lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                   111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                
lowQualScore                  :                   222               22      3333333333333333333333333333                                  111111                11111111  7777777777777777777777777777            111111                333333333333333333              1111                                                      000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000                       33333333333333333333333333333              111     33333333333        222222222222222222222222                     7777777777777777777777777                            11111                   11111   2222                       2222222       3333333333333333333333          111111                                    4444444444444            2                         9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999           2222          22222                                                      22222         1111        11111               2222222   11111111          11       8888888888888888888888888888888888888888888888                         11                  33333333            33                  6666666666666666666666      11111               88888888888888888888888888888888888                33333333                    0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000    22          
lowQualScore                  :        6  7   6   777  9999   8888  00 3 0  9999999999999999999999999999    2   7  3   3 666 55   55 2 2  444444     3333       11111111  4444444444444444444444444444 2 333  2   555555 2 2 2  777777  444444444444444444 4  2       2 8888  4444    1    2 33   666     777777 3   3 444   3  6 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777    55     3      3  3 66666666666666666666666666666 0   555   3  111     55555555555  3   3 777777777777777777777777      555    77777   0000000000000000000000000  33    2 3333  88    44 44 66666 2 2  2   33 2     00000   3333      99999 22 2    3  3333333 3     2222222222222222222222      3   555555    77     2    5 33     2  33    2 4444444444444 2 2   2  5 1 0 888888888  2   7777   8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888  2 8888   4444  2       66666 2 2   33 2 5555   2 2  777 33       2 7777777   2 66 00000    3  2 7777   2    00000  0 4   33 2 2 6666666   11111111  2  4 2  11  2 2  5555555555555555555555555555555555555555555555         3    2  2 888   99 2   33 33      2 22222222 5 2 5  4   66    5 44 6 3      6666666666666666666666  2   66666      2  444 2 00000000000000000000000000000000000  2    0  33    77777777     2  777   3   3 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 6  11 6        
lowQualScore                  :        .  .   .   ...  ....   ....  .. . .  ............................    .   .  .   . ... ..   .. . .  ......     ....       ........  ............................ . ...  .   ...... . . .  ......  .................. .  .       . ....  ....    .    . ..   ...     ...... .   . ...   .  . ...........................................................................    ..     .      .  . ............................. .   ...   .  ...     ...........  .   . ........................      ...    .....   .........................  ..    . ....  ..    .. .. ..... . .  .   .. .     .....   ....      ..... .. .    .  ....... .     ......................      .   ......    ..     .    . ..     .  ..    . ............. . .   .  . . . .........  .   ....   ...............................................................................................................................  . ....   ....  .       ..... . .   .. . ....   . .  ... ..       . .......   . .. .....    .  . ....   .    .....  . .   .. . . .......   ........  .  . .  ..  . .  ..............................................         .    .  . ...   .. .   .. ..      . ........ . . .  .   ..    . .. . .      ......................  .   .....      .  ... . ...................................  .    .  ..    ........     .  ...   .   . ..................................................................................... .  .. .        
lowQualScore                  :        0  4   2   555  6666   5555  44 1 8  2222222222222222222222222222    9   5  4   5 999 99   77 5 5  333333     4444       44444444  4444444444444444444444444444 0 888  0   888888 0 0 0  444444  666666666666666666 2  1       1 2222  5555    0    4 22   555     444444 1   1 111   1  2 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666    00     2      3  3 66666666666666666666666666666 2   444   1  222     99999999999  1   1 000000000000000000000000      000    11111   1111111111111111111111111  99    9 3333  66    22 22 99999 9 9  9   77 7     33333   1111      66666 99 9    1  2222222 1     7777777777777777777777      1   333333    99     9    7 99     9  99    9 0000000000000 9 9   9  7 8 3 444444444  9   4444   8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888  7 3333   6666  7       11111 7 7   77 7 7777   7 7  333 99       9 4444444   9 88 00000    1  8 9999   9    00000  7 3   99 9 9 1111111   88888888  9  5 9  44  9 9  9999999999999999999999999999999999999999999999         9    9  9 555   99 9   99 77      9 44444444 7 9 7  5   00    7 22 2 1      1111111111111111111111  7   55555      7  777 7 44444444444444444444444444444444444  5    1  77    88888888     7  999   2   3 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 0  00 0        
consensus                     :  TCTCCCTTGGACT-GTGTTTGT----TTT---CGAGGG-AGGG------TGA-NTT-A---A-CATCAGG-TACT-TGT-GGAATGNT---T--CTG-NA-T-TCNGT-C-AGTTT-G--GATTTGTA------GTT--GT--N--T--A-CA--ATCA-GGAC-A-CG--TT-GTT---G--G-A-C-TT-----CAG--------G-A----T--T-TC-TTTGTTT-TG--TTT----GAACAGTTT-G--GGT---CATAC-T----G-GAA-T-T-TTG-AC-TT-CC--GAGTTG--GGACTGGCA-TGA--T-TT----C-A--GAGTTTGTN--A----A----TTTCTT--G---ATCT--CTGAGTGATTGG-AT-CA---GNG-A--T-T--CAAG-T----GTGTCAAA---GAT-GT-C-GTCTAC--TCT-TA-GGT-GCC-A---T----T------TTCT-----TTCTTT---TATC-----TTT----NG--C----TC-TTTT-----CT--AAAT-C-AG-AG-AAGTG--G--G-C---T-T-GG-ATT--T-GGAAA-----TTTTC--TTTTCA--G--C-AT-CTGC-ATC-AC-ATG-ACTTGT---TTCTT-----TG------GGAATA-ATA-CTG-CTTTC-AATTTC-TTCT-G--TTTCT-CT--TTTA-A---A----T----T-C-TCT-CT-TTTTT----GGC-GAT-GAT-G--TCT--------T---G--C-A--TG-TCC-ACTAACAT----CGTGA--CCTTT----ATGATGGG---GACC--CT-A--TGA-CG---CA--TT-NATGC-A---AG---ACCG-GGACACATTC---AC-A----CTG--T-GA-CAGTGGG--CC-T-C-ACA--T-C----TCT-G-GT-G-G--GAATGAG-A--T--G-TAC-A--C-G---AGGG-AACA--C-AGC-TGGA-----CTGTGCGC--T-T-T---GT--GAA--G----GGA-ACGA-TGTTCA-T-GC------TTCA-G-G--A--CTT--G------AGGC-T--NTCG---ACGTGTTTGCTGAC-GC-A-G-TCC-GC-ACA--C--AGACCG-A----CT--T-G-G-CAGCTG--TTAC-A--G-A-ATTGCTGGGGACGG-GGC--CT-TG-N-CA-CAGTT--TAGGTCA-CA---G-G-------T-----G--A---G----C-TC-CT---GT-GCCCGGG--TGGT--GGGCGGTAGCC-AT-N-TCTCGAT-T-CTCAGAA-----GTCATG-CT--T----CA-ATCTTGAAAT-AAA-ATAA---AG------TATTTT--TNG-----TTA---AGAATGCCTTGACATCA
Reference ( gi|4 )            :  TCTCCCCTGAACT-GTGCATGT----TTT---TGATAG-AGGG------TGG-GCT-A---A-CATCAGGGTACT-TGT-GGAATGGT---T--CTG-AA-T-TCGGT-C-AGTTT-G--GATTTGTG------ATT--GT--A--T--A-CA--ATCA-GGAA-A-CG--TT-GTT---A--G-A-C-TT-----CAG--------T-A----G--T-TC-TTTGTTT-TG--TTT----GAACAGTTT-G--GGT---CATAC-T----G-GAA-T-T-TTG-AC-T--C---GAGTAG--GGCCTGGCA-TGG--T-CT---GC-A--GACTTTGCC--A----A----TTCCCT--G---ATCT--CTGAGTGATTGG-AT-C----GTG-A--T-T--CAAACT----ATATCAAA---GAT-GT-C-GTCTA---TCT-TA-GGT-GCC-A---T----T------TTCT-----TTCTTT---TATC-----TTT----TG--C----TC-ATTA-----CT--AAAT-C-AG-AG-AAGTG--G--G-C---T-T-GG-ATT--T-GGAAA-----TTTAT--TTTTCA--A--C-AT-CTGC-ATC-AC-ACG-ACTTGT---TTCTT-----TG------GGAATA-ATA-TTG-TTTTC-GATTTC-TTCT-G--TTTCT-CT--TTTA-A---A----T----T-C-TCT-CT-TATCT----GGC-AAT-GAT-G--TTT--------T---G--C-A--TG-TCC-ACTAATAT----CGTGATGCTTTT----ATGATGGG---AACC--CTCA--TGA-CA---CA--TT-AATGC-A---AG---ACCG-GGATACATTC---AC-A----CTG--T-GA-CAGTGGG--C--T-C-ACA--T-C----TCT-G-GT-G-G--GAATGAG-A--T--G-TAC-A--C-G---AGGG-AACA--C-AGC-TGGA-----CTGTGCGC--T-T-T---G---GAA--G----GGA-ACAA-TGTTCA-T-GC----A-TTCA-G-G--A--CTT--G-G---AAGGC-T--CTTG---ACATGTTTGTTGAT-GC-A-A-TCT-TC-ACA--C--AGACCG-A----C---T-G-G-CAACTGC-TTAC-A--G-A-ATTGCTGGGGACGG-GGCTATT-TG-A-CA-CAGTT--TAGGTCA-CA---G-G-------T-----A--G---G----C-TC-C----GT-GCCTGGG--TGGT--GAACATTAGCC-AT-T-TCCTAAT-T-CCCAGGA-----GTCATG-CT--T----CA-ATCTTGAAAT-AAA-ATGA---AG------CATTTT--TGG-----TTA---GGGATTTCCTGACATCA
gi|3                          :  TCTCCCTTGGATTTGTGT-TGA----TTTAAGTGATGGCAGTG------T----TT-G---A-GATAAGGATACT-TGT-GGGATGTT---TA-CTG-AAATATCAGT-CCAGTCT-G--GATTTGTA------ATT---T--A--TTGA-CATTACAA-GGAC-A-CAAATT-GTT---A--GGA-CATT-----CAG--------G-A----A--T-TC-GT-GTTT-TACATTT----AGACAGTTT-T--TTT---CATGC-T----G-GAA-T-A-CTG-AC-TT-C---TGGAAGTTGGACTAGTA-TGA--T-TT----C-A--GAGCATGTG--AT---A----TTGGTT--G---ATCT--CTAAG-GACTGG-GTTC----AGG-G--T-TATCAAGAT----GC-TCAAA---GAT-GT-C-GTCTA---CTTCTA-GGT-GCC-A---T----T------G-CT-----TTCTCT---TATC-----CTTAC--TT--T----TC-TTCA-----GT--AAAT-C-AG-AG-TAGTA--A--G-C---TGT-GC-ATT--T-GGAAA-----TCTTC--TTTTCA--G--C-AT-CTGA-GTC----------TTGT---TTTTTATACTTA------GAAGTA-AAG-TCA-CTTTC-AATTTC-CTCT-G--TCTCT-CT--TTTG-A--------T----T-C-TTT-CT-T-TCTTTGTGGA-AAT-GAT-G--TTT--------G---C--C-A--TC-TCC-TCTA-TAT----CATG--GCCTTT----ATGACGAG---AAC----TCG--AGA-TG---CA--TTTCATGC-A----G---ACCG-GGACA---TC---AC-A----CTG--TTGA-CAGTGGC--CC-T-C-ACA--T-C----TCT-G-GT-G-G--GAATGAG-A--T--G-TAC-A--CTG---AGGG-AACAC-C-AGC-TGGA-----CTGTGCGT--T-T-TC--T---GAA--G----GGA-ACAA-TG-TCA-T-GT------TTCATG-G--A--CTT--G------AGGC-T--GTTG---ACATGCTTGTTGAT-GC-A-G-TCT-GC-ACA--C--AGACCA-AT---T---T-G-G-CAGCTG--TTAC-A--G-A-ATTGCT--GGACAG-G----CT-TG-T-CA-CAGTT--TAGGTCA-CA---G-GTGA----T-----G--A---G----C-TC-CT---GT-GCCCAGT--TGGC---AGCAAAAGCC-AT-A-TCTAAATGT-T-----G-----GTCATATCTG-T----TA-A-----AAAT-ACA-ATGAATGAA------TATTTT--TG
gi|5                          :  TTTCCCTTCCACT-G--CATTTG---TTT---TAATAG-AAGGCATTTTTGA-TTT-A-----------GGTACA-TCT-GGAATGGT---T--CTG-AA-T-TCAGC-G-AGTTT-G--GACTTGTG------GTT--AT-----T--A--A--CCCC-AGAA-A-CT--TC-ATT---ATAG-A-C-TG-----CAG----------A----A--TATC-TTTGTTT-T---CCA----GAACAGTTT-G--GAC---CATAA-TTTATGTGAA-T-T-CCG-AC-T--TCT-GATTTA--AGACTGGTA-TGA--C-TT---G--A--GAGTT-GT---A----A----TTTCTT--C---ATCA--TGGTTTGACTGG-AT-CA---GGG-A--T-T--CAAGAT-----TGTCAAA---GAT-GC-C-GTCTA---CTT-TAAGGT-GCC-A---T----TGTT---TTCT-----TGTTTC---TATA-----GCT----TG--C----T---TTG-----TT--GAAT-C-AG-AA-TAGTG--G--GAC---A-T-GG-ATT--T-AGAAA-----TACTC--TTTTCA--G--C-AT-CTGC-ATC-AT-ATG-CCTTGT---TT--T-----TG------GAAATC-ATA-CC----CTC-AATTTC-TTCT-G--TTTCT-CG--TTTA-A--------TGGCCT-C-TCT-CC-T-TTT----GGC-AAT-GGT-G--TCT--------A---C--C-A--TG-TC----TAAGAT-----ATGA--CCTTT----GTGACTGG---GACC--C--A--TAA-CG---CA--TTTCATGC-A----G---ACCG-GGA--CATT----GC-A----CTG--TTGA-CAGTGGT--CC-T-C-ACA--T-C----GCT-G-GT-G-G--GAATGAG-A--C--G-TAC-AT-T-G---AGGG-AACAC-C-AGC-TGGA-----TCGTGCGC--T-T-T---GT--GAA--T----GGA-ACAA-TG-TCA-T-GC------TTCATT-G--A--TTT--G------AGGT-T--TTCA---ACATGCTTGCTGAT-GC-A-G-GCT-AC-ACA--C--AGACCG-A----CT--T-G-G-CAGCTG--TTAC-A--G-A-ATTGCT--GGACAG-G----CT-TG-T-CA-CAGTT--CAGGTCA-CA---G-G-------TG----A--T---GAT--C-TC-CT---GC-GCCCAGG--TGAC---AGCAGTAGCC-A--T-TCCAAAT-caccatcataattagaatgctactgataaattcattcaagagtatttagtatttaaataattgtgaattaac
gi|16                         : cTCTCCCTTGGACT-GTGTTTGT----TTT----GAGAG-AGGG------TGA-CTT-A---A-CATCAGG-TACT-TGT-GGAATGGC---T--CTG-AA-T-TCAGC-C-AGTTT-T--GATTTGTA------ATC--GTTGA--T--------ATCA--GAC-A-CG--TT-GTT---G--G-A-C-TT-----AAG--------G-A----T--T-TC-TTTGTTT-TC--TTT-----AACAGTTT-G--GGT---CATAC-T----G-GAA-T-T-TTG-AC-TTCT---GAGTTG--GGACTGGCA-TGA--C-AT----C-A--GA----ACCGTA----A----TTTCTT--G---ATCT--CTGAGTGATTGG-AT-CA---GGG-A--T-T--CCAG-T----GTGTCAAA---GAT-GT-T-GTCCAC--TTC-TA-AGT-GCC-A--------T------TTCT-----TTCTTT---TTCC-----TTT----AGC-C----TCTTTTT-----CT--AAAT-C-AG-AG-AAGTG--G--GCC---T-T-GG-ATT--C-GGAAA-----TTTTC--TTTTCA--A--C-TT-CTGC-ATC-AC-TTG-ACTTAT---T--CT-----TG------GGAATA-ATG-TGG-CTTTC-AATTTC-TTCT-G--TTTCT-CT--TTTA-AT--A----T----T-T-TCT-CTATTTTT----GGT-GAT-GAT-A--TCT--------G---C--C-A--TA-TCC-AC-AACAT----CATGA--CCTTT----ATGACGAG---gctgtttatgtcattctgttgaaaaaaccccataaaaatcaaatatatt
gi|17                         :  TCTCCCTTGGATT-GTGT-TGG----TTT---TAAGTG-ATGG------TAGTGTT-A---A--ATCAGG-TACT-TGT-GGGATGTT---T--CTG-AA-T-TCAGT-C-AGTTT-G--GATATGTA------ATT--GT--G--G--A-C---ATCA--GAC-A-CG--TT-GTT---G--G-A-T-TT-----CAG--------G-A----T--T-TT-TTTGTTT-T---CTT----GAACAGTTT-G--GGT---CATAC-G----G-AAA-T-T-TTG-AC-T--g
gi|9                          :  TTTTCCTTGGACT-GCGCTGGC----TTT---CAAT-----GA------CGG-AAT-ATCCA-CATC----TGTC-TCT-AAAACGATATCT--CTG-TA-T-TCCTC-C-AGACT-A--GATTTGTA------GTT--GT--T--T--ATC----TCC-G----A-CA--TT-TTC---ATGG-A-C-TT-----CAA--------G-A----T--T-TT-CTTATTT-TC--TTC----GAG----TT-G--GGTTTCCAGACGT----G-AAA-T-C-ACG-TC-T--CT--GAGCGA--GACTTGGCG--GG--T--T---GTTA--GGGTAT-CC--ATGTGA----TTTTCT---------T--TCG------TGG-AC-T----GTA-A--CAT--AGAACCCATCGTATCAAA---AA--GTAC-ATTCACT-TCT-T--GGT-GCC-A---T----G------AT-T-----TTCTTT---TCTCCTCAATTT----CG--C----TC-TCCAAAAAGCC--AAAT-C----------TA--G--T-T---T-T-TG-CTT--T-AGAGA-----TTT----TCCTCC--T--C-AT-TT-C-ATC--C-TCG-AGTTGTACGTACTT-----CG------GAATCA-AAA-CAG-TTTT--AATCTC-ATC--A--TTTTC-CT--TTCGTA---A----T----T-C--CT-TT-T-TCC----GGC-TGTCGAC-GACTTT--------T---G--A-AACT--TCA-ACTG-CAT----CGTGAC-CTTT--------ATGGG---GACC--A--A--GGA-CA---CA--TTTCATGC-A---C----ACTG-GGACG---TC---AC-A----TTG--TCGG-CAATGAG--C--TTC-GCA--T-C----TTT-G-GT-C-A--GGATGAC-G--TAAG-CAC-T--C-G---GTGT-AA-A--CGAGC-TGTAT----CTTTCTGC--T-C-G---T---GAA--G----CAG-ACGA-TGT-CA-T-GT----A-C-CA-GCG--T--CTT--GTG-----GGCGT--CC-----ACGTGCTTGCTGAC-GC-A-G-TCC-GT-GCA--C--AGACTG-A----CT--T-G-G-CAGTTG--TTGC-A--G-A-ACTGCTGGG--TGG-GGTTAT-------CA-CAA-----AGGTCA-CACGCG-A-------T-----G--A---C----C-TC-CT---GT-GCCCAGG--AGAT--GGGTG-TGGCC-AT-T-Ttcttntttgttttcttgaacagtttgggtcatactgaaattttgacttctgagttgggactggtatgatttcagagttgtaatttggaaatctttaagggactgggtcagggtatcaagattgtcaaagatgtcgtctactcccacgtgccattgttttcttttatctttacttttcttctttaaatcaaag
gi|26                         :  TCTCCCTTGGACT-GTGTTTGT----TTT----GAGGG-AGGG------TGATGTT-A-----CATCAGG-TACT-TGT-GGAATGGC---T--CTG-AA-T-TCAGT-C-AGTTT-T--GATTCGTA------GTT--GG--T--G--A-C---ATCA--GAC-A-CG--TT-GTT---G--G-A-C-TT-----AAG--------
gi|22                         :  TCTCCCTTTGACT-GTGTTAGT----TTT---CAGT-G-ATGG------CAG-TTT-G---A-CATCAA--TATC-AGTAGGCATGTT---C--TTG-AA-T-TCCTC-T-AGTTT-G--GATTTGTA------GTTA-GT--GATT--G-CA--------GAC-A-TA--TT-GTT---T--G-A-C-CT-----TAG----------A----A--TATC-TTTGTTT-TG---TT----GAACTGTCT-G--GGT---CATg
gi|6                          :  TCTCCCTTGGACT-GTGTTAGT----TTT---CCA-AG-ATGG------TAT-TTTGA---A-CATC--GACATC-AGTTGGCATGTT---C--TTG-TA-T-TCC-T-CGAGTTTTA--GATTGGTA------GTT---C--A--TT-A-CT--TTCA-G-AC-A-CT--TT-TCT---G--G-A-A-TT-----C-G--------TGA----G--T-TC-TTTGTTT-TG--TTT----GAACTGTTT-C--AAT---CATgtct
gi|23                         :  TCTCCCTTGGATT-GTGTTAGT----TTT---CAGT-G-ATGG------CAG-TTT-G---A-CATCAA--TATC-AGTAGGCATGTT---T--CTG-TA-T-TCC-T-CGAGTTT-G--GATTGGTA------GTTA-GT--GACT--G-CA--------GAC-A-CA--TT-GTT---T--G-A-T-TT-----GAT--------A-A----T--T-TC-TTTATTT-TG---TC----GAACTGTTT-G--GGT---CATgtcttgggtattcgatttttttatttcacaccggtaagaatctagagcaggcaattgattcttcttttcatggacctttatcaaaagaacccagtttattgaaaatgtgtctactctttgtgccataaaatctctatgctttttcctttttttttccagttcatcaaaagtttggtaattggcaatacatattttcttctctgattttcttgaattttcttcttgtattcaggaatgcatatggactcattctgactttctttctcaaatatcttttttcttgtccgagaatatcgacaagatctaaatatattttgtggtcctattctggggacctgagaatgcatttcagacacacctggaacatcccatttttgcagtgggcctcgcatcgttgattgtttagtggaattcacattcgggaaacgccagccgtatctttctgtctttgaatgaacgatgtcatgtggttgcgtacttgagcttatcaacatgtttactaacaagtccacacattcaaactgacaagtgaccagttgtattacagaaattgtgggtagcttgattgcaaaggtcacagttgataattctgagctgggaggtaagcgtggccat
gi|2                          :    TCCCTTGGACTAGTGT-TTT----GTT---TGAGGG-AGGG------TGA-CCT-AT--A-CATCAGG-TACT-TGT-GGAATGGC---T--CTG-AA-T-TCGGT-C-AGTTT-TTTGAATTGTA------ATT--GTTGA--T--A------TCA-GACA-C-CG--CT-GTT---G--G-A-T-TT-----CAG--------G-A----T--T-TC-TTTGTTT-TC--TTT-----AACAGTTTGG--GGT---CATAC-T----G-GAA-T-T-TTA-AC-TTCT---GAGTTG--GAC--GACA-TGA--T-TC---A--A--AACCAT-----A----A----TTTCTTTGA---ATCT--CTGAGTGATTGG-AT-TTCAAGTG-A--T-T--CAAA-T----GTGTCAAA---GAT-GT-T-GTCTAC--TTC-TA-GGT-GCC-----T----T------TTCT-----TTCTTT---TATC-----TTTAGCATT--C----TT-TTTT-----CT--AAAT-TGGG-AGTAAGTG--G--GCC---T-T-GG-ATT--T-GGAAA-----TTTGTCCTTTTCA--C--C-AT-TTGC-ATCAAC-AGG-ACTTG----TTCTC-----AA------GGAATA-ATT-CTG-CTCTC-TATTTC-TTCT-G--TTTCC-TT--TTTA-A---ATGT-T----T-C-TCT-CT-TGTTG----GGT-AAT-GAT----TTC--------T---GC-C-A--TG-TCC--CTAATCT--------ATACCTTT----A-GA-GAG---GACC--CAGA---GA-GA---CAT-TT-CATGC-----AG---ACCG-GGGCA---TC---ACTA----CTGT-T-GA-CAGTGGC--CT-T-C-ACA--T-C----TCT-G-GT-G-G--GAATGAGAA--T--G-TGC-A--CTG---AGGGAAACA--CTAGC-TGGA-----CTGTGC-CTAT-T-T---GTGAAAA--G----GGA-ACGA-TATCAA-T-GC----C-T--A-T-G--G--CTT--G------AGGC-TGGTTTG---ACA-G-TTGTTGAT-GCAA-A-TCT------------GGAACG-A----C---A-G-G-C--CTGTGTTAC-gtc
gi|10                         :    TCCCTTGGACT-GTG---GT----TTT---TGAGAG-AGG-------TGA--CT-A---AACATCAG--TACTATGG-TGAATGGC---T--CTA-GA-T-TCAGT-C-AGTC--G--GATTTGTA------ATT--AT--T--G--A-CA---TCA-GGAA-AACT--TT-GTT---G--G-A-C-TT-----AAT--------T---------T-GC-TTTGTTT-T---TTT----CAACAGTTT-G--GGT---CATACCT----G-GAA-T-T-TTGGACAT--CT--GAGTTG--GAC-TGGCA-TGG--GACT---TC-A--AA--TTGTA--A----T----TTCCTT--G---ATCT--CTGAGTGTTTGA-AT-C----AGG-A--T-T--CAAAGT----GAACAAAA---AATCGT---GTCTACTGTCT-T--GGT-GCCCA---TA---T------TTTT-----TTCTCT---TATC-----TTT----AG--CAATCTC-CT-------CT--ACAT-C-A--AG-TAGTG--GACG-C---T-T-G--ATT--T---AAA-----TTT-T--CTTTCA--G--C-AT-C-GC-ATA-AA-ATGGACTTGC---TTTTT-----TT------GGAATA-ATA-CTGGCTTTC-AATT-C-TTCT-G--TTTCT-TC--TTTA-A---G----T----T-T-TCT-CT-CTTCT-----GC-AAT-AAT-C--ATCAG------C---G--C-A--TG-TCC-ACAAG-------CAAAAGACCTTG----ATG-TGG----------CT-G--TAA-TA---CAT-TT-AATGC-C---AG---AC---GGACA---TCAAAAC-A----CTT--T-GATCAGTGGG--C--C-T-ACA--TCC----TCT---GT-G-G--AATTGAG-A--T--GTTAC-A--C-T---AGGG-AACA--C-CACTTGGA-----CC---TGC--T-T-T---GT--GAA--------GA-ACGA-TG-TCATT-GC------TTCATG-G--G--CTT--G------AGGC-G--GTTG---ACATTCTTGTT-AT--C-A-G-TCTGCC-ACA--C--AGACCG-A----CTA-T-G-GTCAACTGT-GTAC-A--G-AGATTGTT-----CGGCGGC---T-TGTC-CA-CAGTT--TAGATCACCA---GAG-------TGATGGA--T---G----C-TC-T----GTAGCCTGGG--TGGT--G-GCAGTAGCC-tttatttttctgaacatcagggctagcattatctagaccggacttggcagctgttacagattgctgagacggcctttgtcacgtttaggtacaggtgatgagcacctgtgccttggtggcagtagcccattctttgatttcccagaaacttggtcactttaatctgaaataaagataaagttttatcaagcccctatacaaattttagggagtgccttgacatcaaccaaggacccat
gi|11                         :    TCCCTTGGACT-A-GTTTGT----TTT---TGAGCG-AGGG--------------A---T-TATCGGA----T-TGT-G-AATGCT---TGTCTGTAA-T-TCTAC-C-------G--GATA-GTA------ATT--GT-----T--G-CA--AACA-G--A-A-TG--TT-GTT---G--G-A-C-TT-----CAGGGAGAGGGT-GACCTG--T-TG-TTTGTTTGTG--TTTTCTTGAACAGCTT-G--G-T---TATAC-T----G-GAAAT-T-TTT-ACGT--CT--AAGTTG--GAC-TAG-A-TGGG-T-AT----C-A--GAATTGTTT--A----A----T--CTT--G---ATTTAGCAGAAT--TCGC-AT-CAA--GAG-A--T----CAAG-T----GTG-AAAA---GA--GA-C-TTCTG---TCC-T---TT-GTC-A---T----TAGTAACTTATA----TTTTTC---GATC-----TTT----TG--T----------------CT--AAAT-C-AG-AG-TAGCCACG--T-C---T-T-GG-ATTATT-GGAAAAT---TTTAT--TTT-CA--AATT-AT-CTGC-ATT-GC-ATG-ACTTAA---T----------G------AGAATA-ATA-CTG-GTTTCTGTTTTC-TTCTCG--TCTCT-CT--TTTA-A---ATGTTT----T-CTTCT-CT-TTTTT----GGC--AT-AAT-A--TCTCCACACAAT---GGCC-T--TG-ACC-ATTAA---------TGAT--TTTG----ATG-TGGG---ACGT--CTAA---GA-CG---C-------ATGCGA---AGCACACTG-GG-TCCAGGCA--AC-A----CTGT-T-GA-CAGTGA------C-C-ATA--T-C----TCT-G-GT-GTG--AAATGAG-A--T--G-TAC-A--CTG---AGGG-A--A--C-AGC-TGGA-----CTTAGCG---T-T-T---G---TGA--C----GTA-ATGT-CGTTC----GC------TTCA-T-G--AAGCAA--A-T---AAACC-TGCCCTG---ACATGTGTG-TGATGGC-A-G-TCT-GC-ATA--C--A
gi|1                          :     CCCTTGCACT-GT---TGTCTTGTTT---TGA-GG-GGGG------TGA--CT-A---A-CATCAGGGTCTC-TGT-AG--TGGTC--T--C----A-T-TCCGT-C-AGTTT-G--GATCCGTGTACACTATT--G---------A-CA---TCA-GGGACA-CT--TTTGTTCATG--G-A-C-TT------AA--------T-G----GATT-TCATTTATTT-TG--CCT----GAACAGTTC-G--GGTG--CATAC-T----G-GAA-T-TATTG-AC-T--TCTTGAGTTG--GGACTGGCAATGA----CT---TC-AATGAATT-GTA--A----T----TTTCTT--G---ATCT--CTGAGTGATTGG-AT-T----ATG-AGAT-T--CAAATT----GT--CAAAAGAGAT-AT-T-GTCTA---CTTCTA-TGTTGCC-A---T----T------T-CT-----TTCTTTAATTAT------TTT----CGTTC----TC-TTT------CT--AAATTC-AG-AGTAAATG--G--G-CAACT-TAGG-ATT--TTGGAAAGATAGTTTCG--TTTTCATAA--CTATACTGCTATC-ACCATG-ACTTGT---TTCTT-----TG------GAAATA-ATACTTG-CTTTC-AATTTCCTTCTTA--TTTCT-CTCTTTTA-ATGTA----T----TTC-TTTATT-TATTT----T-T-GAT-GAT-G--CTTC-------T---G--CCA--TG-TCC-CCAGACAA----CATGAC-CTT--------GATGTG---GAGC--CT-G--TAAGCA---CA--TT-AATGC-A----G---ACCGTGGAGATAT-C---AC-A----CTGG-T-GA-CAGTGGG--CCGT-C-ACA--C-A----TCC-GAGT-G-G--GAATGAG-A--C--GGTACGA--C-T---GAGG-AACA--CCAGA-TGGA-----CTGTGCGT--T-TGT---G---GAACAG----GGAGACGA-TGTCTA-T-GCTTCGA-TGCA-C-G--A--TTTCAG-A---AATAG-T--GTGT---ACGTGTTTGTTTAT-GC-AGG-TCT-GG-ACA--C--AGACCT-AAGCGT---T-GTG-CAGCTGT-ATACTA--GTA-ATT-CT--GGAC-G-GGCTCTTATG-T-CA-CAGTTTATAGTTTA-CA---G-GGTTGTAAT-----G--A---G----C-AC-TTGTAAT-GCTCGAG--TGGTACGGCTAGTAGCC-AC-T-TCTTTGT-T-TCCA-AA-----G--ATG-TT--CGTCACA-CCCTTCAAAG-AGA----A---AG------CATTCT--Ttaattgctggacatgaggcggcggccttgacaaattgttagtcactggtgatgag
gi|24                         :                                                       ctttg---A-TATCAG--TACT-TA--GGCATGTT---C--CTG-TA-T-TCCCC-G-ATTTT-G--GATTTATT------GTTG-GT--AACT--G-CT--GGCACAGAC-A-TG--TT-GTT---T--G-A-C-TTTAAAATAG--------A-A----G--T-TT-TTTGCTT-TG---TC----GAACttcagactagcagcatttcaattttatttatgatagaggtgttttatctgaac
gi|29                         :                                              tttctctgggactgtgttggttgtatgcatcgcGT-GGAATGGC---T--CTG-TA-T-TCTGT-C-AGTTT-G--GATTTATA------ATT--TT--T--G--A-C---ATCA--GAC-A-CG--TT-GTT---G--G-A-G-TT-----TAG--------G-A----T--T-TT-TTTGTTT-T---CTT----GAACAGTT
gi|15                         :                                                                                 -GGCATGTT---T--CTG-TA-T-TCCTTTC-AGTTT-G--GATTTGTG-------TTAAGT--G--A--G-CG--TGCA-GATT-A-CA--TT-GTT---T--G-AGT-TT-----CAG--------A-A----T--T-TC-TTTGTTT-GT--TTT----GAACTGTTT-GGAGGT---CATGC-C----A-GGA-CAT-TTG-AT-T--
gi|7                          :                                                    ttccttggattgttgttagttttcagttttgatggcagtggatatagacatctatatcattaGTTT-C--GATTTGTA------GCT--GCTGA--T--G-C-----CA---AC-A-CG--TT-GTT---T--G-A-C-TT-----AAG--------A-A----T--T-TC-TTTGTTT-TG--T------GAACTGTCT-G--TGT---CATGG-C----G-GAA-T---TCG-AT-TTTC---TATTGT--GGATTGG---TGGAAT-TTAGAGC-A--G------CC--A----GATGGTTCTCT-------TTT--TTTAG--ACTTG-AG-C----AAA-A--A-C--CCGACT----TTATTGAA---AAT-GG-T-ATCTACC-TCT-T--GGT-GCC-AGTAT----T------TCCTATGCTTTTCTT---TATC-----TTT-----G--T----CC-ATTT-----CCTCAAAC-T-TG-GT-AACTG--C--G-A---T----G-GTT-------AG-----CTTAT--TTT-CT--G--T-TT-CTTC-AT-----------TTTT---CTTTT-----TGTACTGTGGGATA-ATA-ATG-GATTC-AATTTC-CCGC-G--TTTCA-TT--TTCA-A-------------T-C-TCC-TT-TTTCT----------T-CTT-G--TTG--------T---A--A-A--TG-TCAGAC--ATAT----CTTCATATTTGTGTCCATTATGGG---AACC--A--A--GGA-TG---CA--TTTCAGGC-A---A----ACTG-GGACA---TC---AC-AT---CTC--T-TG-CAATGGG--CC-T-C-GCA--T-C----TTT-C-GT-T-G--CTGTG-G-A--T--T-T-C-A--C-AGTCAGGA-AATA--TGAGC-TTTA-----TTTTCCTC--T-T-T---GT--GAA--A----GGA-ACGA-TGT-CG-T-GT----G-TTTG-A-G--A--CTT--G--------------------------TTTGCTGAC-GC-A-A-TCC-GC-ACA--C--AAACTG-A----C---TTA-A-CAGCTG--TTAC-A--G-A-ATTGCTGGG--TGG-GGTTAT-------CA-CAA-----AGATCA-CA---G-G-------T-----GATG---A----CGTCTT----GC-GCCCAGG--AGAT--GGGCG-TGGCC-AT-TATCCttttttattttggctgaactggtgagatttagaggagcagccagggagggtacctcttttactgagacgtatcatcacaaatgtccttagaattattgaaactgaaaaagactggtgagtcaatttctctggctgagggtccagaggtagattttcttgagacatttcttttttctttaccatgactccgcatcatgtgggcccgcatcaaatgatttttgctattgctgagtcctctcttcatttttcgtgattcatgtgtctgagtggaagaatggctttagagattcaatttctctttcgcgtttctttttctcaagtttctatttttt
gi|8                          :                                                                                       ccccttgggttatttttgtttgtcttcagttttggcatttggaccaggctgctcctgtatttctcgag--ATCA-G-AC-A-CG--TT-GTT---A--G-A-C-TT-----AAG--------G-A----T--T-TC-TTTGTTT-TG--CT-----GCACAGTTT-G--GGT---CATAC-T----G-GAA-T-T-TTG-AT-T--CTG-AAGTTG--AGATGGAAA-TGA----CT---TC-A--AAATTGGT---A----A----TTTCTT--G---ATCT--CTGAGTGATTGGGAT-CA---GTGGA--T-T--CAAG-T----GTGT-AAA---GAT-GT-TTGTCTA---CTTCTA-AGT-GCC-A---A----T------TTCC-----TTTCTT---TATC-----TTT----AG--C----TT-CTTTTT---CT--AAAT-C-AG-AG-AAGTG--G--G-CC--T-T-GG-ATT--T-GGAAA-----TTTTC--TTTTCA--A--C-AT-CTG--ATT-ACAATG-ACTTGT---TCA-------TG------GGAAT--ATG-CTG-CTTTC-TATTTC-TTCT-G--TTTCTGCT--TTTA-ATG-T----T----T-C-TCT-CT-T-TTT----GGCGGAT-GATAG--TCT--------T---G--C-C--CC-TAT-AC-AACAT----CATGA----TTT----ATG-T-GG---AACC----TG--TGA-CA---CATTTT-AATGC-----AG---A-CG-GGACATA---------A----CTGT-T-GA-CAGTGGG--C--T-CAACA--T-C----T-T-G-GT-GTG--GAATGAG-A--T--G-TAC----C-G---AGGG-GAAA--C-AG--TGGA-----CTGTGCGC--T-T-TTAAT---GAA--GTTTAAGA-GTCA-TGTTCA-T--------------G-G--A--CTT---------AGGC-T--GTTG---GAATGCTTGTTGAT-GC---G-TCT-GC-ACA--C--AGACAA-A----CT--T-G-G-CAGCTG--TTACAA--G-A-ATTGCTGGAAGCGG-G----CT-TG-T-CA-CAGTT--TTGGTCA-CA---G-GTGA----T-----G--A---G----C-TC-CT---GT-GCCCAGGGTTGGT--G-GCAGTAG-C-AT-T-CCTTGAT-T-CTC-GAA-----GTAG-------T----CC-ATC-TGAAATCAAG-ATAA---AG------TATATT--CAGTCTTATTA---AGAATGCCTTAACATCAgtcctgtcaaaagtgtaaactgtaaagaa
gi|17                         :                                                                                                                                                         ttgttgac-GGAA-A-TT--TT-G----------A-C-TT-----C--------------------T-TN-TTTGTTT-T---CTT----GAACAGTTT-G--GGT---CATAC-T----G-AAA-T-T-TTG-AC-TTCT---GAGTTG--GGACTGGTA-TGA--T-TT----C-A--GA-GTTG-T--A----A----TT---T--GGAAATCT--TTAAGGGACTGG-GT-C----AGG-G--TAT--CAAGAT-----TGTCAAA---GAT-GT-C-GTCTAC--TCC-CA-CGT-GCC-A---T----T------GT-T-----TTCTTT---TATC-----TTTAC--TT--T----TC-TTCT-----TT--AAAT-C-AA-AG-tacctaagacccatat
gi|30                         :     tctcccttggattgtgttggttttaagtgatggtagtgttaaatcaggtacttgtgggatgtttctgaattcagtcagtttggatatgtaattgtggacatcagacacgttgttggatttcaggatttttttgttttcttgaacagtttgggtcatacGAT-A-CA--TT-GTT---T--G-A-G-TT-----CAG--------A-A----T--T-TC-TTTGTTT-TG---TT----GAACTGTTT-G--GGT---CATGC-
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ggtagttagtgactgcaTGAGTGATTTA-AT-CA---GTG-A--T-T--CAAG-T----GTGTCAAA---GAT-GT-T-GTCTA---CTTCTA-AAT-GCC-A---T----T------T-CT-----TTCTTT---TATT-----TTT----AG--C----TT-CTTTTT---CT--AAAT-C-AG-AG-AAGTG--G--G-CC--T-T-GG-ATT--T-GGAAA-----TTTTC--TTTTCA--A--C-AT-CTGC-ATT-AC-ATG-ACTTG------CTCA----TG------GGAATA-ATA-CTG-CTTTC-AATTTC-TTCT-G--TTTCT-CT--TTTA-ATGTT----T----T-C-TCT-CT-T-TTT----GGC-GAT-GAT-G--TCT--------G---C--C-A--TG-TCC-ACT-ACAT----CATGA--CCTTT----ATGTTG------ACC----TG--TGA-GA---CAT-TT-AATGC-----AG---ACCG-GGAC---TTC---AC-A----CTGT-T-GA-CAGTGGGC-C--T-C-ACA--T-C----TCT-G-GT-G-G--GAATGAG-A--T--G-TAC-A--CTG---AGGG-AACAC-C-AGC-TGGA-----CTGTGCGC--T-T-T---GT--GAA--G----GGA-GCGA--GGTCA-T-GT------TTC----------CTT--G-ATATGAGGC-T--AACA---GCATGTTTGATGCT-GC-A-G-GCT-AC-ACA--C--AGACCG-A----CT--T-G-G-CAGCTG--TTAC-A--G-A-ATTGCT--GGACGG-G----CT-TG-T-CA-CAGTT--TAGATCA-CA---G-GTGA----T-----G--A---G----C-TC-CT---GT-GCCCAGG--TGGT--G-GCAGTAGCC-AT-T-CCTTGAT-T-CTCAG----------ATG-TTGGT----CACATC-TGAAAT-AAAGATAA---AG------TATATTCATTG-----TTATTTAGAATGCCTTGACATCA
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                TATTGAA---AAT-GT---GTCTAC--TCT-T--TGT-GCC-A---TAAAAT------CTCTA----TGCTTT---TTCC-----TTT----TT--T----T---TT------CC--AGTT-C-ATCAA-AAGT------------T-T-GGTAAT--T-GGCAA-----TACATA-TTTTCT--T--C--T-CTGA-TTT-TC-TTG-AATTTT---CTTCT-----TGTATTCAGGAATGCATA-T-G-------GACTCA-TTCT-GACTTTCT-TT--CTCA-A---A----TATCTT-T-TTT-CT-TGTCC----GAG-AAT-A--------T--------C---GA-C-A--AGATCT-A--AATATATTTTGTGGTCCTATT----CTG--GGG---A--C--CTGA--GAA-TG---CA--TT---T-C-AGACAC---ACCT-GGA-ACATCC----C-A----TTT--T-TG-CAGTGGGC-C--T-C-GCA--T-C----GTT-G-AT-T-GTTTAGTGGA-A--T--T-CAC-ATTC-G----GGA-AACGC-C-AGC-CGTATCTTTCTGT---C--T-T-T---G-----A--A----TGA-ACGA-TG-TCA-T-GTG---G-TTGC-G-T--A--CTT--G------AGCT-T--ATCA---ACATGTTTACTAA---C-A-AGTCC-AC-ACATTC--AAACTG-A----CAAGT-G-ACCAGTTGTATTAC-A--GAA-ATTG-TGGGTA-----GC---T-TG-ATTG-CAA-----AGGTCA-CA---G-T-------T-----GATA---A----T-TC-T----GA-G-CTGGG--AGGT--AAGCG-TGGCC-AT-tacctaatacccaat
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                      tctcccttggactgtgttagttttccaagatggtattttgaacatcgacatcagttggcatgttcttgtattcctcgagttttagattggtagttcattactttcagacacttttctggaattcgtgagttctttgttttgtttgaactgtttcaatcatgtcttgggtattcgatttttttatttcacaccggtaagaatctagagcaggcaattgattcttcttttcatggacctttatcaaaagaacccagttTTT---TATC-----TTT----AG--CA---TC-TTTTT----CT--AAAT-C-TG-AA-TAGTG--G--G-CC--T-T-GG-ATT--T-GGAAA-----TTT
gi|37                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             -C---T-T-TG-ATT--T-GGAAA-----TTTTC--TTTTCA--A--C-AT-CTGtc
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           c--T-GGAGA-----TTTTG--TTTTCT--G--C-TT-CTTC-ATT-TT-TCT-TCTTGT---A-CTT-----TG------G-AATA-ATG-GTG-GATTC-AATTTC-TTTG-G--TTTCC-TT--TTCA-A---G----T----T---TCT-TT-TTCTT----GTC-GTT-GAA-A--TTT--------TCTGG--C-A--TA-TCT--TTGACTT----CGTG-----TCG----ATTATGGG---GACCAACT-A--TG--CA---T---TT-CAGGC-A---A----ACTG-GAACA---TC---AC-A----TTGC-T-GG-CAGTGGGC-C--T-C-ACA--T-C----TCT-G-GT-T-G--GTGTGAA-A--T--T-CAC-A--C-T---CAGG-AAAAGCC-ACC-TTT------CTGT---C--T-T-T-------AAA--A----TGA-ACGATTGTCGA-T--C----AGTTGT-G-G--A---TT--G------AG------CTTGACCACGTGTTTACTGAC-AC-A-G-TCC-AC-ACA--C--AAACTG-AG---T---T-G-A-CAGTTG--TTAC-A--G-A-ACTGCTGGGTA----GGC---T-TG-A-CA-CAA-----AGGTCA-CA---G-G-------TG----A--T---GAC--C-TC-CT---GT-GCCTGGG--AGGT--GGGCA-TGGCC-ATAC-TCCAAAT-
gi|34                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        catcaattttggccatcataaTTC-AATTTC-TTCT-G--TTTCT-CT--TTTA-AT--G----T----T-C-TCT-CTCTTTTT----GGC-AAT-AAT-G--TCT--------agaagctggaattatatgataataattttcatttatcagtcacagaagtgtctgattaatttgttagtgtctcattccttaaaatagct
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ATGGGGACAACG--CTCAGGTGT-CATTTCT--TT-AAAGC-A---AT--------GGAAACAT-C---AC-A----TTGCAT-GG-CAGTGGGGCC--T-C-ACA--T-C----TCTGG-GT-T-T--GAGTGAA-A-----G-CAC-A--C-
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              tttcctggcatactcttcatcaagttcttttcttgtcattgttgaaatttcagttatctgaggctagtgcttctctcccggtgaatcatatcgtcccagtttatcctccatcat-AATGC-A---AA---AT-G-GAACAAAATC---AC-ATGCACTG-------CAGTGGG--CCTC-C-ACAAGT-C----TCT-G-GT-tcaggacaccac
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  tgtgcactatatatggagaccaattatgcactcctgaaaACATCG---GC-A----TTGC-T-GC-CAGTGGAATT--T-T-ACA--T-CATCTTCT-G-GTTG-G--GTGTGAA-AATT--C-CAC-A--C-TCT-AGGA-AAAG--C-CAC-T--------CTTTCTGT--TCT-T---G---AAA--A----TGA-ACGA-TGTTCA-TTGT----G-GTT--G-GTTA--CTT--G-----AAG------CTTGTCCACGTGTTTACTGAC-AC-A-G-TCC-ACTACA--CCAAAACTG-AG---T---T-G-A-CAATTG--TTAC-AACG-A-CT--CTGGGTTAGG-TGCT----TG-A-CAACA------AAGTCA-CA---G-G-------T--------G---ATTACC-TC-CTT--GT-GCCTGGG--AGGT--GGGCA-TGGAC-AT-A-TTCCAAT-tgagcatttggtagaaaattattacatatcaagaaaagcaagttggtatcttctgtctttgaaagacgcaaacgatgtcatgttgttaagggtaactttgagc
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          aattctggcatggtcagtaactttgtgtctcatttatggccaacctatgcccatttcattttgtcaaactggtc--C-AGC-TGGA-----CTGTGCGT--T-T-T---GT--AAA--G----GGA-ATGA-TGT-CA-T-GT------TTTATG-G--A--CTT--G------AGGC-T--GTTG---ACATGTTTGCTGAT-GC-A-G-GCT-AC-ACA--C--AGACCG-A----CT--T-G-G-CAGCTG--TTAC-A--G-A-ATTGCT--GGACAG-G----CT-TG-T-CA-CAGTT--TAGATCA-CA---G-GTGA----T-----G--A---G----C-TC-CT---GT-GCCCAGG--TAGT---AGCTGTAGCC-AT-A-TCTAAAT-agaagctgtgaatttagatatattattttcatttatcggtcacaggaagtgtctttgatttattgtgtagtgtgtcatttcctctaaaatagcttatcttggttttctataggactttcctatttttactgtcctgtaaatagacattaaaaaatttgtttttaagaataattaaaatatttagcat
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         c--AGACCGGA----C---TTG-G-CAGCTG--TTAC-A--G-A--TTGCTGAG-ACGG---CC-TT-TG-T-CA-C-GTT--TAGGT-A-CA---G-G-------T-----G--ATGAG----C-AC-CT---GT-GCCTTGG--TGG------CAGTAGCCCAT-T-CTTTGAT-TTCCCAGAAACTTGGTCA---CT--T----TA-ATCT-GAAAT-AAAGATAA---AG--------TTTT--ggtggccatatctgtaaaacaaaaacaatcaatggatatttttattgcatcaaagttaaacttacagcatgaccaaaacatctaataataattgtataatgatgaataac
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   tcccttggactagtgttttgtttgagggagggtgacctatacatcaggtacttgtggaatggctctgaattcggtcagttttttgaattgtaattgttgatatcagacaccgctgttggatttcaggatttctttgttttctttaacagtttggggtcatactggaattttaacttctgagttggacgacatgattcaaaaccataatttctttgaatctctgagtgattggatttcaagtgattcaaatgtgtcaaagatgttgtctacttctaggtgccttttctttcttttatctttagcattcttttttctaaattgggagtaagtgggccttggatttggaaatttgtccttttcaccatttgcatcaacaggacttgttctcaaggaataattctgctctctatttcttctgtttcctttttaaatgtttctctcttgttgggtaatgatttctgccatgtccctaatctatacctttagagaggacccagagagacatttcatgcagaccggggcatcactactgttgacagtggccttcacatctctggtgggaatgagaatgtgcactgagggaaacactagctggactgtgcctatttgtgaaaagggaacgatatcaatgcctatggcttgaggctggtttgacagttgttgatgcaaatctggaacgacaggcctgtgttactttatttttctgaacatcagggctagcattatctT-TG-A-CA-CAA-----AGGTCA-CA---G-G-------TG----A--T---G----A-CC-T----GT-GCCTGGT--TGGT--TGGCGTC-GCC-AT-A-CTCCAAT-atcaagcccctatacaaattttagggagtgccttgacatcaaccaaggacccat
gi|36                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         gcT-TG-G-CA-CAGTA--TAGGTCA-CA---G-GTGA----T-----G--A---G----C-AC-CT---GT-GCCCGGagaagctgaaattagatttattaaattttaattttcaatttatgtggatttattatcggccgctgtgaggagtgcctggttcatttgttagtgtgtcattcctcataatggctagcttggttttctgttggacttgctagtttaccggccgttaacaatttataaaatcgattttaagatattcaaaatttcagaa
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    aggcC-T----GT-GCCTTGG--TGGT--G-GCAATAGCC-AT-G-CTTTGAT-T-TTCAGAA-----GT
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             tgatgagcacAT-T-CTCAGAT-----GTCA-G-----T----CACATCT-GAAATAAAA-ATAA---AGTGTATTCATTTT--T-A-----TTC---AGAATGCCTTGACAtggtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacctatacaaaatctagggggtgccttaacatcactgaagacccat
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): TGCGCCTGTACACATTCTTAAAAGAGAGAGAATAATATTTTCAGATTGGTAACTCAATGTCTGCTTTTCAGTAGGAGTCCATCAGCTTAATCTGTAACT
Unaligned ( gi|28 ): CTCCTGATGCCCTGGGTGGGACAGAAATTGATTGATTCTCAAATCTTCCTTACATTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTATACACAATTGTTATTTAG
Unaligned ( gi|33 ): CTGTGGAATAATGGTGAATTCAATTTCTTTGATTTCCTTTTGAAGTTTCTTTTTCTTGT
Unaligned ( gi|35 ): ATTTCTTCGGTTTCCTTTTCAAGTTTCTTTATCTTGTCGTTGAAAATTTC






Alignments
lowQualScore                  :                                   22222222            11111111111111111        11                                                                33333333333333333333333                                  1111111111111111111111              1111                                                    222222222222222222           11111                                3333333333333333              2222222222222                                                                                        111111111111111111                     1111111111111111                             2222222222222222                                                            111111        222222222222222222222222                                                    33333333          11111                                   11111           1111111111111111111                                    11              2222222222222222222222          33333333           2222                                                                   22222            2                                   1111111111          11111             2222222222                        111111111                                                                                   3333333333333333333               111111               3333333      11111111                          22   22                                   444444444444444444444         1     111  111   66666666666666666666666666666666666                 
lowQualScore                  :                    5  5  2 77     33333333  333 2  33 44444444444444444     2  22    5   7  2   1 666666   1 4 2  55 2 6 33    2 33    33    2   99999999999999999999999   2 5555  2   888888  2 2  2 2   4444444444444444444444  2 2     2   6666      1    2 33   666    2 666666 2   2 5 2   2     999999999999999999  6666   3 00000   3  2 888  44 5 3 9999  44 44 5555555555555555   555  6666  0000000000000    44 5  0 0    2    2 555 5 999   2    2 5 1       555   2 2 66      2 33   77  2   2 555555555555555555      444    66666   9999999999999999 2   66 33 2    2 2  2  55   0000000000000000 2 2  2   33 2  2  66666 88888  33         99999 2  2    2  999999  2     444444444444444444444444      2   1 2 44    2      2    5 33     2  33    2 00000000 2 22     33333 2  5555 66666    88888    444 99  44444 2 33 44   5555555555555555555   33  33  0 8888888  99999    2 33 00 2  555  99 2 7777777777777777777777  2 2     00000000  2 7777   2222  2       5  2 2    33 2 5555   2 2  666  33      2 33 5555   2 33 00000    2  1 33 1   2    99999    3   33   33 0 33  2222222222  2     2 33333  2 444 999  9999999999 33 55555   33  66666   111111111  2      1   33  2 2   0 2 2   33 33      2 33 6666  666      55 5   5 33 5 2      7777777777777777777 2 33  33 2    333333      2  333 2 0000000  333 88888888 2   2  444 2    1  33    11   11    2    44  22 3 7777      99999  888888888888888888888  0  5   1 5   000  000   55555555555555555555555555555555555                 
lowQualScore                  :                    .  .  . ..     ........  ... .  .. .................     .  ..    .   .  .   . ......   . . .  .. . . ..    . ..    ..    .   .......................   . ....  .   ......  . .  . .   ......................  . .     .   ....      .    . ..   ...    . ...... .   . . .   .     ..................  ....   . .....   .  . ...  .. . . ....  .. .. ................   ...  ....  .............    .. .  . .    .    . ... . ...   .    . . .       ...   . . ..      . ..   ..  .   . ..................      ...    .....   ................ .   .. .. .    . .  .  ..   ................ . .  .   .. .  .  ..... .....  ..         ..... .  .    .  ......  .     ........................      .   . . ..    .      .    . ..     .  ..    . ........ . ..     ..... .  .... .....    .....    ... ..  ..... . .. ..   ...................   ..  ..  . .......  .....    . .. .. .  ...  .. . ......................  . .     ........  . ....   ....  .       .  . .    .. . ....   . .  ...  ..      . .. ....   . .. .....    .  . .. .   .    .....    .   ..   .. . ..  ..........  .     . .....  . ... ...  .......... .. .....   ..  .....   .........  .      .   ..  . .   . . .   .. ..      . .. ....  ...      .. .   . .. . .      ................... . ..  .. .    ......      .  ... . .......  ... ........ .   .  ... .    .  ..    ..   ..    .    ..  .. . ....      .....  .....................  .  .   . .   ...  ...   ...................................                 
lowQualScore                  :                    0  0  5 55     99999999  777 5  44 55555555555555555     5  11    0   1  7   0 222222   0 4 2  88 2 7 11    2 11    11    2   44444444444444444444444   0 0000  0   111111  0 0  4 0   1111111111111111111111  1 1     1   9999      0    4 22   555    7 333333 9   9 7 9   9     000000000000000000  5555   1 00000   1  6 555  22 5 1 6666  22 22 4444444444444444   444  5555  5555555555555    22 7  9 7    9    9 000 7 555   9    9 7 9       000   9 9 99      9 99   44  9   9 777777777777777777      777    77777   4444444444444444 7   33 77 7    7 7  7  66   5555555555555555 7 7  7   44 5  5  22222 88888  44         88888 7  7    9  777777  9     333333333333333333333333      7   5 7 88    5      5    0 44     5  44    5 99999999 5 88     88888 5  3333 22222    77777    777 66  66666 7 77 22   3333333333333333333   77  44  1 1111111  99999    7 77 11 5  555  00 7 3333333333333333333333  0 5     77777777  5 8888   5555  5       0  5 5    44 5 3333   5 5  222  77      7 77 7777   7 77 55555    9  9 77 3   7    33333    3   77   77 8 77  7777777777  7     7 11111  7 777 444  5555555555 77 55555   77  77777   999999999  3      4   33  7 7   7 7 7   77 44      5 44 4444  222      99 0   0 77 3 7      8888888888888888888 4 22  44 4    888888      4  999 2 6666666  999 00000000 4   4  111 4    0  44    11   88    5    77  44 6 4444      11111  222222222222222222222  4  0   4 7   000  000   55555555555555555555555555555555555                 
consensus                     :       TCTCCCTTGGACT-GT-GT-TN-GTTTTC------GAGNG-A-GG--G------T-GANTT--A-ACATC-AGG-TACT-TGT-GGAATGNT---T--CTGNA-T-TCNGT-C-A--GTTT-G--GATT--TGTA-GTT--GT--T--GACA---TCA-GG-ACA-C-G--TT-GTT---G--GA-C-TTCA-GGA----------------T-----TT-C-TTTGT-TTTG--TTTGAACAGTTT-G--GGT---CATA-C-T----G-GAA-T-T-TTG-ACTTC-------------T-G--AG----TTG-GG----ACT-GGCA---TG--ACT-T----CA--G--AGT-T-----NGT-A--ATT---TC----TT--G----------ATCT--C-TGAGTGATT-GGAT-C---A-G-G-GAT-TCAA-G-TGTGTCAAA---GAT-G-T-CGTCTAC-T--CCTAGGT-GCC-A---T----TTTCT-----TTCTTT---TATC-----TTTAG----C---T--C--T-TTT--C--T-AAAT-C-AG-AG-AAGT--G----G--G-C---T-T-GG-ATT--T-GG-AA-----A-----TT--TTCTTTTCA--A--C-AT-CTGC-ATC-AC-ATG-ACTTGT---T-T-CTT-----TG------GGAATA-ATACT-G-CTTTC-AATTTC-TTCT-G--TTTCT-CT--TTTA-AT--A----T-TC-TCTCT-----T-TT----T-----TGGC-G---ATGA---T-GTC-TGG-C-A--TG-TCCACTAACA----T----C-GTGA--CC--TTTA-------TGATG-GGGAC-C--CT-ATGA-CGCA--T-TTC------A-T---GCA---AGACCG-GGACACA-TC---AC-A----CTG--T-GA-CAGTGGG-CC-T-CACA--T-C----TCT-G-GT-G-GG--AATGAG-A--T--G-TAC-A--C-G---AGGG-AACA--CCAGC-TGGA-----CTGTGCGC--TTT--GTG--AA---G----G-GA-ACGAT-GT---TCA-T---GC--TTC-----A-G-G--A--C--TTG--AG-----GCT--G-TC--GACGTGTTTGCTGAC-GC-A-GTCCG-C-ACA--C--AGACCG-A--C--T-TG-G-CAGCTG--T-TAC-A--G-A-ATTGCTG-----GGGACGG-GG---C-T--TG-TC-ACAGT-T--TAGGTCA-CA---G-G-------TG---A-----G--C-TCC-TG---T-GCCCGGG--TGGTG-GGC-AGTAG-CCATNCCTCGA-TTC--TCAGAA-----GTCGTG-CT-T----CA-ATCTTGAAAT-AAA-A-TAA---AG---TAT----------------TTT--TNG-----TTA---AGAATGCCTTGACATCA
Reference ( family-1671 )     :       TCTCCCTTGGACT-GT-GT-TT-GTTTTC------GAGGG-A-GG--G------T-GANTT--A-ACATC-AGG-TACT-TGT-GGAATGNT---T--CTGNA-T-TCNGT-C-A--GTTT-G--GATT--TGTA-GTT--GT--N--TACA--ATCA-GG-ACA-C-G--TT-GTT---G--GA-C-TTCA-GGA----------------T-----TT-C-TTTGT-TTTG--TTTGAACAGTTT-G--GGT---CATA-C-T----G-GAA-T-T-TTG-ACTTC-------------C-G--AG----TTG-GG----ACT-GGCA---TG--ATT-T----CA--G--AGT-T-----TGTNA--ATT---TC----TT--G----------ATCT--C-TGAGTGATT-GGAT-C---A-G-N-GAT-TCAA-G-TGTGTCAAA---GAT-G-T-CGTCTAC-T--CTTAGGT-GCC-A---T----TTTCT-----TTCTTT---TATC-----TTTNG----C---T--C--T-TTT--C--T-AAAT-C-AG-AG-AAGT--G----G--G-C---T-T-GG-ATT--T-GG-AA-----A-----TT--TTCTTTTCA--G--C-AT-CTGC-ATC-AC-ATG-ACTTGT---T-T-CTT-----TG------GGAATA-ATACT-G-CTTTC-AATTTC-TTCT-G--TTTCT-CT--TTTA-A---A----T-TC-TCTCT-----T-TT----T-----TGGC-G---ATGA---T-GTC-TTG-C-A--TG-TCCACTAACA----T----C-GTGA--CC--TTTA-------TGATG-GGGAC-C--CT-ATGA-CGCA--T-TN-------A-T---GCA---AGACCG-GGACACATTC---AC-A----CTG--T-GA-CAGTGGG-CC-T-CACA--T-C----TCT-G-GT-G-GG--AATGAG-A--T--G-TAC-A--C-G---AGGG-AACA--C-AGC-TGGA-----CTGTGCGC--TTT--GTG--AA---G----G-GA-ACGAT-GT---TCA-T---GC--TTC-----A-G-G--A--C--TTG--AG-----GCT--N-TC--GACGTGTTTGCTGAC-GC-A-GTCCG-C-ACA--C--AGACCG-A--C--T-TG-G-CAGCTG--T-TAC-A--G-A-ATTGCTG-----GGGACGG-GGC--C-T--TG-NC-ACAGT-T--TAGGTCA-CA---G-G-------TG---A-----G--C-TCC-TG---T-GCCCGGG--TGGTG-GGC-GGTAG-CCATNTCTCGA-TTC--TCAGAA-----GTCATG-CT-T----CA-ATCTTGAAAT-AAA-A-TAA---AG---TAT----------------TTT--TNG-----TTA---AGAATGCCTTGACATCA
gi|1                          :          CCCTTGCACT-GTTGTCTT-GTTTT-------GAGGG---GG--G------T-GACT---A-ACATC-AGG-GTCTCTGT-AG--TGGT------CT-CA-T-TCCGT-C-A--GTTT-G--GATCCGTGTACACT--AT--T--GACA---TCA-GGGACA-C-T--TTTGTTCATG--GA-C-TTAATGGA----------------T-----TT-CATTTAT-TTTG--CCTGAACAGTTC-G--GGTG--CATA-C-T----G-GAA-T-TATTG-ACTTC-------------TTG--AG----TTG-GG----ACT-GGCAA--TG--ACT-T----CAATG--AAT-T------GTAA--TTT---TC----TT--G----------ATCT--C-TGAGTGATT-GGAT-T---ATG-A-GAT-TCAA-A-T-TGTCAAAAGAGAT-A-T-TGTCTAC-T--TCTATGTTGCC-A---T----TT-CT-----TTCTTTAATTAT------TTTCG----T---T--C--TCTTT--C--T-AAATTC-AG-AGTAAAT--G----G--G-CAACT-TAGG-ATT--TTGG-AA-----AGATAGTT--TCGTTTTCATAA--CTATACTGCTATC-ACCATG-ACTTGT---T-T-CTT-----TG------GAAATA-ATACTTG-CTTTC-AATTTCCTTCTTA--TTTCT-CTCTTTTA-ATGTA----T-T--TCTTTATTTAT-TT----T-----TGAT-G---ATGC---T--TC-TGC-C-A--TG-TCCCCAGACA----A----C-ATGA--CC--TT----------GATG-TGGAG-C--CT-GTAAGCACA--T-TA-------A-T---GCA----GACCGTGGAGATAT-C---AC-A----CTGG-T-GA-CAGTGGG-CCGT-CACA--C-A----TCC-GAGT-G-GG--AATGAG-A--C--GGTACGA--C-T---GAGG-AACA--CCAGA-TGGA-----CTGTGCG---TTT--GTG--GAACAG----G-GAGACGAT-GT---CTA-T---GC--TTCGATGCA-C-G--A--T--TTC--AGAAATAG-T--G-TG--TACGTGTTTGTTTAT-GC-AGGTCTG-G-ACA--C--AGACCT-AAGCG-T-TGTG-CAGCTG--TATACTA--GTA-ATT-CT-------GGACGG-GCT--C-TTATG-TC-ACAGT-TTATAGTTTA-CA---G-GGTTGTAATG---A-----G--C-ACT-TGTAAT-GCTCGAG--TGGTACGGCTAGTAG-CCACTTCTTTG-TTT--CCA-AA-----G--ATG-TT-CGTCACA-CCCTTCA----AAG-A-GAA---AG---CAT----------------TCT--T-------TTC---AGA
gi|10                         :    ctttgTCCCTTGGACT-GT-G-----GTTTTT------GAGAG-A-GG---------T-GACTA--A-ACATC-AG--TACTATGG-TGAATGGC---T--CTAGA-T-TCAGT-C-A--GTC--G--GATT--TGTA-ATT--AT--T--GACA---TCA-GG-AAAAC-T--TT-GTT---G--GA-C-TT----AA----------------T-----TTGC-TTTGT-TTT---TTTCAACAGTTT-G--GGT---CATA-CCT----G-GAA-T-T-TTGGACATC-------------T-G--AG----TTG-G-----ACT-GGCA---TGGGACT-T----CA--A--A---T-----TGTAA--TTT---CC----TT--G----------ATCT--C-TGAGTGTTT-GAAT-C---A-G---GAT-TCAAAG-TGAACAAAA---AATCG-T--GTCTAC-TGTCTT-GGT-GCCCA---TA---TTTTT-----TTCTCT---TATC-----TTTAG----CAA-T--C--T-CCT--C--T-ACAT-C-A--AG-TAGT--G----GACG-C---T-T-G--ATT--T----AA-----A-----TT--TTCTTT-CA--G--C-AT-C-GC-ATA-AA-ATGGACTTGC---T-T-TTT-----TT------GGAATA-ATACT-GGCTTTC-AATT-C-TTCT-G--TTTCT-TC--TTTA-A---G----T-TT-TCTCT-----C-TT----C-----T-GC-A---ATAA---TCATCAGCG-C-A--TG-TCCACAAGCA---------A-AAGA--CC--T----------TGATG-TGG------CT-GTAA-TACAT-T-TA-------A-T---GCC---AGAC---GGACA---TCAAAAC-A----CTT--T-GATCAGTGGG-CC-T--ACA--TCC----TCT---GT-G-GA--ATTGAG-A--T--GTTAC-A--C-T---AGGG-AACA--C-CACTTGGA-----CC---TGC--TTT--GTG--AA----------GA-ACGAT-G----TCATT---GC--TTC-----ATG-G--G--C--TTG--AG-----GCG--G-TT--GACATTCTTGTT-AT--C-A-GTCTGCC-ACA--C--AGACCG-A--C--TATG-GTCAACTG--TGTAC-A--G-AGATTGTTC-----GG--CGG------C-T--TGTCC-ACAGT-T--TAGATCACCA---GAG-------TG---ATGGATG--C-T-C-TG---TAGCCTGGG--TGGT--GGC-AGTAG-CCctagcagcatttcaattttatttatgatagaggtgttttatctgaac
gi|11                         :         TCCCTTGGACT-A--GT-TT-GTTTTT------GAGCG-A-GG--G----------ATT--A----TC-GGA-T----TGT-G-AATGCT---TGTCTGTAAT-TCTAC-C---------G--GATA---GTA-ATT--GT-----TGCA--AACA-GA-AT----G--TT-GTT---G--GA-C-TTCA-GGGAGAGGGTGACCTGTTGT-----TT-G-TTTGTGTTTT--CTTGAACAGCTT-G--G-T---TATA-C-T----G-GAAAT-T-TTT-ACGTC-------------T-A--AG----TTG-G-----ACT-AG-A---TG--GGTAT----CA--G--AAT-T-----GTTTA--AT-----C----TT--G----------ATTTAGC-AGAAT--TC-GCAT-C---AAG-A-GAT--CAA-G-TGTG-AAAA---GA--G-A-CTTCTGT-C--CTT---T-GTC-A---T----TAG-T-----AACTTA---TATT-----TTTCG----A---T--C--T-TTTGTC--T-AAAT-C-AG-AG-TAGC--CAC--G--T-C---T-T-GG-ATTATT-GG-AA-----AA----TT--TTATTTTCA--AATT-AT-CTGC-ATT-GC-ATG-ACTTAA---T------------G------AGAATA-ATACT-G-GTTTCTGTTTTC-TTCTCG--TCTCT-CT--TTTA-A---ATGTTT-TCTTCTCT-----T-TT----T-----TGGC-----ATAA---T-ATC-------------TCCAC--ACAATGGC----C-TTGA--CC--ATTAATGATTTTGATGTGGGACGT--CT-AAGA-CGCA--TGCG-------A-A---GC----ACACTG-GGTC-CAGGCA--AC-A----CTGT-T-GA-CAGTGA-----C-CATA--T-C----TCT-G-GT-GTGA--AATGAG-A--T--G-TAC-A--CTG---AGGG-A--A--C-AGC-TGGA-----CTTAGCG---TTT--GTG---A---C----G-TA-ATGTC-GT---TC------GC--TTC-----A-T-G--AAGCAAATA--AA-----CCT--G-CCCTGACATGTGTG-TGATGGC-A-GTCTG-C-A-------------------------------------TAC-A--T-A-ATTGCTGGACATGAGGCGGCGGC--C-T--TG-AC-AAATTGT--TA-GTCA-CT---G-G-------TG---A-----
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           -TGAGTGATT-TAAT-C---A-G-T-GAT-TCAA-G-TGTGTCAAA---GAT-G-T-TGTCTAC-T--TCTAAAT-GCC-A---T----TT-CT-----TTCTTT---TATT-----TTTAG----C---T--TCTT-TTT--C--T-AAAT-C-AG-AG-AAGT--G----G--G-CC--T-T-GG-ATT--T-GG-AA-----A-----TT--TTCTTTTCA--A--C-AT-CTGC-ATT-AC-ATG-ACTTG--------CTCA----TG------GGAATA-ATACT-G-CTTTC-AATTTC-TTCT-G--TTTCT-CT--TTTA-AT--G----T-TT-TCTCTC----T-TT----T-----TGGC-G---ATGA---T-GTC-TGC-C-A--TG-TCCACTA-CA----T----C-ATGA--CC--TTTA-------TGTTG-A-----C--CT-GTGA-GACA--T-TT-------AAT---GCA----GACCG-GGAC---TTC---AC-A----CTG--TTGA-CAGTGGG-CC-T-CACA--T-C----TCT-G-GT-G-GG--AATGAG-A--T--G-TAC-A--CTG---AGGG-AACA--CCAGC-TGGA-----CTGTGCGC--TTT--GTG--AA---G----G-GA-GCGA--GG---TCA-T---GT--TTC-----CTT-G--A--T--ATG--AG-----GCT--A-AC--AGCATGTTTGATGCT-GC-A-GGCTA-C-ACA--C--AGACCG-A--C--T-TG-G-CAGCTG--T-TAC-A--G-A-ATTGCT-------GGACGG-G----C-T--TG-TC-ACAGT-T--TAGATCA-CA---G-GTGA----TG---A-----G--C-TCC-TG---T-GCCCAGG--TGGT--GGC-AGTAG-CCATTCCTTGA-TTC--TCAGAT-----GT--TG--G-T----CACATC-TGAAAT-AAAGA-TAA---AG---TAT----------------ATTCATTG-----TTATTTAGAATGCCTTGACATCAtgag
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          --T-GG-AG-----A-----TT--TTGTTTTCT--G--C-TT-CTTC-ATT-----TT-TCTTCT---TGTACTT-----TG------G-AATA-ATGGT-G-GATTC-AATTTC-TTTG-G--TTTCC-TT--TTCA-A---G----T-T--TCTTT-----T-TC----T-----TGTC-G---TTGAAATT-TTC-TGG-C-A--TA-TCT-TTGACT----T----C-GTG-------TCGA-------TTATG-GGGAC-CAACT-ATG----CA--T-TTC------A-G---GCA---A-ACTG-GAACA---TC---AC-A----TTGC-T-GG-CAGTGGG-CC-T-CACA--T-C----TCT-G-GT-T-GG--TGTGAA-A--T--T-CAC-A--C-T---CAGG-AAAAGCC-ACC-TTT------CTGT---C--TTT--A----AA---A----T-GA-ACGATTGTCGATCA-----G---TTG-----T-G-G--A-----TTG--AG-----CTT--G-AC--CACGTGTTTACTGAC-AC-A-GTCCA-C-ACA--C--AAACTG-A--G--T-TG-A-CAGTTG--T-TAC-A--G-A-ACTGCTG-----GGTA-GG------C-T--TG-AC-ACAA------AGGTCA-CA---G-G-------TG---AT----GACC-TCC-TG---T-GCCTGGG--AGGTG-GGC--ATGG-CCATA-CTCtacctaatacccaat
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         catcaattttggccatcataaTC-TGG-C-A--TG-GTCAGTAACT----T----T-GTGT--CTCATTTA-------TG----GCCAA-C--CT-ATGC-C-CA--T-TTC------A-TTTTGTC---AAACTG-GT-CACATCG---GC-A----TTGC-T-GC-CAGTGGAATT-T-TACA--T-CATCTTCT-G-GTTG-GG--TGTGAA-AATT--C-CAC-A--C-TCT-AGGA-AAAG--C-CAC-T--------CTTTCTGT--TCT---TG--AA---A----ATGA-ACGAT-GT---TCA-TTGTGG--TT--------G-GTTA--C--TTG--AA-----GCT--TGTC--CACGTGTTTACTGAC-AC-A-GTCCA-CTACA--CCAAAACTG-A--G--T-TG-A-CAATTG--T-TAC-AACG-A-CT--CTG-----GGTTAGG-TG---C-T--TG-ACAACA-------AAGTCA-CA---G-G-------TGATTA-----C--C-TCCTTG---T-GCCTGGG--AGGTG-GGC--ATGG-ACATATTCCAA-T------AGAA-----GCTGTG----------A-ATTTAGATAT-Acaaatagaagctggaattatatgataataattttcatttatcagtcacagaagtgtctgattaatttgttagtgtctcattccttaaaatagct
gi|15                         :      aatTTCCTTGGATT-GTTGT-TA-GTTTTCAGTTTTGATGGCA-GT--G--------GATAT--AGACATCTATA-TCAT-TA--GGCATGTT---T--CTGTA-T-TCCTTTC-A--GTTT-G--GATT--TGT--GTTAAGT--G--AGCG--TGCA-GA-TTA-C-A--TT-GTT---T--GAGT-TTCA-GAA----------------T-----TT-C-TTTGT-TTGT--TTTGAACTGTTT-GGAGGT---CATG-C-C----A-GGA-CAT-TTG-ATTTttattttcatttatcggtcacaggaagtgtctttgatttattgtgtagtgtgtcatttcctctaaaatagcttatcttggttttctataggactttcctatttttactgtcctgtaaatagacattaaaaaatttgtttttaagaataattaaaatatttagcat
gi|16                         :       TCTCCCTTGGACT-GT-GT-TT-GTTTT-------GAGAG-A-GG--G------T-GACTT--A-ACATC-AGG-TACT-TGT-GGAATGGC---T--CTGAA-T-TCAGC-C-A--GTTT-T--GATT--TGTA-ATC--GT--T--GATA---TCA-G--ACA-C-G--TT-GTT---G--GA-C-TTAA-GGA----------------T-----TT-C-TTTGT-TTTC--TTT-AACAGTTT-G--GGT---CATA-C-T----G-GAA-T-T-TTG-ACTTC-------------T-G--AG----TTG-GG----ACT-GGCA---TG--ACA-T----CA--G--AAC-C------GT-A--ATT---TC----TT--G----------ATCT--C-TGAGTGATT-GGAT-C---A-G-G-GAT-TCCA-G-TGTGTCAAA---GAT-G-T-TGTCCAC-T--TCTAAGT-GCC-A--------TTTCT-----TTCTTT---TTCC-----TTTAGC---C---T--CT-T-TTT--C--T-AAAT-C-AG-AG-AAGT--G----G--GCC---T-T-GG-ATT--C-GG-AA-----A-----TT--TTCTTTTCA--A--C-TT-CTGC-ATC-AC-TTG-ACTTAT---T----CT-----TG------GGAATA-ATGTG-G-CTTTC-AATTTC-TTCT-G--TTTCT-CT--TTTA-AT--A----T-TT-TCTCTA----T-TT----T-----TGGT-G---ATGA---T-ATC-TGC-C-A--TA-TCCAC-AACA----T----C-ATGA--CC--TTTA-------TGACG-AGGtttttattttggctgaactggtgagatttagaggagcagccagggagggtacctcttttactgagacgtatcatcacaaatgtccttagaattattgaaactgaaaaagactggtgagtcaatttctctggctgagggtccagaggtagattttcttgagacatttcttttttctttaccatgactccgcatcatgtgggcccgcatcaaatgatttttgctattgctgagtcctctcttcatttttcgtgattcatgtgtctgagtggaagaatggctttagagattcaatttctctttcgcgtttctttttctcaagtttctatttttt
gi|17                         :       TCTCCCTTGGATT-GT-GT-TG-GTTTT-------AAGTG-A-TG--G------TAGTGTT--A-A-ATC-AGG-TACT-TGT-GGGATGTT---T--CTGAA-T-TCAGT-C-A--GTTT-G--GATA--TGTA-ATT--GT--G--GAC---ATCA--G-ACA-C-G--TT-GTT---G--GA-T-TTCA-GGA----------------T-----TT-T-TTTGT-TTT---CTTGAACAGTTT-G--GGT---CATA-C-G----G-AAA-T-T-TTG-ACTTCTTNTTTGTTTTCTT-G--AACAGTTTG-GGTCATACT-GAAATTTTG--ACT-T----CT--G--AGT-TGGGACTGGTATGATT---TCAGAGTT--GTAATTTGGAAATCT--T-TAAGGGACT-GGGT-C---A-G-G-GTA-TCAA-G-ATTGTCAAA---GAT-G-T-CGTCTAC-T--CCCACGT-GCC-A---T----TGT-T-----TTCTTT---TATC-----TTTA-----CTTTT--C--T-TCT--T--T-AAAT-C-AA-AG-
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               --C-AGC-TGGA-----CTGTGCGT--TTT--GTA--AA---G----G-GA-ATGAT-G----TCA-T---GT--TTT-----ATG-G--A--C--TTG--AG-----GCT--G-TT--GACATGTTTGCTGAT-GC-A-GGCTA-C-ACA--C--AGACCG-A--C--T-TG-G-CAGCTG--T-TAC-A--G-A-ATTGCT-------GGACAG-G----C-T--TG-TC-ACAGT-T--TAGATCA-CA---G-GTGA----TG---A-----G--C-TCC-TG---T-GCCCAGG--TAGT--AGC-TGTAG-CCATATCT
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          c--C-T--TG-AC-ACAA------AGGTCA-CA---G-G-------TG---A-----T--G-ACC-TG---T-GCCTGGT--TGGTT-GGC--GTCG-CCATACTCCAA-T------AGAA-----Gaaatggtggccatatctgtaaaacaaaaacaatcaatggatatttttattgcatcaaagttaaacttacagcatgaccaaaacatctaataataattgtataatgatgaataac
gi|2                          :        gTCCCTTGGACTAGT-GT-TTTGTTT--------GAGGG-A-GG--G------T-GACCT--ATACATC-AGG-TACT-TGT-GGAATGGC---T--CTGAA-T-TCGGT-C-A--GTTT-TTTGAAT--TGTA-ATT--GT--T--GATA---TCA-G--ACA-CCG--CT-GTT---G--GA-T-TTCA-GGA----------------T-----TT-C-TTTGT-TTTC--TTT-AACAGTTTGG--GGT---CATA-C-T----G-GAA-T-T-TTA-ACTTC-------------T-G--AG----TT--GG----AC--GACA---TG--A-T-T----CA--A--AA--C-----CAT-A--ATT---TC----TTTGA----------ATCT--C-TGAGTGATT-GGAT-TTCAA-G-T-GAT-TCAA-A-TGTGTCAAA---GAT-G-T-TGTCTAC-T--TCTAGGT-GCC-----T----TTTCT-----TTCTTT---TATC-----TTTAGCATTC---T--T--T-TTT--C--T-AAAT-TGGG-AGTAAGT--G----G--GCC---T-T-GG-ATT--T-GG-AA-----A-----TTTGTCCTTTTCA--C--C-AT-TTGC-ATCAAC-AGG-ACTTG----T-T-CTC-----AA------GGAATA-ATTCT-G-CTCTC-TATTTC-TTCT-G--TTTCC-TT--TTTA-A---ATGT-T-TC-TCTCT-----T-GT----T-----GGGT-A---ATGA---T-TTC-TGC-C-A--TG-TCC-CTA--A----T----C-TATA--CC--TTTA--------GA-G-AGGAC-C--CA-GAGA-GACAT-T-TC-------A-T---GC----AGACCG-GGGCA---TC---ACTA----CTGT-T-GA-CAGTGGC-CT-T-CACA--T-C----TCT-G-GT-G-GG--AATGAGAA--T--G-TGC-A--CTG---AGGGAAACA--CTAGC-TGGA-----CTGTGC-CTATTT--GTGAAAA---G----G-GA-ACGAT-AT---CAA-T---GC--CT------A-T-G--G--C--TTG--AG-----GCTGGT-TT--GACA-G-TTGTTGAT-GCAA-ATCTG-G-A-A--C---GACAG-G--C--C-TG-------TG--T-TAC-ctgaaattagatttattaaattttaattttcaatttatgtggatttattatcggccgctgtgaggagtgcctggttcatttgttagtgtgtcattcctcataatggctagcttggttttctgttggacttgctagtttaccggccgttaacaatttataaaatcgattttaagatattcaaaatttcagaa
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         --AGACCGGA--C--T-TG-G-CAGCTG--T-TAC-A--G---ATTGCT------GAGAC---GGC--CTT--TG-TC-AC-GT-T--TAGGT-A-CA---G-GTGA----TG---A-----G--C-ACC-TG---T-GCCT-----TGGT--GGC-AGTAGCCCATTCTTTGATTTC--CCAGAAACTTGGTCA---CT-T----TA-ATC-TGAAAT-AAAGA-TAA---AGTTTTATCAAGCCCCTATACAAATTT--TAG-----------GGAGTGCCTTGACATCAtttatttttctgaacatcagggctagcattatctagaccggacttggcagctgttacagattgctgagacggcctttgtcacgtttaggtacaggtgatgagcacctgtgccttggtggcagtagcccattctttgatttcccagaaacttggtcactttaatctgaaataaagataaagttttatcaagcccctatacaaattttagggagtgccttgacatcaaccaaggacccat
gi|20                         :                                                                                                                                                                                         tcccttggactagtgttttgtttgagggagggtgacctatacatcaggtacttgtggaatggctctgaattcggtcagttttttgaattgtaattgttgatatcagacaccgctgttggatttcaggatttctttgttttctttaacagtttggggtcatactggaattttaacttctgagttggacgacatgattcaaaaccataatttctttgaatctctgagtgattggatttcaagtgattcaaatgtgtcaaagatgttgtctacttctaggtgccttttctttcttttatctttagcattcttttttctaaattgggagtaagtgggccttggatttggaaatttgtccttttcaccatttgcatcaacaggacttgttctcaaggaataattctgctctctatttcttctgtttcctttttaaatgtttctctcttgttgggtaatgatttctgccatgtccctaatctatacctttagagaggacccagagagacatttcatgcagaccggggcatcactactgttgacagtggccttcacatctctggtgggaatgagaatgtgcactgagggaaacactagctggactgtgcctatttgtgaaaagggaacgatatcaatgcctatggcttgaggctggtttgacagttgttgatgcaaatctggaacgacaggcctgtgttactttatttttctgaacatcagggctagcattatct-GGAAACAT-C---AC-A----TTGCAT-GG-CAGTGGGGCC-T-CACA--T-C----TCTGG-GT-T-TG--AGTGAA-A-----G-CAC-A--C-accaaggacccat
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 tttcctggcatactcttcatcaagttcttttcttgtcattgttgaaatttcagttatctgaggctagtgcttctctcccggtgaatcatatcgtcccagtttatcctccatcatatggggacaacgctcaggtgtcatttctttaaagcaatC--TATA-------T-ATG-GAGAC-C--A--ATTA-TGCA--C-TCCTGAAAAA-T---GCA---AAAT-G-GAACAAAATC---AC-ATGCACTG-------CAGTGGG-CC-TCCACAAGT-C----TCT-G-GT-tcaggacaccac
gi|22                         : tgtgcaTCTCCCTTTGACT-GT-GT-TA-GTTTTC-------AGTG-A-TG--G------C-AGTTT--G-ACATC-AA--TATC-AGTAGGCATGTT---C--TTGAA-T-TCCTC-T-A--GTTT-G--GATT--TGTA-GTTA-GT--GATTGCA--------G-ACA-T-A--TT-GTT---T--GA-C-CTTA-GAA----------------T-----AT-C-TTTGT-TTTG---TTGAACTGTCT-G--GGT---CATtgagcatttggtagaaaattattacatatcaagaaaagcaagttggtatcttctgtctttgaaagacgcaaacgatgtcatgttgttaagggtaactttgagc
gi|23                         :       TCTCCCTTGGATT-GT-GT-TA-GTTTTC-------AGTG-A-TG--G------C-AGTTT--G-ACATC-AA--TATC-AGTAGGCATGTT---T--CTGTA-T-TCC-T-CGA--GTTT-G--GATT--GGTA-GTTA-GT--GACTGCA--------G-ACA-C-A--TT-GTT---T--GA-T-TTGA-TAA----------------T-----TT-C-TTTAT-TTTG---TCGAACTGTTT-G--GGT---CATgtct
gi|24                         :       TTTCTCTGGGACT-GT-GT-TG-GTT-----------------GT--A------T-GCATC--GCATATC-AG--TACT-TA--GGCATGTT---C--CTGTA-T-TCCCC-G-A--TTTT-G--GATT--TATT-GTTG-GTAAC--TGCT--GGCACAG-ACA-T-G--TT-GTT---T--GA-C-TTTA-AAA----------------TAGAAGTT-T-TTTGC-TTTG---TCGAACgtc
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ---G-A-------TG---A-----G--C-ACC-TG---T-GCCTTGG--TGGT--GGC-AATAG-CCATGCTTTGA-TTT--TCAGAA-----GT
gi|26                         :      tTCTCCCTTGGACT-GT-GT-TT-GTTTT-------GAGGG-A-GG--G------T-GATGT--T-ACATC-AGG-TACT-TGT-GGAATGGC---T--CTGAA-T-TCAGT-C-A--GTTT-T--GATT--CGTA-GTT--GG--T--GAC---ATCA--G-ACA-C-G--TT-GTT---G--GA-C-TTAA-GGtggtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacctatacaaaatctagggggtgccttaacatcactgaagacccat
gi|29                         :                                                                                        GT-GGAATGGC---T--CTGTA-T-TCTGT-C-A--GTTT-G--GATT--TATA-ATT--TT--T--GAC---ATCA--G-ACA-C-G--TT-GTT---G--GA-G-TTTA-GGA----------------T-----TT-T-TTTGT-TTT---CTTGAACAGTT
gi|3                          :       TCTCCCTTGGATTTGT-GT-TG-ATTT--------AAGTG-ATGGCAG------T-G-TTT--G-AGATA-AGGATACT-TGT-GGGATGTT---TA-CTGAAATATCAGT-CCA--GTCT-G--GATT--TGTA-ATTT-AT--T--GACATTACAA-GG-ACA-C-AAATT-GTTA--G--GA-CATTCA-GGA----------------A-----TT-C-GT-GT-TTTACATTTAGACAGTTT-T--TTT---CATG-C-T----G-GAA-T-A-CTG-ACTTC-------------T-GGAAG----TTG-G-----ACT-AGTA---TG--ATT-T----CA--G--AGC-A-----TGTGAT-ATT---GG----TT--G----------ATCT--C-TAAG-GACT-GGGTTC---A-G-G-GTTATCAA-GATGC-TCAAA---GAT-G-T-CGTCTAC-T--TCTAGGT-GCC-A---T----TG-CT-----TTCTCT---TATC-----CTTAC----T---T--T--T-CTT--CAGT-AAAT-C-AG-AG-TAGT--A----A--G-C---TGT-GC-ATT--T-GG-AA-----A-----TC--TTCTTTTCA--G--C-AT-CTGA-GTC----------TTGT---T-T-TTTATACTTA------GAAGTA-AAGTC-A-CTTTC-AATTTC-CTCT-G--TCTCT-CT--TTTG-A--------T-TC-TTTCT-----T-TC----T-----TTGT-GGAAATGA---T-GT--TTG-CCA--TC-TCCTCTA-TA----T----C-ATGG--CC--TTTA-------TGACG-AGAAC-T--CG-A-GA-TGCA--T-TTC------A-T---GCA----GACCG-GGACA---TC---AC-A----CTG--TTGA-CAGTGGC-CC-T-CACA--T-C----TCT-G-GT-G-GG--AATGAG-A--T--G-TAC-A--CTG---AGGG-AACA--CCAGC-TGGA-----CTGTGCGT--TTT--CTG--AA---G----G-GA-ACAAT-G----TCA-T---GT--TTC-----ATG-G--A--C--TTG--AG-----GCT--G-TT--GACATGCTTGTTGAT-GC-A-GTCTG-C-ACA--C--AGACCA-A--T--T-TG-G-CAGCTG--T-TAC-A--G-A-ATTGCT-------GGACAG-G----C-T--TG-TC-ACAGT-T--TAGGTCA-CA---G-GTGA----TG---A-----G--C-TCC-TG---T-GCCCAGT--TGGC--AGC-AAAAG-CCATATCTAAA-TGT--T----G-----GTCATATCTGT----TA-A-----AAAT-ACA-A-TGAATGAA---TAT----------------TTT--T
gi|30                         :                                                                                                                                                                       G-ATA-C-A--TT-GTT---T--GA-G-TTCA-GAA----------------T-----TT-C-TTTGT-TTTG---TTGAACTGTTT-G--GGT---CATG-C-gcaccatcataattagaatgctactgataaattcattcaagagtatttagtatttaaataattgtgaattaac
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ggtagttagtgactgcaA-TTC--TCAGAT-----GTCA-G----T----CACATCT-GAAAT-AAA-AATAA---AG---TGTATTCA-----------TTT--TTA-----TTC---AGAATGCCTTGACA
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TTT---TATC-----TTTAG----CA--T--C--T-TTTT-C--T-AAAT-C-TG-AA-TAGT--G----G--G-CC--T-T-GG-ATT--T-GG-AA-----A-----TT--TTC
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ------GGAATA-ATGGT-G-AATTC-AATTTC-TTTG-A--TTTC--CT--TTTG-A---A----G-TT-TCTTT-----T-TC----T-----TG
gi|34                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ctgtTTC-AATTTC-TTCT-G--TTTCT-CT--TTTA-AT--G----T-TC-TCTCTC----T-TT----T-----TGGC-A---ATAA---T-GTC-Tt
gi|36                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           --C-T--TG-GC-ACAGT-A--TAGGTCA-CA---G-GTGA----TG---A-----G--C-ACC-TG---T-GCCCGG
gi|37                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        agg-C---T-T-TG-ATT--T-GG-AA-----A-----TT--TTCTTTTCA--A--C-AT-CTG
gi|4                          :      cTCTCCCCTGAACT-GT-GC-AT-GTTTTT------GATAG-A-GG--G------T-GGGCT--A-ACATC-AGGGTACT-TGT-GGAATGGT---T--CTGAA-T-TCGGT-C-A--GTTT-G--GATT--TGTG-ATT--GT--A--TACA--ATCA-GG-AAA-C-G--TT-GTT---A--GA-C-TTCA-GTA----------------G-----TT-C-TTTGT-TTTG--TTTGAACAGTTT-G--GGT---CATA-C-T----G-GAA-T-T-TTG-ACT---------------C-G--AG----TAG-GG----CCT-GGCA---TG--GTC-TG---CA--G--ACT-T-----TGCCA--ATT---CC----CT--G----------ATCT--C-TGAGTGATT-GGAT-C-----G-T-GAT-TCAA-ACTATATCAAA---GAT-G-T-CGTCTA--T--CTTAGGT-GCC-A---T----TTTCT-----TTCTTT---TATC-----TTTTG----C---T--C--A-TTA--C--T-AAAT-C-AG-AG-AAGT--G----G--G-C---T-T-GG-ATT--T-GG-AA-----A-----TT--TATTTTTCA--A--C-AT-CTGC-ATC-AC-ACG-ACTTGT---T-T-CTT-----TG------GGAATA-ATATT-G-TTTTC-GATTTC-TTCT-G--TTTCT-CT--TTTA-A---A----T-TC-TCTCT-----T-AT----C-----TGGC-A---ATGA---T-GTT-TTG-C-A--TG-TCCACTAATA----T----C-GTGATGCT--TTTA-------TGATG-GGAAC-C--CTCATGA-CACA--T-TA-------A-T---GCA---AGACCG-GGATACATTC---AC-A----CTG--T-GA-CAGTGGG--C-T-CACA--T-C----TCT-G-GT-G-GG--AATGAG-A--T--G-TAC-A--C-G---AGGG-AACA--C-AGC-TGGA-----CTGTGCGC--TTT--G-G--AA---G----G-GA-ACAAT-GT---TCA-T---GCA-TTC-----A-G-G--A--C--TTGGAAG-----GCT--C-TT--GACATGTTTGTTGAT-GC-A-ATCTT-C-ACA--C--AGACCG-A--C----TG-G-CAACTGC-T-TAC-A--G-A-ATTGCTG-----GGGACGG-GGCTAT-T--TG-AC-ACAGT-T--TAGGTCA-CA---G-G-------TA---G-----G--C-TCC--G---T-GCCTGGG--TGGTG-AAC-ATTAG-CCATTTCCTAA-TTC--CCAGGA-----GTCATG-CT-T----CA-ATCTTGAAAT-AAA-A-TGA---AG---CAT----------------TTT--TGG-----TTA---GGGATTTCCTGACATCA
gi|5                          :       TTTCCCTTCCACT-GC-AT-TT-GTTTT-------AATAG-A-AG--GCATTTTT-GATTT--A--------GG-TACA-TCT-GGAATGGT---T--CTGAA-T-TCAGC-G-A--GTTT-G--GACT--TGTG-GTT--AT--T--AACC---CCA-GA-A-A-C-T--TC-ATT---ATAGA-C-TGCA-GAA----------------T-----AT-C-TTTGT-TTT---CCAGAACAGTTT-G--GAC---CATA-A-TTTATGTGAA-T-T-CCG-ACTTC-------------T-G--AT----TTA-AG----ACT-GGTA---TG--ACT-T----GA--G--AGT-T------GT-A--ATT---TC----TT--C----------ATCA--T-GGTTTGACT-GGAT-C---A-G-G-GAT-TCAA-G-ATTGTCAAA---GAT-G-C-CGTCTAC-T--TTAAGGT-GCC-A---T----TGT-T-----TTCTTG---TTTC-----TATAG----C---TTGC--T-TTG--T--T-GAAT-C-AG-AA-TAGT--G----G--GAC---A-T-GG-ATT--T-AG-AA-----A-----TA--CTCTTTTCA--G--C-AT-CTGC-ATC-AT-ATG-CCTTGT---T-T---T-----TG------GAAATC-ATACC-----CTC-AATTTC-TTCT-G--TTTCT-CG--TTTA-AT--G----G-CC-TCTCT-----CCTT----T-----TGGC-A---ATGG---T-GTC-TAC-C-A--TG-TC---TAAGA----T------ATGA--CC--TTTG-------TGACT-GGGAC-C--C--ATAA-CGCA--T-TTC------A-T---GCA----GACCG-GGACA---TT---GC-A----CTG--TTGA-CAGTGGT-CC-T-CACA--T-C----GCT-G-GT-G-GG--AATGAG-A--C--G-TAC-A--TTG---AGGG-AACA--CCAGC-TGGA-----TCGTGCGC--TTT--GTG--AA---T----G-GA-ACAAT-GT----CA-T---GC--TTC-----A-TTG--A--T--TTG--AG-----GTT--T-TC--AACATGCTTGCTGAT-GC-A-GGCTA-C-ACA--C--AGACCG-A--C--T-TG-G-CAGCTG--T-TAC-A--G-A-ATTGCT-------GGACAG-G----C-T--TG-TC-ACAGT-T--CAGGTCA-CA---G-G-------TG---AT----GATC-TCC-TG---C-GCCCAGG--TGAC--AGC-AGTAG-CCATTCC
gi|6                          :      cTCTCCCTTGGACT-GT-GT-TA-GTTTTC------CAAG--A-TG--G------T--ATTTTGA-ACATC--GA-CATC-AGTTGGCATGTT---C--TTGTA-T-TCC-T-CGA--GTTTTA--GATT--GGTA-GTT--CA--T--TACT--TTCA-G--ACA-C-T--TT-TCT---G--GA-A-TTCG-TGA----------------G-----TT-C-TTTGT-TTTG--TTTGAACTGTTT-C--AAT---CATGTC-T----T-GGG-TAT-TCG-ATTTT-------------T-TT-AT----TTC-AC----ACC-GGTA---AG--AAT-C----TA--G--AGC-A-----GG-CA--ATTGATTC----TT--C----------TTTT--CATGGACCTTT---AT-C---A-A-AAGAA-CCCA-G-TTTATTGAA---AAT-G-T--GTCTAC-T--CTT-TGT-GCC-A---TAAAATCTCTA----TGCTTT---TTCC-----TTT----------T--T--T-TTT--C--C-AGTT-C-ATCAA-AAGT----------------T-T-GGTAAT--T-GGCAATACATA-----TT--TTCTTCTCT--G----AT-TTTC--T------TG-AATTTT---C-T-TCT-----TGTATTCAGGAATGCATA-T-G-GACTC-A------TTCT-GACTTTCT-TT--CTCA-A---A----TATC-TTT-T-----T-TC----T-----TGTCCG---AGAA---T-ATC---GAC-A--AGATCTA--AATA----TATTTT-GTGG--TC--CT-A-------TTCTG-GGGAC-C--TG-AGAA-TGCA--T-TT--------------CAGACACACCT-GGA-ACATCC----C-A----TTT--T-TG-CAGTGGG-CC-T-CGCA--T-C----GTT-G-AT-T-GTTTAGTGGA-A--T--T-CAC-ATTC-G----GGA-AACG--CCAGC-CGTATCTTTCTGT---C--TTT--G-----A---A----T-GA-ACGAT-GT----CA-T---GTGGTTG-----C-G-T--A--C--TTG--AG-----CTT--A-TC--AACATGTTTACTAAC-A--A-GTCCA-C-ACATTC--AAACTG-A--CAAG-TG-ACCAGTTGTAT-TAC-A--GAA-ATTG-TG-----GGTA-----GC--T-T--GA-TT-GCAA------AGGTCA-CA---G-T-------TG---AT----A--A-TTC-TG---A-G-CTGGG--AGGTA-AGC--GTGG-CCATaaatgctgtttatgtcattctgttgaaaaaaccccataaaaatcaaatatatt
gi|7                          :                                                                                               TGCT---C--CTGTA-T-TTC-T-C-GAGGTTT-C--GATT--TGTA-GCT--GC--T--GATG---CCA----ACA-C-G--TT-GTT---T--GA-C-TTAA-GAA----------------T-----TT-C-TTTGT-TTTG--T--GAACTGTCT-G--TGT---CATG-G-C----G-GAA-T-T-C-G-ATTTT-------------C-T--A-----TTGTGG----ATT-GGTG---GA--ATT-TAGAGCA--GCCAGA-T-----GGT-----TC---TC----TT--------------TTT--T-TA---GACT-TGAG-C---A-A-A-AAC-CCGA-C-TTTATTGAA---AAT-G-G-TATCTACCT--CTT-GGT-GCC-AGTAT----TTCCTATGCTTTTCTT---TATC-----TTTGT----C---C--A--T-TTC--C--TCAAAC-T-TG-GT-AACT--GCGATG--G-----T-T-AG-CTT--------------A-----TT--TTCTGTT----------T-CTTC-AT-----------TTTT---C-T-TTT-----TGTACTGTGGGATA-ATAAT-G-GATTC-AATTTC-CCGC-G--TTTCA-TT--TTCA-A----------TC-TCCTT-----T-TTCTTCT-----TGTT-G---TAAA---T-GTC-AGA-C-A--TA-TCT--TCATA----T----TTGTGT--CC--ATTA-------TG-----GGAA-C--CA-AGGA-TGCA--T-TTC------A-G---GCA---A-ACTG-GGACA---TC---AC-AT---CTC--T-TG-CAATGGG-CC-T-CGCA--T-C----TTT-C-GT-T-GC--TGTG-G-A--T--T-T-C-A--C-AGTCAGGA-AATA--TGAGC-TTTA-----TTTTCCTC--TTT--GTG--AA---A----G-GA-ACGAT-GT----CG-T---GT--GT-------------------TTG--AG-----ACT------------TGTTTGCTGAC-GC-A-ATCCG-C-ACA--C--AAACTG-A--C--T-TA-A-CAGCTG--T-TAC-A--G-A-ATTGCTG-----GG--TGG-GG-----T--TA-TC-ACAA------AGATCA-CA---G-G-------TG---ATG---A--CGTCT-TG---C-GCCCAGG--AGATG-GGC--GTGG-CCAT-TATCCG-TCCTGTCAAAA-----GT
gi|8                          :                                                                                               ccccttgggttatttttgtttgtcttcagttttggcatttggaccaggcTT--GT--T--GACA---TCA-G--ACA-C-G--TT-GTT---A--GA-C-TTAA-GGA----------------T-----TT-C-TTTGT-TTTG--CT-GCACAGTTT-G--GGT---CATA-C-T----G-GAA-T-T-TTG-A-TTC-------------T-GA-AG----TTG-AG----ATG-GAAA---TG--ACT-T----CA--A--AAT-T-----GGT-A--ATT---TC----TT--G----------ATCT--C-TGAGTGATTGGGAT-C---A-GTG-GAT-TCAA-G-TGTGT-AAA---GAT-GTT-TGTCTAC-T--TCTAAGT-GCC-A---A----TTTCC-----TTTCTT---TATC-----TTTAG----C---TTCT--T-TTT--C--T-AAAT-C-AG-AG-AAGT--G----G--GCC---T-T-GG-ATT--T-GG-AA-----A-----TT--TTCTTTTCA--A--C-AT-CTG--ATT-ACAATG-ACTTGT---T-C-A-------TG------GGAAT--ATGCT-G-CTTTC-TATTTC-TTCT-G--TTTCTGCT--TTTA-ATG-T----T-TC-TCTC------T-TT----T-----TGGCGG---ATGA---TAGTC-TTG-C-C--CC-TATAC-AACA----T----C-ATGA------TTTA-------TG-T---GGAA-C--CT-GTGA-CACATTT-TA-------A-T---GC----AGA-CG-GGACATA---------A----CTGT-T-GA-CAGTGGG-CT-C-AACA--T-C----T-T-G-GT-GTGG--AATGAG-A--T--G-TAC----C-G---AGGG-GAAA--C-AG--TGGA-----CTGTGCGC--TTTTAATG--AA---GTTTAA-GA-GTCAT-GT---TCA-T-----------------G-G--A--C--TT---AG-----GCT--G-TT--GGAATGCTTGTTGAT-GC---GTCTG-C-ACA--C--AGACAA-A--C--T-TG-G-CAGCTG--T-TACAA--G-A-ATTGCTG-----GAAGCGG-G----C-T--TG-TC-ACAGT-T--TTGGTCA-CA---G-GTGA----TG---A-----G--C-TCC-TG---T-GCCCAGGGTTGGT--GGC-AGTAG--CATTCCTTGA-TTC--TC-GAA-----GTAG------T----CC-ATC-TGAAATCAAG-A-TAA---AG---TAT----------------ATT--CAGTCTTATTA---AGAATGCCTTAACATCAgtaaactgtaaagaa
gi|9                          :       TTTTCCTTGGACT-GC-GC-TG-GCTTTC------AATG--A-CG--G------A-ATATC--C-ACATC-----TGTC-TCT-AAAACGATATCT--CTGTA-T-TCCTC-C-A--GACT-A--GATT--TGTA-GTT--GT--T--TATC--TCC---G-ACA-T-T--TT-CAT---G--GA-C-TTCA-AGA----------------T-----TT-T-CTTAT-TTTC--TTCGAG----TT-G--GGTTTCCAGA-CGT----G-AAA-T-C-ACG-TCT-C-------------T-G--AG----C-G-AG----ACTTGGCG---GG--TTG-T----TA--G--GGTATCCA--TGTGA--TTT---TC----TT----------------T--CGTG---GACT-GTAA-C---A-T-A-GAA-CCCA-T-CGTATCAAA---AA--G-TACATTCAC-T--TCTTGGT-GCC-A---T----GAT-T-----TTCTTT---TCTCCTCAATTTCG----C---T--C--T------C--C-AAA--A-AG-CC-AAATCTA----G--T-T---T-T-TG-CTT--T-AG-AG-----A-----TT--TTCCTCCT------C-AT-TT-C-ATC--C-TCG-AGTTGTACGT-A-CTT-----CG------GAATCA-AAACA-G-TTTT--AATCTC-ATC--A--TTTTC-CT--TTCGTA---A----T-TC----CT-----T-TT----TCCGGCTGTC-G---ACGA---C--TT-TTG-A-AACT--TCAACTG-CA----T----C-GTGA--CC--TTTA-------TG----GGGAC-C--A--AGGA-CACA--T-TTC------A-T---GCA---C-ACTG-GGACG---TC---AC-A----TTG--TCGG-CAATGAG-CT-T-CGCA--T-C----TTT-G-GT-C-AG--GATGAC-G--TAAG-CAC-T--C-G---GTGT-AA-A--CGAGC-TGTAT----CTTTCTGC--TC---GTG--AA---G----C-AG-ACGAT-GT----CA-T---GT--ACC-----A-GCG--T--C--TTG--TG-----GGC--G-TC--CACGTGCTTGCTGAC-GC-A-GTCCG-T-GCA--C--AGACTG-A--C--T-TG-G-CAGTTG--T-TGC-A--G-A-ACTGCTG-----GG--TGG-GG-----T--TA-TC-ACAA------AGGTCA-CACGCG-A-------TG---A-----C--C-TCC-TG---T-GCCCAGG--AGATG-GGT--GTGG-CCATTTtacctaagacccatat
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): TGCGCCTGTACACATTCTTAAAAGAGAGAGAATAATATTTTCAGATTGGTAACTCAATGTCTGCTTTTCAGTAGGAGTCCATCAGCTTAATCTGTAACT
Unaligned ( gi|28 ): CTCCTGATGCCCTGGGTGGGACAGAAATTGATTGATTCTCAAATCTTCCTTACATTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTATACACAATTGTTATTTAG
Unaligned ( gi|35 ): ATTTCTTCGGTTTCCTTTTCAAGTTTCTTTATCTTGTCGTTGAAAATTTC






Alignments
lowQualScore                  :                                   11           111111111111111111111                                                                                               111111                                  1111111111111111111111              1111                                                     1111111111111   11                                           333333333333333333333333           1111  2222222222222                                                                                     111111111111111111                  222222222222222                              2222222222222222                                                            111111        222222222222222222222222                                                     22222222222     11111                                          1111111111111111111                                    11             111111       111             1111              2222                                                                   22222                                             1111111111          1111              2222222222                                                                                                                    3333333                        11111               3333333      11111111                           11                                          44444444444444444         1          111   66666666666666666666666666666666666                 
lowQualScore                  :                    5  5  2 44     99 77777  5  444444444444444444444     2  99    5   7  2   1 666666   1 4 2  55 2 6 33    2 33    7777777777   2   44      4444  999999   2 5555  2   888888  2 2  2 2   4444444444444444444444  2 2     2   6666      1    2 33   666    2 666666 2 2   5 2   2    2 5555555555555 2 00  6666  33  6666   3  2 888  44 55 3   44  999999999999999999999999     555 6 3333  0000000000000    44 5  0 0    2   33 2  2 666   2    2 5 1       555   2 2 66       44  44  2   2 555555555555555555      444       0 333333333333333 2  33 2 33 2    2 2  2  55   0000000000000000 2 2  2  33  2  5  66666 66666  33        999999 2  2    2  555555  2     444444444444444444444444      2   1 5 2    2      2    5 33     2  33  33 2  11111111111     33333 2  2 2   33 8888     444 77  0 77    2   5555555555555555555   33  33  0 8888888  99999    2 33 00 2  555      000000  444  888  2 2  444 0 9999   2 2 7777   2222  2       5  2 2    33 2 5555   2 2  666 33       2 33 5555   2 33 66666    2  4          99999    3   33   33 0 33  2222222222  2     2 3333   2 444 999  9999999999 33 55555   33  66666   777777777  2      1   33  2 2   0 2 2   33 33      2 33 66 2  555      66 5   5 33 5 2      0000000 2   444 5555  444  2   33333      2  444 2 2222222  444 88888888 2   2  666 2    22  33    77   66    2   2 1   1  3 88888 0   77777   55555555555555555     4   0 5   888  000   55555555555555555555555555555555555                 
lowQualScore                  :                    .  .  . ..     .. .....  .  .....................     .  ..    .   .  .   . ......   . . .  .. . . ..    . ..    ..........   .   ..      ....  ......   . ....  .   ......  . .  . .   ......................  . .     .   ....      .    . ..   ...    . ...... . .   . .   .    . ............. . ..  ....  ..  ....   .  . ...  .. .. .   ..  ........................     ... . ....  .............    .. .  . .    .   .. .  . ...   .    . . .       ...   . . ..       ..  ..  .   . ..................      ...       . ............... .  .. . .. .    . .  .  ..   ................ . .  .  ..  .  .  ..... .....  ..        ...... .  .    .  ......  .     ........................      .   . . .    .      .    . ..     .  ..  .. .  ...........     ..... .  . .   .. ....     ... ..  . ..    .   ...................   ..  ..  . .......  .....    . .. .. .  ...      ......  ...  ...  . .  ... . ....   . . ....   ....  .       .  . .    .. . ....   . .  ... ..       . .. ....   . .. .....    .  .          .....    .   ..   .. . ..  ..........  .     . ....   . ... ...  .......... .. .....   ..  .....   .........  .      .   ..  . .   . . .   .. ..      . .. .. .  ...      .. .   . .. . .      ....... .   ... ....  ...  .   .....      .  ... . .......  ... ........ .   .  ... .    ..  ..    ..   ..    .   . .   .  . ..... .   .....   .................     .   . .   ...  ...   ...................................                 
lowQualScore                  :                    0  0  5 44     88 22222  0  222222222222222222222     5  99    0   1  7   0 222222   0 4 2  88 2 7 11    2 11    1111111111   1   88      0000  999999   0 0000  0   111111  0 0  4 0   1111111111111111111111  1 1     1   9999      0    4 22   555    7 333333 9 9   7 9   9    9 7777777777777 9 44  5555  99  5555   1  6 555  22 22 1   22  000000000000000000000000     444 2 8888  5555555555555    22 7  9 7    9   99 9  9 777   9    9 7 9       000   9 9 99       33  11  9   9 777777777777777777      777       2 222222222222222 7  77 7 77 7    7 7  7  66   5555555555555555 7 7  7  77  5  0  22222 22222  44        666666 7  7    9  888888  9     333333333333333333333333      7   5 3 1    5      5    0 44     5  44  44 5  77777777777     88888 5  5 5   77 3333     777 99  4 55    7   3333333333333333333   77  44  1 1111111  99999    7 77 11 5  555      333333  777  444  0 5  444 4 8888   5 5 8888   5555  5       0  5 5    44 5 3333   5 5  222 77       7 77 7777   7 77 44444    7  4          33333    3   77   77 8 77  7777777777  7     7 6666   7 777 444  5555555555 77 55555   77  77777   111111111  3      4   33  7 7   7 7 7   77 44      7 77 33 7  666      33 3   3 99 7 9      5555555 7   444 3333  000  5   88888      5  111 4 4444444  111 66666666 2   2  111 2    66  22    88   44    4   5 0   4  1 55555 4   77777   00000000000000000     4   0 0   888  000   55555555555555555555555555555555555                 
consensus                     :       TCTCCCTTGGACT-GT-GT-TN-GTTTTCGAGN---GA-GG--G------T-GANT-T--A-ACATC-AGG-TACT-TGT-GGAATGNT---T--CTGNA-T-TCNGT-C-A--GTTT-G--GATT--T-------GTA-GTT--GTTGAC-AT-CA---GG-ACA-C-G--TT-GTT---G--GA-C-TTCA-GGA----------------T-----TT-C-TTTGT-TTTG--TTTGAACAGTTT-G--GGT---CATA-C-T----G-G-AAT-T-TTG-ACTT-C-------------T-G--AG----TTG-GG----ACT-GGCA---TG--A-CT-TCA--GAGT-------T-C---G--------TAATT---T-C----TT--G----------ATCT--C-TGAGTGATT-GGA--T-CA-G-G-GAT-TCAA-G-TGTGTCAAA---GAT-G-T-CGTCTACT-TCTAGGT-GCC-A---T----TTTCT-----TTCTTT---TATCTTTAG----C---T---C--T-TT--T-C--T-AAAT-C-AG-AG-AAGT--G----G--G-C---T-T-GG-AT--TT-GG-AA-----A-----TT--TTCTTTTCA--A--C-AT-CTGC-ATC-AC-ATG-ACTTGT---T-T-CTT-----TG------GGAATA-ATACT-GCTTTC-AATTTC-TTCT-G--TTTCT-CT--TT--T-AA---TG-T-TC-TCTCT-----T-TT-T-TGG--C----GATGA---T-GTCTG-NCATG-TCCACTAACA----T----C-GTGA--CC--TTTA-------TGATG-GGGAC-C--CT-ATGA-CGCATTTC------AT---GCAAGACCG-GG---ACA-CA-TCA-C-A----CTG--T-GA-CAGTGGG-CC-T-CACA--T-C----TCT-G-GT-G-G--GAATGAG-A--T--G-TAC-A--CTG---AGGG-AACACCAGCTGGA-----CTGTGCGC--TTT--GTG--AA---G----G-GA-ACGAT-GT---TCA-T---GC--TTC-----A-G-G--A--C--TTG--AG-----GCT-G--TC--GACGTGTTTGCTGAC-GC-A-GTCCG-C-ACA--C--AGACCG-A--C--T-TG-G-CAGCTG--T-TAC-A--G-A-ATTGCTGGGGACGG-GGC---T----TG-T-CA-CAGTT--TAGGTCA-CA---G-G-------TG---A-----G--C-TCC-TG---T-GCCC-GGG--TGGTG-GGC-AGTAG-CCA-TNCCTCGA-TTC--TCAGAA-----GTCGTG-CT-TCA-A-TCTTGAAAT-AAA-A-TAA---AG---TAT----------------TTT--TNG-----TTA---AGAATGCCTTGACATCA
Reference ( family-1671 )     :       TCTCCCTTGGACT-GT-GT-TN-GTTTTCGAGN---GA-GG--G------T-GANT-T--A-ACATC-AGG-TACT-TGT-GGAATGNT---T--CTGNA-T-TCNGT-C-A--GTTT-G--GATT--T-------GTA-GTT--GTTGAC-AT-CA---GG-ACA-C-G--TT-GTT---G--GA-C-TTCA-GGA----------------T-----TT-C-TTTGT-TTTG--TTTGAACAGTTT-G--GGT---CATA-C-T----G-G-AAT-T-TTG-ACTT-C-------------T-G--AG----TTG-GG----ACT-GGCA---TG--A-CT-TCA--GAGT-------T-N---G--------TAATT---T-C----TT--G----------ATCT--C-TGAGTGATT-GGA--T-CA-G-G-GAT-TCAA-G-TGTGTCAAA---GAT-G-T-CGTCTACT-CCTAGGT-GCC-A---T----TTTCT-----TTCTTT---TATCTTTAG----C---T---C--T-TT--T-C--T-AAAT-C-AG-AG-AAGT--G----G--G-C---T-T-GG-AT--TT-GG-AA-----A-----TT--TTCTTTTCA--A--C-AT-CTGC-ATC-AC-ATG-ACTTGT---T-T-CTT-----TG------GGAATA-ATACT-GCTTTC-AATTTC-TTCT-G--TTTCT-CT--TT--T-AA---TA-T-TC-TCTCT-----T-TT-T-TGG--C----GATGA---T-GTCTG-GCATG-TCCACTAACA----T----C-GTGA--CC--TTTA-------TGATG-GGGAC-C--CT-ATGA-CGCATTTC------AT---GCAAGACCG-GG---ACA-CA-TCA-C-A----CTG--T-GA-CAGTGGG-CC-T-CACA--T-C----TCT-G-GT-G-G--GAATGAG-A--T--G-TAC-A--C-G---AGGG-AACACCAGCTGGA-----CTGTGCGC--TTT--GTG--AA---G----G-GA-ACGAT-GT---TCA-T---GC--TTC-----A-G-G--A--C--TTG--AG-----GCT-G--TC--GACGTGTTTGCTGAC-GC-A-GTCCG-C-ACA--C--AGACCG-A--C--T-TG-G-CAGCTG--T-TAC-A--G-A-ATTGCTGGGGACGG-GGC---T----TG-T-CA-CAGTT--TAGGTCA-CA---G-G-------TG---A-----G--C-TCC-TG---T-GCCC-GGG--TGGTG-GGC-AGTAG-CCA-TNCCTCGA-TTC--TCAGAA-----GTCGTG-CT-TCA-A-TCTTGAAAT-AAA-A-TAA---AG---TAT----------------TTT--TNG-----TTA---AGAATGCCTTGACATCA
gi|1                          :          CCCTTGCACT-GTTGTCTT-GTTTT-GAGG---G--GG--G------T-GACT----A-ACATC-AGG-GTCTCTGT-AG--TGGT------CT-CA-T-TCCGT-C-A--GTTT-G--GATCCGT-------GTACACT--ATTGAC-AT-CA---GGGACA-C-T--TTTGTTCATG--GA-C-TTAATGGA----------------T-----TT-CATTTAT-TTTG--CCTGAACAGTTC-G--GGTG--CATA-C-T----G-G-AAT-TATTG-ACTT-C-------------TTG--AG----TTG-GG----ACT-GGCAA--TG--A-CT-TCAATGAAT-------T-----G--------TAATT---TTC----TT--G----------ATCT--C-TGAGTGATT-GGA--T-TATG-A-GAT-TCAA-A-T-TGTCAAAAGAGAT-A-T-TGTCTACT-TCTATGTTGCC-A---T----TT-CT-----TTCTTTAATTAT-TTTCG----T---T---C--TCTT--T-C--T-AAATTC-AG-AGTAAAT--G----G--G-CAACT-TAGG-AT--TTTGG-AA-----AGATAGTT--TCGTTTTCATAA--CTATACTGCTATC-ACCATG-ACTTGT---T-T-CTT-----TG------GAAATA-ATACTTGCTTTC-AATTTCCTTCTTA--TTTCT-CTCTTT--T-AA---TG-TATT-TCTTTATTTAT-TT-T-TGA--T----GATGC---T--TCTG-CCATG-TCCCCAGACA----A----C-ATGA--CC--TT----------GATG-TGGAG-C--CT-GTAAGCACATT-A------AT---GCA-GACCGTGG---AGA-TA-TCA-C-A----CTGG-T-GA-CAGTGGG-CCGT-CACA--C-A----TCC-GAGT-G-G--GAATGAG-A--C--GGTACGA--C-T---GAGG-AACACCAGATGGA-----CTGTGCG---TTT--GTG--GAACAG----G-GAGACGAT-GT---CTA-T---GC--TTCGATGCA-C-G--A--T--TTC--AGAAATAG-T-G--TG--TACGTGTTTGTTTAT-GC-AGGTCTG-G-ACA--C--AGACCT-AAGCG-T-TGTG-CAGCTG--TATACTA--GTA-ATT-CT--GGAC-G-GGC---TCTTATG-T-CA-CAGTTTATAGTTTA-CA---G-GGTTGTAATG---A-----G--C-ACT-TGTAAT-GCTC-GAG--TGGTACGGCTAGTAG-CCACTTCTTTGT-TTC---CA-AA-----GATGTT-CG-TCACACCCTTCA----AAG-A-GAA---AG---CAT----------------TCT--T-------TTC---AGA
gi|10                         :    ctttgTCCCTTGGACT-GT-G-----GTTTTTGAGA---GA-GG---------T-GACT-A--A-ACATC-AG--TACTATGG-TGAATGGC---T--CTAGA-T-TCAGT-C-A--GTC--G--GATT--T-------GTA-ATT--ATTGAC-AT-CA---GG-AAAAC-T--TT-GTT---G--GA-C-TT----AA----------------T-----TTGC-TTTGT-TTT---TTTCAACAGTTT-G--GGT---CATA-CCT----G-G-AAT-T-TTGGACAT-C-------------T-G--AG----TTG-G-----ACT-GGCA---TGGGA-CT-TCA--AA---------T-T---G--------TAATT---T-CC---TT--G----------ATCT--C-TGAGTGTTT-GAA--T-CA-G-G--AT-TCAAAG-TGAACAAAA---AATCG-T--GTCTACTGTCTTGGT-GCCCA---TA---TTTTT-----TTCTCT---TATCTTTAG----CAA-T---C--T-CC--T-C--T-ACAT-C-A--AG-TAGT--G----GACG-C---T-T-G--AT--TT----AA-----A-----TT--TTCTTT-CA--G--C-AT-C-GC-ATA-AA-ATGGACTTGC---T-T-TTT-----TT------GGAATA-ATACTGGCTTTC-AA-TTC-TTCT-G--TTTCT-TC--TT--T-AAG--TT-T-TC-TCTCT-----T-CT-----G--C----AATAA---TCATCAGCGCATG-TCCACAAGCA---------A-AAGA--CC--T----------TGATG-TGG------CT-GTAA-TACATTTA------AT---GCCAGAC---GG---ACATCA-AAA-C-A----CTT--T-GATCAGTGGG-CC-T--ACA--TCC----TCT---GT-G-G--AATTGAG-A--T--GTTAC-A--C-T---AGGG-AACACCACTTGGA-----CC---TGC--TTT--GTG--AA----------GA-ACGAT-G----TCATT---GC--TTC-----ATG-G--G--C--TTG--AG-----GCG-G--TT--GACATTCTTGTT-AT--C-A-GTCTGCC-ACA--C--AGACCG-A--C--TATG-GTCAACTG--TGTAC-A--G-AGATTGTT-----CGGCGGC---T----TG-TCCA-CAGTT--TAGATCACCA---GAG-------TG---ATGGATG--C-T-C-TG---TAGCCT-GGG--TGGT--GGC-AGTAG-CCctagcagcatttcaattttatttatgatagaggtgttttatctgaac
gi|11                         :         TCCCTTGGACT-A--GT-TT-GTTTTTGAGC---GA-GG--G----------AT-T--A----TC-GGA-T----TGT-G-AATGCT---TGTCTGTAAT-TCTAC-C---------G--GATA----------GTA-ATT--GTTGCA-AA-CA---GA-AT----G--TT-GTT---G--GA-C-TTCA-GGGAGAGGGTGACCTGTTGT-----TT-G-TTTGTGTTTT--CTTGAACAGCTT----GGT---TATA-C-T----G-GAAAT-T-TTT-ACGT-C-------------T-A--AG----TT--GG----ACT-AG-A---TG--G-GTATCA--GAAT-------TGT---T--------TAA-----T-C----TT--G----------ATTTAGC-AGAAT--TC-GCA--T-CA-A-G-AGA-TCAA-G-TGTG-AAAA---GA--G-A-CTTCTG-T-CCT--TT-GTC-A--------TTAGT-----AACTTA---TATTTTTCG----A---T---C--T-TTTGT-C--T-AAAT-C-AG-AG-TAGCCAC----G--T-C---T-T-GG-ATTATT-GGAAA-----A-----TT--TTATTTTCA--AATT-AT-CTGC-ATT-GC-ATG-ACTTA----------A-----TG------AGAATA-ATACT-GGTTTCTGTTTTC-TTCTCG--TCTCT-CT--TT--T-AAATGTT-T-TCTTCTCT-----T-TT-T-TGG--C-----ATAA---T-ATC---------TCCAC--ACAATGGC----C-TTGA--CC--ATTAATGATTTTGATGTGGGACGT--CT-AAGA-CGCATGCG------AA---GC-ACACTG-GGTCCAGG-CA---A-C-A----CTGT-T-GA-CAGTGA-----C-CATA--T-C----TCT-G-GT-GTG--AAATGAG-A--T--G-TAC-A--CTG---AGGG-AA---CAGCTGGA-----CTTAGCG---TTT--GTG---A---C----G-TA-ATGTC-GT---TC------GC--TTC-----A-T-G--AAGCAAATA--AA-----CCT-G--CCCTGACATGTGTG-TGATGGC-A-GTCTG-C-ATA--C--A
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   -TGAGTGATT-TAA--T-CA-G-T-GAT-TCAA-G-TGTGTCAAA---GAT-G-T-TGTCTACT-TCTAAAT-GCC-A---T----TT-CT-----TTCTTT---TATTTTTAG----C---T---TCTT-TT--T-C--T-AAAT-C-AG-AG-AAGT--G----G--G-CC--T-T-GG-AT--TT-GG-AA-----A-----TT--TTCTTTTCA--A--C-AT-CTGC-ATT-AC-ATG-ACTTG--------CTCA----TG------GGAATA-ATACT-GCTTTC-AATTTC-TTCT-G--TTTCT-CT--TT--T-AA---TG-T-TT-TCTCTC----T-TT-T-TGG--C----GATGA---T-GTCTG-CCATG-TCCACTA-CA----T----C-ATGA--CC--TTTA-------TGTTG-A-----C--CT-GTGA-GACATTTA------AT---GCA-GACCG-GG---ACT----TCA-C-A----CTG--TTGA-CAGTGGG-CC-T-CACA--T-C----TCT-G-GT-G-G--GAATGAG-A--T--G-TAC-A--CTG---AGGG-AACACCAGCTGGA-----CTGTGCGC--TTT--GTG--AA---G----G-GA-GCGA--GG---TCA-T---GT--TTC-----CTT-G--A--T--ATG--AG-----GCT-A--AC--AGCATGTTTGATGCT-GC-A-GGCTA-C-ACA--C--AGACCG-A--C--T-TG-G-CAGCTG--T-TAC-A--G-A-ATTGCT--GGAC-G-GGC---T----TG-T-CA-CAGTT--TAGATCA-CA---G-GTGA----TG---A-----G--C-TCC-TG---T-GCCC-AGG--TGGT--GGC-AGTAG-CCA-TTCCTTGA-TTC--TCAGAT-----GTTG-G----TCACA-TC-TGAAAT-AAAGA-TAA---AG---TAT----------------ATTCATTG-----TTATTTAGAATGCCTTGACATCAtaattgctggacatgaggcggcggccttgacaaattgttagtcactggtgatgag
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              T-GG-AG-----A-----TT--TTGTTTTCT--G--C-TT-CTTC-ATT-----TT-TCTTCT---TGTACTT-----TG------G-AATA-ATGGT-GGATTC-AATTTC-TTTG-G--TTTCC-TT--TT--C-AA----G-T-T--TCTTT-----T-TC-T-TGT--C----GTTGAAATT-TTCTG-GCATA-TCT-TTGACT----T----C-GTG-------TCGA-------TTATG-GGGAC-CAACT-ATG----CATTTC------AG---GCAA-ACTG-GA---ACA----TCA-C-A----TTGC-T-GG-CAGTGGG-CC-T-CACA--T-C----TCT-G-GT-T-G--GTGTGAA-A--T--T-CAC-A--C-TC--AGGA-AAAGCCACCTTT------CTGT---C--TTT--A----AA---A----T-GA-ACGATTGTCGATCA-----G---TTG-----T-G-G--A-----TTG--AG-----CTT-G--AC--CACGTGTTTACTGAC-AC-A-GTCCA-C-ACA--C--AAACTG-A--G--T-TG-A-CAGTTG--T-TAC-A--G-A-ACTGCTGGGTA----GGC---T----TG-A-CA-CAA-----AGGTCA-CA---G-G-------TG---AT----GACC-TCC-TG---T-GCCT-GGG--AGGTG-GGC-A-TGG-CCA-TACTCCAA-AT-----AGAA-----Gtacctaatacccaat
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     catcaattttggccatcataaTCTG-GCATG-GTCAGTAACT----T----T-GTGT--CTCATTTA-------TG----GCCAA-C--CT-ATGC-C-CATTTC------ATTTTGTCAAACTG-GT----CA-CA-TCGGC-A----TTGC-T-GC-CAGTGGAATT-T-TACA--T-CATCTTCT-G-GTTG-G--GTGTGAA-AATT--C-CAC-A--C-TCT-AGGA-AAAGCCA-CT--------CTTTCTGT--TCT---TG--AA---A----ATGA-ACGAT-GT---TCA-TTGTGG--TT--------G-GTTA--C--TTG--AA-----GCTTG--TC--CACGTGTTTACTGAC-AC-A-GTCCA-CTACA--CCAAAACTG-A--G--T-TG-A-CAATTG--T-TAC-AACG-A-CT--CTGGGTTAGG-TGC---T----TG-A-CAACA------AAGTCA-CA---G-G-------TGATTA-----C--C-TCCTTG---T-GCCT-GGG--AGGTG-GGC-A-TGG-ACA-TATTCCAA-T------AGAA-----GCTGTG------A-A-TTTAGATAT-Actggaattatatgataataattttcatttatcagtcacagaagtgtctgattaatttgttagtgtctcattccttaaaatagct
gi|15                         :      aatTTCCTTGGATT-GTTGT-TA-GTTTTC-AGTTTTGATGGCAG------T-GGATAT--AGACATCTATA-TCAT-TA--GGCATGTT---T--CTGTA-T-TCCTTTC-A--GTTT-G--GATT--T-------GT--GTTAAGTGAGC-GTGCA---GA-TTA-C-A--TT-GTT---T--GAGT-TTCA-GAA----------------T-----TT-C-TTTGT-TTGT--TTTGAACTGTTT-GGAGGT---CATG-C-C----A-G-GACAT-TTG-ATTT-T-------------T-ttattttcatttatcggtcacaggaagtgtctttgatttattgtgtagtgtgtcatttcctctaaaatagcttatcttggttttctataggactttcctatttttactgtcctgtaaatagacattaaaaaatttgtttttaagaataattaaaatatttagcat
gi|16                         :       TCTCCCTTGGACT-GT-GT-TT-GTTTT-GAGA---GA-GG--G------T-GACT-T--A-ACATC-AGG-TACT-TGT-GGAATGGC---T--CTGAA-T-TCAGC-C-A--GTTT-T--GATT--T-------GTA-ATC--GTTGAT-AT-CA---G--ACA-C-G--TT-GTT---G--GA-C-TTAA-GGA----------------T-----TT-C-TTTGT-TTTC--TTT-AACAGTTT-G--GGT---CATA-C-T----G-G-AAT-T-TTG-ACTT-C-------------T-G--AG----TTG-GG----ACT-GGCA---TG--A-CA-TCA--GAAC---------C---G--------TAATT---T-C----TT--G----------ATCT--C-TGAGTGATT-GGA--T-CA-G-G-GAT-TCCA-G-TGTGTCAAA---GAT-G-T-TGTCCACT-TCTAAGT-GCC-A--------TTTCT-----TTCTTT---TTCCTTTAGC---C---T---CT-T-TT--T-C--T-AAAT-C-AG-AG-AAGT--G----G--GCC---T-T-GG-AT--TC-GG-AA-----A-----TT--TTCTTTTCA--A--C-TT-CTGC-ATC-AC-TTG-ACTTAT---T----CT-----TG------GGAATA-ATGTG-GCTTTC-AATTTC-TTCT-G--TTTCT-CT--TT--T-AA---TA-T-TT-TCTCTA----T-TT-T-TGG--T----GATGA---T-ATCTG-CCATA-TCCAC-AACA----T----C-ATGA--CC--TTTA-------TGACG-AGGtttattttggctgaactggtgagatttagaggagcagccagggagggtacctcttttactgagacgtatcatcacaaatgtccttagaattattgaaactgaaaaagactggtgagtcaatttctctggctgagggtccagaggtagattttcttgagacatttcttttttctttaccatgactccgcatcatgtgggcccgcatcaaatgatttttgctattgctgagtcctctcttcatttttcgtgattcatgtgtctgagtggaagaatggctttagagattcaatttctctttcgcgtttctttttctcaagtttctatttttt
gi|17                         :       TCTCCCTTGGATT-GT-GT-TG-GTTTT-AAGT---GA-TG--G------TAGTGT-T--A-A-ATC-AGG-TACT-TGT-GGGATGTT---T--CTGAA-T-TCAGT-C-A--GTTT-G--GATA--T-------GTA-ATT--GTGGAC-AT-CA----G-ACA-C-G--TT-GTT---G--GA-T-TTCA-GGA----------------T-----TT-T-TTTGT-TTT---CTTGAACAGTTT-G--GGT---CATA-C-G----G-A-AAT-T-TTG-ACTT-CTTNTTTGTTTTCTT-G--AACAGTTTG-GGTCATACT-GAAATTTTG--A-CT-TCT--GAGT-------T-G---GGACTGGTATGATT---T-CAGAGTT--GTAATTTGGAAATCT--T-TAAGGGACT-GGG--T-CA-G-G-GTA-TCAA-G-ATTGTCAAA---GAT-G-T-CGTCTACT-CCCACGT-GCC-A---T----TGT-T-----TTCTTT---TATCTTTA-----CTTTT---C--T-TC--T-T--T-AAAT-C-AA-AG-
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  CCAGCTGGA-----CTGTGCGT--TTT--GTA--AA---G----G-GA-ATGAT-G----TCA-T---GT--TTT-----ATG-G--A--C--TTG--AG-----GCT-G--TT--GACATGTTTGCTGAT-GC-A-GGCTA-C-ACA--C--AGACCG-A--C--T-TG-G-CAGCTG--T-TAC-A--G-A-ATTGCT--GGAC-A-GGC---T----TG-T-CA-CAGTT--TAGATCA-CA---G-GTGA----TG---A-----G--C-TCC-TG---T-GCCC-AGG--TAGT--AGC-TGTAG-CCA-TATCT
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    GC---T----TG-A-CA-CAA-----AGGTCA-CA---G-G-------TG---A-----T--G-ACC-TG---T-GCCT-GGT--TGGTT-GGC--GTCG-CCA-TACTCCAA-T------AGAA-----Gaaatggtggccatatctgtaaaacaaaaacaatcaatggatatttttattgcatcaaagttaaacttacagcatgaccaaaacatctaataataattgtataatgatgaataac
gi|2                          :         TCCCTTGGACTAGT-GT-TTTGTTT--GAGG---GA-GG--G------T-GACC-T--ATACATC-AGG-TACT-TGT-GGAATGGC---T--CTGAA-T-TCGGT-C-A--GTTT-TTTGAAT--T-------GTA-ATT--GTTGAT-AT-CA---G--ACA-CCG--CT-GTT---G--GA-T-TTCA-GGA----------------T-----TT-C-TTTGT-TTTC--TTT-AACAGTTTGG--GGT---CATA-C-T----G-G-AAT-T-TTA-ACTT-C-------------T-G--AG----TT--GG----AC--GACA---TG--A--T-TCA--AAA--------C-C---A--------TAATT---T-C----TTTGA----------ATCT--C-TGAGTGATT-GGATTT-CA-A-GTGAT-TCAA-A-TGTGTCAAA---GAT-G-T-TGTCTACT-TCTAGGT-GCC-----T----TTTCT-----TTCTTT---TATCTTTAGCATTC---T---T--T-TT--T-C--T-AAAT-TGGG-AGTAAGT--G----G--GCC---T-T-GG-AT--TT-GG-AA-----A-----TTTGTCCTTTTCA--C--C-AT-TTGC-ATCAAC-AGG-ACTTG----T-T-CTC-----AA------GGAATA-ATTCT-GCTCTC-TATTTC-TTCT-G--TTTCC-TT--TT--TAAA---TGTT-TC-TCTCT-----T-GT-T-GGG--T----AATGA---T-TTCTG-CCATG-TCC-CTA--A----T----C-TATA--CC--TTTA--------GA-G-AGGAC-C--CA-GAGA-GACATTTC------AT---GC-AGACCG-GG-----G-CA-TCA-CTA----CTGT-T-GA-CAGTGGC-CT-T-CACA--T-C----TCT-G-GT-G-G--GAATGAGAA--T--G-TGC-A--CTG---AGGGAAACACTAGCTGGA-----CTGTGC-CTATTT--GTGAAAA---G----G-GA-ACGAT-AT---CAA-T---GC--CT------A-T-G--G--C--TTG--AG-----GCT-GGTTT--GACA-G-TTGTTGAT-GCAA-ATCTG-G-A-A--C---GACAG-G--C--C-TG-------TG--T-TAC-ctgaaattagatttattaaattttaattttcaatttatgtggatttattatcggccgctgtgaggagtgcctggttcatttgttagtgtgtcattcctcataatggctagcttggttttctgttggacttgctagtttaccggccgttaacaatttataaaatcgattttaagatattcaaaatttcagaa
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         --AGACCGGA--C--T-TG-G-CAGCTG--T-TAC-A--G---ATTGCT-GAGACGG-CCT---T----TG-T-CA-C-GTT--TAGGT-A-CA---G-GTGA----TG---A-----G--C-ACC-TG---T-GCCT------TGGT--GGC-AGTAGCCCA-TTCTTTGATTTC--CCAGAAACTTGGTC--A-CT-TTA-A-TC-TGAAAT-AAAGA-TAA---AGTTTTATCAAGCCCCTATACAAATTT--TAG-----------GGAGTGCCTTGACATCAtttatttttctgaacatcagggctagcattatctagaccggacttggcagctgttacagattgctgagacggcctttgtcacgtttaggtacaggtgatgagcacctgtgccttggtggcagtagcccattctttgatttcccagaaacttggtcactttaatctgaaataaagataaagttttatcaagcccctatacaaattttagggagtgccttgacatcaaccaaggacccat
gi|20                         :                                                                                                                                                                          tcccttggactagtgttttgtttgagggagggtgacctatacatcaggtacttgtggaatggctctgaattcggtcagttttttgaattgtaattgttgatatcagacaccgctgttggatttcaggatttctttgttttctttaacagtttggggtcatactggaattttaacttctgagttggacgacatgattcaaaaccataatttctttgaatctctgagtgattggatttcaagtgattcaaatgtgtcaaagatgttgtctacttctaggtgccttttctttcttttatctttagcattcttttttctaaattgggagtaagtgggccttggatttggaaatttgtccttttcaccatttgcatcaacaggacttgttctcaaggaataattctgctctctatttcttctgtttcctttttaaatgtttctctcttgttgggtaatgatttctgccatgtccctaatctatacctttagagaggacccagagagacatttcatgcagaccggggcatcactactgttgacagtggccttcacatctctggtgggaatgagaatgtgcactgagggaaacactagctggactgtgcctatttgtgaaaagggaacgatatcaatgcctatggcttgaggctggtttgacagttgttgatgcaaatctggaacgacaggcctgtgttactttatttttctgaacatcagggctagcattatct-GG---AAA-CA-TCA-C-A----TTGCAT-GG-CAGTGGGGCC-T-CACA--T-C----TCTGG-GT-T-T--GAGTGAA-A-----G-CAC-A--CTC---AGG---ACACCAaccaaggacccat
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         tttcctggcatactcttcatcaagttcttttcttgtcattgttgaaatttcagttatctgaggctagtgcttctctcccggtgaatcatatcgtcccagtttatcctccatcatatggggacaacgctcaggtgtcatttctttaaagcaatC--TATA-------T-ATG-GAGAC-C--A--ATTA-TGCACTCCTGAAAAAT---GCAAAAT-G-GA---ACA-AAATCA-C-ATGCACTG-------CAGTGGG-CC-TCCACAAGT-C----TCT-G-GT-c
gi|22                         : tgtgcaTCTCCCTTTGACT-GT-GT-TA-GTTTTC-AGT---GA-TG--G------C-AGTT-T--G-ACATC-AA--TATC-AGTAGGCATGTT---C--TTGAA-T-TCCTC-T-A--GTTT-G--GATT--T-------GTA-GTT--AGTGAT-TG-CA---G--ACA-T-A--TT-GTT---T--GA-C-CTTA-GAA----------------T-----AT-C-TTTGT-TTTG---TTGAACTGTCT-G--GGT---CATtgagcatttggtagaaaattattacatatcaagaaaagcaagttggtatcttctgtctttgaaagacgcaaacgatgtcatgttgttaagggtaactttgagc
gi|23                         :       TCTCCCTTGGATT-GT-GT-TA-GTTTTC-AGT---GA-TG--G------C-AGTT-T--G-ACATC-A-A-TATC-AGTAGGCATGTT---T--CTGTA-T-TCC-T-CGA--GTTT-G--GATT--G-------GTA-GTT--AGTGAC-TG-CA----G-ACA-C-A--TT-GTT---T--GA-T-TTGA-TAA----------------T-----TT-C-TTTAT-TTTG---TCGAACTGTTT-G--GGT---CATgtct
gi|24                         :       TTTCTCTGGGACT-GT-GT-TG-GTT-------------GT--A------T-GCAT-C--GCATATC-AG--TACT-TA--GGCATGTT---C--CTGTA-T-TCCCC-G-A--TTTT-G--GATT--TATTGTTGGTA-ACT--GCTGGC-A--CA----G-ACA-T-G--TT-GTT---T--GA-C-TTTA-AAA----------------TAGAAGTT-T-TTTGC-TTTG---TCGAACgtc
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ---G-A-------TG---A-----G--C-ACC-TG---T-GCCT-TGG--TGGTG-G-C-AATAG-CCA-TGCTTTGA-TTT--TCAGAA-----GTTG
gi|26                         :      tTCTCCCTTGGACT-GT-GT-TT-GTTTT-GAGG---GA-GG--G------T-GATG-T--T-ACATC-AGG-TACT-TGT-GGAATGGC---T--CTGAA-T-TCAGT-C-A--GTTT-T--GATT--C-------GTA-GTT--GGTGAC-AT-CA----G-ACA-C-G--TT-GTT---G--GA-C-TTAA-GGgtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacctatacaaaatctagggggtgccttaacatcactgaagacccat
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                --C-TCC-TGA--T-GCCCTGGG--TGG---GAC-AGAA----A-TTGATTGA-TTC--TC--AA-----ATCTTC-CT-TAC-A-T-TTAAAAA-AAA-A-AAA---A
gi|29                         :                                                                                     GT-GGAATGGC---T--CTGTA-T-TCTGT-C-A--GTTT-G--GATT--T-------ATA-ATT--TTTGAC-AT-CA----G-ACA-C-G--TT-GTT---G--GA-G-TTTA-GGA----------------T-----TT-T-TTTGT-TTT---CTTGAACAGTTaaaaaaactatacacaattgttatttag
gi|3                          :       TCTCCCTTGGATTTGT-GT-TG-ATTT--AAGT---GATGGCAG------T-G-TT-T--G-AGATA-AGGATACT-TGT-GGGATGTT---TA-CTGAAATATCAGT-CCA--GTCT-G--GATT--T-------GTA-ATTT-ATTGAC-AT-TACAAGG-ACA-C-AAATT-GTTA--G--GA-CATTCA-GGA----------------A-----TT-C-GT-GT-TTTACATTTAGACAGTTT-T--TTT---CATG-C-T----G-G-AAT-A-CTG-ACTT-C-------------T-GGAAG----TTG-G-----ACT-AGTA---TG--A-TT-TCA--GAGC-------A-T---G--------TGATA---T-TGG--TT--G----------ATCT--C-TAAG-GACT-GGG--TTCA-G-G-GTTATCAA-GATGC-TCAAA---GAT-G-T-CGTCTACT-TCTAGGT-GCC-A---T----TG-CT-----TTCTCT---TATCCTTAC----T---T---T--T-CT--T-CAGT-AAAT-C-AG-AG-TAGT--A----A--G-C---TGT-GC-AT--TT-GG-AA-----A-----TC--TTCTTTTCA--G--C-AT-CTGA-GTC----------TTGT---T-T-TTTATACTTA------GAAGTA-AAGTC-ACTTTC-AATTTC-CTCT-G--TCTCT-CT--TT--T-GA---TT-C-TT-TCTTT-----C-TT-TGTGG--A----AATGA---T-GTTTG-CCATC-TCCTCTA-TA----T----C-ATGG--CC--TTTA-------TGACG-AGAAC-T--CG-A-GA-TGCATTTC------AT---GCA-GACCG-GG---ACA----TCA-C-A----CTG--TTGA-CAGTGGC-CC-T-CACA--T-C----TCT-G-GT-G-G--GAATGAG-A--T--G-TAC-A--CTG---AGGG-AACACCAGCTGGA-----CTGTGCGT--TTT--CTG--AA---G----G-GA-ACAAT-G----TCA-T---GT--TTC-----ATG-G--A--C--TTG--AG-----GCT-G--TT--GACATGCTTGTTGAT-GC-A-GTCTG-C-ACA--C--AGACCA-A--T--T-TG-G-CAGCTG--T-TAC-A--G-A-ATTGCT--GGAC-A-GGC---T----TG-T-CA-CAGTT--TAGGTCA-CA---G-GTGA----TG---A-----G--C-TCC-TG---T-GCCC-AGT--TGGC--AGC-AAAAG-CCA-TATCTAAA-TGT--T----G-----GTCATATCTGTTA-A------AAAT-ACA-A-TGAATGAA---TAT----------------TTT--T
gi|30                         :                                                                                                                                        -------GTA-GTT--AGTGAC-TG-CA---G--ATA-C-A--TT-GTT---T--GA-G-TTCA-GAA----------------T-----TT-C-TTTGT-TTTG---TTGAACTGTTT-G--GGT---CATG-C-gcaccatcataattagaatgctactgataaattcattcaagagtatttagtatttaaataattgtgaattaac
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   gA-TTC--TCAGAT-----GTCA-G----TCACA-TCT-GAAAT-AAA-AATAA---AG---TGTATTCA-----------TTT--TTA-----TTC---AGAATGCCTTGACA
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TTT---TATCTTTAG----CA--T---C--T-TT--TTC--T-AAAT-C-TG-AA-TAGT--G----G--G-CC--T-T-GG-AT--TT-GG-AA-----A-----TT--TTC
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ------GGAATA-ATGGT-GAATTC-AATTTC-TTTG-A--TTTC--CT--TT--T-GA----A-G-TT-TCTTT-----T-TC-T-TG
gi|34                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ctgtTTC-AATTTC-TTCT-G--TTTCT-CT--TT--T-AA---TG-T-TC-TCTCTC----T-TT-T-TGG--C----AATAA---T-GTCTt
gi|36                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  -GGC---T----TG-G-CA-CAGTA--TAGGTCA-CA---G-GTGA----TG---A-----G--C-ACC-TG---T-GCCC-GG
gi|37                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            a-C---T-T-TG-AT--TT-GG-AA-----A-----TT--TTCTTTTCA--A--C-AT-CTG
gi|4                          :      cTCTCCCCTGAACT-GT-GC-AT-GTTTTTGATA---GA-GG--G------T-GGGC-T--A-ACATC-AGGGTACT-TGT-GGAATGGT---T--CTGAA-T-TCGGT-C-A--GTTT-G--GATT--T-------GTG-ATT--GTATACAAT-CA---GG-AAA-C-G--TT-GTT---A--GA-C-TTCA-GTA----------------G-----TT-C-TTTGT-TTTG--TTTGAACAGTTT-G--GGT---CATA-C-T----G-G-AAT-T-TTG-ACT----------------C-G--AG----TAG-GG----CCT-GGCA---TG--GTCT-GCA--GACT-------T-T---GC-------CAATT---C-C----CT--G----------ATCT--C-TGAGTGATT-GGA--T-C--G-T-GAT-TCAA-ACTATATCAAA---GAT-G-T-CGTCTA-T-CTTAGGT-GCC-A---T----TTTCT-----TTCTTT---TATCTTTTG----C---T---C--A-TT--A-C--T-AAAT-C-AG-AG-AAGT--G----G--G-C---T-T-GG-AT--TT-GG-AA-----A-----TT--TATTTTTCA--A--C-AT-CTGC-ATC-AC-ACG-ACTTGT---T-T-CTT-----TG------GGAATA-ATATT-GTTTTC-GATTTC-TTCT-G--TTTCT-CT--TT--T-AA----A-T-TC-TCTCT-----T-AT-C-TGG--C----AATGA---T-GTTTT-GCATG-TCCACTAATA----T----C-GTGATGCT--TTTA-------TGATG-GGAAC-C--CTCATGA-CACA-TTA------AT---GCAAGACCG-GG---ATA-CATTCA-C-A----CTG--T-GA-CAGTGGG--C-T-CACA--T-C----TCT-G-GT-G-G--GAATGAG-A--T--G-TAC-A--C-G---AGGG-AACA-CAGCTGGA-----CTGTGCGC--TTT--G-G--AA---G----G-GA-ACAAT-GT---TCA-T---GCA-TTC-----A-G-G--A--C--TTGGAAG-----GCT-C--TT--GACATGTTTGTTGAT-GC-A-ATCTT-C-ACA--C--AGACCG-A--C----TG-G-CAACTGC-T-TAC-A--G-A-ATTGCTGGGGACGG-GGCTATT----TG-A-CA-CAGTT--TAGGTCA-CA---G-G-------TA---G-----G--C-TCC--G---T-GCCT-GGG--TGGTG-AAC-ATTAG-CCA-TTTCCTAA-TTC--CCAGGA-----GTCATG-CT-TCA-A-TCTTGAAAT-AAA-A-TGA---AG---CAT----------------TTT--TGG-----TTA---GGGATTTCCTGACATCA
gi|5                          :       TTTCCCTTCCACT-GC-AT-TT-GTTTT-AATA---GA-AG--GCATTTTT-GATT-T--A--------GG-TACA-TCT-GGAATGGT---T--CTGAA-T-TCAGC-G-A--GTTT-G--GACT--T-------GTG-GTT--ATTAAC-CC-CA---GA-A-A-C-T--TC-ATT---ATAGA-C-TGCA-GAA----------------T-----AT-C-TTTGT-TTT---CCAGAACAGTTT-G--GAC---CATA-A-TTTATGTG-AAT-T-CCG-ACTT-C-------------T-G--AT----TTA-AG----ACT-GGTA---TG--A-CT-TGA--GAGT-------T-----G--------TAATT---T-C----TT--C----------ATCA--T-GGTTTGACT-GGA--T-CA-G-G-GAT-TCAA-G-ATTGTCAAA---GAT-G-C-CGTCTACT-TTAAGGT-GCC-A---T----TGT-T-----TTCTTG---TTTCTATAG----C---TTG-C--T-TT--G-T--T-GAAT-C-AG-AA-TAGT--G----G--GAC---A-T-GG-AT--TT-AG-AA-----A-----TA--CTCTTTTCA--G--C-AT-CTGC-ATC-AT-ATG-CCTTGT---T-T---T-----TG------GAAATC-ATACC----CTC-AATTTC-TTCT-G--TTTCT-CG--TT--T-AA---TG-G-CC-TCTCT-----CCTT-T-TGG--C----AATGG---T-GTCTA-CCATG-TC---TAAGA----T------ATGA--CC--TTTG-------TGACT-GGGAC-C--C--ATAA-CGCATTTC------AT---GCA-GACCG-GG---ACA----TTG-C-A----CTG--TTGA-CAGTGGT-CC-T-CACA--T-C----GCT-G-GT-G-G--GAATGAG-A--C--G-TAC-A--TTG---AGGG-AACACCAGCTGGA-----TCGTGCGC--TTT--GTG--AA---T----G-GA-ACAAT-G----TCA-T---GC--TTC-----ATT-G--A--T--TTG--AG-----GTT-T--TC--AACATGCTTGCTGAT-GC-A-GGCTA-C-ACA--C--AGACCG-A--C--T-TG-G-CAGCTG--T-TAC-A--G-A-ATTGCT--GGAC-A-GGC---T----TG-T-CA-CAGTT--CAGGTCA-CA---G-G-------TG---AT----GATC-TCC-TG---C-GCCC-AGG--TGAC--AGC-AGTAG-CCA-TTCC
gi|6                          :      cTCTCCCTTGGACT-GT-GT-TA-GTTTTCCA-A---GA-TG--G------T--ATT-TTGA-ACATC--GA-CATC-AGTTGGCATGTT---C--TTGTA-T-TCC-T-CGA--GTTTTA--GATT--G-------GTA-GTT--CATTAC-TT-TC---AG-ACA-C-T--TT-TCT---G--GA-A-TTCG-TGA----------------G-----TT-C-TTTGT-TTTG--TTTGAACTGTTT-C--AAT---CATGTC-T----T-G-GGTAT-TCG-ATTT-T-------------T-TT-AT----TTC-AC----ACC-GGTA---AG--A-AT-CTA--GAGC-------A-G---G--------CAATTGATT-C----TT--C----------TTTT--CATGGACCTTT---A--T-CA-A-AAGAA-CCCA-G-TTTATTGAA---AAT-G-T--GTCTACT-CTT-TGT-GCC-A---TAAAATCTCTA----TGCTTT---TTCCTTT----------T---T--T-TT--T-C--C-AGTT-C-ATCAA-AAGT----------------T-T-GGTAA--TT-GGCAATACATA-----TT--TTCTTCTC------------TGA-TTT-TC-TTG-AATTTT---C-T-TCT-----TGTATTCAGGAATGCATA-T-GGACTC-A------TTCT-GACTTTCT-TT--CT--C-AAA--TA-T-----CTTT-----T-TT-C-TTGTCC----GAGAA---T-ATC-G-ACAAGATCTA--AATA----TATTTT-GTGG--TC--CT-A-------TTCTG-GGGAC-C--TG-AGAA-TGCATTTC------AG---ACAC-ACCT-GG---A-A-CA-TCC-C-A----TTT--T-TG-CAGTGGG-CC-T-CGCA--T-C----GTT-G-AT-T-GTTTAGTGGA-A--T--T-CAC-ATTC-G----GGA-AACGCCAGCCGTATCTTTCTGT---C--TTT--G-----A---A----T-GA-ACGAT-G----TCA-T---GTGGTTG-----C-G-T--A--C--TTG--AG-----CTT-A--TC--AACATGTTTACTAAC-A--A-GTCCA-C-ACATTC--AAACTG-A--CAAG-TG-ACCAGTTGTAT-TAC-A--GAA-ATTG-TGGGTA-----GC---T----TGAT-TG-CAA-----AGGTCA-CA---G-T-------TG---AT----A--A-TTC-TG---A-G-CT-GGG--AGGTA-AGC--GTGG-CCA-Taaatgctgtttatgtcattctgttgaaaaaaccccataaaaatcaaatatatt
gi|7                          :                                                                                            TGCT---C--CTGTA-T-TTC-T-C-GAGGTTT-C--GATT--T-------GTA-GCT--GCTGAT-GC-CA------ACA-C-G--TT-GTT---T--GA-C-TTAA-GAA----------------T-----TT-C-TTTGT-TTTG--T--GAACTGTCT-G--TGT---CATG-G-C----G-G-AAT-T-C-G-ATTTTC-------------T-A--------TTGTGG----ATT-GGTG----G--A-AT-TTA--GAGCAGCCAGAT-G---G--------T--TC---T-C----TT--------------TTT--T-TA---GACT-TGA--G-CA-A-A-AAC-CCGA-C-TTTATTGAA---AAT-G-G-TATCTACC-TCTTGGT-GCC-AGTAT----TTCCTATGCTTTTCTT---TATCTTTGT----C---C---A--T-TT--C-C--TCAAAC-T-TG-GT-AACT--GCGATG--G-----T-T-AG-CT--T------------A-----TT--TTCTGTT----------T-CTTC-AT-----------TTTT---C-T-TTT-----TGTACTGTGGGATA-ATAAT-GGATTC-AATTTC-CCGC-G--TTTCA-TT--TT--C-AA---TC-T-CC-TTTTT-----C-TTCT-TGT--T----GTAAA---T-GTCAG-ACATA-TCT--TCATA----T----TTGTGT--CC--ATTA-------TG-----GGAA-C--CA-AGGA-TGCATTTC------AG---GCAA-ACTG-GG---ACA----TCA-C-AT---CTC--T-TG-CAATGGG-CC-T-CGCA--T-C----TTT-C-GT-T-G--CTGTG-G-A--T--T-T-C-A--C-AGTCAGGA-AATATGAGCTTTA-----TTTTCCTC--TTT--GTG--AA---A----G-GA-ACGAT-GT----CG-T---GT--GT-------------------TTG--AG-----ACT------------TGTTTGCTGAC-GC-A-ATCCG-C-ACA--C--AAACTG-A--C--T-TA-A-CAGCTG--T-TAC-A--G-A-ATTGCTGGG--TGG-GG----T----TA-T-CA-CAA-----AGATCA-CA---G-G-------TG---ATG---A--CGTCT-TG---C-GCCC-AGG--AGATG-GGC--GTGG-CCA-TTATCCG--TCCTGTCAAAA-----GT
gi|8                          :                                                                                                   ccccttgggttatttttgtttgtcttcagttttggcatttggaccaggcTT--GTTGAC-AT-CA---G--ACA-C-G--TT-GTT---A--GA-C-TTAA-GGA----------------T-----TT-C-TTTGT-TTTG--CT-GCACAGTTT-G--GGT---CATA-C-T----G-G-AAT-T-TTG-A-TT-C-------------T-GA-AG----TTG-AG----ATG-GAAA---TG--A-CT-TCA--AAAT-------T-G---G--------TAATT---T-C----TT--G----------ATCT--C-TGAGTGATTGGGA--T-CA-GTG-GAT-TCAA-G-TGTGT-AAA---GAT-GTT-TGTCTACT-TCTAAGT-GCC-A---A----TTTCC-----TTTCTT---TATCTTTAG----C---TTC-T--T-TT--T-C--T-AAAT-C-AG-AG-AAGT--G----G--GCC---T-T-GG-AT--TT-GG-AA-----A-----TT--TTCTTTTCA--A--C-AT-CTG--ATT-ACAATG-ACTTGT---T-C-A-------TG------GGAAT--ATGCT-GCTTTC-TATTTC-TTCT-G--TTTCTGCT--TT--T-AA---TGTT-TC-TCTC------T-TT-T-TGG--CG---GATGA---TAGTCTT-GCCCC-TATAC-AACA----T----C-ATGA------TTTA-------TG-T---GGAA-C--CT-GTGA-CACATTTTA-----AT---GC-AGA-CG-GG---ACA-TA-------A----CTGT-T-GA-CAGTGGG-CT-C-AACA--T-C----T-T-G-GT-GTG--GAATGAG-A--T--G-TAC----C-G---AGGG-GA-AACAG-TGGA-----CTGTGCGC--TTTTAATG--AA---GTTTAA-GA-GTCAT-GT---TCA-T-----------------G-G--A--C--TT---AG-----GCT-G--TT--GGAATGCTTGTTGAT-GC---GTCTG-C-ACA--C--AGACAA-A--C--T-TG-G-CAGCTG--T-TACAA--G-A-ATTGCTGGAAGC-G-GGC---T----TG-T-CA-CAGTT--TTGGTCA-CA---G-GTGA----TG---A-----G--C-TCC-TG---T-GCCC-AGGGTTGGT--GGC-AGTAG--CA-TTCCTTGA-TTC--TC-GAA-----GTAG------TCC-A-TC-TGAAATCAAG-A-TAA---AG---TAT----------------ATT--CAGTCTTATTA---AGAATGCCTTAACATCAgtaaactgtaaagaa
gi|9                          :       TTTTCCTTGGACT-GC-GC-TG-GCTTTCAA-T---GA-CG--G------A-ATAT-C--C-ACATC-----TGTC-TCT-AAAACGATATCT--CTGTA-T-TCCTC-C-A--GACT-A--GATT--T-------GTA-GTT--GTTTAT-CT-CC---G--ACA-T-T--TT-CAT---G--GA-C-TTCA-AGA----------------T-----TT-T-CTTAT-TTTC--TTCGAG----TT-G--GGTTTCCAGA-CGT----G-A-AAT-C-ACG-TCT--C-------------T-G--AG----C-G-AG----ACTTGGCG---GG--T-TG-TTA--GGGTA------T-CCATG--------TGATT---TTC----TT----------------T--CGTG---GACT-GTA--A-CA-T-A-GAA-CCCA-T-CGTATCAAA---AA--G-TACATTCACT-TCTTGGT-GCC-A---T----GAT-T-----TTCTTT---TCTCCTCAA----T---TTCGC--T-CT--C-C--A-AAA----AG-CC-AAATCTA----G--T-T---T-T-TG-CT--TT-AG-AG-----A-----TT--TTCCTCCT------C-AT-TT-C-ATC--C-TCG-AGTTGTACGT-A-CTT-----CG------GAATCA-AAACA-GTTTT--AATCTC-ATC--A--TTTTC-CT--TTCGT-AA---T-------TCCTT-----T-TT-C-CGG--CTGTCGACGA---C-TTTTG-AAACT-TCAACTG-CA----T----C-GTGA--CC--TTTA-------TG----GGGAC-C--A--AGGA-CACATTTC------AT---GCAC-ACTG-GG---ACG----TCA-C-A----TTG--TCGG-CAATGAG-CT-T-CGCA--T-C----TTT-G-GT-C-A--GGATGAC-G--TAAG-CAC-T--C-G---GTGT-AA-ACGAGCTGTAT----CTTTCTGC--TC---GTG--AA---G----C-AG-ACGAT-GT----CA-T---GT--ACC-----A-GCG--T--C--TTG--TG-----GGC-G--TC--CACGTGCTTGCTGAC-GC-A-GTCCG-T-GCA--C--AGACTG-A--C--T-TG-G-CAGTTG--T-TGC-A--G-A-ACTGCTGGG--TGG-GG----T----TA-T-CA-CAA-----AGGTCA-CACGCG-A-------TG---A-----C--C-TCC-TG---T-GCCC-AGG--AGATG-GGT--GTGG-CCA-Ttacctaagacccatat
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): TGCGCCTGTACACATTCTTAAAAGAGAGAGAATAATATTTTCAGATTGGTAACTCAATGTCTGCTTTTCAGTAGGAGTCCATCAGCTTAATCTGTAACT
Unaligned ( gi|35 ): ATTTCTTCGGTTTCCTTTTCAAGTTTCTTTATCTTGTCGTTGAAAATTTC






Alignments
lowQualScore                  :                                   11           111111111111111111111                                                                                               111111                                  1111111111111111111111              1111                                                     1111111111111   11           11111                           33333333333333333333333             1111  2222222222222                                                                                     111111111111111111                       222222222222222                             2222222222222222                                                            111111        222222222222222222222222                                                     1111            11111                               1111111111111        1111111111111111111                             11             111111       111             1111              2222                                                                                                                  1111111111          1111              2222222222                                                                                                                    3333333                        11111               3333333      11111111                           11                                          44444444444444444         1          111   66666666666666666666666666666666666                 
lowQualScore                  :                    5  5  2 44     99 77777  5  444444444444444444444     2  99    5   7  2   1 666666   1 4 2  55 2 6 33    2 33    7777777777   2   44      4444  999999   2 5555  2   888888  2 2  2 2   4444444444444444444444  2 2     2   6666      1    2 33   666    2 666666 2   2 5 2   2    2 5555555555555 2 00  6666   3 00000   3  2 888  44 55 3   44  99999999999999999999999 44    555 6 3333  0000000000000    44 5  0 0    2   33 2  2 666   2    2 5 1       555   2 2 88       2   22  2   2 222222222222222222  77777    444       0 333333333333333 2   66 33 2    2 2  2  55   0000000000000000 2 2  2   33 2  2  66666 88888  33        999999 2  2    2  555555  2     444444444444444444444444      2   1 5 2         2 2    5 33     2  33  33 2  2222 2 5   444  33333 2  2 2   33 8888     444 77   1111111111111    2   8888888888888888888   33  33  0   99999    2 33 00 2  555      000000  444  888  2 2  444 0 9999   2 2 7777   2222  2       5  2 2    33 2 5555   2 2  666 33       2 33  5 2 33 2   66   33  2          99999    3   33   33 0 33  2222222222  2     2 3333   2 444 999  9999999999 33 55555   33  66666   777777777  2      1   33  2 2   0 2 2   33 33      2 33 66 2  555      66 5   5 33 5 2      0000000 2   444 5555  444  2   33333      2  444 2 2222222  444 88888888 2   2  666 2    22  33    77   66    2   2 1   1  3 88888 0   77777   55555555555555555     4   0 5   888  000   55555555555555555555555555555555555                 
lowQualScore                  :                    .  .  . ..     .. .....  .  .....................     .  ..    .   .  .   . ......   . . .  .. . . ..    . ..    ..........   .   ..      ....  ......   . ....  .   ......  . .  . .   ......................  . .     .   ....      .    . ..   ...    . ...... .   . . .   .    . ............. . ..  ....   . .....   .  . ...  .. .. .   ..  ....................... ..    ... . ....  .............    .. .  . .    .   .. .  . ...   .    . . .       ...   . . ..       .   ..  .   . ..................  .....    ...       . ............... .   .. .. .    . .  .  ..   ................ . .  .   .. .  .  ..... .....  ..        ...... .  .    .  ......  .     ........................      .   . . .         . .    . ..     .  ..  .. .  .... . .   ...  ..... .  . .   .. ....     ... ..   .............    .   ...................   ..  ..  .   .....    . .. .. .  ...      ......  ...  ...  . .  ... . ....   . . ....   ....  .       .  . .    .. . ....   . .  ... ..       . ..  . . .. .   ..   ..  .          .....    .   ..   .. . ..  ..........  .     . ....   . ... ...  .......... .. .....   ..  .....   .........  .      .   ..  . .   . . .   .. ..      . .. .. .  ...      .. .   . .. . .      ....... .   ... ....  ...  .   .....      .  ... . .......  ... ........ .   .  ... .    ..  ..    ..   ..    .   . .   .  . ..... .   .....   .................     .   . .   ...  ...   ...................................                 
lowQualScore                  :                    0  0  5 44     88 22222  0  222222222222222222222     5  99    0   1  7   0 222222   0 4 2  88 2 7 11    2 11    1111111111   1   88      0000  999999   0 0000  0   111111  0 0  4 0   1111111111111111111111  1 1     1   9999      0    4 22   555    7 333333 9   9 7 9   9    9 7777777777777 9 44  5555   1 00000   1  6 555  22 22 1   22  99999999999999999999999 22    444 2 8888  5555555555555    22 7  9 7    9   99 9  9 777   9    9 7 9       000   9 9 66       9   55  9   9 111111111111111111  11111    777       2 222222222222222 7   33 77 7    7 7  7  66   5555555555555555 7 7  7   44 5  5  22222 88888  44        666666 7  7    9  888888  9     333333333333333333333333      7   5 3 1         5 5    0 44     5  44  44 5  3333 5 4   444  88888 5  5 5   77 3333     777 99   6666666666666    7   7777777777777777777   77  44  1   99999    7 77 11 5  555      333333  777  444  0 5  444 4 8888   5 5 8888   5555  5       0  5 5    44 5 3333   5 5  222 77       7 77  3 7 77 7   00   66  7          33333    3   77   77 8 77  7777777777  7     7 6666   7 777 444  5555555555 77 55555   77  77777   111111111  3      4   33  7 7   7 7 7   77 44      7 77 33 7  666      33 3   3 99 7 9      5555555 7   444 3333  000  5   88888      5  111 4 4444444  111 66666666 2   2  111 2    66  22    88   44    4   5 0   4  1 55555 4   77777   00000000000000000     4   0 0   888  000   55555555555555555555555555555555555                 
consensus                     :       TCTCCCTTGGACT-GT-GT-TN-GTTTTCGAGN---GA-GG--G------T-GANT-T--A-ACATC-AGG-TACT-TGT-GGAATGNT---T--CTGNA-T-TCNGT-C-A--GTTT-G--GATT--T-------GTA-GTT--GTTGAC-AT-CA---GG-ACA-C-G--TT-GTT---G--GA-C-TTCA-GGA----------------T-----TT-C-TTTGT-TTTG--TTTGAACAGTTT-G--GGT---CATA-C-T----G-GAA-T-T-TTG-ACTT-C-------------T-G--AG----TTG-GG----ACT-GGCA---TG--A-CT-TCA--GAGT-------TC---G--------T--AATT---T-C----TT--G----------ATCT--C-TGAGTGATT-GGA--T-CA-G-G-GAT-TCAA-G-TGTGTCAAA---GAT-G-T-CGTCTACT-TCTAGGT-GCC-A---T----TTTCT-----TT-----CTTT---TATCTTTAG----C---T---C--T-TTT--C--T-AAAT-C-AG-AG-AAGT--G----G--G-C---T-T-GG-ATT--T-GG-AA-----A-----TT--TTCTTTTCA--A--C-AT-CTGC-ATC-AC-ATG-ACTTGT---T-T-CTT-----TG------GGAATA-ATACT-GCTTTCAATTT-C-TTCT-G--TTTCT-CT--TT--T-AA-TG-T-TCTCT---CT-----T-TT-T-TGG--C----GATGA---T-GTCT----------G-NCATG-TCCACT----AACAT----C-GTGA--CC--TTTATGATG-GGGAC-C--CT-ATGA-CGCATTTC------AT---GCAAGACCG-GG---ACA-CA-TCA-C-A----CTG--T-GA-CAGTGGG-CC-T-CACA--T-C----TCT-G-GT-G-G--GAATGAG-A--TG-T-A--C-ACTG-AGGG-AACACCAGCTGGA-----CTGTGCGC--TTT--GTG--AA---G----G-GA-ACGAT-GT---TCA-T---GC--TTC-----A-G-G--A--C--TTG--AG-----GCT-G--TC--GACGTGTTTGCTGAC-GC-A-GTCCG-C-ACA--C--AGACCG-A--C--T-TG-G-CAGCTG--T-TAC-A--G-A-ATTGCTGGGGACGG-GGC---T----TG-T-CA-CAGTT--TAGGTCA-CA---G-G-------TG---A-----G--C-TCC-TG---T-GCCC-GGG--TGGTG-GGC-AGTAG-CCA-TNCCTCGA-TTC--TCAGAA-----GTCGTG-CT-TCA-A-TCTTGAAAT-AAA-A-TAA---AG---TAT----------------TTT--TNG-----TTA---AGAATGCCTTGACATCA
Reference ( family-1671 )     :       TCTCCCTTGGACT-GT-GT-TN-GTTTTCGAGN---GA-GG--G------T-GANT-T--A-ACATC-AGG-TACT-TGT-GGAATGNT---T--CTGNA-T-TCNGT-C-A--GTTT-G--GATT--T-------GTA-GTT--GTTGAC-AT-CA---GG-ACA-C-G--TT-GTT---G--GA-C-TTCA-GGA----------------T-----TT-C-TTTGT-TTTG--TTTGAACAGTTT-G--GGT---CATA-C-T----G-GAA-T-T-TTG-ACTT-C-------------T-G--AG----TTG-GG----ACT-GGCA---TG--A-CT-TCA--GAGT-------TC---G--------T--AATT---T-C----TT--G----------ATCT--C-TGAGTGATT-GGA--T-CA-G-G-GAT-TCAA-G-TGTGTCAAA---GAT-G-T-CGTCTACT-TCTAGGT-GCC-A---T----TTTCT-----TT-----CTTT---TATCTTTAG----C---T---C--T-TTT--C--T-AAAT-C-AG-AG-AAGT--G----G--G-C---T-T-GG-ATT--T-GG-AA-----A-----TT--TTCTTTTCA--A--C-AT-CTGC-ATC-AC-ATG-ACTTGT---T-T-CTT-----TG------GGAATA-ATACT-GCTTTCAATTT-C-TTCT-G--TTTCT-CT--TT--T-AA-TG-T-TCTCT---CT-----T-TT-T-TGG--C----GATGA---T-GTCT----------G-NCATG-TCCACT----AACAT----C-GTGA--CC--TTTATGATG-GGGAC-C--CT-ATGA-CGCATTTC------AT---GCAAGACCG-GG---ACA-CA-TCA-C-A----CTG--T-GA-CAGTGGG-CC-T-CACA--T-C----TCT-G-GT-G-G--GAATGAG-A--TG-T-A--C-ACTG-AGGG-AACACCAGCTGGA-----CTGTGCGC--TTT--GTG--AA---G----G-GA-ACGAT-GT---TCA-T---GC--TTC-----A-G-G--A--C--TTG--AG-----GCT-G--TC--GACGTGTTTGCTGAC-GC-A-GTCCG-C-ACA--C--AGACCG-A--C--T-TG-G-CAGCTG--T-TAC-A--G-A-ATTGCTGGGGACGG-GGC---T----TG-T-CA-CAGTT--TAGGTCA-CA---G-G-------TG---A-----G--C-TCC-TG---T-GCCC-GGG--TGGTG-GGC-AGTAG-CCA-TNCCTCGA-TTC--TCAGAA-----GTCGTG-CT-TCA-A-TCTTGAAAT-AAA-A-TAA---AG---TAT----------------TTT--TNG-----TTA---AGAATGCCTTGACATCA
gi|1                          :          CCCTTGCACT-GTTGTCTT-GTTTT-GAGG---G--GG--G------T-GACT----A-ACATC-AGG-GTCTCTGT-AG--TGGT------CT-CA-T-TCCGT-C-A--GTTT-G--GATCCGT-------GTACACT--ATTGAC-AT-CA---GGGACA-C-T--TTTGTTCATG--GA-C-TTAATGGA----------------T-----TT-CATTTAT-TTTG--CCTGAACAGTTC-G--GGTG--CATA-C-T----G-GAA-T-TATTG-ACTT-C-------------TTG--AG----TTG-GG----ACT-GGCAA--TG--A-CT-TCAATGAAT-------T----G--------T--AATT---TTC----TT--G----------ATCT--C-TGAGTGATT-GGA--T-TATG-A-GAT-TCAA-A-T-TGTCAAAAGAGAT-A-T-TGTCTACT-TCTATGTTGCC-A---T----TT-CT-----TT-----CTTTAATTAT-TTTCG----T---T---C--TCTTT--C--T-AAATTC-AG-AGTAAAT--G----G--G-CAACT-TAGG-ATT--TTGG-AA-----AGATAGTT--TCGTTTTCATAA--CTATACTGCTATC-ACCATG-ACTTGT---T-T-CTT-----TG------GAAATA-ATACTTGCTTTCAATTT-CCTTCTTA--TTTCT-CTCTTT--T-AA-TG-TATTTCT---TTATTTAT-TT-T-TGA--T----GATGC---T--TCT----------G-CCATG-TCCCCA----GACAA----C-ATGA--CC--TT---GATG-TGGAG-C--CT-GTAAGCACATT-A------AT---GCA-GACCGTGG---AGA-TA-TCA-C-A----CTGG-T-GA-CAGTGGG-CCGT-CACA--C-A----TCC-GAGT-G-G--GAATGAG-A--CGGT-A--CGACTG-AGG--AACACCAGATGGA-----CTGTGCG---TTT--GTG--GAACAG----G-GAGACGAT-GT---CTA-T---GC--TTCGATGCA-C-G--A--T--TTC--AGAAATAG-T-G--TG--TACGTGTTTGTTTAT-GC-AGGTCTG-G-ACA--C--AGACCT-AAGCG-T-TGTG-CAGCTG--TATACTA--GTA-ATT-CT--GGAC-G-GGC---TCTTATG-T-CA-CAGTTTATAGTTTA-CA---G-GGTTGTAATG---A-----G--C-ACT-TGTAAT-GCTC-GAG--TGGTACGGCTAGTAG-CCACTTCTTTGT-TTC---CA-AA-----GATGTT-CG-TCACACCCTTCA----AAG-A-GAA---AG---CAT----------------TCT--T-------TTC---AGA
gi|10                         :    ctttgTCCCTTGGACT-GT-G-----GTTTTTGAGA---GA-GG---------T-GACT-A--A-ACATC-AG--TACTATGG-TGAATGGC---T--CTAGA-T-TCAGT-C-A--GTC--G--GATT--T-------GTA-ATT--ATTGAC-AT-CA---GG-AAAAC-T--TT-GTT---G--GA-C-TT----AA----------------T-----TTGC-TTTGT-TTT---TTTCAACAGTTT-G--GGT---CATA-CCT----G-GAA-T-T-TTGGACAT-C-------------T-G--AG----TTG-G-----ACT-GGCA---TGGGA-CT-TCA--AA---------TT---G--------T--AATT---T-CC---TT--G----------ATCT--C-TGAGTGTTT-GAA--T-CA-G-G--AT-TCAAAG-TGAACAAAA---AATCG-T--GTCTACTGTCTTGGT-GCCCA---TA---TTTTT-----TT-----CTCT---TATCTTTAG----CAA-T---C--T-CCT--C--T-ACAT-C-A--AG-TAGT--G----GACG-C---T-T-G--ATT--T----AA-----A-----TT--TTCTTT-CA--G--C-AT-C-GC-ATA-AA-ATGGACTTGC---T-T-TTT-----TT------GGAATA-ATACTGGCTTTCAA-TT-C-TTCT-G--TTTCT-TC--TT--T-AA--G-T-TTTCT---CT-----C-TT-C-T-G--C----AATAA---TCATCA----------GCGCATG-TCCACA----AGCA-----A-AAGA--CC--T---TGATG-TGG------CT-GTAA-TACATTTA------AT---GCCAGAC---GG---ACATCA-AAA-C-A----CTT--T-GATCAGTGGG-CC-T--ACA--TCC----TCT---GT-G-G--AATTGAG-A--TGTT-A--C-ACT--AGGG-AACACCACTTGGA-----CC---TGC--TTT--GTG--AA----------GA-ACGAT-G----TCATT---GC--TTC-----ATG-G--G--C--TTG--AG-----GCG-G--TT--GACATTCTTGTT-AT--C-A-GTCTGCC-ACA--C--AGACCG-A--C--TATG-GTCAACTG--TGTAC-A--G-AGATTGTT-----CGGCGGC---T----TG-TCCA-CAGTT--TAGATCACCA---GAG-------TG---ATGGATG--C-T-C-TG---TAGCCT-GGG--TGGT--GGC-AGTAG-CCctagcagcatttcaattttatttatgatagaggtgttttatctgaac
gi|11                         :         TCCCTTGGACT-A--GT-TT-GTTTTTGAGC---GA-GG--G----------AT-T--A----TC-GGA-T----TGT-G-AATGCT---TGTCTGTAAT-TCTAC-C---------G--GATA----------GTA-ATT--GTTGCA-AA-CA---GA-AT----G--TT-GTT---G--GA-C-TTCA-GGGAGAGGGTGACCTGTTGT-----TT-G-TTTGTGTTTT--CTTGAACAGCTT-G--G-T---TATA-C-T----G-GAAAT-T-TTT-ACGT-C-------------T-A--AG----TTG-G-----ACT-AG-A---TG--G-GTATCA--GAAT-------T----G--------TTTAAT------C----TT--G----------ATTTAGC-AGAAT--TC-GCA--T-CA-A-G-AGA-TCAA-G-TGTG-AAAA---GA-------G---ACT-TCT--GT--CC-T---T----TGTCA-----TTAGTAACTTA---TATTTTTCG----A---T---C--T-TTTGTC--T-AAAT-C-AG-AG-TAGC--CAC--G--T-C---T-T-GG-ATTATT-GG-AA-----AA----TT--TTATTTTCA--AATT-AT-CTGC-ATT-GC-ATG-ACTTAA---T------------G------AGAATA-ATACT-GGTTTCTGTTTTC-TTCTCG--TCTCT-CT--TT--T-AAATG-T-TTTCTTCTCT-----T-TT-T-TGG--C-----ATAA---T-ATCTCCACACAATGG-CCTTG-ACCATT----AA----------TGA------TTT-TGATGTGGGACGT--CT-AAGA-CGCATGCG------AA---GCAC-ACTG-GGTCCAGG-CA---A-C-A----CTG--TTGA-CAGTGA-----C-CATA--T-C----TCT-G-GT-GTG--AAATGAG-A--TG-T-A--C-ACTG-AGGG-AA---CAGCTGGA-----CTTAGCG---TTT--GTG---A---C----G-TA-ATGTC-GT---TC------GC--TTC-----A-T-G--AAGCAAATA--AA-----CCT-G--CCCTGACATGTGTG-TGATGGC-A-GTCTG-C-ATA--C--A
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    -TGAGTGATT-TAA--T-CA-G-T-GAT-TCAA-G-TGTGTCAAA---GAT-G-T-TGTCTACT-TCTAAAT-GCC-A---T----TT-CT-----TT-----CTTT---TATTTTTAG----C---T---TCTT-TTT--C--T-AAAT-C-AG-AG-AAGT--G----G--G-CC--T-T-GG-ATT--T-GG-AA-----A-----TT--TTCTTTTCA--A--C-AT-CTGC-ATT-AC-ATG-ACTTG--------CTCA----TG------GGAATA-ATACT-GCTTTCAATTT-C-TTCT-G--TTTCT-CT--TT--T-AA-TG-T-TTTCT---CTC----T-TT-T-TGG--C----GATGA---T-GTCT----------G-CCATG-TCCACT----A-CAT----C-ATGA--CC--TTTATGTTG-A-----C--CT-GTGA-GACATTTA------AT---GCA-GACCG-GG---ACT----TCA-C-A----CTG--TTGA-CAGTGGG-CC-T-CACA--T-C----TCT-G-GT-G-G--GAATGAG-A--TG-T-A--C-ACTG-AGGG-AACACCAGCTGGA-----CTGTGCGC--TTT--GTG--AA---G----G-GA-GCGA--GG---TCA-T---GT--TTC-----CTT-G--A--T--ATG--AG-----GCT-A--AC--AGCATGTTTGATGCT-GC-A-GGCTA-C-ACA--C--AGACCG-A--C--T-TG-G-CAGCTG--T-TAC-A--G-A-ATTGCT--GGAC-G-GGC---T----TG-T-CA-CAGTT--TAGATCA-CA---G-GTGA----TG---A-----G--C-TCC-TG---T-GCCC-AGG--TGGT--GGC-AGTAG-CCA-TTCCTTGA-TTC--TCAGAT-----GTTG-G----TCACA-TC-TGAAAT-AAAGA-TAA---AG---TAT----------------ATTCATTG-----TTATTTAGAATGCCTTGACATCAtaattgctggacatgaggcggcggccttgacaaattgttagtcactggtgatgag
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 --T-GG-AG-----A-----TT--TTGTTTTCT--G--C-TT-CTTC-ATT-----TT-TCTTCT---TGTACTT-----TG------G-AATA-ATGGT-GGATTCAATTT-C-TTTG-G--TTTCC-TT--TT--C-AA--G-T-T-TCT---TT-----T-TC-T-TGT--C----GTTGAAATT-TTCT----------G-GCATA-TCT-TT----GACTT----C-GTG-------TCGATTATG-GGGAC-CAACT-ATG----CATTTC------AG---GCAA-ACTG-GA---ACA----TCA-C-A----TTGC-T-GG-CAGTGGG-CC-T-CACA--T-C----TCT-G-GT-T-G--GTGTGAA-A--TT-C-A--C-ACTC-AGGA-AAAGCCACCTTT------CTGT---C--TTT--A----AA---A----T-GA-ACGATTGTCGATCA-----G---TTG-----T-G-G--A-----TTG--AG-----CTT-G--AC--CACGTGTTTACTGAC-AC-A-GTCCA-C-ACA--C--AAACTG-A--G--T-TG-A-CAGTTG--T-TAC-A--G-A-ACTGCTGGGTA----GGC---T----TG-A-CA-CAA-----AGGTCA-CA---G-G-------TG---AT----GACC-TCC-TG---T-GCCT-GGG--AGGTG-GGC-A-TGG-CCA-TACTCCAA-AT-----AGAA-----Gtacctaatacccaat
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          catcaattttggccatcataaTCT----------G-GCATG-GTCAGT----AACTT----T-GTGT--CTCATTTATG----GCCAA-C--CT-ATGC-C-CATTTC------ATTTTGTCAAACTG-GT----CA-CA-TCGGC-A----TTGC-T-GC-CAGTGGAATT-T-TACA--T-CATCTTCT-G-GTTG-G--GTGTGAA-AATTC-C-A--C-ACTCTAGGA-AAAGCCA-CT--------CTTTCTGT--TCT---TG--AA---A----ATGA-ACGAT-GT---TCA-TTGTGG--TT--------G-GTTA--C--TTG--AA-----GCTTG--TC--CACGTGTTTACTGAC-AC-A-GTCCA-CTACA--CCAAAACTG-A--G--T-TG-A-CAATTG--T-TAC-AACG-A-CT--CTGGGTTAGG-TGC---T----TG-A-CAACA------AAGTCA-CA---G-G-------TGATTA-----C--C-TCCTTG---T-GCCT-GGG--AGGTG-GGC-A-TGG-ACA-TATTCCAA-T------AGAA-----GCTGTG------A-A-TTTAGATAT-Actggaattatatgataataattttcatttatcagtcacagaagtgtctgattaatttgttagtgtctcattccttaaaatagct
gi|15                         :      aatTTCCTTGGATT-GTTGT-TA-GTTTTC-AGTTTTGATGGCAG------T-GGATAT--AGACATCTATA-TCAT-TA--GGCATGTT---T--CTGTA-T-TCCTTTC-A--GTTT-G--GATT--T-------GT--GTTAAGTGAGC-GTGCA---GA-TTA-C-A--TT-GTT---T--GAGT-TTCA-GAA----------------T-----TT-C-TTTGT-TTGT--TTTGAACTGTTT-GGAGGT---CATG-C-C----A-GGA-CAT-TTG-ATTT-T-------------T-ttattttcatttatcggtcacaggaagtgtctttgatttattgtgtagtgtgtcatttcctctaaaatagcttatcttggttttctataggactttcctatttttactgtcctgtaaatagacattaaaaaatttgtttttaagaataattaaaatatttagcat
gi|16                         :       TCTCCCTTGGACT-GT-GT-TT-GTTTT-GAGA---GA-GG--G------T-GACT-T--A-ACATC-AGG-TACT-TGT-GGAATGGC---T--CTGAA-T-TCAGC-C-A--GTTT-T--GATT--T-------GTA-ATC--GTTGAT-AT-CA---G--ACA-C-G--TT-GTT---G--GA-C-TTAA-GGA----------------T-----TT-C-TTTGT-TTTC--TTT-AACAGTTT-G--GGT---CATA-C-T----G-GAA-T-T-TTG-ACTT-C-------------T-G--AG----TTG-GG----ACT-GGCA---TG--A-CA-TCA--GAAC--------C---G--------T--AATT---T-C----TT--G----------ATCT--C-TGAGTGATT-GGA--T-CA-G-G-GAT-TCCA-G-TGTGTCAAA---GAT-G-T-TGTCCACT-TCTAAGT-GCC-A--------TTTCT-----TT-----CTTT---TTCCTTTAGC---C---T---CT-T-TTT--C--T-AAAT-C-AG-AG-AAGT--G----G--GCC---T-T-GG-ATT--C-GG-AA-----A-----TT--TTCTTTTCA--A--C-TT-CTGC-ATC-AC-TTG-ACTTAT---T----CT-----TG------GGAATA-ATGTG-GCTTTCAATTT-C-TTCT-G--TTTCT-CT--TT--T-AA-TA-T-TTTCT---CTA----T-TT-T-TGG--T----GATGA---T-ATCT----------G-CCATA-TCCAC-----AACAT----C-ATGA--CC--TTTATGACG-AGGtttattttggctgaactggtgagatttagaggagcagccagggagggtacctcttttactgagacgtatcatcacaaatgtccttagaattattgaaactgaaaaagactggtgagtcaatttctctggctgagggtccagaggtagattttcttgagacatttcttttttctttaccatgactccgcatcatgtgggcccgcatcaaatgatttttgctattgctgagtcctctcttcatttttcgtgattcatgtgtctgagtggaagaatggctttagagattcaatttctctttcgcgtttctttttctcaagtttctatttttt
gi|17                         :       TCTCCCTTGGATT-GT-GT-TG-GTTTT-AAGT---GA-TG--G------TAGTGT-T--A-A-ATC-AGG-TACT-TGT-GGGATGTT---T--CTGAA-T-TCAGT-C-A--GTTT-G--GATA--T-------GTA-ATT--GTGGAC-AT-CA----G-ACA-C-G--TT-GTT---G--GA-T-TTCA-GGA----------------T-----TT-T-TTTGT-TTT---CTTGAACAGTTT-G--GGT---CATA-C-G----G-AAA-T-T-TTG-ACTT-CTTNTTTGTTTTCTT-G--AACAGTTTG-GGTCATACT-GAAATTTTG--A-CT-TCT--GAGT-------TG---GGACTGGTAT--GATT---T-CAGAGTT--GTAATTTGGAAATCT--T-TAAGGGACT-GGG--T-CA-G-G-GTA-TCAA-G-ATTGTCAAA---GAT-G-T-CGTCTACT-CCCACGT-GCC-A---T----TGT-T-----TT-----CTTT---TATCTTTA-----CTTTT---C--T-TCT--T--T-AAAT-C-AA-AG-
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       CCAGCTGGA-----CTGTGCGT--TTT--GTA--AA---G----G-GA-ATGAT-G----TCA-T---GT--TTT-----ATG-G--A--C--TTG--AG-----GCT-G--TT--GACATGTTTGCTGAT-GC-A-GGCTA-C-ACA--C--AGACCG-A--C--T-TG-G-CAGCTG--T-TAC-A--G-A-ATTGCT--GGAC-A-GGC---T----TG-T-CA-CAGTT--TAGATCA-CA---G-GTGA----TG---A-----G--C-TCC-TG---T-GCCC-AGG--TAGT--AGC-TGTAG-CCA-TATCT
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         GC---T----TG-A-CA-CAA-----AGGTCA-CA---G-G-------TG---A-----T--G-ACC-TG---T-GCCT-GGT--TGGTT-GGC--GTCG-CCA-TACTCCAA-T------AGAA-----Gaaatggtggccatatctgtaaaacaaaaacaatcaatggatatttttattgcatcaaagttaaacttacagcatgaccaaaacatctaataataattgtataatgatgaataac
gi|2                          :         TCCCTTGGACTAGT-GT-TTTGTTT--GAGG---GA-GG--G------T-GACC-T--ATACATC-AGG-TACT-TGT-GGAATGGC---T--CTGAA-T-TCGGT-C-A--GTTT-TTTGAAT--T-------GTA-ATT--GTTGAT-AT-CA---G--ACA-CCG--CT-GTT---G--GA-T-TTCA-GGA----------------T-----TT-C-TTTGT-TTTC--TTT-AACAGTTTGG--GGT---CATA-C-T----G-GAA-T-T-TTA-ACTT-C-------------T-G--AG----TT--GG----AC--GACA---TG--A--T-TCA--AAA--------CC---A--------T--AATT---T-C----TTTGA----------ATCT--C-TGAGTGATT-GGATTT-CA-A-GTGAT-TCAA-A-TGTGTCAAA---GAT-G-T-TGTCTACT-TCTAGGT-GCC-----T----TTTCT-----TT-----CTTT---TATCTTTAGCATTC---T---T--T-TTT--C--T-AAAT-TGGG-AGTAAGT--G----G--GCC---T-T-GG-ATT--T-GG-AA-----A-----TTTGTCCTTTTCA--C--C-AT-TTGC-ATCAAC-AGG-ACTTG----T-T-CTC-----AA------GGAATA-ATTCT-GCTCTCTATTT-C-TTCT-G--TTTCC-TT--TT--TAAA-TGTT-TCTCT---CT-----T-GT-T-GGG--T----AATGA---T-TTCT----------G-CCATG-TCC-CT----A--AT----C-TATA--CC--TTTA-GA-G-AGGAC-C--CA-GAGA-GACATTTC------AT---GC-AGACCG-GG-----G-CA-TCA-CTA----CTGT-T-GA-CAGTGGC-CT-T-CACA--T-C----TCT-G-GT-G-G--GAATGAGAA--TG-T-G--C-ACTG-AGGGAAACACTAGCTGGA-----CTGTGC-CTATTT--GTGAAAA---G----G-GA-ACGAT-AT---CAA-T---GC--CT------A-T-G--G--C--TTG--AG-----GCT-GGTTT--GACA-G-TTGTTGAT-GCAA-ATCTG-G-A-A--C---GACAG-G--C--C-TG-------TG--T-TAC-ctgaaattagatttattaaattttaattttcaatttatgtggatttattatcggccgctgtgaggagtgcctggttcatttgttagtgtgtcattcctcataatggctagcttggttttctgttggacttgctagtttaccggccgttaacaatttataaaatcgattttaagatattcaaaatttcagaa
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              --AGACCGGA--C--T-TG-G-CAGCTG--T-TAC-A--G---ATTGCT-GAGACGG-CCT---T----TG-T-CA-C-GTT--TAGGT-A-CA---G-GTGA----TG---A-----G--C-ACC-TG---T-GCCT------TGGT--GGC-AGTAGCCCA-TTCTTTGATTTC--CCAGAAACTTGGTC--A-CT-TTA-A-TC-TGAAAT-AAAGA-TAA---AGTTTTATCAAGCCCCTATACAAATTT--TAG-----------GGAGTGCCTTGACATCAtttatttttctgaacatcagggctagcattatctagaccggacttggcagctgttacagattgctgagacggcctttgtcacgtttaggtacaggtgatgagcacctgtgccttggtggcagtagcccattctttgatttcccagaaacttggtcactttaatctgaaataaagataaagttttatcaagcccctatacaaattttagggagtgccttgacatcaaccaaggacccat
gi|20                         :                                                                                                                                                                                  tcccttggactagtgttttgtttgagggagggtgacctatacatcaggtacttgtggaatggctctgaattcggtcagttttttgaattgtaattgttgatatcagacaccgctgttggatttcaggatttctttgttttctttaacagtttggggtcatactggaattttaacttctgagttggacgacatgattcaaaaccataatttctttgaatctctgagtgattggatttcaagtgattcaaatgtgtcaaagatgttgtctacttctaggtgccttttctttcttttatctttagcattcttttttctaaattgggagtaagtgggccttggatttggaaatttgtccttttcaccatttgcatcaacaggacttgttctcaaggaataattctgctctctatttcttctgtttcctttttaaatgtttctctcttgttgggtaatgatttctgccatgtccctaatctatacctttagagaggacccagagagacatttcatgcagaccggggcatcactactgttgacagtggccttcacatctctggtgggaatgagaatgtgcactgagggaaacactagctggactgtgcctatttgtgaaaagggaacgatatcaatgcctatggcttgaggctggtttgacagttgttgatgcaaatctggaacgacaggcctgtgttactttatttttctgaacatcagggctagcattatct-GG---AAA-CA-TCA-C-A----TTGCAT-GG-CAGTGGGGCC-T-CACA--T-C----TCTGG-GT-T-T--GAGTGAA-A---G-C-A--C-ACTC-AGG---ACACCAaccaaggacccat
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        tttcctggcatactcttcatcaagttcttttcttgtcattgttgaaatttcagttatctgaggctagtgcttctctcccggtgaatcatatcgtcccagtttatcctccatcatatggggacaacgctcaggtgtcatttctttaaagcaatC--TATAT-ATG-GAGAC-C--A--ATTA-TGCACTCCTGAAAAAT---GCAAAAT-G-GA---ACA-AAATCA-C-ATGCACTG-------CAGTGGG-CC-TCCACAAGT-C----TCT-G-GT-c
gi|22                         : tgtgcaTCTCCCTTTGACT-GT-GT-TA-GTTTTC-AGT---GA-TG--G------C-AGTT-T--G-ACATC-AA--TATC-AGTAGGCATGTT---C--TTGAA-T-TCCTC-T-A--GTTT-G--GATT--T-------GTA-GTT--AGTGAT-TG-CA---G--ACA-T-A--TT-GTT---T--GA-C-CTTA-GAA----------------T-----AT-C-TTTGT-TTTG---TTGAACTGTCT-G--GGT---CATtgagcatttggtagaaaattattacatatcaagaaaagcaagttggtatcttctgtctttgaaagacgcaaacgatgtcatgttgttaagggtaactttgagc
gi|23                         :       TCTCCCTTGGATT-GT-GT-TA-GTTTTC-AGT---GA-TG--G------C-AGTT-T--G-ACATC-A-A-TATC-AGTAGGCATGTT---T--CTGTA-T-TCC-T-CGA--GTTT-G--GATT--G-------GTA-GTT--AGTGAC-TG-CA----G-ACA-C-A--TT-GTT---T--GA-T-TTGA-TAA----------------T-----TT-C-TTTAT-TTTG---TCGAACTGTTT-G--GGT---CATgtct
gi|24                         :       TTTCTCTGGGACT-GT-GT-TG-GTT-------------GT--A------T-GCAT-C--GCATATC-AG--TACT-TA--GGCATGTT---C--CTGTA-T-TCCCC-G-A--TTTT-G--GATT--TATTGTTGGTA-ACT--GCTGGC-A--CA----G-ACA-T-G--TT-GTT---T--GA-C-TTTA-AAA----------------TAGAAGTT-T-TTTGC-TTTG---TCGAACgtc
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ---G-A-------TG---A-----G--C-ACC-TG---T-GCCT-TGG--TGGTG-G-C-AATAG-CCA-TGCTTTGA-TTT--TCAGAA-----GTTG
gi|26                         :      tTCTCCCTTGGACT-GT-GT-TT-GTTTT-GAGG---GA-GG--G------T-GATG-T--T-ACATC-AGG-TACT-TGT-GGAATGGC---T--CTGAA-T-TCAGT-C-A--GTTT-T--GATT--C-------GTA-GTT--GGTGAC-AT-CA----G-ACA-C-G--TT-GTT---G--GA-C-TTAA-GGgtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacctatacaaaatctagggggtgccttaacatcactgaagacccat
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     --C-TCC-TGA--T-GCCCTGGG--TGG---GAC-AGAA----A-TTGATTGA-TTC--TC--AA-----ATCTTC-CT-TAC-A-T-TTAAAAA-AAA-A-AAA---A
gi|29                         :                                                                                     GT-GGAATGGC---T--CTGTA-T-TCTGT-C-A--GTTT-G--GATT--T-------ATA-ATT--TTTGAC-AT-CA----G-ACA-C-G--TT-GTT---G--GA-G-TTTA-GGA----------------T-----TT-T-TTTGT-TTT---CTTGAACAGTTaaaaaaactatacacaattgttatttag
gi|3                          :       TCTCCCTTGGATTTGT-GT-TG-ATTT--AAGT---GATGGCAG------T-G-TT-T--G-AGATA-AGGATACT-TGT-GGGATGTT---TA-CTGAAATATCAGT-CCA--GTCT-G--GATT--T-------GTA-ATTT-ATTGAC-AT-TACAAGG-ACA-C-AAATT-GTTA--G--GA-CATTCA-GGA----------------A-----TT-C-GT-GT-TTTACATTTAGACAGTTT-T--TTT---CATG-C-T----G-GAA-T-A-CTG-ACTT-C-------------T-GGAAG----TTG-G-----ACT-AGTA---TG--A-TT-TCA--GAGC-------AT---G--------T--GATA---T-TGG--TT--G----------ATCT--C-TAAG-GACT-GGG--TTCA-G-G-GTTATCAA-GATGC-TCAAA---GAT-G-T-CGTCTACT-TCTAGGT-GCC-A---T----TG-CT-----TT-----CTCT---TATCCTTAC----T---T---T--T-CTT--CAGT-AAAT-C-AG-AG-TAGT--A----A--G-C---TGT-GC-ATT--T-GG-AA-----A-----TC--TTCTTTTCA--G--C-AT-CTGA-GTC----------TTGT---T-T-TTTATACTTA------GAAGTA-AAGTC-ACTTTCAATTT-C-CTCT-G--TCTCT-CT--TT--T-GA-TT-C-TTTCT---TT-----C-TT-TGTGG--A----AATGA---T-GTTT----------G-CCATC-TCCTCT----A-TAT----C-ATGG--CC--TTTATGACG-AGAAC-T--CG-A-GA-TGCATTTC------AT---GCA-GACCG-GG---ACA----TCA-C-A----CTG--TTGA-CAGTGGC-CC-T-CACA--T-C----TCT-G-GT-G-G--GAATGAG-A--TG-T-A--C-ACTG-AGGG-AACACCAGCTGGA-----CTGTGCGT--TTT--CTG--AA---G----G-GA-ACAAT-G----TCA-T---GT--TTC-----ATG-G--A--C--TTG--AG-----GCT-G--TT--GACATGCTTGTTGAT-GC-A-GTCTG-C-ACA--C--AGACCA-A--T--T-TG-G-CAGCTG--T-TAC-A--G-A-ATTGCT--GGAC-A-GGC---T----TG-T-CA-CAGTT--TAGGTCA-CA---G-GTGA----TG---A-----G--C-TCC-TG---T-GCCC-AGT--TGGC--AGC-AAAAG-CCA-TATCTAAA-TGT--T----G-----GTCATATCTGTTA-A------AAAT-ACA-A-TGAATGAA---TAT----------------TTT--T
gi|30                         :                                                                                                                                        -------GTA-GTT--AGTGAC-TG-CA---G--ATA-C-A--TT-GTT---T--GA-G-TTCA-GAA----------------T-----TT-C-TTTGT-TTTG---TTGAACTGTTT-G--GGT---CATG-C-gcaccatcataattagaatgctactgataaattcattcaagagtatttagtatttaaataattgtgaattaac
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        gA-TTC--TCAGAT-----GTCA-G----TCACA-TCT-GAAAT-AAA-AATAA---AG---TGTATTCA-----------TTT--TTA-----TTC---AGAATGCCTTGACA
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TTT---TATCTTTAG----CA--T---C--T-TTTT-C--T-AAAT-C-TG-AA-TAGT--G----G--G-CC--T-T-GG-ATT--T-GG-AA-----A-----TT--TTC
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ------GGAATA-ATGGT-GAATTCAATTT-C-TTTG-A--TTTC--CT--TT--T-GA-AG-T-T-TCT---TT-----T-TC-T-TG
gi|34                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ctgtTTCAATTT-C-TTCT-G--TTTCT-CT--TT--T-AA-TG-T-TCTCT---CTC----T-TT-T-TGG--C----AATAA---T-GTCT----------t
gi|36                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       -GGC---T----TG-G-CA-CAGTA--TAGGTCA-CA---G-GTGA----TG---A-----G--C-ACC-TG---T-GCCC-GG
gi|37                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 a-C---T-T-TG-ATT--T-GG-AA-----A-----TT--TTCTTTTCA--A--C-AT-CTG
gi|4                          :      cTCTCCCCTGAACT-GT-GC-AT-GTTTTTGATA---GA-GG--G------T-GGGC-T--A-ACATC-AGGGTACT-TGT-GGAATGGT---T--CTGAA-T-TCGGT-C-A--GTTT-G--GATT--T-------GTG-ATT--GTATACAAT-CA---GG-AAA-C-G--TT-GTT---A--GA-C-TTCA-GTA----------------G-----TT-C-TTTGT-TTTG--TTTGAACAGTTT-G--GGT---CATA-C-T----G-GAA-T-T-TTG-ACT----------------C-G--AG----TAG-GG----CCT-GGCA---TG--GTCT-GCA--GACT-------TT---GC-------C--AATT---C-C----CT--G----------ATCT--C-TGAGTGATT-GGA--T-C--G-T-GAT-TCAA-ACTATATCAAA---GAT-G-T-CGTCTA-T-CTTAGGT-GCC-A---T----TTTCT-----TT-----CTTT---TATCTTTTG----C---T---C--A-TTA--C--T-AAAT-C-AG-AG-AAGT--G----G--G-C---T-T-GG-ATT--T-GG-AA-----A-----TT--TATTTTTCA--A--C-AT-CTGC-ATC-AC-ACG-ACTTGT---T-T-CTT-----TG------GGAATA-ATATT-GTTTTCGATTT-C-TTCT-G--TTTCT-CT--TT--T-AA--A-T-TCTCT---CT-----T-AT-C-TGG--C----AATGA---T-GTTT----------T-GCATG-TCCACT----AATAT----C-GTGATGCT--TTTATGATG-GGAAC-C--CTCATGA-CACA-TTA------AT---GCAAGACCG-GG---ATA-CATTCA-C-A----CTG--T-GA-CAGTGGG--C-T-CACA--T-C----TCT-G-GT-G-G--GAATGAG-A--TG-T-A--C-AC-G-AGGG-AACA-CAGCTGGA-----CTGTGCGC--TTT--G-G--AA---G----G-GA-ACAAT-GT---TCA-T---GCA-TTC-----A-G-G--A--C--TTGGAAG-----GCT-C--TT--GACATGTTTGTTGAT-GC-A-ATCTT-C-ACA--C--AGACCG-A--C----TG-G-CAACTGC-T-TAC-A--G-A-ATTGCTGGGGACGG-GGCTATT----TG-A-CA-CAGTT--TAGGTCA-CA---G-G-------TA---G-----G--C-TCC--G---T-GCCT-GGG--TGGTG-AAC-ATTAG-CCA-TTTCCTAA-TTC--CCAGGA-----GTCATG-CT-TCA-A-TCTTGAAAT-AAA-A-TGA---AG---CAT----------------TTT--TGG-----TTA---GGGATTTCCTGACATCA
gi|5                          :       TTTCCCTTCCACT-GC-AT-TT-GTTTT-AATA---GA-AG--GCATTTTT-GATT-T--A--------GG-TACA-TCT-GGAATGGT---T--CTGAA-T-TCAGC-G-A--GTTT-G--GACT--T-------GTG-GTT--ATTAAC-CC-CA---GA-A-A-C-T--TC-ATT---ATAGA-C-TGCA-GAA----------------T-----AT-C-TTTGT-TTT---CCAGAACAGTTT-G--GAC---CATA-A-TTTATGTGAA-T-T-CCG-ACTT-C-------------T-G--AT----TTA-AG----ACT-GGTA---TG--A-CT-TGA--GAGT-------T----G--------T--AATT---T-C----TT--C----------ATCA--T-GGTTTGACT-GGA--T-CA-G-G-GAT-TCAA-G-ATTGTCAAA---GAT-G-C-CGTCTACT-TTAAGGT-GCC-A---T----TGT-T-----TT-----CTTG---TTTCTATAG----C---TTG-C--T-TTG--T--T-GAAT-C-AG-AA-TAGT--G----G--GAC---A-T-GG-ATT--T-AG-AA-----A-----TA--CTCTTTTCA--G--C-AT-CTGC-ATC-AT-ATG-CCTTGT---T-T---T-----TG------GAAATC-ATACC----CTCAATTT-C-TTCT-G--TTTCT-CG--TT--T-AA-TG-G-CCTCT---CT-----CCTT-T-TGG--C----AATGG---T-GTCT----------A-CCATG-TC---T----AAGAT------ATGA--CC--TTTGTGACT-GGGAC-C--C--ATAA-CGCATTTC------AT---GCA-GACCG-GG---ACA----TTG-C-A----CTG--TTGA-CAGTGGT-CC-T-CACA--T-C----GCT-G-GT-G-G--GAATGAG-A--CG-T-A--C-ATTG-AGGG-AACACCAGCTGGA-----TCGTGCGC--TTT--GTG--AA---T----G-GA-ACAAT-G----TCA-T---GC--TTC-----ATT-G--A--T--TTG--AG-----GTT-T--TC--AACATGCTTGCTGAT-GC-A-GGCTA-C-ACA--C--AGACCG-A--C--T-TG-G-CAGCTG--T-TAC-A--G-A-ATTGCT--GGAC-A-GGC---T----TG-T-CA-CAGTT--CAGGTCA-CA---G-G-------TG---AT----GATC-TCC-TG---C-GCCC-AGG--TGAC--AGC-AGTAG-CCA-TTCC
gi|6                          :      cTCTCCCTTGGACT-GT-GT-TA-GTTTTCCA-A---GA-TG--G------T--ATT-TTGA-ACATC--GA-CATC-AGTTGGCATGTT---C--TTGTA-T-TCC-T-CGA--GTTTTA--GATT--G-------GTA-GTT--CATTAC-TT-TC---AG-ACA-C-T--TT-TCT---G--GA-A-TTCG-TGA----------------G-----TT-C-TTTGT-TTTG--TTTGAACTGTTT-C--AAT---CATGTC-T----T-GGG-TAT-TCG-ATTT-T-------------T-TT-AT----TTC-AC----ACC-GGTA---AG--A-AT-CTA--GAGC-------AG---G--------C--AATTGATT-C----TT--C----------TTTT--CATGGACCTTT---A--T-CA-A-AAGAA-CCCA-G-TTTATTGAA---AAT-G-T--GTCTACT--CTTTGT-GCC-A---TAAAATCTCTA----TG-----CTTT---TTCCTTT----------T---T--T-TTT--C--C-AGTT-C-ATCAA-AAGT----------------T-T-GGTAAT--T-GGCAATACATA-----TT--TTCTTCTC------------TGA-TTT-TC-TTG-AATTTT---C-T-TCT-----TGTATTCAGGAATGCATA-T-GGACTCA-------TTCT-GACTTTCT-TT--CT--C-AA-A----TATCT---TT-----T-TT-C-TTGTCC----GAGAA---T-ATC-----------G-ACAAGATCTA------AATATATTTT-GTGG--TC--CT-ATTCTG-GGGAC-C--TG-AGAA-TGCATTTC------AG---ACAC-ACCT-GG---A-A-CA-TCC-C-A----TTT--T-TG-CAGTGGG-CC-T-CGCA--T-C----GTT-G-AT-T-GTTTAGTGGA-A--TT-C-A--C-ATTC-GGGA-AACGCCAGCCGTATCTTTCTGT---C--TTT--G-----A---A----T-GA-ACGAT-G----TCA-T---GTGGTTG-----C-G-T--A--C--TTG--AG-----CTT-A--TC--AACATGTTTACTAAC-A--A-GTCCA-C-ACATTC--AAACTG-A--CAAG-TG-ACCAGTTGTAT-TAC-A--GAA-ATTG-TGGGTA-----GC---T----TGAT-TG-CAA-----AGGTCA-CA---G-T-------TG---AT----A--A-TTC-TG---A-G-CT-GGG--AGGTA-AGC--GTGG-CCA-Taaatgctgtttatgtcattctgttgaaaaaaccccataaaaatcaaatatatt
gi|7                          :                                                                                            TGCT---C--CTGTA-T-TTC-T-C-GAGGTTT-C--GATT--T-------GTA-GCT--GCTGAT-GC-CA------ACA-C-G--TT-GTT---T--GA-C-TTAA-GAA----------------T-----TT-C-TTTGT-TTTG--T--GAACTGTCT-G--TGT---CATG-G-C----G-GAA-T-T-C-G-ATTTTC-------------T-A--------TTGTGG----ATT-GGTG----G--A-AT-TTA--GAGCAGCCAGATG---G--------T----TC---T-C----TT--------------TTT--T-TA---GACT-TGA--G-CA-A-A-AAC-CCGA-C-TTTATTGAA---AAT-G-G-TATCTACC-TCTTGGT-GCC-AGTAT----TTCCTATGCTTT-----TCTT---TATCTTTGT----C---C---A--T-TTC--C--TCAAAC-T-TG-GT-AACT--GCGATG--G-----T-T-AG-CTT--------------A-----TT--TTCTGTT----------T-CTTC-AT-----------TTTT---C-T-TTT-----TGTACTGTGGGATA-ATAAT-GGATTCAATTT-C-CCGC-G--TTTCA-TT--TT--C-AA-TC-T-CCTTT---TT-----C-TTCT-TGT--T----GTAAA---T-GTCA----------G-ACATA-TCT--T----CATAT----TTGTGT--CC--ATTATG-----GGAA-C--CA-AGGA-TGCATTTC------AG---GCAA-ACTG-GG---ACA----TCA-C-AT---CTC--T-TG-CAATGGG-CC-T-CGCA--T-C----TTT-C-GT-T-G--CTGTG-G-A--TT-TCA--C-AGTC-AGGA-AATATGAGCTTTA-----TTTTCCTC--TTT--GTG--AA---A----G-GA-ACGAT-GT----CG-T---GT--GT-------------------TTG--AG-----ACT------------TGTTTGCTGAC-GC-A-ATCCG-C-ACA--C--AAACTG-A--C--T-TA-A-CAGCTG--T-TAC-A--G-A-ATTGCTGGG--TGG-GG----T----TA-T-CA-CAA-----AGATCA-CA---G-G-------TG---ATG---A--CGTCT-TG---C-GCCC-AGG--AGATG-GGC--GTGG-CCA-TTATCCG--TCCTGTCAAAA-----GT
gi|8                          :                                                                                                   ccccttgggttatttttgtttgtcttcagttttggcatttggaccaggcTT--GTTGAC-AT-CA---G--ACA-C-G--TT-GTT---A--GA-C-TTAA-GGA----------------T-----TT-C-TTTGT-TTTG--CT-GCACAGTTT-G--GGT---CATA-C-T----G-GAA-T-T-TTG-A-TT-C-------------T-GA-AG----TTG-AG----ATG-GAAA---TG--A-CT-TCA--AAAT-------TG---G--------T--AATT---T-C----TT--G----------ATCT--C-TGAGTGATTGGGA--T-CA-GTG-GAT-TCAA-G-TGTGT-AAA---GAT-GTT-TGTCTACT-TCTAAGT-GCC-A---A----TTTCC-----TT-----TCTT---TATCTTTAG----C---TTC-T--T-TTT--C--T-AAAT-C-AG-AG-AAGT--G----G--GCC---T-T-GG-ATT--T-GG-AA-----A-----TT--TTCTTTTCA--A--C-AT-CTG--ATT-ACAATG-ACTTGT---T-C-A-------TG------GGAAT--ATGCT-GCTTTCTATTT-C-TTCT-G--TTTCTGCT--TT--T-AA-TGTT-TCTCT---C------T-TT-T-TGG--CG---GATGA---TAGTCT---------------TG-CCC-CTATACAACAT----C-ATGA------TTTATG-T---GGAA-C--CT-GTGA-CACATTTTA-----AT---GC-AGA-CG-GG---ACA-TA-------A----CTGT-T-GA-CAGTGGG-CT-C-AACA--T-C----T-T-G-GT-GTG--GAATGAG-A--TG-T------ACCG-AGGG-GA-AACAG-TGGA-----CTGTGCGC--TTTTAATG--AA---GTTTAA-GA-GTCAT-GT---TCA-T-----------------G-G--A--C--TT---AG-----GCT-G--TT--GGAATGCTTGTTGAT-GC---GTCTG-C-ACA--C--AGACAA-A--C--T-TG-G-CAGCTG--T-TACAA--G-A-ATTGCTGGAAGC-G-GGC---T----TG-T-CA-CAGTT--TTGGTCA-CA---G-GTGA----TG---A-----G--C-TCC-TG---T-GCCC-AGGGTTGGT--GGC-AGTAG--CA-TTCCTTGA-TTC--TC-GAA-----GTAG------TCC-A-TC-TGAAATCAAG-A-TAA---AG---TAT----------------ATT--CAGTCTTATTA---AGAATGCCTTAACATCAgtaaactgtaaagaa
gi|9                          :       TTTTCCTTGGACT-GC-GC-TG-GCTTTCAA-T---GA-CG--G------A-ATAT-C--C-ACATC-----TGTC-TCT-AAAACGATATCT--CTGTA-T-TCCTC-C-A--GACT-A--GATT--T-------GTA-GTT--GTTTAT-CT-CC---G--ACA-T-T--TT-CAT---G--GA-C-TTCA-AGA----------------T-----TT-T-CTTAT-TTTC--TTCGAG----TT-G--GGTTTCCAGA-CGT----G-AAA-T-C-ACG-TCT--C-------------T-G--AG----C-G-AG----ACTTGGCG---GG--T-TG-TTA--GGGTA------TCCATG--------T--GATT---TTC----TT----------------T--CGTG---GACT-GTA--A-CA-T-A-GAA-CCCA-T-CGTATCAAA---AA--G-TACATTCACT-TCTTGGT-GCC-A---T----GAT-T-----TT-----CTTT---TCTCCTCAA----T---TTCGC--T-CTC--C--A-AAA----AG-CC-AAATCTA----G--T-T---T-T-TG-CTT--T-AG-AG-----A-----TT--TTCCTCCT------C-AT-TT-C-ATC--C-TCG-AGTTGTACGT-A-CTT-----CG------GAATCA-AAACA-GTTTT-AATCT-C-ATC--A--TTTTC-CT--TTCGT-AA-T------TCC---TT-----T-TT-C-CGG--CTGTCGACGA---C-TTTT----------G-AAACT-TCAACT----G-CAT----C-GTGA--CC--TTTATG----GGGAC-C--A--AGGA-CACATTTC------AT---GCAC-ACTG-GG---ACG----TCA-C-A----TTG--TCGG-CAATGAG-CT-T-CGCA--T-C----TTT-G-GT-C-A--GGATGA-----CG-T-AAGC-ACTC-GGTG-TAAACGAGCTGTAT----CTTTCTGC--TC---GTG--AA---G----C-AG-ACGAT-GT----CA-T---GT--ACC-----A-GCG--T--C--TTG--TG-----GGC-G--TC--CACGTGCTTGCTGAC-GC-A-GTCCG-T-GCA--C--AGACTG-A--C--T-TG-G-CAGTTG--T-TGC-A--G-A-ACTGCTGGG--TGG-GG----T----TA-T-CA-CAA-----AGGTCA-CACGCG-A-------TG---A-----C--C-TCC-TG---T-GCCC-AGG--AGATG-GGT--GTGG-CCA-Ttacctaagacccatat
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): TGCGCCTGTACACATTCTTAAAAGAGAGAGAATAATATTTTCAGATTGGTAACTCAATGTCTGCTTTTCAGTAGGAGTCCATCAGCTTAATCTGTAACT
Unaligned ( gi|35 ): ATTTCTTCGGTTTCCTTTTCAAGTTTCTTTATCTTGTCGTTGAAAATTTC






Alignments
lowQualScore                  :                                   11           111111111111111111111                                                                                               111111                                  1111111111111111111111              1111                                                     1111111111111   11           11111                           33333333333333333333333             1111  2222222222222                                                                                     111111111111111111                       222222222222222                             2222222222222222                                                            111111        222222222222222222222222                                                     1111            11111                               1111111111111        1111111111111111111                             11             111111       111             1111              2222                                                                                                                  1111111111          1111              2222222222                                                                                                                    3333333                        11111               3333333      11111111                           11                                          44444444444444444         1          111   66666666666666666666666666666666666                 
lowQualScore                  :                    5  5  2 44     99 77777  5  444444444444444444444     2  99    5   7  2   1 666666   1 4 2  55 2 6 33    2 33    7777777777   2   44      4444  999999   2 5555  2   888888  2 2  2 2   4444444444444444444444  2 2     2   6666      1    2 33   666    2 666666 2   2 5 2   2    2 5555555555555 2 00  6666   3 00000   3  2 888  44 55 3   44  99999999999999999999999 44    555 6 3333  0000000000000    44 5  0 0    2   33 2  2 666   2    2 5 1       555   2 2 88       2   22  2   2 222222222222222222  77777    444       0 333333333333333 2   66 33 2    2 2  2  55   0000000000000000 2 2  2   33 2  2  66666 88888  33        999999 2  2    2  555555  2     444444444444444444444444      2   1 5 2         2 2    5 33     2  33  33 2  2222 2 5   444  33333 2  2 2   33 8888     444 77   1111111111111    2   8888888888888888888   33  33  0   99999    2 33 00 2  555      000000  444  888  2 2  444 0 9999   2 2 7777   2222  2       5  2 2    33 2 5555   2 2  666 33       2 33  5 2 33 2   66   33  2          99999    3   33   33 0 33  2222222222  2     2 3333   2 444 999  9999999999 33 55555   33  66666   777777777  2      1   33  2 2   0 2 2   33 33      2 33 66 2  555      66 5   5 33 5 2      0000000 2   444 5555  444  2   33333      2  444 2 2222222  444 88888888 2   2  666 2    22  33    77   66    2   2 1   1  3 88888 0   77777   55555555555555555     4   0 5   888  000   55555555555555555555555555555555555                 
lowQualScore                  :                    .  .  . ..     .. .....  .  .....................     .  ..    .   .  .   . ......   . . .  .. . . ..    . ..    ..........   .   ..      ....  ......   . ....  .   ......  . .  . .   ......................  . .     .   ....      .    . ..   ...    . ...... .   . . .   .    . ............. . ..  ....   . .....   .  . ...  .. .. .   ..  ....................... ..    ... . ....  .............    .. .  . .    .   .. .  . ...   .    . . .       ...   . . ..       .   ..  .   . ..................  .....    ...       . ............... .   .. .. .    . .  .  ..   ................ . .  .   .. .  .  ..... .....  ..        ...... .  .    .  ......  .     ........................      .   . . .         . .    . ..     .  ..  .. .  .... . .   ...  ..... .  . .   .. ....     ... ..   .............    .   ...................   ..  ..  .   .....    . .. .. .  ...      ......  ...  ...  . .  ... . ....   . . ....   ....  .       .  . .    .. . ....   . .  ... ..       . ..  . . .. .   ..   ..  .          .....    .   ..   .. . ..  ..........  .     . ....   . ... ...  .......... .. .....   ..  .....   .........  .      .   ..  . .   . . .   .. ..      . .. .. .  ...      .. .   . .. . .      ....... .   ... ....  ...  .   .....      .  ... . .......  ... ........ .   .  ... .    ..  ..    ..   ..    .   . .   .  . ..... .   .....   .................     .   . .   ...  ...   ...................................                 
lowQualScore                  :                    0  0  5 44     88 22222  0  222222222222222222222     5  99    0   1  7   0 222222   0 4 2  88 2 7 11    2 11    1111111111   1   88      0000  999999   0 0000  0   111111  0 0  4 0   1111111111111111111111  1 1     1   9999      0    4 22   555    7 333333 9   9 7 9   9    9 7777777777777 9 44  5555   1 00000   1  6 555  22 22 1   22  99999999999999999999999 22    444 2 8888  5555555555555    22 7  9 7    9   99 9  9 777   9    9 7 9       000   9 9 66       9   55  9   9 111111111111111111  11111    777       2 222222222222222 7   33 77 7    7 7  7  66   5555555555555555 7 7  7   44 5  5  22222 88888  44        666666 7  7    9  888888  9     333333333333333333333333      7   5 3 1         5 5    0 44     5  44  44 5  3333 5 4   444  88888 5  5 5   77 3333     777 99   6666666666666    7   7777777777777777777   77  44  1   99999    7 77 11 5  555      333333  777  444  0 5  444 4 8888   5 5 8888   5555  5       0  5 5    44 5 3333   5 5  222 77       7 77  3 7 77 7   00   66  7          33333    3   77   77 8 77  7777777777  7     7 6666   7 777 444  5555555555 77 55555   77  77777   111111111  3      4   33  7 7   7 7 7   77 44      7 77 33 7  666      33 3   3 99 7 9      5555555 7   444 3333  000  5   88888      5  111 4 4444444  111 66666666 2   2  111 2    66  22    88   44    4   5 0   4  1 55555 4   77777   00000000000000000     4   0 0   888  000   55555555555555555555555555555555555                 
consensus                     :       TCTCCCTTGGACT-GT-GT-TN-GTTTTCGAGN---GA-GG--G------T-GANT-T--A-ACATC-AGG-TACT-TGT-GGAATGNT---T--CTGNA-T-TCNGT-C-A--GTTT-G--GATT--T-------GTA-GTT--GTTGAC-AT-CA---GG-ACA-C-G--TT-GTT---G--GA-C-TTCA-GGA----------------T-----TT-C-TTTGT-TTTG--TTTGAACAGTTT-G--GGT---CATA-C-T----G-GAA-T-T-TTG-ACTT-C-------------T-G--AG----TTG-GG----ACT-GGCA---TG--A-CT-TCA--GAGT-------TC---G--------T--AATT---T-C----TT--G----------ATCT--C-TGAGTGATT-GGA--T-CA-G-G-GAT-TCAA-G-TGTGTCAAA---GAT-G-T-CGTCTACT-TCTAGGT-GCC-A---T----TTTCT-----TT-----CTTT---TATCTTTAG----C---T---C--T-TTT--C--T-AAAT-C-AG-AG-AAGT--G----G--G-C---T-T-GG-ATT--T-GG-AA-----A-----TT--TTCTTTTCA--A--C-AT-CTGC-ATC-AC-ATG-ACTTGT---T-T-CTT-----TG------GGAATA-ATACT-GCTTTCAATTT-C-TTCT-G--TTTCT-CT--TT--T-AA-TG-T-TCTCT---CT-----T-TT-T-TGG--C----GATGA---T-GTCT----------G-NCATG-TCCACT----AACAT----C-GTGA--CC--TTTATGATG-GGGAC-C--CT-ATGA-CGCATTTC------AT---GCAAGACCG-GG---ACA-CA-TCA-C-A----CTG--T-GA-CAGTGGG-CC-T-CACA--T-C----TCT-G-GT-G-G--GAATGAG-A--TG-T-A--C-ACTG-AGGG-AACACCAGCTGGA-----CTGTGCGC--TTT--GTG--AA---G----G-GA-ACGAT-GT---TCA-T---GC--TTC-----A-G-G--A--C--TTG--AG-----GCT-G--TC--GACGTGTTTGCTGAC-GC-A-GTCCG-C-ACA--C--AGACCG-A--C--T-TG-G-CAGCTG--T-TAC-A--G-A-ATTGCTGGGGACGG-GGC---T----TG-T-CA-CAGTT--TAGGTCA-CA---G-G-------TG---A-----G--C-TCC-TG---T-GCCC-GGG--TGGTG-GGC-AGTAG-CCA-TNCCTCGA-TTC--TCAGAA-----GTCGTG-CT-TCA-A-TCTTGAAAT-AAA-A-TAA---AG---TAT----------------TTT--TNG-----TTA---AGAATGCCTTGACATCA
Reference ( family-1671 )     :       TCTCCCTTGGACT-GT-GT-TN-GTTTTCGAGN---GA-GG--G------T-GANT-T--A-ACATC-AGG-TACT-TGT-GGAATGNT---T--CTGNA-T-TCNGT-C-A--GTTT-G--GATT--T-------GTA-GTT--GTTGAC-AT-CA---GG-ACA-C-G--TT-GTT---G--GA-C-TTCA-GGA----------------T-----TT-C-TTTGT-TTTG--TTTGAACAGTTT-G--GGT---CATA-C-T----G-GAA-T-T-TTG-ACTT-C-------------T-G--AG----TTG-GG----ACT-GGCA---TG--A-CT-TCA--GAGT-------TC---G--------T--AATT---T-C----TT--G----------ATCT--C-TGAGTGATT-GGA--T-CA-G-G-GAT-TCAA-G-TGTGTCAAA---GAT-G-T-CGTCTACT-TCTAGGT-GCC-A---T----TTTCT-----TT-----CTTT---TATCTTTAG----C---T---C--T-TTT--C--T-AAAT-C-AG-AG-AAGT--G----G--G-C---T-T-GG-ATT--T-GG-AA-----A-----TT--TTCTTTTCA--A--C-AT-CTGC-ATC-AC-ATG-ACTTGT---T-T-CTT-----TG------GGAATA-ATACT-GCTTTCAATTT-C-TTCT-G--TTTCT-CT--TT--T-AA-TG-T-TCTCT---CT-----T-TT-T-TGG--C----GATGA---T-GTCT----------G-NCATG-TCCACT----AACAT----C-GTGA--CC--TTTATGATG-GGGAC-C--CT-ATGA-CGCATTTC------AT---GCAAGACCG-GG---ACA-CA-TCA-C-A----CTG--T-GA-CAGTGGG-CC-T-CACA--T-C----TCT-G-GT-G-G--GAATGAG-A--TG-T-A--C-ACTG-AGGG-AACACCAGCTGGA-----CTGTGCGC--TTT--GTG--AA---G----G-GA-ACGAT-GT---TCA-T---GC--TTC-----A-G-G--A--C--TTG--AG-----GCT-G--TC--GACGTGTTTGCTGAC-GC-A-GTCCG-C-ACA--C--AGACCG-A--C--T-TG-G-CAGCTG--T-TAC-A--G-A-ATTGCTGGGGACGG-GGC---T----TG-T-CA-CAGTT--TAGGTCA-CA---G-G-------TG---A-----G--C-TCC-TG---T-GCCC-GGG--TGGTG-GGC-AGTAG-CCA-TNCCTCGA-TTC--TCAGAA-----GTCGTG-CT-TCA-A-TCTTGAAAT-AAA-A-TAA---AG---TAT----------------TTT--TNG-----TTA---AGAATGCCTTGACATCA
gi|1                          :          CCCTTGCACT-GTTGTCTT-GTTTT-GAGG---G--GG--G------T-GACT----A-ACATC-AGG-GTCTCTGT-AG--TGGT------CT-CA-T-TCCGT-C-A--GTTT-G--GATCCGT-------GTACACT--ATTGAC-AT-CA---GGGACA-C-T--TTTGTTCATG--GA-C-TTAATGGA----------------T-----TT-CATTTAT-TTTG--CCTGAACAGTTC-G--GGTG--CATA-C-T----G-GAA-T-TATTG-ACTT-C-------------TTG--AG----TTG-GG----ACT-GGCAA--TG--A-CT-TCAATGAAT-------T----G--------T--AATT---TTC----TT--G----------ATCT--C-TGAGTGATT-GGA--T-TATG-A-GAT-TCAA-A-T-TGTCAAAAGAGAT-A-T-TGTCTACT-TCTATGTTGCC-A---T----TT-CT-----TT-----CTTTAATTAT-TTTCG----T---T---C--TCTTT--C--T-AAATTC-AG-AGTAAAT--G----G--G-CAACT-TAGG-ATT--TTGG-AA-----AGATAGTT--TCGTTTTCATAA--CTATACTGCTATC-ACCATG-ACTTGT---T-T-CTT-----TG------GAAATA-ATACTTGCTTTCAATTT-CCTTCTTA--TTTCT-CTCTTT--T-AA-TG-TATTTCT---TTATTTAT-TT-T-TGA--T----GATGC---T--TCT----------G-CCATG-TCCCCA----GACAA----C-ATGA--CC--TT---GATG-TGGAG-C--CT-GTAAGCACATT-A------AT---GCA-GACCGTGG---AGA-TA-TCA-C-A----CTGG-T-GA-CAGTGGG-CCGT-CACA--C-A----TCC-GAGT-G-G--GAATGAG-A--CGGT-A--CGACTG-AGG--AACACCAGATGGA-----CTGTGCG---TTT--GTG--GAACAG----G-GAGACGAT-GT---CTA-T---GC--TTCGATGCA-C-G--A--T--TTC--AGAAATAG-T-G--TG--TACGTGTTTGTTTAT-GC-AGGTCTG-G-ACA--C--AGACCT-AAGCG-T-TGTG-CAGCTG--TATACTA--GTA-ATT-CT--GGAC-G-GGC---TCTTATG-T-CA-CAGTTTATAGTTTA-CA---G-GGTTGTAATG---A-----G--C-ACT-TGTAAT-GCTC-GAG--TGGTACGGCTAGTAG-CCACTTCTTTGT-TTC---CA-AA-----GATGTT-CG-TCACACCCTTCA----AAG-A-GAA---AG---CAT----------------TCT--T-------TTC---AGA
gi|10                         :    ctttgTCCCTTGGACT-GT-G-----GTTTTTGAGA---GA-GG---------T-GACT-A--A-ACATC-AG--TACTATGG-TGAATGGC---T--CTAGA-T-TCAGT-C-A--GTC--G--GATT--T-------GTA-ATT--ATTGAC-AT-CA---GG-AAAAC-T--TT-GTT---G--GA-C-TT----AA----------------T-----TTGC-TTTGT-TTT---TTTCAACAGTTT-G--GGT---CATA-CCT----G-GAA-T-T-TTGGACAT-C-------------T-G--AG----TTG-G-----ACT-GGCA---TGGGA-CT-TCA--AA---------TT---G--------T--AATT---T-CC---TT--G----------ATCT--C-TGAGTGTTT-GAA--T-CA-G-G--AT-TCAAAG-TGAACAAAA---AATCG-T--GTCTACTGTCTTGGT-GCCCA---TA---TTTTT-----TT-----CTCT---TATCTTTAG----CAA-T---C--T-CCT--C--T-ACAT-C-A--AG-TAGT--G----GACG-C---T-T-G--ATT--T----AA-----A-----TT--TTCTTT-CA--G--C-AT-C-GC-ATA-AA-ATGGACTTGC---T-T-TTT-----TT------GGAATA-ATACTGGCTTTCAA-TT-C-TTCT-G--TTTCT-TC--TT--T-AA--G-T-TTTCT---CT-----C-TT-C-T-G--C----AATAA---TCATCA----------GCGCATG-TCCACA----AGCA-----A-AAGA--CC--T---TGATG-TGG------CT-GTAA-TACATTTA------AT---GCCAGAC---GG---ACATCA-AAA-C-A----CTT--T-GATCAGTGGG-CC-T--ACA--TCC----TCT---GT-G-G--AATTGAG-A--TGTT-A--C-ACT--AGGG-AACACCACTTGGA-----CC---TGC--TTT--GTG--AA----------GA-ACGAT-G----TCATT---GC--TTC-----ATG-G--G--C--TTG--AG-----GCG-G--TT--GACATTCTTGTT-AT--C-A-GTCTGCC-ACA--C--AGACCG-A--C--TATG-GTCAACTG--TGTAC-A--G-AGATTGTT-----CGGCGGC---T----TG-TCCA-CAGTT--TAGATCACCA---GAG-------TG---ATGGATG--C-T-C-TG---TAGCCT-GGG--TGGT--GGC-AGTAG-CCctagcagcatttcaattttatttatgatagaggtgttttatctgaac
gi|11                         :         TCCCTTGGACT-A--GT-TT-GTTTTTGAGC---GA-GG--G----------AT-T--A----TC-GGA-T----TGT-G-AATGCT---TGTCTGTAAT-TCTAC-C---------G--GATA----------GTA-ATT--GTTGCA-AA-CA---GA-AT----G--TT-GTT---G--GA-C-TTCA-GGGAGAGGGTGACCTGTTGT-----TT-G-TTTGTGTTTT--CTTGAACAGCTT-G--G-T---TATA-C-T----G-GAAAT-T-TTT-ACGT-C-------------T-A--AG----TTG-G-----ACT-AG-A---TG--G-GTATCA--GAAT-------T----G--------TTTAAT------C----TT--G----------ATTTAGC-AGAAT--TC-GCA--T-CA-A-G-AGA-TCAA-G-TGTG-AAAA---GA-------G---ACT-TCT--GT--CC-T---T----TGTCA-----TTAGTAACTTA---TATTTTTCG----A---T---C--T-TTTGTC--T-AAAT-C-AG-AG-TAGC--CAC--G--T-C---T-T-GG-ATTATT-GG-AA-----AA----TT--TTATTTTCA--AATT-AT-CTGC-ATT-GC-ATG-ACTTAA---T------------G------AGAATA-ATACT-GGTTTCTGTTTTC-TTCTCG--TCTCT-CT--TT--T-AAATG-T-TTTCTTCTCT-----T-TT-T-TGG--C-----ATAA---T-ATCTCCACACAATGG-CCTTG-ACCATT----AA----------TGA------TTT-TGATGTGGGACGT--CT-AAGA-CGCATGCG------AA---GCAC-ACTG-GGTCCAGG-CA---A-C-A----CTG--TTGA-CAGTGA-----C-CATA--T-C----TCT-G-GT-GTG--AAATGAG-A--TG-T-A--C-ACTG-AGGG-AA---CAGCTGGA-----CTTAGCG---TTT--GTG---A---C----G-TA-ATGTC-GT---TC------GC--TTC-----A-T-G--AAGCAAATA--AA-----CCT-G--CCCTGACATGTGTG-TGATGGC-A-GTCTG-C-ATA--C--A
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    -TGAGTGATT-TAA--T-CA-G-T-GAT-TCAA-G-TGTGTCAAA---GAT-G-T-TGTCTACT-TCTAAAT-GCC-A---T----TT-CT-----TT-----CTTT---TATTTTTAG----C---T---TCTT-TTT--C--T-AAAT-C-AG-AG-AAGT--G----G--G-CC--T-T-GG-ATT--T-GG-AA-----A-----TT--TTCTTTTCA--A--C-AT-CTGC-ATT-AC-ATG-ACTTG--------CTCA----TG------GGAATA-ATACT-GCTTTCAATTT-C-TTCT-G--TTTCT-CT--TT--T-AA-TG-T-TTTCT---CTC----T-TT-T-TGG--C----GATGA---T-GTCT----------G-CCATG-TCCACT----A-CAT----C-ATGA--CC--TTTATGTTG-A-----C--CT-GTGA-GACATTTA------AT---GCA-GACCG-GG---ACT----TCA-C-A----CTG--TTGA-CAGTGGG-CC-T-CACA--T-C----TCT-G-GT-G-G--GAATGAG-A--TG-T-A--C-ACTG-AGGG-AACACCAGCTGGA-----CTGTGCGC--TTT--GTG--AA---G----G-GA-GCGA--GG---TCA-T---GT--TTC-----CTT-G--A--T--ATG--AG-----GCT-A--AC--AGCATGTTTGATGCT-GC-A-GGCTA-C-ACA--C--AGACCG-A--C--T-TG-G-CAGCTG--T-TAC-A--G-A-ATTGCT--GGAC-G-GGC---T----TG-T-CA-CAGTT--TAGATCA-CA---G-GTGA----TG---A-----G--C-TCC-TG---T-GCCC-AGG--TGGT--GGC-AGTAG-CCA-TTCCTTGA-TTC--TCAGAT-----GTTG-G----TCACA-TC-TGAAAT-AAAGA-TAA---AG---TAT----------------ATTCATTG-----TTATTTAGAATGCCTTGACATCAtaattgctggacatgaggcggcggccttgacaaattgttagtcactggtgatgag
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 --T-GG-AG-----A-----TT--TTGTTTTCT--G--C-TT-CTTC-ATT-----TT-TCTTCT---TGTACTT-----TG------G-AATA-ATGGT-GGATTCAATTT-C-TTTG-G--TTTCC-TT--TT--C-AA--G-T-T-TCT---TT-----T-TC-T-TGT--C----GTTGAAATT-TTCT----------G-GCATA-TCT-TT----GACTT----C-GTG-------TCGATTATG-GGGAC-CAACT-ATG----CATTTC------AG---GCAA-ACTG-GA---ACA----TCA-C-A----TTGC-T-GG-CAGTGGG-CC-T-CACA--T-C----TCT-G-GT-T-G--GTGTGAA-A--TT-C-A--C-ACTC-AGGA-AAAGCCACCTTT------CTGT---C--TTT--A----AA---A----T-GA-ACGATTGTCGATCA-----G---TTG-----T-G-G--A-----TTG--AG-----CTT-G--AC--CACGTGTTTACTGAC-AC-A-GTCCA-C-ACA--C--AAACTG-A--G--T-TG-A-CAGTTG--T-TAC-A--G-A-ACTGCTGGGTA----GGC---T----TG-A-CA-CAA-----AGGTCA-CA---G-G-------TG---AT----GACC-TCC-TG---T-GCCT-GGG--AGGTG-GGC-A-TGG-CCA-TACTCCAA-AT-----AGAA-----Gtacctaatacccaat
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          catcaattttggccatcataaTCT----------G-GCATG-GTCAGT----AACTT----T-GTGT--CTCATTTATG----GCCAA-C--CT-ATGC-C-CATTTC------ATTTTGTCAAACTG-GT----CA-CA-TCGGC-A----TTGC-T-GC-CAGTGGAATT-T-TACA--T-CATCTTCT-G-GTTG-G--GTGTGAA-AATTC-C-A--C-ACTCTAGGA-AAAGCCA-CT--------CTTTCTGT--TCT---TG--AA---A----ATGA-ACGAT-GT---TCA-TTGTGG--TT--------G-GTTA--C--TTG--AA-----GCTTG--TC--CACGTGTTTACTGAC-AC-A-GTCCA-CTACA--CCAAAACTG-A--G--T-TG-A-CAATTG--T-TAC-AACG-A-CT--CTGGGTTAGG-TGC---T----TG-A-CAACA------AAGTCA-CA---G-G-------TGATTA-----C--C-TCCTTG---T-GCCT-GGG--AGGTG-GGC-A-TGG-ACA-TATTCCAA-T------AGAA-----GCTGTG------A-A-TTTAGATAT-Actggaattatatgataataattttcatttatcagtcacagaagtgtctgattaatttgttagtgtctcattccttaaaatagct
gi|15                         :      aatTTCCTTGGATT-GTTGT-TA-GTTTTC-AGTTTTGATGGCAG------T-GGATAT--AGACATCTATA-TCAT-TA--GGCATGTT---T--CTGTA-T-TCCTTTC-A--GTTT-G--GATT--T-------GT--GTTAAGTGAGC-GTGCA---GA-TTA-C-A--TT-GTT---T--GAGT-TTCA-GAA----------------T-----TT-C-TTTGT-TTGT--TTTGAACTGTTT-GGAGGT---CATG-C-C----A-GGA-CAT-TTG-ATTT-T-------------T-ttattttcatttatcggtcacaggaagtgtctttgatttattgtgtagtgtgtcatttcctctaaaatagcttatcttggttttctataggactttcctatttttactgtcctgtaaatagacattaaaaaatttgtttttaagaataattaaaatatttagcat
gi|16                         :       TCTCCCTTGGACT-GT-GT-TT-GTTTT-GAGA---GA-GG--G------T-GACT-T--A-ACATC-AGG-TACT-TGT-GGAATGGC---T--CTGAA-T-TCAGC-C-A--GTTT-T--GATT--T-------GTA-ATC--GTTGAT-AT-CA---G--ACA-C-G--TT-GTT---G--GA-C-TTAA-GGA----------------T-----TT-C-TTTGT-TTTC--TTT-AACAGTTT-G--GGT---CATA-C-T----G-GAA-T-T-TTG-ACTT-C-------------T-G--AG----TTG-GG----ACT-GGCA---TG--A-CA-TCA--GAAC--------C---G--------T--AATT---T-C----TT--G----------ATCT--C-TGAGTGATT-GGA--T-CA-G-G-GAT-TCCA-G-TGTGTCAAA---GAT-G-T-TGTCCACT-TCTAAGT-GCC-A--------TTTCT-----TT-----CTTT---TTCCTTTAGC---C---T---CT-T-TTT--C--T-AAAT-C-AG-AG-AAGT--G----G--GCC---T-T-GG-ATT--C-GG-AA-----A-----TT--TTCTTTTCA--A--C-TT-CTGC-ATC-AC-TTG-ACTTAT---T----CT-----TG------GGAATA-ATGTG-GCTTTCAATTT-C-TTCT-G--TTTCT-CT--TT--T-AA-TA-T-TTTCT---CTA----T-TT-T-TGG--T----GATGA---T-ATCT----------G-CCATA-TCCAC-----AACAT----C-ATGA--CC--TTTATGACG-AGGtttattttggctgaactggtgagatttagaggagcagccagggagggtacctcttttactgagacgtatcatcacaaatgtccttagaattattgaaactgaaaaagactggtgagtcaatttctctggctgagggtccagaggtagattttcttgagacatttcttttttctttaccatgactccgcatcatgtgggcccgcatcaaatgatttttgctattgctgagtcctctcttcatttttcgtgattcatgtgtctgagtggaagaatggctttagagattcaatttctctttcgcgtttctttttctcaagtttctatttttt
gi|17                         :       TCTCCCTTGGATT-GT-GT-TG-GTTTT-AAGT---GA-TG--G------TAGTGT-T--A-A-ATC-AGG-TACT-TGT-GGGATGTT---T--CTGAA-T-TCAGT-C-A--GTTT-G--GATA--T-------GTA-ATT--GTGGAC-AT-CA----G-ACA-C-G--TT-GTT---G--GA-T-TTCA-GGA----------------T-----TT-T-TTTGT-TTT---CTTGAACAGTTT-G--GGT---CATA-C-G----G-AAA-T-T-TTG-ACTT-CTTNTTTGTTTTCTT-G--AACAGTTTG-GGTCATACT-GAAATTTTG--A-CT-TCT--GAGT-------TG---GGACTGGTAT--GATT---T-CAGAGTT--GTAATTTGGAAATCT--T-TAAGGGACT-GGG--T-CA-G-G-GTA-TCAA-G-ATTGTCAAA---GAT-G-T-CGTCTACT-CCCACGT-GCC-A---T----TGT-T-----TT-----CTTT---TATCTTTA-----CTTTT---C--T-TCT--T--T-AAAT-C-AA-AG-
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       CCAGCTGGA-----CTGTGCGT--TTT--GTA--AA---G----G-GA-ATGAT-G----TCA-T---GT--TTT-----ATG-G--A--C--TTG--AG-----GCT-G--TT--GACATGTTTGCTGAT-GC-A-GGCTA-C-ACA--C--AGACCG-A--C--T-TG-G-CAGCTG--T-TAC-A--G-A-ATTGCT--GGAC-A-GGC---T----TG-T-CA-CAGTT--TAGATCA-CA---G-GTGA----TG---A-----G--C-TCC-TG---T-GCCC-AGG--TAGT--AGC-TGTAG-CCA-TATCT
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         GC---T----TG-A-CA-CAA-----AGGTCA-CA---G-G-------TG---A-----T--G-ACC-TG---T-GCCT-GGT--TGGTT-GGC--GTCG-CCA-TACTCCAA-T------AGAA-----Gaaatggtggccatatctgtaaaacaaaaacaatcaatggatatttttattgcatcaaagttaaacttacagcatgaccaaaacatctaataataattgtataatgatgaataac
gi|2                          :         TCCCTTGGACTAGT-GT-TTTGTTT--GAGG---GA-GG--G------T-GACC-T--ATACATC-AGG-TACT-TGT-GGAATGGC---T--CTGAA-T-TCGGT-C-A--GTTT-TTTGAAT--T-------GTA-ATT--GTTGAT-AT-CA---G--ACA-CCG--CT-GTT---G--GA-T-TTCA-GGA----------------T-----TT-C-TTTGT-TTTC--TTT-AACAGTTTGG--GGT---CATA-C-T----G-GAA-T-T-TTA-ACTT-C-------------T-G--AG----TT--GG----AC--GACA---TG--A--T-TCA--AAA--------CC---A--------T--AATT---T-C----TTTGA----------ATCT--C-TGAGTGATT-GGATTT-CA-A-GTGAT-TCAA-A-TGTGTCAAA---GAT-G-T-TGTCTACT-TCTAGGT-GCC-----T----TTTCT-----TT-----CTTT---TATCTTTAGCATTC---T---T--T-TTT--C--T-AAAT-TGGG-AGTAAGT--G----G--GCC---T-T-GG-ATT--T-GG-AA-----A-----TTTGTCCTTTTCA--C--C-AT-TTGC-ATCAAC-AGG-ACTTG----T-T-CTC-----AA------GGAATA-ATTCT-GCTCTCTATTT-C-TTCT-G--TTTCC-TT--TT--TAAA-TGTT-TCTCT---CT-----T-GT-T-GGG--T----AATGA---T-TTCT----------G-CCATG-TCC-CT----A--AT----C-TATA--CC--TTTA-GA-G-AGGAC-C--CA-GAGA-GACATTTC------AT---GC-AGACCG-GG-----G-CA-TCA-CTA----CTGT-T-GA-CAGTGGC-CT-T-CACA--T-C----TCT-G-GT-G-G--GAATGAGAA--TG-T-G--C-ACTG-AGGGAAACACTAGCTGGA-----CTGTGC-CTATTT--GTGAAAA---G----G-GA-ACGAT-AT---CAA-T---GC--CT------A-T-G--G--C--TTG--AG-----GCT-GGTTT--GACA-G-TTGTTGAT-GCAA-ATCTG-G-A-A--C---GACAG-G--C--C-TG-------TG--T-TAC-ctgaaattagatttattaaattttaattttcaatttatgtggatttattatcggccgctgtgaggagtgcctggttcatttgttagtgtgtcattcctcataatggctagcttggttttctgttggacttgctagtttaccggccgttaacaatttataaaatcgattttaagatattcaaaatttcagaa
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              --AGACCGGA--C--T-TG-G-CAGCTG--T-TAC-A--G---ATTGCT-GAGACGG-CCT---T----TG-T-CA-C-GTT--TAGGT-A-CA---G-GTGA----TG---A-----G--C-ACC-TG---T-GCCT------TGGT--GGC-AGTAGCCCA-TTCTTTGATTTC--CCAGAAACTTGGTC--A-CT-TTA-A-TC-TGAAAT-AAAGA-TAA---AGTTTTATCAAGCCCCTATACAAATTT--TAG-----------GGAGTGCCTTGACATCAtttatttttctgaacatcagggctagcattatctagaccggacttggcagctgttacagattgctgagacggcctttgtcacgtttaggtacaggtgatgagcacctgtgccttggtggcagtagcccattctttgatttcccagaaacttggtcactttaatctgaaataaagataaagttttatcaagcccctatacaaattttagggagtgccttgacatcaaccaaggacccat
gi|20                         :                                                                                                                                                                                  tcccttggactagtgttttgtttgagggagggtgacctatacatcaggtacttgtggaatggctctgaattcggtcagttttttgaattgtaattgttgatatcagacaccgctgttggatttcaggatttctttgttttctttaacagtttggggtcatactggaattttaacttctgagttggacgacatgattcaaaaccataatttctttgaatctctgagtgattggatttcaagtgattcaaatgtgtcaaagatgttgtctacttctaggtgccttttctttcttttatctttagcattcttttttctaaattgggagtaagtgggccttggatttggaaatttgtccttttcaccatttgcatcaacaggacttgttctcaaggaataattctgctctctatttcttctgtttcctttttaaatgtttctctcttgttgggtaatgatttctgccatgtccctaatctatacctttagagaggacccagagagacatttcatgcagaccggggcatcactactgttgacagtggccttcacatctctggtgggaatgagaatgtgcactgagggaaacactagctggactgtgcctatttgtgaaaagggaacgatatcaatgcctatggcttgaggctggtttgacagttgttgatgcaaatctggaacgacaggcctgtgttactttatttttctgaacatcagggctagcattatct-GG---AAA-CA-TCA-C-A----TTGCAT-GG-CAGTGGGGCC-T-CACA--T-C----TCTGG-GT-T-T--GAGTGAA-A---G-C-A--C-ACTC-AGG---ACACCAaccaaggacccat
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        tttcctggcatactcttcatcaagttcttttcttgtcattgttgaaatttcagttatctgaggctagtgcttctctcccggtgaatcatatcgtcccagtttatcctccatcatatggggacaacgctcaggtgtcatttctttaaagcaatC--TATAT-ATG-GAGAC-C--A--ATTA-TGCACTCCTGAAAAAT---GCAAAAT-G-GA---ACA-AAATCA-C-ATGCACTG-------CAGTGGG-CC-TCCACAAGT-C----TCT-G-GT-c
gi|22                         : tgtgcaTCTCCCTTTGACT-GT-GT-TA-GTTTTC-AGT---GA-TG--G------C-AGTT-T--G-ACATC-AA--TATC-AGTAGGCATGTT---C--TTGAA-T-TCCTC-T-A--GTTT-G--GATT--T-------GTA-GTT--AGTGAT-TG-CA---G--ACA-T-A--TT-GTT---T--GA-C-CTTA-GAA----------------T-----AT-C-TTTGT-TTTG---TTGAACTGTCT-G--GGT---CATtgagcatttggtagaaaattattacatatcaagaaaagcaagttggtatcttctgtctttgaaagacgcaaacgatgtcatgttgttaagggtaactttgagc
gi|23                         :       TCTCCCTTGGATT-GT-GT-TA-GTTTTC-AGT---GA-TG--G------C-AGTT-T--G-ACATC-A-A-TATC-AGTAGGCATGTT---T--CTGTA-T-TCC-T-CGA--GTTT-G--GATT--G-------GTA-GTT--AGTGAC-TG-CA----G-ACA-C-A--TT-GTT---T--GA-T-TTGA-TAA----------------T-----TT-C-TTTAT-TTTG---TCGAACTGTTT-G--GGT---CATgtct
gi|24                         :       TTTCTCTGGGACT-GT-GT-TG-GTT-------------GT--A------T-GCAT-C--GCATATC-AG--TACT-TA--GGCATGTT---C--CTGTA-T-TCCCC-G-A--TTTT-G--GATT--TATTGTTGGTA-ACT--GCTGGC-A--CA----G-ACA-T-G--TT-GTT---T--GA-C-TTTA-AAA----------------TAGAAGTT-T-TTTGC-TTTG---TCGAACgtc
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ---G-A-------TG---A-----G--C-ACC-TG---T-GCCT-TGG--TGGTG-G-C-AATAG-CCA-TGCTTTGA-TTT--TCAGAA-----GTTG
gi|26                         :      tTCTCCCTTGGACT-GT-GT-TT-GTTTT-GAGG---GA-GG--G------T-GATG-T--T-ACATC-AGG-TACT-TGT-GGAATGGC---T--CTGAA-T-TCAGT-C-A--GTTT-T--GATT--C-------GTA-GTT--GGTGAC-AT-CA----G-ACA-C-G--TT-GTT---G--GA-C-TTAA-GGgtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacctatacaaaatctagggggtgccttaacatcactgaagacccat
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     --C-TCC-TGA--T-GCCCTGGG--TGG---GAC-AGAA----A-TTGATTGA-TTC--TC--AA-----ATCTTC-CT-TAC-A-T-TTAAAAA-AAA-A-AAA---A
gi|29                         :                                                                                     GT-GGAATGGC---T--CTGTA-T-TCTGT-C-A--GTTT-G--GATT--T-------ATA-ATT--TTTGAC-AT-CA----G-ACA-C-G--TT-GTT---G--GA-G-TTTA-GGA----------------T-----TT-T-TTTGT-TTT---CTTGAACAGTTaaaaaaactatacacaattgttatttag
gi|3                          :       TCTCCCTTGGATTTGT-GT-TG-ATTT--AAGT---GATGGCAG------T-G-TT-T--G-AGATA-AGGATACT-TGT-GGGATGTT---TA-CTGAAATATCAGT-CCA--GTCT-G--GATT--T-------GTA-ATTT-ATTGAC-AT-TACAAGG-ACA-C-AAATT-GTTA--G--GA-CATTCA-GGA----------------A-----TT-C-GT-GT-TTTACATTTAGACAGTTT-T--TTT---CATG-C-T----G-GAA-T-A-CTG-ACTT-C-------------T-GGAAG----TTG-G-----ACT-AGTA---TG--A-TT-TCA--GAGC-------AT---G--------T--GATA---T-TGG--TT--G----------ATCT--C-TAAG-GACT-GGG--TTCA-G-G-GTTATCAA-GATGC-TCAAA---GAT-G-T-CGTCTACT-TCTAGGT-GCC-A---T----TG-CT-----TT-----CTCT---TATCCTTAC----T---T---T--T-CTT--CAGT-AAAT-C-AG-AG-TAGT--A----A--G-C---TGT-GC-ATT--T-GG-AA-----A-----TC--TTCTTTTCA--G--C-AT-CTGA-GTC----------TTGT---T-T-TTTATACTTA------GAAGTA-AAGTC-ACTTTCAATTT-C-CTCT-G--TCTCT-CT--TT--T-GA-TT-C-TTTCT---TT-----C-TT-TGTGG--A----AATGA---T-GTTT----------G-CCATC-TCCTCT----A-TAT----C-ATGG--CC--TTTATGACG-AGAAC-T--CG-A-GA-TGCATTTC------AT---GCA-GACCG-GG---ACA----TCA-C-A----CTG--TTGA-CAGTGGC-CC-T-CACA--T-C----TCT-G-GT-G-G--GAATGAG-A--TG-T-A--C-ACTG-AGGG-AACACCAGCTGGA-----CTGTGCGT--TTT--CTG--AA---G----G-GA-ACAAT-G----TCA-T---GT--TTC-----ATG-G--A--C--TTG--AG-----GCT-G--TT--GACATGCTTGTTGAT-GC-A-GTCTG-C-ACA--C--AGACCA-A--T--T-TG-G-CAGCTG--T-TAC-A--G-A-ATTGCT--GGAC-A-GGC---T----TG-T-CA-CAGTT--TAGGTCA-CA---G-GTGA----TG---A-----G--C-TCC-TG---T-GCCC-AGT--TGGC--AGC-AAAAG-CCA-TATCTAAA-TGT--T----G-----GTCATATCTGTTA-A------AAAT-ACA-A-TGAATGAA---TAT----------------TTT--T
gi|30                         :                                                                                                                                        -------GTA-GTT--AGTGAC-TG-CA---G--ATA-C-A--TT-GTT---T--GA-G-TTCA-GAA----------------T-----TT-C-TTTGT-TTTG---TTGAACTGTTT-G--GGT---CATG-C-gcaccatcataattagaatgctactgataaattcattcaagagtatttagtatttaaataattgtgaattaac
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        gA-TTC--TCAGAT-----GTCA-G----TCACA-TCT-GAAAT-AAA-AATAA---AG---TGTATTCA-----------TTT--TTA-----TTC---AGAATGCCTTGACA
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TTT---TATCTTTAG----CA--T---C--T-TTTT-C--T-AAAT-C-TG-AA-TAGT--G----G--G-CC--T-T-GG-ATT--T-GG-AA-----A-----TT--TTC
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ------GGAATA-ATGGT-GAATTCAATTT-C-TTTG-A--TTTC--CT--TT--T-GA-AG-T-T-TCT---TT-----T-TC-T-TG
gi|34                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ctgtTTCAATTT-C-TTCT-G--TTTCT-CT--TT--T-AA-TG-T-TCTCT---CTC----T-TT-T-TGG--C----AATAA---T-GTCT----------t
gi|36                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       -GGC---T----TG-G-CA-CAGTA--TAGGTCA-CA---G-GTGA----TG---A-----G--C-ACC-TG---T-GCCC-GG
gi|37                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 a-C---T-T-TG-ATT--T-GG-AA-----A-----TT--TTCTTTTCA--A--C-AT-CTG
gi|4                          :      cTCTCCCCTGAACT-GT-GC-AT-GTTTTTGATA---GA-GG--G------T-GGGC-T--A-ACATC-AGGGTACT-TGT-GGAATGGT---T--CTGAA-T-TCGGT-C-A--GTTT-G--GATT--T-------GTG-ATT--GTATACAAT-CA---GG-AAA-C-G--TT-GTT---A--GA-C-TTCA-GTA----------------G-----TT-C-TTTGT-TTTG--TTTGAACAGTTT-G--GGT---CATA-C-T----G-GAA-T-T-TTG-ACT----------------C-G--AG----TAG-GG----CCT-GGCA---TG--GTCT-GCA--GACT-------TT---GC-------C--AATT---C-C----CT--G----------ATCT--C-TGAGTGATT-GGA--T-C--G-T-GAT-TCAA-ACTATATCAAA---GAT-G-T-CGTCTA-T-CTTAGGT-GCC-A---T----TTTCT-----TT-----CTTT---TATCTTTTG----C---T---C--A-TTA--C--T-AAAT-C-AG-AG-AAGT--G----G--G-C---T-T-GG-ATT--T-GG-AA-----A-----TT--TATTTTTCA--A--C-AT-CTGC-ATC-AC-ACG-ACTTGT---T-T-CTT-----TG------GGAATA-ATATT-GTTTTCGATTT-C-TTCT-G--TTTCT-CT--TT--T-AA--A-T-TCTCT---CT-----T-AT-C-TGG--C----AATGA---T-GTTT----------T-GCATG-TCCACT----AATAT----C-GTGATGCT--TTTATGATG-GGAAC-C--CTCATGA-CACA-TTA------AT---GCAAGACCG-GG---ATA-CATTCA-C-A----CTG--T-GA-CAGTGGG--C-T-CACA--T-C----TCT-G-GT-G-G--GAATGAG-A--TG-T-A--C-AC-G-AGGG-AACA-CAGCTGGA-----CTGTGCGC--TTT--G-G--AA---G----G-GA-ACAAT-GT---TCA-T---GCA-TTC-----A-G-G--A--C--TTGGAAG-----GCT-C--TT--GACATGTTTGTTGAT-GC-A-ATCTT-C-ACA--C--AGACCG-A--C----TG-G-CAACTGC-T-TAC-A--G-A-ATTGCTGGGGACGG-GGCTATT----TG-A-CA-CAGTT--TAGGTCA-CA---G-G-------TA---G-----G--C-TCC--G---T-GCCT-GGG--TGGTG-AAC-ATTAG-CCA-TTTCCTAA-TTC--CCAGGA-----GTCATG-CT-TCA-A-TCTTGAAAT-AAA-A-TGA---AG---CAT----------------TTT--TGG-----TTA---GGGATTTCCTGACATCA
gi|5                          :       TTTCCCTTCCACT-GC-AT-TT-GTTTT-AATA---GA-AG--GCATTTTT-GATT-T--A--------GG-TACA-TCT-GGAATGGT---T--CTGAA-T-TCAGC-G-A--GTTT-G--GACT--T-------GTG-GTT--ATTAAC-CC-CA---GA-A-A-C-T--TC-ATT---ATAGA-C-TGCA-GAA----------------T-----AT-C-TTTGT-TTT---CCAGAACAGTTT-G--GAC---CATA-A-TTTATGTGAA-T-T-CCG-ACTT-C-------------T-G--AT----TTA-AG----ACT-GGTA---TG--A-CT-TGA--GAGT-------T----G--------T--AATT---T-C----TT--C----------ATCA--T-GGTTTGACT-GGA--T-CA-G-G-GAT-TCAA-G-ATTGTCAAA---GAT-G-C-CGTCTACT-TTAAGGT-GCC-A---T----TGT-T-----TT-----CTTG---TTTCTATAG----C---TTG-C--T-TTG--T--T-GAAT-C-AG-AA-TAGT--G----G--GAC---A-T-GG-ATT--T-AG-AA-----A-----TA--CTCTTTTCA--G--C-AT-CTGC-ATC-AT-ATG-CCTTGT---T-T---T-----TG------GAAATC-ATACC----CTCAATTT-C-TTCT-G--TTTCT-CG--TT--T-AA-TG-G-CCTCT---CT-----CCTT-T-TGG--C----AATGG---T-GTCT----------A-CCATG-TC---T----AAGAT------ATGA--CC--TTTGTGACT-GGGAC-C--C--ATAA-CGCATTTC------AT---GCA-GACCG-GG---ACA----TTG-C-A----CTG--TTGA-CAGTGGT-CC-T-CACA--T-C----GCT-G-GT-G-G--GAATGAG-A--CG-T-A--C-ATTG-AGGG-AACACCAGCTGGA-----TCGTGCGC--TTT--GTG--AA---T----G-GA-ACAAT-G----TCA-T---GC--TTC-----ATT-G--A--T--TTG--AG-----GTT-T--TC--AACATGCTTGCTGAT-GC-A-GGCTA-C-ACA--C--AGACCG-A--C--T-TG-G-CAGCTG--T-TAC-A--G-A-ATTGCT--GGAC-A-GGC---T----TG-T-CA-CAGTT--CAGGTCA-CA---G-G-------TG---AT----GATC-TCC-TG---C-GCCC-AGG--TGAC--AGC-AGTAG-CCA-TTCC
gi|6                          :      cTCTCCCTTGGACT-GT-GT-TA-GTTTTCCA-A---GA-TG--G------T--ATT-TTGA-ACATC--GA-CATC-AGTTGGCATGTT---C--TTGTA-T-TCC-T-CGA--GTTTTA--GATT--G-------GTA-GTT--CATTAC-TT-TC---AG-ACA-C-T--TT-TCT---G--GA-A-TTCG-TGA----------------G-----TT-C-TTTGT-TTTG--TTTGAACTGTTT-C--AAT---CATGTC-T----T-GGG-TAT-TCG-ATTT-T-------------T-TT-AT----TTC-AC----ACC-GGTA---AG--A-AT-CTA--GAGC-------AG---G--------C--AATTGATT-C----TT--C----------TTTT--CATGGACCTTT---A--T-CA-A-AAGAA-CCCA-G-TTTATTGAA---AAT-G-T--GTCTACT--CTTTGT-GCC-A---TAAAATCTCTA----TG-----CTTT---TTCCTTT----------T---T--T-TTT--C--C-AGTT-C-ATCAA-AAGT----------------T-T-GGTAAT--T-GGCAATACATA-----TT--TTCTTCTC------------TGA-TTT-TC-TTG-AATTTT---C-T-TCT-----TGTATTCAGGAATGCATA-T-GGACTCA-------TTCT-GACTTTCT-TT--CT--C-AA-A----TATCT---TT-----T-TT-C-TTGTCC----GAGAA---T-ATC-----------G-ACAAGATCTA------AATATATTTT-GTGG--TC--CT-ATTCTG-GGGAC-C--TG-AGAA-TGCATTTC------AG---ACAC-ACCT-GG---A-A-CA-TCC-C-A----TTT--T-TG-CAGTGGG-CC-T-CGCA--T-C----GTT-G-AT-T-GTTTAGTGGA-A--TT-C-A--C-ATTC-GGGA-AACGCCAGCCGTATCTTTCTGT---C--TTT--G-----A---A----T-GA-ACGAT-G----TCA-T---GTGGTTG-----C-G-T--A--C--TTG--AG-----CTT-A--TC--AACATGTTTACTAAC-A--A-GTCCA-C-ACATTC--AAACTG-A--CAAG-TG-ACCAGTTGTAT-TAC-A--GAA-ATTG-TGGGTA-----GC---T----TGAT-TG-CAA-----AGGTCA-CA---G-T-------TG---AT----A--A-TTC-TG---A-G-CT-GGG--AGGTA-AGC--GTGG-CCA-Taaatgctgtttatgtcattctgttgaaaaaaccccataaaaatcaaatatatt
gi|7                          :                                                                                            TGCT---C--CTGTA-T-TTC-T-C-GAGGTTT-C--GATT--T-------GTA-GCT--GCTGAT-GC-CA------ACA-C-G--TT-GTT---T--GA-C-TTAA-GAA----------------T-----TT-C-TTTGT-TTTG--T--GAACTGTCT-G--TGT---CATG-G-C----G-GAA-T-T-C-G-ATTTTC-------------T-A--------TTGTGG----ATT-GGTG----G--A-AT-TTA--GAGCAGCCAGATG---G--------T----TC---T-C----TT--------------TTT--T-TA---GACT-TGA--G-CA-A-A-AAC-CCGA-C-TTTATTGAA---AAT-G-G-TATCTACC-TCTTGGT-GCC-AGTAT----TTCCTATGCTTT-----TCTT---TATCTTTGT----C---C---A--T-TTC--C--TCAAAC-T-TG-GT-AACT--GCGATG--G-----T-T-AG-CTT--------------A-----TT--TTCTGTT----------T-CTTC-AT-----------TTTT---C-T-TTT-----TGTACTGTGGGATA-ATAAT-GGATTCAATTT-C-CCGC-G--TTTCA-TT--TT--C-AA-TC-T-CCTTT---TT-----C-TTCT-TGT--T----GTAAA---T-GTCA----------G-ACATA-TCT--T----CATAT----TTGTGT--CC--ATTATG-----GGAA-C--CA-AGGA-TGCATTTC------AG---GCAA-ACTG-GG---ACA----TCA-C-AT---CTC--T-TG-CAATGGG-CC-T-CGCA--T-C----TTT-C-GT-T-G--CTGTG-G-A--TT-TCA--C-AGTC-AGGA-AATATGAGCTTTA-----TTTTCCTC--TTT--GTG--AA---A----G-GA-ACGAT-GT----CG-T---GT--GT-------------------TTG--AG-----ACT------------TGTTTGCTGAC-GC-A-ATCCG-C-ACA--C--AAACTG-A--C--T-TA-A-CAGCTG--T-TAC-A--G-A-ATTGCTGGG--TGG-GG----T----TA-T-CA-CAA-----AGATCA-CA---G-G-------TG---ATG---A--CGTCT-TG---C-GCCC-AGG--AGATG-GGC--GTGG-CCA-TTATCCG--TCCTGTCAAAA-----GT
gi|8                          :                                                                                                   ccccttgggttatttttgtttgtcttcagttttggcatttggaccaggcTT--GTTGAC-AT-CA---G--ACA-C-G--TT-GTT---A--GA-C-TTAA-GGA----------------T-----TT-C-TTTGT-TTTG--CT-GCACAGTTT-G--GGT---CATA-C-T----G-GAA-T-T-TTG-A-TT-C-------------T-GA-AG----TTG-AG----ATG-GAAA---TG--A-CT-TCA--AAAT-------TG---G--------T--AATT---T-C----TT--G----------ATCT--C-TGAGTGATTGGGA--T-CA-GTG-GAT-TCAA-G-TGTGT-AAA---GAT-GTT-TGTCTACT-TCTAAGT-GCC-A---A----TTTCC-----TT-----TCTT---TATCTTTAG----C---TTC-T--T-TTT--C--T-AAAT-C-AG-AG-AAGT--G----G--GCC---T-T-GG-ATT--T-GG-AA-----A-----TT--TTCTTTTCA--A--C-AT-CTG--ATT-ACAATG-ACTTGT---T-C-A-------TG------GGAAT--ATGCT-GCTTTCTATTT-C-TTCT-G--TTTCTGCT--TT--T-AA-TGTT-TCTCT---C------T-TT-T-TGG--CG---GATGA---TAGTCT---------------TG-CCC-CTATACAACAT----C-ATGA------TTTATG-T---GGAA-C--CT-GTGA-CACATTTTA-----AT---GC-AGA-CG-GG---ACA-TA-------A----CTGT-T-GA-CAGTGGG-CT-C-AACA--T-C----T-T-G-GT-GTG--GAATGAG-A--TG-T------ACCG-AGGG-GA-AACAG-TGGA-----CTGTGCGC--TTTTAATG--AA---GTTTAA-GA-GTCAT-GT---TCA-T-----------------G-G--A--C--TT---AG-----GCT-G--TT--GGAATGCTTGTTGAT-GC---GTCTG-C-ACA--C--AGACAA-A--C--T-TG-G-CAGCTG--T-TACAA--G-A-ATTGCTGGAAGC-G-GGC---T----TG-T-CA-CAGTT--TTGGTCA-CA---G-GTGA----TG---A-----G--C-TCC-TG---T-GCCC-AGGGTTGGT--GGC-AGTAG--CA-TTCCTTGA-TTC--TC-GAA-----GTAG------TCC-A-TC-TGAAATCAAG-A-TAA---AG---TAT----------------ATT--CAGTCTTATTA---AGAATGCCTTAACATCAgtaaactgtaaagaa
gi|9                          :       TTTTCCTTGGACT-GC-GC-TG-GCTTTCAA-T---GA-CG--G------A-ATAT-C--C-ACATC-----TGTC-TCT-AAAACGATATCT--CTGTA-T-TCCTC-C-A--GACT-A--GATT--T-------GTA-GTT--GTTTAT-CT-CC---G--ACA-T-T--TT-CAT---G--GA-C-TTCA-AGA----------------T-----TT-T-CTTAT-TTTC--TTCGAG----TT-G--GGTTTCCAGA-CGT----G-AAA-T-C-ACG-TCT--C-------------T-G--AG----C-G-AG----ACTTGGCG---GG--T-TG-TTA--GGGTA------TCCATG--------T--GATT---TTC----TT----------------T--CGTG---GACT-GTA--A-CA-T-A-GAA-CCCA-T-CGTATCAAA---AA--G-TACATTCACT-TCTTGGT-GCC-A---T----GAT-T-----TT-----CTTT---TCTCCTCAA----T---TTCGC--T-CTC--C--A-AAA----AG-CC-AAATCTA----G--T-T---T-T-TG-CTT--T-AG-AG-----A-----TT--TTCCTCCT------C-AT-TT-C-ATC--C-TCG-AGTTGTACGT-A-CTT-----CG------GAATCA-AAACA-GTTTT-AATCT-C-ATC--A--TTTTC-CT--TTCGT-AA-T------TCC---TT-----T-TT-C-CGG--CTGTCGACGA---C-TTTT----------G-AAACT-TCAACT----G-CAT----C-GTGA--CC--TTTATG----GGGAC-C--A--AGGA-CACATTTC------AT---GCAC-ACTG-GG---ACG----TCA-C-A----TTG--TCGG-CAATGAG-CT-T-CGCA--T-C----TTT-G-GT-C-A--GGATGA-----CG-T-AAGC-ACTC-GGTG-TAAACGAGCTGTAT----CTTTCTGC--TC---GTG--AA---G----C-AG-ACGAT-GT----CA-T---GT--ACC-----A-GCG--T--C--TTG--TG-----GGC-G--TC--CACGTGCTTGCTGAC-GC-A-GTCCG-T-GCA--C--AGACTG-A--C--T-TG-G-CAGTTG--T-TGC-A--G-A-ACTGCTGGG--TGG-GG----T----TA-T-CA-CAA-----AGGTCA-CACGCG-A-------TG---A-----C--C-TCC-TG---T-GCCC-AGG--AGATG-GGT--GTGG-CCA-Ttacctaagacccatat


blockSeqs                     :                    A  T  . TT     TG GTTTT  T  GCATTTTTGATTTA            T  GA    A   A  A   G ATCT     G A A  AG T G AG    T TT    TATTGTTG     .   AA      GTG   CAAGG    A AAA   .   ATA     G A  C .   AGAGGGTGACCTGTTGT       G .     G   ACAT      A    G GA   TTC    T TTTAT  T   A A .   G    T TTNTTTGTTTTCT . GA  CAGT   T GTCAT   T  C TTT  GG TC A   .   GTTGGGACTGGTA           TT    GAT T AGAG  GTAATTTGGAA      AG A         G   TT T  . GT    A    A A G       .     C T AC       G   TG  .   C GTATTTCCTATGCT      AGTAA    .           CATTCTT         .   GT AG C    . G  C  TA   GCGATGG          G .  T   AT .  C  TACAT A      TG        AAAT   .  .    .  CAACA   G     TCTTCTTGTATTCA                C   C G C         T .    C AC     G  .   CG A  ATG  . T   TCT  C     C  C G   TC TGTC     AAT CA   CCACACAATGGC     A   CTATACAACATCA         TG  CA      ATGTG    G AA TC T  TA       TGAAAA  TTT  CAG  T .  TCC   TCA    G T TGCA   CAT   T       A  . C    AG C ATCT   G .  GT  TT       A AT  T C AG .   CT   GA  C          TCTTT    G   TA   TA   AA  GTTTAA      .     T TCGA   T TGT TGG  CATG       TT AGCAA   GA  .       GCCCTG     A      T   TG  A .     C T   TT CA      G .  AA A  GT       TA G   A AC A G      GGGTTAG C   TAT .     TC   A   TTT        C  CGC A TGA      ATT TGGATG   G   T  A   A    TG  GT    G    A     C   . T   T  T CCTGT     ACTTG   ATGCTTCAATCTT         C   G A   ATG  TTT   CAAGCCCCTATACAAATTTTAG             
blockSeqs                     :                    T  .  . T      TG GA     T  CAGTGGATATAG              .  GG    .   A  A   C TGT      T A .  TA . C .     . .     T            .   T       AAT   GG       . CG    .   AG      . .  C .   TAGAAG                  . .     .   TC        A    . .    .      . CT     .   . A .   .    . .             . T   .      . G       .  C .    .  C  .   .   GCAGCCAGATGG            .     .   . GG    TGA              .  G         .   .  .  . AA    .    . C G       .     . . T        .   AA  .   . TAAAATCTCTA         .        .           CTTTTC          .   T  .  .    . .  .  T    GGACGC           . .  .   .  .  .  .     .      .         AG     .  .    .  TACAA   .     TCTTTTTGTACTGT                .   C . G         . .    . .      .  .   .  .  TGT  . T   .    A     .  . .   .  G        .   AG   GCG              .   AAATATATTTTG          .   .       ATGT     . .  T  A  CG       A       .    CAA  C .  .     AAA    . . T      TT    .       G  . .    .  . .      . .  TG  .        . .   . . .  .   G    G   C          T        G   .    .    .   AAT         .     . T      . .   CA   CCTT       .  C       .   .       GGTTTG     A      A   T   . .     . .   .  .       . .  .  .  AC       C  .   . .  . .      GGGGACG .   .   .     AT   .   TTT        .  .   . TGA      .   TGAC     .   .  .   .    G   .     G    A     .   . A   C  . TCT       .       TTCCTTACATTT          .   G .   .    .     ATTCATTGTTATTT                     
blockSeqs                     :                    .  .  . A      TG GC     .  GTAGTGTTA                 .  A     .   T  C   T TA       T . .  CT . G .     . .     T            .   .       AT    GA       . T     .   G       . .  A .   T                       . .     .   TT        T    . .    .      . GT     .   . . .   .    . .             . A   .      . G       .  A .    .  G  .   .   GTATCCATG               .     .   . C     G                .  .         .   .  .  . TG    .    . . G       .     . . T        .   AA  .   . TATTTTT             .        .           TTTCGC          .   .  .  .    . .  .  T    CACGTC           . .  .   .  .  .  .     .      .         AA     .  .    .  AAAA    .     TTTTTTATACTTA                 .   C . C         . .    . .      .  .   .  .  TGT  . T   .    C     .  . .   .  .        .   A    GC               .   AGTAACTTTG            .   .       TTGA     . .  T  T  GA       .       .    AAA  T .  .     CAT    . . .      TT    .       .  . .    .  . .      . .  GT  .        . .   . . .  .   G    G   A          .        C   .    .    .   CG          .     . G      . .   C    TATG       .  T       .   .       TGTCC      A      C   T   . .     . .   .  .       . .  .  .  G        .  .   . .  . .      GAGACG  .   .   .     T    .   TTT        .  .   . TGA      .   TGAT     .   .  .   .    A   .     T    A     .   . A   C  . TCC       .       ATATCTGTTAA           .   . .   .    .     ATTCATTTTTATTC                     
blockSeqs                     :                    .  .  . T      CC GA     .  GTGACCTAT                 .  A     .   .  A   G T        A . .  AG . . .     . .     T            .   .       AA    GA       . G     .   G       . .  C .   T                       . .     .   CT        A    . .    .      . T      .   . . .   .    . .             . .   .      . G       .  C .    .  C  .   .   CTTTGC                  .     .   . .     G                .  .         .   .  .  . G     .    . . G       .     . . C        .   AC  .   . TTGTCA              .        .           CAATC           .   .  .  .    . .  .  A    CTAGTT           . .  .   .  .  .  .     .      .         TG     .  .    .  TGCA    .     TACGTACTTCG                   .   G . G         . .    . .      .  .   .  .  TG   . T   .    .     .  . .   .  .        .   G    GG               .   ACTAATATCG            .   .       ATGG     . .  T  T  GA       .       .    AAG  T .  .     CA     . . .      CT    .       .  . .    .  . .      . .  G   .        . .   . . .  .   C    G   A          .        G   .    .    .   GG          .     . T      . .   C    CATG       .  C       .   .       GTTG       G      C   C   . .     . .   .  .       . .  .  .  A        .  .   . .  . .      GGAAGC  .   .   .     A    .   TTT        .  .   . TGA      .   TGA      .   .  .   .    G   .     G    A     .   . A   C  . TTT       .       GGTCACATCT            .   . .   .    .     ATTCAGTCTTATTA                     
blockSeqs                     :                    .  .  . G      CA GT     .  ATGCATCGC                 .  G     .   .  G   T T        A . .  AG . . .     . .     T            .   .       AT    GG       . A     .   T       . .  C .   T                       . .     .   CT        A    . .    .      . C      .   . . .   .    . .             . .   .      . G       .  T .    .  C  .   .   GCATG                   .     .   . .     G                .  .         .   .  .  . G     .    . . T       .     . . T        .   AG  .   . TTTTCT              .        .           CTTCT           .   .  .  .    . .  .  A    GGGCC            . .  .   .  .  .  .     .      .         AA     .  .    .  TACA    .     TTGTACTTTG                    .   T . C         . .    . .      .  .   .  .  TA   . C   .    .     .  . .   .  .        .   T    GG               .   ACAAGCAAA             .   .       ACGA     . .  T  T  TG       .       .    AC   C .  .     CA     . . .      CT    .       .  . .    .  . .      . .  G   .        . .   . . .  .   G    A   C          .        G   .    .    .   AT          .     . T      . .   T    CATT       .  C       .   .       AACA       G      C   C   . .     . .   .  .       . .  .  .  A        .  .   . .  . .      GGGTA   .   .   .     A    .   TTT        .  .   . TGA      .   TA       .   .  .   .    G   .     G    T     .   . A   T  . TCT       .       ACTTTAATCT            .   . .   .    .     TTTTGGTTA                          
blockSeqs                     :                    .  .  . A      C  GG     .  CAGTGTTTG                 .  G     .   .  A   G T        A . .  GG . . .     . .     T            .   .       AT    GA       . G     .   G       . .  T .   T                       . .     .   GT        A    . .    .      . T      .   . . .   .    . .             . .   .      . C       .  C .    .  T  .   .   GCAGG                   .     .   . .     G                .  .         .   .  .  . T     .    . . G       .     . . C        .   AG  .   . TTTTCT              .        .           CCTCT           .   .  .  .    . .  .  T    GGGCC            . .  .   .  .  .  .     .      .         AC     .  .    .  CACT    .     CTTTTTTT                      .   C . C         . .    . .      .  .   .  .  TT   . T   .    .     .  . .   .  .        .   A    GC               .   ACTACATCA             .   .       ATGG     . .  T  A  TG       .       .    AG   C .  .     CA     . . .      TT    .       .  . .    .  . .      . .  T   .        . .   . . .  .   C    A   C          .        G   .    .    .   GG          .     . T      . .   G    CAGC       .  C       .   .       GACC       A      T   T   . .     . .   .  .       . .  .  .  G        .  .   . .  . .      GGGTA   .   .   .     T    .   TAT        .  .   . TGA      .   G        .   .  .   .    A   .     A    A     .   . T   T  . GTT       .       AGTCACATCT            .   . .   .    .                                        
blockSeqs                     :                    .  .  . A      G  GT     .  GTATTTTGA                 .  G     .   .  C   T T        A . .  CT . . .     . .     T            .   .       AT    AG       . G     .   G       . .  G .   T                       . .     .   GT        T    . .    .      . G      .   . . .   .    . .             . .   .      . G       .  T .    .  C  .   .   ATTGG                   .     .   . .     G                .  .         .   .  .  . G     .    . . G       .     . . C        .   AG  .   . ATTTCC              .        .           CTTGC           .   .  .  .    . .  .  T    GGGCC            . .  .   .  .  .  .     .      .         AG     .  .    .  CACA    .     TTTCTTTG                      .   T . C         . .    . .      .  .   .  .  AG   . C   .    .     .  . .   .  .        .   T    GC               .   TTGACTTCG             .   .       ACGA     . .  A  T  CA       .       .    AA   C .  .     CA     . . .      TT    .       .  . .    .  . .      . .  G   .        . .   . . .  .   G    G   C          .        G   .    .    .   GG          .     . T      . .   T    CAT        .  C       .   .       GTTG       A      T   T   . .     . .   .  .       . .  .  .  G        .  .   . .  . .      GGGTG   .   .   .     A    .   TTT        .  .   . .        .   C        .   .  .   .    G   .     G    A     .   . G   T  . TCT       .       GTGAATTTA             .   . .   .                                             
blockSeqs                     :                    .  .  . G      A  GT     .  GTGACTTA                  .  A     .   .  C   T T        T . .  CC . . .     . .     G            .   .       TG    G        . A     .   G       . .  T .   T                       . .     .   GT        T    . .    .      . T      .   . . .   .    . .             . .   .      . G       .  T .    .  A  .   .   ATTG                    .     .   . .     C                .  .         .   .  .  . G     .    . . A       .     . . C        .   AG  .   . TTTCT               .        .           CTTCT           .   .  .  .    . .  .  A    GGGCC            . .  .   .  .  .  .     .      .         AA     .  .    .  CATA    .     TTCTCAA                       .   G . A         . .    . .      .  .   .  .  TG   . C   .    .     .  . .   .  .        .   G    GC               .   ACAACATCA             .   .       ATGG     . .  G  T  CG       .       .    AG   C .  .     CA     . . .      TT    .       .  . .    .  . .      . .  T   .        . .   . . .  .   G    G   C          .        G   .    .    .   GG          .     . T      . .   C    GTG        .  C       .   .       GTTG       A      T   T   . .     . .   .  .       . .  .  .  G        .  .   . .  . .      GGGTG   .   .   .     T    .   TTC        .  .   . .        .   G        .   .  .   .    T   .     G    A     .   . T   A  . TCC       .       GTCCATCT              .                                                       
blockSeqs                     :                    .  .  . T      G  GG     .  GCAGTTTG                  .  G     .   .  C   T C        T . .  AG . . .     . .     C            .   .       TG    G        . A     .   T       . .  A .   T                       . .     .   GC        A    . .    .      . T      .   . . .   .    . .             . .   .      . G       .  T .    .  A  .   .   ACCG                    .     .   . .     C                .  .         .   .  .  . G     .    . . T       .     . . T        .   TT  .   . TTTCT               .        .           CATC            .   .  .  .    . .  .  T    GGGAC            . .  .   .  .  .  .     .      .         AA     .  .    .  TTCT    .     CTCATG                        .   T . T         . .    . .      .  .   .  .  TG   . C   .    .     .  . .   .  .        .   G    TG               .   TCTATATCA             .   .       ACTG     . .  G  T  TG       .       .    AG   C .  .     TA     . . .      TT    .       .  . .    .  . .      . .  G   .        . .   . . .  .   G    G   C          .        C   .    .    .   GG          .     . T      . .   T    CAG        .  T       .   .       CTTG       A      C   T   . .     . .   .  .       . .  .  .  G        .  .   . .  . .      GGAC    .   .   .     T    .   TTT        .  .   . .        .   T        .   .  .   .    A   .     .    A     .   . A   T  . TCT       .                                                                                     
blockSeqs                     :                    .  .  . G      C  GT     .  GCAGTTTG                  .  G     .   .  A   G T        A . .  TG . . .     . .     T            .   .       AT    G        . G     .   T       . .  T .   T                       . .     .   CT        A    . .    .      . T      .   . . .   .    . .             . .   .      . .       .  A .    .  C  .   .   ACCA                    .     .   . .     G                .  .         .   .  .  . T     .    . . T       .     . . T        .   TG  .   . TTGTT               .        .           ATC             .   .  .  .    . .  .  A    GGGCC            . .  .   .  .  .  .     .      .         AG     .  .    .  CCT     .     TTCTTG                        .   C . G         . .    . .      .  .   .  .  TC   . A   .    .     .  . .   .  .        .   G    AC               .   TCATATTTG             .   .       CTGG     . .  A  G  TG       .       .    AG   T .  .     .      . . .      TC    .       .  . .    .  . .      . .  G   .        . .   . . .  .   C    A   C          .        G   .    .    .   TG          .     . .      . .   C    GCG        .  C       .   .       TTCA       A      C   T   . .     . .   .  .       . .  .  .  G        .  .   . .  . .      GGAC    .   .   .     G    .   .          .  .   . .        .   G        .   .  .   .    G   .     .    A     .   . T   C  . T         .                                                                                     
blockSeqs                     :                    .  .  . T      C  TA     .  GTGATGTT                  .  A     .   .  A   G C        T . .  AG . . .     . .     T            .   .       AT    G        . G     .   T       . .  C .   A                       . .     .   T         T    . .    .      . T      .   . . .   .    . .             . .   .      . .       .  C .    .  T  .   .   GTTG                    .     .   . .     .                .  .         .   .  .  . G     .    . . T       .     . . .        .   AA  .   . TTGCT               .        .           TTT             .   .  .  .    . .  .  A    AAGC             . .  .   .  .  .  .     .      .         AA     .  .    .  T       .     TTTTTG                        .   A . G         . .    . .      .  .   .  .  G    . C   .    .     .  . .   .  .        .   G    GA               .   ACTGCATCG             .   .       AGA      . .  T  G  CA       .       .    AC   C .  .     .      . . .      T     .       .  . .    .  . .      . .  G   .        . .   . . .  .   C    A   T          .        C   .    .    .   AT          .     . .      . .   T    AT         .  C       .   .       ATCA       A      C   C   . .     . .   .  .       . .  .  .  A        .  .   . .  . .      GGAC    .   .   .     A    .   .          .  .   . .        .   G        .   .  .   .    G   .     .    A     .   . T   T  . .         .                                                                                     
blockSeqs                     :                    .  .  . T      G  TA     .  GTGGGCTA                  .  .     .   .  G   T T        A . .  GG . . .     . .     T            .   .       AT    G        . G     .   G       . .  C .   T                       . .     .   C         A    . .    .      . C      .   . . .   .    . .             . .   .      . .       .  . .    .  .  .   .   TTG                     .     .   . .     .                .  .         .   .  .  . A     .    . . G       .     . . .        .   TG  .   . TTGTT               .        .           CTC             .   .  .  .    . .  .  A    GGGC             . .  .   .  .  .  .     .      .         .      .  .    .  C       .     TTCATG                        .   C . C         . .    . .      .  .   .  .  G    . C   .    .     .  . .   .  .        .   A    GA               .   CTAATCT               .   .       G        . .  .  T  CA       .       .    AA   T .  .     .      . . .      T     .       .  . .    .  . .      . .  T   .        . .   . . .  .   G    G   A          .        .   .    .    .   AG          .     . .      . .   T    G          .  C       .   .       GTTG       A      T   C   . .     . .   .  .       . .  .  .  G        .  .   . .  . .      GGAC    .   .   .     T    .   .          .  .   . .        .   G        .   .  .   .    A   .     .    A     .   . T      . .         .                                                                                     
blockSeqs                     :                    .  .  . A      A  A      .  GAATATCC                  .  .     .   .  A   G T        A . .  AG . . .     . .     T            .   .       TG    G        . A     .   G       . .  C .   G                       . .     .   G         A    . .    .      . T      .   . . .   .    . .             .                                                                                                            .         .   .  .  . A     .    . . G       .     . . .        .   .   .   . TGATT               .        .           CCA             .   .  .  .    . .  .  A    .                . .  .   .  .  .  .     .      .         .      .  .    .  .       .     ATG                           .   C . T         . .    . .      .  .   .  .  A    . .   .    .     .  . .   .  .        .   G    GA               .   TAAGATA               .   .       T        . .  .  G  C        .       .    AG   . .  .     .      . . .      T     .       .  . .    .  . .      . .  T   .        . .   . . .  .   C    G   .          .        .   .    .    .   GC          .     . .      . .   .    G          .  .       .   .       GTCC       G      C   T   . .     . .   .  .       . .  .  .  G        .  .   . .  . .      CG      .   .   .     T    .   .          .  .   . .        .   G        .   .  .   .    G   .     .    .     .   . T                                                                                                        
blockSeqs                     :                    .  .  . G      A  T      .  TGACTAA                   .  .     .   .  A   G T        A . .  CT . . .     . .     G            .   .       CC    G        . G     .   T       . .  C .   T                       . .     .   G         T    . .    .      .                                                                                                                                                                                                                                                                 .           TT              .   .  .  .    . .  .                        . .  .   .  .  .  .     .      .         .      .  .                                                   .   . . .         . .    . .      .  .   .  .  A    . .   .    .     .  . .   .  .        .   T    .                .   ATTAA                 .   .       G        . .  .  .  .        .       .    AC   . .  .     .      . . .      T     .       .  . .    .  . .      . .  C   .        . .   . . .  .   .    .   .          .        .   .    .    .   .           .     . .      . .   .    .          .  .       .   .       .          .      .   C   . .     . .   .  .       . .  .  .  .        .  .   .                     .   .   .     T    .   .          .  .   . .        .   G        .   .  .   .    A   .     .    .     .   .                                                                                                          
blockSeqs                     :                    .  .  . .      .  .      .  GATTA                     .  .     .   .  C   T T        T . .  C  . . .     . .     T            .   .       TT    G        . T     .   A       . .  C .   G                       . .     .   G         T    . .    .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          .  .  .  .     .      .                                                                                         . .    . .      .  .   .  .  T    . .   .    .     .  . .                                                                       .       .                                                .  .     .      . . .      .     .       .  . .    .  . .      . .                                                                                                                                                                                                  .                                                            .   .     T    .   .          .  .   . .        .   G        .   .  .   .    A   .     .    .     .   .                                                                                                          
blockSeqs                     :                                                                                       .  A   C C        T . .  C  . . .     . .     T            .   .       GC    G        . T     .   G       . .  A .   T                       . .     .   C         A    . .    .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .   . .        .   C        .   .  .   .    A   .     .    .     .                                                                                                              
blockSeqs                     :                                                                                              A C        T . .  C  . . .     . .     .            .   .       AT    G        . G     .   T       . .  A .   T                       . .     .   G         .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             .   .  .   .    .                                                                                                                                   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                  .   .       CT    G        . G     .   A       . .  C .   T                       . .     .   C                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           
blockSeqs                     :                                                                                                                                                      .       A     .        . T     .   G       . .  . .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   


blockSeqCons                  :                                                GTGATTTA*************                           T*****                               T*********                     G*****               G*****                                                                       ***                                                                          ***            **                                                                                                             ***                                                           ***         CTTCC**********                        A*   GGGCC***********                         *****            AG****            CACA**        TTTTTG******************                                           **                        *****                          G*                        ACTACATCG**********                                   CG*                                                                                                                                 G*                                        GG********                            CATG******                *****                                                        ** **    G**                                           ****           TTT**               *******                      ***                G*   A*                   TCT**             AGTCACATCT*******                          ATTCATTNTTATTN*********************
originalCons                  :       TCTCCCTTGGACT-GT-GT-TN-GTTTTCGAGN---GA-GG--G------T-GANT-T--A-ACATC-AGG-TACT-TGT-GGAATGNT---T--CTGNA-T-TCNGT-C-A--GTTT-G--GATT--T-------GTA-GTT--GTTGAC-AT-CA---GG-ACA-C-G--TT-GTT---G--GA-C-TTCA-GGA----------------T-----TT-C-TTTGT-TTTG--TTTGAACAGTTT-G--GGT---CATA-C-T----G-GAA-T-T-TTG-ACTT-C-------------T-G--AG----TTG-GG----ACT-GGCA---TG--A-CT-TCA--GAGT-------TC---G--------T--AATT---T-C----TT--G----------ATCT--C-TGAGTGATT-GGA--T-CA-G-G-GAT-TCAA-G-TGTGTCAAA---GAT-G-T-CGTCTACT-TCTAGGT-GCC-A---T----TTTCT-----TT-----CTTT---TATCTTTAG----C---T---C--T-TTT--C--T-AAAT-C-AG-AG-AAGT--G----G--G-C---T-T-GG-ATT--T-GG-AA-----A-----TT--TTCTTTTCA--A--C-AT-CTGC-ATC-AC-ATG-ACTTGT---T-T-CTT-----TG------GGAATA-ATACT-GCTTTCAATTT-C-TTCT-G--TTTCT-CT--TT--T-AA-TG-T-TCTCT---CT-----T-TT-T-TGG--C----GATGA---T-GTCT----------G-NCATG-TCCACT----AACAT----C-GTGA--CC--TTTATGATG-GGGAC-C--CT-ATGA-CGCATTTC------AT---GCAAGACCG-GG---ACA-CA-TCA-C-A----CTG--T-GA-CAGTGGG-CC-T-CACA--T-C----TCT-G-GT-G-G--GAATGAG-A--TG-T-A--C-ACTG-AGGG-AACACCAGCTGGA-----CTGTGCGC--TTT--GTG--AA---G----G-GA-ACGAT-GT---TCA-T---GC--TTC-----A-G-G--A--C--TTG--AG-----GCT-G--TC--GACGTGTTTGCTGAC-GC-A-GTCCG-C-ACA--C--AGACCG-A--C--T-TG-G-CAGCTG--T-TAC-A--G-A-ATTGCTGGGGACGG-GGC---T----TG-T-CA-CAGTT--TAGGTCA-CA---G-G-------TG---A-----G--C-TCC-TG---T-GCCC-GGG--TGGTG-GGC-AGTAG-CCA-TNCCTCGA-TTC--TCAGAA-----GTCGTG-CT-TCA-A-TCTTGAAAT-AAA-A-TAA---AG---TAT----------------TTT--TNG-----TTA---AGAATGCCTTGACATCA
finalCons                     :       TCTCCCTTGGACT-GT-GT-TN-GTTTTCGAGN---GA-GGGTGATTTA-------------ACATC-AGG-TACT-TGT-GGAATGNTT-----CTGNA-T-TCNGT-C-A--GTTT-G--GATTT---------GTA-GTT--GTTGAC-AT-CAG-----ACA-C-G--TT-GTTG-----GA-C-TTCA-GGA----------------T-----TT-C-TTTGT-TTTG--TTTGAACAGTTT-G--GGT---CATA-C-T----G-GAA-T-T-TTG-ACTT-C-------------T-G--AG----TTG-GG----ACT-GGCA---TG--A-CT-TCA--GAGT-------TC---G--------T--AATT---T-C----TT--G----------ATCT--C-TGAGTGATT-GGA--T-CA-G-G-GAT-TCAA-G-TGTGTCAAA---GAT-G-T-CGTCTACT-TCTAGGT-GCC-A---T----TTTCT-----TT-----CTTT---TATCTTTAGCTTCC----------T-TTT--C--T-AAAT-C-AG-AGA-AGTGGGCC-----------T-T-GG-ATT--T-GG-AA-----A-----TT--TTCTTTTCAG----C-AT-CTGC-ATCACA--TG-ACTTGTTTTTG------------------GGAATA-ATACT-GCTTTCAATTT-C-TTCT-G--TTTCT-CT--TT--T-AA-TG-T-TCTCT---CT-----T-TT-T-TGG--C----GATGA---TG-TCT----------G-NCATG-TCCACTACATCG----------TGA--CC--TTTATGATG-GGGAC-C--CT-ATGACG-CATTTC------AT---GCAAGACCG-GG---ACA-CA-TCA-C-A----CTG--T-GA-CAGTGGG-CC-T-CACA--T-C----TCT-G-GT-G-G--GAATGAG-A--TG-T-A--C-ACTG-AGGG-AACACCAGCTGGA-----CTGTGCGC--TTT--GTG--AAGG--------GA-ACGAT-GT---TCA-T---GC--TTCATG------G--A--C--TTG--AG-----GCT-G--TC--GACGTGTTTGCTGAC-GC-A-GTCCG-C-ACA--C--AGACCG-A--C--T-TGG--CAGCTG--T-TAC-A--G-A-ATTGCTGGGGACGG-GGC---T----TG-T-CA-CAGTTT--AGGTCA-CA---G-G-------TG---A-----G--C-TCC-TG---T-GCCC-GGG--TGGTG-GGCA-GTAG-CCA-TNCCTCGA-TTCT--CAGAA-----GTCAGTCACATCT-------GAAAT-AAA-A-TAA---AG---TATATTCATTNTTATTN---------------------AGAATGCCTTGACATCA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): TGCGCCTGTACACATTCTTAAAAGAGAGAGAATAATATTTTCAGATTGGTAACTCAATGTCTGCTTTTCAGTAGGAGTCCATCAGCTTAATCTGTAACT
Unaligned ( gi|35 ): ATTTCTTCGGTTTCCTTTTCAAGTTTCTTTATCTTGTCGTTGAAAATTTC






Alignments
lowQualScore                  :                                      22222222222222222222222222222222222222        11                                                                                                                              1111111111111111111111              1111                                                     1111111111111                 11111                           33333333333333333333333             1111  2222222222222                                                                                     111111111111111111                                                                                                                               2222222222222            2222222222222222222                                                       1111            11111                                            111111111                                                 11             111111       111       1111111111               2222                                                                                                                                   11                                                                                                                                       3333333                        11111               3333333      11111111                           11                        11111111       222                  1111                   22222222222222222          111111111                        
lowQualScore                  :                    4  9999  2 44     44444444444444444444444444444444444444     22 00    4   6  2   1 666666   1 4 2  55 2 6 33    2 33    7777777777   2   66      4444  4444 77  2  5555  2   888888  2 2  2 2   4444444444444444444444  2 2     2   6666      1    2 33   666    2 666666 2   2 5 2   2    2 5555555555555 2 888888888   3 00000   3  2 888  44 55 3   44  99999999999999999999999 44    555 6 3333  0000000000000    44 5  0 0      2 33 2  2 666   2    2 5 1      555    2 2 88       2   44      2 222222222222222222  77777   444        0 44  7777      2   2  2  2  55    8888 2 888   2  2 2  33   2  66666 88888  33        999999 2  2    2   4444444444444     33 555 1111111111111111111     2 2   44 2 2         5    333 33  33   2    33 2  2222 2 5   444  33333 2  2 2   33 8888     444 77    55    2  33 888888888 8888888  444   33  33    8888888  99999    2 33 00 2  55   2   000000  444  888  2 2  7777777777   2 2 7777  2 0000  2       5  2 2    33 2 5555   2 2  666 33       2 33 2 2 2 33 2   66    2  2          99999    3   33   33 0 555555 333  2     2 22  2 444 99   2   444 33   444  33  66666   777777777  2      1   33  2 2   0 2 2   33 33      2 33 66 2  555      66 5   5 33 5 2      0000000 2   444 5555  444  2   33333      2  444 2 2222222  444 88888888 2   2  666 2    22  33    77   66    2   2 1   2  2 99999999   1 2 000 55   99999   99  4444    8   8 4   55 4 88888888888888888 4 55  1  777777777 66 1 66                
lowQualScore                  :                    .  ....  . ..     ......................................     .. ..    .   .  .   . ......   . . .  .. . . ..    . ..    ..........   .   ..      ....  .... ..  .  ....  .   ......  . .  . .   ......................  . .     .   ....      .    . ..   ...    . ...... .   . . .   .    . ............. . .........   . .....   .  . ...  .. .. .   ..  ....................... ..    ... . ....  .............    .. .  . .      . .. .  . ...   .    . . .      ...    . . ..       .   ..      . ..................  .....   ...        . ..  ....      .   .  .  .  ..    .... . ...   .  . .  ..   .  ..... .....  ..        ...... .  .    .   .............     .. ... ...................     . .   .. . .         .    ... ..  ..   .    .. .  .... . .   ...  ..... .  . .   .. ....     ... ..    ..    .  .. ......... .......  ...   ..  ..    .......  .....    . .. .. .  ..   .   ......  ...  ...  . .  ..........   . . ....  . ....  .       .  . .    .. . ....   . .  ... ..       . .. . . . .. .   ..    .  .          .....    .   ..   .. . ...... ...  .     . ..  . ... ..   .   ... ..   ...  ..  .....   .........  .      .   ..  . .   . . .   .. ..      . .. .. .  ...      .. .   . .. . .      ....... .   ... ....  ...  .   .....      .  ... . .......  ... ........ .   .  ... .    ..  ..    ..   ..    .   . .   .  . ........   . . ... ..   .....   ..  ....    .   . .   .. . ................. . ..  .  ......... .. . ..                
lowQualScore                  :                    7  7777  4 22     88888888888888888888888888888888888888     99 88    7   7  9   0 222222   0 4 2  88 2 7 11    2 11    1111111111   1   88      0000  2222 55  0  0000  0   111111  0 0  4 0   1111111111111111111111  1 1     1   9999      0    4 22   555    7 333333 9   9 7 9   9    9 7777777777777 9 777777777   1 00000   1  6 555  22 22 1   22  99999999999999999999999 22    444 2 8888  5555555555555    22 7  9 7      9 99 9  9 777   9    9 7 9      000    9 9 66       9   88      9 111111111111111111  11111   777        2 22  1111      7   7  7  7  66    9999 9 555   7  7 7  44   5  22222 88888  44        111111 7  7    9   3333333333333     99 000 5555555555555555555     7 7   22 7 1         0    000 44  44   5    44 5  3333 5 4   444  88888 5  5 5   77 3333     777 99    55    7  77 333333333 0000000  555   77  44    1111111  99999    7 77 11 5  11   7   333333  777  444  0 5  1111111111   5 5 8888  5 0000  5       0  5 5    44 5 3333   5 5  222 77       7 77 7 7 7 77 7   00    7  7          33333    3   77   77 8 222222 000  7     7 77  7 777 00   7   777 77   777  77  77777   111111111  3      4   33  7 7   7 7 7   77 44      7 77 33 7  666      33 3   3 99 7 9      5555555 7   444 3333  000  5   88888      5  111 4 4444444  111 66666666 2   2  111 2    66  22    88   44    4   5 0   5  9 99999999   2 9 444 00   22222   55  0000    0   0 0   55 0 77777777777777777 0 55  0  000000000 11 0 99                
consensus                     :       TCTCCCTTGGACT-GT----GT-TN-GTTTTCGAGN---GA-GG--G------T----G-AT-TT--A-ACATC-AGG-TACT-TGT-GGAATGNT---T--CTGNA-T-TCNGT-C-A--GTTT-G--GATT--T-------GTA-GTT--GTTGACA-T-CA----G--AC-AC-G--TT-GTT---G--GA-C-TTCA-GGA----------------T-----TT-C-TTTGT-TTTG--TTTGAACAGTTT-G--GGT---CATA-C-T----G-GAA-T-T-TTG-ACTT-C-------------T-G--A-G----TTG-GG----ACT-GGCA---TG--A-CT-TCA--GAGT-------TC---G--------T--AATT---T-C----TT--G----------ATCT--C-TGAGTGATTGG-A--T-CA-G-G-GAT-TCAA-G-TGTGTCAA---AGAT-G-T-CGTCTACT-TCTA-GGTGCC-A---T----TTTCT-----TT-----CTT---TTATCTTTAGC-TTC-C-TTTTCT-AAA-TC-AG-AG-AAGTG----G-GC--CTT-GG-A-TT--TGG-AA-----A-----TT--TTCTTTTC--AA--C-AT-CTGC-ATC-A-----C-ATG-ACTTG--T---T--CTT-------G------GGAAT-A-ATAC-T-GCTTTCAATTT-CTTC-T-G--TT--TCT-CTTT--T-AA-TG-T-TCTCT---CT-----T-TT-T-TGG--C----GATGA---T-GTCTG-NCATG-TC--C----AC-T-A-CA----TC--GTGA--CC--TTTA-------TGATG-GGGAC-C--CT-ATGACGCAT-TTC------AT---GCAAGACCG-GG---ACA-CA-TCA-C-A----CT-G--T-GA-CAGTGGG-CC-T-CACA--T-C----TCT-G-GT-G-G--GAATGAG-A--T-G-T-A--C-ACTG-AGGG-AACACCAGCTGGA-----CTGTGCGC--TTT--GTG--A---AGG-GA-ACGAT-GTTCA-T---GC-TTC-ATG---G--ACT---TG--AG-----GCT-G--TC--GACGTGTTTGCTGAC-GC-A-GTCCG-C-ACA--C--AGACCG-A--C--T-TG-G-CAGCTG--T-TAC-A--G-A-ATTGCTGGGGACGG-GGC---T----TG-T-CA-CAGTT--TAGGTCA-CA---G-G-------TG---A-----G--C-TCC-TG---T-GCCC-GGG--TGGTG-GGC-AGTAG-CCA-TNCCTCGA-TTC--TC--AGAAG-TCG-G--TCAC----ATC--TG----AAAT-AAA-A-TAA--A-G-------TATATT----C-A--TTNTT-A-------T--TTA--GAATGCCTTGACATCA
Reference ( family-1671 )     :       TCTCCCTTGGACT-GT----GT-TN-GTTTTCGAGN---GA-GG--G------T----G-AT-TT--A-ACATC-AGG-TACT-TGT-GGAATGNT---T--CTGNA-T-TCNGT-C-A--GTTT-G--GATT--T-------GTA-GTT--GTTGACA-T-CA----G--AC-AC-G--TT-GTT---G--GA-C-TTCA-GGA----------------T-----TT-C-TTTGT-TTTG--TTTGAACAGTTT-G--GGT---CATA-C-T----G-GAA-T-T-TTG-ACTT-C-------------T-G--A-G----TTG-GG----ACT-GGCA---TG--A-CT-TCA--GAGT-------TC---G--------T--AATT---T-C----TT--G----------ATCT--C-TGAGTGATTGG-A--T-CA-G-G-GAT-TCAA-G-TGTGTCAA---AGAT-G-T-CGTCTACT-TCTA-GGTGCC-A---T----TTTCT-----TT-----CTT---TTATCTTTAGC-TTC-C-TTTTCT-AAA-TC-AG-AG-AAGTG----G-GC--CTT-GG-A-TT--TGG-AA-----A-----TT--TTCTTTTC--AG--C-AT-CTGC-ATC-A-----C-ATG-ACTTG--T---T--TTT-------G------GGAAT-A-ATAC-T-GCTTTCAATTT-CTTC-T-G--TT--TCT-CTTT--T-AA-TG-T-TCTCT---CT-----T-TT-T-TGG--C----GATGA---T-GTCTG-NCATG-TC--C----AC-T-A-CA----TC--GTGA--CC--TTTA-------TGATG-GGGAC-C--CT-ATGACGCAT-TTC------AT---GCAAGACCG-GG---ACA-CA-TCA-C-A----CT-G--T-GA-CAGTGGG-CC-T-CACA--T-C----TCT-G-GT-G-G--GAATGAG-A--T-G-T-A--C-ACTG-AGGG-AACACCAGCTGGA-----CTGTGCGC--TTT--GTG--A---AGG-GA-ACGAT-GTTCA-T---GC-TTC-ATG---G--ACT---TG--AG-----GCT-G--TC--GACGTGTTTGCTGAC-GC-A-GTCCG-C-ACA--C--AGACCG-A--C--T-TG-G-CAGCTG--T-TAC-A--G-A-ATTGCTGGGGACGG-GGC---T----TG-T-CA-CAGTT--TAGGTCA-CA---G-G-------TG---A-----G--C-TCC-TG---T-GCCC-GGG--TGGTG-GGC-AGTAG-CCA-TNCCTCGA-TTC--TC--AGAAG-TCA-G--TCAC----ATC--TG----AAAT-AAA-A-TAA--A-G-------TATATT----C-A--TTNTT-A-------T--TNA--GAATGCCTTGACATCA
gi|1                          :          CCCTTGCACT-GTT---GTCTT-GTTTT-GAGG---G--GG--G------T----G-AC-T---A-ACATC-AGG-GTCTCTGT-AG--TGGT------CT-CA-T-TCCGT-C-A--GTTT-G--GATCCGT-------GTACACT--ATTGACA-T-CA----GGGAC-AC-T--TTTGTTCATG--GA-C-TTAATGGA----------------T-----TT-CATTTAT-TTTG--CCTGAACAGTTC-G--GGTG--CATA-C-T----G-GAA-T-TATTG-ACTT-C-------------TTG--A-G----TTG-GG----ACT-GGCAA--TG--A-CT-TCAATGAAT-------T----G--------T--AATT---TTC----TT--G----------ATCT--C-TGAGTGATTGG-A--T-TATG-A-GAT-TCAA-A-T-TGTCAAAAGAGAT-A-T-TGTCTACT-TCTATGTTGCC-A--------TTTCT-----TT-----CTTTAATTAT-TTTCG--TTC-T-CTTTCT-AAATTC-AG-AGTAAATG----G-GCAACTTAGG-ATTT--TGG-AA-----AGATAGTT--TCGTTTTCATAA--CTATACTGCTATC-AC----C-ATG-ACTTG--T---TTCTTT-------G------GAAAT-A-ATACTT-GCTTTCAATTTCCTTCTT-A--TTTCTCT-CTTT--T-AA-TG-TATTTCT---TTATTTAT-TT-T-TGA--T----GATGC---T--TCTG-CCATG-TC--C----CCAG-A-CA----AC--ATGA--CC--T----------TGATG-TGGAG-C--CT-GTAA-GCACATTA------AT---GC-AGACCGTGG---AGA-TA-TCA-C-A----CTGG--T-GA-CAGTGGG-CCGT-CACA--C-A----TCC-GAGT-G-G--GAATGAG-A--CGG-T-A--CGACTG-A-GG-AACACCAGATGGA-----CTGTGCG---TTT--GTG--GAACAGG-GAGACGAT-GTCTA-T---GC-TTCGATGCACG--ATT---TC--AGAAATAG-T-G--TG--TACGTGTTTGTTTAT-GC-AGGTCTG-G-ACA--C--AGACCT-AAGCG-T-TGTG-CAGCTG--TATACTA--GTA-ATT-CT--GGAC-G-GGC---TCTTATG-T-CA-CAGTTTATAGTTTA-CA---G-GGTTGTAATG---A-----G--C-ACT-TGTAAT-GCTC-GAG--TGGTACGGCTAGTAG-CCACTTCTTTGT-TTC---CAAAGATG-TTC-G--TCAC----ACCCTTC----A----AAG-A-GAA--A-G-----------------C-A--TTCTT---------T--TCA--GA
gi|10                         :    ctttgTCCCTTGGACT-GT----G-----GTTTTTGAGA---GA-GG---------T----G-AC-TA--A-ACATC-AG--TACTATGG-TGAATGGC---T--CTAGA-T-TCAGT-C-A--GTC--G--GATT--T-------GTA-ATT--ATTGACA-T-CA----GGAAA-AC-T--TT-GTT---G--GA-C-TT----AA----------------T-----TTGC-TTTGT-TTT---TTTCAACAGTTT-G--GGT---CATA-CCT----G-GAA-T-T-TTGGACAT-C-------------T-G--A-G----TTG-G-----ACT-GGCA---TGGGA-CT-TCA--AA---------TT---G--------T--AATT---T-CC---TT--G----------ATCT--C-TGAGTGTTTGA-A--T-CA-G-G--AT-TCAAAG-TGAACAAA---AAATCG-T--GTCTACTGTCTT-GGTGCCCA---TA---TTTTT-----TT-----CTC---TTATCTTTAGC-AAT-C-TCCTCT-ACA-TC-A--AG-TAGTG----G-ACG-CTT-G--A-TT--T---AA-----A-----TT--TTCTTT-C--AG--C-AT-C-GC-ATA-A-----A-ATGGACTTGCTT---T--TTT-------T------GGAAT-A-ATAC-TGGCTTTCAA-TT-CTTC-T-G--TT--TCT-TCTT--T-AA--G-T-TTTCT---CT-----C-TT-C-T-G--C----AATAA---TCATCAGCGCATG-TC--C----AC-A-AGCA-----A--AAGA--CC--T----------TGATG-TGG------CT-GTAATACAT-TTA------AT---GCCAGAC---GG---ACATCA-AAA-C-A----CT-T--T-GATCAGTGGG-CC-T--ACA--TCC----TCT---GT-G-G--AATTGAG-A--T-GTT-A--C-ACT--AGGG-AACACCACTTGGA-----CC---TGC--TTT--GTG--A---A---GA-ACGAT-G-TCATT---GC-TTC-ATG---G--GCT---TG--AG-----GCG-G--TT--GACATTCTTGTT-AT--C-A-GTCTGCC-ACA--C--AGACCG-A--C--TATG-GTCAACTG--TGTAC-A--G-AGATTGTT-----CGGCGGC---T----TG-TCCA-CAGTT--TAGATCACCA---GAG-------TG---ATGGATG--C-T-C-TG---TAGCCT-GGG--TGGT--GGC-AGTAG-CCctagcagcatttcaattttatttatgatagaggtgttttatctgaac
gi|11                         :         TCCCTTGGACT-A-----GT-TT-GTTTTTGAGC---GA-GG--G-------------AT-T-------ATC-GGA-T----TGT-G-AATGCT---TGTCTGTAAT-TCTAC-C---------G--GATA----------GTA-ATT--GTTGCAA-A-CA----G--A--AT-G--TT-GTT---G--GA-C-TTCA-GGGAGAGGGTGACCTGTTGT-----TT-G-TTTGTGTTTT--CTTGAACAGCTT-G--G-T---TATA-C-T----G-GAAAT-T-TTT-ACGT-C-------------T-A--A-G----TTG-G-----ACT-AG-A---TG--G-GTATCA--GAAT-------T----G--------TTTAAT------C----TT--G----------ATTTAGC-AGAAT--TCGC-A--T-CA-A-G-AGA-TCAA-G-TGTG-AAA---AGA-------G---ACT-TCT---GT-CC-T---T----TGTCA-----TTAGTAACTT---ATATTTTTCGA-TCT-T-TTGTCT-AAA-TC-AG-AG-TAGCC----ACGT--CTT-GG-A-TTATTGG-AA-----AA----TT--TTATTTTC--AAATT-AT-CTGC-ATT-G-----C-ATG-ACTTA--A---T------------G------AGAAT-A-ATAC-T-GGTTTCTGTTTTCTTC-TCG--TC--TCT-CTTT--T-AAATG-T-TTTCTTCTCT-----T-TT-T-TGG--C-----ATAA---T-ATCT---------C--C----AC---A-CAATGGCC--TTGA--CC--ATTAATGATTTTGATGTGGGACGT--CT-AAGACGCAT-GCG------AA---GCAC-ACTG-GGTCCAGG-CA---A-C-A----CT-G--TTGA-CAGTGA-----C-CATA--T-C----TCT-G-GT-GTG--AAATGAG-A--T-G-T-A--C-ACTG-AGGG-AA---CAGCTGGA-----CTTAGCG---TTT--GTG------ACG-TA-ATGTC-GTTC------GC-TTC-ATG---A--AGCAAATA--AA-----CCT-G--CCCTGACATGTGTG-TGATGGC-A-GTCTG-C-ATA--C--A
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             -TGAGTGATTTA-A--T-CA-G-T-GAT-TCAA-G-TGTGTCAA---AGAT-G-T-TGTCTACT-TCTA-AATGCC-A---T----TT-CT-----TT-----CTT---TTATTTTTAGC-TTC-T-TTTTCT-AAA-TC-AG-AG-AAGTG----G-GC--CTT-GG-A-TT--TGG-AA-----A-----TT--TTCTTTTC--AA--C-AT-CTGC-ATT-A-----C-ATG-ACTTG--C---T--CAT-------G------GGAAT-A-ATAC-T-GCTTTCAATTT-CTTC-T-G--TT--TCT-CTTT--T-AA-TG-T-TTTCT---CTC----T-TT-T-TGG--C----GATGA---T-GTCTG-CCATG-TC--C----AC-T-A-CA----TC--ATGA--CC--TTTA-------TGTTG-A-----C--CT-GTGAGACAT-TTA------AT---GC-AGACCG-GG-----A-CT-TCA-C-A----CT-GT-T-GA-CAGTGGG-CC-T-CACA--T-C----TCT-G-GT-G-G--GAATGAG-A--T-G-T-A--C-ACTG-AGGG-AACACCAGCTGGA-----CTGTGCGC--TTT--GTG--A---AGG-GA-GCGA--GGTCA-T---GT-TTC-CTT---G--ATA---TG--AG-----GCT-A--AC--AGCATGTTTGATGCT-GC-A-GGCTA-C-ACA--C--AGACCG-A--C--T-TG-G-CAGCTG--T-TAC-A--G-A-ATTGCT--GGAC-G-GGC---T----TG-T-CA-CAGTT--TAGATCA-CA---G-GTGA----TG---A-----G--C-TCC-TG---T-GCCC-AGG--TGGT--GGC-AGTAG-CCA-TTCCTTGA-TTC--TC--AGATG-TTG-G--TCAC----ATC--TG----AAAT-AAAGA-TAA--A-G-------TATATT----C-A--TTGTT-A-------T--TTA--GAATGCCTTGACATCAtaattgctggacatgaggcggcggccttgacaaattgttagtcactggtgatgag
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          --TGG-AG-----A-----TT--TTGTTTTC--TG--C-TT-CTTC-ATT-TTT---C-TT---CTTG--T---A--CTT-------T------GGAAT-A-ATGG-T-GGATTCAATTT-CTTT-G-G--TT--TCC-TTTT--C-AA--G-T-T-TCT---TT-----T-TC-T-TGT--C----GTTGAAATT-TTCTG-GCATA-TC--T----TT-G-A-CT----TC--GTG-------TCGA-------TTATG-GGGAC-CAACT-ATG---CAT-TTC------AG---GCAA-ACTG-GA---ACA----TCA-C-A----TT-GC-T-GG-CAGTGGG-CC-T-CACA--T-C----TCT-G-GT-T-G--GTGTGAA-A--T-T-C-A--C-ACTC-AGGA-AAAGCCACCTTT------CTGT---C--TTT--A----A---AAT-GA-ACGATTGTCGA-T---CA-GTT-GTG---G--A-T---TG--AG-----CTT-G--AC--CACGTGTTTACTGAC-AC-A-GTCCA-C-ACA--C--AAACTG-A--G--T-TG-A-CAGTTG--T-TAC-A--G-A-ACTGCTGGGTA----GGC---T----TG-A-CA-CAA-----AGGTCA-CA---G-G-------TG---AT----GACC-TCC-TG---T-GCCT-GGG--AGGTG-GGC-A-TGG-CCA-TACTCCAA-AT-------AGAAG-tacctaatacccaat
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           catcaattttggccatcataaTCTG-GCATG-GT--C----AG-T-AACT----TT--GTGT--CTCATTTA-------TG----GCCAA-C--CT-ATGCC-CAT-TTC------ATTTTGTCAAACTG-GT----CA-CA-TCGGC-A----TT-GC-T-GC-CAGTGGAATT-T-TACA--T-CATCTTCT-G-GTTG-G--GTGTGAA-AATT-C-C-A--C-ACTCTAGGA-AAAGCCA-CT--------CTTTCTGT--TCT---TG--A---AAATGA-ACGAT-GTTCA-TTGTGG-TT----G---GTTACT---TG--AA-----GCTTG--TC--CACGTGTTTACTGAC-AC-A-GTCCA-CTACA--CCAAAACTG-A--G--T-TG-A-CAATTG--T-TAC-AACG-A-CT--CTGGGTTAGG-TGC---T----TG-A-CAACA------AAGTCA-CA---G-G-------TGATTA-----C--C-TCCTTG---T-GCCT-GGG--AGGTG-GGC-A-TGG-ACA-TATTCCAA-T--------AGAAG-C---------------TG--TG----AATT-TAG-A-TAT--A-T-------TATTTT----C-A--TTctggaattatatgataataattttcatttatcagtcacagaagtgtctgattaatttgttagtgtctcattccttaaaatagct
gi|15                         :      aatTTCCTTGGATT-GTT---GT-TA-GTTTTC-AGTTTTGA-TG--G------CAGTGG-AT-AT--AGACATCTATA-TCAT-TA--GGCATGTT---T--CTGTA-T-TCCTTTC-A--GTTT-G--GATT--T-------GT--GTTAAGTGAGCG-TGCA----G--ATTAC-A--TT-GTT---T--GAGT-TTCA-GAA----------------T-----TT-C-TTTGT-TTGT--TTTGAACTGTTT-GGAGGT---CATG-C-C----A-GGA-CAT-TTG-ATTT-T-------------T-tatcggtcacaggaagtgtctttgatttattgtgtagtgtgtcatttcctctaaaatagcttatcttggttttctataggactttcctatttttactgtcctgtaaatagacattaaaaaatttgtttttaagaataattaaaatatttagcat
gi|16                         :       TCTCCCTTGGACT-GT----GT-TT-GTTTT-GAGA---GA-GG--G------T----G-AC-TT--A-ACATC-AGG-TACT-TGT-GGAATGGC---T--CTGAA-T-TCAGC-C-A--GTTT-T--GATT--T-------GTA-ATC--GTTGATA-T-CA----G--AC-AC-G--TT-GTT---G--GA-C-TTAA-GGA----------------T-----TT-C-TTTGT-TTTC--TTT-AACAGTTT-G--GGT---CATA-C-T----G-GAA-T-T-TTG-ACTT-C-------------T-G--A-G----TTG-GG----ACT-GGCA---TG--A-CA-TCA--GAAC--------C---G--------T--AATT---T-C----TT--G----------ATCT--C-TGAGTGATTGG-A--T-CA-G-G-GAT-TCCA-G-TGTGTCAA---AGAT-G-T-TGTCCACT-TCTA-AGTGCC-A---T----TT-CT-----TT-----CTT---TTTCCTTTAGC-CTC-T-TTTTCT-AAA-TC-AG-AG-AAGTG----G-GC--CTT-GG-A-TT--CGG-AA-----A-----TT--TTCTTTTC--AA--C-TT-CTGC-ATC-A-----C-TTG-ACTTA--T---T--CTT-------G------GGAAT-A-ATGT-G-GCTTTCAATTT-CTTC-T-G--TT--TCT-CTTT--T-AA-TA-T-TTTCT---CTA----T-TT-T-TGG--T----GATGA---T-ATCTG-CCATA-TC--C----AC-A-A-CA----TC--ATGA--CC--TTTA-------TGACG-AGGtttattttggctgaactggtgagatttagaggagcagccagggagggtacctcttttactgagacgtatcatcacaaatgtccttagaattattgaaactgaaaaagactggtgagtcaatttctctggctgagggtccagaggtagattttcttgagacatttcttttttctttaccatgactccgcatcatgtgggcccgcatcaaatgatttttgctattgctgagtcctctcttcatttttcgtgattcatgtgtctgagtggaagaatggctttagagattcaatttctctttcgcgtttctttttctcaagtttctatttttt
gi|17                         :       TCTCCCTTGGATT-GT----GT-TG-GTTTT-AAGT---GA-TG--G------T----A-GTGTT--A-A-ATC-AGG-TACT-TGT-GGGATGTT---T--CTGAA-T-TCAGT-C-A--GTTT-G--GATA--T-------GTA-ATT--GTGGACA-T-CA----G--AC-AC-G--TT-GTT---G--GA-T-TTCA-GGA----------------T-----TT-T-TTTGT-TTT---CTTGAACAGTTT-G--GGT---CATA-C-G----G-AAA-T-T-TTG-ACTT-CTTNTTTGTTTTCTT-G--A-ACAGTTTG-GGTCATACT-GAAATTTTG--A-CT-TCT--GAGT-------TG---GGACTGGTAT--GATT---T-CAGAGTT--GTAATTTGGAAATCT--T-TAAGGGACTGG-G--T-CA-G-G-GTA-TCAA-G-ATTGTCAA---AGAT-G-T-CGTCTACT-CCCA-CGTGCC-A---T----TGT-T-----TT-----CTT---TTATCTTTACT-TTT-C-TTCTTT-AAA-TC-AA-AG-
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            CCAGCTGGA-----CTGTGCGT--TTT--GTA--A---AGG-GA-ATGAT-GT-CA-T---GT-TTT-ATG---G--ACT---TG--AG-----GCT-G--TT--GACATGTTTGCTGAT-GC-A-GGCTA-C-ACA--C--AGACCG-A--C--T-TG-G-CAGCTG--T-TAC-A--G-A-ATTGCT--GGAC-A-GGC---T----TG-T-CA-CAGTT--TAGATCA-CA---G-GTGA----TG---A-----G--C-TCC-TG---T-GCCC-AGG--TAGT--AGC-TGTAG-CCA-TATCTAAA-T-----------GG-T-G-G--CCAT----ATC--TGTA--AAACAAAA-A-CAATCA-A-------TGGAT-------A--TTTTT-A-------T--T
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   GC---T----TG-A-CA-CAA-----AGGTCA-CA---G-G-------TG---A-----T--G-ACC-TG---T-GCCT-GGT--TGGTT-GGC--GTCG-CCA-TACTCCAA-T--------AGAAG-gcatcaaagttaaacttacagcatgaccaaaacatctaataataattgtataatgatgaataac
gi|2                          :         TCCCTTGGACTAGT----GT-TTTGTTT--GAGG---GA-GG--G------T----G-AC-CT--ATACATC-AGG-TACT-TGT-GGAATGGC---T--CTGAA-T-TCGGT-C-A--GTTT-TTTGAAT--T-------GTA-ATT--GTTGATA-T-CA----G--AC-ACCG--CT-GTT---G--GA-T-TTCA-GGA----------------T-----TT-C-TTTGT-TTTC--TTT-AACAGTTTGG--GGT---CATA-C-T----G-GAA-T-T-TTA-ACTT-C-------------T-G--A-G----TT--GG----AC--GACA---TG--A--T-TCA--AAA--------CC---A--------T--AATT---T-C----TTTGA----------ATCT--C-TGAGTGATTGG-ATTT-CA-A-GTGAT-TCAA-A-TGTGTCAA---AGAT-G-T-TGTCTACT-TCTA-GGTGCC-----T----TTTCT-----TT-----CTT---TTATCTTTAGCATTCTT-TTTTCT-AAA-TTGGG-AGTAAGTG----G-GC--CTT-GG-A-TT--TGG-AA-----A-----TTTGTCCTTTTC--AC--C-AT-TTGC-ATCAA-----C-AGG-ACTTG--T---T--CTCA------A------GGAAT-A-ATTC-T-GCTCTCTATTT-CTTC-T-G--TT--TCC-TTTT--TAAA-TGTT-TCTCT---CT-----T-GT-T-GGG--T----AATGA---T-TTCTG-CCATG-TC--C-----C-T-A--A----TC--TATA--CC--TTTA--------GA-G-AGGAC-C--CA-GAGAGACAT-TTC------AT---GC-AGACCG-GG-----G-CA-TCA-CTA----CT-GT-T-GA-CAGTGGC-CT-T-CACA--T-C----TCT-G-GT-G-G--GAATGAGAA--T-G-T-G--C-ACTG-AGGGAAACACTAGCTGGA-----CTGTGC-CTATTT--GTGAAA---AGG-GA-ACGAT-ATCAA-T---GC-CT--ATG---G---CT---TG--AG-----GCT-GGTTT--GACA-G-TTGTTGAT-GCAA-ATCTG-G-A-A--C---GACAG-G--C--C-TG-------TG--T-TAC-ctgaaattagatttattaaattttaattttcaatttatgtggatttattatcggccgctgtgaggagtgcctggttcatttgttagtgtgtcattcctcataatggctagcttggttttctgttggacttgctagtttaccggccgttaacaatttataaaatcgattttaagatattcaaaatttcagaa
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        --AGACCGGA--C--T-TG-G-CAGCTG--T-TAC-A--G---ATTGCT-GAGACGG-CCT---T----TG-T-CA-C-GTT--TAGGT-A-CA---G-GTGA----TG---A-----G--C-ACC-TG---T-GCCT------TGGT--GGC-AGTAGCCCA-TTCTTTGATTTC--CC--AGAAACTTG-G--TCACTTTAATC--TG----AAAT-AAAGA-TAA--A-G-------TTTTAT----C-AAGCCCCT-ATACAAATT--TTAGGGAGTGCCTTGACATCAtttatttttctgaacatcagggctagcattatctagaccggacttggcagctgttacagattgctgagacggcctttgtcacgtttaggtacaggtgatgagcacctgtgccttggtggcagtagcccattctttgatttcccagaaacttggtcactttaatctgaaataaagataaagttttatcaagcccctatacaaattttagggagtgccttgacatcaaccaaggacccat
gi|20                         :                                                                                                                                                                                     tcccttggactagtgttttgtttgagggagggtgacctatacatcaggtacttgtggaatggctctgaattcggtcagttttttgaattgtaattgttgatatcagacaccgctgttggatttcaggatttctttgttttctttaacagtttggggtcatactggaattttaacttctgagttggacgacatgattcaaaaccataatttctttgaatctctgagtgattggatttcaagtgattcaaatgtgtcaaagatgttgtctacttctaggtgccttttctttcttttatctttagcattcttttttctaaattgggagtaagtgggccttggatttggaaatttgtccttttcaccatttgcatcaacaggacttgttctcaaggaataattctgctctctatttcttctgtttcctttttaaatgtttctctcttgttgggtaatgatttctgccatgtccctaatctatacctttagagaggacccagagagacatttcatgcagaccggggcatcactactgttgacagtggccttcacatctctggtgggaatgagaatgtgcactgagggaaacactagctggactgtgcctatttgtgaaaagggaacgatatcaatgcctatggcttgaggctggtttgacagttgttgatgcaaatctggaacgacaggcctgtgttactttatttttctgaacatcagggctagcattatct-GG---AAA-CA-TCA-C-A----TT-GCAT-GG-CAGTGGGGCC-T-CACA--T-C----TCTGG-GT-T-T--GAGTGAA-A----G-C-A--C-ACTC-AGG---ACACCAaccaaggacccat
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    tttcctggcatactcttcatcaagttcttttcttgtcattgttgaaatttcagttatctgaggctagtgcttctctcccggtgaatcatatcgtcccagtttatcctccatcatatggggacaacgctcaggtgtcatttctttaaagcaatC--TATA-------T-ATG-GAGAC-C--A--ATTATGCAC-TCCTGAAAAAT---GCAAAAT-G-GA---ACA-AAATCA-C-ATGCACT-G-------CAGTGGG-CC-TCCACAAGT-C----TCT-G-GT-c
gi|22                         : tgtgcaTCTCCCTTTGACT-GT----GT-TA-GTTTTC-AGT---GA-TG--G------C----A-GT-TT--G-ACATC-AA--TATC-AGTAGGCATGTT---C--TTGAA-T-TCCTC-T-A--GTTT-G--GATT--T-------GTA-GTT--AGTGATT-G-CA----G--AC-AT-A--TT-GTT---T--GA-C-CTTA-GAA----------------T-----AT-C-TTTGT-TTTG---TTGAACTGTCT-G--GGT---CATtgagcatttggtagaaaattattacatatcaagaaaagcaagttggtatcttctgtctttgaaagacgcaaacgatgtcatgttgttaagggtaactttgagc
gi|23                         :       TCTCCCTTGGATT-GT----GT-TA-GTTTTC-AGT---GA-TG--G------C----A-GT-TT--G-ACATC-AA--TATC-AGTAGGCATGTT---T--CTGTA-T-TCC-T-CGA--GTTT-G--GATT--G-------GTA-GTT--AGTGACT-G-CA----G--AC-AC-A--TT-GTT---T--GA-T-TTGA-TAA----------------T-----TT-C-TTTAT-TTTG---TCGAACTGTTT-G--GGT---CATgtct
gi|24                         :       TTTCTCTGGGACT-GT----GT-TG-GTT-------------GT--A------T----GCAT-CG--C-ATATC-AG--TACT-TA--GGCATGTT---C--CTGTA-T-TCCCC-G-A--TTTT-G--GATT--TATTGTTGGTA-ACT--GCTGGCA---CA----G--AC-AT-G--TT-GTT---T--GA-C-TTTA-AAA----------------TAGAAGTT-T-TTTGC-TTTG---TCGAACgtc
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ---G-A-------TG---A-----G--C-ACC-TG---T-GCCT-TGG--TGGTG-G-C-AATAG-CCA-TGCTTTGA-TTT--TC--AGAAG-TTG-G--TCA
gi|26                         :      tTCTCCCTTGGACT-GT----GT-TT-GTTTT-GAGG---GA-GG--G------T----G-AT-GT--T-ACATC-AGG-TACT-TGT-GGAATGGC---T--CTGAA-T-TCAGT-C-A--GTTT-T--GATT--C-------GTA-GTT--GGTGACA-T-CA----G--AC-AC-G--TT-GTT---G--GA-C-TTAA-GGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacctatacaaaatctagggggtgccttaacatcactgaagacccat
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               --C-TCC-TGA--T-GCCCTGGG--TGG---GAC-AGAA----A-TTGATTGA-TTC--TC--AAATC-TTC-C--TTAC----ATT--TA----AAAA-AAA-A-AAA--A-AAAAAAACTATACA----CAA--TTGTT-A-------T--TTA--
gi|29                         :                                                                                            GT-GGAATGGC---T--CTGTA-T-TCTGT-C-A--GTTT-G--GATT--T-------ATA-ATT--TTTGACA-T-CA----G--AC-AC-G--TT-GTT---G--GA-G-TTTA-GGA----------------T-----TT-T-TTTGT-TTT---CTTGAACAGTT
gi|3                          :       TCTCCCTTGGATTTGT----GT-TG-ATTT--AAGT---GATGGCAG------T----G--T-TT--G-AGATA-AGGATACT-TGT-GGGATGTT---TA-CTGAAATATCAGT-CCA--GTCT-G--GATT--T-------GTA-ATTT-ATTGACA-T-TACAAGG--AC-AC-AAATT-GTTA--G--GA-CATTCA-GGA----------------A-----TT-C-GT-GT-TTTACATTTAGACAGTTT-T--TTT---CATG-C-T----G-GAA-T-A-CTG-ACTT-C-------------T-GGAA-G----TTG-G-----ACT-AGTA---TG--A-TT-TCA--GAGC-------AT---G--------T--GATA---T-TGG--TT--G----------ATCT--C-TAAG-GACTGG-G--TTCA-G-G-GTTATCAA-GATGC-TCAA---AGAT-G-T-CGTCTACT-TCTA-GGTGCC-A---T----TG-CT-----TT-----CTC---TTATCCTTACT-TTT-C-TTCAGT-AAA-TC-AG-AG-TAGTA----A-GC--TGT-GC-A-TT--TGG-AA-----A-----TC--TTCTTTTC--AG--C-AT-CTGA-GTC---------------TTG--T---T--TTTTATACTTA------GAAGT-A-AAGT-C-ACTTTCAATTT-CCTC-T-G--TC--TCT-CTTT--T-GA-TT-C-TTTCT---TT-----C-TT-TGTGG--A----AATGA---T-GTTTG-CCATC-TC--C----TC-T-A-TA----TC--ATGG--CC--TTTA-------TGACG-AGAAC-T--CG-A-GATGCAT-TTC------AT---GCA-GACCG-GG---ACA----TCA-C-A----CT-G--TTGA-CAGTGGC-CC-T-CACA--T-C----TCT-G-GT-G-G--GAATGAG-A--T-G-T-A--C-ACTG-AGGG-AACACCAGCTGGA-----CTGTGCGT--TTT--CTG--A---AGG-GA-ACAAT-G-TCA-T---GT-TTC-ATG---G--ACT---TG--AG-----GCT-G--TT--GACATGCTTGTTGAT-GC-A-GTCTG-C-ACA--C--AGACCA-A--T--T-TG-G-CAGCTG--T-TAC-A--G-A-ATTGCT--GGAC-A-GGC---T----TG-T-CA-CAGTT--TAGGTCA-CA---G-GTGA----TG---A-----G--C-TCC-TG---T-GCCC-AGT--TGGC--AGC-AAAAG-CCA-TATCTAAA-T------------G-TTG-G--TCAT----ATC--TGTTAAAAAT-ACA-A-TGA--ATG-------AATATTTTTGC-A--CCATC-A-------TAATTA--GAATGC
gi|30                         :                                                                                                                                               -------GTA-GTT--AGTGACT-G-CA----G--AT-AC-A--TT-GTT---T--GA-G-TTCA-GAA----------------T-----TT-C-TTTGT-TTTG---TTGAACTGTTT-G--GGT---CATG-C-tactgataaattcattcaagagtatttagtatttaaataattgtgaattaac
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  gA-TTC--TC--AGATG-TCA-G--TCAC----ATC--TG----AAAT-AAA-AATAA--A-G-------TGTATT----C-A--TTTTT-A-------T--TCA--GAATGCCTTGACA
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TT---TTATCTTTAGC-ATC-T-TTTTCT-AAA-TC-TG-AA-TAGTG----G-GC--CTT-GG-A-TT--TGG-AA-----A-----TT--TTC
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ------GGAAT-A-ATGG-T-GAATTCAATTT-CTTT-G-A--TT--TC--CTTT--T-GA-AG-T-T-TCT---TT-----T-TC-T-TG
gi|34                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ctgtTTCAATTT-CTTC-T-G--TT--TCT-CTTT--T-AA-TG-T-TCTCT---CTC----T-TT-T-TGG--C----AATAA---T-GTCTt
gi|36                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 -GGC---T----TG-G-CA-CAGTA--TAGGTCA-CA---G-GTGA----TG---A-----G--C-ACC-TG---T-GCCC-GG
gi|37                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           aC--CTT-TG-A-TT--TGG-AA-----A-----TT--TTCTTTTC--AA--C-AT-CTG
gi|4                          :       TCTCCCCTGAACT-GT----GC-AT-GTTTTTGATA---GA-GG--G------T----G-GG-CT--A-ACATC-AGGGTACT-TGT-GGAATGGT---T--CTGAA-T-TCGGT-C-A--GTTT-G--GATT--T-------GTG-ATT--GTATACAAT-CA----GG-AA-AC-G--TT-GTT---A--GA-C-TTCA-GTA----------------G-----TT-C-TTTGT-TTTG--TTTGAACAGTTT-G--GGT---CATA-C-T----G-GAA-T-T-TTG-ACT----------------C-G--A-G----TAG-GG----CCT-GGCA---TG--GTCT-GCA--GACT-------TT---GC-------C--AATT---C-C----CT--G----------ATCT--C-TGAGTGATTGG-A--T-C--G-T-GAT-TCAA-ACTATATCAA---AGAT-G-T-CGTCTA-T-CTTA-GGTGCC-A---T----TTTCT-----TT-----CTT---TTATCTTTTGC-T---C-ATTACT-AAA-TC-AG-AG-AAGTG----G-G---CTT-GG-A-TT--TGG-AA-----A-----TT--TATTTTTC--AA--C-AT-CTGC-ATC-A-----C-ACG-ACTTG--T---TTCTTT-------G------GGAAT-A-ATAT-T-GTTTTCGATTT-CTTC-T-G--TT--TCT-CTTT--T-AA--A-T-TCTCT---CT-----T-AT-C-TGG--C----AATGA---T-GTTTT-GCATG-TC--C----AC-TAA-TA----TC--GTGATGCT--TTTA-------TGATG-GGAAC-C--CTCATGACACA--TTA------AT---GCAAGACCG-GG---ATA-CATTCA-C-A----CT-G--T-GA-CAGTGGG--C-T-CACA--T-C----TCT-G-GT-G-G--GAATGAG-A--T-G-T-A--C-AC-G-AGGG-AACA-CAGCTGGA-----CTGTGCGC--TTT--G-G--A---AGG-GA-ACAAT-GTTCA-T---GCATTC-A-G---G--ACT---TGGAAG-----GCT-C--TT--GACATGTTTGTTGAT-GC-A-ATCTT-C-ACA--C--AGACCG-A--C----TG-G-CAACTGC-T-TAC-A--G-A-ATTGCTGGGGACGG-GGCTATT----TG-A-CA-CAGTT--TAGGTCA-CA---G-G-------TA---G-----G--C-TCC--G---T-GCCT-GGG--TGGTG-AAC-ATTAG-CCA-TTTCCTAA-TTC--CC--AGGAG-TCATGCTTCA-----ATCT-TG----AAAT-AAA-A-TGA--A-G-----------------C-A--TTTTTGG-------T--TAG--GGATTTCCTGACATCA
gi|5                          :       TTTCCCTTCCACT-GC----AT-TT-GTTTT-AATA---GA-AG--GCATTTTT----G-AT-TT--A--------GG-TACA-TCT-GGAATGGT---T--CTGAA-T-TCAGC-G-A--GTTT-G--GACT--T-------GTG-GTT--ATTAACC-C-CA----G--AA-AC-T--TC-ATT---ATAGA-C-TGCA-GAA----------------T-----AT-C-TTTGT-TTT---CCAGAACAGTTT-G--GAC---CATA-A-TTTATGTGAA-T-T-CCG-ACTT-C-------------T-G--A-T----TTA-AG----ACT-GGTA---TG--A-CT-TGA--GAGT-------T----G--------T--AATT---T-C----TT--C----------ATCA--T-GGTTTGACTGG-A--T-CA-G-G-GAT-TCAA-G-ATTGTCAA---AGAT-G-C-CGTCTACT-TTAA-GGTGCC-A---T----TGT-T-----TT-----CTT---GTTTCTATAGC-TTG-C-TTTGTT-GAA-TC-AG-AA-TAGTG----G-GA--CAT-GG-A-TT--TAG-AA-----A-----TA--CTCTTTTC--AG--C-AT-CTGC-ATC-A-----T-ATG-CCTTG--T---T--TTT-------G------GAAAT-C-ATAC-C----CTCAATTT-CTTC-T-G--TT--TCT-CGTT--T-AA-TG-G-CCTCT---CT-----CCTT-T-TGG--C----AATGG---T-GTCTA-CCATG-TC--T----A----A-GA----T---ATGA--CC--TTTG-------TGACT-GGGAC-C--C--ATAACGCAT-TTC------AT---GCA-GACCG-GG---ACA----TTG-C-A----CT-G--TTGA-CAGTGGT-CC-T-CACA--T-C----GCT-G-GT-G-G--GAATGAG-A--C-G-T-A--C-ATTG-AGGG-AACACCAGCTGGA-----TCGTGCGC--TTT--GTG--A---ATG-GA-ACAAT-G-TCA-T---GC-TTC-ATT---G--ATT---TG--AG-----GTT-T--TC--AACATGCTTGCTGAT-GC-A-GGCTA-C-ACA--C--AGACCG-A--C--T-TG-G-CAGCTG--T-TAC-A--G-A-ATTGCT--GGAC-A-GGC---T----TG-T-CA-CAGTT--CAGGTCA-CA---G-G-------TG---AT----GATC-TCC-TG---C-GCCC-AGG--TGAC--AGC-AGTAG-CCA-TTCC
gi|6                          :      cTCTCCCTTGGACT-GT----GT-TA-GTTTTCCA-A---GA-TG--G------T------AT-TTTGA-ACATC--GA-CATC-AGTTGGCATGTT---C--TTGTA-T-TCC-T-CGA--GTTTTA--GATT--G-------GTA-GTTC-ATTACTT-T-CA----G--AC-AC-T--TT-TCT---G--GA-A-TTCG-TGA----------------G-----TT-C-TTTGT-TTTG--TTTGAACTGTTT-C--AAT---CATGTC-T----T-GGG-TAT-TCG-ATTT-T-------------T-TT-A-T----TTC-AC----ACC-GGTA---AG--A-AT-CTA--GAGC-------AG---G--------C--AATTGATT-C----TT--C----------TTTT--CATGGACCTTT---A--T-CA-A-AAGAA-CCCA-G-TTTATTGA---AAAT-G-T--GTCTACT--CTT-TGTGCC-A---TAAAATCTCTA----TG-----CTT---TTTCCTTT----TT----TTTTCC-AGT-TC-ATCAA-AAGT------------TT-GGTA-AT--TGGCAATACATA-----TT--TTCTTCTC--TG----AT-TTTC-TTG-AATTTTC-TT---CTTG--T---A--TTC-------A------GGAAT-GCATA--T-GGACTCA------TTC-T-GACTT--TCT-TTCT--C-AA-A----TATCT---TT-----T-TT-C-TTGTCC----GAGAA---T-ATC-G-ACAAGATC--T----AAAT-A-TA----TTTTGTGG--TC--CT-A-------TTCTG-GGGAC-C--TG-AGAATGCAT-TTC------AG---ACAC-ACCT-GG---A-A-CA-TCC-C-A----TT-T--T-TG-CAGTGGG-CC-T-CGCA--T-C----GTT-G-AT-T-GTTTAGTGGA-A--T-T-C-A--C-ATTC-GGGA-AACGCCAGCCGTATCTTTCTGT---C--TTT--G--------AAT-GA-ACGAT-G-TCA-T---GTGGTT-GCG---T--ACT---TG--AG-----CTT-A--TC--AACATGTTTACTAAC-A--A-GTCCA-C-ACATTC--AAACTG-A--CAAG-TG-ACCAGTTGTAT-TAC-A--GAA-ATTG-TGGGTA-----GC---T----TGAT-TG-CAA-----AGGTCA-CA---G-T-------TG---AT----A--A-TTC-TG---A-G-CT-GGG--AGGTA-AGC--GTGG-CCA-Taaatgctgtttatgtcattctgttgaaaaaaccccataaaaatcaaatatatt
gi|7                          :          CCCTTGGGTT-ATTTTTGT-TT-GTCTTC-AGT-------------------------T-TT--G-GCATT-TGG--ACC-----AGGCTGCT---C--CTGTA-T-TTC-T-C-GAGGTTT-C--GATT--T-------GTA-GCT--GCTGATG-C-CA-------AC-AC-G--TT-GTT---T--GA-C-TTAA-GAA----------------T-----TT-C-TTTGT-TTTG--T--GAACTGTCT-G--TGT---CATG-G-C----G-GAA-T-T-C-G-ATTTTC-------------T-A---------TTGTGG----ATT-GGTG----G--A-AT-TTA--GAGCAGCCAGATG---G--------T----TC---T-C----TT--------------TTT--T-TA---GACTTG-A--G-CA-A-A-AAC-CCGA-C-TTTATTGA---AAAT-G-G-TATCTACC-TCTT-GGTGCC-AGTAT----TTCCTATGCTTT-----TCT---TTATCTTTG----TC-CATTTCCTCAAA-CT-TG-GT-AACTGCGATG-G----TT-AG-C-TT-------------A-----TT--TTCTGTT----------T-CTTC-ATT--------------TTTC--T---T--TTT-------GTACTGTGGGAT-A-ATAA-T-GGATTCAATTT-CCCG-C-G--TT--TCA-TTTT--C-AA-TC-T-CCTTT---TT-----C-TTCT-TGT--T----GTAAA---T-GTCAG-ACATA-TCTTC----A--T-A-T-----TT--GTGT--CC--ATTA-------TG-----GGAA-C--CA-AGGATGCAT-TTC------AG---GCAA-ACTG-GG---ACA----TCA-C-AT---CT-C--T-TG-CAATGGG-CC-T-CGCA--T-C----TTT-C-GT-T-G--CTGTG-G-A--T-T-TCA--C-AGTC-AGGA-AATATGAGCTTTA-----TTTTCCTC--TTT--GTG--A---AAG-GA-ACGAT-GT-------------C-GTG---T--GTT---TG--AG-----ACT------------TGTTTGCTGAC-GC-A-ATCCG-C-ACA--C--AAACTG-A--C--T-TA-A-CAGCTG--T-TAC-A--G-A-ATTGCTGGG--TGG-GG----T----TA-T-CA-CAA-----AGATCA-CA---G-G-------TG---ATG---A--CGTCT-TG---C-GCCC-AGG--AGATG-GGC--GTGG-CCA-TTATCCG--TCCTGTC--AAAAG-T
gi|8                          :                                                                                                                                                          cTT--GTTGACA-T-CA----G--AC-AC-G--TT-GTT---A--GA-C-TTAA-GGA----------------T-----TT-C-TTTGT-TTTG--CT-GCACAGTTT-G--GGT---CATA-C-T----G-GAA-T-T-TTG-A-TT-C-------------T-G--AAG----TTG-AG----ATG-GAAA---TG--A-CT-TCA--AAAT-------TG---G--------T--AATT---T-C----TT--G----------ATCT--C-TGAGTGATTGGGA--T-CA-GTG-GAT-TCAA-G-TGTGT-AA---AGAT-GTT-TGTCTACT-TCTA-AGTGCC-A---A----TTTCC-----TT-----TCT---TTATCTTTAGC-TTC-T-TTTTCT-AAA-TC-AG-AG-AAGTG----G-GC--CTT-GG-A-TT--TGG-AA-----A-----TT--TTCTTTTC--AA--C-AT-CTG--ATT-A-----CAATG-ACTTG--T---T--CAT-------G------GGAAT---ATGC-T-GCTTTCTATTT-CTTC-T-G--TT--TCTGCTTT--T-AA-TGTT-TCTCT---C------T-TT-T-TGG--CG---GATGA---TAGTCT-----TG-CC--CCTATAC-A-A-CA----TC--ATGA------TTTA-------TG-T---GGAA-C--CT-GTGACACAT-TTTA-----AT---GC-AGA-CG-GG---ACA-TA-------A----CT-GT-T-GA-CAGTGGG-CT-C-AACA--T-C----T-T-G-GT-GTG--GAATGAG-A--T-G-T------ACCG-AGGG-GA-AACAG-TGGA-----CTGTGCGC--TTTTAATG--A---AGT-TT-AAGA--G-TCA-T---G--TTC-ATG---G--ACT---T---AG-----GCT-G--TT--GGAATGCTTGTTGAT-GC---GTCTG-C-ACA--C--AGACAA-A--C--T-TG-G-CAGCTG--T-TACAA--G-A-ATTGCTGGAAGC-G-GGC---T----TG-T-CA-CAGTT--TTGGTCA-CA---G-GTGA----TG---A-----G--C-TCC-TG---T-GCCC-AGGGTTGGT--GGC-AGTAG--CA-TTCCTTGA-TTC--TC---GAAG-T-A-G--TC-C----ATC--TG----AAATCAAG-A-TAA--A-G-------TATATT----C-A--GTCTT-A-------T--TAA--GAATGCCTTAACATCAgtaaactgtaaagaa
gi|9                          :       TTTTCCTTGGACT-GC----GC-TG-GCTTTCAA-T---GA-CG--G-----------A-ATATC--C-ACATC-----TGTC-TCT-AAAACGATATCT--CTGTA-T-TCCTC-C-A--GACT-A--GATT--T-------GTA-GTT--GTTTATC-T-CC----G--AC-AT-T--TT-CAT---G--GA-C-TTCA-AGA----------------T-----TT-T-CTTAT-TTTC--TTCGAG----TT-G--GGTTTCCAGA-CGT----G-AAA-T-C-ACG-TCT--C-------------T-G--A-G----C-G-AG----ACTTGGCG---GG--T-TG-TTA--GGGTA------TCCATG--------T--GATT---TTC----TT----------------T--CGTG---GACTGT-A--A-CA-T-A-GAA-CCCA-T-CGTATCAA---AAA--G-TACATTCACT-TCTT-GGTGCC-A---T----GAT-T-----TT-----CTT---TTCTCCTCAAT-TTC-G-CTCTCC-AAA--A-AG-CC-AAATCT---A-GT--TTT-TG-C-TT--TAG-AG-----A-----TT--TTCCTCCT------C-AT-TT-C-ATC-------C-TCG-AGTTG--TACGTA-CTT-------C------GGAATCA-AAAC-A-GTTTT-AATCT-CATC---A--TT--TTC-CTTTCGT-AA-T------TCC---TT-----T-TT-C-CGG--CTGTCGACGA---C-TTTTG-AAACT-TC--A----AC-T-G-CA----TC--GTGA--CC--TTTA-------TG----GGGAC-C--A--AGGACACAT-TTC------AT---GCAC-ACTG-GG---ACG----TCA-C-A----TT-G--TCGG-CAATGAG-CT-T-CGCA--T-C----TTT-G-GT-C-A--GGATGA-----C-G-T-AAGC-ACTC-GGTG-TAAACGAGCTGTAT----CTTTCTGC--TC---GTG--A---AGC-AG-ACGAT-GT-CA-T---GT-ACC-AGC---G--TCT---TG--TG-----GGC-G--TC--CACGTGCTTGCTGAC-GC-A-GTCCG-T-GCA--C--AGACTG-A--C--T-TG-G-CAGTTG--T-TGC-A--G-A-ACTGCTGGG--TGG-GG----T----TA-T-CA-CAA-----AGGTCA-CACGCG-A-------TG---A-----C--C-TCC-TG---T-GCCC-AGG--AGATG-GGT--GTGG-CCA-Ttacctaagacccatat
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): TGCGCCTGTACACATTCTTAAAAGAGAGAGAATAATATTTTCAGATTGGTAACTCAATGTCTGCTTTTCAGTAGGAGTCCATCAGCTTAATCTGTAACT
Unaligned ( gi|35 ): ATTTCTTCGGTTTCCTTTTCAAGTTTCTTTATCTTGTCGTTGAAAATTTC