lowQualScore                  :                              0    111 00 0  11 00 0  444444 1 11 77777777777777 00 0 777777 999 11 22222222 22 2222  0 0 00  0  0  1   
lowQualScore                  :                              .    ... .. .  .. .. .  ...... . .. .............. .. . ...... ... .. ........ .. ....  . . ..  .  .  .   
lowQualScore                  :                              7    111 99 6  55 99 6  666666 3 55 55555555555555 99 6 111111 000 55 99999999 88 0000  6 6 99  7  7  5   
consensus                     :                           GCC-CCCC---T--T-TG--A--A-AA------A-G--A--------------G--G-G------G---C--A--------T--A----TT-G-T--TT-TG-CA-CCT
Reference ( gi|46 )           :                           GCC-CCCC---T--T-TG--A--A-AA------A-G--A--------------G--G-G------G---C--A--------T--A----TT-G-T--TT-TG-CA-CCT
gi|43                         :                           GCC-CCCC---T--T-TG--A--A-AA------A-G--A--------------G--G-G------G---C--A--------TA-A----TT-G----TT-TG-CA-
gi|35                         :                          tGCC-CCCC---T--T-TG--A--A-AA------A-G--A--------------G--G-G------G---G--C--------T--A-----T-G-T--TT-TG-CA-CCTt
gi|50                         :                         atGCC-CCCT---T--T-TG--A--A-AA------A-G--G--------------G--G-A------G---C--A--------T--A----TT-G-T--TT-TG-C
gi|32                         :                         atGCC-TCCC---T--T-TA--A--A-AA------G-G--A--------------G--G-A------G---C--A--------T--A----TT-G-T--TT-CG-CA-CC
gi|16                         :                        tatGCC-CCCC---T--T-TG--A--A-AA------A-A--G--------------G--G-G------G---C--C--------T--A----TTGG-T--TT-TG-CAGCCT
gi|30                         :                          cGCC-CCCC---T--T-TG--A--A-AA------AGG--A--------------G--G-G------G---G--C--------T--A-----T-G-T--TT-TG-CA-CCTgg
gi|19                         :                         atGCC-CCCC---T--T-TG--A--A-AA------A-G--A--------------G--G-ATGCATTG---C--A--------T--A----TT-G-T--AT-TG-CA-
gi|24                         :                           GCT-CCCT---T--T-TG--A--A-AA------G-G--A--------------G--G-G------G---CATA--------T--A----TT-G-T--TT-T
gi|27                         :                       ttatGCC-CCCG---T--C-TA--G--G-AA------A-G--A--------------G--G-G------GG--C--A--------T--A----TT-G-T--TT-TG-CA-ACTtgc
gi|51                         :                          tGCC-CCCC---T--T-TG--A--A-AA------A-G--A--------------GGAG-G------G---C--A-----------A----TT-A-T--TG-TG-C
gi|20                         :                          tGCC-CCCC---T--T-TG--A--A-AA------A-G--A--------------G--G-G------G---C--G--------CGAA----TA-G-G--TT-TG-CG-
gi|7                          :                        tatGCC-CCCC---T--T-----A--A-AA------A-G--AG-------------G--G-G------G---CA-A--------T--G----TT-G-T--TTGTG-CA-t
gi|15                         :                     gtccccGCCACCCC---T--C-TG--C--A-AA------G-A--A--------------G--GAG------G---C--A--------T--G----TT-G-T--TT-TG-TA-ACTtctg
gi|14                         :                        tatGCC-CCCG---T--T-TT--G--A-AT------A-C--A--------------G--G-G------G---C--A--------T--A----AT-G-TGGTT-TG-CA-ACT
gi|28                         :                         tatCC-CCCC---T--T-TG--A--A-AA------A-G--AG-------------G--G-G------G---C--A--------T--AT---TT-G-T--TT-TG-CA-g
gi|44                         :                         tgcCC-CCCC---T--T-TT--A--A-GA------A-G--A--------------G--G-G------A---C--A--------T--A----TT-G-C--TT-TG-CA-CCT
gi|55                         :                            CC-CCCT---T--T-TG--A--A-AA------A-G--A--------------G--G-G------G---C--A--------G--A----TT-G-T--TT-TGACA-g
gi|10                         :                            CC-CCAC---T--T-TG--A--A-AA------A-G-----------------G--G-G------A---C--A--------T--A----TT-G-T--TT-TG-CA-CC
gi|18                         :                  atgccccctcCC-CTCC---T--T-TG--AGGA-AA------A-G--A--------------G--G-GT-----G---C--A--------T--A----TT-G-T--TT-TG-CA-
gi|2                          :                       tccccCC-CCCC---T--T-TG--A--A-AA------A-G--AAGGGGCATAAAAGGG--G-G------G---C--A--------T--A----TT-G-T--TT-TG-CA-CC
gi|68                         :                            CC-CCCT---T--T-TG--A--A-AA------A-G--AG-------------G--G-G------G---C--A--------T--A----TT-G-T--TT-agtct
gi|31                         :                            CC-CTTG---T--T-TG--A--A-AA------A-G--A--------------G--G-G------GG--C--A--------T--A----TT-G-T--TT-TG-CAGCCT
gi|6                          :                            CC-CCGC---TACT-TG--A--A-AA------A-A--A--------------G--G-G------G---C--A--------T--A----TT-A-T--TT-TG-CA-g
gi|12                         :                  ttatgcccccCC-GCCC---C--T-TG--A--A-AA------A-G--AG-------------G--G-G------G---C--A--------TC-A----TT-T-G--TT-TG-CA-CCTac
gi|1                          :                       cccccCT-CCCC---T--T-TGAAA--A-AA------A-G--G--------------G--G-G------G---C--A--------T--A----TT-A-T--T
gi|34                         : atttttatgccccccccccccccccccCT-CCCT---T--T-TG--A--A-AA------A-GGAG--------------G--G-G------G---C--A--------T--A----TT-G-T--GT-Tgt
gi|5                          :                        tcccCC-CTCT---T--T-TG--A--AAAA------A-G--AG-------------G--G-G------G---C--ATATATATTT--A----TT-G-T--TT-TG-CA-ACTag
gi|56                         :                            CC-CCCT---T--T-TG--A--A-TA------C-A--G--------------G--G-G------G---C--A--------TA-A----TT-G----TT-TG-CA-gtt
gi|4                          :                            CC-CCCCTTAT--T-TC--A--A-GA------A-T--T--------------G--G-G------G---C--A--------C--A----TT-G-C--TT-TG-CA-ac
gi|48                         :                    tatgccccCC-TTCC---T--T-GG--A--A-AA------A-G--------------------G-G------T---C--A--------T--A----TT-G-A--AT-TG-CA-CCTaacct
gi|52                         :                             C-CCCC---T--T-TG--A--A-AA------A-G--A--------------G--G-G------G---C--A--------T--A----TT-G-T--TT-TG-CA-gt
gi|26                         :                           tgC-CCCC---T--T-TG--A--A-AAA-----A-G--A--------------G--G-G------G---C--A--------T--A----TT-G-T--TT-TG-CA-CC
gi|45                         :                         tggaC-CCCC---T--T-TG--A--A-AA------A-G--A--------------G--G-GT-----G---C--A--------T--A----TT-G-T--TT-TG-CA-
gi|62                         :                           taC-CCCC---T--T-TG--A--A-AA------G-A--G--------------G--G-G------G---C--A--------T--A----TT-G-T--TT-TG-CA-CCt
gi|58                         :                             C-CCCC---T--T-TG--A--A-AA------A-G--A--------------G--G-G------GG--C--A--------T--A----TT-G----TT-TG-CA-CC
gi|40                         :                             C-CCCC---T--T-TG--A--A-AA------G-A--G--------------G--G-G------G---C-----------T--A----TT-G-T--TT-TG-CA-CCTg
gi|22                         :                          atgC-CCCC---T--T-TG--A--A-AA------AAG--A--------------G--G-G------GG--C--A--------T--A----TT-G-T--TA-TG-CA-CC
gi|29                         :                         atggC-CCCC---T--T-TG--A--A-AAAG----A-G--A--------------G--G-G------A---G--A--------T--A----TT-GAT--TT-TG-CA-CCT
gi|54                         :                             C-TCCC---T--T-TG--A--T-AA------A-G--A--------------G--G-G------GTG-C--A--------T--A----TT-G-T--TT-TG-CA-g
gi|39                         :                             C-CCCC---T--T-TG--A--A-AA------A-G--A--------------G--G-GT-----G---C--A--------T--A----TT-G-T--Tg
gi|21                         :                    cccccccctC-CCTC---T--T-TG--A--A-AA------A-GT-A--------------G--G-G------G---T-----------C--A----TT-G-T--TT-TG-CA-CCT
gi|37                         :                         atggC-TCCC---T--T-TG--A--A-AA------G-G--A--------------G--G-G------GGCAT--A--------T--A----TT-G-T--TT-TG-CA-a
gi|36                         :                          atgC-CCCC---T--T-TA--G--A-AA------A-A--C--------------G--G-G------G---C--A--------C--A----TT-G-T--TT-TG-CA-ACT
gi|60                         :                          tagC-CTCC---T--T-TG--A--A-AA--------G--A--------------G--G-G------G---C--------------A----TT-G-T--TT-TG-CA-
gi|67                         :                           tgC-CCCC---T--T-TGA-A--A-AA------A-G--A--------------G--G-GT-----G---C--A--------T--A----TT-G-T--acc
gi|23                         :                          cctC-CCCA---T--T-TG--A--A-AA------A-G--A-----------------G-T------G---C--A--------T--AATTGCT-G-T--TT-TG-CA-
gi|11                         :                         tatgC-CTCC---T--T-TG--A--A-AAA-----A-G--A--------------G--G-G------GC--C--A--------T--G----TT---T--TT-TG-
gi|61                         :                 tgggatgtgattg-CCCC---T--T-TG--A--A-AA--------G--A--------------G--G-G------G---C-----------T--A----TT-G-T--TT-TG-CA-CCT
gi|17                         :                            tg-CCCC---T--T-TG--A--A-AA------A-G--A--------------G--A-ATTATT-G---C--A--------T--A----TT-G-T--TT-TG-CA-CC
gi|38                         :                          gtgt-CTCC---T--T-TG--A--A-AA------A-G--A--------------G--G-G------G---A--A--------T--A----TT-A-T--TT-TG-C
gi|13                         :                      gtgattgt-CCCC---T--T-TG--A--A-AACGAGGGA-G--A--------------G--G-G------GG--C--A--------T--A----TT-G-T--TT-TG-CA-ACT
gi|53                         :                             t-CCCC---C--T-TG--A--A-AA------T-T--A--------------G--G-G------GA--C--A--------T--A----TT-G-T--TT-TG-CA-TCTg
gi|41                         :                              -CCCC---T--T-TG--A--A-AA------A-A--A--------------A--A-GAGT---G---C--A--------T--T----TT-G-C--TT-TG-CA-CCT
gi|33                         :                              -CCCC---T--TGCG--A--A-AA------A-A--A--------------G--G-G------GG--C--G--------T--G----TT-G-G--TT-TG-CA-
gi|47                         :                         ttatg-CCCT---T--T-TG--A--A-AA------A-G--AG-------------G--G-G------G---C--AG-------T--A----TA-T-T--CT-TG-C--CCT
gi|49                         :                              -CTCC---A--C-TG--C--A-AA------T-A--A--------------G--A-G------G---C--A--------T--A----TC-G-G--TT-TG-CA-CCTg
gi|59                         :                                CCC---C--T-TG--A--A-AA------A-G--A--------------G--G-G------GG--C--A--------T--A----TT-G-T--TT-TG-CA-CCgc
gi|65                         :                               gCCC---T--T-TG--A--G-AA------A-G--A--------------G--G-G------GG--C--A--------T--A----TT-G----TT-TG-CA-CCT
gi|42                         :                                CCC---T--T-TG--A--A-AT------A----A--------------G--G-G------G---C--A--------T--A----TT-G-T--TT-GG-CA-
gi|63                         :                         ttatgtaCCC---T--T-TG--A--A-AAG-----A-A--G--------------G--G-G------G---C--A--------T--A-----T-G-T--TA-TG-CA-ACT
gi|64                         :                                 CC---C--T-TG--A--A-AA------A----A--------------G--G-G------T---C--A--------T--A----TT-G-G--TT-TG-CA-CCTg
gi|25                         :                               tgCC---C--T-TG--A--A-AA------A----A--------------G--G-G------T---C--A--------T--A----TT-G-G--TT-TG-CA-CCTg
gi|57                         :                                         tcatatg--A-AA------A-G--A--------------G--G-G------GG--C--A--------T--A----TT-G-T--TT-TG-CA-ACTgc
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|3 ): AATACCCCCCTTTTAAAATAGGAAATATAGTGGTTTGCACTATCAGTCGGTC
Unaligned ( gi|8 ): TCATTTTTTATGTGATTGTCTACTTTGAAAAGAGACCATTTATTCTGC
Unaligned ( gi|9 ): TTTTGGATGTGATTGTCTCTTTTGCAAACGAGGGGCCATGTTTTTGG
Unaligned ( gi|66 ): CCCCCCCCCCCCTTTGAAAATAAGGTTTGCACCT






Alignments
lowQualScore                  :                              0    111 00 0  11 00 0  444444 1 11 77777777777777 00 0 777777 888 11 22222222 22 2222  0 0 00  0  0  1   
lowQualScore                  :                              .    ... .. .  .. .. .  ...... . .. .............. .. . ...... ... .. ........ .. ....  . . ..  .  .  .   
lowQualScore                  :                              7    111 99 6  55 99 6  555555 2 55 44444444444444 99 6 000000 888 55 99999999 77 0000  6 6 99  7  7  5   
consensus                     :                           GCC-CCCC---T--T-TG--A--A-AA------A-G--A--------------G--G-G------G---C--A--------T--A----TT-G-T--TT-TG-CA-CCT
Reference ( family-1454 )     :                           GCC-CCCC---T--T-TG--A--A-AA------A-G--A--------------G--G-G------G---C--A--------T--A----TT-G-T--TT-TG-CA-CCT
gi|1                          :                            CT-CCCC---T--T-TGAAA--A-AA------A-G--G--------------G--G-G------G---C--A--------T--A----TT-A-T--T
gi|10                         : atttttatgccccccccccccccccccCC-CCAC---T--T-TG--A--A-AA------A-G-----------------G--G-G------A---C--A--------T--A----TT-G-T--TT-TG-CA-CCgt
gi|11                         :                   atgccccctcC-CTCC---T--T-TG--A--A-AAA-----A-G--A--------------G--G-G------GC--C--A--------T--G----TT---T--TT-TG-
gi|12                         :               tgggatgtgattgCC-GCCC---C--T-TG--A--A-AA------A-G--AG-------------G--G-G------G---C--A--------TC-A----TT-T-G--TT-TG-CA-CCT
gi|13                         :                         ccccc-CCCC---T--T-TG--A--A-AACGAGGGA-G--A--------------G--G-G------GG--C--A--------T--A----TT-G-T--TT-TG-CA-ACT
gi|14                         :                          tGCC-CCCG---T--T-TT--G--A-AT------A-C--A--------------G--G-G------G---C--A--------T--A----AT-G-TGGTT-TG-CA-ACTg
gi|15                         :                        tatGCCACCCC---T--C-TG--C--A-AA------G-A--A--------------G--GAG------G---C--A--------T--G----TT-G-T--TT-TG-TA-ACTg
gi|16                         :                        tatGCC-CCCC---T--T-TG--A--A-AA------A-A--G--------------G--G-G------G---C--C--------T--A----TTGG-T--TT-TG-CAGCCT
gi|17                         :                             c-CCCC---T--T-TG--A--A-AA------A-G--A--------------G--A-ATTATT-G---C--A--------T--A----TT-G-T--TT-TG-CA-CCgg
gi|18                         :                        gtgtCC-CTCC---T--T-TG--AGGA-AA------A-G--A--------------G--G-GT-----G---C--A--------T--A----TT-G-T--TT-TG-CA-
gi|19                         :                      tccccGCC-CCCC---T--T-TG--A--A-AA------A-G--A--------------G--G-ATGCATTG---C--A--------T--A----TT-G-T--AT-TG-CA-
gi|2                          :                            CC-CCCC---T--T-TG--A--A-AA------A-G--AAGGGGCATAAAAGGG--G-G------G---C--A--------T--A----TT-G-T--TT-TG-CA-CC
gi|20                         :                           GCC-CCCC---T--T-TG--A--A-AA------A-G--A--------------G--G-G------G---C--G--------CGAA----TA-G-G--TT-TG-CG-agtct
gi|21                         :                          tatC-CCTC---T--T-TG--A--A-AA------A-GT-A--------------G--G-G------G---T-----------C--A----TT-G-T--TT-TG-CA-CCTt
gi|22                         :                         atggC-CCCC---T--T-TG--A--A-AA------AAG--A--------------G--G-G------GG--C--A--------T--A----TT-G-T--TA-TG-CA-CCa
gi|23                         :                         atggC-CCCA---T--T-TG--A--A-AA------A-G--A-----------------G-T------G---C--A--------T--AATTGCT-G-T--TT-TG-CA-
gi|24                         :                       tatgGCT-CCCT---T--T-TG--A--A-AA------G-G--A--------------G--G-G------G---CATA--------T--A----TT-G-T--TT-T
gi|25                         :                             ttatCC---C--T-TG--A--A-AA------A----A--------------G--G-G------T---C--A--------T--A----TT-G-G--TT-TG-CA-CCTtgc
gi|26                         :                      tcatatgC-CCCC---T--T-TG--A--A-AAA-----A-G--A--------------G--G-G------G---C--A--------T--A----TT-G-T--TT-TG-CA-CCgc
gi|27                         :                       tggaGCC-CCCG---T--C-TA--G--G-AA------A-G--A--------------G--G-G------GG--C--A--------T--A----TT-G-T--TT-TG-CA-ACT
gi|28                         :                           tCC-CCCC---T--T-TG--A--A-AA------A-G--AG-------------G--G-G------G---C--A--------T--AT---TT-G-T--TT-TG-CA-
gi|29                         :                          tgcC-CCCC---T--T-TG--A--A-AAAG----A-G--A--------------G--G-G------A---G--A--------T--A----TT-GAT--TT-TG-CA-CCT
gi|30                         :                           GCC-CCCC---T--T-TG--A--A-AA------AGG--A--------------G--G-G------G---G--C--------T--A-----T-G-T--TT-TG-CA-CCTg
gi|31                         :                          atCC-CTTG---T--T-TG--A--A-AA------A-G--A--------------G--G-G------GG--C--A--------T--A----TT-G-T--TT-TG-CAGCCT
gi|32                         :                           GCC-TCCC---T--T-TA--A--A-AA------G-G--A--------------G--G-A------G---C--A--------T--A----TT-G-T--TT-CG-CA-CCg
gi|33                         :                           tat-CCCC---T--TGCG--A--A-AA------A-A--A--------------G--G-G------GG--C--G--------T--G----TT-G-G--TT-TG-CA-
gi|34                         :                       ttatgCT-CCCT---T--T-TG--A--A-AA------A-GGAG--------------G--G-G------G---C--A--------T--A----TT-G-T--GT-T
gi|35                         :                       tcccGCC-CCCC---T--T-TG--A--A-AA------A-G--A--------------G--G-G------G---G--C--------T--A-----T-G-T--TT-TG-CA-CCTag
gi|36                         :                           atC-CCCC---T--T-TA--G--A-AA------A-A--C--------------G--G-G------G---C--A--------C--A----TT-G-T--TT-TG-CA-ACT
gi|37                         :                          tagC-TCCC---T--T-TG--A--A-AA------G-G--A--------------G--G-G------GGCAT--A--------T--A----TT-G-T--TT-TG-CA-
gi|38                         :                           atg-CTCC---T--T-TG--A--A-AA------A-G--A--------------G--G-G------G---A--A--------T--A----TT-A-T--TT-TG-C
gi|39                         :                     gtgattgtC-CCCC---T--T-TG--A--A-AA------A-G--A--------------G--G-GT-----G---C--A--------T--A----TT-G-T--T
gi|4                          :                   cccccccctCC-CCCCTTAT--T-TC--A--A-GA------A-T--T--------------G--G-G------G---C--A--------C--A----TT-G-C--TT-TG-CA-
gi|40                         :                     tatgccccC-CCCC---T--T-TG--A--A-AA------G-A--G--------------G--G-G------G---C-----------T--A----TT-G-T--TT-TG-CA-CCTaacct
gi|41                         :                           atg-CCCC---T--T-TG--A--A-AA------A-A--A--------------A--A-GAGT---G---C--A--------T--T----TT-G-C--TT-TG-CA-CCT
gi|42                         :                                CCC---T--T-TG--A--A-AT------A----A--------------G--G-G------G---C--A--------T--A----TT-G-T--TT-GG-CA-
gi|43                         :                    ttatgtaGCC-CCCC---T--T-TG--A--A-AA------A-G--A--------------G--G-G------G---C--A--------TA-A----TT-G----TT-TG-CA-
gi|44                         :                           tCC-CCCC---T--T-TT--A--A-GA------A-G--A--------------G--G-G------A---C--A--------T--A----TT-G-C--TT-TG-CA-CCTt
gi|45                         :                             C-CCCC---T--T-TG--A--A-AA------A-G--A--------------G--G-GT-----G---C--A--------T--A----TT-G-T--TT-TG-CA-g
gi|46                         :                         taGCC-CCCC---T--T-TG--A--A-AA------A-G--A--------------G--G-G------G---C--A--------T--A----TT-G-T--TT-TG-CA-CCTt
gi|47                         :                              -CCCT---T--T-TG--A--A-AA------A-G--AG-------------G--G-G------G---C--AG-------T--A----TA-T-T--CT-TG-C--CCT
gi|48                         :                            CC-TTCC---T--T-GG--A--A-AA------A-G--------------------G-G------T---C--A--------T--A----TT-G-A--AT-TG-CA-CCTg
gi|49                         :                              -CTCC---A--C-TG--C--A-AA------T-A--A--------------G--A-G------G---C--A--------T--A----TC-G-G--TT-TG-CA-CCTgt
gi|5                          :                            CC-CTCT---T--T-TG--A--AAAA------A-G--AG-------------G--G-G------G---C--ATATATATTT--A----TT-G-T--TT-TG-CA-ACTgc
gi|50                         :                           GCC-CCCT---T--T-TG--A--A-AA------A-G--G--------------G--G-A------G---C--A--------T--A----TT-G-T--TT-TG-Cgtt
gi|51                         :                         atGCC-CCCC---T--T-TG--A--A-AA------A-G--A--------------GGAG-G------G---C--A-----------A----TT-A-T--TG-TG-C
gi|52                         :                            tC-CCCC---T--T-TG--A--A-AA------A-G--A--------------G--G-G------G---C--A--------T--A----TT-G-T--TT-TG-CA-
gi|53                         :                            tg-CCCC---C--T-TG--A--A-AA------T-T--A--------------G--G-G------GA--C--A--------T--A----TT-G-T--TT-TG-CA-TCT
gi|54                         :                             C-TCCC---T--T-TG--A--T-AA------A-G--A--------------G--G-G------GTG-C--A--------T--A----TT-G-T--TT-TG-CA-
gi|55                         :                            CC-CCCT---T--T-TG--A--A-AA------A-G--A--------------G--G-G------G---C--A--------G--A----TT-G-T--TT-TGACA-g
gi|56                         :                            CC-CCCT---T--T-TG--A--A-TA------C-A--G--------------G--G-G------G---C--A--------TA-A----TT-G----TT-TG-CA-
gi|57                         :                                                --A-AA------A-G--A--------------G--G-G------GG--C--A--------T--A----TT-G-T--TT-TG-CA-ACTac
gi|58                         :                    accacttatC-CCCC---T--T-TG--A--A-AA------A-G--A--------------G--G-G------GG--C--A--------T--A----TT-G----TT-TG-CA-CC
gi|59                         :                                CCC---C--T-TG--A--A-AA------A-G--A--------------G--G-G------GG--C--A--------T--A----TT-G-T--TT-TG-CA-CCg
gi|6                          :                           gCC-CCGC---TACT-TG--A--A-AA------A-A--A--------------G--G-G------G---C--A--------T--A----TT-A-T--TT-TG-CA-
gi|60                         :                   ttatgcccccC-CTCC---T--T-TG--A--A-AA--------G--A--------------G--G-G------G---C--------------A----TT-G-T--TT-TG-CA-ac
gi|61                         :                            tg-CCCC---T--T-TG--A--A-AA--------G--A--------------G--G-G------G---C-----------T--A----TT-G-T--TT-TG-CA-CCTacc
gi|62                         :                           tgC-CCCC---T--T-TG--A--A-AA------G-A--G--------------G--G-G------G---C--A--------T--A----TT-G-T--TT-TG-CA-CC
gi|63                         :                                CCC---T--T-TG--A--A-AAG-----A-A--G--------------G--G-G------G---C--A--------T--A-----T-G-T--TA-TG-CA-ACT
gi|64                         :                                 CC---C--T-TG--A--A-AA------A----A--------------G--G-G------T---C--A--------T--A----TT-G-G--TT-TG-CA-CCTg
gi|65                         :                              tgCCC---T--T-TG--A--G-AA------A-G--A--------------G--G-G------GG--C--A--------T--A----TT-G----TT-TG-CA-CCTg
gi|67                         :                             C-CCCC---T--T-TGA-A--A-AA------A-G--A--------------G--G-GT-----G---C--A--------T--A----TT-G-T--
gi|68                         :                         cctCC-CCCT---T--T-TG--A--A-AA------A-G--AG-------------G--G-G------G---C--A--------T--A----TT-G-T--TT-
gi|7                          :                           GCC-CCCC---T--T-----A--A-AA------A-G--AG-------------G--G-G------G---CA-A--------T--G----TT-G-T--TTGTG-CA-
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|3 ): AATACCCCCCTTTTAAAATAGGAAATATAGTGGTTTGCACTATCAGTCGGTC
Unaligned ( gi|8 ): TCATTTTTTATGTGATTGTCTACTTTGAAAAGAGACCATTTATTCTGC
Unaligned ( gi|9 ): TTTTGGATGTGATTGTCTCTTTTGCAAACGAGGGGCCATGTTTTTGG
Unaligned ( gi|66 ): CCCCCCCCCCCCTTTGAAAATAAGGTTTGCACCT






Alignments
lowQualScore                  :                              0    111 00 0  11 00 0  444444 1 11 77777777777777 00 0 777777 888 11 22222222 22 2222  0 0 00  0  0  1   
lowQualScore                  :                              .    ... .. .  .. .. .  ...... . .. .............. .. . ...... ... .. ........ .. ....  . . ..  .  .  .   
lowQualScore                  :                              7    111 99 6  55 99 6  555555 2 55 44444444444444 99 6 000000 888 55 99999999 77 0000  6 6 99  7  7  5   
consensus                     :                           GCC-CCCC---T--T-TG--A--A-AA------A-G--A--------------G--G-G------G---C--A--------T--A----TT-G-T--TT-TG-CA-CCT
Reference ( family-1454 )     :                           GCC-CCCC---T--T-TG--A--A-AA------A-G--A--------------G--G-G------G---C--A--------T--A----TT-G-T--TT-TG-CA-CCT
gi|1                          :                            CT-CCCC---T--T-TGAAA--A-AA------A-G--G--------------G--G-G------G---C--A--------T--A----TT-A-T--T
gi|10                         : atttttatgccccccccccccccccccCC-CCAC---T--T-TG--A--A-AA------A-G-----------------G--G-G------A---C--A--------T--A----TT-G-T--TT-TG-CA-CCgt
gi|11                         :                   atgccccctcC-CTCC---T--T-TG--A--A-AAA-----A-G--A--------------G--G-G------GC--C--A--------T--G----TT---T--TT-TG-
gi|12                         :               tgggatgtgattgCC-GCCC---C--T-TG--A--A-AA------A-G--AG-------------G--G-G------G---C--A--------TC-A----TT-T-G--TT-TG-CA-CCT
gi|13                         :                         ccccc-CCCC---T--T-TG--A--A-AACGAGGGA-G--A--------------G--G-G------GG--C--A--------T--A----TT-G-T--TT-TG-CA-ACT
gi|14                         :                          tGCC-CCCG---T--T-TT--G--A-AT------A-C--A--------------G--G-G------G---C--A--------T--A----AT-G-TGGTT-TG-CA-ACTg
gi|15                         :                        tatGCCACCCC---T--C-TG--C--A-AA------G-A--A--------------G--GAG------G---C--A--------T--G----TT-G-T--TT-TG-TA-ACTg
gi|16                         :                        tatGCC-CCCC---T--T-TG--A--A-AA------A-A--G--------------G--G-G------G---C--C--------T--A----TTGG-T--TT-TG-CAGCCT
gi|17                         :                             c-CCCC---T--T-TG--A--A-AA------A-G--A--------------G--A-ATTATT-G---C--A--------T--A----TT-G-T--TT-TG-CA-CCgg
gi|18                         :                        gtgtCC-CTCC---T--T-TG--AGGA-AA------A-G--A--------------G--G-GT-----G---C--A--------T--A----TT-G-T--TT-TG-CA-
gi|19                         :                      tccccGCC-CCCC---T--T-TG--A--A-AA------A-G--A--------------G--G-ATGCATTG---C--A--------T--A----TT-G-T--AT-TG-CA-
gi|2                          :                            CC-CCCC---T--T-TG--A--A-AA------A-G--AAGGGGCATAAAAGGG--G-G------G---C--A--------T--A----TT-G-T--TT-TG-CA-CC
gi|20                         :                           GCC-CCCC---T--T-TG--A--A-AA------A-G--A--------------G--G-G------G---C--G--------CGAA----TA-G-G--TT-TG-CG-agtct
gi|21                         :                          tatC-CCTC---T--T-TG--A--A-AA------A-GT-A--------------G--G-G------G---T-----------C--A----TT-G-T--TT-TG-CA-CCTt
gi|22                         :                         atggC-CCCC---T--T-TG--A--A-AA------AAG--A--------------G--G-G------GG--C--A--------T--A----TT-G-T--TA-TG-CA-CCa
gi|23                         :                         atggC-CCCA---T--T-TG--A--A-AA------A-G--A-----------------G-T------G---C--A--------T--AATTGCT-G-T--TT-TG-CA-
gi|24                         :                       tatgGCT-CCCT---T--T-TG--A--A-AA------G-G--A--------------G--G-G------G---CATA--------T--A----TT-G-T--TT-T
gi|25                         :                             ttatCC---C--T-TG--A--A-AA------A----A--------------G--G-G------T---C--A--------T--A----TT-G-G--TT-TG-CA-CCTtgc
gi|26                         :                      tcatatgC-CCCC---T--T-TG--A--A-AAA-----A-G--A--------------G--G-G------G---C--A--------T--A----TT-G-T--TT-TG-CA-CCgc
gi|27                         :                       tggaGCC-CCCG---T--C-TA--G--G-AA------A-G--A--------------G--G-G------GG--C--A--------T--A----TT-G-T--TT-TG-CA-ACT
gi|28                         :                           tCC-CCCC---T--T-TG--A--A-AA------A-G--AG-------------G--G-G------G---C--A--------T--AT---TT-G-T--TT-TG-CA-
gi|29                         :                          tgcC-CCCC---T--T-TG--A--A-AAAG----A-G--A--------------G--G-G------A---G--A--------T--A----TT-GAT--TT-TG-CA-CCT
gi|30                         :                           GCC-CCCC---T--T-TG--A--A-AA------AGG--A--------------G--G-G------G---G--C--------T--A-----T-G-T--TT-TG-CA-CCTg
gi|31                         :                          atCC-CTTG---T--T-TG--A--A-AA------A-G--A--------------G--G-G------GG--C--A--------T--A----TT-G-T--TT-TG-CAGCCT
gi|32                         :                           GCC-TCCC---T--T-TA--A--A-AA------G-G--A--------------G--G-A------G---C--A--------T--A----TT-G-T--TT-CG-CA-CCg
gi|33                         :                           tat-CCCC---T--TGCG--A--A-AA------A-A--A--------------G--G-G------GG--C--G--------T--G----TT-G-G--TT-TG-CA-
gi|34                         :                       ttatgCT-CCCT---T--T-TG--A--A-AA------A-GGAG--------------G--G-G------G---C--A--------T--A----TT-G-T--GT-T
gi|35                         :                       tcccGCC-CCCC---T--T-TG--A--A-AA------A-G--A--------------G--G-G------G---G--C--------T--A-----T-G-T--TT-TG-CA-CCTag
gi|36                         :                           atC-CCCC---T--T-TA--G--A-AA------A-A--C--------------G--G-G------G---C--A--------C--A----TT-G-T--TT-TG-CA-ACT
gi|37                         :                          tagC-TCCC---T--T-TG--A--A-AA------G-G--A--------------G--G-G------GGCAT--A--------T--A----TT-G-T--TT-TG-CA-
gi|38                         :                           atg-CTCC---T--T-TG--A--A-AA------A-G--A--------------G--G-G------G---A--A--------T--A----TT-A-T--TT-TG-C
gi|39                         :                     gtgattgtC-CCCC---T--T-TG--A--A-AA------A-G--A--------------G--G-GT-----G---C--A--------T--A----TT-G-T--T
gi|4                          :                   cccccccctCC-CCCCTTAT--T-TC--A--A-GA------A-T--T--------------G--G-G------G---C--A--------C--A----TT-G-C--TT-TG-CA-
gi|40                         :                     tatgccccC-CCCC---T--T-TG--A--A-AA------G-A--G--------------G--G-G------G---C-----------T--A----TT-G-T--TT-TG-CA-CCTaacct
gi|41                         :                           atg-CCCC---T--T-TG--A--A-AA------A-A--A--------------A--A-GAGT---G---C--A--------T--T----TT-G-C--TT-TG-CA-CCT
gi|42                         :                                CCC---T--T-TG--A--A-AT------A----A--------------G--G-G------G---C--A--------T--A----TT-G-T--TT-GG-CA-
gi|43                         :                    ttatgtaGCC-CCCC---T--T-TG--A--A-AA------A-G--A--------------G--G-G------G---C--A--------TA-A----TT-G----TT-TG-CA-
gi|44                         :                           tCC-CCCC---T--T-TT--A--A-GA------A-G--A--------------G--G-G------A---C--A--------T--A----TT-G-C--TT-TG-CA-CCTt
gi|45                         :                             C-CCCC---T--T-TG--A--A-AA------A-G--A--------------G--G-GT-----G---C--A--------T--A----TT-G-T--TT-TG-CA-g
gi|46                         :                         taGCC-CCCC---T--T-TG--A--A-AA------A-G--A--------------G--G-G------G---C--A--------T--A----TT-G-T--TT-TG-CA-CCTt
gi|47                         :                              -CCCT---T--T-TG--A--A-AA------A-G--AG-------------G--G-G------G---C--AG-------T--A----TA-T-T--CT-TG-C--CCT
gi|48                         :                            CC-TTCC---T--T-GG--A--A-AA------A-G--------------------G-G------T---C--A--------T--A----TT-G-A--AT-TG-CA-CCTg
gi|49                         :                              -CTCC---A--C-TG--C--A-AA------T-A--A--------------G--A-G------G---C--A--------T--A----TC-G-G--TT-TG-CA-CCTgt
gi|5                          :                            CC-CTCT---T--T-TG--A--AAAA------A-G--AG-------------G--G-G------G---C--ATATATATTT--A----TT-G-T--TT-TG-CA-ACTgc
gi|50                         :                           GCC-CCCT---T--T-TG--A--A-AA------A-G--G--------------G--G-A------G---C--A--------T--A----TT-G-T--TT-TG-Cgtt
gi|51                         :                         atGCC-CCCC---T--T-TG--A--A-AA------A-G--A--------------GGAG-G------G---C--A-----------A----TT-A-T--TG-TG-C
gi|52                         :                            tC-CCCC---T--T-TG--A--A-AA------A-G--A--------------G--G-G------G---C--A--------T--A----TT-G-T--TT-TG-CA-
gi|53                         :                            tg-CCCC---C--T-TG--A--A-AA------T-T--A--------------G--G-G------GA--C--A--------T--A----TT-G-T--TT-TG-CA-TCT
gi|54                         :                             C-TCCC---T--T-TG--A--T-AA------A-G--A--------------G--G-G------GTG-C--A--------T--A----TT-G-T--TT-TG-CA-
gi|55                         :                            CC-CCCT---T--T-TG--A--A-AA------A-G--A--------------G--G-G------G---C--A--------G--A----TT-G-T--TT-TGACA-g
gi|56                         :                            CC-CCCT---T--T-TG--A--A-TA------C-A--G--------------G--G-G------G---C--A--------TA-A----TT-G----TT-TG-CA-
gi|57                         :                                                --A-AA------A-G--A--------------G--G-G------GG--C--A--------T--A----TT-G-T--TT-TG-CA-ACTac
gi|58                         :                    accacttatC-CCCC---T--T-TG--A--A-AA------A-G--A--------------G--G-G------GG--C--A--------T--A----TT-G----TT-TG-CA-CC
gi|59                         :                                CCC---C--T-TG--A--A-AA------A-G--A--------------G--G-G------GG--C--A--------T--A----TT-G-T--TT-TG-CA-CCg
gi|6                          :                           gCC-CCGC---TACT-TG--A--A-AA------A-A--A--------------G--G-G------G---C--A--------T--A----TT-A-T--TT-TG-CA-
gi|60                         :                   ttatgcccccC-CTCC---T--T-TG--A--A-AA--------G--A--------------G--G-G------G---C--------------A----TT-G-T--TT-TG-CA-ac
gi|61                         :                            tg-CCCC---T--T-TG--A--A-AA--------G--A--------------G--G-G------G---C-----------T--A----TT-G-T--TT-TG-CA-CCTacc
gi|62                         :                           tgC-CCCC---T--T-TG--A--A-AA------G-A--G--------------G--G-G------G---C--A--------T--A----TT-G-T--TT-TG-CA-CC
gi|63                         :                                CCC---T--T-TG--A--A-AAG-----A-A--G--------------G--G-G------G---C--A--------T--A-----T-G-T--TA-TG-CA-ACT
gi|64                         :                                 CC---C--T-TG--A--A-AA------A----A--------------G--G-G------T---C--A--------T--A----TT-G-G--TT-TG-CA-CCTg
gi|65                         :                              tgCCC---T--T-TG--A--G-AA------A-G--A--------------G--G-G------GG--C--A--------T--A----TT-G----TT-TG-CA-CCTg
gi|67                         :                             C-CCCC---T--T-TGA-A--A-AA------A-G--A--------------G--G-GT-----G---C--A--------T--A----TT-G-T--
gi|68                         :                         cctCC-CCCT---T--T-TG--A--A-AA------A-G--AG-------------G--G-G------G---C--A--------T--A----TT-G-T--TT-
gi|7                          :                           GCC-CCCC---T--T-----A--A-AA------A-G--AG-------------G--G-G------G---CA-A--------T--G----TT-G-T--TTGTG-CA-


blockSeqs                     :                                   TTA       A        CGAGGG A GA AGGGGCATAAAAGG      TGCATT GCA AT TATATATT GA ATTG                G
blockSeqs                     :                                   .         .        AG     G T  G                   TTATT  TG  A  G        C  T                   G
blockSeqs                     :                                   .         .        A      . .  G                   AGT    C   .  .        A  .                   .
blockSeqs                     :                                   .         .        A      . .  G                   T      G   .  .        A  .                   .
blockSeqs                     :                                   .         .        G      . .  G                   T      G   .  .        .  .                   .
blockSeqs                     :                                   .         .        .      . .  G                   T      G   .  .        .  .                   .
blockSeqs                     :                                   .         .        .      . .  G                   T      G   .  .        .  .                   .
blockSeqs                     :                                   .         .        .      . .  .                   .      G   .  .        .  .                   .
blockSeqs                     :                                   .         .        .      . .  .                   .      A   .  .        .  .                   .
blockSeqs                     :                                   .         .        .      . .  .                   .      G   .  .        .  .                   .
blockSeqs                     :                                   .         .        .      . .  .                   .      G   .  .        .  .                   .
blockSeqs                     :                                   .         .        .      . .  .                   .      G   .  .        .  .                   .
blockSeqs                     :                                   .         .        .      . .  .                   .      G   .  .        .  .                   .
blockSeqs                     :                                   .         .        .      . .  .                   .      .   .  .        .  .                   .
blockSeqs                     :                                   .         .        .      . .  .                   .      .   .  .        .  .                   .
blockSeqs                     :                                   .         .        .      . .  .                   .      .   .  .        .  .                   .
blockSeqs                     :                                   .         .        .      . .  .                   .      .   .  .        .  .                   .
blockSeqs                     :                                   .         .        .      . .  .                   .      .   .  .        .  .                   .
blockSeqs                     :                                   .         .        .      . .  .                   .      .   .  .        .  .                   .
blockSeqs                     :                                   .         .        .      . .  .                   .      .   .  .        .  .                   .
blockSeqs                     :                                   .         .        .      . .  .                   .      .   .  .        .  .                   .
blockSeqs                     :                                   .         .        .      . .  .                   .      .   .  .        .  .                   .
blockSeqs                     :                                   .         .        .      . .  .                   .      .   .  .        .  .                   .
blockSeqs                     :                                   .         .        .      . .  .                   .      .   .  .        .  .                   .
blockSeqs                     :                                   .         .        .      . .  .                   .      .   .  .        .  .                   .
blockSeqs                     :                                   .         .        .      . .  .                   .      .   .  .        .  .                   .
blockSeqs                     :                                   .         .        .      . .  .                   .      .   .  .        .  .                   .
blockSeqs                     :                                   .         .        .      . .  .                   .      .   .  .        .  .                   .
blockSeqs                     :                                   .         .        .      . .  .                   .      .   .  .        .  .                   .
blockSeqs                     :                                   .         .        .      . .  .                   .      .   .  .        .  .                   .
blockSeqs                     :                                   .         .        .      . .  .                   .      .   .  .        .  .                   .
blockSeqs                     :                                   .         .        .      . .  .                   .      .   .  .        .  .                   .
blockSeqs                     :                                   .         .        .      . .  .                   .      .   .  .        .  .                   .
blockSeqs                     :                                   .         .        .      . .  .                   .      .   .  .        .  .                   .
blockSeqs                     :                                   .         .        .      . .  .                   .      .   .  .        .  .                   .
blockSeqs                     :                                   .         .        .      . .  .                   .      .   .  .        .  .                   .
blockSeqs                     :                                   .         .        .      . .  .                   .      .   .  .        .  .                   .
blockSeqs                     :                                   .         .        .      . .  .                   .      .   .  .        .  .                   .
blockSeqs                     :                                   .         .        .      . .  .                   .      .   .  .        .  .                   .
blockSeqs                     :                                   .         .        .      . .  .                   .      .   .  .        .  .                   .
blockSeqs                     :                                   .         .        .      . .  .                   .      .   .  .        .  .                   .
blockSeqs                     :                                   .         .        .      . .  .                   .      .   .  .        .  .                   .
blockSeqs                     :                                   .         .        .      . .  .                   .      .   .  .        .  .                   .
blockSeqs                     :                                   .         .        .      . .  .                   .      .   .  .        .  .                   .
blockSeqs                     :                                   .         .        .      . .  .                   .      .   .  .        .  .                   .
blockSeqs                     :                                   .         .        .      . .  .                   .      .   .  .        .  .                   .
blockSeqs                     :                                   .         .        .      . .  .                   .      .   .  .        .  .                   .
blockSeqs                     :                                   .         .        .      . .  .                   .      .   .  .        .  .                   .
blockSeqs                     :                                   .         .        .      . .  .                   .      .   .  .        .  .                   .
blockSeqs                     :                                   .         .        .      . .  .                   .      .   .  .        .  .                   .
blockSeqs                     :                                   .         .        .      . .  .                   .      .   .  .        .  .                   .
blockSeqs                     :                                   .         .        .      . .  .                   .      .   .  .        .  .                   .
blockSeqs                     :                                   .         .        .      . .  .                   .      .   .  .        .  .                   .
blockSeqs                     :                                   .         .        .      . .  .                   .      .   .  .        .  .                    
blockSeqs                     :                                   .         .        .      . .  .                   .      .   .  .        .  .                    
blockSeqs                     :                                   .         .        .      . .  .                   .      .   .  .        .  .                    
blockSeqs                     :                                   .         .        .      . .  .                   .      .   .  .        .  .                    
blockSeqs                     :                                   .         .        .      . .  .                   .      .   .  .        .  .                    
blockSeqs                     :                                   .         .        .      . .  .                   .      .   .  .        .  .                    
blockSeqs                     :                                   .         .        .      . .  .                   .      .   .  .        .  .                    
blockSeqs                     :                                   .         .        .      . .  .                   .      .   .  .        .  .                    
blockSeqs                     :                                   .         .        .      . .  .                   .      .   .  .        .  .                    
blockSeqs                     :                                                      .      . .  .                   .      .   .  .        .  .                    


blockSeqCons                  :                                             **
originalCons                  :                           GCC-CCCC---T--T-TG--A--A-AA------A-G--A--------------G--G-G------G---C--A--------T--A----TT-G-T--TT-TG-CA-CCT
finalCons                     :                           GCC-CCCC---T--T-TG--A--A-AA------A-G--A--------------G--G-G------G---C--A--------T--A----TT-G-T--TT-TG-CA-CCT
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|3 ): AATACCCCCCTTTTAAAATAGGAAATATAGTGGTTTGCACTATCAGTCGGTC
Unaligned ( gi|8 ): TCATTTTTTATGTGATTGTCTACTTTGAAAAGAGACCATTTATTCTGC
Unaligned ( gi|9 ): TTTTGGATGTGATTGTCTCTTTTGCAAACGAGGGGCCATGTTTTTGG
Unaligned ( gi|66 ): CCCCCCCCCCCCTTTGAAAATAAGGTTTGCACCT






Alignments
lowQualScore                  :                              0    111 00 0  11 00 0  444444 1 11 77777777777777 00 0 777777 888 11 22222222 22 2222  0 0 00  0  0  1   
lowQualScore                  :                              .    ... .. .  .. .. .  ...... . .. .............. .. . ...... ... .. ........ .. ....  . . ..  .  .  .   
lowQualScore                  :                              7    111 99 6  55 99 6  555555 2 55 44444444444444 99 6 000000 888 55 99999999 77 0000  6 6 99  7  7  5   
consensus                     :                           GCC-CCCC---T--T-TG--A--A-AA------A-G--A--------------G--G-G------G---C--A--------T--A----TT-G-T--TT-TG-CA-CCT
Reference ( family-1454 )     :                           GCC-CCCC---T--T-TG--A--A-AA------A-G--A--------------G--G-G------G---C--A--------T--A----TT-G-T--TT-TG-CA-CCT
gi|1                          :                            CT-CCCC---T--T-TGAAA--A-AA------A-G--G--------------G--G-G------G---C--A--------T--A----TT-A-T--T
gi|10                         : atttttatgccccccccccccccccccCC-CCAC---T--T-TG--A--A-AA------A-G-----------------G--G-G------A---C--A--------T--A----TT-G-T--TT-TG-CA-CCgt
gi|11                         :                   atgccccctcC-CTCC---T--T-TG--A--A-AAA-----A-G--A--------------G--G-G------GC--C--A--------T--G----TT---T--TT-TG-
gi|12                         :               tgggatgtgattgCC-GCCC---C--T-TG--A--A-AA------A-G--AG-------------G--G-G------G---C--A--------TC-A----TT-T-G--TT-TG-CA-CCT
gi|13                         :                         ccccc-CCCC---T--T-TG--A--A-AACGAGGGA-G--A--------------G--G-G------GG--C--A--------T--A----TT-G-T--TT-TG-CA-ACT
gi|14                         :                          tGCC-CCCG---T--T-TT--G--A-AT------A-C--A--------------G--G-G------G---C--A--------T--A----AT-G-TGGTT-TG-CA-ACTg
gi|15                         :                        tatGCCACCCC---T--C-TG--C--A-AA------G-A--A--------------G--GAG------G---C--A--------T--G----TT-G-T--TT-TG-TA-ACTg
gi|16                         :                        tatGCC-CCCC---T--T-TG--A--A-AA------A-A--G--------------G--G-G------G---C--C--------T--A----TTGG-T--TT-TG-CAGCCT
gi|17                         :                             c-CCCC---T--T-TG--A--A-AA------A-G--A--------------G--A-ATTATT-G---C--A--------T--A----TT-G-T--TT-TG-CA-CCgg
gi|18                         :                        gtgtCC-CTCC---T--T-TG--AGGA-AA------A-G--A--------------G--G-GT-----G---C--A--------T--A----TT-G-T--TT-TG-CA-
gi|19                         :                      tccccGCC-CCCC---T--T-TG--A--A-AA------A-G--A--------------G--G-ATGCATTG---C--A--------T--A----TT-G-T--AT-TG-CA-
gi|2                          :                            CC-CCCC---T--T-TG--A--A-AA------A-G--AAGGGGCATAAAAGGG--G-G------G---C--A--------T--A----TT-G-T--TT-TG-CA-CC
gi|20                         :                           GCC-CCCC---T--T-TG--A--A-AA------A-G--A--------------G--G-G------G---C--G--------CGAA----TA-G-G--TT-TG-CG-agtct
gi|21                         :                          tatC-CCTC---T--T-TG--A--A-AA------A-GT-A--------------G--G-G------G---T-----------C--A----TT-G-T--TT-TG-CA-CCTt
gi|22                         :                         atggC-CCCC---T--T-TG--A--A-AA------AAG--A--------------G--G-G------GG--C--A--------T--A----TT-G-T--TA-TG-CA-CCa
gi|23                         :                         atggC-CCCA---T--T-TG--A--A-AA------A-G--A-----------------G-T------G---C--A--------T--AATTGCT-G-T--TT-TG-CA-
gi|24                         :                       tatgGCT-CCCT---T--T-TG--A--A-AA------G-G--A--------------G--G-G------G---CATA--------T--A----TT-G-T--TT-T
gi|25                         :                             ttatCC---C--T-TG--A--A-AA------A----A--------------G--G-G------T---C--A--------T--A----TT-G-G--TT-TG-CA-CCTtgc
gi|26                         :                      tcatatgC-CCCC---T--T-TG--A--A-AAA-----A-G--A--------------G--G-G------G---C--A--------T--A----TT-G-T--TT-TG-CA-CCgc
gi|27                         :                       tggaGCC-CCCG---T--C-TA--G--G-AA------A-G--A--------------G--G-G------GG--C--A--------T--A----TT-G-T--TT-TG-CA-ACT
gi|28                         :                           tCC-CCCC---T--T-TG--A--A-AA------A-G--AG-------------G--G-G------G---C--A--------T--AT---TT-G-T--TT-TG-CA-
gi|29                         :                          tgcC-CCCC---T--T-TG--A--A-AAAG----A-G--A--------------G--G-G------A---G--A--------T--A----TT-GAT--TT-TG-CA-CCT
gi|30                         :                           GCC-CCCC---T--T-TG--A--A-AA------AGG--A--------------G--G-G------G---G--C--------T--A-----T-G-T--TT-TG-CA-CCTg
gi|31                         :                          atCC-CTTG---T--T-TG--A--A-AA------A-G--A--------------G--G-G------GG--C--A--------T--A----TT-G-T--TT-TG-CAGCCT
gi|32                         :                           GCC-TCCC---T--T-TA--A--A-AA------G-G--A--------------G--G-A------G---C--A--------T--A----TT-G-T--TT-CG-CA-CCg
gi|33                         :                           tat-CCCC---T--TGCG--A--A-AA------A-A--A--------------G--G-G------GG--C--G--------T--G----TT-G-G--TT-TG-CA-
gi|34                         :                       ttatgCT-CCCT---T--T-TG--A--A-AA------A-GGAG--------------G--G-G------G---C--A--------T--A----TT-G-T--GT-T
gi|35                         :                       tcccGCC-CCCC---T--T-TG--A--A-AA------A-G--A--------------G--G-G------G---G--C--------T--A-----T-G-T--TT-TG-CA-CCTag
gi|36                         :                           atC-CCCC---T--T-TA--G--A-AA------A-A--C--------------G--G-G------G---C--A--------C--A----TT-G-T--TT-TG-CA-ACT
gi|37                         :                          tagC-TCCC---T--T-TG--A--A-AA------G-G--A--------------G--G-G------GGCAT--A--------T--A----TT-G-T--TT-TG-CA-
gi|38                         :                           atg-CTCC---T--T-TG--A--A-AA------A-G--A--------------G--G-G------G---A--A--------T--A----TT-A-T--TT-TG-C
gi|39                         :                     gtgattgtC-CCCC---T--T-TG--A--A-AA------A-G--A--------------G--G-GT-----G---C--A--------T--A----TT-G-T--T
gi|4                          :                   cccccccctCC-CCCCTTAT--T-TC--A--A-GA------A-T--T--------------G--G-G------G---C--A--------C--A----TT-G-C--TT-TG-CA-
gi|40                         :                     tatgccccC-CCCC---T--T-TG--A--A-AA------G-A--G--------------G--G-G------G---C-----------T--A----TT-G-T--TT-TG-CA-CCTaacct
gi|41                         :                           atg-CCCC---T--T-TG--A--A-AA------A-A--A--------------A--A-GAGT---G---C--A--------T--T----TT-G-C--TT-TG-CA-CCT
gi|42                         :                                CCC---T--T-TG--A--A-AT------A----A--------------G--G-G------G---C--A--------T--A----TT-G-T--TT-GG-CA-
gi|43                         :                    ttatgtaGCC-CCCC---T--T-TG--A--A-AA------A-G--A--------------G--G-G------G---C--A--------TA-A----TT-G----TT-TG-CA-
gi|44                         :                           tCC-CCCC---T--T-TT--A--A-GA------A-G--A--------------G--G-G------A---C--A--------T--A----TT-G-C--TT-TG-CA-CCTt
gi|45                         :                             C-CCCC---T--T-TG--A--A-AA------A-G--A--------------G--G-GT-----G---C--A--------T--A----TT-G-T--TT-TG-CA-g
gi|46                         :                         taGCC-CCCC---T--T-TG--A--A-AA------A-G--A--------------G--G-G------G---C--A--------T--A----TT-G-T--TT-TG-CA-CCTt
gi|47                         :                              -CCCT---T--T-TG--A--A-AA------A-G--AG-------------G--G-G------G---C--AG-------T--A----TA-T-T--CT-TG-C--CCT
gi|48                         :                            CC-TTCC---T--T-GG--A--A-AA------A-G--------------------G-G------T---C--A--------T--A----TT-G-A--AT-TG-CA-CCTg
gi|49                         :                              -CTCC---A--C-TG--C--A-AA------T-A--A--------------G--A-G------G---C--A--------T--A----TC-G-G--TT-TG-CA-CCTgt
gi|5                          :                            CC-CTCT---T--T-TG--A--AAAA------A-G--AG-------------G--G-G------G---C--ATATATATTT--A----TT-G-T--TT-TG-CA-ACTgc
gi|50                         :                           GCC-CCCT---T--T-TG--A--A-AA------A-G--G--------------G--G-A------G---C--A--------T--A----TT-G-T--TT-TG-Cgtt
gi|51                         :                         atGCC-CCCC---T--T-TG--A--A-AA------A-G--A--------------GGAG-G------G---C--A-----------A----TT-A-T--TG-TG-C
gi|52                         :                            tC-CCCC---T--T-TG--A--A-AA------A-G--A--------------G--G-G------G---C--A--------T--A----TT-G-T--TT-TG-CA-
gi|53                         :                            tg-CCCC---C--T-TG--A--A-AA------T-T--A--------------G--G-G------GA--C--A--------T--A----TT-G-T--TT-TG-CA-TCT
gi|54                         :                             C-TCCC---T--T-TG--A--T-AA------A-G--A--------------G--G-G------GTG-C--A--------T--A----TT-G-T--TT-TG-CA-
gi|55                         :                            CC-CCCT---T--T-TG--A--A-AA------A-G--A--------------G--G-G------G---C--A--------G--A----TT-G-T--TT-TGACA-g
gi|56                         :                            CC-CCCT---T--T-TG--A--A-TA------C-A--G--------------G--G-G------G---C--A--------TA-A----TT-G----TT-TG-CA-
gi|57                         :                                                --A-AA------A-G--A--------------G--G-G------GG--C--A--------T--A----TT-G-T--TT-TG-CA-ACTac
gi|58                         :                    accacttatC-CCCC---T--T-TG--A--A-AA------A-G--A--------------G--G-G------GG--C--A--------T--A----TT-G----TT-TG-CA-CC
gi|59                         :                                CCC---C--T-TG--A--A-AA------A-G--A--------------G--G-G------GG--C--A--------T--A----TT-G-T--TT-TG-CA-CCg
gi|6                          :                           gCC-CCGC---TACT-TG--A--A-AA------A-A--A--------------G--G-G------G---C--A--------T--A----TT-A-T--TT-TG-CA-
gi|60                         :                   ttatgcccccC-CTCC---T--T-TG--A--A-AA--------G--A--------------G--G-G------G---C--------------A----TT-G-T--TT-TG-CA-ac
gi|61                         :                            tg-CCCC---T--T-TG--A--A-AA--------G--A--------------G--G-G------G---C-----------T--A----TT-G-T--TT-TG-CA-CCTacc
gi|62                         :                           tgC-CCCC---T--T-TG--A--A-AA------G-A--G--------------G--G-G------G---C--A--------T--A----TT-G-T--TT-TG-CA-CC
gi|63                         :                                CCC---T--T-TG--A--A-AAG-----A-A--G--------------G--G-G------G---C--A--------T--A-----T-G-T--TA-TG-CA-ACT
gi|64                         :                                 CC---C--T-TG--A--A-AA------A----A--------------G--G-G------T---C--A--------T--A----TT-G-G--TT-TG-CA-CCTg
gi|65                         :                              tgCCC---T--T-TG--A--G-AA------A-G--A--------------G--G-G------GG--C--A--------T--A----TT-G----TT-TG-CA-CCTg
gi|67                         :                             C-CCCC---T--T-TGA-A--A-AA------A-G--A--------------G--G-GT-----G---C--A--------T--A----TT-G-T--
gi|68                         :                         cctCC-CCCT---T--T-TG--A--A-AA------A-G--AG-------------G--G-G------G---C--A--------T--A----TT-G-T--TT-
gi|7                          :                           GCC-CCCC---T--T-----A--A-AA------A-G--AG-------------G--G-G------G---CA-A--------T--G----TT-G-T--TTGTG-CA-
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|3 ): AATACCCCCCTTTTAAAATAGGAAATATAGTGGTTTGCACTATCAGTCGGTC
Unaligned ( gi|8 ): TCATTTTTTATGTGATTGTCTACTTTGAAAAGAGACCATTTATTCTGC
Unaligned ( gi|9 ): TTTTGGATGTGATTGTCTCTTTTGCAAACGAGGGGCCATGTTTTTGG
Unaligned ( gi|66 ): CCCCCCCCCCCCTTTGAAAATAAGGTTTGCACCT