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Reference ( family-1427 ) : CTANTATAAAATCTGCGTAAAATCTAGAGAATGNTAGCGTTCAATATCCTGAGAATTTATTGAACGCTAACTTTGCATTGCGTAAATTGTGTGCGCCCGAAACATTCCGAGTATGAGCGTTCAATATA----TATTTA-CCGTAACGACGTAAACAAGCCAAAATGGCA-A-C-ACGGTCCTCCGAATCTGACAGAGCCTG-TATTTGATATTAACT---TCAGTTTGCTTCATGCATCAATGACGG-GTT-TAATATTGAACAGTTA----AAA--------TACATGC-------TGATAT-TGCACACTTT-CACCTTAG--------A-TG----------C-----------------CAATA---TTGATGAATTCTC---GT----C-------TAT--TTTAA-TGCTA--CNTG--TA-----TATAAT-AA-AAG-GGTTA-----TTGAACT------T---ATATTGGTGAATATTGGCA-CTCGT-T-----GGCTGT-CAAAA----TGC----GCTCGC-AA-GCTC-G----TGCATTTTNACAG-CCAACTCGTGCCAATATTCACC-AATAT---A------AGTTCAATAACC----C------T---AT-A---ATATA-GCGT-A----G-----NT-A-TT-A-G-----------T-----TGCTA---AATTGCATCCCCTTTTC---------GTTCAAAATCATACATTGTTTTCA
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gi|10 : TGAACAGTAAG---AAA--------TACATGC-------TGATAT-TGCACGATAT-CACCTTAA--------A-TG----------C-----------------TAATA---CTGATGAATCCTC---GT----C-------TAT--TTTAAGTGA-A--AAGG--GA-----TATAAT-CA-AAC-AACTAGATACTTTAGCTATA---T---ATATT-ATAAA----AGGG-TTTATAT-----GGTTG-----AA----TG-------TTG----------G----CGCATTTTTACAG-CCAACTCGTTTCAATATTCACC-AATTA---A------AGTTCAATAACT----C------T---AT-A---ATATA--CGT-G----T-----AT-A-TT-
gi|11 : ATTGAA-AGTTG----A----------TAAATGC-------TGATAT-TGCACACTTT-CACCTTAG--------A-TG----------C-----------------CAATA---TTGATGAATTCTC---GT----C-------TCT--TTTtccaa
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gi|3 : atcgacgtaaacaagccaaaatctgacagagctgctatttgatattaactcaaaagttgaaacaaaatgttttactgtacataaatcatgatatccccattcacgaaaccagcttgcatcatgcatcaatgacggcgtttaatattgaacagttataagaaatgcatgtgatatagcacactttccaccttagattgcctatattgacgaattttcaacctatttatggagatGCTA--CATG--TA-----TATTAT-AA-AAT-GGTTA-----TTGAACT------T---ATATTGGTGAATATTGGCA-CTCGT-T-----GACTGT-CAAAT----TCC----ACTCGC-AA-GCTC-G----TGCATTTTTACAG-CCATCTCGTGCCAATATTCACC-AATTTTTAA------AGTTCAATAATT----C------T----T-A---ATATtttcaatctaataaa
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gi|5 : atctatagaatgttagcgttcagtattcttagaatttattgaacgctaactctgcatttcgtaatttgtttgcgcccgaaacattcgagtatgagcgcaacgacgttaacaagccaaaatgacagacgacggtcctccgaatctgacagagttgatattttatatttacttaaaacaaaatgctttactgtacataaattaggatgttcccattcacaaagATTGAA-AGTTG----A----------TAAATGC-------TGATAT-TGCACACTTT-CACCTTAG--------A-TG----------C-----------------CAATA---TTGATGAATTCTC---GT----C-------TCT--TTT
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gi|8 : catgctgatcttacacactttcaccttaggtgccaatattgatgaattctagtctattttggagtattgtaagtgaaaagggatataatttaacaactaaaGAATGGTAGCGTACCATTTCCTGAGAATTTATTGAACGCTAACTT-GCATTGCTTAAATTTTGTGCGCCCGAAACATTCCGAGTATGAGTGTTCAATATA----TATTTA-CCTT--------------------ATG--------ACGGTCCTCCGAATCTGACAGACCCTG-TATTTa
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Alignments
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Reference ( family-1427 ) : CTANTATAAAATCTGCGTAAAATCTAGAGAATGNTAGCGTTCAATATCCTGAGAATTTATTGAACGCTAACTTTGCATTGCGTAAATTGTGTGCGCCCGAAACATTCCGAGTATGAGCGTTCAATATA----TATTTA-CCGTAACGACGTAAACAAGCCAAAATGGCA-A-C-ACGGTCCTCCGAATCTGACAGAGCCTG-TATTTGATATTAACT---TCAGTTTGCTTCATGCATCAATGACGG-GTT-TAATATTGAACAGTTA----AAA--------TACATGC-------TGATAT-TGCACACTTT-CACCTTAG--------A-TG----------C-----------------CAATA---TTGATGAATTCTC---GT----C-------TAT--TTTAA-TGCTA--CNTG--TA-----TATAAT-AA-AAG-GGTTA-----TTGAACT------T---ATATTGGTGAATATTGGCA-CTCGT-T-----GGCTGT-CAAAA----TGC----GCTCGC-AA-GCTC-G----TGCATTTTNACAG-CCAACTCGTGCCAATATTCACC-AATAT---A------AGTTCAATAACC----C------T---AT-A---ATATA-GC--GT-AG-----GT-A-T-T-A-G-----------T-----TGCTA---AATTGCATCCCCTTTTC---------GTTCAAAATCATACATTGTTTTCA
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gi|11 : ATTGAA-AGTTG----A----------TAAATGC-------TGATAT-TGCACACTTT-CACCTTAG--------A-TG----------C-----------------CAATA---TTGATGAATTCTC---GT----C-------TCT--TTTtccaa
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gi|2 : gagaatttattgaacgctaactttgcattgcgtaaattgtgtgcgcccgaaacattccgagtatgaacgttcaatatacctttagttactgtaacgacgtaaacaagcctaaaaggcaattacggtcctccgaatctgacagagtctgtgtttgatatgtgtcatactaaaaacaaatattcattttatttactttaagaaagtggtttactgtacataaatcagtttgcttcatacaataatgacgggtttaatattgaacagttaagaaatgcatgccgattgcacaccttagatgtcaatgttgatgaattctcgtttattttgtg-------TAC--TTTAC---CTA--TATA--CA-----TGTAAT-AA-AAG-GGTTA-----TTGAACT------T---CTAGTGATAAATATTGGCA-CTCGT-T-----GACT---CAAAA----TGC----ACTCGC-AA-GCTC-G----TGCATTTTTACAG-CCAACCCGTGCCAATAT
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Reference ( family-1427 ) : CTANTATAAAATCTGCGTAAAATCTAGAGAATGNTAGCGTTCAATATCCTGAGAATTTATTGAACGCTAACTTTGCATTGCGTAAATTGTGTGCGCCCGAAACATTCCGAGTATGAGCGTTCAATATA----TATTTA-CCGTAACGACGTAAACAAGCCAAAATGGCA-A-C-ACGGTCCTCCGAATCTGACAGAGCCTG-TATTTGATATTAACT---TCAGTTTGCTTCATGCATCAATGACGG-GTT-TAATATTGAACAGTTA----AAA--------TACATGC-------TGATAT-TGCACACTTT-CACCTTAG--------A-TG----------C-----------------CAATA---TTGATGAATTCTC---GT----C-------TAT--TTTAA-TGCTA--CNTG--TA-----TATAAT-AA-AAG-GGTTA-----TTGAACT------T---ATATTGGTGAATATTGGCA-CTCGT-T-----GGCTGT-CAAAA----TGC----GCTCGC-AA-GCTC-G----TGCATTTTNACAG-CCAACTCGTGCCAATATTCACC-AATAT---A------AGTTCAATAACC----C------T---AT-A---ATATA-GC--GT-AG-----GT-A-T-T-A-G-----------T-----TGCTA---AATTGCATCCCCTTTTC---------GTTCAAAATCATACATTGTTTTCA
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gi|11 : ATTGAA-AGTTG----A----------TAAATGC-------TGATAT-TGCACACTTT-CACCTTAG--------A-TG----------C-----------------CAATA---TTGATGAATTCTC---GT----C-------TCT--TTTtccaa
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gi|2 : gagaatttattgaacgctaactttgcattgcgtaaattgtgtgcgcccgaaacattccgagtatgaacgttcaatatacctttagttactgtaacgacgtaaacaagcctaaaaggcaattacggtcctccgaatctgacagagtctgtgtttgatatgtgtcatactaaaaacaaatattcattttatttactttaagaaagtggtttactgtacataaatcagtttgcttcatacaataatgacgggtttaatattgaacagttaagaaatgcatgccgattgcacaccttagatgtcaatgttgatgaattctcgtttattttgtg-------TAC--TTTAC---CTA--TATA--CA-----TGTAAT-AA-AAG-GGTTA-----TTGAACT------T---CTAGTGATAAATATTGGCA-CTCGT-T-----GACT---CAAAA----TGC----ACTCGC-AA-GCTC-G----TGCATTTTTACAG-CCAACCCGTGCCAATAT
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finalCons : CTANTATAAAATCTGCGTAAAATCTAGAGAATGNTAGCGTTCAATATCCTGAGAATTTATTGAACGCTAACTTTGCATTGCGTAAATTGTGTGCGCCCGAAACATTCCGAGTATGAGCGTTCAATATA----TATTTA-CCGT--CGACGTAAACAAGCCAAAATG--------ACGGTCCTCCGAATCTGACAGAGCCTG-TATTTGATATTAACT---TCAGTTTGCTTCATGCATCAATGACGG-GTT-TAATATTGAACAGTTA----AAA--------TACATGC-------TGATAT-TGCACACTTT-CACCTTAG--------A-TG----------C-----------------CAATA---TTGATGAATTCTC---GT----C-------TAT--TTTAGCGNNT-----TG--TA-----TATAAT-AA-AAG-GGTTA-----TTGAACT------T---ATATTGGTGAATATTGGCA-CTCGT-T-----GGCTGT-CAAAA----TGC----GCTCGC-AA-GCTC-G----TGCATTTTNACAG-CCAACTCGTGCCAATATTCACC-AATAT---A------AGTTCAATAACC----C------T---AT-A---ATATAGCTAAAGTATTTAGT-----------------------------TGCTA---AATTGCATCCCCTTTTC---------GTTCAAAATCATACATTGTTTTCA
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Reference ( family-1427 ) : CTANTATAAAATCTGCGTAAAATCTAGAGAATGNTAGCGTTCAATATCCTGAGAATTTATTGAACGCTAACTTTGCATTGCGTAAATTGTGTGCGCCCGAAACATTCCGAGTATGAGCGTTCAATATA----TATTTA-CCGT--CGACGTAAACAAGCC-AAAAT-------G-------ACGGTCCTCCGAATCTGACAGAGCCTG-TATTTGATATTAACT---TCAGTTTGCTTCATGCATCAATGACGG-GTT-TAATATTGAACAGTTA----AAA--------TACATGC-------TGATAT-TGCACACTTT-CACCTTAG--------A-TG----------C-----------------CAATA---TTGATGAATTCTC---GT----C-------TAT--TTT-A--GCG-NNT---TG--TA-----TATAAT-AA-AAG-GGTTA-----TTGAACT------T---ATATTGGTGAATATTGGCA-CTCGT-T-----GGCTGT-CAAAA----TGC----GCTCGC-AA-GCTC-G----TGCATTTTNACAG-CCAACTCGTGCCAATATTCACC-AATAT---A------AGTTCAATAACC----C------T---AT-A---ATA------T-A-GCTAAAG--TA---TTTAG------T-----TGCTA---AATTGCATCCCCTTTTC---------GTTCAAAATCATACATTGTTTTCA
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gi|11 : ATTGAA-AGTTG----A----------TAAATGC-------TGATAT-TGCACACTTT-CACCTTAG--------A-TG----------C-----------------CAATA---TTGATGAATTCTC---GT----C-------TCT--TTT-G--GAG-TAT---TT--TG--------AATGAA-AAG-GGcgtgtatatttccaa
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gi|13 : tatacgtaaacaaactgtaggagataatgtctcG-CTT---TGGCTA-----TATAAT-AA-AAG-GGTTA-----TTGAACT------T---GCACTGGTGAATAT--ATATCTCGT-T-----GATTGT-TAGAA----TGC----ACGAGCTAG-GCTC-G----TGCATTTTTAGAG-CCAACTCATGCCAATATtttaaataatatatacattttctcgtc
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gi|7 : CATGC-------TGATCT-TACACACTTT-CACCTTAG--------G-TG----------C-----------------CAATA---TTGATGAATTCTA---GT----C-------TAT--TTT-G--GAG-TAT---TG--TA--------AGTGAA-AAG-GGATA-----T--AATT------T---Agctta
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