lowQualScore : 88888 111111111111111111111111111 1111111111 2222222 111111111 1111 1111111 22222222222 3333333333333333 555555555555555 1111 111111 11111 11111111 2222222222 1111111111
lowQualScore : 88888 2 4 22 88 2 888888888888888888888888888 0 2 55 0000000000 44 2 2 2 2 999 222 2 2 2 22 2 2 6666666 999 88888888888888 33 2 999999999 2 2 5 3333 999 2 0 2 8888 2 444 5555 0 2 1 8 0 6666666 0 2 2 3 7777 2 2 3 0000000 00000000000 3 99 55 0 0 3 7777 1 4 0000000000000000 3 3 6 3 3 3 7777 111111111111111 0000 7777 1 333333 1 33 2 2 2 555 3 00000 11111111 44 999999 555 3 3 44 3 0000000000 3 5555555555 3 5 0 777 66 1
lowQualScore : ..... . . .. .. . ........................... . . .. .......... .. . . . . ... ... . . . .. . . ....... ... .............. .. . ......... . . . .... ... . . . .... . ... .... . . . . . ....... . . . . .... . . . ....... ........... . .. .. . . . .... . . ................ . . . . . . .... ............... .... .... . ...... . .. . . . ... . ..... ........ .. ...... ... . . .. . .......... . .......... . . . ... .. .
lowQualScore : 99999 1 2 99 77 7 999999999999999999999999999 9 2 33 2222222222 22 9 1 2 2 222 777 2 2 2 66 1 2 2222222 444 66666666666666 44 7 555555555 7 7 0 7777 333 7 9 7 3333 7 777 7777 2 7 4 6 4 2222222 8 7 7 3 6666 9 9 1 4444444 00000000000 1 33 44 1 1 3 1111 4 5 5555555555555555 6 6 5 6 6 6 1111 999999999999999 4444 1111 6 555555 4 99 9 9 9 444 1 88888 22222222 22 666666 888 3 3 66 3 4444444444 3 9999999999 4 0 4 888 11 9
consensus : AGCGTAGTGCCATAA-----ATGA-GT-CAACTTTCA--C--GTTTTA--C-GC--T---AT-A-----------TATTTCATTG-AAA--AA-CGT------CCTTTG--TTTG-AACA-A-GCAT---TCTGAACTCA-A-TTTT-GCTC-T-AA-CTTTTATG-AAATCT-AAAA---C-GTTTA---TT-C----C--G----AA--AC-ACCT-------TGGG-CATA-AATTGTAATC-ATGATTT---TTAA-AACCTTTG-CC----A-ACAA---TTG----CAGAAATA-TGAC-TGA----T--GAAACTTTAACAT-C-AACTTTTAG-AG-TT-CCA-TTTCC-TTATA----TA-ATCCTTT-----------GT-AAGAGAG-AAACGAAAACTTTGAGT-GTGGTGTTCT----TACAGTCATATAATATGTGTA-T---T----------G-GCTGTTTATGG-A-G-AAA----AAGACAC-A-GCA---------AGACCAT----AAAC----TGCAGATA--TT--TTTC-TGT-TA-ATG-ATGTAAA---ATTTA-CT-----ATA--------AA--TTGAGGT------TTG---GTA-AG-T--TA-A----------TG-A----------AACTAACTTAGAGAGGTGGTT-GTTTTCAATGAATTAT---ATAGTAA--AACAAATAAAAGTTGACTCAT
Reference ( gi|3 ) : AGTGTAGTGCCATAATTATAATGA-GT-CAACTTTCA--C--ATTTTA--C-GC--T---AT-A-----------TATTTCATTG-AAA--AA-CAT------CCTTTG--TTTG-AACA-A-GCAT---TCTGAACTCA-A-TTTT-GCTC-T-AA-CTTTTATG-AAATCT-AAAA---G-GTTTA---TT-C----T--G----AA--AC-ACCT-------TGGG-CATA-AATTGTAGTT-ATGATTT---TTAA-AACCTTTG-CC----A-ACAA---TTG----CAGAAATA-TAAC-TAA----T--GAAACTTTAACAT-C-AACTTTTAG-AG-TT-CCA-TTTCC-TTATA----TA-ATCCTTT-----------GT-AAGAAAG-AAACGAAAACTTTGAGT-GTGGTGTTCT----TACAGTCATATAATATGTGTA-T---T----------G-GCTGTTTATGG-A-G-AAA----AAGACACCATGCA---------AGACCAT----AAAC----TGCAGATA--TT--TTTC-TGT-TA-ATG-ATGTAAA---ATTTA-CT-----ATA--------AA--TTGAGGT------TTG---GTA-AG-T--TA-A----------TG-A----------AACTAATTTAGAGAGGTGGTT-GTTTTCAATGAATTAT---ATAGTAA--AACAAATAAAAGTTGACTCATA
gi|5 : AGCGTAGTGCCAT---------GA-GT-CAACTTTCA--C--ATTTTA--C-GC--T---CT-G-----------CATTTCATTG-AAA--AA-CAT------CCCTTG--TATG-AACA-A-GCAT---TCTGAACTCA-A-TTTT-GCTC-T-AA-CTTCTATG-AAATCT-AAAA---C-GCTTAT--TT-C----T--G-----A--AC-ACCT-------T-GG-CATA-AATTGTAATC-ATGATTT---TTAA-AACCTTTG-TC----A-ACAA---TTG----CAGAAATA-TGAC-TGA----T--G-AACTTTAACAT-C-AACTTTTAG-AG-TT-CCA-TTTCC--TAT--------ATCCTTT-----------GT-AAGAGAG-AAATGAAAACTTTGAGT-GTGGTGTTCT----TACAGTCATATAATATGTGTG-A---T----------G-GCTGTTTATGG-A-GAAAA----AAGACAC----CA---------AGACCAT----AAAC----TGCAGATAT-TT--TTTC-TGT-TA-ATG-ATGTAAA---ATTTG-CT-----TTA--------AA--TTGAGGT------TTG---GTA-AG-T--TA-A----------TG-A----------AACTAACTT
gi|2 : AGTATGGTGCCATAA-----ATGA-GT-CCACTTTTA--TTTGTTTTA--CTAT--T---AT-A-----------TAATTCATTG-AAA--A
gi|17 : aaggtacagcgtagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncattaacgtcctgaactcaaatttgctctaacttttatgaaatttaaaacatttaatattctgaaacacctaggcataaattgtaaacatgatttttgaaacctttgccaacaattgcagaaatatgactggtgaaacttttacatcaacatctatagttccatttccttatataatcctttgtaagagagaaacaaaaactttgagtgtggtgtaatggctgtttatggagaaaaattaagacaccaagaccataaactgcagatgtttttttctgttaatgatgtatttactataaattgaggtttggtaagttataatgaaactatcttagagaggtggttgAGTATGGTGCCATAA-----ATTA-GT-CAACTTTTG--TTTGTTTTA--C-----T---AT-A-----------TAATTCATTG-AAA--Agtat
gi|1 : aatatgtgtaatgcatggctgtttatggagaaaaagacaccaagaccataaactgcagatatttttctgttaatgatgtaaaatttactataaattaaggtttggtaagttaatgaaactaacttagagaggtggttgAGTTTAGTGCCATAC-----GTGA-GT-GTACTTTTA--TTTATTCTA--C-----T---AT-A-----------TAATTCACTG-AAA--Agta
gi|13 : gtgtagtgccataaataagtcaattttcacgttttatgcacgatatttttaattaaaaaatatcctttgtttgaacaagcatattcaaaactcaattttgctcctacttttatgaaatctaaagcattnaaactcaattttgctcctacttttatgaaatttaaagctattatagaaacatttggacatataatctattcatgatttttaaaacatgaccgacatttgcagagatataactaatggaactttaacatttactgttagtaattccgtttcctggtacaatcctttataagagtggagtggaaactttgagtgtgatgttcttaccgtcctataataagtgtatggatgtttagggaagaaaacgacaatggagcaaaaacaatttgatatgtgtgttaatggtgtaangatgtttagggaagaaaacgacaatggagcagaaaatgttgatatgtgtgttaatggtgtagcagttatataaatcgaatcttgaaatgtttatgaaagtgatttagagaagttttgAGCGTAGAGCCATAA-----ATGA-GTTCAACTTTCA--C--ATTT-A--C--T--T---ATTA-----------TATTTCATTG-AAA--AC-CAT------CCTTTG--TTTG-AAGATA-GTAT---CCTGAACTAA-ATTTTT-GCTC-T-AATTTTTTATGAAAATCT-AAAA---ACGTTTA---TT-C----CAGG----AA--AC-ACC--------TAGG-CATA-AATTGTAATTCATGATTTTAATTAA----CTCTG-CCA---A-ACAA---TTG----CAGAAATATTGACGTGA----T--GAAACTTTAACAT-CAAACGTTTAG-AGTTT-CCA-TTTTC-gtattt
gi|18 : AGTATGGTACCATGA-----ATGA-GT-CAACTTTTATTT--GTTTTA-----C--T---AT-A-----------TAATCCATTG-AAA--A
gi|8 : gatattttgcagttaatgatgtaaaatttactataaattgaggtttggtaagttagtgaaactaactttaagaggtggttgAGTGCAGTACCATGA----AA-GA-GT-CATCTTTAG--C--GTTTTA--C--------------------------------TG-AAA--AA-TGT------GCCTTG--TTTG-AAAA-A-ATAT---TTTTAACTCC-T-TTTT-GCTA-T-AA-TTGTAATG-AAATCT-GAAA---C-ATTTA---TT-A----C--A----AA--AC-ATC--------TGGA-C-TA-AATTGCA-TT-AAAAGTT------A-AACTTTTG-AC----AGAAAA---TTG----CAGAAATT-TTACATAC----T--GAAACTTTTGTAT-G-AAGTTTTAG-CG-TTCCCA-TGTCA-TTATT----TACAT-CTTT-----------GT-----------------ATTTTTAGT-GCGATATTCT----TACAGTCATATAATgcat
gi|21 : cAGCATAGTGCCA-AA----AAT-A-GT-CAACTTTTG--C--ACTTTT--T-GC--TGTAAT-A-----------TATTTCATTC-AAA--AA-TAC------CATTTG--TTTG-AGCA-A-GTAT---TCTGAACTCA-A-TTTT-GCTC-C-AT-CTTTCCTG-AAGTCT-AAAA---catataactaacatatagtgtaaaagttagcctaccctagataattgtataataaattagaaaagtgatta
gi|23 : AGTGAAGTGCTATAC-----ATGA-GT-CGACATTCA--C--ATTT----------------------------------CATTG-AAA--AA-TGA------CCTTTG--TGTG-AAAA-A-ATAT---TCTGAACTCA-T-TTTT-GCAC-A-AG-ATCTTATA-AAA
gi|28 : AGCGTAGTGCCATAACT-----GA-GT-CAACTTTCA--C--ATTTTA--T-GC--T---AT-a
gi|4 : GCGTAATGCCATCAT------GA-GT-AAACTTTCA--C--ATTTAG--T-GC--A---AT-A-----------TATTTCATTG-AAA--AA-CAT------CCTTTG--TTCG-AACA-A-GTAT---TCTGAACTCA-A-TTTT-GCTC-T-AA-CTTTTATG-AAATTT-AAAA---C-GTTTA---TT-C----T--G----AA--AC-ACGT--------AGG-CATA-AATTGTAATC-ATGATTT---TTAA-AACCTTTG-CC----A-ACAA---TTG----CAGAAATA-TGAC-TGA----T--GAAACTTTCACAT-C-AACTTTTAG-AG-TT-GCAGTTTCC-CTATA-----A-ATCCTTT-----------GT-AAGGGAG-AAACAAAAACTTTGAGT-GTGGTGTTCT----TACACTTATATAATATGTGTA-A---T----------G-GCTGTTTATGG-A-G-AAA----AAGACAC----CA---------AAACCAT----AAAC----TGCAAATA--TT--TTTC-TGT-TA-ATG-ATGTAAA---ATTTA-CT-----ATA--------AA--TTGAGGT------TTG---GTA-AG-T--TA-A----------TG-A----------AACTAACTTAGAGAGATGGTT-GTTTTCAATGAATTAT---ACAGTAA--AGCCAATA
gi|1 : GTGTAGTGCCATAA-----ATAA-GT-CAATTTTCA--C--GTTTTA--T-GCACG---AT-A-----------TTTTTAATTA-AAA--AA-TAT------CCTTTG--TTTG-AACA-A-GCATAT-TCAAAACTCA-A-TTTT-GCTC-C-TA-CTTTTATG-AAATCT-AAAttatggcaccatactgta
gi|7 : GTAGTGCCATAA-----ATGA-GT-CAACTTTCA--C--GTTTTG--C-AC--T---GT-ACAGG-------TAT---ATT------------T------CCTTTG--TTTG-AACA-A-TCTT---TCTGAACTCG-T-TTTT-GTTC-A-AA-TGTTTATA-AAATCT-AAAA--------TA---TT-T----T--GAACAAA--AC-A-TT-------TGGA-CAT----------------ATTT---TGAA-AACGTTTA-CCTGTTA-ACAA---TTT----TAAAATTA-TGAC-TAA----G--GAAACTTTAACAT-C-AACTTCTAG-CA-TT-CAG-TTTCC-TTATATATGTA-ATCCTTT-----------GC-AAgcattnaaactcaattttgctcctacttttatgaaatttaaagctattatagaaacatttggacatataatctattcatgatttttaaaacatgaccgacatttgcagagatataactaatggaactttaacatttactgttagtaattccgtttcctggtacaatcctttataagagtggagtggaaactttgagtgtgatgttcttaccgtcctataataagtgtatggatgtttagggaagaaaacgacaatggagcaaaaacaatttgatatgtgtgttaatggtgtaangatgtttagggaagaaaacgacaatggagcagaaaatgttgatatgtgtgttaatggtgtagcagttatataaatcgaatcttgaaatgtttatgaaagtgatttagagaagttttgttttcagtgaattatatagtagaataaataaaagtacactcacgtatggcactaaactgtattt
gi|14 : aGTAGTCCCGTAA-----ATGA-GTTCAGCTTTCA--G--GTTT-A--C-GC--T---AT-ACACTGCATGCATATTTCAGT---AA--AA-CTA------CCTTTGATTTTA-AAT----TCAT---TCTGAAGTCA-T-GTTT-GCTC-T-AA-TCATCATG-AAATCG-AAGT---C-ATTTA---TT-A----C--A----AA--AC-ATCT--------GGA-CAAA-AATT-----------CTC---TCAAGAAGTTTTA-CC----A-ACAA---TTG----TAAATATA-TA---TAACGCTT--GAAATGCAAACAG-C-ACTTTTTAC-A--CT-CCA-TTTatgtgtgtaagacaccgagaccattaactgagatatgtgtaatggtgtaaaagtttctatacattgaatctttcttatagtaaaatagatagaagttgactaatttttggcacaccgctgtatacctttatgaaatatattga
gi|6 : gaacTGCCATAA-----ATGA-AT-CAATTTTCA--T--TTTTTATTC-AC--A---AC-A-----------TAATTCATTG-GAAACAA-CAC------TCTTTtatca
gi|16 : tgttaaaatcattctgaagttatttgtgctctcgtcactatgaaattgaaagcatttataacaaaacatctaggaattaacttctattttgggttttaaagatttgactaactaataagaagatttagcagtccattttattatattctttttatgtaggagtagaacaaaaacctggagtatggtcttcttacagtcatataatatgtatggtttaaaatacaaacaatgcatttagacttagaccatgcagaaattgtagatacatgtattatagaaagtataatttgaccttgaataatttgattgtgatcatttaAATGATGT--AACTTTCA--C--ATTT-A--C-G---T---AT-A-----------T-TTTCATTG-AAA--AAACAT------CCTTTG--TTTGTAAGA-A-G-ATC--TCTGAACTAA-A-TTTTTGCTC-TTAA---TTTATG-AAATCTTAAAA---C-GTT-A---TT-C----T--G----AA--ACCACCT--------AGG-CATA-AATTGTAATC-ATGATTTTAATTAA----CTCTG-CC----A-ACAA----TG----CAG-AATA-TGACTTGA----T--G-AACTTTAACATAC-AAC-TTTAG--G-TT-CCA-TTTTC-tgatgcaatgt
gi|10 : gcataAATGA-GT-CAACTTTCA--C--ATTTTA--T-AA--T---AT-G-----------CATTTCATTGCCAA--AA-TGT------CCTTTG--TTTG-AATA-A-TCAT---TC-AAACTCATA-TTTC--CTCTT-GA-TTTTTATG-AAATTT-AAA--------TTAC--TT-CAATAT--A----AATTAC-ATTTATGTATCTGGA-CATA-AATTCTCTTC-ATGATTT---TATG-AACTTTTA-CA----A-ACAAATTTTA----CAGAATGA-TAAA-TTA----T--GAAACAATAACTT-A-AACTTTCAG-CC-TC-CCT-TTTCC-TTATA----TA-ATCCCTA-----------GT-AACAGTG-GAACAACAACCAC------TGGTGTTCT----TACAGTCA
gi|20 : tgcatcgtgttgtaTGA-TT-AAACTTTGA--T--ATTTTA--T-GC--T---GT-A-----------ATTTTCATTA-AAAT-AA------------TTTA--TTTA-AA-A-A-GAATTAATCTAAAATGA-A-TTTT-GCTG-T-AA-TTATCATG-AAATTC-AAAGCATG-AGTTA---TTGC----T--G----AA--ctacca
gi|24 : A-GT-CAACTTTCG--C--ATTTTA--C-GC--T---AT-A-----------TATTTCATTG-AAA--AA-CATTGGACATCCTTG--TATG-AACA-A-GCAT---TCTGAACTCA-A-TTTT-GC--------CTCTTATA-Atgt
gi|22 : TTG-TACA-A-GCAT---TCTGAACTC--A-TTTT-GCTC-T-AA-CTTT
gi|19 : ctacagcgtagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnACA-ATGCAT---TCGGAATGTA-A-TTTT-GCTC-T-AT-CTC----------CC-AAAC---G---TTA---TC-A----C--A----AT--AT-ACAT-------CGGGACATA-AATTTTATTT-ATGATTT---TTAA-AACTTTTA-TC----A-ATAA---CTGTACTTAGACATA-TATC-TAG------------TTTAACAT-C-AA
gi|1 : gA-A-GCAT---TN-AAACTCA-A-TTTT-GCTC-C-TA-CTTTTATG-AAATTT-AAAG-------CTA---TT-A----TA-G----AA--AC-AT-T-------TGGA-CATATAATC-TATTC-ATGATTT---TTAA-AACA--TGACC----G-ACAT---TTG----CAGAGATA-TAAC-TAA----T--GGAACTTTAACAT-T-TACTGTTAGTAA-TT-CCG-TTTCC-TGGTA----CA-ATCCTTT-----------AT-AAGAGTG-GAGTGGAAACTTTGAGT-GTGATGTTCT----TACCGTCCTATAATAAGTGTA-----T----------G-GATGTTTAGGGAA-G-AAA----ACGACA--ATG------------GAGCAA----AAACAATTT---GATA------TGTG-TGT-TA-ATG-GTGTAA
gi|6 : gtgtagtgccataaataagtcaattttcacgttttatgcacgatatttttaattaaaaaatatcctttgtttgaacaagcatattcaaaactcaattttgctcctacttttatgaaatctaA-A-TCAT---TCTGAAGTTA-T-TTGT-GCTC-T-CG-TCACTATG-AAAT-T-GAAA---GCATTTA---TA-A----C--A----AA--AC-ATCT-------AGGA-ATTA-ACTTCTATTT--TGGGTT---TTAA-AGA-TTTG---------AC---------------------TAAC-TAA----TAAGAAGATTTAGCA---------------G-T--CCA-TTTTA-TTATA----T---TCTTTTTAT--------GT-AGGAGTA-GAACAAAAACCTGGAGT-ATGGTCTTCT----TACAGTCATATAATATGTATG---------------------GTTTA--------AAA----TACAAACAATGCATTTAGACTTAGACCATGCAGAAAT----TGTAGATA---------CATGT----AT---TATAGA---A---A-GT-----ATA--------AT--TTGACCT------TGA---ATA-AT-T--TG-ATTG-------TG-A-------------TCATTTAAAAGAGT-GTT-GTTTCCAATGAATTAT---GTTGTGAATAAAAAATGAAAATTGATTCATngatgtttagggaagaaaacgacaatggagcagaaaatgttgatatgtgtgttaatggtgtagcagttatataaatcgaatcttgaaatgtttatgaaagtgatttagagaagttttgttttcagtgaattatatagtagaataaataaaagtacactcacgtatggcactaaactgtattt
gi|2 : tgttaa-A-ACGT---CCTGAACTCA-A-ATTT-GCTC-T-AA-CTTTTATG-AAATTT-AAAA---C-ATTTAATATT-C----T--G----AA--AC-ACCT--------AGG-CATA-AATTGTAAAC-ATGATTT---TTGA-AACCTTTG-CC----A-ACAA---TTG----CAGAAATA-TGAC-TGG----T--GAAACTTTTACAT-C-AACATCTAT-AG-TT-CCA-TTTCC-TTATA----TA-ATCCTTT-----------GT-AAGAGAG-AAACAAAAACTTTGAGT-GTGGTG------------------TAA-------------T----------G-GCTGTTTATGG-A-G-AAAAATTAAGACAC----CA---------AGACCAT----AAAC----TGCAGATGTTTT--TTTC-TGT-TA-ATG-ATGT------ATTTA-CT-----ATA--------AA--TTGAGGT------TTG---GTA-AG-TTATA-A----------TG-A----------AACTATCTTAGAGAGGTGGTT-GTTTTCAATGAATTATATAATAGTAA--AACAAATAAAAGTGGACTCATttatggcatgatgcaatgt
gi|9 : aaggtacagcgtagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncattTCTATG-AAATCT-AAAA---T-GCTTA---TT-C----T--G----AA--AC-ACCT-------TGG--CATA-AATTGTAATC-ATGATTT---TTAA-AACCTTTG-CC----A-ACAA---TTG----CAGA--TA-TGAC-TGA----T--GAAACTTTAACAT-C-AACTTTTAG-AG-TT-CCA-TTTCC-TTATA----TA-ATCCTTT-----------GT-AAGAGAG-AAATGAAAACTTTGAGT-GTGGTGTTCTTCCATGCAGTCAGATAATATGTGTA-T---T----------G-ACTGTTTATGG-A-G-AAA----AAGACAC----CA---------AGACCAT----AAAC----TGCAGATAT-TT--TTTC-TGT-TA-ACG-ATGTAAA---ATTTG-CT-----ATA--------AA--TTGAGGT------TTG---GTA-AG-T--TA-A----------TG-A----------AACTttatggcaccatactgtat
gi|27 : -AAATAT-AAAA---C-ATTTA---TT-C----T--G----AA--AC-ACC--------TAGG-CATA-AATTGTAATC-A
gi|11 : ATCT-AAAA---C-GTTTA---TT-C----T--G----AA--AC-ACCT--------AGG-CATA-ATTTTTAATC-ATGCTTT---TTAA-AACCTTTG-CC----A-CCAA---TTG----CAGAAATA-TGAC-TGA----T--AAAACTTTAACAG-C-AAC-TTTAT-AG-TT-CCA-TTTCCTTTATA----TA-ATCCTTT-----------GA-TAGAGAGAAAACAAAAATTTTGAGTGGTGGTGTTCT----TACAGTCATATAATATGTTTA-A---T----------GTGCTGTTTATGG-A-G-AAA----AAGACAT----CA---------AGACCATA---AAAC----TGCAGATA--TT--TCTC-TGT-TA-ATG-ATGTAAA---ATAAA-CT-----ATA--------AA--TTGAGGT------TTG---GTA-AG-T--TA-A----------TG-
gi|29 : ---TTAA-AACCTTTG-TC----A-ACAA---TTG----TAGAAATA-T
gi|25 : AT-T-AACTTCCAG-CA-TT-TCA-TTTCC-TTATA----AA-ATGCTTTCTCTTAAGCTTGC-AAGAGGG-GGACAAAATCCTTGGGT-GTGGTGTTCT----CAg
gi|12 : TTCTTT-----------GTAAAGGTAG--AATGAAAAC-TTGAAT-A-GGTGTTCT----TA-AGTTATATGATA--TATA-T---G----------A-G--GTTTA--------AAA----AGAAAACCAGGCA---------G----------AAAT----TTTAAGTA--TTTGTTTT-TGT-GATATA-A-GTATA---GTTTA-CCTTTAAATATCAATAATAA--TTAAAATATCATACTGTGAATA-CA-T--TATA----------TT-A----------AATTAA-TTAGAAAAGTGGTTGGTTCTTAATTAA-TGT---ATCATAA--ACAAAACAGTAGTTGACTCAT
gi|15 : T-----------GT-AAGGTAG-AA-TGAAA-CCTTGAAT-GAGGTGTTCT----TA-AGTTATATGATA----TA-T---T----------G-AGTGTTT-----A-G-AAA----AGAAAACCAGGCA---------G----------AAAT----TTTAAGTA--TT--TGTG-TTT-TA-GTGTATATAAGTATGTTTACCT-----TTA--------AA--ATCATA-------TTA---ATA-AA-A--TA-AATAATTACTGTG-AATATTATATTAATTAATTTAGAAAAGTGGTT-G-TTTCAATTTAATGT---ATCATAA--ACAAAACAGTAGTTGACTCATtcatagcacgatcagtagtg
gi|1 : ATTTGATATGTGTG-T---TAATGGTGTAAN-GATGTTTAGGG-AAG-AAA----ACGACA--ATG------------GAGCAG----AAAA----TGTTGATA--TG--TGT---GT-TA-ATG-GTGTAGC---AGTTA--T-----ATA--------AA--TCGAATC------TTG---AAA-TG-T--TT-A----------TG-A----------AAGTGATTTAGAGAAGTT-TT-GTTTTCAGTGAATTAT---ATAGTAG--AATAAATAAAAGTACACTCAtca
gi|17 : gtgtagtgccataaataagtcaattttcacgttttatgcacgatatttttaattaaaaaatatcctttgtttgaacaagcatattcaaaactcaattttgctcctacttttatgaaatctaaagcattnaaactcaattttgctcctacttttatgaaatttaaagctattatagaaacatttggacatataatctattcatgatttttaaaacatgaccgacatttgcagagatataactaatggaactttaacatttactgttagtaattccgtttcctggtacaatcctttataagagtggagtggaaactttgagtgtgatgttcttaccgtcctataataagtgtatggatgtttagggaagaaaacgacaatggagcaaaaacaAATATGTGTAATGCAT----------G-GCTGTTTATGG-A-G-AAA----AAGACACCA-------------AGACCAT----AAAC----TGCAGATA--TT--TTTC-TGT-TA-ATG-ATGTAAA---ATTTA-CT-----ATA--------AA--TTAAGGT------TTG---GTA-AG-T--TA-A----------TG-A----------AACTAACTTAGAGAGGTGGTT-GTTTTCAATGAATTAT---ATAGTAA--AACAAACAAAAGTTGACTAATcgtatggcactaaactgtattt
gi|7 : ----AAGACACCG-------------AGACCAT----TAAC----TG-AGATA--T---------GTGTA-ATG-GTGTAAA---AGTTT-CT-----ATA--------CA--TTGAttatggcaccatactgta
gi|18 : agtagtgccataaatgagtcaactttcacgttttgcactgtacaggtatatttcctttgtttgaacaatctttctgaactcgtttttgttcaaatgtttataaaatctaaaatattttgaacaaaacatttggacatattttgaaaacgtttacctgttaacaattttaaaattatgactaaggaaactttaacatcaacttctagcattcagtttccttatatatgtaatcctttgcaaatgtgtgtGATA--TT--TTGC-AGT-TA-ATG-ATGTAAA---ATTTA-CT-----ATA--------AA--TTGAGGT------TTG---GTA-AG-T--TA-G----------TG-A----------AACTAACTTTAAGAGGTGGTT-GTTTTCAATGGATTAT---ATAGTAA--AACAAATAAAAGTTGACTCATatctttcttatagtaaaatagatagaagttgactaatttttggcacaccgctgtatacctttatgaaatatattga
gi|26 : T-TA-ATG-ATGTTAA---ATTTA-CTA----ATA--------AAATTCGAGGT------TTG---GTATAGTT--TA-A----------TGAA----------AACTAATTTAtcatggtaccatactgcat
gi|7 : ctgtcT---ATAGTAA--AATAGATAGAAGTTGACTAAT
Alignments
lowQualScore : 11111 11111111 11111111111 1111111111 111111111 11111111111 2222222222222222 444444444444444444 111111 11111 11111111 111111 1111111111 1111111111
lowQualScore : 44444 1 3 22 00000 33333333 1 33333333333 2 44 2222222222 33 2 1 2 2 55 333 2 2 2 2 2 2 2 4 22 1 333 333 333 66666 33 2 777777777 66 2 2 0 2 0 888 2 7777 2 444 5555 2 2 2 8 4 2 2 2 6666 2 2 2 7777 3 88888888888 2 3 3 6666 0 3 6666666666666666 3 2 7 3 3 3 6666 444444444444444444 9999 0 111111 0 22 2 2 2 555 2 00000 00000000 33 111111 555 3 3 44 3 8888888888 3 4444444444 1 4 777 66 0
lowQualScore : ..... . . .. ..... ........ . ........... . .. .......... .. . . . . .. ... . . . . . . . . .. . ... ... ... ..... .. . ......... .. . . . . . ... . .... . ... .... . . . . . . . . .... . . . .... . ........... . . . .... . . ................ . . . . . . .... .................. .... . ...... . .. . . . ... . ..... ........ .. ...... ... . . .. . .......... . .......... . . ... .. .
lowQualScore : 88888 7 5 44 66666 00000000 8 11111111111 0 88 7777777777 77 7 4 1 1 00 777 1 1 1 1 1 1 0 2 99 3 999 999 999 88888 22 5 222222222 99 5 5 1 5 9 888 5 8888 5 444 3333 5 5 5 0 3 5 5 6 9999 7 7 9 1111 3 66666666666 0 1 1 5555 4 3 4444444444444444 3 5 2 3 3 3 5555 999999999999999999 6666 7 222222 6 99 7 7 7 000 9 00000 44444444 99 999999 444 1 1 22 1 8888888888 1 6666666666 8 4 888 11 1
consensus : AGCGTAGTGCCATAA-----ATGA-GT-CAACTTT--CA--C-GTTTTA--C-GC--TAT-A-----------TATTTCATTG-AAA--AA-CGT------CCTTTG--TTTG-AACA-A-GCAT--T---CTGAACTCA-A-TTTT-GCTC-T-AA-CTTTTATG-AAATCT-AAA--ACGT---TT---A---TT-CC--GAA--AC-ACCT-------TGGG-CATA-AATTGTAA-TCATGATTT---TTAAAACCTTTG-CC----A-ACAA---TTG----CAGA-A-ATA-TGAC-TGATGAAACTTTAACAT-C-AACTTTTAG-AG-TT-CCA-TTTCC-TTATA----TA-ATCCTTT-----------GTAAGAGAG-AAACGAAAACTTTGAGT-GTGGTGTTCT----TACAGTCATATAATATGTGTA-T---T----------G-GCTGTTTATGG-A-G-AAA----AAGACA---C---CA---------AGACCAT----AAACTGCAGATA--TT--TTTC-TGT-TA-ATG-ATGTAAA---ATTTA-CT-----ATA--------AA--TTGAGGT------TTG---GTA-AG-T--TA-A----------TG-A----------AACTAACTTAGAGAGGTGGTT-GTTTTCAATGAATTAT---ATAGTAA--AACAAATAAAAGTTGACTCAT
Reference ( family-1591 ) : AGCGTAGTGCCATAA-----ATGA-GT-CAACTTT--CA--C-GTTTTA--C-GC--TAT-A-----------TATTTCATTG-AAA--AA-CGT------CCTTTG--TTTG-AACA-A-GCAT--T---CTGAACTCA-A-TTTT-GCTC-T-AA-CTTTTATG-AAATCT-AAA--ACGT---TT---A---TT-CC--GAA--AC-ACCT-------TGGG-CATA-AATTGTAA-TCATGATTT---TTAAAACCTTTG-CC----A-ACAA---TTG----CAGA-A-ATA-TGAC-TGATGAAACTTTAACAT-C-AACTTTTAG-AG-TT-CCA-TTTCC-TTATA----TA-ATCCTTT-----------GTAAGAGAG-AAACGAAAACTTTGAGT-GTGGTGTTCT----TACAGTCATATAATATGTGTA-T---T----------G-GCTGTTTATGG-A-G-AAA----AAGACA---CA-GCA---------AGACCAT----AAACTGCAGATA--TT--TTTC-TGT-TA-ATG-ATGTAAA---ATTTA-CT-----ATA--------AA--TTGAGGT------TTG---GTA-AG-T--TA-A----------TG-A----------AACTAACTTAGAGAGGTGGTT-GTTTTCAATGAATTAT---ATAGTAA--AACAAATAAAAGTTGACTCAT
gi|1 : GTGTAGTGCCATAA-----ATAA-GT-CAATTTT--CA--C-GTTTTA--T-GCACGAT-A-----------TTTTTAATTA-AAA--AA-TAT------CCTTTG--TTTG-AACA-A-GCATATT---CAAAACTCA-A-TTTT-GCTC-C-TA-CTTTTATG-AAATCT-AAA--GCAT---TN---A---
gi|1 : A-A-GCAT--T---N-AAACTCA-A-TTTT-GCTC-C-TA-CTTTTATG-AAATTT-AAA--GCTA---TT---A---T---A--GAA--AC-AT-T-------TGGA-CATATAATC-TAT-TCATGATTT---TTAAAACA--TGACC----G-ACAT---TTG----CAGA-G-ATA-TAAC-TAATGGAACTTTAACAT-T-TACTGTTAGTAA-TT-CCG-TTTCC-TGGTA----CA-ATCCTTT-----------ATAAGAGTG-GAGTGGAAACTTTGAGT-GTGATGTTCT----TACCGTCCTATAATAAGTGTA-----T----------G-GATGTTTAGGGAA-G-AAA----ACGACAATGGA-GCA---------AAA--AC----AATTT---GATA------TGTG-TGT-TA-ATG-GTGTAAaactcaattttgctcctacttttatgaaatttaaagctattatagaaacatttggacatataatctattcatgatttttaaaacatgaccgacatttgcagagatataactaatggaactttaacatttactgttagtaattccgtttcctggtacaatcctttataagagtggagtggaaactttgagtgtgatgttcttaccgtcctataataagtgtatggatgtttagggaagaaaacgacaatggagcaaaaacaatttgatatgtgtgttaatggtgtaangatgtttagggaagaaaacgacaatggagcagaaaatgttgatatgtgtgttaatggtgtagcagttatataaatcgaatcttgaaatgtttatgaaagtgatttagagaagttttgttttcagtgaattatatagtagaataaataaaagtacactcacgtatggcactaaactgtattt
gi|1 : gtgtagtgccataaataagtcaattttcacgttttatgcacgatatttttaattaaaaaatatcctttgtttgaacaagcatattcaaaactcaattttgctcctacttttatgaaatctaATTTGATATGTGTG-T---TAATGGTGTAAN-GATGTTTAGGG-AAG-AAA----ACGACA---AT-G------------GAGCAG----AAAATGTTGATA--TG--TGT---GT-TA-ATG-GTGTAGC---AGTTA--T-----ATA--------AA--TCGAATC------TTG---AAA-TG-T--TT-A----------TG-A----------AAGTGATTTAGAGAAGTT-TT-GTTTTCAGTGAATTAT---ATAGTAG--AATAAATAAAAGTACACTCAngatgtttagggaagaaaacgacaatggagcagaaaatgttgatatgtgtgttaatggtgtagcagttatataaatcgaatcttgaaatgtttatgaaagtgatttagagaagttttgttttcagtgaattatatagtagaataaataaaagtacactcacgtatggcactaaactgtattt
gi|1 : gtgtagtgccataaataagtcaattttcacgttttatgcacgatatttttaattaaaaaatatcctttgtttgaacaagcatattcaaaactcaattttgctcctacttttatgaaatctaaagcattnaaactcaattttgctcctacttttatgaaatttaaagctattatagaaacatttggacatataatctattcatgatttttaaaacatgaccgacatttgcagagatataactaatggaactttaacatttactgttagtaattccgtttcctggtacaatcctttataagagtggagtggaaactttgagtgtgatgttcttaccgtcctataataagtgtatggatgtttagggaagaaaacgacaatggagcaaaaacaTAGTGCCATAC-----GTGA-GT-GTACTTT--TA--T-TTATTC--T-AC--TAT-A-----------TAATTCACTG-AAA--Acgtatggcactaaactgtattt
gi|10 : gtgtagtgccataaataagtcaattttcacgttttatgcacgatatttttaattaaaaaatatcctttgtttgaacaagcatattcaaaactcaattttgctcctacttttatgaaatctaaagcattnaaactcaattttgctcctacttttatgaaatttaaagctattatagaaacatttggacatataatctattcatgatttttaaaacatgaccgacatttgcagagatataactaatggaactttaacatttactgttagtaattccgtttcctggtacaatcctttataagagtggagtggaaactttgagtgtgatgttcttaccgtcctataataagtgtatggatgtttagggaagaaaacgacaatggagcaaaaacaatttgatatgtgtgttaatggtgtaangatgtttagggaagaaaacgacaatggagcagaaaatgttgatatgtgtgttaatggtgtagcagttatataaatcgaatcttgaaatgtttatgaaagtgatttagagaagttttgGCATCGTGTTGTAA-----ATGA-GT-CAACTTT--CA--C-ATTTTA--T-AA--TAT-G-----------CATTTCATTGCCAA--AA-TGT------CCTTTG--TTTG-AATA-A-TCAT--T---C-AAACTCATA-TTTC--CTCTT-GA-TTTTTATG-AAATTT-AAATTAC-T---TC---A---AT-AT--AAATTAC-ATTTATGTATCTGGA-CATA-AATTCTCT-TCATGATTT---TATGAACTTTTA-CA----A-ACAAATTTTA----CAGA-A-TGA-TAAA-TTATGAAACAATAACTT-A-AACTTTCAG-CC-TC-CCT-TTTCC-TTATA----TA-ATCCCTA-----------GTAACAGTG-GAACAACAACCAC------TGGTGTTCT----TACAGTCAaactgtattt
gi|11 : tATCT-AAA--ACGT---TT---A---TT-CT--GAA--AC-ACCT--------AGG-CATA-ATTTTTAA-TCATGCTTT---TTAAAACCTTTG-CC----A-CCAA---TTG----CAGA-A-ATA-TGAC-TGATAAAACTTTAACAG-C-AAC-TTTAT-AG-TT-CCA-TTTCCTTTATA----TA-ATCCTTT-----------GATAGAGAGAAAACAAAAATTTTGAGTGGTGGTGTTCT----TACAGTCATATAATATGTTTA-A---T----------GTGCTGTTTATGG-A-G-AAA----AAGACA---T---CA---------AGACCATA---AAACTGCAGATA--TT--TCTC-TGT-TA-ATG-ATGTAAA---ATAAA-CT-----ATA--------AA--TTGAGGT------TTG---GTA-AG-T--TA-A----------TG-ctacca
gi|12 : TTCTTT-----------GTAAAGGTA-GAATGAAAAC-TTGAAT-A-GGTGTTCT----TA-AGTTATATGATA--TATA-T---G----------A-G--GTTTA----A-A-AAG----AAAAC--------CA---------GG--CAG----AAATTTTAAGTA--TTTGTTTT-TGT-GATATA-A-GTATA---GTTTA-CCTTTAAATATCAATAATAA--TTAAAATATCATACTGTGAATA-CA-T--TATA----------TT-A----------AATTAA-TTAGAAAAGTGGTTGGTTCTTAATTAA-TGT---ATCATAA--ACAAAACAGTAGTTGACTCAT
gi|12 : GTGCTATGA-----ATGA-GT-CAACT-----A--CTGTTTTtcatagcacgatcagtagtg
gi|13 : ttctttgtaaaggtagaatgaaaacttgaataggtgttcttaagttatatgatatatatgaggtttaaaaagaaaaccaggcagaaattttaagtatttgtttttgtgatataagtatagtttacctttaaatatcaataataattaaaatatcatactgtgaatacattatattaaattaattagaaaagtggttggttcttaattaatgtatcataaacAGCGTAGAGCCATAA-----ATGA-GTTCAACTTT--CA--C-ATTT-A--C--T--TATTA-----------TATTTCATTG-AAA--AC-CAT------CCTTTG--TTTG-AAGATA-GTAT--C---CTGAACTAA-ATTTTT-GCTC-T-AATTTTTTATGAAAATCTAAAA--ACGT---TT---A---TT-CCAGGAA--AC-ACC--------TAGG-CATA-AATTGTAATTCATGATTTTAATTAA---CTCTG-CCA---A-ACAA---TTG----CAGA-A-ATATTGACGTGATGAAACTTTAACAT-CAAACGTTTAG-AGTTT-CCA-TTTTC-gatcagtagtg
gi|14 : AACGTAGTCCCGTAA-----ATGA-GTTCAGCTTT--CA--G-GTTT-A--C-GC--TAT-ACACTGCATGCATATTTCAGT---AA--AA-CTA------CCTTTGATTTTA-AAT----TCAT--T---CTGAAGTCA-T-GTTT-GCTC-T-AA-TCATCATG-AAATCG-AAG--TCAT---TT---A---TT-AC--AAA--AC-ATC--------TGGA-CAAA-AATTCT-C-TCA-----------AGAAGTTTTA-CC----A-ACAA---TTG----TAAATATATA-TAAC-GCTTGAAATGCAAACAG-C-ACTTTTTAC-A--CT-CCA-TTT
gi|15 : gT-----------GTAAGGTAG-AA-TGAAA-CCTTGAAT-GAGGTGTTCT----TA-AGTTATATGATA----TA-T---T----------G-AGTGTTTA--G-A-A-AAG----AAAAC--------CA---------GG--CAG----AAATTTTAAGTA--TT--TGTG-TTT-TA-GTGTATATAAGTATGTTTACCT-----TTA--------AA--ATCA--TA-----TTA---ATA-AA-A--TA-AATAATTACTGTG-AATATTATATTAATTAATTTAGAAAAGTGGTT-G-TTTCAATTTAATGT---ATCATAA--ACAAAACAGTAGTTGACTCATtatca
gi|16 : CATAA-----ATGATGT--AACTTT--CA--C-ATTT-A--C-G---TAT-A-----------T-TTTCATTG-AAA--AAACAT------CCTTTG--TTTGTAAGA-A-G-ATC-T---CTGAACTAA-A-TTTTTGCTC-TTAA---TTTATG-AAATCTTAAA--ACGT---T----A---TT-CT--GAA--ACCACCT--------AGG-CATA-AATTGTAA-TCATGATTTTAATTAA---CTCTG-CC----A-ACAA----TG----CAG--A-ATA-TGACTTGATG-AACTTTAACATAC-AAC-TTTAG--G-TT-CCA-TTTTC-tca
gi|17 : gAATATGTGTAATGCAT----------G-GCTGTTTATGG-A-G-AAA----AAGACA---C---CA---------AGACCAT----AAACTGCAGATA--TT--TTTC-TGT-TA-ATG-ATGTAAA---ATTTA-CT-----ATA--------AA--TTAAGGT------TTG---GTA-AG-T--TA-A----------TG-A----------AACTAACTTAGAGAGGTGGTT-GTTTTCAATGAATTAT---ATAGTAA--AACAAACAAAAGTTGACTAAT
gi|17 : AGTATGGTGCCATAA-----ATTA-GT-CAACTTT--TGTTT-GTTTTA-----C--TAT-A-----------TAATTCATTG-AAA--Attatggcaccatactgta
gi|18 : aatatgtgtaatgcatggctgtttatggagaaaaagacaccaagaccataaactgcagatatttttctgttaatgatgtaaaatttactataaattaaggtttggtaagttaatgaaactaacttagagaggtggttgGATA--TT--TTGC-AGT-TA-ATG-ATGTAAA---ATTTA-CT-----ATA--------AA--TTGAGGT------TTG---GTA-AG-T--TA-G----------TG-A----------AACTAACTTTAAGAGGTGGTT-GTTTTCAATGGATTAT---ATAGTAA--AACAAATAAAAGTTGACTCATgta
gi|18 : AGTATGGTACCATGA-----ATGA-GT-CAACTTT--TATTT-GTTTTA-----C--TAT-A-----------TAATCCATTG-AAA--Atcatggtaccatactgcat
gi|19 : gatattttgcagttaatgatgtaaaatttactataaattgaggtttggtaagttagtgaaactaactttaagaggtggttgACA-ATGCAT--T---CGGAATGTA-A-TTTT-GCTC-T-AT-C-----------TCC-CAA--ACG----TT---A---TC-AC--AAT--AT-ACAT-------CGGGACATA-AATTTTAT-TTATGATTT---TTAAAACTTTTA-TC----A-ATAA---CTGTACTTAGA-C-ATA-TATC-T------AGTTTAACAT-C-AAgcat
gi|2 : g-A-ACGT--C---CTGAACTCA-A-ATTT-GCTC-T-AA-CTTTTATG-AAATTT-AAA--ACAT---TT---AATATT-CT--GAA--AC-ACCT--------AGG-CATA-AATTGTAA-ACATGATTT---TTGAAACCTTTG-CC----A-ACAA---TTG----CAGA-A-ATA-TGAC-TGGTGAAACTTTTACAT-C-AACATCTAT-AG-TT-CCA-TTTCC-TTATA----TA-ATCCTTT-----------GTAAGAGAG-AAACAAAAACTTTGAGT-GTGGTG------------------TAA-------------T----------G-GCTGTTTATGG-A-G-AAAAATTAAGACA---C---CA---------AGACCAT----AAACTGCAGATGTTTT--TTTC-TGT-TA-ATG-ATGT------ATTTA-CT-----ATA--------AA--TTGAGGT------TTG---GTA-AG-TTATA-A----------TG-A----------AACTATCTTAGAGAGGTGGTT-GTTTTCAATGAATTATATAATAGTAA--AACAAATAAAAGTGGACTCAT
gi|2 : aaggtacagcgtagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncattAGTATGGTGCCATAA-----ATGA-GT-CCACTTT--TATTT-GTTTTA--CTAT--TAT-A-----------TAATTCATTG-AAA--Attatggcaccatactgtat
gi|20 : aaggtacagcgtagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncattaacgtcctgaactcaaatttgctctaacttttatgaaatttaaaacatttaatattctgaaacacctaggcataaattgtaaacatgatttttgaaacctttgccaacaattgcagaaatatgactggtgaaacttttacatcaacatctatagttccatttccttatataatcctttgtaagagagaaacaaaaactttgagtgtggtgtaatggctgtttatggagaaaaattaagacaccaagaccataaactgcagatgtttttttctgttaatgatgtatttactataaattgaggtttggtaagttataatgaaactatcttagagaggtggttgTGA-TT-AAACTTT--GA--T-ATTTTA--T-GC--TGT-A-----------ATTTTCATTA-AAAT-AA------------TTTA--TTTA-AA-A-A-GAAT--TAATCTAAAATGA-A-TTTT-GCTG-T-AA-TTATCATG-AAATTC-AAA--GCATGAGTT---A---TTGCT--GAA--gtat
gi|21 : AGCATAGTGCCAAAA-----AT-A-GT-CAACTTTTGCA--C-TTTTTG--CTGT--AAT-A-----------TATTTCATTC-AAA--AA-TAC------CATTTG--TTTG-AGCA-A-GTAT--T---CTGAACTCA-A-TTTT-GCTC-C-AT-CTTTCCTG-AAGTCT-AAA--Atgt
gi|22 : AGCGTAGTNNNNNNN-----NNNN-NN-NNNNNNN--NN--N-NNNNNN--N-NN--NNN-N-----------NNNNNNNNNN-NNN--NN-NNN------NNNNNN--NTTG-TACA-A-GCAT--T---CTGAACTC--A-TTTT-GCTC-T-AA-CTTT
gi|23 : ctacAGTGAAGTGCTATAC-----ATGA-GT-CGACATT--CA--C--------------------------------ATTTCATTG-AAA--AA-TGA------CCTTTG--TGTG-AAAA-A-ATAT--T---CTGAACTCA-T-TTTT-GCAC-A-AG-ATCTTATA-AAA
gi|24 : A-GT-CAACTTT--CG--C-ATTTTA--C-GC--TAT-A-----------TATTTCATTG-AAA--AA-CATTGGACATCCTTG--TATG-AACA-A-GCAT--T---CTGAACTCA-A-TTTT-GC--------CTCTTATA-Aa
gi|25 : AT-T-AACTTCCAG-CA-TT-TCA-TTTCC-TTATA----AA-ATGCTTTCTCTTAAGCTTGCAAGAGGG-GGACAAAATCCTTGGGT-GTGGTGTTCT----CA
gi|26 : T-TA-ATG-ATGTTAA---ATTTA-CTA----ATA--------AAATTCGAGGT------TTG---GTATAGTT--TA-A----------TGAA----------AACTAATTTA
gi|27 : ctgtc-AAATAT-AAA--ACAT---TT---A---TT-CT--GAA--AC-ACC--------TAGG-CATA-AATTGTAA-TCA
gi|28 : AGCGTAGTGCCATAA-----CTGA-GT-CAACTTT--CA--C-ATTTTA--T-GC--TAT-
gi|29 : ---TTAAAACCTTTG-TC----A-ACAA---TTG----TAGA-A-ATA-TG
gi|3 : AGTGTAGTGCCATAATTATAATGA-GT-CAACTTT--CA--C-ATTTTA--C-GC--TAT-A-----------TATTTCATTG-AAA--AA-CAT------CCTTTG--TTTG-AACA-A-GCAT--T---CTGAACTCA-A-TTTT-GCTC-T-AA-CTTTTATG-AAATCT-AAA--AGGT---TT---A---TT-CT--GAA--AC-ACCT-------TGGG-CATA-AATTGTAG-TTATGATTT---TTAAAACCTTTG-CC----A-ACAA---TTG----CAGA-A-ATA-TAAC-TAATGAAACTTTAACAT-C-AACTTTTAG-AG-TT-CCA-TTTCC-TTATA----TA-ATCCTTT-----------GTAAGAAAG-AAACGAAAACTTTGAGT-GTGGTGTTCT----TACAGTCATATAATATGTGTA-T---T----------G-GCTGTTTATGG-A-G-AAA----AAGACAC--CATGCA---------AGACCAT----AAACTGCAGATA--TT--TTTC-TGT-TA-ATG-ATGTAAA---ATTTA-CT-----ATA--------AA--TTGAGGT------TTG---GTA-AG-T--TA-A----------TG-A----------AACTAATTTAGAGAGGTGGTT-GTTTTCAATGAATTAT---ATAGTAA--AACAAATAAAAGTTGACTCAT
gi|4 : GCGTAATGCCATCA------TGA-GT-AAACTTT--CA--C-ATTTAG--T-GC--AAT-A-----------TATTTCATTG-AAA--AA-CAT------CCTTTG--TTCG-AACA-A-GTAT--T---CTGAACTCA-A-TTTT-GCTC-T-AA-CTTTTATG-AAATTT-AAA--ACGT---TT---A---TT-CT--GAA--AC-ACGT--------AGG-CATA-AATTGTAA-TCATGATTT---TTAAAACCTTTG-CC----A-ACAA---TTG----CAGA-A-ATA-TGAC-TGATGAAACTTTCACAT-C-AACTTTTAG-AG-TT-GCAGTTTCC-CTATA-----A-ATCCTTT-----------GTAAGGGAG-AAACAAAAACTTTGAGT-GTGGTGTTCT----TACACTTATATAATATGTGTA-A---T----------G-GCTGTTTATGG-A-G-AAA----AAGACA---C---CA---------AAACCAT----AAACTGCAAATA--TT--TTTC-TGT-TA-ATG-ATGTAAA---ATTTA-CT-----ATA--------AA--TTGAGGT------TTG---GTA-AG-T--TA-A----------TG-A----------AACTAACTTAGAGAGATGGTT-GTTTTCAATGAATTAT---ACAGTAA--AGCCAATAa
gi|5 : AGCGTAGTGCCAT---------GA-GT-CAACTTT--CA--C-ATTTTA--C-GC--TCT-G-----------CATTTCATTG-AAA--AA-CAT------CCCTTG--TATG-AACA-A-GCAT--T---CTGAACTCA-A-TTTT-GCTC-T-AA-CTTCTATG-AAATCT-AAA--ACGC---TT---A---TT-TC--TGA--AC-ACCT-------TGG--CATA-AATTGTAA-TCATGATTT---TTAAAACCTTTG-TC----A-ACAA---TTG----CAGA-A-ATA-TGAC-TGATGAA-CTTTAACAT-C-AACTTTTAG-AG-TT-CCA-TTTCC-T---A----TA--TCCTTT-----------GTAAGAGAG-AAATGAAAACTTTGAGT-GTGGTGTTCT----TACAGTCATATAATATGTGTG-A---T----------G-GCTGTTTATGG-A-GAAAA----AAGACA---C---CA---------AGACCAT----AAACTGCAGATAT-TT--TTTC-TGT-TA-ATG-ATGTAAA---ATTTG-CT-----TTA--------AA--TTGAGGT------TTG---GTA-AG-T--TA-A----------TG-A----------AACTAACTTttatggcaccatactgta
gi|6 : A-A-TCAT--T---CTGAAGTTA-T-TTGT-GCTC-T-CG-TCACTATG-AAATTG-AAA--GCAT---TT---A---TA-AC--AAA--AC-ATCT-------AGG-------------AA-TTA--ACTT---CTA----TTTTG-----------GG---TTT----TAAA-G-ATT-TGAC-T-----AACT--AATAA-G-AAGATTTAGCAG-T--CCA-TTTTA-TTATA----T---TCTTTTTAT--------GTAGGAGTA-GAACAAAAACCTGGAGT-ATGGTCTTCT----TACAGTCATATAATATGTATG---------------------GTTTA----A-A-ATA----CAAACA---AT-GCATTTAGACTTAGACCATGCAGAAATTGTAGATA---------CATGT----AT---TATAGA---A---A-GT-----ATA--------AT--TTGACCT------TGA---ATA-AT-T--TG-ATTG-------TG-A-------------TCATTTAAAAGAGT-GTT-GTTTCCAATGAATTAT---GTTGTGAATAAAAAATGAAAATTGATTCAT
gi|6 : tgttaaGCATCATGCCATAA-----ATGA-AT-CAATTTT--CA--T-TTTTTATTC-AC--AAC-A-----------TAATTCATTG-GAAACAA-CAC------TCTTTttatggcatgatgcaatgt
gi|7 : tgttaaaatcattctgaagttatttgtgctctcgtcactatgaaattgaaagcatttataacaaaacatctaggaattaacttctattttgggttttaaagatttgactaactaataagaagatttagcagtccattttattatattctttttatgtaggagtagaacaaaaacctggagtatggtcttcttacagtcatataatatgtatggtttaaaatacaaacaatgcatttagacttagaccatgcagaaattgtagatacatgtattatagaaagtataatttgaccttgaataatttgattgtgatcatttaGTAGTGCCATAA-----ATGA-GT-CAACTTT--CA--C-GTTTTG--C-AC--TGT-ACAGG-------TAT---ATT------------T------CCTTTG--TTTG-AACA-A-TCTT--T---CTGAACTCG-T-TTTT-GTTC-A-AA-TGTTTATA-AAATCT-AAA--ATAT---TTTGAA-------C--AAA--AC-A-TT-------TGGA-CAT----------------ATTT---TGAAAACGTTTA-CCTGTTA-ACAA---TTT----TAAA-A-TTA-TGAC-TAAGGAAACTTTAACAT-C-AACTTCTAG-CA-TT-CAG-TTTCC-TTATATATGTA-ATCCTTT-----------GCAAaatgt
gi|7 : a----AAGACA---C---CG---------AGACCAT----TAACTG-AGATA--T---------GTGTA-ATG-GTGTAAA---AGTTT-CT-----ATA--------CA--TTGAatgtgtgtaagacaccgagaccattaactgagatatgtgtaatggtgtaaaagtttctatacattgaatctttcttatagtaaaatagatagaagttgactaatttttggcacaccgctgtatacctttatgaaatatattga
gi|7 : agtagtgccataaatgagtcaactttcacgttttgcactgtacaggtatatttcctttgtttgaacaatctttctgaactcgtttttgttcaaatgtttataaaatctaaaatattttgaacaaaacatttggacatattttgaaaacgtttacctgttaacaattttaaaattatgactaaggaaactttaacatcaacttctagcattcagtttccttatatatgtaatcctttgcaaatgtgtgtAGCGGTGTGCCAAAA-----ATTA-GT-CAACTTC--TATCT-ATTTTA-----C--TAT-A-----------atctttcttatagtaaaatagatagaagttgactaatttttggcacaccgctgtatacctttatgaaatatattga
gi|8 : agtagtgccataaatgagtcaactttcacgttttgcactgtacaggtatatttcctttgtttgaacaatctttctgaactcgtttttgttcaaatgtttataaaatctaaaatattttgaacaaaacatttggacatattttgaaaacgtttacctgttaacaattttaaaattatgactaaggaaactttaacatcaacttctagcattcagtttccttatatatgtaatcctttgcaaatgtgtgtaagacaccgagaccattaactgagatatgtgtaatggtgtaaaagtttctatacattgaatctttctAGTGCAGTACCATGA-----AAGA-GT-CATCTTT--AG--C-GTTTTA--C-----------------------------TG-AAA--AA-TGT------GCCTTG--TTTG-AAAA-A-ATAT--T---TTTAACTCC-T-TTTT-GCTA-T-AA-TTGTAATG-AAATCT-GAA--ACAT---TT---A---TT-AC--AAA--AC-ATC--------TGGA-C-TA-AATTGC-A-TTAAAAGTT------AAACTTTTG-AC----AGAAAA---TTG----CAGA-A-ATT-TTACATACTGAAACTTTTGTAT-G-AAGTTTTAG-CG-TTCCCA-TGTCA-TTATT----TACAT-CTTT-----------GT----------------ATTTTTAGT-GCGATATTCT----TACAGTCATATAATgtatacctttatgaaatatattga
gi|9 : cTCTATG-AAATCT-AAA--ATGC---TT---A---TT-CT--GAA--AC-ACCT-------TGG--CATA-AATTGTAA-TCATGATTT---TTAAAACCTTTG-CC----A-ACAA---TTG----CAGA----TA-TGAC-TGATGAAACTTTAACAT-C-AACTTTTAG-AG-TT-CCA-TTTCC-TTATA----TA-ATCCTTT-----------GTAAGAGAG-AAATGAAAACTTTGAGT-GTGGTGTTCTTCCATGCAGTCAGATAATATGTGTA-T---T----------G-ACTGTTTATGG-A-G-AAA----AAGACA---C---CA---------AGACCAT----AAACTGCAGATAT-TT--TTTC-TGT-TA-ACG-ATGTAAA---ATTTG-CT-----ATA--------AA--TTGAGGT------TTG---GTA-AG-T--TA-A----------TG-A----------AACTcatataactaacatatagtgtaaaagttagcctaccctagataattgtataataaattagaaaagtgatta
Alignments
lowQualScore : 11111 11111111 11111111111 1111111111 111111111 11111111111 2222222222222222 111111 11111 11111111 111111 1111111111 1111111111
lowQualScore : 44444 1 3 22 00000 33333333 1 33333333333 2 44 2222222222 33 2 1 2 2 55 333 2 2 2 2 2 2 2 4 22 1 333 333 333 66666 33 2 777777777 33 2 2 0 2 0 888 2 7777 2 444 5555 2 2 2 8 4 1 2 2 2 6666 2 2 2 8888888 88888888888 2 3 3 6666 0 3 6666666666666666 3 2 555 1 3 3 3 6666 77777 6666 3 9999 6666 111111 0 22 2 2 2 555 2 00000 00000000 33 111111 555 3 3 44 3 8888888888 3 4444444444 1 4 777 66 0
lowQualScore : ..... . . .. ..... ........ . ........... . .. .......... .. . . . . .. ... . . . . . . . . .. . ... ... ... ..... .. . ......... .. . . . . . ... . .... . ... .... . . . . . . . . . .... . . . ....... ........... . . . .... . . ................ . . ... . . . . .... ..... .... . .... .... ...... . .. . . . ... . ..... ........ .. ...... ... . . .. . .......... . .......... . . ... .. .
lowQualScore : 88888 7 5 44 66666 00000000 8 11111111111 0 88 7777777777 77 7 4 1 1 00 777 1 1 1 1 1 1 0 2 99 3 999 999 999 88888 22 5 222222222 88 5 5 1 5 9 888 5 8888 5 444 3333 5 5 5 0 3 7 5 5 6 9999 7 7 9 0000000 66666666666 0 1 1 5555 4 3 4444444444444444 3 5 888 1 3 3 3 5555 77777 5555 1 6666 1111 222222 6 99 7 7 7 000 9 00000 44444444 99 999999 444 1 1 22 1 8888888888 1 6666666666 8 4 888 11 1
consensus : AGCGTAGTGCCATAA-----ATGA-GT-CAACTTT--CA--C-GTTTTA--C-GC--TAT-A-----------TATTTCATTG-AAA--AA-CGT------CCTTTG--TTTG-AACA-A-GCAT--T---CTGAACTCA-A-TTTT-GCTC-T-AA-CTTTTATG-AAATCT-AAA--ACGT---TT---A---TT-CC--GAA--AC-ACCT-------TGGG-CATA-AATTGTAA-TCATGATTT---TTAAAACCTTTG-CC----A-ACAA---TTG----CAGA-A-ATA-TGAC-TGATGAAACTTTAACAT-C-AACTTTTAG-AG-TT-CCA-TTTCC-TTATA----TA-ATCCTTT-----------GTAAGAGAG-AAACGAAAACTTTGAGT-GTGGTGTTCT----TACAGTCATATAATATGTGTA-T---T----------G-GCTGTTT---ATGG-A-G-AAA----AAG-----ACAC----CA-AGACCAT----AAACTGCA----GATA--TT--TTTC-TGT-TA-ATG-ATGTAAA---ATTTA-CT-----ATA--------AA--TTGAGGT------TTG---GTA-AG-T--TA-A----------TG-A----------AACTAACTTAGAGAGGTGGTT-GTTTTCAATGAATTAT---ATAGTAA--AACAAATAAAAGTTGACTCAT
Reference ( family-1591 ) : AGCGTAGTGCCATAA-----ATGA-GT-CAACTTT--CA--C-GTTTTA--C-GC--TAT-A-----------TATTTCATTG-AAA--AA-CGT------CCTTTG--TTTG-AACA-A-GCAT--T---CTGAACTCA-A-TTTT-GCTC-T-AA-CTTTTATG-AAATCT-AAA--ACGT---TT---A---TT-CC--GAA--AC-ACCT-------TGGG-CATA-AATTGTAA-TCATGATTT---TTAAAACCTTTG-CC----A-ACAA---TTG----CAGA-A-ATA-TGAC-TGATGAAACTTTAACAT-C-AACTTTTAG-AG-TT-CCA-TTTCC-TTATA----TA-ATCCTTT-----------GTAAGAGAG-AAACGAAAACTTTGAGT-GTGGTGTTCT----TACAGTCATATAATATGTGTA-T---T----------G-GCTGTTT---ATGG-A-G-AAA----AAG-----ACAC----CA-AGACCAT----AAACTGCA----GATA--TT--TTTC-TGT-TA-ATG-ATGTAAA---ATTTA-CT-----ATA--------AA--TTGAGGT------TTG---GTA-AG-T--TA-A----------TG-A----------AACTAACTTAGAGAGGTGGTT-GTTTTCAATGAATTAT---ATAGTAA--AACAAATAAAAGTTGACTCAT
gi|1 : GTGTAGTGCCATAA-----ATAA-GT-CAATTTT--CA--C-GTTTTA--T-GCACGAT-A-----------TTTTTAATTA-AAA--AA-TAT------CCTTTG--TTTG-AACA-A-GCATATT---CAAAACTCA-A-TTTT-GCTC-C-TA-CTTTTATG-AAATCT-AAA--GCAT---TN---A---
gi|1 : A-A-GCAT--T---N-AAACTCA-A-TTTT-GCTC-C-TA-CTTTTATG-AAATTT-AAA--GCTA---TT---A---T---A--GAA--AC-AT-T-------TGGA-CATATAATC-TAT-TCATGATTT---TTAAAACA--TGACC----G-ACAT---TTG----CAGA-G-ATA-TAAC-TAATGGAACTTTAACAT-T-TACTGTTAGTAA-TT-CCG-TTTCC-TGGTA----CA-ATCCTTT-----------ATAAGAGTG-GAGTGGAAACTTTGAGT-GTGATGTTCT----TACCGTCCTATAATAAGTGTA-----T----------G-GATGTTT---AGGGAA-G-AAA----ACG-----ACA------ATGGAGCAA----AAA---CAATTTGATA------TGTG-TGT-TA-ATG-GTGTAAaactcaattttgctcctacttttatgaaatttaaagctattatagaaacatttggacatataatctattcatgatttttaaaacatgaccgacatttgcagagatataactaatggaactttaacatttactgttagtaattccgtttcctggtacaatcctttataagagtggagtggaaactttgagtgtgatgttcttaccgtcctataataagtgtatggatgtttagggaagaaaacgacaatggagcaaaaacaatttgatatgtgtgttaatggtgtaangatgtttagggaagaaaacgacaatggagcagaaaatgttgatatgtgtgttaatggtgtagcagttatataaatcgaatcttgaaatgtttatgaaagtgatttagagaagttttgttttcagtgaattatatagtagaataaataaaagtacactcacgtatggcactaaactgtattt
gi|1 : gtgtagtgccataaataagtcaattttcacgttttatgcacgatatttttaattaaaaaatatcctttgtttgaacaagcatattcaaaactcaattttgctcctacttttatgaaatctaATTTGATATGTGTG-T---TAATGGTGTAAN-GATGTTT---AGGG-AAG-AAA----ACG-----ACAA----TG--GAGCAG----AAAATGTT----GATA--TG--TGT---GT-TA-ATG-GTGTAGC---AGTTA--T-----ATA--------AA--TCGAATC------TTG---AAA-TG-T--TT-A----------TG-A----------AAGTGATTTAGAGAAGTT-TT-GTTTTCAGTGAATTAT---ATAGTAG--AATAAATAAAAGTACACTCAngatgtttagggaagaaaacgacaatggagcagaaaatgttgatatgtgtgttaatggtgtagcagttatataaatcgaatcttgaaatgtttatgaaagtgatttagagaagttttgttttcagtgaattatatagtagaataaataaaagtacactcacgtatggcactaaactgtattt
gi|1 : gtgtagtgccataaataagtcaattttcacgttttatgcacgatatttttaattaaaaaatatcctttgtttgaacaagcatattcaaaactcaattttgctcctacttttatgaaatctaaagcattnaaactcaattttgctcctacttttatgaaatttaaagctattatagaaacatttggacatataatctattcatgatttttaaaacatgaccgacatttgcagagatataactaatggaactttaacatttactgttagtaattccgtttcctggtacaatcctttataagagtggagtggaaactttgagtgtgatgttcttaccgtcctataataagtgtatggatgtttagggaagaaaacgacaatggagcaaaaacaTAGTGCCATAC-----GTGA-GT-GTACTTT--TA--T-TTATTC--T-AC--TAT-A-----------TAATTCACTG-AAA--Acgtatggcactaaactgtattt
gi|10 : gtgtagtgccataaataagtcaattttcacgttttatgcacgatatttttaattaaaaaatatcctttgtttgaacaagcatattcaaaactcaattttgctcctacttttatgaaatctaaagcattnaaactcaattttgctcctacttttatgaaatttaaagctattatagaaacatttggacatataatctattcatgatttttaaaacatgaccgacatttgcagagatataactaatggaactttaacatttactgttagtaattccgtttcctggtacaatcctttataagagtggagtggaaactttgagtgtgatgttcttaccgtcctataataagtgtatggatgtttagggaagaaaacgacaatggagcaaaaacaatttgatatgtgtgttaatggtgtaangatgtttagggaagaaaacgacaatggagcagaaaatgttgatatgtgtgttaatggtgtagcagttatataaatcgaatcttgaaatgtttatgaaagtgatttagagaagttttgGCATCGTGTTGTAA-----ATGA-GT-CAACTTT--CA--C-ATTTTA--T-AA--TAT-G-----------CATTTCATTGCCAA--AA-TGT------CCTTTG--TTTG-AATA-A-TCAT--T---C-AAACTCATA-TTTC--CTCTT-GA-TTTTTATG-AAATTT-AAATTAC-T---TC---A---AT-AT--AAATTAC-ATTTATGTATCTGGA-CATA-AATTCTCT-TCATGATTT---TATGAACTTTTA-CA----A-ACAAATTTTA----CAGA-A-TGA-TAAA-TTATGAAACAATAACTT-A-AACTTTCAG-CC-TC-CCT-TTTCC-TTATA----TA-ATCCCTA-----------GTAACAGTG-GAACAACAACCAC------TGGTGTTCT----TACAGTCAaactgtattt
gi|11 : tATCT-AAA--ACGT---TT---A---TT-CT--GAA--AC-ACCT--------AGG-CATA-ATTTTTAA-TCATGCTTT---TTAAAACCTTTG-CC----A-CCAA---TTG----CAGA-A-ATA-TGAC-TGATAAAACTTTAACAG-C-AAC-TTTAT-AG-TT-CCA-TTTCCTTTATA----TA-ATCCTTT-----------GATAGAGAGAAAACAAAAATTTTGAGTGGTGGTGTTCT----TACAGTCATATAATATGTTTA-A---T----------GTGCTGTTT---ATGG-A-G-AAA----AAG-----ACAT----CA-AGACCATA---AAACTGCA----GATA--TT--TCTC-TGT-TA-ATG-ATGTAAA---ATAAA-CT-----ATA--------AA--TTGAGGT------TTG---GTA-AG-T--TA-A----------TG-ctacca
gi|12 : TTCTTT-----------GTAAAGGTA-GAATGAAAAC-TTGAAT-A-GGTGTTCT----TA-AGTTATATGATA--TATA-T---G----------A-G--GTTT---A--------AAA----AGA-----AAAC----CA-GG--CAG----AAATTTTA----AGTA--TTTGTTTT-TGT-GATATA-A-GTATA---GTTTA-CCTTTAAATATCAATAATAA--TTAAAATATCATACTGTGAATA-CA-T--TATA----------TT-A----------AATTAA-TTAGAAAAGTGGTTGGTTCTTAATTAA-TGT---ATCATAA--ACAAAACAGTAGTTGACTCAT
gi|12 : GTGCTATGA-----ATGA-GT-CAACT-----A--CTGTTTTtcatagcacgatcagtagtg
gi|13 : ttctttgtaaaggtagaatgaaaacttgaataggtgttcttaagttatatgatatatatgaggtttaaaaagaaaaccaggcagaaattttaagtatttgtttttgtgatataagtatagtttacctttaaatatcaataataattaaaatatcatactgtgaatacattatattaaattaattagaaaagtggttggttcttaattaatgtatcataaacAGCGTAGAGCCATAA-----ATGA-GTTCAACTTT--CA--C-ATTT-A--C--T--TATTA-----------TATTTCATTG-AAA--AC-CAT------CCTTTG--TTTG-AAGATA-GTAT--C---CTGAACTAA-ATTTTT-GCTC-T-AATTTTTTATGAAAATCTAAAA--ACGT---TT---A---TT-CCAGGAA--AC-ACC--------TAGG-CATA-AATTGTAATTCATGATTTTAATTAA---CTCTG-CCA---A-ACAA---TTG----CAGA-A-ATATTGACGTGATGAAACTTTAACAT-CAAACGTTTAG-AGTTT-CCA-TTTTC-gatcagtagtg
gi|14 : AACGTAGTCCCGTAA-----ATGA-GTTCAGCTTT--CA--G-GTTT-A--C-GC--TAT-ACACTGCATGCATATTTCAGT---AA--AA-CTA------CCTTTGATTTTA-AAT----TCAT--T---CTGAAGTCA-T-GTTT-GCTC-T-AA-TCATCATG-AAATCG-AAG--TCAT---TT---A---TT-AC--AAA--AC-ATC--------TGGA-CAAA-AATTCT-C-TCA-----------AGAAGTTTTA-CC----A-ACAA---TTG----TAAATATATA-TAAC-GCTTGAAATGCAAACAG-C-ACTTTTTAC-A--CT-CCA-TTT
gi|15 : gT-----------GTAAGGTAG-AA-TGAAA-CCTTGAAT-GAGGTGTTCT----TA-AGTTATATGATA----TA-T---T----------G-AGTGTTT--------A-G-AAA----AGA-----AAAC----CA-GG--CAG----AAATTTTA----AGTA--TT--TGTG-TTT-TA-GTGTATATAAGTATGTTTACCT-----TTA--------AA--ATCA--TA-----TTA---ATA-AA-A--TA-AATAATTACTGTG-AATATTATATTAATTAATTTAGAAAAGTGGTT-G-TTTCAATTTAATGT---ATCATAA--ACAAAACAGTAGTTGACTCATtatca
gi|16 : CATAA-----ATGATGT--AACTTT--CA--C-ATTT-A--C-G---TAT-A-----------T-TTTCATTG-AAA--AAACAT------CCTTTG--TTTGTAAGA-A-G-ATC-T---CTGAACTAA-A-TTTTTGCTC-TTAA---TTTATG-AAATCTTAAA--ACGT---T----A---TT-CT--GAA--ACCACCT--------AGG-CATA-AATTGTAA-TCATGATTTTAATTAA---CTCTG-CC----A-ACAA----TG----CAG--A-ATA-TGACTTGATG-AACTTTAACATAC-AAC-TTTAG--G-TT-CCA-TTTTC-tca
gi|17 : gAATATGTGTAATGCAT----------G-GCTGTTT---ATGG-A-G-AAA----AAG-----ACAC----CA-AGACCAT----AAACTGCA----GATA--TT--TTTC-TGT-TA-ATG-ATGTAAA---ATTTA-CT-----ATA--------AA--TTAAGGT------TTG---GTA-AG-T--TA-A----------TG-A----------AACTAACTTAGAGAGGTGGTT-GTTTTCAATGAATTAT---ATAGTAA--AACAAACAAAAGTTGACTAAT
gi|17 : AGTATGGTGCCATAA-----ATTA-GT-CAACTTT--TGTTT-GTTTTA-----C--TAT-A-----------TAATTCATTG-AAA--Attatggcaccatactgta
gi|18 : aatatgtgtaatgcatggctgtttatggagaaaaagacaccaagaccataaactgcagatatttttctgttaatgatgtaaaatttactataaattaaggtttggtaagttaatgaaactaacttagagaggtggttg----GATA--TT--TTGC-AGT-TA-ATG-ATGTAAA---ATTTA-CT-----ATA--------AA--TTGAGGT------TTG---GTA-AG-T--TA-G----------TG-A----------AACTAACTTTAAGAGGTGGTT-GTTTTCAATGGATTAT---ATAGTAA--AACAAATAAAAGTTGACTCATgta
gi|18 : AGTATGGTACCATGA-----ATGA-GT-CAACTTT--TATTT-GTTTTA-----C--TAT-A-----------TAATCCATTG-AAA--Atcatggtaccatactgcat
gi|19 : gatattttgcagttaatgatgtaaaatttactataaattgaggtttggtaagttagtgaaactaactttaagaggtggttgACA-ATGCAT--T---CGGAATGTA-A-TTTT-GCTC-T-AT-C-----------TCC-CAA--ACG----TT---A---TC-AC--AAT--AT-ACAT-------CGGGACATA-AATTTTAT-TTATGATTT---TTAAAACTTTTA-TC----A-ATAA---CTGTACTTAGA-C-ATA-TATC-T------AGTTTAACAT-C-AAgcat
gi|2 : g-A-ACGT--C---CTGAACTCA-A-ATTT-GCTC-T-AA-CTTTTATG-AAATTT-AAA--ACAT---TT---AATATT-CT--GAA--AC-ACCT--------AGG-CATA-AATTGTAA-ACATGATTT---TTGAAACCTTTG-CC----A-ACAA---TTG----CAGA-A-ATA-TGAC-TGGTGAAACTTTTACAT-C-AACATCTAT-AG-TT-CCA-TTTCC-TTATA----TA-ATCCTTT-----------GTAAGAGAG-AAACAAAAACTTTGAGT-GTGGTG------------------TAA-------------T----------G-GCTGTTT---ATGG-A-G-AAAAATTAAG-----ACAC----CA-AGACCAT----AAACTGCA----GATGTTTT--TTTC-TGT-TA-ATG-ATGT------ATTTA-CT-----ATA--------AA--TTGAGGT------TTG---GTA-AG-TTATA-A----------TG-A----------AACTATCTTAGAGAGGTGGTT-GTTTTCAATGAATTATATAATAGTAA--AACAAATAAAAGTGGACTCAT
gi|2 : aaggtacagcgtagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncattAGTATGGTGCCATAA-----ATGA-GT-CCACTTT--TATTT-GTTTTA--CTAT--TAT-A-----------TAATTCATTG-AAA--Attatggcaccatactgtat
gi|20 : aaggtacagcgtagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncattaacgtcctgaactcaaatttgctctaacttttatgaaatttaaaacatttaatattctgaaacacctaggcataaattgtaaacatgatttttgaaacctttgccaacaattgcagaaatatgactggtgaaacttttacatcaacatctatagttccatttccttatataatcctttgtaagagagaaacaaaaactttgagtgtggtgtaatggctgtttatggagaaaaattaagacaccaagaccataaactgcagatgtttttttctgttaatgatgtatttactataaattgaggtttggtaagttataatgaaactatcttagagaggtggttgTGA-TT-AAACTTT--GA--T-ATTTTA--T-GC--TGT-A-----------ATTTTCATTA-AAAT-AA------------TTTA--TTTA-AA-A-A-GAAT--TAATCTAAAATGA-A-TTTT-GCTG-T-AA-TTATCATG-AAATTC-AAA--GCATGAGTT---A---TTGCT--GAA--gtat
gi|21 : AGCATAGTGCCAAAA-----AT-A-GT-CAACTTTTGCA--C-TTTTTG--CTGT--AAT-A-----------TATTTCATTC-AAA--AA-TAC------CATTTG--TTTG-AGCA-A-GTAT--T---CTGAACTCA-A-TTTT-GCTC-C-AT-CTTTCCTG-AAGTCT-AAA--Atgt
gi|22 : AGCGTAGTNNNNNNN-----NNNN-NN-NNNNNNN--NN--N-NNNNNN--N-NN--NNN-N-----------NNNNNNNNNN-NNN--NN-NNN------NNNNNN--NTTG-TACA-A-GCAT--T---CTGAACTC--A-TTTT-GCTC-T-AA-CTTT
gi|23 : ctacAGTGAAGTGCTATAC-----ATGA-GT-CGACATT--CA--C--------------------------------ATTTCATTG-AAA--AA-TGA------CCTTTG--TGTG-AAAA-A-ATAT--T---CTGAACTCA-T-TTTT-GCAC-A-AG-ATCTTATA-AAA
gi|24 : A-GT-CAACTTT--CG--C-ATTTTA--C-GC--TAT-A-----------TATTTCATTG-AAA--AA-CATTGGACATCCTTG--TATG-AACA-A-GCAT--T---CTGAACTCA-A-TTTT-GC--------CTCTTATA-Aa
gi|25 : AT-T-AACTTCCAG-CA-TT-TCA-TTTCC-TTATA----AA-ATGCTTTCTCTTAAGCTTGCAAGAGGG-GGACAAAATCCTTGGGT-GTGGTGTTCT----CA
gi|26 : T-TA-ATG-ATGTTAA---ATTTA-CTA----ATA--------AAATTCGAGGT------TTG---GTATAGTT--TA-A----------TGAA----------AACTAATTTA
gi|27 : ctgtc-AAATAT-AAA--ACAT---TT---A---TT-CT--GAA--AC-ACC--------TAGG-CATA-AATTGTAA-TCA
gi|28 : AGCGTAGTGCCATAA-----CTGA-GT-CAACTTT--CA--C-ATTTTA--T-GC--TAT-
gi|29 : ---TTAAAACCTTTG-TC----A-ACAA---TTG----TAGA-A-ATA-TG
gi|3 : AGTGTAGTGCCATAATTATAATGA-GT-CAACTTT--CA--C-ATTTTA--C-GC--TAT-A-----------TATTTCATTG-AAA--AA-CAT------CCTTTG--TTTG-AACA-A-GCAT--T---CTGAACTCA-A-TTTT-GCTC-T-AA-CTTTTATG-AAATCT-AAA--AGGT---TT---A---TT-CT--GAA--AC-ACCT-------TGGG-CATA-AATTGTAG-TTATGATTT---TTAAAACCTTTG-CC----A-ACAA---TTG----CAGA-A-ATA-TAAC-TAATGAAACTTTAACAT-C-AACTTTTAG-AG-TT-CCA-TTTCC-TTATA----TA-ATCCTTT-----------GTAAGAAAG-AAACGAAAACTTTGAGT-GTGGTGTTCT----TACAGTCATATAATATGTGTA-T---T----------G-GCTGTTT---ATGG-A-G-AAA----AAG-----ACACCATGCA-AGACCAT----AAACTGCA----GATA--TT--TTTC-TGT-TA-ATG-ATGTAAA---ATTTA-CT-----ATA--------AA--TTGAGGT------TTG---GTA-AG-T--TA-A----------TG-A----------AACTAATTTAGAGAGGTGGTT-GTTTTCAATGAATTAT---ATAGTAA--AACAAATAAAAGTTGACTCAT
gi|4 : GCGTAATGCCATCA------TGA-GT-AAACTTT--CA--C-ATTTAG--T-GC--AAT-A-----------TATTTCATTG-AAA--AA-CAT------CCTTTG--TTCG-AACA-A-GTAT--T---CTGAACTCA-A-TTTT-GCTC-T-AA-CTTTTATG-AAATTT-AAA--ACGT---TT---A---TT-CT--GAA--AC-ACGT--------AGG-CATA-AATTGTAA-TCATGATTT---TTAAAACCTTTG-CC----A-ACAA---TTG----CAGA-A-ATA-TGAC-TGATGAAACTTTCACAT-C-AACTTTTAG-AG-TT-GCAGTTTCC-CTATA-----A-ATCCTTT-----------GTAAGGGAG-AAACAAAAACTTTGAGT-GTGGTGTTCT----TACACTTATATAATATGTGTA-A---T----------G-GCTGTTT---ATGG-A-G-AAA----AAG-----ACAC----CA-AAACCAT----AAACTGCA----AATA--TT--TTTC-TGT-TA-ATG-ATGTAAA---ATTTA-CT-----ATA--------AA--TTGAGGT------TTG---GTA-AG-T--TA-A----------TG-A----------AACTAACTTAGAGAGATGGTT-GTTTTCAATGAATTAT---ACAGTAA--AGCCAATAa
gi|5 : AGCGTAGTGCCAT---------GA-GT-CAACTTT--CA--C-ATTTTA--C-GC--TCT-G-----------CATTTCATTG-AAA--AA-CAT------CCCTTG--TATG-AACA-A-GCAT--T---CTGAACTCA-A-TTTT-GCTC-T-AA-CTTCTATG-AAATCT-AAA--ACGC---TT---A---TT-TC--TGA--AC-ACCT-------T-GG-CATA-AATTGTAA-TCATGATTT---TTAAAACCTTTG-TC----A-ACAA---TTG----CAGA-A-ATA-TGAC-TGATG-AACTTTAACAT-C-AACTTTTAG-AG-TT-CCA-TTTCC--TAT--------ATCCTTT-----------GTAAGAGAG-AAATGAAAACTTTGAGT-GTGGTGTTCT----TACAGTCATATAATATGTGTG-A---T----------G-GCTGTTT---ATGG-A-GAAAA----AAG-----ACAC----CA-AGACCAT----AAACTGCA----GATAT-TT--TTTC-TGT-TA-ATG-ATGTAAA---ATTTG-CT-----TTA--------AA--TTGAGGT------TTG---GTA-AG-T--TA-A----------TG-A----------AACTAACTTttatggcaccatactgta
gi|6 : A-A-TCAT--T---CTGAAGTTA-T-TTGT-GCTC-T-CG-TCACTATG-AAATTG-AAA--GCAT---TT---A---TA-AC--AAA--AC-ATCT-------AGG-------------AA-TTA--ACTT---CTA----TTTTG-----------GG---TTT----TAAA-G-ATT-TGAC-T-----AACT--AATAA-G-AAGATTTAGCAG-T--CCA-TTTTA-TTATA----T---TCTTTTTAT--------GTAGGAGTA-GAACAAAAACCTGGAGT-ATGGTCTTCT----TACAGTCATATAATATGTATG---------------------GTTTAAAATAC-A-A-ACA----ATGCATTTAGAC----TT-AGACCATGCAGAAATTGTA----GATA---------CATGT----AT---TATAGA---A---A-GT-----ATA--------AT--TTGACCT------TGA---ATA-AT-T--TG-ATTG-------TG-A-------------TCATTTAAAAGAGT-GTT-GTTTCCAATGAATTAT---GTTGTGAATAAAAAATGAAAATTGATTCAT
gi|6 : tgttaaGCATCATGCCATAA-----ATGA-AT-CAATTTT--CA--T-TTTTTATTC-AC--AAC-A-----------TAATTCATTG-GAAACAA-CAC------TCTTTttatggcatgatgcaatgt
gi|7 : tgttaaaatcattctgaagttatttgtgctctcgtcactatgaaattgaaagcatttataacaaaacatctaggaattaacttctattttgggttttaaagatttgactaactaataagaagatttagcagtccattttattatattctttttatgtaggagtagaacaaaaacctggagtatggtcttcttacagtcatataatatgtatggtttaaaatacaaacaatgcatttagacttagaccatgcagaaattgtagatacatgtattatagaaagtataatttgaccttgaataatttgattgtgatcatttaGTAGTGCCATAA-----ATGA-GT-CAACTTT--CA--C-GTTTTG--C-AC--TGT-ACAGG-------TAT---ATT------------T------CCTTTG--TTTG-AACA-A-TCTT--T---CTGAACTCG-T-TTTT-GTTC-A-AA-TGTTTATA-AAATCT-AAA--ATAT---TTTGAA-------C--AAA--AC-A-TT-------TGGA-CAT----------------ATTT---TGAAAACGTTTA-CCTGTTA-ACAA---TTT----TAAA-A-TTA-TGAC-TAAGGAAACTTTAACAT-C-AACTTCTAG-CA-TT-CAG-TTTCC-TTATATATGTA-ATCCTTT-----------GCAAaatgt
gi|7 : a----AAG-----ACAC----CG-AGACCAT----TAACTG-A----GATA--T---------GTGTA-ATG-GTGTAAA---AGTTT-CT-----ATA--------CA--TTGAatgtgtgtaagacaccgagaccattaactgagatatgtgtaatggtgtaaaagtttctatacattgaatctttcttatagtaaaatagatagaagttgactaatttttggcacaccgctgtatacctttatgaaatatattga
gi|7 : agtagtgccataaatgagtcaactttcacgttttgcactgtacaggtatatttcctttgtttgaacaatctttctgaactcgtttttgttcaaatgtttataaaatctaaaatattttgaacaaaacatttggacatattttgaaaacgtttacctgttaacaattttaaaattatgactaaggaaactttaacatcaacttctagcattcagtttccttatatatgtaatcctttgcaaatgtgtgtAGCGGTGTGCCAAAA-----ATTA-GT-CAACTTC--TATCT-ATTTTA-----C--TAT-A-----------atctttcttatagtaaaatagatagaagttgactaatttttggcacaccgctgtatacctttatgaaatatattga
gi|8 : agtagtgccataaatgagtcaactttcacgttttgcactgtacaggtatatttcctttgtttgaacaatctttctgaactcgtttttgttcaaatgtttataaaatctaaaatattttgaacaaaacatttggacatattttgaaaacgtttacctgttaacaattttaaaattatgactaaggaaactttaacatcaacttctagcattcagtttccttatatatgtaatcctttgcaaatgtgtgtaagacaccgagaccattaactgagatatgtgtaatggtgtaaaagtttctatacattgaatctttctAGTGCAGTACCATGA-----AAGA-GT-CATCTTT--AG--C-GTTTTA--C-----------------------------TG-AAA--AA-TGT------GCCTTG--TTTG-AAAA-A-ATAT--T---TTTAACTCC-T-TTTT-GCTA-T-AA-TTGTAATG-AAATCT-GAA--ACAT---TT---A---TT-AC--AAA--AC-ATC--------TGGA-C-TA-AATTGC-A-TTAAAAGTT------AAACTTTTG-AC----AGAAAA---TTG----CAGA-A-ATT-TTACATACTGAAACTTTTGTAT-G-AAGTTTTAG-CG-TTCCCA-TGTCA-TTATT----TACAT-CTTT-----------GT----------------ATTTTTAGT-GCGATATTCT----TACAGTCATATAATgtatacctttatgaaatatattga
gi|9 : cTCTATG-AAATCT-AAA--ATGC---TT---A---TT-CT--GAA--AC-ACCT-------TGG--CATA-AATTGTAA-TCATGATTT---TTAAAACCTTTG-CC----A-ACAA---TTG----CAGA----TA-TGAC-TGATGAAACTTTAACAT-C-AACTTTTAG-AG-TT-CCA-TTTCC-TTATA----TA-ATCCTTT-----------GTAAGAGAG-AAATGAAAACTTTGAGT-GTGGTGTTCTTCCATGCAGTCAGATAATATGTGTA-T---T----------G-ACTGTTT---ATGG-A-G-AAA----AAG-----ACAC----CA-AGACCAT----AAACTGCA----GATAT-TT--TTTC-TGT-TA-ACG-ATGTAAA---ATTTG-CT-----ATA--------AA--TTGAGGT------TTG---GTA-AG-T--TA-A----------TG-A----------AACTcatataactaacatatagtgtaaaagttagcctaccctagataattgtataataaattagaaaagtgatta
Alignments
lowQualScore : 11111 11111111 11111111111 1111111111 111111111 11111111111 2222222222222222 111111 11111 11111111 111111 1111111111 1111111111
lowQualScore : 44444 1 3 22 00000 33333333 1 33333333333 2 44 2222222222 33 2 1 2 2 55 333 2 2 2 2 2 2 2 4 22 1 333 333 333 66666 33 2 777777777 33 2 2 0 2 0 888 2 7777 2 444 5555 2 2 2 8 4 1 2 2 2 6666 2 2 2 8888888 88888888888 2 3 3 6666 0 3 6666666666666666 3 2 555 1 3 3 3 6666 77777 6666 3 9999 6666 111111 0 22 2 2 2 555 2 00000 00000000 33 111111 555 3 3 44 3 8888888888 3 4444444444 1 4 777 66 0
lowQualScore : ..... . . .. ..... ........ . ........... . .. .......... .. . . . . .. ... . . . . . . . . .. . ... ... ... ..... .. . ......... .. . . . . . ... . .... . ... .... . . . . . . . . . .... . . . ....... ........... . . . .... . . ................ . . ... . . . . .... ..... .... . .... .... ...... . .. . . . ... . ..... ........ .. ...... ... . . .. . .......... . .......... . . ... .. .
lowQualScore : 88888 7 5 44 66666 00000000 8 11111111111 0 88 7777777777 77 7 4 1 1 00 777 1 1 1 1 1 1 0 2 99 3 999 999 999 88888 22 5 222222222 88 5 5 1 5 9 888 5 8888 5 444 3333 5 5 5 0 3 7 5 5 6 9999 7 7 9 0000000 66666666666 0 1 1 5555 4 3 4444444444444444 3 5 888 1 3 3 3 5555 77777 5555 1 6666 1111 222222 6 99 7 7 7 000 9 00000 44444444 99 999999 444 1 1 22 1 8888888888 1 6666666666 8 4 888 11 1
consensus : AGCGTAGTGCCATAA-----ATGA-GT-CAACTTT--CA--C-GTTTTA--C-GC--TAT-A-----------TATTTCATTG-AAA--AA-CGT------CCTTTG--TTTG-AACA-A-GCAT--T---CTGAACTCA-A-TTTT-GCTC-T-AA-CTTTTATG-AAATCT-AAA--ACGT---TT---A---TT-CC--GAA--AC-ACCT-------TGGG-CATA-AATTGTAA-TCATGATTT---TTAAAACCTTTG-CC----A-ACAA---TTG----CAGA-A-ATA-TGAC-TGATGAAACTTTAACAT-C-AACTTTTAG-AG-TT-CCA-TTTCC-TTATA----TA-ATCCTTT-----------GTAAGAGAG-AAACGAAAACTTTGAGT-GTGGTGTTCT----TACAGTCATATAATATGTGTA-T---T----------G-GCTGTTT---ATGG-A-G-AAA----AAG-----ACAC----CA-AGACCAT----AAACTGCA----GATA--TT--TTTC-TGT-TA-ATG-ATGTAAA---ATTTA-CT-----ATA--------AA--TTGAGGT------TTG---GTA-AG-T--TA-A----------TG-A----------AACTAACTTAGAGAGGTGGTT-GTTTTCAATGAATTAT---ATAGTAA--AACAAATAAAAGTTGACTCAT
Reference ( family-1591 ) : AGCGTAGTGCCATAA-----ATGA-GT-CAACTTT--CA--C-GTTTTA--C-GC--TAT-A-----------TATTTCATTG-AAA--AA-CGT------CCTTTG--TTTG-AACA-A-GCAT--T---CTGAACTCA-A-TTTT-GCTC-T-AA-CTTTTATG-AAATCT-AAA--ACGT---TT---A---TT-CC--GAA--AC-ACCT-------TGGG-CATA-AATTGTAA-TCATGATTT---TTAAAACCTTTG-CC----A-ACAA---TTG----CAGA-A-ATA-TGAC-TGATGAAACTTTAACAT-C-AACTTTTAG-AG-TT-CCA-TTTCC-TTATA----TA-ATCCTTT-----------GTAAGAGAG-AAACGAAAACTTTGAGT-GTGGTGTTCT----TACAGTCATATAATATGTGTA-T---T----------G-GCTGTTT---ATGG-A-G-AAA----AAG-----ACAC----CA-AGACCAT----AAACTGCA----GATA--TT--TTTC-TGT-TA-ATG-ATGTAAA---ATTTA-CT-----ATA--------AA--TTGAGGT------TTG---GTA-AG-T--TA-A----------TG-A----------AACTAACTTAGAGAGGTGGTT-GTTTTCAATGAATTAT---ATAGTAA--AACAAATAAAAGTTGACTCAT
gi|1 : GTGTAGTGCCATAA-----ATAA-GT-CAATTTT--CA--C-GTTTTA--T-GCACGAT-A-----------TTTTTAATTA-AAA--AA-TAT------CCTTTG--TTTG-AACA-A-GCATATT---CAAAACTCA-A-TTTT-GCTC-C-TA-CTTTTATG-AAATCT-AAA--GCAT---TN---A---
gi|1 : A-A-GCAT--T---N-AAACTCA-A-TTTT-GCTC-C-TA-CTTTTATG-AAATTT-AAA--GCTA---TT---A---T---A--GAA--AC-AT-T-------TGGA-CATATAATC-TAT-TCATGATTT---TTAAAACA--TGACC----G-ACAT---TTG----CAGA-G-ATA-TAAC-TAATGGAACTTTAACAT-T-TACTGTTAGTAA-TT-CCG-TTTCC-TGGTA----CA-ATCCTTT-----------ATAAGAGTG-GAGTGGAAACTTTGAGT-GTGATGTTCT----TACCGTCCTATAATAAGTGTA-----T----------G-GATGTTT---AGGGAA-G-AAA----ACG-----ACA------ATGGAGCAA----AAA---CAATTTGATA------TGTG-TGT-TA-ATG-GTGTAAaactcaattttgctcctacttttatgaaatttaaagctattatagaaacatttggacatataatctattcatgatttttaaaacatgaccgacatttgcagagatataactaatggaactttaacatttactgttagtaattccgtttcctggtacaatcctttataagagtggagtggaaactttgagtgtgatgttcttaccgtcctataataagtgtatggatgtttagggaagaaaacgacaatggagcaaaaacaatttgatatgtgtgttaatggtgtaangatgtttagggaagaaaacgacaatggagcagaaaatgttgatatgtgtgttaatggtgtagcagttatataaatcgaatcttgaaatgtttatgaaagtgatttagagaagttttgttttcagtgaattatatagtagaataaataaaagtacactcacgtatggcactaaactgtattt
gi|1 : gtgtagtgccataaataagtcaattttcacgttttatgcacgatatttttaattaaaaaatatcctttgtttgaacaagcatattcaaaactcaattttgctcctacttttatgaaatctaATTTGATATGTGTG-T---TAATGGTGTAAN-GATGTTT---AGGG-AAG-AAA----ACG-----ACAA----TG--GAGCAG----AAAATGTT----GATA--TG--TGT---GT-TA-ATG-GTGTAGC---AGTTA--T-----ATA--------AA--TCGAATC------TTG---AAA-TG-T--TT-A----------TG-A----------AAGTGATTTAGAGAAGTT-TT-GTTTTCAGTGAATTAT---ATAGTAG--AATAAATAAAAGTACACTCAngatgtttagggaagaaaacgacaatggagcagaaaatgttgatatgtgtgttaatggtgtagcagttatataaatcgaatcttgaaatgtttatgaaagtgatttagagaagttttgttttcagtgaattatatagtagaataaataaaagtacactcacgtatggcactaaactgtattt
gi|1 : gtgtagtgccataaataagtcaattttcacgttttatgcacgatatttttaattaaaaaatatcctttgtttgaacaagcatattcaaaactcaattttgctcctacttttatgaaatctaaagcattnaaactcaattttgctcctacttttatgaaatttaaagctattatagaaacatttggacatataatctattcatgatttttaaaacatgaccgacatttgcagagatataactaatggaactttaacatttactgttagtaattccgtttcctggtacaatcctttataagagtggagtggaaactttgagtgtgatgttcttaccgtcctataataagtgtatggatgtttagggaagaaaacgacaatggagcaaaaacaTAGTGCCATAC-----GTGA-GT-GTACTTT--TA--T-TTATTC--T-AC--TAT-A-----------TAATTCACTG-AAA--Acgtatggcactaaactgtattt
gi|10 : gtgtagtgccataaataagtcaattttcacgttttatgcacgatatttttaattaaaaaatatcctttgtttgaacaagcatattcaaaactcaattttgctcctacttttatgaaatctaaagcattnaaactcaattttgctcctacttttatgaaatttaaagctattatagaaacatttggacatataatctattcatgatttttaaaacatgaccgacatttgcagagatataactaatggaactttaacatttactgttagtaattccgtttcctggtacaatcctttataagagtggagtggaaactttgagtgtgatgttcttaccgtcctataataagtgtatggatgtttagggaagaaaacgacaatggagcaaaaacaatttgatatgtgtgttaatggtgtaangatgtttagggaagaaaacgacaatggagcagaaaatgttgatatgtgtgttaatggtgtagcagttatataaatcgaatcttgaaatgtttatgaaagtgatttagagaagttttgGCATCGTGTTGTAA-----ATGA-GT-CAACTTT--CA--C-ATTTTA--T-AA--TAT-G-----------CATTTCATTGCCAA--AA-TGT------CCTTTG--TTTG-AATA-A-TCAT--T---C-AAACTCATA-TTTC--CTCTT-GA-TTTTTATG-AAATTT-AAATTAC-T---TC---A---AT-AT--AAATTAC-ATTTATGTATCTGGA-CATA-AATTCTCT-TCATGATTT---TATGAACTTTTA-CA----A-ACAAATTTTA----CAGA-A-TGA-TAAA-TTATGAAACAATAACTT-A-AACTTTCAG-CC-TC-CCT-TTTCC-TTATA----TA-ATCCCTA-----------GTAACAGTG-GAACAACAACCAC------TGGTGTTCT----TACAGTCAaactgtattt
gi|11 : tATCT-AAA--ACGT---TT---A---TT-CT--GAA--AC-ACCT--------AGG-CATA-ATTTTTAA-TCATGCTTT---TTAAAACCTTTG-CC----A-CCAA---TTG----CAGA-A-ATA-TGAC-TGATAAAACTTTAACAG-C-AAC-TTTAT-AG-TT-CCA-TTTCCTTTATA----TA-ATCCTTT-----------GATAGAGAGAAAACAAAAATTTTGAGTGGTGGTGTTCT----TACAGTCATATAATATGTTTA-A---T----------GTGCTGTTT---ATGG-A-G-AAA----AAG-----ACAT----CA-AGACCATA---AAACTGCA----GATA--TT--TCTC-TGT-TA-ATG-ATGTAAA---ATAAA-CT-----ATA--------AA--TTGAGGT------TTG---GTA-AG-T--TA-A----------TG-ctacca
gi|12 : TTCTTT-----------GTAAAGGTA-GAATGAAAAC-TTGAAT-A-GGTGTTCT----TA-AGTTATATGATA--TATA-T---G----------A-G--GTTT---A--------AAA----AGA-----AAAC----CA-GG--CAG----AAATTTTA----AGTA--TTTGTTTT-TGT-GATATA-A-GTATA---GTTTA-CCTTTAAATATCAATAATAA--TTAAAATATCATACTGTGAATA-CA-T--TATA----------TT-A----------AATTAA-TTAGAAAAGTGGTTGGTTCTTAATTAA-TGT---ATCATAA--ACAAAACAGTAGTTGACTCAT
gi|12 : GTGCTATGA-----ATGA-GT-CAACT-----A--CTGTTTTtcatagcacgatcagtagtg
gi|13 : ttctttgtaaaggtagaatgaaaacttgaataggtgttcttaagttatatgatatatatgaggtttaaaaagaaaaccaggcagaaattttaagtatttgtttttgtgatataagtatagtttacctttaaatatcaataataattaaaatatcatactgtgaatacattatattaaattaattagaaaagtggttggttcttaattaatgtatcataaacAGCGTAGAGCCATAA-----ATGA-GTTCAACTTT--CA--C-ATTT-A--C--T--TATTA-----------TATTTCATTG-AAA--AC-CAT------CCTTTG--TTTG-AAGATA-GTAT--C---CTGAACTAA-ATTTTT-GCTC-T-AATTTTTTATGAAAATCTAAAA--ACGT---TT---A---TT-CCAGGAA--AC-ACC--------TAGG-CATA-AATTGTAATTCATGATTTTAATTAA---CTCTG-CCA---A-ACAA---TTG----CAGA-A-ATATTGACGTGATGAAACTTTAACAT-CAAACGTTTAG-AGTTT-CCA-TTTTC-gatcagtagtg
gi|14 : AACGTAGTCCCGTAA-----ATGA-GTTCAGCTTT--CA--G-GTTT-A--C-GC--TAT-ACACTGCATGCATATTTCAGT---AA--AA-CTA------CCTTTGATTTTA-AAT----TCAT--T---CTGAAGTCA-T-GTTT-GCTC-T-AA-TCATCATG-AAATCG-AAG--TCAT---TT---A---TT-AC--AAA--AC-ATC--------TGGA-CAAA-AATTCT-C-TCA-----------AGAAGTTTTA-CC----A-ACAA---TTG----TAAATATATA-TAAC-GCTTGAAATGCAAACAG-C-ACTTTTTAC-A--CT-CCA-TTT
gi|15 : gT-----------GTAAGGTAG-AA-TGAAA-CCTTGAAT-GAGGTGTTCT----TA-AGTTATATGATA----TA-T---T----------G-AGTGTTT--------A-G-AAA----AGA-----AAAC----CA-GG--CAG----AAATTTTA----AGTA--TT--TGTG-TTT-TA-GTGTATATAAGTATGTTTACCT-----TTA--------AA--ATCA--TA-----TTA---ATA-AA-A--TA-AATAATTACTGTG-AATATTATATTAATTAATTTAGAAAAGTGGTT-G-TTTCAATTTAATGT---ATCATAA--ACAAAACAGTAGTTGACTCATtatca
gi|16 : CATAA-----ATGATGT--AACTTT--CA--C-ATTT-A--C-G---TAT-A-----------T-TTTCATTG-AAA--AAACAT------CCTTTG--TTTGTAAGA-A-G-ATC-T---CTGAACTAA-A-TTTTTGCTC-TTAA---TTTATG-AAATCTTAAA--ACGT---T----A---TT-CT--GAA--ACCACCT--------AGG-CATA-AATTGTAA-TCATGATTTTAATTAA---CTCTG-CC----A-ACAA----TG----CAG--A-ATA-TGACTTGATG-AACTTTAACATAC-AAC-TTTAG--G-TT-CCA-TTTTC-tca
gi|17 : gAATATGTGTAATGCAT----------G-GCTGTTT---ATGG-A-G-AAA----AAG-----ACAC----CA-AGACCAT----AAACTGCA----GATA--TT--TTTC-TGT-TA-ATG-ATGTAAA---ATTTA-CT-----ATA--------AA--TTAAGGT------TTG---GTA-AG-T--TA-A----------TG-A----------AACTAACTTAGAGAGGTGGTT-GTTTTCAATGAATTAT---ATAGTAA--AACAAACAAAAGTTGACTAAT
gi|17 : AGTATGGTGCCATAA-----ATTA-GT-CAACTTT--TGTTT-GTTTTA-----C--TAT-A-----------TAATTCATTG-AAA--Attatggcaccatactgta
gi|18 : aatatgtgtaatgcatggctgtttatggagaaaaagacaccaagaccataaactgcagatatttttctgttaatgatgtaaaatttactataaattaaggtttggtaagttaatgaaactaacttagagaggtggttg----GATA--TT--TTGC-AGT-TA-ATG-ATGTAAA---ATTTA-CT-----ATA--------AA--TTGAGGT------TTG---GTA-AG-T--TA-G----------TG-A----------AACTAACTTTAAGAGGTGGTT-GTTTTCAATGGATTAT---ATAGTAA--AACAAATAAAAGTTGACTCATgta
gi|18 : AGTATGGTACCATGA-----ATGA-GT-CAACTTT--TATTT-GTTTTA-----C--TAT-A-----------TAATCCATTG-AAA--Atcatggtaccatactgcat
gi|19 : gatattttgcagttaatgatgtaaaatttactataaattgaggtttggtaagttagtgaaactaactttaagaggtggttgACA-ATGCAT--T---CGGAATGTA-A-TTTT-GCTC-T-AT-C-----------TCC-CAA--ACG----TT---A---TC-AC--AAT--AT-ACAT-------CGGGACATA-AATTTTAT-TTATGATTT---TTAAAACTTTTA-TC----A-ATAA---CTGTACTTAGA-C-ATA-TATC-T------AGTTTAACAT-C-AAgcat
gi|2 : g-A-ACGT--C---CTGAACTCA-A-ATTT-GCTC-T-AA-CTTTTATG-AAATTT-AAA--ACAT---TT---AATATT-CT--GAA--AC-ACCT--------AGG-CATA-AATTGTAA-ACATGATTT---TTGAAACCTTTG-CC----A-ACAA---TTG----CAGA-A-ATA-TGAC-TGGTGAAACTTTTACAT-C-AACATCTAT-AG-TT-CCA-TTTCC-TTATA----TA-ATCCTTT-----------GTAAGAGAG-AAACAAAAACTTTGAGT-GTGGTG------------------TAA-------------T----------G-GCTGTTT---ATGG-A-G-AAAAATTAAG-----ACAC----CA-AGACCAT----AAACTGCA----GATGTTTT--TTTC-TGT-TA-ATG-ATGT------ATTTA-CT-----ATA--------AA--TTGAGGT------TTG---GTA-AG-TTATA-A----------TG-A----------AACTATCTTAGAGAGGTGGTT-GTTTTCAATGAATTATATAATAGTAA--AACAAATAAAAGTGGACTCAT
gi|2 : aaggtacagcgtagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncattAGTATGGTGCCATAA-----ATGA-GT-CCACTTT--TATTT-GTTTTA--CTAT--TAT-A-----------TAATTCATTG-AAA--Attatggcaccatactgtat
gi|20 : aaggtacagcgtagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncattaacgtcctgaactcaaatttgctctaacttttatgaaatttaaaacatttaatattctgaaacacctaggcataaattgtaaacatgatttttgaaacctttgccaacaattgcagaaatatgactggtgaaacttttacatcaacatctatagttccatttccttatataatcctttgtaagagagaaacaaaaactttgagtgtggtgtaatggctgtttatggagaaaaattaagacaccaagaccataaactgcagatgtttttttctgttaatgatgtatttactataaattgaggtttggtaagttataatgaaactatcttagagaggtggttgTGA-TT-AAACTTT--GA--T-ATTTTA--T-GC--TGT-A-----------ATTTTCATTA-AAAT-AA------------TTTA--TTTA-AA-A-A-GAAT--TAATCTAAAATGA-A-TTTT-GCTG-T-AA-TTATCATG-AAATTC-AAA--GCATGAGTT---A---TTGCT--GAA--gtat
gi|21 : AGCATAGTGCCAAAA-----AT-A-GT-CAACTTTTGCA--C-TTTTTG--CTGT--AAT-A-----------TATTTCATTC-AAA--AA-TAC------CATTTG--TTTG-AGCA-A-GTAT--T---CTGAACTCA-A-TTTT-GCTC-C-AT-CTTTCCTG-AAGTCT-AAA--Atgt
gi|22 : AGCGTAGTNNNNNNN-----NNNN-NN-NNNNNNN--NN--N-NNNNNN--N-NN--NNN-N-----------NNNNNNNNNN-NNN--NN-NNN------NNNNNN--NTTG-TACA-A-GCAT--T---CTGAACTC--A-TTTT-GCTC-T-AA-CTTT
gi|23 : ctacAGTGAAGTGCTATAC-----ATGA-GT-CGACATT--CA--C--------------------------------ATTTCATTG-AAA--AA-TGA------CCTTTG--TGTG-AAAA-A-ATAT--T---CTGAACTCA-T-TTTT-GCAC-A-AG-ATCTTATA-AAA
gi|24 : A-GT-CAACTTT--CG--C-ATTTTA--C-GC--TAT-A-----------TATTTCATTG-AAA--AA-CATTGGACATCCTTG--TATG-AACA-A-GCAT--T---CTGAACTCA-A-TTTT-GC--------CTCTTATA-Aa
gi|25 : AT-T-AACTTCCAG-CA-TT-TCA-TTTCC-TTATA----AA-ATGCTTTCTCTTAAGCTTGCAAGAGGG-GGACAAAATCCTTGGGT-GTGGTGTTCT----CA
gi|26 : T-TA-ATG-ATGTTAA---ATTTA-CTA----ATA--------AAATTCGAGGT------TTG---GTATAGTT--TA-A----------TGAA----------AACTAATTTA
gi|27 : ctgtc-AAATAT-AAA--ACAT---TT---A---TT-CT--GAA--AC-ACC--------TAGG-CATA-AATTGTAA-TCA
gi|28 : AGCGTAGTGCCATAA-----CTGA-GT-CAACTTT--CA--C-ATTTTA--T-GC--TAT-
gi|29 : ---TTAAAACCTTTG-TC----A-ACAA---TTG----TAGA-A-ATA-TG
gi|3 : AGTGTAGTGCCATAATTATAATGA-GT-CAACTTT--CA--C-ATTTTA--C-GC--TAT-A-----------TATTTCATTG-AAA--AA-CAT------CCTTTG--TTTG-AACA-A-GCAT--T---CTGAACTCA-A-TTTT-GCTC-T-AA-CTTTTATG-AAATCT-AAA--AGGT---TT---A---TT-CT--GAA--AC-ACCT-------TGGG-CATA-AATTGTAG-TTATGATTT---TTAAAACCTTTG-CC----A-ACAA---TTG----CAGA-A-ATA-TAAC-TAATGAAACTTTAACAT-C-AACTTTTAG-AG-TT-CCA-TTTCC-TTATA----TA-ATCCTTT-----------GTAAGAAAG-AAACGAAAACTTTGAGT-GTGGTGTTCT----TACAGTCATATAATATGTGTA-T---T----------G-GCTGTTT---ATGG-A-G-AAA----AAG-----ACACCATGCA-AGACCAT----AAACTGCA----GATA--TT--TTTC-TGT-TA-ATG-ATGTAAA---ATTTA-CT-----ATA--------AA--TTGAGGT------TTG---GTA-AG-T--TA-A----------TG-A----------AACTAATTTAGAGAGGTGGTT-GTTTTCAATGAATTAT---ATAGTAA--AACAAATAAAAGTTGACTCAT
gi|4 : GCGTAATGCCATCA------TGA-GT-AAACTTT--CA--C-ATTTAG--T-GC--AAT-A-----------TATTTCATTG-AAA--AA-CAT------CCTTTG--TTCG-AACA-A-GTAT--T---CTGAACTCA-A-TTTT-GCTC-T-AA-CTTTTATG-AAATTT-AAA--ACGT---TT---A---TT-CT--GAA--AC-ACGT--------AGG-CATA-AATTGTAA-TCATGATTT---TTAAAACCTTTG-CC----A-ACAA---TTG----CAGA-A-ATA-TGAC-TGATGAAACTTTCACAT-C-AACTTTTAG-AG-TT-GCAGTTTCC-CTATA-----A-ATCCTTT-----------GTAAGGGAG-AAACAAAAACTTTGAGT-GTGGTGTTCT----TACACTTATATAATATGTGTA-A---T----------G-GCTGTTT---ATGG-A-G-AAA----AAG-----ACAC----CA-AAACCAT----AAACTGCA----AATA--TT--TTTC-TGT-TA-ATG-ATGTAAA---ATTTA-CT-----ATA--------AA--TTGAGGT------TTG---GTA-AG-T--TA-A----------TG-A----------AACTAACTTAGAGAGATGGTT-GTTTTCAATGAATTAT---ACAGTAA--AGCCAATAa
gi|5 : AGCGTAGTGCCAT---------GA-GT-CAACTTT--CA--C-ATTTTA--C-GC--TCT-G-----------CATTTCATTG-AAA--AA-CAT------CCCTTG--TATG-AACA-A-GCAT--T---CTGAACTCA-A-TTTT-GCTC-T-AA-CTTCTATG-AAATCT-AAA--ACGC---TT---A---TT-TC--TGA--AC-ACCT-------T-GG-CATA-AATTGTAA-TCATGATTT---TTAAAACCTTTG-TC----A-ACAA---TTG----CAGA-A-ATA-TGAC-TGATG-AACTTTAACAT-C-AACTTTTAG-AG-TT-CCA-TTTCC--TAT--------ATCCTTT-----------GTAAGAGAG-AAATGAAAACTTTGAGT-GTGGTGTTCT----TACAGTCATATAATATGTGTG-A---T----------G-GCTGTTT---ATGG-A-GAAAA----AAG-----ACAC----CA-AGACCAT----AAACTGCA----GATAT-TT--TTTC-TGT-TA-ATG-ATGTAAA---ATTTG-CT-----TTA--------AA--TTGAGGT------TTG---GTA-AG-T--TA-A----------TG-A----------AACTAACTTttatggcaccatactgta
gi|6 : A-A-TCAT--T---CTGAAGTTA-T-TTGT-GCTC-T-CG-TCACTATG-AAATTG-AAA--GCAT---TT---A---TA-AC--AAA--AC-ATCT-------AGG-------------AA-TTA--ACTT---CTA----TTTTG-----------GG---TTT----TAAA-G-ATT-TGAC-T-----AACT--AATAA-G-AAGATTTAGCAG-T--CCA-TTTTA-TTATA----T---TCTTTTTAT--------GTAGGAGTA-GAACAAAAACCTGGAGT-ATGGTCTTCT----TACAGTCATATAATATGTATG---------------------GTTTAAAATAC-A-A-ACA----ATGCATTTAGAC----TT-AGACCATGCAGAAATTGTA----GATA---------CATGT----AT---TATAGA---A---A-GT-----ATA--------AT--TTGACCT------TGA---ATA-AT-T--TG-ATTG-------TG-A-------------TCATTTAAAAGAGT-GTT-GTTTCCAATGAATTAT---GTTGTGAATAAAAAATGAAAATTGATTCAT
gi|6 : tgttaaGCATCATGCCATAA-----ATGA-AT-CAATTTT--CA--T-TTTTTATTC-AC--AAC-A-----------TAATTCATTG-GAAACAA-CAC------TCTTTttatggcatgatgcaatgt
gi|7 : tgttaaaatcattctgaagttatttgtgctctcgtcactatgaaattgaaagcatttataacaaaacatctaggaattaacttctattttgggttttaaagatttgactaactaataagaagatttagcagtccattttattatattctttttatgtaggagtagaacaaaaacctggagtatggtcttcttacagtcatataatatgtatggtttaaaatacaaacaatgcatttagacttagaccatgcagaaattgtagatacatgtattatagaaagtataatttgaccttgaataatttgattgtgatcatttaGTAGTGCCATAA-----ATGA-GT-CAACTTT--CA--C-GTTTTG--C-AC--TGT-ACAGG-------TAT---ATT------------T------CCTTTG--TTTG-AACA-A-TCTT--T---CTGAACTCG-T-TTTT-GTTC-A-AA-TGTTTATA-AAATCT-AAA--ATAT---TTTGAA-------C--AAA--AC-A-TT-------TGGA-CAT----------------ATTT---TGAAAACGTTTA-CCTGTTA-ACAA---TTT----TAAA-A-TTA-TGAC-TAAGGAAACTTTAACAT-C-AACTTCTAG-CA-TT-CAG-TTTCC-TTATATATGTA-ATCCTTT-----------GCAAaatgt
gi|7 : a----AAG-----ACAC----CG-AGACCAT----TAACTG-A----GATA--T---------GTGTA-ATG-GTGTAAA---AGTTT-CT-----ATA--------CA--TTGAatgtgtgtaagacaccgagaccattaactgagatatgtgtaatggtgtaaaagtttctatacattgaatctttcttatagtaaaatagatagaagttgactaatttttggcacaccgctgtatacctttatgaaatatattga
gi|7 : agtagtgccataaatgagtcaactttcacgttttgcactgtacaggtatatttcctttgtttgaacaatctttctgaactcgtttttgttcaaatgtttataaaatctaaaatattttgaacaaaacatttggacatattttgaaaacgtttacctgttaacaattttaaaattatgactaaggaaactttaacatcaacttctagcattcagtttccttatatatgtaatcctttgcaaatgtgtgtAGCGGTGTGCCAAAA-----ATTA-GT-CAACTTC--TATCT-ATTTTA-----C--TAT-A-----------atctttcttatagtaaaatagatagaagttgactaatttttggcacaccgctgtatacctttatgaaatatattga
gi|8 : agtagtgccataaatgagtcaactttcacgttttgcactgtacaggtatatttcctttgtttgaacaatctttctgaactcgtttttgttcaaatgtttataaaatctaaaatattttgaacaaaacatttggacatattttgaaaacgtttacctgttaacaattttaaaattatgactaaggaaactttaacatcaacttctagcattcagtttccttatatatgtaatcctttgcaaatgtgtgtaagacaccgagaccattaactgagatatgtgtaatggtgtaaaagtttctatacattgaatctttctAGTGCAGTACCATGA-----AAGA-GT-CATCTTT--AG--C-GTTTTA--C-----------------------------TG-AAA--AA-TGT------GCCTTG--TTTG-AAAA-A-ATAT--T---TTTAACTCC-T-TTTT-GCTA-T-AA-TTGTAATG-AAATCT-GAA--ACAT---TT---A---TT-AC--AAA--AC-ATC--------TGGA-C-TA-AATTGC-A-TTAAAAGTT------AAACTTTTG-AC----AGAAAA---TTG----CAGA-A-ATT-TTACATACTGAAACTTTTGTAT-G-AAGTTTTAG-CG-TTCCCA-TGTCA-TTATT----TACAT-CTTT-----------GT----------------ATTTTTAGT-GCGATATTCT----TACAGTCATATAATgtatacctttatgaaatatattga
gi|9 : cTCTATG-AAATCT-AAA--ATGC---TT---A---TT-CT--GAA--AC-ACCT-------TGG--CATA-AATTGTAA-TCATGATTT---TTAAAACCTTTG-CC----A-ACAA---TTG----CAGA----TA-TGAC-TGATGAAACTTTAACAT-C-AACTTTTAG-AG-TT-CCA-TTTCC-TTATA----TA-ATCCTTT-----------GTAAGAGAG-AAATGAAAACTTTGAGT-GTGGTGTTCTTCCATGCAGTCAGATAATATGTGTA-T---T----------G-ACTGTTT---ATGG-A-G-AAA----AAG-----ACAC----CA-AGACCAT----AAACTGCA----GATAT-TT--TTTC-TGT-TA-ACG-ATGTAAA---ATTTG-CT-----ATA--------AA--TTGAGGT------TTG---GTA-AG-T--TA-A----------TG-A----------AACTcatataactaacatatagtgtaaaagttagcctaccctagataattgtataataaattagaaaagtgatta
blockSeqs : TTATA T T TG TTTG TTCAC T CACTGCATGCA C AC CATTGGACA AT T T T T C AAT T T T T T T A A TT T GAG TGA ATA CCAG TT C TATGTATCT GA . C T TAA . TGTT G ATT TACT T T T G T A A A T AGT C G T TATGTA CTCTTAAGCTT T A G TCCA T TTAATGGTGTAA T A AAA G . A A AATT CATTT CATG . GCAG . TTTG CA G T T TAT C TTTAA TCAATAAT AT ATCATA TGA T T TA T ATAATTACTG A ATATTATATT T G ATA AT
blockSeqs : . . T . TTTG CTAT . CAGG . T ACAT . . G . . . . . . . . . . . T . G . . . GCT . . TC A . T . TAA . A . . . . . . T G A . . G CAG . . . TAC TAT A . . . T ATGCAT . C . T . . . . . . . A . TTTT C . . . . . A . . A . . . . . TTG . . C . . .
blockSeqs : . . . . TTTG CTGT . . . . TGT . . T . . . . . . . . . . . . . G . . . AT . . TT G . G . . . . . . . . . . A G A . . T CC . . . TA . T . . . T AT . G . T . . . . . . . . . TTT T . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . .
blockSeqs : . . . . TCTA TAC . . . . CAT . . G . . . . . . . . . . . . . A . . . CT . . TT G . C . . . . . . . . . . . C A . . A AG . . . TA . A . . . T TG . C . T . . . . . . . . . TTT G . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . .
blockSeqs : . . . . CTG TAA . . . . CTA . . C . . . . . . . . . . . . . G . . . AC . . TA A . G . . . . . . . . . . . G A . . T AG . . . TA . A . . . T TT . C . T . . . . . . . . . TG C . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . .
blockSeqs : . . . . TT CGC . . . . TAC . . C . . . . . . . . . . . . . G . . . CT . . TT G . T . . . . . . . . . . . G A . . T CA . . . AA . G . . . T TT . C . T . . . . . . . . . TT C . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . .
blockSeqs : . . . . CA TGC . . . . NNN . . C . . . . . . . . . . . . . A . . . AC . . TT G . G . . . . . . . . . . . A A . . T AG . . . TA . A . . . T AT . C . T . . . . . . . . . TT C . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . .
blockSeqs : . . . . CA NNN . . . . TGA . . A . . . . . . . . . . . . . A . . . CT . . T G . G . . . . . . . . . . . G A . . T AG . . . TA . A . . . T AT . C . T . . . . . . . . . TT C . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . .
blockSeqs : . . . . GG CGC . . . . CAT . . C . . . . . . . . . . . . . A . . . CT . . T G . G . . . . . . . . . . . G A . . A AG . . . A . A . . . . TT . C . T . . . . . . . . . TT C . . . . . . . . . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . CA TGC . . . . CAT . . C . . . . . . . . . . . . . G . . . CT . . T G . G . . . . . . . . . . . A A . . T CA . . . T . T . . . . T . . . . . . . . . . . . . TT C . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . TA CGC . . . . CAT . . C . . . . . . . . . . . . . G . . . CT . . T G . G . . . . . . . . . . . A . . . T CG . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . TT C . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . CT TGC . . . . CAC . . C . . . . . . . . . . . . . G . . . TC . . T A . G . . . . . . . . . . . G . . . T AG . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . NN CGC . . . . TGT . . C . . . . . . . . . . . . . A . . . AC . . T A . G . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . CA CAC . . . . T . . A . . . . . . . . . . . . . A . . . AC . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . .
blockSeqs : . . . . CA CT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . CT . . T . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . CA CG . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . C .
blockSeqs : . . . . CA C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . CA C . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . TT C . . . . .
blockSeqs : . . . . CG C . .
blockSeqs : . . . CG . .
blockSeqs : . . . C
blockSeqCons : CGC***** ** CT*** T******** AG** NT************** **** TT****
originalCons : AGCGTAGTGCCATAA-----ATGA-GT-CAACTTT--CA--C-GTTTTA--C-GC--TAT-A-----------TATTTCATTG-AAA--AA-CGT------CCTTTG--TTTG-AACA-A-GCAT--T---CTGAACTCA-A-TTTT-GCTC-T-AA-CTTTTATG-AAATCT-AAA--ACGT---TT---A---TT-CC--GAA--AC-ACCT-------TGGG-CATA-AATTGTAA-TCATGATTT---TTAAAACCTTTG-CC----A-ACAA---TTG----CAGA-A-ATA-TGAC-TGATGAAACTTTAACAT-C-AACTTTTAG-AG-TT-CCA-TTTCC-TTATA----TA-ATCCTTT-----------GTAAGAGAG-AAACGAAAACTTTGAGT-GTGGTGTTCT----TACAGTCATATAATATGTGTA-T---T----------G-GCTGTTT---ATGG-A-G-AAA----AAG-----ACAC----CA-AGACCAT----AAACTGCA----GATA--TT--TTTC-TGT-TA-ATG-ATGTAAA---ATTTA-CT-----ATA--------AA--TTGAGGT------TTG---GTA-AG-T--TA-A----------TG-A----------AACTAACTTAGAGAGGTGGTT-GTTTTCAATGAATTAT---ATAGTAA--AACAAATAAAAGTTGACTCAT
finalCons : AGCGTAGTGCCATAA-----ATGA-GT-CAACTTT--CA--C-GTTTTACGC-----TAT-A-----------TATTTCATTG-AAA--AA-CGT------CCTTTG--TTTG-AACA-A-GCAT--T---CTGAACTCA-A-TTTT-GCTC-T-AA-CTTTTATG-AAATCT-AAA--ACGT---TT---A---TTCT---GAA--AC-ACCT--------GGG-CATA-AATTGTAA-TCATGATTT---TTAAAACCTTTG-CC----A-ACAA---TTG----CAGA-A-ATA-TGAC-TGATGAAACTTTAACAT-C-AACTTTTAGAG--TT-CCA-TTTCC-TTATA----TA-ATCCTTT-----------GTAAGAGAG-AAACGAAAACTTTGAGT-GTGGTGTTCT----TACAGTCATATAATATGTGTANT--------------G-GCTGTTT---ATGG-A-G-AAA----AAG-----ACAC----CA-AGACCAT----AAACTGCA----GATATT----TTTC-TGT-TA-ATG-ATGTAAA---ATTTA-CT-----ATA--------AA--TTGAGGT------TTG---GTA-AG-T--TA-A----------TG-A----------AACTAACTTAGAGAGGTGGTT-GTTTTCAATGAATTAT---ATAGTAA--AACAAATAAAAGTTGACTCAT
Alignments
lowQualScore : 11111 11111111 11111111111 1111111111 1111 11111111 11111111111 111111 111111 11111 11111111 111111 1111111111 1111111111
lowQualScore : 44444 1 3 22 00000 33333333 1 33333333333 2 44 2222222222 33 2 1 2 2 55 333 2 2 2 2 2 2 0 2 4 22 3 333 666 2 55 2222 11111111 22 2 2 444 888 2 7777 2 444 5555 333 2 8 4 1 2 2 2 6666 2 2 2 8888888 88888888888 2 3 3 6666 0 3 4 555555 555 1 3 3 3 6666 77777 6666 3 9999 6666 111111 0 22 2 2 2 555 2 00000 00000000 33 111111 555 3 3 44 3 8888888888 3 4444444444 1 4 777 66 0
lowQualScore : ..... . . .. ..... ........ . ........... . .. .......... .. . . . . .. ... . . . . . . . . . .. . ... ... . .. .... ........ .. . . ... ... . .... . ... .... ... . . . . . . . .... . . . ....... ........... . . . .... . . . ...... ... . . . . .... ..... .... . .... .... ...... . .. . . . ... . ..... ........ .. ...... ... . . .. . .......... . .......... . . ... .. .
lowQualScore : 88888 7 5 44 66666 00000000 8 11111111111 0 88 7777777777 77 7 4 1 1 00 777 1 1 1 1 1 1 1 0 2 99 2 999 111 4 66 4444 66666666 66 5 5 111 888 5 8888 5 444 3333 000 5 0 3 7 5 5 6 9999 7 7 9 0000000 66666666666 0 1 1 5555 4 3 2 222222 888 1 3 3 3 5555 77777 5555 1 6666 1111 222222 6 99 7 7 7 000 9 00000 44444444 99 999999 444 1 1 22 1 8888888888 1 6666666666 8 4 888 11 1
consensus : AGCGTAGTGCCATAA-----ATGA-GT-CAACTTT--CA--C-GTTTTA--C-GC--TAT-A-----------TATTTCATTG-AAA--AA-CGT------CCTTTG--TTTG-AACA-A-GCAT--T---CTGAACTCA-A-TTTT-GCTC-T-AA-CTTTTATG-AAATCT-AAA--ACGT---TTA---TT-CC--GAA----AC--------ACCT-GGGCATA-AATTGTAA-TCATGATTT---TTAAAACCTTTG-CC----A-ACAA---TTG----CAGA-A-ATA-TGAC-TGATGAAACTTTAACAT-C-AACTTTTAG-AG-TT-CCA-TTTCC-TTATA----TA-ATCCTTT-----------GTAAGAGAG-AAACGAAAACTTTGAGT-GTGGTGTTCT----TACAGTCATATAATATGTGTAATG----GCTGTTT---ATGG-A-G-AAA----AAG-----ACAC----CA-AGACCAT----AAACTGCA----GATA--TT--TTTC-TGT-TA-ATG-ATGTAAA---ATTTA-CT-----ATA--------AA--TTGAGGT------TTG---GTA-AG-T--TA-A----------TG-A----------AACTAACTTAGAGAGGTGGTT-GTTTTCAATGAATTAT---ATAGTAA--AACAAATAAAAGTTGACTCAT
Reference ( family-1591 ) : AGCGTAGTGCCATAA-----ATGA-GT-CAACTTT--CA--C-GTTTTA--C-GC--TAT-A-----------TATTTCATTG-AAA--AA-CGT------CCTTTG--TTTG-AACA-A-GCAT--T---CTGAACTCA-A-TTTT-GCTC-T-AA-CTTTTATG-AAATCT-AAA--ACGT---TTA---TT-CT--GAA----AC--------ACCT-GGGCATA-AATTGTAA-TCATGATTT---TTAAAACCTTTG-CC----A-ACAA---TTG----CAGA-A-ATA-TGAC-TGATGAAACTTTAACAT-C-AACTTTTAG-AG-TT-CCA-TTTCC-TTATA----TA-ATCCTTT-----------GTAAGAGAG-AAACGAAAACTTTGAGT-GTGGTGTTCT----TACAGTCATATAATATGTGTANTG----GCTGTTT---ATGG-A-G-AAA----AAG-----ACAC----CA-AGACCAT----AAACTGCA----GATA--TT--TTTC-TGT-TA-ATG-ATGTAAA---ATTTA-CT-----ATA--------AA--TTGAGGT------TTG---GTA-AG-T--TA-A----------TG-A----------AACTAACTTAGAGAGGTGGTT-GTTTTCAATGAATTAT---ATAGTAA--AACAAATAAAAGTTGACTCAT
gi|1 : GTGTAGTGCCATAA-----ATAA-GT-CAATTTT--CA--C-GTTTTA--T-GCACGAT-A-----------TTTTTAATTA-AAA--AA-TAT------CCTTTG--TTTG-AACA-A-GCATATT---CAAAACTCA-A-TTTT-GCTC-C-TA-CTTTTATG-AAATCT-AAA--GCAT---TNA---
gi|1 : A-A-GCAT--T---N-AAACTCA-A-TTTT-GCTC-C-TA-CTTTTATG-AAATTT-AAA--GC------TA---TT-ATA-GAA----AC--------ATTT-GGACATATAATC-TAT-TCATGATTT---TTAAAACA--TGACC----G-ACAT---TTG----CAGA-G-ATA-TAAC-TAATGGAACTTTAACAT-T-TACTGTTAGTAA-TT-CCG-TTTCC-TGGTA----CA-ATCCTTT-----------ATAAGAGTG-GAGTGGAAACTTTGAGT-GTGATGTTCT----TACCGTCCTATAATAAGTGTA-TG----GATGTTT---AGGGAA-G-AAA----ACG-----ACA------ATGGAGCAA----AAA---CAATTTGATA------TGTG-TGT-TA-ATG-GTGTAAaactcaattttgctcctacttttatgaaatttaaagctattatagaaacatttggacatataatctattcatgatttttaaaacatgaccgacatttgcagagatataactaatggaactttaacatttactgttagtaattccgtttcctggtacaatcctttataagagtggagtggaaactttgagtgtgatgttcttaccgtcctataataagtgtatggatgtttagggaagaaaacgacaatggagcaaaaacaatttgatatgtgtgttaatggtgtaangatgtttagggaagaaaacgacaatggagcagaaaatgttgatatgtgtgttaatggtgtagcagttatataaatcgaatcttgaaatgtttatgaaagtgatttagagaagttttgttttcagtgaattatatagtagaataaataaaagtacactcacgtatggcactaaactgtattt
gi|1 : gtgtagtgccataaataagtcaattttcacgttttatgcacgatatttttaattaaaaaatatcctttgtttgaacaagcatattcaaaactcaattttgctcctacttttatgaaatctaTAATG-GTGTAANG----A-TGTTT---AGGG-AAG-AAA----ACG-----ACAA----TG--GAGCAG----AAAATGTT----GATA--TG--TGT---GT-TA-ATG-GTGTAGC---AGTTA--T-----ATA--------AA--TCGAATC------TTG---AAA-TG-T--TT-A----------TG-A----------AAGTGATTTAGAGAAGTT-TT-GTTTTCAGTGAATTAT---ATAGTAG--AATAAATAAAAGTACACTCAngatgtttagggaagaaaacgacaatggagcagaaaatgttgatatgtgtgttaatggtgtagcagttatataaatcgaatcttgaaatgtttatgaaagtgatttagagaagttttgttttcagtgaattatatagtagaataaataaaagtacactcacgtatggcactaaactgtattt
gi|1 : gtgtagtgccataaataagtcaattttcacgttttatgcacgatatttttaattaaaaaatatcctttgtttgaacaagcatattcaaaactcaattttgctcctacttttatgaaatctaaagcattnaaactcaattttgctcctacttttatgaaatttaaagctattatagaaacatttggacatataatctattcatgatttttaaaacatgaccgacatttgcagagatataactaatggaactttaacatttactgttagtaattccgtttcctggtacaatcctttataagagtggagtggaaactttgagtgtgatgttcttaccgtcctataataagtgtatggatgtttagggaagaaaacgacaatggagcaaaaacaatttgatatgtgtgtTAGTGCCATAC-----GTGA-GT-GTACTTT--TA--T-TTATTC--T-AC--TAT-A-----------TAATTCACTG-AAA--Acgtatggcactaaactgtattt
gi|10 : gtgtagtgccataaataagtcaattttcacgttttatgcacgatatttttaattaaaaaatatcctttgtttgaacaagcatattcaaaactcaattttgctcctacttttatgaaatctaaagcattnaaactcaattttgctcctacttttatgaaatttaaagctattatagaaacatttggacatataatctattcatgatttttaaaacatgaccgacatttgcagagatataactaatggaactttaacatttactgttagtaattccgtttcctggtacaatcctttataagagtggagtggaaactttgagtgtgatgttcttaccgtcctataataagtgtatggatgtttagggaagaaaacgacaatggagcaaaaacaatttgatatgtgtgttaatggtgtaangatgtttagggaagaaaacgacaatggagcagaaaatgttgatatgtgtgttaatggtgtagcagttatataaatcgaatcttgaaatgtttatgaaagtgatttagagaagttttgGCATCGTGTTGTAA-----ATGA-GT-CAACTTT--CA--C-ATTTTA--T-AA--TAT-G-----------CATTTCATTGCCAA--AA-TGT------CCTTTG--TTTG-AATA-A-TCAT--T---C-AAACTCATA-TTTC--CTCTT-GA-TTTTTATG-AAATTT-AAATTAC-T---TCA---AT-AT--AAATT--ACATTTATGTATCT-GGACATA-AATTCTCT-TCATGATTT---TATGAACTTTTA-CA----A-ACAAATTTTA----CAGA-A-TGA-TAAA-TTATGAAACAATAACTT-A-AACTTTCAG-CC-TC-CCT-TTTCC-TTATA----TA-ATCCCTA-----------GTAACAGTG-GAACAACAACCAC------TGGTGTTCT----TACAGTCAaactgtattt
gi|11 : tATCT-AAA--ACGT---TTA---TT-CT--GAA----AC--------ACCT-AGGCATA-ATTTTTAA-TCATGCTTT---TTAAAACCTTTG-CC----A-CCAA---TTG----CAGA-A-ATA-TGAC-TGATAAAACTTTAACAG-C-AAC-TTTAT-AG-TT-CCA-TTTCCTTTATA----TA-ATCCTTT-----------GATAGAGAGAAAACAAAAATTTTGAGTGGTGGTGTTCT----TACAGTCATATAATATGTTTAATGT---GCTGTTT---ATGG-A-G-AAA----AAG-----ACAT----CA-AGACCATA---AAACTGCA----GATA--TT--TCTC-TGT-TA-ATG-ATGTAAA---ATAAA-CT-----ATA--------AA--TTGAGGT------TTG---GTA-AG-T--TA-A----------TG-ctacca
gi|12 : TTCTTT-----------GTAAAGGTA-GAATGAAAAC-TTGAAT-A-GGTGTTCT----TA-AGTTATATGATATATATGA-G-------GTTT---A--------AAA----AGA-----AAAC----CA-GG--CAG----AAATTTTA----AGTA--TTTGTTTT-TGT-GATATA-A-GTATA---GTTTA-CCTTTAAATATCAATAATAA--TTAAAATATCATACTGTGAATA-CA-T--TATA----------TT-A----------AATTAA-TTAGAAAAGTGGTTGGTTCTTAATTAA-TGT---ATCATAA--ACAAAACAGTAGTTGACTCAT
gi|12 : GTGCTATGA-----ATGA-GT-CAACT-----A--CTGTTTTtcatagcacgatcagtagtg
gi|13 : ttctttgtaaaggtagaatgaaaacttgaataggtgttcttaagttatatgatatatatgaggtttaaaaagaaaaccaggcagaaattttaagtatttgtttttgtgatataagtatagtttacctttaaatatcaataataattaaaatatcatactgtgaatacattatattaaattaattagaaaagtggttggttcttaattaatgtatcataaacAGCGTAGAGCCATAA-----ATGA-GTTCAACTTT--CA--C-ATTT-A--C--T--TATTA-----------TATTTCATTG-AAA--AC-CAT------CCTTTG--TTTG-AAGATA-GTAT--C---CTGAACTAA-ATTTTT-GCTC-T-AATTTTTTATGAAAATCTAAAA--ACGT---TTA---TT-CCAGGAA----AC--------ACCT-AGGCATA-AATTGTAATTCATGATTTTAATTAA---CTCTG-CCA---A-ACAA---TTG----CAGA-A-ATATTGACGTGATGAAACTTTAACAT-CAAACGTTTAG-AGTTT-CCA-TTTTC-gatcagtagtg
gi|14 : AACGTAGTCCCGTAA-----ATGA-GTTCAGCTTT--CA--G-GTTT-A--C-GC--TAT-ACACTGCATGCATATTTCAGT---AA--AA-CTA------CCTTTGATTTTA-AAT----TCAT--T---CTGAAGTCA-T-GTTT-GCTC-T-AA-TCATCATG-AAATCG-AAG--TCAT---TTA---TT-AC--AAA----AC--------ATCT-GGACAAA-AATTCT-C-TCA-----------AGAAGTTTTA-CC----A-ACAA---TTG----TAAATATATA-TAAC-GCTTGAAATGCAAACAG-C-ACTTTTTAC-A--CT-CCA-TTT
gi|15 : gT-----------GTAAGGTAG-AA-TGAAA-CCTTGAAT-GAGGTGTTCT----TA-AGTTATATGATA----TATTG----AGTGTTT--------A-G-AAA----AGA-----AAAC----CA-GG--CAG----AAATTTTA----AGTA--TT--TGTG-TTT-TA-GTGTATATAAGTATGTTTACCT-----TTA--------AA--ATCA--TA-----TTA---ATA-AA-A--TA-AATAATTACTGTG-AATATTATATTAATTAATTTAGAAAAGTGGTT-G-TTTCAATTTAATGT---ATCATAA--ACAAAACAGTAGTTGACTCATtatca
gi|16 : CATAA-----ATGATGT--AACTTT--CA--C-ATTT-A--C-G---TAT-A-----------T-TTTCATTG-AAA--AAACAT------CCTTTG--TTTGTAAGA-A-G-ATC-T---CTGAACTAA-A-TTTTTGCTC-TTAA---TTTATG-AAATCTTAAA--ACGT---T-A---TT-CT--GAA----ACC-------ACCT-AGGCATA-AATTGTAA-TCATGATTTTAATTAA---CTCTG-CC----A-ACAA----TG----CAG--A-ATA-TGACTTGATG-AACTTTAACATAC-AAC-TTTAG--G-TT-CCA-TTTTC-tca
gi|17 : gAATATGTGTAATGCATGGCTGTTT---ATGG-A-G-AAA----AAG-----ACAC----CA-AGACCAT----AAACTGCA----GATA--TT--TTTC-TGT-TA-ATG-ATGTAAA---ATTTA-CT-----ATA--------AA--TTAAGGT------TTG---GTA-AG-T--TA-A----------TG-A----------AACTAACTTAGAGAGGTGGTT-GTTTTCAATGAATTAT---ATAGTAA--AACAAACAAAAGTTGACTAAT
gi|17 : AGTATGGTGCCATAA-----ATTA-GT-CAACTTT--TGTTT-GTTTTA-----C--TAT-A-----------TAATTCATTG-AAA--Attatggcaccatactgta
gi|18 : aatatgtgtaatgcatggctgtttatggagaaaaagacaccaagaccataaactgcagatatttttctgttaatgatgtaaaatttactataaattaaggtttggtaagttaatgaaactaacttagagaggtggttg----GATA--TT--TTGC-AGT-TA-ATG-ATGTAAA---ATTTA-CT-----ATA--------AA--TTGAGGT------TTG---GTA-AG-T--TA-G----------TG-A----------AACTAACTTTAAGAGGTGGTT-GTTTTCAATGGATTAT---ATAGTAA--AACAAATAAAAGTTGACTCATgta
gi|18 : AGTATGGTACCATGA-----ATGA-GT-CAACTTT--TATTT-GTTTTA-----C--TAT-A-----------TAATCCATTG-AAA--Atcatggtaccatactgcat
gi|19 : gatattttgcagttaatgatgtaaaatttactataaattgaggtttggtaagttagtgaaactaactttaagaggtggttgACA-ATGCAT--T---CGGAATGTA-A-TTTT-GCTC-T-AT-CT-----------CC-CAA--ACGT---T-A---T--CA--CAATAT-AC--------ATCG-GGACATA-AATTTTAT-TTATGATTT---TTAAAACTTTTA-TC----A-ATAA---CTGTACTTAGA-C-ATA-TATC-T------AGTTTAACAT-C-AAgcat
gi|2 : g-A-ACGT--C---CTGAACTCA-A-ATTT-GCTC-T-AA-CTTTTATG-AAATTT-AAA--ACAT---TTAATATT-CT--GAA----AC--------ACCT-AGGCATA-AATTGTAA-ACATGATTT---TTGAAACCTTTG-CC----A-ACAA---TTG----CAGA-A-ATA-TGAC-TGGTGAAACTTTTACAT-C-AACATCTAT-AG-TT-CCA-TTTCC-TTATA----TA-ATCCTTT-----------GTAAGAGAG-AAACAAAAACTTTGAGT-GTG---------------------------GTGTAATG----GCTGTTT---ATGG-A-G-AAAAATTAAG-----ACAC----CA-AGACCAT----AAACTGCA----GATGTTTT--TTTC-TGT-TA-ATG-ATGT------ATTTA-CT-----ATA--------AA--TTGAGGT------TTG---GTA-AG-TTATA-A----------TG-A----------AACTATCTTAGAGAGGTGGTT-GTTTTCAATGAATTATATAATAGTAA--AACAAATAAAAGTGGACTCAT
gi|2 : aaggtacagcgtagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncattAGTATGGTGCCATAA-----ATGA-GT-CCACTTT--TATTT-GTTTTA--CTAT--TAT-A-----------TAATTCATTG-AAA--Attatggcaccatactgtat
gi|20 : aaggtacagcgtagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncattaacgtcctgaactcaaatttgctctaacttttatgaaatttaaaacatttaatattctgaaacacctaggcataaattgtaaacatgatttttgaaacctttgccaacaattgcagaaatatgactggtgaaacttttacatcaacatctatagttccatttccttatataatcctttgtaagagagaaacaaaaactttgagtgtggtgtaatggctgtttatggagaaaaattaagacaccaagaccataaactgcagatgtttttttctgttaatgatgtatttactataaattgaggtttggtaagttataatgaaactatcttagagaggtggttgTGA-TT-AAACTTT--GA--T-ATTTTA--T-GC--TGT-A-----------ATTTTCATTA-AAAT-AA------------TTTA--TTTA-AA-A-A-GAAT--TAATCTAAAATGA-A-TTTT-GCTG-T-AA-TTATCATG-AAATTC-AAA--GCATGAGTTA---TTGCT--GAA----gtat
gi|21 : AGCATAGTGCCAAAA-----AT-A-GT-CAACTTTTGCA--C-TTTTTG--CTGT--AAT-A-----------TATTTCATTC-AAA--AA-TAC------CATTTG--TTTG-AGCA-A-GTAT--T---CTGAACTCA-A-TTTT-GCTC-C-AT-CTTTCCTG-AAGTCT-AAA--Atgt
gi|22 : AGCGTAGTNNNNNNN-----NNNN-NN-NNNNNNN--NN--N-NNNNNN--N-NN--NNN-N-----------NNNNNNNNNN-NNN--NN-NNN------NNNNNN--NTTG-TACA-A-GCAT--T---CTGAACTC--A-TTTT-GCTC-T-AA-CTTT
gi|23 : ctacAGTGAAGTGCTATAC-----ATGA-GT-CGACATT--CA--C--------------------------------ATTTCATTG-AAA--AA-TGA------CCTTTG--TGTG-AAAA-A-ATAT--T---CTGAACTCA-T-TTTT-GCAC-A-AG-ATCTTATA-AAA
gi|24 : A-GT-CAACTTT--CG--C-ATTTTA--C-GC--TAT-A-----------TATTTCATTG-AAA--AA-CATTGGACATCCTTG--TATG-AACA-A-GCAT--T---CTGAACTCA-A-TTTT-GC--------CTCTTATA-Aa
gi|25 : AT-T-AACTTCCAG-CA-TT-TCA-TTTCC-TTATA----AA-ATGCTTTCTCTTAAGCTTGCAAGAGGG-GGACAAAATCCTTGGGT-GTGGTGTTCT----CA
gi|26 : T-TA-ATG-ATGTTAA---ATTTA-CTA----ATA--------AAATTCGAGGT------TTG---GTATAGTT--TA-A----------TGAA----------AACTAATTTA
gi|27 : ctgtc-AAATAT-AAA--ACAT---TTA---TT-CT--GAA----AC--------ACCT-AGGCATA-AATTGTAA-TCA
gi|28 : AGCGTAGTGCCATAA-----CTGA-GT-CAACTTT--CA--C-ATTTTA--T-GC--TAT-
gi|29 : ---TTAAAACCTTTG-TC----A-ACAA---TTG----TAGA-A-ATA-TG
gi|3 : AGTGTAGTGCCATAATTATAATGA-GT-CAACTTT--CA--C-ATTTTA--C-GC--TAT-A-----------TATTTCATTG-AAA--AA-CAT------CCTTTG--TTTG-AACA-A-GCAT--T---CTGAACTCA-A-TTTT-GCTC-T-AA-CTTTTATG-AAATCT-AAA--AGGT---TTA---TT-CT--GAA----AC--------ACCTTGGGCATA-AATTGTAG-TTATGATTT---TTAAAACCTTTG-CC----A-ACAA---TTG----CAGA-A-ATA-TAAC-TAATGAAACTTTAACAT-C-AACTTTTAG-AG-TT-CCA-TTTCC-TTATA----TA-ATCCTTT-----------GTAAGAAAG-AAACGAAAACTTTGAGT-GTGGTGTTCT----TACAGTCATATAATATGTGTATTG----GCTGTTT---ATGG-A-G-AAA----AAG-----ACACCATGCA-AGACCAT----AAACTGCA----GATA--TT--TTTC-TGT-TA-ATG-ATGTAAA---ATTTA-CT-----ATA--------AA--TTGAGGT------TTG---GTA-AG-T--TA-A----------TG-A----------AACTAATTTAGAGAGGTGGTT-GTTTTCAATGAATTAT---ATAGTAA--AACAAATAAAAGTTGACTCAT
gi|4 : GCGTAATGCCATCA------TGA-GT-AAACTTT--CA--C-ATTTAG--T-GC--AAT-A-----------TATTTCATTG-AAA--AA-CAT------CCTTTG--TTCG-AACA-A-GTAT--T---CTGAACTCA-A-TTTT-GCTC-T-AA-CTTTTATG-AAATTT-AAA--ACGT---TTA---TT-CT--GAA----AC--------ACGT-AGGCATA-AATTGTAA-TCATGATTT---TTAAAACCTTTG-CC----A-ACAA---TTG----CAGA-A-ATA-TGAC-TGATGAAACTTTCACAT-C-AACTTTTAG-AG-TT-GCAGTTTCC-CTATA-----A-ATCCTTT-----------GTAAGGGAG-AAACAAAAACTTTGAGT-GTGGTGTTCT----TACACTTATATAATATGTGTAATG----GCTGTTT---ATGG-A-G-AAA----AAG-----ACAC----CA-AAACCAT----AAACTGCA----AATA--TT--TTTC-TGT-TA-ATG-ATGTAAA---ATTTA-CT-----ATA--------AA--TTGAGGT------TTG---GTA-AG-T--TA-A----------TG-A----------AACTAACTTAGAGAGATGGTT-GTTTTCAATGAATTAT---ACAGTAA--AGCCAATAa
gi|5 : AGCGTAGTGCCAT---------GA-GT-CAACTTT--CA--C-ATTTTA--C-GC--TCT-G-----------CATTTCATTG-AAA--AA-CAT------CCCTTG--TATG-AACA-A-GCAT--T---CTGAACTCA-A-TTTT-GCTC-T-AA-CTTCTATG-AAATCT-AAA--ACGC---TTAT--TT-CT--G-A----AC--------ACCT-TGGCATA-AATTGTAA-TCATGATTT---TTAAAACCTTTG-TC----A-ACAA---TTG----CAGA-A-ATA-TGAC-TGATG-AACTTTAACAT-C-AACTTTTAG-AG-TT-CCA-TTTCC--TAT--------ATCCTTT-----------GTAAGAGAG-AAATGAAAACTTTGAGT-GTGGTGTTCT----TACAGTCATATAATATGTGTGATG----GCTGTTT---ATGG-A-GAAAA----AAG-----ACAC----CA-AGACCAT----AAACTGCA----GATAT-TT--TTTC-TGT-TA-ATG-ATGTAAA---ATTTG-CT-----TTA--------AA--TTGAGGT------TTG---GTA-AG-T--TA-A----------TG-A----------AACTAACTTttatggcaccatactgta
gi|6 : A-A-TCAT--T---CTGAAGTTA-T-TTGT-GCTC-T-CG-TCACTATG-AAATTG-AAA--GCAT---TTA---TA-AC--AAA----AC--------ATCT-AGGAATT-AACTTCTA-TTTTGGGTT---TTAAAG------------------A---TT----------------TGAC-T-----AACT--AATAA-G-AAGATTTAGCAG-T--CCA-TTTTA-TTATA----T---TCTTTTTAT--------GTAGGAGTA-GAACAAAAACCTGGAGT-ATGGTCTTCT----TACAGTCATATAATATGT---ATG-------GTTTAAAATAC-A-A-ACA----ATGCATTTAGAC----TT-AGACCATGCAGAAATTGTA----GATA---------CATGT----AT---TATAGA---A---A-GT-----ATA--------AT--TTGACCT------TGA---ATA-AT-T--TG-ATTG-------TG-A-------------TCATTTAAAAGAGT-GTT-GTTTCCAATGAATTAT---GTTGTGAATAAAAAATGAAAATTGATTCAT
gi|6 : tgttaaGCATCATGCCATAA-----ATGA-AT-CAATTTT--CA--T-TTTTTATTC-AC--AAC-A-----------TAATTCATTG-GAAACAA-CAC------TCTTTttatggcatgatgcaatgt
gi|7 : tgttaaaatcattctgaagttatttgtgctctcgtcactatgaaattgaaagcatttataacaaaacatctaggaattaacttctattttgggttttaaagatttgactaactaataagaagatttagcagtccattttattatattctttttatgtaggagtagaacaaaaacctggagtatggtcttcttacagtcatataatatgtatggtttaaaatacaaacaatgcatttagacttagaccatgcagaaattgtagatacatgtattatagaaagtataatttgaccttgaataatttgattgtgatcatttaGTAGTGCCATAA-----ATGA-GT-CAACTTT--CA--C-GTTTTG--C-AC--TGT-ACAGG-------TAT---ATT------------T------CCTTTG--TTTG-AACA-A-TCTT--T---CTGAACTCG-T-TTTT-GTTC-A-AA-TGTTTATA-AAATCT-AAA--A-------TA---TT-TT--GAACAAAAC--------ATTT-GGACATA----------------TTT---TGAAAACGTTTA-CCTGTTA-ACAA---TTT----TAAA-A-TTA-TGAC-TAAGGAAACTTTAACAT-C-AACTTCTAG-CA-TT-CAG-TTTCC-TTATATATGTA-ATCCTTT-----------GCAAaatgt
gi|7 : a----AAG-----ACAC----CG-AGACCAT----TAACTG-A----GATA--T---------GTGTA-ATG-GTGTAAA---AGTTT-CT-----ATA--------CA--TTGAatgtgtgtaagacaccgagaccattaactgagatatgtgtaatggtgtaaaagtttctatacattgaatctttcttatagtaaaatagatagaagttgactaatttttggcacaccgctgtatacctttatgaaatatattga
gi|7 : agtagtgccataaatgagtcaactttcacgttttgcactgtacaggtatatttcctttgtttgaacaatctttctgaactcgtttttgttcaaatgtttataaaatctaaaatattttgaacaaaacatttggacatattttgaaaacgtttacctgttaacaattttaaaattatgactaaggaaactttaacatcaacttctagcattcagtttccttatatatgtaatcctttgcaaatgtgtgtAGCGGTGTGCCAAAA-----ATTA-GT-CAACTTC--TATCT-ATTTTA-----C--TAT-A-----------atctttcttatagtaaaatagatagaagttgactaatttttggcacaccgctgtatacctttatgaaatatattga
gi|8 : agtagtgccataaatgagtcaactttcacgttttgcactgtacaggtatatttcctttgtttgaacaatctttctgaactcgtttttgttcaaatgtttataaaatctaaaatattttgaacaaaacatttggacatattttgaaaacgtttacctgttaacaattttaaaattatgactaaggaaactttaacatcaacttctagcattcagtttccttatatatgtaatcctttgcaaatgtgtgtaagacaccgagaccattaactgagatatgtgtaatggtgtaaaagtttctatacattgaatctttctAGTGCAGTACCATGA-----AAGA-GT-CATCTTT--AG--C-GTTTTA--C-----------------------------TG-AAA--AA-TGT------GCCTTG--TTTG-AAAA-A-ATAT--T---TTTAACTCC-T-TTTT-GCTA-T-AA-TTGTAATG-AAATCT-GAA--ACAT---TTA---TT-AC--AAA----AC--------ATCT-GGAC-TA-AATTGC-A-TTAAAAGTT------AAACTTTTG-AC----AGAAAA---TTG----CAGA-A-ATT-TTACATACTGAAACTTTTGTAT-G-AAGTTTTAG-CG-TTCCCA-TGTCA-TTATT----TACAT-CTTT-----------GT----------------ATTTTTAGT-GCGATATTCT----TACAGTCATATAATgtatacctttatgaaatatattga
gi|9 : cTCTATG-AAATCT-AAA--ATGC---TTA---TT-CT--GAA----AC--------ACCT-TGGCATA-AATTGTAA-TCATGATTT---TTAAAACCTTTG-CC----A-ACAA---TTG----CAGA----TA-TGAC-TGATGAAACTTTAACAT-C-AACTTTTAG-AG-TT-CCA-TTTCC-TTATA----TA-ATCCTTT-----------GTAAGAGAG-AAATGAAAACTTTGAGT-GTGGTGTTCTTCCATGCAGTCAGATAATATGTGTATTG----ACTGTTT---ATGG-A-G-AAA----AAG-----ACAC----CA-AGACCAT----AAACTGCA----GATAT-TT--TTTC-TGT-TA-ACG-ATGTAAA---ATTTG-CT-----ATA--------AA--TTGAGGT------TTG---GTA-AG-T--TA-A----------TG-A----------AACTcatataactaacatatagtgtaaaagttagcctaccctagataattgtataataaattagaaaagtgatta