lowQualScore : 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11111111 33333333333333 22222 1 22 4444444444444444444444444 11 1111 88888888 222 333 222 11111111 1111 33 22 2222 99999999999999999999999999999999999999999 1111111 1111111
lowQualScore : 5 5 5 6 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 88888888 5 66666666666666 66 66666 7 0 7777 88 3 3 2222222222222222222222222 88888 77 3 44 88 3 0000 3 3 33333333 1 3 44 3 3 1 444 3 3 777 555 6 44 3 000 44 555 44 3 3 333 2 2 33 77777777 2 2222 33 99 33 33 33 99 2 444 2 00 3333 2 33 2 2 2 55 2 66666666666666666666666666666666666666666 5555 444 33 33 5 5 0000000 33 1111111 66666 444 2 2 5 33 2 2
lowQualScore : . . . . ................................................................................. ........ . .............. .. ..... . . .... .. . . ......................... ..... .. . .. .. . .... . . ........ . . .. . . . ... . . ... ... . .. . ... .. ... .. . . ... . . .. ........ . .... .. .. .. .. .. .. . ... . .. .... . .. . . . .. . ......................................... .... ... .. .. . . ....... .. ....... ..... ... . . . .. . .
lowQualScore : 7 7 7 7 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11111111 0 55555555555555 99 11111 3 9 7777 66 3 3 8888888888888888888888888 33333 99 3 66 33 3 7777 3 3 33333333 1 3 22 1 3 2 666 1 1 888 444 2 22 1 444 22 444 22 1 1 444 9 7 77 55555555 7 7777 77 00 77 00 77 00 5 444 5 99 1111 7 44 5 5 5 99 5 99999999999999999999999999999999999999999 3333 444 44 44 0 0 6666666 44 6666666 22222 444 5 5 0 44 9 9
consensus : CAAGCGA-TAAT-T-CTCCGAGT-GAAACA--CTA------CTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGCAATAGATACATG---GCGT--------ATTAAA-ATCA-TGN---C-ATTG-AAAACAAA--GG----ACCCAA-CC-TGCA----TGTTTA-AAACC-ATAC-G-G-G----A----------------AAAA-----AAA--G-A--TA-AT-GA--A-TATAT-A-ATCCTT----TTAGTG-C--T-AAGAACTGTTGAA-GAAATCAAAATT---ATG-AC-AT-T-GA---ATGT-A--C-A-ATTTT--TT---CCAA--CCTCAACT-T-TTAAAGGCCTATTGACT-TCA-CA--A-A-CG---ATG-ATTTT--G--GGT--G--GGGAC--GA--AGGCC-T---C-CCG-TTTGCC--A-AA--AAA-T-G-G--TCCA-TT-------------T-------------C-----C-------GA----G---TCCTTT--GG--GAA-TG-T-------AG--AAAA-------A-----A---C-C-TC-TTCCC--AT-G-CACGTCTG
Reference ( gi|8 ) : CAAGCGA-TAAT-T-CTCCGAGT-GAAACA-ACTA------CTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---GCGT--------ATTAAA-ATCA-TTA---C-ATTG-AAAACAAA--G-----ACCCAA-CC-TGCA----TGTTTAGAAACC-ATAC-G-G-G----A----------------AAAA-----AAA--G-A--TC-AT-GA--A-TATAT-A-ATCCTTAAATTTAGTG-C--T-AAGAACTGTTGAA-GAAATCAAAATT--TATG-AC-AT-T-GA---ATGT-A--C-A-TATTT--TT---CCAA--CCTCAACT-T-TTAAAGGTCTATTGACT-TCA-CA--A-A-AG---ATG-ATTTT--G--GGT--G--G--AC--GA--AGGCC-T---C-CC--TTTGCC--A-AA--AAA-T-G-G--TCCA-TT-------------T-------------C-------------GA----G---TCCTTT--GG--GAA-TG-T-------AG--AAAA-------A-----A---C-C-TC-TTCCC--AT-G-CACGTCTG
gi|7 : CAAGCGA-TAAT-T-CTCCGAGTTGAAACA--CTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATT---GCGT--------TTTAAT--TCA-ATAGACC-AT-G-AAAACAAAAAG-----GCCCAA-CCCTGCA----TGTTTTAAAACC-AT-C-A-G-G----ATGAA------------AAAA-----AAA--G-A--TA-AT-GA--AATATAT-A-ATCCTT-----TAGTG-C--T-AAGAACTGTTGAA-GAAATCAAAA-T--TATGAAC-AT-T-GA---ATGT-A--C-A-ATTTT--TT---CCAA--CCTCAACTGT-TTAAA-GCCTATTGACT-TCA-CA--A-A-AGT--ATG---TTT--G--GGTG-G--G--AC--GA--AGGCC-T---CGCCG-TTTG-C--A-AA--AAA-T-G-G--TCCA--T-------------T-------------C-------------GA----G---TCCTTT--GG--GAA-TGCT-------AG--AAAA-------A-----A---C-C-TCTTTCCC--AT-G-CACGTCTG
gi|4 : CAAGCAAGTAAT-T-CTCCGAGT-GAAACACACTN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGG---G--T--------ATTAAA-ATCAATTA---CCATTGGAAAACAAA--GGG---ACCCAA-CCCTGCA----TGTTTA--AACC-ATAC-G-G-GGCA-A----------------AAAA-----AAA--GCA--TA-AT-GA--T-AATAT-A-ATTCCT----TTAGTG-C--T-GTGAA-TGTACAA-GTAAC--------------AC-AT-T-------TGT-A-------------TT---CCAA--CCTCAACT-T-TTAAAAGCCTA-TGACT-TCA-CA--A-A-CG---ATGCATTTT--G--GGTG-G--G--AC--GA--A-GCC-T---C-CCG-TTTG-C--A-AA--AAA-T-G-G--TCCATTT-------------T-------------C-------------GA----G---TCCTTT---G--GAA-CG-T-------AG--AAAA-------A-----A---C-C-TC-ATCCCGAAT-G-CACGta
gi|6 : tctcctacaagcttacgtttcccgtagtattttcttgagatagatttttcaactaaagCAAGCGA-CAAT-T-CTCCGA
gi|2 : atctcctacaagcttacctcccgtagtaatttcgtgagatagataaagtgaaaaagCATGCGA-TAAT-TACTCCGAGT-GAAACA-TTTA------CTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgcgattaaaatcatgccatgaaacaaaggacccaaacctgcatgtttaaaaccatacgaaaaaaaaaaagataatgatatatattaatccaactgttgaagaaatcaaaattatgacatgaatgtacaattttttccaactcaacttttaaagcctattgacttcacaaacagtgattggtgggaacgaaggcctccgttcaaaaaatggcccatttctcctcctgaccgaggtctttgggaatgtaaaaaaaaacctcttccatgcacgt
gi|10 : aacaagcttacgtttcttcgcgtagtaattttcttgagatagaagtCATGCGA-TAAT-T-CTCCGAGT-GACAC--ACTA------CTcaattaccgattttcacctggaggagtaaaagtagcatatccaacctattgtgcatataaaacaaacccctttctcagcccaaaaaaagatgttgaggaaaaaaatggcgtataaatcatgccatgaaaacaaagggaaaatcaaacctgcatgttttaaaccatacgaaaaaagaagatgatgaatcctttagtgcttaagaactgtggaaagaaatcaaaaattatgacattgaatgtaacaattttatttcaacctcaactttttaagtcttgatccagcaaaccgatgatttggtggagacggacaggcctcccgttttgcaaaaaaaggtccattttcttcctcctgaccggactcattgagaatgctaaaaaaaacgctcttccatccacgtctgta
gi|1 : ggtgaaaaagAAGCGA-TAATGT-CGACGAGT-GAAACA--CTA------CTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGCAATAGATACATGTAGGTGTGAAAAAAAAATAAA-AT-A-TGG---C-CATG-AAA-CAAA--G-----ACCAAC-CC-TGCA----TTTTTTAAAACCAATAC-G-A-A----AAAATAAAAGAAAGAAGAAAA-----AAA--G-A--TA-AT-GA--T-TAAAT-A-ATC-----ATTCAGTG-CCTT-AAGAACTG-TGAA-AGAATC-AAATTGACATG-AA-ATGT-AATACATGT-A--C-A-TTTTT--TTTTCCCAA--CCTCAACT-TATTA---GCCTATTGACTGTCA-CA--A-A--------------C--G--GGTAGG--G--AC--GA--AGGCC-T---C-CC--GTTGC-----AA--AAA-TGG-G--TCCA-TTCTCTCCTCCTTGAC-------------C-------------GA----G---TCCTTT--GGGTGAA-TG-T-------AT--AAAAAAAAAATA-----A---C-C-TC-TTCCC--A--G-CACGTCaaattactgattttcacctggggataaaagtagtcatacataacctattgtgacatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtattaaaatcatgccatgaaaacaaaggaccgaaacctgcaaaaaaaataataataataagacagagaagataaagaatatctcaaaattataacattgaatgt
gi|14 : atctcctacagcactaaggtttctcgtagtattcttcttgagatatgattttcacttgttaacttactaaagaggagaaaaggcaAAGCGA-TAAT-T-CTCCGAGT-GAAACA--CTA------CTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAT--GCGT--------ATTAAA-ATCA-TAC---C-AT-G-AAAA-AAA--G-----ACCCAACCC-TGCA----TGTTTA-AAACC-ATAC-G-G-GAGAAA----------------AAAA-----AAA--G-A--TA-AT-GA--A-TATAT-ATATC------TTTAGTG-C--T-AAGAatgt
gi|6 : ---GCG---------ATTAAA-ATCA-TGC---C-AT---GAAACAAA--GG----ACCCAAACC-TGCA----TGTTTA-AAACC-ATAC-G-A-A----A----------------AAAA-----AAAA-G-A--TA-AT-GAT-A-TATATTA-ATCC---------------------AACTGTTGAA-GAAATCAAAATT---ATG-AC-AT---GA---ATGT-A--C-A-ATTTT--TT---CCAA--C-TCAACT-T-TTAAAG-CCTATTGACT-TCA-CA--A-A-CA---GTG-ATT-------GGT--G--GGAAC--GA--AGGCC-T---C-CG--TT---C--A-AA--AAA-T-G-G--CCCA-TT-------------T-------------CTCCTCCTGACC--GA----G---GTCTTT--GG--GAA-TG-TA------AA--AAAA-------A-----A---C-C-TC-TT-CC--AT-G-CACGT
gi|2 : atctcctacaagcttacctcccgtagtaatttcgtgagatagataaagtgaaaaagcaagcgacaattctccgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnat---GCGT--------AT--AA-ATCA-TGC---C-AT-G-AAAACAAA--GGGAAAATCAAA-CC-TGCA----TGTTT-TAAACC-ATAC-G-A------A----------------AAAA-----GAA--G-A--TG-AT-GA--A-T---------CCTT-----TAGTG-C--TTAAGAACTGTGGAAAGAAATCAAAAAT--TATG-AC-AT-T-GA---ATGTAA--C-A--ATTTTATT---TCAA--CCTCAACT-T-TTTAA-GTC--TTGA-T-CCAGCA--A-ACCG---ATG-ATTT------GGT--GGAG--AC--GGACAGGCC-T---C-CCGTTTTGCA--A-AA--AAA---G-G--TCCA-TT-------------TTCTTCCTCCTGACC-------------GG----A---CTCATT--GA--GAA-TGCT-------AA--AAAA-------A-----A---CGC-TC-TT-CC--AT-C-CACGTCTG
gi|9 : aacaagcttacgtttcttcgcgtagtaattttcttgagatagaagtcatgcgataattactccgagtgaaacatttactcaattaccgattttcacctggaggagtaaaagtagcatatccaacctattgtgcatataaaacaaacccctttctcagcccaaaaaaagatgttgaggaaaaaaatgCGT--------ATTAAAGATCA-ATA---CCAGTG-AAAACAAA--GG----ACCCAA-CCGTGCA----TGTTTA-AAACC-A-AC-G-GAG----A----------------AAAATAAAAAAA--G-A--TAGAT-GA--A-TATAT-A-ATC------TTTAGTG-C--T-AAGAACTGTTGAA-GGAA-CAAAATT---ATG-AC-AT---GA---ATGTCA--C-A-GTTTT--TT---CCAA--CCTCAACT-T-TTAAAAGCCTATTG-CT-TCA-CAGGA-ACAG---ATG-ATTTTTGA--GGT--G--G--G---GAC-AGGCC-T---C-CC--CGTTTC--A-AACAAAA-T-G-G--TCCA-TT-------------T-------------C-------------GA----G---TCCTTT--GG--GAA-TG-T-------AG--AAAA-------A-----A---C-T-TT-TCCCA--AT-G-CACGTCta
gi|5 : CGT--------ATTAAA-ATCA-TGC---C-AT---AAAACAAA--G-----ACCCAA-CC-TGCA----TGTTTA-AAACC-ATAC-GAA-A----A----------------AAAA-----AAA--G-A--TA-AT-GAATA-TATAT-A-ATCC---------------------AACTG-TGAA-GAAATCAAA--T--TATG-AC-ATGT-GA---ATGT-A--CAA-TTTTT--TT---CC-A--CCTCAACT-T-TTAA--GCCTATTGACT-TCA-AA--A-C-TG---ATG-----T--G--GGT--G--GGAAC--GA--AGCCT-T---C-CG--TTTG-C--A-AA--AAA-T---G--CCCA-TT-------------T-------------CTTCCTCCTGACCGGA----G---T-CTTT--GG--GAAGTA-T-------AA--AAAA-------A-----A---C-C-TCTTTCCC--ATGG-CACGTCTgta
gi|21 : tctcacaagcttacctctccgtagtaatttcgtgagatagataaagtgaaaagcaagcgacaattctccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatt-----ACCCGA-TA-CGCAGCCCTATTTA-AAACC-ATACTG-G-A----A----------------AAAA-----AAA--G-A--TA-AT-GA--A-TATAT-A-ATCCT
gi|3 : tttcAA-CC-TGCC----AG---AAAAACT-ATAC-G-A-A----A----------------AAAA-----AAA--G-AGATA-AT-GA----TATAT-A--TCCTT-----T-GTGGC--T-AAGAACTGTT-AA-GAACT-AAAATT---ATG-ACTAT-T--A---ATGT-A--C-A-ATTTT--TT---CCAA--CTCCA--T-T-TTAAAG-CCT-TTGA---TCA-CA--A-C--G---ATG-ATT----G--GGT--G--GGGAC--GA--AGGCC-T---C-CCG-TTTG-C--A-TA--AAA-T-G-G--T-CA-TT-------------T-------------CTTCCTCTGACG--GA----G---TCATTT--GG--G-A-CG-T-------AA--AAAA-------C-----A---C-C-TG-T--CC--AT-G-CA
gi|12 : ctgctacagttctttatgttgtaaattttctttgagatgaattttcacttttagcttaaggtgaaagcaatgcgataaattctcgctgtgaaacactactcattacgatttttcatggggataaatgtaagtcaatattaacctattgtggattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgcgttattaaA-CC-TGCA----TGTTTA-AAACC-ATAC-G-A------A----------------AAAA-----AAA--G-A--TA-AT-GA--A-TATAT-A-ATCC---------------------AACTGTTGAA-GAAATCAAAATT---ATG-AA-AT-T-GA---ATGT-A--C-A-ATTTT--TT---CCAA--CCTCAACT-T-TTAAA-GCCTATTGACT-TCA-CA--A-A-CG---ATG-ATTAT--GAAGG---G--G--AC--GG--AGG-------------TTTGCA--ATAA--AAA-T-G-G--TCCA-TT-------------TCTTCCTCCTGAC-C-------------GA----G---TACTTT--GG--GAA-TG-T-------AA--AAAA-------AAAAACA---C-C-TC-TTCCC--AT-G-CACGTCTG
gi|11 : AAAAC-ATAC-T-G-G----A----------------AAAA-----AAAACG-A--TA-ATTGA--A-TATAT-A-ATCCTT-----TAGTG-C--T-AAGA-CTGTCGAA-GAAATCAAAATT---ATG-AC-AT-TTGA---ATGT-AACC-AATTTTT--TT---CCAAAACCTCAACT-T-TTAAGGCTCT--TGACT-TCC-CA--A-A-AG---ATG-ATTTT--G--CGT--G--GGGAC--GA--AGGCC-TTCAC-CG--TTTGC---A-AA--AAA-T-G-GA-TCCA-TT-------------T-------------C-------------GA----AGATTCCTTT--GG--GAAATG-T-------AG--AAAA-------A-----A---C-CCTC-TTCCC--AT-G-CACGTCTt
gi|15 : ttTTTAGTG-C--T-AAGAAATGTTGAA-GATTTCAAAATT---ATG-AC-AT-T-GG---ATGT-A--C-A-ATTTT--TT---CCAA--ACTCAACT-T-TTAAAG-CCTATTGACT-TCA-CA--A-A-CG---AGG-ATTTT--G--GGT--G--GGGAC--GA--AGGCC-T---C-CCG-TTTG-C--A-AA--AAA-T-G-G--TCCA-TT-------------T-------------C-------------GA----G---GCCTCG--GG--GGA-CG-T-------AGGAAAAA-------A-----A---A-A-TC-TTCCC--CT-G-CACGTag
gi|16 : cc--T-AAGAGCTGTTGAA-GAAATCAAAATT---ATG-AC-AT-T-GA---ATGT-A--C-A-ATTTT--TT---CCAA--CCTCAACT-T-TTAAAG-CCTATTGACT-TCA-CA--A-A-AG---ATG-ATTTT--G--GGT--G--GGGAC--GA--AGGCC-T---C-CCG-TTTG-C--A-AA--AAA-T-G-G--TCCA-TT-------------T-------------C-------------GA----G---TCCTTT--GG--GAA-TG-T-------AG--AAAA-------A-----A---C-C-TC-TTCCC--TT-G-CACGTCTGacg
gi|13 : tT--TATG-AC-AT-T-GA---AT-T-A--C-A-ATTTT--TT---CCAA--CCTCAACT-T-T-AAAG--CTATTGACT-TCA-CA--A-A-CG---ATG-ATT----G--GGT--G--GGAAC--GA--AGGTC-T---C-CCG-TTTGCA--A-AA--AAAAT-G-G--TCCA-TT-------------T-------------CTCCTCCTGACC--GA----G---TCCTTT--GG---AA-TG-T-------AG--AAAAAA-----A-----A---C-C-TC-TTCCC--AT-GCCACGTCTGt
gi|17 : aagaaacaaaatcaaataaagattctattaaatcaaataaagatacaaatgaattgtaATTGACT--CA-CA--ATC-CGTTCATG-ATTT---G--AGT--G--GGGACAGGAT-AGGCCCT---C-GT--TTTGGCTAA-AA--AAA-T-GCGCCTCCA-TTGTTTCC-------T-------------CCTGAGCGG-----AA----G---TCCTTTTGGG--GAA-TG-T-------AA--AAAA-------A-----AAAAC-T-TC-TTCCC--Ata
gi|22 : aaacttgacttgtgagatgCA-CA--A-C-CG---GTG-ATTTT--G--GGT--G--GGGAC--GA--AGGCC-T---C-CC--aag
gi|20 : aGCC-T---C-CCG-TTTGC---A-AA--AAA-T-G-G--TCCA-TT-------------T-------------C-------------GA----G---TCCTTT--GG--GAA-TG-T-------AG--AAAA-------A-----A---C-C-TC-TTCCC--AT-G-CACGTCTGg
gi|19 : --AAA-T-G-G--TCCA-TT-------------T-------------CTTCCTCCT-----GACCGTG---TCCTTT--GG--GAA-TG-TAAAAAAAAA--AAAA-------A-----A---C-C-TC-TTCCC--t
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TTCCTACAAGTTTAAACGTTTTCATAGATTTTCTCAGAGAGAATTTCTTCACTTTTACTTAGGTGAAAAAGATGCGAATTCTCAGGTGACAACTATACTAATACTGATTTACCTGGGATAAAATAGTCATAACATAACTATTGTGAAT
Unaligned ( gi|23 ): AAAATTTCACCCGATACGCAGCCCTATTT
Alignments
lowQualScore : 1 111111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111111 11 222222 1 111111 1111111111111111 22222222 11 1111 111 99999999999999999999999999999999999999999999 1111111
lowQualScore : 5 5 5 5 5 5 0 444444 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 44444444 777 4 99 1 66 4 000000 3 3 3 7777 5 2 2 2 888888 6666 8888888888888888 77777 99 2 33 2 2 2 2 2 66 44444444 2 3333 2 2 2 33 2 777 2 2 555 444 2 66 2 555 555 2 2 66 2 2 33 2 7 666 2 1111 33 2 33 55 2 33 999 2 33 2 2 2 55 99999999999999999999999999999999999999999999 33 33 33 2 2 4 0000000 66 7777777 55555 666 2 4 33 2 2
lowQualScore : . . . . . . . ...... ................................................................... ........ ... . .. . .. . ...... . . . .... . . . . ...... .... ................ ..... .. . .. . . . . . .. ........ . .... . . . .. . ... . . ... ... . .. . ... ... . . .. . . .. . . ... . .... .. . .. .. . .. ... . .. . . . .. ............................................ .. .. .. . . . ....... .. ....... ..... ... . . .. . .
lowQualScore : 0 0 0 0 0 0 0 444444 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 55555555 000 0 55 0 44 0 444444 6 3 3 1111 7 9 9 9 666666 1111 9999999999999999 11111 66 9 99 9 9 9 9 9 88 77777777 9 7777 6 9 9 99 7 333 7 7 555 777 7 88 9 000 000 9 9 22 7 5 44 5 5 999 5 4444 44 5 44 66 4 44 444 5 22 4 4 4 66 11111111111111111111111111111111111111111111 22 22 22 4 4 7 0000000 55 6666666 99999 555 4 7 22 7 7
consensus : CAA-GCGA-TAA-T-T-CTCCGAGT-GAAACA-CTA------CTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGCGATAGATACATG---GCGT--------ATTAA---A-ATCA--TGCCATTG-AAAACAAAG-G----ACC-CAA-CC-TGCA----TGTTT-A-AAACCA-TAC-GG-G----A----AAA----------------A-----AAA--G-A--TA-AT-G-A-ATATAT-A--ATCCTT----TTAGTG-C--T-AAGAACTGTTGAA-GAA-A--TCAAAA-TT---ATG-AC-AT-T-GA---ATGT-A--CAATTTT-TT---CC---AACCTCAACT-T-TTAAAGGCCTATTGACT-TCA-CA--A-AC-G---ATG-ATTTT--GGGTGGGGAC--GA-A--GGCCTC--CC-GTTT--GC-CA-AA--AAA-T-G-G--TCCATT------T------------C-----------C------------GAG--TCCTTT--GG--G-AA-TG-T-------AG--AAAA-------A-----A---C-CTC-TTCCC--AT-G-CACGTCTG
Reference ( family-1588 ) : CAA-GCGA-TAA-T-T-CTCCGAGT-GAAACA-CTA------CTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGCAATAGATACATG---GCGT--------ATTAA---A-ATCA--TGNCATTG-AAAACAAAG-G----ACC-CAA-CC-TGCA----TGTTT-A-AAACCA-TAC-GG-G----A----AAA----------------A-----AAA--G-A--TA-AT-G-A-ATATAT-A--ATCCTT----TTAGTG-C--T-AAGAACTGTTGAA-GAA-A--TCAAAA-TT---ATG-AC-AT-T-GA---ATGT-A--CAATTTT-TT---CC---AACCTCAACT-T-TTAAAGGCCTATTGACT-TCA-CA--A-AC-G---ATG-ATTTT--GGGTGGGGAC--GA-A--GGCCTC--CC-GTTT--GC-CA-AA--AAA-T-G-G--TCCATT------T------------C-----------C------------GAG--TCCTTT--GG--G-AA-TG-T-------AG--AAAA-------A-----A---C-CTC-TTCCC--AT-G-CACGTCTG
gi|1 : AA-GCGA-TAA-TGT-CGACGAGT-GAAACA-CTA------CTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGCAATAGATACATGTAGGTGTGAAAAAAAAATAA---A-AT-A--TGGCCATG-AAA-CAAAG------ACC-AAC-CC-TGCA----TTTTTTA-AAACCAATAC-GA-A----A----AAATAAAAGAAAGAAGAAAA-----AAA--G-A--TA-AT-G-A-TTAAAT-A--ATCATT----C-AGTG-CCTT-AAGAACTGT-GAA-AGA-A--TCAAA--TTGACATG-AA-ATGT-AATACATGT-A--CATTTTT-TTTTCCC---AACCTCAACT-TATTA---GCCTATTGACTGTCA-CA--A-AC-G---------------GGTAGGGAC--GA-A--GGCCTC--CC-G-TT--GC----AA--AAA-TGG-G--TCCATT------CTCTCCTCCTTGAC-----------C------------GAG--TCCTTT--GGGTG-AA-TG-T-------AT--AAAAAAAAAATA-----A---C-CTC-TTCCC--A--G-CACGTC
gi|10 : atctcctacagcactaaggtttctcgtagtattcttcttgagatatgattttcacttgttaacttactaaagaggagaaaaggcaGT--------ATTAA---A-ATCA--TGCCA-TG-AAAACAAAG-G----ACCGAAA-CC-TGC--------------------------------------AA----------------A-----AAA--A-A--TA-AT---A-ATA-AT-A--AGAC--------AG---------AGAA--GATAAA-GAATATCTCAAAA-TT---ATA-AC-AT-T-GA---ATGT-atgt
gi|11 : ggtgaaaaagcatgcgataattctccgagtgacacactactaaattactgattttcacctggggataaaagtagtcatacataacctattgtgacatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTT-A-AAAC-A-TAC-TG-G----A----AAA----------------A-----AAAACG-A--TA-ATTG-A-ATATAT-A--ATCCTT----T-AGTG-C--T-AAGA-CTGTCGAA-GAA-A--TCAAAA-TT---ATG-AC-AT-TTGA---ATGT-AACCAATTTT-TT---TCCAAAACCTCAACT-T-TTAAGG--CTCTTGACT-TCC-CA--A-AA-G---ATG-ATTTT--GCGTGGGGAC--GA-A--GGCCTTCACC-GTTT--G--CA-AA--AAA-T-G-GA-TCCATT------T------------C-----------G------------AAGATTCCTTT--GG--GAAA-TG-T-------AG--AAAA-------A-----AC--C-CTC-TTCCC--AT-G-CACGTCT
gi|12 : A-CC-TGCA----TGTTT-A-AAACCA-TAC-GA------A----AAA----------------A-----AAA--G-A--TA-AT-G-A-ATATAT-A--ATCC---------------------AACTGTTGAA-GAA-A--TCAAAA-TT---ATG-AA-AT-T-GA---ATGT-A--CAATTTT-TT---CC---AACCTCAACT-T-TTAAA-GCCTATTGACT-TCA-CA--A-AC-G---ATG-ATTAT--GAA-GGGGAC--GG-A--G----------GTTT--GC-AATAA--AAA-T-G-G--TCCATT------TCTTCCTCCTGA-C-----------C------------GAG--TACTTT--GG--G-AA-TG-T-------AA--AAAA-------AAAAACA---C-CTC-TTCCC--AT-G-CACGTCTGag
gi|13 : A-TT---ATG-AC-AT-T-GA---AT-T-A--CAATTTT-TT---CC---AACCTCAACT-T-T-AAAG--CTATTGACT-TCA-CA--A-AC-G---ATG-ATT----GGGTGGGAAC--GA-A--GGTCTC--CC-GTTT--GCAAA-AA--AAA-T-G-G--TCCATT------TCTCCTCCTGA--C-----------C------------GAG--TCCTTT---G--G-AA-TG-T-------AGAAAAAA-------A-----A---C-CTC-TTCCC--AT-GCCACGTCTGt
gi|14 : aagaaacaaaatcaaataaagattctattaaatcaaataaagatacaaatgaattgtAA-GCGA-TAA-T-T-CTCCGAGT-GAAACA-CTA------CTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAT--GCGT--------ATTAA---A-ATCA--TACCAT-G-AAAA--AAA-G----ACC-CAA-CCCTGCA----TGTTT-A-AAACCA-TAC-GG-GAGAAA----AAA----------------A-----AAA--G-A--TA-AT-G-A-ATATAT-AT-ATC--T----TTAGTG-C--T-AAGAta
gi|15 : CCT----TTAGTG-C--T-AAGAAATGTTGAA-GAT-T--TCAAAA-TT---ATG-AC-AT-T-GG---ATGT-A--CAATTTT-TT---CC---AAACTCAACT-T-TTAAA-GCCTATTGACT-TCA-CA--A-AC-G---AGG-ATTTT--GGGTGGGGAC--GA-A--GGCCTC--CC-GTTT--G--CA-AA--AAA-T-G-G--TCCATT------T------------------------C------------GAG--GCCTCG--GG--G-GA-CG-T-------AGGAAAAA-------A-----A---A-ATC-TTCCC--CT-G-CACGT
gi|16 : --T-AAGAGCTGTTGAA-GAA-A--TCAAAA-TT---ATG-AC-AT-T-GA---ATGT-A--CAATTTT-TT---CC---AACCTCAACT-T-TTAAA-GCCTATTGACT-TCA-CA--A-AA-G---ATG-ATTTT--GGGTGGGGAC--GA-A--GGCCTC--CC-GTTT--G--CA-AA--AAA-T-G-G--TCCATT------T------------------------C------------GAG--TCCTTT--GG--G-AA-TG-T-------AG--AAAA-------A-----A---C-CTC-TTCCC--TT-G-CACGTCTGacg
gi|17 : tATTGACT--CA-CA--ATCC-GTTCATG-ATTT---GAGTGGGGACAGGATA--GGCC-C--TC-GTTTTGGC-TA-AA--AAAAT-GCGCCTCCATTGTTTCCT------------C-----------CTGAGCGG-----AAG--TCCTTTTGGG--G-AA-TG-T-------AA--AAAA-------A-----AAAAC-TTC-TTCCC--At
gi|19 : aaacttgacttgtgagatg--AAA-T-G-G--TCCATT------T------------CTTCCTCCTGACC------------GTG--TCCTTT--GG--G-AA-TG-TAAAAAAAAA--AAAA-------A-----A---C-CTC-TTCCC--aag
gi|2 : CAT-GCGA-TAA-T-TACTCCGAGT-GAAACATTTA------CTgcatcctttcctatgaacgtctgta
gi|2 : aacaagcttacgtttcttcgcgtagtaattttcttgagatagaagtATG---GCGT--------AT--A---A-ATCA--TGCCAT-G-AAAACAAAG-GGAAAATC-AAA-CC-TGCA----TGTTT-T-AAACCA-TAC-GA------A----AAA----------------A-----GAA--G-A--TG-AT-G-A-AT-----------CCT----TTAGTG-C--TTAAGAACTGTGGAAAGAA-A--TCAAAAATT---ATG-AC-AT-T-GA---ATGT-AA-CAATTTTATT---TC---AACCTCAACT-T-TTTAAGTC---TTGA-T-CCAGCA--A-ACCG---ATG-ATTT----GGTGGAGAC--GG-ACAGGCCTC--CC-GTTT--TG-CA-AA--AAA-A-G-G--TCCATT------TTCTTCCTCCTGAC-----------C------------GGA--CTCATT--GA--G-AA-TGCT-------AA--AAAA-------A-----A---CGCTC-TTCC---AT-C-CACGTCTGcaattaccgattttcacctggaggagtaaaagtagcatatccaacctattgtgcatataaaacaaacccctttctcagcccaaaaaaagatgttgaggaaaaaaatggcgtataaatcatgccatgaaaacaaagggaaaatcaaacctgcatgttttaaaccatacgaaaaaagaagatgatgaatcctttagtgcttaagaactgtggaaagaaatcaaaaattatgacattgaatgtaacaattttatttcaacctcaactttttaagtcttgatccagcaaaccgatgatttggtggagacggacaggcctcccgttttgcaaaaaaaggtccattttcttcctcctgaccggactcattgagaatgctaaaaaaaacgctcttccatccacgtctgta
gi|20 : aacaagcttacgtttcttcgcgtagtaattttcttgagatagaagtcatgcgataattactccgagtgaaacatttactcaattaccgattttcacctggaggagtaaaagtagcatatccaacctattgtgcatataaaacaaacccctttctcagcccaaaaaaagatgttgaggaaaaaaGCCTC--CC-GTTT--GC--A-AA--AAA-T-G-G--TCCATT------T------------C------------------------GAG--TCCTTT--GG--G-AA-TG-T-------AG--AAAA-------A-----A---C-CTC-TTCCC--AT-G-CACGTCTGta
gi|21 : ----ACC-CGA-TA-CGCAGCCCTATTT-A-AAACCA-TACTGG-A----A----AAA----------------A-----AAA--G-A--TA-AT-G-A-ATATAT-A--ATCCTt
gi|22 : tttcCA-CA--A-CC-G---GTG-ATTTT--GGGTGGGGAC--GA-A--GGCCTC--CC-G
gi|3 : aCAATGCGA-TAAAT-T-CTCGCTGT-GAAACA-CTA------CT
gi|3 : ctgctacagttctttatgttgtaaattttctttgagatgaattttcacttttagcttaaggtgaaag-A-AAACTA-TAC-GA-A----A----AAA----------------A-----AAA--G-AGATA-AT-G-A--TATAT-A---TCCTT----T--GTGGC--T-AAGAACTGTT-AA-GAA-C--T-AAAA-TT---ATG-ACTAT-T--A---ATGT-A--CAATTTT-TT---CC---AACTCCA--T-T-TTAAAG-CCT-TTGA---TCA-CA--A--C-G---ATG-ATT----GGGTGGGGAC--GA-A--GGCCTC--CC-GTTT--G--CA-TA--AAA-T-G-G--T-CATT------T------------C-----------TTCCTCTGACG--GAG--TCATTT--GG--G--A-CG-T-------AA--AAAA-------C-----A---C-CTG-T--CC--AT-G-CAcattacgatttttcatggggataaatgtaagtcaatattaacctattgtggattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgcgttattaaaacctgccagaaaaactatacgaaaaaaaaaagagataatgatatatatcctttgtggctaagaactgttaagaactaaaattatgactattaatgtacaattttttccaactccattttaaagcctttgatcacaacgatgattgggtggggacgaaggcctcccgtttgcataaaatggtcatttcttcctctgacggagtcatttgggacgtaaaaaacacctgtccatgca
gi|4 : ctgctacagttctttatgttgtaaattttctttgagatgaattttcacttttagcttaaggtgaaagcaatgcgataaattctcgctgtgaaacactactcattacgatttttcatggggataaatgtaagtcaatattaacctattgtggattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgcgttattaaaacctgccagaCAA-GCAAGTAA-T-T-CTCCGAGT-GAAACA-C-A------CTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--GGGT--------ATTAA---A-ATCAATTACCATTGGAAAACAAAG-GG---ACC-CAA-CCCTGCA----TGTTT-A-AA-CCA-TAC-GG-GGCA-A----AAA----------------A-----AAA--GCA--TA-AT-G-A-TAATAT-A--ATTCCT----TTAGTG-C--T-GTGAA-TGTACAA-GTA-A--C---------------AC-AT-T-------TGT-A----------TT---CC---AACCTCAACT-T-TTAAAAGCCTAT-GACT-TCA-CA--A-AC-G---ATGCATTTT--GGGTGGG-AC--GA-A--G-CCTC--CC-GTTT--GC--A-AA--AAA-T-G-G--TCCATT------T------------T-----------C------------GAG--TCCTTT---G--G-AA-CG-T-------AG--AAAA-------A-----A---C-CTC-ATCCCGAAT-G-CACG
gi|5 : tctcctacaagcttacgtttcccgtagtattttcttgagatagatttttcaactaaagCGT--------ATTAA---A-ATCA--TGCCAT---AAAACAAAG------ACC-CAA-CC-TGCA----TGTTT-A-AAACCA-TAC-GA-A----A----AAA----------------A-----AAAA-G-A--TA-AT-G-A-ATATAT-ATAATCC---------------------AACTGT-GAA-GAA-A--TCAAA--TT---ATG-AC-ATGT-GA---ATGT-A--CAATTTT-TT---TC---CACCTCAACT-T-TTAA--GCCTATTGACT-TCA--A--A-ACTG---ATG-----T--GGGTGGGAAC--GA-A--G-CCTT--CC-GTTT--GC--A-AA--AAA-T-G----CCCATT------T------------C-----------TTCCTCCTGACCGGAG--TC-TTT--GG--G-AAGTA-T-------AA--AAAA-------A-----A---C-CTCTTTCCC--ATGG-CACGTCT
gi|6 : tctcacaagcttacctctccgtagtaatttcgtgagatagataaagtgaaaagcaagcgacaattctccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattCAA-GCGA-CAA-T-T-CTCCGANN-NNNNNN-NNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGCGAT--------------------------TAA---A-ATCA--TGCCAT---GAAACAAAG-G----ACC-CAAACC-TGCA----TGTTT-A-AAACCA-TAC-GA-A----A----AAA----------------A-----AAAA-G-A--TA-AT-G-ATATATATTA--ATCC---------------------AACTGTTGAA-GAA-A--TCAAAA-TT---ATG-AC-AT---GA---ATGT-A--CAATTTT-TT---CC---AAC-TCAACT-T-TTAAAG-CCTATTGACT-TCA-CA--A-AC-A---GTG-ATT-----GGTGGGAAC--GA-A--GGCCTC--C--GTT------CA-AA--AAA-T-G-G--CCCATT------T------------CTCCTCCTGAC-C------------GAG--GTCTTT--GG--G-AA-TG-TA------AA--AAAA-------A-----A---C-CTC-TT-CC--AT-G-CACGT
gi|7 : atctcctacaagcttacctcccgtagtaatttcgtgagatagataaagtgaaaaagCAA-GCGA-TAA-T-T-CTCCGAGTTGAAACA-CTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATT---GCGT--------TTTAATTCA-AT-A--GACCAT-G-AAAACAAAAAG----GCC-CAA-CCCTGCA----TGTTTTA-AAACCA-T-C-AG-G----ATGAAAAA----------------A-----AAA--G-A--TA-AT-GAA-ATATAT-A--ATCC-T----TTAGTG-C--T-AAGAACTGTTGAA-GAA-A--TCAAAA-TT---ATGAAC-AT-T-GA---ATGT-A--CAATTTT-TT---CC---AACCTCAACTGT-TTAAA-GCCTATTGACT-TCA-CA--A-AA-GT--ATG---TTT--GGGT-GGGAC--GA-A--GGCCTCG-CC-GTTT--G--CA-AA--AAA-T-G-G--TCCATT-------------------------------C------------GAG--TCCTTT--GG--G-AA-TGCT-------AG--AAAA-------A-----A---C-CTCTTTCCC--AT-G-CACGTCTG
gi|8 : CAA-GCGA-TAA-T-T-CTCCGAGT-GAAACAACTA------CTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---GCGT--------ATTAA---A-ATCA--TTACATTG-AAAACAAAG------ACC-CAA-CC-TGCA----TGTTT-AGAAACCA-TAC-GG-G----A----AAA----------------A-----AAA--G-A--TC-AT-G-A-ATATAT-A--ATCCTTAAATTTAGTG-C--T-AAGAACTGTTGAA-GAA-A--TCAAAA-TTT--ATG-AC-AT-T-GA---ATGT-A--CATATTT-TT---CC---AACCTCAACT-T-TTAAAGGTCTATTGACT-TCA-CA--A-AA-G---ATG-ATTTT--GGGT--GGAC--GA-A--GGCCTC--CC--TTT--GC-CA-AA--AAA-T-G-G--TCCATT------T------------------------C------------GAG--TCCTTT--GG--G-AA-TG-T-------AG--AAAA-------A-----A---C-CTC-TTCCC--AT-G-CACGTCTGta
gi|9 : CGT--------ATTAA---AGATCAA-TACCAGTG-AAAACAAAG-G----ACC-CAA-CCGTGCA----TGTTT-A-AAACCA--AC-GGAG----A----AAA----------------ATAAAAAAA--G-A--TAGAT-G-A-ATATAT-A--ATC--T----TTAGTG-C--T-AAGAACTGTTGAA-GGA-A---CAAAA-TT---ATG-AC-AT---GA---ATGTCA--CAGTTTT-TT---CC---AACCTCAACT-T-TTAAAAGCCTATTG-CT-TCA-CAGGA-ACAG---ATG-ATTTTTGAGGTGGGGAC-----A--GGCCTC--CCCGTTT-----CA-AACAAAA-T-G-G--TCCATT------T------------C------------------------GAG--TCCTTT--GG--G-AA-TG-T-------AG--AAAA-------A-----A---C-TTT-TCCCA--AT-G-CACGTC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TTCCTACAAGTTTAAACGTTTTCATAGATTTTCTCAGAGAGAATTTCTTCACTTTTACTTAGGTGAAAAAGATGCGAATTCTCAGGTGACAACTATACTAATACTGATTTACCTGGGATAAAATAGTCATAACATAACTATTGTGAAT
Unaligned ( gi|23 ): AAAATTTCACCCGATACGCAGCCCTATTT
Alignments
lowQualScore : 1 111111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111111 222 222222 1 111111 1111111111111111 22222222 11 1111 111 99999999999999999999999999999999999999999999 1111111
lowQualScore : 5 5 5 5 5 5 0 444444 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 44444444 777 4 99 4 111 000000 3 3 3 7777 5 2 2 2 888888 6666 8888888888888888 77777 99 2 33 2 2 2 2 2 66 44444444 2 3333 2 2 2 33 2 777 2 2 555 444 2 66 2 555 555 2 2 66 2 2 33 2 7 666 2 1111 33 2 33 55 2 33 999 2 33 2 2 2 55 99999999999999999999999999999999999999999999 33 33 33 2 2 4 0000000 66 7777777 55555 666 2 4 33 2 2
lowQualScore : . . . . . . . ...... ................................................................... ........ ... . .. . ... ...... . . . .... . . . . ...... .... ................ ..... .. . .. . . . . . .. ........ . .... . . . .. . ... . . ... ... . .. . ... ... . . .. . . .. . . ... . .... .. . .. .. . .. ... . .. . . . .. ............................................ .. .. .. . . . ....... .. ....... ..... ... . . .. . .
lowQualScore : 0 0 0 0 0 0 0 444444 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 55555555 000 0 55 0 999 444444 6 3 3 1111 7 9 9 9 666666 1111 9999999999999999 11111 66 9 99 9 9 9 9 9 88 77777777 9 7777 6 9 9 99 7 333 7 7 555 777 7 88 9 000 000 9 9 22 7 5 44 5 5 999 5 4444 44 5 44 66 4 44 444 5 22 4 4 4 66 11111111111111111111111111111111111111111111 22 22 22 4 4 7 0000000 55 6666666 99999 555 4 7 22 7 7
consensus : CAA-GCGA-TAA-T-T-CTCCGAGT-GAAACA-CTA------CTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGCGATAGATACATG---GCGT--------ATTAA---A-ATCA--TG-CCATTG-AAAACAAAG-G----ACC-CAA-CC-TGCA----TGTTT-A-AAACCA-TAC-GG-G----A----AAA----------------A-----AAA--G-A--TA-AT-G-A-ATATAT-A--ATCCTT----TTAGTG-C--T-AAGAACTGTTGAA-GAA-A--TCAAAA-TT---ATG-AC-AT-T-GA---ATGT-A--CAATTTT-TT---CC---AACCTCAACT-T-TTAAAGGCCTATTGACT-TCA-CA--A-AC-G---ATG-ATTTT--GGGTGGGGAC--GA-A--GGCCTC--CC-GTTT--GC-CA-AA--AAA-T-G-G--TCCATT------T------------C-----------C------------GAG--TCCTTT--GG--G-AA-TG-T-------AG--AAAA-------A-----A---C-CTC-TTCCC--AT-G-CACGTCTG
Reference ( family-1588 ) : CAA-GCGA-TAA-T-T-CTCCGAGT-GAAACA-CTA------CTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGCGATAGATACATG---GCGT--------ATTAA---A-ATCA--TG-CCATTG-AAAACAAAG-G----ACC-CAA-CC-TGCA----TGTTT-A-AAACCA-TAC-GG-G----A----AAA----------------A-----AAA--G-A--TA-AT-G-A-ATATAT-A--ATCCTT----TTAGTG-C--T-AAGAACTGTTGAA-GAA-A--TCAAAA-TT---ATG-AC-AT-T-GA---ATGT-A--CAATTTT-TT---CC---AACCTCAACT-T-TTAAAGGCCTATTGACT-TCA-CA--A-AC-G---ATG-ATTTT--GGGTGGGGAC--GA-A--GGCCTC--CC-GTTT--GC-CA-AA--AAA-T-G-G--TCCATT------T------------C-----------C------------GAG--TCCTTT--GG--G-AA-TG-T-------AG--AAAA-------A-----A---C-CTC-TTCCC--AT-G-CACGTCTG
gi|1 : AA-GCGA-TAA-TGT-CGACGAGT-GAAACA-CTA------CTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGCAATAGATACATGTAGGTGTGAAAAAAAAATAA---A-AT-A--TGGCCAT---GAAACAAAG------ACC-AAC-CC-TGCA----TTTTTTA-AAACCAATAC-GA-A----A----AAATAAAAGAAAGAAGAAAA-----AAA--G-A--TA-AT-G-A-TTAAAT-A--ATCATT----C-AGTG-CCTT-AAGAACTGT-GAA-AGA-A--TCAAA--TTGACATG-AA-ATGT-AATACATGT-A--CATTTTT-TTTTCCC---AACCTCAACT-TATTA---GCCTATTGACTGTCA-CA--A-AC-G---------------GGTAGGGAC--GA-A--GGCCTC--CC-G-TT--GC----AA--AAA-TGG-G--TCCATT------CTCTCCTCCTTGAC-----------C------------GAG--TCCTTT--GGGTG-AA-TG-T-------AT--AAAAAAAAAATA-----A---C-CTC-TTCCC--A--G-CACGTC
gi|10 : atctcctacagcactaaggtttctcgtagtattcttcttgagatatgattttcacttgttaacttactaaagaggagaaaaggcaGT--------ATTAA---A-ATCA--TG-CCA-TG-AAAACAAAG-G----ACCGAAA-CC-TGC--------------------------------------AA----------------A-----AAA--A-A--TA-AT---A-ATA-AT-A--AGAC--------AG---------AGAA--GATAAA-GAATATCTCAAAA-TT---ATA-AC-AT-T-GA---ATGT-atgt
gi|11 : ggtgaaaaagcatgcgataattctccgagtgacacactactaaattactgattttcacctggggataaaagtagtcatacataacctattgtgacatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTT-A-AAAC-A-TAC-TG-G----A----AAA----------------A-----AAAACG-A--TA-ATTG-A-ATATAT-A--ATCCTT----T-AGTG-C--T-AAGA-CTGTCGAA-GAA-A--TCAAAA-TT---ATG-AC-AT-TTGA---ATGT-AACCAATTTT-TT---TCCAAAACCTCAACT-T-TTAAGG--CTCTTGACT-TCC-CA--A-AA-G---ATG-ATTTT--GCGTGGGGAC--GA-A--GGCCTTCACC-GTTT--G--CA-AA--AAA-T-G-GA-TCCATT------T------------C-----------G------------AAGATTCCTTT--GG--GAAA-TG-T-------AG--AAAA-------A-----AC--C-CTC-TTCCC--AT-G-CACGTCT
gi|12 : A-CC-TGCA----TGTTT-A-AAACCA-TAC-GA------A----AAA----------------A-----AAA--G-A--TA-AT-G-A-ATATAT-A--ATCC---------------------AACTGTTGAA-GAA-A--TCAAAA-TT---ATG-AA-AT-T-GA---ATGT-A--CAATTTT-TT---CC---AACCTCAACT-T-TTAAA-GCCTATTGACT-TCA-CA--A-AC-G---ATG-ATTAT--GAA-GGGGAC--GG-A--G----------GTTT--GC-AATAA--AAA-T-G-G--TCCATT------TCTTCCTCCTGA-C-----------C------------GAG--TACTTT--GG--G-AA-TG-T-------AA--AAAA-------AAAAACA---C-CTC-TTCCC--AT-G-CACGTCTGag
gi|13 : A-TT---ATG-AC-AT-T-GA---AT-T-A--CAATTTT-TT---CC---AACCTCAACT-T-T-AAAG--CTATTGACT-TCA-CA--A-AC-G---ATG-ATT----GGGTGGGAAC--GA-A--GGTCTC--CC-GTTT--GCAAA-AA--AAA-T-G-G--TCCATT------TCTCCTCCTGA--C-----------C------------GAG--TCCTTT---G--G-AA-TG-T-------AGAAAAAA-------A-----A---C-CTC-TTCCC--AT-GCCACGTCTGt
gi|14 : aagaaacaaaatcaaataaagattctattaaatcaaataaagatacaaatgaattgtAA-GCGA-TAA-T-T-CTCCGAGT-GAAACA-CTA------CTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAT--GCGT--------ATTAA---A-ATCA--TA-CCAT-G-AAAA--AAA-G----ACC-CAA-CCCTGCA----TGTTT-A-AAACCA-TAC-GG-GAGAAA----AAA----------------A-----AAA--G-A--TA-AT-G-A-ATATAT-AT-ATC--T----TTAGTG-C--T-AAGAta
gi|15 : CCT----TTAGTG-C--T-AAGAAATGTTGAA-GAT-T--TCAAAA-TT---ATG-AC-AT-T-GG---ATGT-A--CAATTTT-TT---CC---AAACTCAACT-T-TTAAA-GCCTATTGACT-TCA-CA--A-AC-G---AGG-ATTTT--GGGTGGGGAC--GA-A--GGCCTC--CC-GTTT--G--CA-AA--AAA-T-G-G--TCCATT------T------------------------C------------GAG--GCCTCG--GG--G-GA-CG-T-------AGGAAAAA-------A-----A---A-ATC-TTCCC--CT-G-CACGT
gi|16 : --T-AAGAGCTGTTGAA-GAA-A--TCAAAA-TT---ATG-AC-AT-T-GA---ATGT-A--CAATTTT-TT---CC---AACCTCAACT-T-TTAAA-GCCTATTGACT-TCA-CA--A-AA-G---ATG-ATTTT--GGGTGGGGAC--GA-A--GGCCTC--CC-GTTT--G--CA-AA--AAA-T-G-G--TCCATT------T------------------------C------------GAG--TCCTTT--GG--G-AA-TG-T-------AG--AAAA-------A-----A---C-CTC-TTCCC--TT-G-CACGTCTGacg
gi|17 : tATTGACT--CA-CA--ATCC-GTTCATG-ATTT---GAGTGGGGACAGGATA--GGCC-C--TC-GTTTTGGC-TA-AA--AAAAT-GCGCCTCCATTGTTTCCT------------C-----------CTGAGCGG-----AAG--TCCTTTTGGG--G-AA-TG-T-------AA--AAAA-------A-----AAAAC-TTC-TTCCC--At
gi|19 : aaacttgacttgtgagatg--AAA-T-G-G--TCCATT------T------------CTTCCTCCTGACC------------GTG--TCCTTT--GG--G-AA-TG-TAAAAAAAAA--AAAA-------A-----A---C-CTC-TTCCC--aag
gi|2 : CAT-GCGA-TAA-T-TACTCCGAGT-GAAACATTTA------CTgcatcctttcctatgaacgtctgta
gi|2 : aacaagcttacgtttcttcgcgtagtaattttcttgagatagaagtATG---GCGT--------AT--A---A-ATCA--TG-CCAT-G-AAAACAAAG-GGAAAATC-AAA-CC-TGCA----TGTTT-T-AAACCA-TAC-GA------A----AAA----------------A-----GAA--G-A--TG-AT-G-A-AT-----------CCT----TTAGTG-C--TTAAGAACTGTGGAAAGAA-A--TCAAAAATT---ATG-AC-AT-T-GA---ATGT-AA-CAATTTTATT---TC---AACCTCAACT-T-TTTAAGTC---TTGA-T-CCAGCA--A-ACCG---ATG-ATTT----GGTGGAGAC--GG-ACAGGCCTC--CC-GTTT--TG-CA-AA--AAA-A-G-G--TCCATT------TTCTTCCTCCTGAC-----------C------------GGA--CTCATT--GA--G-AA-TGCT-------AA--AAAA-------A-----A---CGCTC-TTCC---AT-C-CACGTCTGcaattaccgattttcacctggaggagtaaaagtagcatatccaacctattgtgcatataaaacaaacccctttctcagcccaaaaaaagatgttgaggaaaaaaatggcgtataaatcatgccatgaaaacaaagggaaaatcaaacctgcatgttttaaaccatacgaaaaaagaagatgatgaatcctttagtgcttaagaactgtggaaagaaatcaaaaattatgacattgaatgtaacaattttatttcaacctcaactttttaagtcttgatccagcaaaccgatgatttggtggagacggacaggcctcccgttttgcaaaaaaaggtccattttcttcctcctgaccggactcattgagaatgctaaaaaaaacgctcttccatccacgtctgta
gi|20 : aacaagcttacgtttcttcgcgtagtaattttcttgagatagaagtcatgcgataattactccgagtgaaacatttactcaattaccgattttcacctggaggagtaaaagtagcatatccaacctattgtgcatataaaacaaacccctttctcagcccaaaaaaagatgttgaggaaaaaaGCCTC--CC-GTTT--GC--A-AA--AAA-T-G-G--TCCATT------T------------C------------------------GAG--TCCTTT--GG--G-AA-TG-T-------AG--AAAA-------A-----A---C-CTC-TTCCC--AT-G-CACGTCTGta
gi|21 : ----ACC-CGA-TA-CGCAGCCCTATTT-A-AAACCA-TACTGG-A----A----AAA----------------A-----AAA--G-A--TA-AT-G-A-ATATAT-A--ATCCTt
gi|22 : tttcCA-CA--A-CC-G---GTG-ATTTT--GGGTGGGGAC--GA-A--GGCCTC--CC-G
gi|3 : aCAATGCGA-TAAAT-T-CTCGCTGT-GAAACA-CTA------CT
gi|3 : ctgctacagttctttatgttgtaaattttctttgagatgaattttcacttttagcttaaggtgaaag-A-AAACTA-TAC-GA-A----A----AAA----------------A-----AAA--G-AGATA-AT-G-A--TATAT-A---TCCTT----T--GTGGC--T-AAGAACTGTT-AA-GAA-C--T-AAAA-TT---ATG-ACTAT-T--A---ATGT-A--CAATTTT-TT---CC---AACTCCA--T-T-TTAAAG-CCT-TTGA---TCA-CA--A--C-G---ATG-ATT----GGGTGGGGAC--GA-A--GGCCTC--CC-GTTT--G--CA-TA--AAA-T-G-G--T-CATT------T------------C-----------TTCCTCTGACG--GAG--TCATTT--GG--G--A-CG-T-------AA--AAAA-------C-----A---C-CTG-T--CC--AT-G-CAcattacgatttttcatggggataaatgtaagtcaatattaacctattgtggattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgcgttattaaaacctgccagaaaaactatacgaaaaaaaaaagagataatgatatatatcctttgtggctaagaactgttaagaactaaaattatgactattaatgtacaattttttccaactccattttaaagcctttgatcacaacgatgattgggtggggacgaaggcctcccgtttgcataaaatggtcatttcttcctctgacggagtcatttgggacgtaaaaaacacctgtccatgca
gi|4 : ctgctacagttctttatgttgtaaattttctttgagatgaattttcacttttagcttaaggtgaaagcaatgcgataaattctcgctgtgaaacactactcattacgatttttcatggggataaatgtaagtcaatattaacctattgtggattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgcgttattaaaacctgccagaCAA-GCAAGTAA-T-T-CTCCGAGT-GAAACA-C-A------CTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--GGGT--------ATTAA---A-ATCAATTA-CCATTGGAAAACAAAG-GG---ACC-CAA-CCCTGCA----TGTTT-A-AA-CCA-TAC-GG-GGCA-A----AAA----------------A-----AAA--GCA--TA-AT-G-A-TAATAT-A--ATTCCT----TTAGTG-C--T-GTGAA-TGTACAA-GTA-A--C---------------AC-AT-T-------TGT-A----------TT---CC---AACCTCAACT-T-TTAAAAGCCTAT-GACT-TCA-CA--A-AC-G---ATGCATTTT--GGGTGGG-AC--GA-A--G-CCTC--CC-GTTT--GC--A-AA--AAA-T-G-G--TCCATT------T------------T-----------C------------GAG--TCCTTT---G--G-AA-CG-T-------AG--AAAA-------A-----A---C-CTC-ATCCCGAAT-G-CACG
gi|5 : tctcctacaagcttacgtttcccgtagtattttcttgagatagatttttcaactaaagCGT--------ATTAA---A-ATCA--TG-CCAT---AAAACAAAG------ACC-CAA-CC-TGCA----TGTTT-A-AAACCA-TAC-GA-A----A----AAA----------------A-----AAAA-G-A--TA-AT-G-A-ATATAT-ATAATCC---------------------AACTGT-GAA-GAA-A--TCAAA--TT---ATG-AC-ATGT-GA---ATGT-A--CAATTTT-TT---TC---CACCTCAACT-T-TTAA--GCCTATTGACT-TCA--A--A-ACTG---ATG-----T--GGGTGGGAAC--GA-A--G-CCTT--CC-GTTT--GC--A-AA--AAA-T-G----CCCATT------T------------C-----------TTCCTCCTGACCGGAG--TC-TTT--GG--G-AAGTA-T-------AA--AAAA-------A-----A---C-CTCTTTCCC--ATGG-CACGTCT
gi|6 : tctcacaagcttacctctccgtagtaatttcgtgagatagataaagtgaaaagcaagcgacaattctccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattCAA-GCGA-CAA-T-T-CTCCGANN-NNNNNN-NNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGCGAT--------------------------TAA---A-ATCA--TG-CCAT---GAAACAAAG-G----ACC-CAAACC-TGCA----TGTTT-A-AAACCA-TAC-GA-A----A----AAA----------------A-----AAAA-G-A--TA-AT-G-ATATATATTA--ATCC---------------------AACTGTTGAA-GAA-A--TCAAAA-TT---ATG-AC-AT---GA---ATGT-A--CAATTTT-TT---CC---AAC-TCAACT-T-TTAAAG-CCTATTGACT-TCA-CA--A-AC-A---GTG-ATT-----GGTGGGAAC--GA-A--GGCCTC--C--GTT------CA-AA--AAA-T-G-G--CCCATT------T------------CTCCTCCTGAC-C------------GAG--GTCTTT--GG--G-AA-TG-TA------AA--AAAA-------A-----A---C-CTC-TT-CC--AT-G-CACGT
gi|7 : atctcctacaagcttacctcccgtagtaatttcgtgagatagataaagtgaaaaagCAA-GCGA-TAA-T-T-CTCCGAGTTGAAACA-CTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATT---GCGT--------TTTAATTCA-AT-A--GA-CCAT-G-AAAACAAAAAG----GCC-CAA-CCCTGCA----TGTTTTA-AAACCA-T-C-AG-G----ATGAAAAA----------------A-----AAA--G-A--TA-AT-GAA-ATATAT-A--ATCC-T----TTAGTG-C--T-AAGAACTGTTGAA-GAA-A--TCAAAA-TT---ATGAAC-AT-T-GA---ATGT-A--CAATTTT-TT---CC---AACCTCAACTGT-TTAAA-GCCTATTGACT-TCA-CA--A-AA-GT--ATG---TTT--GGGT-GGGAC--GA-A--GGCCTCG-CC-GTTT--G--CA-AA--AAA-T-G-G--TCCATT-------------------------------C------------GAG--TCCTTT--GG--G-AA-TGCT-------AG--AAAA-------A-----A---C-CTCTTTCCC--AT-G-CACGTCTG
gi|8 : CAA-GCGA-TAA-T-T-CTCCGAGT-GAAACAACTA------CTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---GCGT--------ATTAA---A-ATCA--TT-ACATTG-AAAACAAAG------ACC-CAA-CC-TGCA----TGTTT-AGAAACCA-TAC-GG-G----A----AAA----------------A-----AAA--G-A--TC-AT-G-A-ATATAT-A--ATCCTTAAATTTAGTG-C--T-AAGAACTGTTGAA-GAA-A--TCAAAA-TTT--ATG-AC-AT-T-GA---ATGT-A--CATATTT-TT---CC---AACCTCAACT-T-TTAAAGGTCTATTGACT-TCA-CA--A-AA-G---ATG-ATTTT--GGGT--GGAC--GA-A--GGCCTC--CC--TTT--GC-CA-AA--AAA-T-G-G--TCCATT------T------------------------C------------GAG--TCCTTT--GG--G-AA-TG-T-------AG--AAAA-------A-----A---C-CTC-TTCCC--AT-G-CACGTCTGta
gi|9 : CGT--------ATTAA---AGATCAA-TA-CCAGTG-AAAACAAAG-G----ACC-CAA-CCGTGCA----TGTTT-A-AAACCA--AC-GGAG----A----AAA----------------ATAAAAAAA--G-A--TAGAT-G-A-ATATAT-A--ATC--T----TTAGTG-C--T-AAGAACTGTTGAA-GGA-A---CAAAA-TT---ATG-AC-AT---GA---ATGTCA--CAGTTTT-TT---CC---AACCTCAACT-T-TTAAAAGCCTATTG-CT-TCA-CAGGA-ACAG---ATG-ATTTTTGAGGTGGGGAC-----A--GGCCTC--CCCGTTT-----CA-AACAAAA-T-G-G--TCCATT------T------------C------------------------GAG--TCCTTT--GG--G-AA-TG-T-------AG--AAAA-------A-----A---C-TTT-TCCCA--AT-G-CACGTC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TTCCTACAAGTTTAAACGTTTTCATAGATTTTCTCAGAGAGAATTTCTTCACTTTTACTTAGGTGAAAAAGATGCGAATTCTCAGGTGACAACTATACTAATACTGATTTACCTGGGATAAAATAGTCATAACATAACTATTGTGAAT
Unaligned ( gi|23 ): AAAATTTCACCCGATACGCAGCCCTATTT
Alignments
lowQualScore : 1 111111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111111 222 222222 1 111111 1111111111111111 22222222 11 1111 111 99999999999999999999999999999999999999999999 1111111
lowQualScore : 5 5 5 5 5 5 0 444444 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 44444444 777 4 99 4 111 000000 3 3 3 7777 5 2 2 2 888888 6666 8888888888888888 77777 99 2 33 2 2 2 2 2 66 44444444 2 3333 2 2 2 33 2 777 2 2 555 444 2 66 2 555 555 2 2 66 2 2 33 2 7 666 2 1111 33 2 33 55 2 33 999 2 33 2 2 2 55 99999999999999999999999999999999999999999999 33 33 33 2 2 4 0000000 66 7777777 55555 666 2 4 33 2 2
lowQualScore : . . . . . . . ...... ................................................................... ........ ... . .. . ... ...... . . . .... . . . . ...... .... ................ ..... .. . .. . . . . . .. ........ . .... . . . .. . ... . . ... ... . .. . ... ... . . .. . . .. . . ... . .... .. . .. .. . .. ... . .. . . . .. ............................................ .. .. .. . . . ....... .. ....... ..... ... . . .. . .
lowQualScore : 0 0 0 0 0 0 0 444444 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 55555555 000 0 55 0 999 444444 6 3 3 1111 7 9 9 9 666666 1111 9999999999999999 11111 66 9 99 9 9 9 9 9 88 77777777 9 7777 6 9 9 99 7 333 7 7 555 777 7 88 9 000 000 9 9 22 7 5 44 5 5 999 5 4444 44 5 44 66 4 44 444 5 22 4 4 4 66 11111111111111111111111111111111111111111111 22 22 22 4 4 7 0000000 55 6666666 99999 555 4 7 22 7 7
consensus : CAA-GCGA-TAA-T-T-CTCCGAGT-GAAACA-CTA------CTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGCGATAGATACATG---GCGT--------ATTAA---A-ATCA--TG-CCATTG-AAAACAAAG-G----ACC-CAA-CC-TGCA----TGTTT-A-AAACCA-TAC-GG-G----A----AAA----------------A-----AAA--G-A--TA-AT-G-A-ATATAT-A--ATCCTT----TTAGTG-C--T-AAGAACTGTTGAA-GAA-A--TCAAAA-TT---ATG-AC-AT-T-GA---ATGT-A--CAATTTT-TT---CC---AACCTCAACT-T-TTAAAGGCCTATTGACT-TCA-CA--A-AC-G---ATG-ATTTT--GGGTGGGGAC--GA-A--GGCCTC--CC-GTTT--GC-CA-AA--AAA-T-G-G--TCCATT------T------------C-----------C------------GAG--TCCTTT--GG--G-AA-TG-T-------AG--AAAA-------A-----A---C-CTC-TTCCC--AT-G-CACGTCTG
Reference ( family-1588 ) : CAA-GCGA-TAA-T-T-CTCCGAGT-GAAACA-CTA------CTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGCGATAGATACATG---GCGT--------ATTAA---A-ATCA--TG-CCATTG-AAAACAAAG-G----ACC-CAA-CC-TGCA----TGTTT-A-AAACCA-TAC-GG-G----A----AAA----------------A-----AAA--G-A--TA-AT-G-A-ATATAT-A--ATCCTT----TTAGTG-C--T-AAGAACTGTTGAA-GAA-A--TCAAAA-TT---ATG-AC-AT-T-GA---ATGT-A--CAATTTT-TT---CC---AACCTCAACT-T-TTAAAGGCCTATTGACT-TCA-CA--A-AC-G---ATG-ATTTT--GGGTGGGGAC--GA-A--GGCCTC--CC-GTTT--GC-CA-AA--AAA-T-G-G--TCCATT------T------------C-----------C------------GAG--TCCTTT--GG--G-AA-TG-T-------AG--AAAA-------A-----A---C-CTC-TTCCC--AT-G-CACGTCTG
gi|1 : AA-GCGA-TAA-TGT-CGACGAGT-GAAACA-CTA------CTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGCAATAGATACATGTAGGTGTGAAAAAAAAATAA---A-AT-A--TGGCCAT---GAAACAAAG------ACC-AAC-CC-TGCA----TTTTTTA-AAACCAATAC-GA-A----A----AAATAAAAGAAAGAAGAAAA-----AAA--G-A--TA-AT-G-A-TTAAAT-A--ATCATT----C-AGTG-CCTT-AAGAACTGT-GAA-AGA-A--TCAAA--TTGACATG-AA-ATGT-AATACATGT-A--CATTTTT-TTTTCCC---AACCTCAACT-TATTA---GCCTATTGACTGTCA-CA--A-AC-G---------------GGTAGGGAC--GA-A--GGCCTC--CC-G-TT--GC----AA--AAA-TGG-G--TCCATT------CTCTCCTCCTTGAC-----------C------------GAG--TCCTTT--GGGTG-AA-TG-T-------AT--AAAAAAAAAATA-----A---C-CTC-TTCCC--A--G-CACGTC
gi|10 : atctcctacagcactaaggtttctcgtagtattcttcttgagatatgattttcacttgttaacttactaaagaggagaaaaggcaGT--------ATTAA---A-ATCA--TG-CCA-TG-AAAACAAAG-G----ACCGAAA-CC-TGC--------------------------------------AA----------------A-----AAA--A-A--TA-AT---A-ATA-AT-A--AGAC--------AG---------AGAA--GATAAA-GAATATCTCAAAA-TT---ATA-AC-AT-T-GA---ATGT-atgt
gi|11 : ggtgaaaaagcatgcgataattctccgagtgacacactactaaattactgattttcacctggggataaaagtagtcatacataacctattgtgacatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTT-A-AAAC-A-TAC-TG-G----A----AAA----------------A-----AAAACG-A--TA-ATTG-A-ATATAT-A--ATCCTT----T-AGTG-C--T-AAGA-CTGTCGAA-GAA-A--TCAAAA-TT---ATG-AC-AT-TTGA---ATGT-AACCAATTTT-TT---TCCAAAACCTCAACT-T-TTAAGG--CTCTTGACT-TCC-CA--A-AA-G---ATG-ATTTT--GCGTGGGGAC--GA-A--GGCCTTCACC-GTTT--G--CA-AA--AAA-T-G-GA-TCCATT------T------------C-----------G------------AAGATTCCTTT--GG--GAAA-TG-T-------AG--AAAA-------A-----AC--C-CTC-TTCCC--AT-G-CACGTCT
gi|12 : A-CC-TGCA----TGTTT-A-AAACCA-TAC-GA------A----AAA----------------A-----AAA--G-A--TA-AT-G-A-ATATAT-A--ATCC---------------------AACTGTTGAA-GAA-A--TCAAAA-TT---ATG-AA-AT-T-GA---ATGT-A--CAATTTT-TT---CC---AACCTCAACT-T-TTAAA-GCCTATTGACT-TCA-CA--A-AC-G---ATG-ATTAT--GAA-GGGGAC--GG-A--G----------GTTT--GC-AATAA--AAA-T-G-G--TCCATT------TCTTCCTCCTGA-C-----------C------------GAG--TACTTT--GG--G-AA-TG-T-------AA--AAAA-------AAAAACA---C-CTC-TTCCC--AT-G-CACGTCTGag
gi|13 : A-TT---ATG-AC-AT-T-GA---AT-T-A--CAATTTT-TT---CC---AACCTCAACT-T-T-AAAG--CTATTGACT-TCA-CA--A-AC-G---ATG-ATT----GGGTGGGAAC--GA-A--GGTCTC--CC-GTTT--GCAAA-AA--AAA-T-G-G--TCCATT------TCTCCTCCTGA--C-----------C------------GAG--TCCTTT---G--G-AA-TG-T-------AGAAAAAA-------A-----A---C-CTC-TTCCC--AT-GCCACGTCTGt
gi|14 : aagaaacaaaatcaaataaagattctattaaatcaaataaagatacaaatgaattgtAA-GCGA-TAA-T-T-CTCCGAGT-GAAACA-CTA------CTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAT--GCGT--------ATTAA---A-ATCA--TA-CCAT-G-AAAA--AAA-G----ACC-CAA-CCCTGCA----TGTTT-A-AAACCA-TAC-GG-GAGAAA----AAA----------------A-----AAA--G-A--TA-AT-G-A-ATATAT-AT-ATC--T----TTAGTG-C--T-AAGAta
gi|15 : CCT----TTAGTG-C--T-AAGAAATGTTGAA-GAT-T--TCAAAA-TT---ATG-AC-AT-T-GG---ATGT-A--CAATTTT-TT---CC---AAACTCAACT-T-TTAAA-GCCTATTGACT-TCA-CA--A-AC-G---AGG-ATTTT--GGGTGGGGAC--GA-A--GGCCTC--CC-GTTT--G--CA-AA--AAA-T-G-G--TCCATT------T------------------------C------------GAG--GCCTCG--GG--G-GA-CG-T-------AGGAAAAA-------A-----A---A-ATC-TTCCC--CT-G-CACGT
gi|16 : --T-AAGAGCTGTTGAA-GAA-A--TCAAAA-TT---ATG-AC-AT-T-GA---ATGT-A--CAATTTT-TT---CC---AACCTCAACT-T-TTAAA-GCCTATTGACT-TCA-CA--A-AA-G---ATG-ATTTT--GGGTGGGGAC--GA-A--GGCCTC--CC-GTTT--G--CA-AA--AAA-T-G-G--TCCATT------T------------------------C------------GAG--TCCTTT--GG--G-AA-TG-T-------AG--AAAA-------A-----A---C-CTC-TTCCC--TT-G-CACGTCTGacg
gi|17 : tATTGACT--CA-CA--ATCC-GTTCATG-ATTT---GAGTGGGGACAGGATA--GGCC-C--TC-GTTTTGGC-TA-AA--AAAAT-GCGCCTCCATTGTTTCCT------------C-----------CTGAGCGG-----AAG--TCCTTTTGGG--G-AA-TG-T-------AA--AAAA-------A-----AAAAC-TTC-TTCCC--At
gi|19 : aaacttgacttgtgagatg--AAA-T-G-G--TCCATT------T------------CTTCCTCCTGACC------------GTG--TCCTTT--GG--G-AA-TG-TAAAAAAAAA--AAAA-------A-----A---C-CTC-TTCCC--aag
gi|2 : CAT-GCGA-TAA-T-TACTCCGAGT-GAAACATTTA------CTgcatcctttcctatgaacgtctgta
gi|2 : aacaagcttacgtttcttcgcgtagtaattttcttgagatagaagtATG---GCGT--------AT--A---A-ATCA--TG-CCAT-G-AAAACAAAG-GGAAAATC-AAA-CC-TGCA----TGTTT-T-AAACCA-TAC-GA------A----AAA----------------A-----GAA--G-A--TG-AT-G-A-AT-----------CCT----TTAGTG-C--TTAAGAACTGTGGAAAGAA-A--TCAAAAATT---ATG-AC-AT-T-GA---ATGT-AA-CAATTTTATT---TC---AACCTCAACT-T-TTTAAGTC---TTGA-T-CCAGCA--A-ACCG---ATG-ATTT----GGTGGAGAC--GG-ACAGGCCTC--CC-GTTT--TG-CA-AA--AAA-A-G-G--TCCATT------TTCTTCCTCCTGAC-----------C------------GGA--CTCATT--GA--G-AA-TGCT-------AA--AAAA-------A-----A---CGCTC-TTCC---AT-C-CACGTCTGcaattaccgattttcacctggaggagtaaaagtagcatatccaacctattgtgcatataaaacaaacccctttctcagcccaaaaaaagatgttgaggaaaaaaatggcgtataaatcatgccatgaaaacaaagggaaaatcaaacctgcatgttttaaaccatacgaaaaaagaagatgatgaatcctttagtgcttaagaactgtggaaagaaatcaaaaattatgacattgaatgtaacaattttatttcaacctcaactttttaagtcttgatccagcaaaccgatgatttggtggagacggacaggcctcccgttttgcaaaaaaaggtccattttcttcctcctgaccggactcattgagaatgctaaaaaaaacgctcttccatccacgtctgta
gi|20 : aacaagcttacgtttcttcgcgtagtaattttcttgagatagaagtcatgcgataattactccgagtgaaacatttactcaattaccgattttcacctggaggagtaaaagtagcatatccaacctattgtgcatataaaacaaacccctttctcagcccaaaaaaagatgttgaggaaaaaaGCCTC--CC-GTTT--GC--A-AA--AAA-T-G-G--TCCATT------T------------C------------------------GAG--TCCTTT--GG--G-AA-TG-T-------AG--AAAA-------A-----A---C-CTC-TTCCC--AT-G-CACGTCTGta
gi|21 : ----ACC-CGA-TA-CGCAGCCCTATTT-A-AAACCA-TACTGG-A----A----AAA----------------A-----AAA--G-A--TA-AT-G-A-ATATAT-A--ATCCTt
gi|22 : tttcCA-CA--A-CC-G---GTG-ATTTT--GGGTGGGGAC--GA-A--GGCCTC--CC-G
gi|3 : aCAATGCGA-TAAAT-T-CTCGCTGT-GAAACA-CTA------CT
gi|3 : ctgctacagttctttatgttgtaaattttctttgagatgaattttcacttttagcttaaggtgaaag-A-AAACTA-TAC-GA-A----A----AAA----------------A-----AAA--G-AGATA-AT-G-A--TATAT-A---TCCTT----T--GTGGC--T-AAGAACTGTT-AA-GAA-C--T-AAAA-TT---ATG-ACTAT-T--A---ATGT-A--CAATTTT-TT---CC---AACTCCA--T-T-TTAAAG-CCT-TTGA---TCA-CA--A--C-G---ATG-ATT----GGGTGGGGAC--GA-A--GGCCTC--CC-GTTT--G--CA-TA--AAA-T-G-G--T-CATT------T------------C-----------TTCCTCTGACG--GAG--TCATTT--GG--G--A-CG-T-------AA--AAAA-------C-----A---C-CTG-T--CC--AT-G-CAcattacgatttttcatggggataaatgtaagtcaatattaacctattgtggattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgcgttattaaaacctgccagaaaaactatacgaaaaaaaaaagagataatgatatatatcctttgtggctaagaactgttaagaactaaaattatgactattaatgtacaattttttccaactccattttaaagcctttgatcacaacgatgattgggtggggacgaaggcctcccgtttgcataaaatggtcatttcttcctctgacggagtcatttgggacgtaaaaaacacctgtccatgca
gi|4 : ctgctacagttctttatgttgtaaattttctttgagatgaattttcacttttagcttaaggtgaaagcaatgcgataaattctcgctgtgaaacactactcattacgatttttcatggggataaatgtaagtcaatattaacctattgtggattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgcgttattaaaacctgccagaCAA-GCAAGTAA-T-T-CTCCGAGT-GAAACA-C-A------CTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--GGGT--------ATTAA---A-ATCAATTA-CCATTGGAAAACAAAG-GG---ACC-CAA-CCCTGCA----TGTTT-A-AA-CCA-TAC-GG-GGCA-A----AAA----------------A-----AAA--GCA--TA-AT-G-A-TAATAT-A--ATTCCT----TTAGTG-C--T-GTGAA-TGTACAA-GTA-A--C---------------AC-AT-T-------TGT-A----------TT---CC---AACCTCAACT-T-TTAAAAGCCTAT-GACT-TCA-CA--A-AC-G---ATGCATTTT--GGGTGGG-AC--GA-A--G-CCTC--CC-GTTT--GC--A-AA--AAA-T-G-G--TCCATT------T------------T-----------C------------GAG--TCCTTT---G--G-AA-CG-T-------AG--AAAA-------A-----A---C-CTC-ATCCCGAAT-G-CACG
gi|5 : tctcctacaagcttacgtttcccgtagtattttcttgagatagatttttcaactaaagCGT--------ATTAA---A-ATCA--TG-CCAT---AAAACAAAG------ACC-CAA-CC-TGCA----TGTTT-A-AAACCA-TAC-GA-A----A----AAA----------------A-----AAAA-G-A--TA-AT-G-A-ATATAT-ATAATCC---------------------AACTGT-GAA-GAA-A--TCAAA--TT---ATG-AC-ATGT-GA---ATGT-A--CAATTTT-TT---TC---CACCTCAACT-T-TTAA--GCCTATTGACT-TCA--A--A-ACTG---ATG-----T--GGGTGGGAAC--GA-A--G-CCTT--CC-GTTT--GC--A-AA--AAA-T-G----CCCATT------T------------C-----------TTCCTCCTGACCGGAG--TC-TTT--GG--G-AAGTA-T-------AA--AAAA-------A-----A---C-CTCTTTCCC--ATGG-CACGTCT
gi|6 : tctcacaagcttacctctccgtagtaatttcgtgagatagataaagtgaaaagcaagcgacaattctccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattCAA-GCGA-CAA-T-T-CTCCGANN-NNNNNN-NNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGCGAT--------------------------TAA---A-ATCA--TG-CCAT---GAAACAAAG-G----ACC-CAAACC-TGCA----TGTTT-A-AAACCA-TAC-GA-A----A----AAA----------------A-----AAAA-G-A--TA-AT-G-ATATATATTA--ATCC---------------------AACTGTTGAA-GAA-A--TCAAAA-TT---ATG-AC-AT---GA---ATGT-A--CAATTTT-TT---CC---AAC-TCAACT-T-TTAAAG-CCTATTGACT-TCA-CA--A-AC-A---GTG-ATT-----GGTGGGAAC--GA-A--GGCCTC--C--GTT------CA-AA--AAA-T-G-G--CCCATT------T------------CTCCTCCTGAC-C------------GAG--GTCTTT--GG--G-AA-TG-TA------AA--AAAA-------A-----A---C-CTC-TT-CC--AT-G-CACGT
gi|7 : atctcctacaagcttacctcccgtagtaatttcgtgagatagataaagtgaaaaagCAA-GCGA-TAA-T-T-CTCCGAGTTGAAACA-CTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATT---GCGT--------TTTAATTCA-AT-A--GA-CCAT-G-AAAACAAAAAG----GCC-CAA-CCCTGCA----TGTTTTA-AAACCA-T-C-AG-G----ATGAAAAA----------------A-----AAA--G-A--TA-AT-GAA-ATATAT-A--ATCC-T----TTAGTG-C--T-AAGAACTGTTGAA-GAA-A--TCAAAA-TT---ATGAAC-AT-T-GA---ATGT-A--CAATTTT-TT---CC---AACCTCAACTGT-TTAAA-GCCTATTGACT-TCA-CA--A-AA-GT--ATG---TTT--GGGT-GGGAC--GA-A--GGCCTCG-CC-GTTT--G--CA-AA--AAA-T-G-G--TCCATT-------------------------------C------------GAG--TCCTTT--GG--G-AA-TGCT-------AG--AAAA-------A-----A---C-CTCTTTCCC--AT-G-CACGTCTG
gi|8 : CAA-GCGA-TAA-T-T-CTCCGAGT-GAAACAACTA------CTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---GCGT--------ATTAA---A-ATCA--TT-ACATTG-AAAACAAAG------ACC-CAA-CC-TGCA----TGTTT-AGAAACCA-TAC-GG-G----A----AAA----------------A-----AAA--G-A--TC-AT-G-A-ATATAT-A--ATCCTTAAATTTAGTG-C--T-AAGAACTGTTGAA-GAA-A--TCAAAA-TTT--ATG-AC-AT-T-GA---ATGT-A--CATATTT-TT---CC---AACCTCAACT-T-TTAAAGGTCTATTGACT-TCA-CA--A-AA-G---ATG-ATTTT--GGGT--GGAC--GA-A--GGCCTC--CC--TTT--GC-CA-AA--AAA-T-G-G--TCCATT------T------------------------C------------GAG--TCCTTT--GG--G-AA-TG-T-------AG--AAAA-------A-----A---C-CTC-TTCCC--AT-G-CACGTCTGta
gi|9 : CGT--------ATTAA---AGATCAA-TA-CCAGTG-AAAACAAAG-G----ACC-CAA-CCGTGCA----TGTTT-A-AAACCA--AC-GGAG----A----AAA----------------ATAAAAAAA--G-A--TAGAT-G-A-ATATAT-A--ATC--T----TTAGTG-C--T-AAGAACTGTTGAA-GGA-A---CAAAA-TT---ATG-AC-AT---GA---ATGTCA--CAGTTTT-TT---CC---AACCTCAACT-T-TTAAAAGCCTATTG-CT-TCA-CAGGA-ACAG---ATG-ATTTTTGAGGTGGGGAC-----A--GGCCTC--CCCGTTT-----CA-AACAAAA-T-G-G--TCCATT------T------------C------------------------GAG--TCCTTT--GG--G-AA-TG-T-------AG--AAAA-------A-----A---C-TTT-TCCCA--AT-G-CACGTC
blockSeqs : T G A . A T T TNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAT . TTC G AT . TGG GGAAA G A C GCCC T G . T GAGAA TGAA . TAAAA AC C GA G T A T T TA TTAAATTT G TT T A T TC A T A T TT . C AC A . CAA G . GT . G GG T C TTC C TTTG AG T CA CA C TG CAA T CA A . C CC GTTTCCTCCTGAGCGG AT TG . A G C AAAAAAA AA . AAAAC AAA G T GA G C
blockSeqs : . . . . . . A . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . A . TG GG . . C . . . . . GGCA . . . A . . . . . . . T CTTT . T C . . . . . . . GT . . A . . . . . AG . . . . T T . TT . . . G . . CA . . . . . A TTCTTCCTCCTGACC . . . . . C A GA . . C . T . . .
blockSeqs : . . . . . . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATT . . . . . TG AG . . C . . . . . AG . . . A . . . . . . . . CTTT . T T . . . . . . . T . . . . . . . . GG . . . . A . . AT . . . . . . CT . . . . . . TCTTCCTCCTGACCG . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . TG G . . G . . . . . G . . . . . . . . . . . . CTTT . T T . . . . . . . T . . . . . . . . AG . . . . . . . TT . . . . . . GC . . . . . . TCTTCCTCCTGACC . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGCGAT . . . . . G G . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . TTT . T T . . . . . . . T . . . . . . . . G . . . . . . . TT . . . . . . CC . . . . . . TCTTCCTCCTGACC . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . G G . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . TTT . T G . . . . . . . T . . . . . . . . G . . . . . . . TT . . . . . . C . . . . . . TCTCCTCCTGACC . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . G G . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . TTT . T T . . . . . . . T . . . . . . . . G . . . . . . . TT . . . . . . C . . . . . . TCTTCCTCTGACG . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . TTT . T A . . . . . . . T . . . . . . . . G . . . . . . . TT . . . . . . C . . . . . . TCTCCTCCTGACC . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . TTT . T T . . . . . . . T . . . . . . . . G . . . . . . . TT . . . . . . C . . . . . . TCG . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . T T . . . . . . . T . . . . . . . . G . . . . . . . T . . . . . . C . . . . . . TTC . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . T . . . . . . . . G . . . . . . . T . . . . . . C . . . . . . TC . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . T . . . . . . . . G . . . . . . . T . . . . . . C . . . . . . TC . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . TC . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . TC . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . TC . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : ******** TG* G***** **************** T*** *** T** *** *** TT** TCTCCTCCTGACC******************************* ** *******
originalCons : CAA-GCGA-TAA-T-T-CTCCGAGT-GAAACA-CTA------CTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGCGATAGATACATG---GCGT--------ATTAA---A-ATCA--TG-CCATTG-AAAACAAAG-G----ACC-CAA-CC-TGCA----TGTTT-A-AAACCA-TAC-GG-G----A----AAA----------------A-----AAA--G-A--TA-AT-G-A-ATATAT-A--ATCCTT----TTAGTG-C--T-AAGAACTGTTGAA-GAA-A--TCAAAA-TT---ATG-AC-AT-T-GA---ATGT-A--CAATTTT-TT---CC---AACCTCAACT-T-TTAAAGGCCTATTGACT-TCA-CA--A-AC-G---ATG-ATTTT--GGGTGGGGAC--GA-A--GGCCTC--CC-GTTT--GC-CA-AA--AAA-T-G-G--TCCATT------T------------C-----------C------------GAG--TCCTTT--GG--G-AA-TG-T-------AG--AAAA-------A-----A---C-CTC-TTCCC--AT-G-CACGTCTG
finalCons : CAA-GCGA-TAA-T-T-CTCCGAGT-GAAACA-CTA------CTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGCGATAGATACATG---GCGT--------ATTAA---A-ATCA--TG-CCATTG-AAAACAAAGG-----ACC-CAA-CC-TGCA----TGTTT-A-AAACCA-TAC-GG-G----A----AAA----------------A-----AAA--G-A--TA-AT-G-A-ATATAT-A--ATCCTT----TTAGTG-CT---AAGAACTGTTGAA-GAA-A--TCAAAA-TT---ATG-AC-ATT--GA---ATGT-A--CAATTTT-TT---CC---AACCTCAACT-T-TTAAAGGCCTATTGACT-TCA-CA--A-AC-G---ATG-ATTTT--GGGTGGGGAC--GA-A--GGCCTC--CC-GTTT--GC-CA-AA--AAA-T-G-G--TCCATTTCTCCTCCTGACC-------------------------------GAG--TCCTTT--GG--G-AA-TG-T-------AG--AAAA-------A-----A---C-CTC-TTCCC--AT-G-CACGTCTG
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TTCCTACAAGTTTAAACGTTTTCATAGATTTTCTCAGAGAGAATTTCTTCACTTTTACTTAGGTGAAAAAGATGCGAATTCTCAGGTGACAACTATACTAATACTGATTTACCTGGGATAAAATAGTCATAACATAACTATTGTGAAT
Unaligned ( gi|23 ): AAAATTTCACCCGATACGCAGCCCTATTT
Alignments
lowQualScore : 1 111111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111111 222 222222 1 111111 1111111111111111 22222222 11 1111 11 444444444444444444 1111111
lowQualScore : 5 5 5 5 5 5 0 444444 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 44444444 777 4 99 4 111 000000 3 3 3 7777 5 2 2 2 666666 6666 8888888888888888 77777 99 2 33 2 2 2 2 2 66 44444444 2 66 2 2 2 33 2 777 2 2 555 444 5 33 2 555 555 2 2 66 2 2 33 2 2 5 666 2 1111 33 55 2 33 2 33 66 2 33 2 2 2 2 55 4 222222222222222222 33 33 33 4 4 0000000 66 7777777 55555 444 2 2 4 33 2 2
lowQualScore : . . . . . . . ...... ................................................................... ........ ... . .. . ... ...... . . . .... . . . . ...... .... ................ ..... .. . .. . . . . . .. ........ . .. . . . .. . ... . . ... ... . .. . ... ... . . .. . . .. . . . ... . .... .. .. . .. . .. .. . .. . . . . .. . .................. .. .. .. . . ....... .. ....... ..... ... . . . .. . .
lowQualScore : 0 0 0 0 0 0 0 444444 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 55555555 000 0 55 0 999 444444 6 3 3 1111 7 9 9 9 111111 1111 9999999999999999 11111 66 9 99 9 9 9 9 9 88 77777777 9 33 6 9 9 99 9 333 7 7 555 777 3 99 9 000 000 9 9 22 7 5 44 5 5 0 999 5 4444 44 99 4 22 4 44 99 5 22 4 4 4 4 66 7 555555555555555555 22 22 22 7 7 0000000 55 6666666 99999 111 4 4 7 22 7 7
consensus : CAA-GCGA-TAA-T-T-CTCCGAGT-GAAACA-CTA------CTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGCGATAGATACATG---GCGT--------ATTAA---A-ATCA--TG-CCATTG-AAAACAAAG-G----ACC-CAA-CC-TGCA----TGTTT-A-AAACCA-TAC-GG-G----A----AAA----------------A-----AAA--G-A--TA-AT-G-A-ATATAT-A--ATCCTT----TTAGTG-C--TAAGAACTGTTG-AAGAA-A--TC-AAAATT---ATG-AC-AT-T-GA---ATGT-A--CAATTTT-TT---CC---AACCTCAACT-T-TTAAAGGCCTATTGACT-TCA-CA--A-A-C-G---ATG-ATTTT--GGGTGGGGAC--GA--AGGCCTC-C--C-GTTT--GCCA-AA--A-AA-T-G-G--TCCATT-T--C-T-CCTCC-TGACC-G--AGTCCTTT--GG--GAA-TG-T-------AG--AAAA-------A-----A---C-C-TC-TTCCC--AT-G-CACGTCTG
Reference ( family-1588 ) : CAA-GCGA-TAA-T-T-CTCCGAGT-GAAACA-CTA------CTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGCGATAGATACATG---GCGT--------ATTAA---A-ATCA--TG-CCATTG-AAAACAAAG-G----ACC-CAA-CC-TGCA----TGTTT-A-AAACCA-TAC-GG-G----A----AAA----------------A-----AAA--G-A--TA-AT-G-A-ATATAT-A--ATCCTT----TTAGTG-C--TAAGAACTGTTG-AAGAA-A--TC-AAAATT---ATG-AC-AT-T-GA---ATGT-A--CAATTTT-TT---CC---AACCTCAACT-T-TTAAAGGCCTATTGACT-TCA-CA--A-A-C-G---ATG-ATTTT--GGGTGGGGAC--GA--AGGCCTC-C--C-GTTT--GCCA-AA--A-AA-T-G-G--TCCATT-T--C-T-CCTCC-TGACC-G--AGTCCTTT--GG--GAA-TG-T-------AG--AAAA-------A-----A---C-C-TC-TTCCC--AT-G-CACGTCTG
gi|1 : AA-GCGA-TAA-TGT-CGACGAGT-GAAACA-CTA------CTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGCAATAGATACATGTAGGTGTGAAAAAAAAATAA---A-AT-A--TGGCCAT---GAAACAAAG------ACC-AAC-CC-TGCA----TTTTTTA-AAACCAATAC-GA-A----A----AAATAAAAGAAAGAAGAAAA-----AAA--G-A--TA-AT-G-A-TTAAAT-A--ATCATT----C-AGTG-CCTTAAGAACTGT-G-AAAGA-A--TC-AAA-TTGACATG-AA-ATGT-AATACATGT-A--CATTTTT-TTTTCCC---AACCTCAACT-TATTA---GCCTATTGACTGTCA-CA--A-A-C-G---------------GGTAGGGAC--GA--AGGCCTC-C--C-G-TT--GC---AA--A-AA-TGG-G--TCCATTCT--C-T-CCTCCTTGACC-G--AGTCCTTT--GGGTGAA-TG-T-------AT--AAAAAAAAAATA-----A---C-C-TC-TTCCC--A--G-CACGTC
gi|10 : atctcctacagcactaaggtttctcgtagtattcttcttgagatatgattttcacttgttaacttactaaagaggagaaaaggcaGT--------ATTAA---A-ATCA--TG-CCA-TG-AAAACAAAG-G----ACCGAAA-CC-TGC--------------------------------------AA----------------A-----AAA--A-A--TA-AT---A-ATA-AT-A--AGAC--------AG--------AGAA--GATA-AAGAATATCTC-AAAATT---ATA-AC-AT-T-GA---ATGT-atgt
gi|11 : ggtgaaaaagcatgcgataattctccgagtgacacactactaaattactgattttcacctggggataaaagtagtcatacataacctattgtgacatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTT-A-AAAC-A-TAC-TG-G----A----AAA----------------A-----AAAACG-A--TA-ATTG-A-ATATAT-A--ATCCTT----T-AGTG-C--TAAGA-CTGTCG-AAGAA-A--TC-AAAATT---ATG-AC-AT-TTGA---ATGT-AACCAATTTT-TT---TCCAAAACCTCAACT-T-TTAAGG--CTCTTGACT-TCC-CA--A-A-A-G---ATG-ATTTT--GCGTGGGGAC--GA--AGGCCTT-CACC-GTTT--GC-A-AA--A-AA-T-G-GA-TCCATT-T--C----------GAA--G--ATTCCTTT--GG--GAAATG-T-------AG--AAAA-------A-----A---C-CCTC-TTCCC--AT-G-CACGTCT
gi|12 : A-CC-TGCA----TGTTT-A-AAACCA-TAC-GA------A----AAA----------------A-----AAA--G-A--TA-AT-G-A-ATATAT-A--ATCC--------------------AACTGTTG-AAGAA-A--TC-AAAATT---ATG-AA-AT-T-GA---ATGT-A--CAATTTT-TT---CC---AACCTCAACT-T-TTAAA-GCCTATTGACT-TCA-CA--A-A-C-G---ATG-ATTAT--GAA-GGGGAC--GG--AG-----------GTTT--GCAATAA--A-AA-T-G-G--TCCATT-T--CTT-CCTCC-TGACC-G--AGTACTTT--GG--GAA-TG-T-------AA--AAAA-------AAAAACA---C-C-TC-TTCCC--AT-G-CACGTCTGag
gi|13 : ATT---ATG-AC-AT-T-GA---AT-T-A--CAATTTT-TT---CC---AACCTCAACT-T-T-AAAG--CTATTGACT-TCA-CA--A-A-C-G---ATG-ATT----GGGTGGGAAC--GA--AGGTCTC-C--C-GTTT--GCAA-AA--AAAA-T-G-G--TCCATT-T--C-T-CCTCC-TGACC-G--AGTCCTTT---G--GAA-TG-T-------AGAAAAAA-------A-----A---C-C-TC-TTCCC--AT-GCCACGTCTGt
gi|14 : aagaaacaaaatcaaataaagattctattaaatcaaataaagatacaaatgaattgtAA-GCGA-TAA-T-T-CTCCGAGT-GAAACA-CTA------CTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAT--GCGT--------ATTAA---A-ATCA--TA-CCAT-G-AAAA--AAA-G----ACC-CAA-CCCTGCA----TGTTT-A-AAACCA-TAC-GG-GAGAAA----AAA----------------A-----AAA--G-A--TA-AT-G-A-ATATAT-AT-ATC--T----TTAGTG-C--TAAGAta
gi|15 : CCT----TTAGTG-C--TAAGAAATGTTG-AAGAT-T--TC-AAAATT---ATG-AC-AT-T-GG---ATGT-A--CAATTTT-TT---CC---AAACTCAACT-T-TTAAA-GCCTATTGACT-TCA-CA--A-A-C-G---AGG-ATTTT--GGGTGGGGAC--GA--AGGCCTC-C--C-GTTT--G-CA-AA--A-AA-T-G-G--TCCATT-T----------------C-G--AGGCCTCG--GG--GGA-CG-T-------AGGAAAAA-------A-----A---A-A-TC-TTCCC--CT-G-CACGT
gi|16 : --TAAGAGCTGTTG-AAGAA-A--TC-AAAATT---ATG-AC-AT-T-GA---ATGT-A--CAATTTT-TT---CC---AACCTCAACT-T-TTAAAG-CCTATTGACT-TCA-CA--A-A-A-G---ATG-ATTTT--GGGTGGGGAC--GA--AGGCCTC-C--C-GTTT--GC-A-AA--A-AA-T-G-G--TCCATT-T--C---------------G--AGTCCTTT--GG--GAA-TG-T-------AG--AAAA-------A-----A---C-C-TC-TTCCC--TT-G-CACGTCTGacg
gi|17 : tATTGACT--CA-CA--ATC-C-GTTCATG-ATTT---GAGTGGGGACAGGAT-AGGCC-C-T--C-GTTTTGGCTA-AA--A-AAAT-GCGCCTCCATTGT--T-T-CCTCC-TGAGC-GGAAGTCCTTTTGGG--GAA-TG-T-------AA--AAAA-------A-----AAAAC-T-TC-TTCCC--At
gi|19 : aaacttgacttgtgagatg--A-AA-T-G-G--TCCATT-T--C-TTCCTCC-TGACC-G--TGTCCTTT--GG--GAA-TG-TAAAAAAAAA--AAAA-------A-----A---C-C-TC-TTCCC--aag
gi|2 : CAT-GCGA-TAA-T-TACTCCGAGT-GAAACATTTA------CTgcatcctttcctatgaacgtctgta
gi|2 : aacaagcttacgtttcttcgcgtagtaattttcttgagatagaagtATG---GCGT--------AT--A---A-ATCA--TG-CCAT-G-AAAACAAAG-GGAAAATC-AAA-CC-TGCA----TGTTT-T-AAACCA-TAC--G-A----A----AAA----------------A-----GAA--G-A--TG-AT-G-A-AT-----------CCT----TTAGTG-CT-TAAGAACTGTGGAAAGAA-A--TCAAAAATT---ATG-AC-AT-T-GA---ATGTAA--CAATTTTATT---TC---AACCTCAACT-T-TTTAAGTC---TTGA-T-CCAGCA--A-ACC-G---ATG-ATTT----GGTGGAGAC--GGACAGGCCTC-C--C-GTTT--TGCA-AA--A-AA-A-G-G--TCCATT-TTCT-T-CCTCC-TGACC-G--GACTCATT--GA--GAA-TGCT-------AA--AAAA-------A-----A---CGC-TC-TT-CC--AT-C-CACGTCTGcaattaccgattttcacctggaggagtaaaagtagcatatccaacctattgtgcatataaaacaaacccctttctcagcccaaaaaaagatgttgaggaaaaaaatggcgtataaatcatgccatgaaaacaaagggaaaatcaaacctgcatgttttaaaccatacgaaaaaagaagatgatgaatcctttagtgcttaagaactgtggaaagaaatcaaaaattatgacattgaatgtaacaattttatttcaacctcaactttttaagtcttgatccagcaaaccgatgatttggtggagacggacaggcctcccgttttgcaaaaaaaggtccattttcttcctcctgaccggactcattgagaatgctaaaaaaaacgctcttccatccacgtctgta
gi|20 : aacaagcttacgtttcttcgcgtagtaattttcttgagatagaagtcatgcgataattactccgagtgaaacatttactcaattaccgattttcacctggaggagtaaaagtagcatatccaacctattgtgcatataaaacaaacccctttctcagcccaaaaaaagatgttgaggaaaaaaGCCTC-C--C-GTTT--GC-A-AA--A-AA-T-G-G--TCCATT-T--C---------------G--AGTCCTTT--GG--GAA-TG-T-------AG--AAAA-------A-----A---C-C-TC-TTCCC--AT-G-CACGTCTGta
gi|21 : ----ACC-CGA-TA-CGCAGCCCTATTT-A-AAACCA-TACTGG-A----A----AAA----------------A-----AAA--G-A--TA-AT-G-A-ATATAT-A--ATCCTt
gi|22 : tttcCA-CA--A-C-C-G---GTG-ATTTT--GGGTGGGGAC--GA--AGGCCTC-C--C-G
gi|3 : aCAATGCGA-TAAAT-T-CTCGCTGT-GAAACA-CTA------CT
gi|3 : ctgctacagttctttatgttgtaaattttctttgagatgaattttcacttttagcttaaggtgaaag-A-AAACTA-TAC-GA-A----A----AAA----------------A-----AAA--G-AGATA-AT-G-A--TATAT-A---TCCTT----T--GTGGC--TAAGAACTGTT--AAGAA-C--T--AAAATT---ATG-ACTAT-T--A---ATGT-A--CAATTTT-TT---CC---AACTCCA--T-T-TTAAAG-CCT-TTGA---TCA-CA--A---C-G---ATG-ATT----GGGTGGGGAC--GA--AGGCCTC-C--C-GTTT--G-CA-TA--A-AA-T-G-G--T-CATT-T--C-T-TCCTC-TGACG-G--AGTCATTT--GG--G-A-CG-T-------AA--AAAA-------C-----A---C-C-TG-T--CC--AT-G-CAcattacgatttttcatggggataaatgtaagtcaatattaacctattgtggattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgcgttattaaaacctgccagaaaaactatacgaaaaaaaaaagagataatgatatatatcctttgtggctaagaactgttaagaactaaaattatgactattaatgtacaattttttccaactccattttaaagcctttgatcacaacgatgattgggtggggacgaaggcctcccgtttgcataaaatggtcatttcttcctctgacggagtcatttgggacgtaaaaaacacctgtccatgca
gi|4 : ctgctacagttctttatgttgtaaattttctttgagatgaattttcacttttagcttaaggtgaaagcaatgcgataaattctcgctgtgaaacactactcattacgatttttcatggggataaatgtaagtcaatattaacctattgtggattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgcgttattaaaacctgccagaCAA-GCAAGTAA-T-T-CTCCGAGT-GAAACA-C-A------CTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--GGGT--------ATTAA---A-ATCAATTA-CCATTGGAAAACAAAG-GG---ACC-CAA-CCCTGCA----TGTTT-A-AA-CCA-TAC-GG-GGCA-A----AAA----------------A-----AAA--GCA--TA-AT-G-A-TAATAT-A--ATTCCT----TTAGTG-C--TGTGAA-TGTAC-AAGTA-A--C---------------AC-AT-T-------TGT-A----------TT---CC---AACCTCAACT-T-TTAAAAGCCTA-TGACT-TCA-CA--A-A-C-G---ATGCATTTT--GGGT-GGGAC--GA--A-GCCTC-C--C-GTTT--G-CA-AA--A-AA-T-G-G--TCCATT-T---------------TC-G--AGTCCTTT---G--GAA-CG-T-------AG--AAAA-------A-----A---C-C-TC-ATCCCGAAT-G-CACG
gi|5 : tctcctacaagcttacgtttcccgtagtattttcttgagatagatttttcaactaaagCGT--------ATTAA---A-ATCA--TG-CCAT---AAAACAAAG------ACC-CAA-CC-TGCA----TGTTT-A-AAACCA-TAC-GA-A----A----AAA----------------A-----AAAA-G-A--TA-AT-G-A-ATATAT-ATAATCC--------------------AACTGT-G-AAGAA-A--TC--AAATT---ATG-AC-ATGT-GA---ATGT-A--CAATTTT-TT---TC---CACCTCAACT-T-TTAA--GCCTATTGACT-TCA--A--A-A-CTG---ATG-----T--GGGTGGGAAC--GA--A-GCCTT-C--C-GTTT--G-CA-AA--A-AA-T---G--CCCATT-T--CTT-CCTCC-TGACCGG--AGT-CTTT--GG--GAAGTA-T-------AA--AAAA-------A-----A---C-C-TCTTTCCC--ATGG-CACGTCT
gi|6 : tctcacaagcttacctctccgtagtaatttcgtgagatagataaagtgaaaagcaagcgacaattctccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattCAA-GCGA-CAA-T-T-CTCCGANN-NNNNNN-NNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGCGAT--------------------------TAA---A-ATCA--TG-CCAT---GAAACAAAG-G----ACC-CAAACC-TGCA----TGTTT-A-AAACCA-TAC-GA-A----A----AAA----------------A-----AAAA-G-A--TA-AT-G-ATATATATTA--ATCC--------------------AACTGTTG-AAGAA-A--TC-AAAATT---ATG-AC-AT---GA---ATGT-A--CAATTTT-TT---CC---AAC-TCAACT-T-TTAAAG-CCTATTGACT-TCA-CA--A-A-C-A---GTG-ATT-----GGTGGGAAC--GA--AGGCCTC-C----GTT-----CA-AA--A-AA-T-G-G--CCCATT-T--C-T-CCTCC-TGACC-G--AGGTCTTT--GG--GAA-TG-TA------AA--AAAA-------A-----A---C-C-TC-TT-CC--AT-G-CACGT
gi|7 : atctcctacaagcttacctcccgtagtaatttcgtgagatagataaagtgaaaaagCAA-GCGA-TAA-T-T-CTCCGAGTTGAAACA-CTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATT---GCGT--------TTTAATTCA-AT-A--GA-CCAT-G-AAAACAAAAAG----GCC-CAA-CCCTGCA----TGTTTTA-AAACCA-T-C-AG-G----ATGAAAAA----------------A-----AAA--G-A--TA-AT-GAA-ATATAT-A--ATCC-T----TTAGTG-C--TAAGAACTGTTG-AAGAA-A--TC-AAAATT---ATGAAC-AT-T-GA---ATGT-A--CAATTTT-TT---CC---AACCTCAACTGT-TTAAA-GCCTATTGACT-TCA-CA--A-A-A-GT--ATG---TTT--GGGT-GGGAC--GA--AGGCCTCGC--C-GTTT--G-CA-AA--A-AA-T-G-G--TCCATT------------------C-G--AGTCCTTT--GG--GAA-TGCT-------AG--AAAA-------A-----A---C-C-TCTTTCCC--AT-G-CACGTCTG
gi|8 : CAA-GCGA-TAA-T-T-CTCCGAGT-GAAACAACTA------CTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---GCGT--------ATTAA---A-ATCA--TT-ACATTG-AAAACAAAG------ACC-CAA-CC-TGCA----TGTTT-AGAAACCA-TAC-GG-G----A----AAA----------------A-----AAA--G-A--TC-AT-G-A-ATATAT-A--ATCCTTAAATTTAGTG-C--TAAGAACTGTTG-AAGAA-A--TC-AAAATTT--ATG-AC-AT-T-GA---ATGT-A--CATATTT-TT---CC---AACCTCAACT-T-TTAAAGGTCTATTGACT-TCA-CA--A-A-A-G---ATG-ATTTT--GGGTGG--AC--GA--AGGCCTC-C--C--TTT--GCCA-AA--A-AA-T-G-G--TCCATT-T--C---------------G--AGTCCTTT--GG--GAA-TG-T-------AG--AAAA-------A-----A---C-C-TC-TTCCC--AT-G-CACGTCTGta
gi|9 : CGT--------ATTAA---AGATCAA-TA-CCAGTG-AAAACAAAG-G----ACC-CAA-CCGTGCA----TGTTT-A-AAACCA--AC-GGAG----A----AAA----------------ATAAAAAAA--G-A--TAGAT-G-A-ATATAT-A--ATC--T----TTAGTG-C--TAAGAACTGTTG-AAGGA-A---C-AAAATT---ATG-AC-AT---GA---ATGTCA--CAGTTTT-TT---CC---AACCTCAACT-T-TTAAAAGCCTATTG-CT-TCA-CAGGA-A-CAG---ATG-ATTTTTGAGGTGGGGAC------AGGCCTC-C--CCGTTT----CA-AACAA-AA-T-G-G--TCCATT-T--C---------------G--AGTCCTTT--GG--GAA-TG-T-------AG--AAAA-------A-----A---C-T-TT-TCCCA--AT-G-CACGTC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TTCCTACAAGTTTAAACGTTTTCATAGATTTTCTCAGAGAGAATTTCTTCACTTTTACTTAGGTGAAAAAGATGCGAATTCTCAGGTGACAACTATACTAATACTGATTTACCTGGGATAAAATAGTCATAACATAACTATTGTGAAT
Unaligned ( gi|23 ): AAAATTTCACCCGATACGCAGCCCTATTT