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gi|50 : ataACTTCCTGGTTGC-GAAGCGAAC--GCTCT----A--C--CATT-GAGCcaaatagc
gi|49 : CGAAC--GCTCT----A--C--CACT-GAACTACCGCGACTGGTT--t
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6 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Reference ( family-139 ) : TGATT-ATT----TGTT-GTT--TTTC--GTC-CCGTC--GAG--AA--TATT-TCAC-TC--A-TAT-T-------G--------AG--AC-GTC------AC-CA--T--TG--CC-GGTGA---AG-GG--CTGC-----A--AA-TTT---T--ACC--A-----C---GCT-T----AGCAC--TC---AT-GG--------CT-TT-TA--G--C--AGT---GAGG--G------T-TNT---TT-A-G-CGT---GCC---A-C-GC-----C-T-GCT---GCG-----ACACGGGAC-CT-CCGTT-T----T-----TAAG-GTC-ATATC-CG----------AAAGA-CCC-GTG-----A-TTC-TCAC-TTCT--AAATGNC----G------AG-C-TC--T-TG---GCGAAGG--AG-CAAT-CAC----TA--C-C-T-A-TNTT--C-A------------CGTC---TTA---GG---TTT-GA--CG-CGGCCG-G-GT-A-C---T---GAGC-------ACGGGGCTCGAA----CNCA--CGACCTCCCGGTCGCG-AAG-C---GAA-CGCTC-T-A---CCA-CT------GAGCTACCG-CGACCGGTT--TAAA
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3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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gi|5 : ttatT--TTTT--GTT-C-GT----AA--AA--TGTT-ATACAT-----TAT-T-------G--------AG--GC-GT--------------T--T----C-GGAAATTCAG-AC--CTAC-----A--AA-ATG---T--AC-------------GCT-TTAATAGCGC--TC---AG-GG---------T-GT-AA--G--C--TGT---AAAG--T------TATTT---TT-A-ATCAT---GAA---AAC-GC-----C-T-ACA---GTG-----ACAAGTTAC-CT-CTATT-T----G-----TAAG-GTC-ATATT-CG----------TAA----------------------CAT-T--------TG-GC----G------A-----------------AGGG--GG--AAT-CAC-----A--T-C-T---TTTT--T-A------------TGTC---TTA---AG---T----------------------------C---T--AAGC-------ACGA-----GAA------G---GGACCTTCCGGTCACG-Aaa
gi|50 : cACTTCCTGGTTGCG-AAG-C---GAA-CGCTC-T-A---CC-ATT------GAGCT
gi|51 : GC-TC--T-TC---GCGAAGG--AG-CAAT-AAC----TA--C-C-T-A-TTTT--C-A------------CG
gi|6 : TGATT-ATTATTTTGTT-GTT--TTT------------------------ATT-TCAC-TC--A-TAT-T-------G--------AG--AC-ATC------AC-CA--T--TG--TC-GGTGA---AG-GG--CTGC-----A--AA-TTTA--G--ACC--A-----TG--GCT-T----AGTAC--TC---AT-GG--------CT-TT-CA--G--C--AGT---GAGG--G------T-TTT---TT-A-G-CGT---GTC---A-C-ACAATGACAT-GCT---GCG-----ACACGGGAC-CT-CCGTT-TTTAAT-----TAAG-GTC-ATATC-CG----------AAAGA--CC-GTGATC--A-TTC-TTAC-TTCT--AAATG-CC----G------A
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blockSeqs : . . . . C . CTCTT . . . A . . . G . GTCAC GTTTGTA AGGGTA . . GTCAGACCAGGTGGCTCTG . AC TTG . . A . . . . . C . . TA . A ACGC . . . AC . . . . AT . . ATG C TA T . . . A . ACGTA GA . . . . . . . . T TAA G CCCC T . . . . . CTGGGAAGTC ACGGG . G TA . . . T . A . . G . .
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blockSeqs : . . . . C . CATC . . . . . . . G . TCAC TTGCC AGGG . . ATGTACGCTTTAAT . AG CT . . . . . . . . A . . G . . ACGC . . . . . . . . T . . CA T G . . . . . . T AC . . . . . . . . . TA G ACA T . . . . . TCTCGACAT CGGG . A TA . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . C . CATC . . . . . . . G . GTCA TTGTC AGTA . . TGTTAATGC . AT TG . . . . . . . . G . . G . . CGC . . . . . . . . C . . TG C A . . . . . . G GC . . . . . . . . . TA T AA C . . . . . CAGAGTGC ACGA . A TA . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . . . C . GT . . . . . . . G . GT TTC AGGG . . TGCTT . A CT . . . . . . . . A . . T . . CAC . . . . . . . . T . . TG C C . . . . . . A GC . . . . . . . . . TA T CA T . . . . . CTACTCC ACG . A CA . . . C . . . . . .
blockSeqs : . . . . T . GT . . . . . . . G . C . A . . . T T . . . . . . . . T . . G . . CAC . . . . . . . . T . . TA T A . . . . . . G GC . . . . . . . . . TT G AA A . . . . . CTAT AGA . G TG . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . C . . G . . CAC . . . . . . . . T . . CG C C . . . . . . G GT . . . . . . . . . TA T TA T . . . . . CT GGG . A TA . . . C . . . . . .
blockSeqs : . . . . . G . . . . . T . . A . . TAT . . . . . . . . T . . TG A G . . . . . . G TC . . . . . . . . . TA T CA T . . . . . AGA . A TC . . . C . . . . . .
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blockSeqs : . . A . . C . . . . . . . . C . . CG C G . . . . . . G . . . . . . . . . . AA A CA G . . . . . AG . A TG . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T . . CG C G . . . . . . G . . . . . . A G A . . . A . G TG . . . C . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . CG C C . . . . . . . . . . . . T . . . . A CA . . . C . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . CG . A . . . . . . . . . . G TG . . . C . . . . .
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blockSeqs : . . C . . . . . G TG . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . G CA . . . . . . .
blockSeqs : TG . . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : **** C** ** ** G*************** GTCAC******** AGGG****** ***** TTTAACCATGGCTT******************** ** AT**** ** CGC******* *** ***** G********** *** TA*** NA*************** T*** CCGAGTACT************* ACGGG******* CG *** ***
originalCons : TGATT-ATT----TGTT-GTT--TTTC--GTC-CCGTC--GAG--AA--TATT-TCAC-TC--A-TAT-T-------G--------AG--AC-GTC------AC-CA--T--TG--CC-GGTGA---AG-GG--CTGC-----A--AA-TTT---T--ACC--A-----C---GCT-T----AGCAC--TC---AT-GG--------CT-TT-TA--G--C--AGT---GAGG--G------T-TNT---TT-A-G-CGT---GCC---A-C-GC-----C-T-GCT---GCG-----ACACGGGAC-CT-CCGTT-T----T-----TAAG-GTC-ATATC-CG----------AAAGA-CCC-GTG-----A-TTC-TCAC-TTCT--AAATG-CC----G------AGC-TC--T-TG---GCGAAGG--AG-CAAT-CAC----TA--C-C-T-A-TNTT--C-A------------CGTC---TTA---GG---TTT-GA--C-GCGG--CC-G--G--TA--C---T--GAGC-------ACGGGGCTCGAA--CTC-G---CGACCTCCCGGTCGCG-AAG-C---GAA-CGCTC-T-A---CC-ACT------GAGCTACCG-CGACCGGTT--TAAA
finalCons : TGATT-ATT----TGTT-GTT--TTTC--GTC-CCGTC--GAG--AA--TATT-TCAC-TC--A-TAT-TG---------------AG--ACGTCAC--------CA--T--TG--CC-GGTGAAGGG------CTGC-----A--AATTTAACCATGGCTT--------------------AGCAC--TCAT----GG--------CT-TT-TA--G--C--AGT---GAGG--G------T-TNT---TT-A-G-CGT---GCC---ACGC-------C-T-GCT---GCG-----ACACGGGAC-CT-CCGTT-T----T-----TAAG-GTC-ATATC-CG----------AAAGA-CCC-GTG-----A-TTC-TCAC-TTCT--AAATG-CCG----------AGC-TC--T-TG---GCGAAGG--AG-CAAT-CAC----TA--C-CTA---TNTTNA---------------CGTCT---TA---GG---TTT-GA--C-GCGGCCGAGTACT-------------GAGCACGGG-------GCTCGAA--CTC-G---CGACCTCCCGGTCGCG-AAG-C---GAA-CGCTC-T-A---CC-ACT------GAGCTACCG-CGACCGGTT--TAAA
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-139 ) : TGATT-ATT----TGTT-GTT--TTTC--GTC-CCGTC--GAG--AA--TATT-TCAC-TC--A-TAT-T-------G--------AG--AC-GTC------AC-CA--T--TG--CC-GGTGAAG-GG--CTGCA--AA--TTTA-A---CCA--TGG----------CT-TAG-CA--CTC---AT-GG--------CT-TT-TA--G--C--AGT---GAGG--G------T-T-NT---TTA-G-CGT---GCC---A-CGC-----C-T-GC-T---GCG-----ACACGGGAC-CT-CCGTT-T----T-----TAAG-GTC-ATATC-CG----------AAAGA-CCC-GTG---A-----TTC-TCAC-TTCT--AAATG-CC----G------AGC-TC--T-TG---GCGAAGG--AG-CAAT-CAC----TA--C-C-T-AT--NTT--N-A------------CGTC---TTA---GG---TTT-GA--CG-CGGC--CGA-GT-A-C---T--GAGC-------ACGGGGCTCGAA--CTC-G---CGACCTCCCGGTCGCG-AAG-C---GAA-CGCTC-T-A---CC-ACT------GAGCTACCG-CGACCGGTT--TAAA
gi|1 : TGATTCATTG---TATT-GTT--TGTCAGGTCGCCGCT--GAAGAAA--TATC-TCAC-TCCCA-TAT-TCGCCACAGCCACCCACAG--AC-TCCCCCTCCAC-CA--T--TG--AT-GGTGA---GG--CTGC---CG--TTTAGA---CCT--TGGACCTCACGCCCC-CAA-CACCCTC---ATCGG--------CT-TTGTAAGG--C--AAT---TAGT--G------T-TATT---TTA-G-C-T---GCA---ACCAT-----C-A-GCTT---GCG-----ACATGGGAC-CT---GTT-T----T-----TAAG-GAC-ATATC-CG----------AAGTA-GCC-GTGC--ACCCACTTC-TCAC-TTTT--AAATG-CT-----------ATC-TC--T-TGA--GCGAAGG--AGCCAAT-CAC----TA--C-CGT-AT--TTTC-G-A------------TGTC----TA---GG---GTT-AA--AA-CGGC------AT-ATC---C--GAAC-------ACAGA---TGAA--TTC-C---AGGCCTGCCGAT--CT-AGG-CCTGGAA-CCCCCAT-AACCTC-ACT------GAGCCACC
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gi|11 : --AAT---GGGC--A------T-T-CT---TTA-TTCGT---GTC---AACGC-----A-TAGC-T---GAGGGATCACAAAGGCC-CT-CCTAT-T----TCGTTGTAAG-ACC-ATGTC-C-------------------C--TG---A-----TTCGTCAC-T-CT--AAATGATT----G------AGA-TCATT-TT---GCAAAGG--AG--GAC-CAC----TA--C-C-T-TT--CTT--A-A------------CATT---TCACACGG---TTT-
gi|12 : --AG-CAGT-AAA----TA--T-C---AT--GTT----A------------CGTC---ATA---CA---TTT-GA--CG-CTTC--CAATGT-A-CAAGT--G-GT-------ACG-----CGAA--CTT-G---CACCCTCCCGATATGG-AAG-T---GAA-TGTTT-T-A---CC-ATT------GAATTATTA-TGAC
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gi|15 : -TCAC-TC--A-TAC-T-------G--------AGGAAC-GTC------A--CA--TTGTG--CCGGGTGATGAGG--CTGCA--AA--GTCAGA---CCAGGTGG----------CTCTGGACA--CCTGCAAT-GGTATCTATTTT-TT-TA--GCAC--AGTGAAGAGG--G------T-T-TT---TT
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gi|16 : atC-GTC------AC-CA--T--TG--CC-GGCGAAG-GG--CTGCA--AA--T---------------G----------CT-TAG-CA--CTT---AC-GG--------CT-TT-TA--G--CAGAGT---G-GG--G------T-T-CT---TTT-G-CGT---GCC---A-Caccattgccggcgaagggctgcaaatgcttagcacttacggcttttagcagagtggggttcttttgcgtgccac
gi|17 : attgactatttgttgttttttgtctAGC-------A--GAGCTCGAA--TCT-A---CGGCCCTCTGGTTACA-TTT-C---GAA-CGCTC-TAA---CC-ACT------GAGATACCG-TAACCAGT
gi|18 : gcaagcaaaaa-GTC-ATATCTCA----------GGGGA-CCT-GTA---A-----GTT-TTAC-TTTT--TAATG-CT----ACATGTAAGT-TC--T-TA---GTGAAGG--AA-CAGT-CAC----TC--G-C-T-TT--GTT--C-AG-----------TATC---TTA---GG---TTT-atttcattaggcagactgat
gi|19 : AGC-------A---GGCTCGAA--CTT-A---CAACCTCCCAGTTGCGAAAG-C---GAA-TGCTA-TAA---CC-ACTG-----GAGCTAACGATGACC-ATT--TA
gi|2 : gagatgaTGATT-ATT----TGTT-GTT--TTTC--GTC-CCGTC--GAG--AA--TATT-TCAC-TC--A-TAT-T-------G--------AG--AC-GTC------AC-CA--T--TG--CC-GGTGAAG-GG--CTGCA--AAGTTTTA-C---CTA--TG-----------CT-TAG-CA--CTC---AT-GG--------CT-TT-TA--G--C--AGT---GAGG--G------T-T-AT---TTA-G-CGT---GCC---A-CAC-----C-T-GC-T---GCG-----ACACGGGAC-CT-CCGTT-T----T-----TAAG-GTC-ATATC-CG----------AAAGA-CCC-GTG---A-----TTC-TCAC-TTCT--AAATG-GC----G------AGC-TC--T-TG---GCGAAGG--AG-CAAT-CAC----TA--C-C-T-AT--TTT--C-A------------TGTC---TTA---GG---TTT-GA--CG-CGGC--CGG-GT-A-C---T--GAGC-------ACGGGGCTCGAA--CGC-A---CGACCTCCCGATCACA-AGG-C---GAG-AGCTC-T-A---CC-ATT------GAGCCACCG-CAAACGGTT--TAAAttttgtggaaataat
gi|20 : CGGGATTCAAA--CTC-A---CAACCTCACGGTTACA-AAA-C---AAA-TGCTC-T-A---CC-ACA------TAGCTACCG-CCACTGct
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gi|22 : ttaa--G------T-T-GT---TGA-T-CGT---GCA---AGTGT-----C-T-GC-C---GCG-----ACACTGGGC-AT-CTGTT-T----TA----TAAGTGT---TATC-CA----------CACGA-TCC-ACA---A-----CTC-TTAC-TTAT--AATTG-
gi|23 : TCAAA--CTC-G---CAACCTTTCTATCAGG-AAG-T---AAG-TGCAC-T-A---CTAACT------GAGCTACTG-AGACTGGTgtgtg
gi|24 : TT-A----T-----CAAG-GTC-ATATC-TG----------GAAGA-CCC-CCAT--A-----TTA-T-AC-TTCC--TAATG-CC----T------GAC-AA--T-TG---GTGAAGG--AA-AAGT-Cgtgtatatgaaaattagaataat
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gi|29 : atAAGAGCCCAGTG---A-----TTC-TCACATTCTTAAAATG-CCACGTA------AGCTTC--TCTGTATACGAAGG--AGCCAATACAC----TA--C-C-T-Agac
gi|3 : TT-ATT----TGTC-GCTGCTTTC--ATC-C-GT---GAG--AAATCATTCTCACATC--ACTATAT-------G--------AG--ACTACC------GCACA--T--TGAGCC-AGTGAAG-GGTACAGCACAAA--TTGG-AATACCG--TAGTG--------CTATAG-CA--CTC---AT-GG--------TTGTT-TG--GA-C--AGA---GAAGCAGTCTACTT-C-AT---TTT-G-TGCTGAGCCA--A-CAC-----A-T--C-T---GCGAC---ACACGGGAC-TTCCCGTT-T----T-----TAAG-GT--ATATC-C-----------AAAGA--AC-ATG---A-----TTC----C-TTCT--AAATG-CC----G------AGC-TC--T-TG---GCGAAAGGTAG-CAAT-TACACGGTA--C-CGT-ATTGCTC--A-A------------TGTC---TT----GG---TTTAGA--CA-Cgt
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gi|38 : ata---T--GAGC-------A---GGCTCGAA--CTT-G---CAACCTCCTTGTTGTG-AAG-C---GAA-caaatagc
gi|39 : atgcaacatggcaTGATT-GTA----TGTT-GTT--TTAC--GTC-CC-TCTTGAG--AA--CATT-TCAC-TC--A-TTT-G-------G--------AG--AC-GTC------taaacca
gi|4 : atA--CTC----T-GG--------TG-TT-TA--A--C--AGT---GAGG--G------T-T-CT---TTT-G-CGT---GCC---A-CAC-----C-T-GC-T---GCA-----ACACAGGAC-CT-CCATT-T----T-----TAAG-GTC-ATATC-TG----------AAAGA-CCA-GTG---A-----TTC-TCAC-TTCT--AAATG-CC----A------AGC-TC--T-TG---GTGAAGG--AG-CAAT-CAC----TA--C-C-T-AT--TTT--A-A------------CATC---ATA---GG---TTT-GA--CG-CAGC--AGA-GT-G-C------AAGC-------ACAGGGCTCAAA--CTC-A---CGACCTCCCGATCACG-AGG-C---GAG-AGCTC-T-A---CC-ACT------GAACTACCG-TGACCGGTT--ca
gi|40 : A-A-CAT---GCC---AACAC-----C-T-GC-T---GTG-----AC--------CT-CCGTT-T----T------AA------ATA-C-CG----------AAAGA-ACC-GTG---A-----TTccttggttagaataa
gi|41 : TGATT-GTA----TGTT-GTT--TTAC--GTC-CC-TCTTGAG--AA--TATT-TCAC-TC--A-TAT-G-------G--------AG--
gi|42 : ---T--GAGT---------GGGGCTCGAA--CTC-G---CAACCTCCTGATTGCA-AAG-C---AAA-CACTC-T-A---t
gi|43 : caTA---GG---TTT-GA--CG-CGGC-------T-A-C---TCCAAGC-------ACAAGACTCGAA--CGC-A---CAA-CTCCTG
gi|44 : GAAGG--AA-CAAT-CAC----TA--C-C-T-TT--TTTCCC-C------------CGTC---TTA---GG---TTT-GA--Ca
gi|45 : tgctCTC-T-A---CC-ACT------GAGCCACCG-CGCACGGT
gi|46 : agatG--AA-CAGT-CAC----TA--C-C-T-AC--GTT--ACA------------CGTC---TTA---GA---TTT-GA--CG-CGGgattgttaatttgaa
gi|47 : ta-ATT----TGTT-GCT--TTTC--GTC-CCATC--GAG--AA--TATT-TCAC-TC--A-TAT-T-------G--------Atg
gi|48 : -GTC-ATACC-CG----------AAAGA-CCCTATC---A-----TTC-TTAC---CTA-AAATG-CC----G------AG
gi|49 : -C---GAA-CGCTC-T-A---CC-ACT------GAACTACCG-CGACTGGTT--
gi|5 : ttat-TAG-CG--CTC---AG-GG---------T-GT-AA--G--C--TGT---AAAG--T------TAT-TT---TTA-ATCAT---GAA---AACGC-----C-T-AC-A---GTG-----ACAAGTTAC-CT-CTATT-T----G-----TAAG-GTC-ATATT-CG----------TAA------------------------CAT-T--------TG-GC----G------A-----------------AGGG--GG--AAT-CAC-----A--T-C-T--T--TTT--T-A------------TGTC---TTA---AG---T-------------------------C---T--AAGC-------ACGA-----GAA------G---GGACCTTCCGGTCACG-Aaa
gi|50 : ctttttgttcgtaaaatgttatacattattgaggcgtttcggaaattcagacctacaaaatgtacgctttaaACTTCCTGGTTGCG-AAG-C---GAA-CGCTC-T-A---CC-ATT------GAGCT
gi|51 : GC-TC--T-TC---GCGAAGG--AG-CAAT-AAC----TA--C-C-T-AT--TTT--C-A------------CG
gi|6 : TGATT-ATTATTTTGTT-GTT--TTT------------------------ATT-TCAC-TC--A-TAT-T-------G--------AG--AC-ATC------AC-CA--T--TG--TC-GGTGAAG-GG--CTGCA--AA--TTTAGA---CCA--TGG----------CT-TAG-TA--CTC---AT-GG--------CT-TT-CA--G--C--AGT---GAGG--G------T-T-TT---TTA-G-CGT---GTC---A-CACAATGACAT-GC-T---GCG-----ACACGGGAC-CT-CCGTT-TTTAAT-----TAAG-GTC-ATATC-CG----------AAAGA--CC-GTGATCA-----TTC-TTAC-TTCT--AAATG-CC----G------A
gi|7 : gatAC-CT-TCATT-T----T-----CAAG-GCC-ATATC-CG----------AGAGA-CCC-CTG---A-----CCC-TCCC-CTCT--AAATG-CC----T------AGT-GT--T-TG---GTGAAGG--AA-CAAT-AAC----TAGGC-C-TAAT--GTT--A-A------------TGCT---GCA---GG---TTT-GA--TG-AAAT--CTC-G--A-CA--T--GAGC-------A--GAGTTCAAAGTTTCTGAATCAACTTCCTCTTCACA-AGG-T---AAA-TGCTC-C-A---AC-A
gi|8 : ---TTA-A-TGT---GCT---A-TAT-----C-T-AA-C---GCG-----GGCCGCGAG-CT-CCGTT-T----T-----TAAA-GTC-ATATCTCATAATCTGTTCAAAGA-CTC-ATG---A-----TTG-TCact
gi|8 : GCTC-T-A---CC-ACT------GAACTATCA-CGACCGGTgatgattgacgaataggcaatgatcacgcgatactcacgagcagtgatccaacgcacgactttgacaagctctaccactgaactatcacgaccggt
gi|9 : ttaatgtgctatatctaacgcgggccgcgagctccgtttttaaagtcatatctcataatctgttcaaagactcatgattgtcgatgattgacgaataggcaatgatcacgcgatactcacgagcagtgatccaacgcacgactttgacaaA-CCT-ATG---C-----CTT-TCAC-TTAT--AT-TG-CG----G------GTC-CC--T-TA---TTGAAGG--AA-CAGT-CAC-----A--CTC-A-AT--GTT--T-AAAGTCCTGTGCTTGTCACATTA---GAGCTTTT-GATTCG-CAAC--TGG-GA-A-G---TC-GAGCTTATGATACGTAGCTCAAG--CTC-G-----ACTTCCCGGTTGCA-AAT-C---AAG-AGCTC-T-
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): CAGTCACGATCTATTTTTATACTCCAAGTTTGGCGCGATCACAGTACTAGCAAGTATCGAATCACTATCTCCTATCACTACACAAAAGTTTTAATCCCTGAGTTACAATGTAATTGGAACAGTTCTCAAACTGTAAGAT
Unaligned ( gi|25 ): TGTTCCATAGTGAGGCAGTAAATACCCTTATTATACCGTCACCTACACGATCACATTGTACAAGTACTACATGAACTTGCATCC
Unaligned ( gi|26 ): TCTTCAAGTTCTTGTCCAAAAGAACCATGACTTTTATTTCCAATGTTCCTTCACTGCCTGGTGAAGGGACAATCCTAGGCCTA