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Reference ( gi|1 )            :                                                                                                TTATT---A-CA------G-CT-----AT--A-GG-CA-G--AT--AA-CA--C--G-G-G-C-T-GA-T-A-AAA-G-T-T--GT-C-AGT-G-TT--T-C-AT-AT--T-TTTCTTAAC--AAGTTGCA--GG-CACG-TA--ATA--A-GGG--TA-GA-T-AAAA-----TTTGTCT---G---------------TG-------------------T---------T---------------------C------------------G---T-------------------C-----------------G---------A------G---GT-----AA---A-----T-AT-G--------------------A--A--A-C-AC-AGA-C--AA-C-TTT-T-A-TC-AG-C-C-C--G-TAT--T--A-CGTG-C-----C--TG-G-A-GC------TG-T---AA-T-A-AC-----A-A--TTT---TGTCTTTCTTCATA
gi|3                          :                                                                                                TTATT---A-CA------G-CT-----CC--A-GG-CA-G--GT--AA-TA--T--G-G-G-T-T-GA-T-A-AAA-G-T-T--GT-C-TGT-G------------------TTTC--------GGCT-CA--GG--A----A--ATA--T-G-----A-AA-C-CATA-----TTTCCCAA--G---------------CA-------------------T---------T---------------------C------------------G---A-------------------C-----------------T---------A------G---GG-----CA---A-----T-AT-G--------------------A--A--A-C-AG-AGA-T--AA-C-TTT-T-A-TC-AG-C-C-C--G-TAT--T--A-CCTA-C-----C--TG-G-A-GC------TC-T---AA-T-A-AC-----A-A--TTT---TGTCATACTTCA
gi|3                          :                                                                                                TTATT---A-GA------G-CT-----CC--A-GG-TA-G--GT--AA-TA--C--G-G-G-C-T-GA-T-A-AAA-G-T-T--AT-C-TCT-G-TT--T-C-AT-AT--T-ca
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gi|9                          :                                                                             gtatgacaaaattcaattgTTATTT--A-CA------G-CT-----CC--A-GGGCA-G--GT--AA-TA--T--C-G-G-C-T-GA-T-A-AAT-G-T-T--GT-C-TGT-A-TT--T-C-AT-AT--T-cccgagccgaatatgaaatacagacaacatttatcagccgatattacctgccctggagctgtaaataacataattataatattatag
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gi|5                          :                                 ctccaggcaggtataatagggctgataaaagtaatttgtgtttcatatctcttaaaccgaaggTTATT---A-CA------G-CT-----CC--A-GG-CA-G--GT--AA-TA--T--C-G-G-C-T-GA-T-A-AAA-G-T-T--GT-T-TGT-G-TT--T-C-AC-AT--T-TCC-----C--GAGCTGAA--GG-Ccaattttggcatgc
gi|5                          :                                                                              tgatgtataagttatatgTTATT---A-CA------G-CT-----CC--T-AG-CA-GG-AA--AA-AA--T--G-A-A-C-T-GA-T-A-AAA-G-T-T--GC-C-AGT-G-TT--T-C-AT-AT--T-TCCCTgagggaaatatgaaacactggcaacttttatcagttcattttttcctgctaggagctgtaataacaattttgtcatacttc
gi|15                         :     tgatgtataagttatatgttattacagctccaggcaggtaatatcggctgataaaagttgtttgtgtttcacatttcccgagctgaaggcgTTATT---A-CA------G-CT-----CC--A-GG-CA-G--GT--AA-TA--T--G-G-C-C-T-GA-T-A-AAA-G-T-T--GT-C-TGT-G-TT--T-C-AT-AT--T-TCC-----C--GAGCTGAA--GG-CAcaattttgtcatacttc
gi|14                         :                                                                                   tatatattatgtgTTATT---A-CA------G-CT-----CC--A-GG-CA-G--GT--AA-TA--T--C-G-G-C-T-GA-T-A-AAA-G-T-T--GT-C-TGT-G-TT--T-C-AT-AT--T-Tatcaaataaaaccaataccaaccctttcagactgattaatgtactagtactgggatcaaaa
gi|14                         :      gaagtatgataaaattgttattacagctccagacaggtaatatatataaaggttgactgcgtttcaaattcccttcgccttcggcgcgggTTATT---A-CA------G-CT-----CC--A-GA-CA-G--GT--AA-TA--T--A-------T--A-T-A-AAG-G-T-T--GA-C-TGC-G-TT--T-C-AA-AT--T-
gi|13                         :                                                                               gaagtatgataaaattgTTTTT---A-CA------G-CT-----CC--A-GG-CA-G--AT--AC-TA--C--G-G-A-C-T-TA-T-A-AAA-G-T-T--GT-C-TGT-G-TT--T-C-AC-AT--T-TCCCTCAcccttcgccttcggcgcgggaaatatgaaacacagacaacttttatcagccgatattacctgcctggagctgtaataa
gi|2                          :                              cagctccaggcaggtataatagggctgataaaaagtaatttgtgtttcatatctcttaaaccgaagTTATT---A-CA------G-CT-----CC--A-GG--A-G--GT--CA-TA--T--C-G-G-C-T-GA-T-A-AAA-G-T-TTGGC-CTGGT-GTTT--T-C-AT-AT--T-attttggcatcgcttccaat
gi|12                         :                                                                                          tatatgTTATTG--A-CAA-----G-CC-----CC--A-GG-CAAG--GT--AA-TA--TA-G-G-G-C-T-GATT-A-AAA-G---T--GT-C-TGT-GTTT--T-C-AT-AT--T-TCCCTaattgtcgtgttttcatatttcccgagcccgaagccgagggaaaatagaaacacagaacaacttttatcagccacatattacctgcttggtgtataacaatttttaacttcaa
gi|18                         :                             gcctccaggcaggttaatatcggactcataagttgtcttgttattcatatttcgccgagccgaaggcTTATTTAAA-CA------G-CT------C--A-GG-CA-G--GT--A--TA--T--G-G-G-C-T-GA-T-A-AAATG-T-T--CT----GT-G-TT--T-CGAT-AT--T-Tcaatttcactgtcatacttcaa
gi|25                         :                              gcttcaggcaggtaatatcgggctataaagatgtctgtgtttcatattcccgagccgaaggcgaggTTATT---A-CACTCACTG-CT-----CC--A-GG-CA-G--GT--AA-TA--T--C-G-G-C-A-GA-T-AGAAA-G-T-T--GT-C-CGT-G-TT--T-C-AT--T--T-TTCCCGAGCCGAAGCTGTA--atttgtcatacttcaaat
gi|22                         :                                                                             gatttggtcattatatatgTTATT---A-CA---------T-----AT--C-A--CA-GC-GT--AA-TA--CT-G-G-G-C-T-GA-T-A-AAA-GTT-T--GT-C-TGT-G-TT--T-C-ATCAT--T-TTCCataccaatttgtcttacttcaacatcaa
gi|21                         :                           aaatgtttattacgagcatatgggctgagtacaagttgtctgtgtttcatatttccctcgccttcactcTTATT---A-AA------G-AT------T--A-GG-CA-G--GT--A--C---T--G-G-G-C-T--A-T-A-A---G-T-T--GT-C-TGT-GATT--T-C-AT-AT--T-TCTCcatatgt
gi|24                         :                            attacagcttacacaagtaatacgggctgataaaagattgttcgcctttcatattcccagagccaagcTTATT---A-CA---------T-----AT--C-A--CA-GC-GT--AA-TA--CT-G-G-G-C-TTGA-T-A-AAA-G-T-T--GT-C---T-G-GT--T-T-ATCAT--T-TTTC----C--GAG-TGAA--GG-Ccaattttcataccttc
gi|7                          :                                         atgtgttaattacagcatatgggctgatacaagttgttgtgtttcatatttccctcTATT---A-CA------G-CT-----CC--A-GG-CA-G--GT--AA-TA--T--G-G-GGC-T-GAGT-A-AAAAG-T-T--GT-C-TGT-G-TT--T-C-AT-AT--T-TTCCCTcatatgtta
gi|23                         :             cagacttatacatggttcaggtaatcattcggcggtgtaaaagttgtctgtgtttcatatgattttatccaccggccgaaggcgTATT---A-CA------G-CT-----CC--A-GG-CA-G--GT--TA-TA--C--A-G-G-C-T-GA-T-A-AAA-G-A-T--GT-T--GT-T-TT--T-C-AT-AT--T-Ttacaaagttttgtctcttca
gi|28                         :                                                                                                aaATC---A-CA------G-CT-----TC--A-GG-CA-G--GT--AA-TA--C--G-G-G-C-T-GA-T-A-AAA-G-T-T--GT-C-TGT-G-TT--T-C-AC-AT--T-Tcctgagctgaacctggggatagcaatgcacgcactggcaaggcaccgatataccgaccccggacaataataattctga
gi|19                         :                                                                                             tcgggATT---A-CA---------T-----AT--CCAG-CA-G---T--AA-TA--CT-G-G-G-C-T-GA-T-A-AAA-G-T-T--GT-C-TGT-G-TT--T---ATCAT--T-TTCCgcaagt
gi|21                         :                                                                                       aacatatgttaATT---A-CA------G-CT------T--A-CA-CA-A--GT--AA-TA--C--G-G-G-C-T-GA-T-A-AAA-GAT-T--GT-T-CGC-C-TT--T-C-AT-AT--T-gagtgaaggcgacgggaaatatgaaacacaacaacttgtaatcagcccatatgctgtaattaacacatttgt
gi|13                         :                                                                                                         -CA------G-CT-----CC--A-GG-CA-GGTAT--AA-TA-----G-G-G-C-T-GA-T-A-AAAAG-T-A--AT-T-TGT-G-TT--T-C-AT-A-----TCTCTTAAcccagagccaagcgagaaatatgaaatcacagacaacttatagcccagtacctgcctaatctttaataacaattttcataccttc
gi|29                         :                                                                                                           A------G-CT-----CC--A-GG-CA-G--GT--AA-TA--T--G-G-G-C-T-GA-T-G-AAA-T-T-T--GT-C-TGT-G-TT--T-C-AT-AA--T-TTCCCTaccgaagtgagggaaatgtgaaacacagacaacttttataagtccgtagtatctgcctggagctgtaaaaaattttggcatcgcttccaat
gi|18                         :                                                                                                     gaaggcg------G-CT-----TC--A-GG-CA-G--GT--AA-TAT-C--G-G-G-C-T--A-T-A-AA--G-A-T--GT-C-TGT-G-TT--T-C-AT-AT--T-
gi|20                         :                                                                                                                             --A-GG-CA-GGTAT--AA-TA-----G-G-G-C-T-GA-T-A-AAA-G-T-A--AT-T-TGT-G-TT--T-C-AT-A-----TCTCTTAAcccgagccgaaggcgaggaaatatcgaaacacagaacattttatcagcccatatacctgcctgagctgtttaaataaatttgtcatacttcaaat
gi|27                         :                                                                                                                         ctcc--A-GG-CA-G--GT--AA-TA--T--C-G-G-C-T-GA-T-A-AAA-G-T-T--GT-C-TGT-G-TT--T-C-AT-AT--T-TTCCaccgaaggtgagggaaatgtgaaacacagacaacttttataagtccgtagtatctgcctggagctgtaataacaattttggcatgc
gi|2                          :                                                                                                                           cc--A-AG-CA-G--GT--AA-TA--T--GTG-G-C-T-GA-T-A-AAA-G-T-T--GTTC-TGT-G-TT--T-C--T-ATT-T-TCCCTCGGC-----TT-CG--GG-CTCG------------GGA--AA-TA-T-GAAA--------------------------------A-------------------C---------A---------------------C------------------G---A-------------------C-----------------A---------A-----------T-----TA---A-----T-AT-G--------------------A--A--AAC-ACCAGG-CCAAA-C-TTT-T-A-TC-AG-C-C-G--A-TAT--G--A-CCT--C-----C--TG-G-A-GC------TG-T---AA-T-A-AC-----A-gagccgaagccgaggaaatatgaaacagacaacttttatcag
gi|12                         :                                                                                                                         tata--A-GG-CA-G--GTT-AA-TAT-C--G-G-A-C-T-CA-T-A-A---G-T-T--GT-C--TT-G-TTATT-C-AT-AT--T-TCGC----C--GAGCCGAA--GG-CAggtgtataacaatttttaacttcaa
gi|7                          :                                                                                                                             gcctcc-CA-G--GT--AATCATTC--G-GCG-G-T-G--T-A-AAA-G-T-T--GT-C-TGT-G-TT--T-C-AT-ATGAT-TTTATCCAC--CGGCCGAA--GG-Cgggaaatatgaaaacacagacacttttaatcagccctatattaccttgcctggggcttgtcaataacaatttcactgtcatacttcaa
gi|22                         :                                                                                                                              cagacttatacatggttA-TA--T--G-G-G-C-T-GAGT-A-CAA-G-T-T--GT-C-TGT-G-TT--T-C-AT-AT--T-TCCCTgagggaaaatatgaaacacagacaactttttactcagccccatattacctgcctggagctgtaatatacaaagttttgtctcttca
gi|19                         :                                                                                                                              aaatgtttattacgagcA-TA--T--G-G-G-C-T-GA-TTA-CAA-G-T-T--GT-T--GT-G-TT--T-C-AT-AT--T-Tcgccttcactcggaaaatgatgaaacacagacaaacttttatcagcccagtattacgctgtgatatgtaataacatatgt
gi|24                         :                                                          aacatatgttaattacatatccagcagtaatactgggctgataaaagttgtctgtgtttatcattttccgagtgaaggcgacgggA-TA--T--G-G-G-C-T-GA-T-A-CAA-G-T-T--GT-T--GT-G-TT--T-C-AT-AT--T-TCCCTgctgtaattaacacatttgt
gi|27                         :                                                                                                                                             atgtgttaattacagc-C-T-GA-T-A-AAA-G-T-T--GT-C---T-G-TT--T-C-AT-AT--T-Tcgccttcactcggaaaaatgataaaccagacaacttttatcaagcccagtattacgctgtgatatgtaataacatatgtta
gi|12                         :                                                                                                         ccaggcaggtaatatcggctgataaaagttgtctgtgtttcatattttccgagccgaagccgaggAA-G-TAT--GA-C-AGT-G---------AA-AT--T-GTTATTGAC--AAGCCCCA--GG-CAAGGTA--ATAT-A-GGG--CT-GA-T-TAAA-----AGTGTCT---G---------------TG-------------------T---------TTTCATATTTCCCTGC------C------------------T---T-------------------C-----------------G---------GCTC---G---GCG----AA---A-----T-AT-G--------------------A--ATAA-C-A--AGA-C--AA-C-TT----A-TG-AG-T-C-C--GATAT--T--AACCTG-C-----C--TG-G-A-G
gi|9                          :                                                                                                                                                                                              gcT--T-C-A--AT--T-GTTATTAT----AGCTCCA--GG-CAGG-TA--AAA--T-GGG--CT-GA-T-AAAA-----GTTGTCT---G---------------TG-------------------T---------TT--------------------C------------------A---TATTTCC-------------C-----------------G---------A------G---CC-----GA---A-----T-AT-G--------------------A--A--A-T-AC-AGA-C--AA-C-ATT-T-A-TC-AG-C-C-G--A-TAT--T--A-CCTGCC-----C--TG-G-A-GC------TG-TA--AA-T-A-AC-----A-caa
gi|18                         :                                                                                                                                                                                         gtatgacaaaa-C-AA-AT--T-TATTTAAAC--A-GCT-CA--GG-CAGG-TA---TA--T-GGG--CT-GA-T-AAAA-----TGT-TCT---G---------------TG-------------------T---------TTCGATATTTCCT---------C------------------GCCTT-------------------C-----------------G---------GCTC---G---G------GA---A-----T-AT-G--------------------A--A--A-C-AC-AGA-C--AT-C--TT-T-A-T--AG-C-C-C--GATAT--T--A-CCTG-C-----C--TG-A-A-GC------taattataatattatag
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                    -C-AT-AT--G-TTATT--AC--ATATCACA--G----CG-TA--ATA--CTGGG--CT-GA-T-AAAAG----TTTGTCT---G---------------TG-------------------T---------T---------------------TCATCATTTTCCGA-----G---TGAAGG--------------C-----------------G---------A------G---GG-----AA---A-----T-AT-G--------------------A--A--A-C-AC-AGA-C--AA-C-TTG-T-ACTC-AG-C-C-C--A-TAT--tcatacttcaaat
gi|24                         :                                                                                                                                                                                   aaatgtttattacgagc-C-AT-AT--G-TTATT--AC--ATATCACA--G----CG-TA--ATACTG-GGC--TT-GA-T-AAAA-----GTTGTCT---GGTTTATCAT------TT-------------------T---------T---------------------CCGA---------------G---TGAAGG--------------C-----------------G---------A------G---GG-----AA---A-----T-AT-G--------------------A--A--A-C-AC-A-A-C--AA-C-TTG-T-A-TC-AG-C-C-C--A-TAT----------------------------GC------TG-T---AATT-A-AC-----A-t
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                      atg-AT--T-GTTATTAG----AGCTCCA--GG-TAGG-TA--ATA--C-GGG--CT-GA-T-AAAA-----GTTATCT---C---------------TG-------------------T---------T---------------------TCATATTGCCCTA------G---T-------------------C-----------------G---------AATGCTTG---GG-----AA---A-----T-AT-GGTTTCATATTTCCTGAGCCGA--A--A-C-AC-AGA-C--AA-C-TTT-T-A-TC-AA-C-C-C--A-TAT--T--A-CCTG-C-----C--TG-G-A-GC------TG-T---AA-T-A-AC-----A-tta
gi|16                         :                                                                                                                                                                                           tgaagtatgacaaa-AT--T-GTTATTA-C--A-GCTCCA--AG-CAGG-TA--ATA--T-GGG--CT-GA-T-AAAA-----GTTGTCT---G---------------TG-------------------T---------T---------------------CT-----------------GCT-T-------------------C-----------------G---------GCTC---G---GG-----AA---A-----T-AT-G--------------------A--A--A-C-A---GA-C--AA-C-TTT-T-A-TC-AG-C-C-G--A-TAT--T--A-CCTG-T-----C--TG-G-A-GC------TG-T---AA-T-A-AC-----A-
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                      ata-AT--T-GTTATTA-C--A-GCTCTA--GG-CAGG-TG--ATAT-ATGGG--CT-AA-T-AAAA-----GTTGTCT---G---------------TG-------------------T---------TT--------------------C------------------GCCTT-------------------C-----------------G---------GCTC---G---GG-----AA---A-----T-AT-G--------------------A--A--A-C-AC-AGA-C--AA-C-TTT-T-A-TC-AG-C-C-G--A-TAT--T--A-CCTG-C-----C--TA-G-A-GC------TG-T---AA-T-A-AC-----tttgtcatacttg
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                      tac-AT--T-GTTATTA-C--AGGCTCCA--GG-AA-G-TA--A-A--T-GGGCCTA--A-T-AAAA-----GTTGTCT---G---------------TG-------------------T---------TTC-------------------C------------------A---TATTTCTCAAAGCCGAAGG-C-----------------G---------A------G---GG-----AG---A-----T-AT-G--------------------A--A--A-C-AC-AGA-C--AA-C-TTT-T-A-TC-AG-C-C-C--A-TAT--T--A-CCTT-C-----C--TG-G-ATGC------TG-T---AA-T-A-AC-----A-A--TTT---TGTCtttgtcata
gi|26                         :                                                                                                                                                                                         tttgaagtatgacaaa-AT--T-TTTATTA-C--A-GCTCCA--GG-CAGG-TA--ATAT-ATGGG--CT-GA-T-AAAA-----GTTGTCT---G---------------TG-------------------T---------T---------------------aat
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gi|20                         :                                                                                                                                                                                                         -AT--T-GTTATTA-C--A-GCTCCA--GG-CAGA-TA--CTA--C-GGA--CT-TA-T-AAAA-----GTTGTCT---G---------------TG-------------------T---------TTCACATTTCCCTCAC------C------------------T---T-------------------C-----------------G---------G------T---TT-----AAGAGA-----T-AT-G--------------------A--A--A-C-AC-AAA-T--TA-C-TTT-T-A-TC-AG-C-C-C----TATTAT--A-CCTG-C-----C--TG-G-A-Gtttgtcatacttccaa
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                         -AT--T-GTTATTA-C--A-GCTCCA--GA-CAGG-TA--ATA---------TA-TA-T-AAAG-----GTTGACT---G---------------CG-------------------T---------TTCAAATTCCCTTCGCCTT---C------------------G---G-------------------C-----------------G---------C------G---GG-----AA---A-----T-AT-G--------------------A--A--A-C-AC-AGA-C--AA-C-TTT-T-A-TC-AG-C-C-G--A-TAT--T--A-CCTG-C-----C--TG-G-A-GC------TG-T---AA-T-A-Atttggcatgc
gi|21                         :                                                                                                                                                                                            gaagtatgataaa-AT--T-GTTATTAA---AGATT--A--GG-CAGG-TA--CT-----GGG--C-----T-ATAA-----GTTGTCT---G---------------TGAT-----------------T---------T---------------------C------------------A---TATTTCT-------------C-----------------GCTTGGCTCTG------G---G-------A---A-----T-AT-G--------------------A--A--A-G-GC-GAA-C--AATC-TTT-T-A-TC-AG-C-C-C--G-TAT--T--A-CTTG----------TGTA-A-GC------TG-T---AA-T-
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                           T--T-TTTATTA-C--A-GCTCCA--GG-CA-G-TA--ATA--T-AGG--CT-GA-T-AAAA-----GTTGTCT---GGTTTTATATTTCCCTTGCC-----------------T---------T---------------------C------------------GC--T-------------------C-----------------G---------G------G----------AA---A-----T-AT-G--------------------TT-A--C-C-AC-AGA-C--AA-C-TTT-T-T-TC-AG-C-C-C--A-TAT--T--A-CCTG-C-----C--TG-G-A-GG------TG-T---AA-T-A-AC-----ATA--TAT---TGTtttcataccttc
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                         caatat-TTTTTTA-C--A-GCTCCA--GG-CAGA-TA--CTA--C-GGA--CT-TA-T-AAAA-----GTTGTCT---G---------------TG-------------------T---------TTCACATTTCCCTCA-------C------------------T---T-------------------C-----------------G---------G------T---TT-----AAGAGA-----T-AT-G--------------------A--A--A-C-AC-AAA-T--TA-CTTTT-T-A-TC-AG-C-C-C----TATTAT--A-CCTG-C-----C--TG-G-A-GC------TG-attttgtc
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                       AC--AGCTTACA-----CAAG-TA--ATA--C-GGG--CT-GA-T-AAAAGATTGTTCGCCTTTCA---------------TA-------------------T---------T---------------------CCCAGA-------------G---C-------------------C-----------------A---------A------GCGAG------AA---A-----T-AT-G--------------------A--A--ATC-AC-AGA-C--AA-C-TT----A-T--AG-C-C-C-----AG--T--A-CCTG-C-----C--TA---A-TC------TT-T---AA-T-A-AC-----A-A--TTT---Tttttggcatcgcttccaat
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                         attAGCTCCA--GA-CAGG-TA--ATA--T-CGG--CT-GA-T-AAAA-----GTTGTCT---G---------------T--------------------T---------T---------------------C------------------A---TATTTCC-------------C-----------------G---------A------G---CC-----GA---A-------GC-A--------------------G--A--A-C-AC-AGA-C--AA-C-TTT-T-A-TC-AG-C-C-C--A-TAT--T--A-CCTG-C-----T--TG-G-A-GC------TG-T---AA-T-A-AC-----A-A--TTT---TGTCATACTTcataccttc
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                atatgttattacAGCTCTA--GG-CAGG-TA--ATA--T-CGG--CT-GA-T-AAAA-----GTTGTCT---G---------------TG-------------------T---------TT--------------------C------------------A---TATTTCC-------------C-----------------G---------A------G---CC-----GA---A-----G-GC-G--------------------A--A--A-C-AC-AGA-C--AA-C-TTT-T-A-TT-AG-C-C-C--A-TATATC--A-CCTG-C-----C--TA-G-A-GC------TG-T---AA-T-A-AC-----A-A--TTT---TGTCg
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gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                        gtatAGCTCCA--GG-CAGG-TA--ATA--T-GGG--CT-GA-T-AAAA-----GTTGTCT---G---------------TG-------------------T---------TTCTATTGCCCT----------C------------------GCCTT-------------------C-----------------G---------GCCC---G---GG-----AA---A-----T-AT-G--------------------A--A--A-C-AG-AGA-C--AA-C-TGT-T-A-TC-AG-T-C-C--A-TAG--T--A-CCTA-C-----C--TG-G-A-GC------TG-T---AA-T-A-AC-----ATA--TAT---TGTgtaataacatatattgtatatt
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                       gtatgacaaaattattattacAGCTCCA--GG-CAGG-TA--ATA--T-CGG--CT-GA-T-AAAA-----GTTGTTT---G---------------TG-------------------T---------TTCA------------------C------------------A---TTTCCCGAGCTGAAGG----C-----------------G---------A------G---GG-----AA---A-----T-AT-G--------------------A--A--A-C-AC-TGG-C--AA-C-TTT-T-A-TC-AG-T-T-C--ATTTT--T--T-CCTG-C-----T--AG-G-A-GC------TG-T---AA-T-A-AC-----A-A--TTT---TGTCATACTTCatatt
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                   tgatgtataagttatatgttattacAGCTCCA--GG-CAGG-TA--ATA--T-GGC--CT-GA-T-AAAA-----GTTGTCT---G---------------TG-------------------T---------T---------------------
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                        tatatattatgtgttattacAGCTCCA--GG-CAGG-TA--ATA--T-CGG--CT-GA-T-AAAA-----GTTGTCT---G---------------TG-------------------T---------TTCATATTTCCCG---------C------------------G---C-------------------C-----------------G---------AA-----G---GC-----GA---AGGGAAT-TT-G--------------------A--A--A-C-GC-AGT-C--AA-C-CTT-T-A-T--A------T--A-TAT--T--A-CCTG-T-----C--TG-G-A-GC------TG-T---AA-T-A-AC-----A-A--TTT---TATCATACTTCtcatatttcccgagctgaaggcaatcaaataaaaccaataccaaccctttcagactgattaatgtactagtactgggatcaaaa
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                            AGCTCCA--GG-CAGG-TA--ATA--T-GGGGCTG-AG-T-AAAAA----GTTGTCT---G---------------TG-------------------T---------TTCATATTTTCCCT--------C------------------GCCTT-------------------C-----------------G---------GCCGGTGG---AT-----AA---AATCA-T-AT-G--------------------A--A--A-C-AC-AGA-C--AA-C-TTT-T-A--C-AC-CGC-C--G-AAT--G--A-T-TA-C-----C--TG-A-A-CCA-----TG-T----A-T-A-Agtaataa
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                       cagacAGCTTCA--GG-CAGG-TA--ATA--C-GGG--CT-GA-T-AAAA-----GTTGTCT---G---------------TG-------------------T---------T---------------------gtaatatacaaagttttgtctcttca
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                               tcgggaaatgtgaAGCTCCA--GG-CAGG-TATAATA--G-GGC--T--GA-T-AAAAAGTAATTTGT-----G---------------T--------------------T---------T---------------------C------------------A---TATCTCTTAAAC--------C-----------------G---------A------A---GTGAGGGAA---A-----T-GT-G--------------------A--A--A-C-AC-AGA-C--AA-C-TTT-T-A-TA-AG-T-C-C--G-TAG--T--A-TCTG-C-----C--TG-G-A-GC------TG-T---AA---A-A------A-A--TTT---TGgtgatgcaagt
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                           cAGCTCCA--GG-CAGG-TA--ATA--T-GGG--CT-GA-T-GAAA-----TTTGTCT---G---------------TG-------------------T---------T---------------------gcatcgcttccaat
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                             gaaggcgagggaaattatgaCA--GG-AAGG-TA--ATA--T-GGG--CT-GA-T-AAAA-----GTTGTCT---G---------------TG-------------------T---------TTCATATCTCCCT---------C------------------G---C-------------------CTTCGGCTTT--------G---------A------G----------AA---A-----T-AT-GG-------------------A--A--A-C-AC-AGA-C--AA-C-TTT-T-A-TT-AGGC-C-C--A-T-T--T--A-CTT--C-----C--TG-G-A-GCC-----TG-T---AA-T-A-AC-----A-A--TTT---TGTCATACTTCA
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                               ttCA--GG-CAGG-TA--ATA--T-GGG--CT-GA-A-AAAA-----GTTGTCT---G---------------TGGTAACATAT----------T---------T---------------------CCCGAGCGAA---------G---G-------------------C-----------------A---------A------G---GG-----AA---A-----T-AT-A--------------------A--A--A-C--C-AGA-C--AA-C-TTT-T-A-TC-AG-C-C-T--A-TAT--T--A-C-TG-C-----C--TG-G-A-GC------TG-T---AA-TAA-AA-----A-A--TTT---TGTCgatgctgtaataacaattttgtcaat
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                     caatatacaatatatgttattacacctcCA--GG-CAGG-TATAATA--G-GGC--T--GA-T-AAAA-----GTAATTT---G---------------TG-------------------T---------T---------------------TCAT---------------A---T-------------------CTCTTAAACCGAAGGT--G---------A------G---GG-----AA---A-----T-GT-G--------------------A--A--A-C-AC-AGA-C--AA-C-TTT-T-A-TA-AG-T-C-C--G-TAG--T--A-TCTG-C-----C--TG-G-A-GC------TG-T---AA-T-A-AC-----A-A--TTT---TG
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                              ctcCA--GG-CAGG-TA--ATA--T-CGG--CT-GA-T-AAAA-----GTTGTCT---G---------------TG-------------------T---------T---------------------TCATATTTTCCGAGCCGAAG---C-------------------C-----------------G---------A------G---G------AA---A-----T-AT-G--------------------A--A--A-C-A---GA-C--AA-C-TTT-T-A-TC-AG-gcatgc
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                cCA--GG-CAGG-TA--ATATCG-GGC--TA-TA---AAGA-----T--GTCT---G---------------TG-------------------T---------TT--------------------C------------------A---TATTCCCGAGCCGAAGG---C-----------------G---------A------G---G------AA---A-----T-ATCG--------------------A--A--A-C-AC-AGA-----A-CATTT-T-A-TC-AG-C-C-C--A-TA---T--A-CCTG-C-----C--T--G-A-GC------TG-TTTAAA-T-A-A------A-----TT---TGTCATACTTCA
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                  gcttG-CAGG-TA--ATA--T-CGG--TCTGA-T-AAAA-----GTTGTCT---G---------------TGGT-----------------T---------T---------------------C------------------A---TATTTGCCCCGAGCCGAAGGC-----------------G---------A------G---GG-----AA---A-----T-AT-G--------------------A--A--A-CCAC-AGA-C--AA-C-TTT-TCA-TC-AA-G-C-C--A-TAT--T--A-CCTG-C-----C--TG-G-A-GC------TGTT---AA-T-A-AC-----A-A--TTT---TGTCATACTTCaat
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                             aaatgttattacagcttcggagtgaG-CA-G-TA--ATA--CTGGG--CT-GA-T-AAAA-----GTTGTCT---G---------------TG-------------------T---------T---------------------T------------------A---T-------------------CATTTTCCGAGTGAAGGCG---------AC-----G---GG-----AA---A-----T-AT-G--------------------A--A--A-C-AC-A-A-C--AA-C-TTG-TAA-TC-AG-C-C-C--A-TAT----------------------------GC------TG-T---AATT-A-AC-----A-C--ATT---TGTcaa
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                        aacatatgttaattacatatcca--ATA--T-GGG--CT-GAGT-ACAA-----GTTGTCT---G---------------TG-------------------T---------TTCATATTTC------------C------------------C---T-------------------C-----------------GCCTTC----ACTC---G---GA-----AA---A-----TGAT-G--------------------A--A--A-C-AC-AGA-CA-AA-C-TTT-T-A-TC-AG-C-C-CA-G-TAT--T--A-CG---------C--TGTG-A-TA------TG-T---AA-T-A-AC-----A-
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                              aaatgtttattacgagc-GA-T-AAAA-----GTTGTCT---G---------------TT-------------------TCATATTTCCT---------------------C------------------GGCTT-------------------C-----------------G---------GCTC---G---GA-----AA---A-----T-AT-G--------------------A--A--A-C-AC-AGA-C--AA-C-TTT-T-A-TC-AG-C-C-G--A-TAT--T--A-CCTG-C-----C--TG-G-tatgt
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                        A-----TTTGATT---G---------------CC-------------------T---------T---------------------C------------------AGC-T-------------------C-----------------G---------G------G----------AA---A-----T-AT-G--------------------A--A--A-C-AC-AGA-C--AA-C-TTT-T-A-TC-AG-G-C-C--A-TAT--T--A-CCTG-C-----C--TG-G-A-GC------TG-T---AA-T-A-AC-----A-ag
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                               tatatattatg-------------------T---------T---------------------C------------------GGC-T-------------------C-----------------G---------G------G----------AA---A-----A-AT-G--------------------A--A--A-C-AC-GGA-C--AA-C-TTTCT-A-TC-TG-C-C-G--A-TAT--T--A-CCTG-C-----C--TG-G-A-GCAGTGAGTG-T---AA-T-A-AC-----A-aaaaccaataccaaccctttcagactgattaatgtactagtactgggatcaaaa
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             gatttggtcattatata------------------G---C-------------------C-----------------G---------A------G---GG-----AA---A-------ATAG--------------------A--A--A-C-AC-AGAAC--AA-C-TTT-T-A-TC-AG-C-CAC--A-TAT--T--A-CCTG-C-----T--TG-G-----------TG-T----A-T-A-AC-----A-A--TTT---Tgctgtaataccaatttgtcttacttcaacatcaa
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                  tatatgttattacagctccaggaggtcatatcggctgataaaagtttggcctggtgttttcatattaattgtcgtgttttcatatttcccgagcccgaa-------------------C-----------------G---------A------G---GG-----AA---A-----T-AT-G--------------------A--A--A-C-AC-AGA-C--AA-C-TTT-T-A-TC-AG-C-C-CATA-TAT--T--A-CCTG-C-----C--TG-G-A-GC------TG-T---AA-T-A-AA-----A-A--TTT---TGTCATACTTCtaacttcaa
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gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   aa------G---GG-----AA---A-----T-GT-G--------------------A--A--A-C-AC-AAA-C--AA-C-TTT-T-A-TC-AG-C-C-G--A-TAT--T--A-CCTG-C-----C--TG-G-A-GC------TG-T---AA-T-A-AC-----A-gagctgaacctggggatagcaatgcacgcactggcaaggcaccgatataccgaccccggacaataataattctga
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2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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consensus                     :                    TTATTACANCTCCAGGCAGCGTAATACTG-GGCT-GATAAAAG-TTG-TCTGTGTT--TCAT-ATNTTNCTT-ACA--GCTC-CAG-----G--CAG-GT--A--AT-A-T-G-GG-C-T-G-ATAAAA-G-TT-GTCT--------G--------T-----G--------T-T--TC-------------------GTATT---------------------C-----------------GA-----------G----------G-GAAA-T---AT-GAAA-C-ACAGA-CAAC-TTT-T-A-TCAGCCC--ATATTA-CC-TGCC--TGG-A-GC------TG-T---AA-T-A-AC-----A-A--TTT---TGTCAT-ACTTCA
Reference ( family-1398 )     :                    TTATTACAGCTCCAGGCAG-GTAATA-TG-GGCT-GATAAAAG-TTG-TCTGTGTT--TCAT-ATTTTCCTT-ACA-AGCTC-CAG-----G--CAG-GT--A--AT-A-T-G-GG-C-T-G-ATAAAA-G-TT-GTCT--------G--------T-----G--------T-T--TC-------------------GT------------------------C-----------------GA-----------G----------G-GAAA-T---AT-GAAA-C-ACAGA-CAAC-TTT-T-A-TCAGCCC--GTATTA-CC-TGCC--TGG-A-GC------TG-T---AA-T-A-AC-----A-A--TTT---TGTCAT-ACTTCA
gi|1                          :                    TTATTACAGCTATAGGCAG-ATAACA-CG-GGCT-GATAAAAG-TTG-TCAGTGTT--TCAT-ATTTTTCTTAACA-AGTTG-CAG-----G--CAC-GT--A--AT-A-A-G-GG-T-A-G-ATAAAA-T-TT-GTCT--------G--------T-----G----------T--TC-------------------GT------------------------C-----------------GA-----------G----------G-TAAA-T---AT-GAAA-C-ACAGA-CAAC-TTT-T-A-TCAGCCC--GTATTA-CG-TGCC--TGG-A-GC------TG-T---AA-T-A-AC-----A-A--TTT---TGTCTT-TCTTCA
gi|10                         :                                                                                          TT-ACA--GCTC-CAG-----G--TAG-GT--A--CT-A-T-G-GA-C-T-G-ATAACA-G-TT-GTCT--------C--------T-----G--------T-T--TC-------------------ATATTTCCCGGGCCGAAGG-------C-----------------GA-----------G----------G-GCAA-T---A--GAAA-C-ACAGA-CAAC-TTT-T-A-TCAGCCC--ATATTA-CC-TGCC--TGG-A-GC------TG-T---AA-T-A-AT-----A-A--TTT---TGTCAT-ACta
gi|11                         :                                                                                          TT-ACA-C-CTC-CAG-----G--CAG-GT--A--AT-A-T-G-GG-C-T-G-AAAAAA-G-TT-GTCT--------G--------T-----GGTAACATAT-T--TCCCGAGCGAA----------GG------------------------C-----------------AA-----------G----------G-GAAA-T---AT-AAAA-C--CAGA-CAAC-TTT-T-A-TCAGCCT--ATATTA--C-TGCC--TGG-A-GC------TG-T---AA-TAA-AA-----A-A--TTT---TGTCtaacatatattgtatatt
gi|12                         :                                                                                caatatacaatatatgttaCTC-CAG-----G--CAG-GTT-A--AT-A-TCG-GA-C-T-C-ATAA---G-TT-GTCTTGTTATTCA--------T-----A--------T-T--TC-------------------GC------------------------C-----------------GA-----------GCCGAAGGCAGG-GAAA-T---AT-GAAAAC-ACAGA-C-AC-TTT-TAA-TCAGCCCT-ATATTA-CCTTGCC--TGG-G-GCT-----TG-TC--AA-T-A-AC-----A-A--TTTCACTGTCAT-ACTTCA
gi|13                         :                                                                                              gc-AGCTC-CAG-----G--CAG-GT--ATAAT-A---G-GG-C-T-G-ATAAAAAG-TA-ATTT--------G--------T-----G--------T-T--TC-------------------ATATCTCTTAAACCGAAG--------T-----------------GA-----------G----------G-GAAA-T---GT-GAAA-C-ACAGA-CAAC-TTT-T-A-TAAGTCC--GTAGTA-TC-TGCC--TGG-A-GC------TG-T---AA---A-A------A-A--TTT---TGGCATCGCTTCa
gi|14                         :                                                                                         cTT-ACA--GCTC-CAG-----G--CAG-GT--A--AT-A-T-C-GG-C-T-G-ATAAAA-G-TT-GTCT--------G--------T-----G--------T-T--TC-------------------ATATTTCCCGCGCCGAAGG-------C-----------------GA-----------A----------G-GGAA-T---TT-GAAA-C-GCAGT-CAAC-CTT-T-A-T-A---T--ATATTA-CC-TGTC--TGG-A-GC------TG-T---AA-T-A-AC-----A-A--TTT---TATCAT-ACTTCcaat
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                       -----------G----------G-GAAA-T---AT-GAAA-C-ACAGA-CAAC-TTT-T-A-TCAGGCC--ATATTA-CC-TGCC--TGG-A-GC------TG-T---AA-T-A-AC-----A-taa
gi|15                         :                                                                               tatatattatgTT-ACA--GCTC-CAG-----G--CAG-GT--A--AT-A-T-G-GC-C-T-G-ATAAAA-G-TT-GTCT--------G--------T-----G--------T-T--TC-------------------ATATTTCC------------------C-----------------GA-----------GCTGAA-----G-GCAA-TCAAAT-AAAA-C-CAATACCAAC-CCT-T---TCAGACT--G-ATTA-gagctgaaggcaatcaaataaaaccaataccaaccctttcagactgattaatgtactagtactgggatcaaaa
gi|16                         :                                                                          tatatattatgtgttaTT-ACA--GCTC-CAG-----A--CAG-GT--A--AT-A-T-C-GG-C-T-G-ATAAAA-G-TT-GTCT--------G--------TTTCATA--------T-T--TC--------------------C------------------------C-----------------GA-----------G----------CCGAAG-C---A---GAA-C-ACAGA-CAAC-TTT-T-A-TCAGCCC--ATATTA-CC-TGCT--TGG-A-GC------TG-T---AA-T-A-AC-----A-A--TTT---TGTCAT-ACTTatgtactagtactgggatcaaaa
gi|17                         :                                                                                  atatgttaTT-ACA--GCTC-TAG-----G--CAG-GT--A--AT-A-T-C-GG-C-T-G-ATAAAA-G-TT-GTCT--------G--------T-----G--------T-T--TC-------------------ATATTTCC------------------C-----------------GA-----------G----------C-CGAA-G---GC-GAAA-C-ACAGA-CAAC-TTT-T-A-TTAGCCCATATATCA-CC-TGCC--TAG-A-GC------TG-T---AA-T-A-AC-----A-A--TTT---TGTCAT-g
gi|18                         :                                                                                           tacgttaGCTT-CAG-----G--CAG-GT--A--AT-A-TCG-GG-C-T---AT-AAA-G-AT-GTCT--------G--------T-----G--------T-T--TC-------------------ATATTCC-------------------C-----------------GA-----------GCCGAAGGCGAG-GAAA-T---ATCGAAA-C-ACAG---AACATTT-T-A-TCAGCCC--ATA-TA-CC-TGCC--T-G-A-GC------TG-TTTAAA-T-A-A------A-----TT---TGTCAT-ACTTCA
gi|19                         :                                                                               CAT-ATGTTAATT-ACATA--TC-CAG--------CAG--T--A--AT-ACT-G-GG-C-T-G-ATAAAA-G-TT-GTCT--------G--------T-----G--------T-TTATC-------------------ATTTTC--------------------C-----------------GAGTGAAGGCGACG----------G-GAAA-T---AT-GAAA-C-ACA-A-CAAC-TTG-TAA-TCAGCCC--ATAT------------------GC------TG-T---AATT-A-AC-----A-C--ATT---TGTaat
gi|2                          :                  aaTTGTTATA-CACCAAGCAG-GTAATA-TGTGGCT-GATAAAAG-TTGTTCTGTGTT--TC-T-ATTTTCCCT--C--GGCTT-CGG-----GCTCGG-GA--A--AT-A-T-G------------AAAA-C-AC-GAC------------------------A--------A-T--TA-------------------AT-------------------------------------------A-----------T----------G-AAAA-C---AC-CAGG-C--CAAA-C----TTT-T-A-TCAGCCG--ATATGA-CC-T-CC--TGG-A-GC------TG-T---AA-T-A-AC-----A-
gi|20                         :                                                                                               tataCTC-CAG-----G--CAG-GT--ATAAT-A---G-GG-C-T-G-ATAAAA-G-TA-ATTT--------G--------T-----G--------T-T--TC-------------------ATATCTCTTAAACCGAAGG-------T-----------------GA-----------G----------G-GAAA-T---GT-GAAA-C-ACAGA-CAAC-TTT-T-A-TAAGTCC--GTAGTA-TC-TGCC--TGG-A-GC------TG-T---AA-T-A-AC-----A-A--TTT---TGGCAT-GCtttttaacttcaa
gi|21                         :                                                                                          TT-ACA--GCTTACA---------CAA-GT--A--AT-A-C-G-GG-C-T-G-ATAAAA-GATT-GTTC--------G--------C-----C--------T-T--TCATATTCCCAGA--------GC------------------------C-----------------AAGC---------G----------A-GAAA-T---AT-GAAATC-ACAGA-CAAC---T-T-A-T-AGCCC----AGTA-CC-TGCC--T-A-A-TC------TT-T---AA-T-A-AC-----A-A--TTT-----TCAT-ACCT
gi|22                         :                                                                                                               a--CAGCGT--A--AT-ACT-G-GG-C-T-G-ATAAAA-G-TTTGTCT--------G--------T-----G--------T-T--TC-------------------AT------------------------CATTTTCCGAGTGAAGGCGA-----------G----------G-GAAA-T---AT-GAAA-C-ACAGA-CAAC-TTG-T-ACTCAGCCC--ATATtc
gi|22                         :   aaatgtttattacgagcTTATTACATATC---ACAGCGTAATACTG-GGCT-GATAAAAGTTTG-TCTGTGTT--TCATCATTTTCCtgatatgtaataacatatgt
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                              aaatgtttattacgagcatatgggctgagtacaagttgtctgtgtttcatatttccctcgccttcactc----------G-GAAA-T---AT-GAAA-A-ACA-A-CATC-TTT-T-A-TCAGCCT--GTATAA-CC-TGCC--TGG-A-GC------TG-T---AA-T-A-catatgt
gi|24                         :                                                                                                              aa--CAGCGT--A--AT-ACT-G-GG-C-TTG-ATAAAA-G-TT-GTCT--------GGTTTATCAT-----T--------T-T--TCCGA----------------GTGAAGG-------------------C-----------------GA-----------G----------G-GAAA-T---AT-GAAA-C-ACA-A-CAAC-TTG-T-A-TCAGCCC--ATAT------------------GC------TG-T---AATT-A-AC-----A-tgagctgaacctggggatagcaatgcacgcactggcaaggcaccgatataccgaccccggacaataataattctga
gi|24                         :                 atgTTATTACATATC---ACAGCGTAATACTG-GGCTTGATAAAAG-TTG-TCTG-GTTTATCAT--TTTTCCtgatatgtaataacatatgtta
gi|25                         :                                                                                                               atgtgttaattacagcatatgggctgatacaagttgttgtgtttcatatttccctcgccttcactc-----G--------C-T--TC-------------------GG------------------------C-----------------TC-----------G----------G-GAAA-A---AT-GAAA-C-ACGGA-CAAC-TTTCT-A-TCTGCCG--ATATTA-CC-TGCC--TGG-A-GCAGTGAGTG-T---AA-T-A-AC-----A-catatgtta
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        gatttggtcattatataGCC---GA-A-GC------TG-T---AA-T-A-CC-----A-A---TT---TGTCTT-ACTTCAtgtaataccaatttgtcttacttcaacatcaa
gi|26                         : gatttggtcattatatatgttattacactcactgctccaggcaggtaatatcggcagatagaaagttgtccgtgtttcatttttcccgaTT-ACA--GCTT-CAG-----G--TAG-GA--A--AT-A-T-C-GG-C-C-G-A---AG-G--------------------------------------------------------------------------------------------C-----------------GA-----------G----------G-GAAA-T---AT-GAAA-C-ACAGA-CAAC-TTT-T-A-TCAGCCCATATATTA-CC-TGCC--TGG-A-GC------TG-T---AA-T-A-AA-----A-A--TTT---TGTCAT-ACTTCacatcaa
gi|27                         :                                                                                                     C-CAG-----G--CAG-GT--A--AT-A-T-C-GG-C-T-G-ATAAAA-G-TT-GTCT--------G--------T-----G--------T-T--TC-------------------ATATTTTC------------------C-----------------GA-----------GCCGAAGCCGAG-GAAA-T---AT-GAA----ACAGA-CAAC-TTT-T-A-TCAGcatata
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                       -----------G----------G-GAAA-T---GT-GAAA-C-ACAGA-CAAC-TTT-T-A-TCAGCCC--GTATTA-CC-TGCC--TGA-A-GC------TG-T---GA-T-
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                         tc------------------------C-----------------GA-----------G----------G-GAAA-TT--AT-GAAA-C-ACAGA-CAAA-TTT-C-A-TCAGCCC--ATATTA-CC-TGCC--TGG-A-GC------Tgcaagt
gi|3                          :               gaaggTTATTACAGCTCCAGGCAG-GTAATA-TG-GGTT-GATAAAAG-TTG-TCTGTGTT--TCG-----------------GCTC-------------AG-GA--A--AT-A-T-G-AA-A-C-C-ATA------TT-TCCC--------A--------A-----G--------CAT--TC-------------------GA------------------------C-----------------TA-----------G----------G-GCAA-T---AT-GAAA-C-AGAGA-TAAC-TTT-T-A-TCAGCCC--GTATTA-CC-TACC--TGG-A-GC------TC-T---AA-T-A-AC-----A-A--TTT---TGTCAT-ACTTCA
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               TATTA-CC-CTCA--TGG-A-GCA-----TGAT---AA-T---AC-----ACA--TTT---TGTCAT--CTTCAca
gi|4                          :                                                                                         aTT-ACA--GCTT-CGGAGTGAG--CAG-GT--A--AT-A-T-C-GGTC-T-G-ATAAAA-G-TT-GTCT--------G--------T-----GG-------T-T--TC-------------------ATATTTGCCCCGAGCCGAAGG-----C-----------------GA-----------G----------G-GAAA-T---AT-GAAA-CCACAGA-CAAC-TTT-TCA-TCAAGCC--ATATTA-CC-TGCC--TGG-A-GC------TGTT---AA-T-A-AC-----A-A--TTT---TGTCAT-ACTTCaa
gi|5                          :                                                                    aaatgtta--TTAT-ATGTTA-TT-ACA--GCTC-CAG-----G--CAG-GT--A--AT-A-T-C-GG-C-T-G-ATAAAA-G-TT-GTTT--------G--------T-----G--------T-T--TCACATTTCCCGAGCTGAA--GG------------------------C-----------------GA-----------G----------G-GAAA-T---AT-GAAA-C-ACTGG-CAAC-TTT-T-A-TCAGTTC--ATTTTTTCC-TGCT--AGG-A-GC------TG-T---AA-T-A-AC-----A-A--TTT---TGTCAT-ACTTCcaa
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gi|8                          :                                                                cagacttatacatggttT-ATGTTATTT-ACA---CTT-CAG--------CAG-GTTGA--AT-A-T-G-G--C-T-G-ATAAAA-G-TT-GTCT--------G--------T-----G--------T-T--TC-------------------ATATTTTCCCGAGCCGGAAG------C-----------------GA-----------G----------G-GAAA-TAAAAT-GAAA-C-ACAGA-CAAC-TTT-T-A-TCAGCCC--ATATTA-CC-TGCCCATGGAA-GC------TG-T---AA-TAA-AC-----A-AT-TTT---TGTCAT-ACTTCA
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Unaligned ( gi|31 ): GAATTCGGGACAACCTATTATTTCCTCGAGAAAAATATATAA






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Reference ( family-1398 )     :                           TTATTACANCTCCAGGCAGCGTAATACTGGGCTGATAAAAGTTGTCTGTGTTTCATATNTTNCTTA-CA-GC-TC-CAG-----G-CAG-G-T--A--AT-A-T-G-GG-CT-G-ATAAAA-G-T---------TGTCT--------------GTG-T--T--T-C----GT-A-T-----------T----------------C--------------G-------------A-----------G----------GGAAA-T---AT-G-AAA-C-ACAGA-CAAC-TTT-T-A-TCA-GCC-C--A-TATTACC-TGCC--TGG-AG-C------TG-T---AA-T-A-AC-----A-A--TTT---TGTCAT-ACTTCA
gi|1                          :                           TTATTACAGCTATAGGCAG-ATAACAC-GGGCTGATAAAAGTTGTCAGTGTTTCATATTTTTCTTAACAAGT-TG-CAG-----G-CAC-G-T--A--AT-A-A-G-GG-TA-G-ATAAAA-T-T---------TGTCT--------------GTG-T--T----C----GT--------------------------------C--------------G-------------A-----------G----------GTAAA-T---AT-G-AAA-C-ACAGA-CAAC-TTT-T-A-TCA-GCC-C--G-TATTACG-TGCC--TGG-AG-C------TG-T---AA-T-A-AC-----A-A--TTT---TGTCTT-TCTTCA
gi|10                         :                                                                                 ATATGTTA-TTA-CA-GC-TC-CAG-----G-TAG-G-T--A--CT-A-T-G-GA-CT-G-ATAACA-G-T---------TGTCT--------------CTG-T--T--T-C----AT-A-T-----------TTCCCGGGCCGAAGG--C--------------G-------------A-----------G----------GGCAA-T---A--G-AAA-C-ACAGA-CAAC-TTT-T-A-TCA-GCC-C--A-TATTACC-TGCC--TGG-AG-C------TG-T---AA-T-A-AT-----A-A--TTT---TGTCAT-ACta
gi|11                         :                                                                                 ATATGTTA-TTA-CA-CC-TC-CAG-----G-CAG-G-T--A--AT-A-T-G-GG-CT-G-AAAAAA-G-T---------TGTCT--------------GTG-G--TA-A-C----AT-A-T-----------TTCCCGAGCGAAGG---C--------------A-------------A-----------G----------GGAAA-T---AT-A-AAA-C--CAGA-CAAC-TTT-T-A-TCA-GCC-T--A-TATTA-C-TGCC--TGG-AG-C------TG-T---AA-TAA-AA-----A-A--TTT---TGTCattgtatatt
gi|12                         :                                                                                       caatatacaatC-TC-CAG-----G-CAG-GTT--A--AT-A-TCG-GA-CT-C-AT--AA-G-T---------TGTCT---------------TG-TTAT--T-C----AT-ATT-----------T----------------C--------------GCCGAGCCGAAGGCA-----------G----------GGAAA-T---AT-GAAAA-C-ACAGA-C-AC-TTT-TAA-TCA-GCC-CT-A-TATTACCTTGCC--TGG-GG-CT-----TG-TC--AA-T-A-AC-----A-A--TTTCACTGTCAT-ACTTCA
gi|13                         :                                                                                           gc-CA-GC-TC-CAG-----G-CAG-G-T--ATAAT-A---G-GG-CT-G-ATAAAAAG-T---------AATTT--------------GTG-T--T--T-C----AT-A-TC----------T----------------CTTAAACCGAAGT--G-------------A-----------G----------GGAAA-T---GT-G-AAA-C-ACAGA-CAAC-TTT-T-A-TAA-GTC-C--G-TAGTATC-TGCC--TGG-AG-C------TG-T---AA---A-A------A-A--TTT---TGGCATCGCTTCa
gi|14                         :                                                                                          TTA-CA-GC-TC-CAG-----G-CAG-G-T--A--AT-A-T-C-GG-CT-G-ATAAAA-G-T---------TGTCT--------------GTG-T--T--T-C----AT-A-T-----------TTCCCGCGCCGAAGG--C--------------G-------------A-----------A----------GGGAA-T---TT-G-AAA-C-GCAGT-CAAC-CTT-T-A-T-A-----T--A-TATTACC-TGTC--TGG-AG-C------TG-T---AA-T-A-AC-----A-A--TTT---TATCAT-ACTTCcaat
gi|15                         :                                                                               TTATGTGTTA-TTA-CA-GC-TC-CAG-----G-CAG-G-T--A--AT-A-T-G-GC-CT-G-ATAAAA-G-T---------TGTCT--------------GTG-T--T--T-C----AT-A-T-----------TTCC-------------C--------------G-------------A-----------GCTGAA-----GGCAA-TCAAAT-A-AAA-C-CAATACCAAC-CCT-T---TCA-Gtaa
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                               tatata-----------G----------GGAAA-T---AT-G-AAA-C-ACAGA-CAAC-TTT-T-A-TCA-GGC-C--A-TATTACC-TGCC--TGG-AG-C------TG-T---AA-T-A-AC-----A-actgattaatgtactagtactgggatcaaaa
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gi|17                         :                                                                                  TACGTTA-TTA-CA-GC-TC-TAG-----G-CAG-G-T--A--AT-A-T-C-GG-CT-G-ATAAAA-G-T---------TGTCT--------------GTG-T--T--T-C----AT-A-T-----------TTCC-------------C--------------G-------------A-----------G----------CCGAA-G---GC-G-AAA-C-ACAGA-CAAC-TTT-T-A-TTA-GCC-CATA-TATCACC-TGCC--TAG-AG-C------TG-T---AA-T-A-AC-----A-A--TTT---TGTCAT-g
gi|18                         :                                                                                                -GC-TT-CAG-----G-CAG-G-T--A--AT-A-TCG-GG-CT---ATAAA--G-A---------TGTCT--------------GTG-T--T--T-C----AT-A-T-----------TCC--------------C--------------G-------------A-----------GCCGAAGGCGAGGAAA-T---ATCG-AAA-C-ACAG---AACATTT-T-A-TCA-GCC-C--A-TA-TACC-TGCC--T-G-AG-C------TG-TTTAAA-T-A-A------A-----TT---TGTCAT-ACTTCA
gi|19                         :                                                                                CATATGTTAATTA-CA-TA-TC-CAG-------CAG---T--A--AT-ACT-G-GG-CT-G-ATAAAA-G-T---------TGTCT--------------GTG-T--TTAT-C----AT-T-T-----------TC---------------C--------------G-------------AGTGAAGGCGACG----------GGAAA-T---AT-G-AAA-C-ACA-A-CAAC-TTG-TAA-TCA-GCC-C--A-TAT----------------G-C------TG-T---AATT-A-AC-----A-C--ATT---TGTaat
gi|2                          :                                                                               aaATATGTTA-TTA-CA-GC-TC-CAG-----G--AG-G-T--C--AT-A-T-C-GG-CT-G-ATAAAA-G-TTTGGCCTGGTGTTTTCATATTAATTGTCGTG-T--T--TTC----AT-A-T-----------TTCCCGAGCCCGAAGC-C--------------G-------------A-----------G----------GGAAAAT---A--G-AAA-C-ACAGAACAAC-TTT-T-A-TCA-GCCAC--A-TATTACC-TGCT--TGG-----------TG-T----A-T-A-AC-----A-A--TTT-----TTA--ACTTCA
gi|20                         :                                                                                                 tC-TC-CAG-----G-CAG-G-T--ATAAT-A---G-GG-CT-G-ATAAAA-G-T---------AATTT--------------GTG-T--T--T-C----AT-A-TC----------T----------------CTTAAACCGAAGGT-G-------------A-----------G----------GGAAA-T---GT-G-AAA-C-ACAGA-CAAC-TTT-T-A-TAA-GTC-C--G-TAGTATC-TGCC--TGG-AG-C------TG-T---AA-T-A-AC-----A-A--TTT---TGGCAT-GCa
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gi|22                         :                                                                               aCATATGTTA-TTA-CA-TA-TC---------A-CAGCG-T--A--AT-ACT-G-GG-CT-G-ATAAAA-GTT---------TGTCT--------------GTG-T--T--T-C----ATCA-T-----------TTTCCGAGTGAAGG---C--------------G-------------A-----------G----------GGAAA-T---AT-G-AAA-C-ACAGA-CAAC-TTG-T-ACTCA-GCC-C--A-TATtc
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                aaatgtttattacgagc----------GGAAA-T---AT-G-AAA-A-ACA-A-CATC-TTT-T-A-TCA-GCC-T--G-TATAACC-TGCC--TGG-AG-C------TG-T---AA-T-A-t
gi|24                         :                                                                              aaCATATGTTA-TTA-CA-TA-TC---------A-CAGCG-T--A--AT-ACT-G-GG-CTTG-ATAAAA-G-T---------TGTCT--------------G-G-T--TTAT-C----AT-T-T-----------TTCCGAGTGAAGG----C--------------G-------------A-----------G----------GGAAA-T---AT-G-AAA-C-ACA-A-CAAC-TTG-T-A-TCA-GCC-C--A-TAT----------------G-C------TG-T---AATT-A-AC-----A-tgagctgaacctggggatagcaatgcacgcactggcaaggcaccgatataccgaccccggacaataataattctga
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                  atg-----------G----------GGAAA-A---AT-G-AAA-C-ACGGA-CAAC-TTTCT-A-TCT-GCC-G--A-TATTACC-TGCC--TGG-AG-CAGTGAGTG-T---AA-T-A-AC-----A-tta
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        gatttggtcattatataGCC---GA-AG-C------TG-T---AA-T-A-CC-----A-A---TT---TGTCTT-ACTTCAgagccgaagctgtaataccaatttgtcttacttcaacatcaa
gi|26                         : gatttggtcattatatatgttattacactcactgctccaggcaggtaatatcggcagatagaaagttgtccgtgtttcatttttcccgaTTA-CA-GC-TT-CAG-----G-TAG-G-A--A--AT-A-T-C-GG-CC-G-A---AG-G---------------------------------------------------------------------------------C--------------G-------------A-----------G----------GGAAA-T---AT-G-AAA-C-ACAGA-CAAC-TTT-T-A-TCA-GCC-CATA-TATTACC-TGCC--TGG-AG-C------TG-T---AA-T-A-AA-----A-A--TTT---TGTCAT-ACTTCacatcaa
gi|27                         :                                                                                                     C-CAG-----G-CAG-G-T--A--AT-A-T-C-GG-CT-G-ATAAAA-G-T---------TGTCT--------------GTG-T--T--T-C----AT-A-T-----------TTTC-------------C--------------G-------------A-----------GCCGAAGCCGAGGAAA-T---AT-G-AA----ACAGA-CAAC-TTT-T-A-TCA-Gcatata
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                     -----------G----------GGAAA-T---GT-G-AAA-C-ACAGA-CAAC-TTT-T-A-TCA-GCC-C--G-TATTACC-TGCC--TGA-AG-C------TG-T---GA-T-
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                     tc----------------C--------------G-------------A-----------G----------GGAAA-TT--AT-G-AAA-C-ACAGA-CAAA-TTT-C-A-TCA-GCC-C--A-TATTACC-TGCC--TGG-AG-C------Tgcaagt
gi|3                          :                      gaaggTTATTACAGCTCCAGGCAG-GTAATA-TGGGTTGATAAAAGTTGTCTGTGTTTCG---------------GC-TC------------AG-G-A--A--AT-A-T-G------------AAA----------------CC--------------ATA-T--T--T-CCCAAGC-A-T-----------T----------------C--------------G-------------ACTA--------G----------GGCAA-T---AT-G-AAA-C-AGAGA-TAAC-TTT-T-A-TCA-GCC-C--G-TATTACC-TACC--TGG-AG-C------TC-T---AA-T-A-AC-----A-A--TTT---TGTCAT-ACTTCA
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            --A-TATTACC-CTCA--TGG-AG-CA-----TGAT---AA-T---AC-----ACA--TTT---TGTCAT--CTTCAca
gi|4                          :                                                                                   ATGTTA-TTA-CA-GC-TT-CGGAGTGAG-CAG-G-T--A--AT-A-T-C-GGTCT-G-ATAAAA-G-T---------TGTCT--------------GTGGT--T--T-C----AT-A-T-----------TTGCCCCGAGCCGAAGGC--------------G-------------A-----------G----------GGAAA-T---AT-G-AAA-CCACAGA-CAAC-TTT-TCA-TCA-AGC-C--A-TATTACC-TGCC--TGG-AG-C------TGTT---AA-T-A-AC-----A-A--TTT---TGTCAT-ACTTCaa
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gi|7                          :                                                                                                              tt-CAG-G-T--A--ATCA-T-TCGG-CG-GTGTAAAA-G-T---------TGTCT--------------GTG-T--T--T-C----AT-A-TGATTTTA----T----------------CCACCGGCCGAAGGCG-------------A-----------G----------GGAAAAT---AT-G-AAA-C-ACAGA-CAAC-TTT-TTACTCA-GCC-CC-A-TATTACC-TGCC--TGG-AG-C------TG-T---AA-T-ATAC-----A-AAGTTT---TGTC-T--CTTCAtaacaattttgtcaat
gi|8                          :                                                                 cagacttatacatggttTATGTTATTTA-CA--C-TT-CAG-------CAG-G-TTGA--AT-A-T-G-G--CT-G-ATAAAA-G-T---------TGTCT--------------GTG-T--T--T-C----AT-A-T-----------TTTCCCGAGCCGGAAG-C--------------G-------------A-----------G----------GGAAA-TAAAAT-G-AAA-C-ACAGA-CAAC-TTT-T-A-TCA-GCC-C--A-TATTACC-TGCCCATGGAAG-C------TG-T---AA-TAA-AC-----A-AT-TTT---TGTCAT-ACTTCA
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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|31 ): GAATTCGGGACAACCTATTATTTCCTCGAGAAAAATATATAA






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consensus                     :                                     TTATTACAGCTATAGGCAGATAACAC-GGGCTGATAAAAGTTGTCAGTGTTTCATATGTTA-TT--ACA------GC-TC-CAG-----G-CAG-GT--A--AT-A-T-G-GG-CT-G-ATA-AAA-G-T---------T-GTCT--------------GT-GTT--T--C--------------------AT-AT-----T-T--C------C------------C------------G-----------A-------------G-----------G-GAAA-T---A---T-G-AAA-CACAG-A-CAAC-TTTT-A-TCA-GCC-C--A-TATTACC-TGCC--TGG-AG-C-TG-T---AA-T-A-AC-----A-A--TTT---TGTCAT-ACTTCA
Reference ( family-1398 )     :                                     TTATTACAGCTNCAGGCAGGTAACACTGGGCTGATAAAAGTTGTCNGTGTTTCATATGTTA-TT--ACA------GC-TC-CAG-----G-CAG-GT--A--AT-A-T-G-GG-CT-G-ATA-AAA-G-T---------T-GTCT--------------GT-GTT--T--C--------------------AT-AT-----T-T--C------C------------C------------G-----------A-------------G-----------G-GAAA-T---A---T-G-AAA-CACAG-A-CAAC-TTTT-A-TCA-GCC-C--A-TATTACC-TGCC--TGG-AG-C-TG-T---AA-T-A-AC-----A-A--TTT---TGTCAT-ACTTCA
gi|1                          :                                     TTATTACAGCTATAGGCAGATAACAC-GGGCTGATAAAAGTTGTCAGTGTTTCATATTTTT-CTTAACAA-----GT-TG-CAG-----G-CAC-GT--A--AT-A-A-G-GG-TA-G-ATA-AAA-T-T---------T-GTCT--------------GT-GTT-----C--------------------GT---------------------------------C------------G-----------A-------------G-----------G-TAAA-T---A---T-G-AAA-CACAG-A-CAAC-TTTT-A-TCA-GCC-C--G-TATTACG-TGCC--TGG-AG-C-TG-T---AA-T-A-AC-----A-A--TTT---TGTCTT-TCTTCA
gi|10                         :                                                                                          ATATGTTA-TT--ACA------GC-TC-CAG-----G-TAG-GT--A--CT-A-T-G-GA-CT-G-ATA-ACA-G-T---------T-GTCT--------------CT-GTT--T--C--------------------AT-AT-----T-T--C------C------------C------------GGGCCGAAGGCGA-------------G-----------G-GCAA-T---A-----G-AAA-CACAG-A-CAAC-TTTT-A-TCA-GCC-C--A-TATTACC-TGCC--TGG-AG-C-TG-T---AA-T-A-AT-----A-A--TTT---TGTCAT-ACta
gi|11                         :                                                                                          ATATGTTA-TT--ACA------CC-TC-CAG-----G-CAG-GT--A--AT-A-T-G-GG-CT-G-AAA-AAA-G-T---------T-GTCT--------------GT-GGTA-A--C--------------------AT-AT-----T-T--C------C------------C------------GAGCGAAGGCA-A-------------G-----------G-GAAA-T---A---T-A-AAA-C-CAG-A-CAAC-TTTT-A-TCA-GCC-T--A-TATTA-C-TGCC--TGG-AG-C-TG-T---AA-TAA-AA-----A-A--TTT---TGTCattgtatatt
gi|12                         :                                                                                                      caatatacaatC-TC-CAG-----G-CAG-GTT-A--AT-A-TCG-GA-CT-C-ATA-A---G-T---------T-GTCT---------------T-GTTATT--C--------------------AT-AT-----T-T--CGCCGAGC------------C------------G-----------AAGGCA--------G-----------G-GAAA-T---A---T-G-AAAACACAG-A-C-AC-TTTTAA-TCA-GCC-CT-A-TATTACCTTGCC--TGG-GG-CTTG-TC--AA-T-A-AC-----A-A--TTTCACTGTCAT-ACTTCA
gi|13                         :                                                                                                      gcCA------GC-TC-CAG-----G-CAG-GT--ATAAT-A---G-GG-CT-G-ATA-AAAAG-T---------A-ATTT--------------GT-GTT--T--C--------------------AT-AT-----C-T--CTTAAA-C------------C------------G-----------AAGTGA--------G-----------G-GAAA-T---G---T-G-AAA-CACAG-A-CAAC-TTTT-A-TAA-GTC-C--G-TAGTATC-TGCC--TGG-AG-C-TG-T---AA---A-A------A-A--TTT---TGGCATCGCTTCa
gi|14                         :                                                                                               TTA-TT--ACA------GC-TC-CAG-----G-CAG-GT--A--AT-A-T-C-GG-CT-G-ATA-AAA-G-T---------T-GTCT--------------GT-GTT--T--C--------------------AT-AT-----T-T--C------CCGCGCCGAAGG-C------------G-----------A-------------A-----------G-GGAA-T---T---T-G-AAA-CGCAG-T-CAAC-CTTT-A-T-A-----T--A-TATTACC-TGTC--TGG-AG-C-TG-T---AA-T-A-AC-----A-A--TTT---TATCAT-ACTTCcaat
gi|15                         :                                                                                        TTATGTGTTA-TT--ACA------GC-TC-CAG-----G-CAG-GT--A--AT-A-T-G-GC-CT-G-ATA-AAA-G-T---------T-GTCT--------------GT-GTT--T--C--------------------AT-AT-----T-T--C------C------------C------------G-----------A-------------GCTGAA------G-GCAA-TCAAA---T-A-AAA-CCAAT-ACCAAC-CCTT---TCA-G
gi|16                         :                                                                                    tatataATATGTTA-TT--ACA------GC-TC-CAG-----A-CAG-GT--A--AT-A-T-C-GG-CT-G-ATA-AAA-G-T---------T-GTCT--------------GT---T--T--C--------------------AT-AT-----T-T--C------C------------C------------G-----------A-------------G-----------CCGAAG-C---A-------GAA-CACAG-A-CAAC-TTTT-A-TCA-GCC-C--A-TATTACC-TGCT--TGG-AG-C-TG-T---AA-T-A-AC-----A-A--TTT---TGTCAT-ACTTactgattaatgtactagtactgggatcaaaa
gi|17                         :                                                                                           TACGTTA-TT--ACA------GC-TC-TAG-----G-CAG-GT--A--AT-A-T-C-GG-CT-G-ATA-AAA-G-T---------T-GTCT--------------GT-GTT--T--C--------------------AT-AT-----T-T--C------C------------C------------G-----------A-------------G-----------C-CGAA-G---G---C-G-AAA-CACAG-A-CAAC-TTTT-A-TTA-GCC-CATA-TATCACC-TGCC--TAG-AG-C-TG-T---AA-T-A-AC-----A-A--TTT---TGTCAT-g
gi|18                         :                                                                                                          ------GC-TT-CAG-----G-CAG-GT--A--AT-A-TCG-GG-CT---ATA-AA--G-A---------T-GTCT--------------GT-GTT--T--C--------------------AT-A------T-T--C------C------------C------------G-----------A-------------GCCGAAGGCGA-G-GAAA-T---A---TCG-AAA-CACAG----AACATTTT-A-TCA-GCC-C--A-TA-TACC-TGCC--T-G-AG-C-TG-TTTAAA-T-A-A------A-----TT---TGTCAT-ACTTCA
gi|19                         :                                                                                         CATATGTTAATT--ACA------TA-TC-CAG-------CAG--T--A--AT-ACT-G-GG-CT-G-ATA-AAA-G-T---------T-GTCT--------------GT-GTT--T-----------------------ATCAT-----T-T--T------C------------C------------G-----------AGTGAAGGCGAC--G-----------G-GAAA-T---A---T-G-AAA-CACA--A-CAAC-TTGTAA-TCA-GCC-C--A-TAT----------------G-C-TG-T---AATT-A-AC-----A-C--ATT---TGTaat
gi|2                          :                                                                                        aaATATGTTA-TT--ACA------GC-TC-CAG-----G--AG-GT--C--AT-A-T-C-GG-CT-G-ATA-AAA-G-TTTGGCCTGGT-GTTTTCATATTAATTGTCGT-GTT--TT-C--------------------AT-AT-----T-T--C------C------------C------------G-----------AGCCCGAAGCCGAGG-----------G-AAAA-T---A-----G-AAA-CACAGAA-CAAC-TTTT-A-TCA-GCCAC--A-TATTACC-TGCT--TGG------TG-T----A-T-A-AC-----A-A--TTT-----TTA--ACTTCA
gi|20                         :                                                                                                                tC-TC-CAG-----G-CAG-GT--ATAAT-A---G-GG-CT-G-ATA-AAA-G-T---------A-ATTT--------------GT-GTT--T--C--------------------AT-AT-----C-T--CTTAAA-C------------C------------G-----------AAGGTGA-------G-----------G-GAAA-T---G---T-G-AAA-CACAG-A-CAAC-TTTT-A-TAA-GTC-C--G-TAGTATC-TGCC--TGG-AG-C-TG-T---AA-T-A-AC-----A-A--TTT---TGGCAT-GCa
gi|21                         :                                                                                                 A-TT--ACA------GC-TTACA--------CAA-GT--A--AT-A-C-G-GG-CT-G-ATA-AAA-GAT---------T-GTTC--------------GC-CTT--T--C--------------------AT-AT-----T-C--C------C------------A------------G-----------AGCCAAGC------G-----------A-GAAA-T---A---T-G-AAATCACAG-A-CAAC---TT-A-T-A-GCC-C-----AGTACC-TGCC--T-A-AT-C-TT-T---AA-T-A-AC-----A-A--TTT-----TCAT-ACCT
gi|22                         :                                                                                         CATATGTTA-TT--ACA------TA-TC---------A-CAGCGT--A--AT-ACT-G-GG-CT-G-ATA-AAA-G-T---------TTGTCT--------------GT-GTT--T--C--------------------ATCAT-----T-T--T------C------------C------------G-----------A-------------GTGAAGGCGAG-G-GAAA-T---A---T-G-AAA-CACAG-A-CAAC-TTGT-ACTCA-GCC-C--A-TATtc
gi|23                         :                                                                               aaatgtttattacgagcTA-TT--ACA------GC-TC-CAG-----G-CAG-GT--T--AT-A-C-A-GG-CT-G-ATA-AAA-G-A---------T-GT-T--------------GT-TTT--T--C--------------------AT-AT-----T-T--C------C------------T------------G-----------A-------------G-----------t
gi|24                         :                                                                                       aaCATATGTTA-TT--ACA------TA-TC---------A-CAGCGT--A--AT-ACT-G-GG-CTTG-ATA-AAA-G-T---------T-GTCT--------------G--GTT--TATC--------------------AT-TT-----T-T--C------CGAGTGAAGG---C------------G-----------A-------------G-----------G-GAAA-T---A---T-G-AAA-CACA--A-CAAC-TTGT-A-TCA-GCC-C--A-TAT----------------G-C-TG-T---AATT-A-AC-----A-ctgaacctggggatagcaatgcacgcactggcaaggcaccgatataccgaccccggacaataataattctga
gi|25                         :                                                                                       atgATATGTTA-TT--ACACTCACTGC-TC-CAG-----G-CAG-GT--A--AT-A-T-C-GG-CA-G-ATAGAAA-G-T---------T-GTCC--------------GT-GTT--T--C--------------------AT-TT-----T-T--C------C------------C------------G-----------A-------------G-----------tta
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             gatttggtcattatGCC---GA-AG-C-TG-T---AA-T-A-CC-----A-A---TT---TGTCTT-ACTTCAccgaagctgtaataccaatttgtcttacttcaacatcaa
gi|26                         : gatttggtcattatatatgttattacactcactgctccaggcaggtaatatcggcagatagaaagttgtccgtgtttcatttttcccgaATATGTTA------CA------GC-TT-CAG-----G-TAG-GA--A--AT-A-T-C-GG-CC-G-A----AG-G--------------------------------------------------------------------------------------------------C------------G-----------A-------------G-----------G-GAAA-T---A---T-G-AAA-CACAG-A-CAAC-TTTT-A-TCA-GCC-CATA-TATTACC-TGCC--TGG-AG-C-TG-T---AA-T-A-AA-----A-A--TTT---TGTCAT-ACTTCacatcaa
gi|27                         :                                                                                                                    C-CAG-----G-CAG-GT--A--AT-A-T-C-GG-CT-G-ATA-AAA-G-T---------T-GTCT--------------GT-GTT--T--C--------------------AT-AT-----T-T--T------C------------C------------G-----------A-------------GCCGAAGCCGA-G-GAAA-T---A---T-G-AA---ACAG-A-CAAC-TTTT-A-TCA-Ga
gi|28                         :                                                                                                 A-TC--ACA------GC-TT-CAG-----G-CAG-GT--A--AT-A-C-G-GG-CT-G-ATA-AAA-G-T---------T-GTCT--------------GT-GTT--T--C--------------------AC-AT-----T-T--C------C------------C------------G-----------A-------------
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                           ------------C------------G-----------A-------------G-----------G-GAAA-TT--A---T-G-AAA-CACAG-A-CAAA-TTTC-A-TCA-GCC-C--A-TATTACC-TGCC--TGG-AG-C-Tgcaagt
gi|3                          :                                                                                        gaaggTGTTA-TT--ACA------GC-TC-CAG-----G-CAG-GT--A--AT-A-T-G-GG-TT-G-ATA-AAA-G-T---------T-GTCT--------------GT-GTT--T--CGGCTCAGGAAATATGAAACCAT-AT-----T-T--C------C------------C------------A-----------A-------------GCATTCGACTAGG-GCAA-T---A---T-G-AAA-CAGAG-A-TAAC-TTTT-A-TCA-GCC-C--G-TATTACC-TACC--TGG-AG-C-TC-T---AA-T-A-AC-----A-A--TTT---TGTCAT-ACTTCA
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              --A-TATTACC-CTCA--TGG-AG-CATGAT---AA-T---AC-----ACA--TTT---TGTCAT--CTTCA
gi|4                          :                                                                                            ATGTTA-TT--ACA------GC-TT-CGGAGTGAG-CAG-GT--A--AT-A-T-C-GGTCT-G-ATA-AAA-G-T---------T-GTCT--------------GTGGTT--T--C--------------------AT-AT-----T-TG-C------CCCGAGCCGAAGGC------------G-----------A-------------G-----------G-GAAA-T---A---T-G-AAACCACAG-A-CAAC-TTTTCA-TCA-AGC-C--A-TATTACC-TGCC--TGG-AG-C-TGTT---AA-T-A-AC-----A-A--TTT---TGTCAT-ACTTCaa
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gi|7                          :                                                                                                                             tt-CAG-GT--A--ATCA-T-TCGG-CG-GTGTA-AAA-G-T---------T-GTCT--------------GT-GTT--T--C--------------------AT-ATGATTTTAT--C------CACCGGCCGAAGGC------------G-----------A-------------G-----------G-GAAAAT---A---T-G-AAA-CACAG-A-CAAC-TTTTTACTCA-GCC-CC-A-TATTACC-TGCC--TGG-AG-C-TG-T---AA-T-ATAC-----A-AAGTTT---TGTC-T--CTTCAattttgtcaat
gi|8                          :                                                                          cagacttatacatggttTATGTTA-TTT-ACA-------C-TT-CAG-------CAG-GTTGA--AT-A-T-G-G--CT-G-ATA-AAA-G-T---------T-GTCT--------------GT-GTT--T--C--------------------AT-AT-----T-T--T------C------------CCGAGCCGGAAGCG-----------A-------------G-----------G-GAAA-T---AAAAT-G-AAA-CACAG-A-CAAC-TTTT-A-TCA-GCC-C--A-TATTACC-TGCCCATGGAAG-C-TG-T---AA-TAA-AC-----A-AT-TTT---TGTCAT-ACTTCA
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Unaligned ( gi|31 ): GAATTCGGGACAACCTATTATTTCCTCGAGAAAAATATATAA






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consensus                     :                                      TTATTACAGCTATAGGCAGATAACACGGGCTGATAAAAGTTGTCAGTGTTTCATATGTTA-TT--ACA------GC-TC-CAG-----G-CAG-GT--A--AT-A-T-G-GG-CT-G-ATA-AAA-G-T---------T-GTCT--------------GT-GTT--T--C--------------------AT-AT-----T-T--C------C------------C------------G-----------A-------------G-----------G-GAAA-T---A---T-G-AAA-CACAG-A-CAAC-TTTT-A-TCA-GCC-C--A-TATTACC-TGCC--TGG-AG-C-TG-T---AA-T-A-AC-----A-A--TTT---TGTCAT-ACTTCA
Reference ( family-1398 )     :                                      TTATTACAGCTATAGGCAGATAACACGGGCTGATAAAAGTTGTCAGTGTTTCATATGTTA-TT--ACA------GC-TC-CAG-----G-CAG-GT--A--AT-A-T-G-GG-CT-G-ATA-AAA-G-T---------T-GTCT--------------GT-GTT--T--C--------------------AT-AT-----T-T--C------C------------C------------G-----------A-------------G-----------G-GAAA-T---A---T-G-AAA-CACAG-A-CAAC-TTTT-A-TCA-GCC-C--A-TATTACC-TGCC--TGG-AG-C-TG-T---AA-T-A-AC-----A-A--TTT---TGTCAT-ACTTCA
gi|1                          :                                      TTATTACAGCTATAGGCAGATAACACGGGCTGATAAAAGTTGTCAGTGTTTCATATTTTT-CTTAACAA-----GT-TG-CAG-----G-CAC-GT--A--AT-A-A-G-GG-TA-G-ATA-AAA-T-T---------T-GTCT--------------GT-GTT-----C--------------------GT---------------------------------C------------G-----------A-------------G-----------G-TAAA-T---A---T-G-AAA-CACAG-A-CAAC-TTTT-A-TCA-GCC-C--G-TATTACG-TGCC--TGG-AG-C-TG-T---AA-T-A-AC-----A-A--TTT---TGTCTT-TCTTCA
gi|10                         :                                                                                          ATATGTTA-TT--ACA------GC-TC-CAG-----G-TAG-GT--A--CT-A-T-G-GA-CT-G-ATA-ACA-G-T---------T-GTCT--------------CT-GTT--T--C--------------------AT-AT-----T-T--C------C------------C------------GGGCCGAAGGCGA-------------G-----------G-GCAA-T---A-----G-AAA-CACAG-A-CAAC-TTTT-A-TCA-GCC-C--A-TATTACC-TGCC--TGG-AG-C-TG-T---AA-T-A-AT-----A-A--TTT---TGTCAT-ACta
gi|11                         :                                                                                          ATATGTTA-TT--ACA------CC-TC-CAG-----G-CAG-GT--A--AT-A-T-G-GG-CT-G-AAA-AAA-G-T---------T-GTCT--------------GT-GGTA-A--C--------------------AT-AT-----T-T--C------C------------C------------GAGCGAAGGCA-A-------------G-----------G-GAAA-T---A---T-A-AAA-C-CAG-A-CAAC-TTTT-A-TCA-GCC-T--A-TATTA-C-TGCC--TGG-AG-C-TG-T---AA-TAA-AA-----A-A--TTT---TGTCattgtatatt
gi|12                         :                                                                                                      caatatacaatC-TC-CAG-----G-CAG-GTT-A--AT-A-TCG-GA-CT-C-ATA-A---G-T---------T-GTCT---------------T-GTTATT--C--------------------AT-AT-----T-T--CGCCGAGC------------C------------G-----------AAGGCA--------G-----------G-GAAA-T---A---T-G-AAAACACAG-A-C-AC-TTTTAA-TCA-GCC-CT-A-TATTACCTTGCC--TGG-GG-CTTG-TC--AA-T-A-AC-----A-A--TTTCACTGTCAT-ACTTCA
gi|13                         :                                                                                                      gcCA------GC-TC-CAG-----G-CAG-GT--ATAAT-A---G-GG-CT-G-ATA-AAAAG-T---------A-ATTT--------------GT-GTT--T--C--------------------AT-AT-----C-T--CTTAAA-C------------C------------G-----------AAGTGA--------G-----------G-GAAA-T---G---T-G-AAA-CACAG-A-CAAC-TTTT-A-TAA-GTC-C--G-TAGTATC-TGCC--TGG-AG-C-TG-T---AA---A-A------A-A--TTT---TGGCATCGCTTCa
gi|14                         :                                                                                               TTA-TT--ACA------GC-TC-CAG-----G-CAG-GT--A--AT-A-T-C-GG-CT-G-ATA-AAA-G-T---------T-GTCT--------------GT-GTT--T--C--------------------AT-AT-----T-T--C------CCGCGCCGAAGG-C------------G-----------A-------------A-----------G-GGAA-T---T---T-G-AAA-CGCAG-T-CAAC-CTTT-A-T-A-----T--A-TATTACC-TGTC--TGG-AG-C-TG-T---AA-T-A-AC-----A-A--TTT---TATCAT-ACTTCcaat
gi|15                         :                                                                                        TTATGTGTTA-TT--ACA------GC-TC-CAG-----G-CAG-GT--A--AT-A-T-G-GC-CT-G-ATA-AAA-G-T---------T-GTCT--------------GT-GTT--T--C--------------------AT-AT-----T-T--C------C------------C------------G-----------A-------------GCTGAA------G-GCAA-TCAAA---T-A-AAA-CCAAT-ACCAAC-CCTT---TCA-G
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gi|18                         :                                                                                                          ------GC-TT-CAG-----G-CAG-GT--A--AT-A-TCG-GG-CT---ATA-AA--G-A---------T-GTCT--------------GT-GTT--T--C--------------------AT-A------T-T--C------C------------C------------G-----------A-------------GCCGAAGGCGA-G-GAAA-T---A---TCG-AAA-CACAG----AACATTTT-A-TCA-GCC-C--A-TA-TACC-TGCC--T-G-AG-C-TG-TTTAAA-T-A-A------A-----TT---TGTCAT-ACTTCA
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gi|2                          :                                                                                        aaATATGTTA-TT--ACA------GC-TC-CAG-----G--AG-GT--C--AT-A-T-C-GG-CT-G-ATA-AAA-G-TTTGGCCTGGT-GTTTTCATATTAATTGTCGT-GTT--TT-C--------------------AT-AT-----T-T--C------C------------C------------G-----------AGCCCGAAGCCGAGG-----------G-AAAA-T---A-----G-AAA-CACAGAA-CAAC-TTTT-A-TCA-GCCAC--A-TATTACC-TGCT--TGG------TG-T----A-T-A-AC-----A-A--TTT-----TTA--ACTTCA
gi|20                         :                                                                                                                tC-TC-CAG-----G-CAG-GT--ATAAT-A---G-GG-CT-G-ATA-AAA-G-T---------A-ATTT--------------GT-GTT--T--C--------------------AT-AT-----C-T--CTTAAA-C------------C------------G-----------AAGGTGA-------G-----------G-GAAA-T---G---T-G-AAA-CACAG-A-CAAC-TTTT-A-TAA-GTC-C--G-TAGTATC-TGCC--TGG-AG-C-TG-T---AA-T-A-AC-----A-A--TTT---TGGCAT-GCa
gi|21                         :                                                                                                 A-TT--ACA------GC-TTACA--------CAA-GT--A--AT-A-C-G-GG-CT-G-ATA-AAA-GAT---------T-GTTC--------------GC-CTT--T--C--------------------AT-AT-----T-C--C------C------------A------------G-----------AGCCAAGC------G-----------A-GAAA-T---A---T-G-AAATCACAG-A-CAAC---TT-A-T-A-GCC-C-----AGTACC-TGCC--T-A-AT-C-TT-T---AA-T-A-AC-----A-A--TTT-----TCAT-ACCT
gi|22                         :                                                                                         CATATGTTA-TT--ACA------TA-TC---------A-CAGCGT--A--AT-ACT-G-GG-CT-G-ATA-AAA-G-T---------TTGTCT--------------GT-GTT--T--C--------------------ATCAT-----T-T--T------C------------C------------G-----------A-------------GTGAAGGCGAG-G-GAAA-T---A---T-G-AAA-CACAG-A-CAAC-TTGT-ACTCA-GCC-C--A-TATtc
gi|23                         :                                                                               aaatgtttattacgagcTA-TT--ACA------GC-TC-CAG-----G-CAG-GT--T--AT-A-C-A-GG-CT-G-ATA-AAA-G-A---------T-GT-T--------------GT-TTT--T--C--------------------AT-AT-----T-T--C------C------------T------------G-----------A-------------G-----------t
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gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             gatttggtcattatGCC---GA-AG-C-TG-T---AA-T-A-CC-----A-A---TT---TGTCTT-ACTTCAccgaagctgtaataccaatttgtcttacttcaacatcaa
gi|26                         : gatttggtcattatatatgttattacactcactgctccaggcaggtaatatcggcagatagaaagttgtccgtgtttcatttttcccgaATATGTTA------CA------GC-TT-CAG-----G-TAG-GA--A--AT-A-T-C-GG-CC-G-A----AG-G--------------------------------------------------------------------------------------------------C------------G-----------A-------------G-----------G-GAAA-T---A---T-G-AAA-CACAG-A-CAAC-TTTT-A-TCA-GCC-CATA-TATTACC-TGCC--TGG-AG-C-TG-T---AA-T-A-AA-----A-A--TTT---TGTCAT-ACTTCacatcaa
gi|27                         :                                                                                                                    C-CAG-----G-CAG-GT--A--AT-A-T-C-GG-CT-G-ATA-AAA-G-T---------T-GTCT--------------GT-GTT--T--C--------------------AT-AT-----T-T--T------C------------C------------G-----------A-------------GCCGAAGCCGA-G-GAAA-T---A---T-G-AA---ACAG-A-CAAC-TTTT-A-TCA-Ga
gi|28                         :                                                                                                 A-TC--ACA------GC-TT-CAG-----G-CAG-GT--A--AT-A-C-G-GG-CT-G-ATA-AAA-G-T---------T-GTCT--------------GT-GTT--T--C--------------------AC-AT-----T-T--C------C------------C------------G-----------A-------------
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                           ------------C------------G-----------A-------------G-----------G-GAAA-TT--A---T-G-AAA-CACAG-A-CAAA-TTTC-A-TCA-GCC-C--A-TATTACC-TGCC--TGG-AG-C-Tgcaagt
gi|3                          :                                                                                        gaaggTGTTA-TT--ACA------GC-TC-CAG-----G-CAG-GT--A--AT-A-T-G-GG-TT-G-ATA-AAA-G-T---------T-GTCT--------------GT-GTT--T--CGGCTCAGGAAATATGAAACCAT-AT-----T-T--C------C------------C------------A-----------A-------------GCATTCGACTAGG-GCAA-T---A---T-G-AAA-CAGAG-A-TAAC-TTTT-A-TCA-GCC-C--G-TATTACC-TACC--TGG-AG-C-TC-T---AA-T-A-AC-----A-A--TTT---TGTCAT-ACTTCA
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              --A-TATTACC-CTCA--TGG-AG-CATGAT---AA-T---AC-----ACA--TTT---TGTCAT--CTTCA
gi|4                          :                                                                                            ATGTTA-TT--ACA------GC-TT-CGGAGTGAG-CAG-GT--A--AT-A-T-C-GGTCT-G-ATA-AAA-G-T---------T-GTCT--------------GTGGTT--T--C--------------------AT-AT-----T-TG-C------CCCGAGCCGAAGGC------------G-----------A-------------G-----------G-GAAA-T---A---T-G-AAACCACAG-A-CAAC-TTTTCA-TCA-AGC-C--A-TATTACC-TGCC--TGG-AG-C-TGTT---AA-T-A-AC-----A-A--TTT---TGTCAT-ACTTCaa
gi|5                          :                                                                                      aaTTATATGTTA-TT--ACA------GC-TC-CAG-----G-CAG-GT--A--AT-A-T-C-GG-CT-G-ATA-AAA-G-T---------T-GTTT--------------GT-GTT--T--C--------------------AC-AT-----T-T--C------CCGAGCTGAAGG-C------------G-----------A-------------G-----------G-GAAA-T---A---T-G-AAA-CACTG-G-CAAC-TTTT-A-TCA-GTT-C--ATTTTTTCC-TGCT--AGG-AG-C-TG-T---AA-T-A-AC-----A-A--TTT---TGTCAT-ACTTCcaa
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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|31 ): GAATTCGGGACAACCTATTATTTCCTCGAGAAAAATATATAA






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consensus                     :                                      TTATTACAGCTATAGGCAGATAACACGGGCTGATAAAAGTTGTCAGTGTTTCATATGTTA-TT--ACA------GC-TC-CAG-----G-CAG-GT--A--AT-A-T-G-GG-CT-G-ATA-AAA-G-T---------T-GTCT--------------GT-GTT--T--C--------------------AT-AT-----T-T--C------C------------C------------G-----------A-------------G-----------G-GAAA-T---A---T-G-AAA-CACAG-A-CAAC-TTTT-A-TCA-GCC-C--A-TATTACC-TGCC--TGG-AG-C-TG-T---AA-T-A-AC-----A-A--TTT---TGTCAT-ACTTCA
Reference ( family-1398 )     :                                      TTATTACAGCTATAGGCAGATAACACGGGCTGATAAAAGTTGTCAGTGTTTCATATGTTA-TT--ACA------GC-TC-CAG-----G-CAG-GT--A--AT-A-T-G-GG-CT-G-ATA-AAA-G-T---------T-GTCT--------------GT-GTT--T--C--------------------AT-AT-----T-T--C------C------------C------------G-----------A-------------G-----------G-GAAA-T---A---T-G-AAA-CACAG-A-CAAC-TTTT-A-TCA-GCC-C--A-TATTACC-TGCC--TGG-AG-C-TG-T---AA-T-A-AC-----A-A--TTT---TGTCAT-ACTTCA
gi|1                          :                                      TTATTACAGCTATAGGCAGATAACACGGGCTGATAAAAGTTGTCAGTGTTTCATATTTTT-CTTAACAA-----GT-TG-CAG-----G-CAC-GT--A--AT-A-A-G-GG-TA-G-ATA-AAA-T-T---------T-GTCT--------------GT-GTT-----C--------------------GT---------------------------------C------------G-----------A-------------G-----------G-TAAA-T---A---T-G-AAA-CACAG-A-CAAC-TTTT-A-TCA-GCC-C--G-TATTACG-TGCC--TGG-AG-C-TG-T---AA-T-A-AC-----A-A--TTT---TGTCTT-TCTTCA
gi|10                         :                                                                                          ATATGTTA-TT--ACA------GC-TC-CAG-----G-TAG-GT--A--CT-A-T-G-GA-CT-G-ATA-ACA-G-T---------T-GTCT--------------CT-GTT--T--C--------------------AT-AT-----T-T--C------C------------C------------GGGCCGAAGGCGA-------------G-----------G-GCAA-T---A-----G-AAA-CACAG-A-CAAC-TTTT-A-TCA-GCC-C--A-TATTACC-TGCC--TGG-AG-C-TG-T---AA-T-A-AT-----A-A--TTT---TGTCAT-ACta
gi|11                         :                                                                                          ATATGTTA-TT--ACA------CC-TC-CAG-----G-CAG-GT--A--AT-A-T-G-GG-CT-G-AAA-AAA-G-T---------T-GTCT--------------GT-GGTA-A--C--------------------AT-AT-----T-T--C------C------------C------------GAGCGAAGGCA-A-------------G-----------G-GAAA-T---A---T-A-AAA-C-CAG-A-CAAC-TTTT-A-TCA-GCC-T--A-TATTA-C-TGCC--TGG-AG-C-TG-T---AA-TAA-AA-----A-A--TTT---TGTCattgtatatt
gi|12                         :                                                                                                      caatatacaatC-TC-CAG-----G-CAG-GTT-A--AT-A-TCG-GA-CT-C-ATA-A---G-T---------T-GTCT---------------T-GTTATT--C--------------------AT-AT-----T-T--CGCCGAGC------------C------------G-----------AAGGCA--------G-----------G-GAAA-T---A---T-G-AAAACACAG-A-C-AC-TTTTAA-TCA-GCC-CT-A-TATTACCTTGCC--TGG-GG-CTTG-TC--AA-T-A-AC-----A-A--TTTCACTGTCAT-ACTTCA
gi|13                         :                                                                                                      gcCA------GC-TC-CAG-----G-CAG-GT--ATAAT-A---G-GG-CT-G-ATA-AAAAG-T---------A-ATTT--------------GT-GTT--T--C--------------------AT-AT-----C-T--CTTAAA-C------------C------------G-----------AAGTGA--------G-----------G-GAAA-T---G---T-G-AAA-CACAG-A-CAAC-TTTT-A-TAA-GTC-C--G-TAGTATC-TGCC--TGG-AG-C-TG-T---AA---A-A------A-A--TTT---TGGCATCGCTTCa
gi|14                         :                                                                                               TTA-TT--ACA------GC-TC-CAG-----G-CAG-GT--A--AT-A-T-C-GG-CT-G-ATA-AAA-G-T---------T-GTCT--------------GT-GTT--T--C--------------------AT-AT-----T-T--C------CCGCGCCGAAGG-C------------G-----------A-------------A-----------G-GGAA-T---T---T-G-AAA-CGCAG-T-CAAC-CTTT-A-T-A-----T--A-TATTACC-TGTC--TGG-AG-C-TG-T---AA-T-A-AC-----A-A--TTT---TATCAT-ACTTCcaat
gi|15                         :                                                                                        TTATGTGTTA-TT--ACA------GC-TC-CAG-----G-CAG-GT--A--AT-A-T-G-GC-CT-G-ATA-AAA-G-T---------T-GTCT--------------GT-GTT--T--C--------------------AT-AT-----T-T--C------C------------C------------G-----------A-------------GCTGAA------G-GCAA-TCAAA---T-A-AAA-CCAAT-ACCAAC-CCTT---TCA-G
gi|16                         :                                                                                    tatataATATGTTA-TT--ACA------GC-TC-CAG-----A-CAG-GT--A--AT-A-T-C-GG-CT-G-ATA-AAA-G-T---------T-GTCT--------------GT---T--T--C--------------------AT-AT-----T-T--C------C------------C------------G-----------A-------------G-----------CCGAAG-C---A-------GAA-CACAG-A-CAAC-TTTT-A-TCA-GCC-C--A-TATTACC-TGCT--TGG-AG-C-TG-T---AA-T-A-AC-----A-A--TTT---TGTCAT-ACTTactgattaatgtactagtactgggatcaaaa
gi|17                         :                                                                                           TACGTTA-TT--ACA------GC-TC-TAG-----G-CAG-GT--A--AT-A-T-C-GG-CT-G-ATA-AAA-G-T---------T-GTCT--------------GT-GTT--T--C--------------------AT-AT-----T-T--C------C------------C------------G-----------A-------------G-----------C-CGAA-G---G---C-G-AAA-CACAG-A-CAAC-TTTT-A-TTA-GCC-CATA-TATCACC-TGCC--TAG-AG-C-TG-T---AA-T-A-AC-----A-A--TTT---TGTCAT-g
gi|18                         :                                                                                                          ------GC-TT-CAG-----G-CAG-GT--A--AT-A-TCG-GG-CT---ATA-AA--G-A---------T-GTCT--------------GT-GTT--T--C--------------------AT-A------T-T--C------C------------C------------G-----------A-------------GCCGAAGGCGA-G-GAAA-T---A---TCG-AAA-CACAG----AACATTTT-A-TCA-GCC-C--A-TA-TACC-TGCC--T-G-AG-C-TG-TTTAAA-T-A-A------A-----TT---TGTCAT-ACTTCA
gi|19                         :                                                                                         CATATGTTAATT--ACA------TA-TC-CAG-------CAG--T--A--AT-ACT-G-GG-CT-G-ATA-AAA-G-T---------T-GTCT--------------GT-GTT--T-----------------------ATCAT-----T-T--T------C------------C------------G-----------AGTGAAGGCGAC--G-----------G-GAAA-T---A---T-G-AAA-CACA--A-CAAC-TTGTAA-TCA-GCC-C--A-TAT----------------G-C-TG-T---AATT-A-AC-----A-C--ATT---TGTaat
gi|2                          :                                                                                        aaATATGTTA-TT--ACA------GC-TC-CAG-----G--AG-GT--C--AT-A-T-C-GG-CT-G-ATA-AAA-G-TTTGGCCTGGT-GTTTTCATATTAATTGTCGT-GTT--TT-C--------------------AT-AT-----T-T--C------C------------C------------G-----------AGCCCGAAGCCGAGG-----------G-AAAA-T---A-----G-AAA-CACAGAA-CAAC-TTTT-A-TCA-GCCAC--A-TATTACC-TGCT--TGG------TG-T----A-T-A-AC-----A-A--TTT-----TTA--ACTTCA
gi|20                         :                                                                                                                tC-TC-CAG-----G-CAG-GT--ATAAT-A---G-GG-CT-G-ATA-AAA-G-T---------A-ATTT--------------GT-GTT--T--C--------------------AT-AT-----C-T--CTTAAA-C------------C------------G-----------AAGGTGA-------G-----------G-GAAA-T---G---T-G-AAA-CACAG-A-CAAC-TTTT-A-TAA-GTC-C--G-TAGTATC-TGCC--TGG-AG-C-TG-T---AA-T-A-AC-----A-A--TTT---TGGCAT-GCa
gi|21                         :                                                                                                 A-TT--ACA------GC-TTACA--------CAA-GT--A--AT-A-C-G-GG-CT-G-ATA-AAA-GAT---------T-GTTC--------------GC-CTT--T--C--------------------AT-AT-----T-C--C------C------------A------------G-----------AGCCAAGC------G-----------A-GAAA-T---A---T-G-AAATCACAG-A-CAAC---TT-A-T-A-GCC-C-----AGTACC-TGCC--T-A-AT-C-TT-T---AA-T-A-AC-----A-A--TTT-----TCAT-ACCT
gi|22                         :                                                                                         CATATGTTA-TT--ACA------TA-TC---------A-CAGCGT--A--AT-ACT-G-GG-CT-G-ATA-AAA-G-T---------TTGTCT--------------GT-GTT--T--C--------------------ATCAT-----T-T--T------C------------C------------G-----------A-------------GTGAAGGCGAG-G-GAAA-T---A---T-G-AAA-CACAG-A-CAAC-TTGT-ACTCA-GCC-C--A-TATtc
gi|23                         :                                                                               aaatgtttattacgagcTA-TT--ACA------GC-TC-CAG-----G-CAG-GT--T--AT-A-C-A-GG-CT-G-ATA-AAA-G-A---------T-GT-T--------------GT-TTT--T--C--------------------AT-AT-----T-T--C------C------------T------------G-----------A-------------G-----------t
gi|24                         :                                                                                       aaCATATGTTA-TT--ACA------TA-TC---------A-CAGCGT--A--AT-ACT-G-GG-CTTG-ATA-AAA-G-T---------T-GTCT--------------G--GTT--TATC--------------------AT-TT-----T-T--C------CGAGTGAAGG---C------------G-----------A-------------G-----------G-GAAA-T---A---T-G-AAA-CACA--A-CAAC-TTGT-A-TCA-GCC-C--A-TAT----------------G-C-TG-T---AATT-A-AC-----A-ctgaacctggggatagcaatgcacgcactggcaaggcaccgatataccgaccccggacaataataattctga
gi|25                         :                                                                                       atgATATGTTA-TT--ACACTCACTGC-TC-CAG-----G-CAG-GT--A--AT-A-T-C-GG-CA-G-ATAGAAA-G-T---------T-GTCC--------------GT-GTT--T--C--------------------AT-TT-----T-T--C------C------------C------------G-----------A-------------G-----------tta
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             gatttggtcattatGCC---GA-AG-C-TG-T---AA-T-A-CC-----A-A---TT---TGTCTT-ACTTCAccgaagctgtaataccaatttgtcttacttcaacatcaa
gi|26                         : gatttggtcattatatatgttattacactcactgctccaggcaggtaatatcggcagatagaaagttgtccgtgtttcatttttcccgaATATGTTA------CA------GC-TT-CAG-----G-TAG-GA--A--AT-A-T-C-GG-CC-G-A----AG-G--------------------------------------------------------------------------------------------------C------------G-----------A-------------G-----------G-GAAA-T---A---T-G-AAA-CACAG-A-CAAC-TTTT-A-TCA-GCC-CATA-TATTACC-TGCC--TGG-AG-C-TG-T---AA-T-A-AA-----A-A--TTT---TGTCAT-ACTTCacatcaa
gi|27                         :                                                                                                                    C-CAG-----G-CAG-GT--A--AT-A-T-C-GG-CT-G-ATA-AAA-G-T---------T-GTCT--------------GT-GTT--T--C--------------------AT-AT-----T-T--T------C------------C------------G-----------A-------------GCCGAAGCCGA-G-GAAA-T---A---T-G-AA---ACAG-A-CAAC-TTTT-A-TCA-Ga
gi|28                         :                                                                                                 A-TC--ACA------GC-TT-CAG-----G-CAG-GT--A--AT-A-C-G-GG-CT-G-ATA-AAA-G-T---------T-GTCT--------------GT-GTT--T--C--------------------AC-AT-----T-T--C------C------------C------------G-----------A-------------
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                           ------------C------------G-----------A-------------G-----------G-GAAA-TT--A---T-G-AAA-CACAG-A-CAAA-TTTC-A-TCA-GCC-C--A-TATTACC-TGCC--TGG-AG-C-Tgcaagt
gi|3                          :                                                                                        gaaggTGTTA-TT--ACA------GC-TC-CAG-----G-CAG-GT--A--AT-A-T-G-GG-TT-G-ATA-AAA-G-T---------T-GTCT--------------GT-GTT--T--CGGCTCAGGAAATATGAAACCAT-AT-----T-T--C------C------------C------------A-----------A-------------GCATTCGACTAGG-GCAA-T---A---T-G-AAA-CAGAG-A-TAAC-TTTT-A-TCA-GCC-C--G-TATTACC-TACC--TGG-AG-C-TC-T---AA-T-A-AC-----A-A--TTT---TGTCAT-ACTTCA
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              --A-TATTACC-CTCA--TGG-AG-CATGAT---AA-T---AC-----ACA--TTT---TGTCAT--CTTCA
gi|4                          :                                                                                            ATGTTA-TT--ACA------GC-TT-CGGAGTGAG-CAG-GT--A--AT-A-T-C-GGTCT-G-ATA-AAA-G-T---------T-GTCT--------------GTGGTT--T--C--------------------AT-AT-----T-TG-C------CCCGAGCCGAAGGC------------G-----------A-------------G-----------G-GAAA-T---A---T-G-AAACCACAG-A-CAAC-TTTTCA-TCA-AGC-C--A-TATTACC-TGCC--TGG-AG-C-TGTT---AA-T-A-AC-----A-A--TTT---TGTCAT-ACTTCaa
gi|5                          :                                                                                      aaTTATATGTTA-TT--ACA------GC-TC-CAG-----G-CAG-GT--A--AT-A-T-C-GG-CT-G-ATA-AAA-G-T---------T-GTTT--------------GT-GTT--T--C--------------------AC-AT-----T-T--C------CCGAGCTGAAGG-C------------G-----------A-------------G-----------G-GAAA-T---A---T-G-AAA-CACTG-G-CAAC-TTTT-A-TCA-GTT-C--ATTTTTTCC-TGCT--AGG-AG-C-TG-T---AA-T-A-AC-----A-A--TTT---TGTCAT-ACTTCcaa
gi|6                          :                                                                                  tgatgtataagTGTTA-TT--ACA------GCATC-CAG-----G-AAG-GT--A--AT-A-T-G-GG-CT-G-ATA-AAA-G-T---------T-GTCT--------------GT-GTT--T--C--------------------AT-AT-----C-T--C------C------------CTCGCCTTC----G-----------GCTTT---------G-----------A-GAAA-T---A---T-GGAAA-CACAG-A-CAAC-TTTT-A-TTAGGCC-C--A-T-TTACT-T-CC--TGG-AGCC-TG-T---AA-T-A-AC-----A-A--TTT---TGTCAT-ACTTCA
gi|7                          :                                                                                                                             tt-CAG-GT--A--ATCA-T-TCGG-CG-GTGTA-AAA-G-T---------T-GTCT--------------GT-GTT--T--C--------------------AT-ATGATTTTAT--C------CACCGGCCGAAGGC------------G-----------A-------------G-----------G-GAAAAT---A---T-G-AAA-CACAG-A-CAAC-TTTTTACTCA-GCC-CC-A-TATTACC-TGCC--TGG-AG-C-TG-T---AA-T-ATAC-----A-AAGTTT---TGTC-T--CTTCAattttgtcaat
gi|8                          :                                                                          cagacttatacatggttTATGTTA-TTT-ACA-------C-TT-CAG-------CAG-GTTGA--AT-A-T-G-G--CT-G-ATA-AAA-G-T---------T-GTCT--------------GT-GTT--T--C--------------------AT-AT-----T-T--T------C------------CCGAGCCGGAAGCG-----------A-------------G-----------G-GAAA-T---AAAAT-G-AAA-CACAG-A-CAAC-TTTT-A-TCA-GCC-C--A-TATTACC-TGCCCATGGAAG-C-TG-T---AA-TAA-AC-----A-AT-TTT---TGTCAT-ACTTCA
gi|9                          :                                                                                           TATGTTA-TTT-ACA------GC-TC-CAG-----GGCAG-GT--A--AT-A-T-C-GG-CT-G-ATA-AAT-G-T---------T-GTCT--------------GT-ATT--T--C--------------------AT-AT-----T-CGGC------T------------C--------------------------------------G-----------G-GAAA-T---A---T-G-AAA-CACAG-A-CAAC-TTTT-A-TCA-GCC-C--A-TTTTACC-TGCC--TGG-AG-C-TA-T---AA-T-A-ACAATTGA-A--TTT---TGTCAT-ACaa


blockSeqs                     :                                                                                                  A  T    CTCACT  A  A   AGTGA G   C  TG TA  C TCG    T  T T   G   A A TTGGCCTGG T    TCATATTAATTGTC  G   AT AT GGCTCAGGAAATATGAAACC  C  GATTT A GG CCGAGCCCGAAGCCGAGG                                                     C    A CAA AAA C G   A     A C    A    A C   G   A AT T       T    CA   A  C T  A TTA  T A T  AATTG C AG   CAC      C
blockSeqs                     :                                                                                                  .  T    .       .  .   .     .   C  T  TA  . TCG    .  . .   .   . . .         .    .               .   A  T  .                     C  .     . G  CCCGAGCCGAAGGCGAG                                                      .    . T   .   . .   T     . .    .    A C   .   . AT .       .    .    .  . A  T C    T A .  .     . T    .        .
blockSeqs                     :                                                                                                  .  .    .       .  .   .     .   .  .  .   . CTG    .  . .   .   . . .         .    .               .   .  .  .                     .  .     . .  CCTCGCCTTCGGCTTTG                                                      .    . .   .   . .   C     . .    .    C .   .   . T  .       .    .    .  . .  . .    . . .  .     . .    .        .
blockSeqs                     :                                                                                                  .  .    .       .  .   .     .   .  .  .   . CTG    .  . .   .   . . .         .    .               .   .  .  .                     .  .     . .  CACCGGCCGAAGGCGAG                                                      .    . .   .   . .   .     . .    .    T .   .   . C  .       .    .    .  . .  . .    . . .  .     . .    .        .
blockSeqs                     :                                                                                                  .  .    .       .  .   .     .   .  .  .   . CTG    .  . .   .   . . .         .    .               .   .  .  .                     .  .     . .  CCCGAGCCGGAAGCGAG                                                      .    . .   .   . .   .     . .    .    . .   .   . .  .       .    .    .  . .  . .    . . .  .     . .    .        .
blockSeqs                     :                                                                                                  .  .    .       .  .   .     .   .  .  .   . TTC    .  . .   .   . . .         .    .               .   .  .  .                     .  .     . .  CCGGGCCGAAGGCGAG                                                       .    . .   .   . .   .     . .    .    . .   .   . .  .       .    .    .  . .  . .    . . .  .     . .    .        .
blockSeqs                     :                                                                                                  .  .    .       .  .   .     .   .  .  .   . TG     .  . .   .   . . .         .    .               .   .  .  .                     .  .     . .  GCCGAGCCGAAGGCAG                                                       .    . .   .   . .   .     . .    .    . .   .   . .  .       .    .    .  . .  . .    . . .  .     . .    .        .
blockSeqs                     :                                                                                                  .  .    .       .  .   .     .   .  .  .   . TG     .  . .   .   . . .         .    .               .   .  .  .                     .  .     . .  CCGCGCCGAAGGCGAA                                                       .    . .   .   . .   .     . .    .    . .   .   . .  .       .    .    .  . .  . .    . . .  .     . .    .        .
blockSeqs                     :                                                                                                  .  .    .       .  .   .     .   .  .  .   . TC     .  . .   .   . . .         .    .               .   .  .  .                     .  .     . .  CCGAGTGAAGGCGACG                                                       .    . .   .   . .   .     . .    .    . .   .   . .  .       .    .    .  . .  . .    . . .  .     . .    .        .
blockSeqs                     :                                                                                                  .  .    .       .  .   .     .   .  .  .   . TG     .  . .   .   . . .         .    .               .   .  .  .                     .  .     . .  TTAAACCGAAGGTGAG                                                       .    . .   .   . .   .     . .    .    . .   .   . .  .       .    .    .  . .  . .    . . .  .     . .    .        .
blockSeqs                     :                                                                                                  .  .    .       .  .   .     .   .  .  .   . TC     .  . .   .   . . .         .    .               .   .  .  .                     .  .     . .  CCAAGCATTCGACTAG                                                       .    . .   .   . .   .     . .    .    . .   .   . .  .       .    .    .  . .  . .    . . .  .     . .    .        .
blockSeqs                     :                                                                                                  .  .    .       .  .   .     .   .  .  .   . TC     .  . .   .   . . .         .    .               .   .  .  .                     .  .     . .  CCGAGCTGAAGGCGAG                                                       .    . .   .   . .   .     . .    .    . .   .   . .  .       .    .    .  . .  . .    . . .  .     . .    .        .
blockSeqs                     :                                                                                                  .  .    .       .  .   .     .   .  .  .   . TC     .  . .   .   . . .         .    .               .   .  .  .                     .  .     . .  CCGAGCGAAGGCAAG                                                        .    . .   .   . .   .     . .    .    . .   .   . .  .       .    .    .  . .  . .    . . .  .     . .    .        .
blockSeqs                     :                                                                                                  .  .    .       .  .   .     .   .  .  .   . CG     .  . .   .   . . .         .    .               .   .  .  .                     .  .     . .  TTAAACCGAAGTGAG                                                        .    . .   .   . .   .     . .    .    . .   .   . .  .       .    .    .  . .  . .    . . .  .     . .    .        .
blockSeqs                     :                                                                                                  .  .    .       .  .   .     .   .  .  .   . CA     .  . .   .   . . .         .    .               .   .  .  .                     .  .     . .  CCGAGCCGAAGGCGA                                                        .    . .   .   . .   .     . .    .    . .   .   . .  .       .    .    .  . .  . .    . . .  .     . .    .        .
blockSeqs                     :                                                                                                  .  .    .       .  .   .     .   .  .  .   . TC     .  . .   .   . . .         .    .               .   .  .  .                     .  .     . .  CCGAGTGAAGGCGAG                                                        .    . .   .   . .   .     . .    .    . .   .   . .  .       .    .    .  . .  . .    . . .  .     . .    .        .
blockSeqs                     :                                                                                                  .  .    .       .  .   .     .   .  .  .   . TC     .  . .   .   . . .         .    .               .   .  .  .                     .  .     . .  CCGAGCCGAAGCCGA                                                        .    . .   .   . .   .     . .    .    . .   .   . .  .       .    .    .  . .  . .    . . .  .     . .    .        .
blockSeqs                     :                                                                                                  .  .    .       .  .   .     .   .  .  .   . TC     .  . .   .   . . .         .    .               .   .  .  .                     .  .     . .  CGAGTGAAGGCGAG                                                         .    . .   .   . .   .     . .    .    . .   .   . .  .       .    .    .  . .  . .    . . .  .     . .    .        .
blockSeqs                     :                                                                                                  .  .    .       .  .   .     .   .  .  .   . CG     .  . .   .   . . .         .    .               .   .  .  .                     .  .     . .  CAGAGCCAAGCG                                                           .    . .   .   . .   .     . .    .    . .   .   . .  .       .    .    .  . .  . .    . . .  .     . .    .        .
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blockSeqs                     :                                                                                                  .  .    .       .  .   .     .   .  .  .   . TC     .  . .   .   . . .         .    .               .   .  .  .                     .  .     . .  CCGAG                                                                  .    . .   .   . .   .     . .    .    . .   .   . .  .       .    .    .  . .  . .    . . .  .     . .    .         
blockSeqs                     :                                                                                                          .       .  .   .     .   .  .  .   . TC     .  . .   .   . . .         .    .               .   .  .  .                     .  .     . .  CCGAG                                                                  .    . .   .   . .   .     . .    .    . .   .   . .  .       .    .    .  . .  . .    . . .  .     . .    .         
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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|31 ): GAATTCGGGACAACCTATTATTTCCTCGAGAAAAATATATAA






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consensus                     :                                      TTATTACAGCTATAGGCAGATAACACGGGCTGATAAAAGTTGTCAGTGTTTCATATGTTA-TT--ACA------GC-TC-CAG-----G-CAG-GT--A--AT-A-T-G-GG-CT-G-ATA-AAA-G-T---------T-GTCT--------------GT-GTT--T--C--------------------AT-AT-----T-T--C------C------------C------------G-----------A-------------G-----------G-GAAA-T---A---T-G-AAA-CACAG-A-CAAC-TTTT-A-TCA-GCC-C--A-TATTACC-TGCC--TGG-AG-C-TG-T---AA-T-A-AC-----A-A--TTT---TGTCAT-ACTTCA
Reference ( family-1398 )     :                                      TTATTACAGCTATAGGCAGATAACACGGGCTGATAAAAGTTGTCAGTGTTTCATATGTTA-TT--ACA------GC-TC-CAG-----G-CAG-GT--A--AT-A-T-G-GG-CT-G-ATA-AAA-G-T---------T-GTCT--------------GT-GTT--T--C--------------------AT-AT-----T-T--C------C------------C------------G-----------A-------------G-----------G-GAAA-T---A---T-G-AAA-CACAG-A-CAAC-TTTT-A-TCA-GCC-C--A-TATTACC-TGCC--TGG-AG-C-TG-T---AA-T-A-AC-----A-A--TTT---TGTCAT-ACTTCA
gi|1                          :                                      TTATTACAGCTATAGGCAGATAACACGGGCTGATAAAAGTTGTCAGTGTTTCATATTTTT-CTTAACAA-----GT-TG-CAG-----G-CAC-GT--A--AT-A-A-G-GG-TA-G-ATA-AAA-T-T---------T-GTCT--------------GT-GTT-----C--------------------GT---------------------------------C------------G-----------A-------------G-----------G-TAAA-T---A---T-G-AAA-CACAG-A-CAAC-TTTT-A-TCA-GCC-C--G-TATTACG-TGCC--TGG-AG-C-TG-T---AA-T-A-AC-----A-A--TTT---TGTCTT-TCTTCA
gi|10                         :                                                                                          ATATGTTA-TT--ACA------GC-TC-CAG-----G-TAG-GT--A--CT-A-T-G-GA-CT-G-ATA-ACA-G-T---------T-GTCT--------------CT-GTT--T--C--------------------AT-AT-----T-T--C------C------------C------------GGGCCGAAGGCGA-------------G-----------G-GCAA-T---A-----G-AAA-CACAG-A-CAAC-TTTT-A-TCA-GCC-C--A-TATTACC-TGCC--TGG-AG-C-TG-T---AA-T-A-AT-----A-A--TTT---TGTCAT-ACta
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gi|12                         :                                                                                                      caatatacaatC-TC-CAG-----G-CAG-GTT-A--AT-A-TCG-GA-CT-C-ATA-A---G-T---------T-GTCT---------------T-GTTATT--C--------------------AT-AT-----T-T--CGCCGAGC------------C------------G-----------AAGGCA--------G-----------G-GAAA-T---A---T-G-AAAACACAG-A-C-AC-TTTTAA-TCA-GCC-CT-A-TATTACCTTGCC--TGG-GG-CTTG-TC--AA-T-A-AC-----A-A--TTTCACTGTCAT-ACTTCA
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gi|15                         :                                                                                        TTATGTGTTA-TT--ACA------GC-TC-CAG-----G-CAG-GT--A--AT-A-T-G-GC-CT-G-ATA-AAA-G-T---------T-GTCT--------------GT-GTT--T--C--------------------AT-AT-----T-T--C------C------------C------------G-----------A-------------GCTGAA------G-GCAA-TCAAA---T-A-AAA-CCAAT-ACCAAC-CCTT---TCA-G
gi|16                         :                                                                                    tatataATATGTTA-TT--ACA------GC-TC-CAG-----A-CAG-GT--A--AT-A-T-C-GG-CT-G-ATA-AAA-G-T---------T-GTCT--------------GT---T--T--C--------------------AT-AT-----T-T--C------C------------C------------G-----------A-------------G-----------CCGAAG-C---A-------GAA-CACAG-A-CAAC-TTTT-A-TCA-GCC-C--A-TATTACC-TGCT--TGG-AG-C-TG-T---AA-T-A-AC-----A-A--TTT---TGTCAT-ACTTactgattaatgtactagtactgggatcaaaa
gi|17                         :                                                                                           TACGTTA-TT--ACA------GC-TC-TAG-----G-CAG-GT--A--AT-A-T-C-GG-CT-G-ATA-AAA-G-T---------T-GTCT--------------GT-GTT--T--C--------------------AT-AT-----T-T--C------C------------C------------G-----------A-------------G-----------C-CGAA-G---G---C-G-AAA-CACAG-A-CAAC-TTTT-A-TTA-GCC-CATA-TATCACC-TGCC--TAG-AG-C-TG-T---AA-T-A-AC-----A-A--TTT---TGTCAT-g
gi|18                         :                                                                                                          ------GC-TT-CAG-----G-CAG-GT--A--AT-A-TCG-GG-CT---ATA-AA--G-A---------T-GTCT--------------GT-GTT--T--C--------------------AT-A------T-T--C------C------------C------------G-----------A-------------GCCGAAGGCGA-G-GAAA-T---A---TCG-AAA-CACAG----AACATTTT-A-TCA-GCC-C--A-TA-TACC-TGCC--T-G-AG-C-TG-TTTAAA-T-A-A------A-----TT---TGTCAT-ACTTCA
gi|19                         :                                                                                         CATATGTTAATT--ACA------TA-TC-CAG-------CAG--T--A--AT-ACT-G-GG-CT-G-ATA-AAA-G-T---------T-GTCT--------------GT-GTT--T-----------------------ATCAT-----T-T--T------C------------C------------G-----------AGTGAAGGCGAC--G-----------G-GAAA-T---A---T-G-AAA-CACA--A-CAAC-TTGTAA-TCA-GCC-C--A-TAT----------------G-C-TG-T---AATT-A-AC-----A-C--ATT---TGTaat
gi|2                          :                                                                                        aaATATGTTA-TT--ACA------GC-TC-CAG-----G--AG-GT--C--AT-A-T-C-GG-CT-G-ATA-AAA-G-TTTGGCCTGGT-GTTTTCATATTAATTGTCGT-GTT--TT-C--------------------AT-AT-----T-T--C------C------------C------------G-----------AGCCCGAAGCCGAGG-----------G-AAAA-T---A-----G-AAA-CACAGAA-CAAC-TTTT-A-TCA-GCCAC--A-TATTACC-TGCT--TGG------TG-T----A-T-A-AC-----A-A--TTT-----TTA--ACTTCA
gi|20                         :                                                                                                                tC-TC-CAG-----G-CAG-GT--ATAAT-A---G-GG-CT-G-ATA-AAA-G-T---------A-ATTT--------------GT-GTT--T--C--------------------AT-AT-----C-T--CTTAAA-C------------C------------G-----------AAGGTGA-------G-----------G-GAAA-T---G---T-G-AAA-CACAG-A-CAAC-TTTT-A-TAA-GTC-C--G-TAGTATC-TGCC--TGG-AG-C-TG-T---AA-T-A-AC-----A-A--TTT---TGGCAT-GCa
gi|21                         :                                                                                                 A-TT--ACA------GC-TTACA--------CAA-GT--A--AT-A-C-G-GG-CT-G-ATA-AAA-GAT---------T-GTTC--------------GC-CTT--T--C--------------------AT-AT-----T-C--C------C------------A------------G-----------AGCCAAGC------G-----------A-GAAA-T---A---T-G-AAATCACAG-A-CAAC---TT-A-T-A-GCC-C-----AGTACC-TGCC--T-A-AT-C-TT-T---AA-T-A-AC-----A-A--TTT-----TCAT-ACCT
gi|22                         :                                                                                         CATATGTTA-TT--ACA------TA-TC---------A-CAGCGT--A--AT-ACT-G-GG-CT-G-ATA-AAA-G-T---------TTGTCT--------------GT-GTT--T--C--------------------ATCAT-----T-T--T------C------------C------------G-----------A-------------GTGAAGGCGAG-G-GAAA-T---A---T-G-AAA-CACAG-A-CAAC-TTGT-ACTCA-GCC-C--A-TATtc
gi|23                         :                                                                               aaatgtttattacgagcTA-TT--ACA------GC-TC-CAG-----G-CAG-GT--T--AT-A-C-A-GG-CT-G-ATA-AAA-G-A---------T-GT-T--------------GT-TTT--T--C--------------------AT-AT-----T-T--C------C------------T------------G-----------A-------------G-----------t
gi|24                         :                                                                                       aaCATATGTTA-TT--ACA------TA-TC---------A-CAGCGT--A--AT-ACT-G-GG-CTTG-ATA-AAA-G-T---------T-GTCT--------------G--GTT--TATC--------------------AT-TT-----T-T--C------CGAGTGAAGG---C------------G-----------A-------------G-----------G-GAAA-T---A---T-G-AAA-CACA--A-CAAC-TTGT-A-TCA-GCC-C--A-TAT----------------G-C-TG-T---AATT-A-AC-----A-ctgaacctggggatagcaatgcacgcactggcaaggcaccgatataccgaccccggacaataataattctga
gi|25                         :                                                                                       atgATATGTTA-TT--ACACTCACTGC-TC-CAG-----G-CAG-GT--A--AT-A-T-C-GG-CA-G-ATAGAAA-G-T---------T-GTCC--------------GT-GTT--T--C--------------------AT-TT-----T-T--C------C------------C------------G-----------A-------------G-----------tta
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             gatttggtcattatGCC---GA-AG-C-TG-T---AA-T-A-CC-----A-A---TT---TGTCTT-ACTTCAccgaagctgtaataccaatttgtcttacttcaacatcaa
gi|26                         : gatttggtcattatatatgttattacactcactgctccaggcaggtaatatcggcagatagaaagttgtccgtgtttcatttttcccgaATATGTTA------CA------GC-TT-CAG-----G-TAG-GA--A--AT-A-T-C-GG-CC-G-A----AG-G--------------------------------------------------------------------------------------------------C------------G-----------A-------------G-----------G-GAAA-T---A---T-G-AAA-CACAG-A-CAAC-TTTT-A-TCA-GCC-CATA-TATTACC-TGCC--TGG-AG-C-TG-T---AA-T-A-AA-----A-A--TTT---TGTCAT-ACTTCacatcaa
gi|27                         :                                                                                                                    C-CAG-----G-CAG-GT--A--AT-A-T-C-GG-CT-G-ATA-AAA-G-T---------T-GTCT--------------GT-GTT--T--C--------------------AT-AT-----T-T--T------C------------C------------G-----------A-------------GCCGAAGCCGA-G-GAAA-T---A---T-G-AA---ACAG-A-CAAC-TTTT-A-TCA-Ga
gi|28                         :                                                                                                 A-TC--ACA------GC-TT-CAG-----G-CAG-GT--A--AT-A-C-G-GG-CT-G-ATA-AAA-G-T---------T-GTCT--------------GT-GTT--T--C--------------------AC-AT-----T-T--C------C------------C------------G-----------A-------------
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                           ------------C------------G-----------A-------------G-----------G-GAAA-TT--A---T-G-AAA-CACAG-A-CAAA-TTTC-A-TCA-GCC-C--A-TATTACC-TGCC--TGG-AG-C-Tgcaagt
gi|3                          :                                                                                        gaaggTGTTA-TT--ACA------GC-TC-CAG-----G-CAG-GT--A--AT-A-T-G-GG-TT-G-ATA-AAA-G-T---------T-GTCT--------------GT-GTT--T--CGGCTCAGGAAATATGAAACCAT-AT-----T-T--C------C------------C------------A-----------A-------------GCATTCGACTAGG-GCAA-T---A---T-G-AAA-CAGAG-A-TAAC-TTTT-A-TCA-GCC-C--G-TATTACC-TACC--TGG-AG-C-TC-T---AA-T-A-AC-----A-A--TTT---TGTCAT-ACTTCA
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              --A-TATTACC-CTCA--TGG-AG-CATGAT---AA-T---AC-----ACA--TTT---TGTCAT--CTTCA
gi|4                          :                                                                                            ATGTTA-TT--ACA------GC-TT-CGGAGTGAG-CAG-GT--A--AT-A-T-C-GGTCT-G-ATA-AAA-G-T---------T-GTCT--------------GTGGTT--T--C--------------------AT-AT-----T-TG-C------CCCGAGCCGAAGGC------------G-----------A-------------G-----------G-GAAA-T---A---T-G-AAACCACAG-A-CAAC-TTTTCA-TCA-AGC-C--A-TATTACC-TGCC--TGG-AG-C-TGTT---AA-T-A-AC-----A-A--TTT---TGTCAT-ACTTCaa
gi|5                          :                                                                                      aaTTATATGTTA-TT--ACA------GC-TC-CAG-----G-CAG-GT--A--AT-A-T-C-GG-CT-G-ATA-AAA-G-T---------T-GTTT--------------GT-GTT--T--C--------------------AC-AT-----T-T--C------CCGAGCTGAAGG-C------------G-----------A-------------G-----------G-GAAA-T---A---T-G-AAA-CACTG-G-CAAC-TTTT-A-TCA-GTT-C--ATTTTTTCC-TGCT--AGG-AG-C-TG-T---AA-T-A-AC-----A-A--TTT---TGTCAT-ACTTCcaa
gi|6                          :                                                                                  tgatgtataagTGTTA-TT--ACA------GCATC-CAG-----G-AAG-GT--A--AT-A-T-G-GG-CT-G-ATA-AAA-G-T---------T-GTCT--------------GT-GTT--T--C--------------------AT-AT-----C-T--C------C------------CTCGCCTTC----G-----------GCTTT---------G-----------A-GAAA-T---A---T-GGAAA-CACAG-A-CAAC-TTTT-A-TTAGGCC-C--A-T-TTACT-T-CC--TGG-AGCC-TG-T---AA-T-A-AC-----A-A--TTT---TGTCAT-ACTTCA
gi|7                          :                                                                                                                             tt-CAG-GT--A--ATCA-T-TCGG-CG-GTGTA-AAA-G-T---------T-GTCT--------------GT-GTT--T--C--------------------AT-ATGATTTTAT--C------CACCGGCCGAAGGC------------G-----------A-------------G-----------G-GAAAAT---A---T-G-AAA-CACAG-A-CAAC-TTTTTACTCA-GCC-CC-A-TATTACC-TGCC--TGG-AG-C-TG-T---AA-T-ATAC-----A-AAGTTT---TGTC-T--CTTCAattttgtcaat
gi|8                          :                                                                          cagacttatacatggttTATGTTA-TTT-ACA-------C-TT-CAG-------CAG-GTTGA--AT-A-T-G-G--CT-G-ATA-AAA-G-T---------T-GTCT--------------GT-GTT--T--C--------------------AT-AT-----T-T--T------C------------CCGAGCCGGAAGCG-----------A-------------G-----------G-GAAA-T---AAAAT-G-AAA-CACAG-A-CAAC-TTTT-A-TCA-GCC-C--A-TATTACC-TGCCCATGGAAG-C-TG-T---AA-TAA-AC-----A-AT-TTT---TGTCAT-ACTTCA
gi|9                          :                                                                                           TATGTTA-TTT-ACA------GC-TC-CAG-----GGCAG-GT--A--AT-A-T-C-GG-CT-G-ATA-AAT-G-T---------T-GTCT--------------GT-ATT--T--C--------------------AT-AT-----T-CGGC------T------------C--------------------------------------G-----------G-GAAA-T---A---T-G-AAA-CACAG-A-CAAC-TTTT-A-TCA-GCC-C--A-TTTTACC-TGCC--TGG-AG-C-TA-T---AA-T-A-ACAATTGA-A--TTT---TGTCAT-ACaa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|31 ): GAATTCGGGACAACCTATTATTTCCTCGAGAAAAATATATAA