lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1 22222222222 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111 33 3333333333 11111 1 111 3333333333 11 222 11 1111 111 1 11111 1 22 11 222 22222222 1111111111 77777777777777777777777777777777777777777777777 444444444444444444444444 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111111111111111 1111111111111111111111111
lowQualScore : 1 4 1 3333 1 1 1 888888 1 2222 5 1 4 6666 1 3 7 1 1 9 1 22 44 3 1 1 1 1 1 1 1 3 3 6 1 6666 22 44444 22222222222 3 5555555 1 66 1 3 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 7777 2 1111 33 2 77 6 6 44 3 3 3 3 3 3 11 3 1111111111 3 3 666 7 44444 3 0 000 666 3 44 66 7777777777 11 44 3 6 77 111 1 55 6 8888 4 4 4 3333 77 555 666 55 55 3 0 8 00000 3 0 44 3 6 22 44 6 11 444 9999999999999 3 9 11111111 3 5 33 0000000000 2 00000000000000000000000000000000000000000000000 5 4 1 333 888888888888 1 1 5555 3333 222222222222222222222222 3 22 44 5 77 6666 22 66 77 44 5555 3 0 5 6 1 1 1 1 1 1 1 77 1 1 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 3 9999999999999 4 22222222222222222 1111111111111111111111111 22 888 1 1 22 1 4 1
lowQualScore : . . . .... . . . ...... . .... . . . .... . . . . . . . .. .. . . . . . . . . . . . . .... .. ..... ........... . ....... . .. . . ................................................................................................... .... . .... .. . .. . . .. . . . . . . .. . .......... . . ... . ..... . . ... ... . .. .. .......... .. .. . . .. ... . .. . .... . . . .... .. ... ... .. .. . . . ..... . . .. . . .. .. . .. ... ............. . . ........ . . .. .......... . ............................................... . . . ... ............ . . .... .... ........................ . .. .. . .. .... .. .. .. .. .... . . . . . . . . . . . .. . . ...................................................................................................................... . ............. . ................. ......................... .. ... . . .. . . .
lowQualScore : 7 8 5 0000 4 4 4 666666 4 9999 5 4 1 5555 6 1 6 6 6 8 7 11 22 1 6 6 6 6 6 7 7 3 3 7 7 9999 33 22222 22222222222 3 3333333 7 22 7 6 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 7777 0 0000 77 9 99 2 7 66 1 1 1 1 1 1 22 6 9999999999 6 6 444 3 11111 6 9 000 444 6 66 55 7777777777 22 66 3 7 99 777 8 88 7 8888 0 0 0 4444 88 888 777 00 00 6 0 0 88888 3 0 66 3 7 55 22 2 55 222 5555555555555 1 2 99999999 1 0 22 9999999999 1 99999999999999999999999999999999999999999999999 4 8 7 000 999999999999 7 7 4444 7777 999999999999999999999999 6 55 33 2 22 9999 33 22 33 66 2222 3 2 0 7 7 7 6 6 6 5 5 00 5 5 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 0 3333333333333 3 55555555555555555 2222222222222222222222222 00 222 5 5 00 5 8 7
consensus : GTACATA-GAA-T-TACC----GAAAT-A-CC-CC--T--G-ATTTACC----G-AA-AT-ACCC--T-CAG-AAAAC-ACCGAAA-TAC-CCCCCT-AACC--TACCG--A-A-A-TACCCG-A-TTT-T-T-TC-A-TTTC-ATA-TT----A--T-----T-G------T--AA-TT--T----AA-AT--A-TTTG-TG--N-AAGAAG------T---T-TG-T-TTATA-AA---A--AAC--A--G--T-----A--TT---TAACA-A----A--TA-T----GA-A------TTTT----CTT-GTAT----AT--TG-C--TTG-AGT-CA--AGAA-CTGT-A-A-C-TCTC-ATATCAT-AAAG-AT-G-------GTGTATTT-GTG-TT---AG-AATT-----C-TTA-AATATT---C---AG-A--AGCA-CA-------AT-AA--TTTT--TGTGTGCCA-TT--CCC--ATTAAC--AAATGCCTT-A--T-A-AG-CTT-ACT-TA-ATGA-TA---TTT-A-TC-GACCAT--TT-AAT-AATGGTT----GTTAA-CA-AGA--TC-CA-CTGT-TC--TTT-T--CATA---AG------CC---G-TA-TCC-G--TGT-T-G-AAAT-AAAAG--AA----A-----AAGA-A-A---ATT-C---A--T-----AAA-T-AT--T----CG---A--ATGCTTGGT-T---T------------T-A-TAA----AA----AAG-AA--A---CTT---G-T-----AC-A--A--A-T--ATTT----A--AA--TT--ACAA--T----AA-TAT-GAAA-TGA-A-A-AAA-T-CGGGTA-T-T--T-CGGTAG-GT--------T--TAGG-------------------G-------------------G---------------------G--------------------G-------------------GG-T-------------A-TTTC-----------------GGT--------------------A----A--ATCA-G-G-GG-TA--TTTCGGTA-A-TTC-TATGTAC
Reference ( gi|5 ) : GTACATA-GAA-T-TACC----GAAAT-A-CC-CT--T--G-ATTTACC----G-AA-AT-ACCC--T-CAG-AAAAC-ACCGACA-TAC-CCCCGT-AACC--TACCG--A-A-A-TACCCG-A-TTT-T-T-TC-A-TTTC-ATA-TT----A--T-----T-T------T--AA-TT--T----AA-AT--A-TTTG-TG--A-AAGAAG------T---T-TG-T-TAATA-AA---A--AAC--A--G--T-----A--TT---TAACA-A----A--TA-T----GA-A------TTTT----CTT-GTAT----AT--TG-C--TTG-AGT-CA--AGAA-CTGT-A-A-C-TCTC-ATATCA--AAAG-AT-G-------TTGTATTT-GTG-TT---AG-AATT-----C-TTA-AATATT---C---AG-A--AGCA-CA-------A--AA--TTTT--TGCGTGCCA-TT--CC---ATTAAC--AAATGCCTT-A--T-A-AG-CTT-ACT-TA-ATGA-TA---TTT-A-TC-GACCAT--TT-AAT-AATGGTT----GTTAA-CA-AGA--TC-CA-CTG--TC--TTT-T--CATA---AG------CC---G-TA-TCC-G--TGT-T-G-AAAT-AAAAG--AA----A-----AAGATA-A---A---C---A--T-----AAA-T-AT--T----CG---A--ATGTTTGGT-T---T------------T-A-TAA----AA----AAG-AA--A---CTT---G-T-----AC-A--A--A-T--ATTT----A--AA--TT--ACAA--T----AA-TAT-GAAA-TGA-A-A-AAA-T-CGGGTA-T-T--T-CGGTAG-GT--------T--TAAG-------------------G-------------------G---------------------G--------------------G-------------------GG-T-------------A-TTTC-----------------GGT--------------------A----A--ATCA-G-G-GG-TA--TTTCGGTA-A-TTC-TATGTAC
gi|4 : GTACATA-GAA-T-TACC----GAAAT-A-CC-CT-----G-ATT-ACC----G-AA-AT-ACCC--C-CAG-AAAAC-ACCGAAA-TAC-CCCC-T--ACC--TACCA--A-A-A-TACTCG-A-TTT-T-T-TC-A-TTTC-ATA-TT-------T-----T-G------T--AA-TT--T----AA-AT--A-TTTG-TT-----ACAAGTT----T---T-TT-T-TTATA-AAAC-A--AAC--A--T--C-----A--TA---TAATT-T----A--T--T----GA-A------TTTT----TCT-TTCT----TT--TT-A--TT----T-CA----CA-CTGG-ATA-CGGCT---TATGA--AAAGAAC-G-------GTGGATCT--TG-TTAACAG-CATT-----A-TTA-AATGGT---CGATAA-AATAGCA-TATAAGT--A--AG--CTTA--TACG-G-CA-TTTGCT---ATTGG---GAATGGCAC-A--CAA-AA-ATT-ATT-C---TGG-T----TCT------GAATAT--TT-AAG-AAT--T------CTAA-CACAAA--TA-CA-CTA--TT--TTA-T--GATATG-AGAGTTTACA---G-TT-TTT-G---GC-T-C-AAGT-AATAT---A----C-----AAGA-A-A---ATTCC---A--T------TA-T-ATTGT----TA---A--ATACTTGTT-T---T------------T-A-TAT----AA----ACA-CA--A---CTT---C-TTAC--AC-A--A--A-T--ATAT-------AA--TT--ACAA--T----AA-TAT-GAAA-TGA-A-A-AAA-T-TGGGTA-T-T--T-CGGTAG-----------T--TAGG-------------------G-------------------G---------------------GGTATTTCGGTGTTTTATGA-G-------------------GG-T-------------A-TTTC-----------------GGT----------------------------ATCA-A-G-GG-TA--TTTCGG-A-A-TTC-TATG
gi|3 : GTACA---AAA-T-TACC----GAAAT-A-CC--T--T--G-ATTTACC----G-AA-ATTACCC--TTCAG-AAAAC-ACCGAAA-TAC-CCCC-T-AACC--TAC-G--A-A-A-TACCCG-A-TTT-T-T-TC-A-TTTC-ATG-TTT---A--T-----T-G------CG-AA-TT--T----AT-AT--A-TTTGGTG--TTAAGAAG------T---T-GT-T-TTATA-AA---A--A-C--A--GG-T-----A--TT---TAACA-A----A--TA-TAT--GA-A------TTTTTTTTCTT-GTAA----AT--TG-C--TTG-AGT-CA--AGAA-CTGT-A-A-C-TCTC-ATATCAT-AAAG-AT-AT------TTGTATTT-G-G-TT---AG-AA-T-----C-TTAGAATATT---C---AG-A--AGCG--A-------ATTAA--TTTT--TGTGTGCCA-TT--CCCA-ATAAACAAAAATGCCTA-A--T-A-AG-CTT-ACT-TA-ATGA-TA---TTT-AGTC-GACCAT--TT-AATAAATGGTT----GTTAA-CA-AGA--TC-CAGCTGT-TC--TTT-TTCCATA---CG------CC---G-TA-TCT-G--TG--T-G-AAAT-AAAAG--AA----A-----GAAA-A-A---ATTTC---AATT-----AAA-T-TA--T----CG---ACCATG-TTGGT-T---T------------T-A-TAA----AA----AAG-AA--A---CTT---G-TGA---AC-A--A--A-T--ATTTA---A--AA--TT--ACAA--T----AA-T-T-GAAATTGA-A-A-AAA-T-CGGGTA-T-TTGT-CGG-AG-G---------T--TAGG-------------------G-------------------GGGTATTTCGGTTTTTCTTGGTG--------------------G-------------------GG-T-------------ATTTTC-----------------GGT--------------------A----A--ATCA-G-G-GG-TA--TTTCGGTA-A-TTC-TATGTA
gi|2 : GTACATA-GAA-T-TACC----GAAAT-A-CC-CC--T--G-ATTTACC----GAAA-AT-ACCCCAC-CAA-GAAAA-ACCGAAA-TAC-CCCCCT-AACC--T-CCGACA-A-A-TACCCG-A-TTT-T-T-TCAA-TTTC-A-A-TT----A--T-----T-G------T--AATTT--T----AA-AT--A-TTTG-TT----CACAAG------TTTCT-TT-T-TTATA-AA---ACCAAC--ATGG--TCGATAA--TT---TAAT-------------T----GA-AATT---TTTT----CTT-
gi|7 : GTACATA-GAA-T--ACC----GAA-T-A-CC-CT-----G-AGTTACC----G-AA-AT-TCCC----CAG-AAAACAACCGAAA-TTC-CCACCT-AAACATTACCG--A-ATA-TACCCA-A-TTT-T-TCTC-A-TTTCGATATTT----A--T-----T-G------CAAAA-TT--T----AATAT--A--TTG-T------ACAAGTTCT--T---T-TG-T-T-ATA-AACCCA--AGC--A--T--TC----A--GT---TA--A-ATTTTA--TG-T----GA-T------TTTT----CTT-tcttttatttcacacagatacggcgtatggaaaaagaacagctggatcttgttaacaaccatttattaaatggtcgactaaatatcattaagtaagcttattaggcatttttgtttattgggaatggcacacaaaaattaattcgcttctgaatattctaagattctaaccaaatacaaatatctttatgatatgagagttacagttcttgactcaagcaatttacaagaaaaaaaattcatatatttgttaaatacctgtttttataaaacaacttcttaacaccaaatatataaattcgcaataaacatgaaatgaaaaaatcgggtatttcgtaggttagggggtattttcggtcgttttctgaggtaatttccggtaaatcaagtatacctctgcgggtatttctgta
gi|9 : aaattgttaatgtgatgtctaataaaagaacaggtaattttacacaattgatttttcgtgtattatcctcttgtagtcaagaactgtaactctccatatcataaagatagctgtattttgtgattaatattacttacttatgatatttatcagaagcacaataattttattgtgtgccatcccattaacaaatgcctataagccttattatagatacattttatcgaccattattaataaggctgttacaagatccactgtttcttttcataaacagcaatatccggtggtgcacataaaagGTACATA-GAA-T-TACC----GAAAT-A-CC-CC--T--G-ATTTACC----G-AA-AT-ACCC--C-CCG-AAAAC-ACCGAAA-TAC-CCCCCT-AACC--TACCG--A-A-A-TACCCG-A-TTT-T-T-TC-A-TTAC-ATA-TT----A--T-----T-G------T--AA-TT--T----AA-GT--A-TTTG-------AACAAGAC----T---T-TT-T-TTTTA-TA---A--AACCAA--G--C-----A--TT---TGATA-A----ATCTA-T----GG-AGTGTTGTTTT----CTT-c
gi|22 : gagcacatattgttaaatttttgtgttgcattccaataacaattgctttaaacaagctttactgtatatgaatattttatctgcaccttaatggttgttaacaagatccactgtcttttctatagctagtgtatccggatggtgaaataagaGTACATA-GAA-T-TACC----GAAAT-A-CC-CC--T--G-ATTTACC----G-AA-AT-ACCC--C-AAG-AAAAC-ACCGAAA-TAC-CCC
gi|24 : GTACATA-GAA-T-TACC----GAAAT-A-CC-CC--T--G-ATTTACC----G-AA-AT-AC
gi|27 : cggtgtttcaattatatatGTACATA-GAA-T-TACC----AAAAT-A-CT-CG--T--G-ATTTACC----G-AA-AT-
gi|28 : GTACATA-GAA-T-TACC----GAAAT-A-CC-C------G-ATTTAc
gi|6 : TACATA-GAA-T-TACC----GAAAT-A-CC-CC--T--G-ATTTACC----G-AA-AT-ACC-------------------------C-CCCCTT-AAAC--TACCG--A-A-A-TACCCG-A-TTT-T-T-TC-A-TTTC-ATA-TT----A--T-----T-G------T--AA-TT--------A-AT--A-TTTG-TA--C-AAT--G------T---T-TT-T-T-ATA-AAACCA--AAC--A--
gi|3 : acatgaattaccgaaatacccttgatttaccgaaataccctcagaaaacaccgacatataccccgtaacctaccgaaataccgattttttcatttcatattatttaatttaatatttgtgaaagaagttgttaataaaaacaggtatttaacaatatatggattttcttgtatattgcttgagtcaagaactgtaactctcatatcataaagatggtgtatttgtgttgaattcttaaatattcagaagcacaataattttgcgtgccattccattaacaaatgccttaataagcttactatctatatatcgccatttataatggttgttaacaagatccactgttcttttcataagccgtatccggtgtgaaataaaagaaaaaaagatcaataaactatcgaaTACATA-GAA-T-TACC----GAAAT-A-CC-CC--T--G-ATTTACC----GAAA-AT-ACCCCAC-CAA-GAAAA-ACCGAAA-TAC-CCCCCT-AACC--T-CCGACA-A-A-TACCCG-A-TTT-T-T-TCAA-TTTC-A-A-TT----A--T-----T-G------T--AATTT--T----AA-AT--A-TTTG-TT----CACAAG------TTTCT-TT-T-TTATA-AA---ACCAAC--ATGG--TCGATAA--TT---TAAT-------------T----GA-AATT---TTTT----CTT-
gi|14 : gtacaaaattaccgaaataccttgatttaccgaaattacccttcagaaaacaccgaaataccccctaacctacgaaatacccgattttttcatttcatgtttattgcgaatttatatatttggtgttaagaagttgttttataaaaacaggtatttaacaaatatatgaattttttttcttgtaaattgcttgagtcaagaactgtaactctcatatcataaagatatttgtatttggttagaatcttagaatattcagaagcgaattaatttttgtgtgccattcccaataaacaaaaatgcctaataagcttacttaatgatatttagtcgaccatttaataaatggttgttaacaagatccagctgttctttttccatacgccgtatctgtgtgaaataaaagaTACATA-GAA-T-TACT----GAAAT-A-TC-CT--T--G-ATTTACC----G-AA-AT-ACCC--T-CAG-AAAAC-ACCGAAA-TAC-CCCCCT-AACC--TACCG--A-A-A-TACCCA-A-T---------------------TT----A--T-----T-G------T--AA-TT--T----AA-AT--A-TTTG-TG--C-AAGAAG------T---T-TG-T-TTAT--AA---A--TAC--AG-G--T-----A--TT---TAACA-AT---A--TA-T----GG-AAT----TTTT----CTT-GTAT----AT--TG-C--TTG-AGT-CA--AGAA-CTGT-A-A-C-TCTC-ATATCA--
gi|6 : ACAT--GAA-T-TACC----GAAAT-A-CC-CT--T--G-ATTTACC----G-AA-AT-ACCC--T-CAG-AAAAC-ACCGACA-TATACCCCGT-AACC--TACCG--A-A-A-TACC-G-A-TTT-T-T-TC-A-TTTC-ATA-TT----A--T-----T-T---------AA-TT--T----AA--T--A-TTTG-TG--A-AAGAAG----------T-TG-T-TAAT--AA---A--AAC--AG-G--T-----A--TT---TAACA-AT---A--TA-T----GG-A------TTTT----CTT-GTAT----AT--TG-C--TTG-AGT-CA--AGAA-CTGT-A-A-C-TCTC-ATATCAT-AAAG-AT-G-------GTGTATTT-GTG-TT----G-AATT-----C-TTA-AATATT---C---AG-A--AGCA-CA-------A--TA--ATTT--TGCGTGCCA-TT--CC---ATTAAC--AAATGCCTTAA--T-A-AG-CTT-ACT----AT-C-TA---TAT-A-TC-G-CCAT--TT--AT-AATGGTT----GTTAA-CA-AGA--TC-CA-CTGT-TC--TTT-T--CATA---AG------CC---G-TA-TCCGG--TG--T-G-AAAT-AAAAGAAAA----A-----AAGATC-A---A---T---A--------AAC-T-A---T----CG---A--ATGTTTGGT-T---T------------T-A-TAA----AA----AAC-A--------TT---G-T-----AC-A--A--A-T--ATT--------AA--TT--ACAA--T----AA-TAT-GAAA-TGA-A-A-AAA-T-CGGGTA-T-T--T-CGGTA--GT--------T--TAAG-------------------G-------------------G---------------------G--------------------G-------------------GG-T-------------A-TTTC-----------------GGT--------------------A----A--ATCA-G-G-GG-TA--TTTCGGTA-A-TTC-TATGTA
gi|1 : ACATACGAACT-TACC----GAAAT-AACCACC--T--GTCTTTAC-------AACAT-ACCC----CAG-AAAAC-ACCGAAA-TAC-CCCCCT-AACC----CCG--ACA-A-TACCCGCA-TTT-T-T-TC-A--TTC-A-A-TT----A--T-----TGT------C--AG-TT--T----AA-ATA-A-TTTG-CG--ACAAG--T------T---T-TT-T-TTATA-AAACCA--AAC--A--T--TCGATAA--TT---TAAT-------------T----GA-AT-----TTTT----CTT-
gi|8 : tgcaatagaatgtaccgaataaccgttgatttaccttttgtgaatacctcagaaaacaccgaataccccctaacctaccgagaatacccaatttgtgttcattgcatattaagttgtaattttaaacatttgtggtaagaaagtttgtttataaacacagggtatttaacaatatgtggagatttttcttgtatattgcttggagtcagaagaactgtgaatctcatatcatagaagatagtgtatttgtgttagaattgccgttaaatattcagaagcagcaatacttttttgtgtgccattcccgaataagcaaatgccttaataagcttacgtatatgatatttttcgaccatttaatgaatggtttgctaaacagatcgcacgttcttttcatagagccgtatccggtgtgaaataaaagaACATA-GAA-T-TACC----GAA-T-A-CC-CC--T--G-ATT---C----G-AA-----TCC--C-CAG-AAAAC-ACCGA-A--AC-CCCC-T-AACT--AACCG--A-A-AATACCCA-A-TTT-T-T-TC---TTTCAATA--T----A--T-----T-G------CAAAA-TT--T----AA-AT--ATTTTG-TA--C-CAATAGTTCT--T---T-TG-T-T-ATA-AA---C--AAC--------T-----A--TTCGATAATA-ATTT-A--TG-T----GATG------TTTT----CTTCTTTT----AT--TG-C--
gi|12 : ataaaagacaggtaattttaacatcattgatttttctgtattatcttgagtcaagaactgttaactctcatatcataaagatagctgtatttgtgttaaattcttaaatatttcaggaagcacaataatttttgtgtgccattcccattaacaaatgccttagcttattataatgatatttatcgaccattttaatataggtgttaaacaagaatcccactgttctttttcataaaccatatccggatggtACATA-GAA-T-TACC----GAAAT-A-CC-CA--C--G-ATTTACC----G-AA-AT-ACCC--T-CAG-AAAAC-ACTGAAA-TAC-CCCCAT-AACC--TACCT--A-A-A-TACCCG-A-CTT-T-T-TC-G-TTTA-ATA-CC----A--G-----C-T------T--G----------------------TA-TA--A-AA----------------CG-T-TAAGA-AA---A--AAC--A--A--TC----A--TT---TAt
gi|4 : CATA-GAA-T-T-CC----GAAAT-A-CC-CT--T--G-AT--ACC----G-AA-AT-ACCC--T-CAT-AAAAC-ACCGAAA-TAC-CCCCCT-AAC---TACCG--A-A-A-TACCCA-A-TTT-T-T-TC-A-TTTC-ATA-TT----A--T-----T-G------T--AA-TT-------AT-AT--A-TTTG-TG--T-AAGAAG------T---TGTG-T-TTATATAA---A--AAC--AA-G--T-----A--TT---TAACA-A-------TA-TAATGGA-A------TTTT----CTT-GTAT----AT--TA-C--TTG-AGC-CA--AAAA-CTGT-A-AAC-TCTC-ATATCA--TAAA-AT-A-------GTGTATTT-GTG-TT---AG-AATT-----C-TTA-AATATT---C---AG-A--ACCA-GA-------AT-AA--TTTT--TGTGTGCCA-TT--CCC--AATAGC--AAATGCCGT-A--T-A-AG-CTT-ACT-TATATGC-TA---TTTTA-TC-GACCAT--TT-AAT-AAT-GCT----GTTAA-CA-AGA--TC-CA-CCGT-TC--TTT-T--CATA---AG------CC---G-TA-TCCAG--TG--T-G-AAAT-AAAA---AG----A-----AAGAAA-A---A---TTCAA--T-----AAATT-AT--A----TG------ATGTTT-GT-T---T------------T-A-TAA----AA----AA--AA--A---CTT---G-TA----AC-A--A--A-T--ATTT----A--AA--TT--ACAA-------AA-TAT-GAAA-TGA-A-A-AAA-T-CGAGTA-T-T--T-TGGTAG-GTAGGGGGTAT--TTCG-------------------GTGTTTTCT-----------G---------------------G--------------------G-------------------GG-T-------------A-TTTC-----------------GGT-------------------------A--ATCA---G-GG-TA--TTTCGGTA-A-TTC-TATGTACtttgttaaaattgcaataatatgaaatgaaaaaagcgggtattttggtaggttaggggggtatttcagtgttttcttagggtatttcggtaaatcttgggtatttcggtaattctag
gi|2 : ACA-GAA-A-TACCCGCAGAGGT-A-TA-CT--T--G-ATTTACC----GGAA-AT-TACC--T-CAG-AAAACGACCGAAAATAC-CCCC-T-AACC--TAC-G--A-A-A-TACCCG-A-TTT-T-T-TC-A-TTTC-ATG-TTT---A--T-----T-G------CG-AA-TT--T----AT-AT--A-TTTGGTG--TTAAGAAG------T---T-GT-T-TTATA-AA---A--A-C--A--GG-T-----A--TT---TAACA-A----A--TA-TAT--GA-A------TTTTTTTTCTT-GTAA----AT--TG-C--TTG-AGT-CA--AGAA-CTGT-A-A-C-TCTC-ATATCAT-AAAG-AT-AT------TTGTATTT-G-G-TT---AG-AA-T-----C-TTAGAATATT---C---AG-A--AGCG--A-------ATTAA--TTTT--TGTGTGCCA-TT--CCCA-ATAAACAAAAATGCCTA-A--T-A-AG-CTT-ACT-TA-ATGA-TA---TTT-AGTC-GACCAT--TT-AATAAATGGTT----GTTAA-CA-AGA--TC-CAGCTGT-TC--TTT-TTCCATA---CG------CC---G-TA-TCT-G--TG--T-G-AAAT-AAAAG--AA----A-----GAAA-A-A---ATTTC---AATT-----AAA-T-TA--T----CG---ACCATG-TTGGT-T---T------------T-A-TAA----AA----AAG-AA--A---CTT---G-TGA---AC-A--A--A-T--ATTTA---A--AA--TT--ACAA--T----AA-T-T-GAAATTGA-A-A-AAA-T-CGGGTA-T-TTGT-CGG-AG-G---------T--TAGG-------------------G-------------------GGGTATTTCGGTTTTTCTTGGTG--------------------G-------------------GG-T-------------ATTTTC-----------------GGT--------------------A----A--ATCA-G-G-GG-TA--TTTCGGTA-A-TTC-TATGTAC
gi|1 : ATA-GAA-TGTACC----GAATA-A-CC-GT--T--G-ATTTACCTTTTGTGA-AT-ACC---T-CAG-AAAAC-ACCGA-A-TAC-CCCC-T-AACC--TACCG--AGA-A-TACCCA-A-TTTGTGT-TC-A-TTGC-ATA-TT----AAGT-----T-G------T--AA-TT--TT---AA-AC--A-TTTG-TGGTA-AGAAAG------T---T-TG-T-TTATA-AA---C--A-C--A--GGGT-----A--TT---TAACA-AT---A--TG-T----GG-AGAT---TTTT----CTT-GTAT----AT--TG-C--TTGGAGT-CAGAAGAA-CTGT-G-A-A-TCTC-ATATCATAGAAG-AT-A-------GTGTATTT-GTG-TT---AG-AATTGC---CGTTA-AATATT---C---AG-A--AGCAGCA-------A--TACTTTTT--TGTGTGCCA-TT--CCCGAATAAGC--AAATGCCTT-AA-T-A-AG-CTT-ACG-TATATGA-TA---TTT-T-TC-GACCAT--TT-AATGAATGGTTT---GCTAA-AC-AGA--TCGCA-CGT--TC--TTT-T--CATAG--AG------CC---G-TA-TCC-G---GTGT-G-AAAT-AAAAG--AA----A-------GAAA-A---ATT-C---AATT-----AAA-T-TA--T----CG---A--ATGTTTGGT-T---T------------T-A-TAA----AA----A---AA--A---CTT---G-TC----GC-A--A--ATT--ATTT----A--AA--CTG-ACAA--T----AA-T-T-G-AA-TGA-A-A-AAA-TGCGGGTA-T-TG-T-CGG--G-GT--------T-----A-------------------G-------------------G---------------------G--------------------G-------------------GG-T-------------A-TTTC-----------------GGTGTTTTCTGGGGTATGTTGTAA----A--GACA-G-GTGGTTA--TTTCGGTA-AGTTCGTATGTa
gi|11 : tgcaATA-GAAAT-TACC----GAAAT-A-CC-CCC-T--G-ATTTACC----G-AA-ATAACCC--T-CGA-AAAAC-A-CGAAA-TAC-CCCC-T-AACC--TAACG--A-A-A-TACCCA-T-TTT-T-T-TC-ATTTTC-ATA-AT----A--T-----T-G------T--AA-TT--T----AA-ATTAA-TTTG-TG--T-AAGAAAGT----T---T-TGTT-TTAT--AA---A--AAC--AG-G--T-----A---T---TAACA-AT---A--TAGT----GG-AAT----TTTT----CTT-GTAT----AT--TG-CTTTTG-AGTCCA--AAAA-CTGT-A-A-C-TCTC-ATATCAT-AAAG-AT-A-------GTGTATTT-GTG-TT---AGAAATT-----C-TTA-AATATT---C---AG-A--AACA-CA-------AT-AAT-TTTT--TGTGTGCCATTT--CC---AATAACA-AAATGCCTT-A--T-
gi|10 : caaATA-GAAAT-TACC----GAAAT-A-CC-CCC-T--G-ATTTACC----G-AA-ATAACCC--T-CGA-AAAAC-A-CGAAA-TAC-CCCC-T-AACC--TAACG--A-A-A-TACCCA-T-TTT-T-T-TC-ATTTTC-ATA-AT----A--T-----T-G------T--AA-TT--T----AA-ATTAA-TTTG-TG--T-AAGAAAGT----T---T-TGTT-TTAT--AA---A--AAC--AG-G--T-----A---T---TAACA-AT---A--TAGT----GG-AAT----TTTT----CTT-GTAT----AT--TG-CTTTTG-AGTCCA--AAAA-CTGT-A-A-C-TCTC-ATATCAT-AAAG-AT-A-------GTGTATTT-GTG-TT---AGAAATT-----C-TTA-AATATT---C---AG-A--AACA-CA-------AT-AAT-TTTT--TGTGTGCCATTT--CC---AATAACA-AAATGCCTT-A--T-ta
gi|13 : caaATA-GAA-T-TAC------AAATTA-CC-CT-----G-ATTTACC------AA-AT-ACCC--C-CAGAAAAAC-ACTGAAA-TAC-CCACCTAAACC--TACAA--A-A-G-TCACCA-A---T-T-T-TC-A-TTTCTATA-TC----A----------T------G--AA-TG--T----AA-AT--A-TTT--TG--T-ACCAAGATTTCTT---T-TG---TACTA-AA---AT-AACCAA--G--C-----A--TT---C-ATA-A----ATTTA-T----GA-AT-----TTTT----CTT-GTTT----AT--Tta
gi|16 : taatggtttggtgtgaacaaatcactgattctttttcaagaggcgtaatccgtatgtgaTA-GAA-T-TAC-----AAAAT-A-CC-CG--T--G-ACTTACC----G-AA-AC-ACCC--T-CAG-AAAAC-ACCGAAA-TAC-CCCTCT-TACC--TACCG--A-A-G-TACCCA-ATTTT-T-T-TC-A-TTTC-ATA-AA----A--T-----T-G------T--AA-TT--C----AT-TT--A-TTTG-TG--G-AAGAAG------T---T-TG-C-TTATA-AAAC-A--AAG--AC-G--T-----A--TT---TA-------------A-T----GA-----------T----CTT-TGAT----ATTATG-C--TTG-ta
gi|12 : taacTA-GAA-T-TACC----GAAAT-A-CC-CA--A--G-ATTTACC----G-AA-AT-ACCC--T-AAG-AAAAC-ACTGAAA-TAC-CCCCCT-AACC--TACCA--A-A-A-TACCCG-C-TTT-T-T-TC-A-TTTC-ATA-TT----A--T-----T-G------C--AA-TT--TTAACAA-AT--A-
gi|19 : acatagaattaccgaaatacccacgatttaccgaaataccctcagaaaacactgaaatacccccataacctacctaaatacccgactttttcgtttaataccagcttgtataaaacgttaagaaaaaacaatcattAA-T-TACC----GAAAT-A-CC-CC--CAGA-AAACACC----A-AA-AC--CCC--T-CA--AACAC-ACCGAg
gi|25 : -TACC----GAAAT-A-CC-CT--T--G-ATTTATC----G-AA-AT-ACCttattggtgtaatactgtgtaagaagagtttgtttataaaaccaagcattt
gi|20 : ggtaagttagggaACC----GAAAT-A-CC-CCCCT--A-ACCTTCC----G-AA-AT-ACCC--
gi|18 : tttaccgaataccctcagaaaacC----GAAAT-A-CC-GT--T-----TTTACC----G-AA-AT-ACTC--T-CAG--GAAC-ACCGA---------------------------A-A-A-TA-CCG-A-TTT-T-T-TC-T-TTTCAATA-TT----G--TAAACCT-TAAGTACT--GA-TC--T----AG-AT--T-TTTT-T-----------------T---C-TG-G-TCATA-AA---A--ACCG-A--G--C-----A--TT---TAATA-T----C--TAGG----GA-A------TGTT----CTaaattcttcatttcatattattgtaatttaaatac
gi|20 : gtgaaaaagTTTACC----G-AA--T-ACCC--T-CAG-AAAAC-ACCGAAA-TAC-CCCCCT-AACC--TTCCG--A-A-A-TACCCA-A-ATT-C-T-TC-A-TTTC-ATA-TT----A--T-----T-G------T--AA-TT--T----AA-AT--A-tacgtacc
gi|19 : TTACC----G-AA-AT-ACCC--C-CAG-AAAAC-ACCAA-A--AC-CCCTCA-AACA--CACCG--A-c
gi|15 : aa-ACCGATA-------CTGA-AACC--TACCG--C-A-A-TACCC--A-TTT-T-T-TC-A-TTTC-ATA-TT----A--T-----T-G------T--AA-TT--T----AA-AT--A-CTGA-TG--T-AATAAT------T---T-TG-T-TAACA--------------A--G--C-----A--TT---TAAT--A----A--TC-TTCA-GA-A------TTTT----ttattggtgtaatactgtgtaagaagagtttgtttataaaaccaagcattt
gi|17 : atattttatcgagctctatggtagttacatttgtattaatgagcacttttcataagccaatttcggtgtgaaataACC--TACCA--A-A-A-TGCCCA-A-CTT-A-T-TC-A-TTTC-ATA-TTAATAA--T-----T-G------T--AA-CTAAA----AA-AA--A-CTTG-TA--C-AAAAAG----------T-TA-T-TTATA-AA---A--TCA--A--A--T-----A--TC---TAAGA-GT---T--TA-TG---GA-A------TTTT----TCT-GCACCAGAAT--GG-C--TCG-AGA-AA--AAAACCTG--A-A-C-CCCT-GTATttcggtat
gi|28 : gtacccctagagtacatgt--TACCG--A-A-A-TACCCG-A-TTT-ttcatat
gi|7 : t-TG-TCTAATA-AA---AG-AAC--A--GG-T-----AA-TT---TTACACA----A--T--T----GA-T------TTTT----CGT-GTATT---AT--CCTC--TTGTAGT-CA--AGAA-CTGT-A-A-C-TCTCCATATCAT-AAAG-ATAG-------CTGTATTTTGTGATT---AA-TATTACTTAC-TTATGATATTTATC---AG-A--AGCA-CA-------AT-AA--TTTTATTGTGTGCCA-TC--CC---ATTAAC--AAATGCC-T-A--T-A-AGCCTT-A-T-TA-TAGA-TACATTTT-A-TC-GACCATTATT-AAT-AA-GGCT----GTT-A-CA-AGA--TC-CA-CTGTTTC--TTT-T--CATAAACAG------CA---A-TA-TCCGG--TGG-T-GCACAT-AAAAG--AAG---A-----AAAAT--C---A---C---A--T-----AAA---AT--TTAACTG---A--ATGCTTGGG-T---T------------T-A-TAA----CA----AAA-GA--A---CTT---G-T-----AC-A--AT-A-T--A-TT----A--AATTTT--GCAA--TA---AA-TATCGAAA-TGAGA-A-AAA-T-TGGGTA-TAT--T-CGGTAATGT--------T--TAGG-------------------T-------------------G---------------------G--------------------GAATTTC-------------GG-TTGTTTTCTGGGGAA-TTTC-----------------GGT--------------------A----A--CTCA---G-GG-TA---TTCGGT--A-TTC-TATGTACattctatgtac
gi|8 : aaattgttaatgtgaATA-AA---A--GAC--A--GG-T-----AATTT---TAACATC----A--T--T----GA-T------TTTT----CT--GTATT---AT-----C--TTG-AGT-CA--AGAA-CTGTTA-A-C-TCTC-ATATCAT-AAAG-ATAG-------CTGTATTT-GTG-TT---A--AATT-----C-TTA-AATATTT--C---AGGA--AGCA-CA-------AT-AA--TTTT--TGTGTGCCA-TT--CCC--ATTAAC--AAATGCCTT-A-------G-CTT-ATTATA-ATGA-TA---TTT-A-TC-GACCAT--TTTAAT-A-TAGGT----GTTAAACA-AGAATCC-CA-CTG--TTCTTTT-T--CATA---AA------CC---A-TA-TCC-GGATGG-T-G-CAAT-AAAAG--AA----G-----AAAACATC---A---C---A--T-----AAA-TTAT--TAT--CG---A--ATAGTTG---T---T------------T-A-TAAC---AA----AAG-AACTA---TTG---G-T-----AC-A--A--AAT--ATTT----A--AA--TTTTGCAA--T----A--TATTGAAA--GA-A-A-AAA-T-TGGGTA-T-T--TTCGGTTA-GT--------T----AG-------------------G-------------------G---------------------G--------------------GTTTC---------------GG-T-------------G-TTTTCTG--------------GGG--------------------ATTCGA--ATCA-G-G-GG-TA--TT-CGGTA-A-TTC-TATGTc
gi|21 : -CTGT-A-A-C-TCTC-ATATCAT-AAAG-AT-GGTGTACATTGTATTT-GTA-TC---AG-AATT-----C-TTA-AATTTT---C---AG-A--GGt
gi|9 : --AGCA-CATATTGTTA--AA--TTTT--TGTGTTGCA-TT--CC---AATAAC--AATTGCTTT-AAAC-A-AG-CTTTACTGTATATGAATA---TTTTA-TCTG--CAC--CT---T-AATGGTT----GTTAA-CA-AGA--TC-CA-CTG--TC--TTT-T--C-TAT--AG------CTAGTG-TA-TCC-GGATGG-T-G-AAAT-AAGAA--AG----A-----AA-ACA-AC--A---CTCCA--T-----AGA-T-TTA-T----CA---A--ATGCTTGGT-T---T------------T-A-TAA----AA----AAA-AA--GT--CTT---G-T-----TC-A--A--A-T--ACTT----A--AA--TT--ACAA--T----AA-TAT-GTAA-TGA-A-A-AAA-T-CGGGTA-T-T--T-CGGTAG-G---------T--TAGGGGGGTATTTCGGTGTTTTCG-------------------G---------------------G--------------------G-------------------GG-T-------------A-TTTC-----------------GGT--------------------A----A--ATCA-G-G-GG-TA--TTTCGGTA-A-TTC-TATGTAC
gi|23 : g--AA--TTTT--CGTGTGCCA-TTG-CC---AATAAC--AAATGCCTTAA--T-ACAG-CTT-ACT-TATATGA-TA---TT
gi|11 : atT-TA-TTG--TG---TTT-C-T--GAATAT--TT-AAG-AAT--TT-----CTAA-CACAAA--TA-CA-CTA--TC--TTTAT--GATATG-AG------AG---T-TA--CA-G--TTT-TTG-GACTCAAAAG--CA----ATATACAAGAAA-A---ATTCC---AC-T-----A---T-AT--T-----GTT-A--ATACCTGTT-T---T------------T-A-TAA----AA----CAA-AA--CTTTCTT---A-C-----AC-A--A--A-TTAATTT----A--AA--TT--ACAA--T----AT-TAT-GAAAATGA-A-A-AAA-A-TGGGTA-T-T--T-CGTTAG-G---------T--TAGG-------------------G-------------------G---------------------GTATTTCGTGTTTTTCGA---G-------------------GGTT-------------A-TTTC-----------------GGT--------------------A----A--ATCAGG-G-GG-TA--TTTCGGTA-ATTTC-TATct
gi|10 : caaT-TA-TTG--TG---TTT-C-T--GAATAT--TT-AAG-AAT--TT-----CTAA-CACAAA--TA-CA-CTA--TC--TTTAT--GATATG-AG------AG---T-TA--CA-G--TTT-TTG-GACTCAAAAG--CA----ATATACAAGAAA-A---ATTCC---AC-T-----A---T-AT--T-----GTT-A--ATACCTGTT-T---T------------T-A-TAA----AA----CAA-AA--CTTTCTT---A-C-----AC-A--A--A-TTAATTT----A--AA--TT--ACAA--T----AT-TAT-GAAAATGA-A-A-AAA-A-TGGGTA-T-T--T-CGTTAG-G---------T--TAGG-------------------G-------------------G---------------------GTATTTCGTGTTTTTCGA---G-------------------GGTT-------------A-TTTC-----------------GGT--------------------A----A--ATCAGG-G-GG-TA--TTTCGGTA-ATTTC-TATttttttgtgtgccatttccaataacaaaatgccttatta
gi|13 : caaT-AATGGTTTGGTGTGAA-CA-A-A--TC--A-CTGATTC--TTT-TT-CAAG---AG------GC---G-TAATCC-G--TATGT-G-AAAT-AAACA--AG----A-----AAAATT---------C---A--T-----AAA-T-TT--A----TG---A--ATGCTTGGT-TATTT------------T-AGTAC----AA----AAG-AA--AT--CTT---GGT-----AC-A--A--AAT--ATTT----A--CA--TT---CA---T----GA-TATAGAAA-TGA-A-A-A---T-TGGTGA-C-T--T-TTGTAG-GT--------T--TAGGT------------------GGGTATTTCAGTGTTTTTCTG---------------------G--------------------G-------------------GG-T-------------A-TTT------------------GGT--------------------A----A--ATCA-G-G-GT-AA--TTT--GTA-A-TTC-TATttttttgtgtgccatttccaataacaaaatgccttatta
gi|15 : C--TTT-T--CATA---AG------CC---AATT-TCG-G--TGT---G-AAAT-AAAA----ATTCTG-----AAGAT---------------------------T-AT--T-----A---A--ATGCTTG---T---T------------A-A-CAA----AA-----------------TT---A-TT----AC-ATCA--G-T--ATTT----A--AA--TT--ACAA--T----AA-TAT-GAAA-TGA-A-A-AAA-T--GGGTA-T-T--G-CGGTAG-GT--------T--TCAG-------------------T-------------------A---------------------T--------------------C-------------------GG-----------------TTTC-----------------GGT--------------------A----ta
gi|1 : atattttatcgagctctatggtagttacatttgtattaatgagcaAT-ACAAG--AA----A-----AATCTC-C---A---C---A--T-----AT--T-GT--T-----A---A--ATACCCTGTGT---T------------T-A-TAA----AC----AA------A---CTT---T-CTTACCAC-A--A--A-T--GTTT----A--AAA-TT--ACAACTT----AA-TAT-GCAA-TGA-ACACAAA-T-TGGGTA-T-TC-T-CGGTAG-GT--------T----AG-------------------G-------------------G---------------------G--------------------GTATTC--------------GG-T-------------G-TTTTCTGAGGTATTCACAAAAGGT--------------------A----A--ATCA-A-C-GG-TT--ATTCGGTACA-TTC-TATt
gi|3 : tgcaT-ACAAG--AA----A-----AA---A-A---ATT-C---A--T-----A---T-AT--T----TGTTAA--ATACCTGTT-T---T------------T-A-TAA----AA----CA------A---CTT---C-TTAAC-ACCA--A--A-T--ATAT----A--AA--TTC-GCAA--T----AAACAT-GAAA-TGA-A-A-AAA-T-CGGGTA-T-T--T-C-GTAG-G---------T--TAGG-------------------G-------------------G---------------------GTATTTCGGTGTTTTCTGAA-G-------------------GG-TA------------A-TTTC-----------------GGT--------------------A----A--ATCA---A-GG-TA--TTTCGGTA-A-TTT---TGTACattgcttggagtcagaagaactgtgaatctcatatcatagaagatagtgtatttgtgttagaattgccgttaaatattcagaagcagcaatacttttttgtgtgccattcccgaataagcaaatgccttaataagcttacgtatatgatatttttcgaccatttaatgaatggtttgctaaacagatcgcacgttcttttcatagagccgtatccggtgtgaaataaaagaaagaaaaattcaattaaattatcgaatgtttggttttataaaaaaaacttgtcgcaaattatttaaactgacaataattgaatgaaaaaatgcgggtattgtcggggttaggggggtatttcggtgttttctggggtatgttgtaaagacaggtggttatttcggtaagttcgtatgt
gi|2 : T-ACAAG--AA----A-----AA---A-A---ATT-C---A--T-----A---T-AT--T----TGTTAA--ATACCTGTT-T---T------------T-A-TAA----AA----CA------A---CTT---C-TTAAC-ACCA--A--A-T--ATAT----A--AA--TTC-GCAA--T----AAACAT-GAAA-TGA-A-A-AAA-T-CGGGTA-T-T--T-C-GTAG-GT--------T-------------------------A-------------------G---------------------G--------------------G-------------------GG-T-------------ATTTTC-----------------GGT--------------------C----GTTTTCT-G-A-GG-TAATTTCCGGTA-A-ATC-aattgcttgagtcaagaactgtaactctcatatcataaagatatttgtatttggttagaatcttagaatattcagaagcgaattaatttttgtgtgccattcccaataaacaaaaatgcctaataagcttacttaatgatatttagtcgaccatttaataaatggttgttaacaagatccagctgttctttttccatacgccgtatctgtgtgaaataaaagaaagaaaaaatttcaattaaattatcgaccatgttggttttataaaaaagaaacttgtgaacaaatatttaaaattacaataattgaaattgaaaaaatcgggtatttgtcggaggttaggggggtatttcggtttttcttggtggggtattttcggtaaatcaggggtatttcggtaattctatgta
gi|18 : gtacatagaattaccgaaatacccctgatttaccgaaaataccccaccaagaaaaaccgaaatacccccctaacctccgacaaatacccgattttttcaatttcaattattgtaattttaaatatttgttcacaagtttcttttttataaaaccaacatggtcgataatttaattgaaattttttctttcttttatttcacacagatacggcgtatggaaaaagaacagctggatcttgttaacaaccatttattaaatggtcgactaaatatcattaagtaagcttattaggcatttttgtttattgggaatggcacacaaaaattaattcgcttctgaatattctaagattctaaccaaatacaaatatctttatgatatgagagttacagttcttgactcaagcaattG--AA----A-----AAGA-G-A---A---C---A--TTCCCTAGA-T-AT--T-----A---A--ATGCTCGGT-T---T------------TTA-TGACCAGAA----AAA-AA--A---TCT---A-G-----AT-C--A--G-T--ACTT----A--AGGTTT--ACAA--T----A--T-T-GAAA-AGA-A-A-AAA-T-C-GGTATT-T--T-CGGT---GT--------TCCT------------------------------------------G---------------------A--------------------G-------------------AG-T-------------A-TTTC-----------------GGT--------------------A----A--A--A-A-C-GG-TA--TTTCGaagtatacctctgcgggtatttctgta
gi|16 : gt----A-----AAGAT----------C---A--TT----AAA-T-A--------CG-------TCTTTG-T-T---T------------T-A-TAA------------GCAA--A---CTT---C-TTCC--AC-A--A--A-T--AAAT----G--AA--TT--ACAA--T----TT-TAT-GAAA-TGA-A-A-AAAAT-TGGGTA-C-T--T-CGGTAG-GT--------A--AGAG-------------------G-------------------G---------------------GTATTTCGGTGTTTTCTGA--G-------------------GG-T-------------G-TTTC-----------------GGT--------------------A----A--GTCA-C-G-GG-TA--TTTT-GTA-A-TTC-TAtacgtacc
gi|6 : taac-----AAGA-A-A---ATC-C---A--T-----ATA-T-TG--T----TA---A--ATACCTGTT-T---T------------T-A-TTA----AC----AA----------CTT---C-TTTC--AC-A--A--A-T--ATT-----A--AA--TT--A-AA--T----AA-TAT-GAAA-TGA-A-A-AAA-T-C-GGTA-T-T--T-CGGTAG-G---------T--TACG-------------------G-------------------G---------------------GTATATGTCGGTGTTTTCTGAG-------------------GG-T-------------A-TTTC-----------------GGT--------------------A----A--ATCA-A-G-GG-TA--TTTCGGTA-A-TTC--ATGTgatattatgcttg
gi|14 : -----AAGAAA-A---ATTCC---A--T-----ATA-T-TG--T----TA---A--ATACCTGTA-T---T------------T-A-TAA----AC----AAA-CT--T---CTT---G-C-----AC-A--A--A-T--ATTT----A--AA--TT--ACAA--T----AA--------------------A-T-TGGGTA-T-T--T-CGGTAG-GT--------T---AGG-------------------G-------------------G---------------------G--------------------GTATTTCGGTGTTTTCTGAGGG-T-------------A-TTTC-----------------GGT--------------------A----A--ATCA-A-G-GA-TA--TTTCAGTA-A-TTC-TATGTAgtatattgcttgagtcaagaactgtaactctcatatcataaagatggtgtatttgtgttgaattcttaaatattcagaagcacaataattttgcgtgccattccattaacaaatgccttaataagcttactatctatatatcgccatttataatggttgttaacaagatccactgttcttttcataagccgtatccggtgtgaaataaaagaaaaaaagatcaataaactatcgaatgtttggttttataaaaaacattgtacaaatattaattacaataatatgaaatgaaaaaatcgggtatttcggtagtttaagggggggtatttcggtaaatcaggggtatttcggtaattctatgta
gi|17 : AGAAA-A---ATTCC---A--T-----AAA-C-TC--T----TA---G--ATATTTGAT-T---T------------T-A-TAA----AT----AA----------CTTTTTG-T-----AC-A--A--G-T--TTTT----TTTAG--TT--ACAA--TTATTAA-TAT-GAAA-TGA-A-T-AAG-T-TGGGCA-T-T--T-TGGTAG-GT--------gtatattgcttgagtcaagaactgtaactctcatatca
gi|12 : gtacccctagagtacatgtATA-ACCTA---C---C--T-----AAA-T-AC--C----CG---A--CTTTTTCGT-T---TAATACCAGCTTGT-A-TAA----AACGTTAAG-AA--A---------A-A-----AC-A--ATCA-TTTATTTGTTAA--AA--TT--GCAA--T----AA-TAT-GAAA-TGA-A-A-AAA-G-CGGGTA-T-T--T-TGGTAG-G---------T--TAGG-------------------G-------------------G---------------------GGTATTTCAGTGTTTTCTTA-G-------------------GG-T-------------A-TTTC-----------------GGT--------------------A----A--ATCT-T-G-GG-TA--TTTCGGTA-A-TTC-TAgcaccagaatggctcgagaaaaaaacctgaacccctgtatttcatat
gi|26 : acatagaattaccgaaatacccacgatttaccgaaataccctcagaaaacactgaaataccccc---A--T-----AAA-T-TA--T----CG---A--ATGCTTGGT-T---T------------T-A-TAA----AA----g
gi|20 : agaaaaattca-T--ATTT----A--AA--TT--ACAA--T----AA-TAT-GAAA-TGA-A-G-AAT-T-TGGGTA-T-T--T-CGGAAG-GT--------T-----A-------------------G-------------------G---------------------G--------------------G-------------------GG-T-------------A-TTTC-----------------GGT--------------------GT---T--TTCT-GAG-GG-TA---TTCGGTA-A-
gi|12 : tTTT----A-------T--ACAAGCT----GG-TAT-TAAA-CGA-A-A-AAG-T-CGGGTA-T-T--T-AGGTAG-GT--------T---ATG-------------------G-------------------G---------------------G--------------------GTATTTCAGTGTTTTCTGAGGG-T-------------A-TTTC-----------------GGT--------------------A----A--ATCG-T-G-GG-TA--TTTCGGTA-A-TTC-TATGTc
gi|28 : -AAA-T-CGGGTA-T-T--T-CGGTAacgttaagaaaaaacaatcatttatttgttaaaattgcaataatatgaaatgaaaaaagcgggtattttggtaggttaggggggtatttcagtgttttcttagggtatttcggtaaatcttgggtatttcggtaattctag
gi|22 : tGGGTA-T-T--T-CGGT-G-TT--------T--T--C-------------------T-------------------T---------------------G--------------------G-------------------GG-T-------------A-TTTC-----------------GGT--------------------A----A--ATCA-G-G-GG-TA--TTTCGGTA-A-TTC-TATGTACattctatgtac
gi|24 : gGTA-T-T--T-CGGTAA-AT--------C---------------------------------------------A---------------------G--------------------G-------------------GG-T-------------A-TTTC-----------------GGT--------------------A----A--TTC
gi|25 : cggtgtttcaattatatatGGTAA-GT--------T-----A-------------------G-------------------G---------------------G--------------------A-------------------GG-T-------------A-TTTC-----------------GAT--------------------A----A--ATCA-A-G-GG-TA--TTTCGGTA-tatgtac
gi|24 : G-T-------------A-TTTC-----------------GGT--------------------A----A--ATCA-G-G-GG-TA--TTTCGGTA-A-TTC-TATGTAC
gi|27 : cggtgtttcaattatatat-------------A-TTTC-----------------GGT--------------------A----A--ATCA-C-G-AG-TA--TTTTGGTA-A-TTC-TATGTAC
gi|28 : T--------------------A----A--ATC----G-GG-TA--TTTCGGTA-A-TTC-TATGTACc
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 11 1111 11 11111111 2222222 333333333333333333 1111 1111 2222222222 11111 1 111 11 11 1 111 1 1111 11 111 2222222 2222222222222222 222222222222 11 1111 11 111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 5 2 5555 33 5555 4 2 5 2 2 2 44 2 2 2 333 5 1111 77 5 9999999 1 77 6 00 44 22222222 2 5 2 2 33 2 5555555 66 000000000000000000 3333 2222 44 3 88 6 6 44 3 3 3 3 44 3 4444444444 3 3 7 44444 3 0 000 3 3 3 88888 6 44 3 3 11 1 55 6 77 4 4 4 8 6 4 777 111 4 1 66 66 2 2222 4 55 4 8 4 3 77 3 3 666 000 3 3 2222222 3 55 2222222222222222 3 000000000000 555 77 3 7777 2 2 8888 6666 3 66666 3 44 3 3 44 44 6 44 3 2222 88 77 3 3 9 6 6 3 3 3 3 11 3 44 2 3 777777 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 6666 3 3 3 3
lowQualScore : . . .... .. .... . . . . . . .. . . . ... . .... .. . ....... . .. . .. .. ........ . . . . .. . ....... .. .................. .... .... .. . .. . . .. . . . . .. . .......... . . . ..... . . ... . . . ..... . .. . . .. . .. . .. . . . . . . ... ... . . .. .. . .... . .. . . . . .. . . ... ... . . ....... . .. ................ . ............ ... .. . .... . . .... .... . ..... . .. . . .. .. . .. . .... .. .. . . . . . . . . . .. . .. . . ...... ............................................................................................................................... .... . . . .
lowQualScore : 0 5 3333 55 0000 7 4 0 7 7 7 33 7 7 7 999 3 0000 33 3 0000000 2 33 2 22 22 99999999 9 3 7 7 77 7 4444444 88 555555555555555555 1111 7777 22 1 55 2 7 66 1 1 1 1 22 3 8888888888 6 6 3 11111 6 9 000 6 6 3 33333 7 66 3 1 22 6 88 7 99 0 0 0 0 0 0 000 777 4 9 11 33 0 5555 0 55 0 0 0 6 33 6 6 444 000 6 6 3333333 6 00 7777777777777777 1 777777777777 000 99 5 5555 9 9 9999 1111 3 44444 1 66 1 1 22 22 2 22 1 7777 55 33 1 1 8 2 2 1 1 1 1 55 1 44 9 2 999999 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1111 1 1 6 6
consensus : GTACATAGAA-T-TACC----GAAATACCCN-TGATTTACC----G-AAAT-A-CCCT-CAGAAAAC-ACCGAAA-TACCCCCC-TAACCTACCGA-AATAC-CCGA-TTT-T-TTCATTT-CATATT----A--TTGT-AATT--T----AAAT--ATTTG-TGN-AAGA--A-----G--TT-TGTTT-A-TA-AA--A-AACA-GG-TA--TTTAACA-ATATA-T----GAA---TTTT----CTTGTAT----AT--TG-CTT--G-AGTC-A--AGAA-CTGT-AA-CTCTC-ATA--TCATA-AAGATA-G-------TGTATTT-GTG-TTAG-AATT-----C-TTA-AATATT---CAG-AAGCA-CA-AT-----AA-TTTT--T-GTGTGCCATTCCC--ATTAAC--AAATGCCTT-A--TA-AGC-TT-ACT-TATATGA-TA---TTT-A-TC-GACCATT--T-AAT-AATGGTT----GTTAA-CAAGA--TC-CA-CTG-TT-CTTTT--C-ATA-AGCC---G---TA-TCC-GG-TGT-TGAA-ATAA--AAGAAAAAAA-AAA---TT-CAA-TAAA-T-NT-T--C----G---A--ATGCTTGG---TTTT-A-TAA----AA----AAGAA--A-CTT-GT--A-C-A--A--A-T--AT-TT----AAA--TT--ACAAT-A-ATAT-GAAA-TGA-AAAAAT-CGGGTA-T-T--T-CGGT-AG-GTT--T-AGGGGG------------------G------GGT-------------ATTT-------------C---------------------GG------------------------T--------------------A----AATCAGG-GG-TATTTCGGTAA-TTC-TATGTAC
Reference ( family-1602 ) : GTACATAGAA-T-TACC----GAAATACCCC-TGATTTACC----G-AAAT-A-CCCT-CAGAAAAC-ACCGAAA-TACCCCCC-TAACCTACCGA-AATAC-CCGA-TTT-T-TTCATTT-CATATT----A--TTGT-AATT--T----AAAT--ATTTG-TGN-AAGA--A-----G--TT-TGTTT-A-TA-AA--A-AACA-G--TA--TTTAACA-A-ATA-T----GAA---TTTT----CTTGTAT----AT--TG-CTT--G-AGTC-A--AGAA-CTGT-AA-CTCTC-ATA--TCATA-AAGATG-G-------TGTATTT-GTG-TTAG-AATT-----C-TTA-AATATT---CAG-AAGCA-CA-AT-----AA-TTTT--T-GTGTGCCATTCCC--ATTAAC--AAATGCCTT-A--TA-AGC-TT-ACT-TA-ATGA-TA---TTT-A-TC-GACCATT--T-AAT-AATGGTT----GTTAA-CAAGA--TC-CA-CTG-TT-CTTTT--C-ATA-AGCC---G---TA-TCC-G--TGT-TGAA-ATAA--AAGAAAAAGA-AAA---TT-CA--TAAA-T-AT-T--C----G---A--ATGCTTGG---TTTT-A-TAA----AA----AAGAA--A-CTT-GT--A-C-A--A--A-T--AT-TT----AAA--TT--ACAAT-A-ATAT-GAAA-TGA-AAAAAT-CGGGTA-T-T--T-CGGT-AG-GTT--T-AGGGGG------------------G------GGT-------------ATTT-------------C---------------------GG------------------------T--------------------A----AATCAGG-GG-TATTTCGGTAA-TTC-TATGTAC
gi|1 : ATAGAA-TGTACC----GAATAACCGT-TGATTTACCTTTTGTGAAT-A-CC-T-CAGAAAAC-ACCGAA--TACCCCC--TAACCTACCGAGAATAC-CCAA-TTTGTGTTCATTG-CATATT----AAGTTGT-AATT--TT---AAAC--ATTTG-TGGTAAGA--AA----G--TT-TGTTT-A-TA-AA--C-A-CA-GGGTA--TTTAACA-ATATG-T----GGAGATTTTT----CTTGTAT----AT--TG-CTT--GGAGTC-AGAAGAA-CTGT-GA-ATCTC-ATA--TCATAGAAGATA-G-------TGTATTT-GTG-TTAG-AATTGC---CGTTA-AATATT---CAG-AAGCAGCA-AT-----AC-TTTT--TTGTGTGCCATTCCCGAATAAGC--AAATGCCTT-AA-TA-AGC-TT-ACG-TATATGA-TA---TTT-T-TC-GACCATT--T-AATGAATGGTTT---GCTAA-ACAGA--TCGCA-C-G-TT-CTTTT--C-ATAGAGCC---G---TA-TCC-GG-TGT--GAA-ATAA--AAGAAAGA-A-AAA---TT-CAATTAAA-T-TA-T--C----G---A--ATGTTTGG---TTTT-A-TAA----AA----A--AA--A-CTT-GTC-G-C-A--A--ATT--AT-TT----AAA--CTG-ACAAT-A-AT-T-G-AA-TGA-AAAAATGCGGGTA-T-TG-T-CGG---G-GTT------AGGG------------------G------GGT-------------ATTT-------------C---------------------GG------------------------TGTTTTCTGGGGTATGTTGTAA----AGACAGGTGGTTATTTCGGTAAGTTCGTATGT
gi|10 : tgcaATAGAAAT-TACC----GAAATACCCCCTGATTTACC----G-AAAT-AACCCT-CGAAAAAC-AC-GAAA-TACCCCC--TAACCTAACGA-AATAC-CCAT-TTT-T-TTCATTTTCATAAT----A--TTGT-AATT--T----AAATTAATTTG-TGT-AAGA--A-----AGTTT-TGTTTTA-TA-AA--A-A-CA-GG-TA--TT-AACA-ATATAGT----GGAAT-TTTT----CTTGTAT----AT--TG-CTTTTG-AGTCCA--AAAA-CTGT-AA-CTCTC-ATA--TCATA-AAGATA-G-------TGTATTT-GTG-TTAGAAATT-----C-TTA-AATATT---CAG-AAACA-CA-AT-----AATTTTT--T-GTGTGCCATTTCC--AATAACA-AAATGCCTT-A--T
gi|11 : caaATAGAAAT-TACC----GAAATACCCCCTGATTTACC----G-AAAT-AACCCT-CGAAAAAC-AC-GAAA-TACCCCC--TAACCTAACGA-AATAC-CCAT-TTT-T-TTCATTTTCATAAT----A--TTGT-AATT--T----AAATTAATTTG-TGT-AAGA--A-----AGTTT-TGTTTTA-TA-AA--A-A-CA-GG-TA--TT-AACA-ATATAGT----GGAAT-TTTT----CTTGTAT----AT--TG-CTTTTG-AGTCCA--AAAA-CTGT-AA-CTCTC-ATA--TCATA-AAGATA-G-------TGTATTT-GTG-TTAGAAATT-----C-TTA-AATATT---CAG-AAACA-CA-AT-----AATTTTT--T-GTGTGCCATTTCC--AATAACA-AAATGCCTT-A--Tta
gi|12 : caaACATAGAA-T-TACC----GAAATACCCA-CGATTTACC----G-AAAT-A-CCCT-CAGAAAAC-ACTGAAA-TACCCCCA-TAACCTACCTA-AATAC-CCGA-CTT-T-TTCGTTT-AATACC----AGCTTGT-A-----T----AAAA--CGTTA-AGA-AAAA--ACAATCA--TT-TATTT-G-TT-AA--A-Ata
gi|12 : T-T--C----GTTTA--ATACCAGC---TTGT-A-TAA----AACGTTAAGAA--A-----AA--A-C-A--ATCA-TTTAT-TTGTTAAAA--TT--GCAAT-A-ATAT-GAAA-TGA-AAAAAG-CGGGTA-T-T--T-TGGT-AG-G-T--T-AGGGGG------------------GTATTTCAGT-------------GTTTTCTTAGGGTATTTC---------------------GG------------------------T--------------------A----AATCTTG-GG-TATTTCGGTAA-TTC-TAttgcaataatatgaaatgaaaaaagcgggtattttggtaggttaggggggtatttcagtgttttcttagggtatttcggtaaatcttgggtatttcggtaattctag
gi|12 : acatagaattaccgaaatacccacgatttaccgaaataccctcagaaaacactgaaatacccccataacctacctaaatacccgactttTAGAA-T-TACC----GAAATACCCA-AGATTTACC----G-AAAT-A-CCCT-AAGAAAAC-ACTGAAA-TACCCCCC-TAACCTACCAA-AATAC-CCGC-TTT-T-TTCATTT-CATATT----A--TTGC-AATT--TTAACAAAT--Ag
gi|13 : acatagaattaccgaaatacccacgatttaccgaaataccctcagaaaacactgaaatacccccataacctacctaaatacccgactttttcgtttaataccagcttgtataaaacgttaagaaaaaacaatcattT-AATGGTTTGGTGTGAA-CAA-A--TC--A-CTGATT-CTTTTT-C-AAG-AGGC---G---TAATCC-G--TATGTGAA-ATAA--ACAAGAAA----AA---TT-CA--TAAA-T-TT-A--T----G---A--ATGCTTGGTTATTTT-AGTAC----AA----AAGAA--ATCTTGGT--A-CAA--A--A-T--AT-TT----ACA--TT---C-AT-G-ATATAGAAA-TG---AAAAT-TGGTGA-C-T--T-TTGT-AG-GTT--T-A--GGT------------------G------GGT-------------ATTT-------------CAGTGTTTTTCTGGGGGTATTTGG------------------------T--------------------A----AATCAGG-GT-AATTT--GTAA-TTC-TATg
gi|14 : TACATAGAA-T-TACT----GAAATATCCT-TGATTTACC----G-AAAT-A-CCCT-CAGAAAAC-ACCGAAA-TACCCCCC-TAACCTACCGA-AATAC-CCAA-TTT---------------------A--TTGT-AATT--T----AAAT--ATTTG-TGC-AAGA--A-----G--TT-TGTTT-A-T--AA--A-TACAGG--TA--TTTAACA-ATATA-T----GGAAT-TTTT----CTTGTAT----AT--TG-CTT--G-AGTC-A--AGAA-CTGT-AA-CTCTC-ATA--TCAta
gi|15 : -CTTTT--C-ATA-AGCC---AA--TT-TCG-G--TGT--GAA-ATAA--AA-----------A---TT-C---TGAA-G-AT-TATT----A---A--ATGCTTG-----TTA-A-CAA----AA--------------TT-ATT-A-C-ATCA--G-T--AT-TT----AAA--TT--ACAAT-A-ATAT-GAAA-TGA-AAAAAT--GGGTA-T-T--G-CGGT-AG-GTT--TCAGTATC------------------G------G----------------TTT-------------C---------------------GG------------------------T--------------------A----
gi|16 : atattttatcgagctctatggtagttacatttgtattaatgagcaTAGAA-T-TAC-----AAAATACCCG-TGACTTACC----G-AAAC-A-CCCT-CAGAAAAC-ACCGAAA-TACCCCTC-TTACCTACCGA-AGTAC-CCAATTTT-T-TTCATTT-CATAAA----A--TTGT-AATT--C----ATTT--ATTTG-TGG-AAGA--A-----G--TT-TGCTT-A-TA-AAACA-AAGACG--TA--TTTA--------A-T----GA-------T----CTTTGAT----ATTATG-CTT--G-t
gi|17 : taacACCTACCAA-AATGC-CCAA-CTT-A-TTCATTT-CATATTAATAA--TTGT-AACTAAA----AAAA--ACTTG-TAC-AAAA--A-----G---T-TATTT-A-TA-AA--A-TCAA-A--TA--TCTAAGA-GTTTA-TG---GAA---TTTT----TCTGCACCAGAAT--GG-CTC--G-AGAA-A--AAAACCTG--AA-CCCCT-GTATTTCATA-
gi|18 : gtacccctagagtacatgtGAAAAAGA-GAACATTC-CC--TAGA-T-AT-T-------A---A--ATGCTCGG---TTTTTA-TGACCAGAA----AAAAA--A-TCT-AG--A-T-C--A--G-T--AC-TT----AAGGTTT--ACAAT-A--T-T-GAAA-AGA-AAAAAT-C-GGTATT-T--T-CGGT----GTTCCT-----GA------------------G------AGT-------------ATTT-------------C---------------------GG------------------------T--------------------A----AA--AAC-GG-TATTTCGt
gi|19 : gtTTACC----G-AAAT-A-CCCC-CAGAAAAC-ACCAAA---ACCCCTC-----------A-AACACACCGA-T---------------TATT----G--GTGT-AA----T----A-------CTG-TGT-AAGAAGA-----G--TT-TGTTT-A-TA-AA--A-CCAA-G--CA--TTTtacgtacc
gi|2 : aaACAGAA-A-TACCCGCAGAGGTATACT-TGATTTACC----GGAAAT-T-ACCT-CAGAAAACGACCGAAAATACCCCC--TAACCTAC-GA-AATAC-CCGA-TTT-T-TTCATTT-CATGTTT---A--TTGCGAATT--T----ATAT--ATTTGGTGTTAAGA--A-----G--TT-GTTTT-A-TA-AA--A-A-CA-GG-TA--TTTAACA-A-ATA-TAT--GAA---TTTTTTTTCTTGTAA----AT--TG-CTT--G-AGTC-A--AGAA-CTGT-AA-CTCTC-ATA--TCATA-AAGATATT-------TGTATTT-G-G-TTAG-AA-T-----C-TTAGAATATT---CAG-AAGCG-AA-TT-----AA-TTTT--T-GTGTGCCATTCCCA-ATAAACAAAAATGCCTA-A--TA-AGC-TT-ACT-TA-ATGA-TA---TTT-AGTC-GACCATT--T-AATAAATGGTT----GTTAA-CAAGA--TC-CAGCTG-TT-CTTTTTCC-ATA-CGCC---G---TA-TCT-G--TG--TGAA-ATAA--AAGAAAGAAA-AAAT--TT-CAATTAAA-T-TA-T--C----G---ACCATG-TTGG---TTTT-A-TAA----AA----AAGAA--A-CTT-GTGAA-C-A--A--A-T--AT-TTA---AAA--TT--ACAAT-A-AT-T-GAAATTGA-AAAAAT-CGGGTA-T-TTGT-CGG--AG-GTT------AGGG------------------G------GGT-------------ATTT-------------C---------------------GGTTTTTCTTGGTGGGGTATTTTCGGT--------------------A----AATCAGG-GG-TATTTCGGTAA-TTC-TATGTAC
gi|20 : TTTACC----G-AA-T-A-CCCT-CAGAAAAC-ACCGAAA-TACCCCCC-TAACCTTCCGA-AATAC-CCAA-ATT-C-TTCATTT-CATATT----A--TTGT-AATT--T----AAAT--Aa
gi|21 : -CTGT-AA-CTCTC-ATA--TCATA-AAGATG-GTGTACATTGTATTT-GTA-TCAG-AATT-----C-TTA-AATTTT---CAG-AGGc
gi|22 : GTACATAGAA-T-TACC----GAAATACCCC-TGATTTACC----G-AAAT-A-CCCC-AAGAAAAC-ACCGAAA-TACCCC
gi|23 : -AT-----AA-TTTT--C-GTGTGCCATTGCC--AATAAC--AAATGCCTTAA--TACAGC-TT-ACT-TATATGA-TA---TT
gi|24 : GTACATAGAA-T-TACC----GAAATACCCC-TGATTTACC----G-AAAT-A-Cct
gi|25 : cggtgtttcaattatatatGGT-AA-GTT------AGGG------------------A------GGT-------------ATTT-------------C---------------------GA------------------------T--------------------A----AATCAAG-GG-TATTTCGGTA
gi|26 : A-AAA---TT-CAA-TAAA-T-TA-T--C----G---A--ATGCTTGG---TTTT-A-TAA----AA----
gi|27 : agaGTACATAGAA-T-TACC----AAAATACTCG-TGATTTACC----G-AAAT-
gi|28 : GTACATAGAA-T-TACC----GAAATACCC---GATTTAc
gi|3 : GTACA--AAA-T-TACC----GAAATACCT--TGATTTACC----G-AAATTA-CCCTTCAGAAAAC-ACCGAAA-TACCCCC--TAACCTAC-GA-AATAC-CCGA-TTT-T-TTCATTT-CATGTTT---A--TTGCGAATT--T----ATAT--ATTTGGTGTTAAGA--A-----G--TT-GTTTT-A-TA-AA--A-A-CA-GG-TA--TTTAACA-A-ATA-TAT--GAA---TTTTTTTTCTTGTAA----AT--TG-CTT--G-AGTC-A--AGAA-CTGT-AA-CTCTC-ATA--TCATA-AAGATATT-------TGTATTT-G-G-TTAG-AA-T-----C-TTAGAATATT---CAG-AAGCG-AA-TT-----AA-TTTT--T-GTGTGCCATTCCCA-ATAAACAAAAATGCCTA-A--TA-AGC-TT-ACT-TA-ATGA-TA---TTT-AGTC-GACCATT--T-AATAAATGGTT----GTTAA-CAAGA--TC-CAGCTG-TT-CTTTTTCC-ATA-CGCC---G---TA-TCT-G--TG--TGAA-ATAA--AAGAAAGAAA-AAAT--TT-CAATTAAA-T-TA-T--C----G---ACCATG-TTGG---TTTT-A-TAA----AA----AAGAA--A-CTT-GTGAA-C-A--A--A-T--AT-TTA---AAA--TT--ACAAT-A-AT-T-GAAATTGA-AAAAAT-CGGGTA-T-TTGT-CGG--AG-GTT------AGGG------------------G------GGT-------------ATTT-------------C---------------------GGTTTTTCTTGGTGGGGTATTTTCGGT--------------------A----AATCAGG-GG-TATTTCGGTAA-TTC-TATGTA
gi|4 : CATAGAA-T-T-CC----GAAATACCCT-TGAT--ACC----G-AAAT-A-CCCT-CATAAAAC-ACCGAAA-TACCCCCC-TAAC-TACCGA-AATAC-CCAA-TTT-T-TTCATTT-CATATT----A--TTGT-AATT-------ATAT--ATTTG-TGT-AAGA--A-----G--TTGTGTTT-A-TATAA--A-AACAAG--TA--TTTAACA-A--TA-TAATGGAA---TTTT----CTTGTAT----AT--TA-CTT--G-AGCC-A--AAAA-CTGT-AAACTCTC-ATA--TCATA-AA-ATA-G-------TGTATTT-GTG-TTAG-AATT-----C-TTA-AATATT---CAG-AACCA-GA-AT-----AA-TTTT--T-GTGTGCCATTCCC--AATAGC--AAATGCCGT-A--TA-AGC-TT-ACT-TATATGC-TA---TTTTA-TC-GACCATT--T-AAT-AATG-CT----GTTAA-CAAGA--TC-CA-CCG-TT-CTTTT--C-ATA-AGCC---G---TA-TCCAG--TGT--GAA-ATAA--AAAGAAAGAA-AAA---TT-CAA-TAAA-TTAT-A--T----G---A---TGTTTG----TTTT-A-TAA----AA----AA-AA--A-CTT-GT--AAC-A--A--A-T--AT-TT----AAA--TT--ACAA--A-ATAT-GAAA-TGA-AAAAAT-CGAGTA-T-T--T-TGGT-AG-G----T-AGGGGGTATTTCGGTGTTTTCTGGG------GGT-------------ATTT-------------C---------------------GG------------------------T--------------------A----A-TCAGG-G--TATTTCGGTAA-TTC-TATGTAC
gi|5 : GTACATAGAA-T-TACC----GAAATACCCT-TGATTTACC----G-AAAT-A-CCCT-CAGAAAAC-ACCGACA-TACCCCCG-TAACCTACCGA-AATAC-CCGA-TTT-T-TTCATTT-CATATT----A--TTTT-AATT--T----AAAT--ATTTG-TGA-AAGA--A-----G--TT-TGTTA-A-TA-AA--A-AACA-G--TA--TTTAACA-A-ATA-T----GAA---TTTT----CTTGTAT----AT--TG-CTT--G-AGTC-A--AGAA-CTGT-AA-CTCTC-ATA--TCA-A-AAGATG-T-------TGTATTT-GTG-TTAG-AATT-----C-TTA-AATATT---CAG-AAGCA-CA-A------AA-TTTT--T-GCGTGCCATT-CC--ATTAAC--AAATGCCTT-A--TA-AGC-TT-ACT-TA-ATGA-TA---TTT-A-TC-GACCATT--T-AAT-AATGGTT----GTTAA-CAAGA--TC-CA-CTG--T-CTTTT--C-ATA-AGCC---G---TA-TCC-G--TGT-TGAA-ATAA--AAGAAAAAGATAAA------CA--TAAA-T-AT-T--C----G---A--ATGTTTGG---TTTT-A-TAA----AA----AAGAA--A-CTT-GT--A-C-A--A--A-T--AT-TT----AAA--TT--ACAAT-A-ATAT-GAAA-TGA-AAAAAT-CGGGTA-T-T--T-CGGT-AG-GTT--T-AAGGGG------------------G------GGT-------------ATTT-------------C---------------------GG------------------------T--------------------A----AATCAGG-GG-TATTTCGGTAA-TTC-TATGTAC
gi|6 : ACAT-GAA-T-TACC----GAAATACCCT-TGATTTACC----G-AAAT-A-CCCT-CAGAAAAC-ACCGACA-TATACCCCGTAACCTACCGA-AATAC-C-GA-TTT-T-TTCATTT-CATATT----A--TT-T-AATT--T----AA-T--ATTTG-TGA-AAGA--A-----G--TT--GTTA-A-TA-AA--A-A-CA-GG-TA--TTTAACA-ATATA-T----GGA---TTTT----CTTGTAT----AT--TG-CTT--G-AGTC-A--AGAA-CTGT-AA-CTCTC-ATA--TCATA-AAGATG-G-------TGTATTT-GTG-TT-G-AATT-----C-TTA-AATATT---CAG-AAGCA-CA-AT-----AA--TTT--T-GCGTGCCATT-CC--ATTAAC--AAATGCCTTAA--TA-AGC-TT-ACT----AT-C-TA---TAT-A-TC-G-CCATT--T--AT-AATGGTT----GTTAA-CAAGA--TC-CA-CTG-TT-CTTTT--C-ATA-AGCC---G---TA-TCC-G---GTGTGAA-ATAA--AAGAAAAA-A-AGA---TC-AA--TAAACT-A--T--C----G---A--ATGTTTGG---TTTT-A-TAA----AA----AACA------TT-GT--A-C-A--A--A-T--AT-T------AA--TT--ACAAT-A-ATAT-GAAA-TGA-AAAAAT-CGGGTA-T-T--T-CGGT-A--GTT--T-AAGGGG------------------G------GGT-------------ATTT-------------C---------------------GG------------------------T--------------------A----AATCAGG-GG-TATTTCGGTAA-TTC-TATGTA
gi|7 : -TGTCT-AATA-AA--AGAACA-GG-TAA-TTTTACACA-AT--T----GAT---TTTT----CGTGTATT---AT--CCTCTT--GTAGTC-A--AGAA-CTGT-AA-CTCTCCATA--TCATA-AAGATA-GC------TGTATTTTGTGATTAA-TATTACTTAC-TTATGATATTTATCAG-AAGCA-CA-AT-----AA-TTTTATT-GTGTGCCAT-CCC--ATTAAC--AAATGCCT--A--TA-AGCCTT-A-T-TA-TAGA-TACATTTT-A-TC-GACCATTATT-AAT-AA-GGCT----GTTA--CAAGA--TC-CA-CTG-TTTCTTTT--C-ATA-AACA---GCAATA-TCC-GG-TGG-TGCACATAA--AAGAAGAA---AAA---TCACA--TAAA---AT-T--TAACTG---A--ATGCTTGG---GTTT-A-TAA----CA----AAAGA--A-CTT-GT--A-C----A--A-T--ATATT----AAATTTT--GCAATAA-ATATCGAAA-TGAGAAAAAT-TGGGTA-TAT--T-CGGT-AATGTT--T-AGGTGG------------------GAATTTCGGTTGTTTTCTGGGGAATTT-------------C---------------------GG------------------------T--------------------A----ACTCA-G-GG-TA-TTCGGT-A-TTC-TATGTAC
gi|8 : aaattgttaatgtga-A-TA-AA--A-GACA-GG-TAATTTTAACATC-AT--T----GAT---TTTT----CT-GTATT---AT-----CTT--G-AGTC-A--AGAA-CTGTTAA-CTCTC-ATA--TCATA-AAGATA-GC------TGTATTT-GTG-TTA--AATT-----C-TTA-AATATTT--CAGGAAGCA-CA-AT-----AA-TTTT--T-GTGTGCCATTCCC--ATTAAC--AAATGCCTT-A------GC-TT-ATTATA-ATGA-TA---TTT-A-TC-GACCATT--TTAAT-A-TAGGT----GTTAAACAAGAATCC-CA-CTG-TT-CTTTTT-C-ATA-AACC---A---TA-TCC-GGATGG-TGCA-ATAA--AAGAAGAA-A-ACA---TCACA--TAAA-TTAT-TATC----G---A--ATAGTTG-----TTT-A-TAAC---AA----AAGAACTA-TTG-GT--A-C-A--A--AAT--AT-TT----AAA--TTTTGCAAT-ATAT-T-GAAA--GA-AAAAAT-TGGGTA-T-T--TTCGGTTAG---T--T-AGGGGG------------------TTTC---GGT-------------GTTT-------------TCTG------------------GG------------------------G--------------------ATTCGAATCAGG-GG-TATT-CGGTAA-TTC-TATGTc
gi|9 : AGCA-CATATTGTTAAA-TTTT--T-GTGTTGCATTCCA--AT-AAC--AATTGCTTT-AAACA-AGC-TTTACTGTATATGAATA---TTTTA-TCTG--CACC--T---T-AATGGTT----GTTAA-CAAGA--TC-CA-CTG-T--CTTTT--CTATA--GCTAGTG---TA-TCC-GGATGG-TGAA-ATAAGAAAGAAAACAA-CAC---TC-CA--TAGA-T-TTAT--C----A---A--ATGCTTGG---TTTT-A-TAA----AA----AAAAA--GTCTT-GT--T-C-A--A--A-T--AC-TT----AAA--TT--ACAAT-A-ATAT-GTAA-TGA-AAAAAT-CGGGTA-T-T--T-CGGT-AG-G-T--T-AGGGGG------------------GTATTTCGGT-------------GTTTTCGGGGGGTATTTC---------------------GG------------------------T--------------------A----AATCAGG-GG-TATTTCGGTAA-TTC-TATGTACt
Alignments
lowQualScore : 11 1111 11 11111111 111 111 1111 1111 222222222 11111 1 111 11 11 111 1 1111 11 1 1111 111 11111 11 1111 11 111111 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999
lowQualScore : 5 2 5555 88 5555 5 2 5 2 2 2 44 2 2 2 333 5 1111 77 5 9999999 1 77 6 00 44 22222222 2 5 2 2 888 33 2 77 0 2 5 2 8 2 2 2 666 3 3333 3333 3 99 6 6 44 3 3 3 3 44 3 333333333 3 3 7 44444 3 0 000 3 3 3 88888 6 44 3 11 1 55 6 77 4 4 4 4 5 4 4 777 111 4 1 66 66 2 2222 4 55 4 8 4 44 77 3 3 666 666 3 7777 9 3 0 3 3333 333 44444 555 555 77 3 7777 2 2 8888 6666 3 66666 3 3 11 3 3 44 44 6 44 3 2222 88 77 3 3 9 6 6 3 3 3 3 11 3 44 2 3 777777 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 5555 2 2 3 3
lowQualScore : . . .... .. .... . . . . . . .. . . . ... . .... .. . ....... . .. . .. .. ........ . . . . ... .. . .. . . . . . . . . ... . .... .... . .. . . .. . . . . .. . ......... . . . ..... . . ... . . . ..... . .. . .. . .. . .. . . . . . . . ... ... . . .. .. . .... . .. . . . .. .. . . ... ... . .... . . . . .... ... ..... ... ... .. . .... . . .... .... . ..... . . .. . . .. .. . .. . .... .. .. . . . . . . . . . .. . .. . . ...... ............................................................................................................................... .... . . . .
lowQualScore : 3 7 7777 99 3333 0 5 3 7 7 7 33 7 7 7 999 3 0000 33 3 0000000 2 33 2 22 22 99999999 9 3 7 7 333 77 7 33 8 9 7 9 6 9 9 9 888 1 1111 8888 3 22 7 7 66 1 1 1 1 22 3 222222222 6 6 3 11111 6 9 000 6 6 3 33333 7 66 3 22 6 88 7 99 0 0 0 0 7 0 0 000 777 4 9 11 33 0 5555 0 55 0 0 0 44 33 6 6 444 444 6 5555 8 6 3 1 8888 222 66666 000 000 99 5 5555 9 9 9999 1111 3 44444 1 1 55 1 1 22 22 2 22 1 7777 55 33 1 1 8 2 2 1 1 1 1 55 1 44 9 2 999999 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 7777 9 9 3 3
consensus : GTACATAGAA-T-TACC----GAAATACCCT-TGATTTACC----G-AAAT-A-CCCT-CAGAAAAC-ACCGAAA-TACCCCCC-TAACCTACCGA-AATAC-CCGA-TTT-T-TTCATTT-CATATT----A--TTGT-AATT--T----AAAT--ATTTG-TGN-AAGA--A-----G--TT-TGTTT-A-TA-AAA-AACAG--G-TA--TTTA-ACAA-T-ATA-T-G-A-A---TT-TT----CTTGTAT----ATTG-CTT--G-AGTC-A--AGAA-CTGT-AA-CTCTC-ATA--TCATA-AAGATA-G-------TGTATTT-GTG-TTAG-AATT-----C-TTA-AATATT---CAG-AAGCA-CA-AT-----AA-TTTT--T-GTGTGCCATTCCC--ATTAAC--AAATGCCTT-A--TA-AGC-TT-ACT-TATA-TGA-TA---TTT-A-TC-GACCATT--T-AAT-AATGGTT----GTTAA-CAAGA--TC-CA-CTG-TT-CTTTT--C-ATA-AGCC---G---TA-TCCG-G-TG-TGAA-ATAAAAGAAAAAAA-AA-A--TTCA-A-TAAATT--N-T---CG---A--ATGCTTGG---TTTT-A-TAA----AA----AAGAA--A-CTT-G-T--A-C-A--A--A-T--AT-TT----AAA--TT--ACAAT-A-ATAT-GAAA-TGA-AAAAAT-CGGGTA-T-T--T-CGGT-AG-GTT--T-AGGGGG------------------G------GGT-------------ATTT-------------C---------------------GG------------------------T--------------------A----AATCAGG-GG-TATTTCGGTAA-TTC-TATGTAC
Reference ( family-1602 ) : GTACATAGAA-T-TACC----GAAATACCCN-TGATTTACC----G-AAAT-A-CCCT-CAGAAAAC-ACCGAAA-TACCCCCC-TAACCTACCGA-AATAC-CCGA-TTT-T-TTCATTT-CATATT----A--TTGT-AATT--T----AAAT--ATTTG-TGN-AAGA--A-----G--TT-TGTTT-A-TA-AAA-AACAG--G-TA--TTTA-ACAA-T-ATA-T-G-A-A---TT-TT----CTTGTAT----ATTG-CTT--G-AGTC-A--AGAA-CTGT-AA-CTCTC-ATA--TCATA-AAGATA-G-------TGTATTT-GTG-TTAG-AATT-----C-TTA-AATATT---CAG-AAGCA-CA-AT-----AA-TTTT--T-GTGTGCCATTCCC--ATTAAC--AAATGCCTT-A--TA-AGC-TT-ACT-TATA-TGA-TA---TTT-A-TC-GACCATT--T-AAT-AATGGTT----GTTAA-CAAGA--TC-CA-CTG-TT-CTTTT--C-ATA-AGCC---G---TA-TCCG-G-TGTTGAA-ATAAAAGAAAAAAA-AA-A--TTCA-A-TAAATN--T-T---CG---A--ATGCTTGG---TTTT-A-TAA----AA----AAGAA--A-CTT-G-T--A-C-A--A--A-T--AT-TT----AAA--TT--ACAAT-A-ATAT-GAAA-TGA-AAAAAT-CGGGTA-T-T--T-CGGT-AG-GTT--T-AGGGGG------------------G------GGT-------------ATTT-------------C---------------------GG------------------------T--------------------A----AATCAGG-GG-TATTTCGGTAA-TTC-TATGTAC
gi|1 : ATAGAA-TGTACC----GAATAACCGT-TGATTTACCTTTTGTGAAT-A-CC-T-CAGAAAAC-ACCGAA--TACCCCC--TAACCTACCGAGAATAC-CCAA-TTTGTGTTCATTG-CATATT----AAGTTGT-AATT--TT---AAAC--ATTTG-TGGTAAGA--AA----G--TT-TGTTT-A-TA-AAC-A-CAG--GGTA--TTTA-ACAA-T-ATG-T-G-G-AGATTT-TT----CTTGTAT----ATTG-CTT--GGAGTC-AGAAGAA-CTGT-GA-ATCTC-ATA--TCATAGAAGATA-G-------TGTATTT-GTG-TTAG-AATTGC---CGTTA-AATATT---CAG-AAGCAGCA-AT-----AC-TTTT--TTGTGTGCCATTCCCGAATAAGC--AAATGCCTT-AA-TA-AGC-TT-ACG-TATA-TGA-TA---TTT-T-TC-GACCATT--T-AATGAATGGTTT---GCTAA-ACAGA--TCGCA-C-G-TT-CTTTT--C-ATAGAGCC---G---TA-TCCG-G-TG-TGAA-ATAAAAG-AAAGAA-AA-A--TTCA-ATTAAATT--A-T---CG---A--ATGTTTGG---TTTT-A-TAA----AA----A--AA--A-CTT-G-TC-G-C-A--A--ATT--AT-TT----AAA--CTG-ACAAT-A-AT-T-G-AA-TGA-AAAAATGCGGGTA-T-TG-T-CGG---G-GTT------AGGG------------------G------GGT-------------ATTT-------------C---------------------GG------------------------TGTTTTCTGGGGTATGTTGTAA----AGACAGGTGGTTATTTCGGTAAGTTCGTATGT
gi|10 : tgcaATAGAAAT-TACC----GAAATACCCCCTGATTTACC----G-AAAT-AACCCT-CGAAAAAC-AC-GAAA-TACCCCC--TAACCTAACGA-AATAC-CCAT-TTT-T-TTCATTTTCATAAT----A--TTGT-AATT--T----AAATTAATTTG-TGT-AAGA--A-----AGTTT-TGTTTTA-TA-AAA-A-CAG--G-TA--TT-A-ACAA-T-ATAGT-G-G-AAT-TT-TT----CTTGTAT----ATTG-CTTTTG-AGTCCA--AAAA-CTGT-AA-CTCTC-ATA--TCATA-AAGATA-G-------TGTATTT-GTG-TTAGAAATT-----C-TTA-AATATT---CAG-AAACA-CA-AT-----AATTTTT--T-GTGTGCCATTTCC--AATAACA-AAATGCCTT-A--T
gi|11 : caaATAGAAAT-TACC----GAAATACCCCCTGATTTACC----G-AAAT-AACCCT-CGAAAAAC-AC-GAAA-TACCCCC--TAACCTAACGA-AATAC-CCAT-TTT-T-TTCATTTTCATAAT----A--TTGT-AATT--T----AAATTAATTTG-TGT-AAGA--A-----AGTTT-TGTTTTA-TA-AAA-A-CAG--G-TA--TT-A-ACAA-T-ATAGT-G-G-AAT-TT-TT----CTTGTAT----ATTG-CTTTTG-AGTCCA--AAAA-CTGT-AA-CTCTC-ATA--TCATA-AAGATA-G-------TGTATTT-GTG-TTAGAAATT-----C-TTA-AATATT---CAG-AAACA-CA-AT-----AATTTTT--T-GTGTGCCATTTCC--AATAACA-AAATGCCTT-A--Tta
gi|12 : caaACATAGAA-T-TACC----GAAATACCCA-CGATTTACC----G-AAAT-A-CCCT-CAGAAAAC-ACTGAAA-TACCCCCA-TAACCTACCTA-AATAC-CCGA-CTT-T-TTCGTTT-AATACC----AGCTTGT-A-----T----AAAA--CGTTA-AGA-AAAA--ACAATCA--TT-TATTT-G-TT-AAA-----------A--TT---GCAA-TAATA-T-G-A-A---ta
gi|12 : TT--T-T---CGTTTA--ATACCAGC---TTGT-A-TAA----AACGTTAAGAA--A-----A-A--A-C-A--ATCA-TTTAT-TTGTTAAAA--TT--GCAAT-A-ATAT-GAAA-TGA-AAAAAG-CGGGTA-T-T--T-TGGT-AG-G-T--T-AGGGGG------------------GTATTTCAGT-------------GTTTTCTTAGGGTATTTC---------------------GG------------------------T--------------------A----AATCTTG-GG-TATTTCGGTAA-TTC-TAatgaaaaaagcgggtattttggtaggttaggggggtatttcagtgttttcttagggtatttcggtaaatcttgggtatttcggtaattctag
gi|12 : acatagaattaccgaaatacccacgatttaccgaaataccctcagaaaacactgaaatacccccataacctacctaaatacccgactTAGAA-T-TACC----GAAATACCCA-AGATTTACC----G-AAAT-A-CCCT-AAGAAAAC-ACTGAAA-TACCCCCC-TAACCTACCAA-AATAC-CCGC-TTT-T-TTCATTT-CATATT----A--TTGC-AATT--TTAACAAAT--Ag
gi|13 : acatagaattaccgaaatacccacgatttaccgaaataccctcagaaaacactgaaatacccccataacctacctaaatacccgactttttcgtttaataccagcttgtataaaacgttaagaaaaaacaatcattT-AATGGTTTGGTGTGAA-CAA-A--TC--A-CTGATT-CTTTTT-C-AAG-AGGC---G---TAATCCGTA-TGT-GAA-ATAAAC---AAGAA-AA-A--TTCA---TAAATT--T-A---TG---A--ATGCTTGGTTATTTT-AGTAC----AA----AAGAA--ATCTTGG-T--A-CAA--A--A-T--AT-TT----ACA--TT---C-AT-G-ATATAGAAA-TG---AAAAT-TGGTGA-C-T--T-TTGT-AG-GTT--T-A--GGT------------------G------GGT-------------ATTT-------------CAGTGTTTTTCTGGGGGTATTTGG------------------------T--------------------A----AATCAGG-GT-AATTT--GTAA-TTC-TATg
gi|14 : TACATAGAA-T-TACT----GAAATATCCT-TGATTTACC----G-AAAT-A-CCCT-CAGAAAAC-ACCGAAA-TACCCCCC-TAACCTACCGA-AATAC-CCAA-TTT---------------------A--TTGT-AATT--T----AAAT--ATTTG-TGC-AAGA--A-----G--TT-TGTTT-A-TA-AAT-A-CAG--G-TA--TTTA-ACAA-T-ATA-T-G-G-AAT-TT-TT----CTTGTAT----ATTG-CTT--G-AGTC-A--AGAA-CTGT-AA-CTCTC-ATA--TCAta
gi|15 : -CTTTT--C-ATA-AGCC---A---AT-TTCG-G-TG-TGAA-AT----------AA-AA-A--TTCT-G-AAGATT--A-T---TA---A--ATGCTTG-----TTA-A-CAA----AA--------------TT-ATT--A-C-ATCA--G-T--AT-TT----AAA--TT--ACAAT-A-ATAT-GAAA-TGA-AAAAAT--GGGTA-T-T--G-CGGT-AG-GTT--TCAGTATC------------------G------G----------------TTT-------------C---------------------GG------------------------T--------------------A----
gi|16 : atattttatcgagctctatggtagttacatttgtattaatgagcaTAGAA-T-TAC-----AAAATACCCG-TGACTTACC----G-AAAC-A-CCCT-CAGAAAAC-ACCGAAA-TACCCCTC-TTACCTACCGA-AGTAC-CCAATTTT-T-TTCATTT-CATAAA----A--TTGT-AATT--C----ATTT--ATTTG-TGG-AAGA--A-----G--TT-TGCTT-A-TA-AAA-CAAAGACG-TA--TTTA-ATGA-T-CTT-T-G-ATA---TTATG----CTTGt
gi|17 : taacACCTACCAA-AATGC-CCAA-CTT-A-TTCATTT-CATATTAATAA--TTGT-AACTAAA----AAAA--ACTTG-TAC-AAAA--A-----G---T-TATTT-A-T--AAA-ATCAA--A-TA--TCTA-AGAG-T-TTA-TGG-A-A---TT-TT----TCTGCACCAGAATGG-CTC--G-AGAA-A--AAAACCTG--AA-CCCCT-GTATTTCATA-
gi|18 : gtacccctagagtacatgtGAAAAAGA-GA-ACATTCC-C-TAGATA--T-T----A---A--ATGCTCGG---TTTTTA-TGACCAGAA----AAAAA--A-TCT-A-G--A-T-C--A--G-T--AC-TT----AAGGTTT--ACAAT-A--T-T-GAAA-AGA-AAAAAT-C-GGTATT-T--T-CGGT----GTTCCT-----GA------------------G------AGT-------------ATTT-------------C---------------------GG------------------------T--------------------A----AA--AAC-GG-TATTTCGt
gi|19 : gtTTACC----G-AAAT-A-CCCC-CAGAAAAC-ACCAAA---ACCCCTC-----------A-AACACACCGA-T---------------TATT----G--GTGT-AA----T----A-------CTG-TGT-AAGAAGA-----G--TT-TGTTT-A-T--AAA-ACCAA--G-CA--TTTtacgtacc
gi|2 : aaACAGAA-A-TACCCGCAGAGGTATACT-TGATTTACC----GGAAAT-T-ACCT-CAGAAAACGACCGAAAATACCCCC--TAACCTAC-GA-AATAC-CCGA-TTT-T-TTCATTT-CATGTTT---A--TTGCGAATT--T----ATAT--ATTTGGTGTTAAGA--A-----G--TT-GTTTT-A-TA-AAA-A-CAG--G-TA--TTTA-ACAAAT-ATA-T-G-A-A---TT-TTTTTTCTTGTAA----ATTG-CTT--G-AGTC-A--AGAA-CTGT-AA-CTCTC-ATA--TCATA-AAGATATT-------TGTATTT-G-G-TTAG-AA-T-----C-TTAGAATATT---CAG-AAGCG-AA-TT-----AA-TTTT--T-GTGTGCCATTCCCA-ATAAACAAAAATGCCTA-A--TA-AGC-TT-ACT-TA-A-TGA-TA---TTT-AGTC-GACCATT--T-AATAAATGGTT----GTTAA-CAAGA--TC-CAGCTG-TT-CTTTTTCC-ATA-CGCC---G---TA-TCT--G-TG-TGAA-ATAAAAGAAAGAAA-AA-AT-TTCA-ATTAAATT--A-T---CG---ACCATG-TTGG---TTTT-A-TAA----AA----AAGAA--A-CTT-G-TGAA-C-A--A--A-T--AT-TTA---AAA--TT--ACAAT-A-AT-T-GAAATTGA-AAAAAT-CGGGTA-T-TTGT-CGG--AG-GTT------AGGG------------------G------GGT-------------ATTT-------------C---------------------GGTTTTTCTTGGTGGGGTATTTTCGGT--------------------A----AATCAGG-GG-TATTTCGGTAA-TTC-TATGTAC
gi|20 : TTTACC----G-AA-T-A-CCCT-CAGAAAAC-ACCGAAA-TACCCCCC-TAACCTTCCGA-AATAC-CCAA-ATT-C-TTCATTT-CATATT----A--TTGT-AATT--T----AAAT--Aa
gi|21 : -CTGT-AA-CTCTC-ATA--TCATA-AAGATG-GTGTACATTGTATTT-GTA-TCAG-AATT-----C-TTA-AATTTT---CAG-AGGc
gi|22 : GTACATAGAA-T-TACC----GAAATACCCC-TGATTTACC----G-AAAT-A-CCCC-AAGAAAAC-ACCGAAA-TACCCC
gi|23 : -AT-----AA-TTTT--C-GTGTGCCATTGCC--AATAAC--AAATGCCTTAA--TACAGC-TT-ACT-TATA-TGA-TA---TT
gi|24 : GT-------------ATTT-------------C---------------------GG------------------------T--------------------A----AATCAGG-GG-TATTTCGGTAA-TTC-TATGTACct
gi|25 : cggtgtttcaattatatatGGT-AA-GTT------AGGG------------------A------GGT-------------ATTT-------------C---------------------GA------------------------T--------------------A----AATCAAG-GG-TATTTCGGTA
gi|26 : AGAA-AA-A--TTCA-A-TAAATT--A-T---CG---A--ATGCTTGG---TTTT-A-TAA----AA----
gi|27 : GTACATAGAA-T-TACC----AAAATACTCG-TGATTTACC----G-AAAT-
gi|28 : GTACATAGAA-T-TACC----GAAATACCC---GATTTAc
gi|3 : GTACA--AAA-T-TACC----GAAATACC-T-TGATTTACC----G-AAATTA-CCCTTCAGAAAAC-ACCGAAA-TACCCCC--TAACCTAC-GA-AATAC-CCGA-TTT-T-TTCATTT-CATGTTT---A--TTGCGAATT--T----ATAT--ATTTGGTGTTAAGA--A-----G--TT-GTTTT-A-TA-AAA-A-CAG--G-TA--TTTA-ACAAAT-ATA-T-G-A-A---TT-TTTTTTCTTGTAA----ATTG-CTT--G-AGTC-A--AGAA-CTGT-AA-CTCTC-ATA--TCATA-AAGATATT-------TGTATTT-G-G-TTAG-AA-T-----C-TTAGAATATT---CAG-AAGCG-AA-TT-----AA-TTTT--T-GTGTGCCATTCCCA-ATAAACAAAAATGCCTA-A--TA-AGC-TT-ACT-TA-A-TGA-TA---TTT-AGTC-GACCATT--T-AATAAATGGTT----GTTAA-CAAGA--TC-CAGCTG-TT-CTTTTTCC-ATA-CGCC---G---TA-TCT--G-TG-TGAA-ATAAAAGAAAGAAA-AA-AT-TTCA-ATTAAATT--A-T---CG---ACCATG-TTGG---TTTT-A-TAA----AA----AAGAA--A-CTT-G-TGAA-C-A--A--A-T--AT-TTA---AAA--TT--ACAAT-A-AT-T-GAAATTGA-AAAAAT-CGGGTA-T-TTGT-CGG--AG-GTT------AGGG------------------G------GGT-------------ATTT-------------C---------------------GGTTTTTCTTGGTGGGGTATTTTCGGT--------------------A----AATCAGG-GG-TATTTCGGTAA-TTC-TATGTA
gi|4 : CATAGAA-T-T-CC----GAAATACCCT-TGAT--ACC----G-AAAT-A-CCCT-CATAAAAC-ACCGAAA-TACCCCCC-TAAC-TACCGA-AATAC-CCAA-TTT-T-TTCATTT-CATATT----A--TTGT-AATT-------ATAT--ATTTG-TGT-AAGA--A-----G--TTGTGTTT-A-TATAAA-AACAA--G-TA--TTTA-ACAA-T-ATAAT-GGA-A---TT-TT----CTTGTAT----ATTA-CTT--G-AGCC-A--AAAA-CTGT-AAACTCTC-ATA--TCATA-AA-ATA-G-------TGTATTT-GTG-TTAG-AATT-----C-TTA-AATATT---CAG-AACCA-GA-AT-----AA-TTTT--T-GTGTGCCATTCCC--AATAGC--AAATGCCGT-A--TA-AGC-TT-ACT-TATA-TGC-TA---TTTTA-TC-GACCATT--T-AAT-AATG-CT----GTTAA-CAAGA--TC-CA-CCG-TT-CTTTT--C-ATA-AGCC---G---TA-TCCA-G-TGT-GAA-ATAAAAAGAAAGAA-AA-A--TTCA-A-TAAATT--A-T---AT---G--ATGTTTG----TTTT-A-TAA----AA----AA-AA--A-CTT-G-T--AAC-A--A--A-T--AT-TT----AAA--TT--ACAA--A-ATAT-GAAA-TGA-AAAAAT-CGAGTA-T-T--T-TGGT-AG-G----T-AGGGGGTATTTCGGTGTTTTCTGGG------GGT-------------ATTT-------------C---------------------GG------------------------T--------------------A----A-TCAGG-G--TATTTCGGTAA-TTC-TATGTAC
gi|5 : GTACATAGAA-T-TACC----GAAATACCCT-TGATTTACC----G-AAAT-A-CCCT-CAGAAAAC-ACCGACA-TACCCCCG-TAACCTACCGA-AATAC-CCGA-TTT-T-TTCATTT-CATATT----A--TTTT-AATT--T----AAAT--ATTTG-TGA-AAGA--A-----G--TT-TGTTA-A-TA-AAA-AACAG----TA--TTTA-ACAA---ATA-T-G-A-A---TT-TT----CTTGTAT----ATTG-CTT--G-AGTC-A--AGAA-CTGT-AA-CTCTC-ATA--TCA-A-AAGATG-T-------TGTATTT-GTG-TTAG-AATT-----C-TTA-AATATT---CAG-AAGCA-CA-A------AA-TTTT--T-GCGTGCCATTCC---ATTAAC--AAATGCCTT-A--TA-AGC-TT-ACT-TA-A-TGA-TA---TTT-A-TC-GACCATT--T-AAT-AATGGTT----GTTAA-CAAGA--TC-CA-CTG-T--CTTTT--C-ATA-AGCC---G---TA-TCCG---TGTTGAA-ATAAAAGAAAAAGATAA-A--C----A-TAAATA--T-T---CG---A--ATGTTTGG---TTTT-A-TAA----AA----AAGAA--A-CTT-G-T--A-C-A--A--A-T--AT-TT----AAA--TT--ACAAT-A-ATAT-GAAA-TGA-AAAAAT-CGGGTA-T-T--T-CGGT-AG-GTT--T-AAGGGG------------------G------GGT-------------ATTT-------------C---------------------GG------------------------T--------------------A----AATCAGG-GG-TATTTCGGTAA-TTC-TATGTAC
gi|6 : ACAT-GAA-T-TACC----GAAATACCCT-TGATTTACC----G-AAAT-A-CCCT-CAGAAAAC-ACCGACA-TATACCCCGTAACCTACCGA-AATAC-C-GA-TTT-T-TTCATTT-CATATT----A--TT-T-AATT--T----AA-T--ATTTG-TGA-AAGA--A-----G--TT--GTTA-A-TA-AAA--ACAG--G-TA--TTTA-ACAA-T-ATA-T-G-G-A---TT-TT----CTTGTAT----ATTG-CTT--G-AGTC-A--AGAA-CTGT-AA-CTCTC-ATA--TCATA-AAGATG-G-------TGTATTT-GTG-TT-G-AATT-----C-TTA-AATATT---CAG-AAGCA-CA-AT-----AA--TTT--T-GCGTGCCATT-CC--ATTAAC--AAATGCCTTAA--TA-AGC-TT-AC--TATC-T-A-TA-----T-A-TC-G-CCATT--T--AT-AATGGTT----GTTAA-CAAGA--TC-CA-CTG-TT-CTTTT--C-ATA-AGCC---G---TA-TCCG-G-TG-TGAA-ATAAAAGAAAAAAA-GA-----TCA-A-TAAACT--A-T---CG---A--ATGTTTGG---TTTT-A-TAA----AA----AACA------TT-G-T--A-C-A--A--A-T--AT-T------AA--TT--ACAAT-A-ATAT-GAAA-TGA-AAAAAT-CGGGTA-T-T--T-CGGT-A--GTT--T-AAGGGG------------------G------GGT-------------ATTT-------------C---------------------GG------------------------T--------------------A----AATCAGG-GG-TATTTCGGTAA-TTC-TATGTA
gi|7 : -TGTCT-AATA-AAAGAACAG--G-TAATTTTACACAA-T-----T-G-A-T---TT-TT----CGTGTATT---ATCCTCTT--GTAGTC-A--AGAA-CTGT-AA-CTCTCCATA--TCATA-AAGATA-GC------TGTATTTTGTGATTAA-TATTACTTAC-TTATGATATTTATCAG-AAGCA-CA-AT-----AA-TTTTATT-GTGTGCCAT-CCC--ATTAAC--AAATGCCT--A--TA-AGCCTT-A-T-TATA--GA-TACATTTT-A-TC-GACCATTATT-AAT-AA-GGCT----GTTA--CAAGA--TC-CA-CTG-TTTCTTTT--C-ATA-AACA---GCAATA-TCCG-G-TGGTGCACATAAAAGAAGAAAA-A------TCACA-TAAAAT--T-TAACTG---A--ATGCTTGG---GTTT-A-TAA----CA----AAAGA--A-CTT-G-T--A-C----A--A-T--ATATT----AAATTTT--GCAATAA-ATATCGAAA-TGAGAAAAAT-TGGGTA-TAT--T-CGGT-AATGTT--T-AGGTGG------------------GAATTTCGGTTGTTTTCTGGGGAATTT-------------C---------------------GG------------------------T--------------------A----ACTCA-G-GG-TA-TTCGGT-A-TTC-TATGTAC
gi|8 : aaattgttaatgtga-A-TA-AAA-GACAG--G-TAATTTTA-ACAT-C-AT--T-G-A-T---TT-TT----CT-GTATT---AT---CTT--G-AGTC-A--AGAA-CTGTTAA-CTCTC-ATA--TCATA-AAGATA-GC------TGTATTT-GTG-TTA--AATT-----C-TTA-AATATTT--CAGGAAGCA-CA-AT-----AA-TTTT--T-GTGTGCCATTCCC--ATTAAC--AAATGCCTT-A------GC-TT-A-T-TATAATGA-TA---TTT-A-TC-GACCATT--TTAAT-A-TAGGT----GTTAAACAAGAATCC-CA-CTG-TT-CTTTTT-C-ATA-AACC---A---TA-TCCG-GATGGTGCA-ATAAAAGAAGAAAA-CA-----TCACA-TAAATTATTAT---CG---A--ATAGTTG-----TTT-A-TAAC---AA----AAGAACTA-TTG-G-T--A-C-A--A--AAT--AT-TT----AAA--TTTTGCAAT-ATAT-T-GAAA--GA-AAAAAT-TGGGTA-T-T--TTCGGTTAG---T--T-AGGGGG------------------TTTC---GGT-------------GTTT-------------TCTG------------------GG------------------------G--------------------ATTCGAATCAGG-GG-TATT-CGGTAA-TTC-TATGTc
gi|9 : AGCA-CATATTGTTAAA-TTTT--T-GTGTTGCATTCCA--AT-AAC--AATTGCTTT-AAACA-AGC-TTTACTGTATA-TGAATA---TTTTA-TCTG--CACC--T---T-AATGGTT----GTTAA-CAAGA--TC-CA-CTG-T--CTTTT--CTATA--GCTAGTG---TA-TCCG-GATGGTGAA-ATAAGAAAGAAAAC-AACA--CTCC-A-TAGATT--TAT---CA---A--ATGCTTGG---TTTT-A-TAA----AA----AAAAA--GTCTT-G-T--T-C-A--A--A-T--AC-TT----AAA--TT--ACAAT-A-ATAT-GTAA-TGA-AAAAAT-CGGGTA-T-T--T-CGGT-AG-G-T--T-AGGGGG------------------GTATTTCGGT-------------GTTTTCGGGGGGTATTTC---------------------GG------------------------T--------------------A----AATCAGG-GG-TATTTCGGTAA-TTC-TATGTACt
Alignments
lowQualScore : 11 11 11111111 111 111 1111 11 222222222 11111 1 111 11 11 111 1 1111 11 1 1111 111 11 1111 11 111111 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999
lowQualScore : 5 2 5555 99 5555 5 2 5 2 2 2 44 2 2 2 333 5 5 77 5 8888 1 77 6 11 44 44444444 3 5 2 2 999 33 2 77 1 3 6 3 9 3 3 888 3 4444 7 3 00 7 7 55 3 3 3 3 333333333 3 3 7 44444 3 0 000 3 3 3 88888 6 44 3 11 1 55 6 77 4 4 4 4 5 4 4 777 111 4 1 66 66 2 2222 4 55 4 8 3 3 55 3 3 555 555 3 6 6 0 3 33 2 2222 111 33 999 444 77 3 7777 2 2 8888 5555 5 6666 777 33 2 2 33 33 5 33 2 1111 33 77 66 8888 2 8 5 5 2 2 2 2 00 2 33 2 2 777777 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 5555 2 2 3 3
lowQualScore : . . .... .. .... . . . . . . .. . . . ... . . .. . .... . .. . .. .. ........ . . . . ... .. . .. . . . . . . . ... . .... . . .. . . .. . . . . ......... . . . ..... . . ... . . . ..... . .. . .. . .. . .. . . . . . . . ... ... . . .. .. . .... . .. . . . . .. . . ... ... . . . . . .. . .... ... .. ... ... .. . .... . . .... .... . .... ... .. . . .. .. . .. . .... .. .. .. .... . . . . . . . . .. . .. . . ...... ............................................................................................................................... .... . . . .
lowQualScore : 3 7 7777 33 3333 0 5 3 7 7 7 33 9 9 9 000 7 7 99 7 9999 9 99 7 00 66 88888888 1 7 9 9 111 99 9 99 5 1 2 1 2 1 1 111 3 2222 3 6 00 3 3 00 3 3 3 6 222222222 6 6 3 11111 6 9 000 6 6 3 33333 7 66 3 22 6 88 7 99 0 0 0 0 7 0 0 000 777 4 9 11 33 0 5555 0 55 0 0 6 3 88 3 3 888 888 3 7 7 0 3 55 9 2222 666 77 333 777 33 7 4444 7 7 3333 7777 9 9999 999 66 9 9 99 99 7 99 9 8888 99 99 88 9999 9 5 7 7 9 9 9 9 77 9 55 7 4 999999 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 7777 9 9 3 3
consensus : GTACATAGAA-T-TACC----GAAATACCCT-TGATTTACC----G-AAAT-A-CCCT-CAGAAAAC-ACCGAAA-TACCCCCC-TAACCTACCGA-AATAC-CCGA-TTT-T-TTCATTT-CATATT-A--TTGT-AATTT----AAAT--ATTTG-TGN-AAGA--A-----G--TT-TGTTT-A-TA-AAA-AACAG--G-TA--TTTA-ACAA-T-ATA-TG-A-A---TT-TT----CTTGTAT-ATTG-CTT--G-AGTC-A--AGAACTGT-AA-CTCTC-ATATCATA-AAGATA-G-------TGTATTT-GTG-TTAG-AATT-----C-TTA-AATATT---CAG-AAGCA-CA-AT-----AA-TTTT--T-GTGTGCCATTCCC--ATTAAC--AAATGCCTT-A--TA-AGC-TT-ACT-TATA-TGA-TA---TTT-A-TC-GACCATT--T-AAT-AATGGTT----GTTAA-CAAGA--TC-CA-CTG-TT-CTTTT--C-ATA-AGCC---G---TA-TCCG-G-TG-TGAA-ATAAAAGAAAAAAA-AA-A--TTCA-A-TAAATTA-T---CG---A--ATGCTTGG---TTTT-A-TAA----AA----AAGAA--A-CTT---GT--A-C-A--A--A-T--AT-TT----A--AA--TT--ACAAT----A-ATAT-GAAA-TGA-AAAAAT-CGGGTA-T-T--T-CGGT-AG-GTT--T-AGGGGG------------------G------GGT-------------ATTT-------------C---------------------GG------------------------T--------------------A----AATCAGG-GG-TATTTCGGTAA-TTC-TATGTAC
Reference ( family-1602 ) : GTACATAGAA-T-TACC----GAAATACCCT-TGATTTACC----G-AAAT-A-CCCT-CAGAAAAC-ACCGAAA-TACCCCCC-TAACCTACCGA-AATAC-CCGA-TTT-T-TTCATTT-CATATT-A--TTGT-AATTT----AAAT--ATTTG-TGN-AAGA--A-----G--TT-TGTTT-A-TA-AAA-AACAG--G-TA--TTTA-ACAA-T-ATA-TG-A-A---TT-TT----CTTGTAT-ATTG-CTT--G-AGTC-A--AGAACTGT-AA-CTCTC-ATATCATA-AAGATA-G-------TGTATTT-GTG-TTAG-AATT-----C-TTA-AATATT---CAG-AAGCA-CA-AT-----AA-TTTT--T-GTGTGCCATTCCC--ATTAAC--AAATGCCTT-A--TA-AGC-TT-ACT-TATA-TGA-TA---TTT-A-TC-GACCATT--T-AAT-AATGGTT----GTTAA-CAAGA--TC-CA-CTG-TT-CTTTT--C-ATA-AGCC---G---TA-TCCG-G-TG-TGAA-ATAAAAGAAAAAAA-AA-A--TTCA-A-TAAATTN-T---CG---A--ATGCTTGG---TTTT-A-TAA----AA----AAGAA--A-CTT---GT--A-C-A--A--A-T--AT-TT----A--AA--TT--ACAAT----A-ATAT-GAAA-TGA-AAAAAT-CGGGTA-T-T--T-CGGT-AG-GTT--T-AGGGGG------------------G------GGT-------------ATTT-------------C---------------------GG------------------------T--------------------A----AATCAGG-GG-TATTTCGGTAA-TTC-TATGTAC
gi|1 : ATAGAA-TGTACC----GAATAACCGT-TGATTTACCTTTTGTGAAT-A-CC-T-CAGAAAAC-ACCGAA--TACCCCC--TAACCTACCGAGAATAC-CCAA-TTTGTGTTCATTG-CATATT-AAGTTGT-AATTTT---AAAC--ATTTG-TGGTAAGA--AA----G--TT-TGTTT-A-TA-AAC-A-CAG--GGTA--TTTA-ACAA-T-ATG-TG-G-AGATTT-TT----CTTGTAT-ATTG-CTT--GGAGTC-AGAAGAACTGT-GA-ATCTC-ATATCATAGAAGATA-G-------TGTATTT-GTG-TTAG-AATTGC---CGTTA-AATATT---CAG-AAGCAGCA-AT-----AC-TTTT--TTGTGTGCCATTCCCGAATAAGC--AAATGCCTT-AA-TA-AGC-TT-ACG-TATA-TGA-TA---TTT-T-TC-GACCATT--T-AATGAATGGTTT---GCTAA-ACAGA--TCGCA-C-G-TT-CTTTT--C-ATAGAGCC---G---TA-TCCG-G-TG-TGAA-ATAAAAG-AAAGAA-AA-A--TTCA-ATTAAATTA-T---CG---A--ATGTTTGG---TTTT-A-TAA----AA----A--AA--A-CTT---GTC-G-C-A--A--ATT--AT-TT----A--AA--CTG-ACAAT----A-AT-T-G-AA-TGA-AAAAATGCGGGTA-T-TG-T-CGG---G-GTT------AGGG------------------G------GGT-------------ATTT-------------C---------------------GG------------------------TGTTTTCTGGGGTATGTTGTAA----AGACAGGTGGTTATTTCGGTAAGTTCGTATGT
gi|10 : tgcaATAGAAAT-TACC----GAAATACCCCCTGATTTACC----G-AAAT-AACCCT-CGAAAAAC-AC-GAAA-TACCCCC--TAACCTAACGA-AATAC-CCAT-TTT-T-TTCATTTTCATAAT-A--TTGT-AATTT----AAATTAATTTG-TGT-AAGA--A-----AGTTT-TGTTTTA-TA-AAA-A-CAG--G-TA--TT-A-ACAA-T-ATAGTG-G-AAT-TT-TT----CTTGTAT-ATTG-CTTTTG-AGTCCA--AAAACTGT-AA-CTCTC-ATATCATA-AAGATA-G-------TGTATTT-GTG-TTAGAAATT-----C-TTA-AATATT---CAG-AAACA-CA-AT-----AATTTTT--T-GTGTGCCATTTCC--AATAACA-AAATGCCTT-A--T
gi|11 : caaATAGAAAT-TACC----GAAATACCCCCTGATTTACC----G-AAAT-AACCCT-CGAAAAAC-AC-GAAA-TACCCCC--TAACCTAACGA-AATAC-CCAT-TTT-T-TTCATTTTCATAAT-A--TTGT-AATTT----AAATTAATTTG-TGT-AAGA--A-----AGTTT-TGTTTTA-TA-AAA-A-CAG--G-TA--TT-A-ACAA-T-ATAGTG-G-AAT-TT-TT----CTTGTAT-ATTG-CTTTTG-AGTCCA--AAAACTGT-AA-CTCTC-ATATCATA-AAGATA-G-------TGTATTT-GTG-TTAGAAATT-----C-TTA-AATATT---CAG-AAACA-CA-AT-----AATTTTT--T-GTGTGCCATTTCC--AATAACA-AAATGCCTT-A--Tta
gi|12 : caaACATAGAA-T-TACC----GAAATACCCA-CGATTTACC----G-AAAT-A-CCCT-CAGAAAAC-ACTGAAA-TACCCCCA-TAACCTACCTA-AATAC-CCGA-CTT-T-TTCGTTT-AATACC-AGCTTGT-A---T----AAAA--CGTTA-AGA-AAAA--ACAATCA--TT-TATTT-G-TT-AAA-----------A--TT---GCAA-TAATA-TG-A-A---ta
gi|12 : TTT-T---CGTTTA--ATACCAGC---TTGT-A-TAA----AACGTTAAGAA--A-------AA--A-C-A--ATCA-TTTAT-TTGTTAA--AA--TT--GCAAT----A-ATAT-GAAA-TGA-AAAAAG-CGGGTA-T-T--T-TGGT-AG-G-T--T-AGGGGG------------------GTATTTCAGT-------------GTTTTCTTAGGGTATTTC---------------------GG------------------------T--------------------A----AATCTTG-GG-TATTTCGGTAA-TTC-TAatgaaaaaagcgggtattttggtaggttaggggggtatttcagtgttttcttagggtatttcggtaaatcttgggtatttcggtaattctag
gi|12 : acatagaattaccgaaatacccacgatttaccgaaataccctcagaaaacactgaaatacccccataacctacctaaatacccgactTAGAA-T-TACC----GAAATACCCA-AGATTTACC----G-AAAT-A-CCCT-AAGAAAAC-ACTGAAA-TACCCCCC-TAACCTACCAA-AATAC-CCGC-TTT-T-TTCATTT-CATATT-A--TTGC-AATTTTAACAAAT--Ag
gi|13 : acatagaattaccgaaatacccacgatttaccgaaataccctcagaaaacactgaaatacccccataacctacctaaatacccgactttttcgtttaataccagcttgtataaaacgttaagaaaaaacaatcattT-AATGGTTTGGTGTGAA-CAA-A--TC--A-CTGATT-CTTTTT-C-AAG-AGGC---G---TAATCCGTA-TG-TGAA-ATAAAC---AAGAA-AA-A--TTCA---TAAATTT-A---TG---A--ATGCTTGGTTATTTT-AGTAC----AA----AAGAA--ATCTTG--GT--A-CAA--A--A-T--AT-TT----A--CA--TT---C-AT----G-ATATAGAAA-TG---AAAAT-TGGTGA-C-T--T-TTGT-AG-GTT--T-A--GGT------------------G------GGT-------------ATTT-------------CAGTGTTTTTCTGGGGGTATTTGG------------------------T--------------------A----AATCAGG-GT-AATTT--GTAA-TTC-TATg
gi|14 : TACATAGAA-T-TACT----GAAATATCCT-TGATTTACC----G-AAAT-A-CCCT-CAGAAAAC-ACCGAAA-TACCCCCC-TAACCTACCGA-AATAC-CCAA-TTT------------------A--TTGT-AATTT----AAAT--ATTTG-TGC-AAGA--A-----G--TT-TGTTT-A-TA-AAT-A-CAG--G-TA--TTTA-ACAA-T-ATA-TG-G-AAT-TT-TT----CTTGTAT-ATTG-CTT--G-AGTC-A--AGAACTGT-AA-CTCTC-ATATCAta
gi|15 : -CTTTT--C-ATA-AGCC---A---AT-TTCG-G-TG-TGAA-ATAAAA------------A--TTCT-G-AAGATTA-T---TA---A--ATGCTTG-----TTA-A-CAA----AA--------------TT---ATT-A-C-ATCA--G-T--AT-TT----A--AA--TT--ACAAT----A-ATAT-GAAA-TGA-AAAAAT--GGGTA-T-T--G-CGGT-AG-GTT--TCAGTATC------------------G------G----------------TTT-------------C---------------------GG------------------------T--------------------A----
gi|16 : atattttatcgagctctatggtagttacatttgtattaatgagcaTAGAA-T-TAC-----AAAATACCCG-TGACTTACC----G-AAAC-A-CCCT-CAGAAAAC-ACCGAAA-TACCCCTC-TTACCTACCGA-AGTAC-CCAATTTT-T-TTCATTT-CATAAA-A--TTGT-AATTC----ATTT--ATTTG-TGG-AAGA--A-----G--TT-TGCTT-A-TA-AAA-CAAAGACG-TA--TTTA-ATGA-T-CTT-TG-ATA---TTATG----CTTGt
gi|17 : taacG-TT-TTTTT--C-TCG-AGCC---A---T--TCTG-G-TG-C--------------AGAA-AA-A--TTCC-A-TAAACTC-T---TA---G--ATATTTGA---TTTT-A-TAA----AT----AA-------CTTTTTGT--A-C-A--A--G-T--TT-TT----TTTAG--TT--ACAATTATTA-ATAT-GAAA-TGA-ATAAGT-TGGGCA-T-T--T-TGGT-AG-GT
gi|18 : gtacccctagagtacatgtGAAAAAGA-GA-ACATTCC-C-TAGAT-A-T---TA---A--ATGCTCGG---TTTTTA-TGACCAGAA----AAAAA--A-TCT---AG--A-T-C--A--G-T--AC-TT----A--AGGTTT--ACAAT----A--T-T-GAAA-AGA-AAAAAT-C-GGTATT-T--T-CGGT----GTTCCT-----GA------------------G------AGT-------------ATTT-------------C---------------------GG------------------------T--------------------A----AA--AAC-GG-TATTTCGctgaacccctgtatttcatat
gi|19 : gtTTACC----G-AAAT-A-CCCC-CAGAAAAC-ACCAAA---ACCCCTC-----------A-AACACACCGA-T---------------TATT-G--GTGT-AA--T----A-------CTG-TGT-AAGAAGA-----G--TT-TGTTT-A-T--AAA-ACCAA--G-CA--TTTtacgtacc
gi|2 : aaACAGAA-A-TACCCGCAGAGGTATACT-TGATTTACC----GGAAAT-T-ACCT-CAGAAAACGACCGAAAATACCCCC--TAACCTAC-GA-AATAC-CCGA-TTT-T-TTCATTT-CATGTTTA--TTGCGAATTT----ATAT--ATTTGGTGTTAAGA--A-----G--TT-GTTTT-A-TA-AAA-A-CAG--G-TA--TTTA-ACAAAT-ATA-TG-A-A---TT-TTTTTTCTTGTAA-ATTG-CTT--G-AGTC-A--AGAACTGT-AA-CTCTC-ATATCATA-AAGATATT-------TGTATTT-G-G-TTAG-AA-T-----C-TTAGAATATT---CAG-AAGCG-AA-TT-----AA-TTTT--T-GTGTGCCATTCCCA-ATAAACAAAAATGCCTA-A--TA-AGC-TT-ACT-TA-A-TGA-TA---TTT-AGTC-GACCATT--T-AATAAATGGTT----GTTAA-CAAGA--TC-CAGCTG-TT-CTTTTTCC-ATA-CGCC---G---TA-TCT--G-TG-TGAA-ATAAAAGAAAGAAA-AA-AT-TTCA-ATTAAATTA-T---CG---ACCATG-TTGG---TTTT-A-TAA----AA----AAGAA--A-CTT---GTGAA-C-A--A--A-T--AT-TTA---A--AA--TT--ACAAT----A-AT-T-GAAATTGA-AAAAAT-CGGGTA-T-TTGT-CGG--AG-GTT------AGGG------------------G------GGT-------------ATTT-------------C---------------------GGTTTTTCTTGGTGGGGTATTTTCGGT--------------------A----AATCAGG-GG-TATTTCGGTAA-TTC-TATGTAC
gi|20 : TTTACC----G-AA-T-A-CCCT-CAGAAAAC-ACCGAAA-TACCCCCC-TAACCTTCCGA-AATAC-CCAA-ATT-C-TTCATTT-CATATT-A--TTGT-AATTT----AAAT--Aa
gi|21 : CTGT-AA-CTCTC-ATATCATA-AAGATG-GTGTACATTGTATTT-GTA-TCAG-AATT-----C-TTA-AATTTT---CAG-AGGc
gi|22 : GTACATAGAA-T-TACC----GAAATACCCC-TGATTTACC----G-AAAT-A-CCCC-AAGAAAAC-ACCGAAA-TACCCC
gi|23 : -AT-----AA-TTTT--C-GTGTGCCATTGCC--AATAAC--AAATGCCTTAA--TACAGC-TT-ACT-TATA-TGA-TA---TT
gi|24 : GT-------------ATTT-------------C---------------------GG------------------------T--------------------A----AATCAGG-GG-TATTTCGGTAA-TTC-TATGTACct
gi|25 : cggtgtttcaattatatatGGT-AA-GTT------AGGG------------------A------GGT-------------ATTT-------------C---------------------GA------------------------T--------------------A----AATCAAG-GG-TATTTCGGTA
gi|26 : AGAA-AA-A--TTCA-A-TAAATTA-T---CG---A--ATGCTTGG---TTTT-A-TAA----AA----
gi|27 : GTACATAGAA-T-TACC----AAAATACTCG-TGATTTACC----G-AAAT-
gi|28 : GTACATAGAA-T-TACC----GAAATACCC---GATTTAc
gi|3 : GTACA--AAA-T-TACC----GAAATACC-T-TGATTTACC----G-AAATTA-CCCTTCAGAAAAC-ACCGAAA-TACCCCC--TAACCTAC-GA-AATAC-CCGA-TTT-T-TTCATTT-CATGTTTA--TTGCGAATTT----ATAT--ATTTGGTGTTAAGA--A-----G--TT-GTTTT-A-TA-AAA-A-CAG--G-TA--TTTA-ACAAAT-ATA-TG-A-A---TT-TTTTTTCTTGTAA-ATTG-CTT--G-AGTC-A--AGAACTGT-AA-CTCTC-ATATCATA-AAGATATT-------TGTATTT-G-G-TTAG-AA-T-----C-TTAGAATATT---CAG-AAGCG-AA-TT-----AA-TTTT--T-GTGTGCCATTCCCA-ATAAACAAAAATGCCTA-A--TA-AGC-TT-ACT-TA-A-TGA-TA---TTT-AGTC-GACCATT--T-AATAAATGGTT----GTTAA-CAAGA--TC-CAGCTG-TT-CTTTTTCC-ATA-CGCC---G---TA-TCT--G-TG-TGAA-ATAAAAGAAAGAAA-AA-AT-TTCA-ATTAAATTA-T---CG---ACCATG-TTGG---TTTT-A-TAA----AA----AAGAA--A-CTT---GTGAA-C-A--A--A-T--AT-TTA---A--AA--TT--ACAAT----A-AT-T-GAAATTGA-AAAAAT-CGGGTA-T-TTGT-CGG--AG-GTT------AGGG------------------G------GGT-------------ATTT-------------C---------------------GGTTTTTCTTGGTGGGGTATTTTCGGT--------------------A----AATCAGG-GG-TATTTCGGTAA-TTC-TATGTA
gi|4 : CATAGAA-T-T-CC----GAAATACCCT-TGAT--ACC----G-AAAT-A-CCCT-CATAAAAC-ACCGAAA-TACCCCCC-TAAC-TACCGA-AATAC-CCAA-TTT-T-TTCATTT-CATATT-A--TTGT-AATT-----ATAT--ATTTG-TGT-AAGA--A-----G--TTGTGTTT-A-TATAAA-AACAA--G-TA--TTTA-ACAA-T-ATAATGGA-A---TT-TT----CTTGTAT-ATTA-CTT--G-AGCC-A--AAAACTGT-AAACTCTC-ATATCATA-AA-ATA-G-------TGTATTT-GTG-TTAG-AATT-----C-TTA-AATATT---CAG-AACCA-GA-AT-----AA-TTTT--T-GTGTGCCATTCCC--AATAGC--AAATGCCGT-A--TA-AGC-TT-ACT-TATA-TGC-TA---TTTTA-TC-GACCATT--T-AAT-AATG-CT----GTTAA-CAAGA--TC-CA-CCG-TT-CTTTT--C-ATA-AGCC---G---TA-TCCA-G-TG-TGAA-ATAAAAAGAAAGAA-AA-A--TTCA-A-TAAATTA-T---AT---G--ATGTTTG----TTTT-A-TAA----AA----AA-AA--A-CTT---GT--AAC-A--A--A-T--AT-TT----A--AA--TT--ACAA-----A-ATAT-GAAA-TGA-AAAAAT-CGAGTA-T-T--T-TGGT-AG-G----T-AGGGGGTATTTCGGTGTTTTCTGGG------GGT-------------ATTT-------------C---------------------GG------------------------T--------------------A----A-TCAGG-G--TATTTCGGTAA-TTC-TATGTAC
gi|5 : GTACATAGAA-T-TACC----GAAATACCCT-TGATTTACC----G-AAAT-A-CCCT-CAGAAAAC-ACCGACA-TACCCCCG-TAACCTACCGA-AATAC-CCGA-TTT-T-TTCATTT-CATATT-A--TTTT-AATTT----AAAT--ATTTG-TGA-AAGA--A-----G--TT-TGTTA-A-TA-AAA-AACAG----TA--TTTA-ACAA---ATA-TG-A-A---TT-TT----CTTGTAT-ATTG-CTT--G-AGTC-A--AGAACTGT-AA-CTCTC-ATATCA-A-AAGATG-T-------TGTATTT-GTG-TTAG-AATT-----C-TTA-AATATT---CAG-AAGCA-CA-A------AA-TTTT--T-GCGTGCCATTCC---ATTAAC--AAATGCCTT-A--TA-AGC-TT-ACT-TA-A-TGA-TA---TTT-A-TC-GACCATT--T-AAT-AATGGTT----GTTAA-CAAGA--TC-CA-CTG-T--CTTTT--C-ATA-AGCC---G---TA-TCCGTG-T--TGAA-ATAAAAGAAAAAGATAA-A--C----A-TAAATAT-T---CG---A--ATGTTTGG---TTTT-A-TAA----AA----AAGAA--A-CTT---GT--A-C-A--A--A-T--AT-TT----A--AA--TT--ACAAT----A-ATAT-GAAA-TGA-AAAAAT-CGGGTA-T-T--T-CGGT-AG-GTT--T-AAGGGG------------------G------GGT-------------ATTT-------------C---------------------GG------------------------T--------------------A----AATCAGG-GG-TATTTCGGTAA-TTC-TATGTAC
gi|6 : ACAT-GAA-T-TACC----GAAATACCCT-TGATTTACC----G-AAAT-A-CCCT-CAGAAAAC-ACCGACA-TATACCCCGTAACCTACCGA-AATAC-C-GA-TTT-T-TTCATTT-CATATT-A--TT-T-AATTT----AA-T--ATTTG-TGA-AAGA--A-----G--TT--GTTA-A-TA-AAA--ACAG--G-TA--TTTA-ACAA-T-ATA-TG-G-A---TT-TT----CTTGTAT-ATTG-CTT--G-AGTC-A--AGAACTGT-AA-CTCTC-ATATCATA-AAGATG-G-------TGTATTT-GTG-TT-G-AATT-----C-TTA-AATATT---CAG-AAGCA-CA-AT-----AA--TTT--T-GCGTGCCATT-CC--ATTAAC--AAATGCCTTAA--TA-AGC-TT-AC--TATC-T-A-TA-----T-A-TC-G-CCATT--T--AT-AATGGTT----GTTAA-CAAGA--TC-CA-CTG-TT-CTTTT--C-ATA-AGCC---G---TA-TCCG-G-TG-TGAA-ATAAAAGAAAAAAA-GA-----TCA-A-TAAACTA-T---CG---A--ATGTTTGG---TTTT-A-TAA----AA----AACA------TT---GT--A-C-A--A--A-T--AT-T--------AA--TT--ACAAT----A-ATAT-GAAA-TGA-AAAAAT-CGGGTA-T-T--T-CGGT-A--GTT--T-AAGGGG------------------G------GGT-------------ATTT-------------C---------------------GG------------------------T--------------------A----AATCAGG-GG-TATTTCGGTAA-TTC-TATGTA
gi|7 : -TGTCT-AATA-AAAGAACAG--G-TAATTTTACACAA-T-----TG-A-T---TT-TT----CGTGTATTATCCTCTT--GTAGTC-A--AGAACTGT-AA-CTCTCCATATCATA-AAGATA-GC------TGTATTTTGTGATTAA-TATTACTTAC-TTATGATATTTATCAG-AAGCA-CA-AT-----AA-TTTTATT-GTGTGCCAT-CCC--ATTAAC--AAATGCCT--A--TA-AGCCTT-A-T-TATA--GA-TACATTTT-A-TC-GACCATTATT-AAT-AA-GGCT----GTTA--CAAGA--TC-CA-CTG-TTTCTTTT--C-ATA-AACA---GCAATA-TCCG-G-TGGTGCACATAAAAGAAGAAAA-A------TCACA-TAAAATT-TAACTG---A--ATGCTTGG---GTTT-A-TAA----CA----AAAGA--A-CTT---GT--A-C----A--A-T--ATATT----A--AATTTT--GCAATA---A-ATATCGAAA-TGAGAAAAAT-TGGGTA-TAT--T-CGGT-AATGTT--T-AGGTGG------------------GAATTTCGGTTGTTTTCTGGGGAATTT-------------C---------------------GG------------------------T--------------------A----ACTCA-G-GG-TA-TTCGGT-A-TTC-TATGTAC
gi|8 : aaattgttaatgtga-A-TA-AAA-GACAG--G-TAATTTTA-ACAT-C-AT--TG-A-T---TT-TT----CT-GTATTAT---CTT--G-AGTC-A--AGAACTGTTAA-CTCTC-ATATCATA-AAGATA-GC------TGTATTT-GTG-TTA--AATT-----C-TTA-AATATTT--CAGGAAGCA-CA-AT-----AA-TTTT--T-GTGTGCCATTCCC--ATTAAC--AAATGCCTT-A------GC-TT-A-T-TATAATGA-TA---TTT-A-TC-GACCATT--TTAAT-A-TAGGT----GTTAAACAAGAATCC-CA-CTG-TT-CTTTTT-C-ATA-AACC---A---TA-TCCG-GATGGTGCA-ATAAAAGAAGAAAA-CA-----TCACA-TAAATTA-TTATCG---A--ATAGTTG-----TTT-A-TAAC---AA----AAGAACTA-TTG---GT--A-C-A--A--AAT--AT-TT----A--AA--TTTTGCAAT----ATAT-T-GAAA--GA-AAAAAT-TGGGTA-T-T--TTCGGTTAG---T--T-AGGGGG------------------TTTC---GGT-------------GTTT-------------TCTG------------------GG------------------------G--------------------ATTCGAATCAGG-GG-TATT-CGGTAA-TTC-TATGTc
gi|9 : AGCA-CATATTGTTAAA-TTTT--T-GTGTTGCATTCCA--AT-AAC--AATTGCTTT-AAACA-AGC-TTTACTGTATA-TGAATA---TTTTA-TCTG--CACC--T---T-AATGGTT----GTTAA-CAAGA--TC-CA-CTG-T--CTTTT--CTATA--GCTAGTG---TA-TCCG-GATGGTGAA-ATAAGAAAGAAAAC-AACA--CTCC-A-TAGATTTAT---CA---A--ATGCTTGG---TTTT-A-TAA----AA----AAAAA--GTCTT---GT--T-C-A--A--A-T--AC-TT----A--AA--TT--ACAAT----A-ATAT-GTAA-TGA-AAAAAT-CGGGTA-T-T--T-CGGT-AG-G-T--T-AGGGGG------------------GTATTTCGGT-------------GTTTTCGGGGGGTATTTC---------------------GG------------------------T--------------------A----AATCAGG-GG-TATTTCGGTAA-TTC-TATGTACt
Alignments
lowQualScore : 11 1111 11 11111111 111 111 1111 1111 222222222 11111 1 111 11 11 111 1 1111 11 1 1111 111 11 1111 11 111111 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999
lowQualScore : 5 2 5555 99 5555 5 2 5 2 2 2 44 2 2 2 333 5 1111 77 5 9999999 1 77 6 00 44 22222222 2 5 2 2 888 33 2 77 0 2 5 2 8 2 2 2 666 3 3333 3333 3 99 6 6 44 3 3 3 3 44 3 333333333 3 3 7 44444 3 0 000 3 3 3 88888 6 44 3 11 1 55 6 77 4 4 4 4 5 4 4 777 111 4 1 66 66 2 2222 4 55 4 8 4 44 77 3 3 666 666 3 77 7 0 3 11 3 3333 333 44 6 66666 88 3 9999 2 2 8888 6666 3 66666 3 44 3 3 44 44 6 44 3 2222 88 77 3 3 9 6 6 3 3 3 3 11 3 44 2 3 777777 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 5555 2 2 3 3
lowQualScore : . . .... .. .... . . . . . . .. . . . ... . .... .. . ....... . .. . .. .. ........ . . . . ... .. . .. . . . . . . . . ... . .... .... . .. . . .. . . . . .. . ......... . . . ..... . . ... . . . ..... . .. . .. . .. . .. . . . . . . . ... ... . . .. .. . .... . .. . . . .. .. . . ... ... . .. . . . .. . .... ... .. . ..... .. . .... . . .... .... . ..... . .. . . .. .. . .. . .... .. .. . . . . . . . . . .. . .. . . ...... ............................................................................................................................... .... . . . .
lowQualScore : 3 7 7777 33 3333 0 5 3 7 7 7 33 7 7 7 999 3 0000 33 3 0000000 2 33 2 22 22 99999999 9 3 7 7 333 77 7 33 8 9 7 9 6 9 9 9 888 1 1111 8888 3 22 7 7 66 1 1 1 1 22 3 222222222 6 6 3 11111 6 9 000 6 6 3 33333 7 66 3 22 6 88 7 99 0 0 0 0 7 0 0 000 777 4 9 11 33 0 5555 0 55 0 0 0 44 33 6 6 444 444 6 88 3 9 6 33 1 8888 222 22 2 77777 55 5 3333 9 9 9999 1111 3 44444 1 66 1 1 22 22 2 22 1 7777 55 33 1 1 8 2 2 1 1 1 1 55 1 44 9 2 999999 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 7777 9 9 3 3
consensus : GTACATAGAA-T-TACC----GAAATACCCT-TGATTTACC----G-AAAT-A-CCCT-CAGAAAAC-ACCGAAA-TACCCCCC-TAACCTACCGA-AATAC-CCGA-TTT-T-TTCATTT-CATATT----A--TTGT-AATT--T----AAAT--ATTTG-TGN-AAGA--A-----G--TT-TGTTT-A-TA-AAA-AACAG--G-TA--TTTA-ACAA-T-ATA-T-G-A-A---TT-TT----CTTGTAT----ATTG-CTT--G-AGTC-A--AGAA-CTGT-AA-CTCTC-ATA--TCATA-AAGATA-G-------TGTATTT-GTG-TTAG-AATT-----C-TTA-AATATT---CAG-AAGCA-CA-AT-----AA-TTTT--T-GTGTGCCATTCCC--ATTAAC--AAATGCCTT-A--TA-AGC-TT-ACT-TATA-TGA-TA---TTT-A-TC-GACCATT--T-AAT-AATGGTT----GTTAA-CAAGA--TC-CA-CTG-TT-CTTTT--C-ATA-AGCC---G---TA-TCCG-G-TG-TGAA-ATAAAAGAAAAAAA-AA-A--TTCA-A-TAAA--TT-AT---C-GA--ATGCTTGG---TTTT-A-TAA----AA----AAGAA--A-CTT-GT--A-C-A--A--A-T--AT-TT----AAA--TT--ACAAT-A-ATAT-GAAA-TGA-AAAAAT-CGGGTA-T-T--T-CGGT-AG-GTT--T-AGGGGG------------------G------GGT-------------ATTT-------------C---------------------GG------------------------T--------------------A----AATCAGG-GG-TATTTCGGTAA-TTC-TATGTAC
Reference ( family-1602 ) : GTACATAGAA-T-TACC----GAAATACCCT-TGATTTACC----G-AAAT-A-CCCT-CAGAAAAC-ACCGAAA-TACCCCCC-TAACCTACCGA-AATAC-CCGA-TTT-T-TTCATTT-CATATT----A--TTGT-AATT--T----AAAT--ATTTG-TGN-AAGA--A-----G--TT-TGTTT-A-TA-AAA-AACAG--G-TA--TTTA-ACAA-T-ATA-T-G-A-A---TT-TT----CTTGTAT----ATTG-CTT--G-AGTC-A--AGAA-CTGT-AA-CTCTC-ATA--TCATA-AAGATA-G-------TGTATTT-GTG-TTAG-AATT-----C-TTA-AATATT---CAG-AAGCA-CA-AT-----AA-TTTT--T-GTGTGCCATTCCC--ATTAAC--AAATGCCTT-A--TA-AGC-TT-ACT-TATA-TGA-TA---TTT-A-TC-GACCATT--T-AAT-AATGGTT----GTTAA-CAAGA--TC-CA-CTG-TT-CTTTT--C-ATA-AGCC---G---TA-TCCG-G-TG-TGAA-ATAAAAGAAAAAAA-AA-A--TTCA-A-TAAA--TT-AT---C-GA--ATGCTTGG---TTTT-A-TAA----AA----AAGAA--A-CTT-GT--A-C-A--A--A-T--AT-TT----AAA--TT--ACAAT-A-ATAT-GAAA-TGA-AAAAAT-CGGGTA-T-T--T-CGGT-AG-GTT--T-AGGGGG------------------G------GGT-------------ATTT-------------C---------------------GG------------------------T--------------------A----AATCAGG-GG-TATTTCGGTAA-TTC-TATGTAC
gi|1 : ATAGAA-TGTACC----GAATAACCGT-TGATTTACCTTTTGTGAAT-A-CC-T-CAGAAAAC-ACCGAA--TACCCCC--TAACCTACCGAGAATAC-CCAA-TTTGTGTTCATTG-CATATT----AAGTTGT-AATT--TT---AAAC--ATTTG-TGGTAAGA--AA----G--TT-TGTTT-A-TA-AAC-A-CAG--GGTA--TTTA-ACAA-T-ATG-T-G-G-AGATTT-TT----CTTGTAT----ATTG-CTT--GGAGTC-AGAAGAA-CTGT-GA-ATCTC-ATA--TCATAGAAGATA-G-------TGTATTT-GTG-TTAG-AATTGC---CGTTA-AATATT---CAG-AAGCAGCA-AT-----AC-TTTT--TTGTGTGCCATTCCCGAATAAGC--AAATGCCTT-AA-TA-AGC-TT-ACG-TATA-TGA-TA---TTT-T-TC-GACCATT--T-AATGAATGGTTT---GCTAA-ACAGA--TCGCA-C-G-TT-CTTTT--C-ATAGAGCC---G---TA-TCCG-G-TG-TGAA-ATAAAAG-AAAGAA-AA-A--TTCA-ATTAAA--TT-AT---C-GA--ATGTTTGG---TTTT-A-TAA----AA----A--AA--A-CTT-GTC-G-C-A--A--ATT--AT-TT----AAA--CTG-ACAAT-A-AT-T-G-AA-TGA-AAAAATGCGGGTA-T-TG-T-CGG---G-GTT------AGGG------------------G------GGT-------------ATTT-------------C---------------------GG------------------------TGTTTTCTGGGGTATGTTGTAA----AGACAGGTGGTTATTTCGGTAAGTTCGTATGT
gi|10 : tgcaATAGAAAT-TACC----GAAATACCCCCTGATTTACC----G-AAAT-AACCCT-CGAAAAAC-AC-GAAA-TACCCCC--TAACCTAACGA-AATAC-CCAT-TTT-T-TTCATTTTCATAAT----A--TTGT-AATT--T----AAATTAATTTG-TGT-AAGA--A-----AGTTT-TGTTTTA-TA-AAA-A-CAG--G-TA--TT-A-ACAA-T-ATAGT-G-G-AAT-TT-TT----CTTGTAT----ATTG-CTTTTG-AGTCCA--AAAA-CTGT-AA-CTCTC-ATA--TCATA-AAGATA-G-------TGTATTT-GTG-TTAGAAATT-----C-TTA-AATATT---CAG-AAACA-CA-AT-----AATTTTT--T-GTGTGCCATTTCC--AATAACA-AAATGCCTT-A--T
gi|11 : caaATAGAAAT-TACC----GAAATACCCCCTGATTTACC----G-AAAT-AACCCT-CGAAAAAC-AC-GAAA-TACCCCC--TAACCTAACGA-AATAC-CCAT-TTT-T-TTCATTTTCATAAT----A--TTGT-AATT--T----AAATTAATTTG-TGT-AAGA--A-----AGTTT-TGTTTTA-TA-AAA-A-CAG--G-TA--TT-A-ACAA-T-ATAGT-G-G-AAT-TT-TT----CTTGTAT----ATTG-CTTTTG-AGTCCA--AAAA-CTGT-AA-CTCTC-ATA--TCATA-AAGATA-G-------TGTATTT-GTG-TTAGAAATT-----C-TTA-AATATT---CAG-AAACA-CA-AT-----AATTTTT--T-GTGTGCCATTTCC--AATAACA-AAATGCCTT-A--Tta
gi|12 : caaACATAGAA-T-TACC----GAAATACCCA-CGATTTACC----G-AAAT-A-CCCT-CAGAAAAC-ACTGAAA-TACCCCCA-TAACCTACCTA-AATAC-CCGA-CTT-T-TTCGTTT-AATACC----AGCTTGT-A-----T----AAAA--CGTTA-AGA-AAAA--ACAATCA--TT-TATTT-G-TT-AAA-----------A--TT---GCAA-TAATA-T-G-A-A---ta
gi|12 : GCTTG-------T-A-TAA----AACGTTAAGAA--A-----AA--A-C-A--ATCA-TTTAT-TTGTTAAAA--TT--GCAAT-A-ATAT-GAAA-TGA-AAAAAG-CGGGTA-T-T--T-TGGT-AG-G-T--T-AGGGGG------------------GTATTTCAGT-------------GTTTTCTTAGGGTATTTC---------------------GG------------------------T--------------------A----AATCTTG-GG-TATTTCGGTAA-TTC-TAatgaaaaaagcgggtattttggtaggttaggggggtatttcagtgttttcttagggtatttcggtaaatcttgggtatttcggtaattctag
gi|12 : acatagaattaccgaaatacccacgatttaccgaaataccctcagaaaacactgaaatacccccataacctacctaaatacccgactttttcgtttaataccaTAGAA-T-TACC----GAAATACCCA-AGATTTACC----G-AAAT-A-CCCT-AAGAAAAC-ACTGAAA-TACCCCCC-TAACCTACCAA-AATAC-CCGC-TTT-T-TTCATTT-CATATT----A--TTGC-AATT--TTAACAAAT--Ag
gi|13 : acatagaattaccgaaatacccacgatttaccgaaataccctcagaaaacactgaaatacccccataacctacctaaatacccgactttttcgtttaataccagcttgtataaaacgttaagaaaaaacaatcattT-AATGGTTTGGTGTGAA-CAA-A--TC--A-CTGATT-CTTTTT-C-AAG-AGGC---G---TAATCCGTA-TG-TGAA-ATAAAC---AAGAA-AA-A--TTCA---TAAA--TTTAT-----GA--ATGCTTGGTTATTTT-AGTAC----AA----AAGAA--ATCTTGGT--A-CAA--A--A-T--AT-TT----ACA--TT---C-AT-G-ATATAGAAA-TG---AAAAT-TGGTGA-C-T--T-TTGT-AG-GTT--T-A--GGT------------------G------GGT-------------ATTT-------------CAGTGTTTTTCTGGGGGTATTTGG------------------------T--------------------A----AATCAGG-GT-AATTT--GTAA-TTC-TATg
gi|14 : TACATAGAA-T-TACT----GAAATATCCT-TGATTTACC----G-AAAT-A-CCCT-CAGAAAAC-ACCGAAA-TACCCCCC-TAACCTACCGA-AATAC-CCAA-TTT---------------------A--TTGT-AATT--T----AAAT--ATTTG-TGC-AAGA--A-----G--TT-TGTTT-A-TA-AAT-A-CAG--G-TA--TTTA-ACAA-T-ATA-T-G-G-AAT-TT-TT----CTTGTAT----ATTG-CTT--G-AGTC-A--AGAA-CTGT-AA-CTCTC-ATA--TCAta
gi|15 : -CTTTT--C-ATA-AGCC---A---AT-TTCG-G-TG-TGAA-ATAAAA------------A--TTCT-G-AAGA--TT-AT---T-AA--ATGCTTG-----TTA-A-CAA----AA--------------TT-ATT-A-C-ATCA--G-T--AT-TT----AAA--TT--ACAAT-A-ATAT-GAAA-TGA-AAAAAT--GGGTA-T-T--G-CGGT-AG-GTT--TCAGTATC------------------G------G----------------TTT-------------C---------------------GG------------------------T--------------------A----
gi|16 : atattttatcgagctctatggtagttacatttgtattaatgagcaTAGAA-T-TAC-----AAAATACCCG-TGACTTACC----G-AAAC-A-CCCT-CAGAAAAC-ACCGAAA-TACCCCTC-TTACCTACCGA-AGTAC-CCAATTTT-T-TTCATTT-CATAAA----A--TTGT-AATT--C----ATTT--ATTTG-TGG-AAGA--A-----G--TT-TGCTT-A-TA-AAA-CAAAGACG-TA--TTTA-ATGA-T-CTT-T-G-ATA---TTATG----CTTGt
gi|17 : taacACCTACCAA-AATGC-CCAA-CTT-A-TTCATTT-CATATTAATAA--TTGT-AACTAAA----AAAA--ACTTG-TAC-AAAA--A-----G---T-TATTT-A-T--AAA-ATCAA--A-TA--TCTA-AGAG-T-TTA-TGG-A-A---TT-TT----TCTGCACCAGAATGG-CTC--G-AGAA-A--AAAACCTG--AA-CCCCT-GTATTTCATA-
gi|18 : gtacccctagagtacatgtGAAAAAGA-GA-ACATTCC-C-TAGA--T--AT---T-AA--ATGCTCGG---TTTTTA-TGACCAGAA----AAAAA--A-TCT-AG--A-T-C--A--G-T--AC-TT----AAGGTTT--ACAAT-A--T-T-GAAA-AGA-AAAAAT-C-GGTATT-T--T-CGGT----GTTCCT-----GA------------------G------AGT-------------ATTT-------------C---------------------GG------------------------T--------------------A----AA--AAC-GG-TATTTCGt
gi|19 : gtTTACC----G-AAAT-A-CCCC-CAGAAAAC-ACCAAA---ACCCCTC-----------A-AACACACCGA-T---------------TATT----G--GTGT-AA----T----A-------CTG-TGT-AAGAAGA-----G--TT-TGTTT-A-T--AAA-ACCAA--G-CA--TTTtacgtacc
gi|2 : aaACAGAA-A-TACCCGCAGAGGTATACT-TGATTTACC----GGAAAT-T-ACCT-CAGAAAACGACCGAAAATACCCCC--TAACCTAC-GA-AATAC-CCGA-TTT-T-TTCATTT-CATGTTT---A--TTGCGAATT--T----ATAT--ATTTGGTGTTAAGA--A-----G--TT-GTTTT-A-TA-AAA-A-CAG--G-TA--TTTA-ACAAAT-ATA-T-G-A-A---TT-TTTTTTCTTGTAA----ATTG-CTT--G-AGTC-A--AGAA-CTGT-AA-CTCTC-ATA--TCATA-AAGATATT-------TGTATTT-G-G-TTAG-AA-T-----C-TTAGAATATT---CAG-AAGCG-AA-TT-----AA-TTTT--T-GTGTGCCATTCCCA-ATAAACAAAAATGCCTA-A--TA-AGC-TT-ACT-TA-A-TGA-TA---TTT-AGTC-GACCATT--T-AATAAATGGTT----GTTAA-CAAGA--TC-CAGCTG-TT-CTTTTTCC-ATA-CGCC---G---TA-TCT--G-TG-TGAA-ATAAAAGAAAGAAA-AA-AT-TTCA-ATTAAA--TT-AT---C-GACCATG-TTGG---TTTT-A-TAA----AA----AAGAA--A-CTT-GTGAA-C-A--A--A-T--AT-TTA---AAA--TT--ACAAT-A-AT-T-GAAATTGA-AAAAAT-CGGGTA-T-TTGT-CGG--AG-GTT------AGGG------------------G------GGT-------------ATTT-------------C---------------------GGTTTTTCTTGGTGGGGTATTTTCGGT--------------------A----AATCAGG-GG-TATTTCGGTAA-TTC-TATGTAC
gi|20 : TTTACC----G-AA-T-A-CCCT-CAGAAAAC-ACCGAAA-TACCCCCC-TAACCTTCCGA-AATAC-CCAA-ATT-C-TTCATTT-CATATT----A--TTGT-AATT--T----AAAT--Aa
gi|21 : -CTGT-AA-CTCTC-ATA--TCATA-AAGATG-GTGTACATTGTATTT-GTA-TCAG-AATT-----C-TTA-AATTTT---CAG-AGGc
gi|22 : GTACATAGAA-T-TACC----GAAATACCCC-TGATTTACC----G-AAAT-A-CCCC-AAGAAAAC-ACCGAAA-TACCCC
gi|23 : -AT-----AA-TTTT--C-GTGTGCCATTGCC--AATAAC--AAATGCCTTAA--TACAGC-TT-ACT-TATA-TGA-TA---TT
gi|24 : GT-------------ATTT-------------C---------------------GG------------------------T--------------------A----AATCAGG-GG-TATTTCGGTAA-TTC-TATGTACct
gi|25 : cggtgtttcaattatatatGGT-AA-GTT------AGGG------------------A------GGT-------------ATTT-------------C---------------------GA------------------------T--------------------A----AATCAAG-GG-TATTTCGGTA
gi|26 : AGAA-AA-A--TTCA-A-TAAA--TT-AT---C-GA--ATGCTTGG---TTTT-A-TAA----AA----
gi|27 : GTACATAGAA-T-TACC----AAAATACTCG-TGATTTACC----G-AAAT-
gi|28 : GTACATAGAA-T-TACC----GAAATACCC---GATTTAc
gi|3 : GTACA--AAA-T-TACC----GAAATACC-T-TGATTTACC----G-AAATTA-CCCTTCAGAAAAC-ACCGAAA-TACCCCC--TAACCTAC-GA-AATAC-CCGA-TTT-T-TTCATTT-CATGTTT---A--TTGCGAATT--T----ATAT--ATTTGGTGTTAAGA--A-----G--TT-GTTTT-A-TA-AAA-A-CAG--G-TA--TTTA-ACAAAT-ATA-T-G-A-A---TT-TTTTTTCTTGTAA----ATTG-CTT--G-AGTC-A--AGAA-CTGT-AA-CTCTC-ATA--TCATA-AAGATATT-------TGTATTT-G-G-TTAG-AA-T-----C-TTAGAATATT---CAG-AAGCG-AA-TT-----AA-TTTT--T-GTGTGCCATTCCCA-ATAAACAAAAATGCCTA-A--TA-AGC-TT-ACT-TA-A-TGA-TA---TTT-AGTC-GACCATT--T-AATAAATGGTT----GTTAA-CAAGA--TC-CAGCTG-TT-CTTTTTCC-ATA-CGCC---G---TA-TCT--G-TG-TGAA-ATAAAAGAAAGAAA-AA-AT-TTCA-ATTAAA--TT-AT---C-GACCATG-TTGG---TTTT-A-TAA----AA----AAGAA--A-CTT-GTGAA-C-A--A--A-T--AT-TTA---AAA--TT--ACAAT-A-AT-T-GAAATTGA-AAAAAT-CGGGTA-T-TTGT-CGG--AG-GTT------AGGG------------------G------GGT-------------ATTT-------------C---------------------GGTTTTTCTTGGTGGGGTATTTTCGGT--------------------A----AATCAGG-GG-TATTTCGGTAA-TTC-TATGTA
gi|4 : CATAGAA-T-T-CC----GAAATACCCT-TGAT--ACC----G-AAAT-A-CCCT-CATAAAAC-ACCGAAA-TACCCCCC-TAAC-TACCGA-AATAC-CCAA-TTT-T-TTCATTT-CATATT----A--TTGT-AATT-------ATAT--ATTTG-TGT-AAGA--A-----G--TTGTGTTT-A-TATAAA-AACAA--G-TA--TTTA-ACAA-T-ATAAT-GGA-A---TT-TT----CTTGTAT----ATTA-CTT--G-AGCC-A--AAAA-CTGT-AAACTCTC-ATA--TCATA-AA-ATA-G-------TGTATTT-GTG-TTAG-AATT-----C-TTA-AATATT---CAG-AACCA-GA-AT-----AA-TTTT--T-GTGTGCCATTCCC--AATAGC--AAATGCCGT-A--TA-AGC-TT-ACT-TATA-TGC-TA---TTTTA-TC-GACCATT--T-AAT-AATG-CT----GTTAA-CAAGA--TC-CA-CCG-TT-CTTTT--C-ATA-AGCC---G---TA-TCCA-G-TG-TGAA-ATAAAAAGAAAGAA-AA-A--TTCA-A-TAAA--TT-AT---A-TG--ATGTTTG----TTTT-A-TAA----AA----AA-AA--A-CTT-GT--AAC-A--A--A-T--AT-TT----AAA--TT--ACAA--A-ATAT-GAAA-TGA-AAAAAT-CGAGTA-T-T--T-TGGT-AG-G----T-AGGGGGTATTTCGGTGTTTTCTGGG------GGT-------------ATTT-------------C---------------------GG------------------------T--------------------A----A-TCAGG-G--TATTTCGGTAA-TTC-TATGTAC
gi|5 : GTACATAGAA-T-TACC----GAAATACCCT-TGATTTACC----G-AAAT-A-CCCT-CAGAAAAC-ACCGACA-TACCCCCG-TAACCTACCGA-AATAC-CCGA-TTT-T-TTCATTT-CATATT----A--TTTT-AATT--T----AAAT--ATTTG-TGA-AAGA--A-----G--TT-TGTTA-A-TA-AAA-AACAG----TA--TTTA-ACAA---ATA-T-G-A-A---TT-TT----CTTGTAT----ATTG-CTT--G-AGTC-A--AGAA-CTGT-AA-CTCTC-ATA--TCA-A-AAGATG-T-------TGTATTT-GTG-TTAG-AATT-----C-TTA-AATATT---CAG-AAGCA-CA-A------AA-TTTT--T-GCGTGCCATTCC---ATTAAC--AAATGCCTT-A--TA-AGC-TT-ACT-TA-A-TGA-TA---TTT-A-TC-GACCATT--T-AAT-AATGGTT----GTTAA-CAAGA--TC-CA-CTG-T--CTTTT--C-ATA-AGCC---G---TA-TCCGTG-T--TGAA-ATAAAAGAAAAAGATAA-A--C----A-TAAA--TA-TT---C-GA--ATGTTTGG---TTTT-A-TAA----AA----AAGAA--A-CTT-GT--A-C-A--A--A-T--AT-TT----AAA--TT--ACAAT-A-ATAT-GAAA-TGA-AAAAAT-CGGGTA-T-T--T-CGGT-AG-GTT--T-AAGGGG------------------G------GGT-------------ATTT-------------C---------------------GG------------------------T--------------------A----AATCAGG-GG-TATTTCGGTAA-TTC-TATGTAC
gi|6 : ACAT-GAA-T-TACC----GAAATACCCT-TGATTTACC----G-AAAT-A-CCCT-CAGAAAAC-ACCGACA-TATACCCCGTAACCTACCGA-AATAC-C-GA-TTT-T-TTCATTT-CATATT----A--TT-T-AATT--T----AA-T--ATTTG-TGA-AAGA--A-----G--TT--GTTA-A-TA-AAA--ACAG--G-TA--TTTA-ACAA-T-ATA-T-G-G-A---TT-TT----CTTGTAT----ATTG-CTT--G-AGTC-A--AGAA-CTGT-AA-CTCTC-ATA--TCATA-AAGATG-G-------TGTATTT-GTG-TT-G-AATT-----C-TTA-AATATT---CAG-AAGCA-CA-AT-----AA--TTT--T-GCGTGCCATT-CC--ATTAAC--AAATGCCTTAA--TA-AGC-TT-AC--TATC-T-A-TA-----T-A-TC-G-CCATT--T--AT-AATGGTT----GTTAA-CAAGA--TC-CA-CTG-TT-CTTTT--C-ATA-AGCC---G---TA-TCCG-G-TG-TGAA-ATAAAAGAAAAAAA-GA-----TCA-A-TAAA--CT-AT---C-GA--ATGTTTGG---TTTT-A-TAA----AA----AACA------TT-GT--A-C-A--A--A-T--AT-T------AA--TT--ACAAT-A-ATAT-GAAA-TGA-AAAAAT-CGGGTA-T-T--T-CGGT-A--GTT--T-AAGGGG------------------G------GGT-------------ATTT-------------C---------------------GG------------------------T--------------------A----AATCAGG-GG-TATTTCGGTAA-TTC-TATGTA
gi|7 : -TGTCT-AATA-AAAGAACAG--G-TAATTTTACACAA-T-----T-G-A-T---TT-TT----CGTGTATT---ATCCTCTT--GTAGTC-A--AGAA-CTGT-AA-CTCTCCATA--TCATA-AAGATA-GC------TGTATTTTGTGATTAA-TATTACTTAC-TTATGATATTTATCAG-AAGCA-CA-AT-----AA-TTTTATT-GTGTGCCAT-CCC--ATTAAC--AAATGCCT--A--TA-AGCCTT-A-T-TATA--GA-TACATTTT-A-TC-GACCATTATT-AAT-AA-GGCT----GTTA--CAAGA--TC-CA-CTG-TTTCTTTT--C-ATA-AACA---GCAATA-TCCG-G-TGGTGCACATAAAAGAAGAAAA-A------TCACA-TAAAATTT-AA---CTGA--ATGCTTGG---GTTT-A-TAA----CA----AAAGA--A-CTT-GT--A-C----A--A-T--ATATT----AAATTTT--GCAATAA-ATATCGAAA-TGAGAAAAAT-TGGGTA-TAT--T-CGGT-AATGTT--T-AGGTGG------------------GAATTTCGGTTGTTTTCTGGGGAATTT-------------C---------------------GG------------------------T--------------------A----ACTCA-G-GG-TA-TTCGGT-A-TTC-TATGTAC
gi|8 : aaattgttaatgtga-A-TA-AAA-GACAG--G-TAATTTTA-ACAT-C-AT--T-G-A-T---TT-TT----CT-GTATT---AT---CTT--G-AGTC-A--AGAA-CTGTTAA-CTCTC-ATA--TCATA-AAGATA-GC------TGTATTT-GTG-TTA--AATT-----C-TTA-AATATTT--CAGGAAGCA-CA-AT-----AA-TTTT--T-GTGTGCCATTCCC--ATTAAC--AAATGCCTT-A------GC-TT-A-T-TATAATGA-TA---TTT-A-TC-GACCATT--TTAAT-A-TAGGT----GTTAAACAAGAATCC-CA-CTG-TT-CTTTTT-C-ATA-AACC---A---TA-TCCG-GATGGTGCA-ATAAAAGAAGAAAA-CA-----TCACA-TAAA--TT-ATTATC-GA--ATAGTTG-----TTT-A-TAAC---AA----AAGAACTA-TTG-GT--A-C-A--A--AAT--AT-TT----AAA--TTTTGCAAT-ATAT-T-GAAA--GA-AAAAAT-TGGGTA-T-T--TTCGGTTAG---T--T-AGGGGG------------------TTTC---GGT-------------GTTT-------------TCTG------------------GG------------------------G--------------------ATTCGAATCAGG-GG-TATT-CGGTAA-TTC-TATGTc
gi|9 : AGCA-CATATTGTTAAA-TTTT--T-GTGTTGCATTCCA--AT-AAC--AATTGCTTT-AAACA-AGC-TTTACTGTATA-TGAATA---TTTTA-TCTG--CACC--T---T-AATGGTT----GTTAA-CAAGA--TC-CA-CTG-T--CTTTT--CTATA--GCTAGTG---TA-TCCG-GATGGTGAA-ATAAGAAAGAAAAC-AACA--CTCC-A-TAGA--TTTAT---C-AA--ATGCTTGG---TTTT-A-TAA----AA----AAAAA--GTCTT-GT--T-C-A--A--A-T--AC-TT----AAA--TT--ACAAT-A-ATAT-GTAA-TGA-AAAAAT-CGGGTA-T-T--T-CGGT-AG-G-T--T-AGGGGG------------------GTATTTCGGT-------------GTTTTCGGGGGGTATTTC---------------------GG------------------------T--------------------A----AATCAGG-GG-TATTTCGGTAA-TTC-TATGTACt
Alignments
lowQualScore : 11 1111 11 11111111 111 111 1111 1111 222222222 11111 1 111 11 11 111 1 1111 11 1 1111 111 11 1111 11 111111 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999
lowQualScore : 5 2 5555 99 5555 5 2 5 2 2 2 44 2 2 2 333 5 1111 77 5 9999999 1 77 6 00 44 22222222 2 5 2 2 888 33 2 77 0 2 5 2 8 2 2 2 666 3 3333 3333 3 99 6 6 44 3 3 3 3 44 3 333333333 3 3 7 44444 3 0 000 3 3 3 88888 6 44 3 11 1 55 6 77 4 4 4 4 5 4 4 777 111 4 1 66 66 2 2222 4 55 4 8 4 44 77 3 3 666 666 3 77 7 0 3 11 3 3333 333 44 6 66666 88 3 9999 2 2 8888 6666 3 66666 3 44 3 3 44 44 6 44 3 2222 88 77 3 3 9 6 6 3 3 3 3 11 3 44 2 3 777777 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 5555 2 2 3 3
lowQualScore : . . .... .. .... . . . . . . .. . . . ... . .... .. . ....... . .. . .. .. ........ . . . . ... .. . .. . . . . . . . . ... . .... .... . .. . . .. . . . . .. . ......... . . . ..... . . ... . . . ..... . .. . .. . .. . .. . . . . . . . ... ... . . .. .. . .... . .. . . . .. .. . . ... ... . .. . . . .. . .... ... .. . ..... .. . .... . . .... .... . ..... . .. . . .. .. . .. . .... .. .. . . . . . . . . . .. . .. . . ...... ............................................................................................................................... .... . . . .
lowQualScore : 3 7 7777 33 3333 0 5 3 7 7 7 33 7 7 7 999 3 0000 33 3 0000000 2 33 2 22 22 99999999 9 3 7 7 333 77 7 33 8 9 7 9 6 9 9 9 888 1 1111 8888 3 22 7 7 66 1 1 1 1 22 3 222222222 6 6 3 11111 6 9 000 6 6 3 33333 7 66 3 22 6 88 7 99 0 0 0 0 7 0 0 000 777 4 9 11 33 0 5555 0 55 0 0 0 44 33 6 6 444 444 6 88 3 9 6 33 1 8888 222 22 2 77777 55 5 3333 9 9 9999 1111 3 44444 1 66 1 1 22 22 2 22 1 7777 55 33 1 1 8 2 2 1 1 1 1 55 1 44 9 2 999999 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 7777 9 9 3 3
consensus : GTACATAGAA-T-TACC----GAAATACCCT-TGATTTACC----G-AAAT-A-CCCT-CAGAAAAC-ACCGAAA-TACCCCCC-TAACCTACCGA-AATAC-CCGA-TTT-T-TTCATTT-CATATT----A--TTGT-AATT--T----AAAT--ATTTG-TGN-AAGA--A-----G--TT-TGTTT-A-TA-AAA-AACAG--G-TA--TTTA-ACAA-T-ATA-T-G-A-A---TT-TT----CTTGTAT----ATTG-CTT--G-AGTC-A--AGAA-CTGT-AA-CTCTC-ATA--TCATA-AAGATA-G-------TGTATTT-GTG-TTAG-AATT-----C-TTA-AATATT---CAG-AAGCA-CA-AT-----AA-TTTT--T-GTGTGCCATTCCC--ATTAAC--AAATGCCTT-A--TA-AGC-TT-ACT-TATA-TGA-TA---TTT-A-TC-GACCATT--T-AAT-AATGGTT----GTTAA-CAAGA--TC-CA-CTG-TT-CTTTT--C-ATA-AGCC---G---TA-TCCG-G-TG-TGAA-ATAAAAGAAAAAAA-AA-A--TTCA-A-TAAA--TT-AT---C-GA--ATGCTTGG---TTTT-A-TAA----AA----AAGAA--A-CTT-GT--A-C-A--A--A-T--AT-TT----AAA--TT--ACAAT-A-ATAT-GAAA-TGA-AAAAAT-CGGGTA-T-T--T-CGGT-AG-GTT--T-AGGGGG------------------G------GGT-------------ATTT-------------C---------------------GG------------------------T--------------------A----AATCAGG-GG-TATTTCGGTAA-TTC-TATGTAC
Reference ( family-1602 ) : GTACATAGAA-T-TACC----GAAATACCCT-TGATTTACC----G-AAAT-A-CCCT-CAGAAAAC-ACCGAAA-TACCCCCC-TAACCTACCGA-AATAC-CCGA-TTT-T-TTCATTT-CATATT----A--TTGT-AATT--T----AAAT--ATTTG-TGN-AAGA--A-----G--TT-TGTTT-A-TA-AAA-AACAG--G-TA--TTTA-ACAA-T-ATA-T-G-A-A---TT-TT----CTTGTAT----ATTG-CTT--G-AGTC-A--AGAA-CTGT-AA-CTCTC-ATA--TCATA-AAGATA-G-------TGTATTT-GTG-TTAG-AATT-----C-TTA-AATATT---CAG-AAGCA-CA-AT-----AA-TTTT--T-GTGTGCCATTCCC--ATTAAC--AAATGCCTT-A--TA-AGC-TT-ACT-TATA-TGA-TA---TTT-A-TC-GACCATT--T-AAT-AATGGTT----GTTAA-CAAGA--TC-CA-CTG-TT-CTTTT--C-ATA-AGCC---G---TA-TCCG-G-TG-TGAA-ATAAAAGAAAAAAA-AA-A--TTCA-A-TAAA--TT-AT---C-GA--ATGCTTGG---TTTT-A-TAA----AA----AAGAA--A-CTT-GT--A-C-A--A--A-T--AT-TT----AAA--TT--ACAAT-A-ATAT-GAAA-TGA-AAAAAT-CGGGTA-T-T--T-CGGT-AG-GTT--T-AGGGGG------------------G------GGT-------------ATTT-------------C---------------------GG------------------------T--------------------A----AATCAGG-GG-TATTTCGGTAA-TTC-TATGTAC
gi|1 : ATAGAA-TGTACC----GAATAACCGT-TGATTTACCTTTTGTGAAT-A-CC-T-CAGAAAAC-ACCGAA--TACCCCC--TAACCTACCGAGAATAC-CCAA-TTTGTGTTCATTG-CATATT----AAGTTGT-AATT--TT---AAAC--ATTTG-TGGTAAGA--AA----G--TT-TGTTT-A-TA-AAC-A-CAG--GGTA--TTTA-ACAA-T-ATG-T-G-G-AGATTT-TT----CTTGTAT----ATTG-CTT--GGAGTC-AGAAGAA-CTGT-GA-ATCTC-ATA--TCATAGAAGATA-G-------TGTATTT-GTG-TTAG-AATTGC---CGTTA-AATATT---CAG-AAGCAGCA-AT-----AC-TTTT--TTGTGTGCCATTCCCGAATAAGC--AAATGCCTT-AA-TA-AGC-TT-ACG-TATA-TGA-TA---TTT-T-TC-GACCATT--T-AATGAATGGTTT---GCTAA-ACAGA--TCGCA-C-G-TT-CTTTT--C-ATAGAGCC---G---TA-TCCG-G-TG-TGAA-ATAAAAG-AAAGAA-AA-A--TTCA-ATTAAA--TT-AT---C-GA--ATGTTTGG---TTTT-A-TAA----AA----A--AA--A-CTT-GTC-G-C-A--A--ATT--AT-TT----AAA--CTG-ACAAT-A-AT-T-G-AA-TGA-AAAAATGCGGGTA-T-TG-T-CGG---G-GTT------AGGG------------------G------GGT-------------ATTT-------------C---------------------GG------------------------TGTTTTCTGGGGTATGTTGTAA----AGACAGGTGGTTATTTCGGTAAGTTCGTATGT
gi|10 : tgcaATAGAAAT-TACC----GAAATACCCCCTGATTTACC----G-AAAT-AACCCT-CGAAAAAC-AC-GAAA-TACCCCC--TAACCTAACGA-AATAC-CCAT-TTT-T-TTCATTTTCATAAT----A--TTGT-AATT--T----AAATTAATTTG-TGT-AAGA--A-----AGTTT-TGTTTTA-TA-AAA-A-CAG--G-TA--TT-A-ACAA-T-ATAGT-G-G-AAT-TT-TT----CTTGTAT----ATTG-CTTTTG-AGTCCA--AAAA-CTGT-AA-CTCTC-ATA--TCATA-AAGATA-G-------TGTATTT-GTG-TTAGAAATT-----C-TTA-AATATT---CAG-AAACA-CA-AT-----AATTTTT--T-GTGTGCCATTTCC--AATAACA-AAATGCCTT-A--T
gi|11 : caaATAGAAAT-TACC----GAAATACCCCCTGATTTACC----G-AAAT-AACCCT-CGAAAAAC-AC-GAAA-TACCCCC--TAACCTAACGA-AATAC-CCAT-TTT-T-TTCATTTTCATAAT----A--TTGT-AATT--T----AAATTAATTTG-TGT-AAGA--A-----AGTTT-TGTTTTA-TA-AAA-A-CAG--G-TA--TT-A-ACAA-T-ATAGT-G-G-AAT-TT-TT----CTTGTAT----ATTG-CTTTTG-AGTCCA--AAAA-CTGT-AA-CTCTC-ATA--TCATA-AAGATA-G-------TGTATTT-GTG-TTAGAAATT-----C-TTA-AATATT---CAG-AAACA-CA-AT-----AATTTTT--T-GTGTGCCATTTCC--AATAACA-AAATGCCTT-A--Tta
gi|12 : caaACATAGAA-T-TACC----GAAATACCCA-CGATTTACC----G-AAAT-A-CCCT-CAGAAAAC-ACTGAAA-TACCCCCA-TAACCTACCTA-AATAC-CCGA-CTT-T-TTCGTTT-AATACC----AGCTTGT-A-----T----AAAA--CGTTA-AGA-AAAA--ACAATCA--TT-TATTT-G-TT-AAA-----------A--TT---GCAA-TAATA-T-G-A-A---ta
gi|12 : GCTTG-------T-A-TAA----AACGTTAAGAA--A-----AA--A-C-A--ATCA-TTTAT-TTGTTAAAA--TT--GCAAT-A-ATAT-GAAA-TGA-AAAAAG-CGGGTA-T-T--T-TGGT-AG-G-T--T-AGGGGG------------------GTATTTCAGT-------------GTTTTCTTAGGGTATTTC---------------------GG------------------------T--------------------A----AATCTTG-GG-TATTTCGGTAA-TTC-TAatgaaaaaagcgggtattttggtaggttaggggggtatttcagtgttttcttagggtatttcggtaaatcttgggtatttcggtaattctag
gi|12 : acatagaattaccgaaatacccacgatttaccgaaataccctcagaaaacactgaaatacccccataacctacctaaatacccgactttttcgtttaataccaTAGAA-T-TACC----GAAATACCCA-AGATTTACC----G-AAAT-A-CCCT-AAGAAAAC-ACTGAAA-TACCCCCC-TAACCTACCAA-AATAC-CCGC-TTT-T-TTCATTT-CATATT----A--TTGC-AATT--TTAACAAAT--Ag
gi|13 : acatagaattaccgaaatacccacgatttaccgaaataccctcagaaaacactgaaatacccccataacctacctaaatacccgactttttcgtttaataccagcttgtataaaacgttaagaaaaaacaatcattT-AATGGTTTGGTGTGAA-CAA-A--TC--A-CTGATT-CTTTTT-C-AAG-AGGC---G---TAATCCGTA-TG-TGAA-ATAAAC---AAGAA-AA-A--TTCA---TAAA--TTTAT-----GA--ATGCTTGGTTATTTT-AGTAC----AA----AAGAA--ATCTTGGT--A-CAA--A--A-T--AT-TT----ACA--TT---C-AT-G-ATATAGAAA-TG---AAAAT-TGGTGA-C-T--T-TTGT-AG-GTT--T-A--GGT------------------G------GGT-------------ATTT-------------CAGTGTTTTTCTGGGGGTATTTGG------------------------T--------------------A----AATCAGG-GT-AATTT--GTAA-TTC-TATg
gi|14 : TACATAGAA-T-TACT----GAAATATCCT-TGATTTACC----G-AAAT-A-CCCT-CAGAAAAC-ACCGAAA-TACCCCCC-TAACCTACCGA-AATAC-CCAA-TTT---------------------A--TTGT-AATT--T----AAAT--ATTTG-TGC-AAGA--A-----G--TT-TGTTT-A-TA-AAT-A-CAG--G-TA--TTTA-ACAA-T-ATA-T-G-G-AAT-TT-TT----CTTGTAT----ATTG-CTT--G-AGTC-A--AGAA-CTGT-AA-CTCTC-ATA--TCAta
gi|15 : -CTTTT--C-ATA-AGCC---A---AT-TTCG-G-TG-TGAA-ATAAAA------------A--TTCT-G-AAGA--TT-AT---T-AA--ATGCTTG-----TTA-A-CAA----AA--------------TT-ATT-A-C-ATCA--G-T--AT-TT----AAA--TT--ACAAT-A-ATAT-GAAA-TGA-AAAAAT--GGGTA-T-T--G-CGGT-AG-GTT--TCAGTATC------------------G------G----------------TTT-------------C---------------------GG------------------------T--------------------A----
gi|16 : atattttatcgagctctatggtagttacatttgtattaatgagcaTAGAA-T-TAC-----AAAATACCCG-TGACTTACC----G-AAAC-A-CCCT-CAGAAAAC-ACCGAAA-TACCCCTC-TTACCTACCGA-AGTAC-CCAATTTT-T-TTCATTT-CATAAA----A--TTGT-AATT--C----ATTT--ATTTG-TGG-AAGA--A-----G--TT-TGCTT-A-TA-AAA-CAAAGACG-TA--TTTA-ATGA-T-CTT-T-G-ATA---TTATG----CTTGt
gi|17 : taacACCTACCAA-AATGC-CCAA-CTT-A-TTCATTT-CATATTAATAA--TTGT-AACTAAA----AAAA--ACTTG-TAC-AAAA--A-----G---T-TATTT-A-T--AAA-ATCAA--A-TA--TCTA-AGAG-T-TTA-TGG-A-A---TT-TT----TCTGCACCAGAATGG-CTC--G-AGAA-A--AAAACCTG--AA-CCCCT-GTATTTCATA-
gi|18 : gtacccctagagtacatgtGAAAAAGA-GA-ACATTCC-C-TAGA--T--AT---T-AA--ATGCTCGG---TTTTTA-TGACCAGAA----AAAAA--A-TCT-AG--A-T-C--A--G-T--AC-TT----AAGGTTT--ACAAT-A--T-T-GAAA-AGA-AAAAAT-C-GGTATT-T--T-CGGT----GTTCCT-----GA------------------G------AGT-------------ATTT-------------C---------------------GG------------------------T--------------------A----AA--AAC-GG-TATTTCGt
gi|19 : gtTTACC----G-AAAT-A-CCCC-CAGAAAAC-ACCAAA---ACCCCTC-----------A-AACACACCGA-T---------------TATT----G--GTGT-AA----T----A-------CTG-TGT-AAGAAGA-----G--TT-TGTTT-A-T--AAA-ACCAA--G-CA--TTTtacgtacc
gi|2 : aaACAGAA-A-TACCCGCAGAGGTATACT-TGATTTACC----GGAAAT-T-ACCT-CAGAAAACGACCGAAAATACCCCC--TAACCTAC-GA-AATAC-CCGA-TTT-T-TTCATTT-CATGTTT---A--TTGCGAATT--T----ATAT--ATTTGGTGTTAAGA--A-----G--TT-GTTTT-A-TA-AAA-A-CAG--G-TA--TTTA-ACAAAT-ATA-T-G-A-A---TT-TTTTTTCTTGTAA----ATTG-CTT--G-AGTC-A--AGAA-CTGT-AA-CTCTC-ATA--TCATA-AAGATATT-------TGTATTT-G-G-TTAG-AA-T-----C-TTAGAATATT---CAG-AAGCG-AA-TT-----AA-TTTT--T-GTGTGCCATTCCCA-ATAAACAAAAATGCCTA-A--TA-AGC-TT-ACT-TA-A-TGA-TA---TTT-AGTC-GACCATT--T-AATAAATGGTT----GTTAA-CAAGA--TC-CAGCTG-TT-CTTTTTCC-ATA-CGCC---G---TA-TCT--G-TG-TGAA-ATAAAAGAAAGAAA-AA-AT-TTCA-ATTAAA--TT-AT---C-GACCATG-TTGG---TTTT-A-TAA----AA----AAGAA--A-CTT-GTGAA-C-A--A--A-T--AT-TTA---AAA--TT--ACAAT-A-AT-T-GAAATTGA-AAAAAT-CGGGTA-T-TTGT-CGG--AG-GTT------AGGG------------------G------GGT-------------ATTT-------------C---------------------GGTTTTTCTTGGTGGGGTATTTTCGGT--------------------A----AATCAGG-GG-TATTTCGGTAA-TTC-TATGTAC
gi|20 : TTTACC----G-AA-T-A-CCCT-CAGAAAAC-ACCGAAA-TACCCCCC-TAACCTTCCGA-AATAC-CCAA-ATT-C-TTCATTT-CATATT----A--TTGT-AATT--T----AAAT--Aa
gi|21 : -CTGT-AA-CTCTC-ATA--TCATA-AAGATG-GTGTACATTGTATTT-GTA-TCAG-AATT-----C-TTA-AATTTT---CAG-AGGc
gi|22 : GTACATAGAA-T-TACC----GAAATACCCC-TGATTTACC----G-AAAT-A-CCCC-AAGAAAAC-ACCGAAA-TACCCC
gi|23 : -AT-----AA-TTTT--C-GTGTGCCATTGCC--AATAAC--AAATGCCTTAA--TACAGC-TT-ACT-TATA-TGA-TA---TT
gi|24 : GT-------------ATTT-------------C---------------------GG------------------------T--------------------A----AATCAGG-GG-TATTTCGGTAA-TTC-TATGTACct
gi|25 : cggtgtttcaattatatatGGT-AA-GTT------AGGG------------------A------GGT-------------ATTT-------------C---------------------GA------------------------T--------------------A----AATCAAG-GG-TATTTCGGTA
gi|26 : AGAA-AA-A--TTCA-A-TAAA--TT-AT---C-GA--ATGCTTGG---TTTT-A-TAA----AA----
gi|27 : GTACATAGAA-T-TACC----AAAATACTCG-TGATTTACC----G-AAAT-
gi|28 : GTACATAGAA-T-TACC----GAAATACCC---GATTTAc
gi|3 : GTACA--AAA-T-TACC----GAAATACC-T-TGATTTACC----G-AAATTA-CCCTTCAGAAAAC-ACCGAAA-TACCCCC--TAACCTAC-GA-AATAC-CCGA-TTT-T-TTCATTT-CATGTTT---A--TTGCGAATT--T----ATAT--ATTTGGTGTTAAGA--A-----G--TT-GTTTT-A-TA-AAA-A-CAG--G-TA--TTTA-ACAAAT-ATA-T-G-A-A---TT-TTTTTTCTTGTAA----ATTG-CTT--G-AGTC-A--AGAA-CTGT-AA-CTCTC-ATA--TCATA-AAGATATT-------TGTATTT-G-G-TTAG-AA-T-----C-TTAGAATATT---CAG-AAGCG-AA-TT-----AA-TTTT--T-GTGTGCCATTCCCA-ATAAACAAAAATGCCTA-A--TA-AGC-TT-ACT-TA-A-TGA-TA---TTT-AGTC-GACCATT--T-AATAAATGGTT----GTTAA-CAAGA--TC-CAGCTG-TT-CTTTTTCC-ATA-CGCC---G---TA-TCT--G-TG-TGAA-ATAAAAGAAAGAAA-AA-AT-TTCA-ATTAAA--TT-AT---C-GACCATG-TTGG---TTTT-A-TAA----AA----AAGAA--A-CTT-GTGAA-C-A--A--A-T--AT-TTA---AAA--TT--ACAAT-A-AT-T-GAAATTGA-AAAAAT-CGGGTA-T-TTGT-CGG--AG-GTT------AGGG------------------G------GGT-------------ATTT-------------C---------------------GGTTTTTCTTGGTGGGGTATTTTCGGT--------------------A----AATCAGG-GG-TATTTCGGTAA-TTC-TATGTA
gi|4 : CATAGAA-T-T-CC----GAAATACCCT-TGAT--ACC----G-AAAT-A-CCCT-CATAAAAC-ACCGAAA-TACCCCCC-TAAC-TACCGA-AATAC-CCAA-TTT-T-TTCATTT-CATATT----A--TTGT-AATT-------ATAT--ATTTG-TGT-AAGA--A-----G--TTGTGTTT-A-TATAAA-AACAA--G-TA--TTTA-ACAA-T-ATAAT-GGA-A---TT-TT----CTTGTAT----ATTA-CTT--G-AGCC-A--AAAA-CTGT-AAACTCTC-ATA--TCATA-AA-ATA-G-------TGTATTT-GTG-TTAG-AATT-----C-TTA-AATATT---CAG-AACCA-GA-AT-----AA-TTTT--T-GTGTGCCATTCCC--AATAGC--AAATGCCGT-A--TA-AGC-TT-ACT-TATA-TGC-TA---TTTTA-TC-GACCATT--T-AAT-AATG-CT----GTTAA-CAAGA--TC-CA-CCG-TT-CTTTT--C-ATA-AGCC---G---TA-TCCA-G-TG-TGAA-ATAAAAAGAAAGAA-AA-A--TTCA-A-TAAA--TT-AT---A-TG--ATGTTTG----TTTT-A-TAA----AA----AA-AA--A-CTT-GT--AAC-A--A--A-T--AT-TT----AAA--TT--ACAA--A-ATAT-GAAA-TGA-AAAAAT-CGAGTA-T-T--T-TGGT-AG-G----T-AGGGGGTATTTCGGTGTTTTCTGGG------GGT-------------ATTT-------------C---------------------GG------------------------T--------------------A----A-TCAGG-G--TATTTCGGTAA-TTC-TATGTAC
gi|5 : GTACATAGAA-T-TACC----GAAATACCCT-TGATTTACC----G-AAAT-A-CCCT-CAGAAAAC-ACCGACA-TACCCCCG-TAACCTACCGA-AATAC-CCGA-TTT-T-TTCATTT-CATATT----A--TTTT-AATT--T----AAAT--ATTTG-TGA-AAGA--A-----G--TT-TGTTA-A-TA-AAA-AACAG----TA--TTTA-ACAA---ATA-T-G-A-A---TT-TT----CTTGTAT----ATTG-CTT--G-AGTC-A--AGAA-CTGT-AA-CTCTC-ATA--TCA-A-AAGATG-T-------TGTATTT-GTG-TTAG-AATT-----C-TTA-AATATT---CAG-AAGCA-CA-A------AA-TTTT--T-GCGTGCCATTCC---ATTAAC--AAATGCCTT-A--TA-AGC-TT-ACT-TA-A-TGA-TA---TTT-A-TC-GACCATT--T-AAT-AATGGTT----GTTAA-CAAGA--TC-CA-CTG-T--CTTTT--C-ATA-AGCC---G---TA-TCCGTG-T--TGAA-ATAAAAGAAAAAGATAA-A--C----A-TAAA--TA-TT---C-GA--ATGTTTGG---TTTT-A-TAA----AA----AAGAA--A-CTT-GT--A-C-A--A--A-T--AT-TT----AAA--TT--ACAAT-A-ATAT-GAAA-TGA-AAAAAT-CGGGTA-T-T--T-CGGT-AG-GTT--T-AAGGGG------------------G------GGT-------------ATTT-------------C---------------------GG------------------------T--------------------A----AATCAGG-GG-TATTTCGGTAA-TTC-TATGTAC
gi|6 : ACAT-GAA-T-TACC----GAAATACCCT-TGATTTACC----G-AAAT-A-CCCT-CAGAAAAC-ACCGACA-TATACCCCGTAACCTACCGA-AATAC-C-GA-TTT-T-TTCATTT-CATATT----A--TT-T-AATT--T----AA-T--ATTTG-TGA-AAGA--A-----G--TT--GTTA-A-TA-AAA--ACAG--G-TA--TTTA-ACAA-T-ATA-T-G-G-A---TT-TT----CTTGTAT----ATTG-CTT--G-AGTC-A--AGAA-CTGT-AA-CTCTC-ATA--TCATA-AAGATG-G-------TGTATTT-GTG-TT-G-AATT-----C-TTA-AATATT---CAG-AAGCA-CA-AT-----AA--TTT--T-GCGTGCCATT-CC--ATTAAC--AAATGCCTTAA--TA-AGC-TT-AC--TATC-T-A-TA-----T-A-TC-G-CCATT--T--AT-AATGGTT----GTTAA-CAAGA--TC-CA-CTG-TT-CTTTT--C-ATA-AGCC---G---TA-TCCG-G-TG-TGAA-ATAAAAGAAAAAAA-GA-----TCA-A-TAAA--CT-AT---C-GA--ATGTTTGG---TTTT-A-TAA----AA----AACA------TT-GT--A-C-A--A--A-T--AT-T------AA--TT--ACAAT-A-ATAT-GAAA-TGA-AAAAAT-CGGGTA-T-T--T-CGGT-A--GTT--T-AAGGGG------------------G------GGT-------------ATTT-------------C---------------------GG------------------------T--------------------A----AATCAGG-GG-TATTTCGGTAA-TTC-TATGTA
gi|7 : -TGTCT-AATA-AAAGAACAG--G-TAATTTTACACAA-T-----T-G-A-T---TT-TT----CGTGTATT---ATCCTCTT--GTAGTC-A--AGAA-CTGT-AA-CTCTCCATA--TCATA-AAGATA-GC------TGTATTTTGTGATTAA-TATTACTTAC-TTATGATATTTATCAG-AAGCA-CA-AT-----AA-TTTTATT-GTGTGCCAT-CCC--ATTAAC--AAATGCCT--A--TA-AGCCTT-A-T-TATA--GA-TACATTTT-A-TC-GACCATTATT-AAT-AA-GGCT----GTTA--CAAGA--TC-CA-CTG-TTTCTTTT--C-ATA-AACA---GCAATA-TCCG-G-TGGTGCACATAAAAGAAGAAAA-A------TCACA-TAAAATTT-AA---CTGA--ATGCTTGG---GTTT-A-TAA----CA----AAAGA--A-CTT-GT--A-C----A--A-T--ATATT----AAATTTT--GCAATAA-ATATCGAAA-TGAGAAAAAT-TGGGTA-TAT--T-CGGT-AATGTT--T-AGGTGG------------------GAATTTCGGTTGTTTTCTGGGGAATTT-------------C---------------------GG------------------------T--------------------A----ACTCA-G-GG-TA-TTCGGT-A-TTC-TATGTAC
gi|8 : aaattgttaatgtga-A-TA-AAA-GACAG--G-TAATTTTA-ACAT-C-AT--T-G-A-T---TT-TT----CT-GTATT---AT---CTT--G-AGTC-A--AGAA-CTGTTAA-CTCTC-ATA--TCATA-AAGATA-GC------TGTATTT-GTG-TTA--AATT-----C-TTA-AATATTT--CAGGAAGCA-CA-AT-----AA-TTTT--T-GTGTGCCATTCCC--ATTAAC--AAATGCCTT-A------GC-TT-A-T-TATAATGA-TA---TTT-A-TC-GACCATT--TTAAT-A-TAGGT----GTTAAACAAGAATCC-CA-CTG-TT-CTTTTT-C-ATA-AACC---A---TA-TCCG-GATGGTGCA-ATAAAAGAAGAAAA-CA-----TCACA-TAAA--TT-ATTATC-GA--ATAGTTG-----TTT-A-TAAC---AA----AAGAACTA-TTG-GT--A-C-A--A--AAT--AT-TT----AAA--TTTTGCAAT-ATAT-T-GAAA--GA-AAAAAT-TGGGTA-T-T--TTCGGTTAG---T--T-AGGGGG------------------TTTC---GGT-------------GTTT-------------TCTG------------------GG------------------------G--------------------ATTCGAATCAGG-GG-TATT-CGGTAA-TTC-TATGTc
gi|9 : AGCA-CATATTGTTAAA-TTTT--T-GTGTTGCATTCCA--AT-AAC--AATTGCTTT-AAACA-AGC-TTTACTGTATA-TGAATA---TTTTA-TCTG--CACC--T---T-AATGGTT----GTTAA-CAAGA--TC-CA-CTG-T--CTTTT--CTATA--GCTAGTG---TA-TCCG-GATGGTGAA-ATAAGAAAGAAAAC-AACA--CTCC-A-TAGA--TTTAT---C-AA--ATGCTTGG---TTTT-A-TAA----AA----AAAAA--GTCTT-GT--T-C-A--A--A-T--AC-TT----AAA--TT--ACAAT-A-ATAT-GTAA-TGA-AAAAAT-CGGGTA-T-T--T-CGGT-AG-G-T--T-AGGGGG------------------GTATTTCGGT-------------GTTTTCGGGGGGTATTTC---------------------GG------------------------T--------------------A----AATCAGG-GG-TATTTCGGTAA-TTC-TATGTACt
blockSeqs : A . CGCA CC . G T A T G A CG . A T T T AATA GC G TTAAC A TA G TT AG CAATCA G T A T GAA AC . AT C A A G G G T AT A TTTT CAGA T TT T C . C T A C TT . GTGTACAT T A A ACTTA . G TAT G . T TGTTA T AT . A T AA A AA C C T G T A A CAT AG T A AT TA A TGGT A AT . G A TT TC T . AGT CAA A GT A G C GA T ACA AT AT T TATC CC C GTTA T G CCAG CGTT G CTAT G GA A A TC TC A TT A GTTA GT TT A T A A T G . T A TG T TT T T TCAG GGGTATTTCGGTTTTTCTTGGTGGGGTATTTTCGGT TTCG . . . .
blockSeqs : A . . CC . . . A . . . A . . . T T T . G AAA A TA G TT . AGT . T . . CA . . AT . A . G . . . AT . TTTT T . TT . C . . . . . . . TT . . A . . G T . . . . T . . A T AA A . . . . . T . . . AG . A . A A . . . . G . T TC . . . . . GT A G . GA . AT AT . T CT CC C G . . C . G ATC . GA . . . . . . . A TT . . . A C T . . . . TG . T . T TAG GGGTATTTCGGTTTTTCTTGGTGGGGTATTTTCGGT . . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . C . . . T . T . . T A . . T . AGT . . . . AT . . . . . . A . . . AT . . T . . . . . . . . . . . TT . . . . . T . . . . . . . . . A A . . . . . . T . . . TA . A . A . . . . . . . T T . . . . . G . G . GA . AT CA . . T . C G . . . . A GTC . T . . . . . . . A . . . . A . . . . . . . . T . T CCT GGGTATTTCAGTGTTTTTCTGGGGGTATTTGGT . . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . C . . . T . . . . T A . . T . G . . . . AC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GC . . . . . . . . . . . . . . . T A . . . . . . T . . . TA . A . A . . . . . . . T T . . . . . A . . . AG . CA CA . . T . C G . . . . G AT . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . T . T TAG GTATTTCAGTGTTTTCTTAGGGTATTTCGGT . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . C . . . T . . . . T A . . A . G . . . . AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GC . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . T . . . A . A . A . . . . . . . T . . . . . . G . . . GA . A G . . C . C G . . . . G AC . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . T . T TAA GAATTTCGGTTGTTTTCTGGGGAATTTCGGT . . . . .
blockSeqs : . . . G . . . . . . . C . . . A . . . . T T . . C . G . . . . AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . T . . . A . A . A . . . . . . . T . . . . . . G . . . GA . A C . . C . T G . . . . G AC . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . T . T TAA GTATTTCGGTGTTTTCGGGGGGTATTTCGGT . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . C . . . T . . . . C A . . G . G . . . . GA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . T . . . . . . G . . . GA . A A . . C . T G . . . . C AC . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . T . T TAG TATTTCGGTGTTTTCTGGGGGTATTTCGGT . . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . . . C . . . C . . . . T T . . C . G . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . GA . A A . . A . T G . . . . A AC . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . T . T TAG TTTCGGTGTTTTCTGGGG . . . . .
blockSeqs : . . . G . . . . . . . G . . . T . . . . T A . . T . G . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AA . A A . . C . C G . . . . G AC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . T TAG GAGTATTTCGGT . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . . . . . T . . . . T T . . T . G . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . A . . C . G . . . . . A A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . TA AGGTATTTCGAT . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . . . . . T . . . . T T . . A . G . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . C . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . GGGTATTTCGGT . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . . . . . T . . . . T A . . A . G . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GGGTATTTCGGT . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . T A . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GGTTTCGGT . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : **** C* T** ** T****** N* G******* A** *** ** ***** ** ** A** **** GA A** ** ** ** T* TAG***
originalCons : GTACATAGAA-T-TACC----GAAATACCCT-TGATTTACC----G-AAAT-A-CCCT-CAGAAAAC-ACCGAAA-TACCCCCC-TAACCTACCGA-AATAC-CCGA-TTT-T-TTCATTT-CATATT----A--TTGT-AATT--T----AAAT--ATTTG-TGN-AAGA--A-----G--TT-TGTTT-A-TA-AAA-AACAG--G-TA--TTTA-ACAA-T-ATA-T-G-A-A---TT-TT----CTTGTAT----ATTG-CTT--G-AGTC-A--AGAA-CTGT-AA-CTCTC-ATA--TCATA-AAGATA-G-------TGTATTT-GTG-TTAG-AATT-----C-TTA-AATATT---CAG-AAGCA-CA-AT-----AA-TTTT--T-GTGTGCCATTCCC--ATTAAC--AAATGCCTT-A--TA-AGC-TT-ACT-TATA-TGA-TA---TTT-A-TC-GACCATT--T-AAT-AATGGTT----GTTAA-CAAGA--TC-CA-CTG-TT-CTTTT--C-ATA-AGCC---G---TA-TCCG-G-TG-TGAA-ATAAAAGAAAAAAA-AA-A--TTCA-A-TAAA--TT-AT---C-GA--ATGCTTGG---TTTT-A-TAA----AA----AAGAA--A-CTT-GT--A-C-A--A--A-T--AT-TT----AAA--TT--ACAAT-A-ATAT-GAAA-TGA-AAAAAT-CGGGTA-T-T--T-CGGT-AG-GTT--T-AGGGGG------------------G------GGT-------------ATTT-------------C---------------------GG------------------------T--------------------A----AATCAGG-GG-TATTTCGGTAA-TTC-TATGTAC
finalCons : GTACATAGAA-T-TACC----GAAATACCCT-TGATTTACC----G-AAAT-A-CCCT-CAGAAAAC-ACCGAAA-TACCCCCC-TAACCTACCGA-AATAC-CCGA-TTTT--TTCATTT-CATATT----A--TTGT-AATTT------AAAT--ATTTG-TGN-AAGA--AG-------TT-TGTTT-A-TA-AAAA--CAG--G-TA--TTTA-ACAA-T-ATA-T-G-A-A---TT-TT----CTTGTAT----ATTG-CTT--G-AGTC-A--AGAA-CTGT-AA-CTCTC-ATA--TCATA-AAGATA-G-------TGTATTT-GTG-TTAG-AATT-----C-TTA-AATATT---CAG-AAGCA-CA-AT-----AA-TTTT--T-GTGTGCCATTCCC--ATTAAC--AAATGCCTT-A--TA-AGC-TT-ACT-TATA-TGA-TA---TTTA--TC-GACCATT--T-AAT-AATGGTT----GTTAA-CAAGA--TC-CA-CTG-TT-CTTTT--C-ATA-AGCC---G---TA-TCCG-G-TG-TGAA-ATAAAAGAAAAAAA-AA-A--TTCAA--TAAA--TT-AT---C-GA--ATGCTTGG---TTTT-A-TAA----AA----AAGAA--A-CTT-GT--A-C-A--A--A-T--AT-TT----AAA--TT--ACAAT-A-ATAT-GAAA-TGA-AAAAAT-CGGGTA-T-T--T-CGGT-AG-GTTTAG---GGGG------------------G------GGT-------------ATTT-------------C---------------------GG------------------------T--------------------A----AATCAGG-GG-TATTTCGGTAA-TTC-TATGTAC
Alignments
lowQualScore : 11 1111 11 11111111 111 1111 1111 222222222 11111 1 111 11 11 111 1 1111 11 1 1111 111 11 1111 11 111111 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999
lowQualScore : 5 2 5555 99 5555 5 2 5 2 2 2 44 2 2 2 333 5 1111 77 5 9999999 1 77 6 00 44 22222222 2 5 2 2 33 99 33 2 77 0 2 5 2 8 2 2 2 666 3 3333 3333 3 99 6 6 44 3 3 3 3 44 3 333333333 3 3 7 44444 3 0 000 3 3 3 88888 6 44 3 3 11 1 55 6 77 4 4 4 4 5 4 4 777 111 4 1 66 66 2 2222 4 55 4 8 4 3 77 3 3 666 666 3 88 7 4 3 11 3 3333 333 44 6 66666 88 3 9999 2 2 8888 6666 3 66666 3 44 3 3 44 44 6 44 3 2222 88 77 3 3 9 6 6 3 3 3 3 11 3 44 2 3 777777 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 5555 2 2 3 3
lowQualScore : . . .... .. .... . . . . . . .. . . . ... . .... .. . ....... . .. . .. .. ........ . . . . .. .. .. . .. . . . . . . . . ... . .... .... . .. . . .. . . . . .. . ......... . . . ..... . . ... . . . ..... . .. . . .. . .. . .. . . . . . . . ... ... . . .. .. . .... . .. . . . . .. . . ... ... . .. . . . .. . .... ... .. . ..... .. . .... . . .... .... . ..... . .. . . .. .. . .. . .... .. .. . . . . . . . . . .. . .. . . ...... ............................................................................................................................... .... . . . .
lowQualScore : 3 7 7777 33 3333 0 5 3 7 7 7 33 7 7 7 999 3 0000 33 3 0000000 2 33 2 22 22 99999999 9 3 7 7 77 00 77 7 33 8 9 7 9 6 9 9 9 888 1 1111 8888 3 22 7 7 66 1 1 1 1 22 3 222222222 6 6 3 11111 6 9 000 6 6 3 33333 7 66 3 1 22 6 88 7 99 0 0 0 0 7 0 0 000 777 4 9 11 33 0 5555 0 55 0 0 0 6 33 6 6 444 444 6 77 3 5 6 33 1 8888 222 22 2 77777 55 5 3333 9 9 9999 1111 3 44444 1 66 1 1 22 22 2 22 1 7777 55 33 1 1 8 2 2 1 1 1 1 55 1 44 9 2 999999 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 7777 9 9 3 3
consensus : GTACATAGAA-T-TACC----GAAATACCCT-TGATTTACC----G-AAAT-A-CCCT-CAGAAAAC-ACCGAAA-TACCCCCC-TAACCTACCGA-AATAC-CCGA-TTT-T-TTCATTT-CATATT----A--TTGT-AATT--T----AAAT--ATTTG-TGN-AAGA--A-----G--TT-TGTTT-A-T-A--AAA--ACAG--G-TA--TTTA-ACAA-T-ATA-T-G-A-A---TT-TT----CTTGTAT----ATTG-CTT--G-AGTC-A--AGAA-CTGT-AA-CTCTC-ATA--TCATA-AAGATA-G-------TGTATTT-GTG-TTAG-AATT-----C-TTA-AATATT---CAG-AAGCA-CA-AT-----AA-TTTT--T-GTGTGCCATTCCC--ATTAAC--AAATGCCTT-A--TA-AGC-TT-ACT-TATA-TGA-TA---TTT-A-TC-GACCATT--T-AAT-AATGGTT----GTTAA-CAAGA--TC-CA-CTG-TT-CTTTT--C-ATA-AGCC---G---TA-TCCG-G-TG-TGAA-ATAAAAGAAAAAAA-AA-A--TTCA-A-TAAA--TT-AT---C-GA--ATGCTTGG---TTTT-A-TAA----AA----AAGAA--A-CTT-GT--A-C-A--A--A-T--AT-TT----AAA--TT--ACAAT-A-ATAT-GAAA-TGA-AAAAAT-CGGGTA-T-T--T-CGGT-AG-GTT--T-AGGGGG------------------G------GGT-------------ATTT-------------C---------------------GG------------------------T--------------------A----AATCAGG-GG-TATTTCGGTAA-TTC-TATGTAC
Reference ( family-1602 ) : GTACATAGAA-T-TACC----GAAATACCCT-TGATTTACC----G-AAAT-A-CCCT-CAGAAAAC-ACCGAAA-TACCCCCC-TAACCTACCGA-AATAC-CCGA-TTT-T-TTCATTT-CATATT----A--TTGT-AATT--T----AAAT--ATTTG-TGN-AAGA--A-----G--TT-TGTTT-A-T-A--AAA--ACAG--G-TA--TTTA-ACAA-T-ATA-T-G-A-A---TT-TT----CTTGTAT----ATTG-CTT--G-AGTC-A--AGAA-CTGT-AA-CTCTC-ATA--TCATA-AAGATA-G-------TGTATTT-GTG-TTAG-AATT-----C-TTA-AATATT---CAG-AAGCA-CA-AT-----AA-TTTT--T-GTGTGCCATTCCC--ATTAAC--AAATGCCTT-A--TA-AGC-TT-ACT-TATA-TGA-TA---TTT-A-TC-GACCATT--T-AAT-AATGGTT----GTTAA-CAAGA--TC-CA-CTG-TT-CTTTT--C-ATA-AGCC---G---TA-TCCG-G-TG-TGAA-ATAAAAGAAAAAAA-AA-A--TTCA-A-TAAA--TT-AT---C-GA--ATGCTTGG---TTTT-A-TAA----AA----AAGAA--A-CTT-GT--A-C-A--A--A-T--AT-TT----AAA--TT--ACAAT-A-ATAT-GAAA-TGA-AAAAAT-CGGGTA-T-T--T-CGGT-AG-GTT--T-AGGGGG------------------G------GGT-------------ATTT-------------C---------------------GG------------------------T--------------------A----AATCAGG-GG-TATTTCGGTAA-TTC-TATGTAC
gi|1 : ATAGAA-TGTACC----GAATAACCGT-TGATTTACCTTTTGTGAAT-A-CC-T-CAGAAAAC-ACCGAA--TACCCCC--TAACCTACCGAGAATAC-CCAA-TTTGTGTTCATTG-CATATT----AAGTTGT-AATT--TT---AAAC--ATTTG-TGGTAAGA--AA----G--TT-TGTTT-A-T-A--AAC--ACAG--GGTA--TTTA-ACAA-T-ATG-T-G-G-AGATTT-TT----CTTGTAT----ATTG-CTT--GGAGTC-AGAAGAA-CTGT-GA-ATCTC-ATA--TCATAGAAGATA-G-------TGTATTT-GTG-TTAG-AATTGC---CGTTA-AATATT---CAG-AAGCAGCA-AT-----AC-TTTT--TTGTGTGCCATTCCCGAATAAGC--AAATGCCTT-AA-TA-AGC-TT-ACG-TATA-TGA-TA---TTT-T-TC-GACCATT--T-AATGAATGGTTT---GCTAA-ACAGA--TCGCA-C-G-TT-CTTTT--C-ATAGAGCC---G---TA-TCCG-G-TG-TGAA-ATAAAAG-AAAGAA-AA-A--TTCA-ATTAAA--TT-AT---C-GA--ATGTTTGG---TTTT-A-TAA----AA----A--AA--A-CTT-GTC-G-C-A--A--ATT--AT-TT----AAA--CTG-ACAAT-A-AT-T-G-AA-TGA-AAAAATGCGGGTA-T-TG-T-CGG---G-GTT------AGGG------------------G------GGT-------------ATTT-------------C---------------------GG------------------------TGTTTTCTGGGGTATGTTGTAA----AGACAGGTGGTTATTTCGGTAAGTTCGTATGT
gi|10 : tgcaATAGAAAT-TACC----GAAATACCCCCTGATTTACC----G-AAAT-AACCCT-CGAAAAAC-AC-GAAA-TACCCCC--TAACCTAACGA-AATAC-CCAT-TTT-T-TTCATTTTCATAAT----A--TTGT-AATT--T----AAATTAATTTG-TGT-AAGA--A-----AGTTT-TGTTTTA-T-A--AAA--ACAG--G-TA--TT-A-ACAA-T-ATAGT-G-G-AAT-TT-TT----CTTGTAT----ATTG-CTTTTG-AGTCCA--AAAA-CTGT-AA-CTCTC-ATA--TCATA-AAGATA-G-------TGTATTT-GTG-TTAGAAATT-----C-TTA-AATATT---CAG-AAACA-CA-AT-----AATTTTT--T-GTGTGCCATTTCC--AATAACA-AAATGCCTT-A--T
gi|11 : caaATAGAAAT-TACC----GAAATACCCCCTGATTTACC----G-AAAT-AACCCT-CGAAAAAC-AC-GAAA-TACCCCC--TAACCTAACGA-AATAC-CCAT-TTT-T-TTCATTTTCATAAT----A--TTGT-AATT--T----AAATTAATTTG-TGT-AAGA--A-----AGTTT-TGTTTTA-T-A--AAA--ACAG--G-TA--TT-A-ACAA-T-ATAGT-G-G-AAT-TT-TT----CTTGTAT----ATTG-CTTTTG-AGTCCA--AAAA-CTGT-AA-CTCTC-ATA--TCATA-AAGATA-G-------TGTATTT-GTG-TTAGAAATT-----C-TTA-AATATT---CAG-AAACA-CA-AT-----AATTTTT--T-GTGTGCCATTTCC--AATAACA-AAATGCCTT-A--Tta
gi|12 : caaACATAGAA-T-TACC----GAAATACCCA-CGATTTACC----G-AAAT-A-CCCT-CAGAAAAC-ACTGAAA-TACCCCCA-TAACCTACCTA-AATAC-CCGA-CTT-T-TTCGTTT-AATACC----AGCTTGT-A-----T----AAAA--CGTTA-AGA-AAAA--ACAATCA--TT-TATTT-G-T-T--AAA-----------A--TT---GCAA-TAATA-T-G-A-A---ta
gi|12 : GCTTG-------T-A-TAA----AACGTTAAGAA--A-----AA--A-C-A--ATCA-TTTAT-TTGTTAAAA--TT--GCAAT-A-ATAT-GAAA-TGA-AAAAAG-CGGGTA-T-T--T-TGGT-AG-G-T--T-AGGGGG------------------GTATTTCAGT-------------GTTTTCTTAGGGTATTTC---------------------GG------------------------T--------------------A----AATCTTG-GG-TATTTCGGTAA-TTC-TAatgaaaaaagcgggtattttggtaggttaggggggtatttcagtgttttcttagggtatttcggtaaatcttgggtatttcggtaattctag
gi|12 : acatagaattaccgaaatacccacgatttaccgaaataccctcagaaaacactgaaatacccccataacctacctaaatacccgactttttcgtttaataccaTAGAA-T-TACC----GAAATACCCA-AGATTTACC----G-AAAT-A-CCCT-AAGAAAAC-ACTGAAA-TACCCCCC-TAACCTACCAA-AATAC-CCGC-TTT-T-TTCATTT-CATATT----A--TTGC-AATT--TTAACAAAT--Ag
gi|13 : acatagaattaccgaaatacccacgatttaccgaaataccctcagaaaacactgaaatacccccataacctacctaaatacccgactttttcgtttaataccagcttgtataaaacgttaagaaaaaacaatcattT-AATGGTTTGGTGTGAA-CAA-A--TC--A-CTGATT-CTTTTT-C-AAG-AGGC---G---TAATCCGTA-TG-TGAA-ATAAAC---AAGAA-AA-A--TTCA---TAAA--TTTAT-----GA--ATGCTTGGTTATTTT-AGTAC----AA----AAGAA--ATCTTGGT--A-CAA--A--A-T--AT-TT----ACA--TT---C-AT-G-ATATAGAAA-TG---AAAAT-TGGTGA-C-T--T-TTGT-AG-GTT--T-A--GGT------------------G------GGT-------------ATTT-------------CAGTGTTTTTCTGGGGGTATTTGG------------------------T--------------------A----AATCAGG-GT-AATTT--GTAA-TTC-TATg
gi|14 : TACATAGAA-T-TACT----GAAATATCCT-TGATTTACC----G-AAAT-A-CCCT-CAGAAAAC-ACCGAAA-TACCCCCC-TAACCTACCGA-AATAC-CCAA-TTT---------------------A--TTGT-AATT--T----AAAT--ATTTG-TGC-AAGA--A-----G--TT-TGTTT-A-T-A--AAT--ACAG--G-TA--TTTA-ACAA-T-ATA-T-G-G-AAT-TT-TT----CTTGTAT----ATTG-CTT--G-AGTC-A--AGAA-CTGT-AA-CTCTC-ATA--TCAta
gi|15 : -CTTTT--C-ATA-AGCC---A---AT-TTCG-G-TG-TGAA-ATAAAA------------A--TTCT-G-AAGA--TT-AT---T-AA--ATGCTTG-----TTA-A-CAA----AA--------------TT-ATT-A-C-ATCA--G-T--AT-TT----AAA--TT--ACAAT-A-ATAT-GAAA-TGA-AAAAAT--GGGTA-T-T--G-CGGT-AG-GTT--TCAGTATC------------------G------G----------------TTT-------------C---------------------GG------------------------T--------------------A----
gi|16 : atattttatcgagctctatggtagttacatttgtattaatgagcaTAGAA-T-TAC-----AAAATACCCG-TGACTTACC----G-AAAC-A-CCCT-CAGAAAAC-ACCGAAA-TACCCCTC-TTACCTACCGA-AGTAC-CCAATTTT-T-TTCATTT-CATAAA----A--TTGT-AATT--C----ATTT--ATTTG-TGG-AAGA--A-----G--TT-TGCTT-A-T-A--AAAC-AAAGACG-TA--TTTA-ATGA-T-CTT-T-G-ATA---TTATG----CTTGt
gi|17 : taacACCTACCAA-AATGC-CCAA-CTT-A-TTCATTT-CATATTAATAA--TTGT-AACTAAA----AAAA--ACTTG-TAC-AAAA--A-----G---T-TATTT-A-T-A--AAA--TCAA--A-TA--TCTA-AGAG-T-TTA-TGG-A-A---TT-TT----TCTGCACCAGAATGG-CTC--G-AGAA-A--AAAACCTG--AA-CCCCT-GTATTTCATA-
gi|18 : gtacccctagagtacatgtGAAAAAGA-GA-ACATTCC-C-TAGA--T--AT---T-AA--ATGCTCGG---TTTTTA-TGACCAGAA----AAAAA--A-TCT-AG--A-T-C--A--G-T--AC-TT----AAGGTTT--ACAAT-A--T-T-GAAA-AGA-AAAAAT-C-GGTATT-T--T-CGGT----GTTCCT-----GA------------------G------AGT-------------ATTT-------------C---------------------GG------------------------T--------------------A----AA--AAC-GG-TATTTCGt
gi|19 : gtTTACC----G-AAAT-A-CCCC-CAGAAAAC-ACCAAA---ACCCCTC-----------A-AACACACCGA-T---------------TATT----G--GTGT-AA----T----A-------CTG-TGT-AAGAAGA-----G--TT-TGTTT-A-T-A--AAA--CCAA--G-CA--TTTtacgtacc
gi|2 : aaACAGAA-A-TACCCGCAGAGGTATACT-TGATTTACC----GGAAAT-T-ACCT-CAGAAAACGACCGAAAATACCCCC--TAACCTAC-GA-AATAC-CCGA-TTT-T-TTCATTT-CATGTTT---A--TTGCGAATT--T----ATAT--ATTTGGTGTTAAGA--A-----G--TT-GTTTT-A-T-A--AAA--ACAG--G-TA--TTTA-ACAAAT-ATA-T-G-A-A---TT-TTTTTTCTTGTAA----ATTG-CTT--G-AGTC-A--AGAA-CTGT-AA-CTCTC-ATA--TCATA-AAGATATT-------TGTATTT-G-G-TTAG-AA-T-----C-TTAGAATATT---CAG-AAGCG-AA-TT-----AA-TTTT--T-GTGTGCCATTCCCA-ATAAACAAAAATGCCTA-A--TA-AGC-TT-ACT-TA-A-TGA-TA---TTT-AGTC-GACCATT--T-AATAAATGGTT----GTTAA-CAAGA--TC-CAGCTG-TT-CTTTTTCC-ATA-CGCC---G---TA-TCT--G-TG-TGAA-ATAAAAGAAAGAAA-AA-AT-TTCA-ATTAAA--TT-AT---C-GACCATG-TTGG---TTTT-A-TAA----AA----AAGAA--A-CTT-GTGAA-C-A--A--A-T--AT-TTA---AAA--TT--ACAAT-A-AT-T-GAAATTGA-AAAAAT-CGGGTA-T-TTGT-CGG--AG-GTT------AGGG------------------G------GGT-------------ATTT-------------C---------------------GGTTTTTCTTGGTGGGGTATTTTCGGT--------------------A----AATCAGG-GG-TATTTCGGTAA-TTC-TATGTAC
gi|20 : TTTACC----G-AA-T-A-CCCT-CAGAAAAC-ACCGAAA-TACCCCCC-TAACCTTCCGA-AATAC-CCAA-ATT-C-TTCATTT-CATATT----A--TTGT-AATT--T----AAAT--Aa
gi|21 : -CTGT-AA-CTCTC-ATA--TCATA-AAGATG-GTGTACATTGTATTT-GTA-TCAG-AATT-----C-TTA-AATTTT---CAG-AGGc
gi|22 : GTACATAGAA-T-TACC----GAAATACCCC-TGATTTACC----G-AAAT-A-CCCC-AAGAAAAC-ACCGAAA-TACCCC
gi|23 : -AT-----AA-TTTT--C-GTGTGCCATTGCC--AATAAC--AAATGCCTTAA--TACAGC-TT-ACT-TATA-TGA-TA---TT
gi|24 : GT-------------ATTT-------------C---------------------GG------------------------T--------------------A----AATCAGG-GG-TATTTCGGTAA-TTC-TATGTACct
gi|25 : cggtgtttcaattatatatGGT-AA-GTT------AGGG------------------A------GGT-------------ATTT-------------C---------------------GA------------------------T--------------------A----AATCAAG-GG-TATTTCGGTA
gi|26 : AGAA-AA-A--TTCA-A-TAAA--TT-AT---C-GA--ATGCTTGG---TTTT-A-TAA----AA----
gi|27 : GTACATAGAA-T-TACC----AAAATACTCG-TGATTTACC----G-AAAT-
gi|28 : GTACATAGAA-T-TACC----GAAATACCC---GATTTAc
gi|3 : GTACA--AAA-T-TACC----GAAATACC-T-TGATTTACC----G-AAATTA-CCCTTCAGAAAAC-ACCGAAA-TACCCCC--TAACCTAC-GA-AATAC-CCGA-TTT-T-TTCATTT-CATGTTT---A--TTGCGAATT--T----ATAT--ATTTGGTGTTAAGA--A-----G--TT-GTTTT-A-T-A--AAA--ACAG--G-TA--TTTA-ACAAAT-ATA-T-G-A-A---TT-TTTTTTCTTGTAA----ATTG-CTT--G-AGTC-A--AGAA-CTGT-AA-CTCTC-ATA--TCATA-AAGATATT-------TGTATTT-G-G-TTAG-AA-T-----C-TTAGAATATT---CAG-AAGCG-AA-TT-----AA-TTTT--T-GTGTGCCATTCCCA-ATAAACAAAAATGCCTA-A--TA-AGC-TT-ACT-TA-A-TGA-TA---TTT-AGTC-GACCATT--T-AATAAATGGTT----GTTAA-CAAGA--TC-CAGCTG-TT-CTTTTTCC-ATA-CGCC---G---TA-TCT--G-TG-TGAA-ATAAAAGAAAGAAA-AA-AT-TTCA-ATTAAA--TT-AT---C-GACCATG-TTGG---TTTT-A-TAA----AA----AAGAA--A-CTT-GTGAA-C-A--A--A-T--AT-TTA---AAA--TT--ACAAT-A-AT-T-GAAATTGA-AAAAAT-CGGGTA-T-TTGT-CGG--AG-GTT------AGGG------------------G------GGT-------------ATTT-------------C---------------------GGTTTTTCTTGGTGGGGTATTTTCGGT--------------------A----AATCAGG-GG-TATTTCGGTAA-TTC-TATGTA
gi|4 : CATAGAA-T-T-CC----GAAATACCCT-TGAT--ACC----G-AAAT-A-CCCT-CATAAAAC-ACCGAAA-TACCCCCC-TAAC-TACCGA-AATAC-CCAA-TTT-T-TTCATTT-CATATT----A--TTGT-AATT-------ATAT--ATTTG-TGT-AAGA--A-----G--TTGTGTTT-A-T-ATAAAA--ACAA--G-TA--TTTA-ACAA-T-ATAAT-GGA-A---TT-TT----CTTGTAT----ATTA-CTT--G-AGCC-A--AAAA-CTGT-AAACTCTC-ATA--TCATA-AA-ATA-G-------TGTATTT-GTG-TTAG-AATT-----C-TTA-AATATT---CAG-AACCA-GA-AT-----AA-TTTT--T-GTGTGCCATTCCC--AATAGC--AAATGCCGT-A--TA-AGC-TT-ACT-TATA-TGC-TA---TTTTA-TC-GACCATT--T-AAT-AATG-CT----GTTAA-CAAGA--TC-CA-CCG-TT-CTTTT--C-ATA-AGCC---G---TA-TCCA-G-TG-TGAA-ATAAAAAGAAAGAA-AA-A--TTCA-A-TAAA--TT-AT---A-TG--ATGTTTG----TTTT-A-TAA----AA----AA-AA--A-CTT-GT--AAC-A--A--A-T--AT-TT----AAA--TT--ACAA--A-ATAT-GAAA-TGA-AAAAAT-CGAGTA-T-T--T-TGGT-AG-G----T-AGGGGGTATTTCGGTGTTTTCTGGG------GGT-------------ATTT-------------C---------------------GG------------------------T--------------------A----A-TCAGG-G--TATTTCGGTAA-TTC-TATGTAC
gi|5 : GTACATAGAA-T-TACC----GAAATACCCT-TGATTTACC----G-AAAT-A-CCCT-CAGAAAAC-ACCGACA-TACCCCCG-TAACCTACCGA-AATAC-CCGA-TTT-T-TTCATTT-CATATT----A--TTTT-AATT--T----AAAT--ATTTG-TGA-AAGA--A-----G--TT-TGTTA-A-TAA--AAA--ACA---G-TA--TTTA-ACAA---ATA-T-G-A-A---TT-TT----CTTGTAT----ATTG-CTT--G-AGTC-A--AGAA-CTGT-AA-CTCTC-ATA--TCA-A-AAGATG-T-------TGTATTT-GTG-TTAG-AATT-----C-TTA-AATATT---CAG-AAGCA-CA-A------AA-TTTT--T-GCGTGCCATT-CC--ATTAAC--AAATGCCTT-A--TA-AGC-TT-ACT-TA-A-TGA-TA---TTT-A-TC-GACCATT--T-AAT-AATGGTT----GTTAA-CAAGA--TC-CA-CTG--T-CTTTT--C-ATA-AGCC---G---TA-TCC--G-TGTTGAA-ATAAAAGAAAAAGATAA-A--C----A-TAAA--TA-TT---C-GA--ATGTTTGG---TTTT-A-TAA----AA----AAGAA--A-CTT-GT--A-C-A--A--A-T--AT-TT----AAA--TT--ACAAT-A-ATAT-GAAA-TGA-AAAAAT-CGGGTA-T-T--T-CGGT-AG-GTT--T-AAGGGG------------------G------GGT-------------ATTT-------------C---------------------GG------------------------T--------------------A----AATCAGG-GG-TATTTCGGTAA-TTC-TATGTAC
gi|6 : ACAT-GAA-T-TACC----GAAATACCCT-TGATTTACC----G-AAAT-A-CCCT-CAGAAAAC-ACCGACA-TATACCCCGTAACCTACCGA-AATAC-C-GA-TTT-T-TTCATTT-CATATT----A--TT-T-AATT--T----AA-T--ATTTG-TGA-AAGA--A-----G--TT--GTTA-A-T-A--AAA--ACAG--G-TA--TTTA-ACAA-T-ATA-T-G-G-A---TT-TT----CTTGTAT----ATTG-CTT--G-AGTC-A--AGAA-CTGT-AA-CTCTC-ATA--TCATA-AAGATG-G-------TGTATTT-GTG-TT-G-AATT-----C-TTA-AATATT---CAG-AAGCA-CA-AT-----AA--TTT--T-GCGTGCCATT-CC--ATTAAC--AAATGCCTTAA--TA-AGC-TT-AC--TATC-T-A-TA-----T-A-TC-G-CCATT--T--AT-AATGGTT----GTTAA-CAAGA--TC-CA-CTG-TT-CTTTT--C-ATA-AGCC---G---TA-TCCG-G-TG-TGAA-ATAAAAGAAAAAAA-GA-----TCA-A-TAAA--CT-AT---C-GA--ATGTTTGG---TTTT-A-TAA----AA----AACA------TT-GT--A-C-A--A--A-T--AT-T------AA--TT--ACAAT-A-ATAT-GAAA-TGA-AAAAAT-CGGGTA-T-T--T-CGGT-A--GTT--T-AAGGGG------------------G------GGT-------------ATTT-------------C---------------------GG------------------------T--------------------A----AATCAGG-GG-TATTTCGGTAA-TTC-TATGTA
gi|7 : -TGTCT-AAT-A--AAAGAACAG--G-TAATTTTACACAA-T-----T-G-A-T---TT-TT----CGTGTATT---ATCCTCTT--GTAGTC-A--AGAA-CTGT-AA-CTCTCCATA--TCATA-AAGATA-GC------TGTATTTTGTGATTAA-TATTACTTAC-TTATGATATTTATCAG-AAGCA-CA-AT-----AA-TTTTATT-GTGTGCCAT-CCC--ATTAAC--AAATGCCT--A--TA-AGCCTT-A-T-TATA--GA-TACATTTT-A-TC-GACCATTATT-AAT-AA-GGCT----GTTA--CAAGA--TC-CA-CTG-TTTCTTTT--C-ATA-AACA---GCAATA-TCCG-G-TGGTGCACATAAAAGAAGAAAA-A------TCACA-TAAAATTT-AA---CTGA--ATGCTTGG---GTTT-A-TAA----CA----AAAGA--A-CTT-GT--A-C----A--A-T--ATATT----AAATTTT--GCAATAA-ATATCGAAA-TGAGAAAAAT-TGGGTA-TAT--T-CGGT-AATGTT--T-AGGTGG------------------GAATTTCGGTTGTTTTCTGGGGAATTT-------------C---------------------GG------------------------T--------------------A----ACTCA-G-GG-TA-TTCGGT-A-TTC-TATGTAC
gi|8 : aaattgttaatgtga-A-T-A--AAAG-ACAG--G-TAATTTTA-ACAT-C-AT--T-G-A-T---TT-TT----CT-GTATT---AT---CTT--G-AGTC-A--AGAA-CTGTTAA-CTCTC-ATA--TCATA-AAGATA-GC------TGTATTT-GTG-TTA--AATT-----C-TTA-AATATTT--CAGGAAGCA-CA-AT-----AA-TTTT--T-GTGTGCCATTCCC--ATTAAC--AAATGCCTT-A------GC-TT-A-T-TATAATGA-TA---TTT-A-TC-GACCATT--TTAAT-A-TAGGT----GTTAAACAAGAATCC-CA-CTG-TT-CTTTTT-C-ATA-AACC---A---TA-TCCG-GATGGTGCA-ATAAAAGAAGAAAA-CA-----TCACA-TAAA--TT-ATTATC-GA--ATAGTTG-----TTT-A-TAAC---AA----AAGAACTA-TTG-GT--A-C-A--A--AAT--AT-TT----AAA--TTTTGCAAT-ATAT-T-GAAA--GA-AAAAAT-TGGGTA-T-T--TTCGGTTAG---T--T-AGGGGG------------------TTTC---GGT-------------GTTT-------------TCTG------------------GG------------------------G--------------------ATTCGAATCAGG-GG-TATT-CGGTAA-TTC-TATGTc
gi|9 : AGCA-CATATTGTTAAA-TTTT--T-GTGTTGCATTCCA--AT-AAC--AATTGCTTT-AAACA-AGC-TTTACTGTATA-TGAATA---TTTTA-TCTG--CACC--T---T-AATGGTT----GTTAA-CAAGA--TC-CA-CTG-T--CTTTT--CTATA--GCTAGTG---TA-TCCG-GATGGTGAA-ATAAGAAAGAAAAC-AACA--CTCC-A-TAGA--TTTAT---C-AA--ATGCTTGG---TTTT-A-TAA----AA----AAAAA--GTCTT-GT--T-C-A--A--A-T--AC-TT----AAA--TT--ACAAT-A-ATAT-GTAA-TGA-AAAAAT-CGGGTA-T-T--T-CGGT-AG-G-T--T-AGGGGG------------------GTATTTCGGT-------------GTTTTCGGGGGGTATTTC---------------------GG------------------------T--------------------A----AATCAGG-GG-TATTTCGGTAA-TTC-TATGTACt