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consensus : ATTGAGGGA-CCGCGTG-ATAATTTAGGGTTT-CA-CG----------GGTG-TGTC--A-CA-CACAAAT-TTGAG--AAAA-A-T--AGTT--ATTTTAGAA-ACA---A-A--A---G-A-GAGG-A--CA-A-CA----A-TCC--TATGG-AC-AAA--TA-C-T-CA-ATTG-C-AGTTT----TG-A-AGGATGG-TGT--AA------T---A------GTTGGA--CA--CG----C---GT--G---C---------T-CA--GT-A---AA--GTT-----GTTG-CA-TT-C-T--TTGT----AA-----AA--CATG-G-AG-GG-A-----CA------C--N--GAT---------ATG--TAT-TATTACT--GGAAAATATCGCT
Reference ( gi|5 ) : ATTGAGGG--CCGCAT--ATAATTTAGGGTCT-CA-CG---------AGGTG-TGTC--A-CA-CACAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATTCTAGAA-ACA---A-A--A---G-A-GAGG-A--CA-A-CA----A-TCC--TATGG-AC-AAA--TA-C-T-CA-ATTG-C-AGTTT----TG-A-GGGATGG-TGT--AA------T---A------GTTGGA--CA--CG----C---GT--G---C---------T-CA--GT-A---AA--GTT-----GATG-CA-TT-C-T--TTAT----AA-----AT--CAT--G-AT-GG-A-----CA------C--A--GGT---------ATG--TAT-TATTACT--GGAAAATATCGCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG
gi|4 : ATTGAGGG--CAACGTG-ATAATTTAGG-TCT-CA-CG----------GGTG-TGTC--A-CATCACAA--------------------------ATTCTAGAA-CCA---A-A--A---G-A-GAGGCA--CA-A-CA----A-TCC--TATGG-AC-AAACTTA-C-T-CA-AATG-C-AGTTTCT--TG-ACGGGATGG--GT--AA------T---A------GTTGGAGACAATCGGA--CTAGGT--GGGTC---------T-CA--GT-A---CA--GCTTTTCGGATGGCACTT-C-T--TTGT----AA-----AC--CCT--G-AT-GGCA-----CA------C--A--TGT---------ATC--TAT-CAT-ACTTCGGAAAATATC
gi|3 : cggttccactcgctcccgaagcatggggaagcgaagtggccaaaacccttatgcttgcgaagatggtcgcgatattaacctcacatggtaactttggcagcatgaaaggtttagccctgacttgataaattttcattatataataaacttagaaacagtcgagtggtacaaatatgaaattaagcgttaatatgttgtactttttttaaataaagtgtctaatatatagaggtatgttggtaccaatactctgaatacattagagaatacaccctctgaaaatgtgtggttgcaatgaaggttggtgataccaagtgcgtttacagcaaaggcattgcacgcggaATTGAGGGACCCGCAT------------GTCTGCAGCG---------AAGTG-TG-C--A-CA-CACAA
gi|19 : aagtcgtttacagcagaggctatcgacgcggatATTGAGGA--CCGCATG-ATTATTTA-GGTTT-CA-CG----------GGTG-TATCGAA-CA-CACAAATCCTATGGATAAATACTGTACTTGCATttttagaaacaaaagagaggatacaacatcctggacaaatactcaattgtagtttagaagggttgtgtaatagttggacatgcctcattaaagttgttgcattcttttgtaagaaacatgccatgaggacaccgatgcgatactgatatattaactggaaaatatcgctatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagattggaaggtccgggggcgctcatgtaggacgaattacgtatataatctggctagcagtcgtagtcgtattagtctacttttcggggggaggggtgaggtaaagtgtataggtaggcgacgaccctcaatgtcaatttgagagtttacaagtcttttgactggtaatggacagcgtcaggaaataaacttttcttttcaccgcaattaccagaggctgttttaattttgtatttaggctgcgttgtaaattaaattcatcacagacgactgaaaatctatcgtgggcttggtagagt
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gi|7 : agtcgtttacagcaagaggcatgcacgcgggaaattTGACGG--CCGCATTGATAAT--GGAGTAT-CA-CGCCTAGTCACAGGTG-TGTC--AACA-CATAAA-------------------------ATT-TAGAA-A-------A--A---G-ATGAGG-A---A-A-CA----A--CC--TATGG-ACTGAA--TA-C-T-CA-Annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatttggaaaaaaggttcccgggggcgcgtcataggacgaatacgcgtatataaatctgccctagcaatcgtattatagtactttttcgggggagtgttaggaaattatatgtagcacaccctcaatttcatatttgagagtttttcttgtattaattcaagattttttttactcgtaattggacagcgtcaggaaataaacttttctttttcacctcatattaccagaggctgttttattttgaacttaaattcacacagtgcactgaaatctcgtgcttcgtaaag
gi|1 : atatgatggacctttaaaaaaaaagtgtctaattatatttagatgtaatgtttggttaactacatatctgaatactttagaaaataccaccctctgaaattttgttgtgaagttgggtcattaccagtcgttacacatagtctccctaacaaaattaatggggagccctatggtttacagcaaaagcatgtacgcggaaaGGTTC-CA-CG---------TTGTA-TGTC--A-CA-CACAAATATTGAGTTAAACGAAACAAGGT--ATGC-AGTG-ACG---A-G--A---T-T-GAAC-A--CA-AACA----G-TCC--TATGG-AC-AAT--TA-CCT-CA-ATTG-T-AGTTT----AGTA-AGGAGGT-TGC--AAACTG--T---A------GTTGGG--TA--CG--------AT--G---C---------TATA--TT-T---AATGGTC-----GTTT-CA-TT-C-TATTTGT----AA---------CAT--GGATCGG-AGGCGTCA------CCGATCGAT---------ATG---ATCTATTACT--GGAAAATATCGCTa
gi|6 : gtcgtttacagcacagagggcatgcaccgggaaatttgagacgcgataccacccgcgatATTTTAGAA-ACA---A-A--A---G-A-GAGG-A--CA-A-CA----A-TCC--TATGG-AC-AAA--TA-C-T-CA-TTTG-C-AGTTT----TG-A-AGGATGG-TGT--AATACCAGT---A------GTTGAA--CA--------C---GT--G---C---------T-CA--GT-A---AA--GCT-----GATG-CA-TC-C-T--TTGTAAAAAA-----AA--AATG-G-AG-GG-A-----CA------T--C--GAT---------ATG--TAT-TATTACT--GGAAAATATCGCTatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatttggaaaaaggtctggcccagggttggccgctcatataggaggcgatatacctgttataaatctgcgccctagcaatcgtattatagtaacttttcggggcgagtgttaggaaattatatattgtagcgcacaccctcaatttcatatttgagggagttctttcttgtatttaatttattttacaaaaagattttttttaactggcgtatatggtatggcacattgcgtcagaaaataaaaacgaatataaacttttctttttcacctcattacccagagaggcggtggttttatttttgaaatttaaattcacacagtgcagctgaaaaaattcatcgtggctttgtttaaagt
gi|3 : cacacacaaATTTTAGAA-ACA---A-A--A---G-A-GAGG-ATACA-A-CA------TCC--T--GG-AC-AAA--TA-C-T-CA-ATTG-T-AGTTT----AG-A-AGGGTTG-TGT--AA------T---A------GTTGGA--CA--TG----C-----------C---------T-CA--TT-A---AA--GTT-----GTTG-CA-TT-CTT--TTGT----AAGAAACATGCCAT--G-A--GG-A-----CA------C--C--GATGCGATACTGATA--TAT-TA--ACT--GGAAAATATCGCTattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|12 : aagtcgtttacagcagaggctatcgacgcggatattgagggacccgcatgtctgcagcgaagtgtgcacacacaATTTTAGAA-ACA---A-A--AAGAG-A-GAGG-T--CA-A-CATGCAA-TCC--TATGG-AC-AAA--TG-T-G-CA-ATTG-C-AGTGA----TA-A-GGGATGT-TGT--AG------T---A------GTTGGA--CA--TG-----------------------------A--GT-G---AA--GTT-----GTTA-CA-TT-C-T--TTTT----AA-----AA--CATG-G-AA-GG-A-----CG------T--T--GAA---------ATA--CAT-TGTTGCT--AAAAAATATTGCatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagattggaaggtccgggggcgctcatgtaggacgaattacgtatataatctggctagcagtcgtagtcgtattagtctacttttcggggggaggggtgaggtaaagtgtataggtaggcgacgaccctcaatgtcaatttgagagtttacaagtcttttgactggtaatggacagcgtcaggaaataaacttttcttttcaccgcaattaccagaggctgttttaattttgtatttaggctgcgttgtaaattaaattcatcacagacgactgaaaatctatcgtgggcttggtagagt
gi|21 : gaaATTTTAGAG-ATAGATA-A--A---G-A-GAGG-T--CA-A-CA----A-TCC--TATGG-AC-AAA--TA-T-G-TG-ATTG-T-AGTTT----TA-A-AGGATGG-TGT--AG------T---A------GTcattctg
gi|11 : gtcaaTTTTAGAA-ACA---A-AGTA---G-A-AAGG-A---A-A-CA----A-TC---TATGG-ACAAAA--TATC-T-GAGACTG-C-AG-TT----AG-A-GAGGTGG-TGTAAAA------TCAGA------GTTTG---CA--TGCAAAC---GTCGA---C---------T-CAAGATAA---AA--GTT-----GTTG-CA-GT-T-C--TTGT----AA-----AA--CATTGG-A--GG-G-----CA------C--AATGATA--------ATG--TAT-TA-TACT--G--AAATATAGCT
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gi|19 : cgcggaaattgagggctggcatgctatcacacatcaattatGA-A--CACA-CA----AATCC--TATGG-AT-AAA--TA-C-TGTA-CTTG-C-Agggg
gi|15 : catgcacacggaaattgaggaccgcatgattatttaggtttcacgggtgtatcGA-A--CACA-CA----AATCC--TATGG-AT-AAA--TA-C-TGTA-CTTG-C-At
gi|18 : --CA-A-GA----A-TCC--TGTGG-AC-AAA--TA-T----G-GTTG-C-AGTTT----TA-A-AGGATGT-TGT--AG------T---A------GTTGGA--CA--CGTA--T---AT--G---CCTTGAAAAAT-AA--CT-A---AA--ATT-----GTTG-CA-TT-C-C--TTttaggttatttagaaccaatgttttacagcaaagacatcacgaacgaaatctggacgggagatgataattttaggttttcacggtgatcgacacacaaatcct
gi|16 : ----A-TCC--TATGG-AC-AAA--TA----------TG-C-----------G-A-AGGATGG-TGT--AA------C---A------GTTG-------------------------------------------T-A---AA--GTT-----GTTG-CA-TT-C-T--TTTT----AA-----AA--CATG-G-AG-GG-A-----CA------T--A--GAA---------AAG--CAT-TATTACA--GGAAAATATCG
gi|14 : -AAA--TA-C-T-TT-AT-G-C-AATTT----TA-A-AGGATG--TGT--AA------T---ACCGGTAGTTCGA--CA--CG---------T--G---C---------T-CA--GT-----AA--GTT-----GTTG-CA-CT-C-TG-GTGT----AA-----AA--CAT--G-GA-GG-A-----CACTGATTC--A--AAT---------ATGATTAT-TA-TACT--GGAAACTATCACTaaattccaatgat
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gi|17 : A--CA----C---GT--G---C---------T-CA--GT-A---AA--GTT-----GATG-CA-TT-C-T--TTGT----AA-----AA--GATG-G-AG-GG-A-----CA------C--C--GAT---------ATG--TAT-TATTACT--GGAAAATAT
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2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Reference ( family-1415 ) : ATTGAGGGACC-GCGTGATAATTT-AGGGTTTCACG-G-GT--GTGTC--ACA-CACAAAT-TTGAG---AA--AAATA-GTT---------ATTTTA-GAA-ACA---A-A---A-----G-A-GAG-----G-A--CA-A----CA---A-TCCTATGG-AC-AAA--T-A-C-T-CA-ATTGC-AGTTT----TG-A-AGGATGG-TGTAA------T---A------GTTGGA--CA--CG--C----GT--G---C---------T-CAG--TA---AA--GTTGTT------GCA-TT-C-T--TTGT----A--AAACA-TG----GAG-GG-A-----CACNGAT---------ATGT-AT-TAT--TACT--GGAAAATATCGCT
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gi|16 : gaacacacaaatcctatggataaatactgtacttgcattaggttatttagaaccaatgttttacagcaaagacatcacgaacgaaatctggacgggaga---A-TCCTATGG-AC-AAA--T-A----------TGC-----------G-A-AGGATGG-TGTAA------C---A------GTTG------------------------------------------TA---AA--GTTGTT------GCA-TT-C-T--TTTT----A--AAACA-TG----GAG-GG-A-----CATAGAA---------AAGC-AT-TAT--TACA--GGAAAATATCGcct
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gi|19 : catgcacacggaaG-----A-A--CACA----CA---AATCCTATGG-AT-AAA--T-A-C-TGTA-CTTGC-Acctatggataaatactgtacttgcat
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gi|20 : agtcgtttacagcaagaggcatgcacgcgggaaattTTTA-GAA-ACA---ATA---A-----G-A-GAA-----G-T--CA-A----TA---A-TTCTATAG-AT-AAA--T-AAC-G-CA-ATTGCCAGTTT----T--A-AGGATGG-TG-AG------T---A------GTTGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatttggaaaaaaggttcccgggggcgcgtcataggacgaatacgcgtatataaatctgccctagcaatcgtattatagtactttttcgggggagtgttaggaaattatatgtagcacaccctcaatttcatatttgagagtttttcttgtattaattcaagattttttttactcgtaattggacagcgtcaggaaataaacttttctttttcacctcatattaccagaggctgttttattttgaacttaaattcacacagtgcactgaaatctcgtgcttcgtaaag
gi|21 : ggacaaaa---------ATTTTA-GAG-ATAGATA-A---A-----G-A-GAG-----G-T--CA-A----CA---A-TCCTATGG-AC-AAA--T-A-T-G-TG-ATTGT-AGTTT----TA-A-AGGATGG-TGTAG------T---A------GT
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gi|5 : cggttccactcgctcccgaagcatggggaagcgaagtggccaaaacccttatgcttgcgaagatggtcgcgatattaacctcacatggtaactttggcagcatgaaaggtttagccctgacttgataaattttcattatataataaacttagaaacagtcgagtggtacaaatatgaaattaagcgttaatatgttgtactttttttaaataaagtgtctaatatatagaggtatgttggtaccaatactctgaatacattagagaatacaccctctgaaaatgtgtggttgcaatgaaggttggtgataccaagtgcgtttacagcaaaggcattgcacgcggaATTGAGGG-CC-GCAT-ATAATTT-AGGGTCTCACGAG-GT--GTGTC--ACA-CACAANN-NNNNN---NN--NNNNN-NNNNNNNNNNNCATTCTA-GAA-ACA---A-A---A-----G-A-GAG-----G-A--CA-A----CA---A-TCCTATGG-AC-AAA--T-A-C-T-CA-ATTGC-AGTTT----TG-A-GGGATGG-TGTAA------T---A------GTTGGA--CA--CG--C----GT--G---C---------T-CAG--TA---AA--GTTGAT------GCA-TT-C-T--TTAT----A--AATCA-T-----GAT-GG-A-----CACAGGT---------ATGT-AT-TAT--TACT--GGAAAATATCGCT
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gi|8 : atatgatggacctttaaaaaaaaagtgtctaattatatttagatgtaatgtttggttaactacatatctgaatactttagaaaataccaccctctgaaattttgttgtgaagttgggtcattaccagtcgttacacatagtctccctaacaaaattaatggggagccctatggtttacagcaaaagcatgtacgcggaaatgacggccgcattgataatggagtatcacgcctagGC-AGTTT----TA-A-AGGATGG-TGTA------------------GTTGGA--CA--TG--------T--G---C---------T-AAG--TA---AA--GTTGTT------GCA-TT-C-T--TTa
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Reference ( family-1415 ) : ATTGAGGGACC-GCGTGATAATTT-AGGGTTTCACG-G-GT--GTG---TC--ACA-CACAAAT-TTAAAA------------------ATTTTA---GAA-ACA---A-----------A---A-----G-A-GA--G-----G-A--CA---A----CA---A-TCCTATGG-AC-AAA--T-A-C-T-CA-ATTG-C-AGTTT----TG-A-AGGATGG-TGTAA------T---A------GTTGGA--CA--CG--C----GT--G---C---------T-CAG--TA---AA--GTTGTT------GCA-TT-C-T--TTGT----A--AAACA-TG----GAG-GG-A-----CACCGAT---------ATGT-AT-TAT--TACT--GGAAAATATCGCT
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gi|14 : -AAA--T-A-C-T-TT-AT-G-C-AATTT----TA-A-AGGATG--TGTAA------T---ACCGGTAGTTCGA--CA--CG--------T--G---C---------T-CAG--T----AA--GTTGTT------GCA-CT-C-TG-GTGT----A--AAACA-TG----GA--GG-A-----CACTGATTCAA-----ATATGAT-TATTATACT--GGAAACTATCACTg
gi|15 : taggagca--G-----A-A--CAC--A----CA---AATCCTATGG-AT-AAA--T-A-C-TGTA-CTTG-C-Aattct
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gi|19 : catgcacacggaa--G-----A-A--CAC--A----CA---AATCCTATGG-AT-AAA--T-A-C-TGTA-CTTG-C-Acctatggataaatactgtacttgcat
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gi|21 : ggacAA------------------ATTTTA---GAG-ATAGATA-----------A---A-----G-A-GA--G-----G-T--CA---A----CA---A-TCCTATGG-AC-AAA--T-A-T-G-TG-ATTG-T-AGTTT----TA-A-AGGATGG-TGTAG------T---A------GT
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consensus : ATTGAGGGACC-GCGTGATAATTT-AGGGTTTCACG-G-GT--GTG---TC--ACA-CACAAAT-TTAAA-------------------ATTTTA---GAA-ACA---A-----------A---A-----G-A-GA--G-----G-A--CA---A----CA---A-TCCTATGG-AC-AAA--T-A-C-T-CA-ATTG-C-AGTTT----TG-A-AGGATGG-TGTAA------T---A------GTTGGA--CA--CG--C----GT--G---C---------T-CAG--TA---AA--GTTGTT------GCA-TT-C-T--TTGT----A--AAACA-TG----GAG-GG-A-----CACCGAT---------ATGT-AT-TAT--TACT--GGAAAATATCGCT
Reference ( family-1415 ) : ATTGAGGGACC-GCGTGATAATTT-AGGGTTTCACG-G-GT--GTG---TC--ACA-CACAAAT-TTAAA-------------------ATTTTA---GAA-ACA---A-----------A---A-----G-A-GA--G-----G-A--CA---A----CA---A-TCCTATGG-AC-AAA--T-A-C-T-CA-ATTG-C-AGTTT----TG-A-AGGATGG-TGTAA------T---A------GTTGGA--CA--CG--C----GT--G---C---------T-CAG--TA---AA--GTTGTT------GCA-TT-C-T--TTGT----A--AAACA-TG----GAG-GG-A-----CACCGAT---------ATGT-AT-TAT--TACT--GGAAAATATCGCT
gi|1 : GGTTCCACG-TTGT--ATG---TC--ACA-CACAAATATTGAG----------------------TTAAACGAA-ACA---AGGTATGCAGTGA---C-----G-A-GATTG-----A-A--CACAAA----CA---G-TCCTATGG-AC-AAT--T-A-CCT-CA-ATTG-T-AGTTT----AGTA-AGGAGGT-TGCAAACTG--T---A------GTTGGG--TA--CG-------AT--G---C---------TATAT--TT---AATGGTCGTT------TCA-TT-C-TATTTGT----A--A--CA-TG----GATCGG-AGGCGTCACCGATCG-------ATATGATCTAT--TACT--GGAAAATATCGCT
gi|10 : gtcgtttacagcacagagggcatgcaccgggaaatttgagacgcgataccacccgcgat--AAACA-TG----GAG-GA-A-----CACTGAT---------ATA-----TAT--TACT--GGAAAATATCGCTatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatttggaaaaaggtctggcccagggttggccgctcatataggaggcgatatacctgttataaatctgcgccctagcaatcgtattatagtaacttttcggggcgagtgttaggaaattatatattgtagcgcacaccctcaatttcatatttgagggagttctttcttgtatttaatttattttacaaaaagattttttttaactggcgtatatggtatggcacattgcgtcagaaaataaaaacgaatataaacttttctttttcacctcattacccagagaggcggtggttttatttttgaaatttaaattcacacagtgcagctgaaaaaattcatcgtggctttgtttaaagt
gi|11 : TTTTA---GAA-ACA---A-----------AGT-A-----G-A-AA--G-----G-A---A---A----CA---A-TC-TATGG-AC-AAAA-T-ATC-T-GAGACTG-C-AGTTA-----G-A-GAGGTGG-TGTAAAA----TCAGA------GTTTG---CA--TG--CAAACGTCGA---C---------T-CAAGATA---AAA-GTTGTT------GCA-GT-T-C--TTGT----A--AAACATTG----GAG-GGCA-----CAATGATA--------ATGT-AT-TA---TACT--G--AAATATAGCTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnga
gi|12 : tAA-------------------ATTTTA---GAA-ACA---A-----------AAAGA-----G-A-GA--G-----G-T--CA---ACATGCA---A-TCCTATGG-AC-AAA--T-G-T-G-CA-ATTG-C-AGTGA----TA-A-GGGATGT-TGTAG------T---A------GTTGGA--CA--TG----------------------------AG--TG---AA--GTTGTT------ACA-TT-C-T--TTTT----A--AAACA-TG----GAA-GG-A-----CGTTGAA---------ATAC-AT-TGT--TGCT--AAAAAATATTGCa
gi|13 : gC-GCG-GA-AATTG-AGGGCT------G-GC--ATGCTATC--ACA-CATCAAT-T-----------------------AT-------GAACACA---A-----------A---A-----GGA-GA--G-----G-A--CA--------CAT--C-CCCTATGG-AC-AAA--T-A-C-T-CA-ATTG-T-AGTTTTAAATG-A-AGGATGG-TGTAA------T-----------TTGGA--CG-----------GT--G---C---------T-C-G--TA---AA--GTTGAT------GCA-TTCC-T--TTGT----AACAAGCA-TG----GAG-GG-cattctg
gi|14 : -AAA--T-A-C-T-TT-AT-G-C-AATTT----TA-A-AGGATG--TGTAA------T---ACCGGTAGTTCGA--CA--CG--------T--G---C---------T-CAG--T----AA--GTTGTT------GCA-CT-C-TG-GTGT----A--AAACA-TG----GA--GG-A-----CACTGATTCAA-----ATATGAT-TATTATACT--GGAAACTATCACTg
gi|15 : taggagca--G-----A-A--CAC--A----CA---AATCCTATGG-AT-AAA--T-A-C-TGTA-CTTG-C-Aattct
gi|15 : TGATAATTTTAGGTTTTCACG-G--T--G-A---TCG-ACA-CACAAAT-ttaggttatttagaaccaatgttttacagcaaagacatcacgaacgaaatctggacgggagatgataattttaggttttcacggtgatcgacacacaaatcct
gi|16 : gaacacacaaatcctatggataaatactgtacttgcattaggttatttagaaccaatgttttacagcaaagacatcacgaacgaaatctggacgggaga---A-TCCTATGG-AC-AAA--T-A----------TG-C-----------G-A-AGGATGG-TGTAA------C---A------GTTG------------------------------------------TA---AA--GTTGTT------GCA-TT-C-T--TTTT----A--AAACA-TG----GAG-GG-A-----CATAGAA---------AAGC-AT-TAT--TACA--GGAAAATATCGcct
gi|17 : A--CA--C----GT--G---C---------T-CAG--TA---AA--GTTGAT------GCA-TT-C-T--TTGT----A--AAAGA-TG----GAG-GG-A-----CACCGAT---------ATGT-AT-TAT--TACT--GGAAAATATaaattccaatgat
gi|18 : agtcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn--CA---A----GA---A-TCCTGTGG-AC-AAA--T-A-T----G-GTTG-C-AGTTT----TA-A-AGGATGT-TGTAG------T---A------GTTGGA--CA--CGTAT----AT--G---CCTTGAAAAAT-AAC--TA---AA--ATTGTT------GCA-TT-C-C--TT
gi|19 : ATTGAGG-ACC-GCATGATTATTT-AGG-TTTCACG-G-GT--GTA---TCGAACA-CACAAAT-
gi|19 : catgcacacggaa--G-----A-A--CAC--A----CA---AATCCTATGG-AT-AAA--T-A-C-TGTA-CTTG-C-Acctatggataaatactgtacttgcat
gi|2 : catgcacacggaaattgaggaccgcatgattatttaggtttcacgggtgtatcTTGAGGGACC-GCGTG-----------GTTCCACG-G-GTTGATG---TC--ACA-CACAAAT-TTA------------------------------GAA-ACA---A-----------A---AAGGTTG-A-GT--GCTGTAG-A--TG---A----CACACA-TCCTATGGTAC-AAA--TTA-C-T-CA-ATTG-TTAGTTA----GT-A-AGGATGGATGCAACTG---T---A------GTTGGG---A--CG--T----AT--G---C---------T-CAT--TATTTAAT-GTTGTT-------CT-TC-T-T--TTGT----A--A--CA-TG----GAG-GG-T-----CACCGATCGAT-----ATGT-AT-TAT--TACT--GG-AAATATCGCTt
gi|20 : agtcgtttacagcaagaggcatgcacgcgggaaattAAA-------------------AT-TTA---GAA-ACA---AT----------A---A-----G-A-GA--A-----G-T--CA---A----TA---A-TTCTATAG-AT-AAA--TAA-C-G-CA-ATTGCC-AGTTT----T--A-AGGATGG-TG-AG------T---A------GTTGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatttggaaaaaaggttcccgggggcgcgtcataggacgaatacgcgtatataaatctgccctagcaatcgtattatagtactttttcgggggagtgttaggaaattatatgtagcacaccctcaatttcatatttgagagtttttcttgtattaattcaagattttttttactcgtaattggacagcgtcaggaaataaacttttctttttcacctcatattaccagaggctgttttattttgaacttaaattcacacagtgcactgaaatctcgtgcttcgtaaag
gi|21 : ggacAA-------------------ATTTTA---GAG-ATAGATA-----------A---A-----G-A-GA--G-----G-T--CA---A----CA---A-TCCTATGG-AC-AAA--T-A-T-G-TG-ATTG-T-AGTTT----TA-A-AGGATGG-TGTAG------T---A------GT
gi|23 : gtcAA------T---A------GTTGGA--CA--CA--------T--G---C---------T-CAG--CA---AA--GTTGTT------GTA-TT-C-T--TTTT----A--AA
gi|3 : ATTGAGGGACCCGCATG----TCT-GCAG-----CG-AAGT--GTG----C--ACA-CACAA----------------------------TTTTA---GAA-ACA---A-----------A---A-----G-A-GA--G-----G-ATACA---A----CA-----TCCT--GG-AC-AAA--T-A-C-T-CA-ATTG-T-AGTTT----AG-A-AGGGTTG-TGTAA------T---A------GTTGGA--CA--TG--C------------C---------T-CAT--TA---AA--GTTGTT------GCA-TT-CTT--TTGT----AAGAAACA-TGCCATGA--GG-A-----CACCGATGCGATACTGATAT-AT-TA----ACT--GGAAAATATCGCT
gi|4 : aagtcgtttacagcagaggctatcgacgcggatATTGAGGG-CA-ACGTGATAATTT-AGG-TCTCACG-G-GT--GTG---TC--ACATCACAAAT-TC--------------------------TA---GAA-CCA---A-----------A---A-----G-A-GA--G-----GCA--CA---A----CA---A-TCCTATGG-AC-AAACTT-A-C-T-CA-AATG-C-AGTTTCT--TG-ACGGGATGG--GTAA------T---A------GTTGGAGACAATCGGACTAG-GT--GGGTC---------T-CAG--TA---CA--GCTTTTCGGATGGCACTT-C-T--TTGT----A--AACCC-TG----ATG-GC-A-----CAC-------------ATGT-ATCTATCATACTTCGGAAAATATCatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagattggaaggtccgggggcgctcatgtaggacgaattacgtatataatctggctagcagtcgtagtcgtattagtctacttttcggggggaggggtgaggtaaagtgtataggtaggcgacgaccctcaatgtcaatttgagagtttacaagtcttttgactggtaatggacagcgtcaggaaataaacttttcttttcaccgcaattaccagaggctgttttaattttgtatttaggctgcgttgtaaattaaattcatcacagacgactgaaaatctatcgtgggcttggtagagt
gi|5 : cggttccactcgctcccgaagcatggggaagcgaagtggccaaaacccttatgcttgcgaagatggtcgcgatattaacctcacatggtaactttggcagcatgaaaggtttagccctgacttgataaattttcattatataataaacttagaaacagtcgagtggtacaaatatgaaattaagcgttaatatgttgtactttttttaaataaagtgtctaatatatagaggtatgttggtaccaatactctgaatacattagagaatacaccctctgaaaatgtgtggttgcaatgaaggttggtgataccaagtgcgtttacagcaaaggcattgcacgcggaATTGAGGG-CC-GCAT-ATAATTT-AGGGTCTCACGAG-GT--GTG---TC--ACA-CACAANN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATTCTA---GAA-ACA---A-----------A---A-----G-A-GA--G-----G-A--CA---A----CA---A-TCCTATGG-AC-AAA--T-A-C-T-CA-ATTG-C-AGTTT----TG-A-GGGATGG-TGTAA------T---A------GTTGGA--CA--CG--C----GT--G---C---------T-CAG--TA---AA--GTTGAT------GCA-TT-C-T--TTAT----A--AATCA-T-----GAT-GG-A-----CACAGGT---------ATGT-AT-TAT--TACT--GGAAAATATCGCT
gi|6 : C--ACA-CACAAAT---------------------------TTTA---GAA-ACA---A-----------A---A-----G-A-GA--G-----G-A--CA---A----CA---A-TCCTATGG-AC-AAA--T-A-C-T-CA-TTTG-C-AGTTT----TG-A-AGGATGG-TGTAATACCAGT---A------GTTGAA--CA------C----GT--G---C---------T-CAG--TA---AA--GCTGAT------GCA-TC-C-T--TTGTAAAAA--AAAAA-TG----GAG-GG-A-----CATCGAT---------ATGT-AT-TAT--TACT--GGAAAATATCGCTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnng
gi|7 : TCACA-G-GT--GTG---TC--A-A-CACA-----TAAA-------------------ATTT-A---GA----A---A-----------A---A-----G-ATGA--G-----G-A---A---A----CA---A--CCTATGG-ACTGAA--T-A-C-T-CA-Aattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|8 : atatgatggacctttaaaaaaaaagtgtctaattatatttagatgtaatgtttggttaactacatatctgaatactttagaaaataccaccctctgaaattttgttgtgaagttgggtcattaccagtcgttacacatagtctccctaacaaaattaatggggagccctatggtttacagcaaaagcatgtacgcggaaatgacggccgcattgataatggagtatcacgcctagG-C-AGTTT----TA-A-AGGATGG-TGTA------------------GTTGGA--CA--TG--------T--G---C---------T-AAG--TA---AA--GTTGTT------GCA-TT-C-T--TTa
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): GGTCACACTCCGCTCCGCAAGCCATGGGGAGACGGAGTGGGACCAAAAAACCCTGGCTCAAGATGAGTCGCGAAAACCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCGTTAATGGGTTTTACTTTTAAAAATTCGTAATGTATATAAGGTCTGTTGGTAACAAT
Unaligned ( gi|22 ): TCTAAAGATGAATAGCTACCAATTACTGTTTTTTATTTCAGTGATCTACTACAAT
Alignments
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lowQualScore : 0 6 111 5 5 2 4 8 66 777 99 4 7777777777777777777777777777 555 3 555 111111111111111111111 3 3 33 77777 2 33 000 5555 88888 2 2 55 4 2 666 2 2 2 3333333 2 2 00000000000000000 33 22222222222222222222222222222 2 33 444 99 777777 2 2 2 66 6666 77 3 6666 55 3 88888 3 555555555 6 6 99 44
lowQualScore : . . ... . . . . . .. ... .. . ............................ ... . ... ..................... . . .. ..... . .. ... .... ..... . . .. . . ... . . . ....... . . ................. .. ............................. . .. ... .. ...... . . . .. .... .. . .... .. . ..... . ......... . . .. ..
lowQualScore : 6 7 444 7 6 4 4 9 11 888 55 0 7777777777777777777777777777 888 3 888 999999999999999999999 3 3 99 11111 9 77 000 7777 44444 5 4 66 7 4 666 4 4 4 3333333 7 7 99999999999999999 99 33333333333333333333333333333 7 77 777 00 777777 7 7 7 33 5555 99 1 5555 88 1 33333 7 444444444 7 7 22 66
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Reference ( family-1415 ) : ATTGAGGGACC-GCGTGATAATTT-AGGGTTTCACG-G-GT--GTG---TC--ACA-CACAAAT-TTAAA-------------------ATTTTA---GAA-ACA---A-----------A---A-----G-A-GA--G-----G-A--CA---A----CA---A-TCCTATGG-AC-AAA--T-A-C-T-CA-ATTG-C-AGTTT----TG-A-AGGATGG-TGTAA------T---A------GTTGGA--CA--CG--C----GT--G---C---------T-CAG--TA---AA--GTTGTT------GCA-TT-C-T--TTGT----A--AAACA-TG----GAG-GG-A-----CACCGAT---------ATGT-AT-TAT--TACT--GGAAAATATCGCT
gi|1 : GGTTCCACG-TTGT--ATG---TC--ACA-CACAAATATTGAG----------------------TTAAACGAA-ACA---AGGTATGCAGTGA---C-----G-A-GATTG-----A-A--CACAAA----CA---G-TCCTATGG-AC-AAT--T-A-CCT-CA-ATTG-T-AGTTT----AGTA-AGGAGGT-TGCAAACTG--T---A------GTTGGG--TA--CG-------AT--G---C---------TATAT--TT---AATGGTCGTT------TCA-TT-C-TATTTGT----A--A--CA-TG----GATCGG-AGGCGTCACCGATCG-------ATATGATCTAT--TACT--GGAAAATATCGCT
gi|10 : gtcgtttacagcacagagggcatgcaccgggaaatttgagacgcgataccacccgcgat--AAACA-TG----GAG-GA-A-----CACTGAT---------ATA-----TAT--TACT--GGAAAATATCGCTatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatttggaaaaaggtctggcccagggttggccgctcatataggaggcgatatacctgttataaatctgcgccctagcaatcgtattatagtaacttttcggggcgagtgttaggaaattatatattgtagcgcacaccctcaatttcatatttgagggagttctttcttgtatttaatttattttacaaaaagattttttttaactggcgtatatggtatggcacattgcgtcagaaaataaaaacgaatataaacttttctttttcacctcattacccagagaggcggtggttttatttttgaaatttaaattcacacagtgcagctgaaaaaattcatcgtggctttgtttaaagt
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gi|3 : ATTGAGGGACCCGCATG----TCT-GCAG-----CG-AAGT--GTG----C--ACA-CACAA----------------------------TTTTA---GAA-ACA---A-----------A---A-----G-A-GA--G-----G-ATACA---A----CA-----TCCT--GG-AC-AAA--T-A-C-T-CA-ATTG-T-AGTTT----AG-A-AGGGTTG-TGTAA------T---A------GTTGGA--CA--TG--C------------C---------T-CAT--TA---AA--GTTGTT------GCA-TT-CTT--TTGT----AAGAAACA-TGCCATGA--GG-A-----CACCGATGCGATACTGATAT-AT-TA----ACT--GGAAAATATCGCT
gi|4 : aagtcgtttacagcagaggctatcgacgcggatATTGAGGG-CA-ACGTGATAATTT-AGG-TCTCACG-G-GT--GTG---TC--ACATCACAAAT-TC--------------------------TA---GAA-CCA---A-----------A---A-----G-A-GA--G-----GCA--CA---A----CA---A-TCCTATGG-AC-AAACTT-A-C-T-CA-AATG-C-AGTTTCT--TG-ACGGGATGG--GTAA------T---A------GTTGGAGACAATCGGACTAG-GT--GGGTC---------T-CAG--TA---CA--GCTTTTCGGATGGCACTT-C-T--TTGT----A--AACCC-TG----ATG-GC-A-----CAC-------------ATGT-ATCTATCATACTTCGGAAAATATCatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagattggaaggtccgggggcgctcatgtaggacgaattacgtatataatctggctagcagtcgtagtcgtattagtctacttttcggggggaggggtgaggtaaagtgtataggtaggcgacgaccctcaatgtcaatttgagagtttacaagtcttttgactggtaatggacagcgtcaggaaataaacttttcttttcaccgcaattaccagaggctgttttaattttgtatttaggctgcgttgtaaattaaattcatcacagacgactgaaaatctatcgtgggcttggtagagt
gi|5 : cggttccactcgctcccgaagcatggggaagcgaagtggccaaaacccttatgcttgcgaagatggtcgcgatattaacctcacatggtaactttggcagcatgaaaggtttagccctgacttgataaattttcattatataataaacttagaaacagtcgagtggtacaaatatgaaattaagcgttaatatgttgtactttttttaaataaagtgtctaatatatagaggtatgttggtaccaatactctgaatacattagagaatacaccctctgaaaatgtgtggttgcaatgaaggttggtgataccaagtgcgtttacagcaaaggcattgcacgcggaATTGAGGG-CC-GCAT-ATAATTT-AGGGTCTCACGAG-GT--GTG---TC--ACA-CACAANN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATTCTA---GAA-ACA---A-----------A---A-----G-A-GA--G-----G-A--CA---A----CA---A-TCCTATGG-AC-AAA--T-A-C-T-CA-ATTG-C-AGTTT----TG-A-GGGATGG-TGTAA------T---A------GTTGGA--CA--CG--C----GT--G---C---------T-CAG--TA---AA--GTTGAT------GCA-TT-C-T--TTAT----A--AATCA-T-----GAT-GG-A-----CACAGGT---------ATGT-AT-TAT--TACT--GGAAAATATCGCT
gi|6 : C--ACA-CACAAAT---------------------------TTTA---GAA-ACA---A-----------A---A-----G-A-GA--G-----G-A--CA---A----CA---A-TCCTATGG-AC-AAA--T-A-C-T-CA-TTTG-C-AGTTT----TG-A-AGGATGG-TGTAATACCAGT---A------GTTGAA--CA------C----GT--G---C---------T-CAG--TA---AA--GCTGAT------GCA-TC-C-T--TTGTAAAAA--AAAAA-TG----GAG-GG-A-----CATCGAT---------ATGT-AT-TAT--TACT--GGAAAATATCGCTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnng
gi|7 : TCACA-G-GT--GTG---TC--A-A-CACA-----TAAA-------------------ATTT-A---GA----A---A-----------A---A-----G-ATGA--G-----G-A---A---A----CA---A--CCTATGG-ACTGAA--T-A-C-T-CA-Aattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|8 : atatgatggacctttaaaaaaaaagtgtctaattatatttagatgtaatgtttggttaactacatatctgaatactttagaaaataccaccctctgaaattttgttgtgaagttgggtcattaccagtcgttacacatagtctccctaacaaaattaatggggagccctatggtttacagcaaaagcatgtacgcggaaatgacggccgcattgataatggagtatcacgcctagG-C-AGTTT----TA-A-AGGATGG-TGTA------------------GTTGGA--CA--TG--------T--G---C---------T-AAG--TA---AA--GTTGTT------GCA-TT-C-T--TTa
blockSeqs : A C ATA T G T A A TG CTA GA T NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATT . C GAT AAAGGTT G T . CTGTA C TA C CATG CACA T T CT T T TG G C T TAAATG C A TACCGGTA GA CGTATATGCCTTGAAAAA . GA TTT A CGGATG C C T G AAAA AC T CCAT G C . T GCGATACTG G C TA TC
blockSeqs : A . ATT . T T . . . . G . TAAAATT . . . AAAGA . . . . . . C . TC . . A A . TG . . . CTTG . . TACCAGTA . ATCGGACTAGGTGGGTC . . . T . . . . . . AG . . G . . T TCAA . . CA .
blockSeqs : . . ATA . G C . . . . . . TAT . . . AGTA . . . . . . . . AA . . . . . T . . . TA . . AATCAGA . TGCAAACGTCGAC . . . . . . . . . . . . . A . . T CGAT . . . .
blockSeqs : . . ATA . G T . . . . . . TTA . . . TAA . . . . . . . . AA . . . . . G . . . TA . . CTGTA . CACGTGC . . . . . . . . . . . . . G . . T A . . . .
blockSeqs : . . . G T . . . . . . TT . . . AA . . . . . . . . A . . . . . T . . . TA . . TA . CGTATGC . . . . . . . . . . . . . G . . A . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . TC . . . AA . . . . . . . . A . . . . . T . . . GT . . CA . CGCGTGC . . . . . . . . . . . . . G . . C . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . . AA . . . . . . . . A . . . . . T . . . TA . . TA . CGTGC . . . . . . . . . . . . . G . . C . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . AA . . . . . . . . A . . . . . G . . . AG . . TA . CATGC . . . . . . . . . . . . . G . . C . . . . .
blockSeqs : . . . . . AA . . . . . . . . A . . . . . G . . . TG . . TA . CGTGC . . . . . . . . . . . . . T . . A . . . . .
blockSeqs : . . . AA . . . . . . . . A . . . . . T . . . TG . . TA . TGTGC . . . . . . . . . . . . . G . . C . . . . .
blockSeqs : . . . AA . . . . . . . . A . . . . . T . . . TA . . TA . GTGC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . T . . . G . . TA . TGCC . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . T . . . G . . TA . TG . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . T . . . T . . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqCons : ATA TT************************** *** AA******************* ** *** T** TA***** TA*************** CGTGC************************ ** ** G* ***** *********
originalCons : ATTGAGGGACC-GCGTGATAATTT-AGGGTTTCACG-G-GT--GTG---TC--ACA-CACAAAT-TTAAA-------------------ATTTTA---GAA-ACA---A-----------A---A-----G-A-GA--G-----G-A--CA---A----CA---A-TCCTATGG-AC-AAA--T-A-C-T-CA-ATTG-C-AGTTT----TG-A-AGGATGG-TGTAA------T---A------GTTGGA--CA--CG--C----GT--G---C---------T-CAG--TA---AA--GTTGTT------GCA-TT-C-T--TTGT----A--AAACA-TG----GAG-GG-A-----CACCGAT---------ATGT-AT-TAT--TACT--GGAAAATATCGCT
finalCons : ATTGAGGGACC-GCGTGATAATTT-AGGGTTTCACG-G-GT--GTG---TC--ACA-CACAAATTT--------------------------TTA---GAA-ACA---AAA-------------------G-A-GA--G-----G-A--CA---A----CA---A-TCCTATGG-AC-AAA--T-A-CT--CA-ATTG-C-AGTTTTA-----A-AGGATGG-TGTAATA---------------GTTGGA--CACGTGC------------------------T-CAG--TA---AA--GTTGTT------GCA-TT-C-T--TTGT----A--AAACA-TG----GAG-GG-A-----CACCGAT---------ATGT-AT-TAT--TACT--GGAAAATATCGCT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): GGTCACACTCCGCTCCGCAAGCCATGGGGAGACGGAGTGGGACCAAAAAACCCTGGCTCAAGATGAGTCGCGAAAACCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCGTTAATGGGTTTTACTTTTAAAAATTCGTAATGTATATAAGGTCTGTTGGTAACAAT
Unaligned ( gi|22 ): TCTAAAGATGAATAGCTACCAATTACTGTTTTTTATTTCAGTGATCTACTACAAT
Alignments
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lowQualScore : 0 6 111 5 5 2 4 8 66 777 33 4 88888888888888888888888888888888 555 3 555 11111111111111111111 3 3 44 77777 4444 777 3333 2 2 2 55 2 66666 2 5 88888888 33 2 00000000000000000 88888 444444444444444444444444444444444444 2 33 444 99 777777 2 2 2 66 6666 77 3 6666 55 3 88888 3 555555555 6 6 99 44
lowQualScore : . . ... . . . . . .. ... .. . ................................ ... . ... .................... . . .. ..... .... ... .... . . . .. . ..... . . ........ .. . ................. ..... .................................... . .. ... .. ...... . . . .. .... .. . .... .. . ..... . ......... . . .. ..
lowQualScore : 6 7 444 7 6 4 4 9 11 888 55 0 77777777777777777777777777777777 888 3 888 99999999999999999999 3 3 22 77777 0000 999 0000 7 7 5 99 5 22222 5 0 99999999 22 7 99999999999999999 88888 777777777777777777777777777777777777 7 77 777 00 777777 7 7 7 33 5555 99 1 5555 88 1 33333 7 444444444 7 7 22 66
consensus : ATTGAGGGACC-GCGTGATAATTT-AGGGTTTCACG-G-GT--GTG---TC--ACA-CACAAAT-------------------------TT---TTA---GAA-ACA---A-----------A--A-----G-A-GA--G-----G-A--CA---ACA----A-TCCTATGG-AC-AAA--T-A-C-T-CA-ATTGC-AGTTT--TA----A-AGGATGG-TGTAA------T---A------GTTGG-----ACA--C-----------G----T--G---C---------T-CAG--TA---AA--GTTGTT------GCA-TT-C-T--TTGT----A--AAACA-TG----GAG-GG-A-----CACCGAT---------ATGT-AT-TAT--TACT--GGAAAATATCGCT
Reference ( family-1415 ) : ATTGAGGGACC-GCGTGATAATTT-AGGGTTTCACG-G-GT--GTG---TC--ACA-CACAAAT-------------------------TT---TTA---GAA-ACA---A-----------A--A-----G-A-GA--G-----G-A--CA---ACA----A-TCCTATGG-AC-AAA--T-A-C-T-CA-ATTGC-AGTTT--TA----A-AGGATGG-TGTAA------T---A------GTTGG-----ACA--C-----------G----T--G---C---------T-CAG--TA---AA--GTTGTT------GCA-TT-C-T--TTGT----A--AAACA-TG----GAG-GG-A-----CACCGAT---------ATGT-AT-TAT--TACT--GGAAAATATCGCT
gi|1 : GGTTCCACG-TTGT--ATG---TC--ACA-CACAAATA------------------------TTGAGTTAAACGAA-ACA---AGGTATGCAGTGA--C-----G-A-GATTG-----A-A--CACAAACA----G-TCCTATGG-AC-AAT--T-A-CCT-CA-ATTGT-AGTTTAGTA----A--GGAGGT-TGCAAACTG--T---A------GTTGG-----GTA--C-----------GA---T--G---C---------TATAT--TT---AATGGTCGTT------TCA-TT-C-TATTTGT----A--A--CA-TG----GATCGG-AGGCGTCACCGATCG-------ATATGATCTAT--TACT--GGAAAATATCGCT
gi|10 : gtcgtttacagcacagagggcatgcaccgggaaatttgagacgcgataccacccgcgat--AAACA-TG----GAG-GA-A-----CACTGAT---------ATA-----TAT--TACT--GGAAAATATCGCTatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatttggaaaaaggtctggcccagggttggccgctcatataggaggcgatatacctgttataaatctgcgccctagcaatcgtattatagtaacttttcggggcgagtgttaggaaattatatattgtagcgcacaccctcaatttcatatttgagggagttctttcttgtatttaatttattttacaaaaagattttttttaactggcgtatatggtatggcacattgcgtcagaaaataaaaacgaatataaacttttctttttcacctcattacccagagaggcggtggttttatttttgaaatttaaattcacacagtgcagctgaaaaaattcatcgtggctttgtttaaagt
gi|11 : T-------------------------TT---TTA---GAA-ACA---A-----------AGTA-----G-A-AA--G-----G-A---A---ACA----A-TC-TATGG-AC-AAAA-T-ATC-T-GAGACTGC-AGTTA--GA----G-AGG-TGG-TGTAAAA----TCAGA------GTTTGCATGCAAA--C-----------G----TCGA---C---------T-CAAGATA---AAA-GTTGTT------GCA-GT-T-C--TTGT----A--AAACATTG----GAG-GGCA-----CAATGATA--------ATGT-AT-TA---TACT--G--AAATATAGCTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnga
gi|12 : AAAT-------------------------TT---T-A---GAA-ACA---A-----------A--AAGA--G-A-GA--G-----G-T--CA---ACATGCAA-TCCTATGG-AC-AAA--T-G-T-G-CA-ATTGC-AGTGA--TA----A-GGGATGT-TGTAG------T---A------GTTGG-----ACA--T-----------G------------------------AG--TG---AA--GTTGTT------ACA-TT-C-T--TTTT----A--AAACA-TG----GAA-GG-A-----CGTTGAA---------ATAC-AT-TGT--TGCT--AAAAAATATTGCa
gi|13 : gC-GCG-GA-AATTG-AGGGCT------G-GC--ATGCTATC--ACA-CATCAAT-------------------------TA---T-----GAACACA---A-----------A--A-----GGA-GA--G-----G-A--CA----CAT---C-CCCTATGG-AC-AAA--T-A-C-T-CA-ATTGT-AGTTT--TAAATGA-AGGATGG-TGTAA------T-----------TTGG-----ACG--------------G----T--G---C---------T-C-G--TA---AA--GTTGAT------GCA-TTCC-T--TTGT----AACAAGCA-TG----GAG-GG-cattctg
gi|14 : -AAA--T-A-C-T-TT-AT-GC-AATTT--TA----A-AGGATG--TGTAA------T---ACCGGTAGTTCG-----ACA--C-----------G----T--G---C---------T-CAG--T----AA--GTTGTT------GCA-CT-C-TG-GTGT----A--AAACA-TG----GA--GG-A-----CACTGATTCAA-----ATATGAT-TATTATACT--GGAAACTATCACTg
gi|15 : taggagca--G-----A-A--CAC--ACA----AATCCTATGG-AT-AAA--T-A-C-TGTA-CTTGC-Aattct
gi|15 : TGATAATTTTAGGTTTTCACG-G--T--G-A---TCG-ACA-CACAAAT-------------------------ttaggttatttagaaccaatgttttacagcaaagacatcacgaacgaaatctggacgggagatgataattttaggttttcacggtgatcgacacacaaatcct
gi|16 : gaacacacaaatcctatggataaatactgtacttgcattaggttatttagaaccaatgttttacagcaaagacatcacgaacgaaatctggacgggaga----A-TCCTATGG-AC-AAA--T-A----------TGC-G------------A-AGGATGG-TGTAA------C---A------GTTG----------------------------------------------------TA---AA--GTTGTT------GCA-TT-C-T--TTTT----A--AAACA-TG----GAG-GG-A-----CATAGAA---------AAGC-AT-TAT--TACA--GGAAAATATCGcct
gi|17 : -----ACA--C-----------G----T--G---C---------T-CAG--TA---AA--GTTGAT------GCA-TT-C-T--TTGT----A--AAAGA-TG----GAG-GG-A-----CACCGAT---------ATGT-AT-TAT--TACT--GGAAAATATaaattccaatgat
gi|18 : agtcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn--CA---AGA----A-TCCTGTGG-AC-AAA--T-A-T----G-GTTGC-AGTTT--TA----A-AGGATGT-TGTAG------T---A------GTTGG-----ACA--C-----------GTATAT--G---CCTTGAAAAAT-AAC--TA---AA--ATTGTT------GCA-TT-C-C--TT
gi|19 : ATTGAGG-ACC-GCATGATTATTT-AGG-TTTCACG-G-GT--GTA---TCGAACA-CACAAAT-------------------------
gi|2 : catgcacacggaaTTGAGGGACC-GCGTG-----------GTTCCACG-G-GTTGATG---TC--ACA-CACAAAT-------------------------TT-----A---GAA-ACA---A-----------A--AAGGTTG-A-GT--GCTGTAG-A--TG---ACACAC-A-TCCTATGGTAC-AAA--TTA-C-T-CA-ATTGTTAGTTA--GT----A-AGGATGGATGCAACTG---T---A------GTTGGG----ACG--T-----------A----T--G---C---------T-CAT--TATTTAAT-GTTGTT-------CT-TC-T-T--TTGT----A--A--CA-TG----GAG-GG-T-----CACCGATCGAT-----ATGT-AT-TAT--TACT--GG-AAATATCGCTcctatggataaatactgtacttgcat
gi|20 : agtcgtttacagcaagaggcatgcacgcgggaaattACAAAA-------------------------TT---T-A---GAA-ACA---AT----------A--A-----G-A-GA--A-----G-T--CA---ATA----A-TTCTATAG-AT-AAA--T-AAC-G-CA-ATTGCCAGTTT--TA----A--GGATGG-TG-AG------T---A------GTTGG-----nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatttggaaaaaaggttcccgggggcgcgtcataggacgaatacgcgtatataaatctgccctagcaatcgtattatagtactttttcgggggagtgttaggaaattatatgtagcacaccctcaatttcatatttgagagtttttcttgtattaattcaagattttttttactcgtaattggacagcgtcaggaaataaacttttctttttcacctcatattaccagaggctgttttattttgaacttaaattcacacagtgcactgaaatctcgtgcttcgtaaag
gi|21 : ggCAAAT-------------------------TT---T-A---GAG-ATAGATA-----------A--A-----G-A-GA--G-----G-T--CA---ACA----A-TCCTATGG-AC-AAA--T-A-T-G-TG-ATTGT-AGTTT--TA----A-AGGATGG-TGTAG------T---A------GT
gi|23 : gtAA------T---A------GTTGG-----ACA--C-----------A----T--G---C---------T-CAG--CA---AA--GTTGTT------GTA-TT-C-T--TTTT----A--AA
gi|3 : ATTGAGGGACCCGCATG----TCT-GCAG-----CG-AAGT--GTG----C--ACA-CACAA---------------------------TT---TTA---GAA-ACA---A-----------A--A-----G-A-GA--G-----G-ATACA---ACA------TCCT--GG-AC-AAA--T-A-C-T-CA-ATTGT-AGTTT--AG----A-AGGGTTG-TGTAA------T---A------GTTGG-----ACA--T-----------G----C------C---------T-CAT--TA---AA--GTTGTT------GCA-TT-CTT--TTGT----AAGAAACA-TGCCATGA--GG-A-----CACCGATGCGATACTGATAT-AT-TA----ACT--GGAAAATATCGCT
gi|4 : aagtcgtttacagcagaggctatcgacgcggatATTGAGGG-CA-ACGTGATAATTT-AGG-TCTCACG-G-GT--GTG---TC--ACATCACAAAT-------------------------TC---T-A---GAA-CCA---A-----------A--A-----G-A-GA--G-----GCA--CA---ACA----A-TCCTATGG-AC-AAACTT-A-C-T-CA-AATGC-AGTTTCTTG----ACGGGATGG--GTAA------T---A------GTTGG-----AGA--CAATCGGACTAGG----T--GGGTC---------T-CAG--TA---CA--GCTTTTCGGATGGCACTT-C-T--TTGT----A--AACCC-TG----ATG-GC-A-----CAC-------------ATGT-ATCTATCATACTTCGGAAAATATCatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagattggaaggtccgggggcgctcatgtaggacgaattacgtatataatctggctagcagtcgtagtcgtattagtctacttttcggggggaggggtgaggtaaagtgtataggtaggcgacgaccctcaatgtcaatttgagagtttacaagtcttttgactggtaatggacagcgtcaggaaataaacttttcttttcaccgcaattaccagaggctgttttaattttgtatttaggctgcgttgtaaattaaattcatcacagacgactgaaaatctatcgtgggcttggtagagt
gi|5 : cggttccactcgctcccgaagcatggggaagcgaagtggccaaaacccttatgcttgcgaagatggtcgcgatattaacctcacatggtaactttggcagcatgaaaggtttagccctgacttgataaattttcattatataataaacttagaaacagtcgagtggtacaaatatgaaattaagcgttaatatgttgtactttttttaaataaagtgtctaatatatagaggtatgttggtaccaatactctgaatacattagagaatacaccctctgaaaatgtgtggttgcaatgaaggttggtgataccaagtgcgtttacagcaaaggcattgcacgcggaATTGAGGG-CC-GCAT-ATAATTT-AGGGTCTCACGAG-GT--GTG---TC--ACA-CACAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATT---CTA---GAA-ACA---A-----------A--A-----G-A-GA--G-----G-A--CA---ACA----A-TCCTATGG-AC-AAA--T-A-C-T-CA-ATTGC-AGTTT--TG----A-GGGATGG-TGTAA------T---A------GTTGG-----ACACGC-----------G----T--G---C---------T-CAG--TA---AA--GTTGAT------GCA-TT-C-T--TTAT----A--AATCA-T-----GAT-GG-A-----CACAGGT---------ATGT-AT-TAT--TACT--GGAAAATATCGCT
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gi|8 : atatgatggacctttaaaaaaaaagtgtctaattatatttagatgtaatgtttggttaactacatatctgaatactttagaaaataccaccctctgaaattttgttgtgaagttgggtcattaccagtcgttacacatagtctccctaacaaaattaatggggagccctatggtttacagcaaaagcatgtacgcggaaatgacggccgcattgataatggagtatcacgcctagGC-AGTTT--TA----A-AGGATGG-TGTA------------------GTTGG-----ACA--T-----------G----T--G---C---------T-AAG--TA---AA--GTTGTT------GCA-TT-C-T--TTa
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): GGTCACACTCCGCTCCGCAAGCCATGGGGAGACGGAGTGGGACCAAAAAACCCTGGCTCAAGATGAGTCGCGAAAACCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCGTTAATGGGTTTTACTTTTAAAAATTCGTAATGTATATAAGGTCTGTTGGTAACAAT
Unaligned ( gi|22 ): TCTAAAGATGAATAGCTACCAATTACTGTTTTTTATTTCAGTGATCTACTACAAT