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Reference ( gi|3 ) : TCTCGGGTCCACTCCCGAATCCCTGGACG--ATCAAACTC-CAGCT-T-AT--CTTCCGGG-CTGCTA----C-----C----A-------------C--------------AAT--CC-----A---TATCC-------TC-TC--T----A-CTGTCCTC--GGAAAA------G-GT-T-GA-------TG------------CCT-T---A---AA----ATGCAC-GCGTG-----TG-TACTTCCTCCG-G-CACTC-TGGTTT-CACGTATGAACGTT-TCTTTTCCTTGCTCTGGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTCTCCTGACT-AG-TGGAA---TCTCTGT---A-GGTA-TC--A--A-ACTCATC-----ATTGGCTCCAGAGTA--G-GA-----CATAGAA--CTACCCTTC--AGTTGAACC-TTGGGGC-TATAGAGCGAC-G-----C-AGGGGCT-GGCGGTCGTTCCTAGTAGAAGG--TGC-CGTCAGCT-CCTTG--TGCGCTTCCTGGT-TTA-TGGTCCCAGG-----GCACTCCATAC
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gi|28 : TCTCAGGTCCATTCCC-AATCACTAGGTG--ATCAAACTA-C-----T-AC--C-----AG-C--CTA----C-----C----A-------------C--------------GAT--CC-----A---TAGTC-------TC-TC--T----A-TTTTCCTT--AGAAAA------G-GC-G-GA-------TG------------CCT-T---A---AA----A
gi|16 : tCTCGGGTTCACTCCT-------TGGGTG--AGTAAGCTT-TAGCT-A-AA--CCTCTAAG-CTGCTA----C-----C----AGCCTACCACAATCC--------------GAT--CC-----A---TATCC-------TC-TC--T----A-CTGTCCTC--GGAAAA------G-GT-G-GG-------TG------------CCT-T---A---AA----ACGCAC-ACGCC-----TG-TACTTCCTCCG-G-CGCCC-TGGTTT-CACGTGTccccggggggacctcttc
gi|25 : CTCGGGTCCACTTCCGATTCCCTGGGCG--ATCAAACCC-CAGCT-C-AA--CCTTCAG---T---------------------------------C--------------AAT--CC-----A---TATCC-------TC-TCTAT----A-CCGTCCTCGGGGAAAA------G-GT-G-AG-------TG------------TTT-T-------AA----ACACAA-GCGCC-----TG-CATTTCCTCCG-G-CGCCC-TGGTTT-CACc
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gi|4 : TCGGGTCCACTCCCGAATCCCTGGACG--ATCAAATTC-CAGCT-T-AA--CCTCCGGG-CTGCTA----C-----C----A-------------T--------------GAT--CC-----A---TATCC-------TC-TC--T----A-CTGTCCTC--GGAAAA------G-GT-G-GA-------TG------------CCT-T---A---AA----ATGCAC-GCGCG-----TG-TACTTCCTCCG-G-CACCC-TGGTTT-CACGTAAGAGTGTT-TCTTTTCCCTGCTCTGGG----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTCTCCTGACT-AG-TGGGC---TCTCTGT---A-GGTA-TC--A--A-CCCTATC-----ATTGACTCCAGACCA--G-GG-----CATATAA--TTACCATTC--AATTGAACA-TTAGGGC-TTTGGAACGAC-G-----C-AGGGGCT-GGCGGTCGTTCCTAGTAGATTG--TGC-CGTCAGCT-CCTTG--TGCGCTCCCTAAT-TTA-TGGTCCCAGG-----GCACTCCATAca
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gi|32 : TCTGGTCCACTCGCGATTCCCTATGCG--ATCAAACCC-CAGTT-C-AA--CCCCCAGG-CTGCTA----C-----C----A-------------C--------------GAT--CC-----A---TATCC-------TC-TC--T----
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gi|2 : gtTCCCTGGGTG--ATTTAACTT-CAGCC-C-GA--TATCCGGG-TAACTG----C-----C----A-------------T--------------AGT--TT-----G---T---T-------TC-TC--G----A----TCC-----GAAAACAAAGCG-AG-T-GAGCTTTCTTGCA----------CCT-TTTAA---AA----ATGTAC-ACGCA-----TG-CATTTCCTTCG-A-TGCCT-TCGCCT-TATACAC-AGCTTTCTCTGTTCCCTA-TCTGGGt
gi|24 : tgtgtcagtcagaccctaacctctgctcatggtggtcaacaactgcctccacaaggtaggtcctgaactcgtagttttcaaccacatatccagtaagggcctcacataaaccaaaggtggtattaggcgtcttcctttcaggtatctggggttttcccaacaaagattactcCTTGGGTG--ATTAAGCTT-C-GCT-A-AA--CCTCTAG--CTGGTA----CAGCCTC----C-------------C--------------AATGCCC-----GCTCTATT--------TC-TC--T----A-CTGTC-TC--GGAAAA------ATGTGC-GG-------TG------------CCC-T---T---AA----ATGCAC-CTGCC-----TG-TTCTTCCT-TG-G-CGCCCTTGTTTT-CACGTgagttgggttcttgggttgttccagccttgacaccccctttgcggggtcgggcagcacactcacatacctcctttgtggcgacccagatggttctcagccaaaggcaaaatcctcaattgctggagatgcactctgtaaggtatcacgtagctctgggtaatgacctagggtcacccttagaccttggagctccagaggagtggtgctgattactgacgtctcacagtgtacctcctgaatactggtgccaggacactccctgtggaaatgcatgtcatgtatcttttaaagcatctgaggactggcagttcggcgtagtgtcccctggccttacagg
gi|1 : gtctG--ATCTAAATC-CAGCC-CGAT--CT-CCGGG-CTACTG----C-----C----A-------------C--------------AGT--CT-----G---TTTCC--------C-TC------------TCC-----GAAAACAG---G-GT-G-GA-------TGAGCTTTCCGGCCCCT-T---G---AAACGTATGTAC-GCCTA-----CG-T--TTCCTCTG-A-TGCCG-TCGCTT-CATATATGGCTTTC-TCTTTTCCGT-TTCTGGGtt
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gi|35 : caccgcttgggtagattagcttcagcta-------TC-T---T----A-CTGTCTCA--GGAAAA------G-AG-T-GAG------TG------------CCT-T---ACAAAA----ACGCAC-ACGCC-----TG-TACTTCC-CCG-
gi|36 : -GT-G-GG-------TG------------CTT-T---A---AA----ACGCAC-ACGCC-----TT-TACTTCCTCTG-A-CGCCC-TGGTTT-CACGTGTcgcctcctg
gi|5 : -T---G---AA----ACGTAC-ACGTC-----TG-CGTTTTTTCTG-A-TGCCC-TCGTTT-CATACACGACTTTC-TCTTCTCCTTA-TCTGGGGTGTTGGATTCTTGGGTTGTACATGCTTTGGCGCCCGCTGGGACAGCACATTCACATACTTCTTTTGGGGCATCCCAGATGTTCTTGGCCACAGGCAAACTT---CTTG--T-AGCTGGAAGGCTCCCAGT---A-GGTA-TC--A-----------------TTAGCTCTAG-GTAATG-GT-----TG-AGAG--CTACCCTAC--A-----ACC-TTGAGGC-TCCAGAGTGAC-G-----C-TCGGGCT-GATGGTCATTC-------GAGA--TGA-CGT---CT-CTCTG--TATGCCTCCTGACAACA--AGTGCCAGG-----GCACTTCTTACcc
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gi|7 : atgccGAACGTT-TCTTTTCTCTGTTCTGGGctt
gi|10 : gGAACGTT-TCTTTTCCCTGTTCTTGGcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgggactttagagcgacgcaggtgctggcggtcgttcctaatagaaggtgccgtgagctccttgtgcgcttccttatttatggtcccagggcactcc
gi|14 : TTTCTCCTGACT-AG-TGGGC---TCTCAAT---A-GGCA-TC--A--A-ACCCATCCAGTGATTGGCTCCAGACGA--G-GG-----CATAGAT--CCACCCTTC--AATTCCACC-TTGGGGC-TTTAGAGTGAC-G-----C-AGAGGTT-GGTAGTCGTTACTAGTAGAAGA--TGC-CGCCAGCC-CCTTG--TGCAGCTCCTGAC-TTG-TGATGCCAGGACGT-ACACTCCAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcaggggcttggcggtcgttcctagtagaaggtgccgccagctccttgttcacttcctgacttatggttccaaggcactccata
gi|1 : TTTCTCGTAGCTGAA-AGGCA---T-TCATT---G-GGTA-TC--ACTA-ACTC----------TGGGT--AAAGT------------CCTAGAG--TCACCCTTC--G-----ACC-TTGGGGC-TCCCGA-TGACTG-----T--GGGATT-GATGGTCGTTCCTGG-----GGTATGC-TGACGACT-CCTGG--TGTGCCTCCTGAA-CAACTGGTGACAGGGGCACGTACTCCCTAC
gi|13 : gnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtgatctaaatccagcccgatctccgggctactgccacagtctgtttccctctccgaaaacagggtggatgagctttccggccccttgaaacgtatgtacgcctacgtttcctctgatgccgtcgcttcatatatggctttctcttttccgtttctggggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacaggcagaCTTCTGACT-AG-TAGG----TCTC-GTCTGA-GGTAATCTGA--GTACCAATC-----ATTGGATTCAGAACA--ATGAGTCATCACCGAAACCAACCCTTGTAATTTCAACCATTGGGACATTTAGAGTGA--G-----CTGGGGGCT-GGGGTTCATGTCTAGTggagatccgcgcgctttcccacacttgaagcatgtcggggttgcctgttctaggcatggtgtcctttggccttgcaag
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gi|12 : tgtgtcagtcagaccctaacctctgctcatggtggtcaacaactgcctccacaaggtaggtcctgaactcgtagttttcaaccacatatccagtaagggcctcacataaaccaaaggtggtattaggcgtcttcctttcaggtatctggggttttcccaacaaagattactctccctgggtgatttaacttcagcccgatatccgggtaactgccatagtttgtttctcgatccgaaaacaaagcgagtgagctttcttgcaccttttaaaaatgtacacgcatgcatttccttcgatgccttcgccttatacacagctttctctgttccctatctggggagttgggttcttgggttgttccagccttgacaccccctttgcggggtcgggcagcacactcacatacctcctttgtggcgacccagatggttctcagccaaaggcaaaatcctcaattgctggagatgcaTTATC-----ATTGGCTCCAGACGA--T-GA-----CAT-------TA--------AATTCAACT-TTGGGAC-TATAGAGCGAA-C-----C-TGGGGCT-GGGGATCGTTCCTAATAGAACC--TGC-TGTTAGCT-CTATA--TTTGCCTCCTGAC-TTA-TAGTGCCAGG-----ACACTACATctgtggaaatgcatgtcatgtatcttttaaagcatctgaggactggcagttcggcgtagtgtcccctggccttacagg
gi|9 : tgggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATC-----ACTAGCTCTAG-GTA--ATGG-----CTGAGAG--CTACCCCAC--A-----ACC-TTTTGGT-TCCAGAGTGAC-G-----C-TGGGGCT-GACGGTCATTCGAGGT--AATG---GC-TATCA--------A--TATGACTCCTGAC-TAC-TGGTGCCAGG-----GC
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gi|33 : atggctttcttttttctatatcgagggtgttgggtttttgagtcatgtccatcttgggggcctctggagacaacacgctcacatatttcctggcggttgccccccgacagctcctgaccacaggctagcttctcatagctggacgctctcgatgcgaA--G-GG-----CATATTA--CTACCCTTC--AATTGACCC-TTGGGGC-TTTATAGCAAC-G-----C-AGGGGCT-GGCGGTCGTTCCTAGTAGAttgttctcccggtgtgctctgagacagccggtgcacagaacactccctacgagaagtgtcacgggttttccaccacaacttgaaaatctggattgccagttctggtgtagtgtcccttggcctcgcaggg
gi|27 : ccAGAA--TCGCCTTTC--G-----ACC-ATGGAGC-CTCAGAGTGAT-G-----C-TGGAGCT-GATGGTTGTTCCTAATAGATAG--TGA-CAGCGGGT-CATTG--T-------TTGGC-ACA-TGGTGCCAGG-----GCATTTCCTA
gi|7 : atctggatgatggccg-TTGGGAC-TTTAGAGCGAC-G-----C-AGGTGCT-GGCGGTCGTTCCTAATAGAAGG--TGC-CGTGAGCT-CCTTG--TGCGCTTCCTTAT-TTA-TGGTCCCAGG-----GCACTCCtggaaat
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gi|10 : tgggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-G-----C-AGGGGCTTGGCGGTCGTTCCTAGTAGAAGG--TGC-CGCCAGCT-CCTTG--TTCACTTCCTGAC-TTA-TGGTTCCAAG-----GCACTCCATAgg
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Unaligned ( gi|31 ): TTATTGGCTACAGAAAAGCTTCAAAAAGCTAGTGGGCTCTCGGTAAGTATCTAGATGATGACCGAGAATCACCTTTCGACCATGGAGCTCCA
Unaligned ( gi|34 ): TCCTGGATACTAACGAGATGTTAGGACACATATTACCGAAATGTCCCTTTCCAATGCACTTGAAGCATAT
Unaligned ( gi|38 ): AGGAAAATTCCCAGCTATGCTGCACCTAAAAC
Alignments
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Reference ( family-1755 ) : TCTCGGGTCCACTCCCGA-T-CCCTGGGC-G--AT-TAAACTC-CAGCTNAACCTCCGGG-CTGC---------TA----C-----C----A---------------CGA-T--CC-A---TATCC-------TC-TC--T----A-CTGTCCTC--GGAAA--A---G-GTG-G-GT--G------------CC-T-T---A----------AAAC--G-CAC-G--CGCC---TG-TACTTCCTCCG--G-CG-CCCTGGTTT-CACGTGTGANCGTT-TCTTTTC-CCTGT-TCTGGGGTGTTGGATTCTTGGGT--TGTACATGCTTTGGCGCCC-----GCTGG-G----ACAGCACATTCACATACTTCTTTTGGG--GCATCCCAGA-T-G-TTCTTGGC--------CACAGGCAAACTTTCTCCTGA---CTAGTGG-GNT---CTCAGT---A-GGTA-TC--A--A-ACCCATC-----ATTGGCTCCAGAGTA--G-GG-C-NT-----AGAGCCACCCTT-CAATT---A--CC-TTGGGGC-TCTAGAGCGACG-----CNGGGG-CT-GGCGGTCGTTCCTAGTAGAAGGT--GC-CGTCAGCTCCTT-GT--GCGCCTCCTGACTTA-T-GGTGCCAGG-----GCACTCCATAC
gi|1 : GT-G--ATCTAAA-TC-CAGCCCGATCTCCGGG-CTAC---------TG----C-----C----A---------------CAG-T--CT-G---TTTCC--------C-TC--T----------CC-----GAAA--ACAGG-GTG-G-AT--GAGCTTTCCGGCCCC-T-T---G----------AAAC--G-TAT-GTACGCC---TA-CGTTTCCTCTG--A-TG-CCGTCGCTT-CATATATGGCTTTC-TCTTTTC-CGT-T-TCTGGGGNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNNN-N----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNN-N-N-NNNNNNNNNNNNNNNNCACAGGCAGA-TTTCTCGTAG---CTGAAAG-GCA---TTCATT---G-GGTA-TC--ACTA-ACTC----------TGGGT--AAAGT--------C-CT-----AGAGTCACCCTT-CGA--------CC-TTGGGGC-TCCCGA-TGACT-----GTGGGA-TT-GATGGTCGTTCCTGG-----GGTATGC-TGACGACTCCTG-GT--GTGCCTCCTGAACAACT-GGTGACAGGGGCACGTACTCCCTAC
gi|10 : gnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGAACGTT-TCTTTTC-CCTGT-TCTTGGggagatccgcgcgctttcccacacttgaagcatgtcggggttgcctgttctaggcatggtgtcctttggccttgcaag
gi|10 : G-----CAGGGG-CTTGGCGGTCGTTCCTAGTAGAAGGT--GC-CGCCAGCTCCTT-GT--TCACTTCCTGACTTA-T-GGTTCCAAG-----GCACTCCATAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcaggggcttggcggtcgttcctagtagaaggtgccgccagctccttgttcacttcctgacttatggttccaaggcactccata
gi|11 : gaacgtttcttttccctgttcttggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTAGAACGACG-----CTGGGG-CT-GGGTGTCGTTCCTAGTAGAAGCT--GC-TATTAGCTCCTT-GT--TTGCCTATTGACTTA-T-GGTGCCAGG-----GTACTCTATAC
gi|12 : tgggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATC-----ATTGGCTCCAGACGA--T-GA-CATT-----AAA-------TT-CA------A--CT-TTGGGAC-TATAGAGCGAAC-----CTGGGG-CT-GGGGATCGTTCCTAATAGAACCT--GC-TGTTAGCTCTAT-AT--TTGCCTCCTGACTTA-T-AGTGCCAGG-----ACACTACATgg
gi|13 : tgggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttCTTCTGA---CTAGTAG-G-T---CTC-GTCTGA-GGTAATCTGA--GTACCAATC-----ATTGGATTCAGAACAATG-AGTC-ATCACCGAAACCAACCCTTGTAATTTCAA--CCATTGGGACATTTAGAGTGA-G-----CTGGGGGCT-GGGGTTCATGTCTAGT
gi|14 : gggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagcaagaaagTTTCTCCTGA---CTAGTGG-GCT---CTCAAT---A-GGCA-TC--A--A-ACCCATCCAGTGATTGGCTCCAGACGA--G-GG-C-AT-----AGATCCACCCTT-CAATTCC-A--CC-TTGGGGC-TTTAGAGTGACG-----CAGAGG-TT-GGTAGTCGTTACTAGTAGAAGAT--GC-CGCCAGCCCCTT-GT--GCAGCTCCTGACTTG-T-GATGCCAGGACGT-ACACTCCA
gi|15 : TCTCAGGTTCACTCCT--------TGGCC-GTTAT-TAAGCTT-TATTAAAACCTCTAAGTCTGC---------TA----C-----C----AAGCCTCACCACCAATCGAAT--CC-A---TATCC-------TC-TC--T----A-CTGTCCTC--AGAAA--A---G-GTGAG-GT--G------------CCAT-A---A----------AAACAGG-CAC-A--CGCC---TG-TACTTCCTCCG--GCCG-CCCTGGTTT-CAC
gi|16 : CTCGGGTTCACTCCT--------TGGGT-G--AG-TAAGCTT-TAGCTAAACCTCTAAG-CTGC---------TA----C-----C----AGCCTACCACAATC--CGA-T--CC-A---TATCC-------TC-TC--T----A-CTGTCCTC--GGAAA--A---G-GTG-G-GT--G------------CC-T-T---A----------AAAC--G-CAC-A--CGCC---TG-TACTTCCTCCG--G-CG-CCCTGGTTT-CACGTGT
gi|17 : CTTGGGTAG--AT-TAG-CTT-CAGCTAAACCTCTAG--CTGTACCAGACCATA----C-----C----A---------------CAA-T--CC-A---GATCCAATTGCTTCGTC--T----AACTGCTCTC--GGAAA--A---T-GTG-GAGT--G------------CC-TGTG--A----------AAAC--GACAC-A--TGCCAGATGATACTTCCTCCG--G-CG-CCCTGGTTTGCACc
gi|18 : caccgCGGGTTCACTCCT--------TGGGT-G--AT-TAAGCTTTCAGCT-AACCTCTAAG-CTGC---------TA----C-----C----AGCCTACCACAATC--CGA-T--TC-A---TATCT-------TC-TC--T----A-CTGTCCTC--G-AAA--A---G-GTG-T-GT--G------------CC-T-T---A----------AAAC--G-CAC-A--TGCC---TG-TACTTCCTCCG--G-CG-CCCTGGTTT-CACGTGT
gi|19 : GTCCACTCTCGA-----CTGGGT-G--AT-TAAACTC-CTGTTCAACCTCTGGG-CTGC---------TATTAGC-----CTACAA---------------CGA-T--CC-A---TATCC-------TA-TC--T----T-CTGTCCTC--GGAAA--A---G-GTG-C-GT--G------------CC-T-T---G----------AAAC--G-CAC-A--CACC---TG-TACTTCCTCCG--G-CG-CCTTGATTC-CTCGTc
gi|2 : tta-T-CCCTGGGT-G--AT-TTAACTT-CAGCCCGATATCCGGG-TAAC---------TG----C-----C----A---------------TAG-T--TT-G---T---T-------TC-TC--G----A----TCC----GAAAACAA---A-GCG-A-GT--GAGCTTTCTTGCACC-T-TTTAA----------AAAT--G-TAC-A--CGCA---TG-CATTTCCTTCG--A-TG-CCTTCGCCT-TATACAC-AGCTTTCTCTGTTC-CCTAT--CTGGGGAGTTGGGTTCTTGGGT--TGTTCCAGCCTTGACACCCCCTTTGCGGG-GTCGGGCAGCACACTCACATACCTCCTTTGTG--GCGACCCAGA-T-GGTTCTCAGC--------CAAAGGCAAAATC-CTC--AA---TTGCTGGAGATGCACTCTGT---AAGGTA-TC--A-------CG---------TAGCTCT-GGGTA--ATGA-C-CT-----AGGGTCACCCTT--AG-----A--CC-TTGGAGC-TCCAGAG-GA-G------TGGTG-CT-G------ATTACT----GA---------CGT---CTCACA-GT--GTACCTCCTGAATAC-T-GGTGCCAGG-----ACACTCC
gi|20 : tgtgtcagtcagaccctaacctctgctcatggtggtcaacaactgcctccacaaggtaggtcctgaactcgtagttttcaaccacatatccagtaagggcctcacataaaccaaaggtggtattaggcgtcttcctttcaggtatctggggttttcccaacaaagattactcTCGGGTTCACTCCT--------TGGGT-G--AT-TTAGCTT-CAGCTAAACCTCTAAG-CTTC---------TA----C-----C----AGCCTACCAC------CAA-T--CCGA---T-TCC-------T--TC--TTATCA-CTGTCCTC--AGAAA--A------T----GT--G------------CC-T-T---A----------AAAC--G-CACAG--CGTT---CG-TACTTTCCTCG--G-CC-GCCTG--TT-CAAGTctgtggaaatgcatgtcatgtatcttttaaagcatctgaggactggcagttcggcgtagtgtcccctggccttacagg
gi|21 : TCGGGTCCACTCCCGAAT-TCCTGGAC-G--AT-CAAACTC-CATCTTAACCTCCGGG-CTGC---------TA----C-----C----A---------------TGA-T--CC-A---TATCC-------TC-TC--T----A-GTGTCCTC--GGAAA--A---T-GTG-G-AT--G------------CC-T-T---A----------AAAT--G-CAC-G--CGCG---TG-TACTTTCTCCG--G-CA-CCCTGGTTT-CACG
gi|22 : GTCCACTCCC--------TGGGT-G--AT-TAAACTT-TAGCTCAACCTCCGGG-CTGC---------TA----C-----C----AGCCTACCA-------CAA-T--TT-A---TATCC-------TC-TC--T----T-CTGTCCCA--GGAAA--A---G-GTG-G-GT--G------------CC-T-T---T----------AAAC--G-CAC-A--CACC---TG-TACTTCCTCTG--G-CG-CCCTGAATT-CAC
gi|23 : gtCTCGGGTTCACT------T-CCTTGG-T-G--AG-TAG-CTT-TAGCTAAACC-CTAAG-CTGC---------TA----C-----C----AGCCTACACAATC---CGA-T--CC-A---TATCC-------TC-TC--T----A-CTGTCCTC--GGTAA--------GTG-G-GT--G------------CC-T-T---A----------AAAC--G-CAT-A--CG-C---TG-TAC-TCCTCC---G-CGCCCCTGGTTt
gi|24 : CTTGGGT-G--AT-TAAGCTT-C-GCTAAACCTCTAG--CTGG---------TA----CAGCCTC----C---------------CAA-TGCCC-GCTCTATT--------TC-TC--T----A-CTGTC-TC--GGAAA--A---ATGTGCG-GT--G------------CC-C-T---T----------AAAT--G-CAC-C--TGCC---TG-TTCTTCCTT-G--G-CG-CCCTTGTTTTCACGTca
gi|25 : gtctCTCGGGTCCACTTCCGA-TTCCCTGGGC-G--AT-CAAACCC-CAGCTCAACCTTCAG---T--------------------------------------------CAA-T--CC-A---TATCC-------TC-TCTAT----A-CCGTCCTCGGGGAAA--A---G-GTG-A-GT--G------------TT-T-T--------------AAAC--A-CAA-G--CGCC---TG-CATTTCCTCCG--G-CG-CCCTGGTTT-CACtt
gi|27 : -GG-C-CG-----AGAATCGCCTTT-CGA--------CC-ATGGAGC-CTCAGAGTGATG-----CTGGAG-CT-GATGGTTGTTCCTAATAGATAGT--GA-CAGCGGGTCATT-GT---------TTGGCACA-T-GGTGCCAGG-----GCATTTCCTA
gi|28 : atctggatgatTCTCAGGTCCATTCCCAA-T-CACTAGGT-G--AT-CAAACT----ACT--ACC----AG-C--C---------TA----C-----C----A---------------CGA-T--CC-A---TAGTC-------TC-TC--T----A-TTTTCCTT--AGAAA--A---G-GCG-G-AT--G------------CC-T-T---A----------AAAC--tggaaat
gi|29 : tGGGGG-TTTAGAGCGACGGGCTGCGGGGG-CT-GG--GTCGTTC-TAGTAGAAGGT--GCGTGTCAGCTCCCTCGTTTGTGCCTCCTGACAT--T-GGTGCCAGG-----ACACTCCATcccggggggacctcttc
gi|3 : gTCTCGGGTCCACTCCCGAAT-CCCTGGAC-G--AT-CAAACTC-CAGCTTATCTTCCGGG-CTGC---------TA----C-----C----A---------------CAA-T--CC-A---TATCC-------TC-TC--T----A-CTGTCCTC--GGAAA--A---G-GTT-G-AT--G------------CC-T-T---A----------AAAT--G-CAC-G--CGTG---TG-TACTTCCTCCG--G-CA-CTCTGGTTT-CACGTATGAACGTT-TCTTTTC-CTTGC-TCTGGGNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNNN-N----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNN-N-N-NNNNNNNN--------NNNNNNNNNNNTTTCTCCTGA---CTAGTGG-AAT---CTCTGT---A-GGTA-TC--A--A-ACTCATC-----ATTGGCTCCAGAGTA--G-GA-C-AT-----AGAACTACCCTT-CAGTTGA-A--CC-TTGGGGC-TATAGAGCGACG-----CAGGGG-CT-GGCGGTCGTTCCTAGTAGAAGGT--GC-CGTCAGCTCCTT-GT--GCGCTTCCTGGTTTA-T-GGTCCCAGG-----GCACTCCATACt
gi|30 : TAGAGCGACA-----CAGGAG-CT-GGCGGTAGTTCCTTGTAGAAGGT--GC-CGTCAGCTCCTT-GT--GTGCCTCCTGACTTA-T-GGTGCCAGG-----GTACTCCATAC
gi|31 : -TTATTGGC--------TACAGAAAAGCTT----CAAAAAGCTAGTGG-GCT---CTCGGT---A-AGTA-TC--gg
gi|32 : TCTGGTCCACTCGCGA-TTCCCTATGC-G--AT-CAAACCC-CAGTTCAACCCCCAGG-CTGC---------TA----C-----C----A---------------CGA-T--CC-A---TATCC-------TC-TC--T----tagatgatgaccgagaatcacctttcgaccatggagctcca
gi|33 : A--G-GG-C-AT-----ATTACTACCCTT-CAATT---GACCC-TTGGGGC-TTTATAGCAACG-----CAGGGG-CT-GGCGGTCGTTCCTAGTAGA
gi|35 : cc-------TC-T---T----A-CTGTCTCA--GGAAA--A---GAGTG-A-GT--G------------CC-T-T---ACAA-------AAAC--G-CAC-A--CGCC---TG-TACTTCCCC----G-CG-CC
gi|36 : -GTG-G-GT--G------------CT-T-T---A----------AAAC--G-CAC-A--CGCC---TT-TACTTCCTCTG--A-CG-CCCTGGTTT-CACGTGTtcctg
gi|37 : GCC---TG-TACTTCCTCCG--G-CA-CCCTGGTTT-TACGTGTcc
gi|4 : atTCGGGTCCACTCCCGAAT-CCCTGGAC-G--AT-CAAATTC-CAGCTTAACCTCCGGG-CTGC---------TA----C-----C----A---------------TGA-T--CC-A---TATCC-------TC-TC--T----A-CTGTCCTC--GGAAA--A---G-GTG-G-AT--G------------CC-T-T---A----------AAAT--G-CAC-G--CGCG---TG-TACTTCCTCCG--G-CA-CCCTGGTTT-CACGTAAGAGTGTT-TCTTTTC-CCTGC-TCTGGG----NNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNNN-N----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNN-N-N-NNNNNNNN--------NNNNNNNNNNNTTTCTCCTGA---CTAGTGG-GCT---CTCTGT---A-GGTA-TC--A--A-CCCTATC-----ATTGACTCCAGACCA--G-GG-C-AT-----ATAATTACCATT-CAATTGA-A--CA-TTAGGGC-TTTGGAACGACG-----CAGGGG-CT-GGCGGTCGTTCCTAGTAGATTGT--GC-CGTCAGCTCCTT-GT--GCGCTCCCTAATTTA-T-GGTCCCAGG-----GCACTCCATActt
gi|5 : -T---G----------AAAC--G-TAC-A--CGTC---TG-CGTTTTTTCTG--A-TG-CCCTCGTTT-CATACACGACTTTC-TCTTCTC-CTTAT--CTGGGGTGTTGGATTCTTGGGT--TGTACATGCTTTGGCGCCC-----GCTGG-G----ACAGCACATTCACATACTTCTTTTGGG--GCATCCCAGA-T-G-TTCTTGGC--------CACAGGCAAAC-TTCTTGTAG---CTGGAAG-GCT---CCCAGT---A-GGT---------------ATC-----ATTAGCTCTAG-GTA--ATGG-T-TG-----AGAGCTACCCTA-CA------A--CC-TTGAGGC-TCCAGAGTGACG-----CTCGGG-CT-GATGGTCATTC-------GAGAT--GA-CGT---CTCTCT-GT--ATGCCTCCTGAC-AA-CAAGTGCCAGG-----GCACTTCTTAC
gi|6 : gTT-TCTTTTT-TCTATATCGAGGGTGTTGGGTTTTTGAGTCATGTCCAT-CTTGGGGGCCT------CTGGAG----ACAACACGCTCACATATTTCCTGGCGGTTGC-CCCCCGA-CAG-CTCCTGAC--------CACAGGCTAGC-TTCTCATAG---CTGG-AC-GCT---CTCGAT---G-------C--G--A-----ATC-----ACTAGCTCT-GAGTAC-A-GG-C-CT-----AGAGTCACCCTT-C-ATC---A--C---TGGGGC-TCAAGAGTGATG-----CAAGggaaatgcctggctttccaacatttgaagcatgtcggggttgcctgttctattgtagtatctcttggcctcgcagag
gi|7 : atggcGAACGTT-TCTTTTC-TCTGT-TCTGGGttgttctcccggtgtgctctgagacagccggtgcacagaacactccctacgagaagtgtcacgggttttccaccacaacttgaaaatctggattgccagttctggtgtagtgtcccttggcctcgcaggg
gi|7 : g-TTGGGAC-TTTAGAGCGACG-----CAGGTG-CT-GGCGGTCGTTCCTAATAGAAGGT--GC-CGTGAGCTCCTT-GT--GCGCTTCCTTATTTA-T-GGTCCCAGG-----GCACTCCcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgggactttagagcgacgcaggtgctggcggtcgttcctaatagaaggtgccgtgagctccttgtgcgcttccttatttatggtcccagggcactcc
gi|8 : ggaacgtttcttttctctgttctgggcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGT-G--ATCTAAA-TC-CAGCCCAATATCAGGG-CTGC---------TG----C-----C----A---------------AG--------------TTC-------TG-TT--T----C-CTG--CTC--CGAAA--ACAGG-GTG-G-GCGAG------------CG-T-T---ACGACACATGGAAAC--G-TAT-A--CGCC---CG-CATTTCCTCCGATG-CG-C
gi|9 : gnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTT-TCTCTTCTCCTTA-TCTGGGGTGTTGGGTTCTTGGGT--TGTACCTGCTTTGGCGCCC-----CCTGG-G----ACAGCACATTCACAGACTTCCTTTGGG--ACA--CCAGAGG-G-TTCTTAGC--------CACAGGGAAA-TTTCTTATAG---CTAGAAT-GCT---ACCAGT-----------------------ATC-----ACTAGCTCTAG-GTA--ATGG-C-TG-----AGAGCTACCCCA-CA------A--CC-TTTTGGT-TCCAGAGTGACG-----CTGGGG-CT-GACGGTCATTCGAGGT--AATG---GC-TATCA--------AT--ATGACTCCTGACTAC-T-GGTGCCAGG-----GC
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): CTGGTGGTTGCACCCGATGGCTCCCGGGGTGCATCCGGACAGCTGGTGCCAGAACACTCCCTACGGAAGTGCCCGGGTTTCCCACTCTTGAAACATCTCGGGGTTTACTGTTCTGGTTTAGTGTCCCTTGGCTTCGCAGGG
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Alignments
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Reference ( family-1755 ) : TCTCGGGTCCACTCCCGA-T-CCCTGGGC-G--AT-TAAACTC-CAGCTNAACCTCCGGG-CTGC---------TA----C-----C----A---------------CGA-T--CC-A---TATCC-------TC-TC--T----A-CTGTCCTC--GGAAA--A---G-GTG-G-GT--G------------CC-T-T---A----------AAAC--G-CAC-G--CGCC---TG-TACTTCCTCCG--G-CG-CCCTGGTTT-CACGTGTGANCGTT-TCTTTTC-CCTGT-TCTGGGGTGTTGGGTTCTTGGGT--TGTNCNTGCTTTGGCGCCC-----GCTGG-G----ACAGCACACTCACATACTTCCTTTGGGGCG-----NCCCAGA-C-GTTCTTGGC--------CACAGGCAAACTTTCTCCTAA---CTAGTGG----GCTCTCG---GT-AGGTA-TC--A--A-ACCCATC-----ATTGGCTCCAGAGTA--G-GG-C-NT-----AGAGCCACCCTT-CAATT---A--CC-TTGGGGC-TCTAGAGCGACG-----CNGGGG-CT-GGCGGTCGTTCCTAGTAGAAGGT--GC-CGTCAGCTCCTT-GT--GCGCCTCCTGACTTA-T-GGTGCCAGG-----GCACTCCATAC
gi|1 : GT-G--ATCTAAA-TC-CAGCCCGATCTCCGGG-CTAC---------TG----C-----C----A---------------CAG-T--CT-G---TTTCC--------C-TC--T----------CC-----GAAA--ACAGG-GTG-G-AT--GAGCTTTCCGGCCCC-T-T---G----------AAAC--G-TAT-GTACGCC---TA-CGTTTCCTCTG--A-TG-CCGTCGCTT-CATATATGGCTTTC-TCTTTTC-CGT-T-TCTGGGGNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNNN-N----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNNN-N-NNNNNNNNNNNNNNNNNCACAGGCAGA-TTTCTCGTAG---CTGAAAG----GCATTCA---TT-GGGTA-TC--ACTA-ACTC----------TGGGT--AAAGT--------C-CT-----AGAGTCACCCTT-CGA--------CC-TTGGGGC-TCCCGA-TGACT-----GTGGGA-TT-GATGGTCGTTCCTGG-----GGTATGC-TGACGACTCCTG-GT--GTGCCTCCTGAACAACT-GGTGACAGGGGCACGTACTCCCTAC
gi|10 : gnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGAACGTT-TCTTTTC-CCTGT-TCTTGGggagatccgcgcgctttcccacacttgaagcatgtcggggttgcctgttctaggcatggtgtcctttggccttgcaag
gi|10 : G-----CAGGGG-CTTGGCGGTCGTTCCTAGTAGAAGGT--GC-CGCCAGCTCCTT-GT--TCACTTCCTGACTTA-T-GGTTCCAAG-----GCACTCCATAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcaggggcttggcggtcgttcctagtagaaggtgccgccagctccttgttcacttcctgacttatggttccaaggcactccata
gi|11 : gaacgtttcttttccctgttcttggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTAGAACGACG-----CTGGGG-CT-GGGTGTCGTTCCTAGTAGAAGCT--GC-TATTAGCTCCTT-GT--TTGCCTATTGACTTA-T-GGTGCCAGG-----GTACTCTATAC
gi|12 : tgggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATC-----ATTGGCTCCAGACGA--T-GA-CATT-----AAA-------TT-CA------A--CT-TTGGGAC-TATAGAGCGAAC-----CTGGGG-CT-GGGGATCGTTCCTAATAGAACCT--GC-TGTTAGCTCTAT-AT--TTGCCTCCTGACTTA-T-AGTGCCAGG-----ACACTACATgg
gi|13 : tgggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttCTTCTGA---CTAGTAG----G-TCTCGTCTG--AGGTAATCTGA--GTACCAATC-----ATTGGATTCAGAACAATG-AGTC-ATCACCGAAACCAACCCTTGTAATTTCAA--CCATTGGGACATTTAGAGTGA-G-----CTGGGGGCT-GGGGTTCATGTCTAGT
gi|14 : gggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagcaagaaagTTTCTCCTGA---CTAGTGG----GCTCTCA---AT-AGGCA-TC--A--A-ACCCATCCAGTGATTGGCTCCAGACGA--G-GG-C-AT-----AGATCCACCCTT-CAATTCC-A--CC-TTGGGGC-TTTAGAGTGACG-----CAGAGG-TT-GGTAGTCGTTACTAGTAGAAGAT--GC-CGCCAGCCCCTT-GT--GCAGCTCCTGACTTG-T-GATGCCAGGACGT-ACACTCCA
gi|15 : TCTCAGGTTCACTCCT--------TGGCC-GTTAT-TAAGCTT-TATTAAAACCTCTAAGTCTGC---------TA----C-----C----AAGCCTCACCACCAATCGAAT--CC-A---TATCC-------TC-TC--T----A-CTGTCCTC--AGAAA--A---G-GTGAG-GT--G------------CCAT-A---A----------AAACAGG-CAC-A--CGCC---TG-TACTTCCTCCG--GCCG-CCCTGGTTT-CAC
gi|16 : CTCGGGTTCACTCCT--------TGGGT-G--AG-TAAGCTT-TAGCTAAACCTCTAAG-CTGC---------TA----C-----C----AGCCTACCACAATC--CGA-T--CC-A---TATCC-------TC-TC--T----A-CTGTCCTC--GGAAA--A---G-GTG-G-GT--G------------CC-T-T---A----------AAAC--G-CAC-A--CGCC---TG-TACTTCCTCCG--G-CG-CCCTGGTTT-CACGTGT
gi|17 : CTTGGGTAG--AT-TAG-CTT-CAGCTAAACCTCTAG--CTGTACCAGACCATA----C-----C----A---------------CAA-T--CC-A---GATCCAATTGCTTCGTC--T----AACTGCTCTC--GGAAA--A---T-GTG-GAGT--G------------CC-TGTG--A----------AAAC--GACAC-A--TGCCAGATGATACTTCCTCCG--G-CG-CCCTGGTTTGCACc
gi|18 : caccgCGGGTTCACTCCT--------TGGGT-G--AT-TAAGCTTTCAGCT-AACCTCTAAG-CTGC---------TA----C-----C----AGCCTACCACAATC--CGA-T--TC-A---TATCT-------TC-TC--T----A-CTGTCCTC--G-AAA--A---G-GTG-T-GT--G------------CC-T-T---A----------AAAC--G-CAC-A--TGCC---TG-TACTTCCTCCG--G-CG-CCCTGGTTT-CACGTGT
gi|19 : GTCCACTCTCGA-----CTGGGT-G--AT-TAAACTC-CTGTTCAACCTCTGGG-CTGC---------TATTAGC-----CTACAA---------------CGA-T--CC-A---TATCC-------TA-TC--T----T-CTGTCCTC--GGAAA--A---G-GTG-C-GT--G------------CC-T-T---G----------AAAC--G-CAC-A--CACC---TG-TACTTCCTCCG--G-CG-CCTTGATTC-CTCGTc
gi|2 : tta-T-CCCTGGGT-G--AT-TTAACTT-CAGCCCGATATCCGGG-TAAC---------TG----C-----C----A---------------TAG-T--TT-G---T---T-------TC-TC--G----A----TCC----GAAAACAA---A-GCG-A-GT--GAGCTTTCTTGCACC-T-TTTAA----------AAAT--G-TAC-A--CGCA---TG-CATTTCCTTCG--A-TG-CCTTCGCCT-TATACAC-AGCTTTCTCTGTTC-CCTAT--CTGGGGAGTTGGGTTCTTGGGT--TGTTCCAGCCTTGACACCCCCTTTGCGGG-GTCGGGCAGCACACTCACATACCTCCTTTGTGGCG-----ACCCAGA-TGGTTCTCAGC--------CAAAGGCAAAA-TCCTC--AA---TTGCTGGAGATGCACTCT---GTAAGGTA-TC--A-------CG---------TAGCTCT-GGGTA--ATGA-C-CT-----AGGGTCACCCTT--AG-----A--CC-TTGGAGC-TCCAGAG-GA-G------TGGTG-CT-G------ATTACT----GA---------CGT---CTCACA-GT--GTACCTCCTGAATAC-T-GGTGCCAGG-----ACACTCC
gi|20 : tgtgtcagtcagaccctaacctctgctcatggtggtcaacaactgcctccacaaggtaggtcctgaactcgtagttttcaaccacatatccagtaagggcctcacataaaccaaaggtggtattaggcgtcttcctttcaggtatctggggttttcccaacaaagattactcTCGGGTTCACTCCT--------TGGGT-G--AT-TTAGCTT-CAGCTAAACCTCTAAG-CTTC---------TA----C-----C----AGCCTACCAC------CAA-T--CCGA---T-TCC-------T--TC--TTATCA-CTGTCCTC--AGAAA--A------T----GT--G------------CC-T-T---A----------AAAC--G-CACAG--CGTT---CG-TACTTTCCTCG--G-CC-GCCTG--TT-CAAGTctgtggaaatgcatgtcatgtatcttttaaagcatctgaggactggcagttcggcgtagtgtcccctggccttacagg
gi|21 : TCGGGTCCACTCCCGAAT-TCCTGGAC-G--AT-CAAACTC-CATCTTAACCTCCGGG-CTGC---------TA----C-----C----A---------------TGA-T--CC-A---TATCC-------TC-TC--T----A-GTGTCCTC--GGAAA--A---T-GTG-G-AT--G------------CC-T-T---A----------AAAT--G-CAC-G--CGCG---TG-TACTTTCTCCG--G-CA-CCCTGGTTT-CACG
gi|22 : GTCCACTCCC--------TGGGT-G--AT-TAAACTT-TAGCTCAACCTCCGGG-CTGC---------TA----C-----C----AGCCTACCA-------CAA-T--TT-A---TATCC-------TC-TC--T----T-CTGTCCCA--GGAAA--A---G-GTG-G-GT--G------------CC-T-T---T----------AAAC--G-CAC-A--CACC---TG-TACTTCCTCTG--G-CG-CCCTGAATT-CAC
gi|23 : gtCTCGGGTTCACT------T-CCTTGG-T-G--AG-TAG-CTT-TAGCTAAACC-CTAAG-CTGC---------TA----C-----C----AGCCTACACAATC---CGA-T--CC-A---TATCC-------TC-TC--T----A-CTGTCCTC--GGTAA--------GTG-G-GT--G------------CC-T-T---A----------AAAC--G-CAT-A--CG-C---TG-TAC-TCCTCC---G-CGCCCCTGGTTt
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gi|25 : gtctCTCGGGTCCACTTCCGA-TTCCCTGGGC-G--AT-CAAACCC-CAGCTCAACCTTCAG---T--------------------------------------------CAA-T--CC-A---TATCC-------TC-TCTAT----A-CCGTCCTCGGGGAAA--A---G-GTG-A-GT--G------------TT-T-T--------------AAAC--A-CAA-G--CGCC---TG-CATTTCCTCCG--G-CG-CCCTGGTTT-CACtt
gi|27 : -GG-C-CG-----AGAATCGCCTTT-CGA--------CC-ATGGAGC-CTCAGAGTGATG-----CTGGAG-CT-GATGGTTGTTCCTAATAGATAGT--GA-CAGCGGGTCATT-GT---------TTGGCACA-T-GGTGCCAGG-----GCATTTCCTA
gi|28 : atctggatgatTCTCAGGTCCATTCCCAA-T-CACTAGGT-G--AT-CAAACT----ACT--ACC----AG-C--C---------TA----C-----C----A---------------CGA-T--CC-A---TAGTC-------TC-TC--T----A-TTTTCCTT--AGAAA--A---G-GCG-G-AT--G------------CC-T-T---A----------AAAC--tggaaat
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gi|3 : gTCTCGGGTCCACTCCCGAAT-CCCTGGAC-G--AT-CAAACTC-CAGCTTATCTTCCGGG-CTGC---------TA----C-----C----A---------------CAA-T--CC-A---TATCC-------TC-TC--T----A-CTGTCCTC--GGAAA--A---G-GTT-G-AT--G------------CC-T-T---A----------AAAT--G-CAC-G--CGTG---TG-TACTTCCTCCG--G-CA-CTCTGGTTT-CACGTATGAACGTT-TCTTTTC-CTTGC-TCTGGGNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNNN-N----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNNN-N-NNNNNNNNN--------NNNNNNNNNNNTTTCTCCTGA---CTAGTGG----AATCTCT---GT-AGGTA-TC--A--A-ACTCATC-----ATTGGCTCCAGAGTA--G-GA-C-AT-----AGAACTACCCTT-CAGTTGA-A--CC-TTGGGGC-TATAGAGCGACG-----CAGGGG-CT-GGCGGTCGTTCCTAGTAGAAGGT--GC-CGTCAGCTCCTT-GT--GCGCTTCCTGGTTTA-T-GGTCCCAGG-----GCACTCCATACt
gi|30 : TAGAGCGACA-----CAGGAG-CT-GGCGGTAGTTCCTTGTAGAAGGT--GC-CGTCAGCTCCTT-GT--GTGCCTCCTGACTTA-T-GGTGCCAGG-----GTACTCCATAC
gi|31 : TTATTGGC--------TACAGAAAAGCTT----CAAAAAGCTAGTGG----GCTCTCG---GT-AAGTA-TC--gg
gi|32 : TCTGGTCCACTCGCGA-TTCCCTATGC-G--AT-CAAACCC-CAGTTCAACCCCCAGG-CTGC---------TA----C-----C----A---------------CGA-T--CC-A---TATCC-------TC-TC--T----tagatgatgaccgagaatcacctttcgaccatggagctcca
gi|33 : A--G-GG-C-AT-----ATTACTACCCTT-CAATT---GACCC-TTGGGGC-TTTATAGCAACG-----CAGGGG-CT-GGCGGTCGTTCCTAGTAGA
gi|35 : cc-------TC-T---T----A-CTGTCTCA--GGAAA--A---GAGTG-A-GT--G------------CC-T-T---ACAA-------AAAC--G-CAC-A--CGCC---TG-TACTTCCCC----G-CG-CC
gi|36 : -GTG-G-GT--G------------CT-T-T---A----------AAAC--G-CAC-A--CGCC---TT-TACTTCCTCTG--A-CG-CCCTGGTTT-CACGTGTtcctg
gi|37 : GCC---TG-TACTTCCTCCG--G-CA-CCCTGGTTT-TACGTGTcc
gi|4 : atTCGGGTCCACTCCCGAAT-CCCTGGAC-G--AT-CAAATTC-CAGCTTAACCTCCGGG-CTGC---------TA----C-----C----A---------------TGA-T--CC-A---TATCC-------TC-TC--T----A-CTGTCCTC--GGAAA--A---G-GTG-G-AT--G------------CC-T-T---A----------AAAT--G-CAC-G--CGCG---TG-TACTTCCTCCG--G-CA-CCCTGGTTT-CACGTAAGAGTGTT-TCTTTTC-CCTGC-TCTGGG----NNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNNN-N----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNNN-N-NNNNNNNNN--------NNNNNNNNNNNTTTCTCCTGA---CTAGTGG----GCTCTCT---GT-AGGTA-TC--A--A-CCCTATC-----ATTGACTCCAGACCA--G-GG-C-AT-----ATAATTACCATT-CAATTGA-A--CA-TTAGGGC-TTTGGAACGACG-----CAGGGG-CT-GGCGGTCGTTCCTAGTAGATTGT--GC-CGTCAGCTCCTT-GT--GCGCTCCCTAATTTA-T-GGTCCCAGG-----GCACTCCATActt
gi|5 : -T---G----------AAAC--G-TAC-A--CGTC---TG-CGTTTTTTCTG--A-TG-CCCTCGTTT-CATACACGACTTTC-TCTTCTC-CTTAT--CTGGGGTGTTGGATTCTTGGGT--TGTACATGCTTTGGCGCCC-----GCTGG-G----ACAGCACATTCACATACTTCTTTTGGGGCA-----TCCCAGA-T-GTTCTTGGC--------CACAGGCAAAC-TTCTTGTAG---CTGGAAG----GCTCCCA---GT-AGGT---------------ATC-----ATTAGCTCTAG-GTA--ATGG-T-TG-----AGAGCTACCCTA-CA------A--CC-TTGAGGC-TCCAGAGTGACG-----CTCGGG-CT-GATGGTCATTC-------GAGAT--GA-CGT---CTCTCT-GT--ATGCCTCCTGAC-AA-CAAGTGCCAGG-----GCACTTCTTAC
gi|6 : gTT-TCTTTTT-TCTATATCGAGGGTGTTGGGTTTTTGAGTCATGTCCAT-CTTGGGGGCCT------CTGGAG----ACAACACGCTCACATATTTCCT----GGCGGTTGCCCCCCGA-CAGCTCCTGAC--------CACAGGCTAGC-TTCTCATAG---CTGG-AC----GCTCTCG---AT-G------C--G--A-----ATC-----ACTAGCTCT-GAGTAC-A-GG-C-CT-----AGAGTCACCCTT-C-ATC---A--C---TGGGGC-TCAAGAGTGATG-----CAAGggaaatgcctggctttccaacatttgaagcatgtcggggttgcctgttctattgtagtatctcttggcctcgcagag
gi|7 : atggcGAACGTT-TCTTTTC-TCTGT-TCTGGGttgttctcccggtgtgctctgagacagccggtgcacagaacactccctacgagaagtgtcacgggttttccaccacaacttgaaaatctggattgccagttctggtgtagtgtcccttggcctcgcaggg
gi|7 : g-TTGGGAC-TTTAGAGCGACG-----CAGGTG-CT-GGCGGTCGTTCCTAATAGAAGGT--GC-CGTGAGCTCCTT-GT--GCGCTTCCTTATTTA-T-GGTCCCAGG-----GCACTCCcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgggactttagagcgacgcaggtgctggcggtcgttcctaatagaaggtgccgtgagctccttgtgcgcttccttatttatggtcccagggcactcc
gi|8 : ggaacgtttcttttctctgttctgggcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGT-G--ATCTAAA-TC-CAGCCCAATATCAGGG-CTGC---------TG----C-----C----A---------------AG--------------TTC-------TG-TT--T----C-CTG--CTC--CGAAA--ACAGG-GTG-G-GCGAG------------CG-T-T---ACGACACATGGAAAC--G-TAT-A--CGCC---CG-CATTTCCTCCGATG-CG-C
gi|9 : gnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTT-TCTCTTCTCCTTA-TCTGGGGTGTTGGGTTCTTGGGT--TGTACCTGCTTTGGCGCCC-----CCTGG-G----ACAGCACATTCACAGACTTCCTTTGGGACA-------CCAGAGG-GTTCTTAGC--------CACAGGGAAA-TTTCTTATAG---CTAGAAT----GCTACCA---GT--------------------ATC-----ACTAGCTCTAG-GTA--ATGG-C-TG-----AGAGCTACCCCA-CA------A--CC-TTTTGGT-TCCAGAGTGACG-----CTGGGG-CT-GACGGTCATTCGAGGT--AATG---GC-TATCA--------AT--ATGACTCCTGACTAC-T-GGTGCCAGG-----GC
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): CTGGTGGTTGCACCCGATGGCTCCCGGGGTGCATCCGGACAGCTGGTGCCAGAACACTCCCTACGGAAGTGCCCGGGTTTCCCACTCTTGAAACATCTCGGGGTTTACTGTTCTGGTTTAGTGTCCCTTGGCTTCGCAGGG
Unaligned ( gi|34 ): TCCTGGATACTAACGAGATGTTAGGACACATATTACCGAAATGTCCCTTTCCAATGCACTTGAAGCATAT
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Alignments
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consensus : TCTCGGGTCCACTCCCGA-T-CCCTGGGC-G--AT-TAAACTC-CAGCTNAACCTCCGGG-CTGC---------TA----C-----C----A---------------CGA-T--CC-A---TATCC-------TC-TC--T----A-CTGTCCTC--GGAAA--A---G-GTG-G-GT--G------------CC-T-T---A----------AAAC--G-CAC-G--CGCC---TG-TACTTCCTCCG--G-CG-CCCTGGTTT-CACGTGTGANCGTT-TCTTTTC-CCTGT-TCTGGGGTGTTGGGTTCTTGGGT--TGTNCNTGCTTTGGCGCCC-----GCTGG-G----ACAGCACACTCACATACTTCCTTTGGGGCG-----NCCCAGA-C-GTTCTTGGC--------CACAGGCAAACTTTCTCCTAA---CTAGTGG----GCTCTCG---GT-AGGTA-TC--A--A-ACCCATC-----ATTGGCTCCAGAGTA--G-GG-C-NT-----AGAGCCACCCTT-CAATT---A--CC-TTGGGGC-TCTAGAGCGACG-----CNGGGG-CT-GGCGGTCGTTCCTAGTAGAAGGT--GC-CGTCAGCTCCTT-GT--GCGCCTCCTGACTTA-T-GGTGCCAGG-----GCACTCCATAC
Reference ( family-1755 ) : TCTCGGGTCCACTCCCGA-T-CCCTGGGC-G--AT-TAAACTC-CAGCTNAACCTCCGGG-CTGC---------TA----C-----C----A---------------CGA-T--CC-A---TATCC-------TC-TC--T----A-CTGTCCTC--GGAAA--A---G-GTG-G-GT--G------------CC-T-T---A----------AAAC--G-CAC-G--CGCC---TG-TACTTCCTCCG--G-CG-CCCTGGTTT-CACGTGTGANCGTT-TCTTTTC-CCTGT-TCTGGGGTGTTGGGTTCTTGGGT--TGTNCNTGCTTTGGCGCCC-----GCTGG-G----ACAGCACACTCACATACTTCCTTTGGGGCG-----NCCCAGA-C-GTTCTTGGC--------CACAGGCAAACTTTCTCCTAA---CTAGTGG----GCTCTCG---GT-AGGTA-TC--A--A-ACCCATC-----ATTGGCTCCAGAGTA--G-GG-C-NT-----AGAGCCACCCTT-CAATT---A--CC-TTGGGGC-TCTAGAGCGACG-----CNGGGG-CT-GGCGGTCGTTCCTAGTAGAAGGT--GC-CGTCAGCTCCTT-GT--GCGCCTCCTGACTTA-T-GGTGCCAGG-----GCACTCCATAC
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gi|14 : gggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagcaagaaagTTTCTCCTGA---CTAGTGG----GCTCTCA---AT-AGGCA-TC--A--A-ACCCATCCAGTGATTGGCTCCAGACGA--G-GG-C-AT-----AGATCCACCCTT-CAATTCC-A--CC-TTGGGGC-TTTAGAGTGACG-----CAGAGG-TT-GGTAGTCGTTACTAGTAGAAGAT--GC-CGCCAGCCCCTT-GT--GCAGCTCCTGACTTG-T-GATGCCAGGACGT-ACACTCCA
gi|15 : TCTCAGGTTCACTCCT--------TGGCC-GTTAT-TAAGCTT-TATTAAAACCTCTAAGTCTGC---------TA----C-----C----AAGCCTCACCACCAATCGAAT--CC-A---TATCC-------TC-TC--T----A-CTGTCCTC--AGAAA--A---G-GTGAG-GT--G------------CCAT-A---A----------AAACAGG-CAC-A--CGCC---TG-TACTTCCTCCG--GCCG-CCCTGGTTT-CAC
gi|16 : CTCGGGTTCACTCCT--------TGGGT-G--AG-TAAGCTT-TAGCTAAACCTCTAAG-CTGC---------TA----C-----C----AGCCTACCACAATC--CGA-T--CC-A---TATCC-------TC-TC--T----A-CTGTCCTC--GGAAA--A---G-GTG-G-GT--G------------CC-T-T---A----------AAAC--G-CAC-A--CGCC---TG-TACTTCCTCCG--G-CG-CCCTGGTTT-CACGTGT
gi|17 : CTTGGGTAG--AT-TAG-CTT-CAGCTAAACCTCTAG--CTGTACCAGACCATA----C-----C----A---------------CAA-T--CC-A---GATCCAATTGCTTCGTC--T----AACTGCTCTC--GGAAA--A---T-GTG-GAGT--G------------CC-TGTG--A----------AAAC--GACAC-A--TGCCAGATGATACTTCCTCCG--G-CG-CCCTGGTTTGCACc
gi|18 : caccgCGGGTTCACTCCT--------TGGGT-G--AT-TAAGCTTTCAGCT-AACCTCTAAG-CTGC---------TA----C-----C----AGCCTACCACAATC--CGA-T--TC-A---TATCT-------TC-TC--T----A-CTGTCCTC--G-AAA--A---G-GTG-T-GT--G------------CC-T-T---A----------AAAC--G-CAC-A--TGCC---TG-TACTTCCTCCG--G-CG-CCCTGGTTT-CACGTGT
gi|19 : GTCCACTCTCGA-----CTGGGT-G--AT-TAAACTC-CTGTTCAACCTCTGGG-CTGC---------TATTAGC-----CTACAA---------------CGA-T--CC-A---TATCC-------TA-TC--T----T-CTGTCCTC--GGAAA--A---G-GTG-C-GT--G------------CC-T-T---G----------AAAC--G-CAC-A--CACC---TG-TACTTCCTCCG--G-CG-CCTTGATTC-CTCGTc
gi|2 : tta-T-CCCTGGGT-G--AT-TTAACTT-CAGCCCGATATCCGGG-TAAC---------TG----C-----C----A---------------TAG-T--TT-G---T---T-------TC-TC--G----A----TCC----GAAAACAA---A-GCG-A-GT--GAGCTTTCTTGCACC-T-TTTAA----------AAAT--G-TAC-A--CGCA---TG-CATTTCCTTCG--A-TG-CCTTCGCCT-TATACAC-AGCTTTCTCTGTTC-CCTAT--CTGGGGAGTTGGGTTCTTGGGT--TGTTCCAGCCTTGACACCCCCTTTGCGGG-GTCGGGCAGCACACTCACATACCTCCTTTGTGGCG-----ACCCAGA-TGGTTCTCAGC--------CAAAGGCAAAA-TCCTC--AA---TTGCTGGAGATGCACTCT---GTAAGGTA-TC--A-------CG---------TAGCTCT-GGGTA--ATGA-C-CT-----AGGGTCACCCTT--AG-----A--CC-TTGGAGC-TCCAGAG-GA-G------TGGTG-CT-G------ATTACT----GA---------CGT---CTCACA-GT--GTACCTCCTGAATAC-T-GGTGCCAGG-----ACACTCC
gi|20 : tgtgtcagtcagaccctaacctctgctcatggtggtcaacaactgcctccacaaggtaggtcctgaactcgtagttttcaaccacatatccagtaagggcctcacataaaccaaaggtggtattaggcgtcttcctttcaggtatctggggttttcccaacaaagattactcTCGGGTTCACTCCT--------TGGGT-G--AT-TTAGCTT-CAGCTAAACCTCTAAG-CTTC---------TA----C-----C----AGCCTACCAC------CAA-T--CCGA---T-TCC-------T--TC--TTATCA-CTGTCCTC--AGAAA--A------T----GT--G------------CC-T-T---A----------AAAC--G-CACAG--CGTT---CG-TACTTTCCTCG--G-CC-GCCTG--TT-CAAGTctgtggaaatgcatgtcatgtatcttttaaagcatctgaggactggcagttcggcgtagtgtcccctggccttacagg
gi|21 : TCGGGTCCACTCCCGAAT-TCCTGGAC-G--AT-CAAACTC-CATCTTAACCTCCGGG-CTGC---------TA----C-----C----A---------------TGA-T--CC-A---TATCC-------TC-TC--T----A-GTGTCCTC--GGAAA--A---T-GTG-G-AT--G------------CC-T-T---A----------AAAT--G-CAC-G--CGCG---TG-TACTTTCTCCG--G-CA-CCCTGGTTT-CACG
gi|22 : GTCCACTCCC--------TGGGT-G--AT-TAAACTT-TAGCTCAACCTCCGGG-CTGC---------TA----C-----C----AGCCTACCA-------CAA-T--TT-A---TATCC-------TC-TC--T----T-CTGTCCCA--GGAAA--A---G-GTG-G-GT--G------------CC-T-T---T----------AAAC--G-CAC-A--CACC---TG-TACTTCCTCTG--G-CG-CCCTGAATT-CAC
gi|23 : gtCTCGGGTTCACT------T-CCTTGG-T-G--AG-TAG-CTT-TAGCTAAACC-CTAAG-CTGC---------TA----C-----C----AGCCTACACAATC---CGA-T--CC-A---TATCC-------TC-TC--T----A-CTGTCCTC--GGTAA--------GTG-G-GT--G------------CC-T-T---A----------AAAC--G-CAT-A--CG-C---TG-TAC-TCCTCC---G-CGCCCCTGGTTt
gi|24 : CTTGGGT-G--AT-TAAGCTT-C-GCTAAACCTCTAG--CTGG---------TA----CAGCCTC----C---------------CAA-TGCCC-GCTCTATT--------TC-TC--T----A-CTGTC-TC--GGAAA--A---ATGTGCG-GT--G------------CC-C-T---T----------AAAT--G-CAC-C--TGCC---TG-TTCTTCCTT-G--G-CG-CCCTTGTTTTCACGTca
gi|25 : gtctCTCGGGTCCACTTCCGA-TTCCCTGGGC-G--AT-CAAACCC-CAGCTCAACCTTCAG---T--------------------------------------------CAA-T--CC-A---TATCC-------TC-TCTAT----A-CCGTCCTCGGGGAAA--A---G-GTG-A-GT--G------------TT-T-T--------------AAAC--A-CAA-G--CGCC---TG-CATTTCCTCCG--G-CG-CCCTGGTTT-CACtt
gi|27 : -GG-C-CG-----AGAATCGCCTTT-CGA--------CC-ATGGAGC-CTCAGAGTGATG-----CTGGAG-CT-GATGGTTGTTCCTAATAGATAGT--GA-CAGCGGGTCATT-GT---------TTGGCACA-T-GGTGCCAGG-----GCATTTCCTA
gi|28 : atctggatgatTCTCAGGTCCATTCCCAA-T-CACTAGGT-G--AT-CAAACT----ACT--ACC----AG-C--C---------TA----C-----C----A---------------CGA-T--CC-A---TAGTC-------TC-TC--T----A-TTTTCCTT--AGAAA--A---G-GCG-G-AT--G------------CC-T-T---A----------AAAC--tggaaat
gi|29 : tGGGGG-TTTAGAGCGACGGGCTGCGGGGG-CT-GG--GTCGTTC-TAGTAGAAGGT--GCGTGTCAGCTCCCTCGTTTGTGCCTCCTGACAT--T-GGTGCCAGG-----ACACTCCATcccggggggacctcttc
gi|3 : gTCTCGGGTCCACTCCCGAAT-CCCTGGAC-G--AT-CAAACTC-CAGCTTATCTTCCGGG-CTGC---------TA----C-----C----A---------------CAA-T--CC-A---TATCC-------TC-TC--T----A-CTGTCCTC--GGAAA--A---G-GTT-G-AT--G------------CC-T-T---A----------AAAT--G-CAC-G--CGTG---TG-TACTTCCTCCG--G-CA-CTCTGGTTT-CACGTATGAACGTT-TCTTTTC-CTTGC-TCTGGGNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNNN-N----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNNN-N-NNNNNNNNN--------NNNNNNNNNNNTTTCTCCTGA---CTAGTGG----AATCTCT---GT-AGGTA-TC--A--A-ACTCATC-----ATTGGCTCCAGAGTA--G-GA-C-AT-----AGAACTACCCTT-CAGTTGA-A--CC-TTGGGGC-TATAGAGCGACG-----CAGGGG-CT-GGCGGTCGTTCCTAGTAGAAGGT--GC-CGTCAGCTCCTT-GT--GCGCTTCCTGGTTTA-T-GGTCCCAGG-----GCACTCCATACt
gi|30 : TAGAGCGACA-----CAGGAG-CT-GGCGGTAGTTCCTTGTAGAAGGT--GC-CGTCAGCTCCTT-GT--GTGCCTCCTGACTTA-T-GGTGCCAGG-----GTACTCCATAC
gi|31 : TTATTGGC--------TACAGAAAAGCTT----CAAAAAGCTAGTGG----GCTCTCG---GT-AAGTA-TC--gg
gi|32 : TCTGGTCCACTCGCGA-TTCCCTATGC-G--AT-CAAACCC-CAGTTCAACCCCCAGG-CTGC---------TA----C-----C----A---------------CGA-T--CC-A---TATCC-------TC-TC--T----tagatgatgaccgagaatcacctttcgaccatggagctcca
gi|33 : A--G-GG-C-AT-----ATTACTACCCTT-CAATT---GACCC-TTGGGGC-TTTATAGCAACG-----CAGGGG-CT-GGCGGTCGTTCCTAGTAGA
gi|35 : cc-------TC-T---T----A-CTGTCTCA--GGAAA--A---GAGTG-A-GT--G------------CC-T-T---ACAA-------AAAC--G-CAC-A--CGCC---TG-TACTTCCCC----G-CG-CC
gi|36 : -GTG-G-GT--G------------CT-T-T---A----------AAAC--G-CAC-A--CGCC---TT-TACTTCCTCTG--A-CG-CCCTGGTTT-CACGTGTtcctg
gi|37 : GCC---TG-TACTTCCTCCG--G-CA-CCCTGGTTT-TACGTGTcc
gi|4 : atTCGGGTCCACTCCCGAAT-CCCTGGAC-G--AT-CAAATTC-CAGCTTAACCTCCGGG-CTGC---------TA----C-----C----A---------------TGA-T--CC-A---TATCC-------TC-TC--T----A-CTGTCCTC--GGAAA--A---G-GTG-G-AT--G------------CC-T-T---A----------AAAT--G-CAC-G--CGCG---TG-TACTTCCTCCG--G-CA-CCCTGGTTT-CACGTAAGAGTGTT-TCTTTTC-CCTGC-TCTGGG----NNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNNN-N----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNNN-N-NNNNNNNNN--------NNNNNNNNNNNTTTCTCCTGA---CTAGTGG----GCTCTCT---GT-AGGTA-TC--A--A-CCCTATC-----ATTGACTCCAGACCA--G-GG-C-AT-----ATAATTACCATT-CAATTGA-A--CA-TTAGGGC-TTTGGAACGACG-----CAGGGG-CT-GGCGGTCGTTCCTAGTAGATTGT--GC-CGTCAGCTCCTT-GT--GCGCTCCCTAATTTA-T-GGTCCCAGG-----GCACTCCATActt
gi|5 : -T---G----------AAAC--G-TAC-A--CGTC---TG-CGTTTTTTCTG--A-TG-CCCTCGTTT-CATACACGACTTTC-TCTTCTC-CTTAT--CTGGGGTGTTGGATTCTTGGGT--TGTACATGCTTTGGCGCCC-----GCTGG-G----ACAGCACATTCACATACTTCTTTTGGGGCA-----TCCCAGA-T-GTTCTTGGC--------CACAGGCAAAC-TTCTTGTAG---CTGGAAG----GCTCCCA---GT-AGGT---------------ATC-----ATTAGCTCTAG-GTA--ATGG-T-TG-----AGAGCTACCCTA-CA------A--CC-TTGAGGC-TCCAGAGTGACG-----CTCGGG-CT-GATGGTCATTC-------GAGAT--GA-CGT---CTCTCT-GT--ATGCCTCCTGAC-AA-CAAGTGCCAGG-----GCACTTCTTAC
gi|6 : gTT-TCTTTTT-TCTATATCGAGGGTGTTGGGTTTTTGAGTCATGTCCAT-CTTGGGGGCCT------CTGGAG----ACAACACGCTCACATATTTCCT----GGCGGTTGCCCCCCGA-CAGCTCCTGAC--------CACAGGCTAGC-TTCTCATAG---CTGG-AC----GCTCTCG---AT-G------C--G--A-----ATC-----ACTAGCTCT-GAGTAC-A-GG-C-CT-----AGAGTCACCCTT-C-ATC---A--C---TGGGGC-TCAAGAGTGATG-----CAAGggaaatgcctggctttccaacatttgaagcatgtcggggttgcctgttctattgtagtatctcttggcctcgcagag
gi|7 : atggcGAACGTT-TCTTTTC-TCTGT-TCTGGGttgttctcccggtgtgctctgagacagccggtgcacagaacactccctacgagaagtgtcacgggttttccaccacaacttgaaaatctggattgccagttctggtgtagtgtcccttggcctcgcaggg
gi|7 : g-TTGGGAC-TTTAGAGCGACG-----CAGGTG-CT-GGCGGTCGTTCCTAATAGAAGGT--GC-CGTGAGCTCCTT-GT--GCGCTTCCTTATTTA-T-GGTCCCAGG-----GCACTCCcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgggactttagagcgacgcaggtgctggcggtcgttcctaatagaaggtgccgtgagctccttgtgcgcttccttatttatggtcccagggcactcc
gi|8 : ggaacgtttcttttctctgttctgggcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGT-G--ATCTAAA-TC-CAGCCCAATATCAGGG-CTGC---------TG----C-----C----A---------------AG--------------TTC-------TG-TT--T----C-CTG--CTC--CGAAA--ACAGG-GTG-G-GCGAG------------CG-T-T---ACGACACATGGAAAC--G-TAT-A--CGCC---CG-CATTTCCTCCGATG-CG-C
gi|9 : gnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTT-TCTCTTCTCCTTA-TCTGGGGTGTTGGGTTCTTGGGT--TGTACCTGCTTTGGCGCCC-----CCTGG-G----ACAGCACATTCACAGACTTCCTTTGGGACA-------CCAGAGG-GTTCTTAGC--------CACAGGGAAA-TTTCTTATAG---CTAGAAT----GCTACCA---GT--------------------ATC-----ACTAGCTCTAG-GTA--ATGG-C-TG-----AGAGCTACCCCA-CA------A--CC-TTTTGGT-TCCAGAGTGACG-----CTGGGG-CT-GACGGTCATTCGAGGT--AATG---GC-TATCA--------AT--ATGACTCCTGACTAC-T-GGTGCCAGG-----GC
blockSeqs : GAATTCC TA TT C TT A T ACCAGACCA TTAG AGCCT TACA AGCCTCACCACCAAT A GC G CTC AATTGCT G TA TATCA GG CA CAGG A A GA AGCTTTCTTGCA A G ACGACACATGG AG A AG AGA A AT C C G A C T ATAT A CA T C G CCTTTG GTCGG T T GTTGCC TG . NT C AAG T AGAT GTCT A AA AAACCCATCCAGTG A ATG T ATCACCG C G ATTTCAA A A A GGCTG A G T C . G C C TTGT . A ACGT
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blockSeqs : GAATCCC T . . T A . . . . . GCCTACCACAATC . . . . . . . A . . GA . . . . . . ACAA . . A . . . . . . A . . GCT T . N N N N N N N N GG . NT C . T . T . A AAACTCATC A AT . AT G . GTTGAA . . T . T . . G . . T . TT . . .
blockSeqs : GATTCCC T . . T C . . . . . GCCTACACAATC . . . . . . . A . . G . . . . . . GA . . A . . . . . . G . . GCT T . A A G G N T G N N . A C . T . T . A AACCCTATC G CA . CT A . ATTGAC . . C . T . . G . . C . TT . . .
blockSeqs : GAATCCC T . . C C . . . . . GCCTACCAC . . . . . . . A . . G . . . . . . A . . A . . . . . . C . . GTT T . C A G C G T G T N . C C . T . G . A GAATC A AT . CG A . ATTGAA . . T . A . . T . . C . GC . . .
blockSeqs : AATCAC T . . T A . . . . . GCCTACCA . . . . . . . T . . T . . . . . . A . . A . . . . . . A . . TAT . . A C . . G . . . T . C G . T . T . A ACG A T . AT A . ATCA . . T . T . . T . . C . GT . . .
blockSeqs : TCCT T . . T T . . . . . . . . . . . . . A . . G . . . . . . A . . A . . . . . . . . AT . T A . A . A . . ATC A G . AT A . GA . . A . T . . C . . C . GC . . .
blockSeqs : GAC C . . C C . . . . . . . . . . . . . A . . G . . . . . . G . . G . . . . . . . . AT A . A . G . . ATC . G . AT G . A . . T . G . . C . . C . GT . . .
blockSeqs : . T . . T A . . . . . . . . . . . . . T . . A . . . . . . A . . A . . . . . . . . . . A . . . G . TG G . A . . T . A . . C . . C . GC . . .
blockSeqs : . T . . T A . . . . . . . . . . . . . A . . T . . . . . . A . . A . . . . . . G . CT G . A . . C . A . . C . . G . AT . . .
blockSeqs : . T . . T C . . . . . . . . . . . . . A . . G . . . . . . T . . C . . . . . . . TG . . A . . C . A . . T . . C . GC . . .
blockSeqs : . C . . C T . . . . . . . . . . . . . A . . G . . . . . . A . . G . . . . . . . . T . A . . C . . . . AT . . .
blockSeqs : T . . C C . . . . . . . . . . . . . A . . G . . . . . . T . . G . . . . . . . C . T . . C . . . . . . . .
blockSeqs : C . . C T . . . . . . . . . . . . . A . . G . . . . . . A . . A . . . . . . . A . . .
blockSeqs : C . . C C . . . . . . . . . . . . . A . . G . . . . . . A . . A . . . . . . . A . . .
blockSeqs : C . . C . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . A . . G . . . . . . . T
blockSeqs : T . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . A . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . G . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqCons : GATCCC** A***** G**** ************ A*** GCT* G** ******** AAACCATC*********** GT** ** *****
originalCons : TCTCGGGTCCACTCCCGA-T-CCCTGGGC-G--AT-TAAACTC-CAGCTNAACCTCCGGG-CTGC---------TA----C-----C----A---------------CGA-T--CC-A---TATCC-------TC-TC--T----A-CTGTCCTC--GGAAA--A---G-GTG-G-GT--G------------CC-T-T---A----------AAAC--G-CAC-G--CGCC---TG-TACTTCCTCCG--G-CG-CCCTGGTTT-CACGTGTGANCGTT-TCTTTTC-CCTGT-TCTGGGGTGTTGGGTTCTTGGGT--TGTNCNTGCTTTGGCGCCC-----GCTGG-G----ACAGCACACTCACATACTTCCTTTGGGGCG-----NCCCAGA-C-GTTCTTGGC--------CACAGGCAAACTTTCTCCTAA---CTAGTGG----GCTCTCG---GT-AGGTA-TC--A--A-ACCCATC-----ATTGGCTCCAGAGTA--G-GG-C-NT-----AGAGCCACCCTT-CAATT---A--CC-TTGGGGC-TCTAGAGCGACG-----CNGGGG-CT-GGCGGTCGTTCCTAGTAGAAGGT--GC-CGTCAGCTCCTT-GT--GCGCCTCCTGACTTA-T-GGTGCCAGG-----GCACTCCATAC
finalCons : TCTCGGGTCCACTCCCGATCCC--TGGGC-G--AT-TAAACTC-CAGCTNAACCTCCGGG-CTGC---------TA----C-----C----A---------------CGA-T--CC-A---TATCC-------TC-TC--TA-----CTGTCCTC--GGAAA--AG----GTG-G-GT--G------------CC-T-T---A----------AAAC--G-CACA---CGCC---TG-TACTTCCTCCG--G-CG-CCCTGGTTT-CACGTGTGANCGTT-TCTTTTC-CCTGCT-CTGGGGTGTTGGGTTCTTGGGT--TGTNCNTGCTTTGGCGCCC-----GCTGG-G----ACAGCACACTCACATACTTCCTTTGGGGCG-----NCCCAGAG--GTTCTTGGC--------CACAGGCAAACTTTCTCCTAA---CTAGTGG----GCTCTCG---GT-AGGTA-TCAAACCATC-----------ATTGGCTCCAGAGTAGT--GG-C-NT-----AGAGCCACCCTT-CAATT---A--CC-TTGGGGC-TCTAGAGCGACG-----CNGGGG-CT-GGCGGTCGTTCCTAGTAGAAGGT--GC-CGTCAGCTCCTT-GT--GCGCCTCCTGACTTA-T-GGTGCCAGG-----GCACTCCATAC
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): CTGGTGGTTGCACCCGATGGCTCCCGGGGTGCATCCGGACAGCTGGTGCCAGAACACTCCCTACGGAAGTGCCCGGGTTTCCCACTCTTGAAACATCTCGGGGTTTACTGTTCTGGTTTAGTGTCCCTTGGCTTCGCAGGG
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Unaligned ( gi|38 ): AGGAAAATTCCCAGCTATGCTGCACCTAAAAC
Alignments
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consensus : TCTCGGGTCCACTCCCGA-T-CCCTGGGC-G--AT-TAAACTC-CAGCTNAACCTCCGGG-CTGC---------TA----C-----C----A---------------CGA-T--CC-A---TATCC-------TC-TC--T----A-CTGTCCTC--GGAAA--A---G-GTG-G-GTG------------CC-T-T---A----------AAAC--G-CAC--A-CGCC---TG-TACTTCCTCCG--G-CG-CCCTGGTTT-CACGTGTGANCGTT-TCTTTTC-CCTGT-TCTGGGGTGTTGGGTTCTTGGGT--TGTNCNTGCTTTGGCGCCC-----GCTGG-G----ACAGCACACTCACATACTTCCTTTGGGGCG-----NCCCAGA-GGTTCTTGGC--------CACAGGCAAACTTTCTCCTAA---CTAGTGG----GCTCTCG---GT-AGGTA-TC--A--A-AC-C-A-TC-----ATTGGCTCCAGAGTAATGG--C-NT-----AGAGCCACCCTT-CAATT---A--CC-TTGGGGC-TCTAGAGCGACG-----CNGGGG-CT-GGCGGTCGTTCCTAGTAGAAGGT--GC-CGTCAGCTCCTT-GT--GCGCCTCCTGACTTA-T-GGTGCCAGG-----GCACTCCATAC
Reference ( family-1755 ) : TCTCGGGTCCACTCCCGA-T-CCCTGGGC-G--AT-TAAACTC-CAGCTNAACCTCCGGG-CTGC---------TA----C-----C----A---------------CGA-T--CC-A---TATCC-------TC-TC--T----A-CTGTCCTC--GGAAA--A---G-GTG-G-GTG------------CC-T-T---A----------AAAC--G-CAC--A-CGCC---TG-TACTTCCTCCG--G-CG-CCCTGGTTT-CACGTGTGANCGTT-TCTTTTC-CCTGC-TCTGGGGTGTTGGGTTCTTGGGT--TGTNCNTGCTTTGGCGCCC-----GCTGG-G----ACAGCACACTCACATACTTCCTTTGGGGCG-----NCCCAGA-GGTTCTTGGC--------CACAGGCAAACTTTCTCCTAA---CTAGTGG----GCTCTCG---GT-AGGTA-TC--A--A-AC-C-A-TC-----ATTGGCTCCAGAGTAGTGG--C-NT-----AGAGCCACCCTT-CAATT---A--CC-TTGGGGC-TCTAGAGCGACG-----CNGGGG-CT-GGCGGTCGTTCCTAGTAGAAGGT--GC-CGTCAGCTCCTT-GT--GCGCCTCCTGACTTA-T-GGTGCCAGG-----GCACTCCATAC
gi|1 : GT-G--ATCTAAA-TC-CAGCCCGATCTCCGGG-CTAC---------TG----C-----C----A---------------CAG-T--CT-G---TTTCC--------C-TC--T----------CC-----GAAA--ACAGG-GTG-G-ATGAGCTTTCCGGCCCC-T-T---G----------AAAC--G-TATGTA-CGCC---TA-CGTTTCCTCTG--A-TG-CCGTCGCTT-CATATATGGCTTTC-TCTTTTC-CGT-T-TCTGGGGNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNNN-N----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNCACAGGCAGA-TTTCTCGTAG---CTGAAAG----GCATTCA---TT-GGGTA-TC--ACTA-AC-----TC-------TGGGT--AAAGT-------C-CT-----AGAGTCACCCTT-CGA--------CC-TTGGGGC-TCCCGA-TGACT-----GTGGGA-TT-GATGGTCGTTCCTGG-----GGTATGC-TGACGACTCCTG-GT--GTGCCTCCTGAACAACT-GGTGACAGGGGCACGTACTCCCTAC
gi|10 : gnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGAACGTT-TCTTTTC-CCTGT-TCTTGGggagatccgcgcgctttcccacacttgaagcatgtcggggttgcctgttctaggcatggtgtcctttggccttgcaag
gi|10 : G-----CAGGGG-CTTGGCGGTCGTTCCTAGTAGAAGGT--GC-CGCCAGCTCCTT-GT--TCACTTCCTGACTTA-T-GGTTCCAAG-----GCACTCCATAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcaggggcttggcggtcgttcctagtagaaggtgccgccagctccttgttcacttcctgacttatggttccaaggcactccata
gi|11 : gaacgtttcttttccctgttcttggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTAGAACGACG-----CTGGGG-CT-GGGTGTCGTTCCTAGTAGAAGCT--GC-TATTAGCTCCTT-GT--TTGCCTATTGACTTA-T-GGTGCCAGG-----GTACTCTATAC
gi|12 : tgggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-A-TC-----ATTGGCTCCAGA-CGATGA--CATT-----AAA-------TT-CA------A--CT-TTGGGAC-TATAGAGCGAAC-----CTGGGG-CT-GGGGATCGTTCCTAATAGAACCT--GC-TGTTAGCTCTAT-AT--TTGCCTCCTGACTTA-T-AGTGCCAGG-----ACACTACATgg
gi|13 : tgggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttCTTCTGA---CTAGTAG----G-TCTCGTCTG--AGGTAATCTGA--GTAC-C-AATC-----ATTGGATTCAGAACAATGAGTC-ATCACCGAAACCAACCCTTGTAATTTCAA--CCATTGGGACATTTAGAGTGA-G-----CTGGGGGCT-GGGGTTCATGTCTAGT
gi|14 : gggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagcaagaaagTTTCTCCTGA---CTAGTGG----GCTCTCA---AT-AGGCA-TC--A--A-AC-CCA-TCCAGTGATTGGCTCCAGACGAG-GG--C-AT-----AGATCCACCCTT-CAATTCC-A--CC-TTGGGGC-TTTAGAGTGACG-----CAGAGG-TT-GGTAGTCGTTACTAGTAGAAGAT--GC-CGCCAGCCCCTT-GT--GCAGCTCCTGACTTG-T-GATGCCAGGACGT-ACACTCCA
gi|15 : TCTCAGGTTCACTCCT--------TGGCC-GTTAT-TAAGCTT-TATTAAAACCTCTAAGTCTGC---------TA----C-----C----AAGCCTCACCACCAATCGAAT--CC-A---TATCC-------TC-TC--T----A-CTGTCCTC--AGAAA--A---G-GTGAG-GTG------------CCAT-A---A----------AAACAGG-CAC--A-CGCC---TG-TACTTCCTCCG--GCCG-CCCTGGTTT-CAC
gi|16 : CTCGGGTTCACTCCT--------TGGGT-G--AG-TAAGCTT-TAGCTAAACCTCTAAG-CTGC---------TA----C-----C----AGCCTACCACAATC--CGA-T--CC-A---TATCC-------TC-TC--T----A-CTGTCCTC--GGAAA--A---G-GTG-G-GTG------------CC-T-T---A----------AAAC--G-CAC--A-CGCC---TG-TACTTCCTCCG--G-CG-CCCTGGTTT-CACGTGT
gi|17 : CTTGGGTAG--AT-TAG-CTT-CAGCTAAACCTCTAG--CTGTACCAGACCATA----C-----C----A---------------CAA-T--CC-A---GATCCAATTGCTTCGTC--T----AACTGCTCTC--GGAAA--A---T-GTG-GAGTG------------CC-TGTG--A----------AAAC--GACAC--A-TGCCAGATGATACTTCCTCCG--G-CG-CCCTGGTTTGCACc
gi|18 : caccgCGGGTTCACTCCT--------TGGGT-G--AT-TAAGCTTTCAGCT-AACCTCTAAG-CTGC---------TA----C-----C----AGCCTACCACAATC--CGA-T--TC-A---TATCT-------TC-TC--T----A-CTGTCCTC--G-AAA--A---G-GTG-T-GTG------------CC-T-T---A----------AAAC--G-CAC--A-TGCC---TG-TACTTCCTCCG--G-CG-CCCTGGTTT-CACGTGT
gi|19 : GTCCACTCTCGA-----CTGGGT-G--AT-TAAACTC-CTGTTCAACCTCTGGG-CTGC---------TATTAGC-----CTACAA---------------CGA-T--CC-A---TATCC-------TA-TC--T----T-CTGTCCTC--GGAAA--A---G-GTG-C-GTG------------CC-T-T---G----------AAAC--G-CAC--A-CACC---TG-TACTTCCTCCG--G-CG-CCTTGATTC-CTCGTc
gi|2 : tta-T-CCCTGGGT-G--AT-TTAACTT-CAGCCCGATATCCGGG-TAAC---------TG----C-----C----A---------------TAG-T--TT-G---T---T-------TC-TC--G----A----TCC----GAAAACAA---A-GCG-A-GTGAGCTTTCTTGCACC-T-TTTAA----------AAAT--G-TAC--A-CGCA---TG-CATTTCCTTCG--A-TG-CCTTCGCCT-TATACAC-AGCTTTCTCTGTTC-CCTA--TCTGGGGAGTTGGGTTCTTGGGT--TGTTCCAGCCTTGACACCCCCTTTGCGGG-GTCGGGCAGCACACTCACATACCTCCTTTGTGGCG-----ACCCAGATGGTTCTCAGC--------CAAAGGCAAAA-TCCTC--AA---TTGCTGGAGATGCACTCT---GTAAGGTA-TC--A-------C-G----------TAGCTCT-GGGTAATGA--C-CT-----AGGGTCACCCTT--AG-----A--CC-TTGGAGC-TCCAGAG-GA-G------TGGTG-CT-G------ATTACT----GA---------CGT---CTCACA-GT--GTACCTCCTGAATAC-T-GGTGCCAGG-----ACACTCC
gi|20 : tgtgtcagtcagaccctaacctctgctcatggtggtcaacaactgcctccacaaggtaggtcctgaactcgtagttttcaaccacatatccagtaagggcctcacataaaccaaaggtggtattaggcgtcttcctttcaggtatctggggttttcccaacaaagattactcTCGGGTTCACTCCT--------TGGGT-G--AT-TTAGCTT-CAGCTAAACCTCTAAG-CTTC---------TA----C-----C----AGCCTACCAC------CAA-T--CCGA---T-TCC-------T--TC--TTATCA-CTGTCCTC--AGAAA--A------T----GTG------------CC-T-T---A----------AAAC--G-CAC--AGCGTT---CG-TACTTTCCTCG--G-CC-GCCTG--TT-CAAGTctgtggaaatgcatgtcatgtatcttttaaagcatctgaggactggcagttcggcgtagtgtcccctggccttacagg
gi|21 : TCGGGTCCACTCCCGAAT-TCCTGGAC-G--AT-CAAACTC-CATCTTAACCTCCGGG-CTGC---------TA----C-----C----A---------------TGA-T--CC-A---TATCC-------TC-TC--T----A-GTGTCCTC--GGAAA--A---T-GTG-G-ATG------------CC-T-T---A----------AAAT--G-CAC--G-CGCG---TG-TACTTTCTCCG--G-CA-CCCTGGTTT-CACG
gi|22 : GTCCACTCCC--------TGGGT-G--AT-TAAACTT-TAGCTCAACCTCCGGG-CTGC---------TA----C-----C----AGCCTACCA-------CAA-T--TT-A---TATCC-------TC-TC--T----T-CTGTCCCA--GGAAA--A---G-GTG-G-GTG------------CC-T-T---T----------AAAC--G-CAC--A-CACC---TG-TACTTCCTCTG--G-CG-CCCTGAATT-CAC
gi|23 : gtCTCGGGTTCACT------T-CCTTGG-T-G--AG-TAG-CTT-TAGCTAAACC-CTAAG-CTGC---------TA----C-----C----AGCCTACACAATC---CGA-T--CC-A---TATCC-------TC-TC--T----A-CTGTCCTC--GGTAA--------GTG-G-GTG------------CC-T-T---A----------AAAC--G-CAT--A-CG-C---TG-TAC-TCCTCC---G-CGCCCCTGGTTt
gi|24 : CTTGGGT-G--AT-TAAGCTT-C-GCTAAACCTCTAG--CTGG---------TA----CAGCCTC----C---------------CAA-TGCCC-GCTCTATT--------TC-TC--T----A-CTGTC-TC--GGAAA--A---ATGTGCG-GTG------------CC-C-T---T----------AAAT--G-CAC--C-TGCC---TG-TTCTTCCTT-G--G-CG-CCCTTGTTTTCACGTca
gi|25 : gtctCTCGGGTCCACTTCCGA-TTCCCTGGGC-G--AT-CAAACCC-CAGCTCAACCTTCAG---T--------------------------------------------CAA-T--CC-A---TATCC-------TC-TCTAT----A-CCGTCCTCGGGGAAA--A---G-GTG-A-GTG------------TT-T-T--------------AAAC--A-CAA--G-CGCC---TG-CATTTCCTCCG--G-CG-CCCTGGTTT-CACtt
gi|27 : TGG--C-CG-----AGAATCGCCTTT-CGA--------CC-ATGGAGC-CTCAGAGTGATG-----CTGGAG-CT-GATGGTTGTTCCTAATAGATAGT--GA-CAGCGGGTCATT-GT---------TTGGCACA-T-GGTGCCAGG-----GCATTTCCTA
gi|28 : atctggatgaTCTCAGGTCCATTCCCAA-T-CACTAGGT-G--AT-CAAACT----ACT--ACC----AG-C--C---------TA----C-----C----A---------------CGA-T--CC-A---TAGTC-------TC-TC--T----A-TTTTCCTT--AGAAA--A---G-GCG-G-ATG------------CC-T-T---A----------AAAC--tggaaat
gi|29 : tGGGGG-TTTAGAGCGACGGGCTGCGGGGG-CT-GG--GTCGTTC-TAGTAGAAGGT--GCGTGTCAGCTCCCTCGTTTGTGCCTCCTGACAT--T-GGTGCCAGG-----ACACTCCATcccggggggacctcttc
gi|3 : gTCTCGGGTCCACTCCCGAAT-CCCTGGAC-G--AT-CAAACTC-CAGCTTATCTTCCGGG-CTGC---------TA----C-----C----A---------------CAA-T--CC-A---TATCC-------TC-TC--T----A-CTGTCCTC--GGAAA--A---G-GTT-G-ATG------------CC-T-T---A----------AAAT--G-CAC--G-CGTG---TG-TACTTCCTCCG--G-CA-CTCTGGTTT-CACGTATGAACGTT-TCTTTTC-CTTGC-TCTGGGNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNNN-N----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNNN-NNNNNNNNNN--------NNNNNNNNNNNTTTCTCCTGA---CTAGTGG----AATCTCT---GT-AGGTA-TC--A--A-ACTC-A-TC-----ATTGGCTCCAGAGTAG-GA--C-AT-----AGAACTACCCTT-CAGTTGA-A--CC-TTGGGGC-TATAGAGCGACG-----CAGGGG-CT-GGCGGTCGTTCCTAGTAGAAGGT--GC-CGTCAGCTCCTT-GT--GCGCTTCCTGGTTTA-T-GGTCCCAGG-----GCACTCCATACt
gi|30 : TAGAGCGACA-----CAGGAG-CT-GGCGGTAGTTCCTTGTAGAAGGT--GC-CGTCAGCTCCTT-GT--GTGCCTCCTGACTTA-T-GGTGCCAGG-----GTACTCCATAC
gi|31 : TTATTGGC--------TACAGAAAAGCTT----CAAAAAGCTAGTGG----GCTCTCG---GT-AAGTA------------------------------TCTAGA-TGATGA--C-CG-----AGAATCACCTTT-CG------A--CC-ATGGAGC-TCCAgg
gi|32 : TCTGGTCCACTCGCGA-TTCCCTATGC-G--AT-CAAACCC-CAGTTCAACCCCCAGG-CTGC---------TA----C-----C----A---------------CGA-T--CC-A---TATCC-------TC-TC--T----
gi|33 : GG--C-AT-----ATTACTACCCTT-CAATT---GACCC-TTGGGGC-TTTATAGCAACG-----CAGGGG-CT-GGCGGTCGTTCCTAGTAGA
gi|35 : ccag-------TC-T---T----A-CTGTCTCA--GGAAA--A---GAGTG-A-GTG------------CC-T-T---ACAA-------AAAC--G-CAC--A-CGCC---TG-TACTTCCCC----G-CG-CC
gi|36 : -GTG-G-GTG------------CT-T-T---A----------AAAC--G-CAC--A-CGCC---TT-TACTTCCTCTG--A-CG-CCCTGGTTT-CACGTGTtcctg
gi|37 : --A-TGCC---TG-TACTTCCTCCG--G-CA-CCCTGGTTT-TACGTGTcc
gi|4 : TCGGGTCCACTCCCGAAT-CCCTGGAC-G--AT-CAAATTC-CAGCTTAACCTCCGGG-CTGC---------TA----C-----C----A---------------TGA-T--CC-A---TATCC-------TC-TC--T----A-CTGTCCTC--GGAAA--A---G-GTG-G-ATG------------CC-T-T---A----------AAAT--G-CAC--G-CGCG---TG-TACTTCCTCCG--G-CA-CCCTGGTTT-CACGTAAGAGTGTT-TCTTTTC-CCTGC-TCTGGG----NNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNNN-N----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNNN-NNNNNNNNNN--------NNNNNNNNNNNTTTCTCCTGA---CTAGTGG----GCTCTCT---GT-AGGTA-TC--A--A-CC-CTA-TC-----ATTGACTCCAGACCAG-GG--C-AT-----ATAATTACCATT-CAATTGA-A--CA-TTAGGGC-TTTGGAACGACG-----CAGGGG-CT-GGCGGTCGTTCCTAGTAGATTGT--GC-CGTCAGCTCCTT-GT--GCGCTCCCTAATTTA-T-GGTCCCAGG-----GCACTCCATActt
gi|5 : -T---G----------AAAC--G-TAC--A-CGTC---TG-CGTTTTTTCTG--A-TG-CCCTCGTTT-CATACACGACTTTC-TCTTCTC-CTTA--TCTGGGGTGTTGGATTCTTGGGT--TGTACATGCTTTGGCGCCC-----GCTGG-G----ACAGCACATTCACATACTTCTTTTGGGGCA-----TCCCAGA-TGTTCTTGGC--------CACAGGCAAAC-TTCTTGTAG---CTGGAAG----GCTCCCA---GT-AGGT----------------A-TC-----ATTAGCTCTAG-GTAATGG--T-TG-----AGAGCTACCCTA-CA------A--CC-TTGAGGC-TCCAGAGTGACG-----CTCGGG-CT-GATGGTCATTC-------GAGAT--GA-CGT---CTCTCT-GT--ATGCCTCCTGAC-AA-CAAGTGCCAGG-----GCACTTCTTAC
gi|6 : gTT-TCTTTTT-TCTATATCGAGGGTGTTGGGTTTTTGAGTCATGTCCAT-CTTGGGGGCCT------CTGGAG----ACAACACGCTCACATATTTCCT----GGCGGTTGCCCCCCGACAGCTCCTGAC--------CACAGGCTAGC-TTCTCATAG---CTGG-AC----GCTCTCG---AT-G------C--G--A------A-TC-----ACTAGCTCT-GAGTACAGG--C-CT-----AGAGTCACCCTT-C-ATC---A--C---TGGGGC-TCAAGAGTGATG-----CAAGggaaatgcctggctttccaacatttgaagcatgtcggggttgcctgttctattgtagtatctcttggcctcgcagag
gi|7 : atggcGAACGTT-TCTTTTC-TCTGT-TCTGGGttgttctcccggtgtgctctgagacagccggtgcacagaacactccctacgagaagtgtcacgggttttccaccacaacttgaaaatctggattgccagttctggtgtagtgtcccttggcctcgcaggg
gi|7 : g-TTGGGAC-TTTAGAGCGACG-----CAGGTG-CT-GGCGGTCGTTCCTAATAGAAGGT--GC-CGTGAGCTCCTT-GT--GCGCTTCCTTATTTA-T-GGTCCCAGG-----GCACTCCcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgggactttagagcgacgcaggtgctggcggtcgttcctaatagaaggtgccgtgagctccttgtgcgcttccttatttatggtcccagggcactcc
gi|8 : ggaacgtttcttttctctgttctgggcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGT-G--ATCTAAA-TC-CAGCCCAATATCAGGG-CTGC---------TG----C-----C----A---------------AG--------------TTC-------TG-TT--T----C-CTG--CTC--CGAAA--ACAGG-GTG-G-GCGAG----------CG-T-T---ACGACACATGGAAAC--G-TAT--A-CGCC---CG-CATTTCCTCCGATG-CG-C
gi|9 : gnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTT-TCTCTTCTCCTTA-TCTGGGGTGTTGGGTTCTTGGGT--TGTACCTGCTTTGGCGCCC-----CCTGG-G----ACAGCACATTCACAGACTTCCTTTGGGACA-------CCAGAGGGTTCTTAGC--------CACAGGGAAA-TTTCTTATAG---CTAGAAT----GCTACCA---GT---------------------A-TC-----ACTAGCTCTAG-GTAATGG--C-TG-----AGAGCTACCCCA-CA------A--CC-TTTTGGT-TCCAGAGTGACG-----CTGGGG-CT-GACGGTCATTCGAGGT--AATG---GC-TATCA--------AT--ATGACTCCTGACTAC-T-GGTGCCAGG-----GC
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): CTGGTGGTTGCACCCGATGGCTCCCGGGGTGCATCCGGACAGCTGGTGCCAGAACACTCCCTACGGAAGTGCCCGGGTTTCCCACTCTTGAAACATCTCGGGGTTTACTGTTCTGGTTTAGTGTCCCTTGGCTTCGCAGGG
Unaligned ( gi|34 ): TCCTGGATACTAACGAGATGTTAGGACACATATTACCGAAATGTCCCTTTCCAATGCACTTGAAGCATAT
Unaligned ( gi|38 ): AGGAAAATTCCCAGCTATGCTGCACCTAAAAC