lowQualScore                  :                                                                                                                                                     111                 
lowQualScore                  :               33 1  222222 4444444  11  0  1111 0 11    1  11 3333 11  1111 44 0  3333  444 22 1111 11 11 444444 0  0 1 111  1 0 0 0 11 7777 22 22  333 0  88  1 1      
lowQualScore                  :               .. .  ...... .......  ..  .  .... . ..    .  .. .... ..  .... .. .  ....  ... .. .... .. .. ...... .  . . ...  . . . . .. .... .. ..  ... .  ..  . .      
lowQualScore                  :               22 0  666666 7777777  22  9  8888 9 22    7  11 4444 11  8888 99 9  0000  333 00 8888 11 11 444444 8  9 7 555  7 9 9 9 22 6666 22 55  666 9  66  0 0      
consensus                     :        TGATAAA--C-AA------T-------AC--AG-GG----A-T--GGAC-AA--A----G--TA----G--T-CA----TA---A--A----G--T--T------C-CT-T-T---CT-A-T-C-A--A-C--G--C--CA-C-C-AAC-TG-G-GTCTGC
Reference ( gi|19 )           :        TGATAAA--C-AA------T-------AC--AG-GG----A-T--GGAC-AA--A----G--TA----G--T-CA----TA---A--A----G--T--T------C-CT-T-T---CT-A-T-C-A--A-T--G--C--CA-A-C-AAT-TG-G-GTCTGC
gi|24                         :        TGATAAA--C-AA------T-------AC--AG-GG----A-T--GGAC-AA--A----G--TA----G--T-CA----TA---A--A----G--T--T--------CT-T-T---CT-A-T-T-A--A-C--G--C--CA-G-C-AAC-TG-G-GTCTG
gi|23                         :       cTGATAAA--C-AA------T-------AC--AG-GG----A-T--GGAC-AA--A----G--TA----G--T-CA----TA---T--A----G--T--T------C-CT-T-T---CT-A-T-C-A--A-T--G--C--CA-T-C-ACC-TG-T-GTCTG
gi|17                         :        TGATAAA--C-AA------T-------GC--AG-GG----A-T--GGAC-AG--A----G--TG----G--T-CA----TA---A--A----G--T--T------C-CC-T-T---CT-A-T-C-A--A-C--G--C--CA-C-C-AAC-TG-G-GTTTGC
gi|35                         :        TGATAAA--C-AA------T-------AC--AG-G-----A-T--GGAC-AA--A----G--TA----G--T-CA----TA---A--A----G--T--T--------CT-T-T---CT-A-T-C-A--A-T--G--C--CA-C-C-AAC-TG-G-GTCTc
gi|12                         :        TGATAAA--C-AA------T-------AC--AG-GG----A-T--GGAC-ATTTA----G--TG----G--T-CA----TA---A--A----G--T--C------C-CT-T-T---CT-A-T-C-A--A-T--G--C--CA-C-C-AAC-TG-G-GTCT
gi|26                         :       cTGATAAA--C-AA------T-------AC--AG-GG----A-T--GAAC-AA--A----G--TA----G--T-CA----TA---A--A----G--T--T------C-CT-T-T---CT-C-T-C-A--A-C--G--T--CA-T-C-AAA-TG-G-ATCTa
gi|14                         :        TGATAAA--C-AA------T-------AC--AG-GG----A-G--GAAC-TA--A----G--TG----G--T-AA----TA---A--A----G--T--T------C-CT-T-T---CT-A-T-C-A--A-C--A--C--CA-C-C-ATC-TG-G-GTCTGC
gi|1                          :        TGATAAA--C-AAAATTAAT-------AC--AG-AG----A-T--GGAC-AA--A----G--TA----G--T-CA----TA---C--A----G--T--T------C-TT-T-TAGACT-A-T-C-A--A-C--G--C--CA-T-C-AAC-TG-G-GTCTGca
gi|2                          :        TGATAAA--C-AA------C-------AT--AG-GG----A-T--GGAC-AA--ATTAAG--TA----G--C-CA----TA---ACCA----T--T--T------C-CT-T-T---CT-A-T-C-A--A-C--G--C--CG-T-C-AAC-TG-G-GTCTGt
gi|3                          :       cTGATAAA--C-AA------TTTAATGTAC--AG-GG------------C-AA--A----G--TG----G--T-CA----TA---A--A----G--T--T------C-CT-T-T---CT-A-T-C-A--A-C--G--C--CA-C-C-AAC-TG-A-GTCTGC
gi|13                         :       cTGATAA---C-AA------T-------AC--AG-GG----A-T--G-AC-AA--A----G--TG----GG-T-CA----TATA-A--A----G--T--TTT----C-CT-T-T---CT-A-T-C-A--A-C--A--C--CA-C-C-AA--CG-G-GTCTGCca
gi|6                          :        TGATAAA--C-AA------T-------AC--AG-CGACCCA-T--GGAC-AA--G----G--TG----G--T-CAAG--TA---C--A----G--T--T------C-CTGT-T---CT-A-T-C-A--A-C--G--C--CA-C-C-AA--TG-G-GTC
gi|9                          :        TGATAAA--C-AA------T-------AC--AA-TG----A-T--GGAC-AA--A----G--AAAAATG--T-CA----T----A--A----G--T-----------CT-T-T---CT-A-T-C-A--A-CGGG--C--C--A-C-AAC-TG-G-GTTTa
gi|27                         :        TGATAAA--C-TA------T-------AC--AG-AG----A-T--GGACAAA--A----G--TA----G--T-CA----AT---A--A----G-----T------C-AT-T-T---CT-A-TAC-G--A-T--A--T--CA-A-C-----TG-G-GTCTtgc
gi|5                          :        TGATAA---C-AA------T-------AC---G-AG----A-G--GGAC-AA-------G--TG----GCAT-CA----TA---A-------G--T--T------CGCT-TCT---CT-A-T-C-A--A-C--GTAC--CA-T-C-AAC-TG-G-GTCTGCct
gi|33                         :        TGATAAA--CCAA------T-------AC--AG-G-------T--G-AC-AC--A----G--GA----G--TTCA----TA---A-------G--T--T------C-AT-T-----CT-A-T-C-A--A-C--G--C--CA-T-C-AAC-TG-G-GTTTGca
gi|51                         :       tTGATAAA--C-AA------T-------AC--AA-GG----A-T--GGAC-AA--A----A--T
gi|34                         :     tgcTGATAAAGGC-AA------TT------AC--AA-GG----AAT--GGACAAA--A----G--TG----G--T-TA----TAT--A--AAAATG--T--T------C-CT-T-T---TT-
gi|45                         : ctttgcaTGATAAA--C-AA------T-------AC-----GG----A-T---GAC-AA--A----G----------------------------------------------------T---CT-A-T-C-A--A-C--G-----CA-T-C-AAC-TG-G-ATCTGtaaa
gi|21                         :       cTGATAAAA-C-AA------T-------ACCCAGTGG----A-T--GG--------------------------------TA---AC-A----G--T--TA-----C-CT-T-T---CT-A-T-A-A--A-C--G--C--C
gi|25                         :        cGATAAA--C-AA------T-------AC--AG-GG----A-T--GGAC-AA--A----A--TG----G--T-CA----CA---A--A----T--T--T------C-CT-C-T---CT-A-T-C-A--A-C--G--C--CA-T-C-AAC-TG-G-GTCTGcccaccgcagtctggccata
gi|18                         :         GATATA--C-AA------T-------AC--AG-AG----A-T--GAAC-AA--G----G--TG----G--T-AA----TA---A--A----G--T--T------C-AT-T-T---CT-A-T-C-A--A-T--G--C--CA-T-C-AAC-TG-G-GTCTGC
gi|36                         :         GATAAA--C-A-------T-------AC--AG-GG----A-T--GGAC-AA--A----G--TA----G--T-CA----TA---A--A-------T--T------C-CT-T-C---TG-A-T-C-A--A-T--G--C--CA-C-C-CAC-TG-G-GTCTca
gi|37                         :         GATAAA--C-AA------T-------AC--AG-GG----A-T--GGAC-AA--A----G--TA----G--T-GA----TT---A--A----G-----T------C-AT-T-T---CT-A-T-C-A--A-C--G--C--CA-T-C-AAC-AG-G-GTc
gi|20                         :         GATAAA--C-AA------T-------TC--AG-GG----A-T--GGAC-AA--G----G--TG----G--T-CA----CG---A--A----A--T--T------C-AT-T-T---CT-A-T-C-A--G-C--C--T--CA-C-C-AAA-TG-G-GTCTGCat
gi|40                         :         GATAAAG-C-AA------T-------AC--AG-GG------T--GGAC-AA--A----A--GA----G--T-CA----AC---A--A----G--TTAT------C-CT-T-T---C--A-T-C-A--A-CA-G--T--GA-T-C-AAC-TG-G-c
gi|16                         :          ATAAA--C-AA------T-------AC--AG-GG----A-T--GGAC-AA--A----G--TA----G--T-CA----TAT--A--A----G--T--T------C-CT-T-T---CT-ATT-C-A--A-C--G--C--CA-T-C-AAC-TG-G-GTCTG
gi|32                         :        ttATATA--C-AA------T-------AC--AG-GG----A-T--GGAC-AA--A----G--TG----G--T-TA----TC---A--A----G--T--T------C-CT-T-T---CT-A-T-C-A--A-C--G--G--TA-C-C-AAC-TG-G-GTCTG
gi|29                         :          ATAAA--C-AA------T-------AC--AG-GG----A-T--GGAC-AA--A----AGCTA----G--T-CA----TA---A--A----G--T--A------C-TT-C-T---C--A-T-T-A--ACC--G--C--GA-A-T-CAC-TG-G-GTC
gi|44                         :          ATAAA--C-A-------T-------AC--AG-GG----A-T--GGAC-AA--A----G--GA----------------------------------------------T-T---CT-A-T-C-A--A-C--G--C--CA-T-C-AAC-TG-G-GTCTG
gi|30                         :         ctTAAA--C-TA------T-------AC--AG-GG----A-T--GGAC-AA--A----G--TA----G--T-CA----TA---A--A----G--T--T------C-CT-T-T---CC-A-T-C-A--A-C--G--C--CA-T-C-AAC-TG-G-GTCTGt
gi|39                         :           TAAA--C-AA------T-------AC--AG-GG----A-T--GGAC-AA--A----G--TA----G--T-CA----TA---A--A----G--T--T------C-CT-T-T---CT-A-T-C-A--G-C--A--C--CA-T-C-AAC-TG-G-GTCTt
gi|31                         :           TATA--C-AA------T-------AC--AG-GG----A-T--GGAC-AA--A----G--TA----G--T-CA----TA---A--A----G--T--T------C-CT-T-T---CT-A-T-G-A--A-C--G--C--CA-C-T-AAC-TG-G-GTCT
gi|22                         :         tgTAAT--T-AA------T-------AC--AG-GG----A-T--GGAC-AA--AA---G--TG----G--T-CA----AA---A--A----G--T--T------C-CT-T-T---CT-A-T-C-A--A-C--A--A--CA-C-C-AAC-TG-G-GTCTGC
gi|10                         :           TAAA--C-AA------T--------C--TG-GG----A-T--GGAC-AA-------G--TG----G--T-CA----TA---G--G----G--C--TAATTTGC-CT-T-T---CT-A-T-C-A--A-C--G--C--CA-C-C-AAT-TG-G-GTCTc
gi|38                         :         gcTAAA--C-AA------T-------AC--AG-GA----A----GGAC-AA--A----G--T-----G--T-CA----TG---A--A----G-----T------C-CT-T-T---CT-A-T-CAA--A-T--G--C--CA-C-C-AAC-TG-tc
gi|15                         :        ctagAAA--C-AA------T-------AC--AG-GG----A-T--G-AC-AA--A----G--TA----G--T-CA----TA---A--A----G--T--T------C-TT-TGT---CT-A-T-C-A--AGC--G--C--CA-ACC-AAC-TG-G-GTTTtcg
gi|28                         :        ttataAA--C-AA------T-------AC--AG-GG----A-T--GGAC-AA--G--------A----G--T-CA----TA---A--A----G--T--T------C-CT-T------T-A-T-C-A--A-C--G--C--GA-T-C-AAC-TG-G-GT
gi|43                         :          aatAA--C-AA------T-------AC--AG-GG----A-T--GGAC-AA--A----G--TA----G--T-GA----TT---A--A----G-----T------C-AT-T-T---CT-A-T-C-A--A-C--G--CATCA-A-C-Atcggtca
gi|11                         :           atAA--C-AA------TG------AC--AG-GG----A-T--GGAA-AA--A----G--TA----GGTT-CA----TA---C--A----G--T--T------C-CT-T-T---CT-A-T-C-A--ATT--G--CATCA-A---AAC-TG-G-ggg
gi|8                          :        gatttAA--C-AT------G-------AC--AG-GG----A-T--GGAC-AA--G----G--TG----GT-T-CA----TA---A--A----GTTT--T------C-CT-T-T---CTAA-T-C-A--C-G--T--C--CA-C-C-AATCTGTG-GTCTGCaatc
gi|4                          :            atA--C-AA------T-------AC--TG-GG----A-TATGGAC-AA--A----G--TA-------T-CA----TA---A--A----A--T--T------C-CT-T-T---CA-C-T-C-ATTA-T--GC-C--CA-C-C-AAC-TG-GCGTCTGCc
gi|42                         :               taacgA------T-------AC--AG-AG----A-T--GGAC-AA--A----G--TA----G--T-CA----AT---A--A----G-----T------C-AT-T-T---CT-A-T-C-A--A-C--G--A--TA-T-C-AAC-TG-G-GTCTc
gi|7                          :                  ctA------T-------AC--AG-GG----A-T--GGAC-AA--G----G--TA----GT-T-CAATGTTAAACA--A----G--T--T------C-CT-T-T---CTAA-T-C-A--A-C--G--C--CATA-CAAAC-TG-G-GTct
gi|46                         :                  cac------T-------AC--AG-GG----A-G--GAGC-AA--AT---G--TG----G--T-CA----TA---A--A----G--T--T------C-tct
gi|41                         :                                     --AG-GG----A-T--GGAC-AA--A----G--TA----G--T-CA----TA---A--A----G--T--T------C-CT-T-acgaacagggtctgcc
gi|49                         :                                                   --GGAC-AA--A----G--TG----G--T-TA----TA---A--A----G--T--T------C-CT-T-T---CT-A-T-C-A--A-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|47                         :                                                            --A----G--TA----G--T-CA----TA---T--A----G--T--T------C-CT-T-T---CA-A-T-C-A--A-T--G--C--CA-T-C-AAC-TG-G-GTCTGcta
gi|48                         :                                                                                         ---A--A----G--T--T------C-CT-T-T---CT-A-T-C-A--A-C--G--C--CA-T-C-AAC-T--G-GTCTG
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|50 ): TCAACGCCACTAACTGGGTCTGCCATAAATTTA






Alignments
lowQualScore                  :               33 0  222222 4444444  11  0   2222 11    1  11 3333 11  1111 44 0  2222  444 11 1111 11 11 444444 0  0 1 111  1 0   11 2 22 22  22 0 11  0   0 0      
lowQualScore                  :               .. .  ...... .......  ..  .   .... ..    .  .. .... ..  .... .. .  ....  ... .. .... .. .. ...... .  . . ...  . .   .. . .. ..  .. . ..  .   . .      
lowQualScore                  :               11 9  555555 6666666  22  9   7777 11    7  11 4444 11  8888 88 8  9999  222 99 7777 11 11 333333 8  8 6 555  7 8   11 5 00 99  00 7 22  9   9 9      
consensus                     :        TGATAAA--C-AA------T-------AC--AG-GGA----T--GGAC-AA--A----G--TA----G--T-CA----TA---A--A----G--T--T------C-CT-T-T---CT-A-TCA--A-C--G--CC--ACC--AA-CTG-G-GTCTGC
Reference ( family-1641 )     :        TGATAAA--C-AA------T-------AC--AG-GGA----T--GGAC-AA--A----G--TA----G--T-CA----TA---A--A----G--T--T------C-CT-T-T---CT-A-TCA--A-C--G--CC--ACC--AA-CTG-G-GTCTGC
gi|1                          :        TGATAAA--C-AAAATTAAT-------AC--AG-AGA----T--GGAC-AA--A----G--TA----G--T-CA----TA---C--A----G--T--T------C-TT-T-TAGACT-A-TCA--A-C--G--CC--ATC--AA-CTG-G-GTCTG
gi|10                         :           TAAA--C-AA------T--------C--TG-GGA----T--GGAC-AA-------G--TG----G--T-CA----TA---G--G----G--C--TAATTTGC-CT-T-T---CT-A-TCA--A-C--G--CC--ACC--AA-TTG-G-GTCTt
gi|11                         :           gcAA--C-AA------TG------AC--AG-GGA----T--GGAA-AA--A----G--TA----GGTT-CA----TA---C--A----G--T--T------C-CT-T-T---CT-A-TCA--A-T--T--GC--ATCAAAA-CTG-G-tc
gi|12                         :   gatttTGATAAA--C-AA------T-------AC--AG-GGA----T--GGAC-ATTTA----G--TG----G--T-CA----TA---A--A----G--T--C------C-CT-T-T---CT-A-TCA--A-T--G--CC--ACC--AA-CTG-G-GTCTaatc
gi|13                         :       cTGATAA---C-AA------T-------AC--AG-GGA----T--G-AC-AA--A----G--TG----GG-T-CA----TATA-A--A----G--T--TTT----C-CT-T-T---CT-A-TCA--A-C--A--CC--ACC--AA-C-G-G-GTCTGCa
gi|14                         :        TGATAAA--C-AA------T-------AC--AG-GGA----G--GAAC-TA--A----G--TG----G--T-AA----TA---A--A----G--T--T------C-CT-T-T---CT-A-TCA--A-C--A--CC--ACC--AT-CTG-G-GTCTGC
gi|15                         :            AAA--C-AA------T-------AC--AG-GGA----T--G-AC-AA--A----G--TA----G--T-CA----TA---A--A----G--T--T------C-TT-TGT---CT-A-TCA--AGC--G--CCA-ACC--AA-CTG-G-GTTTca
gi|16                         :     ttataATAAA--C-AA------T-------AC--AG-GGA----T--GGAC-AA--A----G--TA----G--T-CA----TAT--A--A----G--T--T------C-CT-T-T---CT-ATTCA--A-C--G--CC--ATC--AA-CTG-G-GTCTG
gi|17                         :      ttTGATAAA--C-AA------T-------GC--AG-GGA----T--GGAC-AG--A----G--TG----G--T-CA----TA---A--A----G--T--T------C-CC-T-T---CT-A-TCA--A-C--G--CC--ACC--AA-CTG-G-GTTTGC
gi|18                         :         GATATA--C-AA------T-------AC--AG-AGA----T--GAAC-AA--G----G--TG----G--T-AA----TA---A--A----G--T--T------C-AT-T-T---CT-A-TCA--A-T--G--CC--ATC--AA-CTG-G-GTCTGCc
gi|19                         :        TGATAAA--C-AA------T-------AC--AG-GGA----T--GGAC-AA--A----G--TA----G--T-CA----TA---A--A----G--T--T------C-CT-T-T---CT-A-TCA--A-T--G--CC--AAC--AA-TTG-G-GTCTGCca
gi|2                          :        TGATAAA--C-AA------C-------AT--AG-GGA----T--GGAC-AA--ATTAAG--TA----G--C-CA----TA---ACCA----T--T--T------C-CT-T-T---CT-A-TCA--A-C--G--CC--GTC--AA-CTG-G-GTCTG
gi|20                         :        cGATAAA--C-AA------T-------TC--AG-GGA----T--GGAC-AA--G----G--TG----G--T-CA----CG---A--A----A--T--T------C-AT-T-T---CT-A-TCA--G-C--C--TC--ACC--AA-ATG-G-GTCTGC
gi|21                         :        TGATAAAA-C-AA------T-------ACCCAGTGGA----T--GG--------------------------------TA---AC-A----G--T--TA-----C-CT-T-T---CT-A-TAA--A-C--G--CC--CCC--AC-CGC-A-GTCTGc
gi|22                         :          cTAAT--T-AA------T-------AC--AG-GGA----T--GGAC-AA--AA---G--TG----G--T-CA----AA---A--A----G--T--T------C-CT-T-T---CT-A-TCA--A-C--A--AC--ACC--AA-CTG-G-GTCTGCgccata
gi|23                         :        TGATAAA--C-AA------T-------AC--AG-GGA----T--GGAC-AA--A----G--TA----G--T-CA----TA---T--A----G--T--T------C-CT-T-T---CT-A-TCA--A-T--G--CC--ATC--AC-CTG-T-GTCTGc
gi|24                         :        TGATAAA--C-AA------T-------AC--AG-GGA----T--GGAC-AA--A----G--TA----G--T-CA----TA---A--A----G--T--T--------CT-T-T---CT-A-TTA--A-C--G--CC--AGC--AA-CTG-G-GTCTG
gi|25                         :        cGATAAA--C-AA------T-------AC--AG-GGA----T--GGAC-AA--A----A--TG----G--T-CA----CA---A--A----T--T--T------C-CT-C-T---CT-A-TCA--A-C--G--CC--ATC--AA-CTG-G-GTCTG
gi|26                         :        TGATAAA--C-AA------T-------AC--AG-GGA----T--GAAC-AA--A----G--TA----G--T-CA----TA---A--A----G--T--T------C-CT-T-T---CT-C-TCA--A-C--G--TC--ATC--AA-ATG-G-ATCT
gi|27                         :        TGATAAA--C-TA------T-------AC--AG-AGA----T--GGACAAA--A----G--TA----G--T-CA----AT---A--A----G-----T------C-AT-T-T---CT-A-T----A-C--G--AT--ATC--AA-CTG-G-GTCT
gi|28                         :             AA--C-AA------T-------AC--AG-GGA----T--GGAC-AA--G--------A----G--T-CA----TA---A--A----G--T--T------C-CT-T------T-A-TCA--A-C--G--CG--ATC--AA-CTG-G-GTct
gi|29                         :       aatATAAA--C-AA------T-------AC--AG-GGA----T--GGAC-AA--A----AGCTA----G--T-CA----TA---A--A----G--T--A------C-TT-C-T---C--A-TTA--ACC--G--CG--AAT--CA-CTG-G-GTCtcggtca
gi|3                          :        TGATAAA--C-AA------TTTAATGTAC--AG-GG-----------C-AA--A----G--TG----G--T-CA----TA---A--A----G--T--T------C-CT-T-T---CT-A-TCA--A-C--G--CC--ACC--AA-CTG-A-GTCTGC
gi|30                         :          cTAAA--C-TA------T-------AC--AG-GGA----T--GGAC-AA--A----G--TA----G--T-CA----TA---A--A----G--T--T------C-CT-T-T---CC-A-TCA--A-C--G--CC--ATC--AA-CTG-G-GTCTGca
gi|31                         :           TATA--C-AA------T-------AC--AG-GGA----T--GGAC-AA--A----G--TA----G--T-CA----TA---A--A----G--T--T------C-CT-T-T---CT-A-TGA--A-C--G--CC--ACT--AA-CTG-G-GTCTt
gi|32                         :        tgATATA--C-AA------T-------AC--AG-GGA----T--GGAC-AA--A----G--TG----G--T-TA----TC---A--A----G--T--T------C-CT-T-T---CT-A-TCA--A-C--G--GT--ACC--AA-CTG-G-GTCTG
gi|33                         :        TGATAAA--CCAA------T-------AC--AG-G------T--G-AC-AC--A----G--GA----G--TTCA----TA---A-------G--T--T------C-AT-T-----CT-A-TCA--A-C--G--CC--ATC--AA-CTG-G-GTTTG
gi|34                         :       tTGATAAAGGC-AA------TT------AC--AA-GGAA---T--GGACAAA--A----G--TG----G--T-TA----TAT--A--AAAATG--T--T------C-CT-T-T---TT-
gi|35                         : ctttgcaTGATAAA--C-AA------T-------AC--AG-G-A----T--GGAC-AA--A----G--TA----G--T-CA----TA---A--A----G--T--T--------CT-T-T---CT-A-TCA--A-T--G--CC--ACC--AA-CTG-G-GTCTtaaa
gi|36                         :         GATAAA--C-A-------T-------AC--AG-GGA----T--GGAC-AA--A----G--TA----G--T-CA----TA---A--A-------T--T------C-CT-T-C---TG-A-TCA--A-T--G--CC--ACC--CA-CTG-G-GTCT
gi|37                         :         GATAAA--C-AA------T-------AC--AG-GGA----T--GGAC-AA--A----G--TA----G--T-GA----TT---A--A----G-----T------C-AT-T-T---CT-A-TCA--A-C--G--CC--ATC--AA-CAG-G-GTc
gi|38                         :           TAAA--C-AA------T-------AC--AG-GAA-------GGAC-AA--A----G--T-----G--T-CA----TG---A--A----G--T---------C-CT-T-T---CT-A-TCA--AAT--G--CC--ACC--AA-CTG-at
gi|39                         :       ctagTAAA--C-AA------T-------AC--AG-GGA----T--GGAC-AA--A----G--TA----G--T-CA----TA---A--A----G--T--T------C-CT-T-T---CT-A-TCA--G-C--A--CC--ATC--AA-CTG-G-GTCTtcg
gi|4                          :              A--C-AA------T-------AC--TG-GGA----TATGGAC-AA--A----G--TA-------T-CA----TA---A--A----A--T--T------C-CT-T-T---CA-C-TCATTA-T--GC-CC--ACC--AA-CTG-GCGTCTGC
gi|40                         :    taacgGATAAAG-C-AA------T-------AC--AG-GG-----T--GGAC-AA--A----A--GA----G--T-CA----AC---A--A----G--TTAT------C-CT-T-T---C--A-TCA--A-CA-G--TG--ATC--AA-CTG-G-c
gi|41                         :                                     --AG-GGA----T--GGAC-AA--A----G--TA----G--T-CA----TA---A--A----G--T--T------C-CT-T-
gi|42                         :                    A------T-------AC--AG-AGA----T--GGAC-AA--A----G--TA----G--T-CA----AT---A--A----G-----T------C-AT-T-T---CT-A-TCA--A-C--G--AT--ATC--AA-CTG-G-GTCTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|43                         :           ctAA--C-AA------T-------AC--AG-GGA----T--GGAC-AA--A----G--TA----G--T-GA----TT---A--A----G-----T------C-AT-T-T---CT-A-TCA--A-C--G---C--ATC--AA-CAG-G-Gct
gi|44                         :        atATAAA--C-A-------T-------AC--AG-GGA----T--GGAC-AA--A----G--GA----------------------------------------------T-T---CT-A-TCA--A-C--G--CC--ATC--AA-CTG-G-GTCTG
gi|45                         :      ctTGATAAA--C-AA------T-------AC-----GGA----T--G-AC-AA--A----G--T-----------------------------------------------------CT-A-TCA--A-C--G--C---ATC--AA-CTG-G-ATCTGt
gi|46                         :                    c------T-------AC--AG-GGA----G--GAGC-AA--AT---G--TG----G--T-CA----TA---A--A----G--T--T------C--------------------A-C--G-----------AA-CAG-G-GTCTGC
gi|47                         :                                                           --A----G--TA----G--T-CA----TA---T--A----G--T--T------C-CT-T-T---CA-A-TCA--A-T--G--CC--ATC--AA-CTG-G-GTCTGc
gi|48                         :                                                                                        ---A--A----G--T--T------C-CT-T-T---CT-A-TCA--A-C--G--CC--ATC--AA-CT--G-GTCTG
gi|49                         :                                                 t--GGAC-AA--A----G--TG----G--T-TA----TA---A--A----G--T--T------C-CT-T-T---CT-A-TCA--A-C--tc
gi|5                          :        TGATAA---C-AA------T-------AC---G-AGA----G--GGAC-AA-------G--TG----GCAT-CA----TA---A-------G--T--T------CGCT-TCT---CT-A-TCA--A-C--GTACC--ATC--AA-CTG-G-GTCTGCta
gi|50                         :                                                                                                                               -TCA--A-C--G--CC--ACT--AA-CTG-G-GTCTGCca
gi|51                         :        TGATAAA--C-AA------T-------AC--AA-GGA----T--GGAC-AA--A----A--Tcataaattta
gi|6                          :     tgcTGATAAA--C-AA------T-------AC--AG-CGACCCAT--GGAC-AA--G----G--TG----G--T-CAAG--TA---C--A----G--T--T------C-CTGT-T---CT-A-TCA--A-C--G--CC--ACC--AA--TG-G-GTC
gi|7                          :                    A------T-------AC--AG-GGA----T--GGAC-AA--G----G--TA----GT-T-CAATGTTAAACA--A----G--T--T------C-CT-T-T---CTAA-TCA--A-C--G--CCATACA--AA-CTG-G-GTa
gi|8                          :          cacAA--C-AT------G-------AC--AG-GGA----T--GGAC-AA--G----G--TG----GT-T-CA----TA---A--A----GTTT--T------C-CT-T-T---CTAA-TC---A-C--GT-CC--ACC--AATCTGTG-GTCTGCtct
gi|9                          :      atTGATAAA--C-AA------T-------AC--AA-TGA----T--GGAC-AA--A----G--AAAAATG--T-CA----T----A--A----G--T-----------CT-T-T---CT-A-TCA--A-CGGG--CC--A-C--AA-CTG-G-GTTTc





Alignments
lowQualScore                  :               33 0  222222 4444444  11  0   2222 11    1  11 3333 11  1111 44 0  2222  444 11 1111 11 11 444444 0  0 1 111  1 0   11 2 22 22  22 0 11  0   0 0      
lowQualScore                  :               .. .  ...... .......  ..  .   .... ..    .  .. .... ..  .... .. .  ....  ... .. .... .. .. ...... .  . . ...  . .   .. . .. ..  .. . ..  .   . .      
lowQualScore                  :               11 9  555555 6666666  22  9   7777 11    7  11 4444 11  8888 88 8  9999  222 99 7777 11 11 333333 8  8 6 555  7 8   11 5 00 99  00 7 22  9   9 9      
consensus                     :        TGATAAA--C-AA------T-------AC--AG-GGA----T--GGAC-AA--A----G--TA----G--T-CA----TA---A--A----G--T--T------C-CT-T-T---CT-A-TCA--A-C--G--CC--ACC--AA-CTG-G-GTCTGC
Reference ( family-1641 )     :        TGATAAA--C-AA------T-------AC--AG-GGA----T--GGAC-AA--A----G--TA----G--T-CA----TA---A--A----G--T--T------C-CT-T-T---CT-A-TCA--A-C--G--CC--ACC--AA-CTG-G-GTCTGC
gi|1                          :        TGATAAA--C-AAAATTAAT-------AC--AG-AGA----T--GGAC-AA--A----G--TA----G--T-CA----TA---C--A----G--T--T------C-TT-T-TAGACT-A-TCA--A-C--G--CC--ATC--AA-CTG-G-GTCTG
gi|10                         :           TAAA--C-AA------T--------C--TG-GGA----T--GGAC-AA-------G--TG----G--T-CA----TA---G--G----G--C--TAATTTGC-CT-T-T---CT-A-TCA--A-C--G--CC--ACC--AA-TTG-G-GTCTt
gi|11                         :           gcAA--C-AA------TG------AC--AG-GGA----T--GGAA-AA--A----G--TA----GGTT-CA----TA---C--A----G--T--T------C-CT-T-T---CT-A-TCA--A-T--T--GC--ATCAAAA-CTG-G-tc
gi|12                         :   gatttTGATAAA--C-AA------T-------AC--AG-GGA----T--GGAC-ATTTA----G--TG----G--T-CA----TA---A--A----G--T--C------C-CT-T-T---CT-A-TCA--A-T--G--CC--ACC--AA-CTG-G-GTCTaatc
gi|13                         :       cTGATAA---C-AA------T-------AC--AG-GGA----T--G-AC-AA--A----G--TG----GG-T-CA----TATA-A--A----G--T--TTT----C-CT-T-T---CT-A-TCA--A-C--A--CC--ACC--AA-C-G-G-GTCTGCa
gi|14                         :        TGATAAA--C-AA------T-------AC--AG-GGA----G--GAAC-TA--A----G--TG----G--T-AA----TA---A--A----G--T--T------C-CT-T-T---CT-A-TCA--A-C--A--CC--ACC--AT-CTG-G-GTCTGC
gi|15                         :            AAA--C-AA------T-------AC--AG-GGA----T--G-AC-AA--A----G--TA----G--T-CA----TA---A--A----G--T--T------C-TT-TGT---CT-A-TCA--AGC--G--CCA-ACC--AA-CTG-G-GTTTca
gi|16                         :     ttataATAAA--C-AA------T-------AC--AG-GGA----T--GGAC-AA--A----G--TA----G--T-CA----TAT--A--A----G--T--T------C-CT-T-T---CT-ATTCA--A-C--G--CC--ATC--AA-CTG-G-GTCTG
gi|17                         :      ttTGATAAA--C-AA------T-------GC--AG-GGA----T--GGAC-AG--A----G--TG----G--T-CA----TA---A--A----G--T--T------C-CC-T-T---CT-A-TCA--A-C--G--CC--ACC--AA-CTG-G-GTTTGC
gi|18                         :         GATATA--C-AA------T-------AC--AG-AGA----T--GAAC-AA--G----G--TG----G--T-AA----TA---A--A----G--T--T------C-AT-T-T---CT-A-TCA--A-T--G--CC--ATC--AA-CTG-G-GTCTGCc
gi|19                         :        TGATAAA--C-AA------T-------AC--AG-GGA----T--GGAC-AA--A----G--TA----G--T-CA----TA---A--A----G--T--T------C-CT-T-T---CT-A-TCA--A-T--G--CC--AAC--AA-TTG-G-GTCTGCca
gi|2                          :        TGATAAA--C-AA------C-------AT--AG-GGA----T--GGAC-AA--ATTAAG--TA----G--C-CA----TA---ACCA----T--T--T------C-CT-T-T---CT-A-TCA--A-C--G--CC--GTC--AA-CTG-G-GTCTG
gi|20                         :        cGATAAA--C-AA------T-------TC--AG-GGA----T--GGAC-AA--G----G--TG----G--T-CA----CG---A--A----A--T--T------C-AT-T-T---CT-A-TCA--G-C--C--TC--ACC--AA-ATG-G-GTCTGC
gi|21                         :        TGATAAAA-C-AA------T-------ACCCAGTGGA----T--GG--------------------------------TA---AC-A----G--T--TA-----C-CT-T-T---CT-A-TAA--A-C--G--CC--CCC--AC-CGC-A-GTCTGc
gi|22                         :          cTAAT--T-AA------T-------AC--AG-GGA----T--GGAC-AA--AA---G--TG----G--T-CA----AA---A--A----G--T--T------C-CT-T-T---CT-A-TCA--A-C--A--AC--ACC--AA-CTG-G-GTCTGCgccata
gi|23                         :        TGATAAA--C-AA------T-------AC--AG-GGA----T--GGAC-AA--A----G--TA----G--T-CA----TA---T--A----G--T--T------C-CT-T-T---CT-A-TCA--A-T--G--CC--ATC--AC-CTG-T-GTCTGc
gi|24                         :        TGATAAA--C-AA------T-------AC--AG-GGA----T--GGAC-AA--A----G--TA----G--T-CA----TA---A--A----G--T--T--------CT-T-T---CT-A-TTA--A-C--G--CC--AGC--AA-CTG-G-GTCTG
gi|25                         :        cGATAAA--C-AA------T-------AC--AG-GGA----T--GGAC-AA--A----A--TG----G--T-CA----CA---A--A----T--T--T------C-CT-C-T---CT-A-TCA--A-C--G--CC--ATC--AA-CTG-G-GTCTG
gi|26                         :        TGATAAA--C-AA------T-------AC--AG-GGA----T--GAAC-AA--A----G--TA----G--T-CA----TA---A--A----G--T--T------C-CT-T-T---CT-C-TCA--A-C--G--TC--ATC--AA-ATG-G-ATCT
gi|27                         :        TGATAAA--C-TA------T-------AC--AG-AGA----T--GGACAAA--A----G--TA----G--T-CA----AT---A--A----G-----T------C-AT-T-T---CT-A-T----A-C--G--AT--ATC--AA-CTG-G-GTCT
gi|28                         :             AA--C-AA------T-------AC--AG-GGA----T--GGAC-AA--G--------A----G--T-CA----TA---A--A----G--T--T------C-CT-T------T-A-TCA--A-C--G--CG--ATC--AA-CTG-G-GTct
gi|29                         :       aatATAAA--C-AA------T-------AC--AG-GGA----T--GGAC-AA--A----AGCTA----G--T-CA----TA---A--A----G--T--A------C-TT-C-T---C--A-TTA--ACC--G--CG--AAT--CA-CTG-G-GTCtcggtca
gi|3                          :        TGATAAA--C-AA------TTTAATGTAC--AG-GG-----------C-AA--A----G--TG----G--T-CA----TA---A--A----G--T--T------C-CT-T-T---CT-A-TCA--A-C--G--CC--ACC--AA-CTG-A-GTCTGC
gi|30                         :          cTAAA--C-TA------T-------AC--AG-GGA----T--GGAC-AA--A----G--TA----G--T-CA----TA---A--A----G--T--T------C-CT-T-T---CC-A-TCA--A-C--G--CC--ATC--AA-CTG-G-GTCTGca
gi|31                         :           TATA--C-AA------T-------AC--AG-GGA----T--GGAC-AA--A----G--TA----G--T-CA----TA---A--A----G--T--T------C-CT-T-T---CT-A-TGA--A-C--G--CC--ACT--AA-CTG-G-GTCTt
gi|32                         :        tgATATA--C-AA------T-------AC--AG-GGA----T--GGAC-AA--A----G--TG----G--T-TA----TC---A--A----G--T--T------C-CT-T-T---CT-A-TCA--A-C--G--GT--ACC--AA-CTG-G-GTCTG
gi|33                         :        TGATAAA--CCAA------T-------AC--AG-G------T--G-AC-AC--A----G--GA----G--TTCA----TA---A-------G--T--T------C-AT-T-----CT-A-TCA--A-C--G--CC--ATC--AA-CTG-G-GTTTG
gi|34                         :       tTGATAAAGGC-AA------TT------AC--AA-GGAA---T--GGACAAA--A----G--TG----G--T-TA----TAT--A--AAAATG--T--T------C-CT-T-T---TT-
gi|35                         : ctttgcaTGATAAA--C-AA------T-------AC--AG-G-A----T--GGAC-AA--A----G--TA----G--T-CA----TA---A--A----G--T--T--------CT-T-T---CT-A-TCA--A-T--G--CC--ACC--AA-CTG-G-GTCTtaaa
gi|36                         :         GATAAA--C-A-------T-------AC--AG-GGA----T--GGAC-AA--A----G--TA----G--T-CA----TA---A--A-------T--T------C-CT-T-C---TG-A-TCA--A-T--G--CC--ACC--CA-CTG-G-GTCT
gi|37                         :         GATAAA--C-AA------T-------AC--AG-GGA----T--GGAC-AA--A----G--TA----G--T-GA----TT---A--A----G-----T------C-AT-T-T---CT-A-TCA--A-C--G--CC--ATC--AA-CAG-G-GTc
gi|38                         :           TAAA--C-AA------T-------AC--AG-GAA-------GGAC-AA--A----G--T-----G--T-CA----TG---A--A----G--T---------C-CT-T-T---CT-A-TCA--AAT--G--CC--ACC--AA-CTG-at
gi|39                         :       ctagTAAA--C-AA------T-------AC--AG-GGA----T--GGAC-AA--A----G--TA----G--T-CA----TA---A--A----G--T--T------C-CT-T-T---CT-A-TCA--G-C--A--CC--ATC--AA-CTG-G-GTCTtcg
gi|4                          :              A--C-AA------T-------AC--TG-GGA----TATGGAC-AA--A----G--TA-------T-CA----TA---A--A----A--T--T------C-CT-T-T---CA-C-TCATTA-T--GC-CC--ACC--AA-CTG-GCGTCTGC
gi|40                         :    taacgGATAAAG-C-AA------T-------AC--AG-GG-----T--GGAC-AA--A----A--GA----G--T-CA----AC---A--A----G--TTAT------C-CT-T-T---C--A-TCA--A-CA-G--TG--ATC--AA-CTG-G-c
gi|41                         :                                     --AG-GGA----T--GGAC-AA--A----G--TA----G--T-CA----TA---A--A----G--T--T------C-CT-T-
gi|42                         :                    A------T-------AC--AG-AGA----T--GGAC-AA--A----G--TA----G--T-CA----AT---A--A----G-----T------C-AT-T-T---CT-A-TCA--A-C--G--AT--ATC--AA-CTG-G-GTCTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|43                         :           ctAA--C-AA------T-------AC--AG-GGA----T--GGAC-AA--A----G--TA----G--T-GA----TT---A--A----G-----T------C-AT-T-T---CT-A-TCA--A-C--G---C--ATC--AA-CAG-G-Gct
gi|44                         :        atATAAA--C-A-------T-------AC--AG-GGA----T--GGAC-AA--A----G--GA----------------------------------------------T-T---CT-A-TCA--A-C--G--CC--ATC--AA-CTG-G-GTCTG
gi|45                         :      ctTGATAAA--C-AA------T-------AC-----GGA----T--G-AC-AA--A----G--T-----------------------------------------------------CT-A-TCA--A-C--G--C---ATC--AA-CTG-G-ATCTGt
gi|46                         :                    c------T-------AC--AG-GGA----G--GAGC-AA--AT---G--TG----G--T-CA----TA---A--A----G--T--T------C--------------------A-C--G-----------AA-CAG-G-GTCTGC
gi|47                         :                                                           --A----G--TA----G--T-CA----TA---T--A----G--T--T------C-CT-T-T---CA-A-TCA--A-T--G--CC--ATC--AA-CTG-G-GTCTGc
gi|48                         :                                                                                        ---A--A----G--T--T------C-CT-T-T---CT-A-TCA--A-C--G--CC--ATC--AA-CT--G-GTCTG
gi|49                         :                                                 t--GGAC-AA--A----G--TG----G--T-TA----TA---A--A----G--T--T------C-CT-T-T---CT-A-TCA--A-C--tc
gi|5                          :        TGATAA---C-AA------T-------AC---G-AGA----G--GGAC-AA-------G--TG----GCAT-CA----TA---A-------G--T--T------CGCT-TCT---CT-A-TCA--A-C--GTACC--ATC--AA-CTG-G-GTCTGCta
gi|50                         :                                                                                                                               -TCA--A-C--G--CC--ACT--AA-CTG-G-GTCTGCca
gi|51                         :        TGATAAA--C-AA------T-------AC--AA-GGA----T--GGAC-AA--A----A--Tcataaattta
gi|6                          :     tgcTGATAAA--C-AA------T-------AC--AG-CGACCCAT--GGAC-AA--G----G--TG----G--T-CAAG--TA---C--A----G--T--T------C-CTGT-T---CT-A-TCA--A-C--G--CC--ACC--AA--TG-G-GTC
gi|7                          :                    A------T-------AC--AG-GGA----T--GGAC-AA--G----G--TA----GT-T-CAATGTTAAACA--A----G--T--T------C-CT-T-T---CTAA-TCA--A-C--G--CCATACA--AA-CTG-G-GTa
gi|8                          :          cacAA--C-AT------G-------AC--AG-GGA----T--GGAC-AA--G----G--TG----GT-T-CA----TA---A--A----GTTT--T------C-CT-T-T---CTAA-TC---A-C--GT-CC--ACC--AATCTGTG-GTCTGCtct
gi|9                          :      atTGATAAA--C-AA------T-------AC--AA-TGA----T--GGAC-AA--A----G--AAAAATG--T-CA----T----A--A----G--T-----------CT-T-T---CT-A-TCA--A-CGGG--CC--A-C--AA-CTG-G-GTTTc


blockSeqs                     :               GG    .      TTAATGT  CC      CCCA AT    A  TT TTAA GC  AAAT GT    ATGT  AAC CC AAAT TT TA AATTTG      G .    A     TT G GG TA  AT   AA
blockSeqs                     :               A     .      G        .       A    .     A  .  A    .   .    CA    AG    TA  C  .    .  .  TT          C .    A     .  C A  C   A    . 
blockSeqs                     :               G     .      T        .       .    .     .  .  T    .   .    G     .     T   .  .    .  .  A           . .    .     .  A .  T   .    . 
blockSeqs                     :               .     .      .        .       .    .     .  .  .    .   .    T     .     T   .  .    .  .  .           . .    .     .  . .  .   .    . 
blockSeqs                     :               .     .      .        .       .    .     .  .  .    .   .    T     .     .   .  .    .  .  .           . .    .     .  . .  .   .    . 
blockSeqs                     :               .     .      .        .       .    .     .  .  .    .   .    .     .     .   .  .    .  .  .           . .    .     .  . .  .   .    . 
blockSeqs                     :               .     .      .        .       .    .     .  .  .    .   .    .     .     .   .  .    .  .  .           . .    .     .  . .  .   .    . 
blockSeqs                     :               .     .      .        .       .    .     .  .  .    .   .    .     .     .   .  .    .  .  .           . .    .     .  . .  .   .    . 
blockSeqs                     :               .     .      .        .       .    .     .  .  .    .   .    .     .     .   .  .    .  .  .           . .    .     .  . .  .   .    . 
blockSeqs                     :               .     .      .        .       .    .     .  .  .    .   .    .     .     .   .  .    .  .  .           . .    .     .  . .  .   .    . 
blockSeqs                     :               .     .      .        .       .    .     .  .  .    .   .    .     .     .   .  .    .  .  .           . .    .     .  . .  .   .    . 
blockSeqs                     :               .     .      .        .       .    .     .  .  .    .   .    .     .     .   .  .    .  .  .           . .    .     .  . .  .   .    . 
blockSeqs                     :               .     .      .        .       .    .     .  .  .    .   .    .     .     .   .  .    .  .  .           . .    .     .  . .  .   .    . 
blockSeqs                     :               .     .      .        .       .    .     .  .  .    .   .    .     .     .   .  .    .  .  .           . .    .     .  . .  .   .    . 
blockSeqs                     :               .     .      .        .       .    .     .  .  .    .   .    .     .     .   .  .    .  .  .           . .    .     .  . .  .   .    . 
blockSeqs                     :               .     .      .        .       .    .     .  .  .    .   .    .     .     .   .  .    .  .  .           . .    .     .  . .  .   .    . 
blockSeqs                     :               .     .      .        .       .    .     .  .  .    .   .    .     .     .   .  .    .  .  .           . .    .     .  . .  .   .    . 
blockSeqs                     :               .     .      .        .       .    .     .  .  .    .   .    .     .     .   .  .    .  .  .           . .    .     .  . .  .   .    . 
blockSeqs                     :               .     .      .        .       .    .     .  .  .    .   .    .     .     .   .  .    .  .  .           . .    .     .  . .  .   .    . 
blockSeqs                     :               .     .      .        .       .    .     .  .  .    .   .    .     .     .   .  .    .  .  .           . .    .     .  . .  .   .    . 
blockSeqs                     :               .     .      .        .       .    .     .  .  .    .   .    .     .     .   .  .    .  .  .           . .    .     .  . .  .   .    . 
blockSeqs                     :               .     .      .        .       .    .     .  .  .    .   .    .     .     .   .  .    .  .  .           . .    .     .  . .  .   .    . 
blockSeqs                     :               .     .      .        .       .    .     .  .  .    .   .    .     .     .   .  .    .  .  .           . .    .     .  . .  .   .    . 
blockSeqs                     :               .     .      .        .       .    .     .  .  .    .   .    .     .     .   .  .    .  .  .           . .    .     .  . .  .   .    . 
blockSeqs                     :               .     .      .        .       .    .     .  .  .    .   .    .     .     .   .  .    .  .  .           . .    .     .  . .  .   .    . 
blockSeqs                     :               .     .      .        .       .    .     .  .  .    .   .    .     .     .   .  .    .  .  .           . .    .     .  . .  .   .    . 
blockSeqs                     :               .     .      .        .       .    .     .  .  .    .   .    .     .     .   .  .    .  .  .           . .    .     .  . .  .   .    . 
blockSeqs                     :               .     .      .        .       .    .     .  .  .    .   .    .     .     .   .  .    .  .  .           . .    .     .  . .  .   .    . 
blockSeqs                     :               .     .      .        .       .    .     .  .  .    .   .    .     .     .   .  .    .  .  .           . .    .     .  . .  .   .    . 
blockSeqs                     :               .     .      .        .       .    .     .  .  .    .   .    .     .     .   .  .    .  .  .           . .    .     .  . .  .   .    . 
blockSeqs                     :               .     .      .        .       .    .     .  .  .    .   .    .     .     .   .  .    .  .  .           . .    .     .  . .  .   .    . 
blockSeqs                     :               .     .      .        .       .    .     .  .  .    .   .    .     .     .   .  .    .  .  .           . .    .     .  . .  .   .    . 
blockSeqs                     :               .     .      .        .       .    .     .  .  .    .   .    .     .     .   .  .    .  .  .           . .    .     .  . .  .   .    . 
blockSeqs                     :               .     .      .        .       .    .     .  .  .    .   .    .     .     .   .  .    .  .  .           . .    .     .  . .  .   .    . 
blockSeqs                     :               .     .      .        .       .    .     .  .  .    .   .    .     .     .   .  .    .  .  .           . .    .     .  . .  .   .    . 
blockSeqs                     :               .     .      .        .       .    .     .  .  .    .   .    .     .     .   .  .    .  .  .           . .    .     .  . .  .   .    . 
blockSeqs                     :               .     .      .        .       .    .     .  .  .    .   .    .     .     .   .  .    .  .  .           . .    .     .  . .  .   .    . 
blockSeqs                     :               .     .      .        .       .    .     .  .  .    .   .    .     .     .   .  .    .  .  .           . .    .     .  . .  .   .    . 
blockSeqs                     :               .     .      .        .       .    .     .  .  .    .   .    .     .     .   .  .    .  .  .           . .    .     .  . .  .   .    . 
blockSeqs                     :               .     .      .        .       .    .     .  .  .    .   .    .     .     .   .  .    .  .  .           . .    .     .  . .  .   .    . 
blockSeqs                     :               .     .      .        .       .    .     .  .  .    .   .    .     .     .   .  .    .  .  .           . .    .     .  . .  .   .    . 
blockSeqs                     :               .     .      .        .       .    .     .  .  .    .   .    .     .     .   .  .    .  .  .           . .    .     .  . .  .   .    . 
blockSeqs                     :                     .      .        .       .    .     .  .  .    .   .    .     .     .   .  .    .  .  .           . .    .     .  . .  .   .    . 
blockSeqs                     :                     .      .        .       .    .     .  .  .    .   .    .     .     .   .  .    .  .  .           . .    .     .  . .  .   .    . 
blockSeqs                     :                     .      .        .       .    .     .  .  .    .   .    .     .     .   .  .    .  .  .           . .    .     .  . .  .   .    . 
blockSeqs                     :                                     .       .    .     .  .  .    .   .    .     .     .   .  .    .  .  .           . .    .     .  . .  .   .    . 
blockSeqs                     :                                                  .     .  .  .    .   .    .     .     .   .  .    .  .  .           . .    .     .  . .             
blockSeqs                     :                                                           .  .    .                    .   .  .    .  .  .           .                               


blockSeqCons                  :                     ******                                                                                             ***
originalCons                  :        TGATAAA--C-AA------T-------AC--AG-GGA----T--GGAC-AA--A----G--TA----G--T-CA----TA---A--A----G--T--T------C-CT-T-T---CT-A-TCA--A-C--G--CC--ACC--AA-CTG-G-GTCTGC
finalCons                     :        TGATAAA--C-AA------T-------AC--AG-GGA----T--GGAC-AA--A----G--TA----G--T-CA----TA---A--A----G--T--T------C-CT-T-T---CT-A-TCA--A-C--G--CC--ACC--AA-CTG-G-GTCTGC





Alignments
lowQualScore                  :               33 0  222222 4444444  11  0   2222 11    1  11 3333 11  1111 44 0  2222  444 11 1111 11 11 444444 0  0 1 111  1 0   11 2 22 22  22 0 11  0   0 0      
lowQualScore                  :               .. .  ...... .......  ..  .   .... ..    .  .. .... ..  .... .. .  ....  ... .. .... .. .. ...... .  . . ...  . .   .. . .. ..  .. . ..  .   . .      
lowQualScore                  :               11 9  555555 6666666  22  9   7777 11    7  11 4444 11  8888 88 8  9999  222 99 7777 11 11 333333 8  8 6 555  7 8   11 5 00 99  00 7 22  9   9 9      
consensus                     :        TGATAAA--C-AA------T-------AC--AG-GGA----T--GGAC-AA--A----G--TA----G--T-CA----TA---A--A----G--T--T------C-CT-T-T---CT-A-TCA--A-C--G--CC--ACC--AA-CTG-G-GTCTGC
Reference ( family-1641 )     :        TGATAAA--C-AA------T-------AC--AG-GGA----T--GGAC-AA--A----G--TA----G--T-CA----TA---A--A----G--T--T------C-CT-T-T---CT-A-TCA--A-C--G--CC--ACC--AA-CTG-G-GTCTGC
gi|1                          :        TGATAAA--C-AAAATTAAT-------AC--AG-AGA----T--GGAC-AA--A----G--TA----G--T-CA----TA---C--A----G--T--T------C-TT-T-TAGACT-A-TCA--A-C--G--CC--ATC--AA-CTG-G-GTCTG
gi|10                         :           TAAA--C-AA------T--------C--TG-GGA----T--GGAC-AA-------G--TG----G--T-CA----TA---G--G----G--C--TAATTTGC-CT-T-T---CT-A-TCA--A-C--G--CC--ACC--AA-TTG-G-GTCTt
gi|11                         :           gcAA--C-AA------TG------AC--AG-GGA----T--GGAA-AA--A----G--TA----GGTT-CA----TA---C--A----G--T--T------C-CT-T-T---CT-A-TCA--A-T--T--GC--ATCAAAA-CTG-G-tc
gi|12                         :   gatttTGATAAA--C-AA------T-------AC--AG-GGA----T--GGAC-ATTTA----G--TG----G--T-CA----TA---A--A----G--T--C------C-CT-T-T---CT-A-TCA--A-T--G--CC--ACC--AA-CTG-G-GTCTaatc
gi|13                         :       cTGATAA---C-AA------T-------AC--AG-GGA----T--G-AC-AA--A----G--TG----GG-T-CA----TATA-A--A----G--T--TTT----C-CT-T-T---CT-A-TCA--A-C--A--CC--ACC--AA-C-G-G-GTCTGCa
gi|14                         :        TGATAAA--C-AA------T-------AC--AG-GGA----G--GAAC-TA--A----G--TG----G--T-AA----TA---A--A----G--T--T------C-CT-T-T---CT-A-TCA--A-C--A--CC--ACC--AT-CTG-G-GTCTGC
gi|15                         :            AAA--C-AA------T-------AC--AG-GGA----T--G-AC-AA--A----G--TA----G--T-CA----TA---A--A----G--T--T------C-TT-TGT---CT-A-TCA--AGC--G--CCA-ACC--AA-CTG-G-GTTTca
gi|16                         :     ttataATAAA--C-AA------T-------AC--AG-GGA----T--GGAC-AA--A----G--TA----G--T-CA----TAT--A--A----G--T--T------C-CT-T-T---CT-ATTCA--A-C--G--CC--ATC--AA-CTG-G-GTCTG
gi|17                         :      ttTGATAAA--C-AA------T-------GC--AG-GGA----T--GGAC-AG--A----G--TG----G--T-CA----TA---A--A----G--T--T------C-CC-T-T---CT-A-TCA--A-C--G--CC--ACC--AA-CTG-G-GTTTGC
gi|18                         :         GATATA--C-AA------T-------AC--AG-AGA----T--GAAC-AA--G----G--TG----G--T-AA----TA---A--A----G--T--T------C-AT-T-T---CT-A-TCA--A-T--G--CC--ATC--AA-CTG-G-GTCTGCc
gi|19                         :        TGATAAA--C-AA------T-------AC--AG-GGA----T--GGAC-AA--A----G--TA----G--T-CA----TA---A--A----G--T--T------C-CT-T-T---CT-A-TCA--A-T--G--CC--AAC--AA-TTG-G-GTCTGCca
gi|2                          :        TGATAAA--C-AA------C-------AT--AG-GGA----T--GGAC-AA--ATTAAG--TA----G--C-CA----TA---ACCA----T--T--T------C-CT-T-T---CT-A-TCA--A-C--G--CC--GTC--AA-CTG-G-GTCTG
gi|20                         :        cGATAAA--C-AA------T-------TC--AG-GGA----T--GGAC-AA--G----G--TG----G--T-CA----CG---A--A----A--T--T------C-AT-T-T---CT-A-TCA--G-C--C--TC--ACC--AA-ATG-G-GTCTGC
gi|21                         :        TGATAAAA-C-AA------T-------ACCCAGTGGA----T--GG--------------------------------TA---AC-A----G--T--TA-----C-CT-T-T---CT-A-TAA--A-C--G--CC--CCC--AC-CGC-A-GTCTGc
gi|22                         :          cTAAT--T-AA------T-------AC--AG-GGA----T--GGAC-AA--AA---G--TG----G--T-CA----AA---A--A----G--T--T------C-CT-T-T---CT-A-TCA--A-C--A--AC--ACC--AA-CTG-G-GTCTGCgccata
gi|23                         :        TGATAAA--C-AA------T-------AC--AG-GGA----T--GGAC-AA--A----G--TA----G--T-CA----TA---T--A----G--T--T------C-CT-T-T---CT-A-TCA--A-T--G--CC--ATC--AC-CTG-T-GTCTGc
gi|24                         :        TGATAAA--C-AA------T-------AC--AG-GGA----T--GGAC-AA--A----G--TA----G--T-CA----TA---A--A----G--T--T--------CT-T-T---CT-A-TTA--A-C--G--CC--AGC--AA-CTG-G-GTCTG
gi|25                         :        cGATAAA--C-AA------T-------AC--AG-GGA----T--GGAC-AA--A----A--TG----G--T-CA----CA---A--A----T--T--T------C-CT-C-T---CT-A-TCA--A-C--G--CC--ATC--AA-CTG-G-GTCTG
gi|26                         :        TGATAAA--C-AA------T-------AC--AG-GGA----T--GAAC-AA--A----G--TA----G--T-CA----TA---A--A----G--T--T------C-CT-T-T---CT-C-TCA--A-C--G--TC--ATC--AA-ATG-G-ATCT
gi|27                         :        TGATAAA--C-TA------T-------AC--AG-AGA----T--GGACAAA--A----G--TA----G--T-CA----AT---A--A----G-----T------C-AT-T-T---CT-A-T----A-C--G--AT--ATC--AA-CTG-G-GTCT
gi|28                         :             AA--C-AA------T-------AC--AG-GGA----T--GGAC-AA--G--------A----G--T-CA----TA---A--A----G--T--T------C-CT-T------T-A-TCA--A-C--G--CG--ATC--AA-CTG-G-GTct
gi|29                         :       aatATAAA--C-AA------T-------AC--AG-GGA----T--GGAC-AA--A----AGCTA----G--T-CA----TA---A--A----G--T--A------C-TT-C-T---C--A-TTA--ACC--G--CG--AAT--CA-CTG-G-GTCtcggtca
gi|3                          :        TGATAAA--C-AA------TTTAATGTAC--AG-GG-----------C-AA--A----G--TG----G--T-CA----TA---A--A----G--T--T------C-CT-T-T---CT-A-TCA--A-C--G--CC--ACC--AA-CTG-A-GTCTGC
gi|30                         :          cTAAA--C-TA------T-------AC--AG-GGA----T--GGAC-AA--A----G--TA----G--T-CA----TA---A--A----G--T--T------C-CT-T-T---CC-A-TCA--A-C--G--CC--ATC--AA-CTG-G-GTCTGca
gi|31                         :           TATA--C-AA------T-------AC--AG-GGA----T--GGAC-AA--A----G--TA----G--T-CA----TA---A--A----G--T--T------C-CT-T-T---CT-A-TGA--A-C--G--CC--ACT--AA-CTG-G-GTCTt
gi|32                         :        tgATATA--C-AA------T-------AC--AG-GGA----T--GGAC-AA--A----G--TG----G--T-TA----TC---A--A----G--T--T------C-CT-T-T---CT-A-TCA--A-C--G--GT--ACC--AA-CTG-G-GTCTG
gi|33                         :        TGATAAA--CCAA------T-------AC--AG-G------T--G-AC-AC--A----G--GA----G--TTCA----TA---A-------G--T--T------C-AT-T-----CT-A-TCA--A-C--G--CC--ATC--AA-CTG-G-GTTTG
gi|34                         :       tTGATAAAGGC-AA------TT------AC--AA-GGAA---T--GGACAAA--A----G--TG----G--T-TA----TAT--A--AAAATG--T--T------C-CT-T-T---TT-
gi|35                         : ctttgcaTGATAAA--C-AA------T-------AC--AG-G-A----T--GGAC-AA--A----G--TA----G--T-CA----TA---A--A----G--T--T--------CT-T-T---CT-A-TCA--A-T--G--CC--ACC--AA-CTG-G-GTCTtaaa
gi|36                         :         GATAAA--C-A-------T-------AC--AG-GGA----T--GGAC-AA--A----G--TA----G--T-CA----TA---A--A-------T--T------C-CT-T-C---TG-A-TCA--A-T--G--CC--ACC--CA-CTG-G-GTCT
gi|37                         :         GATAAA--C-AA------T-------AC--AG-GGA----T--GGAC-AA--A----G--TA----G--T-GA----TT---A--A----G-----T------C-AT-T-T---CT-A-TCA--A-C--G--CC--ATC--AA-CAG-G-GTc
gi|38                         :           TAAA--C-AA------T-------AC--AG-GAA-------GGAC-AA--A----G--T-----G--T-CA----TG---A--A----G--T---------C-CT-T-T---CT-A-TCA--AAT--G--CC--ACC--AA-CTG-at
gi|39                         :       ctagTAAA--C-AA------T-------AC--AG-GGA----T--GGAC-AA--A----G--TA----G--T-CA----TA---A--A----G--T--T------C-CT-T-T---CT-A-TCA--G-C--A--CC--ATC--AA-CTG-G-GTCTtcg
gi|4                          :              A--C-AA------T-------AC--TG-GGA----TATGGAC-AA--A----G--TA-------T-CA----TA---A--A----A--T--T------C-CT-T-T---CA-C-TCATTA-T--GC-CC--ACC--AA-CTG-GCGTCTGC
gi|40                         :    taacgGATAAAG-C-AA------T-------AC--AG-GG-----T--GGAC-AA--A----A--GA----G--T-CA----AC---A--A----G--TTAT------C-CT-T-T---C--A-TCA--A-CA-G--TG--ATC--AA-CTG-G-c
gi|41                         :                                     --AG-GGA----T--GGAC-AA--A----G--TA----G--T-CA----TA---A--A----G--T--T------C-CT-T-
gi|42                         :                    A------T-------AC--AG-AGA----T--GGAC-AA--A----G--TA----G--T-CA----AT---A--A----G-----T------C-AT-T-T---CT-A-TCA--A-C--G--AT--ATC--AA-CTG-G-GTCTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|43                         :           ctAA--C-AA------T-------AC--AG-GGA----T--GGAC-AA--A----G--TA----G--T-GA----TT---A--A----G-----T------C-AT-T-T---CT-A-TCA--A-C--G---C--ATC--AA-CAG-G-Gct
gi|44                         :        atATAAA--C-A-------T-------AC--AG-GGA----T--GGAC-AA--A----G--GA----------------------------------------------T-T---CT-A-TCA--A-C--G--CC--ATC--AA-CTG-G-GTCTG
gi|45                         :      ctTGATAAA--C-AA------T-------AC-----GGA----T--G-AC-AA--A----G--T-----------------------------------------------------CT-A-TCA--A-C--G--C---ATC--AA-CTG-G-ATCTGt
gi|46                         :                    c------T-------AC--AG-GGA----G--GAGC-AA--AT---G--TG----G--T-CA----TA---A--A----G--T--T------C--------------------A-C--G-----------AA-CAG-G-GTCTGC
gi|47                         :                                                           --A----G--TA----G--T-CA----TA---T--A----G--T--T------C-CT-T-T---CA-A-TCA--A-T--G--CC--ATC--AA-CTG-G-GTCTGc
gi|48                         :                                                                                        ---A--A----G--T--T------C-CT-T-T---CT-A-TCA--A-C--G--CC--ATC--AA-CT--G-GTCTG
gi|49                         :                                                 t--GGAC-AA--A----G--TG----G--T-TA----TA---A--A----G--T--T------C-CT-T-T---CT-A-TCA--A-C--tc
gi|5                          :        TGATAA---C-AA------T-------AC---G-AGA----G--GGAC-AA-------G--TG----GCAT-CA----TA---A-------G--T--T------CGCT-TCT---CT-A-TCA--A-C--GTACC--ATC--AA-CTG-G-GTCTGCta
gi|50                         :                                                                                                                               -TCA--A-C--G--CC--ACT--AA-CTG-G-GTCTGCca
gi|51                         :        TGATAAA--C-AA------T-------AC--AA-GGA----T--GGAC-AA--A----A--Tcataaattta
gi|6                          :     tgcTGATAAA--C-AA------T-------AC--AG-CGACCCAT--GGAC-AA--G----G--TG----G--T-CAAG--TA---C--A----G--T--T------C-CTGT-T---CT-A-TCA--A-C--G--CC--ACC--AA--TG-G-GTC
gi|7                          :                    A------T-------AC--AG-GGA----T--GGAC-AA--G----G--TA----GT-T-CAATGTTAAACA--A----G--T--T------C-CT-T-T---CTAA-TCA--A-C--G--CCATACA--AA-CTG-G-GTa
gi|8                          :          cacAA--C-AT------G-------AC--AG-GGA----T--GGAC-AA--G----G--TG----GT-T-CA----TA---A--A----GTTT--T------C-CT-T-T---CTAA-TC---A-C--GT-CC--ACC--AATCTGTG-GTCTGCtct
gi|9                          :      atTGATAAA--C-AA------T-------AC--AA-TGA----T--GGAC-AA--A----G--AAAAATG--T-CA----T----A--A----G--T-----------CT-T-T---CT-A-TCA--A-CGGG--CC--A-C--AA-CTG-G-GTTTc