lowQualScore : 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11 111 222 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111111111 111 333333333 1111111111 1 111111 33 1111 222222 111 1 22222222222222222 22222 444444444444444444444444444 1 5555555555555555555555555555555555555555555 3333333 111 222 44444444 111 22 111 2 2222 3333 111 111 222222222 1 666666666666666666666666666666666 1 22222222 111 3333333333 22222222222 111111 111 1111111 111111 1111 111111111 1111 22222222222222222222222 1111 1111 11 111111111111 11111 111111 2222222 555555555555555 11111111 1 1111111111 111 33333333 2222 33333333333333333 55555555555555555 222222 222222222222222 1111
lowQualScore : 5 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 4 33 1 000 1 9 666 3 5 0 9 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 4 88888888888 4 2 0 7777 55 1 666 7 0 55 7777 3 55 55 3 444 3 55 333333333 3 8888888888 8 4 3 3 0 66 666666 1 11 1 55 2222 5 000000 111 66 9 55 99 2 8 22222222222222222 4 66 1 0 5 11111 5 4 4 4 8 4 4 333333333333333333333333333 3 9 2222222222222222222222222222222222222222222 2 0 4444444 000 5 6666 7 777 33333333 888 6 0 1 11 555 3 5 99 0 5555 1 4 2222 222 666 77 0 222222222 0 2 0 999999999999999999999999999999999 66 0 0 44444444 66 111 0 1 4 777 66 1111111111 55555555555 4 444444 333 1 2 8888 55 55 4 5555555 777 4 4 4 8888 3 444444 777 4 1111 4 444444444 4 1111 22 11111111111111111111111 777 55 4 1111 3 3 4444 3 3 1 55 00 666 66 1 555555555555 6 55555 666666 2222222 3 222222222222222 4 77 55555555 666 2 4 2 2 8888888888 2 333 444 77777777 77 33 5 4444 11111111111111111 55555 33333333333333333 2 3 2 33 5 444 2 000000 2 2 111111111111111 1 2 2 77 3 3 3 3 8888
lowQualScore : . ..................................................................................................................................................................................... . .. . ... . . ... . . . . ................................................................................................................................................... . ........... . . . .... .. . ... . . .. .... . .. .. . ... . .. ......... . .......... . . . . . .. ...... . .. . .. .... . ...... ... .. . .. .. . . ................. . .. . . . ..... . . . . . . . ........................... . . ........................................... . . ....... ... . .... . ... ........ ... . . . .. ... . . .. . .... . . .... ... ... .. . ......... . . . ................................. .. . . ........ .. ... . . . ... .. .......... ........... . ...... ... . . .... .. .. . ....... ... . . . .... . ...... ... . .... . ......... . .... .. ....................... ... .. . .... . . .... . . . .. .. ... .. . ............ . ..... ...... ....... . ............... . .. ........ ... . . . . .......... . ... ... ........ .. .. . .... ................. ..... ................. . . . .. . ... . ...... . . ............... . . . .. . . . . ....
lowQualScore : 0 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 7 88 2 222 2 6 777 6 7 9 3 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 4 11111111111 4 9 9 7777 00 3 444 3 5 00 0000 6 00 33 6 999 6 22 000000000 6 4444444444 0 0 0 7 9 11 555555 6 77 4 55 9999 5 111111 000 33 1 55 55 1 0 00000000000000000 4 33 1 8 0 66666 0 4 2 4 9 7 4 999999999999999999999999999 0 4 4444444444444444444444444444444444444444444 7 6 9999999 000 7 7777 6 777 11111111 888 7 8 4 88 222 2 4 22 8 0000 4 0 0000 222 222 99 1 888888888 0 2 6 111111111111111111111111111111111 99 0 4 55555555 44 111 8 8 4 888 11 6666666666 77777777777 4 444444 999 1 7 9999 33 55 0 8888888 000 0 0 0 7777 4 666666 000 0 8888 0 666666666 0 5555 22 22222222222222222222222 000 55 4 0000 6 3 1111 3 3 0 00 55 555 88 3 777777777777 2 44444 555555 5555555 1 555555555555555 1 55 66666666 222 9 3 9 9 8888888888 9 111 222 11111111 99 77 3 3333 99999999999999999 77777 66666666666666666 2 2 5 44 3 777 7 444444 7 7 888888888888888 1 9 9 88 1 1 3 3 6666
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGAATGGAAGAA---AGCT-TGA--GT-TACCCCTCTTTTCAATGCAAATCTGT-----TGAATTTTTTA-TGNCAAACAATTACCGTACCNGTGTCTGAGTTCTGNCAATTTGTCCGGNAAANTNAATTG-AAAGACATGTCTATC---ACAATCATTGGTTTACGA-AT-ATCCTCGGATACCAGC-AACTAAACNT--TTAANANAACATCAATCGGGTTTCAGACCAAAGC---ATTCATGC-GAGACAGCT-TTCGT--ANTA-TA--TCATTNN-----TAAATGG-T-TNAAAAACATTGA--AT--AA-GGNA--AACTTA-CAGGTGTA--TNTTTAT--A-------TTGA--TT--AGCG-AAA---GC-TA-----TTTGATACA----GTCAACCATGANGT---TCTNTTGCA-CAAACTTNTATCT----T--TTGG---TA-TATG--T-GA-A-AAT--ACTTTT-AA-ATGGTTTC--ANTC-TTATCT-ACATG-NTA-GATC----GC----A-ATGT-GTCAAATGGAAAG--G-NGTCATCTCAGAAGAGAAAGAT--GT-T--ACAAT-C----GGA---GT-CCCTCAGGGNT--C-NATATTGGGNCCN-TT--G----------TTTTT-TA-TTCTTTTTG-TA----AA-TGACTAT-CCNAAA-TG-TTTNAAG-CATTCT-ACAG-----TC-CA-------T----ATGTATGCAGACGACAC----NNCGCAA-GATGTTTCTGATAAGTCT-TTG-----GAN-GTAATAGA-----ANAA---AA-ATTGC-A-AGATGATC-TTTTAAATT--NTGCGGAATGGATGC-AAAAA-AATAAACTCACN-ATAAAT-T-TNAAGAAAACACAATGTATC---GTTAATAGGNACNT-NCAAAA-A-TTATCGAAATGTA--GAAAA-----CT--TTG-TGTAAATG-------TAA-CGGNA--A-AAT-T-C-TTA--GA--AAATGT-AAATTG-TGCT-AAA-CTT--TTGGGTGTTTACATCGATG-A---AT--GTCTT--A-----C-GTGGTCT-C------AT-CAC-ACG----GA---TGTTTTATG---CAA-GAA--ACTTA-GTCA----G--AAA---CTAGG-T-GTTT-TAAGG--A-GATTGA---G--CAAT---TTT-ATGT--CCAA-A---G-AAGCA-CTACT--C-AAAATTTACAA------TGCCA--TA-G-T-A--T---T--CCCACATTTTAN-CT-ACTGTTGTACN---G-TA-TGGCGCG-A-TGCCAAG-AAC--AAGACAAAT--ATCGCTA---GGC-T-----TTTTAAA---TTACAAAA-GA----GAGCAGC-AAGGAT-CACTTTTAG-ACA-TCAGAGTACCTCAG----TC-AGT-G-T-CAA-T-T-TT----A----NTA-TGTT-A-TCAAA--CT-CG-A-A-T--GG--ATGC-C--NATGCCAGA---CT-A-TTC---AT-ATAT--CG-GAAAATTA---AT-TCTTGT-N-TTCAAAG-TTTTAC--ATT-GT---AT-GACAC--CAGGAGT-A-TTTG-AGTGTTT-TT---AGA-T-TTGTG-A-A-TGA-G-GT-ATCCACAAGAAATA
Reference ( gi|1 ) : GAAAATTTATCATTGGAAATTGTCTTACGGAGGGTGACGTCTCGTCAAGACTGGAAGAACAAAGCTACGAAGGTGTACCCCGCTTTT--ATGATATTCTGTGAGAGTGAATTTCCAAATGTCACATAATTATAGTACCTGTACCTGAATTTTACC--TTCACTAAGCAAATTT--TTGGAAAGACATGTTTTTCTGAACAAAGAAT--TTTACGAGATGAT--TTG--TG--AGTGAAC-AAACTT--TTAAAGGAACATCAGTCGGGTTTCAGACCAAAAC--AATTCATGT-GAAACTGCTCTTTAC--AATA-TAT-TCATTTT-----TAAATGGCT-TGAAAAACATTGA--ATA-AAAGGTA--AACTTA-CAGGTGTAAATTTTTAT--ATCATT--TTGA--TT--AGCA-AAA---GC-TA-----TTTGATATATGTAGTCAATCATGATGT---TTTGTTGCA-CAAACTTTTATCT----T--TTGG---TA-TATG--T-GA-A-AAT--ACTTTC-AA-ATGGTTTT--ACTC-TTATCT-ACATG-CTA-GATC----AC----A-ATGT-GTAAAATGGAAAG--G-GGTCGTCTCGTAAGAGAAAGAT--GT-T--ACAAT-C----GGA---GT-CCCTCAAGGCT--C-TATGTTGGGTCCT-TT--G----------TTTTT-TA-TTCTTTTTG-TA----AA-TGACTAT-CCTAAA-TG-TTTGAAG-CATTCT-ACAA-----TC-CA-------T----ATATATGCAGAAGATAC----CACGCAA-GATGTTTCTGATAAGTCT-TTG-----GAA-GTGATAGA-----CAAA---AA-ATTAC-A-AGACGATC-TTTTAAATT--CTATTGAATGGATGCCAAAAA-AATAAACTCACT-ATAAAT-T-TGAATAAAACACAATGTAT----GTTAATAGGAACTTCTCAGAA-A-TTATTGAAATGTA--GAAAA-----CT--TTG-TGTAAATG-------TAA-GGGGA--A-AAT-T-C-TTA--GA--AAATGT-AAATTG-TGCT-TAA-CTT--CTGGGTGTTTATATTGATG-A---AT--GTCTT--G-----C-GTGGTCT-C------AT-CAC-ACG----GA---TGTTTTATG---CAA-GAA--ACTTA-GTCA----G--AAA---CTAGG-T-GTTT-TAAGG--A-GATTGA---G--TAAT---TTT-ATGT--CCAA-A---G-AAGTA-CTACT--C-AAAATTTACAA------TACCA--TA-G-T-A--T---T--CCCACATTTTAA-CT-ATTGTTGTACA---G-TA-TGGCATG-A-CGCCAGG-AAC--AAAACAAAT--AGCACTA---GGC-T-----TTTTAAA---TAACAAAA-AC----GAGCAGC-AAGGAT-CATTTTTAGTACACTCAGAGTACCTCAG----TC-AGT-G-T-CAA-T-T-TT----A----ATA-TGTT-A-TCAAG--CT-AG-A-A-T--GG--ATGC-C--ATTGCCAGA---CTCA-TTC---AT-ATAT--CG-GAAAATTA---ATCTCTTAT-C-TTCAAAG-TTTTAC--ATT-GT---AT-GACAC--CAGGAGT-A-TTTG-AGTGTTT-TT---AGA-T-TTGTG-A-A-TGA-G-GT-AT-CACAAGAAATA
gi|6 : AGAATGGAAGAA---AGCT-TGA--GT-TACCCCTCTTTTCAATGCAAATCTGT-----TGAATTTTTTA-TGGCAAACAATTATCG-ACCCGTGTC--AGTTTTAGCAATT-GTCAGGAAAATTA--TTG-AAAGACAT-TTTATC---ACA-----T--TTTACGA-AT-AT--TCGGATA--AA--AAC-AAACTT--TTAACTGATCATCAATCTGGTTTCAGACAAAAGC---ATTCATGT-GAAACAGCACTTAGT--AACATTAT-TGA---------TAAATGGTTATGTAACATACTGT--AGATAGTGGCA--AATTAA-TAGGTGT---TCTCTTT--A-------TTGATCTT--AGTA-AAG---CC-T------TTTGTTACA------CAA-------------------------ACTTTCATCA----T--ATGG---TA-TTTG--T-CA-A-AAC--TCTATT-AA-ATGGTTTC--AGTC-TTATCT----TG-GAA-AGTC----AC----A-ATGT-GTTAAATGGAACG--G-TGTTTTTTCAGATGAAAAAGAT--GT-T---CAAT-A----GAA---AT-GCCTCAGAGGT--C-CATATTGGGACCA-TT--G----------TTTTT-TA-TTCT
gi|3 : gaaattttaacatatttattaaacatgtctataaaaagtggtatggttgcatcTCA-ACAATTACCGT--CAGTGTCTG--TTCTGCC--TTTG-TCAGCAAAATTAATTG-AAAGACATGTC-------ACAATCATTGGTTTACGA-AT-ATCCTCA--TACCAGC--ACTAAATCTAATCAGTGGGAAAACAGTCAG-TTTCAGGCCAAGATTTAATT---GC-GAGACAGCTCTTCATGGAGTA-TAA-TGA----------AAATGGTT-TACGAAACATCGA--C---AATGGCACAAACTTAACAGGTGT----CCTTAT------TTGCTAGA--TTTAAGTT-AAA---GC-T------TTTGACACG-GTA---AATCATCAGGT---ATTACTTCAACAAACTACTGTCT----T--T-GG---TAATATG--TTGA-A-AATTCAATTAC-AA-TTGG---------C-TTGTC--AAAT----A-GATC----AC----ACATGT-GTTCGATGGAATG--GCAGTTAGCT------AGATAGATTAGTAT--GCAAT-A----GGA---GT-ACCTCAAAGGG--C-AATACAGCGTCCCATT--G----------TTTTT-TAATTCTCTATG-TA----AA-TGACTAC-CCCGAT-TGCTTTACAA-CACTCT-ACCAGCCCCCC-CA-------T----ATGTATGCGGATGACACA---AACGCAA-GATG-TTCGGATAA-------A-----GAA--TAATAGATGTTTCAAAAGCAA-ATTAC-ATAG--GATC-TTAAAAATA--CTTTGGAATGGATGGCATAAA-AAC--ACTTAC--ATAAAT-TCTTAAGAAAACACAGTGCATCATAATTGGTACGAA-----CAAAG-ATTTAAGAAAATGCA--GGAAA-----GTTATTGATGAAAGTG-------CGA-TGATATCACAAT-T--------GA--AAATGT-ATCTTG-TGCA-AAA-TGTACTTGCGTGTTTTTATT-ATG-ACAGAT--GGCTC--A-----C-TTGGTCT--------A---AC-ATGTTGAAA---T-TTTTAT----CAA-AAA--ACTT--GCCA----AGCAAA---ATAGG-C-GTTT-TAATGTAA-GATTAC---GT-TCAT---CTT-G------CAA-ACCCG-ACTTATTTACTGAG-AAAATTT-TTA------TACAA--TT-G-T-ATTT---T--TCCTCATTTAAA-CT-AACTTTGTACT---G-TA-TGG
gi|10 : ACAT--TAAAAATAACATCAATCGGGTTTCAGACCAAAAC---ATTC-----------GCT-TATAC--ATAA-TA--CCATTTGAA---TAAATG--T-TCAAAACAATT-A--AC---AAGG-A--AACTTC-CAGGTGT-AATTTTTAT--ggcaatatgaaaaaaaggactgtcttaacaaattattaaa
gi|13 : tctaatactatacacccgttaatcattgtaaacagatgacaggtttaaccttg--TTGAAATAGCATCAATCGGGTTTCAGACCAAAAC---ATTCGTGC-GAAACTGCTGTACAT--AGTA-----TCATTGA-----TATATGGCT-TG-AAAACATT-A--AC---AAGGGA--AACTTC-CAGGTGT-AATTTTTATCGATC-----------TA--AGCA-AAGCATGCTTATATATTTTGGTATATGTcgagtctaagcaaacatacttttatatgttggtaatatgaatgacaaatagttttatggttcacttctattacacgatagatccggaaatgtgtcaatgaaagaatcatctcaaagagaaagatgtttgaccatcggagtcccctcaaggatcttatagtgggtttcaaggtttttattatctttgttaaaggactaccctatatgttttgaaacttctac
gi|2 : ctatatacacacctggtaaagcattgtaaacagatgacagatttaaccgacaATCA--TGGGTTTCAGACCAAAAC--ATTTCATGTTGAAACTGCT---TAG--ACTA-TATATCATTAT-----TAAA--G-T-TGAAAA-CATTTG--ATA-AA-GGTA--AACTTA-CAG-TGTA----TTTAT--ATGAGT--TTAA-------GCA-AGA---GC--A-----TTAGATACA----GTCAATCATGAT-TAAATTTGTTGCA-CCAG--TTTA-CT----TACTTGG---TA-TAAT--T-AA-A-GAT--ACTT-C-AATATGTGTTC--ACTCATTATCT-ACATATCTATGATC----AC----AGATGTAGTCAAATGGAAAG--G---TCATCTCA-AAGA-AAACAT--GT----ACAAT-C----GGAATAGT-CCCTCAGGGCTTAC-TAT-CTGGGTCCT-T---G----------TTTTTATA-TTCTTTTTG-TA----AAATG-CTATACCTAAAATG-TTTTAAG-CATTC--ACAG-----TC-AA-------T----ATATAT-CAGA-TATAC----CACGCAAAGATGTTTCTGATAAGTCT-TTG-----GGATGTGATTGG-----AAAA---AATATTGCCA-AGAC-ATCGTTTTAAAT---CTATTGAATGGATGCAAATAA-AATAAACTCACTAATAAAC-T-TGAA-AAA--ACAATGTATC---GTTAATAGGGACT--TCAGAATA-TTATTAAAGT-TA--GAAAAT----CT--TTGATGTAATTG-------TA----GGG--A-AAT-T-CTTTA--GA--AAATGT-AAATTGTTGCT-AAATCTT--CTGGG-GTTTATATTGATG-A---ATCGGTCTT----------GTGGTTC-T------AT-CAC-ACGA---GA---TG--TTATG---CAAGGAA--ACTTA-GTCAGTC-G--AAA---CTAGT-G-GTTT-TTGAG--A-G-TTGAG--G--CAAT---T----TGT----AG-A---G--ACCA-CTACT--C-AAAATTTACAA------TG-CA--TA-GATAA--T---T--CCCACA-TTAAA-CT-ACT-TT-TACG---G-TATTGGCATG-A-TGCCAGGAAACA-AAAACAAAT--ATCAC-A---GGCTT-----TTTTTAA---TTACGAAA-AA----GAGCAGC-AA-GAT-CA-TTTTA--ACA-TCAGAGTAC--CAG----TC-AGT---T-CAT-T-T-AT----A----ATGCTCCT-A-T-AAG--CT-AT---A-T--GATCATGC-A--ACTG---GATAGCTCA-TGCCAAAT-ATATAGCGCGAAAATGT---AT-TCTTAT-CTTTCAAAG-TTTTAC----T-GT---ATGGACAC--CAAGA-T-ATTTTG-AGTGTTT-TT---TAA-TGTTGTG-A-A-TGATG-GT--T-CA-AAGAAATAgaaaacatttttaaatggtttcactcttattttcacgatagattgcaatgtgtcaaatggaaaggagtatctcaaaagagaacgatgttaccatcggagtccctcaaagctctatattg
gi|4 : aaTTTAGGCCCAAGT--CATTCATGT-GAGACAGCG--TTG---AATA-------GTCTTACGGATAAATGG-T-TCAAGAACATGGACGAT-----GGAA--AACTTA-CAGG-GTAC-TATTTAT-----------TGA--TT--TGCGTAAA---GC--A-----TTTGACACA----GTCAACCATAAAGT---TCTTTTGCA-CAAACTTATGTCT----T--TTGG---AA-TTTG--T-CT-C-AAT--ACTTTT-AG-ATGGTTTC--AATC---A-CT-ATA-----A-G--------C----A-GTGT-GTCAGTTGGGGAG--G-TGTGTTATC-TAA-AGAAAAAC--G--T--AC-AT-CCTT-AGAT--GT-TCCTCAGGGGT--C-AATTTTAGGACCA-TT--A----------TTCTT-CA-----TATTG-TACATCAA-TGACTAT-CCAAAA-TG-TCTTAAG-CATTCC-TCAG-----TTACA-------T-----TGTATGCAGACGACAC----TTCACAG-GACGTGCGTGATAAATCT-ATC-----GAT-GTAATAGA-----ATGA---AA-ATGAC-A-AGAGGA---TTTTAAATTGGGTGCAGAATGGATGCT-TAGA-AATAACCTCTGC-ATAAATCT-TCAA-AAATCACAATGTAT----GCTATTTGGTACGTGTCAAAA-T-TTACGGAAGTGTC--GAA------------TA-T-TAAATATCGATTTTAATGGTGA--A----------CA--GATCAAGT-T-AAATTA-T--------------TAGGTGTTTATATTGAT--A---AT--ACTTT--AATTATC-ATGGGATAC------A--CAT-ATG----GAGTTTGTTTCA------AA-GAA--AA-TA-GTAA----A--AAAAACCTTGC-T-GTAC-TAAAG--A-GAGTGA---G--CTAT---TTC-ATGCCACCAA-A---T---GCA-CTTTT--A-AAGGTTTTTAA------CAGCA--TT-G-T-C--T---T--TCCGCATTTTAG-TT-ATTGTTGTACT---G-TC-TGGTGTC-A-TATCA--------AAAACCAAC--TGTGTTT---AGA-TAAAAATTTTAAAC--TGGCAAAAGAG----GGGCAGC-AAGAAT--ACTTTTAAT---CTCCGAG-ATATCAGGACCTC---T-A-C-TAA-T-TATT----T----ATA-TTTTCA-TT--G--TT-TG-A-ACT--GG--ATGCGC--AATTTAAGG---ATTATTTT---AT-GT-T--TA-GAAAGTT----GTCTTTTTT-G-TTCAAAG-TTTCAA--AT
gi|7 : aCCAAAGT--CATTCATGT-GAGACAACG--TTG---AATG-GTC-TTACTGA-----TAAATGG-T-TCAAGAACATGGACCAT-----GGAA--AACTTA-TAGGGGTAC-TATTTAT-----------TGA--TT--TGCGTAAA---GC--A-----TTTGACACA----GTCAACCATGAAGT---TCTTTTGCA-CAAACTTATGTCT----T--TCGA---AA-TTTG--T--C-A-AAT--ACTTTT-AA-ATGGTTTC--AATT-ATATCT----TT-C-A-AATCGTAAGC----A-GTGT-GTCAGTTTGGGAG--G-TGTGTTATCTAAAGAAAAAAGT--AT-------AT-CCTTAGGT---GT-TCCTCAGGGGT--C-AATTTTAGGACCA-TT--A----------TTTTT-TA-----TATTG-T----------ACTAT-CCAAAA-TG-TCTTAAA-CATTCT-TCAG-----TTACA------------ATGTATGCAGACGACAC----TTCACA----------TGA----CCT-ATG-----GAT-GTAATAGA-----ATAA---AA-ATTGC-A-AGAGGA---TTTTAAATTAGGTGCAGAATGGA
gi|5 : cagtattag-----TTTGAT-----CAATCGATCATGATGT---ATTGATGCT-CAATCTGTT--------T--GTGGGGATA-TATG--T-GA-ACAAT--ACTTTTTAG-ATGGTTTC--AATC-TCATGT-AGATG-AAA-GATG----AC----A-AGGT-GTCAAATGGAAAG--A-GGCCATCTCAGAAGAAAACGAG--GT-T--ATACTGCG---GGA---CT-GACCCAGGGTT--C-AATATTGTGACCT-CT--G-----------TTTT-TA-TCATATTTG-TT----AA-TGATTAC-CCAACA-TG-TATGAAC-CACGTT-ACAG-----TC-AA-------T----ATCTATGTAAATGATATCGTGCACACAA-AATGTGTCTGATAAATCA-TTT-----CAA-GTGATAGA------AAG---AC-TTTAC-T-TGATGGCC-TTTTACATT--CCGTGTAACGGGT---AAAAA----AAAGTGACA-ACAAAT-A-TAAAGAAAATAC-----AT----CTTAATAGAAACGTAACAGAA-A-TGA---AAACGTA--AAAAA-----TT--TGG-TGT
gi|11 : -----TTTGATACA----GTTAACCATGGAGT---TCTTTCGCA-CAAACTTATGTCTTTCAT--TTTG---AA-TTTG--T-CG-C-AAT--ACCTTT-AA-ATGGTTTC--AATC-ATATCT----TT-C-A-AATC----ATAAGAA-ATGT-GTAAGTTGGAGAGTTG-TGTTAT-TCA-AAGCAAAAAGC--AT-A--ACCTT-T----GGT---AT-TCCTCAGGG-T--C-AATTTTAGA-CCA-TC--A----------TT-------TTCATATTG-TACATTAA-CGATTAT-CCAAAA-TA-TCTTAAA-CATTCT----------TC-CG-------TTACAATGTATGCAGACGATAC------------------TTTGAT-------------------GTAATGGA-----ATCA---AA-ACTGC-A-GGATGA---CTTTAAGTTG-GTATAAAATGGATGTTGAAAA-Attacatcaataaatgtcttaatggtcatatcgtatatatgtctacttggtcaggaactaggtttttaaggggttggtttgttttttatatcaaaggcagtacaattcaaaatttacaaaatttatgccatagtttcccctcatttgaatcattgctgtacaaaatggcatgaaaccaaatcgaagacaaagttctgatcggcttgttgaattacagaagagagaaccaagaatcattttgcacaccaaagaacctccatctatgttaacttcttgtatgctttcaaatttgagatggatacctgtgtctggctatttc
gi|10 : ggttctgtttattgacttacgtaaggacA-CATACTTTTATAT----G--TTGG---TAATATGAAT-GACA-AAT--AGTTTT-A---TGGTTC---ACTT-CTAT-T-ACACG-ATA-GATC-----CGGA-A-ATGT-GTCAA-TGAAA----G-AATCATCTCA-AAGAGAAAGAT--GT-TTGACCAT-C----GGA---GTCCCCTCAAGGAT--CTTATAGTGGGT--T-TCAAG----------GTTTT-TA-TTATCTTTGTTA----AA-GGACTAC-CCTATA-TGTTTTGAAA-C-TTCT-AC
gi|30 : tctaatactatacacccgttaatcattgtaaacagatgacaggtttaaccttgacattaaaaataacatcaatcgggtttcagaccaaaacattcgcttatacataataccatttgaataaatgttcaaaacaattaacaaggaaacttccaggtgtaatttttatcgagtctaagcaaA-CATACTTTTATAT----T--TTGG---TA-TATG--T-GA-A-AAT--AGTTTT-AA--TGGTTTC--ACTC-TTATTT-ACACG-ATA-GATC----GC----A-ATGT-GTCAAATGGAAA
gi|13 : ggtgtaatttttatcgatctaagcaaaCTTATATAT----T--TTGG---TA-TATG--T-GA-A-AAC--ATTTTT-AA-ATGGTTTC--ACTC-TTATTT-TCACG-ATA-GATT----GC----A-ATGT-GTCAAATGGAAAG--G-AGT-ATCTCAAAAGAGAACGAT--GT-T--ACCAT-C----GGA---GT-CCCTCAAAGCT--C-TATATTG
gi|35 : ctatatacacacctggtaaagcattgtaaacagatgacagatttaaccgacattgaaatagcatcaatcgggtttcagaccaaaacattcgtgcgaaactgctgtacatagtatcattgatatatggcttgaaaacattaacaagggaaacttccaggtgtaatttttatcgatctaagcaaagcatgTATCT----T--T-GG---TA-TATG--T-GA-A-AAT--ACTTTC-AA-A-GGTTTCCAACTC-TTATCTGGCATG-CTA-
gi|29 : GTCATCTCAGAAGAGAAAGGT--GC-T--ACAAT-C----GGA---GT-CCCTCAAGGCT--C-TATATTGGGTCCT-TT--GTATTTTTTTTTTTTT-TA-TTCTTTTAG-TA----AA-TGACTAT-CCTAAA-TG-TTTGAAG-CAT
gi|15 : TAT-CATAAA-TG-TTTAAAGACAGACTCGCAC-----TC-GAATGTTTCT----ATATATGCAGATGATGC----ATCACAG-TATGTTTCACACAAGTCTATTGAATCAGAT-GTTATTGA-----ACAA---AG-GTTGC-A-TGATGAT--------------------ATGGATG--AAAAGTAATAAACTTACG-ATGAAC-C-TGAAAAAAAAACAATGTAT----GTTGATTGCCACTGCACAAAA-A-CTCTCAAAATGTA--GAAAA-----AT--GTG-TATCAAAG-------TA--GGAGA--T-ATTGT-T-TTA--GA--TACTGTTAAATC--TGCC-AAA-GTT--GTTGGGGTACAAATTGATG-A---AT--GTCTT--A-----C-TTGGTCT-
gi|24 : tgattTATCGAAATGCA--GAACA-----CT--TTG-TGTAAATG-------TA---GGTA--A-AAT-TTC-TTA--GA--AAATAT-AAATTG-TGCT-AAA-CTT--CTGGGTGTTTATATCGATG-A---AT--GACTT--A-----C-GTGGTAT-C------AT-CAC-TTA----GA---TCTTTTATG---CAA-GAA--ACTTA-GTCG----G--AAA---CTAGG-T-GTTT-TAAGG--A-GATTGA---G--TAAT---TTT-ATGT--CCAA-A---G-ACGCA-CTACT--C-AAgtac
gi|5 : AAATATAAAGAAAATACATCT--TAA-TAGAAACG-------TAA-CAG----A-AAT----------GA--AAACGT-AAA----------AA-ATT--T--GGTGTTTACATCAATA-A---AT--GTCTT--A-------ATGGTCA-T------AT-CGT-ATA----TA---TGTCT----------------ACTTG-GTCA----G--GAA---CTAGG-T--TTT-TAAGG--G-G-TTGGTTTG--TT-T---TTT-ATAT--CAAA-G---G-CAGTA-CAATT--C-AAAATTTACAAAATTTATGCCA--TA-G-T-T--T---C--CCCTCATTTGAA-TC-ATTGCTGTACA---A-AA-TGGCATG-A-AACCA---AATCGAAGACAA----AGTTCTGATCGGC-T-----TGTTGAA---TTACAGAA-GA----GAGAACC-AAGAAT-CATTTT--GCACAC-CAAAGAACCTCCA----TC-TAT-G-T-TAACT-T-CT----T----GTA-TGCT-T-TCAAA--TT-TG-AGA-T--GG--ATAC-C--
gi|9 : tttgatcaatcgatcatgatgtattgatgctcaatctgtttgtggggatatatgtgaacaatactttttagatggtttcaatctcatgtagatgaaagatgacaaggtgtcaaatggaaagaggccatctcagaagaaaacgaggttatactgcgggactgacccagggttcaatattgtgacctctgtttttatcatatttgttaatgattacccaacatgtatgaaccacgttacagtcaatatctatgtaaatgatatcgtgcacacaaaatgtgtctgataaatcatttcaagtgatagaaagactttacttgatggccttttacattccgtgtaacgggtaaaaaaaagtgacaacAAA-----CG--TTG-TATAATTG-------T---TGGTA--A-CAT-T-G-TTATAGA--AAATGT-GAAATG-CGCT-AAA-CTT--TCGGGCGTTTACATCGATA-T---AT--GCCCT--A-----T-GTGGTTT-T------AT-AAC-ATA----GA---TGCCGTATG---CAA-AAA--ACTCA-GTTA----G--AAT---TTAAG-T-GTTT-TAAGT----GATT-----T--TAAT---TTC-ATGT--CAAA-G---G-AAGCA-CAACT--C-AAAATTTACGA------TGCAA---------A--T---T-----AAATTTTTT-CTCATTGGTTTACT---G-TA-TGGCACG-A-TGCCAAG-AAC--AAGACAAAT--Atgtgtctggctatttc
gi|23 : -T-T-TTA--GA--TAGTGTTAAATC--TGCTATAA-CTC--TTGGGTAC--AAATTGATGGA---AT--GTTTTTTA-----CTGTGGTCT--------GTACACTATT----GACT-TCTTTAATGTAACAA-AAA--AACTA--TCACCGGA--AAA---GTAGG-TTGTTT-TACGG--ACGTTTTA---A--CAACCTGTTT-ATGT----AA-AT--GCAGGCA-TTGGT--TGAAAATTTACAtttaccgaagagagtagcaatatgttcagtgtaagcttcctgtatatgatcaaatatgagattgatgcctgtgtggctattttgaataccaaaaggttttcttgttacatgccaccagattatttgaatgtttctaaattttgtcaatgaggtaaccacca
gi|33 : gtgctatcaagtaggagatgttcgTGTTTACAGCAATG-A---GT--GTCTT--A-----C-GTGGCCT-TTAGCTTAC-CAC-ACA----GA---TGTTTCATG---CAA-CAATTACTTA-GTAT----G--AAA---CCAGG-T-GTTC-TAAG
gi|8 : gtT-C------AT-CAC-ACG----GA---TGTTTTATG---CAA-GAA--ACTTAAGTCA----G--ACA---CTAGGGT-GTTTATAAGG--A-GATTGA---G--CAAT---TTTCATGT--CCAAGA---G-AAGCA-CTACT--C-AAAATTAACAA------TGCCA--TA-G-T-A--T---T--CCCACATTTACA-TT-A-TGTTGTACG---G-TA-TGGCATG-ATTGCCAGG-AAC--AAAACAAAT--ATCACTA---GGC-T-----TTTTAAA---TTACAAAA-A-----GAGCAGC-AAGGAT-CA-TTTTAG-ACA-TCAGAGTACCTCAG----TC--GT-GTT-CAACT-T-TT----A----ATA-TGTT-A-TCAAG--CT-TG-AGA-T--GG--ATGC-C--CATGCCAGA---CT-A-TTC---ATGATAT--CG-GAAATTTA------TCTTAT-C-TTCAAAG-TTTTAC--ATT-GT---AT-GACAC--CA-GAGT-A-TTTGAAGTGTTT-TT---AGA-T-TTGTG-A-AGTGA-G-G--ATCCACA
gi|12 : tttgcatcaaatgtttacagttagA--ACTCA-GTCA----G--AAA---CTACG-T-GTTT-TAAAG--A-TATTGA---G--TAAC---TCT-ATGT--CTAA-A---G-AACCA-CTACT--C-AGAATTTAGAA------TACCA--GA-G-T-G--T---TTTCTCAC-TTTT---CT-ATTGTTACACG---G-TA-TGACACG-A-TGCCAAG-AAC--AAGACAAAT--ATCACTG---GGC-T-----TTTTCAA---TTACAAAA-GA----GAGTAGC-AAGGAT-CATTTT-AGT-TA-TCAAAATACCTCAA----TC-TGT-G-T-CAACT-T-TT----A----CTA-TGTT-A-TCAAA--CTTCT-G-T-T--GT--ATGC-C--TATGCCATATA-CTAT-TTT---AA-ATAT--CG-GAAAATCA-----TTCTTAT-G-TTTAACG-TTTT-----------------ACAC--CA-GAGT-A--CTG--------------------TTGTG-A-A-TGA-G-GT-ATCCACTAGAAATga
gi|14 : ATTGA---GGNNNNN---NNN-NNNN--NNNN-N---N-NNNNN-NNACT----AAAATTTTCAA------TAACAGATATG-T----T---T--CTCAC---TTAGTCT-ATTGTTACATG---GATA-TG-CACCCA-TGCCAAG-AAC--AAGACGAAT--ATCACT-----GC-T-----TTTTTCA---TTACAAAA-GA----GAGTAGC-AAGGAG-TATTTT-AG-ACA-TCAAAATACCTCAA----TCTCGTAG-T-CAACT-T-TT----A----CTA-TGTTTACTCAAA--CTTCT-G-T-T--GT--ATGC-C--TATGCCATATA-CT-A-TTT---AA-ATAT--CG-GAAAATCT---AT-TCT-ATGT-TTTAACG-TTTTAC--AGT-GT---AT-GACAC----AGAGT-A-TTT---------------------TTGT--A-A-TGA-G-GT-ATCCACTAGAAAT
gi|16 : CT--A-AAATTTTAGAA------TAC-A--CA-G-T-A--TGTTT--CTCAC---TTA---T-ACTATTGTACATGGG-TA-TG-CACG-A-TGCCAAG-AAC--AAGACGAAT--ATCACT-----GC-T-----TTTTTCA---TTACAAAA-GA----GAGTAGC-AAGGAG-TATTTT-AG-ACA-TCAAAATACCTCAA----TCTCGTAG-T-CAACT-T-TT----A----CTA-TGTTTA-TCAAA--CTTCT-G-T-T--GT--ATGC-C--TATGCCATATA-CT-A-TTT---AA-ATAT--CG-GAAAATCT---AT-TCT-ATGT-TTTAACG-TTTTAC--AGT-GT---AT-GACAC----AGAGT-A-TTT---------------------TTGT--A-A-TGA-G-GT-ATCCACTAGAAAT
gi|22 : AATTTA-AA------T---------G-T-C--T---T--TCCACATTTTAC-TT-ACTGTTGTACT---G-TC-TGGTGTC-A-TGTTAGA-AAC------CAACT---GTGTTT---AGA-TAAAAATTTTAAACTGTAATTTAA-TCTTGAGGGCAGC-AAGAAT--ACTTTTAA-ATACTC-GAG-ATATCAG----GA-ACT-C-TACTA-T-T-TT----T----TTT-TATT-T-TCTTG--TT-TG-A-ACT--GG--ATGC-C--A
gi|20 : catgacCATTTTAC-TT-ACTGTTGTACT---G-TC-TGGTGTC-A-TGTTAGA-AAC--CAACTGTGTTTAG-A-TA---AAC-T-----TTTTAAA---CTGCAAAA-GA----GGGCAGC-AAGAAT--ACTTTTAG-ATACTC-GA-TATATCAGGACCTC---T-A-C-TAA-T-T-TT----T----TTA-TGTT-C-TT--G--TT-TG-A-ACT--GG--ATGC-C--Aattaaggattatttcatgct
gi|19 : tttcaaagaaaatagtaagaaaacttgctgagtgagctatttcatgccaccaaatgcactttttg---G-TA-TGACATT-T-TGCTAAG-AAC--CAGACAAAT--ATCACTC---GGT-T-----TTTAAAA---TTACAAAC-GA----GAGCAGC-AAATAT--AGTTTTAG-ACA-TCAAAGTATCTCAA----TC-AGT-G-T-CAA-C-T-TA----A----CCA-TGTT-A-TAAAA--CTTAA-G-A-T--GG--ATGC-C--CATGTCAGA---CT-A-TTT---TT-ATAT--CG-GAAAAT-A---AT-TCTTGT---------G-T----C--ATT-GT---AT-GAAAA--CAG-AGT-A-TTTA-AATGTGT-TT---AAA-T-T-------------------T-CACAAGAAGTAattaaggat
gi|18 : ctgtatgaaatCCAAG-AAC--AAAATAAAT--ATTACTA---GGCTT-----TTTTAAA---TTGCAAAA-AA----GAGCAGCAAAGGATGCA-TTTTAG---AATCAGATT-CCTCAG----TC-AGT-G-T-CAC-C-T-TT----ACACCATG-TCTG-A-TCAAATCTT-AG-AGA-T--GA--ATGC-CCGA-TGCCAGA---TCTT-TTG---AT-ATAT--C--GAAAATTA-----TTCTTGT-C-TTTAAAGATTTTAC--AGT-TT---GT-GACACATCA-GAAT-A-TTTG-AGTGTTG-TT---AGA-T-TTGTG-A-A-TGA-G-AT-TT-C-CAAGAAAT
gi|25 : C--AAGACAAAT--ATTGACA---GGC-T-----TTTTAAA---------AT-AC----TAGTAGC-AAGGAT-CA-------------------ACCCCAA----TG-AAT-G-T-CAA-CGT-TT----A----TCA-TGCT---TCATA--TT-TG-A-A-TATGG--ATGC-C--TCTGT--GA---CTAA-CTC----T-GTGA--TG-GAAA-------------------------G-TTTTAC--ATTCGT---AT-GACAT---ATGAGTTA-TTTG-AAAATTT-CT---AGA-T-TTGTT-A-A-
gi|26 : attactcagggatttttC--AAGACAAAT--ATTGACA---GGC-T-----TTTTAAA---TA--------C----TAGTAGC-AAGGAT-CA-------------------ACCCCAA----TG-AAT-G-T-CAA-C-T-TT----T----TCA-TGCT-C-TCATA--TT-TG-A-A-TATGG--ATGC-C--TCTGTTTGA---CT-A-CTC----T-GTGA--TG-GAA--------------------------G-TTTTAC--ATC-GT---AT-GACAT--C-TGAGT-A-TTTG-Aac
gi|27 : attactcagggatttttC-AGT-G-T-CAA-C-T-TTTTAAA----ACA-TGTT-A-TCAAA--CT-TGCG-A-T--GG--ATGC-C--CATGCCAGA---CTAT-TTT---AT-ATAT--CG-GAAAATTA-----TTCTTGT-C-TTCAAAG-TTTTAC--ATT-GT---AT-GACAC--CAG-AGT-A-TTTG-AGTGTTA-TT---AGA-T-TTGTG-A-A-TGA-G-GT-ATCCATAAGAAATa
gi|28 : c--ATGCGC--ACTGCCCGT---CT-A---C---CT-AGAT-----GAGAATTATTTATGTCTTGT-G-TTTAAAG-TT--AA--ATTCGT----T-GACAT--CAG-ATT-A-TTTG-A------------AAA-T-TTGTG-AGA-TGA-A-GT--C-CACAA
gi|32 : atatgctcttgtcattgtatT-GTAT---G-GAAAATTA-------TTTAT----TCAACT-CTTTATCAATT-GT---AT-GAC-C--CAGAGGT-A-TTT--AGTGTTT-TTTAAAGA-T-TGGCACA-A-TGA-GAGT-AT-tcagaata
gi|31 : tatcaatTCTTGT-G-TTTAAAG-TT--AA--ATT-GT---AT-GACAT--CAG-ATT-A-TTTG-A------------AAA-T-TTGTG-A-A-TGA-A-GTAAC-CACAAGAAATAtcccacccac
gi|9 : atggatgcctctacctgcatgagaattttattatAAGG-TTTT-C---TT-GTTACAT-GCCAC--CAG-ATT-A-TTTG-AATGTTT-CT---AAATT-TTGTC-A-A-TGA-G-GT-A
gi|36 : aaacgttgtataattgttggtaacattgttatagaaaatgtgaaatgcgctaaactttcgggcgtttacatcgatatatgccctatgtggttttataacatagatgccgtatgcaaaaaactcagttagaatttaagtgttttaagtgattttaatttcatgtcaaaggaagcacaactcaaaatttacgatgcaaattaaattttttctcattggtttactgtatggcacgatgccaagaacaagacaaatatttaccgaagagagtagcaatatgttcagtgtaagcttcctgtatatgatcaaatatgagattgatgcctgtgtggctattttgaataccaaG-CTTTAC--ATT--C---A--GACAC--CAT-AGT-A-TTTG-AGTGTTTGTT---AGA-T-TTGaccacca
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): AGGCAAATTACATAGTGGCTTAAAAATATAACTTCGTTGCGTATTTTAGATGGATATTAAAACAACAAACTTACATAAATCTTAAGAAAATCACAGTAGCATAGTTAATATGCTCCTTAGGTACAGAATACCCAAGATTAAGTATTAATTGCAAGAAAAGGACATATGTGATGACTTTTAAAAAAGTGGATGAACGTACAATCACTACAACGTATAGTGATAATAGTATCTTGGTGCAAAATTACTTTGGGTTGCTTACACAAGGCTATATTGTGACACGATGCCT
Unaligned ( gi|21 ): TCTATTGAGTTATCAGAACAAAGATTTCATGGGATTTAAAACTCTATGAAATGGATGGAAAGTAATAAACCTACGGTGACCTAAAGAACATTGTATAGTCGATTGGTACTGCACAAAACCCGAAGAGGATATTTTAATTATTGTTTTAGATGCTATGAAATCTGCCAAACTTTCTGGGGGTACAAATTGATGAATGTTTTTACTTGGTCTGTCCCTA
Unaligned ( gi|34 ): TGTCATTTGCTTGTAGATTATTAAGTCGATATTTACACGATTTAAACCATCAAACATTACTTCACAACTCTTATATTTTGGAATATGTTGAAA
Alignments
lowQualScore : 333 2 22222 11 55555 2 11 1111 333 22 22 1 5555555555555555555 1 1 666666666666666666 11 111 11 4444444444444444 1111 222222222222222 222222 333333333333333333333333333333 1111 1111 1111111111 11111 111 1111 1111 111 1111111111 1111 111111111 1111111 222222 111 111111111 111111 222 22222222 1 1 33333 111111111 4444444444444444444444 11 1111 1111111111111 1111111111 1111 111 1111 1111 11111111 11111 111 111111111111 11111 2222 1111111111111 111111111 111 111111 1111 33333333333333333333 111111111 2222222222 11 111111111111
lowQualScore : 3 555 0 88888 3 88 66 4 00000 4 0 1 0 44 1 6666 0 11 888 44 1 1 99 3 6 7777777777777777777 3 3 333333333333333333 1 11 444 111 44 5 5 66 88 1 3 6666666666666666 5 3333 5 1 5 0 666666666666666 5 5 0 555555 333333333333333333333333333333 0000 1 1111 4 1 4 1 7777 44 5555 3 77 1 3 3 3 1 44 1 555 44 8888888888 3 66666 7 3 66 1 00000 666 222 0 3 55 5555 3 7777 000 44 4 44 1 3 3 1 4 7777777777 4 4 2 4 8888 4 55 1 4 1 4 666666666 444 6666666 3 1 444444 1 000 0 22 2 6 999999999 4 1 222222 5 66 4 4 55 7 222 66666666 4 99 4 1 0 5 66 5 66 1 5 5 4 1 22222 5 666 0 77 0 66 0 666666666 8 2 7777777777777777777777 55 0 8 1 00 4 4 3333 3 2 3 555 44 3 5555555555555 7777777777 7 4 2222 222 1 777 4 55 3 4444 55 666 3 3 3 0000 22222222 666 3 11111 3 000 66 3 9999 1 999999 0 555555555555 666 0 0 77 6 1 3 6666 3 3 222 3 2 66 5555 999999 2 33333 33 2 0 444 5555 2 2 4444 0000000000000 2 55 000000000 555 2 333 222222 444 2222 2 2 2 44444444444444444444 33 2 2 4 1 99999999 2 222222222 66666 8888888888 7 44 6 2 33 5 2 33 66 2 2 22 444444444444 0 2 2 55 3 3 3 3 3
lowQualScore : . ... . ..... . .. .. . ..... . . . . .. . .... . .. ... .. . . .. . . ................... . . .................. . .. ... ... .. . . .. .. . . ................ . .... . . . . ............... . . . ...... .............................. .... . .... . . . . .... .. .... . .. . . . . . .. . ... .. .......... . ..... . . .. . ..... ... ... . . .. .... . .... ... .. . .. . . . . . .......... . . . . .... . .. . . . . ......... ... ....... . . ...... . ... . .. . . ......... . . ...... . .. . . .. . ... ........ . .. . . . . .. . .. . . . . . ..... . ... . .. . .. . ......... . . ...................... .. . . . .. . . .... . . . ... .. . ............. .......... . . .... ... . ... . .. . .... .. ... . . . .... ........ ... . ..... . ... .. . .... . ...... . ............ ... . . .. . . . .... . . ... . . .. .... ...... . ..... .. . . ... .... . . .... ............. . .. ......... ... . ... ...... ... .... . . . .................... .. . . . . ........ . ......... ..... .......... . .. . . .. . . .. .. . . .. ............ . . . .. . . . . .
lowQualScore : 0 000 0 55555 0 00 55 0 00000 0 0 0 7 77 0 7777 7 77 000 00 0 0 33 3 7 7777777777777777777 3 3 000000000000000000 0 00 222 777 22 0 0 99 11 1 8 5555555555555555 0 8888 0 0 0 1 444444444444444 9 0 1 000000 888888888888888888888888888888 6666 1 5555 2 0 0 0 1111 66 4444 3 99 8 3 3 3 2 66 0 888 00 3333333333 3 66666 3 6 22 4 00000 888 888 4 6 00 2222 6 7777 000 88 5 66 5 6 6 0 9 5555555555 0 0 5 4 9999 4 55 0 0 0 0 000000000 999 5555555 2 1 222222 1 222 1 88 0 5 888888888 4 0 888888 3 11 4 4 88 8 999 33333333 4 88 4 1 8 0 88 9 44 0 0 0 0 0 99999 7 111 1 55 1 11 9 000000000 0 3 0000000000000000000000 55 3 0 1 66 0 0 9999 5 9 3 888 66 3 0000000000000 1111111111 2 0 5555 555 5 000 0 00 6 1111 00 444 6 6 6 3333 55555555 444 6 77777 6 000 66 6 7777 0 666666 5 666666666666 444 4 3 66 7 2 1 4444 1 1 555 1 9 77 7777 444444 7 33333 11 7 1 777 7777 7 7 0000 3333333333333 7 77 000000000 888 5 111 888888 444 9999 5 5 5 99999999999999999999 22 2 2 4 0 00000000 4 888888888 22222 8888888888 5 44 5 4 22 0 5 44 88 5 5 99 333333333333 3 7 7 88 1 1 3 3 2
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGANTGGAAGAACAAAGCTACGAAGGTGTACCCCNCTTTTCAATGNNANTCTGTGAGAGTGAATTTCCNAATGNCAAACAATTATCGTACCCGTGTCTGAGTTTTACC--TTCGTCAAGCAAATTT-ATTG-AAAGACATGTTT-TC---ACAAT-A-T--TTTACGA-AT-ATCCTCGGATA--AG-AAC-AAACTT--TTAAAGGAACATCAATC--GGGTTTCAGACCAAAG-CA-TT-CA--TGC-GAGACNGC-T-TT-GC--A-ATA-TAT-CATT--GATAAATGG-TTNA-AAAACAT----TG--AACAA--GGNAAACTT-ACAGGTGT-A--TNTTTATAT-----T----GATTTANGCG-AAAGC-ATTTGATACA----GTCAACCATGAN---GTTCTGTTGC-ACAAACTTNTGTCT----T--TTGG--T-A-TATG--TGA-A-AATACTTTT-AAATGGTTTC--ANT---C-TTATCT---ACACGA-TA-GATC--GCA-ATGT-GTCAA-ATGGAAAG--G-NGT--CATCTCAGAAGAGAAAG-AT--GT-T--ACAAT-C----GGA---GT-CCCTCAGGGNTC-NATAT-TG-GGNCCNTTG----------TTTTT-T-ATTCTTTTTG-TA----AA-TGACTAT--CCNAAATG-TTTNA-AG---------CATTCTA-CAG----TCACATATGTATGCAGACGATAC----CNCGCAA-GATGTTTCTGATAAGTCT-NTG-----G-ANGTAATAGA------ANAA--AA-ATTGC-A-AGACGATC-TTTTAAATT--CTGCGGAATGGAT-GC-AAA-AAAATAAACTCACNA-TAAATC-TNAAGAAAA-CACAAT-GTATCGTTAATNGGNACG-T-NCA-GAA-A-TTATCGAAATGTA--GAAAA-----CT--TTG-TGTAAATGTA-CGG-A--A-AATT--C-T--TA--GAAAATGT-AAATCG-TGCTA-AA-CTT--T-TGGGTGTTTANATCGATG-A---AT--G-TCTT--A-----C-G--TGGT------CT-TATCAC-ACG----GA---TGTTTTATG---CAA-GAA--ACTTA-GTCA----G--AAA---CTAGG-T-GTTT-TAAGG--A-GATTGA---G--CAAT---TTT-ATGT--C-CAA-A---G-AAGCA-CTACT--C-AAAATTTACA------ATGCCA--TA-G-T-A--T---TCCCACATTTTAN-CT-ACTGT-TGTACN---G-TA-TGGCGCGA-TGCCAAG-AAC-AAGACAAATA----TC-GCTAGGC-T-----TTTT-AAATT-ACAA---AA----GA-GAGCAGCAA-GGAT-CA-TTTT--------AG-ACA-TCAGAGTACCTCAG----TC-AGT-G-T-CAA-T-TTT----ANTATG---TT--A-TCA-AA-C-T-----------T-G-A--A-T--GGAT-G-C-CNATGCC--A-GA--CT-A-TTC-AT--ATA-TCG-GAAAATT--A---AT-TCT-TGT-NTTCAAAG-TTTTAC--ATT-GTAT-GACAC--CAGGAGT-A-TTTG-AGTGTTT-TT---AGA-T-TTGTG-A-A-TGA-G-GTATCCACAAGAAATA
Reference ( family-1469 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGAATGGAAGAA---AGCT-TGA--GT-TACCCCTCTTTTCAATGCAAATCTGT-----TGAATTTTTTA-TGNCAAACAATTACCGTACCNGTGTCTGAGTTCTGNCAATTTGTCCGGNAAANTNAATTG-AAAGACATGTCTATC---ACAATCATTGGTTTACGA-AT-ATCCTCGGATACCAGCAACTAAACNT--TTAANANAACATCAATC--GGGTTTCAGACCAAAG-CA-TT-CA--TGC-GAGACAGC-T-TTCGT--A-NTA-TAT-CATT--NNTAAATGG-TTNA-AAAACAT----TG--AATAA--GGNAAACTT-ACAGGTGT-A--TNTTTATAT-----T----GATT--AGCG-AAAGCTATTTGATACA----GTCAACCATGAN---GTTCTNTTGC-ACAAACTTNTATCT----T--TTGG--T-A-TATG--TGA-A-AATACTTTT-AAATGGTTTC--ANT---C-TTATCT---ACATGN-TA-GATC--GCA-ATGT-GTCAA-ATGGAAAG--G-NGT--CATCTCAGAAGAGAAAG-AT--GT-T--ACAAT-C----GGA---GT-CCCTCAGGGNTC-NATAT-TG-GGNCCNTTG----------TTTTT-T-ATTCTTTTTG-TA----AA-TGACTAT--CCNAAATG-TTTNA-AG---------CATTCTA-CAG----TC-CATATGTATGCAGACGACAC----NNCGCAA-GATGTTTCTGATAAGTCT-TTG-----G-ANGTAATAGA------ANAA--AA-ATTGC-A-AGATGATC-TTTTAAATT--NTGCGGAATGGAT-GC-AAA-AAAATAAACTCACNA-TAAATT-TNAAGAAAA-CACAAT-GTATCGTTAATAGGNACN-T-NCA-AAA-A-TTATCGAAATGTA--GAAAA-----CT--TTG-TGTAAATGTAACGGNA--A-AATT--C-T--TA--GAAAATGT-AAATTG-TGCTA-AA-CTT--T-TGGGTGTTTACATCGATG-A---AT--G-TCTT--A-----C-G--TGGT------CT-CATCAC-ACG----GA---TGTTTTATG---CAA-GAA--ACTTA-GTCA----G--AAA---CTAGG-T-GTTT-TAAGG--A-GATTGA---G--CAAT---TTT-ATGT--C-CAA-A---G-AAGCA-CTACT--C-AAAATTTACA------ATGCCA--TA-G-T-A--T---TCCCACATTTTAN-CT-ACTGT-TGTACN---G-TA-TGGCGCGA-TGCCAAG-AAC-AAGACAAATA----TC-GCTAGGC-T-----TTTT-AAATT-ACAA---AA----GA-GAGCAGCAA-GGAT-CACTTTT--------AG-ACA-TCAGAGTACCTCAG----TC-AGT-G-T-CAA-T-TTT----ANTATG---TT--A-TCA-AA-C-T-----------C-G-A--A-T--GGAT-G-C-CNATGCC--A-GA--CT-A-TTC-AT--ATA-TCG-GAAAATT--A---AT-TCT-TGT-NTTCAAAG-TTTTAC--ATT-GTAT-GACAC--CAGGAGT-A-TTTG-AGTGTTT-TT---AGA-T-TTGTG-A-A-TGA-G-GTATCCACAAGAAATA
gi|1 : AGACTGGAAGAACAAAGCTACGAAGGTGTACCCCGCTTTT--ATGATATTCTGTGAGAGTGAATTTCCAAATGTCACATAATTATAGTACCTGTACCTGAATTTTACC--TTCACTAAGCAAATTT--TTGGAAAGACATGTTTTTCTGAACAAAGAAT--TTTACGAGATGATTTGTGAGTG-----AAC-AAACTT--TTAAAGGAACATCAGTC--GGGTTTCAGACCAAAA-CAATT-CA--TGT-GAAACTGC-TCTTTAC--A-ATA-TATTCATT--TTTAAATGGCTTGA-AAAACAT----TG--AATAAAAGGTAAACTT-ACAGGTGT-AAATTTTTATATCATTTT----GATT--AGCA-AAAGCTATTTGATATATGTAGTCAATCATGAT---GTTTTGTTGC-ACAAACTTTTATCT----T--TTGG--T-A-TATG--TGA-A-AATACTTTC-AAATGGTTTT--ACT---C-TTATCT---ACATGC-TA-GATC--ACA-ATGT-GTAAA-ATGGAAAG--G-GGT--CGTCTCGTAAGAGAAAG-AT--GT-T--ACAAT-C----GGA---GT-CCCTCAAGGCTC-TATGT-TG-GGTCCTTTG----------TTTTT-T-ATTCTTTTTG-TA----AA-TGACTAT--CCTAAATG-TTTGA-AG---------CATTCTA-CAA----TC-CATATATATGCAGAAGATAC----CACGCAA-GATGTTTCTGATAAGTCT-TTG-----G-AAGTGATAGA------CAAA--AA-ATTAC-A-AGACGATC-TTTTAAATT--CTATTGAATGGAT-GCCAAA-AAAATAAACTCACTA-TAAATT-TGAATAAAA-CACAAT-GTAT-GTTAATAGGAACT-TCTCA-GAA-A-TTATTGAAATGTA--GAAAA-----CT--TTG-TGTAAATGTAAGGGGA--A-AATT--C-T--TA--GAAAATGT-AAATTG-TGCTT-AA-CTT--C-TGGGTGTTTATATTGATG-A---AT--G-TCTT--G-----C-G--TGGT------CT-CATCAC-ACG----GA---TGTTTTATG---CAA-GAA--ACTTA-GTCA----G--AAA---CTAGG-T-GTTT-TAAGG--A-GATTGA---G--TAAT---TTT-ATGT--C-CAA-A---G-AAGTA-CTACT--C-AAAATTTACA------ATACCA--TA-G-T-A--T---TCCCACATTTTAA-CT-ATTGT-TGTACA---G-TA-TGGCATGA-CGCCAGG-AAC-AAAACAAATA----GC-ACTAGGC-T-----TTTT-AAATA-ACAA---AA----AC-GAGCAGCAA-GGAT-CATTTTT--------AGTACACTCAGAGTACCTCAG----TC-AGT-G-T-CAA-T-TTT----AATATG---TT--A-TCA-AG-C-T-----------A-G-A--A-T--GGAT-G-C-CATTGCC--A-GA--CTCA-TTC-AT--ATA-TCG-GAAAATT--A---ATCTCT-TAT-CTTCAAAG-TTTTAC--ATT-GTAT-GACAC--CAGGAGT-A-TTTG-AGTGTTT-TT---AGA-T-TTGTG-A-A-TGA-G-GTAT-CACAAGAAATA
gi|10 : gaaaatttatcattggaaattgtcttacggagggtgacgtctcgtcaACAT--TAAAAATAACATCAATC--GGGTTTCAGACCAAAA-CA-TT-C-------------GC-T-TATAC--A-TAA-TAC-CATTTGAATAAAT-G-TTCA-AAACAAT----T---AACAA--GG-AAACTT-CCAGGTGTAA--TTTTTAT
gi|10 : tctaatactatacacccgttaatcattgtaaacagatgacaggtttaaccttg-ACATACTTTTATAT----G--TTGG--T-AATATGAATGACA-AATAGTTTT-A--TGGTT-C--ACT---T-CTAT-T---ACACGA-TA-GATCCGGAA-ATGT-GTCAA--TGAAA----G-AAT--CATCTCA-AAGAGAAAG-AT--GT-TTGACCAT-C----GGA---GTCCCCTCAAGGATCTTATAG-TG-GGTTTCAAG----------GTTTT-T-ATTATCTTTGTTA----AA-GGACTAC--CCTATATGTTTTGA-AA---------C-TTCTA-Ccgagtctaagcaaacatacttttatatgttggtaatatgaatgacaaatagttttatggttcacttctattacacgatagatccggaaatgtgtcaatgaaagaatcatctcaaagagaaagatgtttgaccatcggagtcccctcaaggatcttatagtgggtttcaaggtttttattatctttgttaaaggactaccctatatgttttgaaacttctac
gi|11 : tctaatactatacacccgttaatcattgtaaacagatgacaggtttaaccttgacattaaaaataacatcaatcgggtttcagaccaaaacattcgcttatacataataccatttgaataaatgttcaaaacaattaacaaggaaacttccaggtgtaatttttatcgagtctaagcaaTAT-----T----GACT--TACG-TAAGGACTTTGATACA----GTTAACCATGGA---GTTCTTTCGC-ACAAACTTATGTCTTTCAT--TTTG--A-A-TTTG--TCG-C-AATACCTTT-AAATGGTTTC--AAT---C-ATATCTTTCAAATCA-TA-A-----GAA-ATGT-GTAAG-TTGGAGAGTTG-TGT--TAT-TCAAAGCAAAAAGCAT--A-----ACCTT-T----GGT---AT-TCCTCAGGG-TC-AAT-T-TT-AGACCATCA----------TT-------TTCATATTG-TACATTAA-CGATTAT--CCAAAATA-TCTTA-AA---------CATTCTT-CCG----TTACA-ATGTATGCAGACGATAC----------------TTT--------------------G-ATGTAATGGA------ATCA--AA-ACTGC-A-GGATGA---CTTTAAGTTG-GTATAAAATGGAT-GT-TGA-AAAA
gi|12 : ggttctgttA--ACTCA-GTCA----G--AAA---CTACG-T-GTTT-TAAAG--A-TATTGA---G--TAAC---TCT-ATGT--C-TAA-A---G-AACCA-CTACT--C-AGAATTTAGA------ATACCA--GA-G-T-G--T---TTTCTCACTTT-T-CT-ATTGT-TACACG---G-TA-TGACACGA-TGCCAAG-AAC-AAGACAAATA----TC-ACTGGGC-T-----TTTT-CAATT-ACAA---AA----GA-GAGTAGCAA-GGAT-CA-TTTT--------AG-TTA-TCAAAATACCTCAA----TC-TGT-G-T-CAACT-TTT----ACTATG---TT--A-TCA-AA-CTT-----------C-T-G--T-T--GTAT-G-C-CTATGCCATA-TA--CT-ATTTT-AA--ATA-TCG-GAAAATC------AT-TCT-TAT-GTTTAACG-TTTT--------------ACAC--CA-GAGT-A--CTG--------------------TTGTG-A-A-TGA-G-GTATCCACTAGAAAT
gi|13 : --TTGAAATAGCATCAATC--GGGTTTCAGACCAAAA-CA-TT-CG--TGC-GAAACTGC-T----GT--ACATAGTAT-CATT--GATATATGG-CTTG-AAAACAT----T---AACAA--GGGAAACTT-CCAGGTGT-A---ATTTTTAT-----C----GATCTAAGC--AAAGC
gi|13 : ctatatacacacctggtaaagcattgtaaacagatgacagatttaaccgacaCTTATATAT----T--TTGG--T-A-TATG--TGA-A-AACATTTTT-AAATGGTTTC--ACT---C-TTATTT---TCACGA-TA-GATT--GCA-ATGT-GTCAA-ATGGAAAG--G-AGT---ATCTCAAAAGAGAACG-AT--GT-T--ACCAT-C----GGA---GT-CCCTCAAAGCTC-TATAT-TG-atgcttatatattttggtatatgtgaaaacatttttaaatggtttcactcttattttcacgatagattgcaatgtgtcaaatggaaaggagtatctcaaaagagaacgatgttaccatcggagtccctcaaagctctatattg
gi|14 : ctatatacacacctggtaaagcattgtaaacagatgacagatttaaccgacattgaaatagcatcaatcgggtttcagaccaaaacattcgtgcgaaactgctgtacatagtatcattgatatatggcttgaaaacattaacaagggaaacttccaggtgtaatttttatcgatctaagcaaagcatgATTGA---GGNNNNN---NNN-NNNN--N-NNN-N---N-NNNNN-NNACT----AAAATTTTCA------ATAACAGATATG-T----T---TCTCAC---TTAGTCT-ATTGT-TACATG---GATA-TGCACCCA-TGCCAAG-AAC-AAGACGAATA----TC-ACT--GC-T-----TTTT-TCATT-ACAA---AA----GA-GAGTAGCAA-GGAG-TA-TTTT--------AG-ACA-TCAAAATACCTCAA----TCTCGTAG-T-CAACT-TTT----ACTATG---TTT-ACTCA-AA-C-TT----------C-T-G--T-T--GTAT-G-C-CTATGCC--A-TATACT-A-TTT-AA--ATA-TCG-GAAAATC--T---AT-TCTATGT-TTT-AACG-TTTTAC--AGT-GTAT-GACAC----AGAGT-A-TTT---------------------TTGT--A-A-TGA-G-GTATCCACTAGAAAT
gi|15 : TAT--CATAAATG-TTTAA-AGACAGACTCGCACTCGA-ATG----TT-TCTATATATGCAGATGATGC----ATCACAG-TATGTTTCACACAAGTCTATTGAATCAG-ATGTTATTGA------ACAA--AG-GTTGC-A-TGATGAT--------------------ATGGAT-GA-AAA-GTAATAAACTTACGA-TGAACC-TGAAAAAAA-AACAAT-GTAT-GTTGATTGCCACTGC-ACA-AAA-A-CTCTCAAAATGTA--GAAAA-----AT--GTG-TATCAAAGTA--GGAG--A-TATTGTT-T--TA--GATACTGTTAAATC--TGCCA-AA-GTTG-T-TGGG-GTACAAATTGATG-A---AT--G-TCTT--A-----C-T--TGGT------CT-
gi|16 : tgattCT--A-AAATTTTAGA------ATAC-A--CA-G-T-A--TGTTTCTCAC---TTA---T-ACTAT-TGTACATGGG-TA-TG-CACGA-TGCCAAG-AAC-AAGACGAATA----TC-ACT--GC-T-----TTTT-TCATT-ACAA---AA----GA-GAGTAGCAA-GGAG-TA-TTTT--------AG-ACA-TCAAAATACCTCAA----TCTCGTAG-T-CAACT-TTT----ACTATG---TTT-A-TCA-AA-C-TT----------C-T-G--T-T--GTAT-G-C-CTATGCC--A-TATACT-A-TTT-AA--ATA-TCG-GAAAATC--T---AT-TCTATGT-TTT-AACG-TTTTAC--AGT-GTAT-GACAC----AGAGT-A-TTT---------------------TTGT--A-A-TGA-G-GTATCCACTAGAAATgtac
gi|17 : ATGGAT-ATTAAA-ACAACAAACTTAC-A-TAAATC-TTAAGAAAATCACAGTAGCATAGTTAATA
gi|18 : aggcaaattacatagtggcttaaaaatataacttcgttgcgtattttagCCAAG-AAC-AAAATAAATA----TT-ACTAGGC-T-----TTTTTAAATT-GCAA---AA----AA-GAGCAGCAAAGGATGCA-TTTT--------AG-A-A-TCAGATT-CCTCAG----TC-AGT-G-T-CAC-C-TTTAC--ACCATG---TCTGA-TCA-AATC-T-----------TAG-AG-A-T--GAAT-GCC-CGATGCC--A-GAT-CT-T-TTG-AT--ATA-TC--GAAAATT------AT-TCT-TGT-CTTTAAAGATTTTAC--AGT-TTGT-GACACATCA-GAAT-A-TTTG-AGTGTTG-TT---AGA-T-TTGTG-A-A-TGA-G-ATTTC--CAAGAAATtgctccttaggtacagaatacccaagattaagtattaattgcaagaaaaggacatatgtgatgacttttaaaaaagtggatgaacgtacaatcactacaacgtatagtgataatagtatcttggtgcaaaattactttgggttgcttacacaaggctatattgtgacacgatgcct
gi|19 : CTGTATGAAAT---G-TA-TGACATTT-TGCTAAG-AAC-CAGACAAATA----TC-ACTCGGT-T-----TTTA-AAATT-ACAA---AC----GA-GAGCAGCAA-ATAT--AGTTTT--------AG-ACA-TCAAAGTATCTCAA----TC-AGT-G-T-CAA-C-TTA----ACCATG---TT--A-TAA-AA-C-T-----------T-A-AG-A-T--GGAT-G-C-CCATGTC--A-GA--CT-A-TTT-TT--ATA-TCG-GAAAAT---A---AT-TCT-TGT-GT------------C--ATT-GTAT-GAAAA--CAG-AGT-A-TTTA-AATGTGT-TT---AAA-T-TT
gi|2 : AATCATGGGTTTCAGACCAAAA-CA-TTTCA--TGTTGAAACTGC-T-TAGAC--T-ATA-TAT-CATT--ATTAAA--G-TTGA-AAA-CAT----TT--GATAAA-GGTAAACTT-ACAG-TGT-A--T--TTATAT-----G----AGTTTAAGCA-AGAGC-ATTAGATACA----GTCAATCATGATTAAATT-TGTTGC-ACCAGTTTA---CT----TACTTGG--T-A-TAAT--TAA-A-GATACTTCA-ATATGTGTTC--ACT---CATTATCT---ACATATCTATGATC--ACAGATGTAGTCAA-ATGGAAAG--G---T--CATCTCA-AAGA-AAAC-AT--GT----ACAAT-C----GGAATAGT-CCCTCAGGGCTT-ACTATCTG-GGTCC-TTG----------TTTTTAT-ATTCTTTTTG-TA----AAATG-CTATACCTAAAATG-TTTTA-AG---------CATTC-A-CAG----TC-AATATATAT-CAGAT-ATAC----CACGCAAAGATGTTTCTGATAAGTCT-TTG-----GGATGTGATTGG------AAAA--AATATTGCCA-AGAC-ATCGTTTTAAAT---CTATTGAATGGAT-GC-AAATAAAATAAACTCACTAATAAACT-T---GAAAA-AACAAT-GTATCGTTAATAGGGAC--T-TCA-GAATA-TTATTAAAGT-TA--GAAAAT----CT--TTGATGTAATTGTA---GGG--A-AATT--CTT--TA--GAAAATGT-AAATTGTTGCTA-AATCTT--C-TGGG-GTTTATATTGATG-A---ATCGG-TCTT----------G--TGGT------TC-TATCAC-ACGA---GA---TG--TTATG---CAAGGAA--ACTTA-GTCAGTC-G--AAA---CTAGT-G-GTTT-TTGAG--A-G-TTGAG--G--CAAT---T----TGT-----AG-A---G--ACCA-CTACT--C-AAAATTTACA------ATG-CA--TA-GATAA--T---TCCCACA-TTAAA-CT-ACT-T-T-TACG---G-TATTGGCATGA-TGCCAGGAAACAAAAACAAATA----TC-AC-AGGCTT-----TTTT-TAATT-ACGA---AA----AA-GAGCAGCAA--GAT-CA-TTTT--------A--ACA-TCAGAGTAC--CAG----TC-AGT---T-CA----TTT----ATAATGCTCCT--A-T-A-AG-C-TATATGATCATGC-A-A--C-T--GGATAG-C-TCATGCC--A-AA---------T-AT--ATA-GCGCGAAAATG--T---AT-TCT-TATCTTTCAAAG-TTTTAC----T-GTATGGACAC--CAAGA-T-ATTTTG-AGTGTTT-TT---TAA-TGTTGTG-A-A-TGATG-G--TTCA-AAGAAATAcacaagaagta
gi|20 : aCATTTTAC-TT-ACTGT-TGTACT---G-TC-TGGTGTCA-TGTTAGA-AAC-----CAACTGTGTTTA-GATAAAC-T-----TTTT-AAACT-GCAA---AA----GA-GGGCAGCAA-GAAT--ACTTTT--------AG-ATA-CTCGA-TATATCAGGACCTC---T-A-C-TAA-T-TTT----TTTATG---TT--C-TT---G-T-T-----------T-G-A--ACT--GGAT-G-C-CAAT
gi|21 : tttcaaagaaaatagtaagaaaacttgctgagtgagctatttcatgccaccaaatgcactttttgTCT-ATT-----G-AGTTATCAGA------ACAA--AG-ATTTC-A-TGG-GAT---TTAAAACT--CTATGAAATGGAT-GG-AAA-GTAATAAACCTACGG-T-GACC-TAAAGA-----ACATT-GTATAGTCGATTGGTAC--T-GCACAAA-A-C--CCGAAG---A--GGATA-----TT--TT------AAT-TATTG----------T--T-T--TA--GATGCTAT-GAAATC-TGCCA-AA-CTT--TCTGGGGGTACAAATTGATG-A---AT--GTTTTT--A-----C-T--TGGT------CT-taaggat
gi|22 : AATTTA-A------ATGTC-------------T---TTCCACATTTTAC-TT-ACTGT-TGTACT---G-TC-TGGTGTCA-TGTTAGA-AAC-----CAACTG----TG-TTTAGA--TAAAAATTTT-AAACT-GTAATTTAATCTTGA-GGGCAGCAA-GAAT--ACTTTT--------AA-ATA-CTCGAG-ATATCAG----GA-ACT-C-TACTA-T-TTT----TTTTTA---TT--T-TCT-TG-T-T-----------T-G-A--ACT--GGAT-G-C-CAATTAA--G-GA--TT-ATTTC-AT--gtcccta
gi|23 : catgacT--T-T--TA--GATAGTGTTAAATC--TGCTATAA-CTC--T-TGGGTAC--AAATTGATGGA---AT--G-TTTTTTA-----CTG--TGGT------CTGTA-CACTATT----GACT-TCTTTAATGTAACAA-AAA--AACTA--TCACCGGA--AAA---GTAGG-TTGTTT-TACGG--ACGTTTTA---A--CAACCTGTTT-ATGT-----AA-AT--GCAGGCA-TTGGT--TGAAAATTTACA------gct
gi|24 : gtgctatcaagtaggagatgttcgTATCGAAATGCA--GAACA-----CT--TTG-TGTAAATGTA--GGTA--A-AATTT-C-T--TA--GAAAATAT-AAATTG-TGCTA-AA-CTT--C-TGGGTGTTTATATCGATG-A---AT--G-ACTT--A-----C-G--TGGT------AT-CATCAC-TTA----GA---TCTTTTATG---CAA-GAA--ACTTA-GTCG----G--AAA---CTAGG-T-GTTT-TAAGG--A-GATTGA---G--TAAT---TTT-ATGT--C-CAA-A---G-ACGCA-CTACT--C-AA
gi|25 : C-AAGACAAATA----TT-GACAGGC-T-----TTTT-AAAAT-AC--------------TAGTAGCAA-GGAT-CA---------------------------ACCCCAA----TG-AAT-G-T-CAA-CGTTT----ATCATG---CT----TCA-TA-T-T-----------T-G-A--A-TATGGAT-G-C-CTCTGT-----GA--CT-A------------------------------AC-TCTGTG--ATGGAAAG-TTTTAC--ATTCGTAT-GACAT---ATGAGTTA-TTTG-AAAATTT-CT---AGA-T-TTGTT-A-A-
gi|26 : attactcagggatttttC-AAGACAAATA----TT-GACAGGC-T-----TTTT-AAA-T-AC--------------TAGTAGCAA-GGAT-CA---------------------------ACCCCAA----TG-AAT-G-T-CAA-C-TTT----TTCATG---CT--C-TCA-TA-T-T-----------T-G-AATA-T--GGAT-G-C-CTCTGTT--T-GA--CT-A-CTC---------------------------------TGT-GATGGAAG-TTTTAC--ATC-GTAT-GACAT--C-TGAGT-A-TTTG-Aac
gi|27 : attactcagggatttttC-AGT-G-T-CAA-C-TTTTTAAAACATG---TT--A-TCA-AA-C-T-----------T-GCG--A-T--GGAT-G-C-CCATGCC--A-GA--CT-A-TTTTAT--ATA-TCG-GAAAATT--A----T-TCT-TGT-CTTCAAAG-TTTTAC--ATT-GTAT-GACAC--CA-GAGT-A-TTTG-AGTGTTA-TT---AGA-T-TTGTG-A-A-TGA-G-GTATCCATAAGAAATa
gi|28 : cAT-G-CGCACTGCC--C-GT--CT-A---C-CT--AGA-T---GAGAATT--ATTTATGTCT-TGT-GTTTAAAG-TT--AA--ATTCGT-T-GACAT--CAG-ATT-A-TTTG-A------------AAA-T-TTGTG-AGA-TGA-A-G--TCCACAA
gi|29 : atatgctcttgtcattgtatGT--CATCTCAGAAGAGAAAG-GT--GC-T--ACAAT-C----GGA---GT-CCCTCAAGGCTC-TATAT-TG-GGTCCTTTGTATTTTTTTTTTTTT-T-ATTCTTTTAG-TA----AA-TGACTAT--CCTAAATG-TTTGA-AG---------CATtcagaata
gi|3 : AACAATTACCGT--CAGTGTCTG--TTCTGCC--TTTGTC-AGCAAAATTAATTG-AAAGACATGTC-------ACAATCATTGGTTTACGA-AT-ATCCTC--ATACCAGC-ACTAAATCTAATCAGTGGGAAAACAGTC---AGTTTCAGGCCAAG---A-TT-TAATTGC-GAGACAGC-TCTTCATGGA-GTA-TA---ATG--A--AAATGG-TTTACGAAACAT----CGACAATGG--CACAAACTTAACAGGTG-----TCCTTAT-T-----TGCTAGATTTAAGTT-AAAGCT-TTTGACACG----GTAAATCATCAG---GTATTACTTCAACAAACTACTGTC-----T--TTGG--TAA-TATGT-TGA-A-AA----TTC-AA----TTAC--AATTGGC-TTGTCA---A----A-TA-GATC--ACACATGT-GTTCG-ATGGAATG--GCAGT--TAGCT------AGATAG-ATTAGTAT--GCAAT-A----GGA---GT-ACCTCAAAGGGC-AATAC-AGCGTCCCATTG----------TTTTT-TAATTCTCTATG-TA----AA-TGACTAC--CCCGATTG-CTTTACAA---------CACTCTACCAGCCCCCC-CATATGTATGCGGATGACACA---AACGCAA-GATG-TTCGGATAA-------A-----G-AA-TAATAGATGTTTCAAAAGCAA-ATTAC-ATAG--GATC-TTAAAAATA--CTTTGGAATGGATGGC-ATA-AAAAC--ACTTAC-A-TAAATTCTTAAGAAAA-CACAGT-GCATCA-TAATTGGTACG-A-ACA-AAG-ATTTAAGAAAATGCA--GGAAA-----GTTATTGATGAAAGTGCGATGATATCACAATT-----------GAAAATGT-ATCTTG-TGCAA-AA-TGTACT-TGCGTGTTTTTATT-ATG-ACAGAT--G-GCTC--A-----C-T--TGGT------CT--A--AC-ATGTTGAAA---T-TTTTAT----CAA-AAA--ACTT--GCCA----AGCAAA---ATAGG-C-GTTT-TAATGTAA-GATTAC---G---------TTC-ATCT--TGCAA-ACCCG-ACTTATTTACTGAG-AAAATTT-TT------ATACAA--TT-G-T-ATTT---TTCCTCATTTAAA-CTAACT-T-TGTACT---G-TA-TGGGGCAA-TATGAAA-AAA-AGGAC
gi|30 : tc-ACATACTTTTATAT----T--TTGG--T-A-TATG--TGA-A-AATAGTTTT-AA-TGGTTTC--ACT---C-TTATTT---ACACGA-TA-GATC--GCA-ATGT-GTCAA-ATGGAAAtgtcttaacaaattattaaa
gi|31 : ggtgtaatttttatcgatctaagcaaa--A-T--GGAT-G-C-CTCTACC-------------TGC-AT----------GAGAATTTTATT-AT-TCT-TGT-GTTTAAAG-TT--AA--ATT-GTAT-GACAT--CAG-ATT-A-TTTG-A------------AAA-T-TTGTG-A-A-TGA-A-GTAACCACAAGAAATA
gi|32 : T--GTA-T-G-GAAAATT--A--------T-T-T-ATTCAACT-CTTTATCAATT-GTAT-GAC-C--CAGAGGT-A-TTT--AGTGTTT-TTTAAAGA-T-TGGCACA-A-TGA-GAGTATC
gi|33 : tatcaatTGTTTACAGCAATG-A---GT--G-TCTT--A-----C-G--TGGCCTTTAGCT-TACCAC-ACA----GA---TGTTTCATG---CAA-CAATTACTTA-GTAT----G--AAA---CCAGG-T-GTTC-TAAGtcccacccac
gi|35 : gtTATCT----T--T-GG--T-A-TATG--TGA-A-AATACTTTC-AAA-GGTTTCCAACT---C-TTATCTG--GCATGC-TA-
gi|36 : G-CTTTAC--ATT--CA--GACAC--CAT-AGT-A-TTTG-AGTGTTTGTT---AGA-T-TTG
gi|4 : TTTAGGCCCAAGTCA-TT-CA--TGT-GAGACAGC-G-TT-G---A-ATAGTCT-TACG--GATAAATGG-TTCA-AGAACAT----GG--ACGAT--GGAAAACTT-ACAGG-GT-AC-TATTTAT-------T----GATT--TGCGTAAAGC-ATTTGACACA----GTCAACCATAAA---GTTCTTTTGC-ACAAACTTATGTCT----T--TTGG--A-A-TTTG--TCT-C-AATACTTTT-AGATGGTTTC--AAT---C---A-CT---ATA--------A----GCA-GTGT-GTCAG-TTGGGGAG--G-TGTGTTATCT----AAAGAAAA-AC--GT----ACA-T-CCTT-AGAT--GT-TCCTCAGGGGTC-AATTT-TA-GGACCATTA----------TTCTT-C-ATA----TTG-TACATCAA-TGACTAT--CCAAAATG-TCTTA-AG---------CATTCCT-CAG----TTACAT-TGTATGCAGACGACAC----TTCACAG-GACGTGCGTGATAAATCT-ATC-----G-ATGTAATAGA------ATGA--AA-ATGAC-A-AGAGGA---TTTTAAATTGGGTGCAGAATGGAT-GC-TTA-GAAATAACCTCTGCA-TAAATC-TTCAAAAAT-CACAAT-GTAT-GCTATTTGGTACG-TGTCA-AAA-T-TTACGGAAGTGTC--GAA------------TA-T-TAAATAT--CG--------ATT--T-TAATG--GTGAA--C-AGATCA-AGTTA-AA-TTA--T-TAGGTGTTTATATTGAT--A---AT--A-CTTT--AATTATC-A--TGGG------ATACA-CAT-ATG----GAGTTTGTTTCA------AA-GAA--AA-TA-GTAA----A--AAAAACCTTGC-T-GTAC-TAAAG--A-GAGTGA---G--CTAT---TTC-ATGCCAC-CAA-A---T---GCA-CTTTT--A-AAGGTTTTTA------ACAGCA--TT-G-T-C--T---TTCCGCATTTTAG-TT-ATTGT-TGTACT---G-TC-TGGTGTCA-TATCAAA-AAC-----CAACTG----TG-TTTAGA--TAAAAATTTT-AAACTGGCAA---AA----GAGGGGCAGCAA-GAAT--ACTTTTAATCTCCGAG-ATA-TCAGG--ACCTC-----------T-A-C-TAA-T-TAT-----TTATA---TT--T-TCATTG-T-T-----------T-G-A--ACT--GGAT-G-CGCAATTTA--AGGA--TT-A-TTT--T--ATGTTTA-GAAAGTT--G---TC-TTT-TTT-GTTCAAAG-TTTCAA--ATaaatacnnnnn
gi|5 : aTTTGAT-CA----ATCGATCATGAT---GTATTGATGC-TCAA---TCTGTTT----G--TGGGGAT-A-TATG--TGA-ACAATACTTTTTAGATGGTTTC--AAT---C-TCATGT---AGATGA-AA-GATG--ACA-AGGT-GTCAA-ATGGAAAG--A-GGC--CATCTCAGAAGAAAACG-AG--GT-T--ATACTGCG---GGA---CT-GACCCAGGGTTC-AATAT-TG-TGACCTCTG-----------TTTT-T-ATCATATTTG-TT----AA-TGATTAC--CCAACATG-TATGA-AC---------CACGTTA-CAG----TC-AATATCTATGTAAATGATATCGTGCACACAA-AATGTGTCTGATAAATCA-TTT-----C-AAGTGATAGA------A-AG--AC-TTTAC-T-TGATGGCC-TTTTACATT--CCGTGTAACGG---GT-AAA-AA---AAAGTGACAA-CAAATA-TAAAGAAAA-TAC------ATC-TTAATAGAAACG-TAACA-GAA-A-TGA---AAACGTA--AAAAA-----TT--TGG-TGT
gi|5 : AAATATAAAGAAAATACATCT--TAA-TAGAAACGTAACAG----A-AAT------------GAAAACGT-AAA--------A-AA-TTT------GGTGTTTACATCAATA-A---AT--G-TCTT--A-------A--TGGT------CA-TATCGT-ATA----TA---TGTCT----------------ACTTG-GTCA----G--GAA---CTAGG-T--TTT-TAAGG----GGTTGGTTTG--T-TT---TTT-ATAT--C-AAA-G---G-CAGTA-CAATT--C-AAAATTTACAAAATTTATGCCA--TA-G-T-T--T---CCCCTCATTTGAA-TC-ATTGC-TGTACA---A-AA-TGGCATGA-AACCAA--ATCGAAGACAAAGT----TCTGATCGGC-T-----TGTT-GAATT-ACAG---AA----GA-GAGAACCAA-GAAT-CA-TTTT--------GC-ACA-CCAAAGAACCTCCA----TC-TAT-G-T-TAACT-TCT----TGTATG---CT--T-TCA-AA-T-T-----------T-G-AG-A-T--GGAT-A-C-CTGTGTC--T-GG--CT-A-TTttacatcaataaatgtcttaatggtcatatcgtatatatgtctacttggtcaggaactaggtttttaaggggttggtttgttttttatatcaaaggcagtacaattcaaaatttacaaaatttatgccatagtttcccctcatttgaatcattgctgtacaaaatggcatgaaaccaaatcgaagacaaagttctgatcggcttgttgaattacagaagagagaaccaagaatcattttgcacaccaaagaacctccatctatgttaacttcttgtatgctttcaaatttgagatggatacctgtgtctggctatttc
gi|6 : tttgatcaatcgatcatgatgtattgatgctcaatctgtttgtggggatatatgtgaacaatactttttagatggtttcaatctcatgtagatgaaagatgacaaggtgtcaaatggaaagaggccatctcagaagaaaacgaggttatactgcgggactgacccagggttcaatattgtgacctctgtttttatcatatttgttaatgattacccaacatgtatgaaccacgttacagtcaatatctatgtaaatgatatcgtgcacacaaaatgtgtctgataaatcatttcaagtgatagaaagactttacttgatggccttttacattccgtgtaacgggtaaaaaaaagtgacaacAGAATGGAAGAA---AGCT-TGA--GT-TACCCCTCTTTTCAATGCAAATCTGT-----TGAATTTTTTA-TGGCAAACAATTATCG-ACCCGTGTC--AGTTTTAGCAA-TTGTCAGGAAAATT--ATTG-AAAGACAT-TTTATC---AC-AT------TTTACGA-AT-AT--TCGGATA--AA-AAC-AAACTT--TTAACTGATCATCAATC--TGGTTTCAGACAAAAG-CA-TT-CA--TGT-GAAACAGCAC-TTAGT--A---A-CAT-TATT--GATAAATGG-TTAT-GTAACATACTGTA--GATAGT-GGCAAATTA-ATAGGTGT----TCTCTTTAT-----T----GAT---------------CTTAGTAAA----GCC-------------TTTTGTTAC-ACAAACTTTCATCA----T--ATGG--T-A-TTTG--TCA-A-AACTCTATT-AAATGGTTTC--AGT---C-TTATCT------TGG-AA-AGTC--ACA-ATGT-GTTAA-ATGGAACG--G-TGT--TTTTTCAGATGAAAAAG-AT--GT-T---CAAT-A----GAA---AT-GCCTCAGAGGTC-CATAT-TG-GGACCATTG----------TTTTT-T-ATTCTtc
gi|7 : gaaattttaacatatttattaaacatgtctataaaaagtggtatggttgcatcCCAAAGTCA-TT-CA--TGT-GAGACAAC-G-TT-GA--A-TGG-TCT-TACT--GATAAATGG-TTCA-AGAACAT----GG--ACCAT--GGAAAACTT-ATAGGGGT-AC-TATTTAT-------T----GATT--TGCGTAAAGC-ATTTGACACA----GTCAACCATGAA---GTTCTTTTGC-ACAAACTTATGTCT----T--TCGA--A-A-TTTG--T-C-A-AATACTTTT-AAATGGTTTC--AAT---T-ATATCTTTCAAATCG-TA-A-----GCA-GTGT-GTCAGTTTGGGAGGT-G-TGT--TATCT--AAAGAAAAAA-GT--AT-------AT-CCTTAGGT---GT-TCCTCAGGGGTC-AATTT-TA-GGACCATTA----------TTTTT-T-A----TATTG-T----------ACTAT--CCAAAATG-TCTTA-AA---------CATTCTT-CAG----TTACA-ATGTATGCAGACGACAC----TTCACA----------TGA----CCT-ATG-----G-ATGTAATAGA------ATAA--AA-ATTGC-A-AGAGGA---TTTTAAATTAGGTGCAGAATGGA
gi|8 : cagtattagTTTGCATCAA-------AT--G-T-TT--A-----C-AGTTAGT------C---ATCAC-ACG----GA---TGTTTTATG---CAA-GAA--ACTTAAGTCA----G--ACA---CTAGGGT-GTTTATAAGG--A-GATTGA---G--CAAT---TTTCATGT--C-CAAGA---G-AAGCA-CTACT--C-AAAATTAACA------ATGCCA--TA-G-T-A--T---TCCCACATTTACA-TT-A-TGT-TGTACG---G-TA-TGGCATGATTGCCAGG-AAC-AAAACAAATA----TC-ACTAGGC-T-----TTTT-AAATT-ACAA---AA-----A-GAGCAGCAA-GGAT-CA-TTTT--------AG-ACA-TCAGAGTACCTCAG----TC--GT-GTT-CAACT-TTT----AATATG---TT--A-TCA-AG-C-T-----------T-G-AG-A-T--GGAT-G-C-CCATGCC--A-GA--CT-A-TTC-ATG-ATA-TCG-GAAATTT--A------TCT-TAT-CTTCAAAG-TTTTAC--ATT-GTAT-GACAC--CA-GAGT-A-TTTGAAGTGTTT-TT---AGA-T-TTGTG-A-AGTGA-G-G-ATCCACA
gi|9 : AAA-----CG--TTG-TATAATTGT--TGGTA--A-CATT--G-T--TATAGAAAATGT-GAAATG-CGCTA-AA-CTT--T-CGGGCGTTTACATCGATA-T---AT--G-CCCT--A-----T-G--TGGT------TT-TATAAC-ATA----GA---TGCCGTATG---CAA-AAA--ACTCA-GTTA----G--AAT---TTAAG-T-GTTT-TAAGT----GATT-----T--TAAT---TTC-ATGT--C-AAA-G---G-AAGCA-CAACT--C-AAAATTTACG------ATGCAA---------A--T---T---AAATTTTTT-CTCATTGG-TTTACT---G-TA-TGGCACGA-TGCCAAG-AAC-AAGACAAATA----T------------------------TT-ACCG---AA----GA-GAGTAGCAA------TATGT-----------------TCAGTGTA-------------AGC-T-T-C---C-TGT----A-TATG-------A-TCA-AA-T-A-----------T-G-AG-A-T--TGAT-G-C-CTGTGT-----GG--CT-A-TTT--TGAATA-CCA-AAAGGTT-------T-TCT-TG-------------TTAC--------AT-GCCAC--CA-GATT-A-TTTG-AATGTTT-CT---AAATT-TTGTC-A-A-TGA-G-GTAACCACga
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|34 ): TGTCATTTGCTTGTAGATTATTAAGTCGATATTTACACGATTTAAACCATCAAACATTACTTCACAACTCTTATATTTTGGAATATGTTGAAA
Alignments
lowQualScore : 222 1 11 1 11 22222 1 11 1111 11 1 1 222 666666666666666666666 1 1 111111111 1 11 111 11 33333333333333333333333 22222222222222 111 22222 222222222222 222222 111111111 11111111111 1111 11111 111 11111 1111 1111111111 222222 111 1111111 222222 222222222 111111 222 2222222 11 1 111111 222222 111 111111 555555555555555555555555555 111 1111 1111111111111 111111111 1111 111 1111 1111111111111 11111 111 111111111111 11111 1111111111111 111 1111111 1111 22222222222 111111111 2222222222 11 111111111111
lowQualScore : 1 111 5 88 5 1 88 22 1 66666 1 5 1 44 3 6666 88 2 2 000 000000000000000000000 3 3 666666666 3 1 11 22 111 44 5 5 66 88 1 2 00000000000000000000000 0 66 5 1 5 0 88888888888888 222 5 0 33333 3 111111111111 4 666666 88 33 9999 0 2 444444444 2 3 1 7777 44 5555 3 77 1 3 3 3 1 44 1 66666 1 88888888888 1 2222 7 3 66 1 88888 1 222 0 3 55 22222 4 3 7777 666 3 1 3 4 44 1 3 3 1 4 4 7777777777 4 4 0 4 222222 55 1 4 1 4 4 000 888 77 7777777 1 444444 1 5 55 0 22 2 6 222222222 1 4 222222 5 66 4 55 9 222 0 2222222 4 99 4 1 55 55 11 66 1 5 5 1 333333 222222 5 55 222 0 66 0 444444 44 66 222222222222222222222222222 55 0 55 555 333 4 4 3333 3 1 3 555 44 3 5555555555555 444444444 9999 4 2222 222 1 777 4 55 3 4444 55 666 3 3 3 6666 2 2222222222222 3 11111 3 000 66 3 9999 1 999999 0 555555555555 666 0 0 77 6 1 3 6666 3 3 222 3 2 66 5555 999999 2 33333 33 2 0 444 5555 2 2 2 2 0000000000000 2 0 55 66666 99 5 2 2 333 4444444 888 2222 3333 777 88 99999999999 33 2 2 4 1 99999999 2 222222222 66666 8888888888 7 44 6 2 33 5 2 33 66 2 2 22 444444444444 0 2 2 55 3 3 3 3 3
lowQualScore : . ... . .. . . .. .. . ..... . . . .. . .... .. . . ... ..................... . . ......... . . .. .. ... .. . . .. .. . . ....................... . .. . . . . .............. ... . . ..... . ............ . ...... .. .. .... . . ......... . . . .... .. .... . .. . . . . . .. . ..... . ........... . .... . . .. . ..... . ... . . .. ..... . . .... ... . . . . .. . . . . . . .......... . . . . ...... .. . . . . . ... ... .. ....... . ...... . . .. . .. . . ......... . . ...... . .. . .. . ... . ....... . .. . . .. .. .. .. . . . . ...... ...... . .. ... . .. . ...... .. .. ........................... .. . .. ... ... . . .... . . . ... .. . ............. ......... .... . .... ... . ... . .. . .... .. ... . . . .... . ............. . ..... . ... .. . .... . ...... . ............ ... . . .. . . . .... . . ... . . .. .... ...... . ..... .. . . ... .... . . . . ............. . . .. ..... .. . . . ... ....... ... .... .... ... .. ........... .. . . . . ........ . ......... ..... .......... . .. . . .. . . .. .. . . .. ............ . . . .. . . . . .
lowQualScore : 0 000 5 00 0 0 00 00 0 00000 0 5 0 77 7 7777 33 0 3 333 777777777777777777777 3 3 333333333 3 2 00 44 777 22 0 0 99 11 1 8 00000000000000000000000 9 99 0 0 0 1 22222222222222 888 0 1 22222 6 222222222222 4 666666 44 11 4444 1 7 999999999 9 6 0 1111 66 4444 3 99 8 3 3 3 2 66 0 00000 0 99999999999 3 7777 3 6 22 4 00000 8 888 4 6 00 00000 2 6 7777 444 6 2 6 5 66 5 6 6 0 0 9 5555555555 0 0 8 4 777777 55 0 0 0 0 0 222 888 66 6666666 1 999999 1 0 22 1 88 0 5 333333333 0 4 888888 3 11 4 88 2 999 8 9999999 4 88 4 1 88 99 11 44 0 0 0 0 555555 888888 0 99 555 1 11 9 777777 77 33 888888888888888888888888888 55 3 55 444 666 0 0 9999 5 0 3 888 66 3 0000000000000 333333333 3333 0 5555 555 5 000 0 00 6 1111 00 444 6 6 6 9999 3 1111111111111 6 77777 6 000 66 6 7777 0 666666 5 666666666666 444 4 3 66 7 2 1 4444 1 1 555 1 9 77 7777 444444 7 33333 11 7 1 777 7777 7 7 7 7 3333333333333 7 3 77 55555 99 0 5 5 111 3333333 222 5555 8888 444 88 99999999999 11 2 2 4 0 00000000 4 888888888 22222 8888888888 5 44 5 4 22 0 5 44 88 5 5 99 333333333333 3 7 7 88 1 1 3 3 2
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGANTGGAAGAACAAAGCTACGAAGGTGTACCCCNCTTTTCAATGNNANTCTGTGAGAGTGAATTTCCNAATGNCAAACAATTATCGTACCCGTGTCTGAGTTTTACC--TTCGTCAGGCAAATTTA-TTGAAAGACATGTT-TC----ACAA---AT---TTTACGA-AT-ATCCTCGNAT-AGAAC-AAACTT--TTAAAGGAACATCAATC--GGGTTTCAGACCAAAG-CA-TT-CA--TGC-GAGACNGC--T--T----TG-CAATAGTAT-CATT--GATAAATGG-TTNA-AAAACAT----T-GAACAA--GG--NAAACTT-ACAGGTGTA--TNTTTATAT-----C----GA-TTTAAGCG-AAAGC-ATTTGACACA----GTCAACCATGANGT---TCTGTTGC-ACAAACTTNTGTCT----T--TTGG--T-A-TATG--TGA-A-AATACTTTT-AAATGGTTTC--ANT---C-TTATCT---ACA---CGATAGATC----GCA-ATGT-GTCAA-ATGGAAAG--G-NGTCATCTCAGAAGAGAAAG-AT--GT-T--ACAAT-C----GG---A-GTCCC-TCAGGGNTCN-ATAT-TG-GGNC-CATTG----------TTTTT-T-ATTCTTTTTG-T-A----AATGACTAT--CCNAAATG-TTTNA-AG-CATTCT-A-CAG---TCACAT------ATGTATGCAGACGATAC----CNCGC-AAGATGTTTCTGATAAGTCTNT------NGANGTAA-TAGA------ANAA--AAATTG-CA-AGACGATC-TTTTAAATT--CTGCGGAATGGAT-GC-AAA-AAAATAAACTCAC-GATAAA-TCTNAAGAAAA-CACAAT-GTATCGTTAATNGG-----NAC-GT-N-CAGAA-A-TTA-TCGAAATGTA--GAAAA-----CTTTG-TG-TAAATGTA-CGG-------AAA-AT--T-C-T--TA--GAAA--ATG-T-AAATCG-TGCTA-AA-CTT--T-TGGGTGTTTANATCGATG-A---AT--G-TCTT--A-----C-G--TGGT------CT-TAT---CAC-ACG----GA---TGTTTTATG---CAA-GAA--ACTTA-GTCA----G--AAA---CTAGG-T-GTTT-TAAGG--A-GATTGA---G--CAAT---TTT-ATGT--C-CAA-A---G-AAGCA-CTACT--C-AAAATTTACA------ATGCCA--TA-G-T-A--T---TCCCACATTTTAN-CT-ACTGT-TGTACN---G-TA-TGGCGCGA-TGCCAAG-AAC-AAGACAAATA----TC-GCTAGGC-T-----TTTT-AAATT-ACAA---AA----GA-GAGCAGCAA-GGAT-CA-TTTT--------AG-ACA-TCAGAGTACCTCAG----TC-AGT-G-T-CAA-T-TTT----A-NTATG---TT--A-TCA-AA-CT---T--G-A--A------T--GGAT-G-C-CNATGCC--A-GA--CT-A-TTC-AT--ATA-TCG-GAAAATT--A---AT-TCT-TGT-NTTCAAAG-TTTTAC--ATT-GTAT-GACAC--CAGGAGT-A-TTTG-AGTGTTT-TT---AGA-T-TTGTG-A-A-TGA-G-GTATCCACAAGAAATA
Reference ( family-1469 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGANTGGAAGAACAAAGCTACGAAGGTGTACCCCNCTTTTCAATGNNANTCTGTGAGAGTGAATTTCCNAATGNCAAACAATTATCGTACCCGTGTCTGAGTTTTACC--TTCGTCAAGCAAATTTA-TTGAAAGACATGTTTTC----ACAAT--AT---TTTACGA-AT-ATCCTCGGATAAGAAC-AAACTT--TTAAAGGAACATCAATC--GGGTTTCAGACCAAAG-CA-TT-CA--TGC-GAGACNGC--T--T----TG-CAATA-TAT-CATT--GATAAATGG-TTNA-AAAACAT----T-GAACAA--GG--NAAACTT-ACAGGTGTA--TNTTTATAT-----T----GA-TTTANGCG-AAAGC-ATTTGATACA----GTCAACCATGANGT---TCTGTTGC-ACAAACTTNTGTCT----T--TTGG--T-A-TATG--TGA-A-AATACTTTT-AAATGGTTTC--ANT---C-TTATCT---ACA---CGATAGATC----GCA-ATGT-GTCAA-ATGGAAAG--G-NGTCATCTCAGAAGAGAAAG-AT--GT-T--ACAAT-C----GG---A-GTCCC-TCAGGGNTCN-ATAT-TG-GGNC-CNTTG----------TTTTT-T-ATTCTTTTTG-T-A----AATGACTAT--CCNAAATG-TTTNA-AG-CATTCT-A-CAG---TCACAT------ATGTATGCAGACGATAC----CNCGC-AAGATGTTTCTGATAAGTCTNT------GGANGTAA-TAGA------ANAA--AAATTG-CA-AGACGATC-TTTTAAATT--CTGCGGAATGGAT-GC-AAA-AAAATAAACTCAC-NATAAA-TCTNAAGAAAA-CACAAT-GTATCGTTAATNGG-----NAC-GT-N-CAGAA-A-TTA-TCGAAATGTA--GAAAA-----CTTTG-TG-TAAATGTA-CGG-------AAA-AT--T-C-T--TA--GAAA--ATG-T-AAATCG-TGCTA-AA-CTT--T-TGGGTGTTTANATCGATG-A---AT--G-TCTT--A-----C-G--TGGT------CT-TAT---CAC-ACG----GA---TGTTTTATG---CAA-GAA--ACTTA-GTCA----G--AAA---CTAGG-T-GTTT-TAAGG--A-GATTGA---G--CAAT---TTT-ATGT--C-CAA-A---G-AAGCA-CTACT--C-AAAATTTACA------ATGCCA--TA-G-T-A--T---TCCCACATTTTAN-CT-ACTGT-TGTACN---G-TA-TGGCGCGA-TGCCAAG-AAC-AAGACAAATA----TC-GCTAGGC-T-----TTTT-AAATT-ACAA---AA----GA-GAGCAGCAA-GGAT-CA-TTTT--------AG-ACA-TCAGAGTACCTCAG----TC-AGT-G-T-CAA-T-TTT----A-NTATG---TT--A-TCA-AA-CT---T--G-A--A------T--GGAT-G-C-CNATGCC--A-GA--CT-A-TTC-AT--ATA-TCG-GAAAATT--A---AT-TCT-TGT-NTTCAAAG-TTTTAC--ATT-GTAT-GACAC--CAGGAGT-A-TTTG-AGTGTTT-TT---AGA-T-TTGTG-A-A-TGA-G-GTATCCACAAGAAATA
gi|1 : AGACTGGAAGAACAAAGCTACGAAGGTGTACCCCGCTTTT--ATGATATTCTGTGAGAGTGAATTTCCAAATGTCACATAATTATAGTACCTGTACCTGAATTTTACC--TTCACTAAGCAAATTTT-TGGAAAGACATGTTTTTCTGAACAAAGAAT---TTTACGAGATGATTTGTGAGT--GAAC-AAACTT--TTAAAGGAACATCAGTC--GGGTTTCAGACCAAAA-CAATT-CA--TGT-GAAACTGC--TCTT----TA-CAATA-TATTCATT--TTTAAATGGCTTGA-AAAACAT----T-GAATAAAAGG--TAAACTT-ACAGGTGTAAATTTTTATATCATTTT----GA-TT--AGCA-AAAGCTATTTGATATATGTAGTCAATCATGATGT---TTTGTTGC-ACAAACTTTTATCT----T--TTGG--T-A-TATG--TGA-A-AATACTTTC-AAATGGTTTT--ACT---C-TTATCT---ACA---TGCTAGATC----ACA-ATGT-GTAAA-ATGGAAAG--G-GGTCGTCTCGTAAGAGAAAG-AT--GT-T--ACAAT-C----GG---A-GTCCC-TCAAGGCTCT-ATGT-TG-GGTC-CTTTG----------TTTTT-T-ATTCTTTTTG-T-A----AATGACTAT--CCTAAATG-TTTGA-AG-CATTCT-A-CAA---TC-CAT------ATATATGCAGAAGATAC----CACGC-AAGATGTTTCTGATAAGTCTTT------GGAAGTGA-TAGA------CAAA--AAATTA-CA-AGACGATC-TTTTAAATT--CTATTGAATGGAT-GCCAAA-AAAATAAACTCAC-TATAAA-TTTGAATAAAA-CACAAT-GTAT-GTTAATAGG-----AAC-TT-CTCAGAA-A-TTA-TTGAAATGTA--GAAAA-----CTTTG-TG-TAAATGTA-AGGGG-----AAA-AT--T-C-T--TA--GAAA--ATG-T-AAATTG-TGCTT-AA-CTT--C-TGGGTGTTTATATTGATG-A---AT--G-TCTT--G-----C-G--TGGT------CT-CAT---CAC-ACG----GA---TGTTTTATG---CAA-GAA--ACTTA-GTCA----G--AAA---CTAGG-T-GTTT-TAAGG--A-GATTGA---G--TAAT---TTT-ATGT--C-CAA-A---G-AAGTA-CTACT--C-AAAATTTACA------ATACCA--TA-G-T-A--T---TCCCACATTTTAA-CT-ATTGT-TGTACA---G-TA-TGGCATGA-CGCCAGG-AAC-AAAACAAATA----GC-ACTAGGC-T-----TTTT-AAATA-ACAA---AA----AC-GAGCAGCAA-GGAT-CATTTTT--------AGTACACTCAGAGTACCTCAG----TC-AGT-G-T-CAA-T-TTT----A-ATATG---TT--A-TCA-AG-CT---A--G-A--A------T--GGAT-G-C-CATTGCC--A-GA--CTCA-TTC-AT--ATA-TCG-GAAAATT--A---ATCTCT-TAT-CTTCAAAG-TTTTAC--ATT-GTAT-GACAC--CAGGAGT-A-TTTG-AGTGTTT-TT---AGA-T-TTGTG-A-A-TGA-G-GTAT-CACAAGAAATA
gi|10 : gaaaatttatcattggaaattgtcttacggagggtgacgtctcgtcaACAT--TAAAAATAACATCAATC--GGGTTTCAGACCAAAA-CA-TT-C-------------GC--T--TA---TA-CATAA-TAC-CATTTGAATAAAT-G-TTCA-AAACAAT----T--AACAA--GG---AAACTT-CCAGGTGTA---ATTTTTAT-----C----GAGTCTAAGCA-AA
gi|10 : tctaatactatacacccgttaatcattgtaaacagatgacaggtttaaccttg-ACATACTTTTATAT----G--TTGG--T-AATATGAATGACA-AATAGTTTT-A--TGGTT-C--ACT---T-CTAT-T---ACA---CGATAGATCCG--GAA-ATGT-GTCAA--TGAAA----G-AATCATCTCA-AAGAGAAAG-AT--GT-TTGACCAT-C----GG---A-GTCCCCTCAAGGATCTTATAG-TG-GGTTTCAAGG----------TTT-T-T-ATTATCTTTGTT-A----AAGGACTAC--CCTATATGTTTTGA-AA-C-TTCT-A-Ccatacttttatatgttggtaatatgaatgacaaatagttttatggttcacttctattacacgatagatccggaaatgtgtcaatgaaagaatcatctcaaagagaaagatgtttgaccatcggagtcccctcaaggatcttatagtgggtttcaaggtttttattatctttgttaaaggactaccctatatgttttgaaacttctac
gi|11 : tctaatactatacacccgttaatcattgtaaacagatgacaggtttaaccttgacattaaaaataacatcaatcgggtttcagaccaaaacattcgcttatacataataccatttgaataaatgttcaaaacaattaacaaggaaacttccaggtgtaatttttatcgagtctaagcaaTAT-----T----GA-CTTACGTA-AGGAC--TTTGATACA----GTTAACCATGGAGT---TCTTTCGC-ACAAACTTATGTCTTTCAT--TTTG--A-A-TTTG--TCG-C-AATACCTTT-AAATGGTTTC--AAT---C-ATATCTTTCAAA---TCATAA-------GAA-ATGT-GTAAG-TTGGAGAGTTG-TGTTAT-TCAAAGCAAAAAGCAT--A-----ACCTT-T----GG---T-ATTCC-TCAGGG-TCA-AT-T-TT-AGAC-CATCA----------TT-------TTCATATTG-T-ACATTAACGATTAT--CCAAAATA-TCTTA-AA-CATTCT-T-CCG---TTACA-------ATGTATGCAGACGATAC----------------TTT--------------------GATGTAA-TGGA------ATCA--AAACTG-CA-GGATGA---CTTTAAGTTG-GTATAAAATGGAT-GT-TGA-AAAA
gi|12 : ggttctgttA--ACTCA-GTCA----G--AAA---CTACG-T-GTTT-TAAAG--A-TATTGA---G--TAAC---TCT-ATGT--C-TAA-A---G-AACCA-CTACT--C-AGAATTTAGA------ATACCA--GA-G-T-G--T---TTTCTCACTTT-T-CT-ATTGT-TACACG---G-TA-TGACACGA-TGCCAAG-AAC-AAGACAAATA----TC-ACTGGGC-T-----TTTT-CAATT-ACAA---AA----GA-GAGTAGCAA-GGAT-CA-TTTT--------AG-TTA-TCAAAATACCTCAA----TC-TGT-G-T-CAACT-TTT----A-CTATG---TT--A-TCA-AA-CTTC-T--G----T------T--GTAT-G-C-CTATGCCATA-TA--CT-ATTTT-AA--ATA-TCG-GAAAATC------AT-TCT-TAT-GTTTAACG-TTTT--------------ACAC--CA-GAGT-A--CTG--------------------TTGTG-A-A-TGA-G-GTATCCACTAGAAAT
gi|13 : --TTGAAATAGCATCAATC--GGGTTTCAGACCAAAA-CA-TT-CG--TGC-GAAACTGC--T--G----TA-CA-TAGTAT-CATT--GATATATGG-CTTG-AAAACAT----T--AACAA--GG--GAAACTT-CCAGGTGTA--ATTTT-TAT-----C----GA-TCT-------AAGC-A----------------AAGCATG---------------------CTTATATAT----T--TTGG--T-A-TATG--TGA-A-AACATTTTT-AAATGGTTTC--ACT---C-TTATTT---TCA---CGATAGATT----GCA-ATGT-GTCAA-ATGGAAAG--G-AGT-ATCTCAAAAGAGAACG-AT--GT-T--ACCAT-C----GG---A-GTCCC-TCAAAGCTCT-ATAT-TG-
gi|14 : ctatatacacacctggtaaagcattgtaaacagatgacagatttaaccgacaATTGA---GGNNNNN---NNN-NNNN--N-NNN-N---N-NNNNN-NNACT----AAAATTTTCA------ATAACAGATATG-T----T---TCTCAC---TTAGTCT-ATTGT-TACATG---GATA-TGCACCCA-TGCCAAG-AAC-AAGACGAATA----TC-ACT--GC-T-----TTTT-TCATT-ACAA---AA----GA-GAGTAGCAA-GGAG-TA-TTTT--------AG-ACA-TCAAAATACCTCAA----TCTCGTAG-T-CAACT-TTT----A-CTATG---TTT-ACTCA-AA-CT---TCTG-T---------T--GTAT-G-C-CTATGCC--A-TATACT-A-TTT-AA--ATA-TCG-GAAAATC--T---AT-TCTATGT-TTT-AACG-TTTTAC--AGT-GTAT-GACAC----AGAGT-A-TTT---------------------TTGT--A-A-TGA-G-GTATCCACTAGAAAT
gi|15 : TAT--CATAAATG-TTTAA-AGACAGACTCG-CAC---TCGAATGTTTCTATATATGCAGATGATGC----ATCAC-AGTATGTTTCACACAAGTCTATTGAATCAGATGTTA-TTGA------ACAA--AGGTTG-CA-TGATGAT--------------------ATGGAT-GA-AAA-GTAATAAACTTAC-GATGAA-CCTGAAAAAAA-AACAAT-GTAT-GTTGATTGC-----CACTGC-A-CAAAA-A-CTC-TCAAAATGTA--GAAAA-----ATGTG-TA-TCAAAGTA--GG-------AGATATTGT-T-T--TA--GATA--CTGTT-AAATC--TGCCA-AA-GTTG-T-TGGG-GTACAAATTGATG-A---AT--G-TCTT--A-----C-T--TGGT------CT-
gi|16 : tgattCT--A-AAATTTTAGA------ATAC-A--CA-G-T-A--TGTTTCTCAC---TTA---T-ACTAT-TGTACATGGG-TA-TG-CACGA-TGCCAAG-AAC-AAGACGAATA----TC-ACT--GC-T-----TTTT-TCATT-ACAA---AA----GA-GAGTAGCAA-GGAG-TA-TTTT--------AG-ACA-TCAAAATACCTCAA----TCTCGTAG-T-CAACT-TTT----A-CTATG---TTT-A-TCA-AA-CT---TCTG-T---------T--GTAT-G-C-CTATGCC--A-TATACT-A-TTT-AA--ATA-TCG-GAAAATC--T---AT-TCTATGT-TTT-AACG-TTTTAC--AGT-GTAT-GACAC----AGAGT-A-TTT---------------------TTGT--A-A-TGA-G-GTATCCACTAGAAATgtac
gi|17 : ATGGAT-ATTAAA-ACAACAAACTTAC--ATAAA-TCTTAAGAAAATCACAGTAGCATAGTTAATATGCTCCTTAG-GT-A-CAGAA-
gi|18 : aggcaaattacatagtggcttaaaaatataacttcgttgcgtattttagCCAAG-AAC-AAAATAAATA----TT-ACTAGGC-T-----TTTTTAAATT-GCAA---AA----AA-GAGCAGCAAAGGATGCA-TTTT--------AG-A-A-TCAGATT-CCTCAG----TC-AGT-G-T-CAC-C-TTTAC--A-CCATG---TCTGA-TCA-AATCT---TA-G-AG-A------T--GAAT-GCC-CGATGCC--A-GAT-CT-T-TTG-AT--ATA-TC--GAAAATT------AT-TCT-TGT-CTTTAAAGATTTTAC--AGT-TTGT-GACACATCA-GAAT-A-TTTG-AGTGTTG-TT---AGA-T-TTGTG-A-A-TGA-G-ATTTC--CAAGAAATtacccaagattaagtattaattgcaagaaaaggacatatgtgatgacttttaaaaaagtggatgaacgtacaatcactacaacgtatagtgataatagtatcttggtgcaaaattactttgggttgcttacacaaggctatattgtgacacgatgcct
gi|19 : CTGTATGAAAT---G-TA-TGACATTT-TGCTAAG-AAC-CAGACAAATA----TC-ACTCGGT-T-----TTTA-AAATT-ACAA---AC----GA-GAGCAGCAA-ATAT-AG-TTTT--------AG-ACA-TCAAAGTATCTCAA----TC-AGT-G-T-CAA-C-TTA----A-CCATG---TT--A-TAA-AA-CT---T--A-AG-A------T--GGAT-G-C-CCATGTC--A-GA--CT-A-TTT-TT--ATA-TCG-GAAAAT---A---AT-TCT-TGT-GT------------C--ATT-GTAT-GAAAA--CAG-AGT-A-TTTA-AATGTGT-TT---AAA-T-TT
gi|2 : AATCATGGGTTTCAGACCAAAA-CA-TTTCA--TGTTGAAACTGC--T--T----AGACTATA-TAT-CATT--ATTAAA--G-TTGA-AAA-CAT----TTGATAAA--GG--TAAACTT-ACAG-TGTA--T--TTATAT-----G----AG-TTTAAGCA-AGAGC-ATTAGATACA----GTCAATCATGAT-TAAATTTGTTGC-ACCAGTTTA---CT----TACTTGG--T-A-TAAT--TAA-A-GATACTTCA-ATATGTGTTC--ACT---CATTATCT---ACATATCTAT-GATC----ACAGATGTAGTCAA-ATGGAAAG-----GTCATCTCA-AAGA-AAAC-AT--G--T--ACAAT-C----GGAATA-GTCCC-TCAGGGCTTA-CTATCTG-GGTC-C-TTG----------TTTTTAT-ATTCTTTTTG-TAA----AATG-CTATACCTAAAATG-TTTTA-AG-CATTC--A-CAG---TCA-AT------ATATAT-CAGAT-ATAC----CACGCAAAGATGTTTCTGATAAGTCTTTG-----GGATGTGATTGGA------AAAA--ATATTGCCA-AGAC-ATCGTTTTAAA-T--CTATTGAATGGAT-GC-AAATAAAATAAACTCACTAATAAA--CTT--GAAAA-AACAAT-GTATCGTTAATAGG-----GAC--T-T-CAGAATA-TTA-TTAAAGT-TA--GAAAAT----CTTTGATG-TAATTGTA--GG-------GAA-AT--T-CTT--TA--GAAA--ATG-T-AAATTGTTGCTA-AATCTT--C-TGGG-GTTTATATTGATG-A---ATCGG-TCTT----------G--TGGT------TC-TAT---CAC-ACGA---GA---TG--TTATG---CAAGGAA--ACTTA-GTCAGTC-G--AAA---CTAGT-G-GTTT-TTGAG--A-G-TTGAG--G--CAAT---T----TGT-----AG-A---G--ACCA-CTACT--C-AAAATTTACA------ATG-CA--TA-GATAA--T---TCCCACA-TTAAA-CT-ACT-T-T-TACG---G-TATTGGCATGA-TGCCAGGAAACAAAAACAAATA----TC-AC-AGGCTT-----TTTT-TAATT-ACGA---AA----AA-GAGCAGCAA--GAT-CA-TTTT--------A--ACA-TCAGAGTAC--CAG----TC-AGT---T-CA----TTT----A-TAATGCTCCT--A-T-A-AG-CTATAT--G-ATCATGCAACT--GGATAG-C-TCATGCC--A-AA---------T-AT--ATA-GCGCGAAAATG--T---AT-TCT-TATCTTTCAAAG-TTTTAC----T-GTATGGACAC--CAAGA-T-ATTTTG-AGTGTTT-TT---TAA-TGTTGTG-A-A-TGATG-G--TTCA-AAGAAATAcacaagaagta
gi|20 : aCATTTTAC-TT-ACTGT-TGTACT---G-TC-TGGTGTCA-TGTTAGA-AAC-----CAACTGTGTTTA-GATAAAC-T-----TTTT-AAACT-GCAA---AA----GA-GGGCAGCAA-GAAT-AC-TTTT--------AG-ATA-CTCGA-TATATCAGGACCTC---T-A-C-TAA-T-TTT----T-TTATG---TT--C-TT---G-TT---T--G-A--AC-----T--GGAT-G-C-CAAT
gi|21 : tttcaaagaaaatagtaagaaaacttgctgagtgagctatttcatgccaccaaatgcactttttgTCTAT------TGAGTTAT-CAGA------ACAA--AGATTT-CA-TGG-GAT---TTAAAACT--CTATGAAATGGAT-GG-AAA-GTAATAAACCTAC-GGT-GA-CCTAAAGA-----ACATT-GTATAGTCGATTGG-----TAC--T-G-CACAA-A---ACCCGAAG---A--GGATA-----TTTT-------AAT-TA-TTG---------------T-T-T--TA--GATGCTATG---AAATC--TGCCA-AA-CTT--TCTGGGGGTACAAATTGATG-A---AT--GTTTTT--A-----C-T--TGGT------CT-taaggat
gi|22 : AATTTA-A------ATGTC-------------T---TTCCACATTTTAC-TT-ACTGT-TGTACT---G-TC-TGGTGTCA-TGTTAGA-AAC-----CAACTG----TG-TTTAGA--TAAAAATTTT-AAACT-GTAATTTAATCTTGA-GGGCAGCAA-GAAT-AC-TTTT--------AA-ATA-CTCGAG-ATATCAG----GA-ACT-C-TACTA-T-TTT----T-TTTTA---TT--T-TCT-TG-TT---T--G-A--AC-----T--GGAT-G-C-CAATTAA--G-GA--TT-ATTTC-AT--gtcccta
gi|23 : catgac--T-T-T--TA--GATA--GTG-TTAAATC--TGCTATAA-CTC--T-TGGGTAC--AAATTGATGGA---AT--G-TTTTTTA-----CTG--TGGT------CTGTA----CACTATT----GACT-TCTTTAATGTAACAA-AAA--AACTA--TCACCGGA--AAA---GTAGG-TTGTTT-TACGG--ACGTTTTA---A--CAACCTGTTT-ATGT-----AA-AT--GCAGGCA-TTGGT--TGAAAATTTACA------gct
gi|24 : gtgctatcaagtaggagatgttcgTA-TCGAAATGCA--GAACA-----CTTTG-TG-TAAATGTA-GGT-------AAA-AT--TTC-T--TA--GAAA--ATA-T-AAATTG-TGCTA-AA-CTT--C-TGGGTGTTTATATCGATG-A---AT--G-ACTT--A-----C-G--TGGT------AT-CAT---CAC-TTA----GA---TCTTTTATG---CAA-GAA--ACTTA-GTCG----G--AAA---CTAGG-T-GTTT-TAAGG--A-GATTGA---G--TAAT---TTT-ATGT--C-CAA-A---G-ACGCA-CTACT--C-AA
gi|25 : C-AAGACAAATA----TT-GACAGGC-T-----TTTT-AAAAT-AC--------------TAGTAGCAA-GGAT-CA---------------------------ACCCCAA----TG-AAT-G-T-CAA-CGTTT----A-TCATG---CT----TCA-TA-TT---T--G-A--A------TATGGAT-G-C-CTCTGT-----GA--CT-A------------------------------AC-TCTGTG--ATGGAAAG-TTTTAC--ATTCGTAT-GACAT---ATGAGTTA-TTTG-AAAATTT-CT---AGA-T-TTGTT-A-A-
gi|26 : attactcagggatttttC-AAGACAAATA----TT-GACAGGC-T-----TTTT-AAA-T-AC--------------TAGTAGCAA-GGAT-CA---------------------------ACCCCAA----TG-AAT-G-T-CAA-C-TTT----T-TCATG---CT--C-TCA-TA-TT---T--G-AATA------T--GGAT-G-C-CTCTGTT--T-GA--CT-A-CTC---------------------------------TGT-GATGGAAG-TTTTAC--ATC-GTAT-GACAT--C-TGAGT-A-TTTG-Aac
gi|27 : attactcagggatttttC-AGT-G-T-CAA-C-TTTTTAAA-ACATG---TT--A-TCA-AA-CT---T--GCG--A------T--GGAT-G-C-CCATGCC--A-GA--CT-A-TTTTAT--ATA-TCG-GAAAATT--A----T-TCT-TGT-CTTCAAAG-TTTTAC--ATT-GTAT-GACAC--CA-GAGT-A-TTTG-AGTGTTA-TT---AGA-T-TTGTG-A-A-TGA-G-GTATCCATAAGAAATa
gi|28 : cTATGCTCTT--G-TCA-----T---T--G-T--A------T----AT-G-CGCACTGCC--C-GT--CT-A---C-CT--AGA-T---GAGAATT--ATTTATGTCT-TGT-GTTTAAAG-TT--AA--ATTCGT-T-GACAT--CAG-ATT-A-TTTG-A------------AAA-T-TTGTG-AGA-TGA-A-G--TCCACAA
gi|29 : aGTCATCTCAGAAGAGAAAG-GT--GC-T--ACAAT-C----GG---A-GTCCC-TCAAGGCTCT-ATAT-TG-GGTC-CTTTGTATTTTTTTTTTTTT-T-ATTCTTTTAG-T-A----AATGACTAT--CCTAAATG-TTTGA-AG-CATtcagaata
gi|3 : AACAATTACCGT--CAGTGTCTG--TTCTGCC--TTTGTCA-GCAAAATTAATTGAAAGACATG---TC----ACAATC-ATTGGTTTACGA-AT-ATCCTCATACCAGCACTAAATCTAATCAGTGGGAAAACAGTC---AGTTTCAGGCCAAG---A-TT-TAATTGC-GAGACAGC--T--CTTCATG-GAGTA-TA---A-T--GA-AAATGG-TTTACGAAACAT----C-G-ACAAT-GGCACAAACTTAACAGGTG----TCCTTAT-T-----TGCTAGA-TTTAAGTT-AAAGC-TTTTGACACG----GTAAATCATCAGGT---ATTACTTCAACAAACTACTGTC-----T--TTGG--TAA-TATGT-TGA-A-AA----TTC-AA----TTAC--AATTGGC-TTGTCA---A-------ATAGATC----ACACATGT-GTTCG-ATGGAATG--GCAGTTAGCT------AGATAG-ATTAGTAT--GCAAT-A----GG---A-GTACC-TCAAAGGGCA-ATAC-AGCGTCC-CATTG----------TTTTT-TAATTCTCTATG-T-A----AATGACTAC--CCCGATTG-CTTTACAA-CACTCT-ACCAGCCCCCCCAT------ATGTATGCGGATGACACA---AACGC-AAGATG-TTCGGATAA------------AGAA-TAA-TAGATGTTTCAAAAGCAAATTA-CATAG--GATC-TTAAAAATA--CTTTGGAATGGATGGC-ATA-AAAAC--ACTTAC--ATAAATTCTTAAGAAAA-CACAGT-GCATCA-TAATTGG-----TAC-GA-A-CAAAG-ATTTA-AGAAAATGCA--GGAAA-----GTTAT-TGATGAAAGTG-CGATGATATCACA-AT--T----------GAAA--ATG-T-ATCTTG-TGCAA-AA-TGTACT-TGCGTGTTTTTATT-ATG-ACAGAT--G-GCTC--A-----C-T--TGGT------C--TA-----AC-ATGTTGAAA---T-TTTTAT----CAA-AAA--ACTT--GCCA----AGCAAA---ATAGG-C-GTTT-TAATGTAA-GATTAC---G---------TTC-ATCT--TGCAA-ACCCG-ACTTATTTACTGAG-AAAATTT-TT------ATACAA--TT-G-T-ATTT---TTCCTCATTTAAA-CTAACT-T-TGTACT---G-TA-TGGGGCAA-TATGAAA-AAA-AGGAC
gi|30 : tc-ACATACTTTTATAT----T--TTGG--T-A-TATG--TGA-A-AATAGTTTT-AA-TGGTTTC--ACT---C-TTATTT---ACA---CGATAGATC----GCA-ATGT-GTCAA-ATGGAAAtgtcttaacaaattattaaa
gi|31 : ggtgtaatttttatcgatctaagcaaa--A------T--GGAT-G-C-CTCTACC-------------TGC-AT----------GAGAATTTTATT-AT-TCT-TGT-GTTTAAAG-TT--AA--ATT-GTAT-GACAT--CAG-ATT-A-TTTG-A------------AAA-T-TTGTG-A-A-TGA-A-GTAACCACAAGAAATA
gi|32 : T--GTA-T-G-GAAAATT--A--------T-T-T-ATTCAACT-CTTTATCAATT-GTAT-GAC-C--CAGAGGT-A-TTT--AGTGTTT-TTTAAAGA-T-TGGCACA-A-TGA-GAGTATC
gi|33 : tatcaatTGTTTACAGCAATG-A---GT--G-TCTT--A-----C-G--TGGCCTTTAGCT-TAC---CAC-ACA----GA---TGTTTCATG---CAA-CAATTACTTA-GTAT----G--AAA---CCAGG-T-GTTC-TAAGtcccacccac
gi|35 : gt----T--TTGG--T-A-TATG--TGA-A-AATACTTTC-AAA-GGTTTCCAACT---C-TTATCT---
gi|36 : tatcG-CTTTAC--ATT--CA--GACAC--CAT-AGT-A-TTTG-AGTGTTTGTT---AGA-T-TTGggcatgcta
gi|4 : TTTAGGCCCAAGTCA-TT-CA--TGT-GAGACAGC--G--T----TG--AATAGTCT-TACG--GATAAATGG-TTCA-AGAACAT------GGACGAT-GG--AAAACTT-ACAGG-GTAC-TATTTAT-------T----GA-TTT--GCGTAAAGC-ATTTGACACA----GTCAACCATAAAGT---TCTTTTGC-ACAAACTTATGTCT----T--TTGG--A-A-TTTG--TCT-C-AATACTTTT-AGATGGTTTC--AAT---------------CA---CTATAA-------GCA-GTGT-GTCAG-TTGGGGAGGTG-TGTTATCT----AAAGAAAA-AC--G--T--AC-AT-CCTT-AG---ATGTTCC-TCAGGGGTCA-ATTT-TA-GGAC-CATTA----------TTCTT-C-A----TATTG-T-ACATCAATGACTAT--CCAAAATG-TCTTA-AG-CATTCC-T-CAG---TTACAT-------TGTATGCAGACGACAC----TTCAC-AGGACGTGCGTGATAAATCTAT------CGATGTAA-TAGA------ATGA--AAATGA-CA-AGAGGA---TTTTAAATTGGGTGCAGAATGGAT-GC-TTA-GAAATAACCTCTG-CATAAA-TCTTCAAAAAT-CACAAT-GTAT-GCTATTTGG-----TAC-GTGT-CAAAA-T-TTA-CGGAAGTGTC--GAA----------TA-T--TAAATAT--CG------------AT--T-T-TAATG--GTGA--A---C-AGATCA-AGTTA-AA-TTA--T-TAGGTGTTTATATTGAT--A---AT--A-CTTT--AATTATC-A--TGG----------GATACACAT-ATG----GAGTTTGTTTCA------AA-GAA--AA-TA-GTAA----A--AAAAACCTTGC-T-GTAC-TAAAG--A-GAGTGA---G--CTAT---TTC-ATGCCAC-CAA-A---T---GCA-CTTTT--A-AAGGTTTTTA------ACAGCA--TT-G-T-C--T---TTCCGCATTTTAG-TT-ATTGT-TGTACT---G-TC-TGGTGTCA-TATCAAA-AAC-----CAACTG----TG-TTTAGA--TAAAAATTTT-AAACTGGCAA---AA----GAGGGGCAGCAA-GAAT-AC-TTTTAATCTCCGAG-ATA-TCAGG--ACCTC-----------T-A-C-TAA-T-TAT------TTATA---TT--T-TCATTG-TT---T--G-A--AC-----T--GGAT-G-CGCAATTTA--AGGA--TT-A-TTT--T--ATGTTTA-GAAAGTT--G---TC-TTT-TTT-GTTCAAAG-TTTCAA--ATaaatacnnnnn
gi|5 : aTTTGAT-CA----ATCGATCATGATGT---ATTGATGC-TCAA---TCTGTTT----G--TGGGGAT-A-TATG--TGA-ACAATACTTTTTAGATGGTTTC--AAT---C-TCATGT---AGA---TGAAAGATG----ACA-AGGT-GTCAA-ATGGAAAG--A-GGCCATCTCAGAAGAAAACG-AG--GT-T--ATACTGCG---GG---A-CTGAC-CCAGGGTTCA-ATAT-TG-TGAC-CTCTG-----------TTTT-T-ATCATATTTG-T-T----AATGATTAC--CCAACATG-TATGA-AC-CACGTT-A-CAG---TCA-AT------ATCTATGTAAATGATATCGTGCACAC-AAAATGTGTCTGATAAATCATT------TCAAGTGA-TAGA------A-AG--ACTTTA-CT-TGATGGCC-TTTTACATT--CCGTGTAACGG---GT-AAA-AA---AAAGTGAC-AACAAA-TATAAAGAAAA-TAC------ATC-TTAATAGA-----AAC-GTAA-CAGAA-A-TGA----AAACGTA--AAAAA-----TTTGG-TG-T
gi|5 : AAATATAAAGAAAATACATCTTAA-TA-GAAACGTAACAG-------AAA------------T---GAAA--ACG-T-AAA--------A-AA-TTT------GGTGTTTACATCAATA-A---AT--G-TCTT--A-------A--TGGT------CA-TAT---CGT-ATA----TA---TGTCT----------------ACTTG-GTCA----G--GAA---CTAGG-T--TTT-TAAGG--G-G-TTGGTTTG--TT-T---TTT-ATAT--C-AAA-G---G-CAGTA-CAATT--C-AAAATTTACAAAATTTATGCCA--TA-G-T-T--T---CCCCTCATTTGAA-TC-ATTGC-TGTACA---A-AA-TGGCATGA-AACCAA--ATCGAAGACAAAGT----TCTGATCGGC-T-----TGTT-GAATT-ACAG---AA----GA-GAGAACCAA-GAAT-CA-TTTT--------GC-ACA-CCAAAGAACCTCCA----TC-TAT-G-T-TAACT-TCT----T-GTATG---CT--T-TCA-AA-TT---T--G-AG-A------T--GGAT-A-C-CTGTGTC--T-GG--CT-A-TTttacatcaataaatgtcttaatggtcatatcgtatatatgtctacttggtcaggaactaggtttttaaggggttggtttgttttttatatcaaaggcagtacaattcaaaatttacaaaatttatgccatagtttcccctcatttgaatcattgctgtacaaaatggcatgaaaccaaatcgaagacaaagttctgatcggcttgttgaattacagaagagagaaccaagaatcattttgcacaccaaagaacctccatctatgttaacttcttgtatgctttcaaatttgagatggatacctgtgtctggctatttc
gi|6 : tttgatcaatcgatcatgatgtattgatgctcaatctgtttgtggggatatatgtgaacaatactttttagatggtttcaatctcatgtagatgaaagatgacaaggtgtcaaatggaaagaggccatctcagaagaaaacgaggttatactgcgggactgacccagggttcaatattgtgacctctgtttttatcatatttgttaatgattacccaacatgtatgaaccacgttacagtcaatatctatgtaaatgatatcgtgcacacaaaatgtgtctgataaatcatttcaagtgatagaaagactttacttgatggccttttacattccgtgtaacgggtaaaaaaaagtgacaacAGAATGGAAGAA---AGCT-TGA--GT-TACCCCTCTTTTCAATGCAAATCTGT-----TGAATTTTTTA-TGGCAAACAATTATCG-ACCCGTGTC--AGTTTTAGCAATT-GTCAGGAAAATT-A-TTGAAAGACATTTTATC----ACA-----T---TTTACGA-AT-AT--TCGGATAAAAAC-AAACTT--TTAACTGATCATCAATC--TGGTTTCAGACAAAAG-CA-TT-CA--TGT-GAAACAGCACT--T----AG-TAACA-T---TATT--GATAAATGG-TTAT-GTAACATACTGT-AGATAGT-GG--CAAATTA-ATAGGTGT---TCTCTTTAT-----T----GA-TCTTAGT--AAAGC-CTTT-----------------------------TGTTAC-ACAAACTTTCATCA----T--ATGG--T-A-TTTG--TCA-A-AACTCTATT-AAATGGTTTC--AGT---C-TTATCT---------TGGAAAGTC----ACA-ATGT-GTTAA-ATGGAACG--G-TGTTTTTTCAGATGAAAAAG-AT--GT-T---CAAT-A----GA---A-ATGCC-TCAGAGGTCC-ATAT-TG-GGAC-CATTG----------TTTTT-T-ATTCTtc
gi|7 : gaaattttaacatatttattaaacatgtctataaaaagtggtatggttgcatcCCAAAGTCA-TT-CA--TGT-GAGACAAC--G--T----TG--AATGGTCT-TACT--GATAAATGG-TTCA-AGAACAT----G-GACCAT--GG--AAAACTT-ATAGGGGTAC-TATTTAT-------T----GA-TTT--GCGTAAAGC-ATTTGACACA----GTCAACCATGAAGT---TCTTTTGC-ACAAACTTATGTCT----T--TCGA--A-A-TTTG--T-C-A-AATACTTTT-AAATGGTTTC--AAT---T-ATATCT---TT-------CAAATCGTAAGCA-GTGT-GTCAGTTTGGGAGGT-G-TGTTATCT--AAAGAAAAAA-GT--AT-------AT-CCTTAGG---T-GTTCC-TCAGGGGTCA-ATTT-TA-GGAC-CATTA----------TTTTT-T-A----TATTG-T----------ACTAT--CCAAAATG-TCTTA-AA-CATTCT-T-CAG---TTACA-------ATGTATGCAGACGACAC----TTCAC-A---------TGA----CCTAT------GGATGTAA-TAGA------ATAA--AAATTG-CA-AGAGGA---TTTTAAATTAGGTGCAGAATGGA
gi|8 : cagtattagTTTGCATCAA-------AT--G-T-TT--A-----C-AGTTAGT------C---AT---CAC-ACG----GA---TGTTTTATG---CAA-GAA--ACTTAAGTCA----G--ACA---CTAGGGT-GTTTATAAGG--A-GATTGA---G--CAAT---TTTCATGT--C-CAAGA---G-AAGCA-CTACT--C-AAAATTAACA------ATGCCA--TA-G-T-A--T---TCCCACATTTACA-TT-A-TGT-TGTACG---G-TA-TGGCATGATTGCCAGG-AAC-AAAACAAATA----TC-ACTAGGC-T-----TTTT-AAATT-ACAA---AA-----A-GAGCAGCAA-GGAT-CA-TTTT--------AG-ACA-TCAGAGTACCTCAG----TC--GT-GTT-CAACT-TTT----A-ATATG---TT--A-TCA-AG-CT---T--G-AG-A------T--GGAT-G-C-CCATGCC--A-GA--CT-A-TTC-ATG-ATA-TCG-GAAATTT--A------TCT-TAT-CTTCAAAG-TTTTAC--ATT-GTAT-GACAC--CA-GAGT-A-TTTGAAGTGTTT-TT---AGA-T-TTGTG-A-AGTGA-G-G-ATCCACA
gi|9 : AAA-----CGTTG-TA-TAATTGT--TGGT------AAC-AT--T-G-T--TATAGAAA--ATG-T-GAAATG-CGCTA-AA-CTT--T-CGGGCGTTTACATCGATA-T---AT--G-CCCT--A-----T-G--TGGT------TT-TAT---AAC-ATA----GA---TGCCGTATG---CAA-AAA--ACTCA-GTTA----G--AAT---TTAAG-T-GTTT-TAAGT----GATT-----T--TAAT---TTC-ATGT--C-AAA-G---G-AAGCA-CAACT--C-AAAATTTACG------ATGCAA---------A--T---T---AAATTTTTT-CTCATTGG-TTTACT---G-TA-TGGCACGA-TGCCAAG-AAC-AAGACAAATA----T------------------------TT-ACCG---AA----GA-GAGTAGCAA------TA-T-----------------------GT-----------TC-AGT-G-T-AAG-C-TTC----CTGTATA---TG--A-TCA-AA-TA---T--G-AG-A------T--TGAT-G-C-CTGTGT-----GG--CT-A-TTT--TGAATA-CCA-AAAGGTT-------T-TCT-TG-------------TTAC--------AT-GCCAC--CA-GATT-A-TTTG-AATGTTT-CT---AAATT-TTGTC-A-A-TGA-G-GTAACCACga
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|34 ): TGTCATTTGCTTGTAGATTATTAAGTCGATATTTACACGATTTAAACCATCAAACATTACTTCACAACTCTTATATTTTGGAATATGTTGAAA
Alignments
lowQualScore : 222 1 11 1 11 22222 1 11 1111 11 1 1 777777777777777777777777 1 1 2222222222222222 11 111 11 2222222222222 22222222222222 111 2222 222222222 111111111 11111111111 1111 11111 111 11111 1111 11111111111111 222222 111 1111111 222222 1111111 111111 222 2222222 111 1 111111 222222 111 111111 555555555555555555555555555 111 1111 1111111111111 111111111 1111 111 1111 1111111111111 11111 111 111111111111 11111 1111111111111 111 1111111 1111 22222222222 111111111 2222222222 11 111111111111
lowQualScore : 1 111 5 88 5 1 88 22 1 66666 1 5 1 44 3 6666 88 2 6 6 333333333333333333333333 3 3 1111111111111111 1 11 22 111 44 5 5 66 88 1 2 8888888888888 6 5 0 66 5 1 5 0 88888888888888 222 5 8888 9 5 1 4 888888888 555 44 9999 0 2 444444444 2 3 1 44 7777 5555 3 77 1 3 3 3 1 44 1 66666 1 88888888888 1 2222 7 3 66 1 88888 1 222 0 3 55 22222 4 3 7777 666 3 44 4 44 1 3 3 1 6 99999999999999 4 4 3 4 222222 55 1 4 1 4 4 000 888 77 7777777 1 444444 1 5 55 66 0 2 6 2 55 3333333 4 222222 5 66 4 55 9 222 0 2222222 4 99 4 1 999 55 11 66 1 5 5 1 333333 222222 5 55 222 0 66 0 444444 44 66 222222222222222222222222222 55 0 55 555 333 4 4 3333 3 1 3 555 44 3 5555555555555 444444444 9999 4 2222 222 1 777 4 55 3 4444 55 666 3 3 3 6666 2 2222222222222 3 11111 3 000 66 3 9999 1 999999 0 555555555555 666 0 0 77 6 1 3 6666 3 3 222 3 2 66 5555 999999 2 33333 33 2 0 444 5555 2 2 2 2 0000000000000 2 0 55 66666 99 5 2 2 333 4444444 888 2222 3333 777 88 99999999999 33 2 2 4 1 99999999 2 222222222 66666 8888888888 7 44 6 2 33 5 2 33 66 2 2 22 444444444444 0 2 2 55 3 3 3 3 3
lowQualScore : . ... . .. . . .. .. . ..... . . . .. . .... .. . . . ........................ . . ................ . .. .. ... .. . . .. .. . . ............. . . . .. . . . . .............. ... . .... . . . . ......... ... .. .... . . ......... . . . .. .... .... . .. . . . . . .. . ..... . ........... . .... . . .. . ..... . ... . . .. ..... . . .... ... . .. . .. . . . . . .............. . . . . ...... .. . . . . . ... ... .. ....... . ...... . . .. .. . . . . .. ....... . ...... . .. . .. . ... . ....... . .. . . ... .. .. .. . . . . ...... ...... . .. ... . .. . ...... .. .. ........................... .. . .. ... ... . . .... . . . ... .. . ............. ......... .... . .... ... . ... . .. . .... .. ... . . . .... . ............. . ..... . ... .. . .... . ...... . ............ ... . . .. . . . .... . . ... . . .. .... ...... . ..... .. . . ... .... . . . . ............. . . .. ..... .. . . . ... ....... ... .... .... ... .. ........... .. . . . . ........ . ......... ..... .......... . .. . . .. . . .. .. . . .. ............ . . . .. . . . . .
lowQualScore : 0 000 5 00 0 0 00 00 0 00000 0 5 0 77 7 7777 33 0 7 0 777777777777777777777777 3 3 0000000000000000 2 00 44 777 22 0 0 99 11 1 8 1111111111111 5 0 9 99 0 0 0 1 22222222222222 888 0 7777 3 7 4 0 444444444 000 44 4444 1 7 999999999 9 6 0 66 1111 4444 3 99 8 3 3 3 2 66 0 00000 0 99999999999 3 7777 3 6 22 4 00000 8 888 4 6 00 00000 2 6 7777 444 6 88 5 66 5 6 6 0 1 33333333333333 0 0 2 4 777777 55 0 0 0 0 0 222 888 66 6666666 1 999999 1 0 22 11 2 0 5 6 44 8888888 4 888888 3 11 4 88 2 999 8 9999999 4 88 4 1 666 99 11 44 0 0 0 0 555555 888888 0 99 555 1 11 9 777777 77 33 888888888888888888888888888 55 3 55 444 666 0 0 9999 5 0 3 888 66 3 0000000000000 333333333 3333 0 5555 555 5 000 0 00 6 1111 00 444 6 6 6 9999 3 1111111111111 6 77777 6 000 66 6 7777 0 666666 5 666666666666 444 4 3 66 7 2 1 4444 1 1 555 1 9 77 7777 444444 7 33333 11 7 1 777 7777 7 7 7 7 3333333333333 7 3 77 55555 99 0 5 5 111 3333333 222 5555 8888 444 88 99999999999 11 2 2 4 0 00000000 4 888888888 22222 8888888888 5 44 5 4 22 0 5 44 88 5 5 99 333333333333 3 7 7 88 1 1 3 3 2
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGANTGGAAGAACAAAGCTACGAAGGTGTACCCCNCTTTTCAATGNNANTCTGTGAGAGTGAATTTCCNAATGNCAAACAATTATCGTACCCGTGTCTGAGTTTTACC--TTCGTCAGGAAAATT-ATTGAAAGACATGTT-TC-----ACAA--A---T---TTTACGA-AT-ATCCTCGNA-TAGAA-C-AAACTT--TTAAAGGAACATCAATC--GGGTTTCAGACCAAAG-CA-TT-CA--TGC-GAGACNGC-T--T-TG-CA-ATAGTAT-CATT--GATAAATGG-TTNA-AAAACAT----T-GAACAA--GG--NAAACTT-ACAGGTGTA--TNTTTATATCGA-TTTAA---GCG-AAAGC-A-TTTGACACA----GTCAACCATGANGT---TCTGTTGC-ACAAACTTNTGTCTT--T----TGG--T-A-TATG--TGA-A-AATACTTTT-AAATGGTTTC--ANT---C-TTATCT---ACA---CGATAGATC----GCA-ATGT-GTCAA-ATGGAAAG--G-NGTCATCTCAGAAGAGAAAG-AT--GT-T--ACAAT-C----GG---A-GT-CCCTCAGGGNTC-NATAT-TG-GGNCCATT---G----------TTTTT-T-ATTCTTTTTG-T-A----AATGACTAT--CCNAAATG-TTTNA-AG-CATTCT-A-CAG---TCACAT------ATGTATGCAGACGATAC----CNCGC-AAGATGTTTCTGATAAGTCTNT-NGAN------GTAA-TAGA------ANAA--AAATTG-CA-AGACGATC-TTTTAAATT--CTGCGGAATGGAT-GC-AAA-AAAATAAACTCAC-G-ATAAA-TCTNAAGAAAA-CACAAT-GTATCGTTAATNGG-----NAC-GT-N-CAGAA-A-TTA-TCGAAATGTA--GAAAA-----CTTTG-TG-TAAATGTA-CGG-------AAA-AT--T-C-T--TA--GAAA--ATG-T-AAATCG-TGCTA-AA-CTT--T-TGGGTGTTTANATCGATG-A---AT--G-TCTT--A-----C-G--TGGT------CT-TAT---CAC-ACG----GA---TGTTTTATG---CAA-GAA--ACTTA-GTCA----G--AAA---CTAGG-T-GTTT-TAAGG--A-GATTGA---G--CAAT---TTT-ATGT--C-CAA-A---G-AAGCA-CTACT--C-AAAATTTACA------ATGCCA--TA-G-T-A--T---TCCCACATTTTAN-CT-ACTGT-TGTACN---G-TA-TGGCGCGA-TGCCAAG-AAC-AAGACAAATA----TC-GCTAGGC-T-----TTTT-AAATT-ACAA---AA----GA-GAGCAGCAA-GGAT-CA-TTTT--------AG-ACA-TCAGAGTACCTCAG----TC-AGT-G-T-CAA-T-TTT----A-NTATG---TT--A-TCA-AA-CT---T--G-A--A------T--GGAT-G-C-CNATGCC--A-GA--CT-A-TTC-AT--ATA-TCG-GAAAATT--A---AT-TCT-TGT-NTTCAAAG-TTTTAC--ATT-GTAT-GACAC--CAGGAGT-A-TTTG-AGTGTTT-TT---AGA-T-TTGTG-A-A-TGA-G-GTATCCACAAGAAATA
Reference ( family-1469 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGANTGGAAGAACAAAGCTACGAAGGTGTACCCCNCTTTTCAATGNNANTCTGTGAGAGTGAATTTCCNAATGNCAAACAATTATCGTACCCGTGTCTGAGTTTTACC--TTCGTCAGGCAAATTTATTGAAAGACATGTT-TC-----ACAA--A---T---TTTACGA-AT-ATCCTCGNA-TAGAA-C-AAACTT--TTAAAGGAACATCAATC--GGGTTTCAGACCAAAG-CA-TT-CA--TGC-GAGACNGC-T--T-TG-CA-ATAGTAT-CATT--GATAAATGG-TTNA-AAAACAT----T-GAACAA--GG--NAAACTT-ACAGGTGTA--TNTTTATATCGA-TTTAA---GCG-AAAGC-A-TTTGACACA----GTCAACCATGANGT---TCTGTTGC-ACAAACTTNTGTCTT--T----TGG--T-A-TATG--TGA-A-AATACTTTT-AAATGGTTTC--ANT---C-TTATCT---ACA---CGATAGATC----GCA-ATGT-GTCAA-ATGGAAAG--G-NGTCATCTCAGAAGAGAAAG-AT--GT-T--ACAAT-C----GG---A-GT-CCCTCAGGGNTC-NATAT-TG-GGNCCATT---G----------TTTTT-T-ATTCTTTTTG-T-A----AATGACTAT--CCNAAATG-TTTNA-AG-CATTCT-A-CAG---TCACAT------ATGTATGCAGACGATAC----CNCGC-AAGATGTTTCTGATAAGTCTNT-NGAN------GTAA-TAGA------ANAA--AAATTG-CA-AGACGATC-TTTTAAATT--CTGCGGAATGGAT-GC-AAA-AAAATAAACTCAC-G-ATAAA-TCTNAAGAAAA-CACAAT-GTATCGTTAATNGG-----NAC-GT-N-CAGAA-A-TTA-TCGAAATGTA--GAAAA-----CTTTG-TG-TAAATGTA-CGG-------AAA-AT--T-C-T--TA--GAAA--ATG-T-AAATCG-TGCTA-AA-CTT--T-TGGGTGTTTANATCGATG-A---AT--G-TCTT--A-----C-G--TGGT------CT-TAT---CAC-ACG----GA---TGTTTTATG---CAA-GAA--ACTTA-GTCA----G--AAA---CTAGG-T-GTTT-TAAGG--A-GATTGA---G--CAAT---TTT-ATGT--C-CAA-A---G-AAGCA-CTACT--C-AAAATTTACA------ATGCCA--TA-G-T-A--T---TCCCACATTTTAN-CT-ACTGT-TGTACN---G-TA-TGGCGCGA-TGCCAAG-AAC-AAGACAAATA----TC-GCTAGGC-T-----TTTT-AAATT-ACAA---AA----GA-GAGCAGCAA-GGAT-CA-TTTT--------AG-ACA-TCAGAGTACCTCAG----TC-AGT-G-T-CAA-T-TTT----A-NTATG---TT--A-TCA-AA-CT---T--G-A--A------T--GGAT-G-C-CNATGCC--A-GA--CT-A-TTC-AT--ATA-TCG-GAAAATT--A---AT-TCT-TGT-NTTCAAAG-TTTTAC--ATT-GTAT-GACAC--CAGGAGT-A-TTTG-AGTGTTT-TT---AGA-T-TTGTG-A-A-TGA-G-GTATCCACAAGAAATA
gi|1 : AGACTGGAAGAACAAAGCTACGAAGGTGTACCCCGCTTTT--ATGATATTCTGTGAGAGTGAATTTCCAAATGTCACATAATTATAGTACCTGTACCTGAATTTTACC--TTCACTAAGCAAATTTTTGGAAAGACATGTT-TTTCTGAACAA--AGAAT---TTTACGAGATGATTTGTGAG-T-GAA-C-AAACTT--TTAAAGGAACATCAGTC--GGGTTTCAGACCAAAA-CAATT-CA--TGT-GAAACTGC-TCTT-TA-CA-ATA-TATTCATT--TTTAAATGGCTTGA-AAAACAT----T-GAATAAAAGG--TAAACTT-ACAGGTGTAAATTTTTATATCAT-TTTGATTAGCA-AAAGCTA-TTTGATATATGTAGTCAATCATGATGT---TTTGTTGC-ACAAACTTTTATCTT--T----TGG--T-A-TATG--TGA-A-AATACTTTC-AAATGGTTTT--ACT---C-TTATCT---ACA---TGCTAGATC----ACA-ATGT-GTAAA-ATGGAAAG--G-GGTCGTCTCGTAAGAGAAAG-AT--GT-T--ACAAT-C----GG---A-GT-CCCTCAAGGCTC-TATGT-TG-GGTCCTTT---G----------TTTTT-T-ATTCTTTTTG-T-A----AATGACTAT--CCTAAATG-TTTGA-AG-CATTCT-A-CAA---TC-CAT------ATATATGCAGAAGATAC----CACGC-AAGATGTTTCTGATAAGTCTTT-GGAA------GTGA-TAGA------CAAA--AAATTA-CA-AGACGATC-TTTTAAATT--CTATTGAATGGAT-GCCAAA-AAAATAAACTCAC-T-ATAAA-TTTGAATAAAA-CACAAT-GTAT-GTTAATAGG-----AAC-TT-CTCAGAA-A-TTA-TTGAAATGTA--GAAAA-----CTTTG-TG-TAAATGTA-AGGGG-----AAA-AT--T-C-T--TA--GAAA--ATG-T-AAATTG-TGCTT-AA-CTT--C-TGGGTGTTTATATTGATG-A---AT--G-TCTT--G-----C-G--TGGT------CT-CAT---CAC-ACG----GA---TGTTTTATG---CAA-GAA--ACTTA-GTCA----G--AAA---CTAGG-T-GTTT-TAAGG--A-GATTGA---G--TAAT---TTT-ATGT--C-CAA-A---G-AAGTA-CTACT--C-AAAATTTACA------ATACCA--TA-G-T-A--T---TCCCACATTTTAA-CT-ATTGT-TGTACA---G-TA-TGGCATGA-CGCCAGG-AAC-AAAACAAATA----GC-ACTAGGC-T-----TTTT-AAATA-ACAA---AA----AC-GAGCAGCAA-GGAT-CATTTTT--------AGTACACTCAGAGTACCTCAG----TC-AGT-G-T-CAA-T-TTT----A-ATATG---TT--A-TCA-AG-CT---A--G-A--A------T--GGAT-G-C-CATTGCC--A-GA--CTCA-TTC-AT--ATA-TCG-GAAAATT--A---ATCTCT-TAT-CTTCAAAG-TTTTAC--ATT-GTAT-GACAC--CAGGAGT-A-TTTG-AGTGTTT-TT---AGA-T-TTGTG-A-A-TGA-G-GTAT-CACAAGAAATA
gi|10 : gaaaatttatcattggaaattgtcttacggagggtgacgtctcgtcaACAT--TAAAAATAACATCAATC--GGGTTTCAGACCAAAA-CA-TT-C-------------GC-T--TATA-C--ATAATAC-CATTTGAATAAAT-G-TTCA-AAACAAT----T--AACAA--GG---AAACTT-CCAGGTGTA---ATTTTTATCGAGTCTAA---GCA-AA
gi|10 : tctaatactatacacccgttaatcattgtaaacagatgacaggtttaaccttg-ACATACTTTTATATG--T----TGG--T-AATATGAATGACA-AATAGTTTT-A--TGGTT-C--ACT---T-CTAT-T---ACA---CGATAGATCCG--GAA-ATGT-GTCAA--TGAAA----G-AATCATCTCA-AAGAGAAAG-AT--GT-TTGACCAT-C----GG---A-GTCCCCTCAAGGATCTTATAG-TG-GGT---TTCAAG----------GTTTT-T-ATTATCTTTGTT-A----AAGGACTAC--CCTATATGTTTTGA-AA-C-TTCT-A-Ccatacttttatatgttggtaatatgaatgacaaatagttttatggttcacttctattacacgatagatccggaaatgtgtcaatgaaagaatcatctcaaagagaaagatgtttgaccatcggagtcccctcaaggatcttatagtgggtttcaaggtttttattatctttgttaaaggactaccctatatgttttgaaacttctac
gi|11 : tctaatactatacacccgttaatcattgtaaacagatgacaggtttaaccttgacattaaaaataacatcaatcgggtttcagaccaaaacattcgcttatacataataccatttgaataaatgttcaaaacaattaacaaggaaacttccaggtgtaatttttatcgagtctaagcaaTATTGA-CTTA-----CG-TAAGG-ACTTTGATACA----GTTAACCATGGAGT---TCTTTCGC-ACAAACTTATGTCTT--TCATTTTG--A-A-TTTG--TCG-C-AATACCTTT-AAATGGTTTC--AAT---C-ATATCTTTCAAA---TCATAA-------GAA-ATGT-GTAAG-TTGGAGAGTTG-TGTTAT-TCAAAGCAAAAAGCAT--A-----ACCTT-T----GG---T-AT-TCCTCAGGG-TC-AAT-T-TT-AGACCATC---A----------TTTT-------CATATTG-T-ACATTAACGATTAT--CCAAAATA-TCTTA-AA-CATTCT-T-CCG---TTACA-------ATGTATGCAGACGATAC------------------------------TT-TGAT------GTAA-TGGA------ATCA--AAACTG-CA-GGATGA---CTTTAAGTTG-GTATAAAATGGAT-GT-TGA-AAAA
gi|12 : ggttctgttA--ACTCA-GTCA----G--AAA---CTACG-T-GTTT-TAAAG--A-TATTGA---G--TAAC---TCT-ATGT--C-TAA-A---G-AACCA-CTACT--C-AGAATTTAGA------ATACCA--GA-G-T-G--T---TTTCTCACTTT-T-CT-ATTGT-TACACG---G-TA-TGACACGA-TGCCAAG-AAC-AAGACAAATA----TC-ACTGGGC-T-----TTTT-CAATT-ACAA---AA----GA-GAGTAGCAA-GGAT-CA-TTTT--------AG-TTA-TCAAAATACCTCAA----TC-TGT-G-T-CAACT-TTT----A-CTATG---TT--A-TCA-AA-CTTC-T--G----T------T--GTAT-G-C-CTATGCCATA-TA--CT-ATTTT-AA--ATA-TCG-GAAAATC------AT-TCT-TAT-GTTTAACG-TTTT--------------ACAC--CA-GAGT-A--CTG--------------------TTGTG-A-A-TGA-G-GTATCCACTAGAAAT
gi|13 : --TTGAAATAGCATCAATC--GGGTTTCAGACCAAAA-CA-TT-CG--TGC-GAAACTGC-T--G-TA-CA--TAGTAT-CATT--GATATATGG-CTTG-AAAACAT----T--AACAA--GG--GAAACTT-CCAGGTGTA--ATTTT-TATCGA-TCT----------AAGC-A-----------------AAGCATG---------------------CTTATATATT--T----TGG--T-A-TATG--TGA-A-AACATTTTT-AAATGGTTTC--ACT---C-TTATTT---TCA---CGATAGATT----GCA-ATGT-GTCAA-ATGGAAAG--G-AGT-ATCTCAAAAGAGAACG-AT--GT-T--ACCAT-C----GG---A-GT-CCCTCAAAGCTC-TATAT-TG-
gi|14 : ctatatacacacctggtaaagcattgtaaacagatgacagatttaaccgacaATTGA---GGNNNNN---NNN-NNNN--N-NNN-N---N-NNNNN-NNACT----AAAATTTTCA------ATAACAGATATG-T----T---TCTCAC---TTAGTCT-ATTGT-TACATG---GATA-TGCACCCA-TGCCAAG-AAC-AAGACGAATA----TC-ACT--GC-T-----TTTT-TCATT-ACAA---AA----GA-GAGTAGCAA-GGAG-TA-TTTT--------AG-ACA-TCAAAATACCTCAA----TCTCGTAG-T-CAACT-TTT----A-CTATG---TTT-ACTCA-AA-CT---TCTG-T---------T--GTAT-G-C-CTATGCC--A-TATACT-A-TTT-AA--ATA-TCG-GAAAATC--T---AT-TCTATGT-TTT-AACG-TTTTAC--AGT-GTAT-GACAC----AGAGT-A-TTT---------------------TTGT--A-A-TGA-G-GTATCCACTAGAAAT
gi|15 : TAT--CATAAATG-TTTAA-AGACAGACTCG-CAC---TCGAATGTTTCTATATATGCAGATGATGC----ATCAC-AGTATGTTTCACACAAGTCTAT-TGAATCAGATGTTA-TTGA------ACAA--AGGTTG-CA-TGATGAT--------------------ATGGAT-GA-AAA-GTAATAAACTTAC-G-ATGAA-CCTGAAAAAAA-AACAAT-GTAT-GTTGATTGC-----CACTGC-A-CAAAA-A-CTC-TCAAAATGTA--GAAAA-----ATGTG-TA-TCAAAGTA--GG-------AGATATTGT-T-T--TA--GATA--CTGTT-AAATC--TGCCA-AA-GTTG-T-TGGG-GTACAAATTGATG-A---AT--G-TCTT--A-----C-T--TGGT------CT-
gi|16 : tgattCT--A-AAATTTTAGA------ATAC-A--CA-G-T-A--TGTTTCTCAC---TTA---T-ACTAT-TGTACATGGG-TA-TG-CACGA-TGCCAAG-AAC-AAGACGAATA----TC-ACT--GC-T-----TTTT-TCATT-ACAA---AA----GA-GAGTAGCAA-GGAG-TA-TTTT--------AG-ACA-TCAAAATACCTCAA----TCTCGTAG-T-CAACT-TTT----A-CTATG---TTT-A-TCA-AA-CT---TCTG-T---------T--GTAT-G-C-CTATGCC--A-TATACT-A-TTT-AA--ATA-TCG-GAAAATC--T---AT-TCTATGT-TTT-AACG-TTTTAC--AGT-GTAT-GACAC----AGAGT-A-TTT---------------------TTGT--A-A-TGA-G-GTATCCACTAGAAATgtac
gi|17 : ATGGAT-ATTAAA-ACAACAAACTTAC---ATAAA-TCTTAAGAAAATCACAGTAGCATAGTTAATATGCTCCTTAG-GT-A-CAGAA-
gi|18 : aggcaaattacatagtggcttaaaaatataacttcgttgcgtattttagCCAAG-AAC-AAAATAAATA----TT-ACTAGGC-T-----TTTTTAAATT-GCAA---AA----AA-GAGCAGCAAAGGATGCA-TTTT--------AG-A-A-TCAGATT-CCTCAG----TC-AGT-G-T-CAC-C-TTTAC--A-CCATG---TCTGA-TCA-AATCT---TA-G-AG-A------T--GAAT-GCC-CGATGCC--A-GAT-CT-T-TTG-AT--ATA-TC--GAAAATT------AT-TCT-TGT-CTTTAAAGATTTTAC--AGT-TTGT-GACACATCA-GAAT-A-TTTG-AGTGTTG-TT---AGA-T-TTGTG-A-A-TGA-G-ATTTC--CAAGAAATtacccaagattaagtattaattgcaagaaaaggacatatgtgatgacttttaaaaaagtggatgaacgtacaatcactacaacgtatagtgataatagtatcttggtgcaaaattactttgggttgcttacacaaggctatattgtgacacgatgcct
gi|19 : CTGTATGAAAT---G-TA-TGACATTT-TGCTAAG-AAC-CAGACAAATA----TC-ACTCGGT-T-----TTTA-AAATT-ACAA---AC----GA-GAGCAGCAA-ATAT-AG-TTTT--------AG-ACA-TCAAAGTATCTCAA----TC-AGT-G-T-CAA-C-TTA----A-CCATG---TT--A-TAA-AA-CT---T--A-AG-A------T--GGAT-G-C-CCATGTC--A-GA--CT-A-TTT-TT--ATA-TCG-GAAAAT---A---AT-TCT-TGT-GT------------C--ATT-GTAT-GAAAA--CAG-AGT-A-TTTA-AATGTGT-TT---AAA-T-TT
gi|2 : AATCATGGGTTTCAGACCAAAA-CA-TTTCA--TGTTGAAACTGC-T--T-AGACT-ATA-TAT-CATT--ATTAAA--G-TTGA-AAA-CAT----TTGATAAA--GG--TAAACTT-ACAG-TGTA--T--TTATATGAG-TTTAA---GCA-AGAGC-A-TTAGATACA----GTCAATCATGAT-TAAATTTGTTGC-ACCAGTTTA---CTTACT----TGG--T-A-TAAT--TAA-A-GATACTTCA-ATATGTGTTC--ACT---CATTATCT---ACATATCTAT-GATC----ACAGATGTAGTCAA-ATGGAAAG-----GTCATCTCA-AAGA-AAAC-AT--G--T--ACAAT-C----GGAATA-GT-CCCTCAGGGCTT-ACTATCTG-GGTCC-TT---G----------TTTTTAT-ATTCTTTTTG-TAA----AATG-CTATACCTAAAATG-TTTTA-AG-CATTC--A-CAG---TCA-AT------ATATAT-CAGAT-ATAC----CACGCAAAGATGTTTCTGATAAGTCTTTGGGAT------GTGATTGGA------AAAA--ATATTGCCA-AGAC-ATCGTTTTAAA-T--CTATTGAATGGAT-GC-AAATAAAATAAACTCACTA-ATAAA--CTT--GAAAA-AACAAT-GTATCGTTAATAGG-----GAC--T-T-CAGAATA-TTA-TTAAAGT-TA--GAAAAT----CTTTGATG-TAATTGTA--GG-------GAA-AT--T-CTT--TA--GAAA--ATG-T-AAATTGTTGCTA-AATCTT--C-TGGG-GTTTATATTGATG-A---ATCGG-TCTT----------G--TGGT------TC-TAT---CAC-ACGA---GA---TG--TTATG---CAAGGAA--ACTTA-GTCAGTC-G--AAA---CTAGT-G-GTTT-TTGAG--A-G-TTGAG--G--CAAT---T----TGT-----AG-A---G--ACCA-CTACT--C-AAAATTTACA------ATG-CA--TA-GATAA--T---TCCCACA-TTAAA-CT-ACT-T-T-TACG---G-TATTGGCATGA-TGCCAGGAAACAAAAACAAATA----TC-AC-AGGCTT-----TTTT-TAATT-ACGA---AA----AA-GAGCAGCAA--GAT-CA-TTTT--------A--ACA-TCAGAGTAC--CAG----TC-AGT---T-CA----TTT----A-TAATGCTCCT--A-T-A-AG-CTATAT--G-ATCATGCAACT--GGATAG-C-TCATGCC--A-AA---------T-AT--ATA-GCGCGAAAATG--T---AT-TCT-TATCTTTCAAAG-TTTTAC----T-GTATGGACAC--CAAGA-T-ATTTTG-AGTGTTT-TT---TAA-TGTTGTG-A-A-TGATG-G--TTCA-AAGAAATAcacaagaagta
gi|20 : aCATTTTAC-TT-ACTGT-TGTACT---G-TC-TGGTGTCA-TGTTAGA-AAC-----CAACTGTGTTTA-GATAAAC-T-----TTTT-AAACT-GCAA---AA----GA-GGGCAGCAA-GAAT-AC-TTTT--------AG-ATA-CTCGA-TATATCAGGACCTC---T-A-C-TAA-T-TTT----T-TTATG---TT--C-TT---G-TT---T--G-A--AC-----T--GGAT-G-C-CAAT
gi|21 : tttcaaagaaaatagtaagaaaacttgctgagtgagctatttcatgccaccaaatgcactttttgTCTAT-TGAG------TTAT-CAGA------ACAA--AGATTT-CA-TGG-GAT---TTAAAACT--CTATGAAATGGAT-GG-AAA-GTAATAAACCTAC-G-GT-GA-CCTAAAGA-----ACATT-GTATAGTCGATTGG-----TAC--T-G-CACAA-A---ACCCGAAG---A--GGATA-----TTTT-------AAT-TA-TTG---------------T-T-T--TA--GATGCTATG---AAATC--TGCCA-AA-CTT--TCTGGGGGTACAAATTGATG-A---AT--GTTTTT--A-----C-T--TGGT------CT-taaggat
gi|22 : AATTTA-A------ATGTC-------------T---TTCCACATTTTAC-TT-ACTGT-TGTACT---G-TC-TGGTGTCA-TGTTAGA-AAC-----CAACTG----TG-TTTAGA--TAAAAATTTT-AAACT-GTAATTTAATCTTGA-GGGCAGCAA-GAAT-AC-TTTT--------AA-ATA-CTCGAG-ATATCAG----GA-ACT-C-TACTA-T-TTT----T-TTTTA---TT--T-TCT-TG-TT---T--G-A--AC-----T--GGAT-G-C-CAATTAA--G-GA--TT-ATTTC-AT--gtcccta
gi|23 : catgac--T-T-T--TA--GATA--GTG-TTAAATC--TGCTATAA-CTC--T-TGGGTAC--AAATTGATGGA---AT--G-TTTTTTA-----CTG--TGGT------CTGTA----CACTATT----GACT-TCTTTAATGTAACAA-AAA--AACTA--TCACCGGA--AAA---GTAGG-TTGTTT-TACGG--ACGTTTTA---A--CAACCTGTTT-ATGT-----AA-AT--GCAGGCA-TTGGT--TGAAAATTTACA------gct
gi|24 : gtgctatcaagtaggagatgttcgTA-TCGAAATGCA--GAACA-----CTTTG-TG-TAAATGTA-GGT-------AAA-AT--TTC-T--TA--GAAA--ATA-T-AAATTG-TGCTA-AA-CTT--C-TGGGTGTTTATATCGATG-A---AT--G-ACTT--A-----C-G--TGGT------AT-CAT---CAC-TTA----GA---TCTTTTATG---CAA-GAA--ACTTA-GTCG----G--AAA---CTAGG-T-GTTT-TAAGG--A-GATTGA---G--TAAT---TTT-ATGT--C-CAA-A---G-ACGCA-CTACT--C-AA
gi|25 : C-AAGACAAATA----TT-GACAGGC-T-----TTTT-AAAAT-AC--------------TAGTAGCAA-GGAT-CA---------------------------ACCCCAA----TG-AAT-G-T-CAA-CGTTT----A-TCATG---CT----TCA-TA-TT---T--G-A--A------TATGGAT-G-C-CTCTGT-----GA--CT-A------------------------------AC-TCTGTG--ATGGAAAG-TTTTAC--ATTCGTAT-GACAT---ATGAGTTA-TTTG-AAAATTT-CT---AGA-T-TTGTT-A-A-
gi|26 : attactcagggatttttC-AAGACAAATA----TT-GACAGGC-T-----TTTT-AAA-T-AC--------------TAGTAGCAA-GGAT-CA---------------------------ACCCCAA----TG-AAT-G-T-CAA-C-TTT----T-TCATG---CT--C-TCA-TA-TT---T--G-AATA------T--GGAT-G-C-CTCTGTT--T-GA--CT-A-CTC---------------------------------TGT-GATGGAAG-TTTTAC--ATC-GTAT-GACAT--C-TGAGT-A-TTTG-Aac
gi|27 : attactcagggatttttC-AGT-G-T-CAA-C-TTTTTAAA-ACATG---TT--A-TCA-AA-CT---T--GCG--A------T--GGAT-G-C-CCATGCC--A-GA--CT-A-TTTTAT--ATA-TCG-GAAAATT--A----T-TCT-TGT-CTTCAAAG-TTTTAC--ATT-GTAT-GACAC--CA-GAGT-A-TTTG-AGTGTTA-TT---AGA-T-TTGTG-A-A-TGA-G-GTATCCATAAGAAATa
gi|28 : cTATGCTCTT--G-TCA-----T---T--G-T--A------T----AT-G-CGCACTGCC--C-GT--CT-A---C-CT--AGA-T---GAGAATT--ATTTATGTCT-TGT-GTTTAAAG-TT--AA--ATTCGT-T-GACAT--CAG-ATT-A-TTTG-A------------AAA-T-TTGTG-AGA-TGA-A-G--TCCACAA
gi|29 : aGTCATCTCAGAAGAGAAAG-GT--GC-T--ACAAT-C----GG---A-GT-CCCTCAAGGCTC-TATAT-TG-GGTCCTTT---GTATTTTTTTTTTTTT-T-ATTCTTTTAG-T-A----AATGACTAT--CCTAAATG-TTTGA-AG-CATtcagaata
gi|3 : AACAATTACCGT--CAGTGTCTG--TTCTGCC--TTTGTCAGCAAAATTAATTGAAAGACATG---TC-----ACAATCA---TTGGTTTACGA-AT-ATCCTCATACCAGCA-CTAAATCTAATCAGTGGGAAAACAGTC---AGTTTCAGGCCAAG---A-TT-TAATTGC-GAGACAGC-T--C-TT-CATGGAGTAT-AA-T--GA-AAATGG-TTTACGAAACAT----C-G-ACAAT-GGCACAAACTTAACAGGTGTCCTTATTTGC-TAGA-TTTAA---GTT-AAAGC-T-TTTGACACG----GTAAATCATCAGGT---ATTACTTCAACAAACTACTGTC-T--T----TGG--TAA-TATGT-TGA-A-AA----TTC-AA----TTAC--AATTGGC-TTGTCA---A-------ATAGATC----ACACATGT-GTTCG-ATGGAATG--GCAGTTAGCT------AGATAG-ATTAGTAT--GCAAT-A----GG---A-GT-ACCTCAAAGGGC-AATAC-AGCGTCCCATT---G----------TTTTT-TAATTCTCTATG-T-A----AATGACTAC--CCCGATTG-CTTTACAA-CACTCT-ACCAGCCCCCCCAT------ATGTATGCGGATGACACA---AACGC-AAGATG-TTCGGATAA-------AGAA-------TAA-TAGATGTTTCAAAAGCAAATTA-CATAG--GATC-TTAAAAATA--CTTTGGAATGGATGGC-ATA-AAAAC--ACTTAC---ATAAATTCTTAAGAAAA-CACAGT-GCATCA-TAATTGG-----TAC-GA-A-CAAAG-ATTTA-AGAAAATGCA--GGAAA-----GTTAT-TGATGAAAGTG-CGATGATATCACA-AT--T----------GAAA--ATG-T-ATCTTG-TGCAA-AA-TGTACT-TGCGTGTTTTTATT-ATG-ACAGAT--G-GCTC--A-----C-T--TGGT------C--TA-----AC-ATGTTGAAA---T-TTTTAT----CAA-AAA--ACTT--GCCA----AGCAAA---ATAGG-C-GTTT-TAATGTAA-GATTAC---G---------TTC-ATCT--TGCAA-ACCCG-ACTTATTTACTGAG-AAAATTT-TT------ATACAA--TT-G-T-ATTT---TTCCTCATTTAAA-CTAACT-T-TGTACT---G-TA-TGGGGCAA-TATGAAA-AAA-AGGAC
gi|30 : tcGGTGTA--ATTTT-TATCGA-TCTAA---GC--AAAAC-A-Ttgtcttaacaaattattaaa
gi|30 : -ACATACTTTTATATT--T----TGG--T-A-TATG--TGA-A-AATAGTTTT-AA-TGGTTTC--ACT---C-TTATTT---ACA---CGATAGATC----GCA-ATGT-GTCAA-ATGGAAAacttttatattttggtatatgtgaaaatagttttaatggtttcactcttatttacacgatagatcgcaatgtgtcaaatggaaa
gi|31 : ggtgtaatttttatcgatctaagcaaa--A------T--GGAT-G-C-CTCTACC-------------TGC-AT----------GAGAATTTTATT-AT-TCT-TGT-GTTTAAAG-TT--AA--ATT-GTAT-GACAT--CAG-ATT-A-TTTG-A------------AAA-T-TTGTG-A-A-TGA-A-GTAACCACAAGAAATA
gi|32 : T--GTA-T-G-GAAAATT--A--------T-T-T-ATTCAACT-CTTTATCAATT-GTAT-GAC-C--CAGAGGT-A-TTT--AGTGTTT-TTTAAAGA-T-TGGCACA-A-TGA-GAGTATC
gi|33 : tatcaatTGTTTACAGCAATG-A---GT--G-TCTT--A-----C-G--TGGCCTTTAGCT-TAC---CAC-ACA----GA---TGTTTCATG---CAA-CAATTACTTA-GTAT----G--AAA---CCAGG-T-GTTC-TAAGtcccacccac
gi|35 : gtT--T----TGG--T-A-TATG--TGA-A-AATACTTTC-AAA-GGTTTCCAACT---C-TTATCT---
gi|36 : tatcG-CTTTAC--ATT--CA--GACAC--CAT-AGT-A-TTTG-AGTGTTTGTT---AGA-T-TTGggcatgcta
gi|4 : TTTAGGCCCAAGTCA-TT-CA--TGT-GAGACAGC-G--T-TG--A-ATAGTCT-TACG--GATAAATGG-TTCA-AGAACAT------GGACGAT-GG--AAAACTT-ACAGG-GTAC-TATTTAT--TGA-TTT-----GCGTAAAGC-A-TTTGACACA----GTCAACCATAAAGT---TCTTTTGC-ACAAACTTATGTCTT--T----TGG--A-A-TTTG--TCT-C-AATACTTTT-AGATGGTTTC--AAT---------------CA---CTATAA-------GCA-GTGT-GTCAG-TTGGGGAGGTG-TGTTATCT----AAAGAAAA-AC--G--T--AC-AT-CCTT-AG---ATGT-TCCTCAGGGGTC-AATTT-TA-GGACCATT---A----------TTCTT-C-A----TATTG-T-ACATCAATGACTAT--CCAAAATG-TCTTA-AG-CATTCC-T-CAG---TTACAT-------TGTATGCAGACGACAC----TTCAC-AGGACGTGCGTGATAAATCTAT-CGAT------GTAA-TAGA------ATGA--AAATGA-CA-AGAGGA---TTTTAAATTGGGTGCAGAATGGAT-GC-TTA-GAAATAACCTC-T-GCATAAA-TCTTCAAAAAT-CACAAT-GTAT-GCTATTTGG-----TAC-GTGT-CAAAA-T-TTA-CGGAAGTGTC--GAA----------TA-T--TAAATAT--CG------------AT--T-T-TAATG--GTGA--A---C-AGATCA-AGTTA-AA-TTA--T-TAGGTGTTTATATTGAT--A---AT--A-CTTT--AATTATC-A--TGG----------GATACACAT-ATG----GAGTTTGTTTCA------AA-GAA--AA-TA-GTAA----A--AAAAACCTTGC-T-GTAC-TAAAG--A-GAGTGA---G--CTAT---TTC-ATGCCAC-CAA-A---T---GCA-CTTTT--A-AAGGTTTTTA------ACAGCA--TT-G-T-C--T---TTCCGCATTTTAG-TT-ATTGT-TGTACT---G-TC-TGGTGTCA-TATCAAA-AAC-----CAACTG----TG-TTTAGA--TAAAAATTTT-AAACTGGCAA---AA----GAGGGGCAGCAA-GAAT-AC-TTTTAATCTCCGAG-ATA-TCAGG--ACCTC-----------T-A-C-TAA-T-TAT------TTATA---TT--T-TCATTG-TT---T--G-A--AC-----T--GGAT-G-CGCAATTTA--AGGA--TT-A-TTT--T--ATGTTTA-GAAAGTT--G---TC-TTT-TTT-GTTCAAAG-TTTCAA--ATaaatacnnnnn
gi|5 : a-TTTGAT-CA----ATCGATCATGATGT---ATTGATGC-TCAA---TCTGTTTG--T----GGGGAT-A-TATG--TGA-ACAATACTTTTTAGATGGTTTC--AAT---C-TCATGT---AGA---TGAAAGATG----ACA-AGGT-GTCAA-ATGGAAAG--A-GGCCATCTCAGAAGAAAACG-AG--GT-T--ATACTGCG---GG---A-CT-GACCCAGGGTTC-AATAT-TG-TGACCTCT---G-----------TTTT-T-ATCATATTTG-T-T----AATGATTAC--CCAACATG-TATGA-AC-CACGTT-A-CAG---TCA-AT------ATCTATGTAAATGATATCGTGCACAC-AAAATGTGTCTGATAAATCATT-TCAA------GTGA-TAGA------A-AG--ACTTTA-CT-TGATGGCC-TTTTACATT--CCGTGTAACGG---GT-AAA-AA---AAAGTGAC-A-ACAAA-TATAAAGAAAA-TAC------ATC-TTAATAGA-----AAC-GTAA-CAGAA-A-TGA----AAACGTA--AAAAA-----TTTGG-TG-T
gi|5 : AAATATAAAGAAAATACATCTTAA-TA-GAAACGTAACAG-------AAA------------T---GAAA--ACG-T-AAA--------A-AA-TTT------GGTGTTTACATCAATA-A---AT--G-TCTT--A-------A--TGGT------CA-TAT---CGT-ATA----TA---TGTCT----------------ACTTG-GTCA----G--GAA---CTAGG-T--TTT-TAAGG--G-G-TTGGTTTG--TT-T---TTT-ATAT--C-AAA-G---G-CAGTA-CAATT--C-AAAATTTACAAAATTTATGCCA--TA-G-T-T--T---CCCCTCATTTGAA-TC-ATTGC-TGTACA---A-AA-TGGCATGA-AACCAA--ATCGAAGACAAAGT----TCTGATCGGC-T-----TGTT-GAATT-ACAG---AA----GA-GAGAACCAA-GAAT-CA-TTTT--------GC-ACA-CCAAAGAACCTCCA----TC-TAT-G-T-TAACT-TCT----T-GTATG---CT--T-TCA-AA-TT---T--G-AG-A------T--GGAT-A-C-CTGTGTC--T-GG--CT-A-TTttacatcaataaatgtcttaatggtcatatcgtatatatgtctacttggtcaggaactaggtttttaaggggttggtttgttttttatatcaaaggcagtacaattcaaaatttacaaaatttatgccatagtttcccctcatttgaatcattgctgtacaaaatggcatgaaaccaaatcgaagacaaagttctgatcggcttgttgaattacagaagagagaaccaagaatcattttgcacaccaaagaacctccatctatgttaacttcttgtatgctttcaaatttgagatggatacctgtgtctggctatttc
gi|6 : tttgatcaatcgatcatgatgtattgatgctcaatctgtttgtggggatatatgtgaacaatactttttagatggtttcaatctcatgtagatgaaagatgacaaggtgtcaaatggaaagaggccatctcagaagaaaacgaggttatactgcgggactgacccagggttcaatattgtgacctctgtttttatcatatttgttaatgattacccaacatgtatgaaccacgttacagtcaatatctatgtaaatgatatcgtgcacacaaaatgtgtctgataaatcatttcaagtgatagaaagactttacttgatggccttttacattccgtgtaacgggtaaaaaaaagtgacaacAGAATGGAAGAA---AGCT-TGA--GT-TACCCCTCTTTTCAATGCAAATCTGT-----TGAATTTTTTA-TGGCAAACAATTATCG-ACCCGTGTC--AGTTTTAGCAATT-GTCAGGAAAATT-ATTGAAAGACATTTTATC-----ACA-------T---TTTACGA-AT-AT--TCGGA-TAAAAAC-AAACTT--TTAACTGATCATCAATC--TGGTTTCAGACAAAAG-CA-TT-CA--TGT-GAAACAGCAC--T-T---A-GTAACAT-TATT--GATAAATGG-TTAT-GTAACATACTGT-AGATAGT-GG--CAAATTA-ATAGGTGT---TCTCTTTATTGA-TCTTA---GT--AAAGC-C-TTT-----------------------------TGTTAC-ACAAACTTTCATCAT--A----TGG--T-A-TTTG--TCA-A-AACTCTATT-AAATGGTTTC--AGT---C-TTATCT---------TGGAAAGTC----ACA-ATGT-GTTAA-ATGGAACG--G-TGTTTTTTCAGATGAAAAAG-AT--GT-T---CAAT-A----GA---A-AT-GCCTCAGAGGTC-CATAT-TG-GGACCATT---G----------TTTTT-T-ATTCTtc
gi|7 : gaaattttaacatatttattaaacatgtctataaaaagtggtatggttgcatcCCAAAGTCA-TT-CA--TGT-GAGACAAC-G--T-TG--A-ATGGTCT-TACT--GATAAATGG-TTCA-AGAACAT----G-GACCAT--GG--AAAACTT-ATAGGGGTAC-TATTTAT--TGA-TTT-----GCGTAAAGC-A-TTTGACACA----GTCAACCATGAAGT---TCTTTTGC-ACAAACTTATGTCTT--T----CGA--A-A-TTTG--T-C-A-AATACTTTT-AAATGGTTTC--AAT---T-ATATCT---TT-------CAAATCGTAAGCA-GTGT-GTCAGTTTGGGAGGT-G-TGTTATCT--AAAGAAAAAA-GT--AT-------AT-CCTTAGG---T-GT-TCCTCAGGGGTC-AATTT-TA-GGACCATT---A----------TTTTT-T-A----TATTG-T----------ACTAT--CCAAAATG-TCTTA-AA-CATTCT-T-CAG---TTACA-------ATGTATGCAGACGACAC----TTCAC-A---------TGA----CCTAT-GGAT------GTAA-TAGA------ATAA--AAATTG-CA-AGAGGA---TTTTAAATTAGGTGCAGAATGGA
gi|8 : cagtattagTTTGCATCAA-------AT--G-T-TT--A-----C-AGTTAGT------C---AT---CAC-ACG----GA---TGTTTTATG---CAA-GAA--ACTTAAGTCA----G--ACA---CTAGGGT-GTTTATAAGG--A-GATTGA---G--CAAT---TTTCATGT--C-CAAGA---G-AAGCA-CTACT--C-AAAATTAACA------ATGCCA--TA-G-T-A--T---TCCCACATTTACA-TT-A-TGT-TGTACG---G-TA-TGGCATGATTGCCAGG-AAC-AAAACAAATA----TC-ACTAGGC-T-----TTTT-AAATT-ACAA---AA-----A-GAGCAGCAA-GGAT-CA-TTTT--------AG-ACA-TCAGAGTACCTCAG----TC--GT-GTT-CAACT-TTT----A-ATATG---TT--A-TCA-AG-CT---T--G-AG-A------T--GGAT-G-C-CCATGCC--A-GA--CT-A-TTC-ATG-ATA-TCG-GAAATTT--A------TCT-TAT-CTTCAAAG-TTTTAC--ATT-GTAT-GACAC--CA-GAGT-A-TTTGAAGTGTTT-TT---AGA-T-TTGTG-A-AGTGA-G-G-ATCCACA
gi|9 : AAA-----CGTTG-TA-TAATTGT--TGGT------AAC-AT--T-G-T--TATAGAAA--ATG-T-GAAATG-CGCTA-AA-CTT--T-CGGGCGTTTACATCGATA-T---AT--G-CCCT--A-----T-G--TGGT------TT-TAT---AAC-ATA----GA---TGCCGTATG---CAA-AAA--ACTCA-GTTA----G--AAT---TTAAG-T-GTTT-TAAGT----GATT-----T--TAAT---TTC-ATGT--C-AAA-G---G-AAGCA-CAACT--C-AAAATTTACG------ATGCAA---------A--T---T---AAATTTTTT-CTCATTGG-TTTACT---G-TA-TGGCACGA-TGCCAAG-AAC-AAGACAAATA----T------------------------TT-ACCG---AA----GA-GAGTAGCAA------TA-T-----------------------GT-----------TC-AGT-G-T-AAG-C-TTC----CTGTATA---TG--A-TCA-AA-TA---T--G-AG-A------T--TGAT-G-C-CTGTGT-----GG--CT-A-TTT--TGAATA-CCA-AAAGGTT-------T-TCT-TG-------------TTAC--------AT-GCCAC--CA-GATT-A-TTTG-AATGTTT-CT---AAATT-TTGTC-A-A-TGA-G-GTAACCACga
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|34 ): TGTCATTTGCTTGTAGATTATTAAGTCGATATTTACACGATTTAAACCATCAAACATTACTTCACAACTCTTATATTTTGGAATATGTTGAAA
Alignments
lowQualScore : 222 1 11 1 11 22222 1 11 1111 11 1 1 1 777777777777777777777777 1 1 11 22222222 11 11 2222222222222 22222222222222 2222 222222222 111111111 11111111111 1111 11111 111 11111 1111 11 11111111111111 222222 111 1111111 222222 1111111 111111 222 2222222 111 1 111111 222222 111 111111 555555555555555555555555555 111 1111 1111111111111 111111111 1111 111 1111 1111111111111 11111 111 111111111111 11111 1111111111111 111 1111111 1111 22222222222 111111111 222222222 11 111111111111
lowQualScore : 1 111 5 88 5 1 88 22 1 66666 1 5 1 44 3 6666 88 2 3 3 333333333333333333333333 3 3 55 1 22222222 1 11 22 99 44 5 5 66 88 1 2 8888888888888 6 5 777 5 1 5 0 88888888888888 5 66 5 8888 9 5 1 4 888888888 555 44 9999 0 2 444444444 2 3 1 44 7777 44 6 44 55 3 3 44 3 44 2 3 1 88888888888 1 2222 7 3 66 1 77777 1 222 0 3 55 22222 4 3 7777 666 3 44 4 44 1 3 1 00 99999999999999 4 77 4 222222 55 1 4 1 4 4 000 888 77 7777777 1 444444 1 5 55 66 0 2 6 2 55 3333333 4 222222 5 66 4 55 9 222 0 2222222 4 99 4 1 999 55 11 66 1 5 5 1 333333 222222 5 55 222 0 66 0 444444 44 66 222222222222222222222222222 55 0 55 555 333 4 4 3333 3 1 3 555 44 3 5555555555555 444444444 9999 4 2222 222 1 777 4 55 3 4444 55 666 3 3 3 6666 2 2222222222222 3 11111 3 000 66 3 9999 1 999999 0 555555555555 666 0 0 77 6 1 3 6666 3 3 222 3 2 66 5555 999999 2 33333 33 2 0 444 5555 2 2 2 2 0000000000000 2 0 55 66666 99 5 2 2 333 4444444 888 2222 3333 777 88 99999999999 33 2 2 4 1 99999999 2 222222222 66666 777777777 7 44 6 2 33 5 2 33 66 2 2 22 444444444444 0 2 2 55 3 3 3 3 3
lowQualScore : . ... . .. . . .. .. . ..... . . . .. . .... .. . . . ........................ . . .. . ........ . .. .. .. .. . . .. .. . . ............. . . ... . . . . .............. . .. . .... . . . . ......... ... .. .... . . ......... . . . .. .... .. . .. .. . . .. . .. . . . ........... . .... . . .. . ..... . ... . . .. ..... . . .... ... . .. . .. . . . .. .............. . .. . ...... .. . . . . . ... ... .. ....... . ...... . . .. .. . . . . .. ....... . ...... . .. . .. . ... . ....... . .. . . ... .. .. .. . . . . ...... ...... . .. ... . .. . ...... .. .. ........................... .. . .. ... ... . . .... . . . ... .. . ............. ......... .... . .... ... . ... . .. . .... .. ... . . . .... . ............. . ..... . ... .. . .... . ...... . ............ ... . . .. . . . .... . . ... . . .. .... ...... . ..... .. . . ... .... . . . . ............. . . .. ..... .. . . . ... ....... ... .... .... ... .. ........... .. . . . . ........ . ......... ..... ......... . .. . . .. . . .. .. . . .. ............ . . . .. . . . . .
lowQualScore : 0 000 5 00 0 0 00 00 0 00000 0 5 0 77 7 7777 33 0 3 3 777777777777777777777777 3 3 77 0 77777777 2 00 44 22 22 0 0 99 11 1 8 1111111111111 5 0 000 0 0 0 1 22222222222222 9 99 0 7777 3 7 4 0 444444444 000 44 4444 1 7 999999999 9 6 0 66 1111 66 7 66 11 3 3 66 3 66 2 3 0 99999999999 3 7777 3 6 22 4 66666 8 888 4 6 00 00000 2 6 7777 444 6 88 5 66 5 6 0 11 33333333333333 0 22 4 777777 55 0 0 0 0 0 222 888 66 6666666 1 999999 1 0 22 11 2 0 5 6 44 8888888 4 888888 3 11 4 88 2 999 8 9999999 4 88 4 1 666 99 11 44 0 0 0 0 555555 888888 0 99 555 1 11 9 777777 77 33 888888888888888888888888888 55 3 55 444 666 0 0 9999 5 0 3 888 66 3 0000000000000 333333333 3333 0 5555 555 5 000 0 00 6 1111 00 444 6 6 6 9999 3 1111111111111 6 77777 6 000 66 6 7777 0 666666 5 666666666666 444 4 3 66 7 2 1 4444 1 1 555 1 9 77 7777 444444 7 33333 11 7 1 777 7777 7 7 7 7 3333333333333 7 3 77 55555 99 0 5 5 111 3333333 222 5555 8888 444 88 99999999999 11 2 2 4 0 00000000 4 888888888 22222 444444444 5 44 5 4 22 0 5 44 88 5 5 99 333333333333 3 7 7 88 1 1 3 3 2
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGANTGGAAGAACAAAGCTACGAAGGTGTACCCCNCTTTTCAATGNNANTCTGTGAGAGTGAATTTCCNAATGNCAAACAATTATCGTACCCGTGTCTGAGTTTTACC--TTCGTCAGGAAAATTA-TTG-AAAGACATGTT-TC-----ACAA--A---TT---TTACGA-AT-ATCCTCGNAT-AGAA-C-AAACTT--TTAAAGGAACATCAATC--GGGTTTCAGACCAAAG-CA-TT-CA--TGC-GAGACNGC-T--T-TG-CA-ATAGTAT-CATT--GATAAATGG-TTNA-AAAACAT----T-GAACAA--GGNA--AACTTA-CAGGTGTA--TNTTTATATCGA-TTTAA---GCG-AAAGC-A-TTTGACACA----GTCAACCATGANGT---TCTGTTGCA-CAAACTTNTGTCTT--T----TGG--TA-TATG--T-GA-A-AAT--ACTTTT-AAATGGTTTC--ACTC-TTATCT---ACA---CGATAGATC----GCA-ATGT-GTCAA-ATGGAAAG--GN-GTCATCTCAGAAGAGAAAG-AT--GT-T--ACAAT-C----GG---A-GT-CCCTCAGGGNTC-NATAT-TGGGNCC-ATT---G----------TTTTT-TA-TTCTTTTTG-T-A----AATGACTAT--CCNAAATG-TTTNA-AG-CATTCT-A-CAG---TCACAT------ATGTATGCAGACGATAC----CNCGC-AAGATGTTTCTGATAAGTCTNT-NGAN------GTAA-TAGA------ANAA--AAATTG-CA-AGACGATC-TTTTAAATT--CTGCGGAATGGAT-GC-AAA-AAAATAAACTCAC-G-ATAAA-TCTNAAGAAAA-CACAAT-GTATCGTTAATNGG-----NAC-GT-N-CAGAA-A-TTA-TCGAAATGTA--GAAAA-----CTTTG-TG-TAAATGTA-CGG-------AAA-AT--T-C-T--TA--GAAA--ATG-T-AAATCG-TGCTA-AA-CTT--T-TGGGTGTTTANATCGATG-A---AT--G-TCTT--A-----C-G--TGGT------CT-TAT---CAC-ACG----GA---TGTTTTATG---CAA-GAA--ACTTA-GTCA----G--AAA---CTAGG-T-GTTT-TAAGG--A-GATTGA---G--CAAT---TTT-ATGT--C-CAA-A---G-AAGCA-CTACT--C-AAAATTTACA------ATGCCA--TA-G-T-A--T---TCCCACATTTTAN-CT-ACTGT-TGTACN---G-TA-TGGCGCGA-TGCCAAG-AAC-AAGACAAATA----TC-GCTAGGC-T-----TTTT-AAATT-ACAA---AA----GA-GAGCAGCAA-GGAT-CA-TTTT--------AG-ACA-TCAGAGTACCTCAG----TC-AGT-G-T-CAA-T-TTT----A-NTATG---TT--A-TCA-AA-CT---T--G-A--A------T--GGAT-G-C-CNATGCC--A-GA--CT-A-TTC-AT--ATA-TCG-GAAAATT--A---AT-TCT-TGT-NTTCAAAG-TTTTAC--ATT-GTAT-GACAC--CA-GAGT-A-TTTG-AGTGTTT-TT---AGA-T-TTGTG-A-A-TGA-G-GTATCCACAAGAAATA
Reference ( family-1469 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGANTGGAAGAACAAAGCTACGAAGGTGTACCCCNCTTTTCAATGNNANTCTGTGAGAGTGAATTTCCNAATGNCAAACAATTATCGTACCCGTGTCTGAGTTTTACC--TTCGTCAGGAAAATTA-TTG-AAAGACATGTT-TC-----ACAA--A---TT---TTACGA-AT-ATCCTCGNAT-AGAA-C-AAACTT--TTAAAGGAACATCAATC--GGGTTTCAGACCAAAG-CA-TT-CA--TGC-GAGACNGC-T--T-TG-CA-ATAGTAT-CATT--GATAAATGG-TTNA-AAAACAT----T-GAACAA--GGNA--AACTTA-CAGGTGTA--TNTTTATATCGA-TTTAA---GCG-AAAGC-A-TTTGACACA----GTCAACCATGANGT---TCTGTTGCA-CAAACTTNTGTCTT--T----TGG--TA-TATG--T-GA-A-AAT--ACTTTT-AAATGGTTTC--ANTC-TTATCT---ACA---CGATAGATC----GCA-ATGT-GTCAA-ATGGAAAG--GN-GTCATCTCAGAAGAGAAAG-AT--GT-T--ACAAT-C----GG---A-GT-CCCTCAGGGNTC-NATAT-TGGGNCC-ATT---G----------TTTTT-TA-TTCTTTTTG-T-A----AATGACTAT--CCNAAATG-TTTNA-AG-CATTCT-A-CAG---TCACAT------ATGTATGCAGACGATAC----CNCGC-AAGATGTTTCTGATAAGTCTNT-NGAN------GTAA-TAGA------ANAA--AAATTG-CA-AGACGATC-TTTTAAATT--CTGCGGAATGGAT-GC-AAA-AAAATAAACTCAC-G-ATAAA-TCTNAAGAAAA-CACAAT-GTATCGTTAATNGG-----NAC-GT-N-CAGAA-A-TTA-TCGAAATGTA--GAAAA-----CTTTG-TG-TAAATGTA-CGG-------AAA-AT--T-C-T--TA--GAAA--ATG-T-AAATCG-TGCTA-AA-CTT--T-TGGGTGTTTANATCGATG-A---AT--G-TCTT--A-----C-G--TGGT------CT-TAT---CAC-ACG----GA---TGTTTTATG---CAA-GAA--ACTTA-GTCA----G--AAA---CTAGG-T-GTTT-TAAGG--A-GATTGA---G--CAAT---TTT-ATGT--C-CAA-A---G-AAGCA-CTACT--C-AAAATTTACA------ATGCCA--TA-G-T-A--T---TCCCACATTTTAN-CT-ACTGT-TGTACN---G-TA-TGGCGCGA-TGCCAAG-AAC-AAGACAAATA----TC-GCTAGGC-T-----TTTT-AAATT-ACAA---AA----GA-GAGCAGCAA-GGAT-CA-TTTT--------AG-ACA-TCAGAGTACCTCAG----TC-AGT-G-T-CAA-T-TTT----A-NTATG---TT--A-TCA-AA-CT---T--G-A--A------T--GGAT-G-C-CNATGCC--A-GA--CT-A-TTC-AT--ATA-TCG-GAAAATT--A---AT-TCT-TGT-NTTCAAAG-TTTTAC--ATT-GTAT-GACAC--CAGGAGT-A-TTTG-AGTGTTT-TT---AGA-T-TTGTG-A-A-TGA-G-GTATCCACAAGAAATA
gi|1 : AGACTGGAAGAACAAAGCTACGAAGGTGTACCCCGCTTTT--ATGATATTCTGTGAGAGTGAATTTCCAAATGTCACATAATTATAGTACCTGTACCTGAATTTTACC--TTCACTAAGCAAATTT-TTGGAAAGACATGTT-TTTCTGAACAA--AGAATT---TTACGAGATGATTTGTGAGT--GAA-C-AAACTT--TTAAAGGAACATCAGTC--GGGTTTCAGACCAAAA-CAATT-CA--TGT-GAAACTGC-TCTT-TA-CA-ATA-TATTCATT--TTTAAATGGCTTGA-AAAACAT----T-GAATAAAAGGTA--AACTTA-CAGGTGTAAATTTTTATATCAT-TTTGATTAGCA-AAAGCTA-TTTGATATATGTAGTCAATCATGATGT---TTTGTTGCA-CAAACTTTTATCTT--T----TGG--TA-TATG--T-GA-A-AAT--ACTTTC-AAATGGTTTT--ACTC-TTATCT---ACA---TGCTAGATC----ACA-ATGT-GTAAA-ATGGAAAG--GG-GTCGTCTCGTAAGAGAAAG-AT--GT-T--ACAAT-C----GG---A-GT-CCCTCAAGGCTC-TATGT-TGGGTCC-TTT---G----------TTTTT-TA-TTCTTTTTG-T-A----AATGACTAT--CCTAAATG-TTTGA-AG-CATTCT-A-CAA---TC-CAT------ATATATGCAGAAGATAC----CACGC-AAGATGTTTCTGATAAGTCTTT-GGAA------GTGA-TAGA------CAAA--AAATTA-CA-AGACGATC-TTTTAAATT--CTATTGAATGGAT-GCCAAA-AAAATAAACTCAC-T-ATAAA-TTTGAATAAAA-CACAAT-GTAT-GTTAATAGG-----AAC-TT-CTCAGAA-A-TTA-TTGAAATGTA--GAAAA-----CTTTG-TG-TAAATGTA-AGGGG-----AAA-AT--T-C-T--TA--GAAA--ATG-T-AAATTG-TGCTT-AA-CTT--C-TGGGTGTTTATATTGATG-A---AT--G-TCTT--G-----C-G--TGGT------CT-CAT---CAC-ACG----GA---TGTTTTATG---CAA-GAA--ACTTA-GTCA----G--AAA---CTAGG-T-GTTT-TAAGG--A-GATTGA---G--TAAT---TTT-ATGT--C-CAA-A---G-AAGTA-CTACT--C-AAAATTTACA------ATACCA--TA-G-T-A--T---TCCCACATTTTAA-CT-ATTGT-TGTACA---G-TA-TGGCATGA-CGCCAGG-AAC-AAAACAAATA----GC-ACTAGGC-T-----TTTT-AAATA-ACAA---AA----AC-GAGCAGCAA-GGAT-CATTTTT--------AGTACACTCAGAGTACCTCAG----TC-AGT-G-T-CAA-T-TTT----A-ATATG---TT--A-TCA-AG-CT---A--G-A--A------T--GGAT-G-C-CATTGCC--A-GA--CTCA-TTC-AT--ATA-TCG-GAAAATT--A---ATCTCT-TAT-CTTCAAAG-TTTTAC--ATT-GTAT-GACAC--CAGGAGT-A-TTTG-AGTGTTT-TT---AGA-T-TTGTG-A-A-TGA-G-GTAT-CACAAGAAATA
gi|10 : gaaaatttatcattggaaattgtcttacggagggtgacgtctcgtcaACAT--TAAAAATAACATCAATC--GGGTTTCAGACCAAAA-CA-TT-C-------------GC-T--TATA-C--ATAATAC-CATTTGAATAAAT-G-TTCA-AAACAAT----T--AACAA--GG-A--AACTTC-CAGGTGTA---ATTTTTATCGAGTCTAA---GCA-AA
gi|10 : tctaatactatacacccgttaatcattgtaaacagatgacaggtttaaccttgA-CATACTTTTATATG--T----TGG--TAATATGAAT-GACA-AAT--AGTTTT-A--TGGTT-C--ACTT-CTAT-T---ACA---CGATAGATCCG--GAA-ATGT-GTCAA--TGAAA----GA-ATCATCTCA-AAGAGAAAG-AT--GT-TTGACCAT-C----GG---A-GTCCCCTCAAGGATCTTATAG-TGGGT----TTCAAG----------GTTTT-TA-TTATCTTTGTT-A----AAGGACTAC--CCTATATGTTTTGA-AA-C-TTCT-A-Ccatacttttatatgttggtaatatgaatgacaaatagttttatggttcacttctattacacgatagatccggaaatgtgtcaatgaaagaatcatctcaaagagaaagatgtttgaccatcggagtcccctcaaggatcttatagtgggtttcaaggtttttattatctttgttaaaggactaccctatatgttttgaaacttctac
gi|11 : tctaatactatacacccgttaatcattgtaaacagatgacaggtttaaccttgacattaaaaataacatcaatcgggtttcagaccaaaacattcgcttatacataataccatttgaataaatgttcaaaacaattaacaaggaaacttccaggtgtaatttttatcgagtctaagcaaTATTGA-CTTA-----CG-TAAGG-ACTTTGATACA----GTTAACCATGGAGT---TCTTTCGCA-CAAACTTATGTCTT--TCATTTTG--AA-TTTG--T-CG-C-AAT--ACCTTT-AAATGGTTTC--AATC-ATATCTTTCAAA---TCATAA-------GAA-ATGT-GTAAG-TTGGAGAGTTGT-GTTAT-TCAAAGCAAAAAGCAT--A-----ACCTT-T----GG---T-AT-TCCTCAGGG-TC-AAT-T-TTAGACC-ATC---A----------TTTT-------CATATTG-T-ACATTAACGATTAT--CCAAAATA-TCTTA-AA-CATTCT-T-CCG---TTACA-------ATGTATGCAGACGATAC------------------------------TT-TGAT------GTAA-TGGA------ATCA--AAACTG-CA-GGATGA---CTTTAAGTTG-GTATAAAATGGAT-GT-TGA-AAAA
gi|12 : ggttctgttA--ACTCA-GTCA----G--AAA---CTACG-T-GTTT-TAAAG--A-TATTGA---G--TAAC---TCT-ATGT--C-TAA-A---G-AACCA-CTACT--C-AGAATTTAGA------ATACCA--GA-G-T-G--T---TTTCTCACTTT-T-CT-ATTGT-TACACG---G-TA-TGACACGA-TGCCAAG-AAC-AAGACAAATA----TC-ACTGGGC-T-----TTTT-CAATT-ACAA---AA----GA-GAGTAGCAA-GGAT-CA-TTTT--------AG-TTA-TCAAAATACCTCAA----TC-TGT-G-T-CAACT-TTT----A-CTATG---TT--A-TCA-AA-CTTC-T--G----T------T--GTAT-G-C-CTATGCCATA-TA--CT-ATTTT-AA--ATA-TCG-GAAAATC------AT-TCT-TAT-GTTTAACG-TTTT--------------ACAC--CA-GAGT-A--CTG--------------------TTGTG-A-A-TGA-G-GTATCCACTAGAAAT
gi|13 : --TTGAAATAGCATCAATC--GGGTTTCAGACCAAAA-CA-TT-CG--TGC-GAAACTGC-T--G-TA-CA--TAGTAT-CATT--GATATATGG-CTTG-AAAACAT----T--AACAA--GGGA--AACTTC-CAGGTGTA--ATTTT-TATCGA-TCT----------AAGC-A-----------------AAGCATG---------------------CTTATATATT--T----TGG--TA-TATG--T-GA-A-AAC--ATTTTT-AAATGGTTTC--ACTC-TTATTT---TCA---CGATAGATT----GCA-ATGT-GTCAA-ATGGAAAG--GA-GT-ATCTCAAAAGAGAACG-AT--GT-T--ACCAT-C----GG---A-GT-CCCTCAAAGCTC-TATAT-TG
gi|14 : ctatatacacacctggtaaagcattgtaaacagatgacagatttaaccgacaATTGA---GGNNNNN---NNN-NNNN--N-NNN-N---N-NNNNN-NNACT----AAAATTTTCA------ATAACAGATATG-T----T---TCTCAC---TTAGTCT-ATTGT-TACATG---GATA-TGCACCCA-TGCCAAG-AAC-AAGACGAATA----TC-ACT--GC-T-----TTTT-TCATT-ACAA---AA----GA-GAGTAGCAA-GGAG-TA-TTTT--------AG-ACA-TCAAAATACCTCAA----TCTCGTAG-T-CAACT-TTT----A-CTATG---TTT-ACTCA-AA-CT---TCTG-T---------T--GTAT-G-C-CTATGCC--A-TATACT-A-TTT-AA--ATA-TCG-GAAAATC--T---AT-TCTATGT-TTT-AACG-TTTTAC--AGT-GTAT-GACAC----AGAGT-A-TTT---------------------TTGT--A-A-TGA-G-GTATCCACTAGAAAT
gi|15 : TAT--CATAAATG-TTTAA-AGACAGACTCG-CAC---TCGAATGTTTCTATATATGCAGATGATGC----ATCAC-AGTATGTTTCACACAAGTCTAT-TGAATCAGATGTTA-TTGA------ACAA--AGGTTG-CA-TGATGAT--------------------ATGGAT-GA-AAA-GTAATAAACTTAC-G-ATGAA-CCTGAAAAAAA-AACAAT-GTAT-GTTGATTGC-----CACTGC-A-CAAAA-A-CTC-TCAAAATGTA--GAAAA-----ATGTG-TA-TCAAAGTA--GG-------AGATATTGT-T-T--TA--GATA--CTGTT-AAATC--TGCCA-AA-GTTG-T-TGGG-GTACAAATTGATG-A---AT--G-TCTT--A-----C-T--TGGT------CT-
gi|16 : tgattCT--A-AAATTTTAGA------ATAC-A--CA-G-T-A--TGTTTCTCAC---TTA---T-ACTAT-TGTACATGGG-TA-TG-CACGA-TGCCAAG-AAC-AAGACGAATA----TC-ACT--GC-T-----TTTT-TCATT-ACAA---AA----GA-GAGTAGCAA-GGAG-TA-TTTT--------AG-ACA-TCAAAATACCTCAA----TCTCGTAG-T-CAACT-TTT----A-CTATG---TTT-A-TCA-AA-CT---TCTG-T---------T--GTAT-G-C-CTATGCC--A-TATACT-A-TTT-AA--ATA-TCG-GAAAATC--T---AT-TCTATGT-TTT-AACG-TTTTAC--AGT-GTAT-GACAC----AGAGT-A-TTT---------------------TTGT--A-A-TGA-G-GTATCCACTAGAAATgtac
gi|17 : ATGGAT-ATTAAA-ACAACAAACTTAC---ATAAA-TCTTAAGAAAATCACAGTAGCATAGTTAATATGCTCCTTAG-GT-A-CAGAA-
gi|18 : aggcaaattacatagtggcttaaaaatataacttcgttgcgtattttagCCAAG-AAC-AAAATAAATA----TT-ACTAGGC-T-----TTTTTAAATT-GCAA---AA----AA-GAGCAGCAAAGGATGCA-TTTT--------AG-A-A-TCAGATT-CCTCAG----TC-AGT-G-T-CAC-C-TTTAC--A-CCATG---TCTGA-TCA-AATCT---TA-G-AG-A------T--GAAT-GCC-CGATGCC--A-GAT-CT-T-TTG-AT--ATA-TC--GAAAATT------AT-TCT-TGT-CTTTAAAGATTTTAC--AGT-TTGT-GACACATCA-GAAT-A-TTTG-AGTGTTG-TT---AGA-T-TTGTG-A-A-TGA-G-ATTTC--CAAGAAATtacccaagattaagtattaattgcaagaaaaggacatatgtgatgacttttaaaaaagtggatgaacgtacaatcactacaacgtatagtgataatagtatcttggtgcaaaattactttgggttgcttacacaaggctatattgtgacacgatgcct
gi|19 : CTGTATGAAAT---G-TA-TGACATTT-TGCTAAG-AAC-CAGACAAATA----TC-ACTCGGT-T-----TTTA-AAATT-ACAA---AC----GA-GAGCAGCAA-ATAT-AG-TTTT--------AG-ACA-TCAAAGTATCTCAA----TC-AGT-G-T-CAA-C-TTA----A-CCATG---TT--A-TAA-AA-CT---T--A-AG-A------T--GGAT-G-C-CCATGTC--A-GA--CT-A-TTT-TT--ATA-TCG-GAAAA-T--A---AT-TCT-TGT-GT------------C--ATT-GTAT-GAAAA--CA-GAGT-A-TTTA-AATGTGT-TT---AAA-T-TT
gi|2 : AATCATGGGTTTCAGACCAAAA-CA-TTTCA--TGTTGAAACTGC-T--T-AGACT-ATA-TAT-CATT--ATTAAA--G-TTGA-AAA-CAT----TTGATAAA--GGTA--AACTTA-CAG-TGTA--T--TTATATGAG-TTTAA---GCA-AGAGC-A-TTAGATACA----GTCAATCATGAT-TAAATTTGTTGCA-CCAGTTTA---CTTACT----TGG--TA-TAAT--T-AA-A-GAT--ACTTCA-ATATGTGTTC--ACTCATTATCT---ACATATCTAT-GATC----ACAGATGTAGTCAA-ATGGAAAG-----GTCATCTCA-AAGA-AAAC-AT--G--T--ACAAT-C----GGAATA-GT-CCCTCAGGGCTT-ACTATCTGGGTCC--TT---G----------TTTTTATA-TTCTTTTTG-TAA----AATG-CTATACCTAAAATG-TTTTA-AG-CATTC--A-CAG---TCA-AT------ATATAT-CAGAT-ATAC----CACGCAAAGATGTTTCTGATAAGTCTTTGGGAT------GTGATTGGA------AAAA--ATATTGCCA-AGAC-ATCGTTTTAAA-T--CTATTGAATGGAT-GC-AAATAAAATAAACTCACTA-ATAAA--CTT--GAAAA-AACAAT-GTATCGTTAATAGG-----GAC--T-T-CAGAATA-TTA-TTAAAGT-TA--GAAAAT----CTTTGATG-TAATTGTA--GG-------GAA-AT--T-CTT--TA--GAAA--ATG-T-AAATTGTTGCTA-AATCTT--C-TGGG-GTTTATATTGATG-A---ATCGG-TCTT----------G--TGGT------TC-TAT---CAC-ACGA---GA---TG--TTATG---CAAGGAA--ACTTA-GTCAGTC-G--AAA---CTAGT-G-GTTT-TTGAG--A-G-TTGAG--G--CAAT---T----TGT-----AG-A---G--ACCA-CTACT--C-AAAATTTACA------ATG-CA--TA-GATAA--T---TCCCACA-TTAAA-CT-ACT-T-T-TACG---G-TATTGGCATGA-TGCCAGGAAACAAAAACAAATA----TC-AC-AGGCTT-----TTTT-TAATT-ACGA---AA----AA-GAGCAGCAA--GAT-CA-TTTT--------A--ACA-TCAGAGTAC--CAG----TC-AGT---T-CA----TTT----A-TAATGCTCCT--A-T-A-AG-CTATAT--G-ATCATGCAACT--GGATAG-C-TCATGCC--A-AA---------T-AT--ATA-GCGCGAAAATG--T---AT-TCT-TATCTTTCAAAG-TTTTAC----T-GTATGGACAC--CAAGA-T-ATTTTG-AGTGTTT-TT---TAA-TGTTGTG-A-A-TGATG-G--TTCA-AAGAAATAcacaagaagta
gi|20 : aCATTTTAC-TT-ACTGT-TGTACT---G-TC-TGGTGTCA-TGTTAGA-AAC-----CAACTGTGTTTA-GATAAAC-T-----TTTT-AAACT-GCAA---AA----GA-GGGCAGCAA-GAAT-AC-TTTT--------AG-ATA-CTCGA-TATATCAGGACCTC---T-A-C-TAA-T-TTT----T-TTATG---TT--C-TT---G-TT---T--G-A--AC-----T--GGAT-G-C-CAAT
gi|21 : tttcaaagaaaatagtaagaaaacttgctgagtgagctatttcatgccaccaaatgcactttttgTCTAT-TGAG------TTAT-CAGA------ACAA--AGATTT-CA-TGG-GAT---TTAAAACT--CTATGAAATGGAT-GG-AAA-GTAATAAACCTAC-G-GT-GA-CCTAAAGA-----ACATT-GTATAGTCGATTGG-----TAC--T-G-CACAA-A---ACCCGAAG---A--GGATA-----TTTT-------AAT-TA-TTG---------------T-T-T--TA--GATGCTATG---AAATC--TGCCA-AA-CTT--TCTGGGGGTACAAATTGATG-A---AT--GTTTTT--A-----C-T--TGGT------CT-taaggat
gi|22 : AATTTA-A------ATGTC-------------T---TTCCACATTTTAC-TT-ACTGT-TGTACT---G-TC-TGGTGTCA-TGTTAGA-AAC-----CAACTG----TG-TTTAGA--TAAAAATTTT-AAACT-GTAATTTAATCTTGA-GGGCAGCAA-GAAT-AC-TTTT--------AA-ATA-CTCGAG-ATATCAG----GA-ACT-C-TACTA-T-TTT----T-TTTTA---TT--T-TCT-TG-TT---T--G-A--AC-----T--GGAT-G-C-CAATTAA--G-GA--TT-ATTTC-AT--gtcccta
gi|23 : catgac--T-T-T--TA--GATA--GTG-TTAAATC--TGCTATAA-CTC--T-TGGGTAC--AAATTGATGGA---AT--G-TTTTTTA-----CTG--TGGT------CTGTA----CACTATT----GACT-TCTTTAATGTAACAA-AAA--AACTA--TCACCGGA--AAA---GTAGG-TTGTTT-TACGG--ACGTTTTA---A--CAACCTGTTT-ATGT-----AA-AT--GCAGGCA-TTGGT--TGAAAATTTACA------gct
gi|24 : gtgctatcaagtaggagatgttcgTA-TCGAAATGCA--GAACA-----CTTTG-TG-TAAATGTA-GGT-------AAA-AT--TTC-T--TA--GAAA--ATA-T-AAATTG-TGCTA-AA-CTT--C-TGGGTGTTTATATCGATG-A---AT--G-ACTT--A-----C-G--TGGT------AT-CAT---CAC-TTA----GA---TCTTTTATG---CAA-GAA--ACTTA-GTCG----G--AAA---CTAGG-T-GTTT-TAAGG--A-GATTGA---G--TAAT---TTT-ATGT--C-CAA-A---G-ACGCA-CTACT--C-AA
gi|25 : C-AAGACAAATA----TT-GACAGGC-T-----TTTT-AAAAT-AC--------------TAGTAGCAA-GGAT-CA---------------------------ACCCCAA----TG-AAT-G-T-CAA-CGTTT----A-TCATG---CT----TCA-TA-TT---T--G-A--A------TATGGAT-G-C-CTCTGT-----GA--CT-A------------------------------AC-TCTGTG--ATGGAAAG-TTTTAC--ATTCGTAT-GACAT---ATGAGTTA-TTTG-AAAATTT-CT---AGA-T-TTGTT-A-A-
gi|26 : attactcagggatttttC-AAGACAAATA----TT-GACAGGC-T-----TTTT-AAA-T-AC--------------TAGTAGCAA-GGAT-CA---------------------------ACCCCAA----TG-AAT-G-T-CAA-C-TTT----T-TCATG---CT--C-TCA-TA-TT---T--G-AATA------T--GGAT-G-C-CTCTGTT--T-GA--CT-A-CTC---------------------------------TGT-GATGGAAG-TTTTAC--ATC-GTAT-GACAT--C-TGAGT-A-TTTG-Aac
gi|27 : attactcagggatttttC-AGT-G-T-CAA-C-TTTTTAAA-ACATG---TT--A-TCA-AA-CT---T--GCG--A------T--GGAT-G-C-CCATGCC--A-GA--CT-A-TTTTAT--ATA-TCG-GAAAATT--A----T-TCT-TGT-CTTCAAAG-TTTTAC--ATT-GTAT-GACAC--CAG-AGT-A-TTTG-AGTGTTA-TT---AGA-T-TTGTG-A-A-TGA-G-GTATCCATAAGAAATa
gi|28 : cTATGCTCTT--G-TCA-----T---T--G-T--A------T----AT-G-CGCACTGCC--C-GT--CT-A---C-CT--AGA-T---GAGAATT--ATTTATGTCT-TGT-GTTTAAAG---TTAA--ATTCGT-T-GACAT--CA-GATT-A-TTTG-A------------AAA-T-TTGTG-AGA-TGA-A-G--TCCACAA
gi|29 : a-GTCATCTCAGAAGAGAAAG-GT--GC-T--ACAAT-C----GG---A-GT-CCCTCAAGGCTC-TATAT-TGGGTCC-TTT---GTATTTTTTTTTTTTT-TA-TTCTTTTAG-T-A----AATGACTAT--CCTAAATG-TTTGA-AG-CATtcagaata
gi|3 : AACAATTACCGT--CAGTGTCTG--TTCTGCC--TTTGTCAGCAAAATTAATTG-AAAGACATGT---C-----ACAATCA---TTGGTTTACGA-AT-ATCCTCATACCAGCA-CTAAATCTAATCAGTGGGAAAACAGTC--AG-TTTCAGGCCAAG---A-TT-TAATTGC-GAGACAGC-T--C-TT-CATGGAGTAT-AAT---GA-AAATGG-TTTACGAAACAT----C-GA-CAAT-GGCACAAACTTAACAGGTGTCCTTATTTGC-TAGA-TTTAA---GTT-AAAGC-T-TTTGACACG----GTAAATCATCAGGT---ATTACTTCAACAAACTACTGTCTT--T-----GG--TAATATG--TTGA-A-AATTCAATTAC-AATTGG---------C-TTGTCA---A-------ATAGATC----ACACATGT-GTTCG-ATGGAATG--GCAGTTAGCT------AGATAG-ATTAGTAT--GCAAT-A----GG---A-GT-ACCTCAAAGGGC-AATAC-AGCGTCCCATT---G----------TTTTT-TAATTCTCTATG-T-A----AATGACTAC--CCCGATTG-CTTTACAA-CACTCT-ACCAGCCCCCCCAT------ATGTATGCGGATGACACA---AACGC-AAGATG-TTCGGATAA-------AGAA-------TAA-TAGATGTTTCAAAAGCAAATTA-CATAG--GATC-TTAAAAATA--CTTTGGAATGGATGGC-ATA-AAAAC--ACTTAC---ATAAATTCTTAAGAAAA-CACAGT-GCATCA-TAATTGG-----TAC-GA-A-CAAAG-ATTTA-AGAAAATGCA--GGAAA-----GTTAT-TGATGAAAGTG-CGATGATATCACA-AT--T----------GAAA--ATG-T-ATCTTG-TGCAA-AA-TGTACT-TGCGTGTTTTTATT-ATG-ACAGAT--G-GCTC--A-----C-T--TGGT------C--TA-----AC-ATGTTGAAA---T-TTTTAT----CAA-AAA--ACTT--GCCA----AGCAAA---ATAGG-C-GTTT-TAATGTAA-GATTAC---G---------TTC-ATCT--TGCAA-ACCCG-ACTTATTTACTGAG-AAAATTT-TT------ATACAA--TT-G-T-ATTT---TTCCTCATTTAAA-CTAACT-T-TGTACT---G-TA-TGGGGCAA-TATGAAA-AAA-AGGAC
gi|30 : tcGGTGTA--ATTTT-TATCGA-TCTAA---GC--AAAAC-A-Ttgtcttaacaaattattaaa
gi|30 : A-CATACTTTTATATT--T----TGG--TA-TATG--T-GA-A-AAT--AGTTTT-AA-TGGTTTC--ACTC-TTATTT---ACA---CGATAGATC----GCA-ATGT-GTCAA-ATGGAAAacttttatattttggtatatgtgaaaatagttttaatggtttcactcttatttacacgatagatcgcaatgtgtcaaatggaaa
gi|31 : ggtgtaatttttatcgatctaagcaaa--A------T--GGAT-G-C-CTCTACC-------------TGC-AT----------GAGAATTTTATT-AT-TCT-TGT-GTTTAAAG-TT--AA--ATT-GTAT-GACAT--CAG-ATT-A-TTTG-A------------AAA-T-TTGTG-A-A-TGA-A-GTAACCACAAGAAATA
gi|32 : T--GTA-T-G-GAAAATT--A--------T-T-T-ATTCAACT-CTTTATCAATT-GTAT-GAC-C--CAGAGGT-A-TTT--AGTGTTT-TTTAAAGA-T-TGGCACA-A-TGA-GAGTATC
gi|33 : tatcaatTGTTTACAGCAATG-A---GT--G-TCTT--A-----C-G--TGGCCTTTAGCT-TAC---CAC-ACA----GA---TGTTTCATG---CAA-CAATTACTTA-GTAT----G--AAA---CCAGG-T-GTTC-TAAGtcccacccac
gi|35 : gtT--T----TGG--TA-TATG--T-GA-A-AAT--ACTTTC-AAA-GGTTTCCAACTC-TTATCT---
gi|36 : tatcG-CTTTAC--ATT--CA--GACAC--CAT-AGT-A-TTTG-AGTGTTTGTT---AGA-T-TTGggcatgcta
gi|4 : TTTAGGCCCAAGTCA-TT-CA--TGT-GAGACAGC-G--T-TG--A-ATAGTCT-TACG--GATAAATGG-TTCA-AGAACAT------GGACGAT-GGAA--AACTTA-CAGG-GTAC-TATTTAT--TGA-TTT-----GCGTAAAGC-A-TTTGACACA----GTCAACCATAAAGT---TCTTTTGCA-CAAACTTATGTCTT--T----TGG--AA-TTTG--T-CT-C-AAT--ACTTTT-AGATGGTTTC--AAT------------CA---CTATAA-------GCA-GTGT-GTCAG-TTGGGGAGGTGT-GTTATCT----AAAGAAAA-AC--G--T--AC-AT-CCTT-AG---ATGT-TCCTCAGGGGTC-AATTT-TAGGACC-ATT---A----------TTCTT-CA-----TATTG-T-ACATCAATGACTAT--CCAAAATG-TCTTA-AG-CATTCC-T-CAG---TTACAT-------TGTATGCAGACGACAC----TTCAC-AGGACGTGCGTGATAAATCTAT-CGAT------GTAA-TAGA------ATGA--AAATGA-CA-AGAGGA---TTTTAAATTGGGTGCAGAATGGAT-GC-TTA-GAAATAACCTC-T-GCATAAA-TCTTCAAAAAT-CACAAT-GTAT-GCTATTTGG-----TAC-GTGT-CAAAA-T-TTA-CGGAAGTGTC--GAA----------TA-T--TAAATAT--CG------------AT--T-T-TAATG--GTGA--A---C-AGATCA-AGTTA-AA-TTA--T-TAGGTGTTTATATTGAT--A---AT--A-CTTT--AATTATC-A--TGG----------GATACACAT-ATG----GAGTTTGTTTCA------AA-GAA--AA-TA-GTAA----A--AAAAACCTTGC-T-GTAC-TAAAG--A-GAGTGA---G--CTAT---TTC-ATGCCAC-CAA-A---T---GCA-CTTTT--A-AAGGTTTTTA------ACAGCA--TT-G-T-C--T---TTCCGCATTTTAG-TT-ATTGT-TGTACT---G-TC-TGGTGTCA-TATCAAA-AAC-----CAACTG----TG-TTTAGA--TAAAAATTTT-AAACTGGCAA---AA----GAGGGGCAGCAA-GAAT-AC-TTTTAATCTCCGAG-ATA-TCAGG--ACCTC-----------T-A-C-TAA-T-TAT------TTATA---TT--T-TCATTG-TT---T--G-A--AC-----T--GGAT-G-CGCAATTTA--AGGA--TT-A-TTT--T--ATGTTTA-GAAAGTT--G---TC-TTT-TTT-GTTCAAAG-TTTCAA--ATaaatacnnnnn
gi|5 : a-TTTGAT-CA----ATCGATCATGATGT---ATTGATGCT-CAA---TCTGTTTG--T----GGGGATA-TATG--T-GA-ACAAT--ACTTTTTAGATGGTTTC--AATC-TCATGT---AGA---TGAAAGATG----ACA-AGGT-GTCAA-ATGGAAAG--AG-GCCATCTCAGAAGAAAACG-AG--GT-T--ATACTGCG---GG---A-CT-GACCCAGGGTTC-AATAT-TGTGACC-TCT---G-----------TTTT-TA-TCATATTTG-T-T----AATGATTAC--CCAACATG-TATGA-AC-CACGTT-A-CAG---TCA-AT------ATCTATGTAAATGATATCGTGCACAC-AAAATGTGTCTGATAAATCATT-TCAA------GTGA-TAGA------A-AG--ACTTTA-CT-TGATGGCC-TTTTACATT--CCGTGTAACGG---GT-AAA-AA---AAAGTGAC-A-ACAAA-TATAAAGAAAA-TAC------ATC-TTAATAGA-----AAC-GTAA-CAGAA-A-TGA----AAACGTA--AAAAA-----TTTGG-TG-T
gi|5 : AAATATAAAGAAAATACATCTTAA-TA-GAAACGTAACAG-------AAA------------T---GAAA--ACG-T-AAA--------A-AA-TTT------GGTGTTTACATCAATA-A---AT--G-TCTT--A-------A--TGGT------CA-TAT---CGT-ATA----TA---TGTCT----------------ACTTG-GTCA----G--GAA---CTAGG-T--TTT-TAAGG--G-G-TTGGTTTG--TT-T---TTT-ATAT--C-AAA-G---G-CAGTA-CAATT--C-AAAATTTACAAAATTTATGCCA--TA-G-T-T--T---CCCCTCATTTGAA-TC-ATTGC-TGTACA---A-AA-TGGCATGA-AACCAA--ATCGAAGACAAAGT----TCTGATCGGC-T-----TGTT-GAATT-ACAG---AA----GA-GAGAACCAA-GAAT-CA-TTTT--------GC-ACA-CCAAAGAACCTCCA----TC-TAT-G-T-TAACT-TCT----T-GTATG---CT--T-TCA-AA-TT---T--G-AG-A------T--GGAT-A-C-CTGTGTC--T-GG--CT-A-TTttacatcaataaatgtcttaatggtcatatcgtatatatgtctacttggtcaggaactaggtttttaaggggttggtttgttttttatatcaaaggcagtacaattcaaaatttacaaaatttatgccatagtttcccctcatttgaatcattgctgtacaaaatggcatgaaaccaaatcgaagacaaagttctgatcggcttgttgaattacagaagagagaaccaagaatcattttgcacaccaaagaacctccatctatgttaacttcttgtatgctttcaaatttgagatggatacctgtgtctggctatttc
gi|6 : tttgatcaatcgatcatgatgtattgatgctcaatctgtttgtggggatatatgtgaacaatactttttagatggtttcaatctcatgtagatgaaagatgacaaggtgtcaaatggaaagaggccatctcagaagaaaacgaggttatactgcgggactgacccagggttcaatattgtgacctctgtttttatcatatttgttaatgattacccaacatgtatgaaccacgttacagtcaatatctatgtaaatgatatcgtgcacacaaaatgtgtctgataaatcatttcaagtgatagaaagactttacttgatggccttttacattccgtgtaacgggtaaaaaaaagtgacaacAGAATGGAAGAA---AGCT-TGA--GT-TACCCCTCTTTTCAATGCAAATCTGT-----TGAATTTTTTA-TGGCAAACAATTATCG-ACCCGTGTC--AGTTTTAGCAATT-GTCAGGAAAATTA-TTG-AAAGACATTTTATC-----ACA-------TT---TTACGA-AT-AT--TCGGAT-AAAAAC-AAACTT--TTAACTGATCATCAATC--TGGTTTCAGACAAAAG-CA-TT-CA--TGT-GAAACAGCAC--T-T---A-GTAACAT-TATT--GATAAATGG-TTAT-GTAACATACTGT-AGATAGT-GGCA--AATTAA-TAGGTGT---TCTCTTTATTGA-TCTTA---GT--AAAGC-C-TTT-----------------------------TGTTACA-CAAACTTTCATCAT--A----TGG--TA-TTTG--T-CA-A-AAC--TCTATT-AAATGGTTTC--AGTC-TTATCT---------TGGAAAGTC----ACA-ATGT-GTTAA-ATGGAACG--GT-GTTTTTTCAGATGAAAAAG-AT--GT-T---CAAT-A----GA---A-AT-GCCTCAGAGGTC-CATAT-TGGGACC-ATT---G----------TTTTT-TA-TTCTtc
gi|7 : gaaattttaacatatttattaaacatgtctataaaaagtggtatggttgcatcCCAAAGTCA-TT-CA--TGT-GAGACAAC-G--T-TG--A-ATGGTCT-TACT--GATAAATGG-TTCA-AGAACAT----G-GACCAT--GGAA--AACTTA-TAGGGGTAC-TATTTAT--TGA-TTT-----GCGTAAAGC-A-TTTGACACA----GTCAACCATGAAGT---TCTTTTGCA-CAAACTTATGTCTT--T----CGA--AA-TTTG--T--C-A-AAT--ACTTTT-AAATGGTTTC--AATT-ATATCT---TT-------CAAATCGTAAGCA-GTGT-GTCAGTTTGGGAGGT-GT-GTTATCT--AAAGAAAAAA-GT--AT-------AT-CCTTAGG---T-GT-TCCTCAGGGGTC-AATTT-TAGGACC-ATT---A----------TTTTT-TA-----TATTG-T----------ACTAT--CCAAAATG-TCTTA-AA-CATTCT-T-CAG---TTACA-------ATGTATGCAGACGACAC----TTCAC-A---------TGA----CCTAT-GGAT------GTAA-TAGA------ATAA--AAATTG-CA-AGAGGA---TTTTAAATTAGGTGCAGAATGGA
gi|8 : cagtattagTTTGCATCAA-------AT--G-T-TT--A-----C-AGTTAGT------C---AT---CAC-ACG----GA---TGTTTTATG---CAA-GAA--ACTTAAGTCA----G--ACA---CTAGGGT-GTTTATAAGG--A-GATTGA---G--CAAT---TTTCATGT--C-CAAGA---G-AAGCA-CTACT--C-AAAATTAACA------ATGCCA--TA-G-T-A--T---TCCCACATTTACA-TT-A-TGT-TGTACG---G-TA-TGGCATGATTGCCAGG-AAC-AAAACAAATA----TC-ACTAGGC-T-----TTTT-AAATT-ACAA---AA-----A-GAGCAGCAA-GGAT-CA-TTTT--------AG-ACA-TCAGAGTACCTCAG----TC--GT-GTT-CAACT-TTT----A-ATATG---TT--A-TCA-AG-CT---T--G-AG-A------T--GGAT-G-C-CCATGCC--A-GA--CT-A-TTC-ATG-ATA-TCG-GAAATTT--A------TCT-TAT-CTTCAAAG-TTTTAC--ATT-GTAT-GACAC--CA-GAGT-A-TTTGAAGTGTTT-TT---AGA-T-TTGTG-A-AGTGA-G-G-ATCCACA
gi|9 : AAA-----CGTTG-TA-TAATTGT--TGGT------AAC-AT--T-G-T--TATAGAAA--ATG-T-GAAATG-CGCTA-AA-CTT--T-CGGGCGTTTACATCGATA-T---AT--G-CCCT--A-----T-G--TGGT------TT-TAT---AAC-ATA----GA---TGCCGTATG---CAA-AAA--ACTCA-GTTA----G--AAT---TTAAG-T-GTTT-TAAGT----GATT-----T--TAAT---TTC-ATGT--C-AAA-G---G-AAGCA-CAACT--C-AAAATTTACG------ATGCAA---------A--T---T---AAATTTTTT-CTCATTGG-TTTACT---G-TA-TGGCACGA-TGCCAAG-AAC-AAGACAAATA----T------------------------TT-ACCG---AA----GA-GAGTAGCAA------TA-T-----------------------GT-----------TC-AGT-G-T-AAG-C-TTC----CTGTATA---TG--A-TCA-AA-TA---T--G-AG-A------T--TGAT-G-C-CTGTGT-----GG--CT-A-TTT--TGAATA-CCA-AAAGGTT-------T-TCT-TG-------------TTAC--------AT-GCCAC--CA-GATT-A-TTTG-AATGTTT-CT---AAATT-TTGTC-A-A-TGA-G-GTAACCACga
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|34 ): TGTCATTTGCTTGTAGATTATTAAGTCGATATTTACACGATTTAAACCATCAAACATTACTTCACAACTCTTATATTTTGGAATATGTTGAAA
Alignments
lowQualScore : 222 1 11 1 11 22222 1 11 1111 11 1 1 1 777777777777777777777777 1 1 11 22222222 11 11 2222222222222 22222222222222 2222 222222222 111111111 11111111111 1111 11111 111 11111 1111 11 11111111111111 222222 2222222222222 2222222 1111111 111111 222 2222222 111 1 111111 222222 111 111111 555555555555555555555555555 111 1111 1111111111111 111111111 1111 111 1111 1111 11111111 11111 111 111111111111 11111 1111111111111 111 111111111 1111 22222222222 111111111 222222222 111111111111
lowQualScore : 1 111 5 88 5 1 88 22 1 66666 1 5 1 44 3 6666 88 2 3 3 333333333333333333333333 3 3 55 1 22222222 1 11 22 99 44 5 5 66 88 1 2 8888888888888 6 5 777 5 1 5 0 88888888888888 5 66 5 8888 9 5 1 4 888888888 555 44 9999 0 2 444444444 2 3 1 44 7777 44 6 44 55 3 3 44 3 44 4 3 3 88888888888 1 2222 7 3 66 1 77777 1 222 0 3 55 22222 4 3 7777 666 3 44 4 44 1 3 1 00 99999999999999 4 77 4 222222 55 1 4 1 4 4 55 4 5555555555555 1 4444444 1 5 55 66 0 2 6 2 55 3333333 4 222222 5 66 4 55 9 222 0 2222222 4 99 4 1 999 55 11 66 1 5 5 1 333333 222222 5 55 222 0 66 0 444444 44 66 222222222222222222222222222 55 0 55 555 333 4 4 3333 3 1 3 555 44 3 5555555555555 444444444 9999 4 2222 222 1 777 4 55 3 4444 55 666 3 3 3 0000 22222222 666 3 11111 3 000 66 3 9999 1 999999 0 555555555555 666 0 0 77 6 1 3 6666 3 3 222 3 2 66 5555 999999 2 33333 33 2 0 444 5555 2 2 2 2 0000000000000 2 0 55 66666 99 5 2 2 333 444444444 888 2222 3333 777 88 99999999999 33 2 4 33 99999999 2 222222222 33333 777777777 7 44 6 2 33 5 2 33 2 2 2 2 22 444444444444 0 2 2 55 3 3 3 3 3
lowQualScore : . ... . .. . . .. .. . ..... . . . .. . .... .. . . . ........................ . . .. . ........ . .. .. .. .. . . .. .. . . ............. . . ... . . . . .............. . .. . .... . . . . ......... ... .. .... . . ......... . . . .. .... .. . .. .. . . .. . .. . . . ........... . .... . . .. . ..... . ... . . .. ..... . . .... ... . .. . .. . . . .. .............. . .. . ...... .. . . . . . .. . ............. . ....... . . .. .. . . . . .. ....... . ...... . .. . .. . ... . ....... . .. . . ... .. .. .. . . . . ...... ...... . .. ... . .. . ...... .. .. ........................... .. . .. ... ... . . .... . . . ... .. . ............. ......... .... . .... ... . ... . .. . .... .. ... . . . .... ........ ... . ..... . ... .. . .... . ...... . ............ ... . . .. . . . .... . . ... . . .. .... ...... . ..... .. . . ... .... . . . . ............. . . .. ..... .. . . . ... ......... ... .... .... ... .. ........... .. . . .. ........ . ......... ..... ......... . .. . . .. . . .. . . . . .. ............ . . . .. . . . . .
lowQualScore : 0 000 5 00 0 0 00 00 0 00000 0 5 0 77 7 7777 33 0 3 3 777777777777777777777777 3 3 77 0 77777777 2 00 44 22 22 0 0 99 11 1 8 1111111111111 5 0 000 0 0 0 1 22222222222222 9 99 0 7777 3 7 4 0 444444444 000 44 4444 1 7 999999999 9 6 0 66 1111 66 7 66 11 3 3 66 3 66 6 3 1 99999999999 3 7777 3 6 22 4 66666 8 888 4 6 00 00000 2 6 7777 444 6 88 5 66 5 6 0 11 33333333333333 0 22 4 777777 55 0 0 0 0 0 88 4 0000000000000 1 9999999 1 0 22 11 2 0 5 6 44 8888888 4 888888 3 11 4 88 2 999 8 9999999 4 88 4 1 666 99 11 44 0 0 0 0 555555 888888 0 99 555 1 11 9 777777 77 33 888888888888888888888888888 55 3 55 444 666 0 0 9999 5 0 3 888 66 3 0000000000000 333333333 3333 0 5555 555 5 000 0 00 6 1111 00 444 6 6 6 3333 55555555 444 6 77777 6 000 66 6 7777 0 666666 5 666666666666 444 4 3 66 7 2 1 4444 1 1 555 1 9 77 7777 444444 7 33333 11 7 1 777 7777 7 7 7 7 3333333333333 7 3 77 55555 99 0 5 5 111 111111111 222 5555 8888 444 88 99999999999 11 2 4 22 00000000 4 888888888 11111 444444444 5 44 5 4 22 0 5 44 5 5 5 5 99 333333333333 3 7 7 88 1 1 3 3 2
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGANTGGAAGAACAAAGCTACGAAGGTGTACCCCNCTTTTCAATGNNANTCTGTGAGAGTGAATTTCCNAATGNCAAACAATTATCGTACCCGTGTCTGAGTTTTACC--TTCGTCAGGAAAATTA-TTG-AAAGACATGTT-TC-----ACAA--A---TT---TTACGA-AT-ATCCTCGNAT-AGAA-C-AAACTT--TTAAAGGAACATCAATC--GGGTTTCAGACCAAAG-CA-TT-CA--TGC-GAGACNGC-T--T-TG-CA-ATAGTAT-CATT--GATAAATGG-TTNA-AAAACAT----T-GAACAA--GGNA--AACTTA-CAGGTGTA--TNTTTATATCGA-TTTAA---GCG-AAAGC-A-TTTGACACA----GTCAACCATGANGT---TCTGTTGCA-CAAACTTNTGTCTT--T----TGG--TA-TATG--T-GA-A-AAT--ACTTTT-AAATGGTTTC--ACTC-TTATCT---ACA---CGATAGATC----GCA-ATGT-GTCAA-ATGGAAAG--GN-GTCATCTCAGAAGAGAAAG-AT--GT-T--ACAAT-C----GG---A-GT-CCCTCAGGGNTC-NATAT-TGGGNCC-ATT---G----------TTTTT-TA-TTCTTTTTG-T-A----AATGACTAT--CCNAAATG-TTTNA-AG-CATTCT-AC-AGTCAC---AT------ATGTATGCAGACGATAC----CN-CGC-AAGATGTTTCTGATAAGTCTNT-NGAN------GTAA-TAGA------ANAA--AAATTG-CA-AGACGATC-TTTTAAATT--CTGCGGAATGGAT-GC-AAA-AAAATAAACTCAC-G-ATAAA-TCTNAAGAAAA-CACAAT-GTATCGTTAATNGG-----NAC-GT-N-CAGAA-A-TTA-TCGAAATGTA--GAAAA-----CTTTG-TG-TAAATGTA-CGG-------AAA-AT--T-C-T--TA--GAAA--ATG-T-AAATCG-TGCTA-AA-CTT--T-TGGGTGTTTANATCGATG-A---AT--G-TCTT--A-----C-G--TGGT------CT-TAT---CAC-ACG----GA---TGTTTTATG---CAA-GAA--ACTTA-GTCA----G--AAA---CTAGG-T-GTTT-TAAGG--A-GATTGA---G--CAAT---TTT-ATGT--C-CAA-A---G-AAGCA-CTACT--C-AAAATTTACA------ATGCCA--TA-G-T-A--T---TCCCACATTTTAN-CT-ACTGT-TGTACN---G-TA-TGGCGCGA-TGCCAAG-AAC-AAGACAAATA----TC-GCTAGGC-T-----TTTT-AAATT-ACAA---AA----GA-GAGCAGCAA-GGAT-CA-TTTT--------AG-ACA-TCAGAGTACCTCAG----TC-AGT-G-T-CAA-T-TTT----A-N--TATG---TT--A-TCA-AA-CT---T--G-A--A------T--GGAT-GC-CN-ATGCC--A-GA--CT-A-TTC-AT--ATA-TCG-GAAAATT--A---AT-TCT-TGT-NTTCAAAG-TTTTAC--ATT-GTAT-GACAC--CA-GA-GT-A-TTTG-AGTGTTT-TT---AGA-T-TTGTG-A-A-TGA-G-GTATCCACAAGAAATA
Reference ( family-1469 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGANTGGAAGAACAAAGCTACGAAGGTGTACCCCNCTTTTCAATGNNANTCTGTGAGAGTGAATTTCCNAATGNCAAACAATTATCGTACCCGTGTCTGAGTTTTACC--TTCGTCAGGAAAATTA-TTG-AAAGACATGTT-TC-----ACAA--A---TT---TTACGA-AT-ATCCTCGNAT-AGAA-C-AAACTT--TTAAAGGAACATCAATC--GGGTTTCAGACCAAAG-CA-TT-CA--TGC-GAGACNGC-T--T-TG-CA-ATAGTAT-CATT--GATAAATGG-TTNA-AAAACAT----T-GAACAA--GGNA--AACTTA-CAGGTGTA--TNTTTATATCGA-TTTAA---GCG-AAAGC-A-TTTGACACA----GTCAACCATGANGT---TCTGTTGCA-CAAACTTNTGTCTT--T----TGG--TA-TATG--T-GA-A-AAT--ACTTTT-AAATGGTTTC--ACTC-TTATCT---ACA---CGATAGATC----GCA-ATGT-GTCAA-ATGGAAAG--GN-GTCATCTCAGAAGAGAAAG-AT--GT-T--ACAAT-C----GG---A-GT-CCCTCAGGGNTC-NATAT-TGGGNCC-ATT---G----------TTTTT-TA-TTCTTTTTG-T-A----AATGACTAT--CCNAAATG-TTTNA-AG-CATTCT-AC-AGTCAC---AT------ATGTATGCAGACGATAC----CN-CGC-AAGATGTTTCTGATAAGTCTNT-NGAN------GTAA-TAGA------ANAA--AAATTG-CA-AGACGATC-TTTTAAATT--CTGCGGAATGGAT-GC-AAA-AAAATAAACTCAC-G-ATAAA-TCTNAAGAAAA-CACAAT-GTATCGTTAATNGG-----NAC-GT-N-CAGAA-A-TTA-TCGAAATGTA--GAAAA-----CTTTG-TG-TAAATGTA-CGG-------AAA-AT--T-C-T--TA--GAAA--ATG-T-AAATCG-TGCTA-AA-CTT--T-TGGGTGTTTANATCGATG-A---AT--G-TCTT--A-----C-G--TGGT------CT-TAT---CAC-ACG----GA---TGTTTTATG---CAA-GAA--ACTTA-GTCA----G--AAA---CTAGG-T-GTTT-TAAGG--A-GATTGA---G--CAAT---TTT-ATGT--C-CAA-A---G-AAGCA-CTACT--C-AAAATTTACA------ATGCCA--TA-G-T-A--T---TCCCACATTTTAN-CT-ACTGT-TGTACN---G-TA-TGGCGCGA-TGCCAAG-AAC-AAGACAAATA----TC-GCTAGGC-T-----TTTT-AAATT-ACAA---AA----GA-GAGCAGCAA-GGAT-CA-TTTT--------AG-ACA-TCAGAGTACCTCAG----TC-AGT-G-T-CAA-T-TTT----A-N--TATG---TT--A-TCA-AA-CT---T--G-A--A------T--GGAT-GC-CN-ATGCC--A-GA--CT-A-TTC-AT--ATA-TCG-GAAAATT--A---AT-TCT-TGT-NTTCAAAG-TTTTAC--ATT-GTAT-GACAC--CA-GA-GT-A-TTTG-AGTGTTT-TT---AGA-T-TTGTG-A-A-TGA-G-GTATCCACAAGAAATA
gi|1 : AGACTGGAAGAACAAAGCTACGAAGGTGTACCCCGCTTTT--ATGATATTCTGTGAGAGTGAATTTCCAAATGTCACATAATTATAGTACCTGTACCTGAATTTTACC--TTCACTAAGCAAATTT-TTGGAAAGACATGTT-TTTCTGAACAA--AGAATT---TTACGAGATGATTTGTGAGT--GAA-C-AAACTT--TTAAAGGAACATCAGTC--GGGTTTCAGACCAAAA-CAATT-CA--TGT-GAAACTGC-TCTT-TA-CA-ATA-TATTCATT--TTTAAATGGCTTGA-AAAACAT----T-GAATAAAAGGTA--AACTTA-CAGGTGTAAATTTTTATATCAT-TTTGATTAGCA-AAAGCTA-TTTGATATATGTAGTCAATCATGATGT---TTTGTTGCA-CAAACTTTTATCTT--T----TGG--TA-TATG--T-GA-A-AAT--ACTTTC-AAATGGTTTT--ACTC-TTATCT---ACA---TGCTAGATC----ACA-ATGT-GTAAA-ATGGAAAG--GG-GTCGTCTCGTAAGAGAAAG-AT--GT-T--ACAAT-C----GG---A-GT-CCCTCAAGGCTC-TATGT-TGGGTCC-TTT---G----------TTTTT-TA-TTCTTTTTG-T-A----AATGACTAT--CCTAAATG-TTTGA-AG-CATTCT-AC-AATC-C---AT------ATATATGCAGAAGATAC----CA-CGC-AAGATGTTTCTGATAAGTCTTT-GGAA------GTGA-TAGA------CAAA--AAATTA-CA-AGACGATC-TTTTAAATT--CTATTGAATGGAT-GCCAAA-AAAATAAACTCAC-T-ATAAA-TTTGAATAAAA-CACAAT-GTAT-GTTAATAGG-----AAC-TT-CTCAGAA-A-TTA-TTGAAATGTA--GAAAA-----CTTTG-TG-TAAATGTA-AGGGG-----AAA-AT--T-C-T--TA--GAAA--ATG-T-AAATTG-TGCTT-AA-CTT--C-TGGGTGTTTATATTGATG-A---AT--G-TCTT--G-----C-G--TGGT------CT-CAT---CAC-ACG----GA---TGTTTTATG---CAA-GAA--ACTTA-GTCA----G--AAA---CTAGG-T-GTTT-TAAGG--A-GATTGA---G--TAAT---TTT-ATGT--C-CAA-A---G-AAGTA-CTACT--C-AAAATTTACA------ATACCA--TA-G-T-A--T---TCCCACATTTTAA-CT-ATTGT-TGTACA---G-TA-TGGCATGA-CGCCAGG-AAC-AAAACAAATA----GC-ACTAGGC-T-----TTTT-AAATA-ACAA---AA----AC-GAGCAGCAA-GGAT-CATTTTT--------AGTACACTCAGAGTACCTCAG----TC-AGT-G-T-CAA-T-TTT----A-A--TATG---TT--A-TCA-AG-CT---A--G-A--A------T--GGAT-GC-CA-TTGCC--A-GA--CTCA-TTC-AT--ATA-TCG-GAAAATT--A---ATCTCT-TAT-CTTCAAAG-TTTTAC--ATT-GTAT-GACAC--CAGGA-GT-A-TTTG-AGTGTTT-TT---AGA-T-TTGTG-A-A-TGA-G-GTAT-CACAAGAAATA
gi|10 : gaaaatttatcattggaaattgtcttacggagggtgacgtctcgtcaACAT--TAAAAATAACATCAATC--GGGTTTCAGACCAAAA-CA-TT-C-------------GC-T--TATA-C--ATAATAC-CATTTGAATAAAT-G-TTCA-AAACAAT----T--AACAA--GG-A--AACTTC-CAGGTGTA---ATTTTTATCGAGTCTAA---GCA-AA
gi|10 : tctaatactatacacccgttaatcattgtaaacagatgacaggtttaaccttgA-CATACTTTTATATG--T----TGG--TAATATGAAT-GACA-AAT--AGTTTT-A--TGGTT-C--ACTT-CTAT-T---ACA---CGATAGATCCG--GAA-ATGT-GTCAA--TGAAA----GA-ATCATCTCA-AAGAGAAAG-AT--GT-TTGACCAT-C----GG---A-GTCCCCTCAAGGATCTTATAG-TGGGT----TTCAAG----------GTTTT-TA-TTATCTTTGTT-A----AAGGACTAC--CCTATATGTTTTGA-AA-C-TTCT-AC-catacttttatatgttggtaatatgaatgacaaatagttttatggttcacttctattacacgatagatccggaaatgtgtcaatgaaagaatcatctcaaagagaaagatgtttgaccatcggagtcccctcaaggatcttatagtgggtttcaaggtttttattatctttgttaaaggactaccctatatgttttgaaacttctac
gi|11 : tctaatactatacacccgttaatcattgtaaacagatgacaggtttaaccttgacattaaaaataacatcaatcgggtttcagaccaaaacattcgcttatacataataccatttgaataaatgttcaaaacaattaacaaggaaacttccaggtgtaatttttatcgagtctaagcaaTATTGA-CTTA-----CG-TAAGG-ACTTTGATACA----GTTAACCATGGAGT---TCTTTCGCA-CAAACTTATGTCTT--TCATTTTG--AA-TTTG--T-CG-C-AAT--ACCTTT-AAATGGTTTC--AATC-ATATCTTTCAAA---TCATAA-------GAA-ATGT-GTAAG-TTGGAGAGTTGT-GTTAT-TCAAAGCAAAAAGCAT--A-----ACCTT-T----GG---T-AT-TCCTCAGGG-TC-AAT-T-TTAGACC-ATC---A----------TTTT-------CATATTG-T-ACATTAACGATTAT--CCAAAATA-TCTTA-AA-CATTCT-TC-CGTTAC---A-------ATGTATGCAGACGATAC-------------------------------TT-TGAT------GTAA-TGGA------ATCA--AAACTG-CA-GGATGA---CTTTAAGTTG-GTATAAAATGGAT-GT-TGA-AAAA
gi|12 : ggttctgttA--ACTCA-GTCA----G--AAA---CTACG-T-GTTT-TAAAG--A-TATTGA---G--TAAC---TCT-ATGT--C-TAA-A---G-AACCA-CTACT--C-AGAATTTAGA------ATACCA--GA-G-T-G--T---TTTCTCACTTT-T-CT-ATTGT-TACACG---G-TA-TGACACGA-TGCCAAG-AAC-AAGACAAATA----TC-ACTGGGC-T-----TTTT-CAATT-ACAA---AA----GA-GAGTAGCAA-GGAT-CA-TTTT--------AG-TTA-TCAAAATACCTCAA----TC-TGT-G-T-CAACT-TTT----A-C--TATG---TT--A-TCA-AA-CTTC-T--G----T------T--GTAT-GC-CT-ATGCCATA-TA--CT-ATTTT-AA--ATA-TCG-GAAAATC------AT-TCT-TAT-GTTTAACG-TTTT--------------ACAC--CA-GA-GT-A--CTG--------------------TTGTG-A-A-TGA-G-GTATCCACTAGAAAT
gi|13 : --TTGAAATAGCATCAATC--GGGTTTCAGACCAAAA-CA-TT-CG--TGC-GAAACTGC-T--G-TA-CA--TAGTAT-CATT--GATATATGG-CTTG-AAAACAT----T--AACAA--GGGA--AACTTC-CAGGTGTA--ATTTT-TATCGA-TCT----------AAGC-A-----------------AAGCATG---------------------CTTATATATT--T----TGG--TA-TATG--T-GA-A-AAC--ATTTTT-AAATGGTTTC--ACTC-TTATTT---TCA---CGATAGATT----GCA-ATGT-GTCAA-ATGGAAAG--GA-GT-ATCTCAAAAGAGAACG-AT--GT-T--ACCAT-C----GG---A-GT-CCCTCAAAGCTC-TATAT-TG
gi|14 : ctatatacacacctggtaaagcattgtaaacagatgacagatttaaccgacaATTGA---GGNNNNN---NNN-NNNN--N-NNN-N---N-NNNNN-NNACT----AAAATTTTCA------ATAACAGATATG-T----T---TCTCAC---TTAGTCT-ATTGT-TACATG---GATA-TGCACCCA-TGCCAAG-AAC-AAGACGAATA----TC-ACT--GC-T-----TTTT-TCATT-ACAA---AA----GA-GAGTAGCAA-GGAG-TA-TTTT--------AG-ACA-TCAAAATACCTCAA----TCTCGTAG-T-CAACT-TTT----A-C--TATG---TTT-ACTCA-AA-CT---TCTG-T---------T--GTAT-GC-CT-ATGCC--A-TATACT-A-TTT-AA--ATA-TCG-GAAAATC--T---AT-TCTATGT-TTT-AACG-TTTTAC--AGT-GTAT-GACAC---A-GA-GT-A-TTT---------------------TTGT--A-A-TGA-G-GTATCCACTAGAAAT
gi|15 : TAT--CATAAATG-TTTAA-AGACAGACTCGC-ACTCGA---ATGTTTCTATATATGCAGATGATGC----AT-CAC-AGTATGTTTCACACAAGTCTAT-TGAATCAGATGTTA-TTGA------ACAA--AGGTTG-CA-TGATGAT--------------------ATGGAT-GA-AAA-GTAATAAACTTAC-G-ATGAA-CCTGAAAAAAA-AACAAT-GTAT-GTTGATTGC-----CACTGC-A-CAAAA-A-CTC-TCAAAATGTA--GAAAA-----ATGTG-TA-TCAAAGTA--GG-------AGATATTGT-T-T--TA--GATA--CTGTT-AAATC--TGCCA-AA-GTTG-T-TGGG-GTACAAATTGATG-A---AT--G-TCTT--A-----C-T--TGGT------CT-
gi|16 : tgattCT--A-AAATTTTAGA------ATAC-A--CA-G-T-A--TGTTTCTCAC---TTA---T-ACTAT-TGTACATGGG-TA-TG-CACGA-TGCCAAG-AAC-AAGACGAATA----TC-ACT--GC-T-----TTTT-TCATT-ACAA---AA----GA-GAGTAGCAA-GGAG-TA-TTTT--------AG-ACA-TCAAAATACCTCAA----TCTCGTAG-T-CAACT-TTT----A-C--TATG---TTT-A-TCA-AA-CT---TCTG-T---------T--GTAT-GC-CT-ATGCC--A-TATACT-A-TTT-AA--ATA-TCG-GAAAATC--T---AT-TCTATGT-TTT-AACG-TTTTAC--AGT-GTAT-GACAC---A-GA-GT-A-TTT---------------------TTGT--A-A-TGA-G-GTATCCACTAGAAATgtac
gi|17 : ATGGAT-ATTAAA-ACAACAAACTTAC---ATAAA-TCTTAAGAAAATCACAGTAGCATAGTTAATATGCTCCTTAG-GT-A-CAGAA-
gi|18 : aggcaaattacatagtggcttaaaaatataacttcgttgcgtattttagCCAAG-AAC-AAAATAAATA----TT-ACTAGGC-T-----TTTTTAAATT-GCAA---AA----AA-GAGCAGCAAAGGATGCA-TTTT--------AG-A-A-TCAGATT-CCTCAG----TC-AGT-G-T-CAC-C-TTT----A-CACCATG---TCTGA-TCA-AATCT---TA-G-AG-A------T--GAAT-GC-CCGATGCC--A-GAT-CT-T-TTG-AT--ATA-TCG--AAAATT--A----T-TCT-TGT-CTTTAAAGATTTTAC--AGT-TTGT-GACACATCA-GA-AT-A-TTTG-AGTGTTG-TT---AGA-T-TTGTG-A-A-TGA-G-ATTTC--CAAGAAATtacccaagattaagtattaattgcaagaaaaggacatatgtgatgacttttaaaaaagtggatgaacgtacaatcactacaacgtatagtgataatagtatcttggtgcaaaattactttgggttgcttacacaaggctatattgtgacacgatgcct
gi|19 : CTGTATGAAAT---G-TA-TGACATTT-TGCTAAG-AAC-CAGACAAATA----TC-ACTCGGT-T-----TTTA-AAATT-ACAA---AC----GA-GAGCAGCAA-ATAT-AG-TTTT--------AG-ACA-TCAAAGTATCTCAA----TC-AGT-G-T-CAA-C-TTA----A-C--CATG---TT--A-TAA-AA-CT---T--A-AG-A------T--GGAT-GC-CC-ATGTC--A-GA--CT-A-TTT-TT--ATA-TCG-GAAAA-T--A---AT-TCT-TGT-GT------------C--ATT-GTAT-GAAAA--CA-GA-GT-A-TTTA-AATGTGT-TT---AAA-T-TT
gi|2 : AATCATGGGTTTCAGACCAAAA-CA-TTTCA--TGTTGAAACTGC-T--T-AGACT-ATA-TAT-CATT--ATTAAA--G-TTGA-AAA-CAT----TTGATAAA--GGTA--AACTTA-CAG-TGTA--T--TTATATGAG-TTTAA---GCA-AGAGC-A-TTAGATACA----GTCAATCATGAT-TAAATTTGTTGCA-CCAGTTTA---CTTACT----TGG--TA-TAAT--T-AA-A-GAT--ACTTCA-ATATGTGTTC--ACTCATTATCT---ACATATCTAT-GATC----ACAGATGTAGTCAA-ATGGAAAG-----GTCATCTCA-AAGA-AAAC-AT--G--T--ACAAT-C----GGAATA-GT-CCCTCAGGGCTT-ACTATCTGGGTCC--TT---G----------TTTTTATA-TTCTTTTTG-TAA----AATG-CTATACCTAAAATG-TTTTA-AG-CATTC--AC-AGTCA----AT------ATATAT-CAGAT-ATAC----CA-CGCAAAGATGTTTCTGATAAGTCTTTGGGAT------GTGATTGGA------AAAA--ATATTGCCA-AGAC-ATCGTTTTAAA-T--CTATTGAATGGAT-GC-AAATAAAATAAACTCACTA-ATAAA--CTT--GAAAA-AACAAT-GTATCGTTAATAGG-----GAC--T-T-CAGAATA-TTA-TTAAAGT-TA--GAAAAT----CTTTGATG-TAATTGTA--GG-------GAA-AT--T-CTT--TA--GAAA--ATG-T-AAATTGTTGCTA-AATCTT--C-TGGG-GTTTATATTGATG-A---ATCGG-TCTT----------G--TGGT------TC-TAT---CAC-ACGA---GA---TG--TTATG---CAAGGAA--ACTTA-GTCAGTC-G--AAA---CTAGT-G-GTTT-TTGAG--A-G-TTGAG--G--CAAT---T----TGT-----AG-A---G--ACCA-CTACT--C-AAAATTTACA------ATG-CA--TA-GATAA--T---TCCCACA-TTAAA-CT-ACT-T-T-TACG---G-TATTGGCATGA-TGCCAGGAAACAAAAACAAATA----TC-AC-AGGCTT-----TTTT-TAATT-ACGA---AA----AA-GAGCAGCAA--GAT-CA-TTTT--------A--ACA-TCAGAGTAC--CAG----TC-AGT---T-CA----TTT----A-T--AATGCTCCT--A-T-A-AG-CTATAT--G-ATCATGCAACT--GGATAGC-TC-ATGCC--A-AA---------T-AT--ATA-GCGCGAAAATG--T---AT-TCT-TATCTTTCAAAG-TTTTAC----T-GTATGGACAC--CA-AG-AT-ATTTTG-AGTGTTT-TT---TAA-TGTTGTG-A-A-TGATG-G--TTCA-AAGAAATAcacaagaagta
gi|20 : aCATTTTAC-TT-ACTGT-TGTACT---G-TC-TGGTGTCA-TGTTAGA-AAC-----CAACTGTGTTTA-GATAAAC-T-----TTTT-AAACT-GCAA---AA----GA-GGGCAGCAA-GAAT-AC-TTTT--------AG-ATA-CTCGA-TATATCAGGACCTC---T-A-C-TAA-T-TTT----T-T--TATG---TT--C-TT---G-TT---T--G-A--AC-----T--GGAT-GC-CA-AT
gi|21 : tttcaaagaaaatagtaagaaaacttgctgagtgagctatttcatgccaccaaatgcactttttgTCTAT-TGAG------TTAT-CAGA------ACAA--AGATTT-CA-TGG-GAT---TTAAAACT--CTATGAAATGGAT-GG-AAA-GTAATAAACCTAC-G-GT-GA-CCTAAAGA-----ACATT-GTATAGTCGATTGG-----TAC--T-G-CACAA-A---ACCCGAAG---A--GGATA-----TTTT-------AAT-TA-TTG---------------T-T-T--TA--GATGCTATG---AAATC--TGCCA-AA-CTT--TCTGGGGGTACAAATTGATG-A---AT--GTTTTT--A-----C-T--TGGT------CT-taaggat
gi|22 : AATTTA-A------ATGTC-------------T---TTCCACATTTTAC-TT-ACTGT-TGTACT---G-TC-TGGTGTCA-TGTTAGA-AAC-----CAACTG----TG-TTTAGA--TAAAAATTTT-AAACT-GTAATTTAATCTTGA-GGGCAGCAA-GAAT-AC-TTTT--------AA-ATA-CTCGAG-ATATCAG----GA-ACT-C-TACTA-T-TTT----T-T--TTTA---TT--T-TCT-TG-TT---T--G-A--AC-----T--GGAT-GC-CA-ATTAA--G-GA--TT-ATTTC-AT--gtcccta
gi|23 : catgac--T-T-T--TA--GATA--GTG-TTAAATC--TGCTATAA-CTC--T-TGGGTAC--AAATTGATGGA---AT--G-TTTTTTA-----CTG--TGGT------CTGTA----CACTATT----GACT-TCTTTAATGTAACAA-AAA--AACTA--TCACCGGA--AAA---GTAGG-TTGTTT-TACGG--ACGTTTTA---A--CAACCTGTTT-ATGT-----AA-AT--GCAGGCA-TTGGT--TGAAAATTTACA------gct
gi|24 : gtgctatcaagtaggagatgttcgTA-TCGAAATGCA--GAACA-----CTTTG-TG-TAAATGTA-GGT-------AAA-AT--TTC-T--TA--GAAA--ATA-T-AAATTG-TGCTA-AA-CTT--C-TGGGTGTTTATATCGATG-A---AT--G-ACTT--A-----C-G--TGGT------AT-CAT---CAC-TTA----GA---TCTTTTATG---CAA-GAA--ACTTA-GTCG----G--AAA---CTAGG-T-GTTT-TAAGG--A-GATTGA---G--TAAT---TTT-ATGT--C-CAA-A---G-ACGCA-CTACT--C-AA
gi|25 : C-AAGACAAATA----TT-GACAGGC-T-----TTTT-AAAAT-AC--------------TAGTAGCAA-GGAT-CA---------------------------ACCCCAA----TG-AAT-G-T-CAA-CGTTT----A-T--CATG---CT----TCA-TA-TT---T--G-A--A------TATGGAT-GC-CT-CTGT-----GA--CT-A------------------------------AC-TCTGTG--ATGGAAAG-TTTTAC--ATTCGTAT-GACAT--AT-GA-GTTA-TTTG-AAAATTT-CT---AGA-T-TTGTT-A-A-
gi|26 : attactcagggatttttC-AAGACAAATA----TT-GACAGGC-T-----TTTT-AAA-T-AC--------------TAGTAGCAA-GGAT-CA---------------------------ACCCCAA----TG-AAT-G-T-CAA-C-TTT----T-T--CATG---CT--C-TCA-TA-TT---T--G-AATA------T--GGAT-GC-CT-CTGTT--T-GA--CT-A-CTC---------------------------------TGT-GATGGAAG-TTTTAC--ATC-GTAT-GACAT--CT-GA-GT-A-TTTG-Aac
gi|27 : attactcagggatttttC-AGT-G-T-CAA-C-TTTTTAAA-A--CATG---TT--A-TCA-AA-CT---T--GCG--A------T--GGAT-GC-CC-ATGCC--A-GA--CT-A-TTTTAT--ATA-TCG-GAAAATT--A----T-TCT-TGT-CTTCAAAG-TTTTAC--ATT-GTAT-GACAC--CA-GA-GT-A-TTTG-AGTGTTA-TT---AGA-T-TTGTG-A-A-TGA-G-GTATCCATAAGAAATa
gi|28 : c--TATGCTCTT--G-TCA-----T---T--G-T--A------T----AT-GCGCA-CTGCC--C-GT--CT-A---C-CT--AGA-T---GAGAATT--ATTTATGTCT-TGT-GTTTAAAG---TTAA--ATTCGT-T-GACAT--CA-GA-TT-A-TTTG-A------------AAA-T-TTGTG-AGA-TGA-A-G--TCCACAA
gi|29 : a-GTCATCTCAGAAGAGAAAG-GT--GC-T--ACAAT-C----GG---A-GT-CCCTCAAGGCTC-TATAT-TGGGTCC-TTT---GTATTTTTTTTTTTTT-TA-TTCTTTTAG-T-A----AATGACTAT--CCTAAATG-TTTGA-AG-CATtcagaata
gi|3 : AACAATTACCGT--CAGTGTCTG--TTCTGCC--TTTGTCAGCAAAATTAATTG-AAAGACATGT---C-----ACAATCA---TTGGTTTACGA-AT-ATCCTCATACCAGCA-CTAAATCTAATCAGTGGGAAAACAGTC--AG-TTTCAGGCCAAG---A-TT-TAATTGC-GAGACAGC-T--C-TT-CATGGAGTAT-AAT---GA-AAATGG-TTTACGAAACAT----C-GA-CAAT-GGCACAAACTTAACAGGTGTCCTTATTTGC-TAGA-TTTAA---GTT-AAAGC-T-TTTGACACG----GTAAATCATCAGGT---ATTACTTCAACAAACTACTGTCTT--T-----GG--TAATATG--TTGA-A-AATTCAATTAC-AATTGG---------C-TTGTCA---A-------ATAGATC----ACACATGT-GTTCG-ATGGAATG--GCAGTTAGCT------AGATAG-ATTAGTAT--GCAAT-A----GG---A-GT-ACCTCAAAGGGC-AATAC-AGCGTCCCATT---G----------TTTTT-TAATTCTCTATG-T-A----AATGACTAC--CCCGATTG-CTTTACAA-CACTCT-ACCAGCCCCCCCAT------ATGTATGCGGATGACAC----AAACGC-AAGATG-TTCGGATAA-------AGAA-------TAA-TAGATGTTTCAAAAGCAAATTA-CATAG--GATC-TTAAAAATA--CTTTGGAATGGATGGC-ATA-AAAAC--ACTTAC---ATAAATTCTTAAGAAAA-CACAGT-GCATCA-TAATTGG-----TAC-GA-A-CAAAG-ATTTA-AGAAAATGCA--GGAAA-----GTTAT-TGATGAAAGTG-CGATGATATCACA-AT--T----------GAAA--ATG-T-ATCTTG-TGCAA-AA-TGTACT-TGCGTGTTTTTATT-ATG-ACAGAT--G-GCTC--A-----C-T--TGGT------C--TA-----AC-ATGTTGAAA---T-TTTTAT----CAA-AAA--ACTT--GCCA----AGCAAA---ATAGG-C-GTTT-TAATGTAA-GATTAC---G---------TTC-ATCT--TGCAA-ACCCG-ACTTATTTACTGAG-AAAATTT-TT------ATACAA--TT-G-T-ATTT---TTCCTCATTTAAA-CTAACT-T-TGTACT---G-TA-TGGGGCAA-TATGAAA-AAA-AGGAC
gi|30 : tcGGTGTA--ATTTT-TATCGA-TCTAA---GC--AAAAC-A-Ttgtcttaacaaattattaaa
gi|30 : A-CATACTTTTATATT--T----TGG--TA-TATG--T-GA-A-AAT--AGTTTT-AA-TGGTTTC--ACTC-TTATTT---ACA---CGATAGATC----GCA-ATGT-GTCAA-ATGGAAAacttttatattttggtatatgtgaaaatagttttaatggtttcactcttatttacacgatagatcgcaatgtgtcaaatggaaa
gi|31 : ggtgtaatttttatcgatctaagcaaa--A------T--GGAT-GC-CT-CTACC-------------TGC-AT----------GAGAATTTTATT-AT-TCT-TGT-GTTTAAAG-TT--AA--ATT-GTAT-GACAT--CA-GA-TT-A-TTTG-A------------AAA-T-TTGTG-A-A-TGA-A-GTAACCACAAGAAATA
gi|32 : T--GTA-T-G-GAAAATT--A--------T-T-T-ATTCAACT-CTTTATCAATT-GTAT-GAC-C--CA-GAGGT-A-TTT--AGTGTTT-TTTAAAGA-T-TGGCACA-A-TGA-GAGTATC
gi|33 : tatcaatTGTTTACAGCAATG-A---GT--G-TCTT--A-----C-G--TGGCCTTTAGCT-TAC---CAC-ACA----GA---TGTTTCATG---CAA-CAATTACTTA-GTAT----G--AAA---CCAGG-T-GTTC-TAAGtcccacccac
gi|35 : gtT--T----TGG--TA-TATG--T-GA-A-AAT--ACTTTC-AAA-GGTTTCCAACTC-TTATCT---
gi|36 : tatcG-CTTTAC--ATT--CA--GACAC--CA-TA-GT-A-TTTG-AGTGTTTGTT---AGA-T-TTGggcatgcta
gi|4 : TTTAGGCCCAAGTCA-TT-CA--TGT-GAGACAGC-G--T-TG--A-ATAGTCT-TACG--GATAAATGG-TTCA-AGAACAT------GGACGAT-GGAA--AACTTA-CAGG-GTAC-TATTTAT--TGA-TTT-----GCGTAAAGC-A-TTTGACACA----GTCAACCATAAAGT---TCTTTTGCA-CAAACTTATGTCTT--T----TGG--AA-TTTG--T-CT-C-AAT--ACTTTT-AGATGGTTTC--A------AT------CA---CTATAA-------GCA-GTGT-GTCAG-TTGGGGAGGTGT-GTTATCT----AAAGAAAA-AC--G--T--AC-AT-CCTT-AG---ATGT-TCCTCAGGGGTC-AATTT-TAGGACC-ATT---A----------TTCTT-CA-----TATTG-T-ACATCAATGACTAT--CCAAAATG-TCTTA-AG-CATTCC-TC-AGTTAC---AT-------TGTATGCAGACGACAC----TT-CAC-AGGACGTGCGTGATAAATCTAT-CGAT------GTAA-TAGA------ATGA--AAATGA-CA-AGAGGA---TTTTAAATTGGGTGCAGAATGGAT-GC-TTA-GAAATAACCTC-T-GCATAAA-TCTTCAAAAAT-CACAAT-GTAT-GCTATTTGG-----TAC-GTGT-CAAAA-T-TTA-CGGAAGTGTC--GAA----------TA-T--TAAATAT--CG------------AT--T-T-TAATG--GTGA--A---C-AGATCA-AGTTA-AA-TTA--T-TAGGTGTTTATATTGAT--A---AT--A-CTTT--AATTATC-A--TGG----------GATACACAT-ATG----GAGTTTGTTTCA------AA-GAA--AA-TA-GTAA----A--AAAAACCTTGC-T-GTAC-TAAAG--A-GAGTGA---G--CTAT---TTC-ATGCCAC-CAA-A---T---GCA-CTTTT--A-AAGGTTTTTA------ACAGCA--TT-G-T-C--T---TTCCGCATTTTAG-TT-ATTGT-TGTACT---G-TC-TGGTGTCA-TATCAAA-AAC-----CAACTG----TG-TTTAGA--TAAAAATTTT-AAACTGGCAA---AA----GAGGGGCAGCAA-GAAT-AC-TTTTAATCTCCGAG-ATA-TCAGG--ACCTC-----------T-A-C-TAA-T-TAT------T--TATA---TT--T-TCATTG-TT---T--G-A--AC-----T--GGAT-GCGCA-ATTTA--AGGA--TT-A-TTT--T--ATGTTTA-GAAAGTT--G---TC-TTT-TTT-GTTCAAAG-TTTCAA--ATaaatacnnnnn
gi|5 : a-TTTGAT-CA----ATCGATCATGATGT---ATTGATGCT-CAA---TCTGTTTG--T----GGGGATA-TATG--T-GA-ACAAT--ACTTTTTAGATGGTTTC--AATC-TCATGT---AGA---TGAAAGATG----ACA-AGGT-GTCAA-ATGGAAAG--AG-GCCATCTCAGAAGAAAACG-AG--GT-T--ATACTGCG---GG---A-CT-GACCCAGGGTTC-AATAT-TGTGACC-TCT---G-----------TTTT-TA-TCATATTTG-T-T----AATGATTAC--CCAACATG-TATGA-AC-CACGTT-AC-AGTCA----AT------ATCTATGTAAATGATATCGTGCA-CAC-AAAATGTGTCTGATAAATCATT-TCAA------GTGA-TAGA------A-AG--ACTTTA-CT-TGATGGCC-TTTTACATT--CCGTGTAACGG---GT-AAA-AA---AAAGTGAC-A-ACAAA-TATAAAGAAAA-TAC------ATC-TTAATAGA-----AAC-GTAA-CAGAA-A-TGA----AAACGTA--AAAAA-----TTTGG-TG-T
gi|5 : AAATATAAAGAAAATACATCTTAA-TA-GAAACGTAACAG-------AAA------------T---GAAA--ACG-T-AAA--------A-AA-TTT------GGTGTTTACATCAATA-A---AT--G-TCTT--A-------A--TGGT------CA-TAT---CGT-ATA----TA---TGTCT----------------ACTTG-GTCA----G--GAA---CTAGG-T--TTT-TAAGG----GGTTGGTTTG--T-TT---TTT-ATAT--C-AAA-G---G-CAGTA-CAATT--C-AAAATTTACAAAATTTATGCCA--TA-G-T-T--T---CCCCTCATTTGAA-TC-ATTGC-TGTACA---A-AA-TGGCATGA-AACCAA--ATCGAAGACAAAGT----TCTGATCGGC-T-----TGTT-GAATT-ACAG---AA----GA-GAGAACCAA-GAAT-CA-TTTT--------GC-ACA-CCAAAGAACCTCCA----TC-TAT-G-T-TAACT-TCT----T-G--TATG---CT--T-TCA-AA-TT---T--G-AG-A------T--GGAT-AC-CT-GTGTC--T-GG--CT-A-TTttacatcaataaatgtcttaatggtcatatcgtatatatgtctacttggtcaggaactaggtttttaaggggttggtttgttttttatatcaaaggcagtacaattcaaaatttacaaaatttatgccatagtttcccctcatttgaatcattgctgtacaaaatggcatgaaaccaaatcgaagacaaagttctgatcggcttgttgaattacagaagagagaaccaagaatcattttgcacaccaaagaacctccatctatgttaacttcttgtatgctttcaaatttgagatggatacctgtgtctggctatttc
gi|6 : tttgatcaatcgatcatgatgtattgatgctcaatctgtttgtggggatatatgtgaacaatactttttagatggtttcaatctcatgtagatgaaagatgacaaggtgtcaaatggaaagaggccatctcagaagaaaacgaggttatactgcgggactgacccagggttcaatattgtgacctctgtttttatcatatttgttaatgattacccaacatgtatgaaccacgttacagtcaatatctatgtaaatgatatcgtgcacacaaaatgtgtctgataaatcatttcaagtgatagaaagactttacttgatggccttttacattccgtgtaacgggtaaaaaaaagtgacaacAGAATGGAAGAA---AGCT-TGA--GT-TACCCCTCTTTTCAATGCAAATCTGT-----TGAATTTTTTA-TGGCAAACAATTATCG-ACCCGTGTC--AGTTTTAGCAATT-GTCAGGAAAATTA-TTG-AAAGACATTTTATC-----ACA-------TT---TTACGA-AT-AT--TCGGAT-AAAAAC-AAACTT--TTAACTGATCATCAATC--TGGTTTCAGACAAAAG-CA-TT-CA--TGT-GAAACAGCAC--T-T---A-GTAACAT-TATT--GATAAATGG-TTAT-GTAACATACTGT-AGATAGT-GGCA--AATTAA-TAGGTGT---TCTCTTTATTGA-TCTTA---GT--AAAGC-C-TTT-----------------------------TGTTACA-CAAACTTTCATCAT--A----TGG--TA-TTTG--T-CA-A-AAC--TCTATT-AAATGGTTTC--AGTC-TTATCT---------TGGAAAGTC----ACA-ATGT-GTTAA-ATGGAACG--GT-GTTTTTTCAGATGAAAAAG-AT--GT-T---CAAT-A----GA---A-AT-GCCTCAGAGGTC-CATAT-TGGGACC-ATT---G----------TTTTT-TA-TTCTtc
gi|7 : gaaattttaacatatttattaaacatgtctataaaaagtggtatggttgcatcCCAAAGTCA-TT-CA--TGT-GAGACAAC-G--T-TG--A-ATGGTCT-TACT--GATAAATGG-TTCA-AGAACAT----G-GACCAT--GGAA--AACTTA-TAGGGGTAC-TATTTAT--TGA-TTT-----GCGTAAAGC-A-TTTGACACA----GTCAACCATGAAGT---TCTTTTGCA-CAAACTTATGTCTT--T----CGA--AA-TTTG--T--C-A-AAT--ACTTTT-AAATGGTTTC--AATT-ATATCT---TT-------CAAATCGTAAGCA-GTGT-GTCAGTTTGGGAGGT-GT-GTTATCT--AAAGAAAAAA-GT--AT-------AT-CCTTAGG---T-GT-TCCTCAGGGGTC-AATTT-TAGGACC-ATT---A----------TTTTT-TA-----TATTG-T----------ACTAT--CCAAAATG-TCTTA-AA-CATTCT-TC-AGTTAC---A-------ATGTATGCAGACGACAC----TT-CAC-A---------TGA----CCTAT-GGAT------GTAA-TAGA------ATAA--AAATTG-CA-AGAGGA---TTTTAAATTAGGTGCAGAATGGA
gi|8 : cagtattagTTTGCATCAA-------AT--G-T-TT--A-----C-AGTTAGT------C---AT---CAC-ACG----GA---TGTTTTATG---CAA-GAA--ACTTAAGTCA----G--ACA---CTAGGGT-GTTTATAAGG--A-GATTGA---G--CAAT---TTTCATGT--C-CAAGA---G-AAGCA-CTACT--C-AAAATTAACA------ATGCCA--TA-G-T-A--T---TCCCACATTTACA-TT-A-TGT-TGTACG---G-TA-TGGCATGATTGCCAGG-AAC-AAAACAAATA----TC-ACTAGGC-T-----TTTT-AAATT-ACAA---AA-----A-GAGCAGCAA-GGAT-CA-TTTT--------AG-ACA-TCAGAGTACCTCAG----TC--GT-GTT-CAACT-TTT----A-A--TATG---TT--A-TCA-AG-CT---T--G-AG-A------T--GGAT-GC-CC-ATGCC--A-GA--CT-A-TTC-ATG-ATA-TCG-GAAATTT--A------TCT-TAT-CTTCAAAG-TTTTAC--ATT-GTAT-GACAC--CA-GA-GT-A-TTTGAAGTGTTT-TT---AGA-T-TTGTG-A-AGTGA-G-G-ATCCACA
gi|9 : AAA-----CGTTG-TA-TAATTGT--TGGT------AAC-AT--T-G-T--TATAGAAA--ATG-T-GAAATG-CGCTA-AA-CTT--T-CGGGCGTTTACATCGATA-T---AT--G-CCCT--A-----T-G--TGGT------TT-TAT---AAC-ATA----GA---TGCCGTATG---CAA-AAA--ACTCA-GTTA----G--AAT---TTAAG-T-GTTT-TAAGT----GATT-----T--TAAT---TTC-ATGT--C-AAA-G---G-AAGCA-CAACT--C-AAAATTTACG------ATGCAA---------A--T---T---AAATTTTTT-CTCATTGG-TTTACT---G-TA-TGGCACGA-TGCCAAG-AAC-AAGACAAATA----T------------------------TT-ACCG---AA----GA-GAGTAGCAA------TA-T-----------------------GT-----------TC-AGT-G-T-AAG-C-TTC----CTG--TATA---TG--A-TCA-AA-TA---T--G-AG-A------T--TGAT-GC-CT-GTGT-----GG--CT-A-TTT--TGAATA-CCA-AAAGGTT-------T-TCT-TG-------------TTAC--------AT-GCCAC--CA-GA-TT-A-TTTG-AATGTTT-CT---AAATT-TTGTC-A-A-TGA-G-GTAACCACga
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|34 ): TGTCATTTGCTTGTAGATTATTAAGTCGATATTTACACGATTTAAACCATCAAACATTACTTCACAACTCTTATATTTTGGAATATGTTGAAA
Alignments
lowQualScore : 222 1 11 1 11 22222 1 11 1111 11 1 1 1 777777777777777777777777 1 1 11 22222222 11 11 2222222222222 22222222222222 2222 222222222 111111111 11111111111 1111 11111 111 11111 1111 11 11111111111111 222222 2222222222222 2222222 1111111 111111 222 2222222 111 1 111111 222222 111 111111 555555555555555555555555555 111 1111 1111111111111 111111111 1111 111 1111 1111 11111111 11111 111 111111111111 11111 1111111111111 111 111111111 1111 22222222222 111111111 222222222 111111111111
lowQualScore : 1 111 5 88 5 1 88 22 1 66666 1 5 1 44 3 6666 88 2 3 3 333333333333333333333333 3 3 55 1 22222222 1 11 22 99 44 5 5 66 88 1 2 8888888888888 6 5 777 5 1 5 0 88888888888888 5 66 5 8888 9 5 1 4 888888888 555 44 9999 0 2 444444444 2 3 1 44 7777 44 6 44 55 3 3 44 3 44 4 3 3 88888888888 1 2222 7 3 66 1 77777 1 222 0 3 55 22222 4 3 7777 666 3 44 4 44 1 3 1 00 99999999999999 4 77 4 222222 55 1 4 1 4 4 55 4 5555555555555 1 4444444 1 5 55 66 0 2 6 2 55 3333333 4 222222 5 66 4 55 9 222 0 2222222 4 99 4 1 999 55 11 66 1 5 5 1 333333 222222 5 55 222 0 66 0 444444 44 66 222222222222222222222222222 55 0 55 555 333 4 4 3333 3 1 3 555 44 3 5555555555555 444444444 9999 4 2222 222 1 777 4 55 3 4444 55 666 3 3 3 0000 22222222 666 3 11111 3 000 66 3 9999 1 999999 0 555555555555 666 0 0 77 6 1 3 6666 3 3 222 3 2 66 5555 999999 2 33333 33 2 0 444 5555 2 2 2 2 0000000000000 2 0 55 66666 99 5 2 2 333 444444444 888 2222 3333 777 88 99999999999 33 2 4 33 99999999 2 222222222 33333 777777777 7 44 6 2 33 5 2 33 2 2 2 2 22 444444444444 0 2 2 55 3 3 3 3 3
lowQualScore : . ... . .. . . .. .. . ..... . . . .. . .... .. . . . ........................ . . .. . ........ . .. .. .. .. . . .. .. . . ............. . . ... . . . . .............. . .. . .... . . . . ......... ... .. .... . . ......... . . . .. .... .. . .. .. . . .. . .. . . . ........... . .... . . .. . ..... . ... . . .. ..... . . .... ... . .. . .. . . . .. .............. . .. . ...... .. . . . . . .. . ............. . ....... . . .. .. . . . . .. ....... . ...... . .. . .. . ... . ....... . .. . . ... .. .. .. . . . . ...... ...... . .. ... . .. . ...... .. .. ........................... .. . .. ... ... . . .... . . . ... .. . ............. ......... .... . .... ... . ... . .. . .... .. ... . . . .... ........ ... . ..... . ... .. . .... . ...... . ............ ... . . .. . . . .... . . ... . . .. .... ...... . ..... .. . . ... .... . . . . ............. . . .. ..... .. . . . ... ......... ... .... .... ... .. ........... .. . . .. ........ . ......... ..... ......... . .. . . .. . . .. . . . . .. ............ . . . .. . . . . .
lowQualScore : 0 000 5 00 0 0 00 00 0 00000 0 5 0 77 7 7777 33 0 3 3 777777777777777777777777 3 3 77 0 77777777 2 00 44 22 22 0 0 99 11 1 8 1111111111111 5 0 000 0 0 0 1 22222222222222 9 99 0 7777 3 7 4 0 444444444 000 44 4444 1 7 999999999 9 6 0 66 1111 66 7 66 11 3 3 66 3 66 6 3 1 99999999999 3 7777 3 6 22 4 66666 8 888 4 6 00 00000 2 6 7777 444 6 88 5 66 5 6 0 11 33333333333333 0 22 4 777777 55 0 0 0 0 0 88 4 0000000000000 1 9999999 1 0 22 11 2 0 5 6 44 8888888 4 888888 3 11 4 88 2 999 8 9999999 4 88 4 1 666 99 11 44 0 0 0 0 555555 888888 0 99 555 1 11 9 777777 77 33 888888888888888888888888888 55 3 55 444 666 0 0 9999 5 0 3 888 66 3 0000000000000 333333333 3333 0 5555 555 5 000 0 00 6 1111 00 444 6 6 6 3333 55555555 444 6 77777 6 000 66 6 7777 0 666666 5 666666666666 444 4 3 66 7 2 1 4444 1 1 555 1 9 77 7777 444444 7 33333 11 7 1 777 7777 7 7 7 7 3333333333333 7 3 77 55555 99 0 5 5 111 111111111 222 5555 8888 444 88 99999999999 11 2 4 22 00000000 4 888888888 11111 444444444 5 44 5 4 22 0 5 44 5 5 5 5 99 333333333333 3 7 7 88 1 1 3 3 2
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGANTGGAAGAACAAAGCTACGAAGGTGTACCCCNCTTTTCAATGNNANTCTGTGAGAGTGAATTTCCNAATGNCAAACAATTATCGTACCCGTGTCTGAGTTTTACC--TTCGTCAGGAAAATTA-TTG-AAAGACATGTT-TC-----ACAA--A---TT---TTACGA-AT-ATCCTCGNAT-AGAA-C-AAACTT--TTAAAGGAACATCAATC--GGGTTTCAGACCAAAG-CA-TT-CA--TGC-GAGACNGC-T--T-TG-CA-ATAGTAT-CATT--GATAAATGG-TTNA-AAAACAT----T-GAACAA--GGNA--AACTTA-CAGGTGTA--TNTTTATATCGA-TTTAA---GCG-AAAGC-A-TTTGACACA----GTCAACCATGANGT---TCTGTTGCA-CAAACTTNTGTCTT--T----TGG--TA-TATG--T-GA-A-AAT--ACTTTT-AAATGGTTTC--ACTC-TTATCT---ACA---CGATAGATC----GCA-ATGT-GTCAA-ATGGAAAG--GN-GTCATCTCAGAAGAGAAAG-AT--GT-T--ACAAT-C----GG---A-GT-CCCTCAGGGNTC-NATAT-TGGGNCC-ATT---G----------TTTTT-TA-TTCTTTTTG-T-A----AATGACTAT--CCNAAATG-TTTNA-AG-CATTCT-AC-AGTCAC---AT------ATGTATGCAGACGATAC----CN-CGC-AAGATGTTTCTGATAAGTCTNT-NGAN------GTAA-TAGA------ANAA--AAATTG-CA-AGACGATC-TTTTAAATT--CTGCGGAATGGAT-GC-AAA-AAAATAAACTCAC-G-ATAAA-TCTNAAGAAAA-CACAAT-GTATCGTTAATNGG-----NAC-GT-N-CAGAA-A-TTA-TCGAAATGTA--GAAAA-----CTTTG-TG-TAAATGTA-CGG-------AAA-AT--T-C-T--TA--GAAA--ATG-T-AAATCG-TGCTA-AA-CTT--T-TGGGTGTTTANATCGATG-A---AT--G-TCTT--A-----C-G--TGGT------CT-TAT---CAC-ACG----GA---TGTTTTATG---CAA-GAA--ACTTA-GTCA----G--AAA---CTAGG-T-GTTT-TAAGG--A-GATTGA---G--CAAT---TTT-ATGT--C-CAA-A---G-AAGCA-CTACT--C-AAAATTTACA------ATGCCA--TA-G-T-A--T---TCCCACATTTTAN-CT-ACTGT-TGTACN---G-TA-TGGCGCGA-TGCCAAG-AAC-AAGACAAATA----TC-GCTAGGC-T-----TTTT-AAATT-ACAA---AA----GA-GAGCAGCAA-GGAT-CA-TTTT--------AG-ACA-TCAGAGTACCTCAG----TC-AGT-G-T-CAA-T-TTT----A-N--TATG---TT--A-TCA-AA-CT---T--G-A--A------T--GGAT-GC-CN-ATGCC--A-GA--CT-A-TTC-AT--ATA-TCG-GAAAATT--A---AT-TCT-TGT-NTTCAAAG-TTTTAC--ATT-GTAT-GACAC--CA-GA-GT-A-TTTG-AGTGTTT-TT---AGA-T-TTGTG-A-A-TGA-G-GTATCCACAAGAAATA
Reference ( family-1469 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGANTGGAAGAACAAAGCTACGAAGGTGTACCCCNCTTTTCAATGNNANTCTGTGAGAGTGAATTTCCNAATGNCAAACAATTATCGTACCCGTGTCTGAGTTTTACC--TTCGTCAGGAAAATTA-TTG-AAAGACATGTT-TC-----ACAA--A---TT---TTACGA-AT-ATCCTCGNAT-AGAA-C-AAACTT--TTAAAGGAACATCAATC--GGGTTTCAGACCAAAG-CA-TT-CA--TGC-GAGACNGC-T--T-TG-CA-ATAGTAT-CATT--GATAAATGG-TTNA-AAAACAT----T-GAACAA--GGNA--AACTTA-CAGGTGTA--TNTTTATATCGA-TTTAA---GCG-AAAGC-A-TTTGACACA----GTCAACCATGANGT---TCTGTTGCA-CAAACTTNTGTCTT--T----TGG--TA-TATG--T-GA-A-AAT--ACTTTT-AAATGGTTTC--ACTC-TTATCT---ACA---CGATAGATC----GCA-ATGT-GTCAA-ATGGAAAG--GN-GTCATCTCAGAAGAGAAAG-AT--GT-T--ACAAT-C----GG---A-GT-CCCTCAGGGNTC-NATAT-TGGGNCC-ATT---G----------TTTTT-TA-TTCTTTTTG-T-A----AATGACTAT--CCNAAATG-TTTNA-AG-CATTCT-AC-AGTCAC---AT------ATGTATGCAGACGATAC----CN-CGC-AAGATGTTTCTGATAAGTCTNT-NGAN------GTAA-TAGA------ANAA--AAATTG-CA-AGACGATC-TTTTAAATT--CTGCGGAATGGAT-GC-AAA-AAAATAAACTCAC-G-ATAAA-TCTNAAGAAAA-CACAAT-GTATCGTTAATNGG-----NAC-GT-N-CAGAA-A-TTA-TCGAAATGTA--GAAAA-----CTTTG-TG-TAAATGTA-CGG-------AAA-AT--T-C-T--TA--GAAA--ATG-T-AAATCG-TGCTA-AA-CTT--T-TGGGTGTTTANATCGATG-A---AT--G-TCTT--A-----C-G--TGGT------CT-TAT---CAC-ACG----GA---TGTTTTATG---CAA-GAA--ACTTA-GTCA----G--AAA---CTAGG-T-GTTT-TAAGG--A-GATTGA---G--CAAT---TTT-ATGT--C-CAA-A---G-AAGCA-CTACT--C-AAAATTTACA------ATGCCA--TA-G-T-A--T---TCCCACATTTTAN-CT-ACTGT-TGTACN---G-TA-TGGCGCGA-TGCCAAG-AAC-AAGACAAATA----TC-GCTAGGC-T-----TTTT-AAATT-ACAA---AA----GA-GAGCAGCAA-GGAT-CA-TTTT--------AG-ACA-TCAGAGTACCTCAG----TC-AGT-G-T-CAA-T-TTT----A-N--TATG---TT--A-TCA-AA-CT---T--G-A--A------T--GGAT-GC-CN-ATGCC--A-GA--CT-A-TTC-AT--ATA-TCG-GAAAATT--A---AT-TCT-TGT-NTTCAAAG-TTTTAC--ATT-GTAT-GACAC--CA-GA-GT-A-TTTG-AGTGTTT-TT---AGA-T-TTGTG-A-A-TGA-G-GTATCCACAAGAAATA
gi|1 : AGACTGGAAGAACAAAGCTACGAAGGTGTACCCCGCTTTT--ATGATATTCTGTGAGAGTGAATTTCCAAATGTCACATAATTATAGTACCTGTACCTGAATTTTACC--TTCACTAAGCAAATTT-TTGGAAAGACATGTT-TTTCTGAACAA--AGAATT---TTACGAGATGATTTGTGAGT--GAA-C-AAACTT--TTAAAGGAACATCAGTC--GGGTTTCAGACCAAAA-CAATT-CA--TGT-GAAACTGC-TCTT-TA-CA-ATA-TATTCATT--TTTAAATGGCTTGA-AAAACAT----T-GAATAAAAGGTA--AACTTA-CAGGTGTAAATTTTTATATCAT-TTTGATTAGCA-AAAGCTA-TTTGATATATGTAGTCAATCATGATGT---TTTGTTGCA-CAAACTTTTATCTT--T----TGG--TA-TATG--T-GA-A-AAT--ACTTTC-AAATGGTTTT--ACTC-TTATCT---ACA---TGCTAGATC----ACA-ATGT-GTAAA-ATGGAAAG--GG-GTCGTCTCGTAAGAGAAAG-AT--GT-T--ACAAT-C----GG---A-GT-CCCTCAAGGCTC-TATGT-TGGGTCC-TTT---G----------TTTTT-TA-TTCTTTTTG-T-A----AATGACTAT--CCTAAATG-TTTGA-AG-CATTCT-AC-AATC-C---AT------ATATATGCAGAAGATAC----CA-CGC-AAGATGTTTCTGATAAGTCTTT-GGAA------GTGA-TAGA------CAAA--AAATTA-CA-AGACGATC-TTTTAAATT--CTATTGAATGGAT-GCCAAA-AAAATAAACTCAC-T-ATAAA-TTTGAATAAAA-CACAAT-GTAT-GTTAATAGG-----AAC-TT-CTCAGAA-A-TTA-TTGAAATGTA--GAAAA-----CTTTG-TG-TAAATGTA-AGGGG-----AAA-AT--T-C-T--TA--GAAA--ATG-T-AAATTG-TGCTT-AA-CTT--C-TGGGTGTTTATATTGATG-A---AT--G-TCTT--G-----C-G--TGGT------CT-CAT---CAC-ACG----GA---TGTTTTATG---CAA-GAA--ACTTA-GTCA----G--AAA---CTAGG-T-GTTT-TAAGG--A-GATTGA---G--TAAT---TTT-ATGT--C-CAA-A---G-AAGTA-CTACT--C-AAAATTTACA------ATACCA--TA-G-T-A--T---TCCCACATTTTAA-CT-ATTGT-TGTACA---G-TA-TGGCATGA-CGCCAGG-AAC-AAAACAAATA----GC-ACTAGGC-T-----TTTT-AAATA-ACAA---AA----AC-GAGCAGCAA-GGAT-CATTTTT--------AGTACACTCAGAGTACCTCAG----TC-AGT-G-T-CAA-T-TTT----A-A--TATG---TT--A-TCA-AG-CT---A--G-A--A------T--GGAT-GC-CA-TTGCC--A-GA--CTCA-TTC-AT--ATA-TCG-GAAAATT--A---ATCTCT-TAT-CTTCAAAG-TTTTAC--ATT-GTAT-GACAC--CAGGA-GT-A-TTTG-AGTGTTT-TT---AGA-T-TTGTG-A-A-TGA-G-GTAT-CACAAGAAATA
gi|10 : gaaaatttatcattggaaattgtcttacggagggtgacgtctcgtcaACAT--TAAAAATAACATCAATC--GGGTTTCAGACCAAAA-CA-TT-C-------------GC-T--TATA-C--ATAATAC-CATTTGAATAAAT-G-TTCA-AAACAAT----T--AACAA--GG-A--AACTTC-CAGGTGTA---ATTTTTATCGAGTCTAA---GCA-AA
gi|10 : tctaatactatacacccgttaatcattgtaaacagatgacaggtttaaccttgA-CATACTTTTATATG--T----TGG--TAATATGAAT-GACA-AAT--AGTTTT-A--TGGTT-C--ACTT-CTAT-T---ACA---CGATAGATCCG--GAA-ATGT-GTCAA--TGAAA----GA-ATCATCTCA-AAGAGAAAG-AT--GT-TTGACCAT-C----GG---A-GTCCCCTCAAGGATCTTATAG-TGGGT----TTCAAG----------GTTTT-TA-TTATCTTTGTT-A----AAGGACTAC--CCTATATGTTTTGA-AA-C-TTCT-AC-catacttttatatgttggtaatatgaatgacaaatagttttatggttcacttctattacacgatagatccggaaatgtgtcaatgaaagaatcatctcaaagagaaagatgtttgaccatcggagtcccctcaaggatcttatagtgggtttcaaggtttttattatctttgttaaaggactaccctatatgttttgaaacttctac
gi|11 : tctaatactatacacccgttaatcattgtaaacagatgacaggtttaaccttgacattaaaaataacatcaatcgggtttcagaccaaaacattcgcttatacataataccatttgaataaatgttcaaaacaattaacaaggaaacttccaggtgtaatttttatcgagtctaagcaaTATTGA-CTTA-----CG-TAAGG-ACTTTGATACA----GTTAACCATGGAGT---TCTTTCGCA-CAAACTTATGTCTT--TCATTTTG--AA-TTTG--T-CG-C-AAT--ACCTTT-AAATGGTTTC--AATC-ATATCTTTCAAA---TCATAA-------GAA-ATGT-GTAAG-TTGGAGAGTTGT-GTTAT-TCAAAGCAAAAAGCAT--A-----ACCTT-T----GG---T-AT-TCCTCAGGG-TC-AAT-T-TTAGACC-ATC---A----------TTTT-------CATATTG-T-ACATTAACGATTAT--CCAAAATA-TCTTA-AA-CATTCT-TC-CGTTAC---A-------ATGTATGCAGACGATAC-------------------------------TT-TGAT------GTAA-TGGA------ATCA--AAACTG-CA-GGATGA---CTTTAAGTTG-GTATAAAATGGAT-GT-TGA-AAAA
gi|12 : ggttctgttA--ACTCA-GTCA----G--AAA---CTACG-T-GTTT-TAAAG--A-TATTGA---G--TAAC---TCT-ATGT--C-TAA-A---G-AACCA-CTACT--C-AGAATTTAGA------ATACCA--GA-G-T-G--T---TTTCTCACTTT-T-CT-ATTGT-TACACG---G-TA-TGACACGA-TGCCAAG-AAC-AAGACAAATA----TC-ACTGGGC-T-----TTTT-CAATT-ACAA---AA----GA-GAGTAGCAA-GGAT-CA-TTTT--------AG-TTA-TCAAAATACCTCAA----TC-TGT-G-T-CAACT-TTT----A-C--TATG---TT--A-TCA-AA-CTTC-T--G----T------T--GTAT-GC-CT-ATGCCATA-TA--CT-ATTTT-AA--ATA-TCG-GAAAATC------AT-TCT-TAT-GTTTAACG-TTTT--------------ACAC--CA-GA-GT-A--CTG--------------------TTGTG-A-A-TGA-G-GTATCCACTAGAAAT
gi|13 : --TTGAAATAGCATCAATC--GGGTTTCAGACCAAAA-CA-TT-CG--TGC-GAAACTGC-T--G-TA-CA--TAGTAT-CATT--GATATATGG-CTTG-AAAACAT----T--AACAA--GGGA--AACTTC-CAGGTGTA--ATTTT-TATCGA-TCT----------AAGC-A-----------------AAGCATG---------------------CTTATATATT--T----TGG--TA-TATG--T-GA-A-AAC--ATTTTT-AAATGGTTTC--ACTC-TTATTT---TCA---CGATAGATT----GCA-ATGT-GTCAA-ATGGAAAG--GA-GT-ATCTCAAAAGAGAACG-AT--GT-T--ACCAT-C----GG---A-GT-CCCTCAAAGCTC-TATAT-TG
gi|14 : ctatatacacacctggtaaagcattgtaaacagatgacagatttaaccgacaATTGA---GGNNNNN---NNN-NNNN--N-NNN-N---N-NNNNN-NNACT----AAAATTTTCA------ATAACAGATATG-T----T---TCTCAC---TTAGTCT-ATTGT-TACATG---GATA-TGCACCCA-TGCCAAG-AAC-AAGACGAATA----TC-ACT--GC-T-----TTTT-TCATT-ACAA---AA----GA-GAGTAGCAA-GGAG-TA-TTTT--------AG-ACA-TCAAAATACCTCAA----TCTCGTAG-T-CAACT-TTT----A-C--TATG---TTT-ACTCA-AA-CT---TCTG-T---------T--GTAT-GC-CT-ATGCC--A-TATACT-A-TTT-AA--ATA-TCG-GAAAATC--T---AT-TCTATGT-TTT-AACG-TTTTAC--AGT-GTAT-GACAC---A-GA-GT-A-TTT---------------------TTGT--A-A-TGA-G-GTATCCACTAGAAAT
gi|15 : TAT--CATAAATG-TTTAA-AGACAGACTCGC-ACTCGA---ATGTTTCTATATATGCAGATGATGC----AT-CAC-AGTATGTTTCACACAAGTCTAT-TGAATCAGATGTTA-TTGA------ACAA--AGGTTG-CA-TGATGAT--------------------ATGGAT-GA-AAA-GTAATAAACTTAC-G-ATGAA-CCTGAAAAAAA-AACAAT-GTAT-GTTGATTGC-----CACTGC-A-CAAAA-A-CTC-TCAAAATGTA--GAAAA-----ATGTG-TA-TCAAAGTA--GG-------AGATATTGT-T-T--TA--GATA--CTGTT-AAATC--TGCCA-AA-GTTG-T-TGGG-GTACAAATTGATG-A---AT--G-TCTT--A-----C-T--TGGT------CT-
gi|16 : tgattCT--A-AAATTTTAGA------ATAC-A--CA-G-T-A--TGTTTCTCAC---TTA---T-ACTAT-TGTACATGGG-TA-TG-CACGA-TGCCAAG-AAC-AAGACGAATA----TC-ACT--GC-T-----TTTT-TCATT-ACAA---AA----GA-GAGTAGCAA-GGAG-TA-TTTT--------AG-ACA-TCAAAATACCTCAA----TCTCGTAG-T-CAACT-TTT----A-C--TATG---TTT-A-TCA-AA-CT---TCTG-T---------T--GTAT-GC-CT-ATGCC--A-TATACT-A-TTT-AA--ATA-TCG-GAAAATC--T---AT-TCTATGT-TTT-AACG-TTTTAC--AGT-GTAT-GACAC---A-GA-GT-A-TTT---------------------TTGT--A-A-TGA-G-GTATCCACTAGAAATgtac
gi|17 : ATGGAT-ATTAAA-ACAACAAACTTAC---ATAAA-TCTTAAGAAAATCACAGTAGCATAGTTAATATGCTCCTTAG-GT-A-CAGAA-
gi|18 : aggcaaattacatagtggcttaaaaatataacttcgttgcgtattttagCCAAG-AAC-AAAATAAATA----TT-ACTAGGC-T-----TTTTTAAATT-GCAA---AA----AA-GAGCAGCAAAGGATGCA-TTTT--------AG-A-A-TCAGATT-CCTCAG----TC-AGT-G-T-CAC-C-TTT----A-CACCATG---TCTGA-TCA-AATCT---TA-G-AG-A------T--GAAT-GC-CCGATGCC--A-GAT-CT-T-TTG-AT--ATA-TCG--AAAATT--A----T-TCT-TGT-CTTTAAAGATTTTAC--AGT-TTGT-GACACATCA-GA-AT-A-TTTG-AGTGTTG-TT---AGA-T-TTGTG-A-A-TGA-G-ATTTC--CAAGAAATtacccaagattaagtattaattgcaagaaaaggacatatgtgatgacttttaaaaaagtggatgaacgtacaatcactacaacgtatagtgataatagtatcttggtgcaaaattactttgggttgcttacacaaggctatattgtgacacgatgcct
gi|19 : CTGTATGAAAT---G-TA-TGACATTT-TGCTAAG-AAC-CAGACAAATA----TC-ACTCGGT-T-----TTTA-AAATT-ACAA---AC----GA-GAGCAGCAA-ATAT-AG-TTTT--------AG-ACA-TCAAAGTATCTCAA----TC-AGT-G-T-CAA-C-TTA----A-C--CATG---TT--A-TAA-AA-CT---T--A-AG-A------T--GGAT-GC-CC-ATGTC--A-GA--CT-A-TTT-TT--ATA-TCG-GAAAA-T--A---AT-TCT-TGT-GT------------C--ATT-GTAT-GAAAA--CA-GA-GT-A-TTTA-AATGTGT-TT---AAA-T-TT
gi|2 : AATCATGGGTTTCAGACCAAAA-CA-TTTCA--TGTTGAAACTGC-T--T-AGACT-ATA-TAT-CATT--ATTAAA--G-TTGA-AAA-CAT----TTGATAAA--GGTA--AACTTA-CAG-TGTA--T--TTATATGAG-TTTAA---GCA-AGAGC-A-TTAGATACA----GTCAATCATGAT-TAAATTTGTTGCA-CCAGTTTA---CTTACT----TGG--TA-TAAT--T-AA-A-GAT--ACTTCA-ATATGTGTTC--ACTCATTATCT---ACATATCTAT-GATC----ACAGATGTAGTCAA-ATGGAAAG-----GTCATCTCA-AAGA-AAAC-AT--G--T--ACAAT-C----GGAATA-GT-CCCTCAGGGCTT-ACTATCTGGGTCC--TT---G----------TTTTTATA-TTCTTTTTG-TAA----AATG-CTATACCTAAAATG-TTTTA-AG-CATTC--AC-AGTCA----AT------ATATAT-CAGAT-ATAC----CA-CGCAAAGATGTTTCTGATAAGTCTTTGGGAT------GTGATTGGA------AAAA--ATATTGCCA-AGAC-ATCGTTTTAAA-T--CTATTGAATGGAT-GC-AAATAAAATAAACTCACTA-ATAAA--CTT--GAAAA-AACAAT-GTATCGTTAATAGG-----GAC--T-T-CAGAATA-TTA-TTAAAGT-TA--GAAAAT----CTTTGATG-TAATTGTA--GG-------GAA-AT--T-CTT--TA--GAAA--ATG-T-AAATTGTTGCTA-AATCTT--C-TGGG-GTTTATATTGATG-A---ATCGG-TCTT----------G--TGGT------TC-TAT---CAC-ACGA---GA---TG--TTATG---CAAGGAA--ACTTA-GTCAGTC-G--AAA---CTAGT-G-GTTT-TTGAG--A-G-TTGAG--G--CAAT---T----TGT-----AG-A---G--ACCA-CTACT--C-AAAATTTACA------ATG-CA--TA-GATAA--T---TCCCACA-TTAAA-CT-ACT-T-T-TACG---G-TATTGGCATGA-TGCCAGGAAACAAAAACAAATA----TC-AC-AGGCTT-----TTTT-TAATT-ACGA---AA----AA-GAGCAGCAA--GAT-CA-TTTT--------A--ACA-TCAGAGTAC--CAG----TC-AGT---T-CA----TTT----A-T--AATGCTCCT--A-T-A-AG-CTATAT--G-ATCATGCAACT--GGATAGC-TC-ATGCC--A-AA---------T-AT--ATA-GCGCGAAAATG--T---AT-TCT-TATCTTTCAAAG-TTTTAC----T-GTATGGACAC--CA-AG-AT-ATTTTG-AGTGTTT-TT---TAA-TGTTGTG-A-A-TGATG-G--TTCA-AAGAAATAcacaagaagta
gi|20 : aCATTTTAC-TT-ACTGT-TGTACT---G-TC-TGGTGTCA-TGTTAGA-AAC-----CAACTGTGTTTA-GATAAAC-T-----TTTT-AAACT-GCAA---AA----GA-GGGCAGCAA-GAAT-AC-TTTT--------AG-ATA-CTCGA-TATATCAGGACCTC---T-A-C-TAA-T-TTT----T-T--TATG---TT--C-TT---G-TT---T--G-A--AC-----T--GGAT-GC-CA-AT
gi|21 : tttcaaagaaaatagtaagaaaacttgctgagtgagctatttcatgccaccaaatgcactttttgTCTAT-TGAG------TTAT-CAGA------ACAA--AGATTT-CA-TGG-GAT---TTAAAACT--CTATGAAATGGAT-GG-AAA-GTAATAAACCTAC-G-GT-GA-CCTAAAGA-----ACATT-GTATAGTCGATTGG-----TAC--T-G-CACAA-A---ACCCGAAG---A--GGATA-----TTTT-------AAT-TA-TTG---------------T-T-T--TA--GATGCTATG---AAATC--TGCCA-AA-CTT--TCTGGGGGTACAAATTGATG-A---AT--GTTTTT--A-----C-T--TGGT------CT-taaggat
gi|22 : AATTTA-A------ATGTC-------------T---TTCCACATTTTAC-TT-ACTGT-TGTACT---G-TC-TGGTGTCA-TGTTAGA-AAC-----CAACTG----TG-TTTAGA--TAAAAATTTT-AAACT-GTAATTTAATCTTGA-GGGCAGCAA-GAAT-AC-TTTT--------AA-ATA-CTCGAG-ATATCAG----GA-ACT-C-TACTA-T-TTT----T-T--TTTA---TT--T-TCT-TG-TT---T--G-A--AC-----T--GGAT-GC-CA-ATTAA--G-GA--TT-ATTTC-AT--gtcccta
gi|23 : catgac--T-T-T--TA--GATA--GTG-TTAAATC--TGCTATAA-CTC--T-TGGGTAC--AAATTGATGGA---AT--G-TTTTTTA-----CTG--TGGT------CTGTA----CACTATT----GACT-TCTTTAATGTAACAA-AAA--AACTA--TCACCGGA--AAA---GTAGG-TTGTTT-TACGG--ACGTTTTA---A--CAACCTGTTT-ATGT-----AA-AT--GCAGGCA-TTGGT--TGAAAATTTACA------gct
gi|24 : gtgctatcaagtaggagatgttcgTA-TCGAAATGCA--GAACA-----CTTTG-TG-TAAATGTA-GGT-------AAA-AT--TTC-T--TA--GAAA--ATA-T-AAATTG-TGCTA-AA-CTT--C-TGGGTGTTTATATCGATG-A---AT--G-ACTT--A-----C-G--TGGT------AT-CAT---CAC-TTA----GA---TCTTTTATG---CAA-GAA--ACTTA-GTCG----G--AAA---CTAGG-T-GTTT-TAAGG--A-GATTGA---G--TAAT---TTT-ATGT--C-CAA-A---G-ACGCA-CTACT--C-AA
gi|25 : C-AAGACAAATA----TT-GACAGGC-T-----TTTT-AAAAT-AC--------------TAGTAGCAA-GGAT-CA---------------------------ACCCCAA----TG-AAT-G-T-CAA-CGTTT----A-T--CATG---CT----TCA-TA-TT---T--G-A--A------TATGGAT-GC-CT-CTGT-----GA--CT-A------------------------------AC-TCTGTG--ATGGAAAG-TTTTAC--ATTCGTAT-GACAT--AT-GA-GTTA-TTTG-AAAATTT-CT---AGA-T-TTGTT-A-A-
gi|26 : attactcagggatttttC-AAGACAAATA----TT-GACAGGC-T-----TTTT-AAA-T-AC--------------TAGTAGCAA-GGAT-CA---------------------------ACCCCAA----TG-AAT-G-T-CAA-C-TTT----T-T--CATG---CT--C-TCA-TA-TT---T--G-AATA------T--GGAT-GC-CT-CTGTT--T-GA--CT-A-CTC---------------------------------TGT-GATGGAAG-TTTTAC--ATC-GTAT-GACAT--CT-GA-GT-A-TTTG-Aac
gi|27 : attactcagggatttttC-AGT-G-T-CAA-C-TTTTTAAA-A--CATG---TT--A-TCA-AA-CT---T--GCG--A------T--GGAT-GC-CC-ATGCC--A-GA--CT-A-TTTTAT--ATA-TCG-GAAAATT--A----T-TCT-TGT-CTTCAAAG-TTTTAC--ATT-GTAT-GACAC--CA-GA-GT-A-TTTG-AGTGTTA-TT---AGA-T-TTGTG-A-A-TGA-G-GTATCCATAAGAAATa
gi|28 : c--TATGCTCTT--G-TCA-----T---T--G-T--A------T----AT-GCGCA-CTGCC--C-GT--CT-A---C-CT--AGA-T---GAGAATT--ATTTATGTCT-TGT-GTTTAAAG---TTAA--ATTCGT-T-GACAT--CA-GA-TT-A-TTTG-A------------AAA-T-TTGTG-AGA-TGA-A-G--TCCACAA
gi|29 : a-GTCATCTCAGAAGAGAAAG-GT--GC-T--ACAAT-C----GG---A-GT-CCCTCAAGGCTC-TATAT-TGGGTCC-TTT---GTATTTTTTTTTTTTT-TA-TTCTTTTAG-T-A----AATGACTAT--CCTAAATG-TTTGA-AG-CATtcagaata
gi|3 : AACAATTACCGT--CAGTGTCTG--TTCTGCC--TTTGTCAGCAAAATTAATTG-AAAGACATGT---C-----ACAATCA---TTGGTTTACGA-AT-ATCCTCATACCAGCA-CTAAATCTAATCAGTGGGAAAACAGTC--AG-TTTCAGGCCAAG---A-TT-TAATTGC-GAGACAGC-T--C-TT-CATGGAGTAT-AAT---GA-AAATGG-TTTACGAAACAT----C-GA-CAAT-GGCACAAACTTAACAGGTGTCCTTATTTGC-TAGA-TTTAA---GTT-AAAGC-T-TTTGACACG----GTAAATCATCAGGT---ATTACTTCAACAAACTACTGTCTT--T-----GG--TAATATG--TTGA-A-AATTCAATTAC-AATTGG---------C-TTGTCA---A-------ATAGATC----ACACATGT-GTTCG-ATGGAATG--GCAGTTAGCT------AGATAG-ATTAGTAT--GCAAT-A----GG---A-GT-ACCTCAAAGGGC-AATAC-AGCGTCCCATT---G----------TTTTT-TAATTCTCTATG-T-A----AATGACTAC--CCCGATTG-CTTTACAA-CACTCT-ACCAGCCCCCCCAT------ATGTATGCGGATGACAC----AAACGC-AAGATG-TTCGGATAA-------AGAA-------TAA-TAGATGTTTCAAAAGCAAATTA-CATAG--GATC-TTAAAAATA--CTTTGGAATGGATGGC-ATA-AAAAC--ACTTAC---ATAAATTCTTAAGAAAA-CACAGT-GCATCA-TAATTGG-----TAC-GA-A-CAAAG-ATTTA-AGAAAATGCA--GGAAA-----GTTAT-TGATGAAAGTG-CGATGATATCACA-AT--T----------GAAA--ATG-T-ATCTTG-TGCAA-AA-TGTACT-TGCGTGTTTTTATT-ATG-ACAGAT--G-GCTC--A-----C-T--TGGT------C--TA-----AC-ATGTTGAAA---T-TTTTAT----CAA-AAA--ACTT--GCCA----AGCAAA---ATAGG-C-GTTT-TAATGTAA-GATTAC---G---------TTC-ATCT--TGCAA-ACCCG-ACTTATTTACTGAG-AAAATTT-TT------ATACAA--TT-G-T-ATTT---TTCCTCATTTAAA-CTAACT-T-TGTACT---G-TA-TGGGGCAA-TATGAAA-AAA-AGGAC
gi|30 : tcGGTGTA--ATTTT-TATCGA-TCTAA---GC--AAAAC-A-Ttgtcttaacaaattattaaa
gi|30 : A-CATACTTTTATATT--T----TGG--TA-TATG--T-GA-A-AAT--AGTTTT-AA-TGGTTTC--ACTC-TTATTT---ACA---CGATAGATC----GCA-ATGT-GTCAA-ATGGAAAacttttatattttggtatatgtgaaaatagttttaatggtttcactcttatttacacgatagatcgcaatgtgtcaaatggaaa
gi|31 : ggtgtaatttttatcgatctaagcaaa--A------T--GGAT-GC-CT-CTACC-------------TGC-AT----------GAGAATTTTATT-AT-TCT-TGT-GTTTAAAG-TT--AA--ATT-GTAT-GACAT--CA-GA-TT-A-TTTG-A------------AAA-T-TTGTG-A-A-TGA-A-GTAACCACAAGAAATA
gi|32 : T--GTA-T-G-GAAAATT--A--------T-T-T-ATTCAACT-CTTTATCAATT-GTAT-GAC-C--CA-GAGGT-A-TTT--AGTGTTT-TTTAAAGA-T-TGGCACA-A-TGA-GAGTATC
gi|33 : tatcaatTGTTTACAGCAATG-A---GT--G-TCTT--A-----C-G--TGGCCTTTAGCT-TAC---CAC-ACA----GA---TGTTTCATG---CAA-CAATTACTTA-GTAT----G--AAA---CCAGG-T-GTTC-TAAGtcccacccac
gi|35 : gtT--T----TGG--TA-TATG--T-GA-A-AAT--ACTTTC-AAA-GGTTTCCAACTC-TTATCT---
gi|36 : tatcG-CTTTAC--ATT--CA--GACAC--CA-TA-GT-A-TTTG-AGTGTTTGTT---AGA-T-TTGggcatgcta
gi|4 : TTTAGGCCCAAGTCA-TT-CA--TGT-GAGACAGC-G--T-TG--A-ATAGTCT-TACG--GATAAATGG-TTCA-AGAACAT------GGACGAT-GGAA--AACTTA-CAGG-GTAC-TATTTAT--TGA-TTT-----GCGTAAAGC-A-TTTGACACA----GTCAACCATAAAGT---TCTTTTGCA-CAAACTTATGTCTT--T----TGG--AA-TTTG--T-CT-C-AAT--ACTTTT-AGATGGTTTC--A------AT------CA---CTATAA-------GCA-GTGT-GTCAG-TTGGGGAGGTGT-GTTATCT----AAAGAAAA-AC--G--T--AC-AT-CCTT-AG---ATGT-TCCTCAGGGGTC-AATTT-TAGGACC-ATT---A----------TTCTT-CA-----TATTG-T-ACATCAATGACTAT--CCAAAATG-TCTTA-AG-CATTCC-TC-AGTTAC---AT-------TGTATGCAGACGACAC----TT-CAC-AGGACGTGCGTGATAAATCTAT-CGAT------GTAA-TAGA------ATGA--AAATGA-CA-AGAGGA---TTTTAAATTGGGTGCAGAATGGAT-GC-TTA-GAAATAACCTC-T-GCATAAA-TCTTCAAAAAT-CACAAT-GTAT-GCTATTTGG-----TAC-GTGT-CAAAA-T-TTA-CGGAAGTGTC--GAA----------TA-T--TAAATAT--CG------------AT--T-T-TAATG--GTGA--A---C-AGATCA-AGTTA-AA-TTA--T-TAGGTGTTTATATTGAT--A---AT--A-CTTT--AATTATC-A--TGG----------GATACACAT-ATG----GAGTTTGTTTCA------AA-GAA--AA-TA-GTAA----A--AAAAACCTTGC-T-GTAC-TAAAG--A-GAGTGA---G--CTAT---TTC-ATGCCAC-CAA-A---T---GCA-CTTTT--A-AAGGTTTTTA------ACAGCA--TT-G-T-C--T---TTCCGCATTTTAG-TT-ATTGT-TGTACT---G-TC-TGGTGTCA-TATCAAA-AAC-----CAACTG----TG-TTTAGA--TAAAAATTTT-AAACTGGCAA---AA----GAGGGGCAGCAA-GAAT-AC-TTTTAATCTCCGAG-ATA-TCAGG--ACCTC-----------T-A-C-TAA-T-TAT------T--TATA---TT--T-TCATTG-TT---T--G-A--AC-----T--GGAT-GCGCA-ATTTA--AGGA--TT-A-TTT--T--ATGTTTA-GAAAGTT--G---TC-TTT-TTT-GTTCAAAG-TTTCAA--ATaaatacnnnnn
gi|5 : a-TTTGAT-CA----ATCGATCATGATGT---ATTGATGCT-CAA---TCTGTTTG--T----GGGGATA-TATG--T-GA-ACAAT--ACTTTTTAGATGGTTTC--AATC-TCATGT---AGA---TGAAAGATG----ACA-AGGT-GTCAA-ATGGAAAG--AG-GCCATCTCAGAAGAAAACG-AG--GT-T--ATACTGCG---GG---A-CT-GACCCAGGGTTC-AATAT-TGTGACC-TCT---G-----------TTTT-TA-TCATATTTG-T-T----AATGATTAC--CCAACATG-TATGA-AC-CACGTT-AC-AGTCA----AT------ATCTATGTAAATGATATCGTGCA-CAC-AAAATGTGTCTGATAAATCATT-TCAA------GTGA-TAGA------A-AG--ACTTTA-CT-TGATGGCC-TTTTACATT--CCGTGTAACGG---GT-AAA-AA---AAAGTGAC-A-ACAAA-TATAAAGAAAA-TAC------ATC-TTAATAGA-----AAC-GTAA-CAGAA-A-TGA----AAACGTA--AAAAA-----TTTGG-TG-T
gi|5 : AAATATAAAGAAAATACATCTTAA-TA-GAAACGTAACAG-------AAA------------T---GAAA--ACG-T-AAA--------A-AA-TTT------GGTGTTTACATCAATA-A---AT--G-TCTT--A-------A--TGGT------CA-TAT---CGT-ATA----TA---TGTCT----------------ACTTG-GTCA----G--GAA---CTAGG-T--TTT-TAAGG----GGTTGGTTTG--T-TT---TTT-ATAT--C-AAA-G---G-CAGTA-CAATT--C-AAAATTTACAAAATTTATGCCA--TA-G-T-T--T---CCCCTCATTTGAA-TC-ATTGC-TGTACA---A-AA-TGGCATGA-AACCAA--ATCGAAGACAAAGT----TCTGATCGGC-T-----TGTT-GAATT-ACAG---AA----GA-GAGAACCAA-GAAT-CA-TTTT--------GC-ACA-CCAAAGAACCTCCA----TC-TAT-G-T-TAACT-TCT----T-G--TATG---CT--T-TCA-AA-TT---T--G-AG-A------T--GGAT-AC-CT-GTGTC--T-GG--CT-A-TTttacatcaataaatgtcttaatggtcatatcgtatatatgtctacttggtcaggaactaggtttttaaggggttggtttgttttttatatcaaaggcagtacaattcaaaatttacaaaatttatgccatagtttcccctcatttgaatcattgctgtacaaaatggcatgaaaccaaatcgaagacaaagttctgatcggcttgttgaattacagaagagagaaccaagaatcattttgcacaccaaagaacctccatctatgttaacttcttgtatgctttcaaatttgagatggatacctgtgtctggctatttc
gi|6 : tttgatcaatcgatcatgatgtattgatgctcaatctgtttgtggggatatatgtgaacaatactttttagatggtttcaatctcatgtagatgaaagatgacaaggtgtcaaatggaaagaggccatctcagaagaaaacgaggttatactgcgggactgacccagggttcaatattgtgacctctgtttttatcatatttgttaatgattacccaacatgtatgaaccacgttacagtcaatatctatgtaaatgatatcgtgcacacaaaatgtgtctgataaatcatttcaagtgatagaaagactttacttgatggccttttacattccgtgtaacgggtaaaaaaaagtgacaacAGAATGGAAGAA---AGCT-TGA--GT-TACCCCTCTTTTCAATGCAAATCTGT-----TGAATTTTTTA-TGGCAAACAATTATCG-ACCCGTGTC--AGTTTTAGCAATT-GTCAGGAAAATTA-TTG-AAAGACATTTTATC-----ACA-------TT---TTACGA-AT-AT--TCGGAT-AAAAAC-AAACTT--TTAACTGATCATCAATC--TGGTTTCAGACAAAAG-CA-TT-CA--TGT-GAAACAGCAC--T-T---A-GTAACAT-TATT--GATAAATGG-TTAT-GTAACATACTGT-AGATAGT-GGCA--AATTAA-TAGGTGT---TCTCTTTATTGA-TCTTA---GT--AAAGC-C-TTT-----------------------------TGTTACA-CAAACTTTCATCAT--A----TGG--TA-TTTG--T-CA-A-AAC--TCTATT-AAATGGTTTC--AGTC-TTATCT---------TGGAAAGTC----ACA-ATGT-GTTAA-ATGGAACG--GT-GTTTTTTCAGATGAAAAAG-AT--GT-T---CAAT-A----GA---A-AT-GCCTCAGAGGTC-CATAT-TGGGACC-ATT---G----------TTTTT-TA-TTCTtc
gi|7 : gaaattttaacatatttattaaacatgtctataaaaagtggtatggttgcatcCCAAAGTCA-TT-CA--TGT-GAGACAAC-G--T-TG--A-ATGGTCT-TACT--GATAAATGG-TTCA-AGAACAT----G-GACCAT--GGAA--AACTTA-TAGGGGTAC-TATTTAT--TGA-TTT-----GCGTAAAGC-A-TTTGACACA----GTCAACCATGAAGT---TCTTTTGCA-CAAACTTATGTCTT--T----CGA--AA-TTTG--T--C-A-AAT--ACTTTT-AAATGGTTTC--AATT-ATATCT---TT-------CAAATCGTAAGCA-GTGT-GTCAGTTTGGGAGGT-GT-GTTATCT--AAAGAAAAAA-GT--AT-------AT-CCTTAGG---T-GT-TCCTCAGGGGTC-AATTT-TAGGACC-ATT---A----------TTTTT-TA-----TATTG-T----------ACTAT--CCAAAATG-TCTTA-AA-CATTCT-TC-AGTTAC---A-------ATGTATGCAGACGACAC----TT-CAC-A---------TGA----CCTAT-GGAT------GTAA-TAGA------ATAA--AAATTG-CA-AGAGGA---TTTTAAATTAGGTGCAGAATGGA
gi|8 : cagtattagTTTGCATCAA-------AT--G-T-TT--A-----C-AGTTAGT------C---AT---CAC-ACG----GA---TGTTTTATG---CAA-GAA--ACTTAAGTCA----G--ACA---CTAGGGT-GTTTATAAGG--A-GATTGA---G--CAAT---TTTCATGT--C-CAAGA---G-AAGCA-CTACT--C-AAAATTAACA------ATGCCA--TA-G-T-A--T---TCCCACATTTACA-TT-A-TGT-TGTACG---G-TA-TGGCATGATTGCCAGG-AAC-AAAACAAATA----TC-ACTAGGC-T-----TTTT-AAATT-ACAA---AA-----A-GAGCAGCAA-GGAT-CA-TTTT--------AG-ACA-TCAGAGTACCTCAG----TC--GT-GTT-CAACT-TTT----A-A--TATG---TT--A-TCA-AG-CT---T--G-AG-A------T--GGAT-GC-CC-ATGCC--A-GA--CT-A-TTC-ATG-ATA-TCG-GAAATTT--A------TCT-TAT-CTTCAAAG-TTTTAC--ATT-GTAT-GACAC--CA-GA-GT-A-TTTGAAGTGTTT-TT---AGA-T-TTGTG-A-AGTGA-G-G-ATCCACA
gi|9 : AAA-----CGTTG-TA-TAATTGT--TGGT------AAC-AT--T-G-T--TATAGAAA--ATG-T-GAAATG-CGCTA-AA-CTT--T-CGGGCGTTTACATCGATA-T---AT--G-CCCT--A-----T-G--TGGT------TT-TAT---AAC-ATA----GA---TGCCGTATG---CAA-AAA--ACTCA-GTTA----G--AAT---TTAAG-T-GTTT-TAAGT----GATT-----T--TAAT---TTC-ATGT--C-AAA-G---G-AAGCA-CAACT--C-AAAATTTACG------ATGCAA---------A--T---T---AAATTTTTT-CTCATTGG-TTTACT---G-TA-TGGCACGA-TGCCAAG-AAC-AAGACAAATA----T------------------------TT-ACCG---AA----GA-GAGTAGCAA------TA-T-----------------------GT-----------TC-AGT-G-T-AAG-C-TTC----CTG--TATA---TG--A-TCA-AA-TA---T--G-AG-A------T--TGAT-GC-CT-GTGT-----GG--CT-A-TTT--TGAATA-CCA-AAAGGTT-------T-TCT-TG-------------TTAC--------AT-GCCAC--CA-GA-TT-A-TTTG-AATGTTT-CT---AAATT-TTGTC-A-A-TGA-G-GTAACCACga
blockSeqs : A . . . . T CA CA A . T . G T A TG AA T A . CACAATCATTGGT . . CC T CAGCACT A AA AA AT GT . T AT TT A T TTAGACTA A . TTG . C C ACTGTAGATAGT G CA A CTTA T A C G AAGCA AC TA . C ATTAAATT T A T AC CATT GA A AA TG C C TC T CA C A C TTCAAATC A GTAA G A TT A TTGT C CAA C TA TTTG C G CTTA AAT T CC A TT A C T CA GTATTTTTTTT A AT T ACATT AC T T G C A CG C GAATGTTTCT C CGTGCA A A GT TT C G T GG ATCAGAT T TGTTTC T GC C TA T TCG GGGTGCA G TT T T TA TT GA TC A A A T CTCCTT TGCA T TT CCC AA TACATC GA GA GCGATGATATCACAATT TA CT TT TGT T T ACT G A G CAG CG T AATTATCA CTTTAGCT TACA T TTGA GTT T TAA G TT A CCGG GC AAC G T A TAA GGNNN CTG C CACC G CCC CA T GAG G AAATTT GATATGT GTT GT A T A ATGG A T ACG T A AA TGTT CTGATC T AAAAA TA G TTT TCTT G A G . AATCTCCGAGAT . AT GGACC TC A T A CT TTAAAA CTC TAC AAT ATA CT ATCATGCAAC AT A G CG ATATA . TTTTAA GCGC ATTTATG A CT T A CA C G AT . G T T GA GTGTTTTTTAA T G AC G G T A T
blockSeqs : A C AG . . . . TATCACATT . . . G AAAAAC C . AA . GT . . . C A T TCTTCATG G . T . T . TTGATAAA T . . CTA A A T . AAGCA A TA . G GAGTTC G . A . . . A . G . . . . . A . T ACATATCT A CG C . T A GTGT T CAA . . TAT C . CTT . . T C A A . A A CAAG . T . ACATC . A . T . . A . CCCCCAT T AAA G . AG TT T G A T T . . C . . G T TC AGGTGCA . T . T GC C TA A G . C A C GTGT . C TC . TC G A AGGAGATATTGTTT . . TT TG . . GT T T . . . . TTACTG CTG T . A CT A . . . . GTC . . . . . AC TTTGT . . TGC . T A . TG C . TAGATAA . T C T . G . . CCC . . GA . CACTG . AAAAA C . . . . . . . AGTT . AT A TC A . . CT ACAC CTC TGA TTG TC CT AATA . . G T ATATA . TTTCAT TTTA TTATTAT A G T . . C . . . . . . G GTGTTTGTT . . G . . . . T
blockSeqs : T . TG . A . . . C G A TTATACA G . T . G . CGACAAT C . . CTA G A C . AAGTT A CA . T AGGTAT A . A . . . . . C . . . . . C . C ACACG A . . . A A GCA C CAG . . TT C . G . . C C T A . T T A . T . AA . T . A . . T . ACAT T AT G . AG TG T A T T T . . A . . T C CC GGTATA . A . C G T AA A A . A A G GTAA . T TT . A G G AGGTAAAATTTCT . . T TG . . TC T A . . . . ACAGT CT T . . . T . . . . . . . . . . A GGCA . . CT . . N . C G . TTGTATT . A . C . G . . ACG . . A . TACTA . . T . . . . . . . AGAC . AT A T . . . CT CTG . TA AA . A AGA . . . T ATATA . TTTTAT TCG TAT G T C . . . . . . . . . G GTGTTGTT . . G . . . . T
blockSeqs : . CT . A . . . T G A TGTACA G . G . T . GGACGAT A . . AT A A G . AAGC T CA . T AAGTTC T . A . . . . . G . . . . . C . C TCACG A . . . A T TGT C CAG . . CT A . . . . C C A A . T A G . T . A . A . T . . A . ACA T CA A . GG TG T A A T G . . C . . A G T CTATT . C . T G C TA C T . C T T GTA . T TC . T T G AGGGAAATTCTT . . T CA . . C T A . . . . ACT TC C . . . T . . . . . . . . . . A GTA . . NN . . A . A C . GAGTG . C . C . T . . ATT . . A . CACTC . . T . . . . . . . AGAC . TT A A . . . CG AC . A AA . . AGA . . . T AGAT . TTCATG TCG TAT . T G . . . . . . . . . A ATGTGTTT . . G . . . . T
blockSeqs : . A . . . T A A GTTGAA A . T . C . GGACCAT C . . AT T A A . GCGT A CA . C ATGTAT G . C . . . . . A . . . . . C . T ACACG A . . . A A GA T CAG . . TT A . . . . C G T A . T T G . T . A . T . G . . A . AAT C TT A . AA T T . A A A . . A . . T T T CTATG . G . T A T TC C G . C T T GAA . T AG . C A G TGGTAACATTGT . . T TG . . T T T . . . . ACT CT T . . . C . . . . . . . . . . A ACA . . CC . . A . C C . CAGTA . C . C . G . . ATG . . A . AGATA . . A . . . . . . . AGAC . GT G A . . . CT AC . A AA . . AAC . . . C AGGA . TTTTGA TCG AAT . C G . . . . . . . . . G GTGTTTTT . . T . . . . T
blockSeqs : G . . . T G A ACTTAG G . T . A . TAACAA A . . TC A A C . TAGT A T . T AAGTTC G . T . . . . . G . . . . . C . C AGATG A . . . A A GA T CA . . TT A . . . . A G A T . A A A . T . A . C . T . . T . AAT T TT A . . . . . T C T . . T . . A G . CTTTG . C . C . T AA T A . . T T TT . . CG . G G A CGATTTTAA . . C C . . C T T . . . . ACG AT T . . . C . . . . . . . . . . A GTA . . CA . . C . C T . TTGTC . A . C . T . . GTC . . A . GTTTA . . T . . . . . . . AGAT . GT A A . . . CT AC . A AA . . AAC . . . C AGA . TTTAA TCG TAT . G C . . . . . . . . . G AAATTTCT . . G . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . GTTGAA . . . . C . TAACAA . . . A . . T . GCGT C . . C . T . A . . . . . G . . . . . A . G CACT G . . . T A AG C CA . . T A . . . . T T A A . A A G . . . T . A . T . . A . ACA C . . . . . . . A T A . . T . . T . . CCGTG . C . G . . T . . . . A A TG . . . T A A AACAGAAA . . T C . . T T C . . . . ACT CA T . . . T . . . . . . . . . . A GCT . . CC . . A . A T . TAGTT . G . C . T . . GTC . . C . TGACA . . A . . . . . . . AAAT . GA G A . . . C AC . C AG . . CGA . . . A AAA . TTTAA TCG GTC . A T . . . . . . . . . G GTGTTATT . . G . . . . T
blockSeqs : T . . T . ACG A . . . . . . C . . . . . C . . . . . G . C TG A . . . A C GT T A . . T A . . . . G G A A . A . G . . . . . A . G . . T . . G T . . . . . A . . . . T . . C G . ATTGTTT . . T C . . T C T . . . . ACG TT . . . . T . . . . . . . . . . . GCA . . CA . . A . C C . TAGTA . A . C . T . . GCA . . A . TGACA . . A . . . . . . . GCAC . GT G A . . . C AT . T TG . . AAC . . . A GGA . TTGAT TCG AT . G T . . . . . . . . . G GTGTTTTT . . G . . . . T
blockSeqs : . T . . . T . . . . . G . . . . . A . C TT . . . . A G . T . . . T . . . . . G G C T . A . A . . . A . T . . . . . . . . . . . . . C . . . . ATG C . . . . . . . . . . . . . . . . TTA . . . . . . . C C . A . A . T . T . . GTC . . A . GTTTA . . A . . . . . . . AGAC . GT A A . . . T TT . C TA . . AGA . . . T TGA . TTTTT TCG AT . C C . . . . . . . . . G ATGTTTCT . . G . . . . .
blockSeqs : . A . . . . . C . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . T . A . . . C . . . . AA C . . . . . . . . G . . . . . . . C C . . . T . T . A . . ATG . . A . CACTA . . A . . . . . . . AGA . T A A . . . T TT . A TA . . AGA . . . T AGA . TGCAT CCA AC . G C . . . . . . . . . G . . . C . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . C . . . . G . . . . . . T . G . . ATG . . A . CACT . . A . . . . . . . AAC . G A T . . . C AT . G AA . . AGA . . . C CGT . TTTT TG AT . G C . . . . . . . . . G . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . ACG . . A . CACT . . G . . . . . . . . . . G A . . . C TT . T AA . . AA . . . A TGG . TAT T A . A . . . . . . . . . . G . . . . . .
blockSeqs : . . . CACA . . A . . . . . . . . . . . . . . . T TG . T AG . . TA . . . T AGA . CTC . A . G . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C AA . A AA . . T . . . A GA . CCT . T . C . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T . A G . . T . . . T GG . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . C . . . .
blockSeqs : . . . T
blockSeqCons : GTTGAA******* TGACAAT******* NTA* AAGT***** A** **** T** C* AGGGAAATTTTT*************** AGAC********* AGA******** TTTAT**** AT*******
originalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGANTGGAAGAACAAAGCTACGAAGGTGTACCCCNCTTTTCAATGNNANTCTGTGAGAGTGAATTTCCNAATGNCAAACAATTATCGTACCCGTGTCTGAGTTTTACC--TTCGTCAGGAAAATTA-TTG-AAAGACATGTT-TC-----ACAA--A---TT---TTACGA-AT-ATCCTCGNAT-AGAA-C-AAACTT--TTAAAGGAACATCAATC--GGGTTTCAGACCAAAG-CA-TT-CA--TGC-GAGACNGC-T--T-TG-CA-ATAGTAT-CATT--GATAAATGG-TTNA-AAAACAT----T-GAACAA--GGNA--AACTTA-CAGGTGTA--TNTTTATATCGA-TTTAA---GCG-AAAGC-A-TTTGACACA----GTCAACCATGANGT---TCTGTTGCA-CAAACTTNTGTCTT--T----TGG--TA-TATG--T-GA-A-AAT--ACTTTT-AAATGGTTTC--ACTC-TTATCT---ACA---CGATAGATC----GCA-ATGT-GTCAA-ATGGAAAG--GN-GTCATCTCAGAAGAGAAAG-AT--GT-T--ACAAT-C----GG---A-GT-CCCTCAGGGNTC-NATAT-TGGGNCC-ATT---G----------TTTTT-TA-TTCTTTTTG-T-A----AATGACTAT--CCNAAATG-TTTNA-AG-CATTCT-AC-AGTCAC---AT------ATGTATGCAGACGATAC----CN-CGC-AAGATGTTTCTGATAAGTCTNT-NGAN------GTAA-TAGA------ANAA--AAATTG-CA-AGACGATC-TTTTAAATT--CTGCGGAATGGAT-GC-AAA-AAAATAAACTCAC-G-ATAAA-TCTNAAGAAAA-CACAAT-GTATCGTTAATNGG-----NAC-GT-N-CAGAA-A-TTA-TCGAAATGTA--GAAAA-----CTTTG-TG-TAAATGTA-CGG-------AAA-AT--T-C-T--TA--GAAA--ATG-T-AAATCG-TGCTA-AA-CTT--T-TGGGTGTTTANATCGATG-A---AT--G-TCTT--A-----C-G--TGGT------CT-TAT---CAC-ACG----GA---TGTTTTATG---CAA-GAA--ACTTA-GTCA----G--AAA---CTAGG-T-GTTT-TAAGG--A-GATTGA---G--CAAT---TTT-ATGT--C-CAA-A---G-AAGCA-CTACT--C-AAAATTTACA------ATGCCA--TA-G-T-A--T---TCCCACATTTTAN-CT-ACTGT-TGTACN---G-TA-TGGCGCGA-TGCCAAG-AAC-AAGACAAATA----TC-GCTAGGC-T-----TTTT-AAATT-ACAA---AA----GA-GAGCAGCAA-GGAT-CA-TTTT--------AG-ACA-TCAGAGTACCTCAG----TC-AGT-G-T-CAA-T-TTT----A-N--TATG---TT--A-TCA-AA-CT---T--G-A--A------T--GGAT-GC-CN-ATGCC--A-GA--CT-A-TTC-AT--ATA-TCG-GAAAATT--A---AT-TCT-TGT-NTTCAAAG-TTTTAC--ATT-GTAT-GACAC--CA-GA-GT-A-TTTG-AGTGTTT-TT---AGA-T-TTGTG-A-A-TGA-G-GTATCCACAAGAAATA
finalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGANTGGAAGAACAAAGCTACGAAGGTGTACCCCNCTTTTCAATGNNANTCTGTGAGAGTGAATTTCCNAATGNCAAACAATTATCGTACCCGTGTCTGAGTTTTACC--TTCGTCAGGAAAATTA-TTG-AAAGACATGTT-TC-----ACAA--A---TT---TTACGA-AT-ATCCTCGNAT-AGAA-C-AAACTT--TTAAAGGAACATCAATC--GGGTTTCAGACCAAAG-CA-TT-CA--TGC-GAGACNGCGTTGAA-------TAGTAT-CATT--GATAAATGG-TTNA-AAAACATTGACAAT-------GGNA--AACTTA-CAGGTGTANTA-TTTATATCGA-TTTAAGT-----AAAGCA--TTTGACACA----GTCAACCATGANGT---TCTGTTGCA-CAAACTTNTGTCTT--T----TGG--TA-TATG--T-GA-A-AAT--ACTTTT-AAATGGTTTC--ACTC-TTATCT---ACA---CGATAGATC----GCA-ATGT-GTCAA-ATGGAAAG--GN-GTCATCTCAGAAGAGAAAG-AT--GT-T--ACAAT-C----GG---A-GT-CCCTCAGGGNTC-NATAT-TGGGNCC-ATT---G----------TTTTT-TA-TTCTTTTTG-T-A----AATGACTAT--CCNAAATG-TTTNA-AG-CATTCT-AC-AGTCAC---AT------ATGTATGCAGACGATAC----CN-CGC-AAGATGTTTCTGATAAGTCTNT-NGAN------GTAA-TAGA------ANAA--AAATTG-CA-AGACGAT--TTTTAAATT--CTGCGGAATGGAT-GC-AAA-AAAATAAACTCAC-G-ATAAA-TCTNAAGAAAA-CACAAT-GTATCGTTAATNGG-----NAC-GT-N-CAGAA-A-TTA-TCGAAATGTA--GAAAA-----CTTTG-TG-TAAATGTAGGGAAATTTTT---------------TA--GAAA--ATG-T-AAATCG-TGCTA-AA-CTT--T-TGGGTGTTTANATCGATG-A---AT--G-TCTT--A-----C-G--TGGT------CT-TAT---CAC-ACG----GA---TGTTTTATG---CAA-GAA--ACTTA-GTCA----G--AAA---CTAGG-T-GTTT-TAAGG--A-GATTGA---G--CAAT---TTT-ATGT--C-CAA-A---G-AAGCA-CTACT--C-AAAATTTACA------ATGCCA--TA-G-T-A--T---TCCCACATTTTAN-CT-ACTGT-TGTACN---G-TA-TGGCGCGA-TGCCAAG-AAC-AAGACAAATA----TC-GCTAGGC-T-----TTTT-AAATT-ACAA---AA----GA-GAGCAGCAA-GGAT-CA-TTTTAGAC---------A-TCAGAGTACCTCAG----TC-AGT-G-T-CAA-T-TTT----A-N--TATG---TT--A-TCA-AA-CT---T--GAGA--------T--GGAT-GC-CN-ATGCC--A-GA--CT-ATTTAT----ATA-TCG-GAAAATTAT-------TCT-TGT-NTTCAAAG-TTTTAC--ATT-GTAT-GACAC--CA-GA-GT-A-TTTG-AGTGTTT-TT---AGA-T-TTGTG-A-A-TGA-G-GTATCCACAAGAAATA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|34 ): TGTCATTTGCTTGTAGATTATTAAGTCGATATTTACACGATTTAAACCATCAAACATTACTTCACAACTCTTATATTTTGGAATATGTTGAAA
Alignments
lowQualScore : 222 1 11 1 11 22222 1 11 1111 11 1 1 1 777777777777777777777777 1 1 11 22222222 11 11 11111111 111111 2222 111111111 11111111111 1111 11111 111 11111 1111 111 1111111111 1111 111 1111111 222222 111 1111111 111111 222222222222222222222 111 1 111111 222222 111 111111111 33333333333333333333333333 1111111 111 1111 1111111111111 111111111 1111 111 1111 1111111111111 11111 111 111111111111 11111 1111111111111 111 111111111 1111 1111111111 11111 111111111111
lowQualScore : 1 111 5 88 5 1 88 22 1 66666 1 5 1 44 3 6666 88 2 3 3 333333333333333333333333 3 3 55 1 22222222 1 11 22 99 44 5 5 66 88 1 2 88888888 66 77 5 777 5 1 5 0 999999 66 9 1 66 5 8888 4 5 1 4 33 4 8888 4 4 44 9999 0 2 444444444 2 3 1 44 7777 44 6 44 55 3 3 44 3 44 4 3 3 88888888888 1 2222 7 3 66 1 55555 1 222 0 3 55 22222 4 3 7777 000 1 3 4 44 1 3 1 4 77 7777777777 4 77 4 8888 4 55 1 4 1 4 4 000 888 77 7777777 1 444444 1 000 66 0 2 6 2 1 4 3333333 222222 5 66 4 4 55 9 666666666666666666666 4 99 4 1 999 55 11 66 1 5 5 1 333333 222222 5 55 222 0 66 0 666666666 8 2 33333333333333333333333333 1 55 5555555 333 4 4 3333 3 1 3 555 44 3 5555555555555 444444444 9999 4 2222 222 1 777 4 55 3 4444 55 666 3 3 3 6666 2 2222222222222 3 11111 3 000 66 3 9999 1 999999 0 555555555555 666 0 0 77 6 1 3 6666 3 3 222 3 2 66 5555 999999 2 33333 33 2 0 444 5555 2 2 2 2 0000000000000 2 0 55 66666 99 5 5 333 444444444 444 2222 2 2 444 2 4444444444 2 4 33 66666 99 2 2 44444 2 2 7 33 2 66666 7 44 6 2 33 5 2 33 2 2 2 2 22 444444444444 0 2 2 55 3 3 3 3 3
lowQualScore : . ... . .. . . .. .. . ..... . . . .. . .... .. . . . ........................ . . .. . ........ . .. .. .. .. . . .. .. . . ........ .. .. . ... . . . . ...... .. . . .. . .... . . . . .. . .... . . .. .... . . ......... . . . .. .... .. . .. .. . . .. . .. . . . ........... . .... . . .. . ..... . ... . . .. ..... . . .... ... . . . .. . . . . .. .......... . .. . .... . .. . . . . . ... ... .. ....... . ...... . ... .. . . . . . . ....... ...... . .. . . .. . ..................... . .. . . ... .. .. .. . . . . ...... ...... . .. ... . .. . ......... . . .......................... . .. ....... ... . . .... . . . ... .. . ............. ......... .... . .... ... . ... . .. . .... .. ... . . . .... . ............. . ..... . ... .. . .... . ...... . ............ ... . . .. . . . .... . . ... . . .. .... ...... . ..... .. . . ... .... . . . . ............. . . .. ..... .. . . ... ......... ... .... . . ... . .......... . . .. ..... .. . . ..... . . . .. . ..... . .. . . .. . . .. . . . . .. ............ . . . .. . . . . .
lowQualScore : 0 000 5 00 0 0 00 00 0 00000 0 5 0 77 7 7777 33 0 3 3 777777777777777777777777 3 3 77 0 77777777 2 00 44 22 22 0 0 99 11 1 8 88888888 99 22 0 000 0 0 0 1 555555 99 8 0 99 0 9999 0 7 4 0 66 0 5555 0 0 44 4444 1 7 999999999 9 6 0 66 1111 66 7 66 11 3 3 66 3 66 6 3 1 99999999999 3 7777 3 6 22 4 11111 8 888 4 6 00 00000 2 6 7777 000 2 6 5 66 5 6 0 0 77 5555555555 0 22 4 9999 4 55 0 0 0 0 0 222 888 66 6666666 1 999999 1 222 11 2 0 5 6 0 4 8888888 888888 3 11 4 4 88 2 000000000000000000000 4 88 4 1 666 99 11 44 0 0 0 0 555555 888888 0 99 555 1 11 9 000000000 0 3 88888888888888888888888888 2 55 4444444 666 0 0 9999 5 0 3 888 66 3 0000000000000 333333333 3333 0 5555 555 5 000 0 00 6 1111 00 444 6 6 6 9999 3 1111111111111 6 77777 6 000 66 6 7777 0 666666 5 666666666666 444 4 3 66 7 2 1 4444 1 1 555 1 9 77 7777 444444 7 33333 11 7 1 777 7777 7 7 7 7 3333333333333 7 3 77 55555 99 0 0 111 333333333 444 9999 5 5 444 5 2222222222 4 7 44 44444 44 5 5 99999 7 7 5 44 5 22222 5 44 5 4 22 0 5 44 5 5 5 5 99 333333333333 3 7 7 88 1 1 3 3 2
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGANTGGAAGAACAAAGCTACGAAGGTGTACCCCNCTTTTCAATGNNANTCTGTGAGAGTGAATTTCCNAATGNCAAACAATTATCGTACCCGTGTCTGAGTTTTACC--TTCGTCAGGAAAATTA-TTG-AAAGACATGTT-TC-----ACAA--A---TT---TTACGA-AT-ATCCTCGNAT-AGAA-C-AAACTT--TTAAAGGAACATCAATC--GGGTTTCAGACCAAAG-CA-TT-CA--TGC-GAGACNGCT--T-TG-AAT--A-GTAT-CATT--GATAAATGG-TTNA-AAAACAT--T---GAC--AATGGNA--AACTTA-CAGGTGTAC-T-ATTTNTATCGA-TTTAAGT-A----A-AGC-ATTTGACACA----GTCAACCATGAN---GTTCTGTTGCA-CAAACTTNTGTCTT--T----TGG--TA-TATG--T-GA-A-AAT--ACTTTT-AAATGGTTTC--ACTC-TTATCT---ACA---CGATAGATC----GCA-ATGT-GTCAA-ATGGAAAG--GN-GTCATCTCAGAAGAGAAAG-AT--GT-T--ACAAT-C----GGA---GTCCC-TCAGGGNTCN-ATAT-TGGGNC-C-ATTG----------TTTTT-TA-TTCTTTTTG-TA----AA-TGACTAT--CCNAAATG-TTTNA-AG-CATTCT-A-CAG---TCACAT------ATGTATGCAGACGATAC----CNCGCAA-GATGTTTCTGATAAGTCTNTNG-AN------GTAATAGA------ANAA--AA-ATTGC-A-AGACGA-T--TTT-TAAATT--CTGCGGAATGGAT-GC-AAA-AAAATAAACTCAC-G-ATAAA-TCTNAAGAAAA-CACAAT-GTATCGTTAATNGG-----NAC-GT-N-CAGAA-A-TTA-TCGAAATGTA--GAAAA-----CT--TTG-TGTAAATGTA--G-G-GA------A-ATT--TTT-TAGAAA--ATG-----T-AAATCG-TGCTA-AA-CTT--T-TGGGTGTTTANATCGATG-A---AT--G-TCTT--A-----C-G--TGGT------CT-TAT---CAC-ACG----GA---TGTTTTATG---CAA-GAA--ACTTA-GTCA----G--AAA---CTAGG-T-GTTT-TAAGG--A-GATTGA---G--CAAT---TTT-ATGT--C-CAA-A---G-AAGCA-CTACT--C-AAAATTTACA------ATGCCA--TA-G-T-A--T---TCCCACATTTTAN-CT-ACTGT-TGTACN---G-TA-TGGCGCGAT-GCCAAG-AAC-AAGACAAATA----TC-GCTAGGC-T-----TTTT-AAATT-ACAA---AA----GA-GAGCAGCAA-GGAT-CA-TTTT--------AG-ACA-TCAGAGTACCTCAG----TC-AGT-GT-CAA-T-TTT----A-N--TATG---TT--A-TCA-AA-CT---T-GA------G-A-TGGAT-GC-CN-ATGCC--A-GA--CT-A-TTT-AT--ATA-TCG-GAAAAT-TA--T-T-----CT-TGT-NTTCAAAG-TTTTAC--ATT-GTAT-GACAC--CA-GA-GT-A-TTTG-AGTGTTT-TT---AGA-T-TTGTG-A-A-TGA-G-GTATCCACAAGAAATA
Reference ( family-1469 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGANTGGAAGAACAAAGCTACGAAGGTGTACCCCNCTTTTCAATGNNANTCTGTGAGAGTGAATTTCCNAATGNCAAACAATTATCGTACCCGTGTCTGAGTTTTACC--TTCGTCAGGAAAATTA-TTG-AAAGACATGTT-TC-----ACAA--A---TT---TTACGA-AT-ATCCTCGNAT-AGAA-C-AAACTT--TTAAAGGAACATCAATC--GGGTTTCAGACCAAAG-CA-TT-CA--TGC-GAGACNGCG--T-TG-AAT--A-GTAT-CATT--GATAAATGG-TTNA-AAAACAT--T---GAC--AATGGNA--AACTTA-CAGGTGTAN-T-ATTTATATCGA-TTTAAGT-A----A-AGC-ATTTGACACA----GTCAACCATGAN---GTTCTGTTGCA-CAAACTTNTGTCTT--T----TGG--TA-TATG--T-GA-A-AAT--ACTTTT-AAATGGTTTC--ACTC-TTATCT---ACA---CGATAGATC----GCA-ATGT-GTCAA-ATGGAAAG--GN-GTCATCTCAGAAGAGAAAG-AT--GT-T--ACAAT-C----GGA---GTCCC-TCAGGGNTCN-ATAT-TGGGNC-C-ATTG----------TTTTT-TA-TTCTTTTTG-TA----AA-TGACTAT--CCNAAATG-TTTNA-AG-CATTCT-A-CAG---TCACAT------ATGTATGCAGACGATAC----CNCGCAA-GATGTTTCTGATAAGTCTNTNG-AN------GTAATAGA------ANAA--AA-ATTGC-A-AGACGA-T--TTT-TAAATT--CTGCGGAATGGAT-GC-AAA-AAAATAAACTCAC-G-ATAAA-TCTNAAGAAAA-CACAAT-GTATCGTTAATNGG-----NAC-GT-N-CAGAA-A-TTA-TCGAAATGTA--GAAAA-----CT--TTG-TGTAAATGTA--G-G-GA------A-ATT--TTT-TAGAAA--ATG-----T-AAATCG-TGCTA-AA-CTT--T-TGGGTGTTTANATCGATG-A---AT--G-TCTT--A-----C-G--TGGT------CT-TAT---CAC-ACG----GA---TGTTTTATG---CAA-GAA--ACTTA-GTCA----G--AAA---CTAGG-T-GTTT-TAAGG--A-GATTGA---G--CAAT---TTT-ATGT--C-CAA-A---G-AAGCA-CTACT--C-AAAATTTACA------ATGCCA--TA-G-T-A--T---TCCCACATTTTAN-CT-ACTGT-TGTACN---G-TA-TGGCGCGAT-GCCAAG-AAC-AAGACAAATA----TC-GCTAGGC-T-----TTTT-AAATT-ACAA---AA----GA-GAGCAGCAA-GGAT-CA-TTTT--------AG-ACA-TCAGAGTACCTCAG----TC-AGT-GT-CAA-T-TTT----A-N--TATG---TT--A-TCA-AA-CT---T-GA------G-A-TGGAT-GC-CN-ATGCC--A-GA--CT-A-TTT-AT--ATA-TCG-GAAAAT-TA--T-T-----CT-TGT-NTTCAAAG-TTTTAC--ATT-GTAT-GACAC--CA-GA-GT-A-TTTG-AGTGTTT-TT---AGA-T-TTGTG-A-A-TGA-G-GTATCCACAAGAAATA
gi|1 : AGACTGGAAGAACAAAGCTACGAAGGTGTACCCCGCTTTT--ATGATATTCTGTGAGAGTGAATTTCCAAATGTCACATAATTATAGTACCTGTACCTGAATTTTACC--TTCACTAAGCAAATTT-TTGGAAAGACATGTT-TTTCTGAACAA--AGAATT---TTACGAGATGATTTGTGAGT--GAA-C-AAACTT--TTAAAGGAACATCAGTC--GGGTTTCAGACCAAAA-CAATT-CA--TGT-GAAACTGCTCTT-TACAAT--A--TATTCATT--TTTAAATGGCTTGA-AAAACAT--T---GAATAAAAGGTA--AACTTA-CAGGTGTAAAT-TTTTATATCAT-TTTGATT-AGCAAA-AGCTATTTGATATATGTAGTCAATCATGAT---GTTTTGTTGCA-CAAACTTTTATCTT--T----TGG--TA-TATG--T-GA-A-AAT--ACTTTC-AAATGGTTTT--ACTC-TTATCT---ACA---TGCTAGATC----ACA-ATGT-GTAAA-ATGGAAAG--GG-GTCGTCTCGTAAGAGAAAG-AT--GT-T--ACAAT-C----GGA---GTCCC-TCAAGGCTCT-ATGT-TGGGTC-C-TTTG----------TTTTT-TA-TTCTTTTTG-TA----AA-TGACTAT--CCTAAATG-TTTGA-AG-CATTCT-A-CAA---TC-CAT------ATATATGCAGAAGATAC----CACGCAA-GATGTTTCTGATAAGTCTTTGG-AA------GTGATAGA------CAAA--AA-ATTAC-A-AGACGA-TC-TTT-TAAATT--CTATTGAATGGAT-GCCAAA-AAAATAAACTCAC-T-ATAAA-TTTGAATAAAA-CACAAT-GTAT-GTTAATAGG-----AAC-TT-CTCAGAA-A-TTA-TTGAAATGTA--GAAAA-----CT--TTG-TGTAAATGTAAGG-G-GA------A-AAT--TCT-TAGAAA--ATG-----T-AAATTG-TGCTT-AA-CTT--C-TGGGTGTTTATATTGATG-A---AT--G-TCTT--G-----C-G--TGGT------CT-CAT---CAC-ACG----GA---TGTTTTATG---CAA-GAA--ACTTA-GTCA----G--AAA---CTAGG-T-GTTT-TAAGG--A-GATTGA---G--TAAT---TTT-ATGT--C-CAA-A---G-AAGTA-CTACT--C-AAAATTTACA------ATACCA--TA-G-T-A--T---TCCCACATTTTAA-CT-ATTGT-TGTACA---G-TA-TGGCATGAC-GCCAGG-AAC-AAAACAAATA----GC-ACTAGGC-T-----TTTT-AAATA-ACAA---AA----AC-GAGCAGCAA-GGAT-CATTTTT--------AGTACACTCAGAGTACCTCAG----TC-AGT-GT-CAA-T-TTT----A-A--TATG---TT--A-TCA-AG-CT---A-GA--------A-TGGAT-GC-CA-TTGCC--A-GA--CTCA-TTC-AT--ATA-TCG-GAAAAT-TAATC-T-----CT-TAT-CTTCAAAG-TTTTAC--ATT-GTAT-GACAC--CAGGA-GT-A-TTTG-AGTGTTT-TT---AGA-T-TTGTG-A-A-TGA-G-GTAT-CACAAGAAATA
gi|10 : gaaaatttatcattggaaattgtcttacggagggtgacgtctcgtcaACAT--TAAAAATAACATCAATC--GGGTTTCAGACCAAAA-CA-TT-C-------------GCT--TATA-CAT--A-ATAC-CATTTGAATAAATG--TTCA-AAACAAT--T---AAC--AA--GGA--AACTTC-CAGGTGTA----ATTTTTATCGAGTCTAAGC-A----A-A-C-AT
gi|10 : tctaatactatacacccgttaatcattgtaaacagatgacaggtttaaccttgA-CATACTTTTATATG--T----TGG--TAATATGAAT-GACA-AAT--AGTTTT-A--TGGTT-C--ACTT-CTAT-T---ACA---CGATAGATCCG--GAA-ATGT-GTCAA--TGAAA----GA-ATCATCTCA-AAGAGAAAG-AT--GT-TTGACCAT-C----GGA---GTCCCCTCAAGGATCTTATAG-TGGGTTTC-AAGG----------TTT-T-TA-TTATCTTTGTTA----AA-GGACTAC--CCTATATGTTTTGA-AA-C-TTCT-A-Cacttttatatgttggtaatatgaatgacaaatagttttatggttcacttctattacacgatagatccggaaatgtgtcaatgaaagaatcatctcaaagagaaagatgtttgaccatcggagtcccctcaaggatcttatagtgggtttcaaggtttttattatctttgttaaaggactaccctatatgttttgaaacttctac
gi|11 : tctaatactatacacccgttaatcattgtaaacagatgacaggtttaaccttgacattaaaaataacatcaatcgggtttcagaccaaaacattcgcttatacataataccatttgaataaatgttcaaaacaattaacaaggaaacttccaggtgtaatttttatcgagtctaagcaaTATTGA-CTTACGT-A----A-GGA-CTTTGATACA----GTTAACCATGGA---GTTCTTTCGCA-CAAACTTATGTCTT--TCATTTTG--AA-TTTG--T-CG-C-AAT--ACCTTT-AAATGGTTTC--AATC-ATATCTTTCAAA---TCATAA-------GAA-ATGT-GTAAG-TTGGAGAGTTGT-GTTAT-TCAAAGCAAAAAGCAT--A-----ACCTT-T----GGT---ATTCC-TCAGGG-TCA-AT-T-TTAGAC-C-ATCA----------TTTT-------CATATTG-TACATTAA-CGATTAT--CCAAAATA-TCTTA-AA-CATTCT-T-CCG---TTACA-------ATGTATGCAGACGATAC------------------------------TTTG-AT------GTAATGGA------ATCA--AA-ACTGC-A-GGATGA----CTT-TAAGTTG-GTATAAAATGGAT-GT-TGA-AAAA
gi|12 : ggttctgttA--ACTCA-GTCA----G--AAA---CTACG-T-GTTT-TAAAG--A-TATTGA---G--TAAC---TCT-ATGT--C-TAA-A---G-AACCA-CTACT--C-AGAATTTAGA------ATACCA--GA-G-T-G--T---TTTCTCACTTT-T-CT-ATTGT-TACACG---G-TA-TGACACGAT-GCCAAG-AAC-AAGACAAATA----TC-ACTGGGC-T-----TTTT-CAATT-ACAA---AA----GA-GAGTAGCAA-GGAT-CA-TTTT--------AG-TTA-TCAAAATACCTCAA----TC-TGT-GT-CAACT-TTT----A-C--TATG---TT--A-TCA-AA-CT---T-CT------G-T-TGTAT-GC-CT-ATGCCATA-TA--CT-ATTTT-AA--ATA-TCG-GAAAAT-CA--T-T-----CT-TAT-GTTTAACG-TTTT--------------ACAC--CA-GA-GT-A--CTG--------------------TTGTG-A-A-TGA-G-GTATCCACTAGAAAT
gi|13 : --TTGAAATAGCATCAATC--GGGTTTCAGACCAAAA-CA-TT-CG--TGC-GAAACTGCT--G-TA-CAT--A-GTAT-CATT--GATATATGG-CTTG-AAAACAT--T---AAC--AA-GGGA--AACTTC-CAGGTGTA----ATTTTTATCGA-TCT----------A-AGC-A----------------AAGCATG---------------------CTTATATATT--T----TGG--TA-TATG--T-GA-A-AAC--ATTTTT-AAATGGTTTC--ACTC-TTATTT---TCA---CGATAGATT----GCA-ATGT-GTCAA-ATGGAAAG--GA-GT-ATCTCAAAAGAGAACG-AT--GT-T--ACCAT-C----GGA---GTCCC-TCAAAGCTCT-ATAT-TG
gi|14 : ctatatacacacctggtaaagcattgtaaacagatgacagatttaaccgacaATTGA---GGNNNNN---NNN-NNNN--N-NNN-N---N-NNNNN-NNACT----AAAATTTTCA------ATAACAGATATG-T----T---TCTCAC---TTAGTCT-ATTGT-TACATG---GATA-TGCACCCAT-GCCAAG-AAC-AAGACGAATA----TC-ACT--GC-T-----TTTT-TCATT-ACAA---AA----GA-GAGTAGCAA-GGAG-TA-TTTT--------AG-ACA-TCAAAATACCTCAA----TCTCGTAGT-CAACT-TTT----A-C--TATG---TTT-ACTCA-AA-CT---T-CT------G-T-TGTAT-GC-CT-ATGCC--A-TATACT-A-TTT-AA--ATA-TCG-GAAAATCTA--T-T-----CTATGT-TTT-AACG-TTTTAC--AGT-GTAT-GACAC---A-GA-GT-A-TTT---------------------TTGT--A-A-TGA-G-GTATCCACTAGAAAT
gi|15 : TAT--CATAAATG-TTTAA-AGACAGACTCG-CAC---TCGAATGTTTCTATATATGCAGATGATGC----ATCACAG-TATGTTTCACACAAGTCTATTG-AATCAGATGTTATTGA------ACAA--AG-GTTGC-A-TGATGA-T---------------------ATGGAT-GA-AAA-GTAATAAACTTAC-G-ATGAA-CCTGAAAAAAA-AACAAT-GTAT-GTTGATTGC-----CACTGC-A-CAAAA-A-CTC-TCAAAATGTA--GAAAA-----AT--GTG-TATCAAAGTA--G-GAGA------T-ATTG-TTT-TAGATA--CTGT----T-AAATC--TGCCA-AA-GTTG-T-TGGG-GTACAAATTGATG-A---AT--G-TCTT--A-----C-T--TGGT------CT-
gi|16 : tgattCT--A-AAATTTTAGA------ATAC-A--CA-G-T-A--TGTTTCTCAC---TTA---T-ACTAT-TGTACATGGG-TA-TG-CACGAT-GCCAAG-AAC-AAGACGAATA----TC-ACT--GC-T-----TTTT-TCATT-ACAA---AA----GA-GAGTAGCAA-GGAG-TA-TTTT--------AG-ACA-TCAAAATACCTCAA----TCTCGTAGT-CAACT-TTT----A-C--TATG---TTT-A-TCA-AA-CT---T-CT------G-T-TGTAT-GC-CT-ATGCC--A-TATACT-A-TTT-AA--ATA-TCG-GAAAATCTA--T-T-----CTATGT-TTT-AACG-TTTTAC--AGT-GTAT-GACAC---A-GA-GT-A-TTT---------------------TTGT--A-A-TGA-G-GTATCCACTAGAAATgtac
gi|17 : ATGGAT-ATTAAA-ACAACAAACTTAC---ATAAA-TCTTAAGAAAATCACAGTAGCATAGTTAATATGCTCCTTAG-GT-A-CAGAA-
gi|18 : aggcaaattacatagtggcttaaaaatataacttcgttgcgtattttagCCAAG-AAC-AAAATAAATA----TT-ACTAGGC-T-----TTTTTAAATT-GCAA---AA----AA-GAGCAGCAAAGGATGCA-TTTT--------AG-A-A-TCAGATT-CCTCAG----TC-AGT-GT-CAC-C-TTT----A-CACCATG---TCTGA-TCA-AATCT---TAGA------G-A-TGAAT-GC-CCGATGCC--A-GAT-CT-T-TTG-AT--ATA-TCG--AAAAT-TA--T-T-----CT-TGT-CTTTAAAGATTTTAC--AGT-TTGT-GACACATCA-GA-AT-A-TTTG-AGTGTTG-TT---AGA-T-TTGTG-A-A-TGA-G-ATTTC--CAAGAAATtacccaagattaagtattaattgcaagaaaaggacatatgtgatgacttttaaaaaagtggatgaacgtacaatcactacaacgtatagtgataatagtatcttggtgcaaaattactttgggttgcttacacaaggctatattgtgacacgatgcct
gi|19 : CTGTATGAAAT---G-TA-TGACATTTT-GCTAAG-AAC-CAGACAAATA----TC-ACTCGGT-T-----TTTA-AAATT-ACAA---AC----GA-GAGCAGCAA-ATAT-AG-TTTT--------AG-ACA-TCAAAGTATCTCAA----TC-AGT-GT-CAA-C-TTA----A-C--CATG---TT--A-TAA-AA-CT---T-AA------G-A-TGGAT-GC-CC-ATGTC--A-GA--CT-A-TTT-TT--ATA-TCG-GAAAAT-AA--T-T-----CT-TGT-GT------------C--ATT-GTAT-GAAAA--CA-GA-GT-A-TTTA-AATGTGT-TT---AAA-T-TT
gi|2 : AATCATGGGTTTCAGACCAAAA-CA-TTTCA--TGTTGAAACTGCT--T-AG-ACT--ATATAT-CATT--ATTAAA--G-TTGA-AAA-CAT--TT--GAT--AAAGGTA--AACTTA-CAG-TGTA-----TTTATATGAG-TTTAAGC-A----AGAGC-ATTAGATACA----GTCAATCATGATTAAATT-TGTTGCA-CCAGTTTA---CTTACT----TGG--TA-TAAT--T-AA-A-GAT--ACTTCA-ATATGTGTTC--ACTCATTATCT---ACATATCTAT-GATC----ACAGATGTAGTCAA-ATGGAAAG--G---TCATCTCA-AAGA-AAAC-AT--GT----ACAAT-C----GGAATAGTCCC-TCAGGGCTTA-CTATCTGGGTC-C--TTG----------TTTTTATA-TTCTTTTTG-TA----AAATG-CTATACCTAAAATG-TTTTA-AG-CATTC--A-CAG---TCA-AT------ATATAT-CAGAT-ATAC----CACGCAAAGATGTTTCTGATAAGTCTTTGGGAT------GTGATTGG------AAAA--AATATTGCCA-AGAC-A-TCGTTT-TAAAT---CTATTGAATGGAT-GC-AAATAAAATAAACTCACTA-ATAAA--CTT--GAAAA-AACAAT-GTATCGTTAATAGG-----GAC--T-T-CAGAATA-TTA-TTAAAGT-TA--GAAAAT----CT--TTGATGTAATTGTA--G-G-GA------A-ATT--CTT-TAGAAA--ATG-----T-AAATTGTTGCTA-AATCTT--C-TGGG-GTTTATATTGATG-A---ATCGG-TCTT----------G--TGGT------TC-TAT---CAC-ACGA---GA---TG--TTATG---CAAGGAA--ACTTA-GTCAGTC-G--AAA---CTAGT-G-GTTT-TTGAG--A-G-TTGAG--G--CAAT---T----TGT-----AG-A---G--ACCA-CTACT--C-AAAATTTACA------ATG-CA--TA-GATAA--T---TCCCACA-TTAAA-CT-ACT-T-T-TACG---G-TATTGGCATGAT-GCCAGGAAACAAAAACAAATA----TC-AC-AGGCTT-----TTTT-TAATT-ACGA---AA----AA-GAGCAGCAA--GAT-CA-TTTT--------A--ACA-TCAGAGTAC--CAG----TC-AGT--T-CA----TTT----A-T--AATGCTCCT--A-T-A-AG-CTATAT-GATCATGCA-ACTGGATAGC-TC-ATGCC--A-AA---------T-AT--ATA-GCGCGAAAATGTA--T-T-----CT-TATCTTTCAAAG-TTTTAC----T-GTATGGACAC--CA-AG-AT-ATTTTG-AGTGTTT-TT---TAA-TGTTGTG-A-A-TGATG-G--TTCA-AAGAAATAcacaagaagta
gi|20 : aCATTTTAC-TT-ACTGT-TGTACT---G-TC-TGGTGTCAT-GTTAGA-AAC-----CAACTGTGTTTA-GATAAAC-T-----TTTT-AAACT-GCAA---AA----GA-GGGCAGCAA-GAAT-AC-TTTT--------AG-ATA-CTCGA-TATATCAGGACCTC---T-AC-TAA-T-TTT----T-T--TATG---TT--C-TT---G-TT---T-GA------A-C-TGGAT-GC-CA-AT
gi|21 : tttcaaagaaaatagtaagaaaacttgctgagtgagctatttcatgccaccaaatgcactttttgTCTATTG-AG------TTATCAGA------ACAA--AG-ATTTC-A-TGG-GA-T--TTA--AAACT--CTATGAAATGGAT-GG-AAA-GTAATAAACCTAC-G-GT-GA-CCTAAAGA-----ACATT-GTATAGTCGATTGG-----TAC--T-G-CACAA-A---ACCCGAAG---A--GGATA-----TT--TT------AAT-T-----------------ATTG-TTT-TAGATGCTATG-------AAATC--TGCCA-AA-CTT--TCTGGGGGTACAAATTGATG-A---AT--GTTTTT--A-----C-T--TGGT------CT-taaggat
gi|22 : AATTTA-A------ATGTC-------------T---TTCCACATTTTAC-TT-ACTGT-TGTACT---G-TC-TGGTGTCAT-GTTAGA-AAC-----CAACTG----TG-TTTAGA--TAAAAATTTT-AAACT-GTAATTTAATCTTGA-GGGCAGCAA-GAAT-AC-TTTT--------AA-ATA-CTCGAG-ATATCAG----GA-ACT-CTACTA-T-TTT----T-T--TTTA---TT--T-TCT-TG-TT---T-GA------A-C-TGGAT-GC-CA-ATTAA--G-GA--TT-A-TTT-gtcccta
gi|23 : catgacGTA--G-GAGA------T-GTTCGTTT-TAGATA--GTG-----TTAAATC--TGCTATAA-CTC--T-TGGGTAC--AAATTGATGGA---AT--G-TTTTTTA-----CTG--TGGT------CTGTA----CACTATT----GACT-TCTTTAATGTAACAA-AAA--AACTA--TCACCGGA--AAA---GTAGG-TTGTTT-TACGG--ACGTTTTA---A--CAACCTGTTT-ATGT-----AA-AT--GCAGGCA-TTGGT--TGAAAATTTACA------catgct
gi|24 : gtgctatcaaTA-TCGAAATGCA--GAACA-----CT--TTG-TGTAAATGTA--G-GTAA------A-ATT--TCT-TAGAAA--ATA-----T-AAATTG-TGCTA-AA-CTT--C-TGGGTGTTTATATCGATG-A---AT--G-ACTT--A-----C-G--TGGT------AT-CAT---CAC-TTA----GA---TCTTTTATG---CAA-GAA--ACTTA-GTCG----G--AAA---CTAGG-T-GTTT-TAAGG--A-GATTGA---G--TAAT---TTT-ATGT--C-CAA-A---G-ACGCA-CTACT--C-AA
gi|25 : C-AAGACAAATA----TT-GACAGGC-T-----TTTT-AAAAT-AC--------------TAGTAGCAA-GGAT-CA---------------------------ACCCCAA----TG-AAT-GT-CAA-CGTTT----A-T--CATG---CT----TCA-TA-TT---T-GA------ATA-TGGAT-GC-CT-CTGT-----GA--CT-A-------------------------A--C-T-----CTGTG--ATGGAAAG-TTTTAC--ATTCGTAT-GACAT--AT-GA-GTTA-TTTG-AAAATTT-CT---AGA-T-TTGTT-A-A-
gi|26 : attactcagggatttttC-AAGACAAATA----TT-GACAGGC-T-----TTTT-AAA-T-AC--------------TAGTAGCAA-GGAT-CA---------------------------ACCCCAA----TG-AAT-GT-CAA-C-TTT----T-T--CATG---CT--C-TCA-TA-TT---T-GA------ATA-TGGAT-GC-CT--------------CT-G-TTT----------------GAC-TA--C-T-----C--TGT-GATGGAAG-TTTTAC--ATC-GTAT-GACAT--CT-GA-GT-A-TTTG-Aac
gi|27 : attactcagggatttttC-AGT-GT-CAA-C-TTTTTAAA-A--CATG---TT--A-TCA-AA-CT---T-GC------G-A-TGGAT-GC-CC-ATGCC--A-GA--CT-A-TTTTAT--ATA-TCG-GAAAAT-TA--T-T-----CT-TGT-CTTCAAAG-TTTTAC--ATT-GTAT-GACAC--CA-GA-GT-A-TTTG-AGTGTTA-TT---AGA-T-TTGTG-A-A-TGA-G-GTATCCATAAGAAATa
gi|28 : cAT-GCGCA-CTGCC--C-GT--CT-A-CCT-AG--AT------GAGAAT-TA--T-TTATGTCT-TGT-GTTTAAAG-TT--AA--ATTCGT-T-GACAT--CA-GA-TT-A-TTTG-A------------AAA-T-TTGTG-AGA-TGA-A-G--TCCACAA
gi|29 : atatgctcttgtcattgtat-GTCATCTCAGAAGAGAAAG-GT--GC-T--ACAAT-C----GGA---GTCCC-TCAAGGCTCT-ATAT-TGGGTC-C-TTTGTATTTTTTTTTTTTT-TA-TTCTTTTAG-TA----AA-TGACTAT--CCTAAATG-TTTGA-AG-CATtcagaata
gi|3 : AACAATTACCGT--CAGTGTCTG--TTCTGCC--TTTGTCAGCAAAATTAATTG-AAAGACATGT---C-----ACAATCA---TTGGTTTACGA-AT-ATCCTCATACCAGCA-CTAAATCTAATCAGTGGGAAAACAGTC--AG-TTTCAGGCCAAG---A-TT-TAATTGC-GAGACAGCT--C-TT-CATGGA-GTAT-AAT---GA-AAATGG-TTTACGAAACAT--C---GAC--AATGGCACAAACTTAACAGGTGTCC-TTATTTGC-TAGA-TTTAAGTTA----A-AGC-TTTTGACACG----GTAAATCATCAG---GTATTACTTCAACAAACTACTGTCTT--T-----GG--TAATATG--TTGA-A-AATTCAATTAC-AATTGG---------C-TTGTCA---A-------ATAGATC----ACACATGT-GTTCG-ATGGAATG--GCAGTTAGCT------AGATAG-ATTAGTAT--GCAAT-A----GGA---GTACC-TCAAAGGGCA-ATAC-AGCGTC-CCATTG----------TTTTT-TAATTCTCTATG-TA----AA-TGACTAC--CCCGATTG-CTTTACAA-CACTCT-ACCAGCCCCCCCAT------ATGTATGCGGATGACACA---AACGCAA-GATG-TTCGGATAA------AG-AA-------TAATAGATGTTTCAAAAGCAA-ATTAC-ATAG--GA-T--CTTAAAAATA--CTTTGGAATGGATGGC-ATA-AAAAC--ACTTAC---ATAAATTCTTAAGAAAA-CACAGT-GCATCA-TAATTGG-----TAC-GA-A-CAAAG-ATTTA-AGAAAATGCA--GGAAA-----GTTATTGATGAAAGTGCG--A-T-GATATCACA-ATT--------GAAA--ATG-----T-ATCTTG-TGCAA-AA-TGTACT-TGCGTGTTTTTATT-ATG-ACAGAT--G-GCTC--A-----C-T--TGGT------C--TA-----AC-ATGTTGAAA---T-TTTTAT----CAA-AAA--ACTT--GCCA----AGCAAA---ATAGG-C-GTTT-TAATGTAA-GATTAC---G---------TTC-ATCT--TGCAA-ACCCG-ACTTATTTACTGAG-AAAATTT-TT------ATACAA--TT-G-T-ATTT---TTCCTCATTTAAA-CTAACT-T-TGTACT---G-TA-TGGGGCAAT-ATGAAA-AAA-AGGAC
gi|30 : tcGGTGTA----ATTTTTATCGA-TCTAAGC-A----A-AAC-ATtgtcttaacaaattattaaa
gi|30 : A-CATACTTTTATATT--T----TGG--TA-TATG--T-GA-A-AAT--AGTTTT-AA-TGGTTTC--ACTC-TTATTT---ACA---CGATAGATC----GCA-ATGT-GTCAA-ATGGAAAacttttatattttggtatatgtgaaaatagttttaatggtttcactcttatttacacgatagatcgcaatgtgtcaaatggaaa
gi|31 : ggtgtaatttttatcgatctaagcaaaAT-TA--T-T-----CT-TGT-GTTTAAAG-TT--AA--ATT-GTAT-GACAT--CA-GA-TT-A-TTTG-A------------AAA-T-TTGTG-A-A-TGA-A-GTAACCACAAGAAATA
gi|32 : atggatgcctctacctgcatgagaattttT--GTA-T-G-GAAAAT-TA--T-T----------T-ATTCAACT-CTTTATCAATT-GTAT-GAC-C--CA-GAGGT-A-TTT--AGTGTTT-TTTAAAGA-T-TGGCACA-A-TGA-GAGTATC
gi|33 : tatcaatTGTTTACAGCAATG-A---GT--G-TCTT--A-----C-G--TGGCCTTTAGCT-TAC---CAC-ACA----GA---TGTTTCATG---CAA-CAATTACTTA-GTAT----G--AAA---CCAGG-T-GTTC-TAAGtcccacccac
gi|35 : gtT--T----TGG--TA-TATG--T-GA-A-AAT--ACTTTC-AAA-GGTTTCCAACTC-TTATCT---
gi|36 : tatcG-CTTTAC--ATT--CA--GACAC--CA-TA-GT-A-TTTG-AGTGTTTGTT---AGA-T-TTGggcatgcta
gi|4 : TTTAGGCCCAAGTCA-TT-CA--TGT-GAGACAGCG--T-TG-AAT--A-GTCT-TACG--GATAAATGG-TTCA-AGAACAT--G---GAC--GATGGAA--AACTTA-CAGG-GTAC-T-ATTTAT--TGA-TTTGCGT-A----A-AGC-ATTTGACACA----GTCAACCATAAA---GTTCTTTTGCA-CAAACTTATGTCTT--T----TGG--AA-TTTG--T-CT-C-AAT--ACTTTT-AGATGGTTTC--A------AT------CA---CTATAA-------GCA-GTGT-GTCAG-TTGGGGAGGTGT-GTTATCT----AAAGAAAA-AC--G--T--AC-AT-CCTT-AGAT--GTTCC-TCAGGGGTCA-ATTT-TAGGAC-C-ATTA----------TTCTT-CA-----TATTG-TACATCAA-TGACTAT--CCAAAATG-TCTTA-AG-CATTCC-T-CAG---TTACAT-------TGTATGCAGACGACAC----TTCACAG-GACGTGCGTGATAAATCTATCG-AT------GTAATAGA------ATGA--AA-ATGAC-A-AGAGGA----TTT-TAAATTGGGTGCAGAATGGAT-GC-TTA-GAAATAACCTC-T-GCATAAA-TCTTCAAAAAT-CACAAT-GTAT-GCTATTTGG-----TAC-GTGT-CAAAA-T-TTA-CGGAAGTGTC--GAA------------TA-T-TAAATATC--G-------------ATT--TT-------A--ATGGTGAAC-AGATCA-AGTTA-AA-TTA--T-TAGGTGTTTATATTGAT--A---AT--A-CTTT--AATTATC-A--TGG----------GATACACAT-ATG----GAGTTTGTTTCA------AA-GAA--AA-TA-GTAA----A--AAAAACCTTGC-T-GTAC-TAAAG--A-GAGTGA---G--CTAT---TTC-ATGCCAC-CAA-A---T---GCA-CTTTT--A-AAGGTTTTTA------ACAGCA--TT-G-T-C--T---TTCCGCATTTTAG-TT-ATTGT-TGTACT---G-TC-TGGTGTCAT-ATCAAA-AAC-----CAACTG----TG-TTTAGA--TAAAAATTTT-AAACTGGCAA---AA----GAGGGGCAGCAA-GAAT-AC-TTTTAATCTCCGAG-ATA-TCAGG--ACCTC-----------T-AC-TAA-T-TAT------T--TATA---TT--T-TCATTG-TT---T-GA------A-C-TGGAT-GCGCA-ATTTA--AGGA--TT-A-TTT--T--ATGTTTA-GAAAGT-TG--TCT-----TT-TTT-GTTCAAAG-TTTCAA--ATaaatacnnnnn
gi|5 : aTTTGAT-CA----ATCGATCATGAT---GTATTGATGCT-CAA---TCTGTTTG--T----GGGGATA-TATG--T-GA-ACAAT--ACTTTTTAGATGGTTTC--AATC-TCATGT---AGA---TGAAAGATG----ACA-AGGT-GTCAA-ATGGAAAG--AG-GCCATCTCAGAAGAAAACG-AG--GT-T--ATACTGCG---GGA---CTGAC-CCAGGGTTCA-ATAT-TGTGAC-C-TCTG-----------TTTT-TA-TCATATTTG-TT----AA-TGATTAC--CCAACATG-TATGA-AC-CACGTT-A-CAG---TCA-AT------ATCTATGTAAATGATATCGTGCACACAA-AATGTGTCTGATAAATCATTTC-AA------GTGATAGA------A-AG--AC-TTTAC-T-TGATGGCC--TTT-TACATT--CCGTGTAACGG---GT-AAA-AA---AAAGTGAC-A-ACAAA-TATAAAGAAAA-TAC------ATC-TTAATAGA-----AAC-GTAA-CAGAA-A-TGA----AAACGTA--AAAAA-----TT--TGG-TGT
gi|5 : AAATATAAAGAAAATACATCT--TAA-TAGAAACGTA--ACA-GA------A-AT---------GAAA--ACG-----T-AAA--------A-AA-TTT------GGTGTTTACATCAATA-A---AT--G-TCTT--A-------A--TGGT------CA-TAT---CGT-ATA----TA---TGTCT----------------ACTTG-GTCA----G--GAA---CTAGG-T--TTT-TAAGG--G-G-TTGGTTTG--TT-T---TTT-ATAT--C-AAA-G---G-CAGTA-CAATT--C-AAAATTTACAAAATTTATGCCA--TA-G-T-T--T---CCCCTCATTTGAA-TC-ATTGC-TGTACA---A-AA-TGGCATGAA-ACCAA--ATCGAAGACAAAGT----TCTGATCGGC-T-----TGTT-GAATT-ACAG---AA----GA-GAGAACCAA-GAAT-CA-TTTT--------GC-ACA-CCAAAGAACCTCCA----TC-TAT-GT-TAACT-TCT----T-G--TATG---CT--T-TCA-AA-TT---T-GA------G-A-TGGAT-AC-CT-GTGTC--T-GG--CT-A-TTT-ttacatcaataaatgtcttaatggtcatatcgtatatatgtctacttggtcaggaactaggtttttaaggggttggtttgttttttatatcaaaggcagtacaattcaaaatttacaaaatttatgccatagtttcccctcatttgaatcattgctgtacaaaatggcatgaaaccaaatcgaagacaaagttctgatcggcttgttgaattacagaagagagaaccaagaatcattttgcacaccaaagaacctccatctatgttaacttcttgtatgctttcaaatttgagatggatacctgtgtctggctatttc
gi|6 : tttgatcaatcgatcatgatgtattgatgctcaatctgtttgtggggatatatgtgaacaatactttttagatggtttcaatctcatgtagatgaaagatgacaaggtgtcaaatggaaagaggccatctcagaagaaaacgaggttatactgcgggactgacccagggttcaatattgtgacctctgtttttatcatatttgttaatgattacccaacatgtatgaaccacgttacagtcaatatctatgtaaatgatatcgtgcacacaaaatgtgtctgataaatcatttcaagtgatagaaagactttacttgatggccttttacattccgtgtaacgggtaaaaaaaagtgacaacAGAATGGAAGAA---AGCT-TGA--GT-TACCCCTCTTTTCAATGCAAATCTGT-----TGAATTTTTTA-TGGCAAACAATTATCG-ACCCGTGTC--AGTTTTAGCAATT-GTCAGGAAAATTA-TTG-AAAGACATTTTATC-----ACA-------TT---TTACGA-AT-AT--TCGGAT-AAAAAC-AAACTT--TTAACTGATCATCAATC--TGGTTTCAGACAAAAG-CA-TT-CA--TGT-GAAACAGCA--C-TT-AGT--A-ACAT-TATT--GATAAATGG-TTAT-GTAACATACTGTAGAT--AGTGGCA--AATTAA-TAGGTGTTC-T-CTT--TATTGA-TCTTAGT-A----A-AGC-CTTT-----------------------------TGTTACA-CAAACTTTCATCAT--A----TGG--TA-TTTG--T-CA-A-AAC--TCTATT-AAATGGTTTC--AGTC-TTATCT---------TGGAAAGTC----ACA-ATGT-GTTAA-ATGGAACG--GT-GTTTTTTCAGATGAAAAAG-AT--GT-T---CAAT-A----GAA---ATGCC-TCAGAGGTCC-ATAT-TGGGAC-C-ATTG----------TTTTT-TA-TTCTc
gi|7 : gaaattttaacatatttattaaacatgtctataaaaagtggtatggttgcatcCCAAAGTCA-TT-CA--TGT-GAGACAACG--T-TG-AAT--G-GTCT-TACT--GATAAATGG-TTCA-AGAACAT--G---GAC--CATGGAA--AACTTA-TAGGGGTAC-T-ATTTAT--TGA-TTTGCGT-A----A-AGC-ATTTGACACA----GTCAACCATGAA---GTTCTTTTGCA-CAAACTTATGTCTT--T----CGA--AA-TTTG--T--C-A-AAT--ACTTTT-AAATGGTTTC--AATT-ATATCT---TT-------CAAATCGTAAGCA-GTGT-GTCAGTTTGGGAGGT-GT-GTTATCT--AAAGAAAAAA-GT--AT-------AT-CCTTAGGT---GTTCC-TCAGGGGTCA-ATTT-TAGGAC-C-ATTA----------TTTTT-TA-----TATTG-T----------ACTAT--CCAAAATG-TCTTA-AA-CATTCT-T-CAG---TTACA-------ATGTATGCAGACGACAC----TTCACA----------TGA----CCTATGG-AT------GTAATAGA------ATAA--AA-ATTGC-A-AGAGGA----TTT-TAAATTAGGTGCAGAATGGA
gi|8 : cagtattagTTTGCATCAA-------AT--G-T-TT--A-----C-AGTTAGT------C---AT---CAC-ACG----GA---TGTTTTATG---CAA-GAA--ACTTAAGTCA----G--ACA---CTAGGGT-GTTTATAAGG--A-GATTGA---G--CAAT---TTTCATGT--C-CAAGA---G-AAGCA-CTACT--C-AAAATTAACA------ATGCCA--TA-G-T-A--T---TCCCACATTTACA-TT-A-TGT-TGTACG---G-TA-TGGCATGATTGCCAGG-AAC-AAAACAAATA----TC-ACTAGGC-T-----TTTT-AAATT-ACAA---AA-----A-GAGCAGCAA-GGAT-CA-TTTT--------AG-ACA-TCAGAGTACCTCAG----TC--GT-GTTCAACT-TTT----A-A--TATG---TT--A-TCA-AG-CT---T-GA------G-A-TGGAT-GC-CC-ATGCC--A-GA--CT-A-TTC-ATG-ATA-TCG-GAAATT-TA----T-----CT-TAT-CTTCAAAG-TTTTAC--ATT-GTAT-GACAC--CA-GA-GT-A-TTTGAAGTGTTT-TT---AGA-T-TTGTG-A-AGTGA-G-G-ATCCACA
gi|9 : AAA-----CG--TTG-TATAATTGTT--G-G-TA------ACATT--GTTATAGAAA--ATG-----T-GAAATG-CGCTA-AA-CTT--T-CGGGCGTTTACATCGATA-T---AT--G-CCCT--A-----T-G--TGGT------TT-TAT---AAC-ATA----GA---TGCCGTATG---CAA-AAA--ACTCA-GTTA----G--AAT---TTAAG-T-GTTT-TAAGT----GATT-----T--TAAT---TTC-ATGT--C-AAA-G---G-AAGCA-CAACT--C-AAAATTTACG------ATGCAA---------A--T---T---AAATTTTTT-CTCATTGG-TTTACT---G-TA-TGGCACGAT-GCCAAG-AAC-AAGACAAATA----T------------------------TT-ACCG---AA----GA-GAGTAGCAA------TA-T-----------------------GT-----------TC-AGT-GT-AAG-C-TTC----CTG--TATA---TG--A-TCA-AA-TA---T-GA------G-A-TTGAT-GC-CT-GTGT-----GG--CT-A-TTT--TGAATA-CCA-AAAGGT-T---T-T-----CT-TG-------------TTAC--------AT-GCCAC--CA-GA-TT-A-TTTG-AATGTTT-CT---AAATT-TTGTC-A-A-TGA-G-GTAACCACga
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|34 ): TGTCATTTGCTTGTAGATTATTAAGTCGATATTTACACGATTTAAACCATCAAACATTACTTCACAACTCTTATATTTTGGAATATGTTGAAA