lowQualScore : 2 777 2222 111 11 111 11 2222222 222 111 11 11 1 1 111 333333333333333 111 1111111 66666666666666666666666 11111 1111111 1111111 11111111111111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555 44444444444444444444444444444444444444444444444 1111111 11111111111 555555555 4444444444444 666666666666666666 11 111111111 1111111 666
lowQualScore : 0 000 8888 5 6 444 3 11 888 7 00 1111111 222 8 0 111 55 33 99 77 5 5 0 1 000 1 77 5 77 5 77 66 888 5 666666666666666 5 444 4 6666666 7777 2 44 44444444444444444444444 00000 7777777 8 8888888 88888888888888888 4 9999 1 4 3333333333333333333333333333333333333333333333333 555 2 00000000000000000000000000000000000000000000000 3333333 4 88888888888 4 55 44 55 88 000000000 3 3 4444444444444 3 3 3 3 000000000000000000 66 3 888888888 44 0 3 999999 0000000 88888 111 4 4
lowQualScore : . ... .... . . ... . .. ... . .. ....... ... . . ... .. .. .. .. . . . . ... . .. . .. . .. .. ... . ............... . ... . ....... .... . .. ....................... ..... ....... . ....... ................. . .... . . ................................................. ... . ............................................... ....... . ........... . .. .. .. .. ......... . . ............. . . . . .................. .. . ......... .. . . ...... ....... ..... ... . .
lowQualScore : 0 000 0000 0 4 000 8 00 333 3 88 7777777 000 0 8 777 88 33 22 99 7 6 1 7 000 7 99 7 99 7 99 44 888 0 555555555555555 0 000 0 9999999 8888 2 88 66666666666666666666666 00000 7777777 9 9999999 11111111111111111 4 4444 7 4 8888888888888888888888888888888888888888888888888 999 9 11111111111111111111111111111111111111111111111 0000000 0 33333333333 7 55 77 00 66 000000000 6 6 9999999999999 6 6 6 6 888888888888888888 88 3 333333333 66 2 1 666666 8888888 33333 222 0 0
consensus : AAATTCAA---TTATT---GCTAAATCATAACTCATTNAAAATCCTG---AAATTG--TCTTCATCA---TTTATCT-TTAAT-------TGTTT---TAACC-TTAGAAA---AT--CACTTTTA-TGC--TAACT--G-CCATNTACCACTAAT---ATA--ATT-AGCAT--TGCCACA-GA--CTC-GTC---CATC-A-ATAT---T--C---T-TAAGGA---TA-T---A---CAC--A-TGTATG-TGT---GTA-G-ATG----------TATGT-----ACAGTT----TAAT-GATGT-------TAT----A-ANA---A-TT-GTG-TA----AATTGG-AC-TAA--------T--A-T-ATA------------T---G-T-NTGTG--GTG-T-ATCAATCAC--TA-T-TATC--AA----TGTA-CAAT----CATAA--C-T----ATT-------GT-C-A---------AACACTA--TTAC-TAT--G--CCATGCT------CATTA-TT-ATCAGTATT--TT--AAAAT-T-A-TT-GTTATTAGT-T---CTCAT-CAT--GGGCAA-TAA-C--CAT----TACATGT--TGATGT-GT------TA-------C-----GCCAA---TAAA-G-AATTTGAATTTGAA
Reference ( gi|4 ) : AAAT-CAAGGCTTATA---GCTAAATCATAACTCCTTGAAAATCCTG---AAATTG--TCTTCATCA---TTTATCT-TTAAT-------TGTCT---TAACC-TTAGAAA---AT--CACTTTTA-GGC--TAACT--G-CCATTTAGCACTTAT---ATA--ATT-AGCAT--TGCTACA-GA--CTC-GTC---CATC-A-ACAT---T--C---T-TAAGGA---TA-T---A---CAC--A-TGTATG-TGT---GTA-G-ATG----------TATGT-----ACAGTT----TAAT-GATGT-------TAT----A-ACA---A-TT-GTG-TA----AATTGG-AC-TAA--------T--A-T-ATA------------T---G-T-CTGTGA-GTG-T-ATCAATCAC--TA-T-TATC--AA----TGTA-CTAT----CATAA--C-T----ATT-------GT-C-A---------AATACTA--TTAC-TAT--G--CCATGCT-----TCATTA-TT-ATCA-TATT--TT--AAAAT-T-A-TT-GTTATTA---T---CTCAT-CTTG-GGGCAA-GAA-C--AAT----TATATGT--TAATGT-GT------TA-------C-----GCCAATTTTAAA-G-AATTTGAATTTGAA
gi|1 : AAATTCAA---TTATT---GCTAAATCATAACTCCTGAAAAATCCTG---AA--TG--T-TTCATCAT--TTTATCT-----T-------TGTCTA--TAACCTTTAGAAA---ATC-CACTTTTATTGC--TAACT--GTCCATTTACCACTAAT---AT----TT-AGCAT--TGCTACA-GA--CTT-GTC---CATCTA-ATAT---T--C---T-TAAGGA---TATT---A---TAC--ACTGTATGTTGT---GTA-G-A-------------A-GT-----ACAGTT----TAAT-GATGT-------TAT----A-ACA---ACTT-GTG-T-----AATTGG-AC---A--------T--ATT-ATA------------T---GTT-CTGTGT-GCG-T-ATCAA-CAC--TA-T-TATC--AAT---TGTA-CAAT----CAT-A--C-T----ATT-------GT-C-A---------ACTA-TA--TTAC-TAT--G--CCATG-------TCATTA-TTAATCAGTATT--TTAAAAAAT-T-A-TT-GTTATTATTTT---CTCAT-CAT--GGGCAA-TAA-C--CTT----AATATGT--TAAT-T-GT------TA-------CCGGGGGCCAA--TTAAA-G--ATTTGA
gi|3 : tgtcatatcataatagtatcttatcatatctatatcacaataaggaagatatttaacattcaagatgcgtttttgtaatgcctgcaaaagttattgaagattgaagtaacactttttggtacacacttgtactgcatatacacaaatacgtcatgtattcctgaaagactgaaaatcatatacctaaaaatcattacacttaccagtatgaagacctaAAATTCAA---TTATAATTGCTAAACCATAATTCATTGAAAATCCTG---AAATTG--TCTTCATCA---TTTATCT-TTAAT-------tt
gi|5 : caaagaaatgtaaatgcaaatatccacaattctgacaaattaacatttttcagtaagctacatatcatgaataaaagaccagactatgttgataaattaaaaaacagatgcgataggtcaatgatttgtaaaattagaataagtgctcatgatctcgctatagaaaaaggaagatattgaaacatttcaagatttgaacgtttttgtaatgcctgcaaatctaaagttattgaagatgaagaacactttttgttacactgtattgcatatacagaaatacgtcatgaattcctaaaagaactgaaatcacatactaaaaatatacacttcctagatatgaagaccaT-CAA---TTATT---GCTAAATGATAACTCATTTAAAATCCTG---AAATTG--TCTTCATCA---TT-ATCT-CTAAT-------TGTTT---TAACC-TTAGAAA---AT--CACTTTTA-TGC--TAACT--G-CCATAAACCACTAAT---AAA--ATT-AGCAT--TACCATA-GA--CTT-GTC---TACC-A---------------T-TGAGGA---TA-TTATA---CAC--A-TGCCTG-TGT---CTATGTATGATTTCATAATTATGT-----GCATTC----TAAT-GATAT-------TATGAATA-AGA---A----GTG-TA----ACTTGG-AT---A--------T--A-T-ATA------------T---G-T-GTGTA---TG-C-ATTAATAAG--TA-T-------AA----TATA-CAAT----T-TCA--C-T----ATT-------GT-C-A---------AACGTTA--TTAC-GAT--G--CCATGCT-------ATCA-CT-ATCA-T-TA--TT--ACTGT-T-A-TTAGTT-TTA-------CTCAT------GGGCAA-TAA-C--CAT----TATATGT--TGATGT-AT------TG-------C-----ACag
gi|6 : aaactT-CAA---TTATT---GCTAAATGATAACTCATTTAAAATC-TG---AAATTG--TCTTCATCA---TT-ATCT-CTAAT-------TGTTT---TAACC-TTAGAAA---AT--CACTTTTA-TGC--TAACT--G-CCATAAAACACTAAA---A-A--ATT-AGCAT--TACCATAAGA--CTT-GTC---TACC-A---------------T-TGAGGA---TA-TTATA---CAC--A-TGCCTG-TGT---CTATGTATGATTTCATAATTATGT-----GCA-TC----TAAT-GATAT-------TAT----G-ATA---A-GAAGTG-TA----ACTTGG-AT-TA--------------T-ATA------------T---G-T-GTGTA---TG-C-ATTAATAAG--TA-T-------AA----TATA-CAAT----T-TCA--C-T----ATT-------GT-C-A---------AACGTTT--TTAC-GAT--G--CCATGCT-------ATCA-CT-ATCA-T-T----------AT-T-A-CT-GTTATTAG--TTTACTCAT------GGGCAA-TAA-C--CA-----TATATGTGATGATAT-G
gi|2 : aaactAATCATAAACTCTTAAAAATCCTGAATAAGTTGGTCCTTCATCAGTGTCTATCTCTTGATGTAGTTGTGTCTGTGTAACC-TT-GAAACAGATGGCACTTTTA-GGCTGTAACTTGA-TGGTGTATGAATCATGAAATATTATTGAGCATGATACTTCT-GAAGCTCGGTCGTACATT-ACACATGTGT--CAGGTGTAATAA---TA-T---ATAGCGC--A-TGT-TA-TGTTAGGTA-GAATG----------TACGTGTGAGGCAGTTGGAGTGGTGGATGTGGTGGAGTAT----A-AGT---G-TT-GTG-TATATTGATTGG-AG-CGATGGTGAACT--G-T-ATAGGTGGACAGGGTT---G-G-TTGTGCTGTG-T-ATCAATCACGTCATT-TATCCGAAT---TGTAGCAATGTTGCATAA--A------ATTTGAGTGGGT-T-C---------AATAATATCTTAT-TGT--GGTTGATGCCGATTGTCATTA-TT-ATCA-cac
gi|11 : tttgtgtaatgcctcgggcaaatgctctaagggaagttatgtgtgaagatgaagacactttttgttagcatctggtaaacatgcatgatcacaaaagatacgtatgctaatcctgagaagaactgaagactcacatactaaaaaatataccagcttcctaggatgataagacaaaattccaattaattgctggTCATCA---TTTATCT-TTAAT-------TGTTT---TAACC-TTACAAA---AT--CACTTTTA-TGC--TAACT--G-TCATATACCACTTAT---ATA--ATT-AGCAT--TACCGTA-GA--CTT-GTC---TACC-A-TTAT---T--C---T-TAAGGATGTTA-T---A---CAC--A-TGTATG-TGT---GT-----------------TATGT-----ACAGTT----TAAT-GATGT-------TAT----T-AGA---A-TG-GTG-TA----ACTTTG-AC---A--------T--C-T-ATA------------T---G----TGT---GTG-T-ATTAAATAC--------------A----TGTA-C-A-----CATAAGTA-T----ATT-------GTGC-A---------Agt
gi|7 : A---AT--CACTTTTA-GGC--TAACT--G-CCATTTAGCACTAAT---ATA--ATT-AGCAT--TGCTACA-GA--CTC-GTC---CATC-A-ACAT---G--C---T-TAAGGATATTA-T---A---CGC--A-TGTATG--GT---GTA-G-ATG----------TATGT-----ACAG-T----TAAT-GATGT-------TAT----A-ACA---A-TT-GTG-TA----AATTGG-ACATAA--------TTAA-T-ATA------------T---G-T-C-GTGT-GTGTT-ATCAATCAC--TA-TATATC--AAT---TGTA-CAAT----CATAA--C-T----ATT-------GT-CAA---------AATACTA--TTAC-TAT--G--CCATG-------TCATTA-TT-ATCAGTATT--TT--AAAAT-T-ATTT-GTTATTGTTTT---CTCAT-CAT--GGGCAATAAA-C--CAT----TATATGT--TAATGT-GT------TA-------C-----GCCAA---TAAA-GAAATTTGAATTTGAA
gi|8 : AACG--G-CCATTTACCACTAAT---ATA--ATT-AGCAT---G-TACA-GA--CAT-GTC---CAT--A-ATAT---TTTC---T-TTAAGA---TA-T----------------TATA---------A-C-ATG-----------ATGT-----AC-GTT----TACT-GATGT-------TAT----ACACA---A-TT-GTG-TA----AATTGGGACATAA--------T--A-T-ATA------------T---G-TTCTG----GTG-TGATCAATCAC--TA-T-TATC--AAATTTTTTA-C-AT----C-TAA--CTT----ACT-------TT-C-----------AACACTA--TTAC--ATCAG--CCATG-------TCATTATTT-ATCC-TA-T--TT--AAAAT-T-A-TT-ATTAGTT---C---TTCATACT-----GCAT-AAA-C---AT----TATATGT--TGATGTGGT------TA-------C-----GCAAA---TAAA-G-AATTTGAATTTGtttg
gi|10 : -GTT---CATC-A-ATAT------C---T-TA--GA---TA-T---A---TACCAA-AGTATG-T----------------------------T-----GCA--T----TAATCGATGT-------T-T----A-A-A---A-TT-GTGATA----ACTTG--AC---A--------T--A-TCATA------------C---G-T-ATGTGG-AT----ATCAAT------A-T-TGTA--AA----T----CGAT----CA--A--C-T----ATT--------T-C-A---------A-CACT--------TAT--G--CCATG---------ATTA-TT-ATCA--ATT--------AATAT-A-TT-A-TATC----T---CCCAT--------GCAA-TAACC--AATAAAATACATGT--TGATAA-CT------CA-------C-----ACCAA---TAAACG-AAGTTGAATta
gi|9 : cct---TA-T---A---CAT----TGTATG-TGT---GTC-T-GTT----------TGTAT-----ACA-------TAAT-TATGTG------CAT----C-CTACTCA-CC-GCA-CG----AATGTA-AC-TAG--------G--A-C-ATA------------TTCAG-T-ATGTAC-ATG-T-ATTCATCAT--AA-T-TGTC--AT----TG-A-CAGA----CTTAA--A-TTTATATT-------GT-C-ATACATATGAAATAATA--TTCC-TAT--G--CCATGC-------CATTA-CT-ATCATTATTACTG--ATAAT-TAA-TA-GTT-TTA---T----TCAT------GGGCAA-TAA-C-----------CATGT--TGATGT-GT------TG-------C-----GCTAA---CAAA-G-AATTTGAATTTAAAaagaatttagaatt
gi|17 : ct---TA-T---A---TAT--A-TGTGTG-TGT---GTA-T-A-G----------TATGT-----ATAc
gi|21 : attcaatattacccacacaggtatacatgtatgtatcgtgatcagttcgtacattcgatattacccacacacgtgtagtttgtgA--C-T----ATT-------GT-C-A---------AACACTA--TTACTTAT--A--CCGTGCT-------ATCA-TT-ATCA-T-T----------AT-T-A-TT-GTTATTAGT-T---CTACT-CAT--AGACAA-TAA-C--AAT----Tagat
gi|18 : t--TCAC-TAT--GG-CCATGTT-------ATTA-TT-ATCAGTATT--------AAT-T-A-TT-GTTATAA---G---TTCTT-CTCATGGGCAA-TAA-C--CAT----TACATGT--TGATGT-GT------TA-------C-----GTCAAT
gi|16 : AT--G--CCATG----------TTA-TT-ATCAGTATT--TT--AAAAT-T-A-TT-GTTACTAGT-T---CTCAT-CAT--GGGCAA-TAA-CCAAGT----TACATGT--TGATGT-GTAACACATAAACGTAGC-----GCCAA---TAAA-G-AATTTGAATTTAAAa
gi|22 : T-T-A-TT-GTTATTAGT-T---CTCCT-CATG-GA-CAA-TAA-C--CAT----TACATGT--TAATGT-GT------TA-------C-----GCCAA---TAAA-G-AATTTGAATTTGtt
gi|23 : -GGGCAA-TAA-C--CAT----TACATTA--TGATGT-GT------TA-------C-----GCAAA---TAAA-G-AATTTGAATTTcaa
gi|25 : tcatATATGT--TAATGT-GT------TA-------C-----GCCAA---TAAA-G-AA-TTGAATTata
gi|24 : AATGT-GT------TA-------C-----GCCAAT---AAA-G-AATTTGAATTTGAAga
7 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TTGTGTAAAACCGTTTATCAACTCCATTAAAGAAATAATTTCTTACCAATTTTTGCAAATACAAAACACAAATATCCAGAATTCTGAAAAATTAGCCTTTTAAATTTTCAGTAAGCTACATATCATTTATGAACTAAGACCGACTATGTGATATAATTAAAAAAATTAAAGCGAGTTATAGGCCATGATTTTGTAAATTTA
Unaligned ( gi|13 ): ATAAGTGCTCATGACCTCGCTATAGAAAAAGGAAGATATTCCAACAAGATTTGAACGTTTCTGTAATACCTGCAATTACTGCAAATAAACAGTTATTTAAGATGAACATTTTTGTTACACTGTACTGCATATACAGAAATACGTCATGGATTGCTGAAAGAACTGAAATCTCATACTAAAAATATACA
Unaligned ( gi|14 ): GTGCATTTTAATGCCATTTATTGTTATGTAACAGGATCTGTAACTTGGATGTGTGTATTCACCATAATTACAATGTCGCTAGTCATACATGTGAAACACGATTGCTATGCCATTACTCTCAAATATTGTTTTTAGTTTTATACATGGCAATGACCAGTGTATGTTGATGTTTGTACAATAA
Unaligned ( gi|15 ): TTGTGTAAACCGTTCATCAACTCCATTAAAACTAAAGAATTTCTGAAAATTTTTGCGAAAATACATAAATGGCAAATAGTCCACAATTCTGGACAAATTAACCTTTTTCCAGGGTATGGGCTACATAGTGCAGTGAATTAGGAAAGAGGAC
Unaligned ( gi|19 ): GTACATGCATTCGTTGTATTGTAGTACATATTTCAGTGAAATGATCACACATATGAAATGACATCCGATCGTGCCGTTACTGTCGTT
Unaligned ( gi|20 ): GTAAGCTACATATCATGAATAAAAGACCAGACTATATTGATAAATTAAAAAACAGATGCGATAGGTCAATGATTTGTAAAATTA
Unaligned ( gi|26 ): GATTTCATTTATATTAATTTTTAGAGTTGCTTG
Alignments
lowQualScore : 111 111 111 111 1111111 111 111 11 1111 2222222222 222 555555555555555555555555555 1111111 111111111111 1111111 33333333333333 1111111111111111 222 1111111 1111 1111 1111111 111111111 1111111 2222 11 2222222 11 111111 1111111111111
lowQualScore : 6 111 6 111 6 6 7 1 111 1 99 555 5 88 8888888 888 6 000 33 77 77 0000 5 1 66 1 66 0 5 66 4 5 66 4 777 4 777 1111111111 4 777 555 3 666 6666 555555555555555555555555555 0 88888 2222222 6 999999 3 999999999999 3 5555 4 1111111 3 7777 3 3 99999999999999 44 3 3 7777777777777777 3 5 333 3 3 0 888 3 2222222 8888 3 3 3 2 7777 6 2 44 0000 0000000 3 3 333333333 2 2 44 3333333 44 3 3 8888 6 22 3333333 3 5555 44 2 2 2 2 9999999 0 33 2 111111 0000000000000 555 3 3
lowQualScore : . ... . ... . . . . ... . .. ... . .. ....... ... . ... .. .. .. .... . . .. . .. . . .. . . .. . ... . ... .......... . ... ... . ... .... ........................... . ..... ....... . ...... . ............ . .... . ....... . .... . . .............. .. . . ................ . . ... . . . ... . ....... .... . . . . .... . . .. .... ....... . . ......... . . .. ....... .. . . .... . .. ....... . .... .. . . . . ....... . .. . ...... ............. ... . .
lowQualScore : 7 777 7 777 7 7 2 0 777 7 22 777 0 00 6666666 333 7 000 66 00 99 6666 0 0 99 4 99 4 0 99 2 0 99 4 888 0 777 6666666666 0 000 555 6 444 3333 666666666666666666666666666 4 33333 5555555 7 666666 3 333333333333 3 1111 2 3333333 3 1111 2 3 55555555555555 66 3 3 2222222222222222 3 4 888 3 3 5 777 6 1111111 6666 6 6 6 6 7777 7 0 66 4444 8888888 3 3 333333333 1 0 66 1111111 22 1 1 8888 2 77 4444444 1 0000 55 9 9 9 9 1111111 9 99 7 111111 0000000000000 444 6 6
consensus : AAATTC-AA---TTA-T---TGCTA-AATCATAA-CTCATTNAAAATCCTG---AAATTG--TCTTCATCA---TTTATCT-TTAAT-------TGTCT---TAACC-TTAGAAA---AT--CACTTTTA-TGC--TAAC----TG-CCATNT--ACCACT--AATATAATT-AGCAT--TGCCAC-AGA--CTC-GTC---CATC-A-ATAT---T--C---T-TA---AGGA---TA-TA---CAC--A-TGTATG-TG----T---GTA-G-AT-------GTATGT-----ACAGTT----TAAT-G------AT-GT-------T----A-T--A-ACA---A-TCGTG-TA----ANTTGG-AC-TA-A--------T--A-T-ATA------------T---G-TNTGTG--GTG-T-ATCAATCAC--TA-T-TATC--AA----TGT-A-C-AAT----CATAA--CT----ATT-------GT-C-A---------AACACTA--TTACT-------AT--G-CC-ATGC-TCATTATT-ATCAGTATTTT--AAAATTA-TTGTTATTA-G--TTCTCNT-CAT-GG-GCAAT-AACCA--T----TATATGT--TGATGTG-T------TA-------C-----GCCAA---TAAA-G-AATTTGAATTTGAA
Reference ( family-1590 ) : AAATTC-AA---TTA-T---TGCTA-AATCATAA-CTCATTNAAAATCCTG---AAATTG--TCTTCATCA---TTTATCT-TTAAT-------TGTTT---TAACC-TTAGAAA---AT--CACTTTTA-TGC--TAAC----TG-CCATNT--ACCACT--AATATAATT-AGCAT--TGCCAC-AGA--CTC-GTC---CATC-A-ATAT---T--C---T-TA---AGGA---TA-TA---CAC--A-TGTATG-TG----T---GTA-G-AT-------GTATGT-----ACAGTT----TAAT-G------AT-GT-------T----A-T--A-ANA---A-TTGTG-TA----AATTGG-AC-TA-A--------T--A-T-ATA------------T---G-TNTGTG--GTG-T-ATCAATCAC--TA-T-TATC--AA----TGT-A-C-AAT----CATAA--CT----ATT-------GT-C-A---------AACACTA--TTACT-------AT--G-CC-ATGC-TCATTATT-ATCAGTATTTT--AAAATTA-TTGTTATTA-G--TTCTCAT-CAT-GG-GCAAT-AACCA--T----TACATGT--TGATGTG-T------TA-------C-----GCCAA---TAAA-G-AATTTGAATTTGAA
gi|1 : AAATTC-AA---TTA-T---TGCTA-AATCATAA-CTCCTGAAAAATCCTG---AA--TG--T-TTCATCAT--TTTATCT-----T-------TGTCTA--TAACCTTTAGAAA---ATC-CACTTTTATTGC--TAAC----TGTCCATTT--ACCACT--AATAT--TT-AGCAT--TGCTAC-AGA--CTT-GTC---CATCTA-ATAT---T--C---T-TA---AGGA---TATTA---TAC--ACTGTATGTTG----T---GTA-G-A----------A-GT-----ACAGTT----TAAT-G------AT-GT-------T----A-T--A-ACA---ACTTGTG-T-----AATTGG-AC----A--------T--ATT-ATA------------T---GTTCTGTGT-GCG-T-ATCAA-CAC--TA-T-TATC--AAT---TGT-A-C-AAT----CAT-A--CT----ATT-------GT-C-A---------ACTA-TA--TTACT-------AT--G-CC-ATG--TCATTATTAATCAGTATTTTAAAAAATTA-TTGTTATTATT--TTCTCAT-CAT-GG-GCAAT-AACCT--T----AATATGT--TAAT-TG-T------TA-------CCGGGGGCCAA---TTAA-A-GATTTGA
gi|10 : tgtcatatcataatagtatcttatcatatctatatcacaataaggaagatatttaacattcaagatgcgtttttgtaatgcctgcaaaagttattgaagattgaagtaacactttttggtacacacttgtactgcatatacacaaatacgtcatgtattcctgaaagactgaaaatcatatacctaaaaatcattacacttaccagtatgaagaccta-GTT---CATC-A-ATAT------C---T-TA-----GA---TA-TA---TACCAA-AGTATG-T-----------------------------T-----GCA--T----TAATCG------AT-GT-------T------T--A-A-A---A-TTGTGATA----ACTTG--AC----A--------T--A-TCATA------------C---G-TATGTG--G-A-T-ATCAAT------A-T-TGTA--AA----T-----C-GAT----CA--A--CT----ATT--------T-C-A---------A-CACT-------T-------AT--G-CC-ATG----ATTATT-ATCAAT----T--AA---TA-T----ATTA-T--ATCTC-C-CAT-G---CAAT-AACCAA-TAAAATACATGT--TGATAAC-T------CA-------C-----ACCAA---TAAACG-AAGTTGAATtt
gi|11 : cctTCATCA---TTTATCT-TTAAT-------TGTTT---TAACC-TTACAAA---AT--CACTTTTA-TGC--TAAC----TG-TCATAT--ACCACT--TATATAATT-AGCAT--TACCGT-AGA--CTT-GTC---TACC-A-TTAT---T--C---T-TA---AGGATGTTA-TA---CAC--A-TGTATG-TG----T---GT--------------TATGT-----ACAGTT----TAAT-G------AT-GT-------T----A-T--T-AGA---A-TGGTG-TA----ACTTTG-AC----A--------T--C-T-ATA------------T---G-TGT-----GTG-T-ATTAAATAC--------------A----TGT-A-C-A------CATAAGTAT----ATT-------GTGC-A---------Aaagaatttagaatt
gi|14 : GT-----GCATTT----TAAT-GCCATTTATTGT-------T----A-TGTA-ACAGG-A-TC-TG-TA----ACTTGG-A--------------------------------------------TGTG---TG-T-ATTCACCAT--AA-T-TA-C--AA----TGTCG-CTAGT----CATA----C----AT--------GT-G-A---------AACACGA--TTGCT-------AT--G-CC-AT-----------------TACTCT--CAAAT-A-TTGTTTTTA-G--TTTT-ATACAT-GG--CAAT-GACCA--G----TGTATGT--TGATGTT-TG-----TA---------------CAA---TAA
gi|16 : -------AT--G-CC-ATG-----TTATT-ATCAGTATTTT--AAAATTA-TTGTTACTA-G--TTCTCAT-CAT-GG-GCAAT-AACCAAGT----TACATGT--TGATGTG-TAACACATAAACGTAGC-----GCCAA---TAAA-G-AATTTGAATTTAAA
gi|17 : TC-A-ATAT---TA-C---C-CACACAGG-------TA---TAC--A-TGTATG-TA----TC--GT--G-ATCA-----GTTCGT-----ACA-TT-------C-G------AT-AT-------T----ACC--C-ACA---C-ACGTG-TA----GTTTG-----TGTA--------T--A-T-ATA------------T---G-TGTGT---GTG-T-ATtt
gi|18 : at--TCACT-------AT--GGCC-ATGT-T-ATTATT-ATCAGTATT------AATTA-TTGTTATAA-G--TTCTTCT-CAT-GG-GCAAT-AACCA--T----TACATGT--TGATGTG-T------TA-------C-----GTCAA---TAagtatgtataagat
gi|2 : AAATTCCAA---TTAAT---TGCTGGAATCATAAACTC-TTAAAAATCCTGAATAAGTTGGTCCTTCATCAGTGTCTATCTCTTGATGTAGTTGTGTCTGTGTAACC-TT-GAAACAGATGGCACTTTTA-GGCTGTAACTTGATG-GTGTATGAATCA-TGAAATATTATTGAGCATGATACTTC-TGAAGCTCGGTCGTACATT-ACACATGTGT--CAGGTGTA---ATAA---TA-TATAGCGC--A-TGT-TA-TG----TTAGGTA-GAAT-------GTACGTGTGAGGCAGTTGGAGTGGTGG------AT-GTGGTGGAGT----A-T--A-AGT---G-TTGTG-TATATTGATTGG-AG-CG-ATGGTGAACT--G-T-ATAGGTGGACAGGGTT---G-GTTGTGCTGTG-T-ATCAATCACGTCATT-TATCCGAAT---TGT-AGC-AATGTTGCATAA--A-----ATTTGAGTGGGT-T-C---------AATAATATCTTATTGTGGTTGAT--G-CCGATTG-TCATTATT-ATCAGT
gi|21 : tttgtgtaatgcctcgggcaaatgctctaagggaagttatgtgtgaagatgaagacactttttgttagcatctggtaaacatgcatgatcacaaaagatacgtatgctaatcctgagaagaactgaagactcacatactaaaaaatataccagcttcctaggatgataagacaA--CT----ATT-------GT-C-A---------AACACTA--TTACTT------AT--A-CC-GTGC-T-ATCATT-ATCA-----TT--A---TTA-TTGTTATTA-G--TTCTACT-CAT-AG-ACAAT-AACAA--T----T
gi|22 : tTTA-TTGTTATTA-G--TTCTCCT-CAT-GG-ACAAT-AACCA--T----TACATGT--TAATGTG-T------TA-------C-----GCCAA---TAAA-G-AATTTGAATTTG
gi|23 : T-CAT-GG-GCAAT-AACCA--T----TACATTA--TGATGTG-T------TA-------C-----GCAAA---TAAA-G-AATTTGAATTTcaa
gi|24 : ATGTG-T------TA-------C-----GCCAA---TAAA-G-AATTTGAATTTGAAata
gi|25 : taaaATATGT--TAATGTG-T------TA-------C-----GCCAA---TAAA-G-AA-TTGAATTtt
gi|3 : AAATTC-AA---TTA-TAATTGCTA-AACCATAA-TTCATTGAAAATCCTG---AAATTG--TCTTCATCA---TTTATCT-TTAAT-------ga
gi|4 : caaagaaatgtaaatgcaaatatccacaattctgacaaattaacatttttcagtaagctacatatcatgaataaaagaccagactatgttgataaattaaaaaacagatgcgataggtcaatgatttgtaaaattagaataagtgctcatgatctcgctatagaaaaaggaagatattgaaacatttcaagatttgaacgtttttgtaatgcctgcaaatctaaagttattgaagatgaagaacactttttgttacactgtattgcatatacagaaatacgtcatgaattcctaaaagaactgaaatcacatactaaaaatatacacttcctagatatgaagaccaAAAT-C-AAGGCTTA-T---AGCTA-AATCATAA-CTCCTTGAAAATCCTG---AAATTG--TCTTCATCA---TTTATCT-TTAAT-------TGTCT---TAACC-TTAGAAA---AT--CACTTTTA-GGC--TAAC----TG-CCATTT--AGCACT--TATATAATT-AGCAT--TGCTAC-AGA--CTC-GTC---CATC-A-ACAT---T--C---T-TA---AGGA---TA-TA---CAC--A-TGTATG-TG----T---GTA-G-AT-------GTATGT-----ACAGTT----TAAT-G------AT-GT-------T----A-T--A-ACA---A-TTGTG-TA----AATTGG-AC-TA-A--------T--A-T-ATA------------T---G-TCTGTGA-GTG-T-ATCAATCAC--TA-T-TATC--AA----TGT-A-C-TAT----CATAA--CT----ATT-------GT-C-A---------AATACTA--TTACT-------AT--G-CC-ATGCTTCATTATT-ATCA-TATTTT--AAAATTA-TTGTTATTA-----TCTCAT-CTTGGG-GCAAG-AACAA--T----TATATGT--TAATGTG-T------TA-------C-----GCCAATTTTAAA-G-AATTTGAATTTGAAag
gi|5 : AACTTC-AA---TTA-T---TGCTA-AATGATAA-CTCATTTAAAATCCTG---AAATTG--TCTTCATCA---TT-ATCT-CTAAT-------TGTTT---TAACC-TTAGAAA---AT--CACTTTTA-TGC--TAAC----TG-CCATAA--ACCACT--AATAAAATT-AGCAT--TACCAT-AGA--CTT-GTC---TACC-A---------------T-TG---AGGATATTA-TA---CAC--A-TGCCTG-TGTCTAT---GTATG-ATTTCATAATTATGT-----GCATTC----TAAT-G------AT-AT-------TATGAA-T--A-AGA---A---GTG-TA----ACTTGG-AT----A--------T--A-T-ATA------------T---G-TGTGT---ATG-C-ATTAATAAG--TA-T-------AA----TAT-A-C-AAT----T-TCA--CT----ATT-------GT-C-A---------AACGTTA--TTACG-------AT--G-CC-ATGC-T-ATCACT-ATC---ATT-------ATTA-CTGTTATTA-G--TTTTACT-CAT-GG-GCAAT-AACCA--T----TATATGT--TGATGTA-T------TG-------C-----AC
gi|6 : aAACTTC-AA---TTA-T---TGCTA-AATGATAA-CTCATTTAAAATC-TG---AAATTG--TCTTCATCA---TT-ATCT-CTAAT-------TGTTT---TAACC-TTAGAAA---AT--CACTTTTA-TGC--TAAC----TG-CCATAA--AACACT--AA-AAAATT-AGCAT--TACCATAAGA--CTT-GTC---TACC-A---------------T-TG---AGGATATTA-TA---CAC--A-TGCCTG-TGTCTAT---GTATG-ATTTCATAATTATGT-----GCA-TC----TAAT-G------AT-AT-------TATG-A-T--A-AGA---A---GTG-TA----ACTTGG-AT-------------T--A-T-ATA------------T---G-TGTGT---ATG-C-ATTAATAAG--TA-T-------AA----TAT-A-C-AAT----T-TCA--CT----ATT-------GT-C-A---------AACGTTT--TTACG-------AT--G-CC-ATGC-T-ATCACT-ATC---ATT-------ATTA-CTGTTATTA-G--TTTAC-T-CAT-GG-GCAAT-AACCA-------TATATGTGATGATATG-
gi|7 : aA---AT--CACTTTTA-GGC--TAAC----TG-CCATTT--AGCACT--AATATAATT-AGCAT--TGCTAC-AGA--CTC-GTC---CATC-A-ACAT---G--C---T-TA---AGGATATTA-TA---CGC--A-TGTATG--G----T---GTA-G-AT-------GTATGT-----ACAG-T----TAAT-G------AT-GT-------T----A-T--A-ACA---A-TTGTG-TA----AATTGG-ACATA-A--------TTAA-T-ATA------------T---G-TC-GTGT-GTGTT-ATCAATCAC--TA-TATATC--AAT---TGT-A-C-AAT----CATAA--CT----ATT-------GT-CAA---------AATACTA--TTACT-------AT--G-CC-ATG--TCATTATT-ATCAGTATTTT--AAAATTATTTGTTATT--GTTTTCTCAT-CAT-GG-GCAATAAACCA--T----TATATGT--TAATGTG-T------TA-------C-----GCCAA---TAAA-GAAATTTGAATTTGAAcac
gi|8 : AAC----GG-CCATTT--ACCACT--AATATAATT-AGCAT---GT-AC-AGA--CAT-GTC---CAT--A-ATAT---TTTC---T-TT---AAGA---TA-T-------------TATA-------------A-C-AT-------G-ATGT-----AC-GTT----TACT-G------AT-GT-------T----A-T--ACACA---A-TTGTG-TA----AATTGGGACATA-A--------T--A-T-ATA------------T---G-T-TCTG--GTG-TGATCAATCAC--TA-T-TATC--AAATTTTTT-A-C-A-T----C-TAA--CTT---ACT-------TT-C-A---------A-CACTA--TTAC--------ATCAG-CC-ATG--TCATTATTTATCC-TATTT---AAAATTA-TT---ATTA-G--TTCT--T-CAT-ACTGCA-T-AAACA--T----TATATGT--TGATGTGGT------TA-------C-----GCAAA---TAAA-G-AATTTGAATTTGtttg
gi|9 : ---TA-TA---CAT----TGTATG-TG----T---GTC-T-GT-------TTGTAT-----ACA-------TAAT-T------AT-GTG------C----A-T--C-CTACTCA-CCGCA-CG----AATGTA-AC-TA-G--------G--A-C-ATA------------TTCAG-TATGTAC-ATG-T-ATTCATCAT--AA-T-TGTC--AT----TG--A-C-AGA----CTTAA--ATTTATATT-------GT-C-ATACATATGAAATAATA--TTCCT-------AT--G-CC-ATGC--CATTACT-ATCATTATT------ACTGA-TAATTAATA-G--TTTTATT-CAT-GG-GCAAT-AACCA--T---------GT--TGATGTG-T------TG-------C-----GCTAA---CAAA-G-AATTTGAATTTAAAta
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TTGTGTAAAACCGTTTATCAACTCCATTAAAGAAATAATTTCTTACCAATTTTTGCAAATACAAAACACAAATATCCAGAATTCTGAAAAATTAGCCTTTTAAATTTTCAGTAAGCTACATATCATTTATGAACTAAGACCGACTATGTGATATAATTAAAAAAATTAAAGCGAGTTATAGGCCATGATTTTGTAAATTTA
Unaligned ( gi|13 ): ATAAGTGCTCATGACCTCGCTATAGAAAAAGGAAGATATTCCAACAAGATTTGAACGTTTCTGTAATACCTGCAATTACTGCAAATAAACAGTTATTTAAGATGAACATTTTTGTTACACTGTACTGCATATACAGAAATACGTCATGGATTGCTGAAAGAACTGAAATCTCATACTAAAAATATACA
Unaligned ( gi|15 ): TTGTGTAAACCGTTCATCAACTCCATTAAAACTAAAGAATTTCTGAAAATTTTTGCGAAAATACATAAATGGCAAATAGTCCACAATTCTGGACAAATTAACCTTTTTCCAGGGTATGGGCTACATAGTGCAGTGAATTAGGAAAGAGGAC
Unaligned ( gi|19 ): GTACATGCATTCGTTGTATTGTAGTACATATTTCAGTGAAATGATCACACATATGAAATGACATCCGATCGTGCCGTTACTGTCGTT
Unaligned ( gi|20 ): GTAAGCTACATATCATGAATAAAAGACCAGACTATATTGATAAATTAAAAAACAGATGCGATAGGTCAATGATTTGTAAAATTA
Unaligned ( gi|26 ): GATTTCATTTATATTAATTTTTAGAGTTGCTTG
Alignments
lowQualScore : 111 111 111 111 1111111 111 111 11 1111 2222222222 222 555555555555555555555555555 1111111 1111111 111111111111111 44444444444444 111111111111 222 1111111 1111 1111 1111111 111111111 1111111 2222 11 2222222 111111 1111111111111
lowQualScore : 6 111 6 111 6 6 7 1 111 1 99 555 5 88 8888888 888 6 000 33 77 77 0000 5 1 66 1 66 0 5 66 4 5 66 4 777 4 777 1111111111 4 777 555 3 666 6666 555555555555555555555555555 0 88888 2222222 6 999999 3 4444444 7777 3 6666 3 999999999999999 3 7777 4 3 44444444444444 44 3 3 777777777777 3 5 333 3 3 0 888 3 2222222 8888 3 3 3 2 7777 6 2 44 0000 0000000 3 3 333333333 2 2 44 3333333 44 3 3 8888 6 22 3333333 3 5555 66 2 2 2 9999999 33 2 111111 0000000000000 555 3 3
lowQualScore : . ... . ... . . . . ... . .. ... . .. ....... ... . ... .. .. .. .... . . .. . .. . . .. . . .. . ... . ... .......... . ... ... . ... .... ........................... . ..... ....... . ...... . ....... .... . .... . ............... . .... . . .............. .. . . ............ . . ... . . . ... . ....... .... . . . . .... . . .. .... ....... . . ......... . . .. ....... .. . . .... . .. ....... . .... .. . . . ....... .. . ...... ............. ... . .
lowQualScore : 7 777 7 777 7 7 2 0 777 7 22 777 0 00 6666666 333 7 000 66 00 99 6666 0 0 99 4 99 4 0 99 2 0 99 4 888 0 777 6666666666 0 000 555 6 444 3333 666666666666666666666666666 4 33333 5555555 7 666666 3 2222222 1111 3 3333 1 888888888888888 3 1111 2 3 33333333333333 66 3 3 111111111111 3 4 888 3 3 5 777 6 1111111 6666 6 6 6 6 7777 7 0 66 4444 8888888 3 3 333333333 1 0 66 1111111 22 1 1 8888 2 77 4444444 1 0000 88 9 9 9 1111111 99 7 111111 0000000000000 444 6 6
consensus : AAATTC-AA---TTA-T---TGCTA-AATCATAA-CTCATTNAAAATCCTG---AAATTG--TCTTCATCA---TTTATCT-TTAAT-------TGTCT---TAACC-TTAGAAA---AT--CACTTTTA-TGC--TAAC----TG-CCATNT--ACCACT--AATATAATT-AGCAT--TGCCAC-AGA--CTC-GTC---CATC-A-ATAT---T--C---T-TA---AGGA---TA-TA---CAC--A-TGTATG-TG----T---GTA-G-AT-------GTATGT-----ACAGTT----TAAT-G------AT-GT-------T----A-T--A-ACA---A-T-CG------TG-TA----ACTTGG-AC----A--------T--A-T-ATA------------TG-TNTGTG--GTG-T-ATCAATCAC--TA-T-TATC--AA----TGT-A-C-AAT----CATAA--CT----ATT-------GT-C-A---------AACACTA--TTACT-------AT--G-CC-ATGC-TCATTATT-ATCAGTATTTT--AAAATTA-TTGTTATTA-G--TTCTCCTCAT-GG-GCAAT-AACCA--T----TATATGT--TGATGTG-T------TA-------C-----GCCAA---TAAA-G-AATTTGAATTTGAA
Reference ( family-1590 ) : AAATTC-AA---TTA-T---TGCTA-AATCATAA-CTCATTNAAAATCCTG---AAATTG--TCTTCATCA---TTTATCT-TTAAT-------TGTCT---TAACC-TTAGAAA---AT--CACTTTTA-TGC--TAAC----TG-CCATNT--ACCACT--AATATAATT-AGCAT--TGCCAC-AGA--CTC-GTC---CATC-A-ATAT---T--C---T-TA---AGGA---TA-TA---CAC--A-TGTATG-TG----T---GTA-G-AT-------GTATGT-----ACAGTT----TAAT-G------AT-GT-------T----A-T--A-ACA---A-T-CG------TG-TA----ANTTGG-AC-TA-A--------T--A-T-ATA------------TG-TNTGTG--GTG-T-ATCAATCAC--TA-T-TATC--AA----TGT-A-C-AAT----CATAA--CT----ATT-------GT-C-A---------AACACTA--TTACT-------AT--G-CC-ATGC-TCATTATT-ATCAGTATTTT--AAAATTA-TTGTTATTA-G--TTCTCNTCAT-GG-GCAAT-AACCA--T----TATATGT--TGATGTG-T------TA-------C-----GCCAA---TAAA-G-AATTTGAATTTGAA
gi|1 : AAATTC-AA---TTA-T---TGCTA-AATCATAA-CTCCTGAAAAATCCTG---AA--TG--T-TTCATCAT--TTTATCT-----T-------TGTCTA--TAACCTTTAGAAA---ATC-CACTTTTATTGC--TAAC----TGTCCATTT--ACCACT--AATAT--TT-AGCAT--TGCTAC-AGA--CTT-GTC---CATCTA-ATAT---T--C---T-TA---AGGA---TATTA---TAC--ACTGTATGTTG----T---GTA-G-A----------A-GT-----ACAGTT----TAAT-G------AT-GT-------T----A-T--A-ACA---ACT-TG------TG-TA----A-TTGG-AC----A--------T--ATT-ATA------------TGTTCTGTGT-GCG-T-ATCAA-CAC--TA-T-TATC--AAT---TGT-A-C-AAT----CAT-A--CT----ATT-------GT-C-A---------ACTA-TA--TTACT-------AT--G-CC-ATG--TCATTATTAATCAGTATTTTAAAAAATTA-TTGTTATTATT--TTCTCATCAT-GG-GCAAT-AACCT--T----AATATGT--TAAT-TG-T------TA-------CCGGGGGCCAA---TTAA-A-GATTTGA
gi|10 : tgtcatatcataatagtatcttatcatatctatatcacaataaggaagatatttaacattcaagatgcgtttttgtaatgcctgcaaaagttattgaagattgaagtaacactttttggtacacacttgtactgcatatacacaaatacgtcatgtattcctgaaagactgaaaatcatatacctaaaaatcattacacttaccagtatgaagaccta-GTT---CATC-A-ATAT------C---T-TA-----GA---TA-TA---TACCAA-AGTATG-T-----------------------------T-----GCA--T----TAATCG------AT-GT-------T------T--A-A-A---A-T-TG------TGATA----ACTTG--AC----A--------T--A-TCATA------------CG-TATGTG--G-A-T-ATCAAT------A-T-TGTA--AA----T-----C-GAT----CA--A--CT----ATT--------T-C-A---------A-CACT-------T-------AT--G-CC-ATG----ATTATT-ATCAAT----T--AA---TA-T----ATTA-T--ATCTCC-CAT-G---CAAT-AACCAA-TAAAATACATGT--TGATAAC-T------CA-------C-----ACCAA---TAAACG-AAGTTGAATtt
gi|11 : cctTCATCA---TTTATCT-TTAAT-------TGTTT---TAACC-TTACAAA---AT--CACTTTTA-TGC--TAAC----TG-TCATAT--ACCACT--TATATAATT-AGCAT--TACCGT-AGA--CTT-GTC---TACC-A-TTAT---T--C---T-TA---AGGATGTTA-TA---CAC--A-TGTATG-TG----T---GT--------------TATGT-----ACAGTT----TAAT-G------AT-GT-------T----A-T--T-AGA---A-T-GG------TG-TA----ACTTTG-AC----A--------T--C-T-ATA------------TG-TGT-----GTG-T-ATTAAATAC--------------A----TGT-A-C-A------CATAAGTAT----ATT-------GTGC-A---------Aaagaatttagaatt
gi|14 : GT-----GCATTT----TAAT-GCCATTTATTGT-------T----A-TGTA-ACAGG-A-T-C-------TG-TA----ACTTGG-A-----------------------------------------TGTG---TG-T-ATTCACCAT--AA-T-TA-C--AA----TGTCG-CTAGT----CATA----C----AT--------GT-G-A---------AACACGA--TTGCT-------AT--G-CC-AT-----------------TACTCT--CAAAT-A-TTGTTTTTA-G--TTTTATACAT-GG--CAAT-GACCA--G----TGTATGT--TGATGTT-TG-----TA---------------CAA---TAA
gi|16 : -------AT--G-CC-ATG-----TTATT-ATCAGTATTTT--AAAATTA-TTGTTACTA-G--TTCTCATCAT-GG-GCAAT-AACCAAGT----TACATGT--TGATGTG-TAACACATAAACGTAGC-----GCCAA---TAAA-G-AATTTGAATTTAAA
gi|17 : TC-A-ATAT---TA-C---C-CACACAGG-------TA---TAC--A-TGTATG-TA----TC--GT--G-ATCA-----GTTCGT-----ACA-TT-------C-G------AT-AT-------T----ACC--C-ACA---C-A-CG------TG-TA----GTTTG-----TGTA--------T--A-T-ATA------------TG-TGTGT---GTG-T-ATtt
gi|18 : at--TCACT-------AT--GGCC-ATGT-T-ATTATT-ATCAGTATT------AATTA-TTGTTATAA-G--TTCTTCTCAT-GG-GCAAT-AACCA--T----TACATGT--TGATGTG-T------TA-------C-----GTCAA---TAagtatgtataagat
gi|2 : AAATTCCAA---TTAAT---TGCTGGAATCATAAACTC-TTAAAAATCCTGAATAAGTTGGTCCTTCATCAGTGTCTATCTCTTGATGTAGTTGTGTCTGTGTAACC-TT-GAAACAGATGGCACTTTTA-GGCTGTAACTTGATG-GTGTATGAATCA-TGAAATATTATTGAGCATGATACTTC-TGAAGCTCGGTCGTACATT-ACACATGTGT--CAGGTGTA---ATAA---TA-TATAGCGC--A-TGT-TA-TG----TTAGGTA-GAAT-------GTACGTGTGAGGCAGTTGGAGTGGTGG------AT-GTGGTGGAGT----A-T--A-AGT---G-T-TG------TG-TATATTGATTGG-AG-CG-ATGGTGAACT--G-T-ATAGGTGGACAGGGTTG-GTTGTGCTGTG-T-ATCAATCACGTCATT-TATCCGAAT---TGT-AGC-AATGTTGCATAA--A-----ATTTGAGTGGGT-T-C---------AATAATATCTTATTGTGGTTGAT--G-CCGATTG-TCATTATT-ATCAGT
gi|21 : tttgtgtaatgcctcgggcaaatgctctaagggaagttatgtgtgaagatgaagacactttttgttagcatctggtaaacatgcatgatcacaaaagatacgtatgctaatcctgagaagaactgaagactcacatactaaaaaatataccagcttcctaggatgataagacaA--CT----ATT-------GT-C-A---------AACACTA--TTACTT------AT--A-CC-GTGC-T-ATCATT-ATCA-----TT--A---TTA-TTGTTATTA-G--TTCTACTCAT-AG-ACAAT-AACAA--T----T
gi|22 : tTTA-TTGTTATTA-G--TTCTCCTCAT-GG-ACAAT-AACCA--T----TACATGT--TAATGTG-T------TA-------C-----GCCAA---TAAA-G-AATTTGAATTTG
gi|23 : TCAT-GG-GCAAT-AACCA--T----TACATTA--TGATGTG-T------TA-------C-----GCAAA---TAAA-G-AATTTGAATTTcaa
gi|24 : ATGTG-T------TA-------C-----GCCAA---TAAA-G-AATTTGAATTTGAAata
gi|25 : taaaATATGT--TAATGTG-T------TA-------C-----GCCAA---TAAA-G-AA-TTGAATTtt
gi|3 : AAATTC-AA---TTA-TAATTGCTA-AACCATAA-TTCATTGAAAATCCTG---AAATTG--TCTTCATCA---TTTATCT-TTAAT-------ga
gi|4 : caaagaaatgtaaatgcaaatatccacaattctgacaaattaacatttttcagtaagctacatatcatgaataaaagaccagactatgttgataaattaaaaaacagatgcgataggtcaatgatttgtaaaattagaataagtgctcatgatctcgctatagaaaaaggaagatattgaaacatttcaagatttgaacgtttttgtaatgcctgcaaatctaaagttattgaagatgaagaacactttttgttacactgtattgcatatacagaaatacgtcatgaattcctaaaagaactgaaatcacatactaaaaatatacacttcctagatatgaagaccaAAAT-C-AAGGCTTA-T---AGCTA-AATCATAA-CTCCTTGAAAATCCTG---AAATTG--TCTTCATCA---TTTATCT-TTAAT-------TGTCT---TAACC-TTAGAAA---AT--CACTTTTA-GGC--TAAC----TG-CCATTT--AGCACT--TATATAATT-AGCAT--TGCTAC-AGA--CTC-GTC---CATC-A-ACAT---T--C---T-TA---AGGA---TA-TA---CAC--A-TGTATG-TG----T---GTA-G-AT-------GTATGT-----ACAGTT----TAAT-G------AT-GT-------T----A-T--A-ACA---A-T-TG------TG-TA----AATTGG-AC-TA-A--------T--A-T-ATA------------TG-TCTGTGA-GTG-T-ATCAATCAC--TA-T-TATC--AA----TGT-A-C-TAT----CATAA--CT----ATT-------GT-C-A---------AATACTA--TTACT-------AT--G-CC-ATGCTTCATTATT-ATCA-TATTTT--AAAATTA-TTGTTATTA-----TCTCATCTTGGG-GCAAG-AACAA--T----TATATGT--TAATGTG-T------TA-------C-----GCCAATTTTAAA-G-AATTTGAATTTGAAag
gi|5 : AACTTC-AA---TTA-T---TGCTA-AATGATAA-CTCATTTAAAATCCTG---AAATTG--TCTTCATCA---TT-ATCT-CTAAT-------TGTTT---TAACC-TTAGAAA---AT--CACTTTTA-TGC--TAAC----TG-CCATAA--ACCACT--AATAAAATT-AGCAT--TACCAT-AGA--CTT-GTC---TACC-A---------------T-TG---AGGATATTA-TA---CAC--A-TGCCTG-TGTCTAT---GTATG-ATTTCATAATTATGT-----GCATTC----TAAT-G------AT-AT-------TATGAA-T--A-AGA---A----G------TG-TA----ACTTGG-AT----A--------T--A-T-ATA------------TG-TGTGT---ATG-C-ATTAATAAG--TA-T-------AA----TAT-A-C-AAT----T-TCA--CT----ATT-------GT-C-A---------AACGTTA--TTACG-------AT--G-CC-ATGC-T-ATCACT-ATC---ATT-------ATTA-CTGTTATTA-G--TTTTACTCAT-GG-GCAAT-AACCA--T----TATATGT--TGATGTA-T------TG-------C-----AC
gi|6 : aAACTTC-AA---TTA-T---TGCTA-AATGATAA-CTCATTTAAAATC-TG---AAATTG--TCTTCATCA---TT-ATCT-CTAAT-------TGTTT---TAACC-TTAGAAA---AT--CACTTTTA-TGC--TAAC----TG-CCATAA--AACACT--AA-AAAATT-AGCAT--TACCATAAGA--CTT-GTC---TACC-A---------------T-TG---AGGATATTA-TA---CAC--A-TGCCTG-TGTCTAT---GTATG-ATTTCATAATTATGT-----GCA-TC----TAAT-G------AT-AT-------T----A-T--G-ATA---A-GAAG------TG-TA----ACTTGG-AT-------------T--A-T-ATA------------TG-TGTGT---ATG-C-ATTAATAAG--TA-T-------AA----TAT-A-C-AAT----T-TCA--CT----ATT-------GT-C-A---------AACGTTT--TTACG-------AT--G-CC-ATGC-T-ATCACT-ATC---ATT-------ATTA-CTGTTATTA-G--TT-TACTCAT-GG-GCAAT-AACCA-------TATATGTGATGATATG-
gi|7 : aA---AT--CACTTTTA-GGC--TAAC----TG-CCATTT--AGCACT--AATATAATT-AGCAT--TGCTAC-AGA--CTC-GTC---CATC-A-ACAT---G--C---T-TA---AGGATATTA-TA---CGC--A-TGTATG--G----T---GTA-G-AT-------GTATGT-----ACAG-T----TAAT-G------AT-GT-------T----A-T--A-ACA---A-T-TG------TG-TA----AATTGG-ACATA-A--------TTAA-T-ATA------------TG-TC-GTGT-GTGTT-ATCAATCAC--TA-TATATC--AAT---TGT-A-C-AAT----CATAA--CT----ATT-------GT-CAA---------AATACTA--TTACT-------AT--G-CC-ATG--TCATTATT-ATCAGTATTTT--AAAATTATTTGTTATT--GTTTTCTCATCAT-GG-GCAATAAACCA--T----TATATGT--TAATGTG-T------TA-------C-----GCCAA---TAAA-GAAATTTGAATTTGAAcac
gi|8 : AAC----GG-CCATTT--ACCACT--AATATAATT-AGCAT---GT-AC-AGA--CAT-GTC---CAT--A-ATAT---TTTC---T-TT---AAGA---TA-T-------------TATA-------------A-C-AT-------G-ATGT-----AC-GTT----TACT-G------AT-GT-------T----A-T--ACACA---A-T-TG------TG-TA----AATTGGGACATA-A--------T--A-T-ATA------------TG-T-TCTG--GTG-TGATCAATCAC--TA-T-TATC--AAATTTTTT-A-C-A-T----C-TAA--CTT---ACT-------TT-C-A---------A-CACTA--TTAC--------ATCAG-CC-ATG--TCATTATTTATCC-TATTT---AAAATTA-TT---ATTA-G--TTCT--TCAT-ACTGCA-T-AAACA--T----TATATGT--TGATGTGGT------TA-------C-----GCAAA---TAAA-G-AATTTGAATTTGtttg
gi|9 : ---TA-TA---CAT----TGTATG-TG----T---GTC-T-GT-------TTGTAT-----ACA-------TAAT-T------AT-GTG------C----A-T--C-CTACTCA-C-CGCACGAATG-TA----ACTAGG-AC----A--------T--A-T-TCA-------------G-TATGTAC-ATG-T-ATTCATCAT--AA-T-TGTC--AT----TG--A-C-AGA----CTTAA--ATTTATATT-------GT-C-ATACATATGAAATAATA--TTCCT-------AT--G-CC-ATGC--CATTACT-ATCATTATT------ACTGA-TAATTAATA-G--TTTTATTCAT-GG-GCAAT-AACCA--T---------GT--TGATGTG-T------TG-------C-----GCTAA---CAAA-G-AATTTGAATTTAAAta
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TTGTGTAAAACCGTTTATCAACTCCATTAAAGAAATAATTTCTTACCAATTTTTGCAAATACAAAACACAAATATCCAGAATTCTGAAAAATTAGCCTTTTAAATTTTCAGTAAGCTACATATCATTTATGAACTAAGACCGACTATGTGATATAATTAAAAAAATTAAAGCGAGTTATAGGCCATGATTTTGTAAATTTA
Unaligned ( gi|13 ): ATAAGTGCTCATGACCTCGCTATAGAAAAAGGAAGATATTCCAACAAGATTTGAACGTTTCTGTAATACCTGCAATTACTGCAAATAAACAGTTATTTAAGATGAACATTTTTGTTACACTGTACTGCATATACAGAAATACGTCATGGATTGCTGAAAGAACTGAAATCTCATACTAAAAATATACA
Unaligned ( gi|15 ): TTGTGTAAACCGTTCATCAACTCCATTAAAACTAAAGAATTTCTGAAAATTTTTGCGAAAATACATAAATGGCAAATAGTCCACAATTCTGGACAAATTAACCTTTTTCCAGGGTATGGGCTACATAGTGCAGTGAATTAGGAAAGAGGAC
Unaligned ( gi|19 ): GTACATGCATTCGTTGTATTGTAGTACATATTTCAGTGAAATGATCACACATATGAAATGACATCCGATCGTGCCGTTACTGTCGTT
Unaligned ( gi|20 ): GTAAGCTACATATCATGAATAAAAGACCAGACTATATTGATAAATTAAAAAACAGATGCGATAGGTCAATGATTTGTAAAATTA
Unaligned ( gi|26 ): GATTTCATTTATATTAATTTTTAGAGTTGCTTG
Alignments
lowQualScore : 111 111 111 111 1111111 111 111 11 111 222 6666666666666666666666666 11 111111 1111 222222222222222 111111111 22 1111 1111 1111 111111111 3333 2222222222222 111111 1111111111111
lowQualScore : 6 111 6 111 6 6 7 1 111 1 99 555 5 88 8888888 888 6 000 33 77 77 5 1 0 4 5 1 4 4 555 777 888 4 7777 0000000000000000000000000 44 3 000000 3 3 7777 1111 2 222222222222222 3 2 3 55 444444444 3 3 5 11 3 3 1 44 1111 6666 0 4 4 3 8 3 55 1111 3 3 444444444 3 0 3 44 3 1111 6 4444444444444 3 5555 66 2 2 2 9999999 33 2 111111 0000000000000 555 3 3
lowQualScore : . ... . ... . . . . ... . .. ... . .. ....... ... . ... .. .. .. . . . . . . . . ... ... ... . .... ......................... .. . ...... . . .... .... . ............... . . . .. ......... . . . .. . . . .. .... .... . . . . . . .. .... . . ......... . . . .. . .... . ............. . .... .. . . . ....... .. . ...... ............. ... . .
lowQualScore : 7 777 7 777 7 7 2 0 777 7 22 777 0 00 6666666 333 7 000 66 00 99 7 0 7 0 7 4 4 8 000 888 000 0 8888 3333333333333333333333333 77 6 555555 6 6 7777 4444 0 333333333333333 6 8 6 00 555555555 6 6 8 99 6 6 6 22 5555 5555 7 0 0 8 3 1 00 4444 6 6 555555555 2 7 3 66 3 6666 7 1111111111111 1 0000 88 9 9 9 1111111 99 7 111111 0000000000000 444 6 6
consensus : AAATTC-AA---TTA-T---TGCTA-AATCATAA-CTCATTNAAAATCCTG---AAATTG--TCTTCATCA---TTTATCT-TTAAT-------TGTCT---TAACC-TTAGAAA---AT--CACTTTTA-TGC--TAACTG-CCATNTACCACTAATATAATTAGCATTGCCAC-AGACTCGTCCATC-AATATT--CTTA---AGGAT-TTA-TACAC--A-TGTATG-TG----T-GTA-GAT-------GTATGTACAGTTTAAT-G------AT-GT-T----AT--A-ACA---A-T-CG------TG-TAACTTGG-AC--AT-----A---T-ATATG-TGTGTG-GTG-T-ATCAATCACTAT-TATCAA----TGT-AC-AATCATAA--CT----ATTGT-C-A---------AACACTATTACT-AT--G-CCATGC-TCATTATT-ATCAGTATTTT--AAAATTA-TTGTTATTA-G--TTCTCCTCAT-GG-GCAAT-AACCA--T----TATATGT--TGATGTG-T------TA-------C-----GCCAA---TAAA-G-AATTTGAATTTGAA
Reference ( family-1590 ) : AAATTC-AA---TTA-T---TGCTA-AATCATAA-CTCATTNAAAATCCTG---AAATTG--TCTTCATCA---TTTATCT-TTAAT-------TGTCT---TAACC-TTAGAAA---AT--CACTTTTA-TGC--TAACTG-CCATNTACCACTAATATAATTAGCATTGCCAC-AGACTCGTCCATC-AATATT--CTTA---AGGA---TA-TACAC--A-TGTATG-TG----T-GTA-GAT-------GTATGTACAGTTTAAT-G------AT-GT-T----AT--A-ACA---A-T-CG------TG-TAACTTGG-AC--AT-----A---T-ATATG-TNTGTG-GTG-T-ATCAATCACTAT-TATCAA----TGT-AC-AATCATAA--CT----ATTGT-C-A---------AACACTATTACT-AT--G-CCATGC-TCATTATT-ATCAGTATTTT--AAAATTA-TTGTTATTA-G--TTCTCCTCAT-GG-GCAAT-AACCA--T----TATATGT--TGATGTG-T------TA-------C-----GCCAA---TAAA-G-AATTTGAATTTGAA
gi|1 : AAATTC-AA---TTA-T---TGCTA-AATCATAA-CTCCTGAAAAATCCTG---AA--TG--T-TTCATCAT--TTTATCT-----T-------TGTCTA--TAACCTTTAGAAA---ATC-CACTTTTATTGC--TAACTGTCCATTTACCACTAATAT--TTAGCATTGCTAC-AGACTTGTCCATCTAATATT--CTTA---AGGA---TATTATAC--ACTGTATGTTG----T-GTA-GA----------A-GTACAGTTTAAT-G------AT-GT-T----AT--A-ACA---ACT-TG------TG-TAA-TTGG-AC--AT-----AT--T-ATATGTTCTGTGTGCG-T-ATCAA-CACTAT-TATCAAT---TGT-AC-AATCAT-A--CT----ATTGT-C-A---------ACTA-TATTACT-AT--G-CCATG--TCATTATTAATCAGTATTTTAAAAAATTA-TTGTTATTATT--TTCTCATCAT-GG-GCAAT-AACCT--T----AATATGT--TAAT-TG-T------TA-------CCGGGGGCCAA---TTAA-A-GATTTGA
gi|10 : tgtcatatcataatagtatcttatcatatctatatcacaataaggaagatatttaacattcaagatgcgtttttgtaatgcctgcaaaagttattgaagattgaagtaacactttttggtacacacttgtactgcatatacacaaatacgtcatgtattcctgaaagactgaaaatcatatacctaaaaatcattacacttaccagtatgaagacctaGTTCATC-AATAT---CTTA-----GA---TA-TATACCAA-AGTATG-T--------------------------TGCA--TTAATCG------AT-GT-T-----T--A-A-A---A-T-TG------TGATAACTTG--AC--AT-----A---TCATACG-TATGTG-G-A-T-ATCAAT----AT-TGTAAA----T----C-GATCA--A--CT----ATT-T-C-A---------A-CACT-----T-AT--G-CCATG----ATTATT-ATCAAT----T--AA---TA-T----ATTA-T--ATCTCC-CAT-G---CAAT-AACCAA-TAAAATACATGT--TGATAAC-T------CA-------C-----ACCAA---TAAACG-AAGTTGAATtt
gi|11 : cctTCATCA---TTTATCT-TTAAT-------TGTTT---TAACC-TTACAAA---AT--CACTTTTA-TGC--TAACTG-TCATATACCACTTATATAATTAGCATTACCGT-AGACTTGTCTACC-ATTATT--CTTA---AGGATGTTA-TACAC--A-TGTATG-TG----T-GT-------------TATGTACAGTTTAAT-G------AT-GT-T----AT--T-AGA---A-T-GG------TG-TAACTTTG-AC--AT-----C---T-ATATG-TGT----GTG-T-ATTAAATAC---------A----TGT-AC-A--CATAAGTAT----ATTGTGC-A---------Aaagaatttagaatt
gi|14 : GTGCATTTTAAT-GCCATTTATTGT-T----ATGTA-ACAGG-A-T-C-------TG-TAACTTGG-A------------------------TGTG--TG-T-ATTCACCATAAT-TA-CAA----TGTCGCTAGTCATA----C----AT-GT-G-A---------AACACGATTGCT-AT--G-CCAT-----------------TACTCT--CAAAT-A-TTGTTTTTA-G--TTTTATACAT-GG--CAAT-GACCA--G----TGTATGT--TGATGTT-TG-----TA---------------CAA---TAA
gi|16 : -AT--G-CCATG-----TTATT-ATCAGTATTTT--AAAATTA-TTGTTACTA-G--TTCTCATCAT-GG-GCAAT-AACCAAGT----TACATGT--TGATGTG-TAACACATAAACGTAGC-----GCCAA---TAAA-G-AATTTGAATTTAAA
gi|17 : TC-AATATTA-CCCACACAGG-------TATAC--A-TGTATG-TA----TCGT--GATCA-----GTTCGTACA--TT--C-G------AT-AT-T----AC--CCACA---C-A-CG------TG-TAGTTTGT-GT--AT-----A---T-ATATG-TGTGT--GTG-T-ATtt
gi|18 : atTCACT-AT--GGCCATGT-T-ATTATT-ATCAGTATT------AATTA-TTGTTATAA-G--TTCTTCTCAT-GG-GCAAT-AACCA--T----TACATGT--TGATGTG-T------TA-------C-----GTCAA---TAagtatgtataagat
gi|2 : AAATTCCAA---TTAAT---TGCTGGAATCATAAACTC-TTAAAAATCCTGAATAAGTTGGTCCTTCATCAGTGTCTATCTCTTGATGTAGTTGTGTCTGTGTAACC-TT-GAAACAGATGGCACTTTTA-GGCTGTAACT
gi|21 : tttgtgtaatgcctcgggcaaatgctctaagggaagttatgtgtgaagatgaagacactttttgttagcatctggtaaacatgcatgatcacaaaagatacgtatgctaatcctgagaagaactgaagactcacatactaaaaaatataccagcttcctaggatgataagacaA--CT----ATTGT-C-A---------AACACTATTACTTAT--A-CCGTGC-T-ATCATT-ATCA-----TT--A---TTA-TTGTTATTA-G--TTCTACTCAT-AG-ACAAT-AACAA--T----Ttgatggtgtatgaatcatgaaatattattgagcatgatacttctgaagctcggtcgtacattacacatgtgtcaggtgtaataatatatagcgcatgttatgttaggtagaatgtacgtgtgaggcagttggagtggtggatgtggtggagtataagtgttgtgtatattgattggagcgatggtgaactgtataggtggacagggttggttgtgctgtgtatcaatcacgtcatttatccgaattgtagcaatgttgcataaaatttgagtgggttcaataatatcttattgtggttgatgccgattgtcattattatcagt
gi|22 : tTTA-TTGTTATTA-G--TTCTCCTCAT-GG-ACAAT-AACCA--T----TACATGT--TAATGTG-T------TA-------C-----GCCAA---TAAA-G-AATTTGAATTTG
gi|23 : TCAT-GG-GCAAT-AACCA--T----TACATTA--TGATGTG-T------TA-------C-----GCAAA---TAAA-G-AATTTGAATTTcaa
gi|24 : ATGTG-T------TA-------C-----GCCAA---TAAA-G-AATTTGAATTTGAAata
gi|25 : taaaATATGT--TAATGTG-T------TA-------C-----GCCAA---TAAA-G-AA-TTGAATTtt
gi|3 : AAATTC-AA---TTA-TAATTGCTA-AACCATAA-TTCATTGAAAATCCTG---AAATTG--TCTTCATCA---TTTATCT-TTAAT-------ga
gi|4 : caaagaaatgtaaatgcaaatatccacaattctgacaaattaacatttttcagtaagctacatatcatgaataaaagaccagactatgttgataaattaaaaaacagatgcgataggtcaatgatttgtaaaattagaataagtgctcatgatctcgctatagaaaaaggaagatattgaaacatttcaagatttgaacgtttttgtaatgcctgcaaatctaaagttattgaagatgaagaacactttttgttacactgtattgcatatacagaaatacgtcatgaattcctaaaagaactgaaatcacatactaaaaatatacacttcctagatatgaagaccaAAAT-C-AAGGCTTA-T---AGCTA-AATCATAA-CTCCTTGAAAATCCTG---AAATTG--TCTTCATCA---TTTATCT-TTAAT-------TGTCT---TAACC-TTAGAAA---AT--CACTTTTA-GGC--TAACTG-CCATTTAGCACTTATATAATTAGCATTGCTAC-AGACTCGTCCATC-AACATT--CTTA---AGGA---TA-TACAC--A-TGTATG-TG----T-GTA-GAT-------GTATGTACAGTTTAAT-G------AT-GT-T----AT--A-ACA---A-T-TG------TG-TAAATTGG-ACTAAT-----A---T-ATATG-TCTGTGAGTG-T-ATCAATCACTAT-TATCAA----TGT-AC-TATCATAA--CT----ATTGT-C-A---------AATACTATTACT-AT--G-CCATGCTTCATTATT-ATCA-TATTTT--AAAATTA-TTGTTATTA-----TCTCATCTTGGG-GCAAG-AACAA--T----TATATGT--TAATGTG-T------TA-------C-----GCCAATTTTAAA-G-AATTTGAATTTGAAag
gi|5 : AACTTC-AA---TTA-T---TGCTA-AATGATAA-CTCATTTAAAATCCTG---AAATTG--TCTTCATCA---TT-ATCT-CTAAT-------TGTTT---TAACC-TTAGAAA---AT--CACTTTTA-TGC--TAACTG-CCATAAACCACTAATAAAATTAGCATTACCAT-AGACTTGTCTACC-A--------TTG---AGGATATTA-TACAC--A-TGCCTG-TGTCTAT-GTATGATTTCATAATTATGTGCATTCTAAT-G------AT-AT-TATGAAT--A-AGA---A----G------TG-TAACTTGG-AT--AT-----A---T-ATATG-TGTGT--ATG-C-ATTAATAAGTAT-----AA----TAT-AC-AATT-TCA--CT----ATTGT-C-A---------AACGTTATTACG-AT--G-CCATGC-T-ATCACT-ATC---ATT-------ATTA-CTGTTATTA-G--TTTTACTCAT-GG-GCAAT-AACCA--T----TATATGT--TGATGTA-T------TG-------C-----AC
gi|6 : aAACTTC-AA---TTA-T---TGCTA-AATGATAA-CTCATTTAAAATC-TG---AAATTG--TCTTCATCA---TT-ATCT-CTAAT-------TGTTT---TAACC-TTAGAAA---AT--CACTTTTA-TGC--TAACTG-CCATAAAACACTAA-AAAATTAGCATTACCATAAGACTTGTCTACC-A--------TTG---AGGATATTA-TACAC--A-TGCCTG-TGTCTAT-GTATGATTTCATAATTATGTGCA-TCTAAT-G------AT-AT-T----AT--G-ATA---A-GAAG------TG-TAACTTGG-AT---T-----A---T-ATATG-TGTGT--ATG-C-ATTAATAAGTAT-----AA----TAT-AC-AATT-TCA--CT----ATTGT-C-A---------AACGTTTTTACG-AT--G-CCATGC-T-ATCACT-ATC---ATT-------ATTA-CTGTTATTA-G--TT-TACTCAT-GG-GCAAT-AACCA-------TATATGTGATGATATG-
gi|7 : aA---AT--CACTTTTA-GGC--TAACTG-CCATTTAGCACTAATATAATTAGCATTGCTAC-AGACTCGTCCATC-AACATG--CTTA---AGGATATTA-TACGC--A-TGTATG--G----T-GTA-GAT-------GTATGTACAG-TTAAT-G------AT-GT-T----AT--A-ACA---A-T-TG------TG-TAAATTGG-AC--ATAATTAA---T-ATATG-TC-GTGTGTGTT-ATCAATCACTATATATCAAT---TGT-AC-AATCATAA--CT----ATTGT-CAA---------AATACTATTACT-AT--G-CCATG--TCATTATT-ATCAGTATTTT--AAAATTATTTGTTATT--GTTTTCTCATCAT-GG-GCAATAAACCA--T----TATATGT--TAATGTG-T------TA-------C-----GCCAA---TAAA-GAAATTTGAATTTGAAcac
gi|8 : AACGG-CCATTTACCACTAATATAATTAGCAT-GT-AC-AGACATGTCCAT--AATATTTTCTTT---AAGA---TA-T----------TATA-----------A-CAT-------G-ATGTAC-GTTTACT-G------AT-GT-T----AT--ACACA---A-T-TG------TG-TAAATTGGGAC--AT-----AATAT-ATATG-T-TCTG-GTG-TGATCAATCACTAT-TATCAAATTTTTT-AC-A-TC-TAA--CTT---ACTTT-C-A---------A-CACTATTAC--ATCAG-CCATG--TCATTATTTATCC-TATTT---AAAATTA-TT---ATTA-G--TTCT--TCAT-ACTGCA-T-AAACA--T----TATATGT--TGATGTGGT------TA-------C-----GCAAA---TAAA-G-AATTTGAATTTGtttg
gi|9 : ---TA-TACAT----TGTATG-TG----T-GTC-TGT-------TTGTATACA---TAAT-T------AT-GTGC----AT--C-CTACTCA-C-CGCACGAATG-TAACTAGG-AC--AT-----A---T-TCA-G-TATGTACATG-T-ATTCATCATAAT-TGTCAT----TG--AC-AGACTTAA--ATTTATATTGT-C-ATACATATGAAATAATATTCCT-AT--G-CCATGC--CATTACT-ATCATTATT------ACTGA-TAATTAATA-G--TTTTATTCAT-GG-GCAAT-AACCA--T---------GT--TGATGTG-T------TG-------C-----GCTAA---CAAA-G-AATTTGAATTTAAAta
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TTGTGTAAAACCGTTTATCAACTCCATTAAAGAAATAATTTCTTACCAATTTTTGCAAATACAAAACACAAATATCCAGAATTCTGAAAAATTAGCCTTTTAAATTTTCAGTAAGCTACATATCATTTATGAACTAAGACCGACTATGTGATATAATTAAAAAAATTAAAGCGAGTTATAGGCCATGATTTTGTAAATTTA
Unaligned ( gi|13 ): ATAAGTGCTCATGACCTCGCTATAGAAAAAGGAAGATATTCCAACAAGATTTGAACGTTTCTGTAATACCTGCAATTACTGCAAATAAACAGTTATTTAAGATGAACATTTTTGTTACACTGTACTGCATATACAGAAATACGTCATGGATTGCTGAAAGAACTGAAATCTCATACTAAAAATATACA
Unaligned ( gi|15 ): TTGTGTAAACCGTTCATCAACTCCATTAAAACTAAAGAATTTCTGAAAATTTTTGCGAAAATACATAAATGGCAAATAGTCCACAATTCTGGACAAATTAACCTTTTTCCAGGGTATGGGCTACATAGTGCAGTGAATTAGGAAAGAGGAC
Unaligned ( gi|19 ): GTACATGCATTCGTTGTATTGTAGTACATATTTCAGTGAAATGATCACACATATGAAATGACATCCGATCGTGCCGTTACTGTCGTT
Unaligned ( gi|20 ): GTAAGCTACATATCATGAATAAAAGACCAGACTATATTGATAAATTAAAAAACAGATGCGATAGGTCAATGATTTGTAAAATTA
Unaligned ( gi|26 ): GATTTCATTTATATTAATTTTTAGAGTTGCTTG
Alignments
lowQualScore : 111 111 111 111 1111111 111 111 11 1111 2222222222 22 666666666666666666666666 1111111 1111111 111111111111111 2222222222222222222222 222222222222222222222 1111111 1111 1111 1111111 111111111 1111111 2222 11 2222222 111111 1111111111111
lowQualScore : 6 111 6 111 6 6 7 1 111 1 99 555 5 88 8888888 888 6 000 33 77 77 0000 5 1 66 1 66 0 5 66 4 5 66 4 777 4 777 1111111111 4 777 11 3 2 3 222222222222222222222222 0 88888 4444444 6 999999 3 4444444 7777 9999 3 999999999999999 3 3 8888 3 2222222222222222222222 3 0 555 666666666666666666666 3 3 0 888 3 2222222 8888 3 3 3 2 7777 6 2 44 0000 0000000 3 3 333333333 2 2 44 3333333 44 3 3 8888 6 22 3333333 3 5555 66 2 2 2 9999999 33 2 111111 0000000000000 555 3 3
lowQualScore : . ... . ... . . . . ... . .. ... . .. ....... ... . ... .. .. .. .... . . .. . .. . . .. . . .. . ... . ... .......... . ... .. . . . ........................ . ..... ....... . ...... . ....... .... .... . ............... . . .... . ...................... . . ... ..................... . . . ... . ....... .... . . . . .... . . .. .... ....... . . ......... . . .. ....... .. . . .... . .. ....... . .... .. . . . ....... .. . ...... ............. ... . .
lowQualScore : 7 777 7 777 7 7 2 0 777 7 22 777 0 00 6666666 333 7 000 66 00 99 6666 0 0 99 4 99 4 0 99 2 0 99 4 888 0 777 6666666666 0 000 99 6 0 6 666666666666666666666666 4 33333 5555555 7 666666 3 2222222 1111 7777 1 888888888888888 3 3 9999 3 0000000000000000000000 3 3 888 333333333333333333333 3 3 5 777 6 1111111 6666 6 6 6 6 7777 7 0 66 4444 8888888 3 3 333333333 1 0 66 1111111 22 1 1 8888 2 77 4444444 1 0000 88 9 9 9 1111111 99 7 111111 0000000000000 444 6 6
consensus : AAATTC-AA---TTA-T---TGCTA-AATCATAA-CTCATTNAAAATCCTG---AAATTG--TCTTCATCA---TTTATCT-TTAAT-------TGTCT---TAACC-TTAGAAA---AT--CACTTTTA-TGC--TAAC----TG-CCATNT--ACCACT--AATATAATT-AGCAT--TGCCAC-AGA--CTC-GTC---CATC-A-ATAT---T--C---T-TA---AGGATATTATA-CACATGTATG-TG----T---GTA-G-AT-------GTATGT-----ACAGTT----TAAT-G------AT-GT-------T----AT--A-ACA---A-T-CG------TG-TA-AC---TTGG-A-C--A---------T-----A-T-ATATG---T-G------------TG-TG--GTG-T-ATCAATCAC--TA-T-TATC--AA----TGT-A-C-AAT----CATAA--CT----ATT-------GT-C-A---------AACACTA--TTACT-------AT--G-CC-ATGC-TCATTATT-ATCAGTATTTT--AAAATTA-TTGTTATTA-G--TTCTCCTCAT-GG-GCAAT-AACCA--T----TATATGT--TGATGTG-T------TA-------C-----GCCAA---TAAA-G-AATTTGAATTTGAA
Reference ( family-1590 ) : AAATTC-AA---TTA-T---TGCTA-AATCATAA-CTCATTNAAAATCCTG---AAATTG--TCTTCATCA---TTTATCT-TTAAT-------TGTCT---TAACC-TTAGAAA---AT--CACTTTTA-TGC--TAAC----TG-CCATNT--ACCACT--AATATAATT-AGCAT--TGCCAC-AGA--CTC-GTC---CATC-A-ATAT---T--C---T-TA---AGGAT-TTATA-CACATGTATG-TG----T---GTA-G-AT-------GTATGT-----ACAGTT----TAAT-G------AT-GT-------T----AT--A-ACA---A-T-CG------TG-TA-AC---TTGG-A-C--A---------T-----A-T-ATATG---T-G------------TG-TG--GTG-T-ATCAATCAC--TA-T-TATC--AA----TGT-A-C-AAT----CATAA--CT----ATT-------GT-C-A---------AACACTA--TTACT-------AT--G-CC-ATGC-TCATTATT-ATCAGTATTTT--AAAATTA-TTGTTATTA-G--TTCTCCTCAT-GG-GCAAT-AACCA--T----TATATGT--TGATGTG-T------TA-------C-----GCCAA---TAAA-G-AATTTGAATTTGAA
gi|1 : AAATTC-AA---TTA-T---TGCTA-AATCATAA-CTCCTGAAAAATCCTG---AA--TG--T-TTCATCAT--TTTATCT-----T-------TGTCTA--TAACCTTTAGAAA---ATC-CACTTTTATTGC--TAAC----TGTCCATTT--ACCACT--AATAT--TT-AGCAT--TGCTAC-AGA--CTT-GTC---CATCTA-ATAT---T--C---T-TA---AGGATATTATA-CAC-TGTATGTTG----T---GTA-G-A----------A-GT-----ACAGTT----TAAT-G------AT-GT-------T----AT--A-ACA---ACT-TG------TG-TA-A----TTGG-A-C--A---------T-----ATT-ATATGTTCT-G------------TG-T---GCG-T-ATCAA-CAC--TA-T-TATC--AAT---TGT-A-C-AAT----CAT-A--CT----ATT-------GT-C-A---------ACTA-TA--TTACT-------AT--G-CC-ATG--TCATTATTAATCAGTATTTTAAAAAATTA-TTGTTATTATT--TTCTCATCAT-GG-GCAAT-AACCT--T----AATATGT--TAAT-TG-T------TA-------CCGGGGGCCAA---TTAA-A-GATTTGA
gi|10 : tgtcatatcataatagtatcttatcatatctatatcacaataaggaagatatttaacattcaagatgcgtttttgtaatgcctgcaaaagttattgaagattgaagtaacactttttggtacacacttgtactgcatatacacaaatacgtcatgtattcctgaaagactgaaaatcatatacctaaaaatcattacacttaccagtatgaagaccta-GTT---CATC-A-ATAT------C---T-TA-----GAT-ATATA-CCAAAGTATG-T-----------------------------T-----GCA--T----TAATCG------AT-GT-------T-----T--A-A-A---A-T-TG------TGATA-AC---TTG--A-C--A---------T-----A-TCATACG---T-A------------TG-TG--G-A-T-ATCAAT------A-T-TGTA--AA----T-----C-GAT----CA--A--CT----ATT--------T-C-A---------A-CACT-------T-------AT--G-CC-ATG----ATTATT-ATCAAT----T--AA---TA-T----ATTA-T--ATCTCC-CAT-G---CAAT-AACCAA-TAAAATACATGT--TGATAAC-T------CA-------C-----ACCAA---TAAACG-AAGTTGAATtt
gi|11 : cctTCATCA---TTTATCT-TTAAT-------TGTTT---TAACC-TTACAAA---AT--CACTTTTA-TGC--TAAC----TG-TCATAT--ACCACT--TATATAATT-AGCAT--TACCGT-AGA--CTT-GTC---TACC-A-TTAT---T--C---T-TA---AGGATGTTATA-CACATGTATG-TG----T---GT--------------TATGT-----ACAGTT----TAAT-G------AT-GT-------T----AT--T-AGA---A-T-GG------TG-TA-AC---TTTG-A-C--A---------T-----C-T-ATATG---T-G------------T------GTG-T-ATTAAATAC--------------A----TGT-A-C-A------CATAAGTAT----ATT-------GTGC-A---------Aaagaatttagaatt
gi|14 : GT-----GCATTT----TAAT-GCCATTTATTGT-------T----ATGTA-ACAGG-A-T-C-------TG-TA-AC---TTGG-A-----------------------------------------------TG-TG---TG-T-ATTCACCAT--AA-T-TA-C--AA----TGTCG-CTAGT----CATA----C----AT--------GT-G-A---------AACACGA--TTGCT-------AT--G-CC-AT-----------------TACTCT--CAAAT-A-TTGTTTTTA-G--TTTTATACAT-GG--CAAT-GACCA--G----TGTATGT--TGATGTT-TG-----TA---------------CAA---TAA
gi|16 : -------AT--G-CC-ATG-----TTATT-ATCAGTATTTT--AAAATTA-TTGTTACTA-G--TTCTCATCAT-GG-GCAAT-AACCAAGT----TACATGT--TGATGTG-TAACACATAAACGTAGC-----GCCAA---TAAA-G-AATTTGAATTTAAA
gi|17 : TC-A-ATAT---TA-C---C-CACACAGG------TA-TACATGTATG-TA----TC--GT--G-ATCA-----GTTCGT-----ACA--T----T--C-G------AT-AT-------T----AC--CCACA---C-A-CG------TG-TA-GT---TTGT-G-T--A---------T-----A-T-ATATG---T-G------------TG-T---GTG-T-ATtt
gi|18 : at--TCACT-------AT--GGCC-ATGT-T-ATTATT-ATCAGTATT------AATTA-TTGTTATAA-G--TTCTTCTCAT-GG-GCAAT-AACCA--T----TACATGT--TGATGTG-T------TA-------C-----GTCAA---TAagtatgtataagat
gi|2 : AAATTCCAA---TTAAT---TGCTGGAATCATAAACTC-TTAAAAATCCTGAATAAGTTGGTCCTTCATCAGTGTCTATCTCTTGATGTAGTTGTGTCTGTGTAACC-TT-GAAACAGATGGCACTTTTA-GGCTGTAACTTGATG-GTGTATGAATCA-TGAAATATTATTGAGCATGATACTTC-TGAAGCTCGGTCGTACATT-ACACATGTGT--CAGGTGTA---ATAAT-ATATAGCGCATGT-TA-TG----TTAGGTA-GAAT-------GTACGTGTGAGGCAGTTGGAGTGGTGG------AT-GTGGTGGAGT----AT--A-AGT---G-T-TG------TG-TATATTGATTGG-AGC--GATGGTGAACT-----G-T-ATAGG---T-GGACAGGGTTGGTTG-TGCTGTG-T-ATCAATCACGTCATT-TATCCGAAT---TGT-AGC-AATGTTGCATAA--A-----ATTTGAGTGGGT-T-C---------AATAATATCTTATTGTGGTTGAT--G-CCGATTG-TCATTATT-ATCAGT
gi|21 : tttgtgtaatgcctcgggcaaatgctctaagggaagttatgtgtgaagatgaagacactttttgttagcatctggtaaacatgcatgatcacaaaagatacgtatgctaatcctgagaagaactgaagactcacatactaaaaaatataccagcttcctaggatgataagacaA--CT----ATT-------GT-C-A---------AACACTA--TTACTT------AT--A-CC-GTGC-T-ATCATT-ATCA-----TT--A---TTA-TTGTTATTA-G--TTCTACTCAT-AG-ACAAT-AACAA--T----T
gi|22 : tTTA-TTGTTATTA-G--TTCTCCTCAT-GG-ACAAT-AACCA--T----TACATGT--TAATGTG-T------TA-------C-----GCCAA---TAAA-G-AATTTGAATTTG
gi|23 : TCAT-GG-GCAAT-AACCA--T----TACATTA--TGATGTG-T------TA-------C-----GCAAA---TAAA-G-AATTTGAATTTcaa
gi|24 : ATGTG-T------TA-------C-----GCCAA---TAAA-G-AATTTGAATTTGAAata
gi|25 : taaaATATGT--TAATGTG-T------TA-------C-----GCCAA---TAAA-G-AA-TTGAATTtt
gi|3 : AAATTC-AA---TTA-TAATTGCTA-AACCATAA-TTCATTGAAAATCCTG---AAATTG--TCTTCATCA---TTTATCT-TTAAT-------ga
gi|4 : caaagaaatgtaaatgcaaatatccacaattctgacaaattaacatttttcagtaagctacatatcatgaataaaagaccagactatgttgataaattaaaaaacagatgcgataggtcaatgatttgtaaaattagaataagtgctcatgatctcgctatagaaaaaggaagatattgaaacatttcaagatttgaacgtttttgtaatgcctgcaaatctaaagttattgaagatgaagaacactttttgttacactgtattgcatatacagaaatacgtcatgaattcctaaaagaactgaaatcacatactaaaaatatacacttcctagatatgaagaccaAAAT-C-AAGGCTTA-T---AGCTA-AATCATAA-CTCCTTGAAAATCCTG---AAATTG--TCTTCATCA---TTTATCT-TTAAT-------TGTCT---TAACC-TTAGAAA---AT--CACTTTTA-GGC--TAAC----TG-CCATTT--AGCACT--TATATAATT-AGCAT--TGCTAC-AGA--CTC-GTC---CATC-A-ACAT---T--C---T-TA---AGGA---TATA-CACATGTATG-TG----T---GTA-G-AT-------GTATGT-----ACAGTT----TAAT-G------AT-GT-------T----AT--A-ACA---A-T-TG------TG-TA-AA---TTGG-A-CTAA---------T-----A-T-ATATG---T-C------------TG-TGA-GTG-T-ATCAATCAC--TA-T-TATC--AA----TGT-A-C-TAT----CATAA--CT----ATT-------GT-C-A---------AATACTA--TTACT-------AT--G-CC-ATGCTTCATTATT-ATCA-TATTTT--AAAATTA-TTGTTATTA-----TCTCATCTTGGG-GCAAG-AACAA--T----TATATGT--TAATGTG-T------TA-------C-----GCCAATTTTAAA-G-AATTTGAATTTGAAag
gi|5 : AACTTC-AA---TTA-T---TGCTA-AATGATAA-CTCATTTAAAATCCTG---AAATTG--TCTTCATCA---TT-ATCT-CTAAT-------TGTTT---TAACC-TTAGAAA---AT--CACTTTTA-TGC--TAAC----TG-CCATAA--ACCACT--AATAAAATT-AGCAT--TACCAT-AGA--CTT-GTC---TACC-A---------------T-TG---AGGATATTATA-CACATGCCTG-TGTCTAT---GTATG-ATTTCATAATTATGT-----GCATTC----TAAT-G------AT-AT-------TATGAAT--A-AGA---A----G------TG-TA-AC---TTGG-A-T--A---------T-----A-T-ATATG---T-G------------TG-T---ATG-C-ATTAATAAG--TA-T-------AA----TAT-A-C-AAT----T-TCA--CT----ATT-------GT-C-A---------AACGTTA--TTACG-------AT--G-CC-ATGC-T-ATCACT-ATC---ATT-------ATTA-CTGTTATTA-G--TTTTACTCAT-GG-GCAAT-AACCA--T----TATATGT--TGATGTA-T------TG-------C-----AC
gi|6 : aAACTTC-AA---TTA-T---TGCTA-AATGATAA-CTCATTTAAAATC-TG---AAATTG--TCTTCATCA---TT-ATCT-CTAAT-------TGTTT---TAACC-TTAGAAA---AT--CACTTTTA-TGC--TAAC----TG-CCATAA--AACACT--AA-AAAATT-AGCAT--TACCATAAGA--CTT-GTC---TACC-A---------------T-TG---AGGATATTATA-CACATGCCTG-TGTCTAT---GTATG-ATTTCATAATTATGT-----GCA-TC----TAAT-G------AT-AT-------T----AT--G-ATA---A-GAAG------TG-TA-AC---TTGG-A-T------------T-----A-T-ATATG---T-G------------TG-T---ATG-C-ATTAATAAG--TA-T-------AA----TAT-A-C-AAT----T-TCA--CT----ATT-------GT-C-A---------AACGTTT--TTACG-------AT--G-CC-ATGC-T-ATCACT-ATC---ATT-------ATTA-CTGTTATTA-G--TT-TACTCAT-GG-GCAAT-AACCA-------TATATGTGATGATATG-
gi|7 : aA---AT--CACTTTTA-GGC--TAAC----TG-CCATTT--AGCACT--AATATAATT-AGCAT--TGCTAC-AGA--CTC-GTC---CATC-A-ACAT---G--C---T-TA---AGGATATTATA-CGCATGTATG--G----T---GTA-G-AT-------GTATGT-----ACAG-T----TAAT-G------AT-GT-------T----AT--A-ACA---A-T-TG------TG-TA-AA---TTGG-A-C--A---------TAATTAA-T-ATATG---TCG------------TG-T---GTGTT-ATCAATCAC--TA-TATATC--AAT---TGT-A-C-AAT----CATAA--CT----ATT-------GT-CAA---------AATACTA--TTACT-------AT--G-CC-ATG--TCATTATT-ATCAGTATTTT--AAAATTATTTGTTATT--GTTTTCTCATCAT-GG-GCAATAAACCA--T----TATATGT--TAATGTG-T------TA-------C-----GCCAA---TAAA-GAAATTTGAATTTGAAcac
gi|8 : AAC----GG-CCATTT--ACCACT--AATATAATT-AGCAT---GT-AC-AGA--CAT-GTC---CAT--A-ATAT---TTTC---T-TT---AAGATATTATA--ACATG--------------------------------ATGT-----AC-GTT----TACT-G------AT-GT-------T----AT--ACACA---A-T-TG------TG-TA-AA---TTGGGA-C--A---------T-----AAT-ATATA---T-G------------TTCTG--GTG-TGATCAATCAC--TA-T-TATC--AAATTTTTT-A-C-A-T----C-TAA--CTT---ACT-------TT-C-A---------A-CACTA--TTAC--------ATCAG-CC-ATG--TCATTATTTATCC-TATTT---AAAATTA-TT---ATTA-G--TTCT--TCAT-ACTGCA-T-AAACA--T----TATATGT--TGATGTGGT------TA-------C-----GCAAA---TAAA-G-AATTTGAATTTGtttg
gi|9 : -TTATA-CAT-TGTATG-TG----T---GTC-T-GT-------TTGTAT-----ACA-------TAAT-T------AT-GTG------C----AT--C-CTACTCA-C-CGCACGAATG-TA-AC---TAGG-A-C--A---------T-----A-T-TCA-G---T-A------------TG-TAC-ATG-T-ATTCATCAT--AA-T-TGTC--AT----TG--A-C-AGA----CTTAA--ATTTATATT-------GT-C-ATACATATGAAATAATA--TTCCT-------AT--G-CC-ATGC--CATTACT-ATCATTATT------ACTGA-TAATTAATA-G--TTTTATTCAT-GG-GCAAT-AACCA--T---------GT--TGATGTG-T------TG-------C-----GCTAA---CAAA-G-AATTTGAATTTAAAta
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TTGTGTAAAACCGTTTATCAACTCCATTAAAGAAATAATTTCTTACCAATTTTTGCAAATACAAAACACAAATATCCAGAATTCTGAAAAATTAGCCTTTTAAATTTTCAGTAAGCTACATATCATTTATGAACTAAGACCGACTATGTGATATAATTAAAAAAATTAAAGCGAGTTATAGGCCATGATTTTGTAAATTTA
Unaligned ( gi|13 ): ATAAGTGCTCATGACCTCGCTATAGAAAAAGGAAGATATTCCAACAAGATTTGAACGTTTCTGTAATACCTGCAATTACTGCAAATAAACAGTTATTTAAGATGAACATTTTTGTTACACTGTACTGCATATACAGAAATACGTCATGGATTGCTGAAAGAACTGAAATCTCATACTAAAAATATACA
Unaligned ( gi|15 ): TTGTGTAAACCGTTCATCAACTCCATTAAAACTAAAGAATTTCTGAAAATTTTTGCGAAAATACATAAATGGCAAATAGTCCACAATTCTGGACAAATTAACCTTTTTCCAGGGTATGGGCTACATAGTGCAGTGAATTAGGAAAGAGGAC
Unaligned ( gi|19 ): GTACATGCATTCGTTGTATTGTAGTACATATTTCAGTGAAATGATCACACATATGAAATGACATCCGATCGTGCCGTTACTGTCGTT
Unaligned ( gi|20 ): GTAAGCTACATATCATGAATAAAAGACCAGACTATATTGATAAATTAAAAAACAGATGCGATAGGTCAATGATTTGTAAAATTA
Unaligned ( gi|26 ): GATTTCATTTATATTAATTTTTAGAGTTGCTTG
Alignments
lowQualScore : 111 111 111 111 1111111 111 111 11 1111 11111111 555555555555555555555555555 11111111 1111111 111111111 1111111 111111111111111 2222222222222222222222 222222222222222222222 1111111 1111 1111 1111111 111111111 1111111 2222 11 2222222 111111 1111111111111
lowQualScore : 6 111 6 111 6 6 7 1 111 1 99 555 5 88 8888888 888 6 000 33 77 77 0000 5 1 66 1 66 0 5 66 4 5 66 4 777 4 66666666 8888 55 666 2 777777777777777777777777777 3 11111111 2222222 3 222222222 3 4444444 7777 9999 3 999999999999999 3 3 8888 3 2222222222222222222222 3 0 555 666666666666666666666 3 3 0 888 3 2222222 8888 3 3 3 2 7777 6 2 44 0000 0000000 3 3 333333333 2 2 44 3333333 44 3 3 8888 6 22 3333333 3 5555 66 2 2 2 9999999 33 2 111111 0000000000000 555 3 3
lowQualScore : . ... . ... . . . . ... . .. ... . .. ....... ... . ... .. .. .. .... . . .. . .. . . .. . . .. . ... . ........ .... .. ... . ........................... . ........ ....... . ......... . ....... .... .... . ............... . . .... . ...................... . . ... ..................... . . . ... . ....... .... . . . . .... . . .. .... ....... . . ......... . . .. ....... .. . . .... . .. ....... . .... .. . . . ....... .. . ...... ............. ... . .
lowQualScore : 7 777 7 777 7 7 2 0 777 7 22 777 0 00 6666666 333 7 000 66 00 99 6666 0 0 99 4 99 4 0 99 2 0 99 4 888 4 44444444 5555 00 444 0 222222222222222222222222222 3 44444444 9999999 3 999999999 3 2222222 1111 7777 1 888888888888888 3 3 9999 3 0000000000000000000000 3 3 888 333333333333333333333 3 3 5 777 6 1111111 6666 6 6 6 6 7777 7 0 66 4444 8888888 3 3 333333333 1 0 66 1111111 22 1 1 8888 2 77 4444444 1 0000 88 9 9 9 1111111 99 7 111111 0000000000000 444 6 6
consensus : AAATTC-AA---TTA-T---TGCTA-AATCATAA-CTCATTNAAAATCCTG---AAATTG--TCTTCATCA---TTTATCT-TTAAT-------TGTCT---TAACC-TTAGAAA---AT--CACTTTTA-TGC--TAAC----TG-CCATNT--ACCACT--AATATAATT-AGCAT--TGCCAC-AGA--CTC-GTC---CATC-A-ACATT--CTTAAGG----ATATTAT--A---CACATGTATG-TG----T---GTA-G-AT-------GTAT-GT-----G--CAGTT----TA-AT--G------AT-GT-------T----AT--A-ACA---A-T-CG------TG-TA-AC---TTGG-A-C--A---------T-----A-T-ATATG---T-G------------TG-TG--GTG-T-ATCAATCAC--TA-T-TATC--AA----TGT-A-C-AAT----CATAA--CT----ATT-------GT-C-A---------AACACTA--TTACT-------AT--G-CC-ATGC-TCATTATT-ATCAGTATTTT--AAAATTA-TTGTTATTA-G--TTCTCCTCAT-GG-GCAAT-AACCA--T----TATATGT--TGATGTG-T------TA-------C-----GCCAA---TAAA-G-AATTTGAATTTGAA
Reference ( family-1590 ) : AAATTC-AA---TTA-T---TGCTA-AATCATAA-CTCATTNAAAATCCTG---AAATTG--TCTTCATCA---TTTATCT-TTAAT-------TGTCT---TAACC-TTAGAAA---AT--CACTTTTA-TGC--TAAC----TG-CCATNT--ACCACT--AATATAATT-AGCAT--TGCCAC-AGA--CTC-GTC---CATC-A-ATATT--CTTAAGG----ATATTAT--A---CACATGTATG-TG----T---GTA-G-AT-------GTAT-GT-----A--CAGTT----TA-AT--G------AT-GT-------T----AT--A-ACA---A-T-CG------TG-TA-AC---TTGG-A-C--A---------T-----A-T-ATATG---T-G------------TG-TG--GTG-T-ATCAATCAC--TA-T-TATC--AA----TGT-A-C-AAT----CATAA--CT----ATT-------GT-C-A---------AACACTA--TTACT-------AT--G-CC-ATGC-TCATTATT-ATCAGTATTTT--AAAATTA-TTGTTATTA-G--TTCTCCTCAT-GG-GCAAT-AACCA--T----TATATGT--TGATGTG-T------TA-------C-----GCCAA---TAAA-G-AATTTGAATTTGAA
gi|1 : AAATTC-AA---TTA-T---TGCTA-AATCATAA-CTCCTGAAAAATCCTG---AA--TG--T-TTCATCAT--TTTATCT-----T-------TGTCTA--TAACCTTTAGAAA---ATC-CACTTTTATTGC--TAAC----TGTCCATTT--ACCACT--AATAT--TT-AGCAT--TGCTAC-AGA--CTT-GTC---CATCTA-ATATT--CTTAAGG----ATATTAT--A---CAC-TGTATGTTG----T---GTA-G-A----------A--GT-----A--CAGTT----TA-AT--G------AT-GT-------T----AT--A-ACA---ACT-TG------TG-TA-A----TTGG-A-C--A---------T-----ATT-ATATGTTCT-G------------TG-T---GCG-T-ATCAA-CAC--TA-T-TATC--AAT---TGT-A-C-AAT----CAT-A--CT----ATT-------GT-C-A---------ACTA-TA--TTACT-------AT--G-CC-ATG--TCATTATTAATCAGTATTTTAAAAAATTA-TTGTTATTATT--TTCTCATCAT-GG-GCAAT-AACCT--T----AATATGT--TAAT-TG-T------TA-------CCGGGGGCCAA---TTAA-A-GATTTGA
gi|10 : tgtcatatcataatagtatcttatcatatctatatcacaataaggaagatatttaacattcaagatgcgtttttgtaatgcctgcaaaagttattgaagattgaagtaacactttttggtacacacttgtactgcatatacacaaatacgtcatgtattcctgaaagactgaaaatcatatacctaaaaatcattacacttaccagtatgaagaccta-GTT---CATC-A-ATAT---CTTA--G----ATAT-AT--A---CCAAAGTATG-T------------------------------T-----G--CA--T----TA-ATC-G------AT-GT-------T-----T--A-A-A---A-T-TG------TGATA-AC---TTG--A-C--A---------T-----A-TCATACG---T-A------------TG-TG--G-A-T-ATCAAT------A-T-TGTA--AA----T-----C-GAT----CA--A--CT----ATT--------T-C-A---------A-CACT-------T-------AT--G-CC-ATG----ATTATT-ATCAAT----T--AA---TA-T----ATTA-T--ATCTCC-CAT-G---CAAT-AACCAA-TAAAATACATGT--TGATAAC-T------CA-------C-----ACCAA---TAAACG-AAGTTGAATtt
gi|11 : cctTCATCA---TTTATCT-TTAAT-------TGTTT---TAACC-TTACAAA---AT--CACTTTTA-TGC--TAAC----TG-TCATAT--ACCACT--TATATAATT-AGCAT--TACCGT-AGA--CTT-GTC---TACC-A-TTATT--CTTAAGG----ATGTTAT--A---CACATGTATG-TG----T---GT--------------TAT-GT-----A--CAGTT----TA-AT--G------AT-GT-------T----AT--T-AGA---A-T-GG------TG-TA-AC---TTTG-A-C--A---------T-----C-T-ATATG---T-G------------T------GTG-T-ATTAAATAC--------------A----TGT-A-C-A------CATAAGTAT----ATT-------GTGC-A---------Aaagaatttagaatt
gi|14 : -GT-----G--CATTT----TA-AT--GCCATTTATTGT-------T----ATGTA-ACAGG-A-T-C-------TG-TA-AC---TTGG-A-----------------------------------------------TG-TG---TG-T-ATTCACCAT--AA-T-TA-C--AA----TGTCG-CTAGT----CATA----C----AT--------GT-G-A---------AACACGA--TTGCT-------AT--G-CC-AT-----------------TACTCT--CAAAT-A-TTGTTTTTA-G--TTTTATACAT-GG--CAAT-GACCA--G----TGTATGT--TGATGTT-TG-----TA---------------CAA---TAA
gi|16 : -------AT--G-CC-ATG-----TTATT-ATCAGTATTTT--AAAATTA-TTGTTACTA-G--TTCTCATCAT-GG-GCAAT-AACCAAGT----TACATGT--TGATGTG-TAACACATAAACGTAGC-----GCCAA---TAAA-G-AATTTGAATTTAAA
gi|17 : ----ATATTACCCA---CACAGGTATA-CA----T---GTA----T-------GTATCGT-----GATCAGTTCG--TACATTCG------AT-AT-------T----AC--CCACA---C-A-CG------TG-TA-GT---TTGT-G-T--A---------T-----A-T-ATATG---T-G------------TG-T---GTG-T-ATtt
gi|18 : attca--TCACT-------AT--GGCC-ATGT-T-ATTATT-ATCAGTATT------AATTA-TTGTTATAA-G--TTCTTCTCAT-GG-GCAAT-AACCA--T----TACATGT--TGATGTG-T------TA-------C-----GTCAA---TAagtatgtataagat
gi|2 : AAATTCCAA---TTAAT---TGCTGGAATCATAAACTC-TTAAAAATCCTGAATAAGTTGGTCCTTCATCAGTGTCTATCTCTTGATGTAGTTGTGTCTGTGTAACC-TT-GAAACAGATGGCACTTTTA-GGCTGTAACTTGATG-GTGTATGAATCA-TGAAATATTATTGAGCATGATACTTC-TGAAGCTCGGTCGTACATT-ACACATG--TGTCAGGTGTAATAATAT--ATAGCGCATGT-TA-TG----TTAGGTA-GAAT-------GTAC-GTGTGAGG--CAGTTGGAGTG-GTG-G------AT-GTGGTGGAGT----AT--A-AGT---G-T-TG------TG-TATATTGATTGG-AGC--GATGGTGAACT-----G-T-ATAGG---T-GGACAGGGTTGGTTG-TGCTGTG-T-ATCAATCACGTCATT-TATCCGAAT---TGT-AGC-AATGTTGCATAA--A-----ATTTGAGTGGGT-T-C---------AATAATATCTTATTGTGGTTGAT--G-CCGATTG-TCATTATT-ATCAGT
gi|21 : tttgtgtaatgcctcgggcaaatgctctaagggaagttatgtgtgaagatgaagacactttttgttagcatctggtaaacatgcatgatcacaaaagatacgtatgctaatcctgagaagaactgaagactcacatactaaaaaatataccagcttcctaggatgataagacaA--CT----ATT-------GT-C-A---------AACACTA--TTACTT------AT--A-CC-GTGC-T-ATCATT-ATCA-----TT--A---TTA-TTGTTATTA-G--TTCTACTCAT-AG-ACAAT-AACAA--T----T
gi|22 : tTTA-TTGTTATTA-G--TTCTCCTCAT-GG-ACAAT-AACCA--T----TACATGT--TAATGTG-T------TA-------C-----GCCAA---TAAA-G-AATTTGAATTTG
gi|23 : TCAT-GG-GCAAT-AACCA--T----TACATTA--TGATGTG-T------TA-------C-----GCAAA---TAAA-G-AATTTGAATTTcaa
gi|24 : ATGTG-T------TA-------C-----GCCAA---TAAA-G-AATTTGAATTTGAAata
gi|25 : taaaATATGT--TAATGTG-T------TA-------C-----GCCAA---TAAA-G-AA-TTGAATTtt
gi|3 : AAATTC-AA---TTA-TAATTGCTA-AACCATAA-TTCATTGAAAATCCTG---AAATTG--TCTTCATCA---TTTATCT-TTAAT-------ga
gi|4 : caaagaaatgtaaatgcaaatatccacaattctgacaaattaacatttttcagtaagctacatatcatgaataaaagaccagactatgttgataaattaaaaaacagatgcgataggtcaatgatttgtaaaattagaataagtgctcatgatctcgctatagaaaaaggaagatattgaaacatttcaagatttgaacgtttttgtaatgcctgcaaatctaaagttattgaagatgaagaacactttttgttacactgtattgcatatacagaaatacgtcatgaattcctaaaagaactgaaatcacatactaaaaatatacacttcctagatatgaagaccaAAAT-C-AAGGCTTA-T---AGCTA-AATCATAA-CTCCTTGAAAATCCTG---AAATTG--TCTTCATCA---TTTATCT-TTAAT-------TGTCT---TAACC-TTAGAAA---AT--CACTTTTA-GGC--TAAC----TG-CCATTT--AGCACT--TATATAATT-AGCAT--TGCTAC-AGA--CTC-GTC---CATC-A-ACATT--CTTAAGG----A---TAT--A---CACATGTATG-TG----T---GTA-G-AT-------GTAT-GT-----A--CAGTT----TA-AT--G------AT-GT-------T----AT--A-ACA---A-T-TG------TG-TA-AA---TTGG-A-CTAA---------T-----A-T-ATATG---T-C------------TG-TGA-GTG-T-ATCAATCAC--TA-T-TATC--AA----TGT-A-C-TAT----CATAA--CT----ATT-------GT-C-A---------AATACTA--TTACT-------AT--G-CC-ATGCTTCATTATT-ATCA-TATTTT--AAAATTA-TTGTTATTA-----TCTCATCTTGGG-GCAAG-AACAA--T----TATATGT--TAATGTG-T------TA-------C-----GCCAATTTTAAA-G-AATTTGAATTTGAAag
gi|5 : AACTTC-AA---TTA-T---TGCTA-AATGATAA-CTCATTTAAAATCCTG---AAATTG--TCTTCATCA---TT-ATCT-CTAAT-------TGTTT---TAACC-TTAGAAA---AT--CACTTTTA-TGC--TAAC----TG-CCATAA--ACCACT--AATAAAATT-AGCAT--TACCAT-AGA--CTT-GTC---TACC-A---------TTGAGG----ATATTAT--A---CACATGCCTG-TGTCTAT---GTATG-ATTTCATAATTAT-GT-----G--CATTC----TA-AT--G------AT-AT-------TATGAAT--A-AGA---A----G------TG-TA-AC---TTGG-A-T--A---------T-----A-T-ATATG---T-G------------TG-T---ATG-C-ATTAATAAG--TA-T-------AA----TAT-A-C-AAT----T-TCA--CT----ATT-------GT-C-A---------AACGTTA--TTACG-------AT--G-CC-ATGC-T-ATCACT-ATC---ATT-------ATTA-CTGTTATTA-G--TTTTACTCAT-GG-GCAAT-AACCA--T----TATATGT--TGATGTA-T------TG-------C-----AC
gi|6 : aAACTTC-AA---TTA-T---TGCTA-AATGATAA-CTCATTTAAAATC-TG---AAATTG--TCTTCATCA---TT-ATCT-CTAAT-------TGTTT---TAACC-TTAGAAA---AT--CACTTTTA-TGC--TAAC----TG-CCATAA--AACACT--AA-AAAATT-AGCAT--TACCATAAGA--CTT-GTC---TACC-A---------TTGAGG----ATATTAT--A---CACATGCCTG-TGTCTAT---GTATG-ATTTCATAATTAT-GT-----G--CA-TC----TA-AT--G------AT-AT-------T----AT--G-ATA---A-GAAG------TG-TA-AC---TTGG-A-T------------T-----A-T-ATATG---T-G------------TG-T---ATG-C-ATTAATAAG--TA-T-------AA----TAT-A-C-AAT----T-TCA--CT----ATT-------GT-C-A---------AACGTTT--TTACG-------AT--G-CC-ATGC-T-ATCACT-ATC---ATT-------ATTA-CTGTTATTA-G--TT-TACTCAT-GG-GCAAT-AACCA-------TATATGTGATGATATG-
gi|7 : aA---AT--CACTTTTA-GGC--TAAC----TG-CCATTT--AGCACT--AATATAATT-AGCAT--TGCTAC-AGA--CTC-GTC---CATC-A-ACATG--CTTAAGG----ATATTAT--A---CGCATGTATG--G----T---GTA-G-AT-------GTAT-GT-----A--CAG-T----TA-AT--G------AT-GT-------T----AT--A-ACA---A-T-TG------TG-TA-AA---TTGG-A-C--A---------TAATTAA-T-ATATG---TCG------------TG-T---GTGTT-ATCAATCAC--TA-TATATC--AAT---TGT-A-C-AAT----CATAA--CT----ATT-------GT-CAA---------AATACTA--TTACT-------AT--G-CC-ATG--TCATTATT-ATCAGTATTTT--AAAATTATTTGTTATT--GTTTTCTCATCAT-GG-GCAATAAACCA--T----TATATGT--TAATGTG-T------TA-------C-----GCCAA---TAAA-GAAATTTGAATTTGAAcac
gi|8 : AAC----GG-CCATTT--ACCACT--AATATAATT-AGCAT---GT-AC-AGA--CAT-GTC---CAT--A-ATATTTTCTTTAAG----ATATTAT--A----ACATG--------------------------------AT-GT-----A--C-GTT----TA-CT--G------AT-GT-------T----AT--ACACA---A-T-TG------TG-TA-AA---TTGGGA-C--A---------T-----AAT-ATATA---T-G------------TTCTG--GTG-TGATCAATCAC--TA-T-TATC--AAATTTTTT-A-C-A-T----C-TAA--CTT---ACT-------TT-C-A---------A-CACTA--TTAC--------ATCAG-CC-ATG--TCATTATTTATCC-TATTT---AAAATTA-TT---ATTA-G--TTCT--TCAT-ACTGCA-T-AAACA--T----TATATGT--TGATGTGGT------TA-------C-----GCAAA---TAAA-G-AATTTGAATTTGtttg
gi|9 : TTAT--A---CAT-TGTATG-TG----T---GTC-T-GT-------TTGT-AT-----A--CA-------TA-AT--T------AT-GTG------C----AT--C-CTACTCA-C-CGCACGAATG-TA-AC---TAGG-A-C--A---------T-----A-T-TCA-G---T-A------------TG-TAC-ATG-T-ATTCATCAT--AA-T-TGTC--AT----TG--A-C-AGA----CTTAA--ATTTATATT-------GT-C-ATACATATGAAATAATA--TTCCT-------AT--G-CC-ATGC--CATTACT-ATCATTATT------ACTGA-TAATTAATA-G--TTTTATTCAT-GG-GCAAT-AACCA--T---------GT--TGATGTG-T------TG-------C-----GCTAA---CAAA-G-AATTTGAATTTAAAta
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TTGTGTAAAACCGTTTATCAACTCCATTAAAGAAATAATTTCTTACCAATTTTTGCAAATACAAAACACAAATATCCAGAATTCTGAAAAATTAGCCTTTTAAATTTTCAGTAAGCTACATATCATTTATGAACTAAGACCGACTATGTGATATAATTAAAAAAATTAAAGCGAGTTATAGGCCATGATTTTGTAAATTTA
Unaligned ( gi|13 ): ATAAGTGCTCATGACCTCGCTATAGAAAAAGGAAGATATTCCAACAAGATTTGAACGTTTCTGTAATACCTGCAATTACTGCAAATAAACAGTTATTTAAGATGAACATTTTTGTTACACTGTACTGCATATACAGAAATACGTCATGGATTGCTGAAAGAACTGAAATCTCATACTAAAAATATACA
Unaligned ( gi|15 ): TTGTGTAAACCGTTCATCAACTCCATTAAAACTAAAGAATTTCTGAAAATTTTTGCGAAAATACATAAATGGCAAATAGTCCACAATTCTGGACAAATTAACCTTTTTCCAGGGTATGGGCTACATAGTGCAGTGAATTAGGAAAGAGGAC
Unaligned ( gi|19 ): GTACATGCATTCGTTGTATTGTAGTACATATTTCAGTGAAATGATCACACATATGAAATGACATCCGATCGTGCCGTTACTGTCGTT
Unaligned ( gi|20 ): GTAAGCTACATATCATGAATAAAAGACCAGACTATATTGATAAATTAAAAAACAGATGCGATAGGTCAATGATTTGTAAAATTA
Unaligned ( gi|26 ): GATTTCATTTATATTAATTTTTAGAGTTGCTTG
Alignments
lowQualScore : 111 111 111 111 1111111 111 111 11 1111 11111111 555555555555555555555555555 11111111 1111111 111111111 1111111 111111111111111 2222222222222222222222 222222222222222222222 1111111 1111 1111 1111111 111111111 1111111 2222 11 2222222 111111 1111111111111
lowQualScore : 6 111 6 111 6 6 7 1 111 1 99 555 5 88 8888888 888 6 000 33 77 77 0000 5 1 66 1 66 0 5 66 4 5 66 4 777 4 77777777 8888 55 666 2 222222222222222222222222222 3 11111111 2222222 3 222222222 3 4444444 7777 9999 3 999999999999999 3 3 8888 3 2222222222222222222222 3 0 555 666666666666666666666 3 3 0 888 3 2222222 8888 3 3 3 2 7777 6 2 44 0000 0000000 3 3 333333333 2 2 44 3333333 44 3 3 8888 6 22 3333333 3 5555 66 2 2 2 9999999 33 2 111111 0000000000000 555 3 3
lowQualScore : . ... . ... . . . . ... . .. ... . .. ....... ... . ... .. .. .. .... . . .. . .. . . .. . . .. . ... . ........ .... .. ... . ........................... . ........ ....... . ......... . ....... .... .... . ............... . . .... . ...................... . . ... ..................... . . . ... . ....... .... . . . . .... . . .. .... ....... . . ......... . . .. ....... .. . . .... . .. ....... . .... .. . . . ....... .. . ...... ............. ... . .
lowQualScore : 7 777 7 777 7 7 2 0 777 7 22 777 0 00 6666666 333 7 000 66 00 99 6666 0 0 99 4 99 4 0 99 2 0 99 4 888 4 88888888 5555 00 444 0 888888888888888888888888888 3 77777777 9999999 3 999999999 3 2222222 1111 7777 1 888888888888888 3 3 9999 3 0000000000000000000000 3 3 888 333333333333333333333 3 3 5 777 6 1111111 6666 6 6 6 6 7777 7 0 66 4444 8888888 3 3 333333333 1 0 66 1111111 22 1 1 8888 2 77 4444444 1 0000 88 9 9 9 1111111 99 7 111111 0000000000000 444 6 6
consensus : AAATTC-AA---TTA-T---TGCTA-AATCATAA-CTCATTNAAAATCCTG---AAATTG--TCTTCATCA---TTTATCT-TTAAT-------TGTCT---TAACC-TTAGAAA---AT--CACTTTTA-TGC--TAAC----TG-CCATNT--ACCACT--AATATAATT-AGCAT--TGCCAC-AGA--CTC-GTC---CATC-A-ACATT--CTTAAGG----ATATTAT--A---CACATGTATG-TG----T---GTA-G-AT-------GTAT-GT-----G--CAGTT----TA-AT--G------AT-GT-------T----AT--A-ACA---A-T-CG------TG-TA-AC---TTGG-A-C--A---------T-----A-T-ATATG---T-G------------TG-TG--GTG-T-ATCAATCAC--TA-T-TATC--AA----TGT-A-C-AAT----CATAA--CT----ATT-------GT-C-A---------AACACTA--TTACT-------AT--G-CC-ATGC-TCATTATT-ATCAGTATTTT--AAAATTA-TTGTTATTA-G--TTCTCCTCAT-GG-GCAAT-AACCA--T----TATATGT--TGATGTG-T------TA-------C-----GCCAA---TAAA-G-AATTTGAATTTGAA
Reference ( family-1590 ) : AAATTC-AA---TTA-T---TGCTA-AATCATAA-CTCATTNAAAATCCTG---AAATTG--TCTTCATCA---TTTATCT-TTAAT-------TGTCT---TAACC-TTAGAAA---AT--CACTTTTA-TGC--TAAC----TG-CCATNT--ACCACT--AATATAATT-AGCAT--TGCCAC-AGA--CTC-GTC---CATC-A-ACATT--CTTAAGG----ATATTAT--A---CACATGTATG-TG----T---GTA-G-AT-------GTAT-GT-----G--CAGTT----TA-AT--G------AT-GT-------T----AT--A-ACA---A-T-CG------TG-TA-AC---TTGG-A-C--A---------T-----A-T-ATATG---T-G------------TG-TG--GTG-T-ATCAATCAC--TA-T-TATC--AA----TGT-A-C-AAT----CATAA--CT----ATT-------GT-C-A---------AACACTA--TTACT-------AT--G-CC-ATGC-TCATTATT-ATCAGTATTTT--AAAATTA-TTGTTATTA-G--TTCTCCTCAT-GG-GCAAT-AACCA--T----TATATGT--TGATGTG-T------TA-------C-----GCCAA---TAAA-G-AATTTGAATTTGAA
gi|1 : AAATTC-AA---TTA-T---TGCTA-AATCATAA-CTCCTGAAAAATCCTG---AA--TG--T-TTCATCAT--TTTATCT-----T-------TGTCTA--TAACCTTTAGAAA---ATC-CACTTTTATTGC--TAAC----TGTCCATTT--ACCACT--AATAT--TT-AGCAT--TGCTAC-AGA--CTT-GTC---CATCTA-ATATT--CTTAAGG----ATATTAT--A---CAC-TGTATGTTG----T---GTA-G-AA-------GTA------------CAGTT----TA-AT--G------AT-GT-------T----AT--A-ACA---ACT-TG------TG-TA-A----TTGG-A-C--A---------T-----ATT-ATATGTTCT-G------------TG-T---GCG-T-ATCAA-CAC--TA-T-TATC--AAT---TGT-A-C-AAT----CAT-A--CT----ATT-------GT-C-A---------ACTA-TA--TTACT-------AT--G-CC-ATG--TCATTATTAATCAGTATTTTAAAAAATTA-TTGTTATTATT--TTCTCATCAT-GG-GCAAT-AACCT--T----AATATGT--TAAT-TG-T------TA-------CCGGGGGCCAA---TTAA-A-GATTTGA
gi|10 : tgtcatatcataatagtatcttatcatatctatatcacaataaggaagatatttaacattcaagatgcgtttttgtaatgcctgcaaaagttattgaagattgaagtaacactttttggtacacacttgtactgcatatacacaaatacgtcatgtattcctgaaagactgaaaatcatatacctaaaaatcattacacttaccagtatgaagaccta-GTT---CATC-A-ATAT---CTTA--G----ATAT-AT--A---CCAAAGTATG-T------------------------------T-----G--CA--T----TA-ATC-G------AT-GT-------T-----T--A-A-A---A-T-TG------TGATA-AC---TTG--A-C--A---------T-----A-TCATACG---T-A------------TG-TG--G-A-T-ATCAAT------A-T-TGTA--AA----T-----C-GAT----CA--A--CT----ATT--------T-C-A---------A-CACT-------T-------AT--G-CC-ATG----ATTATT-ATCAAT----T--AA---TA-T----ATTA-T--ATCTCC-CAT-G---CAAT-AACCAA-TAAAATACATGT--TGATAAC-T------CA-------C-----ACCAA---TAAACG-AAGTTGAATtt
gi|11 : cctTCATCA---TTTATCT-TTAAT-------TGTTT---TAACC-TTACAAA---AT--CACTTTTA-TGC--TAAC----TG-TCATAT--ACCACT--TATATAATT-AGCAT--TACCGT-AGA--CTT-GTC---TACC-A-TTATT--CTTAAGG----ATGTTAT--A---CACATGTATG-TG----T---GT--------------TAT-GT-----A--CAGTT----TA-AT--G------AT-GT-------T----AT--T-AGA---A-T-GG------TG-TA-AC---TTTG-A-C--A---------T-----C-T-ATATG---T-G------------T------GTG-T-ATTAAATAC--------------A----TGT-A-C-A------CATAAGTAT----ATT-------GTGC-A---------Aaagaatttagaatt
gi|14 : -GT-----G--CATTT----TA-AT--GCCATTTATTGT-------T----ATGTA-ACAGG-A-T-C-------TG-TA-AC---TTGG-A-----------------------------------------------TG-TG---TG-T-ATTCACCAT--AA-T-TA-C--AA----TGTCG-CTAGT----CATA----C----AT--------GT-G-A---------AACACGA--TTGCT-------AT--G-CC-AT-----------------TACTCT--CAAAT-A-TTGTTTTTA-G--TTTTATACAT-GG--CAAT-GACCA--G----TGTATGT--TGATGTT-TG-----TA---------------CAA---TAA
gi|16 : -------AT--G-CC-ATG-----TTATT-ATCAGTATTTT--AAAATTA-TTGTTACTA-G--TTCTCATCAT-GG-GCAAT-AACCAAGT----TACATGT--TGATGTG-TAACACATAAACGTAGC-----GCCAA---TAAA-G-AATTTGAATTTAAA
gi|17 : ----ATATTACCCA---CACAGGTATA-CA----T---GTA----T-------GTATCGT-----GATCAGTTCG--TACATTCG------AT-AT-------T----AC--CCACA---C-A-CG------TG-TA-GT---TTGT-G-T--A---------T-----A-T-ATATG---T-G------------TG-T---GTG-T-ATtt
gi|18 : attca--TCACT-------AT--GGCC-ATGT-T-ATTATT-ATCAGTATT------AATTA-TTGTTATAA-G--TTCTTCTCAT-GG-GCAAT-AACCA--T----TACATGT--TGATGTG-T------TA-------C-----GTCAA---TAagtatgtataagat
gi|2 : AAATTCCAA---TTAAT---TGCTGGAATCATAAACTC-TTAAAAATCCTGAATAAGTTGGTCCTTCATCAGTGTCTATCTCTTGATGTAGTTGTGTCTGTGTAACC-TT-GAAACAGATGGCACTTTTA-GGCTGTAACTTGATG-GTGTATGAATCA-TGAAATATTATTGAGCATGATACTTC-TGAAGCTCGGTCGTACATT-ACACATG--TGTCAGGTGTAATAATAT--ATAGCGCATGT-TA-TG----TTAGGTA-GAAT-------GTAC-GTGTGAGG--CAGTTGGAGTG-GTG-G------AT-GTGGTGGAGT----AT--A-AGT---G-T-TG------TG-TATATTGATTGG-AGC--GATGGTGAACT-----G-T-ATAGG---T-GGACAGGGTTGGTTG-TGCTGTG-T-ATCAATCACGTCATT-TATCCGAAT---TGT-AGC-AATGTTGCATAA--A-----ATTTGAGTGGGT-T-C---------AATAATATCTTATTGTGGTTGAT--G-CCGATTG-TCATTATT-ATCAGT
gi|21 : tttgtgtaatgcctcgggcaaatgctctaagggaagttatgtgtgaagatgaagacactttttgttagcatctggtaaacatgcatgatcacaaaagatacgtatgctaatcctgagaagaactgaagactcacatactaaaaaatataccagcttcctaggatgataagacaA--CT----ATT-------GT-C-A---------AACACTA--TTACTT------AT--A-CC-GTGC-T-ATCATT-ATCA-----TT--A---TTA-TTGTTATTA-G--TTCTACTCAT-AG-ACAAT-AACAA--T----T
gi|22 : tTTA-TTGTTATTA-G--TTCTCCTCAT-GG-ACAAT-AACCA--T----TACATGT--TAATGTG-T------TA-------C-----GCCAA---TAAA-G-AATTTGAATTTG
gi|23 : TCAT-GG-GCAAT-AACCA--T----TACATTA--TGATGTG-T------TA-------C-----GCAAA---TAAA-G-AATTTGAATTTcaa
gi|24 : ATGTG-T------TA-------C-----GCCAA---TAAA-G-AATTTGAATTTGAAata
gi|25 : taaaATATGT--TAATGTG-T------TA-------C-----GCCAA---TAAA-G-AA-TTGAATTtt
gi|3 : AAATTC-AA---TTA-TAATTGCTA-AACCATAA-TTCATTGAAAATCCTG---AAATTG--TCTTCATCA---TTTATCT-TTAAT-------ga
gi|4 : caaagaaatgtaaatgcaaatatccacaattctgacaaattaacatttttcagtaagctacatatcatgaataaaagaccagactatgttgataaattaaaaaacagatgcgataggtcaatgatttgtaaaattagaataagtgctcatgatctcgctatagaaaaaggaagatattgaaacatttcaagatttgaacgtttttgtaatgcctgcaaatctaaagttattgaagatgaagaacactttttgttacactgtattgcatatacagaaatacgtcatgaattcctaaaagaactgaaatcacatactaaaaatatacacttcctagatatgaagaccaAAAT-C-AAGGCTTA-T---AGCTA-AATCATAA-CTCCTTGAAAATCCTG---AAATTG--TCTTCATCA---TTTATCT-TTAAT-------TGTCT---TAACC-TTAGAAA---AT--CACTTTTA-GGC--TAAC----TG-CCATTT--AGCACT--TATATAATT-AGCAT--TGCTAC-AGA--CTC-GTC---CATC-A-ACATT--CTTAAGG----A---TAT--A---CACATGTATG-TG----T---GTA-G-AT-------GTAT-GT-----A--CAGTT----TA-AT--G------AT-GT-------T----AT--A-ACA---A-T-TG------TG-TA-AA---TTGG-A-CTAA---------T-----A-T-ATATG---T-C------------TG-TGA-GTG-T-ATCAATCAC--TA-T-TATC--AA----TGT-A-C-TAT----CATAA--CT----ATT-------GT-C-A---------AATACTA--TTACT-------AT--G-CC-ATGCTTCATTATT-ATCA-TATTTT--AAAATTA-TTGTTATTA-----TCTCATCTTGGG-GCAAG-AACAA--T----TATATGT--TAATGTG-T------TA-------C-----GCCAATTTTAAA-G-AATTTGAATTTGAAag
gi|5 : AACTTC-AA---TTA-T---TGCTA-AATGATAA-CTCATTTAAAATCCTG---AAATTG--TCTTCATCA---TT-ATCT-CTAAT-------TGTTT---TAACC-TTAGAAA---AT--CACTTTTA-TGC--TAAC----TG-CCATAA--ACCACT--AATAAAATT-AGCAT--TACCAT-AGA--CTT-GTC---TACC-A---------TTGAGG----ATATTAT--A---CACATGCCTG-TGTCTAT---GTATG-ATTTCATAATTAT-GT-----G--CATTC----TA-AT--G------AT-AT-------TATGAAT--A-AGA---A----G------TG-TA-AC---TTGG-A-T--A---------T-----A-T-ATATG---T-G------------TG-T---ATG-C-ATTAATAAG--TA-T-------AA----TAT-A-C-AAT----T-TCA--CT----ATT-------GT-C-A---------AACGTTA--TTACG-------AT--G-CC-ATGC-T-ATCACT-ATC---ATT-------ATTA-CTGTTATTA-G--TTTTACTCAT-GG-GCAAT-AACCA--T----TATATGT--TGATGTA-T------TG-------C-----AC
gi|6 : aAACTTC-AA---TTA-T---TGCTA-AATGATAA-CTCATTTAAAATC-TG---AAATTG--TCTTCATCA---TT-ATCT-CTAAT-------TGTTT---TAACC-TTAGAAA---AT--CACTTTTA-TGC--TAAC----TG-CCATAA--AACACT--AA-AAAATT-AGCAT--TACCATAAGA--CTT-GTC---TACC-A---------TTGAGG----ATATTAT--A---CACATGCCTG-TGTCTAT---GTATG-ATTTCATAATTAT-GT-----G--CA-TC----TA-AT--G------AT-AT-------T----AT--G-ATA---A-GAAG------TG-TA-AC---TTGG-A-T------------T-----A-T-ATATG---T-G------------TG-T---ATG-C-ATTAATAAG--TA-T-------AA----TAT-A-C-AAT----T-TCA--CT----ATT-------GT-C-A---------AACGTTT--TTACG-------AT--G-CC-ATGC-T-ATCACT-ATC---ATT-------ATTA-CTGTTATTA-G--TT-TACTCAT-GG-GCAAT-AACCA-------TATATGTGATGATATG-
gi|7 : aA---AT--CACTTTTA-GGC--TAAC----TG-CCATTT--AGCACT--AATATAATT-AGCAT--TGCTAC-AGA--CTC-GTC---CATC-A-ACATG--CTTAAGG----ATATTAT--A---CGCATGTATG--G----T---GTA-G-AT-------GTAT-GT-----A--CAG-T----TA-AT--G------AT-GT-------T----AT--A-ACA---A-T-TG------TG-TA-AA---TTGG-A-C--A---------TAATTAA-T-ATATG---TCG------------TG-T---GTGTT-ATCAATCAC--TA-TATATC--AAT---TGT-A-C-AAT----CATAA--CT----ATT-------GT-CAA---------AATACTA--TTACT-------AT--G-CC-ATG--TCATTATT-ATCAGTATTTT--AAAATTATTTGTTATT--GTTTTCTCATCAT-GG-GCAATAAACCA--T----TATATGT--TAATGTG-T------TA-------C-----GCCAA---TAAA-GAAATTTGAATTTGAAcac
gi|8 : AAC----GG-CCATTT--ACCACT--AATATAATT-AGCAT---GT-AC-AGA--CAT-GTC---CAT--A-ATATTTTCTTTAAG----ATATTAT--A----ACATG--------------------------------AT-GT-----A--C-GTT----TA-CT--G------AT-GT-------T----AT--ACACA---A-T-TG------TG-TA-AA---TTGGGA-C--A---------T-----AAT-ATATA---T-G------------TTCTG--GTG-TGATCAATCAC--TA-T-TATC--AAATTTTTT-A-C-A-T----C-TAA--CTT---ACT-------TT-C-A---------A-CACTA--TTAC--------ATCAG-CC-ATG--TCATTATTTATCC-TATTT---AAAATTA-TT---ATTA-G--TTCT--TCAT-ACTGCA-T-AAACA--T----TATATGT--TGATGTGGT------TA-------C-----GCAAA---TAAA-G-AATTTGAATTTGtttg
gi|9 : TTAT--A---CAT-TGTATG-TG----T---GTC-T-GT-------TTGT-AT-----A--CA-------TA-AT--T------AT-GTG------C----AT--C-CTACTCA-C-CGCACGAATG-TA-AC---TAGG-A-C--A---------T-----A-T-TCA-G---T-A------------TG-TAC-ATG-T-ATTCATCAT--AA-T-TGTC--AT----TG--A-C-AGA----CTTAA--ATTTATATT-------GT-C-ATACATATGAAATAATA--TTCCT-------AT--G-CC-ATGC--CATTACT-ATCATTATT------ACTGA-TAATTAATA-G--TTTTATTCAT-GG-GCAAT-AACCA--T---------GT--TGATGTG-T------TG-------C-----GCTAA---CAAA-G-AATTTGAATTTAAAta
blockSeqs : C GGC A AAT G A A A AAT G GT GTG T CT GTAGTTG GTG . CAG GG T TG TTGA . A GA C GA G GA C A AG G GTA . ATATTTT TGTA CC TAG A TGTCTATGTATGATTTCATAAT C GTGAGG GTTGGAG C GCCATTT T GGTGGAG ATGA GTA G CTCACCGCACGAA A T TTGA G GCGATGGTGAACTG C . GGACAGGGTTGGTTGTGCT T G GTC T TATCCG ATTT C G T A GTTG A A GT TTAT TGAGTGG G A TACATATGA A C TC GTGGTTG CA G G CTTC T AA CTCAA T GTT CC G T A ATAAAA GA G AACACA AACGTAGC TTT C A
blockSeqs : . . . . . . C G . A . . T T . . . . . G . . . A . T . . . T . . . . . CACATG . . . A TGTCTATGTATGATTTCATAAT . GAT GTTCG . TCG . G . CC C GGATC . . C . CATAATTAA . . CTGTGA . . A . ATATC T . . . G . A A . T . . . . A C . T . . . GTC . AG TTAAA . T AT . . . AGT . . G C . . .
blockSeqs : . . . . . . A G . A . . T T . . . . . G . . . T . G . . . T . . . . . TTATT . . . A TGTTAGGTAGAATG . G GTT . CG . . . AC C AGAAG . . C . CTAATA . . GTTCTG . . T . TGTA T . . . A . A A . . . . . . A A . . . . . TT . AG TTAAA . G CA . . . G . . . C . . .
blockSeqs : . . . . . . A T . A . . T T . . . . . T . . . A . C . . . C . . . . . ACATT . . . A TGTGTAGATG . A TTT . GG . . . A G ATTG . . C . CATAA . . ATGTAC . . T . TATC . . . . A . A A . . . . . . A C . . . . . CT . AG TTAAA . G TC . . . T . . . C . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . A . . . C . . . . . T . . . A . A . . . C . . . . . ACATG . . . C TGTGTCTGTT . G GTT . G . . . T C ATGG . . T . CATA . . ATGTG . . T . TATC . . . . A . A C . . . . . . A C . . . . . CT . AG TAAA . G AC . . . T . . . C . . .
blockSeqs : . . C . . . G . . . T . G . . . T . . . . . ATAT . . . C GTGTAGATG . A TTC . G . . . A G CACG . . A . CATC . . CGTGT . . T . TGTC . . . . A . A C . . . . . . A T . . . . . CT . AT TAA . G CC . . . T . . . C . . .
blockSeqs : . . T . C . . . . . . . . . . . . . A CATGTATG . G GTT . G . . . A T GTTG . . C . TATA . . TGTG . . T . TAC . . . . A . T A . . . . . . A T . . . . . TC . A TTA . G CA . . . T . . . C . . .
blockSeqs : . . . . . . . A TGTGT . G TC . G . . . A C ATTG . . C . TATA . . GTGT . . A . . . . . . G . . A . . . . . . A C . . . . . TC . A A . G AC . . . T . . . C . . .
blockSeqs : . . . . T . A GT . G . . . G C ATTG . . A . CATA . . GTGT . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . C . . . . . CC . C A . G AC . . . T . . . C . . .
blockSeqs : . . . . . A T . G . . . A T ATTG . . A . TTA . . GTGT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . G CA . . . T . . . C . . .
blockSeqs : . A . . T . . . C . AG . . C . . . . GT . . . . . . . . . . . . . . . . . . G AT . . . T . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . T . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : *** T* *** ** N* TGTGTAGATG***************** G******* ATTG*********** C*** CATA****************** *** **** TTAA*** G*** C************
originalCons : AAATTC-AA---TTA-T---TGCTA-AATCATAA-CTCATTNAAAATCCTG---AAATTG--TCTTCATCA---TTTATCT-TTAAT-------TGTCT---TAACC-TTAGAAA---AT--CACTTTTA-TGC--TAAC----TG-CCATNT--ACCACT--AATATAATT-AGCAT--TGCCAC-AGA--CTC-GTC---CATC-A-ACATT--CTTAAGG----ATATTAT--A---CACATGTATG-TG----T---GTA-G-AT-------GTAT-GT-----G--CAGTT----TA-AT--G------AT-GT-------T----AT--A-ACA---A-T-CG------TG-TA-AC---TTGG-A-C--A---------T-----A-T-ATATG---T-G------------TG-TG--GTG-T-ATCAATCAC--TA-T-TATC--AA----TGT-A-C-AAT----CATAA--CT----ATT-------GT-C-A---------AACACTA--TTACT-------AT--G-CC-ATGC-TCATTATT-ATCAGTATTTT--AAAATTA-TTGTTATTA-G--TTCTCCTCAT-GG-GCAAT-AACCA--T----TATATGT--TGATGTG-T------TA-------C-----GCCAA---TAAA-G-AATTTGAATTTGAA
finalCons : AAATTC-AA---TTA-T---TGCTA-AATCATAA-CTCATTNAAAATCCTG---AAATTG--TCTTCATCA---TTTATCTT-TAAT-------TGTCT---TAACC-TTAGAAA---AT--CACTTTTAN-GC--TAAC----TG-CCATNT--ACCACT--AATATAATT-AGCAT--TGCCAC-AGA--CTC-GTC---CATC-A-ACATT--CTTAAGG----ATATTAT--A---CACATGTATGTGTGTAGATG-----------------TAT-GTG-------CAGTT----TA-AT--G------AT-GT-------T----AT--A-ACAATTG-----------TG-TA-AC---TTGG-ACATA------------------T-ATATG---T-G------------TG-TG--GTG-T-ATCAATCAC--TA-T-TATC--AA----TGT-A-C-AAT----CATAA--CT----ATT-------GT-C-A---------AACACTA--TTACT-------AT--G-CC-ATGC-TCATTATT-ATCAGTATTTTAA---ATTA-TTGTTATTAG---TTCTCCTCAT-GG-GCAAT-AACCA--T----TATATGT--TGATGTG-T------TAC------------GCCAA---TAAA-G-AATTTGAATTTGAA
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TTGTGTAAAACCGTTTATCAACTCCATTAAAGAAATAATTTCTTACCAATTTTTGCAAATACAAAACACAAATATCCAGAATTCTGAAAAATTAGCCTTTTAAATTTTCAGTAAGCTACATATCATTTATGAACTAAGACCGACTATGTGATATAATTAAAAAAATTAAAGCGAGTTATAGGCCATGATTTTGTAAATTTA
Unaligned ( gi|13 ): ATAAGTGCTCATGACCTCGCTATAGAAAAAGGAAGATATTCCAACAAGATTTGAACGTTTCTGTAATACCTGCAATTACTGCAAATAAACAGTTATTTAAGATGAACATTTTTGTTACACTGTACTGCATATACAGAAATACGTCATGGATTGCTGAAAGAACTGAAATCTCATACTAAAAATATACA
Unaligned ( gi|15 ): TTGTGTAAACCGTTCATCAACTCCATTAAAACTAAAGAATTTCTGAAAATTTTTGCGAAAATACATAAATGGCAAATAGTCCACAATTCTGGACAAATTAACCTTTTTCCAGGGTATGGGCTACATAGTGCAGTGAATTAGGAAAGAGGAC
Unaligned ( gi|19 ): GTACATGCATTCGTTGTATTGTAGTACATATTTCAGTGAAATGATCACACATATGAAATGACATCCGATCGTGCCGTTACTGTCGTT
Unaligned ( gi|20 ): GTAAGCTACATATCATGAATAAAAGACCAGACTATATTGATAAATTAAAAAACAGATGCGATAGGTCAATGATTTGTAAAATTA
Unaligned ( gi|26 ): GATTTCATTTATATTAATTTTTAGAGTTGCTTG
Alignments
lowQualScore : 111 111 111 111 1111111 111 111 11 1111 11111111 555555555555555555555555555 11111111 1111111 111111111 22222222222222222222222222222222222 22222222222222222222 22222222222222222222 1111111 1111 1111111 11111111111 1111111 2222 333333333333333 111111 1111111111111
lowQualScore : 6 111 6 111 6 6 7 1 111 1 99 555 5 88 8888888 888 6 000 33 66 77 0000 5 1 66 1 66 0 5 66 5 66 4 777 4 77777777 8888 55 666 2 222222222222222222222222222 3 11111111 2222222 3 222222222 3 22222222222222222222222222222222222 3 3 8888 3 22222222222222222222 3 3 0 555 66666666666666666666 3 3 0 888 3 2222222 8888 3 3 3 7777 6 2 999999999 0000000 3 33333333333 2 44 3333333 44 3 3 8888 3 3 333333333333333 3 5555 66 2 2 2 9999999 33 2 111111 0000000000000 555 3 3
lowQualScore : . ... . ... . . . . ... . .. ... . .. ....... ... . ... .. .. .. .... . . .. . .. . . .. . .. . ... . ........ .... .. ... . ........................... . ........ ....... . ......... . ................................... . . .... . .................... . . . ... .................... . . . ... . ....... .... . . . .... . . ......... ....... . ........... . .. ....... .. . . .... . . ............... . .... .. . . . ....... .. . ...... ............. ... . .
lowQualScore : 7 777 7 777 7 7 2 0 777 7 22 777 0 00 6666666 333 7 000 66 77 99 6666 0 0 99 4 99 4 0 99 0 99 4 888 4 88888888 5555 00 444 0 888888888888888888888888888 3 77777777 9999999 3 999999999 3 88888888888888888888888888888888888 3 3 9999 3 44444444444444444444 3 3 3 888 33333333333333333333 3 3 5 777 6 1111111 6666 6 6 6 7777 7 0 777777777 8888888 3 88888888888 0 66 1111111 22 1 1 8888 1 1 555555555555555 1 0000 88 9 9 9 1111111 99 7 111111 0000000000000 444 6 6
consensus : AAATTC-AA---TTA-T---TGCTA-AATCATAA-CTCATTNAAAATCCTG---AAATTG--TCTTCATCA---TTTATCT-TTAAT-------TGTCT---TAACC-TTAGAAA---AT--CACTTTTA-TGC--TAAC----TG-CCATNT--ACCACT--AATATAATT-AGCAT--TGCTAC-AGA--CTC-GTC---CATC-A-ACA--TTCTTAAGG----ATATTAT--A---CACATGTATG-TG----T---GTA-G-AT-------GTAT-GT-----G--CAGTT----TA-AT--G------AT-GT-------T----A-T--A-AC------A--A-T-TGTG-TA-AC---TT-GGA-C--A---------T-----A-T-ATATG---T-G------------TGTG--GTG-T-ATCAATCAC--TA-T-TATC--AA----TGT-A-C-AAT----CATAA--C-T----ATT-------GT-C-A---------AACACTA--TTACT-------AT--G-CC-ATGC-TCATTA-TT-ATCAGTATTTT---AAA-TTA-TTGTTATTA-G--TTCTCCTCAT-G-GGCAAT-AACCA--T----TATATGT--TGATGT-GT------TA-------C-----GCCAA---TAAA-G-AATTTGAATTTGAA
Reference ( family-1590 ) : AAATTC-AA---TTA-T---TGCTA-AATCATAA-CTCATTNAAAATCCTG---AAATTG--TCTTCATCA---TTTATCT-TTAAT-------TGTCT---TAACC-TTAGAAA---AT--CACTTTTA-NGC--TAAC----TG-CCATNT--ACCACT--AATATAATT-AGCAT--TGCCAC-AGA--CTC-GTC---CATC-A-ACA--TTCTTAAGG----ATATTAT--A---CACATGTATG-TG----T---GTA-G-AT-------GTAT-GT-----G--CAGTT----TA-AT--G------AT-GT-------T----A-T--A-AC------A--A-T-TGTG-TA-AC---TT-GGA-C--A---------T-----A-T-ATATG---T-G------------TGTG--GTG-T-ATCAATCAC--TA-T-TATC--AA----TGT-A-C-AAT----CATAA--C-T----ATT-------GT-C-A---------AACACTA--TTACT-------AT--G-CC-ATGC-TCATTA-TT-ATCAGTATTTT---AAA-TTA-TTGTTATTA-G--TTCTCCTCAT-G-GGCAAT-AACCA--T----TATATGT--TGATGT-GT------TA-------C-----GCCAA---TAAA-G-AATTTGAATTTGAA
gi|1 : AAATTC-AA---TTA-T---TGCTA-AATCATAA-CTCCTGAAAAATCCTG---AA--TG--T-TTCATCAT--TTTATCT-----T-------TGTCTA--TAACCTTTAGAAA---ATC-CACTTTTATTGC--TAAC----TGTCCATTT--ACCACT--AATAT--TT-AGCAT--TGCTAC-AGA--CTT-GTC---CATCTA-ATA--TTCTTAAGG----ATATTAT--A---CAC-TGTATGTTG----T---GTA-G-AA-------GTA------------CAGTT----TA-AT--G------AT-GT-------T----A-T--A-AC------A--ACT-TGTG-TA-A----TT-GGA-C--A---------T-----ATT-ATATGTTCT-G------------TGT---GCG-T-ATCAA-CAC--TA-T-TATC--AAT---TGT-A-C-AAT----CAT-A--C-T----ATT-------GT-C-A---------ACTA-TA--TTACT-------AT--G-CC-ATG--TCATTA-TTAATCAGTATTTTAAAAAA-TTA-TTGTTATTATT--TTCTCATCAT-G-GGCAAT-AACCT--T----AATATGT--TAAT-T-GT------TA-------CCGGGGGCCAA---TTAA-A-GATTTGA
gi|10 : tgtcatatcataatagtatcttatcatatctatatcacaataaggaagatatttaacattcaagatgcgtttttgtaatgcctgcaaaagttattgaagattgaagtaacactttttggtacacacttgtactgcatatacacaaatacgtcatgtattcctgaaagactgaaaatcatatacctaaaaatcattacacttaccagtatgaagaccta-GTT---CATC-A-ATA--T-CTTA--G----ATAT-AT--A---CCAAAGTATG-T------------------------------T-----G--CA--T----TA-ATC-G------AT-GT-------T------T--A-A-------A--A-T-TGTGATA-AC---TT-G-A-C--A---------T-----A-TCATACG---T-A------------TGTG--G-A-T-ATCAAT------A-T-TGTA--AA----T-----C-GAT----CA--A--C-T----ATT--------T-C-A---------A-CACT-------T-------AT--G-CC-ATG----ATTA-TT-ATCAAT----T---AA---TA-T----ATTA-T--ATCTCC-CAT-G---CAAT-AACCAA-TAAAATACATGT--TGATAA-CT------CA-------C-----ACCAA---TAAACG-AAGTTGAATtt
gi|11 : cctTCATCA---TTTATCT-TTAAT-------TGTTT---TAACC-TTACAAA---AT--CACTTTTA-TGC--TAAC----TG-TCATAT--ACCACT--TATATAATT-AGCAT--TACCGT-AGA--CTT-GTC---TACC-A-TTA--TTCTTAAGG----ATGTTAT--A---CACATGTATG-TG----T---GT--------------TAT-GT-----A--CAGTT----TA-AT--G------AT-GT-------T----A-T--T-AG------A--A-T-GGTG-TA-AC---TT-TGA-C--A---------T-----C-T-ATATG---T-G------------T-----GTG-T-ATTAAATAC--------------A----TGT-A-C-A------CATAAGTA-T----ATT-------GTGC-A---------Aaagaatttagaatt
gi|14 : -GT-----G--CATTT----TA-AT--GCCATTTATTGT-------T----A-TGTA-AC------AGGA-T-C-TG-TA-AC---TT-GGA-----------------------------------------------TGTG---TG-T-ATTCACCAT--AA-T-TA-C--AA----TGTCG-CTAGT----CATA-----C----AT--------GT-G-A---------AACACGA--TTGCT-------AT--G-CC-AT-------TA-CT-CTCA-----------AA-T-A-TTGTTTTTA-G--TTTTATACAT-G-G-CAAT-GACCA--G----TGTATGT--TGATGT-TTG-----TA---------------CAA---TAA
gi|16 : -------AT--G-CC-ATG-----TTA-TT-ATCAGTATTTT---AAAATTA-TTGTTACTA-G--TTCTCATCAT-G-GGCAAT-AACCAAGT----TACATGT--TGATGT-GTAACACATAAACGTAGC-----GCCAA---TAAA-G-AATTTGAATTTAAA
gi|17 : ----ATATTACCCA---CACAGGTATA-CA----T---GTA----T-------GTATCGT-----GATCAGTTCG--TACATTCG------AT-AT-------T----A-C--CCAC------A--C-A-CGTG-TA-GT---TT-GTG-T--A---------T-----A-T-ATATG---T-G------------TGT---GTG-T-ATtt
gi|18 : attca--TCACT-------AT--GGCC-ATGT-T-ATTA-TT-ATCAGTATT------AA-TTA-TTGTTATAA-G--TTCTTCTCAT-G-GGCAAT-AACCA--T----TACATGT--TGATGT-GT------TA-------C-----GTCAA---TAagtatgtataagat
gi|2 : AAATTCCAA---TTAAT---TGCTGGAATCATAAACTC-TTAAAAATCCTGAATAAGTTGGTCCTTCATCAGTGTCTATCTCTTGATGTAGTTGTGTCTGTGTAACC-TT-GAAACAGATGGCACTTTTA-GGCTGTAACTTGATG-GTGTATGAATCA-TGAAATATTATTGAGCATGATACTTC-TGAAGCTCGGTCGTACATT-ACACA--TGTGTCAGGTGTAATAATAT--ATAGCGCATGT-TA-TG----TTAGGTA-GAAT-------GTAC-GTGTGAGG--CAGTTGGAGTG-GTG-G------AT-GTGGTGGAGT----A-T--A-AG------T--G-T-TGTG-TATATTGATT-GGAGC--GATGGTGAACT-----G-T-ATAGG---T-GGACAGGGTTGGTTGTGCTGTG-T-ATCAATCACGTCATT-TATCCGAAT---TGT-AGC-AATGTTGCATAA--A------ATTTGAGTGGGT-T-C---------AATAATATCTTATTGTGGTTGAT--G-CCGATTG-TCATTA-TT-ATCAGT
gi|21 : tttgtgtaatgcctcgggcaaatgctctaagggaagttatgtgtgaagatgaagacactttttgttagcatctggtaaacatgcatgatcacaaaagatacgtatgctaatcctgagaagaactgaagactcacatactaaaaaatataccagcttcctaggatgataagacaA--C-T----ATT-------GT-C-A---------AACACTA--TTACTT------AT--A-CC-GTGC-T-ATCA-TT-ATCA-----TT---A---TTA-TTGTTATTA-G--TTCTACTCAT-A-GACAAT-AACAA--T----T
gi|22 : t-TTA-TTGTTATTA-G--TTCTCCTCAT-G-GACAAT-AACCA--T----TACATGT--TAATGT-GT------TA-------C-----GCCAA---TAAA-G-AATTTGAATTTG
gi|23 : TCAT-G-GGCAAT-AACCA--T----TACATTA--TGATGT-GT------TA-------C-----GCAAA---TAAA-G-AATTTGAATTTcaa
gi|24 : ATGT-GT------TA-------C-----GCCAA---TAAA-G-AATTTGAATTTGAAata
gi|25 : taaaATATGT--TAATGT-GT------TA-------C-----GCCAA---TAAA-G-AA-TTGAATTtt
gi|3 : AAATTC-AA---TTA-TAATTGCTA-AACCATAA-TTCATTGAAAATCCTG---AAATTG--TCTTCATCA---TTTATCT-TTAAT-------ga
gi|4 : caaagaaatgtaaatgcaaatatccacaattctgacaaattaacatttttcagtaagctacatatcatgaataaaagaccagactatgttgataaattaaaaaacagatgcgataggtcaatgatttgtaaaattagaataagtgctcatgatctcgctatagaaaaaggaagatattgaaacatttcaagatttgaacgtttttgtaatgcctgcaaatctaaagttattgaagatgaagaacactttttgttacactgtattgcatatacagaaatacgtcatgaattcctaaaagaactgaaatcacatactaaaaatatacacttcctagatatgaagaccaAAAT-C-AAGGCTTA-T---AGCTA-AATCATAA-CTCCTTGAAAATCCTG---AAATTG--TCTTCATCA---TTTATCT-TTAAT-------TGTCT---TAACC-TTAGAAA---AT--CACTTTTA-GGC--TAAC----TG-CCATTT--AGCACT--TATATAATT-AGCAT--TGCTAC-AGA--CTC-GTC---CATC-A-ACA--TTCTTAAGG----A---TAT--A---CACATGTATG-TG----T---GTA-G-AT-------GTAT-GT-----A--CAGTT----TA-AT--G------AT-GT-------T----A-T--A-AC------A--A-T-TGTG-TA-AA---TT-GGA-CTAA---------T-----A-T-ATATG---T-C------------TGTGA-GTG-T-ATCAATCAC--TA-T-TATC--AA----TGT-A-C-TAT----CATAA--C-T----ATT-------GT-C-A---------AATACTA--TTACT-------AT--G-CC-ATGCTTCATTA-TT-ATCA-TATTTTA--AAA-TTA-TTGTTATTA-----TCTCATCTTGG-GGCAAG-AACAA--T----TATATGT--TAATGT-GT------TA-------C-----GCCAATTTTAAA-G-AATTTGAATTTGAAag
gi|5 : AACTTC-AA---TTA-T---TGCTA-AATGATAA-CTCATTTAAAATCCTG---AAATTG--TCTTCATCA---TT-ATCT-CTAAT-------TGTTT---TAACC-TTAGAAA---AT--CACTTTTA-TGC--TAAC----TG-CCATAA--ACCACT--AATAAAATT-AGCAT--TACCAT-AGA--CTT-GTC---TACC-A---------TTGAGG----ATATTAT--A---CACATGCCTG-TGTCTAT---GTATG-ATTTCATAATTAT-GT-----G--CATTC----TA-AT--G------AT-AT-------TATGAA-T--A-AG------A--A----GTG-TA-AC---TT-GGA-T--A---------T-----A-T-ATATG---T-G------------TGT---ATG-C-ATTAATAAG--TA-T-------AA----TAT-A-C-AAT----T-TCA--C-T----ATT-------GT-C-A---------AACGTTA--TTACG-------AT--G-CC-ATGC-T-ATCA-CT-ATC---ATT-------A-TTA-CTGTTATTA-G--TTTTACTCAT-G-GGCAAT-AACCA--T----TATATGT--TGATGT-AT------TG-------C-----AC
gi|6 : aAACTTC-AA---TTA-T---TGCTA-AATGATAA-CTCATTTAAAATC-TG---AAATTG--TCTTCATCA---TT-ATCT-CTAAT-------TGTTT---TAACC-TTAGAAA---AT--CACTTTTA-TGC--TAAC----TG-CCATAA--AACACT--AA-AAAATT-AGCAT--TACCATAAGA--CTT-GTC---TACC-A---------TTGAGG----ATATTAT--A---CACATGCCTG-TGTCTAT---GTATG-ATTTCATAATTAT-GT-----G--CA-TC----TA-AT--G------AT-AT-------T----A-T--G-AT------A--A-GAAGTG-TA-AC---TT-GGA-T------------T-----A-T-ATATG---T-G------------TGT---ATG-C-ATTAATAAG--TA-T-------AA----TAT-A-C-AAT----T-TCA--C-T----ATT-------GT-C-A---------AACGTTT--TTACG-------AT--G-CC-ATGC-T-ATCA-CT-ATC---ATT-------A-TTA-CTGTTATTA-G--TT-TACTCAT-G-GGCAAT-AACCA-------TATATGTGATGATAT-G
gi|7 : aA---AT--CACTTTTA-GGC--TAAC----TG-CCATTT--AGCACT--AATATAATT-AGCAT--TGCTAC-AGA--CTC-GTC---CATC-A-ACA--TGCTTAAGG----ATATTAT--A---CGCATGTATG--G----T---GTA-G-AT-------GTAT-GT-----A--CAG-T----TA-AT--G------AT-GT-------T----A-T--A-AC------A--A-T-TGTG-TA-AA---TT-GGA-C--A---------TAATTAA-T-ATATG---TCG------------TGT---GTGTT-ATCAATCAC--TA-TATATC--AAT---TGT-A-C-AAT----CATAA--C-T----ATT-------GT-CAA---------AATACTA--TTACT-------AT--G-CC-ATG--TCATTA-TT-ATCAGTATTTTA--AAA-TTATTTGTTATT--GTTTTCTCATCAT-G-GGCAATAAACCA--T----TATATGT--TAATGT-GT------TA-------C-----GCCAA---TAAA-GAAATTTGAATTTGAAcac
gi|8 : AAC----GG-CCATTT--ACCACT--AATATAATT-AGCA---TG-TAC-AGA--CAT-GTC---CAT--A-ATATTTTCTTTAAG----ATATTAT--A----ACATG--------------------------------AT-GT-----A--C-GTT----TA-CT--G------AT-GT-------T----A-T--ACAC------A--A-T-TGTG-TA-AA---TTGGGA-C--A---------TA----A-T-ATATA---T-GT-----------TCTG--GTG-TGATCAATCAC--TA-T-TATC--AAATTTTTT-A-C--AT----C-TAA--CTT----ACT-------TT-C-----------AACACTA--TTAC--------ATCAG-CC-ATG--TCATTATTT-ATC-CTATTTA---AAA-TTA----TTATTA-G--TTCT--TCAT-ACTGC-AT-AAACA--T----TATATGT--TGATGTGGT------TA-------C-----GCAAA---TAAA-G-AATTTGAATTTGtttg
gi|9 : TTAT--A---CAT-TGTATG-TG----T---GTC-T-GT-------TTGT-AT-----A--CA-------TA-AT--T------AT-GTGCATCC-T----ACT--C-ACCGCACGA--A-T----G-TA-AC---TA-GGA-C--A---------T-----A-T-TCA-G---T-A------------TGTAC-ATG-T-ATTCATCAT--AA-T-TGTC--AT----TG--A-C-AGA----CTTAA--A-TTTATATT-------GT-C-ATACATATGAAATAATA--TTCCT-------AT--G-CC-ATGC--CATTA-CT-ATCATTATT------AC-TGA-TAATTAATA-G--TTTTATTCAT-G-GGCAAT-AACCA--T---------GT--TGATGT-GT------TG-------C-----GCTAA---CAAA-G-AATTTGAATTTAAAta
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TTGTGTAAAACCGTTTATCAACTCCATTAAAGAAATAATTTCTTACCAATTTTTGCAAATACAAAACACAAATATCCAGAATTCTGAAAAATTAGCCTTTTAAATTTTCAGTAAGCTACATATCATTTATGAACTAAGACCGACTATGTGATATAATTAAAAAAATTAAAGCGAGTTATAGGCCATGATTTTGTAAATTTA
Unaligned ( gi|13 ): ATAAGTGCTCATGACCTCGCTATAGAAAAAGGAAGATATTCCAACAAGATTTGAACGTTTCTGTAATACCTGCAATTACTGCAAATAAACAGTTATTTAAGATGAACATTTTTGTTACACTGTACTGCATATACAGAAATACGTCATGGATTGCTGAAAGAACTGAAATCTCATACTAAAAATATACA
Unaligned ( gi|15 ): TTGTGTAAACCGTTCATCAACTCCATTAAAACTAAAGAATTTCTGAAAATTTTTGCGAAAATACATAAATGGCAAATAGTCCACAATTCTGGACAAATTAACCTTTTTCCAGGGTATGGGCTACATAGTGCAGTGAATTAGGAAAGAGGAC
Unaligned ( gi|19 ): GTACATGCATTCGTTGTATTGTAGTACATATTTCAGTGAAATGATCACACATATGAAATGACATCCGATCGTGCCGTTACTGTCGTT
Unaligned ( gi|20 ): GTAAGCTACATATCATGAATAAAAGACCAGACTATATTGATAAATTAAAAAACAGATGCGATAGGTCAATGATTTGTAAAATTA
Unaligned ( gi|26 ): GATTTCATTTATATTAATTTTTAGAGTTGCTTG