lowQualScore : 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111
lowQualScore : 11 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11 55555555 333333 3333 1 666666666666666666 1 5555555 2222 444444 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1111 111 33333 11 666666666666666666666666666666666666666666 111 111 1 4444444444444444444 1 1111 333333 111 3333333 33333 1 22222222222 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1 4 6666666 1 55555 333 33333333333 1 222 11 11111111111111111111 2222 2
lowQualScore : 6 6 22 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 44 88888888 777777 777 9 55 9 2 7777 5 222222222222222222 3 0000000 4444 3 7 000000 7 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 4444 999 0 44 8 11111 11 999999999999999999999999999999999999999999 7 777 6 111 99 6 0 4444444444444444444 77 9 77 77 0 3333 5 77 77 5 666 77 222222 5 000 3333333 99 22222 6 99 6 6 1 3 3 88888888888 7 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 5 0 6 6 6 6 5555555 2 3 77 22222 6 000 44444444444 3 333 88 7 22222222222222222222 7777 0
lowQualScore : . . .. ............................................................................... . .. ........ ...... ... . .. . . .... . .................. . ....... .... . . ...... . ..................................................................................................................................................................................................................................................... .... ... . .. . ..... .. .......................................... . ... . ... .. . . ................... .. . .. .. . .... . .. .. . ... .. ...... . ... ....... .. ..... . .. . . . . . ........... . ......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... . . . . . . ....... . . .. ..... . ... ........... . ... .. . .................... .... .
lowQualScore : 0 0 00 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 55 55555555 000000 777 0 55 2 5 4444 0 000000000000000000 3 0000000 3333 7 3 333333 3 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 8888 333 8 00 0 88888 00 222222222222222222222222222222222222222222 3 222 7 777 22 7 8 3333333333333333333 99 9 99 99 1 6666 7 99 99 7 000 99 999999 0 000 7777777 22 77777 7 22 7 7 0 5 2 55555555555 5 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 0 0 0 0 0 0000000 5 3 33 00000 7 333 33333333333 3 333 33 3 00000000000000000000 7777 0
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATTAAAAGATGTT------TAGATTTGNACAATTAACAATTAAATGTTGTCCAGGTCCTATGGCTTACATAGAATACATAANACAACCTTATAGTNACANNCCTGAATCGACTGTTGCTGC--A--AACGCACCTTTATTTTATAACCCNNATATCCATATT--GGCAA-AAACCATTTTT-------AA-C-AAACA-AATG--T----TTG--ACAGCGGCATCAGG-GA--CTTAATGAT-ATAA------TG-AGATGGTTC-ACT--TT-TGTCTTTG-AT-CTTTT--GTAATGACNT-ATCCA-G-ATGTA---------AGG-ATNAN---TTTCTANAATA---NAATAGCATTATTCGTGCTAT---T----AG-GCATG-GATGAAAAA--GAGTTATGNAT--G--TG-ACAAANAACCACC--T-AAGCTCAACAAATCCATT-GATTATG-CCAAACGTATTTACTG--GTCA-AA-T--GCACGAAAATCAAAACTTT-TTTTAT-GAAATT--CTAAAC---C-AAAATT-ACTTCT-T-AC-TCTC----GGC---AA-AACAAAAAT-GG-A---GTG--AGCTT-TTGGA-----------TA------TC--AATACTA--AA--GAATGGGAAA-A--T--A-AT-C-CACA--AA--N-ACCTTTCAG---AGT-----TGACAAAGGACAG--TA-AA--TCC-AG--T-GGT-TTCAATACAGAATTA-T-CAAT-C--GCATCTTAGCGAC-------AAATTCTT------T---CTATTT-------AAAATTA-AAAAAAAGTTAATTCAAA--ATACTGC---C-G--CCT------TTG-TCA-TCT---GAAGAG-GAAATC-TATTTG--GAACATTATTTTATGG-GAGTTGCA-----ATTTTT-------T-ACA-AACTTTC-T----------TGAGTGC--AT--TTTTGAG------CTT-T--TTCTACG-G--AG-ACAAG---ACTGT---G--C-------CTAC-A-AA-T-A-G-CT-------ATTAC-CAAA--A---------AN-TCCTTTA-T-TC--TTGG--TNT---TATT----GAANAAT--A------GTA-TNAT-TCAAANTATTA--------ATTAT-TCT-CTTGCTGTAATATACTACAATCGTGTATATGCAACAAGGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACACAAAAAAACCTCGATCTNCCATA-TTTTCAGATACTAT---TTTGTGTTG--TTGTTTTTCTGA-ATAAGA--GAACG-ACTGTA---TAT--CTGATATACG-TG--AACAAAAA-----TAAAAAA--A-AAATATTAT
Reference ( gi|1 ) : TGTCAATCTCAAATCCTGCAGGACCACTACCTCAAGGAATTTACTTACAATATATTGAAAAACATTGAAAAATAGATTTGGATAA---------AGATGT-ATTCAAATC--ATGGGTTA----GGAC-TACAAAATAGC-----AGTAATAAGCCTGA-TCG----TTGCTGC--A--GATGTACCCTTATTTTATAACCCCAATATTCATATTTTGGCAACAAACC-TTTTT-------AA-C-AAACA-AATGTTT----TTG--AAAGCGGCATCAGGCAA--CTTAATGAT-ATAATTAATTTGAAGATGGTTC-ACT--TT-TGCCTTTGAATCCTTGT--GTAATAACCT-ATCCA-G-ATATA---------AGG-ATTAC---TTTTTTGAATA---AAGTAGCATAATTCATGCTAT---T----AG-GCATG-GATGAAAAA--AAGTTATGGAT--G--TG-ACAAAAAACTACC-CT-AAGCTCAACAAACCCATT-GATTATGCCCAAACATATTCATTGTTGTTA-AA-T--GCAAGAAAATCAAAACTTT-TTTTATGGAAATT--CTAAA----C-AAAAC--ACTTCTGT-AT-TCT-----GGC---CA-AACAAAAAT-GG-A---GTG--AGCTT-TTCGA-----------TA------TC--AATTCTA--AA--GAATGGGAAA-A--T--A-AT-C-CACA--AA--G-ACCTTTCAG---AGT-----TGACAAAGGACAG--TA-AA--TCC-AG--T-GGT-TTCAATATAGAATTA-T-CAAT-C--GCATCTTAGCAAC-------AAATTCTT------T--CCTATTT-------AAAATTAGAAAAAAAGTTAATTAAAA--AAACTGC---C-G--CTT------TTGTTCA--CT---GAAGAG-GAAATC-TA-T----GAACATTATTCTATGGTGAGTTGCA-----ATTTTT-------TAACA-AACTTTC-T----------TGAGTG---AT--TTTTGAG------CTT-T--TTCTACA----AG-ACAAG---ACTG----G--C-------TTAC-A-A--T-A-G-CT-------ATTAC-CAAA--A---------AA-TCCTTTATT-TC--TTGG--TTT---TATT----AAACAAT--A------GTA-TTAT-TCAAAATATTA--------ATTGT-TCT-TTGGCT-TAA-ATACT---ATGGTGTAT-TACAGCAAGATGTACTGAGAAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTTCACTCTGCTTTCAGACTCTTCTATACAAAAAA-------TCTCCCATA-TTTCCAGATACTATATCTTTGTGTTG--TTGTTTTTCTGAAATAAGA--GAATG-ACTGTA---TAT--CTGATATA---TG--AACAAGGAATTTTTAAAAAA--A-AAA-ATTATAAAA
gi|10 : TATTAAAAGATGTT------TAGATTTGTACAATTAACAATTAAAT-T-ATCCA--TC--ATGGCTTACATAGAATATATAATATAACCTTATAGTAACAAATCTGA-T-G----TTGCTGCTAATTAATACACCTTTATTTCATAACCCACATATCCATATT
gi|9 : GGATAA---------A--TGTTGTTCAGGTCCTAT------------AT-CATAAAACA-C-----AATCATATTCCTGAATCGACTGTTGCTGC--T--GACACACCTCTATTTTATAATCCACAGATCCATATT--GACAGAAAACCATTTTT-------AAAT-AAACA-AATG--T----TTG--ACAGCAACATCAG--AATTCTTAAAGAT---------------GATGGCTCAAAT--TT-TAGCTTTGAACATTTTT--GTGATgacagaaaga
gi|3 : TGCTGC--A--AACGCACCATTATTTTATAACCCCAATATTCATA--TTGGCAACAAATCATTTTTTTTTTAAAA-C-AAACA-AATG--T----TTG--ACAGCTGCATCAGACGA--CTTAATGAT-ATAAACAA--TGGAGATGGTTT-ACTAGTT-TG--TTT---------T--GTAAT-ACCT-ATCCA-G-ATGTA---------AGG-ATTAA---TTTTC----TA---GAATAGCATTATTCGTGCTGT---T----AGAGCATG-GAGGAAAAA-----TTATTGAT--G--TA-AC--GAAACCACCACT-AAGCTC-ACAAATCCATT-GATTGTG-CCAAACATATTTACTA-TGTCA-AA-T--GCAAG-ATATCTAAACTTTGTTTTAT-GAAATT--CTAAAC---C-AAAAT--ACTTCTGTCACATCT-----GGC---AG-AAC-AAAAT-GG-A---ATG--AGCTT-TTGGA-----------AA------TC--AACACTA--AA--GAATAAG-AG-A--T--A-AT-C-CACA--AA--A-TACTTTCAG---AG------TGAAAAAGGACAG--TGCAA--TCT-AA--T-GGT-TTCAATACAGA-------C--T-C--GCATCTTAGCGAC-------AGATTCTT----------CTATTT-------AAAATC---AATAGAG-TAATTCAAA--GTACTAC---A-A--TCT------TTG-TCAATCT---GAAGA--AAAATC-AATT----GAACA-TATTTTATGG-GAGT------------------------GCA-AACTTTC-C----------TAAGTT---A---ATTTGAG------CTT-T--TTGTACA----AG-ACAAG---ACTG----G--T-------CTAC-ATA--A-A-G-CT-------ATTAC-T-AA--A---------CG-TCTTTCA-T-TC--TTGT--TTT---TATT----AAA-AAC--A------GTA-TAAT-ACAAACTAGT---------GTTAT-TCT-gtttatacaaat
gi|2 : AACCCCAA-ATT-ATATA--GGCAA-GAACC-ATT---------AA-CGAAACATAGTATTTGACTTTGCGACAGTGGC----GG--A--CT--ATGATTATAAT--------AGATA--TG-ACT--TTCTGTTTTAGCATTCTTAT--GTAACGAC-T-ATCCATG-ATGTA---------AG--ATAAA---TTTCAAGAATA---CAAT-GCATAATTC-TGCTCT---TTA--AG-GTATG-GATGAAAAC--G---TATGGCT--GGTTGGACAAATAACCACC-ATGAAGCTCA-CAAAGC-ATTCGAGTAT---------TATTTACTGT-GTAATAA-TTGGCACGAAAG-CAAAACTTT-TTT-----AAATCTACTAGAACCCC-AAGACTTACATCCAC--C-TCT-----G-----CATAACAAAA---GG-ACAGGTG--CGCTTATTCTA-----------T-------TCGGAAT---AGCAA--GAATA--AAA-A--TTTA-AT-TTCATA--AA----ACCTT-CAG---ACG-----TGACTA-GGACAGGTTA-AAATTCCGAG--TAGGTGTTCGATA-AGAAT-A-TGTAAT-AAGGCATCTTAGCGAC-------AACTTGTT------TAACTCATTT-------TAAAT--GAA------TT--CTAAAATGAAATTAC---T-GGGCAA------CTGTTCA--CTTCTGAAGAG---AATC-CA-T----TGACATTATTTTATGGTGAGT-GCA-----ATGT----------AACA-AA-TTTC-T----------TAAGTA---AT--TTT--AG------ATT-TGATTTTAAGGG--AG-AAAAA---ACTGTGTTG--T-------TCAC-A-AA-TGA-A-AT-------ATTAC-CAAA--A---------AC-TCTTTTAAT-TC--TTGG---GT---TATT----GAAAAATTAA------ATACTTATATCAAAATATT
gi|4 : TGAAGA-GG--C-ACT--CT-TCTCGTGG--TCCTTTTTGGTAATA-CATGATCCC-TCATTGA---------AGGTATTGCATATTTTTTAGATATTTGA-TAGGAT----CATGCTAT--------AG-GCACCTAATTAATGA--AAGT-ATGCATTGG--TG-ACACACA-CGAC---T-AGTCCCAAC-----TATT-TGTTA---------GTATTTA--G--GTCA-AAAT--GCACAGAAATCAAAATTTT-TTTTATTGAAATT--CTAAA----CCAAAAT--ACTTCTTT-ACATCTC----GGT---AA-AACAACAATCGGCA---GTGGAAGATT-TTGGAGACACTGACCGTACGGCCTTC--AAT-CTA--AA--TA-TGAGAAATA--T--ACAT-C-CACATTAG--T-ACCTC-CAG---AGT-----GCACAAAG-ACAG--TA-AAA-TCC-AG--T-GGT-TTCAATAT-GAATTA-T-AAAC-C--GCATCTTAGCGAC-------AAATTCTTATTACATA-TCTGTTA-------AAAATTT---AAAAAGT-AATTCAAA--ATACTGC---A-G--CTT------TTG-TCAT-CT---G-AGAA-GGAATCGTA-TTG--GAAC--TATTTTATGG-GAGTTGCA-----ATTTTT---------ACACGACTTTC-TCTCCAGTTAGCGCGTGCGAGT--TATTGAG------TTTGT--TTCTACACACTAGAACATGTTAACCGT---G--CGTGTGCGTTAC-A-AATT-ACG-CTGTCGTAAATCAC-CAGATTACGGCTCTCTGG-TCCTTTATTGTCCTTTGGCCTAT---TATTCGGAAAAC-AT--A------ATA-GTAT-TCAAAAGTTGA--------ATTAT-GCT-TTgttggtt
gi|7 : TGCAGATGGTCC-ACT--T----CTTTT---------T--GCAAT-ACTT-ATCCA-A-ATATACAATGTAACAAA-ATAAC---TTTCTATAATA---TGATAGTATTATTCATGCTATAACTGTAAAG-GCTTG-GATGAAAAACGGAACCATGCAT---------CAAA------------AAGTTC-ACAAATCCACT-GATTATG-TCAAACAT-----TTG-----A-AA-T--GCA--ACAATCAAAAC----------------T--CTAAAC---C-GAAGT--ATTTC----AA-TCTCAGCAGGT---AA-AAC-AAAAT-GC-A---GTG--GGCTA-CTGGA-----------AG------TT--AACACTG--AG--GAGT-GAAAA-A--T--A-AT-T-CACA--AA--ATACCCTTCAA---A
gi|6 : tgtttgatagcggcatcaaAAAATCAAAA-TTT-TTCTATG-AAATT--CTAAAT---C-AAAACT-ACTT-----AG-TCTC----AGCAGGCA-AACAAAA-T-GA-A---ATG--AGCTT-TTGGG-----------TG------TA--GATAATA--GG--GAATGGG-AA-G--T--A-AT-C-CACA--AATCG--CCATTCAGATCAGCTAGAGTGACTAAAGATTG--TC-AAT-TCC-AA--T-GGT-TTTAGTAAAGAATTA-T-TAAC-A--AAATTTTAG--AC-------ATATTTAC------T--AATATTC-------AAAATTagagt
gi|5 : acaattttgaaattttaT-TAT-----AGC---AA-AACAAAA-T-GG-A---GTG--AGCTT-TTGGA-----------TA------TC--CATTCTA--AACGAAATGGGGAG-ACCT--G-ATCC-CACA--AA--T-A-CTTTCAG---AG------TGACAAAGGACAG--TA-A----CT-GGTAT-GGT-TTCAATACAGAATTATT-CAATAC--GCATCTTA-CGACTCACATTAAACTCTA------T---CTATCTCAAACAAAAAATCAAAAAAAAAGTAAATCCCAA--AG---GT---C-A--CTCGAATCATTG-TCACTCT---GAAGAGTGAAATC-TA-TTGAGGGACATAGTTCT-TAG-GAG-TGCATAATTATTTTTTTTTTTCTTACA-AATTCTCTT----------TTAGTGCC-ATCCCTATGAGTCTAATCCT-C--TCCTACG----AG-AC-AT---ACTG----GTTC-------CTACAA-A--T-A-GCCT-------ATTACACAAA--A---------ACTTTCTTTA-T-TC--TTGG--TTTCAGTATT----GAATAAT--ACAGATTGTA-TAAT---AACCTATTATTCCAAACATTGTATCTACTTGCTGTAATATACTACAATCGTGTATATGCAACAAGGTttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaccataaaatcctttattttagcttgtattcaaaataatagaaatgtacaaaacactcattttta
gi|8 : gtaattcagcaaataataagtctcatGA-----------TA------TC--AATACTA--AA--GAATGG-AAA-A--T--A-AT-C-CACA--AA--ATACCTTTCAG---AGT------GACACAGGACAG--TATAAC-TCC-AG--T-GGT-TTCAATACAGATTTA-T-CA--------ATCTTGGCGAC-------AAA-----------------ATTTA------AAAAATA-AAAAAAAG-TAATTCAAA--GTACTGCATGCAG--CCT------TTG-TCA-------GATGAG-GAATCT-TATT----GAACA-TATTTTATGG-GAG-TGCA-----ATTTTT-------T-ACA-AACTTTC-T----------GGAGTG---A---TTCTGAG------CTT-T--Tagcgca
gi|11 : gACACAAAAAAACCTCGATCTCCCATATTTTCCACGGACCATA---TTGTTTTAGTTTGTTTTTCTG--ATTAGAATGAATGAACTGTAAGTTATTCCTGATATATG-TG--AACAAAAA-----TAAAAAA--ACAAATATTAT
gi|13 : AA-------TTTATCATT-TTTTCAGATACTAT-TGTTT-TGTTG--TTGTTTTTCTGA--TA-GA--GAATG-ACTGTA---TAT--CTGATATA---TGTGAACAAAAA-----TAAAAAATAA-AAA-AT
gi|16 : ATA-TCTT-AGATACT-----TTTGTGTT--------TTTCTGATATAAGA----ACG-ACTGTA---CAT--CTG-TATACGGTG--AAC---GAA-----AAAAAA--G-AA
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): AATCTAATTAAAATCAAATCCCCCAGCTCATTAATTTTGTTGTTTTCGCGTGGTCCTGAGCGAAAACAAGAAAATCAATGAGTTGGGAGATTTAATTTTAATTAG
Unaligned ( gi|14 ): GTGGACATTTTTATTCTTGAATCTCTTGGGCCTATCCTATGATTGTCCGATAATTCATCAATAATTATATATAATATG
Unaligned ( gi|15 ): TAAAGGTTAACAAATCAAGGTCACTGCTTATCACGATATCTCAAAAGTTCCATTTTTAACGAAAATAATCCTTGCT
Unaligned ( gi|17 ): TCGATTTACGAATTTATCCATAGCCTGGTTACCATGACTTAAAA
Unaligned ( gi|18 ): ATAAATACAATTTATTTCATAATTTCACAGTCTTTAATTGAC
Alignments
lowQualScore : 555555 33333333 11 66666666666666666666666666666666666 444444 22222 11 111 4444444 1 1 11 11 999999999999999999999999999999999999 666666666666666 1 111 333333333 11 11111 1111 1 44444444 22222 4444444 22222222 33333333333333 11 3333333333 33333 11 1 111111 111 3333333333333333333333333 111 1 111 3333333333333333333 1 11 2222222 22222 1111111111 1111111 33333333333333 2222222 1111 2222 1111 33333333333 222 333 1 1 33333333333333333333333333 11111111 555555555 111111 4444444444444444444444444444444444444 1111111 2222222 444444444444444 1111 11111111 111 222222222 11 333333333 1 11 1 1 222 1 222222 11 2222222 222 222 11 1 111 11 22 222222 111 1
lowQualScore : 777777 1 66666666 7 88 0 55 66666666666666666666666666666666666 1 0 22 111111 55555 1 22 5 11 888 3 3 2222222 0 0 11 11 444444444444444444444444444444444444 6 99 6 000000000000000 6 99 7 7 6 222 1 222222222 11 88888 1 3333 1 0 1 9 22222222 8 00000 7777777 1 44444444 66666666666666 11 0 3 3 8 0000000000 99999 3 8 8 11 0 1 1 6 222222 99 111 8888888888888888888888888 000 2 5 5 5 000 77 5 6666666666666666666 66 88 66 7777 5 66 66 5 5 5 0 66 00 3 888 6666666 77 55555 5 77 5 5 5 1 5 5555555555 4 8888888 0 99999999999999 5 4444444 777 4444 9999 2222 1 11111111111 6 6 333 888 6 666 1 3 99999999999999999999999999 6 1 99999999 3 222222222 6 999999 9999 8888888888888888888888888888888888888 0 2222222 6666666 8 0 111111111111111 8 8 7777 77777777 444 1 8 555555555 8 1 44 1 999999999 0 00 3 5 5 111 2 5 888888 1 22 5555555 000 999 7 22 2 0 777 33 3 00 888888 111 6
lowQualScore : ...... . ........ . .. . .. ................................... . . .. ...... ..... . .. . .. ... . . ....... . . .. .. .................................... . .. . ............... . .. . . . ... . ......... .. ..... . .... . . . . ........ . ..... ....... . ........ .............. .. . . . . .......... ..... . . . .. . . . . ...... .. ... ......................... ... . . . . ... .. . ................... .. .. .. .... . .. .. . . . . .. .. . ... ....... .. ..... . .. . . . . . .......... . ....... . .............. . ....... ... .... .... .... . ........... . . ... ... . ... . . .......................... . . ........ . ......... . ...... .... ..................................... . ....... ....... . . ............... . . .... ........ ... . . ......... . . .. . ......... . .. . . . ... . . ...... . .. ....... ... ... . .. . . ... .. . .. ...... ... .
lowQualScore : 555555 0 00000000 3 00 7 77 77777777777777777777777777777777777 0 7 00 333333 00000 2 00 6 00 000 2 2 5555555 0 0 00 00 444444444444444444444444444444444444 7 22 7 222222222222222 7 22 7 5 7 888 4 000000000 22 00000 0 6666 0 8 2 6 88888888 0 00000 0000000 0 00000000 66666666666666 44 8 6 2 0 2222222222 00000 2 0 0 00 0 7 0 7 888888 22 777 8888888888888888888888888 000 0 0 7 7 000 99 7 5555555555555555555 99 66 99 0000 0 99 99 0 0 0 0 99 99 2 888 3333333 99 44444 7 99 7 7 3 7 7 6666666666 3 6666666 1 99999999999999 7 3333333 777 2222 2222 0000 0 33333333333 7 7 222 777 7 888 3 3 22222222222222222222222222 7 0 33333333 7 555555555 7 222222 3333 4444444444444444444444444444444444444 8 4444444 0000000 0 8 888888888888888 0 0 0000 88888888 222 0 0 000000000 0 0 00 0 555555555 0 77 0 0 5 000 5 5 555555 0 55 2222222 222 888 0 55 0 0 555 88 2 55 222222 000 0
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATTGAAAGACGTTGAAAAATAGATTTGNACAATTAACAATTAAATGTTATTCAGGTC--ATGG-TTA---GGAATACATAAAATAGC----CAGTAATAANCCTGA-TCG--TGTTGCTGC-A---GACGCACCTTTATTTTATAACCCCAATATTCATATT--GGCA-ACAAACCATTTTT-------AAC-AAACA-AATGTTT--GACA--GCGGCATCAG-GCGA--CTTAATGAT-AT----AAT-------G-AGATGGTTC-ACT--TT-TGTCTT-G-A---C--TTT-T--GTAATGACCT-ATCCA-G-ATGTA---------AGG-ATT----ANTTTTTAGA-ATACGATAGCATNATTCATGCTAT---T----AG-GCA-----TGGATGAAAAA--GA-TTATGGAT--G--TG-ACAAA-AACCAC--C-T-AAGCTCAACAAATCCATT-GATTATGCC-AAACGTATTTACTGT-GTCA-AA-T--GCACGAAAATCAAAACTTT-TTTTAT-G-AAATT--CTAAA---CCAAAA-CTACTTC--T-T-AC-TCTC----GGCA---AAACAAAAAT-GG-A---GTG--AGCTT-TTGGA-----------TA------TC--AATA-CTAAA--GAATGGGAAA-A--T--A-ATC-C-AC-A--AA-TACCTTTCAG---AGT-----TGACAAAGGACAG--TA-AA--TCC-AG--T-GGT-TTCAATACAGAAT-TA-TCAAT-C--GCATCTTAGCGAC-------AAATTC-TT--------T--CT-ATTT-------AAAATT-A-A----AAAAAAG-TAATTCAAAA---TACTGC---C-G--C--CTTTG-TC-A--TCTGAAGAG-GAAATC-TATT---GAACATTATTTTATGG-GAGTTGCA-----ATTTT--------TT-ACA-AACTTTC-T------TNAGTG--AT-----TT-TTGAG------CTT-T--TTCTAC------G-AGACAAG---ACT-GTGC-------T---TACAAA-T-A-G-CT-------ATTAC-CAAA--A---------A-NTCCTTT-A-TT----CTTGG--TTT---TATT--GAAAA-AT--A------GTA-TTAT-TCAAAATATTA--------ATTGT-TCT-TTNGCTGTAATATACTACAATNGTGTATATGCAGCAAGGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACACAAAAAAACCTCGATCTCCCATATTTT-CAGATACTAT---T-TTGTGTTG--TTGTTTTTCTGA-A-TAAGA-GAATG-ACTGTA---TAT--CTGATATAC-GTGAACAAAAA-----TAAAAAA-A-AAA-ATTAT
Reference ( family-1705 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATTAAAAGATGTT------TAGATTTGNACAATTAACAATTAAATGTTGTCCAGGTCCTATGGCTTACATAGAATACATAANACAACCTTATAGTNACANNCCTGAATCGACTGTTGCTGC-A---AACGCACCTTTATTTTATAACCCNNATATCCATATT--GGCA-A-AAACCATTTTT-------AAC-AAACA-AATGTTT--GACA--GCGGCATCAG-G-GA--CTTAATGAT-AT----AAT-------G-AGATGGTTC-ACT--TT-TGTCTTTG-A-T-C--TTT-T--GTAATGACNT-ATCCA-G-ATGTA---------AGG-ATN----ANTTTCTANA-ATANAATAGCATTATTCGTGCTAT---T----AG-GCA-----TGGATGAAAAA--GAGTTATGNAT--G--TG-ACAAANAACCAC--C-T-AAGCTCAACAAATCCATT-GATTATGCC-AAACGTATTTACTG--GTCA-AA-T--GCACGAAAATCAAAACTTT-TTTTAT-G-AAATT--CTAAA---CCAAAA-TTACTTC--T-T-AC-TCTC----GGCA---AAACAAAAAT-GG-A---GTG--AGCTT-TTGGA-----------TA------TC--AATA-CTAAA--GAATGGGAAA-A--T--A-ATC-C-AC-A--AA-NACCTTTCAG---AGT-----TGACAAAGGACAG--TA-AA--TCC-AG--T-GGT-TTCAATACAGAAT-TA-TCAAT-C--GCATCTTAGCGAC-------AAATTC-TT--------T--CT-ATTT-------AAAATT-A-A----AAAAAAGTTAATTCAAAA---TACTGC---C-G--C--CTTTG-TC-A--TCTGAAGAG-GAAATC-TATTT-GGAACATTATTTTATGG-GAGTTGCA-----ATTTT--------TT-ACA-AACTTTC-T------TGAGTG-CAT-----TT-TTGAG------CTT-T--TTCTAC-----GG-AGACAAG---ACT-GTGC-------C---TACAAA-T-A-G-CT-------ATTAC-CAAA--A---------A-NTCCTTT-A-TT----CTTGG--TNT---TATT--GAANA-AT--A------GTA-TNAT-TCAAANTATTA--------ATTAT-TCT-CTTGCTGTAATATACTACAATCGTGTATATGCAACAAGGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACACAAAAAAACCTCGATCTNCCATATTTT-CAGATACTAT---T-TTGTGTTG--TTGTTTTTCTGA-A-TAAGA-GAACG-ACTGTA---TAT--CTGATATAC-GTGAACAAAAA-----TAAAAAA-A-AAATATTAT
gi|1 : TATTGAAAAACATTGAAAAATAGATTTGGATAA---------AGATGT-ATTCAAATC--ATGGGTTA---GGACTACA--AAATAGC-----AGTAATAAGCCTGA-TCG----TTGCTGC-A---GATGTACCCTTATTTTATAACCCCAATATTCATATTTTGGCA-ACAAACC-TTTTT-------AAC-AAACA-AATGTTTTTGAAA--GCGGCATCAG-GCAA--CTTAATGAT-AT----AATTAATTTGA-AGATGGTTC-ACT--TT-TGCCTTTG-AAT-C--CTTGT--GTAATAACCT-ATCCA-G-ATATA---------AGG-ATT----ACTTTTTTGA-ATAAAGTAGCATAATTCATGCTAT---T----AG-GCA-----TGGATGAAAAA--AAGTTATGGAT--G--TG-ACAAAAAACTAC--CCT-AAGCTCAACAAACCCATT-GATTATGCCCAAACATATTCATTGTTGTTA-AA-T--GCAAGAAAATCAAAACTTT-TTTTAT-GGAAATT--CTAAA---C-AAAA-C-ACTTC--TGT-AT-TCT-----GGCC---AAACAAAAAT-GG-A---GTG--AGCTT-TTCGA-----------TA------TC--AATT-CTAAA--GAATGGGAAA-A--T--A-ATC-C-AC-A--AA-GACCTTTCAG---AGT-----TGACAAAGGACAG--TA-AA--TCC-AG--T-GGT-TTCAATATAGAAT-TA-TCAAT-C--GCATCTTAGCAAC-------AAATTC-TT--------TC-CT-ATTT-------AAAATT-AGA----AAAAAAGTTAATTAAAAA---AACTGC---C-G--C--TTTTGTTC-A---CTGAAGAG-GAAATC-TAT----GAACATTATTCTATGGTGAGTTGCA-----ATTTT--------TTAACA-AACTTTC-T------TGAGTG--AT-----TT-TTGAG------CTT-T--TTCTAC------A-AGACAAG---ACT-G-GC-------T---TAC-AA-T-A-G-CT-------ATTAC-CAAA--A---------A-ATCCTTT-ATTT----CTTGG--TTT---TATT--AAACA-AT--A------GTA-TTAT-TCAAAATATTA--------ATTGT-TCT-TTGGCT-TAA-ATACT---ATGGTGTAT-TACAGCAAGAT
gi|1 : tgtcaatctcaaatcctgcaggaccactacctcaaggaatttacttacaataATACAAAAAA-------TCTCCCATATTTC-CAGATACTATATCT-TTGTGTTG--TTGTTTTTCTGA-AATAAGA-GAATG-ACTGTA---TAT--CTGATATA---TGAACAAGGAATTTTTAAAAAA-A-AAA-ATTATgtactgagaagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncttcactctgctttcagactcttctatacaaaaaatctcccatatttccagatactatatctttgtgttgttgtttttctgaaataagagaatgactgtatatctgatatatgaacaaggaatttttaaaaaaaaaaattataaaa
gi|10 : tgtcaatctcaaatcctgcaggaccactacctcaaggaatttacttacaatatattgaaaaacattgaaaaatagatttggataaagatgtattcaaatcatgggttaggactacaaaatagcagtaataagcctgatcgttgctgcagatgtacccttattttataaccccaatattcatattttggcaacaaacctttttaacaaacaaatgtttttgaaagcggcatcaggcaacttaatgatataattaatttgaagatggttcacttttgcctttgaatccttgtgtaataacctatccagatataaggattacttttttgaataaagtagcataattcatgctattaggcatggatgaaaaaaagttatggatgtgacaaaaaactaccctaagctcaacaaacccattgattatgcccaaacatattcattgttgttaaatgcaagaaaatcaaaactttttttatggaaattctaaacaaaacacttctgtattctggccaaacaaaaatggagtgagcttttcgatatcaattctaaagaatgggaaaataatccacaaagacctttcagagttgacaaaggacagtaaatccagtggtttcaatatagaattatcaatcgcatcttagcaacaaattctttcctatttaaaattagaaaaaaagttaattaaaaaaactgccgcttttgttcactgaagaggaaatctatgaacattattctatggtgagttgcaattttttaacaaactttcttgagtgatttttgagctttttctacaagacaagactggcttacaatagctattaccaaaaaatcctttatttcttggttttattaaacaatagtattattcaaaatattaattgttctttggcttaaatactatggtgtattacagcaagatgtactgagaagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncttcactctgctttcagactcttctTATTAAAAGATGTT------TAGATTTGTACAATTAACAATTAAA--TTATCCA--TC--ATGGCTTACATAGAATATATAATATAACCTTATAGTAACAAATCTGA------TGTTGCTGCTAATTAATACACCTTTATTTCATAACCCACATATCCATATT--GACA-G-AAAaaaa
gi|11 : ACACAAAAAAACCTCGATCTCCCATATTTTCCACGGACCAT---A-TTGTTTTAGTTTGTTTTTCTGA-T-TAGAATGAATGAACTGTAAGTTATTCCTGATATAT-GTGAACAAAAA-----TAAAAAA-ACAAATATTATga
gi|13 : ATTTATCATTTTTT-CAGATACTAT---TGTTTTGTTG--TTGTTTTTCTGA---TA-GA-GAATG-ACTGTA---TAT--CTGATATAT-GTGAACAAAAA-----TAAAAAATA-AAAAAT
gi|16 : aATATCTT--AGATACT-----T-TTGTGTT--------TTTCTGATA-TAAGA---ACG-ACTGTA---CAT--CTG-TATACGGTGAACGAAAA------AAAAGA-A-
gi|2 : AACCCCAA-ATT-ATATA--GGCA-A-GAACCATT----------AACGAAACATAGTATTT--GACTTTGCGACAGTGGCG-GA--CT--ATGATTAT----AAT---------AGATA--TG-ACT--TTCTGTTTTAGCA-TTC--TTA-T--GTAACGAC-T-ATCCATG-ATGTA---------AG--ATA----AATTTCAAGA-ATACAAT-GCATAATTC-TGCTCT---TTA--AG-GTA-----TGGATGAAAAC--G---TATGGCT--GGTTGGACAAATAACCAC--CATGAAGCTCA-CAAAGC-ATTCGAGTAT---------TATTTACTGT-GTAATAA-TTGGCACGAAAG-CAAAACTTT-TTT------AAATCTACTAGAACCCCAAGACTTACATC--C---AC--CTC----TGCA---TAACAAAA---GG-ACAGGTG--CGCTTATTCTA-----------T-------TCGGAATAGC--AA--GAATA--AAA-A--TTTA-ATTTC-AT-A--AA--ACCTT-CAG---ACG-----TGACTA-GGACAGGTTA-AAATTCCGAG--TAGGTGTTCGATA-AGAATATG-T-AAT-AAGGCATCTTAGCGAC-------AACTTG-TT--------TAACTCATTT-------TAAATG-A-ATTCTAAAA--------TGAAAT---TACTGG-----G--CAACTGT--TC-ACTTCTGAAGAG---AATC-CATT----GACATTATTTTATGGTGAGT-GCA-----ATGTA-----------ACA-AA-TTTC-T------TAAGTA--AT-----TT-T--AG------ATT-TGATTTTAA-----GGGAGAAAAA---ACT-GTGT-------TGTTCACAAA-TGA-A-AT-------ATTAC-CAAA--A---------A-CTCTTTTAA-TT----CTTGG---GT---TATT--GAAAA-ATTAA------ATACTTATATCAAAATATT
gi|3 : TGCTGC-A---AACGCACCATTATTTTATAACCCCAATATTCATATT--GGCA-ACAAATCATTTTTTTTTTAAAAC-AAACA-AATGTTT--GACA--GCTGCATCAG-ACGA--CTTAATGAT-ATAAACAATG------G-AGATGGTTT-ACTAGTT-TG--------------TTT-T--GTAAT-ACCT-ATCCA-G-ATGTA---------AGG-ATT----AATTTTC-----TAGAATAGCATTATTCGTGCTGT---T----AGAGCA-----TGGAGGAAAAA-----TTATTGAT--G--TA-ACGA--AACCACCAC-T-AAGCTC-ACAAATCCATT-GATTGTGCC-AAACATATTTACTAT-GTCA-AA-T--GCAAG-ATATCTAAACTTTGTTTTAT-G-AAATT--CTAAA---CCAAAA--TACTTCTGT-C-ACATCT-----GGCA---GAAC-AAAAT-GG-A---ATG--AGCTT-TTGGA-----------AA------TC--AACA-CTAAA--GAATAAG-AG-A--T--A-ATC-C-AC-A--AA-ATACTTTCAG---AG------TGAAAAAGGACAG--TGCAA--TCT-AA--T-GGT-TTCAATACAGA-------C--T-C--GCATCTTAGCGAC-------AGATTC--T--------T--CT-ATTT-------AAAATC-A-A----TAGAG---TAATTCAAAG---TACTAC---A-A--T--CTTTG-TCAA--TCTGAAGA--AAAATC-AATT---GAACA-TATTTTATGG-GAG------------------------T-GCA-AACTTTC-C------TAAGTT-AA-------T-TTGAG------CTT-T--TTGTAC------A-AGACAAG---ACT-G-GT-------C---TACATA-A-A-G-CT-------ATTAC-T-AA--A---------C-GTCTTTC-A-TT----CTTGT--TTT---TATT---AAAA-AC--A------GTA-TAAT-ACAAACTAGT---------GTTAT-TCT-gttggtt
gi|4 : C-ACT--CT-TCTCGTGG-T-C-C--TTT-TTGGTAAT-ACATGATCCC-TCATTGA---------AGGTATTGCATATTTTTTAGATATTTGATAGGAT----CATGCTAT--------AG-GCACCTAATTAATGAAAG-------TATGCATTGG--TG-ACACACA--CGA--C-T-AGTCCCAAC-----TATT-TGTTA---------GTATTTA--G--GTCA-AAAT--GCACAGAAATCAAAATTTT-TTTTATTG-AAATT--CTAAA---CCAAAA-T-ACTTC--T-TTACATCTC----GGTA---AAACAACAATCGGCA---GTGGAAGATT-TTGGAGACACTGACCGTACGGCCTTC--AAT--CTAAA--TA-TGAGAAATA--T--ACATC-C-AC-ATTAG-TACCTC-CAG---AGT-----GCACAAAG-ACAG--TA-AAA-TCC-AG--T-GGT-TTCAATAT-GAAT-TA-TAAAC-C--GCATCTTAGCGAC-------AAATTC-TTATTACATAT--CT-GTTA-------AAAATT-T-A----AAAAG---TAATTCAAAA---TACTGC---A-G--C--TTTTG-TC-A--TCTG-AGAA-GGAATCGTA-TT-GGAAC--TATTTTATGG-GAGTTGCA-----A-TTT--------TT-ACACGACTTTC-TCTCCAGTTAGCG-CGTGCGAGTTATTGAG------TTTGT--TTCTACACACTAG-A-ACATGTTAACC-GTGCGTGTGCGT---TACAAATT-ACG-CTGTCGTAAATCAC-CAGATTACGGCTCTCTG-GTCCTTT-A-TTGTCCTTTGGCCTAT---TATTCGGAAAACAT--A------ATA-GTAT-TCAAAAGTTGA--------ATTAT-GCT-TT
gi|5 : tgaagaggGCA---AAACAAAA-T-GG-A---GTG--AGCTT-TTGGA-----------TA------TC--CATT-CTAAACGAAATGGGGAG-ACCT--G-ATC-CCAC-A--AA-TAC-TTTCAG---AGT------GACAAAGGACAG--TA-A----CT-GGTAT-GGT-TTCAATACAGAAT-TATTCAATAC--GCATCTTA-CGACTCACATTAAACTC-TA--------T--CT-ATCTCAAACAAAAAATCAA-A----AAAAAAGTAAATCCCAAAGGTCACT-----C-GAAT--CATTG-TC-AC-TCTGAAGAGTGAAATC-TATTGAGGGACATAGTTCT-TAG-GAG-TGCATAATTATTTTTTTTTTTCTT-ACA-AATTCTCTT------TTAGTGCCATCC---CT-ATGAGTCTAATCCT-C--TCCTAC------G-AGAC-AT---ACTGGTTC-------C---TACAAA-T-A-GCCT-------ATTACACAAA--A---------ACTTTCTTT-A-TT----CTTGG--TTTCAGTATT--GAATA-AT--ACAGATTGTA-TAAT---AACCTATTATTCCAAACATTGTATCTACTTGCTGTAATATACTACAATCGTGTATATGCAACAAGGT
gi|6 : gtaattcagcaaataataagtctcatttataAAAATCAAAA-TTT-TTCTAT-G-AAATT--CTAAA---TCAAAA-CTA---C--T-T-AG-TCTC----AGCAGGCAAAC-AAAAT-GA-A---ATG--AGCTT-TTGGG-----------TG------TA--GATA-ATAGG--GAATGGG-AA-G--T--A-ATC-C-AC-A--AATCGCCATTCAGATCAGCTAGAGTGACTAAAGATTG--TC-AAT-TCC-AA--T-GGT-TTTAGTAAAGAAT-TA-TTAAC-A--AAATTTTA--GAC-------ATATTTACT--------A--AT-ATTC-------AAAATT-agcgca
gi|7 : acaattttgaaattttaTGTTT--GATA--GCGGCATCA-------------------------AT-------GCAGATGGTCC-ACT--TC-T---------------TTT-T--GCAAT-ACTT-ATCCA-A-ATATACAATGTAACAAA-ATA----ACTTTCTATA-ATATGATAGTATTATTCATGCTATAACTGTAAAG-GCT-----TGGATGAAAAACGGAACCATGCAT---------CAAA-------------AAGTTC-ACAAATCCACT-GATTATGTC-AAAC--ATTTG--------A-AA-T--GCA--ACAATCAAAAC-----------------T--CTAAA---CCGAAG--TATTTC------AA-TCTCAGCAGGTA---AAAC-AAAAT-GC-A---GTG--GGCTA-CTGGA-----------AG------TT--AACA-CTGAG--GAGT-GAAAA-A--T--A-ATT-C-ACAA--AA-TACCCTTCAA---Attannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaccataaaatcctttattttagcttgtattcaaaataatagaaatgtacaaaacactcattttta
gi|8 : GGA-----------TA------TC--AATA-CTAAA--GAAT-GGAAA-A--T--A-ATC-C-ACAA--AA-TACCTTTCAG---AG------TGACACAGGACAG--TATAAC-TCC-AG--T-GGT-TTCAATACAGATT-TA-TCA--------ATCTTGGCGAC-------AAA--------------------ATTTA------AAAAAT-A-A----AAAAAAG-TAATTCAAAG---TACTGCATGCAG--C--CTTTG-TC-A-----GATGAG-GAATCT-TATT---GAACA-TATTTTATGG-GAG-TGCA-----ATTTT--------TT-ACA-AACTTTC-T------GGAGTG--A------TT-CTGAG------CTT-T--Tagagt
gi|9 : TAAATGTTGTTCAGGTCCTAT------------AT-CATAAAACA------CAATCATATTCCTGAATCGACTGTTGCTGC-T---GACACACCTCTATTTTATAATCCACAGATCCATATT--GACAGA-AAACCATTTTTA------AAT-AAACA-AATGTTT--GACA--GCAACATCA--G-AATTCTTAAAGAT--------------------GATGGCTCAAAT--TT-TAGCTTTG-A-A-CATTTT-T--GTGATG-TTT-ATACA-A-AT
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): AATCTAATTAAAATCAAATCCCCCAGCTCATTAATTTTGTTGTTTTCGCGTGGTCCTGAGCGAAAACAAGAAAATCAATGAGTTGGGAGATTTAATTTTAATTAG
Unaligned ( gi|14 ): GTGGACATTTTTATTCTTGAATCTCTTGGGCCTATCCTATGATTGTCCGATAATTCATCAATAATTATATATAATATG
Unaligned ( gi|15 ): TAAAGGTTAACAAATCAAGGTCACTGCTTATCACGATATCTCAAAAGTTCCATTTTTAACGAAAATAATCCTTGCT
Unaligned ( gi|17 ): TCGATTTACGAATTTATCCATAGCCTGGTTACCATGACTTAAAA
Unaligned ( gi|18 ): ATAAATACAATTTATTTCATAATTTCACAGTCTTTAATTGAC
Alignments
lowQualScore : 333333 33333333 111 11 5555555555 1 4444444 33333333 22222 11 4444444 1 1 11 11 1111111 7777777777777777777 55555555555555555 1111111 22222 333333333 11 11111 11111 44444444 22222 55555555555555555555555555555555555555555 11 3333333333 22222 11 1 111111 111 222 33333333333333333 111 1 111 3333333333333333333 1 2222222 22222 1111111111 1111111 33333333333333 2222222 22222222 1111 33333333333 222 111 1 33333333333333333333333333 11111111 44444444444 111111 2222 111 33333333333333 1111111 2222222 444444444444444 1111 11111111 111 222222222 11 333333333 1 1 1 1 222 1 3333333 11 2222222 222 222 11 1 111 11 22 222222 11 1 1
lowQualScore : 000000 1 66666666 333 55 5555555555 3 7 5555555 1 33333333 55555 1 0 5 11 8 3 3 2222222 0 0 11 11 4444444 66 1 3333333333333333333 99 99 99999999999999999 4444444 33333 3 6 1 222222222 11 88888 1 8 8 33333 8 3 22222222 8 00000 33333333333333333333333333333333333333333 11 0 3 3 8 0000000000 55555 3 8 8 11 0 1 1 6 222222 99 111 000 1 66666666666666666 000 2 5 5 5 000 77 5 6666666666666666666 66 88 66 7777 5 66 66 5 5 5 5 66 55 3 888 6666666 77 55555 5 77 5 5 5 1 5 5555555555 4 8888888 0 99999999999999 5 4444444 55555555 5 888 2222 1 11111111111 6 6 333 888 6 111 9 3 99999999999999999999999999 6 1 99999999 1 00000000000 999999 9999 8888 8 0 444 8 99999999999999 0 2222222 6666666 8 0 111111111111111 8 8 7777 77777777 444 1 8 555555555 8 1 44 0 999999999 0 0 1 5 5 111 1 5 1111111 22 5555555 000 999 7 22 0 777 33 3 00 888888 33 0 3
lowQualScore : ...... . ........ ... .. .......... . . ....... . ........ ..... . . . .. . . . ....... . . .. .. ....... .. . ................... .. .. ................. ....... ..... . . . ......... .. ..... . . . ..... . . ........ . ..... ......................................... .. . . . . .......... ..... . . . .. . . . . ...... .. ... ... . ................. ... . . . . ... .. . ................... .. .. .. .... . .. .. . . . . .. .. . ... ....... .. ..... . .. . . . . . .......... . ....... . .............. . ....... ........ . ... .... . ........... . . ... ... . ... . . .......................... . . ........ . ........... ...... .... .... . . ... . .............. . ....... ....... . . ............... . . .... ........ ... . . ......... . . .. . ......... . . . . . ... . . ....... .. ....... ... ... . .. . ... .. . .. ...... .. . .
lowQualScore : 000000 0 00000000 000 77 7777777777 3 3 3333333 0 33333333 00000 2 6 6 00 8 2 2 5555555 0 0 00 00 4444444 22 0 6666666666666666666 22 22 55555555555555555 3333333 55555 7 7 4 000000000 22 44444 0 0 0 00000 8 8 88888888 0 00000 44444444444444444444444444444444444444444 44 8 6 2 0 2222222222 66666 2 0 0 00 0 7 0 7 888888 22 777 888 0 22222222222222222 000 0 0 7 7 000 99 7 5555555555555555555 99 66 99 0000 0 99 99 0 0 0 0 99 11 2 888 3333333 99 44444 7 99 7 7 3 7 7 6666666666 3 6666666 1 99999999999999 7 3333333 00000000 7 333 0000 0 33333333333 7 7 222 777 7 777 8 3 22222222222222222222222222 7 0 33333333 0 88888888888 222222 3333 0000 0 8 000 0 00000000000000 8 4444444 0000000 0 8 888888888888888 0 0 0000 88888888 222 0 0 000000000 0 4 00 6 555555555 0 0 0 0 5 000 0 5 5555555 55 2222222 222 888 0 55 0 555 88 2 55 222222 88 0 3
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATTGAAAGACGTTGAAAAATAGATTTGNACAATTAACAATTAAATGTTATTCAGGTCATGG-TTA---GGAATA-CATAAAATAGCC----AGTAATAANCCTGA-TCG--TGTTGCTGC--A--GACGCACCTTTATTTTATAACCCCAATATTCATATT--GGCAACAAACCATTTTT-------AAC-AAACA-AATGTTT--GACA--GCGGCATCAGGCG-ACTTAATGAT-ATAA----T-------G-AGATGGTTC--ACT--TT-TGTCTT-G---G---CTTT----T--GTAAT----GACCTATCCA-GATGTA---------AGG-ATT----ANTTTT-TAGA-ATACGATAGCATNATTCATGCTAT---T----AG-GCA-----TGGATGAAAAA---AA-TTATGGAT--G--TG-ACAAA-AA-CCACCA-T-AAGCTCAACAAATCCATT-GATTATGCC-AAACGTATTTACTGT-GTCA-AA-T--GCACGAAAATCAAAACTTT-TTTTAT-G-AAATT--CTAAA---CCAAAACT-ACTTC--T-T-AC-TCTC----GGCA---AAACAAAAAT-GG-A---GTG--AGCTT-TTGGA-----------TA------TC--AATA-CTAAA--GAATGGGAAA-A--T--A-ATC-C-ACAA--AAT-ACCTTTCAG---AGT-----TGACAAAGGACAG--TA-AA--TCC-AG--T-GGT-TTCAATACAGAAT-TA-TCAAT-C--GCATCTTAGCGAC-------AAATTC-TT--------T--CT-ATTT-------AAAATT-A-A----AAAAAAG-T-AATTCAAAA---TACTGC---C-G--C--CTTTG-TC-A--TCTGAAGAG-GAAATC-TATTGA---ACATTATTTTATGG-GAGTTGCA-----ATTTT--------TT-ACA-AACTTTC-T------TNAGTG-------AT--TTTTGAG------CTT-T--TTCTACG----AG-ACAAG---ACT-GTGC-------T---TACAAA-T-A-G-CT-------ATTAC-CAAA--A---------A-NTCCTTT-A-TT----CTTGG--TTT---TATT--GAAAA-AT--A------GTA-TTAT-TCAAAATATTA--------ATTGT-TCT-TTNGCTGTAATATACTACAATNGTGTATATGCAGCAAGGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACACAAAAAAACCTCGATCTCCCATATTTT-CAGATACTAT---T-TTGTGTTG--TTGTTTTTCTGA-A-TAAGA-GAATG-ACTGTA---TAT--CTGATATAC-GTGAACAAAAA-----TAAAAA--AA-AAA-ATTAT
Reference ( family-1705 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATTGAAAGACGTTGAAAAATAGATTTGNACAATTAACAATTAAATGTTATTCAGGTCATGG-TTA---GGAATA-CATAAAATAGCC----AGTAATAANCCTGA-TCG--TGTTGCTGC--A--GACGCACCTTTATTTTATAACCCCAATATTCATATT--GGCAACAAACCATTTTT-------AAC-AAACA-AATGTTT--GACA--GCGGCATCAGGCG-ACTTAATGAT-ATAA----T-------G-AGATGGTTC--ACT--TT-TGTCTT-G---A---CTTT----T--GTAAT----GACCTATCCA-GATGTA---------AGG-ATT----ANTTTT-TAGA-ATACGATAGCATNATTCATGCTAT---T----AG-GCA-----TGGATGAAAAA---GA-TTATGGAT--G--TG-ACAAA-AA-CCACC--T-AAGCTCAACAAATCCATT-GATTATGCC-AAACGTATTTACTGT-GTCA-AA-T--GCACGAAAATCAAAACTTT-TTTTAT-G-AAATT--CTAAA---CCAAAACT-ACTTC--T-T-AC-TCTC----GGCA---AAACAAAAAT-GG-A---GTG--AGCTT-TTGGA-----------TA------TC--AATA-CTAAA--GAATGGGAAA-A--T--A-ATC-C-AC-A--AAT-ACCTTTCAG---AGT-----TGACAAAGGACAG--TA-AA--TCC-AG--T-GGT-TTCAATACAGAAT-TA-TCAAT-C--GCATCTTAGCGAC-------AAATTC-TT--------T--CT-ATTT-------AAAATT-A-A----AAAAAAG-T-AATTCAAAA---TACTGC---C-G--C--CTTTG-TC-A--TCTGAAGAG-GAAATC-TATTGA---ACATTATTTTATGG-GAGTTGCA-----ATTTT--------TT-ACA-AACTTTC-T------TNAGTG-------AT--TTTTGAG------CTT-T--TTCTACG----AG-ACAAG---ACT-GTGC-------T---TACAAA-T-A-G-CT-------ATTAC-CAAA--A---------A-NTCCTTT-A-TT----CTTGG--TTT---TATT--GAAAA-AT--A------GTA-TTAT-TCAAAATATTA--------ATTGT-TCT-TTNGCTGTAATATACTACAATNGTGTATATGCAGCAAGGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACACAAAAAAACCTCGATCTCCCATATTTT-CAGATACTAT---T-TTGTGTTG--TTGTTTTTCTGA-A-TAAGA-GAATG-ACTGTA---TAT--CTGATATAC-GTGAACAAAAA-----TAAAAA--AA-AAA-ATTAT
gi|1 : TATTGAAAAACATTGAAAAATAGATTTGGATAA---------AGATGT-ATTCAAATCATGGGTTA---GGACTA-CA--AAATAGC-----AGTAATAAGCCTGA-TCG--T--TGCTGC--A--GATGTACCCTTATTTTATAACCCCAATATTCATATTTTGGCAACAAACC-TTTTT-------AAC-AAACA-AATGTTTTTGAAA--GCGGCATCAGGCA-ACTTAATGAT-ATAA----TTAATTTGA-AGATGGTTC--ACT--TT-TGCCTTTG---AATCCTTG----T--GTAAT----AACCTATCCA-GATATA---------AGG-ATT----ACTTTT-TTGA-ATAAAGTAGCATAATTCATGCTAT---T----AG-GCA-----TGGATGAAAAA---AAGTTATGGAT--G--TG-ACAAA-AAACTACCC-T-AAGCTCAACAAACCCATT-GATTATGCCCAAACATATTCATTGTTGTTA-AA-T--GCAAGAAAATCAAAACTTT-TTTTAT-GGAAATT--CTAAA---C-AAAAC--ACTTC--TGT-AT-TCT-----GGCC---AAACAAAAAT-GG-A---GTG--AGCTT-TTCGA-----------TA------TC--AATT-CTAAA--GAATGGGAAA-A--T--A-ATC-C-AC-A--AAG-ACCTTTCAG---AGT-----TGACAAAGGACAG--TA-AA--TCC-AG--T-GGT-TTCAATATAGAAT-TA-TCAAT-C--GCATCTTAGCAAC-------AAATTC-TT--------TC-CT-ATTT-------AAAATT-AGA----AAAAAAGTT-AATTAAAAA---AACTGC---C-G--C--TTTTGTTC-A---CTGAAGAG-GAAATC-TA-TGA---ACATTATTCTATGGTGAGTTGCA-----ATTTT--------TTAACA-AACTTTC-T------TGAGTG-------AT--TTTTGAG------CTT-T--TTCTACA----AG-ACAAG---ACT-G-GC-------T---TAC-AA-T-A-G-CT-------ATTAC-CAAA--A---------A-ATCCTTT-ATTT----CTTGG--TTT---TATT--AAACA-AT--A------GTA-TTAT-TCAAAATATTA--------ATTGT-TCT-TTGGCT-TAA-ATACT---ATGGTGTAT-TACAGCAAGAT
gi|1 : tgtcaatctcaaatcctgcaggaccactacctcaaggaatttacttacaataATACAAAAAA-------TCTCCCATATTTC-CAGATACTATATCT-TTGTGTTG--TTGTTTTTCTGA-AATAAGA-GAATG-ACTGTA---TAT--CTGATATA---TGAACAAGGAATTTTTAAAAA--AA-AAA-ATTATgtactgagaagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncttcactctgctttcagactcttctatacaaaaaatctcccatatttccagatactatatctttgtgttgttgtttttctgaaataagagaatgactgtatatctgatatatgaacaaggaatttttaaaaaaaaaaattataaaa
gi|10 : tgtcaatctcaaatcctgcaggaccactacctcaaggaatttacttacaatatattgaaaaacattgaaaaatagatttggataaagatgtattcaaatcatgggttaggactacaaaatagcagtaataagcctgatcgttgctgcagatgtacccttattttataaccccaatattcatattttggcaacaaacctttttaacaaacaaatgtttttgaaagcggcatcaggcaacttaatgatataattaatttgaagatggttcacttttgcctttgaatccttgtgtaataacctatccagatataaggattacttttttgaataaagtagcataattcatgctattaggcatggatgaaaaaaagttatggatgtgacaaaaaactaccctaagctcaacaaacccattgattatgcccaaacatattcattgttgttaaatgcaagaaaatcaaaactttttttatggaaattctaaacaaaacacttctgtattctggccaaacaaaaatggagtgagcttttcgatatcaattctaaagaatgggaaaataatccacaaagacctttcagagttgacaaaggacagtaaatccagtggtttcaatatagaattatcaatcgcatcttagcaacaaattctttcctatttaaaattagaaaaaaagttaattaaaaaaactgccgcttttgttcactgaagaggaaatctatgaacattattctatggtgagttgcaattttttaacaaactttcttgagtgatttttgagctttttctacaagacaagactggcttacaatagctattaccaaaaaatcctttatttcttggttttattaaacaatagtattattcaaaatattaattgttctttggcttaaatactatggtgtattacagcaagatgtactgagaagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncttcactctgctttcagactcttctTATTAAAAGATGTT------TAGATTTGTACAATTAACAATTAAAT--TATCCA--TCATGGCTTACATAGAATA-TATAATATAACCTTATAGTAACAAATCTGA-T-----GTTGCTGCTAATTAATACACCTTTATTTCATAACCCACATATCCATATT--GACAaaaa
gi|11 : ACACAAAAAAACCTCGATCTCCCATATTTTCCACGGACCAT---A-TTGTTTTAGTTTGTTTTTCTGA-T-TAGAATGAATGAACTGTAAGTTATTCCTGATATAT-GTGAACAAAAA-----TAAAAA--AACAAATATTATgaaaga
gi|13 : CATTTTTT-CAGATACTAT---TGTTTTGTTG--TTGTTTTTCTGA---TA-GA-GAATG-ACTGTA---TAT--CTGATATAT-GTGAACAAAAA-----TAAAAAATAA-AAA-AT
gi|16 : aatttatATATCTT--AGATACT-----T-TTGTGTT--------TTTCTGATA-TAAGA---ACG-ACTGTA---CAT--CTG-TATACGGTGAACGAAAA------AAAAG--AA-
gi|2 : AACCCCAA-ATT-ATATA--GGCAA-GAACCATT----------AACGAAACATAGTATTT--GACTTTGCGACAGT-GGCGGACT--ATGATTATAA----T---------AGATA--TG--ACT--TTCTGTTTT-A---G---CATTCTTAT--GTAAC----GAC-TATCCATGATGTA---------AG--ATA----AATTTC-AAGA-ATACAAT-GCATAATTC-TGCTCT---TTA--AG-GTA-----TGGATGAAAAC---G---TATGGCT--GGTTGGACAAATAA-CCACCA-TGAAGCTCA-CAAAGC-ATTCGAGTAT---------TATTTACTGT-GTAATAA-TTGGCACGAAAG-CAAAACTTT-TTT------AAATCTACTAGAACCCCAAGACTTACATC--C---AC--CTC----TGCA---TAACAAAA---GG-ACAGGTG--CGCTTATTCTA-----------T-------TCGGAATAGC--AA--GAATA--AAA-A--TTTA-ATTTC-AT-A--AA--ACCTT-CAG---ACG-----TGACTA-GGACAGGTTA-AAATTCCGAG--TAGGTGTTCGATA-AGAATATG-T-AAT-AAGGCATCTTAGCGAC-------AACTTG-TT--------TAACTCATTT-------TAAATG-A-ATTCTAAAA---------TGAAAT---TACTGG-----G--CAACTGT--TC-ACTTCTGAAGAG---AATC-CATTGA----CATTATTTTATGGTGAGT-GCA-----ATGTA-----------ACA-AA-TTTC-T------TAAGTA-------AT--TTT--AG------ATT-TGATTTTAAGGG--AG-AAAAA---ACT-GTGT-------TGTTCACAAA-TGA-A-AT-------ATTAC-CAAA--A---------A-CTCTTTTAA-TT----CTTGG---GT---TATT--GAAAA-ATTAA------ATACTTATATCAAAATATT
gi|3 : TGCTGC--A--AACGCACCATTATTTTATAACCCCAATATTCATATT--GGCAACAAATCATTTTTTTTTTAAAAC-AAACA-AATGTTT--GACA--GCTGCATCAGACG-ACTTAATGAT-ATAAACAAT-------GGAGATGGTTT--ACTAGTT-TGT--------------TT----T--GTAAT-----ACCTATCCA-GATGTA---------AGG-ATT----AATTTTCTAGA-ATA-----GCATTATTCGTGCTGT---T----AGAGCA-----TGGAGGAAAAA------TTATTGAT--G--TA-ACGAA-A--CCACCACT-AAGCTCA-CAAATCCATT-GATTGTGCC-AAACATATTTACTAT-GTCA-AA-T--GCAAG-ATATCTAAACTTTGTTTTAT-G-AAATT--CTAAA---CCAAAA-T-ACTTCTGT-C-ACATCT-----GGCA---GAAC-AAAAT-GG-A---ATG--AGCTT-TTGGA-----------AA------TC--AACA-CTAAA--GAATAAG-AG-A--T--A-ATC-C-ACAA--AAT-A-CTTTCAG---AG------TGAAAAAGGACAG--TGCAA--TCT-AA--T-GGT-TTCAATACAGA-------C--T-C--GCATCTTAGCGAC-------AGATTC--T--------T--CT-ATTT-------AAAATC--------AATAGAG-T-AATTCAAAG---TACTAC---A-A--T--CTTTG-TCAA--TCTGAAGA--AAAATC-AATTGA---ACA-TATTTTATGG-GAG------------------------T-GCA-AACTTTC-C------TAAGTT-------A---ATTTGAG------CTT-T--TTGTACA----AG-ACAAG---ACT-G-GT-------C---TACATA-A-A-G-CT-------ATTAC-T-AA--A---------C-GTCTTTC-A-TT----CTTGT--TTT---TATT---AAAA-AC--A------GTA-TAAT-ACAAACTAGT---------GTTAT-TCT-gttggtt
gi|4 : C--ACT--CT-TCTCGT-G---GTC-CTTT----TTGGTAATACATGATCCCTC----ATTGA---------AGGTATTGCATATTTTT-TAGATATTTGATAGGAT----CATGCTAT--------AG-GCACCTAATTAATGAAAG--------TATGCATTGG--TG-ACACA-CA-CGAC---T-AGTCCCAAC-----TATT-TGTTA---------GTATTTA--G--GTCA-AAAT--GCACAGAAATCAAAATTTT-TTTTATTG-AAATT--CTAAA---CCAAAA-T-ACTTC--T-TTACATCTC----GGTA---AAACAACAATCGGCA---GTGGAAGATT-TTGGAGACACTGACCGTACGGCCTTC--AAT--CTAAA--TA-TGAGAAATA--T--ACATC-C-AC-ATTAGT-ACCTC-CAG---AGT-----GCACAAAG-ACAG--TA-AAA-TCC-AG--T-GGT-TTCAATAT-GAAT-TA-TAAAC-C--GCATCTTAGCGAC-------AAATTC-TTATTACATAT--CT-GTTA-------AAAATT-T-A----AAA--AG-T-AATTCAAAA---TACTGC---A-G--C--TTTTG-TC-A--TCTG-AGAA-GGAATCGTATTGG---A-ACTATTTTATGG-GAGTTGCA-----A-TTT--------TT-ACACGACTTTC-TCTCCAGTTAGCGCGTGCGAGT--TATTGAG------TTTGT--TTCTACACACTAGAACATGTTAACC-GTGCGTGTGCGT---TACAAATT-ACG-CTGTCGTAAATCAC-CAGATTACGGCTCTCTG-GTCCTTT-A-TTGTCCTTTGGCCTAT---TATTCGGAAAACAT--A------ATA-GTAT-TCAAAAGTTGA--------ATTAT-GCT-TT
gi|5 : tgaagaggGCA---AAACAAAA-T-GG-A---GTG--AGCTT-TTGGA-----------TA------TC--CATT-CTAAACGAAATGGGGAG-ACCT--G-ATC-CCAC-A--AAT-AC-TTTCAG---AGT------GACAAAGGACAG--TA-A----CT-GGTAT-GGT-TTCAATACAGAAT-TATTCAATAC--GCATCTTA-CGACTCACATTAAACTC-TA--------T--CT-ATCTCAAACAAAAAATCAA-A----AAAAAAG-TAAATCCCAAAGGTCACT-----C-GAAT--CATTG-TC-AC-TCTGAAGAGTGAAATC-TATTGAGGGACATAGTTCT-TAG-GAG-TGCATAATTATTTTTTTTTTTCTT-ACA-AATTCTCTT------TTAGTGCC-----ATCCCTATGAGTCTAATCCT-C--TCCTACG----AG-AC-AT---ACTGGTTC-------C---TACAAA-T-A-GCCT-------ATTACACAAA--A---------ACTTTCTTT-A-TT----CTTGG--TTTCAGTATT--GAATA-AT--ACAGATTGTA-TAAT---AACCTATTATTCCAAACATTGTATCTACTTGCTGTAATATACTACAATCGTGTATATGCAACAAGGT
gi|6 : gtaattcagcaaataataagtctcatttataAAAATCAAAA-TTT-TTCTAT-G-AAATT--CTAAA---TCAAAACT-A---C--T-T-AG-TCTC----AGCAGGCAAAC-AAAAT-GA-A---ATG--AGCTT-TTGGG-----------TG------TA--GATA-ATAGG--GAATGGG-AA-G--T--A-ATC-C-AC-A--AATCGCCATTCAGATCAGCTAGAGTGACTAAAGATTG--TC-AAT-TCC-AA--T-GGT-TTTAGTAAAGAAT-TA-TTAAC-A--AAATTTTA--GAC-------ATATTTACT--------A--AT-ATTC-------AAAATT-agcgca
gi|7 : acaattttgaaattttaTGTTT--GATA--GCGGCATCA-------------------A----T-------GCAGATGGTCC--ACT--TC-T---------------TTT----T--GCAAT-----ACTTATCCA-AATATACAATGTAACAAA-ATA----ACTTTC-TATA-ATATGATAGTATTATTCATGCTATAACTGTAAAG-GCT-----TGGATGAAAAACGGAA-CCATGCAT---------CAAA-------------AAGTTC-ACAAATCCACT-GATTATGTC-AAAC--ATTTG--------A-AA-T--GCA--ACAATCAAAAC-----------------T--CTAAA---CCGAAG-T-ATTTC------AA-TCTCAGCAGGTA---AAAC-AAAAT-GC-A---GTG--GGCTA-CTGGA-----------AG------TT--AACA-CTGAG--GAGT-GAAAA-A--T--A-ATT-C-ACAA--AAT-ACCCTTCAA---Attannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaccataaaatcctttattttagcttgtattcaaaataatagaaatgtacaaaacactcattttta
gi|8 : GGA-----------TA------TC--AATA-CTAAA--GAAT-GGAAA-A--T--A-ATC-C-ACAA--AAT-ACCTTTCAG---AG------TGACACAGGACAG--TATAAC-TCC-AG--T-GGT-TTCAATACAGATT-TA-TCA--------ATCTTGGCGAC-------AAA--------------------ATTTA------AAAAAT-A-A----AAAAAAG-T-AATTCAAAG---TACTGCATGCAG--C--CTTTG-TC-A-----GATGAG-GAATCT-TATTGA---ACA-TATTTTATGG-GAG-TGCA-----ATTTT--------TT-ACA-AACTTTC-T------GGAGTG-------A---TTCTGAG------CTT-T--Tagagt
gi|9 : TAAATGTTGTTCAGGTCCT------------ATATCATAAAACA--C----AATCATATTCCTGAATCGACTGTTGCTGC--T--GACACACCTCTATTTTATAATCCACAGATCCATATT--GACAGAAAACCATTTTTA------AAT-AAACA-AATGTTT--GACA--GCAACATCAGAAT-TCTTAAAGAT--------------------GATGGCTCAAATT--TT-AGCTTT-GAACA---TTTT----T--GTGAT----G-TTTATACA-AAT
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): AATCTAATTAAAATCAAATCCCCCAGCTCATTAATTTTGTTGTTTTCGCGTGGTCCTGAGCGAAAACAAGAAAATCAATGAGTTGGGAGATTTAATTTTAATTAG
Unaligned ( gi|14 ): GTGGACATTTTTATTCTTGAATCTCTTGGGCCTATCCTATGATTGTCCGATAATTCATCAATAATTATATATAATATG
Unaligned ( gi|15 ): TAAAGGTTAACAAATCAAGGTCACTGCTTATCACGATATCTCAAAAGTTCCATTTTTAACGAAAATAATCCTTGCT
Unaligned ( gi|17 ): TCGATTTACGAATTTATCCATAGCCTGGTTACCATGACTTAAAA
Unaligned ( gi|18 ): ATAAATACAATTTATTTCATAATTTCACAGTCTTTAATTGAC
Alignments
lowQualScore : 333333 33333333 111 11 5555555555 1 4444444 33333333 22222 11 4444444 1 1 11 11 1111111 7777777777777777777 66666666666666666 1111111 22222 333333333 11 11111 111111 44444444 2222222 22222222222222222222222222 11 3333333333 22222 11 1 111111 111 222 33333333333333333 111 1 111 3333333333333333333 2222222 22222 1111111111 1111111 33333333333333 2222222 22222222 1111 33333333333 222 111 1 33333333333333333333333333 11111111 44444444444 111111 2222 111 33333333333333 1111111 2222222 444444444444444 1111 11111111 111 222222222 11 333333333 1 1 1 1 222 1 3333333 11 2222222 222 222 11 1 111 11 22 222222 11 1 1
lowQualScore : 000000 1 66666666 333 55 5555555555 3 7 5555555 1 33333333 55555 1 0 5 11 8 3 3 2222222 0 0 11 11 4444444 66 1 3333333333333333333 99 99 00000000000000000 4444444 33333 3 6 1 222222222 11 88888 1 8 333333 0 8 3 22222222 8 8 0 0000000 99999999999999999999999999 11 0 3 3 8 0000000000 55555 3 8 8 11 0 1 1 6 222222 99 111 000 1 66666666666666666 000 2 5 5 5 000 77 5 6666666666666666666 66 88 66 7777 5 66 66 5 5 5 5 99 888 6666666 77 55555 5 77 5 5 5 1 5 5555555555 4 8888888 0 99999999999999 5 4444444 55555555 5 888 2222 1 11111111111 6 6 333 888 6 111 9 3 99999999999999999999999999 6 1 99999999 1 00000000000 999999 9999 8888 8 0 444 8 99999999999999 0 2222222 6666666 8 0 111111111111111 8 8 7777 77777777 444 1 8 555555555 8 1 44 0 999999999 0 0 1 5 5 111 1 5 1111111 22 5555555 000 999 7 22 0 777 33 3 00 888888 33 0 3
lowQualScore : ...... . ........ ... .. .......... . . ....... . ........ ..... . . . .. . . . ....... . . .. .. ....... .. . ................... .. .. ................. ....... ..... . . . ......... .. ..... . . ...... . . . ........ . . . ....... .......................... .. . . . . .......... ..... . . . .. . . . . ...... .. ... ... . ................. ... . . . . ... .. . ................... .. .. .. .... . .. .. . . . . .. ... ....... .. ..... . .. . . . . . .......... . ....... . .............. . ....... ........ . ... .... . ........... . . ... ... . ... . . .......................... . . ........ . ........... ...... .... .... . . ... . .............. . ....... ....... . . ............... . . .... ........ ... . . ......... . . .. . ......... . . . . . ... . . ....... .. ....... ... ... . .. . ... .. . .. ...... .. . .
lowQualScore : 000000 0 00000000 000 77 7777777777 3 3 3333333 0 33333333 00000 2 6 6 00 8 2 2 5555555 0 0 00 00 4444444 22 0 6666666666666666666 22 22 55555555555555555 3333333 55555 7 7 4 000000000 22 44444 0 0 444444 8 8 8 88888888 0 0 8 4444444 00000000000000000000000000 44 8 6 2 0 2222222222 66666 2 0 0 00 0 7 0 7 888888 22 777 888 0 22222222222222222 000 0 0 7 7 000 99 7 5555555555555555555 99 66 99 0000 0 99 99 0 0 0 0 22 888 3333333 99 44444 7 99 7 7 3 7 7 6666666666 3 6666666 1 99999999999999 7 3333333 00000000 7 333 0000 0 33333333333 7 7 222 777 7 777 8 3 22222222222222222222222222 7 0 33333333 0 88888888888 222222 3333 0000 0 8 000 0 00000000000000 8 4444444 0000000 0 8 888888888888888 0 0 0000 88888888 222 0 0 000000000 0 4 00 6 555555555 0 0 0 0 5 000 0 5 5555555 55 2222222 222 888 0 55 0 555 88 2 55 222222 88 0 3
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATTGAAAGACGTTGAAAAATAGATTTGNACAATTAACAATTAAATGTTATTCAGGTCATGG-TTA---GGAATA-CATAAAATAGCC----AGTAATAANCCTGA-TCG--TGTTGCTGC--A--GACGCACCTTTATTTTATAACCCCAATATTCATATT--GGCAACAAACCATTTTT-------AAC-AAACA-AATGTTT--GACA--GCGGCATCAGGCG-ACTTAATGAT-AT----AAT-------G-AGATGGTTC--ACT--TT-TGCCTTG---G----CTTT----T--GTAAT----GACCTATCCA-GATGTA---------AGG-ATT----ANTTTT-TAGA-ATACGATAGCATNATTCATGCTAT---T----AG-GCATG-GATGAAAAA---AA-TTATGGAT--G--TG-ACAAA-AA-CCACCA-T-AAGCTCAACAAATCCATT-GATTATGCC-AAACGTATTTACTGT-GTCA-AA-T--GCACGAAAATCAAAACTTT-TTTTAT-G-AAATT--CTAAA---CCAAAACT-ACTTC--T-T-AC-TCTC----GGCA---AAACAAAAAT-GG-A---GTG--AGCTT-TTGGA-----------TA------TC--AATA-CTAAA--GAATGGGAAA-A--T--A-ATC-C-ACAA-AATACCTTTCAG---AGT-----TGACAAAGGACAG--TA-AA--TCC-AG--T-GGT-TTCAATACAGAAT-TA-TCAAT-C--GCATCTTAGCGAC-------AAATTC-TT--------T--CT-ATTT-------AAAATT-A-A----AAAAAAG-T-AATTCAAAA---TACTGC---C-G--C--CTTTG-TC-A--TCTGAAGAG-GAAATC-TATTGA---ACATTATTTTATGG-GAGTTGCA-----ATTTT--------TT-ACA-AACTTTC-T------TNAGTG-------AT--TTTTGAG------CTT-T--TTCTACG----AG-ACAAG---ACT-GTGC-------T---TACAAA-T-A-G-CT-------ATTAC-CAAA--A---------A-NTCCTTT-A-TT----CTTGG--TTT---TATT--GAAAA-AT--A------GTA-TTAT-TCAAAATATTA--------ATTGT-TCT-TTNGCTGTAATATACTACAATNGTGTATATGCAGCAAGGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACACAAAAAAACCTCGATCTCCCATATTTT-CAGATACTAT---T-TTGTGTTG--TTGTTTTTCTGA-A-TAAGA-GAATG-ACTGTA---TAT--CTGATATAC-GTGAACAAAAA-----TAAAAA--AA-AAA-ATTAT
Reference ( family-1705 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATTGAAAGACGTTGAAAAATAGATTTGNACAATTAACAATTAAATGTTATTCAGGTCATGG-TTA---GGAATA-CATAAAATAGCC----AGTAATAANCCTGA-TCG--TGTTGCTGC--A--GACGCACCTTTATTTTATAACCCCAATATTCATATT--GGCAACAAACCATTTTT-------AAC-AAACA-AATGTTT--GACA--GCGGCATCAGGCG-ACTTAATGAT-AT----AAT-------G-AGATGGTTC--ACT--TT-TGTCTTG---G----CTTT----T--GTAAT----GACCTATCCA-GATGTA---------AGG-ATT----ANTTTT-TAGA-ATACGATAGCATNATTCATGCTAT---T----AG-GCATG-GATGAAAAA---AA-TTATGGAT--G--TG-ACAAA-AA-CCACCA-T-AAGCTCAACAAATCCATT-GATTATGCC-AAACGTATTTACTGT-GTCA-AA-T--GCACGAAAATCAAAACTTT-TTTTAT-G-AAATT--CTAAA---CCAAAACT-ACTTC--T-T-AC-TCTC----GGCA---AAACAAAAAT-GG-A---GTG--AGCTT-TTGGA-----------TA------TC--AATA-CTAAA--GAATGGGAAA-A--T--A-ATC-C-ACAA-AATACCTTTCAG---AGT-----TGACAAAGGACAG--TA-AA--TCC-AG--T-GGT-TTCAATACAGAAT-TA-TCAAT-C--GCATCTTAGCGAC-------AAATTC-TT--------T--CT-ATTT-------AAAATT-A-A----AAAAAAG-T-AATTCAAAA---TACTGC---C-G--C--CTTTG-TC-A--TCTGAAGAG-GAAATC-TATTGA---ACATTATTTTATGG-GAGTTGCA-----ATTTT--------TT-ACA-AACTTTC-T------TNAGTG-------AT--TTTTGAG------CTT-T--TTCTACG----AG-ACAAG---ACT-GTGC-------T---TACAAA-T-A-G-CT-------ATTAC-CAAA--A---------A-NTCCTTT-A-TT----CTTGG--TTT---TATT--GAAAA-AT--A------GTA-TTAT-TCAAAATATTA--------ATTGT-TCT-TTNGCTGTAATATACTACAATNGTGTATATGCAGCAAGGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACACAAAAAAACCTCGATCTCCCATATTTT-CAGATACTAT---T-TTGTGTTG--TTGTTTTTCTGA-A-TAAGA-GAATG-ACTGTA---TAT--CTGATATAC-GTGAACAAAAA-----TAAAAA--AA-AAA-ATTAT
gi|1 : TATTGAAAAACATTGAAAAATAGATTTGGATAA---------AGATGT-ATTCAAATCATGGGTTA---GGACTA-CA--AAATAGC-----AGTAATAAGCCTGA-TCG--T--TGCTGC--A--GATGTACCCTTATTTTATAACCCCAATATTCATATTTTGGCAACAAACC-TTTTT-------AAC-AAACA-AATGTTTTTGAAA--GCGGCATCAGGCA-ACTTAATGAT-AT----AATTAATTTGA-AGATGGTTC--ACT--TT-TGCCTTT---GAATCCTTG----T--GTAAT----AACCTATCCA-GATATA---------AGG-ATT----ACTTTT-TTGA-ATAAAGTAGCATAATTCATGCTAT---T----AG-GCATG-GATGAAAAA---AAGTTATGGAT--G--TG-ACAAA-AAACTACCC-T-AAGCTCAACAAACCCATT-GATTATGCCCAAACATATTCATTGTTGTTA-AA-T--GCAAGAAAATCAAAACTTT-TTTTAT-GGAAATT--CTAAA---C-AAAAC--ACTTC--TGT-AT-TCT-----GGCC---AAACAAAAAT-GG-A---GTG--AGCTT-TTCGA-----------TA------TC--AATT-CTAAA--GAATGGGAAA-A--T--A-ATC-C-ACAA-AG-ACCTTTCAG---AGT-----TGACAAAGGACAG--TA-AA--TCC-AG--T-GGT-TTCAATATAGAAT-TA-TCAAT-C--GCATCTTAGCAAC-------AAATTC-TT--------TC-CT-ATTT-------AAAATT-AGA----AAAAAAGTT-AATTAAAAA---AACTGC---C-G--C--TTTTGTTC-A---CTGAAGAG-GAAATC-TA-TGA---ACATTATTCTATGGTGAGTTGCA-----ATTTT--------TTAACA-AACTTTC-T------TGAGTG-------AT--TTTTGAG------CTT-T--TTCTACA----AG-ACAAG---ACT-G-GC-------T---TAC-AA-T-A-G-CT-------ATTAC-CAAA--A---------A-ATCCTTT-ATTT----CTTGG--TTT---TATT--AAACA-AT--A------GTA-TTAT-TCAAAATATTA--------ATTGT-TCT-TTGGCT-TAA-ATACT---ATGGTGTAT-TACAGCAAGAT
gi|1 : tgtcaatctcaaatcctgcaggaccactacctcaaggaatttacttacaataATACAAAAAA-------TCTCCCATATTTC-CAGATACTATATCT-TTGTGTTG--TTGTTTTTCTGA-AATAAGA-GAATG-ACTGTA---TAT--CTGATATA---TGAACAAGGAATTTTTAAAAA--AA-AAA-ATTATgtactgagaagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncttcactctgctttcagactcttctatacaaaaaatctcccatatttccagatactatatctttgtgttgttgtttttctgaaataagagaatgactgtatatctgatatatgaacaaggaatttttaaaaaaaaaaattataaaa
gi|10 : tgtcaatctcaaatcctgcaggaccactacctcaaggaatttacttacaatatattgaaaaacattgaaaaatagatttggataaagatgtattcaaatcatgggttaggactacaaaatagcagtaataagcctgatcgttgctgcagatgtacccttattttataaccccaatattcatattttggcaacaaacctttttaacaaacaaatgtttttgaaagcggcatcaggcaacttaatgatataattaatttgaagatggttcacttttgcctttgaatccttgtgtaataacctatccagatataaggattacttttttgaataaagtagcataattcatgctattaggcatggatgaaaaaaagttatggatgtgacaaaaaactaccctaagctcaacaaacccattgattatgcccaaacatattcattgttgttaaatgcaagaaaatcaaaactttttttatggaaattctaaacaaaacacttctgtattctggccaaacaaaaatggagtgagcttttcgatatcaattctaaagaatgggaaaataatccacaaagacctttcagagttgacaaaggacagtaaatccagtggtttcaatatagaattatcaatcgcatcttagcaacaaattctttcctatttaaaattagaaaaaaagttaattaaaaaaactgccgcttttgttcactgaagaggaaatctatgaacattattctatggtgagttgcaattttttaacaaactttcttgagtgatttttgagctttttctacaagacaagactggcttacaatagctattaccaaaaaatcctttatttcttggttttattaaacaatagtattattcaaaatattaattgttctttggcttaaatactatggtgtattacagcaagatgtactgagaagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncttcactctgctttcagactcttctTATTAAAAGATGTT------TAGATTTGTACAATTAACAATTAAAT--TATCCA--TCATGGCTTACATAGAATA-TATAATATAACCTTATAGTAACAAATCTGA-T-----GTTGCTGCTAATTAATACACCTTTATTTCATAACCCACATATCCATATT--GACAaaaa
gi|11 : ACACAAAAAAACCTCGATCTCCCATATTTTCCACGGACCAT---A-TTGTTTTAGTTTGTTTTTCTGA-T-TAGAATGAATGAACTGTAAGTTATTCCTGATATAT-GTGAACAAAAA-----TAAAAA--AACAAATATTATgaaaga
gi|13 : CATTTTTT-CAGATACTAT---TGTTTTGTTG--TTGTTTTTCTGA---TA-GA-GAATG-ACTGTA---TAT--CTGATATAT-GTGAACAAAAA-----TAAAAAATAA-AAA-AT
gi|16 : aatttatATATCTT--AGATACT-----T-TTGTGTT--------TTTCTGATA-TAAGA---ACG-ACTGTA---CAT--CTG-TATACGGTGAACGAAAA------AAAAG--AA-
gi|2 : AACCCCAA-ATT-ATATA--GGCAA-GAACCATT----------AACGAAACATAGTATTT--GACTTTGCGACAGT-GGCGGACT--ATGATTAT----AAT---------AGATA--TG--ACT--TTCTGTTTTA---G----CATTCTTAT--GTAAC----GAC-TATCCATGATGTA---------AG--ATA----AATTTC-AAGA-ATACAAT-GCATAATTC-TGCTCT---TTA--AG-GTATG-GATGAAAAC---G---TATGGCT--GGTTGGACAAATAA-CCACCA-TGAAGCTCA-CAAAGC-ATTCGAGTAT---------TATTTACTGT-GTAATAA-TTGGCACGAAAG-CAAAACTTT-TTT------AAATCTACTAGAACCCCAAGACTTACATC--C---AC--CTC----TGCA---TAACAAAA---GG-ACAGGTG--CGCTTATTCTA-----------T-------TCGGAATAGC--AA--GAATA--AAA-A--TTTA-ATTTC-ATAA-AA---CCTTCAG---ACG-----TGACTA-GGACAGGTTA-AAATTCCGAG--TAGGTGTTCGATA-AGAATATG-T-AAT-AAGGCATCTTAGCGAC-------AACTTG-TT--------TAACTCATTT-------TAAATG-A-ATTCTAAAA---------TGAAAT---TACTGG-----G--CAACTGT--TC-ACTTCTGAAGAG---AATC-CATTGA----CATTATTTTATGGTGAGT-GCA-----ATGTA-----------ACA-AA-TTTC-T------TAAGTA-------AT--TTT--AG------ATT-TGATTTTAAGGG--AG-AAAAA---ACT-GTGT-------TGTTCACAAA-TGA-A-AT-------ATTAC-CAAA--A---------A-CTCTTTTAA-TT----CTTGG---GT---TATT--GAAAA-ATTAA------ATACTTATATCAAAATATT
gi|3 : TGCTGC--A--AACGCACCATTATTTTATAACCCCAATATTCATATT--GGCAACAAATCATTTTTTTTTTAAAAC-AAACA-AATGTTT--GACA--GCTGCATCAGACG-ACTTAATGAT-ATAAACAATG------G-AGATGGTTT--ACTAGTT-TG--------------TTT----T--GTAAT-----ACCTATCCA-GATGTA---------AGG-ATT----AATTTTCTAGA------ATAGCATTATTCGTGCTGT---T----AGAGCATG-GAGG--AAA---AA-TTATTGAT--G--TA-AC-GA-AA-CCACCACT-AAGCTC-ACAAATCCATT-GATTGTGCC-AAACATATTTACTAT-GTCA-AA-T--GCAAG-ATATCTAAACTTTGTTTTAT-G-AAATT--CTAAA---CCAAAA-T-ACTTCTGT-C-ACATCT-----GGCA---GAAC-AAAAT-GG-A---ATG--AGCTT-TTGGA-----------AA------TC--AACA-CTAAA--GAATAAG-AG-A--T--A-ATC-C-ACAA-AATA-CTTTCAG---AG------TGAAAAAGGACAG--TGCAA--TCT-AA--T-GGT-TTCAATACAGA-------C--T-C--GCATCTTAGCGAC-------AGATTC--T--------T--CT-ATTT-------AAAATC--------AATAGAG-T-AATTCAAAG---TACTAC---A-A--T--CTTTG-TCAA--TCTGAAGA--AAAATC-AATTGA---ACA-TATTTTATGG-GAG------------------------T-GCA-AACTTTC-C------TAAGTT-------A---ATTTGAG------CTT-T--TTGTACA----AG-ACAAG---ACT-G-GT-------C---TACATA-A-A-G-CT-------ATTAC-T-AA--A---------C-GTCTTTC-A-TT----CTTGT--TTT---TATT---AAAA-AC--A------GTA-TAAT-ACAAACTAGT---------GTTAT-TCT-gttggtt
gi|4 : C--ACT--CT-TCTCGTG---GTC--CTTT----TTGGTAATACATGATCCCTC----ATTGA---------AGGTATTGCATATTTTT-TAGATATTTGATAGGAT----CATGCTAT--------AG-GCACCTAATTAATGA---AA-GTATGCATTGG--TG-ACACA-CA-CGAC---T-AGTCCCAAC-----TATT-TGTTA---------GTATTTA--G--GTCA-AAAT--GCACAGAAATCAAAATTTT-TTTTATTG-AAATT--CTAAA---CCAAAA-T-ACTTC--T-TTACATCTC----GGTA---AAACAACAATCGGCA---GTGGAAGATT-TTGGAGACACTGACCGTACGGCCTTC--AAT--CTAAA--TA-TGAGAAATA--T--ACATC-C-ACATTAGTACCTC-CAG---AGT-----GCACAAAG-ACAG--TA-AAA-TCC-AG--T-GGT-TTCAATAT-GAAT-TA-TAAAC-C--GCATCTTAGCGAC-------AAATTC-TTATTACATAT--CT-GTTA-------AAAATT-T-A----AAA--AG-T-AATTCAAAA---TACTGC---A-G--C--TTTTG-TC-A--TCTG-AGAA-GGAATCGTATTGG---A-ACTATTTTATGG-GAGTTGCA-----A-TTT--------TT-ACACGACTTTC-TCTCCAGTTAGCGCGTGCGAGT--TATTGAG------TTTGT--TTCTACACACTAGAACATGTTAACC-GTGCGTGTGCGT---TACAAATT-ACG-CTGTCGTAAATCAC-CAGATTACGGCTCTCTG-GTCCTTT-A-TTGTCCTTTGGCCTAT---TATTCGGAAAACAT--A------ATA-GTAT-TCAAAAGTTGA--------ATTAT-GCT-TT
gi|5 : tgaagaggGCA---AAACAAAA-T-GG-A---GTG--AGCTT-TTGGA-----------TA------TC--CATT-CTAAACGAAATGGGGAG-ACCT--G-ATC-CCACAA-A-TAC-TTTCAG---AGT------GACAAAGGACAG--TA-A----CT-GGTAT-GGT-TTCAATACAGAAT-TATTCAATAC--GCATCTTA-CGACTCACATTAAACTC-TA--------T--CT-ATCTCAAACAAAAAATCAA-A----AAAAAAG-TAAATCCCAAAGGTCACT-----C-GAAT--CATTG-TC-AC-TCTGAAGAGTGAAATC-TATTGAGGGACATAGTTCT-TAG-GAG-TGCATAATTATTTTTTTTTTTCTT-ACA-AATTCTCTT------TTAGTGCC-----ATCCCTATGAGTCTAATCCT-C--TCCTACG----AG-AC-AT---ACTGGTTC-------C---TACAAA-T-A-GCCT-------ATTACACAAA--A---------ACTTTCTTT-A-TT----CTTGG--TTTCAGTATT--GAATA-AT--ACAGATTGTA-TAAT---AACCTATTATTCCAAACATTGTATCTACTTGCTGTAATATACTACAATCGTGTATATGCAACAAGGT
gi|6 : gtaattcagcaaataataagtctcatttataAAAATCAAAA-TTT-TTCTAT-G-AAATT--CTAAA---TCAAAACT-A---C--T-T-AG-TCTC----AGCAGGCAAAC-AAAAT-GA-A---ATG--AGCTT-TTGGG-----------TG------TA--GATA-ATAGG--GAATGGG-AA-G--T--A-ATC-C-ACAA-ATCGCCATTCAGATCAGCTAGAGTGACTAAAGATTG--TC-AAT-TCC-AA--T-GGT-TTTAGTAAAGAAT-TA-TTAAC-A--AAATTTTA--GAC-------ATATTTACT--------A--AT-ATTC-------AAAATT-agcgca
gi|7 : acaattttgaaattttaTGTTT--GATA--GCGGCATCA-----------------------AT-------GCAGATGGTCC--ACT--TC-T---------------TTT----T--GCAAT-----ACTTATCCA-AATATACAATGTAACAAA-ATA----ACTTTC-TATA-ATATGATAGTATTATTCATGCTATAACTGTAAAG-GCTTG-GATGAAAAACGGAA-CCATGCAT---------CAAA-------------AAGTTC-ACAAATCCACT-GATTATGTC-AAAC--ATTTG--------A-AA-T--GCA--ACAATCAAAAC-----------------T--CTAAA---CCGAAG-T-ATTTC------AA-TCTCAGCAGGTA---AAAC-AAAAT-GC-A---GTG--GGCTA-CTGGA-----------AG------TT--AACA-CTGAG--GAGT-GAAAA-A--T--A-ATT-C-ACAA-AATACCCTTCAA---Attannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaccataaaatcctttattttagcttgtattcaaaataatagaaatgtacaaaacactcattttta
gi|8 : GGA-----------TA------TC--AATA-CTAAA--GAATGG-AAA-A--T--A-ATC-C-ACAA-AATACCTTTCAG---AG------TGACACAGGACAG--TATAAC-TCC-AG--T-GGT-TTCAATACAGATT-TA-TCA--------ATCTTGGCGAC-------AAA--------------------ATTTA------AAAAAT-A-A----AAAAAAG-T-AATTCAAAG---TACTGCATGCAG--C--CTTTG-TC-A-----GATGAG-GAATCT-TATTGA---ACA-TATTTTATGG-GAG-TGCA-----ATTTT--------TT-ACA-AACTTTC-T------GGAGTG-------A---TTCTGAG------CTT-T--Tagagt
gi|9 : TAAATGTTGTTCAGGTCCT------------ATATCATAAAACA--C----AATCATATTCCTGAATCGACTGTTGCTGC--T--GACACACCTCTATTTTATAATCCACAGATCCATATT--GACAGAAAACCATTTTTA------AAT-AAACA-AATGTTT--GACA--GCAACATCAGAAT-TCTTAAAGAT--------------------GATGGCTCAAATT--TT-AGCTTTGAACA----TTTT----T--GTGAT----G-TTTATACA-AAT
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): AATCTAATTAAAATCAAATCCCCCAGCTCATTAATTTTGTTGTTTTCGCGTGGTCCTGAGCGAAAACAAGAAAATCAATGAGTTGGGAGATTTAATTTTAATTAG
Unaligned ( gi|14 ): GTGGACATTTTTATTCTTGAATCTCTTGGGCCTATCCTATGATTGTCCGATAATTCATCAATAATTATATATAATATG
Unaligned ( gi|15 ): TAAAGGTTAACAAATCAAGGTCACTGCTTATCACGATATCTCAAAAGTTCCATTTTTAACGAAAATAATCCTTGCT
Unaligned ( gi|17 ): TCGATTTACGAATTTATCCATAGCCTGGTTACCATGACTTAAAA
Unaligned ( gi|18 ): ATAAATACAATTTATTTCATAATTTCACAGTCTTTAATTGAC
Alignments
lowQualScore : 333333 33333333 111 11 5555555555 1 4444444 33333333 22222 11 4444444 1 1 11 11 1111111 7777777777777777777 66666666666666666 1111111 22222 333333333 11 11111 111111 44444444 2222222 22222222222222222222222222 11 3333333333 22222 11 1 111111 111 222 33333333333333333 111 1 111 3333333333333333333 2222222 22222 1111111111 1111111 33333333333333 2222222 22222222 1111 33333333333 222 111 1 33333333333333333333333333 11111111 44444444444 111111 2222 111 33333333333333 1111111 2222222 444444444444444 1111 11111111 111 222222222 11 333333333 1 1 1 1 222 1 3333333 11 2222222 222 222 11 1 111 11 22 222222 11 1 1
lowQualScore : 000000 1 66666666 333 55 5555555555 3 7 5555555 1 33333333 55555 1 0 5 11 8 3 3 2222222 0 0 11 11 4444444 66 1 3333333333333333333 99 99 00000000000000000 4444444 33333 3 6 1 222222222 11 88888 1 8 333333 0 8 3 22222222 8 8 0 0000000 99999999999999999999999999 11 0 3 3 8 0000000000 55555 3 8 8 11 0 1 1 6 222222 99 111 000 1 66666666666666666 000 2 5 5 5 000 77 5 6666666666666666666 66 88 66 7777 5 66 66 5 5 5 5 99 888 6666666 77 55555 5 77 5 5 5 1 5 5555555555 4 8888888 0 99999999999999 5 4444444 55555555 5 888 2222 1 11111111111 6 6 333 888 6 111 9 3 99999999999999999999999999 6 1 99999999 1 00000000000 999999 9999 8888 8 0 444 8 99999999999999 0 2222222 6666666 8 0 111111111111111 8 8 7777 77777777 444 1 8 555555555 8 1 44 0 999999999 0 0 1 5 5 111 1 5 1111111 22 5555555 000 999 7 22 0 777 33 3 00 888888 33 0 3
lowQualScore : ...... . ........ ... .. .......... . . ....... . ........ ..... . . . .. . . . ....... . . .. .. ....... .. . ................... .. .. ................. ....... ..... . . . ......... .. ..... . . ...... . . . ........ . . . ....... .......................... .. . . . . .......... ..... . . . .. . . . . ...... .. ... ... . ................. ... . . . . ... .. . ................... .. .. .. .... . .. .. . . . . .. ... ....... .. ..... . .. . . . . . .......... . ....... . .............. . ....... ........ . ... .... . ........... . . ... ... . ... . . .......................... . . ........ . ........... ...... .... .... . . ... . .............. . ....... ....... . . ............... . . .... ........ ... . . ......... . . .. . ......... . . . . . ... . . ....... .. ....... ... ... . .. . ... .. . .. ...... .. . .
lowQualScore : 000000 0 00000000 000 77 7777777777 3 3 3333333 0 33333333 00000 2 6 6 00 8 2 2 5555555 0 0 00 00 4444444 22 0 6666666666666666666 22 22 22222222222222222 3333333 55555 7 7 4 000000000 22 44444 0 0 444444 8 8 8 88888888 0 0 8 4444444 00000000000000000000000000 44 8 6 2 0 2222222222 66666 2 0 0 00 0 7 0 7 888888 22 777 888 0 22222222222222222 000 0 0 7 7 000 99 7 5555555555555555555 99 66 99 0000 0 99 99 0 0 0 0 22 888 3333333 99 44444 7 99 7 7 3 7 7 6666666666 3 6666666 1 99999999999999 7 3333333 00000000 7 333 0000 0 33333333333 7 7 222 777 7 777 8 3 22222222222222222222222222 7 0 33333333 0 88888888888 222222 3333 0000 0 8 000 0 00000000000000 8 4444444 0000000 0 8 888888888888888 0 0 0000 88888888 222 0 0 000000000 0 4 00 6 555555555 0 0 0 0 5 000 0 5 5555555 55 2222222 222 888 0 55 0 555 88 2 55 222222 88 0 3
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATTGAAAGACGTTGAAAAATAGATTTGNACAATTAACAATTAAATGTTATTCAGGTCATGG-TTA---GGAATA-CATAAAATAGCC----AGTAATAANCCTGA-TCG--TGTTGCTGC--A--GACGCACCTTTATTTTATAACCCCAATATTCATATT--GGCAACAAACCATTTTT-------AAC-AAACA-AATGTTT--GACA--GCGGCATCAGGCG-ACTTAATGAT-AT----AAT-------G-AGATGGTTC--ACT--TT-TGCCTTG---G----CTTT----T--GTAAT----GACCTATCCA-GATGTA---------AGG-ATT----ANTTTT-TAGA-ATACGATAGCATNATTCATGCTAT---T----AG-GCATG-GATGAAAAA---AA-TTATGGAT--G--TG-ACAAA-AA-CCACCA-T-AAGCTCAACAAATCCATT-GATTATGCC-AAACGTATTTACTGT-GTCA-AA-T--GCACGAAAATCAAAACTTT-TTTTAT-G-AAATT--CTAAA---CCAAAACT-ACTTC--T-T-AC-TCTC----GGCA---AAACAAAAAT-GG-A---GTG--AGCTT-TTGGA-----------TA------TC--AATA-CTAAA--GAATGGGAAA-A--T--A-ATC-C-ACAA-AATACCTTTCAG---AGT-----TGACAAAGGACAG--TA-AA--TCC-AG--T-GGT-TTCAATACAGAAT-TA-TCAAT-C--GCATCTTAGCGAC-------AAATTC-TT--------T--CT-ATTT-------AAAATT-A-A----AAAAAAG-T-AATTCAAAA---TACTGC---C-G--C--CTTTG-TC-A--TCTGAAGAG-GAAATC-TATTGA---ACATTATTTTATGG-GAGTTGCA-----ATTTT--------TT-ACA-AACTTTC-T------TNAGTG-------AT--TTTTGAG------CTT-T--TTCTACG----AG-ACAAG---ACT-GTGC-------T---TACAAA-T-A-G-CT-------ATTAC-CAAA--A---------A-NTCCTTT-A-TT----CTTGG--TTT---TATT--GAAAA-AT--A------GTA-TTAT-TCAAAATATTA--------ATTGT-TCT-TTNGCTGTAATATACTACAATNGTGTATATGCAGCAAGGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACACAAAAAAACCTCGATCTCCCATATTTT-CAGATACTAT---T-TTGTGTTG--TTGTTTTTCTGA-A-TAAGA-GAATG-ACTGTA---TAT--CTGATATAC-GTGAACAAAAA-----TAAAAA--AA-AAA-ATTAT
Reference ( family-1705 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATTGAAAGACGTTGAAAAATAGATTTGNACAATTAACAATTAAATGTTATTCAGGTCATGG-TTA---GGAATA-CATAAAATAGCC----AGTAATAANCCTGA-TCG--TGTTGCTGC--A--GACGCACCTTTATTTTATAACCCCAATATTCATATT--GGCAACAAACCATTTTT-------AAC-AAACA-AATGTTT--GACA--GCGGCATCAGGCG-ACTTAATGAT-AT----AAT-------G-AGATGGTTC--ACT--TT-TGCCTTG---G----CTTT----T--GTAAT----GACCTATCCA-GATGTA---------AGG-ATT----ANTTTT-TAGA-ATACGATAGCATNATTCATGCTAT---T----AG-GCATG-GATGAAAAA---AA-TTATGGAT--G--TG-ACAAA-AA-CCACCA-T-AAGCTCAACAAATCCATT-GATTATGCC-AAACGTATTTACTGT-GTCA-AA-T--GCACGAAAATCAAAACTTT-TTTTAT-G-AAATT--CTAAA---CCAAAACT-ACTTC--T-T-AC-TCTC----GGCA---AAACAAAAAT-GG-A---GTG--AGCTT-TTGGA-----------TA------TC--AATA-CTAAA--GAATGGGAAA-A--T--A-ATC-C-ACAA-AATACCTTTCAG---AGT-----TGACAAAGGACAG--TA-AA--TCC-AG--T-GGT-TTCAATACAGAAT-TA-TCAAT-C--GCATCTTAGCGAC-------AAATTC-TT--------T--CT-ATTT-------AAAATT-A-A----AAAAAAG-T-AATTCAAAA---TACTGC---C-G--C--CTTTG-TC-A--TCTGAAGAG-GAAATC-TATTGA---ACATTATTTTATGG-GAGTTGCA-----ATTTT--------TT-ACA-AACTTTC-T------TNAGTG-------AT--TTTTGAG------CTT-T--TTCTACG----AG-ACAAG---ACT-GTGC-------T---TACAAA-T-A-G-CT-------ATTAC-CAAA--A---------A-NTCCTTT-A-TT----CTTGG--TTT---TATT--GAAAA-AT--A------GTA-TTAT-TCAAAATATTA--------ATTGT-TCT-TTNGCTGTAATATACTACAATNGTGTATATGCAGCAAGGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACACAAAAAAACCTCGATCTCCCATATTTT-CAGATACTAT---T-TTGTGTTG--TTGTTTTTCTGA-A-TAAGA-GAATG-ACTGTA---TAT--CTGATATAC-GTGAACAAAAA-----TAAAAA--AA-AAA-ATTAT
gi|1 : TATTGAAAAACATTGAAAAATAGATTTGGATAA---------AGATGT-ATTCAAATCATGGGTTA---GGACTA-CA--AAATAGC-----AGTAATAAGCCTGA-TCG--T--TGCTGC--A--GATGTACCCTTATTTTATAACCCCAATATTCATATTTTGGCAACAAACC-TTTTT-------AAC-AAACA-AATGTTTTTGAAA--GCGGCATCAGGCA-ACTTAATGAT-AT----AATTAATTTGA-AGATGGTTC--ACT--TT-TGCCTTT---GAATCCTTG----T--GTAAT----AACCTATCCA-GATATA---------AGG-ATT----ACTTTT-TTGA-ATAAAGTAGCATAATTCATGCTAT---T----AG-GCATG-GATGAAAAA---AAGTTATGGAT--G--TG-ACAAA-AAACTACCC-T-AAGCTCAACAAACCCATT-GATTATGCCCAAACATATTCATTGTTGTTA-AA-T--GCAAGAAAATCAAAACTTT-TTTTAT-GGAAATT--CTAAA---C-AAAAC--ACTTC--TGT-AT-TCT-----GGCC---AAACAAAAAT-GG-A---GTG--AGCTT-TTCGA-----------TA------TC--AATT-CTAAA--GAATGGGAAA-A--T--A-ATC-C-ACAA-AG-ACCTTTCAG---AGT-----TGACAAAGGACAG--TA-AA--TCC-AG--T-GGT-TTCAATATAGAAT-TA-TCAAT-C--GCATCTTAGCAAC-------AAATTC-TT--------TC-CT-ATTT-------AAAATT-AGA----AAAAAAGTT-AATTAAAAA---AACTGC---C-G--C--TTTTGTTC-A---CTGAAGAG-GAAATC-TA-TGA---ACATTATTCTATGGTGAGTTGCA-----ATTTT--------TTAACA-AACTTTC-T------TGAGTG-------AT--TTTTGAG------CTT-T--TTCTACA----AG-ACAAG---ACT-G-GC-------T---TAC-AA-T-A-G-CT-------ATTAC-CAAA--A---------A-ATCCTTT-ATTT----CTTGG--TTT---TATT--AAACA-AT--A------GTA-TTAT-TCAAAATATTA--------ATTGT-TCT-TTGGCT-TAA-ATACT---ATGGTGTAT-TACAGCAAGAT
gi|1 : tgtcaatctcaaatcctgcaggaccactacctcaaggaatttacttacaataATACAAAAAA-------TCTCCCATATTTC-CAGATACTATATCT-TTGTGTTG--TTGTTTTTCTGA-AATAAGA-GAATG-ACTGTA---TAT--CTGATATA---TGAACAAGGAATTTTTAAAAA--AA-AAA-ATTATgtactgagaagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncttcactctgctttcagactcttctatacaaaaaatctcccatatttccagatactatatctttgtgttgttgtttttctgaaataagagaatgactgtatatctgatatatgaacaaggaatttttaaaaaaaaaaattataaaa
gi|10 : tgtcaatctcaaatcctgcaggaccactacctcaaggaatttacttacaatatattgaaaaacattgaaaaatagatttggataaagatgtattcaaatcatgggttaggactacaaaatagcagtaataagcctgatcgttgctgcagatgtacccttattttataaccccaatattcatattttggcaacaaacctttttaacaaacaaatgtttttgaaagcggcatcaggcaacttaatgatataattaatttgaagatggttcacttttgcctttgaatccttgtgtaataacctatccagatataaggattacttttttgaataaagtagcataattcatgctattaggcatggatgaaaaaaagttatggatgtgacaaaaaactaccctaagctcaacaaacccattgattatgcccaaacatattcattgttgttaaatgcaagaaaatcaaaactttttttatggaaattctaaacaaaacacttctgtattctggccaaacaaaaatggagtgagcttttcgatatcaattctaaagaatgggaaaataatccacaaagacctttcagagttgacaaaggacagtaaatccagtggtttcaatatagaattatcaatcgcatcttagcaacaaattctttcctatttaaaattagaaaaaaagttaattaaaaaaactgccgcttttgttcactgaagaggaaatctatgaacattattctatggtgagttgcaattttttaacaaactttcttgagtgatttttgagctttttctacaagacaagactggcttacaatagctattaccaaaaaatcctttatttcttggttttattaaacaatagtattattcaaaatattaattgttctttggcttaaatactatggtgtattacagcaagatgtactgagaagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncttcactctgctttcagactcttctTATTAAAAGATGTT------TAGATTTGTACAATTAACAATTAAAT--TATCCA--TCATGGCTTACATAGAATA-TATAATATAACCTTATAGTAACAAATCTGA-T-----GTTGCTGCTAATTAATACACCTTTATTTCATAACCCACATATCCATATT--GACAaaaa
gi|11 : ACACAAAAAAACCTCGATCTCCCATATTTTCCACGGACCAT---A-TTGTTTTAGTTTGTTTTTCTGA-T-TAGAATGAATGAACTGTAAGTTATTCCTGATATAT-GTGAACAAAAA-----TAAAAA--AACAAATATTATgaaaga
gi|13 : CATTTTTT-CAGATACTAT---TGTTTTGTTG--TTGTTTTTCTGA---TA-GA-GAATG-ACTGTA---TAT--CTGATATAT-GTGAACAAAAA-----TAAAAAATAA-AAA-AT
gi|16 : aatttatATATCTT--AGATACT-----T-TTGTGTT--------TTTCTGATA-TAAGA---ACG-ACTGTA---CAT--CTG-TATACGGTGAACGAAAA------AAAAG--AA-
gi|2 : AACCCCAA-ATT-ATATA--GGCAA-GAACCATT----------AACGAAACATAGTATTT--GACTTTGCGACAGT-GGCGGACT--ATGATTAT----AAT---------AGATA--TG--ACT--TTCTGTTTTA---G----CATTCTTAT--GTAAC----GAC-TATCCATGATGTA---------AG--ATA----AATTTC-AAGA-ATACAAT-GCATAATTC-TGCTCT---TTA--AG-GTATG-GATGAAAAC---G---TATGGCT--GGTTGGACAAATAA-CCACCA-TGAAGCTCA-CAAAGC-ATTCGAGTAT---------TATTTACTGT-GTAATAA-TTGGCACGAAAG-CAAAACTTT-TTT------AAATCTACTAGAACCCCAAGACTTACATC--C---AC--CTC----TGCA---TAACAAAA---GG-ACAGGTG--CGCTTATTCTA-----------T-------TCGGAATAGC--AA--GAATA--AAA-A--TTTA-ATTTC-ATAA-AA---CCTTCAG---ACG-----TGACTA-GGACAGGTTA-AAATTCCGAG--TAGGTGTTCGATA-AGAATATG-T-AAT-AAGGCATCTTAGCGAC-------AACTTG-TT--------TAACTCATTT-------TAAATG-A-ATTCTAAAA---------TGAAAT---TACTGG-----G--CAACTGT--TC-ACTTCTGAAGAG---AATC-CATTGA----CATTATTTTATGGTGAGT-GCA-----ATGTA-----------ACA-AA-TTTC-T------TAAGTA-------AT--TTT--AG------ATT-TGATTTTAAGGG--AG-AAAAA---ACT-GTGT-------TGTTCACAAA-TGA-A-AT-------ATTAC-CAAA--A---------A-CTCTTTTAA-TT----CTTGG---GT---TATT--GAAAA-ATTAA------ATACTTATATCAAAATATT
gi|3 : TGCTGC--A--AACGCACCATTATTTTATAACCCCAATATTCATATT--GGCAACAAATCATTTTTTTTTTAAAAC-AAACA-AATGTTT--GACA--GCTGCATCAGACG-ACTTAATGAT-ATAAACAATG------G-AGATGGTTT--ACTAGTT-TG--------------TTT----T--GTAAT-----ACCTATCCA-GATGTA---------AGG-ATT----AATTTTCTAGA------ATAGCATTATTCGTGCTGT---T----AGAGCATG-GAGG--AAA---AA-TTATTGAT--G--TA-AC-GA-AA-CCACCACT-AAGCTC-ACAAATCCATT-GATTGTGCC-AAACATATTTACTAT-GTCA-AA-T--GCAAG-ATATCTAAACTTTGTTTTAT-G-AAATT--CTAAA---CCAAAA-T-ACTTCTGT-C-ACATCT-----GGCA---GAAC-AAAAT-GG-A---ATG--AGCTT-TTGGA-----------AA------TC--AACA-CTAAA--GAATAAG-AG-A--T--A-ATC-C-ACAA-AATA-CTTTCAG---AG------TGAAAAAGGACAG--TGCAA--TCT-AA--T-GGT-TTCAATACAGA-------C--T-C--GCATCTTAGCGAC-------AGATTC--T--------T--CT-ATTT-------AAAATC--------AATAGAG-T-AATTCAAAG---TACTAC---A-A--T--CTTTG-TCAA--TCTGAAGA--AAAATC-AATTGA---ACA-TATTTTATGG-GAG------------------------T-GCA-AACTTTC-C------TAAGTT-------A---ATTTGAG------CTT-T--TTGTACA----AG-ACAAG---ACT-G-GT-------C---TACATA-A-A-G-CT-------ATTAC-T-AA--A---------C-GTCTTTC-A-TT----CTTGT--TTT---TATT---AAAA-AC--A------GTA-TAAT-ACAAACTAGT---------GTTAT-TCT-gttggtt
gi|4 : C--ACT--CT-TCTCGTG---GTC--CTTT----TTGGTAATACATGATCCCTC----ATTGA---------AGGTATTGCATATTTTT-TAGATATTTGATAGGAT----CATGCTAT--------AG-GCACCTAATTAATGA---AA-GTATGCATTGG--TG-ACACA-CA-CGAC---T-AGTCCCAAC-----TATT-TGTTA---------GTATTTA--G--GTCA-AAAT--GCACAGAAATCAAAATTTT-TTTTATTG-AAATT--CTAAA---CCAAAA-T-ACTTC--T-TTACATCTC----GGTA---AAACAACAATCGGCA---GTGGAAGATT-TTGGAGACACTGACCGTACGGCCTTC--AAT--CTAAA--TA-TGAGAAATA--T--ACATC-C-ACATTAGTACCTC-CAG---AGT-----GCACAAAG-ACAG--TA-AAA-TCC-AG--T-GGT-TTCAATAT-GAAT-TA-TAAAC-C--GCATCTTAGCGAC-------AAATTC-TTATTACATAT--CT-GTTA-------AAAATT-T-A----AAA--AG-T-AATTCAAAA---TACTGC---A-G--C--TTTTG-TC-A--TCTG-AGAA-GGAATCGTATTGG---A-ACTATTTTATGG-GAGTTGCA-----A-TTT--------TT-ACACGACTTTC-TCTCCAGTTAGCGCGTGCGAGT--TATTGAG------TTTGT--TTCTACACACTAGAACATGTTAACC-GTGCGTGTGCGT---TACAAATT-ACG-CTGTCGTAAATCAC-CAGATTACGGCTCTCTG-GTCCTTT-A-TTGTCCTTTGGCCTAT---TATTCGGAAAACAT--A------ATA-GTAT-TCAAAAGTTGA--------ATTAT-GCT-TT
gi|5 : tgaagaggGCA---AAACAAAA-T-GG-A---GTG--AGCTT-TTGGA-----------TA------TC--CATT-CTAAACGAAATGGGGAG-ACCT--G-ATC-CCACAA-A-TAC-TTTCAG---AGT------GACAAAGGACAG--TA-A----CT-GGTAT-GGT-TTCAATACAGAAT-TATTCAATAC--GCATCTTA-CGACTCACATTAAACTC-TA--------T--CT-ATCTCAAACAAAAAATCAA-A----AAAAAAG-TAAATCCCAAAGGTCACT-----C-GAAT--CATTG-TC-AC-TCTGAAGAGTGAAATC-TATTGAGGGACATAGTTCT-TAG-GAG-TGCATAATTATTTTTTTTTTTCTT-ACA-AATTCTCTT------TTAGTGCC-----ATCCCTATGAGTCTAATCCT-C--TCCTACG----AG-AC-AT---ACTGGTTC-------C---TACAAA-T-A-GCCT-------ATTACACAAA--A---------ACTTTCTTT-A-TT----CTTGG--TTTCAGTATT--GAATA-AT--ACAGATTGTA-TAAT---AACCTATTATTCCAAACATTGTATCTACTTGCTGTAATATACTACAATCGTGTATATGCAACAAGGT
gi|6 : gtaattcagcaaataataagtctcatttataAAAATCAAAA-TTT-TTCTAT-G-AAATT--CTAAA---TCAAAACT-A---C--T-T-AG-TCTC----AGCAGGCAAAC-AAAAT-GA-A---ATG--AGCTT-TTGGG-----------TG------TA--GATA-ATAGG--GAATGGG-AA-G--T--A-ATC-C-ACAA-ATCGCCATTCAGATCAGCTAGAGTGACTAAAGATTG--TC-AAT-TCC-AA--T-GGT-TTTAGTAAAGAAT-TA-TTAAC-A--AAATTTTA--GAC-------ATATTTACT--------A--AT-ATTC-------AAAATT-agcgca
gi|7 : acaattttgaaattttaTGTTT--GATA--GCGGCATCA-----------------------AT-------GCAGATGGTCC--ACT--TC-T---------------TTT----T--GCAAT-----ACTTATCCA-AATATACAATGTAACAAA-ATA----ACTTTC-TATA-ATATGATAGTATTATTCATGCTATAACTGTAAAG-GCTTG-GATGAAAAACGGAA-CCATGCAT---------CAAA-------------AAGTTC-ACAAATCCACT-GATTATGTC-AAAC--ATTTG--------A-AA-T--GCA--ACAATCAAAAC-----------------T--CTAAA---CCGAAG-T-ATTTC------AA-TCTCAGCAGGTA---AAAC-AAAAT-GC-A---GTG--GGCTA-CTGGA-----------AG------TT--AACA-CTGAG--GAGT-GAAAA-A--T--A-ATT-C-ACAA-AATACCCTTCAA---Attannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaccataaaatcctttattttagcttgtattcaaaataatagaaatgtacaaaacactcattttta
gi|8 : GGA-----------TA------TC--AATA-CTAAA--GAATGG-AAA-A--T--A-ATC-C-ACAA-AATACCTTTCAG---AG------TGACACAGGACAG--TATAAC-TCC-AG--T-GGT-TTCAATACAGATT-TA-TCA--------ATCTTGGCGAC-------AAA--------------------ATTTA------AAAAAT-A-A----AAAAAAG-T-AATTCAAAG---TACTGCATGCAG--C--CTTTG-TC-A-----GATGAG-GAATCT-TATTGA---ACA-TATTTTATGG-GAG-TGCA-----ATTTT--------TT-ACA-AACTTTC-T------GGAGTG-------A---TTCTGAG------CTT-T--Tagagt
gi|9 : TAAATGTTGTTCAGGTCCT------------ATATCATAAAACA--C----AATCATATTCCTGAATCGACTGTTGCTGC--T--GACACACCTCTATTTTATAATCCACAGATCCATATT--GACAGAAAACCATTTTTA------AAT-AAACA-AATGTTT--GACA--GCAACATCAGAAT-TCTTAAAGAT--------------------GATGGCTCAAATT--TT-AGCTTTGAACA----TTTT----T--GTGAT----G-TTTATACA-AAT
blockSeqs : . T TTAACAAT GTT GG GGCTTACATA T T ACCTTAT A ATCGACTG TAATT T T . C A T TTTTTAA G T . TT GGCGGA TA T ATAAACAATGG AA AG AGCTTTGAACAT CTTAT ACATG C T G CAATGTAAC GT TGCAT A C TATTTG A G AACTGTAA A T CGGAAC GGTTGGACAAATAACCACCATG AA G C C TGCCAAACA CTGT A T A TG C A C G TATTG TA ACC CTT C TGTCACATCT GGC A A C C CAG GA A GACACTGACCGTACGGCCT GG AG CG GAGA T CC TT C T C T AT ATC CTAGAGT GT AAAT G TA A G C A A TTCAATAC G TCACATT TTATTACATAT C CAAACAA AATTCT G TA AGGT G ATGCAGC . A CTT GTG G GGG T T TGCATAATTATTTTTTTTTTTCTT C C TCTCCAG A CGTGCGAGT TCTAAT TGA CACT A TTA G TGCGTGTGCGT TTACG GTCGTAA A TTACGGCTCTCTGG A . GTCC TTTCAG CGG A C ACAGATT C T AT ATTCCAAAC A A T G T ACA C A ACCTCGA CC ATTG AGT TA G TG A AGT TC A CG T AT C T
blockSeqs : T . . . T C T TG A A T . A A T A . . . . AGACGA TA T TATAAT . . TCTCGTGGTCC TTG G C . G . G A A . ATACA T A TTA . . AAT GTAACGAAACCACCACT A T T . TGTCAAAC CTAT C . . . A G C . TATG . . CT C TTTACATCTC . A A . . . . . AA . A . GGGG . . . . . . . GT . GT . TAAC . . . . T A . TAATAAG G . TTTAA . A AAA A T T A CGAAT . . CT AG . . C . TTGCAATTTTT . C TT A CCATCC . GT GG . . . TGTTGTT TGAA . . AACT . . . CCTAT G A . TAA . A A A . . C ATA G T A G . . . A T T . . .
blockSeqs : T T G . . A . . . . . . AGAATT . A ATGC . . CTGTTTTAGC T G T . T . A T T . ATATG T A T . . AAG TGGTGACACACACGACT A T C . T G C . . . C A T . TATG . . T C AATCTCAGCA . A A . . . . . TA . T . AAG . . . . . . . TC . TG . CAA . . . . C A . TAAACC G . ACTA . . TA A T G G GCAA . . T GG . . T . TGCAATTTTTT . T T T AT . T . . . . TTCC TAGC . . AAC . . . TTT G A . A . T T . . . . T . . . . . . . . T . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . TG T . T . A . . A C . . . . . . . G CAAA A . . . G . . . . . . A C . . . . T T TTAGTCTC . . A . . . . . TG . A . GGG . . . . . . . AT . T . AAA . . . . A A . TTAACA G . TAT . . AA . T A G AAT . . T G . . . . TGCAATGTA . C C T A . C . . . . GTC AAG . . ACG . . . GT . T . A . A .
blockSeqs : . . T T . . . . . . . . . T . CACCTC . . . . . . . . AG . A . GAA . . . . . . . AT . T . AAT . . . . C T . CTC . . TT . . . . . G . AGC . . . A . . . . T . . T G A . T
blockSeqs : . . . . . . . . TA . A . GGA . . . . . . . A . T . A . . . . . . . TCA . . . . .
blockSeqs : T . . . AA . . . . . . . T .
blockSeqCons : ** ** ** ATG**************** TTTAGT*********** G**** T******* AAN**** TGGCGAAACCACAC************ A* TG******** ***** TATG** TNTCNCANCN******* GGG* AT T****** AAA** TT************ AA****** T** CT* TGCAATTTTT**************** CAT******** TAAG***
originalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATTGAAAGACGTTGAAAAATAGATTTGNACAATTAACAATTAAATGTTATTCAGGTCATGG-TTA---GGAATA-CATAAAATAGCC----AGTAATAANCCTGA-TCG--TGTTGCTGC--A--GACGCACCTTTATTTTATAACCCCAATATTCATATT--GGCAACAAACCATTTTT-------AAC-AAACA-AATGTTT--GACA--GCGGCATCAGGCG-ACTTAATGAT-AT----AAT-------G-AGATGGTTC--ACT--TT-TGCCTTG---G----CTTT----T--GTAAT----GACCTATCCA-GATGTA---------AGG-ATT----ANTTTT-TAGA-ATACGATAGCATNATTCATGCTAT---T----AG-GCATG-GATGAAAAA---AA-TTATGGAT--G--TG-ACAAA-AA-CCACCA-T-AAGCTCAACAAATCCATT-GATTATGCC-AAACGTATTTACTGT-GTCA-AA-T--GCACGAAAATCAAAACTTT-TTTTAT-G-AAATT--CTAAA---CCAAAACT-ACTTC--T-T-AC-TCTC----GGCA---AAACAAAAAT-GG-A---GTG--AGCTT-TTGGA-----------TA------TC--AATA-CTAAA--GAATGGGAAA-A--T--A-ATC-C-ACAA-AATACCTTTCAG---AGT-----TGACAAAGGACAG--TA-AA--TCC-AG--T-GGT-TTCAATACAGAAT-TA-TCAAT-C--GCATCTTAGCGAC-------AAATTC-TT--------T--CT-ATTT-------AAAATT-A-A----AAAAAAG-T-AATTCAAAA---TACTGC---C-G--C--CTTTG-TC-A--TCTGAAGAG-GAAATC-TATTGA---ACATTATTTTATGG-GAGTTGCA-----ATTTT--------TT-ACA-AACTTTC-T------TNAGTG-------AT--TTTTGAG------CTT-T--TTCTACG----AG-ACAAG---ACT-GTGC-------T---TACAAA-T-A-G-CT-------ATTAC-CAAA--A---------A-NTCCTTT-A-TT----CTTGG--TTT---TATT--GAAAA-AT--A------GTA-TTAT-TCAAAATATTA--------ATTGT-TCT-TTNGCTGTAATATACTACAATNGTGTATATGCAGCAAGGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACACAAAAAAACCTCGATCTCCCATATTTT-CAGATACTAT---T-TTGTGTTG--TTGTTTTTCTGA-A-TAAGA-GAATG-ACTGTA---TAT--CTGATATAC-GTGAACAAAAA-----TAAAAA--AA-AAA-ATTAT
finalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATTGAAAGACGTTGAAAAATAGATTTGNACAATTAACAATTAAATGTTATTCAGGTCATGG-TTA---GGAATA-CATAAAATAGCC----AGTAATAANCCTGA-TCG--TGTTGCTGC--A--GACGCACCTTTATTTTATAACCCCAATATTCATATT--GGCAACAAACCATTTTT-------AAC-AAACA-AATGTTT--GACA--GCGGCATCAGGCG-ACT--ATGATATG----------------AGATGGTTC--ACT--TTTTTAGT-----------TTT----T--GTAATG----ACCTATCCA-GATGTA---------AGG-ATT----ANTTTT-TAGA-ATACGATAGCATNATTCATGCTATT-------AG-GCATG-GATGAAAAAAAN----TATGGATTGGCGAAACCACAC------------AAGCTCA-CAAATCCATT-GATTATG--------TATTTA-----GTCA-AA-T--GCACGAAAATCAAAACTTT-TTTTATG--AAATT--CTAAA---CCAAAACT-ACTTCTNTCNCANCN-------GGCA---AAACAAAAAT-GG-A---GTG--AGCTT-TTGGA-----------TA------TC--AATA-CTAAA--GAATGGG-AA-A--T--A-ATC-C-ACAA-AATACCTTTCAG---AGT------GACAAAGGACAG--TAAAA--TCC-AG--T-GGT-TTCAATACAGAAT-TA-TCAAT-C--GCATCTTAGCGAC-------AAATTCTT------------CT-ATTT-------AAAATTAA------AAAAAAGT--AATTCAAAA---TACTGC---C-G--C--CTTTG-TC-ACT-CTGAAGAG-GAAATC-TATTGA---ACATTATTTTATGG-GAGTGCAATTTTT----------------ACA-AACTTTC-T------TNAGTGCAT--------TTTTGAG------CTT-T--TTCTACG----AG-ACAAG---ACT-GTGC-------T---TACAAATAAG---CT-------ATTAC-CAAA--A---------A-NTCCTTT-A-TT----CTTGG--TTT---TATT--GAAAA-AT--A------GTA-TTAT-TCAAAATATTA--------ATTGT-TCT-TTNGCTGTAATATACTACAATNGTGTATATGCAGCAAGGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACACAAAAAAACCTCGATCTCCCATATTTT-CAGATACTAT---T-TTGTGTTG--TTGTTTTTCTGA-A-TAAGA-GAATG-ACTGTA---TAT--CTGATATAC-GTGAACAAAAA-----TAAAAA--AA-AAA-ATTAT
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): AATCTAATTAAAATCAAATCCCCCAGCTCATTAATTTTGTTGTTTTCGCGTGGTCCTGAGCGAAAACAAGAAAATCAATGAGTTGGGAGATTTAATTTTAATTAG
Unaligned ( gi|14 ): GTGGACATTTTTATTCTTGAATCTCTTGGGCCTATCCTATGATTGTCCGATAATTCATCAATAATTATATATAATATG
Unaligned ( gi|15 ): TAAAGGTTAACAAATCAAGGTCACTGCTTATCACGATATCTCAAAAGTTCCATTTTTAACGAAAATAATCCTTGCT
Unaligned ( gi|17 ): TCGATTTACGAATTTATCCATAGCCTGGTTACCATGACTTAAAA
Unaligned ( gi|18 ): ATAAATACAATTTATTTCATAATTTCACAGTCTTTAATTGAC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 333333 33333333 111 11 5555555555 1 4444444 33333333 22222 11 4444444 1 1 11 11 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11 444444444 111111 44444444 1111 111 666666666666666666666666 8888888888888888888888888888 11 1 111111 111 222 11 111 111 3333333333333333333 222222222 1111111111 1111111 4444444444444 2222222 33333333 1111 33333333333 222 111 1 1 44444444444444444444444 11111111 555555555 111111 2222 111 33333333333333 111 2222222 444444444444444 1111 11111111 111 222222222 11 333333333 1 1 1 1 222 1 3333333 11 2222222 222 222 11 1 111 11 22 222222 11 1 1
lowQualScore : 000000 1 66666666 333 55 5555555555 3 7 5555555 1 33333333 55555 1 0 5 11 8 3 3 2222222 0 0 11 11 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 8 44 6 8 000000000 6 1 1 8 333333 0 8 3 22222222 8 8 0 4444 1 8 444 555555555555555555555555 3 8 44 3 8 9999999999999999999999999999 3 8 8 11 0 1 1 6 222222 99 111 000 55 33 1 77 5 222 5 000 77 5 6666666666666666666 66 88 66 55 888 66 888 5 5 5 666 000000000 5 5 5 77 99 1 77 77 5 5 5 1 5 5555555555 4 8888888 0 77 4444444444444 5 4444444 22222222 1 888 2222 1 11111111111 6 444 888 6 111 9 3 3 55555555555555555555555 6 1 99999999 1 222222222 6 999999 9999 8888 8 0 444 8 99999999999999 0 222 6666666 8 0 111111111111111 8 8 7777 77777777 444 1 8 555555555 8 1 44 0 999999999 0 0 1 5 5 111 1 5 1111111 22 5555555 000 999 7 22 0 777 33 3 00 888888 33 0 3
lowQualScore : ...... . ........ ... .. .......... . . ....... . ........ ..... . . . .. . . . ....... . . .. .. ................................................................................ . .. . . ......... . . . . ...... . . . ........ . . . .... . . ... ........................ . . .. . . ............................ . . . .. . . . . ...... .. ... ... .. .. . .. . ... . ... .. . ................... .. .. .. .. ... .. ... . . . ... ......... . . . .. .. . .. .. . . . . . .......... . ....... . .. ............. . ....... ........ . ... .... . ........... . ... ... . ... . . . ....................... . . ........ . ......... . ...... .... .... . . ... . .............. . ... ....... . . ............... . . .... ........ ... . . ......... . . .. . ......... . . . . . ... . . ....... .. ....... ... ... . .. . ... .. . .. ...... .. . .
lowQualScore : 000000 0 00000000 000 77 7777777777 3 3 3333333 0 33333333 00000 2 6 6 00 8 2 2 5555555 0 0 00 00 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 00 4 0 000000000 5 4 0 0 444444 8 8 8 88888888 0 0 8 8888 0 0 000 666666666666666666666666 2 0 44 2 0 8888888888888888888888888888 2 0 0 00 0 7 0 7 888888 22 777 888 00 55 0 77 0 111 7 000 99 7 5555555555555555555 99 66 99 22 888 99 888 0 0 0 666 000000000 0 7 7 99 33 6 99 99 7 7 3 7 7 6666666666 3 6666666 1 99 6666666666666 7 3333333 99999999 7 333 0000 0 33333333333 7 888 777 7 777 8 3 3 77777777777777777777777 7 0 33333333 0 555555555 7 222222 3333 0000 0 8 000 0 00000000000000 8 666 0000000 0 8 888888888888888 0 0 0000 88888888 222 0 0 000000000 0 4 00 6 555555555 0 0 0 0 5 000 0 5 5555555 55 2222222 222 888 0 55 0 555 88 2 55 222222 88 0 3
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATTGAAAGACGTTGAAAAATAGATTTGNACAATTAACAATTAAATGTTATTCAGGTCATGG-TTA---GGAATA-CATAAAATAGCC----AGTAATAANCCTGA-TCG--TGTTGCTGC--A--GACGCACCTTTATTTTATAACCCCAATATTCATATT--GGCAACAAACCATTTTT-------AAC-AAACA-AATGTTT--GACA--GCGGCATCAGGCG-ACTTAATGAT----ATA-------G-AT---------GATGGTTC--ACTTT---T----TT-G---A---T--TTT-TGTAATGACCTATCCA-GATGTA---------AGGATTANTTTT-TAGA-ATACGATAGCATNATTCATGCTAT---T----AG-GCATG-GATGAAAAA---AAGT-ATGG---ATGTGG-CGAA--A--C-CA-C-ACTAAGCTCA-CAAATCCATT-GATTATGCC-AA---T-----ATTTACTGT-G-TCA-AA-T--GCACGAAAATCAAAACTTT-TTTTAT-G-AAATT--CTAAA---CCAAAACT-ACTTCTGTCNCATCT-GGCAAAACAAAAAT-GG-A---GTG--AGCTT-TTGGA-----------TA------TC--AATA-CTAAA--GAATGGG-AAA---T--A---ATC-CACA-A-AATACCTTTC---------AGA-G-TG-ACAAAGGACAG--TA-AAATCC--AG--T-GGT-TTCAATACAGAAT-TA-TCAAT-C--GCATCTTAGCGAC-------AAATT--CT---------T---CT-ATTT-------AAAATT-A-A----AAAAAAG-T-AATTCAAAA---TACTGC---C-G--C--CTTTG-TCA-T-CTGAAGAG-GAAATC-TATTGA---ACATTATTTTATGG-GAG-TGCA-----A-TTT---------TT--ACA-AACTTTC-T------TNAGTG--AT-----TT-TTGAG------CTT-T--TTCTACG----AG-ACAAG---ACT-GTGC-------T---TACAAA-TAAGCT-------ATTAC-CAAA--A---------A-NTCCTTT-A-TT----CTTGG--TTT---TATT--GAAAA-AT--A------GTA-TTAT-TCAAAATATTA--------ATTGT-TCT-TTNGCTGTAATATACTACAATNGTGTATATGCAGCAAGGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACACAAAAAAACCTCGATCTCCCATATTTT-CAGATACTAT---T-TTGTGTTG--TTGTTTTTCTGA-A-TAAGA-GAATG-ACTGTA---TAT--CTGATATAC-GTGAACAAAAA-----TAAAAA--AA-AAA-ATTAT
Reference ( family-1705 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATTGAAAGACGTTGAAAAATAGATTTGNACAATTAACAATTAAATGTTATTCAGGTCATGG-TTA---GGAATA-CATAAAATAGCC----AGTAATAANCCTGA-TCG--TGTTGCTGC--A--GACGCACCTTTATTTTATAACCCCAATATTCATATT--GGCAACAAACCATTTTT-------AAC-AAACA-AATGTTT--GACA--GCGGCATCAGGCG-ACT--ATGAT----AT--------G-A----------GATGGTTC--ACTTT---T----TT-A---G---T--TTT-TGTAATGACCTATCCA-GATGTA---------AGGATTANTTTT-TAGA-ATACGATAGCATNATTCATGCTAT---T----AG-GCATG-GATGAAAAA---AANT-ATGG---AT-TGG-CGAA--A--C-CA-C-AC-AAGCTCA-CAAATCCATT-GATTATG--------T-----ATTTA-----G-TCA-AA-T--GCACGAAAATCAAAACTTT-TTTTAT-G-AAATT--CTAAA---CCAAAACT-ACTTCTNTCNCANCN-GGCAAAACAAAAAT-GG-A---GTG--AGCTT-TTGGA-----------TA------TC--AATA-CTAAA--GAATGGG-AAA---T--A---ATC-CACA-A-AATACCTTTC---------AGA-G-TG-ACAAAGGACAG--TA-AAATCC--AG--T-GGT-TTCAATACAGAAT-TA-TCAAT-C--GCATCTTAGCGAC-------AAATT--CT---------T---CT-ATTT-------AAAATT-A-A----AAAAAAG-T-AATTCAAAA---TACTGC---C-G--C--CTTTG-TCACT-CTGAAGAG-GAAATC-TATTGA---ACATTATTTTATGG-GAG-TGCA-----A-TTT---------TT--ACA-AACTTTC-T------TNAGTG-CAT-----TT-TTGAG------CTT-T--TTCTACG----AG-ACAAG---ACT-GTGC-------T---TACAAA-TAAGCT-------ATTAC-CAAA--A---------A-NTCCTTT-A-TT----CTTGG--TTT---TATT--GAAAA-AT--A------GTA-TTAT-TCAAAATATTA--------ATTGT-TCT-TTNGCTGTAATATACTACAATNGTGTATATGCAGCAAGGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACACAAAAAAACCTCGATCTCCCATATTTT-CAGATACTAT---T-TTGTGTTG--TTGTTTTTCTGA-A-TAAGA-GAATG-ACTGTA---TAT--CTGATATAC-GTGAACAAAAA-----TAAAAA--AA-AAA-ATTAT
gi|1 : TATTGAAAAACATTGAAAAATAGATTTGGATAA---------AGATGT-ATTCAAATCATGGGTTA---GGACTA-CA--AAATAGC-----AGTAATAAGCCTGA-TCG--T--TGCTGC--A--GATGTACCCTTATTTTATAACCCCAATATTCATATTTTGGCAACAAACC-TTTTT-------AAC-AAACA-AATGTTTTTGAAA--GCGGCATCAGGCA-ACTTAATGAT----AT--------A-ATTAATTTGAAGATGGTTC--ACTTT---TGCCTTTGA---A---TCCTTG-TGTAATAACCTATCCA-GATATA---------AGGATTACTTTT-TTGA-ATAAAGTAGCATAATTCATGCTAT---T----AG-GCATG-GATGAAAAA---AAGTTATGG---ATGTGA-CAAA--AAAC-TA-C-CCTAAGCTCAACAAACCCATT-GATTATGCCCAAACAT-----ATTCATTGTTG-TTA-AA-T--GCAAGAAAATCAAAACTTT-TTTTAT-GGAAATT--CTAAA---C-AAAAC--ACTTCTGTAT--TCT-GGCCAAACAAAAAT-GG-A---GTG--AGCTT-TTCGA-----------TA------TC--AATT-CTAAA--GAATGGGAAAA---T--A---ATC-CACA-A-AG-ACCTTTC---------AGA-GTTG-ACAAAGGACAG--T--AAATCC--AG--T-GGT-TTCAATATAGAAT-TA-TCAAT-C--GCATCTTAGCAAC-------AAATT--CT---------TTC-CT-ATTT-------AAAATT-AGA----AAAAAAGTT-AATTAAAAA---AACTGC---C-G--C--TTTTGTTCA---CTGAAGAG-GAAATC-TA-TGA---ACATTATTCTATGGTGAGTTGCA-----A-TTT---------TTTAACA-AACTTTC-T------TGAGTG--AT-----TT-TTGAG------CTT-T--TTCTACA----AG-ACAAG---ACT-G-GC-------T---TAC-AA-T-AGCT-------ATTAC-CAAA--A---------A-ATCCTTT-ATTT----CTTGG--TTT---TATT--AAACA-AT--A------GTA-TTAT-TCAAAATATTA--------ATTGT-TCT-TTGGCT-TAA-ATACT---ATGGTGTAT-TACAGCAAGAT
gi|1 : tgtcaatctcaaatcctgcaggaccactacctcaaggaatttacttacaataATACAAAAAA-------TCTCCCATATTTC-CAGATACTATATCT-TTGTGTTG--TTGTTTTTCTGA-AATAAGA-GAATG-ACTGTA---TAT--CTGATATA---TGAACAAGGAATTTTTAAAAA--AA-AAA-ATTATgtactgagaagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncttcactctgctttcagactcttctatacaaaaaatctcccatatttccagatactatatctttgtgttgttgtttttctgaaataagagaatgactgtatatctgatatatgaacaaggaatttttaaaaaaaaaaattataaaa
gi|10 : tgtcaatctcaaatcctgcaggaccactacctcaaggaatttacttacaatatattgaaaaacattgaaaaatagatttggataaagatgtattcaaatcatgggttaggactacaaaatagcagtaataagcctgatcgttgctgcagatgtacccttattttataaccccaatattcatattttggcaacaaacctttttaacaaacaaatgtttttgaaagcggcatcaggcaacttaatgatataattaatttgaagatggttcacttttgcctttgaatccttgtgtaataacctatccagatataaggattacttttttgaataaagtagcataattcatgctattaggcatggatgaaaaaaagttatggatgtgacaaaaaactaccctaagctcaacaaacccattgattatgcccaaacatattcattgttgttaaatgcaagaaaatcaaaactttttttatggaaattctaaacaaaacacttctgtattctggccaaacaaaaatggagtgagcttttcgatatcaattctaaagaatgggaaaataatccacaaagacctttcagagttgacaaaggacagtaaatccagtggtttcaatatagaattatcaatcgcatcttagcaacaaattctttcctatttaaaattagaaaaaaagttaattaaaaaaactgccgcttttgttcactgaagaggaaatctatgaacattattctatggtgagttgcaattttttaacaaactttcttgagtgatttttgagctttttctacaagacaagactggcttacaatagctattaccaaaaaatcctttatttcttggttttattaaacaatagtattattcaaaatattaattgttctttggcttaaatactatggtgtattacagcaagatgtactgagaagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncttcactctgctttcagactcttctTATTAAAAGATGTT------TAGATTTGTACAATTAACAATTAAAT--TATCCA--TCATGGCTTACATAGAATA-TATAATATAACCTTATAGTAACAAATCTGA-T-----GTTGCTGCTAATTAATACACCTTTATTTCATAACCCACATATCCATATT--GACAaaaa
gi|11 : ACACAAAAAAACCTCGATCTCCCATATTTTCCACGGACCAT---A-TTGTTTTAGTTTGTTTTTCTGA-T-TAGAATGAATGAACTGTAAGTTATTCCTGATATAT-GTGAACAAAAA-----TAAAAA--AACAAATATTATgaaaga
gi|13 : CATTTTTT-CAGATACTAT---TGTTTTGTTG--TTGTTTTTCTGA---TA-GA-GAATG-ACTGTA---TAT--CTGATATAT-GTGAACAAAAA-----TAAAAAATAA-AAA-AT
gi|16 : aatttatATATCTT--AGATACT-----T-TTGTGTT--------TTTCTGATA-TAAGA---ACG-ACTGTA---CAT--CTG-TATACGGTGAACGAAAA------AAAAG--AA-
gi|2 : AACCCCAA-ATT-ATATA--GGCAA-GAACCATT----------AACGAAACATAGTATTT--GACTTTGCGACAGT-GGCGGACT--ATGATTATAATA-------G-A----------TATGACTT--TCTGT---T----TT-A---GCATT--CTTATGTAACGAC-TATCCATGATGTA---------AG-ATAAATTTC-AAGA-ATACAAT-GCATAATTC-TGCTCT---TTA--AG-GTATG-GATGAAAAC-----GT-ATGGCTGGT-TGGACAAATAA--C-CA-CCATGAAGCTCA-CAAAGC-ATTCGAGTAT---------T-----ATTTACTGT-G-TAATAA-TTGGCACGAAAG-CAAAACTTT-TTT------AAATCTACTAGAACCCCAAGACTTACATC---CACCTCT-G-CATAACAAAA---GG-ACAGGTG--CGCTTATTCTA-----------T-------TCGGAATAGC--AA--GAATAA--AAA---TTTA---ATTTCATA-A-AA---CCTTC---------AGACG-TG-ACTA-GGACAGGTTA-AAATTCCGAG--TAGGTGTTCGATA-AGAATATG-T-AAT-AAGGCATCTTAGCGAC-------AACTT--GT---------TTAACTCATTT-------TAAATG-A-ATTCTAAAA---------TGAAAT---TACTGG-----G--CAACTGT--TCACTTCTGAAGAG---AATC-CATTGA----CATTATTTTATGGTGAG-TGCA-----A-TGT---------A---ACA-AA-TTTC-T------TAAGTA--AT-----TT-T--AG------ATT-TGATTTTAAGGG--AG-AAAAA---ACT-GTGT-------TGTTCACAAA-TGAAAT-------ATTAC-CAAA--A---------A-CTCTTTTAA-TT----CTTGG---GT---TATT--GAAAA-ATTAA------ATACTTATATCAAAATATT
gi|3 : TGCTGC--A--AACGCACCATTATTTTATAACCCCAATATTCATATT--GGCAACAAATCATTTTTTTTTTAAAAC-AAACA-AATGTTT--GACA--GCTGCATCAGACG-ACTTAATGAT----ATAAACAATGG-A----------GATGGTTT--ACTAG---T----TT-G----------TTT-TGTAAT-ACCTATCCA-GATGTA---------AGGATTAATTTTCTAGA------ATAGCATTATTCGTGCTGT---T----AGAGCATG-GAGG--AAA---AATT-ATTG---ATGTAA-CGAA--A--C-CACC-ACTAAGCTCA-CAAATCCATT-GATTGTGCCAAACA-T-----ATTTACTAT-G-TCA-AA-T--GCAAG-ATATCTAAACTTTGTTTTAT-G-AAATT--CTAAA---CCAAAA-T-ACTTCTGTCACATCT-GGCAGAAC-AAAAT-GG-A---ATG--AGCTT-TTGGA-----------AA------TC--AACA-CTAAA--GAATAAG-AGA---T--A---ATC-CACA-A-AATA-CTTTC---------AGA-G-TG-AAAAAGGACAG--TG-CAATCT--AA--T-GGT-TTCAATACAGA-------C--T-C--GCATCTTAGCGAC-------AGATT--CT---------T---CT-ATTT-------AAAATC--------AATAGAG-T-AATTCAAAG---TACTAC---A-A--T--CTTTG-TCAAT-CTGAAGA--AAAATC-AATTGA---ACA-TATTTTATGG-GAG-TG--------------------------CA-AACTTTC-C------TAAGTT-AA-------T-TTGAG------CTT-T--TTGTACA----AG-ACAAG---ACT-G-GT-------C---TACATA--AAGCT-------ATTAC-T-AA--A---------C-GTCTTTC-A-TT----CTTGT--TTT---TATT---AAAA-AC--A------GTA-TAAT-ACAAACTAGT---------GTTAT-TCT-gttggtt
gi|4 : TATTTTT-TAGATATTTGATAGGAT----CATGCTAT--------AG-GCACCTAATTAATGA---AAGT-ATGC---AT-TGG-TGAC--A--CACA-CGAC-TAG-TCC-CAA--CTATT-TGTTA-G--------T-----ATTTA-----GGTCA-AAAT--GCACAGAAATCAAAATTTT-TTTTATTG-AAATT--CTAAA---CCAAAA-T-ACTTCTTT-ACATCTCGGTAAAACAACAATCGGCA---GTGGAAGATT-TTGGAGACACTGACCGTACGGCCTTC--AAT--CTAAA--TA-TGAG-AAA---T--ATACATC-CACA-TTAGTACCTC-C---------AGA-G-TGCACAAAG-ACAG--TA-AAATCC--AG--T-GGT-TTCAATAT-GAAT-TA-TAAAC-C--GCATCTTAGCGAC-------AAATT--CTTATTACATAT---CT-GTTA-------AAAATT--------TAAAAAG-T-AATTCAAAA---TACTGC---A-G--C--TTTTG-TCA-T-CTG-AGAA-GGAATCGTATTGG---A-ACTATTTTATGG-GAGTTGCA-----A-TTT---------TT--ACACGACTTTC-TCTCCAGTTAGCG-CGTGCGAGTTATTGAG------TTTGT--TTCTACACACTAGAACATGTTAACC-GTGCGTGTGCGT---TACAAATTACGCTGTCGTAAATCAC-CAGATTACGGCTCTCTG-GTCCTTT-A-TTGTCCTTTGGCCTAT---TATTCGGAAAACAT--A------ATA-GTAT-TCAAAAGTTGA--------ATTAT-GCT-TT
gi|5 : tgaagaggcactcttctcgtggtcctttttggtaatacatgatccctcattgaaggtattgcaGCAAAACAAAA-T-GG-A---GTG--AGCTT-TTGGA-----------TA------TC--CATT-CTAAACGAAATGGG-GAGACCT--G---ATC-C-CACA-AATA-CTTTC---------AGA-G-TG-ACAAAGGACAG--TA-A---CT--GGTAT-GGT-TTCAATACAGAAT-TATTCAATAC--GCATCTTA-CGACTCACATTAAACT--CTA--------T---CT-ATCTCAAACAAAAAATCAA-A----AAAAAAG-TAAATCCCAAAGGTCACT-----C-GAAT--CATTG-TCACT-CTGAAGAGTGAAATC-TATTGAGGGACATAGTTCT-TAG-GAG-TGCATAATTA-TTTTTTTTTTTCTT--ACA-AATTCTCTT------TTAGTGCCATCC---CT-ATGAGTCTAATCCT-C--TCCTACG----AG-AC-AT---ACTGGTTC-------C---TACAAA-TAGCCT-------ATTACACAAA--A---------ACTTTCTTT-A-TT----CTTGG--TTTCAGTATT--GAATA-AT--ACAGATTGTA-TAAT---AACCTATTATTCCAAACATTGTATCTACTTGCTGTAATATACTACAATCGTGTATATGCAACAAGGT
gi|6 : gtaattcagcaaataataagtctcatttataAAAATCAAAA-TTT-TTCTAT-G-AAATT--CTAAA---TCAAAACT-ACTTA-GTCTCAGCA-GGCAAA-CAAAA-T-GA-A---ATG--AGCTT-TTGGG-----------TG------TA--GATA-ATAGG--GAATGGG-AAG---T--A---ATC-CACA-A-ATCGCCATTCAGATCAGCTAGA-G-TG-ACTAAAGATTG--TC-AATTCC--AA--T-GGT-TTTAGTAAAGAAT-TA-TTAAC-A--AAATTTTA--GAC-------ATATTTACT---------A---AT-ATTC-------AAAATT-agcgca
gi|7 : acaattttgaaattttaTGTTT--GATA--GCGGCATCA-------------------AT--------GCA----------GATGGTCC--ACTTC-------------------T--TTT-TGCAAT-ACTTATCCA-AATATACAATGTAACAAAATAACTTTC-TATA-ATATGATAGTATTATTCATGCTATAACTGTAAAG-GCTTG-GATGAAAAACGGAACC-ATGC---AT-----CAAA---------------AAGTTCA-CAAATCCACT-GATTATG--------TCAAACATTTG---------A-AA-T--GCA--ACAATCAAAAC-----------------T--CTAAA---CCGAAG-T-ATTTCAATCTCAGCA-GGTAAAAC-AAAAT-GC-A---GTG--GGCTA-CTGGA-----------AG------TT--AACA-CTGAG--GAGTGAA-AAA---T--A---ATT-CACA-A-AATACCCTTC---------AAA-ttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaccataaaatcctttattttagcttgtattcaaaataatagaaatgtacaaaacactcattttta
gi|8 : GGA-----------TA------TC--AATA-CTAAA--GAATGGA-AAA---T--A---ATC-CACA-A-AATACCTTTC---------AGA-G-TG-ACACAGGACAG--TATAACTCC--AG--T-GGT-TTCAATACAGATT-TA-TCA--------ATCTTGGCGAC-------AAA----------------------ATTTA------AAAAAT-A-A----AAAAAAG-T-AATTCAAAG---TACTGCATGCAG--C--CTTTG-TCA-----GATGAG-GAATCT-TATTGA---ACA-TATTTTATGG-GAG-TGCA-----ATTTT---------TT--ACA-AACTTTC-T------GGAGTG--A------TT-CTGAG------CTT-T--Tagagt
gi|9 : TAAATGTTGTTCAGGTCCT------------ATATCATAAAACA--C----AATCATATTCCTGAATCGACTGTTGCTGC--T--GACACACCTCTATTTTATAATCCACAGATCCATATT--GACAGAAAACCATTTTTA------AAT-AAACA-AATGTTT--GACA--GCAACATCAG--A-ATT--CTTA-----AA--------G-AT---------GATGGCTCAAATTTTAGCT----TT-GAACA---T--TTT-TGTGATG-TTTATACA-AAT
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): AATCTAATTAAAATCAAATCCCCCAGCTCATTAATTTTGTTGTTTTCGCGTGGTCCTGAGCGAAAACAAGAAAATCAATGAGTTGGGAGATTTAATTTTAATTAG
Unaligned ( gi|14 ): GTGGACATTTTTATTCTTGAATCTCTTGGGCCTATCCTATGATTGTCCGATAATTCATCAATAATTATATATAATATG
Unaligned ( gi|15 ): TAAAGGTTAACAAATCAAGGTCACTGCTTATCACGATATCTCAAAAGTTCCATTTTTAACGAAAATAATCCTTGCT
Unaligned ( gi|17 ): TCGATTTACGAATTTATCCATAGCCTGGTTACCATGACTTAAAA
Unaligned ( gi|18 ): ATAAATACAATTTATTTCATAATTTCACAGTCTTTAATTGAC