------------AT-------------G-CCTTTGTGCTGT-----A--C--TGTAATA-TTCCCCTGCATGT----A---AG----TAGA---CGGTACTACT-C-AAATCA-TATGTA-ATATTC-C-TTCGAA--ATGT-AAATTGT----GTAAAATA------TTAAAACAG-AAATA--T----TCTGATT----------ACA---AA----TGGTTTAAAAATCAGTATC
gi|3 : gt-AATGA------ATG-ACGA-TGCTAAACAAAA-TGAATGG-C-A-----AT-----GTAA--TTCAG--------CAC-ATG--------------T------------T---AT-------------G-CCTATGCACTAT------TAT--TATACTA-TTTTCACCTATGT----AAGTACACG-TAGA---TGGCAACAGTAT-ATGTCA-TATGTC-ACAATG-T-TTAGAA--GTGT-AAATTGT----GTAGAATG------TAAAAACAG-AAATA--T----TTTAATT----------ACAGT-CA----T--CTTGATAACCAGTTTCA
gi|4 : cccccatatcctaac-AATGA------ATG-ACAA-TG-TAGAGGCAA-TTAATCA-C-AGTTTAAT-----ACTA--T---G--------CAT-AAA--------------A------------T---ACAACGTATTCCTTTG-TCTCGGTGCTAT-----A-ACAACGTATTC-CTTTGTCTCA-GT----G----C----TATA---CTGGATTACT------------TGTA----CTG-G-TCATAC--ATGT-AAAGTGT----GTAAAATAT-----T-AGAACAG-AGATA--T----TTCTACA----------ACA---AA----TGACTTGAAAACCAGTCTCATGTATa
gi|5 : tgCAA-TGCTATACATAA-GGTATTA-C-A-----ATAAACAGCAG--A---A--------AAC-AGA--------------T------------C---GT-------------A-TTTGTGTGCTACTGTAAATAC--AGCACTA-TTCCCATGCATAT----ATGTACAAGGTATA---TGACACTACT-C-AAGTGA-TGT--------------TAG------GT-GAATTGT----GCAAAATA------TTAAA--GG-AAATA--TATAGTTCAATT----------CCA---CA----TGATTTGAAAAaaggtt
gi|6 : -TACCCCAC----AC-TCCAACAATGA------ATA-GCAA-TGCCACACATAA-TGAATGA-C-A-----AT-----GCTA--T---G--------CAT-AAAATATAACAAATTC-T------------T---AA-------------G-CCTCTGTGCTGT-----AT----TGTACTA-TTTTCAAGCATAT----A---AC----TGGA---C------------------------------TG-T-TTAGCA--ATGA-AAATTGT----GTTAAATA------GTAAAATAG-AAATA--T----TTTaatggttgatatgaaaattg
gi|7 : cataG-ACAT-TGCTA-ACAAAT-TCAATGG-C-A-----TT-----GCTA--T---G--------CAT-AAAATACTATG------TA-----------T---AC-------------A-CC-CTGTACTAT-----A-AC--TGTACTA-TTTCCACAAATGC----A---AGGA--TAGA---TGGCACCACT-TTAAGTCA-T--GCA-ATATTA-T-TTAGAA--ATAT-CAGGTAT----GTAAATTA------TCAAAACAt
gi|8 : GAATGGGC-A-----AT-----GCTA--T---GTATCAATTCAC-AAA--------------T------------TCTTAC-------------G-CCTCTGTGC-AT-----TTG---TGTACTAATTGTTACAAATGT----A---A-------------------AC----AAGTAA-CCTGTG-ATATTG-C-TTAAAATTATAT-AGACTGT----GCAAAATA------TTGCAACAA-AA--A--T----TTTAATC----------ACA---TA----Tattt
gi|9 : AATGG-C-A-----AT-----GCTA--T---G--------TAT-AAAATTCAACAAATTC-T------------T---AC-------------G-CCTCTGTGC-AT-----TTG---TGTACTA-ATTTTACAAATGT----A---AC------------------------AAGTAA-CCTGTG-ATATTG-C-TTGAAAATATAT-AGACTGT----GCAAAATA------TTGCAACAA-AAAT---T----TTTAATC----------ACA---Tttc
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 444444 111111 11111 11111111 0000000000000000000000000000000000000000000000000 22222222 22222222222222 111111111111 1111111111 1111
lowQualScore : 0 33 888888 2 6 999999 5 5 5 0 4 3 3 11111 44 1 777777 99999999 3 0000000000000000000000000000000000000000000000000 3 88888 3 66666666 3 5 7777 99999999999999 8888888 3 333333333333 333 666 33 2 33 6666 888888 2 6666 33 3333333333 999 0000
lowQualScore : . .. ...... . . ...... . . . . . . . ..... .. . ...... ........ . ................................................. . ..... . ........ . . .... .............. ....... . ............ ... ... .. . .. .... ...... . .... .. .......... ... ....
lowQualScore : 7 22 222222 5 7 222222 7 0 9 1 0 3 3 77777 66 4 555555 22222222 3 8888888888888888888888888888888888888888888888888 3 33333 2 22222222 1 0 1111 77777777777777 3333333 1 999999999999 222 777 99 9 99 1111 222222 9 1111 99 5555555555 666 4444
consensus : GTGAGAAAATTCGC-TACCCCACTGACACCTCCAA-AATGA------ATG-ACAA-TGCTANACATAA-TGAATGG-C-A-----ATG--CTA--T---G--------CAT-AAA--------------T------------T---A---C-------------G-CCTCTGTG-----CTATA--TAC--TGTACTA-TTTTCACGCATGT----A---A-----C----TAGA---CGGCACTACT-C-AAGTCA-TATGTA-ATATTG-C-TTAGAA--ATGT-A--AATTGT----GTAAAA------TATTAAAACAG-AAATAT----TT--TAATT----------ACA---TA----TGGCTTGAAAACCAGTTTCATGCAT
Reference ( family-1786 ) : GTGAGAAAATTCGC-TACCCCACTGN-ACCTCCAA-AATGA------ATG-ACAA-TGCTANACATAA-TGAATGG-C-A-----ATG--CTA--T---G--------CAT-AAA--------------T------------T---A---C-------------G-CCTCTGTG-----CTATA--TAC--TGTACTA-TTTTCACGCATGT----A---A-----C----TAGA---CGGCACTACT-C-AAGTCA-TATGTA-ATATTG-C-TTAGAA--ATGT-A--AATTGT----GTAAAA------TATTAAAACAG-AAATAT----TT--TAATT----------ACA---TA----TGGCTTGAAAACCAGTTTCATGCAT
gi|1 : GTGAGAAAATTCAC--ATTCC--TGATGCCTCCAA-AATGA------ATG-ACAA-TACTGTACACAA-TGAATGG-C-A-----ATG--CAA--T---G--------CAT-GAA--------------T------------T---A---C-------------A-CCTCTGTG-----CTATA--TAC--TGTACTG-TTTTCATACATGT----A---A-----C----TAGA---CGGCACTACT-C-AAGTCATTATGTA-ATATTG-C-TTATAA--ATGT-A--AACTGT----GCAAAATACATGTATAAAAACAG-AAATAT----TA--CAATT----------GCA---TA----TGGCTTGAAAACCAGTTTCATGCAT
gi|10 : AA-TGCATGG-CTAT----ATG--CTG--T---G--------CATCAAA--------------TACAATGATGTCTT---A---T-------------G-CCTCTGTG-----CTA-A---AC--TGTACTA-TTTTTACCCATGTATTGA---A-----G----TAGATTTCAGTAGTACT-C----T---TATGCA-GTATTGTC-TTA
gi|11 : GTA-A-ATTG-T-TGAAAA--ATGT-A--CATTGT----ATAAAA------TACTAAAACAG-AAATAT----CTTATAATT----------ACA---TAT---TGGTTTGAAAACCGGTTCCACGCAcacagtgagtagatttttcat
gi|12 : tccatacatgtattcaattaaaagaaacaaattcatgaaattgagTACTA-TTTTCACATGTGT----A--------------TAGA---TGACACTATT-C-AAGCCA--ATGAA-GCAT-G-T-TTAGAA--ATGT-A--CATTGT----GT--------------------G-AAATAT----CT--CAATT----------AAA---TA----AAGTTTGAAAACACGTTTCATGCAaga
gi|13 : catcatgccaaacGTAAGAGAGTTCACATACCCCA---A-ACCCCCAA-AATGATAATGAATG-ACAAATGCTACACATAA-TGAGTGG-C-A-----A--------------------------------------------------------T---A---T-------------G-CCTCTGTG-----CTA-A--TAT--TGTTATA-ATTTCATCCATGT----A---A-----C----TAGA---TGACAagt
gi|14 : a----TAGA---TGGTATTACT-C-AGGTCA-TATATG-ATATTG-T-TTGAAA--ATGT-A--AAT-------------------CATCAAATCAG-AAATAT----TT--TAATTACATATCATAACA---TA----TGGTTTGAAAACTAGTTTCA
gi|15 : TGTATAT-TTG-CCTTAGAA--ATGTTA--AATTGTTGTTGTAAAA------TATCAAAACGGAAAATAT----TT--TCATT----------ACATTTTATTATTGGCTTAAAAATCGG
gi|16 : TAT-TGAATTG-C-A-----ATG--CTA--T---G--------TAT-AAAATTCAACAAATTCTT------------T---A---C-------------GCCCTCTGTG-----C-ATT--TG----GTACTA-ATTTTA
gi|17 : ccacagatt-ATATT-----TAGCA--ATGT-A--ACTTGT----GTAAAA------TATTAA-------------------------------------A---TA----TAGCTTGAAAACCAGTTGCAAGCA
gi|18 : ataaaacACAG-AAATAT----TT--TTATT----------GCA---TA----AGGCTTGAAAACCAGTTCCAagct
gi|2 : acGAAGATTAGC-TACTCCACTGTCACCTCCAC-AGTGA------ATATAAAA-TGCTAATCATAAATGAATGG-C-A-----ATG--CTACAT---GTATT----CAT-AAA--------------T----------------A---T-------------G-CCTTTGTG-----CTGTA----C--TGTAATA-TTCCCCTGCATGT----A---A-----G----TAGA---CGGTACTACT-C-AAATCA-TATGTA-ATATTC-C-TTCGAA--ATGT-A--AATTGT----GTAAAA------TATTAAAACAG-AAATAT----TC--TGATT----------ACA---AA----TGGTTTAAAAATCAGTATC
gi|3 : gt-AATGA------ATG-ACGA-TGCTAAACAAAA-TGAATGG-C-A-----ATG--TAA--TTCAG--------CAC-ATG--------------T------------T---A---T-------------G-CCTATGCA-----CTAT---TAT--TATACTA-TTTTCACCTATGT----A---AGTACACG---TAGA---TGGCAACAGTAT-ATGTCA-TATGTC-ACAATG-T-TTAGAA--GTGT-A--AATTGT----GTAGAA------TGTAAAAACAG-AAATAT----TT--TAATT----------ACAGT-CA----T--CTTGATAACCAGTTTCA
gi|4 : cccccatatcctaac-AATGA------ATG-ACAA-TG-TAGAGGCAA-TTAATCA-C-AGTTTAATA--CTA--T---G--------CAT-AAA--------------A------------T---A---CAACGTATTCCTTTG-TCTCGGTG-----CTATA---ACAACGTATTC-CTTTGTCTCA-GT----G---------C----TATA---CTGGATTACT------------TGTA----CTG-G-TCATAC--ATGT-A--AAGTGT----GTAAAA------TATTAGAACAG-AGATAT----TT--CTACA----------ACA---AA----TGACTTGAAAACCAGTCTCATGTATa
gi|5 : tgCAA-TGCTATACATAA-GGTATTA-C-A-----ATAAAC-A------G--------CAG-AAA--------------A------------C---AGATC-------------G-TATTTGTGTGCTACTGTAAATAC--AGCACTA-TTCCCATGCATAT----ATGTA-----CAAGGTATA---TGACACTACT-C-AAGTGA-TGT--------------TAG------GT-G--AATTGT----GCAAAA------TATTAAA--GG-AAATATATAGTT--CAATT----------CCA---CA----TGATTTGAAAAaaggtt
gi|6 : -TACCCCAC----AC-TCCAACAATGA------ATA-GCAA-TGCCACACATAA-TGAATGA-C-A-----ATG--CTA--T---G--------CAT-AAAATATAACAAATTC-T------------T---A---A-------------G-CCTCTGTG-----CTGTA--T----TGTACTA-TTTTCAAGCATAT----A---A-----C----TGGA---C------------------------------TG-T-TTAGCA--ATGA-A--AATTGT----GTTAAA------TAGTAAAATAG-AAATAT----TT--Taatggttgatatgaaaattg
gi|7 : cataG-ACAT-TGCTA-ACAAAT-TCAATGG-C-A-----TTG--CTA--T---G--------CAT-AAAATACTATG------TA-----------T---A---C-------------A-CC-CTGTA-----CTATA---AC--TGTACTA-TTTCCACAAATGC----A---A-----GGA--TAGA---TGGCACCACT-TTAAGTCA-T--GCA-ATATTA-T-TTAGAA--ATAT-C--AGGTAT----GTAAAT------TATCAAAACAt
gi|8 : GAATGGGC-A-----ATG--CTA--T---GTATCAATTCAC-AAA--------------T------------TCTTA---C-------------G-CCTCTGTG-----C-ATT--TG---TGTACTAATTGTTACAAATGT----A---A------------------------AC----AAGTAA-CCTGTG-ATATTG-C-TTAAAATTATAT-A--GACTGT----GCAAAA------TATTGCAACAA-AA--AT----TT--TAATC----------ACA---TA----attt
gi|9 : AATGG-C-A-----ATG--CTA--T---G--------TAT-AAAATTCAACAAATTC-T------------T---A---C-------------G-CCTCTGTG-----C-ATT--TG---TGTACTA-ATTTTACAAATGT----A---A-----C------------------------AAGTAA-CCTGTG-ATATTG-C-TTGAAA--ATAT-ATAGACTGT----GCAAAA------TATTGCAACAA-AAAT-T----TT--TAATC----------ACA---Tttc
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 444444 111111 11111 11111111 0000000000000000000000000000000000000000000000000 22222222 22222222222222 111111111111 1111111111 1111
lowQualScore : 0 33 000000 2 6 999999 5 5 5 0 4 3 3 11111 44 1 777777 99999999 3 0000000000000000000000000000000000000000000000000 3 88888 3 66666666 3 5 7777 99999999999999 8888888 3 333333333333 333 666 33 2 33 6666 888888 2 6666 33 3333333333 999 0000
lowQualScore : . .. ...... . . ...... . . . . . . . ..... .. . ...... ........ . ................................................. . ..... . ........ . . .... .............. ....... . ............ ... ... .. . .. .... ...... . .... .. .......... ... ....
lowQualScore : 7 22 000000 5 7 222222 7 0 9 1 0 3 3 77777 66 4 555555 22222222 3 8888888888888888888888888888888888888888888888888 3 33333 2 22222222 1 0 1111 77777777777777 3333333 1 999999999999 222 777 99 9 99 1111 222222 9 1111 99 5555555555 666 4444
consensus : GTGAGAAAATTCGC-TACCCCACTGACACCTCCAA-AATGA------ATG-ACAA-TGCTANACATAA-TGAATGG-C-A-----ATG--CTA--T---G--------CAT-AAA--------------T------------T---A---C-------------G-CCTCTGTG-----CTATA--TAC--TGTACTA-TTTTCACGCATGT----A---A-----C----TAGA---CGGCACTACT-C-AAGTCA-TATGTA-ATATTG-C-TTAGAA--ATGT-A--AATTGT----GTAAAA------TATTAAAACAG-AAATAT----TT--TAATT----------ACA---TA----TGGCTTGAAAACCAGTTTCATGCAT
Reference ( family-1786 ) : GTGAGAAAATTCGC-TACCCCACTGACACCTCCAA-AATGA------ATG-ACAA-TGCTANACATAA-TGAATGG-C-A-----ATG--CTA--T---G--------CAT-AAA--------------T------------T---A---C-------------G-CCTCTGTG-----CTATA--TAC--TGTACTA-TTTTCACGCATGT----A---A-----C----TAGA---CGGCACTACT-C-AAGTCA-TATGTA-ATATTG-C-TTAGAA--ATGT-A--AATTGT----GTAAAA------TATTAAAACAG-AAATAT----TT--TAATT----------ACA---TA----TGGCTTGAAAACCAGTTTCATGCAT
gi|1 : GTGAGAAAATTCAC--ATTCC--TGATGCCTCCAA-AATGA------ATG-ACAA-TACTGTACACAA-TGAATGG-C-A-----ATG--CAA--T---G--------CAT-GAA--------------T------------T---A---C-------------A-CCTCTGTG-----CTATA--TAC--TGTACTG-TTTTCATACATGT----A---A-----C----TAGA---CGGCACTACT-C-AAGTCATTATGTA-ATATTG-C-TTATAA--ATGT-A--AACTGT----GCAAAATACATGTATAAAAACAG-AAATAT----TA--CAATT----------GCA---TA----TGGCTTGAAAACCAGTTTCATGCAT
gi|10 : AA-TGCATGG-CTAT----ATG--CTG--T---G--------CATCAAA--------------TACAATGATGTCTT---A---T-------------G-CCTCTGTG-----CTA-A---AC--TGTACTA-TTTTTACCCATGTATTGA---A-----G----TAGATTTCAGTAGTACT-C----T---TATGCA-GTATTGTC-TTA
gi|11 : GTA-A-ATTG-T-TGAAAA--ATGT-A--CATTGT----ATAAAA------TACTAAAACAG-AAATAT----CTTATAATT----------ACA---TAT---TGGTTTGAAAACCGGTTCCACGCAcacagtgagtagatttttcat
gi|12 : tccatacatgtattcaattaaaagaaacaaattcatgaaattgagTACTA-TTTTCACATGTGT----A--------------TAGA---TGACACTATT-C-AAGCCA--ATGAA-GCAT-G-T-TTAGAA--ATGT-A--CATTGT----GT--------------------G-AAATAT----CT--CAATT----------AAA---TA----AAGTTTGAAAACACGTTTCATGCAaga
gi|13 : catcatgccaaacGTAAGAGAGTTCACATACCCCA---A-ACCCCCAA-AATGATAATGAATG-ACAAATGCTACACATAA-TGAGTGG-C-A-----A--------------------------------------------------------T---A---T-------------G-CCTCTGTG-----CTA-A--TAT--TGTTATA-ATTTCATCCATGT----A---A-----C----TAGA---TGACAagt
gi|14 : a----TAGA---TGGTATTACT-C-AGGTCA-TATATG-ATATTG-T-TTGAAA--ATGT-A--AAT-------------------CATCAAATCAG-AAATAT----TT--TAATTACATATCATAACA---TA----TGGTTTGAAAACTAGTTTCA
gi|15 : TGTATAT-TTG-CCTTAGAA--ATGTTA--AATTGTTGTTGTAAAA------TATCAAAACGGAAAATAT----TT--TCATT----------ACATTTTATTATTGGCTTAAAAATCGG
gi|16 : TAT-TGAATTG-C-A-----ATG--CTA--T---G--------TAT-AAAATTCAACAAATTCTT------------T---A---C-------------GCCCTCTGTG-----C-ATT--TG----GTACTA-ATTTTA
gi|17 : ccacagatt-ATATT-----TAGCA--ATGT-A--ACTTGT----GTAAAA------TATTAA-------------------------------------A---TA----TAGCTTGAAAACCAGTTGCAAGCA
gi|18 : ataaaacACAG-AAATAT----TT--TTATT----------GCA---TA----AGGCTTGAAAACCAGTTCCAagct
gi|2 : acGAAGATTAGC-TACTCCACTGTCACCTCCAC-AGTGA------ATATAAAA-TGCTAATCATAAATGAATGG-C-A-----ATG--CTACAT---GTATT----CAT-AAA--------------T----------------A---T-------------G-CCTTTGTG-----CTGTA----C--TGTAATA-TTCCCCTGCATGT----A---A-----G----TAGA---CGGTACTACT-C-AAATCA-TATGTA-ATATTC-C-TTCGAA--ATGT-A--AATTGT----GTAAAA------TATTAAAACAG-AAATAT----TC--TGATT----------ACA---AA----TGGTTTAAAAATCAGTATC
gi|3 : gt-AATGA------ATG-ACGA-TGCTAAACAAAA-TGAATGG-C-A-----ATG--TAA--TTCAG--------CAC-ATG--------------T------------T---A---T-------------G-CCTATGCA-----CTAT---TAT--TATACTA-TTTTCACCTATGT----A---AGTACACG---TAGA---TGGCAACAGTAT-ATGTCA-TATGTC-ACAATG-T-TTAGAA--GTGT-A--AATTGT----GTAGAA------TGTAAAAACAG-AAATAT----TT--TAATT----------ACAGT-CA----T--CTTGATAACCAGTTTCA
gi|4 : cccccatatcctaac-AATGA------ATG-ACAA-TG-TAGAGGCAA-TTAATCA-C-AGTTTAATA--CTA--T---G--------CAT-AAA--------------A------------T---A---CAACGTATTCCTTTG-TCTCGGTG-----CTATA---ACAACGTATTC-CTTTGTCTCA-GT----G---------C----TATA---CTGGATTACT------------TGTA----CTG-G-TCATAC--ATGT-A--AAGTGT----GTAAAA------TATTAGAACAG-AGATAT----TT--CTACA----------ACA---AA----TGACTTGAAAACCAGTCTCATGTATa
gi|5 : tgCAA-TGCTATACATAA-GGTATTA-C-A-----ATAAAC-A------G--------CAG-AAA--------------A------------C---AGATC-------------G-TATTTGTGTGCTACTGTAAATAC--AGCACTA-TTCCCATGCATAT----ATGTA-----CAAGGTATA---TGACACTACT-C-AAGTGA-TGT--------------TAG------GT-G--AATTGT----GCAAAA------TATTAAA--GG-AAATATATAGTT--CAATT----------CCA---CA----TGATTTGAAAAaaggtt
gi|6 : -TACCCCAC----AC-TCCAACAATGA------ATA-GCAA-TGCCACACATAA-TGAATGA-C-A-----ATG--CTA--T---G--------CAT-AAAATATAACAAATTC-T------------T---A---A-------------G-CCTCTGTG-----CTGTA--T----TGTACTA-TTTTCAAGCATAT----A---A-----C----TGGA---C------------------------------TG-T-TTAGCA--ATGA-A--AATTGT----GTTAAA------TAGTAAAATAG-AAATAT----TT--Taatggttgatatgaaaattg
gi|7 : cataG-ACAT-TGCTA-ACAAAT-TCAATGG-C-A-----TTG--CTA--T---G--------CAT-AAAATACTATG------TA-----------T---A---C-------------A-CC-CTGTA-----CTATA---AC--TGTACTA-TTTCCACAAATGC----A---A-----GGA--TAGA---TGGCACCACT-TTAAGTCA-T--GCA-ATATTA-T-TTAGAA--ATAT-C--AGGTAT----GTAAAT------TATCAAAACAt
gi|8 : GAATGGGC-A-----ATG--CTA--T---GTATCAATTCAC-AAA--------------T------------TCTTA---C-------------G-CCTCTGTG-----C-ATT--TG---TGTACTAATTGTTACAAATGT----A---A------------------------AC----AAGTAA-CCTGTG-ATATTG-C-TTAAAATTATAT-A--GACTGT----GCAAAA------TATTGCAACAA-AA--AT----TT--TAATC----------ACA---TA----attt
gi|9 : AATGG-C-A-----ATG--CTA--T---G--------TAT-AAAATTCAACAAATTC-T------------T---A---C-------------G-CCTCTGTG-----C-ATT--TG---TGTACTA-ATTTTACAAATGT----A---A-----C------------------------AAGTAA-CCTGTG-ATATTG-C-TTGAAA--ATAT-ATAGACTGT----GCAAAA------TATTGCAACAA-AAAT-T----TT--TAATC----------ACA---Tttc
blockSeqs : AT ACTGTC C C TAATGA T A C A G T GTTTA AA T TTCA TATCAATT C ATTCAACAAATTCTTTAC C TGCTA T AAATAC A C ATTG TGTACAAGG TTTCAGT G ATATGTCATA TAT TC TT T TA TGTT . A ATAG TA ACATATCATA TTT TTAT
blockSeqs : T AA C . . . . A . . . T . T CAT TATT . ATACAACGTATTCCTTT . . T AACAA . A . AGTACACG TGAC C CAGGTCATA GT CC . . . . . . . . . GT T
blockSeqs : T AC . . . . . A . . . . . T T . . ATATAACAAATTCTTAA . . T ATAT . C . AGGA TGAC T CAAATCATA GC T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . G . . . . . A T . . ATTCAACAAATTCTTAC . . T AAC . G . AG TGGT C CAAGTGATG AT T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T . . . . . T T . . TACAATGATGTCTTAT . . T TTG . C . AC CGGT A TTAAGTCAT AT T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . C . . . . . T T . . ATACTATGTATAC . . T TAT . T . AG TGGC T CAAGCCAA AT C . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T T . . ACAGATC . . T AAC . G . AC CTGG C AAGTAACC AC T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T T . . TTCTTAC . . T TTG . G . AC TGAC C AAGTAACC AT G . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T T . . TTAT . . . TTG . A . C TGGC . CTTA AT T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . TAT . . . AC . A . A C . . AT T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . TAT . . . AT . A . . . . . A C . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : ATACAACGATTCTTAC********************************* TNN***** CAAGTCATA*** ******
originalCons : GTGAGAAAATTCGC-TACCCCACTGACACCTCCAA-AATGA------ATG-ACAA-TGCTANACATAA-TGAATGG-C-A-----ATG--CTA--T---G--------CAT-AAA--------------T------------T---A---C-------------G-CCTCTGTG-----CTATA--TAC--TGTACTA-TTTTCACGCATGT----A---A-----C----TAGA---CGGCACTACT-C-AAGTCA-TATGTA-ATATTG-C-TTAGAA--ATGT-A--AATTGT----GTAAAA------TATTAAAACAG-AAATAT----TT--TAATT----------ACA---TA----TGGCTTGAAAACCAGTTTCATGCAT
finalCons : GTGAGAAAATTCGC-TACCCCACTGACACCTCCAA-AATGA------ATG-ACAA-TGCTANACATAA-TGAATGG-C-A-----ATG--CTA--T---G--------CAT-AAAATACAACGATTCTTAC---------------------------------G-CCTCTGTG-----CTATTNN-----TGTACTA-TTTTCACGCATGT----A---A-----C----TAGA---CGGCACTACTCAAGTCATA---TGTA-ATATTG-C-TTAGAA--ATGT-A--AATTGT----GTAAAA------TATTAAAACAG-AAATAT----TT--TAATT----------ACA---TA----TGGCTTGAAAACCAGTTTCATGCAT
Alignments
lowQualScore : 11 444444 111111 11111 444444444444444444 111111 3333333333333333333 1111111111111111111111111 1111111111 1111
lowQualScore : 0 33 000000 2 6 999999 5 5 5 0 4 3 3 11111 44 1 44 7777 0 888888888888888888 0 3 5 444444 3 5 3333333333333333333 0000000000000000000000000 555 666 77 2 6666 888888 2 6666 33 3333333333 999 0000
lowQualScore : . .. ...... . . ...... . . . . . . . ..... .. . .. .... . .................. . . . ...... . . ................... ......................... ... ... .. . .... ...... . .... .. .......... ... ....
lowQualScore : 7 22 000000 5 7 222222 7 0 9 1 0 3 3 77777 66 4 66 1111 2 222222222222222222 1 3 2 111111 1 0 2222222222222222222 8888888888888888888888888 777 777 99 9 1111 222222 9 1111 99 5555555555 666 4444
consensus : GTGAGAAAATTCGC-TACCCCACTGACACCTCCAA-AATGA------ATG-ACAA-TGCTANACATAA-TGAATGG-C-A-----ATG--CTA--TG----CATAAAAT-ACAAC-G-AT-TC-TTACG-CCTCTGTGCTAT--TACTGTACT-ATTTTCACGCATGT----A---A-----C----TAGA---CGGCACTACT-C-AAGTCA-TATGTA-ATATTG-C-TTAGAA--ATGT-AAATTGT----GTAAAA------TATTAAAACAG-AAATAT----TT--TAATT----------ACA---TA----TGGCTTGAAAACCAGTTTCATGCAT
Reference ( family-1786 ) : GTGAGAAAATTCGC-TACCCCACTGACACCTCCAA-AATGA------ATG-ACAA-TGCTANACATAA-TGAATGG-C-A-----ATG--CTA--TG----CATAAAAT-ACAAC-G-AT-TC-TTACG-CCTCTGTGCTAT--TNNTGTACT-ATTTTCACGCATGT----A---A-----C----TAGA---CGGCACTACT-C-AAGTCA-TATGTA-ATATTG-C-TTAGAA--ATGT-AAATTGT----GTAAAA------TATTAAAACAG-AAATAT----TT--TAATT----------ACA---TA----TGGCTTGAAAACCAGTTTCATGCAT
gi|1 : GTGAGAAAATTCAC--ATTCC--TGATGCCTCCAA-AATGA------ATG-ACAA-TACTGTACACAA-TGAATGG-C-A-----ATG--CAA--TG----CATGAA-----------------TTACA-CCTCTGTGCTATA-TACTGTACT-GTTTTCATACATGT----A---A-----C----TAGA---CGGCACTACT-C-AAGTCATTATGTA-ATATTG-C-TTATAA--ATGT-AAACTGT----GCAAAATACATGTATAAAAACAG-AAATAT----TA--CAATT----------GCA---TA----TGGCTTGAAAACCAGTTTCATGCAT
gi|10 : AA-TGCATGG-CTAT----ATG--CTG--TG----CATCAAAT-ACAAT-G-ATGTC-TTATG-CCTCTGTGCTAA---ACTGTACT-ATTTTTACCCATGTATTGA---A-----G----TAGATTTCAGTAGTACT-C----T---TATGCA-GTATTGTC-TTA
gi|11 : GTA-A-ATTG-T-TGAAAA--ATGT-ACATTGT----ATAAAA------TACTAAAACAG-AAATAT----CTTATAATT----------ACA---TAT---TGGTTTGAAAACCGGTTCCACGCAcacagtgagtagatttttcat
gi|12 : tccatacatgtattcaattaaaagaaacaaattcatgaaattgagTACT-ATTTTCACATGTGT----A--------------TAGA---TGACACTATT-C-AAGCCA--ATGAA-GCAT-G-T-TTAGAA--ATGT-ACATTGT----GT--------------------G-AAATAT----CT--CAATT----------AAA---TA----AAGTTTGAAAACACGTTTCATGCAaga
gi|13 : catcatgccaaacGTAAGAGAGTTCACATACCCCA---A-ACCCCCAA-AATGATAATGAATG-ACAAATGCTACACATAA-TGAGTGG-C-A-----A---------------------------------------TATG-CCTCTGTGCTAA--TATTGTTAT-AATTTCATCCATGT----A---A-----C----TAGA---TGACAagt
gi|14 : a----TAGA---TGGTATTACT-C-AGGTCA-TATATG-ATATTG-T-TTGAAA--ATGT-AAAT-------------------CATCAAATCAG-AAATAT----TT--TAATTACATATCATAACA---TA----TGGTTTGAAAACTAGTTTCA
gi|15 : TGTATAT-TTG-CCTTAGAA--ATGTTAAATTGTTGTTGTAAAA------TATCAAAACGGAAAATAT----TT--TCATT----------ACATTTTATTATTGGCTTAAAAATCGG
gi|16 : TAT-TGAATTG-C-A-----ATG--CTA--TG----TATAAAAT-TCAACAA-AT-TCTTTACGCCCTCTGTGC-AT--TTG-GTACT-AATTTTA
gi|17 : ccacagatt-ATATT-----TAGCA--ATGT-AACTTGT----GTAAAA------TATTAA-------------------------------------A---TA----TAGCTTGAAAACCAGTTGCAAGCA
gi|18 : ataaaacACAG-AAATAT----TT--TTATT----------GCA---TA----AGGCTTGAAAACCAGTTCCAagct
gi|2 : acGAAGATTAGC-TACTCCACTGTCACCTCCAC-AGTGA------ATATAAAA-TGCTAATCATAAATGAATGG-C-A-----ATG--CTACATGTATTCATAAA------------------TATG-CCTTTGTGCTGT---ACTGTAAT-ATTCCCCTGCATGT----A---A-----G----TAGA---CGGTACTACT-C-AAATCA-TATGTA-ATATTC-C-TTCGAA--ATGT-AAATTGT----GTAAAA------TATTAAAACAG-AAATAT----TC--TGATT----------ACA---AA----TGGTTTAAAAATCAGTATC
gi|3 : gt-AATGA------ATG-ACGA-TGCTAAACAAAA-TGAATGG-C-A-----ATG--TAA--TT----CA----GC-ACA--------TG-TTATG-CCTATGCACTAT--TATTATACT-ATTTTCACCTATGT----A---AGTACACG---TAGA---TGGCAACAGTAT-ATGTCA-TATGTC-ACAATG-T-TTAGAA--GTGT-AAATTGT----GTAGAA------TGTAAAAACAG-AAATAT----TT--TAATT----------ACAGT-CA----T--CTTGATAACCAGTTTCA
gi|4 : cccccatatcctaac-AATGA------ATG-ACAA-TG-TAGAGGCAA-TTAATCA-C-AGTTTAATA--CTA--TG----CATAAAAT-ACAAC-GTAT-TC-CTTTG-TCTCGGTGCTATAACAACGTATT-CCTTTGTCTCA-GT--------G-----C----TATA---CTGGATTACT------------TG----TACTG-G-TCATAC--ATGT-AAAGTGT----GTAAAA------TATTAGAACAG-AGATAT----TT--CTACA----------ACA---AA----TGACTTGAAAACCAGTCTCATGTATa
gi|5 : tgCAA-TGCTATACATAA-GGTATTA-C-A-----ATAAAC-A---G----CAGAAAAC-AGATC-GTAT-TT-GTGTG-CTACTGTA--AA--TACAGCACT-ATTCCCATGCATAT----ATGTA-----CAAGGTATA---TGACACTACT-C-AAGTGA-TGT--------------TAG------GT-GAATTGT----GCAAAA------TATTAAA--GG-AAATATATAGTT--CAATT----------CCA---CA----TGATTTGAAAAaaggtt
gi|6 : -TACCCCAC----AC-TCCAACAATGA------ATA-GCAA-TGCCACACATAA-TGAATGA-C-A-----ATG--CTA--TG----CATAAAAT-ATAACAA-AT-TC-TTAAG-CCTCTGTGCTG---TATTGTACT-ATTTTCAAGCATAT----A---A-----C----TGGA---C------------------------------TG-T-TTAGCA--ATGA-AAATTGT----GTTAAA------TAGTAAAATAG-AAATAT----TT--Taatggttgatatgaaaattg
gi|7 : cataG-ACAT-TGCTA-ACAAAT-TCAATGG-C-A-----TTG--CTA--TG----CATAAAAT-ACTAT-GTAT------ACA-CC-CTGTACTAT--AACTGTACT-ATTTCCACAAATGC----A---A-----GGA--TAGA---TGGCACCACT-TTAAGTCA-T--GCA-ATATTA-T-TTAGAA--ATAT-CAGGTAT----GTAAAT------TATCAAAACAt
gi|8 : GAATGGGC-A-----ATG--CTA--TG----TATCAATTCACAA----AT-TC-TTACG-CCTCTGTGC-AT--TTGTGTACTAATTGTTACAAATGT----A---A-----------A----------------C-AAGTAA-CCTGTG-ATATTG-C-TTAAAATTATAT-AGACTGT----GCAAAA------TATTGCAACAA-AA--AT----TT--TAATC----------ACA---TA----attt
gi|9 : AATGG-C-A-----ATG--CTA--TG----TATAAAAT-TCAACAA-AT-TC-TTACG-CCTCTGTGC-AT--TTGTGTACT-AATTTTACAAATGT----A---A----------------------------C-AAGTAA-CCTGTG-ATATTG-C-TTGAAAATATAT-AGACTGT----GCAAAA------TATTGCAACAA-AAAT-T----TT--TAATC----------ACA---Tttc