lowQualScore : 111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2 2222 111111111 333333333 11111111 222222222222 222222222222222222222 111111 11 000000000000000000000000 11111111 44444444 1 22 1 11111 111 444444444444444 11 1111 222222222222222 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 11 222222 5555555555555555 1111 111111 44444 2 33 33 2 111 2 11 2 22 33333333333333333333 11 222 22222222
lowQualScore : 5 4 66 6 2222 4 33 3 888888888 111111111 33333333 77 999999999999 333 55 555555555555555555555 666666 99 000000000000000000000000 5 888 5 9999 66 66 66666666 66 9999 9999 4 4 77777777 3 33 4 0 4 99999 4 777 4 222 333333333333333 1 999 00 1 4 00 0000 444444444444444 4 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 99 7 99999 6 0 8 11 8 111111 0000000000000000 8 8 7777 666666 55555 8 8 2 6 11 6 4 55 0 111 4 8 00 0 4 6 3 99 5 00000000000000000000 44 66 0 000 5 22222222 6
lowQualScore : . . .. . .... . .. . ......... ......... ........ .. ............ ... .. ..................... ...... .. ........................ . ... . .... .. .. ........ .. .... .... . . ........ . .. . . . ..... . ... . ... ............... . ... .. . . .. .... ............... . ............................................................................................................................ .. . ..... . . . .. . ...... ................ . . .... ...... ..... . . . . .. . . .. . ... . . .. . . . . .. . .................... .. .. . ... . ........ .
lowQualScore : 0 4 11 7 9999 4 66 3 222222222 000000000 99999999 99 999999999999 777 00 222222222222222222222 444444 55 888888888888888888888888 0 888 0 4444 11 11 11111111 11 4444 4444 4 4 77777777 3 11 4 9 4 22222 4 888 4 222 999999999999999 3 111 66 9 4 99 0000 777777777777777 7 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 22 3 33333 7 0 0 00 0 444444 8888888888888888 0 0 0000 000000 44444 0 0 0 7 77 0 0 55 0 000 0 5 00 0 0 7 0 66 0 22222222222222222222 55 99 4 111 0 44444444 0
consensus : GGGAC-G-T--TTCGCTCCG-A-A-AGACGGTT-T---------CGC--T-C---GAGAC-----GA-TTC--GC-----T-C---GA-AAGACGTT--TC-GC----GCC----GAAA--GGCGG----TTAGCCCCAAAATGTGTT-CGCTAG---A---TGT-TT-GTC---T-G----ATAA--T--TATT--------T--GAT----AT--T-A-TTTT-GTCTT--TTGA--TAT-TCAT-AC-CGATTTT-A-A---A-A---GATT-TTT---AAA---AC---T--TT-TACGAT-GTAA--AAGTA-ATGAA---AGC---------AC----GATAAACGGATTC-----------AA--A-------CN----------ACCAA--CGG-T--GA--TTGA---A----AG-TTAAAA----C----TACC--CGCCAT----A--GT-ACTC-TT--A-CT-C---AA--ATCTG--A--TAA-TTACAT-CTGCT--GGGATT-ATTTT-CTTAA-------TT---T---GGAG-A-CAT----AAT---G-AGAAC-CTCTTTAAT-TATG-AGA-TGCGAGGC-CGTTTATAANATGTATTGGGGNNNTGGAANAATGCATGGGNTGTTAAANCACATTATAGGCGCGAAC--CGT-C--T--CGGG---AG-----CGAA-NCG--TCTT-T-GGAGCGAA-ACG------T-CCGTTATGTA
Reference ( gi|2 ) : GGGAC-G-T--T-CGCTCCG-A-A-AGACGGTT-T---------CGC--T-C---AAGAC-----GA-TTC--GC-----T-C---AA-AAGACGTT--TT-GC----GCC----AAAA--GGCAG----TTATCCCCAAAATATGTT-CGCTAG-GCA---TAT-TT-GTC---T-G----ATAA--T--TATT--------T--GAT----AT--T-A-TTTT-GTCTT-GTTGAC-TAT-TCATTAC-CGAATTT-A-A---A-A---GATT-TTT---AAA---AC---T-TTT-TATGAT-GTAA--AAGTA-ATGAA---AGC---------AC----AATAAACGGATT------------AA--A-------CT----------ATTAA--CGG-T--GA--TTGA---A----AG-TTAAAG----C----TACC--CGCCAT----A--GT-ACTT-TT--A-CT-C---AA--ATCTG--A--TAA-TTACAT-CTGCT--GGGATT-ATTTT-TTTAA-------TT---T---GGAG-A-CAT----AAT---G-AGA---C-CTTTAAT-TATG-AGATTGCCAGG--CGTTTATGATAT-TATT-GGGTAATGAAAAATTGCATGGATTGTT-AATTACATTATAGGTGCGAAC-TCGT-C--T--CGGG---AG-----TGAA-CCG--TTTT-T-GGAGCGAA-ACG------TGCCGTTACGTAC
gi|12 : GGGAC-G-TGTT-CGCTCCGAA-A-AGACGGAT-T---------CAC--TCC---GAGAC-----GA-TTC--GC-----
gi|4 : tgattaagtaaaactaccacgccattagaatttacttcaaactgataattcatctgctggaattatttttaatttggagacataatgagaactctttaattataagatgccagccgtttataatatattggggtatgaaaaatgcatgggatgttaaatcacattataggtGGGAC-G-T--TTCGCTCC----A-AGACAAGT-T---------CGC--C-T------AC-----G----C--GC-----------------ACGGT--TC-CG----GTC----GAAA--GGCGG----CTAGCACCAAA---------------------TGT-TT-GTC---TGG----ATAA--T--TATT--------T--AAT----AG--C-A-TTCT-GTCTT--TTAAA-TAT-TCATAAC---GATTT-ATA---A-ATAGGATTGTTT---AAACGGA-------TT-CACAA----AAC-AAATC-ATGCA---ACC---------AC----GGTGATTGGG--------------AA--A-------GT----------A--AA---------GA--TT-A---A----AG---AAAA----CAAAATA-C--CGCCAT----ATGGT-ACTC-TT--A-CT-T---AAACATCTGAAA--TAAGTTA-ATCCTGCT--GGGATTGA--TT-CTTAA-------TT---TTAAGAAC-A-CATAATAAAT---G-AGAACTT-CTTTAAT-TATGAAGAATGCAAGGCCCGTTTATAAAATGTATTGGGGTATTGGAATAATGCAgttgccgttatgta
gi|1 : tgcGGGACCG-T--TTCGCTC-G-ACA-AGACGCTT-TATCCGCCTTCAC--C-C---AAGAC-----GAATTC--GCGTCTCC-C---AAGAAGAACTT--TC-A-----GCCTCACAGAA--GACAGCGGTTTAAGCACAACATGTCTT-CGCTAGAGCAA--TGT-TTTGTCGTGT-GTAGAGTAA--T--CACTCCAATCGCT--GGTTTAAATGGC-A-TTTT-GTCT------ATATAT-TCATTAC-CGATTTTTA-AC--A-A---GATT-TTT---AAA----CGGAT-TCA-CACAAC----A--AAG-A-ATCAA---TGC----------C----AACCAA-GGGTT------------------------CG----------ATTGAAGCAG-T--AAACTTAA---AGAAAAG---AAAG----C----TACC--CGCCATTATGG--GT-ACTTCTT--ACCT-CAAAAA--ATCTG--A--TGA-TTA
gi|24 : acactgccaccgcatggtgctccattctcaactttttcactttgcttatttgtcccagaacagaattatgacaaacatcatgtccgatgtctgtttattaattttcttttcacccataatgttagatcattctgacggggattttctctaataatggactgctttcaatccctcctactttcagccatagcatacacctagtaaaaggacttttcctgctgactggccgaactttgctcgcaataatcaccaaacccactccaagcttcaatcgatgaagtgctcttcatggggccaaaagacatttacggttgcGGGAC-G-T--TTCGCTCC----A-AGACGATT-----------CGC--T-CCGAAAGAT-----GT-TTC--GCC----T-C---GA---GACGGT--TC-GC----GCC----AAAA--GGa
gi|18 : GGGAC-T-T--TTCGCTCCG-A-A-AGAC-GTT-T---------CGCG-C-C---TAGACCAAAAAA-TTC--GC-----TCC---GA-AAGACATT--TC-GC----TCC------AA--GACGG----TT
gi|16 : gagtgcGGAC-G-T--TTCGCTCC--A-A-AAAC-GTT-T---------CGCCTT-T---GCGAC-----TG-TTC--AC-----A-C---CA-AAAATGTT--Tcgagccttcgtagacgttcgcggatagaaatcgcgagtgacctatggagcggacagtgtgtggtctacgacacccaagata
gi|14 : gcGAC-GGT--T-CGCGCCG-A-A-AGACGGTT-gttctgataactttatttaatagcaattttgtcttttaatatatcatgacgtgattataaaacatgattttaacgaattcacaaaacaaatcaatgccaaccaacggtgattgaagtaagattaaagaa
gi|14 : gacgtttcgctcctaGAC-G-T--TTCGCTCCT-----AGACGG-T-T---------CGC--G-CCGAAAGAC-----GG-TTataattatttaataaaactttgtcttttgatattcatgctgatttttgaagattttatgtttatgatgtaaaagtaatgaagtaggataaaaggatccaacacaataaccaaaacacattaaatgcaaagatgcgcgaatccccaacggtgattgaagtt
gi|9 : -T--T-CGCTCCC-A-ATAGACGTTTCT---------CGC--T-CA--AAGAC------A-TTCA-GC-----T-CCGGAA-ATGACGTT--C---C----GCC----AATT--AGC-G----TTA--CCCAAAATG----------------------TT-GTC---T-A----ATAA--A--TAGC--------T--GAT----AT--T-A-TTTT-GTCTT--TTGA--TAT-TCA-TAC-CGAA--T-A-ATTCA-A---GA-----T---AAA---AC--------------T-GTAA--TAGTA-ATAAA---AACGGTATATTAACACTAAATAAACAGATTCACA--------AA--A-------C------------CTAA--CGGAT--GA--TTGA---A----GG--TAAAA----C----TACC--C---------A--GT-ACTC-TT--A-TT-C---AA--A-CTG--ACCTAA-TTA-AT-CTGCT--GTAATT-A--TT-TTTAA-------TT--------GAG-ACCAT----AA----A-ACAT--C-CCTTAATCTATA-Aataattatttaataaaactttgtcttttgatattcatgctgatttttgaagattttatgtttatgatgtaaaagtaatgaagtaggataaaaggatccaacacaataaccaaaacacattaaatgcaaagatgcgcgaatccccaacggtgattgaagtt
gi|13 : ctggtatgtGACG-TT-T---------CGC--T-C---CAGAC-----GA-T-C--GCAT---C-C---AA-AAGACGTT--TTCGC----GCC----GAAA--GGC-G----TTAGCCTCAAAA-ATGTTTCGCTAG-CAA---TGTATT-GTC---T-G----ATAA--T--TATT--------T--GAT----AT--T-A-TTTT-GTCTT--TTGA--TAT-TCA-TA--CGAATTT-A-A---A-A---GATT-TTTTAAAGA---AC---T-GTT-TATGAT-GTAA--AAGTAGATCGA---AGC---------AC----AATAAACGGATT------------tgg
gi|5 : cggGACGTTT-TG--------CGC----C---GAGAT-----GA-TTC--GCA----C-C---AA-AAGATGTT--T-----------------------CA------TA---CCAAGATGT-TT-TGCTAG-CAA---TAT-TT-GTC---T-G----ATAA--T--TATT--------T--AAT----AT--T-A-TTTT-ATCCC--TTCA--TAT-TCAA-AC-CGATTTT-A-A---A-A---GATT-TTT---AAA---AC---T-GTT-TACGAT-GTAA--AAGTA-ATGAA----GC---------AG----GATAAAGGGATTTACACATACAACAA--ATAATTGCCA----------ATCAA--CGG-T--GA--TTGA---ATTA-AGATTAAAAAGAAC----TACCGCCACTAT----G--GT-AC-----------------A--ATCTG--A--TAA-TTACAT-CTGCC--AGGATT-ATAAT-CTTAAGGAGATGCTCCAC---GGAGAA-CAT----AATGAAG-AGA---CTCTTTAAT-TATG-AGA-TGCGAGGT-TGTTTAca
gi|8 : gcggGTT-T---------CGC--T-CC--AAGAC-----GACTTCAGGC-----T-C---GA-ATGACGCTGTTC-GC----GCC----AAAATAGGCGG----TTAGCCCCTAAAT--GTT-TG------------------GTC---T-A----ATAA--T--TATT--------T--GAT----AT--TCA-TTTT-GTCTT--TTGAT-AATATCAT-AC-CGATTTT-A-A---A-A---GATT-TTA---AAA---AC---TGTTTATATGATTGTAATTAAA-A-ACGAATCGAGC----------C----AATAAACGGATTCTAC--------AA--A-------------------ACTAA--CGG-TG-GA--TTG---------AG-T---AA----C----TA-C--CGCAAT----AG-GTAACTC-TTAAA-TT-CA--AA--ATCTG--A---AA--TACAT-CTGCTCGGGGATT-ATTTTACTTAA-------TT---TC--GGAG-A-CAT----AAT---GAAGA---CTCTTTAAT-TATG-AGAT
gi|14 : cGAC-----GT-TTC--GC-----T-C----C-TAGACGGT--TC-GC----GCC----GAAA--GACGG----TTATggga
gi|16 : GAC-----GT-TTC--GC-----T-C---CA-AAAACGTT--TC-GCCTTTGC-----------GACTG----TTCACACCAAAA-ATGTT-TGTT------------------C---T-G----ATAACTT--TATT--------T--AAT----AG--C-AATTTT-GTCTT--TTAA--TATATCATGACGTGA--TT-A------------------T---AAA---AC----------ATGAT-TT-------TA-ACGAA---TTC---------AC----A--AAACAAATC------------AATGC-------CA----------ACCAA--CGG-T--GA--TTGAAGTA----AGATTAAAG----aattatttaataaaactttgtcttttgatattcatgctgatttttgaagattttatgtttatgatgtaaaagtaatgaagtaggataaaaggatccaacacaataaccaaaacacattaaatgcaaagatgcgcgaatccccaacggtgattgaagtt
gi|15 : gcgCCCAAAATGT-TT-AGCTCA-GCAACTTTT-TT-GTC---T-G----ATAA--TATTATC--------TTCAAT----AT--T-A-TTTTCGTCTTTGTTGA--TATCTCAT-AC-CCATTTT-A-AT--ACA---GATT-TTTT--AAA---AC---T--------GG--GTAA--AAGTA-AATAT---AGC---------AC----AGTAAATGGATTCACAAATC----AA--A-------TTGAAGTTGCCAACCAA--CGG-TAAGA--TTAA---A----AG---AAAA----C----TA-C--CGCCAaa
gi|14 : ----ATAA--T--TATT--------T--AAT----AA--A-A-CTTT-GTCTT--TTGA--TAT-TCAT-GC-TGATTTT-T-G---A-A---GATT-TT----------A----T-GTT-TATGAT-GTAA--AAGTA-ATG-A---AGT---------AG----GATAAAAGGATC------------CA--A-------C
gi|12 : gacgtttcgctcctagacggttcgcgccgaaagacggtt-T--GA--TT-----A----AG-T-AAAA----C----TACCA-CGCCATT---A--GA-A--T-TT--A-CTTC---AA--A-CTG--A--TAA-TT-CAT-CTGCT--GGAATT-ATTTT---TAA-------TT---T---GGAG-A-CAT----AAT---G-AGAAC-T-CTTTAAT-TATA-AGA-TGCCAGC--CGTTTATAATA--TATT-GGGGTATGAAAAA-TGCATGGGATGTTAAATCACATTATAGGTGCGAA--TCGT-C--T--C-GG---AG-----TGAATCCGTCTTTT-C-GGAGCGAACACGTCCCGTTGCCGTTATGTAacaataaccaaaacacattaaatgcaaagatgcgcgaatccccaacggtgattgaagtt
gi|14 : TTATT-AAATA-ATTATA-------AC--CGT-C--TTTCGGC----G-----CGAA-CCG--TCTA---GGAGCGAA-ACG------T
gi|16 : gACATTTTTGGTGTGAAC--AGT-C--G--CAAA---GG-----CGAA-ACG--TTTT-T-GGAGCGAA-ACG------T-CCGaactttgtcttttgatattcatgctgatttttgaagattttatgtttatgatgtaaaagtaatgaagtaggataaaaggatccaacacaataaccaaaacacattaaatgcaaagatgcgcgaatccccaacggtgattgaagtt
gi|1 : gAGACGCGAAT-TCGT-C--T--TGGGTGAAGGCGGATAAA-GCG--TCTTGT-CGAGCGAA-ACG------ttgttctgataactttatttaatagcaattttgtcttttaatatatcatgacgtgattataaaacatgattttaacgaattcacaaaacaaatcaatgccaaccaacggtgattgaagtaagattaaagaa
gi|18 : acactgccaccgcatggtgctccattctcaactttttcactttgcttatttgtcccagaacagaattatgacaaacatcatgtccgatgtctgtttattaattttcttttcacccataatgttagatcattctgacggggattttctctaataatggactgctttcaatccctcctactttcagccatagcatacacctagtaaaaggacttttcctgctgactggccgaactttgctcgcaataatcaccaaacccactccaagcttcaatcgatgaagtgctcttcatggggccaaaagacatttacggttgcgggacAGGCTCGAAC--CGT-C--T--TGG----AG-----CGAA-ATG--TCTT-TCGGAGCGAA-cccaagaagaactttcagcctcacagaagacagcggtttaagcacaacatgtcttcgctagagcaatgttttgtcgtgtgtagagtaatcactccaatcgctggtttaaatggcattttgtctatatattcattaccgatttttaacaagatttttaaacggattcacacaacaaagaatcaatgccaaccaagggttcgattgaagcagtaaacttaaagaaaagaaagctacccgccattatgggtacttcttacctcaaaaaatctgatgattaa
gi|8 : gagtgcgggacttttcgctccgaaagacgtttcgcgcctagaccaaaaaaGGCGCGAACAGCGT-CATT--CGAG---CC-----TGAAGTCG--TCTT---GGAGCGAA-ACG------tcgtagacgttcgcggatagaaatcgcgagtgacctatggagcggacagtgtgtggtctacgacacccaagata
gi|24 : GGCGCGAAC--CGT-C--T--CGAG----G-----CGAA-ACA--TCTT-TCGGAGCGAA-TCG------Taaaataggcggttagcccctaaatgtttggtctaataattatttgatattcattttgtcttttgataatatcataccgattttaaaagattttaaaaactgtttatatgattgtaattaaaaacgaatcgagccaataaacggattctacaaaactaacggtggattgagtaactaccgcaataggtaactcttaaattcaaaatctgaaatacatctgctcggggattattttacttaatttcggagacataatgaagactctttaattatgagatggga
gi|4 : gggacgtttcgctccaagGAAC--CGTGC--G--CGTA---GG-----CGAA-CTT--GTCT-T-GGAGCGAA-ACG------TCCCGaaaagg
15 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|3 ): AACAAAAGCCTGAAGGCCACAAATGCGGTCCGTTGAGGGAGACTTCATGCGAAAGATACTAATTTAATATCAATAGACTAAAGAATGCAAACATTTTTTAACAAAAACACCATGCACGCAGTTGCTTCAAACAATATCAACATTCTCAACTTATTTCACTTGCTTATGTGTCAAATTATGACAAATGTTCATGTCTTTACTTCATTTTCTTTCACCACTGTAATGTATATTCATCGCGGAGTTTCTCTAATAAGAACTGGTCAACCATCCTCACTTTCAGACATAGCAATACATTGAAGGATTTTCTCTGCATGGTAATTGCTCATTAATCCATGTAATCACCAATCCATTCATCCTATTCATGGGGCCAAA
Unaligned ( gi|6 ): AATCAAAGGCCTGAAGGGCCACAATGGACGTCACTGCGCTGAGGGAAGACTTCAGTGGCGAAGAACTAAGTTAATATCAATGAGCCACAAAAGATGCAAGCATGTTTTCAGACAAAAACGACATTGTCAGGCATGTGCTCATTCTCAACTTTTGTCACATGTTGCTTGATTTGTCAAATTATGGAAAAGATGTCCATGCTCTTGTACTTTGTTTCAATTTTCTTTCACAATAATGTAGAAATTTCATCGGGGAGTTTCGTCTTATAGAGATGCTTCAACCTCCTCACTTTCACATAGCAATGGCTTAGTAAAGAGGTTTCTGCTGGTGGTGAATTGCTCATATCA
Unaligned ( gi|7 ): AAAGAACTAATTTAATATCAATAGCACTTAAGAATCAAGCATTTTTTTTTAACAAAAACACATGCACGCATTTGTGCTCCATTCTCAACTTATTTGTCAAATTATGACAAAATGTCCATGTCTGTTACTCTATTTTCTTTCACCATACAATGTTAAGATTTCATCGGGAGTTTCTCTAATCAACTGTATCTCTATTCAACTTCCTCACTTTCTAATCAACTATATTCAACTTCCTCACTTTCACATAGCCATGCATTAGTAAAAGGATTTTCCTGCTGATGGTTAATTGCTCATAATCACAAACCATCATCATCCGATGTCATGGGGGCAACG
Unaligned ( gi|10 ): AATCAAAGGCCTGAAGGGCCACAATGGCGCCGTGCGTTGAGGAAAACTTCATGCGAAAGAACTAATTTAATACCAATAGCACTAAAGAATGCAAGCATTTATAAACAAAAACACATGCACGCATGTGTGCTCCATTCTCAACTTTTTCACTTTGCTTATTTGTCAAATTATGACAAAATGTCCATGTCTGTTACTTCATTTTCTTTCACCATAATGTTAGATTTCATCGGGAGTTTCT
Unaligned ( gi|11 ): ATGAGTGCGGGACTTTTCACCCCAAGACGATTATCTTTCATTATGCGATTATTGCTCTTTTTATTTTGTTTATTGATATTCTTTTAATTGTTCATGTTATAAAAGTAATAAAACACGAAACAGGGATTCACACTTTCAACAAATTATTGCCAATTAATCAAAAGATAAGTGATTCAAAGGAGATTTAAAAAAGAAAACTACTGCACCTATAATTTATGTTTGTTGGGATTAATTTTG
Unaligned ( gi|17 ): AAGGCCTGAAGGGCCACAATGGCGTCGTGCATTGAGGAAGACTTCATGGGAAAGATCTAATTTAATATCAATCATAAAAGAATGCAAGCATTTTTTTAACAAAAACACATGCACACATTTTTTAACAAAAACACATGCACGCATGTGTGCTCCAGACATATCAACATTTTC
Unaligned ( gi|19 ): TTCTCTAATAAGACTGCTTATAACTCCTCACTTTCACATAGCAAGTGCATTAGTAATTTAAGGATTTCCTGCTGATAGGTGAATTGCCTCATAAATCACAACATATCATCGATTGTCATGGGGCAAAGAATTGA
Unaligned ( gi|20 ): ATCTAATTTAATATCAATCATAAAAGAATGGAAGCATTTTTTAAACCAACACATGCACGCATTTTTTAACAAAAAAAACATGCCCGCATGTGTGCTCCAGACATATCAACATTTT
Unaligned ( gi|21 ): TCAAAGGCCTGAAGGGCCACAATGGCGCCGTGCGTTGAGGAAGACTTCATGCGCAAGAACTAATTTAATACCAATAGCACTAAGCCTAAAGAATGCAAGC
Unaligned ( gi|22 ): AAATCAAAGGCCTGAAGGGACACAATGGCGTCGTGTGTAGAGGAAGACTTCATGCGAATTTAATATCAATAGCGCTAAAGAATGCA
Unaligned ( gi|23 ): TTCTCTAATAAGACCGCTTCAACTCCTCACTTCCACATAGCAGTACATTAGTAAAAGGATTTTCCTGCTGATGGTGAATG
Unaligned ( gi|25 ): TCAAAGGCCTGAAGGGCCAAAATGGCGTCGTGCGTTGAGGGAGACTTCAT
Unaligned ( gi|26 ): GCCTGAAGGTCCACAATGGCGTCGTGCGTTGAGGAAGATTTCATGC
Unaligned ( gi|27 ): ATTTTTCTGCTGGTGGTGAATTGCTCATAATCACAACCATCATC
Unaligned ( gi|28 ): ACTGCCATGAATCACAACCCAATCATCCGATGCCATGGG
Alignments
lowQualScore : 111 22222222222 2222 11111111 222222222222222 111111 11 888888888888888888888 1111 11111111 1 22222 111 333333333 11111111111 66666666666666666666666666666666666666666666 333333333333333 111111111 11 2222222 11111111111 11 3333333333333333 1111 11111 111 2 1111 1 2 1 22 22 2 8888888
lowQualScore : 6 666 6 6 22222222222 5 2222 4 88888888 99 555555555555555 55 3 88888 555555 55 55 2 11 0 1 555555555555555555555 3 3 3 666 1111 55 55 44444444 55 8888 9999 3 3 55 3 3 3 0 7 1 0 3 3 22222 000 666 111111111 3 777 88 3 2 6666 77777777777 555 4 33333333333333333333333333333333333333333333 4 4 99 55 000000000000000 000000000 8 11 6666666 5 666 77777777777 77 5 77 77 5 6 6 99 6 11 7777777777777777 6 6 4444 6 77777 6 99 8 3 999 1 3 6 0000 1 1 5 1 6 0 5 6 11 77 0 5555555
lowQualScore : . ... . . ........... . .... . ........ .. ............... .. . ..... ...... .. .. . .. . . ..................... . . . ... .... .. .. ........ .. .... .... . . .. . . . . . . . . . ..... ... ... ......... . ... .. . . .... ........... ... . ............................................ . . .. .. ............... ......... . .. ....... . ... ........... .. . .. .. . . . .. . .. ................ . . .... . ..... . .. . . ... . . . .... . . . . . . . . .. .. . .......
lowQualScore : 7 555 7 5 11111111111 0 2222 0 33333333 55 888888888888888 00 6 33333 555555 00 00 5 00 7 4 333333333333333333333 6 6 6 444 4444 55 55 55555555 55 5555 7777 6 6 00 6 6 6 9 3 4 3 6 6 22222 000 444 555555555 3 666 66 6 8 5555 33333333333 222 3 00000000000000000000000000000000000000000000 4 0 55 55 888888888888888 777777777 8 99 7777777 7 777 99999999999 99 0 99 99 7 7 7 22 7 88 8888888888888888 7 7 2222 7 88888 7 22 0 2 000 0 3 7 3333 0 0 5 0 0 0 0 0 00 55 0 0000000
consensus : GGGAC-GTTTCGCTCCGA-A-AGACGGTT-T---------CGC-TC---AA-GAC-----GA-TTC--GC---T-C----GAAA-GACGTT--T-CGC----GCC-----GAAA--G--GCGGTT--AGCCCCAAAA-TGT-TTCGCT-AG--A----TGT-TT-G-TC---TG----ATAA--T--TATT--------T--GAT----AT--T-ATTTT-GTCTT-T--T-GA-TA-T-TCAT-ACCGATTT-T-AA---A-AGATTTTT---AAA---AC-TG-TT--TACGA-TGTAA--AAGTA-ATGAA---AGC-----------AC--GATAAACGGATT-----------C-A----A--A----------------CAACC-AAC-GG-T--GA--TT----GAA---AG-TTAAAA----C----TACC--CGCCAT----A--GT-AC-TCTT--A-CT-C---AA--ATCTG--A--TAA-TTACAT-CTGCT--GGGATT-ATTTT-CTTAA-------TT---T---GGAG-A-CAT----AATG-AGAACCT-CTTTAAT-TATGA--GA-TGCGAGG-CCGTTTATAATAT-TATTGGGGTATTGGAAAAATGCATGGGNTGTTAAATCACATTATAGGTGCGAACTCGTCTCGGGAGTGAATCCGTCTTTTCGGAGCGAACACGTNCCGTTGCCGTTACGTA
Reference ( family-1595 ) : GGGAC-GTTTCGCTCCGA-A-AGACGGTT-T---------CGC-TC---GA-GAC-----GA-TTC--GC---T-C----GAAA-GACGTT--T-CGC----GCC-----GAAA--G--GCGGTT--AGCCCCAAAA-TGTGTTCGCT-AG--A----TGT-TT-G-TC---TG----ATAA--T--TATT--------T--GAT----AT--T-ATTTT-GTCTT-T--T-GA-TA-T-TCAT-ACCGATTT-T-AA---A-AGATTTTT---AAA---AC-T--TT--TACGA-TGTAA--AAGTA-ATGAA---AGC-----------AC--GATAAACGGATT-----------C-A----A--A----------------CNACC-AAC-GG-T--GA--TT----GAA---AG-TTAAAA----C----TACC--CGCCAT----A--GT-AC-TCTT--A-CT-C---AA--ATCTG--A--TAA-TTACAT-CTGCT--GGGATT-ATTTT-CTTAA-------TT---T---GGAG-A-CAT----AATG-AGAACCT-CTTTAAT-TATGA--GA-TGCGAGG-CCGTTTATAANATGTATTGGGGNNNTGGAANAATGCATGGGNTGTTAAANCACATTATAGGCGCGAAC-CGTCTCGGGAGCGAA-NCGTCTTT--GGAGCGAA-ACGT-------CCGTTATGTA
gi|1 : GGGACCGTTTCGCTC-GACA-AGACGCTT-TATCCGCCTTCAC-CC---AA-GAC-----GAATTC--GCGTCT-CCCAAGAAG-AAC-TT--T-CA-----GCCTCACAGAAG--ACAGCGGTTTAAGCAC-AACA-TGTCTTCGCT-AG--AGCAATGT-TTTG-TCGTGTGTAGAGTAA--T--CACTCCAATCGCT--GGTTTAAATGGC-ATTTT-GTCTA-T-----A-TA-T-TCATTACCGATTT-TTAAC--A-AGATTTTT---AAACGGAT-T--CA--CACAA-C---A--AAG-A-ATCAA---TGC------------C--AACCAA-GGGTT-----------C-G----A--T----------------TGA---AGC-AG-T--AAACTTAAAGAAA---AG---AAAG----C----TACC--CGCCATTATGG--GT-ACTTCTT--ACCT-CAAAAA--ATCTG--A--TGA-TTA
gi|11 : acactgccaccgcatggtgctccattctcaactttttcactttgcttatttgtcccagaacagaattatgacaaacatcatgtccgatgtctgtttattaattttcttttcacccataatgttagatcattctgacggggattttctctaataatggactgctttcaatccctcctactttcagccatagcatacacctagtaaaaggacttttcctgctgactggccgaactttgctcgcaataatcaccaaacccactccaagcttcaatcgatgaagtgctcttcatggggccaaaagacatttacggttgcT--T-ATTTT-GTTTA-T--T-GA-TA-T-TC--------TTT-T-AA-----------TT---G-----------TT--CATGT-TATAA--AAGTA-AT-AA---AAC-----------AC--GAAACAGGGATT-----------C-A----C--A----------------CTTTC-AACAAA-T--TA--TT----GCC---AA-TTAAa
gi|12 : atgagtgcgggacttttcaccccaagacgattatctttcattatgcgattattgctcttt-T--GA--TT------A---AG-T-AAAA----C----TACCA-CGCCATT---A--GA-AT-T--T--A-CTTC---AA--A-CTG--A--TAA-TT-CAT-CTGCT--GGAATT-ATTTT---TAA-------TT---T---GGAG-A-CAT----AATG-AGAAC-T-CTTTAAT-TATAA--GA-TGCCAG--CCGTTTATAATAT--ATTGGGGTAT--GAAAAATGCATGGGATGTTAAATCACATTATAGGTGCGAAT-CGTCTC-GGAGTGAATCCGTCTTTTCGGAGCGAACACGTCCCGTTGCCGTTATGTAtcaaaagataagtgattcaaaggagatttaaaaaagaaaactactgcacctataatttatgtttgttgggattaattttg
gi|13 : GACG-TT-T---------CGC-TC---CA-GAC-----GA-T-C--GCAT-C-C----AAAA-GACGTT--TTCGC----GCC-----GAAA--G--GCG-TT--AGCCTCAAAAATGT-TTCGCT-AGCAA----TGTATT-G-TC---TG----ATAA--T--TATT--------T--GAT----AT--T-ATTTT-GTCTT-T--T-GA-TA-T-TCAT-A-CGAATT-T-AA---A-AGATTTTTTAAAGA---AC-TG-TT--TATGA-TGTAA--AAGTAGATCGA---AGC-----------AC--AATAAACGGATT-----------C-A----
gi|14 : cgg-GACGTT--T-CGC----TCC-----TA----G--ACGGTT--CGCGCCGAAA-------------G--A----CGG-TT--------------ATAA--T--TATT--------T--AAT----AA--A-ACTTT-GTCTT-T--T-GA-TA-T-TCAT-GCTGATTT-T-TG---A-AGATTTT----------AT-G--TT--TATGA-TGTAA--AAGTA-ATG-A---AGT-----------AG--GATAAAAGGATC-----------C-AACACA--A----------------TAACC-AA
gi|15 : CCCAAAA-TGT-TTAGCTCAGCAACT--TTT-TT-G-TC---TG----ATAA--TATTATC--------TTCAAT----AT--T-ATTTTCGTCTT-TGTT-GA-TA-TCTCAT-ACCCATTT-T-AAT--ACAGATTTTTT--AAA---AC-T---------GG--GTAA--AAGTA-AATAT---AGC-----------AC--AGTAAATGGATT-----------C-AC---A--AATCAAATTGAAGTTGCCAACC-AAC-GG-TAAGA--TT----AAA---AG---AAAA----C----TA-C--CGCCAaacacattaaatgcaaagatgcgcgaatccccaacggtgattgaagtt
gi|16 : -GAC-----GT-TTC--GC---T-C----CAAA-AACGTT--T-CGCCTTTGC------------G--ACTGTT--CACACCAAAA----------------A----TGT-TT-GTTC---TG----ATAACTT--TATT--------T--AAT----AG--CAATTTT-GTCTT-T--T-AA-TA-TATCAT-GACG-----T-GA---------TTAT---AAA---AC---------ATGA-TTT-------TA-ACGAA---TTC-----------AC--A--AAACAAA-T-----------C-A----ATGC----------------CAACC-AAC-GG-T--GA--TT----GAA---G---TAAGA----T----TA
gi|18 : gcgGGGAC-TTTTCGCTCCGA-A-AGAC-GTT-T---------CGCGCC---TA-GACCAAAAAA-TTC--GC---TCC----GAAA-GACATT--T-CGC----TCC-------AA--G--ACGGTTCGAGCC-----------TTCG-T-AG--A----CGT-TC-G--C---GG----ATAaagaa
gi|2 : gagtgcGGGAC-GTT-CGCTCCGA-A-AGACGGTT-T---------CGC-TC---AA-GAC-----GA-TTC--GC---T-C----AAAA-GACGTT--T-TGC----GCC-----AAAA--G--GCAGTT--ATCCCCAAAA-TATGTTCGCT-AGGCA----TAT-TT-G-TC---TG----ATAA--T--TATT--------T--GAT----AT--T-ATTTT-GTCTTGT--T-GACTA-T-TCATTACCGAATT-T-AA---A-AGATTTTT---AAA---ACTT--TT--TATGA-TGTAA--AAGTA-ATGAA---AGC-----------AC--AATAAACGGATT-------------A----A--A----------------CTATT-AAC-GG-T--GA--TT----GAA---AG-TTAAAG----C----TACC--CGCCAT----A--GT-AC-TTTT--A-CT-C---AA--ATCTG--A--TAA-TTACAT-CTGCT--GGGATT-ATTTT-TTTAA-------TT---T---GGAG-A-CAT----AATG-AGA---C-CTTTAAT-TATGA--GATTGCCAGG--CGTTTATGATAT-TATT-GGGTAATGAAAAATTGCATGGATTGTT-AATTACATTATAGGTGCGAACTCGTCTCGGGAGTGAA-CCGTTTTT--GGAGCGAA-ACGTG------CCGTTACGTAgaaatcgcgagtgacctatggagcggacagtgtgtggtctacgacacccaagata
gi|24 : GGGAC-GTTTCGCTCC---A-AGACGATT-----------CGC-TCCGAAA-GAT-----GT-TTC--GCC--T-C----GA---GACGGT--T-CGC----GCC-----AAAA--G--Gc
gi|4 : GGGAC-GTTTCGCTCC---A-AGACAAGT-T---------CGC-CT-------AC-----G----C--GC---A-C----G-------GTT--C-CG-----GTC-----GAAA--G--GCGGCT--AGCACCAAA----------------------TGT-TT-G-TC---TGG---ATAA--T--TATT--------T--AAT----AG--C-ATTCT-GTCTT-T--TAAA-TA-T-TCAT-AACGATTTAT-AAAT-A-GGATTGTT---TAA---AC-GGATT--CACAA----AAC-AAATC-ATGCA---ACC-----------AC--GGTGATTGGG---------------A----A--A----------------GTA---AA--------GA--TT-----AA---AG---AAAA----CAAAATA-C--CGCCAT----ATGGT-AC-TCTT--A-CT-T---AAACATCTGAAA--TAAGTTA-ATCCTGCT--GGGATTGA--TT-CTTAA-------TT---TTAAGAAC-A-CATAATAAATG-AGAACTT-CTTTAAT-TATGAAGAA-TGCAAGGCCCGTTTATAAAATGTATTGGGGTATTGGAATAATGCA
gi|5 : tgcC---GG-GAC-----GT-TTT--GCG--C-C----GA---GATGAT--T-CGC----ACC-----AAAA--G--ATGTTT--CATACCAAGA-TGT-TTTGCT-AGCAA----TAT-TT-G-TC---TG----ATAA--T--TATT--------T--AAT----AT--T-ATTTT-ATCCC-T--T-CA-TA-T-TCAA-ACCGATTT-T-AA---A-AGATTTTT---AAA---AC-TG-TT--TACGA-TGTAA--AAGTA-ATGAA----GC-----------AG--GATAAAGGGATTTACACATACAAC-A----A--ATAATTGC---------CAATC-AAC-GG-T--GA--TT----GAATTAAGATTAAAAAGAAC----TACCGCCACTAT----G--GT-AC-----------------A--ATCTG--A--TAA-TTACAT-CTGCC--AGGATT-ATAAT-CTTAAGGAGATGCTCCAC---GGAGAA-CAT----AATGAAGAGACT-CTTTAAT-TATGA--GA-TGCGAGG-TTGTTTA
gi|8 : gGTT-T---------CGC-TCC--AA-GAC-----GACTTCAGGC---T-C----GAAT-GACGCTGTT-CGC----GCC-----AAAATAG--GCGGTT--AGCCCCTAAA-TGT-------------------T-TG-G-TC---TA----ATAA--T--TATT--------T--GAT----AT--TCATTTT-GTCTT-T--T-GA-TAATATCAT-ACCGATTT-T-AA---A-AGATTTTA---AAA---AC-TG-TTTATATGATTGTAATTAAA-A-ACGAATCGAGC------------C--AATAAACGGATT-----------CTA----C--A----------------AAACT-AAC-GG-TG-GA--TT----G-----AG-T---AA----C----TA-C--CGCAAT----AG-GTAAC-TCTTAAA-TT-CA--AA--ATCTG--A---AA--TACAT-CTGCTCGGGGATT-ATTTTACTTAA-------TT---TC--GGAG-A-CAT----AATG-AAGA-CT-CTTTAAT-TATGA--GA-TGGGA
gi|9 : cGGTAT-GTTTCGCTCCCA-ATAGACGTTTCT---------CGC-TC---AAAGAC------A-TTCA-GC---T-CCG--GAAATGACGTT--C-CGC------C-----AATT--A--GCG-TT--A--CCCAAAA-TGT----------------------T-G-TC---TA----ATAA--A--TAGC--------T--GAT----AT--T-ATTTT-GTCTT-T--T-GA-TA-T-TCAT-ACCGAAT----AATTCA-AGAT-------AAA---AC-T-------------GTAA--TAGTA-ATAAA---AACGGTATATTAACACTAAATAAACAGATT-----------C-A----C--A----------------AAACCTAAC-GGAT--GA--TT----GAA---GG-T-AAAA----C----TACC--C---------A--GT-AC-TCTT--A-TT-C---AA--A-CTG--ACCTAA-TTA-AT-CTGCT--GTAATT-ATTT---TTAA-------TT--------GAG-ACCAT----AA-----AACATCCCTTAATCTATAA--
14 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|3 ): AACAAAAGCCTGAAGGCCACAAATGCGGTCCGTTGAGGGAGACTTCATGCGAAAGATACTAATTTAATATCAATAGACTAAAGAATGCAAACATTTTTTAACAAAAACACCATGCACGCAGTTGCTTCAAACAATATCAACATTCTCAACTTATTTCACTTGCTTATGTGTCAAATTATGACAAATGTTCATGTCTTTACTTCATTTTCTTTCACCACTGTAATGTATATTCATCGCGGAGTTTCTCTAATAAGAACTGGTCAACCATCCTCACTTTCAGACATAGCAATACATTGAAGGATTTTCTCTGCATGGTAATTGCTCATTAATCCATGTAATCACCAATCCATTCATCCTATTCATGGGGCCAAA
Unaligned ( gi|6 ): AATCAAAGGCCTGAAGGGCCACAATGGACGTCACTGCGCTGAGGGAAGACTTCAGTGGCGAAGAACTAAGTTAATATCAATGAGCCACAAAAGATGCAAGCATGTTTTCAGACAAAAACGACATTGTCAGGCATGTGCTCATTCTCAACTTTTGTCACATGTTGCTTGATTTGTCAAATTATGGAAAAGATGTCCATGCTCTTGTACTTTGTTTCAATTTTCTTTCACAATAATGTAGAAATTTCATCGGGGAGTTTCGTCTTATAGAGATGCTTCAACCTCCTCACTTTCACATAGCAATGGCTTAGTAAAGAGGTTTCTGCTGGTGGTGAATTGCTCATATCA
Unaligned ( gi|7 ): AAAGAACTAATTTAATATCAATAGCACTTAAGAATCAAGCATTTTTTTTTAACAAAAACACATGCACGCATTTGTGCTCCATTCTCAACTTATTTGTCAAATTATGACAAAATGTCCATGTCTGTTACTCTATTTTCTTTCACCATACAATGTTAAGATTTCATCGGGAGTTTCTCTAATCAACTGTATCTCTATTCAACTTCCTCACTTTCTAATCAACTATATTCAACTTCCTCACTTTCACATAGCCATGCATTAGTAAAAGGATTTTCCTGCTGATGGTTAATTGCTCATAATCACAAACCATCATCATCCGATGTCATGGGGGCAACG
Unaligned ( gi|10 ): AATCAAAGGCCTGAAGGGCCACAATGGCGCCGTGCGTTGAGGAAAACTTCATGCGAAAGAACTAATTTAATACCAATAGCACTAAAGAATGCAAGCATTTATAAACAAAAACACATGCACGCATGTGTGCTCCATTCTCAACTTTTTCACTTTGCTTATTTGTCAAATTATGACAAAATGTCCATGTCTGTTACTTCATTTTCTTTCACCATAATGTTAGATTTCATCGGGAGTTTCT
Unaligned ( gi|17 ): AAGGCCTGAAGGGCCACAATGGCGTCGTGCATTGAGGAAGACTTCATGGGAAAGATCTAATTTAATATCAATCATAAAAGAATGCAAGCATTTTTTTAACAAAAACACATGCACACATTTTTTAACAAAAACACATGCACGCATGTGTGCTCCAGACATATCAACATTTTC
Unaligned ( gi|19 ): TTCTCTAATAAGACTGCTTATAACTCCTCACTTTCACATAGCAAGTGCATTAGTAATTTAAGGATTTCCTGCTGATAGGTGAATTGCCTCATAAATCACAACATATCATCGATTGTCATGGGGCAAAGAATTGA
Unaligned ( gi|20 ): ATCTAATTTAATATCAATCATAAAAGAATGGAAGCATTTTTTAAACCAACACATGCACGCATTTTTTAACAAAAAAAACATGCCCGCATGTGTGCTCCAGACATATCAACATTTT
Unaligned ( gi|21 ): TCAAAGGCCTGAAGGGCCACAATGGCGCCGTGCGTTGAGGAAGACTTCATGCGCAAGAACTAATTTAATACCAATAGCACTAAGCCTAAAGAATGCAAGC
Unaligned ( gi|22 ): AAATCAAAGGCCTGAAGGGACACAATGGCGTCGTGTGTAGAGGAAGACTTCATGCGAATTTAATATCAATAGCGCTAAAGAATGCA
Unaligned ( gi|23 ): TTCTCTAATAAGACCGCTTCAACTCCTCACTTCCACATAGCAGTACATTAGTAAAAGGATTTTCCTGCTGATGGTGAATG
Unaligned ( gi|25 ): TCAAAGGCCTGAAGGGCCAAAATGGCGTCGTGCGTTGAGGGAGACTTCAT
Unaligned ( gi|26 ): GCCTGAAGGTCCACAATGGCGTCGTGCGTTGAGGAAGATTTCATGC
Unaligned ( gi|27 ): ATTTTTCTGCTGGTGGTGAATTGCTCATAATCACAACCATCATC
Unaligned ( gi|28 ): ACTGCCATGAATCACAACCCAATCATCCGATGCCATGGG
Alignments
lowQualScore : 111 22222222222 111 111111111 2222222222222222 11111111111 11 66666666666666666666666666 111111 11111111 1 111111 111111111 1111 66666666666666666666666666666666666666 222 111111111 11 2222222 11111111111 111 11 1111 22222222222222 111 11111111111111 111 22 1 1 1 1 11 1 333333
lowQualScore : 6 666 6 00000000000 5 5 333 4 888888888 99 5555555555555555 55 3 88888 99999999999 2 11 0 99999999999999999999999999 3 3 444444 55 55 44444444 55 8888 9999 3 88 7 3 0 3 3 1 66 3 999999 3 666 555555555 2 8888 88 666 7 3 1111 555 2 7777 33333333333333333333333333333333333333 4 5555 99 33 777 555 000000000 2 11 6666666 5 666 77777777777 222 55 5 6 6 99 6 8888 66666666666666 6 888 88888888888888 6 99 8 3 999 00 6 7 1 5 5 5 5 88 5 444444
lowQualScore : . ... . ........... . . ... . ......... .. ................ .. . ..... ........... . .. . .......................... . . ...... .. .. ........ .. .... .... . .. . . . . . . .. . ...... . ... ......... . .... .. ... . . .... ... . .... ...................................... . .... .. .. ... ... ......... . .. ....... . ... ........... ... .. . . . .. . .... .............. . ... .............. . .. . . ... .. . . . . . . . .. . ......
lowQualScore : 7 555 7 55555555555 0 0 888 0 333333333 55 8888888888888888 00 6 33333 99999999999 5 00 7 11111111111111111111111111 6 6 111111 55 55 55555555 55 5555 7777 6 66 3 6 9 6 6 4 11 6 999999 6 444 333333333 5 3333 66 444 3 6 0000 222 8 7777 33333333333333333333333333333333333333 0 9999 55 99 000 000 777777777 5 99 7777777 7 777 99999999999 999 77 7 7 7 22 7 5555 22222222222222 7 333 22222222222222 7 22 0 2 000 77 7 3 0 5 0 0 5 00 0 000000
consensus : GGGAC-GTTTCGCTCCGA-A-AGACGGT---------T-TCGC-TC---AA-GAC-----G-A-TTC--GC--T-C------GAAA-GACGTT--T-CGC----GCC-----GAAA--GGCGGTT--AGCCCCAAAA-TGT-TTCGCT-AG----A--TG-T-TTG-TC-TG------ATAA--T--TATT--------T--GAT----AT--T-ATTTT-GTCTT--TTGA-TA-T-TCA-T-ACCGA-TTT-TAA---A--AGA-TTTTT---AAAACTG-TT--T---ACGA-TG-TAA--AA---GTA-ATGAA---AGCAC--GATAAACG----GATT-----------C-A----A--A----------------CAACC-AAC-GG-T--GATTGAA---AG-TTAAAA----C----TACC--CGCCAT----A--GT-AC-TCTT--A-CT-C---AAA--TCTGA--TAA-TTACATC-TGCT--GGGATT-ATTTT-CTTAA-------TT---T-GGAG-A---CATAAT----G-AGAACCT-CTTTAAT-TATGA--GA-TGCGAGG-CCGTTTATAATAT-TATTGGGGTATTGGAAAAATGCATGGGNTGTTAAATCACATTATAGGTGCGAACTCGTCTCGGGAGTGAATCCGTCTTTTCGGAGCGAACACGTCCCGTTGCCGTTACGTA
Reference ( family-1595 ) : GGGAC-GTTTCGCTCCGA-A-AGACGGT---------T-TCGC-TC---AA-GAC-----G-A-TTC--GC--T-C------GAAA-GACGTT--T-CGC----GCC-----GAAA--GGCGGTT--AGCCCCAAAA-TGT-TTCGCT-AG----A--TG-T-TTG-TC-TG------ATAA--T--TATT--------T--GAT----AT--T-ATTTT-GTCTT--TTGA-TA-T-TCA-T-ACCGA-TTT-TAA---A--AGA-TTTTT---AAAACTG-TT--T---ACGA-TG-TAA--AA---GTA-ATGAA---AGCAC--GATAAACG----GATT-----------C-A----A--A----------------CAACC-AAC-GG-T--GATTGAA---AG-TTAAAA----C----TACC--CGCCAT----A--GT-AC-TCTT--A-CT-C---AAA--TCTGA--TAA-TTACATC-TGCT--GGGATT-ATTTT-CTTAA-------TT---T-GGAG-A---CATAAT----G-AGAACCT-CTTTAAT-TATGA--GA-TGCGAGG-CCGTTTATAATAT-TATTGGGGTATTGGAAAAATGCATGGGNTGTTAAATCACATTATAGGTGCGAACTCGTCTCGGGAGTGAATCCGTCTTTTCGGAGCGAACACGTNCCGTTGCCGTTACGTA
gi|1 : GGGACCGTTTCGCT-CGACA-AGACGCTTTATCCGCCT-TCAC-CC---AA-GAC-----GAA-TTC--GCG-T-CTCCCAAGAAG-AAC-TT--T-CA-----GCCTCACAGAAGACAGCGGTTTAAG-CACAACA-TGTCTTCGCT-AGAGCAA--TGTT-TTG-TCGTGTGTAGAGTAA--T--CACTCCAATCGCT--GGTTTAAATGGC-ATTTT-GTCTA--T--A-TA-T-TCATT-ACCGATTTT-TAAC--A--AGA-TTTTT----AAACGG-AT--TCACACAA-C----A--AA---G-A-ATCAA---TGC-C--AACCAAGGGTTCGATT-----------G-A----A--G----------------CAGTA-AAC--T-T--AAAGAAA---AG---AAAG----C----TACC--CGCCATTATGG--GT-ACTTCTT--ACCT-CAAAAAA--TCTGA--TGA-TTA
gi|11 : acactgccaccgcatggtgctccattctcaactttttcactttgcttatttgtcccagaacagaattatgacaaacatcatgtccgatgtctgtttattaattttcttttcacccataatgttagatcattctgacggggattttctctaataatggactgctttcaatccctcctactttcagccatagcatacacctagtaaaaggacttttcctgctgactggccgaactttgctcgcaataatcaccaaacccactccaagcttcaatcgatgaagtgctcttcatggggccaaaagacatttacggttgcT--T-ATTTT-GTTTA--TTGA-TA-T-TC----------------------------TTTT---AA--TTG-TT--C---ATGT-TA-TAA--AA---GTA-AT-AA---AACAC--GAAACAGG----GATT-----------C-A----C--A----------------CTTTC-AACAAA-T--TATTGCC---AA-TTAAa
gi|12 : atgagtgcgggacttttcaccccaagacgattatctttcattatgcgattattgctcttt-T--GATT--A---AG-T-AAAA----C----TACCA-CGCCATT---A--GA-AT-T--T--A-CTTC---AAA---CTGA--TAA-TT-CATC-TGCT--GGAATT-ATTTT---TAA-------TT---T-GGAG-A---CATAAT----G-AGAAC-T-CTTTAAT-TATAA--GA-TGCCAG--CCGTTTATAATAT--ATTGGGGTAT--GAAAAATGCATGGGATGTTAAATCACATTATAGGTGCGAA-TCGTCTCGG-AGTGAATCCGTCTTTTCGGAGCGAACACGTCCCGTTGCCGTTATGTAtcaaaagataagtgattcaaaggagatttaaaaaagaaaactactgcacctataatttatgtttgttgggattaattttg
gi|13 : GACG-T---------T-TCGC-TC---CA-GAC-----G-A-T-C--GCATC-C------AAAA-GACGTT--TTCGC----GCC-----GAAA--GGCG-TT--AGCCTCAAAAATGT-TTCGCT-AGCA--A--TG-TATTG-TC-TG------ATAA--T--TATT--------T--GAT----AT--T-ATTTT-GTCTT--TTGA-TA-T-TCA-T-A-CGA-ATT-TAA---A--AGA-TTTTTTAAAGAACTG-TT--T---ATGA-TG-TAA--AA---GTAGATCGA---AGCAC--AATAAACG----GATT-----------C-A----
gi|14 : cgg-GACGTT--T-CGC----TCC-----TA----GACGGTT--CGCGCCGAAA-------------G----A--CG-G-TT-------------ATAA--T--TATT--------T--AAT----AA--A-ACTTT-GTCTT--TTGA-TA-T-TCA-T-GCTGA-TTT-TTG---A--AGA--TTTT---A----TG-TT--T---ATGA-TG-TAA--AA---GTA-ATG-A---AGTAG--GATAAAAG----GATC-----------C-AACACA--A----------------TAACC-AA
gi|15 : CCCAAAA-TGT-TTAGCTCAGCA--ACTTT-T-TTG-TC-TG------ATAA--TATTATC--------TTCAAT----AT--T-ATTTTCGTCTTTGTTGA-TA-TCTCA-T-ACCCA-TTT-TAAT--AC-AGATTTTTT---AAAACTG-----------G---G-TAA--AA---GTA-AATAT---AGCAC--AGTAAATG----GATT-----------C-AC---A--AATCAAATTGAAGTTGCCAACC-AAC-GG-TAAGATTAAA---AG---AAAA----C----TA-C--CGCCAaacacattaaatgcaaagatgcgcgaatccccaacggtgattgaagtt
gi|16 : -GAC-----G-T-TTC--GC--T-C------CAAA-AACGTT--T-CGCCTTTGC------------GACTGTT--CACACCAAAA------------------A--TG-T-TTGTTC-TG------ATAACTT--TATT--------T--AAT----AG--CAATTTT-GTCTT--TTAA-TA-TATCA-T-GACG------TGA-----------TTAT---AAAAC-----------ATGA-TT-T----------TA-ACGAA---TTCAC--A--AAACA----AA-T-----------C-A----ATGC----------------CAACC-AAC-GG-T--GATTGAA---G---TAAGA----T----TA
gi|18 : gcgGGGAC-TTTTCGCTCCGA-A-AGAC-GT---------T-TCGCGCC---TA-GACCAAAAA-A-TTC--GC--TCC------GAAA-GACATT--T-CGC----TCC-------AA--GACGGTTCGAGCC-----------TTCG-T-AG----A--CG-T-TCG--C-GG------ATAaagaa
gi|2 : gagtgcGGGAC-GTT-CGCTCCGA-A-AGACGGT---------T-TCGC-TC---AA-GAC-----G-A-TTC--GC--T-C------AAAA-GACGTT--T-TGC----GCC-----AAAA--GGCAGTT--ATCCCCAAAA-TATGTTCGCT-AGGC--A--TA-T-TTG-TC-TG------ATAA--T--TATT--------T--GAT----AT--T-ATTTT-GTCTTG-TTGACTA-T-TCA-TTACCGA-ATT-TAA---A--AGA-TTTTT---AAAACTT-TT--T---ATGA-TG-TAA--AA---GTA-ATGAA---AGCAC--AATAAACG----GATT-------------A----A--A----------------CTATT-AAC-GG-T--GATTGAA---AG-TTAAAG----C----TACC--CGCCAT----A--GT-AC-TTTT--A-CT-C---AAA--TCTGA--TAA-TTACATC-TGCT--GGGATT-ATTTT-TTTAA-------TT---T-GGAG-A---CATAAT----G-AGA---C-CTTTAAT-TATGA--GATTGCCAGG--CGTTTATGATAT-TATT-GGGTAATGAAAAATTGCATGGATTGTT-AATTACATTATAGGTGCGAACTCGTCTCGGGAGTGAA-CCG--TTTTTGGAGCGAA-ACG------TGCCGTTACGTAgaaatcgcgagtgacctatggagcggacagtgtgtggtctacgacacccaagata
gi|24 : GGGAC-GTTTCGCTCC---A-AGACGAT---------T--CGC-TCCGAAA-GAT-----G-T-TTC--GCC-T-C------GA---GACGGT--T-CGC----GCC-----AAAA--GGc
gi|4 : GGGAC-GTTTCGCTCC---A-AGACAAG---------T-TCGC-CT---A----C-----G-----C--GC--A-C------G-------GTT--C-CG-----GTC-----GAAA--GGCGGCT--AGCACCAAA----------------------TG-T-TTG-TC-TGG-----ATAA--T--TATT--------T--AAT----AG--C-ATTCT-GTCTT--TTAAATA-T-TCA-T-AACGA-TTTATAA---ATAGGA-TTGTT---TAAACGGATT--C---ACAA-----AAC-AA---ATC-ATGCA---ACCAC--GGT---------GATT-----------G-G----G--A----------------AAGTA-AA--------GATT-AA---AG---AAAA----CAAAATACC---GCCAT----ATGGT-AC-TCTT--A-CT-T---AAACATCTGAAATAAGTTA-ATCCTGCT--GGGATTGATT---CTTAA-------TT---T-TAAG-AACACATAATAAATG-AGAACTT-CTTTAAT-TATGAAGAA-TGCAAGGCCCGTTTATAAAATGTATTGGGGTATTGGAATAATGCA
gi|5 : tgc-GAC-----G-T-TTT--GCG-C-C------GA---GATGAT--T-CGC----ACC-----AAAA--GATGTTT--CATACCAAGA-TGT-TTTGCT-AGCA--A--TA-T-TTG-TC-TG------ATAA--T--TATT--------T--AAT----AT--T-ATTTT-ATCCC--TTCA-TA-T-TCA-A-ACCGA-TTT-TAA---A--AGA-TTTTT---AAAACTG-TT--T---ACGA-TG-TAA--AA---GTA-ATGAA----GCAG--GATAAAGG----GATTTACACATACAAC-A----A--ATAATTGC---------CAATC-AAC-GG-T--GATTGAATTAAGATTAAAAAGAAC----TACCGCCACTAT----G--GT-AC-----------------AA--TCTGA--TAA-TTACATC-TGCC--AGGATT-ATAAT-CTTAAGGAGATGCTCCAC-GGAGAA---CATAAT----GAAGAGACT-CTTTAAT-TATGA--GA-TGCGAGG-TTGTTTA
gi|8 : gcggGT---------T-TCGC-TCC--AA-GAC-----G-ACTTCAGGC--T-C------GAAT-GACGCTGTT-CGC----GCC-----AAAATAGGCGGTT--AGCCCCTAAA-TGT-TT---------------G-----G-TC-TA------ATAA--T--TATT--------T--GAT----AT--TCATTTT-GTCTT--TTGA-TAATATCA-T-ACCGA-TTT-TAA---A--AGA-TTTTA---AAAACTG-TTTAT---ATGATTG-TAATTAA---A-A-ACGAATCGAGC-C--AATAAACG----GATT-----------CTA----C--A----------------AAACT-AAC-GG-TG-GATTG-----AG-T---AA----C----TA-C--CGCAAT----AG-GTAAC-TCTTAAA-TT-CA--AAA--TCTGA---AA--TACATC-TGCTCGGGGATT-ATTTTACTTAA-------TT---TCGGAG-A---CATAAT----G-AAGA-CT-CTTTAAT-TATGA--GA-TGGGA
gi|9 : cGGTAT-GTTTCGCTCCCA-ATAGACGTT---------TCTCGC-TC---AAAGAC-------A-TTCA-GC--T-CCG----GAAATGACGTT--C-CGC------C-----AATT--AGCG-TT--A--CCCAAAA-TGT-T----------------------G-TC-TA------ATAA--A--TAGC--------T--GAT----AT--T-ATTTT-GTCTT--TTGA-TA-T-TCA-T-ACCGA-AT---AATTCA--AGA-T-------AAAACTG-TA------ATAG-TAATAA--AAACGGTATATTAA-----CACTAAATAAACA----GATT-----------C-A----C--A----------------AAACCTAAC-GGAT--GATTGAA---GG-T-AAAA----C----TACC--C---------A--GT-AC-TCTT--A-TT-C---AAA---CTGACCTAA-TTA-ATC-TGCT--GTAATT-ATTT---TTAA-------TT------GAG-AC--CATAA---------AACATCCCTTAATCTATAA--
14 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|3 ): AACAAAAGCCTGAAGGCCACAAATGCGGTCCGTTGAGGGAGACTTCATGCGAAAGATACTAATTTAATATCAATAGACTAAAGAATGCAAACATTTTTTAACAAAAACACCATGCACGCAGTTGCTTCAAACAATATCAACATTCTCAACTTATTTCACTTGCTTATGTGTCAAATTATGACAAATGTTCATGTCTTTACTTCATTTTCTTTCACCACTGTAATGTATATTCATCGCGGAGTTTCTCTAATAAGAACTGGTCAACCATCCTCACTTTCAGACATAGCAATACATTGAAGGATTTTCTCTGCATGGTAATTGCTCATTAATCCATGTAATCACCAATCCATTCATCCTATTCATGGGGCCAAA
Unaligned ( gi|6 ): AATCAAAGGCCTGAAGGGCCACAATGGACGTCACTGCGCTGAGGGAAGACTTCAGTGGCGAAGAACTAAGTTAATATCAATGAGCCACAAAAGATGCAAGCATGTTTTCAGACAAAAACGACATTGTCAGGCATGTGCTCATTCTCAACTTTTGTCACATGTTGCTTGATTTGTCAAATTATGGAAAAGATGTCCATGCTCTTGTACTTTGTTTCAATTTTCTTTCACAATAATGTAGAAATTTCATCGGGGAGTTTCGTCTTATAGAGATGCTTCAACCTCCTCACTTTCACATAGCAATGGCTTAGTAAAGAGGTTTCTGCTGGTGGTGAATTGCTCATATCA
Unaligned ( gi|7 ): AAAGAACTAATTTAATATCAATAGCACTTAAGAATCAAGCATTTTTTTTTAACAAAAACACATGCACGCATTTGTGCTCCATTCTCAACTTATTTGTCAAATTATGACAAAATGTCCATGTCTGTTACTCTATTTTCTTTCACCATACAATGTTAAGATTTCATCGGGAGTTTCTCTAATCAACTGTATCTCTATTCAACTTCCTCACTTTCTAATCAACTATATTCAACTTCCTCACTTTCACATAGCCATGCATTAGTAAAAGGATTTTCCTGCTGATGGTTAATTGCTCATAATCACAAACCATCATCATCCGATGTCATGGGGGCAACG
Unaligned ( gi|10 ): AATCAAAGGCCTGAAGGGCCACAATGGCGCCGTGCGTTGAGGAAAACTTCATGCGAAAGAACTAATTTAATACCAATAGCACTAAAGAATGCAAGCATTTATAAACAAAAACACATGCACGCATGTGTGCTCCATTCTCAACTTTTTCACTTTGCTTATTTGTCAAATTATGACAAAATGTCCATGTCTGTTACTTCATTTTCTTTCACCATAATGTTAGATTTCATCGGGAGTTTCT
Unaligned ( gi|17 ): AAGGCCTGAAGGGCCACAATGGCGTCGTGCATTGAGGAAGACTTCATGGGAAAGATCTAATTTAATATCAATCATAAAAGAATGCAAGCATTTTTTTAACAAAAACACATGCACACATTTTTTAACAAAAACACATGCACGCATGTGTGCTCCAGACATATCAACATTTTC
Unaligned ( gi|19 ): TTCTCTAATAAGACTGCTTATAACTCCTCACTTTCACATAGCAAGTGCATTAGTAATTTAAGGATTTCCTGCTGATAGGTGAATTGCCTCATAAATCACAACATATCATCGATTGTCATGGGGCAAAGAATTGA
Unaligned ( gi|20 ): ATCTAATTTAATATCAATCATAAAAGAATGGAAGCATTTTTTAAACCAACACATGCACGCATTTTTTAACAAAAAAAACATGCCCGCATGTGTGCTCCAGACATATCAACATTTT
Unaligned ( gi|21 ): TCAAAGGCCTGAAGGGCCACAATGGCGCCGTGCGTTGAGGAAGACTTCATGCGCAAGAACTAATTTAATACCAATAGCACTAAGCCTAAAGAATGCAAGC
Unaligned ( gi|22 ): AAATCAAAGGCCTGAAGGGACACAATGGCGTCGTGTGTAGAGGAAGACTTCATGCGAATTTAATATCAATAGCGCTAAAGAATGCA
Unaligned ( gi|23 ): TTCTCTAATAAGACCGCTTCAACTCCTCACTTCCACATAGCAGTACATTAGTAAAAGGATTTTCCTGCTGATGGTGAATG
Unaligned ( gi|25 ): TCAAAGGCCTGAAGGGCCAAAATGGCGTCGTGCGTTGAGGGAGACTTCAT
Unaligned ( gi|26 ): GCCTGAAGGTCCACAATGGCGTCGTGCGTTGAGGAAGATTTCATGC
Unaligned ( gi|27 ): ATTTTTCTGCTGGTGGTGAATTGCTCATAATCACAACCATCATC
Unaligned ( gi|28 ): ACTGCCATGAATCACAACCCAATCATCCGATGCCATGGG
Alignments
lowQualScore : 111 22222222222 111 111111111 2222222222222222 11111111111 11 66666666666666666666666666 111111 11111111 1 111111 111111111 1111 66666666666666666666666666666666666666 222 111111111 11 2222222 11111111111 111 11 1111 22222222222222 111 11111111111111 111 22 1 1 1 1 11 1 222222
lowQualScore : 6 666 6 00000000000 5 5 333 4 888888888 99 5555555555555555 55 3 88888 99999999999 2 11 0 99999999999999999999999999 3 3 444444 55 55 44444444 55 8888 9999 3 88 7 3 0 3 3 1 66 3 999999 3 666 555555555 2 8888 88 666 7 3 1111 555 2 7777 33333333333333333333333333333333333333 4 5555 99 33 777 555 000000000 2 11 6666666 5 666 77777777777 222 55 5 6 6 99 6 8888 66666666666666 6 888 88888888888888 6 99 8 3 999 00 6 7 1 5 5 5 5 88 5 888888
lowQualScore : . ... . ........... . . ... . ......... .. ................ .. . ..... ........... . .. . .......................... . . ...... .. .. ........ .. .... .... . .. . . . . . . .. . ...... . ... ......... . .... .. ... . . .... ... . .... ...................................... . .... .. .. ... ... ......... . .. ....... . ... ........... ... .. . . . .. . .... .............. . ... .............. . .. . . ... .. . . . . . . . .. . ......
lowQualScore : 7 555 7 55555555555 0 0 888 0 333333333 55 8888888888888888 00 6 33333 99999999999 5 00 7 11111111111111111111111111 6 6 111111 55 55 55555555 55 5555 7777 6 66 3 6 9 6 6 4 11 6 999999 6 444 333333333 5 3333 66 444 3 6 0000 222 8 7777 33333333333333333333333333333333333333 0 9999 55 99 000 000 777777777 5 99 7777777 7 777 99999999999 999 77 7 7 7 22 7 5555 22222222222222 7 333 22222222222222 7 22 0 2 000 77 7 3 0 5 0 0 5 00 0 555555
consensus : GGGAC-GTTTCGCTCCGA-A-AGACGGT---------T-TCGC-TC---AA-GAC-----G-A-TTC--GC--T-C------GAAA-GACGTT--T-CGC----GCC-----GAAA--GGCGGTT--AGCCCCAAAA-TGT-TTCGCT-AG----A--TG-T-TTG-TC-TG------ATAA--T--TATT--------T--GAT----AT--T-ATTTT-GTCTT--TTGA-TA-T-TCA-T-ACCGA-TTT-TAA---A--AGA-TTTTT---AAAACTG-TT--T---ACGA-TG-TAA--AA---GTA-ATGAA---AGCAC--GATAAACG----GATT-----------C-A----A--A----------------CAACC-AAC-GG-T--GATTGAA---AG-TTAAAA----C----TACC--CGCCAT----A--GT-AC-TCTT--A-CT-C---AAA--TCTGA--TAA-TTACATC-TGCT--GGGATT-ATTTT-CTTAA-------TT---T-GGAG-A---CATAAT----G-AGAACCT-CTTTAAT-TATGA--GA-TGCGAGG-CCGTTTATAATAT-TATTGGGGTATTGGAAAAATGCATGGGNTGTTAAATCACATTATAGGTGCGAACTCGTCTCGGGAGTGAATCCGTCTTTTCGGAGCGAACACGTCCCGTTGCCGTTACGTA
Reference ( family-1595 ) : GGGAC-GTTTCGCTCCGA-A-AGACGGT---------T-TCGC-TC---AA-GAC-----G-A-TTC--GC--T-C------GAAA-GACGTT--T-CGC----GCC-----GAAA--GGCGGTT--AGCCCCAAAA-TGT-TTCGCT-AG----A--TG-T-TTG-TC-TG------ATAA--T--TATT--------T--GAT----AT--T-ATTTT-GTCTT--TTGA-TA-T-TCA-T-ACCGA-TTT-TAA---A--AGA-TTTTT---AAAACTG-TT--T---ACGA-TG-TAA--AA---GTA-ATGAA---AGCAC--GATAAACG----GATT-----------C-A----A--A----------------CAACC-AAC-GG-T--GATTGAA---AG-TTAAAA----C----TACC--CGCCAT----A--GT-AC-TCTT--A-CT-C---AAA--TCTGA--TAA-TTACATC-TGCT--GGGATT-ATTTT-CTTAA-------TT---T-GGAG-A---CATAAT----G-AGAACCT-CTTTAAT-TATGA--GA-TGCGAGG-CCGTTTATAATAT-TATTGGGGTATTGGAAAAATGCATGGGNTGTTAAATCACATTATAGGTGCGAACTCGTCTCGGGAGTGAATCCGTCTTTTCGGAGCGAACACGTCCCGTTGCCGTTACGTA
gi|1 : GGGACCGTTTCGCT-CGACA-AGACGCTTTATCCGCCT-TCAC-CC---AA-GAC-----GAA-TTC--GCG-T-CTCCCAAGAAG-AAC-TT--T-CA-----GCCTCACAGAAGACAGCGGTTTAAG-CACAACA-TGTCTTCGCT-AGAGCAA--TGTT-TTG-TCGTGTGTAGAGTAA--T--CACTCCAATCGCT--GGTTTAAATGGC-ATTTT-GTCTA--T--A-TA-T-TCATT-ACCGATTTT-TAAC--A--AGA-TTTTT----AAACGG-AT--TCACACAA-C----A--AA---G-A-ATCAA---TGC-C--AACCAAGGGTTCGATT-----------G-A----A--G----------------CAGTA-AAC--T-T--AAAGAAA---AG---AAAG----C----TACC--CGCCATTATGG--GT-ACTTCTT--ACCT-CAAAAAA--TCTGA--TGA-TTA
gi|11 : acactgccaccgcatggtgctccattctcaactttttcactttgcttatttgtcccagaacagaattatgacaaacatcatgtccgatgtctgtttattaattttcttttcacccataatgttagatcattctgacggggattttctctaataatggactgctttcaatccctcctactttcagccatagcatacacctagtaaaaggacttttcctgctgactggccgaactttgctcgcaataatcaccaaacccactccaagcttcaatcgatgaagtgctcttcatggggccaaaagacatttacggttgcT--T-ATTTT-GTTTA--TTGA-TA-T-TC----------------------------TTTT---AA--TTG-TT--C---ATGT-TA-TAA--AA---GTA-AT-AA---AACAC--GAAACAGG----GATT-----------C-A----C--A----------------CTTTC-AACAAA-T--TATTGCC---AA-TTAAa
gi|12 : atgagtgcgggacttttcaccccaagacgattatctttcattatgcgattattgctcttt-T--GATT--A---AG-T-AAAA----C----TACCA-CGCCATT---A--GA-AT-T--T--A-CTTC---AAA---CTGA--TAA-TT-CATC-TGCT--GGAATT-ATTTT---TAA-------TT---T-GGAG-A---CATAAT----G-AGAAC-T-CTTTAAT-TATAA--GA-TGCCAG--CCGTTTATAATAT--ATTGGGGTAT--GAAAAATGCATGGGATGTTAAATCACATTATAGGTGCGAA-TCGTCTCGG-AGTGAATCCGTCTTTTCGGAGCGAACACGTCCCGTTGCCGTTATGTAtcaaaagataagtgattcaaaggagatttaaaaaagaaaactactgcacctataatttatgtttgttgggattaattttg
gi|13 : GACG-T---------T-TCGC-TC---CA-GAC-----G-A-T-C--GCATC-C------AAAA-GACGTT--TTCGC----GCC-----GAAA--GGCG-TT--AGCCTCAAAAATGT-TTCGCT-AGCA--A--TG-TATTG-TC-TG------ATAA--T--TATT--------T--GAT----AT--T-ATTTT-GTCTT--TTGA-TA-T-TCA-T-A-CGA-ATT-TAA---A--AGA-TTTTTTAAAGAACTG-TT--T---ATGA-TG-TAA--AA---GTAGATCGA---AGCAC--AATAAACG----GATT-----------C-A----
gi|14 : cgg-GACGTT--T-CGC----TCC-----TA----GACGGTT--CGCGCCGAAA-------------G----A--CG-G-TT-------------ATAA--T--TATT--------T--AAT----AA--A-ACTTT-GTCTT--TTGA-TA-T-TCA-T-GCTGA-TTT-TTG---A--AGA--TTTT---A----TG-TT--T---ATGA-TG-TAA--AA---GTA-ATG-A---AGTAG--GATAAAAG----GATC-----------C-AACACA--A----------------TAACC-AA
gi|15 : CCCAAAA-TGT-TTAGCTCAGCA--ACTTT-T-TTG-TC-TG------ATAA--TATTATC--------TTCAAT----AT--T-ATTTTCGTCTTTGTTGA-TA-TCTCA-T-ACCCA-TTT-TAAT--AC-AGATTTTTT---AAAACTG-----------G---G-TAA--AA---GTA-AATAT---AGCAC--AGTAAATG----GATT-----------C-AC---A--AATCAAATTGAAGTTGCCAACC-AAC-GG-TAAGATTAAA---AG---AAAA----C----TA-C--CGCCAaacacattaaatgcaaagatgcgcgaatccccaacggtgattgaagtt
gi|16 : -GAC-----G-T-TTC--GC--T-C------CAAA-AACGTT--T-CGCCTTTGC------------GACTGTT--CACACCAAAA------------------A--TG-T-TTGTTC-TG------ATAACTT--TATT--------T--AAT----AG--CAATTTT-GTCTT--TTAA-TA-TATCA-T-GACG------TGA-----------TTAT---AAAAC-----------ATGA-TT-T----------TA-ACGAA---TTCAC--A--AAACA----AA-T-----------C-A----ATGC----------------CAACC-AAC-GG-T--GATTGAA---G---TAAGA----T----TA
gi|18 : gcgGGGAC-TTTTCGCTCCGA-A-AGAC-GT---------T-TCGCGCC---TA-GACCAAAAA-A-TTC--GC--TCC------GAAA-GACATT--T-CGC----TCC-------AA--GACGGTTCGAGCC-----------TTCG-T-AG----A--CG-T-TCG--C-GG------ATAaagaa
gi|2 : gagtgcGGGAC-GTT-CGCTCCGA-A-AGACGGT---------T-TCGC-TC---AA-GAC-----G-A-TTC--GC--T-C------AAAA-GACGTT--T-TGC----GCC-----AAAA--GGCAGTT--ATCCCCAAAA-TATGTTCGCT-AGGC--A--TA-T-TTG-TC-TG------ATAA--T--TATT--------T--GAT----AT--T-ATTTT-GTCTTG-TTGACTA-T-TCA-TTACCGA-ATT-TAA---A--AGA-TTTTT---AAAACTT-TT--T---ATGA-TG-TAA--AA---GTA-ATGAA---AGCAC--AATAAACG----GATT-------------A----A--A----------------CTATT-AAC-GG-T--GATTGAA---AG-TTAAAG----C----TACC--CGCCAT----A--GT-AC-TTTT--A-CT-C---AAA--TCTGA--TAA-TTACATC-TGCT--GGGATT-ATTTT-TTTAA-------TT---T-GGAG-A---CATAAT----G-AGA---C-CTTTAAT-TATGA--GATTGCCAGG--CGTTTATGATAT-TATT-GGGTAATGAAAAATTGCATGGATTGTT-AATTACATTATAGGTGCGAACTCGTCTCGGGAGTGAA-CCG--TTTTTGGAGCGAA-ACG------TGCCGTTACGTAgaaatcgcgagtgacctatggagcggacagtgtgtggtctacgacacccaagata
gi|24 : GGGAC-GTTTCGCTCC---A-AGACGAT---------T--CGC-TCCGAAA-GAT-----G-T-TTC--GCC-T-C------GA---GACGGT--T-CGC----GCC-----AAAA--GGc
gi|4 : GGGAC-GTTTCGCTCC---A-AGACAAG---------T-TCGC-CT---A----C-----G-----C--GC--A-C------G-------GTT--C-CG-----GTC-----GAAA--GGCGGCT--AGCACCAAA----------------------TG-T-TTG-TC-TGG-----ATAA--T--TATT--------T--AAT----AG--C-ATTCT-GTCTT--TTAAATA-T-TCA-T-AACGA-TTTATAA---ATAGGA-TTGTT---TAAACGGATT--C---ACAA-----AAC-AA---ATC-ATGCA---ACCAC--GGT---------GATT-----------G-G----G--A----------------AAGTA-AA--------GATT-AA---AG---AAAA----CAAAATACC---GCCAT----ATGGT-AC-TCTT--A-CT-T---AAACATCTGAAATAAGTTA-ATCCTGCT--GGGATTGATT---CTTAA-------TT---T-TAAG-AACACATAATAAATG-AGAACTT-CTTTAAT-TATGAAGAA-TGCAAGGCCCGTTTATAAAATGTATTGGGGTATTGGAATAATGCA
gi|5 : tgc-GAC-----G-T-TTT--GCG-C-C------GA---GATGAT--T-CGC----ACC-----AAAA--GATGTTT--CATACCAAGA-TGT-TTTGCT-AGCA--A--TA-T-TTG-TC-TG------ATAA--T--TATT--------T--AAT----AT--T-ATTTT-ATCCC--TTCA-TA-T-TCA-A-ACCGA-TTT-TAA---A--AGA-TTTTT---AAAACTG-TT--T---ACGA-TG-TAA--AA---GTA-ATGAA----GCAG--GATAAAGG----GATTTACACATACAAC-A----A--ATAATTGC---------CAATC-AAC-GG-T--GATTGAATTAAGATTAAAAAGAAC----TACCGCCACTAT----G--GT-AC-----------------AA--TCTGA--TAA-TTACATC-TGCC--AGGATT-ATAAT-CTTAAGGAGATGCTCCAC-GGAGAA---CATAAT----GAAGAGACT-CTTTAAT-TATGA--GA-TGCGAGG-TTGTTTA
gi|8 : gcggGT---------T-TCGC-TCC--AA-GAC-----G-ACTTCAGGC--T-C------GAAT-GACGCTGTT-CGC----GCC-----AAAATAGGCGGTT--AGCCCCTAAA-TGT-TT---------------G-----G-TC-TA------ATAA--T--TATT--------T--GAT----AT--TCATTTT-GTCTT--TTGA-TAATATCA-T-ACCGA-TTT-TAA---A--AGA-TTTTA---AAAACTG-TTTAT---ATGATTG-TAATTAA---A-A-ACGAATCGAGC-C--AATAAACG----GATT-----------CTA----C--A----------------AAACT-AAC-GG-TG-GATTG-----AG-T---AA----C----TA-C--CGCAAT----AG-GTAAC-TCTTAAA-TT-CA--AAA--TCTGA---AA--TACATC-TGCTCGGGGATT-ATTTTACTTAA-------TT---TCGGAG-A---CATAAT----G-AAGA-CT-CTTTAAT-TATGA--GA-TGGGA
gi|9 : cGGTAT-GTTTCGCTCCCA-ATAGACGTT---------TCTCGC-TC---AAAGAC-------A-TTCA-GC--T-CCG----GAAATGACGTT--C-CGC------C-----AATT--AGCG-TT--A--CCCAAAA-TGT-T----------------------G-TC-TA------ATAA--A--TAGC--------T--GAT----AT--T-ATTTT-GTCTT--TTGA-TA-T-TCA-T-ACCGA-AT---AATTCA--AGA-T-------AAAACTG-TA------ATAG-TAATAA--AAACGGTATATTAA-----CACTAAATAAACA----GATT-----------C-A----C--A----------------AAACCTAAC-GGAT--GATTGAA---GG-T-AAAA----C----TACC--C---------A--GT-AC-TCTT--A-TT-C---AAA---CTGACCTAA-TTA-ATC-TGCT--GTAATT-ATTT---TTAA-------TT------GAG-AC--CATAA---------AACATCCCTTAATCTATAA--
blockSeqs : . GA T GT C G CGA A CAAAAAA AG TCCGGAAAT GT T CTTTG AAAATA G CG TGTTTAGCTCAGCAACTTTT T . G CT AT . TC . CA C TG C A C . T C A A TTCA T TAA TTTAT T TTG TT ACG G C TCGA TAA G . TACACATACAACAAATAATTGC T AAA AA GC TTA ATT CAAAA C GC ATG A TT AAATTCA CAT AA G C C CG G TTAC GGAGATGCTCCAC A ACA AAATGAGAACTT C AG T C GCC GT G T T . C G . . . .
blockSeqs : . GA . GT . . C . GAC A ATCCAAAA . . G GAAA G . ATGTTTCGCTAGCAATGTA . . . . . . . . TC . G A . A . . C T . TAC . . ATTC T TAA C . T G A G C . CACAAATCAAATTGAAGTTGC . GGA G AA . TT AGAAC C A TA . TC ACTTC T CC . C . . . TTT TTTC . C GAAGAGACT . . . A GT T . T
blockSeqs : . CA . AT . . . . GA . TCCGAAA . . T AAAA G . TATGTTCGCTAGGCATAT . . . . . . . . T . . . . A . . A T . ATA . . TTC T TA . . . T A A A . CAACACAA . GG . GA . TT C C . AG . TC ACTC T . . C . . . ATC TTT . . GAAGACT . . . G G
blockSeqs : . . . AG . . . . GT . TCCAAA . . T AAAA G . TGTTTTGCTAGCAATAT . . . . . . . . T . . . . . . . C A . A . . TTT T TG . . . G A G T . CAATGC . GG . GA . T C C . A . TC ACTT T . . . . . . C TTT . . AACATC . . . G
blockSeqs : . . . GT . . . . GA . TCAAAA . . G GAAA G . TTCGTAGACGT . . . . . . . . A . . . . . . . A T . A . . TTT T TG . . . G A A C . CTACA . GG . GA . T T C . G . T ATTC . . . . . . . T TT . . GAGAC . .
blockSeqs : TT . . . . GT . TCGAAT . . G AAAA T . TGTTTG . . . . . . . . T . . . . . . . C T . A . . TTT C TT . . . G T A C . CACA . GG . GA . T C . . A . . . . . .
blockSeqs : T . . . . GT . CTCGA . . G AATT G . GACGG . . . . . . . . T . . . . . . . C T . A . . TTT C TG . . . G A A G . GGGA . GG . A . T C . .
blockSeqs : . G . GCCGA . . A TA . . ATGT . . . . . . . . C . . . . . . . C A . A . . TA T TG . . . G A G C . CACA . . . G . . C
blockSeqs : . A . ACG . . G AA . . TGTT . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . T G . . . T . G C . AAA . . . . .
blockSeqs : . . . . TGT . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . .
blockSeqCons : GA* GT********* GT******* TCCGAAA********* AAAA******* ** TGTTTGTAGACGT************* ****** ******** **** T*** T* A***** TTT****** TG** **** GG** T** A****** TC* ACTC******* TC** GAAGACT*******
originalCons : GGGAC-GTTTCGCTCCGA-A-AGACGGT---------T-TCGC-TC---AA-GAC-----G-A-TTC--GC--T-C------GAAA-GACGTT--T-CGC----GCC-----GAAA--GGCGGTT--AGCCCCAAAA-TGT-TTCGCT-AG----A--TG-T-TTG-TC-TG------ATAA--T--TATT--------T--GAT----AT--T-ATTTT-GTCTT--TTGA-TA-T-TCA-T-ACCGA-TTT-TAA---A--AGA-TTTTT---AAAACTG-TT--T---ACGA-TG-TAA--AA---GTA-ATGAA---AGCAC--GATAAACG----GATT-----------C-A----A--A----------------CAACC-AAC-GG-T--GATTGAA---AG-TTAAAA----C----TACC--CGCCAT----A--GT-AC-TCTT--A-CT-C---AAA--TCTGA--TAA-TTACATC-TGCT--GGGATT-ATTTT-CTTAA-------TT---T-GGAG-A---CATAAT----G-AGAACCT-CTTTAAT-TATGA--GA-TGCGAGG-CCGTTTATAATAT-TATTGGGGTATTGGAAAAATGCATGGGNTGTTAAATCACATTATAGGTGCGAACTCGTCTCGGGAGTGAATCCGTCTTTTCGGAGCGAACACGTCCCGTTGCCGTTACGTA
finalCons : GGGAC-GTTTCGCTCCGA-A-AGACGGT---------T-TCGC-TC---AA-GACGT-------TTC--GCTCCGAAA---------GACGTT--T-CGC----GCCAAAA-------GGCGGTT--AGCCCCAAAATGTTTGTAGACGT-------------TTG-TC-TG------ATAA--T--TATT--------T--GAT----ATT---ATTTT-GTCTT--TTGA-TA-T-TCA-T-ACCGAT-TT-TAAA-----AGA-TTTTT---AAAACTGTTT------ACGATG--TAA--AA---GTA-ATGAA---AGCAC--GATAAACG----GATT-----------C-A----A--A----------------CAACC-AACGG--T--GATTGAA---AGT--AAAA----C----TACC--CGCCATA------GT-ACTC-TTACTC-------AAA--TCTGA--TAA-TTACATC-TGCT--GGGATT-ATTTC--TTAA-------TT---T-GGAG-A---CATAATGAAGACT-------CTTTAAT-TATGA--GA-TGCGAGG-CCGTTTATAATAT-TATTGGGGTATTGGAAAAATGCATGGGNTGTTAAATCACATTATAGGTGCGAACTCGTCTCGGGAGTGAATCCGTCTTTTCGGAGCGAACACGTCCCGTTGCCGTTACGTA
14 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|3 ): AACAAAAGCCTGAAGGCCACAAATGCGGTCCGTTGAGGGAGACTTCATGCGAAAGATACTAATTTAATATCAATAGACTAAAGAATGCAAACATTTTTTAACAAAAACACCATGCACGCAGTTGCTTCAAACAATATCAACATTCTCAACTTATTTCACTTGCTTATGTGTCAAATTATGACAAATGTTCATGTCTTTACTTCATTTTCTTTCACCACTGTAATGTATATTCATCGCGGAGTTTCTCTAATAAGAACTGGTCAACCATCCTCACTTTCAGACATAGCAATACATTGAAGGATTTTCTCTGCATGGTAATTGCTCATTAATCCATGTAATCACCAATCCATTCATCCTATTCATGGGGCCAAA
Unaligned ( gi|6 ): AATCAAAGGCCTGAAGGGCCACAATGGACGTCACTGCGCTGAGGGAAGACTTCAGTGGCGAAGAACTAAGTTAATATCAATGAGCCACAAAAGATGCAAGCATGTTTTCAGACAAAAACGACATTGTCAGGCATGTGCTCATTCTCAACTTTTGTCACATGTTGCTTGATTTGTCAAATTATGGAAAAGATGTCCATGCTCTTGTACTTTGTTTCAATTTTCTTTCACAATAATGTAGAAATTTCATCGGGGAGTTTCGTCTTATAGAGATGCTTCAACCTCCTCACTTTCACATAGCAATGGCTTAGTAAAGAGGTTTCTGCTGGTGGTGAATTGCTCATATCA
Unaligned ( gi|7 ): AAAGAACTAATTTAATATCAATAGCACTTAAGAATCAAGCATTTTTTTTTAACAAAAACACATGCACGCATTTGTGCTCCATTCTCAACTTATTTGTCAAATTATGACAAAATGTCCATGTCTGTTACTCTATTTTCTTTCACCATACAATGTTAAGATTTCATCGGGAGTTTCTCTAATCAACTGTATCTCTATTCAACTTCCTCACTTTCTAATCAACTATATTCAACTTCCTCACTTTCACATAGCCATGCATTAGTAAAAGGATTTTCCTGCTGATGGTTAATTGCTCATAATCACAAACCATCATCATCCGATGTCATGGGGGCAACG
Unaligned ( gi|10 ): AATCAAAGGCCTGAAGGGCCACAATGGCGCCGTGCGTTGAGGAAAACTTCATGCGAAAGAACTAATTTAATACCAATAGCACTAAAGAATGCAAGCATTTATAAACAAAAACACATGCACGCATGTGTGCTCCATTCTCAACTTTTTCACTTTGCTTATTTGTCAAATTATGACAAAATGTCCATGTCTGTTACTTCATTTTCTTTCACCATAATGTTAGATTTCATCGGGAGTTTCT
Unaligned ( gi|17 ): AAGGCCTGAAGGGCCACAATGGCGTCGTGCATTGAGGAAGACTTCATGGGAAAGATCTAATTTAATATCAATCATAAAAGAATGCAAGCATTTTTTTAACAAAAACACATGCACACATTTTTTAACAAAAACACATGCACGCATGTGTGCTCCAGACATATCAACATTTTC
Unaligned ( gi|19 ): TTCTCTAATAAGACTGCTTATAACTCCTCACTTTCACATAGCAAGTGCATTAGTAATTTAAGGATTTCCTGCTGATAGGTGAATTGCCTCATAAATCACAACATATCATCGATTGTCATGGGGCAAAGAATTGA
Unaligned ( gi|20 ): ATCTAATTTAATATCAATCATAAAAGAATGGAAGCATTTTTTAAACCAACACATGCACGCATTTTTTAACAAAAAAAACATGCCCGCATGTGTGCTCCAGACATATCAACATTTT
Unaligned ( gi|21 ): TCAAAGGCCTGAAGGGCCACAATGGCGCCGTGCGTTGAGGAAGACTTCATGCGCAAGAACTAATTTAATACCAATAGCACTAAGCCTAAAGAATGCAAGC
Unaligned ( gi|22 ): AAATCAAAGGCCTGAAGGGACACAATGGCGTCGTGTGTAGAGGAAGACTTCATGCGAATTTAATATCAATAGCGCTAAAGAATGCA
Unaligned ( gi|23 ): TTCTCTAATAAGACCGCTTCAACTCCTCACTTCCACATAGCAGTACATTAGTAAAAGGATTTTCCTGCTGATGGTGAATG
Unaligned ( gi|25 ): TCAAAGGCCTGAAGGGCCAAAATGGCGTCGTGCGTTGAGGGAGACTTCAT
Unaligned ( gi|26 ): GCCTGAAGGTCCACAATGGCGTCGTGCGTTGAGGAAGATTTCATGC
Unaligned ( gi|27 ): ATTTTTCTGCTGGTGGTGAATTGCTCATAATCACAACCATCATC
Unaligned ( gi|28 ): ACTGCCATGAATCACAACCCAATCATCCGATGCCATGGG
Alignments
lowQualScore : 111 1 22222222222 111 111111111 111111111111111 11111 11 8888888888888888888888888888888888 1111 11111111 1 111111 11111111111111111 1111 666666666666666666666666666666666666666 111 111 2222222 111111111 111 11 111 22222222222222 111 11111111 11 1111 22 1 1 1 1 11 1 222222
lowQualScore : 6 666 6 2 22222222222 5 333 4 999999999 55 777777777777777 55 3 88888 00000 55 666 2 11 0 1 3333333333333333333333333333333333 666 1111 55 55 55 44444444 8888 9999 3 88 7 3 0 7 1 2 3 3 999999 3 666 22222222222222222 88 666 7 3 1111 555 5 666666666666666666666666666666666666666 1 4 4 66 4 66 888888888 111 9999 444 1111111 5 5 666 777777777 888 55 5 6 6 99 888 888 66666666666666 6 888 66666666 88 6 11 8 3 3333 00 6 7 1 5 5 5 5 88 5 888888
lowQualScore : . ... . . ........... . ... . ......... .. ............... .. . ..... ..... .. ... . .. . . .................................. ... .... .. .. .. ........ .... .... . .. . . . . . . . . ...... . ... ................. .. ... . . .... ... . ....................................... . . . .. . .. ......... ... .... ... ....... . . ... ......... ... .. . . . .. ... ... .............. . ... ........ .. . .. . . .... .. . . . . . . . .. . ......
lowQualScore : 7 555 7 8 11111111111 0 888 0 000000000 55 111111111111111 00 6 33333 55555 00 444 5 00 7 4 5555555555555555555555555555555555 444 4444 00 55 55 55555555 5555 7777 6 66 3 6 9 3 4 5 6 6 999999 6 444 77777777777777777 66 444 3 6 0000 222 1 777777777777777777777777777777777777777 9 4 4 11 4 11 444444444 333 4444 444 0000000 7 7 777 777777777 666 77 7 7 7 22 777 555 22222222222222 7 333 77777777 33 7 00 0 2 0000 77 7 3 0 5 0 0 5 00 0 555555
consensus : GGGAC-GTTTCGCTCCGA-A-AGACGNTT-T---------CGC-TC---AA-GAC-----G-N-TTC--GC---TCC---GAAA--GACGTT--T-CGC----GCC----AAAA--G---GCGGTT--AGCCCCAAAA-T--GTTT--GC--TAG--A----C--GT--TT-GTC---TG----ATA--A--TTA--TT--------TGAT----AT--T-ATTTT-GTCTT--TTGA-TA-T-TCAT-ACCGATTT-T-AA---A--AGA-TTTTT---AAAACTG-TTT---AC--GAT-G-TAA--AA---GTA-ATGAA---AGCAC--GATAAACGGATT-----------C-A----A--A----------------CAACC-AACGG-T--G-A--TT---GAA---AG--TAAAA----CTACC--CGCCAT----A--G-TA-C-TCTTA--CT-C---AAA--TCTGA--TAA-TTACATC-TGCT--GGGATTA-T-TT--CTTAA-------TT---T-GGAG-A---CATAAT----GA--AGACT-CTTTAAT-TATGAG--A-TGCGAGGCC-GTTTATAATAT-TATTGGGGTATTGGAAAAATGCATGGGNTGTTAAATCACATTATAGGTGCGAACTCGTCTCGGGAGTGAATCCGTCTTTTCGGAGCGAACACGTCCCGTTGCCGTTACGTA
Reference ( family-1595 ) : GGGAC-GTTTCGCTCCGA-A-AGACGGTT-T---------CGC-TC---AA-GAC-----G-T-TTC--GC---TCC---GAAA--GACGTT--T-CGC----GCC----AAAA--G---GCGGTT--AGCCCCAAAA-T--GTTT--G---TAG--A----C--GT--TT-GTC---TG----ATA--A--TTA--TT--------TGAT----AT--T-ATTTT-GTCTT--TTGA-TA-T-TCAT-ACCGATTT-T-AA---A--AGA-TTTTT---AAAACTG-TTT---AC--GAT-G-TAA--AA---GTA-ATGAA---AGCAC--GATAAACGGATT-----------C-A----A--A----------------CAACC-AACGG-T--G-A--TT---GAA---AG--TAAAA----CTACC--CGCCAT----A--G-TA-C-TCTTA--CT-C---AAA--TCTGA--TAA-TTACATC-TGCT--GGGATTA-T-TT--CTTAA-------TT---T-GGAG-A---CATAAT----GA--AGACT-CTTTAAT-TATGAG--A-TGCGAGGCC-GTTTATAATAT-TATTGGGGTATTGGAAAAATGCATGGGNTGTTAAATCACATTATAGGTGCGAACTCGTCTCGGGAGTGAATCCGTCTTTTCGGAGCGAACACGTCCCGTTGCCGTTACGTA
gi|1 : GGGACCGTTTCGCTC-GACA-AGACGCTT-TATCCGCCTTCAC-CC---AA-GAC-----G-AATTC--GCGTCTCCCAAGAAG--AAC-TT--T-CA-----GCCTCACAGAA--GACAGCGGTTTAAGCAC-AACA-T--GTCTTCGC--TAG--AGCAAT--GT--TTTGTCGTGTGTAGAGTA--A--TCA--CTCCAATCGCTGGTTTAAATGGC-ATTTT-GTCTA--T--A-TA-T-TCATTACCGATTT-TTAAC--A--AGA-TTTTT----AAACGG-ATTCACAC--AAC-----A--AA---G-A-ATCAA---TGC-C--AACCAA-GGGTT-----------C-G----A--T----------------TGA---AGCAG-T--A-AACTTAAAGAA---AA--GAAAG----CTACC--CGCCATTATGG--G-TA-CTTCTTAC-CT-CAAAAAA--TCTGA--TGA-TTA
gi|11 : acactgccaccgcatggtgctccattctcaactttttcactttgcttatttgtcccagaacagaattatgacaaacatcatgtccgatgtctgtttattaattttcttttcacccataatgttagatcattctgacggggattttctctaataatggactgctttcaatccctcctactttcagccatagcatacacctagtaaaaggacttttcctgctgactggccgaactttgctcgcaataatcaccaaacccactccaagcttcaatcgatgaagtgctcttcatggggccaaaagacatttacggttgcT--T-ATTTT-GTTTA--TTGA-TA-T-TC---------------------------TTTT---AA--TTG-TTC---AT--GTT-A-TAA--AA---GTA-AT-AA---AACAC--GAAACAGGGATT-----------C-A----C--A----------------Ca
gi|12 : atgagtgcgggacttttcaccccaagacgattatctttcattatgcgattattgctcttt-T--G-A--TT-----A---AG--TAAAA----CTACCA-CGCCATT---A--G-AA-T-T--TA--CTTC---AAA---CTGA--TAA-TT-CATC-TGCT--GGAATTA-T-TT---TTAA-------TT---T-GGAG-A---CATAAT----GA--GAACT-CTTTAAT-TATAAG--A-TGCCAG-CC-GTTTATAATAT--ATTGGGGTAT--GAAAAATGCATGGGATGTTAAATCACATTATAGGTGCGAA-TCGTCTCGG-AGTGAATCCGTCTTTTCGGAGCGAACACGTCCCGTTGCCGTTATGTAtttcaacaaattattgccaattaatcaaaagataagtgattcaaaggagatttaaaaaagaaaactactgcacctataatttatgtttgttgggattaattttg
gi|13 : GACG-TT-T---------CGC-TC---CA-GAC-----G-A-T-C--GCA--TCC---AAAA--GACGTT--TTCGC----GCC----GAAA--G---GCG-TT--AGCCTCAAAAAT--GTTTC-GC--TAGCAA----T--GTA-TT-GTC---TG----ATA--A--TTA--TT--------TGAT----AT--T-ATTTT-GTCTT--TTGA-TA-T-TCAT-A-CGAATT-T-AA---A--AGA-TTTTTTAAAGAACTG-TTT---AT--GAT-G-TAA--AA---GTAGATCGA---AGCAC--AATAAACGGATT-----------C-A----
gi|14 : cgg--GACGTT--T-CGC----TCC----TA----G---ACGGTT--CGCGCCGAAA----------------G--A----C--GG--TT-------------ATA--A--TTA--TT--------TAAT----AA--A-ACTTT-GTCTT--TTGA-TA-T-TCAT-GCTGATTT-T-TG---A--AGA--TTTT---A----TG-TTT---AT--GAT-G-TAA--AA---GTA-ATG-A---AGTAG--GATAAAAGGATC-----------C-AACACA--A----------------TAACC-AA
gi|15 : CCCAAAA-T--GTTT--AGCTCAGCAA----CTTTT--TT-GTC---TG----ATAATA--TTATCTT--------CAAT----AT--T-ATTTTCGTCTTTGTTGA-TA-TCTCAT-ACCCATTT-T-AAT--AC-AGATTTTTT---AAAACTG-----------G---G-TAA--AA---GTA-AATAT---AGCAC--AGTAAATGGATT-----------C-AC---A--AATCAAATTGAAGTTGCCAACC-AACGG-TAAG-A--TT---AAA---AG---AAAA----CTA-C--CGCCAaacacattaaatgcaaagatgcgcgaatccccaacggtgattgaagtt
gi|16 : -GAC-----G-T-TTC--GC---TCC---AAAA---ACGTT--T-CGCCTTTGC-----------G---ACTGTT--CACACCAAAAAT--GTTT--G---T--------------------TC---TG----ATA--ACTTTA--TT--------TAAT----AG--CAATTTT-GTCTT--TTAA-TA-TATCAT-GACG-----T-GA-----------TTAT---AAAAC---------AT--GAT-T-T----------TA-ACGAA---TTCAC--A--AAACAAA-T-----------C-A----ATGC----------------CAACC-AACGG-T--G-A--TT---G-A---AG--TAAGA----TTA
gi|18 : gcgGGGAC-TTTTCGCTCCGA-A-AGACG-TT-T---------CGCGCC---TA-GACCAAAAA-A-TTC--GC---TCC---GAAA--GACATT--T-CGC----TCC------AA--G---ACGGTTCGAGCC-----------TTC--G---TAG--A----C--GT--TC-G-C---GG----ATA--aagaa
gi|2 : gagtgcGGGAC-GTT-CGCTCCGA-A-AGACGGTT-T---------CGC-TC---AA-GAC-----G-A-TTC--GC---TC----AAAA--GACGTT--T-TGC----GCC----AAAA--G---GCAGTT--ATCCCCAAAA-TATGTTC--GC--TAG--G----C--ATATTT-GTC---TG----ATA--A--TTA--TT--------TGAT----AT--T-ATTTT-GTCTTG-TTGACTA-T-TCATTACCGAATT-T-AA---A--AGA-TTTTT---AAAACTT-TTT---AT--GAT-G-TAA--AA---GTA-ATGAA---AGCAC--AATAAACGGATT-------------A----A--A----------------CTATT-AACGG-T--G-A--TT---GAA---AGT-TAAAG----CTACC--CGCCAT----A--G-TA-C-TTTTA--CT-C---AAA--TCTGA--TAA-TTACATC-TGCT--GGGATTATT-TT--TTTAA-------TT---T-GGAG-A---CATAAT----G---AGAC--CTTTAAT-TATGAG--ATTGCCAGG-C-GTTTATGATAT-TATT-GGGTAATGAAAAATTGCATGGATTGTT-AATTACATTATAGGTGCGAACTCGTCTCGGGAGTGAA-CCG--TTTTTGGAGCGAA-ACG------TGCCGTTACGTAgaaatcgcgagtgacctatggagcggacagtgtgtggtctacgacacccaagata
gi|24 : GGGAC-GTTTCGCTCC---A-AGACGATT-----------CGC-TCCGAAA-GAT-----G-T-TTC--GC---CTC---GA----GACGGT--T-CGC----GCC----AAAA--G---Gc
gi|4 : GGGAC-GTTTCGCTCC---A-AGACAAGT-T---------CGC-CT---A----C-----G-----C--GC----------------ACGGT--T-CCG----GTC----GAAA--G---GCGGCT--AGCACCAAA-------------------------T--GT--TT-GTC---TGG---ATA--A--TTA--TT--------TAAT----AG--C-ATTCT-GTCTT--TTAAATA-T-TCAT-AACGATTTAT-AA---ATAGGA-TTGTT---TAAACGGATTC---AC--AA-----AAC-AA---ATC-ATGCA---ACCAC--GGT-----GATT-----------G-G----G--A-----------------AAGT-AAAGA-T--T-A--AA---GAA---AA--CAAAA-----TACC---GCCAT----ATGG-TA-C-TCTTA--CT-T---AAACATCTGAAATAAGTTA-ATCCTGCT--GGGATTG-A-TT--CTTAA-------TT---T-TAAG-AACACATAATAAATGA--GAACTTCTTTAAT-TATGAAGAA-TGCAAGGCCCGTTTATAAAATGTATTGGGGTATTGGAATAATGCA
gi|5 : tgc-GAC-----G-T-TTT--GC---GCC---GA----GATGAT--T-CGC----ACC----AAAA--G---ATGTTT--CATACCAAGA-T--GTTTT-GC--TAGCAA----T--AT--TT-GTC---TG----ATA--A--TTA--TT--------TAAT----AT--T-ATTTT-ATCCC--TTCA-TA-T-TCAA-ACCGATTT-T-AA---A--AGA-TTTTT---AAAACTG-TTT---AC--GAT-G-TAA--AA---GTA-ATGAA----GCAG--GATAAAGGGATTTACACATACAAC-A----A--ATAATTGC---------CAATC-AACGG-T--G-A--TT---GAATTAAGATTAAAAAGAACTACCGCCACTAT----G--G-TA-C----------------AA--TCTGA--TAA-TTACATC-TGCC--AGGATTA-TAAT--CTTAAGGAGATGCTCCAC-GGAGAA---CATAAT----GAAGAGACT-CTTTAAT-TATGAG--A-TGCGAGGTT-GTTTA
gi|8 : gcggGTT-T---------CGC-TCC--AA-GAC-----GAC-TTCAGGC---TC----GAAT--GACGCTGTT-CGC----GCC----AAAATAG---GCGGTT--AGCCCCTAAA-T--GTTT--G-----------------------GTC---TA----ATA--A--TTA--TT--------TGAT----AT--TCATTTT-GTCTT--TTGA-TAATATCAT-ACCGATTT-T-AA---A--AGA-TTTTA---AAAACTG-TTT---ATATGATTG-TAATTAA---A-A-ACGAATCGAGC-C--AATAAACGGATT-----------CTA----C--A----------------AAACT-AACGG-T--GGA--TT---GA-----G--TAA------CTACC---GCAAT----A--GGTAAC-TCTTAAATT-C---AAAA-TCTGA---AA-T-ACATC-TGCTCGGGGATTA-T-TTTACTTAA-------TT---TCGGAG-A---CATAAT----GA--AGACT-CTTTAAT-TATGAG--A-TGGGA
gi|9 : cGGTAT-GTTTCGCTCCCA-ATAGACGTTTCT---------CGC-TC---AAAGAC-----A-T-TCA--GC---TCC---GGAAATGACGTT--C-CGC------C----AATT--A---GCG-TT--A--CCCAAAA-T--GTT---------------------------GTC---TA----ATA--A--ATA--GC--------TGAT----AT--T-ATTTT-GTCTT--TTGA-TA-T-TCAT-ACCGAAT----AATTCA--AGA-T-------AAAACTG-TA----AT--AGT-AATAA--AAACGGTATATTAA-----CACTAAATAAACAGATT-----------C-A----C--A----------------AAACCTAACGGAT--G-A--TT---GAA---GG--TAAAA----CTACC--C---------A--G-TA-C-TCTTA--TT-C---AAA---CTGACCTAA-TTA-ATC-TGCT--GTAATTA-T-TT---TTAA-------TT------GAG-AC--CATAA------A--ACATC-CCTTAATCTATAA
14 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|3 ): AACAAAAGCCTGAAGGCCACAAATGCGGTCCGTTGAGGGAGACTTCATGCGAAAGATACTAATTTAATATCAATAGACTAAAGAATGCAAACATTTTTTAACAAAAACACCATGCACGCAGTTGCTTCAAACAATATCAACATTCTCAACTTATTTCACTTGCTTATGTGTCAAATTATGACAAATGTTCATGTCTTTACTTCATTTTCTTTCACCACTGTAATGTATATTCATCGCGGAGTTTCTCTAATAAGAACTGGTCAACCATCCTCACTTTCAGACATAGCAATACATTGAAGGATTTTCTCTGCATGGTAATTGCTCATTAATCCATGTAATCACCAATCCATTCATCCTATTCATGGGGCCAAA
Unaligned ( gi|6 ): AATCAAAGGCCTGAAGGGCCACAATGGACGTCACTGCGCTGAGGGAAGACTTCAGTGGCGAAGAACTAAGTTAATATCAATGAGCCACAAAAGATGCAAGCATGTTTTCAGACAAAAACGACATTGTCAGGCATGTGCTCATTCTCAACTTTTGTCACATGTTGCTTGATTTGTCAAATTATGGAAAAGATGTCCATGCTCTTGTACTTTGTTTCAATTTTCTTTCACAATAATGTAGAAATTTCATCGGGGAGTTTCGTCTTATAGAGATGCTTCAACCTCCTCACTTTCACATAGCAATGGCTTAGTAAAGAGGTTTCTGCTGGTGGTGAATTGCTCATATCA
Unaligned ( gi|7 ): AAAGAACTAATTTAATATCAATAGCACTTAAGAATCAAGCATTTTTTTTTAACAAAAACACATGCACGCATTTGTGCTCCATTCTCAACTTATTTGTCAAATTATGACAAAATGTCCATGTCTGTTACTCTATTTTCTTTCACCATACAATGTTAAGATTTCATCGGGAGTTTCTCTAATCAACTGTATCTCTATTCAACTTCCTCACTTTCTAATCAACTATATTCAACTTCCTCACTTTCACATAGCCATGCATTAGTAAAAGGATTTTCCTGCTGATGGTTAATTGCTCATAATCACAAACCATCATCATCCGATGTCATGGGGGCAACG
Unaligned ( gi|10 ): AATCAAAGGCCTGAAGGGCCACAATGGCGCCGTGCGTTGAGGAAAACTTCATGCGAAAGAACTAATTTAATACCAATAGCACTAAAGAATGCAAGCATTTATAAACAAAAACACATGCACGCATGTGTGCTCCATTCTCAACTTTTTCACTTTGCTTATTTGTCAAATTATGACAAAATGTCCATGTCTGTTACTTCATTTTCTTTCACCATAATGTTAGATTTCATCGGGAGTTTCT
Unaligned ( gi|17 ): AAGGCCTGAAGGGCCACAATGGCGTCGTGCATTGAGGAAGACTTCATGGGAAAGATCTAATTTAATATCAATCATAAAAGAATGCAAGCATTTTTTTAACAAAAACACATGCACACATTTTTTAACAAAAACACATGCACGCATGTGTGCTCCAGACATATCAACATTTTC
Unaligned ( gi|19 ): TTCTCTAATAAGACTGCTTATAACTCCTCACTTTCACATAGCAAGTGCATTAGTAATTTAAGGATTTCCTGCTGATAGGTGAATTGCCTCATAAATCACAACATATCATCGATTGTCATGGGGCAAAGAATTGA
Unaligned ( gi|20 ): ATCTAATTTAATATCAATCATAAAAGAATGGAAGCATTTTTTAAACCAACACATGCACGCATTTTTTAACAAAAAAAACATGCCCGCATGTGTGCTCCAGACATATCAACATTTT
Unaligned ( gi|21 ): TCAAAGGCCTGAAGGGCCACAATGGCGCCGTGCGTTGAGGAAGACTTCATGCGCAAGAACTAATTTAATACCAATAGCACTAAGCCTAAAGAATGCAAGC
Unaligned ( gi|22 ): AAATCAAAGGCCTGAAGGGACACAATGGCGTCGTGTGTAGAGGAAGACTTCATGCGAATTTAATATCAATAGCGCTAAAGAATGCA
Unaligned ( gi|23 ): TTCTCTAATAAGACCGCTTCAACTCCTCACTTCCACATAGCAGTACATTAGTAAAAGGATTTTCCTGCTGATGGTGAATG
Unaligned ( gi|25 ): TCAAAGGCCTGAAGGGCCAAAATGGCGTCGTGCGTTGAGGGAGACTTCAT
Unaligned ( gi|26 ): GCCTGAAGGTCCACAATGGCGTCGTGCGTTGAGGAAGATTTCATGC
Unaligned ( gi|27 ): ATTTTTCTGCTGGTGGTGAATTGCTCATAATCACAACCATCATC
Unaligned ( gi|28 ): ACTGCCATGAATCACAACCCAATCATCCGATGCCATGGG