lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2 111 1 33333333333 1111111 11 111111 33333 333333 2222222 11 11111 1 111 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 4444444 5555555 1111111111 1 666666666666666666 111 1 3333 111 2 1 11111 2222 1 44444
lowQualScore : 4 4 4 000 3 3 3 3 55555 9 88888888888 3 6666666 22 0 888888 66 5 77 0 5 22222 9 2 6 666666 4444444 11 8 8 6 44444 8 6 444 33 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 4 0 5555555 7777777 6666666666 44 4 5 0 1 999999999999999999 3 000 2 4444 4 111 5 4 0 5 11111 5555 3 5 99999 5 5 3 5
lowQualScore : . . . ... . . . . ..... . ........... . ....... .. . ...... .. . .. . . ..... . . . ...... ....... .. . . . ..... . . ... .. .............................................................................. . . ....... ....... .......... .. . . . . .................. . ... . .... . ... . . . . ..... .... . . ..... . . . .
lowQualScore : 0 5 0 000 6 6 6 6 00000 1 88888888888 3 2222222 55 2 888888 99 7 99 1 7 77777 3 5 7 777777 6666666 00 0 0 0 88888 0 0 000 55 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 0 8 4444444 6666666 4444444444 00 0 7 6 2 555555555555555555 9 000 0 4444 0 000 9 4 0 0 44444 0000 8 0 33333 7 7 7 7
consensus : AAAGACATAGTG-TCTAA---GATA-T-T-GGT-AAA-A-TTTTGTCATGT-TCCAAAAA-AGGTGGC-GAAATT-------AAAG-ATCA-T-AA-CTA--GAAAATT-A--CAAAAAGT-TATTCA--GAATNTTTACAAACACATTGG-ATA--C--TGATAA------TTAC--AA-AA-TAATTCCCT-TTTT-CTCAATTTAA-CTGGTACNCGTNTCAT-----TACCGNTGTTGGN-TTCGC-ATCTCTTATGTTTGT--GTAGCACA-CC----AATCAGC-GGG-TACCAGTTTTATA-ATTTGTTCTTCCAGACAA-A-AAATAAN-T--T-T--AT-AAAGGGCTA-CAAAGATCAAAATGATTTCAAT-T-A---A-------AGCGCTGC--AGC-TTTA--GAT-AACT-C-ATAAT-TGA-TACTAC-A-A----TTTG--TTTTTTTTTGG-AGTT-C-TTTT-TGCAAAATA-TTGTG-ATGT
Reference ( gi|5 ) : AAAGACA-AATG-TCTAA---GATA-T-T-GGT-AAA-A-TCTTGTCATGTGTCCGAAAATAGGTGGC-GAAATT-------AAAG-ATCA-T-A--CTA--GAAAATT-A--CAAAAAGT-TATGCA-CGAATGTTTACAAACACATTGG-ATA--C--CGATAA------GTAC--AA-AA-TAATTCCTT-TTTT-TTC-ATTTAA-CTGGTACATGTATCAT-----TACCGCTGTTGAA-TTCGC-ATCTCATATGTTTGT--GTAGCGCA-CC----AATCAGT-GGA-TACTAGTTTTATA-ATTCGTTCTTCCAGAAAAAATAAATAAA-T--T-T--AT-AAAGGGCTA-CAAAGGTCAAAATGATTTC------A---A-------AGTGCTGT--AGC-TTC---GAT-AACT-T-ATAATCTGA-TACTAC-A-A----TTTG--TTTTTTTTTAG-AGTTGA-TATT-TGCAAAATA-TCGTG-ATGT
gi|3 : AAAGACA-AATG-TCTAA---GATA-T-TTGGT-AAA-AATCTTGTCATGTG-CCGAAAA-AGGTGGC-GAAATT-------AAAG-ATCAAT-A--CTA--GAAAATT-A--CAAAAAGT-TATGCA-CGAATGTTTACAAACACATTGG-ATA--C--CGATAA------GTACCAAA-AA-TAATTCCTTATTTT-TTC-ATTTAA-CTGGTACATGTATCATNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNN-NNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNN-NN----NNNNNNN-NNN-NNNNNNNNNTATA-ATT-GTTCTTCCAGACAAAA-AATTAAATT--T-T--AT-AAAGGGCTA-CAAAGGTCAAAATGATTTC------A---A-------AGTGCTGT--AGC-TTC---GAT-AACT-TAATAAT-TGA-TACTAC-A-A----TTT---TTTTTTTTTAGAAGTTGA--ATTCTGCAAAATA-TCGTG-ATGT
gi|1 : AAGGACATAGTG-TCTAA---GATAATGT-GGT-AAA---TTTTGT-ATGT-TCC-AAATTGGGTGGCCGAAATT-------AAAT-ATTAAT-AAACTA--GAAAATTTA--CAAAAGGT-TATTCA--GAATCTTTATAAACA---TGG-ATATGT--TAATAA------TTAC--AA-AATTAATTTC---TGCT-CTCAATTT-------TNNNNNNNNNNN-----NNNNNNNNNNNNN-NNNNN-NNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNN-NN----NNNNNNN-NNN-NNNNNNNNNTATA---TTG-TCTTCCAG-------ACATTAA-TTCT-T--ATAAAAGGGCTA-C-AAGATCAAAATGATTTCAATTT-A---A-------AGCGCTAC--AGCTTTT---GAT-TACT-C-ATTATTCGA-TAC-AC-A-A----ATT---TTGTTTTTTGG-AGTT-C-TTTT-TGCAAAATA-TTGTG-ATGT
gi|12 : AAAGGCATAGAG-TCTAAA--GATA-T-T-GGT-AAA-A-ATTT-TCATGTTTT----AA-AGGTGGC-GAAATG-------AAAG-ATCA-TAA--CTA--GAAAAAT-A--CGTGAAAT-TCTTCA--GAATATTTACAAACAAATTGG-ATA--CGATGATAA------catttgatagactactatgc
gi|16 : tAAAGACATAGTG-TCTAA---GATA-T---GGT-AA----TTTTGT-ATGT-TCC--AAATTGGTGGC-GAAATT-------AAAT-ATTA-T-AA-CTA--GAAAATT-A--CAAAAGGT-TATt
gi|13 : AAAACATAGTG-TCTAAAAAGATA-T-T-TGA-AAA-A-TTTTG-CA--TGTCACAAAAT-GGT-GC-GAAATA-------AAAGCATCA-T-A--GTA--G-AAATT-A--C-AAAAGT-TAT-C----AAT-TTTAT-AACACATTGC-ATA-----TGATAA------tc
gi|7 : AGACATAGTG-TCTAA---GATA-T-T-GGT-AAA-A-TTTT-CCATGT-TCCAAAA--AGATGGC-AAAAtaaata
gi|6 : GACATAGTG-TCTAA---GATA-T-T-AGT-AAA-A-TTTTG-CATGT-TCTAAA---AGGTGGC-GAAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngattccctgttctcaattttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatatattgtcgtacagacaataattctctcaagggctacaagatcaaaatgatttcaatttaaaagctctgcagctttagataaactcataattgatacta
gi|2 : gA-AGTGATCTAA---GATA-T-T-GGT-AAATA-TTTTG-CATGT-TCCCAAAA--GGTGGT-GAAATTCACCCCCAAAG-AT-A-C-C--CTAAAGAAAAAG-AAATAAAGAAT-TATTCAGTGAATGTTTACAAACACATTGGTGTA--G--ATATAA------TTAC--CACAA-TAATTCCCT-GTTTGCTC-ATTTGATCTGGTAC------------------GATGTTGGACTTCGC-ATCTCGTGT-TTTGT--G-AGTATAGCCTCAAAATCAGC-AGAGTACCAGTTTT-TA-ACT-GTCCT-CCAGACA-------TTAA-T--T-TGTAT-AAAGGGCTAGCAAAGGTCAAAATGATTTC------A---ATTTCAATAGTGCTGC---GC-TTTA--GAT--ACTAC-AGAATTCGA-TACTAC-ACA----TTTG--TTTTT--------GTGGACTGTG-TGCAAAATATTTGTGAATGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaattcccttttctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaatgtctccagacaataatttctataaagggtaaagataaaaatgatttcaatcaagcgatgcaaaactttagataacttataattggatttctacaaaatgtttggagttctttttggattctttttggaaaatattgtgatgccatttt
gi|4 : aaggcatg-AGTG-TCTAA---GATA-T-T-GGT-AAA-A-TTTTG-CATGT-TCT-AAAAT-GGTGGC-AAAAcatt
gi|8 : att-AGTG-TCTAA---GATA-T-T-GGT-AAA-A-GTTTG-CATGT-TCCAAAA--AGGTGGT-GAAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaattccctgttctcaattttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatatattgccttccagacaataattctaaaaaggctacaagatcaaaatgatttcaatataaaagcgctgcagcttttgataactcataattgatactacaaatttgttttttggagttctttttgtaaaatattgtgatgtaattttttatagacactatgc
gi|17 : gcAA---GACA-T-T-GGTAAAA-A-TTTTG-CATG-GTCCAAAA--AGGTGGC-AAATTT-------AGTGAAACA-T-A--CTA--nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaattcccttttttcatttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatatattgtccaccagactttaattttataaag
gi|14 : ttagaaacattgatttacGGC-GAAATT-------AAA----CA-T-AA-CTA--GAAAATT-A--CAAAAAGTAAATTCA--GAATCTTTATAAACACATTGG-ATA-----TGATAATAAATTTTAC--AA-AA-TAAATCCCT-GTTT-CTCAATTTca
gi|9 : TAA------ATAC--AA-AA-TAA---CCT-TGTC-TCA-ATTTAA-CTGA-ACCCGTCTTAT-----T-------------TTCACAATCTCTTATGTTTCT--TTA---CA-CC----AATCAGTGGGG-TACCAGTTTTATA-TGTTG-TCTTCCGGA------CAATAAT-T--C-T--AC-GAATGGCTA-C-AAGATCAAAATGATTTCAATTTAA---A-------AGCGCTGC--AGCGTTT---GAT-AACT-C-ATAA-ATGA-TACTACAA-A----TTTG-----TTTATTGG-AGTT
gi|15 : ACC-CTGTTGAC-TTCGC-ATCTCTTATGATTGTGAGTAGCA-A-C-------------------CCAGTTTTATATATT-G-TCCTCCAGA------CAATAAT-T--T-T--AT-AAActttttgtgatgtcatttttgatagacactatgcct
gi|4 : ctcttttcctggcCTTCCAGACAA------TAAT-T--C-T--A--AAAAGGCTA-CAA-GATCAAAATGATTTCAATATAA---A-------AGCGCTGC--AGCTTTT---GAT-AACT-C-ATAAT-TGA-TACTACAA-A----TTTG-----TTTTTTGG-AGTT-C-TTTT-TGTAAAATA-TTGTG-ATGT
gi|10 : attagtgtctaagatattggtaaaattttgcatgttctaaaatggtggcaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaattccctgttctcaattttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatatattgcAAAAAACATAAATAAA-C----------AGCAGGCTA-CAA-GATCAAAATGATTTC------A---ATTTCAA-AGCGTTGC--AGC-TATAGAGAT-AACT-C-ACAAT-TGA-TACTAC-A-A----ATTT--TTTTTTTTT-G-AGTT-C-TTTT-TGCAAAGTG-TTATG-ATaattttttatagacactatgc
gi|11 : AAAAAACATAAATAAA---------AC-AGCAGGCTA-CAA-GATCAAAATGATTTC------A---ATTTCAA-AGCGTTGC--AGC-TATAGAGAT-AACT-C-ACAAT-TGA-TACTAC-A-A----ATT---TTTTTTTTT-G-AGTT-C-TTTT-TGCAAAGTG-TTATG-ATttcatttttgagttaaaagatacgacactgagcctttaaagtac
gi|6 : AATAAT-T--TCT--AT-AAAGGGT----AAAGATAAAAATGATTTC------AATCA-------AGCGATGCAAAAC-TTTA--GAT-AACT-T-ATAATTGGATTTCTAC-A-AAATGTTTGGAGTTCTTTTTGG-ATTC---TTTT-TGGAAAATA-TTGTG-ATGttcatttttgagttaaaagatagacactgagcctt
gi|7 : ggacatagtgtctaagatattagtaaaattttgcatgttctaaaaggtggcgaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaattcccttttctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaatgtctccagacAATAAT-T--C-T--CT-CAAGGGCTA-CAA-GATCAAAATGATTTCAATTTAA---A-------AGCTCTGC--AGC-TTTA--GATAAACT-C-ATAAT-TGA-TACTAccatttt
gi|18 : agacatagtgtctaagatattggtaaaattttccatgttccaaaaagatggcaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngattccctgttctcaattttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatatattgtcgtacagacTAAT-T--T-T--AT-AAAGGGCTA-C-AAGGTCAAAATAATTTC------A---A-----------TTTC--AGC-TTTA--GAT-AACT-C-ATA
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TTTTTGGAGTTCTTTTTGCAAAACCTTGTGATGTCATTTTTGATAGACATTATGCC
Unaligned ( gi|20 ): GAGTTCTTTTTGCAAAATATTGTGCTGTCATTTGTGATAGACACTATGCCT
Alignments
lowQualScore : 1 111 1111111 1111 222 1111111 11 111 4444444444444444444444444444 22222222222222222222222222222 33 1 444444 1 2222 11 2222
lowQualScore : 555 3 555 3 3 3 3 3 333 6 3 7 777 3 1111111 66 55 4 66 4 55 4 0000 5 0 4 000 1111111 66 4 00 66 0 0 88 88 3 555 0 1111111111111111111111111111 5 2 1 55555555555555555555555555555 66 00 7 333333 44 4 888 3 99999 3 9 9999 444 55 7 00 3 3 3 3 7 55 8 4 9999 5555 7 4 4
lowQualScore : ... . ... . . . . . ... . . . ... . ....... .. .. . .. . .. . .... . . . ... ....... .. . .. .. . . .. .. . ... . ............................ . . . ............................. .. .. . ...... .. . ... . ..... . . .... ... .. . .. . . . . . .. . . .... .... . . .
lowQualScore : 888 6 888 3 3 3 3 3 888 8 3 8 222 1 8888888 22 55 0 22 0 55 0 2222 3 8 4 333 9999999 11 4 66 11 4 2 00 22 2 999 9 4444444444444444444444444444 0 2 8 22222222222222222222222222222 22 11 4 777777 66 2 999 3 11111 6 1 0000 999 00 0 00 6 6 6 6 3 55 9 4 4444 6666 3 0 0
consensus : AAAGACAT--AGTG-TCT---AA-GATA-T-T-GGT-AAA-A-TTTTGTCATGT-TCCAAAAA-A-GGTGGC-GAAATT-------AAAG-AT--CA-TAA-CTAGAAAATT-A--CAAAAAGTTA-TTCA-G--AATGTTTACAAACACATTGG-ATAC--CGATAA------TTAC--AA-AAT--A--ATTCCCT-NTTT-CTCAATTTAA-CTGGTACACGTATCAT-----TACCGCTGTTGAA-TTCGCA-TCTCNTATGTTTGT--GTAGCGCA-CC----AATCAGCGG-G-TACCAGTTTTATA--TTGTTCTTCCAGACAA-----AT--AATT-T-TATAAA-G-----GGCTA-CAAAGATCAAAATGATTTCAAT-TT-AA-A-GCGCTGCAG--CTTTAGA--T-AACT-C-ATAAT-T-GA--TACTAC-A-A----TTTGT--TTTTTTTTGGAGTT-CTTTTTGCAAAATA-TTGTG-ATGT
Reference ( family-1599 ) : AAAGACAT--AGTG-TCT---AA-GATA-T-T-GGT-AAA-A-TTTTGTCATGT-TCCAAAAA-A-GGTGGC-GAAATT-------AAAG-AT--CA-TAA-CTAGAAAATT-A--CAAAAAGTTA-TTCA-G--AATNTTTACAAACACATTGG-ATAC--TGATAA------TTAC--AA-AAT--A--ATTCCCT-TTTT-CTCAATTTAA-CTGGTACNCGTNTCAT-----TACCGNTGTTGGN-TTCGCA-TCTCTTATGTTTGT--GTAGCACA-CC----AATCAGCGG-G-TACCAGTTTTATAATTTGTTCTTCCAGACAAA--AAAT--AANT-T-TATAAA-G-----GGCTA-CAAAGATCAAAATGATTTCAAT-T--AA-A-GCGCTGCAG--CTTTAGA--T-AACT-C-ATAAT-T-GA--TACTAC-A-A----TTTGT--TTTTTTTTGGAGTT-CTTTTTGCAAAATA-TTGTG-ATGT
gi|1 : AAGGACAT--AGTG-TCT---AA-GATAATGT-GGT-AAA---TTTTGT-ATGT-TCCAAATT-G-GGTGGCCGAAATT-------AAAT-AT--TAATAAACTAGAAAATTTA--CAAAAGGTTA-TTCA-G--AATCTTTATAAACA---TGG-ATATGTTAATAA------TTAC--AA-AATT-A--ATTTC---TGCT-CTCAATTT-------TNNNNNNNNNNN-----NNNNNNNNNNNNN-NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNN-NN----NNNNNNNNN-N-NNNNNNNNNTATA--TTGT-CTTCCAGACAT------T--AATTCT-TATAAAAG-----GGCTA-CAA-GATCAAAATGATTTCAAT-TT-AA-A-GCGCTACAG--CTTTTGA--T-TACT-C-ATTAT-TCGA--TAC-AC-A-A----ATT-T--TGTTTTTTGGAGTT-CTTTTTGCAAAATA-TTGTG-ATGT
gi|10 : AAA--ACAT--AAAT-A-AACAGC-A-----GGCTA-CAA-GATCAAAATGATTTCAAT-TTCAA-A-GCGTTGCAG--CTATAGAGAT-AACT-C-ACAAT-T-GA--TACTAC-A-A----ATT-T--TTTTTTTTTGAGTT-CTTTTTGCAAAGTG-TTATG-ATcatttgatagactactatgc
gi|11 : aaAAA--ACAT--AA------ATAAA-ACAGCAGGCTA-CAA-GATCAAAATGATTTCAAT-TTCAA-A-GCGTTGCAG--CTATAGAGAT-AACT-C-ACAAT-T-GA--TACTAC-A-A----ATT-T--TTTTTTTT-GAGTT-CTTTTTGCAAAGTG-TTATG-ATttcatttttgagttaaaagatacgacactgagcctttaaagtac
gi|12 : aaAAAGGCAT--AGAG-TCT---AAAGATA-T-T-GGT-AAA-A-ATTT-TCATGT-TTTAAA-----GGTGGC-GAAATG-------AAAG-AT--CA-TAA-CTAGAAAAAT-A--CGTGAAATTC-TTCA-G--AATATTTACAAACAAATTGG-ATACGATGATAA------Tttcatttttgagttaaaagatagacactgagcctt
gi|13 : tAAAACAT--AGTG-TCTAAAAA-GATA-T-T-TGA-AAA-A-TTTTG-CATGT---CACAAA-ATGGT-GC-GAAATA-------AAAGCAT--CA-TAG--TAG-AAATT-A--C-AAAAGTTA-TC------AAT-TTTAT-AACACATTGC-ATA---TGATAA------T------A-AAT--A--
gi|14 : GGC-GAAATT-------AAA------CA-TAA-CTAGAAAATT-A--CAAAAAGTAAATTCA-G--AATCTTTATAAACACATTGG-ATA---TGATAATAAATTTTAC--AA-AAT--A--AATCCCT-GTTT-CTCAATTT
gi|15 : ACC-CTGTTGAC-TTCGCA-TCTCTTATGATTGTGAGTAGCA-A-C-------------------CCAGTTTTATATATTG-TCCTCCAGAC------AAT--AATT-T-TATAAA-
gi|16 : ctcttttcctggcAAAGACAT--AGTG-TCT---AA-GATA-T---GGT-AA----TTTTGT-ATGT-TCCAAATT---GGTGGC-GAAATT-------AAAT-AT--TA-TAA-CTAGAAAATT-A--CAAAAGGTTA-TTC
gi|17 : ---AA-GACA-T-T-GGTAAAA-A-TTTTG-CATGG-TCC-AAAA-A-GGTGGC-AAATTT-------A
gi|18 : ttagaaacattgatttacT--AATT-T-TATAAA-G-----GGCTA-CAAGG-TCAAAATAATTTCAAT-T-----------T-CAG--CTTTAGA--T-AACT-C-ATATT-T-gtgaaacatactaca
gi|19 : TTTTTGGAGTT-CTTTTTGCAAAACC-TTGTG-ATGT
gi|2 : AAGGCATGAAGTGATCT---AA-GATA-T-T-GGT-AAATA-TTTTG-CATGT-TCCCAAAA---GGTGGT-GAAATTCACCCCCAAAG-ATACCC-TAA---AGAAAAAG-AAATAAAGAATTA-TTCA-GTGAATGTTTACAAACACATTGGTGTAG--ATATAA------TTAC--CACAAT--A--ATTCCCT-GTTTGCTCA-TTTGATCTGGTAC------------------GATGTTGGACTTCGCA-TCTCGTGT-TTTGT--G-AGTATAGCCTCAAAATCAGCAGAG-TACCAGTTTT-TAACT-GTCCT-CCAGACAT------T--AATT-TGTATAAA-G-----GGCTAGCAAAGGTCAAAATGATTTCAAT-TTCAATA-GTGCTGC-G--CTTTAGA--T--ACTAC-AGAAT-TCGA--TACTAC-ACA----TTTG----TTTTTGTGGA----CTGTGTGCAAAATATTTGTGAATGTcatttttgatagacattatgcc
gi|20 : GAGTT-CTTTTTGCAAAATA-TTGTG-CTGTcatt
gi|3 : AAAGACA---AATG-TCT---AA-GATA-T-TTGGT-AAA-AATCTTGTCATGT-GCCGAAAA-A-GGTGGC-GAAATT-------AAAG-AT--CA-ATA-CTAGAAAATT-A--CAAAAAGTTA-TGCACG--AATGTTTACAAACACATTGG-ATAC--CGATAA------GTACCAAA-AAT--A--ATTCCTTATTTT-TTC-ATTTAA-CTGGTACATGTATCATNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNN-NN----NNNNNNNNN-N-NNNNNNNNNTATAA-TTGTTCTTCCAGACAAA--AAATTAAATT-T-TATAAA-G-----GGCTA-CAAAGGTCAAAATGATTTC-------AA-A-GTGCTGTAG--CTTC-GA--T-AACT-TAATAAT-T-GA--TACTAC-A-A----TTTTT--TTTTTTTAGAAGTTGAATTCTGCAAAATA-TCGTG-ATGTcatttgtgatagacactatgcct
gi|4 : T--AGTG-TCT---AA-GATA-T-T-GGT-AAA-A-TTTTG-CATGT-TCTAAAAT---GGTGGC-AAAANN-------NNNN-NN--NN-NNN-NNNNNNNNNN-N--NNNNNNNNNN-NNNN-N--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNN--NNNNNN------NNNN--NN-NNNNNA--ATTCCCT-GTT--CTCAATTTTN-NNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNNNNNNNNN-NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNN-NN----NNNNNNNNN-N-TA-------TATA--TTGC-CTTCCAGACAA------T--AATT-C-TA-AAA-A-----GGCTA-CAA-GATCAAAATGATTTCAATAT--AA-AAGCGCTGCAG--CTTTTGA--T-AACT-C-ATAAT-T-GA--TACTACAA-A----TTTG-----TTTTTTGGAGTT-CTTTTTGTAAAATA-TTGTG-ATGT
gi|5 : atAAAGACA---AATG-TCT---AA-GATA-T-T-GGT-AAA-A-TCTTGTCATGTGTCCGAAAATA-GGTGGC-GAAATT-------AAAG-AT--CA-TA--CTAGAAAATT-A--CAAAAAGTTA-TGCACG--AATGTTTACAAACACATTGG-ATAC--CGATAA------GTAC--AA-AAT--A--ATTCCTT-TTTT-TTC-ATTTAA-CTGGTACATGTATCAT-----TACCGCTGTTGAA-TTCGCA-TCTCATATGTTTGT--GTAGCGCA-CC----AATCAGTGG-A-TACTAGTTTTATAATTCGTTCTTCCAGAAAAAATAAAT--AAAT-T-TATAAA-G-----GGCTA-CAAAGGTCAAAATGATTTC-------AA-A-GTGCTGTAG--CTTC-GA--T-AACT-T-ATAATCT-GA--TACTAC-A-A----TTTGT--TTTTTTTTAGAGTTGATATTTGCAAAATA-TCGTG-ATGTaattttttatagacactatgc
gi|6 : GACAT--AGTG-TCT---AA-GATA-T-T-AGT-AAA-A-TTTTG-CATGT-TCT--AAA-A-GGTGGC-GAAA
gi|6 : gTCCAGACAA------T--AATT-TCTATAAA-G-----GGT----AAAGATAAAAATGATTTCAAT-C--AA---GCGATGCAAAACTTTAGA--T-AACT-T-ATAAT-T-GGATTTCTAC-A-AAATGTTTGGAGTTCTTTTTGGA-TT-CTTTTTGGAAAATA-TTGTG-ATGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaattcccttttctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaatgtctccagacaataatttctataaagggtaaagataaaaatgatttcaatcaagcgatgcaaaactttagataacttataattggatttctacaaaatgtttggagttctttttggattctttttggaaaatattgtgatgccatttt
gi|7 : ggacatagtgtctaagatattagtaaaattttgcatgttctaaaaggtggcgaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaattcccttttctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaatgtcAGACAT--AGTG-TCT---AA-GATA-T-T-GGT-AAA-A-TTTT-CCATGT-TCCAAAAA---GATGGC-AAAANN-------NNNN-NN--NN-NNN-NNNNNNNNNN-N--NNNNNNNNNN-NNNN-N--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNN--NNNNNN------NNNN--NN-NNN--NNGATTCCCT-GTT--CTCAATTT----TNNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNNNNNNNNN-NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNN-NN----NNNNNNNNN-N-TA-------TATA--TTGT-CGTACAGACAA------T--AATT-C-TCTCAA-G-----GGCTA-CAA-GATCAAAATGATTTCAAT-TTAAA-A-GCTCTGCAG--CTTTAGA--TAAACT-C-ATAAT-T-GA--TACTAccatttt
gi|8 : --AGTG-TCT---AA-GATA-T-T-GGT-AAA-A-GTTTG-CATGT-TCC-AAAA-A-GGTGGT-GAAA
gi|9 : gcTAA------ATAC--AA-AAT--A--A----CC-TTGT-CTCAATTTAA-CTGA-ACCCGTCTTAT-----T-------------TTCACAATCTCTTATGTTTCT--TTA---CA-CC----AATCAGTGG-GGTACCAGTTTTATATGTTGT-CTTCCGGACAA------T--AATT-C-TACGAA-T-----GGCTA-CAA-GATCAAAATGATTTCAAT-TTAAA-A-GCGCTGCAG--CGTTTGA--T-AACT-C-ATAAA-T-GA--TACTACAA-A----TTTG-----TTTATTGGAGTT-CTTTTTGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaattcccttttttcatttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatatattgtccaccagactttaattttataaag
Alignments
lowQualScore : 1 111 1111111 1111 2222 1111111 11 11 111 3333333333333333333333333333 333333333333333333333333333333333333333 2222 11111 111111 1 11 2222
lowQualScore : 555 3 555 3 3 3 3 3 333 6 3 7 777 3 1111111 66 55 4 66 4 55 4 0000 5 0 4 2222 1111111 66 4 00 66 0 0 5 44 0 555 0 6666666666666666666666666666 5 1 1 111111111111111111111111111111111111111 5 66 1111 00000 999999 55 888 3 3 4 8 4 3 7 55 7 00 3 3 3 3 7 55 8 4 9999 5555 7 4 4
lowQualScore : ... . ... . . . . . ... . . . ... . ....... .. .. . .. . .. . .... . . . .... ....... .. . .. .. . . . .. . ... . ............................ . . . ....................................... . .. .... ..... ...... .. ... . . . . . . . .. . .. . . . . . .. . . .... .... . . .
lowQualScore : 888 6 888 3 3 3 3 3 888 8 3 8 222 1 8888888 22 55 0 22 0 55 0 2222 3 8 4 7777 9999999 11 4 66 11 4 2 9 44 1 999 9 2222222222222222222222222222 0 0 8 555555555555555555555555555555555555555 0 99 4444 00000 555555 00 222 6 6 4 8 5 6 3 00 0 00 6 6 6 6 3 55 9 4 4444 6666 3 0 0
consensus : AAAGACAT--AGTG-TCT---AA-GATA-T-T-GGT-AAA-A-TTTTGTCATGT-TCCAAAAA-A-GGTGGC-GAAATT-------AAAG-AT--CA-TAA-CTAGAAAATT-A--CAAAAAGTTA-TTCA-G--AATGTTTACAAACACATTGG-ATAC--CGATAA------TTAC--AA-AAT--A--ATTCCCTGTTT-CTCAATTTAA-CTGGTACACGTATCAT-----TACCGCTGTTGAA-TTCGC-ATCTCNTATGTTTGTG--TAGCGCA-CC----AATCAGC-GG-GTACCAGTTT--TAT-A--TTGT--TCTTCCAG-----AC---AAAT--AATT-T-TAT-AAAGGGCTA-CAAAGATCAAAATGATTTCAATTT-AA-A-GCGCTGC--AGCTTTAGA--T-AACT-C-ATAAT-T-GA--TACTAC-A-A----TTTG--TTTTTTTTTGGAGTT-CTTTTTGCAAAATA-TTGTG-ATGT
Reference ( family-1599 ) : AAAGACAT--AGTG-TCT---AA-GATA-T-T-GGT-AAA-A-TTTTGTCATGT-TCCAAAAA-A-GGTGGC-GAAATT-------AAAG-AT--CA-TAA-CTAGAAAATT-A--CAAAAAGTTA-TTCA-G--AATGTTTACAAACACATTGG-ATAC--CGATAA------TTAC--AA-AAT--A--ATTCCCTNTTT-CTCAATTTAA-CTGGTACACGTATCAT-----TACCGCTGTTGAA-TTCGC-ATCTCNTATGTTTGTG--TAGCGCA-CC----AATCAGC-GG-GTACCAGTTT--TAT-A--TTGT--TCTTCCAG-----AC---AAAT--AATT-T-TAT-AAAGGGCTA-CAAAGATCAAAATGATTTCAATTT-AA-A-GCGCTGC--AGCTTTAGA--T-AACT-C-ATAAT-T-GA--TACTAC-A-A----TTTG--TTTTTTTTTGGAGTT-CTTTTTGCAAAATA-TTGTG-ATGT
gi|1 : AAGGACAT--AGTG-TCT---AA-GATAATGT-GGT-AAA---TTTTGT-ATGT-TCCAAATT-G-GGTGGCCGAAATT-------AAAT-AT--TAATAAACTAGAAAATTTA--CAAAAGGTTA-TTCA-G--AATCTTTATAAACA---TGG-ATATGTTAATAA------TTAC--AA-AATT-A--ATTTC-TGCT--CTCAATTT-------TNNNNNNNNNNN-----NNNNNNNNNNNNN-NNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNN-NN----NNNNNNN-NN-NNNNNNNNNN--TAT-A--TTGT---CTTCCAG-----AC----ATT--AATTCT-TATAAAAGGGCTA-C-AAGATCAAAATGATTTCAATTT-AA-A-GCGCTAC--AGCTTTTGA--T-TACT-C-ATTAT-TCGA--TAC-AC-A-A----ATT---TTGTTTTTTGGAGTT-CTTTTTGCAAAATA-TTGTG-ATGT
gi|10 : -----AT---AAAT--AA------AC-AGCAGGCTA-CAA-GATCAAAATGATTTCAATTTCAA-A-GCGTTGC--AGCTATAGAGAT-AACT-C-ACAAT-T-GA--TACTAC-A-A----ATT---TTTTTTTTTTGAGTT-CTTTTTGCAAAGTG-TTATG-ATcatttgatagactactatgc
gi|11 : aaaaaacGGCTA-CAA-GATCAAAATGATTTCAATTTCAA-A-GCGTTGC--AGCTATAGAGAT-AACT-C-ACAAT-T-GA--TACTAC-A-A----ATT---TTTTTTTTT-GAGTT-CTTTTTGCAAAGTG-TTATG-ATttcatttttgagttaaaagatacgacactgagcctttaaagtac
gi|12 : aaaaaacataaataaaacagcaAAAGGCAT--AGAG-TCT---AAAGATA-T-T-GGT-AAA-A-ATTT-TCATGT-TTTAAA-----GGTGGC-GAAATG-------AAAG-AT--CA-TAA-CTAGAAAAAT-A--CGTGAAATTC-TTCA-G--AATATTTACAAACAAATTGG-ATACGATGATAA------Tttcatttttgagttaaaagatagacactgagcctt
gi|13 : tAAAACAT--AGTG-TCTAAAAA-GATA-T-T-TGA-AAA-A-TTTTG-CATGT---CACAAA-ATGGT-GC-GAAATA-------AAAGCAT--CA-TAG--TAG-AAATT-A--C-AAAAGTTA-TC------AAT-TTTAT-AACACATTGC-ATA---TGATAA------T------A-AAT--A--
gi|14 : GGC-GAAATT-------AAA------CA-TAA-CTAGAAAATT-A--CAAAAAGTAAATTCA-G--AATCTTTATAAACACATTGG-ATA---TGATAATAAATTTTAC--AA-AAT--A--AATCCCTGTTT-CTCAATTT
gi|15 : ACC-CTGTTGAC-TTCGC-ATCTCTTATGATTGTGAGTAGCA-A-CC-------------------CAGTTTTATAT-A--TTG---TCCTCCAG-----AC----AAT--AATT-T-TAT-AAA
gi|16 : ctcttttcctggcAAAGACAT--AGTG-TCT---AA-GATA-T---GGT-AA----TTTTGT-ATGT-TCCAAATT---GGTGGC-GAAATT-------AAAT-AT--TA-TAA-CTAGAAAATT-A--CAAAAGGTTA-TTC
gi|17 : ---AA-GACA-T-T-GGTAAAA-A-TTTTG-CATGG-TCC-AAAA-A-GGTGGC-AAATTT-------A
gi|18 : ttagaaacattgatttacT--AATT-T-TAT-AAAGGGCTA-C-AAGGTCAAAATAATTTCAATTT------------C--AGCTTTAGA--T-AACT-C-ATATT-T-gtgaaacatactaca
gi|19 : TTTTTGGAGTT-CTTTTTGCAAAACC-TTGTG-ATGT
gi|2 : AAGGCATGAAGTGATCT---AA-GATA-T-T-GGT-AAATA-TTTTG-CATGT-TCCCAAAA---GGTGGT-GAAATTCACCCCCAAAG-ATACCC-TAA---AGAAAAAG-AAATAAAGAATTA-TTCA-GTGAATGTTTACAAACACATTGGTGTAG--ATATAA------TTAC--CACAAT--A--ATTCCCTGTTTGCTCA-TTTGATCTGGTAC------------------GATGTTGGACTTCGC-ATCTCGTGT-TTTGTG---AGTATAGCCTCAAAATCAGC-AGAGTACCAGTTT--TTA-A--CTG---TCCTCCAG-----AC----ATT--AATT-TGTAT-AAAGGGCTAGCAAAGGTCAAAATGATTTCAATTTCAATA-GTGCTGC---GCTTTAGA--T--ACTAC-AGAAT-TCGA--TACTAC-ACA----TTTG----TTTTTGTGGA----CTGTGTGCAAAATATTTGTGAATGTcatttttgatagacattatgcc
gi|20 : GAGTT-CTTTTTGCAAAATA-TTGTG-CTGTcatt
gi|3 : AAAGACA---AATG-TCT---AA-GATA-T-TTGGT-AAA-AATCTTGTCATGT-GCCGAAAA-A-GGTGGC-GAAATT-------AAAG-AT--CA-ATA-CTAGAAAATT-A--CAAAAAGTTA-TGCACG--AATGTTTACAAACACATTGG-ATAC--CGATAA------GTACCAAA-AAT--A--ATTCCTTATTT-TTTCATTTAA-CTGGTACATGTATCATNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNN-NN----NNNNNNN-NN-NNNNNNNNNN--TATAA--TTGT--TCTTCCAG-----ACAAAAAATTAAATT-T-TAT-AAAGGGCTA-CAAAGGTCAAAATGATTTC------AA-A-GTGCTGT--AGCTTC-GA--T-AACT-TAATAAT-T-GA--TACTAC-A-A----TTTT--TTTTTTTTAGAAGTTGAATTCTGCAAAATA-TCGTG-ATGTcatttgtgatagacactatgcct
gi|4 : T--AGTG-TCT---AA-GATA-T-T-GGT-AAA-A-TTTTG-CATGT-TCTAAAAT---GGTGGC-AAAANN-------NNNN-NN--NN-NNN-NNNNNNNNNN-N--NNNNNNNNNN-NNNN-N--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNN--NNNNNN------NNNN--NN-NNNNNA--ATTCCCTGTT--CTCAATTTTN-NNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNNNNNNNNN-NNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNN-NN----NNNNNNN-NN-NTA---------TAT-A--TTGC---CTTCCAG-----AC---AA-T--AATT-C-TA--AAAAGGCTA-CAA-GATCAAAATGATTTCAATAT-AA-AAGCGCTGC--AGCTTTTGA--T-AACT-C-ATAAT-T-GA--TACTACAA-A----TTTG-----TTTTTTGGAGTT-CTTTTTGTAAAATA-TTGTG-ATGT
gi|5 : atAAAGACA---AATG-TCT---AA-GATA-T-T-GGT-AAA-A-TCTTGTCATGTGTCCGAAAATA-GGTGGC-GAAATT-------AAAG-AT--CA-TA--CTAGAAAATT-A--CAAAAAGTTA-TGCACG--AATGTTTACAAACACATTGG-ATAC--CGATAA------GTAC--AA-AAT--A--ATTCCTTTTTT-TTC-ATTTAA-CTGGTACATGTATCAT-----TACCGCTGTTGAA-TTCGC-ATCTCATATGTTTGTG--TAGCGCA-CC----AATCAGT-GG-ATACTAGTTT--TAT-AATTCGT--TCTTCCAGAAAAAAT---AAAT--AAAT-T-TAT-AAAGGGCTA-CAAAGGTCAAAATGATTTC------AA-A-GTGCTGT--AGCTTC-GA--T-AACT-T-ATAATCT-GA--TACTAC-A-A----TTTG--TTTTTTTTTAGAGTTGATATTTGCAAAATA-TCGTG-ATGTaattttttatagacactatgc
gi|6 : GACAT--AGTG-TCT---AA-GATA-T-T-AGT-AAA-A-TTTTG-CATGT-TCT--AAA-A-GGTGGC-GAAA
gi|6 : gTCCAG-----AC---AA-T--AATT-TCTAT-AAAGGGT----AAAGATAAAAATGATTTCAATC---A-A-GCGATGCAAAACTTTAGA--T-AACT-T-ATAAT-T-GGATTTCTAC-A-AAATGTTTGGAGTTCTTTTTGGA-TT-CTTTTTGGAAAATA-TTGTG-ATGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaattcccttttctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaatgtctccagacaataatttctataaagggtaaagataaaaatgatttcaatcaagcgatgcaaaactttagataacttataattggatttctacaaaatgtttggagttctttttggattctttttggaaaatattgtgatgccatttt
gi|7 : ggacatagtgtctaagatattagtaaaattttgcatgttctaaaaggtggcgaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaattcccttttctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaatgtcAGACAT--AGTG-TCT---AA-GATA-T-T-GGT-AAA-A-TTTT-CCATGT-TCCAAAAA---GATGGC-AAAANN-------NNNN-NN--NN-NNN-NNNNNNNNNN-N--NNNNNNNNNN-NNNN-N--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNN--NNNNNN------NNNN--NN-NNN--NNGATTCCCTGTT--CTCAATTT----TNNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNNNNNNNNN-NNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNN-NN----NNNNNNN-NN-NTA---------TAT-A--TTGT---CGTACAG-----AC---AA-T--AATT-C-TCT-CAAGGGCTA-CAA-GATCAAAATGATTTCAATTT-AA-AAGCTCTGC--AGCTTTAGA--TAAACT-C-ATAAT-T-GA--TACTAccatttt
gi|8 : --AGTG-TCT---AA-GATA-T-T-GGT-AAA-A-GTTTG-CATGT-TCC-AAAA-A-GGTGGT-GAAA
gi|9 : gcTAA------ATAC--AA-AAT--A--A---CCT-TGT-CTCAATTTAA-CTGA-ACCCGTCTTAT-----T-------------TTCACAATCTCTTATGTTTCTT--TA---CA-CC----AATCAGTGGG-GTACCAGTTT--TAT-A---TGTTGTCTTCCGG-----AC----AAT--AATT-C-TAC-GAATGGCTA-C-AAGATCAAAATGATTTCAATTTAAA-A-GCGCTGC--AGCGTTTGA--T-AACT-C-ATAAA-T-GA--TACTACAA-A----TTTG-----TTTATTGGAGTT-CTTTTTGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaattcccttttttcatttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatatattgtccaccagactttaattttataaag
Alignments
lowQualScore : 1 111 1111111 1111 2222 1111111 11 11 111 3333333333333333333333333333 333333333333333333333333333333333333333 2222 11111 111111 1 11 2222
lowQualScore : 555 3 555 3 3 3 3 3 333 6 3 7 777 3 1111111 66 55 4 66 4 55 4 0000 5 0 4 2222 1111111 66 4 00 66 0 2 77 3 555 0 6666666666666666666666666666 5 1 1 111111111111111111111111111111111111111 5 66 1111 00000 999999 55 888 3 3 4 8 4 3 7 55 7 00 3 3 3 3 7 55 8 4 9999 5555 7 4 4
lowQualScore : ... . ... . . . . . ... . . . ... . ....... .. .. . .. . .. . .... . . . .... ....... .. . .. .. . . .. . ... . ............................ . . . ....................................... . .. .... ..... ...... .. ... . . . . . . . .. . .. . . . . . .. . . .... .... . . .
lowQualScore : 888 6 888 3 3 3 3 3 888 8 3 8 222 1 8888888 22 55 0 22 0 55 0 2222 3 8 4 7777 9999999 11 4 66 11 4 2 44 2 999 9 2222222222222222222222222222 0 0 8 555555555555555555555555555555555555555 0 99 4444 00000 555555 00 222 6 6 4 8 5 6 3 00 0 00 6 6 6 6 3 55 9 4 4444 6666 3 0 0
consensus : AAAGACAT--AGTG-TCT---AA-GATA-T-T-GGT-AAA-A-TTTTGTCATGT-TCCAAAAA-A-GGTGGC-GAAATT-------AAAG-AT--CA-TAA-CTAGAAAATT-A--CAAAAAGTTA-TTCA-G--AATGTTTACAAACACATTGG-ATAC--CGATAAT------TAC--AA-AAT--A--ATTCCCTGTTT-CTCAATTTAA-CTGGTACACGTATCAT-----TACCGCTGTTGAA-TTCGC-ATCTCNTATGTTTGTG--TAGCGCA-CC----AATCAGC-GG-GTACCAGTTT--TAT-A--TTGT--TCTTCCAG-----AC---AAAT--AATT-T-TAT-AAAGGGCTA-CAAAGATCAAAATGATTTCAATTT-AA-A-GCGCTGC--AGCTTTAGA--T-AACT-C-ATAAT-T-GA--TACTAC-A-A----TTTG--TTTTTTTTTGGAGTT-CTTTTTGCAAAATA-TTGTG-ATGT
Reference ( family-1599 ) : AAAGACAT--AGTG-TCT---AA-GATA-T-T-GGT-AAA-A-TTTTGTCATGT-TCCAAAAA-A-GGTGGC-GAAATT-------AAAG-AT--CA-TAA-CTAGAAAATT-A--CAAAAAGTTA-TTCA-G--AATGTTTACAAACACATTGG-ATAC--CGATAAT------TAC--AA-AAT--A--ATTCCCTGTTT-CTCAATTTAA-CTGGTACACGTATCAT-----TACCGCTGTTGAA-TTCGC-ATCTCNTATGTTTGTG--TAGCGCA-CC----AATCAGC-GG-GTACCAGTTT--TAT-A--TTGT--TCTTCCAG-----AC---AAAT--AATT-T-TAT-AAAGGGCTA-CAAAGATCAAAATGATTTCAATTT-AA-A-GCGCTGC--AGCTTTAGA--T-AACT-C-ATAAT-T-GA--TACTAC-A-A----TTTG--TTTTTTTTTGGAGTT-CTTTTTGCAAAATA-TTGTG-ATGT
gi|1 : AAGGACAT--AGTG-TCT---AA-GATAATGT-GGT-AAA---TTTTGT-ATGT-TCCAAATT-G-GGTGGCCGAAATT-------AAAT-AT--TAATAAACTAGAAAATTTA--CAAAAGGTTA-TTCA-G--AATCTTTATAAACA---TGG-ATATGTTAATAAT------TAC--AA-AATT-A--ATTTC-TGCT--CTCAATTT-------TNNNNNNNNNNN-----NNNNNNNNNNNNN-NNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNN-NN----NNNNNNN-NN-NNNNNNNNNN--TAT-A--TTGT---CTTCCAG-----AC----ATT--AATTCT-TATAAAAGGGCTA-C-AAGATCAAAATGATTTCAATTT-AA-A-GCGCTAC--AGCTTTTGA--T-TACT-C-ATTAT-TCGA--TAC-AC-A-A----ATT---TTGTTTTTTGGAGTT-CTTTTTGCAAAATA-TTGTG-ATGT
gi|10 : -----AT---AAAT--AA------AC-AGCAGGCTA-CAA-GATCAAAATGATTTCAATTTCAA-A-GCGTTGC--AGCTATAGAGAT-AACT-C-ACAAT-T-GA--TACTAC-A-A----ATT---TTTTTTTTTTGAGTT-CTTTTTGCAAAGTG-TTATG-ATcatttgatagactactatgc
gi|11 : aaaaaacGGCTA-CAA-GATCAAAATGATTTCAATTTCAA-A-GCGTTGC--AGCTATAGAGAT-AACT-C-ACAAT-T-GA--TACTAC-A-A----ATT---TTTTTTTTT-GAGTT-CTTTTTGCAAAGTG-TTATG-ATttcatttttgagttaaaagatacgacactgagcctttaaagtac
gi|12 : aaaaaacataaataaaacagcaAAAGGCAT--AGAG-TCT---AAAGATA-T-T-GGT-AAA-A-ATTT-TCATGT-TTTAAA-----GGTGGC-GAAATG-------AAAG-AT--CA-TAA-CTAGAAAAAT-A--CGTGAAATTC-TTCA-G--AATATTTACAAACAAATTGG-ATACGATGATAAT------ttcatttttgagttaaaagatagacactgagcctt
gi|13 : tAAAACAT--AGTG-TCTAAAAA-GATA-T-T-TGA-AAA-A-TTTTG-CATGT---CACAAA-ATGGT-GC-GAAATA-------AAAGCAT--CA-TAG--TAG-AAATT-A--C-AAAAGTTA-TC------AAT-TTTAT-AACACATTGC-ATA---TGATAAT------------A-AAT--A--
gi|14 : GGC-GAAATT-------AAA------CA-TAA-CTAGAAAATT-A--CAAAAAGTAAATTCA-G--AATCTTTATAAACACATTGG-ATAT---GATAATAAATTTTAC--AA-AAT--A--AATCCCTGTTT-CTCAATTT
gi|15 : ACC-CTGTTGAC-TTCGC-ATCTCTTATGATTGTGAGTAGCA-A-CC-------------------CAGTTTTATAT-A--TTG---TCCTCCAG-----AC----AAT--AATT-T-TAT-AAA
gi|16 : ctcttttcctggcAAAGACAT--AGTG-TCT---AA-GATA-T---GGT-AA----TTTTGT-ATGT-TCCAAATT---GGTGGC-GAAATT-------AAAT-AT--TA-TAA-CTAGAAAATT-A--CAAAAGGTTA-TTC
gi|17 : ---AA-GACA-T-T-GGTAAAA-A-TTTTG-CATGG-TCC-AAAA-A-GGTGGC-AAATTT-------A
gi|18 : ttagaaacattgatttacT--AATT-T-TAT-AAAGGGCTA-C-AAGGTCAAAATAATTTCAATTT------------C--AGCTTTAGA--T-AACT-C-ATATT-T-gtgaaacatactaca
gi|19 : TTTTTGGAGTT-CTTTTTGCAAAACC-TTGTG-ATGT
gi|2 : AAGGCATGAAGTGATCT---AA-GATA-T-T-GGT-AAATA-TTTTG-CATGT-TCCCAAAA---GGTGGT-GAAATTCACCCCCAAAG-ATACCC-TAA---AGAAAAAG-AAATAAAGAATTA-TTCA-GTGAATGTTTACAAACACATTGGTGTAG--ATATAAT------TAC--CACAAT--A--ATTCCCTGTTTGCTCA-TTTGATCTGGTAC------------------GATGTTGGACTTCGC-ATCTCGTGT-TTTGTG---AGTATAGCCTCAAAATCAGC-AGAGTACCAGTTT--TTA-A--CTG---TCCTCCAG-----AC----ATT--AATT-TGTAT-AAAGGGCTAGCAAAGGTCAAAATGATTTCAATTTCAATA-GTGCTGC---GCTTTAGA--T--ACTAC-AGAAT-TCGA--TACTAC-ACA----TTTG----TTTTTGTGGA----CTGTGTGCAAAATATTTGTGAATGTcatttttgatagacattatgcc
gi|20 : GAGTT-CTTTTTGCAAAATA-TTGTG-CTGTcatt
gi|3 : AAAGACA---AATG-TCT---AA-GATA-T-TTGGT-AAA-AATCTTGTCATGT-GCCGAAAA-A-GGTGGC-GAAATT-------AAAG-AT--CA-ATA-CTAGAAAATT-A--CAAAAAGTTA-TGCACG--AATGTTTACAAACACATTGG-ATAC--CGATAAG------TACCAAA-AAT--A--ATTCCTTATTT-TTTCATTTAA-CTGGTACATGTATCATNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNN-NN----NNNNNNN-NN-NNNNNNNNNN--TATAA--TTGT--TCTTCCAG-----ACAAAAAATTAAATT-T-TAT-AAAGGGCTA-CAAAGGTCAAAATGATTTC------AA-A-GTGCTGT--AGCTTC-GA--T-AACT-TAATAAT-T-GA--TACTAC-A-A----TTTT--TTTTTTTTAGAAGTTGAATTCTGCAAAATA-TCGTG-ATGTcatttgtgatagacactatgcct
gi|4 : T--AGTG-TCT---AA-GATA-T-T-GGT-AAA-A-TTTTG-CATGT-TCTAAAAT---GGTGGC-AAAANN-------NNNN-NN--NN-NNN-NNNNNNNNNN-N--NNNNNNNNNN-NNNN-N--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNN--NNNNNNN------NNN--NN-NNNNNA--ATTCCCTGTT--CTCAATTTTN-NNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNNNNNNNNN-NNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNN-NN----NNNNNNN-NN-NTA---------TAT-A--TTGC---CTTCCAG-----AC---AA-T--AATT-C-TA--AAAAGGCTA-CAA-GATCAAAATGATTTCAATAT-AA-AAGCGCTGC--AGCTTTTGA--T-AACT-C-ATAAT-T-GA--TACTACAA-A----TTTG-----TTTTTTGGAGTT-CTTTTTGTAAAATA-TTGTG-ATGT
gi|5 : atAAAGACA---AATG-TCT---AA-GATA-T-T-GGT-AAA-A-TCTTGTCATGTGTCCGAAAATA-GGTGGC-GAAATT-------AAAG-AT--CA-TA--CTAGAAAATT-A--CAAAAAGTTA-TGCACG--AATGTTTACAAACACATTGG-ATAC--CGATAAG------TAC--AA-AAT--A--ATTCCTTTTTT-TTCA-TTTAA-CTGGTACATGTATCAT-----TACCGCTGTTGAA-TTCGC-ATCTCATATGTTTGTG--TAGCGCA-CC----AATCAGT-GG-ATACTAGTTT--TAT-AATTCGT--TCTTCCAGAAAAAAT---AAAT--AAAT-T-TAT-AAAGGGCTA-CAAAGGTCAAAATGATTTC------AA-A-GTGCTGT--AGCTTC-GA--T-AACT-T-ATAATCT-GA--TACTAC-A-A----TTTG--TTTTTTTTTAGAGTTGATATTTGCAAAATA-TCGTG-ATGTaattttttatagacactatgc
gi|6 : GACAT--AGTG-TCT---AA-GATA-T-T-AGT-AAA-A-TTTTG-CATGT-TCT--AAA-A-GGTGGC-GAAA
gi|6 : gTCCAG-----AC---AA-T--AATT-TCTAT-AAAGGGT----AAAGATAAAAATGATTTCAATC---A-A-GCGATGCAAAACTTTAGA--T-AACT-T-ATAAT-T-GGATTTCTAC-A-AAATGTTTGGAGTTCTTTTTGGA-TT-CTTTTTGGAAAATA-TTGTG-ATGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaattcccttttctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaatgtctccagacaataatttctataaagggtaaagataaaaatgatttcaatcaagcgatgcaaaactttagataacttataattggatttctacaaaatgtttggagttctttttggattctttttggaaaatattgtgatgccatttt
gi|7 : ggacatagtgtctaagatattagtaaaattttgcatgttctaaaaggtggcgaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaattcccttttctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaatgtcAGACAT--AGTG-TCT---AA-GATA-T-T-GGT-AAA-A-TTTT-CCATGT-TCCAAAAA---GATGGC-AAAANN-------NNNN-NN--NN-NNN-NNNNNNNNNN-N--NNNNNNNNNN-NNNN-N--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNN--NNNNNNN------NNN--NN-NNN--NNGATTCCCTGTT--CTCAATTT----TNNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNNNNNNNNN-NNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNN-NN----NNNNNNN-NN-NTA---------TAT-A--TTGT---CGTACAG-----AC---AA-T--AATT-C-TCT-CAAGGGCTA-CAA-GATCAAAATGATTTCAATTT-AA-AAGCTCTGC--AGCTTTAGA--TAAACT-C-ATAAT-T-GA--TACTAccatttt
gi|8 : --AGTG-TCT---AA-GATA-T-T-GGT-AAA-A-GTTTG-CATGT-TCC-AAAA-A-GGTGGT-GAAA
gi|9 : gcTAAA------TAC--AA-AAT--A--A--CCTTGT---CTCAATTTAA-CTGA-ACCCGTCTTAT-----T-------------TTCACAATCTCTTATGTTTCTT--TA---CA-CC----AATCAGTGGG-GTACCAGTTT--TAT-A---TGTTGTCTTCCGG-----AC----AAT--AATT-C-TAC-GAATGGCTA-C-AAGATCAAAATGATTTCAATTTAAA-A-GCGCTGC--AGCGTTTGA--T-AACT-C-ATAAA-T-GA--TACTACAA-A----TTTG-----TTTATTGGAGTT-CTTTTTGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaattcccttttttcatttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatatattgtccaccagactttaattttataaag
Alignments
lowQualScore : 1 111 1111111 1111 2222 1111111 11 11 111 3333333333333333333333333333 333333333333333333333333333333333333333 2222 11111 111111 1 11 2222
lowQualScore : 555 3 555 3 3 3 3 3 333 6 3 7 777 3 1111111 66 55 4 66 4 55 4 0000 5 0 4 2222 1111111 66 4 00 66 0 2 77 3 555 0 6666666666666666666666666666 5 1 1 111111111111111111111111111111111111111 5 66 1111 00000 999999 55 888 3 3 4 8 4 3 7 55 7 00 3 3 3 3 7 55 8 4 9999 5555 7 4 4
lowQualScore : ... . ... . . . . . ... . . . ... . ....... .. .. . .. . .. . .... . . . .... ....... .. . .. .. . . .. . ... . ............................ . . . ....................................... . .. .... ..... ...... .. ... . . . . . . . .. . .. . . . . . .. . . .... .... . . .
lowQualScore : 888 6 888 3 3 3 3 3 888 8 3 8 222 1 8888888 22 55 0 22 0 55 0 2222 3 8 4 7777 9999999 11 4 66 11 4 2 44 2 999 9 2222222222222222222222222222 0 0 8 555555555555555555555555555555555555555 0 99 4444 00000 555555 00 222 6 6 4 8 5 6 3 00 0 00 6 6 6 6 3 55 9 4 4444 6666 3 0 0
consensus : AAAGACAT--AGTG-TCT---AA-GATA-T-T-GGT-AAA-A-TTTTGTCATGT-TCCAAAAA-A-GGTGGC-GAAATT-------AAAG-AT--CA-TAA-CTAGAAAATT-A--CAAAAAGTTA-TTCA-G--AATGTTTACAAACACATTGG-ATAC--CGATAAT------TAC--AA-AAT--A--ATTCCCTGTTT-CTCAATTTAA-CTGGTACACGTATCAT-----TACCGCTGTTGAA-TTCGC-ATCTCNTATGTTTGTG--TAGCGCA-CC----AATCAGC-GG-GTACCAGTTT--TAT-A--TTGT--TCTTCCAG-----AC---AAAT--AATT-T-TAT-AAAGGGCTA-CAAAGATCAAAATGATTTCAATTT-AA-A-GCGCTGC--AGCTTTAGA--T-AACT-C-ATAAT-T-GA--TACTAC-A-A----TTTG--TTTTTTTTTGGAGTT-CTTTTTGCAAAATA-TTGTG-ATGT
Reference ( family-1599 ) : AAAGACAT--AGTG-TCT---AA-GATA-T-T-GGT-AAA-A-TTTTGTCATGT-TCCAAAAA-A-GGTGGC-GAAATT-------AAAG-AT--CA-TAA-CTAGAAAATT-A--CAAAAAGTTA-TTCA-G--AATGTTTACAAACACATTGG-ATAC--CGATAAT------TAC--AA-AAT--A--ATTCCCTGTTT-CTCAATTTAA-CTGGTACACGTATCAT-----TACCGCTGTTGAA-TTCGC-ATCTCNTATGTTTGTG--TAGCGCA-CC----AATCAGC-GG-GTACCAGTTT--TAT-A--TTGT--TCTTCCAG-----AC---AAAT--AATT-T-TAT-AAAGGGCTA-CAAAGATCAAAATGATTTCAATTT-AA-A-GCGCTGC--AGCTTTAGA--T-AACT-C-ATAAT-T-GA--TACTAC-A-A----TTTG--TTTTTTTTTGGAGTT-CTTTTTGCAAAATA-TTGTG-ATGT
gi|1 : AAGGACAT--AGTG-TCT---AA-GATAATGT-GGT-AAA---TTTTGT-ATGT-TCCAAATT-G-GGTGGCCGAAATT-------AAAT-AT--TAATAAACTAGAAAATTTA--CAAAAGGTTA-TTCA-G--AATCTTTATAAACA---TGG-ATATGTTAATAAT------TAC--AA-AATT-A--ATTTC-TGCT--CTCAATTT-------TNNNNNNNNNNN-----NNNNNNNNNNNNN-NNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNN-NN----NNNNNNN-NN-NNNNNNNNNN--TAT-A--TTGT---CTTCCAG-----AC----ATT--AATTCT-TATAAAAGGGCTA-C-AAGATCAAAATGATTTCAATTT-AA-A-GCGCTAC--AGCTTTTGA--T-TACT-C-ATTAT-TCGA--TAC-AC-A-A----ATT---TTGTTTTTTGGAGTT-CTTTTTGCAAAATA-TTGTG-ATGT
gi|10 : -----AT---AAAT--AA------AC-AGCAGGCTA-CAA-GATCAAAATGATTTCAATTTCAA-A-GCGTTGC--AGCTATAGAGAT-AACT-C-ACAAT-T-GA--TACTAC-A-A----ATT---TTTTTTTTTTGAGTT-CTTTTTGCAAAGTG-TTATG-ATcatttgatagactactatgc
gi|11 : aaaaaacGGCTA-CAA-GATCAAAATGATTTCAATTTCAA-A-GCGTTGC--AGCTATAGAGAT-AACT-C-ACAAT-T-GA--TACTAC-A-A----ATT---TTTTTTTTT-GAGTT-CTTTTTGCAAAGTG-TTATG-ATttcatttttgagttaaaagatacgacactgagcctttaaagtac
gi|12 : aaaaaacataaataaaacagcaAAAGGCAT--AGAG-TCT---AAAGATA-T-T-GGT-AAA-A-ATTT-TCATGT-TTTAAA-----GGTGGC-GAAATG-------AAAG-AT--CA-TAA-CTAGAAAAAT-A--CGTGAAATTC-TTCA-G--AATATTTACAAACAAATTGG-ATACGATGATAAT------ttcatttttgagttaaaagatagacactgagcctt
gi|13 : tAAAACAT--AGTG-TCTAAAAA-GATA-T-T-TGA-AAA-A-TTTTG-CATGT---CACAAA-ATGGT-GC-GAAATA-------AAAGCAT--CA-TAG--TAG-AAATT-A--C-AAAAGTTA-TC------AAT-TTTAT-AACACATTGC-ATA---TGATAAT------------A-AAT--A--
gi|14 : GGC-GAAATT-------AAA------CA-TAA-CTAGAAAATT-A--CAAAAAGTAAATTCA-G--AATCTTTATAAACACATTGG-ATAT---GATAATAAATTTTAC--AA-AAT--A--AATCCCTGTTT-CTCAATTT
gi|15 : ACC-CTGTTGAC-TTCGC-ATCTCTTATGATTGTGAGTAGCA-A-CC-------------------CAGTTTTATAT-A--TTG---TCCTCCAG-----AC----AAT--AATT-T-TAT-AAA
gi|16 : ctcttttcctggcAAAGACAT--AGTG-TCT---AA-GATA-T---GGT-AA----TTTTGT-ATGT-TCCAAATT---GGTGGC-GAAATT-------AAAT-AT--TA-TAA-CTAGAAAATT-A--CAAAAGGTTA-TTC
gi|17 : ---AA-GACA-T-T-GGTAAAA-A-TTTTG-CATGG-TCC-AAAA-A-GGTGGC-AAATTT-------A
gi|18 : ttagaaacattgatttacT--AATT-T-TAT-AAAGGGCTA-C-AAGGTCAAAATAATTTCAATTT------------C--AGCTTTAGA--T-AACT-C-ATATT-T-gtgaaacatactaca
gi|19 : TTTTTGGAGTT-CTTTTTGCAAAACC-TTGTG-ATGT
gi|2 : AAGGCATGAAGTGATCT---AA-GATA-T-T-GGT-AAATA-TTTTG-CATGT-TCCCAAAA---GGTGGT-GAAATTCACCCCCAAAG-ATACCC-TAA---AGAAAAAG-AAATAAAGAATTA-TTCA-GTGAATGTTTACAAACACATTGGTGTAG--ATATAAT------TAC--CACAAT--A--ATTCCCTGTTTGCTCA-TTTGATCTGGTAC------------------GATGTTGGACTTCGC-ATCTCGTGT-TTTGTG---AGTATAGCCTCAAAATCAGC-AGAGTACCAGTTT--TTA-A--CTG---TCCTCCAG-----AC----ATT--AATT-TGTAT-AAAGGGCTAGCAAAGGTCAAAATGATTTCAATTTCAATA-GTGCTGC---GCTTTAGA--T--ACTAC-AGAAT-TCGA--TACTAC-ACA----TTTG----TTTTTGTGGA----CTGTGTGCAAAATATTTGTGAATGTcatttttgatagacattatgcc
gi|20 : GAGTT-CTTTTTGCAAAATA-TTGTG-CTGTcatt
gi|3 : AAAGACA---AATG-TCT---AA-GATA-T-TTGGT-AAA-AATCTTGTCATGT-GCCGAAAA-A-GGTGGC-GAAATT-------AAAG-AT--CA-ATA-CTAGAAAATT-A--CAAAAAGTTA-TGCACG--AATGTTTACAAACACATTGG-ATAC--CGATAAG------TACCAAA-AAT--A--ATTCCTTATTT-TTTCATTTAA-CTGGTACATGTATCATNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNN-NN----NNNNNNN-NN-NNNNNNNNNN--TATAA--TTGT--TCTTCCAG-----ACAAAAAATTAAATT-T-TAT-AAAGGGCTA-CAAAGGTCAAAATGATTTC------AA-A-GTGCTGT--AGCTTC-GA--T-AACT-TAATAAT-T-GA--TACTAC-A-A----TTTT--TTTTTTTTAGAAGTTGAATTCTGCAAAATA-TCGTG-ATGTcatttgtgatagacactatgcct
gi|4 : T--AGTG-TCT---AA-GATA-T-T-GGT-AAA-A-TTTTG-CATGT-TCTAAAAT---GGTGGC-AAAANN-------NNNN-NN--NN-NNN-NNNNNNNNNN-N--NNNNNNNNNN-NNNN-N--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNN--NNNNNNN------NNN--NN-NNNNNA--ATTCCCTGTT--CTCAATTTTN-NNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNNNNNNNNN-NNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNN-NN----NNNNNNN-NN-NTA---------TAT-A--TTGC---CTTCCAG-----AC---AA-T--AATT-C-TA--AAAAGGCTA-CAA-GATCAAAATGATTTCAATAT-AA-AAGCGCTGC--AGCTTTTGA--T-AACT-C-ATAAT-T-GA--TACTACAA-A----TTTG-----TTTTTTGGAGTT-CTTTTTGTAAAATA-TTGTG-ATGT
gi|5 : atAAAGACA---AATG-TCT---AA-GATA-T-T-GGT-AAA-A-TCTTGTCATGTGTCCGAAAATA-GGTGGC-GAAATT-------AAAG-AT--CA-TA--CTAGAAAATT-A--CAAAAAGTTA-TGCACG--AATGTTTACAAACACATTGG-ATAC--CGATAAG------TAC--AA-AAT--A--ATTCCTTTTTT-TTCA-TTTAA-CTGGTACATGTATCAT-----TACCGCTGTTGAA-TTCGC-ATCTCATATGTTTGTG--TAGCGCA-CC----AATCAGT-GG-ATACTAGTTT--TAT-AATTCGT--TCTTCCAGAAAAAAT---AAAT--AAAT-T-TAT-AAAGGGCTA-CAAAGGTCAAAATGATTTC------AA-A-GTGCTGT--AGCTTC-GA--T-AACT-T-ATAATCT-GA--TACTAC-A-A----TTTG--TTTTTTTTTAGAGTTGATATTTGCAAAATA-TCGTG-ATGTaattttttatagacactatgc
gi|6 : GACAT--AGTG-TCT---AA-GATA-T-T-AGT-AAA-A-TTTTG-CATGT-TCT--AAA-A-GGTGGC-GAAA
gi|6 : gTCCAG-----AC---AA-T--AATT-TCTAT-AAAGGGT----AAAGATAAAAATGATTTCAATC---A-A-GCGATGCAAAACTTTAGA--T-AACT-T-ATAAT-T-GGATTTCTAC-A-AAATGTTTGGAGTTCTTTTTGGA-TT-CTTTTTGGAAAATA-TTGTG-ATGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaattcccttttctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaatgtctccagacaataatttctataaagggtaaagataaaaatgatttcaatcaagcgatgcaaaactttagataacttataattggatttctacaaaatgtttggagttctttttggattctttttggaaaatattgtgatgccatttt
gi|7 : ggacatagtgtctaagatattagtaaaattttgcatgttctaaaaggtggcgaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaattcccttttctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaatgtcAGACAT--AGTG-TCT---AA-GATA-T-T-GGT-AAA-A-TTTT-CCATGT-TCCAAAAA---GATGGC-AAAANN-------NNNN-NN--NN-NNN-NNNNNNNNNN-N--NNNNNNNNNN-NNNN-N--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNN--NNNNNNN------NNN--NN-NNN--NNGATTCCCTGTT--CTCAATTT----TNNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNNNNNNNNN-NNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNN-NN----NNNNNNN-NN-NTA---------TAT-A--TTGT---CGTACAG-----AC---AA-T--AATT-C-TCT-CAAGGGCTA-CAA-GATCAAAATGATTTCAATTT-AA-AAGCTCTGC--AGCTTTAGA--TAAACT-C-ATAAT-T-GA--TACTAccatttt
gi|8 : --AGTG-TCT---AA-GATA-T-T-GGT-AAA-A-GTTTG-CATGT-TCC-AAAA-A-GGTGGT-GAAA
gi|9 : gcTAAA------TAC--AA-AAT--A--A--CCTTGT---CTCAATTTAA-CTGA-ACCCGTCTTAT-----T-------------TTCACAATCTCTTATGTTTCTT--TA---CA-CC----AATCAGTGGG-GTACCAGTTT--TAT-A---TGTTGTCTTCCGG-----AC----AAT--AATT-C-TAC-GAATGGCTA-C-AAGATCAAAATGATTTCAATTTAAA-A-GCGCTGC--AGCGTTTGA--T-AACT-C-ATAAA-T-GA--TACTACAA-A----TTTG-----TTTATTGGAGTT-CTTTTTGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaattcccttttttcatttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatatattgtccaccagactttaattttataaag
blockSeqs : TGA A AAA A . . T A TA T G A AT . CACCCCC GC AC . C . AA A GTG A T CGAT TAAATTT CA C NN NG C TG A GAT ATGTATCATNNNNNNNNNNNNNNNNNN A T G AGTATAGCCTCAAAATCAGCAGAGTACCAGTTT A AT TTGT AAAAA AAAAAA TA TG . G A A C T A AA A GA A A A C C AT A C AATG GGAG G T A
blockSeqs : T . . . . . . . AA T . A TA . . G . . C . . . CG C . GA T . . . . C T A AA NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . G N NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . TT . AAA . TC . . A A C . A . A GA . . . . . . A . . TT G . .
blockSeqs : T . . . . . . . A T . A A . . T . . C . . . CG G . CC T . . . . T T A TN ATGTATCATTACCGCTGTTGAA . N N TAGCGCACCAATCAGTGGATACTAGTTT . . TT . AAA . T . . A A C . . . A . . . . . . . . . . GT . . .
blockSeqs : T . . . . . . . A T . C A . . G . . C . . . G G . NN T . . . . C T A AA NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . N G TACACCAATCAGTGGGGTACCAGTTT . . T . AA . T . . A A A . . . A . . . . . . . . . . T . . .
blockSeqs : T . . . . . . . A C . G A . . G . . N . . . G N . CC G . . . . T . A AA GATGTTGGAC . A N NNNNNNNNNNNNNNNNNNNTA . . T . AT . T . . A A . . . . T . . . . . . . . . . T . . .
blockSeqs : T . . . . . . . A . . A A . . N . . C . . . N G . NN N . . . . C . . . CCGTCTTATT . N G NNNNNNNNNNNNNNNNNNNTA . . C . AA . C . . A A . . . . A . . . . . . . . . . G . . .
blockSeqs : T . . . . . . . A . . G . . . G . . N . . . N N . T G . . . . T . . . T . AGTAGCAACCCAGTTTTA . . T . AA . T . . A . . . . . A . . . . . . . . . . G . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . A . . . N . . . . . . . . . T N . . . . . AA . C . . A . . . . . T . . . . . . . . . . G . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . A . AA . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : A** A** C* CC** ** AA* TAGCNCACCAATCAGCGGGTACCAGTTT*********** C**
originalCons : AAAGACAT--AGTG-TCT---AA-GATA-T-T-GGT-AAA-A-TTTTGTCATGT-TCCAAAAA-A-GGTGGC-GAAATT-------AAAG-AT--CA-TAA-CTAGAAAATT-A--CAAAAAGTTA-TTCA-G--AATGTTTACAAACACATTGG-ATAC--CGATAAT------TAC--AA-AAT--A--ATTCCCTGTTT-CTCAATTTAA-CTGGTACACGTATCAT-----TACCGCTGTTGAA-TTCGC-ATCTCNTATGTTTGTG--TAGCGCA-CC----AATCAGC-GG-GTACCAGTTT--TAT-A--TTGT--TCTTCCAG-----AC---AAAT--AATT-T-TAT-AAAGGGCTA-CAAAGATCAAAATGATTTCAATTT-AA-A-GCGCTGC--AGCTTTAGA--T-AACT-C-ATAAT-T-GA--TACTAC-A-A----TTTG--TTTTTTTTTGGAGTT-CTTTTTGCAAAATA-TTGTG-ATGT
finalCons : AAAGACAT--AGTG-TCT---AA-GATA-T-T-GGT-AAAA--TTTTGTCATGT-TCCAAAAAA--GGTGGC-GAAATT-------AAAG-AT--CA-TAAC-TAGAAAATT-A--CAAAAAGTTA-TTCA-G--AATGTTTACAAACACATTGG-ATACC--GATAAT------TAC--AA-AAT--A--ATTCCCTGTTT-CTCAATTTAA-CTGGTACACGTATCAT-----TACCGCTGTTGAA-TTCGC-ATCTCNTATGTTTGTGTAGCNCACCAATCAGCGGGTACCAGTTT-----------TAT-A--TTGT--TCTTCCAG-----AC---AAAT--AATTC--TAT-AAAGGGCTA-CAAAGATCAAAATGATTTCAATTT-AA-A-GCGCTGC--AGCTTTAGA--T-AACT-C-ATAAT-T-GA--TACTAC-A-A----TTTG--TTTTTTTTTGGAGTT-CTTTTTGCAAAATA-TTGTG-ATGT
Alignments
lowQualScore : 1 111 1111111 1111 2222 1111111 11 11 111 3333333333333333333333333333 3333333333333333333333333333333333333 2222 11111 111111 111 1 11 2222
lowQualScore : 555 3 555 3 3 3 3 3 333 6 3 7 777 3 1111111 66 55 4 66 4 55 4 0000 5 0 4 2222 1111111 66 4 00 66 0 2 77 3 555 0 6666666666666666666666666666 5 1 1 0000000000000000000000000000000000000 5 66 1111 00000 999999 55 000 3 3 4 8 4 3 7 55 7 00 3 3 3 3 7 55 8 4 9999 5555 7 4 4
lowQualScore : ... . ... . . . . . ... . . . ... . ....... .. .. . .. . .. . .... . . . .... ....... .. . .. .. . . .. . ... . ............................ . . . ..................................... . .. .... ..... ...... .. ... . . . . . . . .. . .. . . . . . .. . . .... .... . . .
lowQualScore : 888 6 888 3 3 3 3 3 888 8 3 8 222 1 8888888 22 55 0 22 0 55 0 2222 3 8 4 7777 9999999 11 4 66 11 4 2 44 2 999 9 2222222222222222222222222222 0 0 8 9999999999999999999999999999999999999 0 99 4444 00000 555555 00 555 6 6 4 8 5 6 3 00 0 00 6 6 6 6 3 55 9 4 4444 6666 3 0 0
consensus : AAAGACAT--AGTG-TCT---AA-GATA-T-T-GGT-AAA-A-TTTTGTCATGT-TCCAAAAA-A-GGTGGC-GAAATT-------AAAG-AT--CA-TAA-CTAGAAAATT-A--CAAAAAGTTA-TTCA-G--AATGTTTACAAACACATTGG-ATAC--CGATAAT------TAC--AA-AAT--A--ATTCCCTGTTT-CTCAATTTAA-CTGGTACACGTATCAT-----TACCGCTGTTGAA-TTCGC-ATCTCNTATGTTTGTG----TAGCN-CACCAATCAGC-GG-GTACCAGTTT--TAT-A--TTGT--TCTTCCAG-----AC---AAAT--AATT-C-TAT-AAAGGGCTA-CAAAGATCAAAATGATTTCAATTT-AA-A-GCGCTGC--AGCTTTAGA--T-AACT-C-ATAAT-T-GA--TACTAC-A-A----TTTG--TTTTTTTTTGGAGTT-CTTTTTGCAAAATA-TTGTG-ATGT
Reference ( family-1599 ) : AAAGACAT--AGTG-TCT---AA-GATA-T-T-GGT-AAA-A-TTTTGTCATGT-TCCAAAAA-A-GGTGGC-GAAATT-------AAAG-AT--CA-TAA-CTAGAAAATT-A--CAAAAAGTTA-TTCA-G--AATGTTTACAAACACATTGG-ATAC--CGATAAT------TAC--AA-AAT--A--ATTCCCTGTTT-CTCAATTTAA-CTGGTACACGTATCAT-----TACCGCTGTTGAA-TTCGC-ATCTCNTATGTTTGTG----TAGCN-CACCAATCAGC-GG-GTACCAGTTT--TAT-A--TTGT--TCTTCCAG-----AC---AAAT--AATT-C-TAT-AAAGGGCTA-CAAAGATCAAAATGATTTCAATTT-AA-A-GCGCTGC--AGCTTTAGA--T-AACT-C-ATAAT-T-GA--TACTAC-A-A----TTTG--TTTTTTTTTGGAGTT-CTTTTTGCAAAATA-TTGTG-ATGT
gi|1 : AAGGACAT--AGTG-TCT---AA-GATAATGT-GGT-AAA---TTTTGT-ATGT-TCCAAATT-G-GGTGGCCGAAATT-------AAAT-AT--TAATAAACTAGAAAATTTA--CAAAAGGTTA-TTCA-G--AATCTTTATAAACA---TGG-ATATGTTAATAAT------TAC--AA-AATT-A--ATTTC-TGCT--CTCAATTT-------TNNNNNNNNNNN-----NNNNNNNNNNNNN-NNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNN-NNNNNNNNNNN-NN-NNNNNNNNNN--TAT-A--TTGT---CTTCCAG-----AC----ATT--AATT-CTTATAAAAGGGCTA-C-AAGATCAAAATGATTTCAATTT-AA-A-GCGCTAC--AGCTTTTGA--T-TACT-C-ATTAT-TCGA--TAC-AC-A-A----ATT---TTGTTTTTTGGAGTT-CTTTTTGCAAAATA-TTGTG-ATGT
gi|10 : -----AT---AAAT--AA------AC-AGCAGGCTA-CAA-GATCAAAATGATTTCAATTTCAA-A-GCGTTGC--AGCTATAGAGAT-AACT-C-ACAAT-T-GA--TACTAC-A-A----ATT---TTTTTTTTTTGAGTT-CTTTTTGCAAAGTG-TTATG-ATcatttgatagactactatgc
gi|11 : aaaaaacGGCTA-CAA-GATCAAAATGATTTCAATTTCAA-A-GCGTTGC--AGCTATAGAGAT-AACT-C-ACAAT-T-GA--TACTAC-A-A----ATT---TTTTTTTTT-GAGTT-CTTTTTGCAAAGTG-TTATG-ATttcatttttgagttaaaagatacgacactgagcctttaaagtac
gi|12 : aaaaaacataaataaaacagcaAAAGGCAT--AGAG-TCT---AAAGATA-T-T-GGT-AAA-A-ATTT-TCATGT-TTTAAA-----GGTGGC-GAAATG-------AAAG-AT--CA-TAA-CTAGAAAAAT-A--CGTGAAATTC-TTCA-G--AATATTTACAAACAAATTGG-ATACGATGATAAT------ttcatttttgagttaaaagatagacactgagcctt
gi|13 : tAAAACAT--AGTG-TCTAAAAA-GATA-T-T-TGA-AAA-A-TTTTG-CATGT---CACAAA-ATGGT-GC-GAAATA-------AAAGCAT--CA-TAG--TAG-AAATT-A--C-AAAAGTTA-TC------AAT-TTTAT-AACACATTGC-ATA---TGATAAT------------A-AAT--A--
gi|14 : GGC-GAAATT-------AAA------CA-TAA-CTAGAAAATT-A--CAAAAAGTAAATTCA-G--AATCTTTATAAACACATTGG-ATAT---GATAATAAATTTTAC--AA-AAT--A--AATCCCTGTTT-CTCAATTT
gi|15 : ACC-CTGTTGAC-TTCGC-ATCTCTTATGATTGTGAG--TAGCA--ACC---------------CAGTTTTATAT-A--TTG---TCCTCCAG-----AC----AAT--AATT-T-TAT-AAA
gi|16 : ctcttttcctggcAAAGACAT--AGTG-TCT---AA-GATA-T---GGT-AA----TTTTGT-ATGT-TCCAAATT---GGTGGC-GAAATT-------AAAT-AT--TA-TAA-CTAGAAAATT-A--CAAAAGGTTA-TTC
gi|17 : ---AA-GACA-T-T-GGTAAAA-A-TTTTG-CATGG-TCC-AAAA-A-GGTGGC-AAATTT-------A
gi|18 : ttagaaacattgatttacT--AATT-T-TAT-AAAGGGCTA-C-AAGGTCAAAATAATTTCAATTT------------C--AGCTTTAGA--T-AACT-C-ATATT-T-gtgaaacatactaca
gi|19 : TTTTTGGAGTT-CTTTTTGCAAAACC-TTGTG-ATGT
gi|2 : AAGGCATGAAGTGATCT---AA-GATA-T-T-GGT-AAATA-TTTTG-CATGT-TCCCAAAA---GGTGGT-GAAATTCACCCCCAAAG-ATACCC-TAA---AGAAAAAG-AAATAAAGAATTA-TTCA-GTGAATGTTTACAAACACATTGGTGTAG--ATATAAT------TAC--CACAAT--A--ATTCCCTGTTTGCTCA-TTTGATCTGGTAC------------------GATGTTGGACTTCGC-ATCTCGTGT-TTTGTGAGTATAGCCTCAA-AATCAGC-AGAGTACCAGTTT--TTA-A--CTG---TCCTCCAG-----AC----ATT--AATT-TGTAT-AAAGGGCTAGCAAAGGTCAAAATGATTTCAATTTCAATA-GTGCTGC---GCTTTAGA--T--ACTAC-AGAAT-TCGA--TACTAC-ACA----TTTG----TTTTTGTGGA----CTGTGTGCAAAATATTTGTGAATGTcatttttgatagacattatgcc
gi|20 : GAGTT-CTTTTTGCAAAATA-TTGTG-CTGTcatt
gi|3 : AAAGACA---AATG-TCT---AA-GATA-T-TTGGT-AAA-AATCTTGTCATGT-GCCGAAAA-A-GGTGGC-GAAATT-------AAAG-AT--CA-ATA-CTAGAAAATT-A--CAAAAAGTTA-TGCACG--AATGTTTACAAACACATTGG-ATAC--CGATAAG------TACCAAA-AAT--A--ATTCCTTATTT-TTTCATTTAA-CTGGTACATGTATCATNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNN-NNNNNNNNNNN-NN-NNNNNNNNNN--TATAA--TTGT--TCTTCCAG-----ACAAAAAATTAAATT-T-TAT-AAAGGGCTA-CAAAGGTCAAAATGATTTC------AA-A-GTGCTGT--AGCTTC-GA--T-AACT-TAATAAT-T-GA--TACTAC-A-A----TTTT--TTTTTTTTAGAAGTTGAATTCTGCAAAATA-TCGTG-ATGTcatttgtgatagacactatgcct
gi|4 : T--AGTG-TCT---AA-GATA-T-T-GGT-AAA-A-TTTTG-CATGT-TCTAAAAT---GGTGGC-AAAANN-------NNNN-NN--NN-NNN-NNNNNNNNNN-N--NNNNNNNNNN-NNNN-N--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNN--NNNNNNN------NNN--NN-NNNNNA--ATTCCCTGTT--CTCAATTTTN-NNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNNNNNNNNN-NNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNN-NNNNNNNNNNN-NN-NTA---------TAT-A--TTGC---CTTCCAG-----AC---AA-T--AATT-C-TA--AAAAGGCTA-CAA-GATCAAAATGATTTCAATAT-AA-AAGCGCTGC--AGCTTTTGA--T-AACT-C-ATAAT-T-GA--TACTACAA-A----TTTG-----TTTTTTGGAGTT-CTTTTTGTAAAATA-TTGTG-ATGT
gi|5 : atAAAGACA---AATG-TCT---AA-GATA-T-T-GGT-AAA-A-TCTTGTCATGTGTCCGAAAATA-GGTGGC-GAAATT-------AAAG-AT--CA-TA--CTAGAAAATT-A--CAAAAAGTTA-TGCACG--AATGTTTACAAACACATTGG-ATAC--CGATAAG------TAC--AA-AAT--A--ATTCCTTTTTT-TTCA-TTTAA-CTGGTACATGTATCAT-----TACCGCTGTTGAA-TTCGC-ATCTCATATGTTTGTG----TAGCG-CACCAATCAGT-GG-ATACTAGTTT--TAT-AATTCGT--TCTTCCAGAAAAAAT---AAAT--AAAT-T-TAT-AAAGGGCTA-CAAAGGTCAAAATGATTTC------AA-A-GTGCTGT--AGCTTC-GA--T-AACT-T-ATAATCT-GA--TACTAC-A-A----TTTG--TTTTTTTTTAGAGTTGATATTTGCAAAATA-TCGTG-ATGTaattttttatagacactatgc
gi|6 : GACAT--AGTG-TCT---AA-GATA-T-T-AGT-AAA-A-TTTTG-CATGT-TCT--AAA-A-GGTGGC-GAAA
gi|6 : gTCCAG-----AC---AA-T--AATTTC-TAT-AAAGGGT----AAAGATAAAAATGATTTCAATC---A-A-GCGATGCAAAACTTTAGA--T-AACT-T-ATAAT-T-GGATTTCTAC-A-AAATGTTTGGAGTTCTTTTTGGA-TT-CTTTTTGGAAAATA-TTGTG-ATGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaattcccttttctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaatgtctccagacaataatttctataaagggtaaagataaaaatgatttcaatcaagcgatgcaaaactttagataacttataattggatttctacaaaatgtttggagttctttttggattctttttggaaaatattgtgatgccatttt
gi|7 : ggacatagtgtctaagatattagtaaaattttgcatgttctaaaaggtggcgaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaattcccttttctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaatgtcAGACAT--AGTG-TCT---AA-GATA-T-T-GGT-AAA-A-TTTT-CCATGT-TCCAAAAA---GATGGC-AAAANN-------NNNN-NN--NN-NNN-NNNNNNNNNN-N--NNNNNNNNNN-NNNN-N--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNN--NNNNNNN------NNN--NN-NNN--NNGATTCCCTGTT--CTCAATTT----TNNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNNNNNNNNN-NNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNN-NNNNNNNNNNN-NN-NTA---------TAT-A--TTGT---CGTACAG-----AC---AA-T--AATT-C-TCT-CAAGGGCTA-CAA-GATCAAAATGATTTCAATTT-AA-AAGCTCTGC--AGCTTTAGA--TAAACT-C-ATAAT-T-GA--TACTAccatttt
gi|8 : --AGTG-TCT---AA-GATA-T-T-GGT-AAA-A-GTTTG-CATGT-TCC-AAAA-A-GGTGGT-GAAA
gi|9 : gcTAAA------TAC--AA-AAT--A--A--CCTTGT---CTCAATTTAA-CTGA-ACCCGTCTTAT-----T-------------TTCACAATCTCTTATGTTTCTT----TA----CACCAATCAGTGGG-GTACCAGTTT--TAT-A---TGTTGTCTTCCGG-----AC----AAT--AATT-C-TAC-GAATGGCTA-C-AAGATCAAAATGATTTCAATTTAAA-A-GCGCTGC--AGCGTTTGA--T-AACT-C-ATAAA-T-GA--TACTACAA-A----TTTG-----TTTATTGGAGTT-CTTTTTGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaattcccttttttcatttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatatattgtccaccagactttaattttataaag