lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 222222222 3333333333333 11111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111 44444444444444 1111111111111111 11 33333333 1111111 44444444 22 11111 111111111 111 1111111111 1 1111111111 4444444444444 2222222222222222222222 11 2222222222222 88888888888888888888888888888888888888888888888888888 22222222222222222222 11111111111111111 222222222222222222222222222 1111 11111 11 3333333 8888888888888888888888888888888888888888 1 3333333333333333333 22222 111 111 2222222 11111 33333333333333333333 1111 1 2222222222222 1111 3333
lowQualScore : 555 2 88 2 2 333333333 2 3333333333333 5555 2 55 55555555555555 4 33 2 33 444444444444444444444444444444444444444444444444444 2 9 3 44 44 00000000000000 33 2 4444444444444444 44 555 5 1 33 00000000 3 1 8 1111111 77777777 66 3 88 4 3 3 8 00 55 55 11111 0 444444444 888 2 66 888 4 8888888888 2 9 7777777777 2222222222222 666 3333333333333333333333 8888 88 3 00 3 3333333333333 1 55 55 77777777777777777777777777777777777777777777777777777 44444444444444444444 3 55555555555555555 5 4 777777777777777777777777777 1111 4 33333 11 4 1111111 99 55 6 4 4444444444444444444444444444444444444444 0 666 3333333333333333333 33333 55 4 4 4 999 99 2 111 4444444 77777 4 99999999999999999999 66 5 0 1 0000 3 1 8888888888888 77 77 00 77 5555 1 1111
lowQualScore : ... . .. . . ......... . ............. .... . .. .............. . .. . .. ................................................... . . . .. .. .............. .. . ................ .. ... . . .. ........ . . . ....... ........ .. . .. . . . . .. .. .. ..... . ......... ... . .. ... . .......... . . .......... ............. ... ...................... .... .. . .. . ............. . .. .. ..................................................... .................... . ................. . . ........................... .... . ..... .. . ....... .. .. . . ........................................ . ... ................... ..... .. . . . ... .. . ... ....... ..... . .................... .. . . . .... . . ............. .. .. .. .. .... . ....
lowQualScore : 000 7 00 5 5 888888888 5 6666666666666 3333 5 99 77777777777777 1 99 9 99 555555555555555555555555555555555555555555555555555 5 2 1 22 22 33333333333333 99 9 6666666666666666 66 000 7 4 11 22222222 1 8 5 3333333 55555555 44 6 77 1 6 6 6 00 00 00 11111 7 222222222 888 7 11 000 4 2222222222 8 8 5555555555 9999999999999 444 9999999999999999999999 4444 66 6 00 6 6666666666666 6 00 00 77777777777777777777777777777777777777777777777777777 22222222222222222222 3 00000000000000000 5 0 000000000000000000000000000 6666 0 66666 00 0 7777777 55 55 4 4 8888888888888888888888888888888888888888 9 444 0000000000000000000 55555 55 0 0 0 888 55 1 999 6666666 22222 4 33333333333333333333 99 0 2 6 6666 2 4 0000000000000 99 44 44 99 6666 4 5555
consensus : TAAT---AGCTTT-CCAAAAAAGCTTGCCT-GACT-AAACAAATTTCTTTCA-CT-GTA-NT-AAGTA--T-T-TTA-A--A----ATAA-GTG--ATATAT--------------ATCAGACGATGTA--CTCTAC-ATAAGTCG--AC----T-----------AT---------T-T---------------------TAAATGATGTTT-CC--TCAAA--TTTC--------A----CT--G-TTTT-----A-------G--GG--AGGG---GTTA-TTATCAATAACCA-A-AG-AAATGTTTTCTT------AATTCAT--------TT-GATTAATC-AAATANATGCGCCTC-AG-AAGCAT--GG--AG--GA-----TGTATC--A-A---TAAATT---TCAATTAAATGCGGCAAGAAAA--ATCTATA-AAA-------AN-TCATTTTCAAGGTATAATA----------TGGATCG-T----CC---AAT---TTCTGAATAATG-----AT--AGT---A----NCCC--T-TCA--A-GG--ATTA-TT-------------CCAT--T--T--------C---------------C---A------------------------AGCTCAT---T----------------GGAT-ACACATATA-T----A--------TACGA-TTAT-T-A-------------TATAC-GT--ATATA---AACAAAA-ACAACATAGT--GG-AGAGTGA--GTAG-TCTCCAANATT-ACAAAGA--TA--GAGAGATATGA-TTATTACA----AT----------AT--A-------TACAT-G--TATGAGAATTCCTTAAT---T-----TTG----TTTGCACA-T---ATAGACATTTTCC--TAAA-TT-AGACAGTT-C-TCTG--GTATTTGT--NACGC--TAA--GTAA-----TTAA-AT-----AGG--T-T-------AAAACAT--T-GGGTTTTTCTT----CATATAT-AT---------CT--TTTTC--AAGT-TAAA--TGG-T--ATAGAGGACACTATAGAATTTA-AAATGGAACT
Reference ( gi|3 ) : TAAT---AGCTTT-CCAAAAAAGCTTGCCT-GACT-AAACAAATTTCTTTCA-TC-GAA-AT-AAGTA--T-T-TTA-A--A----ATAA-GTG--ATATAT--------------ATCAGACAATGTA--CTCTAC-ATAAGTCG--AC----T-----------AT---------T-T---------------------TAAGTGATCTTT-CC--TCAAA--TTT---------A----CT--G-TTTT-----A-------G--GG--AGGG---GTTA-TTATCAATAACCA-ACAG-AAGTCTTTTCTT------GATTCATATA-----TT-AATTAATC-AAATACCTGCGCCTC-AG-AAGAAT--GG--AG--GA-----TGCATC--A-A---TAAATT---TCAATTAAATGCAGCAAGAAAA--ATTT-TA-AAA-------AA-TCATTTTCAAGGTATAATA----------TGGATTG-T----C----AAT---TTCTGAATAATG-----AT--AAT---A----CTCC--T-TCA--A-GG--ATTA-TT-------------CCGT--T--T------------------------C---A------------------------AGCTCAT---T----------------GGAT-ACACATATA-T----A--------TACGA-TTAT-T-A-------------TAT-C-GT--ATATA---AACAAAA-ACAACATAGT--TA-AGAGTGA--GTAG-TCTCCAAAATTAACAAAGA--TA--GAGAGATATAA-TTATTATA----AT----------AT--A-------TACATCG--TATGAGATTTCCTTAAT---T-----TTG----TTTGCACA-T---ATAGACATTTTCC--TAAA-TT-AGACAGTT-C-T-TG--GTATCTGT--TACGC--T-A--GTAA-----TTAA-AT-----AGA--T-T-------AAAACAT--T-GGGTTTTTCTT----CATATAT-AT---------CT--TTTTC--AAGT-TAAA--TGG-T--ATAGAGGACACTATAGAATTTA-AAATGGAACT
gi|2 : TAAT---AGCTTT-CCAAAAAAGCTTGCCT-GACT-AA-CAAATTTCTTTCA-TCTGAA-AT-AAGTA--T-T-TTA-A--A----ATAAAGTG--ATATAT--------------ATCAGACAATGTA--CTCTAC-ATAAGTCG--AC----T-----------AT---------T-T---------------------TAAGTGATCTTTTCC--TCAAA--TTT---------A----CT--G-TTTT-----AG------G--GG--AGGG---GTTA-TTATCAATAA-CA-ACAG-AAGTCTTTTCTT------GATTCATATA-----TTGAATTAATC-AAATACCTGCGCCTC-AG--AGAAT--GG--AG--GA-----TGCATC--A-A---TAAATT---TCAATTAAATGCAGCAAGAAAA--ATTT-TA-AAA-------AA-TCATTTTCAAGGTATAATA----------TGGATTGTT----C----AAT---TTCTGAATAATG-----AT--AAT---A----CTCC--T-TCA--A-GG--ATTA-TT-------------CCGT--T--T------------------------C---A------------------------AGCTCAT---T----------------GGAT-ACACATATA-T----A--------TACGA-TTAT-T-A-------------TATACGGT--ATATA---AACAAAA-ACAACATAGT--TA-AGAGTGA--GTAG-TCTCC-AAATT-ACAAAGA---A--GAGAGATATAA-TTA-TATA----AT----------AT--A-------TACAT-G--TATGAGATTTCCTTAAT---T-----TTG-----TTGCACA-T---ATAGACATTTTCC--TAAA-TT-AGACAGTT-C-T-TGT-GTATCTGT--TACGC--TAA--GTAA-----TTAA-AT-----AAG--A-T-------AAAACAT--T-GGGTTTTTCTT----CATATAT-AT---------CT--TTTTC--AAGT-TAAA--TGGTT--ATAGAGGACACTATAGAATTTA-AAATGGAACT
gi|5 : gTAAT---AGCTTT-CCAAAAA-GCTTGCCT-GACT-AAACAAATTTCTTTCA-CT-GAA-AT-AAGTAC-T-T-TTA-A--A----ATAA-GTG--ATATAT--------------ATCAGACAATGTA--CTCTAC-ATAAGTCG--AC----T-----------AT---------T-T---------------------TAAGTGATCTTT-CC--TCAAA--TTTC--------A----CT--G-TTTT-----A-------G--GGG-AGGG---GTTA-TTATCAATAACCA-AAAG-AAGTCTTTTCTT------GATTCATATA-----TT-GATTAATC-AAATACCTGCGCCTC-AG-AAGAATAAGG--AG--GA-----TGCATC--A-A---TAAATT---TCAATTAAATGCAGCAAGAAAA--ATCT-TA-AAA-------AA-TCA-TTTCAAGGTATAATA----------TGGATTGTT----C----AAT---TTCTGAAT-ATG-----AT--AAT---A----ATCC--T-TCA--A-GG--ATTA-TT-------------CCGT--T--T------------------------C---A------------------------AGCTCAT---T----------------GGAT-ACACATATA-T----A--------TACGA-TTA--T-A-------------TTA-C-GT--ATATA---AAC-AAA-ACAACATAGT--TA-AGAGTGA--GTAG-TCTCCAAAATT-ACAAAGA--TA--GAGAGATAT-A-TTATTATA----AT----------AT--A-------TACAT-G--TATGAGATTTCCTTAAT---T-----TTG-----TTGCACA-T---ATAGACATTTTCC--TAAA-TT-AAGCAGTT-CTT-TG--GTATCTGT--TACGC--TAA--GTAA-----TTAA-ATA----AGA--T-T-------AAAACAT--T-GG
gi|4 : TAAT---AGCTTT-CCAACAA-GCTTGCCT-GATT-AAACAAATTTCTTTCA-CT-GTA-TT-AAGTG--G-T-T------A----ATAA-GTG--ACATAT--------------ATCAGACGATGTA--CTCTAC-ATAAGTCG--AC----T-----------TT---------T-TATAGATCTAGATATGAATTA-TAAATGATGTTT-CC--TCAAA--TTTCAGTTTTAGA----CGAGG-TTTT-----A-------G--GGGGAGGG---GTTAATTATTA-----------G-AAATGTTTTCTT------AATTCAT--------TT-GATTAATC-AAATAAATACGCCTT-AG-AGGCAT--GG--AGAGGA-----TGTATC--A-G---TAAATTAATTCAATTAAATGCGGCAAGAAAA--ATCTATA-AAA-------AT-TCATTT-CAAGGTATAATAATTATATATATGCAACG-T----CC---AATAAATTCTAAATAATG-----CT--AGTGTAA----CCCC--G-TCA--A-CG--ATTT-TT-------------CCAT--T--TCATAAAGCCATTTTCCTTTAGCTAC---A------------------------AGCTCAT---T----------------GGGG-ACACATATA-C----A--------T--TA-TTATGT-A-------------CAT-T-AA--ATATAC--AACAAAA-AACACATAAA--TA-GGA---A--GAAG-TCTCC---ATT-ACAAATA--TA--GAGAGATATGATTTATTACA----AT----------AT--GTGCGAATTACAATA--TATGAGAATTC-----------------------TTGCACATT---GTAGTGAT-------TAAA-TCAAGACAGCT-C-TCTG--GTATTTGT--AAC
gi|7 : agTAAT---AACTTTTCCCAAAAAGCTTGCCT-GACT-AAACAAATTGCTTTCA--------AT---GTA--T-T-ATA----------TAA---------TAT--------------ATCAGACGATGTA--CTCTAC-ATTAGTCG--AC----TTTTAGTAGAGAAT---------TAT---------------------TAAATGACGTTT-CC--TCAAA--TTTC--------A----CT--G-TTTT-----A-------G--GG--AGGT---G---------AATG---------------TTTTC----------TTCA----------T-AACAAATA-AAACGCCT-----TC-AG-AAGCAT--GG--GG--AG-----TGTATC--AGA---AAAATT---TCAATTAAATGCGGCAAGAAAA--ATCT-TATACA-------AATTCA-TTTCAAGGTATAATA----------TGGATC--T----CCAATAAT---TTCTAAATAAT------ATGCAGTGTAA----CCCC--G-TCA--A-GC--ATTA-TT-------------CCAT--T--TCATTAAAGCCATTTTTCGTTACCAC---A------------------------AACTCAA---T----------------GGAT-ACACACATA-T----A--------CAATATTTATAT-A-------------CAT-T-GTTAATATATTCAACAAAA-ACAACATAGT--GAGGGACTGT--ACAG-TCTCC---ATTTACAAAGAT-TA--GAGAGATAT
gi|10 : agTAAT---AGCTTT-CCAAAAA-GCTTGCCT-TACT-AAACAAATTTCTTTCA-AT-GTA-TT-AAGTGG-T-TATTA-A--GTGACATAC-ATGT-ATGTAT--------------ATCAGACGATGTA--CTCTAC-ATCAGTCG--AC----T-----------TT---------T-TATAGAGAATTA----------TAAGTTATGTTT-CC--TCAAA--TTTC--------A----CT--G-TTTT-----A-------G--GG--GGGG-----TA-TTATTAACAACCA-A-AG-GAATGTTTTCTT------AATTCAT--------TT-GATTAATC-AAACACATTCGCCTA-AG-AAGCATAGGG--AG--GG-----TGTATCTCA-A----AAATT---TCAATTAATTGTGGCAAGAAAA--ATCTATA-AAA-------TT-TCA-CTTCAAGGTGTAAAA----------TGGATCG-TC---C----AAT---g
gi|15 : agTAAT---AGCTTT-CCAAAA--GCTTGCCT-GACA-AAACAAATTTCTTTCA-CT-GTA-TT-AAGTA--C-T-T------A----AT-G-GTGATATATAT--------------ATCAGACGATGTA--CTCTTC-ATAAATCG--ACCTTTT-----------ATAGATATGAAT-TA--------------------TAAATGA---TT-CC--TCAAA--TTTC--------A----TT--T-TTTTA----A-------G--GG--GAGG---GTTA-TTATCAATAAACA-A-AG-AAATGTTTTGTTTTTTTAAATTCAT--------TT-CATTAATC-AAATAAATACGCCTC-AGAAAGCAT--GG--AG--aattcaaaaa
gi|17 : agTAAT---AGCTTT-CCAAAAA-GCTTGCCT-GACT-GAACAAATTTCTTTCA-AT-GTG-TTTAAGTG--G-T-T------A----ATAA-GTG--ATATAT--------------ATTAGACGATGTA--CTCTAC-GTAAGTCG--AC----T-----------TT---------T-TATAGAGAATTA----------TAAATGATGTTT-CC--TCAAAATTTC---------A----CT--G-TTTTTTTGGG-------G--GG--AGGG---G--G-GTATTAATAACCA-A-GG-AAATGTTTTCTT------AATTTATag
gi|14 : gTAATTTCAGCTTT-TCAAAAA-TCTTGCCT-GACT-AAACAAATTTCTTCCA-CT-GTA-AT-CAGTA----T-TTA-ATTA----ATGA-GTG--ATGTTT--------------ATCAGAAGGTTTC--TCCTGC-ATAAGTCA--AC----------------AT---------T-TCATAAATAACAATTGGGCCTATAAATGATGTTT-CC--TCAAA--TTTC--------AGGGTTT--T-TTTT-----AAAAGGGGG--GG--GGGG---GTTA--TA-----AACCA-A-AA-AAATGTTTTCTT------AATTCATTTAATTGGTC-AATTTGTC-AAATAAATACGCCTC-AG-AAGTAT--GG--GG--t
gi|19 : TAAC---AACTTT-TCGAAAA-GCTTGTCT-GACT-AAACAATTTTCCTCCA-CT-GTA-AT-GAGTA----C-TTA-ATTA----ATGA-ATG--ATGCTT--------------ATCAGAAGATGTA--CTCTGC-ATAAGTCGTAAC----A-----------AT---------T-A---------------------TAATGGCTGTTC-CC--TCGAA--TTTC--------A----GT--ATTTTT-----A-------GT-GG--AGGG---GTT--T--TCAAC--CCA---AG-AAATGTTTTCTT------GATTTATagagtgtaggaaccaaactgaatcagaa
gi|23 : agTAAT---AGCTTT-CCAAAA-AGCTTGCCT-GACT-AAACAAATTTCTTTGT-TC-TACTTT-ATGTA--T-C-TTA-A--A----A-GG-GTA--ATATAT--------------ATtt
gi|9 : gTAAC---AGCTTT-CCAAAAA-GCCTGTTC-GATT-AAGCAAATTTTCTCCA-CT-GTA-AT-CACTA--TAC-CTA-ATTA----ATGC-GAG--ATGTTT--------------ATCAGAAGATGTATCCCCTGCTATAAGTCA--AC----TTTTCATAATA-AT---------T-TATAACAATGTA----------TAAATTATGTTT-CC--TCAAA--TTTCAG------G----TT--G-TTTT-----A----------------------TTA-TTATTATTAtgtatttcatttcctttaagtattcctccattcacttta
gi|16 : agAAT---AGCTTT-CACAAAAAGCTTGCCT-GACT-AAAC-AATTTC-TTCA-CT-GAA-AT-AAGTACTT-T-TTA-A--A----ATAA-GTG--ATATAT--------------ATCAGACAATGTA--CTCTAC-ATAGATCG--AC----T-----------AT---------T-T---------------------TAAGTGATCTTT-CC--TCAAA--TTTC--------A----CT--G-TTTT-----A-------G--GG--CGGG---GTTA-TTATCAATAACCA-A-AG-AAGTCTTTTCTT------GATTCATATAT----TT-GATTAATC-AAATACCTGCGCCTC-AG-AAGAATAAGG--AG--GA-----TGCttatttttttttttttaggggagtggatatcaactaaagaaatgccttaaattttaattaattaattaataaaataaattatatgggaagggtgtataaaccatactgaaccatacatggctcaattaaatgaggcaagaatagtcacgggataaacttt
gi|24 : AT---AGCTTT-CCAAAA-AGCTTGCCT-AACT-AAACAAATTTCTTTCA-CT-GTA-CT-AAGTAC-T-T-TTA-A--A----ATAA-GTG--ATATAT--------------ATCAGACAATGTA--CTCTAC-ATAAGTCG--
gi|25 : gAT---AGCTTT-CCAAAAAAGCTTGCCT-GACT-AAACAAATTTCTTTCA-AT-GTA-TT-AAGTG--G-T--------A----ATAC-GCG--ATATA
gi|1 : gtaatTT-CCAATAATGCTTGCCTTGACCCAAACAGATTTCTTTCAAT---AT-AT-AAGTG--G-T--------A----ATAC-GTG--ATACATCGTGTAATACATGTATCAGACGATGTA--C-CTAC-ATATGTTG--AC----T------------T---------T-T---------------------TA--TG----TT-CCAATCAAT--TTC---------AG---CT--G-TTTT-----A-------GCGGG--GGGGTGTGTTAATTATCAATAACCACATAGTAAATGTTTTTGT------ATTTCAT--------TT-GATTAATCCAAATAAATATGCCTCCAG-AAACAT--GG--GG--GGGGGGGTGTATC--A-AGAACAAAAA---TCAAATAAATGCGGCAAGAA---------TA-AAAGGGATGGAA-TCG--TCCAAG---TAAT-------------------------------T---TCCTAAATAATGTCTGAGT--GGT---A----ACCC--G-TCA--A-GGGTATCATTT-------------CCAT--T--TTCATAAAGCCATTTTCGTAAACCAC---A------------------------AGCTCACCAGC----------------GAAA-ACACACAT--T----A--------TACAA-TTAT-T-GAAATACACCTGGTTAT-A-AT--ATATC---AACAATA-ACAATATAGTGGGA-AGAGGGACTGTAGTTCTCC--CATT-ACAAAGACCT---GAATGGTATGT-TTATTACATACCATTCCACTGAAGATTAA-------CAGATCGCTCATGAGA-------AAT---G-----TTGCACATTTATACT-TTA-ATAGAAATTTTCC--TAAATTT-AGACGATTCC-T-TC--GTGTAAAT--TATGG--T-AACGTAAAC---TTAA-GT-----A-A--T-T-------GAAAccatgt
gi|20 : cctgTTCCCT-GACT-AAACAAATCTCTTCCA-CT-GTA-AT-CAGTA--C-T-TGATT--A----ATGA-GTG--ATGTTT--------------ATCAG-C--TGTA--CCCTGC-ATAAATTG--AC----C-----------TT---------T-T---------------------Taaaacttctctaaaaaaaggttaaatgaagtttaaaaaacatctgcggtttttccttctacgaaaaactggtagtcatgactcagtcaccagtagatagatcgaccactttagaataaaaatggaacttcatccctctataatcatagtag
gi|13 : -----------AT---------T-A---------------------TAAATTATGCTT-CC--TCAAA--TTTC--------A----CT--G-TTTT-----A-------G--GGGGAGGG---GTTA-TGA--AATGG-------G-GTGTTTTTTCTT------TATTCAT--------TT-GATTAATC-AAAT-TATGCGCCTC-GG-AAGCATTGGG--AG--GA-----TGTAAC--G-G---TAAATT---TCAATTAAATGCGGCATGAAAA--ATCTATA-AGA-------AT-TCATTT-CAAGGTATAATA----------TGGATCG-T----CCAATAAT---TTCTGAATAATG-----AT--AGT---AA---CCCC--T-TGA--A-GG--ATTA-TT-------------TCAT--T--T------------------------C---ATAAAGTCATTTTCCGTTAGCCACAAGCTCAT---T----------------GGAT-ACAtataactaacaattaggcttataaattatgtttgctcacatttcaggggggggggggtaggagaggggttataattatcagccaatgcaaagaaatg
gi|6 : tccaatttttatagatatga---------A----CT--G-TTTT-----A-------G--GGGGAGGG---GTTA-T----------------G-AAATGTTT-CTA------AATTCAT--------TT-GATTAATC-AAATAAATACGCCTC-AG-AAGCAT--GGGGAG--GA-----TGTATC--G-G---TAAATT---TCAATTAAATGAGACAAGAAAA--ATCTATA-AAG-------AT-TCATTT-AAAGGTATAATA----------TGGATCG-T----CCAACAAT---TTCTAAATAATGCCCGTAT--CGT---A----ATCC--TGTCA--A-GG--ATTA-TT-------------CCAT--T--T------------------------C---ATAAAGTCATTTTCCGTTAGCTACAAGCTCAT---T----------------GGAT-ACACATA-A------A--------TACAA-TTAT---A-------------TA--C-GT--ATC-----AAGAAAA-TCAACATCGT--GG-AGAGTGA--GTAG-TCTCCAATATTGATAAAGA--TA--GAGAAATATGA-CTATTACA----GT----------A--------------------CATGAGAATTCCTTAAT---T-----TTG-----TTGCACATT---ATAGACATTTTCC--CAAA-TT-ATACAGTT-C-TCTG--GTACTTGC--AACGC--TAA--GTAT-----TTAA-AA-----AAAGTT-T-------AAAACAT--T-GCGGTTTTCTTTATACATGTAT-AT---------CTTATTTTC--AAGT-T--A--TAG-T--ATAGAGGACACTTTAGAAT----AAATGGAACT
gi|8 : AATGCGGCAAGAAAACAACTA-TC-GAA-------AT-TCATTTAGAAG-TATAATA----------TGGATCG-TACAAT----AAT---TTCTAAATAATG-----AT--AGT---A----G---------AT-A-GG--ATTA-TTACATTTCATAAAACCAT--T--TTCCGCTAGCTA-------------C---A------------------------AGCTCAT----------------------GT-ACACATACA-TGTAAA--------TACAA-TTAT-T-A-------------TATAC-GT--ATATC---AGCAA----CAACATAGT--GG-AGAGTGA--GTAG-TCTCC---ATT-ACAAAGA--TA--GAGAGATATGA-TTGTCG-------------------------------ACAT-----------TTTCCTAAAT---T-------------------A-T---ATAG-----TTCT--TTGA-T----AC--------------TATTTGT--AACGCTTT-A--GTAA-----TTAA-AT-----ACA--TGTAAGTTTAAAAACAT--T-GAATTTTTCTT----CATATATCAT---------A----TTTC--AAGTCTAGAACTAG-T--ATAGATGGCACTTTAGAAT----AAATGGAACTcgtcctctatatcatgt
gi|18 : TTTCAAGGTATAATA----------CGGATCG-T----CC---AAT---TTCTGAATAATG-----AT--AGT---ATAAACCTC--T-TCA--A-GG--ATTA-TT-------------CCAT--T--T------------------------CATAA------------------------AGC-CAT---TTTCCGTTAGGCACATAGGAT-ACAC--ATA-T----A--------TACAA-TTAT-TAA-------------TATAC-GC--ACATA---AACAAAA-ACAACATAGT--TG-AGAGTGA--GTAG-TCTCCAATATT-ACAAAGA--TATCTAGAGATATAA-Tcatcctcta
gi|13 : taT---TTATGAA--ATG-----A---AAT---A----ATCC--T-TCA--AGGG--GTTA-CTA------------TCATTAT--T------------------------C---AG-----------------------AAATTAT---T----------------GGACGATCCATAT--T----A--------TAC
gi|12 : tccaatttttatagatatgaattataaattatgcttcctcaaatttcactgttttagggggaggggttatgaaatggggtgttttttctttattcatttgattaatcaaattatgcgcctcggaagcattgggaggatgtaacggtaaatttcaattaaatgcggcatgaaaaatctataagaattcatttcaagT---A----TTCCATT-TCATAA-AGCCATT--TT-------------CCGT--TAGC------------------------C-----------------------------GCTCAA---T----------------GGAT-ACACATAGAAT----G--------TA------AA-T-A-------------TAT-C-------------AACAAAA-ACAACATAGT--AG-AGAGGGACTGTAG-TCTC---AATTA-CAAAGA--CA--GAGAGATATGG-T-ATTACA----AT----------AC--A-------TGTAT-----ACGAGAATTAA--AATATATGAGAATTG----TT-GCACA-TT--GTTGACATTTTCC--TAAA-TT-AGACAGTT-C-TCTG--GTATTTGT--ACCGC--CAA--GTAA-----TTAA-AG-----AAG--T-TGA-----AAAACAT--T-GGGTTTTTCTT----CATATAgtcattttccgttagccacaagctcattggataca
gi|11 : gtGCTCAT---T----------------TGAT-ATACATAAA-T----ACAATTAAATACAA-TTAT-T-A-------------TATAC-AT--ATATA---AACAAAAAACAACATAGT--GG-AGAGTGA--GTAG-TCTCCAATATT-ACAAAGA--TA--TACAGATATGA-TTATTACA----GT----------A--------------------TATGAGAATTCCCTAAT---A-----TTG-----TCGCATATT---GTAAAAATTTTCC--TAAA-TT-AGACAGTT-CTT-TG--GTATTTGT--AGCAC--T-A--AGAAGGGTTTTAC-AT-----AA-----T-------AAAA------------TTTCTT-----A-ATAT-AT---------CG--TTTTCTAAAGT-CATA---------ATAGAGGccattatatattttagtcatagaacttatatagg
gi|21 : atatgttggtaattaattcagattcaggttctttatcaccatgATTACA----GTG---------AT--A-------TGCA--G---ATGATAATTCCTTAAT---T-----TTG----TT-GCATA-TTGTATAGACATTTTTC--TATA-TT-AGACAGTT-C-TCTG--GTATTTGGAATACAA----A--GTAA-----TT----T-----GGG--T-T--------AAACATAAT-AAAATTTGCT------A-ATAT-AT---------TT--T--------GA-TGAA--TGGATCGATAGATGATAACACAGAggaatccctgtg
gi|22 : -----TTG----TT-GCAGAAT---GTAGACATTTTCCCTTAAA-TT-TGACA--------TGCAGTCTCTA------GC--T-----TAA-----TTAGTATCTGTAAGC--T-A-------AAAACAT--TTGGGTTTTTCTT----CATATATCATAATAGATAACT--CTTTC--GAA--TAAA--TGG-
gi|27 : gaagaTTTTCTT----CATATAT-AT---------CT--TTTTC--AAGT-TAAA--TGG-T--ATAGAGGACACTATAGAATTTATAAATGGAACTacctcatcctctatatcatgtagat
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): AGTTAAAAAACCATGGGCTTTCTTCATATATCATATTTCAACGTCATAGTATAGATAAATGGAACTCAGTCCATCTAT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111 222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 11 3333333333333 11111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111 1111111111111 111 111111111111111 111 22222 2222222222222 111 1 1111111111 111 111111111 22222 111111111 222222222222222222222222222222222222222222222222 22222222222222222 22222222222222222 111 11 111 55555555555555555555555555555555555 111111111 1111111 22222 11111 11111 1111111 111 1 2222222222222 1111
lowQualScore : 444 2 22 2 2 5555 2 3 2 1111111111111 5555 2 55 44444444444444 33 2 33 33333333333333333333333333333333333333333333333333333 99999999 5555 2 33 2 999999999999999999 2 0000000000000 55 2 222 444 55555 1 111111111111111 5555 33 8888888 5555 444 3 6666 6666 3 1 3 6 3 0 88888 44 88 55 8888 1111111111111 222 3 3 5 2 7 5555555555 3 222 999999999 00000 55 888888888 44 55 3 3 333333333333333333333333333333333333333333333333 555 1 22222222222222222 666 3 33333333333333333 000 3 77777 00 3 999 7 3 88 4 4 8888 11111111111111111111111111111111111 55 5 33 777777777 5555555 22222 55 3 3 3 55 5 3 55 666 666 2 00000 00000 1111111 3 55 111 7777 0 8888 0 3 5555555555555 66 4 4 44 66 9999 9999
lowQualScore : ... . .. . . .... . . . ............. .... . .. .............. .. . .. ..................................................... ........ .... . .. . .................. . ............. .. . ... ... ..... . ............... .... .. ....... .... ... . .... .... . . . . . . ..... .. .. .. .... ............. ... . . . . . .......... . ... ......... ..... .. ......... .. .. . . ................................................ ... . ................. ... . ................. ... . ..... .. . ... . . .. . . .... ................................... .. . .. ......... ....... ..... .. . . . .. . . .. ... ... . ..... ..... ....... . .. ... .... . .... . . ............. .. . . .. .. .... ....
lowQualScore : 777 5 77 4 4 0000 4 3 4 2222222222222 0000 4 66 77777777777777 77 7 77 55555555555555555555555555555555555555555555555555555 77777777 7777 7 77 7 666666666666666666 4 1111111111111 66 4 333 111 99999 1 111111111111111 7777 77 7777777 7777 000 1 5555 5555 1 0 2 2 1 2 88888 22 55 00 5555 0000000000000 555 6 6 7 4 9 9999999999 6 777 222222222 00000 55 555555555 66 00 6 6 888888888888888888888888888888888888888888888888 888 5 66666666666666666 444 6 33333333333333333 000 6 33333 00 6 111 3 6 66 0 0 5555 99999999999999999999999999999999999 55 2 88 111111111 5555555 77777 00 6 6 6 00 7 6 00 444 444 3 00000 00000 9999999 2 55 000 8888 9 5555 8 3 8888888888888 11 4 4 44 11 8888 8888
consensus : TAAT---AGCTTT-CCAAAAAAGCTTGCCT-GACT-AAACAAATTTCTTT----CA-CTGTANT-AAGTA--T-T-TTA-A--A----ATAA-GTG--ATATAT--------------ATCAGACGATGTA--CTCTAC-ATAAGTCG--AC------T-----------AT---------T-T---------------------TA--------AAT----GATGTTT-CC--TC-AAATTTCA------CT----------G-TTTT-----A-------G--G-G--AGGG---GTT---A-TTATCAA-TAAC-C-A---A-AGAAATGTTT----T--CTT------AATTC----AT---TTGA-TT----AA----T-CAAATANATGCGCCT-CAG-AAGCAT-G---G--G--AGGATGTA--T----C---A---------ATAAAT---TTCAATTAAATGCGGCAAGAAAA-ATC-TATAAAAATTCATTTTCAAGGTATA----------ATATGG-ATCGTCC---AA-----T---TTCTGAATAATG-----AT--AGT---AC----CCCT-TCAAGG--ATTA-TTCCGTT-TCATAAAG-CATTTTCCGTT-GC-AC-----------------------AAGCTCAT---TGGATACACATATAT----A--------TACGATTATT---A-TATAC---------G-T-----ATATA---AACAAAA-ACAACATAGTG-G--AGAGTGA--GTAG-TCTCCAA-ATT-ACAAAGA-TA--GAGAGATATGA-TTATT-ACA----AT--------AT-AT--AC--------AT-GT-----AT--GAGAATTCCTTAAT---T-----TTG----TTTGCACA-T---ATAGACATTTTCC--TAAA-TT-AGACA-GT--TCTCTG-G--TAT---TT---GTAACG-----CTAAGTAA-----TT--AAAT-AGGTT--AAAA---CAT--T-GGGTTTTTCTT----CATATAT-AT---------CT--TTTTC--AA-GT-TAAA--TGG-T--ATAGAGGACACTATAGAATTTA-AAATGGAACT
Reference ( family-1589 ) : TAAT---AGCTTT-CCAAAAAAGCTTGCCT-GACT-AAACAAATTTCTTT----CA-CTGTANT-AAGTA--T-T-TTA-A--A----ATAA-GTG--ATATAT--------------ATCAGACGATGTA--CTCTAC-ATAAGTCG--AC------T-----------AT---------T-T---------------------TA--------AAT----GATGTTT-CC--TC-AAATTTCA------CT----------G-TTTT-----A-------G--G-G--AGGG---GTT---A-TTATCAA-TAAC-C-A---A-AGAAATGTTT----T--CTT------AATTC----AT---TTGA-TT----AA----T-CAAATANATGCGCCT-CAG-AAGCAT-----G--G--AGGATGTA--T----C---A---------ATAAAT---TTCAATTAAATGCGGCAAGAAAA-ATC-TATAAAAANTCATTTTCAAGGTATA----------ATATGG-ATCGTCC---AA-----T---TTCTGAATAATG-----AT--AGT---AN----CCCT-TCAAGG--ATTA-TTCCATT-TC-----------------------C-----------------------AAGCTCAT---TGGATACACATATAT----A--------TACGATTATT---A-TATAC---------G-T-----ATATA---AACAAAA-ACAACATAGTG-G--AGAGTGA--GTAG-TCTCCAANATT-ACAAAGA-TA--GAGAGATATGA-TTATT-ACA----AT--------AT-AT--AC--------AT-GT-----AT--GAGAATTCCTTAAT---T-----TTG----TTTGCACA-T---ATAGACATTTTCC--TAAA-TT-AGACA-GT--TCTCTG-G--TAT---TT---GTNACG-----CTAAGTAA-----TT--AAAT-AGGTT--AAAA---CAT--T-GGGTTTTTCTT----CATATAT-AT---------CT--TTTTC--AA-GT-TAAA--TGG-T--ATAGAGGACACTATAGAATTTA-AAATGGAACT
gi|1 : TT-CCAATAATGCTTGCCTTGACCCAAACAGATTTCTTT----CA-ATATA-T-AAGTG--G-T--------A----ATAC-GTG--ATACATCGTGTAATACATGTATCAGACGATGTA--C-CTAC-ATATGTTG--AC------T------------T---------T-T---------------------TA-----------------TGTT--CCAATC-AA-TTTCAG-----CT----------G-TTTT-----A-------GCGG-G--GGGGTGTGTT---AATTATCAA-TAAC-C-ACATA-GTAAATGTTT----T--TGT------ATTTC----AT---TTGA-TT----AA----TCCAAATAAATATGCCTCCAG-AAACATGGGGGG--G--GGGGTGTA--T----CAAGA---------ACAAAA---ATCAAATAAATGCGGCAAGA---------ATAAA-----------AGGG----------------ATGGAATCGTCC---AAGTAATT---TCCTAAATAATGTCTGAGT--GGT---AA----CCCG-TCAAGGGTATCATTTCCATT-TT-----------------------CATAAAGCCATTTTCGTAAACCACAAGCTCACCAGCGAAAACACACAT-T----A--------TACAATTATTGAAA-TACACCTGGTTATAA-T-----ATATC---AACAATA-ACAATATAGTG-GGAAGAGGGACTGTAGTTCTCC--CATT-ACAAAGA-CCT-GAATGGTATGT-TTATT-ACATACCATTCCACTGAAG-ATTAAC--------AG-ATCGCTCAT--GAGA-------AAT---G-----TTGCACATTTATACT-TTA-ATAGAAATTTTCC--TAAATTT-AGACG-AT--TCCTTC-G--TGTAAATTATGGTAACGTAAACTTAAGTAA-----TT--GAA
gi|10 : cctgTAAT---AGCTTT-CCAAAAA-GCTTGCCT-TACT-AAACAAATTTCTTT----CA-ATGTATT-AAGTGG-T-TATTA-A--GTGACATAC-ATGT-ATGTAT--------------ATCAGACGATGTA--CTCTAC-ATCAGTCG--AC------T-----------TT---------T-TATAGAGAATTA----------TA--------AGT----TATGTTT-CC--TC-AAATTTCA------CT----------G-TTTT-----A-------G--G-G--GGGG-----T---A-TTATTAA-CAAC-C-A---A-AGGAATGTTT----T--CTT------AATTC----AT---TTGA-TT----AA----T-CAAACACATTCGCCT-AAG-AAGCATAG---G--G--AGGGTGTATCT----C---A---------A-AAAT---TTCAATTAATTGTGGCAAGAAAA-ATC-TATAAAATTTCA-CTTCAAGGTGTA----------AAATGG-ATCGTCC---AA-----T---aaaaacttctctaaaaaaaggttaaatgaagtttaaaaaacatctgcggtttttccttctacgaaaaactggtagtcatgactcagtcaccagtagatagatcgaccactttagaataaaaatggaacttcatccctctataatcatagtag
gi|11 : agGCTCAT---TTGATATACATAAAT----ACAATTAAATACAATTATT---A-TATAC---------A-T-----ATATA---AACAAAAAACAACATAGTG-G--AGAGTGA--GTAG-TCTCCAATATT-ACAAAGA-TA--TACAGATATGA-TTATT-ACA----GT--------A--------------------T-----AT--GAGAATTCCCTAAT---A-----TTG-----TCGCATATT---GTAAAAATTTTCC--TAAA-TT-AGACA-GT--TCTTTG-G--TAT---TT---GTAGCA-----CTAAG-AAGGGTTTT--ACAT-AA--T--AAAA---------------TTTCTT-----A-ATAT-AT---------CG--TTTTCTAAA-GT-CATA---------ATAGAGGaattcaaaaa
gi|12 : atatgttggtaattaattcagattcaggttctttatcaccatg--ATT--TTCCGTTAGC-----------------------C-------------------------GCTCAA---TGGATACACATA-------------------GA--------A-TGTAA---------A-T-----ATATC---AACAAAA-ACAACATAGTA-G--AGAGGGACTGTAG-TCTC---AATT-ACAAAGA-CA--GAGAGATATGG-T-ATT-ACA----AT--------A-------C--------AT-GT-----ATACGAGAATTAA--AATATATGAGAATTG----TT-GCACA-TT--GTTGACATTTTCC--TAAA-TT-AGACA-GT--TCTCTG-G--TAT---TT---GTACCG-----CCAAGTAA-----TT--AAAG-AAGTTGAAAAA---CAT--T-GGGTTTTTCTT----CATATAggaatccctgtg
gi|13 : gttattccatttcataaagcc-----------AT---------T-A---------------------TA--------AAT----TATGCTT-CC--TC-AAATTTCA------CT----------G-TTTT-----A-------G--G-GGGAGGG---GTT---A-TGA--AA-T-------------GGGGTGTTT----TTTCTT------TATTC----AT---TTGA-TT----AA----T-CAAAT-TATGCGCCT-CGG-AAGCATTG---G--G--AGGATGTA--A----C---G---------GTAAAT---TTCAATTAAATGCGGCATGAAAA-ATC-TATAAGAATTCA-TTTCAAGGTATA----------ATATGG-ATCGTCCAATAA-----T---TTCTGAATAATG-----AT--AGTA--AC----CCCT-TGAAGG--ATTA-TTTCATT-TCATAAAGTCATTTTCCGTTAGCCAC-----------------------AAGCTCAT---TGGATACAccattatatattttagtcatagaacttatatagg
gi|14 : tccaatttttatagatatgaTAATTTCAGCTTT-TCAAAAA-TCTTGCCT-GACT-AAACAAATTTCTTC----CA-CTGTAAT-CAGTA--T-T-T-A-ATTA----ATGA-GTG--ATGTTT--------------ATCAGAAGGTTTC--TCCTGC-ATAAGTCA--AC------------------AT---------T-TCATAAATAACAATTGGGCCTATA--------AAT----GATGTTT-CC--TC-AAATTTCAGGGT--TT----------T-TTTT-----AAAAGGGGG--G-G--GGGG---GTT---A-T-----A--AAC-C-A---A-AAAAATGTTT----T--CTT------AATTC----AT---TTAA-TTGGTCAATTTGT-CAAATAAATACGCCT-CAG-AAGTATGG---G--G--AGAGTGTA--
gi|15 : TAAT---AGCTTT-CCAAAA--GCTTGCCT-GACA-AAACAAATTTCTTT----CA-CTGTATT-AAGTA--C-T-T------A----AT-G-GTGATATATAT--------------ATCAGACGATGTA--CTCTTC-ATAAATCG--AC------C------------T---------T-T---------------------TATAGATATGAATTATAAATGATT-CC--TC-AAATTTCA------TT----------T-TTTTA----A-------G--G-G--GAGG---GTT---A-TTATCAA-TAAA-C-A---A-AGAAATGTTT----T--GTTTTTTTAAATTC----AT---TTCA-TT----AA----T-CAAATAAATACGCCT-CAGAAAGCAT-----G--G--AGggaaccaaactgaatcagaa
gi|16 : agAAT---AGCTTT-CACAAAAAGCTTGCCT-GACT-AAAC-AATTTC-TT----CA-CTGAAAT-AAGTACTT-T-TTA-A--A----ATAA-GTG--ATATAT--------------ATCAGACAATGTA--CTCTAC-ATAGATCG--AC------T-----------AT---------T-T---------------------TA--------AGT----GATCTTT-CC--TC-AAATTTCA------CT----------G-TTTT-----A-------G--G-G--CGGG---GTT---A-TTATCAA-TAAC-C-A---A-AGAAGTCTTT----T--CTT------GATTCATATAT---TTGA-TT----AA----T-CAAATACCTGCGCCT-CAG-AAGAATAA---G--G--AGGATGag
gi|17 : TAAT---AGCTTT-CCAAAAA-GCTTGCCT-GACT-GAACAAATTTCTTT----CA-ATGTGTTTAAGTG--G-T-T------A----ATAA-GTG--ATATAT--------------ATTAGACGATGTA--CTCTAC-GTAAGTCG--AC------TTTTTATAGAGAAT---------T-A---------------------TA--------AAT----GATGTTT-CC--TCAAAATTTCA------CT----------G-TTTTTTTGGG-------G--G-G--AGGG---G-----G-GTATTAA-TAAC-C-A---A-GGAAATGTTT----T--CTT------AATTT----AT---Tc
gi|18 : gTTTCAAGGTATA----------ATACGG-ATCGTCC---AA-----T---TTCTGAATAATG-----AT--AGT---ATAAACCTCT-TCAAGG--ATTA-TTCCATT-TCATAAAGCCATTTTCCGT------T-----------------------AGGCACAT---AGGATACACATATAT----A----------CAATTATT---AATATAC---------G-C-----ACATA---AACAAAA-ACAACATAGTT-G--AGAGTGA--GTAG-TCTCCAATATT-ACAAAGA-TATCTAGAGATATAA-T
gi|19 : taTAAC---AACTTT-TCGAAAA-GCTTGTCT-GACT-AAACAATTTTCCTC----CA-CTGTAAT-GAGTA----C-TTA-ATTA----ATGA-ATG--ATGCTT--------------ATCAGAAGATGTA--CTCTGC-ATAAGTCGTAAC------A-----------AT---------T-A---------------------TA--------ATG----GCTGTTC-CC--TC-GAATTTCA------GT----------ATTTTT-----A-------GT-G-G--AGGG---GTT-----TT------CAAC-C-C---A-AGAAATGTTT----T--CTT------GATTT----AT---TT
gi|2 : agTAAT---AGCTTT-CCAAAAAAGCTTGCCT-GACT-AA-CAAATTTCTTT----CATCTGAAAT-AAGTA--T-T-TTA-A--A----ATAAAGTG--ATATAT--------------ATCAGACAATGTA--CTCTAC-ATAAGTCG--AC------T-----------AT---------T-T---------------------TA--------AGT----GATCTTTTCC--TC-AAATTT-A------CT----------G-TTTT-----A-------G--G-GG-AGGG---GTT---A-TTATCAA-TAAC-A-A---C-AGAAGTCTTT----T--CTT------GATTC----ATATATTGAATT----AA----T-CAAATACCTGCGCCT-CAG-A-GAAT-----G--G--AGGATGCA--T----C---A---------ATAAAT---TTCAATTAAATGCAGCAAGAAAA-ATT-T-TAAAAAATCATTTTCAAGGTATA----------ATATGG-ATTGTTC---AA-----T---TTCTGAATAATG-----AT--AAT---AC----TCCT-TCAAGG--ATTA-TTCCGTT-TC-----------------------------------------------AAGCTCAT---TGGATACACATATAT----A--------TACGATTATT---A-TATAC---------GGT-----ATATA---AACAAAA-ACAACATAGTT-A--AGAGTGA--GTAG-TCTCCAA-ATT-ACAAAGA--A--GAGAGATATAA-TTAT--ATA----AT--------AT-AT--AC--------AT-GT-----AT--GAGATTTCCTTAAT---T-----TTG----TT-GCACA-T---ATAGACATTTTCC--TAAA-TT-AGACA-GT--TCT-TGTG--TAT---CT---GTTACG-----CTAAGTAA-----TT--AAAT-AAGAT--AAAA---CAT--T-GGGTTTTTCTT----CATATAT-AT---------CT--TTTTC--AA-GT-TAAA--TGGTT--ATAGAGGACACTATAGAATTTA-AAATGGAACT
gi|20 : gTTCCCT-GACT-AAACAAATCTCTTC----CA-CTGTAAT-CAGTA--C-T-TGATT--A----ATGA-GTG--ATGTTT--------------ATCAG-C--TGTA--CCCTGC-ATAAATTG--ACCTTTTTT-----------ATAACTAACAAT-TAGGCTTA--------------TA--------AAT----TATGTTT-GC--TC-ACATTTCAGGGGGGGG----------G-GGGT-----A-------G--GAG--AGGG---GTTATAA-TTATCAGCCAATGC-A---A-AGAAATG
gi|21 : ATT-ACA----GTG-------AT-AT--GC--------A--G------AT--GATAATTCCTTAAT---T-----TTG----TT-GCATA-TTGTATAGACATTTTTC--TATA-TT-AGACA-GT--TCTCTG-G--TAT---TT---GGAATA-----CAAAGTAA-----TT-----T-GGGTT---AAA---CATAAT-AAAATTTGCT------A-ATAT-AT---------TT--T---------GA-TGAA--TGGATCGATAGATGATAACACAGA
gi|22 : -----TTG----TT-GCAGAAT---GTAGACATTTTCCCTTAAA-TT-TGACATGCAGTCTCTA-GCTTAA---TT-----------------AGTAT-----CT--G--T-AAGCT--AAAAA--CAT--TTGGGTTTTTCTT----CATATATCATAATAGATAACT--CTTTC--GA-A--TAAA--TGG-
gi|23 : gaagaTAAT---AGCTTT-CCAAAA-AGCTTGCCT-GACT-AAACAAATTTCTTTGTTCTA-CTTTAT----GTA--T-C-TTA-A--A----A-GG-GTA--ATATAT--------------ATacctcatcctctatatcatgtagat
gi|24 : gAT---AGCTTT-CCAAAA-AGCTTGCCT-AACT-AAACAAATTTCTTT----CA-CTGTACT-AAGTAC-T-T-TTA-A--A----ATAA-GTG--ATATAT--------------ATCAGACAATGTA--CTCTAC-ATAAGTCG--tgtatttcatttcctttaagtattcctccattcacttta
gi|25 : gAT---AGCTTT-CCAAAAAAGCTTGCCT-GACT-AAACAAATTTCTTT----CA-ATGTATT-AAGTG--G-T--------A----ATAC-GCG--ATATA
gi|26 : gtaatGTT--AAAAAACCAT----GGGCTTT-CTT----CATATATCAT---------A----TTTC--AACGT-C--A--TAG-T--ATAGAccatgt
gi|27 : aTTTTCTT----CATATAT-AT---------CT--TTTTC--AA-GT-TAAA--TGG-T--ATAGAGGACACTATAGAATTTATAAATGGAACTtaaatggaactcagtccatctat
gi|3 : TAAT---AGCTTT-CCAAAAAAGCTTGCCT-GACT-AAACAAATTTCTTT----CA-TCGAAAT-AAGTA--T-T-TTA-A--A----ATAA-GTG--ATATAT--------------ATCAGACAATGTA--CTCTAC-ATAAGTCG--AC------T-----------AT---------T-T---------------------TA--------AGT----GATCTTT-CC--TC-AAATTT-A------CT----------G-TTTT-----A-------G--G-G--AGGG---GTT---A-TTATCAA-TAAC-C-A---ACAGAAGTCTTT----T--CTT------GATTC----ATATATTAA-TT----AA----T-CAAATACCTGCGCCT-CAG-AAGAAT-----G--G--AGGATGCA--T----C---A---------ATAAAT---TTCAATTAAATGCAGCAAGAAAA-ATT-T-TAAAAAATCATTTTCAAGGTATA----------ATATGG-ATTGT-C---AA-----T---TTCTGAATAATG-----AT--AAT---AC----TCCT-TCAAGG--ATTA-TTCCGTT-T------------------------C-----------------------AAGCTCAT---TGGATACACATATAT----A--------TACGATTATT---A-TAT-C---------G-T-----ATATA---AACAAAA-ACAACATAGTT-A--AGAGTGA--GTAG-TCTCCAAAATTAACAAAGA-TA--GAGAGATATAA-TTATT-ATA----AT--------AT-AT--AC--------ATCGT-----AT--GAGATTTCCTTAAT---T-----TTG----TTTGCACA-T---ATAGACATTTTCC--TAAA-TT-AGACA-GT--TCT-TG-G--TAT---CT---GTTACG-----CT-AGTAA-----TT--AAAT-AGATT--AAAA---CAT--T-GGGTTTTTCTT----CATATAT-AT---------CT--TTTTC--AA-GT-TAAA--TGG-T--ATAGAGGACACTATAGAATTTA-AAATGGAACTc
gi|4 : TAAT---AGCTTT-CCAACAA-GCTTGCCT-GATT-AAACAAATTTCTTT----CA-CTGTATT-AAGTG--G-T-T------A----ATAA-GTG--ACATAT--------------ATCAGACGATGTA--CTCTAC-ATAAGTCG--AC------T-----------TT---------T-TATAGATCTAGATATGAATTA-TA--------AAT----GATGTTT-CC--TC-AAATTTCA------GTTTTAGACGAGG-TTTT-----A-------G--G-GGGAGGG---GTT---AATTATTA----------------GAAATGTTT----T--CTT------AATTC----AT---TTGA-TT----AA----T-CAAATAAATACGCCT-TAG-AGGCAT-----GGAG--AGGATGTA--T----C---A---------GTAAATTAATTCAATTAAATGCGGCAAGAAAA-ATC-TATAAAAATTCA-TTTCAAGGTATAATAATTATATATATGC-AACGTCC---AA-----TAAATTCTAAATAATG-----CT--AGTGTAAC----CCCG-TCAACG--ATTT-TTCCATT-TCATAAAGCCATTTTCCTTTAGCTAC-----------------------AAGCTCAT---TGGGGACACATATAC-----------------ATTATT---A-TGTAC---------A-TTAA--ATATAC--AACAAAA-AACACATA----A--ATAGGAA--GAAG-TCTCC---ATT-ACAAATA-TA--GAGAGATATGATTTATT-ACA----AT--------AT-GT--GCGAATTACAAT-AT-----AT--GAGAATTC-----------------------TTGCACATT---GTAGTGAT-------TAAA-TCAAGACA-GC--TCTCTG-G--TAT---TT---GTAAC
gi|5 : agTAAT---AGCTTT-CC-AAAAAGCTTGCCT-GACT-AAACAAATTTCTTT----CA-CTGAAAT-AAGTAC-T-T-TTA-A--A----ATAA-GTG--ATATAT--------------ATCAGACAATGTA--CTCTAC-ATAAGTCG--AC------T-----------AT---------T-T---------------------TA--------AGT----GATCTTT-CC--TC-AAATTTCA------CT----------G-TTTT-----AG------G--G-G--AGGG---GTT---A-TTATCAA-TAAC-CAA---A-AGAAGTCTTT----T--CTT------GATTC----ATATATTGA-TT----AA----T-CAAATACCTGCGCCT-CAG-AAGAATAA---G--G--AGGATGCA--T----C---A---------ATAAAT---TTCAATTAAATGCAGCAAGAAAA-ATC-T-TAAAAAATCA-TTTCAAGGTATA----------ATATGG-ATTGTTC---AA-----T---TTCTGAAT-ATG-----AT--AAT---AA----TCCT-TCAAGG--ATTA-TTCCGTT-T------------------------C-----------------------AAGCTCAT---TGGATACACATATAT----A--------TACGATTA-T---A-T-TAC---------G-T-----ATATA---AAC-AAA-ACAACATAGTT-A--AGAGTGA--GTAG-TCTCCAAAATT-ACAAAGA-TA--GAGAGATAT-A-TTATT-ATA----AT--------AT-AT--AC--------AT-GT-----AT--GAGATTTCCTTAAT---T-----TTG-----TTGCACA-T---ATAGACATTTTCC--TAAA-TT-AAGCA-GT--TCTTTG-G--TAT---CT---GTTACG-----CTAAGTAA-----TT--AAATAAGATT--AAAA---CAT--T-GG
gi|6 : A------CT----------G-TTTT-----A-------G--G-GGGAGGG---GTT---A-T---------------------GAAATGTTT-------CTA------AATTC----AT---TTGA-TT----AA----T-CAAATAAATACGCCT-CAG-AAGCAT-----G--GGGAGGATGTA--T----C---G---------GTAAAT---TTCAATTAAATGAGACAAGAAAA-ATC-TATAAAGATTCATTT-AAAGGTATA----------ATATGG-ATCGTCC---AACAA--T---TTCTAAATAATGCCCGTAT--CGT---AA----TCCTGTCAAGG--ATTA-TTCCATT-TCATAAAGTCATTTTCCGTTAGCTAC-----------------------AAGCTCAT---TGGATACACATAAAT----A--------CA-----ATT---A-TATAC---------G-T-----ATC-----AAGAAAA-TCAACATCGTG-G--AGAGTGA--GTAG-TCTCCAATATTGATAAAGA-TA--GAGAAATATGA-CTATT-ACA----GT--------AC-AT--------------------------GAGAATTCCTTAAT---T-----TTG-----TTGCACATT---ATAGACATTTTCC--CAAA-TT-ATACA-GT--TCTCTG-G--TAC---TT---GCAACG-----CTAAGTAT-----TTAAAAAA-AGTTT--AAAA---CAT--T-GCGGTTTTCTTTATACATGTAT-AT---------CTTATTTTC--AA-GT-T--A--TAG-T--ATAGAGGACACTTTAGAAT----AAATGGAACT
gi|7 : TAAT---AACTTTTCCCAAAAAGCTTGCCT-GACT-AAACAAATTGCTTT----CA-ATGTATT-A-----------TA----------TAA---------TAT--------------ATCAGACGATGTA--CTCTAC-ATTAGTCG--AC------TTTTAGTAGAGAAT---------TAT---------------------TA--------AAT----GACGTTT-CC--TC-AAATTTCA------CT----------G-TTTT-----A-------G--G-G--AGGT---G-------------------------------AATGTTT----T--CTT----------C----AT--------------AA------CAAATAAA-ACGCCTTCAG-AAGCAT-----G--G--GGAGTGTA--T----C---AG--------AAAAAT---TTCAATTAAATGCGGCAAGAAAA-ATCTTATACAAATTCA-TTTCAAGGTATA----------ATATGG-ATC-TCCAATAA-----T---TTCTAAATAAT------ATGCAGTGTAAC----CCCG-TCAAGC--ATTA-TTCCATT-TCATTAAAGCCATTTTTCGTTACCAC-----------------------AAACTCAA---TGGATACACACATAT----A--------CAATAT--TT---A-TATAC---------A-TTGTTAATATATTCAACAAAA-ACAACATAGTGAG--GGACTGT--ACAG-TCTCCA--TTT-ACAAAGATTA--GAGAGATATGcgtcctctatatcatgt
gi|8 : agAATGCGGCAAGAAAACAAC-TATCGAAATTCATTTAGAAG-TATA----------ATATGG-ATCGTAC---AA-----TAATTTCTAAATAATG-----AT--AGT---AG----AT------AGG--ATTA-TTACATT-TCATAAAACCATTTTCCGCTAGCTAC-----------------------AAGCTCAT------GTACACATACATGTAAA--------TACAATTATT---A-TATAC---------G-T-----ATATC---AGCAA----CAACATAGTG-G--AGAGTGA--GTAG-TCTCC---ATT-ACAAAGA-TA--GAGAGATATGA-TTGTCGACA----TT--------TTCCT--AA--------AT--T-----AT---ATAGTTCTTTGAT---A-----CTA----TTTGTA-----------ACGCTTTAG--T-AA-TT-AAATA----------------------------CATG------TAAGT-------TT--A-----------AAAA---CAT--T-GAATTTTTCTT----CATATATCAT---------A----TTTC--AA-GTCTAGAACTAG-T--ATAGATGGCACTTTAGAAT----AAATGGAACT
gi|9 : TAAC---AGCTTT-CCAAAAA-GCCTGTTC-GATT-AAGCAAATTTTCTC----CA-CTGTAAT-CACTA--TAC-CTA-ATTA----ATGC-GAG--ATGTTT--------------ATCAGAAGATGTATCCCCTGCTATAAGTCA--AC------TTTTCATAATA-AT---------T-TATAACAATGTA----------TA--------AAT----TATGTTT-CC--TC-AAATTTCAGG----TT----------G-TTTT-----A-----------------------TT---A-TTATTAT-TAcatcctcta
gi|9 : ag-TTTT-----A-------G--G-G----GA---GTG---G-ATATCAA----C-T-A---A-AGAAATGCCTTAAAT--TTT------AATTA----A----TTAA-TT----AA----T-AAAATAAAT-----T-------ATAT-----G--GGAAGGGTGTA--TAAACC---ATACTGAACCATACATGG-CTCAATTAAATGAGGCAAGAATA-GTC-ttatttttttttttttaggggagtggatatcaactaaagaaatgccttaaattttaattaattaattaataaaataaattatatgggaagggtgtataaaccatactgaaccatacatggctcaattaaatgaggcaagaatagtcacgggataaacttt
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 3333333333333 11111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111 1111111111111 111 111 1111 2222222222222 111 1 1111111111 111 111111111 22222 2222 55555555555555555555 1111111111111 111 2222222222222222 111 11 2222 44444444444444444444444444444444444 111111111 11111 22222 111111111 11111 11111 11111111111111 1 2222222222222 1111
lowQualScore : 444 2 22 2 2 5555 2 3 2 1111111111111 5555 2 55 44444444444444 33 2 33 33333333333333333333333333333333333333333333333333333 99999999 5555 2 33 2 999999999999999999 2 0000000000000 55 2 222 444 55555 88888888888888888 5555 33 8888888 5555 444 3 6666 6666 3 1 3 6 3 0 3 8888 6 6 0 55 8888 1111111111111 222 3 3 5 1 7 5555555555 3 222 999999999 00000 55 6666 44 55 3 55 444 99999999999999999999 555 1 8888888888888 44 000 3333333333333333 000 3 77777 00 3 6666 7 3 88 4 4 8888 77777777777777777777777777777777777 55 5 33 777777777 88888 5 22222 55 3 3 3 55 5 3 444444444 666 666 0 00000 00000 99999999999999 777 7777 0 8888 0 3 5555555555555 66 4 4 44 66 9999 9999
lowQualScore : ... . .. . . .... . . . ............. .... . .. .............. .. . .. ..................................................... ........ .... . .. . .................. . ............. .. . ... ... ..... ................. .... .. ....... .... ... . .... .... . . . . . . . .... . . . .. .... ............. ... . . . . . .......... . ... ......... ..... .. .... .. .. . .. ... .................... ... . ............. .. ... ................ ... . ..... .. . .... . . .. . . .... ................................... .. . .. ......... ..... . ..... .. . . . .. . . ......... ... ... . ..... ..... .............. ... .... . .... . . ............. .. . . .. .. .... ....
lowQualScore : 777 5 77 4 4 0000 4 3 4 2222222222222 0000 4 66 77777777777777 77 7 77 55555555555555555555555555555555555555555555555555555 77777777 7777 7 77 7 666666666666666666 4 1111111111111 66 4 333 111 99999 77777777777777777 7777 77 7777777 7777 000 1 5555 5555 1 0 2 2 1 2 1 8888 2 2 1 00 5555 0000000000000 555 6 6 7 2 9 9999999999 6 777 222222222 00000 55 5555 66 55 6 33 888 33333333333333333333 888 5 5555555555555 00 000 3333333333333333 000 6 33333 00 6 7777 3 6 66 0 0 5555 11111111111111111111111111111111111 55 2 88 111111111 77777 7 77777 00 6 6 6 00 7 6 555555555 444 444 3 00000 00000 66666666666666 000 8888 9 5555 8 3 8888888888888 11 4 4 44 11 8888 8888
consensus : TAAT---AGCTTT-CCAAAAAAGCTTGCCT-GACT-AAACAAATTTCTTT----CA-CTGTANT-AAGTA--T-T-TTA-A--A----ATAA-GTG--ATATAT--------------ATCAGACGATGTA--CTCTAC-ATAAGTCG--AC------T-----------AT---------T-T---------------------TA--------AAT----GATGTTT-CC--TC-AAATTTCA------CT----------G-TTTT-----A-------G--G-G--AGGG---GTT---A-TTATCAA-TAAC-C-A---A-AGAAATGTTT----T--CTT------AATTC----AT---TTGA-TT----AA----T-CAAATANATGCGCCT-CAG-AAGCA-T----GG-G-AGGATGTA--T----C---A---------ATAAAT---TTCAATTAAATGCGGCAAGAAAA-ATC-TATAAAAATTCATTTTCAAGGTATA----------ATATGG-ATCGTCC---AA-----T---TTCTGAATAATG-----AT--AGT----ACCCCT-TCAAGG--ATTA-TTCCA-TTTCA-TAAAGCC-ATTTTCCGTT-G--C-ACAAGCTCAT---TGGATACACATATAT----A--------TACGATTATT---ATATAC---------GT-----ATATA---AACAAAAA-CAACATAGTG-G--AGAGTGA--GTAG-TCTCC-AA-ATT-ACAAAGA-TA--GAGAGATATGA-TTATT-ACA----AT--------AT-AT--AC--------AT-GT-----AT--GAGAATTCCTTAAT---T-----TTG----TTTGCACA-T---ATAGACATTTTCC--TAAA-TT-AGACA-GT--TCTCTG-G---------TAT---TT---GTAACG-----CTAAGTAA-----TT--AAAT-AGGTT--AAAA---CAT--T-GGGTTTTTCTT----CATATAT-AT---------CT--TTTTC--AA-GT-TAAA--TGG-T--ATAGAGGACACTATAGAATTTA-AAATGGAACT
Reference ( family-1589 ) : TAAT---AGCTTT-CCAAAAAAGCTTGCCT-GACT-AAACAAATTTCTTT----CA-CTGTANT-AAGTA--T-T-TTA-A--A----ATAA-GTG--ATATAT--------------ATCAGACGATGTA--CTCTAC-ATAAGTCG--AC------T-----------AT---------T-T---------------------TA--------AAT----GATGTTT-CC--TC-AAATTTCA------CT----------G-TTTT-----A-------G--G-G--AGGG---GTT---A-TTATCAA-TAAC-C-A---A-AGAAATGTTT----T--CTT------AATTC----AT---TTGA-TT----AA----T-CAAATANATGCGCCT-CAG-AAGCA-T----GG-G-AGGATGTA--T----C---A---------ATAAAT---TTCAATTAAATGCGGCAAGAAAA-ATC-TATAAAAATTCATTTTCAAGGTATA----------ATATGG-ATCGTCC---AA-----T---TTCTGAATAATG-----AT--AGT----ACCCCT-TCAAGG--ATTA-TTCCG-TTTCA-TAAAG-C-ATTTTCCGTT-G--C-ACAAGCTCAT---TGGATACACATATAT----A--------TACGATTATT---ATATAC---------GT-----ATATA---AACAAAAA-CAACATAGTG-G--AGAGTGA--GTAG-TCTCC-AA-ATT-ACAAAGA-TA--GAGAGATATGA-TTATT-ACA----AT--------AT-AT--AC--------AT-GT-----AT--GAGAATTCCTTAAT---T-----TTG----TTTGCACA-T---ATAGACATTTTCC--TAAA-TT-AGACA-GT--TCTCTG-G---------TAT---TT---GTAACG-----CTAAGTAA-----TT--AAAT-AGGTT--AAAA---CAT--T-GGGTTTTTCTT----CATATAT-AT---------CT--TTTTC--AA-GT-TAAA--TGG-T--ATAGAGGACACTATAGAATTTA-AAATGGAACT
gi|1 : TT-CCAATAATGCTTGCCTTGACCCAAACAGATTTCTTT----CA-ATATA-T-AAGTG--G-T--------A----ATAC-GTG--ATACATCGTGTAATACATGTATCAGACGATGTA--C-CTAC-ATATGTTG--AC------T------------T---------T-T---------------------TA-----------------TGTT--CCAATC-AA-TTTCAG-----CT----------G-TTTT-----A-------GCGG-G--GGGGTGTGTT---AATTATCAA-TAAC-C-ACATA-GTAAATGTTT----T--TGT------ATTTC----AT---TTGA-TT----AA----TCCAAATAAATATGCCTCCAG-AAACA-TGGGGGG-G-GGGGTGTA--T----CAAGA---------ACAAAA---ATCAAATAAATGCGGCAAGA---------ATAAA-----------AGGG----------------ATGGAATCGTCC---AAGTAATT---TCCTAAATAATGTCTGAGT--GGT----AACCCG-TCAAGGGTATCATTTCCATTTTCA-TAAAGCC-ATTTT-CGTA-AACC-ACAAGCTCACCAGCGAAAACACACAT-T----A--------TACAATTATTGAAATACACCTGGTTATAAT-----ATATC---AACAATAA-CAATATAGTG-GGAAGAGGGACTGTAGTTCTCC--C-ATT-ACAAAGA-CCT-GAATGGTATGT-TTATT-ACATACCATTCCACTGAAG-ATTAAC--------AG-ATCGCTCAT--GAGA-------AAT---G-----TTGCACATTTATACT-TTA-ATAGAAATTTTCC--TAAATTT-AGACG-AT--TCCTTC-G---------TGTAAATTATGGTAACGTAAACTTAAGTAA-----TT--GAA
gi|10 : cctgTAAT---AGCTTT-CCAAAAA-GCTTGCCT-TACT-AAACAAATTTCTTT----CA-ATGTATT-AAGTGG-T-TATTA-A--GTGACATAC-ATGT-ATGTAT--------------ATCAGACGATGTA--CTCTAC-ATCAGTCG--AC------T-----------TT---------T-TATAGAGAATTA----------TA--------AGT----TATGTTT-CC--TC-AAATTTCA------CT----------G-TTTT-----A-------G--G-G--GGGG-----T---A-TTATTAA-CAAC-C-A---A-AGGAATGTTT----T--CTT------AATTC----AT---TTGA-TT----AA----T-CAAACACATTCGCCT-AAG-AAGCA-TA---GG-G-AGGGTGTATCT----C---A---------A-AAAT---TTCAATTAATTGTGGCAAGAAAA-ATC-TATAAAATTTCA-CTTCAAGGTGTA----------AAATGG-ATCGTCC---AA-----T---aaaaacttctctaaaaaaaggttaaatgaagtttaaaaaacatctgcggtttttccttctacgaaaaactggtagtcatgactcagtcaccagtagatagatcgaccactttagaataaaaatggaacttcatccctctataatcatagtag
gi|11 : agGCTCAT---TTGATATACATAAAT----ACAATTAAATACAATTATT---ATATAC---------AT-----ATATA---AACAAAAAACAACATAGTG-G--AGAGTGA--GTAG-TCTCC-AATATT-ACAAAGA-TA--TACAGATATGA-TTATT-ACA----GT--------AT-AT--------------------------GAGAATTCCCTAAT---A-----TTG-----TCGCATATT---GTAAAAATTTTCC--TAAA-TT-AGACA-GT--TCTTTG-G---------TAT---TT---GTAGCA-----CTAAG-AAGGGTTTT--ACAT-AA--T--AAAA---------------TTTCTT-----A-ATAT-AT---------CG--TTTTCTAAA-GT-CATA---------ATAGAGGaattcaaaaa
gi|12 : atatgttggtaattaattcagattcaggttctttatcaccatgTTA-TTCCA-TTTCA-TAAAG-CCATTTTCCGTTAG--C--C--GCTCAA---TGGATACACATA-------------------GA--------ATGTAA---------AT-----ATATC---AACAAAAA-CAACATAGTA-G--AGAGGGACTGTAG-TCTC---A-ATT-ACAAAGA-CA--GAGAGATATGG-T-ATT-ACA----AT--------A-------C--------AT-GT-----ATACGAGAATTAA--AATATATGAGAATTG----TT-GCACA-TT--GTTGACATTTTCC--TAAA-TT-AGACA-GT--TCTCTG-G---------TAT---TT---GTACCG-----CCAAGTAA-----TT--AAAG-AAGTTGAAAAA---CAT--T-GGGTTTTTCTT----CATATAggaatccctgtg
gi|13 : g-----------AT---------T-A---------------------TA--------AAT----TATGCTT-CC--TC-AAATTTCA------CT----------G-TTTT-----A-------G--G-GGGAGGG---GTT---A-TGA--AA-T-------------GGGGTGTTT----TTTCTT------TATTC----AT---TTGA-TT----AA----T-CAAAT-TATGCGCCT-CGG-AAGCATT----GG-G-AGGATGTA--A----C---G---------GTAAAT---TTCAATTAAATGCGGCATGAAAA-ATC-TATAAGAATTCA-TTTCAAGGTATA----------ATATGG-ATCGTCCAATAA-----T---TTCTGAATAATG-----AT--AGTA---ACCCCT-TGAAGG--ATTA-TTTCA-TTTCA-TAAAGTC-ATTTTCCGTT-AGCC-ACAAGCTCAT---TGGATACAccattatatattttagtcatagaacttatatagg
gi|14 : tccaatttttatagatatgaTAATTTCAGCTTT-TCAAAAA-TCTTGCCT-GACT-AAACAAATTTCTTC----CA-CTGTAAT-CAGTA--T-T-T-A-ATTA----ATGA-GTG--ATGTTT--------------ATCAGAAGGTTTC--TCCTGC-ATAAGTCA--AC------------------AT---------T-TCATAAATAACAATTGGGCCTATA--------AAT----GATGTTT-CC--TC-AAATTTCAGGGT--TT----------T-TTTT-----AAAAGGGGG--G-G--GGGG---GTT---A-T-----A--AAC-C-A---A-AAAAATGTTT----T--CTT------AATTC----AT---TTAA-TTGGTCAATTTGT-CAAATAAATACGCCT-CAG-AAGTA-TG---GG-G-AGAGTGTA--
gi|15 : TAAT---AGCTTT-CCAAAA--GCTTGCCT-GACA-AAACAAATTTCTTT----CA-CTGTATT-AAGTA--C-T-T------A----AT-G-GTGATATATAT--------------ATCAGACGATGTA--CTCTTC-ATAAATCG--AC------C------------T---------T-T---------------------TATAGATATGAATTATAAATGATT-CC--TC-AAATTTCA------TT----------T-TTTTA----A-------G--G-G--GAGG---GTT---A-TTATCAA-TAAA-C-A---A-AGAAATGTTT----T--GTTTTTTTAAATTC----AT---TTCA-TT----AA----T-CAAATAAATACGCCT-CAGAAAGCA-T----GGAG-AGggaaccaaactgaatcagaa
gi|16 : agAAT---AGCTTT-CACAAAAAGCTTGCCT-GACT-AAAC-AATTTC-TT----CA-CTGAAAT-AAGTACTT-T-TTA-A--A----ATAA-GTG--ATATAT--------------ATCAGACAATGTA--CTCTAC-ATAGATCG--AC------T-----------AT---------T-T---------------------TA--------AGT----GATCTTT-CC--TC-AAATTTCA------CT----------G-TTTT-----A-------G--G-G--CGGG---GTT---A-TTATCAA-TAAC-C-A---A-AGAAGTCTTT----T--CTT------GATTCATATAT---TTGA-TT----AA----T-CAAATACCTGCGCCT-CAG-AAGAA-TA---AG-G-AGGATG
gi|17 : TAAT---AGCTTT-CCAAAAA-GCTTGCCT-GACT-GAACAAATTTCTTT----CA-ATGTGTTTAAGTG--G-T-T------A----ATAA-GTG--ATATAT--------------ATTAGACGATGTA--CTCTAC-GTAAGTCG--AC------TTTTTATAGAGAAT---------T-A---------------------TA--------AAT----GATGTTT-CC--TCAAAATTTCA------CT----------G-TTTTTTTGGG-------G--G-G--AGGG---G-----G-GTATTAA-TAAC-C-A---A-GGAAATGTTT----T--CTT------AATTT----AT---Tc
gi|18 : gTTTCAAGGTATA----------ATACGG-ATCGTCC---AA-----T---TTCTGAATAATG-----AT--AGTATAAACCTCT-TCAAGG--ATTA-TTCCA-TTTCA-TAAAGCC-ATTTTCCGTT--------AGGCACAT---AGGATACAC--ATAT----A--------TACAATTATTA--ATATAC---------GC-----ACATA---AACAAAAA-CAACATAGTT-G--AGAGTGA--GTAG-TCTCC-AATATT-ACAAAGA-TATCTAGAGATATAA-T
gi|19 : taTAAC---AACTTT-TCGAAAA-GCTTGTCT-GACT-AAACAATTTTCCTC----CA-CTGTAAT-GAGTA----C-TTA-ATTA----ATGA-ATG--ATGCTT--------------ATCAGAAGATGTA--CTCTGC-ATAAGTCGTAAC------A-----------AT---------T-A---------------------TA--------ATG----GCTGTTC-CC--TC-GAATTTCA------GT----------ATTTTT-----A-------GT-G-G--AGGG---GTT-----TT------CAAC-C-C---A-AGAAATGTTT----T--CTT------GATTT----AT---TT
gi|2 : agTAAT---AGCTTT-CCAAAAAAGCTTGCCT-GACT-AA-CAAATTTCTTT----CATCTGAAAT-AAGTA--T-T-TTA-A--A----ATAAAGTG--ATATAT--------------ATCAGACAATGTA--CTCTAC-ATAAGTCG--AC------T-----------AT---------T-T---------------------TA--------AGT----GATCTTTTCC--TC-AAATTT-A------CT----------G-TTTT-----A-------G--G-GG-AGGG---GTT---A-TTATCAA-TAAC-A-A---C-AGAAGTCTTT----T--CTT------GATTC----ATATATTGAATT----AA----T-CAAATACCTGCGCCT-CAG-A-GAA-T----GG---AGGATGCA--T----C---A---------ATAAAT---TTCAATTAAATGCAGCAAGAAAA-ATT-T-TAAAAAATCATTTTCAAGGTATA----------ATATGG-ATTGTTC---AA-----T---TTCTGAATAATG-----AT--AAT----ACTCCT-TCAAGG--ATTA-TTCCG-TTT----------------------------CAAGCTCAT---TGGATACACATATAT----A--------TACGATTATT---ATATACG--------GT-----ATATA---AACAAAAA-CAACATAGTT-A--AGAGTGA--GTAG-TCTCC-AA-ATT-ACAAAGA--A--GAGAGATATAA-TTA-T-ATA----AT--------AT-AT--AC--------AT-GT-----AT--GAGATTTCCTTAAT---T-----TTG-----TTGCACA-T---ATAGACATTTTCC--TAAA-TT-AGACA-GT--TCT-TGTG---------TAT---CT---GTTACG-----CTAAGTAA-----TT--AAAT-AAGAT--AAAA---CAT--T-GGGTTTTTCTT----CATATAT-AT---------CT--TTTTC--AA-GT-TAAA--TGGTT--ATAGAGGACACTATAGAATTTA-AAATGGAACT
gi|20 : gTTCCCT-GACT-AAACAAATCTCTTC----CA-CTGTAAT-CAGTA--C-T-TGATT--A----ATGA-GTG--ATGTTT--------------ATCAG-C--TGTA--CCCTGC-ATAAATTG--ACCTTTTTT-----------ATAACTAACAAT-TAGGCTTA--------------TA--------AAT----TATGTTT-GC--TC-ACATTTCAGGGGGGGG----------G-GGGT-----A-------G--GAG--AGGG---GTTATAA-TTATCAGCCAATGC-A---A-AGAAATG
gi|21 : ATT-ACA----GTG-------AT-AT--GC--------A--G------AT--GATAATTCCTTAAT---T-----TTG----TT-GCATA-TTGTATAGACATTTTTC--TATA-TT-AGACA-GT--TCTCTG-G---------TAT---TT---GGAATA-----CAAAGTAA-----TT-----T-GGGTT---AAA---CATAAT-AAAATTTGCT------A-ATAT-AT---------TT--T---------GA-TGAA--TGGATCGATAGATGATAACACAGA
gi|22 : -----TTG----TT-GCAGAAT---GTAGACATTTTCCCTTAAA-TT-TGACATGCAGTCTCTA-GCTTAATTAGTAT---CT---GTAA-G-----CTAA--------------------------AAA---CAT--TTGGGTTTTTCTT----CATATATCATAATAGATAACT--CTTTC--GA-A--TAAA--TGG-
gi|23 : gaagaTAAT---AGCTTT-CCAAAA-AGCTTGCCT-GACT-AAACAAATTTCTTTGTTCTA-CTTTAT----GTA--T-C-TTA-A--A----A-GG-GTA--ATATAT--------------ATacctcatcctctatatcatgtagat
gi|24 : gAT---AGCTTT-CCAAAA-AGCTTGCCT-AACT-AAACAAATTTCTTT----CA-CTGTACT-AAGTAC-T-T-TTA-A--A----ATAA-GTG--ATATAT--------------ATCAGACAATGTA--CTCTAC-ATAAGTCG--tgtatttcatttcctttaagtattcctccattcacttta
gi|25 : gAT---AGCTTT-CCAAAAAAGCTTGCCT-GACT-AAACAAATTTCTTT----CA-ATGTATT-AAGTG--G-T--------A----ATAC-GCG--ATATA
gi|26 : gtaatGTT--AAAAAACCAT----GGGCTTT-CTT----CATATATCAT---------A----TTTC--AACGT-C--A--TAG-T--ATAGAccatgt
gi|27 : aTTTTCTT----CATATAT-AT---------CT--TTTTC--AA-GT-TAAA--TGG-T--ATAGAGGACACTATAGAATTTATAAATGGAACTtaaatggaactcagtccatctat
gi|3 : TAAT---AGCTTT-CCAAAAAAGCTTGCCT-GACT-AAACAAATTTCTTT----CA-TCGAAAT-AAGTA--T-T-TTA-A--A----ATAA-GTG--ATATAT--------------ATCAGACAATGTA--CTCTAC-ATAAGTCG--AC------T-----------AT---------T-T---------------------TA--------AGT----GATCTTT-CC--TC-AAATTT-A------CT----------G-TTTT-----A-------G--G-G--AGGG---GTT---A-TTATCAA-TAAC-C-A---ACAGAAGTCTTT----T--CTT------GATTC----ATATATTAA-TT----AA----T-CAAATACCTGCGCCT-CAG-AAGAA-T-----G-G-AGGATGCA--T----C---A---------ATAAAT---TTCAATTAAATGCAGCAAGAAAA-ATT-T-TAAAAAATCATTTTCAAGGTATA----------ATATGG-ATTGT-C---AA-----T---TTCTGAATAATG-----AT--AAT----ACTCCT-TCAAGG--ATTA-TTCCG-TTT----------------------------CAAGCTCAT---TGGATACACATATAT----A--------TACGATTATT---ATAT-C---------GT-----ATATA---AACAAAAA-CAACATAGTT-A--AGAGTGA--GTAG-TCTCCAAA-ATTAACAAAGA-TA--GAGAGATATAA-TTATT-ATA----AT--------AT-AT--AC--------ATCGT-----AT--GAGATTTCCTTAAT---T-----TTG----TTTGCACA-T---ATAGACATTTTCC--TAAA-TT-AGACA-GT--TCT-TG-G---------TAT---CT---GTTACG-----CT-AGTAA-----TT--AAAT-AGATT--AAAA---CAT--T-GGGTTTTTCTT----CATATAT-AT---------CT--TTTTC--AA-GT-TAAA--TGG-T--ATAGAGGACACTATAGAATTTA-AAATGGAACTc
gi|4 : TAAT---AGCTTT-CCAACAA-GCTTGCCT-GATT-AAACAAATTTCTTT----CA-CTGTATT-AAGTG--G-T-T------A----ATAA-GTG--ACATAT--------------ATCAGACGATGTA--CTCTAC-ATAAGTCG--AC------T-----------TT---------T-TATAGATCTAGATATGAATTA-TA--------AAT----GATGTTT-CC--TC-AAATTTCA------GTTTTAGACGAGG-TTTT-----A-------G--G-GGGAGGG---GTT---AATTATTA----------------GAAATGTTT----T--CTT------AATTC----AT---TTGA-TT----AA----T-CAAATAAATACGCCT-TAG-AGGCA-T----GGAG-AGGATGTA--T----C---A---------GTAAATTAATTCAATTAAATGCGGCAAGAAAA-ATC-TATAAAAATTCA-TTTCAAGGTATAATAATTATATATATGC-AACGTCC---AA-----TAAATTCTAAATAATG-----CT--AGTGTA-ACCCCG-TCAACG--ATTT-TTCCA-TTTCA-TAAAGCC-ATTTTCCTTTAG--CTACAAGCTCAT---TGGGGACACATATAC-----------------ATTATT---ATGTAC---------ATTAA--ATATAC--AACAAAAA-ACACATA----A--ATAGGAA--GAAG-TCTCC----ATT-ACAAATA-TA--GAGAGATATGATTTATT-ACA----AT--------AT-GT--GCGAATTACAAT-AT-----AT--GAGAATTC-----------------------TTGCACATT---GTAGTGAT-------TAAA-TCAAGACA-GC--TCTCTG-G---------TAT---TT---GTAAC
gi|5 : agTAAT---AGCTTT-CC-AAAAAGCTTGCCT-GACT-AAACAAATTTCTTT----CA-CTGAAAT-AAGTAC-T-T-TTA-A--A----ATAA-GTG--ATATAT--------------ATCAGACAATGTA--CTCTAC-ATAAGTCG--AC------T-----------AT---------T-T---------------------TA--------AGT----GATCTTT-CC--TC-AAATTTCA------CT----------G-TTTT-----AG------G--G-G--AGGG---GTT---A-TTATCAA-TAAC-CAA---A-AGAAGTCTTT----T--CTT------GATTC----ATATATTGA-TT----AA----T-CAAATACCTGCGCCT-CAG-AAGAA-TA---AG-G-AGGATGCA--T----C---A---------ATAAAT---TTCAATTAAATGCAGCAAGAAAA-ATC-T-TAAAAAATCA-TTTCAAGGTATA----------ATATGG-ATTGTTC---AA-----T---TTCTGAAT-ATG-----AT--AAT----AATCCT-TCAAGG--ATTA-TTCCG-TTT----------------------------CAAGCTCAT---TGGATACACATATAT----A--------TACGATTA-T---AT-TAC---------GT-----ATATA---AAC-AAAA-CAACATAGTT-A--AGAGTGA--GTAG-TCTCCAAA-ATT-ACAAAGA-TA--GAGAGATAT-A-TTATT-ATA----AT--------AT-AT--AC--------AT-GT-----AT--GAGATTTCCTTAAT---T-----TTG-----TTGCACA-T---ATAGACATTTTCC--TAAA-TT-AAGCA-GT--TCTTTG-G---------TAT---CT---GTTACG-----CTAAGTAA-----TT--AAATAAGATT--AAAA---CAT--T-GG
gi|6 : A------CT----------G-TTTT-----A-------G--G-GGGAGGG---GTT---A-T---------------------GAAATGTTT-------CTA------AATTC----AT---TTGA-TT----AA----T-CAAATAAATACGCCT-CAG-AAGCA-T----GG-GGAGGATGTA--T----C---G---------GTAAAT---TTCAATTAAATGAGACAAGAAAA-ATC-TATAAAGATTCATTT-AAAGGTATA----------ATATGG-ATCGTCC---AACAA--T---TTCTAAATAATGCCCGTAT--CGT----AATCCTGTCAAGG--ATTA-TTCCA-TTTCA-TAAAGTC-ATTTTCCGTTAG--CTACAAGCTCAT---TGGATACACATAAAT----A--------CA-----ATT---ATATAC---------GT-----ATC-----AAGAAAAT-CAACATCGTG-G--AGAGTGA--GTAG-TCTCC-AATATTGATAAAGA-TA--GAGAAATATGA-CTATT-ACA----GT--------AC-AT--------------------------GAGAATTCCTTAAT---T-----TTG-----TTGCACATT---ATAGACATTTTCC--CAAA-TT-ATACA-GT--TCTCTG-G---------TAC---TT---GCAACG-----CTAAGTAT-----TTAAAAAA-AGTTT--AAAA---CAT--T-GCGGTTTTCTTTATACATGTAT-AT---------CTTATTTTC--AA-GT-T--A--TAG-T--ATAGAGGACACTTTAGAAT----AAATGGAACT
gi|7 : TAAT---AACTTTTCCCAAAAAGCTTGCCT-GACT-AAACAAATTGCTTT----CA-ATGTATT-A-----------TA----------TAA---------TAT--------------ATCAGACGATGTA--CTCTAC-ATTAGTCG--AC------TTTTAGTAGAGAAT---------TAT---------------------TA--------AAT----GACGTTT-CC--TC-AAATTTCA------CT----------G-TTTT-----A-------G--G-G--AGGT---G-------------------------------AATGTTT----T--CTT----------C----AT--------------AA------CAAATAAA-ACGCCTTCAG-AAGCA-T----GG-G-GAG-TGTA--T----C---AG--------AAAAAT---TTCAATTAAATGCGGCAAGAAAA-ATCTTATACAAATTCA-TTTCAAGGTATA----------ATATGG-ATC-TCCAATAA-----T---TTCTAAATAAT------ATGCAGTGTA-ACCCCG-TCAAGC--ATTA-TTCCA-TTTCATTAAAGCC-ATTTTTCGTT-AC-C-ACAAACTCAA---TGGATACACACATAT----A--------CAATAT--TT---ATATAC---------ATTGTTAATATATTCAACAAAAA-CAACATAGTGAG--GGACTGT--ACAG-TCTCC--A-TTT-ACAAAGATTA--GAGAGATATGcgtcctctatatcatgt
gi|8 : agAATGCGGCAAGAAAACAAC-TATCGAAATTCATTTAGAAG-TATA----------ATATGG-ATCGTAC---AA-----TAATTTCTAAATAATG-----AT--AGT----AGAT------AGG--ATTA-TTACA-TTTCA-TAAAA-CCATTTTCCGCTAG--CTACAAGCTCAT------GTACACATACATGTAAA--------TACAATTATT---ATATAC---------GT-----ATATC---AGCAA----CAACATAGTG-G--AGAGTGA--GTAG-TCTCC----ATT-ACAAAGA-TA--GAGAGATATGA-TTGTCGACA----TT--------TTCCT--AA--------AT--T-----AT---ATAGTTCTTTGAT---A-----CTA----TTTGTA-----------ACGCTTTAG--T-AA-TT-AAA------------------------TAC---AT---G-----------TAAGT-------TT--A-----------AAAA---CAT--T-GAATTTTTCTT----CATATATCAT---------A----TTTC--AA-GTCTAGAACTAG-T--ATAGATGGCACTTTAGAAT----AAATGGAACT
gi|9 : TAAC---AGCTTT-CCAAAAA-GCCTGTTC-GATT-AAGCAAATTTTCTC----CA-CTGTAAT-CACTA--TAC-CTA-ATTA----ATGC-GAG--ATGTTT--------------ATCAGAAGATGTATCCCCTGCTATAAGTCA--AC------TTTTCATAATA-AT---------T-TATAACAATGTA----------TA--------AAT----TATGTTT-CC--TC-AAATTTCAGG----TT----------G-TTTT-----A-----------------------TT---A-TTATTAT-TAcatcctcta
gi|9 : ag-TTTT-----A-------G--G-G----GA---GTG---G-ATATC----AAC-T-A---A-AGAAATGCCTTAAAT--TTT------AATTA----A----TTAA-TT----AA----T-AAAATAAAT-----T-------ATA-T----GG-GAAGGGTGTA--TAAACC---ATACTGAACCATACATGG-CTCAATTAAATGAGGCAAGAATA-GTC-ttatttttttttttttaggggagtggatatcaactaaagaaatgccttaaattttaattaattaattaataaaataaattatatgggaagggtgtataaaccatactgaaccatacatggctcaattaaatgaggcaagaatagtcacgggataaacttt
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 3333333333333 11111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111 1111111111111 111 111111111111111 111 1111 2222222222222 111 1 1111111111 111 111111111 22222 2222 4444444 1111111111111 111 2222222222222222 111 11 2222 44444444444444444444444444444444444 111111111 11111 22222 111111111 11111 11111 11111111111111 1 2222222222222 1111
lowQualScore : 444 2 22 2 2 5555 2 3 2 1111111111111 5555 2 55 44444444444444 33 2 33 33333333333333333333333333333333333333333333333333333 99999999 5555 2 33 2 999999999999999999 2 0000000000000 55 2 222 444 55555 1 111111111111111 5555 33 8888888 5555 444 3 6666 6666 3 1 3 6 3 0 3 8888 6 6 55 8888 1111111111111 222 3 3 5 1 7 5555555555 3 222 999999999 00000 55 6666 44 55 3 3 444 2 8888888 555 1 8888888888888 44 000 3333333333333333 000 3 77777 00 3 6666 7 3 88 4 4 8888 77777777777777777777777777777777777 55 5 33 777777777 88888 5 22222 55 3 3 3 55 5 3 444444444 666 666 0 00000 00000 99999999999999 777 7777 0 8888 0 3 5555555555555 66 4 4 44 66 9999 9999
lowQualScore : ... . .. . . .... . . . ............. .... . .. .............. .. . .. ..................................................... ........ .... . .. . .................. . ............. .. . ... ... ..... . ............... .... .. ....... .... ... . .... .... . . . . . . . .... . . .. .... ............. ... . . . . . .......... . ... ......... ..... .. .... .. .. . . ... . ....... ... . ............. .. ... ................ ... . ..... .. . .... . . .. . . .... ................................... .. . .. ......... ..... . ..... .. . . . .. . . ......... ... ... . ..... ..... .............. ... .... . .... . . ............. .. . . .. .. .... ....
lowQualScore : 777 5 77 4 4 0000 4 3 4 2222222222222 0000 4 66 77777777777777 77 7 77 55555555555555555555555555555555555555555555555555555 77777777 7777 7 77 7 666666666666666666 4 1111111111111 66 4 333 111 99999 1 111111111111111 7777 77 7777777 7777 000 1 5555 5555 1 0 2 2 1 2 1 8888 2 2 00 5555 0000000000000 555 6 6 7 2 9 9999999999 6 777 222222222 00000 55 5555 66 55 6 6 888 8 1111111 888 5 5555555555555 00 000 3333333333333333 000 6 33333 00 6 7777 3 6 66 0 0 5555 11111111111111111111111111111111111 55 2 88 111111111 77777 7 77777 00 6 6 6 00 7 6 555555555 444 444 3 00000 00000 66666666666666 000 8888 9 5555 8 3 8888888888888 11 4 4 44 11 8888 8888
consensus : TAAT---AGCTTT-CCAAAAAAGCTTGCCT-GACT-AAACAAATTTCTTT----CA-CTGTANT-AAGTA--T-T-TTA-A--A----ATAA-GTG--ATATAT--------------ATCAGACGATGTA--CTCTAC-ATAAGTCG--AC------T-----------AT---------T-T---------------------TA--------AAT----GATGTTT-CC--TC-AAATTTCA------CT----------G-TTTT-----A-------G--G-G--AGGG---GTT---A-TTATCAA-TAAC-C-A---A-AGAAATGTTT----T--CTT------AATTC----AT---TTGA-TT----AA----T-CAAATANATGCGCCT-CAG-AAGCA-T----GG-G-AGGATGTA--T----C---A---------ATAAAT---TTCAATTAAATGCGGCAAGAAAA-ATC-TATAAAAATTCATTTTCAAGGTATA----------ATATGG-ATCGTCC---AA-----T---TTCTGAATAATG-----AT--AGT----ACCCCT-TCAAGG--ATTA-TTCCA-TTTCA-TAAAGCCATTTTCCGTT-G--C-ACAAGCTCAT---TGGATACACATATAT----A--------TACGATTATT---ATATAC---------GT-----ATATA---AACAAAAA-CAACATAGTG-G--AGAGTGA--GTAG-TCTCC-AA-ATT-ACAAAGA-TA--GAGAGATATGA-TTATT-ACA----AT--------AT-AT--AC--------AT-GT-----AT--GAGAATTCCTTAAT---T-----TTG----TTTGCACA-T---ATAGACATTTTCC--TAAA-TT-AGACA-GT--TCTCTG-G---------TAT---TT---GTAACG-----CTAAGTAA-----TT--AAAT-AGGTT--AAAA---CAT--T-GGGTTTTTCTT----CATATAT-AT---------CT--TTTTC--AA-GT-TAAA--TGG-T--ATAGAGGACACTATAGAATTTA-AAATGGAACT
Reference ( family-1589 ) : TAAT---AGCTTT-CCAAAAAAGCTTGCCT-GACT-AAACAAATTTCTTT----CA-CTGTANT-AAGTA--T-T-TTA-A--A----ATAA-GTG--ATATAT--------------ATCAGACGATGTA--CTCTAC-ATAAGTCG--AC------T-----------AT---------T-T---------------------TA--------AAT----GATGTTT-CC--TC-AAATTTCA------CT----------G-TTTT-----A-------G--G-G--AGGG---GTT---A-TTATCAA-TAAC-C-A---A-AGAAATGTTT----T--CTT------AATTC----AT---TTGA-TT----AA----T-CAAATANATGCGCCT-CAG-AAGCA-T----GG-G-AGGATGTA--T----C---A---------ATAAAT---TTCAATTAAATGCGGCAAGAAAA-ATC-TATAAAAATTCATTTTCAAGGTATA----------ATATGG-ATCGTCC---AA-----T---TTCTGAATAATG-----AT--AGT----ACCCCT-TCAAGG--ATTA-TTCCA-TTTCA-TAAAGCCATTTTCCGTT-G--C-ACAAGCTCAT---TGGATACACATATAT----A--------TACGATTATT---ATATAC---------GT-----ATATA---AACAAAAA-CAACATAGTG-G--AGAGTGA--GTAG-TCTCC-AA-ATT-ACAAAGA-TA--GAGAGATATGA-TTATT-ACA----AT--------AT-AT--AC--------AT-GT-----AT--GAGAATTCCTTAAT---T-----TTG----TTTGCACA-T---ATAGACATTTTCC--TAAA-TT-AGACA-GT--TCTCTG-G---------TAT---TT---GTAACG-----CTAAGTAA-----TT--AAAT-AGGTT--AAAA---CAT--T-GGGTTTTTCTT----CATATAT-AT---------CT--TTTTC--AA-GT-TAAA--TGG-T--ATAGAGGACACTATAGAATTTA-AAATGGAACT
gi|1 : TT-CCAATAATGCTTGCCTTGACCCAAACAGATTTCTTT----CA-ATATA-T-AAGTG--G-T--------A----ATAC-GTG--ATACATCGTGTAATACATGTATCAGACGATGTA--C-CTAC-ATATGTTG--AC------T------------T---------T-T---------------------TA-----------------TGTT--CCAATC-AA-TTTCAG-----CT----------G-TTTT-----A-------GCGG-G--GGGGTGTGTT---AATTATCAA-TAAC-C-ACATA-GTAAATGTTT----T--TGT------ATTTC----AT---TTGA-TT----AA----TCCAAATAAATATGCCTCCAG-AAACA-TGGGGGG-G-GGGGTGTA--T----CAAGA---------ACAAAA---ATCAAATAAATGCGGCAAGA---------ATAAA-----------AGGG----------------ATGGAATCGTCC---AAGTAATT---TCCTAAATAATGTCTGAGT--GGT----AACCCG-TCAAGGGTATCATTTCCATTTTCA-TAAAGCCATTTT-CGTA-AACC-ACAAGCTCACCAGCGAAAACACACAT-T----A--------TACAATTATTGAAATACACCTGGTTATAAT-----ATATC---AACAATAA-CAATATAGTG-GGAAGAGGGACTGTAGTTCTCC--C-ATT-ACAAAGA-CCT-GAATGGTATGT-TTATT-ACATACCATTCCACTGAAG-ATTAAC--------AG-ATCGCTCAT--GAGA-------AAT---G-----TTGCACATTTATACT-TTA-ATAGAAATTTTCC--TAAATTT-AGACG-AT--TCCTTC-G---------TGTAAATTATGGTAACGTAAACTTAAGTAA-----TT--GAA
gi|10 : cctgTAAT---AGCTTT-CCAAAAA-GCTTGCCT-TACT-AAACAAATTTCTTT----CA-ATGTATT-AAGTGG-T-TATTA-A--GTGACATAC-ATGT-ATGTAT--------------ATCAGACGATGTA--CTCTAC-ATCAGTCG--AC------T-----------TT---------T-TATAGAGAATTA----------TA--------AGT----TATGTTT-CC--TC-AAATTTCA------CT----------G-TTTT-----A-------G--G-G--GGGG-----T---A-TTATTAA-CAAC-C-A---A-AGGAATGTTT----T--CTT------AATTC----AT---TTGA-TT----AA----T-CAAACACATTCGCCT-AAG-AAGCA-TA---GG-G-AGGGTGTATCT----C---A---------A-AAAT---TTCAATTAATTGTGGCAAGAAAA-ATC-TATAAAATTTCA-CTTCAAGGTGTA----------AAATGG-ATCGTCC---AA-----T---aaaaacttctctaaaaaaaggttaaatgaagtttaaaaaacatctgcggtttttccttctacgaaaaactggtagtcatgactcagtcaccagtagatagatcgaccactttagaataaaaatggaacttcatccctctataatcatagtag
gi|11 : agGCTCAT---TTGATATACATAAAT----ACAATTAAATACAATTATT---ATATAC---------AT-----ATATA---AACAAAAAACAACATAGTG-G--AGAGTGA--GTAG-TCTCC-AATATT-ACAAAGA-TA--TACAGATATGA-TTATT-ACA----GT--------AT-AT--------------------------GAGAATTCCCTAAT---A-----TTG-----TCGCATATT---GTAAAAATTTTCC--TAAA-TT-AGACA-GT--TCTTTG-G---------TAT---TT---GTAGCA-----CTAAG-AAGGGTTTT--ACAT-AA--T--AAAA---------------TTTCTT-----A-ATAT-AT---------CG--TTTTCTAAA-GT-CATA---------ATAGAGGaattcaaaaa
gi|12 : atatgttggtaattaattcagattcaggttctttatcaccatgTTA-TTCCA-TTTCA-TAAAGCCATTTTCCGTTAG--C--C--GCTCAA---TGGATACACATA-------------------GA--------ATGTAA---------AT-----ATATC---AACAAAAA-CAACATAGTA-G--AGAGGGACTGTAG-TCTC---A-ATT-ACAAAGA-CA--GAGAGATATGG-T-ATT-ACA----AT--------A-------C--------AT-GT-----ATACGAGAATTAA--AATATATGAGAATTG----TT-GCACA-TT--GTTGACATTTTCC--TAAA-TT-AGACA-GT--TCTCTG-G---------TAT---TT---GTACCG-----CCAAGTAA-----TT--AAAG-AAGTTGAAAAA---CAT--T-GGGTTTTTCTT----CATATAggaatccctgtg
gi|13 : g-----------AT---------T-A---------------------TA--------AAT----TATGCTT-CC--TC-AAATTTCA------CT----------G-TTTT-----A-------G--G-GGGAGGG---GTT---A-TGA--AA-T-------------GGGGTGTTT----TTTCTT------TATTC----AT---TTGA-TT----AA----T-CAAAT-TATGCGCCT-CGG-AAGCATT----GG-G-AGGATGTA--A----C---G---------GTAAAT---TTCAATTAAATGCGGCATGAAAA-ATC-TATAAGAATTCA-TTTCAAGGTATA----------ATATGG-ATCGTCCAATAA-----T---TTCTGAATAATG-----AT--AGTA---ACCCCT-TGAAGG--ATTA-TTTCA-TTTCA-TAAAGTCATTTTCCGTT-AGCC-ACAAGCTCAT---TGGATACAccattatatattttagtcatagaacttatatagg
gi|14 : tccaatttttatagatatgaTAATTTCAGCTTT-TCAAAAA-TCTTGCCT-GACT-AAACAAATTTCTTC----CA-CTGTAAT-CAGTA--T-T-T-A-ATTA----ATGA-GTG--ATGTTT--------------ATCAGAAGGTTTC--TCCTGC-ATAAGTCA--AC------------------AT---------T-TCATAAATAACAATTGGGCCTATA--------AAT----GATGTTT-CC--TC-AAATTTCAGGGT--TT----------T-TTTT-----AAAAGGGGG--G-G--GGGG---GTT---A-T-----A--AAC-C-A---A-AAAAATGTTT----T--CTT------AATTC----AT---TTAA-TTGGTCAATTTGT-CAAATAAATACGCCT-CAG-AAGTA-TG---GG-G-AGAGTGTA--
gi|15 : TAAT---AGCTTT-CCAAAA--GCTTGCCT-GACA-AAACAAATTTCTTT----CA-CTGTATT-AAGTA--C-T-T------A----AT-G-GTGATATATAT--------------ATCAGACGATGTA--CTCTTC-ATAAATCG--AC------C------------T---------T-T---------------------TATAGATATGAATTATAAATGATT-CC--TC-AAATTTCA------TT----------T-TTTTA----A-------G--G-G--GAGG---GTT---A-TTATCAA-TAAA-C-A---A-AGAAATGTTT----T--GTTTTTTTAAATTC----AT---TTCA-TT----AA----T-CAAATAAATACGCCT-CAGAAAGCA-T----GGAG-AGggaaccaaactgaatcagaa
gi|16 : agAAT---AGCTTT-CACAAAAAGCTTGCCT-GACT-AAAC-AATTTC-TT----CA-CTGAAAT-AAGTACTT-T-TTA-A--A----ATAA-GTG--ATATAT--------------ATCAGACAATGTA--CTCTAC-ATAGATCG--AC------T-----------AT---------T-T---------------------TA--------AGT----GATCTTT-CC--TC-AAATTTCA------CT----------G-TTTT-----A-------G--G-G--CGGG---GTT---A-TTATCAA-TAAC-C-A---A-AGAAGTCTTT----T--CTT------GATTCATATAT---TTGA-TT----AA----T-CAAATACCTGCGCCT-CAG-AAGAA-TA---AG-G-AGGATG
gi|17 : TAAT---AGCTTT-CCAAAAA-GCTTGCCT-GACT-GAACAAATTTCTTT----CA-ATGTGTTTAAGTG--G-T-T------A----ATAA-GTG--ATATAT--------------ATTAGACGATGTA--CTCTAC-GTAAGTCG--AC------TTTTTATAGAGAAT---------T-A---------------------TA--------AAT----GATGTTT-CC--TCAAAATTTCA------CT----------G-TTTTTTTGGG-------G--G-G--AGGG---G-----G-GTATTAA-TAAC-C-A---A-GGAAATGTTT----T--CTT------AATTT----AT---Tc
gi|18 : gTTTCAAGGTATA----------ATACGG-ATCGTCC---AA-----T---TTCTGAATAATG-----AT--AGTATAAACCTCT-TCAAGG--ATTA-TTCCA-TTTCA-TAAAGCCATTTTCCGTT--------AGGCACAT---AGGATACAC--ATAT----A--------TACAATTATTA--ATATAC---------GC-----ACATA---AACAAAAA-CAACATAGTT-G--AGAGTGA--GTAG-TCTCC-AATATT-ACAAAGA-TATCTAGAGATATAA-T
gi|19 : taTAAC---AACTTT-TCGAAAA-GCTTGTCT-GACT-AAACAATTTTCCTC----CA-CTGTAAT-GAGTA----C-TTA-ATTA----ATGA-ATG--ATGCTT--------------ATCAGAAGATGTA--CTCTGC-ATAAGTCGTAAC------A-----------AT---------T-A---------------------TA--------ATG----GCTGTTC-CC--TC-GAATTTCA------GT----------ATTTTT-----A-------GT-G-G--AGGG---GTT-----TT------CAAC-C-C---A-AGAAATGTTT----T--CTT------GATTT----AT---TT
gi|2 : agTAAT---AGCTTT-CCAAAAAAGCTTGCCT-GACT-AA-CAAATTTCTTT----CATCTGAAAT-AAGTA--T-T-TTA-A--A----ATAAAGTG--ATATAT--------------ATCAGACAATGTA--CTCTAC-ATAAGTCG--AC------T-----------AT---------T-T---------------------TA--------AGT----GATCTTTTCC--TC-AAATTT-A------CT----------G-TTTT-----A-------G--G-GG-AGGG---GTT---A-TTATCAA-TAAC-A-A---C-AGAAGTCTTT----T--CTT------GATTC----ATATATTGAATT----AA----T-CAAATACCTGCGCCT-CAG-A-GAA-T----GG---AGGATGCA--T----C---A---------ATAAAT---TTCAATTAAATGCAGCAAGAAAA-ATT-T-TAAAAAATCATTTTCAAGGTATA----------ATATGG-ATTGTTC---AA-----T---TTCTGAATAATG-----AT--AAT----ACTCCT-TCAAGG--ATTA-TTCCG-TTT---------------------------CAAGCTCAT---TGGATACACATATAT----A--------TACGATTATT---ATATACG--------GT-----ATATA---AACAAAAA-CAACATAGTT-A--AGAGTGA--GTAG-TCTCC-AA-ATT-ACAAAGA--A--GAGAGATATAA-TTA-T-ATA----AT--------AT-AT--AC--------AT-GT-----AT--GAGATTTCCTTAAT---T-----TTG-----TTGCACA-T---ATAGACATTTTCC--TAAA-TT-AGACA-GT--TCT-TGTG---------TAT---CT---GTTACG-----CTAAGTAA-----TT--AAAT-AAGAT--AAAA---CAT--T-GGGTTTTTCTT----CATATAT-AT---------CT--TTTTC--AA-GT-TAAA--TGGTT--ATAGAGGACACTATAGAATTTA-AAATGGAACT
gi|20 : gTTCCCT-GACT-AAACAAATCTCTTC----CA-CTGTAAT-CAGTA--C-T-TGATT--A----ATGA-GTG--ATGTTT--------------ATCAG-C--TGTA--CCCTGC-ATAAATTG--ACCTTTTTT-----------ATAACTAACAAT-TAGGCTTA--------------TA--------AAT----TATGTTT-GC--TC-ACATTTCAGGGGGGGG----------G-GGGT-----A-------G--GAG--AGGG---GTTATAA-TTATCAGCCAATGC-A---A-AGAAATG
gi|21 : ATT-ACA----GTG-------AT-AT--GC--------A--G------AT--GATAATTCCTTAAT---T-----TTG----TT-GCATA-TTGTATAGACATTTTTC--TATA-TT-AGACA-GT--TCTCTG-G---------TAT---TT---GGAATA-----CAAAGTAA-----TT-----T-GGGTT---AAA---CATAAT-AAAATTTGCT------A-ATAT-AT---------TT--T---------GA-TGAA--TGGATCGATAGATGATAACACAGA
gi|22 : -----TTG----TT-GCAGAAT---GTAGACATTTTCCCTTAAA-TT-TGACATGCAGTCTCTA-GCTTAATTAGTAT---CT---GTAA-G-----CTAA--------------------------AAA---CAT--TTGGGTTTTTCTT----CATATATCATAATAGATAACT--CTTTC--GA-A--TAAA--TGG-
gi|23 : gaagaTAAT---AGCTTT-CCAAAA-AGCTTGCCT-GACT-AAACAAATTTCTTTGTTCTA-CTTTAT----GTA--T-C-TTA-A--A----A-GG-GTA--ATATAT--------------ATacctcatcctctatatcatgtagat
gi|24 : gAT---AGCTTT-CCAAAA-AGCTTGCCT-AACT-AAACAAATTTCTTT----CA-CTGTACT-AAGTAC-T-T-TTA-A--A----ATAA-GTG--ATATAT--------------ATCAGACAATGTA--CTCTAC-ATAAGTCG--tgtatttcatttcctttaagtattcctccattcacttta
gi|25 : gAT---AGCTTT-CCAAAAAAGCTTGCCT-GACT-AAACAAATTTCTTT----CA-ATGTATT-AAGTG--G-T--------A----ATAC-GCG--ATATA
gi|26 : gtaatGTT--AAAAAACCAT----GGGCTTT-CTT----CATATATCAT---------A----TTTC--AACGT-C--A--TAG-T--ATAGAccatgt
gi|27 : aTTTTCTT----CATATAT-AT---------CT--TTTTC--AA-GT-TAAA--TGG-T--ATAGAGGACACTATAGAATTTATAAATGGAACTtaaatggaactcagtccatctat
gi|3 : TAAT---AGCTTT-CCAAAAAAGCTTGCCT-GACT-AAACAAATTTCTTT----CA-TCGAAAT-AAGTA--T-T-TTA-A--A----ATAA-GTG--ATATAT--------------ATCAGACAATGTA--CTCTAC-ATAAGTCG--AC------T-----------AT---------T-T---------------------TA--------AGT----GATCTTT-CC--TC-AAATTT-A------CT----------G-TTTT-----A-------G--G-G--AGGG---GTT---A-TTATCAA-TAAC-C-A---ACAGAAGTCTTT----T--CTT------GATTC----ATATATTAA-TT----AA----T-CAAATACCTGCGCCT-CAG-AAGAA-T-----G-G-AGGATGCA--T----C---A---------ATAAAT---TTCAATTAAATGCAGCAAGAAAA-ATT-T-TAAAAAATCATTTTCAAGGTATA----------ATATGG-ATTGT-C---AA-----T---TTCTGAATAATG-----AT--AAT----ACTCCT-TCAAGG--ATTA-TTCCG-TTT---------------------------CAAGCTCAT---TGGATACACATATAT----A--------TACGATTATT---ATAT-C---------GT-----ATATA---AACAAAAA-CAACATAGTT-A--AGAGTGA--GTAG-TCTCCAAA-ATTAACAAAGA-TA--GAGAGATATAA-TTATT-ATA----AT--------AT-AT--AC--------ATCGT-----AT--GAGATTTCCTTAAT---T-----TTG----TTTGCACA-T---ATAGACATTTTCC--TAAA-TT-AGACA-GT--TCT-TG-G---------TAT---CT---GTTACG-----CT-AGTAA-----TT--AAAT-AGATT--AAAA---CAT--T-GGGTTTTTCTT----CATATAT-AT---------CT--TTTTC--AA-GT-TAAA--TGG-T--ATAGAGGACACTATAGAATTTA-AAATGGAACTc
gi|4 : TAAT---AGCTTT-CCAACAA-GCTTGCCT-GATT-AAACAAATTTCTTT----CA-CTGTATT-AAGTG--G-T-T------A----ATAA-GTG--ACATAT--------------ATCAGACGATGTA--CTCTAC-ATAAGTCG--AC------T-----------TT---------T-TATAGATCTAGATATGAATTA-TA--------AAT----GATGTTT-CC--TC-AAATTTCA------GTTTTAGACGAGG-TTTT-----A-------G--G-GGGAGGG---GTT---AATTATTA----------------GAAATGTTT----T--CTT------AATTC----AT---TTGA-TT----AA----T-CAAATAAATACGCCT-TAG-AGGCA-T----GGAG-AGGATGTA--T----C---A---------GTAAATTAATTCAATTAAATGCGGCAAGAAAA-ATC-TATAAAAATTCA-TTTCAAGGTATAATAATTATATATATGC-AACGTCC---AA-----TAAATTCTAAATAATG-----CT--AGTGTA-ACCCCG-TCAACG--ATTT-TTCCA-TTTCA-TAAAGCCATTTTCCTTTAG--CTACAAGCTCAT---TGGGGACACATATAC-----------------ATTATT---ATGTAC---------ATTAA--ATATAC--AACAAAAA-ACACATA----A--ATAGGAA--GAAG-TCTCC----ATT-ACAAATA-TA--GAGAGATATGATTTATT-ACA----AT--------AT-GT--GCGAATTACAAT-AT-----AT--GAGAATTC-----------------------TTGCACATT---GTAGTGAT-------TAAA-TCAAGACA-GC--TCTCTG-G---------TAT---TT---GTAAC
gi|5 : agTAAT---AGCTTT-CC-AAAAAGCTTGCCT-GACT-AAACAAATTTCTTT----CA-CTGAAAT-AAGTAC-T-T-TTA-A--A----ATAA-GTG--ATATAT--------------ATCAGACAATGTA--CTCTAC-ATAAGTCG--AC------T-----------AT---------T-T---------------------TA--------AGT----GATCTTT-CC--TC-AAATTTCA------CT----------G-TTTT-----AG------G--G-G--AGGG---GTT---A-TTATCAA-TAAC-CAA---A-AGAAGTCTTT----T--CTT------GATTC----ATATATTGA-TT----AA----T-CAAATACCTGCGCCT-CAG-AAGAA-TA---AG-G-AGGATGCA--T----C---A---------ATAAAT---TTCAATTAAATGCAGCAAGAAAA-ATC-T-TAAAAAATCA-TTTCAAGGTATA----------ATATGG-ATTGTTC---AA-----T---TTCTGAAT-ATG-----AT--AAT----AATCCT-TCAAGG--ATTA-TTCCG-TTT---------------------------CAAGCTCAT---TGGATACACATATAT----A--------TACGATTA-T---AT-TAC---------GT-----ATATA---AAC-AAAA-CAACATAGTT-A--AGAGTGA--GTAG-TCTCCAAA-ATT-ACAAAGA-TA--GAGAGATAT-A-TTATT-ATA----AT--------AT-AT--AC--------AT-GT-----AT--GAGATTTCCTTAAT---T-----TTG-----TTGCACA-T---ATAGACATTTTCC--TAAA-TT-AAGCA-GT--TCTTTG-G---------TAT---CT---GTTACG-----CTAAGTAA-----TT--AAATAAGATT--AAAA---CAT--T-GG
gi|6 : A------CT----------G-TTTT-----A-------G--G-GGGAGGG---GTT---A-T---------------------GAAATGTTT-------CTA------AATTC----AT---TTGA-TT----AA----T-CAAATAAATACGCCT-CAG-AAGCA-T----GG-GGAGGATGTA--T----C---G---------GTAAAT---TTCAATTAAATGAGACAAGAAAA-ATC-TATAAAGATTCATTT-AAAGGTATA----------ATATGG-ATCGTCC---AACAA--T---TTCTAAATAATGCCCGTAT--CGT----AATCCTGTCAAGG--ATTA-TTCCA-TTTCA-TAAAGTCATTTTCCGTTAG--CTACAAGCTCAT---TGGATACACATAAAT----A--------CA-----ATT---ATATAC---------GT-----ATC-----AAGAAAAT-CAACATCGTG-G--AGAGTGA--GTAG-TCTCC-AATATTGATAAAGA-TA--GAGAAATATGA-CTATT-ACA----GT--------AC-AT--------------------------GAGAATTCCTTAAT---T-----TTG-----TTGCACATT---ATAGACATTTTCC--CAAA-TT-ATACA-GT--TCTCTG-G---------TAC---TT---GCAACG-----CTAAGTAT-----TTAAAAAA-AGTTT--AAAA---CAT--T-GCGGTTTTCTTTATACATGTAT-AT---------CTTATTTTC--AA-GT-T--A--TAG-T--ATAGAGGACACTTTAGAAT----AAATGGAACT
gi|7 : TAAT---AACTTTTCCCAAAAAGCTTGCCT-GACT-AAACAAATTGCTTT----CA-ATGTATT-A-----------TA----------TAA---------TAT--------------ATCAGACGATGTA--CTCTAC-ATTAGTCG--AC------TTTTAGTAGAGAAT---------TAT---------------------TA--------AAT----GACGTTT-CC--TC-AAATTTCA------CT----------G-TTTT-----A-------G--G-G--AGGT---G-------------------------------AATGTTT----T--CTT----------C----AT--------------AA------CAAATAAA-ACGCCTTCAG-AAGCA-T----GG-G--GAGTGTA--T----C---AG--------AAAAAT---TTCAATTAAATGCGGCAAGAAAA-ATCTTATACAAATTCA-TTTCAAGGTATA----------ATATGG-ATC-TCCAATAA-----T---TTCTAAATAAT------ATGCAGTGTA-ACCCCG-TCAAGC--ATTA-TTCCA-TTTCATTAAAGCCATTTTTCGTT-AC-C-ACAAACTCAA---TGGATACACACATAT----A--------CAATAT--TT---ATATAC---------ATTGTTAATATATTCAACAAAAA-CAACATAGTGAG--GGACTGT--ACAG-TCTCC--A-TTT-ACAAAGATTA--GAGAGATATGcgtcctctatatcatgt
gi|8 : agAATGCGGCAAGAAAACAAC-TATCGAAATTCATTTAGAAG-TATA----------ATATGG-ATCGTAC---AA-----TAATTTCTAAATAATG-----AT--AGT----AGAT------AGG--ATTA-TTACA-TTTCA-TAAAACCATTTTCCGCTAG--CTACAAGCTCAT------GTACACATACATGTAAA--------TACAATTATT---ATATAC---------GT-----ATATC---AGCAA----CAACATAGTG-G--AGAGTGA--GTAG-TCTCC----ATT-ACAAAGA-TA--GAGAGATATGA-TTGTCGACA----TT--------TTCCT--AA--------AT--T-----AT---ATAGTTCTTTGAT---A-----CTA----TTTGTA-----------ACGCTTTAG--T-AA-TT-AAA------------------------TAC---AT---G-----------TAAGT-------TT--A-----------AAAA---CAT--T-GAATTTTTCTT----CATATATCAT---------A----TTTC--AA-GTCTAGAACTAG-T--ATAGATGGCACTTTAGAAT----AAATGGAACT
gi|9 : TAAC---AGCTTT-CCAAAAA-GCCTGTTC-GATT-AAGCAAATTTTCTC----CA-CTGTAAT-CACTA--TAC-CTA-ATTA----ATGC-GAG--ATGTTT--------------ATCAGAAGATGTATCCCCTGCTATAAGTCA--AC------TTTTCATAATA-AT---------T-TATAACAATGTA----------TA--------AAT----TATGTTT-CC--TC-AAATTTCAGG----TT----------G-TTTT-----A-----------------------TT---A-TTATTAT-TAcatcctcta
gi|9 : ag-TTTT-----A-------G--G-G----GA---GTG---G-ATATCAA----C-T-A---A-AGAAATGCCTTAAAT--TTT------AATTA----A----TTAA-TT----AA----T-AAAATAAAT-----T-------ATA-T----GG-GAAGGGTGTA--TAAACC---ATACTGAACCATACATGG-CTCAATTAAATGAGGCAAGAATA-GTC-ttatttttttttttttaggggagtggatatcaactaaagaaatgccttaaattttaattaattaattaataaaataaattatatgggaagggtgtataaaccatactgaaccatacatggctcaattaaatgaggcaagaatagtcacgggataaacttt
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 3333333333333 11111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111 1111111111111 111 111111111111111 111 1111 2222222222222 111 1 1111111111 111 111111111 22222 2222 4444444 1111111111111 111 2222222222222222 111 11 2222 44444444444444444444444444444444444 111111111 11111 22222 111111111 11111 11111 11111111111111 1 2222222222222 1111
lowQualScore : 444 2 22 2 2 5555 2 3 2 1111111111111 5555 2 55 44444444444444 33 2 33 33333333333333333333333333333333333333333333333333333 99999999 5555 2 33 2 999999999999999999 2 0000000000000 55 2 222 444 55555 1 111111111111111 5555 33 8888888 5555 444 3 6666 6666 3 1 3 6 3 0 3 8888 6 6 55 8888 1111111111111 222 3 3 5 1 7 5555555555 3 222 999999999 00000 55 6666 44 55 3 3 444 2 8888888 555 1 8888888888888 44 000 3333333333333333 000 3 77777 00 3 6666 7 3 88 4 4 8888 77777777777777777777777777777777777 55 5 33 777777777 88888 5 22222 55 3 3 3 55 5 3 444444444 666 666 0 00000 00000 99999999999999 777 7777 0 8888 0 3 5555555555555 66 4 4 44 66 9999 9999
lowQualScore : ... . .. . . .... . . . ............. .... . .. .............. .. . .. ..................................................... ........ .... . .. . .................. . ............. .. . ... ... ..... . ............... .... .. ....... .... ... . .... .... . . . . . . . .... . . .. .... ............. ... . . . . . .......... . ... ......... ..... .. .... .. .. . . ... . ....... ... . ............. .. ... ................ ... . ..... .. . .... . . .. . . .... ................................... .. . .. ......... ..... . ..... .. . . . .. . . ......... ... ... . ..... ..... .............. ... .... . .... . . ............. .. . . .. .. .... ....
lowQualScore : 777 5 77 4 4 0000 4 3 4 2222222222222 0000 4 66 77777777777777 77 7 77 55555555555555555555555555555555555555555555555555555 77777777 7777 7 77 7 666666666666666666 4 1111111111111 66 4 333 111 99999 1 111111111111111 7777 77 7777777 7777 000 1 5555 5555 1 0 2 2 1 2 1 8888 2 2 00 5555 0000000000000 555 6 6 7 2 9 9999999999 6 777 222222222 00000 55 5555 66 55 6 6 888 8 1111111 888 5 5555555555555 00 000 3333333333333333 000 6 33333 00 6 7777 3 6 66 0 0 5555 11111111111111111111111111111111111 55 2 88 111111111 77777 7 77777 00 6 6 6 00 7 6 555555555 444 444 3 00000 00000 66666666666666 000 8888 9 5555 8 3 8888888888888 11 4 4 44 11 8888 8888
consensus : TAAT---AGCTTT-CCAAAAAAGCTTGCCT-GACT-AAACAAATTTCTTT----CA-CTGTANT-AAGTA--T-T-TTA-A--A----ATAA-GTG--ATATAT--------------ATCAGACGATGTA--CTCTAC-ATAAGTCG--AC------T-----------AT---------T-T---------------------TA--------AAT----GATGTTT-CC--TC-AAATTTCA------CT----------G-TTTT-----A-------G--G-G--AGGG---GTT---A-TTATCAA-TAAC-C-A---A-AGAAATGTTT----T--CTT------AATTC----AT---TTGA-TT----AA----T-CAAATANATGCGCCT-CAG-AAGCA-T----GG-G-AGGATGTA--T----C---A---------ATAAAT---TTCAATTAAATGCGGCAAGAAAA-ATC-TATAAAAATTCATTTTCAAGGTATA----------ATATGG-ATCGTCC---AA-----T---TTCTGAATAATG-----AT--AGT----ACCCCT-TCAAGG--ATTA-TTCCA-TTTCA-TAAAGCCATTTTCCGTT-G--C-ACAAGCTCAT---TGGATACACATATAT----A--------TACGATTATT---ATATAC---------GT-----ATATA---AACAAAAA-CAACATAGTG-G--AGAGTGA--GTAG-TCTCC-AA-ATT-ACAAAGA-TA--GAGAGATATGA-TTATT-ACA----AT--------AT-AT--AC--------AT-GT-----AT--GAGAATTCCTTAAT---T-----TTG----TTTGCACA-T---ATAGACATTTTCC--TAAA-TT-AGACA-GT--TCTCTG-G---------TAT---TT---GTAACG-----CTAAGTAA-----TT--AAAT-AGGTT--AAAA---CAT--T-GGGTTTTTCTT----CATATAT-AT---------CT--TTTTC--AA-GT-TAAA--TGG-T--ATAGAGGACACTATAGAATTTA-AAATGGAACT
Reference ( family-1589 ) : TAAT---AGCTTT-CCAAAAAAGCTTGCCT-GACT-AAACAAATTTCTTT----CA-CTGTANT-AAGTA--T-T-TTA-A--A----ATAA-GTG--ATATAT--------------ATCAGACGATGTA--CTCTAC-ATAAGTCG--AC------T-----------AT---------T-T---------------------TA--------AAT----GATGTTT-CC--TC-AAATTTCA------CT----------G-TTTT-----A-------G--G-G--AGGG---GTT---A-TTATCAA-TAAC-C-A---A-AGAAATGTTT----T--CTT------AATTC----AT---TTGA-TT----AA----T-CAAATANATGCGCCT-CAG-AAGCA-T----GG-G-AGGATGTA--T----C---A---------ATAAAT---TTCAATTAAATGCGGCAAGAAAA-ATC-TATAAAAATTCATTTTCAAGGTATA----------ATATGG-ATCGTCC---AA-----T---TTCTGAATAATG-----AT--AGT----ACCCCT-TCAAGG--ATTA-TTCCA-TTTCA-TAAAGCCATTTTCCGTT-G--C-ACAAGCTCAT---TGGATACACATATAT----A--------TACGATTATT---ATATAC---------GT-----ATATA---AACAAAAA-CAACATAGTG-G--AGAGTGA--GTAG-TCTCC-AA-ATT-ACAAAGA-TA--GAGAGATATGA-TTATT-ACA----AT--------AT-AT--AC--------AT-GT-----AT--GAGAATTCCTTAAT---T-----TTG----TTTGCACA-T---ATAGACATTTTCC--TAAA-TT-AGACA-GT--TCTCTG-G---------TAT---TT---GTAACG-----CTAAGTAA-----TT--AAAT-AGGTT--AAAA---CAT--T-GGGTTTTTCTT----CATATAT-AT---------CT--TTTTC--AA-GT-TAAA--TGG-T--ATAGAGGACACTATAGAATTTA-AAATGGAACT
gi|1 : TT-CCAATAATGCTTGCCTTGACCCAAACAGATTTCTTT----CA-ATATA-T-AAGTG--G-T--------A----ATAC-GTG--ATACATCGTGTAATACATGTATCAGACGATGTA--C-CTAC-ATATGTTG--AC------T------------T---------T-T---------------------TA-----------------TGTT--CCAATC-AA-TTTCAG-----CT----------G-TTTT-----A-------GCGG-G--GGGGTGTGTT---AATTATCAA-TAAC-C-ACATA-GTAAATGTTT----T--TGT------ATTTC----AT---TTGA-TT----AA----TCCAAATAAATATGCCTCCAG-AAACA-TGGGGGG-G-GGGGTGTA--T----CAAGA---------ACAAAA---ATCAAATAAATGCGGCAAGA---------ATAAA-----------AGGG----------------ATGGAATCGTCC---AAGTAATT---TCCTAAATAATGTCTGAGT--GGT----AACCCG-TCAAGGGTATCATTTCCATTTTCA-TAAAGCCATTTT-CGTA-AACC-ACAAGCTCACCAGCGAAAACACACAT-T----A--------TACAATTATTGAAATACACCTGGTTATAAT-----ATATC---AACAATAA-CAATATAGTG-GGAAGAGGGACTGTAGTTCTCC--C-ATT-ACAAAGA-CCT-GAATGGTATGT-TTATT-ACATACCATTCCACTGAAG-ATTAAC--------AG-ATCGCTCAT--GAGA-------AAT---G-----TTGCACATTTATACT-TTA-ATAGAAATTTTCC--TAAATTT-AGACG-AT--TCCTTC-G---------TGTAAATTATGGTAACGTAAACTTAAGTAA-----TT--GAA
gi|10 : cctgTAAT---AGCTTT-CCAAAAA-GCTTGCCT-TACT-AAACAAATTTCTTT----CA-ATGTATT-AAGTGG-T-TATTA-A--GTGACATAC-ATGT-ATGTAT--------------ATCAGACGATGTA--CTCTAC-ATCAGTCG--AC------T-----------TT---------T-TATAGAGAATTA----------TA--------AGT----TATGTTT-CC--TC-AAATTTCA------CT----------G-TTTT-----A-------G--G-G--GGGG-----T---A-TTATTAA-CAAC-C-A---A-AGGAATGTTT----T--CTT------AATTC----AT---TTGA-TT----AA----T-CAAACACATTCGCCT-AAG-AAGCA-TA---GG-G-AGGGTGTATCT----C---A---------A-AAAT---TTCAATTAATTGTGGCAAGAAAA-ATC-TATAAAATTTCA-CTTCAAGGTGTA----------AAATGG-ATCGTCC---AA-----T---aaaaacttctctaaaaaaaggttaaatgaagtttaaaaaacatctgcggtttttccttctacgaaaaactggtagtcatgactcagtcaccagtagatagatcgaccactttagaataaaaatggaacttcatccctctataatcatagtag
gi|11 : agGCTCAT---TTGATATACATAAAT----ACAATTAAATACAATTATT---ATATAC---------AT-----ATATA---AACAAAAAACAACATAGTG-G--AGAGTGA--GTAG-TCTCC-AATATT-ACAAAGA-TA--TACAGATATGA-TTATT-ACA----GT--------AT-AT--------------------------GAGAATTCCCTAAT---A-----TTG-----TCGCATATT---GTAAAAATTTTCC--TAAA-TT-AGACA-GT--TCTTTG-G---------TAT---TT---GTAGCA-----CTAAG-AAGGGTTTT--ACAT-AA--T--AAAA---------------TTTCTT-----A-ATAT-AT---------CG--TTTTCTAAA-GT-CATA---------ATAGAGGaattcaaaaa
gi|12 : atatgttggtaattaattcagattcaggttctttatcaccatgTTA-TTCCA-TTTCA-TAAAGCCATTTTCCGTTAG--C--C--GCTCAA---TGGATACACATA-------------------GA--------ATGTAA---------AT-----ATATC---AACAAAAA-CAACATAGTA-G--AGAGGGACTGTAG-TCTC---A-ATT-ACAAAGA-CA--GAGAGATATGG-T-ATT-ACA----AT--------A-------C--------AT-GT-----ATACGAGAATTAA--AATATATGAGAATTG----TT-GCACA-TT--GTTGACATTTTCC--TAAA-TT-AGACA-GT--TCTCTG-G---------TAT---TT---GTACCG-----CCAAGTAA-----TT--AAAG-AAGTTGAAAAA---CAT--T-GGGTTTTTCTT----CATATAggaatccctgtg
gi|13 : g-----------AT---------T-A---------------------TA--------AAT----TATGCTT-CC--TC-AAATTTCA------CT----------G-TTTT-----A-------G--G-GGGAGGG---GTT---A-TGA--AA-T-------------GGGGTGTTT----TTTCTT------TATTC----AT---TTGA-TT----AA----T-CAAAT-TATGCGCCT-CGG-AAGCATT----GG-G-AGGATGTA--A----C---G---------GTAAAT---TTCAATTAAATGCGGCATGAAAA-ATC-TATAAGAATTCA-TTTCAAGGTATA----------ATATGG-ATCGTCCAATAA-----T---TTCTGAATAATG-----AT--AGTA---ACCCCT-TGAAGG--ATTA-TTTCA-TTTCA-TAAAGTCATTTTCCGTT-AGCC-ACAAGCTCAT---TGGATACAccattatatattttagtcatagaacttatatagg
gi|14 : tccaatttttatagatatgaTAATTTCAGCTTT-TCAAAAA-TCTTGCCT-GACT-AAACAAATTTCTTC----CA-CTGTAAT-CAGTA--T-T-T-A-ATTA----ATGA-GTG--ATGTTT--------------ATCAGAAGGTTTC--TCCTGC-ATAAGTCA--AC------------------AT---------T-TCATAAATAACAATTGGGCCTATA--------AAT----GATGTTT-CC--TC-AAATTTCAGGGT--TT----------T-TTTT-----AAAAGGGGG--G-G--GGGG---GTT---A-T-----A--AAC-C-A---A-AAAAATGTTT----T--CTT------AATTC----AT---TTAA-TTGGTCAATTTGT-CAAATAAATACGCCT-CAG-AAGTA-TG---GG-G-AGAGTGTA--
gi|15 : TAAT---AGCTTT-CCAAAA--GCTTGCCT-GACA-AAACAAATTTCTTT----CA-CTGTATT-AAGTA--C-T-T------A----AT-G-GTGATATATAT--------------ATCAGACGATGTA--CTCTTC-ATAAATCG--AC------C------------T---------T-T---------------------TATAGATATGAATTATAAATGATT-CC--TC-AAATTTCA------TT----------T-TTTTA----A-------G--G-G--GAGG---GTT---A-TTATCAA-TAAA-C-A---A-AGAAATGTTT----T--GTTTTTTTAAATTC----AT---TTCA-TT----AA----T-CAAATAAATACGCCT-CAGAAAGCA-T----GGAG-AGggaaccaaactgaatcagaa
gi|16 : agAAT---AGCTTT-CACAAAAAGCTTGCCT-GACT-AAAC-AATTTC-TT----CA-CTGAAAT-AAGTACTT-T-TTA-A--A----ATAA-GTG--ATATAT--------------ATCAGACAATGTA--CTCTAC-ATAGATCG--AC------T-----------AT---------T-T---------------------TA--------AGT----GATCTTT-CC--TC-AAATTTCA------CT----------G-TTTT-----A-------G--G-G--CGGG---GTT---A-TTATCAA-TAAC-C-A---A-AGAAGTCTTT----T--CTT------GATTCATATAT---TTGA-TT----AA----T-CAAATACCTGCGCCT-CAG-AAGAA-TA---AG-G-AGGATG
gi|17 : TAAT---AGCTTT-CCAAAAA-GCTTGCCT-GACT-GAACAAATTTCTTT----CA-ATGTGTTTAAGTG--G-T-T------A----ATAA-GTG--ATATAT--------------ATTAGACGATGTA--CTCTAC-GTAAGTCG--AC------TTTTTATAGAGAAT---------T-A---------------------TA--------AAT----GATGTTT-CC--TCAAAATTTCA------CT----------G-TTTTTTTGGG-------G--G-G--AGGG---G-----G-GTATTAA-TAAC-C-A---A-GGAAATGTTT----T--CTT------AATTT----AT---Tc
gi|18 : gTTTCAAGGTATA----------ATACGG-ATCGTCC---AA-----T---TTCTGAATAATG-----AT--AGTATAAACCTCT-TCAAGG--ATTA-TTCCA-TTTCA-TAAAGCCATTTTCCGTT--------AGGCACAT---AGGATACAC--ATAT----A--------TACAATTATTA--ATATAC---------GC-----ACATA---AACAAAAA-CAACATAGTT-G--AGAGTGA--GTAG-TCTCC-AATATT-ACAAAGA-TATCTAGAGATATAA-T
gi|19 : taTAAC---AACTTT-TCGAAAA-GCTTGTCT-GACT-AAACAATTTTCCTC----CA-CTGTAAT-GAGTA----C-TTA-ATTA----ATGA-ATG--ATGCTT--------------ATCAGAAGATGTA--CTCTGC-ATAAGTCGTAAC------A-----------AT---------T-A---------------------TA--------ATG----GCTGTTC-CC--TC-GAATTTCA------GT----------ATTTTT-----A-------GT-G-G--AGGG---GTT-----TT------CAAC-C-C---A-AGAAATGTTT----T--CTT------GATTT----AT---TT
gi|2 : agTAAT---AGCTTT-CCAAAAAAGCTTGCCT-GACT-AA-CAAATTTCTTT----CATCTGAAAT-AAGTA--T-T-TTA-A--A----ATAAAGTG--ATATAT--------------ATCAGACAATGTA--CTCTAC-ATAAGTCG--AC------T-----------AT---------T-T---------------------TA--------AGT----GATCTTTTCC--TC-AAATTT-A------CT----------G-TTTT-----A-------G--G-GG-AGGG---GTT---A-TTATCAA-TAAC-A-A---C-AGAAGTCTTT----T--CTT------GATTC----ATATATTGAATT----AA----T-CAAATACCTGCGCCT-CAG-A-GAA-T----GG---AGGATGCA--T----C---A---------ATAAAT---TTCAATTAAATGCAGCAAGAAAA-ATT-T-TAAAAAATCATTTTCAAGGTATA----------ATATGG-ATTGTTC---AA-----T---TTCTGAATAATG-----AT--AAT----ACTCCT-TCAAGG--ATTA-TTCCG-TTT---------------------------CAAGCTCAT---TGGATACACATATAT----A--------TACGATTATT---ATATACG--------GT-----ATATA---AACAAAAA-CAACATAGTT-A--AGAGTGA--GTAG-TCTCC-AA-ATT-ACAAAGA--A--GAGAGATATAA-TTA-T-ATA----AT--------AT-AT--AC--------AT-GT-----AT--GAGATTTCCTTAAT---T-----TTG-----TTGCACA-T---ATAGACATTTTCC--TAAA-TT-AGACA-GT--TCT-TGTG---------TAT---CT---GTTACG-----CTAAGTAA-----TT--AAAT-AAGAT--AAAA---CAT--T-GGGTTTTTCTT----CATATAT-AT---------CT--TTTTC--AA-GT-TAAA--TGGTT--ATAGAGGACACTATAGAATTTA-AAATGGAACT
gi|20 : gTTCCCT-GACT-AAACAAATCTCTTC----CA-CTGTAAT-CAGTA--C-T-TGATT--A----ATGA-GTG--ATGTTT--------------ATCAG-C--TGTA--CCCTGC-ATAAATTG--ACCTTTTTT-----------ATAACTAACAAT-TAGGCTTA--------------TA--------AAT----TATGTTT-GC--TC-ACATTTCAGGGGGGGG----------G-GGGT-----A-------G--GAG--AGGG---GTTATAA-TTATCAGCCAATGC-A---A-AGAAATG
gi|21 : ATT-ACA----GTG-------AT-AT--GC--------A--G------AT--GATAATTCCTTAAT---T-----TTG----TT-GCATA-TTGTATAGACATTTTTC--TATA-TT-AGACA-GT--TCTCTG-G---------TAT---TT---GGAATA-----CAAAGTAA-----TT-----T-GGGTT---AAA---CATAAT-AAAATTTGCT------A-ATAT-AT---------TT--T---------GA-TGAA--TGGATCGATAGATGATAACACAGA
gi|22 : -----TTG----TT-GCAGAAT---GTAGACATTTTCCCTTAAA-TT-TGACATGCAGTCTCTA-GCTTAATTAGTAT---CT---GTAA-G-----CTAA--------------------------AAA---CAT--TTGGGTTTTTCTT----CATATATCATAATAGATAACT--CTTTC--GA-A--TAAA--TGG-
gi|23 : gaagaTAAT---AGCTTT-CCAAAA-AGCTTGCCT-GACT-AAACAAATTTCTTTGTTCTA-CTTTAT----GTA--T-C-TTA-A--A----A-GG-GTA--ATATAT--------------ATacctcatcctctatatcatgtagat
gi|24 : gAT---AGCTTT-CCAAAA-AGCTTGCCT-AACT-AAACAAATTTCTTT----CA-CTGTACT-AAGTAC-T-T-TTA-A--A----ATAA-GTG--ATATAT--------------ATCAGACAATGTA--CTCTAC-ATAAGTCG--tgtatttcatttcctttaagtattcctccattcacttta
gi|25 : gAT---AGCTTT-CCAAAAAAGCTTGCCT-GACT-AAACAAATTTCTTT----CA-ATGTATT-AAGTG--G-T--------A----ATAC-GCG--ATATA
gi|26 : gtaatGTT--AAAAAACCAT----GGGCTTT-CTT----CATATATCAT---------A----TTTC--AACGT-C--A--TAG-T--ATAGAccatgt
gi|27 : aTTTTCTT----CATATAT-AT---------CT--TTTTC--AA-GT-TAAA--TGG-T--ATAGAGGACACTATAGAATTTATAAATGGAACTtaaatggaactcagtccatctat
gi|3 : TAAT---AGCTTT-CCAAAAAAGCTTGCCT-GACT-AAACAAATTTCTTT----CA-TCGAAAT-AAGTA--T-T-TTA-A--A----ATAA-GTG--ATATAT--------------ATCAGACAATGTA--CTCTAC-ATAAGTCG--AC------T-----------AT---------T-T---------------------TA--------AGT----GATCTTT-CC--TC-AAATTT-A------CT----------G-TTTT-----A-------G--G-G--AGGG---GTT---A-TTATCAA-TAAC-C-A---ACAGAAGTCTTT----T--CTT------GATTC----ATATATTAA-TT----AA----T-CAAATACCTGCGCCT-CAG-AAGAA-T-----G-G-AGGATGCA--T----C---A---------ATAAAT---TTCAATTAAATGCAGCAAGAAAA-ATT-T-TAAAAAATCATTTTCAAGGTATA----------ATATGG-ATTGT-C---AA-----T---TTCTGAATAATG-----AT--AAT----ACTCCT-TCAAGG--ATTA-TTCCG-TTT---------------------------CAAGCTCAT---TGGATACACATATAT----A--------TACGATTATT---ATAT-C---------GT-----ATATA---AACAAAAA-CAACATAGTT-A--AGAGTGA--GTAG-TCTCCAAA-ATTAACAAAGA-TA--GAGAGATATAA-TTATT-ATA----AT--------AT-AT--AC--------ATCGT-----AT--GAGATTTCCTTAAT---T-----TTG----TTTGCACA-T---ATAGACATTTTCC--TAAA-TT-AGACA-GT--TCT-TG-G---------TAT---CT---GTTACG-----CT-AGTAA-----TT--AAAT-AGATT--AAAA---CAT--T-GGGTTTTTCTT----CATATAT-AT---------CT--TTTTC--AA-GT-TAAA--TGG-T--ATAGAGGACACTATAGAATTTA-AAATGGAACTc
gi|4 : TAAT---AGCTTT-CCAACAA-GCTTGCCT-GATT-AAACAAATTTCTTT----CA-CTGTATT-AAGTG--G-T-T------A----ATAA-GTG--ACATAT--------------ATCAGACGATGTA--CTCTAC-ATAAGTCG--AC------T-----------TT---------T-TATAGATCTAGATATGAATTA-TA--------AAT----GATGTTT-CC--TC-AAATTTCA------GTTTTAGACGAGG-TTTT-----A-------G--G-GGGAGGG---GTT---AATTATTA----------------GAAATGTTT----T--CTT------AATTC----AT---TTGA-TT----AA----T-CAAATAAATACGCCT-TAG-AGGCA-T----GGAG-AGGATGTA--T----C---A---------GTAAATTAATTCAATTAAATGCGGCAAGAAAA-ATC-TATAAAAATTCA-TTTCAAGGTATAATAATTATATATATGC-AACGTCC---AA-----TAAATTCTAAATAATG-----CT--AGTGTA-ACCCCG-TCAACG--ATTT-TTCCA-TTTCA-TAAAGCCATTTTCCTTTAG--CTACAAGCTCAT---TGGGGACACATATAC-----------------ATTATT---ATGTAC---------ATTAA--ATATAC--AACAAAAA-ACACATA----A--ATAGGAA--GAAG-TCTCC----ATT-ACAAATA-TA--GAGAGATATGATTTATT-ACA----AT--------AT-GT--GCGAATTACAAT-AT-----AT--GAGAATTC-----------------------TTGCACATT---GTAGTGAT-------TAAA-TCAAGACA-GC--TCTCTG-G---------TAT---TT---GTAAC
gi|5 : agTAAT---AGCTTT-CC-AAAAAGCTTGCCT-GACT-AAACAAATTTCTTT----CA-CTGAAAT-AAGTAC-T-T-TTA-A--A----ATAA-GTG--ATATAT--------------ATCAGACAATGTA--CTCTAC-ATAAGTCG--AC------T-----------AT---------T-T---------------------TA--------AGT----GATCTTT-CC--TC-AAATTTCA------CT----------G-TTTT-----AG------G--G-G--AGGG---GTT---A-TTATCAA-TAAC-CAA---A-AGAAGTCTTT----T--CTT------GATTC----ATATATTGA-TT----AA----T-CAAATACCTGCGCCT-CAG-AAGAA-TA---AG-G-AGGATGCA--T----C---A---------ATAAAT---TTCAATTAAATGCAGCAAGAAAA-ATC-T-TAAAAAATCA-TTTCAAGGTATA----------ATATGG-ATTGTTC---AA-----T---TTCTGAAT-ATG-----AT--AAT----AATCCT-TCAAGG--ATTA-TTCCG-TTT---------------------------CAAGCTCAT---TGGATACACATATAT----A--------TACGATTA-T---AT-TAC---------GT-----ATATA---AAC-AAAA-CAACATAGTT-A--AGAGTGA--GTAG-TCTCCAAA-ATT-ACAAAGA-TA--GAGAGATAT-A-TTATT-ATA----AT--------AT-AT--AC--------AT-GT-----AT--GAGATTTCCTTAAT---T-----TTG-----TTGCACA-T---ATAGACATTTTCC--TAAA-TT-AAGCA-GT--TCTTTG-G---------TAT---CT---GTTACG-----CTAAGTAA-----TT--AAATAAGATT--AAAA---CAT--T-GG
gi|6 : A------CT----------G-TTTT-----A-------G--G-GGGAGGG---GTT---A-T---------------------GAAATGTTT-------CTA------AATTC----AT---TTGA-TT----AA----T-CAAATAAATACGCCT-CAG-AAGCA-T----GG-GGAGGATGTA--T----C---G---------GTAAAT---TTCAATTAAATGAGACAAGAAAA-ATC-TATAAAGATTCATTT-AAAGGTATA----------ATATGG-ATCGTCC---AACAA--T---TTCTAAATAATGCCCGTAT--CGT----AATCCTGTCAAGG--ATTA-TTCCA-TTTCA-TAAAGTCATTTTCCGTTAG--CTACAAGCTCAT---TGGATACACATAAAT----A--------CA-----ATT---ATATAC---------GT-----ATC-----AAGAAAAT-CAACATCGTG-G--AGAGTGA--GTAG-TCTCC-AATATTGATAAAGA-TA--GAGAAATATGA-CTATT-ACA----GT--------AC-AT--------------------------GAGAATTCCTTAAT---T-----TTG-----TTGCACATT---ATAGACATTTTCC--CAAA-TT-ATACA-GT--TCTCTG-G---------TAC---TT---GCAACG-----CTAAGTAT-----TTAAAAAA-AGTTT--AAAA---CAT--T-GCGGTTTTCTTTATACATGTAT-AT---------CTTATTTTC--AA-GT-T--A--TAG-T--ATAGAGGACACTTTAGAAT----AAATGGAACT
gi|7 : TAAT---AACTTTTCCCAAAAAGCTTGCCT-GACT-AAACAAATTGCTTT----CA-ATGTATT-A-----------TA----------TAA---------TAT--------------ATCAGACGATGTA--CTCTAC-ATTAGTCG--AC------TTTTAGTAGAGAAT---------TAT---------------------TA--------AAT----GACGTTT-CC--TC-AAATTTCA------CT----------G-TTTT-----A-------G--G-G--AGGT---G-------------------------------AATGTTT----T--CTT----------C----AT--------------AA------CAAATAAA-ACGCCTTCAG-AAGCA-T----GG-G--GAGTGTA--T----C---AG--------AAAAAT---TTCAATTAAATGCGGCAAGAAAA-ATCTTATACAAATTCA-TTTCAAGGTATA----------ATATGG-ATC-TCCAATAA-----T---TTCTAAATAAT------ATGCAGTGTA-ACCCCG-TCAAGC--ATTA-TTCCA-TTTCATTAAAGCCATTTTTCGTT-AC-C-ACAAACTCAA---TGGATACACACATAT----A--------CAATAT--TT---ATATAC---------ATTGTTAATATATTCAACAAAAA-CAACATAGTGAG--GGACTGT--ACAG-TCTCC--A-TTT-ACAAAGATTA--GAGAGATATGcgtcctctatatcatgt
gi|8 : agAATGCGGCAAGAAAACAAC-TATCGAAATTCATTTAGAAG-TATA----------ATATGG-ATCGTAC---AA-----TAATTTCTAAATAATG-----AT--AGT----AGAT------AGG--ATTA-TTACA-TTTCA-TAAAACCATTTTCCGCTAG--CTACAAGCTCAT------GTACACATACATGTAAA--------TACAATTATT---ATATAC---------GT-----ATATC---AGCAA----CAACATAGTG-G--AGAGTGA--GTAG-TCTCC----ATT-ACAAAGA-TA--GAGAGATATGA-TTGTCGACA----TT--------TTCCT--AA--------AT--T-----AT---ATAGTTCTTTGAT---A-----CTA----TTTGTA-----------ACGCTTTAG--T-AA-TT-AAA------------------------TAC---AT---G-----------TAAGT-------TT--A-----------AAAA---CAT--T-GAATTTTTCTT----CATATATCAT---------A----TTTC--AA-GTCTAGAACTAG-T--ATAGATGGCACTTTAGAAT----AAATGGAACT
gi|9 : TAAC---AGCTTT-CCAAAAA-GCCTGTTC-GATT-AAGCAAATTTTCTC----CA-CTGTAAT-CACTA--TAC-CTA-ATTA----ATGC-GAG--ATGTTT--------------ATCAGAAGATGTATCCCCTGCTATAAGTCA--AC------TTTTCATAATA-AT---------T-TATAACAATGTA----------TA--------AAT----TATGTTT-CC--TC-AAATTTCAGG----TT----------G-TTTT-----A-----------------------TT---A-TTATTAT-TAcatcctcta
gi|9 : ag-TTTT-----A-------G--G-G----GA---GTG---G-ATATCAA----C-T-A---A-AGAAATGCCTTAAAT--TTT------AATTA----A----TTAA-TT----AA----T-AAAATAAAT-----T-------ATA-T----GG-GAAGGGTGTA--TAAACC---ATACTGAACCATACATGG-CTCAATTAAATGAGGCAAGAATA-GTC-ttatttttttttttttaggggagtggatatcaactaaagaaatgccttaaattttaattaattaattaataaaataaattatatgggaagggtgtataaaccatactgaaccatacatggctcaattaaatgaggcaagaatagtcacgggataaacttt
blockSeqs : TTC T AA . . GTTC T T T TACCTAATT TGAC A AT . TC T TA CTTTTTTATAACTAACAATTAGGCTTA TAGATATG TATA T . A GTTTTAGACGAG T AAAAGGGG T A GGA . ATAA T GCCAATGCAA TAAA TT TTTTTAA ATAT ATA A GGTC TTTG . C T T A T A A G TC AAAC ATACTGAACC TAA C T A T T ATAATTATAT . AAT TAAA CCCGT GC ATAA TG . . . CAT C AGCCA . A ACAATTAAA CA A ATTGTTA TTC A GAG CT . AAT A T TC T G . ATGTGCGAATTACAATAT AC A CC ATATGAGAA T C TTGT CT . A T AG T T CTTAATTAG . . . GGGTT AAAGAAGTTGA AAC AAT TATA C AATAGATAACT . C C AA AC ATCG TTAT
blockSeqs : . . AA . . . . A . GTTATTAA . . T . . . . TTTTCATAATAATTTATAACAATGTA . . . . . GGGGGGGG . TTTGGG . . GGA . AA C ATAACCAAC . . A . ATA . . . . T G . . . G A A . . AG GG . . A T T . . AAT CAAT . . GTA T . . . CA C AGCTA . T GTAAA CA . ATTAA C . GG . . AAT G . . . . . ATATACATCGT . A CT A T T TT . . . . . C . . . . . . AAAAAAAGTTT . TT . C CTTA . . . GA . TT TTA
blockSeqs : . . AA . . . . T . CTTTTTAA . . . . . . . ATTTCATAAATAACAATTGGGCCTA . . . . . GGGTTT . AA . . GGA . A C ATAACCAAA . . T . ATA . . . . A A . . . A . . . . A . . . A A T . . . TAAT . . GTA T . . . CA C AGCTA . T A CG . GGT . . AG . . AAA . . . . . . ATATACATGT . T CT T T T TT . . . . . C . . . . . . AAATAAGATT . T . C CT . . . AA . T .
blockSeqs : . . AA . . . . A . TTTAATT . . . . . . . TTTTTATAGATCTAGATATGAATTA . . . . . GGTT . AG . . GA . A T ACAACCAA . . A . . . . . . A A . . . A . . . . G . . . A A T . . . T . . A T . . . CA C AGCTA . T A CG . AT . . TG . . AAA . . . . . . ATATACATGT . A CT T T T AT . . . . . C . . . . . . AAATAAGAT . T . . TT . . . AA . T .
blockSeqs : . . AA . . . . T . CTTAATT . . . . . . . TTTTAGTAGAGAATTAT . . . . . CT . A . . G . A C ATAAACAA . . G . . . . . . C G . . . . . . . . A . . . A T . . . . T . . . T . . . CA C ACCA . T A CG . AT . . TA . . AAT . . . . . . TTCCTAAATT . T CT T T T TT . . . . . C . . . . . . AAATAGATT . T . . CT . . . AA . T
blockSeqs : . . AA . . . . A . CTTGATT . . . . . . . TTTTTATAGAGAATTA . . . . . CT . A . . G . A C ATAACCAA . . A . . . . . . C G . . . . . . . . A . . . A A . . . . T . . . G . . . CA T AGC . T A AT . GC . . TA . . AA . . . . . . GATATGCAG . A CT T . T TT . . . . . T . . . . . . TGGGTT . T . . CT . . . AG . T
blockSeqs : . . A . . . . A . CTTTTAA . . . . . . . TTTTTATAGAGAATTA . . . . . TT . A . . G . A C ATAACCAA . . G . . . . . . C G . . . . . . . . A . . . . T . . . . T . . . T . . . CA C . . A A CA . GT . . TA . . A . . . . . . ACATGT . T TT T . T T . . . . . C . . . . . . A . T . . A . . . . . T
blockSeqs : . . A . . . . A . CTTTTAA . . . . . . . TATTT . . . . . CT . A . . C . G T ATAACAAC . . G . . . . . . A A . . . . . . . . A . . . . T . . . . T . . . G . . . . . . . T A G . GT . . GG . . A . . . . . . ATAT . A A A . . T . . . . . . . . . . . . . . T . . A . . . . .
blockSeqs : . . A . . . . T . TTTTAA . . . . . . . AATTA . . . . . CT . A . . A . A C AAACCAA . . G . . . . . . C G . . . . . . . . G . . . . T . . . . T . . . . . . . . . . . C . . . GT . . GG . . . . . . . . . ACAT . G . . . . T . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A . . . . C . TCTTAA . . . . . . . TATTT . . . . . GT . A . . A . A T CAACCCA . . A . . . . . . A A . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . GT . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A . . . . T . TTTTAA . . . . . . . TATTT . . . . . CT . A . . A . A C ACTAA . . G . . . . . . A A . . . . . . .
blockSeqs : . . A . . . . A . CTT . . . . . . . TATTT . . . . . CT . A . . A . A . AT . . A . . . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . A . . . . T . GTT . . . . . . . CTTT . . . . . CT . A . . A . A . . . . A . .
blockSeqs : . . A . . . . A . GTT . . . . . . . . . . . . CT . A . . A . G . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T . GT . . . . CT . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . TA . . . . A . . . . . .
blockSeqCons : A* CTTTTAA****** ************** ** CT**************** ** *** A**** ATAACCAA******* **** A************ T******** ***** ** *** *** GT************** NG*** ** AA** ** **** ATATACATGT************************* CT T**** TT*** *** *** ***** AAATAAGTT***** T*** ** T*** ****
originalCons : TAAT---AGCTTT-CCAAAAAAGCTTGCCT-GACT-AAACAAATTTCTTT----CA-CTGTANT-AAGTA--T-T-TTA-A--A----ATAA-GTG--ATATAT--------------ATCAGACGATGTA--CTCTAC-ATAAGTCG--AC------T-----------AT---------T-T---------------------TA--------AAT----GATGTTT-CC--TC-AAATTTCA------CT----------G-TTTT-----A-------G--G-G--AGGG---GTT---A-TTATCAA-TAAC-C-A---A-AGAAATGTTT----T--CTT------AATTC----AT---TTGA-TT----AA----T-CAAATANATGCGCCT-CAG-AAGCA-T----GG-G-AGGATGTA--T----C---A---------ATAAAT---TTCAATTAAATGCGGCAAGAAAA-ATC-TATAAAAATTCATTTTCAAGGTATA----------ATATGG-ATCGTCC---AA-----T---TTCTGAATAATG-----AT--AGT----ACCCCT-TCAAGG--ATTA-TTCCA-TTTCA-TAAAGCCATTTTCCGTT-G--C-ACAAGCTCAT---TGGATACACATATAT----A--------TACGATTATT---ATATAC---------GT-----ATATA---AACAAAAA-CAACATAGTG-G--AGAGTGA--GTAG-TCTCC-AA-ATT-ACAAAGA-TA--GAGAGATATGA-TTATT-ACA----AT--------AT-AT--AC--------AT-GT-----AT--GAGAATTCCTTAAT---T-----TTG----TTTGCACA-T---ATAGACATTTTCC--TAAA-TT-AGACA-GT--TCTCTG-G---------TAT---TT---GTAACG-----CTAAGTAA-----TT--AAAT-AGGTT--AAAA---CAT--T-GGGTTTTTCTT----CATATAT-AT---------CT--TTTTC--AA-GT-TAAA--TGG-T--ATAGAGGACACTATAGAATTTA-AAATGGAACT
finalCons : TAAT---AGCTTT-CCAAAAA-GCTTGCCT-GACT-AAACAAATTTCTTT----CA-CTGTANT-AAGTACTTTTAA------A----ATAA-GTG--ATATAT--------------ATCAGACGATGTA--CTCTAC-ATAAGTCG--AC------T-----------AT---------T-T---------------------TA--------AAT----GATGTTT-CC--TC-AAATTTCACT----------------G-TTTT-----A-------G--G-G--AGGG---GTTA----TTATCAATAACCAA-------AGAAATGTTT----T--CTT------AATTC----AT---TTGA-TT----AA----T-CAAATANATGCGCCT-CAG-AAGCA-T----GG-G-AGGATGTA--T----CA------------ATAAAT---TTCAATTAAATGCGGCAAGAAAA-ATC-TATAAAAATTCATTTTCAAGGTATA----------ATATGG-ATCGTCC---AAT--------TTCTGAATAATG-----AT--AGT----ACCCCT-TCAAGG--ATTA-TTCCA-TTTCA-TAAAGCCATTTTCCGTT-G--C-ACAAGCTCAT---TGGATACACATATAT----A--------TACGATTATT---ATATACGT--------------ATATA---AACAAAAA-CAACATAGTNG---AGAGTGA--GTAG-TCTCCAA--ATT-ACAAAGA-TA--GAGAGATATGA-TTATT-ACA----ATATATACATGT-------------------------AT--GAGAATTCCTTAAT---T-----TTGT----TTGCACATT---ATAGACATTTTCC--TAAA-TT-AGACA-GT--TCTCTG-G---------TAT---TT---GTAACG-----CTAAGTAA-----TTAAATAAGTT-----AAAA---CATT---GGGTTTTTCTT----CATATAT-AT---------CT--TTTTC--AA-GT-TAAA--TGGT---ATAGAGGACACTATAGAAT----AAATGGAACT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 333333333333 11111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111 1111111111111 111111111111111 111 11111 2222222222222 111 1 1111111111 111 111111111 22222 111 4444444 22222222222222222 2222222222222222 1111 11 2222 44444444444444444444444444444444444 111111111 1111111 1111 11111 11111 111 111 11111111111 1111 222
lowQualScore : 444 33 2 2 5 2 2 2 5555 2 55 444444444444 5555 2 55 44444444444444 33 2 33 33333333333333333333333333333333333333333333333333333 99999999 5555 2 33 2 999999999999999999 2 2222222222222 55 2 999 444 55555 1 111111111111111 5555 33 8888888 5555 444 3 6666 6666 3 1 3 6 3 0 3 99999 6 6 55 8888 1111111111111 222 3 3 5 1 7 5555555555 3 222 999999999 00000 55 888 8888 44 55 3 3 444 2 8888888 555 1 22222222222222222 666 3 3333333333333333 2222 3 55555 00 3 6666 7 3 88 4 4 8888 77777777777777777777777777777777777 55 5 33 777777777 5555555 0000 55 3 3 3 55 5 3 666 666 0 00000 00000 222 000 55 111 7777 0 8888 0 8 8888 1 66 4 4 88888888888 3 3 0000 000
lowQualScore : ... .. . . . . . . .... . .. ............ .... . .. .............. .. . .. ..................................................... ........ .... . .. . .................. . ............. .. . ... ... ..... . ............... .... .. ....... .... ... . .... .... . . . . . . . ..... . . .. .... ............. ... . . . . . .......... . ... ......... ..... .. ... .... .. .. . . ... . ....... ... . ................. ... . ................ .... . ..... .. . .... . . .. . . .... ................................... .. . .. ......... ....... .... .. . . . .. . . ... ... . ..... ..... ... ... .. ... .... . .... . . .... . .. . . ........... . . .... ...
lowQualScore : 777 44 5 5 0 5 4 4 0000 4 66 999999999999 0000 4 66 77777777777777 77 7 77 55555555555555555555555555555555555555555555555555555 77777777 7777 7 77 7 666666666666666666 4 5555555555555 66 4 999 111 99999 1 111111111111111 7777 77 7777777 7777 000 1 5555 5555 1 0 2 2 1 2 1 00000 2 2 00 5555 0000000000000 555 6 6 7 2 9 9999999999 6 777 222222222 00000 55 000 5555 66 55 6 6 888 8 1111111 888 5 66666666666666666 444 6 3333333333333333 0000 6 55555 00 6 7777 3 6 66 0 0 5555 11111111111111111111111111111111111 55 2 88 111111111 5555555 7777 00 6 6 6 00 7 6 444 444 3 00000 00000 444 222 55 000 8888 9 5555 8 9 0000 8 11 4 4 44444444444 9 8 6666 000
consensus : TAAT---AGCTTT--C-C-AAAA-A-GCTTGCCT-GACT-AAACAAATTTCTTT----CA-CTGTA-NTAAGTACTT--TT-AA--A----AT-AAGTG--ATATAT--------------ATCAGACGATGTA--CTCTAC-ATAAGTCG--AC------T-----------AT---------T-T---------------------TA--------AAT----GAT-GTTTCC--TC-AAATTTCA------CT----------G-TTTT-----A-------G--G-G--AGGG---GTT---A-TTATCAA-TAAC-C-A---A-AGAAATGTTT----T--CTT------AATTC----AT---TTG-ATT----AA----T-CAAATANATGCGCCT-CAG-AAGCA-T----GG-G-AGGATGTA--T----C---A---------ATAAAT---TTCAATTAAATGCGGCAAGAAAA-ATC-TATAAAAATTCATTTTCAAGGTATA----------ATATGG-ATCGTCC---AA-----T---TTCTGAATAATG-----AT--AGT---A----CCCCT-TCAAGG--ATTA-TTCCA-TTTCA-TAAAGCCATTTTCCGTT-G--C-ACAAGCTCAT---TGGATACACATATAT----A--------TACGATTATT---A-TATAC---------GT-----ATATA---AACAAAAA-CAACATAGT-NG--AGAGTGA--GTAG-TCTCC-AA-ATT-ACAAAGA-TA--GAGAGATATGA-TTATT-ACA----AT--------AT-AT--AC--------AT-GT-----AT--GAGAATTCCTTAAT---T-----TTG----TTTGCACATT--ATAGACATTTTCC--TAAA-TT-AGACA-GT--TCTCTG-GTAT---TT---GTAACG-----CTAAGTAA-----TTAAATAAG--TT--AAAA---CAT--T-GGGTTTTTCTT----CATATAT-ATCT--TTTTC--AA-GT-TAAA--TGG-T--ATAGAGGACACTNTAGA----AT---AAATGGAACT
Reference ( family-1589 ) : TAAT---AGCTTT--C-C-AAAA-A-GCTTGCCT-GACT-AAACAAATTTCTTT----CA-CTGTA-NTAAGTACTT--TT-AA--A----AT-AAGTG--ATATAT--------------ATCAGACGATGTA--CTCTAC-ATAAGTCG--AC------T-----------AT---------T-T---------------------TA--------AAT----GAT-GTTTCC--TC-AAATTTCA------CT----------G-TTTT-----A-------G--G-G--AGGG---GTT---A-TTATCAA-TAAC-C-A---A-AGAAATGTTT----T--CTT------AATTC----AT---TTG-ATT----AA----T-CAAATANATGCGCCT-CAG-AAGCA-T----GG-G-AGGATGTA--T----C---A---------ATAAAT---TTCAATTAAATGCGGCAAGAAAA-ATC-TATAAAAATTCATTTTCAAGGTATA----------ATATGG-ATCGTCC---AA-----T---TTCTGAATAATG-----AT--AGT---A----CCCCT-TCAAGG--ATTA-TTCCA-TTTCA-TAAAGCCATTTTCCGTT-G--C-ACAAGCTCAT---TGGATACACATATAT----A--------TACGATTATT---A-TATAC---------GT-----ATATA---AACAAAAA-CAACATAGT-NG--AGAGTGA--GTAG-TCTCC-AA-ATT-ACAAAGA-TA--GAGAGATATGA-TTATT-ACA----AT--------AT-AT--AC--------AT-GT-----AT--GAGAATTCCTTAAT---T-----TTG----TTTGCACATT--ATAGACATTTTCC--TAAA-TT-AGACA-GT--TCTCTG-GTAT---TT---GTAACG-----CTAAGTAA-----TTAAATAAG--TT--AAAA---CAT--T-GGGTTTTTCTT----CATATAT-ATCT--TTTTC--AA-GT-TAAA--TGG-T--ATAGAGGACACTATAGA----AT---AAATGGAACT
gi|1 : TT--C-C-AATA-ATGCTTGCCTTGACCCAAACAGATTTCTTT----CA-ATATA--TAAGTGGT----------A----AT-ACGTG--ATACATCGTGTAATACATGTATCAGACGATGTA--C-CTAC-ATATGTTG--AC------T------------T---------T-T---------------------TA-----------------T-GTT-CCAATC-AA-TTTCAG-----CT----------G-TTTT-----A-------GCGG-G--GGGGTGTGTT---AATTATCAA-TAAC-C-ACATA-GTAAATGTTT----T--TGT------ATTTC----AT---TTG-ATT----AA----TCCAAATAAATATGCCTCCAG-AAACA-TGGGGGG-G-GGGGTGTA--T----CAAGA---------ACAAAA---ATCAAATAAATGCGGCAAGA---------ATAAA-----------AGGG----------------ATGGAATCGTCC---AAGTAATT---TCCTAAATAATGTCTGAGT--GGT---A----ACCCG-TCAAGGGTATCATTTCCATTTTCA-TAAAGCCATTTT-CGTA-AACC-ACAAGCTCACCAGCGAAAACACACAT-T----A--------TACAATTATTGAAA-TACACCTGGTTATAAT-----ATATC---AACAATAA-CAATATAGT-GGGAAGAGGGACTGTAGTTCTCC--C-ATT-ACAAAGA-CCT-GAATGGTATGT-TTATT-ACATACCATTCCACTGAAG-ATTAAC--------AG-ATCGCTCAT--GAGA-------AAT---G-----TTGCACATTTATACTTTA-ATAGAAATTTTCC--TAAATTT-AGACG-AT--TCCTTC-GTGTAAATTATGGTAACGTAAACTTAAGTAA-----TTGAAAAA
gi|10 : cctgTAAT---AGCTTT--C-C-AAAA-A-GCTTGCCT-TACT-AAACAAATTTCTTT----CA-ATGTA-TTAAGTGGTTA-TT-AA--GTGACAT-ACATGT-ATGTAT--------------ATCAGACGATGTA--CTCTAC-ATCAGTCG--AC------T-----------TT---------T-TATAGAGAATTA----------TA--------AGT----TAT-GTTTCC--TC-AAATTTCA------CT----------G-TTTT-----A-------G--G-G--GGGG-----T---A-TTATTAA-CAAC-C-A---A-AGGAATGTTT----T--CTT------AATTC----AT---TTG-ATT----AA----T-CAAACACATTCGCCT-AAG-AAGCA-TA---GG-G-AGGGTGTATCT----C---A---------A-AAAT---TTCAATTAATTGTGGCAAGAAAA-ATC-TATAAAATTTCA-CTTCAAGGTGTA----------AAATGG-ATCGTCC---AA-----T---aacttctctaaaaaaaggttaaatgaagtttaaaaaacatctgcggtttttccttctacgaaaaactggtagtcatgactcagtcaccagtagatagatcgaccactttagaataaaaatggaacttcatccctctataatcatagtag
gi|11 : agGCTCAT---TTGATATACATAAAT----ACAATTAAATACAATTATT---A-TATAC---------AT-----ATATA---AACAAAAAACAACATAGT-GG--AGAGTGA--GTAG-TCTCC-AATATT-ACAAAGA-TA--TACAGATATGA-TTATT-ACA----GT--------AT-AT--------------------------GAGAATTCCCTAAT---A-----TTG----TC-GCATATT--GTAAAAATTTTCC--TAAA-TT-AGACA-GT--TCTTTG-GTAT---TT---GTAGCA-----CTAAG-AAGGGTTTTACATAA----T--AAAA---------------TTTCTT-----A-ATAT-ATCG--TTTTCTAAA-GT-CATA---------ATAGAGGaattcaaaaa
gi|12 : atatgttggtaattaattcagattcaggttctttatcaccatgTTA-TTCCA-TTTCA-TAAAGCCATTTTCCGTTAG--C--C--GCTCAA---TGGATACACATA-------------------GA--------A-TGTAA---------AT-----ATATC---AACAAAAA-CAACATAGT-AG--AGAGGGACTGTAG-TCTC---A-ATT-ACAAAGA-CA--GAGAGATATGG-T-ATT-ACA----AT--------A-------C--------AT-GT-----ATACGAGAATTAA--AATATATGAGAATTG----TT-GCACATT--GTTGACATTTTCC--TAAA-TT-AGACA-GT--TCTCTG-GTAT---TT---GTACCG-----CCAAGTAA-----TTAAAGAAG--TTGAAAAA---CAT--T-GGGTTTTTCTT----CATATAggaatccctgtg
gi|13 : g-----------AT---------T-A---------------------TA--------AAT----TAT-GCTTCC--TC-AAATTTCA------CT----------G-TTTT-----A-------G--G-GGGAGGG---GTT---A-TGA--AA-T-------------GGGGTGTTT----TTTCTT------TATTC----AT---TTG-ATT----AA----T-CAAAT-TATGCGCCT-CGG-AAGCATT----GG-G-AGGATGTA--A----C---G---------GTAAAT---TTCAATTAAATGCGGCATGAAAA-ATC-TATAAGAATTCA-TTTCAAGGTATA----------ATATGG-ATCGTCCAATAA-----T---TTCTGAATAATG-----AT--AGTA--A----CCCCT-TGAAGG--ATTA-TTTCA-TTTCA-TAAAGTCATTTTCCGTT-AGCC-ACAAGCTCAT---TGGATACAccattatatattttagtcatagaacttatatagg
gi|14 : tccaatttttatagatatgaTAATTTCAGCTTT--T-C-AAAA-A-TCTTGCCT-GACT-AAACAAATTTCTTC----CA-CTGTA-ATCAGTA--T--TT-AATTA----AT-GAGTG--ATGTTT--------------ATCAGAAGGTTTC--TCCTGC-ATAAGTCA--AC------------------AT---------T-TCATAAATAACAATTGGGCCTATA--------AAT----GAT-GTTTCC--TC-AAATTTCAGGGT--TT----------T-TTTT-----AAAAGGGGG--G-G--GGGG---GTT---A-T-----A--AAC-C-A---A-AAAAATGTTT----T--CTT------AATTC----AT---TTA-ATTGGTCAATTTGT-CAAATAAATACGCCT-CAG-AAGTA-TG---GG-G-AGAGTGTA--
gi|15 : TAAT---AGCTTT--C-C-AAAA---GCTTGCCT-GACA-AAACAAATTTCTTT----CA-CTGTA-TTAAGTACTT---------A----AT--GGTGATATATAT--------------ATCAGACGATGTA--CTCTTC-ATAAATCG--AC------C------------T---------T-T---------------------TATAGATATGAATTATAAAT-GATTCC--TC-AAATTTCA------TT----------T-TTTTA----A-------G--G-G--GAGG---GTT---A-TTATCAA-TAAA-C-A---A-AGAAATGTTT----T--GTTTTTTTAAATTC----AT---TTC-ATT----AA----T-CAAATAAATACGCCT-CAGAAAGCA-T----GGAG-AGggaaccaaactgaatcagaa
gi|16 : agAAT---AGCTTT--CAC-AAAA-A-GCTTGCCT-GACT-AAACAA-TTTCTT-----CA-CTGAA-ATAAGTACTT--TTTAA--A----AT-AAGTG--ATATAT--------------ATCAGACAATGTA--CTCTAC-ATAGATCG--AC------T-----------AT---------T-T---------------------TA--------AGT----GAT-CTTTCC--TC-AAATTTCA------CT----------G-TTTT-----A-------G--G-G--CGGG---GTT---A-TTATCAA-TAAC-C-A---A-AGAAGTCTTT----T--CTT------GATTCATATAT---TTG-ATT----AA----T-CAAATACCTGCGCCT-CAG-AAGAA-TA---AG-G-AGGATG
gi|17 : TAAT---AGCTTT--C-C-AAAA-A-GCTTGCCT-GACT-GAACAAATTTCTTT----CA-ATGTGTTTAAGTGGTT---------A----AT-AAGTG--ATATAT--------------ATTAGACGATGTA--CTCTAC-GTAAGTCG--AC------TTTTTATAGAGAAT---------T-A---------------------TA--------AAT----GAT-GTTTCC--TCAAAATTTCA------CT----------G-TTTTTTTGGG-------G--G-G--AGGG---G-----G-GTATTAA-TAAC-C-A---A-GGAAATGTTT----T--CTT------AATTT----AT---Tc
gi|18 : gTTTCAAGGTATA----------ATACGG-ATCGTCC---AA-----T---TTCTGAATAATG-----AT--AGT---ATAAACCTCT-TCAAGG--ATTA-TTCCA-TTTCA-TAAAGCCATTTTCCGTT--------AGGCACAT---AGGATACACATATAT----A----------CAATTATT---AATATAC---------GC-----ACATA---AACAAAAA-CAACATAGT-TG--AGAGTGA--GTAG-TCTCC-AATATT-ACAAAGA-TATCTAGAGATATAA-T
gi|19 : taTAAC---AACTTT--T-C-GAAA-A-GCTTGTCT-GACT-AAACAATTTTCCTC----CA-CTGTA-ATGAGTAC----TT-AATTA----AT-GAATG--ATGCTT--------------ATCAGAAGATGTA--CTCTGC-ATAAGTCGTAAC------A-----------AT---------T-A---------------------TA--------ATG----GCT-GTTCCC--TC-GAATTTCA------GT----------ATTTTT-----A-------GT-G-G--AGGG---GTT-----TT------CAAC-C-C---A-AGAAATGTTT----T--CTT------GATTT----AT---TT
gi|2 : agTAAT---AGCTTT--C-C-AAAAAA-GCTTGCCT-GACT--AACAAATTTCTTT----CATCTGAA-ATAAGTA-TT--TT-AA--A----ATAAAGTG--ATATAT--------------ATCAGACAATGTA--CTCTAC-ATAAGTCG--AC------T-----------AT---------T-T---------------------TA--------AGT----GATCTTTTCC--TC-AAATTT-A------CT----------G-TTTT-----AG------G--G-G--AGGG---GTT---A-TTATCAA-TAAC-A-A---C-AGAAGTCTTT----T--CTT------GATTC----ATATATTGAATT----AA----T-CAAATACCTGCGCCT-CAG--AGAA-T-----G-G-AGGATGCA--T----C---A---------ATAAAT---TTCAATTAAATGCAGCAAGAAAA-ATT-T-TAAAAAATCATTTTCAAGGTATA----------ATATGG-ATTGTTC---AA-----T---TTCTGAATAATG-----AT--AAT---A----CTCCT-TCAAGG--ATTA-TTCCG-TTT---------------------------CAAGCTCAT---TGGATACACATATAT----A--------TACGATTATT---A-TATACG--------GT-----ATATA---AACAAAAA-CAACATAGT-TA--AGAGTGA--GTAG-TCTCC-AA-ATT-ACAAAGA--A--GAGAGATATAA-TTA-T-ATA----AT--------AT-AT--AC--------AT-GT-----AT--GAGATTTCCTTAAT---T-----TTG-----TTGCACA-T--ATAGACATTTTCC--TAAA-TT-AGACA-GT--TCT-TGTGTAT---CT---GTTACG-----CTAAGTAA-----TTAAATAAG--AT--AAAA---CAT--T-GGGTTTTTCTT----CATATAT-ATCT--TTTTC--AA-GT-TAAA--TGGTT--ATAGAGGACACTATAGA----ATTTAAAATGGAACT
gi|20 : gTTCCCT-GACT-AAACAAATCTCTTC----CA-CTGTA-ATCAGTACTTGATT-----A----AT-GAGTG--ATGTTT--------------ATCAG-C--TGTA--CCCTGC-ATAAATTG--ACCTTTTTT-----------ATAACTAACAAT-TAGGCTTA--------------TA--------AAT----TAT-GTTTGC--TC-ACATTTCAGGGGGGGG----------G-GGGT-----A-------G--GAG--AGGG---GTTATAA-TTATCAGCCAATGC-A---A-AGAAATG
gi|21 : ATT-ACA----GTG-------AT-AT--GC--------A--G------AT--GATAATTCCTTAAT---T-----TTG----TT-GCATATTGTATAGACATTTTTC--TATA-TT-AGACA-GT--TCTCTG-GTAT---TT---GGAATA-----CAAAGTAA-----TT---TGGG--TT---AAA---CATAAT-AAAATTTGCT------A-ATAT-ATTT--T---------GA-TGAA--TGGATCGATAGATGATAACACAGA----
gi|22 : -----TTG----TT-GCAGAAT--GTAGACATTTTCCCTTAAA-TT-TGACATGCAGTCTCTA-GC------T----TAA--------TTAGTAT-----CTG--TAAG--CT--AAAAA--CAT--TTGGGTTTTTCTT----CATATA-----------TC--A-----TA-----------ATAGATAACTCTTTCGA----AT---AAATGGACCT
gi|23 : gaagaTAAT---AGCTTT--C-C-AAAA-A-GCTTGCCT-GACT-AAACAAATTTCTTTGTTCTA-CTTTA-T---GTA-TC--TT-AA--A----A--GGGTA--ATATAT--------------ATcatcctctatatcatgtagat
gi|24 : gAT---AGCTTT--C-C-AAAA-A-GCTTGCCT-AACT-AAACAAATTTCTTT----CA-CTGTA-CTAAGTACTT--TT-AA--A----AT-AAGTG--ATATAT--------------ATCAGACAATGTA--CTCTAC-ATAAGTCG--tgtatttcatttcctttaagtattcctccattcacttta
gi|25 : gAT---AGCTTT--C-C-AAAAAA-GCTTGCCT-GACT-AAACAAATTTCTTT----CA-ATGTA-TTAAGTGGT----------A----AT-ACGCG--ATATA
gi|26 : gtaatAG--TT--AAAAAACCAT----GGGCTTT-CTT----CATATATCATAT--TT--C--AACGT-CA----TAG-T--ATAGA-----------------T---AAATGGAACTccatgt
gi|27 : TTTTCTT----CATATAT-ATCT--TTTTC--AA-GT-TAAA--TGG-T--ATAGAGGACACTATAGAATTTAT---AAATGGAACTcagtccatctat
gi|3 : TAAT---AGCTTT--C-CAAAAA-A-GCTTGCCT-GACT-AAACAAATTTCTTT----CA-TCGAA-ATAAGTA-TT--TT-AA--A----AT-AAGTG--ATATAT--------------ATCAGACAATGTA--CTCTAC-ATAAGTCG--AC------T-----------AT---------T-T---------------------TA--------AGT----GAT-CTTTCC--TC-AAATTT-A------CT----------G-TTTT-----A-------G--G-G--AGGG---GTT---A-TTATCAA-TAAC-C-A---ACAGAAGTCTTT----T--CTT------GATTC----ATATATTA-ATT----AA----T-CAAATACCTGCGCCT-CAG-AAGAA-T-----G-G-AGGATGCA--T----C---A---------ATAAAT---TTCAATTAAATGCAGCAAGAAAA-ATT-T-TAAAAAATCATTTTCAAGGTATA----------ATATGG-ATTGT-C---AA-----T---TTCTGAATAATG-----AT--AAT---A----CTCCT-TCAAGG--ATTA-TTCCG-TTT---------------------------CAAGCTCAT---TGGATACACATATAT----A--------TACGATTATT---A-TAT-C---------GT-----ATATA---AACAAAAA-CAACATAGT-TA--AGAGTGA--GTAG-TCTCCAAA-ATTAACAAAGA-TA--GAGAGATATAA-TTATT-ATA----AT--------AT-AT--AC--------ATCGT-----AT--GAGATTTCCTTAAT---T-----TTG----TTTGCACA-T--ATAGACATTTTCC--TAAA-TT-AGACA-GT--TCT-TG-GTAT---CT---GTTACG-----CT-AGTAA-----TTAAATAGA--TT--AAAA---CAT--T-GGGTTTTTCTT----CATATAT-ATCT--TTTTC--AA-GT-TAAA--TGG-T--ATAGAGGACACTATAGA----ATTTAAAATGGAACTc
gi|4 : TAAT---AGCTTT--C-C-AACA-A-GCTTGCCT-GATT-AAACAAATTTCTTT----CA-CTGTA-TTAAGTGGTT---------A----AT-AAGTG--ACATAT--------------ATCAGACGATGTA--CTCTAC-ATAAGTCG--AC------T-----------TT---------T-TATAGATCTAGATATGAATTA-TA--------AAT----GAT-GTTTCC--TC-AAATTTCA------GTTTTAGACGAGG-TTTT-----A-------G--G-GGGAGGG---GTT---AATTATTA----------------GAAATGTTT----T--CTT------AATTC----AT---TTG-ATT----AA----T-CAAATAAATACGCCT-TAG-AGGCA-T----GGAG-AGGATGTA--T----C---A---------GTAAATTAATTCAATTAAATGCGGCAAGAAAA-ATC-TATAAAAATTCA-TTTCAAGGTATAATAATTATATATATGC-AACGTCC---AA-----TAAATTCTAAATAATG-----CT--AGTGTAA----CCCCG-TCAACG--ATTT-TTCCA-TTTCA-TAAAGCCATTTTCCTTTAG--CTACAAGCTCAT---TGGGGACACATATAC-----------------ATTATT---A-TGTAC---------ATTAA--ATATAC--AACAAAA---AACACA-T-AA--ATAGGAA--GAAG-TCTCC----ATT-ACAAATA-TA--GAGAGATATGATTTATT-ACA----AT--------AT-GT--GCGAATTACAAT-AT-----AT--GAGAATTC-----------------------TTGCACATT--GTAGTGAT-------TAAA-TCAAGACA-GC--TCTCTG-GTAT---TT---GTAAC
gi|5 : agTAAT---AGCTTT--C-C-AAAA-A-GCTTGCCT-GACT-AAACAAATTTCTTT----CA-CTGAA-ATAAGTACTT--TT-AA--A----AT-AAGTG--ATATAT--------------ATCAGACAATGTA--CTCTAC-ATAAGTCG--AC------T-----------AT---------T-T---------------------TA--------AGT----GAT-CTTTCC--TC-AAATTTCA------CT----------G-TTTT-----AG------G--G-G--AGGG---GTT---A-TTATCAA-TAAC-CAA---A-AGAAGTCTTT----T--CTT------GATTC----ATATATTG-ATT----AA----T-CAAATACCTGCGCCT-CAG-AAGAA-TA---AG-G-AGGATGCA--T----C---A---------ATAAAT---TTCAATTAAATGCAGCAAGAAAA-ATC-T-TAAAAAATCA-TTTCAAGGTATA----------ATATGG-ATTGTTC---AA-----T---TTCTGAAT-ATG-----AT--AAT---A----ATCCT-TCAAGG--ATTA-TTCCG-TTT---------------------------CAAGCTCAT---TGGATACACATATAT----A--------TACGATTA-T---A-T-TAC---------GT-----ATATA---AAC-AAAA-CAACATAGT-TA--AGAGTGA--GTAG-TCTCCAAA-ATT-ACAAAGA-TA--GAGAGATAT-A-TTATT-ATA----AT--------AT-AT--AC--------AT-GT-----AT--GAGATTTCCTTAAT---T-----TTG-----TTGCACA-T--ATAGACATTTTCC--TAAA-TT-AAGCA-GT--TCTTTG-GTAT---CT---GTTACG-----CTAAGTAA-----TTAAATAAGA-TT--AAAA---CAT--T-GG
gi|6 : A------CT----------G-TTTT-----A-------G--G-GGGAGGG---GTT---A-T---------------------GAAATGTTT-------CTA------AATTC----AT---TTG-ATT----AA----T-CAAATAAATACGCCT-CAG-AAGCA-T----GG-GGAGGATGTA--T----C---G---------GTAAAT---TTCAATTAAATGAGACAAGAAAA-ATC-TATAAAGATTCATTT-AAAGGTATA----------ATATGG-ATCGTCC---AACAA--T---TTCTAAATAATGCCCGTAT--CGT---A----ATCCTGTCAAGG--ATTA-TTCCA-TTTCA-TAAAGTCATTTTCCGTTAG--CTACAAGCTCAT---TGGATACACATAAAT----A--------CA-----ATT---A-TATAC---------GT-----ATC-----AAGAAAAT-CAACATCGT-GG--AGAGTGA--GTAG-TCTCC-AATATTGATAAAGA-TA--GAGAAATATGA-CTATT-ACA----GT--------AC-AT--------------------------GAGAATTCCTTAAT---T-----TTG----TT-GCACATT--ATAGACATTTTCC--CAAA-TT-ATACA-GT--TCTCTG-GTAC---TT---GCAACG-----CTAAGTAT-----TTAAAAAAAGTTT--AAAA---CAT--T-GCGGTTTTCTTTATACATGTAT-ATCTTATTTTC--AA-GT-T--A--TAG-T--ATAGAGGACACTTTAGA----AT---AAATGGAACT
gi|7 : TAAT---AACTTTTCC-C-AAAA-A-GCTTGCCT-GACT-AAACAAATTGCTTT----CA-ATGTA-TTA----------T-A---------T-AA--------TAT--------------ATCAGACGATGTA--CTCTAC-ATTAGTCG--AC------TTTTAGTAGAGAAT---------TAT---------------------TA--------AAT----GAC-GTTTCC--TC-AAATTTCA------CT----------G-TTTT-----A-------G--G-G--AGGT---G-------------------------------AATGTTT----T--CTT----------C----AT--------------AA------CAAATAAA-ACGCCTTCAG-AAGCA-T----GG-G--GAGTGTA--T----C---AG--------AAAAAT---TTCAATTAAATGCGGCAAGAAAA-ATCTTATACAAATTCA-TTTCAAGGTATA----------ATATGG-ATC-TCCAATAA-----T---TTCTAAATAAT------ATGCAGTGTAA----CCCCG-TCAAGC--ATTA-TTCCA-TTTCATTAAAGCCATTTTTCGTT-AC-C-ACAAACTCAA---TGGATACACACATAT----A--------CAATAT--TT---A-TATAC---------ATTGTTAATATATTCAACAAAAA-CAACATAGTGAG--GGACTGT--ACAG-TCTCC--A-TTT-ACAAAGATTA--GAGAGATATGcgtcctctatatcatgt
gi|8 : agAATGCGGCAAGAAAACAAC-TATCGAAATTCATTTAGAAG-TATA----------ATATGG-ATCGTAC---AA-----TAATTTCTAAATAATG-----AT--AGT---A----GAT------AGG--ATTA-TTACA-TTTCA-TAAAACCATTTTCCGCTAG--CTACAAGCTCAT------GTACACATACATGTAAA--------TACAATTATT---A-TATAC---------GT-----ATAT------CAGCAA-CAACATAGT-GG--AGAGTGA--GTAG-TCTCC----ATT-ACAAAGA-TA--GAGAGATATGA-TTGTCGACA----TT--------TTCCT--AA--------AT--T-----AT---ATAGTTCTTTGAT---A-----CTA----TTTGTA----------ACGCTTTAG--T-AA-TT-AAA---------------TAC---AT---G-----------TAAGT-------TTAA------------AAA---CAT--T-GAATTTTTCTT----CATATATCATA----TTTC--AA-GTCTAGAACTAG-T--ATAGATGGCACTTTAGA----AT---AAATGGAACT
gi|9 : TAAC---AGCTTT--C-C-AAAA-A-GCCTGTTC-GATT-AAGCAAATTTTCTC----CA-CTGTA-ATCACTATAC--CT-AATTA----AT-GCGAG--ATGTTT--------------ATCAGAAGATGTATCCCCTGCTATAAGTCA--AC------TTTTCATAATA-AT---------T-TATAACAATGTA----------TA--------AAT----TAT-GTTTCC--TC-AAATTTCAGG----TT----------G-TTTT-----A-----------------------TT---A-TTATTAT-TAcatcctcta
gi|9 : ag-TTTT-----A-------G--G-G----GA---GTG---G-ATATCAA----C-T-A---A-AGAAATGCCTTAAAT--TTT------AATTA----A----TTA-ATT----AA----T-AAAATAAAT-----T-------ATA-T----GG-GAAGGGTGTA--TAAACC---ATACTGAACCATACATGG-CTCAATTAAATGAGGCAAGAATA-GTC-ttatttttttttttttaggggagtggatatcaactaaagaaatgccttaaattttaattaattaattaataaaataaattatatgggaagggtgtataaaccatactgaaccatacatggctcaattaaatgaggcaagaatagtcacgggataaacttt