lowQualScore : 111 11 1 1111111 222222 1111111 11111 1111111111111111 11111111111111111 11111111111111111 22222222222222222222 1111 11111 22222222
lowQualScore : 4 222 22 2 2 7 2 2 2 9 1 444 7 1 22 22 1 2 77 22 1 555 1 8 22 2 22 1111111 444444 0000000 22 1 1 1 22 55 1 1 666 22 1 44444 999 3 2222222222222222 1 1 1 33333333333333333 1 222 1 5555 5555 44 55555555 0 1 22222222222222222 666666 3 66 55555555555555555555 1 0000 1 5 22 33 33 1 3 33 6666666 99999 1 222 22 11111111 1 22 666666 666666 22 3333 1 1 1 1 444444 33 1 1 2 33333 1 444
lowQualScore : . ... .. . . . . . . . . ... . . .. .. . . .. .. . ... . . .. . .. ....... ...... ....... .. . . . .. .. . . ... .. . ..... ... . ................ . . . ................. . ... . .... .... .. ........ . . ................. ...... . .. .................... . .... . . .. .. .. . . .. ....... ..... . ... .. ........ . .. ...... ...... .. .... . . . . ...... .. . . . ..... . ...
lowQualScore : 7 444 55 4 4 1 2 2 1 5 9 222 0 9 66 66 9 0 66 88 8 777 8 6 88 1 88 4444444 000000 6666666 99 9 9 9 55 00 8 8 444 55 8 88888 000 8 6666666666666666 8 8 8 99999999999999999 5 999 6 0000 0000 22 66666666 4 5 77777777777777777 555555 3 22 00000000000000000000 6 2222 1 0 33 77 77 5 1 77 5555555 33333 6 888 22 99999999 6 22 222222 888888 22 4444 6 5 4 4 000000 33 4 4 8 66666 4 111
consensus : CTTTATTTAAA-AATTCCG-C-ACAG-AA-T-TGGCATAT-A-AAA-GGCATGA-T-A-CAATTT-G--CTGGGT--CAG-ACT-GC-TT--AGTT-T---A-AAACCA--TTTCTGT--TTG-A----TTTC-----CTGCA-T-TAA-GTCC--GTC-ATA-A-TT--GGAC--A-AAA-CGT---A--CCT-T---N-TA---T-TT----------------T-T-T-T----------C------ACA---AAAATG-T----TT----GACTTT--GT--------GACA-GAAATT----------------CCAAA------TT-T--AC---------A----CT----AA-GTCAAACACATTTT----ATCAAA-CT--ACGACCA--TC--ATTT-CC-A--TAA-------TC----TAG-ACA---AAATTC--T---GCA--TCAAACC-ATA--TA------G------G--TC----GT-GCTTTGT-TCT-A-C------CCT--AGG-T-T-GGGGT-----CA-TCTTAGAATTTGACCTCCCG---GCCGCTGCAC
Reference ( gi|8 ) : CTTTATTTAAA-AATTCCG-T-ACAG-AA-T-TGGCACAT-A-AAA-GACATGA-T-A-CAACTT-G--CTGGGT--CAG-ACT-GC-AT--AGTT-T---A-AAGCCA--TTTCTTT--TTT-A----TTTG-----CTGCA-T-TGA-GTCC--GTC-ATA-A-TT--GGAC--A-AAA-CGT---A--CCT-T---C-TA---T-TT----------------T-T-T-T----------C------ACA---AAAATG-T----TT----GACTTT--GT--------GACA-GAAATT----------------TCAAA------TT-T--AC---------T----CT----AA-GTCAAACACATTTT----ATCAGA-CT--ACGACCA--TC--ATTT-CC-A--TAA-------TC----AAG-ACA---AAATTC--T---TCT--TCAAACC-ATA--TA------G------G--TT----GT-GCTTTGT-TCT-A-C------CCT--AGG-T-T-GGGGT-----CA-TCTTAGAATTTGACCTCCCG---GCCGCTGCAC
gi|7 : CTTTATTTAAA-AGTTCCG-C-ACAT-AA-T-TGGCATAT-A-AAA-AGCATGA-T-A-CAATTT-G--CAGGGT--CCG-AAT-GC-TT--AGTT-T---A-AAACCA--TTTTTGT--TTG-A----TTTT-----CTGCA-T-TAA-GTTC--TTC-ATA-A-TT--GGAC--A-AAA-CGT---A--TCT-T---G-CA---T-TT----------------T-T-T-T----------C------AAA---AAAATG-T----TT----GACTTA--GT--------GACA-GAAATT----------------CCAAA------TT-T--AC---------A----CT----CA-GTCAAACACAATTA----ATCAAA-CT--ACGACCA--TC--ATTT-CC-A--TAA-------TC----TAG-ACA---AAATTT--T---GCA--TCAAACT-ATA--TA------G------G--TC----GT-ACTTTGT-TCT-A-C------CCT--AGG-T-T-GGGGT-----CA-TGTTAGAATTTGTCCTCTCG---GCCGCTGCAC
gi|2 : CTTTATTTAAGCGATTCCG-C-A-AG-AACT-TGGCATAT-A-AAA-GGCATGA-TTG-CAATTT-G--CTTGGT--CAG-ACT-GC-TT--AGTTCT---A-AAACCA--TTTTTGT--TCT-GAC--TTCC-----CTGCA-T-TAA--TCC--GTC-ATA-A-CT--GGAC--A-AAA-CGTTACA--CTT-G---T-TA---T-TT----------------T-T-T-T----------C-------CA---AATTTT-T----TTTTTGGACTTA--GT--------GACA-GAAAAT----------------TCAAA------TT-TT-AC---------A----CT----AA-GTCAAACACATTTA----ATCAAA-TT--ACGACCAT-TC--ATTT-CC-A--TAA-------TC----TAG-ACA---AAATTC--T---GAA--CAAAACCAATA--TA------G------G--CT----GT-GCTTTGT-TCT-A-C------CCT--AGG-T-T--GGGT-----CA-TCTTCGAATTTGACCTCCCGCGCGCCGCTGCACt
gi|39 : CTTTATTTAAA-AATTCCG-C-ACAG-AA-T-TGGCATAT-A-AAA-AACATGA-T-A-CAATTT-G--CTAGGT--CAG-A
gi|37 : CTTTATTTAAA-AATTCCG-C-ACAA-TA-T-TGGCATAT-A-AAA-GGGATGA-T-A-CAATTT-G--CTTGGT--CTG-ATT-GC-TT--AATT-T---A-Aa
gi|3 : TTTATTTAAACAATCCC----ACAG-AA-AATGGCATAT-A-ACA-TGCATGA-TTA-CAATTT-T--CTGG-T--CAG-ACT-GT-TT--AGTT-T---A-AAACCA--TTCCTGT--TTG-A----TTT------TTGCA-T-TAA-GTCA--GTC-ATA-A-TT--G-AC--A-AAA-CGT---A--CCT-T---G-TAATAT-TT----------------T-T-T-T----------C------ACA---AAAA-A-TA---TT----GACTTT--GT--------TACAAGAAATT----------------CCAAA------TT-T--AC---------A----CT----AA-ATCAAACACATTTT----ATCAAA-CT--ACG-CCA--TC--ATTT-CC-AT-TAA-------TA----TAG-GCA---AAATTC--T---GCA--TC-AACT-CTA--TA------G------G--TT----GT-GCTTTGT-TCT-ACC------CCT--AGGTT-T-GGGGT-----AA-Tgac
gi|1 : TTTATTTAAA-CATTCCG-C-ACAGAAA-T-TGGCATATAA-AAA-GGCATGATT-A-CAATTT-GGCCAGCGT--CAG-ACT-AC-TT--AGTT-TTA-A-AAGCCAAGTTTCTGT--GTT-ATGATTTCT-----CTGTA-TGTAATATGC--GTC-ATA-A-TT---GAC--A-AAG-AAT---A--CTT-TTAGT-TA---T-TT----------------T-T-T-TGTTTAAAAAAA------AAA---AAAATG-T----TT----AAAATA--GT---------ACA-CAAATT----------------TCAAA------TT-T--AC---------A----CT----AA-ATTAAACACAGTTTA---ATCAAA-GT--AC-ACCA--TC--ATTT-CC-A--TAAT------TC----TAG-ACA---AAATTC--T---GCTCATCAAACC-ATA--TA------A------G--TT-----T--CTTTGT-TCT-A-C------CCT--AGG-T-T-GGGGT-----TA-tccctttttctaagcctctttgggaaatgaccacagca
gi|15 : TTTATA-AAA-AAT--CG-C-ACAT-A--T-TG-CA-AT-A-AAC-G-CA--A-T-A-CAAGTT----CTGGGT--CAA-ACTGGC-CT--A-TT-T---A-AAACCA-----CTTTGGTTG-A----TC-------CT-CA---TAA-GTTCCGGTCAATACA-TT--GGAC--A-AAA-CGC---A--TCT-ctcccttttctaagcctcttttgagaaatgaccacagcac
gi|12 : TTATTTAAA-AATTCCG-C-ACAA-AA-C-TGGCATAT-A-AAC-G------------------G--CTGGGT--CAT-ACT-GC-TT--AGTT-T---A-AAACCA--TTTTTGT--TTG-A----TTTC-----CTGCA-T-TAA-GT---------------T--GGAC--A-AAA-CGT---A--CCT-T---G-TA---T-TT----------------T----------------A------AAA---AAAAAA------------AAC-----GT--------GACA-GAAATTCCAAATTCACACTAAATCAAAAAAGCTTT-T--ACATTTCATTAT----CA----AA-ATAAAATCTACTTCTCAAATCAAA-CT--ACGACCA--TC--ATTT-TC-A--TAA-------TC----TAG-ACA---AAATTC--T---GCA--TCAAACC-ATA--TA------G------G--TT----GT-ACTTTTT-CCT-A-C------CCT--AGG-T-T-GGGGT-----AA-TTTacagttgcattccattttcatacataagtcaatagctaactaagatagacgaaatgaaaaaatatatacccagaagtcattgaaaacacacttatctcgattaaac
gi|35 : TATTTAAA-AATTCCGCC-ACAA-TA-T-TGGCATAT-A-AAAGGGAATGA-T-ACCAATTT-G--CT-TGT--CCT-ATT-GC-TT--AATT-T---A-AAGa
gi|20 : ACTTAAA-AATTCCG-C-ACAG-AA-T-TGGCATAT-A-AAA-GGCATGA-T-G-CAATTT-G--CTGGGT--CAG-ACT-GT-TT--AGTT-T---A-AAACCA--TTTCCGT--TTG-A----TTTC-----CTGCA-T-TAA-GTCC--GTC-ATA-A-GT--TGAC--A-AAA-CGT---A--CCT-T---G-TAT--T-TT----------------T-T-T-T----------C------ACA---AAAATA-T----TT----GACTTT--AC--------GACA-GAAATT----------------CCAAacc
gi|23 : ATTTAAA-AATTAAG-C-ACAT-AA-T-TGGCATAT-A-AAA-GCCACAA-T-A-CAATTT-T--CTGGGA--CAC-ACT-GT-TT--GGTT-T---A-AAGTCA--TTTATGT--TTG-A----TTAG------TGCA-T-TAA-GTCC-------------T--GGA---A-----------A--CCT-T---C-TA---T-TT----------------T-T-CAA----------C------AAA---AAAATG-T----TT----GACTTT--GT--------GACA-GAAGTT----------------CCAAA------T
gi|34 : tgTTTAAA-CATACCG-C-ACA--AA-T---GAATAT-T-AAG-G-CATGA-T-G-CAATTTCG--TTGGG---AAG-ACT-GC-TT--AGTT-TTTTA-AAACCA--TTTCTGT--TTG-A----TTTC-----CTGC
gi|4 : attTAAA-AATTCCG-C-ACAG-AA-T-TGGCATAT-A-AAA-GGCGTGA-T-A-CAATTC-G--CTGGGT--ACG-ACT-GC-TT--AGTT-T---A-AAACAA--TTTCTGT--TTG-A----TTTC-----CTGTA-T-TAA-GTCT--GTC-ATA-A-TT--GGAC--A-AAA-CGT---A--CCTGT---A-T----T-TT----------------T-T-T-T----------T------TCA---AAAATG-T----TT----GACTTT--GT--------GACA-TAAATT----------------CCAAA------TT-T--AC---------A----CT----AA-GTCAAACACATTTT----ACCAAA-CC--ATGACTA--TC--ATTT-CC-A--TAA-------TC----TAG-ACA---AAATTC--T---GCA--TCAAGCC-ATA--TA------G------G--TT----GT-GATTTGT-TCT-A-C------TTT--ATG-T-T-GGGGT-----TA-
gi|9 : AAA-AATTCCT-T-TCAG-AA-T-TGGCATAT-A-A---GACATGA-T-A-CAATTT-G--CTGGAT--CAG-TCT-GC-TT--AGTT-T---A-AAACCA--TTTCTGT--TTG-A----TTTC-----CTGTA---TAA-GTCC--GTC-ATA-A-AT--GGAC--A-AAA-CTT---A--CCT-T---G-TAT--T-TT----------------T-T-T-T----------T------ACA---AAAATG-T----TT----GACTTT--GT--------GACA-AAAATT----------------CAAAA------CC-T--AC---------A----CT----AA-GTCAGACACATTTT----ATCAAA-CT--ACGACCA--TA--ATTT-CC-A--TAA-------TC----TAG-ACA---AAATTC--T---GCA--TCAAACC-AAA--TA------G------G--TC----GT-ACGTTGT-TCT-A-C------CCT--AGG-T-T-GGGGT-----TA-ctcccttttctaagcgtctcttgagaaatgaccacagcacta
gi|5 : A-AATTCCG-CCGCAG-AA-T---GAACAT-CTAAA-GACATGA-T-AACAATTT----CCGGGT--CAG-ACT-GC-TT--AGTT-T---A-AAAC----TTTGTCG--TTT-G----ATTC-----CTGCA-T-TAACGTCC--GTT-CTA-AATT--GGAC--A-AA---GT---A--CCT-T---G-TAA--T-TT----------------T-T-T-T----------C------ACA---AAAA-G-T----TT----GACTTT--GT--------GAAA-GAAATT----------------CCAAA------TTCT--AC---------A----CA----AA-GTCAAA-ACATTTTTAG-A-CAAA-CT---CGACCATTTC--ATTT-CC-A--TAC-------TG----AAG-ACA---AAATTC--T---GCA--TCAAA-C-ATC--AA------G------G--TC----GG-TCTTTG--TCA-C-C------CCT--AGT-TGT-GGAGT-----TA-ctcccttttctaagcctcttttgagaaatgaccacatca
gi|11 : tgttA-AATTCTG-C-ACAG-AA-T-AGGCATAT-A-GAA-GG-----------------G--CTGGGT--CAG-ACT-GC-TT--GGTT-T---A-AAACCA--CTTCTGT--TTG-A----TTT------CTGCA-T---------------ATA----T--G-AC--A-AAA-TGC---A--CTT-T---C-TA---T-TT----------------T-T-T-G----------C------ACACAAAAAATA-C----AA----GTGTCT--GT--------GATA-GAAATT----------------GAAAA------TG-T--AT---------A----CC----AT-GTCAAGCACATTTC----ATCAGA-CT--ACAACTA--TC--ATCT-CC-A--TAA-------TT----TAG-ACA---AAATTC--T---GTA--TCAAACC-ATA--TG------G------G--CC----GT-GAATTGG-TCT-A-C------CCT--AGG-T-C-GGGGTTGCTCCA-TTTTAAActccctttctaagccttttttgagaaaatgaccacagta
gi|6 : aaacA-AATTCTG---ACAG-AA-T-TGGCATAT-A-GAA-GG---G-------------G--CTGGGT--CAGGACT-GCGATTGGGTT-T---A-AA-CCA--CTTCTGT--TTTGA----TTTC-----TTGCA-T---------------ATA----T--G-AC--A-AAA-TGC---A--CTT-TT--C-TA---T-TT----------------T-G-C-A----------C------CCC---AAAAT--TACAATT----GTGTCT--GT--------GATA-GAAATT----------------GAAAAA-----TTGT--AT---------A----CC----AT-GTCAAGCACATTTC----ATCAG--CT--ACAACTA--TC--ATCT-CC-A--TAA-------TT----TAG-ACA---AAATTC--T---GTA--TCAAACC-ATA--TG------GCC----G--TGGGAAGT-GGT---T-TCT-A-C------CCT--AGG-T-C-GGGgcacctgttgagaaataacgacagcact
gi|14 : tctttcgcccaaacAT-A-AAA-GGCATGA-T-A-CAATTT-G--CTGGGT--CAA-ACT-GC-TT--AGTT-T---A-AAACCA--TTTTTGT--TTA-A----TTTT-----CTGCT-T-TAA-GTCC--GTC-ATA-A-TT--GGAC--A-AAA-CGT---A--CCT-T---G-TT---T-TTTTGTTTTTGTTTTTTGT-T-T-T----------T-------------AAATA-T----TT----GACTTA--GT--------GACA-GAAATT----------------CCAAA------TT-T--AC---------A----CA----AA-GTCAAACACATTTA----TTCAAC-TT--ACGACCA--TC--ATTT-CC-A--CAA-------TC----TAG-ACA---AAATTC--T---cgttgctccattttaagcacctgatttgaagataataagacagcac
gi|26 : tA-GGCATGA-T-A-CAATTT-G--CAGGGT--CAG-ACT-AC-TT--AGTT-T---A-AAACCA--ATTCTGT--TTG-A----TTTC-----CTGTA-T-TAA-GTGC--GTC-ATA-A-TT--GGAC--A-AAA-AGT---A--CTT-A---G-TA---T-TT----------------T-T-T-T----------TTAAAAAAAA---AAAATG-T----TT----AAAATA--GT--------GACA-GAAATT----------------gcat
gi|10 : TGA-T-A-CTATTT-G--CTGTGTTTCAG-ACT-GC-TT--TGTT-T---ATAAACC---TGTCATT--TTT-G----TTTGAATTCCTGCAAT-TAA-GTCC--GTC-ATA-A-TTTCGTAT--A-AAATCGTAACA--CCT-T---
gi|13 : acattatttcttatctttttagaatagatgtaccgctaacagattgcatttggaacggcgcatatGA-T-A-CAACTT-G--CCAGGT--CAC-ACT-GC-TG--GGAT-T---A-TAACCA--GTTCCGT--TTG-A----ATTC-----TTGCA-T-AAC-GTCC--GCC-ATA-A-TT--GGAC--A-AAA-TGT---A--CTT-T---C-TA---T-TT----------------T-TGT-T----------C------AAA---AAAATA-T----TT----GACTTT--GTAATGGAAAAATA-GAAAAT----------------CCAAA------TT-T--AC---------A----AT----AA-GTCACACACATTTT----ATCAGA-CT--ACAGCCA--TCT-ATTT--T-A--TCA-------CC----TAG-ATA---AAATTT--T---ACA--TCAAAAC-ATA--TA------ATATTATA--CT----GT-ACTTTGT-TCT-A-C------CCT--ACG-T-T-GTGGT-----CA-TATTAGAATTTGACTCCCTG---GCCGCTGCGCgacttatagtgaaacaagaagatcccaatattacactaaaatccataaaactacgacattactgctcccataaatcctcagtaacaaaaaactatgcccaaacccaagaacccatattatatggctatgatatattcact
gi|22 : TT-T---A-AA------TTCCTGT--TTG-A----TTTTT----CTGC----TAATGCCT--GTC-ATA-A-TT--GGACCAA-AAA-CGT---A--C-T-T---C-TA---TCTT----------------T-T-T-T----------C------ATA---AAA-TG-T----TT----GA-TTTAAGT--------GACG-AAAATT----------------CCAAT------TT-TTTAC---------A----TT----AA-GTCAAACACATTTTA---ATCAGACCT--ACAAACA--TC--ATGT-CCTA--TAA-------T
gi|21 : TT-T---A-AA------TTCCTGT--TTG-A----TTTTT----CTGC----TAATGCCT--GTC-ATA-A-TT--GGACCAA-AAA-CGT---A--C-T-T---C-TA---TCTT----------------T-T-T-T----------C------ATA---AAA-TG-T----TT----GA-TTTAAGT--------GACG-AAAATT----------------CCAAT------TT-TTTAC---------A----TT----AA-GTCAAACACATTTTA---ATCAGACCT--ACAAACA--TC--ATGT-CCTA--TAA-------Tata
gi|17 : C-ATA-A-TT--GGAG--A-AAA-CGT---A--CCT-T---TGTA---T-TT----------------T-T-T-TTTTT------C------GCA---AAAATGAT----TT----TACTT---GT--------G-CA-GAAATG----------------CCTAA------TT-T--AC---------A----CT----AAAGTCAAACACATTTT----ATCAAA-C---ACG-CC---TC--ATTT-CC-A--TAA-------TC----TAG-ACA---CAATTC--TGAATCT-----AACC-ATA--TA------G------G--TT----GT-GCTTTGT-TGTCA-C------CCT--TGG-T-T-GGGGT-----CA-TCTTAGAA-TTGA-CTCCC----GCCGCTGCACata
gi|16 : c-ATA-A-TT--GGAC--AGAAA-CGT---GGTCTT-TA--T-TA---T-TT----------------G-T-T-T----------T------ACA---TAAATG-T----------AGCTTT---T--------GACA-GAAATT----------------CTAAT------TT-A--AC---------T----C-----AA-ACCAAA-ACATTTC----ATCAGA-CT--ACAATCA--TC--ATTT-CT-A--TGA-------TC--------TCA---ACATTC--T---GCC--ATAAACC-ATA--CA------G------GTATT----GTAACTTTGT-TGT-A-C------ACT--AGT-T-T-GGGGT-----TA--CTTt
gi|18 : catcaT--AGAC--A-AAA-CAT---A--CCT-T---G-TA---T-TT----------------TTT-T-T----------C------ACA---AAAATG-T----TT----GACTTT--GT--------GACA-GATATT----------------CCAAA------TT-T--AC---------A----CA----AA-GTCAAACACATTTT----ATCAAA-CT--ACGATCA--TT--ATTT-CC-A--TAA-------TCTAGTAAG-ACA---AAATTC--T---GCA--TCAAAAC-ATA--TA------G------G--TT----GT-GCTTTGT-TCT-A-C------CCT--AGG-T-T--GGGT-----CA-TCTTAGAATTTGACCTCCCG---GCCGCTGCACcccttttctaagtctcttttgaagaaacgaccaacag
gi|19 : ---T-TT----------------T-T-T-T----------C------AAC---AAAATG-T----TT----GACTTT--GT--------GACA-GAAATT----------------CCAAA------TT-T--AC---------A----CA----AA-GTCAAACACA-TTT----ATCAAA-CT--ACGACCA--TC--ATTT-CC-A--TAA-------TC----TA--ATA---AAATTC--T---GCA--TCAAACC-ATA--TAG-----G------G--TC----GT-ACTTTGT-TCT-A-C------CCT--AGG-T-TGGGGGT-----CA-TCTTAGAAATTGACATCCTG---GCCGCTGCAC
gi|19 : -T-T-T----------G------ATA---AATGTG-T----TT----GACTTT--GT--------G----TAAATT----------------TGGAA------TT-T---C---------T----GTCACAAA-GTCAA--ACATTTT----GTt
gi|14 : tttttttca------ATA---AATGTG-T----TT----GACTTT--GT--------G----TAAATT----------------TGGAA------TT-T---C---------TGTCACT----AA-GTCAAATA---TTT----Actacgaccatcatttccataatctaataaaattctgcatcaaaccatatagggtcgtactttgttctaccctaggttgggggtcatcttagaaattgacatcctggccgctgcact
gi|5 : tataaaaggcatgatacaatttgctgggtcaaactgcttagtttaaaaccatttttgtttaattttctgctttaagtccgtcataattggacaaaacgtaccttgtttttttgtttttgttttttgttttA---AAAATG-T----TTT---GACTTT--GT--------G-TA-G-AATT----------------TGGAA------TT-T---C---------T----TTCACAAA-GTCAAAC---TTTT----tcaacttacgaccatcatttccacaatctagacaaaattctgcat
gi|7 : tgttaaattccgccgcagaatgaacatctaaagacatgataacaatttccgggtcagactgcttagtttaaaactttgtcgtttgattcctgcattaacgtccgttctaaattggacaaagtaccttgtaatttttttcacaTG-T----TT----GACTGA--GT--------G----TAAATT----------------TGGAA------TT-T---C---------TGTCACT----AA-GTCAAACATTTTTT----agacaaactcgaccatttcatttccatactgaagacaaaattctgcatcaaacatcaaggtcggtctttgtcacccctagttgtggagttactccctttctaagccttttttgagaaaatgaccacagta
gi|25 : ctttatttaaaagttccgcacataattggcatataaaaagcatgatacaatttgcagggtccgaatgcttagtttaaaaccatttttgtttgattttctgcattaagttcttcataattggacaaaacgtatcttgcatttttttcaTTT--GT--------GACA-GAAATT----------------CCAAA------TT-T--AC---------G----CT----AA-GTCAAACACATTTT----AT--AA-CT--ACGA-CA--TC--ATTT-CC-A--TAA-------TC----TAG-ACA---AAATTC---------------ATC-ATA--TA------G------G--TC----GT-ACTTTGT-T-----C------CCT--AGG-T-T-GGGGT-----TA-caattaatcaaactacgaccatcatttccataatctagacaaaattttgcatcaaactatataggtcgtactttgttctaccctaggttggggtcatgttagaatttgtcctctcggccgctgcact
gi|24 : tT-T--AC---------A----CT----AA-GTCAAACACATTTA----ATCAAA-CA--ACGctcccttttctaatcctcgttgagaatgaccacagcac
gi|28 : -GTCAAACACATTGT----ATCAGA-CT--ACGACCA--TT--ATTT-CC-A--TTA-------TC----TAG-TCA---AAATTC--T---GTT--TCAAACC-ATA--TA------G------G--TT----GT-GCTTTGT-CTT-A-C------CCA--AAG-T-T-AACGT-----CA-TCTGAGAGGTTGGCCTCCCG---TCCGCTGgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaccctaggttggggtcatcttagaaattgacctcccggccgctgcact
gi|38 : CAAACACATTTT----CTCAAA-TT--ACGACCA--CC--ATTT-CC-A--TAA-------TC----TAG-ACACATAAATTTGGT---TTT--TCAGAC
gi|27 : CATAGTTA----ATCAAAACTGTACG-CCA--TCCAATTTTCC-ACTTAAAAAATGGTC----TAGCGCA---AAATTT--T---GCA--TCAAACT-ATAAATA------G------T--TC----GT-ACTT-GTATCT-A-C------CCTCAAGG-T-T-GGGGT-----CA-TGTTAGAATTTGTCCT-TCG---GCCGCTGCA
gi|29 : -CT--ACGACCA--TC--ATTT-CC-A--TAA-------TC----TAG-ACA---AAATTC--T---GCA--TCAAACC-ATA--TA------A------G--TC----GT-ACTTTGT-TCT-A-C------CCT--CGG-T-T-GGGCT-----CA-TCTTAGAATTTGACCTCCCA---GCCGCTGCAC
gi|30 : CGACCA--TT--ATTT-CC-A--TAA-------TC----TAG-ACA---AACTTC--T---GCT--TCAAACC-ATA--TA------G------G--TT----GT-GCTTTGT-TCT-A-C------CCT---GG-T-TGGGGGT-----CA-TCTTAGAATATGACCTCCCG---GCTGCTGCAC
gi|31 : CAACCA--TC--ATTT-CC-A--TAA-------TC----TAG-ACA---AAACTC--G---TAT---CAAACC-ATA--TA------G------T--TT----GT-GCTTTGT-TCT-A-C------C-T--AAG-T-T-GGAGT-----CA-TCTTAGAATTTGTCCTCCCG---GCCGCTGCACt
gi|33 : gACCA--TC--ATTT-CC-A--TAA-------TC----TAG-ACA---AAACTC--G---TAT---CAAACC-ATA--TA------G------T--TT----GT-GCTTTGT-TCT-A--------CCT--AAG-T-T-GGAGT-----CA-TCTTAGAATTTGTCCT-CCG---GCCGCTGCA
gi|32 : AG-ACA---AAAGTC--A---GCA--TCAAGTT-ATA--TATATGTAG------G--TC----TT-GCCTTGT-TCT-A-C------CCT--AGA-T-T-GGTGT-----TACTCTCA
gi|36 : tCAAACC-ATA--TA------G------G--TT----GT-ACTTTGT-TCT-A-CATGTACCTT--AGG-T-T-GGGGT-----CA-TCTTAGAATTTGACCTCCCG---GCCGCTGCACttccttattcttttttgagaaaatgaccacagcact
gi|41 : -ATG--TA------G------G--TT----GT-GCTTTGT-TCT-A-C------CG---AGG-A-T-GGGGT-----CA-TCTTAGAATTTGTCCTCCCG---GCCG
gi|40 : TTTGT-TCT-A-C------CCTA-AGG-T-T-AGGGT-----
gi|43 : T-TCT-A-C------TCT--AGA-T-T-GGGGC-----CG-TTTTACAATTTGACCTCtggtaccttctaagcctctttttgagaattgaccatagc
gi|42 : CT-A-C------C-T--AGG-T-T-GCGGT-----CA-T-TTAGAATTTGAC-TCCCG---GCCGCTGCAC
gi|24 : -A-C------CCT--AGG-T-T-GGGGT-----CA-TCTTAGAAATTGACCTCCCG---GCCGCTGCAC
gi|46 : ttacactaagtcaaacacatttaatcaaacaacggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnA-TCTTAGAATTTGACCTTCTG---GCCGCTGCAt
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|44 ): CTTTTCTAAGCCTCTTTTGAGAAATGATCACAGCACT
Unaligned ( gi|45 ): AAAAGGTTTAACTTTACACATCACGATCTTAAAG
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111 1111111111 111111111111111111111111
lowQualScore : 4 77 4 5 44444 5 3 1 22 22 1 1 22 1 555 1 1 3333 22 1 22 3 1 5 1 222 8 22 1 1 1 22 44 1 1 333 22 444444 8888 1 999 3 3333333333333333 1 1 1 3333 2222222222 0 222 1 1 3333 3333 7777 66666666 22 1 1 1 1 3 66 1 1 55555555 222 4 222 999999999999999999999999 22 33 33 222 1 2 33 1 6666666 11 2222 33 22 222 33 1 22 666666 444444 1 222 22 22 1 1 1 333333 33 1 1 2 33333 1 333
lowQualScore : . .. . . ..... . . . .. .. . . .. . ... . . .... .. . .. . . . . ... . .. . . . .. .. . . ... .. ...... .... . ... . ................ . . . .... .......... . ... . . .... .... .... ........ .. . . . . . .. . . ........ ... . ... ........................ .. .. .. ... . . .. . ....... .. .... .. .. ... .. . .. ...... ...... . ... .. .. . . . ...... .. . . . ..... . ...
lowQualScore : 4 11 2 7 88888 5 6 8 55 55 8 9 66 7 444 7 7 9999 66 9 66 8 9 7 9 333 0 88 8 8 8 44 88 7 7 000 44 777777 1111 7 666 3 3333333333333333 7 7 7 5555 1111111111 3 999 7 7 7777 7777 4444 00000000 33 7 7 8 7 6 88 8 7 88888888 888 8 888 444444444444444444444444 11 44 44 555 4 9 44 4 1111111 99 9999 55 00 666 77 5 11 000000 444444 5 777 00 00 4 3 3 888888 22 3 3 7 44444 4 999
consensus : CTTTATTTAAA-AATTCCGC--ACAGAA-TTGGCATATAAAA-GGCA-----TGAT-A-CAATTT-G--CTGGGT--CAG-ACTG-C--TTAGTT-T---A-AA-ACC----A--TTTCT-GT--T-T-GATTTC-C-TGCA-T-TAA-GTCC--GTC-ATA-A-TT--GGAC--A-AAA-CGT---A--CC-----TTG---T-A---T-TT----------------T-T-T-T----C----------ACA---AAAA-TG-T----TT----GACTT-T--GT--------G--AC-A-GAAATTCCAAA-T-T-T--ACACT-AA-GTCAAA--------CACATT---TT-AT---CAAA------------------------CT--ACGACCA--TC--A---TTT-CC-A--T-AA-------TC--T----AG--AC--A---AAATTCTG--CATCAAACC-ATA--TA------G------GTCGTG---CT--TTG--T-TCT-A-C------CCT--AGG-T-T-GGGGT-----CA-TCTTAGAATTTGACCTCCCG---GCCGCTGCAC
Reference ( family-157 ) : CTTTATTTAAA-AATTCCGC--ACAGAA-TTGGCATATAAAA-GGCA-----TGAT-A-CAATTT-G--CTGGGT--CAG-ACTG-C--TTAGTT-T---A-AA-ACC----A--TTTCT-GT--T-T-GATTTC-C-TGCA-T-TAA-GTCC--GTC-ATA-A-TT--GGAC--A-AAA-CGT---A--CC-----TTN---T-A---T-TT----------------T-T-T-T----C----------ACA---AAAA-TG-T----TT----GACTT-T--GT--------G--AC-A-GAAATTCCAAA-T-T-T--ACACT-AA-GTCAAA--------CACATT---TT-AT---CAAA------------------------CT--ACGACCA--TC--A---TTT-CC-A--T-AA-------TC--T----AG--AC--A---AAATTCTG--CATCAAACC-ATA--TA------G------GTCGTG---CT--TTG--T-TCT-A-C------CCT--AGG-T-T-GGGGT-----CA-TCTTAGAATTTGACCTCCCG---GCCGCTGCAC
gi|1 : TTTATTTAAA-CATTCCGC--ACAGAAATTGGCATATAAAAAGGCA-----TGATTA-CAATTT-GGCCAGCGT--CAG-ACTA-C--TTAGTT-TTA-A-AA-GCC----AAGTTTCT-GTGTTAT-GATTTCTC-TGTA-TGTAATATGC--GTC-ATA-A-TT--G-AC--A-AAG-AAT---A--CT-----TTTAGTT-A---T-TT----------------T-T-T-T----GTTTAAAAAAAAAA---AAAA-TG-T----TT----AAAAT-A--GT-----------AC-A-CAAATTTCAAA-T-T-T--ACACT-AA-ATTAAA--------CACAGT---TTAAT---CAAA------------------------GT--AC-ACCA--TC--A---TTT-CC-A--T-AAT------TC--T----AG--AC--A---AAATTCTGCTCATCAAACC-ATA--TA------A------GT--TT---CT--TTG--T-TCT-A-C------CCT--AGG-T-T-GGGGT-----TA-
gi|10 : CCGCTAACAGA--TTG-CATTTGGAACGGCGCATATTGAT-A-CTATTT-G--CTGTGTTTCAG-ACTG-C--TTTGTT-T---ATAA-ACCTGTCA--TTTTT-GT--T-T-GAATTC-C-TGCAAT-TAA-GTCC--GTC-ATA-A-TTTCGTAT--A-AAATCGT---A-----------------A----------------------------------C----------AC------------C----TT----GACTTATA-GT--------GAAACAA-GAAGATCCCAA-TAT-T--ACACT-AA----AA--------------T---CC-AT---AAAA------------------------CT--ACGA-CA--TT--ACTGCTC-CC-A--TAAA-------TCCTC----AGTAACAAA---AAACTATG--C-CCAAACC-ctcccttttctaagcctcttttgagaaatgaccacagcac
gi|11 : acattatttcttatctttttagaatagatgtaA-AATTCTGC--ACAGAA-TAGGCATATAGAA-GG---------------------G--CTGGGT--CAG-ACTG-C--TTGGTT-T---A-AA-ACC----A--CTTCT-GT--T-T-GATTTC---TGCA-T---------------ATA----T--G-AC--A-AAA-TGC---A--CT-----TTC---T-A---T-TT----------------T-T-T-G----C----------ACACAAAAAA-TA-C----AA----GTGTC-T--GT--------G--AT-A-GAAATTGAAAA-T-G-T--ATACC-AT-GTCAAG--------CACATT---TC-AT---CAGA------------------------CT--ACAACTA--TC--A---TCT-CC-A--T-AA-------TT--T----AG--AC--A---AAATTCTG--TATCAAACC-ATA--TG------G------GCCGTG---AA--TTG--G-TCT-A-C------CCT--AGG-T-C-GGGGTTGCTCCA-TTTTAAAcaagaacccatattatatggctatgatatattcact
gi|12 : aaacTTATTTAAA-AATTCCGC--ACAAAA-CTGGCATATAAAC-GGC------------------------TGGGT--CAT-ACTG-C--TTAGTT-T---A-AA-ACC----A--TTTTT-GT--T-T-GATTTC-C-TGCA-T-TAA-GT---------------T--GGAC--A-AAA-CGT---A--CC-----TTG---T-A---T-TT----------------T----------A----------AAA---AAAA-AA------------AAC------GT--------G--AC-A-GAAATTCCAAA-T-T-C--ACACT-AA-ATCAAAAAAGCTTTTACATTTCATT-AT---CAAAATAAAATCTACTTCTCAAATCAAACT--ACGACCA--TC--A---TTT-TC-A--T-AA-------TC--T----AG--AC--A---AAATTCTG--CATCAAACC-ATA--TA------G------GTTGTA---CT--TTT--T-CCT-A-C------CCT--AGG-T-T-GGGGT-----AA-TTTgcacctgttgagaaataacgacagcact
gi|13 : GAT-A-CAACTT-G--CCAGGT--CAC-ACTG-C--TGGGAT-T---A-TA-ACC----A--GTTCC-GT--T-T-GAATTC-T-TGCA-T-AAC-GTCC--GCC-ATA-A-TT--GGAC--A-AAA-TGT---A--CT-----TTC---T-A---T-TT----------------T-TGT-T----C----------AAA---AAAA-TA-T----TT----GACTT-T--GTAATGGAAAA--AT-A-GAAAATCCAAA-T-T-T--ACAAT-AA-GTCACA--------CACATT---TT-AT---CAGA------------------------CT--ACAGCCA--TCT-A---TTT--T-A--T-CA-------CC--T----AG--AT--A---AAATTTTA--CATCAAAAC-ATA--TA------ATATTATACTGTA---CT--TTG--T-TCT-A-C------CCT--ACG-T-T-GTGGT-----CA-TATTAGAATTTGACTCCCTG---GCCGCTGCGCa
gi|14 : TATAAAA-GGCA-----TGAT-A-CAATTT-G--CTGGGT--CAA-ACTG-C--TTAGTT-T---A-AA-ACC----A--TTTTT-GT--T-T-AATTTT-C-TGCT-T-TAA-GTCC--GTC-ATA-A-TT--GGAC--A-AAA-CGT---A--CC-----TTG---T-T---T-TTTTGTTTTTGTTTTTTGT-T-T-T----T-----------------AAA-TA-T----TT----GACTT-A--GT--------G--AC-A-GAAATTCCAAA-T-T-T--ACACA-AA-GTCAAA--------CACATT---TA-TT---CAAC------------------------TT--ACGACCA--TC--A---TTT-CC-A--C-AA-------TC--T----AG--AC--A---AAATTCTG--CAT
gi|15 : TTTATA-AAA-AAT--CGC--ACATA--TTG-CA-ATAAAC-G-CA-------AT-A-CAAGTT----CTGGGT--CAA-ACTGGC--CTA-TT-T---A-AA-ACC----A--CTT-T-GG--T-T-GA--TC-C-T-CA---TAA-GTTCCGGTCAATACA-TT--GGAC--A-AAA-CGC---A--TCTACAGTTG---C-A---T-TCCA--------------T-T-T-T----C----------ATA---
gi|16 : -ATA-A-TT--GGAC--AGAAA-CGT---GGTCT-----TTA---TTA---T-TT----------------G-T-T-T----T----------ACA---TAAA-TG-T----------AGCTT-T---T--------G--AC-A-GAAATTCTAA--T-T-T--A-ACTCAA-ACCAAA---------ACATT---TC-AT---CAGA------------------------CT--ACAATCA--TC--A---TTT-CT-A--T-GA-------TC--T---------C--A---ACATTCTGC-CAT-AAACC-ATA--CA------G------GTATTGTAACT--TTG--T-TGT-A-C------ACT--AGT-T-T-GGGGT-----TA--CTTcataagtcaatagctaactaagatagacgaaatgaaaaaatatatacccagaagtcattgaaaacacacttatctcgattaaac
gi|17 : catcaC-ATA-A-TT--GGAG--A-AAA-CGT---A--CC-----TTTG--T-A---T-TT----------------T-T-T-TTTTTC----------GCA---AAAA-TGAT----TT----TACTT----GT--------G---C-A-GAAATGCCTAA-T-T-T--ACACT-AAAGTCAAA--------CACATT---TT-AT---CAAA------------------------C---ACG-CC---TC--A---TTT-CC-A--T-AA-------TC--T----AG--AC--A---CAATTCTG--AATCTAACC-ATA--TA------G------GTTGTG---CT--TTG--T-TGTCA-C------CCT--TGG-T-T-GGGGT-----CA-TCTTAGAA-TTGA-CTCCC----GCCGCTGCACcccttttctaagtctcttttgaagaaacgaccaacag
gi|18 : cT--AGAC--A-AAA-CAT---A--CC-----TTG---T-A---T-TT----------------TTT-T-T----C----------ACA---AAAA-TG-T----TT----GACTT-T--GT--------G--AC-A-GATATTCCAAA-T-T-T--ACACA-AA-GTCAAA--------CACATT---TT-AT---CAAA------------------------CT--ACGATCA--TT--A---TTT-CC-A--T-AA-------TC--TAGTAAG--AC--A---AAATTCTG--CATCAAAAC-ATA--TA------G------GTTGTG---CT--TTG--T-TCT-A-C------CCT--AGG-T-T--GGGT-----CA-TCTTAGAATTTGACCTCCCG---GCCGCTGCACt
gi|19 : ---T-TT----------------T-T-T-T----C----------AAC---AAAA-TG-T----TT----GACTT-T--GT--------G--AC-A-GAAATTCCAAA-T-T-T--ACACA-AA-GTCAAA--------CACA-T---TT-AT---CAAA------------------------CT--ACGACCA--TC--A---TTT-CC-A--T-AA-------TC--T----A---AT--A---AAATTCTG--CATCAAACC-ATA--TAG-----G------GTCGTA---CT--TTG--T-TCT-A-C------CCT--AGG-T-TGGGGGT-----CA-TCTTAGAAATTGACATCCTG---GCCGCTGCAC
gi|2 : CTTTATTTAAGCGATTCCGC--A-AGAACTTGGCATATAAAA-GGCA-----TGATTG-CAATTT-G--CTTGGT--CAG-ACTG-C--TTAGTTCT---A-AA-ACC----A--TTTTT-GT--TCT-GACTTC-CCTGCA-T-TAA--TCC--GTC-ATA-A-CT--GGAC--A-AAA-CGTTACA--CT-----TGT---T-A---T-TT----------------T-T-T-T----C-----------CA---AATT-TT-T----TTTTTGGACTT-A--GT--------G--AC-A-GAAAATTCAAA-T-T-TT-ACACT-AA-GTCAAA--------CACATT---TA-AT---CAAA------------------------TT--ACGACCAT-TC--A---TTT-CC-A--T-AA-------TC--T----AG--AC--A---AAATTCTG--AACAAAACCAATA--TA------G------GCTGTG---CT--TTG--T-TCT-A-C------CCT--AGG-T-T--GGGT-----CA-TCTTCGAATTTGACCTCCCGCGCGCCGCTGCACt
gi|20 : ACTTAAA-AATTCCGC--ACAGAA-TTGGCATATAAAA-GGCA-----TGAT-G-CAATTT-G--CTGGGT--CAG-ACTG-T--TTAGTT-T---A-AA-ACC----A--TTTCC-GT--T-T-GATTTC-C-TGCA-T-TAA-GTCC--GTC-ATA-A-GT--TGAC--A-AAA-CGT---A--CC-----TTG---T-AT--T-TT----------------T-T-T-T----C----------ACA---AAAA-TA-T----TT----GACTT-T--AC--------G--AC-A-GAAATTCCAA
gi|21 : TT-T---A-AA-----------TTCCT-GT--T-T-GATTTTTC-TGC----TAATGCCT--GTC-ATA-A-TT--GGACCAA-AAA-CGT---A--C------TTC---T-A---TCTT----------------T-T-T-T----C----------ATA---AAA--TG-T----TT----GA-TT-TAAGT--------G--AC-G-AAAATTCCAAT-T-T-TTTACATT-AA-GTCAAA--------CACATT---TTAAT---CAGAC-----------------------CT--ACAAACA--TC--A---TGT-CCTA--T-AA-------TA--T----A
gi|22 : TT-T---A-AA-----------TTCCT-GT--T-T-GATTTTTC-TGC----TAATGCCT--GTC-ATA-A-TT--GGACCAA-AAA-CGT---A--C------TTC---T-A---TCTT----------------T-T-T-T----C----------ATA---AAA--TG-T----TT----GA-TT-TAAGT--------G--AC-G-AAAATTCCAAT-T-T-TTTACATT-AA-GTCAAA--------CACATT---TTAAT---CAGAC-----------------------CT--ACAAACA--TC--A---TGT-CCTA--T-AA-------TA--T----A
gi|23 : ATTTAAA-AATTAAGC--ACATAA-TTGGCATATAAAA-GCCA-----CAAT-A-CAATTT-T--CTGGGA--CAC-ACTG-T--TTGGTT-T---A-AA-GTC----A--TTTAT-GT--T-T-GA-TTA-G-TGCA-T-TAA-GTCC-------------T--GGA---A-----------A--CC-----TTC---T-A---T-TT----------------T-T-CAA----C----------AAA---AAAA-TG-T----TT----GACTT-T--GT--------G--AC-A-GAAGTTCCAAA-T-
gi|24 : tg-T-T--ACACT-AA-GTCAAA--------CACATT---TA-AT---CAAA------------------------CA--ACG
gi|24 : -A-C------CCT--AGG-T-T-GGGGT-----CA-TCTTAGAAATTGACCTCCCG---GCCGCTGCACgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaccctaggttggggtcatcttagaaattgacctcccggccgctgcact
gi|25 : ttacactaagtcaaacacatttaatcaaacaacggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTT-T--GT--------G--AC-A-GAAATTCCAAA-T-T-T--ACGCT-AA-GTCAAA--------CACATT---TT-AT-----AA------------------------CT--ACGA-CA--TC--A---TTT-CC-A--T-AA-------TC--T----AG--AC--A---AAATTC----------ATC-ATA--TA------G------GTCGTA---CT--TTG--T-T-----C------CCT--AGG-T-T-GGGGT-----TA-t
gi|26 : tA-GGCA-----TGAT-A-CAATTT-G--CAGGGT--CAG-ACTA-C--TTAGTT-T---A-AA-ACC----A--ATTCT-GT--T-T-GATTTC-C-TGTA-T-TAA-GTGC--GTC-ATA-A-TT--GGAC--A-AAA-AGT---A--CT-----TAG---T-A---T-TT----------------T-T-T-T----TTAAAAA----AAA---AAAA-TG-T----TT----AAAAT-A--GT--------G--AC-A-GAAATTctcccttttctaatcctcgttgagaatgaccacagcac
gi|27 : --------CATAGT---TA-AT---CAAAA-----------------------CTGTACG-CCA--TCCAA---TTTTCC-ACTT-AAAAAATGGTC--T----AGC-GC--A---AAATTTTG--CATCAAACT-ATAAATA------G------TTCGTA---CT--T-G--TATCT-A-C------CCTCAAGG-T-T-GGGGT-----CA-TGTTAGAATTTGTCCT-TCG---GCCGCTGCA
gi|28 : -GTCAAA--------CACATT---GT-AT---CAGA------------------------CT--ACGACCA--TT--A---TTT-CC-A--T-TA-------TC--T----AG--TC--A---AAATTCTG--TTTCAAACC-ATA--TA------G------GTTGTG---CT--TTG--T-CTT-A-C------CCA--AAG-T-T-AACGT-----CA-TCTGAGAGGTTGGCCTCCCG---TCCGCTG
gi|29 : ------------------------CT--ACGACCA--TC--A---TTT-CC-A--T-AA-------TC--T----AG--AC--A---AAATTCTG--CATCAAACC-ATA--TA------A------GTCGTA---CT--TTG--T-TCT-A-C------CCT--CGG-T-T-GGGCT-----CA-TCTTAGAATTTGACCTCCCA---GCCGCTGCAC
gi|3 : TTTATTTAAACAATCCCAC--AGAAAA-T-GGCATATAACA-TGCA-----TGATTA-CAATTT-T--CTGG-T--CAG-ACTG-T--TTAGTT-T---A-AA-ACC----A--TTCCT-GT--T-T-GATTTT---TGCA-T-TAA-GTCA--GTC-ATA-A-TT--G-AC--A-AAA-CGT---A--CC-----TTG---T-AATAT-TT----------------T-T-T-T----C----------ACA---AAAAATA-T----T-----GACTT-T--GT--------T--AC-AAGAAATTCCAAA-T-T-T--ACACT-AA-ATCAAA--------CACATT---TT-AT---CAAA------------------------CT--ACG-CCA--TC--A---TTT-CC-AT-T-AA-------TA--T----AG--GC--A---AAATTCTG--CATC-AACT-CTA--TA------G------GTTGTG---CT--TTG--T-TCT-ACC------CCT--AGGTT-T-GGGGT-----AA-T
gi|30 : CGACCA--TT--A---TTT-CC-A--T-AA-------TC--T----AG--AC--A---AACTTCTG--CTTCAAACC-ATA--TA------G------GTTGTG---CT--TTG--T-TCT-A-C------CCT---GG-T-TGGGGGT-----CA-TCTTAGAATATGACCTCCCG---GCTGCTGCACtccctttttctaagcctctttgggaaatgaccacagca
gi|31 : CAACCA--TC--A---TTT-CC-A--T-AA-------TC--T----AG--AC--A---AAACTC-G--TATCAAACC-ATA--TA------G------TTTGTG---CT--TTG--T-TCT-A-C------C-T--AAG-T-T-GGAGT-----CA-TCTTAGAATTTGTCCTCCCG---GCCGCTGCACt
gi|32 : g--T----AG--AC--A---AAAGTCAG--CATCAAGTT-ATA--TATATGTAG------GTCTTG---CC--TTG--T-TCT-A-C------CCT--AGA-T-T-GGTGT-----TACTCTCA
gi|33 : ACCA--TC--A---TTT-CC-A--T-AA-------TC--T----AG--AC--A---AAACTC-G--TATCAAACC-ATA--TA------G------TTTGTG---CT--TTG--T-TCT-A--------CCT--AAG-T-T-GGAGT-----CA-TCTTAGAATTTGTCCT-CCG---GCCGCTGCAttccttattcttttttgagaaaatgaccacagcact
gi|34 : TTTAAA-CATACCGC--ACA-AA-T--GAATATTAA--GGCA-----TGAT-G-CAATTTCG--TTGGG---AAG-ACTG-C--TTAGTT-TTTTA-AA-ACC----A--TTTCT-GT--T-T-GATTTC-C-TGC
gi|35 : attTATTTAAA-AATTCCGCC-ACAATA-TTGGCATATAAAAGGGAA-----TGAT-ACCAATTT-G--CT-TGT--CCT-ATTG-C--TTAATT-T---A-AAGACC----
gi|36 : CAAACC-ATA--TA------G------GTTGTA---CT--TTG--T-TCT-A-CATGTACCTT--AGG-T-T-GGGGT-----CA-TCTTAGAATTTGACCTCCCG---GCCGCTGCAC
gi|37 : CTTTATTTAAA-AATTCCGC--ACAATA-TTGGCATATAAAA-GGGA-----TGAT-A-CAATTT-G--CTTGGT--CTG-ATTG-C--TTAATT-T---A-AG-AC
gi|38 : CAAA--------CACATT---TT-CT---CAAA------------------------TT--ACGACCA--CC--A---TTT-CC-A--T-AA-------TC--T----AG--AC--ACATAAATT
gi|39 : CTTTATTTAAA-AATTCCGC--ACAGAA-TTGGCATATAAAA-AACA-----TGAT-A-CAATTT-G--CTAGGT--CAG-Atggtttttcagac
gi|4 : TAAA-AATTCCGC--ACAGAA-TTGGCATATAAAA-GGCG-----TGAT-A-CAATTC-G--CTGGGT--ACG-ACTG-C--TTAGTT-T---A-AA-ACA----A--TTTCT-GT--T-T-GATTTC-C-TGTA-T-TAA-GTCT--GTC-ATA-A-TT--GGAC--A-AAA-CGT---A--CC------TG---T-AT--T-TT----------------T-T-T-T----T----------TCA---AAAA-TG-T----TT----GACTT-T--GT--------G--AC-A-TAAATTCCAAA-T-T-T--ACACT-AA-GTCAAA--------CACATT---TT-AC---CAAA------------------------CC--ATGACTA--TC--A---TTT-CC-A--T-AA-------TC--T----AG--AC--A---AAATTCTG--CATCAAGCC-ATA--TA------G------GTTGTG---AT--TTG--T-TCT-A-C------TTT--ATG-T-T-GGGGT-----TA-a
gi|40 : T--TTG--T-TCT-A-C------CCTA-AGG-T-T-AGGGT-----ctcccttttctaagcgtctcttgagaaatgaccacagcacta
gi|41 : -ATG--TA------G------GTTGTG---CT--TTG--T-TCT-A-C------CG---AGG-A-T-GGGGT-----CA-TCTTAGAATTTGTCCTCCCG---GCCGtggtaccttctaagcctctttttgagaattgaccatagc
gi|42 : CT-A-C------C-T--AGG-T-T-GCGGT-----CA-T-TTAGAATTTGAC-TCCCG---GCCGCTGCAC
gi|43 : --T-TCT-A-C------TCT--AGA-T-T-GGGGC-----CG-TTTTACAATTTGACCTC
gi|46 : A-TCTTAGAATTTGACCTTCTG---GCCGCTGCA
gi|5 : A-AATTCCGCC-GCAGAA-TGAACATCTAAA--GACA-----TGAT-AACAATTT----CCGGGT--CAG-ACTG-C--TTAGTT-T---A-AA-AC--------TTTGTCGT--T-T-GATT-C-C-TGCA-T-TAACGTCC--GTT-CTA-AATT--GGAC--A-AA---GT---A--CC-----TTG---T-AA--T-TT----------------T-T-T-T----C----------ACA---AAAA--G-T----TT----GACTT-T--GT--------G--AA-A-GAAATTCCAAA-T-TCT--ACACA-AA-GTCAAA---------ACATT---TT--TAGACAAA------------------------CT---CGACCATTTC--A---TTT-CC-A--T-AC-------TG--A----AG--AC--A---AAATTCTG--CATCAAA-C-ATC--AA------G------GTCGGT---CT--TTG----TCA-C-C------CCT--AGT-TGT-GGAGT-----TA-tta
gi|6 : tgttA-AATTCTG---ACAGAA-TTGGCATATAGAA-GG--------G------------G--CTGGGT--CAGGACTG-CGATTGGGT-T---T-AA-ACC----A--CTTCT-GT--T-TTGATTTC-T-TGCA-T---------------ATA----T--G-AC--A-AAA-TGC---A--CT-----TTTC--T-A---T-TT----------------T-G-C-A----C----------CCC---AAAA-T--TACAATT----GTGTC-T--GT--------G--AT-A-GAAATTGAAAAAT-TGT--ATACC-AT-GTCAAG--------CACATT---TC-AT---CAG-------------------------CT--ACAACTA--TC--A---TCT-CC-A--T-AA-------TT--T----AG--AC--A---AAATTCTG--TATCAAACC-ATA--T-------G------GCCGTG---GGAAGTGGTT-TCT-A-C------CCT--AGG-T-C-GGGctccctttctaagccttttttgagaaaatgaccacagta
gi|7 : tctttcgcccaaacCTTTATTTAAA-AGTTCCGC--ACATAA-TTGGCATATAAAA-AGCA-----TGAT-A-CAATTT-G--CAGGGT--CCG-AATG-C--TTAGTT-T---A-AA-ACC----A--TTTTT-GT--T-T-GATTTT-C-TGCA-T-TAA-GTTC--TTC-ATA-A-TT--GGAC--A-AAA-CGT---A--TC-----TTG---C-A---T-TT----------------T-T-T-T----C----------AAA---AAAA-TG-T----TT----GACTT-A--GT--------G--AC-A-GAAATTCCAAA-T-T-T--ACACT-CA-GTCAAA--------CACAAT---TA-AT---CAAA------------------------CT--ACGACCA--TC--A---TTT-CC-A--T-AA-------TC--T----AG--AC--A---AAATTTTG--CATCAAACT-ATA--TA------G------GTCGTA---CT--TTG--T-TCT-A-C------CCT--AGG-T-T-GGGGT-----CA-TGTTAGAATTTGTCCTCTCG---GCCGCTGCACcgttgctccattttaagcacctgatttgaagataataagacagcac
gi|8 : CTTTATTTAAA-AATTCCGT--ACAGAA-TTGGCACATAAAA-GACA-----TGAT-A-CAACTT-G--CTGGGT--CAG-ACTG-C--ATAGTT-T---A-AA-GCC----A--TTTCT-TT--T-T-TATTTG-C-TGCA-T-TGA-GTCC--GTC-ATA-A-TT--GGAC--A-AAA-CGT---A--CC-----TTC---T-A---T-TT----------------T-T-T-T----C----------ACA---AAAA-TG-T----TT----GACTT-T--GT--------G--AC-A-GAAATTTCAAA-T-T-T--ACTCT-AA-GTCAAA--------CACATT---TT-AT---CAGA------------------------CT--ACGACCA--TC--A---TTT-CC-A--T-AA-------TC--A----AG--AC--A---AAATTCTT--CTTCAAACC-ATA--TA------G------GTTGTG---CT--TTG--T-TCT-A-C------CCT--AGG-T-T-GGGGT-----CA-TCTTAGAATTTGACCTCCCG---GCCGCTGCACt
gi|9 : AAA-AATTCCTT--TCAGAA-TTGGCATATAA---GACA-----TGAT-A-CAATTT-G--CTGGAT--CAG-TCTG-C--TTAGTT-T---A-AA-ACC----A--TTTCT-GT--T-T-GATTTC-C-TGTA---TAA-GTCC--GTC-ATA-A-AT--GGAC--A-AAA-CTT---A--CC-----TTG---T-AT--T-TT----------------T-T-T-T----T----------ACA---AAAA-TG-T----TT----GACTT-T--GT--------G--AC-A-AAAATTCAAAA-C-C-T--ACACT-AA-GTCAGA--------CACATT---TT-AT---CAAA------------------------CT--ACGACCA--TA--A---TTT-CC-A--T-AA-------TC--T----AG--AC--A---AAATTCTG--CATCAAACC-AAA--TA------G------GTCGTA---CG--TTG--T-TCT-A-C------CCT--AGG-T-T-GGGGT-----TA-
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|44 ): CTTTTCTAAGCCTCTTTTGAGAAATGATCACAGCACT
Unaligned ( gi|45 ): AAAAGGTTTAACTTTACACATCACGATCTTAAAG
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111 1111111111111111111111 111111111111111111111111
lowQualScore : 4 77 2 2 2 3 44444 1 3 3 1 22 22 1 1 22 1 555 1 1 3333 22 1 1 44 1 5 1 222 8 22 1 1 1 22 44 1 1 1 22 5555555 6666 3 999 3 3333333333333333 1 1 1 1111111111111111111111 222 1 1 22 3333 7777 66666666 22 1 1 1 1 3 66 1 1 55555555 222 4 222 999999999999999999999999 22 33 33 222 1 2 33 1 6666666 11 2222 33 22 222 33 1 22 666666 444444 1 222 22 22 1 1 1 333333 33 1 1 2 33333 1 333
lowQualScore : . .. . . . . ..... . . . . .. .. . . .. . ... . . .... .. . . .. . . . ... . .. . . . .. .. . . . .. ....... .... . ... . ................ . . . ...................... ... . . .. .... .... ........ .. . . . . . .. . . ........ ... . ... ........................ .. .. .. ... . . .. . ....... .. .... .. .. ... .. . .. ...... ...... . ... .. .. . . . ...... .. . . . ..... . ...
lowQualScore : 4 11 1 1 0 8 88888 8 6 6 8 55 55 8 9 66 7 444 7 7 9999 66 9 9 55 9 7 9 333 0 88 8 8 8 44 88 7 7 7 44 7777777 3333 5 666 3 3333333333333333 7 7 7 1111111111111111111111 999 7 7 44 7777 4444 00000000 33 7 7 8 7 6 88 8 7 88888888 888 8 888 444444444444444444444444 11 44 44 555 4 9 44 4 1111111 99 9999 55 00 666 77 5 11 000000 444444 5 777 00 00 4 3 3 888888 22 3 3 7 44444 4 999
consensus : CTTTATTTAAA-AATTCCGC--ACAG-AA-TTGGCATAT-AAAA-GGCA-----TGA-T-A-CAATTT-G--CTGGGT--CAG-ACTG-C--TTAGTT-T---A-AA-ACC----A--TTTCT-GT-T--T-GATTTC-C-TGCA-T-TAA-GTCC--GTC-ATA-A-TT--GGAC--A-AAA-CGT-A--C-C-----TT--G-T-A---T-TT----------------T-T-T-T----------C------AC---A---AAAA-TG-T--TT----GACTT-T--GT--------G--AC-A-GAAATTCCAAA-T-T-T--ACACT-AA-GTCAAA--------CACATT---TT-AT---CAAA------------------------CT--ACGACCA--TC--A---TTT-CC-A--T-AA-------TC--T----AG--AC--A---AAATTCTG--CATCAAACC-ATA--TA------G------GTCGTG---CT--TTG--T-TCT-A-C------CCT--AGG-T-T-GGGGT-----CA-TCTTAGAATTTGACCTCCCG---GCCGCTGCAC
Reference ( family-157 ) : CTTTATTTAAA-AATTCCGC--ACAG-AA-TTGGCATAT-AAAA-GGCA-----TGA-T-A-CAATTT-G--CTGGGT--CAG-ACTG-C--TTAGTT-T---A-AA-ACC----A--TTTCT-GT-T--T-GATTTC-C-TGCA-T-TAA-GTCC--GTC-ATA-A-TT--GGAC--A-AAA-CGT-A--C-C-----TT--G-T-A---T-TT----------------T-T-T-T----------C------AC---A---AAAA-TG-T--TT----GACTT-T--GT--------G--AC-A-GAAATTCCAAA-T-T-T--ACACT-AA-GTCAAA--------CACATT---TT-AT---CAAA------------------------CT--ACGACCA--TC--A---TTT-CC-A--T-AA-------TC--T----AG--AC--A---AAATTCTG--CATCAAACC-ATA--TA------G------GTCGTG---CT--TTG--T-TCT-A-C------CCT--AGG-T-T-GGGGT-----CA-TCTTAGAATTTGACCTCCCG---GCCGCTGCAC
gi|1 : TTTATTTAAA-CATTCCGC--ACAGAAA-TTGGCATATAAAAA-GGCA-----TGATT-A-CAATTT-GGCCAGCGT--CAG-ACTA-C--TTAGTT-TTA-A-AA-GCC----AAGTTTCT-GTGTTAT-GATTTCTC-TGTA-TGTAATATGC--GTC-ATA-A-TT---GAC--A-AAG-AAT-A--C-T-----TTTAGTT-A---T-TT----------------T-T-T-TGTTTAAAAAAA------AA---A---AAAA-TG-T--TT----AAAAT-A--GT-----------AC-A-CAAATTTCAAA-T-T-T--ACACT-AA-ATTAAA--------CACAGT---TTAAT---CAAA------------------------GT--AC-ACCA--TC--A---TTT-CC-A--T-AAT------TC--T----AG--AC--A---AAATTCTGCTCATCAAACC-ATA--TA------A------GT--TT---CT--TTG--T-TCT-A-C------CCT--AGG-T-T-GGGGT-----TA-
gi|10 : CCGCTAACAG-A--TTG-CATTT-GGAACGGCGCATATTGA-T-A-CTATTT-G--CTGTGTTTCAG-ACTG-C--TTTGTT-T---ATAA-ACCTGTCA--TTTTT-GT-T--T-GAATTC-C-TGCAAT-TAA-GTCC--GTC-ATA-A-TTTCGTAT--A-AAATCGT-A------------------A----------------------------------------C------AC---------------C--TT----GACTTATA-GT--------GAAACAA-GAAGATCCCAA-TAT-T--ACACT-AA----AA--------------T---CC-AT---AAAA------------------------CT--ACGA-CA--TT--ACTGCTC-CC-A--TAAA-------TCCTC----AGTAACAAA---AAACTATG--C-CCAAACC-ctcccttttctaagcctcttttgagaaatgaccacagcac
gi|11 : acattatttcttatctttttagaatagatgtaA-AATTCTGC--ACAG-AA-TAGGCATAT-AGAA-GG----------------------G--CTGGGT--CAG-ACTG-C--TTGGTT-T---A-AA-ACC----A--CTTCT-GT-T--T-GATTTC---TGCA-T---------------ATA----T--G-AC--A-AAA-TGC-A--C-T-----TT--C-T-A---T-TT----------------T-T-T-G----------C------AC---ACAAAAAA-TA-C--AA----GTGTC-T--GT--------G--AT-A-GAAATTGAAAA-T-G-T--ATACC-AT-GTCAAG--------CACATT---TC-AT---CAGA------------------------CT--ACAACTA--TC--A---TCT-CC-A--T-AA-------TT--T----AG--AC--A---AAATTCTG--TATCAAACC-ATA--TG------G------GCCGTG---AA--TTG--G-TCT-A-C------CCT--AGG-T-C-GGGGTTGCTCCA-TTTTAAAcaagaacccatattatatggctatgatatattcact
gi|12 : aaacTTATTTAAA-AATTCCGC--ACAA-AA-CTGGCATAT-AAAC-GGC-------------------------TGGGT--CAT-ACTG-C--TTAGTT-T---A-AA-ACC----A--TTTTT-GT-T--T-GATTTC-C-TGCA-T-TAA-GT---------------T--GGAC--A-AAA-CGT-A--C-C-----TT--G-T-A---T-TT----------------T----------------A------AA---A---AAAA-AA----------AAC------GT--------G--AC-A-GAAATTCCAAA-T-T-C--ACACT-AA-ATCAAAAAAGCTTTTACATTTCATT-AT---CAAAATAAAATCTACTTCTCAAATCAAACT--ACGACCA--TC--A---TTT-TC-A--T-AA-------TC--T----AG--AC--A---AAATTCTG--CATCAAACC-ATA--TA------G------GTTGTA---CT--TTT--T-CCT-A-C------CCT--AGG-T-T-GGGGT-----AA-TTTgcacctgttgagaaataacgacagcact
gi|13 : GA-T-A-CAACTT-G--CCAGGT--CAC-ACTG-C--TGGGAT-T---A-TA-ACC----A--GTTCC-GT-T--T-GAATTC-T-TGCA-T-AAC-GTCC--GCC-ATA-A-TT--GGAC--A-AAA-TGT-A--C-T-----TT--C-T-A---T-TT----------------T-TGT-T----------C------AA---A---AAAA-TA-T--TT----GACTT-T--GTAATGGAAAA--AT-A-GAAAATCCAAA-T-T-T--ACAAT-AA-GTCACA--------CACATT---TT-AT---CAGA------------------------CT--ACAGCCA--TCT-A---TTT--T-A--T-CA-------CC--T----AG--AT--A---AAATTTTA--CATCAAAAC-ATA--TA------ATATTATACTGTA---CT--TTG--T-TCT-A-C------CCT--ACG-T-T-GTGGT-----CA-TATTAGAATTTGACTCCCTG---GCCGCTGCGCa
gi|14 : TAT-AAAA-GGCA-----TGA-T-A-CAATTT-G--CTGGGT--CAA-ACTG-C--TTAGTT-T---A-AA-ACC----A--TTTTT-GT-T--T-AATTTT-C-TGCT-T-TAA-GTCC--GTC-ATA-A-TT--GGAC--A-AAA-CGT-A--C-C-----TT--G-T-T---T-TTTTGTTTTTGTTTTTTGT-T-T-T----------T----------------AAA-TA-T--TT----GACTT-A--GT--------G--AC-A-GAAATTCCAAA-T-T-T--ACACA-AA-GTCAAA--------CACATT---TA-TT---CAAC------------------------TT--ACGACCA--TC--A---TTT-CC-A--C-AA-------TC--T----AG--AC--A---AAATTCTG--CAT
gi|15 : TTTATA-AAA-AAT--CGC--ACAT-A--TTG-CA-AT-AAAC-G-CA-------A-T-A-CAAGTT----CTGGGT--CAA-ACTGGC--CTA-TT-T---A-AA-ACC----A--CTT-T-GG-T--T-GA--TC-C-T-CA---TAA-GTTCCGGTCAATACA-TT--GGAC--A-AAA-CGC-A--T-CTACAGTT--G-C-A---T-TCCA--------------T-T-T-T----------C------AT---A---
gi|16 : -ATA-A-TT--GGAC--AGAAA-CGT-GGTC-T-----TT--A-TTA---T-TT----------------G-T-T-T----------T------AC---A---TAAA-TG-T--------AGCTT-T---T--------G--AC-A-GAAATTCTAA--T-T-T--A-ACTCAA-ACCAAA---------ACATT---TC-AT---CAGA------------------------CT--ACAATCA--TC--A---TTT-CT-A--T-GA-------TC--T---------C--A---ACATTCTGC-CAT-AAACC-ATA--CA------G------GTATTGTAACT--TTG--T-TGT-A-C------ACT--AGT-T-T-GGGGT-----TA--CTTcataagtcaatagctaactaagatagacgaaatgaaaaaatatatacccagaagtcattgaaaacacacttatctcgattaaac
gi|17 : catcaC-ATA-A-TT--GGAG--A-AAA-CGT-A--C-C-----TTT-G-T-A---T-TT----------------T-T-T-TTTTT------C------GC---A---AAAA-TGAT--TT----TACTT----GT--------G---C-A-GAAATGCCTAA-T-T-T--ACACT-AAAGTCAAA--------CACATT---TT-AT---CAAA------------------------C---ACG-CC---TC--A---TTT-CC-A--T-AA-------TC--T----AG--AC--A---CAATTCTG--AATCTAACC-ATA--TA------G------GTTGTG---CT--TTG--T-TGTCA-C------CCT--TGG-T-T-GGGGT-----CA-TCTTAGAA-TTGA-CTCCC----GCCGCTGCACcccttttctaagtctcttttgaagaaacgaccaacag
gi|18 : cT--AGAC--A-AAA-CAT-A--C-C-----TT--G-T-A---T-TT----------------TTT-T-T----------C------AC---A---AAAA-TG-T--TT----GACTT-T--GT--------G--AC-A-GATATTCCAAA-T-T-T--ACACA-AA-GTCAAA--------CACATT---TT-AT---CAAA------------------------CT--ACGATCA--TT--A---TTT-CC-A--T-AA-------TC--TAGTAAG--AC--A---AAATTCTG--CATCAAAAC-ATA--TA------G------GTTGTG---CT--TTG--T-TCT-A-C------CCT--AGG-T-T--GGGT-----CA-TCTTAGAATTTGACCTCCCG---GCCGCTGCACt
gi|19 : ---T-TT----------------T-T-T-T----------C------AA---C---AAAA-TG-T--TT----GACTT-T--GT--------G--AC-A-GAAATTCCAAA-T-T-T--ACACA-AA-GTCAAA--------CACA-T---TT-AT---CAAA------------------------CT--ACGACCA--TC--A---TTT-CC-A--T-AA-------TC--T----A---AT--A---AAATTCTG--CATCAAACC-ATA--TAG-----G------GTCGTA---CT--TTG--T-TCT-A-C------CCT--AGG-T-TGGGGGT-----CA-TCTTAGAAATTGACATCCTG---GCCGCTGCAC
gi|2 : CTTTATTTAAGCGATTCCGC--A-AG-AACTTGGCATAT-AAAA-GGCA-----TGA-TTG-CAATTT-G--CTTGGT--CAG-ACTG-C--TTAGTTCT---A-AA-ACC----A--TTTTT-GT-TC-T-GACTTC-CCTGCA-T-TAA--TCC--GTC-ATA-A-CT--GGAC--A-AAA-CGTTA--CAC-----TT--G-TTA---T-TT----------------T-T-T-T----------C-------C---A---AATT-TT-T--TTTTTGGACTT-A--GT--------G--AC-A-GAAAATTCAAA-T-T-TT-ACACT-AA-GTCAAA--------CACATT---TA-AT---CAAA------------------------TT--ACGACCAT-TC--A---TTT-CC-A--T-AA-------TC--T----AG--AC--A---AAATTCTG--AACAAAACCAATA--TA------G------GCTGTG---CT--TTG--T-TCT-A-C------CCT--AGG-T-T--GGGT-----CA-TCTTCGAATTTGACCTCCCGCGCGCCGCTGCACt
gi|20 : ACTTAAA-AATTCCGC--ACAG-AA-TTGGCATAT-AAAA-GGCA-----TGA-T-G-CAATTT-G--CTGGGT--CAG-ACTG-T--TTAGTT-T---A-AA-ACC----A--TTTCC-GT-T--T-GATTTC-C-TGCA-T-TAA-GTCC--GTC-ATA-A-GT--TGAC--A-AAA-CGT-A--C-C-----TT--G-T-AT--T-TT----------------T-T-T-T----------C------AC---A---AAAA-TA-T--TT----GACTT-T--AC--------G--AC-A-GAAATTCCAA
gi|21 : TT-T---A-AA-----------TTCCT-GT-T--T-GATTTTTC-TGC----TAATGCCT--GTC-ATA-A-TT--GGACCAA-AAA-CGT-A--C-------TT--C-T-A---TCTT----------------T-T-T-T----------C------AT---A---AAA--TG-T--TT----GA-TT-TAAGT--------G--AC-G-AAAATTCCAAT-T-T-TTTACATT-AA-GTCAAA--------CACATT---TTAAT---CAGAC-----------------------CT--ACAAACA--TC--A---TGT-CCTA--T-AA-------TA--T----A
gi|22 : TT-T---A-AA-----------TTCCT-GT-T--T-GATTTTTC-TGC----TAATGCCT--GTC-ATA-A-TT--GGACCAA-AAA-CGT-A--C-------TT--C-T-A---TCTT----------------T-T-T-T----------C------AT---A---AAA--TG-T--TT----GA-TT-TAAGT--------G--AC-G-AAAATTCCAAT-T-T-TTTACATT-AA-GTCAAA--------CACATT---TTAAT---CAGAC-----------------------CT--ACAAACA--TC--A---TGT-CCTA--T-AA-------TA--T----A
gi|23 : ATTTAAA-AATTAAGC--ACAT-AA-TTGGCATAT-AAAA-GCCA-----CAA-T-A-CAATTT-T--CTGGGA--CAC-ACTG-T--TTGGTT-T---A-AA-GTC----A--TTTAT-GT-T--T-GA-TTA-G-TGCA-T-TAA-GTCC-------------T--GGA---A---------A--C-C-----TT--C-T-A---T-TT----------------T-T-CAA----------C------AA---A---AAAA-TG-T--TT----GACTT-T--GT--------G--AC-A-GAAGTTCCAAA-T-
gi|24 : tg-T-T--ACACT-AA-GTCAAA--------CACATT---TA-AT---CAAA------------------------CA--ACG
gi|24 : -A-C------CCT--AGG-T-T-GGGGT-----CA-TCTTAGAAATTGACCTCCCG---GCCGCTGCACgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaccctaggttggggtcatcttagaaattgacctcccggccgctgcact
gi|25 : ttacactaagtcaaacacatttaatcaaacaacggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTT-T--GT--------G--AC-A-GAAATTCCAAA-T-T-T--ACGCT-AA-GTCAAA--------CACATT---TT-AT-----AA------------------------CT--ACGA-CA--TC--A---TTT-CC-A--T-AA-------TC--T----AG--AC--A---AAATTC----------ATC-ATA--TA------G------GTCGTA---CT--TTG--T-T-----C------CCT--AGG-T-T-GGGGT-----TA-t
gi|26 : tA-GGCA-----TGA-T-A-CAATTT-G--CAGGGT--CAG-ACTA-C--TTAGTT-T---A-AA-ACC----A--ATTCT-GT-T--T-GATTTC-C-TGTA-T-TAA-GTGC--GTC-ATA-A-TT--GGAC--A-AAA-AGT-A--C-T-----TA--G-T-A---T-TT----------------T-T-T-T----------TTAAAAAAA---A---AAAA-TG-T--TT----AAAAT-A--GT--------G--AC-A-GAAATTctcccttttctaatcctcgttgagaatgaccacagcac
gi|27 : --------CATAGT---TA-AT---CAAAA-----------------------CTGTACG-CCA--TCCAA---TTTTCC-ACTT-AAAAAATGGTC--T----AGC-GC--A---AAATTTTG--CATCAAACT-ATAAATA------G------TTCGTA---CT--T-G--TATCT-A-C------CCTCAAGG-T-T-GGGGT-----CA-TGTTAGAATTTGTCCT-TCG---GCCGCTGCA
gi|28 : -GTCAAA--------CACATT---GT-AT---CAGA------------------------CT--ACGACCA--TT--A---TTT-CC-A--T-TA-------TC--T----AG--TC--A---AAATTCTG--TTTCAAACC-ATA--TA------G------GTTGTG---CT--TTG--T-CTT-A-C------CCA--AAG-T-T-AACGT-----CA-TCTGAGAGGTTGGCCTCCCG---TCCGCTG
gi|29 : ------------------------CT--ACGACCA--TC--A---TTT-CC-A--T-AA-------TC--T----AG--AC--A---AAATTCTG--CATCAAACC-ATA--TA------A------GTCGTA---CT--TTG--T-TCT-A-C------CCT--CGG-T-T-GGGCT-----CA-TCTTAGAATTTGACCTCCCA---GCCGCTGCAC
gi|3 : TTTATTTAAACAATCCCAC--AGAA-AA-T-GGCATAT-AACA-TGCA-----TGA-TTA-CAATTT-T--CTGG-T--CAG-ACTG-T--TTAGTT-T---A-AA-ACC----A--TTCCT-GT-T--T-GATTTT---TGCA-T-TAA-GTCA--GTC-ATA-A-TT--G-AC--A-AAA-CGT-A--C-C-----TT--G-T-AATAT-TT----------------T-T-T-T----------C------AC---A---AAAAATA-T--T-----GACTT-T--GT--------T--AC-AAGAAATTCCAAA-T-T-T--ACACT-AA-ATCAAA--------CACATT---TT-AT---CAAA------------------------CT--ACG-CCA--TC--A---TTT-CC-AT-T-AA-------TA--T----AG--GC--A---AAATTCTG--CATC-AACT-CTA--TA------G------GTTGTG---CT--TTG--T-TCT-ACC------CCT--AGGTT-T-GGGGT-----AA-T
gi|30 : CGACCA--TT--A---TTT-CC-A--T-AA-------TC--T----AG--AC--A---AACTTCTG--CTTCAAACC-ATA--TA------G------GTTGTG---CT--TTG--T-TCT-A-C------CCT---GG-T-TGGGGGT-----CA-TCTTAGAATATGACCTCCCG---GCTGCTGCACtccctttttctaagcctctttgggaaatgaccacagca
gi|31 : CAACCA--TC--A---TTT-CC-A--T-AA-------TC--T----AG--AC--A---AAACTC-G--TATCAAACC-ATA--TA------G------TTTGTG---CT--TTG--T-TCT-A-C------C-T--AAG-T-T-GGAGT-----CA-TCTTAGAATTTGTCCTCCCG---GCCGCTGCACt
gi|32 : g--T----AG--AC--A---AAAGTCAG--CATCAAGTT-ATA--TATATGTAG------GTCTTG---CC--TTG--T-TCT-A-C------CCT--AGA-T-T-GGTGT-----TACTCTCA
gi|33 : ACCA--TC--A---TTT-CC-A--T-AA-------TC--T----AG--AC--A---AAACTC-G--TATCAAACC-ATA--TA------G------TTTGTG---CT--TTG--T-TCT-A--------CCT--AAG-T-T-GGAGT-----CA-TCTTAGAATTTGTCCT-CCG---GCCGCTGCAttccttattcttttttgagaaaatgaccacagcact
gi|34 : TTTAAA-CATACCGC--ACA--AA-T--GAATAT-TAA--GGCA-----TGA-T-G-CAATTTCG--TTGGG---AAG-ACTG-C--TTAGTT-TTTTA-AA-ACC----A--TTTCT-GT-T--T-GATTTC-C-TGC
gi|35 : attTATTTAAA-AATTCCGCC-ACAA-TA-TTGGCATAT-AAAAGGGAA-----TGA-T-ACCAATTT-G--CT-TGT--CCT-ATTG-C--TTAATT-T---A-AAGACC----
gi|36 : CAAACC-ATA--TA------G------GTTGTA---CT--TTG--T-TCT-A-CATGTACCTT--AGG-T-T-GGGGT-----CA-TCTTAGAATTTGACCTCCCG---GCCGCTGCAC
gi|37 : CTTTATTTAAA-AATTCCGC--ACAA-TA-TTGGCATAT-AAAA-GGGA-----TGA-T-A-CAATTT-G--CTTGGT--CTG-ATTG-C--TTAATT-T---A-AG-AC
gi|38 : CAAA--------CACATT---TT-CT---CAAA------------------------TT--ACGACCA--CC--A---TTT-CC-A--T-AA-------TC--T----AG--AC--ACATAAATT
gi|39 : CTTTATTTAAA-AATTCCGC--ACAG-AA-TTGGCATAT-AAAA-AACA-----TGA-T-A-CAATTT-G--CTAGGT--CAG-Atggtttttcagac
gi|4 : TAAA-AATTCCGC--ACAG-AA-TTGGCATAT-AAAA-GGCG-----TGA-T-A-CAATTC-G--CTGGGT--ACG-ACTG-C--TTAGTT-T---A-AA-ACA----A--TTTCT-GT-T--T-GATTTC-C-TGTA-T-TAA-GTCT--GTC-ATA-A-TT--GGAC--A-AAA-CGT-A--C-C------T--G-T-AT--T-TT----------------T-T-T-T----------T------TC---A---AAAA-TG-T--TT----GACTT-T--GT--------G--AC-A-TAAATTCCAAA-T-T-T--ACACT-AA-GTCAAA--------CACATT---TT-AC---CAAA------------------------CC--ATGACTA--TC--A---TTT-CC-A--T-AA-------TC--T----AG--AC--A---AAATTCTG--CATCAAGCC-ATA--TA------G------GTTGTG---AT--TTG--T-TCT-A-C------TTT--ATG-T-T-GGGGT-----TA-a
gi|40 : T--TTG--T-TCT-A-C------CCTA-AGG-T-T-AGGGT-----ctcccttttctaagcgtctcttgagaaatgaccacagcacta
gi|41 : -ATG--TA------G------GTTGTG---CT--TTG--T-TCT-A-C------CG---AGG-A-T-GGGGT-----CA-TCTTAGAATTTGTCCTCCCG---GCCGtggtaccttctaagcctctttttgagaattgaccatagc
gi|42 : CT-A-C------C-T--AGG-T-T-GCGGT-----CA-T-TTAGAATTTGAC-TCCCG---GCCGCTGCAC
gi|43 : --T-TCT-A-C------TCT--AGA-T-T-GGGGC-----CG-TTTTACAATTTGACCTC
gi|46 : A-TCTTAGAATTTGACCTTCTG---GCCGCTGCA
gi|5 : A-AATTCCGCC-GCAG-AA-TGAACATCT-AAA--GACA-----TGA-T-AACAATTT----CCGGGT--CAG-ACTG-C--TTAGTT-T---A-AA-AC--------TTTGTCGT-T--T-GATT-C-C-TGCA-T-TAACGTCC--GTT-CTA-AATT--GGAC--A-AA---GT-A--C-C-----TT--G-T-AA--T-TT----------------T-T-T-T----------C------AC---A---AAAA--G-T--TT----GACTT-T--GT--------G--AA-A-GAAATTCCAAA-T-TCT--ACACA-AA-GTCAAA---------ACATT---TT--TAGACAAA------------------------CT---CGACCATTTC--A---TTT-CC-A--T-AC-------TG--A----AG--AC--A---AAATTCTG--CATCAAA-C-ATC--AA------G------GTCGGT---CT--TTG----TCA-C-C------CCT--AGT-TGT-GGAGT-----TA-tta
gi|6 : tgttA-AATTCTG---ACAG-AA-TTGGCATAT-AGAA-GG--------G-------------G--CTGGGT--CAGGACTG-CGATTGGGT-T---T-AA-ACC----A--CTTCT-GT-T--TTGATTTC-T-TGCA-T---------------ATA----T--G-AC--A-AAA-TGC-A--C-T-----TT----T-C---T-AT----------------T-T-T-G----------C------ACCCCA---AAAT-TA-CAATT----GTGTC-T--GT--------G--AT-A-GAAATTGAAAAAT-TGT--ATACC-AT-GTCAAG--------CACATT---TC-AT---CAG-------------------------CT--ACAACTA--TC--A---TCT-CC-A--T-AA-------TT--T----AG--AC--A---AAATTCTG--TATCAAACC-ATA--T-------G------GCCGTG---GGAAGTGGTT-TCT-A-C------CCT--AGG-T-C-GGGctccctttctaagccttttttgagaaaatgaccacagta
gi|7 : tctttcgcccaaacCTTTATTTAAA-AGTTCCGC--ACAT-AA-TTGGCATAT-AAAA-AGCA-----TGA-T-A-CAATTT-G--CAGGGT--CCG-AATG-C--TTAGTT-T---A-AA-ACC----A--TTTTT-GT-T--T-GATTTT-C-TGCA-T-TAA-GTTC--TTC-ATA-A-TT--GGAC--A-AAA-CGT-A--T-C-----TT--G-C-A---T-TT----------------T-T-T-T----------C------AA---A---AAAA-TG-T--TT----GACTT-A--GT--------G--AC-A-GAAATTCCAAA-T-T-T--ACACT-CA-GTCAAA--------CACAAT---TA-AT---CAAA------------------------CT--ACGACCA--TC--A---TTT-CC-A--T-AA-------TC--T----AG--AC--A---AAATTTTG--CATCAAACT-ATA--TA------G------GTCGTA---CT--TTG--T-TCT-A-C------CCT--AGG-T-T-GGGGT-----CA-TGTTAGAATTTGTCCTCTCG---GCCGCTGCACcgttgctccattttaagcacctgatttgaagataataagacagcac
gi|8 : CTTTATTTAAA-AATTCCGT--ACAG-AA-TTGGCACAT-AAAA-GACA-----TGA-T-A-CAACTT-G--CTGGGT--CAG-ACTG-C--ATAGTT-T---A-AA-GCC----A--TTTCT-TT-T--T-TATTTG-C-TGCA-T-TGA-GTCC--GTC-ATA-A-TT--GGAC--A-AAA-CGT-A--C-C-----TT--C-T-A---T-TT----------------T-T-T-T----------C------AC---A---AAAA-TG-T--TT----GACTT-T--GT--------G--AC-A-GAAATTTCAAA-T-T-T--ACTCT-AA-GTCAAA--------CACATT---TT-AT---CAGA------------------------CT--ACGACCA--TC--A---TTT-CC-A--T-AA-------TC--A----AG--AC--A---AAATTCTT--CTTCAAACC-ATA--TA------G------GTTGTG---CT--TTG--T-TCT-A-C------CCT--AGG-T-T-GGGGT-----CA-TCTTAGAATTTGACCTCCCG---GCCGCTGCACt
gi|9 : AAA-AATTCCTT--TCAG-AA-TTGGCATAT-AA---GACA-----TGA-T-A-CAATTT-G--CTGGAT--CAG-TCTG-C--TTAGTT-T---A-AA-ACC----A--TTTCT-GT-T--T-GATTTC-C-TGTA---TAA-GTCC--GTC-ATA-A-AT--GGAC--A-AAA-CTT-A--C-C-----TT--G-T-AT--T-TT----------------T-T-T-T----------T------AC---A---AAAA-TG-T--TT----GACTT-T--GT--------G--AC-A-AAAATTCAAAA-C-C-T--ACACT-AA-GTCAGA--------CACATT---TT-AT---CAAA------------------------CT--ACGACCA--TA--A---TTT-CC-A--T-AA-------TC--T----AG--AC--A---AAATTCTG--CATCAAACC-AAA--TA------G------GTCGTA---CG--TTG--T-TCT-A-C------CCT--AGG-T-T-GGGGT-----TA-
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|44 ): CTTTTCTAAGCCTCTTTTGAGAAATGATCACAGCACT
Unaligned ( gi|45 ): AAAAGGTTTAACTTTACACATCACGATCTTAAAG
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111 1111111111111111111111 111111111111111111111111
lowQualScore : 4 77 2 2 2 3 44444 1 3 3 1 22 22 1 1 22 1 555 1 1 3333 22 1 1 44 1 5 1 222 8 22 1 1 1 22 44 1 1 1 22 5555555 6666 3 999 3 3333333333333333 1 1 1 1111111111111111111111 222 1 1 22 3333 7777 66666666 22 1 1 1 1 3 66 1 1 55555555 222 4 222 999999999999999999999999 22 33 33 222 1 2 33 1 6666666 11 2222 33 22 222 33 1 22 666666 444444 1 222 22 22 1 1 1 333333 33 1 1 2 33333 1 333
lowQualScore : . .. . . . . ..... . . . . .. .. . . .. . ... . . .... .. . . .. . . . ... . .. . . . .. .. . . . .. ....... .... . ... . ................ . . . ...................... ... . . .. .... .... ........ .. . . . . . .. . . ........ ... . ... ........................ .. .. .. ... . . .. . ....... .. .... .. .. ... .. . .. ...... ...... . ... .. .. . . . ...... .. . . . ..... . ...
lowQualScore : 4 11 1 1 0 8 88888 8 6 6 8 55 55 8 9 66 7 444 7 7 9999 66 9 9 55 9 7 9 333 0 88 8 8 8 44 88 7 7 7 44 7777777 3333 5 666 3 3333333333333333 7 7 7 1111111111111111111111 999 7 7 44 7777 4444 00000000 33 7 7 8 7 6 88 8 7 88888888 888 8 888 444444444444444444444444 11 44 44 555 4 9 44 4 1111111 99 9999 55 00 666 77 5 11 000000 444444 5 777 00 00 4 3 3 888888 22 3 3 7 44444 4 999
consensus : CTTTATTTAAA-AATTCCGC--ACAG-AA-TTGGCATAT-AAAA-GGCA-----TGA-T-A-CAATTT-G--CTGGGT--CAG-ACTG-C--TTAGTT-T---A-AA-ACC----A--TTTCT-GT-T--T-GATTTC-C-TGCA-T-TAA-GTCC--GTC-ATA-A-TT--GGAC--A-AAA-CGT-A--C-C-----TT--G-T-A---T-TT----------------T-T-T-T----------C------AC---A---AAAA-TG-T--TT----GACTT-T--GT--------G--AC-A-GAAATTCCAAA-T-T-T--ACACT-AA-GTCAAA--------CACATT---TT-AT---CAAA------------------------CT--ACGACCA--TC--A---TTT-CC-A--T-AA-------TC--T----AG--AC--A---AAATTCTG--CATCAAACC-ATA--TA------G------GTCGTG---CT--TTG--T-TCT-A-C------CCT--AGG-T-T-GGGGT-----CA-TCTTAGAATTTGACCTCCCG---GCCGCTGCAC
Reference ( family-157 ) : CTTTATTTAAA-AATTCCGC--ACAG-AA-TTGGCATAT-AAAA-GGCA-----TGA-T-A-CAATTT-G--CTGGGT--CAG-ACTG-C--TTAGTT-T---A-AA-ACC----A--TTTCT-GT-T--T-GATTTC-C-TGCA-T-TAA-GTCC--GTC-ATA-A-TT--GGAC--A-AAA-CGT-A--C-C-----TT--G-T-A---T-TT----------------T-T-T-T----------C------AC---A---AAAA-TG-T--TT----GACTT-T--GT--------G--AC-A-GAAATTCCAAA-T-T-T--ACACT-AA-GTCAAA--------CACATT---TT-AT---CAAA------------------------CT--ACGACCA--TC--A---TTT-CC-A--T-AA-------TC--T----AG--AC--A---AAATTCTG--CATCAAACC-ATA--TA------G------GTCGTG---CT--TTG--T-TCT-A-C------CCT--AGG-T-T-GGGGT-----CA-TCTTAGAATTTGACCTCCCG---GCCGCTGCAC
gi|1 : TTTATTTAAA-CATTCCGC--ACAGAAA-TTGGCATATAAAAA-GGCA-----TGATT-A-CAATTT-GGCCAGCGT--CAG-ACTA-C--TTAGTT-TTA-A-AA-GCC----AAGTTTCT-GTGTTAT-GATTTCTC-TGTA-TGTAATATGC--GTC-ATA-A-TT---GAC--A-AAG-AAT-A--C-T-----TTTAGTT-A---T-TT----------------T-T-T-TGTTTAAAAAAA------AA---A---AAAA-TG-T--TT----AAAAT-A--GT-----------AC-A-CAAATTTCAAA-T-T-T--ACACT-AA-ATTAAA--------CACAGT---TTAAT---CAAA------------------------GT--AC-ACCA--TC--A---TTT-CC-A--T-AAT------TC--T----AG--AC--A---AAATTCTGCTCATCAAACC-ATA--TA------A------GT--TT---CT--TTG--T-TCT-A-C------CCT--AGG-T-T-GGGGT-----TA-
gi|10 : CCGCTAACAG-A--TTG-CATTT-GGAACGGCGCATATTGA-T-A-CTATTT-G--CTGTGTTTCAG-ACTG-C--TTTGTT-T---ATAA-ACCTGTCA--TTTTT-GT-T--T-GAATTC-C-TGCAAT-TAA-GTCC--GTC-ATA-A-TTTCGTAT--A-AAATCGT-A------------------A----------------------------------------C------AC---------------C--TT----GACTTATA-GT--------GAAACAA-GAAGATCCCAA-TAT-T--ACACT-AA----AA--------------T---CC-AT---AAAA------------------------CT--ACGA-CA--TT--ACTGCTC-CC-A--TAAA-------TCCTC----AGTAACAAA---AAACTATG--C-CCAAACC-ctcccttttctaagcctcttttgagaaatgaccacagcac
gi|11 : acattatttcttatctttttagaatagatgtaA-AATTCTGC--ACAG-AA-TAGGCATAT-AGAA-GG----------------------G--CTGGGT--CAG-ACTG-C--TTGGTT-T---A-AA-ACC----A--CTTCT-GT-T--T-GATTTC---TGCA-T---------------ATA----T--G-AC--A-AAA-TGC-A--C-T-----TT--C-T-A---T-TT----------------T-T-T-G----------C------AC---ACAAAAAA-TA-C--AA----GTGTC-T--GT--------G--AT-A-GAAATTGAAAA-T-G-T--ATACC-AT-GTCAAG--------CACATT---TC-AT---CAGA------------------------CT--ACAACTA--TC--A---TCT-CC-A--T-AA-------TT--T----AG--AC--A---AAATTCTG--TATCAAACC-ATA--TG------G------GCCGTG---AA--TTG--G-TCT-A-C------CCT--AGG-T-C-GGGGTTGCTCCA-TTTTAAAcaagaacccatattatatggctatgatatattcact
gi|12 : aaacTTATTTAAA-AATTCCGC--ACAA-AA-CTGGCATAT-AAAC-GGC-------------------------TGGGT--CAT-ACTG-C--TTAGTT-T---A-AA-ACC----A--TTTTT-GT-T--T-GATTTC-C-TGCA-T-TAA-GT---------------T--GGAC--A-AAA-CGT-A--C-C-----TT--G-T-A---T-TT----------------T----------------A------AA---A---AAAA-AA----------AAC------GT--------G--AC-A-GAAATTCCAAA-T-T-C--ACACT-AA-ATCAAAAAAGCTTTTACATTTCATT-AT---CAAAATAAAATCTACTTCTCAAATCAAACT--ACGACCA--TC--A---TTT-TC-A--T-AA-------TC--T----AG--AC--A---AAATTCTG--CATCAAACC-ATA--TA------G------GTTGTA---CT--TTT--T-CCT-A-C------CCT--AGG-T-T-GGGGT-----AA-TTTgcacctgttgagaaataacgacagcact
gi|13 : GA-T-A-CAACTT-G--CCAGGT--CAC-ACTG-C--TGGGAT-T---A-TA-ACC----A--GTTCC-GT-T--T-GAATTC-T-TGCA-T-AAC-GTCC--GCC-ATA-A-TT--GGAC--A-AAA-TGT-A--C-T-----TT--C-T-A---T-TT----------------T-TGT-T----------C------AA---A---AAAA-TA-T--TT----GACTT-T--GTAATGGAAAA--AT-A-GAAAATCCAAA-T-T-T--ACAAT-AA-GTCACA--------CACATT---TT-AT---CAGA------------------------CT--ACAGCCA--TCT-A---TTT--T-A--T-CA-------CC--T----AG--AT--A---AAATTTTA--CATCAAAAC-ATA--TA------ATATTATACTGTA---CT--TTG--T-TCT-A-C------CCT--ACG-T-T-GTGGT-----CA-TATTAGAATTTGACTCCCTG---GCCGCTGCGCa
gi|14 : TAT-AAAA-GGCA-----TGA-T-A-CAATTT-G--CTGGGT--CAA-ACTG-C--TTAGTT-T---A-AA-ACC----A--TTTTT-GT-T--T-AATTTT-C-TGCT-T-TAA-GTCC--GTC-ATA-A-TT--GGAC--A-AAA-CGT-A--C-C-----TT--G-T-T---T-TTTTGTTTTTGTTTTTTGT-T-T-T----------T----------------AAA-TA-T--TT----GACTT-A--GT--------G--AC-A-GAAATTCCAAA-T-T-T--ACACA-AA-GTCAAA--------CACATT---TA-TT---CAAC------------------------TT--ACGACCA--TC--A---TTT-CC-A--C-AA-------TC--T----AG--AC--A---AAATTCTG--CAT
gi|15 : TTTATA-AAA-AAT--CGC--ACAT-A--TTG-CA-AT-AAAC-G-CA-------A-T-A-CAAGTT----CTGGGT--CAA-ACTGGC--CTA-TT-T---A-AA-ACC----A--CTT-T-GG-T--T-GA--TC-C-T-CA---TAA-GTTCCGGTCAATACA-TT--GGAC--A-AAA-CGC-A--T-CTACAGTT--G-C-A---T-TCCA--------------T-T-T-T----------C------AT---A---
gi|16 : -ATA-A-TT--GGAC--AGAAA-CGT-GGTC-T-----TT--A-TTA---T-TT----------------G-T-T-T----------T------AC---A---TAAA-TG-T--------AGCTT-T---T--------G--AC-A-GAAATTCTAA--T-T-T--A-ACTCAA-ACCAAA---------ACATT---TC-AT---CAGA------------------------CT--ACAATCA--TC--A---TTT-CT-A--T-GA-------TC--T---------C--A---ACATTCTGC-CAT-AAACC-ATA--CA------G------GTATTGTAACT--TTG--T-TGT-A-C------ACT--AGT-T-T-GGGGT-----TA--CTTcataagtcaatagctaactaagatagacgaaatgaaaaaatatatacccagaagtcattgaaaacacacttatctcgattaaac
gi|17 : catcaC-ATA-A-TT--GGAG--A-AAA-CGT-A--C-C-----TTT-G-T-A---T-TT----------------T-T-T-TTTTT------C------GC---A---AAAA-TGAT--TT----TACTT----GT--------G---C-A-GAAATGCCTAA-T-T-T--ACACT-AAAGTCAAA--------CACATT---TT-AT---CAAA------------------------C---ACG-CC---TC--A---TTT-CC-A--T-AA-------TC--T----AG--AC--A---CAATTCTG--AATCTAACC-ATA--TA------G------GTTGTG---CT--TTG--T-TGTCA-C------CCT--TGG-T-T-GGGGT-----CA-TCTTAGAA-TTGA-CTCCC----GCCGCTGCACcccttttctaagtctcttttgaagaaacgaccaacag
gi|18 : cT--AGAC--A-AAA-CAT-A--C-C-----TT--G-T-A---T-TT----------------TTT-T-T----------C------AC---A---AAAA-TG-T--TT----GACTT-T--GT--------G--AC-A-GATATTCCAAA-T-T-T--ACACA-AA-GTCAAA--------CACATT---TT-AT---CAAA------------------------CT--ACGATCA--TT--A---TTT-CC-A--T-AA-------TC--TAGTAAG--AC--A---AAATTCTG--CATCAAAAC-ATA--TA------G------GTTGTG---CT--TTG--T-TCT-A-C------CCT--AGG-T-T--GGGT-----CA-TCTTAGAATTTGACCTCCCG---GCCGCTGCACt
gi|19 : ---T-TT----------------T-T-T-T----------C------AA---C---AAAA-TG-T--TT----GACTT-T--GT--------G--AC-A-GAAATTCCAAA-T-T-T--ACACA-AA-GTCAAA--------CACA-T---TT-AT---CAAA------------------------CT--ACGACCA--TC--A---TTT-CC-A--T-AA-------TC--T----A---AT--A---AAATTCTG--CATCAAACC-ATA--TAG-----G------GTCGTA---CT--TTG--T-TCT-A-C------CCT--AGG-T-TGGGGGT-----CA-TCTTAGAAATTGACATCCTG---GCCGCTGCAC
gi|2 : CTTTATTTAAGCGATTCCGC--A-AG-AACTTGGCATAT-AAAA-GGCA-----TGA-TTG-CAATTT-G--CTTGGT--CAG-ACTG-C--TTAGTTCT---A-AA-ACC----A--TTTTT-GT-TC-T-GACTTC-CCTGCA-T-TAA--TCC--GTC-ATA-A-CT--GGAC--A-AAA-CGTTA--CAC-----TT--G-TTA---T-TT----------------T-T-T-T----------C-------C---A---AATT-TT-T--TTTTTGGACTT-A--GT--------G--AC-A-GAAAATTCAAA-T-T-TT-ACACT-AA-GTCAAA--------CACATT---TA-AT---CAAA------------------------TT--ACGACCAT-TC--A---TTT-CC-A--T-AA-------TC--T----AG--AC--A---AAATTCTG--AACAAAACCAATA--TA------G------GCTGTG---CT--TTG--T-TCT-A-C------CCT--AGG-T-T--GGGT-----CA-TCTTCGAATTTGACCTCCCGCGCGCCGCTGCACt
gi|20 : ACTTAAA-AATTCCGC--ACAG-AA-TTGGCATAT-AAAA-GGCA-----TGA-T-G-CAATTT-G--CTGGGT--CAG-ACTG-T--TTAGTT-T---A-AA-ACC----A--TTTCC-GT-T--T-GATTTC-C-TGCA-T-TAA-GTCC--GTC-ATA-A-GT--TGAC--A-AAA-CGT-A--C-C-----TT--G-T-AT--T-TT----------------T-T-T-T----------C------AC---A---AAAA-TA-T--TT----GACTT-T--AC--------G--AC-A-GAAATTCCAA
gi|21 : TT-T---A-AA-----------TTCCT-GT-T--T-GATTTTTC-TGC----TAATGCCT--GTC-ATA-A-TT--GGACCAA-AAA-CGT-A--C-------TT--C-T-A---TCTT----------------T-T-T-T----------C------AT---A---AAA--TG-T--TT----GA-TT-TAAGT--------G--AC-G-AAAATTCCAAT-T-T-TTTACATT-AA-GTCAAA--------CACATT---TTAAT---CAGAC-----------------------CT--ACAAACA--TC--A---TGT-CCTA--T-AA-------TA--T----A
gi|22 : TT-T---A-AA-----------TTCCT-GT-T--T-GATTTTTC-TGC----TAATGCCT--GTC-ATA-A-TT--GGACCAA-AAA-CGT-A--C-------TT--C-T-A---TCTT----------------T-T-T-T----------C------AT---A---AAA--TG-T--TT----GA-TT-TAAGT--------G--AC-G-AAAATTCCAAT-T-T-TTTACATT-AA-GTCAAA--------CACATT---TTAAT---CAGAC-----------------------CT--ACAAACA--TC--A---TGT-CCTA--T-AA-------TA--T----A
gi|23 : ATTTAAA-AATTAAGC--ACAT-AA-TTGGCATAT-AAAA-GCCA-----CAA-T-A-CAATTT-T--CTGGGA--CAC-ACTG-T--TTGGTT-T---A-AA-GTC----A--TTTAT-GT-T--T-GA-TTA-G-TGCA-T-TAA-GTCC-------------T--GGA---A---------A--C-C-----TT--C-T-A---T-TT----------------T-T-CAA----------C------AA---A---AAAA-TG-T--TT----GACTT-T--GT--------G--AC-A-GAAGTTCCAAA-T-
gi|24 : tg-T-T--ACACT-AA-GTCAAA--------CACATT---TA-AT---CAAA------------------------CA--ACG
gi|24 : -A-C------CCT--AGG-T-T-GGGGT-----CA-TCTTAGAAATTGACCTCCCG---GCCGCTGCACgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaccctaggttggggtcatcttagaaattgacctcccggccgctgcact
gi|25 : ttacactaagtcaaacacatttaatcaaacaacggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTT-T--GT--------G--AC-A-GAAATTCCAAA-T-T-T--ACGCT-AA-GTCAAA--------CACATT---TT-AT-----AA------------------------CT--ACGA-CA--TC--A---TTT-CC-A--T-AA-------TC--T----AG--AC--A---AAATTC----------ATC-ATA--TA------G------GTCGTA---CT--TTG--T-T-----C------CCT--AGG-T-T-GGGGT-----TA-t
gi|26 : tA-GGCA-----TGA-T-A-CAATTT-G--CAGGGT--CAG-ACTA-C--TTAGTT-T---A-AA-ACC----A--ATTCT-GT-T--T-GATTTC-C-TGTA-T-TAA-GTGC--GTC-ATA-A-TT--GGAC--A-AAA-AGT-A--C-T-----TA--G-T-A---T-TT----------------T-T-T-T----------TTAAAAAAA---A---AAAA-TG-T--TT----AAAAT-A--GT--------G--AC-A-GAAATTctcccttttctaatcctcgttgagaatgaccacagcac
gi|27 : --------CATAGT---TA-AT---CAAAA-----------------------CTGTACG-CCA--TCCAA---TTTTCC-ACTT-AAAAAATGGTC--T----AGC-GC--A---AAATTTTG--CATCAAACT-ATAAATA------G------TTCGTA---CT--T-G--TATCT-A-C------CCTCAAGG-T-T-GGGGT-----CA-TGTTAGAATTTGTCCT-TCG---GCCGCTGCA
gi|28 : -GTCAAA--------CACATT---GT-AT---CAGA------------------------CT--ACGACCA--TT--A---TTT-CC-A--T-TA-------TC--T----AG--TC--A---AAATTCTG--TTTCAAACC-ATA--TA------G------GTTGTG---CT--TTG--T-CTT-A-C------CCA--AAG-T-T-AACGT-----CA-TCTGAGAGGTTGGCCTCCCG---TCCGCTG
gi|29 : ------------------------CT--ACGACCA--TC--A---TTT-CC-A--T-AA-------TC--T----AG--AC--A---AAATTCTG--CATCAAACC-ATA--TA------A------GTCGTA---CT--TTG--T-TCT-A-C------CCT--CGG-T-T-GGGCT-----CA-TCTTAGAATTTGACCTCCCA---GCCGCTGCAC
gi|3 : TTTATTTAAACAATCCCAC--AGAA-AA-T-GGCATAT-AACA-TGCA-----TGA-TTA-CAATTT-T--CTGG-T--CAG-ACTG-T--TTAGTT-T---A-AA-ACC----A--TTCCT-GT-T--T-GATTTT---TGCA-T-TAA-GTCA--GTC-ATA-A-TT--G-AC--A-AAA-CGT-A--C-C-----TT--G-T-AATAT-TT----------------T-T-T-T----------C------AC---A---AAAAATA-T--T-----GACTT-T--GT--------T--AC-AAGAAATTCCAAA-T-T-T--ACACT-AA-ATCAAA--------CACATT---TT-AT---CAAA------------------------CT--ACG-CCA--TC--A---TTT-CC-AT-T-AA-------TA--T----AG--GC--A---AAATTCTG--CATC-AACT-CTA--TA------G------GTTGTG---CT--TTG--T-TCT-ACC------CCT--AGGTT-T-GGGGT-----AA-T
gi|30 : CGACCA--TT--A---TTT-CC-A--T-AA-------TC--T----AG--AC--A---AACTTCTG--CTTCAAACC-ATA--TA------G------GTTGTG---CT--TTG--T-TCT-A-C------CCT---GG-T-TGGGGGT-----CA-TCTTAGAATATGACCTCCCG---GCTGCTGCACtccctttttctaagcctctttgggaaatgaccacagca
gi|31 : CAACCA--TC--A---TTT-CC-A--T-AA-------TC--T----AG--AC--A---AAACTC-G--TATCAAACC-ATA--TA------G------TTTGTG---CT--TTG--T-TCT-A-C------C-T--AAG-T-T-GGAGT-----CA-TCTTAGAATTTGTCCTCCCG---GCCGCTGCACt
gi|32 : g--T----AG--AC--A---AAAGTCAG--CATCAAGTT-ATA--TATATGTAG------GTCTTG---CC--TTG--T-TCT-A-C------CCT--AGA-T-T-GGTGT-----TACTCTCA
gi|33 : ACCA--TC--A---TTT-CC-A--T-AA-------TC--T----AG--AC--A---AAACTC-G--TATCAAACC-ATA--TA------G------TTTGTG---CT--TTG--T-TCT-A--------CCT--AAG-T-T-GGAGT-----CA-TCTTAGAATTTGTCCT-CCG---GCCGCTGCAttccttattcttttttgagaaaatgaccacagcact
gi|34 : TTTAAA-CATACCGC--ACA--AA-T--GAATAT-TAA--GGCA-----TGA-T-G-CAATTTCG--TTGGG---AAG-ACTG-C--TTAGTT-TTTTA-AA-ACC----A--TTTCT-GT-T--T-GATTTC-C-TGC
gi|35 : attTATTTAAA-AATTCCGCC-ACAA-TA-TTGGCATAT-AAAAGGGAA-----TGA-T-ACCAATTT-G--CT-TGT--CCT-ATTG-C--TTAATT-T---A-AAGACC----
gi|36 : CAAACC-ATA--TA------G------GTTGTA---CT--TTG--T-TCT-A-CATGTACCTT--AGG-T-T-GGGGT-----CA-TCTTAGAATTTGACCTCCCG---GCCGCTGCAC
gi|37 : CTTTATTTAAA-AATTCCGC--ACAA-TA-TTGGCATAT-AAAA-GGGA-----TGA-T-A-CAATTT-G--CTTGGT--CTG-ATTG-C--TTAATT-T---A-AG-AC
gi|38 : CAAA--------CACATT---TT-CT---CAAA------------------------TT--ACGACCA--CC--A---TTT-CC-A--T-AA-------TC--T----AG--AC--ACATAAATT
gi|39 : CTTTATTTAAA-AATTCCGC--ACAG-AA-TTGGCATAT-AAAA-AACA-----TGA-T-A-CAATTT-G--CTAGGT--CAG-Atggtttttcagac
gi|4 : TAAA-AATTCCGC--ACAG-AA-TTGGCATAT-AAAA-GGCG-----TGA-T-A-CAATTC-G--CTGGGT--ACG-ACTG-C--TTAGTT-T---A-AA-ACA----A--TTTCT-GT-T--T-GATTTC-C-TGTA-T-TAA-GTCT--GTC-ATA-A-TT--GGAC--A-AAA-CGT-A--C-C------T--G-T-AT--T-TT----------------T-T-T-T----------T------TC---A---AAAA-TG-T--TT----GACTT-T--GT--------G--AC-A-TAAATTCCAAA-T-T-T--ACACT-AA-GTCAAA--------CACATT---TT-AC---CAAA------------------------CC--ATGACTA--TC--A---TTT-CC-A--T-AA-------TC--T----AG--AC--A---AAATTCTG--CATCAAGCC-ATA--TA------G------GTTGTG---AT--TTG--T-TCT-A-C------TTT--ATG-T-T-GGGGT-----TA-a
gi|40 : T--TTG--T-TCT-A-C------CCTA-AGG-T-T-AGGGT-----ctcccttttctaagcgtctcttgagaaatgaccacagcacta
gi|41 : -ATG--TA------G------GTTGTG---CT--TTG--T-TCT-A-C------CG---AGG-A-T-GGGGT-----CA-TCTTAGAATTTGTCCTCCCG---GCCGtggtaccttctaagcctctttttgagaattgaccatagc
gi|42 : CT-A-C------C-T--AGG-T-T-GCGGT-----CA-T-TTAGAATTTGAC-TCCCG---GCCGCTGCAC
gi|43 : --T-TCT-A-C------TCT--AGA-T-T-GGGGC-----CG-TTTTACAATTTGACCTC
gi|46 : A-TCTTAGAATTTGACCTTCTG---GCCGCTGCA
gi|5 : A-AATTCCGCC-GCAG-AA-TGAACATCT-AAA--GACA-----TGA-T-AACAATTT----CCGGGT--CAG-ACTG-C--TTAGTT-T---A-AA-AC--------TTTGTCGT-T--T-GATT-C-C-TGCA-T-TAACGTCC--GTT-CTA-AATT--GGAC--A-AA---GT-A--C-C-----TT--G-T-AA--T-TT----------------T-T-T-T----------C------AC---A---AAAA--G-T--TT----GACTT-T--GT--------G--AA-A-GAAATTCCAAA-T-TCT--ACACA-AA-GTCAAA---------ACATT---TT--TAGACAAA------------------------CT---CGACCATTTC--A---TTT-CC-A--T-AC-------TG--A----AG--AC--A---AAATTCTG--CATCAAA-C-ATC--AA------G------GTCGGT---CT--TTG----TCA-C-C------CCT--AGT-TGT-GGAGT-----TA-tta
gi|6 : tgttA-AATTCTG---ACAG-AA-TTGGCATAT-AGAA-GG--------G-------------G--CTGGGT--CAGGACTG-CGATTGGGT-T---T-AA-ACC----A--CTTCT-GT-T--TTGATTTC-T-TGCA-T---------------ATA----T--G-AC--A-AAA-TGC-A--C-T-----TT----T-C---T-AT----------------T-T-T-G----------C------ACCCCA---AAAT-TA-CAATT----GTGTC-T--GT--------G--AT-A-GAAATTGAAAAAT-TGT--ATACC-AT-GTCAAG--------CACATT---TC-AT---CAG-------------------------CT--ACAACTA--TC--A---TCT-CC-A--T-AA-------TT--T----AG--AC--A---AAATTCTG--TATCAAACC-ATA--T-------G------GCCGTG---GGAAGTGGTT-TCT-A-C------CCT--AGG-T-C-GGGctccctttctaagccttttttgagaaaatgaccacagta
gi|7 : tctttcgcccaaacCTTTATTTAAA-AGTTCCGC--ACAT-AA-TTGGCATAT-AAAA-AGCA-----TGA-T-A-CAATTT-G--CAGGGT--CCG-AATG-C--TTAGTT-T---A-AA-ACC----A--TTTTT-GT-T--T-GATTTT-C-TGCA-T-TAA-GTTC--TTC-ATA-A-TT--GGAC--A-AAA-CGT-A--T-C-----TT--G-C-A---T-TT----------------T-T-T-T----------C------AA---A---AAAA-TG-T--TT----GACTT-A--GT--------G--AC-A-GAAATTCCAAA-T-T-T--ACACT-CA-GTCAAA--------CACAAT---TA-AT---CAAA------------------------CT--ACGACCA--TC--A---TTT-CC-A--T-AA-------TC--T----AG--AC--A---AAATTTTG--CATCAAACT-ATA--TA------G------GTCGTA---CT--TTG--T-TCT-A-C------CCT--AGG-T-T-GGGGT-----CA-TGTTAGAATTTGTCCTCTCG---GCCGCTGCACcgttgctccattttaagcacctgatttgaagataataagacagcac
gi|8 : CTTTATTTAAA-AATTCCGT--ACAG-AA-TTGGCACAT-AAAA-GACA-----TGA-T-A-CAACTT-G--CTGGGT--CAG-ACTG-C--ATAGTT-T---A-AA-GCC----A--TTTCT-TT-T--T-TATTTG-C-TGCA-T-TGA-GTCC--GTC-ATA-A-TT--GGAC--A-AAA-CGT-A--C-C-----TT--C-T-A---T-TT----------------T-T-T-T----------C------AC---A---AAAA-TG-T--TT----GACTT-T--GT--------G--AC-A-GAAATTTCAAA-T-T-T--ACTCT-AA-GTCAAA--------CACATT---TT-AT---CAGA------------------------CT--ACGACCA--TC--A---TTT-CC-A--T-AA-------TC--A----AG--AC--A---AAATTCTT--CTTCAAACC-ATA--TA------G------GTTGTG---CT--TTG--T-TCT-A-C------CCT--AGG-T-T-GGGGT-----CA-TCTTAGAATTTGACCTCCCG---GCCGCTGCACt
gi|9 : AAA-AATTCCTT--TCAG-AA-TTGGCATAT-AA---GACA-----TGA-T-A-CAATTT-G--CTGGAT--CAG-TCTG-C--TTAGTT-T---A-AA-ACC----A--TTTCT-GT-T--T-GATTTC-C-TGTA---TAA-GTCC--GTC-ATA-A-AT--GGAC--A-AAA-CTT-A--C-C-----TT--G-T-AT--T-TT----------------T-T-T-T----------T------AC---A---AAAA-TG-T--TT----GACTT-T--GT--------G--AC-A-AAAATTCAAAA-C-C-T--ACACT-AA-GTCAGA--------CACATT---TT-AT---CAAA------------------------CT--ACGACCA--TA--A---TTT-CC-A--T-AA-------TC--T----AG--AC--A---AAATTCTG--CATCAAACC-AAA--TA------G------GTCGTA---CG--TTG--T-TCT-A-C------CCT--AGG-T-T-GGGGT-----TA-
blockSeqs : C TA . C . C CATAT . T C C . TT G G GA C TTT T G TGTC . C . C T T C AT T CG A C A TC CA G T T GT CTACAG TG T ATA C TTGTTTTTGTTTTTTG T G A TTAAAAAAA CAA A A AA TTTG ATA AATGGAAA AA A A A A C TT C A AAAGCTTT TCA A AGA ATAAAATCTACTTCTCAAATCAAA GT TT CA CTG T T CT A AAAATGG CT AGTA TA AA CAT C A AA TATGTA TATTAT C TAA AA GT A C C ATGTAC CA T G G TGCTC C CGC
blockSeqs : C C . . . G . . T A . . . . . . . . . . . . . . . . T . T T . . . . . CA . . . . AC C T T C CA . . . TTTTCGC . . . . . TAA . . . . . . G TT . . . . A . C . T T . . T T . . . . C . . . . . G . T . . . . . . . A . . G . . .
blockSeqs : . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T C . . . . . . . . . . T G . T . . . . . CACCCC . . . . . TAA . . . . . . . T . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . C C . A . . . . . CAC . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . T G . T . . . . . CAC . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . C G . . . . . . . AAA . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . T A . . . . . . . CAA . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . C G . . . . . . . CAT . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . C G . . . . . . . TAC . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . C G . . . . . . . CAC . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . C C . . . . . . . CAA . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . T C . . . . . . . CAC . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . C C . . . . . . . CAT . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . C G . . . . . . . CAT . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . C G . . . . . . . CAA . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T G . . . . . . . CAC . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C G . . . . . . . TTC . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C G . . . . . . . CAC . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C C . . . . . . . CAA . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . CAC . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TAC . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . CC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqCons : ** *** ** ** T** G*** CAC******************* ******* **
originalCons : CTTTATTTAAA-AATTCCGC--ACAG-AA-TTGGCATAT-AAAA-GGCA-----TGA-T-A-CAATTT-G--CTGGGT--CAG-ACTG-C--TTAGTT-T---A-AA-ACC----A--TTTCT-GT-T--T-GATTTC-C-TGCA-T-TAA-GTCC--GTC-ATA-A-TT--GGAC--A-AAA-CGT-A--C-C-----TT--G-T-A---T-TT----------------T-T-T-T----------C------AC---A---AAAA-TG-T--TT----GACTT-T--GT--------G--AC-A-GAAATTCCAAA-T-T-T--ACACT-AA-GTCAAA--------CACATT---TT-AT---CAAA------------------------CT--ACGACCA--TC--A---TTT-CC-A--T-AA-------TC--T----AG--AC--A---AAATTCTG--CATCAAACC-ATA--TA------G------GTCGTG---CT--TTG--T-TCT-A-C------CCT--AGG-T-T-GGGGT-----CA-TCTTAGAATTTGACCTCCCG---GCCGCTGCAC
finalCons : CTTTATTTAAA-AATTCCGC--ACAG-AA-TTGGCATAT-AAAA-GGCA-----TGA-T-A-CAATTT-G--CTGGGT--CAG-ACTG-C--TTAGTT-T---A-AA-ACC----A--TTTCT-GT-T--T-GATTTC-C-TGCAT--TAA-GTCC--GTC-ATA-A-TT--GGAC--A-AAA-CGT-A--C-C-----TTG---T-A---T-TT----------------T-T-T-TCAC-------------------A---AAAA-TG-T--TT----GACTT-T--GT--------G--AC-A-GAAATTCCAAA-T-T-T--ACACT-AA-GTCAAA--------CACATT---TT-AT---CAAA------------------------CT--ACGACCA--TC--A---TTT-CC-A--T-AA-------TC--T----AG--AC--A---AAATTCTG--CATCAAACC-ATA--TA------G------GTCGTG---CT--TTG--T-TCT-A-C------CCT--AGG-T-T-GGGGT-----CA-TCTTAGAATTTGACCTCCCG---GCCGCTGCAC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|44 ): CTTTTCTAAGCCTCTTTTGAGAAATGATCACAGCACT
Unaligned ( gi|45 ): AAAAGGTTTAACTTTACACATCACGATCTTAAAG
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111 1111111111111111111111 111111111111111111111111
lowQualScore : 4 77 2 2 2 3 44444 1 3 3 1 22 22 1 1 22 1 555 1 1 3333 22 1 1 44 1 5 1 222 8 22 1 1 1 22 44 1 1 1 22 5555555 6666 3 999 3 3333333333333333 1 1 1 1111111111111111111111 222 1 1 22 3333 7777 66666666 22 1 1 1 1 3 66 1 1 55555555 222 4 222 999999999999999999999999 22 33 33 222 1 2 33 1 6666666 11 2222 33 22 222 33 1 22 666666 444444 1 222 22 22 1 1 1 333333 33 1 1 2 33333 1 333
lowQualScore : . .. . . . . ..... . . . . .. .. . . .. . ... . . .... .. . . .. . . . ... . .. . . . .. .. . . . .. ....... .... . ... . ................ . . . ...................... ... . . .. .... .... ........ .. . . . . . .. . . ........ ... . ... ........................ .. .. .. ... . . .. . ....... .. .... .. .. ... .. . .. ...... ...... . ... .. .. . . . ...... .. . . . ..... . ...
lowQualScore : 4 11 1 1 0 8 88888 8 6 6 8 55 55 8 9 66 7 444 7 7 9999 66 9 9 55 9 7 9 333 0 88 8 8 8 44 88 7 7 7 44 7777777 3333 5 666 3 3333333333333333 7 7 7 1111111111111111111111 999 7 7 44 7777 4444 00000000 33 7 7 8 7 6 88 8 7 88888888 888 8 888 444444444444444444444444 11 44 44 555 4 9 44 4 1111111 99 9999 55 00 666 77 5 11 000000 444444 5 777 00 00 4 3 3 888888 22 3 3 7 44444 4 999
consensus : CTTTATTTAAA-AATTCCGC--ACAG-AA-TTGGCATAT-AAAA-GGCA-----TGA-T-A-CAATTT-G--CTGGGT--CAG-ACTG-C--TTAGTT-T---A-AA-ACC----A--TTTCT-GT-T--T-GATTTC-C-TGCA-T-TAA-GTCC--GTC-ATA-A-TT--GGAC--A-AAA-CGT-A--C-C-----TT--G-T-A---T-TT----------------T-T-T-T----------C------AC---A---AAAA-TG-T--TT----GACTT-T--GT--------G--AC-A-GAAATTCCAAA-T-T-T--ACACT-AA-GTCAAA--------CACATT---TT-AT---CAAA------------------------CT--ACGACCA--TC--A---TTT-CC-A--T-AA-------TC--T----AG--AC--A---AAATTCTG--CATCAAACC-ATA--TA------G------GTCGTG---CT--TTG--T-TCT-A-C------CCT--AGG-T-T-GGGGT-----CA-TCTTAGAATTTGACCTCCCG---GCCGCTGCAC
Reference ( family-157 ) : CTTTATTTAAA-AATTCCGC--ACAG-AA-TTGGCATAT-AAAA-GGCA-----TGA-T-A-CAATTT-G--CTGGGT--CAG-ACTG-C--TTAGTT-T---A-AA-ACC----A--TTTCT-GT-T--T-GATTTC-C-TGCA-T-TAA-GTCC--GTC-ATA-A-TT--GGAC--A-AAA-CGT-A--C-C-----TT--G-T-A---T-TT----------------T-T-T-T----------C------AC---A---AAAA-TG-T--TT----GACTT-T--GT--------G--AC-A-GAAATTCCAAA-T-T-T--ACACT-AA-GTCAAA--------CACATT---TT-AT---CAAA------------------------CT--ACGACCA--TC--A---TTT-CC-A--T-AA-------TC--T----AG--AC--A---AAATTCTG--CATCAAACC-ATA--TA------G------GTCGTG---CT--TTG--T-TCT-A-C------CCT--AGG-T-T-GGGGT-----CA-TCTTAGAATTTGACCTCCCG---GCCGCTGCAC
gi|1 : TTTATTTAAA-CATTCCGC--ACAGAAA-TTGGCATATAAAAA-GGCA-----TGATT-A-CAATTT-GGCCAGCGT--CAG-ACTA-C--TTAGTT-TTA-A-AA-GCC----AAGTTTCT-GTGTTAT-GATTTCTC-TGTA-TGTAATATGC--GTC-ATA-A-TT---GAC--A-AAG-AAT-A--C-T-----TTTAGTT-A---T-TT----------------T-T-T-TGTTTAAAAAAA------AA---A---AAAA-TG-T--TT----AAAAT-A--GT-----------AC-A-CAAATTTCAAA-T-T-T--ACACT-AA-ATTAAA--------CACAGT---TTAAT---CAAA------------------------GT--AC-ACCA--TC--A---TTT-CC-A--T-AAT------TC--T----AG--AC--A---AAATTCTGCTCATCAAACC-ATA--TA------A------GT--TT---CT--TTG--T-TCT-A-C------CCT--AGG-T-T-GGGGT-----TA-
gi|10 : CCGCTAACAG-A--TTG-CATTT-GGAACGGCGCATATTGA-T-A-CTATTT-G--CTGTGTTTCAG-ACTG-C--TTTGTT-T---ATAA-ACCTGTCA--TTTTT-GT-T--T-GAATTC-C-TGCAAT-TAA-GTCC--GTC-ATA-A-TTTCGTAT--A-AAATCGT-A------------------A----------------------------------------C------AC---------------C--TT----GACTTATA-GT--------GAAACAA-GAAGATCCCAA-TAT-T--ACACT-AA----AA--------------T---CC-AT---AAAA------------------------CT--ACGA-CA--TT--ACTGCTC-CC-A--TAAA-------TCCTC----AGTAACAAA---AAACTATG--C-CCAAACC-ctcccttttctaagcctcttttgagaaatgaccacagcac
gi|11 : acattatttcttatctttttagaatagatgtaA-AATTCTGC--ACAG-AA-TAGGCATAT-AGAA-GG----------------------G--CTGGGT--CAG-ACTG-C--TTGGTT-T---A-AA-ACC----A--CTTCT-GT-T--T-GATTTC---TGCA-T---------------ATA----T--G-AC--A-AAA-TGC-A--C-T-----TT--C-T-A---T-TT----------------T-T-T-G----------C------AC---ACAAAAAA-TA-C--AA----GTGTC-T--GT--------G--AT-A-GAAATTGAAAA-T-G-T--ATACC-AT-GTCAAG--------CACATT---TC-AT---CAGA------------------------CT--ACAACTA--TC--A---TCT-CC-A--T-AA-------TT--T----AG--AC--A---AAATTCTG--TATCAAACC-ATA--TG------G------GCCGTG---AA--TTG--G-TCT-A-C------CCT--AGG-T-C-GGGGTTGCTCCA-TTTTAAAcaagaacccatattatatggctatgatatattcact
gi|12 : aaacTTATTTAAA-AATTCCGC--ACAA-AA-CTGGCATAT-AAAC-GGC-------------------------TGGGT--CAT-ACTG-C--TTAGTT-T---A-AA-ACC----A--TTTTT-GT-T--T-GATTTC-C-TGCA-T-TAA-GT---------------T--GGAC--A-AAA-CGT-A--C-C-----TT--G-T-A---T-TT----------------T----------------A------AA---A---AAAA-AA----------AAC------GT--------G--AC-A-GAAATTCCAAA-T-T-C--ACACT-AA-ATCAAAAAAGCTTTTACATTTCATT-AT---CAAAATAAAATCTACTTCTCAAATCAAACT--ACGACCA--TC--A---TTT-TC-A--T-AA-------TC--T----AG--AC--A---AAATTCTG--CATCAAACC-ATA--TA------G------GTTGTA---CT--TTT--T-CCT-A-C------CCT--AGG-T-T-GGGGT-----AA-TTTgcacctgttgagaaataacgacagcact
gi|13 : GA-T-A-CAACTT-G--CCAGGT--CAC-ACTG-C--TGGGAT-T---A-TA-ACC----A--GTTCC-GT-T--T-GAATTC-T-TGCA-T-AAC-GTCC--GCC-ATA-A-TT--GGAC--A-AAA-TGT-A--C-T-----TT--C-T-A---T-TT----------------T-TGT-T----------C------AA---A---AAAA-TA-T--TT----GACTT-T--GTAATGGAAAA--AT-A-GAAAATCCAAA-T-T-T--ACAAT-AA-GTCACA--------CACATT---TT-AT---CAGA------------------------CT--ACAGCCA--TCT-A---TTT--T-A--T-CA-------CC--T----AG--AT--A---AAATTTTA--CATCAAAAC-ATA--TA------ATATTATACTGTA---CT--TTG--T-TCT-A-C------CCT--ACG-T-T-GTGGT-----CA-TATTAGAATTTGACTCCCTG---GCCGCTGCGCa
gi|14 : TAT-AAAA-GGCA-----TGA-T-A-CAATTT-G--CTGGGT--CAA-ACTG-C--TTAGTT-T---A-AA-ACC----A--TTTTT-GT-T--T-AATTTT-C-TGCT-T-TAA-GTCC--GTC-ATA-A-TT--GGAC--A-AAA-CGT-A--C-C-----TT--G-T-T---T-TTTTGTTTTTGTTTTTTGT-T-T-T----------T----------------AAA-TA-T--TT----GACTT-A--GT--------G--AC-A-GAAATTCCAAA-T-T-T--ACACA-AA-GTCAAA--------CACATT---TA-TT---CAAC------------------------TT--ACGACCA--TC--A---TTT-CC-A--C-AA-------TC--T----AG--AC--A---AAATTCTG--CAT
gi|15 : TTTATA-AAA-AAT--CGC--ACAT-A--TTG-CA-AT-AAAC-G-CA-------A-T-A-CAAGTT----CTGGGT--CAA-ACTGGC--CTA-TT-T---A-AA-ACC----A--CTT-T-GG-T--T-GA--TC-C-T-CA---TAA-GTTCCGGTCAATACA-TT--GGAC--A-AAA-CGC-A--T-CTACAGTT--G-C-A---T-TCCA--------------T-T-T-T----------C------AT---A---
gi|16 : -ATA-A-TT--GGAC--AGAAA-CGT-GGTC-T-----TT--A-TTA---T-TT----------------G-T-T-T----------T------AC---A---TAAA-TG-T--------AGCTT-T---T--------G--AC-A-GAAATTCTAA--T-T-T--A-ACTCAA-ACCAAA---------ACATT---TC-AT---CAGA------------------------CT--ACAATCA--TC--A---TTT-CT-A--T-GA-------TC--T---------C--A---ACATTCTGC-CAT-AAACC-ATA--CA------G------GTATTGTAACT--TTG--T-TGT-A-C------ACT--AGT-T-T-GGGGT-----TA--CTTcataagtcaatagctaactaagatagacgaaatgaaaaaatatatacccagaagtcattgaaaacacacttatctcgattaaac
gi|17 : catcaC-ATA-A-TT--GGAG--A-AAA-CGT-A--C-C-----TTT-G-T-A---T-TT----------------T-T-T-TTTTT------C------GC---A---AAAA-TGAT--TT----TACTT----GT--------G---C-A-GAAATGCCTAA-T-T-T--ACACT-AAAGTCAAA--------CACATT---TT-AT---CAAA------------------------C---ACG-CC---TC--A---TTT-CC-A--T-AA-------TC--T----AG--AC--A---CAATTCTG--AATCTAACC-ATA--TA------G------GTTGTG---CT--TTG--T-TGTCA-C------CCT--TGG-T-T-GGGGT-----CA-TCTTAGAA-TTGA-CTCCC----GCCGCTGCACcccttttctaagtctcttttgaagaaacgaccaacag
gi|18 : cT--AGAC--A-AAA-CAT-A--C-C-----TT--G-T-A---T-TT----------------TTT-T-T----------C------AC---A---AAAA-TG-T--TT----GACTT-T--GT--------G--AC-A-GATATTCCAAA-T-T-T--ACACA-AA-GTCAAA--------CACATT---TT-AT---CAAA------------------------CT--ACGATCA--TT--A---TTT-CC-A--T-AA-------TC--TAGTAAG--AC--A---AAATTCTG--CATCAAAAC-ATA--TA------G------GTTGTG---CT--TTG--T-TCT-A-C------CCT--AGG-T-T--GGGT-----CA-TCTTAGAATTTGACCTCCCG---GCCGCTGCACt
gi|19 : ---T-TT----------------T-T-T-T----------C------AA---C---AAAA-TG-T--TT----GACTT-T--GT--------G--AC-A-GAAATTCCAAA-T-T-T--ACACA-AA-GTCAAA--------CACA-T---TT-AT---CAAA------------------------CT--ACGACCA--TC--A---TTT-CC-A--T-AA-------TC--T----A---AT--A---AAATTCTG--CATCAAACC-ATA--TAG-----G------GTCGTA---CT--TTG--T-TCT-A-C------CCT--AGG-T-TGGGGGT-----CA-TCTTAGAAATTGACATCCTG---GCCGCTGCAC
gi|2 : CTTTATTTAAGCGATTCCGC--A-AG-AACTTGGCATAT-AAAA-GGCA-----TGA-TTG-CAATTT-G--CTTGGT--CAG-ACTG-C--TTAGTTCT---A-AA-ACC----A--TTTTT-GT-TC-T-GACTTC-CCTGCA-T-TAA--TCC--GTC-ATA-A-CT--GGAC--A-AAA-CGTTA--CAC-----TT--G-TTA---T-TT----------------T-T-T-T----------C-------C---A---AATT-TT-T--TTTTTGGACTT-A--GT--------G--AC-A-GAAAATTCAAA-T-T-TT-ACACT-AA-GTCAAA--------CACATT---TA-AT---CAAA------------------------TT--ACGACCAT-TC--A---TTT-CC-A--T-AA-------TC--T----AG--AC--A---AAATTCTG--AACAAAACCAATA--TA------G------GCTGTG---CT--TTG--T-TCT-A-C------CCT--AGG-T-T--GGGT-----CA-TCTTCGAATTTGACCTCCCGCGCGCCGCTGCACt
gi|20 : ACTTAAA-AATTCCGC--ACAG-AA-TTGGCATAT-AAAA-GGCA-----TGA-T-G-CAATTT-G--CTGGGT--CAG-ACTG-T--TTAGTT-T---A-AA-ACC----A--TTTCC-GT-T--T-GATTTC-C-TGCA-T-TAA-GTCC--GTC-ATA-A-GT--TGAC--A-AAA-CGT-A--C-C-----TT--G-T-AT--T-TT----------------T-T-T-T----------C------AC---A---AAAA-TA-T--TT----GACTT-T--AC--------G--AC-A-GAAATTCCAA
gi|21 : TT-T---A-AA-----------TTCCT-GT-T--T-GATTTTTC-TGC----TAATGCCT--GTC-ATA-A-TT--GGACCAA-AAA-CGT-A--C-------TT--C-T-A---TCTT----------------T-T-T-T----------C------AT---A---AAA--TG-T--TT----GA-TT-TAAGT--------G--AC-G-AAAATTCCAAT-T-T-TTTACATT-AA-GTCAAA--------CACATT---TTAAT---CAGAC-----------------------CT--ACAAACA--TC--A---TGT-CCTA--T-AA-------TA--T----A
gi|22 : TT-T---A-AA-----------TTCCT-GT-T--T-GATTTTTC-TGC----TAATGCCT--GTC-ATA-A-TT--GGACCAA-AAA-CGT-A--C-------TT--C-T-A---TCTT----------------T-T-T-T----------C------AT---A---AAA--TG-T--TT----GA-TT-TAAGT--------G--AC-G-AAAATTCCAAT-T-T-TTTACATT-AA-GTCAAA--------CACATT---TTAAT---CAGAC-----------------------CT--ACAAACA--TC--A---TGT-CCTA--T-AA-------TA--T----A
gi|23 : ATTTAAA-AATTAAGC--ACAT-AA-TTGGCATAT-AAAA-GCCA-----CAA-T-A-CAATTT-T--CTGGGA--CAC-ACTG-T--TTGGTT-T---A-AA-GTC----A--TTTAT-GT-T--T-GA-TTA-G-TGCA-T-TAA-GTCC-------------T--GGA---A---------A--C-C-----TT--C-T-A---T-TT----------------T-T-CAA----------C------AA---A---AAAA-TG-T--TT----GACTT-T--GT--------G--AC-A-GAAGTTCCAAA-T-
gi|24 : tg-T-T--ACACT-AA-GTCAAA--------CACATT---TA-AT---CAAA------------------------CA--ACG
gi|24 : -A-C------CCT--AGG-T-T-GGGGT-----CA-TCTTAGAAATTGACCTCCCG---GCCGCTGCACgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaccctaggttggggtcatcttagaaattgacctcccggccgctgcact
gi|25 : ttacactaagtcaaacacatttaatcaaacaacggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTT-T--GT--------G--AC-A-GAAATTCCAAA-T-T-T--ACGCT-AA-GTCAAA--------CACATT---TT-AT-----AA------------------------CT--ACGA-CA--TC--A---TTT-CC-A--T-AA-------TC--T----AG--AC--A---AAATTC----------ATC-ATA--TA------G------GTCGTA---CT--TTG--T-T-----C------CCT--AGG-T-T-GGGGT-----TA-t
gi|26 : tA-GGCA-----TGA-T-A-CAATTT-G--CAGGGT--CAG-ACTA-C--TTAGTT-T---A-AA-ACC----A--ATTCT-GT-T--T-GATTTC-C-TGTA-T-TAA-GTGC--GTC-ATA-A-TT--GGAC--A-AAA-AGT-A--C-T-----TA--G-T-A---T-TT----------------T-T-T-T----------TTAAAAAAA---A---AAAA-TG-T--TT----AAAAT-A--GT--------G--AC-A-GAAATTctcccttttctaatcctcgttgagaatgaccacagcac
gi|27 : --------CATAGT---TA-AT---CAAAA-----------------------CTGTACG-CCA--TCCAA---TTTTCC-ACTT-AAAAAATGGTC--T----AGC-GC--A---AAATTTTG--CATCAAACT-ATAAATA------G------TTCGTA---CT--T-G--TATCT-A-C------CCTCAAGG-T-T-GGGGT-----CA-TGTTAGAATTTGTCCT-TCG---GCCGCTGCA
gi|28 : -GTCAAA--------CACATT---GT-AT---CAGA------------------------CT--ACGACCA--TT--A---TTT-CC-A--T-TA-------TC--T----AG--TC--A---AAATTCTG--TTTCAAACC-ATA--TA------G------GTTGTG---CT--TTG--T-CTT-A-C------CCA--AAG-T-T-AACGT-----CA-TCTGAGAGGTTGGCCTCCCG---TCCGCTG
gi|29 : ------------------------CT--ACGACCA--TC--A---TTT-CC-A--T-AA-------TC--T----AG--AC--A---AAATTCTG--CATCAAACC-ATA--TA------A------GTCGTA---CT--TTG--T-TCT-A-C------CCT--CGG-T-T-GGGCT-----CA-TCTTAGAATTTGACCTCCCA---GCCGCTGCAC
gi|3 : TTTATTTAAACAATCCCAC--AGAA-AA-T-GGCATAT-AACA-TGCA-----TGA-TTA-CAATTT-T--CTGG-T--CAG-ACTG-T--TTAGTT-T---A-AA-ACC----A--TTCCT-GT-T--T-GATTTT---TGCA-T-TAA-GTCA--GTC-ATA-A-TT--G-AC--A-AAA-CGT-A--C-C-----TT--G-T-AATAT-TT----------------T-T-T-T----------C------AC---A---AAAAATA-T--T-----GACTT-T--GT--------T--AC-AAGAAATTCCAAA-T-T-T--ACACT-AA-ATCAAA--------CACATT---TT-AT---CAAA------------------------CT--ACG-CCA--TC--A---TTT-CC-AT-T-AA-------TA--T----AG--GC--A---AAATTCTG--CATC-AACT-CTA--TA------G------GTTGTG---CT--TTG--T-TCT-ACC------CCT--AGGTT-T-GGGGT-----AA-T
gi|30 : CGACCA--TT--A---TTT-CC-A--T-AA-------TC--T----AG--AC--A---AACTTCTG--CTTCAAACC-ATA--TA------G------GTTGTG---CT--TTG--T-TCT-A-C------CCT---GG-T-TGGGGGT-----CA-TCTTAGAATATGACCTCCCG---GCTGCTGCACtccctttttctaagcctctttgggaaatgaccacagca
gi|31 : CAACCA--TC--A---TTT-CC-A--T-AA-------TC--T----AG--AC--A---AAACTC-G--TATCAAACC-ATA--TA------G------TTTGTG---CT--TTG--T-TCT-A-C------C-T--AAG-T-T-GGAGT-----CA-TCTTAGAATTTGTCCTCCCG---GCCGCTGCACt
gi|32 : g--T----AG--AC--A---AAAGTCAG--CATCAAGTT-ATA--TATATGTAG------GTCTTG---CC--TTG--T-TCT-A-C------CCT--AGA-T-T-GGTGT-----TACTCTCA
gi|33 : ACCA--TC--A---TTT-CC-A--T-AA-------TC--T----AG--AC--A---AAACTC-G--TATCAAACC-ATA--TA------G------TTTGTG---CT--TTG--T-TCT-A--------CCT--AAG-T-T-GGAGT-----CA-TCTTAGAATTTGTCCT-CCG---GCCGCTGCAttccttattcttttttgagaaaatgaccacagcact
gi|34 : TTTAAA-CATACCGC--ACA--AA-T--GAATAT-TAA--GGCA-----TGA-T-G-CAATTTCG--TTGGG---AAG-ACTG-C--TTAGTT-TTTTA-AA-ACC----A--TTTCT-GT-T--T-GATTTC-C-TGC
gi|35 : attTATTTAAA-AATTCCGCC-ACAA-TA-TTGGCATAT-AAAAGGGAA-----TGA-T-ACCAATTT-G--CT-TGT--CCT-ATTG-C--TTAATT-T---A-AAGACC----
gi|36 : CAAACC-ATA--TA------G------GTTGTA---CT--TTG--T-TCT-A-CATGTACCTT--AGG-T-T-GGGGT-----CA-TCTTAGAATTTGACCTCCCG---GCCGCTGCAC
gi|37 : CTTTATTTAAA-AATTCCGC--ACAA-TA-TTGGCATAT-AAAA-GGGA-----TGA-T-A-CAATTT-G--CTTGGT--CTG-ATTG-C--TTAATT-T---A-AG-AC
gi|38 : CAAA--------CACATT---TT-CT---CAAA------------------------TT--ACGACCA--CC--A---TTT-CC-A--T-AA-------TC--T----AG--AC--ACATAAATT
gi|39 : CTTTATTTAAA-AATTCCGC--ACAG-AA-TTGGCATAT-AAAA-AACA-----TGA-T-A-CAATTT-G--CTAGGT--CAG-Atggtttttcagac
gi|4 : TAAA-AATTCCGC--ACAG-AA-TTGGCATAT-AAAA-GGCG-----TGA-T-A-CAATTC-G--CTGGGT--ACG-ACTG-C--TTAGTT-T---A-AA-ACA----A--TTTCT-GT-T--T-GATTTC-C-TGTA-T-TAA-GTCT--GTC-ATA-A-TT--GGAC--A-AAA-CGT-A--C-C------T--G-T-AT--T-TT----------------T-T-T-T----------T------TC---A---AAAA-TG-T--TT----GACTT-T--GT--------G--AC-A-TAAATTCCAAA-T-T-T--ACACT-AA-GTCAAA--------CACATT---TT-AC---CAAA------------------------CC--ATGACTA--TC--A---TTT-CC-A--T-AA-------TC--T----AG--AC--A---AAATTCTG--CATCAAGCC-ATA--TA------G------GTTGTG---AT--TTG--T-TCT-A-C------TTT--ATG-T-T-GGGGT-----TA-a
gi|40 : T--TTG--T-TCT-A-C------CCTA-AGG-T-T-AGGGT-----ctcccttttctaagcgtctcttgagaaatgaccacagcacta
gi|41 : -ATG--TA------G------GTTGTG---CT--TTG--T-TCT-A-C------CG---AGG-A-T-GGGGT-----CA-TCTTAGAATTTGTCCTCCCG---GCCGtggtaccttctaagcctctttttgagaattgaccatagc
gi|42 : CT-A-C------C-T--AGG-T-T-GCGGT-----CA-T-TTAGAATTTGAC-TCCCG---GCCGCTGCAC
gi|43 : --T-TCT-A-C------TCT--AGA-T-T-GGGGC-----CG-TTTTACAATTTGACCTC
gi|46 : A-TCTTAGAATTTGACCTTCTG---GCCGCTGCA
gi|5 : A-AATTCCGCC-GCAG-AA-TGAACATCT-AAA--GACA-----TGA-T-AACAATTT----CCGGGT--CAG-ACTG-C--TTAGTT-T---A-AA-AC--------TTTGTCGT-T--T-GATT-C-C-TGCA-T-TAACGTCC--GTT-CTA-AATT--GGAC--A-AA---GT-A--C-C-----TT--G-T-AA--T-TT----------------T-T-T-T----------C------AC---A---AAAA--G-T--TT----GACTT-T--GT--------G--AA-A-GAAATTCCAAA-T-TCT--ACACA-AA-GTCAAA---------ACATT---TT--TAGACAAA------------------------CT---CGACCATTTC--A---TTT-CC-A--T-AC-------TG--A----AG--AC--A---AAATTCTG--CATCAAA-C-ATC--AA------G------GTCGGT---CT--TTG----TCA-C-C------CCT--AGT-TGT-GGAGT-----TA-tta
gi|6 : tgttA-AATTCTG---ACAG-AA-TTGGCATAT-AGAA-GG--------G-------------G--CTGGGT--CAGGACTG-CGATTGGGT-T---T-AA-ACC----A--CTTCT-GT-T--TTGATTTC-T-TGCA-T---------------ATA----T--G-AC--A-AAA-TGC-A--C-T-----TT----T-C---T-AT----------------T-T-T-G----------C------ACCCCA---AAAT-TA-CAATT----GTGTC-T--GT--------G--AT-A-GAAATTGAAAAAT-TGT--ATACC-AT-GTCAAG--------CACATT---TC-AT---CAG-------------------------CT--ACAACTA--TC--A---TCT-CC-A--T-AA-------TT--T----AG--AC--A---AAATTCTG--TATCAAACC-ATA--T-------G------GCCGTG---GGAAGTGGTT-TCT-A-C------CCT--AGG-T-C-GGGctccctttctaagccttttttgagaaaatgaccacagta
gi|7 : tctttcgcccaaacCTTTATTTAAA-AGTTCCGC--ACAT-AA-TTGGCATAT-AAAA-AGCA-----TGA-T-A-CAATTT-G--CAGGGT--CCG-AATG-C--TTAGTT-T---A-AA-ACC----A--TTTTT-GT-T--T-GATTTT-C-TGCA-T-TAA-GTTC--TTC-ATA-A-TT--GGAC--A-AAA-CGT-A--T-C-----TT--G-C-A---T-TT----------------T-T-T-T----------C------AA---A---AAAA-TG-T--TT----GACTT-A--GT--------G--AC-A-GAAATTCCAAA-T-T-T--ACACT-CA-GTCAAA--------CACAAT---TA-AT---CAAA------------------------CT--ACGACCA--TC--A---TTT-CC-A--T-AA-------TC--T----AG--AC--A---AAATTTTG--CATCAAACT-ATA--TA------G------GTCGTA---CT--TTG--T-TCT-A-C------CCT--AGG-T-T-GGGGT-----CA-TGTTAGAATTTGTCCTCTCG---GCCGCTGCACcgttgctccattttaagcacctgatttgaagataataagacagcac
gi|8 : CTTTATTTAAA-AATTCCGT--ACAG-AA-TTGGCACAT-AAAA-GACA-----TGA-T-A-CAACTT-G--CTGGGT--CAG-ACTG-C--ATAGTT-T---A-AA-GCC----A--TTTCT-TT-T--T-TATTTG-C-TGCA-T-TGA-GTCC--GTC-ATA-A-TT--GGAC--A-AAA-CGT-A--C-C-----TT--C-T-A---T-TT----------------T-T-T-T----------C------AC---A---AAAA-TG-T--TT----GACTT-T--GT--------G--AC-A-GAAATTTCAAA-T-T-T--ACTCT-AA-GTCAAA--------CACATT---TT-AT---CAGA------------------------CT--ACGACCA--TC--A---TTT-CC-A--T-AA-------TC--A----AG--AC--A---AAATTCTT--CTTCAAACC-ATA--TA------G------GTTGTG---CT--TTG--T-TCT-A-C------CCT--AGG-T-T-GGGGT-----CA-TCTTAGAATTTGACCTCCCG---GCCGCTGCACt
gi|9 : AAA-AATTCCTT--TCAG-AA-TTGGCATAT-AA---GACA-----TGA-T-A-CAATTT-G--CTGGAT--CAG-TCTG-C--TTAGTT-T---A-AA-ACC----A--TTTCT-GT-T--T-GATTTC-C-TGTA---TAA-GTCC--GTC-ATA-A-AT--GGAC--A-AAA-CTT-A--C-C-----TT--G-T-AT--T-TT----------------T-T-T-T----------T------AC---A---AAAA-TG-T--TT----GACTT-T--GT--------G--AC-A-AAAATTCAAAA-C-C-T--ACACT-AA-GTCAGA--------CACATT---TT-AT---CAAA------------------------CT--ACGACCA--TA--A---TTT-CC-A--T-AA-------TC--T----AG--AC--A---AAATTCTG--CATCAAACC-AAA--TA------G------GTCGTA---CG--TTG--T-TCT-A-C------CCT--AGG-T-T-GGGGT-----TA-
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|44 ): CTTTTCTAAGCCTCTTTTGAGAAATGATCACAGCACT
Unaligned ( gi|45 ): AAAAGGTTTAACTTTACACATCACGATCTTAAAG