lowQualScore : 11111111111111111111
lowQualScore : 1 33333333333333333333 11 1
lowQualScore : 2 1 00000000000000000000 2 55 3 3
lowQualScore : . . .................... . .. . .
lowQualScore : 0 0 00000000000000000000 5 55 7 3
consensus : GGATGGGAGGCGGGGACGGATGGG-GA----ACAGAT--ACAGGATCACTATAAACCCCCCNGCTT-CGCTAGCGGGG
Reference ( gi|13 ) : GGATGGGAGGCGGGGATGGACGAACGAACCCACGGAC-CACAGGATCACTATAAACCCCTCCGCTT-CGCTAGCGGGGGGGGTT
gi|12 : GGATGGGAGG-GGAGGTGCATGGG-GA-----CAGACACACAGGATCACAATAAACCCC-GAGCTTCCGGTAGCG
gi|15 : gtagtGATGGGAGGCGGGGACGGA-G--------CACAG----TCAGGATCACTATCAACCC--CCGCTT-CGCTAGtgtgtgtgtgtatgttgggttata
gi|1 : TGGGAGGTTGGAACAGATGAATAA----ACGGAT-----GGACCACTATAAA--CCTCTAATG-TGCTAGCGGGG
gi|14 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtagcagtACAGAT-AACAGGATCACTATAAACCCCCC
11 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATTAGTGGTTTTATGAGGAGTAGCGGGCGGGAGATGGGACTGACGGTACACAGGGTCACTATAAAATCCC
Unaligned ( gi|3 ): TCCAAAAATTATTTAGATCAAAATCTAACCCCCCCCCACCCACCCCCATGGGATCACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTAGCGGATGGGACGTAGGGGCGGACG
Unaligned ( gi|4 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAGCGGATGGAAAGTGGTGACGGACAA
Unaligned ( gi|5 ): ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGATGTGGGGGTTTAGAGGAGTAGCTGGCAGAAAATGGG
Unaligned ( gi|6 ): CANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGA
Unaligned ( gi|7 ): ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGAAAGAAGTA
Unaligned ( gi|8 ): CCCCCCCCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTAGCTAGGTGA
Unaligned ( gi|9 ): AANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGT
Unaligned ( gi|10 ): CANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGTAGAGGAGTA
Unaligned ( gi|11 ): CCCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|16 ): AAATCATTCAGATCAACATTTAAAATAGAGG
Alignments
lowQualScore : 55555555555555555555 1 1
lowQualScore : 6 1 3 77777777777777777777 0 88 0
lowQualScore : . . . .................... . .. .
lowQualScore : 5 4 8 88888888888888888888 0 88 0
consensus : GGATGGGAGGCGGGGACGGATGGA-GAAC----GG--AT-A-CAGGATCACTATAAACCCCCCCGCTT-CGCTAGCGGGG
Reference ( family-14071 ) : GGATGGGAGGCGGGGACGGATGGG-GAAC----AG--AT-A-CAGGATCACTATAAACCCCCCNGCTT-CGCTAGCGGGG
gi|1 : TGGGAGGTTGGAACAGATGAATAAAC----GG--AT-----GGACCACTATAAA--CCTCTAATG-TGCTAGCGGGG
gi|12 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtagcagtGGATGGGAGG-GGAGGTGCATGGG-G-AC----AGACAC-A-CAGGATCACAATAAA-CCCCGAGCTTCCGGTAGCG
gi|13 : gtagtGGATGGGAGGCGGGGATGGACGAACGAACCCACGG--ACCA-CAGGATCACTATAAACCCCTCCGCTT-CGCTAGCGGGGtgtgtgtgtgtatgttgggttata
gi|14 : GAGGGATGG----AC----AG--AT-AACAGGATCACTATAAACCCCCCTTCTggggtt
gi|15 : gagtagtgaaagttaaGATGGGAGGCGGGGACGGA-----GCAC----AG---T---CAGGATCACTATCAACCCCC--GCTT-CGCTAGcact
11 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATTAGTGGTTTTATGAGGAGTAGCGGGCGGGAGATGGGACTGACGGTACACAGGGTCACTATAAAATCCC
Unaligned ( gi|3 ): TCCAAAAATTATTTAGATCAAAATCTAACCCCCCCCCACCCACCCCCATGGGATCACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTAGCGGATGGGACGTAGGGGCGGACG
Unaligned ( gi|4 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAGCGGATGGAAAGTGGTGACGGACAA
Unaligned ( gi|5 ): ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGATGTGGGGGTTTAGAGGAGTAGCTGGCAGAAAATGGG
Unaligned ( gi|6 ): CANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGA
Unaligned ( gi|7 ): ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGAAAGAAGTA
Unaligned ( gi|8 ): CCCCCCCCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTAGCTAGGTGA
Unaligned ( gi|9 ): AANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGT
Unaligned ( gi|10 ): CANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGTAGAGGAGTA
Unaligned ( gi|11 ): CCCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|16 ): AAATCATTCAGATCAACATTTAAAATAGAGG
Alignments
lowQualScore : 5555555555555555555 2 1
lowQualScore : 6 44 1111111111111111111 0 0 0
lowQualScore : . .. ................... . . .
lowQualScore : 5 66 4444444444444444444 0 2 0
consensus : GGATGGGAGGCGGGGACGGATGGA-GAAC----GG--AT-A-CAGGATCACTATAAACCCCCCCGCTT-CGCTAGCGGGG
Reference ( family-14071 ) : GGATGGGAGGCGGGGACGGATGGA-GAAC----GG--AT-A-CAGGATCACTATAAACCCCCCCGCTT-CGCTAGCGGGG
gi|1 : TGGGAGGTTGGAACAGATGAATAAAC----GG--AT-----GGACCACTATAAA--CCTCTAATG-TGCTAGCGGGG
gi|12 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtagcagtGGATGGGAGG-GGAGGTGCATGG--GGAC----AGACAC-A-CAGGATCACAATAAA-CCCCGAGCTTCCGGTAGCG
gi|13 : gtagtGGATGGGAGGCGGGGATGGACGAACGAACCCACGG--ACCA-CAGGATCACTATAAACCCCTCCGCTT-CGCTAGCGGGGtgtgtgtgtgtatgttgggttata
gi|14 : GAGGGATGGA----C----AG--AT-AACAGGATCACTATAAACCCCCCggggtt
gi|15 : gagtagtgaaagttaaGATGGGAGGCGGGGAC----GGA-GCAC----AG---T---CAGGATCACTATCAA--CCCCCGCTT-CGCTAGttctcact
blockSeqs : C TG ACGAACCCACGGACCA C C
blockSeqs : C TG GGACAGACACA C .
blockSeqs : . GG ACAGATAA . .
blockSeqs : C AGCACAGT .
blockSeqCons : GGACGGACACA********
originalCons : GGATGGGAGGCGGGGACGGATGGA-GAAC----GG--AT-A-CAGGATCACTATAAACCCCCCCGCTT-CGCTAGCGGGG
finalCons : GGATGGGAGGCGGGGACGGATGGGGACGGACACA--------CAGGATCACTATAAACCCCCCCGCTT-CGCTAGCGGGG
11 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATTAGTGGTTTTATGAGGAGTAGCGGGCGGGAGATGGGACTGACGGTACACAGGGTCACTATAAAATCCC
Unaligned ( gi|3 ): TCCAAAAATTATTTAGATCAAAATCTAACCCCCCCCCACCCACCCCCATGGGATCACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTAGCGGATGGGACGTAGGGGCGGACG
Unaligned ( gi|4 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAGCGGATGGAAAGTGGTGACGGACAA
Unaligned ( gi|5 ): ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGATGTGGGGGTTTAGAGGAGTAGCTGGCAGAAAATGGG
Unaligned ( gi|6 ): CANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGA
Unaligned ( gi|7 ): ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGAAAGAAGTA
Unaligned ( gi|8 ): CCCCCCCCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTAGCTAGGTGA
Unaligned ( gi|9 ): AANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGT
Unaligned ( gi|10 ): CANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGTAGAGGAGTA
Unaligned ( gi|11 ): CCCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|16 ): AAATCATTCAGATCAACATTTAAAATAGAGG
Alignments
lowQualScore : 11 444444444444444444444 22 1
lowQualScore : 8 11 3 6 3 1 999999999999999999999 00 0 0
lowQualScore : . .. . . . . ..................... .. . .
lowQualScore : 0 00 2 7 7 7 555555555555555555555 22 2 0
consensus : GGATG-GGAG--GCGGG-GACGGATGGG---GA-----CGGACACA--CAGGATCACTATAAA-CCCCCCGCTT-CGCTAGCGGGG
Reference ( family-14071 ) : GGATG-GGAG--GCGGG-GACGGATGGG---GA-----CGGACACA--CAGGATCACTATAAACCCCCCCGCTT-CGCTAGCGGGG
gi|1 : TG-GGAG--GTTGG-AACAGATGAATA-AA-----CGGAT-------GGACCACTATAAA--CCTCTAATG-TGCTAGCGGGG
gi|12 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtagcagtGGATG-GGAG--G-GGA-GGTGCATGGG---GA-----CAGACACA--CAGGATCACAATAAA-CCCCGAGCTTCCGGTAGCG
gi|13 : gtagtGGATG-GGAG--GCGGG-GATGGACGAAC--GAACCCACGGAC-CA--CAGGATCACTATAAACCCCTCCGCTT-CGCTAGCGGGGtgtgtgtgtgtatgttgggttata
gi|14 : -GAGGGATGG-----A-----CAGATA-A--CAGGATCACTATAAACCCCCCggggtt
gi|15 : gagtagtgaaagttaaGATG-GGAG--GCGGG-GACGGA-----------------GCACAGTCAGGATCACTATCAA--CCCCCGCTT-CGCTAGttctcact
gi|2 : ATGAGGAGTAGCGGGCGGGAGATGGGACTGA-----CGG-TACA--CAGGGTCACTATAAAATCCC
10 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|3 ): TCCAAAAATTATTTAGATCAAAATCTAACCCCCCCCCACCCACCCCCATGGGATCACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTAGCGGATGGGACGTAGGGGCGGACG
Unaligned ( gi|4 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAGCGGATGGAAAGTGGTGACGGACAA
Unaligned ( gi|5 ): ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGATGTGGGGGTTTAGAGGAGTAGCTGGCAGAAAATGGG
Unaligned ( gi|6 ): CANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGA
Unaligned ( gi|7 ): ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGAAAGAAGTA
Unaligned ( gi|8 ): CCCCCCCCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTAGCTAGGTGA
Unaligned ( gi|9 ): AANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGT
Unaligned ( gi|10 ): CANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGTAGAGGAGTA
Unaligned ( gi|11 ): CCCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|16 ): AAATCATTCAGATCAACATTTAAAATAGAGG