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Reference ( gi|3 ) : CCAC--T--TCTAAA-G---TG-CT--CA-T-A-ACT-T-C-C-GG--T-T-G-G-CC-GA---TT-G-T---CTT-GGC---G--T-A-CG--CCG-A--T-AG--T--CCT--AAC------GG---T---TT-----T-A---C-AC-G-C-G-CTC-T-C-----ATT-GG---C-T-A--------TT--G--G-T-A-T-T--A---T--C----A-AC-----A--CT--C--T---C-AGTC---ACT---A-AA-------------A-------------------C-----------CAA--AA------A--A--A--G----T-----T-AG-------C----CA-ATGAG-A----GT-GCG-C--GT-AA-C--AC-----GC------------TA--A---CTT-TTT-TTT-G-----------GTTTTT---AGT----GACTG--AA-G-A-G---TTT---G--A-T--A---A-T-A-C--C--AA-------T-AG---CC-AAT-----GA-GAG-C-G-C-GTG--TAA----AA---AC-C-GT------T--AG-----G--A-CT-A--TC-G-G--C-G-T-A-C-CG--CCGA-G---A-C-AA---TC-GG-C-C-A-A--CC-G-G-A-AGT-T-A-TG--AG-CACT-T--TTA-GA-CAGTGGA
gi|4 : CCGC--TG-TCTAAA-AC--TG-CT--CA-T-A-GCT-T-C---GG--T-T-T-G-CC-GA---TT-G-T---CTC-GGC---GG-T-A-CAGCCCG-A--T-AG--T--CCTG-AAC------GG---T---TT-----T-A---CCAC-G-C-G-CTC-T-C-----ATT-GG---C-T-A--------TT--G--G-T-A-T-T--T---T--C----C-A------A--CT--C--T---TTAGTC---ACTG--A-AA-------------A-------------------C-----------CAA--AA------A--A--AAAG----T-----T-AG-------C----TG-ATGAG-A----G---------------C--AC-----GC------------TA------CAT-TTT-TTT-G-----------GTTTTC---AGT----GACTA--AA-G-A-G---TTG---G--A----A---A-T-A-C--C--AA-------T-AG---CC-AAT-----GA--AG---G-C-GTG--TAA----AA------C-GT------T--CG-----G--A-CT-A--TC-G-G--C-G-T-A-C-CG--CCGA-G---A-C-AA---TC-GG-C-A-A-A--CC-G-G-A-AGC-T-A-TG--AG-CA-G-T--TTA-GA-CAGCGG
gi|4 : CCGC--TG-TCTAAA-C---TG-CT--CA-T-A-GCT-T-C-C-GG--T-T-T-G-CC-GA---TT-G-T---CTC-GGC---GG-T-A-CG--CCG-A--T-AG--T--CCG--AAC------G----T---TT-----T-A---C-AC-G-C---CT--T-C-----ATT-GG---C-T-A--------TT--G--G-T-A-T-T--T---C--C----A-AC-----T--CT--T--T-----AGTC---ACTG--A-AA-------------A-------------------C-----------CAA--AA------A--A--A--T----G-----T-AG-------C------------------GT-GCT-C--TC-AT-C--A------GC------------TA--A---CTT-TTT-TTTTG-----------GTTTTC---AGT----GACTA--AA-G-A-G---TTG---G--A-A--A---A-T-A-C--C--AA-------T-AG---CC-AAT-----GA-GAG-C-G-C-GTG--GTA----AA---AC-C-GT------TC-AG-----G--A-CT-A--TC-G-GGCT-G-T-A-C-CG--CCGA-G---A-C-AA---TC-GG-C-A-A-A--CC---G-A-AGC-T-A-TG--AG-CAGT-T--TTA-GA-CAGCGG
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gi|8 : tCCGC--TG-TCTAAA-C---TG-CT--CA-T-A-ACT-T-C-C-GG--T-T-TTG-CC-GA---TT-G-T---CTC-GCG---G--T-A-CG--CCG-A--T-AG--T--CCC--AAC------GG---T---TT-----A-A---C-AC-G-C-G-CTC-T-C-----ATT-GG---CTT-A--------TT--G--G-T-A-T-T--AT--T--C----A-A------A--CTTCT--T---C-AGTCCGGAAA---A-AA-------------A-------------------C-----------CAA--AA------A--A--A--AAAATT-----T-AA-------A----CC-ATGAG-A----GT-GCG-C--GT-TA-CAAAC-----GC------------TACCA---CTT-TTT-TTT-G-----------GTTT
gi|16 : gCCAC--TG-TATAAA-C---TG-CT--CA-T-A-GCT-T-C-C-GG--T-T-T-G-CC-GA---TT-G-T---CGC-GGC---GG-T-A-GG--CCG-A--T-AG--T--CCC--AAC------GG---T---TT-----T-A---C-AC-G-T-G-CTC-T-C-----ATT-GG---C-T-A--------TT--G--G-T-A-T-T--A---T--C----A-A------A--CT--CT-T---C-AGTC---ACT---
gi|19 : tCCGC--TG-TCTAAA-C---TG-CT--CA-T-A-GCT-T-C-C-GG--T-T-TCG-CC-GA---TT-GGT---CTC-GGC---GG-T-A-CG--CCG-A--T-AG--T--CCT--AAC------GG---T---TT-------A---C-AC-G-C-G-CTC-T-C-----ATT-GG---C-T-A--------TT--G--G-T-A-T-C--T---C--C----A-AC-----g
gi|5 : tCCAT--TG-TCTAAA-C---GA-CT--CA-A-A-ACT-T-C-C-GT--T-T-T-G-CC-GA---TC-A-C---C----GC---G----A-CG------------G--T-------AAC------G------------------------C-G-C-A-CTC-T-C-----ATT-GG---T-T-A--------TT--G--G-T-A-T-T--C---T--C----A-A------A--CT--CT-T---T-AGTC---AATG--A-AA-------------A-------------------C-----------CAA--AA------A--A--G--G----T-----T-AT-------C----CA-ATGAG-A----GC-GCG-T--GT-AA-C--Atc
gi|11 : CCAC--TG-TCTAAA-C---AA-CT--CA-A-A-ACT-T-C-C-GG--T-T-T-G-CC-GC---TT-G-T---C------------------------------------------GC------AG---T---GT-----T-A---C-GC-A-C-A-CTC-T-C-----ATT-GG---C-T-A--------TC--T--T-T---T-T--AT--T--C----G--------G--TT--T--T---C-AGTG---ACT---A-AAGAGTTTGAGAAT-A-------------------C-----------CAA------------------------------T-AG-------C----CA-ATGAG-A----GT-GCG-T--Gtcgtgacgataggcaaaccggaagttttgagtcgtctacacagtagatttgtagtctgggcaatgaaannnnnnnnnnnnnnnnnncgcgtaacatcgtgacgataggcaaaccggatgttttgagtcgtctacacagtaga
gi|13 : gttcactgtataaacaatccaaatcttccggtttgccgatcgtccCCAC--TG-TCTAAA-C---GA-CT--CA-A-A-ACT-T-C-CGGG--T-T-T-G-CC-AA---TC-G-T---CGT-GGT---G--------------------A--T--C-----------------------------------C-GC-G-C-G-CTC-T-C-----ATT-GG---C-T-AACTTTTT-TT--G--G-T-T-T-TC-AGACT--A----A-AG-----A--GT--T--T---G-AG-----ACT--------------------A-------------------C-----------CAA------------------------------T-AG-------C----CA-ATGAG-A----GC-GCG-T--GT-AA-C--a
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gi|22 : ctaaCCAC--T--GCTCTA-G---TG-CT--CAAT-A-ACT-T-C-C-GG--T-TTG-G-CC-GA---TT-G-T---C-C-GGCG--G--TAA-CG--CCG-A--T-A
gi|18 : gttcagccgtgtCCAC--TG-CCTAAACA---AA-CT--CA---A-ACT-T-C-C-GG--T-T-T-G-CC-GA---TC-G-T---C----GC---G--T-----------------G--T----T--ACC------GG-----------------------C-G-C-A-CTC-T-C-----ATT-GG---C-T-A--------a
gi|20 : tggtattcttcaaactcctttagtcctgaaccaaaaaagtCCAC--TG-TCTAAA-C---GA-CT--AA---A-ACT-T-C-C-AG--T-T-T-G-CC-GA---T-------------------------CG--TCG--------------------C------GG---T---GC-----T-A---C-CT-G-C-G-CTC-T-C-----ATT-GG---C-T-A--------a
gi|14 : AC--TG-TCTAAA-C---GA-CT--CA-A-A-ACT-T-C-C-GG--T-T---------------------------------------TG--CCG-A--T-CG--T--C-----AC------GG---T---GT-----T-A---C-GC-G-C-G-CTC-T-C-----ATT-GG---C-T-AACATTTTTTT--G--G-T---------------------------------T--T--T---C-ATTG---ACT---A-AA-------------A-------------------A-----------GTA--TG------A--G--A--G----TACCAAT-AG-------C----CA-ATGAG-A----GC-GCG-C--GT-AA-C--accttttttggttttcactgactaaat
gi|1 : tt--T--CCTAAA-C---CG-CT--CA-TTA-GCT-T-CAC-GT--TCT-T-G-CC-GGACTTT-G-TACTCTC-GGC---GG-T-A-CG--CCG-AATT-AG--T--CTT--AA-------GG---T---TT-----T-A---C-AC-G-C---CTC-T-CCATTTACT-GG---C-TCA--------TTTTG--G-T-A-T-C--T---C--C----A-AC--------CT--T--T-----AGTC---ACTG--A-AA-------------A-------------------CACTTTATTGAACAA--AA------A--A--A--GC---T-----T-AG-------CATCACACATACTCA----AT-GCA----GT-AAGC--AC------C------------TA--AA--CTTATTT-TTT-G-----------GTTTCTTC-AGT----GACAA--CA-A-A-G---TTT---G--G-G--AGAAA-T-A-C--CCAAA-------TTAG---CC-A-T-----GAAGAG-C-G-CTGTG--TCA----AA---AC-C-GT------T--AG-----A--CTCT-A--TCCG-G--CCG-T-A-C-CG--ACGA-G---A-C-AA---TCTGG-CAA-A-A--CC-G-G-A-GCC-T-A-TGCAAG-C-CA-T--TTA-GA-CAG
gi|2 : ccctg--TCTAAC-GAACTG-CTT-CA-T-ATGCT-TTC-C-GG--G-T-T-G-CC-GA---TT-G-T---CTCCGGG---G--T-AACG--CCG-A--TGAG--T--CCC--AAC------CGCGTT---TT-----T-A---C-AC-G-C-G-CTT-T-CC----ATT-GGG--C-T-A--------TT--G--G-T-AAT-T--A---TTAC----A-AA-----ATCCT--C--T---CCAGTCC--ACTG--A-AA-------------A-------------------C-----------CAA--AA------T--A--A-------T-----T-AG-------C----CA--TGAG-A----GTAGCG-C--GT-AA-T---C-----GC------------TA--A-------TTT-TTT-GA----------GTTTCT---AGT----GACTGCGAA-G-A-G---TTTA--G--A-T--AT--A-TTA-C--C--AA-------T-AG---CCCAAT-----GATGAG-C-G-C-GTGGTTCACC--AA---AC-C-GT------TTGGG-----G--A-CT-A--TC-G-GATC-G-T-A-C-CGGGCCGA-G---A-C-AA---TC-GG-C-A-A-A--CC-G-G-A-GCT-TAA-TG--AGTCAGT-T--TAG-GA-CAGTGGccg
gi|1 : --TCTAAA-T---GG-CTTGCA-T-A-GGC-T-C-C-GG--T-T-TTG-CCAGA---TT-G-T---CTC-GTC---GG-T-A-CGG-CCGGA--T-AGAGT--C-T--AAC------GG---T---TT-----TGA---C-ACAG-C-G-CTC-TTC-----AT--GG---C-T-AAT------TT--G--GGT-A-T-T------T--CTCCCA-A------A--CT--T--TG--T-TGTC---ACT---G-AAGAA----------A-------------------C-----------CAA--AA------A--ATAA--G----T-----TTAGGTGCTTACTG--CA-TTGAG-T----AT-GTG-T--G--------AT-----GC------------TA--A---GCT-TTT-TTT-GTTCAATAAAGTGTTTTC---AGT----GACTA--AA-G---G---TTG---G--A----G---A-T-A-C--C--AAAA-----TGAG---CC-AGTAAATGGA-GAG---G-C-GTG--TAA----AA----C-C--T------T--AA-----G--A-CT-AATTC-G-G--C-G-T-A-C-CG--CCGA-GAGTA-C-AAAGTCC-GG-C-A-AGA--AC-GTG-A-AGC-TAA-TG--AG-CGGT-T--TAG-GA-CAGcc
gi|7 : ccTAAA-C---TG-CT--CA-T-G-AGT-T-C-C-GG----T-G----C-GA---TT-GTT---CTC-GAC---GGTT-A-CG---CG-A--T-AGT-T--CCC--AACG-----GG---T---TT-----T-A---C-GC-G-C-G-CCCTT-C-----ATT-GGGGCT-T-A--------TT--G--GAT-A-T-T------T--CTTGAA-AC-----GT-CT--T--T---T-AGTC---ACTGGGA-AA-------------ATGGGGATTATATATATATGC-----------CGA--AA------AACA--G--G----T-----T-AG------------TA-ATGAG-GAGGTGT-GCG-C--GT-AA-C--AC-----G-------------TA--A---cagccg
gi|5 : ccacattgtct-CT--CA-A-A-ACT-T-C-C-GG--T-T-T-G-CC-TA---TC-G-T---C------------------------------------------AC------GA---T---GT-----T-A---C-AC-G-C-G-CTC-T-C-----ATT-GG---A-T-AACCTTTT-TT--G--G-T-T-T-TC-A---T--T----G-ACTAAAGA--GT--T--T---G-AG-----------A-AT-------------A-------------------C-----------CAA------------------------------T-AA-------C----CA-ATGAG-A----GT-GCG-C--GT-TA-C--t
gi|12 : ccattgtctaaacgactcaaaacttccgttttgccgatcaccgcgacg-ACTAT-C-C-AGGTT-T-T-G-CC-GA---TTTG-T----TC-GAC---GGTC-A-CG--CCG-A--T-AG--TATCCC--AA-------GG---T---TT-----T-A---C-AC-GTC-GTCTC---C-----ATT-GG---C-T-A--------TT--GAGG-A-A-T-T--C---TT-C----A-AC-----T--CC--T--T---T-AGTC---ACT---G-GG-------------A-------------------A-----------CAA--AATTGCGCA--A--A--G----T--------G-----------------GAG-A----GT-GCGAC--GT-tcgtctacacagtagatttgtagtctgggcaatgaaannnnnnnnnnnnnnnnnncgcgtaacatcgtgacgataggcaaaccggatgttttgagtcgtctacacagtaga
gi|11 : CT-T-C-C-GG--T-T-T-G-CC-GA---TC-G-T---Cattgacagattcatgactgtgg
gi|11 : gttcactgtataaacaatccaaatG--CCG-A--T-CG--T--CC----------------------------------C-AC-G-C-A-CTC-T-C-----ATT-GG---C-T-A--------TT--G--G-T-A-T-T--C---T--C----A-A------A--CT--CT-T---T-AGTC---ACTG--A-AA-------------A-------------------C-----------CGAATAA------A--A--A--G----A-----T-AG-------C----CA-ATGAG-A----GT-GTG-C--GT-AA-C--AC-----ccacgcactctcattggctattggtattctcaaactctttagtcactgaaaaccgaataaaaagatagccaatgagagtgtgcgtaacactgcgacaagcggcaaaccggaagttttgagttgtttagacagtgga
gi|15 : gttcactgtataaacaatccaaatcttccggttt--CCG-A--T-CG--T--C-----GC------GT---T---GT-----T-A---C-GC-G-C-G-CTT-T-C-----AAT-GG---C-T-A--------TT--G--G-T-A-T-T--T---T--C----G-A------A--CT--C--T---tgcgacaagcggcaaaccggaagttttgagttgtttagacagtgga
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blockSeqs : . . . . A . . T . . . . . . . . . . TTGGCGTACGCCGATAGTCCTAACGGTTT G . . . . . . . . . . . A . . . . AAAG A . . AC . . GA . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . A . . . . . A . . . . . . A . . CG . . .
blockSeqs : . . . . T . . A . . . . . . . . . . TCGCGGTACGCCGATAGTCCCAACGGTTT G . . . . . . . . . . . T . . . . CTTT C . . AC . . GT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . C . . . . . . A . . AC . . .
blockSeqs : . . . . G . . T . . . . . . . . . . GCGTGTTACCG G . . . . . . . . . . . C . . . . TTTT A . . AG . . CT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . AG . . .
blockSeqs : . . . . T . . T . . . . . . . . . . GTGGTGATC G . . . . . . . . . . . T . . . . CTCC A . . AC . . GT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TG . . .
blockSeqs : . . . . T . . A . . . . . . . . . . GCGACGGTA A . . . . . . . . . . . C . . . . CTTT A . . AC . . GT . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . G . . A . . . . . . . . . . GCAGTGT C . . . . . . . . . . . T . . . . CTTT A . . AC . . GT . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . G . . A . . . . . . . . . . ACGGTGT A . . . . . . . . . . . C . . . . AAAG A . . AC . . GT . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . G . . T . . . . . . . . . . GCGGTGC G . . . . . . . . . . . A . . . . CTTC A . . AC . . GT . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T . . T . . . . . . . . . . ACGATGT A . . . . . . . . . . . A . . . . TTC A . . AC . . GT . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T . . T . . . . . . . . . . GTCCCA G . . . . . . . . . . . T . . . . TTC . . . AC . . GT . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . C . . . . CTC . . . AC . . T . . . . . . . .
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gi|15 : ttactgtctaaacgactcaaaacttccggtttgccgatcgtcacgCCACTGTC-T-AA---A-CGA-CT-CAA-----------------------C--CGA---TC-GT---C-c
gi|15 : t--CCGA--T-CGT---CGC------G---T---TGT-----TAC-GCG-C-G-CTT-TC-----AATGG---C-T-A-------TT--G--G-TA-TT--T--T--CG--A-A---C--T-C-TTCCGAAG---TT-CTT--C---GAA--A-------------------C-----------G--TA--AA------C----AA-C----T-----CGAAAC-CGA--C-GAAA----GC-AT---G-C--gcgttgttacgcgcgctttcaatggctattggtattttcgaactcttccgaagttcttcgaaacgtaaacaactcgaaaccgacgaaagcatgct
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gi|20 : -TTT---AG---TC-AGT--G---AAA--A-------------------C-----------C--AA--AA------A----AG-G----T-----T--AGC-CAA--T-GAGA----GC-GC---A-G--GT-AG-C--AC--accttttttggttttcactgactaaat
gi|21 : ccactgtctaaacgactaaaacttccagtttgccgatcgtcgcgCCACTGTA-T-AA---A-CGA-CT-CA--A-ACT-T-T-T-GG--T-TT-GC--CGA---TC-AC---C----GCG-----------------------------ACGG---T---G-T-----TAC-ACG-C-G-CTC-TC-----ATTGG---C-T-A-------TT--G--G-TG-GT--C--T--CA--A-A---C--T-T-TTT---AG---t
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gi|6 : ccattgtctaaacgactcaaaacttccgttttgccgatcaccgcgacggtaacgcgcactctcattggttattggtattctcaaactctttagtcaatgaaaaccaaaaaaggttatccaatgagagcgcgtgtaacatcgtgacgataggcaaaccggaagttttgagtcgtctacacagtagatttgtagtctgggcaatgaaannnnnnnnnnnnnnnnnnc---AG---TC-ACT--G---AAA----------------------C-----------C--AA--AA------A----TA-G----T-----T--AGC-CAA--T-GAGA----GC--------C--AT-AA-C--ATTGGCTA--A-CTT-TTTT--G-GATT--TTAGTGACTG--AAGAGTTTGAGA---AA-ACC--AAT-AGCC-AATGA-GAGCAA-ATG--T----AAACCATT--GAGA-CTATC-GG--C-GT-AACA--CCGCGA-CAATC-GGC-AAACCGGAAGTT-T-TG--AG-T-TGTTTAA-GA-CGGTGGAa
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