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Reference ( gi|3 )            :                                                                                                                                                                                   TGTATTATAAGCT---A-AT--TTTA--TCCATTGTGTTCACTGGTCCAT-AAC---TTTT---ATGA-GA----CTTTTAATTGTACGAATTATCTTC-TTCT-GTGTTGAC-----T----------------GT------------------TCCAT-G--ACTTTTCGT--GT---ACG-----TGG--CTTTTCCGTG---TAT-AA-ATTG--T----TTTTGG--------TGT--TG-GG---ATTCTT-AGTT-A--GGACT--TG-TTCTATGGAA--TGT-CGT--ATTATAT-A-T-T-----TTAG----TTGTACGAGGTTGTTTTGCAAGGGTCTGTTGAGTTGTGGTTGG-GCCATG-GTCACGGCTGT---TCCCGCTCCTGTAATTT----GTGGGCAGTGGGCAAGCTCCTTGAGCTTGTATGGGCAGTTCGACAATCCCGCCTCCGCGAGT--------A-GCT--GTCTTGCGAGCATGCCCAA
gi|1                          :                                                                                                                                                                                      ATTCTAGGTTTACA-AT--TTTA--TTAAT-GTCTTCACTGATGGTTGAAT---TTTC---AAGA-GA------TTTAGTTGTACGAGTTA-CTTC-TTCT-GTGTTGACAATTCT----------------GTAGTGATGATGAACTCCGATCCATTG--ACT----GT--GTT--ACGGCTTCTGG--CTTTTCCGTG---TAC-AAGATTG--G----TTTTGGGTGGATGATGTCATG-GGATAATTCTTGAGTT-AACGTAGT--TGATTCTTTGGAATGTGT-CGT--ATT-TTT-AGT-TTGTAGTTAG----TTGTACGAGGTAGT
gi|8                          : aatgtatgagtgtgttaagcgctatgcaatcggcacgctccacctctgattatttaacacccatttctctttaatcacgaatagctccagtttttaattttctgtcgagatcatattatagcaatgtatgtacttaattacgacaaacattttctcttaaaaacttgtgttttaagcggaaATTGTA-GTT---ATAG--TTTA--TACTTTGTGTTCACTGAACCGT-GACACTTTTT---CCAAAGA----CTTTTAGCTGTATGAATTATCTTC-TTCT-GTATTGAC-----TTTATTGAAGAGTC---GT------------------CCCAT-G--ATTTTTCGT--
gi|9                          :                           tgtgttagcgctatgcaatggctgctccacctcctacaatttagcttggtttctctttaatctacgaaagtctagttttaagttttgttgggctcttatataacaacttattggatatattacagaaatattttctttaaaaagcttgtattttatgcaaaAGTT---G-ATAGTTTA--TACTTTGTGTTTAGTGATCCGT-GAC---TTTC---CAAA-GA----CTTTTAGTTGTACAAATTATTTTC-T----GTGTTGAC-----TTTTATTAAAAAGTT--GT------------------TCTAT-G--ATTTTTTTTT-GT---ATG-----CGGTACTTTTACTTG---TAC-AA-ATTGGCC----TTTCAT--------TAT--CT-GG---ATTTTT-ATTT-A--GAACT--TG-TTCTATAAAA--TTT-CGTACACCAGATAA-T-T-----CCA------TGTACGATG-TGTTTTGCAAAGGTaccactt
gi|2                          :                                                                                                                                                                                             ttT---A-GT--TTTA--TACTTTGTGTTCACTGATCCGT-GAC---TTTTTCCAAGATGA----CTTTTATTTAAAAG------------TC--------------------------------GT------------------CCCAT-G--ATTTTTCGTACGC---ACT-----T----CTTTTACTTG---TAC-AA-ATTGGCT----TTTCAT--------TGT--CT-GG---ACTTTT-ATTT-A--GAACT--TG-TTCTATGAAA--TGT-CGT--ACAACAG-A-TAA-----TTAGATA-TTGTACGATG-TGTTTTGCAAAGGTggtaaggacaatttctgtgtgggtagggtgggcatcaaattcgg
gi|7                          :                                     gcgctatgcaatgcctgctccacctcctacaatttagcttggtttctctttaactacgaaacgtctagttttaagttttgttgagctcttatataacaacttattggatatatgtttcttataaaacttgtatttcatgcaaaattttggtttaT---A-GT--TTTA--TACTTTGTGATTACCGATCCGT-GAC---TTTC---CTC--GA----CTTTTT-TTGTGCAAATTATCTTCGCTTT-GTCTTTAC-----T----------------GT------------------TTC-T-G--Agataggggacaatatttgtgtgggtggtg
gi|10                         :     gagtgtgttttagcgctattgcaatggctgcttccaacctcccacgatttagctccagtttctcttttaactacgaaaggtgtgagttatacaggtttgctgagcttttacataacactattgggtattatttaccagaattttttttcttaaaaaacttgtaattttatgcaaaattttagttgaT---A-GT--TTTA--TACTTTGTGTGTACCGATCCGT-GAC---TTTT---CCTC-GA----CTTTTATTTGTGCAAATTATCTTgggtcgttctatgaaaatttcgttccactt
gi|6                          :                agtgtgttagcgctatgcaatggctgctccacctcccacgatttagctcagtttctctttaactacgaaaggtgtagtattaaggtttgctgagcttttacataacaacatattgggtattattacagaatttttttttcttaaaaaacttgtattttatgcaaaattttagttga---A-AT--TTTAAATCCATTGTGTTCACTGATGCAT-GAC---TTTT---CTGG-GAGGGACTTTTAGTTGTACGAATTATCTTC-TTCTGGGGCTGAC-----TTTTATTAAAGAGTCACGT------------------TCCAT-GGAACTTTCGGG--GTTTAACGA----TGA--CCTTTCTGTGTTCTACGAA-ATTG--C----TTTAGG--------
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gi|5                          :                                                                                                                                                                                                    -AT--TTTA--TCCATTGTGTTCACTGGTCCAT-AAC---TTTT---ATGA-GA----CTTTTAATTGTACGAATTATCTTC-TTCT-GTGTTGAC-----T----------------GT------------------TCCAT-G--ACTTTTCGT--GT---ACG-----TGG--CTTTTCCGTG---TAT-AA-ATTG--T----TTTTGG--------TGT--TG-GG---A-TCTT-AGTT-A--GGACT--TG-TTCTATGGAA--TGT-CGT--ATTATAT-A-T-T-----TTAG----TTGTACGAGG-TGTTTTGCAAGGGTCTGTTGAGTTGTGGTTGG-CCCATGTGTCACGGCT-T---TCCCGCTCCTGTATTTT----GT-GGCAGTGGGCAAGCTCCTTGAGCTTGTATGGGCAGTTCGACAATCCCGCCTCCGCGAGT----------GCT--GTCTTGCG-GCATGCC
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gi|13                         :                                                                                                                                                                                     gctaaacaggtcggactgctccgttgtctgattgtttaaccattttcctttaactaagaaagctccagttttaatttttgttgagatcttacattacgcaacttagtggaacatatgatacggatttcatttctctaaaataaacttgtgttttaaagcgaaattttttgcgtggaattttaaatccat--CTTTACC-TG---TAC-AA-ATTGG-C----TTTCAT--------TGT--CGTGG---ACT-TT-ATTTTA--GAACT--TG-TTCTATGAAA--TGTACA---AACAGAT-A---A-----TTAGAGTATTGTACGATG-TGTTTTGCAAAGGctttcggggtttaacgatgacctttctgtgttctacgaaattgctttagg
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gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ttttgtCTCCTTAAGCTTGTATGGACAATTCGATGTTCCCGCATCCACGAGT--------CTGCT--GTCTTGCGAGCATGCC
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): AGTGTGTTAACGCTATGCAATGGCTACTCCACCTCCCACGATTTAGTTTAATTTCTCTTTTAACTACGAAAGGTCTAGTTTTAAGGTTTGCTGAGCTTTTACATAAGCCAACATATTGGATATTGAAGAAAAAAAAATTTCTTAAAAAAACTTGTATT






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Reference ( family-1604 )     :                                                                                                                                                                                   NNNATTNTAGGT--T---A-AT--TTTA--TNCNTTGTGTTCACTGATCCGTGAC----TTTTNN---G-A-GA----CTTTTAGTTGTACGAATTATCTTC-TTCT-GTGTTGA-----CT----------------GT------------------TCCA-TG--ACTTTTCGT--G-T---ACG-----TGG--CTTTTCCGTG---TAC-AA-ATTG--TTTTCG--G--------TGTC--G-GG---ACTCTT-ANTT-A--GGACTTG-TTCTATG-GAA--TGT-CGT--ACTATAT-A-T-T-----TTAG----TTGTACGAGG-TGTTTTGCAAGGGTCTGTTGAGTTGTGGTTGGCCCCATGTGTCACGGCTGC---TCCCGCTCCTGTATTTT----GTGGGCAGTGGGCAAGCTCCTTGAGCTTGTACGGGCAGTTCGACNTTCCCGCCTCCGCGAGTC-----T--GCT--GTCTTGCGAGCATGCCCAA
gi|1                          :                                                                                                                                                                                      ATTCTAGGT--TTACA-AT--TTTA--TTAAT-GTCTTCACTGATGGTTGAA----TTTTCAA--G-A-GA------TTTAGTTGTACGAGTTA-CTTC-TTCT-GTGTTGACAATTCT----------------GTAGTGATGATGAACTCCGATCCATTG--ACT----GT--GTT---ACGGCTTCTGG--CTTTTCCGTG---TAC-AAGATTG--GTTTTG--GGTGGATGATGTCATG-GGATAATTCTTGAGTT-AACGTAGTTGATTCTTTG-GAATGTGT-CGT--ATT-TTT-AGT-TTGTAGTTAG----TTGTACGAGG-T
gi|10                         : aatgtatgagtgtgttaagcgctatgcaatcggcacgctccacctctgattatttaacacccatttctctttaatcacgaatagctccagtttttaattttctgtcgagatcatattatagcaatgtatgtacttaattacgacaaacattttctcttaaaaacttgtgttttaagcggaaATTTTAGTTGAT---A-GT--TTTA--TACTTTGTGTGTACCGATCCGTGAC----TTTTCC---T-C-GA----CTTTTATTTGTGCAAATTATCTTagt
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                       agtgtgttagcgctatgcaatggctgctccacctcccacgatttagctcagtttctctttaactacgaaaggtgtagtattaaggtttgctgagcttttacataacaacatattgggtattattacagaatttttttttcttaaaaaacttgtattttatgcaaaTCCGTG---TAC-AA-ATTG--TTTTTG--G--------TGTT--G-GG---AATTTT-AGTT-A--GGACTTG-TTCTATG-GAA--TGT-CGT--ACTATGT-A-T-TG----TTAG----T--TACTAGG-TG-TTTGCAAGCGTCTGTTGAATTGTGGTTGG-CGCATGTGTCACGGCTGCTGATTCCGCTCCTGTATTTT----GTGGGCAGTGGGCAAGCTCCTTGAGC
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Reference ( family-1604 )     :                                                                                                                                                                                   NNNATTNTAGGT--T---A-AT--TTTA--TNCNTTGTGTTCACTGATCCGTGAC---TTTTCC---GA-GA----CTTTTAGTTGTACGAATTATCTTC-TTCT-GTGTTGA-----CT----------------GT------------------TCCA-TG--ACTTTTCGT--G-T---ACG-----TGG--CTTTTCCGTG---TAC-AA-ATTG--TTTTCGG--------TGTC--G-GG---ACTCTT-AGTT-A--GGACTTG-TTCTATGGAA--TGT-CGT--ACTATAT-A-T-T-----TTAG----TTGTACGAGG-TGTTTTGCAAGGGTCTGTTGAGTTGTGGTTGGN-CCATGTGTCACGGCTGC---TCCCGCTCCTGTATTTT----GTGGGCAGTGGGCAAGCTCCTTGAGCTTGTACGGGCAGTTCGACNNTCCCGCCTCCGCGAGTC-----T--GCT--GTCTTGCGAGCATGCCCAA
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gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                agaaaacttttatattaaacaagaCTCCTTAAGCTTGTATGGACAATTCGATGTTCCCGCATCCACGAGTC-----T--GCT--GTCTTGCGAGCATGCCatttgagtgtggt
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gi|2                          :                                                                                                                                                                                ttttgtATTTT-GGT--TTATA-GT--TTTA--TACTTTGTGTTCACTGATCCGTGAC---TTTTTCCAAGATGA----CTTTTATTTAAAAG------------TC--------------------------------GT------------------CCCA-TG--ATTTTTCGTACG-C---ACT-----T----CTTTTACTTG---TAC-AA-ATTGGCTTTTCAT--------TGTC--T-GG---ACTTTT-ATTT-A--GAACTTG-TTCTATGAAA--TGT-CGT--ACAACAG-A-TAA-----TTAGATA-TTGTACGATG-TGTTTTGCAAAGGT
gi|3                          :                                       gcgctatgcaatgcctgctccacctcctacaatttagcttggtttctctttaactacgaaacgtctagttttaagttttgttgagctcttatataacaacttattggatatatgtttcttataaaacttgtatttcatgcaaaATTATAAGC--T---A-AT--TTTA--TCCATTGTGTTCACTGGTCCATAAC---TTTTAT---GA-GA----CTTTTAATTGTACGAATTATCTTC-TTCT-GTGTTGA-----CT----------------GT------------------TCCA-TG--ACTTTTCGT--G-T---ACG-----TGG--CTTTTCCGTG---TAT-AA-ATTG--TTTTTGG--------TGTT--G-GG---ATTCTT-AGTT-A--GGACTTG-TTCTATGGAA--TGT-CGT--ATTATAT-A-T-T-----TTAG----TTGTACGAGGTTGTTTTGCAAGGGTCTGTTGAGTTGTGGTTGGG-CCATG-GTCACGGCTGT---TCCCGCTCCTGTAATTT----GTGGGCAGTGGGCAAGCTCCTTGAGCTTGTATGGGCAGTTCGACAATCCCGCCTCCGCGAGTA--------GCT--GTCTTGCGAGCATGCCCAAgataggggacaatatttgtgtgggtggtg
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gi|8                          :       gagtgtgttttagcgctattgcaatggctgcttccaacctcccacgatttagctccagtttctcttttaactacgaaaggtgtgagttatacaggtttgctgagcttttacataacactattgggtattatttaccagaattttttttcttaaaaaacttgtaattttatgcaaaATTGTAG-T--T---ATAG--TTTA--TACTTTGTGTTCACTGAACCGTGACACTTTTTCC---AAAGA----CTTTTAGCTGTATGAATTATCTTC-TTCT-GTATTGA-----CTTTATTGAAGAGTC---GT------------------CCCA-TG--ATTTTTCGT--gggtcgttctatgaaaatttcgttccactt
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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-1604 )     :                                                                                                                                                                                   NNNATTNTAGGT--T---A-AT--TTTA--TNCNTTGTGTTCACTGATCCGTGAC---TTTTCC---GA-GA----CTTTTANTTGTACGAATTATCTTC-TTCT-GTGTTGA-----CT----------------GT------------------TCCA-TG--ACTTTTCGT--G-T---ACG-----TGG--CTTTTCCGTG---TAC-AA-ATTG--TTTTCGG--------TGTC--G-GG---ATTCTT-AGTT-A--GGACTTG-TTCTATGGAA--TGT-CGT--ACTATAT-A-T-T-----TTAG----TTGTACGAGG-TGTTTTGCAAGGGTCTGTTGAGTTGTGGTTGGC-CCATGTGTCACGGCTGC---TCCCGCTCCTGTATTTT----GTGGGCAGTGGGCAAGCTCCTTGAGCTTGTACGGGCAGTTCGACNNTCCCGCCTCCGCGAGTC-----T--GCT--GTCTTGCGAGCATGCCCAA
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gi|10                         : aatgtatgagtgtgttaagcgctatgcaatcggcacgctccacctctgattatttaacacccatttctctttaatcacgaatagctccagtttttaattttctgtcgagatcatattatagcaatgtatgtacttaattacgacaaacattttctcttaaaaacttgtgttttaagcggaaATTTTAGTTGAT---A-GT--TTTA--TACTTTGTGTGTACCGATCCGTGAC---TTTTCC---TC-GA----CTTTTATTTGTGCAAATTATCTTagt
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                     agtgtgttagcgctatgcaatggctgctccacctcccacgatttagctcagtttctctttaactacgaaaggtgtagtattaaggtttgctgagcttttacataacaacatattgggtattattacagaatttttttttcttaaaaaacttgtattttatgcaaaTCCGTG---TAC-AA-ATTG--TTTTTGG--------TGTT--G-GG---AATTTT-AGTT-A--GGACTTG-TTCTATGGAA--TGT-CGT--ACTATGT-A-T-TG----TTAG----T--TACTAGG-TG-TTTGCAAGCGTCTGTTGAATTGTGGTTGGC-GCATGTGTCACGGCTGCTGATTCCGCTCCTGTATTTT----GTGGGCAGTGGGCAAGCTCCTTGAGC
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TGTACGAGG-TGCTTTGCAAGGGTCTGATGAGTTGTGGTTTGCGCCATGTGTCACAGCTGC---TCCCGCTCCTGTATTTT----GTAGACAGTGGGCAAGGTCCTTGAGCTTGTGCGGGTAGTTCGACTTTCCCGCCTCAGCGAGTC-----T--GCT--GTCTTGCGAGCATGCC
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  cg--CTTTACC-TG---TAC-AA-ATTGG-CTTTCAT--------TGTC--GTGG---ACT-TT-ATTTTA--GAACTTG-TTCTATGAAA--TGTACAA--AC-AGAT-A---A-----TTAGAGTATTGTACGATG-TGTTTTGCAAAGGgca
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     atacGTCTGTTTAATTGTGGTTGGCGCCATGTGTTACGGCTGC---TCCCGCTCCTGTATTTT----GTGGGCAGTGGGCAAGCTACTTGAGCTTGTACGGGCAGTTCGACTTTCCAGCCCAAGTGAGTC-----T--GTT--GTCTTGCGAGCATGCcgatagggcataatatttgtgttgggtagggtgggcataaaattcag
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                            TTA--TTCATTGTTTTCACTGATCCGTGACG--TTTTAA---GT-GA----CCTTTACTTGTACGAACTGTCTTT-TTCT-GTGTTTA-----TT----------------AT------------------Tac
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                agaaaacttttatattaaacaagaCTCCTTAAGCTTGTATGGACAATTCGATGTTCCCGCATCCACGAGTC-----T--GCT--GTCTTGCGAGCATGCCatttgagtgtggt
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               agtGGCAAGCTCCTTGAGCTTGCATG--------GACTTTCCCGCCTCAGCGAGT--------------------CGAGCATGCGCAgc
gi|2                          :                                                                                                                                                                                ttttgtATTTT-GGT--TTATA-GT--TTTA--TACTTTGTGTTCACTGATCCGTGAC---TTTTTCCAAGATGA----CTTTTATTTAAAAG------------TC--------------------------------GT------------------CCCA-TG--ATTTTTCGTACG-C---ACT-----T----CTTTTACTTG---TAC-AA-ATTGGCTTTTCAT--------TGTC--T-GG---ACTTTT-ATTT-A--GAACTTG-TTCTATGAAA--TGT-CGT--ACAACAG-A-TAA-----TTAGATA-TTGTACGATG-TGTTTTGCAAAGGT
gi|3                          :                                       gcgctatgcaatgcctgctccacctcctacaatttagcttggtttctctttaactacgaaacgtctagttttaagttttgttgagctcttatataacaacttattggatatatgtttcttataaaacttgtatttcatgcaaaATTATAAGC--T---A-AT--TTTA--TCCATTGTGTTCACTGGTCCATAAC---TTTTAT---GA-GA----CTTTTAATTGTACGAATTATCTTC-TTCT-GTGTTGA-----CT----------------GT------------------TCCA-TG--ACTTTTCGT--G-T---ACG-----TGG--CTTTTCCGTG---TAT-AA-ATTG--TTTTTGG--------TGTT--G-GG---ATTCTT-AGTT-A--GGACTTG-TTCTATGGAA--TGT-CGT--ATTATAT-A-T-T-----TTAG----TTGTACGAGGTTGTTTTGCAAGGGTCTGTTGAGTTGTGGTTGGG-CCATG-GTCACGGCTGT---TCCCGCTCCTGTAATTT----GTGGGCAGTGGGCAAGCTCCTTGAGCTTGTATGGGCAGTTCGACAATCCCGCCTCCGCGAGTA--------GCT--GTCTTGCGAGCATGCCCAAgataggggacaatatttgtgtgggtggtg
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                   tgt-AT--TTTA--TCCATTGTGTTCACTGGTCCATAAC---TTTTAT---GA-GA----CTTTTAATTGTACGAATTATCTTC-TTCT-GTGTTGA-----CT----------------GT------------------TCCA-TG--ACTTTTCGT--G-T---ACG-----TGG--CTTTTCCGTG---TAT-AA-ATTG--TTTTTGG--------TGTT--G-GG---A-TCTT-AGTT-A--GGACTTG-TTCTATGGAA--TGT-C-T--ATTATAT-A-T-T-----TTAG----TTGTACGAGG-TGTTTTGCAAGGGTCTGTTGAGTTGTGGTTGGC-CCATGTGTCACGGCTGT---TCCCGCTCCTGTATTTTTGGCGTGGGCAGTGGGCAAGCTCCTTGAGCTTGTATGGGCAGTTCGACAATCCCGCCTCCGCGAGTCGCGAGTAAGCTTGGTCTTGCGAGCATGCCCAA
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                      -AT--TTTA--TCCATTGTGTTCACTGGTCCATAAC---TTTTAT---GA-GA----CTTTTAATTGTACGAATTATCTTC-TTCT-GTGTTGA-----CT----------------GT------------------TCCA-TG--ACTTTTCGT--G-T---ACG-----TGG--CTTTTCCGTG---TAT-AA-ATTG--TTTTTGG--------TGTT--G-GG---A-TCTT-AGTT-A--GGACTTG-TTCTATGGAA--TGT-CGT--ATTATAT-A-T-T-----TTAG----TTGTACGAGG-TGTTTTGCAAGGGTCTGTTGAGTTGTGGTTGGC-CCATGTGTCACGGCT-T---TCCCGCTCCTGTATTTT----GT-GGCAGTGGGCAAGCTCCTTGAGCTTGTATGGGCAGTTCGACAATCCCGCCTCCGCGAG-------T--GCT--GTCTTGCG-GCATGCC
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                  ---A-AT--TTTAAATCCATTGTGTTCACTGATGCATGAC---TTTTCT---GG-GAGGGACTTTTAGTTGTACGAATTATCTTC-TTCTGGGGCTGA-----CTTTTATTAAAGAGTCACGT------------------TCCA-TGGAACTTTCGGG--G-TTTAACGA----TGA--CCTTTCTGTGTTCTACGAA-ATTG--CTTTAGG--------gc
gi|7                          :       gctaaacaggtcggactgctccgttgtctgattgtttaaccattttcctttaactaagaaagctccagttttaatttttgttgagatcttacattacgcaacttagtggaacatatgatacggatttcatttctctaaaataaacttgtgttttaaagcgaaattttttgcgtggATTTTAGTTGAT---A-GT--TTTA--TACTTTGTGATTACCGATCCGTGAC----TTTCC---TC-GA----CTTTT-TTTGTGCAAATTATCTTCGCTTT-GTCTTTA-----CT----------------GT------------------TTC--TG--A
gi|8                          :       gagtgtgttttagcgctattgcaatggctgcttccaacctcccacgatttagctccagtttctcttttaactacgaaaggtgtgagttatacaggtttgctgagcttttacataacactattgggtattatttaccagaattttttttcttaaaaaacttgtaattttatgcaaaATTGTAG-T--T---ATAG--TTTA--TACTTTGTGTTCACTGAACCGTGACACTTTTTCC---AAAGA----CTTTTAGCTGTATGAATTATCTTC-TTCT-GTATTGA-----CTTTATTGAAGAGTC---GT------------------CCCA-TG--ATTTTTCGT--gggtcgttctatgaaaatttcgttccactt
gi|9                          :                            tgtgttagcgctatgcaatggctgctccacctcctacaatttagcttggtttctctttaatctacgaaagtctagttttaagttttgttgggctcttatataacaacttattggatatattacagaaatattttctttaaaaagcttgtattttatgcaaaGT--T---G-ATAGTTTA--TACTTTGTGTTTAGTGATCCGTGAC---TTTCCA---AA-GA----CTTTTAGTTGTACAAATTATTTTC-T----GTGTTGA-----CTTTTATTAAAAAGTT--GT------------------TCTA-TG--ATTTTTTTTT-G-T---ATG-----CGGTACTTTTACTTG---TAC-AA-ATTGGCCTTTCAT--------TATC--T-GG---ATTTTT-ATTT-A--GAACTTG-TTCTATAAAA--TTT-CGTACACCAGATAA-T-T-----CCA------TGTACGATG-TGTTTTGCAAAGGTaccactt


blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                         T   T TTAT   T  AG    AA A T                     ACT    TCCAAGAT  GGGA      T                 G    G       .      TTTATTAAAGAGTCACGT                      .  GA         AC . TTA   A       TA       G  TTC   G  .    GC    T  .           GT    .   A T  .    T .        .          .    A   AC  T    A TTG          AGTA          T                                 G                 .                   TGGC  A                            C            TT                CGCGAGTAA   TG
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Reference ( family-1604 )     :                                                                                                                                                                                   NNNATTNTAGGTG-ATAATTTTA--TNCNTTGTGTTCACTGATCCGTGAC---TTTTNC----GN-GA----CTTTTANTTGTACGAATTATCTTC-TTCT-GTGTTGA-----CT----------------GT------------------TCCA-TG--ACTTTTCGT--G-T---ACG-----TGG--CTTTTCCGTG---TAC-AA-ATTG--TTTTCGG--------TGTC--G-GG---ATTCTT-AGTT-A--GGACTTG-TTCTATGGAA--TGT-CGT--ACTATAT-A-T-T-----TTAG----TTGTACGAGG-TGTTTTGCAAGGGTCTGTTGAGTTGTGGTTGGC-CCATGTGTCACGGCTGC---TCCCGCTCCTGTATTTT----GTGGGCAGTGGGCAAGCTCCTTGAGCTTGTACGGGCAGTTCGACNNTCCCGCCTCCGCGAGTC-----T--GCT--GTCTTGCGAGCATGCCCAA
gi|1                          :                                                                                                                                                                                      ATTCTAGGTTTACAATTTTA--TTAAT-GTCTTCACTGATGGTTGAA---TTTT-C----AA-GA----GATTTAGTTGTACGAGTTA-CTTC-TTCT-GTGTTGACAATTCT----------------GTAGTGATGATGAACTCCGATCCATTG--ACT----GT--GTT---ACGGCTTCTGG--CTTTTCCGTG---TAC-AAGATTG--GTTTTGGGTGGATGATGTCATG-GGATAATTCTTGAGTT-AACGTAGTTGATTCTTTGGAATGTGT-CGT--ATT-TTT-AGT-TTGTAGTTAG----TTGTACGAGG-T
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gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                 agtgtgttagcgctatgcaatggctgctccacctcccacgatttagctcagtttctctttaactacgaaaggtgtagtattaaggtttgctgagcttttacataacaacatattgggtattattacagaatttttttttcttaaaaaacttgtattttatgcaaaTCCGTG---TAC-AA-ATTG--TTTTTGG--------TGTT--G-GG---AATTTT-AGTT-A--GGACTTG-TTCTATGGAA--TGT-CGT--ACTATGT-A-T-TG----TTAG----T--TACTAGG-TG-TTTGCAAGCGTCTGTTGAATTGTGGTTGGC-GCATGTGTCACGGCTGCTGATTCCGCTCCTGTATTTT----GTGGGCAGTGGGCAAGCTCCTTGAGC
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gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            agaaaacttttatattaaacaagaCTCCTTAAGCTTGTATGGACAATTCGATGTTCCCGCATCCACGAGTC-----T--GCT--GTCTTGCGAGCATGCCatttgagtgtggt
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           agtGGCAAGCTCCTTGAGCTTGCATG--------GACTTTCCCGCCTCAGCGAGT--------------------CGAGCATGCGCAgc
gi|2                          :                                                                                                                                                                                ttttgtATTTTGGTTT-ATAGTTTTA--TACTTTGTGTTCACTGATCCGTGAC---TTTTTCCAAGAT-GA----CTTTTATTTAAAAG------------TC--------------------------------GT------------------CCCA-TG--ATTTTTCGTACG-C---ACT-----T----CTTTTACTTG---TAC-AA-ATTGGCTTTTCAT--------TGTC--T-GG---ACTTTT-ATTT-A--GAACTTG-TTCTATGAAA--TGT-CGT--ACAACAG-A-TAA-----TTAGATA-TTGTACGATG-TGTTTTGCAAAGGT
gi|3                          :                                       gcgctatgcaatgcctgctccacctcctacaatttagcttggtttctctttaactacgaaacgtctagttttaagttttgttgagctcttatataacaacttattggatatatgtttcttataaaacttgtatttcatgcaaaATTATAAGC---TAATTTTA--TCCATTGTGTTCACTGGTCCATAAC---TTTTAT----GA-GA----CTTTTAATTGTACGAATTATCTTC-TTCT-GTGTTGA-----CT----------------GT------------------TCCA-TG--ACTTTTCGT--G-T---ACG-----TGG--CTTTTCCGTG---TAT-AA-ATTG--TTTTTGG--------TGTT--G-GG---ATTCTT-AGTT-A--GGACTTG-TTCTATGGAA--TGT-CGT--ATTATAT-A-T-T-----TTAG----TTGTACGAGGTTGTTTTGCAAGGGTCTGTTGAGTTGTGGTTGGG-CCATG-GTCACGGCTGT---TCCCGCTCCTGTAATTT----GTGGGCAGTGGGCAAGCTCCTTGAGCTTGTATGGGCAGTTCGACAATCCCGCCTCCGCGAGTA--------GCT--GTCTTGCGAGCATGCCCAAgataggggacaatatttgtgtgggtggtg
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                 tgtATTTTA--TCCATTGTGTTCACTGGTCCATAAC---TTTTAT----GA-GA----CTTTTAATTGTACGAATTATCTTC-TTCT-GTGTTGA-----CT----------------GT------------------TCCA-TG--ACTTTTCGT--G-T---ACG-----TGG--CTTTTCCGTG---TAT-AA-ATTG--TTTTTGG--------TGTT--G-GG---A-TCTT-AGTT-A--GGACTTG-TTCTATGGAA--TGT-C-T--ATTATAT-A-T-T-----TTAG----TTGTACGAGG-TGTTTTGCAAGGGTCTGTTGAGTTGTGGTTGGC-CCATGTGTCACGGCTGT---TCCCGCTCCTGTATTTTTGGCGTGGGCAGTGGGCAAGCTCCTTGAGCTTGTATGGGCAGTTCGACAATCCCGCCTCCGCGAGTCGCGAGTAAGCTTGGTCTTGCGAGCATGCCCAA
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                    ATTTTA--TCCATTGTGTTCACTGGTCCATAAC---TTTTAT----GA-GA----CTTTTAATTGTACGAATTATCTTC-TTCT-GTGTTGA-----CT----------------GT------------------TCCA-TG--ACTTTTCGT--G-T---ACG-----TGG--CTTTTCCGTG---TAT-AA-ATTG--TTTTTGG--------TGTT--G-GG---A-TCTT-AGTT-A--GGACTTG-TTCTATGGAA--TGT-CGT--ATTATAT-A-T-T-----TTAG----TTGTACGAGG-TGTTTTGCAAGGGTCTGTTGAGTTGTGGTTGGC-CCATGTGTCACGGCT-T---TCCCGCTCCTGTATTTT----GT-GGCAGTGGGCAAGCTCCTTGAGCTTGTATGGGCAGTTCGACAATCCCGCCTCCGCGAG-------T--GCT--GTCTTGCG-GCATGCC
gi|6                          :                                                                                                                                                                                       TTTTGCGTG-G-AATTTTAAATCCATTGTGTTCACTGATGCATGAC---TTTTCT----GG-GAGGGACTTTTAGTTGTACGAATTATCTTC-TTCTGGGGCTGA-----CTTTTATTAAAGAGTCACGT------------------TCCA-TGGAACTTTCGGG--G-TTTAACGA----TGA--CCTTTCTGTGTTCTACGAA-ATTG--CTTTAGG--------gc
gi|7                          :                 gctaaacaggtcggactgctccgttgtctgattgtttaaccattttcctttaactaagaaagctccagttttaatttttgttgagatcttacattacgcaacttagtggaacatatgatacggatttcatttctctaaaataaacttgtgttttaaagcgaaattATTTTAGTTG-ATAGTTTTA--TACTTTGTGATTACCGATCCGTGAC----TTTCC----TC-GA----CTTTT-TTTGTGCAAATTATCTTCGCTTT-GTCTTTA-----CT----------------GT------------------TTC--TG--A
gi|8                          :       gagtgtgttttagcgctattgcaatggctgcttccaacctcccacgatttagctccagtttctcttttaactacgaaaggtgtgagttatacaggtttgctgagcttttacataacactattgggtattatttaccagaattttttttcttaaaaaacttgtaattttatgcaaaATTGTAGTT--ATAGTTT-A--TACTTTGTGTTCACTGAACCGTGACACTTTTTCC----AAAGA----CTTTTAGCTGTATGAATTATCTTC-TTCT-GTATTGA-----CTTTATTGAAGAGTC---GT------------------CCCA-TG--ATTTTTCGT--gggtcgttctatgaaaatttcgttccactt
gi|9                          :                         tgtgttagcgctatgcaatggctgctccacctcctacaatttagcttggtttctctttaatctacgaaagtctagttttaagttttgttgggctcttatataacaacttattggatatattacagaaatattttctttaaaaagcttgtattttatgcaaaTAGTTG-ATAGTTT-A--TACTTTGTGTTTAGTGATCCGTGAC---TTTCCA----AA-GA----CTTTTAGTTGTACAAATTATTTTC-T----GTGTTGA-----CTTTTATTAAAAAGTT--GT------------------TCTA-TG--ATTTTTTTTT-G-T---ATG-----CGGTACTTTTACTTG---TAC-AA-ATTGGCCTTTCAT--------TATC--T-GG---ATTTTT-ATTT-A--GAACTTG-TTCTATAAAA--TTT-CGTACACCAGATAA-T-T-----CCA------TGTACGATG-TGTTTTGCAAAGGTaccactt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): AGTGTGTTAACGCTATGCAATGGCTACTCCACCTCCCACGATTTAGTTTAATTTCTCTTTTAACTACGAAAGGTCTAGTTTTAAGGTTTGCTGAGCTTTTACATAAGCCAACATATTGGATATTGAAGAAAAAAAAATTTCTTAAAAAAACTTGTATT