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Reference ( family-1757 ) : GCGTAGCTG-CC--ATT----A----GGCAC-TT---AA-----GG-----CA-CG-------T-GC-CT-A-CA-C-A------T--A--A--T-T--T---T-------A-C-AAC------A------A----A----------A-A----------A-----------T-------T-A-A------A-ATG-TT---A-AAA-------T---A-C-----C-A-GATTTTC---G--CTTA-T-----T---A-AA--G-T-AAT-----------T----G--A--TGC------TA----------------A-C-AAGATATA-A----ACC----CA----A--C-------------CAACACTTTCTCT
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gi|35 : gtgCGTAGCTG-CC--ATT----A----GGCAC-TT---AA-----GG-----CA-CG-------T-GC-CT-A-CA-C-A------T--A--A--T-T--T---TC------A-T-AAC------A------A----A----------A-A----------A-----------T-------T-A-A------A-ATA-CC---A-TAT-------TTTGA-T-----T----ATTTTC---G--GTTA-T-----T---A-AA--
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Reference ( family-1757 ) : GCGTAGCTG-CC--ATT----A----GGCAC-TT---AA-----GG-----CA-CG-------T-GC-CT-A-CA-C-A------T--A--A--T-T--T---T-------A-C-AAC------A------A----A----------A-A----------A-----------T-------T-A-A------A-ATG-TT---A-AAA-------T---A-C-----C-A-GATTTTC---G--CTTA-T-----T---A-AA--G-T-AAT-----------T----G--A--TGC------TA----------------A-C-AAGATATA-A----ACC----CA----A--C-------------CAACACTTTCTCT
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gi|35 : gtgCGTAGCTG-CC--ATT----A----GGCAC-TT---AA-----GG-----CA-CG-------T-GC-CT-A-CA-C-A------T--A--A--T-T--T---TC------A-T-AAC------A------A----A----------A-A----------A-----------T-------T-A-A------A-ATA-CC---A-TAT-------TTTGA-T-----T----ATTTTC---G--GTTA-T-----T---A-AA--
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gi|51 : gtgAC------A------A----A----------T-A----------A-----------A-------T-A-A------A-ATG-TT---A-AAA-------T---A-A-----C-A-----------G--CTTA-T-----CA--A-AA--G-T-AGT-----------T----A--A--TGC------TG----------------A-T-AAGAAATA-A----ACta
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blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . . . . C . C . . . . . . . . . . . . . A . . . A TTA CAGAG . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . C . A . . . . . . . . . . . . . G . . . . TCA CATG . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . C . G . . . . . . . . . . . . . G . . . . GTA TG . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . T . C . . . . . . . . . . . . . A . . . . GTT TA . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . T . A . . . . . . . . . . . . . T . . . . GGA TA . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . C . A . . . . . . . . . . . . . G . . . . TTA TG . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . T . A . . . . . . . . . . . . . G . . . . GTC TG . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . T . A . . . . . . . . . . . . . G . . . . GTC TG . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . T . A . . . . . . . . . . . . . G . . . . ATC TG . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . T . T . . . . . . . . . . . . . G . . . . GTC TG . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . A . . . . GTA TG . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . G . . . . GCG TG . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . G . . . . GCG TA . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . T . . . . GTA TT . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . T . . . . GTC TG . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . T . . . . GTA GG . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . T . . . . GTA TT . . . . . . . . .
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blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . A . . . . AA TG . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . A . . . . A AG . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . G . . . . A TA . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . G . . . . G T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . G . . . . A T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . T . . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . G . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . G . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . G . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons : ** ******* ***
originalCons : GCGTAGCTG-CC--ATT----A----GGCAC-TT---AA-----GG-----CA-CG-------T-GC-CT-A-CA-C-A------T--A--A--T-T--T---T-------A-C-AAC------A------A----A----------A-A----------A-----------T-------T-A-A------A-ATG-TT---A-AAA-------T---A-C-----C-A-GATTTTC---G--CTTA-T-----T---A-AA--G-T-AAT-----------T----G--A--TGC------TA----------------A-C-AAGATATA-A----ACC----CA----A--C-------------CAACACTTTCTCT
finalCons : GCGTAGCTG-CC--ATT----A----GGCAC-TT---AA-----GG-----CA-CG-------T-GC-CT-A-CA-C-A------T--A--A--T-T--T---T-------A-C-AAC------A------A----A----------A-A----------A-----------T-------T-A-A------A-ATG-TT---A-AAA-------T---A-C-----C-A-GATTTTC---G--CTTA-T-----T---A-AA--G-T-AAT-----------T----G--A--TGC------TA----------------A-C-AAGATATA-A----ACC----CA----A--C-------------CAACACTTTCTCT
9 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATTTGCAGTCAATACGAATATATGCCTTGATTCCACATAGCATGTTTGTAATTGGAAA
Unaligned ( gi|17 ): ACATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATTTGCAGTCAATACGAATAGATGCGTTGACTCCATATAGCATGTTAGTAATTGGAAA
Unaligned ( gi|21 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATTTGCAGTCAATACGAATAGATGTCTTGATTCCATATAGCATGTTAGTAATTGTAAA
Unaligned ( gi|42 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAAATTTGCAGTCAATACAAATAGATGCCTTGACTCCATATAGGATGTTTGTGATTGGAA
Unaligned ( gi|55 ): CCAATAATATTGAAAAATTTGCAGTCGATAAGAATAGAGACCCTTGACTTCATATA
Unaligned ( gi|56 ): CAATAATATTGAAAATTTGCAGTCGATAAGAATAGAGACCCTTGACTTCATATA
Unaligned ( gi|57 ): AAGAAGATGTAAACCCAATACAACTGCATGGCGCAATGTCAACACTTTCCC
Unaligned ( gi|59 ): TAATTTTTAAACAACTTAAAAGAGAAATAAATTTATTATTCATGCAGAA
Unaligned ( gi|63 ): AACCATGGCGCAATGACAACACCTTCCCATGAGGC
Alignments
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lowQualScore : . .. .... .... . ... ..... ..... . ....... . . . . . . ...... .. .. .. . .. ... ....... . . ............. .... .......... . .......... ........... ....... . . ...... . . ... . ....... ... . ..... . .. ... .. . ..... ... . ....... ................... .. ...... ................ . . . .... .... .... .. .............
lowQualScore : 0 44 0000 1111 9 888 66666 44444 0 9999999 9 9 9 9 9 9 666666 22 33 99 9 44 666 0000000 9 9 6666666666666 5555 8888888888 5 0000000000 44444444444 5555555 0 0 888888 0 0 777 0 0000000 777 0 55555 0 66 666 22 9 33333 333 0 6666666 4444444444444444444 77 666666 3333333333333333 2 2 4 0000 4444 4444 55 0000000000000
consensus : GCGTAGCTG-CC--ATT----A----GGCAC-TT---AA-----GG-----CA-CG-------T-GC-CT-A-CA-C-A------T--A--A--T-T--T---T-------A-C-AAC------A------A----A----------A-A----------A-----------T-------T-A-A------A-ATG-TT---A-AAA-------T---A-C-----C-A-GATTTTC---G--CTTA-T-----T---A-AA--G-T-AAT-----------T----G--A--TGC------TA----------------A-C-AAGATATA-A----ACC----CA----A--C-------------CAACACTTTCTCT
Reference ( family-1757 ) : GCGTAGCTG-CC--ATT----A----GGCAC-TT---AA-----GG-----CA-CG-------T-GC-CT-A-CA-C-A------T--A--A--T-T--T---T-------A-C-AAC------A------A----A----------A-A----------A-----------T-------T-A-A------A-ATG-TT---A-AAA-------T---A-C-----C-A-GATTTTC---G--CTTA-T-----T---A-AA--G-T-AAT-----------T----G--A--TGC------TA----------------A-C-AAGATATA-A----ACC----CA----A--C-------------CAACACTTTCTCT
gi|1 : GCGTAGCTG-CC--ATT----A----GGCAC-TT---AA-----GG-----CA-CG-------T-GC-CT-A-CA-C-A------T--A--AT-T-T--T---T-------A-C---C------A------A----A----------A-A----------A-----------
gi|1 : tg-AAC------A------A----AT---------G-A----------A-----------TAAA----T-A-A------A-ATG-TT---A-AAA-------A---C-C-----C-A-GATTTTC---A--CTTA-T-----TA--A-AA--G-T-CAT-----------T----G--A--TGC------TA----------------A-C-A----ATA-A----A-C----CA----A--C-------------CGTCACaaagaaagaaagaataaagacaaaaacaaatgaataaataaaatgttaaaaacccagattttcacttattaaaagtcattgatgctaacaataaaccaaccgtcaccgtgtcgcaatgac
gi|10 : tggcgtagctgccattaggcacttaaggcacgtgcctacacataatttttaccaaaaaaaaagaaagaaagaataaagacaaaC--ATT----G----GGCAC-TT---AA-----GG-----TA-CG-------T-GC-CT-A-CA-C-A------T--A--A----T--T---T-------A-C--AC------A------A----A----------A-A----------C-----------T-------T-A-A------A-ATA-TT---A-AAA-------T---A-CCATGGC-A-GA-TTTC---G--TTTA-T-----cgtgtcgcaatgac
gi|11 : gctttaacaaaagaacgacgttgcgtagcgtgccattactggcattaggGTGTAGCTA-CC--ATT----A----AGCAC-GT---AACGTACGG-----CA-CG-------T-GC-CT-A-CA-C-G------T--A--A--TAT--T---T-------A-C-AAC------C------A----A----------G-A----------A-----------T-------T-A-A------A-ATG-TT---A-AAA-------T---A-C-----C-A-GATTTTC---G--CTTA-T-----T---A-AA------AAT-----------CAGA-G--A--TGC------TA----------------A-C-AAGATGCA-A----ACA----CA----atacaacagtgggcaatgtcaacac
gi|12 : gtgGTGTAGCTA-C---ATT----A----AGCAC-GT---AACGTACGG-----CAGCG-------T-GC--T-A-CA-C-G------T--A--A--TAT--T---T-------A-C-AAC------C------A----A----------G-A----------A-----------T-------T-A-A------A-ATG-TT---A-AAA-------T---A-C-----C-A-GATTTTC---G--CTTACT-----T---A-AA------AAT-----------TCAGAG--A--TGC------TA----------------A-C-AAGATGCA-A----ACA----CA----gttgtggcacaatatcaacact
gi|14 : gtgT----A----GGCAC-TTT--AA-----GG-----CA-CGA------T-GC-CT-A-CA-C-A------T--A--A--T-T--T---TT------A-C-AAG------A------A----A----------A-A----------A-----------T-------C-A-A------A-ATG-TT---A-TAA-------T---A-C-----C-A-AATTTGT---G--CT-A-T-----C---A-AA--A-G-GAT-----------T----G--AATTGC------TA----------------A---AAAATACA-A----ACC----CA----A--C-------------gttgtggcacaattaatcaac
gi|15 : gtgccgtagtgaattagTAGCTG-TC--ATT----A----GGCAC-TT---AA-----GGGCAGACA-CG-------T-GC-CT-A-CA-C-T------T--A--AT-T-T--T---T-------A-C-AA-------G------A----A----------A-A----------A-----------T-------T-A-A------A-ATG-TT---A-TAA-------T---A-C-----C-A-AATATTT---G--TTTA-T-----TA--A-AA--G-T-GAT-----------T-------A--TGC------CA----------------A-T-AAGATTCA-T----ACC----CA----A--C-------------gtcgcggcatgt
gi|16 : ccgtaGTAGCTGGCT--ATT----A----G-CAC-TT---AA-----GA-----CA-CG-------T-GTTCT-A-CA-C-A------TTTG--A--T-TGTT---T-------A-C-AAC------C------A----A----------A-A----------A-----------C----------------------G------G-AAA-------T---A-C-----C-A-GATTTTC---GGCCTTA-T-----CC--A-AA--G----ATCA---------T----G--G--TGC------TG----------------T-C-AAGATATA-A----Agtggcgcaatg
gi|18 : tgttCGTAGCTG-CC--ATT----A----GGCAC-TT---AA-----GG-----CA-CG-------T-GC-CT-A-CA-C-T------T--A--A--T-T--T---T-------G-C-AAC------A------A----AG---------A-A----------A-----------T-------T-A-------------------A-AAA-------T---A-C-----C-A-AA-TCTC---G--CTTA-T-----C---A-AAT-A-T-CGT-----------T----A--A--TGCTACATGTA----------------A-C-AAGTTATA-A----ACC----CA----A--C-------------CAaacatccgtggcgcaattcaac
gi|19 : GTGTAGCTG-CC--GTT----A----GGCAT-TT---AA-----GG-----CA-CG-------T-GT-CT-A-TA-G-A------T--A--AT-T-T--T---T-------A-C-AAC------A------A----A----------A-A------------------------------T-A-A------A-ATG-TG---A-AAA-------T---G-T-----C-A-GATTTTC---G--CT---------------AA--T-T-AAT-----------T----A--A--TA-------TA----------------GTC-ACGATATG-A----ACC----AA----A--C-------------tggcgcaatgtcaa
gi|2 : tgGCGTA-CTG-CC--ATT----A----G--AC-TT---AA-----G------CA-CG-------C-GC--T-A-CA-C-A------T--A--A--T-TTAT---T-------A-C-AAC------AT-----A----A----------A-A----------AAAGAAAGAAAGTCCCCCCAT-A-AAAATAAA-ATG-CTA--A-AAA-------T---C-C-----C-A-GATTTGC---AC-CTTA-TA----C---A-AA--T-C-AAT-----------T----G--A--TGC------AA----------------A-T-A--TTATA-A----ACC----TA----gtggcgtaatgtcaacaa
gi|20 : atg-------T-GC-CT-A-TA-C-ACGTACAT--A--A--T-T--T---TTT-----A-C-AAC------A------A----A----------T-A----------A-----------T-------T-------------TG-T--------A-------TG--A-C-----C-A-AATTTTA---G--CTTT-T-----T---A-AA--AAT-CAT-----------T----G--A--TGT------TA----------------A-C-AAGATTTA-A----ACC----AA----A--C-------------CAccgtgccgcaatgtcacac
gi|22 : taaaggtaacaaGCGTAGCTG-CC--ATT----A----GGCAC-TT---AA-----GG-----CA-CG-------T-GC-CT-A-CA-C-A------T--A--A--T-T--T---T-------A-C-AAC------A------A----A----------A-A----------A-----------T-------T-A-A------A-ATG-TT---A-AAA-------T---A-C-----C-A-TATTTTT---G--CTTA-T-----C---A-AA--G-T-AAT-----------T----G--A--TGC------TG----------------A-C-AAGATATA-A----ACC----CA----A--T-------------CAATACTTTCCCTttgagcaatgtgaacactttccatttagg
gi|23 : AGCTG-CC--A--------------AC-T----AA-----GG-----CG-CA-------T-GT-CT-A-CA-C-A------T--A--AT-T-T--T---T-------A-C-AAC------AAATTTTA----A----------A-A----------G-----------T-------T-G-A------A-ATG-TT---A-AAA-------C---A-CCTTG-C-A-GATTTTT---G--CTGA-T-----C---A-AA------AGT-----------T----G-----------------------------------------ATA-A----ACC----CA----A--C-------------a
gi|24 : g-------T-GC-CTGA-CA-A-AC-----T--A--A--T-T--T---TT------A-C-TCC------A------A----A----------G-A----------A-----------TG------T-A-A------A-ATG-TT---A-AAA-------T---ATC-----C-T-GGTTTTC---G--TTAA-T-----------AA--G-T-TAT-----------T----G--A--TGC------TA----------------A-CGAAGAT-TA-A----gtggtacaatatgtcaacactttc
gi|25 : atGCTTAGCTG-CC--ATT----A----GGCAC-TT---AA-----GG-----CA-CG-------T-GC-CT-A-CA-C-A------T--A--------------C-------A-C-CGC------T------A----A----------C-T----------A-----------T-------C-A-----------CG-TT---A-AAA-------T---C-C-----C-A-GATTTTC--------------------------------AT-----------T----G--A--TGC------TA----------------A-C-AAAATATA-A----ACG----CA----ATGT-------------CAACACATTcctgcgtcgtggccgaatatgtcatacgcttcct
gi|26 : tgTAGCTG-CC--ATT----A----G-CAC-TT---AA-----GG-----CA-CG-------T-GC-CT-A-CACC-A------T--A-------C--C---C-------G-C-----------------A----T----------G-A----------A-----------C-------T-A-T------C-ACG--T---A-AAA-------T---C-C-----C-A-GA-TTTC---A-----------------------------------------T----G--A--TTC------TA----------------A-C-AAAATATATA----ACG----CA----A--atat
gi|27 : ctGCGTAGCTT-AC--ATT----A----GGCAC-TTTTAAA-----GG-----CA-CG-------T-GC-CT-A-CA-C-A------T--A--A--T-T--T---TT------A-C-AACCACAGAA------A----A----------A-A----------A-----------TAAA----T-A-A------A-ATG-TT---A-ATA-------T---A-C-----C-A-GATTTTC---G--CTCA-T-----T---A-AA--G-T-tgtcacacattactata
gi|28 : tgGCGTAGCTG-CC--ATT----A----GGCACTTT---AA-----GG-----CA-CG-------TAGC-CT-A-CA-C-A------T--A--A--T-T--T---TC------A-T-AAC------A------A----A----------A-A----------A-----------TA------T-A-G------A-ATA-TTTAAA-AAA-------T---A-C-----C-ATTATTCTC---G--GTTA-T-----TCTAA-AA--G-T-ca
gi|29 : gtg-CC--ATT----A----GGCAG-TT---AA-----AG-----CA-CG-------T-GC-CT-A-CA-C-A------T----------T--T---T-------A-C-AAC------C------A----A----------A-A----------A-----------T-------T-A-A------A-ATG-TT---A-GAA-------T---A-C-----C-A-AATTTTCAAAA--TTTC-T-----T---A-AA--A-T-ta
gi|3 : ggtgtagctaccataatgtGTAGCT---C--ATT----AAGGAGGTAC-TTTT-AA-----GA-----AA-CGA------T-GC-CT-A--A-C-A---------A--T--T-T--T---T-------AGC-ACC------A------A----A----------A-A----------A-----------G-------T-ATA------A-ATGGTT---G-AAA-------T---A-C-----CCA-GATTTTC---G--CTTA-TTTTAAT---A-AA--G-G-AATACA--------T----GGAA--TGC------TT----------------A-C-Agcatc
gi|30 : gtgatGCGTAGCTG-TC--ATA----A----GGCAC-TT---AA------A-----CA-CG-------A-GT-CT-A-C--C-A------T--A--A--A-T----------------------------------A----A----------G-A----------A-----------T-------T----------------TTA--A-AAA-------T---A-CA----C-A-GATTTTT---G--ATTC-T-----T---A-AAAGG-TCAAT-----------CCTGAG--A--TGC------TA----------------A-C-AAGctaaaacgcataggtgcgccaatgtaacctatgctt
gi|31 : agtgG-CC--ATTC---A----GGCAC-TT---AA-----GG-----CAGCGCTACAGTT-TC-CT-A-CA-C-A------T--A--A--T-T--T---C-------A-T-AAC-------------A----A----------A-A----------T-----------T-------T-A-A------AGATA-AT---A-AAA-------T---A-C-----C----ACTTTT---A--TTT--T-----T---C-GG--T-T-AAT-----------T----A--A--TGG------TA----------------G-C-
gi|32 : GTAGCTG-CC--ATT----A----GGCAC-TT---AA-----GG-----CA-CG-------T-GC-CT-A-TA-C-AACAC--T--ACTA--T-T--T---C-------ATC-AAC------A------AT---A----------A-AAGAAAGCATTA-----------T-------T-A-A------A-A-A-TT---A-AAA-------T---
gi|33 : gctGTAGCTG-CC--ATT----A----GGCAC-CT---AT-----AG-----CA-CG-------T-GC-CT-A-CA-C-A------T--A--AT-T-T--T---T-------A-C-AAC------A------ACAACA----------A-A----------A-----------T-------TCA-A------A-ATG-TT---A-AAA-------T---A-C-----G-A-TATTTTC---G--CTTA-T-----T---A-AA--ctattaaatgttgag
gi|34 : gatGCGTAGCTG-CC--ATT----A----GGCAC-TT---AA-----GG-----CA-CG-------T-GC-CT-A-CA-C-A------T--A--A--T-T--T---TC------A-T-AAC------A------A----A----------A-A----------A-----------T-------T-A-A------A-ATA-TT---A-AAATACATG-T---A-C-----C-A-TATTTTC---G--GTTA-T-----T---
gi|35 : gtgCGTAGCTG-CC--ATT----A----GGCAC-TT---AA-----GG-----CA-CG-------T-GC-CT-A-CA-C-A------T--A--A--T-T--T---TC------A-T-AAC------A------A----A----------A-A----------A-----------T-------T-A-A------A-ATA-CC---A-TAT-------TTTGA-T-----T----ATTTTC---G--GTTA-T-----T---A-AA--
gi|36 : TAGCTG-CC--ATT----A----CGCAC-TT---AT-----GA-----CA-AG-------T-GC-CT-A-GA-CCA------T--A--A--T-T--T---TT------A-CCAAC------A------A----A----------A-C----------------------T-------T-A-A------A-ATG-TT---G-AAC-------T---A-C-----C-A-TATTTTC---G--GTTA-T-----T---A-AA--agtc
gi|37 : AGCTG-CC--ATG----A----G-CAC-GT---AA-----GG-----TA-CG-------T-GC--T-A-CA-C--------T--C--A--T-T--T---TTGGCGACA-C-AAC------A-----------A----------A-A----------A-----------T-----------A------A-ATG-Ttgtc
gi|38 : tctttctgcagtggtgta-GC-CT-A-CA-C-A------T--A--A--T-T--T---TT------A-C-AACC-----A------A----A----------A-A----------A-----------T-------T-A-A------A-ATG-TT---G-AA-------------------------ATTTTC---T--CCTA-T-----T------A--G-T-CAT-----------T----T--G--TGC------TA----------------A-C-Aatggtataaaaca
gi|39 : CAA-TT---CA-----GG-----CA-CG-------T-GC-CT-A-CA-C-A------T--A--T--T-T--T---TTTAATT-A-T-AAC------A------A----A----------AAA----------A-----------T-------T-A-A------A-ATG-TT---A-AAATACCTGGT---A-C-----C-A-TATTTTC---G--GTTA-T-----T---T-AA--caatcgtggcgcaatgtcaaca
gi|4 : GCATAGCTG-CC--ATT----A----GGCAC-TT---AATAA--GG-----AA-CG-------T-GC-CT-A-CA-C-A------T--A--AATT-T--T---T-------C-C-ACC------C------C----ACCCCCCTCCCA-A----------A-----------T-------T-A-A------A-GTG-TT---A-AAA-------T---A-C-----C-A-GATTTTC---G--CTT--T-----T---T-AA--G-T-CAT-----------T----G--A--TGC------TA----------------A-C-AAGATATA-A----ACC----CA----A--T-------------
gi|40 : gtg-AAA-------T---A-C-----C-A-AACCTG----G--CTTA-T-----TA--A-AA--A-T-CAT-----------G----G--A--TGC------TACCTGTATCAATAGACTA-C-AAGCTATA-A----ACC----CA----A--C-------------TAgtgacgcaatatcaacaa
gi|41 : CGTAGCTG-CCCAACTTCTAA----GAC-C-TT---AA-----GG-----CC-TG-------T-GC-CT-ACCA-C-A------T--A--A--T-T--TCAGT-------A-A-AAA------A------A----A----------A-A----------A-----------T-------T-A-A------A-tggcgaaatgtcaa
gi|43 : cagctgga-TT---A-AAA-------T---A-C-----C-A-AATTTTC---G--CTTA-A-----T---GTAA--G-T-CAT-----------T----T--A--TAA------TA----------------A-C-AAAATAAA-A----AGC----CA----A--C-------------tattta
gi|44 : AC-TT---AA-----A------CA-CG-------T-GC-CT-A-CG-C-A------T--A--A--T-TG-T---T-------A-C-AGG------G------G----A----------A-A----------A------------------------------A-ATA-CT---A-AAA-------A---C-C-----C-A-GATTTTT---G--ATTA-T-----T---A-AA--gtgccaaaatgccaaca
gi|45 : GCGTAGCTG-CC--ATT----G----GGCAC-TT---AA-----GG-----CA-CG-------T-GC-TT-A-CA-C-A------T--A--A--T-T--T---TC------A-T-AAC------A------A----A----------A-A----------A-----------T-------T-A-A------A-GTA-TT---A-AAaggcat
gi|46 : tgTTTT---G--CTTA-T-----T---A-AA--A---AAC-----------A----G--C--TGC------TA----------------A-C-AAGATGTA-A----ACA----CA----A--CCGTGGCACTATATCAACACTTTCTCT
gi|47 : tagGCAGCTA-CC--ATT----A----GACAT-TT---AA-----GG-----CA-CG-------T-GC-CT-A-TT-C-A------TA-A--A--T-T--T---T-------A-C-AAG------A------A------------------------------------------------C-A-A------A-ATG-TT---G-AAA-------T---A-C-----
gi|48 : -----C-A-GATTTTT---G--CTTA-T-----T---A-AAA-G-T-CAT-----------T----G--T--TGC------TA----------------A-G-AAGATATA-A----ACC----CA----A--C-------------t
gi|49 : aTTTT---G--CTTA-T-----T---A-AA--A---AAC-----------A----G--C--TGC------TA----------------A-C-AAGATGTA-ACACAACCGTGGCACTATA--T-------------CAACACTTTCTtgtggcacaatgacaa
gi|5 : gCGTAGCTG-CC--ATT----A----GGCAC-TTA--AA-----GG-----CA-TG-------T-G--CT-A-CA-C-A------T--A--AT-T-T--T---T-------A-C-AA-------G------A----A----------A-A----------A-----------T-------T-A-A------A-ATG-CT---A-TAA-------T---A-C-----
gi|50 : GTGTAGCTG-CC--ATG----A----GGCAC-TT---AA-----GG-----CA-CG-------T-GC-CT-A-CA-G-A------T--C--A--T-T--T---TTGCG---A-C-AAC------A------A----A----------A-A----------aaacccaaccgtggcgcaatatcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|51 : gtgAC------A------A----A----------T-A----------A-----------A-------T-A-A------A-ATG-TT---A-AAA-------T---A-A-----C-A-----------G--CTTA-T-----CA--A-AA--G-T-AGT-----------T----A--A--TGC------TG----------------A-T-AAGAAATA-A----ACta
gi|52 : GCGTAGCTA-TC--ATA----A----GGCAC-TT---AA------A-----CA-CG-------T-GC-CT-A-CA-C-G------T--A--A--T-TG-T---T-------A-C-AGG------A------A----A----------A-A----------A-----------
gi|53 : agtg---G--CTTA-T-----TA--A-AA--G-C-GAT-----------T-------A--TGC------CA----------------A-T-AAGATTCA-A----ACC----CA----A--C-------------at
gi|54 : aatat---G--CTTA-T-----TA--A-AA--G-C-GAT-----------T-------A--TGC------CA----------------A-T-AAGATTCA-A----ACC----CA----A--C-------------gtggcgcaatg
gi|58 : tGCGGAGCTG-CC--ATT----A----GGCAC-TT---AT-----GG-----CA-CG-------T-GC-CT-A-CA-C-A------T--A--A--T-T--T---T-------gtggcgcaatgtta
gi|6 : GCGTAGCTG-CCC-ATA----A----GGCAC-TTTTAAA-----GG-----TA-CT-------T-GT-CT-A-CA-C--------T--A--A--T-T--T---TT------A-C-AAC------A------AC---A----------ACA----------A-----------T-------T-A-A------G-ATA-TT---A-GAA-------T---A-C-----C-A-GATTTTC---G--CTTA-T-----T---A-CA--G-T-AATAAACGAAAATCT----T--A--TGC------TA----------------A-C-AATATATA-A----ATC----CA----A--C-------------ca
gi|60 : gtgCGTAGATG-CC--ATT----A----GGCAC-TC---AA-----GG-----CA-CA-------T-GC-CT-A-Ctgtggcgcaatgtt
gi|61 : gtatGCGTAGCTG-CC--ATT----A----GGCAC-TT---
gi|62 : agtctcataatcagt-TT---A-AAA-------T---A-C-----C-A-TATTTTC---G--GTTA-T-----TA--A-AA--G-T-CAT-----------T----
gi|64 : GCGTAGCTG-CC--ATT----A----GGCAC-T
gi|7 : ccagtgGCGTAGCTG-CC--ATA----A----GGCAC-TTTT-AA-----GG-----TA-CT-------T-GT-CT-A-CA-C-A------T--A--A--T-T--T---TT------A-C-AAC------A------AC---A----------ACA----------A-----------T-------T-A-A------G-ATA-TT---A-GAA-------T---A-C-----C-A-GATTTTC---G--CTTA-T-----T---A-CA--G-T-AATAAACGAAAATCT----T--A--TGC------TA----------------A-C-AATATATA-A----ATC----CA----A--C-------------
gi|8 : gtgGCGTAGCTG-CC--ATA----A----GGCAC-TTTT-AA-----GG-----TA-CT-------T-GT-CT-A-CA-C--------T--A--A--T-T--T---TT------A-C-AAC------A------AC---A----------ACA----------A-----------T-------T-A-A------G-ATA-TT---AGAAA-------T---A-C-----C-A-GATTTTC---G--CTTA-T-----T---A-CAT-G-T-AATAAACGAAAATCT----T--A--TGC------TA----------------A-C-AATATATA-A----ATC----CA----A--tgtggcgcaatgtt
gi|9 : tgGCGTAGCTG-CC--ATA----A----GGCAC-TTTTAAA-----GG-----TA-C--------T-GT-CT-A-CA-C--------T--A--A--T-T--T---TT------A-C-AAC------A------AC---A----------ACA----------A-----------T-------T-A-A------G-ATA-TT---A-GAA-------T---A-C-----C-A-GATTTTC---G--CTTA-T-----T---A-CA--G-T-AATAAACGAAAATCT----T--A--TGC------TA----------------A-C-AATATATA-A----ATC----CA----A--C-------------tgtggcgcaatgtt
9 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATTTGCAGTCAATACGAATATATGCCTTGATTCCACATAGCATGTTTGTAATTGGAAA
Unaligned ( gi|17 ): ACATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATTTGCAGTCAATACGAATAGATGCGTTGACTCCATATAGCATGTTAGTAATTGGAAA
Unaligned ( gi|21 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATTTGCAGTCAATACGAATAGATGTCTTGATTCCATATAGCATGTTAGTAATTGTAAA
Unaligned ( gi|42 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAAATTTGCAGTCAATACAAATAGATGCCTTGACTCCATATAGGATGTTTGTGATTGGAA
Unaligned ( gi|55 ): CCAATAATATTGAAAAATTTGCAGTCGATAAGAATAGAGACCCTTGACTTCATATA
Unaligned ( gi|56 ): CAATAATATTGAAAATTTGCAGTCGATAAGAATAGAGACCCTTGACTTCATATA
Unaligned ( gi|57 ): AAGAAGATGTAAACCCAATACAACTGCATGGCGCAATGTCAACACTTTCCC
Unaligned ( gi|59 ): TAATTTTTAAACAACTTAAAAGAGAAATAAATTTATTATTCATGCAGAA
Unaligned ( gi|63 ): AACCATGGCGCAATGACAACACCTTCCCATGAGGC