lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111 222222222222222222
lowQualScore : 1 2222222222 222 66666666666666 4444444 11 44444 1 444 11 11 2222 4444 4444444444444 22222222 22222222 3333333333333333333333333333333333333 33333 11 1 6666666666 1 7777777777777777777777777 2 1 3333 33333333 222 111 11111 33 1 2222 22222222222222222 11 222 1111 11 222222222 77777777777777777777777777777 111 1 3333 222222222 11 33333333333333 44444444444444 2222222 22222222 111 55555555555555555555 11111 33333333333 55555555555555555555555 222222222 222 11111 44444 111111111111111111 5555 222 5555555555 33333 1111 44444444444444444 33333 1111111 1 2222 1111 4444444444 2 22 55555555555555555555 4 33333 22222 1
lowQualScore : 4 4 6 4 6 2 4 999999 555 4 7777777777 0 4 000 44444444444444 0000000 2 88 3 66666 3 0 888 88 66 4 0 0 8888 2222 6 2 3 2222222222222 22222222 11111111 6666666666666666666666666666666666666 99999 88 6 7 6666666666 3 6 6666666666666666666666666 0 3 0 0000 0 44444444 0 6 444 6 111 66666 1 66 55 6 6 5 8 8888 0 8 0 6 6 11111111111111111 22 6 99 111 6666 5 5 8 0 8 77 9 8 5 3 222222222 88888888888888888888888888888 111 2 6 6 77 9 6 2222 222222222 11 88888888888888 1 88888888888888 2222222 5 00000000 5 4 000 22222222222222222222 5 5 7 0 5 44444 77777777777 5 22222222222222222222222 5 5 5 666666666 5 5 77 77 22 5 5 222 888 55555 3 11111 99 6 99 5 666666666666666666 6 6 0000 99 111 0000000000 99 88888 4444 66 88888888888888888 55 55 99999 4 9999 9999 4444444 88 0 3333 66 4 0 5555 4 5555555555 66 6 4 777 8 88 7777 9999 66 66 66 5 888 88888888888888888888 7777 3 0 3 3 3 33333 3 6666 3 44444 3 3 3 3 5
lowQualScore : . . . . . . . ...... ... . .......... . . ... .............. ....... . .. . ..... . . ... .. .. . . . .... .... . . . ............. ........ ........ ..................................... ..... .. . . .......... . . ......................... . . . .... . ........ . . ... . ... ..... . .. .. . . . . .... . . . . . ................. .. . .. ... .... . . . . . .. . . . . ......... ............................. ... . . . .. . . .... ......... .. .............. . .............. ....... . ........ . . ... .................... . . . . . ..... ........... . ....................... . . . ......... . . .. .. .. . . ... ... ..... . ..... .. . .. . .................. . . .... .. ... .......... .. ..... .... .. ................. .. .. ..... . .... .... ....... .. . .... .. . . .... . .......... .. . . ... . .. .... .... .. .. .. . ... .................... .... . . . . . ..... . .... . ..... . . . . .
lowQualScore : 0 0 7 5 7 3 1 666666 888 8 4444444444 2 0 555 55555555555555 0000000 5 55 0 00000 3 7 333 33 33 7 7 7 3333 5555 0 5 0 0000000000000 00000000 33333333 7777777777777777777777777777777777777 00000 33 0 3 0000000000 3 0 3333333333333333333333333 0 2 0 5555 8 00000000 8 7 333 7 777 77777 7 33 88 7 7 0 0 3333 8 0 8 7 7 55555555555555555 22 7 22 666 4444 0 6 0 8 0 66 8 0 6 2 000000000 77777777777777777777777777777 777 5 7 7 77 2 7 1111 222222222 00 33333333333333 7 33333333333333 1111111 7 77777777 7 4 000 66666666666666666666 7 7 3 7 7 33333 00000000000 7 77777777777777777777777 7 7 7 000000000 7 7 99 99 66 7 7 000 000 33333 3 00000 22 7 22 2 444444444444444444 7 7 8888 22 000 5555555555 22 99999 0000 11 99999999999999999 55 55 88888 8 4444 4444 4444444 77 0 2222 11 4 1 6666 4 4444444444 11 7 4 888 9 33 0000 4444 11 11 11 0 888 00000000000000000000 7777 6 0 1 1 1 00000 1 5555 1 77777 1 1 1 1 0
consensus : AGNGACCNTCCATTGGAGAATTGAAAAAAGGTCACATGTGACAGGTG-GTCGCTTAATA------CA---GGTCGCCTAT-----TT-TCTGGAGTGAAGGCNTTTAGCAAATGGTATAATACACGAAATGGTCTCAATGGAGAAAATGACTTTCTNTNTATTTGGATTATCNAGTATATA-TAGGTTTAACAGTAAGACA--AAATTAATANTGTTTAAAAATCTAAAATATAA----TATGTTAATTGTTTCATAATTNATAANAAAAAT-TACATT------TAACCTCTTATTTACGAAATGCATGCAAAACATCAAAACATTCTATTGTAAAGAA-AT-TACGCGTGTATA------TACTTGTAACT--AT--A-ATTA-AGTACCTCTC---A-GATAG--AAAGAAAGTAATGAAGTGTTGCTTCTCCTTAT--------TATACAATAATGCTGGAAATTTATT------NAAA-----GNCATT-A--TAAACCACAATAT-TC-NTTGTACACAGTTTTGAACTAATGCAGGCGGCTT-----TCTTTAGCTTGGA-TGTGTC-AACA-ACTC---GT-----AATATGTTGAAGTGAACTGCTAGT-C-CGG-TCATGTCTACACTTTT-AAA--T-ATTCTTGAAACTTACGACATC-TCGTTCAGGAAAGGTCGCAAATAAT-CCAG-TTTTCTAA-G---TTTTATN-AGT-CCCATGCACAGTCT--TTATCTAATTT--GCGTCACAGC-CAGGTTAATTTTCCA-TTGT-AT-GGAATATAA-TGGGTCACCAGGTGGT---AGA---TTTTCACACCT----------A------C---------A-AT---TCT-CAAAG-TCAG-TC-GA-AATTCA---ACACC---TTGG--ATAA--CAA-----AGCC-ATT-GTTTCATTA-CAT--G----T-CCATGA-TT----TTG-TT--------AA-ACAA---ACAAC-----------A--A-T---T-G-GGGTTTATCG-GAT-----GA-CTGCACACG-ACCCT-GCACGCTGACT-N-GATT-------GTTCGTT-AA-TT-GAT--ACTTTTGGGTA-A-AATCCT--AAGTTTA--GAGT-G-CCGA-C-AAATCAGAATCACCA--CCAAA-C-TTATTACGC---GCGC--GTT-CAA--AACGAAAGTG---ATT----------AAAGG-GGCGA-TAACT-CTCA--GATTAA-CCACGCTCGA-TCGAAA--TGGAAA--GTA-GGG-ATCGCGTTGTAATCGGAAA--A-AT-----ATATAC---GGTCGCTGAATA--AAGGTA--AAA-TATCATGAA----AAT----ACACGAA-------ATGGT-TGCAAAAA---AT--C-ATGGTCG----TT-GGTCGCG---GTCA--GACAGG-T---GGTCGTTT-AATACA-GG--T-A----AAATATATAG--GGT--AAC--GC-TTT---GGGGGG-ATTTTT--A-TG-------GT----C-ACATGTGAC-AG-TGAG-T--CG-CTT-AA----TACA-G---TGGG-TCG-C-TAT-GGCAGTTTTGA
Reference ( gi|1 ) : AGAGACCTTCCATTGGAGACTTGAAAAAAGGTCACATATGACAGGTG-GTCTCTTAATA------CA---GGTCACCTAT-----TT-T-TGGAGTGAAAGCTTTTAGCAAATGGTATAATACACG-AATGGTCTCAATGGAGAAAATGA---TC-ATGTATTTGGATTATCAA-T---TA-TGGGTTTAAC-TTAAGACA--AAATTGATAATGTTTAGAAGTCTAAAATATAA----TATGTT----GTTTCATAACTGATAAAAAAAATATACATT------TAACCTCTTATTTATGAAATGCATGCAAAACATTTAAACATTCTATTGTAAAGAAAATTTATGCGTTTATATACATGTACTTGTAATTTTATTTA-ATTA-AGTACCTCTC---AAGATAG--AAAGAAAGTAATGAAATGTTGCTTTTCCTT-T--------TATACAATAATGCTGGAAAATCATT------GAAA-----GGCATT-A--TAAACCAC-ATAT-TCTTTTGTACACAGTTTTGAACTAATGCAGGCGG-TT-----TCTTTAGCTTGGA-TGTGTC-A-CA-ACTC---GT-----AATATGTTGAAGTGAACTGCTAG--C-CGG-TCATGTCTAAACTTTT-AAA--T-ATTCTTGAAACTTACGACATC-TCGTTCAGGAAAGGTCGCAAATAAT-CCAG-TTTTCTAA-G---TTTTATA-AGT-CCCATACACAGTCT--TTATCTAATTT--TCGTCACAAT-TAGGTTAATTTTCCA-TTGT-AC-GAAATATAA-TGGGTCACCAGGTGGT---CGA---TTTTCACACCT----------A------C---------A-AT---TCT-CAAAG-TCAG-TCCGA-AATTCA---ACACC---TCTG--ATAA--CAA-----CGCC-ATTTGTTTCATT--CAT--G----T-CCATGA-AT----TTG-TT--------AA-ATAA---ACAAC-----------A--A-T---T-G-GGGTTTGTCG-GAT-----GAGCTGCAC-CG-ACCCT-GC-CGATGACT-T-GATT-------GTTCATT-AA-TT-GAT-TACTTTTGGGTA-A-AATCCT--AAGTTTA--GGAT-G-CCAA-A-AAATCAAAATCACCA--CCAAA-C-TAATTGC-T---GCGC--GTT-CAA--AACGAAAGTGAAAATTGTAAAACT-GAAAGG-GGCGA-TA----CTCA--GATTAG-ACACGCTCG--TCGAA---TGGAAA--GTA-AGATATCGCGTTGTAATCGGAAA--A-AT-----ATACAC---GGTCGCTGAATA--AAGGTA--AA--TA-CATGAA----AAT----ACACGAA-------ATGGC-TGCAAAAA---AT--C-ATGGTCG----TT-G-TCGCA---ATCA--GAC-GG-T---GGTCGTTT-AATAC--GG--T-A----AAATATATAG--GGT--AAC--GC-TTT---GGGGGACATTTTTTAA-GG-------GT----C-ACAT-TGAC-AG-TGAG-T--C--CTT-AA----TACA-G---T-GG-TCG-C-TAT-GGCATTTTTGAAC
gi|2 : AGAGACCTTCCATTGGAGACTTGAAAAAAGGTCACATATGACAGGTG-ATCTCTTAATA------CA---GGTCGCCTAT-----TTAT-TGGAGTGAAAGCTTTTAGCAAATGGTATAATACACGAAATGGTCTCAATGGAGAAAATAA---TC-ATTTATTTGGATTATCAAGTATATA-TAGGTTTAACAGTAAGACA--AAATTAATAATGTTTAAAAATCTAAAATATAATAATTATGTT----GTTTCATAATTTATAACAAAAAT-TGTATTTTTATATAACCTCTTATTTATGAAATGCATGGA--------AAACATTCTATTGTAAAGAATATCCACACGTGTATA------TACTTGTAATTTTAT----ATC--AGTACCTCTC---ATGATAG--AAAGAAAGTAATGAAGTGTTGCTTCTCCTTATACATGTAATATACAATAATGCTGGAAATTTATT------CAAA-----TCTA-A-A--TACACCACAATAT-TC-ATTGTACACAGTTTTGAACTAATGCAGACGGCTT-----TCTTTAGCTTGGA-TGTGTCAA-CA-ACTC---GT-----A--------AAGTGAACTGCTAG--TGCGG-TCATGTCTACACTTTT-AAAATT-ATTC-TGAAACTTACGATATCTTCGTTC-GGAAAGGTCGGCAATAATGCCAGTTTTTCTAA-GCTTTTTTATGCAGTGCTCATACACAGTCTTGTTATCTAATCTTGTTGTCACAGCGCAGGTTAA-TTTCCATTTGT-ATGGGAATATAATTGGGTCACCCGGTTTTTACCTACCCTATCCACGCCT----------ATGG---C---------A-AT---TCTGCAAAG-TCAGTTCCGATAATTCAGGCACGCT---TGGG--ATAA--CAAAGGGGCG-C-A-TTGTCTCATTAGCAT--GGA--TGCCATGATTT----TTGTTT--------AA-ACAA---A-AAC-----------A--A-CTCGT-G-GATTTTATCGCGAT-----GACTCGCACACGTACCCTGGA-CGCTGACT-A-CA-T-------G-TCGTT-AAGTT-GA--TAATTTTGGGTA-A-ATCCCT--AAAGTTA--GAGT-GCCCAACA-AAATCAGAATCACCAAGCCAAA-CTTAATTACGTGGGGCGCCGGTTGCAAGTAACGAAA
gi|11 : acagtcaaacctgtattaAGTGACCATCCATTGGAAAATGGAAAAATGGACACATATGACAGGTG-GTCTCCTAATACACTGTCA---GGCCGCCTAT-----TT-TCTGCAGTGAAGGCATTTAGCAAA---TATAAT-TA-----------CAATGGAGAAAATGACTTTCTTTGTATTTAGA--ATTCA-T---TACTACATGCAA---GAATACACCAAGT--ATAGTTTTTAAAAGTGTAAAACAAAA----Tagttgttaggggg
gi|16 : acagacaaacctttatttTGGAGAATTTTAAAAAAGTCATATATAACAGGTG-GTCTCTTAATA------CA---TG---CTTAT-----TT-TCTGAAGGGA
gi|23 : AAAGGTCACATATGACAGGTG-GTCTCTTAAtatggcttacatttgttattagtgaataatggcagctgcacatgtatttgg
gi|4 : AGGATCACATGTGACAG-TGAGTCGCTTAATA------CAGTGGGTCG-CTATGGCAGTT-T-TG
gi|5 : aatgtgtcaacaactcgtaatatgtgaagtgaattgctagtccggtcatgtctacactttttaaattattcttgaaacttacgacatctcgttcaggaaaggtcgcaaacaatcttttataagtttcatacacagtctttatctaatttgcgttatagccatgtagggaatataatgggtcaccaggtggtagattttcacacctacaattctcaaagtcggtcaaaattcacaccttggagaacaaagccgatgtttcattacatgttccatgattttgttaagtgaacaacaactcggggtttatcggatgactgcacacgaccctgcatgctgactagatattcattaatggatacttttggtaaaatcctaagtttaggatgccaacaaataaaaatcaccaccaaagttattgcctgcgcgttcaaaacgaaagtataaggggcgataactctcagattagccacgctcgatcgaaacggaaagtagaaatcgcgttgtaatcggaaaatatatggtcgctgaataaaggtaaaatatcgtgaaaatacacgaaatggttgcaaaaatcatggtcgttgatcgcgtcagacaggtggtcgtttaatacaggtaaaatatatagggtaatgctttgggggaatttttGGTCACATGTGACAG-TGAGTCGCTTAATA------CA---G
gi|3 : tattcttgaaacttacaacatttcgttcaggaaagttcgcaaataatccagttttctaagttttatcagtcccatgcagtctttatctaatttgcgtcacagtcaggttaattttccattgtagggaatataatgggtcacccggttttcacacctatctaccctatatattaccaaagtcagtcaaaattcacactttggataacaaagccattgtttcaatacatgatccatgattttgttaaacaaacaacttggggtttatcggatgactccacacgaccctgcacgctgactacatgttcgttaattgataatttgggtaaaatcctaaatttacaattgccaacaaatcagaatgaccaccaaacttagtacgtgcgagttcaaaacgaaagtgttaggggcgataactctcagattaaccatgctcaatcaaaatggaaagcagggatcgcgttgtaatcggaaaatatatggtaaaatatcaagaaaatacatgtacacgaaatggttgcacaaatcatggtcgttggtcgcgtcagacaggtagtcgtttaatacaggtaaaatatatagggtaacactttgaggggaattgtttatGGCCACATGTGACAA-TGAGTTGCTTAATA------CA---Gtgggttgcaatggcagttttgactg
gi|10 : aaaattacatttaatctcttacatacaaaatacatgcaaaacatcaaaacattttactgtaatatgcttgtaactaaaacactacaatgcttctctgatggtgaaagaaactgatgaagtgttgcttcttattatacagtaatgctagaaagttattctaattggaagacattagataaatcacaatatccatagtgcacagctttgaactaatgctggcaactttcttgaactcagatgcgtcaaatactcagagttactaagtatcttgaattgaaccgctagttcaggacatgtctacactttaaaacgattctagaaaccttggacatctcatacaggaaagttgcgaataatcctgttttctaagttttatcagtcccatgcacaatctttacctaatttacatcacaaccagtctaattttccactctgatgaacattatgggccaccaggtggtagattttcacacctgatctagcccacacatttcaaaatcagtcgaaattcacgatgatccttgatttcgtgaaaacagcaaatgagggtttatatttattgactccacatgaccctgcacactgactatgtgttaactagggtaaaatcctcaattcagattgccgataaagcaacatcaccccaaacttattacccgtgagtgttagagacgataactcgagtaaccacgctcgatcgaaagtagggatcgcattgttaggaaaataaacagtcgttgaataaaggtaaaatttcataaaactatatgaaatggttgtaaaaatcatagttgttggttgcgtcagatggatggtcgtttaatacaggaaataggtagggcaacacattggggggacatttttatGGTCACATGTGACAG-TGAGTCGCTTAATA------CA---Gtgggttactatgacagttttgac
gi|12 : agtgttaggggcgataactcaaagattaaccacgctcgatcgaaatggaatgtaatcggaaaatatacggtcgctgaataaaggtaaaatatcatgaaaatacacgaattgccaaatggttgcaaaaatcatggtcgttggtcgcgtcagacaggtggtcgtttaatacaggtaaaatatatagggtaacgctttgggggggatttttatGGTCGCGT-CGACAGGTG-GTGT-TTAATA------CA----GTAACATAT-----AT-A-TGGtgggtcgctatgggcagttttgac
gi|13 : aatcggaaaataaacggtcgctgataaaataacatgaaaaactcgaaatggttgcaaaaatcatggtcgttGGTTGCGTCTGACAGGTG-GTCATTTGATA------TA---GGTtaaaacgcgttggcgggggggggggtatgccaatgtgacagtgagtcccttaatacagtgggtcgctatggcagttttga
gi|18 : aatcaaaaaatattcagtccatgaataggtgtaaaattgcataaaattaaaggaaaaggtttgttGGTCACATGTGACAAGGA-GTCGCTTAATA------CA---Gacaattgatagggtaactaatgttgggggggggggggtatagtcacatacaacagtgagttgcttgataaggtgggttgctatggcagttttaac
gi|4 : gaaacactttggggaatgtttatGACAGGTG-GTCGTTTAATA------CA---GGTtgggtcgctaatgcagtttg
gi|2 : aatgtgtcaacaactcgtaatatgtgaagtgaattgctagtccggtcatgtctacactttttaaattattcttgaaacttacgacatctcgttcaggaaaggtcgcaaacaatcttttataagtttcatacacagtctttatctaatttgcgttatagccatgtagggaatataatgggtcaccaggtggtagattttcacacctacaattctcaaagtcggtcaaaattcacaccttggagaacaaagccgatgtttcattacatgttccatgattttgttaagtgaacaacaactcggggtttatcggatgactgcacacgaccctgcatgctgactagatattcattaatggatacttttggtaaaatcctaagtttaggatgccaacaaataaaaatcaccaccaaagttattgcctgcgcgttcaaaacgaaagtataaggggcgataactctcagattagccacgctcgatcgaaacggaaagtagaaatcgcgttgtaatcggaaaatatatggtcgctgaataaaggtaaaatatcgtgaaaatacacgaaatggttgcaaaaatcatggtcgttgatcgcgtcaG-GTCTCTTAATA------CA---GGTaaaatatatagggtaatgctttgggggaatttttaggatcacatgtgacagtgagtcgcttaatacagtgggtcgctatggcagttttg
gi|8 : acagtcaaA-TGGGTTTAACAGTAAGACA--AAATTAATATTGTTAAGAAATCTAAAATATAA----TATGTTAATTGTTTTATAATTGATAAAAAAAATATA--TT------TAACCTCTTATTTATGAAATGCATGCAAAACATTAAAACATTCTATTGTAAAGAAAATGTATGTGTGTATA------TACTTGTAA----ATTTA-TTTA-AGTACCTCTCAAGAAGATAG--AAAGAAAGTAATGAAGTGTTGCTTCTCCTT-T--------TATACAATAATGCTGGAAATTTATT------AAAGTCATTGGCATTAA--TAAACCACAATAT-TC-TTTGTACACAGTTTTGAACTAATGCAGGCGGCTT-----TCTTTAGCTTGGA-TGTGTCAA-AA-ACTC---GT-----AATATGTTGAAGTTAACTGCTAGT-C-CGG-TCATGTCTACACTTTttccattggagacttgaaaaaaggtcacatatgacaggtgatctcttaatacaggtcgcctatttattggagtgaaagcttttagcaaatggtataatacacgaaatggtctcaatggagaaaataatcatttatttggattatcaagtatatataggtttaacagtaagacaaaattaataatgtttaaaaatctaaaatataataattatgttgtttcataatttataacaaaaattgtatttttatataacctcttatttatgaaatgcatggaaaacattctattgtaaagaatatccacacgtgtatatacttgtaattttatatcagtacctctcatgatagaaagaaagtaatgaagtgttgcttctccttatacatgtaatatacaataatgctggaaatttattcaaatctaaatacaccacaatattcattgtacacagttttgaactaatgcagacggctttctttagcttggatgtgtcaacaactcgtaaagtgaactgctagtgcggtcatgtctacacttttaaaattattctgaaacttacgatatcttcgttcggaaaggtcggcaataatgccagtttttctaagcttttttatgcagtgctcatacacagtcttgttatctaatcttgttgtcacagcgcaggttaatttccatttgtatgggaatataattgggtcacccggtttttacctaccctatccacgcctatggcaattctgcaaagtcagttccgataattcaggcacgcttgggataacaaaggggcgcattgtctcattagcatggatgccatgatttttgtttaaacaaaaacaactcgtggattttatcgcgatgactcgcacacgtaccctggacgctgactacatgtcgttaagttgataattttgggtaaatccctaaagttagagtgcccaacaaaatcagaatcaccaagccaaacttaattacgtggggcgccggttgcaagtaacgaaaagttgttaggggg
gi|3 : AAAAT-TACATT------TAATCTCTTACATACAAAATACATGCAAAACATCAAAACATTTTACTGTAA--------TATGC----------------TTGTAACTAAA---ACACTACAATGCTTCTC---T-GATGGTGAAAGAAACTGATGAAGTGTTGCTT---CTTAT--------TATACAGTAATGCTAGAAAGTTATTCTAATTGGAA-----GACATT-AGATAAATCAC-A-ATATCCATAGTGCACAGCTTTGAACTAATGCTGGCAACTT-----TCTTGAACTCAGA-TGCGTC-A-AATACTCAGAGTTACTAAGTATCTTGAATTGAACCGCTAGTTC-AGG-ACATGTCTACACTTTA-AAA--CGATTCTAGAAACCTTGGACATC-TCATACAGGAAAG-TTGCGAATAAT-CCTG-TTTTCTAA-G---TTTTATC-AGT-CCCATGCACAATCT--TTACCTAATTT--ACATCACAAC-CAGTCTAATTTTCCA-CTCTGAT-G-AACATTA-TGGGCCACCAGGTGGT---AGA---TTTTCACACCTGATCTAGCCCA------C---------ACAT---T-T-CAAAA-TCAG-T-CGA-AATTCA---
gi|15 : -ATAT-TCATT-GTACA-AGTTT--AACTAATACAGGGGC-TTCCAGTTCTTT-GATTGGACTGTGTC-AACA-A-TC---GT-----AATATG-TGAAGTGAACTTATAGT-C-TGGTTCA-GTCTACAATTTT-AAA--cgatgatccttgatttcgtgaaaacagcaaatgagggtttatatttattgactccacatgaccctgcacactgactatgtgttaactagggtaaaatcctcaattcagattgccgataaagcaacatcaccccaaacttattacccgtgagtgttagagacgataactcgagtaaccacgctcgatcgaaagtagggatcgcattgttaggaaaataaacagtcgttgaataaaggtaaaatttcataaaactatatgaaatggttgtaaaaatcatagttgttggttgcgtcagatggatggtcgtttaatacaggaaataggtagggcaacacattggggggacatttttatggccacatgtgacaatgagttgcttaatacagtgggttactatgacagttttgac
gi|14 : gCAGTTTTGAACTAATGCAGGCGGCTT-----TCTTCAGCTTAGA-TATGAC-AACA-ACTC---GT-----AATATGTTGAAGTGAACTGCTAGT-C-CGG-TCATGTCTACACTTTT-AAAATT-ATTCTTGAAACTTACGACATC-TCGTTCAGGAAAACTCGCAAATAAT-CC----------A-G---TTTTATA-AGT-CCATTACACAGTCT--Tat
gi|4 : A-TGTGTC-AACA-ACTC---GT-----AATATGT-GAAGTGAATTGCTAGT-C-CGG-TCATGTCTACACTTTTTAAA--TTATTCTTGAAACTTACGACATC-TCGTTCAGGAAAGGTCGCAAACAAT-C-----------------TTTTATA-AGT-TTCATACACAGTCT--TTATCTAATTT--GCGTTA-----TAG---------CCA-T-GT-AG-GGAATATAA-TGGGTCACCAGGTGGT---AGA---TTTTCACACCT----------A------C---------A-AT---TCT-CAAAG-TCGG-TC-AA-AATTCA----CACC---TTGG--AGAA--CAA-----AGCCGAT--GTTTCATTA-CAT--G----TTCCATGA-TT----TTG-TT--------AA-GTGA---ACAAC-----------A--A-C---TCG-GGGTTTATCG-GAT-----GA-CTGCACACG-ACCCT-GCATGCTGACT-A-GAT--------ATTCATT-AA-TG-GAT--ACTTTTGG-TA-A-AATCCT--AAGTTTA--GGAT-G-CCAA-C-AAATAAAAATCACCA--CCAAA-G-TTATTGCCT---GCGC--GTT-CAA--AACGAAAGT----AT------------AAGG-GGCGA-TAACT-CTCA--GATTAG-CCACGCTCGA-TCGAAA--CGGAAA--GTA--GAAATCGCGTTGTAATCGGAAA--A---------TATAT---GGTCGCTGAATA--AAGGTA--AAA-TATCGTGAA----AAT----ACACGAA-------ATGGT-TGCAAAAA----T--C-ATGGTCG----TT-GATCGCG----TCA--GACAGG-T---GGTCGTTT-AATACA-GG--T-A----AAATATATAG--GGT--AAT--GC-TTT---GGGGGA-ATTTTT--A-GG-------AT----C-ACATGTGAC-AG-TGAG-T--CG-CTT-AA----TACA-G---TGGG-TCG-C-TAT-GGCAGTTTTG
gi|5 : a--T-ATTCTTGAAACTTACAACATT-TCGTTCAGGAAAGTTCGCAAATAAT-CCAG-TTTTCTAA-G---TTTTATC-AGT-CCCATGCA--GTCT--TTATCTAATTT--GCGTCACAGT-CAGGTTAATTTTCCA-TTGT-AG-GGAATATAA-TGGGTCACC----------CGG---TTTTCACACCT----------A------TCTACCCTATATAT---TAC-CAAAG-TCAG-TC-AA-AATTCA----CACT---TTGG--ATAA--CAA-----AGCC-ATT-GTTTCAATA-CAT--GA---T-CCATGA-TT----TTG-TT--------AA-ACAA---ACAAC----------------T---T-G-GGGTTTATCG-GAT-----GA-CTCCACACG-ACCCT-GCACGCTGACT-A-CAT--------GTTCGTT-AA-TT-GAT-AA--TTTGGGTA-A-AATCCT--AAATTTA--CAATTG-CCAA-C-AAATCAGAATGACCA--CCAAA-C-TTAGTACGT---GCGA--GTT-CAA--AACGAAAGTG----TT------------AGG-GGCGA-TAACT-CTCA--GATTAA-CCATGCTCAA-TCAAAA--TGGAAA--GCA-GGG-ATCGCGTTGTAATCGGAAA--A---------TATAT---GGTAA---AATATCAAGA-A--AA--TA-CATG--------T----ACACGAA-------ATGGT-TGCACAAA----T--C-ATGGTCG----TT-GGTCGCG----TCA--GACAGG-T---AGTCGTTT-AATACA-GG--T-A----AAATATATAG--GGT--AAC--AC-TTT---GAGGGGAATTGTTT-A-TG-------GT----C-ACATGTGAC-AG-TGAG-T--CG-CTT-AA----TACA-G---TGGG-TTG-C-AAT-GGCAGTTTTGA
gi|7 : AAAAGTCATAAAAAAT-CAAG-TTGTTTAAAG---TTTTACC-AGT-CCCATGAACAGTGT--TTACCTAATCT--GGGTCACAAT-GAGGTTAATTTTC-A-CTAT-AT-GAAATATAA-TGGGTTATCAGGTGAT---AGA---TTTTCATACTT----------ATCTACCC---------C-ATACATCT-CAAAG-TCAA-TC-GA-AATTCA----CACCAAGCTTG--GTAAACCAA------GCT-GTT-GTTTCACC--AATTGA----T-CCTTGA-TT----TTG-TT--------AA-ACAA----CAAC----------------T---C-A-GGGTTTATGG-GAT-----GA--------CGTACTCC-ACACGA--ACG-T-GATTTCTACATGTTCATT-AA-TT-GAT-AACTT--GGGTA-A-AATC-T--AAGTTTA--GAGT-G-TTGA-C-AAAACAAAATCACTG--CCAAA-A-TTATTAC-CC--GTGC--ATT-TAA--AATGAAAGTG----TT----------AAAGGCAGTAA-CT----CTCA--GAGTAA-CCACGCTCGACTGAAA---TAGAAA--GTA--GAGATCGTGCTGTTATC----A--A-AT-----ATAT-----GGTCGCTAATTA--AAGGTA--AAATTT-C-TGTA----AATTGTAACACAAA-------ATGAT-AGC-CAAA---AT--C-ATCGTTG----TT-G-GTAC----ATCA--AACAGG-T---GGTCATTTAAATCA--GG--T-A----TATCATATAG--GGT--AAC--ctg
gi|6 : ACCCCT----------A------C---------A-TT---TCT-CCATGCTCA--TCGAA-AATTTC---ACACC---TCTAGTATAA--CTA-----AGCC-AATTGT-TAATC--TAT--C----TACTATGC-ATCCTATTG-TTTCATTAACAATATAACGAACAACTCTTATATATTATTA-T---T-G-AAATTTTTCC-TCA-----CACCTGCAC--G---CCT-GT-CGA---CT-TCAAAT-------GTTCGTTTAA-TTTGATATATTTTGGGGTATACAATCCT--GAAGTTACCGAGT-T-CCAA-GCAAATCAGAATC--CA--CCAAAAC-TTCATACAT---GCGC--ATT-CAA--AA-----ACGAACAT-------CTCGA---G-GGCGAATAACTCTTCA--GATTAACATACGCACGA-TCGAAACATGGAGAACGTACAGGACTC---CTGTAATCGGAAACTACAT-----ATAGAAATGGGTCACTGAATA--AAGTTAATAA--TATCATGAAATCGAAT-----CGTAAT-------ATGTT-TGCAAAAATCGATTAC-AT-GTCACTTTCT-G-TCGCATCTGTCATGGA---G-T---GG-CGTTTAAATACATGGCTT-AAAATAAATATATAGCAGCT--AA---GC-TTT---GGGGGA-ATTGTTTAATTA-------GT----CAACATGTGACAAG-TGAG-T--CTGCTTCAA----TACATGAACT-GG-TCT-C-AAT-TGCAGTTATGAtatgcattg
gi|9 : gCC-ATT-GTTTCATTA-CAT--G----TTCCATAA-TT----TTG-TT--------AA-ATAA---ACAAC-----------A--ACT---T-G-GGGTTTATCG-GAT-----GA-CTGCACACG-ACCCT-GCACGCTGACT-A-GAT--------GTTCATT-AA-TT-GAT--ACTTT-GGGTA-A-AATCCTGAAAGCATA--GGAT-G-CCAA-C-AAATCAAAATCACCA--CCAAtgt
gi|3 : ATT--CAC--GATGAT-CCTTGA-TT----TCG-TG--------AA-A------ACAGC-----------A--A-A---T-GAGGGTTTAT----ATTTATTGA-CTCCACATG-ACCCT-GCACACTGACTAT-G--T-------GTTAACT-A----------------GGGTA-A-AATCCT--CAATTCA--GATT-G-CCGA-T-AAAGCAACATCACC---CCAAA-C-TTATTAC-C----CGT--G--------------AGTG----TT------------AGA-GACGA-TAA---CTC---GAGTAA-CCACGCTCG------A---TCGAAA--GTA-GGG-ATCGCATTGT--TAGGAAA--A---------TAAAC---AGTCGTTGAATA--AAGGTA--AAATTT-CATAAA----ACT----ATATGAA-------ATGGT-TGT-AAAA---AT--C-ATAGTTG----TTGG-TTGC----GTCA--GAT-GGAT---GGTCGTTT-AATAC--AG----G----AAATAGGTAG--GGC--AAC--ACATTG---GGGGGACATTTTT--A-TG-------GC----C-ACATGTGAC-AA-TGAG-T--TG-CTT-AA----TACA-G---TGGG-TTA-C-TAT-GACAGTTTTGAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacctaacagggagtacagtgcagccagcaaaggtttgacatcntgtaatcggaaaatatggaaaatatatggtcgctgaataaaggtaa
gi|10 : aaaattacatttaatctcttacatacaaaatacatgcaaaacatcaaaacattttactgtaatatgcttgtaactaaaacactacaatgcttctctgatggtgaaagaaactgatgaagtgttgcttcttattatacagtaatgctagaaagttattctaattggaagacattagataaatcacaatatccatagtgcacagctttgaactaatgctggcaactttcttgaactcagatgcgtcaaatactcagagttactaagtatcttgaattgaaccgctagttcaggacatgtctacactttaaaacgattctagaaaccttggacatctcatacaggaaagttgcgaataatcctgttttctaagttttatcagtcccatgcacaatctttacctaatttacatcacaaccagtctaattttccactctgatgaacattatgggccaccaggtggtagattttcacacctgatctagcccacacatttcaaaatcagtcgaaAGG-GGCGA-TAA---CTCAAAGATTAA-CCACGCTCGA-TCGAAA--TGGAA------------------TGTAATCGGAAA--A---------TATAC---GGTCGCTGAATA--AAGGTA--AAA-TATCATGAA----AAT----ACACGAATTGCCAAATGGT-TGCAAAAA----T--C-ATGGTCG----TT-GGTCGCG----TCA--GACAGG-T---GGTCGTTT-AATACA-GG--T-A----AAATATATAG--GGT--AAC--GC-TTT---GGGGGGGATTTTT--A-TG-------GT----C-ACATGTGAC-AG-TGAG-T--CG-CTT-AA----TACA-G---TGGG-TCG-C-TATGGGCAGTTTTGAc
gi|9 : agtgttGACATCN---TGTAATCGGAAA--ATATGGAAAATATAT---GGTCGCTGAATA--AAGGTA--Ac
gi|12 : ccattgtttcattacatgttccataattttgttaaataaacaacaacttggggtttatcggatgactgcacacgaccctgcacgctgactagatgttcattaattgatactttgggtaaaatcctgaaagcataggatgccaacaaatcaaaatcaccaccaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacctaacagggagtacagtgcagccagcaaaggtttAATCGGAAA--A---------TAAAC---GGTCGCTGA-TA--AAA-TA--A------CATGAA----AA-----ACTCGAA-------ATGGT-TGCAAAAA----T--C-ATGGTCG----TT-GGTCGCG----TC---GACAGG-T---GGT-GTTT-AATAC--AG--T-A----ACATATATAT--GGTAAAAC--GC-GTTGGCGGGGGG--------GG-GG-------GTATGCC-A-ATGTGAC-AG-TGAG-TC-C--CTT-AA----TACA-G---TGGG-TCG-C-TAT-GGCAGTTTTGA
gi|13 : AATCA-AAA--A-AT-----ATTCA-----GTCCATGAATA--GGTGTA--AAATTG-CATAAA----ATT----AAAGGAA-------AAGGT-T-----------------TGTTGG----TT-G--CG------TCT--GACAGG-T---GGTCATTT-GATATA-GG--T-A----CAATTGATAG--GGT--AACTAAT-GTT---GGGGGG--------GG-GGGGGTATAGT----C-ACATACAAC-AG-TGAG-T--TG-CTT-GA----TAAG-G---TGGG-TTG-C-TAT-GGCAGTTTTAA
gi|17 : ---GGTCGCTGAGTA--AAGGTA--AA--TATTATG-A----AAT----ACATGAA-------ATGGCTTGC-AAAA---AT--CAATGGTCGTT--TT-G-TCG-----GTCA--GAC-AG-TGTGGGTCGTTT-AATACA-GG--TAA----AAATATATAG--GGc
gi|18 : t--AAC--AC-TTT---GGGGAATGTTT----A-TG-------GT----C-ACATGTGAC-AA-GGAG-T--CG-CTT-AA----TACA-G---TGGG-TCG-C-TAA-TGCAGTTTaa
gi|19 : gaGAGGAAACTTTT--A-TG-------GT----C-ACATATGAC-AG-TGAG-TTAC--AAT-AA----TACA-T---TGGG-TTG-C-TAT-TGTAGTTTTg
gi|2 : aAA-AG-------GT----C-ACATATGAC-AGGTGAT-C--T--CTT-AA----TACA-------GG-TCGCC-TAT-
gi|20 : acagtcaaacctgtattaagagaccttccattggagacttgaaaT----C-ACATACAAC-AG-TGAG-T--TA-TTT-AA----CATA-G---T-GG-GGG-CCTAT-GGCAGTTTTAAttattggagtgaaagcttttagcaaatggtataatacacgaaatggtctcaatggagaaaataatcatttatttggattatcaagtatatataggtttaacagtaagacaaaattaataatgtttaaaaatctaaaatataataattatgttgtttcataatttataacaaaaattgtatttttatataacctcttatttatgaaatgcatggaaaacattctattgtaaagaatatccacacgtgtatatacttgtaattttatatcagtacctctcatgatagaaagaaagtaatgaagtgttgcttctccttatacatgtaatatacaataatgctggaaatttattcaaatctaaatacaccacaatattcattgtacacagttttgaactaatgcagacggctttctttagcttggatgtgtcaacaactcgtaaagtgaactgctagtgcggtcatgtctacacttttaaaattattctgaaacttacgatatcttcgttcggaaaggtcggcaataatgccagtttttctaagcttttttatgcagtgctcatacacagtcttgttatctaatcttgttgtcacagcgcaggttaatttccatttgtatgggaatataattgggtcacccggtttttacctaccctatccacgcctatggcaattctgcaaagtcagttccgataattcaggcacgcttgggataacaaaggggcgcattgtctcattagcatggatgccatgatttttgtttaaacaaaaacaactcgtggattttatcgcgatgactcgcacacgtaccctggacgctgactacatgtcgttaagttgataattttgggtaaatccctaaagttagagtgcccaacaaaatcagaatcaccaagccaaacttaattacgtggggcgccggttgcaagtaacgaaaagttgttaggggg
gi|21 : GAC-AG-TGAGCT--G--CTT-AATTAGTACA-G---G-GG-TCA-A-TAG-GGCAGTTTTAA
gi|22 : -AG-TGAG-T--CG-CTT-AA----TACA-G---T-GGGTCG-C-TAA-GACAGTTTTGActgt
Alignments
lowQualScore : 1 222222 11111 4444444 2222 1 11 222 11 222222 55555555555 222222 444444444444444 4444 11 4444444444 3333333 333333333333 11111 111 11111 2222 111 333333333333 66666666666666666666666666666 111 11 2222 111111 111 11 111111 2222 1111111 4444444444444444444444 11111 1111111 1111 222222 1111 22222 5555555555555555555 33333333 1111111 111111111111 1111111 2222 22222 1111111 1111111 111
lowQualScore : 1 1 3 6 5 888888 2 0 6 0 0 1 7 7 88888 3333333 1 7 1 6666 7 0 33 33 44 1 7 444 1 1 33 888888 2 2 4 3 00000000000 2 888888 4 444444444444444 1111 33 2 2222222222 3 9999999 1 888888888888 0 1 8 66666 5 000 44444 0 8 5 5 6 2222 6 1 5 8888 1 5 000 66 5 77 6 6 6 3 2 6 6 88 6 9999 444444444444 33333333333333333333333333333 000 0 5 5 33 5 77 9999 0 222222 5 5 000 5 00 66 5 000000 9999 5 55 5 6666666 0 0000000000000000000000 5 22222 5 2222222 5 0000 888 666666 5 5 5 5 1111 33 888 66 66 1 5 5 2 555 66 5 5 11111 888 5 77 5 5 9999999999999999999 5 77 5 1 77 77 6666666 0 33333333 4444444 1 3 0 8888 666666666666 3333333 4 8 0000 55 4 1 777 2 4 88888 55 4 4 4 4 55 4 8888 55 0000000 4 3333333 4 222 88 55 55 3 3 3 3 3 6666 6666 3
lowQualScore : . . . . . ...... . . . . . . . . ..... ....... . . . .... . . .. .. .. . . ... . . .. ...... . . . . ........... . ...... . ............... .... .. . .......... . ....... . ............ . . . ..... . ... ..... . . . . . .... . . . .... . . ... .. . .. . . . . . . . .. . .... ............ ............................. ... . . . .. . .. .... . ...... . . ... . .. .. . ...... .... . .. . ....... . ...................... . ..... . ....... . .... ... ...... . . . . .... .. ... .. .. . . . . ... .. . . ..... ... . .. . . ................... . .. . . .. .. ....... . ........ ....... . . . .... ............ ....... . . .... .. . . ... . . ..... .. . . . . .. . .... .. ....... . ....... . ... .. .. .. . . . . . .... .... .
lowQualScore : 0 0 0 0 0 888888 5 8 5 2 7 0 3 3 33333 0000000 0 3 0 3333 3 8 55 88 00 0 3 777 0 0 22 888888 0 5 2 2 22222222222 5 888888 2 000000000000000 2222 88 5 8888888888 5 5555555 0 000000000000 8 0 0 77777 7 000 33333 1 4 7 7 7 5555 7 7 7 7777 3 7 000 77 7 99 7 7 7 2 5 7 7 22 7 7777 222222222222 44444444444444444444444444444 000 7 7 7 66 7 99 0000 1 333333 7 1 000 0 99 99 0 444444 8888 0 44 0 2222222 9 2222222222222222222222 0 55555 0 2222222 0 6666 888 555555 0 0 0 0 5555 22 888 99 99 1 0 0 0 111 99 7 7 66666 666 7 99 7 7 9999999999999999999 7 44 7 4 99 99 0000000 7 11111111 1111111 4 6 9 5555 888888888888 0000000 0 1 0000 55 0 6 000 5 0 44444 55 0 0 0 0 55 0 5555 55 6666666 0 0000000 0 555 77 55 55 6 1 1 1 1 5555 5555 1
consensus : AGAGACCTTCCATTGGAGANTTGAAAAAAGGTCACATATGACAGGTGGTCTCTTAATA------CAGGTCGCCTATTTTCTGGAGTGAAAGCTTTTAGCAAATGGTATAATACACGAA-TGGTCTCAATGGAGAAAATGA---TC-ATGTATTTGGATTATCAA-TA-TATATGGGTTTAACAGTAAGACA--AAATTAATAATGTTTAGAAGTCTAAAATATAATATGTTA-GTTGTTTCATAATTGATAAAAAAAAT-TACATT------TAACCTCTTATTTACGAAATGCATGCAAAACATTAAAACATTCTATTGTAAAGAA-AA-T-TACGCGTGTATATAC------TTGTAATT--NT--A-AT--TA-AGTACCTCTCAA---GATAG--AAAGAAAGTAATGAAGTGTTGCTTCTCCTTAT--------TATACAATAATGCTGGAAANTTATTC------AAAGNCATT-------A--TAAACCACAATATTCATT-GTACACAGTTTTGAACTAATGCAGGCGGCTT-----TCTTTAGCTTGGA-TGTGTCAACAACTC---GT-----AATATGTTGAAGTGAACTGCTAGTCC-GG-TCATGTCTACACTTTT-AAA--T-ATTCTTGAAACTTACGACATC-TCGTTCAGGAAAGGTCGCAAATAAT-CCAG-TTTTCTAA-G---TTTTAT-CAGT-CCCATGCACAGTCT--TTATCTAAT-TTG-CGTCACAGC-CAGGTTAATTTTCCA-TTGT-AT-GGAATATAA-TGGGTCACCAGGTGGTAGATTTT------------CACACCT----------A------C---------A-AT---TCT-CAAAG-TCAGT--CGA-AA--TTCA---ACACC----T-TGG-ATAACAAA---GC-CG-TTGTT--TC-AT-TA-C-ATG--T-CC-ATGA-TTTTG-TTAA-------ACGAACAAC-----------A--A-T---T-GGGGTTTATCG-GA-----TGA-C----T-GCACACG-ACCCTGCACGCT----GA---CTA-NATTGTTCGTT-AA-TT-GA-TA-C-TTTTGGG---TAAAATCCT--AAGTTTA--GAGT-G-CCAA-C-AAATCAAAATCACCA--CCAAA-CTT-ATTACNC---GCGC--GTT-CAA--AA-CG-AAAGTG----TT---------AAAGGGGCGA-TAACTCT-CAGATTAAC-CACGCTCGATCGAA--ATGGAAA--GTA-GGG-A-TCGCGTTGTAATCGGAAAA-AT-----ATATA-----CGGTCGCTGAATAAAGGTAA-AATATCATGAA----AA------T----ACACGAA-------ATGG-TTGCAAAAA---AT--CA-TGGTCG---TTGGTCG-CG---GTCA--GACAG-GTGG-TCGTTT-AATACA-GG--T-A----AAATATATAG--GGTAA--C----GCTTTG-G-------GG-GG--ATT-TTT--A--TGGTC-ACATGTGAC-AGTGAGTC-GC-TT-AA----TACAGTG----GGTCGCTAT-GGCAGTTTTGA
Reference ( family-1638 ) : AGNGACCNTCCATTGGAGAATTGAAAAAAGGTCACATGTGACAGGTGGTCGCTTAATA------CAGGTCGCCTATTTTCTGGAGTGAAGGCNTTTAGCAAATGGTATAATACACGAAATGGTCTCAATGGAGAAAATGACTTTCTNTNTATTTGGATTATCNAGTA-TATATAGGTTTAACAGTAAGACA--AAATTAATANTGTTTAAAAATCTAAAATATAATATGTTA-ATTGTTTCATAATTNATAANAAAAAT-TACATT------TAACCTCTTATTTACGAAATGCATGCAAAACATCAAAACATTCTATTGTAAAGAA-A--T-TACGCGTGTATATAC------TTGTAACT--AT--A-AT--TA-AGTACCTCTCA----GATAG--AAAGAAAGTAATGAAGTGTTGCTTCTCCTTAT--------TATACAATAATGCTGGAAATTTATTN------AAAGNCATT-------A--TAAACCACAATATTCNTT-GTACACAGTTTTGAACTAATGCAGGCGGCTT-----TCTTTAGCTTGGA-TGTGTCAACAACTC---GT-----AATATGTTGAAGTGAACTGCTAGTCC-GG-TCATGTCTACACTTTT-AAA--T-ATTCTTGAAACTTACGACATC-TCGTTCAGGAAAGGTCGCAAATAAT-CCAG-TTTTCTAA-G---TTTTAT-NAGT-CCCATGCACAGTCT--TTATCTAAT-TTG-CGTCACAGC-CAGGTTAATTTTCCA-TTGT-AT-GGAATATAA-TGGGTCACCAGGTGGTAGATTTT------------CACACCT----------A------C---------A-AT---TCT-CAAAG-TCAGT--CGA-AA--TTCA---ACACC----T-TGG-ATAACAAA---GC-CA-TTGTT--TC-AT-TA-C-ATG--T-CC-ATGA-TTTTG-TTAA-------ACAAACAAC-----------A--A-T---T-GGGGTTTATCG-GA-----TGA-C----T-GCACACG-ACCCTGCACGCT----GA---CTN-GATTGTTCGTT-AA-TT-GA-TA-C-TTTTGGG---TAAAATCCT--AAGTTTA--GAGT-G-CCGA-C-AAATCAGAATCACCA--CCAAA-CTT-ATTACGC---GCGC--GTT-CAA--AA-CG-AAAGTG---ATT---------AAAGGGGCGA-TAACTCT-CAGATTAAC-CACGCTCGATCGAA--ATGGAAA--GTA-GGG-A-TCGCGTTGTAATCGGAAAA-AT-----ATATA-----CGGTCGCTGAATAAAGGTAA-AATATCATGAA----AA------T----ACACGAA-------ATGG-TTGCAAAAA---AT--CA-TGGTCG---TTGGTCG-CG---GTCA--GACAG-GTGG-TCGTTT-AATACA-GG--T-A----AAATATATAG--GGTAA--C----GCTTTG-G-------GG-GG--ATT-TTT--A--TGGTC-ACATGTGAC-AGTGAGTC-GC-TT-AA----TACAGTG----GGTCGCTAT-GGCAGTTTTGA
gi|1 : AGAGACCTTCCATTGGAGACTTGAAAAAAGGTCACATATGACAGGTGGTCTCTTAATA------CAGGTCACCTATTTT-TGGAGTGAAAGCTTTTAGCAAATGGTATAATACACGAA-TGGTCTCAATGGAGAAAATGA---TC-ATGTATTTGGATTATCAA----T-TATGGGTTTAAC-TTAAGACA--AAATTGATAATGTTTAGAAGTCTAAAATATAATATGTT-----GTTTCATAACTGATAAAAAAAATATACATT------TAACCTCTTATTTATGAAATGCATGCAAAACATTTAAACATTCTATTGTAAAGAA-AATT-TATGCGTTTATATACATGTACTTGTAATTTTATTTA-AT--TA-AGTACCTCTCAA---GATAG--AAAGAAAGTAATGAAATGTTGCTTTTCCTT-T--------TATACAATAATGCTGGAAAATCATTG------AAAGGCATT-------A--TAAACCACA-TATTCTTTTGTACACAGTTTTGAACTAATGCAGGCGG-TT-----TCTTTAGCTTGGA-TGTGTCA-CAACTC---GT-----AATATGTTGAAGTGAACTGCTAG-CC-GG-TCATGTCTAAACTTTT-AAA--T-ATTCTTGAAACTTACGACATC-TCGTTCAGGAAAGGTCGCAAATAAT-CCAG-TTTTCTAA-G---TTTTAT-AAGT-CCCATACACAGTCT--TTATCTAAT-TTT-CGTCACAAT-TAGGTTAATTTTCCA-TTGT-AC-GAAATATAA-TGGGTCACCAGGTGGTCGATTTT------------CACACCT----------A------C---------A-AT---TCT-CAAAG-TCAGTC-CGA-AA--TTCA---ACACC----T-CTG-ATAACAAC---GC-CATTTGTT--TC-AT-T--C-ATG--T-CC-ATGA-ATTTG-TTAA-------ATAAACAAC-----------A--A-T---T-GGGGTTTGTCG-GA-----TGAGC----T-GCAC-CG-ACCCTGC-CGAT----GA---CTT-GATTGTTCATT-AA-TT-GATTA-C-TTTTGGG---TAAAATCCT--AAGTTTA--GGAT-G-CCAA-A-AAATCAAAATCACCA--CCAAA-CTA-ATTGC-T---GCGC--GTT-CAA--AA-CG-AAAGTGAAAATTGTAAAACTGAAAGGGGCGA-TA---CT-CAGATTAGA-CACGCTCG-TCG-A--ATGGAAA--GTA-AGATA-TCGCGTTGTAATCGGAAAA-AT-----ATACA-----CGGTCGCTGAATAAAGGT-A-AATA-CATGAA----AA------T----ACACGAA-------ATGG-CTGCAAAAA---AT--CA-TGGTCG---TT-GTCG-CA---ATCA--GAC-G-GTGG-TCGTTT-AATAC--GG--T-A----AAATATATAG--GGTAA--C----GCTTTG-G-------GG-GAC-ATT-TTTTAA--GGGTC-ACAT-TGAC-AGTGAGTC--C-TT-AA----TACAGT-----GGTCGCTAT-GGCATTTTTGA
gi|10 : AGTG----TT---------A--GGGGCGA-TAACTCA-AAGATTAAC-CACGCTCGATCGAA--ATGGAA-------------------TGTAATCGGAAAA---------TATA-----CGGTCGCTGAATAAAGGTAA-AATATCATGAA----AA------T----ACACGAATTGCCAAATGG-TTGCAAAAA----T--CA-TGGTCG---TTGGTCG-CG----TCA--GACAG-GTGG-TCGTTT-AATACA-GG--T-A----AAATATATAG--GGTAA--C----GCTTTG-G-------GGGGG--ATT-TTT--A--TGGTC-ACATGTGAC-AGTGAGTC-GC-TT-AA----TACAGTG----GGTCGCTATGGGCAGTTTTGAac
gi|11 : AGTGACCATCCATTGGAAAATGGAAAAATGGACACATATGACAGGTGGTCTCCTAATACACTGTCAGGCCGCCTATTTTCTGCAGTGAAGGCATTTAGCAAA---TATAAT-TA-----------CAATGGAGAAAATGACTTTCTTTGTATTTAGA--ATTCATTACTACAT-------GCAAGAATACACCAAGT--ATAGTTTTTAAAAGTGTAAAACAAAATc
gi|12 : acagacaaacctttatttAATCGGAAAA---------TAAA-----CGGTCGCTGA-------TAA-AATAACATGAA----AA-----------ACTCGAA-------ATGG-TTGCAAAAA----T--CA-TGGTCG---TTGGTCG-CG----TC---GACAG-GTGG-T-GTTT-AATACA-G---T-A----ACATATATAT--GGTAAAAC----GCGTTG-GCGGGGGGGG-GG--GT-------A--TG-CC-A-ATGTGAC-AGTGAGTC-CC-TT-AA----TACAGTG----GGTCGCTAT-GGCAGTTTTGA
gi|13 : AATC--AAAA-A------ATATT-----CAGTCCATGAATAGGTGTAA-AATTGCATAAA----AT------T----AAAGGAA-------AAGG-TT---------------------TG---TTGGTTG-CG----TCT--GACAG-GTGG-TCATTT-GATATA-GG--T-A----CAATTGATAG--GGTAA--CTAATGTTGGG-G-------GG-GG--GGG-GGT--A--TAGTC-ACATACAAC-AGTGAGTT-GC-TT-GA----TAAGGTG----GGTTGCTAT-GGCAGTTTTAA
gi|14 : CAGTTTTGAACTAATGCAGGCGGCTT-----TCTTCAGCTTAGA-TATGACAACAACTC---GT-----AATATGTTGAAGTGAACTGCTAGTCC-GG-TCATGTCTACACTTTT-AAAATT-ATTCTTGAAACTTACGACATC-TCGTTCAGGAAAACTCGCAAATAAT-CC----------A-G---TTTTAT-AAGT-CCATTACACAGTCT--Tc
gi|15 : ATATTCATT-GTACA-AGTTT--AACTAATACAGG-GGCTTCCAGTTCTTT-GATTGGACTGTGTCAACAA-TC---GT-----AATATGT-GAAGTGAACTTATAGTCT-GGTTCA-GTCTACAATTTT-AAA--
gi|16 : gTGGAGAATTTTAAAAAAGTCATATATAACAGGTGGTCTCTTAATA------CA---TGCTTATTTTCTGAAGGGAat
gi|17 : GGTCGCTGAGTAAAGGTAA-A-TATTATGAA----A-------T----ACATGAA-------ATGGCTTGCAAAAA----T--CAATGGTCG---TT--TTGTCG---GTCA--GACAGTGTGGGTCGTTT-AATACA-GG--TAA----AAATATATAG--GGtatggcttacatttgttattagtgaataatggcagctgcacatgtatttgg
gi|18 : tAA--C----ACTTTG-G-------GG-A---ATG-TTT--A--TGGTC-ACATGTGAC-AAGGAGTC-GC-TT-AA----TACAGTG----GGTCGCTAA-TGCAGTTTaa
gi|19 : gaG-A-------GG-AA--ACT-TTT--A--TGGTC-ACATATGAC-AGTGAGTT-ACAAT-AA----TACATTG----GGTTGCTAT-TGTAGTTTTg
gi|2 : aAGAGACCTTCCATTGGAGACTTGAAAAAAGGTCACATATGACAGGTGATCTCTTAATA------CAGGTCGCCTATTTATTGGAGTGAAAGCTTTTAGCAAATGGTATAATACACGAAATGGTCTCAATGGAGAAAATAA---TC-ATTTATTTGGATTATCAAGTA-TATATAGGTTTAACAGTAAGACA--AAATTAATAATGTTTAAAAATCTAAAATATAATA-ATTATGTTGTTTCATAATTTATAACAAAAAT-TGTATTTTTATATAACCTCTTATTTATGAAATGCATG--------GAAAACATTCTATTGTAAAGAATA--TCCACACGTGTATATAC------TTGTAATT--TT--ATAT--C--AGTACCTCTCAT---GATAG--AAAGAAAGTAATGAAGTGTTGCTTCTCCTTATACATGTAATATACAATAATGCTGGAAATTTATTC------AAATCTA-A-------A--TACACCACAATATTCATT-GTACACAGTTTTGAACTAATGCAGACGGCTT-----TCTTTAGCTTGGA-TGTGTCAACAACTC---GT-----A--------AAGTGAACTGCTAGTGC-GG-TCATGTCTACACTTTT-AAAATT-ATTC-TGAAACTTACGATATCTTCGTTC-GGAAAGGTCGGCAATAATGCCAGTTTTTCTAA-GCTTTTTTATGCAGTGCTCATACACAGTCTTGTTATCTAATCTTGTTGTCACAGCGCAGGTTAA-TTTCCATTTGT-ATGGGAATATAATTGGGTCACCCGGT------TTTTACCTACCCTATCCACGCCT----------ATGG---C---------A-AT---TCTGCAAAG-TCAGTTCCGATAA--TTCAGGCACGCT----T-GGG-ATAACAAAGGGGCGCA-TTGTC--TC-AT-TAGC-ATGGATGCC-ATGATTTTTGTTTAA-------ACAAA-AAC-----------A--A-CTCGT-GGATTTTATCGCGA-----TGA-C----TCGCACACGTACCCTGGACGCT----GA---CTA-CA-TG-TCGTT-AAGTT-GA-TA-A-TTTTGGG---TAAATCCCT--AAAGTTA--GAGT-GCCCAA-CAAAATCAGAATCACCAAGCCAAA-CTTAATTACGTGGGGCGCCGGTTGCAAGTAA-CGAAAAGTT---GTT---------AGGGGG
gi|20 : acagtcaaacctgtattaTC-ACATACAAC-AGTGAGTT-AT-TT-AA----CATAGTG----GGGGCCTAT-GGCAGTTTTAA
gi|21 : GAC-AGTGAGCT-GC-TT-AATTAGTACAG-G----GGTCAATAG-GGCAGTTTTAA
gi|22 : GTAGN-AGTGAGTC-GC-TT-AA----TACAGTG----GGTCGCTAA-GACAGTTTTGActgt
gi|23 : AAAGGTCACATATGACAGGTGGTCTCTTAA
gi|3 : AAAAT-TACATT------TAATCTCTTACATACAAAATACATGCAAAACATCAAAACATTTTACTGTAA--------------------TATGC------TTGTAACT--AA--A-ACACTACAATGCTTCTCT----GATGGTGAAAGAAACTGATGAAGTGTTGCTTCT---TAT--------TATACAGTAATGCTAGAAAGTTATTCTAATTGGAAGACATT-------AGATAAATCACAATATCCATA-GTGCACAGCTTTGAACTAATGCTGGCAACTT-----TCTTGAACTCAGA-TGCGTCAAATACTCAGAGTTACTAAGTATCTTGAATTGAACCGCTAGTTCAGG-ACATGTCTACACTTTA-AAA--CGATTCTAGAAACCTTGGACATC-TCATACAGGAAA-GTTGCGAATAAT-CCTG-TTTTCTAA-G---TTTTAT-CAGT-CCCATGCACAATCT--TTACCTAAT-TTA-CATCACAAC-CAGTCTAATTTTCCA-CTCTGAT--GAACATTA-TGGGCCACCAGGTGGTAGATTTT------------CACACCTGATCTAGCCCA------C---------ACAT---T-T-CAAAA-TCAGT--CGA-AA--TTC----AC-----------G-ATGAT-------C-C--TTG-------AT-----------T-TC-GTGA---------AA-------AC-AGCA-------------A--A-T---G-AGGGTTTAT----ATTTATTGA-C----T-CCACATG-ACCCTGCACACT----GA---CTA----TGT--GTT-AA-CT-A-----------GGG---TAAAATCCT--CAATTCA--GATT-G-CCGA-T-AAAGCAACATCACC---CCAAA-CTT-ATTACCC---GTG--------------------AGTG----TT-----------AGAGACGA-TAACTC----GAGTAAC-CACGCTCGATC--------GAAA--GTA-GGG-A-TCGCATTGT--TAGGAAA---------ATAAA-----CAGTCGTTGAATAAAGGTAA-AATTTCATAAA----AC------T----ATATGAA-------ATGG-TTGT-AAAA---AT--CA-TAGTTG---TTGGTTG-C----GTCA--GATGG-ATGG-TCGTTT-AATACA-GG---------AAATAGGTAG--GGCAA--C----ACATTG-G-------GG-GGACATT-TTT--A--TGGCC-ACATGTGAC-AATGAGTT-GC-TT-AA----TACAGTG----GGTTACTAT-GACAGTTTTGA
gi|4 : A-TGTGTCAACAACTC---GT-----AATATGT-GAAGTGAATTGCTAGTCC-GG-TCATGTCTACACTTTTTAAA--TTATTCTTGAAACTTACGACATC-TCGTTCAGGAAAGGTCGCAAACAAT-C-----------------TTTTAT-AAGT-TTCATACACAGTCT--TTATCTAAT-TTG-CGTTATAGC-CA---------------TGT-AG-GGAATATAA-TGGGTCACCAGGTGGTAGATTTT------------CACACCT----------A------C---------A-AT---TCT-CAAAG-TCGGT--CAA-AA--TTCA----CACC----T-TGG-AGAACAAA---GC-CG-ATGTT--TC-AT-TA-C-ATG--TTCC-ATGA-TTTTG-TTAA-------GTGAACAAC-----------A--A-C---TCGGGGTTTATCG-GA-----TGA-C----T-GCACACG-ACCCTGCATGCT----GA---CTA-GAT-ATTCATT-AA-TG-GA-TA-C-TTTTGG----TAAAATCCT--AAGTTTA--GGAT-G-CCAA-C-AAATAAAAATCACCA--CCAAA-GTT-ATTGCCT---GCGC--GTT-CAA--AA-CG-AAAGT----AT-----------AAGGGGCGA-TAACTCT-CAGATTAGC-CACGCTCGATCGAA--ACGGAAA--GTA-GAA-A-TCGCGTTGTAATCGGAAAA---------TATA-----TGGTCGCTGAATAAAGGTAA-AATATCGTGAA----AA------T----ACACGAA-------ATGG-TTGCAAAAA----T--CA-TGGTCG---TTGATCG-CG----TCA--GACAG-GTGG-TCGTTT-AATACA-GG--T-A----AAATATATAG--GGTAA--T----GCTTTG-G-------GG-GA--ATT-TTT--A--GGATC-ACATGTGAC-AGTGAGTC-GC-TT-AA----TACAGTG----GGTCGCTAT-GGCAGTTTTGc
gi|5 : a--T-ATTCTTGAAACTTACAACATT-TCGTTCAGGAAAGTTCGCAAATAAT-CCAG-TTTTCTAA-G---TTTTAT-CAGT-CCCATGCA--GTCT--TTATCTAAT-TTG-CGTCACAGT-CAGGTTAATTTTCCA-TTGT-AG-GGAATATAA-TGGGTCACCCGGT-------TTT------------CACACCT----------A------TCTACCCTATATAT---TAC-CAAAG-TCAGT--CAA-AA--TTCA----CACT----T-TGG-ATAACAAA---GC-CA-TTGTT--TC-AA-TA-C-ATGA-T-CC-ATGA-TTTTG-TTAA-------ACAAACAAC----------------T---T-GGGGTTTATCG-GA-----TGA-C----T-CCACACG-ACCCTGCACGCT----GA---CTA-CAT-GTTCGTT-AA-TT-GA-TA-A-TTT-GGG---TAAAATCCT--AAATTTA--CAATTG-CCAA-C-AAATCAGAATGACCA--CCAAA-CTT-AGTACGT---GCGA--GTT-CAA--AA-CG-AAAGTG----TT---------A--GGGGCGA-TAACTCT-CAGATTAAC-CATGCTCAATCAAA--ATGGAAA--GCA-GGG-A-TCGCGTTGTAATCGG-AAA-AT-----ATAT---------------------GGTAA-AATATCAAGAA----AATACATGT----ACACGAA-------ATGG-TTGC-ACAA---AT--CA-TGGTCG---TTGGTCG-C----GTCA--GACAG-GTAG-TCGTTT-AATACA-GG--T-A----AAATATATAG--GGTAA--C----ACTTTGAG-------GG-GA--ATTGTTT--A--TGGTC-ACATGTGAC-AGTGAGTC-GC-TT-AA----TACAGTG----GGTTGCAAT-GGCAGTTTTGA
gi|6 : ACCCCT----------A------C---------A-TT---TCT-CCATGCTCA-T--CGA-AAATTTCA----CACC----TCTAGTATAACTAA---GC-CAATTGTTAATCTATCTA-CTATGCAT-CCTATTG-TTTCA-TTAACAATATAACGAACAACTCTTATATATTATTA-T---T-GAAATTTTTC-------------C----T--CACAC-----CTGCACGCCTGTCGA---CTTCAAATGTTCGTTTAA-TTTGA-TA-TATTTTGGGGTATACAATCCT--GAAGTTACCGAGT-T-CCAAGC-AAATCAGAATC--CA--CCAAAACTT-CATACAT---GCGC--ATT-CAA--AAACG-AACATC----TC---------GA--GGGCGAATAACTCTTCAGATTAACATACGCACGATCGAAACATGGAGAACGTACAGG-ACTC---CTGTAATCGGAAACTAC-----ATATAGAAATGGGTCACTGAATAAAGTTAATAATATCATGAAATCGAA------T-----CGTAAT-------ATGT-TTGCAAAAATCGATTACA-T-GTCACTTTCTGTCG-CATCTGTCATGGA----GTGG--CGTTTAAATACATGGCTT-AAAATAAATATATAGCAGCTAA-------GCTTTG-G-------GG-GA--ATTGTTT--AATTAGTCAACATGTGACAAGTGAGTCTGC-TTCAA----TACA-TGAACTGGTCTCAAT-TGCAGTTATGActg
gi|7 : gAAAAGTCATAAAAAAT-CAAG-TTGTTTAAAG---TTTTAC-CAGT-CCCATGAACAGTGT--TTACCTAAT-CTG-GGTCACAAT-GAGGTTAATTTTC-A-CTAT-AT-GAAATATAA-TGGGTTATCAGGTGATAGATTTT------------CATACTT----------ATCTACCC---------C-ATACATCT-CAAAG-TCAAT--CGA-AA--TTCA----CACCAAGCT-TGG-TAAACCAA---GC-TG-TTGTT--TC-AC-CA-A-TTGA-T-CC-TTGA-TTTTG-TTAA-------ACAA-CAAC----------------T---C-AGGGTTTATGG-GA-----TGA-CGTACT-CCACACG-A------ACG-T----GATTTCTA-CAT-GTTCATT-AA-TT-GA-TAAC-TT--GGG---TAAAATC-T--AAGTTTA--GAGT-G-TTGA-C-AAAACAAAATCACTG--CCAAA-ATT-ATTACCC---GTGC--ATT-TAA--AA-TG-AAAGTG----TT---------AAA--GGCAG-TAACTCT-CAGAGTAAC-CACGCTCGACTGAA--ATAGAAA--GTA-GAG-A-TCGTGCTGTTATC----AA-AT-----ATAT-------GGTCGCTAATTAAAGGTAA-AATTTC-TGTA----AA------TTGTAACACAAA-------ATGA-TAGC-CAAA---AT--CA-TCGTTG---TTGGT-A-C----ATCA--AACAG-GTGG-TCATTT-AAATCA-GG--T-A----TATCATATAG--GGTAA--C----tgt
gi|8 : ATGGGTTTAACAGTAAGACA--AAATTAATATTGTTAAGAAATCTAAAATATAATATGTTA-ATTGTTTTATAATTGATAAAAAAAAT--ATATT------TAACCTCTTATTTATGAAATGCATGCAAAACATTAAAACATTCTATTGTAAAGAA-AA-TGTATGTGTGTATATAC------TTGTAAAT--TT--A-TT--TA-AGTACCTCTCAAGAAGATAG--AAAGAAAGTAATGAAGTGTTGCTTCTCCTT-T--------TATACAATAATGCTGGAAATTTATT-------AAAGTCATTGGCATTAA--TAAACCACAATATTCTTT-GTACACAGTTTTGAACTAATGCAGGCGGCTT-----TCTTTAGCTTGGA-TGTGTCAAAAACTC---GT-----AATATGTTGAAGTTAACTGCTAGTCC-GG-TCATGTCTACACTTTtatgcattg
gi|9 : C-CA-TTGTT--TC-AT-TA-C-ATG--TTCC-ATAA-TTTTG-TTAA-------ATAAACAAC-----------A--ACT---T-GGGGTTTATCG-GA-----TGA-C----T-GCACACG-ACCCTGCACGCT----GA---CTA-GA-TGTTCATT-AA-TT-GA-TA-C--TTTGGG---TAAAATCCTGAAAGCATA--GGAT-G-CCAA-C-AAATCAAAATCACCA--CCAA
gi|9 : TGTAATCGGAAAATATGGAAAATATA-----TGGTCGCTGAATAAAGGTAA-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacctaacagggagtacagtgcagccagcaaaggtttgacatcntgtaatcggaaaatatggaaaatatatggtcgctgaataaaggtaa
Alignments
lowQualScore : 222222 111 222 1 2222 11 222 11 222222 3333333 222222 44444444444 111 11 4444444444 3333333 333333333333 11111 111 11111 2222 111 333333333333 66666666666666666666666666666 111 2222 111111 111 11 111111 2222 1111111 1 4444444444444444444444 11111 1111111 1111 2222222 1111 11111 333333333333333333 33333333 1111111 111111111111 1111111 2222 22222 1111111 1111111 111
lowQualScore : 1 333333 6 0 7 7 888 333 3 7 5555 2 33 33 44 1 7 444 33 888888 2 2 0 3 3 2222222 2 888888 1 1 55555555555 9 777 33 2 2222222222 1 7777777 1 888888888888 0 1 8 66666 5 000 44444 0 8 5 5 6 2222 6 1 5 0 5 5 000 1 66 5 5 77 6 6 6 3 2 6 6 88 6 9999 444444444444 33333333333333333333333333333 000 0 5 5 77 5 5 77 9999 0 222222 5 5 000 5 11 5 66 5 000000 9999 5 55 5 6666666 0 0000000000000000000000 5 22222 5 2222222 5 0000 888 2222222 5 5 5 5 1111 33 888 66 66 1 5 5 555 66 5 5 77777 888 5 77 5 66 555555555555555555 5 77 5 999 77 6666666 0 33333333 4444444 1 3 0 8888 666666666666 3333333 4 8 0000 55 4 1 777 2 4 88888 55 4 4 4 4 55 4 8888 55 0000000 4 3333333 4 222 88 55 55 3 3 3 3 3 6666 6666 3
lowQualScore : . ...... . . . . ... ... . . .... . .. .. .. . . ... .. ...... . . . . . ....... . ...... . . ........... . ... .. . .......... . ....... . ............ . . . ..... . ... ..... . . . . . .... . . . . . . ... . .. . . .. . . . . . . . .. . .... ............ ............................. ... . . . .. . . .. .... . ...... . . ... . .. . .. . ...... .... . .. . ....... . ...................... . ..... . ....... . .... ... ....... . . . . .... .. ... .. .. . . . ... .. . . ..... ... . .. . .. .................. . .. . ... .. ....... . ........ ....... . . . .... ............ ....... . . .... .. . . ... . . ..... .. . . . . .. . .... .. ....... . ....... . ... .. .. .. . . . . . .... .... .
lowQualScore : 0 000000 5 2 3 3 333 333 3 3 0000 5 55 88 00 2 3 333 22 888888 0 5 8 2 5 5555555 5 888888 2 0 22222222222 8 555 88 5 8888888888 0 5555555 0 000000000000 8 4 0 77777 7 000 33333 1 4 7 7 7 5555 7 7 7 7 7 7 000 4 44 7 7 99 7 7 7 2 5 7 7 22 7 7777 222222222222 44444444444444444444444444444 000 7 7 7 99 7 7 99 0000 1 333333 7 1 000 0 22 0 99 0 444444 8888 0 44 0 2222222 5 2222222222222222222222 0 55555 0 2222222 0 6666 888 8888888 0 0 0 0 5555 22 888 99 99 1 0 0 111 99 7 7 33333 666 7 99 7 99 888888888888888888 7 44 7 333 99 0000000 7 11111111 1111111 4 6 9 5555 888888888888 0000000 0 1 0000 55 0 6 000 5 0 44444 55 0 0 0 0 55 0 5555 55 6666666 0 0000000 0 555 77 55 55 6 1 1 1 1 5555 5555 1
consensus : AGAGACCTTCCATTGGAGANTTGAAAAAAGGTCACATATGACAGGTGGTCTCTTAATA------CAGGTCGCCTATTTTCTGGAGTGAAAGCTTTTAGCAAATGGTATAATACACG-AATGGTCTCAATGGAGAAAATGA---TC-ATGTATTTGGATTATCAA-TA-TATATGGGTTTAACAGTAAGACA--AAATTAATAATGTTTAGAAGTCTAAAATATAATATGTTA-GTTGTTTCATAATTGATAAAAAAAAT-TACATT------TAACCTCTTATTTACGAAATGCATGCAAAACATTAAAACATTCTATTGTAAAGAAAAT-T-ACGCGTGTATATAC------TTGTAATTTTAT---AT--TA-AGTACCTCTCAAGA---TAG--AAAGAAAGTAATGAAGTGTTGCTTCTCCTTAT--------TATACAATAATGCTGGAAANTTATTC------AAAGNCATT-------A--TAAACCACAATATTCATT-GTACACAGTTTTGAACTAATGCAGGCGGCTT-----TCTTTAGCTTGGA-TGTGTCAACAACTC---GT-----AATATGTTGAAGTGAACTGCTAGTCC-GG-TCATGTCTACACTTTT-AAA--T-ATTCTTGAAACTTACGACATC-TCGTTCAGGAAAGGTCGCAAATAAT-CCAG-TTTTCTAA-G---TTTTAT-CAGT-CCCA-TGCACAGTCT--TTATCTAAT-TTG-CGTCACAGC-CAGGTTAATTTTCCA-TTGT-AT-GGAATATAA-TGGGTCACCAGGTGGTAGATTTT------------CACACCT----------A------C---------A-AT---TCT-CAAAG-TCAGT--C-GA-AA--TTCA---ACACC----T-TGG-ATAACAAA---GC-CG-TT-GTT--TC-AT-TA-C-ATG--T-CC-ATGA-TTTTG-TTAA-------ACGAACAAC-----------A--A-T---T-GGGGTTTATCG-GA-----TGA-C----T-GCACACG-ACCCTGCACGCT----GA---CT--ANATTGTTCGTT-AA-TT-GAT-A-C-TTTTGGG---TAAAATCCT--AAGTTTA--GAGT-G-CCAA-C-AAATCAAAATCACCA--CCAAA-CTT-ATTACNC---GCGC--GTT-CAA--AA-CGAAAG--TG----TT---------AAAGGGGCGA-TAACTC-TCAGATTAAC-CACGCTCGATCGAA--ATGGAAA--GTA-GGG-A-TCGCGTTGTAATCGGAAAA-AT-----ATATA-----CGGTCGCTGAATAAAGGTAA-AATATCATGAA----AA------T----ACACGAA-------ATGG-TTGCAAAAA---AT--CA-TGGTCG---TTGGTCG-CG---GTCA--GACAG-GTGG-TCGTTT-AATACA-GG--T-A----AAATATATAG--GGTAA--C----GCTTTG-G-------GG-GG--ATT-TTT--A--TGGTC-ACATGTGAC-AGTGAGTC-GC-TT-AA----TACAGTG----GGTCGCTAT-GGCAGTTTTGA
Reference ( family-1638 ) : AGAGACCTTCCATTGGAGANTTGAAAAAAGGTCACATATGACAGGTGGTCTCTTAATA------CAGGTCGCCTATTTTCTGGAGTGAAAGCTTTTAGCAAATGGTATAATACACG-AATGGTCTCAATGGAGAAAATGA---TC-ATGTATTTGGATTATCAA-TA-TATATGGGTTTAACAGTAAGACA--AAATTAATAATGTTTAGAAGTCTAAAATATAATATGTTA-GTTGTTTCATAATTGATAAAAAAAAT-TACATT------TAACCTCTTATTTACGAAATGCATGCAAAACATTAAAACATTCTATTGTAAAGAAAAT-T-ACGCGTGTATATAC------TTGTAATTNTA----AT--TA-AGTACCTCTCAAGA---TAG--AAAGAAAGTAATGAAGTGTTGCTTCTCCTTAT--------TATACAATAATGCTGGAAANTTATTC------AAAGNCATT-------A--TAAACCACAATATTCATT-GTACACAGTTTTGAACTAATGCAGGCGGCTT-----TCTTTAGCTTGGA-TGTGTCAACAACTC---GT-----AATATGTTGAAGTGAACTGCTAGTCC-GG-TCATGTCTACACTTTT-AAA--T-ATTCTTGAAACTTACGACATC-TCGTTCAGGAAAGGTCGCAAATAAT-CCAG-TTTTCTAA-G---TTTTAT-CAGT-CCCA-TGCACAGTCT--TTATCTAAT-TTG-CGTCACAGC-CAGGTTAATTTTCCA-TTGT-AT-GGAATATAA-TGGGTCACCAGGTGGTAGATTTT------------CACACCT----------A------C---------A-AT---TCT-CAAAG-TCAGT--C-GA-AA--TTCA---ACACC----T-TGG-ATAACAAA---GC-CG-TT-GTT--TC-AT-TA-C-ATG--T-CC-ATGA-TTTTG-TTAA-------ACGAACAAC-----------A--A-T---T-GGGGTTTATCG-GA-----TGA-C----T-GCACACG-ACCCTGCACGCT----GA---CT--ANATTGTTCGTT-AA-TT-GAT-A-C-TTTTGGG---TAAAATCCT--AAGTTTA--GAGT-G-CCAA-C-AAATCAAAATCACCA--CCAAA-CTT-ATTACNC---GCGC--GTT-CAA--AA-CGAAAG--TG----TT---------AAAGGGGCGA-TAACTC-TCAGATTAAC-CACGCTCGATCGAA--ATGGAAA--GTA-GGG-A-TCGCGTTGTAATCGGAAAA-AT-----ATATA-----CGGTCGCTGAATAAAGGTAA-AATATCATGAA----AA------T----ACACGAA-------ATGG-TTGCAAAAA---AT--CA-TGGTCG---TTGGTCG-CG---GTCA--GACAG-GTGG-TCGTTT-AATACA-GG--T-A----AAATATATAG--GGTAA--C----GCTTTG-G-------GG-GG--ATT-TTT--A--TGGTC-ACATGTGAC-AGTGAGTC-GC-TT-AA----TACAGTG----GGTCGCTAT-GGCAGTTTTGA
gi|1 : AGAGACCTTCCATTGGAGACTTGAAAAAAGGTCACATATGACAGGTGGTCTCTTAATA------CAGGTCACCTATTTT-TGGAGTGAAAGCTTTTAGCAAATGGTATAATACACG-AATGGTCTCAATGGAGAAAATGA---TC-ATGTATTTGGATTATCAA-T----TATGGGTTTAAC-TTAAGACA--AAATTGATAATGTTTAGAAGTCTAAAATATAATATGTT-----GTTTCATAACTGATAAAAAAAATATACATT------TAACCTCTTATTTATGAAATGCATGCAAAACATTTAAACATTCTATTGTAAAGAAAAT-TTATGCGTTTATATACATGTACTTGTAATTTTATTTAAT--TA-AGTACCTCTCAAGA---TAG--AAAGAAAGTAATGAAATGTTGCTTTTCCTT-T--------TATACAATAATGCTGGAAAATCATTG------AAAGGCATT-------A--TAAACCACA-TATTCTTTTGTACACAGTTTTGAACTAATGCAGGCGG-TT-----TCTTTAGCTTGGA-TGTGTCA-CAACTC---GT-----AATATGTTGAAGTGAACTGCTAG-CC-GG-TCATGTCTAAACTTTT-AAA--T-ATTCTTGAAACTTACGACATC-TCGTTCAGGAAAGGTCGCAAATAAT-CCAG-TTTTCTAA-G---TTTTAT-AAGT-CCCA-TACACAGTCT--TTATCTAAT-TTT-CGTCACAAT-TAGGTTAATTTTCCA-TTGT-AC-GAAATATAA-TGGGTCACCAGGTGGTCGATTTT------------CACACCT----------A------C---------A-AT---TCT-CAAAG-TCAGT--CCGA-AA--TTCA---ACACC----T-CTG-ATAACAAC---GC-CA-TTTGTT--TC-AT-T--C-ATG--T-CC-ATGA-ATTTG-TTAA-------ATAAACAAC-----------A--A-T---T-GGGGTTTGTCG-GA-----TGAGC----T-GCAC-CG-ACCCTGC-CGAT----GA---CT--TGATTGTTCATT-AA-TT-GATTA-C-TTTTGGG---TAAAATCCT--AAGTTTA--GGAT-G-CCAA-A-AAATCAAAATCACCA--CCAAA-CTA-ATTGCT----GCGC--GTT-CAA--AA-CGAAAG--TGAAAATTGTAAAACTGAAAGGGGCGA-TA---C-TCAGATTAGA-CACGCTCG-TCGAA---TGGAAA--GTA-AGATA-TCGCGTTGTAATCGGAAAA-AT-----ATACA-----CGGTCGCTGAATAAAGGT-A-AATA-CATGAA----AA------T----ACACGAA-------ATGG-CTGCAAAAA---AT--CA-TGGTCG---TT-GTCG-CA---ATCA--GAC-G-GTGG-TCGTTT-AATAC--GG--T-A----AAATATATAG--GGTAA--C----GCTTTG-G-------GG-GAC-ATT-TTTTAA--GGGTC-ACAT-TGAC-AGTGAGTC--C-TT-AA----TACAGT-----GGTCGCTAT-GGCATTTTTGA
gi|10 : AG--TG----TT---------A--GGGGCGA-TAACTC-AAAGATTAAC-CACGCTCGATCGAA--ATGGAA-------------------TGTAATCGGAAAA---------TATA-----CGGTCGCTGAATAAAGGTAA-AATATCATGAA----AA------T----ACACGAATTGCCAAATGG-TTGCAAAAA----T--CA-TGGTCG---TTGGTCG-CG----TCA--GACAG-GTGG-TCGTTT-AATACA-GG--T-A----AAATATATAG--GGTAA--C----GCTTTG-G-------GGGGG--ATT-TTT--A--TGGTC-ACATGTGAC-AGTGAGTC-GC-TT-AA----TACAGTG----GGTCGCTATGGGCAGTTTTGAac
gi|11 : AGTGACCATCCATTGGAAAATGGAAAAATGGACACATATGACAGGTGGTCTCCTAATACACTGTCAGGCCGCCTATTTTCTGCAGTGAAGGCATTTAGCAAA---TATAAT-TA-----------CAATGGAGAAAATGACTTTCTTTGTATTTAGAAT-TCAT-TACTACATG-------CAAGAATACACCAAGT--ATAGTTTTTAAAAGTGTAAAACAAAATc
gi|12 : acagacaaacctttatttAATCGGAAAA---------TAAA-----CGGTCGCTGA-------TAA-AATAACATGAA----AA-----------ACTCGAA-------ATGG-TTGCAAAAA----T--CA-TGGTCG---TTGGTCG-CG----TC---GACAG-GTGG-T-GTTT-AATACA-G---T-A----ACATATATAT--GGTAAAAC----GCGTTG-GCGGGGGGGG-GG--GT-------A--TG-CC-A-ATGTGAC-AGTGAGTC-CC-TT-AA----TACAGTG----GGTCGCTAT-GGCAGTTTTGA
gi|13 : AATC--AAAA-A------ATATT-----CAGTCCATGAATAGGTGTAA-AATTGCATAAA----AT------T----AAAGGAA-------AAGG-TT---------------------TG---TTGGTTG-CG----TCT--GACAG-GTGG-TCATTT-GATATA-GG--T-A----CAATTGATAG--GGTAA--CTAATGTTGGG-G-------GG-GG--GGG-GGT--A--TAGTC-ACATACAAC-AGTGAGTT-GC-TT-GA----TAAGGTG----GGTTGCTAT-GGCAGTTTTAA
gi|14 : CAGTTTTGAACTAATGCAGGCGGCTT-----TCTTCAGCTTAGA-TATGACAACAACTC---GT-----AATATGTTGAAGTGAACTGCTAGTCC-GG-TCATGTCTACACTTTT-AAAATT-ATTCTTGAAACTTACGACATC-TCGTTCAGGAAAACTCGCAAATAAT-CCAG-TTTTATAA-G---T------------CCATTACACAGTCT--Tc
gi|15 : ATATTCATT-GTACA-AGTTT--AACTAATACAGG-GGCTTCCAGTTCTTT-GATTGGACTGTGTCAACAA-TC---GT-----AATATGT-GAAGTGAACTTATAGTCT-GGTTCA-GTCTACAATTTT-AAA--
gi|16 : gTGGAGAATTTTAAAAAAGTCATATATAACAGGTGGTCTCTTAATA------CA---TGCTTATTTTCTGAAGGGAat
gi|17 : GGTCGCTGAGTAAAGGTAA-A-TATTATGAA----A-------T----ACATGAA-------ATGGCTTGCAAAAA----T--CAATGGTCG---TT--TTGTCG---GTCA--GACAGTGTGGGTCGTTT-AATACA-GG--TAA----AAATATATAG--GGtatggcttacatttgttattagtgaataatggcagctgcacatgtatttgg
gi|18 : tAA--C----ACTTTG-G-------GG-A---ATG-TTT--A--TGGTC-ACATGTGAC-AAGGAGTC-GC-TT-AA----TACAGTG----GGTCGCTAA-TGCAGTTTaa
gi|19 : gaG-A-------GG-AA--ACT-TTT--A--TGGTC-ACATATGAC-AGTGAGTT-ACAAT-AA----TACATTG----GGTTGCTAT-TGTAGTTTTg
gi|2 : aGGTCTCTTAATA------CAGGT
gi|2 : acagtcaaAGAGACCTTCCATTGGAGACTTGAAAAAAGGTCACATATGACAGGTGATCTCTTAATA------CAGGTCGCCTATTTATTGGAGTGAAAGCTTTTAGCAAATGGTATAATACACGAAATGGTCTCAATGGAGAAAATAA---TC-ATTTATTTGGATTATCAAGTA-TATATAGGTTTAACAGTAAGACA--AAATTAATAATGTTTAAAAATCTAAAATATAATA-ATTATGTTGTTTCATAATTTATAACAAAAAT-TGTATTTTTATATAACCTCTTATTTATGAAATGCATG--------GAAAACATTCTATTGTAAAGAATATCC-ACACGTGTATATAC------TTGTAATTTTAT---AT--C--AGTACCTCTCATGA---TAG--AAAGAAAGTAATGAAGTGTTGCTTCTCCTTATACATGTAATATACAATAATGCTGGAAATTTATTC------AAATCTA-A-------A--TACACCACAATATTCATT-GTACACAGTTTTGAACTAATGCAGACGGCTT-----TCTTTAGCTTGGA-TGTGTCAACAACTC---GT-----A--------AAGTGAACTGCTAGTGC-GG-TCATGTCTACACTTTT-AAAATT-ATTC-TGAAACTTACGATATCTTCGTTC-GGAAAGGTCGGCAATAATGCCAGTTTTTCTAA-GCTTTTTTATGCAGTGCTCA-TACACAGTCTTGTTATCTAATCTTGTTGTCACAGCGCAGGTTAA-TTTCCATTTGT-ATGGGAATATAATTGGGTCACCCGGT------TTTTACCTACCCTATCCACGCCT----------ATGG---C---------A-AT---TCTGCAAAG-TCAGTTCC-GATAA--TTCAGGCACGCT----T-GGG-ATAACAAAGGGGCGCA-TT-GTC--TC-AT-TAGC-ATGGATGCC-ATGATTTTTGTTTAA-------ACAAA-AAC-----------A--A-CTCGT-GGATTTTATCGCGA-----TGA-C----TCGCACACGTACCCTGGACGCT----GA---CT--ACA-TG-TCGTT-AAGTT-GAT-A-A-TTTTGGG---TAAATCCCT--AAAGTTA--GAGT-GCCCAA-CAAAATCAGAATCACCAAGCCAAA-CTTAATTACGTGGGGCGCCGGTTGCAAGTAA-CGAAAAGTTG----TT---------AGGGGGttccattggagacttgaaaaaaggtcacatatgacaggtgatctcttaatacaggtcgcctatttattggagtgaaagcttttagcaaatggtataatacacgaaatggtctcaatggagaaaataatcatttatttggattatcaagtatatataggtttaacagtaagacaaaattaataatgtttaaaaatctaaaatataataattatgttgtttcataatttataacaaaaattgtatttttatataacctcttatttatgaaatgcatggaaaacattctattgtaaagaatatccacacgtgtatatacttgtaattttatatcagtacctctcatgatagaaagaaagtaatgaagtgttgcttctccttatacatgtaatatacaataatgctggaaatttattcaaatctaaatacaccacaatattcattgtacacagttttgaactaatgcagacggctttctttagcttggatgtgtcaacaactcgtaaagtgaactgctagtgcggtcatgtctacacttttaaaattattctgaaacttacgatatcttcgttcggaaaggtcggcaataatgccagtttttctaagcttttttatgcagtgctcatacacagtcttgttatctaatcttgttgtcacagcgcaggttaatttccatttgtatgggaatataattgggtcacccggtttttacctaccctatccacgcctatggcaattctgcaaagtcagttccgataattcaggcacgcttgggataacaaaggggcgcattgtctcattagcatggatgccatgatttttgtttaaacaaaaacaactcgtggattttatcgcgatgactcgcacacgtaccctggacgctgactacatgtcgttaagttgataattttgggtaaatccctaaagttagagtgcccaacaaaatcagaatcaccaagccaaacttaattacgtggggcgccggttgcaagtaacgaaaagttgttaggggg
gi|20 : acagtcaaacctgtattaTC-ACATACAAC-AGTGAGTT-AT-TT-AA----CATAGTG----GGGGCCTAT-GGCAGTTTTAA
gi|21 : GAC-AGTGAGCT-GC-TT-AATTAGTACAG-G----GGTCAATAG-GGCAGTTTTAA
gi|22 : GTAGN-AGTGAGTC-GC-TT-AA----TACAGTG----GGTCGCTAA-GACAGTTTTGActgt
gi|23 : AAAGGTCACATATGACAGGTGGTCTCTTAA
gi|3 : AAAAT-TACATT------TAATCTCTTACATACAAAATACATGCAAAACATCAAAACATTTTACTGTAA-------------------TATGC------TTGTAACTAAA----ACACTACAATGCTTCTCT-GA---TGGTGAAAGAAACTGATGAAGTGTTGCTTCT---TAT--------TATACAGTAATGCTAGAAAGTTATTCTAATTGGAAGACATT-------AGATAAATCACAATATCCATA-GTGCACAGCTTTGAACTAATGCTGGCAACTT-----TCTTGAACTCAGA-TGCGTCAAATACTCAGAGTTACTAAGTATCTTGAATTGAACCGCTAGTTCAGG-ACATGTCTACACTTTA-AAA--CGATTCTAGAAACCTTGGACATC-TCATACAGGAAA-GTTGCGAATAAT-CCTG-TTTTCTAA-G---TTTTAT-CAGT-CCCA-TGCACAATCT--TTACCTAAT-TTA-CATCACAAC-CAGTCTAATTTTCCA-CTCTGAT--GAACATTA-TGGGCCACCAGGTGGTAGATTTT------------CACACCTGATCTAGCCCA------C---------ACAT---T-T-CAAAA-TCAGT--C-GA-AA--TTC----AC-----------G-ATGAT-------C-C--TT-G-------AT-----------T-TC-GTGA---------AA-------AC-AGCA-------------A--A-T---G-AGGGTTTAT----ATTTATTGA-C----T-CCACATG-ACCCTGCACACT----GA---CT--A---TGT--GTT-AA-CT-A-----------GGG---TAAAATCCT--CAATTCA--GATT-G-CCGA-T-AAAGCAACATCACC---CCAAA-CTT-ATTACCC---GTG-------------------AG--TG----TT-----------AGAGACGA-TAACTC----GAGTAAC-CACGCTCGATC--------GAAA--GTA-GGG-A-TCGCATTGT--TAGGAAA---------ATAAA-----CAGTCGTTGAATAAAGGTAA-AATTTCATAAA----AC------T----ATATGAA-------ATGG-TTGT-AAAA---AT--CA-TAGTTG---TTGGTTG-C----GTCA--GATGG-ATGG-TCGTTT-AATACA-GG---------AAATAGGTAG--GGCAA--C----ACATTG-G-------GG-GGACATT-TTT--A--TGGCC-ACATGTGAC-AATGAGTT-GC-TT-AA----TACAGTG----GGTTACTAT-GACAGTTTTGA
gi|4 : A-TGTGTCAACAACTC---GT-----AATATGT-GAAGTGAATTGCTAGTCC-GG-TCATGTCTACACTTTTTAAA--TTATTCTTGAAACTTACGACATC-TCGTTCAGGAAAGGTCGCAAACAAT-C----TTTTATAA-G---TTT-----------CA-TACACAGTCT--TTATCTAAT-TTG-CGTTATAGC-CA---------------TGT-AG-GGAATATAA-TGGGTCACCAGGTGGTAGATTTT------------CACACCT----------A------C---------A-AT---TCT-CAAAG-TCGGT--C-AA-AA--TTCA----CACC----T-TGG-AGAACAAA---GC-CG-AT-GTT--TC-AT-TA-C-ATG--TTCC-ATGA-TTTTG-TTAA-------GTGAACAAC-----------A--A-C---TCGGGGTTTATCG-GA-----TGA-C----T-GCACACG-ACCCTGCATGCT----GA---CT--AGAT-ATTCATT-AA-TG-GAT-A-C-TTTTGG----TAAAATCCT--AAGTTTA--GGAT-G-CCAA-C-AAATAAAAATCACCA--CCAAA-GTT-ATTGCCT---GCGC--GTT-CAA--AA-CGAAAG--TA----T-----------AAGGGGCGA-TAACTC-TCAGATTAGC-CACGCTCGATCGAA--ACGGAAA--GTA-GAA-A-TCGCGTTGTAATCGGAAAA---------TATA-----TGGTCGCTGAATAAAGGTAA-AATATCGTGAA----AA------T----ACACGAA-------ATGG-TTGCAAAAA----T--CA-TGGTCG---TTGATCG-CG----TCA--GACAG-GTGG-TCGTTT-AATACA-GG--T-A----AAATATATAG--GGTAA--T----GCTTTG-G-------GG-GA--ATT-TTT--A--GGATC-ACATGTGAC-AGTGAGTC-GC-TT-AA----TACAGTG----GGTCGCTAT-GGCAGTTTTGc
gi|5 : a--T-ATTCTTGAAACTTACAACATT-TCGTTCAGGAAAGTTCGCAAATAAT-CCAG-TTTTCTAA-G---TTTTAT-CAGT-CCCA-TGCA--GTCT--TTATCTAAT-TTG-CGTCACAGT-CAGGTTAATTTTCCA-TTGT-AG-GGAATATAA-TGGGTCACCCGGT-------TTT------------CACACCT----------A------TCTACCCTATATAT---TAC-CAAAG-TCAGT--C-AA-AA--TTCA----CACT----T-TGG-ATAACAAA---GC-CA-TT-GTT--TC-AA-TA-C-ATGA-T-CC-ATGA-TTTTG-TTAA-------ACAAACAAC----------------T---T-GGGGTTTATCG-GA-----TGA-C----T-CCACACG-ACCCTGCACGCT----GA---CT--ACAT-GTTCGTT-AA-TT-GAT-A-A-TTT-GGG---TAAAATCCT--AAATTTA--CAATTG-CCAA-C-AAATCAGAATGACCA--CCAAA-CTT-AGTACGT---GCGA--GTT-CAA--AA-CGAAAG--TG----TT---------A--GGGGCGA-TAACTC-TCAGATTAAC-CATGCTCAATCAAA--ATGGAAA--GCA-GGG-A-TCGCGTTGTAATCGG-AAA-AT-----ATAT---------------------GGTAA-AATATCAAGAA----AATACATGT----ACACGAA-------ATGG-TTGC-ACAA---AT--CA-TGGTCG---TTGGTCG-C----GTCA--GACAG-GTAG-TCGTTT-AATACA-GG--T-A----AAATATATAG--GGTAA--C----ACTTTGAG-------GG-GA--ATTGTTT--A--TGGTC-ACATGTGAC-AGTGAGTC-GC-TT-AA----TACAGTG----GGTTGCAAT-GGCAGTTTTGA
gi|6 : ACCCCT----------A------C---------A-TT---TCT-CCATGCTCA-T--C-GA-AAATTTCA----CACC----TCTAGTATAACTAA---GC-CAATT-GTTAATCTATCTA-CTATGCAT-CCTATTG-TTTCA-TTAACAATATAACGAACAACTCTTATATATTATTA-T---T-GAAATTTTTC-------------C----T--CACAC-----CTGCACGCCTGTCGA---CTTCAAAT-GTTCGTTTAA-TTTGAT-A-TATTTTGGGGTATACAATCCT--GAAGTTACCGAGT-T-CCAAGC-AAATCAGAATC--CA--CCAAAACTT-CATACAT---GCGC--ATT-CAA--AAACGAACA--TC----TC---------GA--GGGCGAATAACTCTTCAGATTAACATACGCACGATCGAAACATGGAGAACGTACAGG-ACTC---CTGTAATCGGAAACTAC-----ATATAGAAATGGGTCACTGAATAAAGTTAATAATATCATGAAATCGAA------T-----CGTAAT-------ATGT-TTGCAAAAATCGATTACA-T-GTCACTTTCTGTCG-CATCTGTCATGGA----GTGG--CGTTTAAATACATGGCTT-AAAATAAATATATAGCAGCTAA-------GCTTTG-G-------GG-GA--ATTGTTT--AATTAGTCAACATGTGACAAGTGAGTCTGC-TTCAA----TACA-TGAACTGGTCTCAAT-TGCAGTTATGActg
gi|7 : gAAAAGTCATAAAAAAT-CAAG-TTGTTTAAAG---TTTTAC-CAGT-CCCA-TGAACAGTGT--TTACCTAAT-CTG-GGTCACAAT-GAGGTTAATTTTC-A-CTAT-AT-GAAATATAA-TGGGTTATCAGGTGATAGATTTT------------CATACTT----------ATCTACCC---------C-ATACATCT-CAAAG-TCAAT--C-GA-AA--TTCA----CACCAAGCT-TGG-TAAACCAA---GC-TG-TT-GTT--TC-AC-CA-A-TTGA-T-CC-TTGA-TTTTG-TTAA-------AC-AACAAC----------------T---C-AGGGTTTATGG-GA-----TGA-CGTACT-CCACACG-A------ACG-T----GATTTCT--ACAT-GTTCATT-AA-TT-GAT-AAC-TT--GGG---TAAAATC-T--AAGTTTA--GAGT-G-TTGA-C-AAAACAAAATCACTG--CCAAA-ATT-ATTACCC---GTGC--ATT-TAA--AA-TGAAAG--TG----TT---------AAA--GGCAG-TAACTC-TCAGAGTAAC-CACGCTCGACTGAA--ATAGAAA--GTA-GAG-A-TCGTGCTGTTATC----AA-AT-----ATAT-------GGTCGCTAATTAAAGGTAA-AATTTC-TGTA----AA------TTGTAACACAAA-------ATGA-TAGC-CAAA---AT--CA-TCGTTG---TTGGT-A-C----ATCA--AACAG-GTGG-TCATTT-AAATCA-GG--T-A----TATCATATAG--GGTAA--C----tgt
gi|8 : ATGGGTTTAACAGTAAGACA--AAATTAATATTGTTAAGAAATCTAAAATATAATATGTTA-ATTGTTTTATAATTGATAAAAAAAAT--ATATT------TAACCTCTTATTTATGAAATGCATGCAAAACATTAAAACATTCTATTGTAAAGAAAATGT-ATGTGTGTATATAC------TTGTAAATTTA----TT--TA-AGTACCTCTCAAGAAGATAG--AAAGAAAGTAATGAAGTGTTGCTTCTCCTT-T--------TATACAATAATGCTGGAAATTTATT-------AAAGTCATTGGCATTAA--TAAACCACAATATTCTTT-GTACACAGTTTTGAACTAATGCAGGCGGCTT-----TCTTTAGCTTGGA-TGTGTCAAAAACTC---GT-----AATATGTTGAAGTTAACTGCTAGTCC-GG-TCATGTCTACACTTTtatgcattg
gi|9 : C-CA-TT-GTT--TC-AT-TA-C-ATG--TTCC-ATAA-TTTTG-TTAA-------ATAAACAAC-----------A--ACT---T-GGGGTTTATCG-GA-----TGA-C----T-GCACACG-ACCCTGCACGCT----GA---CT--AGA-TGTTCATT-AA-TT-GAT-A-C--TTTGGG---TAAAATCCTGAAAGCATA--GGAT-G-CCAA-C-AAATCAAAATCACCA--CCAA
gi|9 : TGTAATCGGAAAATATGGAAAATATA-----TGGTCGCTGAATAAAGGTAA-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacctaacagggagtacagtgcagccagcaaaggtttgacatcntgtaatcggaaaatatggaaaatatatggtcgctgaataaaggtaa
Alignments
lowQualScore : 222222 111 222 1 2222 11 222 11 222222 3333333 222222 2222222222 111 11 4444444444 3333333 333333333333 11111 111 11111 2222 111 333333333333 66666666666666666666666666666 111 2222 111111 111 11 111111 2222 1111111 1 4444444444444444444444 11111 1111111 1111 2222222 1111 11111 333333333333333333 33333333 1111111 111111111111 1111111 2222 22222 1111111 1111111 111
lowQualScore : 1 333333 6 0 7 7 888 333 3 7 5555 2 33 33 44 1 7 444 33 888888 2 2 0 3 3 2222222 2 888888 1 8888888888 9 777 33 2 2222222222 1 7777777 1 888888888888 0 1 8 66666 5 000 44444 0 8 5 5 6 2222 6 1 5 0 5 5 000 1 66 5 5 77 6 6 6 3 2 6 6 88 6 9999 444444444444 33333333333333333333333333333 000 0 5 5 77 5 5 77 9999 0 222222 5 5 000 5 11 5 66 5 000000 9999 5 55 5 6666666 0 0000000000000000000000 5 22222 5 2222222 5 0000 888 2222222 5 5 5 5 1111 33 888 66 66 1 5 5 555 66 5 5 77777 888 5 77 5 66 555555555555555555 5 77 5 999 77 6666666 0 33333333 4444444 1 3 0 8888 666666666666 3333333 4 8 0000 55 4 1 777 2 4 88888 55 4 4 4 4 55 4 8888 55 0000000 4 3333333 4 222 88 55 55 3 3 3 3 3 6666 6666 3
lowQualScore : . ...... . . . . ... ... . . .... . .. .. .. . . ... .. ...... . . . . . ....... . ...... . .......... . ... .. . .......... . ....... . ............ . . . ..... . ... ..... . . . . . .... . . . . . . ... . .. . . .. . . . . . . . .. . .... ............ ............................. ... . . . .. . . .. .... . ...... . . ... . .. . .. . ...... .... . .. . ....... . ...................... . ..... . ....... . .... ... ....... . . . . .... .. ... .. .. . . . ... .. . . ..... ... . .. . .. .................. . .. . ... .. ....... . ........ ....... . . . .... ............ ....... . . .... .. . . ... . . ..... .. . . . . .. . .... .. ....... . ....... . ... .. .. .. . . . . . .... .... .
lowQualScore : 0 000000 5 2 3 3 333 333 3 3 0000 5 55 88 00 2 3 333 22 888888 0 5 8 2 5 5555555 5 888888 2 2222222222 8 555 88 5 8888888888 0 5555555 0 000000000000 8 4 0 77777 7 000 33333 1 4 7 7 7 5555 7 7 7 7 7 7 000 4 44 7 7 99 7 7 7 2 5 7 7 22 7 7777 222222222222 44444444444444444444444444444 000 7 7 7 99 7 7 99 0000 1 333333 7 1 000 0 22 0 99 0 444444 8888 0 44 0 2222222 5 2222222222222222222222 0 55555 0 2222222 0 6666 888 8888888 0 0 0 0 5555 22 888 99 99 1 0 0 111 99 7 7 33333 666 7 99 7 99 888888888888888888 7 44 7 333 99 0000000 7 11111111 1111111 4 6 9 5555 888888888888 0000000 0 1 0000 55 0 6 000 5 0 44444 55 0 0 0 0 55 0 5555 55 6666666 0 0000000 0 555 77 55 55 6 1 1 1 1 5555 5555 1
consensus : AGAGACCTTCCATTGGAGANTTGAAAAAAGGTCACATATGACAGGTGGTCTCTTAATA------CAGGTCGCCTATTTTCTGGAGTGAAAGCTTTTAGCAAATGGTATAATACACG-AATGGTCTCAATGGAGAAAATGA---TC-ATGTATTTGGATTATCAA-TA-TATATGGGTTTAACAGTAAGACA--AAATTAATAATGTTTAGAAGTCTAAAATATAATATGTTA-GTTGTTTCATAATTGATAAAAAAAAT-TACATT------TAACCTCTTATTTACGAAATGCATGCAAAACATTAAAACATTCTATTGTAAAGAAAAT-T-ACGCGTGTATATAC------TTGTAATTTTA-T---ATTA-AGTACCTCTCAAGA---TAG--AAAGAAAGTAATGAAGTGTTGCTTCTCCTTAT--------TATACAATAATGCTGGAAANTTATTC------AAAGNCATT-------A--TAAACCACAATATTCATT-GTACACAGTTTTGAACTAATGCAGGCGGCTT-----TCTTTAGCTTGGA-TGTGTCAACAACTC---GT-----AATATGTTGAAGTGAACTGCTAGTCC-GG-TCATGTCTACACTTTT-AAA--T-ATTCTTGAAACTTACGACATC-TCGTTCAGGAAAGGTCGCAAATAAT-CCAG-TTTTCTAA-G---TTTTAT-CAGT-CCCA-TGCACAGTCT--TTATCTAAT-TTG-CGTCACAGC-CAGGTTAATTTTCCA-TTGT-AT-GGAATATAA-TGGGTCACCAGGTGGTAGATTTT------------CACACCT----------A------C---------A-AT---TCT-CAAAG-TCAGT--C-GA-AA--TTCA---ACACC----T-TGG-ATAACAAA---GC-CG-TT-GTT--TC-AT-TA-C-ATG--T-CC-ATGA-TTTTG-TTAA-------ACGAACAAC-----------A--A-T---T-GGGGTTTATCG-GA-----TGA-C----T-GCACACG-ACCCTGCACGCT----GA---CT--ANATTGTTCGTT-AA-TT-GAT-A-C-TTTTGGG---TAAAATCCT--AAGTTTA--GAGT-G-CCAA-C-AAATCAAAATCACCA--CCAAA-CTT-ATTACNC---GCGC--GTT-CAA--AA-CGAAAG--TG----TT---------AAAGGGGCGA-TAACTC-TCAGATTAAC-CACGCTCGATCGAA--ATGGAAA--GTA-GGG-A-TCGCGTTGTAATCGGAAAA-AT-----ATATA-----CGGTCGCTGAATAAAGGTAA-AATATCATGAA----AA------T----ACACGAA-------ATGG-TTGCAAAAA---AT--CA-TGGTCG---TTGGTCG-CG---GTCA--GACAG-GTGG-TCGTTT-AATACA-GG--T-A----AAATATATAG--GGTAA--C----GCTTTG-G-------GG-GG--ATT-TTT--A--TGGTC-ACATGTGAC-AGTGAGTC-GC-TT-AA----TACAGTG----GGTCGCTAT-GGCAGTTTTGA
Reference ( family-1638 ) : AGAGACCTTCCATTGGAGANTTGAAAAAAGGTCACATATGACAGGTGGTCTCTTAATA------CAGGTCGCCTATTTTCTGGAGTGAAAGCTTTTAGCAAATGGTATAATACACG-AATGGTCTCAATGGAGAAAATGA---TC-ATGTATTTGGATTATCAA-TA-TATATGGGTTTAACAGTAAGACA--AAATTAATAATGTTTAGAAGTCTAAAATATAATATGTTA-GTTGTTTCATAATTGATAAAAAAAAT-TACATT------TAACCTCTTATTTACGAAATGCATGCAAAACATTAAAACATTCTATTGTAAAGAAAAT-T-ACGCGTGTATATAC------TTGTAATTTTA-T---ATTA-AGTACCTCTCAAGA---TAG--AAAGAAAGTAATGAAGTGTTGCTTCTCCTTAT--------TATACAATAATGCTGGAAANTTATTC------AAAGNCATT-------A--TAAACCACAATATTCATT-GTACACAGTTTTGAACTAATGCAGGCGGCTT-----TCTTTAGCTTGGA-TGTGTCAACAACTC---GT-----AATATGTTGAAGTGAACTGCTAGTCC-GG-TCATGTCTACACTTTT-AAA--T-ATTCTTGAAACTTACGACATC-TCGTTCAGGAAAGGTCGCAAATAAT-CCAG-TTTTCTAA-G---TTTTAT-CAGT-CCCA-TGCACAGTCT--TTATCTAAT-TTG-CGTCACAGC-CAGGTTAATTTTCCA-TTGT-AT-GGAATATAA-TGGGTCACCAGGTGGTAGATTTT------------CACACCT----------A------C---------A-AT---TCT-CAAAG-TCAGT--C-GA-AA--TTCA---ACACC----T-TGG-ATAACAAA---GC-CG-TT-GTT--TC-AT-TA-C-ATG--T-CC-ATGA-TTTTG-TTAA-------ACGAACAAC-----------A--A-T---T-GGGGTTTATCG-GA-----TGA-C----T-GCACACG-ACCCTGCACGCT----GA---CT--ANATTGTTCGTT-AA-TT-GAT-A-C-TTTTGGG---TAAAATCCT--AAGTTTA--GAGT-G-CCAA-C-AAATCAAAATCACCA--CCAAA-CTT-ATTACNC---GCGC--GTT-CAA--AA-CGAAAG--TG----TT---------AAAGGGGCGA-TAACTC-TCAGATTAAC-CACGCTCGATCGAA--ATGGAAA--GTA-GGG-A-TCGCGTTGTAATCGGAAAA-AT-----ATATA-----CGGTCGCTGAATAAAGGTAA-AATATCATGAA----AA------T----ACACGAA-------ATGG-TTGCAAAAA---AT--CA-TGGTCG---TTGGTCG-CG---GTCA--GACAG-GTGG-TCGTTT-AATACA-GG--T-A----AAATATATAG--GGTAA--C----GCTTTG-G-------GG-GG--ATT-TTT--A--TGGTC-ACATGTGAC-AGTGAGTC-GC-TT-AA----TACAGTG----GGTCGCTAT-GGCAGTTTTGA
gi|1 : AGAGACCTTCCATTGGAGACTTGAAAAAAGGTCACATATGACAGGTGGTCTCTTAATA------CAGGTCACCTATTTT-TGGAGTGAAAGCTTTTAGCAAATGGTATAATACACG-AATGGTCTCAATGGAGAAAATGA---TC-ATGTATTTGGATTATCAA-T----TATGGGTTTAAC-TTAAGACA--AAATTGATAATGTTTAGAAGTCTAAAATATAATATGTT-----GTTTCATAACTGATAAAAAAAATATACATT------TAACCTCTTATTTATGAAATGCATGCAAAACATTTAAACATTCTATTGTAAAGAAAAT-TTATGCGTTTATATACATGTACTTGTAATTTTA-TTTAATTA-AGTACCTCTCAAGA---TAG--AAAGAAAGTAATGAAATGTTGCTTTTCCTT-T--------TATACAATAATGCTGGAAAATCATTG------AAAGGCATT-------A--TAAACCACA-TATTCTTTTGTACACAGTTTTGAACTAATGCAGGCGG-TT-----TCTTTAGCTTGGA-TGTGTCA-CAACTC---GT-----AATATGTTGAAGTGAACTGCTAG-CC-GG-TCATGTCTAAACTTTT-AAA--T-ATTCTTGAAACTTACGACATC-TCGTTCAGGAAAGGTCGCAAATAAT-CCAG-TTTTCTAA-G---TTTTAT-AAGT-CCCA-TACACAGTCT--TTATCTAAT-TTT-CGTCACAAT-TAGGTTAATTTTCCA-TTGT-AC-GAAATATAA-TGGGTCACCAGGTGGTCGATTTT------------CACACCT----------A------C---------A-AT---TCT-CAAAG-TCAGT--CCGA-AA--TTCA---ACACC----T-CTG-ATAACAAC---GC-CA-TTTGTT--TC-AT-T--C-ATG--T-CC-ATGA-ATTTG-TTAA-------ATAAACAAC-----------A--A-T---T-GGGGTTTGTCG-GA-----TGAGC----T-GCAC-CG-ACCCTGC-CGAT----GA---CT--TGATTGTTCATT-AA-TT-GATTA-C-TTTTGGG---TAAAATCCT--AAGTTTA--GGAT-G-CCAA-A-AAATCAAAATCACCA--CCAAA-CTA-ATTGCT----GCGC--GTT-CAA--AA-CGAAAG--TGAAAATTGTAAAACTGAAAGGGGCGA-TA---C-TCAGATTAGA-CACGCTCG-TCGAA---TGGAAA--GTA-AGATA-TCGCGTTGTAATCGGAAAA-AT-----ATACA-----CGGTCGCTGAATAAAGGT-A-AATA-CATGAA----AA------T----ACACGAA-------ATGG-CTGCAAAAA---AT--CA-TGGTCG---TT-GTCG-CA---ATCA--GAC-G-GTGG-TCGTTT-AATAC--GG--T-A----AAATATATAG--GGTAA--C----GCTTTG-G-------GG-GAC-ATT-TTTTAA--GGGTC-ACAT-TGAC-AGTGAGTC--C-TT-AA----TACAGT-----GGTCGCTAT-GGCATTTTTGA
gi|10 : AG--TG----TT---------A--GGGGCGA-TAACTC-AAAGATTAAC-CACGCTCGATCGAA--ATGGAA-------------------TGTAATCGGAAAA---------TATA-----CGGTCGCTGAATAAAGGTAA-AATATCATGAA----AA------T----ACACGAATTGCCAAATGG-TTGCAAAAA----T--CA-TGGTCG---TTGGTCG-CG----TCA--GACAG-GTGG-TCGTTT-AATACA-GG--T-A----AAATATATAG--GGTAA--C----GCTTTG-G-------GGGGG--ATT-TTT--A--TGGTC-ACATGTGAC-AGTGAGTC-GC-TT-AA----TACAGTG----GGTCGCTATGGGCAGTTTTGAac
gi|11 : AGTGACCATCCATTGGAAAATGGAAAAATGGACACATATGACAGGTGGTCTCCTAATACACTGTCAGGCCGCCTATTTTCTGCAGTGAAGGCATTTAGCAAA---TATAAT-TA-----------CAATGGAGAAAATGACTTTCTTTGTATTTAGAAT-TCAT-TACTACATG-------CAAGAATACACCAAGT--ATAGTTTTTAAAAGTGTAAAACAAAATc
gi|12 : acagacaaacctttatttAATCGGAAAA---------TAAA-----CGGTCGCTGA-------TAA-AATAACATGAA----AA-----------ACTCGAA-------ATGG-TTGCAAAAA----T--CA-TGGTCG---TTGGTCG-CG----TC---GACAG-GTGG-T-GTTT-AATACA-G---T-A----ACATATATAT--GGTAAAAC----GCGTTG-GCGGGGGGGG-GG--GT-------A--TG-CC-A-ATGTGAC-AGTGAGTC-CC-TT-AA----TACAGTG----GGTCGCTAT-GGCAGTTTTGA
gi|13 : AATC--AAAA-A------ATATT-----CAGTCCATGAATAGGTGTAA-AATTGCATAAA----AT------T----AAAGGAA-------AAGG-TT---------------------TG---TTGGTTG-CG----TCT--GACAG-GTGG-TCATTT-GATATA-GG--T-A----CAATTGATAG--GGTAA--CTAATGTTGGG-G-------GG-GG--GGG-GGT--A--TAGTC-ACATACAAC-AGTGAGTT-GC-TT-GA----TAAGGTG----GGTTGCTAT-GGCAGTTTTAA
gi|14 : CAGTTTTGAACTAATGCAGGCGGCTT-----TCTTCAGCTTAGA-TATGACAACAACTC---GT-----AATATGTTGAAGTGAACTGCTAGTCC-GG-TCATGTCTACACTTTT-AAAATT-ATTCTTGAAACTTACGACATC-TCGTTCAGGAAAACTCGCAAATAAT-CCAG-TTTTATAA-G---T------------CCATTACACAGTCT--Tc
gi|15 : ATATTCATT-GTACA-AGTTT--AACTAATACAGG-GGCTTCCAGTTCTTT-GATTGGACTGTGTCAACAA-TC---GT-----AATATGT-GAAGTGAACTTATAGTCT-GGTTCA-GTCTACAATTTT-AAA--
gi|16 : gTGGAGAATTTTAAAAAAGTCATATATAACAGGTGGTCTCTTAATA------CA---TGCTTATTTTCTGAAGGGAat
gi|17 : GGTCGCTGAGTAAAGGTAA-A-TATTATGAA----A-------T----ACATGAA-------ATGGCTTGCAAAAA----T--CAATGGTCG---TT--TTGTCG---GTCA--GACAGTGTGGGTCGTTT-AATACA-GG--TAA----AAATATATAG--GGtatggcttacatttgttattagtgaataatggcagctgcacatgtatttgg
gi|18 : tAA--C----ACTTTG-G-------GG-A---ATG-TTT--A--TGGTC-ACATGTGAC-AAGGAGTC-GC-TT-AA----TACAGTG----GGTCGCTAA-TGCAGTTTaa
gi|19 : gaG-A-------GG-AA--ACT-TTT--A--TGGTC-ACATATGAC-AGTGAGTT-ACAAT-AA----TACATTG----GGTTGCTAT-TGTAGTTTTg
gi|2 : aGGTCTCTTAATA------CAGGT
gi|2 : acagtcaaAGAGACCTTCCATTGGAGACTTGAAAAAAGGTCACATATGACAGGTGATCTCTTAATA------CAGGTCGCCTATTTATTGGAGTGAAAGCTTTTAGCAAATGGTATAATACACGAAATGGTCTCAATGGAGAAAATAA---TC-ATTTATTTGGATTATCAAGTA-TATATAGGTTTAACAGTAAGACA--AAATTAATAATGTTTAAAAATCTAAAATATAATA-ATTATGTTGTTTCATAATTTATAACAAAAAT-TGTATTTTTATATAACCTCTTATTTATGAAATGCATG--------GAAAACATTCTATTGTAAAGAATATCC-ACACGTGTATATAC------TTGTAATTTTA-T---ATC--AGTACCTCTCATGA---TAG--AAAGAAAGTAATGAAGTGTTGCTTCTCCTTATACATGTAATATACAATAATGCTGGAAATTTATTC------AAATCTA-A-------A--TACACCACAATATTCATT-GTACACAGTTTTGAACTAATGCAGACGGCTT-----TCTTTAGCTTGGA-TGTGTCAACAACTC---GT-----A--------AAGTGAACTGCTAGTGC-GG-TCATGTCTACACTTTT-AAAATT-ATTC-TGAAACTTACGATATCTTCGTTC-GGAAAGGTCGGCAATAATGCCAGTTTTTCTAA-GCTTTTTTATGCAGTGCTCA-TACACAGTCTTGTTATCTAATCTTGTTGTCACAGCGCAGGTTAA-TTTCCATTTGT-ATGGGAATATAATTGGGTCACCCGGT------TTTTACCTACCCTATCCACGCCT----------ATGG---C---------A-AT---TCTGCAAAG-TCAGTTCC-GATAA--TTCAGGCACGCT----T-GGG-ATAACAAAGGGGCGCA-TT-GTC--TC-AT-TAGC-ATGGATGCC-ATGATTTTTGTTTAA-------ACAAA-AAC-----------A--A-CTCGT-GGATTTTATCGCGA-----TGA-C----TCGCACACGTACCCTGGACGCT----GA---CT--ACA-TG-TCGTT-AAGTT-GAT-A-A-TTTTGGG---TAAATCCCT--AAAGTTA--GAGT-GCCCAA-CAAAATCAGAATCACCAAGCCAAA-CTTAATTACGTGGGGCGCCGGTTGCAAGTAA-CGAAAAGTTG----TT---------AGGGGGttccattggagacttgaaaaaaggtcacatatgacaggtgatctcttaatacaggtcgcctatttattggagtgaaagcttttagcaaatggtataatacacgaaatggtctcaatggagaaaataatcatttatttggattatcaagtatatataggtttaacagtaagacaaaattaataatgtttaaaaatctaaaatataataattatgttgtttcataatttataacaaaaattgtatttttatataacctcttatttatgaaatgcatggaaaacattctattgtaaagaatatccacacgtgtatatacttgtaattttatatcagtacctctcatgatagaaagaaagtaatgaagtgttgcttctccttatacatgtaatatacaataatgctggaaatttattcaaatctaaatacaccacaatattcattgtacacagttttgaactaatgcagacggctttctttagcttggatgtgtcaacaactcgtaaagtgaactgctagtgcggtcatgtctacacttttaaaattattctgaaacttacgatatcttcgttcggaaaggtcggcaataatgccagtttttctaagcttttttatgcagtgctcatacacagtcttgttatctaatcttgttgtcacagcgcaggttaatttccatttgtatgggaatataattgggtcacccggtttttacctaccctatccacgcctatggcaattctgcaaagtcagttccgataattcaggcacgcttgggataacaaaggggcgcattgtctcattagcatggatgccatgatttttgtttaaacaaaaacaactcgtggattttatcgcgatgactcgcacacgtaccctggacgctgactacatgtcgttaagttgataattttgggtaaatccctaaagttagagtgcccaacaaaatcagaatcaccaagccaaacttaattacgtggggcgccggttgcaagtaacgaaaagttgttaggggg
gi|20 : acagtcaaacctgtattaTC-ACATACAAC-AGTGAGTT-AT-TT-AA----CATAGTG----GGGGCCTAT-GGCAGTTTTAA
gi|21 : GAC-AGTGAGCT-GC-TT-AATTAGTACAG-G----GGTCAATAG-GGCAGTTTTAA
gi|22 : GTAGN-AGTGAGTC-GC-TT-AA----TACAGTG----GGTCGCTAA-GACAGTTTTGActgt
gi|23 : AAAGGTCACATATGACAGGTGGTCTCTTAA
gi|3 : AAAAT-TACATT------TAATCTCTTACATACAAAATACATGCAAAACATCAAAACATTTTACTGTAA-------------------TATGC------TTGTAACTAAAAC---ACTACAATGCTTCTCT-GA---TGGTGAAAGAAACTGATGAAGTGTTGCTTCT---TAT--------TATACAGTAATGCTAGAAAGTTATTCTAATTGGAAGACATT-------AGATAAATCACAATATCCATA-GTGCACAGCTTTGAACTAATGCTGGCAACTT-----TCTTGAACTCAGA-TGCGTCAAATACTCAGAGTTACTAAGTATCTTGAATTGAACCGCTAGTTCAGG-ACATGTCTACACTTTA-AAA--CGATTCTAGAAACCTTGGACATC-TCATACAGGAAA-GTTGCGAATAAT-CCTG-TTTTCTAA-G---TTTTAT-CAGT-CCCA-TGCACAATCT--TTACCTAAT-TTA-CATCACAAC-CAGTCTAATTTTCCA-CTCTGAT--GAACATTA-TGGGCCACCAGGTGGTAGATTTT------------CACACCTGATCTAGCCCA------C---------ACAT---T-T-CAAAA-TCAGT--C-GA-AA--TTC----AC-----------G-ATGAT-------C-C--TT-G-------AT-----------T-TC-GTGA---------AA-------AC-AGCA-------------A--A-T---G-AGGGTTTAT----ATTTATTGA-C----T-CCACATG-ACCCTGCACACT----GA---CT--A---TGT--GTT-AA-CT-A-----------GGG---TAAAATCCT--CAATTCA--GATT-G-CCGA-T-AAAGCAACATCACC---CCAAA-CTT-ATTACCC---GTG-------------------AG--TG----TT-----------AGAGACGA-TAACTC----GAGTAAC-CACGCTCGATC--------GAAA--GTA-GGG-A-TCGCATTGT--TAGGAAA---------ATAAA-----CAGTCGTTGAATAAAGGTAA-AATTTCATAAA----AC------T----ATATGAA-------ATGG-TTGT-AAAA---AT--CA-TAGTTG---TTGGTTG-C----GTCA--GATGG-ATGG-TCGTTT-AATACA-GG---------AAATAGGTAG--GGCAA--C----ACATTG-G-------GG-GGACATT-TTT--A--TGGCC-ACATGTGAC-AATGAGTT-GC-TT-AA----TACAGTG----GGTTACTAT-GACAGTTTTGA
gi|4 : A-TGTGTCAACAACTC---GT-----AATATGT-GAAGTGAATTGCTAGTCC-GG-TCATGTCTACACTTTTTAAA--TTATTCTTGAAACTTACGACATC-TCGTTCAGGAAAGGTCGCAAACAAT-C----TTTTATAA-G---TTT-----------CA-TACACAGTCT--TTATCTAAT-TTG-CGTTATAGC-CA---------------TGT-AG-GGAATATAA-TGGGTCACCAGGTGGTAGATTTT------------CACACCT----------A------C---------A-AT---TCT-CAAAG-TCGGT--C-AA-AA--TTCA----CACC----T-TGG-AGAACAAA---GC-CG-AT-GTT--TC-AT-TA-C-ATG--TTCC-ATGA-TTTTG-TTAA-------GTGAACAAC-----------A--A-C---TCGGGGTTTATCG-GA-----TGA-C----T-GCACACG-ACCCTGCATGCT----GA---CT--AGAT-ATTCATT-AA-TG-GAT-A-C-TTTTGG----TAAAATCCT--AAGTTTA--GGAT-G-CCAA-C-AAATAAAAATCACCA--CCAAA-GTT-ATTGCCT---GCGC--GTT-CAA--AA-CGAAAG--TA----T-----------AAGGGGCGA-TAACTC-TCAGATTAGC-CACGCTCGATCGAA--ACGGAAA--GTA-GAA-A-TCGCGTTGTAATCGGAAAA---------TATA-----TGGTCGCTGAATAAAGGTAA-AATATCGTGAA----AA------T----ACACGAA-------ATGG-TTGCAAAAA----T--CA-TGGTCG---TTGATCG-CG----TCA--GACAG-GTGG-TCGTTT-AATACA-GG--T-A----AAATATATAG--GGTAA--T----GCTTTG-G-------GG-GA--ATT-TTT--A--GGATC-ACATGTGAC-AGTGAGTC-GC-TT-AA----TACAGTG----GGTCGCTAT-GGCAGTTTTGc
gi|5 : a--T-ATTCTTGAAACTTACAACATT-TCGTTCAGGAAAGTTCGCAAATAAT-CCAG-TTTTCTAA-G---TTTTAT-CAGT-CCCA-TGCA--GTCT--TTATCTAAT-TTG-CGTCACAGT-CAGGTTAATTTTCCA-TTGT-AG-GGAATATAA-TGGGTCACCCGGT-------TTT------------CACACCT----------A------TCTACCCTATATAT---TAC-CAAAG-TCAGT--C-AA-AA--TTCA----CACT----T-TGG-ATAACAAA---GC-CA-TT-GTT--TC-AA-TA-C-ATGA-T-CC-ATGA-TTTTG-TTAA-------ACAAACAAC----------------T---T-GGGGTTTATCG-GA-----TGA-C----T-CCACACG-ACCCTGCACGCT----GA---CT--ACAT-GTTCGTT-AA-TT-GAT-A-A-TTT-GGG---TAAAATCCT--AAATTTA--CAATTG-CCAA-C-AAATCAGAATGACCA--CCAAA-CTT-AGTACGT---GCGA--GTT-CAA--AA-CGAAAG--TG----TT---------A--GGGGCGA-TAACTC-TCAGATTAAC-CATGCTCAATCAAA--ATGGAAA--GCA-GGG-A-TCGCGTTGTAATCGG-AAA-AT-----ATAT---------------------GGTAA-AATATCAAGAA----AATACATGT----ACACGAA-------ATGG-TTGC-ACAA---AT--CA-TGGTCG---TTGGTCG-C----GTCA--GACAG-GTAG-TCGTTT-AATACA-GG--T-A----AAATATATAG--GGTAA--C----ACTTTGAG-------GG-GA--ATTGTTT--A--TGGTC-ACATGTGAC-AGTGAGTC-GC-TT-AA----TACAGTG----GGTTGCAAT-GGCAGTTTTGA
gi|6 : ACCCCT----------A------C---------A-TT---TCT-CCATGCTCA-T--C-GA-AAATTTCA----CACC----TCTAGTATAACTAA---GC-CAATT-GTTAATCTATCTA-CTATGCAT-CCTATTG-TTTCA-TTAACAATATAACGAACAACTCTTATATATTATTA-T---T-GAAATTTTTC-------------C----T--CACAC-----CTGCACGCCTGTCGA---CTTCAAAT-GTTCGTTTAA-TTTGAT-A-TATTTTGGGGTATACAATCCT--GAAGTTACCGAGT-T-CCAAGC-AAATCAGAATC--CA--CCAAAACTT-CATACAT---GCGC--ATT-CAA--AAACGAACA--TC----TC---------GA--GGGCGAATAACTCTTCAGATTAACATACGCACGATCGAAACATGGAGAACGTACAGG-ACTC---CTGTAATCGGAAACTAC-----ATATAGAAATGGGTCACTGAATAAAGTTAATAATATCATGAAATCGAA------T-----CGTAAT-------ATGT-TTGCAAAAATCGATTACA-T-GTCACTTTCTGTCG-CATCTGTCATGGA----GTGG--CGTTTAAATACATGGCTT-AAAATAAATATATAGCAGCTAA-------GCTTTG-G-------GG-GA--ATTGTTT--AATTAGTCAACATGTGACAAGTGAGTCTGC-TTCAA----TACA-TGAACTGGTCTCAAT-TGCAGTTATGActg
gi|7 : gAAAAGTCATAAAAAAT-CAAG-TTGTTTAAAG---TTTTAC-CAGT-CCCA-TGAACAGTGT--TTACCTAAT-CTG-GGTCACAAT-GAGGTTAATTTTC-A-CTAT-AT-GAAATATAA-TGGGTTATCAGGTGATAGATTTT------------CATACTT----------ATCTACCC---------C-ATACATCT-CAAAG-TCAAT--C-GA-AA--TTCA----CACCAAGCT-TGG-TAAACCAA---GC-TG-TT-GTT--TC-AC-CA-A-TTGA-T-CC-TTGA-TTTTG-TTAA-------AC-AACAAC----------------T---C-AGGGTTTATGG-GA-----TGA-CGTACT-CCACACG-A------ACG-T----GATTTCT--ACAT-GTTCATT-AA-TT-GAT-AAC-TT--GGG---TAAAATC-T--AAGTTTA--GAGT-G-TTGA-C-AAAACAAAATCACTG--CCAAA-ATT-ATTACCC---GTGC--ATT-TAA--AA-TGAAAG--TG----TT---------AAA--GGCAG-TAACTC-TCAGAGTAAC-CACGCTCGACTGAA--ATAGAAA--GTA-GAG-A-TCGTGCTGTTATC----AA-AT-----ATAT-------GGTCGCTAATTAAAGGTAA-AATTTC-TGTA----AA------TTGTAACACAAA-------ATGA-TAGC-CAAA---AT--CA-TCGTTG---TTGGT-A-C----ATCA--AACAG-GTGG-TCATTT-AAATCA-GG--T-A----TATCATATAG--GGTAA--C----tgt
gi|8 : ATGGGTTTAACAGTAAGACA--AAATTAATATTGTTAAGAAATCTAAAATATAATATGTTA-ATTGTTTTATAATTGATAAAAAAAAT--ATATT------TAACCTCTTATTTATGAAATGCATGCAAAACATTAAAACATTCTATTGTAAAGAAAATGT-ATGTGTGTATATAC------TTGTAAATTTA-T----TTA-AGTACCTCTCAAGAAGATAG--AAAGAAAGTAATGAAGTGTTGCTTCTCCTT-T--------TATACAATAATGCTGGAAATTTATT-------AAAGTCATTGGCATTAA--TAAACCACAATATTCTTT-GTACACAGTTTTGAACTAATGCAGGCGGCTT-----TCTTTAGCTTGGA-TGTGTCAAAAACTC---GT-----AATATGTTGAAGTTAACTGCTAGTCC-GG-TCATGTCTACACTTTtatgcattg
gi|9 : C-CA-TT-GTT--TC-AT-TA-C-ATG--TTCC-ATAA-TTTTG-TTAA-------ATAAACAAC-----------A--ACT---T-GGGGTTTATCG-GA-----TGA-C----T-GCACACG-ACCCTGCACGCT----GA---CT--AGA-TGTTCATT-AA-TT-GAT-A-C--TTTGGG---TAAAATCCTGAAAGCATA--GGAT-G-CCAA-C-AAATCAAAATCACCA--CCAA
gi|9 : TGTAATCGGAAAATATGGAAAATATA-----TGGTCGCTGAATAAAGGTAA-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacctaacagggagtacagtgcagccagcaaaggtttgacatcntgtaatcggaaaatatggaaaatatatggtcgctgaataaaggtaa
Alignments
lowQualScore : 222222 111 222 1 2222 11 222 11 222222 3333333 222222 2222222222 111 11 4444444444 3333333 333333333333 11111 111 11111 2222 111 333333333333 66666666666666666666666666666 111 2222 111111 111 11 111111 2222 1111111 1 4444444444444444444444 11111 1111111 1111 2222222 1111 11111 333333333333333333 33333333 1111111 111111111111 1111111 2222 22222 1111111 1111111 111
lowQualScore : 1 333333 6 0 7 7 888 333 3 7 5555 2 33 33 44 1 7 444 33 888888 2 2 0 3 3 2222222 2 888888 1 8888888888 9 777 33 2 2222222222 1 7777777 1 888888888888 0 1 8 66666 5 000 44444 0 8 5 5 6 2222 6 1 5 0 5 5 000 1 66 5 5 77 6 6 6 3 2 6 6 88 6 9999 444444444444 33333333333333333333333333333 000 0 5 5 77 5 5 77 9999 0 222222 5 5 000 5 11 5 66 5 000000 9999 5 55 5 6666666 0 0000000000000000000000 5 22222 5 2222222 5 0000 888 2222222 5 5 5 5 1111 33 888 66 66 1 5 5 555 66 5 5 77777 888 5 77 5 66 555555555555555555 5 77 5 999 77 6666666 0 33333333 4444444 1 3 0 8888 666666666666 3333333 4 8 0000 55 4 1 777 2 4 88888 55 4 4 4 4 55 4 8888 55 0000000 4 3333333 4 222 88 55 55 3 3 3 3 3 6666 6666 3
lowQualScore : . ...... . . . . ... ... . . .... . .. .. .. . . ... .. ...... . . . . . ....... . ...... . .......... . ... .. . .......... . ....... . ............ . . . ..... . ... ..... . . . . . .... . . . . . . ... . .. . . .. . . . . . . . .. . .... ............ ............................. ... . . . .. . . .. .... . ...... . . ... . .. . .. . ...... .... . .. . ....... . ...................... . ..... . ....... . .... ... ....... . . . . .... .. ... .. .. . . . ... .. . . ..... ... . .. . .. .................. . .. . ... .. ....... . ........ ....... . . . .... ............ ....... . . .... .. . . ... . . ..... .. . . . . .. . .... .. ....... . ....... . ... .. .. .. . . . . . .... .... .
lowQualScore : 0 000000 5 2 3 3 333 333 3 3 0000 5 55 88 00 2 3 333 22 888888 0 5 8 2 5 5555555 5 888888 2 2222222222 8 555 88 5 8888888888 0 5555555 0 000000000000 8 4 0 77777 7 000 33333 1 4 7 7 7 5555 7 7 7 7 7 7 000 4 44 7 7 99 7 7 7 2 5 7 7 22 7 7777 222222222222 44444444444444444444444444444 000 7 7 7 99 7 7 99 0000 1 333333 7 1 000 0 22 0 99 0 444444 8888 0 44 0 2222222 5 2222222222222222222222 0 55555 0 2222222 0 6666 888 8888888 0 0 0 0 5555 22 888 99 99 1 0 0 111 99 7 7 33333 666 7 99 7 99 888888888888888888 7 44 7 333 99 0000000 7 11111111 1111111 4 6 9 5555 888888888888 0000000 0 1 0000 55 0 6 000 5 0 44444 55 0 0 0 0 55 0 5555 55 6666666 0 0000000 0 555 77 55 55 6 1 1 1 1 5555 5555 1
consensus : AGAGACCTTCCATTGGAGANTTGAAAAAAGGTCACATATGACAGGTGGTCTCTTAATA------CAGGTCGCCTATTTTCTGGAGTGAAAGCTTTTAGCAAATGGTATAATACACG-AATGGTCTCAATGGAGAAAATGA---TC-ATGTATTTGGATTATCAA-TA-TATATGGGTTTAACAGTAAGACA--AAATTAATAATGTTTAGAAGTCTAAAATATAATATGTTA-GTTGTTTCATAATTGATAAAAAAAAT-TACATT------TAACCTCTTATTTACGAAATGCATGCAAAACATTAAAACATTCTATTGTAAAGAAAAT-T-ACGCGTGTATATAC------TTGTAATTTTA-T---ATTA-AGTACCTCTCAAGA---TAG--AAAGAAAGTAATGAAGTGTTGCTTCTCCTTAT--------TATACAATAATGCTGGAAANTTATTC------AAAGNCATT-------A--TAAACCACAATATTCATT-GTACACAGTTTTGAACTAATGCAGGCGGCTT-----TCTTTAGCTTGGA-TGTGTCAACAACTC---GT-----AATATGTTGAAGTGAACTGCTAGTCC-GG-TCATGTCTACACTTTT-AAA--T-ATTCTTGAAACTTACGACATC-TCGTTCAGGAAAGGTCGCAAATAAT-CCAG-TTTTCTAA-G---TTTTAT-CAGT-CCCA-TGCACAGTCT--TTATCTAAT-TTG-CGTCACAGC-CAGGTTAATTTTCCA-TTGT-AT-GGAATATAA-TGGGTCACCAGGTGGTAGATTTT------------CACACCT----------A------C---------A-AT---TCT-CAAAG-TCAGT--C-GA-AA--TTCA---ACACC----T-TGG-ATAACAAA---GC-CG-TT-GTT--TC-AT-TA-C-ATG--T-CC-ATGA-TTTTG-TTAA-------ACGAACAAC-----------A--A-T---T-GGGGTTTATCG-GA-----TGA-C----T-GCACACG-ACCCTGCACGCT----GA---CT--ANATTGTTCGTT-AA-TT-GAT-A-C-TTTTGGG---TAAAATCCT--AAGTTTA--GAGT-G-CCAA-C-AAATCAAAATCACCA--CCAAA-CTT-ATTACNC---GCGC--GTT-CAA--AA-CGAAAG--TG----TT---------AAAGGGGCGA-TAACTC-TCAGATTAAC-CACGCTCGATCGAA--ATGGAAA--GTA-GGG-A-TCGCGTTGTAATCGGAAAA-AT-----ATATA-----CGGTCGCTGAATAAAGGTAA-AATATCATGAA----AA------T----ACACGAA-------ATGG-TTGCAAAAA---AT--CA-TGGTCG---TTGGTCG-CG---GTCA--GACAG-GTGG-TCGTTT-AATACA-GG--T-A----AAATATATAG--GGTAA--C----GCTTTG-G-------GG-GG--ATT-TTT--A--TGGTC-ACATGTGAC-AGTGAGTC-GC-TT-AA----TACAGTG----GGTCGCTAT-GGCAGTTTTGA
Reference ( family-1638 ) : AGAGACCTTCCATTGGAGANTTGAAAAAAGGTCACATATGACAGGTGGTCTCTTAATA------CAGGTCGCCTATTTTCTGGAGTGAAAGCTTTTAGCAAATGGTATAATACACG-AATGGTCTCAATGGAGAAAATGA---TC-ATGTATTTGGATTATCAA-TA-TATATGGGTTTAACAGTAAGACA--AAATTAATAATGTTTAGAAGTCTAAAATATAATATGTTA-GTTGTTTCATAATTGATAAAAAAAAT-TACATT------TAACCTCTTATTTACGAAATGCATGCAAAACATTAAAACATTCTATTGTAAAGAAAAT-T-ACGCGTGTATATAC------TTGTAATTTTA-T---ATTA-AGTACCTCTCAAGA---TAG--AAAGAAAGTAATGAAGTGTTGCTTCTCCTTAT--------TATACAATAATGCTGGAAANTTATTC------AAAGNCATT-------A--TAAACCACAATATTCATT-GTACACAGTTTTGAACTAATGCAGGCGGCTT-----TCTTTAGCTTGGA-TGTGTCAACAACTC---GT-----AATATGTTGAAGTGAACTGCTAGTCC-GG-TCATGTCTACACTTTT-AAA--T-ATTCTTGAAACTTACGACATC-TCGTTCAGGAAAGGTCGCAAATAAT-CCAG-TTTTCTAA-G---TTTTAT-CAGT-CCCA-TGCACAGTCT--TTATCTAAT-TTG-CGTCACAGC-CAGGTTAATTTTCCA-TTGT-AT-GGAATATAA-TGGGTCACCAGGTGGTAGATTTT------------CACACCT----------A------C---------A-AT---TCT-CAAAG-TCAGT--C-GA-AA--TTCA---ACACC----T-TGG-ATAACAAA---GC-CG-TT-GTT--TC-AT-TA-C-ATG--T-CC-ATGA-TTTTG-TTAA-------ACGAACAAC-----------A--A-T---T-GGGGTTTATCG-GA-----TGA-C----T-GCACACG-ACCCTGCACGCT----GA---CT--ANATTGTTCGTT-AA-TT-GAT-A-C-TTTTGGG---TAAAATCCT--AAGTTTA--GAGT-G-CCAA-C-AAATCAAAATCACCA--CCAAA-CTT-ATTACNC---GCGC--GTT-CAA--AA-CGAAAG--TG----TT---------AAAGGGGCGA-TAACTC-TCAGATTAAC-CACGCTCGATCGAA--ATGGAAA--GTA-GGG-A-TCGCGTTGTAATCGGAAAA-AT-----ATATA-----CGGTCGCTGAATAAAGGTAA-AATATCATGAA----AA------T----ACACGAA-------ATGG-TTGCAAAAA---AT--CA-TGGTCG---TTGGTCG-CG---GTCA--GACAG-GTGG-TCGTTT-AATACA-GG--T-A----AAATATATAG--GGTAA--C----GCTTTG-G-------GG-GG--ATT-TTT--A--TGGTC-ACATGTGAC-AGTGAGTC-GC-TT-AA----TACAGTG----GGTCGCTAT-GGCAGTTTTGA
gi|1 : AGAGACCTTCCATTGGAGACTTGAAAAAAGGTCACATATGACAGGTGGTCTCTTAATA------CAGGTCACCTATTTT-TGGAGTGAAAGCTTTTAGCAAATGGTATAATACACG-AATGGTCTCAATGGAGAAAATGA---TC-ATGTATTTGGATTATCAA-T----TATGGGTTTAAC-TTAAGACA--AAATTGATAATGTTTAGAAGTCTAAAATATAATATGTT-----GTTTCATAACTGATAAAAAAAATATACATT------TAACCTCTTATTTATGAAATGCATGCAAAACATTTAAACATTCTATTGTAAAGAAAAT-TTATGCGTTTATATACATGTACTTGTAATTTTA-TTTAATTA-AGTACCTCTCAAGA---TAG--AAAGAAAGTAATGAAATGTTGCTTTTCCTT-T--------TATACAATAATGCTGGAAAATCATTG------AAAGGCATT-------A--TAAACCACA-TATTCTTTTGTACACAGTTTTGAACTAATGCAGGCGG-TT-----TCTTTAGCTTGGA-TGTGTCA-CAACTC---GT-----AATATGTTGAAGTGAACTGCTAG-CC-GG-TCATGTCTAAACTTTT-AAA--T-ATTCTTGAAACTTACGACATC-TCGTTCAGGAAAGGTCGCAAATAAT-CCAG-TTTTCTAA-G---TTTTAT-AAGT-CCCA-TACACAGTCT--TTATCTAAT-TTT-CGTCACAAT-TAGGTTAATTTTCCA-TTGT-AC-GAAATATAA-TGGGTCACCAGGTGGTCGATTTT------------CACACCT----------A------C---------A-AT---TCT-CAAAG-TCAGT--CCGA-AA--TTCA---ACACC----T-CTG-ATAACAAC---GC-CA-TTTGTT--TC-AT-T--C-ATG--T-CC-ATGA-ATTTG-TTAA-------ATAAACAAC-----------A--A-T---T-GGGGTTTGTCG-GA-----TGAGC----T-GCAC-CG-ACCCTGC-CGAT----GA---CT--TGATTGTTCATT-AA-TT-GATTA-C-TTTTGGG---TAAAATCCT--AAGTTTA--GGAT-G-CCAA-A-AAATCAAAATCACCA--CCAAA-CTA-ATTGCT----GCGC--GTT-CAA--AA-CGAAAG--TGAAAATTGTAAAACTGAAAGGGGCGA-TA---C-TCAGATTAGA-CACGCTCG-TCGAA---TGGAAA--GTA-AGATA-TCGCGTTGTAATCGGAAAA-AT-----ATACA-----CGGTCGCTGAATAAAGGT-A-AATA-CATGAA----AA------T----ACACGAA-------ATGG-CTGCAAAAA---AT--CA-TGGTCG---TT-GTCG-CA---ATCA--GAC-G-GTGG-TCGTTT-AATAC--GG--T-A----AAATATATAG--GGTAA--C----GCTTTG-G-------GG-GAC-ATT-TTTTAA--GGGTC-ACAT-TGAC-AGTGAGTC--C-TT-AA----TACAGT-----GGTCGCTAT-GGCATTTTTGA
gi|10 : AG--TG----TT---------A--GGGGCGA-TAACTC-AAAGATTAAC-CACGCTCGATCGAA--ATGGAA-------------------TGTAATCGGAAAA---------TATA-----CGGTCGCTGAATAAAGGTAA-AATATCATGAA----AA------T----ACACGAATTGCCAAATGG-TTGCAAAAA----T--CA-TGGTCG---TTGGTCG-CG----TCA--GACAG-GTGG-TCGTTT-AATACA-GG--T-A----AAATATATAG--GGTAA--C----GCTTTG-G-------GGGGG--ATT-TTT--A--TGGTC-ACATGTGAC-AGTGAGTC-GC-TT-AA----TACAGTG----GGTCGCTATGGGCAGTTTTGAac
gi|11 : AGTGACCATCCATTGGAAAATGGAAAAATGGACACATATGACAGGTGGTCTCCTAATACACTGTCAGGCCGCCTATTTTCTGCAGTGAAGGCATTTAGCAAA---TATAAT-TA-----------CAATGGAGAAAATGACTTTCTTTGTATTTAGAAT-TCAT-TACTACATG-------CAAGAATACACCAAGT--ATAGTTTTTAAAAGTGTAAAACAAAATc
gi|12 : acagacaaacctttatttAATCGGAAAA---------TAAA-----CGGTCGCTGA-------TAA-AATAACATGAA----AA-----------ACTCGAA-------ATGG-TTGCAAAAA----T--CA-TGGTCG---TTGGTCG-CG----TC---GACAG-GTGG-T-GTTT-AATACA-G---T-A----ACATATATAT--GGTAAAAC----GCGTTG-GCGGGGGGGG-GG--GT-------A--TG-CC-A-ATGTGAC-AGTGAGTC-CC-TT-AA----TACAGTG----GGTCGCTAT-GGCAGTTTTGA
gi|13 : AATC--AAAA-A------ATATT-----CAGTCCATGAATAGGTGTAA-AATTGCATAAA----AT------T----AAAGGAA-------AAGG-TT---------------------TG---TTGGTTG-CG----TCT--GACAG-GTGG-TCATTT-GATATA-GG--T-A----CAATTGATAG--GGTAA--CTAATGTTGGG-G-------GG-GG--GGG-GGT--A--TAGTC-ACATACAAC-AGTGAGTT-GC-TT-GA----TAAGGTG----GGTTGCTAT-GGCAGTTTTAA
gi|14 : CAGTTTTGAACTAATGCAGGCGGCTT-----TCTTCAGCTTAGA-TATGACAACAACTC---GT-----AATATGTTGAAGTGAACTGCTAGTCC-GG-TCATGTCTACACTTTT-AAAATT-ATTCTTGAAACTTACGACATC-TCGTTCAGGAAAACTCGCAAATAAT-CCAG-TTTTATAA-G---T------------CCATTACACAGTCT--Tc
gi|15 : ATATTCATT-GTACA-AGTTT--AACTAATACAGG-GGCTTCCAGTTCTTT-GATTGGACTGTGTCAACAA-TC---GT-----AATATGT-GAAGTGAACTTATAGTCT-GGTTCA-GTCTACAATTTT-AAA--
gi|16 : gTGGAGAATTTTAAAAAAGTCATATATAACAGGTGGTCTCTTAATA------CA---TGCTTATTTTCTGAAGGGAat
gi|17 : GGTCGCTGAGTAAAGGTAA-A-TATTATGAA----A-------T----ACATGAA-------ATGGCTTGCAAAAA----T--CAATGGTCG---TT--TTGTCG---GTCA--GACAGTGTGGGTCGTTT-AATACA-GG--TAA----AAATATATAG--GGtatggcttacatttgttattagtgaataatggcagctgcacatgtatttgg
gi|18 : tAA--C----ACTTTG-G-------GG-A---ATG-TTT--A--TGGTC-ACATGTGAC-AAGGAGTC-GC-TT-AA----TACAGTG----GGTCGCTAA-TGCAGTTTaa
gi|19 : gaG-A-------GG-AA--ACT-TTT--A--TGGTC-ACATATGAC-AGTGAGTT-ACAAT-AA----TACATTG----GGTTGCTAT-TGTAGTTTTg
gi|2 : aGGTCTCTTAATA------CAGGT
gi|2 : acagtcaaAGAGACCTTCCATTGGAGACTTGAAAAAAGGTCACATATGACAGGTGATCTCTTAATA------CAGGTCGCCTATTTATTGGAGTGAAAGCTTTTAGCAAATGGTATAATACACGAAATGGTCTCAATGGAGAAAATAA---TC-ATTTATTTGGATTATCAAGTA-TATATAGGTTTAACAGTAAGACA--AAATTAATAATGTTTAAAAATCTAAAATATAATA-ATTATGTTGTTTCATAATTTATAACAAAAAT-TGTATTTTTATATAACCTCTTATTTATGAAATGCATG--------GAAAACATTCTATTGTAAAGAATATCC-ACACGTGTATATAC------TTGTAATTTTA-T---ATC--AGTACCTCTCATGA---TAG--AAAGAAAGTAATGAAGTGTTGCTTCTCCTTATACATGTAATATACAATAATGCTGGAAATTTATTC------AAATCTA-A-------A--TACACCACAATATTCATT-GTACACAGTTTTGAACTAATGCAGACGGCTT-----TCTTTAGCTTGGA-TGTGTCAACAACTC---GT-----A--------AAGTGAACTGCTAGTGC-GG-TCATGTCTACACTTTT-AAAATT-ATTC-TGAAACTTACGATATCTTCGTTC-GGAAAGGTCGGCAATAATGCCAGTTTTTCTAA-GCTTTTTTATGCAGTGCTCA-TACACAGTCTTGTTATCTAATCTTGTTGTCACAGCGCAGGTTAA-TTTCCATTTGT-ATGGGAATATAATTGGGTCACCCGGT------TTTTACCTACCCTATCCACGCCT----------ATGG---C---------A-AT---TCTGCAAAG-TCAGTTCC-GATAA--TTCAGGCACGCT----T-GGG-ATAACAAAGGGGCGCA-TT-GTC--TC-AT-TAGC-ATGGATGCC-ATGATTTTTGTTTAA-------ACAAA-AAC-----------A--A-CTCGT-GGATTTTATCGCGA-----TGA-C----TCGCACACGTACCCTGGACGCT----GA---CT--ACA-TG-TCGTT-AAGTT-GAT-A-A-TTTTGGG---TAAATCCCT--AAAGTTA--GAGT-GCCCAA-CAAAATCAGAATCACCAAGCCAAA-CTTAATTACGTGGGGCGCCGGTTGCAAGTAA-CGAAAAGTTG----TT---------AGGGGGttccattggagacttgaaaaaaggtcacatatgacaggtgatctcttaatacaggtcgcctatttattggagtgaaagcttttagcaaatggtataatacacgaaatggtctcaatggagaaaataatcatttatttggattatcaagtatatataggtttaacagtaagacaaaattaataatgtttaaaaatctaaaatataataattatgttgtttcataatttataacaaaaattgtatttttatataacctcttatttatgaaatgcatggaaaacattctattgtaaagaatatccacacgtgtatatacttgtaattttatatcagtacctctcatgatagaaagaaagtaatgaagtgttgcttctccttatacatgtaatatacaataatgctggaaatttattcaaatctaaatacaccacaatattcattgtacacagttttgaactaatgcagacggctttctttagcttggatgtgtcaacaactcgtaaagtgaactgctagtgcggtcatgtctacacttttaaaattattctgaaacttacgatatcttcgttcggaaaggtcggcaataatgccagtttttctaagcttttttatgcagtgctcatacacagtcttgttatctaatcttgttgtcacagcgcaggttaatttccatttgtatgggaatataattgggtcacccggtttttacctaccctatccacgcctatggcaattctgcaaagtcagttccgataattcaggcacgcttgggataacaaaggggcgcattgtctcattagcatggatgccatgatttttgtttaaacaaaaacaactcgtggattttatcgcgatgactcgcacacgtaccctggacgctgactacatgtcgttaagttgataattttgggtaaatccctaaagttagagtgcccaacaaaatcagaatcaccaagccaaacttaattacgtggggcgccggttgcaagtaacgaaaagttgttaggggg
gi|20 : acagtcaaacctgtattaTC-ACATACAAC-AGTGAGTT-AT-TT-AA----CATAGTG----GGGGCCTAT-GGCAGTTTTAA
gi|21 : GAC-AGTGAGCT-GC-TT-AATTAGTACAG-G----GGTCAATAG-GGCAGTTTTAA
gi|22 : GTAGN-AGTGAGTC-GC-TT-AA----TACAGTG----GGTCGCTAA-GACAGTTTTGActgt
gi|23 : AAAGGTCACATATGACAGGTGGTCTCTTAA
gi|3 : AAAAT-TACATT------TAATCTCTTACATACAAAATACATGCAAAACATCAAAACATTTTACTGTAA-------------------TATGC------TTGTAACTAAAAC---ACTACAATGCTTCTCT-GA---TGGTGAAAGAAACTGATGAAGTGTTGCTTCT---TAT--------TATACAGTAATGCTAGAAAGTTATTCTAATTGGAAGACATT-------AGATAAATCACAATATCCATA-GTGCACAGCTTTGAACTAATGCTGGCAACTT-----TCTTGAACTCAGA-TGCGTCAAATACTCAGAGTTACTAAGTATCTTGAATTGAACCGCTAGTTCAGG-ACATGTCTACACTTTA-AAA--CGATTCTAGAAACCTTGGACATC-TCATACAGGAAA-GTTGCGAATAAT-CCTG-TTTTCTAA-G---TTTTAT-CAGT-CCCA-TGCACAATCT--TTACCTAAT-TTA-CATCACAAC-CAGTCTAATTTTCCA-CTCTGAT--GAACATTA-TGGGCCACCAGGTGGTAGATTTT------------CACACCTGATCTAGCCCA------C---------ACAT---T-T-CAAAA-TCAGT--C-GA-AA--TTC----AC-----------G-ATGAT-------C-C--TT-G-------AT-----------T-TC-GTGA---------AA-------AC-AGCA-------------A--A-T---G-AGGGTTTAT----ATTTATTGA-C----T-CCACATG-ACCCTGCACACT----GA---CT--A---TGT--GTT-AA-CT-A-----------GGG---TAAAATCCT--CAATTCA--GATT-G-CCGA-T-AAAGCAACATCACC---CCAAA-CTT-ATTACCC---GTG-------------------AG--TG----TT-----------AGAGACGA-TAACTC----GAGTAAC-CACGCTCGATC--------GAAA--GTA-GGG-A-TCGCATTGT--TAGGAAA---------ATAAA-----CAGTCGTTGAATAAAGGTAA-AATTTCATAAA----AC------T----ATATGAA-------ATGG-TTGT-AAAA---AT--CA-TAGTTG---TTGGTTG-C----GTCA--GATGG-ATGG-TCGTTT-AATACA-GG---------AAATAGGTAG--GGCAA--C----ACATTG-G-------GG-GGACATT-TTT--A--TGGCC-ACATGTGAC-AATGAGTT-GC-TT-AA----TACAGTG----GGTTACTAT-GACAGTTTTGA
gi|4 : A-TGTGTCAACAACTC---GT-----AATATGT-GAAGTGAATTGCTAGTCC-GG-TCATGTCTACACTTTTTAAA--TTATTCTTGAAACTTACGACATC-TCGTTCAGGAAAGGTCGCAAACAAT-C----TTTTATAA-G---TTT-----------CA-TACACAGTCT--TTATCTAAT-TTG-CGTTATAGC-CA---------------TGT-AG-GGAATATAA-TGGGTCACCAGGTGGTAGATTTT------------CACACCT----------A------C---------A-AT---TCT-CAAAG-TCGGT--C-AA-AA--TTCA----CACC----T-TGG-AGAACAAA---GC-CG-AT-GTT--TC-AT-TA-C-ATG--TTCC-ATGA-TTTTG-TTAA-------GTGAACAAC-----------A--A-C---TCGGGGTTTATCG-GA-----TGA-C----T-GCACACG-ACCCTGCATGCT----GA---CT--AGAT-ATTCATT-AA-TG-GAT-A-C-TTTTGG----TAAAATCCT--AAGTTTA--GGAT-G-CCAA-C-AAATAAAAATCACCA--CCAAA-GTT-ATTGCCT---GCGC--GTT-CAA--AA-CGAAAG--TA----T-----------AAGGGGCGA-TAACTC-TCAGATTAGC-CACGCTCGATCGAA--ACGGAAA--GTA-GAA-A-TCGCGTTGTAATCGGAAAA---------TATA-----TGGTCGCTGAATAAAGGTAA-AATATCGTGAA----AA------T----ACACGAA-------ATGG-TTGCAAAAA----T--CA-TGGTCG---TTGATCG-CG----TCA--GACAG-GTGG-TCGTTT-AATACA-GG--T-A----AAATATATAG--GGTAA--T----GCTTTG-G-------GG-GA--ATT-TTT--A--GGATC-ACATGTGAC-AGTGAGTC-GC-TT-AA----TACAGTG----GGTCGCTAT-GGCAGTTTTGc
gi|5 : a--T-ATTCTTGAAACTTACAACATT-TCGTTCAGGAAAGTTCGCAAATAAT-CCAG-TTTTCTAA-G---TTTTAT-CAGT-CCCA-TGCA--GTCT--TTATCTAAT-TTG-CGTCACAGT-CAGGTTAATTTTCCA-TTGT-AG-GGAATATAA-TGGGTCACCCGGT-------TTT------------CACACCT----------A------TCTACCCTATATAT---TAC-CAAAG-TCAGT--C-AA-AA--TTCA----CACT----T-TGG-ATAACAAA---GC-CA-TT-GTT--TC-AA-TA-C-ATGA-T-CC-ATGA-TTTTG-TTAA-------ACAAACAAC----------------T---T-GGGGTTTATCG-GA-----TGA-C----T-CCACACG-ACCCTGCACGCT----GA---CT--ACAT-GTTCGTT-AA-TT-GAT-A-A-TTT-GGG---TAAAATCCT--AAATTTA--CAATTG-CCAA-C-AAATCAGAATGACCA--CCAAA-CTT-AGTACGT---GCGA--GTT-CAA--AA-CGAAAG--TG----TT---------A--GGGGCGA-TAACTC-TCAGATTAAC-CATGCTCAATCAAA--ATGGAAA--GCA-GGG-A-TCGCGTTGTAATCGG-AAA-AT-----ATAT---------------------GGTAA-AATATCAAGAA----AATACATGT----ACACGAA-------ATGG-TTGC-ACAA---AT--CA-TGGTCG---TTGGTCG-C----GTCA--GACAG-GTAG-TCGTTT-AATACA-GG--T-A----AAATATATAG--GGTAA--C----ACTTTGAG-------GG-GA--ATTGTTT--A--TGGTC-ACATGTGAC-AGTGAGTC-GC-TT-AA----TACAGTG----GGTTGCAAT-GGCAGTTTTGA
gi|6 : ACCCCT----------A------C---------A-TT---TCT-CCATGCTCA-T--C-GA-AAATTTCA----CACC----TCTAGTATAACTAA---GC-CAATT-GTTAATCTATCTA-CTATGCAT-CCTATTG-TTTCA-TTAACAATATAACGAACAACTCTTATATATTATTA-T---T-GAAATTTTTC-------------C----T--CACAC-----CTGCACGCCTGTCGA---CTTCAAAT-GTTCGTTTAA-TTTGAT-A-TATTTTGGGGTATACAATCCT--GAAGTTACCGAGT-T-CCAAGC-AAATCAGAATC--CA--CCAAAACTT-CATACAT---GCGC--ATT-CAA--AAACGAACA--TC----TC---------GA--GGGCGAATAACTCTTCAGATTAACATACGCACGATCGAAACATGGAGAACGTACAGG-ACTC---CTGTAATCGGAAACTAC-----ATATAGAAATGGGTCACTGAATAAAGTTAATAATATCATGAAATCGAA------T-----CGTAAT-------ATGT-TTGCAAAAATCGATTACA-T-GTCACTTTCTGTCG-CATCTGTCATGGA----GTGG--CGTTTAAATACATGGCTT-AAAATAAATATATAGCAGCTAA-------GCTTTG-G-------GG-GA--ATTGTTT--AATTAGTCAACATGTGACAAGTGAGTCTGC-TTCAA----TACA-TGAACTGGTCTCAAT-TGCAGTTATGActg
gi|7 : gAAAAGTCATAAAAAAT-CAAG-TTGTTTAAAG---TTTTAC-CAGT-CCCA-TGAACAGTGT--TTACCTAAT-CTG-GGTCACAAT-GAGGTTAATTTTC-A-CTAT-AT-GAAATATAA-TGGGTTATCAGGTGATAGATTTT------------CATACTT----------ATCTACCC---------C-ATACATCT-CAAAG-TCAAT--C-GA-AA--TTCA----CACCAAGCT-TGG-TAAACCAA---GC-TG-TT-GTT--TC-AC-CA-A-TTGA-T-CC-TTGA-TTTTG-TTAA-------AC-AACAAC----------------T---C-AGGGTTTATGG-GA-----TGA-CGTACT-CCACACG-A------ACG-T----GATTTCT--ACAT-GTTCATT-AA-TT-GAT-AAC-TT--GGG---TAAAATC-T--AAGTTTA--GAGT-G-TTGA-C-AAAACAAAATCACTG--CCAAA-ATT-ATTACCC---GTGC--ATT-TAA--AA-TGAAAG--TG----TT---------AAA--GGCAG-TAACTC-TCAGAGTAAC-CACGCTCGACTGAA--ATAGAAA--GTA-GAG-A-TCGTGCTGTTATC----AA-AT-----ATAT-------GGTCGCTAATTAAAGGTAA-AATTTC-TGTA----AA------TTGTAACACAAA-------ATGA-TAGC-CAAA---AT--CA-TCGTTG---TTGGT-A-C----ATCA--AACAG-GTGG-TCATTT-AAATCA-GG--T-A----TATCATATAG--GGTAA--C----tgt
gi|8 : ATGGGTTTAACAGTAAGACA--AAATTAATATTGTTAAGAAATCTAAAATATAATATGTTA-ATTGTTTTATAATTGATAAAAAAAAT--ATATT------TAACCTCTTATTTATGAAATGCATGCAAAACATTAAAACATTCTATTGTAAAGAAAATGT-ATGTGTGTATATAC------TTGTAAATTTA-T----TTA-AGTACCTCTCAAGAAGATAG--AAAGAAAGTAATGAAGTGTTGCTTCTCCTT-T--------TATACAATAATGCTGGAAATTTATT-------AAAGTCATTGGCATTAA--TAAACCACAATATTCTTT-GTACACAGTTTTGAACTAATGCAGGCGGCTT-----TCTTTAGCTTGGA-TGTGTCAAAAACTC---GT-----AATATGTTGAAGTTAACTGCTAGTCC-GG-TCATGTCTACACTTTtatgcattg
gi|9 : C-CA-TT-GTT--TC-AT-TA-C-ATG--TTCC-ATAA-TTTTG-TTAA-------ATAAACAAC-----------A--ACT---T-GGGGTTTATCG-GA-----TGA-C----T-GCACACG-ACCCTGCACGCT----GA---CT--AGA-TGTTCATT-AA-TT-GAT-A-C--TTTGGG---TAAAATCCTGAAAGCATA--GGAT-G-CCAA-C-AAATCAAAATCACCA--CCAA
gi|9 : TGTAATCGGAAAATATGGAAAATATA-----TGGTCGCTGAATAAAGGTAA-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacctaacagggagtacagtgcagccagcaaaggtttgacatcntgtaatcggaaaatatggaaaatatatggtcgctgaataaaggtaa
blockSeqs : A CACTGT C T A CGA CTT T A TAC G AA CC TA G T ATG T TTTATA T C A T CCACAC G . T ACACTAC T AGA TG C ATACATGTAA T CTAATTG C TTGGCATTAA A . CCAGT C AGA TACTA T A T T ATT T A G T A CTT T GC G T TG C T G T C T G TG T GGTA ACCTACCCTATC GATCTAGCCCACAC ACA G C TC . T AT GGCA AAGCT T A GGG G AA . AA T CTACT GATG T TT T CAATATA A TCTTATATATTATTATT C TTTAT . GTACTC T TGTC TTT TCAAAT T G T . TAT TT GTA GA CC G T C CA AG A A GTGGG CCG G GT A GT TTAGG A TT A ACA AC CAGGAC TATGGAAA AGAAATG A T ATCG ATACATGT TTGCCAA C A TCGA TA A G CTT G T ATCTG TG T G A T CT A AAAT CA CTAAT A CGGGGGG G GAC TG . AT A A T A C TTAG AACT G
blockSeqs : A . C . . . . . . GTA G AG . TA A . AA T . C C A A GTATGT G . C TATC A . . C AT G C A TTAGA A . . . . . T . . . ATT . G . . . . T C . . . . . . T C . . T . GGTA . ATCTACCCTATAT . . . . . . . A TC . A . . A . . . TAGC CAT . T . . G AACTCGT . . . TCG . . . ACAT . . . . ACT TT . . . T . . GC . . . CC C . . . . TTAAA . A . A . GGGA TAC AC A . . ATTGTA . . A A . . G . G . GG . . . . . . . . . AAC . . . G TG . . . . . . . . . .
blockSeqs : C . T . AG . . T . . T . . . . . . A TTTA . . . . T T . T AA A . . . . . T . . . CG . G . . . . T C . . . . . . T C . . G . GATA . ATCTACCCC . . . . . . . . T . A . . G . . . TAC TT . T . . A AACTC . . . TC . . . AGAT . . . . AT TT . . . A . . T . . . CT A . . . . TCGA . T . A . GAAA AT AC G . . AT . . A A . . G . G . G . . . . . . . . . C . . . G T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . T . . . . . . . . . TT . G . . . . T C . . . . . . . . . . G . . . ATGGCA . . . . . . . . T . T . . A . . . TAC AT . T . . G AACTT . . . TG . . . ACAT . . . . CT TT . . . A . . C . . . GT C . . . . TTA . T . A . GGGA AT TC A . . TT . . A A . . A . G . G . . . . . . . . . C . . . G G . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . A . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . ACA . . . . . . . . T . C . . G . . . CAA AT . T . . A AATG . . . TC . . . ACAT . . . . AT T . . . G . . C . . . AT C . . . . TTA . T . A . GAGA A AC A . . CT . . A . . . G . G . G . . . . . . . . . C . . . A G . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . ACA . . . . . . . . . . . . . A . . . TAC TT . T . . . TT . . . TG . . . AGAT . . . . C . . . . G . . C . . . CC . . . . . TAA . . . . . . . AT A . . AT . . . . . . G . G . G . . . . . . . . . T . . . A T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T . . . . . TC . . . T . . . AT . . . . . . . . . A . . C . . TTA . AT T . . AT . . . . . . C . T . G . . . . . . . . . C . . . A T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A . . A . . . . . . . . G . G . . . . . . . . . C . . . A T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqCons : TT** **** TAC*** NT** AACTT***************** ACAT*** CT*** TTA*************** A** GGGA*** ******** **** G**** G** **
originalCons : AGAGACCTTCCATTGGAGANTTGAAAAAAGGTCACATATGACAGGTGGTCTCTTAATA------CAGGTCGCCTATTTTCTGGAGTGAAAGCTTTTAGCAAATGGTATAATACACG-AATGGTCTCAATGGAGAAAATGA---TC-ATGTATTTGGATTATCAA-TA-TATATGGGTTTAACAGTAAGACA--AAATTAATAATGTTTAGAAGTCTAAAATATAATATGTTA-GTTGTTTCATAATTGATAAAAAAAAT-TACATT------TAACCTCTTATTTACGAAATGCATGCAAAACATTAAAACATTCTATTGTAAAGAAAAT-T-ACGCGTGTATATAC------TTGTAATTTTA-T---ATTA-AGTACCTCTCAAGA---TAG--AAAGAAAGTAATGAAGTGTTGCTTCTCCTTAT--------TATACAATAATGCTGGAAANTTATTC------AAAGNCATT-------A--TAAACCACAATATTCATT-GTACACAGTTTTGAACTAATGCAGGCGGCTT-----TCTTTAGCTTGGA-TGTGTCAACAACTC---GT-----AATATGTTGAAGTGAACTGCTAGTCC-GG-TCATGTCTACACTTTT-AAA--T-ATTCTTGAAACTTACGACATC-TCGTTCAGGAAAGGTCGCAAATAAT-CCAG-TTTTCTAA-G---TTTTAT-CAGT-CCCA-TGCACAGTCT--TTATCTAAT-TTG-CGTCACAGC-CAGGTTAATTTTCCA-TTGT-AT-GGAATATAA-TGGGTCACCAGGTGGTAGATTTT------------CACACCT----------A------C---------A-AT---TCT-CAAAG-TCAGT--C-GA-AA--TTCA---ACACC----T-TGG-ATAACAAA---GC-CG-TT-GTT--TC-AT-TA-C-ATG--T-CC-ATGA-TTTTG-TTAA-------ACGAACAAC-----------A--A-T---T-GGGGTTTATCG-GA-----TGA-C----T-GCACACG-ACCCTGCACGCT----GA---CT--ANATTGTTCGTT-AA-TT-GAT-A-C-TTTTGGG---TAAAATCCT--AAGTTTA--GAGT-G-CCAA-C-AAATCAAAATCACCA--CCAAA-CTT-ATTACNC---GCGC--GTT-CAA--AA-CGAAAG--TG----TT---------AAAGGGGCGA-TAACTC-TCAGATTAAC-CACGCTCGATCGAA--ATGGAAA--GTA-GGG-A-TCGCGTTGTAATCGGAAAA-AT-----ATATA-----CGGTCGCTGAATAAAGGTAA-AATATCATGAA----AA------T----ACACGAA-------ATGG-TTGCAAAAA---AT--CA-TGGTCG---TTGGTCG-CG---GTCA--GACAG-GTGG-TCGTTT-AATACA-GG--T-A----AAATATATAG--GGTAA--C----GCTTTG-G-------GG-GG--ATT-TTT--A--TGGTC-ACATGTGAC-AGTGAGTC-GC-TT-AA----TACAGTG----GGTCGCTAT-GGCAGTTTTGA
finalCons : AGAGACCTTCCATTGGAGANTTGAAAAAAGGTCACATATGACAGGTGGTCTCTTAATA------CAGGTCGCCTATTTTCTGGAGTGAAAGCTTTTAGCAAATGGTATAATACACG-AATGGTCTCAATGGAGAAAATGA---TC-ATGTATTTGGATTATCAA-TA-TATATGGGTTTAACAGTAAGACA--AAATTAATAATGTTTAGAAGTCTAAAATATAATATGTTA-GTTGTTTCATAATTGATAAAAAAAAT-TACATT------TAACCTCTTATTTACGAAATGCATGCAAAACATTAAAACATTCTATTGTAAAGAAAAT-T-ACGCGTGTATATAC------TTGTAATTTTA-T---ATTA-AGTACCTCTCAAGA---TAG--AAAGAAAGTAATGAAGTGTTGCTTCTCCTTAT--------TATACAATAATGCTGGAAANTTATTC------AAAGNCATT-------A--TAAACCACAATATTCATT-GTACACAGTTTTGAACTAATGCAGGCGGCTT-----TCTTTAGCTTGGA-TGTGTCAACAACTC---GT-----AATATGTTGAAGTGAACTGCTAGTCC-GG-TCATGTCTACACTTTT-AAATT--ATTCTTGAAACTTACGACATC-TCGTTCAGGAAAGGTCGCAAATAAT-CCAG-TTTTCTAA-G---TTTTAT-CAGT-CCCA-TGCACAGTCT--TTATCTAAT-TTG-CGTCACAGC-CAGGTTAATTTTCCA-TTGT-AT-GGAATATAA-TGGGTCACCAGGTGGTAGATTTT------------CACACCT----------A------C---------A-AT---TCT-CAAAG-TCAGT--C-GA-AA--TTCA----CACC----T-TGG-ATAACAAA---GC-CG-TT-GTT--TC-ATTAC---ATGNT--CC-ATGA-TTTTG-TTAA-------ACGAACAACAACTT-----------------GGGGTTTATCG-GA-----TGA-C----T-GCACACG-ACCCTGCACGCT----GA---CTACAT---GTTCGTT-AA-TT-GAT-A-C-TTTTGGG---TAAAATCCT--AAGTTTA--GAGT-G-CCAA-C-AAATCAAAATCACCA--CCAAA-CTT-ATTACCT---GCGC--GTT-CAA--AA-CGAAAG--TGTTA---------------GGGGCGA-TAACTC-TCAGATTAAC-CACGCTCGATCGAAA--TGGAAA--GTAGGGA---TCGCGTTGTAATCGGAAAA--------ATATA-----CGGTCGCTGAATAAAGGTAA-AATATCATGAA----AA------T----ACACGAA-------ATGG-TTGCAAAAA----T--CA-TGGTCG---TTGGTCG-CG----TCA--GACAG-GTGG-TCGTTT-AATACA-GG--T-A----AAATATATAG--GGTAA--C----GCTTTG-G-------GG-GG--ATT-TTT--A--TGGTC-ACATGTGAC-AGTGAGTC-GC-TT-AA----TACAGTG----GGTCGCTAT-GGCAGTTTTGA
Alignments
lowQualScore : 222222 111 222 1 2222 11 222 11 222222 3333333 222222 2222222222 111 11 4444444444 3333333 333333333333 11111 111 11111 2 111 333333333333 66666666666666666666666666666 111 11 1111111111 111 11 111111 11 1111111 1 22222 1111111 1111 1111 1111 11 11111 1111 22222222222 222222222 1111111111 1111111 111111 111 1111111 1111111 111
lowQualScore : 1 333333 6 0 7 7 888 333 3 7 5555 2 33 33 44 1 7 444 33 888888 2 2 0 3 3 2222222 2 888888 1 8888888888 9 777 33 2 2222222222 1 7777777 1 888888888888 0 1 8 66666 5 000 44444 0 8 5 5 0 3 6 4 5 0 5 5 000 1 66 5 5 77 6 6 6 3 2 6 6 88 6 9999 444444444444 33333333333333333333333333333 000 0 5 5 77 5 5 77 33 6666666666 5 5 000 5 11 5 66 5 000000 5 22 5 5 55 5 6666666 0 2 5 66 66 1 5 33333 5 2222222 5 0000 888 2222 5 5 5 5 5 7777 0 888 66 11 2 5 555 66 5 5 33333 888 5 77 5 66 0000 33333333333 5 77 5 999 77 55555 3 55 444444444 55 99999 55 3 5 6666666666 3333333 4 4 111111 4 111 4 1 777 4 4 4 4 55 4 8888 55 0000000 4 4 3333333 222 88 55 55 3 3 3 3 3 6666 6666 3
lowQualScore : . ...... . . . . ... ... . . .... . .. .. .. . . ... .. ...... . . . . . ....... . ...... . .......... . ... .. . .......... . ....... . ............ . . . ..... . ... ..... . . . . . . . . . . . . ... . .. . . .. . . . . . . . .. . .... ............ ............................. ... . . . .. . . .. .. .......... . . ... . .. . .. . ...... . .. . . .. . ....... . . . .. .. . . ..... . ....... . .... ... .... . . . . . .... . ... .. .. . . ... .. . . ..... ... . .. . .. .... ........... . .. . ... .. ..... . .. ......... .. ..... .. . . .......... ....... . . ...... . ... . . ... . . . . .. . .... .. ....... . . ....... ... .. .. .. . . . . . .... .... .
lowQualScore : 0 000000 5 2 3 3 333 333 3 3 0000 5 55 88 00 2 3 333 22 888888 0 5 8 2 5 5555555 5 888888 2 2222222222 8 555 88 5 8888888888 0 5555555 0 000000000000 8 4 0 77777 7 000 33333 1 4 7 7 0 2 7 3 7 7 7 7 000 4 44 7 7 99 7 7 7 2 5 7 7 22 7 7777 222222222222 44444444444444444444444444444 000 7 7 7 99 7 7 99 66 1111111111 7 1 000 0 22 0 99 0 444444 0 66 0 0 44 0 2222222 5 5 0 99 99 4 0 11111 0 2222222 0 6666 888 9999 0 0 0 0 0 6666 1 888 99 99 2 0 111 99 7 7 11111 666 7 99 7 99 6666 88888888888 7 44 7 333 99 99999 0 55 222222222 55 11111 00 6 8 2222222222 0000000 0 0 555555 0 000 0 1 000 0 0 0 0 55 0 5555 55 6666666 0 0 0000000 555 77 55 55 6 1 1 1 1 5555 5555 1
consensus : AGAGACCTTCCATTGGAGANTTGAAAAAAGGTCACATATGACAGGTGGTCTCTTAATA------CAGGTCGCCTATTTTCTGGAGTGAAAGCTTTTAGCAAATGGTATAATACACG-AATGGTCTCAATGGAGAAAATGA---TC-ATGTATTTGGATTATCAA-TA-TATATGGGTTTAACAGTAAGACA--AAATTAATAATGTTTAGAAGTCTAAAATATAATATGTTA-GTTGTTTCATAATTGATAAAAAAAAT-TACATT------TAACCTCTTATTTACGAAATGCATGCAAAACATTAAAACATTCTATTGTAAAGAAAAT-T-ACGCGTGTATATAC------TTGTAATTTTA-T---ATTA-AGTACCTCTCAAGA---TAG--AAAGAAAGTAATGAAGTGTTGCTTCTCCTTAT--------TATACAATAATGCTGGAAANTTATTC------AAAGNCATT-------A--TAAACCACAATATTCATT-GTACACAGTTTTGAACTAATGCAGGCGGCTT-----TCTTTAGCTTGGA-TGTGTCAACAACTC---GT-----AATATGTTGAAGTGAACTGCTAGTCC-GG-TCATGTCTACACTTTT-AAATTATTCTTGAAACTTACGACATC-TCGTTCAGGAAAGGTCGCAAATAAT-CCAG-TTTTCTAA-G---TTTTAT-CAGT-CCCA-TGCACAGTCT--TTATCTAAT-TTG-CGTCACAGC-CAGGTTAATTTTCCA-TTGT-AT-GGAATATAA-TGGGTCACCAGGTGGTAGATTTT------------CACACCT----------A------C---------A-AT---TCT-CAAAG-TCAGT--C-GA-AA--TTCA--CAC-C----T-T-GG-ATAACAAA---GC-CG-TT-GTT--TC-AT-TA-C-AT-GN-T-CC-ATGA-TTTTG-TTAA-------ACGAACAACAACTCGGG-G--TT--TATCG-GA-----TGA-C----T-GCACACG-ACCCTGCACGCT----GA---CT--ANAT-GTTCGTT-AA-TT-GAT-A-C-TTTTGGG---TAAAATCCT--AAGTTTA--GAGTG-CCAA-C-AAATCAAAATCACCA--CCAAA-CTT-ATTACNC---GCGC--GTT-CAA--AA-CGAAAG--TG----TT-----------AGGGGCGA-TAACTCT-CAGATTAAC-CACGCTCGATCGAAA--TGGAAA--GTA-GGG-ATCGCGTTGTAATCGGAAA--A--------ATAT--AC-----GGTCGCTGAATA--AAGGTAA-AATATCATGAAA----AT----ACACGAA-------ATGG-TTGC-AAAAATC------A-TGGTCGTTG---GTCGC-GTCAGACA---G-GTGG-TCGTTTAA-TACA-GG--T-AAAATA----TATAG--GGTAA--C----GCTTT-G-G-------GGGG--ATT-TTT--A--TGGTC-ACATGTGAC-AGTGAGTC-GC-TT-AA----TACAGTG----GGTCGCTAT-GGCAGTTTTGA
Reference ( family-1638 ) : AGAGACCTTCCATTGGAGANTTGAAAAAAGGTCACATATGACAGGTGGTCTCTTAATA------CAGGTCGCCTATTTTCTGGAGTGAAAGCTTTTAGCAAATGGTATAATACACG-AATGGTCTCAATGGAGAAAATGA---TC-ATGTATTTGGATTATCAA-TA-TATATGGGTTTAACAGTAAGACA--AAATTAATAATGTTTAGAAGTCTAAAATATAATATGTTA-GTTGTTTCATAATTGATAAAAAAAAT-TACATT------TAACCTCTTATTTACGAAATGCATGCAAAACATTAAAACATTCTATTGTAAAGAAAAT-T-ACGCGTGTATATAC------TTGTAATTTTA-T---ATTA-AGTACCTCTCAAGA---TAG--AAAGAAAGTAATGAAGTGTTGCTTCTCCTTAT--------TATACAATAATGCTGGAAANTTATTC------AAAGNCATT-------A--TAAACCACAATATTCATT-GTACACAGTTTTGAACTAATGCAGGCGGCTT-----TCTTTAGCTTGGA-TGTGTCAACAACTC---GT-----AATATGTTGAAGTGAACTGCTAGTCC-GG-TCATGTCTACACTTTT-AAATTATTCTTGAAACTTACGACATC-TCGTTCAGGAAAGGTCGCAAATAAT-CCAG-TTTTCTAA-G---TTTTAT-CAGT-CCCA-TGCACAGTCT--TTATCTAAT-TTG-CGTCACAGC-CAGGTTAATTTTCCA-TTGT-AT-GGAATATAA-TGGGTCACCAGGTGGTAGATTTT------------CACACCT----------A------C---------A-AT---TCT-CAAAG-TCAGT--C-GA-AA--TTCA--CAC-C----T-T-GG-ATAACAAA---GC-CG-TT-GTT--TC-AT-TA-C-AT-GN-T-CC-ATGA-TTTTG-TTAA-------ACGAACAACAACTTGGG-G--TT--TATCG-GA-----TGA-C----T-GCACACG-ACCCTGCACGCT----GA---CT--ACAT-GTTCGTT-AA-TT-GAT-A-C-TTTTGGG---TAAAATCCT--AAGTTTA--GAGTG-CCAA-C-AAATCAAAATCACCA--CCAAA-CTT-ATTACCT---GCGC--GTT-CAA--AA-CGAAAG--TG----TT-----------AGGGGCGA-TAACTCT-CAGATTAAC-CACGCTCGATCGAAA--TGGAAA--GTA-GGG-ATCGCGTTGTAATCGGAAA--A--------ATAT--AC-----GGTCGCTGAATA--AAGGTAA-AATATCATGAAA----AT----ACACGAA-------ATGG-TTGC-AAAAATC------A-TGGTCGTTG---GTCGC-GTCAGACA---G-GTGG-TCGTTTAA-TACA-GG--T-AAAATA----TATAG--GGTAA--C----GCTTT-G-G-------GGGG--ATT-TTT--A--TGGTC-ACATGTGAC-AGTGAGTC-GC-TT-AA----TACAGTG----GGTCGCTAT-GGCAGTTTTGA
gi|1 : AGAGACCTTCCATTGGAGACTTGAAAAAAGGTCACATATGACAGGTGGTCTCTTAATA------CAGGTCACCTATTTT-TGGAGTGAAAGCTTTTAGCAAATGGTATAATACACG-AATGGTCTCAATGGAGAAAATGA---TC-ATGTATTTGGATTATCAA-T----TATGGGTTTAAC-TTAAGACA--AAATTGATAATGTTTAGAAGTCTAAAATATAATATGTT-----GTTTCATAACTGATAAAAAAAATATACATT------TAACCTCTTATTTATGAAATGCATGCAAAACATTTAAACATTCTATTGTAAAGAAAAT-TTATGCGTTTATATACATGTACTTGTAATTTTA-TTTAATTA-AGTACCTCTCAAGA---TAG--AAAGAAAGTAATGAAATGTTGCTTTTCCTT-T--------TATACAATAATGCTGGAAAATCATTG------AAAGGCATT-------A--TAAACCACA-TATTCTTTTGTACACAGTTTTGAACTAATGCAGGCGG-TT-----TCTTTAGCTTGGA-TGTGTCA-CAACTC---GT-----AATATGTTGAAGTGAACTGCTAG-CC-GG-TCATGTCTAAACTTTT-AAAT-ATTCTTGAAACTTACGACATC-TCGTTCAGGAAAGGTCGCAAATAAT-CCAG-TTTTCTAA-G---TTTTAT-AAGT-CCCA-TACACAGTCT--TTATCTAAT-TTT-CGTCACAAT-TAGGTTAATTTTCCA-TTGT-AC-GAAATATAA-TGGGTCACCAGGTGGTCGATTTT------------CACACCT----------A------C---------A-AT---TCT-CAAAG-TCAGT--CCGA-AA--TTCAA-CAC-C----T-C-TG-ATAACAAC---GC-CA-TTTGTT--TC-AT-T--C-AT-G--T-CC-ATGA-ATTTG-TTAA-------ATAAACAACAA-TTGGG-G--TT--TGTCG-GA-----TGAGC----T-GCAC-CG-ACCCTGC-CGAT----GA---CT--TGATTGTTCATT-AA-TT-GATTA-C-TTTTGGG---TAAAATCCT--AAGTTTA--GGATG-CCAA-A-AAATCAAAATCACCA--CCAAA-CTA-ATTGC-T---GCGC--GTT-CAA--AA-CGAAAG--TGAAAATTGTAAAACTGAAAGGGGCGA-TA---CT-CAGATTAGA-CACGCTCG-TCGAA---TGGAAA--GTA-AGATATCGCGTTGTAATCGGAAA--A--------ATATACAC-----GGTCGCTGAATA--AAGGT-A-AATA-CATGAAA----AT----ACACGAA-------ATGG-CTGCAAAAAATC------A-TGGTCGTT----GTCGCAATCAGAC----G-GTGG-TCGTTTAA-TAC--GG--T-AAAATA----TATAG--GGTAA--C----GCTTT-G-G-------GGGAC-ATT-TTTTAA--GGGTC-ACAT-TGAC-AGTGAGTC--C-TT-AA----TACAGT-----GGTCGCTAT-GGCATTTTTGA
gi|10 : AG--TG----TT-----------AGGGGCGA-TAACTCA-AAGATTAAC-CACGCTCGATCGAAA--TGGAA------------------TGTAATCGGAAA--A---------TAT--AC-----GGTCGCTGAATA--AAGGTAA-AATATCATGAAA----AT----ACACGAATTGCCAAATGG-TTGC-AAAAATC------A-TGGTCGTTG---GTCGC-GTCAGACA---G-GTGG-TCGTTTAA-TACA-GG--T-AAAATA----TATAG--GGTAA--C----GCTTTGG-G-------GGGG--ATT-TTT--A--TGGTC-ACATGTGAC-AGTGAGTC-GC-TT-AA----TACAGTG----GGTCGCTATGGGCAGTTTTGAac
gi|11 : AGTGACCATCCATTGGAAAATGGAAAAATGGACACATATGACAGGTGGTCTCCTAATACACTGTCAGGCCGCCTATTTTCTGCAGTGAAGGCATTTAGCAAA---TATAAT-TA-----------CAATGGAGAAAATGACTTTCTTTGTATTTAGAAT-TCAT-TACTACATG-------CAAGAATACACCAAGT--ATAGTTTTTAAAAGTGTAAAACAAAATc
gi|12 : acagacaaacctttatttAATCGGAAA--A---------TAA--AC-----GGTCGCTGA---------TAA-AATAACATGAAA----A-----ACTCGAA-------ATGG-TTGC-AAAAATC------A-TGGTCGTTG---GTCGC-GTC-GACA---G-GTGG-T-GTTTAA-TACA-G---T-AACATA----TATAT--GGTAAAAC----GCGTT-G-GCGGGGGGGGGG--GT-------A--TG-CC-A-ATGTGAC-AGTGAGTC-CC-TT-AA----TACAGTG----GGTCGCTAT-GGCAGTTTTGA
gi|13 : AATCA-AAA--A--------ATAT--TC-----AGTCCATGAATA--GGTGTAA-AATTGCATAAAA----TT----AAAGGAA-------AAGG-TT----------------------TGTTG---GTTGC-GTCTGACA---G-GTGG-TCATTTGA-TATA-GG--T-ACAATT----GATAG--GGTAA--CTAATGTTGG-G-G-------GGGG--GGG-GGT--A--TAGTC-ACATACAAC-AGTGAGTT-GC-TT-GA----TAAGGTG----GGTTGCTAT-GGCAGTTTTAA
gi|14 : CAGTTTTGAACTAATGCAGGCGGCTT-----TCTTCAGCTTAGA-TATGACAACAACTC---GT-----AATATGTTGAAGTGAACTGCTAGTCC-GG-TCATGTCTACACTTTTAAAATTATTCTTGAAACTTACGACATC-TCGTTCAGGAAAACTCGCAAATAAT-CCAG-TTTTATAA-G---T------------CCATTACACAGTCT--Tc
gi|15 : ATATTCATT-GTACA-AGTTT--AACTAATACAGG-GGCTTCCAGTTCTTT-GATTGGACTGTGTCAACAA-TC---GT-----AATATGT-GAAGTGAACTTATAGTCT-GGTTCA-GTCTACAATTTT-AAA
gi|16 : gTGGAGAATTTTAAAAAAGTCATATATAACAGGTGGTCTCTTAATA------CA---TGCTTATTTTCTGAAGGGAat
gi|17 : -----GGTCGCTGAGTA--AAGGTAA-A-TATTATGAAA-----T----ACATGAA-------ATGGCTTGC-AAAAATC------AATGGTCGTTTT--GTCG--GTCAGACA---GTGTGGGTCGTTTAA-TACA-GG--TAAAAATA----TATAG--GGtatggcttacatttgttattagtgaataatggcagctgcacatgtatttgg
gi|18 : tAA--C----ACTTT-G-G-------GGA---ATG-TTT--A--TGGTC-ACATGTGAC-AAGGAGTC-GC-TT-AA----TACAGTG----GGTCGCTAA-TGCAGTTTaa
gi|19 : ga-G-A-------GGAA--ACT-TTT--A--TGGTC-ACATATGAC-AGTGAGTT-ACAAT-AA----TACATTG----GGTTGCTAT-TGTAGTTTTg
gi|2 : aGGTCTCTTAATA------CAGGT
gi|2 : acagtcaaAGAGACCTTCCATTGGAGACTTGAAAAAAGGTCACATATGACAGGTGATCTCTTAATA------CAGGTCGCCTATTTATTGGAGTGAAAGCTTTTAGCAAATGGTATAATACACGAAATGGTCTCAATGGAGAAAATAA---TC-ATTTATTTGGATTATCAAGTA-TATATAGGTTTAACAGTAAGACA--AAATTAATAATGTTTAAAAATCTAAAATATAATA-ATTATGTTGTTTCATAATTTATAACAAAAAT-TGTATTTTTATATAACCTCTTATTTATGAAATGCATG--------GAAAACATTCTATTGTAAAGAATATCC-ACACGTGTATATAC------TTGTAATTTTA-T---ATC--AGTACCTCTCATGA---TAG--AAAGAAAGTAATGAAGTGTTGCTTCTCCTTATACATGTAATATACAATAATGCTGGAAATTTATTC------AAATCTA-A-------A--TACACCACAATATTCATT-GTACACAGTTTTGAACTAATGCAGACGGCTT-----TCTTTAGCTTGGA-TGTGTCAACAACTC---GT-----A--------AAGTGAACTGCTAGTGC-GG-TCATGTCTACACTTTTAAAATTATTC-TGAAACTTACGATATCTTCGTTC-GGAAAGGTCGGCAATAATGCCAGTTTTTCTAA-GCTTTTTTATGCAGTGCTCA-TACACAGTCTTGTTATCTAATCTTGTTGTCACAGCGCAGGTTAA-TTTCCATTTGT-ATGGGAATATAATTGGGTCACCCGGT------TTTTACCTACCCTATCCACGCCT----------ATGG---C---------A-AT---TCTGCAAAG-TCAGTTCC-GATAA--TTCAGGCACGC----T-TGGG-ATAACAAAGGGGCGCA-TT-GTC--TC-AT-TAGC-ATGGA-TGCC-ATGATTTTTGTTTAA-------ACAAA-AACAACTCGTG-GATTT--TATCGCGA-----TGA-C----TCGCACACGTACCCTGGACGCT----GA---CT--ACAT-G-TCGTT-AAGTT-GAT-A-A-TTTTGGG---TAAATCCCT--AAAGTTA--GAGTGCCCAA-CAAAATCAGAATCACCAAGCCAAA-CTTAATTACGTGGGGCGCCGGTTGCAAGTAA-CGAAAAGTTG----TT-----------AGGGGttccattggagacttgaaaaaaggtcacatatgacaggtgatctcttaatacaggtcgcctatttattggagtgaaagcttttagcaaatggtataatacacgaaatggtctcaatggagaaaataatcatttatttggattatcaagtatatataggtttaacagtaagacaaaattaataatgtttaaaaatctaaaatataataattatgttgtttcataatttataacaaaaattgtatttttatataacctcttatttatgaaatgcatggaaaacattctattgtaaagaatatccacacgtgtatatacttgtaattttatatcagtacctctcatgatagaaagaaagtaatgaagtgttgcttctccttatacatgtaatatacaataatgctggaaatttattcaaatctaaatacaccacaatattcattgtacacagttttgaactaatgcagacggctttctttagcttggatgtgtcaacaactcgtaaagtgaactgctagtgcggtcatgtctacacttttaaaattattctgaaacttacgatatcttcgttcggaaaggtcggcaataatgccagtttttctaagcttttttatgcagtgctcatacacagtcttgttatctaatcttgttgtcacagcgcaggttaatttccatttgtatgggaatataattgggtcacccggtttttacctaccctatccacgcctatggcaattctgcaaagtcagttccgataattcaggcacgcttgggataacaaaggggcgcattgtctcattagcatggatgccatgatttttgtttaaacaaaaacaactcgtggattttatcgcgatgactcgcacacgtaccctggacgctgactacatgtcgttaagttgataattttgggtaaatccctaaagttagagtgcccaacaaaatcagaatcaccaagccaaacttaattacgtggggcgccggttgcaagtaacgaaaagttgttaggggg
gi|20 : acagtcaaacctgtattaTC-ACATACAAC-AGTGAGTT-AT-TT-AA----CATAGTG----GGGGCCTAT-GGCAGTTTTAAg
gi|21 : GAC-AGTGAGCT-GC-TT-AATTAGTACAG-G----GGTCAATAG-GGCAGTTTTAA
gi|22 : GTAGN-AGTGAGTC-GC-TT-AA----TACAGTG----GGTCGCTAA-GACAGTTTTGActgt
gi|23 : AAAGGTCACATATGACAGGTGGTCTCTTAA
gi|3 : AAAAT-TACATT------TAATCTCTTACATACAAAATACATGCAAAACATCAAAACATTTTACTGTAA-------------------TATGC------TTGTAACTAAAAC---ACTACAATGCTTCTCT-GA---TGGTGAAAGAAACTGATGAAGTGTTGCTTCT---TAT--------TATACAGTAATGCTAGAAAGTTATTCTAATTGGAAGACATT-------AGATAAATCACAATATCCATA-GTGCACAGCTTTGAACTAATGCTGGCAACTT-----TCTTGAACTCAGA-TGCGTCAAATACTCAGAGTTACTAAGTATCTTGAATTGAACCGCTAGTTCAGG-ACATGTCTACACTTTA-AAACGATTCTAGAAACCTTGGACATC-TCATACAGGAAAG-TTGCGAATAAT-CCTG-TTTTCTAA-G---TTTTAT-CAGT-CCCA-TGCACAATCT--TTACCTAAT-TTA-CATCACAAC-CAGTCTAATTTTCCA-CTCTGAT--GAACATTA-TGGGCCACCAGGTGGTAGATTTT------------CACACCTGATCTAGCCCA------C---------ACAT---T-T-CAAAA-TCAGT--C-GA-AA--TTCA--C-------------G-ATGAT-------C-C--TT-G-------AT------------T-TC-GTGA---------AA-------AC----AGCAAATGAGG-G--TT--TAT----ATTTATTGA-C----T-CCACATG-ACCCTGCACACT----GA---CT----AT-GT--GTT-AA-CT-A-----------GGG---TAAAATCCT--CAATTCA--GATTG-CCGA-T-AAAGCAACATCACC---CCAAA-CTT-ATTACCC---GTG-------------------AG--TG----TT-----------AGAGACGA-TAACTC----GAGTAAC-CACGCTCGATC--------GAAA--GTA-GGG-ATCGCATTGTTA---GGAA--A--------ATAA--AC-----AGTCGTTGAATA--AAGGTAA-AATTTCATAAAA----CT----ATATGAA-------ATGG-TTGT-AAAAATC------A-TAGTTGTTG---GTTGC-GTCAGATG---G-ATGG-TCGTTTAA-TACA-GG-----AAATA----GGTAG--GGCAA--C----ACATT-G-G-------GGGGACATT-TTT--A--TGGCC-ACATGTGAC-AATGAGTT-GC-TT-AA----TACAGTG----GGTTACTAT-GACAGTTTTGA
gi|4 : A-TGTGTCAACAACTC---GT-----AATATGT-GAAGTGAATTGCTAGTCC-GG-TCATGTCTACACTTTTTAAATTATTCTTGAAACTTACGACATC-TCGTTCAGGAAAGGTCGCAAACAAT-C----TTTTATAA-G---TTT-----------CA-TACACAGTCT--TTATCTAAT-TTG-CGTTATAGC-CA---------------TGT-AG-GGAATATAA-TGGGTCACCAGGTGGTAGATTTT------------CACACCT----------A------C---------A-AT---TCT-CAAAG-TCGGT--C-AA-AA--TTCA--CAC-C----T-T-GG-AGAACAAA---GC-CG-AT-GTT--TC-AT-TA-C-AT-GT-T-CC-ATGA-TTTTG-TTAA-------GTGAACAACAACTCGGG-G--TT--TATCG-GA-----TGA-C----T-GCACACG-ACCCTGCATGCT----GA---CT--AGAT-ATTCATT-AA-TG-GAT-A-C-TTTTGG----TAAAATCCT--AAGTTTA--GGATG-CCAA-C-AAATAAAAATCACCA--CCAAA-GTT-ATTGCCT---GCGC--GTT-CAA--AA-CGAAAG--TA----TA-----------AGGGGCGA-TAACTCT-CAGATTAGC-CACGCTCGATCGAAA--CGGAAA--GTA-GAA-ATCGCGTTGTAATCGGAAA--A---------TAT--AT-----GGTCGCTGAATA--AAGGTAA-AATATCGTGAAA----AT----ACACGAA-------ATGG-TTGC-AAAAATC------A-TGGTCGTTG---ATCGC-GTCAGACA---G-GTGG-TCGTTTAA-TACA-GG--T-AAAATA----TATAG--GGTAA--T----GCTTT-G-G-------GGGA--ATT-TTT--A--GGATC-ACATGTGAC-AGTGAGTC-GC-TT-AA----TACAGTG----GGTCGCTAT-GGCAGTTTTGc
gi|5 : aTATTCTTGAAACTTACAACATT-TCGTTCAGGAAAGTTCGCAAATAAT-CCAG-TTTTCTAA-G---TTTTAT-CAGT-CCCA-TGCA--GTCT--TTATCTAAT-TTG-CGTCACAGT-CAGGTTAATTTTCCA-TTGT-AG-GGAATATAA-TGGGTCACCCGGT-------TTT------------CACACCT----------A------TCTACCCTATATAT---TAC-CAAAG-TCAGT--C-AA-AA--TTCA--CAC-T----T-T-GG-ATAACAAA---GC-CA-TT-GTT--TC-AA-TA-C-AT-GA-T-CC-ATGA-TTTTG-TTAA-------ACAAACA---ACTTGGG-G--TT--TATCG-GA-----TGA-C----T-CCACACG-ACCCTGCACGCT----GA---CT--ACAT-GTTCGTT-AA-TT-GAT-A-A--TTTGGG---TAAAATCCT--AAATTTAC-AATTG-CCAA-C-AAATCAGAATGACCA--CCAAA-CTT-AGTACGT---GCGA--GTT-CAA--AA-CGAAAG--TG----TT-----------AGGGGCGA-TAACTCT-CAGATTAAC-CATGCTCAATCAAAA--TGGAAA--GCA-GGG-ATCGCGTTGTAATCGG-AA--A--------ATAT--AT-----GGTA---AAATATCAAG--AA-AATA-CATG--------T----ACACGAA-------ATGG-TTGC-ACAAATC------A-TGGTCGTTG---GTCGC-GTCAGACA---G-GTAG-TCGTTTAA-TACA-GG--T-AAAATA----TATAG--GGTAA--C----ACTTT-GAG-------GGGA--ATTGTTT--A--TGGTC-ACATGTGAC-AGTGAGTC-GC-TT-AA----TACAGTG----GGTTGCAAT-GGCAGTTTTGA
gi|6 : ACCCCT----------A------C---------A-TT---TCT-CCATGCTCA-T--C-GA-AAATTTCA--CAC-C----TCT-AGTATAACTAA---GC-CAATT-GTTAATCTATCTA-CTAT-GCAT-CCTATTG-TTTCA-TTAACAATATAACGAACAACT-CTTATATA--TTATTATTG-AAATTT-TTC-C----T--CACAC-----CTGCACGCCTGTCGA---CTTCAAAT-GTTCGTTTAA-TTTGAT-A-TATTTTGGGGTATACAATCCT--GAAGTTACCGAGTT-CCAAGC-AAATCAGAATC--CA--CCAAAACTT-CATACAT---GCGC--ATT-CAA--AAACGAACA--TC----TC-----------GAGGGCGAATAACTCTTCAGATTAACATACGCACGATCGAAACATGGAGAACGTACAGG-ACTCC--TGTAATCGGAAACTAC-------ATAT--AGAAATGGGTCACTGAATA--AAGTTAATAATATCATGAAATCGAAT-----CGTAAT-------ATGT-TTGC-AAAAATCGATTACA-TG-TCACTTTCTGTCGC-ATCTGTCATGGA-GTGG--CGTTTAAATACATGGCTT-AAAATAAATATATAGCAGCTAA-------GCTTT-G-G-------GGGA--ATTGTTT--AATTAGTCAACATGTGACAAGTGAGTCTGC-TTCAA----TACA-TGAACTGGTCTCAAT-TGCAGTTATGActg
gi|7 : gAAAAGTCATAAAAAAT-CAAG-TTGTTTAAAG---TTTTAC-CAGT-CCCA-TGAACAGTGT--TTACCTAAT-CTG-GGTCACAAT-GAGGTTAATTTTC-A-CTAT-AT-GAAATATAA-TGGGTTATCAGGTGATAGATTTT------------CATACTT----------ATCTACCC---------C-ATACATCT-CAAAG-TCAAT--C-GA-AA--TTCA--CAC-CAAGCT-T-GG-TAAACCAA---GC-TG-TT-GTT--TC-AC-CA-A-TT-GA-T-CC-TTGA-TTTTG-TTAA-------AC----AACAACTCAGG-G--TT--TATGG-GA-----TGA-CGTACT-CCACACG-A------ACG-T----GATTTCT--ACAT-GTTCATT-AA-TT-GAT-AAC-TT--GGG---TAAAATC-T--AAGTTTA--GAGTG-TTGA-C-AAAACAAAATCACTG--CCAAA-ATT-ATTACCC---GTGC--ATT-TAA--AA-TGAAAG--TG----TT-----------AAAGGCAG-TAACTCT-CAGAGTAAC-CACGCTCGACTGAAA--TAGAAA--GTA-GAG-ATCGTGCTGTTATC----A--A--------ATAT--AT-----GGTCGCTAATTA--AAGGTAA-AATTTC-TGTAA----ATTGTAACACAAA-------ATGA-TAGC-CAAAATC------A-TCGTTGTTG---GT-AC-ATCAAACA---G-GTGG-TCATTTAA-ATCA-GG--T-ATATCA----TATAG--GGTAA--C----tgt
gi|8 : ATGGGTTTAACAGTAAGACA--AAATTAATATTGTTAAGAAATCTAAAATATAATATGTTA-ATTGTTTTATAATTGATAAAAAAAAT--ATATT------TAACCTCTTATTTATGAAATGCATGCAAAACATTAAAACATTCTATTGTAAAGAAAATGT-ATGTGTGTATATAC------TTGTAAATTTA-T----TTA-AGTACCTCTCAAGAAGATAG--AAAGAAAGTAATGAAGTGTTGCTTCTCCTT-T--------TATACAATAATGCTGGAAATTTATT-------AAAGTCATTGGCATTAA--TAAACCACAATATTCTTT-GTACACAGTTTTGAACTAATGCAGGCGGCTT-----TCTTTAGCTTGGA-TGTGTCAAAAACTC---GT-----AATATGTTGAAGTTAACTGCTAGTCC-GG-TCATGTCTACACTTTtatgcattg
gi|9 : C-CA-TT-GTT--TC-AT-TA-C-AT-GT-T-CC-ATAA-TTTTG-TTAA-------ATAAACAACAACTTGGG-G--TT--TATCG-GA-----TGA-C----T-GCACACG-ACCCTGCACGCT----GA---CT--AGAT-GTTCATT-AA-TT-GAT-A-C--TTTGGG---TAAAATCCTGAAAGCATA--GGATG-CCAA-C-AAATCAAAATCACCA--CCAA
gi|9 : TGTAATCGGAAA--ATATGGAAAATAT--AT-----GGTCGCTGAATA--AAGGTAA-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacctaacagggagtacagtgcagccagcaaaggtttgacatcntgtaatcggaaaatatggaaaatatatggtcgctgaataaaggtaa