lowQualScore : 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222 1 3 44444 22 2222222 2222 44444444444444444 222 333333333333 555555555555 333333 11 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11 111111 2 555555555555555555555555 111111 1 3333333333333 111111 33333333333333333333333333333 6666666666666666 222 111 11111 3333333333333 222222222 22222222222222 2222222 1111 333 11 44444444444 1 111111 1 1 1111 55555555555555555 222 555555555555555 11 11 2 111 9999999999999999999999999 2222222 222 1111 11 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 22222222 33333333333333333333 111111111 444444444444444 2 2 2222 111 22 33333 22222 2 5555555555555555555555555555555555 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 2222222 3333 1111 111 1111 33333333333 111 4444444 1 111111
lowQualScore : 2 7777 8 0 6 22222 22 6666666 6 6 1111 44444444444444444 3 888 5 66 444444444444 5 99 555555555555 555555 8 11 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 5 33 5 111111 0 444444444444444444444444 66 3 5 5 5 5 444444 888 5 0 66 0 6 66 5555555555555 666666 777 888 66666666666666666666666666666 3 2 3333333333333333 5 333 66 1 000 11111 7777777777777 5 3 5 0 222222222 5 5 5 99999999999999 0000000 5 9999 1 77 7777 000 66 999999 5 5 5 33 5 00000000000 0 777777 7 5 6 9999 00000000000000000 3 777 2 555555555555555 3 33 8 3 33 2 666 3 8888888888888888888888888 3 6666666 555 1 8888 11 0 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 00000000 55555555555555555555 2 333333333 555555555555555 99 6 0 0 6 2 3333 222 22 0 66666 99 55555 6 99 6 0 1 6 0000000000000000000000000000000000 1 6 5 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2 1111111 77 7777 5555 5 5 77 5 999 7777 0 5 33333333333 5 000 0000000 2 5 77 555555 5 77 6 6 6
lowQualScore : . .... . . . ..... .. ....... . . .... ................. . ... . .. ............ . .. ............ ...... . .. .................................................................................................................................................................................................................................................................................... . .. . ...... . ........................ .. . . . . . ...... ... . . .. . . .. ............. ...... ... ... ............................. . . ................ . ... .. . ... ..... ............. . . . . ......... . . . .............. ....... . .... . .. .... ... .. ...... . . . .. . ........... . ...... . . . .... ................. . ... . ............... . .. . . .. . ... . ......................... . ....... ... . .... .. . .......................................................................................... . ........ .................... . ......... ............... .. . . . . . .... ... .. . ..... .. ..... . .. . . . . .................................. . . . .......................................................................... . ....... .. .... .... . . .. . ... .... . . ........... . ... ....... . . .. ...... . .. . . .
lowQualScore : 0 8888 8 0 0 88888 55 0000000 7 0 6666 11111111111111111 2 222 0 99 000000000000 0 22 888888888888 222222 0 00 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 7 11 0 111111 9 555555555555555555555555 99 2 0 0 0 2 999999 888 0 2 99 0 0 99 1111111111111 666666 222 888 44444444444444444444444444444 4 0 4444444444444444 7 000 77 4 000 22222 6666666666666 0 2 0 4 333333333 0 0 0 44444444444444 9999999 7 0000 7 99 9999 666 00 000000 7 7 7 66 7 55555555555 0 888888 0 0 7 2222 55555555555555555 2 555 5 222222222222222 2 88 8 2 22 8 222 2 8888888888888888888888888 2 0000000 000 4 0000 00 8 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 4 66666666 00000000000000000000 5 555555555 555555555555555 22 0 0 0 0 5 5555 777 55 8 88888 22 88888 7 22 7 0 0 7 3333333333333333333333333333333333 0 7 0 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 5 4444444 99 0000 3333 7 4 99 7 222 6666 1 7 88888888888 7 000 4444444 1 7 99 999999 7 99 7 7 7
consensus : NAATAACGTTAATTA-TATGCTC-TACAA-----CGTTTNAAAGACAGT-A--T-TTTACGCTGGTCATC-AGTCCAGTT--GGG-TTTCCANTT-CTTTGAACAAAGT-ATAGC--CTC---------C-GAC-ATTTTAA-CAAATTAA-CGAGAA-TAG-AGGGTT--TGCAGT-CGA--CCG-CG-ACAAA---TTTATA---TCCGT----TCAT-G---TA-ATNTTTC-TN----AATG--ATA-CAATCAATACG-AA--------TA-CA-TTT------TAAAAAAC----AAAA---TA-AAA-AAA---AACTTGG-GCGG---ATCA-AA-TG-CTG-TGATCG-AC---CATGTTTGT-TTAAT-A-TTG-AA-ATTAAAGG------------------A--------------TA-----T--AA---AAGTAA-TTGTTTT---ACA-AAAT-TTATTTTGTT-TAAAAGGTT---------------TCCC---C-CAGT--CATCTT-G-C-ACTAC--A---C---AT-TCT--TGA-CATT--G-----A---A---ATAAT----G-A-T-TA---ACA-CT--AGTGTA-----ATAAA------TTTCAGTTGATG-GCATTTACAC-CTATATC-AATAT-TATTTTAAA---TTATTGT--GA-AACA-A-T-AGA---T-AC-AATA-TATCTT-T-------AAAGA-TCG-ACCAT-TC-TATG-T--T---AAAAAA-CAT-T-A-GG--ANTGTA--A----TTGGCA-TNAAACAATAT-GTC--CCTCTCC-C-GCTAT-CT--CCC-AT--CGAGGG--ATTGGT-ATA--AGC-ACTTTAAATTTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGGGTGTCACAATCGGC-C---T--A--TTC---CATTAGGATTC--AGAAGCATGTGCACTTCTG---CTACT--AATGGAAT-ATCATTGCAATGAA-TTCATATGC----------------NAA---TTTATTTTCT-T-----AATAAAAAA-TATGAAACG--A-TAA--GTATTAN-TAT----AC-CT-TTAA---AA--CT--CTA--T---TTNTT-T-TT-T----GAAAGC------ATGTG--NT-A-G-ATA-ATA-TTAGATAN-CC----CTTTT------CCTAGTTC-C-TG-GGTCATG---TAA--TCAGTGATT---TGT-CA------AGT--CAACCCCCGGGAATAGCGGAT--G-ATT--GGAAA--TATTATTTT---AA--GTTTT-----AAA-AG--CA-CATATAAAACGAC-AAT-----TATA---TGAT--AATAT-GC-AT----TTCATGA-ACGCATGCGTCGCCTCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATA-T--GTATCCCATTTTAAG--T----TTTTGA--AGT-GATCG--GGTTCGGGTT-GTATTC--TT-TGCACATGCGCATAAGTCACGTTTTGTTA-AGGACT-TAAGC-GGGGCGTAACTTA-TA---C-CC----GACTAAA-ATTT--AC--G---CCAA-G--ACTTA-CGCC-GCT-TCGC
Reference ( gi|1 ) : TAGTAACATTTATTAATATGCTCCTGCAA----GCGTT-GAAAGACGGT-A--T-TTTACGCTGGCCAAT-AGTCCAGTT--G---TTTCCAAT--CTTTGAACTAAGT-ATAGC--CTG---------C-GAC-ATTTTAA-CAAATTAAACGAGAAATAATAGGGTT--TGC-GT-CGA--CCG-CG-GCCAA---TTTATA---TCTTT----CCAT-G---TA-ATTTTTCGTA----AATG--ATA-AAATCAACACG-AA--------TA-CA-TTT------TAAAAAAC----AAAATT-TA-AAA-AAA---AACTTGGCGCGG---GTCATAA-TG-CTG-TGATCG-GC---CATGTTTGT-TTAATCACTTG-AA-ATTAAAGG------------------A--------------TA-----T--AA---AAGTGG-CTGTTTA---ACA-AAAT-TTATTTTGTT-TAAAATGTT---------------TCCC---C-CAGT--CATCTT-G-C-ATTAC--A---C---AT-TCT--TGA-CGTT--G-----A---A---ATAAT----G-A-T-TA---AC--CT--AGTGAA-----ATAAA------TTTCAGTTGATGTCCATTTCCAC-CTTTATC-AAT-T-TATTTTAAA---TTATTGT--AA-AACA-A-T-AG----T-AC-AATA-TATCTT-T-------AAAGA-TCG-ACCAT-TC-AATG-T--T---AAAAAA-CGT-T-A-GG--ATTGTA--A----TTGGCA-AAAAACAATAT-GTC--CCTCTCC-C-GCTAT-CT--CCC-A---CGATGG--ATTGGT-ATA--AGC-ACTTTTAATGTGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATGGGGTGTCACAATCCGC-T---C--A--TTT---CATTAGGATT---AGAAGCATGTGCACTTCTG---CTATT--AAGGAAAT-ATCATTGCTATGAA-TTCATATGC----------------CAA---TTTATTTTCT-T-----AATAAAA---TATGAAACG--A-TAA--GTATTAAGTAT----AT-CT-TTAA---GC--CT--CT---T---TTGTC-T-TT-T----GAAAGC------ATGTG--TTCA-G-ATA-GTA-TTAGATAA-CC----CTTTT------CCTAGTTC-CCTG-GGTCATG---TAA--CCAGTGATT---TAT-CA------AAT--CGA-CCC-GGAAATAGCGGAT--G-ATT--GGAAA--TATTATTGT---AA--GTTTT-----AAA-AG--CA-CA-ATAAAACGAC-AAT-----TATA---TGAT--AA-AT-GC-ATC---TTCATGA-ATGCATGTGTTGCCGCCTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT--GTATCCCATTTTAAG--T----TTTTGA--AGT-AA-CG--GTTTCGGGTT-GTATTC--TT-TGCACATGCGCATAAGTCACGTTTTGTTA-AGG-CT-TAAGCAGGGGCGTAACTTA-TA---C-AC----GATTAAA-ATTT--AC--G---CCAA-G--ACTTA-CGCC-GCT-TCGCT
gi|2 : AATAACATT-ATTAGAATGCTC-TACAACTTAACGTTTGAAAGACAGTTA--T-TTTACGCTGGTCCAT-----CAGT-----------CAGT-----TGAAC-AAGTTATAGC--CTT---------CCGA--ATTTTAAACAAATTAA-CGG--AATAG-AGGGTT--GACAGTGCGA--CCA-CA---CAAAAATTT-TA---TCCTT----CCAT-G---T----------TA----CATG---TA-CAATCAATACG-AA--------GAACA-TA--------AAAAAAT----AAAAATATT-AAA-AAA---AACCTGGGGCGG---ATCA-AA-TG-CTG---AT-G-GCACGCATGTTTAT-TTAAT-A-TTG-GC-ATAAAAGG------------------AAAAAAAATCATATATA-----T--AC---ATGTTA-ATGTTTT----CA-AAATATTATTTT-TT-TAAAAGGTT---------------TCCC------AGT--CATCTTTG-C-ACTAC--A---C---AT-CTT--TGA-CATT--G-----AGAAA---ATAAG----A-A-T-TA---AC---T--AGTGTA-----ATAAAATTGAATTTCAGTTGAT-TGCATTTACAC-CTATAAC-AATAT-TATTTTAAA---TTATTGT--GA-AACA-----------------------TCTT---------AAAGA-TCGAACCA--TC-TATGTT--T---AAAAAA-CAT-TAA-GG--ATTGTA--AT---TTGGCATTAAATCAATATAATC--CCTCTCC-C-GCTA--CTGCCCC-AT--CGA
gi|13 : aaacatttaaaacaaaacttagcacttatgtctccttatatttgaattaataatttgtattcagacatcataatcaaacgcttcgtgcactctttctgtaaaatgcaaatgaaaaagagaattaaaaaataaaaatgataaacgtattaaacaatattactcaatgtagggtggaaggtgggggtcgtcgagataaaagcaaattaattatgaaatattgtttttttgtgcagatatatcgactataatctattgaataaaattattcaaaacttacgtttgcaatgtcctcccacattgccttttcttcgcttgacaccttgttgaaaatttttgaactttcgaaaAATAAC-TTAATTA-TATGCTC-TACAA-----CGTTTGAAAGACAAG-AATT-TTTACGCTGGTCATC-AGTCCAGTT--GAGTTTTCCAATT-CTTTGA-CAAGGT-ATAGC--CTC---------T-GAC-ATTTTAg
gi|12 : ccgcgcgtatttatgaataaacattttaaaaacataaacttagtctcctaatattttgaattaaaatttgatattcatgatatcaaagccgtgcactctttctgtaaatgcaatcaaaaaagagaaataaaaaataaaaatgaataaacgataaacaatattactcagtgtaggggggggggcgtccgagataaaagcatgtaattatgaaatagttttgtttttgtgcgagtatatcctatttactattgaataaattatcacaaacttactgtttgccatgcctcccacattgccttttttcgcttgacacatttcggaaaaccttttcgaaaAATAAC-TTAATTA-TATGCTC-TACAA-----CGTTTGAAAGACAAG-AATT-TTTACGCTGGTCATC-AGTCCAGTT--GAGTTTTCCAATT-CTTTGA-CAAGGT-ATAGC--CTC---------T-GAC-ATTTTAtaaact
gi|10 : ccgcgcgtatttatgaataaacattttaaaaacataaacttagtctcctaatattttgaattaaaatttgatattcatgatatcaaagccgtgcactctttctgtaaatgcaatcaaaaaagagaaataaaaaataaaaatgaataaacgataaacaatattactcagtgtaggggggggggcgtccgagataaaagcatgtaattatgaaatagttttgtttttgtgcgagtatatcctatttactattgaataaattatcacaaacttactgtttgccatgcctcccacattgccttttttcgcttgacacatttcggaaaaccttttcgaaaGTAAAGTACATTATTAT-CTTCTACAA-----CGTT-TAAAGACAGT----T-TTTAAGCTATTCATC-AGTCCGGAT--GGG-TTTCCTTTT-CTTTGAAC-AAGT-A--GT--CTC---------C-GAC-ATATTAA--AAACTTAACGAGAA-TAG-AGGGTT--TGCAGA-TGA--CCG-T--ACAGA---TTGATA---TCCGT----TCAT-G---TA-ATTATTC--C----AATT--ATA-CAATCAATACGAAA--------TG-CA-TTTG-----GGGAAAAC--------------------A---CATTTG--GCGG---ACCA-AA-TG-CTGATGA-CG------CATGTTTGT-TTAAT-AC-TG-AA-ATTAAAAG------------------A--------------GAATTTTT--AATTTAAATTA-TTGCTT----ACA-AAAT-TTATTTC------AAAGGTT-----------------GC---C-CAGT--CATTTT-G-C-ACTAC--A---C---AT-TTT--TGA-CACT--G-----A---GCATATAAT----GAA-T-TA---ATA-CT--AGTGTA-----ATAAtaaact
gi|4 : tatatatatataatctattgaataaatttcagcaaacttactgttttgcaatgtcctccaacattgccttcttttttcgcttgacaccttgtcggaaactttccATATGCTC-TACAA-----TGTT-TTAATCATGT-A--T-TT-ACGCTGGTC--C-AGTCCAGTGA-G---TTTCAATT--CTTT-AACCA-TT-ATAAC--CTC---------C-GAC-ATTATAA-CAAATTAA-C-AGAA----TAGAGGT--TA--GT-CGA--CCG----ACAAA---TTTATT---CCTGTATAGCCAC-GACTTA-ATGTGTCTCA----AGT----TA-ACTTT--CATG-CA--------TA-CA-TTTAAAAATTAAAAAAA----AGAAT---ACAAA-AAA---AACTTGGC---------CACAAATG-CTG---A-CG-AG---CATGCTTGG-TTAAT-A-TTG-AA-ATAGAAGAGAAATATTTTATCTT---A--------------TA-----T--AA---AAGT---TTTTTCT---ACA-AAAT-T-ATTGTTAT-TAAAA-GTC---------------CCCCAATCACAGC--CAGTTT-G-C-AGAACG-A---C---AT-T-T--GGA-CATT--A-----G---A---AAAAT----A-A-G-TATATAC--CT--A-TGAAGGTTAATAA---------TCATGTGAT---CAT---AACACTATATC-AAC-TGTATAT-AAA---TTATTTG--AA-AACA-AGT-AGAACTT-AC-ATAA-TATGCT-T-------AAAGA-TCG-ACCAT-TCTAGTA-T--T---AAAAAA-GAT-T-A-AG--GATG-A--A----TT-GCA-TTAA--AATAT-GT---CATCTCCGC-GCTAT-CT--CCC-
gi|5 : attgaaaaaacatttcaaacataaacttatattagtctcctaatttaatatataatttaaattcatatatcaagccgtagcaccctttcataaaatgcaaaagtgacaaaagagaaataaaaataaaaatatacatcggtattaaaccaatattactcaatggaaggtgggggggagggcgattgttcgaatagaaagcatatacagatgtaacttaaatttctgttttgtgcgatatatccatataatctatgaataaattactcacaaactgttttgcaatgtctctctcacattgctttttcgcttgacaccattgtcggaaaaacttttcgaaaatacatatA----ACGTT-TGAAGACAGT-A--TGTTTAAGCTGGTTCATCAGTCCAGTTG-G---GTTCCTTTC-CTTTGAAC-AAGT-Acatcagg
gi|3 : acatcttcccaccgagaagccaatactattacatcgccactcatactctacccTGGTCATC-AGTCCTGTT--GGG-TTTCCTTTT-CTTTGAAC---AT-GTAGC--TTC---------C-GTC-ATTTTAA-CAAATTAAgccaatcccaccacaacacacaatatttacaaactatattaacaacagaaaagatacaaagaagggatatttcgacaagacgacaaacaacaacaccacacaaaatatatatcctttcatcacatatatctcatccaattatacaaatccatacgaaaatagcatgttggggaaaacaacttgggacggatcaaatggctagatgacgcatgtttgaattaatattgaaatcaaaagaattttttattaagagtattgtttacaaaatcttattttgtgaaagggttgcccagtcatcttggcactacatcacattcttgacattgagaaataatgaacaactagtgtggtaattgtcagtgattgaattctatcaattaatttgtgaaacagataaatacactatattttgtaaagatcatttaaaatatttagatttttgatttgttggtattaagacaatatccccgccttctccgctatttcccatcgaggaattggtaataagcaacttaaatttgggggggggggggggggggagtcatatcgccaagtattccaatagaattcagaacagtctgccactgtaatggaatatcattgcaatgaatttcatatgcaaaatattttctttgttaaataaaaaagtatgaatgaataagttacttacttcaaaaactagattatatt
gi|6 : CAGTTCGA---TTTCCAATTCCATTGAACATAGT-ATAGCTACCGGTCACGAAAC-AACTATTTCAA-AATATTAA-CGAGAA-TAGGAGGGTTATTGCAGT-CGAAGCCGACGCGCCAAA--TGTATAATGCCTTTA---TCGT-G---TA-TAGTTGGGTATTCCAATGTTATA-CAATCAATACG-AACCGATATATA-CAATTT------TAACAAACTATTAATATT-TA-AAA-AAATAAAACTTGGTGCGGATTATCATAA-TG-C---TGAT---------ATGC--------ATCGTCTG-AATGTTA---G------------------A--------------TAG----T--GA---AATTAATTTGTT-----ACACAGAT-TTA-TTTGTTGTAAAACGTG---------------TCTC---A-CGATTGTATC-T-G-C-GTCACTAA---CAAAATATCTTATGACCATT--GGAAGAA---A---ATAGTATAAA-A-TATA---AC--TT--AGGTAC-----AT-AA------TTTCAGTTGATCGGCATTTACACAAAATATCAAATAT-TATTTTAAACTTCTATTGTCGAC-AACA-A-T-AGA---TAAC-AATA-ggaatttgcagacgatcatgccacaagtaaatttccgaattctgcggaaatatacacatgtacatgcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcaaaagagctggtgtagcatatttgtttaatgttgaaattaaaagagaattttattgacacgtatttttttttttacaacaattatttgtttagaaggttatatacatacatgtattaccaagtcatcttgcactactcattcttaacattgagaaaatgattaatactagagtgtaataatgtcagttaataacaacaaatacaatatatttttgaaaattaaccactctatgttaaaaacattaaggactgtaattggtattgaaaataccccctgttccgctatctctcaacgaggattggtgtatacactacattttgttgtttgttttgttttttgcggaggttggggtgttttgattttgcataatatcggcttaatctccattagaattagaagcatgtacactattaatggaatatcattaaaatgaagtcatatgcaattttcttatttagaaaatatgaatatataagtattactatatactgttaaaaataactagattaattgttttcataaaagcaggtgttttaaaaaaaaaccttttccagggatttgcaagtcaaccccgggaataacggatgaataggaaaatattatttaagttgtaaacagcatatataaaacgacaaatccatgtatatattgataatacgcatatcacaaacgcata
gi|9 : tgtaacatgaacatagtaatacaaatttcatccttcaatttttcaggtgcgatatatttctattataaaaatctattgaataaattattcacggaaacgttactgttttggcattatgtgccttcccacattggccgcttgtttttgttgactctatccctctcctggtgatcgaaaaacgttttgctccgaaaataaacattaacattatactcctacaacacgtttgaagaccacgaggttacacttcctcatcgcgtggcaccgaatcaccattcccagcttggtTAGC--CTC---------G-GAC-ATTTTAA-CAAATTAA-CGAGAA-TAG-AGGGTT--TGCAGT-CGA--TCG-CG-CCAAA---TTTATA---TCCGT----TCAT-G---TA-ATTTTT--TC----AATG--TTA-CAATCAATACGAAA--------TA-CA-TTT------CAAAAAAT----AAAA---TA-AAATAAAT--AACTTGG-GCGG---ATCA-AA-TG-CTGATGA-CGCAT---TATGTTTG--TTAAGTA-TTGCAA-ATTAAAGAGAGGCAATTTAAATATTTA--------------TA-----T--AA---AAGT-T-TTGTTTA---CCA-AAA--TTA-TTTGTT-TAAAG-GTT-----------------CC---C-CAG---CATC-T-G-CAACTA---A---C---AT-TCT--TGAGCATT--GAGA--A---A---ATAAT----GAA-T-TA---ACAATT--TGTT-A-----AT-AA------TTTCAGCTTA-G--CATT--CAC----TAAC-A-----TA---TAAA---ATATTGT--GACAACACA-T-AG----C-ACTACTACTATCAT-TCTGTGAAAAAGACTCG-GCCATATCTAGTG-TAGTCGAAAAAAA-AAT-TCA-AGACATTGTAGGA----TTGATT-AAACAAAACAT-GTC--CCTCTCC-CAGCCATATT--CCC-GCATCGAGTG--ATTTGT-ATAACAG--ACTTTgta
gi|5 : AA---TATATA---TCCTT----TCATCA---CATATATCTCATCC---AATT--ATACAAATCCATACG-AAAA------TAGCA-TGT------TGGGGAA-------------------AAC---AACTTGGGACGG---ATCA-AA-TGGCTA--GAT-G-ACG--CATGTTTGAATTAAT-A-TTG-AA-ATCAAAAG------------------AATTTTT--------TA-----TT-AA---GAGTA--TTGTTTA----CA-AAATCTTATTTTGTG--AAAGGGTT---------------GCCC------AGT--CATCTT-GGC-ACTAC--ATCAC---AT-TCT--TGA-CATTGAG-----A---A---ATAAT----G-A-A-CA---A---CT--AGTGTG-----GTAAT------TGTCAG-TGAT-TGAAT--------TCTATC-AAT-T--------AA---T--TTGT--GA-AACAGA-TAAA----T-AC-ACTA-TATTTTGT-------AAAGA-T-----CAT---------T--T---AAAATA-T-T-T-A-GA--TTTTTG--ATTTGTTGGTATTAAGACAATAT-CCCCGCCTTCTC-C-GCTAT-TT--CCC-AT--CGAGGA--ATTGGTAATA--AGC-AACTTAAATTTGgattg
gi|3 : acatcttcccaccgagaagccaatactattacatcgccactcatactctacccaacgtttgaagacagtatgtttaagctggttcatcagtccagttgggttcctttcctttgaacaagtagccaatcccaccacaacacacaatatttacaaactatattaacaacagaaaagatacaaagaagggatatttcgacaagacgacaaacaacaacaccacacaa---CATATTTGT-TTAATG--TTG-AA-ATTAAAAG------------------AGAATTT--------TA-----TTGAC---ACGTAT-TTTTTTTTTTACA-ACAA-TTATTT-GTT-TAGAAGGTTATATACATACATGTATTAC---C-AAGT--CATCTT-G-C-ACTAC--T---C---AT-TCT--TAA-CATT--G-----A---G---AAAAT----G-A-T-TA---ATA-CTAGAGTGTA-----AT-AA------TGTCAGTTAATggggggggggggggggggagtcatatcgccaagtattccaatagaattcagaacagtctgccactgtaatggaatatcattgcaatgaatttcatatgcaaaatattttctttgttaaataaaaaagtatgaatgaataagttacttacttcaaaaactagattatatt
gi|19 : tggtcatcagtcctgttgggtttccttttctttgaacatgtagcttccgtcattttaacaaattaaggaatttgcagacgatcatgccacaagtaaatttccgaattctgcggaaatatacacatgtacatgcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcaaaagagctggtgtag---C-CAGT--CATCTT-G-C-ACTAC--A---C---AT-TCT--TGA-CAAT--G-----AGAAA---ATAAT----G-AAT-TA---AC---T--AGTGTA-----CTAA-------TCTCAGTTGATG--CATTTACAC-CTATATC-AATAT-TATTTTAGA---TTATTGT--GA-AACA-A-T-AGA---T-AC-AATA-TATTTT-T-------AAAAA-TCG-ATCAT-TC-TATG-TA-T---AAAAAAACAT-T-AAGG--AATGTA--A----TTGGTA-TTAAACAATAT-GTC--CCTCTCC-C-GCTAT-TTC-CCC-AT--CGA-GGATATTGGT-ATA--AGCAACTTTaacaacaaatacaatatatttttgaaaattaaccactctatgttaaaaacattaaggactgtaattggtattgaaaataccccctgttccgctatctctcaacgaggattggtgtatacactacattttgttgtttgttttgttttttgcggaggttggggtgttttgattttgcataatatcggcttaatctccattagaattagaagcatgtacactattaatggaatatcattaaaatgaagtcatatgcaattttcttatttagaaaatatgaatatataagtattactatatactgttaaaaataactagattaattgttttcataaaagcaggtgttttaaaaaaaaaccttttccagggatttgcaagtcaaccccgggaataacggatgaataggaaaatattatttaagttgtaaacagcatatataaaacgacaaatccatgtatatattgataatacgcatatcacaaacgcata
gi|27 : TTGATG--CATTTACAC-CTATATC-GATAT-TATATTAAA---CTATTGT--GA-AACA-A-T-AAA---T-AC-AATA-CATCTT-T-------AAAGA-TCG-ACCAT-T
gi|3 : T--AATAACA-A-C-AAA---T-AC-AATA-TATTTT-T-------GAAAA-TTA-ACCAC-TC-TATG-T--T----AAAAA-CAT-TAA-GG--ACTGTA--A----TTGGTA-TTGAA-AATAC--CC--CCTGTTC-C-GCTAT-CT--CTCAA---CGA-GG--ATTGGT-GTA--TAC-ACT
gi|28 : tggtcatcagtcctgttgggtttccttttctttgaacatgtagcttccgtcattttaacaaattaaggaatttgcagacgatcatgccacaagtaaatttccgaattctgcggaaatatacacatgtacatgcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcaaaagagctggtgtagcatatttgtttaatgttgaaattaaaagagaattttattgacacgtatttttttttttacaacaattatttgtttagaaggttatatacatacatgtattaccaagtcatcttgcactactcattcttaacattgagaaaatgattaatactagagtgtaataatgtcagtAGA-TCC-ACCAT-TC-TATG-T---------ACA-TGTAT-G-GA--AAAAAA--A----TTGGCA-TTAAACGATAT-GTC--CCTCTCC-C-GCTAT-CT--CCC-acattttgttgtttgttttgttttttgcggaggttggggtgttttgattttgcataatatcggcttaatctccattagaattagaagcatgtacactattaatggaatatcattaaaatgaagtcatatgcaattttcttatttagaaaatatgaatatataagtattactatatactgttaaaaataactagattaattgttttcataaaagcaggtgttttaaaaaaaaaccttttccagggatttgcaagtcaaccccgggaataacggatgaataggaaaatattatttaagttgtaaacagcatatataaaacgacaaatccatgtatatattgataatacgcatatcacaaacgcata
gi|5 : GGGGAGTCATA--TCGC-CAAGT--A--TTC---CAATAGAATTC--AGAA-CA---G----TCTG---CCACTGTAATGGAAT-ATCATTGCAATGAATTTCATATGC----------------AAA----ATATTTTCT-TTGTTAAATAAAAAAGTATGAATGA--A-TAA--GTcat
gi|7 : acatcttcccaccgagaagccaatactattacatcgccactcatactctacccaacgtttgaagacagtatgtttaagctggttcatcagtccagttgggttcctttcctttgaacaagtagccaatcccaccacaacacacaatatttacaaactatattaacaacagaaaagatacaaagaagggatatttcgacaagacgacaaacaacaacaccacacaaaatatatatcctttcatcacatatatctcatccaattatacaaatccatacgaaaatagcatgttggggaaaacaacttgggacggatcaaatggctagatgacgcatgtttgaattaatattgaaatcaaaagaattttttattaagagtattgtttacaaaatcttattttgtgaaagggttgcccagtcatcttggcactacatcacattcttgacattgagaaataatgaacaactagtgtggtaattgtcagtgattgaattctatcaattaatttgtgaaacagataaatacactatattttgtaaagatcatttaaaatatttagatttttgatttgttggtattaagacaatatccccgccttctccgctatttcccatcgaggaattggtaataagcaacttaaatttgggggggggggggggGGGT-TCACA-TTAGC-C---A--A--TTT---CATTAGGATA---ACAAGAGT-TGCACTTCT-----TACT--AAGGAA-T--TCATTGC-ATGAA-TTCATATGCAATTTTTATTTCTTAATAAATTTTTATTTCCTAT-----AATAAAA---TACGAAACGGAA-TAA--ATATTAC---T----AC-CT-TTAA---AGAACT--CTA--T---TTCTT-TGTT-T----AAGAGC------ATGTG--GT-A-G-ATA---A-TCAGTTAAACC----CTCTT------CCT--TTC-CGTGCGGTCATG---TAAAATCA-TGATT---G---CA------AGT--CAA-TCCTGGGAATAGCG-AT----AT----GAAA--TAT-ATTTT---AAAAGTTTTTA---AAA-AG--CAACA-ATAAAACGAC-AATG----TATA---TGA---AA-TT-G--ATTTCATTCAT-A-ACGCATGTGTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAGT-TCCCATTTTAAGAAG----TTTCGATCAGTGAG-CGGAGTTTCGGGTTGGTATTC--TTGTTCACATGCGCATTAATCGC---TTATTT-AAA-CTATAGCCA--GGCATA---TA-TAGTTCAAC----GA--AAG-ATCT--AC--AACTTCAA-GCAACTTA-CGCC-GCT-TCGtacttacttcaaaaactagattatatt
gi|8 : tgtatcatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncTGTCACAATCAGCCT---CCAA--TTTACCCATTAAG-TTCTCAGAAGCA-G-GCACTTCTGTAACT-TT--AATGAAATCATCATTGCAATAA---TCA-AT------------------------TTTATTTTCT-T-----AATAAAAAA-TATGAAACG--AATAA--GTATTAC---T----AC-CT-TTAAA--GA--CT--CT---T---TTGTCCT-TT-T----GAAAGC------ATGCG--AT-A-A-ATA-GTA-TTAGATA--CC----ATTTT------CCTAGTTC-CC-G-GGTCATG---TAA--TCAGTGATT---T-T-CT------AAT--CAACCCC-GGGAATAGCGGAT--GAATT--GGAAAG-TATTCTTCTAA-AA--GTGTT-----AAA-AG--CA-CATATAAAACGAC-AAT-----TATG---TGAT--AATAT-GC-AT----TTCATGA-ATGCAt
gi|3 : agggttATCGGC-T---T--AATCTC---CATTAGAATT---AGAAGCATGTACA---------CTATT--AATGGAAT-ATCATTAAAATGAA-GTCATATG-----------------CAA---TTT-TCTTAT-T-----TAGAAAA---TATGAATAT--A-TAA--GTATT-ACTAT----ATACTGTTAA---AA--ATAACTAGATTAATTGTT-T-TCAT----AAAAGC------AGGTG--TTT-----TA-A-----AAAAAA-AC----CTTTT-----------------------------------CCAGGGATT---TG--CA------AGT--CAACCCC-GGGAATAACGGAT--G-AATAGGAAAA--TATTATT-T---AA--GTTGT-----AAACAG--CA-TATATAAAACGACAAATCCATGTATATATTGAT--AATAC-GC-ATA----TCACAA-ACGCATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagtttttgaaatgatcgggttcgggttgtattctttgcacacgcacacaagtacgttgctaaggacttaagccagggcgtaacttataccaagactaaaatttacgccaagacttacgccgcttcgtgaa
gi|20 : tggtcatcagtcctgttgggtttccttttctttgaacatgtagcttccgtcattttaacaaattaaggaatttgcagacgatcatgccacaagtaaatttccgaattctgcggaaatatacacatgtacatgcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcaaaagagctggtgtagcatatttgtttaatgttgaaattaaaagagaattttattgacacgtatttttttttttacaacaattatttgtttagaaggttatatacatacatgtattaccaagtcatcttgcactactcattcttaacattgagaaaatgattaatactagagtgtaataatgtcagttaataacaacaaatacaatatatttttgaaaattaaccactctatgttaaaaacattaaggactgtaattggtattgaaaataccccctgttccgctatctctcaacgaggattggtgtatacactacattttgttgtttgttttgttttttgcggaggttggggtgttttgattttgcataatAAAA---CATGATACG--AGTAATCG-ATTAAATATTACTAC-CT-TTAATAGAC--CT--AT---T---GTCTC-C-TT-TTGTTGAAAGCCATATAATGTGGTCTCACGCATA-ATATTTAGATAT-CCGCCGCTTGTAGCACGCTTTGTCCGTCCG-GGGAGTGTGTTAA--TCGGTGATTGAATATGCACTTTATAATCACAA-CCCTGGGAATAGCTG----G-ATT--GAAAG--Ta
gi|14 : aagtcatcttgttccatcttataagttcaagag---T---TTTTT-T-TT-T----GAAAGC------ATGTG---------ATACATG-TTAGTTAC-CT----TCTTT------GCGAGTTC-C-TG-GGTAATG---TAA--TCAGTGATT---TGG-CA------AGT--CAACCCC-GGGGATAGC-GATAAA-ATA--GGGAATGTATTATTTTTAAAA--GTTTTTTTAAAAA-AGATTA-AA-TTCAAACTAC-AAT-----TA-A---TCAT------T-GCTA------TCATGA-ACGCATGTGTTGCCTCC
gi|24 : atttttatcttatatatgatttctttcggaataaaaaattgatttaaagaatagacttacaccttcttaaaaaacctaggaattaattgC----CTTTT------CCTAGTTC-C-TG-AGTCATG---AAA--TCAGTGATT---T-T-CA------AAT--CAA-CCCCGGGAATAGCGGAT--GAATT--GGAAAG-TATTATT-T---AA--GTTTT-----AAA-AG--CA-CATATAAAACAAC-acctctttatctctccctctctatcacactgtatgtatagttttgaagtgatcggttcgggtcgttttgtttgcat
gi|21 : ---AA--GTTTT-----AAA-AG--CA-CA-TTAAAACTAC-AAT-----TATA---T-ATTGAA-ATAGC-A-----ATCAGGAGACGCATGCGTTGCC
gi|22 : -----TAT----TGAT--AATAT-GC-ATC---T-CATGA-AGGCATGCGTTGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATA-------------TTTAAG--T----TTTGGA--AGT-GATCG--GGCTCCGATT-GTTTGT--TT-TGCACATGTGTACATG-CACGTT--GTCA-AGG-GG-T------GGTCGTAACTTA-TA---C-CCA---GACTAAA-ATTT--AC--G---CCAA-G--ACTTA-CGCC-ACT-ttccaccctctctatctcctccttctctccaacaattttattaagtttgaagtgatcaggttcgggttgtttcaatgtccacatgcgtatagcacgtttcaaagacttccggtataatttatcccagagtcaaattttaacggcaaagactgatgccccttctgaa
gi|25 : --GTATCCCATTTTAAG--T----TTTTGA--AGT-GATCG--AGTTCGGGTT-GTATTC--TT-CGCACATGCGCATGAGT-ACG--TTGTTA-AGG-CG-TAAtatgaa
gi|14 : cctcctctctcTATCACACTGTATG--TATAGTTTTGA--AGT-GATCG--G-TTCGGGTC-GTTTTG--TT-TGCActtat
gi|23 : atttttatcttatatatgatttctttcggaataaaaaattgatttaaagaatagacttacaccttcttaaaaaacctaggaattaattgttttttttttgaaagcatgtgatacatgttagttaccttctttgcgagttcctgggtaatgtaatcagtgatttggcaagtcaaccccggggatagcgataaaatagggaatgtattatttttaaaagtttttttaaaaaagattaaattcaaactacaattaatcattgctatcatgaacgcatgtgttgcctccacctctttatctctccctctcATTTTAAG--T----TTTTGA--AGT-GATCG--GGTTCGGGTT-GTATTC--TT-TACACATGCGCATAAGT-ACGTT--GTTA-AGGACT-TAAGCCAGGGCGTAACTTA-TA---C-AA----GACTAAA-ATTT--AC--G---CCAA-G--t
gi|21 : TTAAG--------TTTGA--AGT-GATCA--GGTTCGGGTT-GT-TTCAATG-TCCACATGCGTATAG--CACGTTTCA--A-AGA-CT-T---C--CGGTATAATTTA-TC---C-CA----GAGTCAA-ATTTTAACG-G---CAAA-G--ACTGA-TGCC-CCT-TC
gi|8 : aagttttaaaagcacattaaaactacaattatatattgaaatagcaatcaggagacgcatgcgttgccttccaccctctctatctcctccttctctccaacaattttaAAG--T----TTTTGA--AAT-GATCG--GGTTCGGGTT-GTATTC--TT-TGCACACGCACACAAGT-ACGTT--GCTA-AGGACT-TAAGCCAGGGCGTAACTTA-TA---CCAA----GACTAAA-ATTT--AC--G---CCAA-G--ACTTA-CGCC-GCT-TCGtgaa
gi|26 : agggtttgtcacaatcagcctccaatttacccattaagttctcagaagcaggcacttctgtaactttaatgaaatcatcattgcaataatcaattttattttcttaataaaaaatatgaaacgaataagtattactacctttaaagactcttttgtccttttgaaagcatgcgataaatagtattagataccattttcctagttcccgggtcatgtaatcagtgattttctaatcaaccccgggaatagcggatgaattggaaagtattcttctaaaagtgttaaaagcacatataaaacgacaattatgtgataatatgcatttcatgaatgcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTGTTACAGGACT-TATGCAGGAGCGTAACTTATTA---C-CCAAGAGACTAAATATTT--ACATG---CCAAGG--ACTTAGCGCCAGCTATCGtgaa
gi|30 : TTA-TA---C-CCT---GACTAAA-ATTT--AC--G---CCAC-A--ACTTA-CGCC-ACT-TCGCta
6 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): CTATATCAAGTCCTCCTAATACTGTTGAATTAAATAATGGGTTCGATATTTCATATATCAAATAAGCCTGTGCACCTCTTTCTGTAATAGGGATTGCCAAAAATAGGAAAAAGAGAATAAAAAGTGATAACTCAGTATTAATGAACAAATAGTTCAAAAGGAGAATTTATACTGTCAATGATGGAGTTTGGGTAGTGTTTCCGTCGATAACAAAATTGCAAAGTACATGTAAGTTATGAAAACTTGTTTTGTTTTGTTGCGAATAGTATCTACTTATATTAACTATTATTTGATAAATATTGATCCAAACTTGTCTTTGCATGTCTCAAGAGTAAATATCTTATTTCCACATTGCCTTTTTTGTATTACGCTTTGACATCCTTTGTCGGAAACTTTTCGAAAGTATTGGAACAATGGGGGAGGGGGATTATATGCTCTAACAACGCTTGTTGAAATACCGAGTAAGTTATTTGACAGGCTGG
Unaligned ( gi|15 ): CCCCCAGTCGGATTTATGAAAATAAACATTTAAAACTAAACTTAGTAACACCTATATTTGAATAAATAATATTGATATTCTATATCAAAGCCGTGCTTTATCTGTAAAATTGCAAATGAAAAAGAGAATACGAATTAAAAAATGATAAGTGTATAAACAATAATACACAATGTAGGGTTGGGGGGGTGTGAGATAAAAGCATATAATATAATAGTTTTTTGTTTTGTGGCGAACATATCTATTCTAATCTATTGAATAAAATTATCACAAAACTACTGTTTGCAAATGGTCCTCCCATTGCCTTTTTTTTCGCTTTGACACCTTCTCGAAAACTTTTCGAAA
Unaligned ( gi|16 ): TAGAGATTAATAAGTGATATAGACGGTATTATTTGGTGGTGGCGGGAGGGGGCGAGAGCCGTCGCTGCTATTTGATAGTGCTGTTTTTGTGCGATAATACTCTATTATAAATGCTTCTTGATATAAAAAGTATCAACACCTTACTGTTTTGCAATGCCACTCCACCCATTGCCTTTTTTTCCGCTTGACACATTGTCGGAAAATCTTTTCGAAAATAACATTATTATATGCTCTACAGACGTTATATATGAATGAGTACAGAAATTTTTCACTGCTTGGTCATTTCACAATGTCCAGTTTGAAGTTTTTCAAATTCTTTGAACAAGTT
Unaligned ( gi|17 ): TAGAGATTAATAAGTGATATAGACGGTATTATTTGGTGGTGGCGGGAGGGGGCGAGAGCCGTCGCTGCTATTTGATAGTGCTGTTTTTGTGCGATAATACTCTATTATAAATGCTTCTTGATATAAAAAGTATCAACACCTTACTGTTTTGCAATGCCACTCCACCCATTGCCTTTTTTTCCGCTTGACACATTGTCGGAAAATCTTTTCGAAAATAACATTATTATATGCTCTACAGACGTTATATATGAATGAGTACAGAAATTTTTCACTGCTTGGTCATTTCACAATGTCCAGTTTGAAGTTTTTCAAATTCTTTGAACAAGTT
Unaligned ( gi|18 ): CCCCTCGGTATTTACATAGTATATGAAATAAACATTGAAAACATATATTTAGCATCCAATATTTGAAGTAATAATTTGATGTTCATATATGAAAGACATGCACTCTTTCTTTTAATTGCAAATGAACAAGAGAATACAAATATAAATGGGAAAGGTATGATAACCACATTAAACAATATTACTCAATTGGTGGGGGAAAGGGGGGGGGGGGGTCGTCAGATGAATTCAGCGTTTGATTATAAAAACAGTTTTGTTTTGTTCGAATAT
Unaligned ( gi|29 ): ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 11111 2222222 11111 3333333333 11 11 1111 222222 111 33333333333 11111 222222222 1111111 333333333333333333 2222 333333333333333333333333333 1111 2222222222 1 222222 444444444444444444444444444 1 1111 44444444444 22222222222222222222222222222222222 22 1 444444444444444444 111111 33333 111111 11111 11111 2222222 2222 111 1111 1111111 1 2222222 2 1111 111111 11 11 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 2222222222 111 222 222 111 22 333333333333333333333 222222222222 33333333333333333333 111111 4444444444444444444444 111 111111 3333333333333333 1111 111111 111111 222222222222222 2 1111111111 11 111 22222 11 222222222222 11 111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111111 11 222 33333333 222222 1 111111
lowQualScore : 7 9 4 4 4 4 4 55 8 4 00000 777 0000000 55555 55 4 5555555555 4 1 33 7 4 4 11 7777 555555 333 3 666 55 4 777 55555555555 5 22222 888888 55 555 000000000 1111111 5 5 55 000000000000000000 888 66 0 5 5 2 0000 666666666666666666666666666 5 0000 5 6666666666 77 1 5 222222 444444444444444444444444444 5 1 5 7777 5 99999999999 5 88 5 5 5 2 22222222222222222222222222222222222 888 00 55 9999 5 0 3 5 555 333333333333333333 66 222222 555 8 4 55 777 777 4 66 8 44444 777 2 999999 4 88888 66 11111 4 5555555 0 1 0 2222 2 555 2 4 99 2 777 777 5 8 4 8 4 2222 4 4 1 4 2 5 6666666 4 4 4 0 5 2222222 888 0 66 1 0 66 5555 1 333333 66 66 5 5 5 66 66 1 0 8 8 3 99 4 3 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 2 0 1 9999999999 444 333 111 0 222 22 5 88 0 999 555555555555555555555 777777777777 5 5 11111111111111111111 33 333333 5 5 77 77 6666666666666666666666 9 111 1 6 6 9999 999999 1 4444444444444444 1 7 2222 666666 5 5 77 5 5 0 666666 555555555555555 5 9 1 7 4444444444 99 7 777 77 22222 5 77 5 00 5 000000000000 5 333 00 000 5 2 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111111 66 0 888 5 3 66 5 22 444 5 4 2 55555555 5 4 5 555555 0 66 222222 5 66 5 5 5
lowQualScore : . . . . . . . .. . . ..... ... ....... ..... .. . .......... . . .. . . . .. .... ...... ... . ... .. . ... ........... . ..... ...... .. ... ......... ....... . . .. .................. ... .. . . . . .... ........................... . .... . .......... .. . . ...... ........................... . . . .... . ........... . .. . . . . ................................... ... .. .. .... . . . . ... .................. .. ...... ... . . .. ... ... . .. . ..... ... . ...... . ..... .. ..... . ....... . . . .... . ... . . .. . ... ... . . . . . .... . . . . . . ....... . . . . . ....... ... . .. . . .. .... . ...... .. .. . . . .. .. . . . . . .. . . ...................................................................................... . . . .......... ... ... ... . ... .. . .. . ... ..................... ............ . . .................... .. ...... . . .. .. ...................... . ... . . . .... ...... . ................ . . .... ...... . . .. . . . ...... ............... . . . . .......... .. . ... .. ..... . .. . .. . ............ . ... .. ... . . ........................................................................ ....... .. . ... . . .. . .. ... . . . ........ . . . ...... . .. ...... . .. . . .
lowQualScore : 3 4 4 0 0 0 0 55 0 0 00000 000 8888888 00000 55 0 9999999999 0 3 55 3 0 0 00 0000 111111 999 6 444 55 0 000 00000000000 0 55555 555555 44 111 000000000 5555555 0 0 88 666666666666666666 888 99 5 0 0 5 0000 000000000000000000000000000 7 3333 7 6666666666 99 4 7 111111 444444444444444444444444444 7 4 7 9999 7 77777777777 0 44 0 0 0 4 66666666666666666666666666666666666 888 11 88 1111 0 0 2 6 222 444444444444444444 11 888888 333 9 4 66 888 888 4 11 9 44444 888 2 999999 4 00000 11 11111 4 6666666 4 9 8 0000 4 888 2 4 33 1 888 888 0 9 4 9 4 3333 4 4 9 4 2 0 2222222 4 4 4 0 0 9999999 888 0 99 0 4 99 6666 0 444444 44 99 0 0 0 99 99 7 7 0 0 2 00 7 0 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 5 6 4 2222222222 000 888 222 8 222 00 6 88 8 444 333333333333333333333 444444444444 7 7 66666666666666666666 11 333333 7 7 99 99 3333333333333333333333 8 777 0 7 7 3333 222222 0 7777777777777777 0 5 1111 444444 1 7 99 7 7 7 000000 111111111111111 7 3 7 9 0000000000 33 3 999 99 11111 7 99 7 00 7 111111111111 0 000 00 000 7 8 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 5555555 99 1 222 0 6 99 0 99 111 0 5 0 22222222 0 4 0 000000 0 99 666666 0 99 7 7 7
consensus : NAATAACATTAATTA-T-A-TGCTC-T-AC--A-A-C-----GT---T-----TGAA--AG-AC--A-G-----T-A--T-TTTAC--GC-TGGT-C-A--TCA----GTCCAGTTGGG----TTTCCAATTCT-TTGAACAAGGTATAGCC--T-CCG---AC-----------ATTTTAA-CAAA-----TTAA-CGA--GAA-TA-G-A---------GGG----T--TTG-CA-GT-CGA--C---------C--GCGACA---AA--TTTAT-AT-CCGT----CCATG---TA-------ATNTTTC-TCA----A-TG--ATACAA-TCAATACG-A--------A--TA-C-ATTT------TAAAAAACAA--AA----T--A---AAA-A----AA-AACTTGG-G-CGGATCA----AATG-CTG-TGATCG-AC-CAT-GTTTGT-TTAAT-A-TTG-AAATTAAAGG-A---A--T-A--T----A------TA-----T--AA---AAGTNNTTGTTTT---ACA-AAAT-TTATTTTGTT-TAAAAGGTT---------------TCCCCCAGT--CAT------C-T-TG-C-ACTAC-A---C---AT-TCT--TGA-CATTG-GA--AA---ATAAT----G-AT-TA-AC-ACT--AGTG-----TA-ATA------AATTTCAGTTGAT-G-GCATTTACAC-CTATATC-AATATTATTTT---AAA---TTATTGT-GA-AA-CA-A-TAGA---T-AC-AATA-TATCTT-T-------AAAGA-TCG-ACCAT-TCTA-TG-T--T---AAAAAACAT---TAAGG--ANTGTA--A----TTGGCATTAA-A-C--AATAT-GTC--CCTCTCC-C-GCTAT-CT--CC--CATCGAGGG-ATTGGT-ATAAGCA-ACTTTNAATNTGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATGGGGTGTCACAATCGGCC---T---A--TT---CCATTAGGAT-TCAGAAGCATGTGCACTTCTGCTACT-TAATGGAAT-ATCATTGCAATGAA-TTCATATGCAA-----ATTTATT------TTCTT-----A------ATAA-AAAA-TATGA----AACG--A---------TAAGTATT-ACTATAC-CT-T--TA--A----A--A---CT---------CTATT---TNTT-T-T--T-TGAAAGC------ATGTGNT-----ANATAAT--A-TTAGATAACC----CTTTT------CCTAGTT-C--C-CG-GGTCATG---T--AATCAGTGATT---TGT-CA------AGTCA-A-CCCCGGGAATAGCGGAT--G-A-TT--GGAAA--TATTATTTT---AA--GTTTT-----AAA-AG--C-ACATATAAAACGAC-AAT-----TATA---TGATAATATGCAT-NTCAT---GA-ACGCATGCGTTGCCTCC-TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAT---GTATCCCATTTTAAG--T----TTTTGA--AGTGATCGGG--TTCGGGTT-GTATTC--TT-TGCACATGCGCATAAGTCACGTTTTGTTA-AGGACTTAAG-C-AGG-GCGTAACTTA-TA-CC-C----GACTAAA-ATTT--AC--G---CCAA-G--ACTTA-CGCC-GCT-TCGC
Reference ( family-1460 ) : NAATAACGTTAATTA-T-A-TGCTC-T-AC--A-A-C-----GT---T-----TNAA--AG-AC--A-G-----T-A--T-TTTAC--GC-TGGT-C-A--TCA----GTCCAGTTGGG----TTTCCANTTCT-TTGAACAAAGTATAGCC--T-CCG---AC-----------ATTTTAA-CAAA-----TTAA-CGA--GAA-TA-G-A---------GGG----T--TTG-CA-GT-CGA--C---------C--GCGACA---AA--TTTAT-AT-CCGT----TCATG---TA-------ATNTTTC-TNA----A-TG--ATACAA-TCAATACG-A--------A--TA-C-ATTT------TAAAAAACAA--AA----T--A---AAA-A----AA-AACTTGG-G-CGGATCA----AATG-CTG-TGATCG-AC-CAT-GTTTGT-TTAAT-A-TTG-AAATTAAAGG------------------A------TA-----T--AA---AAGTAATTGTTTT---ACA-AAAT-TTATTTTGTT-TAAAAGGTT---------------TCCCCCAGT--CAT------C-T-TG-C-ACTAC-A---C---AT-TCT--TGA-CATTG-----AA---ATAAT----G-AT-TA-AC-ACT--AGTG-----TA-ATA------AATTTCAGTTGAT-G-GCATTTACAC-CTATATC-AATATTATTTT---AAA---TTATTGT-GA-AA-CA-A-TAGA---T-AC-AATA-TATCTT-T-------AAAGA-TCG-ACCAT-TCTA-TG-T--T---AAAAAACAT---T-AGG--ANTGTA--A----TTGGCATNAA-A-C--AATAT-GTC--CCTCTCC-C-GCTAT-CT--CC--CATCGAGGG-ATTGGT-ATAAGC--ACTTTAAATTTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGGGTGTCACAATCGGCC---T---A--TT---CCATTAGGAT-TCAGAAGCATGTGCACTTCTGCTACT--AATGGAAT-ATCATTGCAATGAA-TTCATATGCNA-----ATTTATT------TTCTT-----A------ATAA-AAAA-TATGA----AACG--A---------TAAGTATT-ANTATAC-CT-T--TA--A----A--A---CT---------CTATT---TNTT-T-T--T-TGAAAGC------ATGTGNT-----AGATAAT--A-TTAGATANCC----CTTTT------CCTAGTT-C--C-TG-GGTCATG---T--AATCAGTGATT---TGT-CA------AGTCA-ACCCCCGGGAATAGCGGAT--G-A-TT--GGAAA--TATTATTTT---AA--GTTTT-----AAA-AG--C-ACATATAAAACGAC-AAT-----TATA---TGATAATATGCAT-TTCAT---GA-ACGCATGCGTCGCCTCC-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAT---GTATCCCATTTTAAG--T----TTTTGA--AGTGATCGGG--TTCGGGTT-GTATTC--TT-TGCACATGCGCATAAGTCACGTTTTGTTA-AGGACTTAAG-C-GGG-GCGTAACTTA-TA-CC-C----GACTAAA-ATTT--AC--G---CCAA-G--ACTTA-CGCC-GCT-TCGC
gi|1 : AGTAACATTTATTAAT-A-TGCTCCT-GC--A-AGC-----GT---T------GAA--AG-AC--G-G-----T-A--T-TTTAC--GC-TGGC-C-A--ATA----GTCCAGTTG------TTTCCAAT-CT-TTGAACTAAGTATAGCC--T-GCG---AC-----------ATTTTAA-CAAA-----TTAAACGA--GAAATA-ATA---------GGG----T--TTG-C--GT-CGA--C---------C--GCGGCC---AA--TTTAT-AT-CTTT----CCATG---TA-------ATTTTTCGTAA----A-TG--ATAAAA-TCAACACG-A--------A--TA-C-ATTT------TAAAAAACAA--AA----TTTA---AAA-A----AA-AACTTGGCG-CGGGTCAT---AATG-CTG-TGATCG-GC-CAT-GTTTGT-TTAATCACTTG-AAATTAAAGG------------------A------TA-----T--AA---AAGTGGCTGTTTA---ACA-AAAT-TTATTTTGTT-TAAAATGTT---------------TCCCCCAGT--CAT------C-T-TG-C-ATTAC-A---C---AT-TCT--TGA-CGTTG-----AA---ATAAT----G-AT-TA-AC--CT--AGTG-----AA-ATA------AATTTCAGTTGAT-GTCCATTTCCAC-CTTTATC-AAT-TTATTTT---AAA---TTATTGT-AA-AA-CA-A-TAG----T-AC-AATA-TATCTT-T-------AAAGA-TCG-ACCAT-TCAA-TG-T--T---AAAAAACGT---T-AGG--ATTGTA--A----TTGGCAAAAA-A-C--AATAT-GTC--CCTCTCC-C-GCTAT-CT--CC--CA-CGATGG-ATTGGT-ATAAGC--ACTTTTAATGTGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATGGGGTGTCACAATCCGCT---C---A--TT---TCATTAGGAT-T-AGAAGCATGTGCACTTCTGCTATT--AAGGAAAT-ATCATTGCTATGAA-TTCATATGCCA-----ATTTATT------TTCTT-----A------AT---AAAA-TATGA----AACG--A---------TAAGTATTAAGTATAT-CT-T--TA--A----G--C---CT---------CT-TT---TGTC-T-T--T-TGAAAGC------ATGTGTTC----AGATAGT--A-TTAGATAACC----CTTTT------CCTAGTTCC--C-TG-GGTCATG---T--AACCAGTGATT---TAT-CA------AATCG-A--CCCGGAAATAGCGGAT--G-A-TT--GGAAA--TATTATTGT---AA--GTTTT-----AAA-AG--C-ACA-ATAAAACGAC-AAT-----TATA---TGATAA-ATGCATCTTCAT---GA-ATGCATGTGTTGCCGCCTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT---GTATCCCATTTTAAG--T----TTTTGA--AGTAA-CGGT--TTCGGGTT-GTATTC--TT-TGCACATGCGCATAAGTCACGTTTTGTTA-AGG-CTTAAG-CAGGG-GCGTAACTTA-TA-CA-C----GATTAAA-ATTT--AC--G---CCAA-G--ACTTA-CGCC-GCT-TCGC
gi|10 : tATTA-TTA-TCTTC-T-AC--A-A-C-----GT---T-----T-AA--AG-AC--A-G-----T----T-TTTAA--GC-TATT-C-A--TCA----GTCCGGATGGG----TTTCCTTTTCT-TTGAACAAG---TAGTC--T-CCG---AC-----------ATATTAA-AAAC-----TTAA-CGA--GAA-TA-G-A---------GGG----T--TTG-CA-GA-TGA--C---------C--GT-ACA---GA--TTGAT-AT-CCGT----TCATG---TA-------ATTATTC--CA----A-TT--ATACAA-TCAATACGAA--------A--TG-C-ATTTG-----GGGAAAACAC--A---------------------------TTTG-G-CGGACCA----AATG-CTGATGA-CG----CAT-GTTTGT-TTAAT-A-CTG-AAATTAAAAG------------------A------GAATTTTT--AATTTAAATTATTG-CTT---ACA-AAAT-TTATTTC------AAAGGTT-----------------GCCCAGT--CAT------T-T-TG-C-ACTAC-A---C---AT-TTT--TGA-CACTG-----AGCATATAAT----GAAT-TA-AT-ACT--AGTG-----TA-ATA------At
gi|11 : tatatatatataatctattgaataaatttcagcaaacttactgttttgcaatgtcctccaacattgccttcttttttcgcttgacaccttgtcggaaactttccgtaaagtacATTA-T-A-TGCTC-TAAC--A-A-C-----GCTTGT-----TGAA--AT-ACCGA-GTAAGTT-A--T-TTGACAGGC-TGG
gi|12 : ctatatcaagtcctcctaatactgttgaattaaataatgggttcgatatttcatatatcaaataagcctgtgcacctctttctgtaatagggattgccaaaaataggaaaaagagaataaaaagtgataactcagtattaatgaacaaatagttcaaaaggagaatttatactgtcaatgatggagtttgggtagtgtttccgtcgataacaaaattgcaaagtacatgtaagttatgaaaacttgttttgttttgttgcgaatagtatctacttatattaactattatttgataaatattgatccaaacttgtctttgcatgtctcaagagtaaatatcttatttccacattgccttttttgtattacgctttgacatcctttgtcggaaacttttcgaaagtattggaacaatgggggagggggAATAAC-TTAATTA-T-A-TGCTC-T-AC--A-A-C-----GT---T-----TGAA--AG-AC--A-A-----G-AATT-TTTAC--GC-TGGT-C-A--TCA----GTCCAGTTGAGT---TTTCCAATTCT-TTG-ACAAGGTATAGCC--T-CTG---AC-----------ATTTTA
gi|13 : ccgcgcgtatttatgaataaacattttaaaaacataaacttagtctcctaatattttgaattaaaatttgatattcatgatatcaaagccgtgcactctttctgtaaatgcaatcaaaaaagagaaataaaaaataaaaatgaataaacgataaacaatattactcagtgtaggggggggggcgtccgagataaaagcatgtaattatgaaatagttttgtttttgtgcgagtatatcctatttactattgaataaattatcacaaacttactgtttgccatgcctcccacattgccttttttcgcttgacacatttcggaaaaccttttcgaaaAATAAC-TTAATTA-T-A-TGCTC-T-AC--A-A-C-----GT---T-----TGAA--AG-AC--A-A-----G-AATT-TTTAC--GC-TGGT-C-A--TCA----GTCCAGTTGAGT---TTTCCAATTCT-TTG-ACAAGGTATAGCC--T-CTG---AC-----------ATTTTAtaaact
gi|14 : ccgcgcgtatttatgaataaacattttaaaaacataaacttagtctcctaatattttgaattaaaatttgatattcatgatatcaaagccgtgcactctttctgtaaatgcaatcaaaaaagagaaataaaaaataaaaatgaataaacgataaacaatattactcagtgtaggggggggggcgtccgagataaaagcatgtaattatgaaatagttttgtttttgtgcgagtatatcctatttactattgaataaattatcacaaacttactgtttgccatgcctcccacattgccttttttcgcttgacacatttcggaaaaccttttcgaaaATATG--------ATTT-CT------TTCGG-----A------ATAA-AAAA-T-TGATTTAAAGA--A---------TAG--ACT---TACAC-CT-TCTTA--A----A--AAACCTAGGAATTAATTGTT---TTTT-T-T--T-TGAAAGC------ATGTGAT-----ACATG------TTAGTTACCT----TCTTT------GCGAGTT-C--C-TG-GGTAATG---T--AATCAGTGATT---TGG-CA------AGTCA-A-CCCCGGGGATAGC-GATAAA-A-TA--GGGAATGTATTATTTTTAAAA--GTTTTTTTAAAAA-AGATT-AAAT-TCAAACTAC-AAT-----TA-A---TCAT----TGC-T-ATCAT---GA-ACGCATGTGTTGCCTCC-taaact
gi|14 : atttttatcttatTATCACACTGTATG--TATAGTTTTGA--AGTGATCGG---TTCGGGTC-GTTTTG--TT-TGCAacctctttatctctccctctctatcacactgtatgtatagttttgaagtgatcggttcgggtcgttttgtttgcat
gi|16 : atttttatcttatatatgatttctttcggaataaaaaattgatttaaagaatagacttacaccttcttaaaaaacctaggaattaattgttttttttttgaaagcatgtgatacatgttagttaccttctttgcgagttcctgggtaatgtaatcagtgatttggcaagtcaaccccggggatagcgataaaatagggaatgtattatttttaaaagtttttttaaaaaagattaaattcaaactacaattaatcattgctatcatgaacgcatgtgttgcctccacctctttatctctccctctcAATAACATTA-TTA-T-A-TGCTC-T-AC--AGA-C-----GT---TATATATGAATGAGTAC--A-GAAA--T-T--T-TTCACT-GCTTGGT-C-ATTTCACAATGTCCAGTTTGAAGTTTTTCAAATTCT-TTGAACAAt
gi|17 : tagagattaataagtgatatagacggtattatttggtggtggcgggagggggcgagagccgtcgctgctatttgatagtgctgtttttgtgcgataatactctattataaatgcttcttgatataaaaagtatcaacaccttactgttttgcaatgccactccacccattgcctttttttccgcttgacacattgtcggaaaatcttttcgaaAATAACATTA-TTA-T-A-TGCTC-T-AC--AGA-C-----GT---TATATATGAATGAGTAC--A-GAAA--T-T--T-TTCACT-GCTTGGT-C-ATTTCACAATGTCCAGTTTGAAGTTTTTCAAATTCT-TTGAACAAgtt
gi|19 : tagagattaataagtgatatagacggtattatttggtggtggcgggagggggcgagagccgtcgctgctatttgatagtgctgtttttgtgcgataatactctattataaatgcttcttgatataaaaagtatcaacaccttactgttttgcaatgccactccacccattgcctttttttccgcttgacacattgtcggaaaatcttttcgaaCCAGT--CAT------C-T-TG-C-ACTAC-A---C---AT-TCT--TGA-CAATGAGA--AA---ATAAT----GAAT-TA----ACT--AGTG-----TA-CT-------AATCTCAGTTGAT---GCATTTACAC-CTATATC-AATATTATTTT---AGA---TTATTGT-GA-AA-CA-A-TAGA---T-AC-AATA-TATTTT-T-------AAAAA-TCG-ATCAT-TCTA-TG-TA-TA--AAAAAACAT---TAAGG--AATGTA--A----TTGGTATTAA-A-C--AATAT-GTC--CCTCTCC-C-GCTAT-TTC-CC--CATCGAGGATATTGGT-ATAAGCA-ACTTTgtt
gi|2 : AATAACATTA-TTA-G-AATGCTC-T-AC--A-A-CTTAACGT---T-----TGAA--AG-AC--A-G-----TTA--T-TTTAC--GC-TGGT-CCA--TCA----GTC-AGTTG---------------------AACAAGTTATAGCC--TTCCG---A------------ATTTTAAACAAA-----TTAA-CG---GAA-TA-G-A---------GGG----T--TGA-CA-GTGCGA--C---------C--AC-ACA---AAAATTT-T-AT-CCTT----CCATG---T----------------TAC----A-TG---TACAA-TCAATACG-A--------A--GAAC-ATA--------AAAAAATAA--AAATATT--A---AAA-A----AA-ACCTGGG-G-CGGATCA----AATG-C---TGATGGCACGCAT-GTTTAT-TTAAT-A-TTG-GCATAAAAGGAAAAAAAATCATAT----A------TA-----T--AC---ATGTTAATGTTTT----CA-AAATATTATTTT-TT-TAAAAGGTT---------------T--CCCAGT--CAT------CTT-TG-C-ACTAC-A---C---AT-CTT--TGA-CATTGAGA--AA---ATAAG----A-AT-TA----ACT--AGTG-----TA-ATAAAATTGAATTTCAGTTGAT-T-GCATTTACAC-CTATAAC-AATATTATTTT---AAA---TTATTGT-GA-AA-C----------------------ATC-T-T-------AAAGA-TCGAACCA--TCTA-TGTT--T---AAAAAACAT---TAAGG--ATTGTA--AT---TTGGCATTAA-ATC--AATATAATC--CCTCTCC-C-GCTA--CTGCCC--CATCGAG
gi|20 : aaacatttaaaacaaaacttagcacttatgtctccttatatttgaattaataatttgtattcagacatcataatcaaacgcttcgtgcactctttctgtaaaatgcaaatgaaaaagagaattaaaaaataaaaatgataaacgtattaaacaatattactcaatgtagggtggaaggtgggggtcgtcgagataaaagcaaattaattatgaaatattgtttttttgtgcagatatatcgactataatctattgaataaaattattcaaaacttacgtttgcaatgtcctcccacattgccttttcttcgcttgacaccttgttgaaaatttttgaactttcgaaaTC-----A------AGAG-AAAA-CATGA----TACG--AGTAATCGATTAAATATT-AC--TAC-CT-T--TAATA----G--A---C----------CTATTGTCTCCT-T-TTGT-TGAAAGCCATATAATGTGGTCTCACGCATAAT--ATTTAGATATCCGCCGCTTGTAGCACGCTTTGTC-CGTC-CG-GGGAGTGTGTT--AATCGGTGATTGAATATGCACTTTATAATCACAACCCTGGGAATAGCTG----G-A-TT--GAAAG--T
gi|21 : aagtcatcttgttccatcttataagt---AA--GTTTT-----AAA-AG--C-ACAT-TAAAACTAC-AAT-----TATATATTGA-AATA-GCA--ATCAG---GAGACGCATGCGTTGCCTTC-
gi|21 : TTAAG--T----TT--GA--AGTGATCAGG--TTCGGGTT-GT-TTCAATG-TCCACATGCGTATAG--CACGTT---TCA-AAGACTT----C--CG-GTATAATTTA-TC-CC-A----GAGTCAA-ATTTTAACG-G---CAAA-G--ACTGA-TGCC-CCT-TCcaccctctctatctcctccttctctccaacaattttattaagtttgaagtgatcaggttcgggttgtttcaatgtccacatgcgtatagcacgtttcaaagacttccggtataatttatcccagagtcaaattttaacggcaaagactgatgccccttctgaa
gi|22 : aagttttaaaagcacattaaaactacaattatatattgaaatagcaatcaggagacgcatgcgttgccttccaccctctctatctcctccttctctccaacaatttta-----TAT----TGATAATATGCAT-CTCAT---GA-AGGCATGCGTTGCNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAT-------------TTAAG--T----TTTGGA--AGTGATCGGG--CTCCGATT-GTTTGT--TT-TGCACATGTGTACATG-CACG--TTGTCA-AGGGGT--------GG-TCGTAACTTA-TA-CC-CA---GACTAAA-ATTT--AC--G---CCAA-G--ACTTA-CGCC-ACT-tgaa
gi|23 : ATTTTAAG--T----TTTTGA--AGTGATCGGG--TTCGGGTT-GTATTC--TT-TACACATGCGCATAAGT-ACG--TTGTTA-AGGACTTAAGCC-AGG-GCGTAACTTA-TA-CA-A----GACTAAA-ATTT--AC--G---CCAA-G--tatgaa
gi|24 : C----CTTTT------CCTAGTT-C--C-TG-AGTCATG---A--AATCAGTGATT---T-T-CA------AATCA-A-CCCCGGGAATAGCGGAT--GAA-TT--GGAAAG-TATTA-TTT---AA--GTTTT-----AAA-AG--C-ACATATAAAACAAC-
gi|25 : ---GTATCCCATTTTAAG--T----TTTTGA--AGTGATCGAG--TTCGGGTT-GTATTC--TT-CGCACATGCGCATGAGT-ACG--TTGTTA-A--------------G-GCGTAACTTA-T
gi|26 : cctcctctctcTTGTTACAGGACTTATG-C-AGGAGCGTAACTTATTA-CC-CAAGAGACTAAATATTT--ACATG---CCAAGG--ACTTAGCGCCAGCTATCG
gi|27 : TTGAT-G--CATTTACAC-CTATATC-GATATTATATT---AAA---CTATTGT-GA-AA-CA-A-TAAA---T-AC-AATA-CATCTT-T-------AAAGA-TCG-ACCAT-Tta
gi|28 : AGA-TCC-ACCAT-TCTA-TG-T-----------ACATGTAT-GGA--AAAAAA--A----TTGGCATTAA-A-C--GATAT-GTC--CCTCTCC-C-GCTAT-CT--CC--C
gi|3 : -TGGT-C-A--TCA----GTCCTGTTGGG----TTTCCTTTTCT-TTGAACA---TGTAGCT--T-CCG---TC-----------ATTTTAA-CAAA-----TTAA---G--GAA-----------------------T--TTG-CA-GA-CGA--T---------CATGCCACA---AG--TAAAT-TT-CCGcat
gi|3 : -CAT-ATTTGT-TTAAT-G-TTG-AAATTAAAAG------------------AGAATTTTA-----TTGAC---ACGTATTTTTTTTTTTACA-ACAA-TTATTT-GTT-TAGAAGGTTATATACATACATGTATTACCAAGT--CAT------C-T-TG-C-ACTAC-T---C---AT-TCT--TAA-CATTG-----AG---AAAAT----G-AT-TA-AT-ACTAGAGTG-----TA-AT-------AATGTCAGTTAAT-A-ACA---ACAA---ATA-C-AATA-TATTTTTGAAAA---TTAaattctgcggaaatatacacatgtacatgcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcaaaagagctggtgtagcatatttgtttaatgttgaaattaaaagagaattttattgacacgtatttttttttttacaacaattatttgtttagaaggttatatacatacatgtattaccaagtcatcttgcactactcattcttaacattgagaaaatgattaatactagagtgtaataatgtcagttaataacaacaaatacaatatatttttgaaaattaaccactctatgttaaaaacattaaggactgtaattggtattgaaaataccccctgttccgctatctctcaacgaggattggtgtatacactacattttgttgtttgttttgttttttgcggaggttggggtgttttgattttgcataatatcggcttaatctccattagaattagaagcatgtacactattaatggaatatcattaaaatgaagtcatatgcaattttcttatttagaaaatatgaatatataagtattactatatactgttaaaaataactagattaattgttttcataaaagcaggtgttttaaaaaaaaaccttttccagggatttgcaagtcaaccccgggaataacggatgaataggaaaatattatttaagttgtaaacagcatatataaaacgacaaatccatgtatatattgataatacgcatatcacaaacgcata
gi|3 : tggtcatcagtcctgttgggtttccttttctttgaacatgtagcttccgtcattttaacaaattaaggaatttgcagacgatcatgccacaagtaaatttccgaattctgcggaaatatacacatgtacatgcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcaaaagagctggtgtag-AA-CA-A-CAAA---T-AC-AATA-TATTTT-T-------GAAAA-TTA-ACCAC-TCTA-TG-T--T----AAAAACAT---TAAGG--ACTGTA--A----TTGGTATTGA-A----AATAC--CC--CCTGTTC-C-GCTAT-CT--CT--CAACGA-GG-ATTGGT-GTATAC--ACTaccactctatgttaaaaacattaaggactgtaattggtattgaaaataccccctgttccgctatctctcaacgaggattggtgtatacactacattttgttgtttgttttgttttttgcggaggttggggtgttttgattttgcataatatcggcttaatctccattagaattagaagcatgtacactattaatggaatatcattaaaatgaagtcatatgcaattttcttatttagaaaatatgaatatataagtattactatatactgttaaaaataactagattaattgttttcataaaagcaggtgttttaaaaaaaaaccttttccagggatttgcaagtcaaccccgggaataacggatgaataggaaaatattatttaagttgtaaacagcatatataaaacgacaaatccatgtatatattgataatacgcatatcacaaacgcata
gi|3 : tggtcatcagtcctgttgggtttccttttctttgaacatgtagcttccgtcattttaacaaattaaggaatttgcagacgatcatgccacaagtaaatttccgaattctgcggaaatatacacatgtacatgcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcaaaagagctggtgtagcatatttgtttaatgttgaaattaaaagagaattttattgacacgtatttttttttttacaacaattatttgtttagaaggttatatacatacatgtattaccaagtcatcttgcactactcattcttaacattgagaaaatgattaatactagagtgtaataatgtcagttaatATCGGCT---T---AATCT---CCATTAGAAT-T-AGAAGCATGTACACT------ATT--AATGGAAT-ATCATTAAAATGAA-GTCATATGCA----------ATT------TTCTT-----AT-----TTAG-AAAA-TATGA----ATAT--A---------TAAGTATT-ACTATATACTGT--TA--AAAATA--A---CTAGA------TTAAT---TGTT-T-T--CATAAAAGC------AGGTGTT-------TTAA-------AAAAAAAC----CTTTT------C-------------------------------CAGGGATT---TG--CA------AGTCA-A-CCCCGGGAATAACGGAT--G-A-ATAGGAAAA--TATTA-TTT---AA--GTTGT-----AAACAG--C-ATATATAAAACGACAAATCCATGTATATATTGATAATACGCAT-ATCAC---AA-ACGCATacattttgttgtttgttttgttttttgcggaggttggggtgttttgattttgcataatatcggcttaatctccattagaattagaagcatgtacactattaatggaatatcattaaaatgaagtcatatgcaattttcttatttagaaaatatgaatatataagtattactatatactgttaaaaataactagattaattgttttcataaaagcaggtgttttaaaaaaaaaccttttccagggatttgcaagtcaaccccgggaataacggatgaataggaaaatattatttaagttgtaaacagcatatataaaacgacaaatccatgtatatattgataatacgcatatcacaaacgcata
gi|30 : tggtcatcagtcctgttgggtttccttttctttgaacatgtagcttccgtcattttaacaaattaaggaatttgcagacgatcatgccacaagtaaatttccgaattctgcggaaatatacacatgtacatgcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcaaaagagctggtgtagcatatttgtttaatgttgaaattaaaagagaattttattgacacgtatttttttttttacaacaattatttgtttagaaggttatatacatacatgtattaccaagtcatcttgcactactcattcttaacattgagaaaatgattaatactagagtgtaataatgtcagttaataacaacaaatacaatatatttttgaaaattaaccactctatgttaaaaacattaaggactgtaattggtattgaaaataccccctgttccgctatctctcaacgaggattggtgtatacactacattttgttgtttgttttgttttttgcggaggttggggtgttttgattttgcataatTTA-TA-CC-CT---GACTAAA-ATTT--AC--G---CCAC-A--ACTTA-CGCC-ACT-TCGCa
gi|4 : TA-T-A-TGCTC-T-AC--A-A-T-----GT---T-----TTAA--T---C--ATG-----T-A--T-TT-AC--GC-TGGT-C-----CA----GTCCAGT-GAG----TTTC-AATTCT-TTAACCA--TTATAACC--T-CCG---AC-----------ATTATAA-CAAA-----TTAA-C-A--GAA-TA-G-A---------GG--------TT---A-GT-CGA--C---------C--G--ACA---AA--TTTAT-TC-CTGTATAGCCACGACTTA-------ATGTGTC-TCA----AGTT--A-ACTT-TCA-TGC-----------A--TA-C-ATTTAAAAATTAAAAAAAAG--AA----T--AC--AAA-A----AA-AACTTGG-C-CA---CA----AATG-CTG---A-CG-AG-CAT-GCTTGG-TTAAT-A-TTG-AAATAGAAGAGAAATATTTTATCTT---A------TA-----T--AA---AAGT--TTTTTCT---ACA-AAAT-T-ATTGTTAT-TAAAAG------------------TCCCCCAAT--CACAGCCAGT-T-TG-C-AGAACGA---C---AT-T-T--GGA-CATTA-----GA---AAAAT----A-AG-TATAT-ACC--TATGAAGGTTA-ATA------A---TCATGTGAT----CATA-ACAC--TATATC-AACTGTATAT----AAA---TTATT-T-GA-AAACA-AGTAGAACTT-AC-ATAA-TATGCT-T-------AAAGA-TCG-ACCAT-TCTAGTA-T--T---AAAAAAGAT---T-AAG--GATG-A--A----TT-GCATTAA------AATAT-GT---CATCTCCGC-GCTAT-CTC-CC--CATC-AGGgaa
gi|5 : attgaaaaaacatttcaaacataaacttatattagtctcctaatttaatatataatttaaattcatatatcaagccgtagcaccctttcataaaatgcaaaagtgacaaaagagaaataaaaataaaaatatacatcggtattaaaccaatattactcaatggaaggtgggggggagggcgattgttcgaatagaaagcatatacagatgtaacttaaatttctgttttgtgcgatatatccatataatctatgaataaattactcacaaactgttttgcaatgtctctctcacattgctttttcgcttgacaccattgtcggaaaaacttttcgaaaatacata-A-TACTC-T-ACCCA-A-C-----GT---T-----TGAA---G-AC--A-G-----T-A--TGTTTAA--GC-TGGTTC-A--TCA----GTCCAGTTGGG----TT-CCTTTCCT-TTGAACAAG---TAGCCAAT-CCC---ACCACAACACACAATATTTA-CAAACTATATTAA-CAACAGAA-AA-G-ATACAAAGAAGGGATATT--TCGACAAGA-CGA--CAAACAACAAC--ACCACACAAAA--TATAT-AT-CCTT----TCATC---AC-------ATATATC-TCATCCAA-TT--ATACAAATCCATACG-A--------AAATAGC-ATGT------TGGGGAA----------------------A----AC-AACTTGG-GACGGATCA----AATGGCTA--GAT-G-ACGCAT-GTTTGAATTAAT-A-TTG-AAATCAAAAG------------------AATTTTTTA-----TT-AA---GAGTA-TTGTTT----ACA-AAATCTTATTTTGTG--AAAGGGTT---------------GCCC--AGT--CAT------C-T-TGGC-ACTAC-ATCAC---AT-TCT--TGA-CATTG-----AG---A-AAT----A-AT-GA-ACAACT--AGTG-----TG-GTA------ATTGTCAG-TGAT-T-GAATTC--------TATC-AAT-T----------AA---T--TTGT-GA-AA-CAGA-TAAA---T-AC-ACTA-TATTTTGT-------AAAGA-T-----CAT---------T--T---AAAATAT-T---T-AGA--TTTTTG--ATTTGTTGGTATTAAGA-C--AATAT-CCCCGCCTTCTC-C-GCTAT-TT--CC--CATCGAGGA-ATTGGTAATAAGC--AACTTAAATTTG
gi|5 : acatcttcccaccgagaagccaatactattacatcgccactcGGGGAGTCATA-TCG-CCAAGT---A--TT---CCAATAGAAT-TCAGAA-CA---G----TCTGCCACTGTAATGGAAT-ATCATTGCAATGAATTTCATATGCAA-----A-ATATT------TTCTTTGTTAA------ATAA-AAAAGTATGA----ATGA--A---------TAAG--TT-ACT-TAC-TT-C--AA--A----A--A---CT---------ggggggggggggggggggagtcatatcgccaagtattccaatagaattcagaacagtctgccactgtaatggaatatcattgcaatgaatttcatatgcaaaatattttctttgttaaataaaaaagtatgaatgaataagttacttacttcaaaaactagattatatt
gi|6 : acatcttcccaccgagaagccaatactattacatcgccactcatactctacccaacgtttgaagacagtatgtttaagctggttcatcagtccagttgggttcctttcctttgaacaagtagccaatcccaccacaacacacaatatttacaaactatattaacaacagaaaagatacaaagaagggatatttcgacaagacgacaaacaacaacaccacacaaaatatatatcctttcatcacatatatctcatccaattatacaaatccatacgaaaatagcatgttggggaaaacaacttgggacggatcaaatggctagatgacgcatgtttgaattaatattgaaatcaaaagaattttttattaagagtattgtttacaaaatcttattttgtgaaagggttgcccagtcatcttggcactacatcacattcttgacattgagaaataatgaacaactagtgtggtaattgtcagtgattgaattctatcaattaatttgtgaaacagataaatacactatattttgtaaagatcatttaaaatatttagatttttgatttgttggtattaagacaatatccccgccttctccgctatttcccatcgaggaattggtaataagcaacttaaatttgggggggggggggggCAGTTCGA----TTTCCAATTCCATTGAACATAGTATAGCT--A-CCGGTCACGAAACAACT--ATTTCAA-AATA-----TTAA-CGA--GAA-TAGG-A---------GGG----TTATTG-CA-GT-CGAAGCCGA------C--GCGCCA---AA--TGTATAATGCCTTTA--TCGTG---TATAGTTGGGTATTCC---A----A-TGTTATACAA-TCAATACG-AACCGATATA--TA-CAATTT------TAACAAACTATTAA----T--ATTTAAA-AAAATAA-AACTTGGTG-CGGATTATCATAATG-CTG-ATAT-G----CATCGTCTG----AAT-G-TT----------AG------------------A------TAG----T--GA---AATTAATT-TGTT---ACACAGAT-TTA-TTTGTTGTAAAACGTG---------------TCTCACGATTGTAT------C-TGCGTC-ACTA--A---CAAAATATCTTATGACCATTGGAAGAAA---ATAGTATAAA-ATATA-AC--TT--AG-G-----TACAT-------AATTTCAGTTGATCG-GCATTTACACAAAATATCAAATATTATTTT---AAACTTCTATTGTCGACAA-CA-A-TAGA---TAAC-AATA-agattatatt
gi|7 : tgtaacatgaacatagtaatacaaatttcatccttcaatttttcaggtgcgatatatttctattataaaaatctattgaataaattattcacggaaacgttactgttttggcattatgtgccttcccacattggccgcttgtttttgttgactctatccctctcctggtgatcgaaaaacgttttgctccgaaaataaacattaacattatactcctacaacacgtttgaagaccacgaggttacacttcctcatcgcgtggcaccgaatcaccattcccagcttggtGGGT-TCACA-TTAGCC---A---A--TT---TCATTAGGAT--AACAAGAGT-TGCACTTCT--TACT--AA-GGAAT--TCATTGCA-TGAA-TTCATATGCAATTTTTATTTCTTAATAAATTTTT-----ATTTCCTATAATAAAA-TACGA----AACGGAA---------TAAATATT-ACTA--C-CT-T--TA--A----AGAA---CT---------CTATT---TCTT-TGT--T-TAAGAGC------ATGTGGT-----AGATAATCAG-TTA---AACC----CTCTT------CCT--TT-C--CGTGCGGTCATG---TAAAATCA-TGA-T---TG--CA------AGTCA-A-TCCTGGGAATAGC-GAT----A-T----GAAA--TA-TATTTTAA-AA--GTTTTTA---AAA-AG--CAACA-ATAAAACGAC-AATG----TATA---TGA-AAT-TG-AT-TTCATTCATA-ACGCATGTGTCANNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAGT-TCCCATTTTAAGAAG----TTTCGATCAGTGAGCGGAGTTTCGGGTTGGTATTC--TTGTTCACATGCGCATTAATCGC-TTAT-TTA-A--ACTATAG-C-CAG-GCATA---TA-TAGTT-C----AACGAAAGATCT--AC--AACTTCAA-GCAACTTA-CGCC-GCT-TCGgta
gi|8 : tgtatcatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncTGTCACAATCAGCC---TCCAA--TTTACCCATTAAGTTCTCAGAAGCA-G-GCACTTCTGTAACTTTAATGAAATCATCATTGCAATAA---TCA-AT----------TTTATT------TTCTT-----A------ATAA-AAAA-TATGA----AACG--AA--------TAAGTATT-ACTA--C-CT-T--TA--A----AG-A---CT---------CT-TT---TGTCCT-T--T-TGAAAGC------ATGCGAT-----AAATAGT--A-TTAGATA-CC----ATTTT------CCTAGTT-C--C-CG-GGTCATG---T--AATCAGTGATT---T-T-CT------AATCA-ACCCC-GGGAATAGCGGAT--G-AATT--GGAAAG-TATTCTTCT---AAAAGTGTT-----AAA-AG--C-ACATATAAAACGAC-AAT-----TATG---TGATAATATGCAT-TTCAT---GA-ATGCAt
gi|8 : agggttAAG--T----TTTTGA--AATGATCGGG--TTCGGGTT-GTATTC--TT-TGCACACGCACACAAGT-ACG--TTGCTA-AGGACTTAAGCC-AGG-GCGTAACTTA-TA-CCAA----GACTAAA-ATTT--AC--G---CCAA-G--ACTTA-CGCC-GCT-TCGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagtttttgaaatgatcgggttcgggttgtattctttgcacacgcacacaagtacgttgctaaggacttaagccagggcgtaacttataccaagactaaaatttacgccaagacttacgccgcttcgtgaa
gi|9 : agggtttgtcacaatcagcctccaatttacccattaagttctcagaagcaggcacttctgtaactttaatgaaatcatcattgcaataatcaattttattttcttaataaaaaatatgaaacgaataagtattactacctttaaagactcttttgtccttttgaaagcatgcgataaatagtattagataccattttcctagttcccgggtcatgtaatcagtgattttctaatcaaccccgggaatagcggatgaattggaaagtattcttctaaaagtgttaaaagcacatataaaacgacaattatgtgataatatgcatttcatgaatgcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTAGCC--T-CGG---AC-----------ATTTTAA-CAAA-----TTAA-CGA--GAA-TA-G-A---------GGG----T--TTG-CA-GT-CGA--T---------C--GCGCCA---AA--TTTAT-AT-CCGT----TCATG---TA-------ATTTTT--TCA----A-TG--TTACAA-TCAATACGAA--------A--TA-C-ATTT------CAAAAAATAA--AA----T--A---AAATA----AATAACTTGG-G-CGGATCA----AATG-CTGATGA-CGCAT-TAT-GTTTGT-TAAGT-A-TTGCAAATTAAAGAGAGGCAATTTAAATATTTA------TA-----T--AA---AAGT-TTTG-TTT---ACC-AAAA-TTA-TTTGTT-T-AAAGGTT-----------------CCCCAG---CAT------C---TG-CAACTA--A---C---AT-TCT--TGAGCATTGAGA--AA---ATAAT----GAAT-TA-ACAATT--TGT------TA-AT-------AATTTCAGCT--T-A-GCATTCAC------TAAC--ATA------T---AAA---ATATTGT-GACAA-CACA-TAG----C-ACTACTACTATCAT-TCTGTGAAAAAGACTCG-GCCATATCTAGTG-TAGTCGAAAAAAAAAT---TCAAGACATTGTAGGA----TTG--ATTAA-A-CAAAACAT-GTC--CCTCTCC-CAGCCATATT--CCCGCATCGAGTG-ATTTGT-ATAA-CAGACTTTGAtgaa
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): CCCCCAGTCGGATTTATGAAAATAAACATTTAAAACTAAACTTAGTAACACCTATATTTGAATAAATAATATTGATATTCTATATCAAAGCCGTGCTTTATCTGTAAAATTGCAAATGAAAAAGAGAATACGAATTAAAAAATGATAAGTGTATAAACAATAATACACAATGTAGGGTTGGGGGGGTGTGAGATAAAAGCATATAATATAATAGTTTTTTGTTTTGTGGCGAACATATCTATTCTAATCTATTGAATAAAATTATCACAAAACTACTGTTTGCAAATGGTCCTCCCATTGCCTTTTTTTTCGCTTTGACACCTTCTCGAAAACTTTTCGAAA
Unaligned ( gi|18 ): CCCCTCGGTATTTACATAGTATATGAAATAAACATTGAAAACATATATTTAGCATCCAATATTTGAAGTAATAATTTGATGTTCATATATGAAAGACATGCACTCTTTCTTTTAATTGCAAATGAACAAGAGAATACAAATATAAATGGGAAAGGTATGATAACCACATTAAACAATATTACTCAATTGGTGGGGGAAAGGGGGGGGGGGGGTCGTCAGATGAATTCAGCGTTTGATTATAAAAACAGTTTTGTTTTGTTCGAATAT
Unaligned ( gi|29 ): ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 11111 11111 11111 444444444444444444 11 1111111 1111 11 1111111111 222222 333333333333333333333333 11111 22222222222 1111 3333333333333333333 1111111 111 333333333333333333 1111 2222222222222 1 222222 444444444444444444444444444 1 1111 55555555555555 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11 11 3333333333333333 111111 222 1111111111 222 11111 2222222 2222 1111 11111 111111111 1 3333333 111 1111 11 11 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 2222222222 111 222 222 222222222 2222222222222222222 222222222222 33333333333333333333 11111 5555555555555555555555 1111 111111 3333333333333333 1111 111111 111 111111 222222222222222 1111111111 11 111 22222 11 222222222222 111 111 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1111111 11 222 22222222 222222 1 111111
lowQualScore : 5 3 888 4 3 3 3 55 7 3 44444 666 88888 66666 444444444444444444 3 55 1 3 22 3 6 0000000 3 3 5555 00 5555555555 555555 111 3 2 9 55 4 000000000000000000000000 5 22222 888888 55 44444444444 0000 66 5 5 55 0000000000000000000 888 66 0 5 5 2 9999999 000 111111111111111111 5 0000 5 5555555555555 1 5 222222 444444444444444444444444444 5 1 5 7777 5 44444444444444 5 5 5 5 66 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 3 33 5 00 00 55 7777777777777777 3 66 222222 777 8 4 55 777 777 4 66 8 555 1 5555555555 4 111 66 11111 4 1 7777777 1 0 2222 1 4444 2 4 99 2 777 777 5 5 8 999 55555 4 1 4 888888888 4 4 4 0 0 3333333 5 55 000 0 66 5555 777 66 66 66 5 5 5 66 66 1 0 8 8 2 33 3 1 1 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2 0 1 9999999999 444 333 111 0 111111111 5 88 0 8 0 3333333333333333333 777777777777 5 5 11111111111111111111 11 5 88888 5 77 4444444444444444444444 9 4444 1 6 6 666 999999 1 2222222222222222 1 7 2222 666666 66 77 5 000 0 666666 555555555555555 77 7 4444444444 33 3 7 777 22222 5 8888 66 3 5 6 555555555555 7 333 66 000 5 1 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 0 1111111 66 0 888 5 3 66 5 22 444 5 4 2 99999999 5 4 5 555555 0 66 222222 5 66 5 5 5
lowQualScore : . . ... . . . . .. . . ..... ... ..... ..... .................. . .. . . .. . . ....... . . .... .. .......... ...... ... . . . .. . ........................ . ..... ...... .. ........... .... .. . . .. ................... ... .. . . . . ....... ... .................. . .... . ............. . . ...... ........................... . . . .... . .............. . . . . .. .......................................................... . .. . .. .. .. ................ . .. ...... ... . . .. ... ... . .. . ... . .......... . ... .. ..... . . ....... . . .... . .... . . .. . ... ... . . . ... ..... . . . ......... . . . . . ....... . .. ... . .. .... ... .. .. .. . . . .. .. . . . . . .. . . . .................................................................................. . . . .......... ... ... ... . ......... . .. . . . ................... ............ . . .................... .. . ..... . .. ...................... . .... . . . ... ...... . ................ . . .... ...... .. .. . ... . ...... ............... .. . .......... .. . . ... ..... . .... .. . . . ............ . ... .. ... . . ......................................................................... . ....... .. . ... . . .. . .. ... . . . ........ . . . ...... . .. ...... . .. . . .
lowQualScore : 0 2 999 0 6 6 6 00 3 6 11111 444 22222 44444 000000000000000000 6 00 7 6 33 3 7 8888888 6 6 5555 00 9999999999 111111 999 6 3 4 55 0 666666666666666666666666 0 55555 555555 44 00000000000 6666 99 0 0 88 6666666666666666666 888 99 5 0 0 5 1111111 000 000000000000000000 7 3333 7 4444444444444 4 7 111111 444444444444444444444444444 7 4 7 9999 7 77777777777777 0 0 0 0 99 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 2 88 0 44 88 11 5555555555555555 9 11 888888 000 9 4 66 888 888 4 11 9 666 9 3333333333 4 777 11 11111 4 9 0000000 9 8 0000 9 1111 2 4 22 0 888 888 0 0 9 888 88888 4 9 4 444444444 4 4 4 4 0 9999999 0 44 111 4 99 6666 111 99 44 99 0 0 0 99 99 7 7 0 0 5 22 2 0 0 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 5 6 4 2222222222 000 888 222 8 000000000 6 88 8 0 8 5555555555555555555 444444444444 7 7 66666666666666666666 66 7 44444 7 99 1111111111111111111111 8 2222 0 7 7 888 222222 0 8888888888888888 0 5 1111 444444 44 99 7 000 7 000000 111111111111111 99 9 0000000000 66 2 3 999 11111 7 1111 99 0 7 7 444444444444 1 444 77 000 7 0 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 2 5555555 99 1 222 0 6 99 0 99 111 0 5 0 88888888 0 4 0 000000 0 99 666666 0 99 7 7 7
consensus : NAATAA-CATTAA--TTA-TA-TGCTC-T-AC--A-A-C-----GT---T-----TGAA--AG-AC----A-G-----T-A---T-T--TTA-C--GC-T-GG-------T-C-AT----CA--GTCC----------AGTTGGG----TTTCCAATTCT-TTGAACAAGGTATAGCC--T-CCG-----------AC-----------ATTTTAA-CAAA-----TTAA-CGA--GAA-TAG-A---------GGG----TT--TG-CA-GT-CGA---C---------C--GCGACA---AA--TTTATA-T-CCGT----C--CATG---TAATNTT-----TC-TCA----A-TG--ATACAA-TCAATACG-A--------A--TA-C-ATTT------TAAAAAACAA--AA----T--A---AAA-A----AA-AACTTGG-G-CGGATCA----AATG-CTGA--TG-ATCG-AC-CATGTTTGT-TTAAT-A-TTG-AAAT--TAAAGG-----------A--A---------TA--------T---ATATAA---A-----AGTTNTTGTTTTACA-AAAT-TTATTTTGTT-TAAAAGGTT---------------TCCCCCAGT--CAT------CT-T-G-CA-CTAC-A---C---AT-TCT--TGA-CATTGA--GAAAATAAT----G-A-T-TA-AC-A-CT--AGTG-----TA-ATAAA------TTTCAGTTGAT-G-GCATTTACAC-CTATATC-AATATTATTTT---AAA---TTATTGT-G-A-AACA-A-TAG-A---T-ACAATA-TATCTT-T-------AAAGA-TCGA-CCAT-TCTA-TGT--T---AAAAAACAT-T-AAGG-ATTGTA--A----TTGGCATTAA-A-CAA--TAT-GTC--CCTCTCC-C-GCTAT-CT--CCC--ATCGAGGG-ATTGGT-ATAAGCA-ACTTTNAATNTGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATGGGGTGTCACAATCGGCC---T---A--TT---CCATTAGGAT-TCAGAAGCATGTGCACTTCTGCTACT-T-AATGGAAT-ATCATTGCAATGAA-TTCATATGCAA-----ATTTATT------TTCTT-----A------ATAA-AAAA-TATGA----AACG--A---------TAAGTATT-ACTATAC-CT-T--TAA----A--A---CT---------CTATT----TNTT-T-T-T-TGAAAGC------ATGTGNT-----ANATAAT--A-TTAGATAACC----CTTTT------CCTAGTTC--CC-G---GGTCATG---T--AATCAGTGATT---TGT-CA------AGT--CAACCCCGGGAATAGCGGAT--G-A-TT--GGAAA--TATTATTTT---AAGTTTT-----AAA-AG--C-ACATATAAAACGAC-A-AT-----TATA---TGATAATATGCAT-NTCAT---GA-ACGCATGCGTTGCCTCC-TNNNNNNNATGAATGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAT---GTATCCCATTTTAAG--T----TTTTGA--AGTGATCGGG--TTCGGGTT-GTATTC--TT-TGCACATGCGCATAAGTCACGTTTTGTTA-AGGACTTAAG-CA-GG-GCGTAACTTA-TA-CC-C----GACTAAA-ATTT--AC--G---CCAA-G--ACTTA-CGCC-GCT-TCGC
Reference ( family-1460 ) : NAATAA-CATTAA--TTA-TA-TGCTC-T-AC--A-A-C-----GT---T-----TGAA--AG-AC----A-G-----T-A---T-T--TTA-C--GC-T-GG-------T-C-AT----CA--GTCC----------AGTTGGG----TTTCCAATTCT-TTGAACAAGGTATAGCC--T-CCG-----------AC-----------ATTTTAA-CAAA-----TTAA-CGA--GAA-TAG-A---------GGG----TT--TG-CA-GT-CGA---C---------C--GCGACA---AA--TTTATA-T-CCGT----C--CATG---TAATNTT-----TC-TCA----A-TG--ATACAA-TCAATACG-A--------A--TA-C-ATTT------TAAAAAACAA--AA----T--A---AAA-A----AA-AACTTGG-G-CGGATCA----AATG-CTG---TG-ATCG-AC-CATGTTTGT-TTAAT-A-TTG-AAAT--TAAAGG-----------A--A---------TA--------T---ATATAA---A-----AGTNNTTGTTTTACA-AAAT-TTATTTTGTT-TAAAAGGTT---------------TCCCCCAGT--CAT------CT-T-G-CA-CTAC-A---C---AT-TCT--TGA-CATTG---GAAAATAAT----G-A-T-TA-AC-A-CT--AGTG-----TA-ATAAA------TTTCAGTTGAT-G-GCATTTACAC-CTATATC-AATATTATTTT---AAA---TTATTGT-G-A-AACA-A-TAG-A---T-ACAATA-TATCTT-T-------AAAGA-TCGA-CCAT-TCTA-TGT--T---AAAAAACAT-T-AAGG-ANTGTA--A----TTGGCATTAA-A-CAA--TAT-GTC--CCTCTCC-C-GCTAT-CT--CCC--ATCGAGGG-ATTGGT-ATAAGCA-ACTTTNAATNTGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATGGGGTGTCACAATCGGCC---T---A--TT---CCATTAGGAT-TCAGAAGCATGTGCACTTCTGCTACT-T-AATGGAAT-ATCATTGCAATGAA-TTCATATGCAA-----ATTTATT------TTCTT-----A------ATAA-AAAA-TATGA----AACG--A---------TAAGTATT-ACTATAC-CT-T--TAA----A--A---CT---------CTATT----TNTT-T-T-T-TGAAAGC------ATGTGNT-----ANATAAT--A-TTAGATAACC----CTTTT------CCTAGTTC--CC-G---GGTCATG---T--AATCAGTGATT---TGT-CA------AGT--CAACCCCGGGAATAGCGGAT--G-A-TT--GGAAA--TATTATTTT---AAGTTTT-----AAA-AG--C-ACATATAAAACGAC-A-AT-----TATA---TGATAATATGCAT-NTCAT---GA-ACGCATGCGTTGCCTCC-TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAT---GTATCCCATTTTAAG--T----TTTTGA--AGTGATCGGG--TTCGGGTT-GTATTC--TT-TGCACATGCGCATAAGTCACGTTTTGTTA-AGGACTTAAG-CA-GG-GCGTAACTTA-TA-CC-C----GACTAAA-ATTT--AC--G---CCAA-G--ACTTA-CGCC-GCT-TCGC
gi|1 : AGTAA-CATTTA--TTAATA-TGCTCCT-GC--A-AGC-----GT---T------GAA--AG-AC----G-G-----T-A---T-T--TTA-C--GC-T-GG-------C-C-AA----TA--GTCC----------AGTTG------TTTCCAAT-CT-TTGAACTAAGTATAGCC--T-GCG-----------AC-----------ATTTTAA-CAAA-----TTAAACGA--GAAATAATA---------GGG----TT--TG-C--GT-CGA---C---------C--GCGGCC---AA--TTTATA-T-CTTT----C--CATG---TAATTTT-----TCGTAA----A-TG--ATAAAA-TCAACACG-A--------A--TA-C-ATTT------TAAAAAACAA--AA----TTTA---AAA-A----AA-AACTTGGCG-CGGGTCAT---AATG-CTG---TG-ATCG-GC-CATGTTTGT-TTAATCACTTG-AAAT--TAAAGG-----------A---------------------------TATAA---A-----AGTGGCTGTTTAACA-AAAT-TTATTTTGTT-TAAAATGTT---------------TCCCCCAGT--CAT------CT-T-G-CA-TTAC-A---C---AT-TCT--TGA-CGTTG-----AAATAAT----G-A-T-TA-AC---CT--AGTG-----AA-ATAAA------TTTCAGTTGAT-GTCCATTTCCAC-CTTTATC-AAT-TTATTTT---AAA---TTATTGT-A-A-AACA-A-TAG-----T-ACAATA-TATCTT-T-------AAAGA-TCGA-CCAT-TCAA-TGT--T---AAAAAACGT-T--AGG-ATTGTA--A----TTGGCAAAAA-A-CAA--TAT-GTC--CCTCTCC-C-GCTAT-CT--CCC--A-CGATGG-ATTGGT-ATAAGC--ACTTTTAATGTGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATGGGGTGTCACAATCCGCT---C---A--TT---TCATTAGGAT-T-AGAAGCATGTGCACTTCTGCTA-T-T-AAGGAAAT-ATCATTGCTATGAA-TTCATATGCCA-----ATTTATT------TTCTT-----A------AT---AAAA-TATGA----AACG--A---------TAAGTATTAAGTATAT-CT-T--TAA----G--C---CT---------CT-TT----TGTC-T-T-T-TGAAAGC------ATGTGTTC----AGATAGT--A-TTAGATAACC----CTTTT------CCTAGTTC--CCTG---GGTCATG---T--AACCAGTGATT---TAT-CA------AAT--CGA-CCCGGAAATAGCGGAT--G-A-TT--GGAAA--TATTATTGT---AAGTTTT-----AAA-AG--C-ACA-ATAAAACGAC-A-AT-----TATA---TGATAA-ATGCATCTTCAT---GA-ATGCATGTGTTGCCGCCTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT---GTATCCCATTTTAAG--T----TTTTGA--AGTAA-CGGT--TTCGGGTT-GTATTC--TT-TGCACATGCGCATAAGTCACGTTTTGTTA-AGG-CTTAAG-CAGGG-GCGTAACTTA-TA-CA-C----GATTAAA-ATTT--AC--G---CCAA-G--ACTTA-CGCC-GCT-TCGC
gi|10 : tA-CATTA---TTA-TC-T--TC-T-AC--A-A-C-----GT---T-----T-AA--AG-AC----A-G-----T-----T-T--TTA-A--GC-T-AT-------T-C-AT----CA--GTCC----------GGATGGG----TTTCCTTTTCT-TTGAACAAG---TAGTC--T-CCG-----------AC-----------ATATTAA-AAAC-----TTAA-CGA--GAA-TAG-A---------GGG----TT--TG-CA-GA-TGA---C---------C--GT-ACA---GA--TTGATA-T-CCGT----T--CATG---TAATTAT-----TC--CA----A-TT--ATACAA-TCAATACGAA--------A--TG-C-ATTTG-----GGGAAAACAC--A---------------------------TTTG-G-CGGACCA----AATG-CTGA--TG-A-CG----CATGTTTGT-TTAAT-A-CTG-AAAT--TAAAAG-----------A--G---------AA--------T---TTTTAATTTA-----AATTATTG-CTTACA-AAAT-TTATTTC------AAAGGTT-----------------GCCCAGT--CAT------TT-T-G-CA-CTAC-A---C---AT-TTT--TGA-CACTGA--GCATATAAT----GAA-T-TA-AT-A-CT--AGTG-----TA-ATAAt
gi|11 : tatatatatataatctattgaataaatttcagcaaacttactgttttgcaatgtcctccaacattgccttcttttttcgcttgacaccttgtcggaaactttccgtaaagtA--TTA-TA-TGCTC-TAAC--A-A-C-----GCTTGT-----TGAA--AT-ACCG--A-GTAAGTT-A---T-T--TGA-CAGGC-T-GG-------
gi|12 : ctatatcaagtcctcctaatactgttgaattaaataatgggttcgatatttcatatatcaaataagcctgtgcacctctttctgtaatagggattgccaaaaataggaaaaagagaataaaaagtgataactcagtattaatgaacaaatagttcaaaaggagaatttatactgtcaatgatggagtttgggtagtgtttccgtcgataacaaaattgcaaagtacatgtaagttatgaaaacttgttttgttttgttgcgaatagtatctacttatattaactattatttgataaatattgatccaaacttgtctttgcatgtctcaagagtaaatatcttatttccacattgccttttttgtattacgctttgacatcctttgtcggaaacttttcgaaagtattggaacaatgggggagggggAATAA-C-TTAA--TTA-TA-TGCTC-T-AC--A-A-C-----GT---T-----TGAA--AG-AC----A-A-----G-AAT-T-T--TTA-C--GC-T-GG-------T-C-AT----CA--GTCC----------AGTTGAGT---TTTCCAATTCT-TTG-ACAAGGTATAGCC--T-CTG-----------AC-----------ATTTTA
gi|13 : ccgcgcgtatttatgaataaacattttaaaaacataaacttagtctcctaatattttgaattaaaatttgatattcatgatatcaaagccgtgcactctttctgtaaatgcaatcaaaaaagagaaataaaaaataaaaatgaataaacgataaacaatattactcagtgtaggggggggggcgtccgagataaaagcatgtaattatgaaatagttttgtttttgtgcgagtatatcctatttactattgaataaattatcacaaacttactgtttgccatgcctcccacattgccttttttcgcttgacacatttcggaaaaccttttcgaaaAATAA-C-TTAA--TTA-TA-TGCTC-T-AC--A-A-C-----GT---T-----TGAA--AG-AC----A-A-----G-AAT-T-T--TTA-C--GC-T-GG-------T-C-AT----CA--GTCC----------AGTTGAGT---TTTCCAATTCT-TTG-ACAAGGTATAGCC--T-CTG-----------AC-----------ATTTTAtaaact
gi|14 : ccgcgcgtatttatgaataaacattttaaaaacataaacttagtctcctaatattttgaattaaaatttgatattcatgatatcaaagccgtgcactctttctgtaaatgcaatcaaaaaagagaaataaaaaataaaaatgaataaacgataaacaatattactcagtgtaggggggggggcgtccgagataaaagcatgtaattatgaaatagttttgtttttgtgcgagtatatcctatttactattgaataaattatcacaaacttactgtttgccatgcctcccacattgccttttttcgcttgacacatttcggaaaaccttttcgaaaATATG--------ATTT-CT------TTCGG-----A------ATAA-AAAA-T-TGATTTAAAGA--A---------TAGAC-TT-AC---AC-CT-TCTTAA----A--AAACCTAGGAATTAATTGTT----TTTT-T-T-T-TGAAAGC------ATGTGAT-----ACATG------TTAGTTACCT----TCTTT------GCGAGTTC--CT-G---GGTAATG---T--AATCAGTGATT---TGG-CA------AGT--CAACCCCGGGGATAGC-GATAAA-A-TA--GGGAATGTATTATTTTTAAAAGTTTTTTTAAAAA-AGATT-AAAT-TCAAACTAC-A-AT-----TA-A---TCAT----TGC-T-ATCAT---GA-ACGCATGTGTTGCCTCC-taaact
gi|14 : atttttatcttatTATCACACTGTATG--TATAGTTTTGA--AGTGATCGG---TTCGGGTC-GTTTTG--TT-TGCAacctctttatctctccctctctatcacactgtatgtatagttttgaagtgatcggttcgggtcgttttgtttgcat
gi|16 : atttttatcttatatatgatttctttcggaataaaaaattgatttaaagaatagacttacaccttcttaaaaaacctaggaattaattgttttttttttgaaagcatgtgatacatgttagttaccttctttgcgagttcctgggtaatgtaatcagtgatttggcaagtcaaccccggggatagcgataaaatagggaatgtattatttttaaaagtttttttaaaaaagattaaattcaaactacaattaatcattgctatcatgaacgcatgtgttgcctccacctctttatctctccctctcAATAA-CATTA---TTA-TA-TGCTC-T-AC--AGA-C-----GT---TATATATGAATGAGTAC----A-G-----A-AATTT-T--TCA-CT-GC-TTGG-------T-C-ATTTCACAATGTCC----------AGTTTGAAGTTTTTCAAATTCT-TTGAACAAGt
gi|17 : tagagattaataagtgatatagacggtattatttggtggtggcgggagggggcgagagccgtcgctgctatttgatagtgctgtttttgtgcgataatactctattataaatgcttcttgatataaaaagtatcaacaccttactgttttgcaatgccactccacccattgcctttttttccgcttgacacattgtcggaaaatcttttcgaaAATAA-CATTA---TTA-TA-TGCTC-T-AC--AGA-C-----GT---TATATATGAATGAGTAC----A-G-----A-AATTT-T--TCA-CT-GC-TTGG-------T-C-ATTTCACAATGTCC----------AGTTTGAAGTTTTTCAAATTCT-TTGAACAAGtt
gi|19 : tagagattaataagtgatatagacggtattatttggtggtggcgggagggggcgagagccgtcgctgctatttgatagtgctgtttttgtgcgataatactctattataaatgcttcttgatataaaaagtatcaacaccttactgttttgcaatgccactccacccattgcctttttttccgcttgacacattgtcggaaaatcttttcgaaCCAGT--CAT------CT-T-G-CA-CTAC-A---C---AT-TCT--TGA-CAATGA--GAAAATAAT----G-AAT-TA-AC----T--AGTG-----TA-CTAA-------TCTCAGTTGAT-G--CATTTACAC-CTATATC-AATATTATTTT---AGA---TTATTGT-G-A-AACA-A-TAG-A---T-ACAATA-TATTTT-T-------AAAAA-TCGA-TCAT-TCTA-TGTA-TA--AAAAAACAT-T-AAGG-AATGTA--A----TTGGTATTAA-A-CAA--TAT-GTC--CCTCTCC-C-GCTAT-TTC-CCC--ATCGAGGATATTGGT-ATAAGCA-ACTTTtt
gi|2 : AATAA-CATTA---TTA-GAATGCTC-T-AC--A-A-CTTAACGT---T-----TGAA--AG-AC----A-G-----TTA---T-T--TTA-C--GC-T-GG-------T-CCAT----CA--GTC-----------AGTTG---------------------AACAAGTTATAGCC--TTCCG-----------A------------ATTTTAAACAAA-----TTAA-CG---GAA-TAG-A---------GGG----TT--GA-CA-GTGCGA---C---------C--AC-ACA---AAAATTT-TA-T-CCTT----C--CATG---TTAC------------------A-TG---TACAA-TCAATACG-A--------A--GAAC-ATA--------AAAAAATAA--AAATATT--A---AAA-A----AA-ACCTGGG-G-CGGATCA----AATG-CTG------ATGGCACGCATGTTTAT-TTAAT-A-TTG-GCAT--AAAAGG-----------A--AAAAAAATCATA--------T---ATATAC---A-----TGTTAATGTTTT-CA-AAATATTATTTT-TT-TAAAAGGTT---------------TCCC--AGT--CAT------CT-TTG-CA-CTAC-A---C---AT-CTT--TGA-CATTGA--GAAAATAAG----A-A-T-TA-AC----T--AGTG-----TA-ATAAAATTGAATTTCAGTTGAT-T-GCATTTACAC-CTATAAC-AATATTATTTT---AAA---TTATTGT-G-A-AACA----------------------TCTT---------AAAGA-TCGAACCAT--CTA-TGT--TT--AAAAAACAT-T-AAGG-ATTGTA--AT---TTGGCATTAA-ATCAA--TATAATC--CCTCTCC-C-GCTA--CTGCCCC--ATCGAG
gi|20 : aaacatttaaaacaaaacttagcacttatgtctccttatatttgaattaataatttgtattcagacatcataatcaaacgcttcgtgcactctttctgtaaaatgcaaatgaaaaagagaattaaaaaataaaaatgataaacgtattaaacaatattactcaatgtagggtggaaggtgggggtcgtcgagataaaagcaaattaattatgaaatattgtttttttgtgcagatatatcgactataatctattgaataaaattattcaaaacttacgtttgcaatgtcctcccacattgccttttcttcgcttgacaccttgttgaaaatttttgaactttcgaaaTC-----A------AGAG-AAAA-CATGA----TACG--AGTAATCGATTAAATATT-ACTA--C-CT-T--TAATA--G--A---C----------CTATTGTCTCCTT-T-TGT-TGAAAGCCATATAATGTGGTCTCACGCATAAT--ATTTAGATATCCGCCGCTTGTAGCACGCTTTGTCCGTCC-G---GGGAGTGTGTT--AATCGGTGATTGAATATGCACTTTATAATCACAACCCTGGGAATAGCTG----G-A-TT--GAAAG--T
gi|21 : aagtcatcttgttccatcttataagt---AAGTTTT-----AAA-AG--C-ACAT-TAAAACTAC-A-AT-----TATATATTGA-AATA-GCA--ATCAG---GAGACGCATGCGTTGCCTTC-
gi|21 : TTAAG--T----TT--GA--AGTGATCAGG--TTCGGGTT-GT-TTCAATG-TCCACATGCGTATAG--CACGTT---TCA-AAGACTT----C--CG-GTATAATTTA-TC-CC-A----GAGTCAA-ATTTTAACG-G---CAAA-G--ACTGA-TGCC-CCT-TCcaccctctctatctcctccttctctccaacaattttattaagtttgaagtgatcaggttcgggttgtttcaatgtccacatgcgtatagcacgtttcaaagacttccggtataatttatcccagagtcaaattttaacggcaaagactgatgccccttctgaa
gi|22 : aagttttaaaagcacattaaaactacaattatatattgaaatagcaatcaggagacgcatgcgttgccttccaccctctctatctcctccttctctccaacaatttta-----TAT----TGATAATATGCAT-CTCAT---GA-AGGCATGCGTTGCNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAT-------------TTAAG--T----TTTGGA--AGTGATCGGG--CTCCGATT-GTTTGT--TT-TGCACATGTGTACATG-CACG--TTGTCA-AGGGGT--------GG-TCGTAACTTA-TA-CC-CA---GACTAAA-ATTT--AC--G---CCAA-G--ACTTA-CGCC-ACT-tgaa
gi|23 : ATTTTAAG--T----TTTTGA--AGTGATCGGG--TTCGGGTT-GTATTC--TT-TACACATGCGCATAAGT-ACG--TTGTTA-AGGACTTAAGCCA-GG-GCGTAACTTA-TA-CA-A----GACTAAA-ATTT--AC--G---CCAA-G--tatgaa
gi|24 : C----CTTTT------CCTAGTTC--CT-G---AGTCATG---A--AATCAGTGATT---T-T-CA------AAT--CAACCCCGGGAATAGCGGAT--GAA-TT--GGAAAG-TATTA-TTT---AAGTTTT-----AAA-AG--C-ACATATAAAACAAC-
gi|25 : ---GTATCCCATTTTAAG--T----TTTTGA--AGTGATCGAG--TTCGGGTT-GTATTC--TT-CGCACATGCGCATGAGT-ACG--TTGTTA-A--------------G-GCGTAACTTA-T
gi|26 : cctcctctctcTTGTTACAGGACTTATG-CA-GGAGCGTAACTTATTA-CC-CAAGAGACTAAATATTT--ACATG---CCAAGG--ACTTAGCGCCAGCTATCG
gi|27 : TTGAT-G--CATTTACAC-CTATATC-GATATTATATT---AAA---CTATTGT-G-A-AACA-A-TAA-A---T-ACAATA-CATCTT-T-------AAAGA-TCGA-CCAT-Tta
gi|28 : AGA-TCCA-CCAT-TCTA-TGT-----------ACATGT-ATGGAAAAAAA--A----TTGGCATTAA-A-CGA--TAT-GTC--CCTCTCC-C-GCTAT-CT--CCC--
gi|3 : -T-GG-------T-C-AT----CA--GTCC----------TGTTGGG----TTTCCTTTTCT-TTGAACA---TGTAGCT--T-CCG-----------TC-----------ATTTTAA-CAAA-----TTAA---G--GAA----------------------TT--TG-CA-GA-CGA---T---------CATGCCACA---AG--TAAATT-T-CCGcat
gi|3 : -CATATTTGT-TTAAT-G-TTG-AAAT--TAAAAG-----------AGAA---------TT--------T----TATTG---ACACGTATTTTTTTTTTTACA-ACAA-TTATTT-GTT-TAGAAGGTTATATACATACATGTATTACCAAGT--CAT------CT-T-G-CA-CTAC-T---C---AT-TCT--TAA-CATTG---AGAA--AAT----G-A-T-TA-AT-A-CTAGAGTG-----TA-AT-AA------TGTCAGTTAAT-A-ACA---ACAA---ATA-C-AATA-TATTTTTGAAAA---TTAaattctgcggaaatatacacatgtacatgcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcaaaagagctggtgtagcatatttgtttaatgttgaaattaaaagagaattttattgacacgtatttttttttttacaacaattatttgtttagaaggttatatacatacatgtattaccaagtcatcttgcactactcattcttaacattgagaaaatgattaatactagagtgtaataatgtcagttaataacaacaaatacaatatatttttgaaaattaaccactctatgttaaaaacattaaggactgtaattggtattgaaaataccccctgttccgctatctctcaacgaggattggtgtatacactacattttgttgtttgttttgttttttgcggaggttggggtgttttgattttgcataatatcggcttaatctccattagaattagaagcatgtacactattaatggaatatcattaaaatgaagtcatatgcaattttcttatttagaaaatatgaatatataagtattactatatactgttaaaaataactagattaattgttttcataaaagcaggtgttttaaaaaaaaaccttttccagggatttgcaagtcaaccccgggaataacggatgaataggaaaatattatttaagttgtaaacagcatatataaaacgacaaatccatgtatatattgataatacgcatatcacaaacgcata
gi|3 : tggtcatcagtcctgttgggtttccttttctttgaacatgtagcttccgtcattttaacaaattaaggaatttgcagacgatcatgccacaagtaaatttccgaattctgcggaaatatacacatgtacatgcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcaaaagagctggtgtag-AACA-A-CAA-A---T-ACAATA-TATTTT-T-------GAAAA-TTAA-CCAC-TCTA-TGT--T----AAAAACAT-T-AAGG-ACTGTA--A----TTGGTATTGA-A--AA--TAC--CC--CCTGTTC-C-GCTAT-CT--CTC--AACGA-GG-ATTGGT-GTAaccactctatgttaaaaacattaaggactgtaattggtattgaaaataccccctgttccgctatctctcaacgaggattggtgtatacactacattttgttgtttgttttgttttttgcggaggttggggtgttttgattttgcataatatcggcttaatctccattagaattagaagcatgtacactattaatggaatatcattaaaatgaagtcatatgcaattttcttatttagaaaatatgaatatataagtattactatatactgttaaaaataactagattaattgttttcataaaagcaggtgttttaaaaaaaaaccttttccagggatttgcaagtcaaccccgggaataacggatgaataggaaaatattatttaagttgtaaacagcatatataaaacgacaaatccatgtatatattgataatacgcatatcacaaacgcata
gi|3 : tggtcatcagtcctgttgggtttccttttctttgaacatgtagcttccgtcattttaacaaattaaggaatttgcagacgatcatgccacaagtaaatttccgaattctgcggaaatatacacatgtacatgcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcaaaagagctggtgtagcatatttgtttaatgttgaaattaaaagagaattttattgacacgtatttttttttttacaacaattatttgtttagaaggttatatacatacatgtattaccaagtcatcttgcactactcattcttaacattgagaaaatgattaatactagagtgtaataatgtcagttaatATCGGCT---T---AATCT---CCATTAGAAT-T-AGAAGCATGTACACT------A-T-T-AATGGAAT-ATCATTAAAATGAA-GTCATATGCA----------ATT------TTCTT-----AT-----TTAG-AAAA-TATGA----ATAT--A---------TAAGTATT-ACTATATACTGT--TAAAAATA--A---CTAGA------TTAAT----TGTT-T-T-CATAAAAGC------AGGTGTT-------TTAA-------AAAAAAAC----CTTTT------C--------------------------------CAGGGATT---TG--CA------AGT--CAACCCCGGGAATAACGGAT--G-A-ATAGGAAAA--TATTA-TTT---AAGTTGT-----AAACAG--C-ATATATAAAACGACAA-ATCCATGTATATATTGATAATACGCAT-ATCAC---AA-ACGCATtacactacattttgttgtttgttttgttttttgcggaggttggggtgttttgattttgcataatatcggcttaatctccattagaattagaagcatgtacactattaatggaatatcattaaaatgaagtcatatgcaattttcttatttagaaaatatgaatatataagtattactatatactgttaaaaataactagattaattgttttcataaaagcaggtgttttaaaaaaaaaccttttccagggatttgcaagtcaaccccgggaataacggatgaataggaaaatattatttaagttgtaaacagcatatataaaacgacaaatccatgtatatattgataatacgcatatcacaaacgcata
gi|30 : tggtcatcagtcctgttgggtttccttttctttgaacatgtagcttccgtcattttaacaaattaaggaatttgcagacgatcatgccacaagtaaatttccgaattctgcggaaatatacacatgtacatgcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcaaaagagctggtgtagcatatttgtttaatgttgaaattaaaagagaattttattgacacgtatttttttttttacaacaattatttgtttagaaggttatatacatacatgtattaccaagtcatcttgcactactcattcttaacattgagaaaatgattaatactagagtgtaataatgtcagttaataacaacaaatacaatatatttttgaaaattaaccactctatgttaaaaacattaaggactgtaattggtattgaaaataccccctgttccgctatctctcaacgaggattggtgtatacactacattttgttgtttgttttgttttttgcggaggttggggtgttttgattttgcataatTTA-TA-CC-CT---GACTAAA-ATTT--AC--G---CCAC-A--ACTTA-CGCC-ACT-TCGCa
gi|4 : TA-TA-TGCTC-T-AC--A-A-T-----GT---T-----TTAA--T---C----ATG-----T-A---T-T--T-A-C--GC-T-GG-------T-C-------CA--GTCC----------AGT-GAG----TTTC-AATTCT-TTAACCA--TTATAACC--T-CCG-----------AC-----------ATTATAA-CAAA-----TTAA-C-A--GAA-TAG-A---------GG------T--T---A-GT-CGA---C---------C--G--ACA---AA--TTTATT-C-CTGTATAGC--CACGACTTAATGTG-----TC-TCA----AGTT--A-ACTT-TCA-TGC-----------A--TA-C-ATTTAAAAATTAAAAAAAAG--AA----T--AC--AAA-A----AA-AACTTGG-C-CA---CA----AATG-CTG------A-CG-AG-CATGCTTGG-TTAAT-A-TTG-AAATAGAAGAGA-----------A--A---------TATTTTATCTT---ATATAA---A-----AGTTTT--TTCTACA-AAA--TTATTGTTAT-TAAAAG------------------TCCCCCAAT--CACAGCCAGTT-T-G-CA-GAACGA---C---AT-T-T--GGA-CATTA---GAAA--AAT----A-A-G-TATAT-A-CC--TATGAAGGTTA-ATAA---------TCATGTGAT----CA-TAACA--CTATATC-AACTGTA-TAT---AAA---TTATT-T-GAA-AACA-AGTAG-AACTT-ACATAA-TATGCT-T-------AAAGA-TCGA-CCAT-TCTAGTAT--T---AAAAAAGAT-T-AAGG-A-TG-A--A----TT-GCATTAA----AA--TAT-GT---CATCTCCGC-GCTAT-CTC-CCC--ATC-AGGgaa
gi|5 : attgaaaaaacatttcaaacataaacttatattagtctcctaatttaatatataatttaaattcatatatcaagccgtagcaccctttcataaaatgcaaaagtgacaaaagagaaataaaaataaaaatatacatcggtattaaaccaatattactcaatggaaggtgggggggagggcgattgttcgaatagaaagcatatacagatgtaacttaaatttctgttttgtgcgatatatccatataatctatgaataaattactcacaaactgttttgcaatgtctctctcacattgctttttcgcttgacaccattgtcggaaaaacttttcgaaaatacataA-TACTC-T-ACCCA-A-C-----GT---T-----TGAA---G-AC----A-G-----T-A---TGT--TTA-A--GC-T-GG-------TTC-AT----CA--GTCC----------AGTTGGG----TT-CCTTTCCT-TTGAACAAG---TAGCCAAT-CCC-----------ACCACAACACACAATATTTA-CAAACTATATTAA-CAACAGAA-AAG-ATACAAAGAAGGGATATTT--CGACAAGA-CGA---CAAACAACAAC--ACCACACAAAA--TATATA-T-CCTT----T--CATC---ACATATA-----TC-TCATCCAA-TT--ATACAAATCCATACG-A--------AAATAGC-ATGT------TGGGGAA----------------------A----AC-AACTTGG-GACGGATCA----AATGGCTA----G-AT-G-ACGCATGTTTGAATTAAT-A-TTG-AAAT--CAAAAG-----------A--A---------TT--------TTTTAT-TAA---G-----AGTA-TTGTTT-ACA-AAATCTTATTTTGTG--AAAGGGTT---------------GCCC--AGT--CAT------CT-T-GGCA-CTAC-ATCAC---AT-TCT--TGA-CATTG---AGAAATAAT----G------A-ACAA-CT--AGTG-----TG-GTAAT------TGTCAG-TGAT-T-GAATTC--------TATC-AAT-T----------AA---T--TTGT-G-A-AACAGA-TAA-A---T-ACACTA-TATTTTGT-------AAAGA-T-----CAT-TT--------------AAAATAT-T-TAGA-TTTTTG--ATTTGTTGGTATTAAGA-CAA--TAT-CCCCGCCTTCTC-C-GCTAT-TT--CCC--ATCGAGGA-ATTGGTAATAAGCA-AC-TTAAATTTG
gi|5 : acatcttcccaccgagaagccaatactattacatcgccactcGGGGAGTCATA-TCG-CCAAGT---A--TT---CCAATAGAAT-TCAGAA-CA---G----TCTGCCACTGT-AATGGAAT-ATCATTGCAATGAATTTCATATGCAA-----A-ATATT------TTCTTTGTTAA------ATAA-AAAAGTATGA----ATGA--A---------TAAG--TT-ACT-TAC-TT-C--AAA----A--A---CT---------ggggggggggggggggggagtcatatcgccaagtattccaatagaattcagaacagtctgccactgtaatggaatatcattgcaatgaatttcatatgcaaaatattttctttgttaaataaaaaagtatgaatgaataagttacttacttcaaaaactagattatatt
gi|6 : acatcttcccaccgagaagccaatactattacatcgccactcatactctacccaacgtttgaagacagtatgtttaagctggttcatcagtccagttgggttcctttcctttgaacaagtagccaatcccaccacaacacacaatatttacaaactatattaacaacagaaaagatacaaagaagggatatttcgacaagacgacaaacaacaacaccacacaaaatatatatcctttcatcacatatatctcatccaattatacaaatccatacgaaaatagcatgttggggaaaacaacttgggacggatcaaatggctagatgacgcatgtttgaattaatattgaaatcaaaagaattttttattaagagtattgtttacaaaatcttattttgtgaaagggttgcccagtcatcttggcactacatcacattcttgacattgagaaataatgaacaactagtgtggtaattgtcagtgattgaattctatcaattaatttgtgaaacagataaatacactatattttgtaaagatcatttaaaatatttagatttttgatttgttggtattaagacaatatccccgccttctccgctatttcccatcgaggaattggtaataagcaacttaaatttgggggggggggggggAATAAACATTAACATTA-TA-CTC-C-T-AC--A-A-CAC---GT---T-----TGAA---G-ACCACGA-GGT---T-ACACT-TCCTCATC--GCGT-GGCACCGAAT-C-AC----CA--TTCCCAGCTTGGTCAGTTCGA----TTTCCAATTCCATTGAACATAGTATAGCT--A-CCGGTCACGAAACAACT----------ATTTCAA-AATA-----TTAA-CGA--GAA-TAGGA---------GGG----TTATTG-CA-GT-CGAAGCCGA-------C--GCGCCA---AA--TGTATAATGCCTT----TATCGTG---TATAGTTGGGTATT-CCA----A-TGTTATACAA-TCAATACG-AACCGATATA--TA-CAATTT------TAACAAACTATTAA----T--ATTTAAA-AAAATAA-AACTTGGTG-CGGATTATCATAATG-CTGATATGCATCG-TC---TGAATGT-TAGAT-A-GTG-AAAT--TAA------------------------------------------------------------TTTG--TTACACAGAT-TTA-TTTGTTGTAAAACGTG---------------TCTCACGATTGTAT------CTGC-GTCA-CTA--A---CAAAATATCTTATGACCATTGGAAGAAAATAGTATAAA-A-TATA-AC---TT--AG-G-----TACAT-AA------TTTCAGTTGATCG-GCATTTACACAAAATATCAAATATTATTTT---AAACTTCTATTGTCG-ACAACA-A-TAG-A---TAACAATA-agattatatt
gi|7 : tgtaacatgaacatagtaatacaaatttcatccttcaatttttcaggtgcgatatatttctattataaaaatctattgaataaattattcacggaaacgttactgttttggcattatgtgccttcccacattggccgcttgtttttgttgactctatccctctcctggtgatcgaaaaacgttttgctccgaaGGGT-TCACA-TTAGCC---A---A--TT---TCATTAGGAT--AACAAGAGT-TGCACTTCT--TACT---AA-GGAAT--TCATTGCA-TGAA-TTCATATGCAATTTTTATTTCTTAATAAATTTTT-----ATTTCCTATAATAAAA-TACGA----AACGGAA---------TAAATATT-ACTA--C-CT-T--TAA----AGAA---CT---------CTATT----TCTT-TGT-T-TAAGAGC------ATGTGGT-----AGATAATCAG-TTA---AACC----CTCTT------CC---TTT--CC-GTGCGGTCATG---TAAAATCA-TGA-T---TG--CA------AGT--CAATCCTGGGAATAGC-GAT----A-T----GAAA--TA-TATTTTAA-AAGTTTTTA---AAA-AG--CAACA-ATAAAACGAC-A-ATG----TATA---TGA-AAT-TG-AT-TTCATTCATA-ACGCATGTGTCANNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAGT-TCCCATTTTAAGAAG----TTTCGATCAGTGAGCGGAGTTTCGGGTTGGTATTC--TTGTTCACATGCGCATTAATCGC-TTAT-TTA-A--ACTATAG-CC-AG-GCATA---TA-TAGTT-C----AACGAAAGATCT--AC--AACTTCAA-GCAACTTA-CGCC-GCT-TCGgta
gi|8 : tgtatcatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncTGTCACAATCAGCC---TCCAA--TTTACCCATTAAGTTCTCAGAAGCA-G-GCACTTCTGTAACT-TTAATGAAATCATCATTGCAAT-AA-T-------CAA-----TTTTATT------TTCTT-----A------ATAA-AAAA-TATGA----AACG--AA--------TAAGTATT-ACTA--C-CT-T--TAA----AG-A---CT---------CT-TT----TGTCCT-T-T-TGAAAGC------ATGCGAT-----AAATAGT--A-TTAGATA-CC----ATTTT------CCTAGTTC--CC-G---GGTCATG---T--AATCAGTGATT---T-T-CT------AAT--CAACCCCGGGAATAGCGGAT--G-AATT--GGAAA--G--TATTCT-------TCT-----AAA-AG--T-GT---TAAAAGCAC-ATAT-----AAAA---CGACAAT---TAT-GTGAT---AA----TATGCATT---TC----------ATGAATGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNAAG--T----TTTTGA--AATGATCGGG--TTCGGGTT-GTATTC--TT-TGCACACGCACACAAGT-ACG--TTGCTA-AGGACTTAAGCCA-GG-GCGTAACTTA-TA-CCAA----GACTAAA-ATTT--AC--G---CCAA-G--ACTTA-CGCC-GCT-TCGt
gi|9 : agggttTAGCC--T-CGG-----------AC-----------ATTTTAA-CAAA-----TTAA-CGA--GAA-TAG-A---------GGG----TT--TG-CA-GT-CGA---T---------C--GCGCCA---AA--TTTATA-T-CCGT----T--CATG---TAATTTT-----T--TCA----A-TG--TTACAA-TCAATACG-A--------AA-TA-C-ATTT------CAAAAAATAA--AA----T--A---AAATA----AATAACTTGG-G-CGGATCA----AATG-CTGA--TG-A-CGCAT-TATGTTTGT-TAAGT-A-TTGCAAAT--TAAAGAGAGGCAATTTAA--A---------TA--------TTT-ATATAA---A-----AGTT-TTGTTTACCA-AAAT-T-ATTT-GTT-TAAA-GGTT-----------------CCCCAG---CAT------CT---G-CAACTA--A---C---AT-TCT--TGAGCATTGA--GAAAATAAT----G-AAT-TA-AC-AATT--TGT------TA-ATAA-------TTTCAGCT--T-A-GCATTCAC------TAAC-A----TAT------AAA---ATATTGT-G-ACAACACA-TAGCAC--T-AC--TACTATCAT-TCTGTGAAAAAGACTCGG-CCATATCTAGTGTAGTCGAAAAAAAAAT-TCAAGACATTGTAGGA----TTG--ATTAA-A-CAAAACAT-GTC--CCTCTCC-CAGCCATATT--CCCGCATCGAGTG-ATTTGT-ATAA-CAGACTTTGAtgaa
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): CCCCCAGTCGGATTTATGAAAATAAACATTTAAAACTAAACTTAGTAACACCTATATTTGAATAAATAATATTGATATTCTATATCAAAGCCGTGCTTTATCTGTAAAATTGCAAATGAAAAAGAGAATACGAATTAAAAAATGATAAGTGTATAAACAATAATACACAATGTAGGGTTGGGGGGGTGTGAGATAAAAGCATATAATATAATAGTTTTTTGTTTTGTGGCGAACATATCTATTCTAATCTATTGAATAAAATTATCACAAAACTACTGTTTGCAAATGGTCCTCCCATTGCCTTTTTTTTCGCTTTGACACCTTCTCGAAAACTTTTCGAAA
Unaligned ( gi|18 ): CCCCTCGGTATTTACATAGTATATGAAATAAACATTGAAAACATATATTTAGCATCCAATATTTGAAGTAATAATTTGATGTTCATATATGAAAGACATGCACTCTTTCTTTTAATTGCAAATGAACAAGAGAATACAAATATAAATGGGAAAGGTATGATAACCACATTAAACAATATTACTCAATTGGTGGGGGAAAGGGGGGGGGGGGGTCGTCAGATGAATTCAGCGTTTGATTATAAAAACAGTTTTGTTTTGTTCGAATAT
Unaligned ( gi|29 ): ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAT
Alignments
lowQualScore : 111 11111 11111 11111 444444444444444444 11 1111111 1111 11 1111111111 222222 333333333333333333333333 11111 22222222222 1111 3333333333333333333 1111111 111 333333333333333333 1111 33333333 1 222222 4444444444444444444 1 1111 44444444444 99999999999999999999999999999999999999999999999999999 11 11 3333333333333333 111111 111111 222 11111 3333333 2222 11111 11111 111111111 1 3333333 1 1111 11 11 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3333333333 222 2222222222 111 222 222 11111 2222222222222222222 222222222222 1111 222222222 111 11 4444444444444444444444 111 111111 3333333333333333 1111 111111 111 111 333333333333333 1111111111 11 111 22222 11 22222 11111111 111111111 111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111111 11 222 22222222 222222 1 111111
lowQualScore : 5 3 888 4 3 3 3 55 7 3 44444 666 88888 66666 444444444444444444 3 55 1 3 22 3 6 0000000 3 3 5555 00 5555555555 555555 111 3 2 9 55 4 000000000000000000000000 5 22222 888888 55 44444444444 0000 66 5 5 55 0000000000000000000 888 66 0 5 5 2 9999999 000 111111111111111111 5 0000 5 5 44444444 1 5 222222 5555555555555555555 555 5 1 5 7777 5 5 66666666666 5 5 5 5 66 22222222222222222222222222222222222222222222222222222 99 66 5 00 66 55 7777777777777777 3 66 222222 777 8 4 55 777 777 4 66 4 4 66 1 999999 4 111 66 11111 4 3333333 1 0 2222 1 33333 2 4 99 2 777 777 5 5 8 999 55555 4 1 4 888888888 4 4 4 0 0 3333333 5 55 0 5 0 66 5555 777 66 66 66 5 5 5 66 66 1 0 8 8 2 33 3 1 1 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 5555555555 111 1 9999999999 444 333 111 55 5 77777 5 88 0 8 0 3333333333333333333 777777777777 5 5 2222 0 77 888888888 11 5 888 5 33 77 6666666666666666666666 9 111 1 6 6 9999 999999 1 2222222222222222 1 7 2222 666666 5 77 5 000 0 000 77 222222222222222 77 7 4444444444 99 7 777 77 22222 5 77 5 00 5 00000 11111111 5 222222222 000 5 2 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 0 1111111 66 0 888 5 3 66 5 22 444 5 4 2 99999999 5 4 5 555555 0 66 222222 5 66 5 5 5
lowQualScore : . . ... . . . . .. . . ..... ... ..... ..... .................. . .. . . .. . . ....... . . .... .. .......... ...... ... . . . .. . ........................ . ..... ...... .. ........... .... .. . . .. ................... ... .. . . . . ....... ... .................. . .... . . ........ . . ...... ................... ... . . . .... . . ........... . . . . .. ..................................................... .. .. . .. .. .. ................ . .. ...... ... . . .. ... ... . .. . . .. . ...... . ... .. ..... . ....... . . .... . ..... . . .. . ... ... . . . ... ..... . . . ......... . . . . . ....... . .. . . . .. .... ... .. .. .. . . . .. .. . . . . . .. . . . .................................................................................. .......... ... . .......... ... ... ... .. . ..... . .. . . . ................... ............ . . .... . .. ......... .. . ... . .. .. ...................... . ... . . . .... ...... . ................ . . .... ...... . .. . ... . ... .. ............... .. . .......... .. . ... .. ..... . .. . .. . ..... ........ . ......... ... . . ........................................................................... . ....... .. . ... . . .. . .. ... . . . ........ . . . ...... . .. ...... . .. . . .
lowQualScore : 0 2 999 0 6 6 6 00 3 6 11111 444 22222 44444 000000000000000000 6 00 7 6 33 3 7 8888888 6 6 5555 00 9999999999 111111 999 6 3 4 55 0 666666666666666666666666 0 55555 555555 44 00000000000 6666 99 0 0 88 6666666666666666666 888 99 5 0 0 5 1111111 000 000000000000000000 7 3333 7 7 33333333 4 7 111111 0000000000000000000 999 7 4 7 9999 0 0 44444444444 0 0 0 0 99 11111111111111111111111111111111111111111111111111111 00 88 0 44 99 11 5555555555555555 9 11 888888 000 9 4 66 888 888 4 11 4 4 11 8 222222 4 777 11 11111 4 1111111 9 8 0000 9 33333 2 4 22 0 888 888 0 0 9 888 88888 4 9 4 444444444 4 4 4 4 0 9999999 0 44 0 5 4 99 6666 111 99 44 99 0 0 0 99 99 7 7 0 0 5 22 2 0 0 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0000000000 666 4 2222222222 000 888 222 66 0 88888 6 88 8 0 8 5555555555555555555 444444444444 7 7 1111 7 99 666666666 66 7 333 7 66 99 3333333333333333333333 8 777 0 7 7 3333 222222 0 8888888888888888 0 5 1111 444444 1 99 7 000 7 000 99 111111111111111 99 9 0000000000 33 3 999 99 11111 7 99 7 00 7 00000 11111111 0 444444444 000 7 2 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2 5555555 99 1 222 0 6 99 0 99 111 0 5 0 88888888 0 4 0 000000 0 99 666666 0 99 7 7 7
consensus : NAATAA-CATTAA--TTA-TA-TGCTC-T-AC--A-A-C-----GT---T-----TGAA--AG-AC----A-G-----T-A---T-T--TTA-C--GC-T-GG-------T-C-AT----CA--GTCC----------AGTTGGG----TTTCCAATTCT-TTGAACAAGGTATAGCC--T-CCG-----------AC-----------ATTTTAA-CAAA-----TTAA-CGA--GAA-TAG-A---------GGG----TT--TG-CA-GT-CGA---C---------C--GCGACA---AA--TTTATA-T-CCGT----C--CATG---TAATNTT-----TC-TCA----A-TG--ATACAA-TCAATACG-AA--------TA-CA-TTT------TAAAAAACAA--AA----TA------AAA-A-AA-AACTTGG-G-CGGATCA----AATG-CT-GATG---AT-CG---CATGTTTGT-TTAAT-A-TTG-AAAT--TAAAGG-----------A--A---------TA--------T---ATATAA---A-----AGTTNTTGTTTTACA-AAAT-TTATTTTGTT-TAAAAGGTT---------------TCCCCCAGTC--AT------CT-T-G-CA-CTAC-A---CA---T-TCTT--GA-C-ATTG--AGAAAATAATG----A-T-TAAC-A-CT--AGTG-----TA-ATAA-------TTTCAGTTGAT-G-GCATTTACACCTA-TATCAA-TATTATTTT---AAA---TTATTGT-G-A-AACA-A-TAG-A---T-ACAATA-TATCTT-T-------AAAGA-TCGA-CCAT-TCTA-TGT--T---AAAAAACAT-T-AAGG-ATTGTA--A----TTGGCATTAA-A-CAA--TAT-GTC--CCTCTCC-C-GCTAT-CT--CCC--ATCGAGGG-ATTGGT-ATAAGCA-ACTTTNAATNTGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATGGGGTGT----------CACA--ATCGGCC---T---A--TT---CCATTAGGAT-TCAGAAGCATGTGCACTTCTGCTACT-T-AATGGAAT-ATCATTGCAATGAA-TTCATATGCAA-----ATTTATT------TTCTT-----A------ATAA-AAAA-TATG----AAACG--A---------TAAGTATT-ACTATAC-CT--TTA--A----A--A---CT---------CTATT---TNTT-T-T--T-TGAAAGC------ATGTGNT-----ANATAAT--A-TTAGATAACC----CTTTT------CCTAGTTC--CC-G---GGTCATG---TAA--TCAGTGATT---TGT-CA------AGT--CAACCCCGGGAATAGCGGAT--G-A-TT--GGAAA--TATTATTTT---AA--GTTTT-----AAA-AG--C-ACATATAAAACGAC-AAT-----TATA---T---GATAATATGCAT-NTCAT---GA-ACGCATGCGTTGCCTCC-TNNNNTTCATGAATGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAT---GTATCCCATTTTAAG--T----TTTTGA--AGTGATCGGG--TTCGGGTT-GTATTC--TT-TGCACATGCGCATAAGTCACGTTTTGTTA-AGGACTTAAG-CA-GG-GCGTAACTTA-TA-CC-C----GACTAAA-ATTT--AC--G---CCAA-G--ACTTA-CGCC-GCT-TCGC
Reference ( family-1460 ) : NAATAA-CATTAA--TTA-TA-TGCTC-T-AC--A-A-C-----GT---T-----TGAA--AG-AC----A-G-----T-A---T-T--TTA-C--GC-T-GG-------T-C-AT----CA--GTCC----------AGTTGGG----TTTCCAATTCT-TTGAACAAGGTATAGCC--T-CCG-----------AC-----------ATTTTAA-CAAA-----TTAA-CGA--GAA-TAG-A---------GGG----TT--TG-CA-GT-CGA---C---------C--GCGACA---AA--TTTATA-T-CCGT----C--CATG---TAATNTT-----TC-TCA----A-TG--ATACAA-TCAATACG-AA--------TA-CA-TTT------TAAAAAACAA--AA----TA------AAA-A-AA-AACTTGG-G-CGGATCA----AATG-CT-GATG---AT-CG-ACCATGTTTGT-TTAAT-A-TTG-AAAT--TAAAGG-----------A--A---------TA--------T---ATATAA---A-----AGTTNTTGTTTTACA-AAAT-TTATTTTGTT-TAAAAGGTT---------------TCCCCCAGTC--AT------CT-T-G-CA-CTAC-A---CA---T-TCTT--GA-C-ATTG--AGAAAATAATG----A-T-TAAC-A-CT--AGTG-----TA-ATAAA------TTTCAGTTGAT-G-GCATTTACACCTA-TATCAA-TATTATTTT---AAA---TTATTGT-G-A-AACA-A-TAG-A---T-ACAATA-TATCTT-T-------AAAGA-TCGA-CCAT-TCTA-TGT--T---AAAAAACAT-T-AAGG-ATTGTA--A----TTGGCATTAA-A-CAA--TAT-GTC--CCTCTCC-C-GCTAT-CT--CCC--ATCGAGGG-ATTGGT-ATAAGCA-ACTTTNAATNTGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATGGGGTGT----------CACA--ATCGGCC---T---A--TT---CCATTAGGAT-TCAGAAGCATGTGCACTTCTGCTACT-T-AATGGAAT-ATCATTGCAATGAA-TTCATATGCAA-----ATTTATT------TTCTT-----A------ATAA-AAAA-TATG----AAACG--A---------TAAGTATT-ACTATAC-CT--TTA--A----A--A---CT---------CTATT---TNTT-T-T--T-TGAAAGC------ATGTGNT-----ANATAAT--A-TTAGATAACC----CTTTT------CCTAGTTC--CC-G---GGTCATG---TAA--TCAGTGATT---TGT-CA------AGT--CAACCCCGGGAATAGCGGAT--G-A-TT--GGAAA--TATTATTTT---AA--GTTTT-----AAA-AG--C-ACATATAAAACGAC-AAT-----TATA---T---GATAATATGCAT-NTCAT---GA-ACGCATGCGTTGCCTCC-TNNNNNNNATGAATGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAT---GTATCCCATTTTAAG--T----TTTTGA--AGTGATCGGG--TTCGGGTT-GTATTC--TT-TGCACATGCGCATAAGTCACGTTTTGTTA-AGGACTTAAG-CA-GG-GCGTAACTTA-TA-CC-C----GACTAAA-ATTT--AC--G---CCAA-G--ACTTA-CGCC-GCT-TCGC
gi|1 : AGTAA-CATTTA--TTAATA-TGCTCCT-GC--A-AGC-----GT---T------GAA--AG-AC----G-G-----T-A---T-T--TTA-C--GC-T-GG-------C-C-AA----TA--GTCC----------AGTTG------TTTCCAAT-CT-TTGAACTAAGTATAGCC--T-GCG-----------AC-----------ATTTTAA-CAAA-----TTAAACGA--GAAATAATA---------GGG----TT--TG-C--GT-CGA---C---------C--GCGGCC---AA--TTTATA-T-CTTT----C--CATG---TAATTTT-----TCGTAA----A-TG--ATAAAA-TCAACACG-AA--------TA-CA-TTT------TAAAAAACAA--AATT--TA------AAA-A-AA-AACTTGGCG-CGGGTCAT---AATG-CT-G-TG---AT-CG-GCCATGTTTGT-TTAATCACTTG-AAAT--TAAAGG--------------------------------------ATATAA---A-----AGTGGCTGTTTAACA-AAAT-TTATTTTGTT-TAAAATGTT---------------TCCCCCAGTC--AT------CT-T-G-CA-TTAC-A---CA---T-TCTT--GA-C-GTTG-----AAATAATG----A-T-TAAC---CT--AGTG-----AA-ATAAA------TTTCAGTTGAT-GTCCATTTCCACCTT-TATCAA-T-TTATTTT---AAA---TTATTGT-A-A-AACA-A-TAG-----T-ACAATA-TATCTT-T-------AAAGA-TCGA-CCAT-TCAA-TGT--T---AAAAAACGT-T--AGG-ATTGTA--A----TTGGCAAAAA-A-CAA--TAT-GTC--CCTCTCC-C-GCTAT-CT--CCC--A-CGATGG-ATTGGT-ATAAGC--ACTTTTAATGTGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATGGGGTGT----------CACA--ATCCGCT---C---A--TT---TCATTAGGAT-T-AGAAGCATGTGCACTTCTGCTA-T-T-AAGGAAAT-ATCATTGCTATGAA-TTCATATGCCA-----ATTTATT------TTCTT-----A------AT---AAAA-TATG----AAACG--A---------TAAGTATTAAGTATAT-CT--TTA--A----G--C---CT---------CT-TT---TGTC-T-T--T-TGAAAGC------ATGTGTTC----AGATAGT--A-TTAGATAACC----CTTTT------CCTAGTTC--CCTG---GGTCATG---TAA--CCAGTGATT---TAT-CA------AAT--CGA-CCCGGAAATAGCGGAT--G-A-TT--GGAAA--TATTATTGT---AA--GTTTT-----AAA-AG--C-ACA-ATAAAACGAC-AAT-----TATA---T---GATAA-ATGCATCTTCAT---GA-ATGCATGTGTTGCCGCCTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT---GTATCCCATTTTAAG--T----TTTTGA--AGTAA-CGGT--TTCGGGTT-GTATTC--TT-TGCACATGCGCATAAGTCACGTTTTGTTA-AGG-CTTAAG-CAGGG-GCGTAACTTA-TA-CA-C----GATTAAA-ATTT--AC--G---CCAA-G--ACTTA-CGCC-GCT-TCGC
gi|10 : tA-CATTA---TTA-TC-T--TC-T-AC--A-A-C-----GT---T-----T-AA--AG-AC----A-G-----T-----T-T--TTA-A--GC-T-AT-------T-C-AT----CA--GTCC----------GGATGGG----TTTCCTTTTCT-TTGAACAAG---TAGTC--T-CCG-----------AC-----------ATATTAA-AAAC-----TTAA-CGA--GAA-TAG-A---------GGG----TT--TG-CA-GA-TGA---C---------C--GT-ACA---GA--TTGATA-T-CCGT----T--CATG---TAATTAT-----TC--CA----A-TT--ATACAA-TCAATACGAAA--------TG-CA-TTTG-----GGGAAAACAC--A-------------------------TTTG-G-CGGACCA----AATG-CT-GATG---A--CG---CATGTTTGT-TTAAT-A-CTG-AAAT--TAAAAG-----------A--G---------AA--------T---TTTTAATTTA-----AATTATTG-CTTACA-AAAT-TTATTTC------AAAGGTT-----------------GCCCAGTC--AT------TT-T-G-CA-CTAC-A---CA---T-TTTT--GA-C-ACTG--AGCATATAATGA---A-T-TAAT-A-CT--AGTG-----TA-ATAAt
gi|11 : tatatatatataatctattgaataaatttcagcaaacttactgttttgcaatgtcctccaacattgccttcttttttcgcttgacaccttgtcggaaactttccgtaaagtA--TTA-TA-TGCTC-TAAC--A-A-C-----GCTTGT-----TGAA--AT-ACCG--A-GTAAGTT-A---T-T--TGA-CAGGC-T-GG-------
gi|12 : ctatatcaagtcctcctaatactgttgaattaaataatgggttcgatatttcatatatcaaataagcctgtgcacctctttctgtaatagggattgccaaaaataggaaaaagagaataaaaagtgataactcagtattaatgaacaaatagttcaaaaggagaatttatactgtcaatgatggagtttgggtagtgtttccgtcgataacaaaattgcaaagtacatgtaagttatgaaaacttgttttgttttgttgcgaatagtatctacttatattaactattatttgataaatattgatccaaacttgtctttgcatgtctcaagagtaaatatcttatttccacattgccttttttgtattacgctttgacatcctttgtcggaaacttttcgaaagtattggaacaatgggggagggggAATAA-C-TTAA--TTA-TA-TGCTC-T-AC--A-A-C-----GT---T-----TGAA--AG-AC----A-A-----G-AAT-T-T--TTA-C--GC-T-GG-------T-C-AT----CA--GTCC----------AGTTGAGT---TTTCCAATTCT-TTG-ACAAGGTATAGCC--T-CTG-----------AC-----------ATTTTA
gi|13 : ccgcgcgtatttatgaataaacattttaaaaacataaacttagtctcctaatattttgaattaaaatttgatattcatgatatcaaagccgtgcactctttctgtaaatgcaatcaaaaaagagaaataaaaaataaaaatgaataaacgataaacaatattactcagtgtaggggggggggcgtccgagataaaagcatgtaattatgaaatagttttgtttttgtgcgagtatatcctatttactattgaataaattatcacaaacttactgtttgccatgcctcccacattgccttttttcgcttgacacatttcggaaaaccttttcgaaaAATAA-C-TTAA--TTA-TA-TGCTC-T-AC--A-A-C-----GT---T-----TGAA--AG-AC----A-A-----G-AAT-T-T--TTA-C--GC-T-GG-------T-C-AT----CA--GTCC----------AGTTGAGT---TTTCCAATTCT-TTG-ACAAGGTATAGCC--T-CTG-----------AC-----------ATTTTAtaaact
gi|14 : ccgcgcgtatttatgaataaacattttaaaaacataaacttagtctcctaatattttgaattaaaatttgatattcatgatatcaaagccgtgcactctttctgtaaatgcaatcaaaaaagagaaataaaaaataaaaatgaataaacgataaacaatattactcagtgtaggggggggggcgtccgagataaaagcatgtaattatgaaatagttttgtttttgtgcgagtatatcctatttactattgaataaattatcacaaacttactgtttgccatgcctcccacattgccttttttcgcttgacacatttcggaaaaccttttcgaaaATATG--------ATTT-CT------TTCGG-----A------ATAA-AAAA-T-TGATTTAAAGA--A---------TAGAC-TT-AC---AC-CTTCTTA--A----A--AAACCTAGGAATTAATTGTT---TTTT-T-T--T-TGAAAGC------ATGTGAT-----AC---AT--G-TTAGTTACCT----TCTTT------GCGAGTTC--CT-G---GGTAATG---TAA--TCAGTGATT---TGG-CA------AGT--CAACCCCGGGGATAGC-GATAAA-A-TA--GGGAATGTATTATTTTTAAAA--GTTTTTTTAAAAA-AGATT-AAAT-TCAAACTAC-AAT-----TA-A---T---CAT----TGC-T-ATCAT---GA-ACGCATGTGTTGCCTCC-taaact
gi|14 : atttttatcttatTATCACACTGTATG--TATAGTTTTGA--AGTGATCGG---TTCGGGTC-GTTTTG--TT-TGCAacctctttatctctccctctctatcacactgtatgtatagttttgaagtgatcggttcgggtcgttttgtttgcat
gi|16 : atttttatcttatatatgatttctttcggaataaaaaattgatttaaagaatagacttacaccttcttaaaaaacctaggaattaattgttttttttttgaaagcatgtgatacatgttagttaccttctttgcgagttcctgggtaatgtaatcagtgatttggcaagtcaaccccggggatagcgataaaatagggaatgtattatttttaaaagtttttttaaaaaagattaaattcaaactacaattaatcattgctatcatgaacgcatgtgttgcctccacctctttatctctccctctcAATAA-CATTA---TTA-TA-TGCTC-T-AC--AGA-C-----GT---TATATATGAATGAGTAC----A-G-----A-AATTT-T--TCA-CT-GC-TTGG-------T-C-ATTTCACAATGTCC----------AGTTTGAAGTTTTTCAAATTCT-TTGAACAAGt
gi|17 : tagagattaataagtgatatagacggtattatttggtggtggcgggagggggcgagagccgtcgctgctatttgatagtgctgtttttgtgcgataatactctattataaatgcttcttgatataaaaagtatcaacaccttactgttttgcaatgccactccacccattgcctttttttccgcttgacacattgtcggaaaatcttttcgaaAATAA-CATTA---TTA-TA-TGCTC-T-AC--AGA-C-----GT---TATATATGAATGAGTAC----A-G-----A-AATTT-T--TCA-CT-GC-TTGG-------T-C-ATTTCACAATGTCC----------AGTTTGAAGTTTTTCAAATTCT-TTGAACAAGtt
gi|19 : tagagattaataagtgatatagacggtattatttggtggtggcgggagggggcgagagccgtcgctgctatttgatagtgctgtttttgtgcgataatactctattataaatgcttcttgatataaaaagtatcaacaccttactgttttgcaatgccactccacccattgcctttttttccgcttgacacattgtcggaaaatcttttcgaaCCAGTC--AT------CT-T-G-CA-CTAC-A---CA---T-TCTT--GA-C-AATG--AGAAAATAATG----AAT-TAAC----T--AGTG-----TA-CTAA-------TCTCAGTTGAT-G--CATTTACACCTA-TATCAA-TATTATTTT---AGA---TTATTGT-G-A-AACA-A-TAG-A---T-ACAATA-TATTTT-T-------AAAAA-TCGA-TCAT-TCTA-TGTA-TA--AAAAAACAT-T-AAGG-AATGTA--A----TTGGTATTAA-A-CAA--TAT-GTC--CCTCTCC-C-GCTAT-TTC-CCC--ATCGAGGATATTGGT-ATAAGCA-ACTTTtt
gi|2 : AATAA-CATTA---TTA-GAATGCTC-T-AC--A-A-CTTAACGT---T-----TGAA--AG-AC----A-G-----TTA---T-T--TTA-C--GC-T-GG-------T-CCAT----CA--GTC-----------AGTTG---------------------AACAAGTTATAGCC--TTCCG-----------A------------ATTTTAAACAAA-----TTAA-CG---GAA-TAG-A---------GGG----TT--GA-CA-GTGCGA---C---------C--AC-ACA---AAAATTT-TA-T-CCTT----C--CATG---TTAC------------------A-TG---TACAA-TCAATACG-AA--------GAACA-TA--------AAAAAATAA--AAATATTA------AAA-A-AA-ACCTGGG-G-CGGATCA----AATG-CT-GATG---GCACG---CATGTTTAT-TTAAT-A-TTG-GCAT--AAAAGG-----------A--AAAAAAATCATA--------T---ATATAC---A-----TGTTAATGTTTT-CA-AAATATTATTTT-TT-TAAAAGGTT---------------TCCC--AGTC--AT------CT-TTG-CA-CTAC-A---CA---T-CTTT--GA-C-ATTG--AGAAAATAAGA----A-T-TAAC----T--AGTG-----TA-ATAAAATTGAATTTCAGTTGAT-T-GCATTTACACCTA-TAACAA-TATTATTTT---AAA---TTATTGT-G-A-AACA----------------------TCTT---------AAAGA-TCGAACCAT--CTA-TGT--TT--AAAAAACAT-T-AAGG-ATTGTA--AT---TTGGCATTAA-ATCAA--TATAATC--CCTCTCC-C-GCTA--CTGCCCC--ATCGAG
gi|20 : aaacatttaaaacaaaacttagcacttatgtctccttatatttgaattaataatttgtattcagacatcataatcaaacgcttcgtgcactctttctgtaaaatgcaaatgaaaaagagaattaaaaaataaaaatgataaacgtattaaacaatattactcaatgtagggtggaaggtgggggtcgtcgagataaaagcaaattaattatgaaatattgtttttttgtgcagatatatcgactataatctattgaataaaattattcaaaacttacgtttgcaatgtcctcccacattgccttttcttcgcttgacaccttgttgaaaatttttgaactttcgaaaTC-----A------AGAG-AAAA-CATG----ATACG--AGTAATCGATTAAATATT-AC--TAC-CT--TTAATA----G--A---C----------CTATTGTCTCCT-T-TTGT-TGAAAGCCATATAATGTGGTCTCACGCATAAT--ATTTAGATATCCGCCGCTTGTAGCACGCTTTGTCCGTCC-G---GGGAGTGTGTTAA--TCGGTGATTGAATATGCACTTTATAATCACAACCCTGGGAATAGCTG----G-A-TT--GAAAG--T
gi|21 : aagtcatcttgttccatcttataagt---AA--GTTTT-----AAA-AG--C-ACAT-TAAAACTAC-AAT-----TATA---TATTGA-AATA-GCA--ATCAG---GAGACGCATGCGTTGCCTTC-
gi|21 : TTAAG--T----TT--GA--AGTGATCAGG--TTCGGGTT-GT-TTCAATG-TCCACATGCGTATAG--CACGTT---TCA-AAGACTT----C--CG-GTATAATTTA-TC-CC-A----GAGTCAA-ATTTTAACG-G---CAAA-G--ACTGA-TGCC-CCT-TCcaccctctctatctcctccttctctccaacaattttattaagtttgaagtgatcaggttcgggttgtttcaatgtccacatgcgtatagcacgtttcaaagacttccggtataatttatcccagagtcaaattttaacggcaaagactgatgccccttctgaa
gi|22 : aagttttaaaagcacattaaaactacaattatatattgaaatagcaatcaggagacgcatgcgttgccttccaccctctctatctcctccttctctccaacaatttta-----TAT----T---GATAATATGCAT-CTCAT---GA-AGGCATGCGTTGCNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAT-------------TTAAG--T----TTTGGA--AGTGATCGGG--CTCCGATT-GTTTGT--TT-TGCACATGTGTACATG-CACG--TTGTCA-AGGGGT--------GG-TCGTAACTTA-TA-CC-CA---GACTAAA-ATTT--AC--G---CCAA-G--ACTTA-CGCC-ACT-tgaa
gi|23 : ATTTTAAG--T----TTTTGA--AGTGATCGGG--TTCGGGTT-GTATTC--TT-TACACATGCGCATAAGT-ACG--TTGTTA-AGGACTTAAGCCA-GG-GCGTAACTTA-TA-CA-A----GACTAAA-ATTT--AC--G---CCAA-G--tatgaa
gi|24 : C----CTTTT------CCTAGTTC--CT-G---AGTCATG---AAA--TCAGTGATT---T-T-CA------AAT--CAACCCCGGGAATAGCGGAT--GAA-TT--GGAAAG-TATTA-TTT---AA--GTTTT-----AAA-AG--C-ACATATAAAACAAC-
gi|25 : ---GTATCCCATTTTAAG--T----TTTTGA--AGTGATCGAG--TTCGGGTT-GTATTC--TT-CGCACATGCGCATGAGT-ACG--TTGTTA-A--------------G-GCGTAACTTA-T
gi|26 : cctcctctctcTTGTTACAGGACTTATG-CA-GGAGCGTAACTTATTA-CC-CAAGAGACTAAATATTT--ACATG---CCAAGG--ACTTAGCGCCAGCTATCG
gi|27 : TTGAT-G--CATTTACACCTA-TATCGA-TATTATATT---AAA---CTATTGT-G-A-AACA-A-TAA-A---T-ACAATA-CATCTT-T-------AAAGA-TCGA-CCAT-Tta
gi|28 : AGA-TCCA-CCAT-TCTA-TGT-----------ACATGT-ATGGAAAAAAA--A----TTGGCATTAA-A-CGA--TAT-GTC--CCTCTCC-C-GCTAT-CT--CCC--
gi|3 : -T-GG-------T-C-AT----CA--GTCC----------TGTTGGG----TTTCCTTTTCT-TTGAACA---TGTAGCT--T-CCG-----------TC-----------ATTTTAA-CAAA-----TTAA---G--GAA----------------------TT--TG-CA-GA-CGA---T---------CATGCCACA---AG--TAAATT-T-CCGcat
gi|3 : G-CT-GGTG----T-AG---CATATTTGT-TTAAT-G-TTG-AAAT--TAAAAG-----------AGAA---------TT--------T----TATTG---ACACGTATTTTTTTTTTTACA-ACAA-TTATTT-GTT-TAGAAGGTTATATACATACATGTATTACCAAGTC--AT------CT-T-G-CA-CTAC-T---CA---T-TCTT--AA-C-ATTG--AGAA---AATG----A-T-TAAT-A-CTAGAGTG-----TA-AT-AA------TGTCAGTTAAT-A-ACA---ACAA--A-TA-CAA-TA-TATTTTTGAAAA---TTAaattctgcggaaatatacacatgtacatgcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcaaaagagctggtgtagcatatttgtttaatgttgaaattaaaagagaattttattgacacgtatttttttttttacaacaattatttgtttagaaggttatatacatacatgtattaccaagtcatcttgcactactcattcttaacattgagaaaatgattaatactagagtgtaataatgtcagttaataacaacaaatacaatatatttttgaaaattaaccactctatgttaaaaacattaaggactgtaattggtattgaaaataccccctgttccgctatctctcaacgaggattggtgtatacactacattttgttgtttgttttgttttttgcggaggttggggtgttttgattttgcataatatcggcttaatctccattagaattagaagcatgtacactattaatggaatatcattaaaatgaagtcatatgcaattttcttatttagaaaatatgaatatataagtattactatatactgttaaaaataactagattaattgttttcataaaagcaggtgttttaaaaaaaaaccttttccagggatttgcaagtcaaccccgggaataacggatgaataggaaaatattatttaagttgtaaacagcatatataaaacgacaaatccatgtatatattgataatacgcatatcacaaacgcata
gi|3 : tggtcatcagtcctgttgggtttccttttctttgaacatgtagcttccgtcattttaacaaattaaggaatttgcagacgatcatgccacaagtaaatttccgaattctgcggaaatatacacatgtacatgcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcaaaaga-AACA-A-CAA-A---T-ACAATA-TATTTT-T-------GAAAA-TTAA-CCAC-TCTA-TGT--T----AAAAACAT-T-AAGG-ACTGTA--A----TTGGTATTGA-A--AA--TAC--CC--CCTGTTC-C-GCTAT-CT--CTC--AACGA-GG-ATTGGT-GTAaccactctatgttaaaaacattaaggactgtaattggtattgaaaataccccctgttccgctatctctcaacgaggattggtgtatacactacattttgttgtttgttttgttttttgcggaggttggggtgttttgattttgcataatatcggcttaatctccattagaattagaagcatgtacactattaatggaatatcattaaaatgaagtcatatgcaattttcttatttagaaaatatgaatatataagtattactatatactgttaaaaataactagattaattgttttcataaaagcaggtgttttaaaaaaaaaccttttccagggatttgcaagtcaaccccgggaataacggatgaataggaaaatattatttaagttgtaaacagcatatataaaacgacaaatccatgtatatattgataatacgcatatcacaaacgcata
gi|3 : tggtcatcagtcctgttgggtttccttttctttgaacatgtagcttccgtcattttaacaaattaaggaatttgcagacgatcatgccacaagtaaatttccgaattctgcggaaatatacacatgtacatgcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcaaaagagctggtgtagcatatttgtttaatgttgaaattaaaagagaattttattgacacgtatttttttttttacaacaattatttgtttagaaggttatatacatacatgtattaccaagtcatcttgcactactcattcttaacattgagaaaatgattaatactagagtgtaataatgtcagttaatTGGGGTGTTTTGATTTTGCATAATATCGGCT---T---AATCT---CCATTAGAAT-T-AGAAGCATGTACA------CTA-T-T-AATGGAAT-ATCATTAAAATGAA-GTCATATGCA----------ATT------TTCTT-----AT-----TTAG-AAAA-TATG----AATAT--A---------TAAGTATT-ACTATATACTG-TTA--AAAATA--A---CTAGA------TTAAT---TGTT-T-T--CATAAAAGC------AGGTGTT-------TTAA-------AAAAAAAC----CTTTT------C--------------------------------CAGGGATT---TG--CA------AGT--CAACCCCGGGAATAACGGAT--G-A-ATAGGAAAA--TATTA-TTT---AA--GTTGT-----AAACAG--C-ATATATAAAACGACAAATCCATGTATATATT---GATAATACGCAT-ATCAC---AA-ACGCATtacactacattttgttgtttgttttgttttttgcggaggttggggtgttttgattttgcataatatcggcttaatctccattagaattagaagcatgtacactattaatggaatatcattaaaatgaagtcatatgcaattttcttatttagaaaatatgaatatataagtattactatatactgttaaaaataactagattaattgttttcataaaagcaggtgttttaaaaaaaaaccttttccagggatttgcaagtcaaccccgggaataacggatgaataggaaaatattatttaagttgtaaacagcatatataaaacgacaaatccatgtatatattgataatacgcatatcacaaacgcata
gi|30 : tggtcatcagtcctgttgggtttccttttctttgaacatgtagcttccgtcattttaacaaattaaggaatttgcagacgatcatgccacaagtaaatttccgaattctgcggaaatatacacatgtacatgcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcaaaagagctggtgtagcatatttgtttaatgttgaaattaaaagagaattttattgacacgtatttttttttttacaacaattatttgtttagaaggttatatacatacatgtattaccaagtcatcttgcactactcattcttaacattgagaaaatgattaatactagagtgtaataatgtcagttaataacaacaaatacaatatatttttgaaaattaaccactctatgttaaaaacattaaggactgtaattggtattgaaaataccccctgttccgctatctctcaacgaggattggtgtatacactacattttgttgtttgttttgttttttgcggaggtTTA-TA-CC-CT---GACTAAA-ATTT--AC--G---CCAC-A--ACTTA-CGCC-ACT-TCGCa
gi|4 : TA-TA-TGCTC-T-AC--A-A-T-----GT---T-----TTAA--T---C----ATG-----T-A---T-T--T-A-C--GC-T-GG-------T-C-------CA--GTCC----------AGT-GAG----TTTC-AATTCT-TTAACCA--TTATAACC--T-CCG-----------AC-----------ATTATAA-CAAA-----TTAA-C-A--GAA-TAG-A---------GG------T--T---A-GT-CGA---C---------C--G--ACA---AA--TTTATT-C-CTGTATAGC--CACGACTTAATGTG-----TC-TCA----AGTT--A-ACTT-TCA-TGC---A--------TA-CA-TTTAAAAATTAAAAAAAAG--AA----TAC-----AAA-A-AA-AACTTGG-C-CA---CA----AATG-CT-GA--------CG-AGCATGCTTGG-TTAAT-A-TTG-AAATAGAAGAGA-----------A--A---------TATTTTATCTT---ATATAA---A-----AGTTTT--TTCTACA-AAA--TTATTGTTAT-TAAAAG------------------TCCCCCAATC--ACAGCCAGTT-T-G-CA-GAACGA---CA---T-T-TG--GA-C-ATTA--GAAAAATAAGT----A-T---AT-A-CC--TATGAAGGTTA-ATAA---------TCATGTGAT----CA-TAACA-CTA-TATCAA-CTGTA-TAT---AAA---TTATT-T-GAA-AACA-AGTAG-AACTT-ACATAA-TATGCT-T-------AAAGA-TCGA-CCAT-TCTAGTAT--T---AAAAAAGAT-T-AAGG-A-TG-A--A----TT-GCATTAA----AA--TAT-GT---CATCTCCGC-GCTAT-CTC-CCC--ATC-AGGgaa
gi|5 : attgaaaaaacatttcaaacataaacttatattagtctcctaatttaatatataatttaaattcatatatcaagccgtagcaccctttcataaaatgcaaaagtgacaaaagagaaataaaaataaaaatatacatcggtattaaaccaatattactcaatggaaggtgggggggagggcgattgttcgaatagaaagcatatacagatgtaacttaaatttctgttttgtgcgatatatccatataatctatgaataaattactcacaaactgttttgcaatgtctctctcacattgctttttcgcttgacaccattgtcggaaaaacttttcgaaaatacataA-TACTC-T-ACCCA-A-C-----GT---T-----TGAA---G-AC----A-G-----T-A---TGT--TTA-A--GC-T-GG-------TTC-AT----CA--GTCC----------AGTTGGG----TT-CCTTTCCT-TTGAACAAG---TAGCCAAT-CCC-----------ACCACAACACACAATATTTA-CAAACTATATTAA-CAACAGAA-AAG-ATACAAAGAAGGGATATTT--CGACAAGA-CGA---CAAACAACAAC--ACCACACAAAA--TATATA-T-CCTT----T--CATC---ACATATA-----TC-TCATCCAA-TT--ATACAAATCCATACG-AAAA------TAGCA-TGT------TGGGGAA-----------------------A-AC-AACTTGG-GACGGATCA----AATGGCTAGATG---A--CG---CATGTTTGAATTAAT-A-TTG-AAAT--CAAAAG-----------A--A---------TT--------TTTTAT-TAA---G-----AGT-ATTGTTT-ACA-AAATCTTATTTTGTG--AAAGGGTT---------------GCCC--AGTC--AT------CT-T-GGCA-CTAC-ATCACA---T-TCTT--GA-C-ATTG--AG-AAATAATG---------AACAA-CT--AGTG-----TG-GTAAT------TGTCAG-TGAT-T-GAATTC--------TATCAA-T-T----------AA---T--TTGT-G-A-AACAGA-TAA-A---T-ACACTA-TATTTTGT-------AAAGA-T-----CAT-TT--------------AAAATAT-T-TAGA-TTTTTG--ATTTGTTGGTATTAAGA-CAA--TAT-CCCCGCCTTCTC-C-GCTAT-TT--CCC--ATCGAGGA-ATTGGTAATAAGCA-AC-TTAAATTTG
gi|5 : acatcttcccaccgagaagccaatactattacatcgccactcGGGGAGT----------CATA---TCG-CCAAGT---A--TT---CCAATAGAAT-TCAGAA-CA---G----TCTGCCACTGT-AATGGAAT-ATCATTGCAATGAATTTCATATGCAA-----A-ATATT------TTCTTTGTTAA------ATAA-AAAAGTATG----AATGA--A---------TAAG--TT-ACT-TAC-TT--CAA--A----A--A---CT---------ggggggggggggggggggagtcatatcgccaagtattccaatagaattcagaacagtctgccactgtaatggaatatcattgcaatgaatttcatatgcaaaatattttctttgttaaataaaaaagtatgaatgaataagttacttacttcaaaaactagattatatt
gi|6 : acatcttcccaccgagaagccaatactattacatcgccactcatactctacccaacgtttgaagacagtatgtttaagctggttcatcagtccagttgggttcctttcctttgaacaagtagccaatcccaccacaacacacaatatttacaaactatattaacaacagaaaagatacaaagaagggatatttcgacaagacgacaaacaacaacaccacacaaaatatatatcctttcatcacatatatctcatccaattatacaaatccatacgaaaatagcatgttggggaaaacaacttgggacggatcaaatggctagatgacgcatgtttgaattaatattgaaatcaaaagaattttttattaagagtattgtttacaaaatcttattttgtgaaagggttgcccagtcatcttggcactacatcacattcttgacattgagaaataatgaacaactagtgtggtaattgtcagtgattgaattctatcaattaatttgtgaaacagataaatacactatattttgtaaagatcatttaaaatatttagatttttgatttgttggtattaagacaatatccccgccttctccgctatttcccatcgaggaattggtaataagcaacttaaatttgggggggggggggggAATAAACATTAACATTA-TA-CTC-C-T-AC--A-A-CAC---GT---T-----TGAA---G-ACCACGA-GGT---T-ACACT-TCCTCATC--GCGT-GGCACCGAAT-C-AC----CA--TTCCCAGCTTGGTCAGTTCGA----TTTCCAATTCCATTGAACATAGTATAGCT--A-CCGGTCACGAAACAACT----------ATTTCAA-AATA-----TTAA-CGA--GAA-TAGGA---------GGG----TTATTG-CA-GT-CGAAGCCGA-------C--GCGCCA---AA--TGTATAATGCCTT----TATCGTG---TATAGTTGGGTATT-CCA----A-TGTTATACAA-TCAATACG-AACCGATATATA-CAATTT------TAACAAACTATTAA----TATTTAAAAAA-ATAA-AACTTGGTG-CGGATTATCATAATG-CT-GATATGCAT-CG-TC--TGAATGT-TAGAT-A-GTG-AAAT--TAA------------------------------------------------------------TTTGTT--ACACAGAT-TTATTT-GTTGTAAAACGTG---------------TCTCACGATTGTAT------CTGC-GTCA-CTA--A---CAAAATATCTTATGA-CCATTGGAAGAAAATAGTATAAAA-TATAAC---TT--AG-G-----TACATAA-------TTTCAGTTGATCG-GCATTTACACAAAATATCAAATATTATTTT---AAACTTCTATTGTCG-ACAACA-A-TAG-A---TAACAATA-agattatatt
gi|7 : tgtaacatgaacatagtaatacaaatttcatccttcaatttttcaggtgcgatatatttctattataaaaatctattgaataaattattcacggaaacgttactgttttggcattatgtgccttcccacattggccgcttgtttttgttgactctatccctctcctggtgatcgaaaaacgttttgctccgaaGGGT-T----------CACA---TTAGCC---A---A--TT---TCATTAGGAT--AACAAGAGT-TGCACTTCT--TACT---AA-GGAAT--TCATTGCA-TGAA-TTCATATGCAATTTTTATTTCTTAATAAATTTTT-----ATTTCCTATAATAAAA-TACG----AAACGGAA---------TAAATATT-ACTA--C-CT--TTA--A----AGAA---CT---------CTATT---TCTT-TGT--T-TAAGAGC------ATGTGGT-----AGATAATCAG-TTA---AACC----CTCTT------CCT---TT--CC-GTGCGGTCATG---TAAAATCA-TGATT----G--CA------AGT--CAATCCTGGGAATAGC-GAT----A-T----GAAA--TA-TATTTTAA-AA--GTTTTTA---AAA-AG--CAACA-ATAAAACGAC-AATG----TATA---T---GA-AAT-TG-AT-TTCATTCATA-ACGCATGTGTCANNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAGT-TCCCATTTTAAGAAG----TTTCGATCAGTGAGCGGAGTTTCGGGTTGGTATTC--TTGTTCACATGCGCATTAATCGC-TTAT-TTA-A--ACTATAG-CC-AG-GCATA---TA-TAGTT-C----AACGAAAGATCT--AC--AACTTCAA-GCAACTTA-CGCC-GCT-TCGgta
gi|8 : tgtatcatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncTGT----------CACA--ATCAGCC---TCCAA--TTTACCCATTAAGTTCTCAGAAGCA-G-GCACTTCTGTAACT-TTAATGAAATCATCATTGCAAT-AA-T-------CAA-----TTTTATT------TTCTT-----A------ATAA-AAAA-TATG----AAACG--AA--------TAAGTATT-ACTA--C-CT--TTA--A----AG-A---CT---------CT-TT---TGTCCT-T--T-TGAAAGC------ATGCGAT-----AAATAGT--A-TTAGATA-CC----ATTTT------CCTAGTTC--CC-G---GGTCATG---TAA--TCAGTGATT---T-T-CT------AAT--CAACCCCGGGAATAGCGGAT--G-AATT--GGAAAG-TATTCTTCT---AAAAGTGTT-----AAA-AG--C-ACATATAAAACGAC-AAT-----TATG---T---GATAATAT------------------GCAT-----------------TTCATGAATGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNAAG--T----TTTTGA--AATGATCGGG--TTCGGGTT-GTATTC--TT-TGCACACGCACACAAGT-ACG--TTGCTA-AGGACTTAAGCCA-GG-GCGTAACTTA-TA-CCAA----GACTAAA-ATTT--AC--G---CCAA-G--ACTTA-CGCC-GCT-TCGt
gi|9 : agggttTAGCC--T-CGG-----------AC-----------ATTTTAA-CAAA-----TTAA-CGA--GAA-TAG-A---------GGG----TT--TG-CA-GT-CGA---T---------C--GCGCCA---AA--TTTATA-T-CCGT----T--CATG---TAATTTT-----T--TCA----A-TG--TTACAA-TCAATACG-AAA-------TA-CA-TTT------CAAAAAATAA--AA----TA------AAATA-AATAACTTGG-G-CGGATCA----AATG-CT-GATG---A--CGCATTATGTTTGT-TAAGT-A-TTGCAAAT--TAAAGAGAGGCAATTTAA--A---------TA--------TTT-ATATAA---A-----AGTT-TTGTTTACCA-AAAT-T-ATTT-GTT-TAAA-GGTT-----------------CCCCAG-C--AT------CT---G-CAACTA--A---CA---T-TCTT--GAGC-ATTG--AGAAAATAATG----AAT-TAAC-AATT--TGT------TA-ATAA-------TTTCAGCT--T-A-GCATTCAC------TAACA-----TAT------AAA---ATATTGT-G-ACAACACA-TAGCAC--T-AC--TACTATCAT-TCTGTGAAAAAGACTCGG-CCATATCTAGTGTAGTCGAAAAAAAAAT-TCAAGACATTGTAGGA----TTG--ATTAA-A-CAAAACAT-GTC--CCTCTCC-CAGCCATATT--CCCGCATCGAGTG-ATTTGT-ATAA-CAGACTTTGAtgaa
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): CCCCCAGTCGGATTTATGAAAATAAACATTTAAAACTAAACTTAGTAACACCTATATTTGAATAAATAATATTGATATTCTATATCAAAGCCGTGCTTTATCTGTAAAATTGCAAATGAAAAAGAGAATACGAATTAAAAAATGATAAGTGTATAAACAATAATACACAATGTAGGGTTGGGGGGGTGTGAGATAAAAGCATATAATATAATAGTTTTTTGTTTTGTGGCGAACATATCTATTCTAATCTATTGAATAAAATTATCACAAAACTACTGTTTGCAAATGGTCCTCCCATTGCCTTTTTTTTCGCTTTGACACCTTCTCGAAAACTTTTCGAAA
Unaligned ( gi|18 ): CCCCTCGGTATTTACATAGTATATGAAATAAACATTGAAAACATATATTTAGCATCCAATATTTGAAGTAATAATTTGATGTTCATATATGAAAGACATGCACTCTTTCTTTTAATTGCAAATGAACAAGAGAATACAAATATAAATGGGAAAGGTATGATAACCACATTAAACAATATTACTCAATTGGTGGGGGAAAGGGGGGGGGGGGGTCGTCAGATGAATTCAGCGTTTGATTATAAAAACAGTTTTGTTTTGTTCGAATAT
Unaligned ( gi|29 ): ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAT
Alignments
lowQualScore : 111 11111 11111 11111 444444444444444444 11 1111111 1111 11 1111111111 222222 333333333333333333333333 11111 22222222222 1111 3333333333333333333 1111111 111 333333333333333333 1111 33333333 1 222222 444444444444444444444 1 1111 333333 99999999999999999999999999999999999999999999999999 1 11 3333333333333333 111111 111111 2222222222222 1111111 2222 111 111111 11111 111111111 1 3333333 1 1111 11 11 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 2222222222 111 222 222 222222222 2222222222222222222 222222222222 33333333333333333333 11111 5555555555555555555555 1111 111111 3333333333333333 1111 111111 111 111111 222222222222222 1111111111 11 111 22222 11 222222222222 111111111 111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111111 11 222 22222222 222222 1 111111
lowQualScore : 5 3 888 4 3 3 3 55 7 3 44444 666 88888 66666 444444444444444444 3 55 1 3 22 3 6 0000000 3 3 5555 00 5555555555 555555 111 3 2 9 55 4 000000000000000000000000 5 22222 888888 55 44444444444 0000 66 5 5 55 0000000000000000000 888 66 0 5 5 2 9999999 000 111111111111111111 5 0000 5 5 44444444 1 5 222222 555555555555555555555 555 5 1 5 7777 5 5 000000 66 888 5 5 5 5 99999999999999999999999999999999999999999999999999 99 0 66 5 0 3 66 55 7777777777777777 3 66 222222 777 8 4 55 777 777 4 66 4 4 66 1 999999 4 8888888888888 1 4 4 4444444 77 0 2222 2 555 2 4 99 000000 777 5 8 4 999 55555 4 1 4 888888888 4 4 4 0 0 3333333 5 55 0 5 0 66 5555 777 66 66 66 5 5 5 66 66 1 0 8 8 2 33 3 1 1 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2 0 1 9999999999 444 333 111 0 111111111 5 88 0 8 0 3333333333333333333 777777777777 5 5 11111111111111111111 11 5 88888 5 77 4444444444444444444444 9 4444 1 6 6 666 999999 1 2222222222222222 1 7 2222 666666 66 77 5 000 0 666666 555555555555555 77 7 4444444444 99 7 777 77 22222 5 77 5 00 5 000000000000 5 222222222 000 5 2 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 1111111 66 0 888 5 3 66 5 22 444 5 4 2 99999999 5 4 5 555555 0 66 222222 5 66 5 5 5
lowQualScore : . . ... . . . . .. . . ..... ... ..... ..... .................. . .. . . .. . . ....... . . .... .. .......... ...... ... . . . .. . ........................ . ..... ...... .. ........... .... .. . . .. ................... ... .. . . . . ....... ... .................. . .... . . ........ . . ...... ..................... ... . . . .... . . ...... .. ... . . . . .................................................. .. . .. . . . .. .. ................ . .. ...... ... . . .. ... ... . .. . . .. . ...... . ............. . . . ....... .. . .... . ... . . .. ...... ... . . . ... ..... . . . ......... . . . . . ....... . .. . . . .. .... ... .. .. .. . . . .. .. . . . . . .. . . . .................................................................................. . . . .......... ... ... ... . ......... . .. . . . ................... ............ . . .................... .. . ..... . .. ...................... . .... . . . ... ...... . ................ . . .... ...... .. .. . ... . ...... ............... .. . .......... .. . ... .. ..... . .. . .. . ............ . ......... ... . . ........................................................................... . ....... .. . ... . . .. . .. ... . . . ........ . . . ...... . .. ...... . .. . . .
lowQualScore : 0 2 999 0 6 6 6 00 3 6 11111 444 22222 44444 000000000000000000 6 00 7 6 33 3 7 8888888 6 6 5555 00 9999999999 111111 999 6 3 4 55 0 666666666666666666666666 0 55555 555555 44 00000000000 6666 99 0 0 88 6666666666666666666 888 99 5 0 0 5 1111111 000 000000000000000000 7 3333 7 7 33333333 4 7 111111 000000000000000000000 999 7 4 7 9999 0 0 111111 99 888 0 0 0 0 00000000000000000000000000000000000000000000000000 00 1 88 0 0 2 99 11 5555555555555555 9 11 888888 000 9 4 66 888 888 4 11 4 4 11 8 222222 4 3333333333333 1 4 4 4444444 00 8 0000 4 888 2 4 22 888888 888 0 9 4 888 88888 4 9 4 444444444 4 4 4 4 0 9999999 0 44 0 5 4 99 6666 111 99 44 99 0 0 0 99 99 7 7 0 0 5 22 2 0 0 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 5 6 4 2222222222 000 888 222 8 000000000 6 88 8 0 8 5555555555555555555 444444444444 7 7 66666666666666666666 66 7 44444 7 99 1111111111111111111111 8 2222 0 7 7 888 222222 0 8888888888888888 0 5 1111 444444 44 99 7 000 7 000000 111111111111111 99 9 0000000000 33 3 999 99 11111 7 99 7 00 7 111111111111 0 444444444 000 7 2 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2 5555555 99 1 222 0 6 99 0 99 111 0 5 0 88888888 0 4 0 000000 0 99 666666 0 99 7 7 7
consensus : NAATAA-CATTAA--TTA-TA-TGCTC-T-AC--A-A-C-----GT---T-----TGAA--AG-AC----A-G-----T-A---T-T--TTA-C--GC-T-GG-------T-C-AT----CA--GTCC----------AGTTGGG----TTTCCAATTCT-TTGAACAAGGTATAGCC--T-CCG-----------AC-----------ATTTTAA-CAAA-----TTAA-CGA--GAA-TAG-A---------GGG----TT--TG-CA-GT-CGA---C---------C--GCGACA---AA--TTTATA-T-CCGT----C--CATG---TAATNTT-----TC-TCA----A-TG--ATACAA-TCAATACG-AA--------TA-CA-TTT------TAAAAAACAA--AA----T--A------AAA-A-AA-AACTTGG-G-CGGATCA----AATG-CT-GATG---AT-CG--CAT---GTTTGT-TTAAT-A-TTG-AAATTAAAGG-----------A--A---------TATTT------ATATAA---A-----AGTTNTTGTTTTACA-AAAT-TTATTTTGTT-TAAAAGGTT---------------TCCCCCAGTC--AT------CT-T-G-CA-CTAC-A---CA---T-TCTT--GA-C-ATTG--AGAAAATAATG----A-T-TAAC-A-CT--A-----GTGTA-AT-AA-------TT-TCAGTTGAT-G-GCATTTACAC-CTATATC-AATATTATTTT---AAA---TTATTGT-GA-AA-CA-A-TAG-A---T-ACAATA-TATCTT-T-------AAAGA-TCGA-CCAT-TCTA-TGT--T---AAAAAACAT-T-AAGG-ATTGTA--A----TTGGCATTAA-A-CAA--TAT-GTC--CCTCTCC-C-GCTAT-CT--CCC--ATCGAGGG-ATTGGT-ATAAGCA-ACTTTNAATNTGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATGGGGTGTCACAATCGGCC---T---A--TT---CCATTAGGAT-TCAGAAGCATGTGCACTTCTGCTACT-T-AATGGAAT-ATCATTGCAATGAA-TTCATATGCAA-----ATTTATT------TTCTT-----A------ATAA-AAAA-TATGA----AACG--A---------TAAGTATT-ACTATAC-CT-T--TAA----A--A---CT---------CTATT----TNTT-T-T-T-TGAAAGC------ATGTGNT-----ANATAAT--A-TTAGATAACC----CTTTT------CCTAGTTC--CC-G---GGTCATG---T--AATCAGTGATT---TGT-CA------AGT--CAACCCCGGGAATAGCGGAT--G-A-TT--GGAAA--TATTATTTT---AA--GTTTT-----AAA-AG--C-ACATATAAAACGAC-AAT-----TATA---TGATAATATGCAT-NTCAT---GA-ACGCATGCGTTGCCTCC-NCCTCTTCATGAATGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAT---GTATCCCATTTTAAG--T----TTTTGA--AGTGATCGGG--TTCGGGTT-GTATTC--TT-TGCACATGCGCATAAGTCACGTTTTGTTA-AGGACTTAAG-CA-GG-GCGTAACTTA-TA-CC-C----GACTAAA-ATTT--AC--G---CCAA-G--ACTTA-CGCC-GCT-TCGC
Reference ( family-1460 ) : NAATAA-CATTAA--TTA-TA-TGCTC-T-AC--A-A-C-----GT---T-----TGAA--AG-AC----A-G-----T-A---T-T--TTA-C--GC-T-GG-------T-C-AT----CA--GTCC----------AGTTGGG----TTTCCAATTCT-TTGAACAAGGTATAGCC--T-CCG-----------AC-----------ATTTTAA-CAAA-----TTAA-CGA--GAA-TAG-A---------GGG----TT--TG-CA-GT-CGA---C---------C--GCGACA---AA--TTTATA-T-CCGT----C--CATG---TAATNTT-----TC-TCA----A-TG--ATACAA-TCAATACG-AA--------TA-CA-TTT------TAAAAAACAA--AA----T--A------AAA-A-AA-AACTTGG-G-CGGATCA----AATG-CT-GATG---AT-CG--CAT---GTTTGT-TTAAT-A-TTG-AAATTAAAGG-----------A--A---------TAT--------ATATAA---A-----AGTTNTTGTTTTACA-AAAT-TTATTTTGTT-TAAAAGGTT---------------TCCCCCAGTC--AT------CT-T-G-CA-CTAC-A---CA---T-TCTT--GA-C-ATTG--AGAAAATAATG----A-T-TAAC-A-CT--A-----GTGTA-AT-AA-------TT-TCAGTTGAT-G-GCATTTACAC-CTATATC-AATATTATTTT---AAA---TTATTGT-GA-AA-CA-A-TAG-A---T-ACAATA-TATCTT-T-------AAAGA-TCGA-CCAT-TCTA-TGT--T---AAAAAACAT-T-AAGG-ATTGTA--A----TTGGCATTAA-A-CAA--TAT-GTC--CCTCTCC-C-GCTAT-CT--CCC--ATCGAGGG-ATTGGT-ATAAGCA-ACTTTNAATNTGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATGGGGTGTCACAATCGGCC---T---A--TT---CCATTAGGAT-TCAGAAGCATGTGCACTTCTGCTACT-T-AATGGAAT-ATCATTGCAATGAA-TTCATATGCAA-----ATTTATT------TTCTT-----A------ATAA-AAAA-TATGA----AACG--A---------TAAGTATT-ACTATAC-CT-T--TAA----A--A---CT---------CTATT----TNTT-T-T-T-TGAAAGC------ATGTGNT-----ANATAAT--A-TTAGATAACC----CTTTT------CCTAGTTC--CC-G---GGTCATG---T--AATCAGTGATT---TGT-CA------AGT--CAACCCCGGGAATAGCGGAT--G-A-TT--GGAAA--TATTATTTT---AA--GTTTT-----AAA-AG--C-ACATATAAAACGAC-AAT-----TATA---TGATAATATGCAT-NTCAT---GA-ACGCATGCGTTGCCTCC-TNNNNTTCATGAATGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAT---GTATCCCATTTTAAG--T----TTTTGA--AGTGATCGGG--TTCGGGTT-GTATTC--TT-TGCACATGCGCATAAGTCACGTTTTGTTA-AGGACTTAAG-CA-GG-GCGTAACTTA-TA-CC-C----GACTAAA-ATTT--AC--G---CCAA-G--ACTTA-CGCC-GCT-TCGC
gi|1 : AGTAA-CATTTA--TTAATA-TGCTCCT-GC--A-AGC-----GT---T------GAA--AG-AC----G-G-----T-A---T-T--TTA-C--GC-T-GG-------C-C-AA----TA--GTCC----------AGTTG------TTTCCAAT-CT-TTGAACTAAGTATAGCC--T-GCG-----------AC-----------ATTTTAA-CAAA-----TTAAACGA--GAAATAATA---------GGG----TT--TG-C--GT-CGA---C---------C--GCGGCC---AA--TTTATA-T-CTTT----C--CATG---TAATTTT-----TCGTAA----A-TG--ATAAAA-TCAACACG-AA--------TA-CA-TTT------TAAAAAACAA--AA----TTTA------AAA-A-AA-AACTTGGCG-CGGGTCAT---AATG-CT-G-TG---AT-CGGCCAT---GTTTGT-TTAATCACTTG-AAATTAAAGG-----------A------------------------TATAA---A-----AGTGGCTGTTTAACA-AAAT-TTATTTTGTT-TAAAATGTT---------------TCCCCCAGTC--AT------CT-T-G-CA-TTAC-A---CA---T-TCTT--GA-C-GTTG-----AAATAATG----A-T-TAAC---CT--A-----GTGAA-ATAAA-------TT-TCAGTTGAT-GTCCATTTCCAC-CTTTATC-AAT-TTATTTT---AAA---TTATTGT-AA-AA-CA-A-TAG-----T-ACAATA-TATCTT-T-------AAAGA-TCGA-CCAT-TCAA-TGT--T---AAAAAACGT-T--AGG-ATTGTA--A----TTGGCAAAAA-A-CAA--TAT-GTC--CCTCTCC-C-GCTAT-CT--CCC--A-CGATGG-ATTGGT-ATAAGC--ACTTTTAATGTGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATGGGGTGTCACAATCCGCT---C---A--TT---TCATTAGGAT-T-AGAAGCATGTGCACTTCTGCTA-T-T-AAGGAAAT-ATCATTGCTATGAA-TTCATATGCCA-----ATTTATT------TTCTT-----A------AT---AAAA-TATGA----AACG--A---------TAAGTATTAAGTATAT-CT-T--TAA----G--C---CT---------CT-TT----TGTC-T-T-T-TGAAAGC------ATGTGTTC----AGATAGT--A-TTAGATAACC----CTTTT------CCTAGTTC--CCTG---GGTCATG---T--AACCAGTGATT---TAT-CA------AAT--CGA-CCCGGAAATAGCGGAT--G-A-TT--GGAAA--TATTATTGT---AA--GTTTT-----AAA-AG--C-ACA-ATAAAACGAC-AAT-----TATA---TGATAA-ATGCATCTTCAT---GA-ATGCATGTGTTGCCGCCTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT---GTATCCCATTTTAAG--T----TTTTGA--AGTAA-CGGT--TTCGGGTT-GTATTC--TT-TGCACATGCGCATAAGTCACGTTTTGTTA-AGG-CTTAAG-CAGGG-GCGTAACTTA-TA-CA-C----GATTAAA-ATTT--AC--G---CCAA-G--ACTTA-CGCC-GCT-TCGC
gi|10 : tA-CATTA---TTA-TC-T--TC-T-AC--A-A-C-----GT---T-----T-AA--AG-AC----A-G-----T-----T-T--TTA-A--GC-T-AT-------T-C-AT----CA--GTCC----------GGATGGG----TTTCCTTTTCT-TTGAACAAG---TAGTC--T-CCG-----------AC-----------ATATTAA-AAAC-----TTAA-CGA--GAA-TAG-A---------GGG----TT--TG-CA-GA-TGA---C---------C--GT-ACA---GA--TTGATA-T-CCGT----T--CATG---TAATTAT-----TC--CA----A-TT--ATACAA-TCAATACGAAA--------TG-CA-TTTG-----GGGAAAACAC--A---------------------------TTTG-G-CGGACCA----AATG-CT-GATG---A--CG--CAT---GTTTGT-TTAAT-A-CTG-AAATTAAAAG-----------A--G---------AAT--------TTTTAATTTA-----AATTATTG-CTTACA-AAAT-TTATTTC------AAAGGTT-----------------GCCCAGTC--AT------TT-T-G-CA-CTAC-A---CA---T-TTTT--GA-C-ACTG--AGCATATAATGA---A-T-TAAT-A-CT--A-----GTGTA-AT-AA-------t
gi|11 : tatatatatataatctattgaataaatttcagcaaacttactgttttgcaatgtcctccaacattgccttcttttttcgcttgacaccttgtcggaaactttccgtaaagtA--TTA-TA-TGCTC-TAAC--A-A-C-----GCTTGT-----TGAA--AT-ACCG--A-GTAAGTT-A---T-T--TGA-CAGGC-T-GG-------
gi|12 : ctatatcaagtcctcctaatactgttgaattaaataatgggttcgatatttcatatatcaaataagcctgtgcacctctttctgtaatagggattgccaaaaataggaaaaagagaataaaaagtgataactcagtattaatgaacaaatagttcaaaaggagaatttatactgtcaatgatggagtttgggtagtgtttccgtcgataacaaaattgcaaagtacatgtaagttatgaaaacttgttttgttttgttgcgaatagtatctacttatattaactattatttgataaatattgatccaaacttgtctttgcatgtctcaagagtaaatatcttatttccacattgccttttttgtattacgctttgacatcctttgtcggaaacttttcgaaagtattggaacaatgggggagggggAATAA-C-TTAA--TTA-TA-TGCTC-T-AC--A-A-C-----GT---T-----TGAA--AG-AC----A-A-----G-AAT-T-T--TTA-C--GC-T-GG-------T-C-AT----CA--GTCC----------AGTTGAGT---TTTCCAATTCT-TTG-ACAAGGTATAGCC--T-CTG-----------AC-----------ATTTTA
gi|13 : ccgcgcgtatttatgaataaacattttaaaaacataaacttagtctcctaatattttgaattaaaatttgatattcatgatatcaaagccgtgcactctttctgtaaatgcaatcaaaaaagagaaataaaaaataaaaatgaataaacgataaacaatattactcagtgtaggggggggggcgtccgagataaaagcatgtaattatgaaatagttttgtttttgtgcgagtatatcctatttactattgaataaattatcacaaacttactgtttgccatgcctcccacattgccttttttcgcttgacacatttcggaaaaccttttcgaaaAATAA-C-TTAA--TTA-TA-TGCTC-T-AC--A-A-C-----GT---T-----TGAA--AG-AC----A-A-----G-AAT-T-T--TTA-C--GC-T-GG-------T-C-AT----CA--GTCC----------AGTTGAGT---TTTCCAATTCT-TTG-ACAAGGTATAGCC--T-CTG-----------AC-----------ATTTTAtaaact
gi|14 : ccgcgcgtatttatgaataaacattttaaaaacataaacttagtctcctaatattttgaattaaaatttgatattcatgatatcaaagccgtgcactctttctgtaaatgcaatcaaaaaagagaaataaaaaataaaaatgaataaacgataaacaatattactcagtgtaggggggggggcgtccgagataaaagcatgtaattatgaaatagttttgtttttgtgcgagtatatcctatttactattgaataaattatcacaaacttactgtttgccatgcctcccacattgccttttttcgcttgacacatttcggaaaaccttttcgaaaATATG--------ATTT-CT------TTCGG-----A------ATAA-AAAA-T-TGATTTAAAGA--A---------TAGAC-TT-AC---AC-CT-TCTTAA----A--AAACCTAGGAATTAATTGTT----TTTT-T-T-T-TGAAAGC------ATGTGAT-----ACATG------TTAGTTACCT----TCTTT------GCGAGTTC--CT-G---GGTAATG---T--AATCAGTGATT---TGG-CA------AGT--CAACCCCGGGGATAGC-GATAAA-A-TA--GGGAATGTATTATTTTTAAAA--GTTTTTTTAAAAA-AGATT-AAAT-TCAAACTAC-AAT-----TA-A---TCAT----TGC-T-ATCAT---GA-ACGCATGTGTTGCCTCC-ACCTCTTTATtaaact
gi|14 : atttttatcttatTATCACACTGTATG--TATAGTTTTGA--AGTGATCGG---TTCGGGTC-GTTTTG--TT-TGCActctccctctctatcacactgtatgtatagttttgaagtgatcggttcgggtcgttttgtttgcat
gi|16 : atttttatcttatatatgatttctttcggaataaaaaattgatttaaagaatagacttacaccttcttaaaaaacctaggaattaattgttttttttttgaaagcatgtgatacatgttagttaccttctttgcgagttcctgggtaatgtaatcagtgatttggcaagtcaaccccggggatagcgataaaatagggaatgtattatttttaaaagtttttttaaaaaagattaaattcaaactacaattaatcattgctatcatgaacgcatgtgttgcctccacctctttatctctccctctcAATAA-CATTA---TTA-TA-TGCTC-T-AC--AGA-C-----GT---TATATATGAATGAGTAC----A-G-----A-AATTT-T--TCA-CT-GC-TTGG-------T-C-ATTTCACAATGTCC----------AGTTTGAAGTTTTTCAAATTCT-TTGAACAAGt
gi|17 : tagagattaataagtgatatagacggtattatttggtggtggcgggagggggcgagagccgtcgctgctatttgatagtgctgtttttgtgcgataatactctattataaatgcttcttgatataaaaagtatcaacaccttactgttttgcaatgccactccacccattgcctttttttccgcttgacacattgtcggaaaatcttttcgaaAATAA-CATTA---TTA-TA-TGCTC-T-AC--AGA-C-----GT---TATATATGAATGAGTAC----A-G-----A-AATTT-T--TCA-CT-GC-TTGG-------T-C-ATTTCACAATGTCC----------AGTTTGAAGTTTTTCAAATTCT-TTGAACAAGtt
gi|19 : tagagattaataagtgatatagacggtattatttggtggtggcgggagggggcgagagccgtcgctgctatttgatagtgctgtttttgtgcgataatactctattataaatgcttcttgatataaaaagtatcaacaccttactgttttgcaatgccactccacccattgcctttttttccgcttgacacattgtcggaaaatcttttcgaaCCAGTC--AT------CT-T-G-CA-CTAC-A---CA---T-TCTT--GA-C-AATG--AGAAAATAATG----AAT-TAAC----T--A-----GTGTA-CT-AA-------TC-TCAGTTGAT-G--CATTTACAC-CTATATC-AATATTATTTT---AGA---TTATTGT-GA-AA-CA-A-TAG-A---T-ACAATA-TATTTT-T-------AAAAA-TCGA-TCAT-TCTA-TGTA-TA--AAAAAACAT-T-AAGG-AATGTA--A----TTGGTATTAA-A-CAA--TAT-GTC--CCTCTCC-C-GCTAT-TTC-CCC--ATCGAGGATATTGGT-ATAAGCA-ACTTTtt
gi|2 : AATAA-CATTA---TTA-GAATGCTC-T-AC--A-A-CTTAACGT---T-----TGAA--AG-AC----A-G-----TTA---T-T--TTA-C--GC-T-GG-------T-CCAT----CA--GTC-----------AGTTG---------------------AACAAGTTATAGCC--TTCCG-----------A------------ATTTTAAACAAA-----TTAA-CG---GAA-TAG-A---------GGG----TT--GA-CA-GTGCGA---C---------C--AC-ACA---AAAATTT-TA-T-CCTT----C--CATG---TTAC------------------A-TG---TACAA-TCAATACG-AA--------GAACA-TA--------AAAAAATAA--AAATATT--A------AAA-A-AA-ACCTGGG-G-CGGATCA----AATG-CT-GATG---GCACG--CAT---GTTTAT-TTAAT-A-TTG-GCATAAAAGG-----------A--AAAAAAATCATAT--------ATATAC---A-----TGTTAATGTTTT-CA-AAATATTATTTT-TT-TAAAAGGTT---------------TCCC--AGTC--AT------CT-TTG-CA-CTAC-A---CA---T-CTTT--GA-C-ATTG--AGAAAATAAGA----A-T-TAAC----T--A-----GTGTA-AT-AAAATTGAATT-TCAGTTGAT-T-GCATTTACAC-CTATAAC-AATATTATTTT---AAA---TTATTGT-GA-AA-CA----------------------TCTT---------AAAGA-TCGAACCAT--CTA-TGT--TT--AAAAAACAT-T-AAGG-ATTGTA--AT---TTGGCATTAA-ATCAA--TATAATC--CCTCTCC-C-GCTA--CTGCCCC--ATCGAG
gi|20 : aaacatttaaaacaaaacttagcacttatgtctccttatatttgaattaataatttgtattcagacatcataatcaaacgcttcgtgcactctttctgtaaaatgcaaatgaaaaagagaattaaaaaataaaaatgataaacgtattaaacaatattactcaatgtagggtggaaggtgggggtcgtcgagataaaagcaaattaattatgaaatattgtttttttgtgcagatatatcgactataatctattgaataaaattattcaaaacttacgtttgcaatgtcctcccacattgccttttcttcgcttgacaccttgttgaaaatttttgaactttcgaaaTC-----A------AGAG-AAAA-CATGA----TACG--AGTAATCGATTAAATATT-ACTA--C-CT-T--TAATA--G--A---C----------CTATTGTCTCCTT-T-TGT-TGAAAGCCATATAATGTGGTCTCACGCATAAT--ATTTAGATATCCGCCGCTTGTAGCACGCTTTGTCCGTCC-G---GGGAGTGTGTT--AATCGGTGATTGAATATGCACTTTATAATCACAACCCTGGGAATAGCTG----G-A-TT--GAAAG--T
gi|21 : aagtcatcttgttccatcttataagt---AA--GTTTT-----AAA-AG--C-ACAT-TAAAACTAC-AAT-----TATATATTGA-AATA-GCA--ATCAG---GAGACGCATGCGTTGCCTTC-
gi|21 : TTAAG--T----TT--GA--AGTGATCAGG--TTCGGGTT-GT-TTCAATG-TCCACATGCGTATAG--CACGTT---TCA-AAGACTT----C--CG-GTATAATTTA-TC-CC-A----GAGTCAA-ATTTTAACG-G---CAAA-G--ACTGA-TGCC-CCT-TCcaccctctctatctcctccttctctccaacaattttattaagtttgaagtgatcaggttcgggttgtttcaatgtccacatgcgtatagcacgtttcaaagacttccggtataatttatcccagagtcaaattttaacggcaaagactgatgccccttctgaa
gi|22 : aagttttaaaagcacattaaaactacaattatatattgaaatagcaatcaggagacgcatgcgttgccttccaccctctctatctcctccttctctccaacaatttta-----TAT----TGATAATATGCAT-CTCAT---GA-AGGCATGCGTTGCNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAT-------------TTAAG--T----TTTGGA--AGTGATCGGG--CTCCGATT-GTTTGT--TT-TGCACATGTGTACATG-CACG--TTGTCA-AGGGGT--------GG-TCGTAACTTA-TA-CC-CA---GACTAAA-ATTT--AC--G---CCAA-G--ACTTA-CGCC-ACT-tgaa
gi|23 : ATTTTAAG--T----TTTTGA--AGTGATCGGG--TTCGGGTT-GTATTC--TT-TACACATGCGCATAAGT-ACG--TTGTTA-AGGACTTAAGCCA-GG-GCGTAACTTA-TA-CA-A----GACTAAA-ATTT--AC--G---CCAA-G--tatgaa
gi|24 : C----CTTTT------CCTAGTTC--CT-G---AGTCATG---A--AATCAGTGATT---T-T-CA------AAT--CAACCCCGGGAATAGCGGAT--GAA-TT--GGAAAG-TATTA-TTT---AA--GTTTT-----AAA-AG--C-ACATATAAAACAAC-
gi|25 : ---GTATCCCATTTTAAG--T----TTTTGA--AGTGATCGAG--TTCGGGTT-GTATTC--TT-CGCACATGCGCATGAGT-ACG--TTGTTA-A--------------G-GCGTAACTTA-T
gi|26 : cctcctctctcTTGTTACAGGACTTATG-CA-GGAGCGTAACTTATTA-CC-CAAGAGACTAAATATTT--ACATG---CCAAGG--ACTTAGCGCCAGCTATCG
gi|27 : TTGAT-G--CATTTACAC-CTATATC-GATATTATATT---AAA---CTATTGT-GA-AA-CA-A-TAA-A---T-ACAATA-CATCTT-T-------AAAGA-TCGA-CCAT-Tta
gi|28 : AGA-TCCA-CCAT-TCTA-TGT-----------ACATGT-ATGGAAAAAAA--A----TTGGCATTAA-A-CGA--TAT-GTC--CCTCTCC-C-GCTAT-CT--CCC--
gi|3 : -T-GG-------T-C-AT----CA--GTCC----------TGTTGGG----TTTCCTTTTCT-TTGAACA---TGTAGCT--T-CCG-----------TC-----------ATTTTAA-CAAA-----TTAA---G--GAA----------------------TT--TG-CA-GA-CGA---T---------CATGCCACA---AG--TAAATT-T-CCGcat
gi|3 : G-CT-GGTG----T-AG--CAT---ATTTGT-TTAAT-G-TTG-AAATTAAAAG-----------AGAA---------TTT---------TATTG---ACACGTATTTTTTTTTTTACA-ACAA-TTATTT-GTT-TAGAAGGTTATATACATACATGTATTACCAAGTC--AT------CT-T-G-CA-CTAC-T---CA---T-TCTT--AA-C-ATTG--AGAA---AATG----A-T-TAAT-A-CTAGA-----GTGTA-AT-AA-------TG-TCAGTTAAT-A-ACA---ACAA---ATA-C-AATA-TATTTTTGAAAA---TTAaattctgcggaaatatacacatgtacatgcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcaaaagagctggtgtagcatatttgtttaatgttgaaattaaaagagaattttattgacacgtatttttttttttacaacaattatttgtttagaaggttatatacatacatgtattaccaagtcatcttgcactactcattcttaacattgagaaaatgattaatactagagtgtaataatgtcagttaataacaacaaatacaatatatttttgaaaattaaccactctatgttaaaaacattaaggactgtaattggtattgaaaataccccctgttccgctatctctcaacgaggattggtgtatacactacattttgttgtttgttttgttttttgcggaggttggggtgttttgattttgcataatatcggcttaatctccattagaattagaagcatgtacactattaatggaatatcattaaaatgaagtcatatgcaattttcttatttagaaaatatgaatatataagtattactatatactgttaaaaataactagattaattgttttcataaaagcaggtgttttaaaaaaaaaccttttccagggatttgcaagtcaaccccgggaataacggatgaataggaaaatattatttaagttgtaaacagcatatataaaacgacaaatccatgtatatattgataatacgcatatcacaaacgcata
gi|3 : tggtcatcagtcctgttgggtttccttttctttgaacatgtagcttccgtcattttaacaaattaaggaatttgcagacgatcatgccacaagtaaatttccgaattctgcggaaatatacacatgtacatgcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcaaaaga-AA-CA-A-CAA-A---T-ACAATA-TATTTT-T-------GAAAA-TTAA-CCAC-TCTA-TGT--T----AAAAACAT-T-AAGG-ACTGTA--A----TTGGTATTGA-A--AA--TAC--CC--CCTGTTC-C-GCTAT-CT--CTC--AACGA-GG-ATTGGT-GTAaccactctatgttaaaaacattaaggactgtaattggtattgaaaataccccctgttccgctatctctcaacgaggattggtgtatacactacattttgttgtttgttttgttttttgcggaggttggggtgttttgattttgcataatatcggcttaatctccattagaattagaagcatgtacactattaatggaatatcattaaaatgaagtcatatgcaattttcttatttagaaaatatgaatatataagtattactatatactgttaaaaataactagattaattgttttcataaaagcaggtgttttaaaaaaaaaccttttccagggatttgcaagtcaaccccgggaataacggatgaataggaaaatattatttaagttgtaaacagcatatataaaacgacaaatccatgtatatattgataatacgcatatcacaaacgcata
gi|3 : tggtcatcagtcctgttgggtttccttttctttgaacatgtagcttccgtcattttaacaaattaaggaatttgcagacgatcatgccacaagtaaatttccgaattctgcggaaatatacacatgtacatgcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcaaaagagctggtgtagcatatttgtttaatgttgaaattaaaagagaattttattgacacgtatttttttttttacaacaattatttgtttagaaggttatatacatacatgtattaccaagtcatcttgcactactcattcttaacattgagaaaatgattaatactagagtgtaataatgtcagttaatATCGGCT---T---AATCT---CCATTAGAAT-T-AGAAGCATGTACACT------A-T-T-AATGGAAT-ATCATTAAAATGAA-GTCATATGCA----------ATT------TTCTT-----AT-----TTAG-AAAA-TATGA----ATAT--A---------TAAGTATT-ACTATATACTGT--TAAAAATA--A---CTAGA------TTAAT----TGTT-T-T-CATAAAAGC------AGGTGTT-------TTAA-------AAAAAAAC----CTTTT------C--------------------------------CAGGGATT---TG--CA------AGT--CAACCCCGGGAATAACGGAT--G-A-ATAGGAAAA--TATTA-TTT---AA--GTTGT-----AAACAG--C-ATATATAAAACGACAAATCCATGTATATATTGATAATACGCAT-ATCAC---AA-ACGCATtacactacattttgttgtttgttttgttttttgcggaggttggggtgttttgattttgcataatatcggcttaatctccattagaattagaagcatgtacactattaatggaatatcattaaaatgaagtcatatgcaattttcttatttagaaaatatgaatatataagtattactatatactgttaaaaataactagattaattgttttcataaaagcaggtgttttaaaaaaaaaccttttccagggatttgcaagtcaaccccgggaataacggatgaataggaaaatattatttaagttgtaaacagcatatataaaacgacaaatccatgtatatattgataatacgcatatcacaaacgcata
gi|30 : tggtcatcagtcctgttgggtttccttttctttgaacatgtagcttccgtcattttaacaaattaaggaatttgcagacgatcatgccacaagtaaatttccgaattctgcggaaatatacacatgtacatgcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcaaaagagctggtgtagcatatttgtttaatgttgaaattaaaagagaattttattgacacgtatttttttttttacaacaattatttgtttagaaggttatatacatacatgtattaccaagtcatcttgcactactcattcttaacattgagaaaatgattaatactagagtgtaataatgtcagttaataacaacaaatacaatatatttttgaaaattaaccactctatgttaaaaacattaaggactgtaattggtattgaaaataccccctgttccgctatctctcaacgaggattggtgtatacactacattttgttgtttgttttgttttttgcggaggttggggtgttttgattttgcataatTTA-TA-CC-CT---GACTAAA-ATTT--AC--G---CCAC-A--ACTTA-CGCC-ACT-TCGCa
gi|4 : TA-TA-TGCTC-T-AC--A-A-T-----GT---T-----TTAA--T---C----ATG-----T-A---T-T--T-A-C--GC-T-GG-------T-C-------CA--GTCC----------AGT-GAG----TTTC-AATTCT-TTAACCA--TTATAACC--T-CCG-----------AC-----------ATTATAA-CAAA-----TTAA-C-A--GAA-TAG-A---------GG------T--T---A-GT-CGA---C---------C--G--ACA---AA--TTTATT-C-CTGTATAGC--CACGACTTAATGTG-----TC-TCA----AGTT--A-ACTT-TCA-TGC---A--------TA-CA-TTTAAAAATTAAAAAAAAG--AA----T--AC-----AAA-A-AA-AACTTGG-C-CA---CA----AATG-CT-GACG---A---G--CAT---GCTTGG-TTAAT-A-TTG-AAATAGAAGAGA---------A--A---------TATTTTATCTTATATAA---A-----AGTTTTT--TCTACA-AAAT-T-ATTGTTAT-TAAAAG------------------TCCCCCAATC--ACAGCCAGTT-T-G-CA-GAACGA---CA---T-T-TG--GA-C-ATTA--GAAAAATAAGT----A-T-ATAC---CT--ATGAAGGT-TA-AT-AA-------T---CATGTGAT----CATA-ACAC--TATATC-AACTGTATAT----AAA---TTATT-T-GA-AAACA-AGTAG-AACTT-ACATAA-TATGCT-T-------AAAGA-TCGA-CCAT-TCTAGTAT--T---AAAAAAGAT-T-AAGG-A-TG-A--A----TT-GCATTAA----AA--TAT-GT---CATCTCCGC-GCTAT-CTC-CCC--ATC-AGGgaa
gi|5 : attgaaaaaacatttcaaacataaacttatattagtctcctaatttaatatataatttaaattcatatatcaagccgtagcaccctttcataaaatgcaaaagtgacaaaagagaaataaaaataaaaatatacatcggtattaaaccaatattactcaatggaaggtgggggggagggcgattgttcgaatagaaagcatatacagatgtaacttaaatttctgttttgtgcgatatatccatataatctatgaataaattactcacaaactgttttgcaatgtctctctcacattgctttttcgcttgacaccattgtcggaaaaacttttcgaaaatacataA-TACTC-T-ACCCA-A-C-----GT---T-----TGAA---G-AC----A-G-----T-A---TGT--TTA-A--GC-T-GG-------TTC-AT----CA--GTCC----------AGTTGGG----TT-CCTTTCCT-TTGAACAAG---TAGCCAAT-CCC-----------ACCACAACACACAATATTTA-CAAACTATATTAA-CAACAGAA-AAG-ATACAAAGAAGGGATATTT--CGACAAGA-CGA---CAAACAACAAC--ACCACACAAAA--TATATA-T-CCTT----T--CATC---ACATATA-----TC-TCATCCAA-TT--ATACAAATCCATACG-AAAA------TAGCA-TGT------TGGGGAA-------------------------A-AC-AACTTGG-GACGGATCA----AATGGCTAGATG---A--CG--CAT---GTTTGAATTAAT-A-TTG-AAATCAAAAG-----------A--A---------TTTTTT-----AT-TAA---G-----AGT-ATTGTTT-ACA-AAATCTTATTTTGTG--AAAGGGTT---------------GCCC--AGTC--AT------CT-T-GGCA-CTAC-ATCACA---T-TCTT--GA-C-ATTG--AG-AAATAATG---------AACAA-CT--A-----GTGTG-GT-AA-------TTGTCAG-TGAT-T-GAATTC--------TATC-AAT-T----------AA---T--TTGT-GA-AA-CAGA-TAA-A---T-ACACTA-TATTTTGT-------AAAGA-T-----CAT-TT--------------AAAATAT-T-TAGA-TTTTTG--ATTTGTTGGTATTAAGA-CAA--TAT-CCCCGCCTTCTC-C-GCTAT-TT--CCC--ATCGAGGA-ATTGGTAATAAGCA-AC-TTAAATTTG
gi|5 : acatcttcccaccgagaagccaatactattacatcgccactcGGGGAGTCATA-TCG-CCAAGT---A--TT---CCAATAGAAT-TCAGAA-CA---G----TCTGCCACTGT-AATGGAAT-ATCATTGCAATGAATTTCATATGCAA-----A-ATATT------TTCTTTGTTAA------ATAA-AAAAGTATGA----ATGA--A---------TAAG--TT-ACT-TAC-TT-C--AAA----A--A---CT---------ggggggggggggggggggagtcatatcgccaagtattccaatagaattcagaacagtctgccactgtaatggaatatcattgcaatgaatttcatatgcaaaatattttctttgttaaataaaaaagtatgaatgaataagttacttacttcaaaaactagattatatt
gi|6 : acatcttcccaccgagaagccaatactattacatcgccactcatactctacccaacgtttgaagacagtatgtttaagctggttcatcagtccagttgggttcctttcctttgaacaagtagccaatcccaccacaacacacaatatttacaaactatattaacaacagaaaagatacaaagaagggatatttcgacaagacgacaaacaacaacaccacacaaaatatatatcctttcatcacatatatctcatccaattatacaaatccatacgaaaatagcatgttggggaaaacaacttgggacggatcaaatggctagatgacgcatgtttgaattaatattgaaatcaaaagaattttttattaagagtattgtttacaaaatcttattttgtgaaagggttgcccagtcatcttggcactacatcacattcttgacattgagaaataatgaacaactagtgtggtaattgtcagtgattgaattctatcaattaatttgtgaaacagataaatacactatattttgtaaagatcatttaaaatatttagatttttgatttgttggtattaagacaatatccccgccttctccgctatttcccatcgaggaattggtaataagcaacttaaatttgggggggggggggggAATAAACATTAACATTA-TA-CTC-C-T-AC--A-A-CAC---GT---T-----TGAA---G-ACCACGA-GGT---T-ACACT-TCCTCATC--GCGT-GGCACCGAAT-C-AC----CA--TTCCCAGCTTGGTCAGTTCGA----TTTCCAATTCCATTGAACATAGTATAGCT--A-CCGGTCACGAAACAACT----------ATTTCAA-AATA-----TTAA-CGA--GAA-TAGGA---------GGG----TTATTG-CA-GT-CGAAGCCGA-------C--GCGCCA---AA--TGTATAATGCCTT----TATCGTG---TATAGTTGGGTATT-CCA----A-TGTTATACAA-TCAATACG-AACCGATATATA-CAATTT------TAACAAACTATTAA----T--ATTTAAAAAA-ATAA-AACTTGGTG-CGGATTATCATAATG-CT-GATATGCAT-CG--TCT---GAATGT-TAGAT-A-GTG-AAATTAA---------------------------------------------------------TTTGTT--ACACAGAT-TTATTT-GTTGTAAAACGTG---------------TCTCACGATTGTAT------CTGC-GTCA-CTA--A---CAAAATATCTTATGA-CCATTGGAAGAAAATAGTATAAAA-TATAAC---TT--A-----G-GTACAT-AA-------TT-TCAGTTGATCG-GCATTTACACAAAATATCAAATATTATTTT---AAACTTCTATTGTCGACAA-CA-A-TAG-A---TAACAATA-agattatatt
gi|7 : tgtaacatgaacatagtaatacaaatttcatccttcaatttttcaggtgcgatatatttctattataaaaatctattgaataaattattcacggaaacgttactgttttggcattatgtgccttcccacattggccgcttgtttttgttgactctatccctctcctggtgatcgaaaaacgttttgctccgaaGGGT-TCACA-TTAGCC---A---A--TT---TCATTAGGAT--AACAAGAGT-TGCACTTCT--TACT---AA-GGAAT--TCATTGCA-TGAA-TTCATATGCAATTTTTATTTCTTAATAAATTTTT-----ATTTCCTATAATAAAA-TACGA----AACGGAA---------TAAATATT-ACTA--C-CT-T--TAA----AGAA---CT---------CTATT----TCTT-TGT-T-TAAGAGC------ATGTGGT-----AGATAATCAG-TTA---AACC----CTCTT------CC---TTT--CC-GTGCGGTCATG---TAAAATCA-TGA-T---TG--CA------AGT--CAATCCTGGGAATAGC-GAT----A-T----GAAA--TA-TATTTTAA-AA--GTTTTTA---AAA-AG--CAACA-ATAAAACGAC-AATG----TATA---TGA-AAT-TG-AT-TTCATTCATA-ACGCATGTGTCANNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAGT-TCCCATTTTAAGAAG----TTTCGATCAGTGAGCGGAGTTTCGGGTTGGTATTC--TTGTTCACATGCGCATTAATCGC-TTAT-TTA-A--ACTATAG-CC-AG-GCATA---TA-TAGTT-C----AACGAAAGATCT--AC--AACTTCAA-GCAACTTA-CGCC-GCT-TCGgta
gi|8 : tgtatcatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncTGTCACAATCAGCC---TCCAA--TTTACCCATTAAGTTCTCAGAAGCA-G-GCACTTCTGTAACT-TTAATGAAATCATCATTGCAAT-AA-T-------CAA-----TTTTATT------TTCTT-----A------ATAA-AAAA-TATGA----AACG--AA--------TAAGTATT-ACTA--C-CT-T--TAA----AG-A---CT---------CT-TT----TGTCCT-T-T-TGAAAGC------ATGCGAT-----AAATAGT--A-TTAGATA-CC----ATTTT------CCTAGTTC--CC-G---GGTCATG---T--AATCAGTGATT---T-T-CT------AAT--CAACCCCGGGAATAGCGGAT--G-AATT--GGAAAG-TATTCTTCT---AAAAGTGTT-----AAA-AG--C-ACATATAAAACGAC-AAT-----TATG---TGATAATAT------------------GCAT-----------------TTCATGAATGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNAAG--T----TTTTGA--AATGATCGGG--TTCGGGTT-GTATTC--TT-TGCACACGCACACAAGT-ACG--TTGCTA-AGGACTTAAGCCA-GG-GCGTAACTTA-TA-CCAA----GACTAAA-ATTT--AC--G---CCAA-G--ACTTA-CGCC-GCT-TCGt
gi|9 : agggttTAGCC--T-CGG-----------AC-----------ATTTTAA-CAAA-----TTAA-CGA--GAA-TAG-A---------GGG----TT--TG-CA-GT-CGA---T---------C--GCGCCA---AA--TTTATA-T-CCGT----T--CATG---TAATTTT-----T--TCA----A-TG--TTACAA-TCAATACG-AAA-------TA-CA-TTT------CAAAAAATAA--AA----T--A------AAATA-AATAACTTGG-G-CGGATCA----AATG-CT-GATG---A--CG--CATTATGTTTGT-TAAGT-A-TTGCAAATTAAAGAGAGGCAATTTAA--A---------TATTT------ATATAA---A-----AGTT-TTGTTTACCA-AAAT-T-ATTT-GTT-TAAA-GGTT-----------------CCCCAG-C--AT------CT---G-CAACTA--A---CA---T-TCTT--GAGC-ATTG--AGAAAATAATG----AAT-TAAC-AATT--T-----GT-TA-AT-AA-------TT-TCAGCT--T-A-GCATTCAC------TAAC-A----TAT------AAA---ATATTGT-GACAA-CACA-TAGCAC--T-AC--TACTATCAT-TCTGTGAAAAAGACTCGG-CCATATCTAGTGTAGTCGAAAAAAAAAT-TCAAGACATTGTAGGA----TTG--ATTAA-A-CAAAACAT-GTC--CCTCTCC-CAGCCATATT--CCCGCATCGAGTG-ATTTGT-ATAA-CAGACTTTGAtgaa
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): CCCCCAGTCGGATTTATGAAAATAAACATTTAAAACTAAACTTAGTAACACCTATATTTGAATAAATAATATTGATATTCTATATCAAAGCCGTGCTTTATCTGTAAAATTGCAAATGAAAAAGAGAATACGAATTAAAAAATGATAAGTGTATAAACAATAATACACAATGTAGGGTTGGGGGGGTGTGAGATAAAAGCATATAATATAATAGTTTTTTGTTTTGTGGCGAACATATCTATTCTAATCTATTGAATAAAATTATCACAAAACTACTGTTTGCAAATGGTCCTCCCATTGCCTTTTTTTTCGCTTTGACACCTTCTCGAAAACTTTTCGAAA
Unaligned ( gi|18 ): CCCCTCGGTATTTACATAGTATATGAAATAAACATTGAAAACATATATTTAGCATCCAATATTTGAAGTAATAATTTGATGTTCATATATGAAAGACATGCACTCTTTCTTTTAATTGCAAATGAACAAGAGAATACAAATATAAATGGGAAAGGTATGATAACCACATTAAACAATATTACTCAATTGGTGGGGGAAAGGGGGGGGGGGGGTCGTCAGATGAATTCAGCGTTTGATTATAAAAACAGTTTTGTTTTGTTCGAATAT
Unaligned ( gi|29 ): ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAT
Alignments
lowQualScore : 111 11111 11111 11111 444444444444444444 11 1111111 1111 11 1111111111 222222 333333333333333333333333 11111 22222222222 1111 3333333333333333333 1111111 111 333333333333333333 1111 2222222222222 1 222222 4444444444444444444444444 1 1111 333333 777777777777777777777777777777777777777777777777 1 11 3333333333333333 111111 11111111 2222222222222 1111111 2222 111 111111 11111 111111111 1 3333333 1 1111 11 11 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 2222222222 111 222 222 222222222 222222222222222222 222222222222 1111 222222222 111 11 555555555555555555 111 111111 3333333333333333 1111 111111 111 111 333333333333333 1111111111 11 111 22222 11 222222222222 111111111 111 111111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111111 11 222 22222222 222222 1 111111
lowQualScore : 5 3 888 4 3 3 3 55 7 3 44444 666 88888 66666 444444444444444444 3 55 1 3 22 3 6 0000000 3 3 5555 00 5555555555 555555 111 3 2 9 55 4 000000000000000000000000 5 22222 888888 55 44444444444 0000 66 5 5 55 0000000000000000000 888 66 0 5 5 2 9999999 000 111111111111111111 5 0000 5 5555555555555 1 5 222222 4444444444444444444444444 5 1 5 7777 5 5 000000 66 888 5 5 5 5 777777777777777777777777777777777777777777777777 6 33 5 0 3 00 55 7777777777777777 3 66 222222 777 8 4 55 777 777 4 66 8 66 1 55555555 4 8888888888888 1 4 4 4444444 77 0 2222 2 555 2 4 99 000000 777 5 8 4 999 55555 4 1 4 888888888 4 4 4 0 0 3333333 5 55 0 5 0 66 5555 777 66 66 66 5 5 5 66 66 1 0 8 8 2 33 3 1 1 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2 0 1 9999999999 444 333 111 0 111111111 5 88 0 8 0 888888888888888888 111111111111 8888 5 2222 0 77 888888888 11 5 888 5 33 77 111111111111111111 9 111 1 6 6 9999 999999 1 2222222222222222 1 7 2222 666666 66 77 5 000 0 000 77 222222222222222 77 7 4444444444 99 7 777 77 22222 5 77 5 00 5 000000000000 5 222222222 000 5 2 999999 0 333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0 1111111 66 0 888 5 3 66 5 22 444 5 4 2 99999999 5 4 5 555555 0 66 222222 5 66 5 5 5
lowQualScore : . . ... . . . . .. . . ..... ... ..... ..... .................. . .. . . .. . . ....... . . .... .. .......... ...... ... . . . .. . ........................ . ..... ...... .. ........... .... .. . . .. ................... ... .. . . . . ....... ... .................. . .... . ............. . . ...... ......................... . . . .... . . ...... .. ... . . . . ................................................ . .. . . . .. .. ................ . .. ...... ... . . .. ... ... . .. . .. . ........ . ............. . . . ....... .. . .... . ... . . .. ...... ... . . . ... ..... . . . ......... . . . . . ....... . .. . . . .. .... ... .. .. .. . . . .. .. . . . . . .. . . . .................................................................................. . . . .......... ... ... ... . ......... . .. . . . .................. ............ .... . .... . .. ......... .. . ... . .. .. .................. . ... . . . .... ...... . ................ . . .... ...... .. .. . ... . ... .. ............... .. . .......... .. . ... .. ..... . .. . .. . ............ . ......... ... . . ...... . ...................................................... . ....... .. . ... . . .. . .. ... . . . ........ . . . ...... . .. ...... . .. . . .
lowQualScore : 0 2 999 0 6 6 6 00 3 6 11111 444 22222 44444 000000000000000000 6 00 7 6 33 3 7 8888888 6 6 5555 00 9999999999 111111 999 6 3 4 55 0 666666666666666666666666 0 55555 555555 44 00000000000 6666 99 0 0 88 6666666666666666666 888 99 5 0 0 5 1111111 000 000000000000000000 7 3333 7 4444444444444 4 7 111111 4444444444444444444444444 7 4 7 9999 0 0 111111 99 888 0 0 0 0 555555555555555555555555555555555555555555555555 2 88 0 0 2 88 11 5555555555555555 9 11 888888 000 9 4 66 888 888 4 11 9 11 8 66666666 4 3333333333333 1 4 4 4444444 00 8 0000 4 888 2 4 22 888888 888 0 9 4 888 88888 4 9 4 444444444 4 4 4 4 0 9999999 0 44 0 5 4 99 6666 111 99 44 99 0 0 0 99 99 7 7 0 0 5 22 2 0 0 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 5 6 4 2222222222 000 888 222 8 000000000 6 88 8 0 8 555555555555555555 777777777777 1111 7 1111 7 99 666666666 66 7 333 7 66 99 000000000000000000 8 777 0 7 7 3333 222222 0 8888888888888888 0 5 1111 444444 66 99 7 000 7 000 99 111111111111111 99 9 0000000000 33 3 999 99 11111 7 99 7 00 7 111111111111 0 444444444 000 7 2 888888 8 222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2 5555555 99 1 222 0 6 99 0 99 111 0 5 0 88888888 0 4 0 000000 0 99 666666 0 99 7 7 7
consensus : NAATAA-CATTAA--TTA-TA-TGCTC-T-AC--A-A-C-----GT---T-----TGAA--AG-AC----A-G-----T-A---T-T--TTA-C--GC-T-GG-------T-C-AT----CA--GTCC----------AGTTGGG----TTTCCAATTCT-TTGAACAAGGTATAGCC--T-CCG-----------AC-----------ATTTTAA-CAAA-----TTAA-CGA--GAA-TAG-A---------GGG----TT--TG-CA-GT-CGA---C---------C--GCGACA---AA--TTTATA-T-CCGT----C--CATG---TAATNTT-----TC-TCA----A-TG--ATACAA-TCAATACG-A--------A--TA-C-ATTT------TAAAAAACAA--AA----TA---AAA-A----AA-AACTTGG-G-CGGATCA----AATG-CT-GATG---AT-CG--CAT---GTTTGT-TTAAT-A-TTG-AAATTAAAGG-----------AA-------NATTTT-----ATATAAA-----AGTTNTTGTTTTACA-AAAT-TTATTTTGTT-TAAAAGGTT---------------TCCCCCAGT--CAT------CT-T-G-CA-CTAC-A---C---AT-TCT--TGA-CATTG--AGAAAATAAT----G-A-T-TAAC-A-CT--A-----GTGTA-AT-AA-------TT-TCAGTTGAT-G-GCATTTACAC-CTATATC-AATATTATTTT---AAA---TTATTGT-GA-AA-CA-A-TAG-A---T-ACAATA-TATCTT-T-------AAAGA-TCGA-CCAT-TCTA-TGT--T---AAAAAACAT-T-AAGG-ATTGTA--A----TTGGCATTAA-A-CAA--TAT-GTC--CCTCTCC-C-GCTAT-CT--CCC--ATCGAGGG-ATTGGT-ATAAGCA-ACTTTNAATNTGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATGGGGTGTCACAATCGGCC---T---A--TT---CCATTAGGAT-TCAGAAGCATGTGCACTTCTGCTACT-T-AATGGAAT-ATCATTGCAATGAA-TTCATATGCAA-----ATTTATT------TTCTT-----A------AT-AA-AAAA-TATG----AAACG--A---------TAAGTATT-ACTATAC-CT--TTA--AA--A----CT---------CTATT---TNTT-T-T--T-TGAAAGC------ATGTGNT-----ANATAAT--A-TTAGATAACC----CTTTT------CCTAGTTC--CC-G---GGTCATG---TAA--TCAGTGATT---TGT-CA------AGT--CAACCCCGGGAATAGCGGAT--G-A-TT--GGAAA--TATTATTTT---AA--GTTTT-----AAA-AG--C-ACATATAAAACGAC-AAT-----TATA---TGATAATATGCAT-NTCAT---GA-ACGCATGCGTTGCCTCC--NCCTCTTTATGAATGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAT---GTATCCCATTTTAAG--T----TTTTGA--AGTGATCGGG--TTCGGGTT-GTATTC--TT-TGCACATGCGCATAAGTCACGTTTTGTTA-AGGACTTAAG-CA-GG-GCGTAACTTA-TA-CC-C----GACTAAA-ATTT--AC--G---CCAA-G--ACTTA-CGCC-GCT-TCGC
Reference ( family-1460 ) : NAATAA-CATTAA--TTA-TA-TGCTC-T-AC--A-A-C-----GT---T-----TGAA--AG-AC----A-G-----T-A---T-T--TTA-C--GC-T-GG-------T-C-AT----CA--GTCC----------AGTTGGG----TTTCCAATTCT-TTGAACAAGGTATAGCC--T-CCG-----------AC-----------ATTTTAA-CAAA-----TTAA-CGA--GAA-TAG-A---------GGG----TT--TG-CA-GT-CGA---C---------C--GCGACA---AA--TTTATA-T-CCGT----C--CATG---TAATNTT-----TC-TCA----A-TG--ATACAA-TCAATACG-A--------A--TA-C-ATTT------TAAAAAACAA--AA----TA---AAA-A----AA-AACTTGG-G-CGGATCA----AATG-CT-GATG---AT-CG--CAT---GTTTGT-TTAAT-A-TTG-AAATTAAAGG-----------AA-------TATTT------ATATAAA-----AGTTNTTGTTTTACA-AAAT-TTATTTTGTT-TAAAAGGTT---------------TCCCCCAGT--CAT------CT-T-G-CA-CTAC-A---C---AT-TCT--TGA-CATTG--AGAAAATAAT----G-A-T-TAAC-A-CT--A-----GTGTA-AT-AA-------TT-TCAGTTGAT-G-GCATTTACAC-CTATATC-AATATTATTTT---AAA---TTATTGT-GA-AA-CA-A-TAG-A---T-ACAATA-TATCTT-T-------AAAGA-TCGA-CCAT-TCTA-TGT--T---AAAAAACAT-T-AAGG-ATTGTA--A----TTGGCATTAA-A-CAA--TAT-GTC--CCTCTCC-C-GCTAT-CT--CCC--ATCGAGGG-ATTGGT-ATAAGCA-ACTTTNAATNTGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATGGGGTGTCACAATCGGCC---T---A--TT---CCATTAGGAT-TCAGAAGCATGTGCACTTCTGCTACT-T-AATGGAAT-ATCATTGCAATGAA-TTCATATGCAA-----ATTTATT------TTCTT-----A------AT-AA-AAAA-TATG----AAACG--A---------TAAGTATT-ACTATAC-CT--TTA--AA--A----CT---------CTATT---TNTT-T-T--T-TGAAAGC------ATGTGNT-----ANATAAT--A-TTAGATAACC----CTTTT------CCTAGTTC--CC-G---GGTCATG---TAA--TCAGTGATT---TGT-CA------AGT--CAACCCCGGGAATAGCGGAT--G-A-TT--GGAAA--TATTATTTT---AA--GTTTT-----AAA-AG--C-ACATATAAAACGAC-AAT-----TATA---TGATAATATGCAT-NTCAT---GA-ACGCATGCGTTGCCTCC--NCCTCTTCATGAATGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAT---GTATCCCATTTTAAG--T----TTTTGA--AGTGATCGGG--TTCGGGTT-GTATTC--TT-TGCACATGCGCATAAGTCACGTTTTGTTA-AGGACTTAAG-CA-GG-GCGTAACTTA-TA-CC-C----GACTAAA-ATTT--AC--G---CCAA-G--ACTTA-CGCC-GCT-TCGC
gi|1 : AGTAA-CATTTA--TTAATA-TGCTCCT-GC--A-AGC-----GT---T------GAA--AG-AC----G-G-----T-A---T-T--TTA-C--GC-T-GG-------C-C-AA----TA--GTCC----------AGTTG------TTTCCAAT-CT-TTGAACTAAGTATAGCC--T-GCG-----------AC-----------ATTTTAA-CAAA-----TTAAACGA--GAAATAATA---------GGG----TT--TG-C--GT-CGA---C---------C--GCGGCC---AA--TTTATA-T-CTTT----C--CATG---TAATTTT-----TCGTAA----A-TG--ATAAAA-TCAACACG-A--------A--TA-C-ATTT------TAAAAAACAA--AATT--TA---AAA-A----AA-AACTTGGCG-CGGGTCAT---AATG-CT-G-TG---AT-CGGCCAT---GTTTGT-TTAATCACTTG-AAATTAAAGG-------------------------------ATATAAA-----AGTGGCTGTTTAACA-AAAT-TTATTTTGTT-TAAAATGTT---------------TCCCCCAGT--CAT------CT-T-G-CA-TTAC-A---C---AT-TCT--TGA-CGTTG-----AAATAAT----G-A-T-TAAC---CT--A-----GTGAA-ATAAA-------TT-TCAGTTGAT-GTCCATTTCCAC-CTTTATC-AAT-TTATTTT---AAA---TTATTGT-AA-AA-CA-A-TAG-----T-ACAATA-TATCTT-T-------AAAGA-TCGA-CCAT-TCAA-TGT--T---AAAAAACGT-T--AGG-ATTGTA--A----TTGGCAAAAA-A-CAA--TAT-GTC--CCTCTCC-C-GCTAT-CT--CCC--A-CGATGG-ATTGGT-ATAAGC--ACTTTTAATGTGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATGGGGTGTCACAATCCGCT---C---A--TT---TCATTAGGAT-T-AGAAGCATGTGCACTTCTGCTA-T-T-AAGGAAAT-ATCATTGCTATGAA-TTCATATGCCA-----ATTTATT------TTCTT-----A------AT----AAAA-TATG----AAACG--A---------TAAGTATTAAGTATAT-CT--TTA--AG--C----CT---------CT-TT---TGTC-T-T--T-TGAAAGC------ATGTGTTC----AGATAGT--A-TTAGATAACC----CTTTT------CCTAGTTC--CCTG---GGTCATG---TAA--CCAGTGATT---TAT-CA------AAT--CGA-CCCGGAAATAGCGGAT--G-A-TT--GGAAA--TATTATTGT---AA--GTTTT-----AAA-AG--C-ACA-ATAAAACGAC-AAT-----TATA---TGATAA-ATGCATCTTCAT---GA-ATGCATGTGTTGCCGCCT-TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT---GTATCCCATTTTAAG--T----TTTTGA--AGTAA-CGGT--TTCGGGTT-GTATTC--TT-TGCACATGCGCATAAGTCACGTTTTGTTA-AGG-CTTAAG-CAGGG-GCGTAACTTA-TA-CA-C----GATTAAA-ATTT--AC--G---CCAA-G--ACTTA-CGCC-GCT-TCGC
gi|10 : tA-CATTA---TTA-TC-T--TC-T-AC--A-A-C-----GT---T-----T-AA--AG-AC----A-G-----T-----T-T--TTA-A--GC-T-AT-------T-C-AT----CA--GTCC----------GGATGGG----TTTCCTTTTCT-TTGAACAAG---TAGTC--T-CCG-----------AC-----------ATATTAA-AAAC-----TTAA-CGA--GAA-TAG-A---------GGG----TT--TG-CA-GA-TGA---C---------C--GT-ACA---GA--TTGATA-T-CCGT----T--CATG---TAATTAT-----TC--CA----A-TT--ATACAA-TCAATACGAA--------A--TG-C-ATTTG-----GGGAAAACAC--A-------------------------TTTG-G-CGGACCA----AATG-CT-GATG---A--CG--CAT---GTTTGT-TTAAT-A-CTG-AAATTAAAAG-----------AG-------AATTTTTA---ATTTAAA-------TTATTG-CTTACA-AAAT-TTATTTC------AAAGGTT-----------------GCCCAGT--CAT------TT-T-G-CA-CTAC-A---C---AT-TTT--TGA-CACTG--AGCATATAAT----GAA-T-TAAT-A-CT--A-----GTGTA-AT-AA-------t
gi|11 : tatatatatataatctattgaataaatttcagcaaacttactgttttgcaatgtcctccaacattgccttcttttttcgcttgacaccttgtcggaaactttccgtaaagtA--TTA-TA-TGCTC-TAAC--A-A-C-----GCTTGT-----TGAA--AT-ACCG--A-GTAAGTT-A---T-T--TGA-CAGGC-T-GG-------
gi|12 : ctatatcaagtcctcctaatactgttgaattaaataatgggttcgatatttcatatatcaaataagcctgtgcacctctttctgtaatagggattgccaaaaataggaaaaagagaataaaaagtgataactcagtattaatgaacaaatagttcaaaaggagaatttatactgtcaatgatggagtttgggtagtgtttccgtcgataacaaaattgcaaagtacatgtaagttatgaaaacttgttttgttttgttgcgaatagtatctacttatattaactattatttgataaatattgatccaaacttgtctttgcatgtctcaagagtaaatatcttatttccacattgccttttttgtattacgctttgacatcctttgtcggaaacttttcgaaagtattggaacaatgggggagggggAATAA-C-TTAA--TTA-TA-TGCTC-T-AC--A-A-C-----GT---T-----TGAA--AG-AC----A-A-----G-AAT-T-T--TTA-C--GC-T-GG-------T-C-AT----CA--GTCC----------AGTTGAGT---TTTCCAATTCT-TTG-ACAAGGTATAGCC--T-CTG-----------AC-----------ATTTTA
gi|13 : ccgcgcgtatttatgaataaacattttaaaaacataaacttagtctcctaatattttgaattaaaatttgatattcatgatatcaaagccgtgcactctttctgtaaatgcaatcaaaaaagagaaataaaaaataaaaatgaataaacgataaacaatattactcagtgtaggggggggggcgtccgagataaaagcatgtaattatgaaatagttttgtttttgtgcgagtatatcctatttactattgaataaattatcacaaacttactgtttgccatgcctcccacattgccttttttcgcttgacacatttcggaaaaccttttcgaaaAATAA-C-TTAA--TTA-TA-TGCTC-T-AC--A-A-C-----GT---T-----TGAA--AG-AC----A-A-----G-AAT-T-T--TTA-C--GC-T-GG-------T-C-AT----CA--GTCC----------AGTTGAGT---TTTCCAATTCT-TTG-ACAAGGTATAGCC--T-CTG-----------AC-----------ATTTTAtaaact
gi|14 : ccgcgcgtatttatgaataaacattttaaaaacataaacttagtctcctaatattttgaattaaaatttgatattcatgatatcaaagccgtgcactctttctgtaaatgcaatcaaaaaagagaaataaaaaataaaaatgaataaacgataaacaatattactcagtgtaggggggggggcgtccgagataaaagcatgtaattatgaaatagttttgtttttgtgcgagtatatcctatttactattgaataaattatcacaaacttactgtttgccatgcctcccacattgccttttttcgcttgacacatttcggaaaaccttttcgaaaATATG--------ATTT-CT------TTCGG-----A------AT-AA-AAAA-T-TGATTTAAAGA--A---------TAGAC-TT-AC---AC-CTTCTTA--AA--AAAC-CTAGGAATTAATTGTT---TTTT-T-T--T-TGAAAGC------ATGTGAT-----AC---AT--G-TTAGTTACCT----TCTTT------GCGAGTTC--CT-G---GGTAATG---TAA--TCAGTGATT---TGG-CA------AGT--CAACCCCGGGGATAGC-GATAAA-A-TA--GGGAATGTATTATTTTTAAAA--GTTTTTTTAAAAA-AGATT-AAAT-TCAAACTAC-AAT-----TA-A---TCAT----TGC-T-ATCAT---GA-ACGCATGTGTTGCCTCC--ACCTCTTTATtaaact
gi|14 : atttttatcttatTATCACACTGTATG--TATAGTTTTGA--AGTGATCGG---TTCGGGTC-GTTTTG--TT-TGCActctccctctctatcacactgtatgtatagttttgaagtgatcggttcgggtcgttttgtttgcat
gi|16 : atttttatcttatatatgatttctttcggaataaaaaattgatttaaagaatagacttacaccttcttaaaaaacctaggaattaattgttttttttttgaaagcatgtgatacatgttagttaccttctttgcgagttcctgggtaatgtaatcagtgatttggcaagtcaaccccggggatagcgataaaatagggaatgtattatttttaaaagtttttttaaaaaagattaaattcaaactacaattaatcattgctatcatgaacgcatgtgttgcctccacctctttatctctccctctcAATAA-CATTA---TTA-TA-TGCTC-T-AC--AGA-C-----GT---TATATATGAATGAGTAC----A-G-----A-AATTT-T--TCA-CT-GC-TTGG-------T-C-ATTTCACAATGTCC----------AGTTTGAAGTTTTTCAAATTCT-TTGAACAAGt
gi|17 : tagagattaataagtgatatagacggtattatttggtggtggcgggagggggcgagagccgtcgctgctatttgatagtgctgtttttgtgcgataatactctattataaatgcttcttgatataaaaagtatcaacaccttactgttttgcaatgccactccacccattgcctttttttccgcttgacacattgtcggaaaatcttttcgaaAATAA-CATTA---TTA-TA-TGCTC-T-AC--AGA-C-----GT---TATATATGAATGAGTAC----A-G-----A-AATTT-T--TCA-CT-GC-TTGG-------T-C-ATTTCACAATGTCC----------AGTTTGAAGTTTTTCAAATTCT-TTGAACAAGtt
gi|19 : tagagattaataagtgatatagacggtattatttggtggtggcgggagggggcgagagccgtcgctgctatttgatagtgctgtttttgtgcgataatactctattataaatgcttcttgatataaaaagtatcaacaccttactgttttgcaatgccactccacccattgcctttttttccgcttgacacattgtcggaaaatcttttcgaaCCAGT--CAT------CT-T-G-CA-CTAC-A---C---AT-TCT--TGA-CAATG--AGAAAATAAT----G-AAT-TAAC----T--A-----GTGTA-CT-AA-------TC-TCAGTTGAT-G--CATTTACAC-CTATATC-AATATTATTTT---AGA---TTATTGT-GA-AA-CA-A-TAG-A---T-ACAATA-TATTTT-T-------AAAAA-TCGA-TCAT-TCTA-TGTA-TA--AAAAAACAT-T-AAGG-AATGTA--A----TTGGTATTAA-A-CAA--TAT-GTC--CCTCTCC-C-GCTAT-TTC-CCC--ATCGAGGATATTGGT-ATAAGCA-ACTTTtt
gi|2 : AATAA-CATTA---TTA-GAATGCTC-T-AC--A-A-CTTAACGT---T-----TGAA--AG-AC----A-G-----TTA---T-T--TTA-C--GC-T-GG-------T-CCAT----CA--GTC-----------AGTTG---------------------AACAAGTTATAGCC--TTCCG-----------A------------ATTTTAAACAAA-----TTAA-CG---GAA-TAG-A---------GGG----TT--GA-CA-GTGCGA---C---------C--AC-ACA---AAAATTT-TA-T-CCTT----C--CATG---TTAC------------------A-TG---TACAA-TCAATACG-A--------A--GAAC-ATA--------AAAAAATAA--AAATATTA---AAA-A----AA-ACCTGGG-G-CGGATCA----AATG-CT-GATG---GCACG--CAT---GTTTAT-TTAAT-A-TTG-GCATAAAAGG-----------AAAAAAAATCATAT------ATATACA-----TGTTAATGTTTT-CA-AAATATTATTTT-TT-TAAAAGGTT---------------TCCC--AGT--CAT------CT-TTG-CA-CTAC-A---C---AT-CTT--TGA-CATTG--AGAAAATAAG----A-A-T-TAAC----T--A-----GTGTA-AT-AAAATTGAATT-TCAGTTGAT-T-GCATTTACAC-CTATAAC-AATATTATTTT---AAA---TTATTGT-GA-AA-CA----------------------TCTT---------AAAGA-TCGAACCAT--CTA-TGT--TT--AAAAAACAT-T-AAGG-ATTGTA--AT---TTGGCATTAA-ATCAA--TATAATC--CCTCTCC-C-GCTA--CTGCCCC--ATCGAG
gi|20 : aaacatttaaaacaaaacttagcacttatgtctccttatatttgaattaataatttgtattcagacatcataatcaaacgcttcgtgcactctttctgtaaaatgcaaatgaaaaagagaattaaaaaataaaaatgataaacgtattaaacaatattactcaatgtagggtggaaggtgggggtcgtcgagataaaagcaaattaattatgaaatattgtttttttgtgcagatatatcgactataatctattgaataaaattattcaaaacttacgtttgcaatgtcctcccacattgccttttcttcgcttgacaccttgttgaaaatttttgaactttcgaaaTC-----A------AG-AG-AAAA-CATG----ATACG--AGTAATCGATTAAATATT-AC--TAC-CT--TTAATAG--A----C----------CTATTGTCTCCT-T-TTGT-TGAAAGCCATATAATGTGGTCTCACGCATAAT--ATTTAGATATCCGCCGCTTGTAGCACGCTTTGTCCGTCC-G---GGGAGTGTGTTAA--TCGGTGATTGAATATGCACTTTATAATCACAACCCTGGGAATAGCTG----G-A-TT--GAAAG--T
gi|21 : aagtcatcttgttccatcttataagt---AA--GTTTT-----AAA-AG--C-ACAT-TAAAACTAC-AAT-----TATATATTGA-AATA-GCA--ATCAG---GAGACGCATGCGTTGCCTTCCACCCTCTCTAT
gi|21 : TTAAG--T----TT--GA--AGTGATCAGG--TTCGGGTT-GT-TTCAATG-TCCACATGCGTATAG--CACGTT---TCA-AAGACTT----C--CG-GTATAATTTA-TC-CC-A----GAGTCAA-ATTTTAACG-G---CAAA-G--ACTGA-TGCC-CCT-TCctcctccttctctccaacaattttattaagtttgaagtgatcaggttcgggttgtttcaatgtccacatgcgtatagcacgtttcaaagacttccggtataatttatcccagagtcaaattttaacggcaaagactgatgccccttctgaa
gi|22 : aagttttaaaagcacattaaaactacaattatatattgaaatagcaatcaggagacgcatgcgttgccttccaccctctctatctcctccttctctccaacaatttta-----TAT----TGATAATATGCAT-CTCAT---GA-AGGCATGCGTTGCNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAT-------------TTAAG--T----TTTGGA--AGTGATCGGG--CTCCGATT-GTTTGT--TT-TGCACATGTGTACATG-CACG--TTGTCA-AGGGGT--------GG-TCGTAACTTA-TA-CC-CA---GACTAAA-ATTT--AC--G---CCAA-G--ACTTA-CGCC-ACT-tgaa
gi|23 : ATTTTAAG--T----TTTTGA--AGTGATCGGG--TTCGGGTT-GTATTC--TT-TACACATGCGCATAAGT-ACG--TTGTTA-AGGACTTAAGCCA-GG-GCGTAACTTA-TA-CA-A----GACTAAA-ATTT--AC--G---CCAA-G--tatgaa
gi|24 : C----CTTTT------CCTAGTTC--CT-G---AGTCATG---AAA--TCAGTGATT---T-T-CA------AAT--CAACCCCGGGAATAGCGGAT--GAA-TT--GGAAAG-TATTA-TTT---AA--GTTTT-----AAA-AG--C-ACATATAAAACAAC-
gi|25 : ---GTATCCCATTTTAAG--T----TTTTGA--AGTGATCGAG--TTCGGGTT-GTATTC--TT-CGCACATGCGCATGAGT-ACG--TTGTTA-A--------------G-GCGTAACTTA-T
gi|26 : cctcctctctcTTGTTACAGGACTTATG-CA-GGAGCGTAACTTATTA-CC-CAAGAGACTAAATATTT--ACATG---CCAAGG--ACTTAGCGCCAGCTATCG
gi|27 : TTGAT-G--CATTTACAC-CTATATC-GATATTATATT---AAA---CTATTGT-GA-AA-CA-A-TAA-A---T-ACAATA-CATCTT-T-------AAAGA-TCGA-CCAT-Tta
gi|28 : AGA-TCCA-CCAT-TCTA-TGT-----------ACATGT-ATGGAAAAAAA--A----TTGGCATTAA-A-CGA--TAT-GTC--CCTCTCC-C-GCTAT-CT--CCC--
gi|3 : -T-GG-------T-C-AT----CA--GTCC----------TGTTGGG----TTTCCTTTTCT-TTGAACA---TGTAGCT--T-CCG-----------TC-----------ATTTTAA-CAAA-----TTAA---G--GAA----------------------TT--TG-CA-GA-CGA---T---------CATGCCACA---AG--TAAATT-T-CCGcat
gi|3 : G-CT-GGTG----T-AG--CAT---ATTTGT-TTAAT-G-TTG-AAATTAAAAG-----------AG-------AATTT-------TATTGACACGTATTTTTTTTTTTACA-ACAA-TTATTT-GTT-TAGAAGGTTATATACATACATGTATTACCAAGT--CAT------CT-T-G-CA-CTAC-T---C---AT-TCT--TAA-CATTG--AGAA---AAT----G-A-T-TAAT-A-CTAGA-----GTGTA-AT-AA-------TG-TCAGTTAAT-A-ACA---ACAA---ATA-C-AATA-TATTTTTGAAAA---TTAaattctgcggaaatatacacatgtacatgcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcaaaagagctggtgtagcatatttgtttaatgttgaaattaaaagagaattttattgacacgtatttttttttttacaacaattatttgtttagaaggttatatacatacatgtattaccaagtcatcttgcactactcattcttaacattgagaaaatgattaatactagagtgtaataatgtcagttaataacaacaaatacaatatatttttgaaaattaaccactctatgttaaaaacattaaggactgtaattggtattgaaaataccccctgttccgctatctctcaacgaggattggtgtatacactacattttgttgtttgttttgttttttgcggaggttggggtgttttgattttgcataatatcggcttaatctccattagaattagaagcatgtacactattaatggaatatcattaaaatgaagtcatatgcaattttcttatttagaaaatatgaatatataagtattactatatactgttaaaaataactagattaattgttttcataaaagcaggtgttttaaaaaaaaaccttttccagggatttgcaagtcaaccccgggaataacggatgaataggaaaatattatttaagttgtaaacagcatatataaaacgacaaatccatgtatatattgataatacgcatatcacaaacgcata
gi|3 : tggtcatcagtcctgttgggtttccttttctttgaacatgtagcttccgtcattttaacaaattaaggaatttgcagacgatcatgccacaagtaaatttccgaattctgcggaaatatacacatgtacatgcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcaaaaga-AA-CA-A-CAA-A---T-ACAATA-TATTTT-T-------GAAAA-TTAA-CCAC-TCTA-TGT--T----AAAAACAT-T-AAGG-ACTGTA--A----TTGGTATTGA-A--AA--TAC--CC--CCTGTTC-C-GCTAT-CT--CTC--AACGA-GG-ATTGGT-GTAaccactctatgttaaaaacattaaggactgtaattggtattgaaaataccccctgttccgctatctctcaacgaggattggtgtatacactacattttgttgtttgttttgttttttgcggaggttggggtgttttgattttgcataatatcggcttaatctccattagaattagaagcatgtacactattaatggaatatcattaaaatgaagtcatatgcaattttcttatttagaaaatatgaatatataagtattactatatactgttaaaaataactagattaattgttttcataaaagcaggtgttttaaaaaaaaaccttttccagggatttgcaagtcaaccccgggaataacggatgaataggaaaatattatttaagttgtaaacagcatatataaaacgacaaatccatgtatatattgataatacgcatatcacaaacgcata
gi|3 : tggtcatcagtcctgttgggtttccttttctttgaacatgtagcttccgtcattttaacaaattaaggaatttgcagacgatcatgccacaagtaaatttccgaattctgcggaaatatacacatgtacatgcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcaaaagagctggtgtagcatatttgtttaatgttgaaattaaaagagaattttattgacacgtatttttttttttacaacaattatttgtttagaaggttatatacatacatgtattaccaagtcatcttgcactactcattcttaacattgagaaaatgattaatactagagtgtaataatgtcagttaatATCGGCT---T---AATCT---CCATTAGAAT-T-AGAAGCATGTACACT------A-T-T-AATGGAAT-ATCATTAAAATGAA-GTCATATGCAA----------TT------TTCTT-----A------TTTAG-AAAA-TATG----AATAT--A---------TAAGTATT-ACTATATACTG-TTA--AA--AATAACTAGA------TTAAT---TGTT-T-T--CATAAAAGC------AGGTGTT-----T--TAA-------AAAAAAAC----CTTTT------CC--------------------------------AGGGATT---TG--CA------AGT--CAACCCCGGGAATAACGGAT--G-A-ATAGGAAAA--TATTA-TTT---AA--GTTGT-----AAACAG--C-ATATATAAAACGACAAATCCATGTATATATTGATAATACGCAT-ATCAC---AA-ACGCATtacactacattttgttgtttgttttgttttttgcggaggttggggtgttttgattttgcataatatcggcttaatctccattagaattagaagcatgtacactattaatggaatatcattaaaatgaagtcatatgcaattttcttatttagaaaatatgaatatataagtattactatatactgttaaaaataactagattaattgttttcataaaagcaggtgttttaaaaaaaaaccttttccagggatttgcaagtcaaccccgggaataacggatgaataggaaaatattatttaagttgtaaacagcatatataaaacgacaaatccatgtatatattgataatacgcatatcacaaacgcata
gi|30 : tggtcatcagtcctgttgggtttccttttctttgaacatgtagcttccgtcattttaacaaattaaggaatttgcagacgatcatgccacaagtaaatttccgaattctgcggaaatatacacatgtacatgcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcaaaagagctggtgtagcatatttgtttaatgttgaaattaaaagagaattttattgacacgtatttttttttttacaacaattatttgtttagaaggttatatacatacatgtattaccaagtcatcttgcactactcattcttaacattgagaaaatgattaatactagagtgtaataatgtcagttaataacaacaaatacaatatatttttgaaaattaaccactctatgttaaaaacattaaggactgtaattggtattgaaaataccccctgttccgctatctctcaacgaggattggtgtatacactacattttgttgtttgttttgttttttgcggaggttggggtgttttgattttgcataatTTA-TA-CC-CT---GACTAAA-ATTT--AC--G---CCAC-A--ACTTA-CGCC-ACT-TCGCa
gi|4 : TA-TA-TGCTC-T-AC--A-A-T-----GT---T-----TTAA--T---C----ATG-----T-A---T-T--T-A-C--GC-T-GG-------T-C-------CA--GTCC----------AGT-GAG----TTTC-AATTCT-TTAACCA--TTATAACC--T-CCG-----------AC-----------ATTATAA-CAAA-----TTAA-C-A--GAA-TAG-A---------GG------T--T---A-GT-CGA---C---------C--G--ACA---AA--TTTATT-C-CTGTATAGC--CACGACTTAATGTG-----TC-TCA----AGTT--A-ACTT-TCA-TGC-----------A--TA-C-ATTTAAAAATTAAAAAAAAG--AA----TAC--AAA-A----AA-AACTTGG-C-CA---CA----AATG-CT-GACG---A---G--CAT---GCTTGG-TTAAT-A-TTG-AAATAGAAGAGA---------AA-------TATTTTATCTTATATAAA-----AGTTTTT--TCTACA-AAAT-T-ATTGTTAT-TAAAAG------------------TCCCCCAAT--CACAGCCAGTT-T-G-CA-GAACGA---C---AT-T-T--GGA-CATTA--GAAAAATAAG----T-A-T-ATAC---CT--ATGAAGGT-TA-AT-AA-------T---CATGTGAT----CATA-ACAC--TATATC-AACTGTATAT----AAA---TTATT-T-GA-AAACA-AGTAG-AACTT-ACATAA-TATGCT-T-------AAAGA-TCGA-CCAT-TCTAGTAT--T---AAAAAAGAT-T-AAGG-A-TG-A--A----TT-GCATTAA----AA--TAT-GT---CATCTCCGC-GCTAT-CTC-CCC--ATC-AGGgaa
gi|5 : attgaaaaaacatttcaaacataaacttatattagtctcctaatttaatatataatttaaattcatatatcaagccgtagcaccctttcataaaatgcaaaagtgacaaaagagaaataaaaataaaaatatacatcggtattaaaccaatattactcaatggaaggtgggggggagggcgattgttcgaatagaaagcatatacagatgtaacttaaatttctgttttgtgcgatatatccatataatctatgaataaattactcacaaactgttttgcaatgtctctctcacattgctttttcgcttgacaccattgtcggaaaaacttttcgaaaatacataA-TACTC-T-ACCCA-A-C-----GT---T-----TGAA---G-AC----A-G-----T-A---TGT--TTA-A--GC-T-GG-------TTC-AT----CA--GTCC----------AGTTGGG----TT-CCTTTCCT-TTGAACAAG---TAGCCAAT-CCC-----------ACCACAACACACAATATTTA-CAAACTATATTAA-CAACAGAA-AAG-ATACAAAGAAGGGATATTT--CGACAAGA-CGA---CAAACAACAAC--ACCACACAAAA--TATATA-T-CCTT----T--CATC---ACATATA-----TC-TCATCCAA-TT--ATACAAATCCATACG-A--------AAATAGC-ATGT------TGGGGAA--------------------A----AC-AACTTGG-GACGGATCA----AATGGCTAGATG---A--CG--CAT---GTTTGAATTAAT-A-TTG-AAATCAAAAG-----------AA-------TTTTTT-----AT-TAAG-----AGT-ATTGTTT-ACA-AAATCTTATTTTGTG--AAAGGGTT---------------GCCC--AGT--CAT------CT-T-GGCA-CTAC-ATCAC---AT-TCT--TGA-CATTG--AG-AAATAAT----G------AACAA-CT--A-----GTGTG-GT-AA-------TTGTCAG-TGAT-T-GAATTC--------TATC-AAT-T----------AA---T--TTGT-GA-AA-CAGA-TAA-A---T-ACACTA-TATTTTGT-------AAAGA-T-----CAT-TT--------------AAAATAT-T-TAGA-TTTTTG--ATTTGTTGGTATTAAGA-CAA--TAT-CCCCGCCTTCTC-C-GCTAT-TT--CCC--ATCGAGGA-ATTGGTAATAAGCA-AC-TTAAATTTG
gi|5 : acatcttcccaccgagaagccaatactattacatcgccactcGGGGAGTCATA-TCG-CCAAGT---A--TT---CCAATAGAAT-TCAGAA-CA---G----TCTGCCACTGT-AATGGAAT-ATCATTGCAATGAATTTCATATGCAA-----A-ATATT------TTCTTTGTTAA------AT-AA-AAAAGTATG----AATGA--A---------TAAG--TT-ACT-TAC-TT--CAA--AA--A----CT---------ggggggggggggggggggagtcatatcgccaagtattccaatagaattcagaacagtctgccactgtaatggaatatcattgcaatgaatttcatatgcaaaatattttctttgttaaataaaaaagtatgaatgaataagttacttacttcaaaaactagattatatt
gi|6 : acatcttcccaccgagaagccaatactattacatcgccactcatactctacccaacgtttgaagacagtatgtttaagctggttcatcagtccagttgggttcctttcctttgaacaagtagccaatcccaccacaacacacaatatttacaaactatattaacaacagaaaagatacaaagaagggatatttcgacaagacgacaaacaacaacaccacacaaaatatatatcctttcatcacatatatctcatccaattatacaaatccatacgaaaatagcatgttggggaaaacaacttgggacggatcaaatggctagatgacgcatgtttgaattaatattgaaatcaaaagaattttttattaagagtattgtttacaaaatcttattttgtgaaagggttgcccagtcatcttggcactacatcacattcttgacattgagaaataatgaacaactagtgtggtaattgtcagtgattgaattctatcaattaatttgtgaaacagataaatacactatattttgtaaagatcatttaaaatatttagatttttgatttgttggtattaagacaatatccccgccttctccgctatttcccatcgaggaattggtaataagcaacttaaatttgggggggggggggggAATAAACATTAACATTA-TA-CTC-C-T-AC--A-A-CAC---GT---T-----TGAA---G-ACCACGA-GGT---T-ACACT-TCCTCATC--GCGT-GGCACCGAAT-C-AC----CA--TTCCCAGCTTGGTCAGTTCGA----TTTCCAATTCCATTGAACATAGTATAGCT--A-CCGGTCACGAAACAACT----------ATTTCAA-AATA-----TTAA-CGA--GAA-TAGGA---------GGG----TTATTG-CA-GT-CGAAGCCGA-------C--GCGCCA---AA--TGTATAATGCCTT----TATCGTG---TATAGTTGGGTATT-CCA----A-TGTTATACAA-TCAATACG-AACCGATATA--TA-CAATTT------TAACAAACTATTAA----TATTTAAA-AAAATAA-AACTTGGTG-CGGATTATCATAATG-CT-GATATGCAT-CG--TCT---GAATGT-TAGAT-A-GTG-AAATTAA--------------------------------------------------TTTG--TTACACAGAT-TTA-TTTGTTGTAAAACGTG---------------TCTCACGATTGTAT------CTGC-GTCA-CTA--A---CAAAATATCTTATGACCATTGGAAGAAAATAGTATAAA-A-TATAAC---TT--A-----G-GTACAT-AA-------TT-TCAGTTGATCG-GCATTTACACAAAATATCAAATATTATTTT---AAACTTCTATTGTCGACAA-CA-A-TAG-A---TAACAATA-agattatatt
gi|7 : tgtaacatgaacatagtaatacaaatttcatccttcaatttttcaggtgcgatatatttctattataaaaatctattgaataaattattcacggaaacgttactgttttggcattatgtgccttcccacattggccgcttgtttttgttgactctatccctctcctggtgatcgaaaaacgttttgctccgaaGGGT-TCACA-TTAGCC---A---A--TT---TCATTAGGAT--AACAAGAGT-TGCACTTCT--TACT---AA-GGAAT--TCATTGCA-TGAA-TTCATATGCAATTTTTATTTCTTAATAAATTTTT-----ATTTCCTAT-AATAAAA-TACG----AAACGGAA---------TAAATATT-ACTA--C-CT--TTA--AAGAA----CT---------CTATT---TCTT-TGT--T-TAAGAGC------ATGTGGT-----AGATAATCAG-TTA---AACC----CTCTT------CCT---TT--CC-GTGCGGTCATG---TAAAATCA-TGATT----G--CA------AGT--CAATCCTGGGAATAGC-GAT----A-T----GAAA--TA-TATTTTAA-AA--GTTTTTA---AAA-AG--CAACA-ATAAAACGAC-AATG----TATA---TGA-AAT-TG-AT-TTCATTCATA-ACGCATGTGTCANNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAGT-TCCCATTTTAAGAAG----TTTCGATCAGTGAGCGGAGTTTCGGGTTGGTATTC--TTGTTCACATGCGCATTAATCGC-TTAT-TTA-A--ACTATAG-CC-AG-GCATA---TA-TAGTT-C----AACGAAAGATCT--AC--AACTTCAA-GCAACTTA-CGCC-GCT-TCGgta
gi|8 : tgtatcatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncTGTCACAATCAGCC---TCCAA--TTTACCCATTAAGTTCTCAGAAGCA-G-GCACTTCTGTAACT-TTAATGAAATCATCATTGCAAT-AA-T-------CAA-----TTTTATT------TTCTT-----A------AT-AA-AAAA-TATG----AAACG--AA--------TAAGTATT-ACTA--C-CT--TTA--AAG-A----CT---------CT-TT---TGTCCT-T--T-TGAAAGC------ATGCGAT-----AAATAGT--A-TTAGATA-CC----ATTTT------CCTAGTTC--CC-G---GGTCATG---TAA--TCAGTGATT---T-T-CT------AAT--CAACCCCGGGAATAGCGGAT--G-AATT--GGAAAG-TATTCTTCT---AAAAGTGTT-----AAA-AG--C-ACATATAAAACGAC-AAT-----TATG---TGATAATAT------------------GCAT------------------TTCATGAATGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNAAG--T----TTTTGA--AATGATCGGG--TTCGGGTT-GTATTC--TT-TGCACACGCACACAAGT-ACG--TTGCTA-AGGACTTAAGCCA-GG-GCGTAACTTA-TA-CCAA----GACTAAA-ATTT--AC--G---CCAA-G--ACTTA-CGCC-GCT-TCGt
gi|9 : agggttTAGCC--T-CGG-----------AC-----------ATTTTAA-CAAA-----TTAA-CGA--GAA-TAG-A---------GGG----TT--TG-CA-GT-CGA---T---------C--GCGCCA---AA--TTTATA-T-CCGT----T--CATG---TAATTTT-----T--TCA----A-TG--TTACAA-TCAATACG-A--------AA-TA-C-ATTT------CAAAAAATAA--AA----TA---AAATA----AATAACTTGG-G-CGGATCA----AATG-CT-GATG---A--CG--CATTATGTTTGT-TAAGT-A-TTGCAAATTAAAGAGAGGCAATTTAAA-------TATTT------ATATAAA-----AGTT-TTGTTTACCA-AAAT-T-ATTT-GTT-TAAA-GGTT-----------------CCCCAG---CAT------CT---G-CAACTA--A---C---AT-TCT--TGAGCATTG--AGAAAATAAT----G-AAT-TAAC-AATT--T-----GT-TA-AT-AA-------TT-TCAGCT--T-A-GCATTCAC------TAAC-A----TAT------AAA---ATATTGT-GACAA-CACA-TAGCAC--T-AC--TACTATCAT-TCTGTGAAAAAGACTCGG-CCATATCTAGTGTAGTCGAAAAAAAAAT-TCAAGACATTGTAGGA----TTG--ATTAA-A-CAAAACAT-GTC--CCTCTCC-CAGCCATATT--CCCGCATCGAGTG-ATTTGT-ATAA-CAGACTTTGAtgaa
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): CCCCCAGTCGGATTTATGAAAATAAACATTTAAAACTAAACTTAGTAACACCTATATTTGAATAAATAATATTGATATTCTATATCAAAGCCGTGCTTTATCTGTAAAATTGCAAATGAAAAAGAGAATACGAATTAAAAAATGATAAGTGTATAAACAATAATACACAATGTAGGGTTGGGGGGGTGTGAGATAAAAGCATATAATATAATAGTTTTTTGTTTTGTGGCGAACATATCTATTCTAATCTATTGAATAAAATTATCACAAAACTACTGTTTGCAAATGGTCCTCCCATTGCCTTTTTTTTCGCTTTGACACCTTCTCGAAAACTTTTCGAAA
Unaligned ( gi|18 ): CCCCTCGGTATTTACATAGTATATGAAATAAACATTGAAAACATATATTTAGCATCCAATATTTGAAGTAATAATTTGATGTTCATATATGAAAGACATGCACTCTTTCTTTTAATTGCAAATGAACAAGAGAATACAAATATAAATGGGAAAGGTATGATAACCACATTAAACAATATTACTCAATTGGTGGGGGAAAGGGGGGGGGGGGGTCGTCAGATGAATTCAGCGTTTGATTATAAAAACAGTTTTGTTTTGTTCGAATAT
Unaligned ( gi|29 ): ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAT
Alignments
lowQualScore : 111 11111 11111 11111 444444444444444444 11 1111111 1111 11 1111111111 222222 333333333333333333333333 11111 22222222222 1111 3333333333333333333 1111111 111 333333333333333333 1111 33333333 1 222222 444444444444444444444 1 1111 333333 1 66666666666666666666666666666 11111111 1 222 444444444444444444 111111 111 11111 111111 2222222222222 1111111 2222 111 111111 11111 111111111 1 3333333 1 1111 11 11 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3333333333 222 2222222222 111 222 222 11111 2222222222222222222 222222222222 1111 222222222 111 11 4444444444444444444444 111 111111 3333333333333333 1111 111111 111 111 333333333333333 1111111111 11 111 22222 11 22222 11111111 111111111 111 111111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111111 11 222 22222222 222222 1 111111
lowQualScore : 5 3 888 4 3 3 3 55 7 3 44444 666 88888 66666 444444444444444444 3 55 1 3 22 3 6 0000000 3 3 5555 00 5555555555 555555 111 3 2 9 55 4 000000000000000000000000 5 22222 888888 55 44444444444 0000 66 5 5 55 0000000000000000000 888 66 0 5 5 2 9999999 000 111111111111111111 5 0000 5 5 44444444 1 5 222222 555555555555555555555 555 5 1 5 7777 5 5 000000 66 888 5 5 5 5 0 33333333333333333333333333333 6 44444444 6 00 5 0 3 000 5 333333333333333333 66 222222 111 4 4 33333 777 4 66 4 4 66 1 999999 4 8888888888888 1 4 4 4444444 77 0 2222 2 555 2 4 99 000000 777 5 8 4 999 55555 4 1 4 888888888 4 4 4 0 0 3333333 5 55 0 5 0 66 5555 777 66 66 66 5 5 5 66 66 1 0 8 8 2 33 3 1 1 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 5555555555 111 1 9999999999 444 333 111 55 5 77777 5 88 0 8 0 3333333333333333333 777777777777 5 5 2222 0 77 888888888 11 5 888 5 33 77 6666666666666666666666 9 111 1 6 6 9999 999999 1 2222222222222222 1 7 2222 666666 5 77 5 000 0 000 77 222222222222222 77 7 4444444444 99 7 777 77 22222 5 77 5 00 5 00000 11111111 5 222222222 000 5 2 999999 333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0 1111111 66 0 888 5 3 66 5 22 444 5 4 2 99999999 5 4 5 555555 0 66 222222 5 66 5 5 5
lowQualScore : . . ... . . . . .. . . ..... ... ..... ..... .................. . .. . . .. . . ....... . . .... .. .......... ...... ... . . . .. . ........................ . ..... ...... .. ........... .... .. . . .. ................... ... .. . . . . ....... ... .................. . .... . . ........ . . ...... ..................... ... . . . .... . . ...... .. ... . . . . . ............................. . ........ . .. . . . ... . .................. .. ...... ... . . ..... ... . .. . . .. . ...... . ............. . . . ....... .. . .... . ... . . .. ...... ... . . . ... ..... . . . ......... . . . . . ....... . .. . . . .. .... ... .. .. .. . . . .. .. . . . . . .. . . . .................................................................................. .......... ... . .......... ... ... ... .. . ..... . .. . . . ................... ............ . . .... . .. ......... .. . ... . .. .. ...................... . ... . . . .... ...... . ................ . . .... ...... . .. . ... . ... .. ............... .. . .......... .. . ... .. ..... . .. . .. . ..... ........ . ......... ... . . ...... ...................................................... . ....... .. . ... . . .. . .. ... . . . ........ . . . ...... . .. ...... . .. . . .
lowQualScore : 0 2 999 0 6 6 6 00 3 6 11111 444 22222 44444 000000000000000000 6 00 7 6 33 3 7 8888888 6 6 5555 00 9999999999 111111 999 6 3 4 55 0 666666666666666666666666 0 55555 555555 44 00000000000 6666 99 0 0 88 6666666666666666666 888 99 5 0 0 5 1111111 000 000000000000000000 7 3333 7 7 33333333 4 7 111111 000000000000000000000 999 7 4 7 9999 0 0 111111 99 888 0 0 0 0 0 66666666666666666666666666666 6 44444444 2 66 0 0 2 222 0 444444444444444444 11 888888 444 4 4 33333 888 4 11 4 4 11 8 222222 4 3333333333333 1 4 4 4444444 00 8 0000 4 888 2 4 22 888888 888 0 9 4 888 88888 4 9 4 444444444 4 4 4 4 0 9999999 0 44 0 5 4 99 6666 111 99 44 99 0 0 0 99 99 7 7 0 0 5 22 2 0 0 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0000000000 666 4 2222222222 000 888 222 66 0 88888 6 88 8 0 8 5555555555555555555 444444444444 7 7 1111 7 99 666666666 66 7 333 7 66 99 3333333333333333333333 8 777 0 7 7 3333 222222 0 8888888888888888 0 5 1111 444444 1 99 7 000 7 000 99 111111111111111 99 9 0000000000 33 3 999 99 11111 7 99 7 00 7 00000 11111111 0 444444444 000 7 2 888888 222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2 5555555 99 1 222 0 6 99 0 99 111 0 5 0 88888888 0 4 0 000000 0 99 666666 0 99 7 7 7
consensus : NAATAA-CATTAA--TTA-TA-TGCTC-T-AC--A-A-C-----GT---T-----TGAA--AG-AC----A-G-----T-A---T-T--TTA-C--GC-T-GG-------T-C-AT----CA--GTCC----------AGTTGGG----TTTCCAATTCT-TTGAACAAGGTATAGCC--T-CCG-----------AC-----------ATTTTAA-CAAA-----TTAA-CGA--GAA-TAG-A---------GGG----TT--TG-CA-GT-CGA---C---------C--GCGACA---AA--TTTATA-T-CCGT----C--CATG---TAATNTT-----TC-TCA----A-TG--ATACAA-TCAATACG-AA--------TA-CA-TTT------TAAAAAACAA--AA----T--A------AAA-A-AA-AACTTGG-G-CGGATCA----AATG-CT-GATG---AT-CG--CAT---GTTTGT-TTAAT-A-TTG-AAATTAAAG-GA--------AA------A----T--TTT--ATATAAAAGT---TNTTGTTTTACA-AAAT-TTATTTTGTT-TAAAAGGTT---------------TCCCCCAGTC--AT------CT-T-G-CA-CTA---C-ACA---T-TCTT--GA-C-ATTG--AGAAAATAATG----A-T-TAAC-A-CT--A-----GTGTA-AT-AA-------TT-TCAGTTGAT-G-GCATTTACAC-CTATATC-AATATTATTTT---AAA---TTATTGT-GA-AA-CA-A-TAG-A---T-ACAATA-TATCTT-T-------AAAGA-TCGA-CCAT-TCTA-TGT--T---AAAAAACAT-T-AAGG-ATTGTA--A----TTGGCATTAA-A-CAA--TAT-GTC--CCTCTCC-C-GCTAT-CT--CCC--ATCGAGGG-ATTGGT-ATAAGCA-ACTTTNAATNTGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATGGGGTGT----------CACA--ATCGGCC---T---A--TT---CCATTAGGAT-TCAGAAGCATGTGCACTTCTGCTACT-T-AATGGAAT-ATCATTGCAATGAA-TTCATATGCAA-----ATTTATT------TTCTT-----A------ATAA-AAAA-TATG----AAACG--A---------TAAGTATT-ACTATAC-CT--TTA--A----A--A---CT---------CTATT---TNTT-T-T--T-TGAAAGC------ATGTGNT-----ANATAAT--A-TTAGATAACC----CTTTT------CCTAGTTC--CC-G---GGTCATG---TAA--TCAGTGATT---TGT-CA------AGT--CAACCCCGGGAATAGCGGAT--G-A-TT--GGAAA--TATTATTTT---AA--GTTTT-----AAA-AG--C-ACATATAAAACGAC-AAT-----TATA---T---GATAATATGCAT-NTCAT---GA-ACGCATGCGTTGCCTCC--NCCTCTTTATGAATGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAT---GTATCCCATTTTAAG--T----TTTTGA--AGTGATCGGG--TTCGGGTT-GTATTC--TT-TGCACATGCGCATAAGTCACGTTTTGTTA-AGGACTTAAG-CA-GG-GCGTAACTTA-TA-CC-C----GACTAAA-ATTT--AC--G---CCAA-G--ACTTA-CGCC-GCT-TCGC
Reference ( family-1460 ) : NAATAA-CATTAA--TTA-TA-TGCTC-T-AC--A-A-C-----GT---T-----TGAA--AG-AC----A-G-----T-A---T-T--TTA-C--GC-T-GG-------T-C-AT----CA--GTCC----------AGTTGGG----TTTCCAATTCT-TTGAACAAGGTATAGCC--T-CCG-----------AC-----------ATTTTAA-CAAA-----TTAA-CGA--GAA-TAG-A---------GGG----TT--TG-CA-GT-CGA---C---------C--GCGACA---AA--TTTATA-T-CCGT----C--CATG---TAATNTT-----TC-TCA----A-TG--ATACAA-TCAATACG-AA--------TA-CA-TTT------TAAAAAACAA--AA----T--A------AAA-A-AA-AACTTGG-G-CGGATCA----AATG-CT-GATG---AT-CG--CAT---GTTTGT-TTAAT-A-TTG-AAATTAAAG-GA--------AN------A----T--TTT--ATATAAAAGT---TNTTGTTTTACA-AAAT-TTATTTTGTT-TAAAAGGTT---------------TCCCCCAGTC--AT------CT-T-G-CA-CTA---C-ACA---T-TCTT--GA-C-ATTG--AGAAAATAATG----A-T-TAAC-A-CT--A-----GTGTA-AT-AA-------TT-TCAGTTGAT-G-GCATTTACAC-CTATATC-AATATTATTTT---AAA---TTATTGT-GA-AA-CA-A-TAG-A---T-ACAATA-TATCTT-T-------AAAGA-TCGA-CCAT-TCTA-TGT--T---AAAAAACAT-T-AAGG-ATTGTA--A----TTGGCATTAA-A-CAA--TAT-GTC--CCTCTCC-C-GCTAT-CT--CCC--ATCGAGGG-ATTGGT-ATAAGCA-ACTTTNAATNTGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATGGGGTGT----------CACA--ATCGGCC---T---A--TT---CCATTAGGAT-TCAGAAGCATGTGCACTTCTGCTACT-T-AATGGAAT-ATCATTGCAATGAA-TTCATATGCAA-----ATTTATT------TTCTT-----A------ATAA-AAAA-TATG----AAACG--A---------TAAGTATT-ACTATAC-CT--TTA--A----A--A---CT---------CTATT---TNTT-T-T--T-TGAAAGC------ATGTGNT-----ANATAAT--A-TTAGATAACC----CTTTT------CCTAGTTC--CC-G---GGTCATG---TAA--TCAGTGATT---TGT-CA------AGT--CAACCCCGGGAATAGCGGAT--G-A-TT--GGAAA--TATTATTTT---AA--GTTTT-----AAA-AG--C-ACATATAAAACGAC-AAT-----TATA---T---GATAATATGCAT-NTCAT---GA-ACGCATGCGTTGCCTCC--NCCTCTTTATGAATGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAT---GTATCCCATTTTAAG--T----TTTTGA--AGTGATCGGG--TTCGGGTT-GTATTC--TT-TGCACATGCGCATAAGTCACGTTTTGTTA-AGGACTTAAG-CA-GG-GCGTAACTTA-TA-CC-C----GACTAAA-ATTT--AC--G---CCAA-G--ACTTA-CGCC-GCT-TCGC
gi|1 : AGTAA-CATTTA--TTAATA-TGCTCCT-GC--A-AGC-----GT---T------GAA--AG-AC----G-G-----T-A---T-T--TTA-C--GC-T-GG-------C-C-AA----TA--GTCC----------AGTTG------TTTCCAAT-CT-TTGAACTAAGTATAGCC--T-GCG-----------AC-----------ATTTTAA-CAAA-----TTAAACGA--GAAATAATA---------GGG----TT--TG-C--GT-CGA---C---------C--GCGGCC---AA--TTTATA-T-CTTT----C--CATG---TAATTTT-----TCGTAA----A-TG--ATAAAA-TCAACACG-AA--------TA-CA-TTT------TAAAAAACAA--AA----TTTA------AAA-A-AA-AACTTGGCG-CGGGTCAT---AATG-CT-G-TG---AT-CGGCCAT---GTTTGT-TTAATCACTTG-AAATTAAAG-GA------------------------------TATAAAAGT---GGCTGTTTAACA-AAAT-TTATTTTGTT-TAAAATGTT---------------TCCCCCAGTC--AT------CT-T-G-CA-TTA---C-ACA---T-TCTT--GA-C-GTTG-----AAATAATG----A-T-TAAC---CT--A-----GTGAA-ATAAA-------TT-TCAGTTGAT-GTCCATTTCCAC-CTTTATC-AAT-TTATTTT---AAA---TTATTGT-AA-AA-CA-A-TAG-----T-ACAATA-TATCTT-T-------AAAGA-TCGA-CCAT-TCAA-TGT--T---AAAAAACGT-T--AGG-ATTGTA--A----TTGGCAAAAA-A-CAA--TAT-GTC--CCTCTCC-C-GCTAT-CT--CCC--A-CGATGG-ATTGGT-ATAAGC--ACTTTTAATGTGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATGGGGTGT----------CACA--ATCCGCT---C---A--TT---TCATTAGGAT-T-AGAAGCATGTGCACTTCTGCTA-T-T-AAGGAAAT-ATCATTGCTATGAA-TTCATATGCCA-----ATTTATT------TTCTT-----A------AT---AAAA-TATG----AAACG--A---------TAAGTATTAAGTATAT-CT--TTA--A----G--C---CT---------CT-TT---TGTC-T-T--T-TGAAAGC------ATGTGTTC----AGATAGT--A-TTAGATAACC----CTTTT------CCTAGTTC--CCTG---GGTCATG---TAA--CCAGTGATT---TAT-CA------AAT--CGA-CCCGGAAATAGCGGAT--G-A-TT--GGAAA--TATTATTGT---AA--GTTTT-----AAA-AG--C-ACA-ATAAAACGAC-AAT-----TATA---T---GATAA-ATGCATCTTCAT---GA-ATGCATGTGTTGCCGCCT-TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT---GTATCCCATTTTAAG--T----TTTTGA--AGTAA-CGGT--TTCGGGTT-GTATTC--TT-TGCACATGCGCATAAGTCACGTTTTGTTA-AGG-CTTAAG-CAGGG-GCGTAACTTA-TA-CA-C----GATTAAA-ATTT--AC--G---CCAA-G--ACTTA-CGCC-GCT-TCGC
gi|10 : tA-CATTA---TTA-TC-T--TC-T-AC--A-A-C-----GT---T-----T-AA--AG-AC----A-G-----T-----T-T--TTA-A--GC-T-AT-------T-C-AT----CA--GTCC----------GGATGGG----TTTCCTTTTCT-TTGAACAAG---TAGTC--T-CCG-----------AC-----------ATATTAA-AAAC-----TTAA-CGA--GAA-TAG-A---------GGG----TT--TG-CA-GA-TGA---C---------C--GT-ACA---GA--TTGATA-T-CCGT----T--CATG---TAATTAT-----TC--CA----A-TT--ATACAA-TCAATACGAAA--------TG-CA-TTTG-----GGGAAAACAC--A---------------------------TTTG-G-CGGACCA----AATG-CT-GATG---A--CG--CAT---GTTTGT-TTAAT-A-CTG-AAATTAAAA-GA--------GA------A----T--TTTTAATTTAAA--T---TATTG-CTTACA-AAAT-TTATTTC------AAAGGTT-----------------GCCCAGTC--AT------TT-T-G-CA-CTA---C-ACA---T-TTTT--GA-C-ACTG--AGCATATAATGA---A-T-TAAT-A-CT--A-----GTGTA-AT-AA-------t
gi|11 : tatatatatataatctattgaataaatttcagcaaacttactgttttgcaatgtcctccaacattgccttcttttttcgcttgacaccttgtcggaaactttccgtaaagtA--TTA-TA-TGCTC-TAAC--A-A-C-----GCTTGT-----TGAA--AT-ACCG--A-GTAAGTT-A---T-T--TGA-CAGGC-T-GG-------
gi|12 : ctatatcaagtcctcctaatactgttgaattaaataatgggttcgatatttcatatatcaaataagcctgtgcacctctttctgtaatagggattgccaaaaataggaaaaagagaataaaaagtgataactcagtattaatgaacaaatagttcaaaaggagaatttatactgtcaatgatggagtttgggtagtgtttccgtcgataacaaaattgcaaagtacatgtaagttatgaaaacttgttttgttttgttgcgaatagtatctacttatattaactattatttgataaatattgatccaaacttgtctttgcatgtctcaagagtaaatatcttatttccacattgccttttttgtattacgctttgacatcctttgtcggaaacttttcgaaagtattggaacaatgggggagggggAATAA-C-TTAA--TTA-TA-TGCTC-T-AC--A-A-C-----GT---T-----TGAA--AG-AC----A-A-----G-AAT-T-T--TTA-C--GC-T-GG-------T-C-AT----CA--GTCC----------AGTTGAGT---TTTCCAATTCT-TTG-ACAAGGTATAGCC--T-CTG-----------AC-----------ATTTTA
gi|13 : ccgcgcgtatttatgaataaacattttaaaaacataaacttagtctcctaatattttgaattaaaatttgatattcatgatatcaaagccgtgcactctttctgtaaatgcaatcaaaaaagagaaataaaaaataaaaatgaataaacgataaacaatattactcagtgtaggggggggggcgtccgagataaaagcatgtaattatgaaatagttttgtttttgtgcgagtatatcctatttactattgaataaattatcacaaacttactgtttgccatgcctcccacattgccttttttcgcttgacacatttcggaaaaccttttcgaaaAATAA-C-TTAA--TTA-TA-TGCTC-T-AC--A-A-C-----GT---T-----TGAA--AG-AC----A-A-----G-AAT-T-T--TTA-C--GC-T-GG-------T-C-AT----CA--GTCC----------AGTTGAGT---TTTCCAATTCT-TTG-ACAAGGTATAGCC--T-CTG-----------AC-----------ATTTTAtaaact
gi|14 : ccgcgcgtatttatgaataaacattttaaaaacataaacttagtctcctaatattttgaattaaaatttgatattcatgatatcaaagccgtgcactctttctgtaaatgcaatcaaaaaagagaaataaaaaataaaaatgaataaacgataaacaatattactcagtgtaggggggggggcgtccgagataaaagcatgtaattatgaaatagttttgtttttgtgcgagtatatcctatttactattgaataaattatcacaaacttactgtttgccatgcctcccacattgccttttttcgcttgacacatttcggaaaaccttttcgaaaATATG--------ATTT-CT------TTCGG-----A------ATAA-AAAA-T-TGATTTAAAGA--A---------TAGAC-TT-AC---AC-CTTCTTA--A----A--AAACCTAGGAATTAATTGTT---TTTT-T-T--T-TGAAAGC------ATGTGAT-----AC---AT--G-TTAGTTACCT----TCTTT------GCGAGTTC--CT-G---GGTAATG---TAA--TCAGTGATT---TGG-CA------AGT--CAACCCCGGGGATAGC-GATAAA-A-TA--GGGAATGTATTATTTTTAAAA--GTTTTTTTAAAAA-AGATT-AAAT-TCAAACTAC-AAT-----TA-A---T---CAT----TGC-T-ATCAT---GA-ACGCATGTGTTGCCTCC--ACCTCTTTATtaaact
gi|14 : atttttatcttatTATCACACTGTATG--TATAGTTTTGA--AGTGATCGG---TTCGGGTC-GTTTTG--TT-TGCActctccctctctatcacactgtatgtatagttttgaagtgatcggttcgggtcgttttgtttgcat
gi|16 : atttttatcttatatatgatttctttcggaataaaaaattgatttaaagaatagacttacaccttcttaaaaaacctaggaattaattgttttttttttgaaagcatgtgatacatgttagttaccttctttgcgagttcctgggtaatgtaatcagtgatttggcaagtcaaccccggggatagcgataaaatagggaatgtattatttttaaaagtttttttaaaaaagattaaattcaaactacaattaatcattgctatcatgaacgcatgtgttgcctccacctctttatctctccctctcAATAA-CATTA---TTA-TA-TGCTC-T-AC--AGA-C-----GT---TATATATGAATGAGTAC----A-G-----A-AATTT-T--TCA-CT-GC-TTGG-------T-C-ATTTCACAATGTCC----------AGTTTGAAGTTTTTCAAATTCT-TTGAACAAGt
gi|17 : tagagattaataagtgatatagacggtattatttggtggtggcgggagggggcgagagccgtcgctgctatttgatagtgctgtttttgtgcgataatactctattataaatgcttcttgatataaaaagtatcaacaccttactgttttgcaatgccactccacccattgcctttttttccgcttgacacattgtcggaaaatcttttcgaaAATAA-CATTA---TTA-TA-TGCTC-T-AC--AGA-C-----GT---TATATATGAATGAGTAC----A-G-----A-AATTT-T--TCA-CT-GC-TTGG-------T-C-ATTTCACAATGTCC----------AGTTTGAAGTTTTTCAAATTCT-TTGAACAAGtt
gi|19 : tagagattaataagtgatatagacggtattatttggtggtggcgggagggggcgagagccgtcgctgctatttgatagtgctgtttttgtgcgataatactctattataaatgcttcttgatataaaaagtatcaacaccttactgttttgcaatgccactccacccattgcctttttttccgcttgacacattgtcggaaaatcttttcgaaCCAGTC--AT------CT-T-G-CA-CTA---C-ACA---T-TCTT--GA-C-AATG--AGAAAATAATG----AAT-TAAC----T--A-----GTGTA-CT-AA-------TC-TCAGTTGAT-G--CATTTACAC-CTATATC-AATATTATTTT---AGA---TTATTGT-GA-AA-CA-A-TAG-A---T-ACAATA-TATTTT-T-------AAAAA-TCGA-TCAT-TCTA-TGTA-TA--AAAAAACAT-T-AAGG-AATGTA--A----TTGGTATTAA-A-CAA--TAT-GTC--CCTCTCC-C-GCTAT-TTC-CCC--ATCGAGGATATTGGT-ATAAGCA-ACTTTtt
gi|2 : AATAA-CATTA---TTA-GAATGCTC-T-AC--A-A-CTTAACGT---T-----TGAA--AG-AC----A-G-----TTA---T-T--TTA-C--GC-T-GG-------T-CCAT----CA--GTC-----------AGTTG---------------------AACAAGTTATAGCC--TTCCG-----------A------------ATTTTAAACAAA-----TTAA-CG---GAA-TAG-A---------GGG----TT--GA-CA-GTGCGA---C---------C--AC-ACA---AAAATTT-TA-T-CCTT----C--CATG---TTAC------------------A-TG---TACAA-TCAATACG-AA--------GAACA-TA--------AAAAAATAA--AAATATT--A------AAA-A-AA-ACCTGGG-G-CGGATCA----AATG-CT-GATG---GCACG--CAT---GTTTAT-TTAAT-A-TTG-GCATAAAAG-GA--------AA------AAAAATCATAT--ATATACATGT---TAATGTTTT-CA-AAATATTATTTT-TT-TAAAAGGTT---------------TCCC--AGTC--AT------CT-TTG-CA-CTA---C-ACA---T-CTTT--GA-C-ATTG--AGAAAATAAGA----A-T-TAAC----T--A-----GTGTA-AT-AAAATTGAATT-TCAGTTGAT-T-GCATTTACAC-CTATAAC-AATATTATTTT---AAA---TTATTGT-GA-AA-CA----------------------TCTT---------AAAGA-TCGAACCAT--CTA-TGT--TT--AAAAAACAT-T-AAGG-ATTGTA--AT---TTGGCATTAA-ATCAA--TATAATC--CCTCTCC-C-GCTA--CTGCCCC--ATCGAG
gi|20 : aaacatttaaaacaaaacttagcacttatgtctccttatatttgaattaataatttgtattcagacatcataatcaaacgcttcgtgcactctttctgtaaaatgcaaatgaaaaagagaattaaaaaataaaaatgataaacgtattaaacaatattactcaatgtagggtggaaggtgggggtcgtcgagataaaagcaaattaattatgaaatattgtttttttgtgcagatatatcgactataatctattgaataaaattattcaaaacttacgtttgcaatgtcctcccacattgccttttcttcgcttgacaccttgttgaaaatttttgaactttcgaaaTC-----A------AGAG-AAAA-CATG----ATACG--AGTAATCGATTAAATATT-AC--TAC-CT--TTAATA----G--A---C----------CTATTGTCTCCT-T-TTGT-TGAAAGCCATATAATGTGGTCTCACGCATAAT--ATTTAGATATCCGCCGCTTGTAGCACGCTTTGTCCGTCC-G---GGGAGTGTGTTAA--TCGGTGATTGAATATGCACTTTATAATCACAACCCTGGGAATAGCTG----G-A-TT--GAAAG--T
gi|21 : aagtcatcttgttccatcttataagt---AA--GTTTT-----AAA-AG--C-ACAT-TAAAACTAC-AAT-----TATA---TATTGA-AATA-GCA--ATCAG---GAGACGCATGCGTTGCCTTCCACCCTCTCTAT
gi|21 : TTAAG--T----TT--GA--AGTGATCAGG--TTCGGGTT-GT-TTCAATG-TCCACATGCGTATAG--CACGTT---TCA-AAGACTT----C--CG-GTATAATTTA-TC-CC-A----GAGTCAA-ATTTTAACG-G---CAAA-G--ACTGA-TGCC-CCT-TCctcctccttctctccaacaattttattaagtttgaagtgatcaggttcgggttgtttcaatgtccacatgcgtatagcacgtttcaaagacttccggtataatttatcccagagtcaaattttaacggcaaagactgatgccccttctgaa
gi|22 : aagttttaaaagcacattaaaactacaattatatattgaaatagcaatcaggagacgcatgcgttgccttccaccctctctatctcctccttctctccaacaatttta-----TAT----T---GATAATATGCAT-CTCAT---GA-AGGCATGCGTTGCNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAT-------------TTAAG--T----TTTGGA--AGTGATCGGG--CTCCGATT-GTTTGT--TT-TGCACATGTGTACATG-CACG--TTGTCA-AGGGGT--------GG-TCGTAACTTA-TA-CC-CA---GACTAAA-ATTT--AC--G---CCAA-G--ACTTA-CGCC-ACT-tgaa
gi|23 : ATTTTAAG--T----TTTTGA--AGTGATCGGG--TTCGGGTT-GTATTC--TT-TACACATGCGCATAAGT-ACG--TTGTTA-AGGACTTAAGCCA-GG-GCGTAACTTA-TA-CA-A----GACTAAA-ATTT--AC--G---CCAA-G--tatgaa
gi|24 : C----CTTTT------CCTAGTTC--CT-G---AGTCATG---AAA--TCAGTGATT---T-T-CA------AAT--CAACCCCGGGAATAGCGGAT--GAA-TT--GGAAAG-TATTA-TTT---AA--GTTTT-----AAA-AG--C-ACATATAAAACAAC-
gi|25 : ---GTATCCCATTTTAAG--T----TTTTGA--AGTGATCGAG--TTCGGGTT-GTATTC--TT-CGCACATGCGCATGAGT-ACG--TTGTTA-A--------------G-GCGTAACTTA-T
gi|26 : cctcctctctcTTGTTACAGGACTTATG-CA-GGAGCGTAACTTATTA-CC-CAAGAGACTAAATATTT--ACATG---CCAAGG--ACTTAGCGCCAGCTATCG
gi|27 : TTGAT-G--CATTTACAC-CTATATC-GATATTATATT---AAA---CTATTGT-GA-AA-CA-A-TAA-A---T-ACAATA-CATCTT-T-------AAAGA-TCGA-CCAT-Tta
gi|28 : AGA-TCCA-CCAT-TCTA-TGT-----------ACATGT-ATGGAAAAAAA--A----TTGGCATTAA-A-CGA--TAT-GTC--CCTCTCC-C-GCTAT-CT--CCC--
gi|3 : -T-GG-------T-C-AT----CA--GTCC----------TGTTGGG----TTTCCTTTTCT-TTGAACA---TGTAGCT--T-CCG-----------TC-----------ATTTTAA-CAAA-----TTAA---G--GAA----------------------TT--TG-CA-GA-CGA---T---------CATGCCACA---AG--TAAATT-T-CCGcat
gi|3 : G-CT-GGTG----T-AG--CAT---ATTTGT-TTAAT-G-TTG-AAATTAAAA-GA--------GA------A----T--TTT--ATTGACACGTATTTTTTTTTTTACA-ACAA-TTATTT-GTT-TAGAAGGTTATATACATACATGTATTACCAAGTC--AT------CT-T-G-CA-CTA---C-TCA---T-TCTT--AA-C-ATTG--AGAA---AATG----A-T-TAAT-A-CTAGA-----GTGTA-AT-AA-------TG-TCAGTTAAT-A-ACA---ACAA---ATA-C-AATA-TATTTTTGAAAA---TTAaattctgcggaaatatacacatgtacatgcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcaaaagagctggtgtagcatatttgtttaatgttgaaattaaaagagaattttattgacacgtatttttttttttacaacaattatttgtttagaaggttatatacatacatgtattaccaagtcatcttgcactactcattcttaacattgagaaaatgattaatactagagtgtaataatgtcagttaataacaacaaatacaatatatttttgaaaattaaccactctatgttaaaaacattaaggactgtaattggtattgaaaataccccctgttccgctatctctcaacgaggattggtgtatacactacattttgttgtttgttttgttttttgcggaggttggggtgttttgattttgcataatatcggcttaatctccattagaattagaagcatgtacactattaatggaatatcattaaaatgaagtcatatgcaattttcttatttagaaaatatgaatatataagtattactatatactgttaaaaataactagattaattgttttcataaaagcaggtgttttaaaaaaaaaccttttccagggatttgcaagtcaaccccgggaataacggatgaataggaaaatattatttaagttgtaaacagcatatataaaacgacaaatccatgtatatattgataatacgcatatcacaaacgcata
gi|3 : tggtcatcagtcctgttgggtttccttttctttgaacatgtagcttccgtcattttaacaaattaaggaatttgcagacgatcatgccacaagtaaatttccgaattctgcggaaatatacacatgtacatgcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcaaaaga-AA-CA-A-CAA-A---T-ACAATA-TATTTT-T-------GAAAA-TTAA-CCAC-TCTA-TGT--T----AAAAACAT-T-AAGG-ACTGTA--A----TTGGTATTGA-A--AA--TAC--CC--CCTGTTC-C-GCTAT-CT--CTC--AACGA-GG-ATTGGT-GTAaccactctatgttaaaaacattaaggactgtaattggtattgaaaataccccctgttccgctatctctcaacgaggattggtgtatacactacattttgttgtttgttttgttttttgcggaggttggggtgttttgattttgcataatatcggcttaatctccattagaattagaagcatgtacactattaatggaatatcattaaaatgaagtcatatgcaattttcttatttagaaaatatgaatatataagtattactatatactgttaaaaataactagattaattgttttcataaaagcaggtgttttaaaaaaaaaccttttccagggatttgcaagtcaaccccgggaataacggatgaataggaaaatattatttaagttgtaaacagcatatataaaacgacaaatccatgtatatattgataatacgcatatcacaaacgcata
gi|3 : tggtcatcagtcctgttgggtttccttttctttgaacatgtagcttccgtcattttaacaaattaaggaatttgcagacgatcatgccacaagtaaatttccgaattctgcggaaatatacacatgtacatgcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcaaaagagctggtgtagcatatttgtttaatgttgaaattaaaagagaattttattgacacgtatttttttttttacaacaattatttgtttagaaggttatatacatacatgtattaccaagtcatcttgcactactcattcttaacattgagaaaatgattaatactagagtgtaataatgtcagttaatTGGGGTGTTTTGATTTTGCATAATATCGGCT---T---AATCT---CCATTAGAAT-T-AGAAGCATGTACA------CTA-T-T-AATGGAAT-ATCATTAAAATGAA-GTCATATGCA----------ATT------TTCTT-----AT-----TTAG-AAAA-TATG----AATAT--A---------TAAGTATT-ACTATATACTG-TTA--AAAATA--A---CTAGA------TTAAT---TGTT-T-T--CATAAAAGC------AGGTGTT-------TTAA-------AAAAAAAC----CTTTT------C--------------------------------CAGGGATT---TG--CA------AGT--CAACCCCGGGAATAACGGAT--G-A-ATAGGAAAA--TATTA-TTT---AA--GTTGT-----AAACAG--C-ATATATAAAACGACAAATCCATGTATATATT---GATAATACGCAT-ATCAC---AA-ACGCATtacactacattttgttgtttgttttgttttttgcggaggttggggtgttttgattttgcataatatcggcttaatctccattagaattagaagcatgtacactattaatggaatatcattaaaatgaagtcatatgcaattttcttatttagaaaatatgaatatataagtattactatatactgttaaaaataactagattaattgttttcataaaagcaggtgttttaaaaaaaaaccttttccagggatttgcaagtcaaccccgggaataacggatgaataggaaaatattatttaagttgtaaacagcatatataaaacgacaaatccatgtatatattgataatacgcatatcacaaacgcata
gi|30 : tggtcatcagtcctgttgggtttccttttctttgaacatgtagcttccgtcattttaacaaattaaggaatttgcagacgatcatgccacaagtaaatttccgaattctgcggaaatatacacatgtacatgcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcaaaagagctggtgtagcatatttgtttaatgttgaaattaaaagagaattttattgacacgtatttttttttttacaacaattatttgtttagaaggttatatacatacatgtattaccaagtcatcttgcactactcattcttaacattgagaaaatgattaatactagagtgtaataatgtcagttaataacaacaaatacaatatatttttgaaaattaaccactctatgttaaaaacattaaggactgtaattggtattgaaaataccccctgttccgctatctctcaacgaggattggtgtatacactacattttgttgtttgttttgttttttgcggaggtTTA-TA-CC-CT---GACTAAA-ATTT--AC--G---CCAC-A--ACTTA-CGCC-ACT-TCGCa
gi|4 : TA-TA-TGCTC-T-AC--A-A-T-----GT---T-----TTAA--T---C----ATG-----T-A---T-T--T-A-C--GC-T-GG-------T-C-------CA--GTCC----------AGT-GAG----TTTC-AATTCT-TTAACCA--TTATAACC--T-CCG-----------AC-----------ATTATAA-CAAA-----TTAA-C-A--GAA-TAG-A---------GG------T--T---A-GT-CGA---C---------C--G--ACA---AA--TTTATT-C-CTGTATAGC--CACGACTTAATGTG-----TC-TCA----AGTT--A-ACTT-TCA-TGC---A--------TA-CA-TTTAAAAATTAAAAAAAAG--AA----T--AC-----AAA-A-AA-AACTTGG-C-CA---CA----AATG-CT-GACG---A---G--CAT---GCTTGG-TTAAT-A-TTG-AAATAGAAGAGA--------AATATTTTA----T--CTT--ATATAAAAGT---TTTT--TCTACA-AAAT-T-ATTGTTAT-TAAAAG------------------TCCCCCAATC--ACAGCCAGTT-T-G-CA-GAA---CGACA---T-T-TG--GA-C-ATTA--GAAAAATAAGT----A-T-ATAC---CT--ATGAAGGT-TA-AT-AA-------T---CATGTGAT----CATA-ACAC--TATATC-AACTGTATAT----AAA---TTATT-T-GA-AAACA-AGTAG-AACTT-ACATAA-TATGCT-T-------AAAGA-TCGA-CCAT-TCTAGTAT--T---AAAAAAGAT-T-AAGG-A-TG-A--A----TT-GCATTAA----AA--TAT-GT---CATCTCCGC-GCTAT-CTC-CCC--ATC-AGGgaa
gi|5 : attgaaaaaacatttcaaacataaacttatattagtctcctaatttaatatataatttaaattcatatatcaagccgtagcaccctttcataaaatgcaaaagtgacaaaagagaaataaaaataaaaatatacatcggtattaaaccaatattactcaatggaaggtgggggggagggcgattgttcgaatagaaagcatatacagatgtaacttaaatttctgttttgtgcgatatatccatataatctatgaataaattactcacaaactgttttgcaatgtctctctcacattgctttttcgcttgacaccattgtcggaaaaacttttcgaaaatacataA-TACTC-T-ACCCA-A-C-----GT---T-----TGAA---G-AC----A-G-----T-A---TGT--TTA-A--GC-T-GG-------TTC-AT----CA--GTCC----------AGTTGGG----TT-CCTTTCCT-TTGAACAAG---TAGCCAAT-CCC-----------ACCACAACACACAATATTTA-CAAACTATATTAA-CAACAGAA-AAG-ATACAAAGAAGGGATATTT--CGACAAGA-CGA---CAAACAACAAC--ACCACACAAAA--TATATA-T-CCTT----T--CATC---ACATATA-----TC-TCATCCAA-TT--ATACAAATCCATACG-AAAA------TAGCA-TGT------TGGGGAA-------------------------A-AC-AACTTGG-GACGGATCA----AATGGCTAGATG---A--CG--CAT---GTTTGAATTAAT-A-TTG-AAATCAAAA-GA--------AT------T----T--TTT--AT-TAAGAG----TATTG-TTTACA-AAATCTTATTTTG-T-GAAAGGGTT-----------------GCCCAGTC--AT------CT-TGG-CA-CTACATC-ACA---T-TCTT--GA-C-ATTG--AG-AAATAATG---------AACAA-CT--A-----GTGTG-GT-AA-------TTGTCAG-TGAT-T-GAATTC--------TATC-AAT-T----------AA---T--TTGT-GA-AA-CAGA-TAA-A---T-ACACTA-TATTTTGT-------AAAGA-T-----CAT-TT--------------AAAATAT-T-TAGA-TTTTTG--ATTTGTTGGTATTAAGA-CAA--TAT-CCCCGCCTTCTC-C-GCTAT-TT--CCC--ATCGAGGA-ATTGGTAATAAGCA-AC-TTAAATTTG
gi|5 : acatcttcccaccgagaagccaatactattacatcgccactcGGGGAGT----------CATA---TCG-CCAAGT---A--TT---CCAATAGAAT-TCAGAA-CA---G----TCTGCCACTGT-AATGGAAT-ATCATTGCAATGAATTTCATATGCAA-----A-ATATT------TTCTTTGTTAA------ATAA-AAAAGTATG----AATGA--A---------TAAG--TT-ACT-TAC-TT--CAA--A----A--A---CT---------ggggggggggggggggggagtcatatcgccaagtattccaatagaattcagaacagtctgccactgtaatggaatatcattgcaatgaatttcatatgcaaaatattttctttgttaaataaaaaagtatgaatgaataagttacttacttcaaaaactagattatatt
gi|6 : acatcttcccaccgagaagccaatactattacatcgccactcatactctacccaacgtttgaagacagtatgtttaagctggttcatcagtccagttgggttcctttcctttgaacaagtagccaatcccaccacaacacacaatatttacaaactatattaacaacagaaaagatacaaagaagggatatttcgacaagacgacaaacaacaacaccacacaaaatatatatcctttcatcacatatatctcatccaattatacaaatccatacgaaaatagcatgttggggaaaacaacttgggacggatcaaatggctagatgacgcatgtttgaattaatattgaaatcaaaagaattttttattaagagtattgtttacaaaatcttattttgtgaaagggttgcccagtcatcttggcactacatcacattcttgacattgagaaataatgaacaactagtgtggtaattgtcagtgattgaattctatcaattaatttgtgaaacagataaatacactatattttgtaaagatcatttaaaatatttagatttttgatttgttggtattaagacaatatccccgccttctccgctatttcccatcgaggaattggtaataagcaacttaaatttgggggggggggggggAATAAACATTAACATTA-TA-CTC-C-T-AC--A-A-CAC---GT---T-----TGAA---G-ACCACGA-GGT---T-ACACT-TCCTCATC--GCGT-GGCACCGAAT-C-AC----CA--TTCCCAGCTTGGTCAGTTCGA----TTTCCAATTCCATTGAACATAGTATAGCT--A-CCGGTCACGAAACAACT----------ATTTCAA-AATA-----TTAA-CGA--GAA-TAGGA---------GGG----TTATTG-CA-GT-CGAAGCCGA-------C--GCGCCA---AA--TGTATAATGCCTT----TATCGTG---TATAGTTGGGTATT-CCA----A-TGTTATACAA-TCAATACG-AACCGATATATA-CAATTT------TAACAAACTATTAA----T--ATTTAAAAAA-ATAA-AACTTGGTG-CGGATTATCATAATG-CT-GATATGCAT-CG--TCT---GAATGT-TAGAT-A-GTG-AAATTAA------------------------------------------------TTTGTT--ACACAGAT-TTATTT-GTTGTAAAACGTG---------------TCTCACGATTGTAT------CTGC-GTCA-CTA-----ACAAAATATCTTATGA-CCATTGGAAGAAAATAGTATAAAA-TATAAC---TT--A-----G-GTACAT-AA-------TT-TCAGTTGATCG-GCATTTACACAAAATATCAAATATTATTTT---AAACTTCTATTGTCGACAA-CA-A-TAG-A---TAACAATA-agattatatt
gi|7 : tgtaacatgaacatagtaatacaaatttcatccttcaatttttcaggtgcgatatatttctattataaaaatctattgaataaattattcacggaaacgttactgttttggcattatgtgccttcccacattggccgcttgtttttgttgactctatccctctcctggtgatcgaaaaacgttttgctccgaaGGGT-T----------CACA---TTAGCC---A---A--TT---TCATTAGGAT--AACAAGAGT-TGCACTTCT--TACT---AA-GGAAT--TCATTGCA-TGAA-TTCATATGCAATTTTTATTTCTTAATAAATTTTT-----ATTTCCTATAATAAAA-TACG----AAACGGAA---------TAAATATT-ACTA--C-CT--TTA--A----AGAA---CT---------CTATT---TCTT-TGT--T-TAAGAGC------ATGTGGT-----AGATAATCAG-TTA---AACC----CTCTT------CCT---TT--CC-GTGCGGTCATG---TAAAATCA-TGATT----G--CA------AGT--CAATCCTGGGAATAGC-GAT----A-T----GAAA--TA-TATTTTAA-AA--GTTTTTA---AAA-AG--CAACA-ATAAAACGAC-AATG----TATA---T---GA-AAT-TG-AT-TTCATTCATA-ACGCATGTGTCANNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAGT-TCCCATTTTAAGAAG----TTTCGATCAGTGAGCGGAGTTTCGGGTTGGTATTC--TTGTTCACATGCGCATTAATCGC-TTAT-TTA-A--ACTATAG-CC-AG-GCATA---TA-TAGTT-C----AACGAAAGATCT--AC--AACTTCAA-GCAACTTA-CGCC-GCT-TCGgta
gi|8 : tgtatcatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncTGT----------CACA--ATCAGCC---TCCAA--TTTACCCATTAAGTTCTCAGAAGCA-G-GCACTTCTGTAACT-TTAATGAAATCATCATTGCAAT-AA-T-------CAA-----TTTTATT------TTCTT-----A------ATAA-AAAA-TATG----AAACG--AA--------TAAGTATT-ACTA--C-CT--TTA--A----AG-A---CT---------CT-TT---TGTCCT-T--T-TGAAAGC------ATGCGAT-----AAATAGT--A-TTAGATA-CC----ATTTT------CCTAGTTC--CC-G---GGTCATG---TAA--TCAGTGATT---T-T-CT------AAT--CAACCCCGGGAATAGCGGAT--G-AATT--GGAAAG-TATTCTTCT---AAAAGTGTT-----AAA-AG--C-ACATATAAAACGAC-AAT-----TATG---T---GATAATAT------------------GCAT------------------TTCATGAATGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNAAG--T----TTTTGA--AATGATCGGG--TTCGGGTT-GTATTC--TT-TGCACACGCACACAAGT-ACG--TTGCTA-AGGACTTAAGCCA-GG-GCGTAACTTA-TA-CCAA----GACTAAA-ATTT--AC--G---CCAA-G--ACTTA-CGCC-GCT-TCGt
gi|9 : agggttTAGCC--T-CGG-----------AC-----------ATTTTAA-CAAA-----TTAA-CGA--GAA-TAG-A---------GGG----TT--TG-CA-GT-CGA---T---------C--GCGCCA---AA--TTTATA-T-CCGT----T--CATG---TAATTTT-----T--TCA----A-TG--TTACAA-TCAATACG-AAA-------TA-CA-TTT------CAAAAAATAA--AA----T--A------AAATA-AATAACTTGG-G-CGGATCA----AATG-CT-GATG---A--CG--CATTATGTTTGT-TAAGT-A-TTGCAAATTAAAGAGAGGCAATTTAA------A----TA-TTT--ATATAAAAGT---T-TTGTTTACCA-AAAT-T-ATTT-GTT-TAAA-GGTT-----------------CCCCAG-C--AT------CT---G-CAACTA-----ACA---T-TCTT--GAGC-ATTG--AGAAAATAATG----AAT-TAAC-AATT--T-----GT-TA-AT-AA-------TT-TCAGCT--T-A-GCATTCAC------TAAC-A----TAT------AAA---ATATTGT-GACAA-CACA-TAGCAC--T-AC--TACTATCAT-TCTGTGAAAAAGACTCGG-CCATATCTAGTGTAGTCGAAAAAAAAAT-TCAAGACATTGTAGGA----TTG--ATTAA-A-CAAAACAT-GTC--CCTCTCC-CAGCCATATT--CCCGCATCGAGTG-ATTTGT-ATAA-CAGACTTTGAtgaa
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): CCCCCAGTCGGATTTATGAAAATAAACATTTAAAACTAAACTTAGTAACACCTATATTTGAATAAATAATATTGATATTCTATATCAAAGCCGTGCTTTATCTGTAAAATTGCAAATGAAAAAGAGAATACGAATTAAAAAATGATAAGTGTATAAACAATAATACACAATGTAGGGTTGGGGGGGTGTGAGATAAAAGCATATAATATAATAGTTTTTTGTTTTGTGGCGAACATATCTATTCTAATCTATTGAATAAAATTATCACAAAACTACTGTTTGCAAATGGTCCTCCCATTGCCTTTTTTTTCGCTTTGACACCTTCTCGAAAACTTTTCGAAA
Unaligned ( gi|18 ): CCCCTCGGTATTTACATAGTATATGAAATAAACATTGAAAACATATATTTAGCATCCAATATTTGAAGTAATAATTTGATGTTCATATATGAAAGACATGCACTCTTTCTTTTAATTGCAAATGAACAAGAGAATACAAATATAAATGGGAAAGGTATGATAACCACATTAAACAATATTACTCAATTGGTGGGGGAAAGGGGGGGGGGGGGTCGTCAGATGAATTCAGCGTTTGATTATAAAAACAGTTTTGTTTTGTTCGAATAT
Unaligned ( gi|29 ): ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAT
Alignments
lowQualScore : 111 11111 11111 11111 444444444444444444 11 1111111 1111 11 1111111111 222222 333333333333333333333333 11111 22222222222 1111 3333333333333333333 1111111 111 333333333333333333 1111 33333333 1 222222 444444444444444444444 1 1111 222 111 1 44444444444444444444444444444 11111 11 11 3333333333333333 111111 111111 222 11111 1111111111 2222 1111 11111 111111111 1 3333333 1 1111 11 11 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3333333333 222 2222222222 111 222 222 11111 2222222222222222222 222222222222 1111 222222222 111 11 4444444444444444444444 111 111111 3333333333333333 1111 111111 111 111 333333333333333 1111111111 11 111 22222 11 222222222222 111111111 111 111111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111111 11 222 22222222 222222 1 111111
lowQualScore : 5 3 888 4 3 3 3 55 7 3 44444 666 88888 66666 444444444444444444 3 55 1 3 22 3 6 0000000 3 3 5555 00 5555555555 555555 111 3 2 9 55 4 000000000000000000000000 5 22222 888888 55 44444444444 0000 66 5 5 55 0000000000000000000 888 66 0 5 5 2 9999999 000 111111111111111111 5 0000 5 5 44444444 1 5 222222 555555555555555555555 555 5 1 5 7777 5 5 444 66 333 88 5 5 5 5 0 77777777777777777777777777777 6 3 77777 66 5 00 66 55 7777777777777777 3 66 222222 777 8 4 55 777 777 4 66 4 4 66 1 999999 4 111 66 11111 4 4 5555555555 0 2222 1 4444 2 4 99 2 777 777 5 5 8 999 55555 4 1 4 888888888 4 4 4 0 0 3333333 5 55 0 5 0 66 5555 777 66 66 66 5 5 5 66 66 1 0 8 8 2 33 3 1 1 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 5555555555 111 1 9999999999 444 333 111 55 5 77777 5 88 0 8 0 3333333333333333333 777777777777 5 5 2222 0 77 888888888 11 5 888 5 33 77 6666666666666666666666 9 111 1 6 6 9999 999999 1 2222222222222222 1 7 2222 666666 5 77 5 000 0 000 77 222222222222222 77 7 4444444444 99 7 777 77 22222 5 77 5 00 5 000000000000 5 222222222 000 5 2 999999 333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0 1111111 66 0 888 5 3 66 5 22 444 5 4 2 99999999 5 4 5 555555 0 66 222222 5 66 5 5 5
lowQualScore : . . ... . . . . .. . . ..... ... ..... ..... .................. . .. . . .. . . ....... . . .... .. .......... ...... ... . . . .. . ........................ . ..... ...... .. ........... .... .. . . .. ................... ... .. . . . . ....... ... .................. . .... . . ........ . . ...... ..................... ... . . . .... . . ... .. ... .. . . . . . ............................. . . ..... .. . .. .. .. ................ . .. ...... ... . . .. ... ... . .. . . .. . ...... . ... .. ..... . . .......... . .... . .... . . .. . ... ... . . . ... ..... . . . ......... . . . . . ....... . .. . . . .. .... ... .. .. .. . . . .. .. . . . . . .. . . . .................................................................................. .......... ... . .......... ... ... ... .. . ..... . .. . . . ................... ............ . . .... . .. ......... .. . ... . .. .. ...................... . ... . . . .... ...... . ................ . . .... ...... . .. . ... . ... .. ............... .. . .......... .. . ... .. ..... . .. . .. . ............ . ......... ... . . ...... ...................................................... . ....... .. . ... . . .. . .. ... . . . ........ . . . ...... . .. ...... . .. . . .
lowQualScore : 0 2 999 0 6 6 6 00 3 6 11111 444 22222 44444 000000000000000000 6 00 7 6 33 3 7 8888888 6 6 5555 00 9999999999 111111 999 6 3 4 55 0 666666666666666666666666 0 55555 555555 44 00000000000 6666 99 0 0 88 6666666666666666666 888 99 5 0 0 5 1111111 000 000000000000000000 7 3333 7 7 33333333 4 7 111111 000000000000000000000 999 7 4 7 9999 0 0 999 99 888 44 0 0 0 5 0 55555555555555555555555555555 6 4 88888 88 0 44 99 11 5555555555555555 9 11 888888 000 9 4 66 888 888 4 11 4 4 11 8 222222 4 777 11 11111 4 4 4444444444 8 0000 9 1111 2 4 22 0 888 888 0 0 9 888 88888 4 9 4 444444444 4 4 4 4 0 9999999 0 44 0 5 4 99 6666 111 99 44 99 0 0 0 99 99 7 7 0 0 5 22 2 0 0 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0000000000 666 4 2222222222 000 888 222 66 0 88888 6 88 8 0 8 5555555555555555555 444444444444 7 7 1111 7 99 666666666 66 7 333 7 66 99 3333333333333333333333 8 777 0 7 7 3333 222222 0 8888888888888888 0 5 1111 444444 1 99 7 000 7 000 99 111111111111111 99 9 0000000000 33 3 999 99 11111 7 99 7 00 7 111111111111 0 444444444 000 7 2 888888 222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2 5555555 99 1 222 0 6 99 0 99 111 0 5 0 88888888 0 4 0 000000 0 99 666666 0 99 7 7 7
consensus : NAATAA-CATTAA--TTA-TA-TGCTC-T-AC--A-A-C-----GT---T-----TGAA--AG-AC----A-G-----T-A---T-T--TTA-C--GC-T-GG-------T-C-AT----CA--GTCC----------AGTTGGG----TTTCCAATTCT-TTGAACAAGGTATAGCC--T-CCG-----------AC-----------ATTTTAA-CAAA-----TTAA-CGA--GAA-TAG-A---------GGG----TT--TG-CA-GT-CGA---C---------C--GCGACA---AA--TTTATA-T-CCGT----C--CATG---TAATNTT-----TC-TCA----A-TG--ATACAA-TCAATACG-AA--------TA-CA-TTT------TAAAAAACAA--AA----T--A------AAA-A-AA-AACTTGG-G-CGGATCA----AATG-CT-GATGAT-CG--CAT---GTTTGT-TTAAT-A-TTG-AAATTAAAG-GA--------AA------A----T--TTT--ATATAAAAGT---TNTTGTTTTACA-AAAT-TTATTTTGTT-TAAAAGGTT---------------TCCCCCAGTC--AT------CT-T-G-CA-CTAC-A---CA---T-TCTT--GA-C-ATTG--AGAAAATAATG----A-T-TAAC-A-CT--AGTG-----TA-AT-AA-------TT-TCAGTTGAT-G-GCATTTACAC-CTATATC-AATATTATTTT---AAA---TTATTGT-G-A-AACA-A-TAG-A---T-ACAATA-TATCTT-T-------AAAGA-TCGA-CCAT-TCTA-TGT--T---AAAAAACAT-T-AAGG-ATTGTA--A----TTGGCATTAA-A-CAA--TAT-GTC--CCTCTCC-C-GCTAT-CT--CCC--ATCGAGGG-ATTGGT-ATAAGCA-ACTTTNAATNTGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATGGGGTGT----------CACA--ATCGGCC---T---A--TT---CCATTAGGAT-TCAGAAGCATGTGCACTTCTGCTACT-T-AATGGAAT-ATCATTGCAATGAA-TTCATATGCAA-----ATTTATT------TTCTT-----A------ATAA-AAAA-TATG----AAACG--A---------TAAGTATT-ACTATAC-CT--TTA--A----A--A---CT---------CTATT---TNTT-T-T--T-TGAAAGC------ATGTGNT-----ANATAAT--A-TTAGATAACC----CTTTT------CCTAGTTC--CC-G---GGTCATG---TAA--TCAGTGATT---TGT-CA------AGT--CAACCCCGGGAATAGCGGAT--G-A-TT--GGAAA--TATTATTTT---AA--GTTTT-----AAA-AG--C-ACATATAAAACGAC-AAT-----TATA---TGATAATATGCAT-NTCAT---GA-ACGCATGCGTTGCCTCC--NCCTCTTTATGAATGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAT---GTATCCCATTTTAAG--T----TTTTGA--AGTGATCGGG--TTCGGGTT-GTATTC--TT-TGCACATGCGCATAAGTCACGTTTTGTTA-AGGACTTAAG-CA-GG-GCGTAACTTA-TA-CC-C----GACTAAA-ATTT--AC--G---CCAA-G--ACTTA-CGCC-GCT-TCGC
Reference ( family-1460 ) : NAATAA-CATTAA--TTA-TA-TGCTC-T-AC--A-A-C-----GT---T-----TGAA--AG-AC----A-G-----T-A---T-T--TTA-C--GC-T-GG-------T-C-AT----CA--GTCC----------AGTTGGG----TTTCCAATTCT-TTGAACAAGGTATAGCC--T-CCG-----------AC-----------ATTTTAA-CAAA-----TTAA-CGA--GAA-TAG-A---------GGG----TT--TG-CA-GT-CGA---C---------C--GCGACA---AA--TTTATA-T-CCGT----C--CATG---TAATNTT-----TC-TCA----A-TG--ATACAA-TCAATACG-AA--------TA-CA-TTT------TAAAAAACAA--AA----T--A------AAA-A-AA-AACTTGG-G-CGGATCA----AATG-CT-GATGAT-CG--CAT---GTTTGT-TTAAT-A-TTG-AAATTAAAG-GA--------AA------A----T--TTT--ATATAAAAGT---TNTTGTTTTACA-AAAT-TTATTTTGTT-TAAAAGGTT---------------TCCCCCAGTC--AT------CT-T-G-CA-CTAC-A---CA---T-TCTT--GA-C-ATTG--AGAAAATAATG----A-T-TAAC-A-CT--AGTG-----TA-AT-AA-------TT-TCAGTTGAT-G-GCATTTACAC-CTATATC-AATATTATTTT---AAA---TTATTGT-G-A-AACA-A-TAG-A---T-ACAATA-TATCTT-T-------AAAGA-TCGA-CCAT-TCTA-TGT--T---AAAAAACAT-T-AAGG-ATTGTA--A----TTGGCATTAA-A-CAA--TAT-GTC--CCTCTCC-C-GCTAT-CT--CCC--ATCGAGGG-ATTGGT-ATAAGCA-ACTTTNAATNTGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATGGGGTGT----------CACA--ATCGGCC---T---A--TT---CCATTAGGAT-TCAGAAGCATGTGCACTTCTGCTACT-T-AATGGAAT-ATCATTGCAATGAA-TTCATATGCAA-----ATTTATT------TTCTT-----A------ATAA-AAAA-TATG----AAACG--A---------TAAGTATT-ACTATAC-CT--TTA--A----A--A---CT---------CTATT---TNTT-T-T--T-TGAAAGC------ATGTGNT-----ANATAAT--A-TTAGATAACC----CTTTT------CCTAGTTC--CC-G---GGTCATG---TAA--TCAGTGATT---TGT-CA------AGT--CAACCCCGGGAATAGCGGAT--G-A-TT--GGAAA--TATTATTTT---AA--GTTTT-----AAA-AG--C-ACATATAAAACGAC-AAT-----TATA---TGATAATATGCAT-NTCAT---GA-ACGCATGCGTTGCCTCC--NCCTCTTTATGAATGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAT---GTATCCCATTTTAAG--T----TTTTGA--AGTGATCGGG--TTCGGGTT-GTATTC--TT-TGCACATGCGCATAAGTCACGTTTTGTTA-AGGACTTAAG-CA-GG-GCGTAACTTA-TA-CC-C----GACTAAA-ATTT--AC--G---CCAA-G--ACTTA-CGCC-GCT-TCGC
gi|1 : AGTAA-CATTTA--TTAATA-TGCTCCT-GC--A-AGC-----GT---T------GAA--AG-AC----G-G-----T-A---T-T--TTA-C--GC-T-GG-------C-C-AA----TA--GTCC----------AGTTG------TTTCCAAT-CT-TTGAACTAAGTATAGCC--T-GCG-----------AC-----------ATTTTAA-CAAA-----TTAAACGA--GAAATAATA---------GGG----TT--TG-C--GT-CGA---C---------C--GCGGCC---AA--TTTATA-T-CTTT----C--CATG---TAATTTT-----TCGTAA----A-TG--ATAAAA-TCAACACG-AA--------TA-CA-TTT------TAAAAAACAA--AA----TTTA------AAA-A-AA-AACTTGGCG-CGGGTCAT---AATG-CT-G-TGAT-CGGCCAT---GTTTGT-TTAATCACTTG-AAATTAAAG-GA------------------------------TATAAAAGT---GGCTGTTTAACA-AAAT-TTATTTTGTT-TAAAATGTT---------------TCCCCCAGTC--AT------CT-T-G-CA-TTAC-A---CA---T-TCTT--GA-C-GTTG-----AAATAATG----A-T-TAAC---CT--AGTG-----AA-ATAAA-------TT-TCAGTTGAT-GTCCATTTCCAC-CTTTATC-AAT-TTATTTT---AAA---TTATTGT-A-A-AACA-A-TAG-----T-ACAATA-TATCTT-T-------AAAGA-TCGA-CCAT-TCAA-TGT--T---AAAAAACGT-T--AGG-ATTGTA--A----TTGGCAAAAA-A-CAA--TAT-GTC--CCTCTCC-C-GCTAT-CT--CCC--A-CGATGG-ATTGGT-ATAAGC--ACTTTTAATGTGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATGGGGTGT----------CACA--ATCCGCT---C---A--TT---TCATTAGGAT-T-AGAAGCATGTGCACTTCTGCTA-T-T-AAGGAAAT-ATCATTGCTATGAA-TTCATATGCCA-----ATTTATT------TTCTT-----A------AT---AAAA-TATG----AAACG--A---------TAAGTATTAAGTATAT-CT--TTA--A----G--C---CT---------CT-TT---TGTC-T-T--T-TGAAAGC------ATGTGTTC----AGATAGT--A-TTAGATAACC----CTTTT------CCTAGTTC--CCTG---GGTCATG---TAA--CCAGTGATT---TAT-CA------AAT--CGA-CCCGGAAATAGCGGAT--G-A-TT--GGAAA--TATTATTGT---AA--GTTTT-----AAA-AG--C-ACA-ATAAAACGAC-AAT-----TATA---TGATAA-ATGCATCTTCAT---GA-ATGCATGTGTTGCCGCCT-TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT---GTATCCCATTTTAAG--T----TTTTGA--AGTAA-CGGT--TTCGGGTT-GTATTC--TT-TGCACATGCGCATAAGTCACGTTTTGTTA-AGG-CTTAAG-CAGGG-GCGTAACTTA-TA-CA-C----GATTAAA-ATTT--AC--G---CCAA-G--ACTTA-CGCC-GCT-TCGC
gi|10 : tA-CATTA---TTA-TC-T--TC-T-AC--A-A-C-----GT---T-----T-AA--AG-AC----A-G-----T-----T-T--TTA-A--GC-T-AT-------T-C-AT----CA--GTCC----------GGATGGG----TTTCCTTTTCT-TTGAACAAG---TAGTC--T-CCG-----------AC-----------ATATTAA-AAAC-----TTAA-CGA--GAA-TAG-A---------GGG----TT--TG-CA-GA-TGA---C---------C--GT-ACA---GA--TTGATA-T-CCGT----T--CATG---TAATTAT-----TC--CA----A-TT--ATACAA-TCAATACGAAA--------TG-CA-TTTG-----GGGAAAACAC--A---------------------------TTTG-G-CGGACCA----AATG-CT-GATGA--CG--CAT---GTTTGT-TTAAT-A-CTG-AAATTAAAA-GA--------GA------A----T--TTTTAATTTAAA--T---TATTG-CTTACA-AAAT-TTATTTC------AAAGGTT-----------------GCCCAGTC--AT------TT-T-G-CA-CTAC-A---CA---T-TTTT--GA-C-ACTG--AGCATATAATGA---A-T-TAAT-A-CT--AGTG-----TA-AT-AA-------t
gi|11 : tatatatatataatctattgaataaatttcagcaaacttactgttttgcaatgtcctccaacattgccttcttttttcgcttgacaccttgtcggaaactttccgtaaagtA--TTA-TA-TGCTC-TAAC--A-A-C-----GCTTGT-----TGAA--AT-ACCG--A-GTAAGTT-A---T-T--TGA-CAGGC-T-GG-------
gi|12 : ctatatcaagtcctcctaatactgttgaattaaataatgggttcgatatttcatatatcaaataagcctgtgcacctctttctgtaatagggattgccaaaaataggaaaaagagaataaaaagtgataactcagtattaatgaacaaatagttcaaaaggagaatttatactgtcaatgatggagtttgggtagtgtttccgtcgataacaaaattgcaaagtacatgtaagttatgaaaacttgttttgttttgttgcgaatagtatctacttatattaactattatttgataaatattgatccaaacttgtctttgcatgtctcaagagtaaatatcttatttccacattgccttttttgtattacgctttgacatcctttgtcggaaacttttcgaaagtattggaacaatgggggagggggAATAA-C-TTAA--TTA-TA-TGCTC-T-AC--A-A-C-----GT---T-----TGAA--AG-AC----A-A-----G-AAT-T-T--TTA-C--GC-T-GG-------T-C-AT----CA--GTCC----------AGTTGAGT---TTTCCAATTCT-TTG-ACAAGGTATAGCC--T-CTG-----------AC-----------ATTTTA
gi|13 : ccgcgcgtatttatgaataaacattttaaaaacataaacttagtctcctaatattttgaattaaaatttgatattcatgatatcaaagccgtgcactctttctgtaaatgcaatcaaaaaagagaaataaaaaataaaaatgaataaacgataaacaatattactcagtgtaggggggggggcgtccgagataaaagcatgtaattatgaaatagttttgtttttgtgcgagtatatcctatttactattgaataaattatcacaaacttactgtttgccatgcctcccacattgccttttttcgcttgacacatttcggaaaaccttttcgaaaAATAA-C-TTAA--TTA-TA-TGCTC-T-AC--A-A-C-----GT---T-----TGAA--AG-AC----A-A-----G-AAT-T-T--TTA-C--GC-T-GG-------T-C-AT----CA--GTCC----------AGTTGAGT---TTTCCAATTCT-TTG-ACAAGGTATAGCC--T-CTG-----------AC-----------ATTTTAtaaact
gi|14 : ccgcgcgtatttatgaataaacattttaaaaacataaacttagtctcctaatattttgaattaaaatttgatattcatgatatcaaagccgtgcactctttctgtaaatgcaatcaaaaaagagaaataaaaaataaaaatgaataaacgataaacaatattactcagtgtaggggggggggcgtccgagataaaagcatgtaattatgaaatagttttgtttttgtgcgagtatatcctatttactattgaataaattatcacaaacttactgtttgccatgcctcccacattgccttttttcgcttgacacatttcggaaaaccttttcgaaaATATG--------ATTT-CT------TTCGG-----A------ATAA-AAAA-T-TGATTTAAAGA--A---------TAGAC-TT-AC---AC-CTTCTTA--A----A--AAACCTAGGAATTAATTGTT---TTTT-T-T--T-TGAAAGC------ATGTGAT-----AC---AT--G-TTAGTTACCT----TCTTT------GCGAGTTC--CT-G---GGTAATG---TAA--TCAGTGATT---TGG-CA------AGT--CAACCCCGGGGATAGC-GATAAA-A-TA--GGGAATGTATTATTTTTAAAA--GTTTTTTTAAAAA-AGATT-AAAT-TCAAACTAC-AAT-----TA-A---TCAT----TGC-T-ATCAT---GA-ACGCATGTGTTGCCTCC--ACCTCTTTATtaaact
gi|14 : atttttatcttatTATCACACTGTATG--TATAGTTTTGA--AGTGATCGG---TTCGGGTC-GTTTTG--TT-TGCActctccctctctatcacactgtatgtatagttttgaagtgatcggttcgggtcgttttgtttgcat
gi|16 : atttttatcttatatatgatttctttcggaataaaaaattgatttaaagaatagacttacaccttcttaaaaaacctaggaattaattgttttttttttgaaagcatgtgatacatgttagttaccttctttgcgagttcctgggtaatgtaatcagtgatttggcaagtcaaccccggggatagcgataaaatagggaatgtattatttttaaaagtttttttaaaaaagattaaattcaaactacaattaatcattgctatcatgaacgcatgtgttgcctccacctctttatctctccctctcAATAA-CATTA---TTA-TA-TGCTC-T-AC--AGA-C-----GT---TATATATGAATGAGTAC----A-G-----A-AATTT-T--TCA-CT-GC-TTGG-------T-C-ATTTCACAATGTCC----------AGTTTGAAGTTTTTCAAATTCT-TTGAACAAGt
gi|17 : tagagattaataagtgatatagacggtattatttggtggtggcgggagggggcgagagccgtcgctgctatttgatagtgctgtttttgtgcgataatactctattataaatgcttcttgatataaaaagtatcaacaccttactgttttgcaatgccactccacccattgcctttttttccgcttgacacattgtcggaaaatcttttcgaaAATAA-CATTA---TTA-TA-TGCTC-T-AC--AGA-C-----GT---TATATATGAATGAGTAC----A-G-----A-AATTT-T--TCA-CT-GC-TTGG-------T-C-ATTTCACAATGTCC----------AGTTTGAAGTTTTTCAAATTCT-TTGAACAAGtt
gi|19 : tagagattaataagtgatatagacggtattatttggtggtggcgggagggggcgagagccgtcgctgctatttgatagtgctgtttttgtgcgataatactctattataaatgcttcttgatataaaaagtatcaacaccttactgttttgcaatgccactccacccattgcctttttttccgcttgacacattgtcggaaaatcttttcgaaCCAGTC--AT------CT-T-G-CA-CTAC-A---CA---T-TCTT--GA-C-AATG--AGAAAATAATG----AAT-TAAC----T--AGTG-----TA-CT-AA-------TC-TCAGTTGAT-G--CATTTACAC-CTATATC-AATATTATTTT---AGA---TTATTGT-G-A-AACA-A-TAG-A---T-ACAATA-TATTTT-T-------AAAAA-TCGA-TCAT-TCTA-TGTA-TA--AAAAAACAT-T-AAGG-AATGTA--A----TTGGTATTAA-A-CAA--TAT-GTC--CCTCTCC-C-GCTAT-TTC-CCC--ATCGAGGATATTGGT-ATAAGCA-ACTTTtt
gi|2 : AATAA-CATTA---TTA-GAATGCTC-T-AC--A-A-CTTAACGT---T-----TGAA--AG-AC----A-G-----TTA---T-T--TTA-C--GC-T-GG-------T-CCAT----CA--GTC-----------AGTTG---------------------AACAAGTTATAGCC--TTCCG-----------A------------ATTTTAAACAAA-----TTAA-CG---GAA-TAG-A---------GGG----TT--GA-CA-GTGCGA---C---------C--AC-ACA---AAAATTT-TA-T-CCTT----C--CATG---TTAC------------------A-TG---TACAA-TCAATACG-AA--------GAACA-TA--------AAAAAATAA--AAATATT--A------AAA-A-AA-ACCTGGG-G-CGGATCA----AATG-CT-GATGGCACG--CAT---GTTTAT-TTAAT-A-TTG-GCATAAAAG-GA--------AA------AAAAATCATAT--ATATACATGT---TAATGTTTT-CA-AAATATTATTTT-TT-TAAAAGGTT---------------TCCC--AGTC--AT------CT-TTG-CA-CTAC-A---CA---T-CTTT--GA-C-ATTG--AGAAAATAAGA----A-T-TAAC----T--AGTG-----TA-AT-AAAATTGAATT-TCAGTTGAT-T-GCATTTACAC-CTATAAC-AATATTATTTT---AAA---TTATTGT-G-A-AACA----------------------TCTT---------AAAGA-TCGAACCAT--CTA-TGT--TT--AAAAAACAT-T-AAGG-ATTGTA--AT---TTGGCATTAA-ATCAA--TATAATC--CCTCTCC-C-GCTA--CTGCCCC--ATCGAG
gi|20 : aaacatttaaaacaaaacttagcacttatgtctccttatatttgaattaataatttgtattcagacatcataatcaaacgcttcgtgcactctttctgtaaaatgcaaatgaaaaagagaattaaaaaataaaaatgataaacgtattaaacaatattactcaatgtagggtggaaggtgggggtcgtcgagataaaagcaaattaattatgaaatattgtttttttgtgcagatatatcgactataatctattgaataaaattattcaaaacttacgtttgcaatgtcctcccacattgccttttcttcgcttgacaccttgttgaaaatttttgaactttcgaaaTC-----A------AGAG-AAAA-CATG----ATACG--AGTAATCGATTAAATATT-AC--TAC-CT--TTAATA----G--A---C----------CTATTGTCTCCT-T-TTGT-TGAAAGCCATATAATGTGGTCTCACGCATAAT--ATTTAGATATCCGCCGCTTGTAGCACGCTTTGTCCGTCC-G---GGGAGTGTGTTAA--TCGGTGATTGAATATGCACTTTATAATCACAACCCTGGGAATAGCTG----G-A-TT--GAAAG--T
gi|21 : aagtcatcttgttccatcttataagt---AA--GTTTT-----AAA-AG--C-ACAT-TAAAACTAC-AAT-----TATATATTGA-AATA-GCA--ATCAG---GAGACGCATGCGTTGCCTTCCACCCTCTCTAT
gi|21 : TTAAG--T----TT--GA--AGTGATCAGG--TTCGGGTT-GT-TTCAATG-TCCACATGCGTATAG--CACGTT---TCA-AAGACTT----C--CG-GTATAATTTA-TC-CC-A----GAGTCAA-ATTTTAACG-G---CAAA-G--ACTGA-TGCC-CCT-TCctcctccttctctccaacaattttattaagtttgaagtgatcaggttcgggttgtttcaatgtccacatgcgtatagcacgtttcaaagacttccggtataatttatcccagagtcaaattttaacggcaaagactgatgccccttctgaa
gi|22 : aagttttaaaagcacattaaaactacaattatatattgaaatagcaatcaggagacgcatgcgttgccttccaccctctctatctcctccttctctccaacaatttta-----TAT----TGATAATATGCAT-CTCAT---GA-AGGCATGCGTTGCNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAT-------------TTAAG--T----TTTGGA--AGTGATCGGG--CTCCGATT-GTTTGT--TT-TGCACATGTGTACATG-CACG--TTGTCA-AGGGGT--------GG-TCGTAACTTA-TA-CC-CA---GACTAAA-ATTT--AC--G---CCAA-G--ACTTA-CGCC-ACT-tgaa
gi|23 : ATTTTAAG--T----TTTTGA--AGTGATCGGG--TTCGGGTT-GTATTC--TT-TACACATGCGCATAAGT-ACG--TTGTTA-AGGACTTAAGCCA-GG-GCGTAACTTA-TA-CA-A----GACTAAA-ATTT--AC--G---CCAA-G--tatgaa
gi|24 : C----CTTTT------CCTAGTTC--CT-G---AGTCATG---AAA--TCAGTGATT---T-T-CA------AAT--CAACCCCGGGAATAGCGGAT--GAA-TT--GGAAAG-TATTA-TTT---AA--GTTTT-----AAA-AG--C-ACATATAAAACAAC-
gi|25 : ---GTATCCCATTTTAAG--T----TTTTGA--AGTGATCGAG--TTCGGGTT-GTATTC--TT-CGCACATGCGCATGAGT-ACG--TTGTTA-A--------------G-GCGTAACTTA-T
gi|26 : cctcctctctcTTGTTACAGGACTTATG-CA-GGAGCGTAACTTATTA-CC-CAAGAGACTAAATATTT--ACATG---CCAAGG--ACTTAGCGCCAGCTATCG
gi|27 : TTGAT-G--CATTTACAC-CTATATC-GATATTATATT---AAA---CTATTGT-G-A-AACA-A-TAA-A---T-ACAATA-CATCTT-T-------AAAGA-TCGA-CCAT-Tta
gi|28 : AGA-TCCA-CCAT-TCTA-TGT-----------ACATGT-ATGGAAAAAAA--A----TTGGCATTAA-A-CGA--TAT-GTC--CCTCTCC-C-GCTAT-CT--CCC--
gi|3 : -T-GG-------T-C-AT----CA--GTCC----------TGTTGGG----TTTCCTTTTCT-TTGAACA---TGTAGCT--T-CCG-----------TC-----------ATTTTAA-CAAA-----TTAA---G--GAA----------------------TT--TG-CA-GA-CGA---T---------CATGCCACA---AG--TAAATT-T-CCGcat
gi|3 : G-CT-GGTG-T-AG--CAT---ATTTGT-TTAAT-G-TTG-AAATTAAAA-GA--------GA------A----T--TTT--ATTGACACGTATTTTTTTTTTTACA-ACAA-TTATTT-GTT-TAGAAGGTTATATACATACATGTATTACCAAGTC--AT------CT-T-G-CA-CTAC-T---CA---T-TCTT--AA-C-ATTG--AGAA---AATG----A-T-TAAT-A-CTAGAGTG-----TA-AT-AA-------TG-TCAGTTAAT-A-ACA---ACAA---ATA-C-AATA-TATTTTTGAAAA---TTAaattctgcggaaatatacacatgtacatgcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcaaaagagctggtgtagcatatttgtttaatgttgaaattaaaagagaattttattgacacgtatttttttttttacaacaattatttgtttagaaggttatatacatacatgtattaccaagtcatcttgcactactcattcttaacattgagaaaatgattaatactagagtgtaataatgtcagttaataacaacaaatacaatatatttttgaaaattaaccactctatgttaaaaacattaaggactgtaattggtattgaaaataccccctgttccgctatctctcaacgaggattggtgtatacactacattttgttgtttgttttgttttttgcggaggttggggtgttttgattttgcataatatcggcttaatctccattagaattagaagcatgtacactattaatggaatatcattaaaatgaagtcatatgcaattttcttatttagaaaatatgaatatataagtattactatatactgttaaaaataactagattaattgttttcataaaagcaggtgttttaaaaaaaaaccttttccagggatttgcaagtcaaccccgggaataacggatgaataggaaaatattatttaagttgtaaacagcatatataaaacgacaaatccatgtatatattgataatacgcatatcacaaacgcata
gi|3 : tggtcatcagtcctgttgggtttccttttctttgaacatgtagcttccgtcattttaacaaattaaggaatttgcagacgatcatgccacaagtaaatttccgaattctgcggaaatatacacatgtacatgcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcaaaaga-AACA-A-CAA-A---T-ACAATA-TATTTT-T-------GAAAA-TTAA-CCAC-TCTA-TGT--T----AAAAACAT-T-AAGG-ACTGTA--A----TTGGTATTGA-A--AA--TAC--CC--CCTGTTC-C-GCTAT-CT--CTC--AACGA-GG-ATTGGT-GTAaccactctatgttaaaaacattaaggactgtaattggtattgaaaataccccctgttccgctatctctcaacgaggattggtgtatacactacattttgttgtttgttttgttttttgcggaggttggggtgttttgattttgcataatatcggcttaatctccattagaattagaagcatgtacactattaatggaatatcattaaaatgaagtcatatgcaattttcttatttagaaaatatgaatatataagtattactatatactgttaaaaataactagattaattgttttcataaaagcaggtgttttaaaaaaaaaccttttccagggatttgcaagtcaaccccgggaataacggatgaataggaaaatattatttaagttgtaaacagcatatataaaacgacaaatccatgtatatattgataatacgcatatcacaaacgcata
gi|3 : tggtcatcagtcctgttgggtttccttttctttgaacatgtagcttccgtcattttaacaaattaaggaatttgcagacgatcatgccacaagtaaatttccgaattctgcggaaatatacacatgtacatgcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcaaaagagctggtgtagcatatttgtttaatgttgaaattaaaagagaattttattgacacgtatttttttttttacaacaattatttgtttagaaggttatatacatacatgtattaccaagtcatcttgcactactcattcttaacattgagaaaatgattaatactagagtgtaataatgtcagttaatTGGGGTGTTTTGATTTTGCATAATATCGGCT---T---AATCT---CCATTAGAAT-T-AGAAGCATGTACA------CTA-T-T-AATGGAAT-ATCATTAAAATGAA-GTCATATGCA----------ATT------TTCTT-----AT-----TTAG-AAAA-TATG----AATAT--A---------TAAGTATT-ACTATATACTG-TTA--AAAATA--A---CTAGA------TTAAT---TGTT-T-T--CATAAAAGC------AGGTGTT-------TTAA-------AAAAAAAC----CTTTT------C--------------------------------CAGGGATT---TG--CA------AGT--CAACCCCGGGAATAACGGAT--G-A-ATAGGAAAA--TATTA-TTT---AA--GTTGT-----AAACAG--C-ATATATAAAACGACAAATCCATGTATATATTGATAATACGCAT-ATCAC---AA-ACGCATtacactacattttgttgtttgttttgttttttgcggaggttggggtgttttgattttgcataatatcggcttaatctccattagaattagaagcatgtacactattaatggaatatcattaaaatgaagtcatatgcaattttcttatttagaaaatatgaatatataagtattactatatactgttaaaaataactagattaattgttttcataaaagcaggtgttttaaaaaaaaaccttttccagggatttgcaagtcaaccccgggaataacggatgaataggaaaatattatttaagttgtaaacagcatatataaaacgacaaatccatgtatatattgataatacgcatatcacaaacgcata
gi|30 : tggtcatcagtcctgttgggtttccttttctttgaacatgtagcttccgtcattttaacaaattaaggaatttgcagacgatcatgccacaagtaaatttccgaattctgcggaaatatacacatgtacatgcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcaaaagagctggtgtagcatatttgtttaatgttgaaattaaaagagaattttattgacacgtatttttttttttacaacaattatttgtttagaaggttatatacatacatgtattaccaagtcatcttgcactactcattcttaacattgagaaaatgattaatactagagtgtaataatgtcagttaataacaacaaatacaatatatttttgaaaattaaccactctatgttaaaaacattaaggactgtaattggtattgaaaataccccctgttccgctatctctcaacgaggattggtgtatacactacattttgttgtttgttttgttttttgcggaggtTTA-TA-CC-CT---GACTAAA-ATTT--AC--G---CCAC-A--ACTTA-CGCC-ACT-TCGCa
gi|4 : TA-TA-TGCTC-T-AC--A-A-T-----GT---T-----TTAA--T---C----ATG-----T-A---T-T--T-A-C--GC-T-GG-------T-C-------CA--GTCC----------AGT-GAG----TTTC-AATTCT-TTAACCA--TTATAACC--T-CCG-----------AC-----------ATTATAA-CAAA-----TTAA-C-A--GAA-TAG-A---------GG------T--T---A-GT-CGA---C---------C--G--ACA---AA--TTTATT-C-CTGTATAGC--CACGACTTAATGTG-----TC-TCA----AGTT--A-ACTT-TCA-TGC---A--------TA-CA-TTTAAAAATTAAAAAAAAG--AA----T--AC-----AAA-A-AA-AACTTGG-C-CA---CA----AATG-CT-GACGA---G--CAT---GCTTGG-TTAAT-A-TTG-AAATAGAAGAGA--------AATATTTTA----T--CTT--ATATAAAAGT---TTT--TTCTACA-AAA--TTATTGTTAT-TAAAAG------------------TCCCCCAATC--ACAGCCAGTT-T-G-CA-GAACGA---CA---T-T-TG--GA-C-ATTA--GAAAAATAAGT----A-T---AT-A-CC--TATGAAGGTTA-AT-AA----------TCATGTGAT----CA-TAACA--CTATATC-AACTGTA-TAT---AAA---TTATT-T-GAA-AACA-AGTAG-AACTT-ACATAA-TATGCT-T-------AAAGA-TCGA-CCAT-TCTAGTAT--T---AAAAAAGAT-T-AAGG-A-TG-A--A----TT-GCATTAA----AA--TAT-GT---CATCTCCGC-GCTAT-CTC-CCC--ATC-AGGgaa
gi|5 : attgaaaaaacatttcaaacataaacttatattagtctcctaatttaatatataatttaaattcatatatcaagccgtagcaccctttcataaaatgcaaaagtgacaaaagagaaataaaaataaaaatatacatcggtattaaaccaatattactcaatggaaggtgggggggagggcgattgttcgaatagaaagcatatacagatgtaacttaaatttctgttttgtgcgatatatccatataatctatgaataaattactcacaaactgttttgcaatgtctctctcacattgctttttcgcttgacaccattgtcggaaaaacttttcgaaaatacataA-TACTC-T-ACCCA-A-C-----GT---T-----TGAA---G-AC----A-G-----T-A---TGT--TTA-A--GC-T-GG-------TTC-AT----CA--GTCC----------AGTTGGG----TT-CCTTTCCT-TTGAACAAG---TAGCCAAT-CCC-----------ACCACAACACACAATATTTA-CAAACTATATTAA-CAACAGAA-AAG-ATACAAAGAAGGGATATTT--CGACAAGA-CGA---CAAACAACAAC--ACCACACAAAA--TATATA-T-CCTT----T--CATC---ACATATA-----TC-TCATCCAA-TT--ATACAAATCCATACG-AAAA------TAGCA-TGT------TGGGGAA-------------------------A-AC-AACTTGG-GACGGATCA----AATGGCTAGATGA--CG--CAT---GTTTGAATTAAT-A-TTG-AAATCAAAA-GA--------AT------T----T--TTT--AT-TAAGAGT----ATTGTTT-ACA-AAATCTTATTTTGTG--AAAGGGTT---------------GCCC--AGTC--AT------CT-T-GGCA-CTAC-ATCACA---T-TCTT--GA-C-ATTG--AG-AAATAATG---------AACAA-CT--AGTG-----TG-GT-AA-------TTGTCAG-TGAT-T-GAATTC--------TATC-AAT-T----------AA---T--TTGT-G-A-AACAGA-TAA-A---T-ACACTA-TATTTTGT-------AAAGA-T-----CAT-TT--------------AAAATAT-T-TAGA-TTTTTG--ATTTGTTGGTATTAAGA-CAA--TAT-CCCCGCCTTCTC-C-GCTAT-TT--CCC--ATCGAGGA-ATTGGTAATAAGCA-AC-TTAAATTTG
gi|5 : acatcttcccaccgagaagccaatactattacatcgccactcGGGGAGT----------CATA---TCG-CCAAGT---A--TT---CCAATAGAAT-TCAGAA-CA---G----TCTGCCACTGT-AATGGAAT-ATCATTGCAATGAATTTCATATGCAA-----A-ATATT------TTCTTTGTTAA------ATAA-AAAAGTATG----AATGA--A---------TAAG--TT-ACT-TAC-TT--CAA--A----A--A---CT---------ggggggggggggggggggagtcatatcgccaagtattccaatagaattcagaacagtctgccactgtaatggaatatcattgcaatgaatttcatatgcaaaatattttctttgttaaataaaaaagtatgaatgaataagttacttacttcaaaaactagattatatt
gi|6 : acatcttcccaccgagaagccaatactattacatcgccactcatactctacccaacgtttgaagacagtatgtttaagctggttcatcagtccagttgggttcctttcctttgaacaagtagccaatcccaccacaacacacaatatttacaaactatattaacaacagaaaagatacaaagaagggatatttcgacaagacgacaaacaacaacaccacacaaaatatatatcctttcatcacatatatctcatccaattatacaaatccatacgaaaatagcatgttggggaaaacaacttgggacggatcaaatggctagatgacgcatgtttgaattaatattgaaatcaaaagaattttttattaagagtattgtttacaaaatcttattttgtgaaagggttgcccagtcatcttggcactacatcacattcttgacattgagaaataatgaacaactagtgtggtaattgtcagtgattgaattctatcaattaatttgtgaaacagataaatacactatattttgtaaagatcatttaaaatatttagatttttgatttgttggtattaagacaatatccccgccttctccgctatttcccatcgaggaattggtaataagcaacttaaatttgggggggggggggggAATAAACATTAACATTA-TA-CTC-C-T-AC--A-A-CAC---GT---T-----TGAA---G-ACCACGA-GGT---T-ACACT-TCCTCATC--GCGT-GGCACCGAAT-C-AC----CA--TTCCCAGCTTGGTCAGTTCGA----TTTCCAATTCCATTGAACATAGTATAGCT--A-CCGGTCACGAAACAACT----------ATTTCAA-AATA-----TTAA-CGA--GAA-TAGGA---------GGG----TTATTG-CA-GT-CGAAGCCGA-------C--GCGCCA---AA--TGTATAATGCCTT----TATCGTG---TATAGTTGGGTATT-CCA----A-TGTTATACAA-TCAATACG-AACCGATATATA-CAATTT------TAACAAACTATTAA----T--ATTTAAAAAA-ATAA-AACTTGGTG-CGGATTATCATAATG-CT-GAT-AT--G--CATC--GTCTG----AAT-G-TT--AGAT---AG-TG--------AA------A----T--T----------AA------TTTGTT--ACACAGAT-TTATTT-GTTGTAAAACGTG---------------TCTCACGATTGTAT------CTGC-GTCA-CTA--A---CAAAATATCTTATGA-CCATTGGAAGAAAATAGTATAAAA-TATAAC---TT--AG-G-----TACAT-AA-------TT-TCAGTTGATCG-GCATTTACACAAAATATCAAATATTATTTT---AAACTTCTATTGTCG-ACAACA-A-TAG-A---TAACAATA-agattatatt
gi|7 : tgtaacatgaacatagtaatacaaatttcatccttcaatttttcaggtgcgatatatttctattataaaaatctattgaataaattattcacggaaacgttactgttttggcattatgtgccttcccacattggccgcttgtttttgttgactctatccctctcctggtgatcgaaaaacgttttgctccgaaGGGT-T----------CACA---TTAGCC---A---A--TT---TCATTAGGAT--AACAAGAGT-TGCACTTCT--TACT---AA-GGAAT--TCATTGCA-TGAA-TTCATATGCAATTTTTATTTCTTAATAAATTTTT-----ATTTCCTATAATAAAA-TACG----AAACGGAA---------TAAATATT-ACTA--C-CT--TTA--A----AGAA---CT---------CTATT---TCTT-TGT--T-TAAGAGC------ATGTGGT-----AGATAATCAG-TTA---AACC----CTCTT------CCT---TT--CC-GTGCGGTCATG---TAAAATCA-TGATT----G--CA------AGT--CAATCCTGGGAATAGC-GAT----A-T----GAAA--TA-TATTTTAA-AA--GTTTTTA---AAA-AG--CAACA-ATAAAACGAC-AATG----TATA---TGA-AAT-TG-AT-TTCATTCATA-ACGCATGTGTCANNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAGT-TCCCATTTTAAGAAG----TTTCGATCAGTGAGCGGAGTTTCGGGTTGGTATTC--TTGTTCACATGCGCATTAATCGC-TTAT-TTA-A--ACTATAG-CC-AG-GCATA---TA-TAGTT-C----AACGAAAGATCT--AC--AACTTCAA-GCAACTTA-CGCC-GCT-TCGgta
gi|8 : tgtatcatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncTGT----------CACA--ATCAGCC---TCCAA--TTTACCCATTAAGTTCTCAGAAGCA-G-GCACTTCTGTAACT-TTAATGAAATCATCATTGCAAT-AA-T-------CAA-----TTTTATT------TTCTT-----A------ATAA-AAAA-TATG----AAACG--AA--------TAAGTATT-ACTA--C-CT--TTA--A----AG-A---CT---------CT-TT---TGTCCT-T--T-TGAAAGC------ATGCGAT-----AAATAGT--A-TTAGATA-CC----ATTTT------CCTAGTTC--CC-G---GGTCATG---TAA--TCAGTGATT---T-T-CT------AAT--CAACCCCGGGAATAGCGGAT--G-AATT--GGAAAG-TATTCTTCT---AAAAGTGTT-----AAA-AG--C-ACATATAAAACGAC-AAT-----TATG---TGATAATAT------------------GCAT------------------TTCATGAATGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNAAG--T----TTTTGA--AATGATCGGG--TTCGGGTT-GTATTC--TT-TGCACACGCACACAAGT-ACG--TTGCTA-AGGACTTAAGCCA-GG-GCGTAACTTA-TA-CCAA----GACTAAA-ATTT--AC--G---CCAA-G--ACTTA-CGCC-GCT-TCGt
gi|9 : agggttTAGCC--T-CGG-----------AC-----------ATTTTAA-CAAA-----TTAA-CGA--GAA-TAG-A---------GGG----TT--TG-CA-GT-CGA---T---------C--GCGCCA---AA--TTTATA-T-CCGT----T--CATG---TAATTTT-----T--TCA----A-TG--TTACAA-TCAATACG-AAA-------TA-CA-TTT------CAAAAAATAA--AA----T--A------AAATA-AATAACTTGG-G-CGGATCA----AATG-CT-GATGA--CG--CATTATGTTTGT-TAAGT-A-TTGCAAATTAAAGAGAGGCAATTTAA------A----TA-TTT--ATATAAAAGT---T-TTGTTTACCA-AAAT-T-ATTT-GTT-TAAA-GGTT-----------------CCCCAG-C--AT------CT---G-CAACTA--A---CA---T-TCTT--GAGC-ATTG--AGAAAATAATG----AAT-TAAC-AATT--TGT------TA-AT-AA-------TT-TCAGCT--T-A-GCATTCAC------TAAC-A----TAT------AAA---ATATTGT-G-ACAACACA-TAGCAC--T-AC--TACTATCAT-TCTGTGAAAAAGACTCGG-CCATATCTAGTGTAGTCGAAAAAAAAAT-TCAAGACATTGTAGGA----TTG--ATTAA-A-CAAAACAT-GTC--CCTCTCC-CAGCCATATT--CCCGCATCGAGTG-ATTTGT-ATAA-CAGACTTTGAtgaa
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): CCCCCAGTCGGATTTATGAAAATAAACATTTAAAACTAAACTTAGTAACACCTATATTTGAATAAATAATATTGATATTCTATATCAAAGCCGTGCTTTATCTGTAAAATTGCAAATGAAAAAGAGAATACGAATTAAAAAATGATAAGTGTATAAACAATAATACACAATGTAGGGTTGGGGGGGTGTGAGATAAAAGCATATAATATAATAGTTTTTTGTTTTGTGGCGAACATATCTATTCTAATCTATTGAATAAAATTATCACAAAACTACTGTTTGCAAATGGTCCTCCCATTGCCTTTTTTTTCGCTTTGACACCTTCTCGAAAACTTTTCGAAA
Unaligned ( gi|18 ): CCCCTCGGTATTTACATAGTATATGAAATAAACATTGAAAACATATATTTAGCATCCAATATTTGAAGTAATAATTTGATGTTCATATATGAAAGACATGCACTCTTTCTTTTAATTGCAAATGAACAAGAGAATACAAATATAAATGGGAAAGGTATGATAACCACATTAAACAATATTACTCAATTGGTGGGGGAAAGGGGGGGGGGGGGTCGTCAGATGAATTCAGCGTTTGATTATAAAAACAGTTTTGTTTTGTTCGAATAT
Unaligned ( gi|29 ): ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAT
Alignments
lowQualScore : 111 11111 11111 11111 444444444444444444 11 1111111 1111 11 1111111111 222222 333333333333333333333333 11111 22222222222 1111 3333333333333333333 1111111 111 333333333333333333 1111 33333333 1 222222 444444444444444444444 1 1111 222 111 1 44444444444444444444444444444 11111 11 11 3333333333333333 111111 111111 222 11111 1111111111 2222 1111 11111 111111111 1 3333333 1 1111 11 11 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3333333333 222 2222222222 111 222 222 11111 2222222222222222222 222222222222 1111 222222222 111 11 4444444444444444444444 111 111111 3333333333333333 1111 111111 111 111 333333333333333 1111111111 11 111 22222 11 222222222222 111111111 111 111111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111111 11 222 22222222 222222 1 111111
lowQualScore : 5 3 888 4 3 3 3 55 7 3 44444 666 88888 66666 444444444444444444 3 55 1 3 22 3 6 0000000 3 3 5555 00 5555555555 555555 111 3 2 9 55 4 000000000000000000000000 5 22222 888888 55 44444444444 0000 66 5 5 55 0000000000000000000 888 66 0 5 5 2 9999999 000 111111111111111111 5 0000 5 5 44444444 1 5 222222 555555555555555555555 555 5 1 5 7777 5 5 444 66 333 88 5 5 5 5 0 77777777777777777777777777777 6 3 77777 66 5 00 66 55 7777777777777777 3 66 222222 777 8 4 55 777 777 4 66 4 4 66 1 999999 4 111 66 11111 4 4 5555555555 0 2222 1 4444 2 4 99 2 777 777 5 5 8 999 55555 4 1 4 888888888 4 4 4 0 0 3333333 5 55 0 5 0 66 5555 777 66 66 66 5 5 5 66 66 1 0 8 8 2 33 3 1 1 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 5555555555 111 1 9999999999 444 333 111 55 5 77777 5 88 0 8 0 3333333333333333333 777777777777 5 5 2222 0 77 888888888 11 5 888 5 33 77 6666666666666666666666 9 111 1 6 6 9999 999999 1 2222222222222222 1 7 2222 666666 5 77 5 000 0 000 77 222222222222222 77 7 4444444444 99 7 777 77 22222 5 77 5 00 5 000000000000 5 222222222 000 5 2 999999 333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0 1111111 66 0 888 5 3 66 5 22 444 5 4 2 99999999 5 4 5 555555 0 66 222222 5 66 5 5 5
lowQualScore : . . ... . . . . .. . . ..... ... ..... ..... .................. . .. . . .. . . ....... . . .... .. .......... ...... ... . . . .. . ........................ . ..... ...... .. ........... .... .. . . .. ................... ... .. . . . . ....... ... .................. . .... . . ........ . . ...... ..................... ... . . . .... . . ... .. ... .. . . . . . ............................. . . ..... .. . .. .. .. ................ . .. ...... ... . . .. ... ... . .. . . .. . ...... . ... .. ..... . . .......... . .... . .... . . .. . ... ... . . . ... ..... . . . ......... . . . . . ....... . .. . . . .. .... ... .. .. .. . . . .. .. . . . . . .. . . . .................................................................................. .......... ... . .......... ... ... ... .. . ..... . .. . . . ................... ............ . . .... . .. ......... .. . ... . .. .. ...................... . ... . . . .... ...... . ................ . . .... ...... . .. . ... . ... .. ............... .. . .......... .. . ... .. ..... . .. . .. . ............ . ......... ... . . ...... ...................................................... . ....... .. . ... . . .. . .. ... . . . ........ . . . ...... . .. ...... . .. . . .
lowQualScore : 0 2 999 0 6 6 6 00 3 6 11111 444 22222 44444 000000000000000000 6 00 7 6 33 3 7 8888888 6 6 5555 00 9999999999 111111 999 6 3 4 55 0 666666666666666666666666 0 55555 555555 44 00000000000 6666 99 0 0 88 6666666666666666666 888 99 5 0 0 5 1111111 000 000000000000000000 7 3333 7 7 33333333 4 7 111111 000000000000000000000 999 7 4 7 9999 0 0 999 99 888 44 0 0 0 5 0 55555555555555555555555555555 6 4 88888 88 0 44 99 11 5555555555555555 9 11 888888 000 9 4 66 888 888 4 11 4 4 11 8 222222 4 777 11 11111 4 4 4444444444 8 0000 9 1111 2 4 22 0 888 888 0 0 9 888 88888 4 9 4 444444444 4 4 4 4 0 9999999 0 44 0 5 4 99 6666 111 99 44 99 0 0 0 99 99 7 7 0 0 5 22 2 0 0 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0000000000 666 4 2222222222 000 888 222 66 0 88888 6 88 8 0 8 5555555555555555555 444444444444 7 7 1111 7 99 666666666 66 7 333 7 66 99 3333333333333333333333 8 777 0 7 7 3333 222222 0 8888888888888888 0 5 1111 444444 1 99 7 000 7 000 99 111111111111111 99 9 0000000000 33 3 999 99 11111 7 99 7 00 7 111111111111 0 444444444 000 7 2 888888 222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2 5555555 99 1 222 0 6 99 0 99 111 0 5 0 88888888 0 4 0 000000 0 99 666666 0 99 7 7 7
consensus : NAATAA-CATTAA--TTA-TA-TGCTC-T-AC--A-A-C-----GT---T-----TGAA--AG-AC----A-G-----T-A---T-T--TTA-C--GC-T-GG-------T-C-AT----CA--GTCC----------AGTTGGG----TTTCCAATTCT-TTGAACAAGGTATAGCC--T-CCG-----------AC-----------ATTTTAA-CAAA-----TTAA-CGA--GAA-TAG-A---------GGG----TT--TG-CA-GT-CGA---C---------C--GCGACA---AA--TTTATA-T-CCGT----C--CATG---TAATNTT-----TC-TCA----A-TG--ATACAA-TCAATACG-AA--------TA-CA-TTT------TAAAAAACAA--AA----T--A------AAA-A-AA-AACTTGG-G-CGGATCA----AATG-CT-GATGAT-CG--CAT---GTTTGT-TTAAT-A-TTG-AAATTAAAG-GA--------AA------A----T--TTT--ATATAAAAGT---TNTTGTTTTACA-AAAT-TTATTTTGTT-TAAAAGGTT---------------TCCCCCAGTC--AT------CT-T-G-CA-CTAC-A---CA---T-TCTT--GA-C-ATTG--AGAAAATAATG----A-T-TAAC-A-CT--AGTG-----TA-AT-AA-------TT-TCAGTTGAT-G-GCATTTACAC-CTATATC-AATATTATTTT---AAA---TTATTGT-G-A-AACA-A-TAG-A---T-ACAATA-TATCTT-T-------AAAGA-TCGA-CCAT-TCTA-TGT--T---AAAAAACAT-T-AAGG-ATTGTA--A----TTGGCATTAA-A-CAA--TAT-GTC--CCTCTCC-C-GCTAT-CT--CCC--ATCGAGGG-ATTGGT-ATAAGCA-ACTTTNAATNTGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATGGGGTGT----------CACA--ATCGGCC---T---A--TT---CCATTAGGAT-TCAGAAGCATGTGCACTTCTGCTACT-T-AATGGAAT-ATCATTGCAATGAA-TTCATATGCAA-----ATTTATT------TTCTT-----A------ATAA-AAAA-TATG----AAACG--A---------TAAGTATT-ACTATAC-CT--TTA--A----A--A---CT---------CTATT---TNTT-T-T--T-TGAAAGC------ATGTGNT-----ANATAAT--A-TTAGATAACC----CTTTT------CCTAGTTC--CC-G---GGTCATG---TAA--TCAGTGATT---TGT-CA------AGT--CAACCCCGGGAATAGCGGAT--G-A-TT--GGAAA--TATTATTTT---AA--GTTTT-----AAA-AG--C-ACATATAAAACGAC-AAT-----TATA---TGATAATATGCAT-NTCAT---GA-ACGCATGCGTTGCCTCC--NCCTCTTTATGAATGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAT---GTATCCCATTTTAAG--T----TTTTGA--AGTGATCGGG--TTCGGGTT-GTATTC--TT-TGCACATGCGCATAAGTCACGTTTTGTTA-AGGACTTAAG-CA-GG-GCGTAACTTA-TA-CC-C----GACTAAA-ATTT--AC--G---CCAA-G--ACTTA-CGCC-GCT-TCGC
Reference ( family-1460 ) : NAATAA-CATTAA--TTA-TA-TGCTC-T-AC--A-A-C-----GT---T-----TGAA--AG-AC----A-G-----T-A---T-T--TTA-C--GC-T-GG-------T-C-AT----CA--GTCC----------AGTTGGG----TTTCCAATTCT-TTGAACAAGGTATAGCC--T-CCG-----------AC-----------ATTTTAA-CAAA-----TTAA-CGA--GAA-TAG-A---------GGG----TT--TG-CA-GT-CGA---C---------C--GCGACA---AA--TTTATA-T-CCGT----C--CATG---TAATNTT-----TC-TCA----A-TG--ATACAA-TCAATACG-AA--------TA-CA-TTT------TAAAAAACAA--AA----T--A------AAA-A-AA-AACTTGG-G-CGGATCA----AATG-CT-GATGAT-CG--CAT---GTTTGT-TTAAT-A-TTG-AAATTAAAG-GA--------AA------A----T--TTT--ATATAAAAGT---TNTTGTTTTACA-AAAT-TTATTTTGTT-TAAAAGGTT---------------TCCCCCAGTC--AT------CT-T-G-CA-CTAC-A---CA---T-TCTT--GA-C-ATTG--AGAAAATAATG----A-T-TAAC-A-CT--AGTG-----TA-AT-AA-------TT-TCAGTTGAT-G-GCATTTACAC-CTATATC-AATATTATTTT---AAA---TTATTGT-G-A-AACA-A-TAG-A---T-ACAATA-TATCTT-T-------AAAGA-TCGA-CCAT-TCTA-TGT--T---AAAAAACAT-T-AAGG-ATTGTA--A----TTGGCATTAA-A-CAA--TAT-GTC--CCTCTCC-C-GCTAT-CT--CCC--ATCGAGGG-ATTGGT-ATAAGCA-ACTTTNAATNTGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATGGGGTGT----------CACA--ATCGGCC---T---A--TT---CCATTAGGAT-TCAGAAGCATGTGCACTTCTGCTACT-T-AATGGAAT-ATCATTGCAATGAA-TTCATATGCAA-----ATTTATT------TTCTT-----A------ATAA-AAAA-TATG----AAACG--A---------TAAGTATT-ACTATAC-CT--TTA--A----A--A---CT---------CTATT---TNTT-T-T--T-TGAAAGC------ATGTGNT-----ANATAAT--A-TTAGATAACC----CTTTT------CCTAGTTC--CC-G---GGTCATG---TAA--TCAGTGATT---TGT-CA------AGT--CAACCCCGGGAATAGCGGAT--G-A-TT--GGAAA--TATTATTTT---AA--GTTTT-----AAA-AG--C-ACATATAAAACGAC-AAT-----TATA---TGATAATATGCAT-NTCAT---GA-ACGCATGCGTTGCCTCC--NCCTCTTTATGAATGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAT---GTATCCCATTTTAAG--T----TTTTGA--AGTGATCGGG--TTCGGGTT-GTATTC--TT-TGCACATGCGCATAAGTCACGTTTTGTTA-AGGACTTAAG-CA-GG-GCGTAACTTA-TA-CC-C----GACTAAA-ATTT--AC--G---CCAA-G--ACTTA-CGCC-GCT-TCGC
gi|1 : AGTAA-CATTTA--TTAATA-TGCTCCT-GC--A-AGC-----GT---T------GAA--AG-AC----G-G-----T-A---T-T--TTA-C--GC-T-GG-------C-C-AA----TA--GTCC----------AGTTG------TTTCCAAT-CT-TTGAACTAAGTATAGCC--T-GCG-----------AC-----------ATTTTAA-CAAA-----TTAAACGA--GAAATAATA---------GGG----TT--TG-C--GT-CGA---C---------C--GCGGCC---AA--TTTATA-T-CTTT----C--CATG---TAATTTT-----TCGTAA----A-TG--ATAAAA-TCAACACG-AA--------TA-CA-TTT------TAAAAAACAA--AA----TTTA------AAA-A-AA-AACTTGGCG-CGGGTCAT---AATG-CT-G-TGAT-CGGCCAT---GTTTGT-TTAATCACTTG-AAATTAAAG-GA------------------------------TATAAAAGT---GGCTGTTTAACA-AAAT-TTATTTTGTT-TAAAATGTT---------------TCCCCCAGTC--AT------CT-T-G-CA-TTAC-A---CA---T-TCTT--GA-C-GTTG-----AAATAATG----A-T-TAAC---CT--AGTG-----AA-ATAAA-------TT-TCAGTTGAT-GTCCATTTCCAC-CTTTATC-AAT-TTATTTT---AAA---TTATTGT-A-A-AACA-A-TAG-----T-ACAATA-TATCTT-T-------AAAGA-TCGA-CCAT-TCAA-TGT--T---AAAAAACGT-T--AGG-ATTGTA--A----TTGGCAAAAA-A-CAA--TAT-GTC--CCTCTCC-C-GCTAT-CT--CCC--A-CGATGG-ATTGGT-ATAAGC--ACTTTTAATGTGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATGGGGTGT----------CACA--ATCCGCT---C---A--TT---TCATTAGGAT-T-AGAAGCATGTGCACTTCTGCTA-T-T-AAGGAAAT-ATCATTGCTATGAA-TTCATATGCCA-----ATTTATT------TTCTT-----A------AT---AAAA-TATG----AAACG--A---------TAAGTATTAAGTATAT-CT--TTA--A----G--C---CT---------CT-TT---TGTC-T-T--T-TGAAAGC------ATGTGTTC----AGATAGT--A-TTAGATAACC----CTTTT------CCTAGTTC--CCTG---GGTCATG---TAA--CCAGTGATT---TAT-CA------AAT--CGA-CCCGGAAATAGCGGAT--G-A-TT--GGAAA--TATTATTGT---AA--GTTTT-----AAA-AG--C-ACA-ATAAAACGAC-AAT-----TATA---TGATAA-ATGCATCTTCAT---GA-ATGCATGTGTTGCCGCCT-TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT---GTATCCCATTTTAAG--T----TTTTGA--AGTAA-CGGT--TTCGGGTT-GTATTC--TT-TGCACATGCGCATAAGTCACGTTTTGTTA-AGG-CTTAAG-CAGGG-GCGTAACTTA-TA-CA-C----GATTAAA-ATTT--AC--G---CCAA-G--ACTTA-CGCC-GCT-TCGC
gi|10 : tA-CATTA---TTA-TC-T--TC-T-AC--A-A-C-----GT---T-----T-AA--AG-AC----A-G-----T-----T-T--TTA-A--GC-T-AT-------T-C-AT----CA--GTCC----------GGATGGG----TTTCCTTTTCT-TTGAACAAG---TAGTC--T-CCG-----------AC-----------ATATTAA-AAAC-----TTAA-CGA--GAA-TAG-A---------GGG----TT--TG-CA-GA-TGA---C---------C--GT-ACA---GA--TTGATA-T-CCGT----T--CATG---TAATTAT-----TC--CA----A-TT--ATACAA-TCAATACGAAA--------TG-CA-TTTG-----GGGAAAACAC--A---------------------------TTTG-G-CGGACCA----AATG-CT-GATGA--CG--CAT---GTTTGT-TTAAT-A-CTG-AAATTAAAA-GA--------GA------A----T--TTTTAATTTAAA--T---TATTG-CTTACA-AAAT-TTATTTC------AAAGGTT-----------------GCCCAGTC--AT------TT-T-G-CA-CTAC-A---CA---T-TTTT--GA-C-ACTG--AGCATATAATGA---A-T-TAAT-A-CT--AGTG-----TA-AT-AA-------t
gi|11 : tatatatatataatctattgaataaatttcagcaaacttactgttttgcaatgtcctccaacattgccttcttttttcgcttgacaccttgtcggaaactttccgtaaagtA--TTA-TA-TGCTC-TAAC--A-A-C-----GCTTGT-----TGAA--AT-ACCG--A-GTAAGTT-A---T-T--TGA-CAGGC-T-GG-------
gi|12 : ctatatcaagtcctcctaatactgttgaattaaataatgggttcgatatttcatatatcaaataagcctgtgcacctctttctgtaatagggattgccaaaaataggaaaaagagaataaaaagtgataactcagtattaatgaacaaatagttcaaaaggagaatttatactgtcaatgatggagtttgggtagtgtttccgtcgataacaaaattgcaaagtacatgtaagttatgaaaacttgttttgttttgttgcgaatagtatctacttatattaactattatttgataaatattgatccaaacttgtctttgcatgtctcaagagtaaatatcttatttccacattgccttttttgtattacgctttgacatcctttgtcggaaacttttcgaaagtattggaacaatgggggagggggAATAA-C-TTAA--TTA-TA-TGCTC-T-AC--A-A-C-----GT---T-----TGAA--AG-AC----A-A-----G-AAT-T-T--TTA-C--GC-T-GG-------T-C-AT----CA--GTCC----------AGTTGAGT---TTTCCAATTCT-TTG-ACAAGGTATAGCC--T-CTG-----------AC-----------ATTTTA
gi|13 : ccgcgcgtatttatgaataaacattttaaaaacataaacttagtctcctaatattttgaattaaaatttgatattcatgatatcaaagccgtgcactctttctgtaaatgcaatcaaaaaagagaaataaaaaataaaaatgaataaacgataaacaatattactcagtgtaggggggggggcgtccgagataaaagcatgtaattatgaaatagttttgtttttgtgcgagtatatcctatttactattgaataaattatcacaaacttactgtttgccatgcctcccacattgccttttttcgcttgacacatttcggaaaaccttttcgaaaAATAA-C-TTAA--TTA-TA-TGCTC-T-AC--A-A-C-----GT---T-----TGAA--AG-AC----A-A-----G-AAT-T-T--TTA-C--GC-T-GG-------T-C-AT----CA--GTCC----------AGTTGAGT---TTTCCAATTCT-TTG-ACAAGGTATAGCC--T-CTG-----------AC-----------ATTTTAtaaact
gi|14 : ccgcgcgtatttatgaataaacattttaaaaacataaacttagtctcctaatattttgaattaaaatttgatattcatgatatcaaagccgtgcactctttctgtaaatgcaatcaaaaaagagaaataaaaaataaaaatgaataaacgataaacaatattactcagtgtaggggggggggcgtccgagataaaagcatgtaattatgaaatagttttgtttttgtgcgagtatatcctatttactattgaataaattatcacaaacttactgtttgccatgcctcccacattgccttttttcgcttgacacatttcggaaaaccttttcgaaaATATG--------ATTT-CT------TTCGG-----A------ATAA-AAAA-T-TGATTTAAAGA--A---------TAGAC-TT-AC---AC-CTTCTTA--A----A--AAACCTAGGAATTAATTGTT---TTTT-T-T--T-TGAAAGC------ATGTGAT-----AC---AT--G-TTAGTTACCT----TCTTT------GCGAGTTC--CT-G---GGTAATG---TAA--TCAGTGATT---TGG-CA------AGT--CAACCCCGGGGATAGC-GATAAA-A-TA--GGGAATGTATTATTTTTAAAA--GTTTTTTTAAAAA-AGATT-AAAT-TCAAACTAC-AAT-----TA-A---TCAT----TGC-T-ATCAT---GA-ACGCATGTGTTGCCTCC--ACCTCTTTATtaaact
gi|14 : atttttatcttatTATCACACTGTATG--TATAGTTTTGA--AGTGATCGG---TTCGGGTC-GTTTTG--TT-TGCActctccctctctatcacactgtatgtatagttttgaagtgatcggttcgggtcgttttgtttgcat
gi|16 : atttttatcttatatatgatttctttcggaataaaaaattgatttaaagaatagacttacaccttcttaaaaaacctaggaattaattgttttttttttgaaagcatgtgatacatgttagttaccttctttgcgagttcctgggtaatgtaatcagtgatttggcaagtcaaccccggggatagcgataaaatagggaatgtattatttttaaaagtttttttaaaaaagattaaattcaaactacaattaatcattgctatcatgaacgcatgtgttgcctccacctctttatctctccctctcAATAA-CATTA---TTA-TA-TGCTC-T-AC--AGA-C-----GT---TATATATGAATGAGTAC----A-G-----A-AATTT-T--TCA-CT-GC-TTGG-------T-C-ATTTCACAATGTCC----------AGTTTGAAGTTTTTCAAATTCT-TTGAACAAGt
gi|17 : tagagattaataagtgatatagacggtattatttggtggtggcgggagggggcgagagccgtcgctgctatttgatagtgctgtttttgtgcgataatactctattataaatgcttcttgatataaaaagtatcaacaccttactgttttgcaatgccactccacccattgcctttttttccgcttgacacattgtcggaaaatcttttcgaaAATAA-CATTA---TTA-TA-TGCTC-T-AC--AGA-C-----GT---TATATATGAATGAGTAC----A-G-----A-AATTT-T--TCA-CT-GC-TTGG-------T-C-ATTTCACAATGTCC----------AGTTTGAAGTTTTTCAAATTCT-TTGAACAAGtt
gi|19 : tagagattaataagtgatatagacggtattatttggtggtggcgggagggggcgagagccgtcgctgctatttgatagtgctgtttttgtgcgataatactctattataaatgcttcttgatataaaaagtatcaacaccttactgttttgcaatgccactccacccattgcctttttttccgcttgacacattgtcggaaaatcttttcgaaCCAGTC--AT------CT-T-G-CA-CTAC-A---CA---T-TCTT--GA-C-AATG--AGAAAATAATG----AAT-TAAC----T--AGTG-----TA-CT-AA-------TC-TCAGTTGAT-G--CATTTACAC-CTATATC-AATATTATTTT---AGA---TTATTGT-G-A-AACA-A-TAG-A---T-ACAATA-TATTTT-T-------AAAAA-TCGA-TCAT-TCTA-TGTA-TA--AAAAAACAT-T-AAGG-AATGTA--A----TTGGTATTAA-A-CAA--TAT-GTC--CCTCTCC-C-GCTAT-TTC-CCC--ATCGAGGATATTGGT-ATAAGCA-ACTTTtt
gi|2 : AATAA-CATTA---TTA-GAATGCTC-T-AC--A-A-CTTAACGT---T-----TGAA--AG-AC----A-G-----TTA---T-T--TTA-C--GC-T-GG-------T-CCAT----CA--GTC-----------AGTTG---------------------AACAAGTTATAGCC--TTCCG-----------A------------ATTTTAAACAAA-----TTAA-CG---GAA-TAG-A---------GGG----TT--GA-CA-GTGCGA---C---------C--AC-ACA---AAAATTT-TA-T-CCTT----C--CATG---TTAC------------------A-TG---TACAA-TCAATACG-AA--------GAACA-TA--------AAAAAATAA--AAATATT--A------AAA-A-AA-ACCTGGG-G-CGGATCA----AATG-CT-GATGGCACG--CAT---GTTTAT-TTAAT-A-TTG-GCATAAAAG-GA--------AA------AAAAATCATAT--ATATACATGT---TAATGTTTT-CA-AAATATTATTTT-TT-TAAAAGGTT---------------TCCC--AGTC--AT------CT-TTG-CA-CTAC-A---CA---T-CTTT--GA-C-ATTG--AGAAAATAAGA----A-T-TAAC----T--AGTG-----TA-AT-AAAATTGAATT-TCAGTTGAT-T-GCATTTACAC-CTATAAC-AATATTATTTT---AAA---TTATTGT-G-A-AACA----------------------TCTT---------AAAGA-TCGAACCAT--CTA-TGT--TT--AAAAAACAT-T-AAGG-ATTGTA--AT---TTGGCATTAA-ATCAA--TATAATC--CCTCTCC-C-GCTA--CTGCCCC--ATCGAG
gi|20 : aaacatttaaaacaaaacttagcacttatgtctccttatatttgaattaataatttgtattcagacatcataatcaaacgcttcgtgcactctttctgtaaaatgcaaatgaaaaagagaattaaaaaataaaaatgataaacgtattaaacaatattactcaatgtagggtggaaggtgggggtcgtcgagataaaagcaaattaattatgaaatattgtttttttgtgcagatatatcgactataatctattgaataaaattattcaaaacttacgtttgcaatgtcctcccacattgccttttcttcgcttgacaccttgttgaaaatttttgaactttcgaaaTC-----A------AGAG-AAAA-CATG----ATACG--AGTAATCGATTAAATATT-AC--TAC-CT--TTAATA----G--A---C----------CTATTGTCTCCT-T-TTGT-TGAAAGCCATATAATGTGGTCTCACGCATAAT--ATTTAGATATCCGCCGCTTGTAGCACGCTTTGTCCGTCC-G---GGGAGTGTGTTAA--TCGGTGATTGAATATGCACTTTATAATCACAACCCTGGGAATAGCTG----G-A-TT--GAAAG--T
gi|21 : aagtcatcttgttccatcttataagt---AA--GTTTT-----AAA-AG--C-ACAT-TAAAACTAC-AAT-----TATATATTGA-AATA-GCA--ATCAG---GAGACGCATGCGTTGCCTTCCACCCTCTCTAT
gi|21 : TTAAG--T----TT--GA--AGTGATCAGG--TTCGGGTT-GT-TTCAATG-TCCACATGCGTATAG--CACGTT---TCA-AAGACTT----C--CG-GTATAATTTA-TC-CC-A----GAGTCAA-ATTTTAACG-G---CAAA-G--ACTGA-TGCC-CCT-TCctcctccttctctccaacaattttattaagtttgaagtgatcaggttcgggttgtttcaatgtccacatgcgtatagcacgtttcaaagacttccggtataatttatcccagagtcaaattttaacggcaaagactgatgccccttctgaa
gi|22 : aagttttaaaagcacattaaaactacaattatatattgaaatagcaatcaggagacgcatgcgttgccttccaccctctctatctcctccttctctccaacaatttta-----TAT----TGATAATATGCAT-CTCAT---GA-AGGCATGCGTTGCNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAT-------------TTAAG--T----TTTGGA--AGTGATCGGG--CTCCGATT-GTTTGT--TT-TGCACATGTGTACATG-CACG--TTGTCA-AGGGGT--------GG-TCGTAACTTA-TA-CC-CA---GACTAAA-ATTT--AC--G---CCAA-G--ACTTA-CGCC-ACT-tgaa
gi|23 : ATTTTAAG--T----TTTTGA--AGTGATCGGG--TTCGGGTT-GTATTC--TT-TACACATGCGCATAAGT-ACG--TTGTTA-AGGACTTAAGCCA-GG-GCGTAACTTA-TA-CA-A----GACTAAA-ATTT--AC--G---CCAA-G--tatgaa
gi|24 : C----CTTTT------CCTAGTTC--CT-G---AGTCATG---AAA--TCAGTGATT---T-T-CA------AAT--CAACCCCGGGAATAGCGGAT--GAA-TT--GGAAAG-TATTA-TTT---AA--GTTTT-----AAA-AG--C-ACATATAAAACAAC-
gi|25 : ---GTATCCCATTTTAAG--T----TTTTGA--AGTGATCGAG--TTCGGGTT-GTATTC--TT-CGCACATGCGCATGAGT-ACG--TTGTTA-A--------------G-GCGTAACTTA-T
gi|26 : cctcctctctcTTGTTACAGGACTTATG-CA-GGAGCGTAACTTATTA-CC-CAAGAGACTAAATATTT--ACATG---CCAAGG--ACTTAGCGCCAGCTATCG
gi|27 : TTGAT-G--CATTTACAC-CTATATC-GATATTATATT---AAA---CTATTGT-G-A-AACA-A-TAA-A---T-ACAATA-CATCTT-T-------AAAGA-TCGA-CCAT-Tta
gi|28 : AGA-TCCA-CCAT-TCTA-TGT-----------ACATGT-ATGGAAAAAAA--A----TTGGCATTAA-A-CGA--TAT-GTC--CCTCTCC-C-GCTAT-CT--CCC--
gi|3 : -T-GG-------T-C-AT----CA--GTCC----------TGTTGGG----TTTCCTTTTCT-TTGAACA---TGTAGCT--T-CCG-----------TC-----------ATTTTAA-CAAA-----TTAA---G--GAA----------------------TT--TG-CA-GA-CGA---T---------CATGCCACA---AG--TAAATT-T-CCGcat
gi|3 : G-CT-GGTG-T-AG--CAT---ATTTGT-TTAAT-G-TTG-AAATTAAAA-GA--------GA------A----T--TTT--ATTGACACGTATTTTTTTTTTTACA-ACAA-TTATTT-GTT-TAGAAGGTTATATACATACATGTATTACCAAGTC--AT------CT-T-G-CA-CTAC-T---CA---T-TCTT--AA-C-ATTG--AGAA---AATG----A-T-TAAT-A-CTAGAGTG-----TA-AT-AA-------TG-TCAGTTAAT-A-ACA---ACAA---ATA-C-AATA-TATTTTTGAAAA---TTAaattctgcggaaatatacacatgtacatgcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcaaaagagctggtgtagcatatttgtttaatgttgaaattaaaagagaattttattgacacgtatttttttttttacaacaattatttgtttagaaggttatatacatacatgtattaccaagtcatcttgcactactcattcttaacattgagaaaatgattaatactagagtgtaataatgtcagttaataacaacaaatacaatatatttttgaaaattaaccactctatgttaaaaacattaaggactgtaattggtattgaaaataccccctgttccgctatctctcaacgaggattggtgtatacactacattttgttgtttgttttgttttttgcggaggttggggtgttttgattttgcataatatcggcttaatctccattagaattagaagcatgtacactattaatggaatatcattaaaatgaagtcatatgcaattttcttatttagaaaatatgaatatataagtattactatatactgttaaaaataactagattaattgttttcataaaagcaggtgttttaaaaaaaaaccttttccagggatttgcaagtcaaccccgggaataacggatgaataggaaaatattatttaagttgtaaacagcatatataaaacgacaaatccatgtatatattgataatacgcatatcacaaacgcata
gi|3 : tggtcatcagtcctgttgggtttccttttctttgaacatgtagcttccgtcattttaacaaattaaggaatttgcagacgatcatgccacaagtaaatttccgaattctgcggaaatatacacatgtacatgcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcaaaaga-AACA-A-CAA-A---T-ACAATA-TATTTT-T-------GAAAA-TTAA-CCAC-TCTA-TGT--T----AAAAACAT-T-AAGG-ACTGTA--A----TTGGTATTGA-A--AA--TAC--CC--CCTGTTC-C-GCTAT-CT--CTC--AACGA-GG-ATTGGT-GTAaccactctatgttaaaaacattaaggactgtaattggtattgaaaataccccctgttccgctatctctcaacgaggattggtgtatacactacattttgttgtttgttttgttttttgcggaggttggggtgttttgattttgcataatatcggcttaatctccattagaattagaagcatgtacactattaatggaatatcattaaaatgaagtcatatgcaattttcttatttagaaaatatgaatatataagtattactatatactgttaaaaataactagattaattgttttcataaaagcaggtgttttaaaaaaaaaccttttccagggatttgcaagtcaaccccgggaataacggatgaataggaaaatattatttaagttgtaaacagcatatataaaacgacaaatccatgtatatattgataatacgcatatcacaaacgcata
gi|3 : tggtcatcagtcctgttgggtttccttttctttgaacatgtagcttccgtcattttaacaaattaaggaatttgcagacgatcatgccacaagtaaatttccgaattctgcggaaatatacacatgtacatgcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcaaaagagctggtgtagcatatttgtttaatgttgaaattaaaagagaattttattgacacgtatttttttttttacaacaattatttgtttagaaggttatatacatacatgtattaccaagtcatcttgcactactcattcttaacattgagaaaatgattaatactagagtgtaataatgtcagttaatTGGGGTGTTTTGATTTTGCATAATATCGGCT---T---AATCT---CCATTAGAAT-T-AGAAGCATGTACA------CTA-T-T-AATGGAAT-ATCATTAAAATGAA-GTCATATGCA----------ATT------TTCTT-----AT-----TTAG-AAAA-TATG----AATAT--A---------TAAGTATT-ACTATATACTG-TTA--AAAATA--A---CTAGA------TTAAT---TGTT-T-T--CATAAAAGC------AGGTGTT-------TTAA-------AAAAAAAC----CTTTT------C--------------------------------CAGGGATT---TG--CA------AGT--CAACCCCGGGAATAACGGAT--G-A-ATAGGAAAA--TATTA-TTT---AA--GTTGT-----AAACAG--C-ATATATAAAACGACAAATCCATGTATATATTGATAATACGCAT-ATCAC---AA-ACGCATtacactacattttgttgtttgttttgttttttgcggaggttggggtgttttgattttgcataatatcggcttaatctccattagaattagaagcatgtacactattaatggaatatcattaaaatgaagtcatatgcaattttcttatttagaaaatatgaatatataagtattactatatactgttaaaaataactagattaattgttttcataaaagcaggtgttttaaaaaaaaaccttttccagggatttgcaagtcaaccccgggaataacggatgaataggaaaatattatttaagttgtaaacagcatatataaaacgacaaatccatgtatatattgataatacgcatatcacaaacgcata
gi|30 : tggtcatcagtcctgttgggtttccttttctttgaacatgtagcttccgtcattttaacaaattaaggaatttgcagacgatcatgccacaagtaaatttccgaattctgcggaaatatacacatgtacatgcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcaaaagagctggtgtagcatatttgtttaatgttgaaattaaaagagaattttattgacacgtatttttttttttacaacaattatttgtttagaaggttatatacatacatgtattaccaagtcatcttgcactactcattcttaacattgagaaaatgattaatactagagtgtaataatgtcagttaataacaacaaatacaatatatttttgaaaattaaccactctatgttaaaaacattaaggactgtaattggtattgaaaataccccctgttccgctatctctcaacgaggattggtgtatacactacattttgttgtttgttttgttttttgcggaggtTTA-TA-CC-CT---GACTAAA-ATTT--AC--G---CCAC-A--ACTTA-CGCC-ACT-TCGCa
gi|4 : TA-TA-TGCTC-T-AC--A-A-T-----GT---T-----TTAA--T---C----ATG-----T-A---T-T--T-A-C--GC-T-GG-------T-C-------CA--GTCC----------AGT-GAG----TTTC-AATTCT-TTAACCA--TTATAACC--T-CCG-----------AC-----------ATTATAA-CAAA-----TTAA-C-A--GAA-TAG-A---------GG------T--T---A-GT-CGA---C---------C--G--ACA---AA--TTTATT-C-CTGTATAGC--CACGACTTAATGTG-----TC-TCA----AGTT--A-ACTT-TCA-TGC---A--------TA-CA-TTTAAAAATTAAAAAAAAG--AA----T--AC-----AAA-A-AA-AACTTGG-C-CA---CA----AATG-CT-GACGA---G--CAT---GCTTGG-TTAAT-A-TTG-AAATAGAAGAGA--------AATATTTTA----T--CTT--ATATAAAAGT---TTT--TTCTACA-AAA--TTATTGTTAT-TAAAAG------------------TCCCCCAATC--ACAGCCAGTT-T-G-CA-GAACGA---CA---T-T-TG--GA-C-ATTA--GAAAAATAAGT----A-T---AT-A-CC--TATGAAGGTTA-AT-AA----------TCATGTGAT----CA-TAACA--CTATATC-AACTGTA-TAT---AAA---TTATT-T-GAA-AACA-AGTAG-AACTT-ACATAA-TATGCT-T-------AAAGA-TCGA-CCAT-TCTAGTAT--T---AAAAAAGAT-T-AAGG-A-TG-A--A----TT-GCATTAA----AA--TAT-GT---CATCTCCGC-GCTAT-CTC-CCC--ATC-AGGgaa
gi|5 : attgaaaaaacatttcaaacataaacttatattagtctcctaatttaatatataatttaaattcatatatcaagccgtagcaccctttcataaaatgcaaaagtgacaaaagagaaataaaaataaaaatatacatcggtattaaaccaatattactcaatggaaggtgggggggagggcgattgttcgaatagaaagcatatacagatgtaacttaaatttctgttttgtgcgatatatccatataatctatgaataaattactcacaaactgttttgcaatgtctctctcacattgctttttcgcttgacaccattgtcggaaaaacttttcgaaaatacataA-TACTC-T-ACCCA-A-C-----GT---T-----TGAA---G-AC----A-G-----T-A---TGT--TTA-A--GC-T-GG-------TTC-AT----CA--GTCC----------AGTTGGG----TT-CCTTTCCT-TTGAACAAG---TAGCCAAT-CCC-----------ACCACAACACACAATATTTA-CAAACTATATTAA-CAACAGAA-AAG-ATACAAAGAAGGGATATTT--CGACAAGA-CGA---CAAACAACAAC--ACCACACAAAA--TATATA-T-CCTT----T--CATC---ACATATA-----TC-TCATCCAA-TT--ATACAAATCCATACG-AAAA------TAGCA-TGT------TGGGGAA-------------------------A-AC-AACTTGG-GACGGATCA----AATGGCTAGATGA--CG--CAT---GTTTGAATTAAT-A-TTG-AAATCAAAA-GA--------AT------T----T--TTT--AT-TAAGAGT----ATTGTTT-ACA-AAATCTTATTTTGTG--AAAGGGTT---------------GCCC--AGTC--AT------CT-T-GGCA-CTAC-ATCACA---T-TCTT--GA-C-ATTG--AG-AAATAATG---------AACAA-CT--AGTG-----TG-GT-AA-------TTGTCAG-TGAT-T-GAATTC--------TATC-AAT-T----------AA---T--TTGT-G-A-AACAGA-TAA-A---T-ACACTA-TATTTTGT-------AAAGA-T-----CAT-TT--------------AAAATAT-T-TAGA-TTTTTG--ATTTGTTGGTATTAAGA-CAA--TAT-CCCCGCCTTCTC-C-GCTAT-TT--CCC--ATCGAGGA-ATTGGTAATAAGCA-AC-TTAAATTTG
gi|5 : acatcttcccaccgagaagccaatactattacatcgccactcGGGGAGT----------CATA---TCG-CCAAGT---A--TT---CCAATAGAAT-TCAGAA-CA---G----TCTGCCACTGT-AATGGAAT-ATCATTGCAATGAATTTCATATGCAA-----A-ATATT------TTCTTTGTTAA------ATAA-AAAAGTATG----AATGA--A---------TAAG--TT-ACT-TAC-TT--CAA--A----A--A---CT---------ggggggggggggggggggagtcatatcgccaagtattccaatagaattcagaacagtctgccactgtaatggaatatcattgcaatgaatttcatatgcaaaatattttctttgttaaataaaaaagtatgaatgaataagttacttacttcaaaaactagattatatt
gi|6 : acatcttcccaccgagaagccaatactattacatcgccactcatactctacccaacgtttgaagacagtatgtttaagctggttcatcagtccagttgggttcctttcctttgaacaagtagccaatcccaccacaacacacaatatttacaaactatattaacaacagaaaagatacaaagaagggatatttcgacaagacgacaaacaacaacaccacacaaaatatatatcctttcatcacatatatctcatccaattatacaaatccatacgaaaatagcatgttggggaaaacaacttgggacggatcaaatggctagatgacgcatgtttgaattaatattgaaatcaaaagaattttttattaagagtattgtttacaaaatcttattttgtgaaagggttgcccagtcatcttggcactacatcacattcttgacattgagaaataatgaacaactagtgtggtaattgtcagtgattgaattctatcaattaatttgtgaaacagataaatacactatattttgtaaagatcatttaaaatatttagatttttgatttgttggtattaagacaatatccccgccttctccgctatttcccatcgaggaattggtaataagcaacttaaatttgggggggggggggggAATAAACATTAACATTA-TA-CTC-C-T-AC--A-A-CAC---GT---T-----TGAA---G-ACCACGA-GGT---T-ACACT-TCCTCATC--GCGT-GGCACCGAAT-C-AC----CA--TTCCCAGCTTGGTCAGTTCGA----TTTCCAATTCCATTGAACATAGTATAGCT--A-CCGGTCACGAAACAACT----------ATTTCAA-AATA-----TTAA-CGA--GAA-TAGGA---------GGG----TTATTG-CA-GT-CGAAGCCGA-------C--GCGCCA---AA--TGTATAATGCCTT----TATCGTG---TATAGTTGGGTATT-CCA----A-TGTTATACAA-TCAATACG-AACCGATATATA-CAATTT------TAACAAACTATTAA----T--ATTTAAAAAA-ATAA-AACTTGGTG-CGGATTATCATAATG-CT-GAT-AT--G--CATC--GTCTG----AAT-G-TT--AGAT---AG-TG--------AA------A----T--T----------AA------TTTGTT--ACACAGAT-TTATTT-GTTGTAAAACGTG---------------TCTCACGATTGTAT------CTGC-GTCA-CTA--A---CAAAATATCTTATGA-CCATTGGAAGAAAATAGTATAAAA-TATAAC---TT--AG-G-----TACAT-AA-------TT-TCAGTTGATCG-GCATTTACACAAAATATCAAATATTATTTT---AAACTTCTATTGTCG-ACAACA-A-TAG-A---TAACAATA-agattatatt
gi|7 : tgtaacatgaacatagtaatacaaatttcatccttcaatttttcaggtgcgatatatttctattataaaaatctattgaataaattattcacggaaacgttactgttttggcattatgtgccttcccacattggccgcttgtttttgttgactctatccctctcctggtgatcgaaaaacgttttgctccgaaGGGT-T----------CACA---TTAGCC---A---A--TT---TCATTAGGAT--AACAAGAGT-TGCACTTCT--TACT---AA-GGAAT--TCATTGCA-TGAA-TTCATATGCAATTTTTATTTCTTAATAAATTTTT-----ATTTCCTATAATAAAA-TACG----AAACGGAA---------TAAATATT-ACTA--C-CT--TTA--A----AGAA---CT---------CTATT---TCTT-TGT--T-TAAGAGC------ATGTGGT-----AGATAATCAG-TTA---AACC----CTCTT------CCT---TT--CC-GTGCGGTCATG---TAAAATCA-TGATT----G--CA------AGT--CAATCCTGGGAATAGC-GAT----A-T----GAAA--TA-TATTTTAA-AA--GTTTTTA---AAA-AG--CAACA-ATAAAACGAC-AATG----TATA---TGA-AAT-TG-AT-TTCATTCATA-ACGCATGTGTCANNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAGT-TCCCATTTTAAGAAG----TTTCGATCAGTGAGCGGAGTTTCGGGTTGGTATTC--TTGTTCACATGCGCATTAATCGC-TTAT-TTA-A--ACTATAG-CC-AG-GCATA---TA-TAGTT-C----AACGAAAGATCT--AC--AACTTCAA-GCAACTTA-CGCC-GCT-TCGgta
gi|8 : tgtatcatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncTGT----------CACA--ATCAGCC---TCCAA--TTTACCCATTAAGTTCTCAGAAGCA-G-GCACTTCTGTAACT-TTAATGAAATCATCATTGCAAT-AA-T-------CAA-----TTTTATT------TTCTT-----A------ATAA-AAAA-TATG----AAACG--AA--------TAAGTATT-ACTA--C-CT--TTA--A----AG-A---CT---------CT-TT---TGTCCT-T--T-TGAAAGC------ATGCGAT-----AAATAGT--A-TTAGATA-CC----ATTTT------CCTAGTTC--CC-G---GGTCATG---TAA--TCAGTGATT---T-T-CT------AAT--CAACCCCGGGAATAGCGGAT--G-AATT--GGAAAG-TATTCTTCT---AAAAGTGTT-----AAA-AG--C-ACATATAAAACGAC-AAT-----TATG---TGATAATAT------------------GCAT------------------TTCATGAATGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNAAG--T----TTTTGA--AATGATCGGG--TTCGGGTT-GTATTC--TT-TGCACACGCACACAAGT-ACG--TTGCTA-AGGACTTAAGCCA-GG-GCGTAACTTA-TA-CCAA----GACTAAA-ATTT--AC--G---CCAA-G--ACTTA-CGCC-GCT-TCGt
gi|9 : agggttTAGCC--T-CGG-----------AC-----------ATTTTAA-CAAA-----TTAA-CGA--GAA-TAG-A---------GGG----TT--TG-CA-GT-CGA---T---------C--GCGCCA---AA--TTTATA-T-CCGT----T--CATG---TAATTTT-----T--TCA----A-TG--TTACAA-TCAATACG-AAA-------TA-CA-TTT------CAAAAAATAA--AA----T--A------AAATA-AATAACTTGG-G-CGGATCA----AATG-CT-GATGA--CG--CATTATGTTTGT-TAAGT-A-TTGCAAATTAAAGAGAGGCAATTTAA------A----TA-TTT--ATATAAAAGT---T-TTGTTTACCA-AAAT-T-ATTT-GTT-TAAA-GGTT-----------------CCCCAG-C--AT------CT---G-CAACTA--A---CA---T-TCTT--GAGC-ATTG--AGAAAATAATG----AAT-TAAC-AATT--TGT------TA-AT-AA-------TT-TCAGCT--T-A-GCATTCAC------TAAC-A----TAT------AAA---ATATTGT-G-ACAACACA-TAGCAC--T-AC--TACTATCAT-TCTGTGAAAAAGACTCGG-CCATATCTAGTGTAGTCGAAAAAAAAAT-TCAAGACATTGTAGGA----TTG--ATTAA-A-CAAAACAT-GTC--CCTCTCC-CAGCCATATT--CCCGCATCGAGTG-ATTTGT-ATAA-CAGACTTTGAtgaa
blockSeqs : A A ACA . A . A CC G . TTAAC TTG ATATA TGAGT CACGAGGTTACAC G CC T T AG G T CACCGAA T C TTCA AT CAGCTTGGTC GAAGTT CTT A A G AA T GTCACGAAACAACT A CTATA CAACA T ATACAAAGAA ATAT AT A A TG CAAACAACAACACC CAA AA A G G ATAGC ACT GTTGGGTATTCCA G GTTA A A CCGATATA A A AAAAAT CTATTAATATTTAAA AT T T A TCAT G A CAC . TAT AA . . C T A GGCAATTTAAATATTT T T ATTTT TA C TA TT GT ATATACATACATGTAT C GT AGCCAG TT G A CG TCA AAA A AT G C GA C TAAAA A AA AG AAGGT C . AATTGAATT CGG T CAAA T A AT T TGA CTT C A C AG AACT A A C TCTGTGAA C A A G AGTCGAA G CA A A GG TTTG AT AA AA CG G A A GC GC T T A G AG T A T TTTGATTTTG ATA G AAGTA TAC CTC TGT CT G CTGT T CA T ATTTTTATTTCTTAATAAA ATTTCCT T G ATTT GA GTAATCGAT TA . TAT A TC AT AAAACCTAGGAATTAA G GTC T C G TGT CATATA A CTCACGCATAATAT G C GCCG AGCACG A GT . TGC TGT AA GAATATGCACTTTAT CA T AAAATA TG T TAA AA TTTAA C AT A TA A CCATGTATATAT T TATGCATC TCA G T TTCCAC NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAGT TATAG TC AGT G T AA G TC TTA C A A TAAGCCA A T G CAAGA T TA AACT G CA G A A
blockSeqs : . A A . . . . . G . AC . ATATA TGAGT CGAGTAAGTTA . . G . T . T . . . TTCA AT . GAAGTT CAA . A G . . ACCACAACACACA . . CGA T GA . . . . A AGCCGACGCG . . . . T TAT . ATATCTCATCCA . TA . . AA G . G TAAAAATATTA TA . . . . . . TA . C T . . . A A AAAAAAATCATAT A C TA TA . TC TG T T C . . GC T . C . . . . . . . A AA . AA . . . . TTG TG T CCT A . AT T . . . . C GA CAC . A . GT . . . G ATAA . A C T . T GA . G . . . . C . T . . G A T G . A G TCCAA . TC TT CT G CTTT T A . ATTTTATT TGTTAA . . . . A TA . TT . G . AAATAACTAGA A . C . . CA . G AGATAATCAG G T . . T . . . . . TGGCA . G GAATAG G T AA . TA . . . TA . TATATAT T TACGCATA . . C TCCA NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN AAG . G . T . . C TT . G G TAAGCCA . . . CA G . ATG . . . . .
blockSeqs : . A A . . . . . . . . . . AG AGAAATT . . T . T . . . . . . . . AGT CAA . A T . . AC . . CGA T A . . . . A TCATGCC . . . . G T . GTGTCTCA . TA . . A . . . AAGAATAC A . . . . . . C . . T . . . T . AATATTTTATCTT T A TA TA . T C T T C . . T . . C . . . . . . . A AA . A . . . . TC AA T CCT T . AT A . . . . . CA A . A . T . . . . TTA . A . A . . A . G . . . . C . A . . . A . . . A TAAT . T G . . TT T A . AAATATT AT . . . . . TA . TA . . . AGAACT A . G . . T . T AAATAGTA A A . . A . . . . . TTCA . G GAATT G T . . . . . . TA . GTATA T TAGCAA . . C NNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAT T . G . A . . C T . G A TATGCA . . . CT . . GG . . . . .
blockSeqs : . A A . . . . . . . . . . AT AGAAATT . . T . . . . . . . . . . AGT AAA . A T . . AC . . CGA A A . . . . T TCGCG . . . . G C . TATTCCA . TA . . . . . . TAAAATA A . . . . . . C . . T . . . A . GAATTTTTA A A TT AC . A T T G C . . T . . C . . . . . . . A AA . A . . . . TG TG T CCT T . TG T . . . . . A A . T . T . . . . TA . A . C . . A . G . . . . . . T . . . . A AA . A . . . CT . . . ATTTCT A . . . . . TA . TA . . . AGACT A . C . . T . G ACATG G A . . A . . . . . TGCA . G GAATT . . . . . . . . T . TATG T TTGATT . . T NNNN T . G . A . . T T . G A ATAGCC . . . AA . . G . . . . .
blockSeqs : . A . . . . . . . . . . . AG AAGAAT . . C . . . . . . . . . . GG AAA . A G . . AC . . CG T A . . . . A CCGT . . . . T T . TTTTTCA . GT . . . . . . CACA A . . . . . . T . . G . . . C . GAATTTT A A A T . T G T T A . . T . . C . . . . . . . A A . A . . . . TT AG T CT T . AT T . . . . . A A . C . T . . . . T . A . T . . A . C . . . . . . T ATT A . . . . . C . T . . . AACT . . G . . T . A TTAA . . . . . . . . . . TTCT . . GATT . . . . . . . . T . TAA . TGCTA . . . . T . G . A . . T T . G A TC . . . A . . G . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . AG AAGAAT . . C . . . . . . . . . . GG CTT . A . . . TC . . CA T A . . . . T CCAC . . . . T T . . . G . . . . . . . . . . . . . . C . . T . . . T . ATTTTTT . A T A . T G . . C . . T . . C . . . . . . . A A . . . . . . TT G T A T . A T . . . . . A A . A . T . . . . . . A . T . . A . G . . . . . . T A . . . . . . . . . . . GAC . . . . . . . . GCA . . AT . . . . . . . A . TAT . TAT . . T . G . A . . T T . . A . . . . A . . G . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . AG AGTTA . . T . . . . . . . . . . AG CTT . A . . . AC . . G . . . . . . T CCG . . . . G . . . . . . . . . . . AAATT . . T A . . G . . . . . T . . . . . . . . . . A A . . . . . . . G . . A . T . . . . . . A A . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . C . . G . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T ATGTA . . T . . . . . . . . . . GG CAA . T . . . AC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . G AGTA . . C . . . . . . . . . . GA AA . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . G AGT . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : A** AGGAATT*********** GG**** CGA*** T* A********** CCGC*************** GTATTCCA********** TAAAATA************** **** C** ** AAATTTT********************** G* G*** AT A**** TA***** A* A** TAA******* *** ATTTCATT*********** TA* ACATAGTAA******* TGCA*********** GAATT***** TATATAT***** TCCA** T* T** TGCC****
originalCons : NAATAA-CATTAA--TTA-TA-TGCTC-T-AC--A-A-C-----GT---T-----TGAA--AG-AC----A-G-----T-A---T-T--TTA-C--GC-T-GG-------T-C-AT----CA--GTCC----------AGTTGGG----TTTCCAATTCT-TTGAACAAGGTATAGCC--T-CCG-----------AC-----------ATTTTAA-CAAA-----TTAA-CGA--GAA-TAG-A---------GGG----TT--TG-CA-GT-CGA---C---------C--GCGACA---AA--TTTATA-T-CCGT----C--CATG---TAATNTT-----TC-TCA----A-TG--ATACAA-TCAATACG-AA--------TA-CA-TTT------TAAAAAACAA--AA----T--A------AAA-A-AA-AACTTGG-G-CGGATCA----AATG-CT-GATGAT-CG--CAT---GTTTGT-TTAAT-A-TTG-AAATTAAAG-GA--------AA------A----T--TTT--ATATAAAAGT---TNTTGTTTTACA-AAAT-TTATTTTGTT-TAAAAGGTT---------------TCCCCCAGTC--AT------CT-T-G-CA-CTAC-A---CA---T-TCTT--GA-C-ATTG--AGAAAATAATG----A-T-TAAC-A-CT--AGTG-----TA-AT-AA-------TT-TCAGTTGAT-G-GCATTTACAC-CTATATC-AATATTATTTT---AAA---TTATTGT-G-A-AACA-A-TAG-A---T-ACAATA-TATCTT-T-------AAAGA-TCGA-CCAT-TCTA-TGT--T---AAAAAACAT-T-AAGG-ATTGTA--A----TTGGCATTAA-A-CAA--TAT-GTC--CCTCTCC-C-GCTAT-CT--CCC--ATCGAGGG-ATTGGT-ATAAGCA-ACTTTNAATNTGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATGGGGTGT----------CACA--ATCGGCC---T---A--TT---CCATTAGGAT-TCAGAAGCATGTGCACTTCTGCTACT-T-AATGGAAT-ATCATTGCAATGAA-TTCATATGCAA-----ATTTATT------TTCTT-----A------ATAA-AAAA-TATG----AAACG--A---------TAAGTATT-ACTATAC-CT--TTA--A----A--A---CT---------CTATT---TNTT-T-T--T-TGAAAGC------ATGTGNT-----ANATAAT--A-TTAGATAACC----CTTTT------CCTAGTTC--CC-G---GGTCATG---TAA--TCAGTGATT---TGT-CA------AGT--CAACCCCGGGAATAGCGGAT--G-A-TT--GGAAA--TATTATTTT---AA--GTTTT-----AAA-AG--C-ACATATAAAACGAC-AAT-----TATA---TGATAATATGCAT-NTCAT---GA-ACGCATGCGTTGCCTCC--NCCTCTTTATGAATGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAT---GTATCCCATTTTAAG--T----TTTTGA--AGTGATCGGG--TTCGGGTT-GTATTC--TT-TGCACATGCGCATAAGTCACGTTTTGTTA-AGGACTTAAG-CA-GG-GCGTAACTTA-TA-CC-C----GACTAAA-ATTT--AC--G---CCAA-G--ACTTA-CGCC-GCT-TCGC
finalCons : NAATAA-CATTAA--TTA-TA-TGCTC-T-AC--A-A-C-----GT---T-----TGAA--AG-ACAGGAATT-----------T-T--TTA-C--GC-T-GG-------T-C-AT----CA--GTCC----------AGTTGGG----TTTCCAATTCT-TTGAACAAGGTATAGCC--T-CCG-----------AC-----------ATTTTAA-CAAA-----TTAACGA---GAAT-AGA----------GGG----TT--TG-CA-GT-CGACCGC---------------ACA---AA--TTTATA-T-CCGT----C--CATG---TAATGTATTCCA----------A-TG--ATACAA-TCAATACG-AA--------TA-CA-TTT------TAAAAAATAAAATA--------------AAA-A-AA-AACTTGG-G-CGGATCA----AATG-CT-GATGAC--G--CAT---GTTTGT-TTAAT-A-TTG-AAATTAAAG-GAAAATTTT----------------------ATATAAAAGT---TNTTGTTTTACA-AAAT-TTATTTG-TT-TAAAAGGTT---------------TCCCCCAGTC--AT------CT-T-G-CA-CTAC-A---CA---T-TCTT--GA-C-ATTG--AGAAAATAATG----A-T-TAAC-A-CT--AGTG-----TA-AT-AA-------TT-TCAGTTGATG---CATTTACAC-CTATATC-AATATTATTTT---AAA---TTATTGT-G-A-AACA-A-TAGA----T-ACAATA-TATCTT-T-------AAAGA-TCGA-CCAT-TCTA-TGTTA-----AAAAACAT-TA-AGG-ATTGTA--A----TTGGCATTAA-A-CAA--TAT-GTC--CCTCTCC-C-GCTAT-CT--CCC--ATCGAGGG-ATTGGT-ATAAGCA-ACTTTNAATNTGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATGGGGTGT----------CACAA--TCGGCCTAA-------TT---CCATTAGGAT-TCAGAAGCA---GCACTTCTGCTACT-T-AATGGAAT-ATCATTGCAATGAA-TTCATATGCAATTTCATT-----------TTCTT-----A------ATAA-AAAA-TATG----AAACG--A---------TAAGTATT-ACTA-AC-CT--TTA--A----A--A---CT---------CTATT---TNTT-T-T--T-TGAAAGC------ATGTGNTACATAGTAA-------TTAGATAACC----CTTTT------CCTAGTTC--CC-G---GGTCATG---TAA--TCAGTGATTTGCA-----------AGT--CAACCCCGGGAATAGCGGATGAATT-----GGAAA--TATTATTTT---AA--GTTTT-----AAA-AG--C-ACATATAAAACGAC-AATTATATAT-----TGATAATATGCAT-NTCAT---GA-ACGCATGCGTTGCCTCCA--CCTCTTTATGAATGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAT---GTATCCCATTTTAAG--T----TTTTGA--AGTGATCGGG--TTCGGGTT-GTATTC--TT-TGCACATGCGCATAAGT-ACGT--TGTTA-AGGACTTGCC----GG-GCGTAACTTA-TA-CC-C----GACTAAA-ATTT--AC--G---CCAA-G--ACTTA-CGCC-GCT-TCGC
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): CCCCCAGTCGGATTTATGAAAATAAACATTTAAAACTAAACTTAGTAACACCTATATTTGAATAAATAATATTGATATTCTATATCAAAGCCGTGCTTTATCTGTAAAATTGCAAATGAAAAAGAGAATACGAATTAAAAAATGATAAGTGTATAAACAATAATACACAATGTAGGGTTGGGGGGGTGTGAGATAAAAGCATATAATATAATAGTTTTTTGTTTTGTGGCGAACATATCTATTCTAATCTATTGAATAAAATTATCACAAAACTACTGTTTGCAAATGGTCCTCCCATTGCCTTTTTTTTCGCTTTGACACCTTCTCGAAAACTTTTCGAAA
Unaligned ( gi|18 ): CCCCTCGGTATTTACATAGTATATGAAATAAACATTGAAAACATATATTTAGCATCCAATATTTGAAGTAATAATTTGATGTTCATATATGAAAGACATGCACTCTTTCTTTTAATTGCAAATGAACAAGAGAATACAAATATAAATGGGAAAGGTATGATAACCACATTAAACAATATTACTCAATTGGTGGGGGAAAGGGGGGGGGGGGGTCGTCAGATGAATTCAGCGTTTGATTATAAAAACAGTTTTGTTTTGTTCGAATAT
Unaligned ( gi|29 ): ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAT
Alignments
lowQualScore : 111 11111 11111 11111 22222222222222 11 1111111 1111 11 1111111111 222222 333333333333333333333333 11111 333333333 1111 3333333333333333 1 11111 111111 111 2222222222222222 1111 22222222222 1 111111 22222222222222222 11111 1 1111 111 1 55555555555555555555555555555 11111111 11 444444444444444444 111111 111 11111 11111111 222 11111 1111111111 1111111 1111 11111 111111111 1 3333333 1 1111 11 11 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 222222 111 2222 222222 11111 22 5555555555555555555555555555555 33333333333333333333 22222 555555555555555555 111 111111 3333333 111 11111 1111 111111 111 111 22222222222222222 1 111 111 22222 11 22222 111111 1111 2222222 555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111111 11 444444444444444 222222 1 111111
lowQualScore : 5 3 888 4 3 3 3 55 7 3 44444 666 88888 66666 44444444444444 7 2 3 22 3 6 0000000 3 3 5555 00 5555555555 555555 111 3 2 9 55 4 000000000000000000000000 5 22222 99999 55 000000000 0000 66 5 5 55 5555555555555555 888 5 5 66 0 22222 1 444444 000 1 6666666666666666 5 0000 5 88888888888 5 1 5 666666 3 88888888888888888 55 00000 5 1 5 7777 5 5 77777 66 333 88 5 5 5 5 0 00000000000000000000000000000 6 44444444 9 0 5 00 3 77 66 5 000000000000000000 66 222222 111 4 4 33333 777 4 66 8 66 1 55555555 4 111 66 11111 4 4 5555555555 0 9999999 1 4444 2 4 99 2 777 777 5 5 8 999 55555 4 1 4 888888888 4 4 4 0 0 3333333 5 55 0 5 0 66 5555 777 66 66 66 5 5 5 66 66 1 0 8 8 2 33 3 1 1 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2 0 1 333333 8 444 2222 333333 5 3 77777 5 88 0 8 6 11 3333333333333333333333333333333 5 5 11111111111111111111 11 5 55555 77 77 111111111111111111 9 111 1 6 6 9999 999999 1 1111111 55 444 44444 2222 5 666666 66 77 5 000 0 000 77 44444444444444444 77 1 3 999 5 222 7 777 77 22222 5 77 5 00 5 33333 777777 1 3333 7777 3 5 2 0000000 333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0 1111111 66 0 888 5 3 66 5 3 5 11 5 5 888888888888888 5 4 5 555555 0 66 222222 5 66 5 5 5
lowQualScore : . . ... . . . . .. . . ..... ... ..... ..... .............. . . . .. . . ....... . . .... .. .......... ...... ... . . . .. . ........................ . ..... ..... .. ......... .... .. . . .. ................ ... . . .. . ..... . ...... ... . ................ . .... . ........... . . . ...... . ................. .. ..... . . . .... . . ..... .. ... .. . . . . . ............................. . ........ . . . .. . .. .. . .................. .. ...... ... . . ..... ... . .. . .. . ........ . ... .. ..... . . .......... . ....... . .... . . .. . ... ... . . . ... ..... . . . ......... . . . . . ....... . .. . . . .. .... ... .. .. .. . . . .. .. . . . . . .. . . . .................................................................................. . . . ...... . ... .... ...... . . ..... . .. . . . .. ............................... . . .................... .. . ..... .. .. .................. . ... . . . .... ...... . ....... .. ... ..... .... . ...... .. .. . ... . ... .. ................. .. . . ... . ... . ... .. ..... . .. . .. . ..... ...... . .... .... . . . ....... ...................................................... . ....... .. . ... . . .. . . . .. . . ............... . . . ...... . .. ...... . .. . . .
lowQualScore : 0 2 999 0 6 6 6 00 3 6 11111 444 22222 44444 66666666666666 3 1 6 33 3 7 8888888 6 6 5555 00 9999999999 111111 999 6 3 4 55 0 666666666666666666666666 0 55555 55555 44 000000000 6666 99 0 0 88 2222222222222222 888 0 0 99 5 55555 4 777777 000 4 9999999999999999 7 3333 7 77777777777 7 4 7 444444 6 77777777777777777 99 11111 7 4 7 9999 0 0 55555 99 888 44 0 0 0 5 0 55555555555555555555555555555 6 44444444 4 1 0 44 2 55 99 0 444444444444444444 11 888888 444 4 4 33333 888 4 11 9 11 8 66666666 4 777 11 11111 4 4 4444444444 8 3333333 9 1111 2 4 22 0 888 888 0 0 9 888 88888 4 9 4 444444444 4 4 4 4 0 9999999 0 44 0 5 4 99 6666 111 99 44 99 0 0 0 99 99 7 7 0 0 5 22 2 0 0 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 5 6 4 888888 0 000 2222 222222 6 2 88888 6 88 8 0 7 11 4444444444444444444444444444444 7 7 66666666666666666666 66 7 99999 99 99 000000000000000000 8 777 0 7 7 3333 222222 0 7777777 33 333 22222 1111 7 444444 66 99 7 000 7 000 99 33333333333333333 99 4 6 666 7 444 3 999 99 11111 7 99 7 00 7 33333 666666 4 7777 1111 0 7 2 7777777 222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2 5555555 99 1 222 0 6 99 0 9 7 99 0 0 111111111111111 0 4 0 000000 0 99 666666 0 99 7 7 7
consensus : NAATAA-CATTAA--TTA-TA-TGCTC-T-AC--A-A-C-----GT---T-----TGAA--AG-AC----AGG----AA-TT-TTTTA-C--GC-T-GG-------T-C-AT----CA--GTCC----------AGTTGGG----TTTCCAATTCT-TTGAACAAGGTATAGCC--T-CCG-----------AC-----------ATTTTAA-CAA-----ATTAA-CG--AGAA-TAG---------AGGG----TT--TG-C-AGT-CGA---C------------CG---CG-C-AAA--TTTATA-----TCCGT----C-CATG---TAAT---NTAT----TCC--AA-TG--ATAC-AATCAATACG--A--------A-TA-C-ATTT------TAAAAAA----TAAAA----T--A-AAA-A---AA-AACTTGG-G-CGGATCA----AAT-GCT-GATG--A-CG--CAT---GTTTG-TTTAAT-A-TTG-AAATTAAAG-GA--------AA------A----T--TTT--ATATAAAAGT---TNTTGTTTTACA-AAAT-TTATTT-GT--T-TAAAAGGTT---------------TCCCCCAGT--CAT------CT-T-G-CA-CTA---C-AC---AT-TCT--TGA-CATTG--AGAAAATAAT----G-A-T-TAAC-A-CT--AGTG-----TA-AT-AA-------TT-TCAGTTGA-T--G--CATTTACAC-CTATATC-AATATTATTTT---AAA---TTATTGT-G-A-AACA-A-TAG-A---T-ACAATA-TATCTT-T-------AAAGA-TCGA-CCAT-TCTA-TGT--T---AAAAAACAT-T-AAGG-ATTGTA--A----TTGGCATTAA-A-CAA--TAT-GTC--CCTCTCC-C-GCTAT-CT--CCC--ATCGAGGG-ATTGGT-ATAAGCA-ACTTTNAATNTGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATGGGGTGTCACAATCGGCCT--A--AT-T---CCATTAGGAT-T-CAGAAGCAT--G-CACTTCTGCTACT-T-AATGGAAT-ATCATTGCAATGAA-TTCATATG-CAATTTCATTTT-----CTT-----A-----------------ATAA-AAAA-TATGA----AACG--A---------TAAGTATT-ACTA---ACCTT--TA--AA--A----CT---------CTATT---TNTT-T-T--T-TGAAAGC------ATGTGNT-----ANATAGT-AGTTAGATAACC----CT-TTT------CCTAGTTC--CC-G---GGTCATG---TAA--TCAGTGATT-----T-G-CA------AGT--CAACCCCGGGAATAGCGGATGAATT--GG-AA-A-TATTATTTT---AA--GTTTT-----AAA-AG--C-ACATATAAAACGAC-AAT-----TATAT---ATTGATAATATGCAT-ATCATGA-ACGCATGCGTTGCC-TCC-A-CCTCTTTATGAATGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAT---GTATCCCATTTTAAG--T----TTTTGA--AGTGATCGGG--TTCGGGTT-GTATTC--TT-TGCACATGCGCATAAGT-ACG--TTG-TTA-AGGACT-TA-GC-C-GG-GCGTAACTTA-TA-CC-C----GACTAAA-ATTT--AC--G---CCAA-G--ACTTA-CGCC-GCT-TCGC
Reference ( family-1460 ) : NAATAA-CATTAA--TTA-TA-TGCTC-T-AC--A-A-C-----GT---T-----TGAA--AG-AC----AGG----AA-TT-TTTTA-C--GC-T-GG-------T-C-AT----CA--GTCC----------AGTTGGG----TTTCCAATTCT-TTGAACAAGGTATAGCC--T-CCG-----------AC-----------ATTTTAA-CAA-----ATTAA-CG--AGAA-TAG---------AGGG----TT--TG-C-AGT-CGA---C------------CG---CA-C-AAA--TTTATA-----TCCGT----C-CATG---TAAT---GTAT----TCC--AA-TG--ATAC-AATCAATACG--A--------A-TA-C-ATTT------TAAAAAA----TAAAA----T--A-AAA-A---AA-AACTTGG-G-CGGATCA----AAT-GCT-GATG--A-CG--CAT---GTTTG-TTTAAT-A-TTG-AAATTAAAG-GA--------AA------A----T--TTT--ATATAAAAGT---TNTTGTTTTACA-AAAT-TTATTT-GT--T-TAAAAGGTT---------------TCCCCCAGT--CAT------CT-T-G-CA-CTA---C-AC---AT-TCT--TGA-CATTG--AGAAAATAAT----G-A-T-TAAC-A-CT--AGTG-----TA-AT-AA-------TT-TCAGTTGA-T--G--CATTTACAC-CTATATC-AATATTATTTT---AAA---TTATTGT-G-A-AACA-A-TAG-A---T-ACAATA-TATCTT-T-------AAAGA-TCGA-CCAT-TCTA-TGT--T---AAAAAACAT-T-AAGG-ATTGTA--A----TTGGCATTAA-A-CAA--TAT-GTC--CCTCTCC-C-GCTAT-CT--CCC--ATCGAGGG-ATTGGT-ATAAGCA-ACTTTNAATNTGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATGGGGTGTCACAATCGGCCT--A--AT-T---CCATTAGGAT-T-CAGAAGCA---G-CACTTCTGCTACT-T-AATGGAAT-ATCATTGCAATGAA-TTCATATG-CAATTTCATTTT-----CTT-----A-----------------ATAA-AAAA-TATGA----AACG--A---------TAAGTATT-ACTA---ACCTT--TA--AA--A----CT---------CTATT---TNTT-T-T--T-TGAAAGC------ATGTGNT-----ACATAGT-AATTAGATAACC----CT-TTT------CCTAGTTC--CC-G---GGTCATG---TAA--TCAGTGATT-----T-G-CA------AGT--CAACCCCGGGAATAGCGGATGAATT--GG-AA-A-TATTATTTT---AA--GTTTT-----AAA-AG--C-ACATATAAAACGAC-AAT-----TATAT---ATTGATAATATGCAT-NTCATGA-ACGCATGCGTTGCC-TCC-A-CCTCTTTATGAATGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAT---GTATCCCATTTTAAG--T----TTTTGA--AGTGATCGGG--TTCGGGTT-GTATTC--TT-TGCACATGCGCATAAGT-ACG--TTG-TTA-AGGACT-T--GC-C-GG-GCGTAACTTA-TA-CC-C----GACTAAA-ATTT--AC--G---CCAA-G--ACTTA-CGCC-GCT-TCGC
gi|1 : AGTAA-CATTTA--TTAATA-TGCTCCT-GC--A-AGC-----GT---T------GAA--AG-AC----GGT----A-----TTTTA-C--GC-T-GG-------C-C-AA----TA--GTCC----------AGTTG------TTTCCAAT-CT-TTGAACTAAGTATAGCC--T-GCG-----------AC-----------ATTTTAA-CAA-----ATTAAACG--AGAAATAAT--------AGGG----TT--TG-C--GT-CGA---C------------CG---CGGC-CAA--TTTATA-----TCTTT----C-CATG---TAAT---TT-T----TCGTAAA-TG--ATAA-AATCAACACG--A--------A-TA-C-ATTT------TAAAAAA----CAAAA----TTTA-AAA-A---AA-AACTTGGCG-CGGGTCAT---AAT-GCT-G-TG--ATCGGCCAT---GTTTG-TTTAATCACTTG-AAATTAAAG-GA------------------------------TATAAAAGT---GGCTGTTTAACA-AAAT-TTATTTTGT--T-TAAAATGTT---------------TCCCCCAGT--CAT------CT-T-G-CA-TTA---C-AC---AT-TCT--TGA-CGTTG-----AAATAAT----G-A-T-TAAC---CT--AGTG-----AA-ATAAA-------TT-TCAGTTGA-T--GTCCATTTCCAC-CTTTATC-AAT-TTATTTT---AAA---TTATTGT-A-A-AACA-A-TAG-----T-ACAATA-TATCTT-T-------AAAGA-TCGA-CCAT-TCAA-TGT--T---AAAAAACGT-T--AGG-ATTGTA--A----TTGGCAAAAA-A-CAA--TAT-GTC--CCTCTCC-C-GCTAT-CT--CCC--A-CGATGG-ATTGGT-ATAAGC--ACTTTTAATGTGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATGGGGTGTCACAATCCG-CT--C--AT-T---TCATTAGGAT-T--AGAAGCATGTG-CACTTCTGCTA-T-T-AAGGAAAT-ATCATTGCTATGAA-TTCATATGCCAATTT-ATTTT-----CTT-----A-----------------AT---AAAA-TATGA----AACG--A---------TAAGTATTAAGTAT--ATCTT--TA--AG--C----CT---------CT-TT---TGTC-T-T--T-TGAAAGC------ATGTGTTC----AGATAGT--ATTAGATAACC----CT-TTT------CCTAGTTC--CCTG---GGTCATG---TAA--CCAGTGATT-----T-ATCA------AAT--CGA-CCCGGAAATAGCGGATG-ATT--GG-AA-A-TATTATTGT---AA--GTTTT-----AAA-AG--C-ACA-ATAAAACGAC-AAT-----TATA------TGATAA-ATGCATCTTCATGA-ATGCATGTGTTGCC-GCCTT-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT---GTATCCCATTTTAAG--T----TTTTGA--AGTAA-CGGT--TTCGGGTT-GTATTC--TT-TGCACATGCGCATAAGTCACGTTTTG-TTA-AGG-CT-TAAGCAG-GG-GCGTAACTTA-TA-CA-C----GATTAAA-ATTT--AC--G---CCAA-G--ACTTA-CGCC-GCT-TCGC
gi|10 : tA-CATTA---TTA-TC-T--TC-T-AC--A-A-C-----GT---T-----T-AA--AG-AC----AG---------T-TTTTA-A--GC-T-AT-------T-C-AT----CA--GTCC----------GGATGGG----TTTCCTTTTCT-TTGAACAAG---TAGTC--T-CCG-----------AC-----------ATATTAA-AAA-----CTTAA-CG--AGAA-TAG---------AGGG----TT--TG-C-AGA-TGA---C------------CG---TA-C-AGA--TTGATA-----TCCGT----T-CATG---TAAT----TAT----TCC--AA-TT--ATAC-AATCAATACGA-A--------A-TG-C-ATTT------GGGGAA------AACA----C--A---------------TTTG-G-CGGACCA----AAT-GCT-GATG--A-CG--CAT---GTTTG-TTTAAT-A-CTG-AAATTAAAA-GA--------GA------A----T--TTTTAATTTAAA--T---TATTG-CTTACA-AAAT-TTA-----T--T-TCAAAGGTT-----------------GCCCAGT--CAT------TT-T-G-CA-CTA---C-AC---AT-TTT--TGA-CACTG--AGCATATAAT----GAA-T-TAAT-A-CT--AGTG-----TA-AT-AA-------t
gi|11 : tatatatatataatctattgaataaatttcagcaaacttactgttttgcaatgtcctccaacattgccttcttttttcgcttgacaccttgtcggaaactttccgtaaagtA--TTA-TA-TGCTC-TAAC--A-A-C-----GCTTGT-----TGAA--AT-ACCG--AGT----AAGTTATTTGA-CAGGC-T-GG-------
gi|12 : ctatatcaagtcctcctaatactgttgaattaaataatgggttcgatatttcatatatcaaataagcctgtgcacctctttctgtaatagggattgccaaaaataggaaaaagagaataaaaagtgataactcagtattaatgaacaaatagttcaaaaggagaatttatactgtcaatgatggagtttgggtagtgtttccgtcgataacaaaattgcaaagtacatgtaagttatgaaaacttgttttgttttgttgcgaatagtatctacttatattaactattatttgataaatattgatccaaacttgtctttgcatgtctcaagagtaaatatcttatttccacattgccttttttgtattacgctttgacatcctttgtcggaaacttttcgaaagtattggaacaatgggggagggggAATAA-C-TTAA--TTA-TA-TGCTC-T-AC--A-A-C-----GT---T-----TGAA--AG-AC----AAG----AA-TT-TT-TA-C--GC-T-GG-------T-C-AT----CA--GTCC----------AGTTGAGT---TTTCCAATTCT-TTG-ACAAGGTATAGCC--T-CTG-----------AC-----------ATTTTA
gi|13 : ccgcgcgtatttatgaataaacattttaaaaacataaacttagtctcctaatattttgaattaaaatttgatattcatgatatcaaagccgtgcactctttctgtaaatgcaatcaaaaaagagaaataaaaaataaaaatgaataaacgataaacaatattactcagtgtaggggggggggcgtccgagataaaagcatgtaattatgaaatagttttgtttttgtgcgagtatatcctatttactattgaataaattatcacaaacttactgtttgccatgcctcccacattgccttttttcgcttgacacatttcggaaaaccttttcgaaaAATAA-C-TTAA--TTA-TA-TGCTC-T-AC--A-A-C-----GT---T-----TGAA--AG-AC----AAG----AA-TT-TT-TA-C--GC-T-GG-------T-C-AT----CA--GTCC----------AGTTGAGT---TTTCCAATTCT-TTG-ACAAGGTATAGCC--T-CTG-----------AC-----------ATTTTAtaaact
gi|14 : ccgcgcgtatttatgaataaacattttaaaaacataaacttagtctcctaatattttgaattaaaatttgatattcatgatatcaaagccgtgcactctttctgtaaatgcaatcaaaaaagagaaataaaaaataaaaatgaataaacgataaacaatattactcagtgtaggggggggggcgtccgagataaaagcatgtaattatgaaatagttttgtttttgtgcgagtatatcctatttactattgaataaattatcacaaacttactgtttgccatgcctcccacattgccttttttcgcttgacacatttcggaaaaccttttcgaaaTTATATA-TGATTTC--TTT-----CGG-----A-----------------ATAA-AAAA-T-TGATTTAAAGA--A---------TAGAC-TT-AC-----ACCTTCTTA--AA--AAAC-CTAGGAATTAATTGTT---TTTT-T-T--T-TGAAAGC------ATGTGAT-----ACATGTT-AGTTA-----CC----TTCTTT------GCGAGTTC--CT-G---GGTAATG---TAA--TCAGTGATT-----TGG-CA------AGT--CAACCCCGGGGATAGC-GATAAAATAGGG-AATG-TATTATTTTTAAAA--GTTTTTTTAAAAA-AGATT-AAAT-TCAAACTAC-AAT-----TA----------ATCAT-TGC-T-ATCATGA-ACGCATGTGTTGCC-TCC-A-CCTCTTTATtaaact
gi|14 : atttttatcTATCACACTGTATG--TATAGTTTTGA--AGTGATCGG---TTCGGGTC-GTTTTG--TT-TGCActctccctctctatcacactgtatgtatagttttgaagtgatcggttcgggtcgttttgtttgcat
gi|16 : atttttatcttatatatgatttctttcggaataaaaaattgatttaaagaatagacttacaccttcttaaaaaacctaggaattaattgttttttttttgaaagcatgtgatacatgttagttaccttctttgcgagttcctgggtaatgtaatcagtgatttggcaagtcaaccccggggatagcgataaaatagggaatgtattatttttaaaagtttttttaaaaaagattaaattcaaactacaattaatcattgctatcatgaacgcatgtgttgcctccacctctttatctctccctctcAATAA-CATTA---TTA-TA-TGCTC-T-AC--AGA-C-----GT---TATATATGAATGAGTAC----AGA----AA-TT-TTTCA-CT-GC-TTGG-------T-C-ATTTCACAATGTCC----------AGTTTGAAGTTTTTCAAATTCT-TTGAACAAGt
gi|17 : tagagattaataagtgatatagacggtattatttggtggtggcgggagggggcgagagccgtcgctgctatttgatagtgctgtttttgtgcgataatactctattataaatgcttcttgatataaaaagtatcaacaccttactgttttgcaatgccactccacccattgcctttttttccgcttgacacattgtcggaaaatcttttcgaaAATAA-CATTA---TTA-TA-TGCTC-T-AC--AGA-C-----GT---TATATATGAATGAGTAC----AGA----AA-TT-TTTCA-CT-GC-TTGG-------T-C-ATTTCACAATGTCC----------AGTTTGAAGTTTTTCAAATTCT-TTGAACAAGtt
gi|19 : tagagattaataagtgatatagacggtattatttggtggtggcgggagggggcgagagccgtcgctgctatttgatagtgctgtttttgtgcgataatactctattataaatgcttcttgatataaaaagtatcaacaccttactgttttgcaatgccactccacccattgcctttttttccgcttgacacattgtcggaaaatcttttcgaaCCAGT--CAT------CT-T-G-CA-CTA---C-AC---AT-TCT--TGA-CAATG--AGAAAATAAT----G-AAT-TAAC----T--AGTG-----TA-CT-AA-------TC-TCAGTTGA-T--G--CATTTACAC-CTATATC-AATATTATTTT---AGA---TTATTGT-G-A-AACA-A-TAG-A---T-ACAATA-TATTTT-T-------AAAAA-TCGA-TCAT-TCTA-TGTA-TA--AAAAAACAT-T-AAGG-AATGTA--A----TTGGTATTAA-A-CAA--TAT-GTC--CCTCTCC-C-GCTAT-TTC-CCC--ATCGAGGATATTGGT-ATAAGCA-ACTTTtt
gi|2 : AATAA-CATTA---TTA-GAATGCTC-T-AC--A-A-CTTAACGT---T-----TGAA--AG-AC----AG--------TTATTTTA-C--GC-T-GG-------T-CCAT----CA--GTC-----------AGTTG---------------------AACAAGTTATAGCC--TTCCG-----------A------------ATTTTAAACAA-----ATTAA-CG---GAA-TAG---------AGGG----TT--GA-C-AGTGCGA---C------------CA---CA-C-AAAAATTT-TA-----TCCTT----C-CATG---T-------TAC----------A-TG---TAC-AATCAATACG--A--------A-GAAC-ATA--------AAAAAA----TAAAAATATT--A-AAA-A---AA-ACCTGGG-G-CGGATCA----AAT-GCT-GATGGCA-CG--CAT---GTTTA-TTTAAT-A-TTG-GCATAAAAG-GA--------AA------AAAAATCATAT--ATATACATGT---TAATGTTTT-CA-AAATATTATTT-TT--T-TAAAAGGTT---------------TCCC--AGT--CAT------CT-TTG-CA-CTA---C-AC---AT-CTT--TGA-CATTG--AGAAAATAAG----A-A-T-TAAC----T--AGTG-----TA-AT-AAAATTGAATT-TCAGTTGA-TT-G--CATTTACAC-CTATAAC-AATATTATTTT---AAA---TTATTGT-G-A-AACA----------------------TCTT---------AAAGA-TCGAACCAT--CTA-TGT--TT--AAAAAACAT-T-AAGG-ATTGTA--AT---TTGGCATTAA-ATCAA--TATAATC--CCTCTCC-C-GCTA--CTGCCCC--ATCGAG
gi|20 : aaacatttaaaacaaaacttagcacttatgtctccttatatttgaattaataatttgtattcagacatcataatcaaacgcttcgtgcactctttctgtaaaatgcaaatgaaaaagagaattaaaaaataaaaatgataaacgtattaaacaatattactcaatgtagggtggaaggtgggggtcgtcgagataaaagcaaattaattatgaaatattgtttttttgtgcagatatatcgactataatctattgaataaaattattcaaaacttacgtttgcaatgtcctcccacattgccttttcttcgcttgacaccttgttgaaaatttttgaactttcgaaaTTCCATCTTATAAGTTC-----A-----------------AGAG-AAAA-CATGA----TACG--AGTAATCGATTAAATATT-ACT----ACCTT--TAATAG--A----C----------CTATTGTCTCCT-T-TTGT-TGAAAGCCATATAATGTGGTCTCACGCATAAT-ATTTAGATATCCGCCGCT-TGTAGCACGCTTTGTCCGTCC-G---GGGAGTGTGTTAA--TCGGTGATTGAATAT-G-CACTTTATAATCACAACCCTGGGAATAGC---TGGATT--GA-AA-G-T
gi|21 : aagtcatcttg---AA--GTTTT-----AAA-AG--C-ACAT-TAAAACTAC-AAT-----TATAT---ATTGA-AATA-GCA--ATCAGGAGACGCATGCGTTGCCTTCC-ACCCTCTCTAT
gi|21 : TTAAG--T----TT--GA--AGTGATCAGG--TTCGGGTT-GT-TTCAATG-TCCACATGCGTAT-AGC-ACG--TT--TCA-AAGACT-T---C-C--G-GTATAATTTA-TC-CC-A----GAGTCAA-ATTTTAACG-G---CAAA-G--ACTGA-TGCC-CCT-TCctcctccttctctccaacaattttattaagtttgaagtgatcaggttcgggttgtttcaatgtccacatgcgtatagcacgtttcaaagacttccggtataatttatcccagagtcaaattttaacggcaaagactgatgccccttctgaa
gi|22 : aagttttaaaagcacattaaaactacaattatatattgaaatagcaatcaggagacgcatgcgttgccttccaccctctctatctcctccttctctccaacaattttaT---ATTGATAATATGCAT-CTCATGA-AGGCATGCGTTGCN-NNN-N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAT-------------TTAAG--T----TTTGGA--AGTGATCGGG--CTCCGATT-GTTTGT--TT-TGCACATGTGTACATGC-ACG--TTG-TCA-AGG-------GG-T-GG-TCGTAACTTA-TA-CC-CA---GACTAAA-ATTT--AC--G---CCAA-G--ACTTA-CGCC-ACT-tgaa
gi|23 : ATTTTAAG--T----TTTTGA--AGTGATCGGG--TTCGGGTT-GTATTC--TT-TACACATGCGCATAAGT-ACG--TTG-TTA-AGGACT-TAAGC-CAGG-GCGTAACTTA-TA-CA-A----GACTAAA-ATTT--AC--G---CCAA-G--tatgaa
gi|24 : C----CT-TTT------CCTAGTTC--CT-G---AGTCATG---AAA--TCAGTGATT-----T-T-CA------AAT--CAACCCCGGGAATAGCGGATGAATT--GG-AA-AGTATTA-TTT---AA--GTTTT-----AAA-AG--C-ACATATAAAACAAC-
gi|25 : ---GTATCCCATTTTAAG--T----TTTTGA--AGTGATCGAG--TTCGGGTT-GTATTC--TT-CGCACATGCGCATGAGT-ACG--TTG-TTA-A---------------G-GCGTAACTTA-T
gi|26 : cctcctctctc--TTG-TTACAGGACT-TATGC-A-GGAGCGTAACTTATTA-CC-CAAGAGACTAAATATTT--ACATG---CCAAGG--ACTTAGCGCCAGCTATCG
gi|27 : TTGA-T--G--CATTTACAC-CTATATC-GATATTATATT---AAA---CTATTGT-G-A-AACA-A-TAA-A---T-ACAATA-CATCTT-T-------AAAGA-TCGA-CCAT-Tta
gi|28 : AGA-TCCA-CCAT-TCTA-TGT-----------ACATGT-ATGGAAAAAAA--A----TTGGCATTAA-A-CGA--TAT-GTC--CCTCTCC-C-GCTAT-CT--CCC--
gi|3 : -T-GG-------T-C-AT----CA--GTCC----------TGTTGGG----TTTCCTTTTCT-TTGAACA---TGTAGCT--T-CCG-----------TC-----------ATTTTAA-CAA-----ATTAA-----GGAA---------------------TT--TG-C-AGA-CGA---T------------CATGCCA-C-AAG--TAAATT-----TCCGcat
gi|3 : -GCT-GGTG--T-AG--CAT---ATTTG-TTTAAT-G-TTG-AAATTAAAA-GA--------GA------A----T--TTT--ATTGACACGTATTTTTTTTTTTACA-ACAA-TTATTT-GT--T-TAGAAGGTTATATACATACATGTATTACCAAGT--CAT------CT-T-G-CA-CTA---C-TC---AT-TCT--TAA-CATTG--AGAA---AAT----G-A-T-TAAT-A-CTAGAGTG-----TA-AT-AA-------TG-TCAGTTAA-TA-A--CA---ACAA---ATA-C-AATA-TATTTTTGAAAA---TTAaattctgcggaaatatacacatgtacatgcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcaaaagagctggtgtagcatatttgtttaatgttgaaattaaaagagaattttattgacacgtatttttttttttacaacaattatttgtttagaaggttatatacatacatgtattaccaagtcatcttgcactactcattcttaacattgagaaaatgattaatactagagtgtaataatgtcagttaataacaacaaatacaatatatttttgaaaattaaccactctatgttaaaaacattaaggactgtaattggtattgaaaataccccctgttccgctatctctcaacgaggattggtgtatacactacattttgttgtttgttttgttttttgcggaggttggggtgttttgattttgcataatatcggcttaatctccattagaattagaagcatgtacactattaatggaatatcattaaaatgaagtcatatgcaattttcttatttagaaaatatgaatatataagtattactatatactgttaaaaataactagattaattgttttcataaaagcaggtgttttaaaaaaaaaccttttccagggatttgcaagtcaaccccgggaataacggatgaataggaaaatattatttaagttgtaaacagcatatataaaacgacaaatccatgtatatattgataatacgcatatcacaaacgcata
gi|3 : tggtcatcagtcctgttgggtttccttttctttgaacatgtagcttccgtcattttaacaaattaaggaatttgcagacgatcatgccacaagtaaatttccgaattctgcggaaatatacacatgtacatgcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcaaaaga-AACA-A-CAA-A---T-ACAATA-TATTTT-T-------GAAAA-TTAA-CCAC-TCTA-TGT--T----AAAAACAT-T-AAGG-ACTGTA--A----TTGGTATTGA-A--AA--TAC--CC--CCTGTTC-C-GCTAT-CT--CTC--AACGA-GG-ATTGGT-GTAaccactctatgttaaaaacattaaggactgtaattggtattgaaaataccccctgttccgctatctctcaacgaggattggtgtatacactacattttgttgtttgttttgttttttgcggaggttggggtgttttgattttgcataatatcggcttaatctccattagaattagaagcatgtacactattaatggaatatcattaaaatgaagtcatatgcaattttcttatttagaaaatatgaatatataagtattactatatactgttaaaaataactagattaattgttttcataaaagcaggtgttttaaaaaaaaaccttttccagggatttgcaagtcaaccccgggaataacggatgaataggaaaatattatttaagttgtaaacagcatatataaaacgacaaatccatgtatatattgataatacgcatatcacaaacgcata
gi|3 : tggtcatcagtcctgttgggtttccttttctttgaacatgtagcttccgtcattttaacaaattaaggaatttgcagacgatcatgccacaagtaaatttccgaattctgcggaaatatacacatgtacatgcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcaaaagagctggtgtagcatatttgtttaatgttgaaattaaaagagaattttattgacacgtatttttttttttacaacaattatttgtttagaaggttatatacatacatgtattaccaagtcatcttgcactactcattcttaacattgagaaaatgattaatactagagtgtaataatgtcagttaatATCGGCTT--A--ATCT---CCATTAGAAT-T--AGAAGCAT--G-TAC----ACTA-T-T-AATGGAAT-ATCATTAAAATGAA-GTCATATG-CAATTT--TCTT-----ATT------------------------TAG-AAAA-TATGA----ATAT--A---------TAAGTATT-ACTATATACTGT--TA--AA--AATAACTAGA------TTAAT---TGTT-T-T--CATAAAAGC------AGGTGTT--------T--T-AA--AAAAAAAC----CT-TTT------CC--------------------------------AGGGATT-----T-G-CA------AGT--CAACCCCGGGAATAACGGATGAATA--GGAAA-A-TATTA-TTT---AA--GTTGT-----AAACAG--C-ATATATAAAACGACAAATCCATGTATAT---ATTGATAATACGCAT-ATCACAA-ACGCATtacactacattttgttgtttgttttgttttttgcggaggttggggtgttttgattttgcataatatcggcttaatctccattagaattagaagcatgtacactattaatggaatatcattaaaatgaagtcatatgcaattttcttatttagaaaatatgaatatataagtattactatatactgttaaaaataactagattaattgttttcataaaagcaggtgttttaaaaaaaaaccttttccagggatttgcaagtcaaccccgggaataacggatgaataggaaaatattatttaagttgtaaacagcatatataaaacgacaaatccatgtatatattgataatacgcatatcacaaacgcata
gi|30 : tggtcatcagtcctgttgggtttccttttctttgaacatgtagcttccgtcattttaacaaattaaggaatttgcagacgatcatgccacaagtaaatttccgaattctgcggaaatatacacatgtacatgcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcaaaagagctggtgtagcatatttgtttaatgttgaaattaaaagagaattttattgacacgtatttttttttttacaacaattatttgtttagaaggttatatacatacatgtattaccaagtcatcttgcactactcattcttaacattgagaaaatgattaatactagagtgtaataatgtcagttaataacaacaaatacaatatatttttgaaaattaaccactctatgttaaaaacattaaggactgtaattggtattgaaaataccccctgttccgctatctctcaacgaggattggtgtatacactacattttgttgtttgttttgttttttgcggaggttggggtgttttgattttgcataatTTA-TA-CC-CT---GACTAAA-ATTT--AC--G---CCAC-A--ACTTA-CGCC-ACT-TCGCa
gi|4 : TA-TA-TGCTC-T-AC--A-A-T-----GT---T-----TTAA--T---C----ATG----TA-TT-T---A-C--GC-T-GG-------T-C-------CA--GTCC----------AGT-GAG----TTTC-AATTCT-TTAACCA--TTATAACC--T-CCG-----------AC-----------ATTATAA-CAA-----ATTAA-C---AGAA-TAG---------AGG------T--T----AGT-CGA---C------------CG----A-C-AAA--TTTATT-----CCTGTATAGC-CACGACTTAAT---GTGT----CTC--AAGTT--A-AC-TTTCA-TGC------------A-TA-C-ATTTAAAAATTAAAAAA----AAGAA----T--ACAAA-A---AA-AACTTGG-C-CA---CA----AAT-GCT-GACG--A--G--CAT---GCTTG-GTTAAT-A-TTG-AAATAGAAGAGA--------AATATTTTA----T--CTT--ATATAAAAGT---TTT--TTCTACA-AAA--TTA-TT-GTTAT-TAAAAG------------------TCCCCCAAT--CACAGCCAGTT-T-G-CA-GAA---CGAC---AT-T-T--GGA-CATTA--GAAAAATAAG----T-A-T---AT-A-CC--TATGAAGGTTA-AT-AA----------TCATGTGA-T-----CA-TAACA--CTATATC-AACTGTA-TAT---AAA---TTATT-T-GAA-AACA-AGTAG-AACTT-ACATAA-TATGCT-T-------AAAGA-TCGA-CCAT-TCTAGTAT--T---AAAAAAGAT-T-AAGG-A-TG-A--A----TT-GCATTAA----AA--TAT-GT---CATCTCCGC-GCTAT-CTC-CCC--ATC-AGGgaa
gi|5 : attgaaaaaacatttcaaacataaacttatattagtctcctaatttaatatataatttaaattcatatatcaagccgtagcaccctttcataaaatgcaaaagtgacaaaagagaaataaaaataaaaatatacatcggtattaaaccaatattactcaatggaaggtgggggggagggcgattgttcgaatagaaagcatatacagatgtaacttaaatttctgttttgtgcgatatatccatataatctatgaataaattactcacaaactgttttgcaatgtctctctcacattgctttttcgcttgacaccattgtcggaaaaacttttcgaaaatacataA-TACTC-T-ACCCA-A-C-----GT---T-----TGAA---G-AC----AGT----A---T-GTTTA-A--GC-T-GG-------TTC-AT----CA--GTCC----------AGTTGGG-----TTCCTTTCCT-TTGAACAAG---TAGCCAAT-CCC-----------ACCACAACACACAATATTTA-CAAACTATATTAA-CAACAGAA-AAGATACAAAGAAGGGATATTT--CGACAAGA-CGA---CAAACAACAACACCA---CA-CAAAA--TATATA-----TCCTT----T-CATC---ACAT---ATATCTCATCC--AA-TT--ATACAAATCCATACGAAA--------A-TAGC-ATGT------TGG--------------------G-GAA-A---AC-AACTTGG-GACGGATCA----AATGGCTAGATG--A-CG--CAT---GTTTGAATTAAT-A-TTG-AAATCAAAA-GA--------AT------T----T--TTT--AT-TAAGAG----TATTG-TTTACA-AAATCTTATTT--T--G-TGAAAGGGT---------------T-GCCCAGT--CAT------CT-TGG-CA-CTACATC-AC---AT-TCT--TGA-CATTG--AG-AAATAAT----G------AACAA-CT--AGTG-----TG-GT-AA-------TTGTCAG-TGATT--G--AATTC--------TATC-AAT-T----------AA---T--TTGT-G-A-AACAGA-TAA-A---T-ACACTA-TATTTTGT-------AAAGA-T-----CAT-TT--------------AAAATAT-T-TAGA-TTTTTG--ATTTGTTGGTATTAAGA-CAA--TAT-CCCCGCCTTCTC-C-GCTAT-TT--CCC--ATCGAGGA-ATTGGTAATAAGCA-AC-TTAAATTTG
gi|5 : acatcttcccaccgagaagccaatactattacatcgccactcGGGGAGTCATA-TCG-CCA--AGTAT-T---CCAATAGAAT-T-CAGAA-CA---G-----TCTGCCACTGT-AATGGAAT-ATCATTGCAATGAATTTCATATG-CAAAAT-ATTTT-----CTTTGTTAA-----------------ATAA-AAAAGTATGA----ATGA--A---------TAAG--TT-ACTT---ACTTC--AA--AA--A----CT---------ggggggggggggggggggagtcatatcgccaagtattccaatagaattcagaacagtctgccactgtaatggaatatcattgcaatgaatttcatatgcaaaatattttctttgttaaataaaaaagtatgaatgaataagttacttacttcaaaaactagattatatt
gi|6 : acatcttcccaccgagaagccaatactattacatcgccactcatactctacccaacgtttgaagacagtatgtttaagctggttcatcagtccagttgggttcctttcctttgaacaagtagccaatcccaccacaacacacaatatttacaaactatattaacaacagaaaagatacaaagaagggatatttcgacaagacgacaaacaacaacaccacacaaaatatatatcctttcatcacatatatctcatccaattatacaaatccatacgaaaatagcatgttggggaaaacaacttgggacggatcaaatggctagatgacgcatgtttgaattaatattgaaatcaaaagaattttttattaagagtattgtttacaaaatcttattttgtgaaagggttgcccagtcatcttggcactacatcacattcttgacattgagaaataatgaacaactagtgtggtaattgtcagtgattgaattctatcaattaatttgtgaaacagataaatacactatattttgtaaagatcatttaaaatatttagatttttgatttgttggtattaagacaatatccccgccttctccgctatttcccatcgaggaattggtaataagcaacttaaatttgggggggggggggggAATAAACATTAACATTA-TA-CTC-C-T-AC--A-A-CAC---GT---T-----TGAA---G-ACCACGAGGTTACAC-TT-CCTCATC--GCGT-GGCACCGAAT-C-AC----CA--TTCCCAGCTTGGTCAGTTCGA----TTTCCAATTCCATTGAACATAGTATAGCT--A-CCGGTCACGAAACAACT----------ATTTCAA-AAT-----ATTAA-CG--AGAA-TAGG--------AGGG----TTATTG-C-AGT-CGAAGCCGA----------CG---CG-CCAAA--TGTATAATGCCTTTAT----CGTGTA---TAGTTGGGTAT----TCC--AA-TGTTATAC-AATCAATACG--AACCGATATA-TA-CAATTT------TAACAAACTATTAATATT--T--A-AAA-AAATAA-AACTTGGTG-CGGATTATCATAAT-GCT-GAT---A-TG--CATC--GTCTG----AAT-G-TT--AGAT---AG-TG--------AA------A----T----------TAA--------TTTG--TTACACAGAT-TTATTT-GT--TGTAAAACGTG---------------TCTCACGATTGTAT------CTGC-GTCA-CTA-----ACAAAATATCTTATGACCATTGGAAGAAAATAGTATAAA-A-TATAAC---TT--AG-G-----TACAT-AA-------TT-TCAGTTGA-TCGG--CATTTACACAAAATATCAAATATTATTTT---AAACTTCTATTGTCG-ACAACA-A-TAG-A---TAACAATA-agattatatt
gi|7 : tgtaacatgaacatagtaatacaaatttcatccttcaatttttcaggtgcgatatatttctattataaaaatctattgaataaattattcacggaaacgttactgttttggcattatgtgccttcccacattggccgcttgtttttgttgactctatccctctcctggtgatcgaaaaacgttttgctccgaaGGGT-TCACA-TTAGCC---A--AT-T---TCATTAGGAT-AACAAGAGTT---G-CACTTCT--TACT---AA-GGAAT--TCATTGCA-TGAA-TTCATATG-CAATTTTTATTT-----CTT-----AATAAATTTTTATTTCCTATAATAAAA-TACGA----AACGGAA---------TAAATATT-ACTA----CCTT--TA--AAGAA----CT---------CTATT---TCTT-TGT--T-TAAGAGC------ATGTGGT-----AGATAATCAGTTA---AACC----CT-CTT------CCT---TT--CC-GTGCGGTCATG---TAAAATCA-TGATT-------G-CA------AGT--CAATCCTGGGAATAGC-GAT--AT----G-AA-A-TA-TATTTTAA-AA--GTTTTTA---AAA-AG--CAACA-ATAAAACGAC-AATG----TATATGAAATTGAT----TTCAT--TCAT-A-ACGCATGTGTCANN-NNN-N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAGT-TCCCATTTTAAGAAG----TTTCGATCAGTGAGCGGAGTTTCGGGTTGGTATTC--TTGTTCACATGCGCATTAAT--CGC-TTATTTA-A--ACTATA-GC-C-AG-GCATA---TA-TAGTT-C----AACGAAAGATCT--AC--AACTTCAA-GCAACTTA-CGCC-GCT-TCGgta
gi|8 : tgtatcatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncTGTCACAATCAGCCTCCA--AT-TTACCCATTAAGTTCT-CAGAAGCA---GGCACTTCTGTAACT-TTAATGAAATCATCATTGCAAT-AA-T--------CAATTTTATTTT-----CTT-----A-----------------ATAA-AAAA-TATGA----AACG--AA--------TAAGTATT-ACTA----CCTT--TA--AAG-A----CT---------CT-TT---TGTCCT-T--T-TGAAAGC------ATGCGAT-----AAATAGT-A-TTAGATA-CC----AT-TTT------CCTAGTTC--CC-G---GGTCATG---TAA--TCAGTGATT-----T-T-CT------AAT--CAACCCCGGGAATAGCGGATGAATT--GG-AA-AGTATTCTTCT---AAAAGTGTT-----AAA-AG--C-ACATATAAAACGAC-AAT-----TATGT------GATAATAT---------------GCAT-------------------TTCATGAATGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNAAG--T----TTTTGA--AATGATCGGG--TTCGGGTT-GTATTC--TT-TGCACACGCACACAAGT-ACG--TTG-CTA-AGGACT-TAAGC-CAGG-GCGTAACTTA-TA-CCAA----GACTAAA-ATTT--AC--G---CCAA-G--ACTTA-CGCC-GCT-TCGt
gi|9 : agggttTAGCC--T-CGG-----------AC-----------ATTTTAA-CAA-----ATTAA-CG--AGAA-TAG---------AGGG----TT--TG-C-AGT-CGA---T------------CG---CG-CCAAA--TTTATA-----TCCGT----T-CATG---TAAT---TT-T----TTC--AA-TG--TTAC-AATCAATACG--A--------AATA-C-ATTT------CAAAAAA----TAAAA----T--A-AAATA---AATAACTTGG-G-CGGATCA----AAT-GCT-GATG--A-CG--CATTATGTTTG-TTAAGT-A-TTGCAAATTAAAGAGAGGCAATTTAA------A----TA-TTT--ATATAAAAGT---T-TTGTTTACCA-AAAT-T-ATTT-GT--T-TAAA-GGTT-----------------CCCCAG---CAT------CT---G-CAACTA-----AC---AT-TCT--TGAGCATTG--AGAAAATAAT----G-AAT-TAAC-AATT--TGT------TA-AT-AA-------TT-TCAGCTTA----G--CATTCAC------TAAC-A----TAT------AAA---ATATTGT-G-ACAACACA-TAGCAC--T-AC--TACTATCAT-TCTGTGAAAAAGACTCGG-CCATATCTAGTGTAGTCGAAAAAAAAAT-TCAAGACATTGTAGGA----TTG--ATTAA-A-CAAAACAT-GTC--CCTCTCC-CAGCCATATT--CCCGCATCGAGTG-ATTTGT-ATAA-CAGACTTTGAtgaa
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): CCCCCAGTCGGATTTATGAAAATAAACATTTAAAACTAAACTTAGTAACACCTATATTTGAATAAATAATATTGATATTCTATATCAAAGCCGTGCTTTATCTGTAAAATTGCAAATGAAAAAGAGAATACGAATTAAAAAATGATAAGTGTATAAACAATAATACACAATGTAGGGTTGGGGGGGTGTGAGATAAAAGCATATAATATAATAGTTTTTTGTTTTGTGGCGAACATATCTATTCTAATCTATTGAATAAAATTATCACAAAACTACTGTTTGCAAATGGTCCTCCCATTGCCTTTTTTTTCGCTTTGACACCTTCTCGAAAACTTTTCGAAA
Unaligned ( gi|18 ): CCCCTCGGTATTTACATAGTATATGAAATAAACATTGAAAACATATATTTAGCATCCAATATTTGAAGTAATAATTTGATGTTCATATATGAAAGACATGCACTCTTTCTTTTAATTGCAAATGAACAAGAGAATACAAATATAAATGGGAAAGGTATGATAACCACATTAAACAATATTACTCAATTGGTGGGGGAAAGGGGGGGGGGGGGTCGTCAGATGAATTCAGCGTTTGATTATAAAAACAGTTTTGTTTTGTTCGAATAT
Unaligned ( gi|29 ): ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAT