lowQualScore : 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11111111111 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 1
lowQualScore : 1 1 33 4 1 1 6666666666 555 22 1 22 444 99999 1 222 3 22 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 22 1 1 33333333333 1 1 4 3 3333 1 222 1 1 666 666 22 1 1 6666 666 4444 1 77777 22 2 555 1 1 22 1 66 22 22 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 55555 444 44 1 222 999 3 1 1 1 22 444444 22 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 33 2 2 66 2 8 5 2 5
lowQualScore : . . .. . . . .......... ... .. . .. ... ..... . ... . .. .................................................................................................................................... .. . . ........... . . . . .... . ... . . ... ... .. . . .... ... .... . ..... .. . ... . . .. . .. .. .. ........................................................... ..... ... .. . ... ... . . . . .. ...... .. ..................................................................... .. . . .. . . . . .
lowQualScore : 5 5 77 6 5 5 5555555555 444 00 7 33 666 88888 7 999 3 55 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 44 7 7 22222222222 6 5 6 1 3333 5 666 5 5 111 777 00 5 5 7777 777 6666 5 00000 00 9 444 4 4 00 4 88 00 00 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 22222 666 11 5 666 000 0 5 5 5 00 666666 22 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 77 7 7 33 7 7 3 9 3
consensus : CGCGGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----T-G---GCGCA-GAA--A----------CA----------C-----------G--CGTT--GCG--AANNTTNNNNCNNTTNNNCNTNNTCTGCNNTNACTCNNNTNCGANGNCCNCNNCG---------------TT------------TTTGT--A-G-AAAA--------A--G-T-T-GTT-AC----GAT-C---T-T-GAT---GA---CGTTT--T-ACA-T----AAAA---AA----TC-AAGT-----C--AA-G---A-AA-TGTTT--T-CA--A--GAT--A--A------------T-TTTT---T-TTT-------A-----T-----A----------C-----T---TTTT--AG-AT---TCT-T-CA-G-G-AT-A--ATA------A--A--------NNANNGNGNNNNNNTNNAGGGNANANTCNNNANNNNNTNNNNNNTNTNNNNNNGTT-----TA--T-C-A--CCCT-CGG-GCG-CATAGGCGCCC
Reference ( gi|14 ) : CGCGGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----T-G---GCGCA-GAA--A----------CA----------C-----------A--CATT--GCG--AANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG---------------TT------------TTTGT--A-G-AAAA--------A--G-T-T-GTT-AC----GAT-C---T-T-GAT---GA---CGTTT--T-ACA-T----AAAA---AA----TC-AAGT-----C--AA-G---A-AA-TGTTT--T-CA--A--GAT--A--A------------T-TCTT---T-TTT-------A-----T-----A----------C-----T---TTTT--AG-AT---TCT-A-CA-G-G-AT-A--ATA------A--A--------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----TA--T-C-A--CCCT-C-G-GCG-CATAGGCTCCC
gi|9 : CGCGGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----T-G---GCGCA-GAA--A----------CA----------C-----------N--NNNN--NNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---------------NNNNNNNNNNNNNNTTTGT--A-G-AAAA--------A--G-T-T-GTT-AC----GAC-C---C-T-GAT---GA---CGTTT--T-ACA-T----TAAA---AA----TC-AAGT-----C--AA-G---A-AA-TGTTT--T-CA--A--GGT--A--ATTT---------T-TTTT---T-TTT-------A-----A-----A----------C-----T---TTTT--AG-AT---TCT-T-TA-A-G-AT-A--ATA------A--A--------CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----TA--T-C-A--CCCT-CGG-GCG-CATAGGCGCCC
gi|6 : cgCGCGGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCTCT-G-T--AGATGAGT--AT--A-----T-G---GCGCA-GAA--A-----------A----------C-----------A--CGTT--GCG--AAATTTTAAACGTTTGACCGTGTTTTGCGCTCATTCTATTATGACGTCCACAACGAAGCTTTCCGGCTCGTT------------TTTGT--A-G-AAAA--------A--G-T-T-GTT-AC----GAT-C---T-T-GAT---GA---CGTTT--TCACA-T----AAAAG--AA----TCAAAGT-----C--AA-GA--A-AA-TGTTT--T-CA--A--GAT--A--A---------------------A-TTTAAAAAAAA-----T-----A----------C-----TCTATTTT--AG-AT---TCT-T-CA-G-G-AT-AAGATA------A--ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTTA-----TA--T-A-A--CCCT-TGG-GCGCCATAGGCGCCCt
gi|3 : gcCGCGGG-G-TGACAA--CTG-T-GGTTGTC----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--T---A-----T-G---GCGCAGGAA--A----------CA----------C-----------gagggtg
gi|8 : gCGCGGGCG-TGACAA--GTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-C-T--AGATGA-T--A---A-----T-G---GCGCAAGAA--A----------CA----------CGTGCNNNNNNNN--NNNN--NNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---------------NN------------NTCGT--A-G-ACAA-----------G-TAT-ATTTAC----GAT-C---T-TTGATT--GA---CGTTT--T-ACA-T----AAAA---AA----TC-AAGTG----C--GA-G---ATAA-TGTTT--T-CG--A--GAT---------------------------T-TTT-------AAAAAAT-----A----------C-----TAG-TTAT--GA-AT---TCT-GTCA-G-G-ATCA--ATA------A--A--------AGAAAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTA--T-C-A--CCCT-CGG-GCG-CATAGGCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagaaaaagttgttacgatcttgatgacgttttacataaaaaatcaagtcaagaaatgttttcaagataattttaaaaaaatacttttagattcttcaggatataaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttatcaccctcgggcgcataggcgccctcgggtgatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatattgtaag
gi|10 : aCGCGGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGAT-A-T--A---A-----T-T---GCGCA-GAA--A----------CA----------C-----------gc
gi|1 : cgCGCGGG-G-TGACAA--CTGTT-G-TTGTC----------TCCCT-GAT--GGATTA----A---A-----T-GGGCGCGCA-GAC--A----------Cnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagaaaagtggttacgaacttgatgacgttttacataaaaaaatcaagtcaagaaatgttttcaaataatttttaaaaatactttttttagattcttcaggataataannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatcacctcgggcgcataggcgccctcg
gi|12 : cgCGCGGG-GGTAACAA--CTG-T-G-TTTTC----------TCCCT-T-T--AGATGA-T--A---A-----TTA---GCGAA-GAA--A----------NN----------N-----------N--NNNN--NNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---------------NN------------NNNNN--N-N-NNNN--------N--C-T-T-GGT-AATAAAGGT-TAAAT-T-G-T---CA---CGTTT--T-ACA-T----AAAAAAAAA----TC-AAGG-----C--AA-A---A-AA-TATTT--C-TA--A--GAT--A--G------------T-TTTT---T-TTT-------T-----TTTTTCA----------C-----T---TTTT--GG-AT---TCT-T-CA-G-G-AA-A--ATA------A--A----------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT-----TA--T-C-A--TCCT-C-G-Gnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgtagaaaaagtttgtttacgattgatatagtttattacataaaaaaaaaatcaactcaagaaatgttttcaagatatttttttaaatactttttagattcttcaggaataataaaactaattatggacgtttagagggaacatccacaaatttatcaggtcttcagtagggcttatcaaccctcggcgcataggggtgccctcgggtgatgaacccctacttcgactgtaatttgtggatgtctccccggctaagcagtcctattgtaatta
gi|23 : aCGCGGA-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----T-G---GCGCA-GAA--A----------CA----------CNNNNNNNNNNNN--NNNN--NNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---------------NN------------NNNNN--N-N-AGAA--------AAAG-T-T-GTT-AC----AAT-C---T-----T---GA---CGTTT--T-GCA-T----Agc
gi|17 : acgCGCGGG-G-TGACAA--CTA-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----T-G---GCGCA-GAA--A----------CA----------C-----------
gi|22 : acgCGCGGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCTT-G-T--AGATGA-C--A---A-----T-G---GTGCA-GAA--A----------CA----------C-----------gtagcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaaatcaagtcaagaaatgttttcaagataatatatttttaatactttttagattcttcaggataataa
gi|37 : cgCGTGGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--GGATGT-T--A---A-----A-G---GCGCA-GAA--------------A----------C-----------A--CGTT--GCG--AAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgtagaaaaagttgctacaatcttgatgacgttttacataaa
gi|42 : CGCGGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-C--Aatttta
gi|44 : CGGGGG-G-TTACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-T-T--AGAttcggatc
gi|2 : acgGCGGG-G-TGACAA--CTGAT-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----T-G---GCGTA-GAA--A----------CA----------C-----------GTGCATTTTACGTTAACGTTGTTTTTGTTTTGCCTCATCTATTATGACTCACATCCGAAAGTTTTCCCGGCTCG----------TT------------TTGGT--A-G-AAAA--------AA-G-T-T--TT-AC----GATAC---TAT-GAT---GA---CGTTT--T-ACA-TT---AAAA---AA----TC-AAGT-----C--AAAG---A-AA-TGTTT--TTCA--AACGAT--A--A------------T-T--------TTT-------AGAAA-T-----A----------C-----T---TTT---AG-AT---TCT-T-CA-G-G-AT-A--ATA------AACA--------ATTATGGGAACTGTTACAGGGCGAAATTCACACAAATTATTCAATGTCTAGTAGTG-----TA--T-C-AC-CCCT-CGG-GCG-CGTAAGCGCCC
gi|5 : GCGGG-G-TGAAAAAACTG-T---TTGTC----------TCCTTAG-C--AG--GA----A---A-----T-G---GCGCA-GAatcccggggtgaaaaccctacttcaaaaccctgataatgttgtatctccccgcgaaacagtcaaatggta
gi|15 : CAGG-A-TTACAA--CTG-T-G-TTGTCTAACTTGTCTTCCCT---T--AGCTGA-T--A---AT----T-T---GCACA-GAA--A----------TA----------ttgtgatgggcgcagatttttgtttatttacgctaacatttttttttgccttttcattcttattatgacgttcacaattgaacctttttttgtcgtcgtttttgaagaagatgatacgatctgaatgacgctttgcataaaagggacacaagtcaagaaaatgttgtcaacagatgcgatgtagtttttgtttttttaactgtgataataaaacctattatgtgactgtttttagcccaggaaagacatccaaattatccaattcttagtagggttatcaacccttcaggtgcatagggccgcgccctaaggaga
gi|41 : CGGG-G-TGACAAA-CTG-TTG-TTGTC----------TCCTT-------GGCGA-T--A---AAT---T-C---GTGC---AA--A----------CA----------nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagaaaagttaaattaattgttacgatcttgatgaagatttacatcaaaaatcaagtcaaaaaatttcttatcaagtaagtttttttttttttttacttttttaagattctcgcagagataatt
gi|39 : CGGG-G-TGACAA--CTGCT-G-TCG-C----------TCCTT---T--AGATG
gi|13 : acgtgcGGG-G-TAACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-T-T--AGATGA-T--A---N-----N-N---NNNNN-NNN--N----------NN----------N-----------N--NNNN--NNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---------------NN------------NTT-T----G-ACAA--------A--A-T-T-GTT-AC----AAT-C---T-T-GAT---GA---CATTT--T-ACA-T----AAAA---AA----TC-AAAT-----C--AA-G---A-AG-CATTT--T-CA--A--GAT--A--G------------T-TGTT---T-TT--------------T-----A----------C-----T---TTTT--AG-AT---TCT-T-CA-G-G-AT-A--ATA------A--A--------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----TA--T-C-T--CCCT-CAG-GCA-CATAGGTGCCCttctttaacaacgaaatta
gi|4 : acgcatGGG-T-TGACAA--C-G-T-G-T-GTC----------TCCCT-G-TTAAGATGA-T--A---A-----T-G---GCGCA-G-A--A----------CA----------C-----------G---ATT--Gtc
gi|11 : tgGG-G-TGACAA--CTG-T-A-TTGTC----------TCACT-T-T--GGATGT-T--A---CT----T-A---GCGCA-GAATTA----------CANNNNNNNNNNN-----------N--NNNN--NNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---------------NN------------NNNNN--N-N-AGAA--------AAAG-T-T-GTT-AC----CAG-C---T-T-GGA---GA---CGCTT--T-ACA-T----ACAA---AA----TA-AACT-----C--TA-G---A-AA-TGTTT--G-CA--A--GA---------------------TTTT---T-TTT-------C-----T-----A----------C-----T---TTTT--AG-AT---CCT-T-CA-G-G-AT-A--ATA------A--A--------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----TT--T-C-A--CCCGAG-G-GCG-CATAGttgaaattatgttacgaatttgacgttgtgtttttgccctcatacattttctattatgacgtcatataatcgaaaagcatttaatttgccggctagttttgtgaagaaaaaggttattacgatttgatgctgttttacctcaaaatcaactctcaacgaaatgcttcaagatatttgtttagttaaaatactttttaggattcttcaggatattaatctaattatgtgactgtttttagcagggtgaattcattctataaattatcaaggttctgtataggtgttcctaccctcttcggggctgctatggcggcccctcaggtgat
gi|16 : gcactGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----T-G---GCGCA-GAA--ANNNNNNNNNNNN----------N-----------N--NNNN--NNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---------------NN------------NNNNN--N-N-AAGA--------AAAG-T-T-GTT-AC----AAT-C---T-T-GAT---GA---TGTTT--T--TG-T----AGAA---AA----
gi|35 : gtgcGG-G-TGAAAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT---T--AGACGA-T--A---A-----T-G---GTGCA-GAA--A----------TA----------cgttgttacaatcttgatgacgttatacattaaaaaattaagtcaagaaatgttttcaagatatttttttaccttttaaattcaagata
gi|40 : aG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-T-T--AGATGT-T--ATTTACTATTT-A---GCACA-GAA--A----------TA----------tgttgtggaagcttgacgttatgtttttg
gi|18 : -G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGAGTA-TACA---A-----T-T---GGGCA-TAA--A----------C--------------------------CGTT--GTA--AA
gi|43 : -G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgtagtagaaagttgttaaattccttatgatcgtttagcataaaaattctggtttgagcatgtgtagattcttcaggataa
gi|20 : gcgagtgcaact----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----G-G---GCGCA-GAA--------------A----------C-----------A--TGTT--GCA--AA
gi|19 : ggtgcaaacatgtagacactgataCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----G-A---GCGCA-GAatgtttacagagtactatgaacgttgttgttctatgccctcatctctattatgacatcgacaatccgaaagcttcctcgtctccttttgtaggaaaaattctgctttacactctgaaaacattgtacataaaagaa
gi|16 : G---------------TT------------TTTGT--A-G-AAAA--------C--G-T-T-GTT-AC----AAT-C---T-T-GAT---GA---CGTTA--T-ACATT----AAAA---AA----TT-AAGT-----C--AA-G---A-AA-TGTTT--T-CA--A--GAT--A-------------------TT---T-TTT-------------T-----A----------C-----C---TTTT--AA-AT---T-----CA-A-G-AT-A--nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgtagaaaaagttgttacaatcttgatgacgttttacataaaaaatcaagtcaagaaattgtttccaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaattccattttaagatt
gi|27 : gtgcgggtgacaactgtgttgtctccctgtagatgataatggcgcagaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagaaaagttgttacaatcttgatgatG---------------TT------------TTTGT--A-G-AAAA--------A----------------------------T-GAT---GA---CGTTT--T-ACA-TTTAAAAAA---AA----TC-AAGT-----C--AA-G---A-AA-TTTTT--C-CA--A--GAT--A------------------TTT---T-TTTAAA----A-----A-----A----------C-----A---TTTT--GG-AT---TCT-T-CT-T-G-AT-A--ATA------A--A--------
gi|5 : acaaacaaaagctttctgtttgG---------------TT------------TTTGA--A-G-AAGA---------------T-GAT-AC----GAT-C---T-G-AAT---GA---CGCTT--T-GCA-T----AAAAGGGAC----AC-AAGT-----C--AA-GA--A-AA-TGTTG--T-CAACA--GATGCG--A------------TGTAGT---T-TTT-------G-----T----------------T-----T---TTTT--A--AC---TGT--------G-AT-A--ATA------A--A--------ac
gi|7 : gcggggtgaaaaaactgtttgtctccttagcaggaaatggcgcagattgtgatgggcgcagatttttgtttatttacgctaacatttttttttgccttttcattcttattatgacgttcacaattgaacctttttttgtcgtc---------------TT------------TTTGT--A---AAAA--------A--G-T-TAGTT-AA----CAT-----T-T-GAT---GA---C-TTT--T-ACA-T----AAAA---------TC-AAGT-----C--A--G---A-AG-T---T--T-CAG-A--TAT--A--A------------T-T---------TT-------A-----A-----A----------CAAATCT---TTTT--AG-AT---TCT-T-CAGG-G-AT-A--ATATAAACTA--G--------TTATGGTACTGTTGCCAGGGAGAAAGTCAACAAATTATCGTAGGTCTTAGTACGGT-----TA--TGC-AACCTCT-C-G-TCG-CATAGGCacctattatgtgactgtttttagcccaggaaagacatccaaattatccaattcttagtagggttatcaacccttcaggtgcatagggccgcgccctaaggaga
gi|28 : ggtgacgtgttcttagatcaccttcatctataatctgacgtcacaacgaaagctttccggcctcgtt---------------TT------------TTTGT--TTG-AAAA--------A--G-T-TTGTT-------GAT-C---T-T-GATATGGAACTCTTTT--T-GAA-T----AAAA---AA----AT-AGGTTT---C--AA-A---A-AA-TGTTT--T-CAT-A--GAA--A--G------------T-TTTT---T-CTG-------T-----T-----A----------T-----T---TTTT--A--ATTTGTTT-A-AA-G-G--T-A--ATA------A--gctcctcgggggataacccttatctcgactgaatatttgtgcatgctactcccgctaaatccgtccataatgtaat
gi|4 : T------------TTTGTGAA-G-AAAA--------A--GGT-T-ATT-AC----GAT-----T-T-GAT---GC---TGTTT--T-ACC-T----CAAA---A-----TC-AACT-----CTCAACG---A-AA-TGCTT----CA--A--GAT--A--T------------T-TGTT---TAGTT-------AAAA--T-----A----------C-----T---TTTT--AGGAT---TCT-T-CA-G-G-AT-A--TTA------A--
gi|19 : tggggttgacaacgtgtgtctccctgttaagatgataatggcgcagaacacgattgttgaaattatgttacgaatttgacgttgtgtttttgccctcatacattttctattatgacgtcatataatcgaaaagcatttaatttgccggctag------------TTTGT--A-G-AAAA--------A--G-T-T-GTT-AC----AAT-C---T-T-GAT---GA---CGTTT--T-ACA-T----AAAA---AA----TC-AAGT-----C--AA-G---A-AATTGTTT--C-CA--A--AAA--A--A------------tctaattatgtgactgtttttagcagggtgaattcattctataaattatcaaggttctgtataggtgttcctaccctcttcggggctgctatggcggcccctcaggtgat
gi|22 : ccctgtagatgataagagcgcagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn------------TTTGT--A-G-AAAA--------A--G-T-T-GCT-AC----AAT-C---T-T-GAT---GA---CGTTT--T-ACA-T----AAAaaaaaaaaaaaaaaaaattccattttaagatt
gi|30 : cgcgcggggtgacaactgtgttgtctccttgtagatgacaatggtgcagaaacacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn------------TTTGT--T-G-AAAA--------A--G-T-T-TGT-AT----GAT-C---T-T-GATAT-GAACTCTTTT--T-GAA-T----AAAA---AA----AA-TAGT-----C--AA-A---A-AA-TGTTT--T-CA--A--GA---A--A------------G-TTTT---C-TTT-------A-----T----------------------T---TTTT--AA-TT---TGT-T-TA-A-G-GT-A--ATA------A--
gi|18 : ------------TTTGT--A-GTAGAA--------A--G-T-T-GTT-AA----ATT-C---C-T-TAT---GAT--CGTTT--A-GCA-T----AAAA---AT----TC-TGGTTTGAGC--AT-GTGTA-GA-T-TCT--T-CA--G--GAT--A--A------------
gi|1 : gtgacaactgtgttgtctccctgtagagtatacaattgggcataaaccgttgtaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTGT--A-G-AAAA--------A--G-T-TTGTTTAC----GAT-------T-GAT---AT---AGTTTATT-ACA-T----AAAA---AAAAAATC-AACT-----C--AA-G---A-AA-TGTTT--T-CA--A--GAT-----A------------T-TTTT---T-TAA-------A-----T-----A----------C-----T---TTTT--AG-AT---TCT-T-CA-G-GAAT-A--ATA------A--AAC------TAATTATGGACGTTTAGAGGGAACATCCACAAATTTATCAGGTCTTCAGTAGGGCT-----TA--T-CAA--CCCT-C-G-GCG-CATAGG
gi|3 : cgcgcggggtgacaactgttgttgtctccctgatggattaaatgggcgcgcagacacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnT--A-G-AAAA--------A--G-T-T-GTT-AC----GAT-C---T-T-GAT---GA---CGTTT--T-ACA-T----AAAA---AA----TC-AAGT-----C--AA-G---A-AA-TGTTT--T-CA--A--GAT--A--A---------------------T-TTTAAAAAA-A-----T-----A----------C---------TTTT--AG-AT---TCT-T-CA-G-G-AT----ATA------A--A-----------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT-----TA--T-C-A--CCCT-CGG-GCG-CATAGGCGCCCggtgccctcgggtgatgaacccctacttcgactgtaatttgtggatgtctccccggctaagcagtcctattgtaatta
gi|10 : gcgcggggtgacaactgtggttgtctccctgtagatgattatggcgcaggaaacacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnT--A-G-AAAA-----------G-T-G-GTT-AC----GAA-C---T-T-GAT---GA---CGTTT--T-ACA-T----AAAA---AAA---TC-AAGT-----C--AA-G---A-AA-TGTTT--T-CA--A---AT--A--A------------T-T--------TTT-------AAAAA-T-----A----------C-----T---TTTTTTAG-AT---TCT-T-CA-G-G-AT-A--ATA------A--N--------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------TA--T-C-A--CCTC-G-G-GCG-CATAGGCGCCCtcgggtgatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatattgtaag
gi|15 : cgcgcggggtgacaactgtgttgtctccctgtagatataattgcgcagaaacacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnT--A-G-AAAAGTTAAATTA--A-T-T-GTT-AC----GAT-C---T-T-GAT---GA---AGATT--T-ACA-T----CAAA---AA----TC-AAGT-----C--AA-A---A-AA-TTTCTTAT-CA--A--G-T--A--AGTTTT-------T-TTTT---T-TTT-------T-----T-----A----------C-----T---TTTTTAAG-AT---TCTCG-CA-GAG-AT-A--ATtcg
gi|32 : caggattacaactgtgttgtctaacttgtcttcccttagctgataatttgcacagaaatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-G-AATA--------C--G-T-T-GTT-AC----GAT-C---T-T-GAT---GA---CGTTT--T-AC--T----GAAA-------------------------------A-AA-TGTTT--T-CA--A--GAT--A--G-----------------T---A-TTT-------A-----A-----AAAAAACCAACC-----T---TTTT--AG-AT---TCT-T-TA-G-G-AT-A--ATA------A--A--------t
gi|31 : gatAA--------A--G-T-T-GGC-AC----GAT-C---T-T-GTT---GA---CAATT--T-AAA-T----TGAA---AA----TA-AAAT-----------G---A-AA-TGTTC--T-CC--A--GAT--A--AG-----------T-TTTTAGAT-TTT-------T-----T-----A----------C-----T---TTTT--AG-AT---TCT-T-CAGG-G-AT----ATA------A--A--------
gi|33 : -T-GTT-AC----GAT-C---T-A-GAT---GA---CATTG--T-ACA-T----AAAA---AA----TT-AAGT-----C--AA-G---A-AA-TGTTT--T-CA--A--GAT--AGTA------------T-TGTT---T-TT--------------T-----A----------C-----T---TTTT--AT-AT---TCT-T-CA-G-G-AT-A--ATA------A--nnn
gi|21 : AT-C---T-T-GAT---GA---TGTTT--T-ACA-TAA--AAAA---AA----TC-AAGT-----C-----------AA-T-TTT--T-CA--A--GAT--T--AGATACTTTTTTTT-TTTT---T-TTT-------T-----T-----A----------CT----T---TTTT--TG-AT---TCT-T-C--G-G-AT-A--ATA------A--ANNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT-----TA--T-C-A--CCCT-T-G-G-G-CACAGACACC
gi|17 : agtaattAAA---AA----TC-AAGT-----C--AA-G---A-AA-TGTTT--T-CA--A--GAT--A--A------------TATATT---T-TTA-------A-----T-----A----------C-----T---TTTT--AG-AT---TCT-T-CA-G-G-AT-A--ATA------A--gctcg
gi|24 : acgcgcggggtgacaactatgttgtctccctgtagatgataatggcgcagaaacacgtagcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAAA---AA----TT-AAGT-----A--AA-G---A-AA-TGTTT--T-CATTA--GAT--A--A------------T-GCTT---TGTTT-------T-----T-----A----------C-----T---TTTC--AG-AT---TCT-T-AA-G-G-AT-A--ATA------A--A--------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNTCT-C-A--CCCT-TGG-GCG-CATA
gi|26 : C-AAGG-----C--AA-----A-AA-TCACT--T-CA--A--AAT--A--A------------T-TTGG---T-TTT------------------------------------T---TTTT--AG-AT---TCT-T-TA-G-G-AT-A--ATA------A--A--------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----TA--T-C-G--ACCT-C-GAAAA-CATAGGCcggtaggcacaccctcagaatg
gi|38 : T-----C--AA-G---A-AA-TGTTT--T-CT--A--GAT--A---------------T-TTTG---T-TTT-------------T-----A----------C-----T---TTTT--AG-AT---TCT-T-CG-G-G-AT-A--ATA------A--A--------actctcg
gi|29 : -TTT-------------T-----A----------C-----T---TTT---AC-AT---TCT-T-TG-G-A-AT-A--ATA------A--A--------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTT-----TA--T-C-A--CCGT-C-ATGCG-CACACGC
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): TGACTGGTTTAGCAGGGAAAATCAAAATTATCGGTCTTAGTTAATGGATTAAGTCACCTCGGCGCATAGCGCCTTCGGGTGATAGCCTCTTCCGACATGATTTAATTTGTCGATTTGTATCCCCCGCTAACAAGTCCGATAATTGTTATA
Unaligned ( gi|34 ): TGATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATATTATAGTATTGTGTGTTTTGTCTCC
Unaligned ( gi|36 ): GCGATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATATTGTCACAAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 22222222222222222222222222222222222222222222222222 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777
lowQualScore : 1 1 33 4 1 1 6666666666 444 11 1 22 444 99999 1 222 3 3333 22 7777777777 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1 777777777 1 99999999999 1 33 4 22 2 3333 1 222 1 1 555 666 11 1 1 6666 333 6666 1 66666 11 2 555 1 1 11 1 66 11 11 66666666666666666666666666666666666666666666666666 22 6666666666 55555 444 33 1 22 1 1 2 1 1 1 33 222 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 2 33 2 2 55 6666 2 2 55 5555
lowQualScore : . . .. . . . .......... ... .. . .. ... ..... . ... . .... .. .......... ................................................................................................................................................................................................................. . ......... . ........... . .. . .. . .... . ... . . ... ... .. . . .... ... .... . ..... .. . ... . . .. . .. .. .. .................................................. .. .......... ..... ... .. . .. . . . . . . .. ... .................................................................................. . .. . . .. .... . . .. ....
lowQualScore : 5 5 55 4 5 5 2222222222 888 99 6 22 444 44444 6 888 2 4444 33 3333333333 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 8 777777777 5 77777777777 5 44 3 00 9 0000 4 444 4 4 777 222 99 4 4 2222 888 7777 4 77777 99 8 222 4 4 99 4 66 99 99 22222222222222222222222222222222222222222222222222 00 3333333333 00000 555 99 4 00 4 4 9 4 4 4 99 777 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 2 11 2 2 33 9999 2 4 99 7777
consensus : CGCGGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----T-G---GCGCA-GA----A--A----------CA----------C-----------G-------------CG-----------TTGC---------------------G--AANTT----------TNNTNTNNTTNNNC-------NT--TTTCTAT--TNTGAC-TC--NNNTN--CGANGN-----CCN----------C-NTC--G---------------T----T------------TT-TGTA---------G-AAAA--------A--G-T--T-G--TT-AC----GAT-C---T-T-GAT---GA---CGTTT--T-ACA-T----AAAA---AA----TC-AAGT-----C--AA-G---A-AA-TGTTT--T-CA--A--GAT--AA------------T--TT-T------T---T---T--TT-------A---T--A----------C-----T---TTTT--AG-ATT--CT-T-CA-G-G-AT-A--ATAA---A-------CNA--ATG-----TGANCGTTT---NCAG----GG-NA----NANTCNNCAAATTATCNNNNNTCTNNNNNGGT-T-TA--T-C-A--CCCTC----GGGC-G-CATA--G----GCGCCC
Reference ( family-1486 ) : CGCGGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----T-G---GCGCA-GA----A--A----------CA----------C-----------G-------------CG-----------TTGC---------------------G--AANNT----------TNNNNCNNTTNNNC-------NT--NNTCTGC--NNTNAC-TC--NNNTN--CGANGN-----CCN----------C-NNC--G---------------T----T------------TT-TGTA---------G-AAAA--------A--G-T--T-G--TT-AC----GAT-C---T-T-GAT---GA---CGTTT--T-ACA-T----AAAA---AA----TC-AAGT-----C--AA-G---A-AA-TGTTT--T-CA--A--GAT--AA------------T--TT-T------T---T---T--TT-------A---T--A----------C-----T---TTTT--AG-ATT--CT-T-CA-G-G-AT-A--ATAA---A-------NNA--NNG-----NGNNNNNNT---NNAG----GG-NA----NANTCNNNANNNNNTNNNNNNTNTNNNNNNGT-T-TA--T-C-A--CCCTC----GGGC-G-CATA--G----GCGCCC
gi|1 : CGCGGG-G-TGACAA--CTGTT-G-TTGTC----------TCCCT-GAT--GGATTA----A---A-----T-GGGCGCGCA-GA----C--A----------C
gi|1 : cgT-TGTA---------G-AAAA--------A--G-T--TTG--TTTAC----GAT-------T-GAT---AT---AGTTTATT-ACA-T----AAAA---AAAAAATC-AACT-----C--AA-G---A-AA-TGTTT--T-CA--A--GAT---A------------T--TT-T------T---T---T--AA-------A---T--A----------C-----T---TTTT--AG-ATT--CT-T-CA-G-GAAT-A--ATAA---AAC-----TAA--TTA-----TGGACGTTT---AGAG----GG-AA----CATCCACAAATTTATCAGGTCTTCAGTAGGGC-T-TA--T-CAA--CCCTC-----GGC-G-CATAGGG----GTGCCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgtagaaaaagtttgtttacgattgatatagtttattacataaaaaaaaaatcaactcaagaaatgttttcaagatatttttttaaatactttttagattcttcaggaataataaaactaattatggacgtttagagggaacatccacaaatttatcaggtcttcagtagggcttatcaaccctcggcgcataggggtgccctcgggtgatgaacccctacttcgactgtaatttgtggatgtctccccggctaagcagtcctattgtaatta
gi|10 : cgcgcggggtgacaactgttgttgtctccctgatggattaaatgggcgcgcagacacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCGCGGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGAT-A-T--A---A-----T-T---GCGCA-GA----A--A----------CA----------C-----------tcgggtgatgaacccctacttcgactgtaatttgtggatgtctccccggctaagcagtcctattgtaatta
gi|10 : cgTA---------G-AAAA-----------G-T--G-G--TT-AC----GAA-C---T-T-GAT---GA---CGTTT--T-ACA-T----AAAA---AAA---TC-AAGT-----C--AA-G---A-AA-TGTTT--T-CA--A---AT--AA------------T--TT-T------T---A---A--AA-------A---T--A----------C-----T---TTTTTTAG-ATT--CT-T-CA-G-G-AT-A--ATAA---N-------NNN--NNN-----NNNNNNNNN---NNNN----NN-NN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----TA--T-C-A--CC-TC----GGGC-G-CATA--G----GCGCCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagaaaagtggttacgaacttgatgacgttttacataaaaaaatcaagtcaagaaatgttttcaaataatttttaaaaatactttttttagattcttcaggataataannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatcacctcgggcgcataggcgccctcg
gi|11 : cgcgcggggtgacaactgtgttgtctccctgtagatataattgcgcagaaacacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGG-G-TGACAA--CTG-T-A-TTGTC----------TCACT-T-T--GGATGT-T--A---CT----T-A---GCGCA-GA----ATTA----------CANNNNNNNNNNN-----------N-------------NN-----------NNNN---------------------N--NNNNN----------NNNNNNNNNNNNNN-------NN--NNNNNNN--NNNNNN-NN--NNNNN--NNNNNN-----NNN----------N-NNN--N---------------N----N------------NN-NNNN---------N-AGAA--------AAAG-T--T-G--TT-AC----CAG-C---T-T-GGA---GA---CGCTT--T-ACA-T----ACAA---AA----TA-AACT-----C--TA-G---A-AA-TGTTT--G-CA--A--GA--------------------TT-T------T---T---T--TT-------C---T--A----------C-----T---TTTT--AG-ATC--CT-T-CA-G-G-AT-A--ATAA---A-------NNN--NNN-----NNNNNNNNN---NNNN----NN-NN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N-TT--T-C-A--CCCGA----GGGC-G-CATA--G----tcg
gi|12 : gcactCGCGGG-GGTAACAA--CTG-T-G-TTTTC----------TCCCT-T-T--AGATGA-T--A---A-----TTA---GCGAA-GA----A--A----------NN----------N-----------N-------------NN-----------NNNN---------------------N--NNNNN----------NNNNNNNNNNNNNN-------NN--NNNNNNN--NNNNNN-NN--NNNNN--NNNNNN-----NNN----------N-NNN--N---------------N----N------------NN-NNNN---------N-NNNN--------N--C-T--T-G--GT-AATAAAGGT-TAAAT-T-G-T---CA---CGTTT--T-ACA-T----AAAA---AAAAA-TC-AAGG-----C--AA-A---A-AA-TATTT--C-TA--A--GAT--AG------------T--TT-T------T---TTTTT--TT-------T---TTCA----------C-----T---TTTT--GG-ATT--CT-T-CA-G-G-AA-A--ATAA---A---------N--NNN-----NNNNNNNNN---NNNN----NN-NN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-T-TA--T-C-A--TCCTC----GGGC-
gi|13 : aGGG-G-TAACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-T-T--AGATGA-T--A---N-----N-N---NNNNN-NN----N--N----------NN----------N-----------N-------------NN-----------NNNN---------------------N--NNNNN----------NNNNNNNNNNNNNN-------NN--NNNNNNN--NNNNNN-NN--NNNNN--NNNNNN-----NNN----------N-NNN--N---------------N----N------------NT-T-T----------G-ACAA--------A--A-T--T-G--TT-AC----AAT-C---T-T-GAT---GA---CATTT--T-ACA-T----AAAA---AA----TC-AAAT-----C--AA-G---A-AG-CATTT--T-CA--A--GAT--AG------------T--TG-T------T---T---T--T------------T--A----------C-----T---TTTT--AG-ATT--CT-T-CA-G-G-AT-A--ATAA---A-------NNN--NNN-----NNNNNNNNN---NNNN----NN-NN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N-TA--T-C-T--CCCTC----AGGC-A-CATA--G----GTGCCC
gi|14 : acgcatCGCGGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----T-G---GCGCA-GA----A--A----------CA----------C-----------A-------------CA-----------TTGC---------------------G--AANNN----------NNNNNNNNNNNNNN-------NN--NNNNNNN--NNNNNN-NN--NNNNN--NNNNNN-----NNN----------N-NNN--G---------------T----T------------TT-TGTA---------G-AAAA--------A--G-T--T-G--TT-AC----GAT-C---T-T-GAT---GA---CGTTT--T-ACA-T----AAAA---AA----TC-AAGT-----C--AA-G---A-AA-TGTTT--T-CA--A--GAT--AA------------T--TC-T------T---T---T--TT-------A---T--A----------C-----T---TTTT--AG-ATT--CT-A-CA-G-G-AT-A--ATAA---A-------NNN--NNN-----NNNNNNNNN---NNNN----NN-NN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N-TA--T-C-A--CCCTC-----GGC-G-CATA--G----GCTCCCtc
gi|15 : CAGG-A-TTACAA--CTG-T-G-TTGTCTAACTTGTCTTCCCT---T--AGCTGA-T--A---AT----T-T---GCACA-GA----A--A----------TA----------
gi|15 : TA---------G-AAAAGTTAAATTA--A-T--T-G--TT-AC----GAT-C---T-T-GAT---GA---AGATT--T-ACA-T----CAAA---AA----TC-AAGT-----C--AA-A---A-AA-TTTCTTAT-CA--A--G-T--AAGTTTT-------T--TT-T------T---T---T--TT-------T---T--A----------C-----T---TTTTTAAG-ATT--CT-CGCA-GAG-AT-A--ATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagaaaagttaaattaattgttacgatcttgatgaagatttacatcaaaaatcaagtcaaaaaatttcttatcaagtaagtttttttttttttttacttttttaagattctcgcagagataatt
gi|16 : caggattacaactgtgttgtctaacttgtcttcccttagctgataatttgcacagaaatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----T-G---GCGCA-GA----A--ANNNNNNNNNNNN----------N-----------N-------------NN-----------NNNN---------------------N--NNNNN----------NNNNNNNNNNNNNN-------NN--NNNNNNN--NNNNNN-NN--NNNNN--NNNNNN-----NNN----------N-NNN--N---------------N----N------------NN-NNNN---------N-AAGA--------AAAG-T--T-G--TT-AC----AAT-C---T-T-GAT---GA---TGTTT--T--TG-T----AGAA---AA----t
gi|16 : gtgc--G---------------T----T------------TT-TGTA---------G-AAAA--------C--G-T--T-G--TT-AC----AAT-C---T-T-GAT---GA---CGTTA--T-ACATT----AAAA---AA----TT-AAGT-----C--AA-G---A-AA-TGTTT--T-CA--A--GAT---A------------T--TT-T------T---T-------------------T--A----------C-----C---TTTT--AA-A-----T-T-CA-A-G-AT-A--cgttgttacaatcttgatgacgttatacattaaaaaattaagtcaagaaatgttttcaagatatttttttaccttttaaattcaagata
gi|17 : gtgcgggtgacaactgtgttgtctccctgtagatgataatggcgcagaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagaaaagttgttacaatcttgatgatCGCGGG-G-TGACAA--CTA-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----T-G---GCGCA-GA----A--A----------CA----------C-----------G-------------
gi|17 : acgAAA---AA----TC-AAGT-----C--AA-G---A-AA-TGTTT--T-CA--A--GAT--AA------------TA-TA-T------T---T---T--TA-------A---T--A----------C-----T---TTTT--AG-ATT--CT-T-CA-G-G-AT-A--ATAA---tagcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaaatcaagtcaagaaatgttttcaagataatatatttttaatactttttagattcttcaggataataa
gi|18 : acgcgcggggtgacaactatgttgtctccctgtagatgataatggcgcagaaacacgtagcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGAGTA-TACA---A-----T-T---GGGCA-TA----A--A----------C-------------------------------------CG-----------TTGT---------------------A--AA
gi|18 : ------------TT-TGTA---------GTAGAA--------A--G-T--T-G--TT-AA----ATT-C---C-T-TAT---GAT--CGTTT--A-GCA-T----AAAA---AT----TC-TGGTTTGAGC--AT-GTGTA-GA-T-TCT--T-CA--G--GAT--AA------------nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgtagtagaaagttgttaaattccttatgatcgtttagcataaaaattctggtttgagcatgtgtagattcttcaggataa
gi|19 : gtgacaactgtgttgtctccctgtagagtatacaattgggcataaaccgttgtaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----G-A---GCGCA-GA----
gi|19 : ------------TT-TGTA---------G-AAAA--------A--G-T--T-G--TT-AC----AAT-C---T-T-GAT---GA---CGTTT--T-ACA-T----AAAA---AA----TC-AAGT-----C--AA-G---A-AATTGTTT--C-CA--A--AAA--AA------------nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgtagaaaaagttgttacaatcttgatgacgttttacataaaaaatcaagtcaagaaattgtttccaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaattccattttaagatt
gi|2 : ccctgtagatgataagagcgcagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGCGGG-G-TGACAA--CTGAT-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----T-G---GCGTA-GA----A--A----------CA----------C-----------G-------------TGCATT-------TTAC---------------------GTTAACGT----------TGTTTTTGTTTTGC-------CT--CATCTAT--TATGAC-TC--ACATC--CGAAAGTTTTCCCG----------G-CTC--G---------------T----T------------TT-GGTA---------G-AAAA--------AA-G-T--T----TT-AC----GATAC---TAT-GAT---GA---CGTTT--T-ACA-TT---AAAA---AA----TC-AAGT-----C--AAAG---A-AA-TGTTT--TTCA--AACGAT--AA------------T--TT-T------T---A---G--AA-------A---T--A----------C-----T---TTT---AG-ATT--CT-T-CA-G-G-AT-A--ATAA---A-------CAATTATG-----GGAACTGTT---ACAG----GG-CG----AAATTCACACAAATTATTCAATGTCTAGTAGT-G-TA--T-C-AC-CCCTC----GGGC-G-CGTA--A----GCGCCCaaaaaaaaaaaaaaaaattccattttaagatt
gi|20 : ----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----G-G---GCGCA-GA----A--A----------CA------------------------------------TG-----------TTGCAAAATGTTTACAGAGTACTATG--AACGT----------TGTTGTTCTATGCC-------CTCATCTCTAT--TATGACATCGACAATC--CGAAAG-----CTT----------C-CTC--G---------------TCTCCT------------TT-TGTA---------G-GAAA--------A--A-TTCT-GCTTT-AC----ACT-C-----T-GAA---AA---CATTG--T-ACA-T----AAAA---GA----atcccggggtgaaaaccctacttcaaaaccctgataatgttgtatctccccgcgaaacagtcaaatggta
gi|21 : ggtgcaaacatgtagacactgataAT-C---T-T-GAT---GA---TGTTT--T-ACA-TAA--AAAA---AA----TC-AAGT-----C-----------AA-T-TTT--T-CA--A--GAT--TAGATACTTTTTTTT--TT-T------T---T---T--TT-------T---T--A----------CT----T---TTTT--TG-ATT--CT-T-C--G-G-AT-A--ATAA---ANNNNN--NNN--NNN-----NNNNNNNNN---NNNN----NN-NN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-T-TA--T-C-A--CCCTT----GGGC-A-CAa
gi|22 : agtaattCGCGGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCTT-G-T--AGATGA-C--A---A-----T-G---GTGCA-GA----A--A----------CA----------C-----------gacaccgctcg
gi|22 : cg------------TT-TGTA---------G-AAAA--------A--G-T--T-G--CT-AC----AAT-C---T-T-GAT---GA---CGTTT--T-ACA-T----AAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgtagaaaaagttgctacaatcttgatgacgttttacataaa
gi|23 : cgcgcggggtgacaactgtgttgtctccttgtagatgacaatggtgcagaaacacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCGCGGA-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----T-G---GCGCA-GA----A--A----------CA----------CNNNNNNNNNNNN-------------NN-----------NNNN---------------------N--NNNNN----------NNNNNNNNNNNNNN-------NN--NNNNNNN--NNNNNN-NN--NNNNN--NNNNNN-----NNN----------N-NNN--N---------------N----N------------NN-NNNN---------N-AGAA--------AAAG-T--T-G--TT-AC----AAT-C---T-----T---GA---CGTTT--T-GCA-T----A
gi|24 : acgAAA---AA----TT-AAGT-----A--AA-G---A-AA-TGTTT--T-CATTA--GAT--AA------------TGCTT-T------G---T---T--TT-----------T--A----------C-----T---TTTC--AG-ATT--CT-T-AA-G-G-AT-A--ATAA---A-------NNN--NNN-----NNNNNNNNN---NNNN----NN-NN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N-NNTCT-C-A--CCCTT----GGGC-G-CATA--
gi|26 : C-AAGG-----C--AA-----A-AA-TCACT--T-CA--A--AAT--AA------------T--TT-G------G---T---T--TT-------------------------------T---TTTT--AG-ATT--CT-T-TA-G-G-AT-A--ATAA---A-------NNN--NNN-----NNNNNNNNN---NNNN----NN-NN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N-TA--T-C-G--ACCTC----GAAA-A-CATA--G----GCACTCcggtaggcacaccctcagaatg
gi|27 : --G---------------T----T------------TT-TGTA---------G-AAAA--------A-------------------------------T-GAT---GA---CGTTT--T-ACA-TTTAAAAAA---AA----TC-AAGT-----C--AA-G---A-AA-TTTTT--C-CA--A--GAT--A-----------------T-T------T---T---T--TTAAA----A---A--A----------C-----A---TTTT--GG-ATT--CT-T-CT-T-G-AT-A--ATAA---A-------tcg
gi|28 : acaaacaaaagctttctgtttg---------------T----T------------TT-TGTTT--------G-AAAA--------A--G-T--TTG--TT-------GAT-C---T-T-GATATGGAACTCTTTT--T-GAA-T----AAAA---AA----AT-AGGTTT---C--AA-A---A-AA-TGTTT--T-CAT-A--GAA--AG------------T--TT-T------T---T---C--TG-------T---T--A----------T-----T---TTTT--A--ATTTGTT-T-AA-A-G-GT-A--ATAA---ac
gi|29 : ---T--TT-----------T--A----------C-----T---TTT---AC-ATT--CT-T-TG-G-A-AT-A--ATAA---A-------NNN--NNN-----NNNNNNNNN---NNNN----NN-NN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT-T-TA--T-C-A--CCGTC----ATGC-G-CACA--C----GCAC
gi|3 : CGCGGG-G-TGACAA--CTG-T-GGTTGTC----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--T---A-----T-G---GCGCAGGA----A--A----------CA----------C-----------tgtcgggtgata
gi|3 : gTA---------G-AAAA--------A--G-T--T-G--TT-AC----GAT-C---T-T-GAT---GA---CGTTT--T-ACA-T----AAAA---AA----TC-AAGT-----C--AA-G---A-AA-TGTTT--T-CA--A--GAT--AA------------T--TT-TAAAAAA--------------------A---T--A----------C-----T---TTT---AG-ATT--CT-T-CA-G-G-AT-A---TAA---A-------NNN--NNN-----NNNNNNNNN---NNNN----NN-NN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----T-TA--T-C-A--CCCTC----GGGC-G-CATA--G----GCGCCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagaaaaagttgttacgatcttgatgacgttttacataaaaaatcaagtcaagaaatgttttcaagataattttaaaaaaatacttttagattcttcaggatataaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttatcaccctcgggcgcataggcgccctcgggtgatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatattgtaag
gi|30 : gcgcggggtgacaactgtggttgtctccctgtagatgattatggcgcaggaaacacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn------------TT-TGTT---------G-AAAA--------A--G-T--T-T--GT-AT----GAT-C---T-T-GATAT-GAACTCTTTT--T-GAA-T----AAAA---AA----AA-TAGT-----C--AA-A---A-AA-TGTTT--T-CA--A--GA---AA------------G--TT-T------T---C---T--TT-------A---T-------------------T---TTTT--AA-TTT--GT-T-TA-A-G-GT-A--ATAA---tcgggtgatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatattgtaag
gi|31 : AA--------A--G-T--T-G--GC-AC----GAT-C---T-T-GTT---GA---CAATT--T-AAA-T----TGAA---AA----TA-AAAT-----------G---A-AA-TGTTC--T-CC--A--GAT--AAG-----------T--TT-T------TAGAT---T--TT-------T---T--A----------C-----T---TTTT--AG-ATT--CT-T-CAGG-G-AT----ATAA---A-------
gi|32 : ---------G-AATA--------C--G-T--T-G--TT-AC----GAT-C---T-T-GAT---GA---CGTTT--T-AC--T----GAAA-------------------------------A-AA-TGTTT--T-CA--A--GAT--AG-------------------------T---A---T--TT-------A---A--AAAAAACCAACC-----T---TTTT--AG-ATT--CT-T-TA-G-G-AT-A--ATAA---A-------nnn
gi|33 : gat--T-G--TT-AC----GAT-C---T-A-GAT---GA---CATTG--T-ACA-T----AAAA---AA----TT-AAGT-----C--AA-G---A-AA-TGTTT--T-CA--A--GAT--AG------------T--AT-T------G---T---T--TT-------T---T--A----------C-----T---TTTT--AT-ATT--CT-T-CA-G-G-AT-A--ATAA---
gi|35 : GG-G-TGAAAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT---T--AGACGA-T--A---A-----T-G---GTGCA-GA----A--A----------TA------------------------------------TG-----------TTGTG--------------------G--AAGCT----------T
gi|37 : aCGTGGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--GGATGT-T--A---A-----A-G---GCGCA-GA----A--A----------CA------------------------------------CG-----------TTGC---------------------G--AAATT----------Tgacgttatgtttttg
gi|38 : T-----C--AA-G---A-AA-TGTTT--T-CT--A--GAT--A-------------T--TT-T------G---T---T--TT-----------T--A----------C-----T---TTTT--AG-ATT--CT-T-CG-G-G-AT-A--ATAA---A-------ta
gi|39 : CGGG-G-TGACAA--CTGCT-G-TCG-C----------TCCTT---T--AGATG
gi|4 : acgtgcGGG-T-TGACAA--C-G-T-G-T-GTC----------TCCCT-G-TTAAGATGA-T--A---A-----T-G---GCGCA-GA----A-------------CA----------C-----------GATTGTTGAAATTATG-----------TTAC---------------------G--AATTTGACGTTGTGTTTTTGCCCTCATAC-------AT--TTTCTAT--TATGACGTC--ATATAATCGAAAA-----GCATTTAATTTGCC-GGCTAG---------------T----T------------TTGTGAA---------G-AAAA--------A--GGT--T-A--TT-AC----GAT-----T-T-GAT---GC---TGTTT--T-ACC-T----CAAA---A-----TC-AACT-----CTCAACG---A-AA-TGCTT----CA--A--GAT--A-------------T--TT-G------T---T---TAGTT-------AAAAT--A----------C-----T---TTTT--AGGATT--CT-T-CA-G-G-AT-A--TTAATCTA-------ATT--ATG-----TGACTGTTTTTAGCAG----GG-TGAATTCATTCTATAAATTATCAAGGTTCTGTATAGGTGT-TC--C-T-A--CCCTCTTCGGGGCTG-C-TAT-G----GCGGCCttctttaacaacgaaatta
gi|40 : tgG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-T-T--AGATGT-T--ATTTACTATTT-A---GCACA-GA----A--A----------TA----------cctcaggtgat
gi|41 : CGGG-G-TGACAAA-CTG-TTG-TTGTC----------TCCTT-------GGCGA-T--A---AAT---T-C---GTGC---A----A--A----------CA----------
gi|42 : CGCGGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-C--A
gi|43 : -G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGttcggatc
gi|44 : gcgagtgcaactCGGGGG-G-TTACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-T-T--AGA
gi|5 : acgGCGGG-G-TGAAAAAACTG-T---TTGTC----------TCCTTAG-C--AG--GA----A---A-----T-G---GCGCA-GATTGTG--A----------TG----------G-----------G-------------C--------------GC---------------------A--GATTT----------TTGTTTATTTACGCTAACATTTT--TTTTTGCCTTTTCAT-TCT-TATTA--TGACGT-----TCA----------CAATT--GAACCTT---------T----T------------TT-TGTCGTCGTTTTTG-AAGA--------A--G-A--T-G--AT-AC----GAT-C---T-G-AAT---GA---CGCTT--T-GCA-T----AAAAGGGAC----AC-AAGT-----C--AA-GA--A-AA-TGTTG--T-CAACA--GATGCGA------------T--GTAG------T---T---T--TT-------G---T-------------T-----T---TTTT--A--ACT--GT--------G-AT-A--ATAA---AAC-----CTATTATG-----TGACTGTTT---TTAGCCCAGG-AA----AGACATCCAAATTAT-CCAATTCTTAGTAGGG-T-TA--T-C-AACCCTTC----AGGT-G-CATA--GGGCCGCGCCC
gi|6 : CGCGGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCTCT-G-T--AGATGAGT--AT--A-----T-G---GCGCA-GA----A--A-----------A----------C-----------A-------------CG-----------TTGC---------------------G--AAATT----------TTAAACGTTTGACC-------GT--GTTTTGC--GCTCAT-TC--TATTA--TGACGT-----CCA----------C-AAC--GAAGCTTTCCGGCTCGT----T------------TT-TGTA---------G-AAAA--------A--G-T--T-G--TT-AC----GAT-C---T-T-GAT---GA---CGTTT--TCACA-T----AAAAG--AA----TCAAAGT-----C--AA-GA--A-AA-TGTTT--T-CA--A--GAT--AA-----------------------------A---T--TTAAAAAAAA---T--A----------C-----TCTATTTT--AG-ATT--CT-T-CA-G-G-AT-AAGATAA---ANNNNNNNNNN--NNN-----NNNNNNNNN---NNNN----NN-NN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGT-TATA--T-A-A--CCCTT----GGGC-GCCATA--G----GCGCCCtaaggaga
gi|7 : gcGG-----CCT----------C-GTT------------------T----T------------TT-TGTA-----------AAAA--------A--G-T--TAG--TT-AA----CAT-----T-T-GAT---GA---C-TTT--T-ACA-T----AAAA---------TC-AAGT-----C--A--G---A-AG-T---T--T-CAG-A--TAT--AA------------T--TT-T--------------------------A---A--A----------CAAATCT---TTTT--AG-ATT--CT-T-CAGG-G-AT-AATATAA---A-------CTAG-TTA-----TGGTACTGTTG-CCAG----GGAGA----AAGTCAACAAATTATCGTAGGTCTTAGTACGG-T-TA--TGC-A--ACCTCT---CGTC-G-CATA--G----GCGCTCgagggtg
gi|8 : ggtgacgtgttcttagatcaccttcatctataatctgacgtcacaacgaaagctttccCGCGGGCG-TGACAA--GTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-C-T--AGATGA-T--A---A-----T-G---GCGCAAGA----A--A----------CA----------C-----------G-------------TGCNNNNNNNNNNNNNN---------------------N--NNNNN----------NNNNNNNNNNNNNN-------NN--NNNNNNN--NNNNNN-NN--NNNNN--NNNNNN-----NNN----------N-NNN--N---------------N----N------------NT-CGTA---------G-ACAA-----------G-TA-T-A--TTTAC----GAT-C---T-TTGATT--GA---CGTTT--T-ACA-T----AAAA---AA----TC-AAGTG----C--GA-G---ATAA-TGTTT--T-CG--A--GA------------------------------T---T---T--TTAAAAA--A---T--A----------C-----TAG-TTAT--GA-ATT--CTGT-CA-G-G-ATCA--ATAA---A-------AGA--AAGNNNNNNNNNNNNNN---NNNN----NN-NN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N-TA--T-C-A--CCCTC----GGGC-G-CATA--G----GCGCctcgggggataacccttatctcgactgaatatttgtgcatgctactcccgctaaatccgtccataatgtaat
gi|9 : aCGCGGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----T-G---GCGCA-GA----A--A----------CA----------C-----------N-------------NN-----------NNNN---------------------N--NNNNN----------NNNNNNNNNNNNNN-------NN--NNNNNNN--NNNNNN-NN--NNNNN--NNNNNN-----NNN----------N-NNN--N---------------N----NNNNNNNNNNNNNTT-TGTA---------G-AAAA--------A--G-T--T-G--TT-AC----GAC-C---C-T-GAT---GA---CGTTT--T-ACA-T----TAAA---AA----TC-AAGT-----C--AA-G---A-AA-TGTTT--T-CA--A--GGT--AATTT---------T--TT-T------T---T---T--TT-------A---A--A----------C-----T---TTTT--AG-ATT--CT-T-TA-A-G-AT-A--ATAA---A-------CNN--NNN-----NNNNNNNNN---NNNN----NN-NN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N-TA--T-C-A--CCCTC----GGGC-G-CATA--G----GCGCCC
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): TGACTGGTTTAGCAGGGAAAATCAAAATTATCGGTCTTAGTTAATGGATTAAGTCACCTCGGCGCATAGCGCCTTCGGGTGATAGCCTCTTCCGACATGATTTAATTTGTCGATTTGTATCCCCCGCTAACAAGTCCGATAATTGTTATA
Unaligned ( gi|34 ): TGATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATATTATAGTATTGTGTGTTTTGTCTCC
Unaligned ( gi|36 ): GCGATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATATTGTCACAAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111111111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111111111111111
lowQualScore : 1 1 33 4 1 1 6666666666 444 11 1 22 444 99999 1 222 3 3333 22 7777777777 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 99999999999999999 1 1 1 11111111111 1 33 4 22 2 3333 1 222 1 1 555 666 11 1 1 7777 666 2222 1 66666 11 2 555 1 1 11 1 66 11 11 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 77777 444 22 1 22 1 1 2 1 1 1 33 1 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 2 22222222222222222 2 55 2 2 44 6666 2 2 7777777
lowQualScore : . . .. . . . .......... ... .. . .. ... ..... . ... . .... .. .......... ......................................................................................................................................................................................... ................. . . . ........... . .. . .. . .... . ... . . ... ... .. . . .... ... .... . ..... .. . ... . . .. . .. .. .. .......................................................... ..... ... .. . .. . . . . . . .. . .............................................................. . ................. . .. . . .. .... . . .......
lowQualScore : 5 5 55 4 5 5 2222222222 888 99 6 22 444 44444 6 888 2 4444 33 3333333333 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 99999999999999999 8 5 5 66666666666 5 44 3 00 9 0000 4 444 4 4 777 222 99 4 4 6666 222 9999 4 77777 99 8 222 4 4 99 4 66 99 99 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 00000 555 00 4 00 4 4 9 4 4 4 99 5 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 99999999999999999 0 55 0 0 88 2222 0 1 1111111
consensus : CGCGGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----T-G---GCGCA-GA----A--A----------CA----------C-----------G-------------CG---------------TTGC-G---A-ANT---------------------T----TNN----TNTTN-----TTTTNCN------T--T--NTCTATTATGAC--TC--NNANN--CGAAAG------------CCN--------NCTCGT----T------------TT-TGTA-G-AAAA--------A--G-T--T-G--TT-AC----GAT-C---T-T-GAT---GA---CGTTT--T-ACA-T----AAAA---AA----TC-AAGT-----C--AA-G---A-AA-TGTTT--T-CA--A--GAT--AA------------T--TT-TT---TT--TT-------A---T-----A----------C-----T---TTTT--AG-ATT--CT-T-CA-G-G-AT-A--AT-AAA-------CTA---A-----TGNGANCGTTT---N-CAG----GG-GA----NAN---TC-NACAAA-TTATCNNANNTCNNNNNAGGN-T-TA--T-C-A--CCCTC----GGGC-G-CATA--G----GCGCCC
Reference ( family-1486 ) : CGCGGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----T-G---GCGCA-GA----A--A----------CA----------C-----------G-------------CG---------------TTGC-G---A-ANT---------------------T----TNN----TNTNN-----TTNNNCN------T--T--TTCTATTNTGAC--TC--NNNTN--CGANGN------------CCN--------CNTCGT----T------------TT-TGTA-G-AAAA--------A--G-T--T-G--TT-AC----GAT-C---T-T-GAT---GA---CGTTT--T-ACA-T----AAAA---AA----TC-AAGT-----C--AA-G---A-AA-TGTTT--T-CA--A--GAT--AA------------T--TT-TT---TT--TT-------A---T-----A----------C-----T---TTTT--AG-ATT--CT-T-CA-G-G-AT-A--AT-AAA-------CNA---A-----TGTGANCGTTT---N-CAG----GG-NA----NAN---TC-NNCAAA-TTATCNNNNNTCTNNNNNGGT-T-TA--T-C-A--CCCTC----GGGC-G-CATA--G----GCGCCC
gi|1 : CGCGGG-G-TGACAA--CTGTT-G-TTGTC----------TCCCT-GAT--GGATTA----A---A-----T-GGGCGCGCA-GA----C--A----------C
gi|1 : cgT-TGTA-G-AAAA--------A--G-T--TTG--TTTAC----GAT-------T-GAT---AT---AGTTTATT-ACA-T----AAAA---AAAAAATC-AACT-----C--AA-G---A-AA-TGTTT--T-CA--A--GAT---A------------T--TT-TT---TT--AA-------A---T-----A----------C-----T---TTTT--AG-ATT--CT-T-CA-G-GAAT-A--ATAAAA-------CTA---AT----TATGGACGTTT---A-GAG----GG-AA----CA----TC-CACAAATTTATCAGGTCTTCAGTAGGGC-T-TA--T-CAA--CCCTC-----GGC-G-CATAGGG----GTGCCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgtagaaaaagtttgtttacgattgatatagtttattacataaaaaaaaaatcaactcaagaaatgttttcaagatatttttttaaatactttttagattcttcaggaataataaaactaattatggacgtttagagggaacatccacaaatttatcaggtcttcagtagggcttatcaaccctcggcgcataggggtgccctcgggtgatgaacccctacttcgactgtaatttgtggatgtctccccggctaagcagtcctattgtaatta
gi|10 : cgcgcggggtgacaactgttgttgtctccctgatggattaaatgggcgcgcagacacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCGCGGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGAT-A-T--A---A-----T-T---GCGCA-GA----A--A----------CA----------C-----------tcgggtgatgaacccctacttcgactgtaatttgtggatgtctccccggctaagcagtcctattgtaatta
gi|10 : cgTA-G-AAAA-----------G-T--G-G--TT-AC----GAA-C---T-T-GAT---GA---CGTTT--T-ACA-TA---AAAA---AA----TC-AAGT-----C--AA-G---A-AA-TGTTT--T-CA--A---AT--AA------------T--TT-TT---AA--AA-------A---T-----A----------CTT---T---TTTT--AG-ATT--CT-T-CA-G-G-AT-A--AT-AA----------N---N-----NNNNNNNNNNN---N-NNN----NN-NN----NNN---NN-NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N-TA--T-C-A---CCTC----GGGC-G-CATA--G----GCGCCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagaaaagtggttacgaacttgatgacgttttacataaaaaaatcaagtcaagaaatgttttcaaataatttttaaaaatactttttttagattcttcaggataataannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatcacctcgggcgcataggcgccctcg
gi|11 : cgcgcggggtgacaactgtgttgtctccctgtagatataattgcgcagaaacacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGG-G-TGACAA--CTG-T-A-TTGTC----------TCACT-T-T--GGATGT-T--A---CT----T-A---GCGCA-GA----ATTA----------CANNNNNNNNNNN-----------N-------------NN---------------NNNN-N---N-NNN---------------------N----NNN----NNNNN-----NNNNNNN------N--N--NNNNNNNNNNNN--NN--NNNNN--NNNNNN------------NNN--------NNNNNN----N------------NN-NNNN-N-AGAA--------AAAG-T--T-G--TT-AC----CAG-C---T-T-GGA---GA---CGCTT--T-ACA-T----ACAA---AA----TA-AACT-----C--TA-G---A-AA-TGTTT--G-CA--A--GA--------------------TT-TT---TT--TT-------C---T-----A----------C-----T---TTTT--AG-ATC--CT-T-CA-G-G-AT-A--AT-AAA-------NNN---N-----NNNNNNNNNNN---N-NNN----NN-NN----NNN---NN-NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N-TT--T-C-A--CCCGA----GGGC-G-CATA--G----tcg
gi|12 : gcactCGCGGG-GGTAACAA--CTG-T-G-TTTTC----------TCCCT-T-T--AGATGA-T--A---A-----TTA---GCGAA-GA----A--A----------NN----------N-----------N-------------NN---------------NNNN-N---N-NNN---------------------N----NNN----NNNNN-----NNNNNNN------N--N--NNNNNNNNNNNN--NN--NNNNN--NNNNNN------------NNN--------NNNNNN----N------------NN-NNNN-N-NNNN--------N--C-T--T-G--GT-AATAAAGGT-TAAAT-T-G-T---CA---CGTTT--T-ACA-T----AAAAAAAAA----TC-AAGG-----C--AA-A---A-AA-TATTT--C-TA--A--GAT--AG------------T--TT-TT---TT--TT-------T---TTTTTCA----------C-----T---TTTT--GG-ATT--CT-T-CA-G-G-AA-A--AT-AAA---------N---N-----NNNNNNNNNNN---N-NNN----NN-NN----NNN---NN-NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-T-TA--T-C-A--TCCTC----GGGC-
gi|13 : aGGG-G-TAACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-T-T--AGATGA-T--A---N-----N-N---NNNNN-NN----N--N----------NN----------N-----------N-------------NN---------------NNNN-N---N-NNN---------------------N----NNN----NNNNN-----NNNNNNN------N--N--NNNNNNNNNNNN--NN--NNNNN--NNNNNN------------NNN--------NNNNNN----N------------NT-T-T--G-ACAA--------A--A-T--T-G--TT-AC----AAT-C---T-T-GAT---GA---CATTT--T-ACA-T----AAAA---AA----TC-AAAT-----C--AA-G---A-AG-CATTT--T-CA--A--GAT--AG------------T--TG-TT---TT--T------------T-----A----------C-----T---TTTT--AG-ATT--CT-T-CA-G-G-AT-A--AT-AAA-------NNN---N-----NNNNNNNNNNN---N-NNN----NN-NN----NNN---NN-NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N-TA--T-C-T--CCCTC----AGGC-A-CATA--G----GTGCCC
gi|14 : acgcatCGCGGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----T-G---GCGCA-GA----A--A----------CA----------C-----------A-------------CA---------------TTGC-G---A-ANN---------------------N----NNN----NNNNN-----NNNNNNN------N--N--NNNNNNNNNNNN--NN--NNNNN--NNNNNN------------NNN--------NNNNGT----T------------TT-TGTA-G-AAAA--------A--G-T--T-G--TT-AC----GAT-C---T-T-GAT---GA---CGTTT--T-ACA-T----AAAA---AA----TC-AAGT-----C--AA-G---A-AA-TGTTT--T-CA--A--GAT--AA------------T--TC-TT---TT--TT-------A---T-----A----------C-----T---TTTT--AG-ATT--CT-A-CA-G-G-AT-A--AT-AAA-------NNN---N-----NNNNNNNNNNN---N-NNN----NN-NN----NNN---NN-NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N-TA--T-C-A--CCCTC-----GGC-G-CATA--G----GCTCCCtc
gi|15 : CAGG-A-TTACAA--CTG-T-G-TTGTCTAACTTGTCTTCCCT---T--AGCTGA-T--A---AT----T-T---GCACA-GA----A--A----------TA----------
gi|15 : TA-G-AAAAGTTAAATTA--A-T--T-G--TT-AC----GAT-C---T-T-GAT---GA---AGATT--T-ACA-T----CAAA---AA----TC-AAGT-----C--AA-A---A-AA-TTTCTTAT-CA--A--G-T--AAGTTTT-------T--TT-TT---TT--TT-------T---T-----A----------C-----T---TTTTTAAG-ATT--CT-CGCA-GAG-AT-A--AT-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagaaaagttaaattaattgttacgatcttgatgaagatttacatcaaaaatcaagtcaaaaaatttcttatcaagtaagtttttttttttttttacttttttaagattctcgcagagataatt
gi|16 : caggattacaactgtgttgtctaacttgtcttcccttagctgataatttgcacagaaatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----T-G---GCGCA-GA----A--ANNNNNNNNNNNN----------N-----------N-------------NN---------------NNNN-N---N-NNN---------------------N----NNN----NNNNN-----NNNNNNN------N--N--NNNNNNNNNNNN--NN--NNNNN--NNNNNN------------NNN--------NNNNNN----N------------NN-NNNN-N-AAGA--------AAAG-T--T-G--TT-AC----AAT-C---T-T-GAT---GA---TGTTT--T--TG-T----AGAA---AA----t
gi|16 : gtgcGT----T------------TT-TGTA-G-AAAA--------C--G-T--T-G--TT-AC----AAT-C---T-T-GAT---GA---CGTTA--T-ACATT----AAAA---AA----TT-AAGT-----C--AA-G---A-AA-TGTTT--T-CA--A--GAT---A------------T--TT-TT---T----------------T-----A----------C-----C---TTTT--AA-A-----T-T-CA-A-G-AT-A--cgttgttacaatcttgatgacgttatacattaaaaaattaagtcaagaaatgttttcaagatatttttttaccttttaaattcaagata
gi|17 : gtgcgggtgacaactgtgttgtctccctgtagatgataatggcgcagaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagaaaagttgttacaatcttgatgatCGCGGG-G-TGACAA--CTA-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----T-G---GCGCA-GA----A--A----------CA----------C-----------G-------------
gi|17 : acgAAA---AA----TC-AAGT-----C--AA-G---A-AA-TGTTT--T-CA--A--GAT--AA------------TA-TA-TT---TT--TA-------A---T-----A----------C-----T---TTTT--AG-ATT--CT-T-CA-G-G-AT-A--AT-AAtagcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaaatcaagtcaagaaatgttttcaagataatatatttttaatactttttagattcttcaggataataa
gi|18 : acgcgcggggtgacaactatgttgtctccctgtagatgataatggcgcagaaacacgtagcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGAGTA-TACA---A-----T-T---GGGCA-TA----A--A----------C-------------------------------------CG---------------TTGT-A---A-A
gi|18 : ------------TT-TGTA-GTAGAA--------A--G-T--T-G--TT-AA----ATT-C---C-T-TAT---GAT--CGTTT--A-GCA-T----AAAA---AT----TC-TGGTTTGAGC--AT-GTGTA-GA-T-TCT--T-CA--G--GAT--AA------------nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgtagtagaaagttgttaaattccttatgatcgtttagcataaaaattctggtttgagcatgtgtagattcttcaggataa
gi|19 : gtgacaactgtgttgtctccctgtagagtatacaattgggcataaaccgttgtaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----G-A---GCGCA-GA----
gi|19 : ------------TT-TGTA-G-AAAA--------A--G-T--T-G--TT-AC----AAT-C---T-T-GAT---GA---CGTTT--T-ACA-T----AAAA---AA----TC-AAGT-----C--AA-G---A-AATTGTTT--C-CA--A--AAA--AA------------nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgtagaaaaagttgttacaatcttgatgacgttttacataaaaaatcaagtcaagaaattgtttccaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaattccattttaagatt
gi|2 : ccctgtagatgataagagcgcagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGCGGG-G-TGACAA--CTGAT-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----T-G---GCGTA-GA----A--A----------CA----------C-----------G-------------TGCATT-----------TTAC-GTT-A-ACG---------------------T----TGT----TTTTG-----TTTTGCC------T--C--ATCTATTATGAC--TC--ACATC--CGAAAGTTTTC-------CCG--------GCTCGT----T------------TT-GGTA-G-AAAA--------AA-G-T--T----TT-AC----GATAC---TAT-GAT---GA---CGTTT--T-ACA-TT---AAAA---AA----TC-AAGT-----C--AAAG---A-AA-TGTTT--TTCA--AACGAT--AA------------T--TT-TT---AG--AA-------A---T-----A----------C-----T---TTT---AG-ATT--CT-T-CA-G-G-AT-A--AT-AAA-------CAATT-A-----TGGGAACTGTT---A-CAG----GGCGA----AAT---TCACACAAA-TTATTCAATGTCTAGTA--GT-G-TA--T-C-AC-CCCTC----GGGC-G-CGTA--A----GCGCCCaaaaaaaaaaaaaaaaattccattttaagatt
gi|20 : ----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----G-G---GCGCA-GA----A--A----------CA------------------------------------TG---------------TTGC-A---A-AATGTTTACAGAGTACTATGAACGT----TGT----TGTTC-----TATGCCC------TCAT--CTCTATTATGACA-TCGACAATC--CGAAAG------------CTT--------CCTCGTCTCCT------------TT-TGTA-G-GAAA--------A--A-TTCT-GCTTT-AC----ACT-C-----T-GAA---AA---CATTG--T-ACA-T----AAAA---GA----atcccggggtgaaaaccctacttcaaaaccctgataatgttgtatctccccgcgaaacagtcaaatggta
gi|21 : ggtgcaaacatgtagacactgataAT-C---T-T-GAT---GA---TGTTT--T-ACA-TAA--AAAA---AA----TC-AAGT-----C-----------AA-T-TTT--T-CA--A--GAT--TAGATACTTTTTTTT--TT-TT---TT--TT-------T---T-----A----------CT----T---TTTT--TG-ATT--CT-T-C--G-G-AT-A--AT-AAANNNNN--NNN---N-----NNNNNNNNNNN---N-NNN----NN-NN----NNN---NN-NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-T-TA--T-C-A--CCCTT----GGGC-A-CAa
gi|22 : agtaattCGCGGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCTT-G-T--AGATGA-C--A---A-----T-G---GTGCA-GA----A--A----------CA----------C-----------gacaccgctcg
gi|22 : cg------------TT-TGTA-G-AAAA--------A--G-T--T-G--CT-AC----AAT-C---T-T-GAT---GA---CGTTT--T-ACA-T----AAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgtagaaaaagttgctacaatcttgatgacgttttacataaa
gi|23 : cgcgcggggtgacaactgtgttgtctccttgtagatgacaatggtgcagaaacacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCGCGGA-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----T-G---GCGCA-GA----A--A----------CA----------CNNNNNNNNNNNN-------------NN---------------NNNN-N---N-NNN---------------------N----NNN----NNNNN-----NNNNNNN------N--N--NNNNNNNNNNNN--NN--NNNNN--NNNNNN------------NNN--------NNNNNN----N------------NN-NNNN-N-AGAA--------AAAG-T--T-G--TT-AC----AAT-C---T-----T---GA---CGTTT--T-GCA-T----A
gi|24 : acgAAA---AA----TT-AAGT-----A--AA-G---A-AA-TGTTT--T-CATTA--GAT--AA------------TGCTT-TG---TT--TT-----------T-----A----------C-----T---TTTC--AG-ATT--CT-T-AA-G-G-AT-A--AT-AAA-------NNN---N-----NNNNNNNNNNN---N-NNN----NN-NN----NNN---NN-NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N-NNTCT-C-A--CCCTT----GGGC-G-CATA--
gi|25 : GTTT---AGCAG----GG-AA----AA----TC-A--AAA-TTATCGGTCTTAGTTAATGGA-T-TAAGT-C-A--CC-TC----GG-C-G-CATA-------GCGCCcggtaggcacaccctcagaatg
gi|25 : tgactgGTTA---G-CGG----GG-GA----TACAAATC-GACAAA-TTAAATCATGTCGGAAGAGG--C-TA--T-C-A--CCCGA----AGGC-G-C-TA--T----GCGCCttcgggtgatagcctcttccgacatgatttaatttgtcgatttgtatcccccgctaacaagtccgataattgttata
gi|26 : tgactggtttagcagggaaaatcaaaattatcggtcttagttaatggattaagtcacctcC-AAGG-----C--AA-----A-AA-TCACT--T-CA--A--AAT--AA------------T--TT-GG---TT--TT----------------------------------T---TTTT--AG-ATT--CT-T-TA-G-G-AT-A--AT-AAA-------NNN---N-----NNNNNNNNNNN---N-NNN----NN-NN----NNN---NN-NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N-TA--T-C-G--ACCTC----GAAA-A-CATA--G----GCACTCaagtccgataattgttata
gi|27 : GT----T------------TT-TGTA-G-AAAA--------A-------------------------------T-GAT---GA---CGTTT--T-ACA-TTTAAAAAA---AA----TC-AAGT-----C--AA-G---A-AA-TTTTT--C-CA--A--GAT--A-----------------T-TT---TT--TTAAA----A---A-----A----------C-----A---TTTT--GG-ATT--CT-T-CT-T-G-AT-A--AT-AAA-------tcg
gi|28 : acaaacaaaagctttctgtttgT----T------------TT-TGTTTG-AAAA--------A--G-T--TTG--TT-------GAT-C---T-T-GATATGGAACTCTTTT--T-GAA-T----AAAA---AA----AT-AGGTTT---C--AA-A---A-AA-TGTTT--T-CAT-A--GAA--AG------------T--TT-TT---TC--TG-------T---T-----A----------T-----T---TTTT--A--ATTTGTT-T-AA-A-G-GT-A--AT-AAac
gi|29 : T--TT-----------T-----A----------C-----T---TTT---AC-ATT--CT-T-TG-G-A-AT-A--AT-AAA-------NNN---N-----NNNNNNNNNNN---N-NNN----NN-NN----NNN---NN-NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT-T-TA--T-C-A--CCGTC----ATGC-G-CACA--C----GCAC
gi|3 : CGCGGG-G-TGACAA--CTG-T-GGTTGTC----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--T---A-----T-G---GCGCAGGA----A--A----------CA----------C-----------tgtcgggtgata
gi|3 : gTA-G-AAAA--------A--G-T--T-G--TT-AC----GAT-C---T-T-GAT---GA---CGTTT--T-ACA-T----AAAA---AA----TC-AAGT-----C--AA-G---A-AA-TGTTT--T-CA--A--GAT--AA-----------------------TT--TTAAAAAA-A---T-----A----------C---------TTTT--AG-ATT--CT-T-CA-G-G-AT----AT-AA----------A---N-----NNNNNNNNNNN---N-NNN----NN-NN----NNN---NN-NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-T-TA--T-C-A--CCCTC----GGGC-G-CATA--G----GCGCCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagaaaaagttgttacgatcttgatgacgttttacataaaaaatcaagtcaagaaatgttttcaagataattttaaaaaaatacttttagattcttcaggatataaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttatcaccctcgggcgcataggcgccctcgggtgatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatattgtaag
gi|30 : gcgcggggtgacaactgtggttgtctccctgtagatgattatggcgcaggaaacacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn------------TT-TGTT-G-AAAA--------A--G-T--T-T--GT-AT----GAT-C---T-T-GATAT-GAACTCTTTT--T-GAA-T----AAAA---AA----AA-TAGT-----C--AA-A---A-AA-TGTTT--T-CA--A--GA---AA------------G--TT-TT---CT--TT-------A---T----------------------T---TTTT--AA-TTT--GT-T-TA-A-G-GT-A--AT-AAtcgggtgatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatattgtaag
gi|31 : AA--------A--G-T--T-G--GC-AC----GAT-C---T-T-GTT---GA---CAATT--T-AAA-T----TGAA---AA----TA-AAAT-----------G---A-AA-TGTTC--T-CC--A--GAT--AAG-----------T--TT-TTAGATT--TT-------T---T-----A----------C-----T---TTTT--AG-ATT--CT-T-CAGG-G-AT----AT-AAA-------
gi|32 : -G-AATA--------C--G-T--T-G--TT-AC----GAT-C---T-T-GAT---GA---CGTTT--T-AC--T----GAAA-------------------------------A-AA-TGTTT--T-CA--A--GAT--AG-------------------T---AT--TT-------A---A-----AAAAAACCAACC-----T---TTTT--AG-ATT--CT-T-TA-G-G-AT-A--AT-AAA-------nnn
gi|33 : gat--T-G--TT-AC----GAT-C---T-A-GAT---GA---CATTG--T-ACA-T----AAAA---AA----TT-AAGT-----C--AA-G---A-AA-TGTTT--T-CA--A--GAT--AG------------T--AT-TG---TT--TT-------T---T-----A----------C-----T---TTTT--AT-ATT--CT-T-CA-G-G-AT-A--AT-AA
gi|35 : GG-G-TGAAAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT---T--AGACGA-T--A---A-----T-G---GTGCA-GA----A--A----------TA------------------------------------TG---------------TTGTGG---A-AGC---------------------T----TGA----CGTTA-----T
gi|37 : aCGTGGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--GGATGT-T--A---A-----A-G---GCGCA-GA----A--A----------CA------------------------------------CG---------------TTGC-G---A-AAT---------------------T----Tgtttttg
gi|38 : T-----C--AA-G---A-AA-TGTTT--T-CT--A--GAT--A-------------T--TT-TG---TT--TT-----------T-----A----------C-----T---TTTT--AG-ATT--CT-T-CG-G-G-AT-A--AT-AAA-------ta
gi|39 : CGGG-G-TGACAA--CTGCT-G-TCG-C----------TCCTT---T--AGATG
gi|4 : acgtgcGGG-T-TGACAA--C-G-T-G-T-GTC----------TCCCT-G-TTAAGATGA-T--A---A-----T-G---GCGCA-GA----A-------------CA----------C-----------GATTGTTGAAATTATG---------------TTAC-G---A-ATT---------------------TGACGTTG----TGTTT-----TTGCCCTCATACAT--T--TTCTATTATGACG-TC--ATATAATCGAAAAGCATTTAATTTGCCG--------GCTAGT----T------------TTGTGAA-G-AAAA--------A--GGT--T-A--TT-AC----GAT-----T-T-GAT---GC---TGTTT--T-ACC-T----CAAA---A-----TC-AACT-----CTCAACG---A-AA-TGCTT----CA--A--GAT--A-------------T--TT-GT---TTAGTT-------AAAAT-----A----------C-----T---TTTT--AGGATT--CT-T-CA-G-G-AT-A--TT-AAT-------CTAATTA-----TGTGACTGTTTTTAG-CAG----GG-TGAATTCAT---TC-TATAAA-TTATCAAGGTTCTGTATAGGTGT-TC--C-T-A--CCCTCTTCGGGGCTG-C-TAT-G----GCGGCCttctttaacaacgaaatta
gi|40 : tgG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-T-T--AGATGT-T--ATTTACTATTT-A---GCACA-GA----A--A----------TA----------cctcaggtgat
gi|41 : CGGG-G-TGACAAA-CTG-TTG-TTGTC----------TCCTT-------GGCGA-T--A---AAT---T-C---GTGC---A----A--A----------CA----------
gi|42 : CGCGGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-C--A
gi|43 : -G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGttcggatc
gi|44 : gcgagtgcaactCGGGGG-G-TTACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-T-T--AGA
gi|5 : acgGCGGG-G-TGAAAAAACTG-T---TTGTC----------TCCTTAG-C--AG--GA----A---A-----T-G---GCGCA-GATTGTG--A----------TG----------G-----------G-------------CGCAGATTTTTGTTTATTTAC-GCTAACATT---------------------T----TTT----TTTGC-----CTTTTCA------T--T--CT-TATTATGACGTTC--ACAAT--TGAA--------------CCTTTTTTTGTCGTCGT----T------------TT-TGAA-G-AAGA----------------T-G--AT-AC----GAT-C---T-G-AAT---GA---CGCTT--T-GCA-T----AAAAGGGAC----AC-AAGT-----C--AA-GA--A-AA-TGTTG--T-CAACA--GATGCGA------------T--GTAGT---TT--TT-------G---T----------------T-----T---TTTT--A--ACT--GT--------G-AT-A--AT-AAAAC-----CTATT-A-----TGTGACTGTTT---T-TAGCCCAGG-AA----AGA---CA-TCCAAA-TTATC-CAATTCTTAGTAGGG-T-TA--T-C-AACCCTTC----AGGT-G-CATA--GGGCCGCGCCC
gi|6 : CGCGGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCTCT-G-T--AGATGAGT--AT--A-----T-G---GCGCA-GA----A--A-----------A----------C-----------A-------------CG---------------TTGC-G---A-AAT---------------------T----TTAAACGTTTGACCGTGTTTTGCG------C--TCATTCTATTATGACG-TC--CACAA--CGAAGCTTT---------CCG--------GCTCGT----T------------TT-TGTA-G-AAAA--------A--G-T--T-G--TT-AC----GAT-C---T-T-GAT---GA---CGTTT--TCACA-T----AAAAG--AA----TCAAAGT-----C--AA-GA--A-AA-TGTTT--T-CA--A--GAT--AA-----------------------AT--TTAAAAAAAA---T-----A----------C-----TCTATTTT--AG-ATT--CT-T-CA-G-G-AT-AAGAT-AAANNNNNNNNNN---N-----NNNNNNNNNNN---N-NNN----NN-NN----NNN---NN-NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNGT-TATA--T-A-A--CCCTT----GGGC-GCCATA--G----GCGCCCtaaggaga
gi|7 : gcGG------------CCT--------CGTT-T----T------------TT-TGTA---AAAA--------A--G-T--TAG--TT-AA----CAT-----T-T-GAT---GA---C-TTT--T-ACA-T----AAAA---------TC-AAGT-----C--A--G---A-AG-T---T--T-CAG-A--TAT--AA------------T--TT-T-----------------A---A-----A----------CAAATCT---TTTT--AG-ATT--CT-T-CAGG-G-AT-AATAT-AAA-------CTAGTTA-----TGGTACTGTTG---C-CAG----GGAGA----AAG---TC-AACAAA-TTATCGTAGGTCTTAGTACGG-T-TA--TGC-A--ACCTCT---CGTC-G-CATA--G----GCGCTCgagggtg
gi|8 : ggtgacgtgttcttagatcaccttcatctataatctgacgtcacaacgaaagctttccCGCGGGCG-TGACAA--GTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-C-T--AGATGA-T--A---A-----T-G---GCGCAAGA----A--A----------CA----------C-----------G-------------TGCNNNNNNNNNN----NNNN-N---N-NNN---------------------N----NNN----NNNNN-----NNNNNNN------N--N--NNNNNNNNNNNN--NN--NNNNN--NNNNNN------------NNN--------NNNNNN----N------------NT-CGTA-G-ACAA-----------G-TA-T-A--TTTAC----GAT-C---T-TTGATT--GA---CGTTT--T-ACA-T----AAAA---AA----TC-AAGTG----C--GA-G---ATAA-TGTTT--T-CG--A--GA------------------------T---TT--TTAAAAA--A---T-----A----------C-----TAG-TTAT--GA-ATT--CTGT-CA-G-G-ATCA--AT-AAA-------AGA---AAGNNNNNNNNNNNNNN---N-NNN----NN-NN----NNN---NN-NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N-TA--T-C-A--CCCTC----GGGC-G-CATA--G----GCGCctcgggggataacccttatctcgactgaatatttgtgcatgctactcccgctaaatccgtccataatgtaat
gi|9 : aCGCGGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----T-G---GCGCA-GA----A--A----------CA----------C-----------N-------------NN---------------NNNN-N---N-NNN---------------------N----NNN----NNNNN-----NNNNNNN------N--N--NNNNNNNNNNNN--NN--NNNNN--NNNNNN------------NNN--------NNNNNN----NNNNNNNNNNNNNTT-TGTA-G-AAAA--------A--G-T--T-G--TT-AC----GAC-C---C-T-GAT---GA---CGTTT--T-ACA-T----TAAA---AA----TC-AAGT-----C--AA-G---A-AA-TGTTT--T-CA--A--GGT--AATTT---------T--TT-TT---TT--TT-------A---A-----A----------C-----T---TTTT--AG-ATT--CT-T-TA-A-G-AT-A--AT-AAA-------CNN---N-----NNNNNNNNNNN---N-NNN----NN-NN----NNN---NN-NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N-TA--T-C-A--CCCTC----GGGC-G-CATA--G----GCGCCC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|34 ): TGATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATATTATAGTATTGTGTGTTTTGTCTCC
Unaligned ( gi|36 ): GCGATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATATTGTCACAAA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111111111111111111111
lowQualScore : 1 1 33 4 1 1 6666666666 444 11 1 22 444 99999 1 222 3 3333 22 7777777777 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 99999999999999999 1 22 1 3 99999999999 33 4 22 2 3333 1 222 1 1 555 666 11 1 2 6666 666 2222 1 22 66666 1 1 555 1 1 1 11 66 11 11 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 22 1 22 1 1 1 1 2 1 22 1 22 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 44 0 1 4444444444444444444444 1 55 1 1 44 555555555 1 44 8888888
lowQualScore : . . .. . . . .......... ... .. . .. ... ..... . ... . .... .. .......... ......................................................................................................................................................................................................... ................. . .. . . ........... .. . .. . .... . ... . . ... ... .. . . .... ... .... . .. ..... . . ... . . . .. .. .. .. ................................................................ .. . .. . . . . . . .. . .. ............................................................ .. . . ...................... . .. . . .. ......... . .. .......
lowQualScore : 5 5 55 4 5 5 2222222222 888 99 6 22 444 44444 6 888 2 4444 33 3333333333 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 99999999999999999 8 55 5 1 77777777777 44 3 00 9 0000 4 444 4 4 777 222 99 4 8 2222 222 9999 4 00 77777 4 4 222 4 4 4 99 66 99 99 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 00 4 00 4 4 4 4 9 4 00 5 11 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 66 2 8 1111111111111111111111 8 00 8 8 33 999999999 8 55 0000000
consensus : CGCGGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----T-G---GCGCA-GA----A--A----------CA----------C-----------G-------------CG-----------TTGC-G--AANT---------------------T----TNN----TNT-----TNTT----T--TGCCT--TN--TC-----TAT--TATGAC--TC--AN--AANCGAAA------------G-----C----CNNC--------TC----GT----T------------TT-T--GTA-G-AAAA--------A--GT--T-G--TT-AC----GAT-C---T-T-GAT---GA---CGTTT--T-ACA-T----AAAA---AA----TC-AA--GT-----C-AA-G---A-AA-TG-TTT--TCA--A--GAT--AA------------T--TT-TT---TT--TT-------AT-----A----------C-----T---TTTT--A-GATT--CT-T-CA-G-G-AT-A--AT-A--AA-------C--TA---A-----TGNGACCGTTT---N-CAG---GG-GA---NA---N---TC-NACAAA-TTATC-GNGNNTCNNNNNA-GG-N--T-TA--T-C-A--CCCT----C----GGGC-G--CATA--G----GCGCCC
Reference ( family-1486 ) : CGCGGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----T-G---GCGCA-GA----A--A----------CA----------C-----------G-------------CG-----------TTGC-G--AANT---------------------T----TNN----TNT-----TNTT----T--TNCNT--TN--TC-----TAT--TATGAC--TC--NN--ANNCGAAA------------G-----C----CNNC--------TC----GT----T------------TT-T--GTA-G-AAAA--------A--GT--T-G--TT-AC----GAT-C---T-T-GAT---GA---CGTTT--T-ACA-T----AAAA---AA----TC-AA--GT-----C-AA-G---A-AA-TG-TTT--TCA--A--GAT--AA------------T--TT-TT---TT--TT-------AT-----A----------C-----T---TTTT--A-GATT--CT-T-CA-G-G-AT-A--AT-A--AA-------C--TA---A-----TGNGANCGTTT---N-CAG---GG-GA---NA---N---TC-NACAAA-TTATC-NNANNTCNNNNNA-GG-N--T-TA--T-C-A--CCCT----C----GGGC-G--CATA--G----GCGCCC
gi|1 : CGCGGG-G-TGACAA--CTGTT-G-TTGTC----------TCCCT-GAT--GGATTA----A---A-----T-GGGCGCGCA-GA----C--A----------C
gi|1 : cgT-T--GTA-G-AAAA--------A--GT--TTG--TTTAC----GAT-------T-GAT---AT---AGTTTATT-ACA-T----AAAA---AAAAAATC-AA--CT-----C-AA-G---A-AA-TG-TTT--TCA--A--GAT---A------------T--TT-TT---TT--AA-------AT-----A----------C-----T---TTTT--A-GATT--CT-T-CA-G-GAAT-A--ATAA--AA-------C--TA---AT----TATGGACGTTT---A-GAG---GG-AA---CA-------TC-CACAAATTTATC-AGGTCTTCAGTAG-GG-C--T-TA--T-CAA--CCCT----C-----GGC-G--CATAGGG----GTGCCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgtagaaaaagtttgtttacgattgatatagtttattacataaaaaaaaaatcaactcaagaaatgttttcaagatatttttttaaatactttttagattcttcaggaataataaaactaattatggacgtttagagggaacatccacaaatttatcaggtcttcagtagggcttatcaaccctcggcgcataggggtgccctcgggtgatgaacccctacttcgactgtaatttgtggatgtctccccggctaagcagtcctattgtaatta
gi|1 : cgcgcggggtgacaactgttgttgtctccctgatggattaaatgggcgcgcagacacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnA---A-----TAGGACTGCTT---AGCCG---GG-GA---GA---CA--TC-CACAAA-TTAC-----AGTCGAAGTA-GG-GGTT-CA--T-C-A--CCCG----A----GGGC-ACCCCTA--T----GCGCCtcgggtgatgaacccctacttcgactgtaatttgtggatgtctccccggctaagcagtcctattgtaatta
gi|10 : cgcgcggggtgacaactgttgttgtctccctgatggattaaatgggcgcgcagacacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgtagaaaaagtttgtttacgattgatatagtttattacataaaaaaaaaatcaactcaagaaatgttttcaagatatttttttaaatactttttagattcttcaggaataataaaactaattatggacgtttagagggaacatccacaaatttatcaggtcttcagtagggcttatcaaccctcCGCGGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGAT-A-T--A---A-----T-T---GCGCA-GA----A--A----------CA----------C-----------gtaatta
gi|10 : cgTA-G-AAAA-----------GT--G-G--TT-AC----GAA-C---T-T-GAT---GA---CGTTT--T-ACA-TA---AAAA---AA----TC-AA--GT-----C-AA-G---A-AA-TG-TTT--TCA--A---AT--AA------------T--TT-TT---AA--AA-------AT-----A----------CTT---T---TTTT--A-GATT--CT-T-CA-G-G-AT-A--AT-A--A------------N---N-----NNNNNNNNNNN---N-NNN---NN-NN---NN---N---NN-NNNNNN-NNNNN-NNNNNNNNNNNNN-NN-N--N-TA--T-C-A---CCT----C----GGGC-G--CATA--G----GCGCCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagaaaagtggttacgaacttgatgacgttttacataaaaaaatcaagtcaagaaatgttttcaaataatttttaaaaatactttttttagattcttcaggataataannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatcacctcgggcgcataggcgccctcg
gi|11 : cgcgcggggtgacaactgtgttgtctccctgtagatataattgcgcagaaacacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGG-G-TGACAA--CTG-T-A-TTGTC----------TCACT-T-T--GGATGT-T--A---CT----T-A---GCGCA-GA----ATTA----------CANNNNNNNNNNN-----------N-------------NN-----------NNNN-N--NNNN---------------------N----NNN----NNN-----NNNN----N--NNNNN--NN--NN-----NNN--NNNNNN--NN--NN--NNNNNNNN------------N-----N----NNNN--------NN----NN----N------------NN-N--NNN-N-AGAA--------AAAGT--T-G--TT-AC----CAG-C---T-T-GGA---GA---CGCTT--T-ACA-T----ACAA---AA----TA-AA--CT-----C-TA-G---A-AA-TG-TTT--GCA--A--GA--------------------TT-TT---TT--TT-------CT-----A----------C-----T---TTTT--A-GATC--CT-T-CA-G-G-AT-A--AT-A--AA-------N--NN---N-----NNNNNNNNNNN---N-NNN---NN-NN---NN---N---NN-NNNNNN-NNNNN-NNNNNNNNNNNNN-NN-N--N-TT--T-C-A--CCCG----A----GGGC-G--CATA--G----tcg
gi|12 : gcactCGCGGG-GGTAACAA--CTG-T-G-TTTTC----------TCCCT-T-T--AGATGA-T--A---A-----TTA---GCGAA-GA----A--A----------NN----------N-----------N-------------NN-----------NNNN-N--NNNN---------------------N----NNN----NNN-----NNNN----N--NNNNN--NN--NN-----NNN--NNNNNN--NN--NN--NNNNNNNN------------N-----N----NNNN--------NN----NN----N------------NN-N--NNN-N-NNNN--------N--CT--T-G--GT-AATAAAGGT-TAAAT-T-G-T---CA---CGTTT--T-ACA-T----AAAAAAAAA----TC-AA--GG-----C-AA-A---A-AA-TA-TTT--CTA--A--GAT--AG------------T--TT-TT---TT--TT-------TTTTTTCA----------C-----T---TTTT--G-GATT--CT-T-CA-G-G-AA-A--AT-A--AA-----------N---N-----NNNNNNNNNNN---N-NNN---NN-NN---NN---N---NN-NNNNNN-NNNNN-NNNNNNNNNNNNN-NN-N--T-TA--T-C-A--TCCT----C----GGGC-
gi|13 : aGGG-G-TAACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-T-T--AGATGA-T--A---N-----N-N---NNNNN-NN----N--N----------NN----------N-----------N-------------NN-----------NNNN-N--NNNN---------------------N----NNN----NNN-----NNNN----N--NNNNN--NN--NN-----NNN--NNNNNN--NN--NN--NNNNNNNN------------N-----N----NNNN--------NN----NN----N------------NT-T---T--G-ACAA--------A--AT--T-G--TT-AC----AAT-C---T-T-GAT---GA---CATTT--T-ACA-T----AAAA---AA----TC-AA--AT-----C-AA-G---A-AG-CA-TTT--TCA--A--GAT--AG------------T--TG-TT---TT--T---------T-----A----------C-----T---TTTT--A-GATT--CT-T-CA-G-G-AT-A--AT-A--AA-------N--NN---N-----NNNNNNNNNNN---N-NNN---NN-NN---NN---N---NN-NNNNNN-NNNNN-NNNNNNNNNNNNN-NN-N--N-TA--T-C-T--CCCT----C----AGGC-A--CATA--G----GTGCCC
gi|14 : acgcatCGCGGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----T-G---GCGCA-GA----A--A----------CA----------C-----------A-------------CA-----------TTGC-G--AANN---------------------N----NNN----NNN-----NNNN----N--NNNNN--NN--NN-----NNN--NNNNNN--NN--NN--NNNNNNNN------------N-----N----NNNN--------NN----GT----T------------TT-T--GTA-G-AAAA--------A--GT--T-G--TT-AC----GAT-C---T-T-GAT---GA---CGTTT--T-ACA-T----AAAA---AA----TC-AA--GT-----C-AA-G---A-AA-TG-TTT--TCA--A--GAT--AA------------T--TC-TT---TT--TT-------AT-----A----------C-----T---TTTT--A-GATT--CT-A-CA-G-G-AT-A--AT-A--AA-------N--NN---N-----NNNNNNNNNNN---N-NNN---NN-NN---NN---N---NN-NNNNNN-NNNNN-NNNNNNNNNNNNN-NN-N--N-TA--T-C-A--CCCT----C-----GGC-G--CATA--G----GCTCCCtc
gi|15 : CAGG-A-TTACAA--CTG-T-G-TTGTCTAACTTGTCTTCCCT---T--AGCTGA-T--A---AT----T-T---GCACA-GA----A--A----------TA----------
gi|15 : TA-G-AAAAGTTAAATTA--AT--T-G--TT-AC----GAT-C---T-T-GAT---GA---AGATT--T-ACA-T----CAAA---AA----TC-AA--GT-----C-AA-A---A-AA-TT-TCTTATCA--A--G-T--AAGTTTT-------T--TT-TT---TT--TT-------TT-----A----------C-----T---TTTTTAA-GATT--CT-CGCA-GAG-AT-A--AT-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagaaaagttaaattaattgttacgatcttgatgaagatttacatcaaaaatcaagtcaaaaaatttcttatcaagtaagtttttttttttttttacttttttaagattctcgcagagataatt
gi|16 : caggattacaactgtgttgtctaacttgtcttcccttagctgataatttgcacagaaatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----T-G---GCGCA-GA----A--ANNNNNNNNNNNN----------N-----------N-------------NN-----------NNNN-N--NNNN---------------------N----NNN----NNN-----NNNN----N--NNNNN--NN--NN-----NNN--NNNNNN--NN--NN--NNNNNNNN------------N-----N----NNNN--------NN----NN----N------------NN-N--NNN-N-AAGA--------AAAGT--T-G--TT-AC----AAT-C---T-T-GAT---GA---TGTTT--T--TG-T----AGAA---AA----t
gi|16 : gtgc----GT----T------------TT-T--GTA-G-AAAA--------C--GT--T-G--TT-AC----AAT-C---T-T-GAT---GA---CGTTA--T-ACATT----AAAA---AA----TT-AA--GT-----C-AA-G---A-AA-TG-TTT--TCA--A--GAT---A------------T--TT-TT---T-------------T-----A----------C-----C---TTTT--A-AA-----T-T-CA-A-G-AT-A--cgttgttacaatcttgatgacgttatacattaaaaaattaagtcaagaaatgttttcaagatatttttttaccttttaaattcaagata
gi|17 : gtgcgggtgacaactgtgttgtctccctgtagatgataatggcgcagaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagaaaagttgttacaatcttgatgatCGCGGG-G-TGACAA--CTA-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----T-G---GCGCA-GA----A--A----------CA----------C-----------G-------------
gi|17 : acgAAA---AA----TC-AA--GT-----C-AA-G---A-AA-TG-TTT--TCA--A--GAT--AA------------TA-TA-TT---TT--TA-------AT-----A----------C-----T---TTTT--A-GATT--CT-T-CA-G-G-AT-A--AT-A--Atagcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaaatcaagtcaagaaatgttttcaagataatatatttttaatactttttagattcttcaggataataa
gi|18 : acgcgcggggtgacaactatgttgtctccctgtagatgataatggcgcagaaacacgtagcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGAGTA-TACA---A-----T-T---GGGCA-TA----A--A----------C-------------------------------------CG-----------TTGT-A--AA
gi|18 : ------------TT-T--GTA-GTAGAA--------A--GT--T-G--TT-AA----ATT-C---C-T-TAT---GAT--CGTTT--A-GCA-T----AAAA---AT----TC-TG--GTTTGAGC-AT-GTGTA-GA-T--TCT--TCA--G--GAT--AA------------nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgtagtagaaagttgttaaattccttatgatcgtttagcataaaaattctggtttgagcatgtgtagattcttcaggataa
gi|19 : gtgacaactgtgttgtctccctgtagagtatacaattgggcataaaccgttgtaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----G-A---GCGCA-GA----
gi|19 : ------------TT-T--GTA-G-AAAA--------A--GT--T-G--TT-AC----AAT-C---T-T-GAT---GA---CGTTT--T-ACA-T----AAAA---AA----TC-AA--GT-----C-AA-G---A-AATTG-TTT--CCA--A--AAA--AA------------nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgtagaaaaagttgttacaatcttgatgacgttttacataaaaaatcaagtcaagaaattgtttccaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaattccattttaagatt
gi|2 : ccctgtagatgataagagcgcagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGCGGG-G-TGACAA--CTGAT-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----T-G---GCGTA-GA----A--A----------CA----------C-----------G-------------TGCATT-------TTAC-GTTAACG---------------------T----TGT----TTT-----TGTT----T--TGCCT--CA--TC-----TAT--TATGAC--TC--AC--ATCCGAAA------------GTTTTCC----CGGC--------TC----GT----T------------TT-G--GTA-GAAAAA--------A--GT--T----TT-AC----GATAC---TAT-GAT---GA---CGTTT--T-ACATT----AAAA---AA----TC-AA--GT-----CAAA-G---A-AA-TGTTTT--TCA--AACGAT--AA------------T--TT-TT---AG--AA-------AT-----A----------C---------TTTT--A-GATT--CT-T-CA-G-G-AT-A--AT-A--AA-------CAATT---A-----TGGGAACTGTT---A-CAG---GGCGA---AA---T---TCACACAAA-TTATT-CAATGTCTAGTA---G-T--G-TA--T-C-AC-CCCT----C----GGGC-G--CGTA--A----GCGCCCaaaaaaaaaaaaaaaaattccattttaagatt
gi|2 : ---A-----TTTGACTGTTT---C-GCG---GG-GA---GA---T---AC-AAC--A-TTATCAGGGTTTTGAAGTA-GG-G--T-TT--T-C-A--CCCCGGGAT----GGGC-G--CTTA--C----GCGCCCatcccggggtgaaaaccctacttcaaaaccctgataatgttgtatctccccgcgaaacagtcaaatggta
gi|20 : gcggggtgacaactgatgttgtctccctgtagatgataatggcgtagaaacacgtgcattttacgttaacgttgtttttgttttgcctcatctattatgactcacatccgaaagttttcccggctcgttttggtagaaaaaagttttacgatactatgatgacgttttacattaaaaaatcaagtcaaagaaatgtttttcaaacgataatttttagaaatacttttagattcttcaggataataaacaattatgggaactgttacagggcgaaattcacacaaattattcaatgtctagtagtgtatcacccctc----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----G-G---GCGCA-GA----A--A----------CA----------T-----------G--------------------------TTGC-A--AAATGTTTACAGAGTACTATGAACGT----TGT----TGT-----TCTA----T--GCCCTCATC--TC-----TAT--TATGACA-TC--GACAATCCGAAA------------G-----C----TTCC--------TC----GTCTCCT------------TT-T--GTA-G-GAAA--------A--ATTCT-GCTTT-AC----ACT-C-----T-GAA---AA---CATTG--T-ACA-T----AAAA---GA----ggta
gi|21 : ggtgcaaacatgtagacactgataAT-C---T-T-GAT---GA---TGTTT--T-ACA-TAA--AAAA---AA----TC-AA--GT-----C----------AA-T--TTT--TCA--A--GAT--TAGATACTTTTTTTT--TT-TT---TT--TT-------TT-----A----------CT----T---TTTT--T-GATT--CT-T-C--G-G-AT-A--AT-A--AANNNNN--N--NN---N-----NNNNNNNNNNN---N-NNN---NN-NN---NN---N---NN-NNNNNN-NNNNN-NNNNNNNNNNNNN-NN-N--T-TA--T-C-A--CCCT----T----GGGC-A--CAa
gi|22 : agtaattCGCGGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCTT-G-T--AGATGA-C--A---A-----T-G---GTGCA-GA----A--A----------CA----------C-----------gacaccgctcg
gi|22 : cg------------TT-T--GTA-G-AAAA--------A--GT--T-G--CT-AC----AAT-C---T-T-GAT---GA---CGTTT--T-ACA-T----AAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgtagaaaaagttgctacaatcttgatgacgttttacataaa
gi|23 : cgcgcggggtgacaactgtgttgtctccttgtagatgacaatggtgcagaaacacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCGCGGA-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----T-G---GCGCA-GA----A--A----------CA----------CNNNNNNNNNNNN-------------NN-----------NNNN-N--NNNN---------------------N----NNN----NNN-----NNNN----N--NNNNN--NN--NN-----NNN--NNNNNN--NN--NN--NNNNNNNN------------N-----N----NNNN--------NN----NN----N------------NN-N--NNN-N-AGAA--------AAAGT--T-G--TT-AC----AAT-C---T-----T---GA---CGTTT--T-GCA-T----A
gi|24 : acgAAA---AA----TT-AA--GT-----A-AA-G---A-AA-TG-TTT--TCATTA--GAT--AA------------TGCTT-TG---TT--TT--------T-----A----------C-----T---TTTC--A-GATT--CT-T-AA-G-G-AT-A--AT-A--AA-------N--NN---N-----NNNNNNNNNNN---N-NNN---NN-NN---NN---N---NN-NNNNNN-NNNNN-NNNNNNNNNNNNN-NN-N--N-NNTCT-C-A--CCCT----T----GGGC-G--CATA--
gi|25 : GTTT---AGCAG---GG--A---AA---A---TC-AA--AA-TTATC-GG-TCTTAGTTAATGG-A--T-TAAGT-C-A--CC-T----C----GG-C-G--CATA-------GCGCCcggtaggcacaccctcagaatg
gi|25 : tgactgGTTA---G-CGG---GG-GA---TA---CAAATC-GACAAA-TTAAA-TCATGTCGGAAGA-GG-C----TA--T-C-A--CCCG----A----AGGC-G--C-TA--T----GCGCCttcgggtgatagcctcttccgacatgatttaatttgtcgatttgtatcccccgctaacaagtccgataattgttata
gi|26 : tgactggtttagcagggaaaatcaaaattatcggtcttagttaatggattaagtcacctcC-AA--GG-----C-AA-----A-AA-TC-ACT--TCA--A--AAT--AA------------T--TT-GG---TT--TT-------------------------------T---TTTT--A-GATT--CT-T-TA-G-G-AT-A--AT-A--AA-------N--NN---N-----NNNNNNNNNNN---N-NNN---NN-NN---NN---N---NN-NNNNNN-NNNNN-NNNNNNNNNNNNN-NN-N--N-TA--T-C-G--ACCT----C----GAAA-A--CATA--G----GCACTCaagtccgataattgttata
gi|27 : --AAACAAAA------------G-----C----TTTC--------TGTTTGGT----T------------TT-T--GTA-G-AAAA--------A------------------------------T-GAT---GA---CGTTT--T-ACA-TTTAAAAAA---AA----TC-AA--GT-----C-AA-G---A-AA-TT-TTT--CCA--A--GAT--A-----------------T-TT---TT--TTAAA----AA-----A----------C-----A---TTTT--G-GATT--CT-T-CT-T-G-AT-A--AT-A--AA-------tcg
gi|28 : acT----T------------TT-T--GTTTG-AAAA--------A--GT--TTG--TT-------GAT-C---T-T-GATATGGAACTCTTTT--T-GAA-T----AAAA---AA----AT-AG--GTTT---C-AA-A---A-AA-TG-TTT--TCAT-A--GAA--AG------------T--TT-TT---TC--TG-------TT-----A----------T-----T---TTTT--A--ATTTGTT-T-AA-A-G-GT-A--AT-A--Aac
gi|29 : T--TT--------T-----A----------C-----T---TTT---A-CATT--CT-T-TG-G-A-AT-A--AT-A--AA-------N--NN---N-----NNNNNNNNNNN---N-NNN---NN-NN---NN---N---NN-NNNNNN-NNNNN-NNNNNNNNNNNNN-NN-T--T-TA--T-C-A--CCGT----C----ATGC-G--CACA--C----GCAC
gi|3 : CGCGGG-G-TGACAA--CTG-T-GGTTGTC----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--T---A-----T-G---GCGCAGGA----A--A----------CA----------C-----------tgtcgggtgata
gi|3 : gTA-G-AAAA--------A--GT--T-G--TT-AC----GAT-C---T-T-GAT---GA---CGTTT--T-ACA-T----AAAA---AA----TC-AA--GT-----C-AA-G---A-AA-TG-TTT--TCA--A--GAT--AA-----------------------TT--TTAAAAAA-AT-----A----------C---------TTTT--A-GATT--CT-T-CA-G-G-AT----AT-A--A------------A---N-----NNNNNNNNNNN---N-NNN---NN-NN---NN---N---NN-NNNNNN-NNNNN-NNNNNNNNNNNNN-NN-N--T-TA--T-C-A--CCCT----C----GGGC-G--CATA--G----GCGCCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagaaaaagttgttacgatcttgatgacgttttacataaaaaatcaagtcaagaaatgttttcaagataattttaaaaaaatacttttagattcttcaggatataaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttatcaccctcgggcgcataggcgccctcgggtgatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatattgtaag
gi|30 : gcgcggggtgacaactgtggttgtctccctgtagatgattatggcgcaggaaacacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn------------TT-T--GTT-G-AAAA--------A--GT--T-T--GT-AT----GAT-C---T-T-GATAT-GAACTCTTTT--T-GAA-T----AAAA---AA----AA-TA--GT-----C-AA-A---A-AA-TG-TTT--TCA--A--GA---AA------------G--TT-TT---CT--TT-------AT----------------------T---TTTT--A-ATTT--GT-T-TA-A-G-GT-A--AT-A--Atcgggtgatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatattgtaag
gi|31 : AA--------A--GT--T-G--GC-AC----GAT-C---T-T-GTT---GA---CAATT--T-AAA-T----TGAA---AA----TA-AA--AT----------G---A-AA-TG-TTC--TCC--A--GAT--AAG-----------T--TT-TTAGATT--TT-------TT-----A----------C-----T---TTTT--A-GATT--CT-T-CAGG-G-AT----AT-A--AA-------
gi|32 : -G-AATA--------C--GT--T-G--TT-AC----GAT-C---T-T-GAT---GA---CGTTT--T-AC--T----GAAA--------------------------------A-AA-TG-TTT--TCA--A--GAT--AG-------------------T---AT--TT-------AA-----AAAAAACCAACC-----T---TTTT--A-GATT--CT-T-TA-G-G-AT-A--AT-A--AA-------nnn
gi|33 : gat--T-G--TT-AC----GAT-C---T-A-GAT---GA---CATTG--T-ACA-T----AAAA---AA----TT-AA--GT-----C-AA-G---A-AA-TG-TTT--TCA--A--GAT--AG------------T--AT-TG---TT--TT-------TT-----A----------C-----T---TTTT--A-TATT--CT-T-CA-G-G-AT-A--AT-A--A
gi|35 : GG-G-TGAAAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT---T--AGACGA-T--A---A-----T-G---GTGCA-GA----A--A----------TA------------------------------------TG-----------TTGTGG--AAGC---------------------T----TGA----CGT-----TATG----T--T
gi|37 : aCGTGGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--GGATGT-T--A---A-----A-G---GCGCA-GA----A--A----------CA------------------------------------CG-----------TTGC-G--AAAT---------------------T----Ttttg
gi|38 : T-----C-AA-G---A-AA-TG-TTT--TCT--A--GAT--A-------------T--TT-TG---TT--TT--------T-----A----------C-----T---TTTT--A-GATT--CT-T-CG-G-G-AT-A--AT-A--AA-------ta
gi|39 : CGGG-G-TGACAA--CTGCT-G-TCG-C----------TCCTT---T--AGATG
gi|4 : acgtgcGGG-T-TGACAA--C-G-T-G-T-GTC----------TCCCT-G-TTAAGATGA-T--A---A-----T-G---GCGCA-G-----A--A----------CA----------C-----------GATTGTTGAAATTATG-----------TTAC-G--AATT---------------------TGACGTTG----TGT-----TTTTGCCCTCATACAT--TT--TC-----TAT--TATGACG-TCATAT--AATCGAAAAGCATTTAATTTG-----C----CGGC--------TA----GT----T------------TTGT--GAA-G-AAAA--------AG-GT--T-A--TT-AC----GAT-----T-T-GAT---GC---TGTTT--T-ACC-T-----CAA---AA----TC-AACTCT-----C-AACG---A-AA-TG--CT--TCA--A--GAT---A------------T--TT-GT---TTAGTTAAA----AT-----A----------C-----T---TTTT--AGGATT--CT-T-CA-G-G-AT-A--TT-A--AT-------C--TAATTA-----TGTGACTGTTTTTAG-CAG---GGTGAATTCA---T---TC-TATAAA-TTATC-AAGGTTCTGTATA-GGTG--T-TC--C-T-A--CCCT----CTTCGGGGCTG--C-TAT-G----GCGGCCttctttaacaacgaaatta
gi|40 : tgG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-T-T--AGATGT-T--ATTTACTATTT-A---GCACA-GA----A--A----------TA----------cctcaggtgat
gi|41 : CGGG-G-TGACAAA-CTG-TTG-TTGTC----------TCCTT-------GGCGA-T--A---AAT---T-C---GTGC---A----A--A----------CA----------
gi|42 : CGCGGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-C--A
gi|43 : -G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGttcggatc
gi|44 : gcgagtgcaactCGGGGG-G-TTACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-T-T--AGA
gi|5 : acgGCGGG-G-TGAAAAAACTG-T---TTGTC----------TCCTTAG-C--AG--GA----A---A-----T-G---GCGCA-GATTGTG--A----------TG----------G-----------G-------------CGCAGATTT----TTGT-T--TATT---------------------TACGCTAACA--TTT-----TTTT----T--TGCCT--TT--TCATTCTTAT--TATGACGTTC--AC--AATTGAA-------------------C----CTTTTTTTGTCGTC----GT----T------------TT-T------G-AAGA--------A--GA--T-G--AT-AC----GAT-C---T-G-AAT---GA---CGCTT--T-GCA-T----AAAAGGGAC----AC-AA--GT-----C-AA-GA--A-AA-TG-TTG--TCAACA--GATGCGA------------T--GTAGT---TT--TT-------GT----------------T-----T---TTTT--A--ACT--GT--------G-AT-A--AT-A--AAAC-----C--TATT-A-----TGTGACTGTTT---T-TAGCCCAG-GA---AAGACA---TC---CAAA-TTATC--CAATTCTTAGTA-GG-G--T-TA--T-C-AACCCTT----C----AGGT-G--CATA--GGGCCGCGCCC
gi|6 : CGCGGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCTCT-G-T--AGATGAGT--AT--A-----T-G---GCGCA-GA----A--A-----------A----------C-----------A-------------CG-----------TTGC-G--AAAT---------------------T----TTAAACGTTTGACCGTGTT----T--TGCGC--TCATTC-----TAT--TATGACG-TC--CA--CAACGAA-------------G-----CTTTCCGGC--------TC----GT----T------------TT-T--GTA-G-AAAA--------A--GT--T-G--TT-AC----GAT-C---T-T-GAT---GA---CGTTT--TCACA-T----AAAAG--AA----TCAAA--GT-----C-AA-GA--A-AA-TG-TTT--TCA--A--GAT--AA-----------------------AT--TTAAAAAAAAT-----A----------C-----TCTATTTT--A-GATT--CT-T-CA-G-G-AT-AAGAT-A--AANNNNNNNN--NN---N-----NNNNNNNNNNN---N-NNN---NN-NN---NN---N---NN-NNNNNN-NNNNN-NNNNNNNNNNNNN-NG-T--TATA--T-A-A--CCCT----T----GGGC-GC-CATA--G----GCGCCCtaaggaga
gi|7 : gcCTT--CA--TC-----TATAATCTGACG-TC--AC--AA-CGAAA------------G-----C----TTTCCGGCC---TC----GT----T------------TT-TTTGTA---AAAA--------A--GT--TAG--TT-AA----CAT-----T-T-GAT---GA---C-TTT--T-ACA-T----AAAA---------TC-AA--GT-----C-A--G---A-AG-T----T--TCAG-A--TAT--AA------------T--TT-T-----------------AA-----A----------CAAATCT---TTTT--A-GATT--CT-T-CA-G-GGAT-A--AT-ATAAA-------C--TAGTTA-----TGGTACTGTTG---C-CAG---GGAGA---AA---G---TC-AACAAA-TTATC-GTAGGTCTTAGTA-CG-G--T-TA--TGC-A--ACCT----CT---CGTC-G--CATA--G----GCGCTCgagggtg
gi|8 : ggtgacgtgttcttagatcacCGCGGGCG-TGACAA--GTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-C-T--AGATGA-T--A---A-----T-G---GCGCAAGA----A--A----------CA----------C-----------G-------------TGCNNNNNNNNNNNNNN-N--NNNN---------------------N----NNN----NNN-----NNNN----N--NNNNN--NN--NN-----NNN--NNNNNN--NN--NN--NNNNNNNN------------N-----N----NNNN--------NN----NN----N------------NT-C--GTA-G-ACAA-----------GTA-T-A--TTTAC----GAT-C---T-TTGATT--GA---CGTTT--T-ACA-T----AAAA---AA----TC-AA--GTG----C-GA-G---ATAA-TG-TTT--TCG--A--GA------------------------T---TT--TTAAAAA--AT-----A----------C-----TAG-TTAT--G-AATT--CTGT-CA-G-G-ATCA--AT-A--AA-------A--GA---AAGNNNNNNNNNNNNNN---N-NNN---NN-NN---NN---N---NN-NNNNNN-NNNNN-NNNNNNNNNNNNN-NN-N--N-TA--T-C-A--CCCT----C----GGGC-G--CATA--G----GCGCctcgggggataacccttatctcgactgaatatttgtgcatgctactcccgctaaatccgtccataatgtaat
gi|9 : aCGCGGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----T-G---GCGCA-GA----A--A----------CA----------C-----------N-------------NN-----------NNNN-N--NNNN---------------------N----NNN----NNN-----NNNN----N--NNNNN--NN--NN-----NNN--NNNNNN--NN--NN--NNNNNNNN------------N-----N----NNNN--------NN----NN----NNNNNNNNNNNNNTT-T--GTA-G-AAAA--------A--GT--T-G--TT-AC----GAC-C---C-T-GAT---GA---CGTTT--T-ACA-T----TAAA---AA----TC-AA--GT-----C-AA-G---A-AA-TG-TTT--TCA--A--GGT--AATTT---------T--TT-TT---TT--TT-------AA-----A----------C-----T---TTTT--A-GATT--CT-T-TA-A-G-AT-A--AT-A--AA-------C--NN---N-----NNNNNNNNNNN---N-NNN---NN-NN---NN---N---NN-NNNNNN-NNNNN-NNNNNNNNNNNNN-NN-N--N-TA--T-C-A--CCCT----C----GGGC-G--CATA--G----GCGCCC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|34 ): TGATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATATTATAGTATTGTGTGTTTTGTCTCC
Unaligned ( gi|36 ): GCGATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATATTGTCACAAA
Alignments
lowQualScore : 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111111111111111111111
lowQualScore : 1 1 33 4 1 1 6666666666 444 11 1 22 444 99999 1 222 3 3333 22 7777777777 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 99999999999999999 1 22 1 3 88888888888 1 33 4 22 2 3333 1 222 1 1 555 666 11 1 2 6666 666 2222 1 66666 33 1 555 1 1 1 11 66 11 11 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 22 1 22 1 1 1 1 2 1 11 1 22 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 44 1 22 6666666666666666666666 55 1 1 44 77777 1 44 7777777
lowQualScore : . . .. . . . .......... ... .. . .. ... ..... . ... . .... .. .......... .......................................................................................................................................................................................................... ................. . .. . . ........... . .. . .. . .... . ... . . ... ... .. . . .... ... .... . ..... .. . ... . . . .. .. .. .. .................................................................... .. . .. . . . . . . .. . .. ............................................................. .. . .. ...................... .. . . .. ..... . .. .......
lowQualScore : 5 5 55 4 5 5 2222222222 888 99 6 22 444 44444 6 888 2 4444 33 3333333333 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 99999999999999999 8 55 5 1 33333333333 5 44 3 00 9 0000 4 444 4 4 777 222 99 4 8 2222 222 9999 4 77777 33 4 222 4 4 4 99 66 99 99 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 00 4 00 4 4 4 4 8 4 99 4 00 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 88 9 66 0000000000000000000000 22 9 9 55 33333 9 88 6666666
consensus : CGCGGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----T-G---GCGCA-GA----A--A----------CA----------C-----------G-------------CG-----------TTGC-G--AANT--T----TGN----------------TGT-----TNTT---TT--GC-C--------TTN---T-C-----TAT--TATGAC--TC-ACA--ATC-GAAA------------G-----C----CNNC--------TC----GT----T------------TT-T--GTA-G-AAAA--------A--G-T--T-G--TT-AC----GAT-C---T-T-GAT---GA---CGTTT--T-ACA-T----AAAA---AA----TC-AAGT-----C--AA-G---A-AA-TG-TTT--TCA--A--GAT--AA------------T--TT-TT---TT--TT-------A---T-----A----------C-----T---TTTT--AG-ATT--CT-T-CA-G-G-AT-A--AT-A--AA-------C--TA---A-----TGNGACC-GTTT---N-CAG---GG-GA---NA---N---TC-NACAAA-TT--ATCGNGNNTCNNNNNA-GG-N--T-TA--T-C-A--CCCTC----GGGC-G--CATA--G----GCGCCC
Reference ( family-1486 ) : CGCGGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----T-G---GCGCA-GA----A--A----------CA----------C-----------G-------------CG-----------TTGC-G--AANT--T----TNN----------------TNT-----TNTT---TT--GC-C--------TTN---T-C-----TAT--TATGAC--TC-ANA--ANC-GAAA------------G-----C----CNNC--------TC----GT----T------------TT-T--GTA-G-AAAA--------A--G-T--T-G--TT-AC----GAT-C---T-T-GAT---GA---CGTTT--T-ACA-T----AAAA---AA----TC-AAGT-----C--AA-G---A-AA-TG-TTT--TCA--A--GAT--AA------------T--TT-TT---TT--TT-------A---T-----A----------C-----T---TTTT--AG-ATT--CT-T-CA-G-G-AT-A--AT-A--AA-------C--TA---A-----TGNGACC-GTTT---N-CAG---GG-GA---NA---N---TC-NACAAA-TT--ATCGNGNNTCNNNNNA-GG-N--T-TA--T-C-A--CCCTC----GGGC-G--CATA--G----GCGCCC
gi|1 : CGCGGG-G-TGACAA--CTGTT-G-TTGTC----------TCCCT-GAT--GGATTA----A---A-----T-GGGCGCGCA-GA----C--A----------C
gi|1 : cgT-T--GTA-G-AAAA--------A--G-T--TTG--TTTAC----GAT-------T-GAT---AT---AGTTTATT-ACA-T----AAAA---AAAAAATC-AACT-----C--AA-G---A-AA-TG-TTT--TCA--A--GAT---A------------T--TT-TT---TT--AA-------A---T-----A----------C-----T---TTTT--AG-ATT--CT-T-CA-G-GAAT-A--ATAA--AA-------C--TA---AT----TATGGAC-GTTT---A-GAG---GG-AA---CA-------TC-CACAAATTT--ATCAGGTCTTCAGTAG-GG-C--T-TA--T-CAA--CCCTC-----GGC-G--CATAGGG----GTGCCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgtagaaaaagtttgtttacgattgatatagtttattacataaaaaaaaaatcaactcaagaaatgttttcaagatatttttttaaatactttttagattcttcaggaataataaaactaattatggacgtttagagggaacatccacaaatttatcaggtcttcagtagggcttatcaaccctcggcgcataggggtgccctcgggtgatgaacccctacttcgactgtaatttgtggatgtctccccggctaagcagtcctattgtaatta
gi|1 : cgcgcggggtgacaactgttgttgtctccctgatggattaaatgggcgcgcagacacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnA---A-----TAGGACT-GCTT---AGCCG---GG-GA---GA---CA--TC-CACAAA-TT--AC----AGTCGAAGTA-GG-GGTT-CA--T-C-A--CCCGA----GGGC-ACCCCTA--T----GCGCCtcgggtgatgaacccctacttcgactgtaatttgtggatgtctccccggctaagcagtcctattgtaatta
gi|10 : cgcgcggggtgacaactgttgttgtctccctgatggattaaatgggcgcgcagacacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgtagaaaaagtttgtttacgattgatatagtttattacataaaaaaaaaatcaactcaagaaatgttttcaagatatttttttaaatactttttagattcttcaggaataataaaactaattatggacgtttagagggaacatccacaaatttatcaggtcttcagtagggcttatcaaccctcCGCGGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGAT-A-T--A---A-----T-T---GCGCA-GA----A--A----------CA----------C-----------gtaatta
gi|10 : cgTA-G-AAAA-----------G-T--G-G--TT-AC----GAA-C---T-T-GAT---GA---CGTTT--T-ACA-TA---AAAA---AA----TC-AAGT-----C--AA-G---A-AA-TG-TTT--TCA--A---AT--AA------------T--TT-TT---AA--AA-------A---T-----A----------CTT---T---TTTT--AG-ATT--CT-T-CA-G-G-AT-A--AT-A--A------------N---N-----NNNNNNN-NNNN---N-NNN---NN-NN---NN---N---NN-NNNNNN-NN--NNNNNNNNNNNNNNNN-NN-N--N-TA--T-C-A---CCTC----GGGC-G--CATA--G----GCGCCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagaaaagtggttacgaacttgatgacgttttacataaaaaaatcaagtcaagaaatgttttcaaataatttttaaaaatactttttttagattcttcaggataataannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatcacctcgggcgcataggcgccctcg
gi|11 : cgcgcggggtgacaactgtgttgtctccctgtagatataattgcgcagaaacacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGG-G-TGACAA--CTG-T-A-TTGTC----------TCACT-T-T--GGATGT-T--A---CT----T-A---GCGCA-GA----ATTA----------CANNNNNNNNNNN-----------N-------------NN-----------NNNN-N--NNNN--N----NNN----------------NNN-----NNNN---NN--NN-N--------NNN---N-N-----NNN--NNNNNN--NN-NNN--NNN-NNNN------------N-----N----NNNN--------NN----NN----N------------NN-N--NNN-N-AGAA--------AAAG-T--T-G--TT-AC----CAG-C---T-T-GGA---GA---CGCTT--T-ACA-T----ACAA---AA----TA-AACT-----C--TA-G---A-AA-TG-TTT--GCA--A--GA--------------------TT-TT---TT--TT-------C---T-----A----------C-----T---TTTT--AG-ATC--CT-T-CA-G-G-AT-A--AT-A--AA-------N--NN---N-----NNNNNNN-NNNN---N-NNN---NN-NN---NN---N---NN-NNNNNN-NN--NNNNNNNNNNNNNNNN-NN-N--N-TT--T-C-A--CCCGA----GGGC-G--CATA--G----tcg
gi|12 : gcactCGCGGG-GGTAACAA--CTG-T-G-TTTTC----------TCCCT-T-T--AGATGA-T--A---A-----TTA---GCGAA-GA----A--A----------NN----------N-----------N-------------NN-----------NNNN-N--NNNN--N----NNN----------------NNN-----NNNN---NN--NN-N--------NNN---N-N-----NNN--NNNNNN--NN-NNN--NNN-NNNN------------N-----N----NNNN--------NN----NN----N------------NN-N--NNN-N-NNNN--------N--C-T--T-G--GT-AATAAAGGT-TAAAT-T-G-T---CA---CGTTT--T-ACA-T----AAAAAAAAA----TC-AAGG-----C--AA-A---A-AA-TA-TTT--CTA--A--GAT--AG------------T--TT-TT---TT--TT-------T---TTTTTCA----------C-----T---TTTT--GG-ATT--CT-T-CA-G-G-AA-A--AT-A--AA-----------N---N-----NNNNNNN-NNNN---N-NNN---NN-NN---NN---N---NN-NNNNNN-NN--NNNNNNNNNNNNNNNN-NN-N--T-TA--T-C-A--TCCTC----GGGC-
gi|13 : aGGG-G-TAACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-T-T--AGATGA-T--A---N-----N-N---NNNNN-NN----N--N----------NN----------N-----------N-------------NN-----------NNNN-N--NNNN--N----NNN----------------NNN-----NNNN---NN--NN-N--------NNN---N-N-----NNN--NNNNNN--NN-NNN--NNN-NNNN------------N-----N----NNNN--------NN----NN----N------------NT-T---T--G-ACAA--------A--A-T--T-G--TT-AC----AAT-C---T-T-GAT---GA---CATTT--T-ACA-T----AAAA---AA----TC-AAAT-----C--AA-G---A-AG-CA-TTT--TCA--A--GAT--AG------------T--TG-TT---TT--T------------T-----A----------C-----T---TTTT--AG-ATT--CT-T-CA-G-G-AT-A--AT-A--AA-------N--NN---N-----NNNNNNN-NNNN---N-NNN---NN-NN---NN---N---NN-NNNNNN-NN--NNNNNNNNNNNNNNNN-NN-N--N-TA--T-C-T--CCCTC----AGGC-A--CATA--G----GTGCCC
gi|14 : acgcatCGCGGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----T-G---GCGCA-GA----A--A----------CA----------C-----------A-------------CA-----------TTGC-G--AANN--N----NNN----------------NNN-----NNNN---NN--NN-N--------NNN---N-N-----NNN--NNNNNN--NN-NNN--NNN-NNNN------------N-----N----NNNN--------NN----GT----T------------TT-T--GTA-G-AAAA--------A--G-T--T-G--TT-AC----GAT-C---T-T-GAT---GA---CGTTT--T-ACA-T----AAAA---AA----TC-AAGT-----C--AA-G---A-AA-TG-TTT--TCA--A--GAT--AA------------T--TC-TT---TT--TT-------A---T-----A----------C-----T---TTTT--AG-ATT--CT-A-CA-G-G-AT-A--AT-A--AA-------N--NN---N-----NNNNNNN-NNNN---N-NNN---NN-NN---NN---N---NN-NNNNNN-NN--NNNNNNNNNNNNNNNN-NN-N--N-TA--T-C-A--CCCTC-----GGC-G--CATA--G----GCTCCCtc
gi|15 : CAGG-A-TTACAA--CTG-T-G-TTGTCTAACTTGTCTTCCCT---T--AGCTGA-T--A---AT----T-T---GCACA-GA----A--A----------TA----------
gi|15 : TA-G-AAAAGTTAAATTA--A-T--T-G--TT-AC----GAT-C---T-T-GAT---GA---AGATT--T-ACA-T----CAAA---AA----TC-AAGT-----C--AA-A---A-AA-TT-TCTTATCA--A--G-T--AAGTTTT-------T--TT-TT---TT--TT-------T---T-----A----------C-----T---TTTTTAAG-ATT--CT-CGCA-GAG-AT-A--AT-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagaaaagttaaattaattgttacgatcttgatgaagatttacatcaaaaatcaagtcaaaaaatttcttatcaagtaagtttttttttttttttacttttttaagattctcgcagagataatt
gi|16 : caggattacaactgtgttgtctaacttgtcttcccttagctgataatttgcacagaaatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----T-G---GCGCA-GA----A--ANNNNNNNNNNNN----------N-----------N-------------NN-----------NNNN-N--NNNN--N----NNN----------------NNN-----NNNN---NN--NN-N--------NNN---N-N-----NNN--NNNNNN--NN-NNN--NNN-NNNN------------N-----N----NNNN--------NN----NN----N------------NN-N--NNN-N-AAGA--------AAAG-T--T-G--TT-AC----AAT-C---T-T-GAT---GA---TGTTT--T--TG-T----AGAA---AA----t
gi|16 : gtgc----GT----T------------TT-T--GTA-G-AAAA--------C--G-T--T-G--TT-AC----AAT-C---T-T-GAT---GA---CGTTA--T-ACATT----AAAA---AA----TT-AAGT-----C--AA-G---A-AA-TG-TTT--TCA--A--GAT---A------------T--TT-TT---T----------------T-----A----------C-----C---TTTT--AA-A-----T-T-CA-A-G-AT-A--cgttgttacaatcttgatgacgttatacattaaaaaattaagtcaagaaatgttttcaagatatttttttaccttttaaattcaagata
gi|17 : gtgcgggtgacaactgtgttgtctccctgtagatgataatggcgcagaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagaaaagttgttacaatcttgatgatCGCGGG-G-TGACAA--CTA-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----T-G---GCGCA-GA----A--A----------CA----------C-----------G-------------
gi|17 : acgAAA---AA----TC-AAGT-----C--AA-G---A-AA-TG-TTT--TCA--A--GAT--AA------------TA-TA-TT---TT--TA-------A---T-----A----------C-----T---TTTT--AG-ATT--CT-T-CA-G-G-AT-A--AT-A--Atagcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaaatcaagtcaagaaatgttttcaagataatatatttttaatactttttagattcttcaggataataa
gi|18 : acgcgcggggtgacaactatgttgtctccctgtagatgataatggcgcagaaacacgtagcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGAGTA-TACA---A-----T-T---GGGCA-TA----A--A----------C-------------------------------------CG-----------TTGT-A--AA
gi|18 : ------------TT-T--GTA-GTAGAA--------A--G-T--T-G--TT-AA----ATT-C---C-T-TAT---GAT--CGTTT--A-GCA-T----AAAA---AT----TC-TGGTTTGAGC--AT-GTGTA-GA-T--TCT--TCA--G--GAT--AA------------nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgtagtagaaagttgttaaattccttatgatcgtttagcataaaaattctggtttgagcatgtgtagattcttcaggataa
gi|19 : gtgacaactgtgttgtctccctgtagagtatacaattgggcataaaccgttgtaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----G-A---GCGCA-GA----
gi|19 : ------------TT-T--GTA-G-AAAA--------A--G-T--T-G--TT-AC----AAT-C---T-T-GAT---GA---CGTTT--T-ACA-T----AAAA---AA----TC-AAGT-----C--AA-G---A-AATTG-TTT--CCA--A--AAA--AA------------nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgtagaaaaagttgttacaatcttgatgacgttttacataaaaaatcaagtcaagaaattgtttccaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaattccattttaagatt
gi|2 : ccctgtagatgataagagcgcagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGCGGG-G-TGACAA--CTGAT-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----T-G---GCGTA-GA----A--A----------CA----------C-----------G-------------TGCATT-------TTAC-GTTAACG--T----TGT----------------TTT-----TGTT---TT--GC-C--------TCA---T-C-----TAT--TATGAC--TC-ACA--TCC-GAAA------------GTTTTCC----CGGC--------TC----GT----T------------TT-G--GTA-GAAAAA--------A--G-T--T----TT-AC----GATAC---TAT-GAT---GA---CGTTT--T-ACATT----AAAA---AA----TC-AAGT-----CA-AA-G---A-AA-TGTTTT--TCA--AACGAT--AA------------T--TT-TT---AG--AA-------A---T-----A----------C---------TTTT--AG-ATT--CT-T-CA-G-G-AT-A--AT-A--AA-------CAATT---A-----TGGGAAC-TGTT---A-CAG---GGCGA---AA---T---TCACACAAA-TT--ATTCAATGTCTAGTA---G-T--G-TA--T-C-AC-CCCTC----GGGC-G--CGTA--A----GCGCCCaaaaaaaaaaaaaaaaattccattttaagatt
gi|20 : ----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----G-G---GCGCA-GA----A--A----------CA----------T-----------G--------------------------TTGC-A--AAATGTT----TACAGAGTACTATGAACGTTGT-----TGTT---CTATGC-C--------CTCATCT-C-----TAT--TATGACA-TCGACA--ATCCGAAA------------G-----C----TTCC--------TC----GTCTCCT------------TT-T--GTA-G-GAAA--------A--A-TTCT-GCTTT-AC----ACT-C-----T-GAA---AA---CATTG--T-ACA-T----AAAA---GA----atcccggggtgaaaaccctacttcaaaaccctgataatgttgtatctccccgcgaaacagtcaaatggta
gi|21 : ggtgcaaacatgtagacactgataAT-C---T-T-GAT---GA---TGTTT--T-ACA-TAA--AAAA---AA----TC-AAGT-----C-----------AA-T--TTT--TCA--A--GAT--TAGATACTTTTTTTT--TT-TT---TT--TT-------T---T-----A----------CT----T---TTTT--TG-ATT--CT-T-C--G-G-AT-A--AT-A--AANNNNN--N--NN---N-----NNNNNNN-NNNN---N-NNN---NN-NN---NN---N---NN-NNNNNN-NN--NNNNNNNNNNNNNNNN-NN-N--T-TA--T-C-A--CCCTT----GGGC-A--CAa
gi|22 : agtaattCGCGGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCTT-G-T--AGATGA-C--A---A-----T-G---GTGCA-GA----A--A----------CA----------C-----------gacaccgctcg
gi|22 : cg------------TT-T--GTA-G-AAAA--------A--G-T--T-G--CT-AC----AAT-C---T-T-GAT---GA---CGTTT--T-ACA-T----AAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgtagaaaaagttgctacaatcttgatgacgttttacataaa
gi|23 : cgcgcggggtgacaactgtgttgtctccttgtagatgacaatggtgcagaaacacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCGCGGA-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----T-G---GCGCA-GA----A--A----------CA----------CNNNNNNNNNNNN-------------NN-----------NNNN-N--NNNN--N----NNN----------------NNN-----NNNN---NN--NN-N--------NNN---N-N-----NNN--NNNNNN--NN-NNN--NNN-NNNN------------N-----N----NNNN--------NN----NN----N------------NN-N--NNN-N-AGAA--------AAAG-T--T-G--TT-AC----AAT-C---T-----T---GA---CGTTT--T-GCA-T----A
gi|24 : acgAAA---AA----TT-AAGT-----A--AA-G---A-AA-TG-TTT--TCATTA--GAT--AA------------TGCTT-TG---TT--TT-----------T-----A----------C-----T---TTTC--AG-ATT--CT-T-AA-G-G-AT-A--AT-A--AA-------N--NN---N-----NNNNNNN-NNNN---N-NNN---NN-NN---NN---N---NN-NNNNNN-NN--NNNNNNNNNNNNNNNN-NN-N--N-NNTCT-C-A--CCCTT----GGGC-G--CATA--
gi|25 : -GTTT---AGCAG---GG--A---AA---A---TC-AA--AA-TT--ATCG-GTCTTAGTTAATGG-A--T-TAAGT-C-A---CCTC-----GGC-G--CATA-------GCGCCcggtaggcacaccctcagaatg
gi|25 : tgactg-AT-A--AC-A--A-----------TT---A-----TCGGACTTGTTA---G-CGG---GG-GA---TA---CAAATC-GACAAA-TTAAATCATG--TCGGAAGA-GG-C----TA--T-C-A--CCCGA----AGGC-G--C-TA--T----GCGCCttcgggtgatagcctcttccgacatgatttaatttgtcgatttgtatcccccgctaacaagtccgataattgttata
gi|26 : tgactggtttagcagggaaaatcaaaattatcggtcttagttaatggattaagtcacctcC-AAGG-----C--AA-----A-AA-TC-ACT--TCA--A--AAT--AA------------T--TT-GG---TT--TT----------------------------------T---TTTT--AG-ATT--CT-T-TA-G-G-AT-A--AT-A--AA-------N--NN---N-----NNNNNNN-NNNN---N-NNN---NN-NN---NN---N---NN-NNNNNN-NN--NNNNNNNNNNNNNNNN-NN-N--N-TA--T-C-G--ACCTC----GAAA-A--CATA--G----GCACTCa
gi|27 : -ACA--AAC-AAAA------------G-----C----TTTC--------TGTTTGGT----T------------TT-T--GTA-G-AAAA--------A-------------------------------T-GAT---GA---CGTTT--T-ACA-TTTAAAAAA---AA----TC-AAGT-----C--AA-G---A-AA-TT-TTT--CCA--A--GAT--A-----------------T-TT---TT--TTAAA----A---A-----A----------C-----A---TTTT--GG-ATT--CT-T-CT-T-G-AT-A--AT-A--AA-------tcg
gi|28 : T----T------------TT-T--GTTTG-AAAA--------A--G-T--TTG--TT-------GAT-C---T-T-GATATGGAACTCTTTT--T-GAA-T----AAAA---AA----AT-AGGTTT---C--AA-A---A-AA-TG-TTT--TCAT-A--GAA--AG------------T--TT-TT---TC--TG-------T---T-----A----------T-----T---TTTT--A--ATTTGTT-T-AA-A-G-GT-A--AT-A--Aac
gi|29 : T--TT-----------T-----A----------C-----T---TTT---AC-ATT--CT-T-TG-G-A-AT-A--AT-A--AA-------N--NN---N-----NNNNNNN-NNNN---N-NNN---NN-NN---NN---N---NN-NNNNNN-NN--NNNNNNNNNNNNNNNN-NN-T--T-TA--T-C-A--CCGTC----ATGC-G--CACA--C----GCAC
gi|3 : CGCGGG-G-TGACAA--CTG-T-GGTTGTC----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--T---A-----T-G---GCGCAGGA----A--A----------CA----------C-----------tgtcgggtgata
gi|3 : gTA-G-AAAA--------A--G-T--T-G--TT-AC----GAT-C---T-T-GAT---GA---CGTTT--T-ACA-T----AAAA---AA----TC-AAGT-----C--AA-G---A-AA-TG-TTT--TCA--A--GAT--AA-----------------------TT--TTAAAAAA-A---T-----A----------C---------TTTT--AG-ATT--CT-T-CA-G-G-AT----AT-A--A------------A---N-----NNNNNNN-NNNN---N-NNN---NN-NN---NN---N---NN-NNNNNN-NN--NNNNNNNNNNNNNNNN-NN-N--T-TA--T-C-A--CCCTC----GGGC-G--CATA--G----GCGCCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagaaaaagttgttacgatcttgatgacgttttacataaaaaatcaagtcaagaaatgttttcaagataattttaaaaaaatacttttagattcttcaggatataaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttatcaccctcgggcgcataggcgccctcgggtgatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatattgtaag
gi|30 : gcgcggggtgacaactgtggttgtctccctgtagatgattatggcgcaggaaacacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn------------TT-T--GTT-G-AAAA--------A--G-T--T-T--GT-AT----GAT-C---T-T-GATAT-GAACTCTTTT--T-GAA-T----AAAA---AA----AA-TAGT-----C--AA-A---A-AA-TG-TTT--TCA--A--GA---AA------------G--TT-TT---CT--TT-------A---T----------------------T---TTTT--AA-TTT--GT-T-TA-A-G-GT-A--AT-A--Atcgggtgatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatattgtaag
gi|31 : AA--------A--G-T--T-G--GC-AC----GAT-C---T-T-GTT---GA---CAATT--T-AAA-T----TGAA---AA----TA-AAAT-----------G---A-AA-TG-TTC--TCC--A--GAT--AAG-----------T--TT-TTAGATT--TT-------T---T-----A----------C-----T---TTTT--AG-ATT--CT-T-CAGG-G-AT----AT-A--AA-------
gi|32 : -G-AATA--------C--G-T--T-G--TT-AC----GAT-C---T-T-GAT---GA---CGTTT--T-AC--T----GAAA-------------------------------A-AA-TG-TTT--TCA--A--GAT--AG-------------------T---AT--TT-------A---A-----AAAAAACCAACC-----T---TTTT--AG-ATT--CT-T-TA-G-G-AT-A--AT-A--AA-------nnn
gi|33 : gat--T-G--TT-AC----GAT-C---T-A-GAT---GA---CATTG--T-ACA-T----AAAA---AA----TT-AAGT-----C--AA-G---A-AA-TG-TTT--TCA--A--GAT--AG------------T--AT-TG---TT--TT-------T---T-----A----------C-----T---TTTT--AT-ATT--CT-T-CA-G-G-AT-A--AT-A--A
gi|35 : GG-G-TGAAAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT---T--AGACGA-T--A---A-----T-G---GTGCA-GA----A--A----------TA------------------------------------TG-----------TTGTGG--AAGC--T----TGA----------------CGT-----TATG---TT--
gi|37 : aCGTGGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--GGATGT-T--A---A-----A-G---GCGCA-GA----A--A----------CA------------------------------------CG-----------TTGC-G--AAAT--T----Ttttg
gi|38 : T-----C--AA-G---A-AA-TG-TTT--TCT--A--GAT--A-------------T--TT-TG---TT--TT-----------T-----A----------C-----T---TTTT--AG-ATT--CT-T-CG-G-G-AT-A--AT-A--AA-------ta
gi|39 : CGGG-G-TGACAA--CTGCT-G-TCG-C----------TCCTT---T--AGATG
gi|4 : acgtgcGGG-T-TGACAA--C-G-T-G-T-GTC----------TCCCT-G-TTAAGATGA-T--A---A-----T-G---GCGCA-GA----A-------------CA----------C-----------GATTGTTGAAATTATG-----------TTAC-G--AATT--TGA--CGT----------------TGT-----GTTT---TT--GC-CCTCATACATTT---T-C-----TAT--TATGACG-TC-ATATAATC-GAAAAGCATTTAATTTG-----C----CGGC--------TA----GT----T------------TTGT--GAA-G-AAAA--------A--GGT--T-A--TT-AC----GAT-----T-T-GAT---GC---TGTTT--T-ACC-T----CAAA---A-----TC-AACT-----CTCAACG---A-AA-TG-CTT---CA--A--GAT--A-------------T--TT-GT---TTAGTT-------AAAAT-----A----------C-----T---TTTT--AGGATT--CT-T-CA-G-G-AT-A--TT-A--AT-------C--TAATTA-----TGTGACT-GTTTTTAG-CAG---GGTGAATTCA---T---TC-TATAAA-TT--ATCAAGGTTCTGTATA-GGTG--T-TC--C-T-A--CCCTCTTCGGGGCTG--C-TAT-G----GCGGCCttctttaacaacgaaatta
gi|40 : tgG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-T-T--AGATGT-T--ATTTACTATTT-A---GCACA-GA----A--A----------TA----------cctcaggtgat
gi|41 : CGGG-G-TGACAAA-CTG-TTG-TTGTC----------TCCTT-------GGCGA-T--A---AAT---T-C---GTGC---A----A--A----------CA----------
gi|42 : CGCGGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-C--A
gi|43 : -G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGttcggatc
gi|44 : gcgagtgcaactCGGGGG-G-TTACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-T-T--AGA
gi|5 : acgGCGGG-G-TGAAAAAACTG-T---TTGTC----------TCCTTAG-C--AG--GA----A---A-----T-G---GCGCA-GATTGTG--A----------TG----------G-----------G-------------CGCAGATTT----TTGT-T--TATT--TACGCTAACA--------------TTT-----TTTT---TT--GC-C--------TTT---T-CATTCTTAT--TATGACGTTC-ACA--ATT-GAA-------------------C----CTTTTTTTGTCGTC----GT----T------------TT-T------G-AAGA--------A--G-A--T-G--AT-AC----GAT-C---T-G-AAT---GA---CGCTT--T-GCA-T----AAAAGGGAC----AC-AAGT-----C--AA-GA--A-AA-TG-TTG--TCAACA--GATGCGA------------T--GTAGT---TT--TT-------G---T----------------T-----T---TTTT--A--ACT--GT--------G-AT-A--AT-A--AAAC-----C--TATT-A-----TGTGACT-GTTT---T-TAGCCCAG-GA---AAGACA---TC---CAAA-TT--ATC-CAATTCTTAGTA-GG-G--T-TA--T-C-AACCCTTC----AGGT-G--CATA--GGGCCGCGCCC
gi|6 : CGCGGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCTCT-G-T--AGATGAGT--AT--A-----T-G---GCGCA-GA----A--A-----------A----------C-----------A-------------CG-----------TTGC-G--AAAT--T----TTAAACG------------TTTGACCGTGTT---TT--GCGC--------TCA---TTC-----TAT--TATGACGTCC-ACA--A-C-GAA-------------G-----CTTTCCGGC--------TC----GT----T------------TT-T--GTA-G-AAAA--------A--G-T--T-G--TT-AC----GAT-C---T-T-GAT---GA---CGTTT--TCACA-T----AAAAG--AA----TCAAAGT-----C--AA-GA--A-AA-TG-TTT--TCA--A--GAT--AA-----------------------AT--TTAAAAAAAA---T-----A----------C-----TCTATTTT--AG-ATT--CT-T-CA-G-G-AT-AAGAT-A--AANNNNNNNN--NN---N-----NNNNNNN-NNNN---N-NNN---NN-NN---NN---N---NN-NNNNNN-NN--NNNNNNNNNNNNNNNN-NG-T--TATA--T-A-A--CCCTT----GGGC-GC-CATA--G----GCGCCCtaaggaga
gi|7 : gc----------------TGT-----TCTTAGATC--AC-C--------TTCA--T-C-----TATAATCTGACG-TC-ACA--A-C-GAAA------------G-----C----TTTCCGGCC---TC----GT----T------------TT-TTTGTA---AAAA--------A--G-T--TAG--TT-AA----CAT-----T-T-GAT---GA---C-TTT--T-ACA-T----AAAA---------TC-AAGT-----C--A--G---A-AG-T----T--TCAG-A--TAT--AA------------T--TT-T-----------------A---A-----A----------CAAATCT---TTTT--AG-ATT--CT-T-CA-G-GGAT-A--AT-ATAAA-------C--TAGTTA-----TGGTACT-GTTG---C-CAG---GGAGA---AA---G---TC-AACAAA-TT--ATCGTAGGTCTTAGTA-CG-G--T-TA--TGC-A--ACCTCT---CGTC-G--CATA--G----GCGCTCgagggtg
gi|8 : ggtgacgCGCGGGCG-TGACAA--GTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-C-T--AGATGA-T--A---A-----T-G---GCGCAAGA----A--A----------CA----------C-----------G-------------TGCNNNNNNNNNNNNNN-N--NNNN--N----NNN----------------NNN-----NNNN---NN--NN-N--------NNN---N-N-----NNN--NNNNNN--NN-NNN--NNN-NNNN------------N-----N----NNNN--------NN----NN----N------------NT-C--GTA-G-ACAA-----------G-TA-T-A--TTTAC----GAT-C---T-TTGATT--GA---CGTTT--T-ACA-T----AAAA---AA----TC-AAGTG----C--GA-G---ATAA-TG-TTT--TCG--A--GA------------------------T---TT--TTAAAAA--A---T-----A----------C-----TAG-TTAT--GA-ATT--CTGT-CA-G-G-ATCA--AT-A--AA-------A--GA---AAGNNNNNNNNNN-NNNN---N-NNN---NN-NN---NN---N---NN-NNNNNN-NN--NNNNNNNNNNNNNNNN-NN-N--N-TA--T-C-A--CCCTC----GGGC-G--CATA--G----GCGCctcgggggataacccttatctcgactgaatatttgtgcatgctactcccgctaaatccgtccataatgtaat
gi|9 : aCGCGGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----T-G---GCGCA-GA----A--A----------CA----------C-----------N-------------NN-----------NNNN-N--NNNN--N----NNN----------------NNN-----NNNN---NN--NN-N--------NNN---N-N-----NNN--NNNNNN--NN-NNN--NNN-NNNN------------N-----N----NNNN--------NN----NN----NNNNNNNNNNNNNTT-T--GTA-G-AAAA--------A--G-T--T-G--TT-AC----GAC-C---C-T-GAT---GA---CGTTT--T-ACA-T----TAAA---AA----TC-AAGT-----C--AA-G---A-AA-TG-TTT--TCA--A--GGT--AATTT---------T--TT-TT---TT--TT-------A---A-----A----------C-----T---TTTT--AG-ATT--CT-T-TA-A-G-AT-A--AT-A--AA-------C--NN---N-----NNNNNNN-NNNN---N-NNN---NN-NN---NN---N---NN-NNNNNN-NN--NNNNNNNNNNNNNNNN-NN-N--N-TA--T-C-A--CCCTC----GGGC-G--CATA--G----GCGCCC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|34 ): TGATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATATTATAGTATTGTGTGTTTTGTCTCC
Unaligned ( gi|36 ): GCGATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATATTGTCACAAA
Alignments
lowQualScore : 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 111111111111111111111
lowQualScore : 1 1 33 4 1 1 6666666666 444 11 1 22 444 99999 1 222 3 3333 22 7777777777 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 99999999999999999 1 22 1 3 88888888888 1 33 4 22 2 3333 1 222 1 1 555 666 11 1 2 6666 666 2222 1 66666 33 1 555 1 1 1 11 66 11 11 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 22 1 22 1 1 1 1 2 1 11 1 22 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 44 1 22 555555555555555555555 1 55 1 1 44 6666666666 1 44 8888888
lowQualScore : . . .. . . . .......... ... .. . .. ... ..... . ... . .... .. .......... ............................................................................................................................................................................................................... ................. . .. . . ........... . .. . .. . .... . ... . . ... ... .. . . .... ... .... . ..... .. . ... . . . .. .. .. .. .................................................................... .. . .. . . . . . . .. . .. ............................................................. .. . .. ..................... . .. . . .. .......... . .. .......
lowQualScore : 5 5 55 4 5 5 2222222222 888 99 6 22 444 44444 6 888 2 4444 33 3333333333 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 99999999999999999 8 55 5 1 33333333333 5 44 3 00 9 0000 4 444 4 4 777 222 99 4 8 2222 222 9999 4 77777 33 4 222 4 4 4 99 66 99 99 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 00 4 00 4 4 4 4 8 4 99 4 00 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 66 8 55 000000000000000000000 8 00 8 8 33 7777777777 8 55 0000000
consensus : CGCGGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----T-G---GCGCA-GA----A--A----------CA----------C-----------G-------------CG-----------TTGC-G--AANT--T--T----------------GNTG-----TTN-------TT---TT--GC-C--------TTN---T-C-----TAT--TATGAC--TC-ACA--AT-CGAAA------------G-----C----CNNC--------TC----GT----T------------TT-T--GTA-G-AAAA--------A--G-T--T-G--TT-AC----GAT-C---T-T-GAT---GA---CGTTT--T-ACA-T----AAAA---AA----TC-AAGT-----C--AA-G---A-AA-TG-TTT--TCA--A--GAT--AA------------T--TT-TT---TT--TT-------A---T-----A----------C-----T---TTTT--AG-ATT--CT-T-CA-G-G-AT-A--AT-A--AA-------C--TA---A-----TGNGACT-GTTT---N-CAG---GG-GA---NA---N---TC-NACAAA-TTA--TC-GNGNNTCNNNNNA-GG-N--T-TA--T-C-A--CCCT----C----GGGC-G--CATA--G----GCGCCC
Reference ( family-1486 ) : CGCGGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----T-G---GCGCA-GA----A--A----------CA----------C-----------G-------------CG-----------TTGC-G--AANT--T--T----------------GNTG-----TTN-------TT---TT--GC-C--------TTN---T-C-----TAT--TATGAC--TC-ACA--AT-CGAAA------------G-----C----CNNC--------TC----GT----T------------TT-T--GTA-G-AAAA--------A--G-T--T-G--TT-AC----GAT-C---T-T-GAT---GA---CGTTT--T-ACA-T----AAAA---AA----TC-AAGT-----C--AA-G---A-AA-TG-TTT--TCA--A--GAT--AA------------T--TT-TT---TT--TT-------A---T-----A----------C-----T---TTTT--AG-ATT--CT-T-CA-G-G-AT-A--AT-A--AA-------C--TA---A-----TGNGACC-GTTT---N-CAG---GG-GA---NA---N---TC-NACAAA-TTA--TC-GNGNNTCNNNNNA-GG-N--T-TA--T-C-A--CCCT----C----GGGC-G--CATA--G----GCGCCC
gi|1 : CGCGGG-G-TGACAA--CTGTT-G-TTGTC----------TCCCT-GAT--GGATTA----A---A-----T-GGGCGCGCA-GA----C--A----------C
gi|1 : cgT-T--GTA-G-AAAA--------A--G-T--TTG--TTTAC----GAT-------T-GAT---AT---AGTTTATT-ACA-T----AAAA---AAAAAATC-AACT-----C--AA-G---A-AA-TG-TTT--TCA--A--GAT---A------------T--TT-TT---TT--AA-------A---T-----A----------C-----T---TTTT--AG-ATT--CT-T-CA-G-GAAT-A--ATAA--AA-------C--TA---AT----TATGGAC-GTTT---A-GAG---GG-AA---CA-------TC-CACAAATTTA--TC-AGGTCTTCAGTAG-GG-C--T-TA--T-CAA--CCCT----C-----GGC-G--CATAGGG----GTGCCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgtagaaaaagtttgtttacgattgatatagtttattacataaaaaaaaaatcaactcaagaaatgttttcaagatatttttttaaatactttttagattcttcaggaataataaaactaattatggacgtttagagggaacatccacaaatttatcaggtcttcagtagggcttatcaaccctcggcgcataggggtgccctcgggtgatgaacccctacttcgactgtaatttgtggatgtctccccggctaagcagtcctattgtaatta
gi|1 : cgcgcggggtgacaactgttgttgtctccctgatggattaaatgggcgcgcagacacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnA---A-----TAGGACT-GCTT---AGCCG---GG-GA---GA---CA--TC-CACAAA-TTA--C-----AGTCGAAGTA-GG-GGTT-CA--T-C-A--CCCG----A----GGGC-ACCCCTA--T----GCGCCtcgggtgatgaacccctacttcgactgtaatttgtggatgtctccccggctaagcagtcctattgtaatta
gi|10 : cgcgcggggtgacaactgttgttgtctccctgatggattaaatgggcgcgcagacacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgtagaaaaagtttgtttacgattgatatagtttattacataaaaaaaaaatcaactcaagaaatgttttcaagatatttttttaaatactttttagattcttcaggaataataaaactaattatggacgtttagagggaacatccacaaatttatcaggtcttcagtagggcttatcaaccctcCGCGGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGAT-A-T--A---A-----T-T---GCGCA-GA----A--A----------CA----------C-----------gtaatta
gi|10 : cgTA-G-AAAA-----------G-T--G-G--TT-AC----GAA-C---T-T-GAT---GA---CGTTT--T-ACA-TA---AAAA---AA----TC-AAGT-----C--AA-G---A-AA-TG-TTT--TCA--A---AT--AA------------T--TT-TT---AA--AA-------A---T-----A----------CTT---T---TTTT--AG-ATT--CT-T-CA-G-G-AT-A--AT-A--A------------N---N-----NNNNNNN-NNNN---N-NNN---NN-NN---NN---N---NN-NNNNNN-NNN--NN-NNNNNNNNNNNNN-NN-N--N-TA--T-C-A---CCT----C----GGGC-G--CATA--G----GCGCCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagaaaagtggttacgaacttgatgacgttttacataaaaaaatcaagtcaagaaatgttttcaaataatttttaaaaatactttttttagattcttcaggataataannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatcacctcgggcgcataggcgccctcg
gi|11 : cgcgcggggtgacaactgtgttgtctccctgtagatataattgcgcagaaacacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGG-G-TGACAA--CTG-T-A-TTGTC----------TCACT-T-T--GGATGT-T--A---CT----T-A---GCGCA-GA----ATTA----------CANNNNNNNNNNN-----------N-------------NN-----------NNNN-N--NNNN--N--N----------------NNNN-----NNN-------NN---NN--NN-N--------NNN---N-N-----NNN--NNNNNN--NN-NNN--NN-NNNNN------------N-----N----NNNN--------NN----NN----N------------NN-N--NNN-N-AGAA--------AAAG-T--T-G--TT-AC----CAG-C---T-T-GGA---GA---CGCTT--T-ACA-T----ACAA---AA----TA-AACT-----C--TA-G---A-AA-TG-TTT--GCA--A--GA--------------------TT-TT---TT--TT-------C---T-----A----------C-----T---TTTT--AG-ATC--CT-T-CA-G-G-AT-A--AT-A--AA-------N--NN---N-----NNNNNNN-NNNN---N-NNN---NN-NN---NN---N---NN-NNNNNN-NNN--NN-NNNNNNNNNNNNN-NN-N--N-TT--T-C-A--CCCG----A----GGGC-G--CATA--G----tcg
gi|12 : gcactCGCGGG-GGTAACAA--CTG-T-G-TTTTC----------TCCCT-T-T--AGATGA-T--A---A-----TTA---GCGAA-GA----A--A----------NN----------N-----------N-------------NN-----------NNNN-N--NNNN--N--N----------------NNNN-----NNN-------NN---NN--NN-N--------NNN---N-N-----NNN--NNNNNN--NN-NNN--NN-NNNNN------------N-----N----NNNN--------NN----NN----N------------NN-N--NNN-N-NNNN--------N--C-T--T-G--GT-AATAAAGGT-TAAAT-T-G-T---CA---CGTTT--T-ACA-T----AAAAAAAAA----TC-AAGG-----C--AA-A---A-AA-TA-TTT--CTA--A--GAT--AG------------T--TT-TT---TT--TT-------T---TTTTTCA----------C-----T---TTTT--GG-ATT--CT-T-CA-G-G-AA-A--AT-A--AA-----------N---N-----NNNNNNN-NNNN---N-NNN---NN-NN---NN---N---NN-NNNNNN-NNN--NN-NNNNNNNNNNNNN-NN-N--T-TA--T-C-A--TCCT----C----GGGC-
gi|13 : aGGG-G-TAACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-T-T--AGATGA-T--A---N-----N-N---NNNNN-NN----N--N----------NN----------N-----------N-------------NN-----------NNNN-N--NNNN--N--N----------------NNNN-----NNN-------NN---NN--NN-N--------NNN---N-N-----NNN--NNNNNN--NN-NNN--NN-NNNNN------------N-----N----NNNN--------NN----NN----N------------NT-T---T--G-ACAA--------A--A-T--T-G--TT-AC----AAT-C---T-T-GAT---GA---CATTT--T-ACA-T----AAAA---AA----TC-AAAT-----C--AA-G---A-AG-CA-TTT--TCA--A--GAT--AG------------T--TG-TT---TT--T------------T-----A----------C-----T---TTTT--AG-ATT--CT-T-CA-G-G-AT-A--AT-A--AA-------N--NN---N-----NNNNNNN-NNNN---N-NNN---NN-NN---NN---N---NN-NNNNNN-NNN--NN-NNNNNNNNNNNNN-NN-N--N-TA--T-C-T--CCCT----C----AGGC-A--CATA--G----GTGCCC
gi|14 : acgcatCGCGGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----T-G---GCGCA-GA----A--A----------CA----------C-----------A-------------CA-----------TTGC-G--AANN--N--N----------------NNNN-----NNN-------NN---NN--NN-N--------NNN---N-N-----NNN--NNNNNN--NN-NNN--NN-NNNNN------------N-----N----NNNN--------NN----GT----T------------TT-T--GTA-G-AAAA--------A--G-T--T-G--TT-AC----GAT-C---T-T-GAT---GA---CGTTT--T-ACA-T----AAAA---AA----TC-AAGT-----C--AA-G---A-AA-TG-TTT--TCA--A--GAT--AA------------T--TC-TT---TT--TT-------A---T-----A----------C-----T---TTTT--AG-ATT--CT-A-CA-G-G-AT-A--AT-A--AA-------N--NN---N-----NNNNNNN-NNNN---N-NNN---NN-NN---NN---N---NN-NNNNNN-NNN--NN-NNNNNNNNNNNNN-NN-N--N-TA--T-C-A--CCCT----C-----GGC-G--CATA--G----GCTCCCtc
gi|15 : CAGG-A-TTACAA--CTG-T-G-TTGTCTAACTTGTCTTCCCT---T--AGCTGA-T--A---AT----T-T---GCACA-GA----A--A----------TA----------
gi|15 : TA-G-AAAAGTTAAATTA--A-T--T-G--TT-AC----GAT-C---T-T-GAT---GA---AGATT--T-ACA-T----CAAA---AA----TC-AAGT-----C--AA-A---A-AA-TT-TCTTATCA--A--G-T--AAGTTTT-------T--TT-TT---TT--TT-------T---T-----A----------C-----T---TTTTTAAG-ATT--CT-CGCA-GAG-AT-A--AT-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagaaaagttaaattaattgttacgatcttgatgaagatttacatcaaaaatcaagtcaaaaaatttcttatcaagtaagtttttttttttttttacttttttaagattctcgcagagataatt
gi|16 : caggattacaactgtgttgtctaacttgtcttcccttagctgataatttgcacagaaatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----T-G---GCGCA-GA----A--ANNNNNNNNNNNN----------N-----------N-------------NN-----------NNNN-N--NNNN--N--N----------------NNNN-----NNN-------NN---NN--NN-N--------NNN---N-N-----NNN--NNNNNN--NN-NNN--NN-NNNNN------------N-----N----NNNN--------NN----NN----N------------NN-N--NNN-N-AAGA--------AAAG-T--T-G--TT-AC----AAT-C---T-T-GAT---GA---TGTTT--T--TG-T----AGAA---AA----t
gi|16 : gtgc----GT----T------------TT-T--GTA-G-AAAA--------C--G-T--T-G--TT-AC----AAT-C---T-T-GAT---GA---CGTTA--T-ACATT----AAAA---AA----TT-AAGT-----C--AA-G---A-AA-TG-TTT--TCA--A--GAT---A------------T--TT-TT---T----------------T-----A----------C-----C---TTTT--AA-A-----T-T-CA-A-G-AT-A--cgttgttacaatcttgatgacgttatacattaaaaaattaagtcaagaaatgttttcaagatatttttttaccttttaaattcaagata
gi|17 : gtgcgggtgacaactgtgttgtctccctgtagatgataatggcgcagaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagaaaagttgttacaatcttgatgatCGCGGG-G-TGACAA--CTA-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----T-G---GCGCA-GA----A--A----------CA----------C-----------G-------------
gi|17 : acgAAA---AA----TC-AAGT-----C--AA-G---A-AA-TG-TTT--TCA--A--GAT--AA------------TA-TA-TT---TT--TA-------A---T-----A----------C-----T---TTTT--AG-ATT--CT-T-CA-G-G-AT-A--AT-A--Atagcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaaatcaagtcaagaaatgttttcaagataatatatttttaatactttttagattcttcaggataataa
gi|18 : acgcgcggggtgacaactatgttgtctccctgtagatgataatggcgcagaaacacgtagcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGAGTA-TACA---A-----T-T---GGGCA-TA----A--A----------C-------------------------------------CG-----------TTGT-A--AA
gi|18 : ------------TT-T--GTA-GTAGAA--------A--G-T--T-G--TT-AA----ATT-C---C-T-TAT---GAT--CGTTT--A-GCA-T----AAAA---AT----TC-TGGTTTGAGC--AT-GTGTA-GA-T--TCT--TCA--G--GAT--AA------------nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgtagtagaaagttgttaaattccttatgatcgtttagcataaaaattctggtttgagcatgtgtagattcttcaggataa
gi|19 : gtgacaactgtgttgtctccctgtagagtatacaattgggcataaaccgttgtaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----G-A---GCGCA-GA----
gi|19 : ------------TT-T--GTA-G-AAAA--------A--G-T--T-G--TT-AC----AAT-C---T-T-GAT---GA---CGTTT--T-ACA-T----AAAA---AA----TC-AAGT-----C--AA-G---A-AATTG-TTT--CCA--A--AAA--AA------------nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgtagaaaaagttgttacaatcttgatgacgttttacataaaaaatcaagtcaagaaattgtttccaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaattccattttaagatt
gi|2 : ccctgtagatgataagagcgcagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGCGGG-G-TGACAA--CTGAT-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----T-G---GCGTA-GA----A--A----------CA----------C-----------G-------------TGCATT-------TTAC-GTTAACG--T--T----------------GTTT-----TTG-------TT---TT--GC-C--------TCA---T-C-----TAT--TATGAC--TC-ACA--TC-CGAAA------------GTTTTCC----CGGC--------TC----GT----T------------TT-G--GTA-GAAAAA--------A--G-T--T----TT-AC----GATAC---TAT-GAT---GA---CGTTT--T-ACATT----AAAA---AA----TC-AAGT-----CA-AA-G---A-AA-TGTTTT--TCA--AACGAT--AA------------T--TT-TT---AG--AA-------A---T-----A----------C---------TTTT--AG-ATT--CT-T-CA-G-G-AT-A--AT-A--AA-------CAATT---A-----TGGGAAC-TGTT---A-CAG---GGCGA---AA---T---TCACACAAA-TTA--TT-CAATGTCTAGTA---G-T--G-TA--T-C-AC-CCCT----C----GGGC-G--CGTA--A----GCGCCCaaaaaaaaaaaaaaaaattccattttaagatt
gi|2 : ---A-----TTTGACT-GTTT---C-GCG---GG-GA---GA---T---AC-AACA---TTA--TCAGGGTTTTGAAGTA-GG-G--T-TT--T-C-A--CCCCGGGAT----GGGC-G--CTTA--C----GCGCCCatcccggggtgaaaaccctacttcaaaaccctgataatgttgtatctccccgcgaaacagtcaaatggta
gi|20 : gcggggtgacaactgatgttgtctccctgtagatgataatggcgtagaaacacgtgcattttacgttaacgttgtttttgttttgcctcatctattatgactcacatccgaaagttttcccggctcgttttggtagaaaaaagttttacgatactatgatgacgttttacattaaaaaatcaagtcaaagaaatgtttttcaaacgataatttttagaaatacttttagattcttcaggataataaacaattatgggaactgttacagggcgaaattcacacaaattattcaatgtctagtagtgtatcacccctc----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----G-G---GCGCA-GA----A--A----------CA----------T-----------G--------------------------TTGC-A--AAATGTT--TACAGAGTACTATGAACGTTG-----TTG-------TT---CTATGC-C--------CTCATCT-C-----TAT--TATGACA-TCGACA--ATCCGAAA------------G-----C----TTCC--------TC----GTCTCCT------------TT-T--GTA-G-GAAA--------A--A-TTCT-GCTTT-AC----ACT-C-----T-GAA---AA---CATTG--T-ACA-T----AAAA---GA----ggta
gi|21 : ggtgcaaacatgtagacactgataAT-C---T-T-GAT---GA---TGTTT--T-ACA-TAA--AAAA---AA----TC-AAGT-----C-----------AA-T--TTT--TCA--A--GAT--TAGATACTTTTTTTT--TT-TT---TT--TT-------T---T-----A----------CT----T---TTTT--TG-ATT--CT-T-C--G-G-AT-A--AT-A--AANNNNN--N--NN---N-----NNNNNNN-NNNN---N-NNN---NN-NN---NN---N---NN-NNNNNN-NNN--NN-NNNNNNNNNNNNN-NN-N--T-TA--T-C-A--CCCT----T----GGGC-A--CAa
gi|22 : agtaattCGCGGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCTT-G-T--AGATGA-C--A---A-----T-G---GTGCA-GA----A--A----------CA----------C-----------gacaccgctcg
gi|22 : cg------------TT-T--GTA-G-AAAA--------A--G-T--T-G--CT-AC----AAT-C---T-T-GAT---GA---CGTTT--T-ACA-T----AAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgtagaaaaagttgctacaatcttgatgacgttttacataaa
gi|23 : cgcgcggggtgacaactgtgttgtctccttgtagatgacaatggtgcagaaacacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCGCGGA-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----T-G---GCGCA-GA----A--A----------CA----------CNNNNNNNNNNNN-------------NN-----------NNNN-N--NNNN--N--N----------------NNNN-----NNN-------NN---NN--NN-N--------NNN---N-N-----NNN--NNNNNN--NN-NNN--NN-NNNNN------------N-----N----NNNN--------NN----NN----N------------NN-N--NNN-N-AGAA--------AAAG-T--T-G--TT-AC----AAT-C---T-----T---GA---CGTTT--T-GCA-T----A
gi|24 : acgAAA---AA----TT-AAGT-----A--AA-G---A-AA-TG-TTT--TCATTA--GAT--AA------------TGCTT-TG---TT--TT-----------T-----A----------C-----T---TTTC--AG-ATT--CT-T-AA-G-G-AT-A--AT-A--AA-------N--NN---N-----NNNNNNN-NNNN---N-NNN---NN-NN---NN---N---NN-NNNNNN-NNN--NN-NNNNNNNNNNNNN-NN-N--N-NNTCT-C-A--CCCT----T----GGGC-G--CATA--
gi|25 : -GTTT---AGCAG---GG--A---AA---A---TC-AA--AA-TTA--TC-G-GTCTTAGTTAATGG-A--T-TAAGT-C-A---CCT----C-----GGC-G--CATA-------GCGCCcggtaggcacaccctcagaatg
gi|25 : tgactg-AT-A--AC-A--A-----------TT---A-----TCGGACTTGTTA---G-CGG---GG-GA---TA---CAAATC-GACAAA-TTAAATC-ATG--TCGGAAGA-GG-C--T--A--T-C-A--CCCG----A----AGGC-G--C-TA--T----GCGCCttcgggtgatagcctcttccgacatgatttaatttgtcgatttgtatcccccgctaacaagtccgataattgttata
gi|26 : tgactggtttagcagggaaaatcaaaattatcggtcttagttaatggattaagtcacctcC-AAGG-----C--AA-----A-AA-TC-ACT--TCA--A--AAT--AA------------T--TT-GG---TT--TT----------------------------------T---TTTT--AG-ATT--CT-T-TA-G-G-AT-A--AT-A--AA-------N--NN---N-----NNNNNNN-NNNN---N-NNN---NN-NN---NN---N---NN-NNNNNN-NNN--NN-NNNNNNNNNNNNN-NN-N--N-TA--T-C-G--ACCT----C----GAAA-A--CATA--G----GCACTCa
gi|27 : -ACA--AA-CAAAA------------G-----C----TTTC--------TGTTTGGT----T------------TT-T--GTA-G-AAAA--------A-------------------------------T-GAT---GA---CGTTT--T-ACA-TTTAAAAAA---AA----TC-AAGT-----C--AA-G---A-AA-TT-TTT--CCA--A--GAT--A-----------------T-TT---TT--TTAAA----A---A-----A----------C-----A---TTTT--GG-ATT--CT-T-CT-T-G-AT-A--AT-A--AA-------tcg
gi|28 : T----T------------TT-T--GTTTG-AAAA--------A--G-T--TTG--TT-------GAT-C---T-T-GATATGGAACTCTTTT--T-GAA-T----AAAA---AA----AT-AGGTTT---C--AA-A---A-AA-TG-TTT--TCAT-A--GAA--AG------------T--TT-TT---TC--TG-------T---T-----A----------T-----T---TTTT--A--ATTTGTT-T-AA-A-G-GT-A--AT-A--Aac
gi|29 : T--TT-----------T-----A----------C-----T---TTT---AC-ATT--CT-T-TG-G-A-AT-A--AT-A--AA-------N--NN---N-----NNNNNNN-NNNN---N-NNN---NN-NN---NN---N---NN-NNNNNN-NNN--NN-NNNNNNNNNNNNN-NN-T--T-TA--T-C-A--CCGT----C----ATGC-G--CACA--C----GCAC
gi|3 : CGCGGG-G-TGACAA--CTG-T-GGTTGTC----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--T---A-----T-G---GCGCAGGA----A--A----------CA----------C-----------tgtcgggtgata
gi|3 : gTA-G-AAAA--------A--G-T--T-G--TT-AC----GAT-C---T-T-GAT---GA---CGTTT--T-ACA-T----AAAA---AA----TC-AAGT-----C--AA-G---A-AA-TG-TTT--TCA--A--GAT--AA-----------------------TT--TTAAAAAA-A---T-----A----------C---------TTTT--AG-ATT--CT-T-CA-G-G-AT----AT-A--A------------A---N-----NNNNNNN-NNNN---N-NNN---NN-NN---NN---N---NN-NNNNNN-NNN--NN-NNNNNNNNNNNNN-NN-N--T-TA--T-C-A--CCCT----C----GGGC-G--CATA--G----GCGCCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagaaaaagttgttacgatcttgatgacgttttacataaaaaatcaagtcaagaaatgttttcaagataattttaaaaaaatacttttagattcttcaggatataaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttatcaccctcgggcgcataggcgccctcgggtgatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatattgtaag
gi|30 : gcgcggggtgacaactgtggttgtctccctgtagatgattatggcgcaggaaacacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn------------TT-T--GTT-G-AAAA--------A--G-T--T-T--GT-AT----GAT-C---T-T-GATAT-GAACTCTTTT--T-GAA-T----AAAA---AA----AA-TAGT-----C--AA-A---A-AA-TG-TTT--TCA--A--GA---AA------------G--TT-TT---CT--TT-------A---T----------------------T---TTTT--AA-TTT--GT-T-TA-A-G-GT-A--AT-A--Atcgggtgatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatattgtaag
gi|31 : AA--------A--G-T--T-G--GC-AC----GAT-C---T-T-GTT---GA---CAATT--T-AAA-T----TGAA---AA----TA-AAAT-----------G---A-AA-TG-TTC--TCC--A--GAT--AAG-----------T--TT-TTAGATT--TT-------T---T-----A----------C-----T---TTTT--AG-ATT--CT-T-CAGG-G-AT----AT-A--AA-------
gi|32 : -G-AATA--------C--G-T--T-G--TT-AC----GAT-C---T-T-GAT---GA---CGTTT--T-AC--T----GAAA-------------------------------A-AA-TG-TTT--TCA--A--GAT--AG-------------------T---AT--TT-------A---A-----AAAAAACCAACC-----T---TTTT--AG-ATT--CT-T-TA-G-G-AT-A--AT-A--AA-------nnn
gi|33 : gat--T-G--TT-AC----GAT-C---T-A-GAT---GA---CATTG--T-ACA-T----AAAA---AA----TT-AAGT-----C--AA-G---A-AA-TG-TTT--TCA--A--GAT--AG------------T--AT-TG---TT--TT-------T---T-----A----------C-----T---TTTT--AT-ATT--CT-T-CA-G-G-AT-A--AT-A--A
gi|35 : GG-G-TGAAAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT---T--AGACGA-T--A---A-----T-G---GTGCA-GA----A--A----------TA------------------------------------TG-----------TTGTGG--AAGC--T--T----------------GACG-----TTA-------TG---TT--
gi|37 : aCGTGGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--GGATGT-T--A---A-----A-G---GCGCA-GA----A--A----------CA------------------------------------CG-----------TTGC-G--AAAT--T--T----------------tttg
gi|38 : T-----C--AA-G---A-AA-TG-TTT--TCT--A--GAT--A-------------T--TT-TG---TT--TT-----------T-----A----------C-----T---TTTT--AG-ATT--CT-T-CG-G-G-AT-A--AT-A--AA-------ta
gi|39 : CGGG-G-TGACAA--CTGCT-G-TCG-C----------TCCTT---T--AGATG
gi|4 : acgtgcGGG-T-TGACAA--C-G-T-G-T-GTC----------TCCCT-G-TTAAGATGA-T--A---A-----T-G---GCGCA-GA----A-------------CA----------C-----------GATTGTTGAAATTATG-----------TTAC-G--AATT--TGAC----------------GTTG-----TGT-------TT---TT--GC-CCTCATACATTT---T-C-----TAT--TATGACG-TC-ATATAAT-CGAAAAGCATTTAATTTG-----C----CGGC--------TA----GT----T------------TTGT--GAA-G-AAAA--------A--GGT--T-A--TT-AC----GAT-----T-T-GAT---GC---TGTTT--T-ACC-T----CAAA---A-----TC-AACT-----CTCAACG---A-AA-TG-CTT---CA--A--GAT--A-------------T--TT-GT---TTAGTT-------AAAAT-----A----------C-----T---TTTT--AGGATT--CT-T-CA-G-G-AT-A--TT-A--AT-------C--TAATTA-----TGTGACT-GTTTTTAG-CAG---GGTGAATTCA---T---TC-TATAAA-TTA--TC-AAGGTTCTGTATA-GGTG--T-TC--C-T-A--CCCT----CTTCGGGGCTG--C-TAT-G----GCGGCCttctttaacaacgaaatta
gi|40 : tgG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-T-T--AGATGT-T--ATTTACTATTT-A---GCACA-GA----A--A----------TA----------cctcaggtgat
gi|41 : CGGG-G-TGACAAA-CTG-TTG-TTGTC----------TCCTT-------GGCGA-T--A---AAT---T-C---GTGC---A----A--A----------CA----------
gi|42 : CGCGGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-C--A
gi|43 : -G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGttcggatc
gi|44 : gcgagtgcaactCGGGGG-G-TTACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-T-T--AGA
gi|5 : acgGCGGG-G-TGAAAAAACTG-T---TTGTC----------TCCTTAG-C--AG--GA----A---A-----T-G---GCGCA-GATTGTG--A----------TG----------G-----------G-------------CGCAGATTT----TTGT-T--TATT--TA-C----------------GCTAACATTTTT-------TT---TT--GC-C--------TTT---T-CATTCTTAT--TATGACGTTC-ACA--AT-TGAA-------------------C----CTTTTTTTGTCGTC----GT----T------------TT-T------G-AAGA--------A--G-A--T-G--AT-AC----GAT-C---T-G-AAT---GA---CGCTT--T-GCA-T----AAAAGGGAC----AC-AAGT-----C--AA-GA--A-AA-TG-TTG--TCAACA--GATGCGA------------T--GTAGT---TT--TT-------G---T----------------T-----T---TTTT--A--ACT--GT--------G-AT-A--AT-A--AAAC-----C--TATT-A-----TGTGACT-GTTT---T-TAGCCCAG-GA---AAGACA---TC---CAAA-TTA--TC--CAATTCTTAGTA-GG-G--T-TA--T-C-AACCCTT----C----AGGT-G--CATA--GGGCCGCGCCC
gi|6 : CGCGGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCTCT-G-T--AGATGAGT--AT--A-----T-G---GCGCA-GA----A--A-----------A----------C-----------A-------------CG-----------TTGC-G--AAAT--T--TTA--------------AACG-----TTTGACCGTGTT---TT--GCGC--------TCA---TTC-----TAT--TATGACGTCC-ACA--A--CGAA-------------G-----CTTTCCGGC--------TC----GT----T------------TT-T--GTA-G-AAAA--------A--G-T--T-G--TT-AC----GAT-C---T-T-GAT---GA---CGTTT--TCACA-T----AAAAG--AA----TCAAAGT-----C--AA-GA--A-AA-TG-TTT--TCA--A--GAT--AA-----------------------AT--TTAAAAAAAA---T-----A----------C-----TCTATTTT--AG-ATT--CT-T-CA-G-G-AT-AAGAT-A--AANNNNNNNN--NN---N-----NNNNNNN-NNNN---N-NNN---NN-NN---NN---N---NN-NNNNNN-NNN--NN-NNNNNNNNNNNNN-NG-T--TATA--T-A-A--CCCT----T----GGGC-GC-CATA--G----GCGCCCtaaggaga
gi|7 : gcTG-----TTC-------TTAGATC--AC-C--------TTCA--T-C-----TATAATCTGACG-TC-ACA--A--CGAAA------------G-----C----TTTCCGGCC---TC----GT----T------------TT-TTTGTA---AAAA--------A--G-T--TAG--TT-AA----CAT-----T-T-GAT---GA---C-TTT--T-ACA-T----AAAA---------TC-AAGT-----C--A--G---A-AG-T----T--TCAG-A--TAT--AA------------T--TT-T-----------------A---A-----A----------CAAATCT---TTTT--AG-ATT--CT-T-CA-G-GGAT-A--AT-ATAAA-------C--TAGTTA-----TGGTACT-GTTG---C-CAG---GGAGA---AA---G---TC-AACAAA-TTA--TC-GTAGGTCTTAGTA-CG-G--T-TA--TGC-A--ACCT----CT---CGTC-G--CATA--G----GCGCTCgagggtg
gi|8 : ggtgacgCGCGGGCG-TGACAA--GTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-C-T--AGATGA-T--A---A-----T-G---GCGCAAGA----A--A----------CA----------C-----------G-------------TGCNNNNNNNNNNNNNN-N--NNNN--N--N----------------NNNN-----NNN-------NN---NN--NN-N--------NNN---N-N-----NNN--NNNNNN--NN-NNN--NN-NNNNN------------N-----N----NNNN--------NN----NN----N------------NT-C--GTA-G-ACAA-----------G-TA-T-A--TTTAC----GAT-C---T-TTGATT--GA---CGTTT--T-ACA-T----AAAA---AA----TC-AAGTG----C--GA-G---ATAA-TG-TTT--TCG--A--GA------------------------T---TT--TTAAAAA--A---T-----A----------C-----TAG-TTAT--GA-ATT--CTGT-CA-G-G-ATCA--AT-A--AA-------A--GA---AAGNNNNNNNNNN-NNNN---N-NNN---NN-NN---NN---N---NN-NNNNNN-NNN--NN-NNNNNNNNNNNNN-NN-N--N-TA--T-C-A--CCCT----C----GGGC-G--CATA--G----GCGCctcgggggataacccttatctcgactgaatatttgtgcatgctactcccgctaaatccgtccataatgtaat
gi|9 : aCGCGGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----T-G---GCGCA-GA----A--A----------CA----------C-----------N-------------NN-----------NNNN-N--NNNN--N--N----------------NNNN-----NNN-------NN---NN--NN-N--------NNN---N-N-----NNN--NNNNNN--NN-NNN--NN-NNNNN------------N-----N----NNNN--------NN----NN----NNNNNNNNNNNNNTT-T--GTA-G-AAAA--------A--G-T--T-G--TT-AC----GAC-C---C-T-GAT---GA---CGTTT--T-ACA-T----TAAA---AA----TC-AAGT-----C--AA-G---A-AA-TG-TTT--TCA--A--GGT--AATTT---------T--TT-TT---TT--TT-------A---A-----A----------C-----T---TTTT--AG-ATT--CT-T-TA-A-G-AT-A--AT-A--AA-------C--NN---N-----NNNNNNN-NNNN---N-NNN---NN-NN---NN---N---NN-NNNNNN-NNN--NN-NNNNNNNNNNNNN-NN-N--N-TA--T-C-A--CCCT----C----GGGC-G--CATA--G----GCGCCC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|34 ): TGATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATATTATAGTATTGTGTGTTTTGTCTCC
Unaligned ( gi|36 ): GCGATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATATTGTCACAAA
Alignments
lowQualScore : 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 111111111111111111111
lowQualScore : 1 1 33 4 1 1 6666666666 444 11 1 22 444 99999 1 222 3 3333 22 7777777777 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 99999999999999999 1 22 1 3 88888888888 1 33 4 22 2 3333 1 222 1 1 555 666 11 1 2 6666 666 2222 1 66666 33 1 555 1 1 1 11 66 11 11 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 22 1 22 1 1 1 1 2 1 11 1 22 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 44 1 22 555555555555555555555 1 55 1 1 44 6666666666 1 44 8888888
lowQualScore : . . .. . . . .......... ... .. . .. ... ..... . ... . .... .. .......... ............................................................................................................................................................................................................... ................. . .. . . ........... . .. . .. . .... . ... . . ... ... .. . . .... ... .... . ..... .. . ... . . . .. .. .. .. .................................................................... .. . .. . . . . . . .. . .. ................................................................. .. . .. ..................... . .. . . .. .......... . .. .......
lowQualScore : 5 5 55 4 5 5 2222222222 888 99 6 22 444 44444 6 888 2 4444 33 3333333333 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 99999999999999999 8 55 5 1 33333333333 5 44 3 00 9 0000 4 444 4 4 777 222 99 4 8 2222 222 9999 4 77777 33 4 222 4 4 4 99 66 99 99 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 00 4 00 4 4 4 4 8 4 99 4 00 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 66 8 55 000000000000000000000 8 00 8 8 33 7777777777 8 55 0000000
consensus : CGCGGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----T-G---GCGCA-GA----A--A----------CA----------C-----------G-------------CG-----------TTGC-G--AANT--T--T----------------GNTG-----TTN-------TT---TT--GC-C--------TTN---T-C-----TAT--TATGAC--TC-ACA--AT-CGAAA------------G-----C----CNNC--------TC----GT----T------------TT-T--GTA-G-AAAA--------A--G-T--T-G--TT-AC----GAT-C---T-T-GAT---GA---CGTTT--T-ACA-T----AAAA---AA----TC-AAGT-----C--AA-G---A-AA-TG-TTT--TCA--A--GAT--AA------------T--TT-TT---TT--TT-------A---T-----A----------C-----T---TTTT--AG-ATT--CT-T-CA-G-G-AT-A--AT-A--AA-------C--TA---A-----T--NGG-ACT-G-TTT---N-CAG---GG-GA---NA---N---TC-NACAAA-TTA--TC-GNGNNTCNNNNNA-GG-N--T-TA--T-C-A--CCCT----C----GGGC-G--CATA--G----GCGCCC
Reference ( family-1486 ) : CGCGGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----T-G---GCGCA-GA----A--A----------CA----------C-----------G-------------CG-----------TTGC-G--AANT--T--T----------------GNTG-----TTN-------TT---TT--GC-C--------TTN---T-C-----TAT--TATGAC--TC-ACA--AT-CGAAA------------G-----C----CNNC--------TC----GT----T------------TT-T--GTA-G-AAAA--------A--G-T--T-G--TT-AC----GAT-C---T-T-GAT---GA---CGTTT--T-ACA-T----AAAA---AA----TC-AAGT-----C--AA-G---A-AA-TG-TTT--TCA--A--GAT--AA------------T--TT-TT---TT--TT-------A---T-----A----------C-----T---TTTT--AG-ATT--CT-T-CA-G-G-AT-A--AT-A--AA-------C--TA---A-----T--GNG-ACT-G-TTT---N-CAG---GG-GA---NA---N---TC-NACAAA-TTA--TC-GNGNNTCNNNNNA-GG-N--T-TA--T-C-A--CCCT----C----GGGC-G--CATA--G----GCGCCC
gi|1 : CGCGGG-G-TGACAA--CTGTT-G-TTGTC----------TCCCT-GAT--GGATTA----A---A-----T-GGGCGCGCA-GA----C--A----------C
gi|1 : cgT-T--GTA-G-AAAA--------A--G-T--TTG--TTTAC----GAT-------T-GAT---AT---AGTTTATT-ACA-T----AAAA---AAAAAATC-AACT-----C--AA-G---A-AA-TG-TTT--TCA--A--GAT---A------------T--TT-TT---TT--AA-------A---T-----A----------C-----T---TTTT--AG-ATT--CT-T-CA-G-GAAT-A--ATAA--AA-------C--TA---A-----TTATGG-AC--G-TTT---A-GAG---GG-AA---CA-------TC-CACAAATTTA--TC-AGGTCTTCAGTAG-GG-C--T-TA--T-CAA--CCCT----C-----GGC-G--CATAGGG----GTGCCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgtagaaaaagtttgtttacgattgatatagtttattacataaaaaaaaaatcaactcaagaaatgttttcaagatatttttttaaatactttttagattcttcaggaataataaaactaattatggacgtttagagggaacatccacaaatttatcaggtcttcagtagggcttatcaaccctcggcgcataggggtgccctcgggtgatgaacccctacttcgactgtaatttgtggatgtctccccggctaagcagtcctattgtaatta
gi|1 : cgcgcggggtgacaactgttgttgtctccctgatggattaaatgggcgcgcagacacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnA---A-----T--AGG-ACT-G-CTT---AGCCG---GG-GA---GA---CA--TC-CACAAA-TTA--C-----AGTCGAAGTA-GG-GGTT-CA--T-C-A--CCCG----A----GGGC-ACCCCTA--T----GCGCCtcgggtgatgaacccctacttcgactgtaatttgtggatgtctccccggctaagcagtcctattgtaatta
gi|10 : cgcgcggggtgacaactgttgttgtctccctgatggattaaatgggcgcgcagacacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgtagaaaaagtttgtttacgattgatatagtttattacataaaaaaaaaatcaactcaagaaatgttttcaagatatttttttaaatactttttagattcttcaggaataataaaactaattatggacgtttagagggaacatccacaaatttatcaggtcttcagtagggcttatcaaccctcCGCGGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGAT-A-T--A---A-----T-T---GCGCA-GA----A--A----------CA----------C-----------gtaatta
gi|10 : cgTA-G-AAAA-----------G-T--G-G--TT-AC----GAA-C---T-T-GAT---GA---CGTTT--T-ACA-TA---AAAA---AA----TC-AAGT-----C--AA-G---A-AA-TG-TTT--TCA--A---AT--AA------------T--TT-TT---AA--AA-------A---T-----A----------CTT---T---TTTT--AG-ATT--CT-T-CA-G-G-AT-A--AT-A--A------------N---N-----N--NNN-NNN-N-NNN---N-NNN---NN-NN---NN---N---NN-NNNNNN-NNN--NN-NNNNNNNNNNNNN-NN-N--N-TA--T-C-A---CCT----C----GGGC-G--CATA--G----GCGCCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagaaaagtggttacgaacttgatgacgttttacataaaaaaatcaagtcaagaaatgttttcaaataatttttaaaaatactttttttagattcttcaggataataannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatcacctcgggcgcataggcgccctcg
gi|11 : cgcgcggggtgacaactgtgttgtctccctgtagatataattgcgcagaaacacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGG-G-TGACAA--CTG-T-A-TTGTC----------TCACT-T-T--GGATGT-T--A---CT----T-A---GCGCA-GA----ATTA----------CANNNNNNNNNNN-----------N-------------NN-----------NNNN-N--NNNN--N--N----------------NNNN-----NNN-------NN---NN--NN-N--------NNN---N-N-----NNN--NNNNNN--NN-NNN--NN-NNNNN------------N-----N----NNNN--------NN----NN----N------------NN-N--NNN-N-AGAA--------AAAG-T--T-G--TT-AC----CAG-C---T-T-GGA---GA---CGCTT--T-ACA-T----ACAA---AA----TA-AACT-----C--TA-G---A-AA-TG-TTT--GCA--A--GA--------------------TT-TT---TT--TT-------C---T-----A----------C-----T---TTTT--AG-ATC--CT-T-CA-G-G-AT-A--AT-A--AA-------N--NN---N-----N--NNN-NNN-N-NNN---N-NNN---NN-NN---NN---N---NN-NNNNNN-NNN--NN-NNNNNNNNNNNNN-NN-N--N-TT--T-C-A--CCCG----A----GGGC-G--CATA--G----tcg
gi|12 : gcactCGCGGG-GGTAACAA--CTG-T-G-TTTTC----------TCCCT-T-T--AGATGA-T--A---A-----TTA---GCGAA-GA----A--A----------NN----------N-----------N-------------NN-----------NNNN-N--NNNN--N--N----------------NNNN-----NNN-------NN---NN--NN-N--------NNN---N-N-----NNN--NNNNNN--NN-NNN--NN-NNNNN------------N-----N----NNNN--------NN----NN----N------------NN-N--NNN-N-NNNN--------N--C-T--T-G--GT-AATAAAGGT-TAAAT-T-G-T---CA---CGTTT--T-ACA-T----AAAAAAAAA----TC-AAGG-----C--AA-A---A-AA-TA-TTT--CTA--A--GAT--AG------------T--TT-TT---TT--TT-------T---TTTTTCA----------C-----T---TTTT--GG-ATT--CT-T-CA-G-G-AA-A--AT-A--AA-----------N---N-----N--NNN-NNN-N-NNN---N-NNN---NN-NN---NN---N---NN-NNNNNN-NNN--NN-NNNNNNNNNNNNN-NN-N--T-TA--T-C-A--TCCT----C----GGGC-
gi|13 : aGGG-G-TAACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-T-T--AGATGA-T--A---N-----N-N---NNNNN-NN----N--N----------NN----------N-----------N-------------NN-----------NNNN-N--NNNN--N--N----------------NNNN-----NNN-------NN---NN--NN-N--------NNN---N-N-----NNN--NNNNNN--NN-NNN--NN-NNNNN------------N-----N----NNNN--------NN----NN----N------------NT-T---T--G-ACAA--------A--A-T--T-G--TT-AC----AAT-C---T-T-GAT---GA---CATTT--T-ACA-T----AAAA---AA----TC-AAAT-----C--AA-G---A-AG-CA-TTT--TCA--A--GAT--AG------------T--TG-TT---TT--T------------T-----A----------C-----T---TTTT--AG-ATT--CT-T-CA-G-G-AT-A--AT-A--AA-------N--NN---N-----N--NNN-NNN-N-NNN---N-NNN---NN-NN---NN---N---NN-NNNNNN-NNN--NN-NNNNNNNNNNNNN-NN-N--N-TA--T-C-T--CCCT----C----AGGC-A--CATA--G----GTGCCC
gi|14 : acgcatCGCGGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----T-G---GCGCA-GA----A--A----------CA----------C-----------A-------------CA-----------TTGC-G--AANN--N--N----------------NNNN-----NNN-------NN---NN--NN-N--------NNN---N-N-----NNN--NNNNNN--NN-NNN--NN-NNNNN------------N-----N----NNNN--------NN----GT----T------------TT-T--GTA-G-AAAA--------A--G-T--T-G--TT-AC----GAT-C---T-T-GAT---GA---CGTTT--T-ACA-T----AAAA---AA----TC-AAGT-----C--AA-G---A-AA-TG-TTT--TCA--A--GAT--AA------------T--TC-TT---TT--TT-------A---T-----A----------C-----T---TTTT--AG-ATT--CT-A-CA-G-G-AT-A--AT-A--AA-------N--NN---N-----N--NNN-NNN-N-NNN---N-NNN---NN-NN---NN---N---NN-NNNNNN-NNN--NN-NNNNNNNNNNNNN-NN-N--N-TA--T-C-A--CCCT----C-----GGC-G--CATA--G----GCTCCCtc
gi|15 : CAGG-A-TTACAA--CTG-T-G-TTGTCTAACTTGTCTTCCCT---T--AGCTGA-T--A---AT----T-T---GCACA-GA----A--A----------TA----------
gi|15 : TA-G-AAAAGTTAAATTA--A-T--T-G--TT-AC----GAT-C---T-T-GAT---GA---AGATT--T-ACA-T----CAAA---AA----TC-AAGT-----C--AA-A---A-AA-TT-TCTTATCA--A--G-T--AAGTTTT-------T--TT-TT---TT--TT-------T---T-----A----------C-----T---TTTTTAAG-ATT--CT-CGCA-GAG-AT-A--AT-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagaaaagttaaattaattgttacgatcttgatgaagatttacatcaaaaatcaagtcaaaaaatttcttatcaagtaagtttttttttttttttacttttttaagattctcgcagagataatt
gi|16 : caggattacaactgtgttgtctaacttgtcttcccttagctgataatttgcacagaaatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----T-G---GCGCA-GA----A--ANNNNNNNNNNNN----------N-----------N-------------NN-----------NNNN-N--NNNN--N--N----------------NNNN-----NNN-------NN---NN--NN-N--------NNN---N-N-----NNN--NNNNNN--NN-NNN--NN-NNNNN------------N-----N----NNNN--------NN----NN----N------------NN-N--NNN-N-AAGA--------AAAG-T--T-G--TT-AC----AAT-C---T-T-GAT---GA---TGTTT--T--TG-T----AGAA---AA----t
gi|16 : gtgc----GT----T------------TT-T--GTA-G-AAAA--------C--G-T--T-G--TT-AC----AAT-C---T-T-GAT---GA---CGTTA--T-ACATT----AAAA---AA----TT-AAGT-----C--AA-G---A-AA-TG-TTT--TCA--A--GAT---A------------T--TT-TT---T----------------T-----A----------C-----C---TTTT--AA-A-----T-T-CA-A-G-AT-A--cgttgttacaatcttgatgacgttatacattaaaaaattaagtcaagaaatgttttcaagatatttttttaccttttaaattcaagata
gi|17 : gtgcgggtgacaactgtgttgtctccctgtagatgataatggcgcagaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagaaaagttgttacaatcttgatgatCGCGGG-G-TGACAA--CTA-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----T-G---GCGCA-GA----A--A----------CA----------C-----------G-------------
gi|17 : acgAAA---AA----TC-AAGT-----C--AA-G---A-AA-TG-TTT--TCA--A--GAT--AA------------TA-TA-TT---TT--TA-------A---T-----A----------C-----T---TTTT--AG-ATT--CT-T-CA-G-G-AT-A--AT-A--Atagcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaaatcaagtcaagaaatgttttcaagataatatatttttaatactttttagattcttcaggataataa
gi|18 : acgcgcggggtgacaactatgttgtctccctgtagatgataatggcgcagaaacacgtagcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGAGTA-TACA---A-----T-T---GGGCA-TA----A--A----------C-------------------------------------CG-----------TTGT-A--AA
gi|18 : ------------TT-T--GTA-GTAGAA--------A--G-T--T-G--TT-AA----ATT-C---C-T-TAT---GAT--CGTTT--A-GCA-T----AAAA---AT----TC-TGGTTTGAGC--AT-GTGTA-GA-T--TCT--TCA--G--GAT--AA------------nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgtagtagaaagttgttaaattccttatgatcgtttagcataaaaattctggtttgagcatgtgtagattcttcaggataa
gi|19 : gtgacaactgtgttgtctccctgtagagtatacaattgggcataaaccgttgtaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----G-A---GCGCA-GA----
gi|19 : ------------TT-T--GTA-G-AAAA--------A--G-T--T-G--TT-AC----AAT-C---T-T-GAT---GA---CGTTT--T-ACA-T----AAAA---AA----TC-AAGT-----C--AA-G---A-AATTG-TTT--CCA--A--AAA--AA------------nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgtagaaaaagttgttacaatcttgatgacgttttacataaaaaatcaagtcaagaaattgtttccaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaattccattttaagatt
gi|2 : ccctgtagatgataagagcgcagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGCGGG-G-TGACAA--CTGAT-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----T-G---GCGTA-GA----A--A----------CA----------C-----------G-------------TGCATT-------TTAC-GTTAACG--T--T----------------GTTT-----TTG-------TT---TT--GC-C--------TCA---T-C-----TAT--TATGAC--TC-ACA--TC-CGAAA------------GTTTTCC----CGGC--------TC----GT----T------------TT-G--GTA-GAAAAA--------A--G-T--T----TT-AC----GATAC---TAT-GAT---GA---CGTTT--T-ACATT----AAAA---AA----TC-AAGT-----CA-AA-G---A-AA-TGTTTT--TCA--AACGAT--AA------------T--TT-TT---AG--AA-------A---T-----A----------C---------TTTT--AG-ATT--CT-T-CA-G-G-AT-A--AT-A--AA-------CAATT---A-----T--GGGAACT-G--TT---A-CAG---GGCGA---AA---T---TCACACAAA-TTA--TT-CAATGTCTAGTA---G-T--G-TA--T-C-AC-CCCT----C----GGGC-G--CGTA--A----GCGCCCaaaaaaaaaaaaaaaaattccattttaagatt
gi|2 : ---A-----T--TTG-ACT-G-TTT---C-GCG---GG-GA---GA---T---AC-AACA---TTA--TCAGGGTTTTGAAGTA-GG-G--T-TT--T-C-A--CCCCGGGAT----GGGC-G--CTTA--C----GCGCCCatcccggggtgaaaaccctacttcaaaaccctgataatgttgtatctccccgcgaaacagtcaaatggta
gi|20 : gcggggtgacaactgatgttgtctccctgtagatgataatggcgtagaaacacgtgcattttacgttaacgttgtttttgttttgcctcatctattatgactcacatccgaaagttttcccggctcgttttggtagaaaaaagttttacgatactatgatgacgttttacattaaaaaatcaagtcaaagaaatgtttttcaaacgataatttttagaaatacttttagattcttcaggataataaacaattatgggaactgttacagggcgaaattcacacaaattattcaatgtctagtagtgtatcacccctc----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----G-G---GCGCA-GA----A--A----------CA----------T-----------G--------------------------TTGC-A--AAATGTT--TACAGAGTACTATGAACGTTG-----TTG-------TT---CTATGC-C--------CTCATCT-C-----TAT--TATGACA-TCGACA--ATCCGAAA------------G-----C----TTCC--------TC----GTCTCCT------------TT-T--GTA-G-GAAA--------A--A-TTCT-GCTTT-AC----ACT-C-----T-GAA---AA---CATTG--T-ACA-T----AAAA---GA----ggta
gi|21 : ggtgcaaacatgtagacactgataAT-C---T-T-GAT---GA---TGTTT--T-ACA-TAA--AAAA---AA----TC-AAGT-----C-----------AA-T--TTT--TCA--A--GAT--TAGATACTTTTTTTT--TT-TT---TT--TT-------T---T-----A----------CT----T---TTTT--TG-ATT--CT-T-C--G-G-AT-A--AT-A--AANNNNN--N--NN---N-----N--NNN-NNN-N-NNN---N-NNN---NN-NN---NN---N---NN-NNNNNN-NNN--NN-NNNNNNNNNNNNN-NN-N--T-TA--T-C-A--CCCT----T----GGGC-A--CAa
gi|22 : agtaattCGCGGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCTT-G-T--AGATGA-C--A---A-----T-G---GTGCA-GA----A--A----------CA----------C-----------gacaccgctcg
gi|22 : cg------------TT-T--GTA-G-AAAA--------A--G-T--T-G--CT-AC----AAT-C---T-T-GAT---GA---CGTTT--T-ACA-T----AAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgtagaaaaagttgctacaatcttgatgacgttttacataaa
gi|23 : cgcgcggggtgacaactgtgttgtctccttgtagatgacaatggtgcagaaacacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCGCGGA-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----T-G---GCGCA-GA----A--A----------CA----------CNNNNNNNNNNNN-------------NN-----------NNNN-N--NNNN--N--N----------------NNNN-----NNN-------NN---NN--NN-N--------NNN---N-N-----NNN--NNNNNN--NN-NNN--NN-NNNNN------------N-----N----NNNN--------NN----NN----N------------NN-N--NNN-N-AGAA--------AAAG-T--T-G--TT-AC----AAT-C---T-----T---GA---CGTTT--T-GCA-T----A
gi|24 : acgAAA---AA----TT-AAGT-----A--AA-G---A-AA-TG-TTT--TCATTA--GAT--AA------------TGCTT-TG---TT--TT-----------T-----A----------C-----T---TTTC--AG-ATT--CT-T-AA-G-G-AT-A--AT-A--AA-------N--NN---N-----N--NNN-NNN-N-NNN---N-NNN---NN-NN---NN---N---NN-NNNNNN-NNN--NN-NNNNNNNNNNNNN-NN-N--N-NNTCT-C-A--CCCT----T----GGGC-G--CATA--
gi|25 : G-ACT-GGTTT---AGCAG---GG--A---AA---A---TC-AA--AA-TTA--TC-G-GTCTTAGTTAATGG-A--T-TAAGT-C-A---CCT----C-----GGC-G--CATA-------GCGCCcggtaggcacaccctcagaatg
gi|25 : t-AT-A--AC-A--A-----------TT---A-----T--CGG-ACTTG-TTA---G-CGG---GG-GA---TA---CAAATC-GACAAA-TTAAATC-ATG--TCGGAAGA-GG-C--T--A--T-C-A--CCCG----A----AGGC-G--C-TA--T----GCGCCttcgggtgatagcctcttccgacatgatttaatttgtcgatttgtatcccccgctaacaagtccgataattgttata
gi|26 : tgactggtttagcagggaaaatcaaaattatcggtcttagttaatggattaagtcacctcC-AAGG-----C--AA-----A-AA-TC-ACT--TCA--A--AAT--AA------------T--TT-GG---TT--TT----------------------------------T---TTTT--AG-ATT--CT-T-TA-G-G-AT-A--AT-A--AA-------N--NN---N-----N--NNN-NNN-N-NNN---N-NNN---NN-NN---NN---N---NN-NNNNNN-NNN--NN-NNNNNNNNNNNNN-NN-N--N-TA--T-C-G--ACCT----C----GAAA-A--CATA--G----GCACTCa
gi|27 : -ACA--AA-CAAAA------------G-----C----TTTC--------TGTTTGGT----T------------TT-T--GTA-G-AAAA--------A-------------------------------T-GAT---GA---CGTTT--T-ACA-TTTAAAAAA---AA----TC-AAGT-----C--AA-G---A-AA-TT-TTT--CCA--A--GAT--A-----------------T-TT---TT--TTAAA----A---A-----A----------C-----A---TTTT--GG-ATT--CT-T-CT-T-G-AT-A--AT-A--AA-------tcg
gi|28 : T----T------------TT-T--GTTTG-AAAA--------A--G-T--TTG--TT-------GAT-C---T-T-GATATGGAACTCTTTT--T-GAA-T----AAAA---AA----AT-AGGTTT---C--AA-A---A-AA-TG-TTT--TCAT-A--GAA--AG------------T--TT-TT---TC--TG-------T---T-----A----------T-----T---TTTT--A--ATTTGTT-T-AA-A-G-GT-A--AT-A--Aac
gi|29 : T--TT-----------T-----A----------C-----T---TTT---AC-ATT--CT-T-TG-G-A-AT-A--AT-A--AA-------N--NN---N-----N--NNN-NNN-N-NNN---N-NNN---NN-NN---NN---N---NN-NNNNNN-NNN--NN-NNNNNNNNNNNNN-NN-T--T-TA--T-C-A--CCGT----C----ATGC-G--CACA--C----GCAC
gi|3 : CGCGGG-G-TGACAA--CTG-T-GGTTGTC----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--T---A-----T-G---GCGCAGGA----A--A----------CA----------C-----------tgtcgggtgata
gi|3 : gTA-G-AAAA--------A--G-T--T-G--TT-AC----GAT-C---T-T-GAT---GA---CGTTT--T-ACA-T----AAAA---AA----TC-AAGT-----C--AA-G---A-AA-TG-TTT--TCA--A--GAT--AA-----------------------TT--TTAAAAAA-A---T-----A----------C---------TTTT--AG-ATT--CT-T-CA-G-G-AT----AT-A--A------------A---N-----N--NNN-NNN-N-NNN---N-NNN---NN-NN---NN---N---NN-NNNNNN-NNN--NN-NNNNNNNNNNNNN-NN-N--T-TA--T-C-A--CCCT----C----GGGC-G--CATA--G----GCGCCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagaaaaagttgttacgatcttgatgacgttttacataaaaaatcaagtcaagaaatgttttcaagataattttaaaaaaatacttttagattcttcaggatataaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttatcaccctcgggcgcataggcgccctcgggtgatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatattgtaag
gi|30 : gcgcggggtgacaactgtggttgtctccctgtagatgattatggcgcaggaaacacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn------------TT-T--GTT-G-AAAA--------A--G-T--T-T--GT-AT----GAT-C---T-T-GATAT-GAACTCTTTT--T-GAA-T----AAAA---AA----AA-TAGT-----C--AA-A---A-AA-TG-TTT--TCA--A--GA---AA------------G--TT-TT---CT--TT-------A---T----------------------T---TTTT--AA-TTT--GT-T-TA-A-G-GT-A--AT-A--Atcgggtgatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatattgtaag
gi|31 : AA--------A--G-T--T-G--GC-AC----GAT-C---T-T-GTT---GA---CAATT--T-AAA-T----TGAA---AA----TA-AAAT-----------G---A-AA-TG-TTC--TCC--A--GAT--AAG-----------T--TT-TTAGATT--TT-------T---T-----A----------C-----T---TTTT--AG-ATT--CT-T-CAGG-G-AT----AT-A--AA-------
gi|32 : -G-AATA--------C--G-T--T-G--TT-AC----GAT-C---T-T-GAT---GA---CGTTT--T-AC--T----GAAA-------------------------------A-AA-TG-TTT--TCA--A--GAT--AG-------------------T---AT--TT-------A---A-----AAAAAACCAACC-----T---TTTT--AG-ATT--CT-T-TA-G-G-AT-A--AT-A--AA-------nnn
gi|33 : gat--T-G--TT-AC----GAT-C---T-A-GAT---GA---CATTG--T-ACA-T----AAAA---AA----TT-AAGT-----C--AA-G---A-AA-TG-TTT--TCA--A--GAT--AG------------T--AT-TG---TT--TT-------T---T-----A----------C-----T---TTTT--AT-ATT--CT-T-CA-G-G-AT-A--AT-A--A
gi|35 : GG-G-TGAAAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT---T--AGACGA-T--A---A-----T-G---GTGCA-GA----A--A----------TA------------------------------------TG-----------TTGTGG--AAGC--T--T----------------GACG-----TTA-------TG---TT--
gi|37 : aCGTGGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--GGATGT-T--A---A-----A-G---GCGCA-GA----A--A----------CA------------------------------------CG-----------TTGC-G--AAAT--T--T----------------tttg
gi|38 : T-----C--AA-G---A-AA-TG-TTT--TCT--A--GAT--A-------------T--TT-TG---TT--TT-----------T-----A----------C-----T---TTTT--AG-ATT--CT-T-CG-G-G-AT-A--AT-A--AA-------ta
gi|39 : CGGG-G-TGACAA--CTGCT-G-TCG-C----------TCCTT---T--AGATG
gi|4 : acgtgcGGG-T-TGACAA--C-G-T-G-T-GTC----------TCCCT-G-TTAAGATGA-T--A---A-----T-G---GCGCA-GA----A-------------CA----------C-----------GATTGTTGAAATTATG-----------TTAC-G--AATT--TGAC----------------GTTG-----TGT-------TT---TT--GC-CCTCATACATTT---T-C-----TAT--TATGACG-TC-ATATAAT-CGAAAAGCATTTAATTTG-----C----CGGC--------TA----GT----T------------TTGT--GAA-G-AAAA--------A--GGT--T-A--TT-AC----GAT-----T-T-GAT---GC---TGTTT--T-ACC-T----CAAA---A-----TC-AACT-----CTCAACG---A-AA-TG-CTT---CA--A--GAT--A-------------T--TT-GT---TTAGTT-------AAAAT-----A----------C-----T---TTTT--AGGATT--CT-T-CA-G-G-AT-A--TT-A--AT-------C--TAATTA-----T--GTG-ACT-G-TTTTTAG-CAG---GGTGAATTCA---T---TC-TATAAA-TTA--TC-AAGGTTCTGTATA-GGTG--T-TC--C-T-A--CCCT----CTTCGGGGCTG--C-TAT-G----GCGGCCttctttaacaacgaaatta
gi|40 : tgG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-T-T--AGATGT-T--ATTTACTATTT-A---GCACA-GA----A--A----------TA----------cctcaggtgat
gi|41 : CGGG-G-TGACAAA-CTG-TTG-TTGTC----------TCCTT-------GGCGA-T--A---AAT---T-C---GTGC---A----A--A----------CA----------
gi|42 : CGCGGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-C--A
gi|43 : -G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGttcggatc
gi|44 : gcgagtgcaactCGGGGG-G-TTACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-T-T--AGA
gi|5 : acgGCGGG-G-TGAAAAAACTG-T---TTGTC----------TCCTTAG-C--AG--GA----A---A-----T-G---GCGCA-GATTGTG--A----------TG----------G-----------G-------------CGCAGATTT----TTGT-T--TATT--TA-C----------------GCTAACATTTTT-------TT---TT--GC-C--------TTT---T-CATTCTTAT--TATGACGTTC-ACA--AT-TGAA-------------------C----CTTTTTTTGTCGTC----GT----T------------TT-T------G-AAGA--------A--G-A--T-G--AT-AC----GAT-C---T-G-AAT---GA---CGCTT--T-GCA-T----AAAAGGGAC----AC-AAGT-----C--AA-GA--A-AA-TG-TTG--TCAACA--GATGCGA------------T--GTAGT---TT--TT-------G---T----------------T-----T---TTTT--A--ACT--GT--------G-AT-A--AT-A--AAAC-----C--TATT-A-----T--GTG-ACT-G-TTT---T-TAGCCCAG-GA---AAGACA---TC---CAAA-TTA--TC--CAATTCTTAGTA-GG-G--T-TA--T-C-AACCCTT----C----AGGT-G--CATA--GGGCCGCGCCC
gi|6 : CGCGGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCTCT-G-T--AGATGAGT--AT--A-----T-G---GCGCA-GA----A--A-----------A----------C-----------A-------------CG-----------TTGC-G--AAAT--T--TTA--------------AACG-----TTTGACCGTGTT---TT--GCGC--------TCA---TTC-----TAT--TATGACGTCC-ACA--A--CGAA-------------G-----CTTTCCGGC--------TC----GT----T------------TT-T--GTA-G-AAAA--------A--G-T--T-G--TT-AC----GAT-C---T-T-GAT---GA---CGTTT--TCACA-T----AAAAG--AA----TCAAAGT-----C--AA-GA--A-AA-TG-TTT--TCA--A--GAT--AA-----------------------AT--TTAAAAAAAA---T-----A----------C-----TCTATTTT--AG-ATT--CT-T-CA-G-G-AT-AAGAT-A--AANNNNNNNN--NN---N-----N--NNN-NNN-N-NNN---N-NNN---NN-NN---NN---N---NN-NNNNNN-NNN--NN-NNNNNNNNNNNNN-NG-T--TATA--T-A-A--CCCT----T----GGGC-GC-CATA--G----GCGCCCtaaggaga
gi|7 : gcTG-----TTC-------TTAGATC--AC-C--------TTCA--T-C-----TATAATCTGACG-TC-ACA--A--CGAAA------------G-----C----TTTCCGGCC---TC----GT----T------------TT-TTTGTA---AAAA--------A--G-T--TAG--TT-AA----CAT-----T-T-GAT---GA---C-TTT--T-ACA-T----AAAA---------TC-AAGT-----C--A--G---A-AG-T----T--TCAG-A--TAT--AA------------T--TT-T-----------------A---A-----A----------CAAATCT---TTTT--AG-ATT--CT-T-CA-G-GGAT-A--AT-ATAAA-------C--TAGTTA-----T--GGT-ACT-G-TTG---C-CAG---GGAGA---AA---G---TC-AACAAA-TTA--TC-GTAGGTCTTAGTA-CG-G--T-TA--TGC-A--ACCT----CT---CGTC-G--CATA--G----GCGCTCgagggtg
gi|8 : ggtgacgCGCGGGCG-TGACAA--GTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-C-T--AGATGA-T--A---A-----T-G---GCGCAAGA----A--A----------CA----------C-----------G-------------TGCNNNNNNNNNNNNNN-N--NNNN--N--N----------------NNNN-----NNN-------NN---NN--NN-N--------NNN---N-N-----NNN--NNNNNN--NN-NNN--NN-NNNNN------------N-----N----NNNN--------NN----NN----N------------NT-C--GTA-G-ACAA-----------G-TA-T-A--TTTAC----GAT-C---T-TTGATT--GA---CGTTT--T-ACA-T----AAAA---AA----TC-AAGTG----C--GA-G---ATAA-TG-TTT--TCG--A--GA------------------------T---TT--TTAAAAA--A---T-----A----------C-----TAG-TTAT--GA-ATT--CTGT-CA-G-G-ATCA--AT-A--AA-------A--GA---AAGNNNN--NNN-NNN-N-NNN---N-NNN---NN-NN---NN---N---NN-NNNNNN-NNN--NN-NNNNNNNNNNNNN-NN-N--N-TA--T-C-A--CCCT----C----GGGC-G--CATA--G----GCGCctcgggggataacccttatctcgactgaatatttgtgcatgctactcccgctaaatccgtccataatgtaat
gi|9 : aCGCGGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----T-G---GCGCA-GA----A--A----------CA----------C-----------N-------------NN-----------NNNN-N--NNNN--N--N----------------NNNN-----NNN-------NN---NN--NN-N--------NNN---N-N-----NNN--NNNNNN--NN-NNN--NN-NNNNN------------N-----N----NNNN--------NN----NN----NNNNNNNNNNNNNTT-T--GTA-G-AAAA--------A--G-T--T-G--TT-AC----GAC-C---C-T-GAT---GA---CGTTT--T-ACA-T----TAAA---AA----TC-AAGT-----C--AA-G---A-AA-TG-TTT--TCA--A--GGT--AATTT---------T--TT-TT---TT--TT-------A---A-----A----------C-----T---TTTT--AG-ATT--CT-T-TA-A-G-AT-A--AT-A--AA-------C--NN---N-----N--NNN-NNN-N-NNN---N-NNN---NN-NN---NN---N---NN-NNNNNN-NNN--NN-NNNNNNNNNNNNN-NN-N--N-TA--T-C-A--CCCT----C----GGGC-G--CATA--G----GCGCCC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|34 ): TGATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATATTATAGTATTGTGTGTTTTGTCTCC
Unaligned ( gi|36 ): GCGATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATATTGTCACAAA
Alignments
lowQualScore : 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 111111111111111111111
lowQualScore : 1 1 33 4 1 1 6666666666 444 11 1 22 444 99999 1 222 3 3333 22 7777777777 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 99999999999999999 1 22 1 3 88888888888 1 33 4 22 2 3333 1 222 1 1 555 666 11 1 2 6666 666 2222 1 66666 33 1 555 1 1 1 11 66 11 11 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 22 1 22 1 1 1 1 2 1 11 1 22 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 44 1 22 555555555555555555555 1 55 1 1 44 6666666666 1 44 8888888
lowQualScore : . . .. . . . .......... ... .. . .. ... ..... . ... . .... .. .......... ............................................................................................................................................................................................................... ................. . .. . . ........... . .. . .. . .... . ... . . ... ... .. . . .... ... .... . ..... .. . ... . . . .. .. .. .. .................................................................... .. . .. . . . . . . .. . .. .................................................................... .. . .. ..................... . .. . . .. .......... . .. .......
lowQualScore : 5 5 55 4 5 5 2222222222 888 99 6 22 444 44444 6 888 2 4444 33 3333333333 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 99999999999999999 8 55 5 1 33333333333 5 44 3 00 9 0000 4 444 4 4 777 222 99 4 8 2222 222 9999 4 77777 33 4 222 4 4 4 99 66 99 99 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 00 4 00 4 4 4 4 8 4 99 4 00 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 66 8 55 000000000000000000000 8 00 8 8 33 7777777777 8 55 0000000
consensus : CGCGGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----T-G---GCGCA-GA----A--A----------CA----------C-----------G-------------CG-----------TTGC-G--AANT--T--T----------------GNTG-----TTN-------TT---TT--GC-C--------TTN---T-C-----TAT--TATGAC--TC-ACA--AT-CGAAA------------G-----C----CNNC--------TC----GT----T------------TT-T--GTA-G-AAAA--------A--G-T--T-G--TT-AC----GAT-C---T-T-GAT---GA---CGTTT--T-ACA-T----AAAA---AA----TC-AAGT-----C--AA-G---A-AA-TG-TTT--TCA--A--GAT--AA------------T--TT-TT---TT--TT-------A---T-----A----------C-----T---TTTT--AG-ATT--CT-T-CA-G-G-AT-A--AT-A--AA-------C--TA---A-----T--NG---G-ACT-G-TTT---N-CAG---GG-GA---NA---N---TC-NACAAA-TTA--TC-GNGNNTCNNNNNA-GG-N--T-TA--T-C-A--CCCT----C----GGGC-G--CATA--G----GCGCCC
Reference ( family-1486 ) : CGCGGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----T-G---GCGCA-GA----A--A----------CA----------C-----------G-------------CG-----------TTGC-G--AANT--T--T----------------GNTG-----TTN-------TT---TT--GC-C--------TTN---T-C-----TAT--TATGAC--TC-ACA--AT-CGAAA------------G-----C----CNNC--------TC----GT----T------------TT-T--GTA-G-AAAA--------A--G-T--T-G--TT-AC----GAT-C---T-T-GAT---GA---CGTTT--T-ACA-T----AAAA---AA----TC-AAGT-----C--AA-G---A-AA-TG-TTT--TCA--A--GAT--AA------------T--TT-TT---TT--TT-------A---T-----A----------C-----T---TTTT--AG-ATT--CT-T-CA-G-G-AT-A--AT-A--AA-------C--TA---A-----T--NG---G-ACT-G-TTT---N-CAG---GG-GA---NA---N---TC-NACAAA-TTA--TC-GNGNNTCNNNNNA-GG-N--T-TA--T-C-A--CCCT----C----GGGC-G--CATA--G----GCGCCC
gi|1 : CGCGGG-G-TGACAA--CTGTT-G-TTGTC----------TCCCT-GAT--GGATTA----A---A-----T-GGGCGCGCA-GA----C--A----------C
gi|1 : cgT-T--GTA-G-AAAA--------A--G-T--TTG--TTTAC----GAT-------T-GAT---AT---AGTTTATT-ACA-T----AAAA---AAAAAATC-AACT-----C--AA-G---A-AA-TG-TTT--TCA--A--GAT---A------------T--TT-TT---TT--AA-------A---T-----A----------C-----T---TTTT--AG-ATT--CT-T-CA-G-GAAT-A--ATAA--AA-------C--TA---A-----TTATG---G-AC--G-TTT---A-GAG---GG-AA---CA-------TC-CACAAATTTA--TC-AGGTCTTCAGTAG-GG-C--T-TA--T-CAA--CCCT----C-----GGC-G--CATAGGG----GTGCCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgtagaaaaagtttgtttacgattgatatagtttattacataaaaaaaaaatcaactcaagaaatgttttcaagatatttttttaaatactttttagattcttcaggaataataaaactaattatggacgtttagagggaacatccacaaatttatcaggtcttcagtagggcttatcaaccctcggcgcataggggtgccctcgggtgatgaacccctacttcgactgtaatttgtggatgtctccccggctaagcagtcctattgtaatta
gi|1 : cgcgcggggtgacaactgttgttgtctccctgatggattaaatgggcgcgcagacacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnA---A-----T--AG---G-ACT-G-CTT---AGCCG---GG-GA---GA---CA--TC-CACAAA-TTA--C-----AGTCGAAGTA-GG-GGTT-CA--T-C-A--CCCG----A----GGGC-ACCCCTA--T----GCGCCtcgggtgatgaacccctacttcgactgtaatttgtggatgtctccccggctaagcagtcctattgtaatta
gi|10 : cgcgcggggtgacaactgttgttgtctccctgatggattaaatgggcgcgcagacacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgtagaaaaagtttgtttacgattgatatagtttattacataaaaaaaaaatcaactcaagaaatgttttcaagatatttttttaaatactttttagattcttcaggaataataaaactaattatggacgtttagagggaacatccacaaatttatcaggtcttcagtagggcttatcaaccctcCGCGGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGAT-A-T--A---A-----T-T---GCGCA-GA----A--A----------CA----------C-----------gtaatta
gi|10 : cgTA-G-AAAA-----------G-T--G-G--TT-AC----GAA-C---T-T-GAT---GA---CGTTT--T-ACA-TA---AAAA---AA----TC-AAGT-----C--AA-G---A-AA-TG-TTT--TCA--A---AT--AA------------T--TT-TT---AA--AA-------A---T-----A----------CTT---T---TTTT--AG-ATT--CT-T-CA-G-G-AT-A--AT-A--A------------N---N-----N--NN---N-NNN-N-NNN---N-NNN---NN-NN---NN---N---NN-NNNNNN-NNN--NN-NNNNNNNNNNNNN-NN-N--N-TA--T-C-A---CCT----C----GGGC-G--CATA--G----GCGCCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagaaaagtggttacgaacttgatgacgttttacataaaaaaatcaagtcaagaaatgttttcaaataatttttaaaaatactttttttagattcttcaggataataannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatcacctcgggcgcataggcgccctcg
gi|11 : cgcgcggggtgacaactgtgttgtctccctgtagatataattgcgcagaaacacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGG-G-TGACAA--CTG-T-A-TTGTC----------TCACT-T-T--GGATGT-T--A---CT----T-A---GCGCA-GA----ATTA----------CANNNNNNNNNNN-----------N-------------NN-----------NNNN-N--NNNN--N--N----------------NNNN-----NNN-------NN---NN--NN-N--------NNN---N-N-----NNN--NNNNNN--NN-NNN--NN-NNNNN------------N-----N----NNNN--------NN----NN----N------------NN-N--NNN-N-AGAA--------AAAG-T--T-G--TT-AC----CAG-C---T-T-GGA---GA---CGCTT--T-ACA-T----ACAA---AA----TA-AACT-----C--TA-G---A-AA-TG-TTT--GCA--A--GA--------------------TT-TT---TT--TT-------C---T-----A----------C-----T---TTTT--AG-ATC--CT-T-CA-G-G-AT-A--AT-A--AA-------N--NN---N-----N--NN---N-NNN-N-NNN---N-NNN---NN-NN---NN---N---NN-NNNNNN-NNN--NN-NNNNNNNNNNNNN-NN-N--N-TT--T-C-A--CCCG----A----GGGC-G--CATA--G----tcg
gi|12 : gcactCGCGGG-GGTAACAA--CTG-T-G-TTTTC----------TCCCT-T-T--AGATGA-T--A---A-----TTA---GCGAA-GA----A--A----------NN----------N-----------N-------------NN-----------NNNN-N--NNNN--N--N----------------NNNN-----NNN-------NN---NN--NN-N--------NNN---N-N-----NNN--NNNNNN--NN-NNN--NN-NNNNN------------N-----N----NNNN--------NN----NN----N------------NN-N--NNN-N-NNNN--------N--C-T--T-G--GT-AATAAAGGT-TAAAT-T-G-T---CA---CGTTT--T-ACA-T----AAAAAAAAA----TC-AAGG-----C--AA-A---A-AA-TA-TTT--CTA--A--GAT--AG------------T--TT-TT---TT--TT-------T---TTTTTCA----------C-----T---TTTT--GG-ATT--CT-T-CA-G-G-AA-A--AT-A--AA-----------N---N-----N--NN---N-NNN-N-NNN---N-NNN---NN-NN---NN---N---NN-NNNNNN-NNN--NN-NNNNNNNNNNNNN-NN-N--T-TA--T-C-A--TCCT----C----GGGC-
gi|13 : aGGG-G-TAACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-T-T--AGATGA-T--A---N-----N-N---NNNNN-NN----N--N----------NN----------N-----------N-------------NN-----------NNNN-N--NNNN--N--N----------------NNNN-----NNN-------NN---NN--NN-N--------NNN---N-N-----NNN--NNNNNN--NN-NNN--NN-NNNNN------------N-----N----NNNN--------NN----NN----N------------NT-T---T--G-ACAA--------A--A-T--T-G--TT-AC----AAT-C---T-T-GAT---GA---CATTT--T-ACA-T----AAAA---AA----TC-AAAT-----C--AA-G---A-AG-CA-TTT--TCA--A--GAT--AG------------T--TG-TT---TT--T------------T-----A----------C-----T---TTTT--AG-ATT--CT-T-CA-G-G-AT-A--AT-A--AA-------N--NN---N-----N--NN---N-NNN-N-NNN---N-NNN---NN-NN---NN---N---NN-NNNNNN-NNN--NN-NNNNNNNNNNNNN-NN-N--N-TA--T-C-T--CCCT----C----AGGC-A--CATA--G----GTGCCC
gi|14 : acgcatCGCGGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----T-G---GCGCA-GA----A--A----------CA----------C-----------A-------------CA-----------TTGC-G--AANN--N--N----------------NNNN-----NNN-------NN---NN--NN-N--------NNN---N-N-----NNN--NNNNNN--NN-NNN--NN-NNNNN------------N-----N----NNNN--------NN----GT----T------------TT-T--GTA-G-AAAA--------A--G-T--T-G--TT-AC----GAT-C---T-T-GAT---GA---CGTTT--T-ACA-T----AAAA---AA----TC-AAGT-----C--AA-G---A-AA-TG-TTT--TCA--A--GAT--AA------------T--TC-TT---TT--TT-------A---T-----A----------C-----T---TTTT--AG-ATT--CT-A-CA-G-G-AT-A--AT-A--AA-------N--NN---N-----N--NN---N-NNN-N-NNN---N-NNN---NN-NN---NN---N---NN-NNNNNN-NNN--NN-NNNNNNNNNNNNN-NN-N--N-TA--T-C-A--CCCT----C-----GGC-G--CATA--G----GCTCCCtc
gi|15 : CAGG-A-TTACAA--CTG-T-G-TTGTCTAACTTGTCTTCCCT---T--AGCTGA-T--A---AT----T-T---GCACA-GA----A--A----------TA----------
gi|15 : TA-G-AAAAGTTAAATTA--A-T--T-G--TT-AC----GAT-C---T-T-GAT---GA---AGATT--T-ACA-T----CAAA---AA----TC-AAGT-----C--AA-A---A-AA-TT-TCTTATCA--A--G-T--AAGTTTT-------T--TT-TT---TT--TT-------T---T-----A----------C-----T---TTTTTAAG-ATT--CT-CGCA-GAG-AT-A--AT-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagaaaagttaaattaattgttacgatcttgatgaagatttacatcaaaaatcaagtcaaaaaatttcttatcaagtaagtttttttttttttttacttttttaagattctcgcagagataatt
gi|16 : caggattacaactgtgttgtctaacttgtcttcccttagctgataatttgcacagaaatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----T-G---GCGCA-GA----A--ANNNNNNNNNNNN----------N-----------N-------------NN-----------NNNN-N--NNNN--N--N----------------NNNN-----NNN-------NN---NN--NN-N--------NNN---N-N-----NNN--NNNNNN--NN-NNN--NN-NNNNN------------N-----N----NNNN--------NN----NN----N------------NN-N--NNN-N-AAGA--------AAAG-T--T-G--TT-AC----AAT-C---T-T-GAT---GA---TGTTT--T--TG-T----AGAA---AA----t
gi|16 : gtgc----GT----T------------TT-T--GTA-G-AAAA--------C--G-T--T-G--TT-AC----AAT-C---T-T-GAT---GA---CGTTA--T-ACATT----AAAA---AA----TT-AAGT-----C--AA-G---A-AA-TG-TTT--TCA--A--GAT---A------------T--TT-TT---T----------------T-----A----------C-----C---TTTT--AA-A-----T-T-CA-A-G-AT-A--cgttgttacaatcttgatgacgttatacattaaaaaattaagtcaagaaatgttttcaagatatttttttaccttttaaattcaagata
gi|17 : gtgcgggtgacaactgtgttgtctccctgtagatgataatggcgcagaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagaaaagttgttacaatcttgatgatCGCGGG-G-TGACAA--CTA-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----T-G---GCGCA-GA----A--A----------CA----------C-----------G-------------
gi|17 : acgAAA---AA----TC-AAGT-----C--AA-G---A-AA-TG-TTT--TCA--A--GAT--AA------------TA-TA-TT---TT--TA-------A---T-----A----------C-----T---TTTT--AG-ATT--CT-T-CA-G-G-AT-A--AT-A--Atagcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaaatcaagtcaagaaatgttttcaagataatatatttttaatactttttagattcttcaggataataa
gi|18 : acgcgcggggtgacaactatgttgtctccctgtagatgataatggcgcagaaacacgtagcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGAGTA-TACA---A-----T-T---GGGCA-TA----A--A----------C-------------------------------------CG-----------TTGT-A--AA
gi|18 : ------------TT-T--GTA-GTAGAA--------A--G-T--T-G--TT-AA----ATT-C---C-T-TAT---GAT--CGTTT--A-GCA-T----AAAA---AT----TC-TGGTTTGAGC--AT-GTGTA-GA-T--TCT--TCA--G--GAT--AA------------nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgtagtagaaagttgttaaattccttatgatcgtttagcataaaaattctggtttgagcatgtgtagattcttcaggataa
gi|19 : gtgacaactgtgttgtctccctgtagagtatacaattgggcataaaccgttgtaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----G-A---GCGCA-GA----
gi|19 : ------------TT-T--GTA-G-AAAA--------A--G-T--T-G--TT-AC----AAT-C---T-T-GAT---GA---CGTTT--T-ACA-T----AAAA---AA----TC-AAGT-----C--AA-G---A-AATTG-TTT--CCA--A--AAA--AA------------nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgtagaaaaagttgttacaatcttgatgacgttttacataaaaaatcaagtcaagaaattgtttccaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaattccattttaagatt
gi|2 : ccctgtagatgataagagcgcagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGCGGG-G-TGACAA--CTGAT-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----T-G---GCGTA-GA----A--A----------CA----------C-----------G-------------TGCATT-------TTAC-GTTAACG--T--T----------------GTTT-----TTG-------TT---TT--GC-C--------TCA---T-C-----TAT--TATGAC--TC-ACA--TC-CGAAA------------GTTTTCC----CGGC--------TC----GT----T------------TT-G--GTA-GAAAAA--------A--G-T--T----TT-AC----GATAC---TAT-GAT---GA---CGTTT--T-ACATT----AAAA---AA----TC-AAGT-----CA-AA-G---A-AA-TGTTTT--TCA--AACGAT--AA------------T--TT-TT---AG--AA-------A---T-----A----------C---------TTTT--AG-ATT--CT-T-CA-G-G-AT-A--AT-A--AA-------CAATT---A-----T--GG---GAACT-G--TT---A-CAG---GGCGA---AA---T---TCACACAAA-TTA--TT-CAATGTCTAGTA---G-T--G-TA--T-C-AC-CCCT----C----GGGC-G--CGTA--A----GCGCCCaaaaaaaaaaaaaaaaattccattttaagatt
gi|2 : ---A-----T--TT---G-ACT-G-TTT---C-GCG---GG-GA---GA---T---AC-AACA---TTA--TCAGGGTTTTGAAGTA-GG-G--T-TT--T-C-A--CCCCGGGAT----GGGC-G--CTTA--C----GCGCCCatcccggggtgaaaaccctacttcaaaaccctgataatgttgtatctccccgcgaaacagtcaaatggta
gi|20 : gcggggtgacaactgatgttgtctccctgtagatgataatggcgtagaaacacgtgcattttacgttaacgttgtttttgttttgcctcatctattatgactcacatccgaaagttttcccggctcgttttggtagaaaaaagttttacgatactatgatgacgttttacattaaaaaatcaagtcaaagaaatgtttttcaaacgataatttttagaaatacttttagattcttcaggataataaacaattatgggaactgttacagggcgaaattcacacaaattattcaatgtctagtagtgtatcacccctc----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----G-G---GCGCA-GA----A--A----------CA----------T-----------G--------------------------TTGC-A--AAATGTT--TACAGAGTACTATGAACGTTG-----TTG-------TT---CTATGC-C--------CTCATCT-C-----TAT--TATGACA-TCGACA--ATCCGAAA------------G-----C----TTCC--------TC----GTCTCCT------------TT-T--GTA-G-GAAA--------A--A-TTCT-GCTTT-AC----ACT-C-----T-GAA---AA---CATTG--T-ACA-T----AAAA---GA----ggta
gi|21 : ggtgcaaacatgtagacactgataAT-C---T-T-GAT---GA---TGTTT--T-ACA-TAA--AAAA---AA----TC-AAGT-----C-----------AA-T--TTT--TCA--A--GAT--TAGATACTTTTTTTT--TT-TT---TT--TT-------T---T-----A----------CT----T---TTTT--TG-ATT--CT-T-C--G-G-AT-A--AT-A--AANNNNN--N--NN---N-----N--NN---N-NNN-N-NNN---N-NNN---NN-NN---NN---N---NN-NNNNNN-NNN--NN-NNNNNNNNNNNNN-NN-N--T-TA--T-C-A--CCCT----T----GGGC-A--CAa
gi|22 : agtaattCGCGGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCTT-G-T--AGATGA-C--A---A-----T-G---GTGCA-GA----A--A----------CA----------C-----------gacaccgctcg
gi|22 : cg------------TT-T--GTA-G-AAAA--------A--G-T--T-G--CT-AC----AAT-C---T-T-GAT---GA---CGTTT--T-ACA-T----AAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgtagaaaaagttgctacaatcttgatgacgttttacataaa
gi|23 : cgcgcggggtgacaactgtgttgtctccttgtagatgacaatggtgcagaaacacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCGCGGA-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----T-G---GCGCA-GA----A--A----------CA----------CNNNNNNNNNNNN-------------NN-----------NNNN-N--NNNN--N--N----------------NNNN-----NNN-------NN---NN--NN-N--------NNN---N-N-----NNN--NNNNNN--NN-NNN--NN-NNNNN------------N-----N----NNNN--------NN----NN----N------------NN-N--NNN-N-AGAA--------AAAG-T--T-G--TT-AC----AAT-C---T-----T---GA---CGTTT--T-GCA-T----A
gi|24 : acgAAA---AA----TT-AAGT-----A--AA-G---A-AA-TG-TTT--TCATTA--GAT--AA------------TGCTT-TG---TT--TT-----------T-----A----------C-----T---TTTC--AG-ATT--CT-T-AA-G-G-AT-A--AT-A--AA-------N--NN---N-----N--NN---N-NNN-N-NNN---N-NNN---NN-NN---NN---N---NN-NNNNNN-NNN--NN-NNNNNNNNNNNNN-NN-N--N-NNTCT-C-A--CCCT----T----GGGC-G--CATA--
gi|25 : ---G-ACT-GGTTT---AGCAG---GG--A---AA---A---TC-AA--AA-TTA--TC-G-GTCTTAGTTAATGG-A--T-TAAGT-C-A---CCT----C-----GGC-G--CATA-------GCGCCcggtaggcacaccctcagaatg
gi|25 : t-AT-A--AC-A--A-----------TT---A-----T--CG---G-ACTTG-TTA---G-CGG---GG-GA---TA---CAAATC-GACAAA-TTAAATC-ATG--TCGGAAGA-GG-C--T--A--T-C-A--CCCG----A----AGGC-G--C-TA--T----GCGCCttcgggtgatagcctcttccgacatgatttaatttgtcgatttgtatcccccgctaacaagtccgataattgttata
gi|26 : tgactggtttagcagggaaaatcaaaattatcggtcttagttaatggattaagtcacctcC-AAGG-----C--AA-----A-AA-TC-ACT--TCA--A--AAT--AA------------T--TT-GG---TT--TT----------------------------------T---TTTT--AG-ATT--CT-T-TA-G-G-AT-A--AT-A--AA-------N--NN---N-----N--NN---N-NNN-N-NNN---N-NNN---NN-NN---NN---N---NN-NNNNNN-NNN--NN-NNNNNNNNNNNNN-NN-N--N-TA--T-C-G--ACCT----C----GAAA-A--CATA--G----GCACTCa
gi|27 : -ACA--AA-CAAAA------------G-----C----TTTC--------TGTTTGGT----T------------TT-T--GTA-G-AAAA--------A-------------------------------T-GAT---GA---CGTTT--T-ACA-TTTAAAAAA---AA----TC-AAGT-----C--AA-G---A-AA-TT-TTT--CCA--A--GAT--A-----------------T-TT---TT--TTAAA----A---A-----A----------C-----A---TTTT--GG-ATT--CT-T-CT-T-G-AT-A--AT-A--AA-------tcg
gi|28 : T----T------------TT-T--GTTTG-AAAA--------A--G-T--TTG--TT-------GAT-C---T-T-GATATGGAACTCTTTT--T-GAA-T----AAAA---AA----AT-AGGTTT---C--AA-A---A-AA-TG-TTT--TCAT-A--GAA--AG------------T--TT-TT---TC--TG-------T---T-----A----------T-----T---TTTT--A--ATTTGTT-T-AA-A-G-GT-A--AT-A--Aac
gi|29 : T--TT-----------T-----A----------C-----T---TTT---AC-ATT--CT-T-TG-G-A-AT-A--AT-A--AA-------N--NN---N-----N--NN---N-NNN-N-NNN---N-NNN---NN-NN---NN---N---NN-NNNNNN-NNN--NN-NNNNNNNNNNNNN-NN-T--T-TA--T-C-A--CCGT----C----ATGC-G--CACA--C----GCAC
gi|3 : CGCGGG-G-TGACAA--CTG-T-GGTTGTC----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--T---A-----T-G---GCGCAGGA----A--A----------CA----------C-----------tgtcgggtgata
gi|3 : gTA-G-AAAA--------A--G-T--T-G--TT-AC----GAT-C---T-T-GAT---GA---CGTTT--T-ACA-T----AAAA---AA----TC-AAGT-----C--AA-G---A-AA-TG-TTT--TCA--A--GAT--AA-----------------------TT--TTAAAAAA-A---T-----A----------C---------TTTT--AG-ATT--CT-T-CA-G-G-AT----AT-A--A------------A---N-----N--NN---N-NNN-N-NNN---N-NNN---NN-NN---NN---N---NN-NNNNNN-NNN--NN-NNNNNNNNNNNNN-NN-N--T-TA--T-C-A--CCCT----C----GGGC-G--CATA--G----GCGCCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagaaaaagttgttacgatcttgatgacgttttacataaaaaatcaagtcaagaaatgttttcaagataattttaaaaaaatacttttagattcttcaggatataaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttatcaccctcgggcgcataggcgccctcgggtgatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatattgtaag
gi|30 : gcgcggggtgacaactgtggttgtctccctgtagatgattatggcgcaggaaacacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn------------TT-T--GTT-G-AAAA--------A--G-T--T-T--GT-AT----GAT-C---T-T-GATAT-GAACTCTTTT--T-GAA-T----AAAA---AA----AA-TAGT-----C--AA-A---A-AA-TG-TTT--TCA--A--GA---AA------------G--TT-TT---CT--TT-------A---T----------------------T---TTTT--AA-TTT--GT-T-TA-A-G-GT-A--AT-A--Atcgggtgatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatattgtaag
gi|31 : AA--------A--G-T--T-G--GC-AC----GAT-C---T-T-GTT---GA---CAATT--T-AAA-T----TGAA---AA----TA-AAAT-----------G---A-AA-TG-TTC--TCC--A--GAT--AAG-----------T--TT-TTAGATT--TT-------T---T-----A----------C-----T---TTTT--AG-ATT--CT-T-CAGG-G-AT----AT-A--AA-------
gi|32 : -G-AATA--------C--G-T--T-G--TT-AC----GAT-C---T-T-GAT---GA---CGTTT--T-AC--T----GAAA-------------------------------A-AA-TG-TTT--TCA--A--GAT--AG-------------------T---AT--TT-------A---A-----AAAAAACCAACC-----T---TTTT--AG-ATT--CT-T-TA-G-G-AT-A--AT-A--AA-------nnn
gi|33 : gat--T-G--TT-AC----GAT-C---T-A-GAT---GA---CATTG--T-ACA-T----AAAA---AA----TT-AAGT-----C--AA-G---A-AA-TG-TTT--TCA--A--GAT--AG------------T--AT-TG---TT--TT-------T---T-----A----------C-----T---TTTT--AT-ATT--CT-T-CA-G-G-AT-A--AT-A--A
gi|35 : GG-G-TGAAAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT---T--AGACGA-T--A---A-----T-G---GTGCA-GA----A--A----------TA------------------------------------TG-----------TTGTGG--AAGC--T--T----------------GACG-----TTA-------TG---TT--
gi|37 : aCGTGGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--GGATGT-T--A---A-----A-G---GCGCA-GA----A--A----------CA------------------------------------CG-----------TTGC-G--AAAT--T--T----------------tttg
gi|38 : T-----C--AA-G---A-AA-TG-TTT--TCT--A--GAT--A-------------T--TT-TG---TT--TT-----------T-----A----------C-----T---TTTT--AG-ATT--CT-T-CG-G-G-AT-A--AT-A--AA-------ta
gi|39 : CGGG-G-TGACAA--CTGCT-G-TCG-C----------TCCTT---T--AGATG
gi|4 : acgtgcGGG-T-TGACAA--C-G-T-G-T-GTC----------TCCCT-G-TTAAGATGA-T--A---A-----T-G---GCGCA-GA----A-------------CA----------C-----------GATTGTTGAAATTATG-----------TTAC-G--AATT--TGAC----------------GTTG-----TGT-------TT---TT--GC-CCTCATACATTT---T-C-----TAT--TATGACG-TC-ATATAAT-CGAAAAGCATTTAATTTG-----C----CGGC--------TA----GT----T------------TTGT--GAA-G-AAAA--------A--GGT--T-A--TT-AC----GAT-----T-T-GAT---GC---TGTTT--T-ACC-T----CAAA---A-----TC-AACT-----CTCAACG---A-AA-TG-CTT---CA--A--GAT--A-------------T--TT-GT---TTAGTT-------AAAAT-----A----------C-----T---TTTT--AGGATT--CT-T-CA-G-G-AT-A--TT-A--AT-------C--TA---A-----T--TATGTG-ACT-G-TTTTTAG-CAG---GGTGAATTCA---T---TC-TATAAA-TTA--TC-AAGGTTCTGTATA-GGTG--T-TC--C-T-A--CCCT----CTTCGGGGCTG--C-TAT-G----GCGGCCttctttaacaacgaaatta
gi|40 : tgG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-T-T--AGATGT-T--ATTTACTATTT-A---GCACA-GA----A--A----------TA----------cctcaggtgat
gi|41 : CGGG-G-TGACAAA-CTG-TTG-TTGTC----------TCCTT-------GGCGA-T--A---AAT---T-C---GTGC---A----A--A----------CA----------
gi|42 : CGCGGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-C--A
gi|43 : -G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGttcggatc
gi|44 : gcgagtgcaactCGGGGG-G-TTACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-T-T--AGA
gi|5 : acgGCGGG-G-TGAAAAAACTG-T---TTGTC----------TCCTTAG-C--AG--GA----A---A-----T-G---GCGCA-GATTGTG--A----------TG----------G-----------G-------------CGCAGATTT----TTGT-T--TATT--TA-C----------------GCTAACATTTTT-------TT---TT--GC-C--------TTT---T-CATTCTTAT--TATGACGTTC-ACA--AT-TGAA-------------------C----CTTTTTTTGTCGTC----GT----T------------TT-T------G-AAGA--------A--G-A--T-G--AT-AC----GAT-C---T-G-AAT---GA---CGCTT--T-GCA-T----AAAAGGGAC----AC-AAGT-----C--AA-GA--A-AA-TG-TTG--TCAACA--GATGCGA------------T--GTAGT---TT--TT-------G---T----------------T-----T---TTTT--A--ACT--GT--------G-AT-A--AT-A--AAAC-----C--TATT-A-----T--GT---G-ACT-G-TTT---T-TAGCCCAG-GA---AAGACA---TC---CAAA-TTA--TC--CAATTCTTAGTA-GG-G--T-TA--T-C-AACCCTT----C----AGGT-G--CATA--GGGCCGCGCCC
gi|6 : CGCGGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCTCT-G-T--AGATGAGT--AT--A-----T-G---GCGCA-GA----A--A-----------A----------C-----------A-------------CG-----------TTGC-G--AAAT--T--TTA--------------AACG-----TTTGACCGTGTT---TT--GCGC--------TCA---TTC-----TAT--TATGACGTCC-ACA--A--CGAA-------------G-----CTTTCCGGC--------TC----GT----T------------TT-T--GTA-G-AAAA--------A--G-T--T-G--TT-AC----GAT-C---T-T-GAT---GA---CGTTT--TCACA-T----AAAAG--AA----TCAAAGT-----C--AA-GA--A-AA-TG-TTT--TCA--A--GAT--AA-----------------------AT--TTAAAAAAAA---T-----A----------C-----TCTATTTT--AG-ATT--CT-T-CA-G-G-AT-AAGAT-A--AANNNNNNNN--NN---N-----N--NN---N-NNN-N-NNN---N-NNN---NN-NN---NN---N---NN-NNNNNN-NNN--NN-NNNNNNNNNNNNN-NG-T--TATA--T-A-A--CCCT----T----GGGC-GC-CATA--G----GCGCCCtaaggaga
gi|7 : gcTG-----TTC-------TTAGATC--AC-C--------TTCA--T-C-----TATAATCTGACG-TC-ACA--A--CGAAA------------G-----C----TTTCCGGCC---TC----GT----T------------TT-TTTGTA---AAAA--------A--G-T--TAG--TT-AA----CAT-----T-T-GAT---GA---C-TTT--T-ACA-T----AAAA---------TC-AAGT-----C--A--G---A-AG-T----T--TCAG-A--TAT--AA------------T--TT-T-----------------A---A-----A----------CAAATCT---TTTT--AG-ATT--CT-T-CA-G-GGAT-A--AT-ATAAA-------C--TAGTTA-----T--GG---T-ACT-G-TTG---C-CAG---GGAGA---AA---G---TC-AACAAA-TTA--TC-GTAGGTCTTAGTA-CG-G--T-TA--TGC-A--ACCT----CT---CGTC-G--CATA--G----GCGCTCgagggtg
gi|8 : ggtgacgCGCGGGCG-TGACAA--GTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-C-T--AGATGA-T--A---A-----T-G---GCGCAAGA----A--A----------CA----------C-----------G-------------TGCNNNNNNNNNNNNNN-N--NNNN--N--N----------------NNNN-----NNN-------NN---NN--NN-N--------NNN---N-N-----NNN--NNNNNN--NN-NNN--NN-NNNNN------------N-----N----NNNN--------NN----NN----N------------NT-C--GTA-G-ACAA-----------G-TA-T-A--TTTAC----GAT-C---T-TTGATT--GA---CGTTT--T-ACA-T----AAAA---AA----TC-AAGTG----C--GA-G---ATAA-TG-TTT--TCG--A--GA------------------------T---TT--TTAAAAA--A---T-----A----------C-----TAG-TTAT--GA-ATT--CTGT-CA-G-G-ATCA--AT-A--AA-------A--GA---AAGNNNN--NN---N-NNN-N-NNN---N-NNN---NN-NN---NN---N---NN-NNNNNN-NNN--NN-NNNNNNNNNNNNN-NN-N--N-TA--T-C-A--CCCT----C----GGGC-G--CATA--G----GCGCctcgggggataacccttatctcgactgaatatttgtgcatgctactcccgctaaatccgtccataatgtaat
gi|9 : aCGCGGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----T-G---GCGCA-GA----A--A----------CA----------C-----------N-------------NN-----------NNNN-N--NNNN--N--N----------------NNNN-----NNN-------NN---NN--NN-N--------NNN---N-N-----NNN--NNNNNN--NN-NNN--NN-NNNNN------------N-----N----NNNN--------NN----NN----NNNNNNNNNNNNNTT-T--GTA-G-AAAA--------A--G-T--T-G--TT-AC----GAC-C---C-T-GAT---GA---CGTTT--T-ACA-T----TAAA---AA----TC-AAGT-----C--AA-G---A-AA-TG-TTT--TCA--A--GGT--AATTT---------T--TT-TT---TT--TT-------A---A-----A----------C-----T---TTTT--AG-ATT--CT-T-TA-A-G-AT-A--AT-A--AA-------C--NN---N-----N--NN---N-NNN-N-NNN---N-NNN---NN-NN---NN---N---NN-NNNNNN-NNN--NN-NNNNNNNNNNNNN-NN-N--N-TA--T-C-A--CCCT----C----GGGC-G--CATA--G----GCGCCC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|34 ): TGATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATATTATAGTATTGTGTGTTTTGTCTCC
Unaligned ( gi|36 ): GCGATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATATTGTCACAAA
Alignments
lowQualScore : 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 111111111111111111111
lowQualScore : 1 1 33 4 1 1 6666666666 444 11 1 22 444 99999 1 222 3 3333 22 7777777777 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 99999999999999999 1 22 1 3 88888888888 1 33 4 22 2 3333 1 222 1 1 555 666 11 1 2 6666 666 2222 1 66666 33 1 555 1 1 1 11 66 11 11 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 22 1 22 1 1 1 1 2 1 11 1 22 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 44 1 22 555555555555555555555 1 55 1 1 44 6666666666 1 44 8888888
lowQualScore : . . .. . . . .......... ... .. . .. ... ..... . ... . .... .. .......... ............................................................................................................................................................................................................... ................. . .. . . ........... . .. . .. . .... . ... . . ... ... .. . . .... ... .... . ..... .. . ... . . . .. .. .. .. .................................................................... .. . .. . . . . . . .. . .. .................................................................... .. . .. ..................... . .. . . .. .......... . .. .......
lowQualScore : 5 5 55 4 5 5 2222222222 888 99 6 22 444 44444 6 888 2 4444 33 3333333333 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 99999999999999999 8 55 5 1 33333333333 5 44 3 00 9 0000 4 444 4 4 777 222 99 4 8 2222 222 9999 4 77777 33 4 222 4 4 4 99 66 99 99 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 00 4 00 4 4 4 4 8 4 99 4 00 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 66 8 55 000000000000000000000 8 00 8 8 33 7777777777 8 55 0000000
consensus : CGCGGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----T-G---GCGCA-GA----A--A----------CA----------C-----------G-------------CG-----------TTGC-G--AANT--T--T----------------GNTG-----TTN-------TT---TT--GC-C--------TTN---T-C-----TAT--TATGAC--TC-ACA--AT-CGAAA------------G-----C----CNNC--------TC----GT----T------------TT-T--GTA-G-AAAA--------A--G-T--T-G--TT-AC----GAT-C---T-T-GAT---GA---CGTTT--T-ACA-T----AAAA---AA----TC-AAGT-----C--AA-G---A-AA-TG-TTT--TCA--A--GAT--AA------------T--TT-TT---TT--TT-------A---T-----A----------C-----T---TTTT--AG-ATT--CT-T-CA-G-G-AT-A--AT-A--AA-------C--TA---A-----T--NG---G-ACT-G-TTT---N-CAG---GG-GA---NA---N---TC-NACAAA-TTA--TC-GNGNNTCNNNNNA-GG-N--T-TA--T-C-A--CCCT----C----GGGC-G--CATA--G----GCGCCC
Reference ( family-1486 ) : CGCGGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----T-G---GCGCA-GA----A--A----------CA----------C-----------G-------------CG-----------TTGC-G--AANT--T--T----------------GNTG-----TTN-------TT---TT--GC-C--------TTN---T-C-----TAT--TATGAC--TC-ACA--AT-CGAAA------------G-----C----CNNC--------TC----GT----T------------TT-T--GTA-G-AAAA--------A--G-T--T-G--TT-AC----GAT-C---T-T-GAT---GA---CGTTT--T-ACA-T----AAAA---AA----TC-AAGT-----C--AA-G---A-AA-TG-TTT--TCA--A--GAT--AA------------T--TT-TT---TT--TT-------A---T-----A----------C-----T---TTTT--AG-ATT--CT-T-CA-G-G-AT-A--AT-A--AA-------C--TA---A-----T--NG---G-ACT-G-TTT---N-CAG---GG-GA---NA---N---TC-NACAAA-TTA--TC-GNGNNTCNNNNNA-GG-N--T-TA--T-C-A--CCCT----C----GGGC-G--CATA--G----GCGCCC
gi|1 : CGCGGG-G-TGACAA--CTGTT-G-TTGTC----------TCCCT-GAT--GGATTA----A---A-----T-GGGCGCGCA-GA----C--A----------C
gi|1 : cgT-T--GTA-G-AAAA--------A--G-T--TTG--TTTAC----GAT-------T-GAT---AT---AGTTTATT-ACA-T----AAAA---AAAAAATC-AACT-----C--AA-G---A-AA-TG-TTT--TCA--A--GAT---A------------T--TT-TT---TT--AA-------A---T-----A----------C-----T---TTTT--AG-ATT--CT-T-CA-G-GAAT-A--ATAA--AA-------C--TA---A-----TTATG---G-AC--G-TTT---A-GAG---GG-AA---CA-------TC-CACAAATTTA--TC-AGGTCTTCAGTAG-GG-C--T-TA--T-CAA--CCCT----C-----GGC-G--CATAGGG----GTGCCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgtagaaaaagtttgtttacgattgatatagtttattacataaaaaaaaaatcaactcaagaaatgttttcaagatatttttttaaatactttttagattcttcaggaataataaaactaattatggacgtttagagggaacatccacaaatttatcaggtcttcagtagggcttatcaaccctcggcgcataggggtgccctcgggtgatgaacccctacttcgactgtaatttgtggatgtctccccggctaagcagtcctattgtaatta
gi|1 : cgcgcggggtgacaactgttgttgtctccctgatggattaaatgggcgcgcagacacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnA---A-----T--AG---G-ACT-G-CTT---AGCCG---GG-GA---GA---CA--TC-CACAAA-TTA--C-----AGTCGAAGTA-GG-GGTT-CA--T-C-A--CCCG----A----GGGC-ACCCCTA--T----GCGCCtcgggtgatgaacccctacttcgactgtaatttgtggatgtctccccggctaagcagtcctattgtaatta
gi|10 : cgcgcggggtgacaactgttgttgtctccctgatggattaaatgggcgcgcagacacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgtagaaaaagtttgtttacgattgatatagtttattacataaaaaaaaaatcaactcaagaaatgttttcaagatatttttttaaatactttttagattcttcaggaataataaaactaattatggacgtttagagggaacatccacaaatttatcaggtcttcagtagggcttatcaaccctcCGCGGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGAT-A-T--A---A-----T-T---GCGCA-GA----A--A----------CA----------C-----------gtaatta
gi|10 : cgTA-G-AAAA-----------G-T--G-G--TT-AC----GAA-C---T-T-GAT---GA---CGTTT--T-ACA-TA---AAAA---AA----TC-AAGT-----C--AA-G---A-AA-TG-TTT--TCA--A---AT--AA------------T--TT-TT---AA--AA-------A---T-----A----------CTT---T---TTTT--AG-ATT--CT-T-CA-G-G-AT-A--AT-A--A------------N---N-----N--NN---N-NNN-N-NNN---N-NNN---NN-NN---NN---N---NN-NNNNNN-NNN--NN-NNNNNNNNNNNNN-NN-N--N-TA--T-C-A---CCT----C----GGGC-G--CATA--G----GCGCCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagaaaagtggttacgaacttgatgacgttttacataaaaaaatcaagtcaagaaatgttttcaaataatttttaaaaatactttttttagattcttcaggataataannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatcacctcgggcgcataggcgccctcg
gi|11 : cgcgcggggtgacaactgtgttgtctccctgtagatataattgcgcagaaacacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGG-G-TGACAA--CTG-T-A-TTGTC----------TCACT-T-T--GGATGT-T--A---CT----T-A---GCGCA-GA----ATTA----------CANNNNNNNNNNN-----------N-------------NN-----------NNNN-N--NNNN--N--N----------------NNNN-----NNN-------NN---NN--NN-N--------NNN---N-N-----NNN--NNNNNN--NN-NNN--NN-NNNNN------------N-----N----NNNN--------NN----NN----N------------NN-N--NNN-N-AGAA--------AAAG-T--T-G--TT-AC----CAG-C---T-T-GGA---GA---CGCTT--T-ACA-T----ACAA---AA----TA-AACT-----C--TA-G---A-AA-TG-TTT--GCA--A--GA--------------------TT-TT---TT--TT-------C---T-----A----------C-----T---TTTT--AG-ATC--CT-T-CA-G-G-AT-A--AT-A--AA-------N--NN---N-----N--NN---N-NNN-N-NNN---N-NNN---NN-NN---NN---N---NN-NNNNNN-NNN--NN-NNNNNNNNNNNNN-NN-N--N-TT--T-C-A--CCCG----A----GGGC-G--CATA--G----tcg
gi|12 : gcactCGCGGG-GGTAACAA--CTG-T-G-TTTTC----------TCCCT-T-T--AGATGA-T--A---A-----TTA---GCGAA-GA----A--A----------NN----------N-----------N-------------NN-----------NNNN-N--NNNN--N--N----------------NNNN-----NNN-------NN---NN--NN-N--------NNN---N-N-----NNN--NNNNNN--NN-NNN--NN-NNNNN------------N-----N----NNNN--------NN----NN----N------------NN-N--NNN-N-NNNN--------N--C-T--T-G--GT-AATAAAGGT-TAAAT-T-G-T---CA---CGTTT--T-ACA-T----AAAAAAAAA----TC-AAGG-----C--AA-A---A-AA-TA-TTT--CTA--A--GAT--AG------------T--TT-TT---TT--TT-------T---TTTTTCA----------C-----T---TTTT--GG-ATT--CT-T-CA-G-G-AA-A--AT-A--AA-----------N---N-----N--NN---N-NNN-N-NNN---N-NNN---NN-NN---NN---N---NN-NNNNNN-NNN--NN-NNNNNNNNNNNNN-NN-N--T-TA--T-C-A--TCCT----C----GGGC-
gi|13 : aGGG-G-TAACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-T-T--AGATGA-T--A---N-----N-N---NNNNN-NN----N--N----------NN----------N-----------N-------------NN-----------NNNN-N--NNNN--N--N----------------NNNN-----NNN-------NN---NN--NN-N--------NNN---N-N-----NNN--NNNNNN--NN-NNN--NN-NNNNN------------N-----N----NNNN--------NN----NN----N------------NT-T---T--G-ACAA--------A--A-T--T-G--TT-AC----AAT-C---T-T-GAT---GA---CATTT--T-ACA-T----AAAA---AA----TC-AAAT-----C--AA-G---A-AG-CA-TTT--TCA--A--GAT--AG------------T--TG-TT---TT--T------------T-----A----------C-----T---TTTT--AG-ATT--CT-T-CA-G-G-AT-A--AT-A--AA-------N--NN---N-----N--NN---N-NNN-N-NNN---N-NNN---NN-NN---NN---N---NN-NNNNNN-NNN--NN-NNNNNNNNNNNNN-NN-N--N-TA--T-C-T--CCCT----C----AGGC-A--CATA--G----GTGCCC
gi|14 : acgcatCGCGGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----T-G---GCGCA-GA----A--A----------CA----------C-----------A-------------CA-----------TTGC-G--AANN--N--N----------------NNNN-----NNN-------NN---NN--NN-N--------NNN---N-N-----NNN--NNNNNN--NN-NNN--NN-NNNNN------------N-----N----NNNN--------NN----GT----T------------TT-T--GTA-G-AAAA--------A--G-T--T-G--TT-AC----GAT-C---T-T-GAT---GA---CGTTT--T-ACA-T----AAAA---AA----TC-AAGT-----C--AA-G---A-AA-TG-TTT--TCA--A--GAT--AA------------T--TC-TT---TT--TT-------A---T-----A----------C-----T---TTTT--AG-ATT--CT-A-CA-G-G-AT-A--AT-A--AA-------N--NN---N-----N--NN---N-NNN-N-NNN---N-NNN---NN-NN---NN---N---NN-NNNNNN-NNN--NN-NNNNNNNNNNNNN-NN-N--N-TA--T-C-A--CCCT----C-----GGC-G--CATA--G----GCTCCCtc
gi|15 : CAGG-A-TTACAA--CTG-T-G-TTGTCTAACTTGTCTTCCCT---T--AGCTGA-T--A---AT----T-T---GCACA-GA----A--A----------TA----------
gi|15 : TA-G-AAAAGTTAAATTA--A-T--T-G--TT-AC----GAT-C---T-T-GAT---GA---AGATT--T-ACA-T----CAAA---AA----TC-AAGT-----C--AA-A---A-AA-TT-TCTTATCA--A--G-T--AAGTTTT-------T--TT-TT---TT--TT-------T---T-----A----------C-----T---TTTTTAAG-ATT--CT-CGCA-GAG-AT-A--AT-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagaaaagttaaattaattgttacgatcttgatgaagatttacatcaaaaatcaagtcaaaaaatttcttatcaagtaagtttttttttttttttacttttttaagattctcgcagagataatt
gi|16 : caggattacaactgtgttgtctaacttgtcttcccttagctgataatttgcacagaaatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----T-G---GCGCA-GA----A--ANNNNNNNNNNNN----------N-----------N-------------NN-----------NNNN-N--NNNN--N--N----------------NNNN-----NNN-------NN---NN--NN-N--------NNN---N-N-----NNN--NNNNNN--NN-NNN--NN-NNNNN------------N-----N----NNNN--------NN----NN----N------------NN-N--NNN-N-AAGA--------AAAG-T--T-G--TT-AC----AAT-C---T-T-GAT---GA---TGTTT--T--TG-T----AGAA---AA----t
gi|16 : gtgc----GT----T------------TT-T--GTA-G-AAAA--------C--G-T--T-G--TT-AC----AAT-C---T-T-GAT---GA---CGTTA--T-ACATT----AAAA---AA----TT-AAGT-----C--AA-G---A-AA-TG-TTT--TCA--A--GAT---A------------T--TT-TT---T----------------T-----A----------C-----C---TTTT--AA-A-----T-T-CA-A-G-AT-A--cgttgttacaatcttgatgacgttatacattaaaaaattaagtcaagaaatgttttcaagatatttttttaccttttaaattcaagata
gi|17 : gtgcgggtgacaactgtgttgtctccctgtagatgataatggcgcagaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagaaaagttgttacaatcttgatgatCGCGGG-G-TGACAA--CTA-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----T-G---GCGCA-GA----A--A----------CA----------C-----------G-------------
gi|17 : acgAAA---AA----TC-AAGT-----C--AA-G---A-AA-TG-TTT--TCA--A--GAT--AA------------TA-TA-TT---TT--TA-------A---T-----A----------C-----T---TTTT--AG-ATT--CT-T-CA-G-G-AT-A--AT-A--Atagcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaaatcaagtcaagaaatgttttcaagataatatatttttaatactttttagattcttcaggataataa
gi|18 : acgcgcggggtgacaactatgttgtctccctgtagatgataatggcgcagaaacacgtagcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGAGTA-TACA---A-----T-T---GGGCA-TA----A--A----------C-------------------------------------CG-----------TTGT-A--AA
gi|18 : ------------TT-T--GTA-GTAGAA--------A--G-T--T-G--TT-AA----ATT-C---C-T-TAT---GAT--CGTTT--A-GCA-T----AAAA---AT----TC-TGGTTTGAGC--AT-GTGTA-GA-T--TCT--TCA--G--GAT--AA------------nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgtagtagaaagttgttaaattccttatgatcgtttagcataaaaattctggtttgagcatgtgtagattcttcaggataa
gi|19 : gtgacaactgtgttgtctccctgtagagtatacaattgggcataaaccgttgtaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----G-A---GCGCA-GA----
gi|19 : ------------TT-T--GTA-G-AAAA--------A--G-T--T-G--TT-AC----AAT-C---T-T-GAT---GA---CGTTT--T-ACA-T----AAAA---AA----TC-AAGT-----C--AA-G---A-AATTG-TTT--CCA--A--AAA--AA------------nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgtagaaaaagttgttacaatcttgatgacgttttacataaaaaatcaagtcaagaaattgtttccaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaattccattttaagatt
gi|2 : ccctgtagatgataagagcgcagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGCGGG-G-TGACAA--CTGAT-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----T-G---GCGTA-GA----A--A----------CA----------C-----------G-------------TGCATT-------TTAC-GTTAACG--T--T----------------GTTT-----TTG-------TT---TT--GC-C--------TCA---T-C-----TAT--TATGAC--TC-ACA--TC-CGAAA------------GTTTTCC----CGGC--------TC----GT----T------------TT-G--GTA-GAAAAA--------A--G-T--T----TT-AC----GATAC---TAT-GAT---GA---CGTTT--T-ACATT----AAAA---AA----TC-AAGT-----CA-AA-G---A-AA-TGTTTT--TCA--AACGAT--AA------------T--TT-TT---AG--AA-------A---T-----A----------C---------TTTT--AG-ATT--CT-T-CA-G-G-AT-A--AT-A--AA-------CAATT---A-----T--GG---GAACT-G--TT---A-CAG---GGCGA---AA---T---TCACACAAA-TTA--TT-CAATGTCTAGTA---G-T--G-TA--T-C-AC-CCCT----C----GGGC-G--CGTA--A----GCGCCCaaaaaaaaaaaaaaaaattccattttaagatt
gi|2 : ---A-----T--TT---G-ACT-G-TTT---C-GCG---GG-GA---GA---T---AC-AACA---TTA--TCAGGGTTTTGAAGTA-GG-G--T-TT--T-C-A--CCCCGGGAT----GGGC-G--CTTA--C----GCGCCCatcccggggtgaaaaccctacttcaaaaccctgataatgttgtatctccccgcgaaacagtcaaatggta
gi|20 : gcggggtgacaactgatgttgtctccctgtagatgataatggcgtagaaacacgtgcattttacgttaacgttgtttttgttttgcctcatctattatgactcacatccgaaagttttcccggctcgttttggtagaaaaaagttttacgatactatgatgacgttttacattaaaaaatcaagtcaaagaaatgtttttcaaacgataatttttagaaatacttttagattcttcaggataataaacaattatgggaactgttacagggcgaaattcacacaaattattcaatgtctagtagtgtatcacccctc----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----G-G---GCGCA-GA----A--A----------CA----------T-----------G--------------------------TTGC-A--AAATGTT--TACAGAGTACTATGAACGTTG-----TTG-------TT---CTATGC-C--------CTCATCT-C-----TAT--TATGACA-TCGACA--ATCCGAAA------------G-----C----TTCC--------TC----GTCTCCT------------TT-T--GTA-G-GAAA--------A--A-TTCT-GCTTT-AC----ACT-C-----T-GAA---AA---CATTG--T-ACA-T----AAAA---GA----ggta
gi|21 : ggtgcaaacatgtagacactgataAT-C---T-T-GAT---GA---TGTTT--T-ACA-TAA--AAAA---AA----TC-AAGT-----C-----------AA-T--TTT--TCA--A--GAT--TAGATACTTTTTTTT--TT-TT---TT--TT-------T---T-----A----------CT----T---TTTT--TG-ATT--CT-T-C--G-G-AT-A--AT-A--AANNNNN--N--NN---N-----N--NN---N-NNN-N-NNN---N-NNN---NN-NN---NN---N---NN-NNNNNN-NNN--NN-NNNNNNNNNNNNN-NN-N--T-TA--T-C-A--CCCT----T----GGGC-A--CAa
gi|22 : agtaattCGCGGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCTT-G-T--AGATGA-C--A---A-----T-G---GTGCA-GA----A--A----------CA----------C-----------gacaccgctcg
gi|22 : cg------------TT-T--GTA-G-AAAA--------A--G-T--T-G--CT-AC----AAT-C---T-T-GAT---GA---CGTTT--T-ACA-T----AAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgtagaaaaagttgctacaatcttgatgacgttttacataaa
gi|23 : cgcgcggggtgacaactgtgttgtctccttgtagatgacaatggtgcagaaacacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCGCGGA-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----T-G---GCGCA-GA----A--A----------CA----------CNNNNNNNNNNNN-------------NN-----------NNNN-N--NNNN--N--N----------------NNNN-----NNN-------NN---NN--NN-N--------NNN---N-N-----NNN--NNNNNN--NN-NNN--NN-NNNNN------------N-----N----NNNN--------NN----NN----N------------NN-N--NNN-N-AGAA--------AAAG-T--T-G--TT-AC----AAT-C---T-----T---GA---CGTTT--T-GCA-T----A
gi|24 : acgAAA---AA----TT-AAGT-----A--AA-G---A-AA-TG-TTT--TCATTA--GAT--AA------------TGCTT-TG---TT--TT-----------T-----A----------C-----T---TTTC--AG-ATT--CT-T-AA-G-G-AT-A--AT-A--AA-------N--NN---N-----N--NN---N-NNN-N-NNN---N-NNN---NN-NN---NN---N---NN-NNNNNN-NNN--NN-NNNNNNNNNNNNN-NN-N--N-NNTCT-C-A--CCCT----T----GGGC-G--CATA--
gi|25 : ---G-ACT-GGTTT---AGCAG---GG--A---AA---A---TC-AA--AA-TTA--TC-G-GTCTTAGTTAATGG-A--T-TAAGT-C-A---CCT----C-----GGC-G--CATA-------GCGCCcggtaggcacaccctcagaatg
gi|25 : t-AT-A--AC-A--A-----------TT---A-----T--CG---G-ACTTG-TTA---G-CGG---GG-GA---TA---CAAATC-GACAAA-TTAAATC-ATG--TCGGAAGA-GG-C--T--A--T-C-A--CCCG----A----AGGC-G--C-TA--T----GCGCCttcgggtgatagcctcttccgacatgatttaatttgtcgatttgtatcccccgctaacaagtccgataattgttata
gi|26 : tgactggtttagcagggaaaatcaaaattatcggtcttagttaatggattaagtcacctcC-AAGG-----C--AA-----A-AA-TC-ACT--TCA--A--AAT--AA------------T--TT-GG---TT--TT----------------------------------T---TTTT--AG-ATT--CT-T-TA-G-G-AT-A--AT-A--AA-------N--NN---N-----N--NN---N-NNN-N-NNN---N-NNN---NN-NN---NN---N---NN-NNNNNN-NNN--NN-NNNNNNNNNNNNN-NN-N--N-TA--T-C-G--ACCT----C----GAAA-A--CATA--G----GCACTCa
gi|27 : -ACA--AA-CAAAA------------G-----C----TTTC--------TGTTTGGT----T------------TT-T--GTA-G-AAAA--------A-------------------------------T-GAT---GA---CGTTT--T-ACA-TTTAAAAAA---AA----TC-AAGT-----C--AA-G---A-AA-TT-TTT--CCA--A--GAT--A-----------------T-TT---TT--TTAAA----A---A-----A----------C-----A---TTTT--GG-ATT--CT-T-CT-T-G-AT-A--AT-A--AA-------tcg
gi|28 : T----T------------TT-T--GTTTG-AAAA--------A--G-T--TTG--TT-------GAT-C---T-T-GATATGGAACTCTTTT--T-GAA-T----AAAA---AA----AT-AGGTTT---C--AA-A---A-AA-TG-TTT--TCAT-A--GAA--AG------------T--TT-TT---TC--TG-------T---T-----A----------T-----T---TTTT--A--ATTTGTT-T-AA-A-G-GT-A--AT-A--Aac
gi|29 : T--TT-----------T-----A----------C-----T---TTT---AC-ATT--CT-T-TG-G-A-AT-A--AT-A--AA-------N--NN---N-----N--NN---N-NNN-N-NNN---N-NNN---NN-NN---NN---N---NN-NNNNNN-NNN--NN-NNNNNNNNNNNNN-NN-T--T-TA--T-C-A--CCGT----C----ATGC-G--CACA--C----GCAC
gi|3 : CGCGGG-G-TGACAA--CTG-T-GGTTGTC----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--T---A-----T-G---GCGCAGGA----A--A----------CA----------C-----------tgtcgggtgata
gi|3 : gTA-G-AAAA--------A--G-T--T-G--TT-AC----GAT-C---T-T-GAT---GA---CGTTT--T-ACA-T----AAAA---AA----TC-AAGT-----C--AA-G---A-AA-TG-TTT--TCA--A--GAT--AA-----------------------TT--TTAAAAAA-A---T-----A----------C---------TTTT--AG-ATT--CT-T-CA-G-G-AT----AT-A--A------------A---N-----N--NN---N-NNN-N-NNN---N-NNN---NN-NN---NN---N---NN-NNNNNN-NNN--NN-NNNNNNNNNNNNN-NN-N--T-TA--T-C-A--CCCT----C----GGGC-G--CATA--G----GCGCCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagaaaaagttgttacgatcttgatgacgttttacataaaaaatcaagtcaagaaatgttttcaagataattttaaaaaaatacttttagattcttcaggatataaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttatcaccctcgggcgcataggcgccctcgggtgatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatattgtaag
gi|30 : gcgcggggtgacaactgtggttgtctccctgtagatgattatggcgcaggaaacacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn------------TT-T--GTT-G-AAAA--------A--G-T--T-T--GT-AT----GAT-C---T-T-GATAT-GAACTCTTTT--T-GAA-T----AAAA---AA----AA-TAGT-----C--AA-A---A-AA-TG-TTT--TCA--A--GA---AA------------G--TT-TT---CT--TT-------A---T----------------------T---TTTT--AA-TTT--GT-T-TA-A-G-GT-A--AT-A--Atcgggtgatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatattgtaag
gi|31 : AA--------A--G-T--T-G--GC-AC----GAT-C---T-T-GTT---GA---CAATT--T-AAA-T----TGAA---AA----TA-AAAT-----------G---A-AA-TG-TTC--TCC--A--GAT--AAG-----------T--TT-TTAGATT--TT-------T---T-----A----------C-----T---TTTT--AG-ATT--CT-T-CAGG-G-AT----AT-A--AA-------
gi|32 : -G-AATA--------C--G-T--T-G--TT-AC----GAT-C---T-T-GAT---GA---CGTTT--T-AC--T----GAAA-------------------------------A-AA-TG-TTT--TCA--A--GAT--AG-------------------T---AT--TT-------A---A-----AAAAAACCAACC-----T---TTTT--AG-ATT--CT-T-TA-G-G-AT-A--AT-A--AA-------nnn
gi|33 : gat--T-G--TT-AC----GAT-C---T-A-GAT---GA---CATTG--T-ACA-T----AAAA---AA----TT-AAGT-----C--AA-G---A-AA-TG-TTT--TCA--A--GAT--AG------------T--AT-TG---TT--TT-------T---T-----A----------C-----T---TTTT--AT-ATT--CT-T-CA-G-G-AT-A--AT-A--A
gi|35 : GG-G-TGAAAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT---T--AGACGA-T--A---A-----T-G---GTGCA-GA----A--A----------TA------------------------------------TG-----------TTGTGG--AAGC--T--T----------------GACG-----TTA-------TG---TT--
gi|37 : aCGTGGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--GGATGT-T--A---A-----A-G---GCGCA-GA----A--A----------CA------------------------------------CG-----------TTGC-G--AAAT--T--T----------------tttg
gi|38 : T-----C--AA-G---A-AA-TG-TTT--TCT--A--GAT--A-------------T--TT-TG---TT--TT-----------T-----A----------C-----T---TTTT--AG-ATT--CT-T-CG-G-G-AT-A--AT-A--AA-------ta
gi|39 : CGGG-G-TGACAA--CTGCT-G-TCG-C----------TCCTT---T--AGATG
gi|4 : acgtgcGGG-T-TGACAA--C-G-T-G-T-GTC----------TCCCT-G-TTAAGATGA-T--A---A-----T-G---GCGCA-GA----A-------------CA----------C-----------GATTGTTGAAATTATG-----------TTAC-G--AATT--TGAC----------------GTTG-----TGT-------TT---TT--GC-CCTCATACATTT---T-C-----TAT--TATGACG-TC-ATATAAT-CGAAAAGCATTTAATTTG-----C----CGGC--------TA----GT----T------------TTGT--GAA-G-AAAA--------A--GGT--T-A--TT-AC----GAT-----T-T-GAT---GC---TGTTT--T-ACC-T----CAAA---A-----TC-AACT-----CTCAACG---A-AA-TG-CTT---CA--A--GAT--A-------------T--TT-GT---TTAGTT-------AAAAT-----A----------C-----T---TTTT--AGGATT--CT-T-CA-G-G-AT-A--TT-A--AT-------C--TA---A-----T--TATGTG-ACT-G-TTTTTAG-CAG---GGTGAATTCA---T---TC-TATAAA-TTA--TC-AAGGTTCTGTATA-GGTG--T-TC--C-T-A--CCCT----CTTCGGGGCTG--C-TAT-G----GCGGCCttctttaacaacgaaatta
gi|40 : tgG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-T-T--AGATGT-T--ATTTACTATTT-A---GCACA-GA----A--A----------TA----------cctcaggtgat
gi|41 : CGGG-G-TGACAAA-CTG-TTG-TTGTC----------TCCTT-------GGCGA-T--A---AAT---T-C---GTGC---A----A--A----------CA----------
gi|42 : CGCGGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-C--A
gi|43 : -G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGttcggatc
gi|44 : gcgagtgcaactCGGGGG-G-TTACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-T-T--AGA
gi|5 : acgGCGGG-G-TGAAAAAACTG-T---TTGTC----------TCCTTAG-C--AG--GA----A---A-----T-G---GCGCA-GATTGTG--A----------TG----------G-----------G-------------CGCAGATTT----TTGT-T--TATT--TA-C----------------GCTAACATTTTT-------TT---TT--GC-C--------TTT---T-CATTCTTAT--TATGACGTTC-ACA--AT-TGAA-------------------C----CTTTTTTTGTCGTC----GT----T------------TT-T------G-AAGA--------A--G-A--T-G--AT-AC----GAT-C---T-G-AAT---GA---CGCTT--T-GCA-T----AAAAGGGAC----AC-AAGT-----C--AA-GA--A-AA-TG-TTG--TCAACA--GATGCGA------------T--GTAGT---TT--TT-------G---T----------------T-----T---TTTT--A--ACT--GT--------G-AT-A--AT-A--AAAC-----C--TATT-A-----T--GT---G-ACT-G-TTT---T-TAGCCCAG-GA---AAGACA---TC---CAAA-TTA--TC--CAATTCTTAGTA-GG-G--T-TA--T-C-AACCCTT----C----AGGT-G--CATA--GGGCCGCGCCC
gi|6 : CGCGGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCTCT-G-T--AGATGAGT--AT--A-----T-G---GCGCA-GA----A--A-----------A----------C-----------A-------------CG-----------TTGC-G--AAAT--T--TTA--------------AACG-----TTTGACCGTGTT---TT--GCGC--------TCA---TTC-----TAT--TATGACGTCC-ACA--A--CGAA-------------G-----CTTTCCGGC--------TC----GT----T------------TT-T--GTA-G-AAAA--------A--G-T--T-G--TT-AC----GAT-C---T-T-GAT---GA---CGTTT--TCACA-T----AAAAG--AA----TCAAAGT-----C--AA-GA--A-AA-TG-TTT--TCA--A--GAT--AA-----------------------AT--TTAAAAAAAA---T-----A----------C-----TCTATTTT--AG-ATT--CT-T-CA-G-G-AT-AAGAT-A--AANNNNNNNN--NN---N-----N--NN---N-NNN-N-NNN---N-NNN---NN-NN---NN---N---NN-NNNNNN-NNN--NN-NNNNNNNNNNNNN-NG-T--TATA--T-A-A--CCCT----T----GGGC-GC-CATA--G----GCGCCCtaaggaga
gi|7 : gcTG-----TTC-------TTAGATC--AC-C--------TTCA--T-C-----TATAATCTGACG-TC-ACA--A--CGAAA------------G-----C----TTTCCGGCC---TC----GT----T------------TT-TTTGTA---AAAA--------A--G-T--TAG--TT-AA----CAT-----T-T-GAT---GA---C-TTT--T-ACA-T----AAAA---------TC-AAGT-----C--A--G---A-AG-T----T--TCAG-A--TAT--AA------------T--TT-T-----------------A---A-----A----------CAAATCT---TTTT--AG-ATT--CT-T-CA-G-GGAT-A--AT-ATAAA-------C--TAGTTA-----T--GG---T-ACT-G-TTG---C-CAG---GGAGA---AA---G---TC-AACAAA-TTA--TC-GTAGGTCTTAGTA-CG-G--T-TA--TGC-A--ACCT----CT---CGTC-G--CATA--G----GCGCTCgagggtg
gi|8 : ggtgacgCGCGGGCG-TGACAA--GTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-C-T--AGATGA-T--A---A-----T-G---GCGCAAGA----A--A----------CA----------C-----------G-------------TGCNNNNNNNNNNNNNN-N--NNNN--N--N----------------NNNN-----NNN-------NN---NN--NN-N--------NNN---N-N-----NNN--NNNNNN--NN-NNN--NN-NNNNN------------N-----N----NNNN--------NN----NN----N------------NT-C--GTA-G-ACAA-----------G-TA-T-A--TTTAC----GAT-C---T-TTGATT--GA---CGTTT--T-ACA-T----AAAA---AA----TC-AAGTG----C--GA-G---ATAA-TG-TTT--TCG--A--GA------------------------T---TT--TTAAAAA--A---T-----A----------C-----TAG-TTAT--GA-ATT--CTGT-CA-G-G-ATCA--AT-A--AA-------A--GA---AAGNNNN--NN---N-NNN-N-NNN---N-NNN---NN-NN---NN---N---NN-NNNNNN-NNN--NN-NNNNNNNNNNNNN-NN-N--N-TA--T-C-A--CCCT----C----GGGC-G--CATA--G----GCGCctcgggggataacccttatctcgactgaatatttgtgcatgctactcccgctaaatccgtccataatgtaat
gi|9 : aCGCGGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----T-G---GCGCA-GA----A--A----------CA----------C-----------N-------------NN-----------NNNN-N--NNNN--N--N----------------NNNN-----NNN-------NN---NN--NN-N--------NNN---N-N-----NNN--NNNNNN--NN-NNN--NN-NNNNN------------N-----N----NNNN--------NN----NN----NNNNNNNNNNNNNTT-T--GTA-G-AAAA--------A--G-T--T-G--TT-AC----GAC-C---C-T-GAT---GA---CGTTT--T-ACA-T----TAAA---AA----TC-AAGT-----C--AA-G---A-AA-TG-TTT--TCA--A--GGT--AATTT---------T--TT-TT---TT--TT-------A---A-----A----------C-----T---TTTT--AG-ATT--CT-T-TA-A-G-AT-A--AT-A--AA-------C--NN---N-----N--NN---N-NNN-N-NNN---N-NNN---NN-NN---NN---N---NN-NNNNNN-NNN--NN-NNNNNNNNNNNNN-NN-N--N-TA--T-C-A--CCCT----C----GGGC-G--CATA--G----GCGCCC
blockSeqs : C G AA A T G TAACTTGTCT AG TA G AC TTT CTATT T . G TTGT TT NNNNNNNNNN CGATTGTTGAAATTATGTTACGAATTTGACGTTGTGTTTTTGCCCTCATACATTTTCTATTATGACGTCATATAATCGAAAAGCATTTAATTTGCCGGCTA NNNNNNNNNNNNN G TT T T GTTAAATTA G TC T CT T TAAA A AAA A T ATG ACT . C T TTAA AAA . A TTGAG TC C TGT T T T TA TT AC GC AGATACTTTTTTTTTTTTTTTTTTACTT TA G TG G G G A G C AG . TA CTAATTATGTGACTGTTTTTAGCAGGGTGAATTCAT AC . AA AGGGTTTTGAAGTAGGG A TC G . AC GGGATG T CC GGGCC
blockSeqs : . . A C . . . G . . . T AT . . A . . . GGCGCAGATTTTTGTTTATTTACGCTAACATTTTTTTTTGCCTTTTCATTCTTATTATGACGTTCACAATTGAACCTTTTTTTGTCGTC CTCCT . . . A AAA . A A . . . . . . . AT ACT . . T AA GGG . . TT A . A . . . . AC . . GTATTTAAAAAAAACCAACCT . . . . . . . . . . . . ACCTATTATGTGACTGTTTTTAGCCCAGGAAAGACA C . . AAGGTTCTGTATAGGTG . AG . . C CTTCGG . C TG
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . T . . . . . . TGTTGCAAAATGTTTACAGAGTACTATGAACGTTGTTGTTCTATGCCCTCATCTCTATTATGACATCGACAATCCGAAAGCTTCCTC N . . . . AAA . . . . . . . . . . T T . . . A G . . G . . A . . . . T . . GTTTTTTTTTTTTTTTCACT . . . . . . . . . . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN N . . NNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . CTC . . T
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . T . . . . . . CACGTTGCGAAATTTTAAACGTTTGACCGTGTTTTGCGCTCATTCTATTATGACGTCCACAACGAAGCTTTCCGGCTC N . . . . AAA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . AGTTTTTTTTTTTTTTTACT . . . . . . . . . . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN N . . NNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . AG . . G
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . . . . . . . CGTGCATTTTACGTTAACGTTGTTTTTGTTTTGCCTCATCTATTATGACTCACATCCGAAAGTTTTCCCGGCTC T . . . . N . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AATTTAAAAAAAATACTCTA . . . . . . . . . . . . AGAAAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN N . . NNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . CG . . G
blockSeqs : . . . . . . . G . . . . . . . . . . . CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN N . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AGTTTTTAGATTTTTTACT . . . . . . . . . . . . CTAGTTATGGTACTGTTGCCAGGGAGAAAG N . . NNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . AG . . G
blockSeqs : . . . . . . . G . . . . . . . . . . . CGTGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN T . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TTTGTTTAGTTAAAATACT . . . . . . . . . . . . CAATTATGGGAACTGTTACAGGGCGAAAT N . . NNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . CG . . G
blockSeqs : . . . . . . . G . . . . . . . . . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN T . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ATTTTTTTTTTTTAAACT . . . . . . . . . . . . TTATCGGACTTGTTAGCGGGGGATACAAA A . . NNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . CA . . A
blockSeqs : . . . . . . . G . . . . . . . . . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN N . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ATTTTTAAAAATACTTT . . . . . . . . . . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN N . . NNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . CG . . C
blockSeqs : . . . . . . . G . . . . . . . . . . . CACATTGCGAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN T . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TTTTTAAAAAATACTAG . . . . . . . . . . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN N . . GGTCTTAGTTAATGGA . . . . . TG . . T
blockSeqs : . . . . . . . G . . . . . . . . . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN T . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ATATATTTTTAATACT . . . . . . . . . . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN A . . NNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . TG . . G
blockSeqs : . . . . . . . G . . . . . . . . . . . CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN T . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ATGCTTTGTTTTTACT . . . . . . . . . . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN G . . NNNNNNNNNNNNNNNT . . . . . AA . . C
blockSeqs : . . . . . . . G . . . . . . . . . . . T . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ATTCTTTTTTATACT . . . . . . . . . . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN N . . NNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . CG . . G
blockSeqs : . . . . . . . G . . . . . . . . . . . T . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TTTTTTTAAAAAACA . . . . . . . . . . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN N . . NNNNNNNNNNNNNNGT . . . . . CA . . G
blockSeqs : . . . . . . . G . . . . . . . . . . . T . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GTTTTTTCTGTTATT . . . . . . . . . . . . CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN N . . GTAGGTCTTAGTACGG . . . . . CG . . G
blockSeqs : . . . . . . . G . . . . . . . . . . . N . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ATTTTAAAAAAATAC . . . . . . . . . . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN T . . NNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . CA . . G
blockSeqs : . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GTATTGTTTTTTACT . . . . . . . . . . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN N . . NNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . TG . . G
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ATGTAGTTTTTGTTT . . . . . . . . . . . . ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN A . . AGTCGAAGTAGGGGT . . . . . CG . . .
blockSeqs : . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ATTTTAAACAAATCT . . . . . . . . . . . . N . . CAATTCTTAGTAGGG . . . . . CG . .
blockSeqs : . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ATTTTTAGAAATAC . . . . . . . . . . . . N . . CAATGTCTAGTAGT . . . . . C . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TTTTTTTTCTACT . . . . . . . . . . . . . . . ATGTCGGAAGAGGC . . . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GTTGTTTTTTACT . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AGTTTTCTTTATT . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . G . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TTTTGTTTTTACT . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ATTTTTTTACC . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ATTTGGTTTTT . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : G** *** ** **** CG******** G******
originalCons : CGCGGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----T-G---GCGCA-GA----A--A----------CA----------C-----------G-------------CG-----------TTGC-G--AANT--T--T----------------GNTG-----TTN-------TT---TT--GC-C--------TTN---T-C-----TAT--TATGAC--TC-ACA--AT-CGAAA------------G-----C----CNNC--------TC----GT----T------------TT-T--GTA-G-AAAA--------A--G-T--T-G--TT-AC----GAT-C---T-T-GAT---GA---CGTTT--T-ACA-T----AAAA---AA----TC-AAGT-----C--AA-G---A-AA-TG-TTT--TCA--A--GAT--AA------------T--TT-TT---TT--TT-------A---T-----A----------C-----T---TTTT--AG-ATT--CT-T-CA-G-G-AT-A--AT-A--AA-------C--TA---A-----T--NG---G-ACT-G-TTT---N-CAG---GG-GA---NA---N---TC-NACAAA-TTA--TC-GNGNNTCNNNNNA-GG-N--T-TA--T-C-A--CCCT----C----GGGC-G--CATA--G----GCGCCC
finalCons : CGCGGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCTG--T--AGATGA-T--A---A-----T-G---GCGCA-GA----A--A----------CA----------C-----------G-------------CG-----------TTGC-G--AANT--T--T----------------GNTG-----TTN-------TT---TT--GC-C--------TTN---T-C-----TAT--TATGAC--TC-ACA--AT-CGAAA------------G-----C----CNNC--------TC----GT----T------------TT-T--GTA-G-AAAA--------A--G-T--T-G--TT-AC----GAT-C---T-T-GAT---GA---CGTTT--T-ACA-T----AAAA---AA----TC-AAGT-----C--AA-G---A-AA-TG-TTT--TCA--A--GAT--AA------------T--TT-TT---TT--TT-------A---T-----A----------C-----T---TTTT--AG-ATT--CT-T-CA-G-G-AT-A--AT-A--AA-------C--TA---A-----T--NG---G-ACT-G-TTT---N-CAG---GG-GA---NA---N---TC-NACAAA-TTA--TC-GNGNNTCNNNNNA-GG-N--T-TA--T-C-A--CCCTCG--------GGC-G--CATAG------GCGCCC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|34 ): TGATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATATTATAGTATTGTGTGTTTTGTCTCC
Unaligned ( gi|36 ): GCGATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATATTGTCACAAA
Alignments
lowQualScore : 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 111111111111111111111
lowQualScore : 1 1 33 4 1 1 6666666666 444 11 1 22 444 99999 1 222 3 3333 22 7777777777 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 99999999999999999 1 22 1 3 88888888888 1 33 4 22 2 3333 1 222 1 1 555 666 11 1 2 6666 666 2222 1 66666 33 1 555 1 1 1 11 66 11 11 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 22 1 22 1 1 1 1 2 1 11 1 22 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 44 1 22 555555555555555555555 1 55 1 1 44 6666666666 1 44 8888888
lowQualScore : . . .. . . . .......... ... .. . .. ... ..... . ... . .... .. .......... ............................................................................................................................................................................................................... ................. . .. . . ........... . .. . .. . .... . ... . . ... ... .. . . .... ... .... . ..... .. . ... . . . .. .. .. .. .................................................................... .. . .. . . . . . . .. . .. .................................................................... .. . .. ..................... . .. . . .. .......... . .. .......
lowQualScore : 5 5 55 4 5 5 2222222222 888 99 6 22 444 44444 6 888 2 4444 33 3333333333 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 99999999999999999 8 55 5 1 33333333333 5 44 3 00 9 0000 4 444 4 4 777 222 99 4 8 2222 222 9999 4 77777 33 4 222 4 4 4 99 66 99 99 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 00 4 00 4 4 4 4 8 4 99 4 00 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 66 8 55 000000000000000000000 8 00 8 8 33 7777777777 8 55 0000000
consensus : CGCGGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----T-G---GCGCA-GA----A--A----------CA----------C-----------G-------------CG-----------TTGC-G--AANT--T--T----------------GNTG-----TTN-------TT---TT--GC-C--------TTN---T-C-----TAT--TATGAC--TC-ACA--AT-CGAAA------------G-----C----CNNC--------TC----GT----T------------TT-T--GTA-G-AAAA--------A--G-T--T-G--TT-AC----GAT-C---T-T-GAT---GA---CGTTT--T-ACA-T----AAAA---AA----TC-AAGT-----C--AA-G---A-AA-TG-TTT--TCA--A--GAT--AA------------T--TT-TT---TT--TT-------A---T-----A----------C-----T---TTTT--AG-ATT--CT-T-CA-G-G-AT-A--AT-A--AA-------C--TA---A-----T--NG---G-ACT-G-TTT---N-CAG---GG-GA---NA---N---TC-NACAAA-TTA--TC-GNGNNTCNNNNNA-GG-N--T-TA--T-C-A--CCCT----C----GGGC-G--CATA--G----GCGCCC
Reference ( family-1486 ) : CGCGGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----T-G---GCGCA-GA----A--A----------CA----------C-----------G-------------CG-----------TTGC-G--AANT--T--T----------------GNTG-----TTN-------TT---TT--GC-C--------TTN---T-C-----TAT--TATGAC--TC-ACA--AT-CGAAA------------G-----C----CNNC--------TC----GT----T------------TT-T--GTA-G-AAAA--------A--G-T--T-G--TT-AC----GAT-C---T-T-GAT---GA---CGTTT--T-ACA-T----AAAA---AA----TC-AAGT-----C--AA-G---A-AA-TG-TTT--TCA--A--GAT--AA------------T--TT-TT---TT--TT-------A---T-----A----------C-----T---TTTT--AG-ATT--CT-T-CA-G-G-AT-A--AT-A--AA-------C--TA---A-----T--NG---G-ACT-G-TTT---N-CAG---GG-GA---NA---N---TC-NACAAA-TTA--TC-GNGNNTCNNNNNA-GG-N--T-TA--T-C-A--CCCT----C----GGGC-G--CATA--G----GCGCCC
gi|1 : CGCGGG-G-TGACAA--CTGTT-G-TTGTC----------TCCCT-GAT--GGATTA----A---A-----T-GGGCGCGCA-GA----C--A----------C
gi|1 : cgT-T--GTA-G-AAAA--------A--G-T--TTG--TTTAC----GAT-------T-GAT---AT---AGTTTATT-ACA-T----AAAA---AAAAAATC-AACT-----C--AA-G---A-AA-TG-TTT--TCA--A--GAT---A------------T--TT-TT---TT--AA-------A---T-----A----------C-----T---TTTT--AG-ATT--CT-T-CA-G-GAAT-A--ATAA--AA-------C--TA---A-----TTATG---G-AC--G-TTT---A-GAG---GG-AA---CA-------TC-CACAAATTTA--TC-AGGTCTTCAGTAG-GG-C--T-TA--T-CAA--CCCT----C-----GGC-G--CATAGGG----GTGCCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgtagaaaaagtttgtttacgattgatatagtttattacataaaaaaaaaatcaactcaagaaatgttttcaagatatttttttaaatactttttagattcttcaggaataataaaactaattatggacgtttagagggaacatccacaaatttatcaggtcttcagtagggcttatcaaccctcggcgcataggggtgccctcgggtgatgaacccctacttcgactgtaatttgtggatgtctccccggctaagcagtcctattgtaatta
gi|1 : cgcgcggggtgacaactgttgttgtctccctgatggattaaatgggcgcgcagacacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnA---A-----T--AG---G-ACT-G-CTT---AGCCG---GG-GA---GA---CA--TC-CACAAA-TTA--C-----AGTCGAAGTA-GG-GGTT-CA--T-C-A--CCCG----A----GGGC-ACCCCTA--T----GCGCCtcgggtgatgaacccctacttcgactgtaatttgtggatgtctccccggctaagcagtcctattgtaatta
gi|10 : cgcgcggggtgacaactgttgttgtctccctgatggattaaatgggcgcgcagacacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgtagaaaaagtttgtttacgattgatatagtttattacataaaaaaaaaatcaactcaagaaatgttttcaagatatttttttaaatactttttagattcttcaggaataataaaactaattatggacgtttagagggaacatccacaaatttatcaggtcttcagtagggcttatcaaccctcCGCGGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGAT-A-T--A---A-----T-T---GCGCA-GA----A--A----------CA----------C-----------gtaatta
gi|10 : cgTA-G-AAAA-----------G-T--G-G--TT-AC----GAA-C---T-T-GAT---GA---CGTTT--T-ACA-TA---AAAA---AA----TC-AAGT-----C--AA-G---A-AA-TG-TTT--TCA--A---AT--AA------------T--TT-TT---AA--AA-------A---T-----A----------CTT---T---TTTT--AG-ATT--CT-T-CA-G-G-AT-A--AT-A--A------------N---N-----N--NN---N-NNN-N-NNN---N-NNN---NN-NN---NN---N---NN-NNNNNN-NNN--NN-NNNNNNNNNNNNN-NN-N--N-TA--T-C-A---CCT----C----GGGC-G--CATA--G----GCGCCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagaaaagtggttacgaacttgatgacgttttacataaaaaaatcaagtcaagaaatgttttcaaataatttttaaaaatactttttttagattcttcaggataataannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatcacctcgggcgcataggcgccctcg
gi|11 : cgcgcggggtgacaactgtgttgtctccctgtagatataattgcgcagaaacacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGG-G-TGACAA--CTG-T-A-TTGTC----------TCACT-T-T--GGATGT-T--A---CT----T-A---GCGCA-GA----ATTA----------CANNNNNNNNNNN-----------N-------------NN-----------NNNN-N--NNNN--N--N----------------NNNN-----NNN-------NN---NN--NN-N--------NNN---N-N-----NNN--NNNNNN--NN-NNN--NN-NNNNN------------N-----N----NNNN--------NN----NN----N------------NN-N--NNN-N-AGAA--------AAAG-T--T-G--TT-AC----CAG-C---T-T-GGA---GA---CGCTT--T-ACA-T----ACAA---AA----TA-AACT-----C--TA-G---A-AA-TG-TTT--GCA--A--GA--------------------TT-TT---TT--TT-------C---T-----A----------C-----T---TTTT--AG-ATC--CT-T-CA-G-G-AT-A--AT-A--AA-------N--NN---N-----N--NN---N-NNN-N-NNN---N-NNN---NN-NN---NN---N---NN-NNNNNN-NNN--NN-NNNNNNNNNNNNN-NN-N--N-TT--T-C-A--CCCG----A----GGGC-G--CATA--G----tcg
gi|12 : gcactCGCGGG-GGTAACAA--CTG-T-G-TTTTC----------TCCCT-T-T--AGATGA-T--A---A-----TTA---GCGAA-GA----A--A----------NN----------N-----------N-------------NN-----------NNNN-N--NNNN--N--N----------------NNNN-----NNN-------NN---NN--NN-N--------NNN---N-N-----NNN--NNNNNN--NN-NNN--NN-NNNNN------------N-----N----NNNN--------NN----NN----N------------NN-N--NNN-N-NNNN--------N--C-T--T-G--GT-AATAAAGGT-TAAAT-T-G-T---CA---CGTTT--T-ACA-T----AAAAAAAAA----TC-AAGG-----C--AA-A---A-AA-TA-TTT--CTA--A--GAT--AG------------T--TT-TT---TT--TT-------T---TTTTTCA----------C-----T---TTTT--GG-ATT--CT-T-CA-G-G-AA-A--AT-A--AA-----------N---N-----N--NN---N-NNN-N-NNN---N-NNN---NN-NN---NN---N---NN-NNNNNN-NNN--NN-NNNNNNNNNNNNN-NN-N--T-TA--T-C-A--TCCT----C----GGGC-
gi|13 : aGGG-G-TAACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-T-T--AGATGA-T--A---N-----N-N---NNNNN-NN----N--N----------NN----------N-----------N-------------NN-----------NNNN-N--NNNN--N--N----------------NNNN-----NNN-------NN---NN--NN-N--------NNN---N-N-----NNN--NNNNNN--NN-NNN--NN-NNNNN------------N-----N----NNNN--------NN----NN----N------------NT-T---T--G-ACAA--------A--A-T--T-G--TT-AC----AAT-C---T-T-GAT---GA---CATTT--T-ACA-T----AAAA---AA----TC-AAAT-----C--AA-G---A-AG-CA-TTT--TCA--A--GAT--AG------------T--TG-TT---TT--T------------T-----A----------C-----T---TTTT--AG-ATT--CT-T-CA-G-G-AT-A--AT-A--AA-------N--NN---N-----N--NN---N-NNN-N-NNN---N-NNN---NN-NN---NN---N---NN-NNNNNN-NNN--NN-NNNNNNNNNNNNN-NN-N--N-TA--T-C-T--CCCT----C----AGGC-A--CATA--G----GTGCCC
gi|14 : acgcatCGCGGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----T-G---GCGCA-GA----A--A----------CA----------C-----------A-------------CA-----------TTGC-G--AANN--N--N----------------NNNN-----NNN-------NN---NN--NN-N--------NNN---N-N-----NNN--NNNNNN--NN-NNN--NN-NNNNN------------N-----N----NNNN--------NN----GT----T------------TT-T--GTA-G-AAAA--------A--G-T--T-G--TT-AC----GAT-C---T-T-GAT---GA---CGTTT--T-ACA-T----AAAA---AA----TC-AAGT-----C--AA-G---A-AA-TG-TTT--TCA--A--GAT--AA------------T--TC-TT---TT--TT-------A---T-----A----------C-----T---TTTT--AG-ATT--CT-A-CA-G-G-AT-A--AT-A--AA-------N--NN---N-----N--NN---N-NNN-N-NNN---N-NNN---NN-NN---NN---N---NN-NNNNNN-NNN--NN-NNNNNNNNNNNNN-NN-N--N-TA--T-C-A--CCCT----C-----GGC-G--CATA--G----GCTCCCtc
gi|15 : CAGG-A-TTACAA--CTG-T-G-TTGTCTAACTTGTCTTCCCT---T--AGCTGA-T--A---AT----T-T---GCACA-GA----A--A----------TA----------
gi|15 : TA-G-AAAAGTTAAATTA--A-T--T-G--TT-AC----GAT-C---T-T-GAT---GA---AGATT--T-ACA-T----CAAA---AA----TC-AAGT-----C--AA-A---A-AA-TT-TCTTATCA--A--G-T--AAGTTTT-------T--TT-TT---TT--TT-------T---T-----A----------C-----T---TTTTTAAG-ATT--CT-CGCA-GAG-AT-A--AT-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagaaaagttaaattaattgttacgatcttgatgaagatttacatcaaaaatcaagtcaaaaaatttcttatcaagtaagtttttttttttttttacttttttaagattctcgcagagataatt
gi|16 : caggattacaactgtgttgtctaacttgtcttcccttagctgataatttgcacagaaatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----T-G---GCGCA-GA----A--ANNNNNNNNNNNN----------N-----------N-------------NN-----------NNNN-N--NNNN--N--N----------------NNNN-----NNN-------NN---NN--NN-N--------NNN---N-N-----NNN--NNNNNN--NN-NNN--NN-NNNNN------------N-----N----NNNN--------NN----NN----N------------NN-N--NNN-N-AAGA--------AAAG-T--T-G--TT-AC----AAT-C---T-T-GAT---GA---TGTTT--T--TG-T----AGAA---AA----t
gi|16 : gtgc----GT----T------------TT-T--GTA-G-AAAA--------C--G-T--T-G--TT-AC----AAT-C---T-T-GAT---GA---CGTTA--T-ACATT----AAAA---AA----TT-AAGT-----C--AA-G---A-AA-TG-TTT--TCA--A--GAT---A------------T--TT-TT---T----------------T-----A----------C-----C---TTTT--AA-A-----T-T-CA-A-G-AT-A--cgttgttacaatcttgatgacgttatacattaaaaaattaagtcaagaaatgttttcaagatatttttttaccttttaaattcaagata
gi|17 : gtgcgggtgacaactgtgttgtctccctgtagatgataatggcgcagaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagaaaagttgttacaatcttgatgatCGCGGG-G-TGACAA--CTA-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----T-G---GCGCA-GA----A--A----------CA----------C-----------G-------------
gi|17 : acgAAA---AA----TC-AAGT-----C--AA-G---A-AA-TG-TTT--TCA--A--GAT--AA------------TA-TA-TT---TT--TA-------A---T-----A----------C-----T---TTTT--AG-ATT--CT-T-CA-G-G-AT-A--AT-A--Atagcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaaatcaagtcaagaaatgttttcaagataatatatttttaatactttttagattcttcaggataataa
gi|18 : acgcgcggggtgacaactatgttgtctccctgtagatgataatggcgcagaaacacgtagcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGAGTA-TACA---A-----T-T---GGGCA-TA----A--A----------C-------------------------------------CG-----------TTGT-A--AA
gi|18 : ------------TT-T--GTA-GTAGAA--------A--G-T--T-G--TT-AA----ATT-C---C-T-TAT---GAT--CGTTT--A-GCA-T----AAAA---AT----TC-TGGTTTGAGC--AT-GTGTA-GA-T--TCT--TCA--G--GAT--AA------------nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgtagtagaaagttgttaaattccttatgatcgtttagcataaaaattctggtttgagcatgtgtagattcttcaggataa
gi|19 : gtgacaactgtgttgtctccctgtagagtatacaattgggcataaaccgttgtaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----G-A---GCGCA-GA----
gi|19 : ------------TT-T--GTA-G-AAAA--------A--G-T--T-G--TT-AC----AAT-C---T-T-GAT---GA---CGTTT--T-ACA-T----AAAA---AA----TC-AAGT-----C--AA-G---A-AATTG-TTT--CCA--A--AAA--AA------------nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgtagaaaaagttgttacaatcttgatgacgttttacataaaaaatcaagtcaagaaattgtttccaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaattccattttaagatt
gi|2 : ccctgtagatgataagagcgcagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGCGGG-G-TGACAA--CTGAT-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----T-G---GCGTA-GA----A--A----------CA----------C-----------G-------------TGCATT-------TTAC-GTTAACG--T--T----------------GTTT-----TTG-------TT---TT--GC-C--------TCA---T-C-----TAT--TATGAC--TC-ACA--TC-CGAAA------------GTTTTCC----CGGC--------TC----GT----T------------TT-G--GTA-GAAAAA--------A--G-T--T----TT-AC----GATAC---TAT-GAT---GA---CGTTT--T-ACATT----AAAA---AA----TC-AAGT-----CA-AA-G---A-AA-TGTTTT--TCA--AACGAT--AA------------T--TT-TT---AG--AA-------A---T-----A----------C---------TTTT--AG-ATT--CT-T-CA-G-G-AT-A--AT-A--AA-------CAATT---A-----T--GG---GAACT-G--TT---A-CAG---GGCGA---AA---T---TCACACAAA-TTA--TT-CAATGTCTAGTA---G-T--G-TA--T-C-AC-CCCT----C----GGGC-G--CGTA--A----GCGCCCaaaaaaaaaaaaaaaaattccattttaagatt
gi|2 : ---A-----T--TT---G-ACT-G-TTT---C-GCG---GG-GA---GA---T---AC-AACA---TTA--TCAGGGTTTTGAAGTA-GG-G--T-TT--T-C-A--CCCCGGGAT----GGGC-G--CTTA--C----GCGCCCatcccggggtgaaaaccctacttcaaaaccctgataatgttgtatctccccgcgaaacagtcaaatggta
gi|20 : gcggggtgacaactgatgttgtctccctgtagatgataatggcgtagaaacacgtgcattttacgttaacgttgtttttgttttgcctcatctattatgactcacatccgaaagttttcccggctcgttttggtagaaaaaagttttacgatactatgatgacgttttacattaaaaaatcaagtcaaagaaatgtttttcaaacgataatttttagaaatacttttagattcttcaggataataaacaattatgggaactgttacagggcgaaattcacacaaattattcaatgtctagtagtgtatcacccctc----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----G-G---GCGCA-GA----A--A----------CA----------T-----------G--------------------------TTGC-A--AAATGTT--TACAGAGTACTATGAACGTTG-----TTG-------TT---CTATGC-C--------CTCATCT-C-----TAT--TATGACA-TCGACA--ATCCGAAA------------G-----C----TTCC--------TC----GTCTCCT------------TT-T--GTA-G-GAAA--------A--A-TTCT-GCTTT-AC----ACT-C-----T-GAA---AA---CATTG--T-ACA-T----AAAA---GA----ggta
gi|21 : ggtgcaaacatgtagacactgataAT-C---T-T-GAT---GA---TGTTT--T-ACA-TAA--AAAA---AA----TC-AAGT-----C-----------AA-T--TTT--TCA--A--GAT--TAGATACTTTTTTTT--TT-TT---TT--TT-------T---T-----A----------CT----T---TTTT--TG-ATT--CT-T-C--G-G-AT-A--AT-A--AANNNNN--N--NN---N-----N--NN---N-NNN-N-NNN---N-NNN---NN-NN---NN---N---NN-NNNNNN-NNN--NN-NNNNNNNNNNNNN-NN-N--T-TA--T-C-A--CCCT----T----GGGC-A--CAa
gi|22 : agtaattCGCGGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCTT-G-T--AGATGA-C--A---A-----T-G---GTGCA-GA----A--A----------CA----------C-----------gacaccgctcg
gi|22 : cg------------TT-T--GTA-G-AAAA--------A--G-T--T-G--CT-AC----AAT-C---T-T-GAT---GA---CGTTT--T-ACA-T----AAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgtagaaaaagttgctacaatcttgatgacgttttacataaa
gi|23 : cgcgcggggtgacaactgtgttgtctccttgtagatgacaatggtgcagaaacacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCGCGGA-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----T-G---GCGCA-GA----A--A----------CA----------CNNNNNNNNNNNN-------------NN-----------NNNN-N--NNNN--N--N----------------NNNN-----NNN-------NN---NN--NN-N--------NNN---N-N-----NNN--NNNNNN--NN-NNN--NN-NNNNN------------N-----N----NNNN--------NN----NN----N------------NN-N--NNN-N-AGAA--------AAAG-T--T-G--TT-AC----AAT-C---T-----T---GA---CGTTT--T-GCA-T----A
gi|24 : acgAAA---AA----TT-AAGT-----A--AA-G---A-AA-TG-TTT--TCATTA--GAT--AA------------TGCTT-TG---TT--TT-----------T-----A----------C-----T---TTTC--AG-ATT--CT-T-AA-G-G-AT-A--AT-A--AA-------N--NN---N-----N--NN---N-NNN-N-NNN---N-NNN---NN-NN---NN---N---NN-NNNNNN-NNN--NN-NNNNNNNNNNNNN-NN-N--N-NNTCT-C-A--CCCT----T----GGGC-G--CATA--
gi|25 : ---G-ACT-GGTTT---AGCAG---GG--A---AA---A---TC-AA--AA-TTA--TC-G-GTCTTAGTTAATGG-A--T-TAAGT-C-A---CCT----C-----GGC-G--CATA-------GCGCCcggtaggcacaccctcagaatg
gi|25 : t-AT-A--AC-A--A-----------TT---A-----T--CG---G-ACTTG-TTA---G-CGG---GG-GA---TA---CAAATC-GACAAA-TTAAATC-ATG--TCGGAAGA-GG-C--T--A--T-C-A--CCCG----A----AGGC-G--C-TA--T----GCGCCttcgggtgatagcctcttccgacatgatttaatttgtcgatttgtatcccccgctaacaagtccgataattgttata
gi|26 : tgactggtttagcagggaaaatcaaaattatcggtcttagttaatggattaagtcacctcC-AAGG-----C--AA-----A-AA-TC-ACT--TCA--A--AAT--AA------------T--TT-GG---TT--TT----------------------------------T---TTTT--AG-ATT--CT-T-TA-G-G-AT-A--AT-A--AA-------N--NN---N-----N--NN---N-NNN-N-NNN---N-NNN---NN-NN---NN---N---NN-NNNNNN-NNN--NN-NNNNNNNNNNNNN-NN-N--N-TA--T-C-G--ACCT----C----GAAA-A--CATA--G----GCACTCa
gi|27 : -ACA--AA-CAAAA------------G-----C----TTTC--------TGTTTGGT----T------------TT-T--GTA-G-AAAA--------A-------------------------------T-GAT---GA---CGTTT--T-ACA-TTTAAAAAA---AA----TC-AAGT-----C--AA-G---A-AA-TT-TTT--CCA--A--GAT--A-----------------T-TT---TT--TTAAA----A---A-----A----------C-----A---TTTT--GG-ATT--CT-T-CT-T-G-AT-A--AT-A--AA-------tcg
gi|28 : T----T------------TT-T--GTTTG-AAAA--------A--G-T--TTG--TT-------GAT-C---T-T-GATATGGAACTCTTTT--T-GAA-T----AAAA---AA----AT-AGGTTT---C--AA-A---A-AA-TG-TTT--TCAT-A--GAA--AG------------T--TT-TT---TC--TG-------T---T-----A----------T-----T---TTTT--A--ATTTGTT-T-AA-A-G-GT-A--AT-A--Aac
gi|29 : T--TT-----------T-----A----------C-----T---TTT---AC-ATT--CT-T-TG-G-A-AT-A--AT-A--AA-------N--NN---N-----N--NN---N-NNN-N-NNN---N-NNN---NN-NN---NN---N---NN-NNNNNN-NNN--NN-NNNNNNNNNNNNN-NN-T--T-TA--T-C-A--CCGT----C----ATGC-G--CACA--C----GCAC
gi|3 : CGCGGG-G-TGACAA--CTG-T-GGTTGTC----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--T---A-----T-G---GCGCAGGA----A--A----------CA----------C-----------tgtcgggtgata
gi|3 : gTA-G-AAAA--------A--G-T--T-G--TT-AC----GAT-C---T-T-GAT---GA---CGTTT--T-ACA-T----AAAA---AA----TC-AAGT-----C--AA-G---A-AA-TG-TTT--TCA--A--GAT--AA-----------------------TT--TTAAAAAA-A---T-----A----------C---------TTTT--AG-ATT--CT-T-CA-G-G-AT----AT-A--A------------A---N-----N--NN---N-NNN-N-NNN---N-NNN---NN-NN---NN---N---NN-NNNNNN-NNN--NN-NNNNNNNNNNNNN-NN-N--T-TA--T-C-A--CCCT----C----GGGC-G--CATA--G----GCGCCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagaaaaagttgttacgatcttgatgacgttttacataaaaaatcaagtcaagaaatgttttcaagataattttaaaaaaatacttttagattcttcaggatataaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttatcaccctcgggcgcataggcgccctcgggtgatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatattgtaag
gi|30 : gcgcggggtgacaactgtggttgtctccctgtagatgattatggcgcaggaaacacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn------------TT-T--GTT-G-AAAA--------A--G-T--T-T--GT-AT----GAT-C---T-T-GATAT-GAACTCTTTT--T-GAA-T----AAAA---AA----AA-TAGT-----C--AA-A---A-AA-TG-TTT--TCA--A--GA---AA------------G--TT-TT---CT--TT-------A---T----------------------T---TTTT--AA-TTT--GT-T-TA-A-G-GT-A--AT-A--Atcgggtgatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatattgtaag
gi|31 : AA--------A--G-T--T-G--GC-AC----GAT-C---T-T-GTT---GA---CAATT--T-AAA-T----TGAA---AA----TA-AAAT-----------G---A-AA-TG-TTC--TCC--A--GAT--AAG-----------T--TT-TTAGATT--TT-------T---T-----A----------C-----T---TTTT--AG-ATT--CT-T-CAGG-G-AT----AT-A--AA-------
gi|32 : -G-AATA--------C--G-T--T-G--TT-AC----GAT-C---T-T-GAT---GA---CGTTT--T-AC--T----GAAA-------------------------------A-AA-TG-TTT--TCA--A--GAT--AG-------------------T---AT--TT-------A---A-----AAAAAACCAACC-----T---TTTT--AG-ATT--CT-T-TA-G-G-AT-A--AT-A--AA-------nnn
gi|33 : gat--T-G--TT-AC----GAT-C---T-A-GAT---GA---CATTG--T-ACA-T----AAAA---AA----TT-AAGT-----C--AA-G---A-AA-TG-TTT--TCA--A--GAT--AG------------T--AT-TG---TT--TT-------T---T-----A----------C-----T---TTTT--AT-ATT--CT-T-CA-G-G-AT-A--AT-A--A
gi|35 : GG-G-TGAAAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT---T--AGACGA-T--A---A-----T-G---GTGCA-GA----A--A----------TA------------------------------------TG-----------TTGTGG--AAGC--T--T----------------GACG-----TTA-------TG---TT--
gi|37 : aCGTGGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--GGATGT-T--A---A-----A-G---GCGCA-GA----A--A----------CA------------------------------------CG-----------TTGC-G--AAAT--T--T----------------tttg
gi|38 : T-----C--AA-G---A-AA-TG-TTT--TCT--A--GAT--A-------------T--TT-TG---TT--TT-----------T-----A----------C-----T---TTTT--AG-ATT--CT-T-CG-G-G-AT-A--AT-A--AA-------ta
gi|39 : CGGG-G-TGACAA--CTGCT-G-TCG-C----------TCCTT---T--AGATG
gi|4 : acgtgcGGG-T-TGACAA--C-G-T-G-T-GTC----------TCCCT-G-TTAAGATGA-T--A---A-----T-G---GCGCA-GA----A-------------CA----------C-----------GATTGTTGAAATTATG-----------TTAC-G--AATT--TGAC----------------GTTG-----TGT-------TT---TT--GC-CCTCATACATTT---T-C-----TAT--TATGACG-TC-ATATAAT-CGAAAAGCATTTAATTTG-----C----CGGC--------TA----GT----T------------TTGT--GAA-G-AAAA--------A--GGT--T-A--TT-AC----GAT-----T-T-GAT---GC---TGTTT--T-ACC-T----CAAA---A-----TC-AACT-----CTCAACG---A-AA-TG-CTT---CA--A--GAT--A-------------T--TT-GT---TTAGTT-------AAAAT-----A----------C-----T---TTTT--AGGATT--CT-T-CA-G-G-AT-A--TT-A--AT-------C--TA---A-----T--TATGTG-ACT-G-TTTTTAG-CAG---GGTGAATTCA---T---TC-TATAAA-TTA--TC-AAGGTTCTGTATA-GGTG--T-TC--C-T-A--CCCT----CTTCGGGGCTG--C-TAT-G----GCGGCCttctttaacaacgaaatta
gi|40 : tgG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-T-T--AGATGT-T--ATTTACTATTT-A---GCACA-GA----A--A----------TA----------cctcaggtgat
gi|41 : CGGG-G-TGACAAA-CTG-TTG-TTGTC----------TCCTT-------GGCGA-T--A---AAT---T-C---GTGC---A----A--A----------CA----------
gi|42 : CGCGGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-C--A
gi|43 : -G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGttcggatc
gi|44 : gcgagtgcaactCGGGGG-G-TTACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-T-T--AGA
gi|5 : acgGCGGG-G-TGAAAAAACTG-T---TTGTC----------TCCTTAG-C--AG--GA----A---A-----T-G---GCGCA-GATTGTG--A----------TG----------G-----------G-------------CGCAGATTT----TTGT-T--TATT--TA-C----------------GCTAACATTTTT-------TT---TT--GC-C--------TTT---T-CATTCTTAT--TATGACGTTC-ACA--AT-TGAA-------------------C----CTTTTTTTGTCGTC----GT----T------------TT-T------G-AAGA--------A--G-A--T-G--AT-AC----GAT-C---T-G-AAT---GA---CGCTT--T-GCA-T----AAAAGGGAC----AC-AAGT-----C--AA-GA--A-AA-TG-TTG--TCAACA--GATGCGA------------T--GTAGT---TT--TT-------G---T----------------T-----T---TTTT--A--ACT--GT--------G-AT-A--AT-A--AAAC-----C--TATT-A-----T--GT---G-ACT-G-TTT---T-TAGCCCAG-GA---AAGACA---TC---CAAA-TTA--TC--CAATTCTTAGTA-GG-G--T-TA--T-C-AACCCTT----C----AGGT-G--CATA--GGGCCGCGCCC
gi|6 : CGCGGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCTCT-G-T--AGATGAGT--AT--A-----T-G---GCGCA-GA----A--A-----------A----------C-----------A-------------CG-----------TTGC-G--AAAT--T--TTA--------------AACG-----TTTGACCGTGTT---TT--GCGC--------TCA---TTC-----TAT--TATGACGTCC-ACA--A--CGAA-------------G-----CTTTCCGGC--------TC----GT----T------------TT-T--GTA-G-AAAA--------A--G-T--T-G--TT-AC----GAT-C---T-T-GAT---GA---CGTTT--TCACA-T----AAAAG--AA----TCAAAGT-----C--AA-GA--A-AA-TG-TTT--TCA--A--GAT--AA-----------------------AT--TTAAAAAAAA---T-----A----------C-----TCTATTTT--AG-ATT--CT-T-CA-G-G-AT-AAGAT-A--AANNNNNNNN--NN---N-----N--NN---N-NNN-N-NNN---N-NNN---NN-NN---NN---N---NN-NNNNNN-NNN--NN-NNNNNNNNNNNNN-NG-T--TATA--T-A-A--CCCT----T----GGGC-GC-CATA--G----GCGCCCtaaggaga
gi|7 : gcTG-----TTC-------TTAGATC--AC-C--------TTCA--T-C-----TATAATCTGACG-TC-ACA--A--CGAAA------------G-----C----TTTCCGGCC---TC----GT----T------------TT-TTTGTA---AAAA--------A--G-T--TAG--TT-AA----CAT-----T-T-GAT---GA---C-TTT--T-ACA-T----AAAA---------TC-AAGT-----C--A--G---A-AG-T----T--TCAG-A--TAT--AA------------T--TT-T-----------------A---A-----A----------CAAATCT---TTTT--AG-ATT--CT-T-CA-G-GGAT-A--AT-ATAAA-------C--TAGTTA-----T--GG---T-ACT-G-TTG---C-CAG---GGAGA---AA---G---TC-AACAAA-TTA--TC-GTAGGTCTTAGTA-CG-G--T-TA--TGC-A--ACCT----CT---CGTC-G--CATA--G----GCGCTCgagggtg
gi|8 : ggtgacgCGCGGGCG-TGACAA--GTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-C-T--AGATGA-T--A---A-----T-G---GCGCAAGA----A--A----------CA----------C-----------G-------------TGCNNNNNNNNNNNNNN-N--NNNN--N--N----------------NNNN-----NNN-------NN---NN--NN-N--------NNN---N-N-----NNN--NNNNNN--NN-NNN--NN-NNNNN------------N-----N----NNNN--------NN----NN----N------------NT-C--GTA-G-ACAA-----------G-TA-T-A--TTTAC----GAT-C---T-TTGATT--GA---CGTTT--T-ACA-T----AAAA---AA----TC-AAGTG----C--GA-G---ATAA-TG-TTT--TCG--A--GA------------------------T---TT--TTAAAAA--A---T-----A----------C-----TAG-TTAT--GA-ATT--CTGT-CA-G-G-ATCA--AT-A--AA-------A--GA---AAGNNNN--NN---N-NNN-N-NNN---N-NNN---NN-NN---NN---N---NN-NNNNNN-NNN--NN-NNNNNNNNNNNNN-NN-N--N-TA--T-C-A--CCCT----C----GGGC-G--CATA--G----GCGCctcgggggataacccttatctcgactgaatatttgtgcatgctactcccgctaaatccgtccataatgtaat
gi|9 : aCGCGGG-G-TGACAA--CTG-T-G-TTGTC----------TCCCT-G-T--AGATGA-T--A---A-----T-G---GCGCA-GA----A--A----------CA----------C-----------N-------------NN-----------NNNN-N--NNNN--N--N----------------NNNN-----NNN-------NN---NN--NN-N--------NNN---N-N-----NNN--NNNNNN--NN-NNN--NN-NNNNN------------N-----N----NNNN--------NN----NN----NNNNNNNNNNNNNTT-T--GTA-G-AAAA--------A--G-T--T-G--TT-AC----GAC-C---C-T-GAT---GA---CGTTT--T-ACA-T----TAAA---AA----TC-AAGT-----C--AA-G---A-AA-TG-TTT--TCA--A--GGT--AATTT---------T--TT-TT---TT--TT-------A---A-----A----------C-----T---TTTT--AG-ATT--CT-T-TA-A-G-AT-A--AT-A--AA-------C--NN---N-----N--NN---N-NNN-N-NNN---N-NNN---NN-NN---NN---N---NN-NNNNNN-NNN--NN-NNNNNNNNNNNNN-NN-N--N-TA--T-C-A--CCCT----C----GGGC-G--CATA--G----GCGCCC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|34 ): TGATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATATTATAGTATTGTGTGTTTTGTCTCC
Unaligned ( gi|36 ): GCGATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATATTGTCACAAA