lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 2222 11111 1111111 11 11 2222 3333333333333333 11 11 11111 1 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 22222222 1111 1111111111111 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1111 1 3333333333
lowQualScore : 6 7777 44444 5 5 4444444 0 99 00 4 5555 66 1111111111111111 4 22 66 44444 777 88 2 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 4 99999999 55 55 4 4 8 7777 7777777777777 5 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0000 2 8888888888 6 88
lowQualScore : . .... ..... . . ....... . .. .. . .... .. ................ . .. .. ..... ... .. . ........................................................................................................................ . ........ .. .. . . . .... ............. . ................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ .... . .......... . ..
lowQualScore : 7 6666 33333 7 7 3333333 9 44 66 4 0000 11 2222222222222222 4 22 77 77777 000 11 0 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0 22222222 55 55 0 0 0 0000 4444444444444 0 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 6666 8 0000000000 7 22
consensus : AGTCA-AAG-T-TA-----GT-CCAC-AACAG--A-N--TGT-GTACA--TA-G----ATAA--T----T-A----G----T-AAC--ACAG--TCAA---A-T---TA-GT-CCACA-AN-----A--GATTGT-ATA-C-A-T------A------A--A------T------AATT-------AG-T---A----------A-------CAC--G-TCA-A--A-T--T-----AGT-CCACG-A-A---AG--A--T-TG-TACAT-AG----ATA----A----T-T-AGTAACACA-GTC--AA--ATTA-GT-C---CACAA-A--AGA-T-TG-------------TAN----ATNGATAG--ATA-TAAG-TA-------AN--ACGG-TC-CAAT-T-AGT----CA-CAC-TA-AGATT-------G---A--TA-AT-ACTT-TA-TT--------------G-AACAT-G---GT--------------CAGATA-------T--AAN--TACTAAAC-AGC-A-GTGAGAGACTAATGTTCAAT-CAGTTAAANACACAA-ACACA--AGT----ACATGTA----CATGTTAATTA---C-AC----ATCA-----CAAAC-------------ACAGG-GCN---G-TA------ATTAA----C-AAG-CA-CTGTAA------------T-TACACAG--AACTGT--TGT--ACACA-C---AC--T-A-G--T--ACANGTAGT--------GT-AATTAACATACCT-CTGTACAT---CAT-G---TG--------TAA----TTAA-CAC-GTG---TAGAGCTG--TGTAATT----AACACTGTGTAGAGACN-TGTA-ATTAACACTGTGTTTAG
Reference ( gi|1 ) : AGTCA-AA--T-TA-----GT-CCAC-AACAG--A-T--TGT-GTACA--TA-G----ATAA--T----T-A----G----T-AAC--ACAG--TCAA---A-T---TA-GT-CCACA-TA-----A--GATTGT-GTA-C-A-T------A------A--A------T------AATT-------AG-T---A----------A-------CA---G-TCG-A--A-T--T-----GGT-CCACT-A-A---AG--A--T-TG-TACAT-AG----ATA----A----T-T-AGTAACACA-GTC--TC--GTTA-GT-T---CACAA-G--AGA-T-TG-------------TAA----ATTGATAG--ATGATAAG-TA-------AA--ACAG-TC-CAAT-T-AGT----CATCAC-TA-AGACT-------G---A--TA-AT-ACTC-TA-TT--------------G-AATAT-G---GT--------------CAGATA-------T--AAA--TACTAAAC-AGC-A-GTGAGAGCCTGGTGGTCAAT-CAGTTAAAAACACAA-ACACA--AGT----ACATGTA----CATGTTAATTA---C-AC----ACCA-----CAAAC-------------ACAGA-GCA---G-TA------ATTAA----C-AAG-CACCTGTAA------------TGTACACAG--AATTGT--TGTTGACACA-C---AC--T-A-G--T--ACATGTAGTA-------GT-AATTAACACAGCT-CTGTACATTT-CATGG---TG--------TAA----TTAA-CACCGTG---TAAAGCTA--TGTAATT----AACATTGTGCAGAGACC-TGTA-ATCGACACTGTGTTTAG
gi|6 : AGTCACAA--T-TAAAGGGGT-CCACGAACAG--G-TACTGT--TACA--TAAG----ATAA--TG---T-A----G----T-AAA--ACAGG-TCAA---A-T---TA-GTACCACAACA-----A--GGT-AT-GTA-C-AAT------A------AGCA------T------AATT-------AGAT---A----------A-------CACA-G-TCA-AT-G-T--A-----AGTGCCAC--A-ACACAG--A--T-TG-TACAT-AC----ATA----A----C-T-
gi|9 : gtcaaagttatagtccacaacagagtctgtacatagtaatatgatcgggtaacacaggttcaaattatctacaacagattgcaataggatcaattgaagttagccacAGTCA-AAGTTATA-----GT-CCAC-AACAG--A-G--TCT-GTACA--TA-GTAATATGA--T----CGG----G----T-AAC--ACAGGTTCAA---A-T---TA--T-CTACA-AC-----A--GATTGCAATAGG-A-T------C------A--A------TTGA---AGTT-------AG-C---C----------A-------CA---G-TCACA--A-T--T-----ttatttgagta
gi|9 : cagtcaacatagtccacaaaagagttattatatagagaattagtaaccgccattcattttatgtttgcgcaccaacagattgtcacaatacgaacaatttcacgaattaatataatttatctgtAGTCA-AC--A-TA-----GT-CCAC-AAAAG--AGT--TAT--TATA--TA-G----AGAA--T----T-A----G----T-AACCGCCAT--TCAT---T-T---TATGT-TTGCG-CACCAACA--GATTGT--CA-CAA-T------ACGAAC-A--A------TTTCACGAATT-------AA-T---ATAATTTATCTG-------TA---G-TCA-A--AGTTAT-----AGT-CCACA-A-C---AG--AGTC-TG-TACAT-AGTAATATG----A----T-CGGGTAACACA-GGT--TCAAATTA--T-C---TACAA-C--AGA-T-TG-------------CAATAGGATCAAT-----TG--AAG-TT-------AGCCACAG-TCACAAT-T-Aa
gi|5 : cGTCA-AA--T-TA-----GTACCAC-AACAA--G-G--TAT-GTACAA-TA-AGC--ATAA--T----T-A----GA---T-AAC--ACAG--TCAAT--G-T---AA-GTGCCACAACAC----A--GATTGT---A-C-A-T------A------C--A------T------AACTTTATTTGAG-T---A----------AACGCCAACA---GATCA-ATTA-G--T-----GAT-CCAC--A-A---CA--A--T-TG-TACAT-AGGAGGATA----A----T-T-AGTAACAC--GTC--AA--ATTACAT-TCGGCACAA-AACAGATT-TG-------------TAC----A---GTAG--AAATTAAG-GA-------AC--A-AG-TC-CAAT-
gi|2 : gataatgtagtaaaacagGTCA-AAG-T-TA-----GT-CCGC-AACAGTGA-G--TGTTGTACA--AA-A----ATAAAAT----T-A----AAGAATGAACGAACAG--TCAATAAACT---TA-GTACCACA-AC-----A--GATGAT-TTA-C-T-T------ATCCAATA--A------C------AATTTGAAGCTAG-TTGTA----------A-------CACAAG-TC--A--A-T--T-----AGT-CCACG-ACA---AG--A--TGTG-TACATTAG----ATA----A----TAG-AGTAACACA-GTCAAT---ATTA-GTAC---CACAA-AC-AAA-T-TGCATATTTAGACCATAA----ATTAACCA--ATACTAAG-TACCGCCTGAA--GTGA-TC-GACTGT-AGT-----AT-AC-TATAGA-T-------G---ACGTG-AA-ATTT-TG-TTTTGACTAATATACAG-AATATAG---GA--------------TAGGTAGGGATAAT--AAACATACTAAAC-AGCCA-GTGAGAGACTATGGGTCAATGCAGTTGAAGACACAGCATACAGCAGTGTGGACATGTG----CA-AATGATTA---C-Aatgagtgcttcggcctcattcgcacaaaccagatttgtacatcaactgtaatttagtactacaatgttctcgagttaca
gi|6 : caattgatcctgtacatagataatttttgcagtcaaatttcacGTCA-AAGTTATA-----GT-CCAC-AACAG--A-G--TCT-GTACA--TA-GTAATATGA--T----CGG----G----T-AAC--ACAGGTTCAA---A-T---TA--T-CTACA-AC-----A--GATTGCAATAGG-A-T------C------A--A------TTGA---AGTT-------AG-C---C----------A-------CA---G-TCACA--A-T--TAAAGGGGT-CCACG-A-AC--AGGTA--C-TGTTACATAAG----ATA----A----TGT-AGTAAAACAGGTC--AA--ATTA-GTAC---CACAACA--AGG-TATG-------------TAC----A---ATAAGCATAATTAGATA-------AC--ACAG-T--CAATGTAAGTGCCACAACAC----AGATT-------GTACA--TACATAACTT-TATTT--------------G-AGTA
gi|15 : --T-TA-----AT-CCTC-AACAG--A-T--TGT---ACA--TA-G----ATAA--T----A-A----G----T-AAC--A--G--TCAA---A-T---TA-GT-CCGCA-AC-----A--TATTGC-ATA-T-A-G------A------A--AGAAAATT------AACC-------AG-T---A----------C-------TA---G-T
gi|3 : ACGG--A-C--TAT-TTGCAATTG-G----ATAA--TACTTT-ATCACA----T-AAA--ACAA--TTAC---A-TAAATA-CT-TCACAATA-----ACTGATT----TA-C-A-TTCATCAA------A--G------T------ATTT-------TG-----A----------A-------CA---A-TCT-AC-A-T--T----------CATTTA-A---AA--A--T-TG-CATAT-AG----AAA----AATCCC-T-AGTAACACA-GTC---------A-GT-T---TA--------------G-------------TAA-----TTGTTAC--A------G-TA-------AA--ATTGATA-CTGT-T--GT--------AC-TA-A-AC------------A--TA-AT-ACTGATA-TT--------------G-GA--------AC--------------TAGATA-------T--AAT--GACTACAC-AGC-A-GGGAGAGACTAATGTCCACT-CAGTTGAACCCAGAA-ACACA--AGT----ACATGTAAAGGCATGTAAGTTA---C-AC----AACA-----CAAAC-------------ACAGGTGCA-----TA------ATTAA----C-AAGTCA-CTGTAA------------T-TA-ACAT---ACTGA--TGTAAATA-A-C---AT--TCA-GCTT--AAATAT-----------GT-AATTA-----------GT--ATTT-TAGAGCCCTG--------TAG----TTAA-CACTGTG---TAGAGCTG--TGCAATT----AACACTGTG
gi|4 : AG--A-T--TGT-----A--CA-G----ATAA--T----T-A----G----T-AAC--ACAA--TCAA---T-T---TA-GT-CCATA-AA-----A--AATTGT-ATA-----T------A------G--A------T------AATT-------AG-T---A----------A-------CAC--GCTCA-C--A-T--T-----ACT-CCACG-T-A---AG--A--T-TG-TATAT-AG----ATAGATTA----T-C-AATGACACA-GTC--GA--ATTA-GT-C---CACAA-A--AGA-T-TT-------------TAT----ATAGATAG--ATAATTAG-TG-------AC--ACGG-TC-AAAT-A-AGT----Cat
gi|15 : -T---TA-AT-CCTCA-AC-----A--GATTGT---A-C-A-T------A------G--A------T------AATA-------AG-T---A----------A-------CA---G-TCA-A--A-T--T-----AGT-CCGCA-A-C---AT--A--T-TG-CATAT-AG----Acatatataaaagacggtacaaaatgtcatgtatataaataattaggtatacagtcaagtacgtcaaaaaaaaaattgtagatagacaattagtatcacaatcaaaagagtccataaaagattgtattaattagataattagtttgtccacaaaagaggatataagatttataa
gi|4 : -----A--GATTGT-------A-C------A------G--A------T------AATT-------AG-T---A----------A-------CACA-A-TCA-A--T-T--T-----AGT-CCATA-A-A---AA--A--T-TG-TATAT-AG----ATA----A----T-T-AGTAACACG-CTC--AC--ATTA-CT-C---CACGT-A--AGA-T-TG-------------TAT----ATAGATAG--ATTATCAA-TG-------AC--ACAG-TC-GAAT-T-AGT----C--CACAAA-AGATTTTATATAG---A--TAGAT-AAT--TA-GT--------------G--ACAC-G---GT--------------CAAATA-------aagaaaattaaccagtactagt
gi|15 : -T--T-----AAT-CCTCA-A-C---AG--A--T-TG-TACAT-AG----ATA----A----T-A-AGTA--ACA-GTC--AA--ATTA-GT-C---CGCAA-C--ATA-T-TG-------------CAT----ATAGAAAG--A----AAA-TT-------AA--CCAG-T----AC-T-AGT----agtccatatataaaagacggtacaaaatgtcatgtatataaataattaggtatacagtcaagtacgtcaaaaaaaaaattgtagatagacaattagtatcacaatcaaaagagtccataaaagattgtattaattagataattagtttgtccacaaaagaggatataagatttataa
gi|11 : AAT-T-AGT-----A-CAG-TA-AAATT-------A---A--TA-CT-GTTT-TA-TT--------------A-AACAT-AACTGTACTGATATTTTAACTAGATA-------T--AAT--TACTAAA------------GA--CTAATGTTCACT-CAGTTAAACCCAGAA-ACACA--AGT----ACATGTA----------AGTTA---C-AC----ATCA-----CAAAC-------------ACAGG-GCT---G-TA------ATTAA----CGAGG-CA-CTGTAA------------T
gi|8 : tagt-TA-TT--------------G-A-CAT-A---GT----------------AATG-------C--AAT--TACTAAAT-AGC-A-GTGAGTATGTAATGTTCAAT-CAGTT--TAACACAA-AAACG--ATT-----CATGT---------TTTATTCCCTC-ACTCAAACCAAATTTCAAAT-------------G-AAA-ATATTTGTTA------ATTAA----C-A---CGCC-GCA---------------TACACAG--GGCTGTGATGT--ACACA-TG--ACTGT-A-A--TTAACAAGCAGTT-------GT-AATTAACATACCG-CTGTACATAG-CACTG---TGCTTAGATATAAGTATTTAA-AACTGTG---TTAAGtaacatgctactgtaaataacac
gi|7 : A-TT--------------GCAATA----------------------CAGATA-------TTAAAA--GATTTAATTAGC-AAGTAAAA---TGATGTTCAAT-CAGGCACAAATA--A-ACA-A--AGT-----CATCTCTT--C-TGTCAAT-A---C-AC----ACCA-----CCAAC-------------AC--T-TTA---G-TA------ATTAATTATC-ATA-CCTCTGTAA------------T-TA-AC-----ATTGT-----------------AT--T-ATG--T--AAACCTA-----------T-AATTAACA---CT-GTGTATAT----AT-A---TG--------TAG----TTGA-TCCAGTGTTTTAGATC----TCTAATT----AACAGGATGTTTTGACC-AGTA-ATTAACACCATGTTTAGa
gi|10 : taaT--------------CA-ATA----------AAA--TACTAAAC-GGC-A-GAGAGAGACTAATGTTCAAT-CAGGT-AAAACACAA-A-ACA--A-T----ATATGT------ATG-TAA-TA---CTAT----GTCA-----TAAACAGGCGGTAATTGTACACT-GCG---G--A------ATTAA----C-AAG-TA-CTGTAA------------Tatgtgcaattaacaa
gi|12 : tagaaaaacactagcactctagtgtgaattcgtttacccaaattgactgatgtttggcctaataaacagatttataACGAAAC-AAC-A-GTGAGAGACTAATGTTTAAT-CAGTT-AAGACACCA-ACACA--AGT----ACATTT-------TATTA---A---C-AC----ATCA-----CACA--------------ACAGA-ACT---G-TA------ATTAA----CAAAA-CA-CTGTAATTAACAAACTACTATACATAA--CATTG---TGTTTAGACA-TGTAAT--T-A-A--T--A-ATGT-GTAGAGCCGTGT-AATTAACACtaacaagctatattaatatc
gi|17 : acaAGAGACTAATGTTCACT-CAGTTAAACCCAAAA-ACACA--AGT----ACATGTA----tt
gi|13 : A---C-AC----ATCA-----CAAAC-------------ACAGG-GTT---G-TA------AATAA----C-AAGACA-CTATAA------------TTTACA-AGCCAA-TGT-------A---------AT--T-A-G------CAAGCAGTT-------TT-AATTAACATATTC-CTGCAAATGG-C--GC---TG--------TGA----TTAG-------A---TA----TA--TGTAATTTTAAAACACTGTT--GAGCTG-TGTA-ATTAACACTGCGTTTAagtt
gi|12 : CA-----CCAAC-------------ACA-----A---G-TACATTTTATTAA----C-A---CATC----A------------CACA-ACAG--AACTGT--AATTAACAAAAC---AC--T--------------------------GT-AATTAACA-AACTACTATACA------------------------------TAA-CATTGTG---TTTAGACA--TGTAATT----AATAATGTGTAGAGCCG-TGTA-ATTAACACT
gi|7 : acaacgaaacaacagtgagagactaatgtttaatcagttaagaACACA-CC--AC--C-A-A--C--AC-TTTAGTA-------ATTAATTATCATACCT-CTGTA-ATTAACAT-----TG--------TA-----TTA-------TG---TAAACCTA--T--AATT----AACACTGTGTATATATA-TGTA-GTTGATCCAGTGTTTt
gi|8 : taaattgcaatacagatattaaaagatttaattagcaagtaaaatgatgttcaatcaggcacaaataaacaaagtcatctcttctgtcaatTGTACA----CATGAC--TG--------TAA----TTAA-CA-----------AGC-AGTTGTAATT----AACA---TACCG----C-TGTACATAG-CACTGTGCTTAGtagatctctaattaacaggatgttttgaccagtaattaacaccatgtttagatgtgcaattaacaa
gi|16 : tattgacatagtaatgcaattactaaatagcagtgagtatgtaatgttcaatcagtttaacacaaaaacgattcatgttttattccctcactcaaaccaaatttcaaatgaaaatatttgttaattaacacgccgcatacacagggctgtgaG---TG--------TAA----TTAG-CAC--TG---TAGAACTG--TGTGATT----AACACTGTGatataagtatttaaaactgtgttaaga
gi|16 : tgcatacatatttaaccaatcacctagagct--------TAA----CCAATCACC------TAGAGCTG--TGTAATT----AGCACTGT--AGA-ACTGTGTG-ATTAACACTGTGgt
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): ACACATATCAAATATAGGGTTGCAAACAAATAAATATACATGTAATTAGGAATCAACTGTAATTAACAAGCTCTTGTATATAACGTTGTTTCGATAT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 11 111 1111 22222222222222 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 111111111 1111111 111111111111 111111111 1111 4444444444444444444444444444444444444444444444444 22222222 111111 111 1 111111111 9999999999999999999999999999999999999999999 111111111 11 44444444444 111 333333333333333333333333333 1 11111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 33333333333333 1111
lowQualScore : 6 11 4 44 555 222 5 3 44 8888 44 33333333333333 3 3 66666 99 99999 555 55 6 888888888 3 55 1 666 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 55 4 222222222 4 777 4 66 2222222 4 4 4 8888 8888 8888 999999999999 4 8888 66 55 4 4 55 222222222 1111 99999 3 3 4444444444444444444444444444444444444444444444444 777 3 55555555 555555 555 2 3 3 222222222 7777 77 3333333333333333333333333333333333333333333 888 1 4 777777777 4 4 1 0 4 3 11 5 4 55 99999 44444444444 1 111 0 777 777 888888888888888888888888888 8 3 55555 4 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 33333333333333 0000 7 666
lowQualScore : . .. . .. ... ... . . .. .... .. .............. . . ..... .. ..... ... .. . ......... . .. . ... ............................................................................................ .. . ......... . ... . .. ....... . . . .... .... .... ............ . .... .. .. . . .. ......... .... ..... . . ................................................. ... . ........ ...... ... . . . ......... .... .. ........................................... ... . . ......... . . . . . . .. . . .. ..... ........... . ... . ... ... ........................... . . ..... . .......................................................................................... .............. .... . ...
lowQualScore : 8 00 0 66 666 333 2 3 66 8888 66 22222222222222 3 3 33333 22 11111 888 88 7 444444444 6 00 0 444 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 55 0 333333333 4 444 4 11 9999999 0 0 0 5555 5555 5555 444444444444 0 5555 33 55 0 0 55 777777777 2222 11111 6 6 1111111111111111111111111111111111111111111111111 111 1 88888888 000000 444 5 3 7 000000000 7777 22 7777777777777777777777777777777777777777777 999 0 4 888888888 4 4 9 6 0 0 88 0 0 55 33333 44444444444 4 000 1 888 888 777777777777777777777777777 9 3 66666 4 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 00000000000000 6666 8 888
consensus : AGTCAAAGTTA--GT-CCACAACA--GA--NTG--TGTAC-A--TAG----AT--AAT----T----A----G-T-AAC--A--CAG--TCAA-A---T---TA-GT-C----C----AC-A--ACA---GATTGT----A------------TA--C--AT--A---AA-T------AA----TT--A---------GTA-ACAC---------G-TC-A-------AA--T-TA-----G---TC-CACGA-A-AG--A--T----TG-TACA-T-A----G----ATA----A----T-T-----AGT-AA----CACA-G--TCAA-A-TT--AGT-C--C----ACAA-A--AG-----A-T-TGTACA-----T-AG---ATAGA-T-A--------TA-A----GTA-------A--CACGGTC-------CAAT-TA---GTCA-CANTA-AGATTG---A--TA-AT-ACTT-TATT--------------G-AACAT-A---GT--------------CAGATAT--AANTACTAAAC-A---------GC-A-GTGAGAGACTAATGTTCAAT-CAGTTAAANACACAA-ACACA--AGT----ACATGTA----CATGTTAATTAC---ACATCA---CAAA---CACAGG-G------CNGT---------------AATTAAC-AAG-CA-----CTGTAAT-TA-ACA-AACTGN----TGT--ACAC---------AC-ACT--A-GT--ACAAGTAG-T-GTAATTAACATANCGCTGTACA--T-CAC-G-TGTAATTAA-C-A---C-GTG--TAGAGCTGTGTAATT----AACACTGTGTAGAGNTGTGTAATTAACACTGTGTTTAG
Reference ( family-1552 ) : AGTCAAAGTTA--GT-CCACAACA--GA--NTG--TGTAC-A--TAG----AT--AAT----T----A----G-T-AAC--A--CAG--TCAA-A---T---TA-GT-C----C----AC-A--ANA---GATTGT----A------------TA--C--AT--A---AA-T------AA----TT--A---------GTA-ACAC---------G-TC-A-------AA--T-TA-----G---TC-CACGA-A-AG--A--T----TG-TACA-T-A----G----ATA----A----T-T-----AGT-AA----CACA-G--TCAA-A-TT--AGT-C--C----ACAA-A--AG-----A-T-TGTANA-----T-NG---ATAGA-T-A--------TA-A----GTA-------A--NACGGTC-------CAAT-TA---GTCA-CACTA-AGATTG---A--TA-AT-ACTT-TATT--------------G-AACAT-G---GT--------------CAGATAT--AANTACTAAAC-A---------GC-A-GTGAGAGACTAATGTTCAAT-CAGTTAAANACACAA-ACACA--AGT----ACATGTA----CATGTTAATTAC---ACATCA---CAAA---CACAGG-G------CNGT---------------AATTAAC-AAG-CA-----CTGTAAT-TACACAGAACTGT----TGT--ACAC---------AC-ACT--A-GT--ACANGTAG-T-GTAATTAACATACCTCTGTACA--T-CAT-G-TGTAATTAA-C-A---C-GTG--TAGAGCTGTGTAATT----AACACTGTGTAGAGACNTGTAATTAACACTGTGTTTAG
gi|1 : AGTCAAA-TTA--GT-CCACAACA--GA--TTG--TGTAC-A--TAG----AT--AAT----T----A----G-T-AAC--A--CAG--TCAA-A---T---TA-GT-C----C----AC-A--TAA---GATTGT----G------------TA--C--AT--A---AA-T------AA----TT--A---------GTA-ACA----------G-TC-G-------AA--T-TG-----G---TC-CACTA-A-AG--A--T----TG-TACA-T-A----G----ATA----A----T-T-----AGT-AA----CACA-G--TCTC-G-TT--AGT-T--C----ACAA-G--AG-----A-T-TGTAAA-----T-TG---ATAGA-TGA--------TA-A----GTA-------A--AACAGTC-------CAAT-TA---GTCATCACTA-AGACTG---A--TA-AT-ACTC-TATT--------------G-AATAT-G---GT--------------CAGATAT--AAATACTAAAC-A---------GC-A-GTGAGAGCCTGGTGGTCAAT-CAGTTAAAAACACAA-ACACA--AGT----ACATGTA----CATGTTAATTAC---ACACCA---CAAA---CACAGA-G------CAGT---------------AATTAAC-AAG-CAC----CTGTAATGTACACAGAATTGT----TGTTGACAC---------AC-ACT--A-GT--ACATGTAG-TAGTAATTAACACAGCTCTGTACATTT-CATGG-TGTAATTAA-C-AC--C-GTG--TAAAGCTATGTAATT----AACATTGTGCAGAGACCTGTAATCGACACTGTGTTTAG
gi|10 : T--------------CA-ATA---AAATACTAAAC-G---------GC-A-GAGAGAGACTAATGTTCAAT-CAGGTAAA-ACACAA-A-ACA--A-T----ATATGT------ATG-TAA-TACT--ATGTCA---TAAA---CA---G-G------CGGTAATTGTACACTGCGGAATTAAC-AAG-TA-----CTGTAAT-TA-ACA
gi|11 : tagaaaaacactagcactctagtgtgaattcgtttacccaaattgactgatgtttggcctaataaacagatttataAAT-TA---GT-A-CAGTA-AAATTA---A--TA-CT-GTTT-TATT--------------A-AACAT-AACTGTACTGATATTTTAACTAGATAT--AATTACTAAA-----------------------GACTAATGTTCACT-CAGTTAAACCCAGAA-ACACA--AGT----ACATGTA----------AGTTAC---ACATCA---CAAA---CACAGG-G------CTGT---------------AATTAACGAGG-CA-----CTGTAAT-TA-ACAagctatattaatatc
gi|12 : tagtACGAAAC-A---------AC-A-GTGAGAGACTAATGTTTAAT-CAGTT-AAGACACCA-ACACA--AGT----ACATTT-------TATTA---AC---ACATCA---CACA----ACAGA-A------CTGT---------------AATTAACAAAA-CA-----CTGTAAT-TA-ACA-AACTAC----TAT--ACAT---------A-------------ACA--TTG-T-GT--TTAG-----------ACA----------TGTAATTAA-TAA---T-GTG--TAGAGCCGTGTAATT----AACACTtgctactgtaaataacac
gi|13 : acaAC---ACATCA---CAAA---CACAGG-G------TTGT---------------AAATAAC-AAGACA-----CTATAAT-T-TACA-AGCCAA----TGT--A---------------ATT--A-G----CAAGCAGTT-TTAATTAACATATTCCTGCAAA--T-GGC-GCTGTGAT-----------------TAGATATATGTAATTTTAAAACACTGT-T-GAGCTGTGTAATTAACACTGCGTTTAt
gi|15 : TTA--AT-CCTCAACA--GA--TTG--T--AC-A--TAG----AT--AAT----A----A----G-T-AAC--A----G--TCAA-A---T---TA-GT-C----C----GC-A--ACA---TATTGC----A------------TA--T--AG--A---AA-G------AA----
gi|15 : AGTCAAA-TTA--GT-CCGCAACA--TA--TTGCATATAG-A--AAG----AA--AAT----------------T-AAC-----CAG--T----A---C---TA-GT-aattaaccagtactagt
gi|16 : ttaatcctcaacagattgtacatagataataagtaacTGCA--TACAT-A-TTTAACCAATC-A---C-CT----AGAGCTGTGTAATT----AGCAC--TGTAGAACTGTGTGATTAACACTGTG
gi|17 : AGAGACTAATGTTCACT-CAGTTAAACCCAAAA-ACACA--AGT----ACATGTA----gt
gi|2 : ----TG-TACA-T-A----G----ATA----A----T-TTTTGCAGTCAAATTTCAC--G--TCAA-AGTT--AGT-C--C----GCAA-C--AGTGAGTG-T-TGTACA-----A-AA---ATAAA-agtt
gi|2 : caattgatccGTCAAAGTTA--GT-CCGCAACAGTGA--GTGT-TGTAC-A--AAA----ATAAAAT----TAAAGA----A-TGAACGAA--CAG--TCAATAAACT---TA-GTAC----C----AC-A--ACA---GATGAT----T------------TA--C--TT--ATCCAA-T------AACAATTT--GAAGCTAGTTGTA-ACACAA-------G-TC---------AA--T-TA-----G---TC-CACGACA-AG--A--TG---TG-TACATT-A----G----ATA----A----TAG-----AGT-AA----CACA-G--TCAATA-TT--AGTAC--C----ACAA-AC-AA-----A-T-TGCATATT---T-AGACCATAAATT-AACCAATACTA-A----GTACCGCCTGA--AGTGATC-------GACTGTA---GT-A-TACTATAGA-TG---ACGTG-AA-ATTT-TGTTTTGACTAATATACAG-AATATAG---GA--------------TAGGTAG--GGATAATAAAC-ATACTAAACAGCCA-GTGAGAGACTATGGGTCAATGCAGTTGAAGACACAGCATACAGCAGTGTGGACATGTG----CA-AATGATTAC---Aattaaagaatgaacgaacagtcaataaacttagtaccacaacagatgatttacttatccaataacaatttgaagctagttgtaacacaagtcaattagtccacgacaagatgtgtacattagataatagagtaacacagtcaatattagtaccacaaacaaattgcatatttagaccataaattaaccaatactaagtaccgcctgaagtgatcgactgtagtatactatagatgacgtgaaattttgttttgactaatatacagaatataggataggtagggataataaacatactaaacagccagtgagagactatgggtcaatgcagttgaagacacagcatacagcagtgtggacatgtgcaaatgattaca
gi|3 : caattgatcctgtacatagataatttttgcagtcaaatttcacACG--GA--CTA--TTTGC-AATTGG----AT--AATACTTT----ATCACA-T-AAA--A--CAA--TTAC-A---TAAATA-CT-T----C----AC-A--ATAACTGATT-T----A------------CATTC--ATCAA---AG-T------AT----TT--T---------G-A-ACA----------A-TCTA-------CA--T-TC-----A---TT-TA----A-AA--A--T----TG-CATA-T-A----G----AAA----AATCCC-T-----AGT-AA----CACA-G--TCAG-T-TT--AGT------------------A-----A-T-TGT--------T------ACAG--T-A--------AA-A----TTG-------A--TACTGTT-----------------GT----ACTA-A-AC-----A--TA-AT-ACTGATATT--------------GGAAC-----------------------TAGATAT--AATGACTACAC-A---------GC-A-GGGAGAGACTAATGTCCACT-CAGTTGAACCCAGAA-ACACA--AGT----ACATGTAAAGGCATGTAAGTTAC---ACAACA---CAAA---CACAGGTG------CA-T---------------AATTAAC-AAGTCA-----CTGTAAT-TA----------------------AC---------AT-ACT--G-AT-------------GTAAATAACATTCAGCT-TA-A-----AT-A-TGTAATTAG-T-A---T-TT---TAGAGCCCTGTAGTT----AACACTGTGTAGAGCTGTGCAATTAACACTGTG
gi|3 : A-A--AA-----A-T-TGCATA-----T-AG---AAAAA-T-C--------CCTA----GTA-------A--CACAGTCAGTTTAGTAAT-T----GTTA-CAGTA-AAATTG---A--TA-CT-GTTG-TACT--------------A-AACAT-A---ATACTGATATTGGAACTAGATAT--AATGACTACAC-A---------GC-A-GGGAGAGACTAATGTCCACT-CAGTTGAACCCAGAA-ACACA--AGT----ACATGTAAAGGCATGTAAGTTAC---ACAACA---CAAA---CACAGGTG------CA-T---------------AATTAAC-AAGTCA-----CTGTAAT-TA-ACAT-ACTGA----TGT--AAATA--------AC-ATTC-A-GC--TTAAATA--T-GTAATTAGTAT-----TTTAGA--G-C-C-C-TGTAGTTAA-C-A---CTGTG--TAGAGCTGTGCAATT----AACACTGTGat
gi|4 : acggactatttgcaattggataatactttatcacataaaacaattacataaatacttcacaataactgatttacattcatcaaagtattttgaacaatctacattcatttA--GA--TTG--T-----A--CAG----AT--AAT----T----A----G-T-AAC--A--CAA--TCAA-T---T---TA-GT-C----C----AT-A--AAA---AATTGT----A------------TA------T--A---GA-T------AA----TT--A---------GTA-ACAC---------GCTC-A-------CA--T-TA-----C---TC-CACGT-A-AG--A--T----TG-TATA-T-A----G----ATAGATTA----T-C-----AAT-GA----CACA-G--TCGA-A-TT--AGT-C--C----ACAA-A--AG-----A-T-TTTATA-----T-AG---ATAGA-TAA--------TT-A----GTG-------A--CACGGTC-------AAAT-AA---GTCat
gi|4 : AATTTA--GT-CCATAA-A--AA--AT---TGTAT-A--TAG----AT--AAT----T----A----G-T-AAC--A--CGC--TCAC-A---T---TA-CT-C----C----AC-G--TAA---GATTGT----A------------TA--TAGAT--A---GA-T------TA----TC--A---------ATG-ACACA--------G-TC-G-------AA--T-TA-----G---TC-CACAA-A-AG--A--TTTTATA-TAGA-T-A----G----ATA----A----T-T-----AGT-GA----CACG-G--TCAA-A-TA--AGT-C--CATATATAA-A--AG-----A-C-GGTACAAAATGT-C----ATGTA-T-A--------TA-A----ATA-------A--catatataaaagacggtacaaaatgtcatgtatataaataattaggtatacagtcaagtacgtcaaaaaaaaaattgtagatagacaattagtatcacaatcaaaagagtccataaaagattgtattaattagataattagtttgtccacaaaagaggatataagatttataa
gi|4 : agattgtacagataattagtaacacaatcAGTCGAA-TTA--GT-CCACAAAA--GATTTTA--TATAG-A--TAG----AT--AAT----T----A----G-T-GAC--A--CGG--TCAA-A---T---AA-GT-C----CATATAT-A--AAA---GACGGT----ACAAAATGTCATGTA--T--AT--A---AA-T------AA----TT--AG--------GTATACA----------G-TC-A-------AG--T-AC-----G---TCAAAAAA-A-AA--A--T----TG-TAGA-T-A----G----ACA----A----T-T-----AGT-AT----CACA-A--TCAA-A-AG--AGT-C--C----ATAA-A--AG-----A-T-TGTAT------T-AA---TTAGA-T-A--------ttaggtatacagtcaagtacgtcaaaaaaaaaattgtagatagacaattagtatcacaatcaaaagagtccataaaagattgtattaattagataattagtttgtccacaaaagaggatataagatttataa
gi|5 : agattgtacagataattagtaacacaatcaatttagtccataaaaaattgtatatagataattagtaacacgctcacattactccacgtaagattgtatatagatagattatcaatgacacGTCAAA-TTA--GTACCACAACA--AG--GTA--TGTACAA--TAAGC--AT--AAT----T----A----GAT-AAC--A--CAG--TCAATG---T---AA-GTGC----C----AC-AACACA---GATTGTAC--A------------TA--C--AT--A---ACTT------TA----TTTGA---------GTA-A-AC---------G-CC-AACAGATCAA--T-TA-----GTGATC-CAC-A-A-CA--A--T----TG-TACA-T-AGGAGG----ATA----A----T-T-----AGT-AA----CAC--G--TCAA-A-TTACATT-CGGC----ACAA-AACAG-----ATT-TGTACA------------GTAGA-A-AT-------TA-A----GGA-------A--CA-AGTC-------CAAT-attagtttgtccacaaaagaggatataagatttataa
gi|6 : gataatgtagtaaaacagGTCAAAGTTATAGT-CCACAACA--GA--GTC--TGTAC-A--TAGTAATAT--GAT----CG---G----G-T-AAC--A--CAGGTTCAA-A---T---TA--T-C----T----AC-A--ACA---GATTGCA---A------------TAG-G--AT--C---AA-TTGA---AG----TT--A---------GCC-ACA----------G-TC-AC------AA--T-TAAAGGGG---TC-CACGA-ACAGGTA--C----TGTTACA-TAA----G----ATA----A----TGT-----AGT-AA----AACAGG--TCAA-A-TT--AGTAC--C----ACAACA--AG-----G-TATGTACA------------ATAAG-C-A--------TA-ATTAGATA-------A--CACAGT--------CAATGTAAGTGCCA-CAACACAGATTGTACA--TACATAACTT-TATT--------------atgagtgcttcggcctcattcgcacaaaccagatttgtacatcaactgtaatttagtactacaatgttctcgagttaca
gi|7 : --------------CAGATATTAAAAGATTTAATTA---------GC-AAGTAAAA---TGATGTTCAAT-CAGGCACAAATA--A-ACA-A--AGT-----CATCTCTT--C-TGTCAAT-AC---ACACCA---CCAA---CAC--T-T------TAGT---------------AATTAAT-TAT-CATACCTCTGTAAT-TA-ACA---TTGTATTATGT--AAACCTATAATTAAC-ACT--GTGT--ATATATA--T-GTAGTTGATCCAGTGTTTTAGA--T-C-----TCTAATTAA-C-AGGAT-GTT--TTGACCAGT--AATT----AACACCATGTTTAGATGTGCAATTAACAtgagta
gi|8 : taaattgcaata-TATT--------------G-A-CAT-A---GT----------------AATGC--AATTACTAAAT-A---------GC-A-GTGAGTATGTAATGTTCAAT-CAGTTTAA--CACAA-AAACG--ATT-----CATGT---------TTTATTCCCTCAC-TCAAACCAAATTTCAAATG-AAAATATTTGTT--------------AATTAAC-A---CG-----CCGCA---TACACAGGGCTGTGA--TGT--ACAC---------ATGACTGTA-ATTAACAAGCAG-TTGTAATTAACATACCGCTGTACA----------------TAG-C-A---CTGTGCTTAGATATAAGTATTT----AAAACTGTGTTAAGAa
gi|9 : AGTCAACAT-A--GT-CCACAAAA--GA--GTT--ATTAT-A--TAG----AG--AAT----T----A----G-T-AAC--CGCCAT--TCAT-T---T---TATGT-TTGCGC----ACCA--ACA---GATTGTCACAA------------TA--C--GA--AC--AA-TTTCACGAA----TT--A---------ATA-TAATTTATCTGTAG-TC-A-------AAGTTATA-----G---TC-CACAA-C-AG--AGTC----TG-TACA-T-A----GTAATATG----A----T-CG----GGT-AA----CACA-GGTTCAA-A-TT--A-T-C--T----ACAA-C--AG-----A-T-TGCA-A-----TAGG---ATCAA-T-T--------GA-A----GTT-------AGCCACAGTCA------CAAT-TA---
gi|9 : cAGTCAAAGTTATAGT-CCACAACA--GA--GTC--TGTAC-A--TAGTAATAT--GAT----CG---G----G-T-AAC--A--CAGGTTCAA-A---T---TA--T-C----T----AC-A--ACA---GATTGCA---A------------TAG-G--AT--C---AA-TTGA---AG----TT--A---------GCC-ACA----------G-TC-AC------AA--T-TA-----
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): ACACATATCAAATATAGGGTTGCAAACAAATAAATATACATGTAATTAGGAATCAACTGTAATTAACAAGCTCTTGTATATAACGTTGTTTCGATAT
Alignments
lowQualScore : 1 11 11111111 1111 22222222222222 2222222222222 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 111111111 1111 111111111111 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 111 1 111111111111 1111 22222222222222 99999999999999999999 2222222222 11111 4444444444 3333333333333333333333333333 22222 1111111111111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 333333333333 1111
lowQualScore : 6 11 4 44 555 33333333 3 44 7777 44 00000000000000 3 3 55555 88 88888 555 44 6 7777 3 2222222222222 555 3 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 55 3 000000000 4 6 4 4 55 55 1111 3 55 3 7 7777 7777 7777 666666666666 3 7777 77 55 444 55 7 55 8888 9999 99999 444 4 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 66 999999 444 6 1 1 7 555555555555 0000 99999999999999 1 00000000000000000000 77 77 66 5555555555 5 5 0 4 2 6 3 4 0 66 11111 5555555555 111 777 4 888 888 0 2222222222222222222222222222 99999 00000 4 8 7777777777777 66 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 666666666666 888 4444 1 9 1
lowQualScore : . .. . .. ... ........ . .. .... .. .............. . . ..... .. ..... ... .. . .... . ............. ... . .................................................................................... .. . ......... . . . . .. .. .... . .. . . .... .... .... ............ . .... .. .. ... .. . .. .... .... ..... ... . ....................................................................... .. ...... ... . . . . ............ .... .............. . .................... .. .. .. .......... . . . . . . . . . .. ..... .......... ... ... . ... ... . ............................ ..... ..... . . ............. .. ....................................................................... ............ ... .... . . .
lowQualScore : 8 00 0 22 222 00000000 1 22 3333 22 00000000000000 1 1 11111 55 88888 444 66 2 1111 3 9999999999999 888 3 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 00 6 222222222 0 4 0 0 55 55 4444 6 00 6 3 7777 7777 7777 000000000000 6 7777 11 00 222 00 3 55 5555 0000 11111 111 1 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11 000000 444 7 0 4 1 666666666666 6666 44444444444444 7 00000000000000000000 99 99 77 2222222222 0 0 2 4 7 9 9 4 1 11 33333 7777777777 111 888 4 888 888 1 3333333333333333333333333333 99999 00000 4 9 9999999999999 99 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 555555555555 999 2222 7 8 0
consensus : AGTCAAAGTTA--GT-CCACAACA--GA--NTG--T---GTAC-A--TAG----AT--AAT----T----A----G-T-AAC--A--CAG--TCAA-A---T---TA-GT-C----CAC-A-------------ACA---GA-TTG---T----ATA--C--AT--A---AA-T------AA----TT--A---------GTA-ACAC---------G-TC-A-------AA--T-TA-----G---TC-CACGA-A-AG--A--T----TG-TAC--A-T-A----G----ATA----A----T-T-----AGT-AA----CACA-G--TCAA-A-TT--AGT-C--C----ACAA-A--AG-----A-T-TGTACA--TA-G----ATAAA--T-A--------T--A-A----G--T-AA--C--AC-------AGTCA------CAA--T-TA---GT--CA-CANTA-AGATTG---A--TA-AT-GCTT----TATT--------------GAACATA---GTA-------------TAGAT--AT--AAN-TACTAAAC---------AG-CA-GTGAGAGACTAATGTTCAAT-CAGTTAAANACACAA-ACACA--AGT----ACATGTA----CATGTTAATTA---C-ACATCA---CAAA---CACAGG-G------CNG-T---------------AATTAAC-AAG-CA-----CTGTAAT-TA-ACA-AGC--TGN----TGT--ANAC---------AC-AC--T-A-GT--ACAAGTAG-T-GTAATTAACATA-C-CTGTANA--T--CAC-G-TGTAATTA---AC-A---C-GTG--TAGAGCTGTGTAATT----AACACTGTGTAGAGNTGTGTAATTAACACTGCGTTTAG
Reference ( family-1552 ) : AGTCAAAGTTA--GT-CCACAACA--GA--NTG--T---GTAC-A--TAG----AT--AAT----T----A----G-T-AAC--A--CAG--TCAA-A---T---TA-GT-C----CAC-A-------------ACA---GA-TTG---T----ATA--C--AT--A---AA-T------AA----TT--A---------GTA-ACAC---------G-TC-A-------AA--T-TA-----G---TC-CACGA-A-AG--A--T----TG-TAC--A-T-A----G----ATA----A----T-T-----AGT-AA----CACA-G--TCAA-A-TT--AGT-C--C----ACAA-A--AG-----A-T-TGTACA--TA-G----ATAGA--T-A--------T--A-A----G--T-AA--C--AC-------GGTC-------CAA--T-TA---GT--CA-CANTA-AGATTG---A--TA-AT-ACTT----TATT--------------GAACATA---GT--------------CAGAT--AT--AAN-TACTAAAC---------AG-CA-GTGAGAGACTAATGTTCAAT-CAGTTAAANACACAA-ACACA--AGT----ACATGTA----CATGTTAATTA---C-ACATCA---CAAA---CACAGG-G------CNG-T---------------AATTAAC-AAG-CA-----CTGTAAT-TA-ACA-AAC--TGN----TGT--ACAC---------AC-AC--T-A-GT--ACAAGTAG-T-GTAATTAACATANCGCTGTACA--T--CAC-G-TGTAATTA---AC-A---C-GTG--TAGAGCTGTGTAATT----AACACTGTGTAGAGNTGTGTAATTAACACTGTGTTTAG
gi|1 : AGTCAAA-TTA--GT-CCACAACA--GA--TTG--T---GTAC-A--TAG----AT--AAT----T----A----G-T-AAC--A--CAG--TCAA-A---T---TA-GT-C----CAC-A-------------TAA---GA-TTG---T----GTA--C--AT--A---AA-T------AA----TT--A---------GTA-ACA----------G-TC-G-------AA--T-TG-----G---TC-CACTA-A-AG--A--T----TG-TAC--A-T-A----G----ATA----A----T-T-----AGT-AA----CACA-G--TCTC-G-TT--AGT-T--C----ACAA-G--AG-----A-T-TGTAAA--TT-G----ATAGA--TGA--------T--A-A----G--T-AA--A--AC-------AGTC-------CAA--T-TA---GT--CATCACTA-AGACTG---A--TA-AT-ACTC----TATT--------------GAATATG---GT--------------CAGAT--AT--AAA-TACTAAAC---------AG-CA-GTGAGAGCCTGGTGGTCAAT-CAGTTAAAAACACAA-ACACA--AGT----ACATGTA----CATGTTAATTA---C-ACACCA---CAAA---CACAGA-G------CAG-T---------------AATTAAC-AAG-CAC----CTGTAATGTACACAGAAT--TGT----TGTTGACAC---------AC-AC--T-A-GT--ACATGTAG-TAGTAATTAACACAGCTCTGTACATTT--CATGG-TGTAATTA---AC-AC--C-GTG--TAAAGCTATGTAATT----AACATTGTGCAGAGACCTGTAATCGACACTGTGTTTAG
gi|10 : -AAATTG---AC-TG-AT-GTTTGGCCTAAT--------------AAACAGA---TT--------------TATATCAAT--AAAATACTAAAC---------GG-CA-GAGAGAGACTAATGTTCAAT-CAGGTAAA-ACACAA-A-ACA--A-T----ATATGT------ATG-TAA-TA---CTATGTCA---TAAA---CA---G-G------CGG-TAATTGTACACTGCGGAATTAAC-AAG-TA-----CTGTAAT-TA-ACA-AGC--T
gi|11 : tagaaaaacactagcactctagtgtgaattcgtttacccAA--T-TA---GT---A-CAGTA-AAATTA---A--TA-CT-GTTT----TATT--------------AAACATAACTGTACTGATATTTTAACTAGAT--AT--AAT-TACTAAA----------------------GACTAATGTTCACT-CAGTTAAACCCAGAA-ACACA--AGT----ACATGTA----------AGTTA---C-ACATCA---CAAA---CACAGG-G------CTG-T---------------AATTAACGAGG-CA-----CTGTAAT-TA-ACA-TGC--TAC----TGT--AAATA--------AC-AC--atattaatatc
gi|12 : tagtACGAAAC---------AA-CA-GTGAGAGACTAATGTTTAAT-CAGTT-AAGACACCA-ACACA--AGT----ACATTT-------TATTA---A---C-ACATCA---CACA----ACAGA-A------CTG-T---------------AATTAACAAAA-CA-----CTGTAAT-TA-ACA-AAC--TAC----TAT--ACAT---------A--------------ACA--TTG-T-GT--TTAG--------------------AC-A-TGTAATTA---ATAA---T-GTG--TAGAGCCGTGTAATT----AACACT
gi|13 : acaA---C-ACATCA---CAAA---CACAGG-G------TTG-T---------------AAATAAC-AAGACA-----CTATAAT-TT-ACA-AGC--CAA----TGT--A---------------AT--T-A-G----CAAGCAGTT-TTAATTAACATATTCCTGCAAA--T--GGC-GCTGTGAT-------------------TAGATATATGTAATTTTAAAACACTGT-T-GAGCTGTGTAATTAACACTGCGTTTAt
gi|14 : G-T---------------AATTAGG-AAT-CAA----CTGTAAT-TA-ACA-AGC--TCT----TGT--ATAT---------A
gi|15 : acacatatcaaatatagggttgcaaacaaataaatatacatTTA--AT-CCTCAACA--GA--TTG--T-----AC-A--TAG----AT--AAT----A----A----G-T-AAC--A----G--TCAA-A---T---TA-GT-C----CGC-A-------------ACA---TA-TTG---C----ATA--T--AG--A---AA-G------AA----acgttgtttcgatat
gi|15 : AGTCAAA-TTA--GT-CCGCAACA--TA--TTGCAT---ATAG-A--AAG----AA--AAT----------------T-AAC-----CAG--T----A---C---TA-GT-aattaaccagtactagt
gi|16 : ttaatcctcaacagattgtacatagataataagtaac--TAGAGCTGTGTAATT----AGCAC--TGTAGAACTGTGTGATTAACACTGTG
gi|17 : tgcatacatatttaaccaatcaccAGAGACTAATGTTCACT-CAGTTAAACCCAAAA-ACACA--AGT----ACATGTA----gt
gi|2 : ----TG-TAC--A-T-A----G----ATA----A----T-TTTTGCAGTCAAATTTCAC--G--TCAA-AGTT--AGT-C--C----GCAA-C--AGTGAGTG-T-TGTACA--AA-A----ATAAA----A--------TTAA-A----GAATGAA--CGAAC-------AGTCAA-----TAAACT-TA---GTACCA-CAAC--AGA-TG---A--T--TT-ACTT----agtt
gi|2 : caattgatccGTCAAAGTTA--GT-CCGCAACAGTGA--GTGT-T---GTAC-A--AAA----ATAAAAT----TAAAGA----A-TGAACGAA--CAG--TCAATAAACT---TA-GTAC----CAC-A-------------ACA---GA-TGA---T----TTA--C--TT--ATCCAA-T------AACAATTT--GAAGCTAGTTGTA-ACACAA-------G-TC---------AA--T-TA-----G---TC-CACGACA-AG--A--TG---TG-TAC--ATT-A----G----ATA----A----TAG-----AGT-AA----CACA-G--TCAATA-TT--AGTAC--C----ACAA-AC-AA-----A-T-TGCATATTTA-GACC-ATAAAT-T-AACCAATACT--A-A----G--T-AC--C--GCCTGAAGTGATC-------GAC--TGTA---GT---A-TACTATAGA-TG---ACGTG-AA-ATTT----TGTTTTGACTAATATACAGAATATA---GGA-------------TAGGT--AG--GGA-TAATAAACATACTAAACAGCCA-GTGAGAGACTATGGGTCAATGCAGTTGAAGACACAGCATACAGCAGTGTGGACATGTG----CA-AATGATTA---C-Aatccaataacaatttgaagctagttgtaacacaagtcaattagtccacgacaagatgtgtacattagataatagagtaacacagtcaatattagtaccacaaacaaattgcatatttagaccataaattaaccaatactaagtaccgcctgaagtgatcgactgtagtatactatagatgacgtgaaattttgttttgactaatatacagaatataggataggtagggataataaacatactaaacagccagtgagagactatgggtcaatgcagttgaagacacagcatacagcagtgtggacatgtgcaaatgattaca
gi|3 : caattgatcctgtacatagataatttttgcagtcaaatttcacACG--GA--CTA--T---TTGC-AATTGG----AT--AATACTTT----ATCACA-T-AAA--A--CAA--TTAC-A---TAAATA-CT-T----CAC-A-------------ATAACTGA-TT----T----ACATTC--ATCAA---AG-T------AT----TT--T---------G-A-ACA----------A-TCTA-------CA--T-TC-----A---TT-TA----A-AA--A--T----TG-CAT--A-T-A----G----AAA----AATCCC-T-----AGT-AA----CACA-G--TCAG-T-TT--AGT-
gi|3 : A-A--AA-----A-T-TGCATA--TA-G----AAAAA--T-C--------C--CTA----G--T-AA--C--AC-------AGTCAGTTTAGTAA--T-T----GT--TA-CAGTA-AAATTG---A--TA-CT-GTTG----TACT--------------AAACATA---ATACTGATATTGGAACTAGAT--AT--AAT-GACTACAC---------AG-CA-GGGAGAGACTAATGTCCACT-CAGTTGAACCCAGAA-ACACA--AGT----ACATGTAAAGGCATGTAAGTTA---C-ACAACA---CAAA---CACAGGTG------CA--T---------------AATTAAC-AAGTCA-----CTGTAAT-TA-ACA-TAC--TGA----TGT--AAATA--------AC-AT--TCA-GC--TTAAATA--T-GTAATTAGTAT-----TTTAGA--G--C-C-C-TGTAGTTA---AC-A---CTGTG--TAGAGCTGTGCAATT----AACACTGTGaattgttacagtaaaattgatactgttgtactaaacataatactgatattggaactagatataatgactacacagcagggagagactaatgtccactcagttgaacccagaaacacaagtacatgtaaaggcatgtaagttacacaacacaaacacaggtgcataattaacaagtcactgtaattaacatactgatgtaaataacattcagcttaaatatgtaattagtattttagagccctgtagttaacactgtgtagagctgtgcaattaacactgtgat
gi|4 : acggactatttgcaattggataatactttatcacataaaacaattacataaatacttcacaataactgatttacattcatcaaagtattttgaacaatctacattcatttA--GA--TTG--T--------A--CAG----AT--AAT----T----A----G-T-AAC--A--CAA--TCAA-T---T---TA-GT-C----CAT-A-------------AAA---AA-TTG---T----AT------AT--A---GA-T------AA----TT--A---------GTA-ACAC---------GCTC-A-------CA--T-TA-----C---TC-CACGT-A-AG--A--T----TG-TAT--A-T-A----G----ATAGATTA----T-C-----AAT-GA----CACA-G--TCGA-A-TT--AGT-C--C----ACAA-A--AG-----A-T-TTTATA--TA-G----ATAGA--TAA--------T--T-A----G--T-GA--C--AC-------GGTC-------AAA--T-AA---GT--Cat
gi|4 : AATTTA--GT-CCATAA-A--AA--AT---T---GTAT-A--TAG----AT--AAT----T----A----G-T-AAC--A--CGC--TCAC-A---T---TA-CT-C----CAC-G-------------TAA---GA-TTG---T----ATA--TAGAT--A---GA-T------TA----TC--A---------ATG-ACACA--------G-TC-G-------AA--T-TA-----G---TC-CACAA-A-AG--A--TTTTATA-TAG--A-T-A----G----ATA----A----T-T-----AGT-GA----CACG-G--TCAA-A-TA--AGT-C--CATATATAA-A--AG-----A-C-GGTACA--AA-ATGTCATGTA--T-A--------T--A-A----A--T-AA--catatataaaagacggtacaaaatgtcatgtatataaataattaggtatacagtcaagtacgtcaaaaaaaaaattgtagatagacaattagtatcacaatcaaaagagtccataaaagattgtattaattagataattagtttgtccacaaaagaggatataagatttataa
gi|4 : agattgtacagataattagtaacacaatcAGTCGAA-TTA--GT-CCACAAAA--GATTTTA--T---ATAG-A--TAG----AT--AAT----T----A----G-T-GAC--A--CGG--TCAA-A---T---AA-GT-C----CAT-ATATAAAAGACGGTACA---AA-ATGTCAT----GTA--T--AT--A---AA-T------AA----TT--AG--------GTATACA----------G-TC-A-------AG--T-AC-----G---TCAAAAAA-A-AA--A--T----TG-TAG--A-T-A----G----ACA----A----T-T-----AGT-AT----CACA-A--TCAA-A-AG--AGT-C--C----ATAA-A--AG-----A-T-TGTAT---TA-A----TTAGA--T-A--------ttaggtatacagtcaagtacgtcaaaaaaaaaattgtagatagacaattagtatcacaatcaaaagagtccataaaagattgtattaattagataattagtttgtccacaaaagaggatataagatttataa
gi|4 : agattgtacagataattagtaacacaatcaatttagtccataaaaaattgtatatagataattagtaacacgctcacattactccacgtaagattgtatatagatagattatcaatgacacACA--AA--ATG--TCATGTAT-A--TAA----AT--AAT----T----A----G-G-TAT--A--CAG--TCAA-G---T---AC-GT-C----AAA-A-------------AAA---AAATTG---T----AGA------T--A---GA-C------AA----TT--A---------GTA-TCAC---------AATC-A-------AA--A-GA-----G---TC-CATAA-A-AG--A--T----TG-TATTAA-TTA----G----ATA----A----T-T-----AGT----------------------TT---GT-C--C----ACAA-A--AG-----A----GGATA--TA--------AGATTT-A--------T--A-A----attagtttgtccacaaaagaggatataagatttataa
gi|5 : agattgtacagataattagtaacacaatcaatttagtccataaaaaattgtatatagataattagtaacacgctcacattactccacgtaagattgtatatagatagattatcaatgacacagtcgaattagtccacaaaagattttatatagatagataattagtgacacggtcaaataagtccatatataaaagacggtGTCAAA-TTA--GTACCACAACA--AG--GTA--T---GTACAA--TAAGC--AT--AAT----T----A----GAT-AAC--A--CAG--TCAATG---T---AA-GTGC----CAC-AAC-----------ACA---GA-TTG---TAC--ATA--C--AT--A---ACTT------TA----TTTGA---------GTA-A-AC---------G-CC-AACAGATCAA--T-TA-----GTGATC-CAC-A-A-CA--A--T----TG-TAC--A-T-AGGAGG----ATA----A----T-T-----AGT-AA----CAC--G--TCAA-A-TTACATT-CGGC----ACAA-AACAG-----ATT-TGTACAG-TA-G------AAA--T----------T--A-A----G--G-AA--C--A--------AGTC-------CAA--T-
gi|6 : gataatgtagtaaaacagGTCAAAGTTATAGT-CCACAACA--GA--GTC--T---GTAC-A--TAGTAATAT--GAT----CG---G----G-T-AAC--A--CAGGTTCAA-A---T---TA--T-C----TAC-A-------------ACA---GA-TTG---CA---ATAG-G--AT--C---AA-TTGA---AG----TT--A---------GCC-ACA----------G-TC-AC------AA--T-TAAAGGGG---TC-CACGA-ACAGGTA--C----TGTTAC--A-TAA----G----ATA----A----TGT-----AGT-AA----AACAGG--TCAA-A-TT--AGTAC--C----ACAACA--AG-----G-TATGTACA----------ATAAG--C-A--------T--A-ATTAGA--T-AA--C--AC-------AGT--------CAA--TGTAAGTGC--CA-CAACACAGATTGTACA--TACATAACTT----TATT--------------atgagtgcttcggcctcattcgcacaaaccagatttgtacatcaactgtaatttagtactacaatgttctcgagttaca
gi|7 : ATT--------------GCA-ATA-------------------CAGAT--ATTAAAA-GATTTAATT--------AG-CAAGTAAAA---TGATGTTCAAT-CAGGCACAAATA--A-ACA-A--AGT-----CATCTCTT--C-TGTCAAT-A---C-ACACCA---CCAA---CAC--T-T------TAG-T---------------AATTAAT-TAT-CATACCTCTGTAAT-TA-ACA---T--TGTATTATGT--AAACCTATAATTAAC-AC--T-GTGT--ATATATA--T-GTAGTTGATCCAGTGTTTTAGA--T--C-----TCTAATTA---AC-AGGAT-GTT--TTGACCAGT--AATT----AACACCATGTTTAGATGTGCAATTAACAtgagta
gi|8 : taa----TATT--------------GA-CATA---GT----------------AAT--GC--AAT-TACTAAAT---------AG-CA-GTGAGTATGTAATGTTCAAT-CAGTTTA--ACACAA-AAACG--ATT-----CATGT---------TTTATTCCCTC-AC-TCAAACCAAATTTCAAATG-AAAATATTTGTT---------------AATTAAC-A---CG-----CCGCA---TACACAGGGCTGTGA----TGT--ACAC---------ATGACTGT-A-ATTAACAAGCAGTT-GTAATTAACATACCGCTGTACA--TAGCAC---TGTGCTTAGATAT-A---A-GTATTTAAAACTGTGTa
gi|9 : AGTCAACAT-A--GT-CCACAAAA--GA--GTT--A---TTAT-A--TAG----AG--AAT----T----A----G-T-AAC--CGCCAT--TCAT-T---T---TATGT-TTGCGCACCA-------------ACA---GA-TTG---TCACAATA--C--GA--AC--AA-TTTCACGAA----TT--A---------ATA-TAATTTATCTGTAG-TC-A-------AAGTTATA-----G---TC-CACAA-C-AG--AGTC----TG-TAC--A-T-A----GTAATATG----A----T-CG----GGT-AA----CACA-GGTTCAA-A-TT--A-T-C--T----ACAA-C--AG-----A-T-TGCA-A--TAGG----ATCAA--T-T--------G--A-A----G--T-TAGCC--AC-------AGTCA------CAA--T-TA---taaga
gi|9 : cAGTCAAAGTTATAGT-CCACAACA--GA--GTC--T---GTAC-A--TAGTAATAT--GAT----CG---G----G-T-AAC--A--CAGGTTCAA-A---T---TA--T-C----TAC-A-------------ACA---GA-TTG---CA---ATAG-G--AT--C---AA-TTGA---AG----TT--A---------GCC-ACA----------G-TC-AC------AA--T-TA-----
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 11 11111111 1111 22222222222222 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 111111111 33333333333333333 111111111111 1111111 4444444444444444444444444444444444444444444 222222222 222 1111 1111 11111 1111 22222222 77777777777777777777 11111111 111111 111111 44444444444444444444444 1111 333333333333333 222222222222222 22222 111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 333333333333 1111
lowQualScore : 3 11 4 44 1 11111111 3 88 7777 44 11111111111111 3 3 55555 88 88888 555 44 6 7777 3 44 1 555 77 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 55 3 000000000 8888 6 4 4 55 33333333333333333 3 55 3 7 7777 7777 7777 222222222222 3 44 7777 77 55 555 55 7 2222222 9999 99999 3 4 4 6666666666666666666666666666666666666666666 55 4 55 55 8888 555555555 88888 333 5 1111 0000 888 5 77777 6 0 2222 5 00000000 44444444444444444444 33333333 555555 55 5 5 0 4 222222 5 33333333333333333333333 4 66 7777 333333333333333 111 4 4 0 5 1 777777777777777 4 4 8 8 00000 4 4 66 555555 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 666666666666 888 4444 1 9 1 0
lowQualScore : . .. . .. . ........ . .. .... .. .............. . . ..... .. ..... ... .. . .... . .. . ... .. ............................................................................... .. . ......... .... . . . .. ................. . .. . . .... .... .... ............ . .. .... .. .. ... .. . ....... .... ..... . . . ........................................... .. . .. .. .... ......... ..... ... . .... .... ... . ..... . . .... . ........ .................... ........ ...... .. . . . . ...... . ....................... . .. .... ............... ... . . . . . ............... . . . . ..... . . .. ...... .......................................................................... ............ ... .... . . . .
lowQualScore : 9 00 0 22 0 88888888 1 55 3333 22 22222222222222 1 1 11111 55 88888 444 66 2 1111 3 66 8 888 99 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 00 6 222222222 5555 4 0 0 55 77777777777777777 6 00 6 3 7777 7777 7777 444444444444 6 22 7777 11 00 555 00 3 1111111 0000 11111 6 0 8 4444444444444444444444444444444444444444444 55 0 55 55 5555 000000000 44444 222 7 3333 6666 888 7 33333 7 7 1111 7 77777777 44444444444444444444 33333333 333333 22 0 0 2 4 888888 3 33333333333333333333333 4 11 2222 777777777777777 111 4 4 1 0 0 888888888888888 4 4 9 9 00000 4 4 77 666666 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 555555555555 999 2222 7 8 0 7
consensus : AGTCAAAGTTA--GT-CCACAACA--GANTG--T---GTAC-A--TAG----AT--AAT----T----A----G-T-AAC--A--CAG--TCAA-A---T---TA-GT-C----CAC-A--ACA---GA--TTGT----ATA--C--AT--A---AA-T------AA----TT--A---------GTAACAC---------G-TC-A-------AA--T-TA-----G---TCC----ACGA-A-AG--A--T--------------TG-TAC--A-T-A----G----ATA----A----T-T-----AG-T-AA----CACA-G--TCAA-A-TT--AGT-C--C----ACAA-A--AG-----A-T-TGTACA----------TAG---ATAAA-T-A--------T--A-A----G--T-AA--C--AC----AGTC-A------CAA--T--TAGT--CA-CANTA-AGAT----TG---A-TA-A---T-GTTT----T-ATT--------GAACATA---GTA-------------TAGAT----AT--AA-----NTACTAAAC-AG-CA-GTGAGAGACTAATGTTCAAT-CAGTT------AAANACA----------------------CAA-ACACA--AGT----ACATG----TA----CATGTTAATTA-C-ACACCACAAACACAGG-GCNGT---------------AAT-TA-AC-AAG-CA-----CTGTAAT-TA-ACA-AGCTGN----TGT--ANAT---------ACACT-A-GTACA-GTAG-T-GTAATTAA--CA-TA--C--CTGTANA--T--CAC-G-TGTAATTA---AC-A---C-GTG--TAGAGCTGTGTAATT----AACACTGTGTAGAGNTGTGTAATTAACACTGCGTTTAG
Reference ( family-1552 ) : AGTCAAAGTTA--GT-CCACAACA--GANTG--T---GTAC-A--TAG----AT--AAT----T----A----G-T-AAC--A--CAG--TCAA-A---T---TA-GT-C----CAC-A--ACA---GA--TTGT----ATA--C--AT--A---AA-T------AA----TT--A---------GTAACAC---------G-TC-A-------AA--T-TA-----G---TCC----ACGA-A-AG--A--T--------------TG-TAC--A-T-A----G----ATA----A----T-T-----AG-T-AA----CACA-G--TCAA-A-TT--AGT-C--C----ACAA-A--AG-----A-T-TGTACA----------TAG---ATAAA-T-A--------T--A-A----G--T-AA--C--AC----AGTC-A------CAA--T--TAGT--CA-CANTA-AGAT----TG---A-TA-A---T-GCTT----T-ATT--------GAACATA---GTA-------------TAGAT----AT--AA-----NTACTAAAC-AG-CA-GTGAGAGACTAATGTTCAAT-CAGTT------AAANACA----------------------CAA-ACACA--AGT----ACATG----TA----CATGTTAATTA-C-ACATCACAAACACAGG-GCNGT---------------AAT-TA-AC-AAG-CA-----CTGTAAT-TA-ACA-AGCTGN----TGT--ANAC---------ACACT-A-GTACAAGTAG-T-GTAATTAA--CA-TA--C--CTGTANA--T--CAC-G-TGTAATTA---AC-A---C-GTG--TAGAGCTGTGTAATT----AACACTGTGTAGAGNTGTGTAATTAACACTGCGTTTAG
gi|1 : AGTCAAA-TTA--GT-CCACAACA--GATTG--T---GTAC-A--TAG----AT--AAT----T----A----G-T-AAC--A--CAG--TCAA-A---T---TA-GT-C----CAC-A--TAA---GA--TTGT----GTA--C--AT--A---AA-T------AA----TT--A---------GTAACA----------G-TC-G-------AA--T-TG-----G---TCC----ACTA-A-AG--A--T--------------TG-TAC--A-T-A----G----ATA----A----T-T-----AG-T-AA----CACA-G--TCTC-G-TT--AGT-T--C----ACAA-G--AG-----A-T-TGTAAA----------TTG---ATAGA-TGA--------T--A-A----G--T-AA--A--AC----AGTC--------CAA--T--TAGT--CATCACTA-AGAC----TG---A-TA-A---T-ACTC----T-ATT--------GAATATG---GT--------------CAGAT----AT--AA-----ATACTAAAC-AG-CA-GTGAGAGCCTGGTGGTCAAT-CAGTT------AAAAACA----------------------CAA-ACACA--AGT----ACATG----TA----CATGTTAATTA-C-ACACCACAAACACAGA-GCAGT---------------AAT-TA-AC-AAG-CAC----CTGTAATGTACACAGAATTGT----TGTTGACAC---------ACACT-A-GTACATGTAG-TAGTAATTAA--CA-CAGCT--CTGTACATTT--CATGG-TGTAATTA---AC-AC--C-GTG--TAAAGCTATGTAATT----AACATTGTGCAGAGACCTGTAATCGACACTGTGTTTAG
gi|10 : -AAAT----TG---ACTG-A---T-GTTTGGCCT-AAT--------AAACAGATTTATA-------------TCAAT----A---AA-----ATACTAAAC-GG-CA-GAGAGAGACTAATGTTCAAT-CAGGT------AAA-ACA----------------------CAA-A-ACA--A-T----ATATG----T------ATG-TAA-TA-CTATGTCATAAACA---G-GCGGTAATTGTACACTGCGGAAT-TA-AC-AAG-TA-----CTGTAAT-TA-ACA-AGCT
gi|11 : tagaaaaacactagcactctagtgtgaattcgtttacccAA--T--TAGT---A-CAGTA-AAAT----TA---A-TA-C---T-GTTT----T-ATT--------AAACATAACTGTACTGATATTTTAACTAGAT----AT--AA-----TTACTAAA--------------GACTAATGTTCACT-CAGTT------AAACCCA----------------------GAA-ACACA--AGT----ACATG----TA----------AGTTA-C-ACATCACAAACACAGG-GCTGT---------------AAT-TA-ACGAGG-CA-----CTGTAAT-TA-ACA-TGCTAC----TGT--AAATA--------ACACatattaatatc
gi|12 : tagtACGAAAC-AA-CA-GTGAGAGACTAATGTTTAAT-CAGTT-------AAGACA----------------------CCA-ACACA--AGT----ACATT----T-------TATTA---A-C-ACATCACACA-ACAGA-ACTGT---------------AAT-TA-ACAAAA-CA-----CTGTAAT-TA-ACA-AACTAC----TAT--ACAT---------A---------ACA--TTG-T-GT--TTAG-------------------------AC-A-TGTAATTA---ATAA---T-GTG--TAGAGCCGTGTAATT----AACACT
gi|13 : acaA-C-ACATCACAAACACAGG-GTTGT---------------AAA-TA-AC-AAGACA-----CTATAAT-TT-ACA-AGCCAA----TGT--A--------------ATT-A-G--CAAGCAGTT-TTAATTAA--CA-TATTC--CTGCAAA--T--GGC-GCTGTGAT-------------------TAGATATATGTAATTTTAAAACACTGT-T-GAGCTGTGTAATTAACACTGCGTTTAt
gi|14 : GT---------------AAT-TA-GG-AAT-CAA----CTGTAAT-TA-ACA-AGCTCT----TGT--ATAT---------A
gi|15 : acacatatcaaatatagggttgcaaacaaataaatatacatTTA--AT-CCTCAACA--GATTG--T-----AC-A--TAG----AT--AAT----A----A----G-T-AAC--A----G--TCAA-A---T---TA-GT-C----CGC-A--ACA---TA--TTGC----ATA--T--AG--A---AA-G------AA----acgttgtttcgatat
gi|15 : AGTCAAA-TTA--GT-CCGCAACA--TATTGCAT---ATAG-A--AAG----AA--AAT----------------T-AAC-----CAG--T----A---C---TA-GT-aattaaccagtactagt
gi|16 : ttaatcctcaacagattgtacatagataataagtaac--TAGAGCTGTGTAATT----AGCAC--TGTAGAACTGTGTGATTAACACTGTG
gi|17 : tgcatacatatttaaccaatcaccAGAGACTAATGTTCACT-CAGTT------AAACCCA----------------------AAA-ACACA--AGT----ACATG----TA----gt
gi|2 : --------------TG-TAC--A-T-A----G----ATA----A----T-TTTTGCAG-TCAAATTTCAC--G--TCAA-AGTT--AGT-C--C----GCAA-C--AGTGAGTG-T-TGTACA----------AAA---ATAAA---A--------TTAA-A----GAATGAA--CGAAC----AGTCAA------TAAACT--TAGTACCA-CAAC--AGA-----TG---A-Tagtt
gi|2 : caattgatccGTCAAAGTTA--GT-CCGCAACAGTGAGTGT-T---GTAC-A--AAA----ATAAAAT----TAAAGA----A-TGAACGAA--CAG--TCAATAAACT---TA-GTAC----CAC-A--ACA---GA--TGAT----TTA--C--TT--ATCCAA-T------AACAATTT--GAAGCTAGTTGTAACACAA-------G-TC---------AA--T-TA-----G---TCC----ACGACA-AG--A--TG-------------TG-TAC--ATT-A----G----ATA----A----TAG-----AG-T-AA----CACA-G--TCAATA-TT--AGTAC--C----ACAA-AC-AA-----A-T-TGCATATT--------TAGACCATAAATT-AACCAATACT--A-A----G--T-AC--C--GCCTGAAGTG-AT-----CGA--CTGTAGT---A-TACTATAGATGACGTG---A--A-ATTTT-GTTT----TGACTAATATACAGAATATA---GGA-------------TAGGTAGGGAT--AATAAACATACTAAAC-AGCCA-GTGAGAGACTATGGGTCAATGCAGTT------GAAGACA----------------------CAGCATACAGCAGTGTGGACATG----TG----CA-AATGATTA-C-Attacttatccaataacaatttgaagctagttgtaacacaagtcaattagtccacgacaagatgtgtacattagataatagagtaacacagtcaatattagtaccacaaacaaattgcatatttagaccataaattaaccaatactaagtaccgcctgaagtgatcgactgtagtatactatagatgacgtgaaattttgttttgactaatatacagaatataggataggtagggataataaacatactaaacagccagtgagagactatgggtcaatgcagttgaagacacagcatacagcagtgtggacatgtgcaaatgattaca
gi|3 : caattgatcctgtacatagataatttttgcagtcaaatttcacACG--GACTA--T---TTGC-AATTGG----AT--AATACTTT----ATCACA-T-AAA--A--CAA--TTAC-A---TAAATA-CT-T----CAC-A--ATAACTGA--TT-T----ACATTC--ATCAA---AG-T------AT----TT--T---------G-AACA----------A-TCTA-------CA--T-TC-----A---TTT----A----A-AA--A--T--------------TG-CAT--A-T-A----G----AAA----AATCCC-T-----AG-T-AA----CACA-G--TCAG-T-TT--AGT-
gi|3 : A-A--AA-----A-T-TGCATA----------TAG---AAAAA-T-C--------C--CTA----G--T-AA--C--AC----AGTC-AGTTTAGTAA--T--T-GT--TA-CAGTA-AAAT----TG---A-TA-C---T-GTTG----T-ACT--------AAACATA---ATACTGATATTGGAACTAGAT----AT--AA-----TGACTACAC-AG-CA-GGGAGAGACTAATGTCCACT-CAGTT------GAACCCA----------------------GAA-ACACA--AGT----ACATG----TAAAGGCATGTAAGTTA-C-ACAACACAAACACAGGTGCA-T---------------AAT-TA-AC-AAGTCA-----CTGTAAT-TA-ACA-TACTGA----TGT--AAATA--------ACATTCA-GCTTAAATA--T-GTAATTAG--TA-T-------TTTAGA--G--C-C-C-TGTAGTTA---AC-A---CTGTG--TAGAGCTGTGCAATT----AACACTGTGaattgttacagtaaaattgatactgttgtactaaacataatactgatattggaactagatataatgactacacagcagggagagactaatgtccactcagttgaacccagaaacacaagtacatgtaaaggcatgtaagttacacaacacaaacacaggtgcataattaacaagtcactgtaattaacatactgatgtaaataacattcagcttaaatatgtaattagtattttagagccctgtagttaacactgtgtagagctgtgcaattaacactgtgat
gi|4 : acggactatttgcaattggataatactttatcacataaaacaattacataaatacttcacaataactgatttacattcatcaaagtattttgaacaatctacattcatttA--GATTG--T--------A--CAG----AT--AAT----T----A----G-T-AAC--A--CAA--TCAA-T---T---TA-GT-C----CAT-A--AAA---AA--TTGT----AT------AT--A---GA-T------AA----TT--A---------GTAACAC---------GCTC-A-------CA--T-TA-----C---TCC----ACGT-A-AG--A--T--------------TG-TAT--A-T-A----G----ATAGATTA----T-C-----AA-T-GA----CACA-G--TCGA-A-TT--AGT-C--C----ACAA-A--AG-----A-T-TTTATA----------TAG---ATAGA-TAA--------T--T-A----G--T-GA--C--AC----GGTC-A-------AA--T--AAGT--Cat
gi|4 : AATTTA--GT-CCATAA-A--AAAT---T---GTAT-A--TAG----AT--AAT----T----A----G-T-AAC--A--CGC--TCAC-A---T---TA-CT-C----CAC-G--TAA---GA--TTGT----ATA--TAGAT--A---GA-T------TA----TC--A---------ATGACACA--------G-TC-G-------AA--T-TA-----G---TCC----ACAA-A-AG--A--TTTTA----------TA-TAG--A-T-A----G----ATA----A----T-T-----AG-T-GA----CACG-G--TCAA-A-TA--AGT-C--CATATATAA-A--AG-----A-C-GGTACAAAATGTCATGTAT---ATAAA-T-AAT------T--A-G----G--T--A--T--AC----AGTC-A------catatataaaagacggtacaaaatgtcatgtatataaataattaggtatacagtcaagtacgtcaaaaaaaaaattgtagatagacaattagtatcacaatcaaaagagtccataaaagattgtattaattagataattagtttgtccacaaaagaggatataagatttataa
gi|4 : agattgtacagataattagtaacacaatcTTA--CT-CCACGTAA--GATTG--T---ATAT-AGATAG----AT--TAT----C----A----A-T-GAC--A--CAG--TCGA-A---T---TA-GT-C----CAC-A--AAA---GATTTTAT----ATA--G--AT--A---GA-T------AA----TT--A---------GTGACACG--------G-TC-A-------AA--T-AA-----G---TCCATATATAA-A-AG--A--CGGTACAAAATGTCATG-TAT--A-T-A----A----ATA----A----T-T-----AG-G-TA----TACA-G--TCAA-G-TA--CGT-CA-A----AAAA-A--AA-----A-T-TGTAGA----------TAG---ACA-----A--------T--T-A----G--T-AT--C--AC----AATC-A------AAA-----GAGTC-CA-TAA-A-AGAT----TG---agtacgtcaaaaaaaaaattgtagatagacaattagtatcacaatcaaaagagtccataaaagattgtattaattagataattagtttgtccacaaaagaggatataagatttataa
gi|4 : agattgtacagataattagtaacacaatcaatttagtccataaaaaattgtatatagataattagtaacacgctcacaACA--AAATG--TCATGTAT-A--TAA----AT--AAT----T----A----G-G-TAT--A--CAG--TCAA-G---T---AC-GT-C----AAA-A--AAA---AAA-TTGT----AGA------T--A---GA-C------AA----TT--A---------GTATCAC---------AATC-A-------AA--A-GA-----G---TCC----ATAA-A-AG--A--T--------------TG-TATTAA-TTA----G----ATA----A----T-T-----AG-T----------------------TT---GT-C--C----ACAA-A--AG-----A-tattaattagataattagtttgtccacaaaagaggatataagatttataa
gi|5 : agattgtacagataattagtaacacaatcaatttagtccataaaaaattgtatatagataattagtaacacgctcacattactccacgtaagattgtatatagatagattatcaatgacacagtcgaattagtccacaaaagattttatatagatagataattagtgacacggtcaaataagtccatatataaaagacggtGTCAAA-TTA--GTACCACAACA--AGGTA--T---GTACAA--TAAGC--AT--AAT----T----A----GAT-AAC--A--CAG--TCAATG---T---AA-GTGC----CAC-AACACA---GA--TTGTAC--ATA--C--AT--A---ACTT------TA----TTTGA---------GTAA-AC---------G-CC-AACAGATCAA--T-TA-----GTGATCC----AC-A-A-CA--A--T--------------TG-TAC--A-T-AGGAGG----ATA----A----T-T-----AG-T-AA----CAC--G--TCAA-A-TTACATT-CGGC----ACAA-AACAG-----ATT-TGTACAG---------TAG-----AAA-T----------T--A-A----G--G-AA--C--A-----AGTC--------CAA--T--ggatataagatttataa
gi|6 : gataatgtagtaaaacagGTCAAAGTTATAGT-CCACAACA--GAGTC--T---GTAC-A--TAGTAATAT--GAT----CG---G----G-T-AAC--A--CAGGTTCAA-A---T---TA--T-C----TAC-A--ACA---GA--TTGCA---ATAG-G--AT--C---AA-TTGA---AG----TT--A---------GCCACA----------G-TC-AC------AA--T-TAAAGGGG---TCC----ACGA-ACAGGTA--C--------------TGTTAC--A-TAA----G----ATA----A----TGT-----AG-T-AA----AACAGG--TCAA-A-TT--AGTAC--C----ACAACA--AG-----G-TATGTACA----------------ATAAG-C-A--------T--A-ATTAGA--T-AA--C--AC----AGTC-A------ATG--T--AAGTGCCA-CAACACAGAT----TGTACA-TACA---TAACTT----T-ATT--------atgagtgcttcggcctcattcgcacaaaccagatttgtacatcaactgtaatttagtactacaatgttctcgagttaca
gi|7 : A---ATA-------------CAGAT----ATTAAA-----AGATTTAATTAG-CAAGTAAAA---TGATGTTCAAT-CAGGC------ACAAATA------------------------A-ACA-A--AGT-----CATC----TCTT--C-TGTCAAT-A-C-ACACCACCAACAC--T-TTAGT---------------AAT-TA-AT-TAT-CATACCTCTGTAAT-TA-ACA---TTGTATTATGT--AAACCTATAATTAACACT-GTGTATATATA--T-GTAGTTGATCCAGTG--T--TT-TAGA--T--C-----TCTAATTA---AC-AGGAT-GTT--TTGACCAGT--AATT----AACACCATGTTTAGATGTGCAATTAACAtgagta
gi|8 : taaattgc----T-ATT--------GA-CATA---GTA----------------AT----GC--AA-----TTACTAAAT-AG-CA-GTGAGTATGTAATGTTCAAT-CAGTTTAACACAAAAACGATTCATGTTTTATTCCCTCACTCAA-AC-CA--AATTTC-AAATGAAAATA----TTTGTTAATTAAC-ACGCCGCATACACAGG-GCTGT---------------GATGTACAC-ATG--A-----CTGTAAT-TA-ACA-AGC-------------------------------A-GT---------T-GTAATTAA--CA-TA--CCGCTGTACA--TAGCAC---TGTGCTTAGATAT-A---A-GTATTTAAAACTGTGTa
gi|9 : AGTCAACAT-A--GT-CCACAAAA--GAGTT--A---TTAT-A--TAG----AG--AAT----T----A----G-T-AAC--CGCCAT--TCAT-T---T---TATGT-TTGCGCACCA--ACA---GA--TTGTCACAATA--C--GA--AC--AA-TTTCACGAA----TT--A---------ATATAATTTATCTGTAG-TC-A-------AAGTTATA-----G---TCC----ACAA-C-AG--AGTC--------------TG-TAC--A-T-A----GTAATATG----A----T-C-----GGGT-AA----CACA-GGTTCAA-A-TT--A-T-C--T----ACAA-C--AG-----A-T-TGCA-A----------TAGG--ATCAA-T-T--------G--A-A----G--T-TAGCC--AC----AGTC-A------CAA--T--TAtaaga
gi|9 : cAGTCAAAGTTATAGT-CCACAACA--GAGTC--T---GTAC-A--TAGTAATAT--GAT----CG---G----G-T-AAC--A--CAGGTTCAA-A---T---TA--T-C----TAC-A--ACA---GA--TTGCA---ATAG-G--AT--C---AA-TTGA---AG----TT--A---------GCCACA----------G-TC-AC------AA--T-TA-----
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 11 11111111 1111 22222222222222 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 111111111 33333333333333333 111111111111 1111111 4444444444444444444444444444444444444444444 222222222 222 1111 1111 11111 1111 22222222 77777777777777777777 11111111 111111 111111 44444444444444444444444 1111 333333333333333 222222222222222 22222 111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 444444444 1111
lowQualScore : 3 11 4 44 1 11111111 3 88 7777 44 11111111111111 3 3 55555 88 88888 555 44 6 7777 3 44 1 555 77 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 55 3 000000000 8888 6 4 4 55 33333333333333333 3 55 3 7 7777 7777 7777 222222222222 3 44 7777 77 55 555 55 7 2222222 9999 99999 3 4 4 6666666666666666666666666666666666666666666 55 4 55 55 8888 555555555 88888 333 5 1111 0000 888 5 77777 6 2222 5 00000000 44444444444444444444 33333333 555555 55 5 5 0 4 222222 5 33333333333333333333333 4 66 7777 333333333333333 111 4 4 1 0 5 1 777777777777777 4 4 8 8 00000 4 4 66 555555 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111111 1 0 55 2222 0 9 1 0
lowQualScore : . .. . .. . ........ . .. .... .. .............. . . ..... .. ..... ... .. . .... . .. . ... .. ............................................................................... .. . ......... .... . . . .. ................. . .. . . .... .... .... ............ . .. .... .. .. ... .. . ....... .... ..... . . . ........................................... .. . .. .. .... ......... ..... ... . .... .... ... . ..... . .... . ........ .................... ........ ...... .. . . . . ...... . ....................... . .. .... ............... ... . . . . . . ............... . . . . ..... . . .. ...... ............................................................................. ......... . . .. .... . . . .
lowQualScore : 9 00 0 22 0 88888888 1 55 3333 22 22222222222222 1 1 11111 55 88888 444 66 2 1111 3 66 8 888 99 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 00 6 222222222 5555 4 0 0 55 77777777777777777 6 00 6 3 7777 7777 7777 444444444444 6 22 7777 11 00 555 00 3 1111111 0000 11111 6 0 8 4444444444444444444444444444444444444444444 55 0 55 55 5555 000000000 44444 222 7 3333 6666 888 7 33333 7 1111 7 77777777 44444444444444444444 33333333 333333 22 0 0 2 4 888888 3 33333333333333333333333 4 11 2222 777777777777777 111 4 4 1 1 0 0 888888888888888 4 4 9 9 00000 4 4 77 666666 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 222222222 0 7 33 1111 1 8 0 7
consensus : AGTCAAAGTTA--GT-CCACAACA--GANTG--T---GTAC-A--TAG----AT--AAT----T----A----G-T-AAC--A--CAG--TCAA-A---T---TA-GT-C----CAC-A--ACA---GA--TTGT----ATA--C--AT--A---AA-T------AA----TT--A---------GTAACAC---------G-TC-A-------AA--T-TA-----G---TCC----ACGA-A-AG--A--T--------------TG-TAC--A-T-A----G----ATA----A----T-T-----AG-T-AA----CACA-G--TCAA-A-TT--AGT-C--C----ACAA-A--AG-----A-T-TGTACA----------TAG---ATAAA-T-A--------T--A-A----G--T-AA--C--AC----AGTC-A------CAA--T--TAGT--CA-CANTA-AGAT----TG---A-TA-A---T-GTTT----T-ATT--------GAACATA---GTA-------------TAGAT----AT--AA-----NTACTAAAC-AG-CA-GTGAGAGACTAATGTTCAAT-CAGTT------AAANACA----------------------CAA-ACACA--AGT----ACATG----TA----CATGTTAATTA-C-ACACCACAAACACAGG-GCNGT---------------AAT-TA-AC-AAG-CA-----CTGTAAT-TA-ACA-AGCTG----NTGT--ANAT---------ACACT-A-G--TACA-GTA-GT-GT-AATTAA--CA-TA--CC--TGTANA--T--CAC-G-TGTAATTAAC---A-C-GTGTAGAGCTGTGTAATT----AACACTGTGTAGAGNTGTGTAATTAACACTGCGTTTAG
Reference ( family-1552 ) : AGTCAAAGTTA--GT-CCACAACA--GANTG--T---GTAC-A--TAG----AT--AAT----T----A----G-T-AAC--A--CAG--TCAA-A---T---TA-GT-C----CAC-A--ACA---GA--TTGT----ATA--C--AT--A---AA-T------AA----TT--A---------GTAACAC---------G-TC-A-------AA--T-TA-----G---TCC----ACGA-A-AG--A--T--------------TG-TAC--A-T-A----G----ATA----A----T-T-----AG-T-AA----CACA-G--TCAA-A-TT--AGT-C--C----ACAA-A--AG-----A-T-TGTACA----------TAG---ATAAA-T-A--------T--A-A----G--T-AA--C--AC----AGTC-A------CAA--T--TAGT--CA-CANTA-AGAT----TG---A-TA-A---T-GTTT----T-ATT--------GAACATA---GTA-------------TAGAT----AT--AA-----NTACTAAAC-AG-CA-GTGAGAGACTAATGTTCAAT-CAGTT------AAANACA----------------------CAA-ACACA--AGT----ACATG----TA----CATGTTAATTA-C-ACACCACAAACACAGG-GCNGT---------------AAT-TA-AC-AAG-CA-----CTGTAAT-TA-ACA-AGCTG----NTGT--ANAT---------ACACT-A-G--TACA-GTA-GT-GT-AATTAA--CA-TA--CC--TGTANA--T--CAC-G-TGTAATTAAC---A-C-GTGTAGAGCTGTGTAATT----AACACTGTGTAGAGNTGTGTAATTAACACTGCGTTTAG
gi|1 : AGTCAAA-TTA--GT-CCACAACA--GATTG--T---GTAC-A--TAG----AT--AAT----T----A----G-T-AAC--A--CAG--TCAA-A---T---TA-GT-C----CAC-A--TAA---GA--TTGT----GTA--C--AT--A---AA-T------AA----TT--A---------GTAACA----------G-TC-G-------AA--T-TG-----G---TCC----ACTA-A-AG--A--T--------------TG-TAC--A-T-A----G----ATA----A----T-T-----AG-T-AA----CACA-G--TCTC-G-TT--AGT-T--C----ACAA-G--AG-----A-T-TGTAAA----------TTG---ATAGA-TGA--------T--A-A----G--T-AA--A--AC----AGTC--------CAA--T--TAGT--CATCACTA-AGAC----TG---A-TA-A---T-ACTC----T-ATT--------GAATATG---GT--------------CAGAT----AT--AA-----ATACTAAAC-AG-CA-GTGAGAGCCTGGTGGTCAAT-CAGTT------AAAAACA----------------------CAA-ACACA--AGT----ACATG----TA----CATGTTAATTA-C-ACACCACAAACACAGA-GCAGT---------------AAT-TA-AC-AAG-CAC----CTGTAATGTACACAGAATTG----TTGTTGACAC---------ACACT-A-G--TACATGTA-GTAGT-AATTAA--CA-CAGCTC--TGTACATTT--CATGG-TGTAATTAAC---ACC-GTGTAAAGCTATGTAATT----AACATTGTGCAGAGACCTGTAATCGACACTGTGTTTAG
gi|10 : -AAAT----TG---ACTG-A---T-GTTTGGCCT-AAT--------AAACAGATTTATA-------------TCAAT----A---AA-----ATACTAAAC-GG-CA-GAGAGAGACTAATGTTCAAT-CAGGT------AAA-ACA----------------------CAA-A-ACA--A-T----ATATG----T------ATG-TAA-TA-CTATGTCATAAACA---G-GCGGTAATTGTACACTGCGGAAT-TA-AC-AAG-TA-----CTGTAAT-TA-ACA-AGCT
gi|11 : tagaaaaacactagcactctagtgtgaattcgtttacccAA--T--TAGT---A-CAGTA-AAAT----TA---A-TA-C---T-GTTT----T-ATT--------AAACATAACTGTACTGATATTTTAACTAGAT----AT--AA-----TTACTAAA--------------GACTAATGTTCACT-CAGTT------AAACCCA----------------------GAA-ACACA--AGT----ACATG----TA----------AGTTA-C-ACATCACAAACACAGG-GCTGT---------------AAT-TA-ACGAGG-CA-----CTGTAAT-TA-ACA-TGCTA----CTGT--AAATA--------ACACatattaatatc
gi|12 : tagtACGAAAC-AA-CA-GTGAGAGACTAATGTTTAAT-CAGTT-------AAGACA----------------------CCA-ACACA--AGT----ACATT----T-------TATTA---A-C-ACATCACACA-ACAGA-ACTGT---------------AAT-TA-ACAAAA-CA-----CTGTAAT-TA-ACA-AACTA----CTAT--ACAT---------A-----------ACA-TT--GT-GT---TTAG-------------------------AC-A-TGTAATTAATA--A-T-GTGTAGAGCCGTGTAATT----AACACT
gi|13 : acaA-C-ACATCACAAACACAGG-GTTGT---------------AAA-TA-AC-AAGACA-----CTATAAT-TT-ACA-AGCCA----ATGT--A--------------ATT-A-G--CA-A-GCA-GT-TTTAATTAA--CA-TATTCC--TGCAAA--T--GGC-GCTGTGATTA--------------GATATATGTAATTTTAAAACACTGT-T-GAGCTGTGTAATTAACACTGCGTTTAt
gi|14 : GT---------------AAT-TA-GG-AAT-CAA----CTGTAAT-TA-ACA-AGCTC----TTGT--ATAT---------A
gi|15 : acacatatcaaatatagggttgcaaacaaataaatatacatTTA--AT-CCTCAACA--GATTG--T-----AC-A--TAG----AT--AAT----A----A----G-T-AAC--A----G--TCAA-A---T---TA-GT-C----CGC-A--ACA---TA--TTGC----ATA--T--AG--A---AA-G------AA----acgttgtttcgatat
gi|15 : AGTCAAA-TTA--GT-CCGCAACA--TATTGCAT---ATAG-A--AAG----AA--AAT----------------T-AAC-----CAG--T----A---C---TA-GT-aattaaccagtactagt
gi|16 : ttaatcctcaacagattgtacatagataataagtaacTAGAGCTGTGTAATT----AGCAC--TGTAGAACTGTGTGATTAACACTGTG
gi|17 : tgcatacatatttaaccaatcaccAGAGACTAATGTTCACT-CAGTT------AAACCCA----------------------AAA-ACACA--AGT----ACATG----TA----gt
gi|2 : --------------TG-TAC--A-T-A----G----ATA----A----T-TTTTGCAG-TCAAATTTCAC--G--TCAA-AGTT--AGT-C--C----GCAA-C--AGTGAGTG-T-TGTACA----------AAA---ATAAA---A--------TTAA-A----GAATGAA--CGAAC----AGTCAA------TAAACT--TAGTACCA-CAAC--AGA-----TG---A-Tagtt
gi|2 : caattgatccGTCAAAGTTA--GT-CCGCAACAGTGAGTGT-T---GTAC-A--AAA----ATAAAAT----TAAAGA----A-TGAACGAA--CAG--TCAATAAACT---TA-GTAC----CAC-A--ACA---GA--TGAT----TTA--C--TT--ATCCAA-T------AACAATTT--GAAGCTAGTTGTAACACAA-------G-TC---------AA--T-TA-----G---TCC----ACGACA-AG--A--TG-------------TG-TAC--ATT-A----G----ATA----A----TAG-----AG-T-AA----CACA-G--TCAATA-TT--AGTAC--C----ACAA-AC-AA-----A-T-TGCATATT--------TAGACCATAAATT-AACCAATACT--A-A----G--T-AC--C--GCCTGAAGTG-AT-----CGA--CTGTAGT---A-TACTATAGATGACGTG---A--A-ATTTT-GTTT----TGACTAATATACAGAATATA---GGA-------------TAGGTAGGGAT--AATAAACATACTAAAC-AGCCA-GTGAGAGACTATGGGTCAATGCAGTT------GAAGACA----------------------CAGCATACAGCAGTGTGGACATG----TG----CA-AATGATTA-C-Attacttatccaataacaatttgaagctagttgtaacacaagtcaattagtccacgacaagatgtgtacattagataatagagtaacacagtcaatattagtaccacaaacaaattgcatatttagaccataaattaaccaatactaagtaccgcctgaagtgatcgactgtagtatactatagatgacgtgaaattttgttttgactaatatacagaatataggataggtagggataataaacatactaaacagccagtgagagactatgggtcaatgcagttgaagacacagcatacagcagtgtggacatgtgcaaatgattaca
gi|3 : caattgatcctgtacatagataatttttgcagtcaaatttcacACG--GACTA--T---TTGC-AATTGG----AT--AATACTTT----ATCACA-T-AAA--A--CAA--TTAC-A---TAAATA-CT-T----CAC-A--ATAACTGA--TT-T----ACATTC--ATCAA---AG-T------AT----TT--T---------G-AACA----------A-TCTA-------CA--T-TC-----A---TTT----A----A-AA--A--T--------------TG-CAT--A-T-A----G----AAA----AATCCC-T-----AG-T-AA----CACA-G--TCAG-T-TT--AGT-
gi|3 : A-A--AA-----A-T-TGCATA----------TAG---AAAAA-T-C--------C--CTA----G--T-AA--C--AC----AGTC-AGTTTAGTAA--T--T-GT--TA-CAGTA-AAAT----TG---A-TA-C---T-GTTG----T-ACT--------AAACATA---ATACTGATATTGGAACTAGAT----AT--AA-----TGACTACAC-AG-CA-GGGAGAGACTAATGTCCACT-CAGTT------GAACCCA----------------------GAA-ACACA--AGT----ACATG----TAAAGGCATGTAAGTTA-C-ACAACACAAACACAGGTGCA-T---------------AAT-TA-AC-AAGTCA-----CTGTAAT-TA-ACA-TACTG----ATGT--AAATA--------ACATTCA-GCTTA-A-ATA--T-GT-AATTAG--TA-T-------TTTAGA--G--C-C-C-TGTAGTTAAC---A-CTGTGTAGAGCTGTGCAATT----AACACTGTGaattgttacagtaaaattgatactgttgtactaaacataatactgatattggaactagatataatgactacacagcagggagagactaatgtccactcagttgaacccagaaacacaagtacatgtaaaggcatgtaagttacacaacacaaacacaggtgcataattaacaagtcactgtaattaacatactgatgtaaataacattcagcttaaatatgtaattagtattttagagccctgtagttaacactgtgtagagctgtgcaattaacactgtgat
gi|4 : acggactatttgcaattggataatactttatcacataaaacaattacataaatacttcacaataactgatttacattcatcaaagtattttgaacaatctacattcatttA--GATTG--T--------A--CAG----AT--AAT----T----A----G-T-AAC--A--CAA--TCAA-T---T---TA-GT-C----CAT-A--AAA---AA--TTGT----AT------AT--A---GA-T------AA----TT--A---------GTAACAC---------GCTC-A-------CA--T-TA-----C---TCC----ACGT-A-AG--A--T--------------TG-TAT--A-T-A----G----ATAGATTA----T-C-----AA-T-GA----CACA-G--TCGA-A-TT--AGT-C--C----ACAA-A--AG-----A-T-TTTATA----------TAG---ATAGA-TAA--------T--T-A----G--T-GA--C--AC----GGTC-A-------AA--T--AAGT--Cat
gi|4 : AATTTA--GT-CCATAA-A--AAAT---T---GTAT-A--TAG----AT--AAT----T----A----G-T-AAC--A--CGC--TCAC-A---T---TA-CT-C----CAC-G--TAA---GA--TTGT----ATA--TAGAT--A---GA-T------TA----TC--A---------ATGACACA--------G-TC-G-------AA--T-TA-----G---TCC----ACAA-A-AG--A--TTTTA----------TA-TAG--A-T-A----G----ATA----A----T-T-----AG-T-GA----CACG-G--TCAA-A-TA--AGT-C--CATATATAA-A--AG-----A-C-GGTACAAAATGTCATGTAT---ATAAA-T-AAT------T--A-G----G--T--A--T--AC----AGTC-A------catatataaaagacggtacaaaatgtcatgtatataaataattaggtatacagtcaagtacgtcaaaaaaaaaattgtagatagacaattagtatcacaatcaaaagagtccataaaagattgtattaattagataattagtttgtccacaaaagaggatataagatttataa
gi|4 : agattgtacagataattagtaacacaatcTTA--CT-CCACGTAA--GATTG--T---ATAT-AGATAG----AT--TAT----C----A----A-T-GAC--A--CAG--TCGA-A---T---TA-GT-C----CAC-A--AAA---GATTTTAT----ATA--G--AT--A---GA-T------AA----TT--A---------GTGACACG--------G-TC-A-------AA--T-AA-----G---TCCATATATAA-A-AG--A--CGGTACAAAATGTCATG-TAT--A-T-A----A----ATA----A----T-T-----AG-G-TA----TACA-G--TCAA-G-TA--CGT-CA-A----AAAA-A--AA-----A-T-TGTAGA----------TAG---ACA-----A--------T--T-A----G--T-AT--C--AC----AATC-A------AAA-----GAGTC-CA-TAA-A-AGAT----TG---agtacgtcaaaaaaaaaattgtagatagacaattagtatcacaatcaaaagagtccataaaagattgtattaattagataattagtttgtccacaaaagaggatataagatttataa
gi|4 : agattgtacagataattagtaacacaatcaatttagtccataaaaaattgtatatagataattagtaacacgctcacaACA--AAATG--TCATGTAT-A--TAA----AT--AAT----T----A----G-G-TAT--A--CAG--TCAA-G---T---AC-GT-C----AAA-A--AAA---AAA-TTGT----AGA------T--A---GA-C------AA----TT--A---------GTATCAC---------AATC-A-------AA--A-GA-----G---TCC----ATAA-A-AG--A--T--------------TG-TATTAA-TTA----G----ATA----A----T-T-----AG-T----------------------TT---GT-C--C----ACAA-A--AG-----A-tattaattagataattagtttgtccacaaaagaggatataagatttataa
gi|5 : agattgtacagataattagtaacacaatcaatttagtccataaaaaattgtatatagataattagtaacacgctcacattactccacgtaagattgtatatagatagattatcaatgacacagtcgaattagtccacaaaagattttatatagatagataattagtgacacggtcaaataagtccatatataaaagacggtGTCAAA-TTA--GTACCACAACA--AGGTA--T---GTACAA--TAAGC--AT--AAT----T----A----GAT-AAC--A--CAG--TCAATG---T---AA-GTGC----CAC-AACACA---GA--TTGTAC--ATA--C--AT--A---ACTT------TA----TTTGA---------GTAA-AC---------G-CC-AACAGATCAA--T-TA-----GTGATCC----AC-A-A-CA--A--T--------------TG-TAC--A-T-AGGAGG----ATA----A----T-T-----AG-T-AA----CAC--G--TCAA-A-TTACATT-CGGC----ACAA-AACAG-----ATT-TGTACAG---------TAG-----AAA-T----------T--A-A----G--G-AA--C--A-----AGTC--------CAA--T--ggatataagatttataa
gi|6 : gataatgtagtaaaacagGTCAAAGTTATAGT-CCACAACA--GAGTC--T---GTAC-A--TAGTAATAT--GAT----CG---G----G-T-AAC--A--CAGGTTCAA-A---T---TA--T-C----TAC-A--ACA---GA--TTGCA---ATAG-G--AT--C---AA-TTGA---AG----TT--A---------GCCACA----------G-TC-AC------AA--T-TAAAGGGG---TCC----ACGA-ACAGGTA--C--------------TGTTAC--A-TAA----G----ATA----A----TGT-----AG-T-AA----AACAGG--TCAA-A-TT--AGTAC--C----ACAACA--AG-----G-TATGTACA----------------ATAAG-C-A--------T--A-ATTAGA--T-AA--C--AC----AGTC-A------ATG--T--AAGTGCCA-CAACACAGAT----TGTACA-TACA---TAACTT----T-ATT--------atgagtgcttcggcctcattcgcacaaaccagatttgtacatcaactgtaatttagtactacaatgttctcgagttaca
gi|7 : A---ATA-------------CAGAT----ATTAAA-----AGATTTAATTAG-CAAGTAAAA---TGATGTTCAAT-CAGGC------ACAAATA------------------------A-ACA-A--AGT-----CATC----TCTT--C-TGTCAAT-A-C-ACACCACCAACAC--T-TTAGT---------------AAT-TA-AT-TAT-CATACCTCTGTAAT-TA-ACA---TTGTATTATGT--AAACCTATAATTAACACT-GTG--TATA--TATAT-GT-AGTTGATCCAGTG--TT--T-TAGA--T--C-----TCTAATTAACAGGA-T-GTTTTGACC--AGTAATT----AACACCATGTTTAGATGTGCAATTAACAtgagta
gi|8 : taaattgc----T-ATT--------GA-CATA---GTA----------------AT----GC--AA-----TTACTAAAT-AG-CA-GTGAGTATGTAATGTTCAAT-CAGTTTAACACAAAAACGATTCATGTTTTATTCCCTCACTCAA-AC-CA--AATTTC-AAATGAAAATA----TTTGTTAATTAAC-ACGCCGCATACACAGG-GCTGT---------------GATGTACAC-ATG--A-----CTGTAAT-TA-ACA-AGC---------------------------------------A-GT---T-GT-AATTAA--CA-TA--CCGCTGTACA--TAGCAC---TGTGCTTAG--------ATATAA------GTATTT----AAAACTGTGTa
gi|9 : AGTCAACAT-A--GT-CCACAAAA--GAGTT--A---TTAT-A--TAG----AG--AAT----T----A----G-T-AAC--CGCCAT--TCAT-T---T---TATGT-TTGCGCACCA--ACA---GA--TTGTCACAATA--C--GA--AC--AA-TTTCACGAA----TT--A---------ATATAATTTATCTGTAG-TC-A-------AAGTTATA-----G---TCC----ACAA-C-AG--AGTC--------------TG-TAC--A-T-A----GTAATATG----A----T-C-----GGGT-AA----CACA-GGTTCAA-A-TT--A-T-C--T----ACAA-C--AG-----A-T-TGCA-A----------TAGG--ATCAA-T-T--------G--A-A----G--T-TAGCC--AC----AGTC-A------CAA--T--TAtaaga
gi|9 : cAGTCAAAGTTATAGT-CCACAACA--GAGTC--T---GTAC-A--TAGTAATAT--GAT----CG---G----G-T-AAC--A--CAGGTTCAA-A---T---TA--T-C----TAC-A--ACA---GA--TTGCA---ATAG-G--AT--C---AA-TTGA---AG----TT--A---------GCCACA----------G-TC-AC------AA--T-TA-----
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 11 11111111 1111 22222222222222 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 111111111 33333333333333333 111111111111 1111111 4444444444444444444444444444444444444444444 222222222 222 1111 1111 11111 1111 22222222 77777777777777777777 11111111 111111 111111 44444444444444444444444 1111 333333333333333 222222222222222 22222 111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 444444444 1111
lowQualScore : 3 11 4 44 1 11111111 3 88 7777 44 11111111111111 3 3 55555 88 88888 555 44 6 7777 3 44 1 555 77 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 55 3 000000000 8888 6 4 4 55 33333333333333333 3 55 3 7 7777 7777 7777 222222222222 3 44 7777 77 55 555 55 7 2222222 9999 99999 3 4 4 6666666666666666666666666666666666666666666 55 4 55 55 8888 555555555 88888 333 5 1111 0000 888 5 77777 6 2222 5 00000000 44444444444444444444 33333333 555555 55 5 5 0 4 222222 5 33333333333333333333333 4 66 7777 333333333333333 111 4 4 1 0 5 1 777777777777777 4 4 8 8 00000 4 4 66 555555 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111111 1 0 55 2222 0 9 1 0
lowQualScore : . .. . .. . ........ . .. .... .. .............. . . ..... .. ..... ... .. . .... . .. . ... .. ............................................................................... .. . ......... .... . . . .. ................. . .. . . .... .... .... ............ . .. .... .. .. ... .. . ....... .... ..... . . . ........................................... .. . .. .. .... ......... ..... ... . .... .... ... . ..... . .... . ........ .................... ........ ...... .. . . . . ...... . ....................... . .. .... ............... ... . . . . . . ............... . . . . ..... . . .. ...... ............................................................................. ......... . . .. .... . . . .
lowQualScore : 9 00 0 22 0 88888888 1 55 3333 22 22222222222222 1 1 11111 55 88888 444 66 2 1111 3 66 8 888 99 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 00 6 222222222 5555 4 0 0 55 77777777777777777 6 00 6 3 7777 7777 7777 444444444444 6 22 7777 11 00 555 00 3 1111111 0000 11111 6 0 8 4444444444444444444444444444444444444444444 55 0 55 55 5555 000000000 44444 222 7 3333 6666 888 7 33333 7 1111 7 77777777 44444444444444444444 33333333 333333 22 0 0 2 4 888888 3 33333333333333333333333 4 11 2222 777777777777777 111 4 4 1 1 0 0 888888888888888 4 4 9 9 00000 4 4 77 666666 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 222222222 0 7 33 1111 1 8 0 7
consensus : AGTCAAAGTTA--GT-CCACAACA--GANTG--T---GTAC-A--TAG----AT--AAT----T----A----G-T-AAC--A--CAG--TCAA-A---T---TA-GT-C----CAC-A--ACA---GA--TTGT----ATA--C--AT--A---AA-T------AA----TT--A---------GTAACAC---------G-TC-A-------AA--T-TA-----G---TCC----ACGA-A-AG--A--T--------------TG-TAC--A-T-A----G----ATA----A----T-T-----AG-T-AA----CACA-G--TCAA-A-TT--AGT-C--C----ACAA-A--AG-----A-T-TGTACA----------TAG---ATAAA-T-A--------T--A-A----G--T-AA--C--AC----AGTC-A------CAA--T--TAGT--CA-CANTA-AGAT----TG---A-TA-A---T-GTTT----T-ATT--------GAACATA---GTA-------------TAGAT----AT--AA-----NTACTAAAC-AG-CA-GTGAGAGACTAATGTTCAAT-CAGTT------AAANACA----------------------CAA-ACACA--AGT----ACATG----TA----CATGTTAATTA-C-ACACCACAAACACAGG-GCNGT---------------AAT-TA-AC-AAG-CA-----CTGTAAT-TA-ACA-AGCTG----NTGT--ANAT---------ACACT-A-G--TACA-GTA-GT-GT-AATTAA--CA-TA--CC--TGTANA--T--CAC-G-TGTAATTAAC---A-C-GTGTAGAGCTGTGTAATT----AACACTGTGTAGAGNTGTGTAATTAACACTGCGTTTAG
Reference ( family-1552 ) : AGTCAAAGTTA--GT-CCACAACA--GANTG--T---GTAC-A--TAG----AT--AAT----T----A----G-T-AAC--A--CAG--TCAA-A---T---TA-GT-C----CAC-A--ACA---GA--TTGT----ATA--C--AT--A---AA-T------AA----TT--A---------GTAACAC---------G-TC-A-------AA--T-TA-----G---TCC----ACGA-A-AG--A--T--------------TG-TAC--A-T-A----G----ATA----A----T-T-----AG-T-AA----CACA-G--TCAA-A-TT--AGT-C--C----ACAA-A--AG-----A-T-TGTACA----------TAG---ATAAA-T-A--------T--A-A----G--T-AA--C--AC----AGTC-A------CAA--T--TAGT--CA-CANTA-AGAT----TG---A-TA-A---T-GTTT----T-ATT--------GAACATA---GTA-------------TAGAT----AT--AA-----NTACTAAAC-AG-CA-GTGAGAGACTAATGTTCAAT-CAGTT------AAANACA----------------------CAA-ACACA--AGT----ACATG----TA----CATGTTAATTA-C-ACACCACAAACACAGG-GCNGT---------------AAT-TA-AC-AAG-CA-----CTGTAAT-TA-ACA-AGCTG----NTGT--ANAT---------ACACT-A-G--TACA-GTA-GT-GT-AATTAA--CA-TA--CC--TGTANA--T--CAC-G-TGTAATTAAC---A-C-GTGTAGAGCTGTGTAATT----AACACTGTGTAGAGNTGTGTAATTAACACTGCGTTTAG
gi|1 : AGTCAAA-TTA--GT-CCACAACA--GATTG--T---GTAC-A--TAG----AT--AAT----T----A----G-T-AAC--A--CAG--TCAA-A---T---TA-GT-C----CAC-A--TAA---GA--TTGT----GTA--C--AT--A---AA-T------AA----TT--A---------GTAACA----------G-TC-G-------AA--T-TG-----G---TCC----ACTA-A-AG--A--T--------------TG-TAC--A-T-A----G----ATA----A----T-T-----AG-T-AA----CACA-G--TCTC-G-TT--AGT-T--C----ACAA-G--AG-----A-T-TGTAAA----------TTG---ATAGA-TGA--------T--A-A----G--T-AA--A--AC----AGTC--------CAA--T--TAGT--CATCACTA-AGAC----TG---A-TA-A---T-ACTC----T-ATT--------GAATATG---GT--------------CAGAT----AT--AA-----ATACTAAAC-AG-CA-GTGAGAGCCTGGTGGTCAAT-CAGTT------AAAAACA----------------------CAA-ACACA--AGT----ACATG----TA----CATGTTAATTA-C-ACACCACAAACACAGA-GCAGT---------------AAT-TA-AC-AAG-CAC----CTGTAATGTACACAGAATTG----TTGTTGACAC---------ACACT-A-G--TACATGTA-GTAGT-AATTAA--CA-CAGCTC--TGTACATTT--CATGG-TGTAATTAAC---ACC-GTGTAAAGCTATGTAATT----AACATTGTGCAGAGACCTGTAATCGACACTGTGTTTAG
gi|10 : -AAAT----TG---ACTG-A---T-GTTTGGCCT-AAT--------AAACAGATTTATA-------------TCAAT----A---AA-----ATACTAAAC-GG-CA-GAGAGAGACTAATGTTCAAT-CAGGT------AAA-ACA----------------------CAA-A-ACA--A-T----ATATG----T------ATG-TAA-TA-CTATGTCATAAACA---G-GCGGTAATTGTACACTGCGGAAT-TA-AC-AAG-TA-----CTGTAAT-TA-ACA-AGCT
gi|11 : tagaaaaacactagcactctagtgtgaattcgtttacccAA--T--TAGT---A-CAGTA-AAAT----TA---A-TA-C---T-GTTT----T-ATT--------AAACATAACTGTACTGATATTTTAACTAGAT----AT--AA-----TTACTAAA--------------GACTAATGTTCACT-CAGTT------AAACCCA----------------------GAA-ACACA--AGT----ACATG----TA----------AGTTA-C-ACATCACAAACACAGG-GCTGT---------------AAT-TA-ACGAGG-CA-----CTGTAAT-TA-ACA-TGCTA----CTGT--AAATA--------ACACatattaatatc
gi|12 : tagtACGAAAC-AA-CA-GTGAGAGACTAATGTTTAAT-CAGTT-------AAGACA----------------------CCA-ACACA--AGT----ACATT----T-------TATTA---A-C-ACATCACACA-ACAGA-ACTGT---------------AAT-TA-ACAAAA-CA-----CTGTAAT-TA-ACA-AACTA----CTAT--ACAT---------A-----------ACA-TT--GT-GT---TTAG-------------------------AC-A-TGTAATTAATA--A-T-GTGTAGAGCCGTGTAATT----AACACT
gi|13 : acaA-C-ACATCACAAACACAGG-GTTGT---------------AAA-TA-AC-AAGACA-----CTATAAT-TT-ACA-AGCCA----ATGT--A--------------ATT-A-G--CA-A-GCA-GT-TTTAATTAA--CA-TATTCC--TGCAAA--T--GGC-GCTGTGATTA--------------GATATATGTAATTTTAAAACACTGT-T-GAGCTGTGTAATTAACACTGCGTTTAt
gi|14 : GT---------------AAT-TA-GG-AAT-CAA----CTGTAAT-TA-ACA-AGCTC----TTGT--ATAT---------A
gi|15 : acacatatcaaatatagggttgcaaacaaataaatatacatTTA--AT-CCTCAACA--GATTG--T-----AC-A--TAG----AT--AAT----A----A----G-T-AAC--A----G--TCAA-A---T---TA-GT-C----CGC-A--ACA---TA--TTGC----ATA--T--AG--A---AA-G------AA----acgttgtttcgatat
gi|15 : AGTCAAA-TTA--GT-CCGCAACA--TATTGCAT---ATAG-A--AAG----AA--AAT----------------T-AAC-----CAG--T----A---C---TA-GT-aattaaccagtactagt
gi|16 : ttaatcctcaacagattgtacatagataataagtaacTAGAGCTGTGTAATT----AGCAC--TGTAGAACTGTGTGATTAACACTGTG
gi|17 : tgcatacatatttaaccaatcaccAGAGACTAATGTTCACT-CAGTT------AAACCCA----------------------AAA-ACACA--AGT----ACATG----TA----gt
gi|2 : --------------TG-TAC--A-T-A----G----ATA----A----T-TTTTGCAG-TCAAATTTCAC--G--TCAA-AGTT--AGT-C--C----GCAA-C--AGTGAGTG-T-TGTACA----------AAA---ATAAA---A--------TTAA-A----GAATGAA--CGAAC----AGTCAA------TAAACT--TAGTACCA-CAAC--AGA-----TG---A-Tagtt
gi|2 : caattgatccGTCAAAGTTA--GT-CCGCAACAGTGAGTGT-T---GTAC-A--AAA----ATAAAAT----TAAAGA----A-TGAACGAA--CAG--TCAATAAACT---TA-GTAC----CAC-A--ACA---GA--TGAT----TTA--C--TT--ATCCAA-T------AACAATTT--GAAGCTAGTTGTAACACAA-------G-TC---------AA--T-TA-----G---TCC----ACGACA-AG--A--TG-------------TG-TAC--ATT-A----G----ATA----A----TAG-----AG-T-AA----CACA-G--TCAATA-TT--AGTAC--C----ACAA-AC-AA-----A-T-TGCATATT--------TAGACCATAAATT-AACCAATACT--A-A----G--T-AC--C--GCCTGAAGTG-AT-----CGA--CTGTAGT---A-TACTATAGATGACGTG---A--A-ATTTT-GTTT----TGACTAATATACAGAATATA---GGA-------------TAGGTAGGGAT--AATAAACATACTAAAC-AGCCA-GTGAGAGACTATGGGTCAATGCAGTT------GAAGACA----------------------CAGCATACAGCAGTGTGGACATG----TG----CA-AATGATTA-C-Attacttatccaataacaatttgaagctagttgtaacacaagtcaattagtccacgacaagatgtgtacattagataatagagtaacacagtcaatattagtaccacaaacaaattgcatatttagaccataaattaaccaatactaagtaccgcctgaagtgatcgactgtagtatactatagatgacgtgaaattttgttttgactaatatacagaatataggataggtagggataataaacatactaaacagccagtgagagactatgggtcaatgcagttgaagacacagcatacagcagtgtggacatgtgcaaatgattaca
gi|3 : caattgatcctgtacatagataatttttgcagtcaaatttcacACG--GACTA--T---TTGC-AATTGG----AT--AATACTTT----ATCACA-T-AAA--A--CAA--TTAC-A---TAAATA-CT-T----CAC-A--ATAACTGA--TT-T----ACATTC--ATCAA---AG-T------AT----TT--T---------G-AACA----------A-TCTA-------CA--T-TC-----A---TTT----A----A-AA--A--T--------------TG-CAT--A-T-A----G----AAA----AATCCC-T-----AG-T-AA----CACA-G--TCAG-T-TT--AGT-
gi|3 : A-A--AA-----A-T-TGCATA----------TAG---AAAAA-T-C--------C--CTA----G--T-AA--C--AC----AGTC-AGTTTAGTAA--T--T-GT--TA-CAGTA-AAAT----TG---A-TA-C---T-GTTG----T-ACT--------AAACATA---ATACTGATATTGGAACTAGAT----AT--AA-----TGACTACAC-AG-CA-GGGAGAGACTAATGTCCACT-CAGTT------GAACCCA----------------------GAA-ACACA--AGT----ACATG----TAAAGGCATGTAAGTTA-C-ACAACACAAACACAGGTGCA-T---------------AAT-TA-AC-AAGTCA-----CTGTAAT-TA-ACA-TACTG----ATGT--AAATA--------ACATTCA-GCTTA-A-ATA--T-GT-AATTAG--TA-T-------TTTAGA--G--C-C-C-TGTAGTTAAC---A-CTGTGTAGAGCTGTGCAATT----AACACTGTGaattgttacagtaaaattgatactgttgtactaaacataatactgatattggaactagatataatgactacacagcagggagagactaatgtccactcagttgaacccagaaacacaagtacatgtaaaggcatgtaagttacacaacacaaacacaggtgcataattaacaagtcactgtaattaacatactgatgtaaataacattcagcttaaatatgtaattagtattttagagccctgtagttaacactgtgtagagctgtgcaattaacactgtgat
gi|4 : acggactatttgcaattggataatactttatcacataaaacaattacataaatacttcacaataactgatttacattcatcaaagtattttgaacaatctacattcatttA--GATTG--T--------A--CAG----AT--AAT----T----A----G-T-AAC--A--CAA--TCAA-T---T---TA-GT-C----CAT-A--AAA---AA--TTGT----AT------AT--A---GA-T------AA----TT--A---------GTAACAC---------GCTC-A-------CA--T-TA-----C---TCC----ACGT-A-AG--A--T--------------TG-TAT--A-T-A----G----ATAGATTA----T-C-----AA-T-GA----CACA-G--TCGA-A-TT--AGT-C--C----ACAA-A--AG-----A-T-TTTATA----------TAG---ATAGA-TAA--------T--T-A----G--T-GA--C--AC----GGTC-A-------AA--T--AAGT--Cat
gi|4 : AATTTA--GT-CCATAA-A--AAAT---T---GTAT-A--TAG----AT--AAT----T----A----G-T-AAC--A--CGC--TCAC-A---T---TA-CT-C----CAC-G--TAA---GA--TTGT----ATA--TAGAT--A---GA-T------TA----TC--A---------ATGACACA--------G-TC-G-------AA--T-TA-----G---TCC----ACAA-A-AG--A--TTTTA----------TA-TAG--A-T-A----G----ATA----A----T-T-----AG-T-GA----CACG-G--TCAA-A-TA--AGT-C--CATATATAA-A--AG-----A-C-GGTACAAAATGTCATGTAT---ATAAA-T-AAT------T--A-G----G--T--A--T--AC----AGTC-A------catatataaaagacggtacaaaatgtcatgtatataaataattaggtatacagtcaagtacgtcaaaaaaaaaattgtagatagacaattagtatcacaatcaaaagagtccataaaagattgtattaattagataattagtttgtccacaaaagaggatataagatttataa
gi|4 : agattgtacagataattagtaacacaatcTTA--CT-CCACGTAA--GATTG--T---ATAT-AGATAG----AT--TAT----C----A----A-T-GAC--A--CAG--TCGA-A---T---TA-GT-C----CAC-A--AAA---GATTTTAT----ATA--G--AT--A---GA-T------AA----TT--A---------GTGACACG--------G-TC-A-------AA--T-AA-----G---TCCATATATAA-A-AG--A--CGGTACAAAATGTCATG-TAT--A-T-A----A----ATA----A----T-T-----AG-G-TA----TACA-G--TCAA-G-TA--CGT-CA-A----AAAA-A--AA-----A-T-TGTAGA----------TAG---ACA-----A--------T--T-A----G--T-AT--C--AC----AATC-A------AAA-----GAGTC-CA-TAA-A-AGAT----TG---agtacgtcaaaaaaaaaattgtagatagacaattagtatcacaatcaaaagagtccataaaagattgtattaattagataattagtttgtccacaaaagaggatataagatttataa
gi|4 : agattgtacagataattagtaacacaatcaatttagtccataaaaaattgtatatagataattagtaacacgctcacaACA--AAATG--TCATGTAT-A--TAA----AT--AAT----T----A----G-G-TAT--A--CAG--TCAA-G---T---AC-GT-C----AAA-A--AAA---AAA-TTGT----AGA------T--A---GA-C------AA----TT--A---------GTATCAC---------AATC-A-------AA--A-GA-----G---TCC----ATAA-A-AG--A--T--------------TG-TATTAA-TTA----G----ATA----A----T-T-----AG-T----------------------TT---GT-C--C----ACAA-A--AG-----A-tattaattagataattagtttgtccacaaaagaggatataagatttataa
gi|5 : agattgtacagataattagtaacacaatcaatttagtccataaaaaattgtatatagataattagtaacacgctcacattactccacgtaagattgtatatagatagattatcaatgacacagtcgaattagtccacaaaagattttatatagatagataattagtgacacggtcaaataagtccatatataaaagacggtGTCAAA-TTA--GTACCACAACA--AGGTA--T---GTACAA--TAAGC--AT--AAT----T----A----GAT-AAC--A--CAG--TCAATG---T---AA-GTGC----CAC-AACACA---GA--TTGTAC--ATA--C--AT--A---ACTT------TA----TTTGA---------GTAA-AC---------G-CC-AACAGATCAA--T-TA-----GTGATCC----AC-A-A-CA--A--T--------------TG-TAC--A-T-AGGAGG----ATA----A----T-T-----AG-T-AA----CAC--G--TCAA-A-TTACATT-CGGC----ACAA-AACAG-----ATT-TGTACAG---------TAG-----AAA-T----------T--A-A----G--G-AA--C--A-----AGTC--------CAA--T--ggatataagatttataa
gi|6 : gataatgtagtaaaacagGTCAAAGTTATAGT-CCACAACA--GAGTC--T---GTAC-A--TAGTAATAT--GAT----CG---G----G-T-AAC--A--CAGGTTCAA-A---T---TA--T-C----TAC-A--ACA---GA--TTGCA---ATAG-G--AT--C---AA-TTGA---AG----TT--A---------GCCACA----------G-TC-AC------AA--T-TAAAGGGG---TCC----ACGA-ACAGGTA--C--------------TGTTAC--A-TAA----G----ATA----A----TGT-----AG-T-AA----AACAGG--TCAA-A-TT--AGTAC--C----ACAACA--AG-----G-TATGTACA----------------ATAAG-C-A--------T--A-ATTAGA--T-AA--C--AC----AGTC-A------ATG--T--AAGTGCCA-CAACACAGAT----TGTACA-TACA---TAACTT----T-ATT--------atgagtgcttcggcctcattcgcacaaaccagatttgtacatcaactgtaatttagtactacaatgttctcgagttaca
gi|7 : A---ATA-------------CAGAT----ATTAAA-----AGATTTAATTAG-CAAGTAAAA---TGATGTTCAAT-CAGGC------ACAAATA------------------------A-ACA-A--AGT-----CATC----TCTT--C-TGTCAAT-A-C-ACACCACCAACAC--T-TTAGT---------------AAT-TA-AT-TAT-CATACCTCTGTAAT-TA-ACA---TTGTATTATGT--AAACCTATAATTAACACT-GTG--TATA--TATAT-GT-AGTTGATCCAGTG--TT--T-TAGA--T--C-----TCTAATTAACAGGA-T-GTTTTGACC--AGTAATT----AACACCATGTTTAGATGTGCAATTAACAtgagta
gi|8 : taaattgc----T-ATT--------GA-CATA---GTA----------------AT----GC--AA-----TTACTAAAT-AG-CA-GTGAGTATGTAATGTTCAAT-CAGTTTAACACAAAAACGATTCATGTTTTATTCCCTCACTCAA-AC-CA--AATTTC-AAATGAAAATA----TTTGTTAATTAAC-ACGCCGCATACACAGG-GCTGT---------------GATGTACAC-ATG--A-----CTGTAAT-TA-ACA-AGC---------------------------------------A-GT---T-GT-AATTAA--CA-TA--CCGCTGTACA--TAGCAC---TGTGCTTAG--------ATATAA------GTATTT----AAAACTGTGTa
gi|9 : AGTCAACAT-A--GT-CCACAAAA--GAGTT--A---TTAT-A--TAG----AG--AAT----T----A----G-T-AAC--CGCCAT--TCAT-T---T---TATGT-TTGCGCACCA--ACA---GA--TTGTCACAATA--C--GA--AC--AA-TTTCACGAA----TT--A---------ATATAATTTATCTGTAG-TC-A-------AAGTTATA-----G---TCC----ACAA-C-AG--AGTC--------------TG-TAC--A-T-A----GTAATATG----A----T-C-----GGGT-AA----CACA-GGTTCAA-A-TT--A-T-C--T----ACAA-C--AG-----A-T-TGCA-A----------TAGG--ATCAA-T-T--------G--A-A----G--T-TAGCC--AC----AGTC-A------CAA--T--TAtaaga
gi|9 : cAGTCAAAGTTATAGT-CCACAACA--GAGTC--T---GTAC-A--TAGTAATAT--GAT----CG---G----G-T-AAC--A--CAGGTTCAA-A---T---TA--T-C----TAC-A--ACA---GA--TTGCA---ATAG-G--AT--C---AA-TTGA---AG----TT--A---------GCCACA----------G-TC-AC------AA--T-TA-----
blockSeqs : G TA A GT T GTCATG A AT TAAT AA ACTTTATCAC A G GAA GT TAAAC AAA TG A TGCG C AC C ACT TT CACAATACGAACAATTTCACGAATTAATATAATTTATCTGTAGTCA GT A AAGGGG ATAT G C C GT CGGTACAAAATGTCA T TA T T GGAG TAAT GATT TTTTTGC G CA ATTT AG GT AG AC A CATAT AAC TGAGT T A C TTTAGACCATAAATTAACCAATACTAA AA G GC GA CTGA AGTTTAGT ACT ACC . CTAT GACG TAC C ATTT A GGCC G AATATACA ACTGTACTGATATTTTAACT AGGGAT TAAACA TT C A G TAACAC C ATTCATGTTTTATTCCCTCACTC C GC GTGG TAAAGGCATGT GTT A T T T G AATTGTACACTGCGG G C G A TACCT . . A GTATTA AAACCTATAATTAACACTGTGTATATATATGTAGTTGATCCAGTGTTTTAGATC ACAGGAT G CG TTAA A C
blockSeqs : T TA . . T GCATA . GA TAAT . TAAAGA . . CGC GT TG . G G . . . C . A TTACTTATCCAATAACAATTTGAAGCTAGTTGTAACACAAGTC . . GTGA . G . . . TTTTA . . . A . . . ATCCCT . A . A . TA . A GGC AC . . . T AAATGTCATGTATATAAATAATTAG . . . . . AAT CTG GCC . ACAC . . . CA . . . . ATACTGATATTGGAACT ATTA A C . . . . G C . . TTC AAAATATTTGT ATT . . T . T . . . A T A . . T AC AATTAGCAAGCAGTTTTAATTAACATATTCCTGCAAATGGCGC ATAAT G TA . T C
blockSeqs : G . . . G GTTG . . GC . CGG . . A . A . G . . . . T . . ACATACATAACTTTATTTGAGTAAACGCCAACAGATC . . G . A . . . GTC . . . . . . . TAG . A . A . T . . AA CA . . . T AAAATAAAATTAAA . . . . . ATC T CC . GTA . . . A . . . . TTTATAT AT T C . . . . C G . . . TCTTCTGT GTT . . T . T . . . . . . . . A AC AAATAACATTCAGCTTAAATATGTAATTAGTATTTTAGAGCCC ACACT T TG . . A
blockSeqs : A . . . C ATT . . . . CGG . . A . A . G . . . . A . . AATAGGATCAATTGAAGTTAGCCACAGTCAC . . A . A . . . TG . . . . . . . TGT . G . A . A . . C C . . . T TAGAAAAATCCCTA . . . . . AA T T . GTA . . . C . . . . GGAT AT T C . . . . G C . . . TGCAAA ATT . . T . T . . . . . . . . A AA AGTTGTAATTAACATACCGCTGTACATAGCAC G A TG .
blockSeqs : G . . . T GTA . . . . AA . . A . A . C . . . . A . . AATAGGATCAATTGAAGTTAGCCACAGTCAC . . C . A . . . T . . . . . . . TC . G . G . A . . C A . . . C TAGATAGATAATTA . . . . . AA T C . AC . . . C . . . . ATAC GC A C . . . . C A . . . TATG AT . . A . A . . . . . . . . A CT ACATAACATTGTGTTTAGACA . . . .
blockSeqs : . . . . A ATG . . . . TA . . A . T . G . . . . A . . ACATTCATCAAAGTATTTTGAACAATCTA . . G . G . . . T . . . . . . . TT . T . A . G . . C A . . . G ATAAGCATAATTAG . . . . . AC T . . AA . . . . . . GTA A T T . . . . A C . . . TTAT AT . . C . A . . . . . . . . T GA . .
blockSeqs : . . . . T CTG . . . . TA . . A . A . C . . . . A . . ATATAGATAGATTATCAATGACACAGTCG . . G . A . . . T . . . . . . . TT . A . A . A . . C A . . . C TAGGATCAATTGAA . . . . . A T . . . . . . . . A G . . . TA . . . C . T . . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . A TAT . . . . CA . . A . A . G . . . . C . . ATAGATAGATAATTAGTGACACGGTCA . . G . . . . . T . . . . . . . TT . A . . . A . . C A . . . C GTAGAAATTAA . . . . . C T . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . G CTG . . . . TA . . A . G . G . . . . C . . ATATAGATAATTAGTAACACGCTCA . . G . . . . . C . . . . . . . TT . A . . . A . . T A . . . . TAGACAATTA . . . . . .
blockSeqs : . G GT . . . . TA . . A . A . G . . . . C . . AGATAGACAATTAGTATCACAATCA . . . . . . . . . TC . . . . . . . . C . .
blockSeqs : . G GT . . . . TA . . A . T . . . . . . C . .
blockSeqs : . G TG . . . . . . . . . A . . .
blockSeqCons : AN******* C** ATACTGATATTAACT***** TTGT*********** ***** A*
originalCons : AGTCAAAGTTA--GT-CCACAACA--GANTG--T---GTAC-A--TAG----AT--AAT----T----A----G-T-AAC--A--CAG--TCAA-A---T---TA-GT-C----CAC-A--ACA---GA--TTGT----ATA--C--AT--A---AA-T------AA----TT--A---------GTAACAC---------G-TC-A-------AA--T-TA-----G---TCC----ACGA-A-AG--A--T--------------TG-TAC--A-T-A----G----ATA----A----T-T-----AG-T-AA----CACA-G--TCAA-A-TT--AGT-C--C----ACAA-A--AG-----A-T-TGTACA----------TAG---ATAAA-T-A--------T--A-A----G--T-AA--C--AC----AGTC-A------CAA--T--TAGT--CA-CANTA-AGAT----TG---A-TA-A---T-GTTT----T-ATT--------GAACATA---GTA-------------TAGAT----AT--AA-----NTACTAAAC-AG-CA-GTGAGAGACTAATGTTCAAT-CAGTT------AAANACA----------------------CAA-ACACA--AGT----ACATG----TA----CATGTTAATTA-C-ACACCACAAACACAGG-GCNGT---------------AAT-TA-AC-AAG-CA-----CTGTAAT-TA-ACA-AGCTG----NTGT--ANAT---------ACACT-A-G--TACA-GTA-GT-GT-AATTAA--CA-TA--CC--TGTANA--T--CAC-G-TGTAATTAAC---A-C-GTGTAGAGCTGTGTAATT----AACACTGTGTAGAGNTGTGTAATTAACACTGCGTTTAG
finalCons : AGTCAAAGTTA--GT-CCACAACA--GANTG--T---GTAC-A--TAG----AT--AAT----T----A----G-T-AAC--A--CAG--TCAA-A---T---TA-GT-C----CAC-A--ACA---GA--TTGT----ATA--C--AT--A---AA-T------AA----TT--A---------GTAACAC---------G-TC-A-------AA--T-TA-----G---TCC----ACGA-A-AG--A--T--------------TG-TAC--A-T-A----G----ATA----A----T-T-----AG-T-AA----CACA-G--TCAA-A-TT--AGT-C--C----ACAA-A--AG-----A-T-TGTACA----------TAG---ATAAA-T-A--------T--A-A----G--T-AA--C--AC----AGTCAN-------AA--T--TAGTC--A-CANTA-AGAT----TG---A-TA-A---T-GTTT----T-ATT--------GAACATAATACTGATATTAACT-----AGAT----AT--AA-----NTACTAAAC-AG-CA-GTGAGAGACTAATGTTCAAT-CAGTT------AAANACA----------------------CAA-ACACA--AGT----ACATGTTGT-----------TAATTA-C-ACACCACAAACACAGG-GCNGT---------------AAT-TA-AC-AAG-CA-----CTGTAAT-TA-ACAA-GCTG----NTGT--ANAT---------ACACT-A-G--TACA-GTA-GT-GT-AATTAA--CA-TA--CC--TGTANA--T--CAC-G-TGTAATTAAC---A-C-GTGTAGAGCTGTGTAATT----AACACTGTGTAGAGNTGTGTAATTAACACTGCGTTTAG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 11 11111111 1111 22222222222222 1111 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 111111111 33333333333333333 111111111111 1111111 4444444444444444444444444444444444444444444 22222222222 222 1111 1111 11111 111111111 333333333333 111111 11111 44444444444444 222222222222222 11 22222 11111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 3333333 1111
lowQualScore : 3 11 4 44 1 11111111 3 88 7777 44 11111111111111 3 3 55555 88 88888 555 44 6 7777 3 44 1 555 77 8888 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 55 3 000000000 8888 666 4 55 33333333333333333 3 55 3 7 7777 7777 7777 222222222222 3 44 7777 77 55 555 55 7 2222222 9999 99999 3 4 4 6666666666666666666666666666666666666666666 55 4 55 55 8888 77777777777 55 4 333 5 1111 0000 888 5 6 6 55555 66 777777777 444444444444 77 0 555555 66 0 4 2 6 3 4 0 66 11111 44444444444444 9999 4 1 7777 2 777777777777777 777 55 8 44444 4 4 4 99 66666 66 5 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 4444444 2 2222 0 99 6 1 2
lowQualScore : . .. . .. . ........ . .. .... .. .............. . . ..... .. ..... ... .. . .... . .. . ... .. .... ........................................................................ .. . ......... .... ... . .. ................. . .. . . .... .... .... ............ . .. .... .. .. ... .. . ....... .... ..... . . . ........................................... .. . .. .. .... ........... .. . ... . .... .... ... . . . ..... .. ......... ............ .. . ...... .. . . . . . . . .. ..... .............. .... . . .... . ............... ... .. . ..... . . . .. ..... .. . ....................................................................... ....... . .... . .. . . .
lowQualScore : 9 00 0 22 0 88888888 1 55 3333 22 22222222222222 1 1 11111 55 88888 444 66 2 1111 3 66 8 888 99 3333 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 00 6 222222222 5555 444 0 55 77777777777777777 6 00 6 3 7777 7777 7777 444444444444 6 22 7777 11 00 555 00 3 1111111 0000 11111 6 0 8 4444444444444444444444444444444444444444444 55 0 55 55 5555 11111111111 55 0 222 7 3333 6666 888 7 7 7 77777 33 000000000 777777777777 99 1 333333 44 2 4 7 9 9 4 1 11 33333 11111111111111 4444 4 1 9999 8 888888888888888 888 00 9 44444 4 4 4 33 55555 99 9 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 5555555 5 1111 1 22 0 0 0
consensus : AGTCAAAGTTA--GT-CCACAACA--GANTG--T---GTAC-A--TAG----AT--AAT----T----A----G-T-AAC--A--CAG--TCAA-A---T---TA-GT-C----CAC-A--ACA---GA--TTGT----ATA--C--AT--A---AA-T------AA----TT--A---------GTAACAC---------G-TC-A-------AA--T-TA-----G---TCC----ACGA-A-AG--A--T--------------TG-TAC--A-T-A----G----ATA----A----T-T-----AG-T-AA----CACA-G--TCAA-A-TT--AGT-C--C----ACAA-A--AG-----A-T-TGTACA----------TAG---ATAAA-T-A--------T--A-A----G--T-AA--C--AC----AGTC-A--N------AA--T-TAGT--CA-CANTA-AGAT----TG---A-TA-AT-GTTT----TATTAAACATAA---TACTG-ATAT----T--AAC-TAG--ATATAA-----NTACTAAACAG-CAGTGAGAGACTAATGTTCAAT-CAGTTAAANACACAA-ACACA--AGT----ACATGT-------TGT---TAA-TTAC-ACACCACAAACACAGG-GCNGT---------------AATT---AAC--AAG-CA-----CTG-TAAT-TA-ACA-AGCTGN----TGT--ANAT---------ACACT-A-G--TACA-GTAGT-GT-AATTAA--CA-TG---CTGTAGA--TCAC-G------TGTAATTAAC-A---C-GTGTAGAGCTGTGTAATT----AACACTGTG--TAGAGATGTGTAATTAACACTGTGTTTAG
Reference ( family-1552 ) : AGTCAAAGTTA--GT-CCACAACA--GANTG--T---GTAC-A--TAG----AT--AAT----T----A----G-T-AAC--A--CAG--TCAA-A---T---TA-GT-C----CAC-A--ACA---GA--TTGT----ATA--C--AT--A---AA-T------AA----TT--A---------GTAACAC---------G-TC-A-------AA--T-TA-----G---TCC----ACGA-A-AG--A--T--------------TG-TAC--A-T-A----G----ATA----A----T-T-----AG-T-AA----CACA-G--TCAA-A-TT--AGT-C--C----ACAA-A--AG-----A-T-TGTACA----------TAG---ATAAA-T-A--------T--A-A----G--T-AA--C--AC----AGTC-A--N------AA--T-TAGT--CA-CANTA-AGAT----TG---A-TA-AT-GTTT----TATTGAACATAA---TACTG-ATAT----T--AAC-TAG--ATATAA-----NTACTAAACAG-CAGTGAGAGACTAATGTTCAAT-CAGTTAAANACACAA-ACACA--AGT----ACATGT-------TGT---TAA-TTAC-ACACCACAAACACAGG-GCNGT---------------AATT---AAC--AAG-CA-----CTG-TAAT-TA-ACA-AGCTGN----TGT--ANAT---------ACACT-A-G--TACA-GTAGT-GT-AATTAA--CA-TA--CCTGTANA--TCAC-G------TGTAATTAAC-A---C-GTGTAGAGCTGTGTAATT----AACACTGTG--TAGAGNTGTGTAATTAACACTGCGTTTAG
gi|1 : AGTCAAA-TTA--GT-CCACAACA--GATTG--T---GTAC-A--TAG----AT--AAT----T----A----G-T-AAC--A--CAG--TCAA-A---T---TA-GT-C----CAC-A--TAA---GA--TTGT----GTA--C--AT--A---AA-T------AA----TT--A---------GTAACA----------G-TC-G-------AA--T-TG-----G---TCC----ACTA-A-AG--A--T--------------TG-TAC--A-T-A----G----ATA----A----T-T-----AG-T-AA----CACA-G--TCTC-G-TT--AGT-T--C----ACAA-G--AG-----A-T-TGTAAA----------TTG---ATAGA-TGA--------T--A-A----G--T-AA--A--AC----AGTC----C------AA--T-TAGT--CATCACTA-AGAC----TG---A-TA-AT-ACTC----TATTGAATATGG---T--------------------CAG--ATATAA-----ATACTAAACAG-CAGTGAGAGCCTGGTGGTCAAT-CAGTTAAAAACACAA-ACACA--AGT----ACATGTACA----TGT---TAA-TTAC-ACACCACAAACACAGA-GCAGT---------------AATT---AAC--AAG-CAC----CTG-TAATGTACACAGAATTGT----TGTTGACAC---------ACACT-A-G--TACATGTAGTAGT-AATTAA--CA-CAGCTCTGTACATTTCATGG------TGTAATTAAC-AC--C-GTGTAAAGCTATGTAATT----AACATTGTG--CAGAGACCTGTAATCGACACTGTGTTTAG
gi|10 : -AAAT----TG---ACTG-AT-GTTTGGCCTAATAAACA-GA---T--TT-ATAT----C--AA--------TA-AA-----ATACTAAACGG-CAGAGAGAGACTAATGTTCAAT-CAGGTAAA-ACACAA-A-ACA--A-T----ATATGTA------TG----TAA--TACTATGTCATAAACA---G-GCGGTAATTGTACACTGCGGAATT---AAC--AAG-TA-----CTG-TAAT-TA-ACA-AGCT
gi|11 : tagaaaaacactagcactctagtgtgaattcgtttaccc------AA--T-TAGT---A-CAGTA-AAAT----TA---A-TA-CT-GTTT----TATTAAACATAACTGTACTG-ATAT----TTTAAC-TAG--ATATAA-----TTACTAAA------------GACTAATGTTCACT-CAGTTAAACCCAGAA-ACACA--AGT----ACATG--------------TAAGTTAC-ACATCACAAACACAGG-GCTGT---------------AATT---AACG-AGG-CA-----CTG-TAAT-TA-ACA-TGCTAC----TGT--AAATA--------ACACatattaatatc
gi|12 : tagtACGAAACAA-CAGTGAGAGACTAATGTTTAAT-CAGTT-AAGACACCA-ACACA--AGT----ACATTT-------TAT---TA----AC-ACATCACACA-ACAGA-ACTGT---------------AATT---AACA-AAA-CA-----CTG-TAAT-TA-ACA-AACTAC----TAT--ACAT---------A-----------ACA-TT-GT-GT---TTAG---------------------AC-A------TGTAATTAATAA---T-GTGTAGAGCCGTGTAATT----AACACT
gi|13 : acaAC-ACATCACAAACACAGG-GTTGT---------------AAAT---AAC--AAGACA-----CTA-TAAT-TT-ACA-AGCCAA----TGT--A--------------ATT-A-G--CA-A-GCAGT-TTTAATTAA--CA-TATTCCTGCAAA--TGGC-GC-----TGTGATTA--------------GATATATGTAATTTTAAAACACTGT---T-GAGCTGTGTAATTAACACTGCGTTTAt
gi|14 : GT---------------AATT---AGG--AAT-CAA----CTG-TAAT-TA-ACA-AGCTCT----TGT--ATAT---------A
gi|15 : acacatatcaaatatagggttgcaaacaaataaatatacatTTA--AT-CCTCAACA--GATTG--T-----AC-A--TAG----AT--AAT----A----A----G-T-AAC--A----G--TCAA-A---T---TA-GT-C----CGC-A--ACA---TA--TTGC----ATA--T--AG--A---AA-G------AA----acgttgtttcgatat
gi|15 : AGTCAAA-TTA--GT-CCGCAACA--TATTGCAT---ATAG-A--AAG----AA--AAT----------------T-AAC-----CAG--T----A---C---TA-GT-aattaaccagtactagt
gi|16 : ttaatcctcaacagattgtacatagataataagtaacTAGAGCTGTGTAATT----AGCAC--TG--TAGAACTGTGTGATTAACACTGT
gi|17 : tgcatacatatttaaccaatcaccAGAGACTAATGTTCACT-CAGTTAAACCCAAAA-ACACA--AGT----ACATGT-------gt
gi|2 : --------------TG-TAC--A-T-A----G----ATA----A----T-TTTTGCAG-TCAAATTTCAC--G--TCAA-AGTT--AGT-C--C----GCAA-C--AGTGAGTG-T-TGTACA----------AAA---ATAAA---A--------TTAA-A----GAATGAA--CGAAC----AGTCAA--T------AAACT-TAGTACCA-CAAC--AGA-----TG---A-Taagtt
gi|2 : caattgatccGTCAAAGTTA--GT-CCGCAACAGTGAGTGT-T---GTAC-A--AAA----ATAAAAT----TAAAGA----A-TGAACGAA--CAG--TCAATAAACT---TA-GTAC----CAC-A--ACA---GA--TGAT----TTA--C--TT--ATCCAA-T------AACAATTT--GAAGCTAGTTGTAACACAA-------G-TC---------AA--T-TA-----G---TCC----ACGACA-AG--A--TG-------------TG-TAC--ATT-A----G----ATA----A----TAG-----AG-T-AA----CACA-G--TCAATA-TT--AGTAC--C----ACAA-AC-AA-----A-T-TGCATATT--------TAGACCATAAATT-AACCAATACT--A-A----G--T-AC--C--GCCTGAAGTG-ATCG------AC--TGTAGT---A-TACTATAGATGACGTG---A--A-AT-TTTG----TTTTGACTAATA---TACAGAATATAGGAT--AGG-TAG--GGATAATAAACATACTAAACAGCCAGTGAGAGACTATGGGTCAATGCAGTTGAAGACACAGCATACAGCAGTGTGGACATG--------TGCAAATGA-TTAC-Attacttatccaataacaatttgaagctagttgtaacacaagtcaattagtccacgacaagatgtgtacattagataatagagtaacacagtcaatattagtaccacaaacaaattgcatatttagaccataaattaaccaatactaagtaccgcctgaagtgatcgactgtagtatactatagatgacgtgaaattttgttttgactaatatacagaatataggataggtagggataataaacatactaaacagccagtgagagactatgggtcaatgcagttgaagacacagcatacagcagtgtggacatgtgcaaatgattaca
gi|3 : caattgatcctgtacatagataatttttgcagtcaaatttcacACG--GACTA--T---TTGC-AATTGG----AT--AATACTTT----ATCACA-T-AAA--A--CAA--TTAC-A---TAAATA-CT-T----CAC-A--ATAACTGA--TT-T----ACATTC--ATCAA---AG-T------AT----TT--T---------G-AACA----------A-TCTA-------CA--T-TC-----A---TTT----A----A-AA--A--T--------------TG-CAT--A-T-A----G----AAA----AATCCC-T-----AG-T-AA----CACA-G--TCAG-T-TT--AGT-
gi|3 : A-A--AA-----A-T-TGCATA----------TAG---AAAAA-T-C--------C--CTA----G--T-AA--C--AC----AGTC-A--GTTTAGTAA--T-T-GT--TA-CAGTA-AAAT----TG---A-TA-CT-GTTG----TACTAAACATAA---TACTG-ATAT----TGGAAC-TAG--ATATAA-----TGACTACACAG-CAGGGAGAGACTAATGTCCACT-CAGTTGAACCCAGAA-ACACA--AGT----ACATGTAAAGGCATGT---AAG-TTAC-ACAACACAAACACAGGTGCA-T---------------AATT---AAC--AAGTCA-----CTG-TAAT-TA-ACA-TACTGA----TGT--AAATA--------ACATTCA-GCTTA-A-ATA-T-GT-AATTAG--TA-T-----TTTAGA--GC-C-C------TGTAGTTAAC-A---CTGTGTAGAGCTGTGCAATT----AACACTGTG--aattgttacagtaaaattgatactgttgtactaaacataatactgatattggaactagatataatgactacacagcagggagagactaatgtccactcagttgaacccagaaacacaagtacatgtaaaggcatgtaagttacacaacacaaacacaggtgcataattaacaagtcactgtaattaacatactgatgtaaataacattcagcttaaatatgtaattagtattttagagccctgtagttaacactgtgtagagctgtgcaattaacactgtgat
gi|4 : acggactatttgcaattggataatactttatcacataaaacaattacataaatacttcacaataactgatttacattcatcaaagtattttgaacaatctacattcatttA--GATTG--T--------A--CAG----AT--AAT----T----A----G-T-AAC--A--CAA--TCAA-T---T---TA-GT-C----CAT-A--AAA---AA--TTGT----ATA------T--A---GA-T------AA----TT--A---------GTAACAC---------GCTC-A-------CA--T-TA-----C---TCC----ACGT-A-AG--A--T--------------TG-TAT--A-T-A----G----ATAGATTA----T-C-----AA-T-GA----CACA-G--TCGA-A-TT--AGT-C--C----ACAA-A--AG-----A-T-TTTATA----------TAG---ATAGA-TAA--------T--T-A----G--T-GA--C--AC----GGTC-A---------AA--T-AAGT--Cat
gi|4 : AATTTA--GT-CCATAA-A--AAAT---T---GTAT-A--TAG----AT--AAT----T----A----G-T-AAC--A--CGC--TCAC-A---T---TA-CT-C----CAC-G--TAA---GA--TTGT----ATA--TAGAT--A---GA-T------TA----TC--A---------ATGACACA--------G-TC-G-------AA--T-TA-----G---TCC----ACAA-A-AG--A--TTTTA----------TA-TAG--A-T-A----G----ATA----A----T-T-----AG-T-GA----CACG-G--TCAA-A-TA--AGT-C--CATATATAA-A--AG-----A-C-GGTACAAAATGTCATGTAT---ATAAA-T-AAT------T--A-G----G--T--A--T--AC----AGTC-A--catatataaaagacggtacaaaatgtcatgtatataaataattaggtatacagtcaagtacgtcaaaaaaaaaattgtagatagacaattagtatcacaatcaaaagagtccataaaagattgtattaattagataattagtttgtccacaaaagaggatataagatttataa
gi|4 : agattgtacagataattagtaacacaatcTTA--CT-CCACGTAA--GATTG--T---ATAT-AGATAG----AT--TAT----C----A----A-T-GAC--A--CAG--TCGA-A---T---TA-GT-C----CAC-A--AAA---GATTTTAT----ATA--G--AT--A---GA-T------AA----TT--A---------GTGACACG--------G-TC-A-------AA--T-AA-----G---TCCATATATAA-A-AG--A--CGGTACAAAATGTCATG-TAT--A-T-A----A----ATA----A----T-T-----AG-G-TA----TACA-G--TCAA-G-TA--CGT-CA-A----AAAA-A--AA-----A-T-TGTAGA----------TAG---ACA-----A--------T--T-A----G--T-AT--C--AC----AATC-A--A------AA----GAGTC-CA-TAA-A-AGAT----TG---agtacgtcaaaaaaaaaattgtagatagacaattagtatcacaatcaaaagagtccataaaagattgtattaattagataattagtttgtccacaaaagaggatataagatttataa
gi|4 : agattgtacagataattagtaacacaatcaatttagtccataaaaaattgtatatagataattagtaacacgctcacaACA--AAATG--TCATGTAT-A--TAA----AT--AAT----T----A----G-G-TAT--A--CAG--TCAA-G---T---AC-GT-C----AAA-A--AAA---AAA-TTGT----AGA------T--A---GA-C------AA----TT--A---------GTATCAC---------AATC-A-------AA--A-GA-----G---TCC----ATAA-A-AG--A--T--------------TG-TATTAA-TTA----G----ATA----A----T-T-----AG-T----------------------TT---GT-C--C----ACAA-A--AG-----A-tattaattagataattagtttgtccacaaaagaggatataagatttataa
gi|5 : agattgtacagataattagtaacacaatcaatttagtccataaaaaattgtatatagataattagtaacacgctcacattactccacgtaagattgtatatagatagattatcaatgacacagtcgaattagtccacaaaagattttatatagatagataattagtgacacggtcaaataagtccatatataaaagacggtGTCAAA-TTA--GTACCACAACA--AGGTA--T---GTACAA--TAAGC--AT--AAT----T----A----GAT-AAC--A--CAG--TCAATG---T---AA-GTGC----CAC-AACACA---GA--TTGTAC--ATA--C--AT--A---ACTT------TA----TTTGA---------GTAA-AC---------G-CC-AACAGATCAA--T-TA-----GTGATCC----AC-A-A-CA--A--T--------------TG-TAC--A-T-AGGAGG----ATA----A----T-T-----AG-T-AA----CAC--G--TCAA-A-TTACATT-CGGC----ACAA-AACAG-----ATT-TGTACAG---------TAG-----AAA-T----------T--A-A----G--G-AA--C--A-----AGTC----C------AA--T-ggatataagatttataa
gi|6 : gataatgtagtaaaacagGTCAAAGTTATAGT-CCACAACA--GAGTC--T---GTAC-A--TAGTAATAT--GAT----CG---G----G-T-AAC--A--CAGGTTCAA-A---T---TA--T-C----TAC-A--ACA---GA--TTGCA---ATAG-G--AT--C---AA-TTGA---AG----TT--A---------GCCACA----------G-TC-AC------AA--T-TAAAGGGG---TCC----ACGA-ACAGGTA--C--------------TGTTAC--A-TAA----G----ATA----A----TGT-----AG-T-AA----AACAGG--TCAA-A-TT--AGTAC--C----ACAACA--AG-----G-TATGTACA----------------ATAAG-C-A--------T--A-ATTAGA--T-AA--C--AC----AGTC-A--A------TG--T-AAGTGCCA-CAACACAGAT----TGTACA-TACATAACTT----TATTatgagtgcttcggcctcattcgcacaaaccagatttgtacatcaactgtaatttagtactacaatgttctcgagttaca
gi|7 : AA---TACAG-ATAT----T--AAA--AG--ATTTAA-----TTA----GCA---AGTAAAA---TGATGTTCAAT-CAGGCACAAATA--A-ACA-A--AGT-----CATCTCTTC---TGT---CAA-T-AC-ACACCACCAACAC--T-TTAGT---------------AATT---AAT--TAT-CATACCTCTG-TAAT-TA-ACA---TTGTATTATGT--AAACCTATAATTAACACT-GTG--TATATATA-T-GT-AGTTGATCCAGTG--TTT-TAGA--TC----------TCTAATTAAC-AGGAT-GTTTTGACCAGT--AATT----AACACCATG--TTTAGATGTGCAATTAACAtgagta
gi|8 : taaattgcTAT----T--GACATAGTAATGCAA-----TTACTAAATAG-CAGTGAGTATGTAATGTTCAAT-CAGTTTA--ACACAA-AAACG--ATT-----CATGT-------T-T---TAT-TCCC-TCACT-CAAAC-CA-----------------------AATTTCAAATGAAAA-TAT----TTGTTAAT-TA-ACA-CGCCG-----------CAT---------ACAC--A-G--GGCT-GTGAT-GT-A---CA--CA-TG--ACTGTAAT--TAAC-AAGCAGTTGTAATTAAC-A--------TACCGCTGTACA--T----AGCACTGTGCTTAGATATAAGTATTTAAAACTGTGTTAAGa
gi|9 : AGTCAACAT-A--GT-CCACAAAA--GAGTT--A---TTAT-A--TAG----AG--AAT----T----A----G-T-AAC--CGCCAT--TCAT-T---T---TATGT-TTGCGCACCA--ACA---GA--TTGTCACAATA--C--GA--AC--AA-TTTCACGAA----TT--A---------ATATAATTTATCTGTAG-TC-A-------AAGTTATA-----G---TCC----ACAA-C-AG--AGTC--------------TG-TAC--A-T-A----GTAATATG----A----T-C-----GGGT-AA----CACA-GGTTCAA-A-TT--A-T-C--T----ACAA-C--AG-----A-T-TGCA-A----------TAGG--ATCAA-T-T--------G--A-A----G--T-TAGCC--AC----AGTC-A--C------AA--T-TAa
gi|9 : cAGTCAAAGTTATAGT-CCACAACA--GAGTC--T---GTAC-A--TAGTAATAT--GAT----CG---G----G-T-AAC--A--CAGGTTCAA-A---T---TA--T-C----TAC-A--ACA---GA--TTGCA---ATAG-G--AT--C---AA-TTGA---AG----TT--A---------GCCACA----------G-TC-AC------AA--T-TA-----