lowQualScore                  :                                                                                          1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                       1111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  
lowQualScore                  :                           44444444444444444444444444444444444444                         5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555            333333       22222222222222              111          3     22222222222222222222    11            22                               11     4444444             55                2222      666666    22     111   2    55555    33          6666666666666666666666666666666666666666666   111                   222          22    11        8888888888888888888888888888888888888888                444444444444444      111     11                3333333333                                  33333333333                2    666666666666666666666        33333333    111              66666666666666666666666     111   11    1  66666    1     2222222          1111     222             0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000        222                     22222      1  11              666666666    11        1               111           3333333                 11         111                5555555555555555555555555555     11111      1  11   555555555555555        2    3333333         3333      1               2222     111      222222      11  1   111           1       3333333333               4         
lowQualScore                  :           1      99999 77 55555555555555555555555555555555555555     99            99    5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 6   888    666666    5  11111111111111 5     77   5 333  66    5 1     66666666666666666666    44            33    888          55   0      0 11     9999999   8         55       0        3333      222222    55     777   1    33333    22 0        5555555555555555555555555555555555555555555   444        6          000  6       55    00    6   8888888888888888888888888888888888888888 2              777777777777777 44   000     77     8          2222222222      6    88      0          0   66666666666   8         8  0 0  222222222222222222222     0  33333333    444 8    8       11111111111111111111111   2 444   88    0  66666    0     2222222  8 8   6 4444     888     2    1  5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555   8    666 8         8  8      00000      6  11   8 8 8      000000000    33        0 3   0    999  444  8  8     2222222   8 6  99       66         999        0 8     9999999999999999999999999999     77777      9  33   444444444444444        0    1111111    7    2222      0 2  888        6666  66 777      888888 3    33  0   444 8   6     6       5555555555       0  8    0     0   
lowQualScore                  :           .      ..... .. ......................................     ..            ..    .................................................................................. .   ...    ......    .  .............. .     ..   . ...  ..    . .     ....................    ..            ..    ...          ..   .      . ..     .......   .         ..       .        ....      ......    ..     ...   .    .....    .. .        ...........................................   ...        .          ...  .       ..    ..    .   ........................................ .              ............... ..   ...     ..     .          ..........      .    ..      .          .   ...........   .         .  . .  .....................     .  ........    ... .    .       .......................   . ...   ..    .  .....    .     .......  . .   . ....     ...     .    .  ......................................................................................................................................................................................................................   .    ... .         .  .      .....      .  ..   . . .      .........    ..        . .   .    ...  ...  .  .     .......   . .  ..       ..         ...        . .     ............................     .....      .  ..   ...............        .    .......    .    ....      . .  ...        ....  .. ...      ...... .    ..  .   ... .   .     .       ..........       .  .    .     .   
lowQualScore                  :           0      33333 77 22222222222222222222222222222222222222     22            22    7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 7   777    444444    0  66666666666666 7     99   7 999  44    7 6     88888888888888888888    00            22    777          88   8      8 00     0000000   0         00       8        2222      444444    88     000   6    66666    00 8        8888888888888888888888888888888888888888888   888        7          000  7       88    22    7   1111111111111111111111111111111111111111 5              888888888888888 22   888     33     0          8888888888      0    88      8          8   44444444444   0         0  4 8  000000000000000000000     8  44444444    000 0    0       00000000000000000000000   5 888   55    0  22222    0     2222222  0 0   7 2222     777     5    7  9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999   0    444 0         0  0      00000      0  00   0 0 0      888888888    88        0 2   8    000  000  0  0     6666666   0 7  22       55         555        8 0     6666666666666666666666666666     88888      0  88   888888888888888        0    5555555    0    0000      0 5  888        8888  22 555      888888 2    88  0   000 0   0     0       0000000000       8  0    0     8   
consensus                     : NATGTAACAGGTTTTTG--T--A-GTT-----AA----GAC---GATAA-CT---C-TGT-TT-GGGTT--CAGGGATTAATT--TAAT--A-CAA-------CA-GTG-------A---T-GGTGT-------ACA-T--------TA---ATA-----CG-TACATA--G-CCC-T-GAAA------TACATGAAAATAACAA-TAT-G-ATATC--ACA-G-A-TG-CATTA-A-TTAAT--AAT-AAT--TACCAATAATAAC-TTATATGATCCTAT-GAATGANATTTCCATCAAGATAACGTATTTA--CTTATC-TCATCAAA-TCACAATCAAGGGAGATAACTCTTAAAG-TTACATGT-TCT--AATATCGAACAGAATTTTCTCC--CAGAAATA-GTCATAAAAAA-TACA-TTA----T--CATAAAAAAC-TCTT--AAATCAGA-TATA-TTACCATTC-TATGGGAAGAGGGCT-TCCACATATATGTA-CAGC-TACTTAA---TATA-CTA-TGTGTGGCT-ATG-TACAATGTGGACTCTGTAATTTATAT--ACA--A--GTTTCTCTAAA-A-TACTTATCTTTT-AAAGTCAAAT--A-CAATATTGCTCAATCTGA-ACAAATTAATCAAATATTCTGT---AT-TATAAAA-TAAAGTATA-ACTTTGA-TAGATTTTCATCAAATTTATTACTCTTG----ATA-AATA---T-ATAC-TACTGAT-TCT-ATGAAAT-----CAA---TGAGC-T-CAAACTCAA-AAAT---ATCT-TTCTC-T--CT-AT-A-TCT-A----GCCTTT-CTCTCAGTTAATAT-N-----A--AGTGTGCAAAAG--GAATCCCAATTAAA-CTTGCNAA-ATATATATAGACTG--GACATA--TTAATTGACATTTACC-CAATTAAGGA--T-A--ATTA-TAATGAGTTACTTACCGGA-AAGAAGGAAATGTC---T-T--GT-GGAAGGTCTTA-GTCAATAGTCTT-GTTCAACAAATATGGTCC---TTTCTCGACTCAAAG-TCAAA-AC-AAAGAATAT-TC-AGTTTT-----GGCGGTAAA--ACC-C-A-CTGACC---AAT---TACC--AATAAAAC-CAACCAAAAG-CAAC---TT-CA-CAAAA-A-C-ACGAC-C-AA--TGAAGTCCAAAGAACACTA-NAAGACCTTTG-ACATA-T---G-CCT--A-GGTGA-TAA-CT--AGATA----TGTGTTCCAA--CTG------TA--G-TA-ACATGCAGGTAAGCG----GTCAGAAAAAA---CAAAGG-AGTGGAATCTAGGGG---TTTTTC---TAAAAT------CAAATA--CA-TCA---A-TTTAAAAGC-AAATTTA----------TTGATTAACC-CAAG-ATCACTCTA
Reference ( gi|1 )            : TATGTAACAGGTTTTTG--T--A-ATC-----AA----GAC---GATAA-CT---C-TGT-T--GGGTT--CAGGGATTAATT--TAATTGATCAA-------CA-GTG-------A---TTGGAG--------ACA-T--------TA---ATA-----AG-TATA----G-CCC-T-GAAA-----GTACATGATAATAGCAA-TAA-G-ATATC--ACA-G-A-TG-CATTA-ACTTAAT--AAT-AAT--TACCAATAATAAC-TTATATGATTCTATTGAATGATATTTCCATCAAGATAATGTATTTA--CTTAT--TCATCAAA-TCACAATTA--GGAGATAACTCTTAAAG-T-ACATATATCTTAAATATCGAACAGAATTTACTCC-ATATAAATAAGTCATAAAAAAATACA-TTA----T-TCATAAAAAAC-TCTTCAAAATCAGAGTATAATTACCATTC-TATGGGAAGAGGGCT-TCCACATTTATGTA-CAGC-TACATAA---TATA-CTA-TGTGTGTCT-ATG-TACAATGTGCACTCTGTAATTTATAT--ATA--A--GTTTCTCTAAA-A-TACTTATCTTTT-AAAGTCAAAT--A-CAATGTTGCTCAGTCTGA-ACAAATTAATCAAATATTCTGT---AT-TAT-AAA-TAAAGTATA-ACTTTGATTAGATTTTCATCAAATTTGTTACTCTTG----A-A-AATA---T-ATAC-TACTGATGGTT-ATGAAATG----CAA---TGAGC-T-CAATTTCAA-AA-----ATCT-TTCTC-T--CT-AT-A-TCT-A----GCCTTTGCTCTCAGTTAATATAG-----A--AGTGTGCGAAAG--GAATTCTATTTAAATCTTGAAAA-ATATATAGAGACTGTTG-CATAATTTAATTGACATTTACCTCAATTAAGGA--T-A--ATTA------AGTTACTTACCAGATAAGAAGGAAATGTC---T----GTCAGAACGTCTCA-ATCAATAACCTTGGTTAAAAAAATATGGTTC---TTTTTCACCTCCAAG-TCAAA-GC-AAAGAATAC-TC-AGTTTT-----GGCGGT-AA--ACC-C-A-CTGACC---GAT---TACC--AATAAAAC-CAACCAAAAG-CAAC---TT-CA-CAAAA-A-C-A-GAC-C-AA--TGAAGTCCAAAGAACACTA-AAAGACCTTTG-ACATA-T---G-CTT--A-GGTGA-TAG-CTCCAGATA----TGTGTTCCAA--CTG------TA----TG-ACATGCAG-TAAG-G----GTCAGAAAAAAC--CAAAGG-AGTGGAATCTAGGGG---TTTTTC---TAAAAT------CAAATA--CA-TCA---A-TTTAAAAGC-AAATTTA----------TTGATTAACC-CAAGAATCACTCTA
gi|2                          :  ATGTA-CAGTTTTTGG--T--A-GTCCAATTAA----GAC---GATAAACT---C-TGT-TT-GGGTT--CAGGGATTAATT--TAAT--ATCGAAAGAGACCA-GTG-------A---TGGTGGT-------ACA-T---------A---ATATTATCAGCTACA----GGCCCAT-GAAA------TACA-GAAAATATAAA-AAA-GCAAATC--ACA-G-A-TG--ATTATATTCAGTCTAATTAAT--TATACATAATACA-TTATATGATT--AAGAAAT--TAATTTCATCA-GATA-CGTATTTA--CTTAT--TCA--AGA-TCACAATTAAGGGAGATA-CTCTTAAGT-T-ACATGT-TCT--AATAACGGACAGATTTTTCTCC--CAGAAAT--GT-ATAAAAAA-TACAGCTA----C--CATAAAAAACAT----AAAATCAGA-TATAATTAC-ATTC-TATGGGAAGAGG--C-TCCACATATATGT--CA-C-TACTTA----TCTA---A-T---TGGCTGATG-TACAATG-G-ACTCTGTATTTAATATCAATA-----GTTT-TCTAAA-A-TACTT-CCTTTTGAAAGTCAAAT--A-C-ACATTGCTCAATCTG--ACAAATTAATCAAATATT-TG----AT-TATAAAA-TAAAGTATATACTTTGATAAGATTCTC----AATTTA--ACTC-TG----A-T-AATA---T-ATAC-TTCTGAT-TTC-ATGAACT-----C-A---TGA---C-CAAACTCAA-AAAT---ATCT-TTCTC-T--CTAATAA-TCT-ACAATGCCTT--CTCTCAGTTAATATTA-----A-----GTGCAAAAG--GA--TCTAATTAAA-CTTG-CAA-ATAT----AGACTG-GG-CATA--TTAATTGACA-TTAC--CAA--AA-------------A------AG-------------AAG---GAAATGTC---T----GTC-GAAGGTCT-A-ATCAA-AGTCTTGGTTCAA-----ATGGGTC---CTTTCTGACTCAAAGATCAA---CAAAAAAATACAAC-AGTTTTCTTGAGGCGGT-AAAGACC-C-ACCTGACCATAAAT---TACC--AATAAAGTACAGCCAAAAG-C-ACTTGTT-CATCATAA-A-C-ACGAC-CGAA--TGAAGTC--AAGAAC-CT--ATAGACCTTTGAACATACT---G-CCTTAA-GGTGA-TAA-GT--AGATA-----GTGTTCCAG--CTG------TAAAG-TA-ACATGCAG-TAAGTG----CTCAGGAAAAA---CAAAGG-AGTG--ATCTAGGGG----TTTGC---TAAAAT------C-AACA--CA-TCAATGA-TTTAAAGGC-AAAATTA----------ATGATTAACC-CAAG-ATCATTC
gi|5                          :  ATGTAACAGATTTTTG--T--A-GTT-----AAT---AAT---GATAA-CTATAC-TGTAT--GGGTT--CAGGGATTATTT--TAAT----CAA-------CA-GTG-------A---T-GGTGTACAATGTACA-TGTAGCACGTA---GTA-----CG-TACATGCAG-CCC-A-GAAA------TACATGA----------------ATATC--ACA-G-AATG-CATTA-A-TTAATG-AAT---T--TAC-AATA-TAAC-TTATATGATCCTAT-GAATGTAATTTCCATCAAGATAATGTATTTA--CTCATC-TCA--AAA-TCACAATCAAGGGAGACAACTCTTAAAG-TTACATAT-TCT--AATAT-GAACAGATTTT-CTCC--CAGAAATA-GTCATAAAAA--TACA-TTAAATTTATCATAAAAA----CTT--AAATCA---TATATTTACCATTC-TATGGGAAGAGG-CT-TCCACAT------A--AGC-TAGTCAAGCCTATATCTA-TGTG-G-CT-ATG-TACA---TGGACTCTGTAATTTATAT--ACA--ATAGTT-CTCTAAA-AATGCTT--CTTTT-AAAGTCAAAT--T-CAAT--TGCTCAATCTGA-ACAAATTAATCAAATATTCTG----AT-TAT-AAA-ATAAGTATA-AC-TTGA-TAGA--TTCATCAA---TG-TACTCTTG----ATA-AATA---T-ATAC-TACTGATc
gi|3                          :   TGTAACAACTTTTTGAGTGAA-ATA-----AA----GACC--GATAAACC---C-TGT-TTCGGGTT--CAGAGA---ATT--TAATCGA-----------CA-GTG-------A---T-GGTGT-------ACA-G--------TACGGATA-----TG-TATATACAG-CCC-TTGAA-------TACA-GAAAATAACAA-TAT-G-ATATCCCACA-G-A-----ATTC-A--TAAT--TAT-A-TCATACCA-TAGAAACGTTATATGATCCTGATGAGTAATTTTCCCATCAA-ATAATGCATCTAAGCTCATCTTCA--AAA-TCACGATCAAAGGAGATAATTCTTAAA--T-ACATATTTCT--GATAT-GAACA--ATTTTCTCCCAAGGAAATGGG-CATAAAAAAA-ATA-TTA----T--CAGGAGAAAC-TT----AAATCA---TATAGTTACCATTAGTATGGGAAGAGG-CTATCCATAT--ATGTAACAGC-TAC-TAA---T-T--CTAGTATGTGGCG-A-G-TACA---TAGAATCT-TAATTTATTTTCACA--A----TTATTTCAA-A-TGCTTATCTTTT-AAAGTCAAATTTATCAA-ATTGCTCAACCTGACACAAAT-AATCAAATAT-CTG----AT--AT-AAAATAAAGTATA-ACTT-GA--AGATT--CATCAA--TTACTA-TCTTGTATAA-ATAACA---TGATA--TACTGAT--TTGATGAAAT-----CAA---TGAGCCT-CCAACTCAA-AATT---ATCT-TCCTC-T-----AT-A-TCT-A----GCCTTTCTTCTCA--TAATA--G-----A--AGC-TACAAAAG--GAAT-CTAATTAAAC--TGCAAA----TATA-AGACTGG-G-CATA---TAATTGA-ATTTACC--AAT-AAGGAAAT-AGAATCG------A-TTACTTACCAGA--------AAA---C---T----AT-GGAAGGTCTTA--TCAGT---CTTAGTCCAAAACA-ATGGT-C---TCTCTC---TC--AG-TCAAATAC-AAAGAATAC-TC-AGTTAT-----GGAGTA-AA--ACC-C-A-CTGACC---A-----TACC--AATAAAAC-CAACCAAAAGGCAAC---TT-CA-CAAAA-AAC-ACAAC-C-AA---GAAGTCCAAAGAACACTACAAGGACCGTTA-ATATG-T-----CTT--A-AGT-A-TAA-CT--AGATA----TGTGTTC-AA--CTG------TACTGTTA-ACATGCAGGTAAGCG----GTCAGAAAAAAA--CATAGG-A-TGGAATCTTGGGC---GTTTTC---TAAGAT------CAAATA--CATTCA---A-TTTTAAAGC-AAATTTA----------TTCATTAACCGCAAG-ATCAC-CTAtta
gi|4                          :  tTGTAACAGGTTTTGG--T--A-GTC-----AATTAAGAC---GATAA-CT---CCTGT-TT-GGGTT--CAGGGATTAATT--TAATCGA-----------CA-GTG-------A---TTGGTGT-------ACA-T---------A---ATA-----AG-TACA----G-CCC-T-GAAA------TACATGAAAATAACAA-TAA-G-ATATC--ACA-G-AATG-CATTA-A-TTAAT--AAT-AAT--TTACAATA-TAAC-TTATATGATCCTAT-GAATGTAATTTCCATCAAGATAATGTATTTA--CTTAT--C--TCAAA-TCACAATTAAGGGAGATAACTCTTAAAGTT-ACATGT-TCT--AATA-CGGACAG-ATTTTCTCC--CAGAAAT-AGTCATAAAAAA----------------------------CTT--AAATCAGA--ATAA-TACCATTC-TATGGGAAGA-GGCT-TCCACATATATGTA-CAGC-TAC-T-----TATG-CTA-TG-GTGGCT-ATGTTAC-ATG---A-TCTGTAA-TTATAT--ACAATA--GTTTCTA-AAA-A-TACTTAATCTTT-AAAGTCAAAT--A-CAATG----CCAATCTGA-ACAt
gi|11                         :   TGTAACAGGTTTTTG--T--ACATT-----AA----TATAAAGATAA-CT---CCTGTAT--GAGTT--CAGGGATTAATT--TAAT----CAA-------CA-GTA-------A---T-GGTGT-------ACAATG-------TA---GTA-----CG-TATACA--G-CCC-T-GAAA------TACATGAAAATAACAA-TAT-G-ATATC--ACAGG-A-TG-CATTA-A-TTAAT--A---AAT--TA-CAAT-ATAAC-----ATGATTCCA-TGAATGAttttatggtagttatgacccgttacatcaggaacccatctcaaattaatttccgtctaatatattaaataaagtataacttgatagattcattcaatttactcttataaatatatacttgctgattctatggaatgaactcaatactgagctacaatctcaacaaaagatatctgttctcatgactatattctcagcctttctcgtagttaatatgaagttgcaatcaaaatacataatagaaccagacttggc
gi|13                         : atTGTAACAGGTTTTTG--T--A-GTT-----AA----TA-------AA---------G-----GGGTTAACAGTGATGGATTGGCAAC--ATCAA-------CATGTGTACATACACTCTT------------ACA-T--------TA---AT-------G-TACA----G-CCC-T-GAAATACATGTACATTAAAATAACAACT---G-ATTTC--ACA-GAA-TG-CA-TA-AATCAAT--Ag
gi|15                         :                                                                                                                                                                                   acAAA-----GT-CATTACA-TAAAAA-TATTG-ATATC--ACA-GGA-TGACATTA-A-TTAAT--AA---AT--TACAGATA-TAAC-----ATGATTCCATGGAATGAtctcacaatatcatgaata
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                        ggtgaaatgtatagctacaatgtatAACGTATT-A--CGTAT--T--TCAAAATTACTATCAAGGGAAACAACTCTTAAAA-TTACATGTA-CT--GATA-CGAACA-AATTTTCTCC--CACGAATA-GTCATAATAA--TACA-TTA----T--CATAAA---------------------ATG--TACCATTC-TATGGAAAGA-GGCT-TCCATATACATGCA-CAGCGTATAT-C---TAT--CTA-TGTG-G-CT-GTG-GATAATG-G-ACTCAGTAATTTGTAT--ACAATA--GATCCTCTAAATG-TACTCATCg
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AAATCAAA-TAT--TTACCATTC-TATGGGAAGA-GGCT-TCCACA--TATGTT-CAGC-TAC
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ttTATGGACTCTGTAATCTATAT--ACA--A----------------TAGTT-TCTTTT-AAAGTCAAAC--T-CAAT--TGCTCAATCTAA-ACAAATTCATCAAATATTCT-T---AA-TATAAAA-TAAAATATA-AC-TTGA-TAGA--TTCATC-AAT---TTACTCTTG----ATA-AATATATT-ATAC-TACTGAT--CT-ATGATAT-----CAA---TGAGC-T-CAA-TTCAA-AAAC---ATCT-TTCTC-T--CT-AT-A-TCT-A----GCATTT-CTCTCAGTTGACATTA-----A-----GTGCAAAGG--GGATCTCA-TTAAA-CTTG-CAA-ATATATATAGACTG--GACAT--CTTAAATAACATTTAC--CAA-TAAGGA--T-A--GTTAACAATGAGTTATTTACCtt
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 acCAAATTAAT------TTCCGTCTAATATATTAAA-TAAAGTATA-AC-TTGA-TAGA--TTCATTCAAT---TTACTCTTA----T-A-AATA---T-ATACTTGCTGAT-TCT-ATGGAATGAACTCAATACTGAGC-TACAATCTCAACAAAAGATATCTGTTCTCATGACT-AT-ATTCTCA----GCCTTT-CTCGTAGTTAATAT-G-----A--AGT-TGCAA
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   tgtaacaggttttggtagtcaattaagacgataactcctgtttgggttcagggattaatttaatcgacagtgattggtgtacataataagtacagccctgaaatacatgaaaataacaataagatatcacagaatgcattaattaataataatttacaatataacttatatgatcctatgaatgtaatttccatcaagataatgtatttacttatctcaaatcacaattaagggagataactcttaaagttacatgttctaatacggacagattttctcccagaaatagtcataaaaaacttaaatcagaataataccattctatgggaagaggcttccacatatatgtacagctacttatgctatggtggctatgttacatgatctgtaattatatacaatagtttctaaaaatacttaatctttaaagtcaaatacaatgccaatctgaacattttatggtagttatgacccgttacatcaggaacccatct-AT-A-TCT-A----GCCTTCA-TCTCATTTAATATAT-----ATTAA-GTGCAAAAG--GGAT-----------CT-----A-ATATATATAGACTG--GACCTA--TTAACTGACATTTACC--AAT-AAAGA--T-A--ATTATTAATGAATTACTTACCAGA-AAAAGGGAACCGTC---TTTTTGT-AAAAGGTCTTA-GTC--TA--CT---------AAATGTAGTCCAAATCTCTCAAA---AAG-TCAGA--C-AAAGAACAT-TC-AGCTTT-----GGCGGT-AA--AAGAC-A-ATGACC-----T---TAAC--ATTAAAAC-TAACCAAAAG-CAAC---TT-CA-CAAAA-A-C-ACAAC-C-AA--TGAAGTTTAAA-AGCACTA-CAAGACCTTTG-ACATA-T---GCCCT--ATGGTGATTAA-TT--GGATA----TGTGTTCtcaaaatacataatagaaccagacttggc
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        CT-A----GCCTTT-CT-TCAGTTAA-ATATTTATTA--AGTGC----AAGTTGAATCTCATCTAATTCTTGCAGATATGTATA-AGAGTGA-G-CATAAGTTAATTGACATTTAC--CAAATAAGGA--TAA--ATTAGTAATGAGTTACTTATTGG--AAATAGGAATTGTCTTTT----GTAGAAAGGTCTTAGGTCAA-AGT----GTT-ACCAAATGTGGTCC---TTTCTCA-----ATG-TCAAG-AC-AAGGAATAT-TCAAGTTTT-----GGCGGTAAA--ACC-CAA-CTGACC----ATGCATACCAAAATAAAAC-C-ACC-AACG-CAAC---TT-CA-CAAGA-C-C-C-AACGC-AA--TGAAGTCC-AAGAACACTA-CAATACCT
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        AAGAAGGAAATGTC---TCT--GT-AGAAGGTCTTA-GTCAA--AC-----TTAGACAAATATGGTTC---TTTCTC-TCTGAAAG-TCAAA-AC-AAAGAATAT-TC-AGTTTT-----GGCGATAAA--ACC-C-A-CTGACC---
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     CAAAAG-ATAC---TTTCA-CAAAACA-CCG-GAC-C-AAGATGAAGTC--AAGAACACTCTAAAGACCTTTG-ACATA-TGCCG-CTTA-A-GGTGACTAGACTC--GTTATTAGTGTGTTCTAATTTTGTTTATTTA----TT-GCTTACGG-TAAG-GTCGTATCAG-AAAAACGACAAAGGCAGTGGCATCTAGGGGATTTTTTTCGTATATAATTCAACACAATTAACCA-TCA---ATTTTAACAGCTAAGTTTAATGTGATAACTTGATTA--C-CAAG-ATCACTat
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        aa-AA--TGAAGTCCAA-GAACAGTA-CAAGGCCTT-------A------------A-GGTAA-TAG-CT--AGATA----TGTGTTC-AA--CTG------TA----TGTATATGCAGGTAAG-G----GTCAGAAAAA----CAAAGG-AGTGGA-TCTAGGGG---TTT--C---TAAAAT------CAAATA--CA-TCA---A-TTT-AAAGCAAAATTTA----------TTGATTAACC-CAAG-ATCACTCTA
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   A---A-ATTAAAACA-AAATTTA----------TTTATTAACC-CAAG-ATCACTCTAttg

Unaligned ( gi|16 ): TTTTCAAAATCTACACAATACACAGAGATTTTCATAGATAACCTATATCACGTACATCATTCTTGCTA
Unaligned ( gi|19 ): TTTTCACGAGGAATATTCACATAGTATATACTTCTATGATAGA
Unaligned ( gi|20 ): TAAGGCAAAATTCATTCACAGCTCAATTTGGGCTTAAG

lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                33333   1111111     22222222                               4444   1111111      11111  1          555555555555555555555555555555555555555555                 111111                           111                     111          11    11              1                                       3333333                                                  11     11                                11   222222            333333333        2222222                    1                  11        3333333333333333333               444                        33333                                   222222222                                   1                           1  111     22      333333                111    111                     22222    111    111   1     1111                11111          1111                   11111       22222             1111     1     2                         11                333333       333333333                     333333333333333333  11           11   7777777777777777            111      44444                                11111                       333333333    11                        111                                   11             1              33333333333       1             1111          11   3333333333        22222     222             1111                      1111     111      222222      11      111           1       2222222222                         
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             5  88888   9999999     00000000   999     77            77    4444   8888888  5   44444  1    999   888888888888888888888888888888888888888888    5     5    3 444444      77    99      66   5 666  5   0 5 5    888 5 444 1   77   22    00        4  5  1   5   8          0     0       99     4444444                              1        888  99    88     88         6  99     88     7     00   555555    6       111111111      3 5555555         5          8 4  5     1  0    00        7777777777777777777      6   6    000                   77   55555  4  77   5     88      6          333333333            77                     5  99    99            6    5  222     11      000000        6       111 6  111   6      99         88888 0  444    000   1     7777  6     8     8 33333  6  5  5 2222      5  5    0    44444   66  00000             9999     3  3  2 1         6     99 6    88                000000     7 111111111   2              6  111111111111111111  11   6       00   2222222222222222          6 111      33333    6     88          6  6      66666         6    6 6      666666666    11        8 0       6  3  111  6  6 6        99   6 5  77       11          1  1        6     11111111111 6   1 3  6   99     4444       3  11   6666666666  0 0   00000     444 8     8     9999      8     11        9999  11 444      333333 0    11  8   111 6   3     3       9999999999          6    6         
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             .  .....   .......     ........   ...     ..            ..    ....   .......  .   .....  .    ...   ..........................................    .     .    . ......      ..    ..      ..   . ...  .   . . .    ... . ... .   ..   ..    ..        .  .  .   .   .          .     .       ..     .......                              .        ...  ..    ..     ..         .  ..     ..     .     ..   ......    .       .........      . .......         .          . .  .     .  .    ..        ...................      .   .    ...                   ..   .....  .  ..   .     ..      .          .........            ..                     .  ..    ..            .    .  ...     ..      ......        .       ... .  ...   .      ..         ..... .  ...    ...   .     ....  .     .     . .....  .  .  . ....      .  .    .    .....   ..  .....             ....     .  .  . .         .     .. .    ..                ......     . .........   .              .  ..................  ..   .       ..   ................          . ...      .....    .     ..          .  .      .....         .    . .      .........    ..        . .       .  .  ...  .  . .        ..   . .  ..       ..          .  .        .     ........... .   . .  .   ..     ....       .  ..   ..........  . .   .....     ... .     .     ....      .     ..        ....  .. ...      ...... .    ..  .   ... .   .     .       ..........          .    .         
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             7  66666   3333333     11111111   000     99            99    0000   6666666  7   33333  4    444   777777777777777777777777777777777777777777    7     0    2 444444      00    88      99   0 000  0   4 0 0    888 0 444 4   33   11    77        0  7  4   7   8          8     7       22     7777777                              0        777  22    33     00         7  22     33     3     22   888888    7       111111111      0 0000000         7          6 3  7     4  1    99        4444444444444444444      7   7    999                   99   33333  3  11   7     66      7          333333333            11                     5  22    22            7    5  555     00      777777        7       777 7  777   7      88         00000 8  000    000   2     0000  0     0     0 55555  7  7  7 1111      7  7    7    33333   77  00000             5555     3  2  8 7         7     22 7    33                555555     3 222222222   5              7  888888888888888888  55   7       33   7777777777777777          7 777      77777    7     33          7  7      77777         7    7 7      999999999    00        0 8       7  5  777  7  7 7        22   7 7  99       44          0  4        7     22222222222 7   0 3  7   22     2222       2  00   0000000000  8 8   00000     222 0     0     8888      0     44        6666  44 000      000000 8    00  0   777 7   5     3       2222222222          7    7         
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          NATGTAACAGGTTTTTGTA-GT--A--TAA-GAC---GATAA-CT---C-TGTTT-GGGTT--CAGGGATTAATT--TAAT--ATCGA-------CA-GTG-----AT-GGTG-T-ACA---------T------TA---ATAC-----G-TACAT--A--GCCC-TGAAA-TACATG------AAAATA-ACAATATGATATC--ACA-G-A-TG-CATTA-A-TTAA---T-AAT-AATTACCAATAATAAC-TTATATGATCCT-AT-GAA-TGANATTTCCATCAAGATAACGTATTTA--CTTATCT-CA--AAATCACAATCAAGGGAGATAACTCTTAAAGTTACATGT-T-CT--AATATCGAACAGAATTTTCTCC-CA--GAAATA-GTCATAAAAAA-TACA------TTAT-CATAAAAAAC-CTT--AAATCAGA-TAT-A-TTACCATTC-TATGGGAAGAGGGCT-TCCACATATATGTA-CAGCTACTTAA---TATA-CTA--TGTGTGGCT-ATG-TACAA--TGGACTCTGTAATTTATAT--ACAATAGTTTCTCT-AAA-ATACTTATCTTTT-AAAGTCAAAT--A-CAATATTGCTCAATCTGA-ACAAATTAATCAAATATTCTGTAT--TATA--AAATAAAGTATA-ACTTTGA-T-AGATTTTCATCAAATTTATTACTCTTG-ATAAATA---T-AT---ACT-ACTGAT-TTTATGAAATG----CAAT---GAGC-T-CAANCTCAA----AAATATCT-TTCTC-T--CT-AT-AT-CT-A----GCCTTT-CT-CTCAGTTAA-----TAT-NAAGT--GTGCAAAAGGAATCTCAATTAAA-CTTGC-AAATATATATA-GACTG--GGCATA--TTAATTGACATTTACC--AAT-AAGGATAA-TT-A-T-AATGAGTTACTTACCGGA-AAGAAGGAA-TGTCT-T---GT-AGAA-GGTCTTAG-TCAA-AGTCTTGGTT-AACAAATGTGGTC-C---TTTCTC--CT-AAAG-TCAAA-ACAAAGAATAC-TC-AGTTTT-----GGCGGTAAA-ACCC-A-CTGACC---AAT---TACC--AATAAAAC-CAACCAAAA-GCAAC---TT-CA-C-AAAAACAC--GAC-C-AA--TGAAGTCCAAAGAACACTACAA-GACCTTTG-ACATA-TG-C--CT--A-GGTGA-TA-ACT--AGATA----TGTGTTCCAA--CTG--T--A--G-TAACATGC--A-GGTAAG--CG-GTCAG-AAAAA--A-CAAAGG-AGTGGAATCTAGGGG---TTTTTC---TAAAAT------CAAATA--CA-TCA---A-TTTAAAAGC-AAATTTA----------TTGATTAACC-CAAG-ATCACTCTA
Reference ( family-1617 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          NATGTAACAGGTTTTTGTA-GT-----TAA-GAC---GATAA-CT---C-TGTTT-GGGTT--CAGGGATTAATT--TAAT--A-CAA-------CA-GTG-----AT-GGTG-T-ACA---------T------TA---ATAC-----G-TACAT--A--GCCC-TGAAA-TACATG------AAAATA-ACAATATGATATC--ACA-G-A-TG-CATTA-A-TTAA---T-AAT-AATTACCAATAATAAC-TTATATGATCCT-AT-GAA-TGANATTTCCATCAAGATAACGTATTTA--CTTATCT-CATCAAATCACAATCAAGGGAGATAACTCTTAAAGTTACATGT-T-CT--AATATCGAACAGAATTTTCTCC-CA--GAAATA-GTCATAAAAAA-TACA------TTAT-CATAAAAAACTCTT--AAATCAGA-TAT-A-TTACCATTC-TATGGGAAGAGGGCT-TCCACATATATGTA-CAGCTACTTAA---TATA-CTA--TGTGTGGCT-ATG-TACAATGTGGACTCTGTAATTTATAT--ACA--AGTTTCTCT-AAA-ATACTTATCTTTT-AAAGTCAAAT--A-CAATATTGCTCAATCTGA-ACAAATTAATCAAATATTCTGTAT--TATA--AAATAAAGTATA-ACTTTGA-T-AGATTTTCATCAAATTTATTACTCTTG-ATAAATA---T-AT---ACT-ACTGAT-TCTATGAAAT-----CAAT---GAGC-T-CAAACTCAA----AAATATCT-TTCTC-T--CT-AT-AT-CT-A----GCCTTT-CT-CTCAGTTAA-----TAT-NAAGT--GTGCAAAAGGAATCCCAATTAAA-CTTGCNAAATATATATA-GACTG--GACATA--TTAATTGACATTTACC-CAATTAAGGATAA-TT-A-T-AATGAGTTACTTACCGGA-AAGAAGGAAATGTCT-T---GT-GGAA-GGTCTTAG-TCAATAGTCTT-GTTCAACAAATATGGTC-C---TTTCTCGACTCAAAG-TCAAA-ACAAAGAATAT-TC-AGTTTT-----GGCGGTAAA-ACCC-A-CTGACC---AAT---TACC--AATAAAAC-CAACCAAAA-GCAAC---TT-CA-C-AAAAACAC--GAC-C-AA--TGAAGTCCAAAGAACACTANAA-GACCTTTG-ACATA-TG-C--CT--A-GGTGA-TA-ACT--AGATA----TGTGTTCCAA--CTG--T--A--G-TAACATGC--A-GGTAAG--CG-GTCAG-AAAAA--A-CAAAGG-AGTGGAATCTAGGGG---TTTTTC---TAAAAT------CAAATA--CA-TCA---A-TTTAAAAGC-AAATTTA----------TTGATTAACC-CAAG-ATCACTCTA
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ATGTAACAGGTTTTTGTA-AT-----CAA-GAC---GATAA-CT---C-TGTT--GGGTT--CAGGGATTAATT--TAATTGATCAA-------CA-GTG-----ATTGGAG---ACA---------T------TA---ATAA-----G-TA--T--A--GCCC-TGAAAGTACATG------ATAATA-GCAATAAGATATC--ACA-G-A-TG-CATTA-ACTTAA---T-AAT-AATTACCAATAATAAC-TTATATGATTCT-ATTGAA-TGATATTTCCATCAAGATAATGTATTTA--CTTAT-T-CATCAAATCACAATTA--GGAGATAACTCTTAAAGT-ACATATAT-CTTAAATATCGAACAGAATTTACTCCATA--TAAATAAGTCATAAAAAAATACA------TTATTCATAAAAAACTCTTCAAAATCAGAGTAT-AATTACCATTC-TATGGGAAGAGGGCT-TCCACATTTATGTA-CAGCTACATAA---TATA-CTA--TGTGTGTCT-ATG-TACAATGTGCACTCTGTAATTTATAT--ATA--AGTTTCTCT-AAA-ATACTTATCTTTT-AAAGTCAAAT--A-CAATGTTGCTCAGTCTGA-ACAAATTAATCAAATATTCTGTAT--TAT---AAATAAAGTATA-ACTTTGATT-AGATTTTCATCAAATTTGTTACTCTTG-A-AAATA---T-AT---ACT-ACTGATGGTTATGAAATG----CAAT---GAGC-T-CAATTTCAA----AA--ATCT-TTCTC-T--CT-AT-AT-CT-A----GCCTTTGCT-CTCAGTTAA-----TATAGAAGT--GTGCGAAAGGAATTCTATTTAAATCTTGAAAAATATATAGA-GACTGTTG-CATAATTTAATTGACATTTACCTCAATTAAGGATAA-TT-A-------AGTTACTTACCAGATAAGAAGGAAATGTC--T---GTCAGAA-CGTCTCAA-TCAATAACCTTGGTTAAAAAAATATGGTT-C---TTTTTCACCTCCAAG-TCAAA-GCAAAGAATAC-TC-AGTTTT-----GGCGGT-AA-ACCC-A-CTGACC---GAT---TACC--AATAAAAC-CAACCAAAA-GCAAC---TT-CA-C-AAAAACA---GAC-C-AA--TGAAGTCCAAAGAACACTAAAA-GACCTTTG-ACATA-TG-C--TT--A-GGTGA-TA-GCTCCAGATA----TGTGTTCCAA--CTG--T--A----TGACATGC--A--GTAAG---G-GTCAG-AAAAA--ACCAAAGG-AGTGGAATCTAGGGG---TTTTTC---TAAAAT------CAAATA--CA-TCA---A-TTTAAAAGC-AAATTTA----------TTGATTAACC-CAAGAATCACTCTA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              tAACGTATT-A--CGTATTT-CA--AAATTACTATCAAGGGAAACAACTCTTAAAATTACATGT-A-CT--GATA-CGAACA-AATTTTCTCC-CA--CGAATA-GTCAT-AATAA-TACA------TTAT-CATAAAA------T--G---------------TACCATTC-TATGGAAAGA-GGCT-TCCATATACATGCA-CAGC------G---TATATCTATCTATGTGGCT-GTG-GATAA--TGGACTCAGTAATTTGTAT--ACAATAGATCCTCT-AAATGTACTCATC
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TGTAACAGGTTTTTGTACAT-----TAA-TATAAAGATAA-CT---CCTGTAT-GAGTT--CAGGGATTAATT--TAAT----CAA-------CA-GTA-----AT-GGTG-T-ACAA--------TG-----TA---GTAC-----G-TATAC--A--GCCC-TGAAA-TACATG------AAAATA-ACAATATGATATC--ACAGG-A-TG-CATTA-A-TTAA---T-A---AATTA-CAAT-ATAAC-----ATGATTCC-AT-GAA-TGA
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            at-AA--TGAAGTCCAA-GAACAGTACAA-GGCCTT-------A-----------A-GGTAA-TA-GCT--AGATA----TGTGTTC-AA--CTG--T--AT-G-TA-TATGC--A-GGTAAG---G-GTCAG-AAAAA----CAAAGG-AGTGGA-TCTAGGGG---TTT--C---TAAAAT------CAAATA--CA-TCA---A-TTT-AAAGCAAAATTTA----------TTGATTAACC-CAAG-ATCACTCTAg
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TGTAACAGGTTTTTGTA-GT-----TAA-TA-------AA---------G----GGGTTAACAGTGATGGATTGGCAAC--ATCAA-------CATGTGTACATAC-ACTC-TTACA---------T------TA---AT-------G-TACA------GCCC-TGAAA-TACATGTACATTAAAATA-ACAAC-TGATTTC--ACA-GAA-TG-CATAA-A-TCAA---T-Attg
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ac-AAGAAGGAAATGTCTCT---GT-AGAA-GGTCTTAG-TCAA-A--CTT-A---GACAAATATGGTT-C---TTTCTCT-CTGAAAG-TCAAA-ACAAAGAATAT-TC-AGTTTT-----GGCGATAAA-ACCC-A-CTGACC---Atctcacaatatcatgaata
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     -TACATA------AAAATA-----T-TGATATC--ACA-GGA-TGACATTA-A-TTAA---T-A---AATTACAGAT-ATAAC-----ATGATTCC-ATGGAA-TGAt
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ggtgaaatgtatagctacaatgtataaagtcatTT--AAATCAAA-TAT---TTACCATTC-TATGGGAAGA-GGCT-TCCAC--ATATGTT-CAGCTACTTg
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      A---A-ATTAAAACA-AAATTTA----------TTTATTAACC-CAAG-ATCACTCTA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         atATGTA-CAGTTTTTGGTA-GTCCAATTAA-GAC---GATAAACT---C-TGTTT-GGGTT--CAGGGATTAATT--TAAT--ATCGAAAGAGACCA-GTG-----AT-GGTGGT-ACA---------T-------A---ATATTATCAGCTACA---G--GCCCATGAAA-TACA-G------AAAATATAAAAAAGCAAATC--ACA-G-A-TG--ATTATA-TTCAGTCT-AATTAATTATACATAATACA-TTATATGAT--T-AA-GAAATTA-ATTTC-ATCA-GATA-CGTATTTA--CTTAT-T-CA--AGATCACAATTAAGGGAGATA-CTCTTAA-GTTACATGT-T-CT--AATAACGGACAGATTTTTCTCC-CA--GAAAT--GT-ATAAAAAA-TACAG-----CTAC-CATAAAAAAC-ATA--AAATCAGA-TATAA-TTA-CATTC-TATGGGAAGAGG--C-TCCACATATATGT--CA-CTACTT-A---TCTA---A--T---TGGCTGATG-TACAA--TGGACTCTGTATTTAATAT---CAATAGTTT-TCT-AAA-ATACTT-CCTTTTGAAAGTCAAAT--A-C-ACATTGCTCAATCTG--ACAAATTAATCAAATATT-TG-AT--TATA--AAATAAAGTATATACTTTGA-TAAGATTCTC----AATTTA--ACTC-TG-AT-AATA---T-AT---ACT-TCTGAT-TTCATGAACT-----C-AT---GA---C-CAAACTCAA----AAATATCT-TTCTC-T--CTAATAAT-CT-ACAATGCC-TT-CT-CTCAGTTAA-----TAT-TAA----GTGCAAAAGGA--TCTAATTAAA-CTTGCAA-----ATATA-GACTG--GGCATA--TTAATTGACA-TTACC-AAA--AAAGA-A------------------------GGA-AA--------TGTC--T---GT-CGAA-GGTC-TAA-TCAA-AGTCTTGGTT---CAAATG-GGTC-C---TTTCT-GACTCAAAGATCAAC-A-AAAAAATACAAC-AGTTTTCTTGAGGCGGTAAAGACCC-ACCTGACCATAAAT---TACC--AATAAAGTACAGCCAAAA-GC-ACTTGTT-CATC-ATAAACAC--GAC-CGAA--TGAAGTC--AAGAAC-CTAT-A-GACCTTTGAACATACTG-C--CTTAA-GGTGA-TA-AGT--AGATA-----GTGTTCCAG--CTG--TAAA--G-TAACATGC--A--GTAAG--TG-CTCAG-GAAAA--A-CAAAGG-AGTG--ATCTAGGGG----TTTGC---TAAAAT------C-AACA--CA-TCAATGA-TTTAAAGGC-AAAATTA----------ATGATTAACC-CAAG-ATCATTCttaca
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TGTAACAACTTTTTG-A-GTGAAA-TAAAGACC--GATAAACC---C-TGTTTCGGGTT--CAGAGA---ATT--TAAT----CGA-------CA-GTG-----AT-GGTG-T-ACA---------G------TACGGATAT-----G-TATAT--ACAGCCC-TTGAA-TACA-G------AAAATA-ACAATATGATATCCCACA-G-AATT-CAT-A-A-TTA----T-ATC-A--TACCA-TAGAAACGTTATATGATCCTGAT-GAG-TAATTTTCCCATCAA-ATAATGCATCTAAGCTCATCTTCA--AAATCACGATCAAAGGAGATAATTCTTAAA--TACATAT-TTCT--GATAT-GAACA--ATTTTCTCC-CAAGGAAATG-GGCATAAAAAA-AATA------TTAT-CAGGAGAAACT--T--AAATCATA-TA--G-TTACCATTAGTATGGGAAGAGG-CTATCCA--TATATGTAACAGCTACT-AA---T-T--CTAG-TATGTGGCG-A-G-TACA---TAGAATCT-TAATTTATTTTCACA--A--TTATTT-CAA-ATGCTTATCTTTT-AAAGTCAAATTTATCAA-ATTGCTCAACCTGACACAAAT-AATCAAATAT-CTG-AT---ATA--AAATAAAGTATA-ACTT-GA---AGATT--CATCAA--TTACTA-TCTTGTATAAATAACATGAT---A-T-ACTGAT-TTGATGAAAT-----CAAT---GAGCCT-CCAACTCAA----AATTATCT-TCCTC-T-----AT-AT-CT-A----GCCTTT-CTTCTCA--TAA-----TA--GAAGC---TACAAAAGGAATCT-AATTAAA-CT-GC-AAATATA---A-GACTG--GGCATA--T-AATTGA-ATTTACC--AAT-AAGGA-AA-T--A-G-AATCGATTACTTACCAGA-AAA-----------C-T---AT-GGAA-GGTCTTA--TCA---GTCTTAGTCCAAAACA-ATGGTCTC---TCTCTC-------AG-TCAAATACAAAGAATAC-TC-AGTTAT-----GG-AGTAAA-ACCC-A-CTGACC---A-----TACC--AATAAAAC-CAACCAAAAGGCAAC---TT-CA-CAAAAAACAC--AAC-C-AA---GAAGTCCAAAGAACACTACAAGGACCGTTA-ATATG-T--C--TT--A-AGT-A-TA-ACT--AGATA----TGTGTT-CAA--CTG--T--ACTGTTAACATGC--A-GGTAAG--CG-GTCAGAAAAAA--A-CATAGG-A-TGGAATCTTGGGC---GTTTTC---TAAGAT------CAAATA--CATTCA---A-TTTTAAAGC-AAATTTA----------TTCATTAACCGCAAG-ATCAC-CTAc
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           tTGTAACAGGTTTTGGTA-GTCAAT-TAA-GAC---GATAA-CT---CCTGTTT-GGGTT--CAGGGATTAATT--TAAT----CGA-------CA-GTG-----ATTGGTG-T-ACA---------T-------A---ATAA-----G-TACA------GCCC-TGAAA-TACATG------AAAATA-ACAATAAGATATC--ACA-GAA-TG-CATTA-A-TTAA---T-AAT-AATTTACAAT-ATAAC-TTATATGATCCT-AT-GAA-TGTAATTTCCATCAAGATAATGTATTTA--CTTATC----TCAAATCACAATTAAGGGAGATAACTCTTAAAGTTACATGT-T-CT--AATA-CGGACAG-ATTTTCTCC-CA--GAAATA-GTCATAAAAAA---------------------------CTT--AAATCAGA--AT-A-ATACCATTC-TATGGGAAGA-GGCT-TCCACATATATGTA-CAGCTACT------TATG-CTA--TG-GTGGCT-ATGTTACA---TGA--TCTGTAA-TTATAT--ACAATAGTTTCTA--AAA-ATACTTAATCTTT-AAAGTCAAAT--A-CAA---TGC-CAATCTGA-ACAt
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ATCT----CAAATTAAT------TTCCGTCTAATATATTAAATAAAGTATA-ACTT-GA-T-AGATT--CATTCAATTTA---CTCTT--ATAAATA---T-AT---ACTTGCTGAT-TCTATGGAATGAACTCAATACTGAGC-TACAATCTCAACAAAAGATATCTGTTCTCATGACT-AT-ATTCTCA----GCCTTT-CT-CGTAGTTAA-----TAT-GAAGT---TGCAAttttatggtagttatgacccgttacatcaggaacccatctcaaattaatttccgtctaatatattaaataaagtataacttgatagattcattcaatttactcttataaatatatacttgctgattctatggaatgaactcaatactgagctacaatctcaacaaaagatatctgttctcatgactatattctcagcctttctcgtagttaatatgaagttgcaatcaaaatacataatagaaccagacttggc
gi|5                          : tgtaacaggttttggtagtcaattaagacgataactcctgtttgggttcagggattaatttaatcgacagtgattggtgtacataataagtacagccctgaaatacatgaaaataacaataagatatcacagaatgcattaattaataataatttacaatataacttatatgatcctatgaatgtaatttccatcaagataatgtatttacttatctcaaatcacaattaagggagataactcttaaagttacatgttctaatacggacagattttctcccagaaatagtcataaaaaacttaaatcagaataataccattctatgggaagaggcttccacatatatgtacagctacttatgctatggtggctatgttacatgatctgtaattatatacaatagtttctaaaaatacttaatctttaaagtcaaatacaatgccaatctgaacattttatggtagttatgacccgttacatcaggaacccATGTAACAGATTTTTGTA-GT-----TAATAAT---GATAA-CTATAC-TGTAT-GGGTT--CAGGGATTATTT--TAAT----CAA-------CA-GTG-----AT-GGTG-T-ACAATGTACATGTAGCACGTA---GTAC-----G-TACATGCA--GCCC-AGAAA-TACATG------AA--------------TATC--ACA-G-AATG-CATTA-A-TTAA---TGAAT---TTAC-AATA-TAAC-TTATATGATCCT-AT-GAA-TGTAATTTCCATCAAGATAATGTATTTA--CTCATCT-CA--AAATCACAATCAAGGGAGACAACTCTTAAAGTTACATAT-T-CT--AATAT-GAACAG-ATTTTCTCC-CA--GAAATA-GTCAT-AAAAA-TACATTAAATTTAT-CATAAAAA---CTT--AAATCATA-TAT---TTACCATTC-TATGGGAAGA-GGCT-TCCACATA--------AGCTAGTCAAGCCTATATCTA----TGTGGCT-ATG-TACA---TGGACTCTGTAATTTATAT--ACAATAG-TTCTCTAAAA-ATGCT--TCTTTT-AAAGTCAAAT--T-CA--ATTGCTCAATCTGA-ACAAATTAATCAAATATTCTG-AT--TATA--AAAT-AAGTATA-AC-TTGA-T-AGA--TTCATCAA---TG-TACTCTTG-ATAAATA---T-AT---ACT-ACTGAT-Ttcaaaatacataatagaaccagacttggc
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           -AT-AT-CT-A----GCCTTC-AT-CTCATTTAA-----TAT-ATATTAAGTGCAAAAGGGATCT----------------AATATATATA-GACTG--GACCTA--TTAACTGACATTTACC--AAT-AAAGATAA-TT-A-TTAATGAATTACTTACCAGA-AAAAGGGAACCGTCT-TTTTGT-AAAA-GGTCTTAG-TC--TA--CT---------AAATGTAGTC-CAAATCTCTCAA---AAAG-TCAGA--CAAAGAACAT-TC-AGCTTT-----GGCGGTAAA-AGAC-A-ATGACC-----T---TAAC--ATTAAAAC-TAACCAAAA-GCAAC---TT-CA-C-AAAAACAC--AAC-C-AA--TGAAGTTTAAA-AGCACTACAA-GACCTTTG-ACATA-TGCC--CT--ATGGTGATTA-ATT--GGATA----TGTGTTCta
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 -CT-A----GCCTTT-CT--TCAGTTAAATATTTAT-TAAGT--G--CAAGTTGAATCTCATCTAATTCTTGC-AGATATGTATAAGAGTG--AGCATAAGTTAATTGACATTTACC-AAAT-AAGGATAAATT-AGT-AATGAGTTACTTATTGGA-AATA-GGAATTGTCT-TTT-GT-AGAAAGGTCTTAGGTCAA-AGT----GTT-ACCAAATGTGGTC-C---TTTCTC-----AATG-TCAAG-ACAAGGAATAT-TCAAGTTTT-----GGCGGTAAA-ACCCAA-CTGACC----ATGCATACCAAAATAAAAC-C-ACC-AAC-GCAAC---TT-CA-C--AAGACCC--AACGC-AA--TGAAGTCC-AAGAACACTACAA-TACCT
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TATGGACTCTGTAATCTATAT--ACA--A--------------TAGTT-TCTTTT-AAAGTCAAAC--T-CAAT--TGCTCAATCTAA-ACAAATTCATCAAATATTCT-TAA--TATA--AAATAAAATATA-ACTT-GA-T-AGATT--CATCAA---T-TTACTCTTG-ATAAATA---T-ATTATACT-ACTGAT--CTATGATAT-----CAAT---GAGC-T-CAA-TTCAA----AAACATCT-TTCTC-T--CT-AT-AT-CT-A----GCATTT-CT-CTCAGTTGA-----CAT-TAA----GTGCAAAGGGGATCTC-ATTAAA-CTTGC-AAATATATATA-GACTG--GACATC--TTAAATAACATTTA-C-CAA-TAAGGATAG-TTAA-C-AATGAGTTATTTACC
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       acCAAAA-GATAC---TTTCA-C-AAAA-CACCGGAC-C-AAGATGAAGTC--AAGAACACTCTAAAGACCTTTG-ACATA-TG-CCGCTTAA-GGTGACTAGACT--CGTTATTAGTGTGTTCTAATTTTGTTT--A--T-TTAT-TGCTTACGGTAAGGTCGTATCAG-AAAAACGA-CAAAGGCAGTGGCATCTAGGGGATTTTTTTCGTATATAATTCAACACAATTAACCA-TCA---ATTTTAACAGCTAAGTTTAATGTGATAACTTGATTA--C-CAAG-ATCACT

Unaligned ( gi|16 ): TTTTCAAAATCTACACAATACACAGAGATTTTCATAGATAACCTATATCACGTACATCATTCTTGCTA
Unaligned ( gi|19 ): TTTTCACGAGGAATATTCACATAGTATATACTTCTATGATAGA
Unaligned ( gi|20 ): TAAGGCAAAATTCATTCACAGCTCAATTTGGGCTTAAG

lowQualScore                  :                     11111  444444  11111     22222222                               2222   1111111      11111  1           555555555555555555555555555555555555555555                 111111                           111                     11           11    11              1                                                                                                11     111                               11   222222            22222            2222222                    111                11        7777777777777777777777777777777777                                                          3333333333     11   111111              33333333333        2222222    111                     1                           1  111     22      333333                111    111                     33333    111    111         1111                11111          1111                   11111         1111             222     1                              11                    1         33333333                        3333333333333333333               11   33333333333333333             111   11111     4444                                11111                       333333333    11                        111                                   11                              33333333333       1             1111          11   3333333333        22222     222             1111                      1111     111      222222      11      111           1       2222222222                         
lowQualScore                  :                     44444  444444  66666     00000000   999     77            77    1111   8888888  5   44444  1   5  5  5 333333333333333333333333333333333333333333    5     5    3 444444      77    99      66   5 666  5   0 5 5    888 5 44  1   77   22    00        4  5  1 5     8         0      0       99     9 6  99                              1        888  99    88     333        6  99     88     7     00   555555    6       66666  77      3 5555555         5          222  5     1  0    00        0000000000000000000000000000000000      6      1   5 5     0          77       1 77   666   0000000000  0  22   999999   6          00000000000    6   1111111    000                     5  99    99            6    5  222     11      000000        6       111 6  111   6      6  8       77777 0  444    000   44    7777  6     8     8 33333  6  5  5 2222      5  5    0    44444   66  0 7777        4    444     3  3 6            6     6      88               99   3   1  3  33333333   2           4  6     1111111111111111111  6  6         00   99999999999999999           6 111   66666  99 0000    6     88          6  6      66666         6    6 6      666666666    11        8 0        6 3  111  6  6 6        99   6 5  77       11           77  5        6     11111111111 6   1 3  6   99     4444       3  11   6666666666  0 0   00000     444 8     8     9999      8     11        9999  11 444      333333 0    11  8   111 6   3     3       9999999999          6    6         
lowQualScore                  :                     .....  ......  .....     ........   ...     ..            ..    ....   .......  .   .....  .   .  .  . ..........................................    .     .    . ......      ..    ..      ..   . ...  .   . . .    ... . ..  .   ..   ..    ..        .  .  . .     .         .      .       ..     . .  ..                              .        ...  ..    ..     ...        .  ..     ..     .     ..   ......    .       .....  ..      . .......         .          ...  .     .  .    ..        ..................................      .      .   . .     .          ..       . ..   ...   ..........  .  ..   ......   .          ...........    .   .......    ...                     .  ..    ..            .    .  ...     ..      ......        .       ... .  ...   .      .  .       ..... .  ...    ...   ..    ....  .     .     . .....  .  .  . ....      .  .    .    .....   ..  . ....        .    ...     .  . .            .     .      ..               ..   .   .  .  ........   .           .  .     ...................  .  .         ..   .................           . ...   .....  .. ....    .     ..          .  .      .....         .    . .      .........    ..        . .        . .  ...  .  . .        ..   . .  ..       ..           ..  .        .     ........... .   . .  .   ..     ....       .  ..   ..........  . .   .....     ... .     .     ....      .     ..        ....  .. ...      ...... .    ..  .   ... .   .     .       ..........          .    .         
lowQualScore                  :                     33333  444444  33333     11111111   000     99            99    1111   6666666  7   33333  4   7  7  7 000000000000000000000000000000000000000000    7     0    2 444444      00    88      99   0 000  0   4 0 0    888 0 44  4   33   11    77        0  7  4 7     8         8      7       22     3 7  22                              0        777  22    33     333        7  22     33     3     22   888888    7       22222  99      0 0000000         7          999  7     4  1    99        7777777777777777777777777777777777      7      7   7 7     7          99       7 99   666   7777777777  9  11   222222   7          55555555555    7   7777777    888                     5  22    22            7    5  555     00      777777        7       777 7  777   7      7  6       00000 8  000    000   22    0000  0     0     0 55555  7  7  7 1111      7  7    7    33333   77  7 1111        2    555     3  2 7            7     7      33               22   3   0  2  77777777   5           6  7     0000000000000000000  7  7         33   00000000000000000           7 777   77777  22 8888    7     33          7  7      77777         7    7 7      999999999    00        0 8        7 5  777  7  7 7        22   7 7  99       44           99  7        7     22222222222 7   0 3  7   22     2222       2  00   0000000000  8 8   00000     222 0     0     8888      0     44        6666  44 000      000000 8    00  0   777 7   5     3       2222222222          7    7         
consensus                     :  NATGTAACAGGTTTTTGTA-----GT---AT-AA-GAC-GATAA-CT---C-TGTTT-GGGTT--CAGGGATTAATT--TAAT--ATCGA-------CA-GTG-----AT-GGT-GT-AC-A---------T------TA---ATA----CG--TACAT--A--GCCC-TGAAA-TACATG------AAAATA-ACAATATGATATC--ACA-G-AATG-CATTA-A-TTAA---T-AA-TAATTACCAATAATAAC-TTATATGATCCT-AT-G-AATGANATTTCCATCAAGATAACGTATTTA--CTTATCT-CA--AAATCACAATCAAGGGAGATAACTCTTAAAGTTACATGT-T-CT--AATATCGAACAGAATTTTCTCC-CA--GAAATA-GTCATAAAAAA-TACA------TTAT-CATAAAAAAC-CTT--AAATCAGA-TAT-A-TTACCATTC-TATGGGAAGAGGGCT-TCCACATATATGTA-CAGCTACTTA--A---TATA----CTA--TGT----------GTGGCT-ATGTACAATG-G-ACTCTGTAATTTATAT--ACAATAGTT--TCTCT-AAA----------ATGCTTATCT------TTT-AAAGTCAAAT--A-CAAC--GTTGC-TCA-------ATCTGA-ACAAATTAATCAAATATTCTGTAT--TATA--AAATAAAGTATA-ACTTTGA-T-AGATTTTCATCAAATTTATTACTCTTG-ATAAATA---T-AT---ACT-ACTGAT-TTTATGAAATG----CAAT---GAGC-T-CAATCTCAA----AAATATCT-TTCTC-T--CT-AT-AT-CT-A----GCCTTT-CT-CTCAGTTAA-----TAT-NAAGT--GTGCAAAAGGAATCTCA-TTAAA-CTTG-CAAATATATATA-GACTG-GGCATA--TTAATTGACATTTAC--CAA-TAAGGATAA-TT-A-T-AATGAGTTACTTACCGGA-AAGAAGG-AA-T-GTC--T-T---GT-AG-AAGGTCTTA-GTCAA-AGTCTTGGTT---AACAAATGTGGTC-C---TTT-----CT--C-C--AAAG-TCAAA-ACAAAGAATAC-TC-AGTTTT-----GGCGGTAAA-ACCC-A-CTGACC---AAT---TACC--AATAAAAC-CAACCAAAAG-CAAC---TT-CA-C-AAAAACAC--GAC-C-AA--TGAAGTCCAAAGAACACTAC--AA-GACCTTTG-ACATA-TG-C--CT--A-GGTGA-TA-ACT--AGATA----TGTGTTCCAA--CTG--T--A--G-TAACATGC--A-GGTAAG--CG-GTCAG-AAAAA--A-CAAAGG-AGTGGAATCTAGGGG---TTTTTC---TAAAAT------CAAATA--CA-TCA---A-TTTAAAAGC-AAATTTA----------TTGATTAACC-CAAG-ATCACTCTA
Reference ( family-1617 )     :  NATGTAACAGGTTTTTGTA-----GT---AT-AA-GAC-GATAA-CT---C-TGTTT-GGGTT--CAGGGATTAATT--TAAT--ATCGA-------CA-GTG-----AT-GGT-GT-AC-A---------T------TA---ATA----CG--TACAT--A--GCCC-TGAAA-TACATG------AAAATA-ACAATATGATATC--ACA-G-A-TG-CATTA-A-TTAA---T-AA-TAATTACCAATAATAAC-TTATATGATCCT-AT-G-AATGANATTTCCATCAAGATAACGTATTTA--CTTATCT-CA--AAATCACAATCAAGGGAGATAACTCTTAAAGTTACATGT-T-CT--AATATCGAACAGAATTTTCTCC-CA--GAAATA-GTCATAAAAAA-TACA------TTAT-CATAAAAAAC-CTT--AAATCAGA-TAT-A-TTACCATTC-TATGGGAAGAGGGCT-TCCACATATATGTA-CAGCTACTTA--A---TATA----CTA--TGT----------GTGGCT-ATGTACAATG-G-ACTCTGTAATTTATAT--ACAATAGTT--TCTCT-AAA----------ATACTTATCT------TTT-AAAGTCAAAT--A-CAAT--ATTGC-TCA-------ATCTGA-ACAAATTAATCAAATATTCTGTAT--TATA--AAATAAAGTATA-ACTTTGA-T-AGATTTTCATCAAATTTATTACTCTTG-ATAAATA---T-AT---ACT-ACTGAT-TTTATGAAATG----CAAT---GAGC-T-CAANCTCAA----AAATATCT-TTCTC-T--CT-AT-AT-CT-A----GCCTTT-CT-CTCAGTTAA-----TAT-NAAGT--GTGCAAAAGGAATCTCAATTAAA-CTTG-CAAATATATATA-GACTG-GGCATA--TTAATTGACATTTAC--CAA-TAAGGATAA-TT-A-T-AATGAGTTACTTACCGGA-AAGAAGG-AA-T-GTC--T-T---GT-AG-AAGGTCTTA-GTCAA-AGTCTTGGTT---AACAAATGTGGTC-C---TTT-----CT--C-CT-AAAG-TCAAA-ACAAAGAATAC-TC-AGTTTT-----GGCGGTAAA-ACCC-A-CTGACC---AAT---TACC--AATAAAAC-CAACCAAAAG-CAAC---TT-CA-C-AAAAACAC--GAC-C-AA--TGAAGTCCAAAGAACACTAC--AA-GACCTTTG-ACATA-TG-C--CT--A-GGTGA-TA-ACT--AGATA----TGTGTTCCAA--CTG--T--A--G-TAACATGC--A-GGTAAG--CG-GTCAG-AAAAA--A-CAAAGG-AGTGGAATCTAGGGG---TTTTTC---TAAAAT------CAAATA--CA-TCA---A-TTTAAAAGC-AAATTTA----------TTGATTAACC-CAAG-ATCACTCTA
gi|1                          :   ATGTAACAGGTTTTTGTA-----AT----C-AA-GAC-GATAA-CT---C-TGTT--GGGTT--CAGGGATTAATT--TAATTGATCAA-------CA-GTG-----ATTGGA-G--AC-A---------T------TA---ATA----AG--TA--T--A--GCCC-TGAAAGTACATG------ATAATA-GCAATAAGATATC--ACA-G-A-TG-CATTA-ACTTAA---T-AA-TAATTACCAATAATAAC-TTATATGATTCT-ATTG-AATGATATTTCCATCAAGATAATGTATTTA--CTTAT-T-CATCAAATCACAATTA--GGAGATAACTCTTAAAGT-ACATATAT-CTTAAATATCGAACAGAATTTACTCCATA--TAAATAAGTCATAAAAAAATACA------TTATTCATAAAAAACTCTTCAAAATCAGAGTAT-AATTACCATTC-TATGGGAAGAGGGCT-TCCACATTTATGTA-CAGCTACATA--A---TATA----CTA--TGT----------GTGTCT-ATGTACAATGTGCACTCTGTAATTTATAT--ATA--AGTT--TCTCT-AAA----------ATACTTATCT------TTT-AAAGTCAAAT--A-CAAT--GTTGC-TCA-------GTCTGA-ACAAATTAATCAAATATTCTGTAT--TAT---AAATAAAGTATA-ACTTTGATT-AGATTTTCATCAAATTTGTTACTCTTG-A-AAATA---T-AT---ACT-ACTGATGGTTATGAAATG----CAAT---GAGC-T-CAATTTCAA----AA--ATCT-TTCTC-T--CT-AT-AT-CT-A----GCCTTTGCT-CTCAGTTAA-----TATAGAAGT--GTGCGAAAGGAATTCTATTTAAATCTTGAAAAATATATAGA-GACTGTTGCATAATTTAATTGACATTTACCTCAATTAAGGATAA-TT-A-------AGTTACTTACCAGATAAGAAGGAAA-T-GTC----T---GTCAG-AACGTCTCA-ATCAATAACCTTGGTTA--AAAAAATATGGTT-C---TTTTTCACCT--C-C---AAG-TCAAA-GCAAAGAATAC-TC-AGTTTT-----GGCGGT-AA-ACCC-A-CTGACC---GAT---TACC--AATAAAAC-CAACCAAAAG-CAAC---TT-CA-C-AAAAACA---GAC-C-AA--TGAAGTCCAAAGAACACTAA--AA-GACCTTTG-ACATA-TG-C--TT--A-GGTGA-TA-GCTCCAGATA----TGTGTTCCAA--CTG--T--A----TGACATGC--A--GTAAG---G-GTCAG-AAAAA--ACCAAAGG-AGTGGAATCTAGGGG---TTTTTC---TAAAAT------CAAATA--CA-TCA---A-TTTAAAAGC-AAATTTA----------TTGATTAACC-CAAGAATCACTCTA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                         tAACGTATT-A--CGTATTT-CA--AAATTACTATCAAGGGAAACAACTCTTAAAATTACATGT-A-CT--GATA-CGAACA-AATTTTCTCC-CA--CGAATA-GTCAT-AATAA-TACA------TTAT-CATAAAA------T--G---------------TACCATTC-TATGGAAAGA-GGCT-TCCATATACATGCA-CAGC--------G---TATAT---CTATCTAT----------GTGGCT-GTGGATAATG-G-ACTCAGTAATTTGTAT--ACAATAGAT--CCTCT-AAAT---------GTACTCATC
gi|11                         :    TGTAACAGGTTTTTGTACATTAAT---AT-AA-A---GATAA-CT---CCTGTAT-GAGTT--CAGGGATTAATT--TA----ATCAA-------CA-GTA-----AT-GGT-GT-ACAA---------TG-----TA---GTA----CG--TATAC--A--GCCC-TGAAA-TACATG------AAAATA-ACAATATGATATC--ACAGG-A-TG-CATTA-A-TTAA---T-A---AATTA-CAAT-ATAAC-----ATGATTCC-AT-G-AATGA
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           at-AA--TGAAGTCCAA-GAACAGTAC--AA-GGCCTT-------A-----------A-GGTAA-TA-GCT--AGATA----TGTGTTC-AA--CTG--T--AT-G-TA-TATGC--A-GGTAAG---G-GTCAG-AAAAA----CAAAGG-AGTGGA-TCTAGGGG---TTT--C---TAAAAT------CAAATA--CA-TCA---A-TTT-AAAGCAAAATTTA----------TTGATTAACC-CAAG-ATCACTCTAg
gi|13                         :    TGTAACAGGTTTTTGTA-----GT----T-AA-TA-----AA---------G----GGGTTAACAGTGATGGATTGGCAAC--ATCAA-------CATGTGTACATAC-ACT-CTTAC-A---------T------TA---AT------G--TACA------GCCC-TGAAA-TACATGTACATTAAAATA-ACAAC-TGATTTC--ACA-GAA-TG-CATAA-A-TCAA---T-Attg
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ac-AAGAAGG-AAAT-GTC--TCT---GT-AG-AAGGTCTTA-GTCAA-A--CTTAG------ACAAATATGGTT-C---TTT-----CT--CTCTGAAAG-TCAAA-ACAAAGAATAT-TC-AGTTTT-----GGCGATAAA-ACCC-A-CTGACC---Atctcacaatatcatgaata
gi|15                         :                                                                                                                                                                                -TACATA------AAAATA-----T-TGATATC--ACA-GGA-TGACATTA-A-TTAA---T-A---AATTACAGAT-ATAAC-----ATGATTCC-ATGG-AATGAt
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ggtgaaatgtatagctacaatgtataaagtcatTT--AAATCAAA-TAT---TTACCATTC-TATGGGAAGA-GGCT-TCCAC--ATATGTT-CAGCTACTTg
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       A---A-ATTAAAACA-AAATTTA----------TTTATTAACC-CAAG-ATCACTCTA
gi|2                          : atATGTA-CAGTTTTTGGTA-----GTCCAATTAA-GAC-GATAAACT---C-TGTTT-GGGTT--CAGGGATTAATT--TAAT--ATCGAAAGAGACCA-GTG-----AT-GGTGGT-AC-A----------------TA---ATATTATCAGCTACA---G--GCCCATGAAA-TACA-G------AAAATATAAAAAAGCAAATC--ACA-G-A-TG--ATTATA-TTCAGTCT-AATTAATTATACATAATACA-TTATATGAT--T-AA-GAAATTA-ATTT-CATC-AGAT-ACGTATTTA--CTTAT-T-CA--AGATCACAATTAAGGGAGAT-ACTCTT-AAGTTACATGT-T-CT--AATAACGGACAGATTTTTCTCC-CA--GAAAT--GT-ATAAAAAA-TACAG-----CTAC-CATAAAAAAC-ATA--AAATCAGA-TATAA-TTA-CATTC-TATGGGAAGAGG--C-TCCACATATATGT--CA-CTACTT---A---TCTA------A--T-------------TGGCTGATGTACAATG-G-ACTCTGTATTTAATAT---CAATAGTT--T-TCT-AAA----------ATACTT-CCT------TTTGAAAGTCAAAT--A-C-AC--ATTGC-TCA-------ATCTG--ACAAATTAATCAAATATT-TG-AT--TATA--AAATAAAGTATATACTTTGA-TAAGATTCTC----AATTTA--ACTC-TG-AT-AATA---T-AT---ACT-TCTGAT-TTCATGAACT-----C-AT---GA---C-CAAACTCAA----AAATATCT-TTCTC-T--CTAATAAT-CT-ACAATGCC-TT-CT-CTCAGTTAA-----TAT-TAA----GTGCAAAAGG-ATCT-AATTAAA-CTTG-CAA----ATATA-GACTG-GGCATA--TTAATTGACA-TTAC--CAA--AA----AA------------------------GA-AGGAA----A-T-GTC----T---GT-CG-AAGGTC-TA-ATCAA-AGTCTTGGTT-----CAAATG-GGTC-C---TTT-----CTGAC-TC-AAAGATCAAC-A-AAAAAATACAAC-AGTTTTCTTGAGGCGGTAAAGACCC-ACCTGACCATAAAT---TACC--AATAAAGTACAGCCAAAAG-C-ACTTGTT-CATC-ATAAACAC--GAC-CGAA--TGAAGTC--AAGAAC-CTAT---A-GACCTTTGAACATACTG-C--CTTAA-GGTGA-TA-AGT--AGATA-----GTGTTCCAG--CTG--TAAA--G-TAACATGC--A--GTAAG--TG-CTCAG-GAAAA--A-CAAAGG-AGTG--ATCTAGGGG----TTTGC---TAAAAT------C-AACA--CA-TCAATGA-TTTAAAGGC-AAAATTA----------ATGATTAACC-CAAG-ATCATTCttaca
gi|3                          :    TGTAACAACTTTTTG-A-----GTGAAAT-AAAGACCGATAAACC---C-TGTTTCGGGTT--CAGAGA---ATT--TAAT----CGA-------CA-GTG-----AT-GGT-GT-AC-A---------G------TACGGATA----TG--TATAT--ACAGCCC-TTGAA-TACA-G------AAAATA-ACAATATGATATCCCACA-G-AATT-CAT-A-A-TTA----T-AT-CA--TACCA-TAGAAACGTTATATGATCCTGAT-G-AGTAATTTTCCCATCAA-ATAATGCATCTAAGCTCATCTTCA--AAATCACGATCAAAGGAGATAATTCTTAAA--TACATAT-TTCT--GATAT-GAACA--ATTTTCTCC-CAAGGAAATG-GGCATAAAAAA-AATA------TTAT-CAGGAGAAAC--TT--AAATCATA-TA--G-TTACCATTAGTATGGGAAGAGG-CTATCCA--TATATGTAACAGCTACT-A--A---T-T-----CTAG-TAT----------GTGGCG-A-GTACA-TA-G-AATCT-TAATTTATTTTCACAATTATT--TC-----AA----------ATGCTTATCT------TTT-AAAGTCAAATTTATCAA---ATTGC-TCA-------ACCTGACACAAAT-AATCAAATAT-CTG-AT---ATA--AAATAAAGTATA-ACTT-GA---AGATT--CATCAA--TTACTA-TCTTGTATAAATAACATGAT---A-T-ACTGAT-TTGATGAAAT-----CAAT---GAGCCT-CCAACTCAA----AATTATCT-TCCTC-T-----AT-AT-CT-A----GCCTTT-CTTCTCA--TAA-----TA--GAAGC---TACAAAAGGAATCT-AATTAAA-CT-G-CAAATATA---A-GACTG-GGCATA--T-AATTGA-ATTTAC--CAA-TAAGGA-AA-T--A-G-AATCGATTACTTACCAGA-AAA---------------C-T---AT-GG-AAGGTCTTA--TCA---GTCTTAGTCCAAAACAA---TGGTCTC---TCT-----CT--C------AG-TCAAATACAAAGAATAC-TC-AGTTAT-----GG-AGTAAA-ACCC-A-CTGACC---A-----TACC--AATAAAAC-CAACCAAAAGGCAAC---TT-CA-CAAAAAACAC--AAC-C-AA---GAAGTCCAAAGAACACTAC--AAGGACCGTTA-ATATG-T--C--TT--A-AGT-A-TA-ACT--AGATA----TGTGTT-CAA--CTG--T--ACTGTTAACATGC--A-GGTAAG--CG-GTCAGAAAAAA--A-CATAGG-A-TGGAATCTTGGGC---GTTTTC---TAAGAT------CAAATA--CATTCA---A-TTTTAAAGC-AAATTTA----------TTCATTAACCGCAAG-ATCAC-CTAc
gi|4                          :   tTGTAACAGGTTTTGGTA-----GTCA-ATTAA-GAC-GATAA-CT---CCTGTTT-GGGTT--CAGGGATTAATT--TAAT----CGA-------CA-GTG-----ATTGGT-GT-AC-A---------T-------A---ATA----AG--TACA------GCCC-TGAAA-TACATG------AAAATA-ACAATAAGATATC--ACA-G-AATG-CATTA-A-TTAA---T-AA-TAATTTACAATA-TAAC-TTATATGATCCT-AT-G-AATGTAATTTCCATCAAGATAATGTATTTA--CTTATCT-CA--AA-TCACAATTAAGGGAGATAACTCTTAAAGTTACATGT-T-CT--AATA-CGGACAGA-TTTTCTCC-CA--GAAATA-GTCATAAAAAA---------------------------CTT--AAATCAGA--AT-A-ATACCATTC-TATGGGAAGAGG-CT-TCCACATATATGTA-CAGCTACTTATGC---TATGGTGGCTA--TGTTACATGATCTGTAATT-ATATACAATA-G----------TTTCTA---AAAATACTTAATCTTT-AAAGTCAAATACAATGCCAATCTGAACATTTT-ATGGT-AGTT--A-TGACCCGTTACATCAGGAACCCATCT----CAAATTAAT------TTCCGTCTAATATATTAAATAAAGTATA-ACTT-GA-T-AGATT--CATTCAATTTA---CTCTT--ATAAATA---T-AT---ACTTGCTGAT-TCTATGGAATGAACTCAATACTGAGC-TACAATCTCAACAAAAGATATCTGTTCTCATGACT-AT-ATTCTCA----GCCTTT-CT-CGTAGTTAA-----TAT-GAAGT---TGCAAt
gi|5                          :   ATGTAACAGATTTTTGTA-----GT----T-AATAAT-GATAA-CTATAC-TGTAT-GGGTT--CAGGGATTATTT--TAAT----CAA-------CA-GTG-----AT-GGT-GT-AC-AATGTACATGTAGCACGTA---GTA----CG--TACATGCA--GCCC-AGAAA-TACATG------AA--------------TATC--ACA-G-AATG-CATTA-A-TTAA---TGAA-T--TTAC-AATA-TAAC-TTATATGATCCT-AT-G-AATGTAATTTCCATCAAGATAATGTATTTA--CTCATCT-CA--AAATCACAATCAAGGGAGACAACTCTTAAAGTTACATAT-T-CT--AATAT-GAACAG-ATTTTCTCC-CA--GAAATA-GTCAT-AAAAA-TACATTAAATTTAT-CATAAAAA---CTT--AAATCATA-TAT---TTACCATTC-TATGGGAAGA-GGCT-TCCACATA--------AGCTAGTCA--AGCCTATAT---CTA----T----------GTGGCT-ATGTAC-ATG-G-ACTCTGTAATTTATAT--ACAATAG-T--TCTCTAAAA----------ATGCT--TCT------TTT-AAAGTCAAAT--T-CA----ATTGC-TCA-------ATCTGA-ACAAATTAATCAAATATTCTG-AT--TATA--AAAT-AAGTATA-AC-TTGA-T-AGA--TTCATCAA---TG-TACTCTTG-ATAAATA---T-AT---ACT-ACTGAT-TTtcaaaatacataatagaaccagacttggc
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               -AT-AT-CT-A----GCCTTC-AT-CTCATTTAA-----TAT-ATATTAAGTGCAAAAGGGATCT----------------AATATATATA-GACTG-GACCTA--TTAACTGACATTTAC--CAA-TAAAGATAA-TT-A-TTAATGAATTACTTACCAGA-AAAAGGG-AA-CCGTC--T-TTTTGT-AA-AAGGTCTTA-GTC------------T---ACTAAATGTAGTC-CAAATCT-----CT--C-AA-AAAG-TCAGA--CAAAGAACAT-TC-AGCTTT-----GGCGGTAAA-AGAC-A-ATGACC-----T---TAAC--ATTAAAAC-TAACCAAAAG-CAAC---TT-CA-C-AAAAACAC--AAC-C-AA--TGAAGTTTAAA-AGCACTAC--AA-GACCTTTG-ACATA-TGCC--CT--ATGGTGATTA-ATT--GGATA----TGTGTTCa
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     -CT-A----GCCTTT-CT--TCAGTTAAATATTTAT-TAAGT--G--CAAGTTGAATCTCATCTAATTCTTG-CAGATATGTATAAGAGTG-AGCATAAGTTAATTGACATTTAC--CAAATAAGGATAAATT-AGT-AATGAGTTACTTATTGGA-AATAGGA-AT-T-GTCTTT-T---GT-AGAAAGGTCTTAGGTCAA-AGT----GTT---ACCAAATGTGGTC-C---TTT-----CT--C----AATG-TCAAG-ACAAGGAATAT-TCAAGTTTT-----GGCGGTAAA-ACCCAA-CTGACC----ATGCATACCAAAATAAAAC-C-ACC-AACG-CAAC---TT-CA-C--AAGACCC--AACGC-AA--TGAAGTCC-AAGAACACTAC--AA-TACCT
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ACTATG-G-ACTCTGTAATCTATAT--ACAATAGTT--TCT--------------------------------TTT-AAAGTCAAAC--T-CAAT----TGC-TCA-------ATCTAA-ACAAATTCATCAAATATTCT-TAA--TATA--AAATAAAATATA-ACTT-GA-T-AGATT--CATCAA---T-TTACTCTTG-ATAAATA---T-ATTATACT-ACTGAT-CT-ATGATAT-----CAAT---GAGC-T-CAAT-TCAA----AAACATCT-TTCTC-T--CT-AT-AT-CT-A----GCATTT-CT-CTCAGTTGA-----CAT-TAAGT--G--CAAAGGGGATCTCA-TTAAA-CTTG-CAAATATATATA-GACTG-GACATC--TTAAATAACATTTAC--CAA-TAAGGATAG-TTAA-C-AATGAGTTATTTACC
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        CAAAAG-ATAC---TTTCA-C-AAAA-CACCGGAC-C-AAGATGAAGTC--AAGAACACT-CTAAA-GACCTTTG-ACATA-TG-CCGCTTAA-GGTGACTAGACT--CGTTATTAGTGTGTTCTAATTTTGTTT--A--T-TTAT-TGCTTACGGTAAGGTCGTATCAG-AAAAACGA-CAAAGGCAGTGGCATCTAGGGGATTTTTTTCGTATATAATTCAACACAATTAACCA-TCA---ATTTTAACAGCTAAGTTTAATGTGATAACTTGATTA--C-CAAG-ATCACT

Unaligned ( gi|16 ): TTTTCAAAATCTACACAATACACAGAGATTTTCATAGATAACCTATATCACGTACATCATTCTTGCTA
Unaligned ( gi|19 ): TTTTCACGAGGAATATTCACATAGTATATACTTCTATGATAGA
Unaligned ( gi|20 ): TAAGGCAAAATTCATTCACAGCTCAATTTGGGCTTAAG

lowQualScore                  :                     11111  444444  11111     22222222                               2222   1111111      11111  1           555555555555555555555555555555555555555555                 111111                                                 11           11    11              1                                                                                                11     111                               11   222222            22222            2222222                    111                11        3333333333333333333                                                 555555555555555555555555555555555     11   111111              33333333333        2222222    111                     1                           1  111     22      333333                111    111                     33333    111    111         1111                11111          1111                   11111         1111             111     11                              11                    1         33333333                        33333333333333333               11   33333333333333333             111   11111  333333333                                11111                       333333333    11                        111                                   11                              33333333333       1             1111          11   3333333333        22222     222             1111                      1111     111      222222      11      111           1       2222222222                         
lowQualScore                  :                     44444  444444  66666     00000000   999     77            77    1111   8888888  5   44444  1   5  5  5 333333333333333333333333333333333333333333    5     5    3 444444      77    99      66    0   5   0 5 5    888 5 44  1   77   22    00        4  5  1 5     8         0      0       99     9 6  99                              1        888  99    88     333        6  99     88     7     00   555555    6       66666  77      3 5555555         5          222  5     1  0    00        8888888888888888888      6    5  66  5 5           1    77       1  444444444444444444444444444444444  0  22   999999   6          11111111111    6   1111111    000                     5  99    99            6    5  222     11      000000        6       111 6  111   6      6  8       77777 0  444    000   44    7777  6     8     8 33333  6  5  5 2222      5  5    0    44444   66  0 7777        4    111     55  3 6            6     6      88               99   3   1  3  33333333   2           4  6     11111111111111111  6    6       00   99999999999999999           6 111   66666  222222222  6 6     88          6  6      66666         6    6 6      666666666    11        8 0        6 3  111  6  6 6        99   6 5  77       11           77  5        6     11111111111 6   1 3  6   99     4444       3  11   6666666666  0 0   00000     444 8     8     9999      8     11        9999  11 444      333333 0    11  8   111 6   3     3       9999999999          6    6         
lowQualScore                  :                     .....  ......  .....     ........   ...     ..            ..    ....   .......  .   .....  .   .  .  . ..........................................    .     .    . ......      ..    ..      ..    .   .   . . .    ... . ..  .   ..   ..    ..        .  .  . .     .         .      .       ..     . .  ..                              .        ...  ..    ..     ...        .  ..     ..     .     ..   ......    .       .....  ..      . .......         .          ...  .     .  .    ..        ...................      .    .  ..  . .           .    ..       .  .................................  .  ..   ......   .          ...........    .   .......    ...                     .  ..    ..            .    .  ...     ..      ......        .       ... .  ...   .      .  .       ..... .  ...    ...   ..    ....  .     .     . .....  .  .  . ....      .  .    .    .....   ..  . ....        .    ...     ..  . .            .     .      ..               ..   .   .  .  ........   .           .  .     .................  .    .       ..   .................           . ...   .....  .........  . .     ..          .  .      .....         .    . .      .........    ..        . .        . .  ...  .  . .        ..   . .  ..       ..           ..  .        .     ........... .   . .  .   ..     ....       .  ..   ..........  . .   .....     ... .     .     ....      .     ..        ....  .. ...      ...... .    ..  .   ... .   .     .       ..........          .    .         
lowQualScore                  :                     33333  444444  33333     11111111   000     99            99    1111   6666666  7   33333  4   7  7  7 000000000000000000000000000000000000000000    7     0    2 444444      00    88      99    9   0   4 0 0    888 0 44  4   33   11    77        0  7  4 7     8         8      7       22     3 7  22                              0        777  22    33     333        7  22     33     3     22   888888    7       22222  99      0 0000000         7          999  7     4  1    99        6666666666666666666      7    7  77  7 7           7    99       7  999999999999999999999999999999999  4  11   222222   7          33333333333    7   7777777    888                     5  22    22            7    5  555     00      777777        7       777 7  777   7      7  6       00000 8  000    000   66    0000  0     0     0 55555  7  7  7 1111      7  7    7    33333   77  7 1111        2    000     88  2 7            7     7      33               22   3   0  2  77777777   5           6  7     00000000000000000  7    7       33   00000000000000000           7 777   77777  777777777  7 7     33          7  7      77777         7    7 7      999999999    00        0 8        7 5  777  7  7 7        22   7 7  99       44           99  7        7     22222222222 7   0 3  7   22     2222       2  00   0000000000  8 8   00000     222 0     0     8888      0     44        6666  44 000      000000 8    00  0   777 7   5     3       2222222222          7    7         
consensus                     :  NATGTAACAGGTTTTTGTA-----GT---AT-AA-GAC-GATAA-CT---C-TGTTT-GGGTT--CAGGGATTAATT--TAAT--ATCGA-------CA-GTG-----AT-GGT-GT-AC-A---------T------TA---ATA----CG--TACAT--A--GCCC-TGAAA-TACATG------AAAATA-ACAATATGATATC--ACAGAATG-CATTA-A-TTAA---T-AA-TAATTACCAATAATAAC-TTATATGATCCT-AT-G-AATGANATTTCCATCAAGATAACGTATTTA--CTTATCT-CA--AAATCACAATCAAGGGAGATAACTCTTAAAGTTACATGT-T-CT--AATATCGAACAGAATTTTCTCC-CA--GAAATA-GTCATAAAAAA-TACA------TTAT-CATAAAAAAC-CTT--AAATCAGA-TAT-A-TTACCATTC-TATGGGAAGAGGGCT-TCCACATATATGTA-CAGCTACTTAA---TATA-CTA--TGTGTGGCT-ATGT-ACAATG-G-ACTCTGTAATTTATAT--ACAATAGTTT---------------CTCT-AAA----------ATGCTTATCT------TTT-AAAGTCAAAT--A-CAAC--GTTGC-TCA-------ATCTGA-ACAAATTAATCAAATATTCTGTAT--TATA--AAATAAAGTATA-ACTTTGA-T-AGATTTTCATCAAATTTATTACTCTTG-ATAAATA---T-AT---ACT-ACTGAT-TTTATGAAATG----CAAT---GAGC-T-CAATCTCAA----AAATATCT-TTCTC-T--CT-AT-AT-CT-A----GCCTTT-CT-CTCAGTTAA-----TAT-NAAGT--GTGCAAAAGGAATCTNA-TTAAA--CTTG-CAAATATATATA-GACTG-GGCATA--TTAATTGACATTTAC--CAA-TAAGGATAA-TT-A-T-AATGAGTTACTTACCGGA-AAGAAGG-AA-T-GTCT-T---GT-AGAA-GGTCTTAG-TCAA-AGTCTTGGTT---AACAAATGTGGTC-C---TTT-----CT---CC---AAA-G-TCAAA-ACAAAGAATAC-TC-AGTTTT-----GGCGGTAAA-ACCC-A-CTGACC---AAT---TACC--AATAAAAC-CAACCAAAAG-CAAC---TT-CA-C-AAAAACAC--GAC-C-AA--TGAAGTCCAAAGAACACTAC--AA-GACCTTTG-ACATA-TG-C--CT--A-GGTGA-TA-ACT--AGATA----TGTGTTCCAA--CTG--T--A--G-TAACATGC--A-GGTAAG--CG-GTCAG-AAAAA--A-CAAAGG-AGTGGAATCTAGGGG---TTTTTC---TAAAAT------CAAATA--CA-TCA---A-TTTAAAAGC-AAATTTA----------TTGATTAACC-CAAG-ATCACTCTA
Reference ( family-1617 )     :  NATGTAACAGGTTTTTGTA-----GT---AT-AA-GAC-GATAA-CT---C-TGTTT-GGGTT--CAGGGATTAATT--TAAT--ATCGA-------CA-GTG-----AT-GGT-GT-AC-A---------T------TA---ATA----CG--TACAT--A--GCCC-TGAAA-TACATG------AAAATA-ACAATATGATATC--ACAGAATG-CATTA-A-TTAA---T-AA-TAATTACCAATAATAAC-TTATATGATCCT-AT-G-AATGANATTTCCATCAAGATAACGTATTTA--CTTATCT-CA--AAATCACAATCAAGGGAGATAACTCTTAAAGTTACATGT-T-CT--AATATCGAACAGAATTTTCTCC-CA--GAAATA-GTCATAAAAAA-TACA------TTAT-CATAAAAAAC-CTT--AAATCAGA-TAT-A-TTACCATTC-TATGGGAAGAGGGCT-TCCACATATATGTA-CAGCTACTTAA---TATA-CTA--TGTGTGGCT-ATGT-ACAATG-G-ACTCTGTAATTTATAT--ACAATAGTTT---------------CTCT-AAA----------ATGCTTATCT------TTT-AAAGTCAAAT--A-CAAC--GTTGC-TCA-------ATCTGA-ACAAATTAATCAAATATTCTGTAT--TATA--AAATAAAGTATA-ACTTTGA-T-AGATTTTCATCAAATTTATTACTCTTG-ATAAATA---T-AT---ACT-ACTGAT-TTTATGAAATG----CAAT---GAGC-T-CAATCTCAA----AAATATCT-TTCTC-T--CT-AT-AT-CT-A----GCCTTT-CT-CTCAGTTAA-----TAT-NAAGT--GTGCAAAAGGAATCTCA-TTAAA--CTTG-CAAATATATATA-GACTG-GGCATA--TTAATTGACATTTAC--CAA-TAAGGATAA-TT-A-T-AATGAGTTACTTACCGGA-AAGAAGG-AA-T-GTCT-T---GT-AGAA-GGTCTTAG-TCAA-AGTCTTGGTT---AACAAATGTGGTC-C---TTT-----CT---CC---AAA-G-TCAAA-ACAAAGAATAC-TC-AGTTTT-----GGCGGTAAA-ACCC-A-CTGACC---AAT---TACC--AATAAAAC-CAACCAAAAG-CAAC---TT-CA-C-AAAAACAC--GAC-C-AA--TGAAGTCCAAAGAACACTAC--AA-GACCTTTG-ACATA-TG-C--CT--A-GGTGA-TA-ACT--AGATA----TGTGTTCCAA--CTG--T--A--G-TAACATGC--A-GGTAAG--CG-GTCAG-AAAAA--A-CAAAGG-AGTGGAATCTAGGGG---TTTTTC---TAAAAT------CAAATA--CA-TCA---A-TTTAAAAGC-AAATTTA----------TTGATTAACC-CAAG-ATCACTCTA
gi|1                          :   ATGTAACAGGTTTTTGTA-----AT----C-AA-GAC-GATAA-CT---C-TGTT--GGGTT--CAGGGATTAATT--TAATTGATCAA-------CA-GTG-----ATTGGA-G--AC-A---------T------TA---ATA----AG--TA--T--A--GCCC-TGAAAGTACATG------ATAATA-GCAATAAGATATC--ACAGA-TG-CATTA-ACTTAA---T-AA-TAATTACCAATAATAAC-TTATATGATTCT-ATTG-AATGATATTTCCATCAAGATAATGTATTTA--CTTAT-T-CATCAAATCACAATTA--GGAGATAACTCTTAAAGT-ACATATAT-CTTAAATATCGAACAGAATTTACTCCATA--TAAATAAGTCATAAAAAAATACA------TTATTCATAAAAAACTCTTCAAAATCAGAGTAT-AATTACCATTC-TATGGGAAGAGGGCT-TCCACATTTATGTA-CAGCTACATAA---TATA-CTA--TGTGTGTCT-ATGT-ACAATGTGCACTCTGTAATTTATAT--ATA--AGTTT---------------CTCT-AAA----------ATACTTATCT------TTT-AAAGTCAAAT--A-CAAT--GTTGC-TCA-------GTCTGA-ACAAATTAATCAAATATTCTGTAT--TAT---AAATAAAGTATA-ACTTTGATT-AGATTTTCATCAAATTTGTTACTCTTG-A-AAATA---T-AT---ACT-ACTGATGGTTATGAAATG----CAAT---GAGC-T-CAATTTCAA----AA--ATCT-TTCTC-T--CT-AT-AT-CT-A----GCCTTTGCT-CTCAGTTAA-----TATAGAAGT--GTGCGAAAGGAATTCTATTTAAAT-CTTGAAAAATATATAGA-GACTGTTGCATAATTTAATTGACATTTACCTCAATTAAGGATAA-TT-A-------AGTTACTTACCAGATAAGAAGGAAA-T-GTC--T---GTCAGAA-CGTCTCAA-TCAATAACCTTGGTTA--AAAAAATATGGTT-C---TTTTTCACCT---CC----AA-G-TCAAA-GCAAAGAATAC-TC-AGTTTT-----GGCGGT-AA-ACCC-A-CTGACC---GAT---TACC--AATAAAAC-CAACCAAAAG-CAAC---TT-CA-C-AAAAACA---GAC-C-AA--TGAAGTCCAAAGAACACTAA--AA-GACCTTTG-ACATA-TG-C--TT--A-GGTGA-TA-GCTCCAGATA----TGTGTTCCAA--CTG--T--A----TGACATGC--A--GTAAG---G-GTCAG-AAAAA--ACCAAAGG-AGTGGAATCTAGGGG---TTTTTC---TAAAAT------CAAATA--CA-TCA---A-TTTAAAAGC-AAATTTA----------TTGATTAACC-CAAGAATCACTCTA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                       tAACGTATT-A--CGTATTT-CA--AAATTACTATCAAGGGAAACAACTCTTAAAATTACATGT-A-CT--GATA-CGAACA-AATTTTCTCC-CA--CGAATA-GTCAT-AATAA-TACA------TTAT-CATAAAA------T--G---------------TACCATTC-TATGGAAAGA-GGCT-TCCATATACATGCA-CAGC------G---TATATCTATCTATGTGGCT-GTGG-ATAATG-G-ACTCAGTAATTTGTAT--ACAATAGATC---------------CTCT-AAAT---------GTACTCATC
gi|11                         :    TGTAACAGGTTTTTGTACATTAAT---AT-AA-A---GATAA-CT---CCTGTAT-GAGTT--CAGGGATTAATT--TA----ATCAA-------CA-GTA-----AT-GGT-GT-ACAA---------TG-----TA---GTA----CG--TATAC--A--GCCC-TGAAA-TACATG------AAAATA-ACAATATGATATC--ACAGGATG-CATTA-A-TTAA---T-A---AATTA-CAAT-ATAAC-----ATGATTCC-AT-G-AATGA
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         at-AA--TGAAGTCCAA-GAACAGTAC--AA-GGCCTT-------A-----------A-GGTAA-TA-GCT--AGATA----TGTGTTC-AA--CTG--T--AT-G-TA-TATGC--A-GGTAAG---G-GTCAG-AAAAA----CAAAGG-AGTGGA-TCTAGGGG---TTT--C---TAAAAT------CAAATA--CA-TCA---A-TTT-AAAGCAAAATTTA----------TTGATTAACC-CAAG-ATCACTCTAg
gi|13                         :    TGTAACAGGTTTTTGTA-----GT----T-AA-TA-----AA---------G----GGGTTAACAGTGATGGATTGGCAAC--ATCAA-------CATGTGTACATAC-ACT-CTTAC-A---------T------TA---AT------G--TACA------GCCC-TGAAA-TACATGTACATTAAAATA-ACAAC-TGATTTC--ACAGAATG-CATAA-A-TCAA---T-Attg
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ac-AAGAAGG-AAAT-GTCTCT---GT-AGAA-GGTCTTAG-TCAA-A--CTTAG------ACAAATATGGTT-C---TTT-----CT---CTCTGAAA-G-TCAAA-ACAAAGAATAT-TC-AGTTTT-----GGCGATAAA-ACCC-A-CTGACC---Atctcacaatatcatgaata
gi|15                         :                                                                                                                                                                                -TACATA------AAAATA-----T-TGATATC--ACAGGATGACATTA-A-TTAA---T-A---AATTACAGAT-ATAAC-----ATGATTCC-ATGG-AATGAt
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ggtgaaatgtatagctacaatgtataaagtcatTT--AAATCAAA-TAT---TTACCATTC-TATGGGAAGA-GGCT-TCCAC--ATATGTT-CAGCTACTTg
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     A---A-ATTAAAACA-AAATTTA----------TTTATTAACC-CAAG-ATCACTCTA
gi|2                          : atATGTA-CAGTTTTTGGTA-----GTCCAATTAA-GAC-GATAAACT---C-TGTTT-GGGTT--CAGGGATTAATT--TAAT--ATCGAAAGAGACCA-GTG-----AT-GGTGGT-AC-A----------------TA---ATATTATCAGCTACA---G--GCCCATGAAA-TACA-G------AAAATATAAAAAAGCAAATC--ACAG-ATG--ATTATA-TTCAGTCT-AATTAATTATACATAATACA-TTATATGAT--T-AA-GAAATTA-ATTT-CATC-AGAT-ACGTATTTA--CTTAT-T-CA--AGATCACAATTAAGGGAGAT-ACTCTT-AAGTTACATGT-T-CT--AATAACGGACAGATTTTTCTCC-CA--GAAAT--GT-ATAAAAAA-TACAG-----CTAC-CATAAAAAAC-ATA--AAATCAGA-TATAA-TTA-CATTC-TATGGGAAGAGG--C-TCCACATATATGT--CA-CTACTT-A---TCTA---A--T---TGGCTGATGT-ACAATG-G-ACTCTGTATTTAATAT---CAATAGTTT----------------TCT-AAA----------ATACTT-CCT------TTTGAAAGTCAAAT--A-C-AC--ATTGC-TCA-------ATCTG--ACAAATTAATCAAATATT-TG-AT--TATA--AAATAAAGTATATACTTTGA-TAAGATTCTC----AATTTA--ACTC-TG-AT-AATA---T-AT---ACT-TCTGAT-TTCATGAACT-----C-AT---GA---C-CAAACTCAA----AAATATCT-TTCTC-T--CTAATAAT-CT-ACAATGCC-TT-CT-CTCAGTTAA-----TAT-TAA----GTGCAAAAGG-ATCTAA-TTAAA--CTTG-CAA----ATATA-GACTG-GGCATA--TTAATTGACA-TTAC--CAA--AA----AA------------------------GA-AGGAA----A-T-GTC--T---GT-CGAA-GGTC-TAA-TCAA-AGTCTTGGTT-----CAAATG-GGTC-C---TTT-----CTGACTC---AAA-GATCAAC-A-AAAAAATACAAC-AGTTTTCTTGAGGCGGTAAAGACCC-ACCTGACCATAAAT---TACC--AATAAAGTACAGCCAAAAG-C-ACTTGTT-CATC-ATAAACAC--GAC-CGAA--TGAAGTC--AAGAAC-CTAT---A-GACCTTTGAACATACTG-C--CTTAA-GGTGA-TA-AGT--AGATA-----GTGTTCCAG--CTG--TAAA--G-TAACATGC--A--GTAAG--TG-CTCAG-GAAAA--A-CAAAGG-AGTG--ATCTAGGGG----TTTGC---TAAAAT------C-AACA--CA-TCAATGA-TTTAAAGGC-AAAATTA----------ATGATTAACC-CAAG-ATCATTCttaca
gi|3                          :    TGTAACAACTTTTTG-A-----GTGAAAT-AAAGACCGATAAACC---C-TGTTTCGGGTT--CAGAGA---ATT--TAAT----CGA-------CA-GTG-----AT-GGT-GT-AC-A---------G------TACGGATA----TG--TATAT--ACAGCCC-TTGAA-TACA-G------AAAATA-ACAATATGATATCCCACAGAATT-CAT-A-A-TTA----T-AT-CA--TACCA-TAGAAACGTTATATGATCCTGAT-G-AGTAATTTTCCCATCAA-ATAATGCATCTAAGCTCATCTTCA--AAATCACGATCAAAGGAGATAATTCTTAAA--TACATAT-TTCT--GATAT-GAACA--ATTTTCTCC-CAAGGAAATG-GGCATAAAAAA-AATA------TTAT-CAGGAGAAAC--TT--AAATCATA-TA--G-TTACCATTAGTATGGGAAGAGG-CTATCCA--TATATGTAACAGCTACT-AA---T-T--CTAG-TATGTGGCG-A-GT-ACA-TA-G-AATCT-TAATTTATTTTCACAATTATTT---------------C-----AA----------ATGCTTATCT------TTT-AAAGTCAAATTTATCAA---ATTGC-TCA-------ACCTGACACAAAT-AATCAAATAT-CTG-AT---ATA--AAATAAAGTATA-ACTT-GA---AGATT--CATCAA--TTACTA-TCTTGTATAAATAACATGAT---A-T-ACTGAT-TTGATGAAAT-----CAAT---GAGCCT-CCAACTCAA----AATTATCT-TCCTC-T-----AT-AT-CT-A----GCCTTT-CTTCTCA--TAA-----TA--GAAGC---TACAAAAGGAATCTAA-TTAAA--CT-G-CAAATATA---A-GACTG-GGCATA--T-AATTGA-ATTTAC--CAA-TAAGGA-AA-T--A-G-AATCGATTACTTACCAGA-AAA-------------C-T---AT-GGAA-GGTCTTA--TCA---GTCTTAGTCCAAAACAA---TGGTCTC---TCT-----CT---C------A-G-TCAAATACAAAGAATAC-TC-AGTTAT-----GG-AGTAAA-ACCC-A-CTGACC---A-----TACC--AATAAAAC-CAACCAAAAGGCAAC---TT-CA-CAAAAAACAC--AAC-C-AA---GAAGTCCAAAGAACACTAC--AAGGACCGTTA-ATATG-T--C--TT--A-AGT-A-TA-ACT--AGATA----TGTGTT-CAA--CTG--T--ACTGTTAACATGC--A-GGTAAG--CG-GTCAGAAAAAA--A-CATAGG-A-TGGAATCTTGGGC---GTTTTC---TAAGAT------CAAATA--CATTCA---A-TTTTAAAGC-AAATTTA----------TTCATTAACCGCAAG-ATCAC-CTAc
gi|4                          :   tTGTAACAGGTTTTGGTA-----GTCA-ATTAA-GAC-GATAA-CT---CCTGTTT-GGGTT--CAGGGATTAATT--TAAT----CGA-------CA-GTG-----ATTGGT-GT-AC-A---------T-------A---ATA----AG--TACA------GCCC-TGAAA-TACATG------AAAATA-ACAATAAGATATC--ACAGAATG-CATTA-A-TTAA---T-AA-TAATTTACAATA-TAAC-TTATATGATCCT-AT-G-AATGTAATTTCCATCAAGATAATGTATTTA--CTTATCT-CA--AA-TCACAATTAAGGGAGATAACTCTTAAAGTTACATGT-T-CT--AATA-CGGACAGA-TTTTCTCC-CA--GAAATA-GTCATAAAAAA---------------------------CTT--AAATCAGA--AT-A-ATACCATTC-TATGGGAAGAGG-CT-TCCACATATATGTA-CAGCTACTTA------TG-CTA--TG-GTGGCT-ATGTTACA-TG-A---TCTGTAATT-ATAT--ACAATAGTTTCTAAAAATACTTAATCTTT-AAAGTCAAATACAATGCCAATCTGAACATTTT-ATGGT-AGTT--A-TGACCCGTTACATCAGGAACCCATCT----CAAATTAAT------TTCCGTCTAATATATTAAATAAAGTATA-ACTT-GA-T-AGATT--CATTCAATTTA---CTCTT--ATAAATA---T-AT---ACTTGCTGAT-TCTATGGAATGAACTCAATACTGAGC-TACAATCTCAACAAAAGATATCTGTTCTCATGACT-AT-ATTCTCA----GCCTTT-CT-CGTAGTTAA-----TAT-GAAGT---TGCAAt
gi|5                          :   ATGTAACAGATTTTTGTA-----GT----T-AATAAT-GATAA-CTATAC-TGTAT-GGGTT--CAGGGATTATTT--TAAT----CAA-------CA-GTG-----AT-GGT-GT-AC-AATGTACATGTAGCACGTA---GTA----CG--TACATGCA--GCCC-AGAAA-TACATG------AA--------------TATC--ACAGAATG-CATTA-A-TTAA---TGAA-T--TTAC-AATA-TAAC-TTATATGATCCT-AT-G-AATGTAATTTCCATCAAGATAATGTATTTA--CTCATCT-CA--AAATCACAATCAAGGGAGACAACTCTTAAAGTTACATAT-T-CT--AATAT-GAACAG-ATTTTCTCC-CA--GAAATA-GTCAT-AAAAA-TACATTAAATTTAT-CATAAAAA---CTT--AAATCATA-TAT---TTACCATTC-TATGGGAAGA-GGCT-TCCACATA--------AGCTAGTCAAGCCTATATCTA----TGTGGCT-ATGT-AC-ATG-G-ACTCTGTAATTTATAT--ACAATAG-TT---------------CTCTAAAA----------ATGCT--TCT------TTT-AAAGTCAAAT--T-CAA----TTGC-TCA-------ATCTGA-ACAAATTAATCAAATATTCTG-AT--TATA--AAAT-AAGTATA-AC-TTGA-T-AGA--TTCATCAA---TG-TACTCTTG-ATAAATA---T-AT---ACT-ACTGAT-TTtcaaaatacataatagaaccagacttggc
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            -AT-AT-CT-A----GCCTTC-AT-CTCATTTAA-----TAT-ATATTAAGTGCAAAAGGGATCT-----------------AATATATATA-GACTG-GACCTA--TTAACTGACATTTAC--CAA-TAAAGATAA-TT-A-TTAATGAATTACTTACCAGA-AAAAGGG-AA-CCGTCT-TTTTGT-AAAA-GGTCTTAG-TC------------T---ACTAAATGTAGTC-CAAATCT-----CT---CA---AAAAG-TCAGA--CAAAGAACAT-TC-AGCTTT-----GGCGGTAAA-AGAC-A-ATGACC-----T---TAAC--ATTAAAAC-TAACCAAAAG-CAAC---TT-CA-C-AAAAACAC--AAC-C-AA--TGAAGTTTAAA-AGCACTAC--AA-GACCTTTG-ACATA-TGCC--CT--ATGGTGATTA-ATT--GGATA----TGTGTTCa
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  -CT-A----GCCTTT-CT--TCAGTTAAATATTTAT-TAAGT--G--CAAGTTGAATCTCA-TCTAATTCTTG-CAGATATGTATAAGAGTG-AGCATAAGTTAATTGACATTTAC--CAAATAAGGATAAATT-AGT-AATGAGTTACTTATTGGA-AATAGGA-AT-T-GTCT-TTT-GT-AGAAAGGTCTTAGGTCAA-AGT----GTT---ACCAAATGTGGTC-C---TTT-----CT----C---AAT-G-TCAAG-ACAAGGAATAT-TCAAGTTTT-----GGCGGTAAA-ACCCAA-CTGACC----ATGCATACCAAAATAAAAC-C-ACC-AACG-CAAC---TT-CA-C--AAGACCC--AACGC-AA--TGAAGTCC-AAGAACACTAC--AA-TACCT
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         -ACTATG-G-ACTCTGTAATCTATAT--ACAATAGTTT---------------CT--------------------------------TTT-AAAGTCAAAC--T-CAA----TTGC-TCA-------ATCTAA-ACAAATTCATCAAATATTCT-TAA--TATA--AAATAAAATATA-ACTT-GA-T-AGATT--CATCAA---T-TTACTCTTG-ATAAATA---T-ATTATACT-ACTGAT-CT-ATGATAT-----CAAT---GAGC-T-CAAT-TCAA----AAACATCT-TTCTC-T--CT-AT-AT-CT-A----GCATTT-CT-CTCAGTTGA-----CAT-TAAGT--G--CAAAGGGGATCTCA-TTAAA--CTTG-CAAATATATATA-GACTG-GACATC--TTAAATAACATTTAC--CAA-TAAGGATAG-TTAA-C-AATGAGTTATTTACC
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      CAAAAG-ATAC---TTTCA-C-AAAA-CACCGGAC-C-AAGATGAAGTC--AAGAACACT-CTAAA-GACCTTTG-ACATA-TG-CCGCTTAA-GGTGACTAGACT--CGTTATTAGTGTGTTCTAATTTTGTTT--A--T-TTAT-TGCTTACGGTAAGGTCGTATCAG-AAAAACGA-CAAAGGCAGTGGCATCTAGGGGATTTTTTTCGTATATAATTCAACACAATTAACCA-TCA---ATTTTAACAGCTAAGTTTAATGTGATAACTTGATTA--C-CAAG-ATCACT