lowQualScore : 22 222222 3 111 11111 11111 55555555555555555555555555555555555555 11111111 22222222222222 888888888888888888888888888888 111 111 111111 1 11 66666666666666666666666666666666666666666666 111 33333333333 111 111111 44444444 1111 1111 1111 11 1111 888888888888888888888888888888888888888 111 111111 111 333333333333333333333333 22222222 1111 111 1111
lowQualScore : 33 5 66 6666 3 555555 555 3 44 555 3 7777 3 3 3 44 000 3 555 3 99999 44 77777 3 0 00000 44 3 22222222222222222222222222222222222222 7777 3 77 7777 44 44 555 44 3 77 3 3 3 3 2 55555555 99999 3 8 33333333333333 000000000000000000000000000000 888 66 888 5 000 66 333 4 6 6 6 111111 99 6 6 3 8 11 8 44444444444444444444444444444444444444444444 5 777 00000000000 000 0 5 1 5 77 888888 66666666 1 5 5 5 5 5 4444 5 77 5 5 5 1 2222 5 4444 99 8 11 7777 8 777777777777777777777777777777777777777 0 111 666666 6 444 555555555555555555555555 44444444 7777 8 8 444 1111
lowQualScore : .. . .. .... . ...... ... . .. ... . .... . . . .. ... . ... . ..... .. ..... . . ..... .. . ...................................... .... . .. .... .. .. ... .. . .. . . . . . ........ ..... . . .............. .............................. ... .. ... . ... .. ... . . . . ...... .. . . . . .. . ............................................ . ... ........... ... . . . . .. ...... ........ . . . . . . .... . .. . . . . .... . .... .. . .. .... . ....................................... . ... ...... . ... ........................ ........ .... . . ... ....
lowQualScore : 00 0 11 1111 6 000000 888 3 66 888 3 1111 3 3 3 66 444 1 444 1 55555 22 77777 1 2 33333 22 3 00000000000000000000000000000000000000 1111 3 99 1111 66 66 888 66 3 99 3 1 1 1 8 44444444 66666 6 0 55555555555555 222222222222222222222222222222 888 99 888 7 000 44 000 8 7 7 7 888888 22 7 7 3 0 00 0 88888888888888888888888888888888888888888888 7 999 33333333333 000 7 7 4 0 99 111111 00000000 4 7 7 7 7 7 0000 7 99 7 7 7 7 1111 7 2222 22 0 00 0000 0 222222222222222222222222222222222222222 8 777 555555 7 000 000000000000000000000000 22222222 0000 0 0 000 2222
consensus : GTGTAAATGAACA-GAA--CA-G--A-AT------GT---TTATTTCT--AATTC---AGA-GTCCA----AAACA-GA-CAAA-GT--GAGAT---CA-TA---ACAAC-A----NT--AAG-----AG-AACAGT--T--GCCAATCCA--TAGAATAT-ACA----------------------AA------AG-----ACTAAG----A-T--AACC----A--AATC--TGTA---A--A-TGC--A-AT-T-TT-AAGCACC---T----AT---G-AT-TTGA-T--------------ATTT-----------TT-------------T--TAA---TAA--A---TCT-G---CCAACAAG-ATCAA-G-GATTTCTTT-CTC-TT-CAGAGT---T--GAGCA--GCCA-ATA-T-AGTTT-TT--GC-TCATTATTCAAGG----T---A-GA-A-A-TTTTTTT--AATA-TTTT----GA-T-ATT-AATAA---TT--GAA----N-ATTT---CTTGTCT-CTCGTCATCATAT--TT--TTG-ACAAGTTA-T-----CAAA-A-AA-TGTAATTCATTTTC-AATGG-TGTT--A-G-AAC--TG-CATT-TAGT-GCATAA----ACGTTCAT-CTCT----AGG--AGTG-TT--GGT----AAAT-C-------TA--C---------CCGA-T------------TCAATTTTTAAC---CTGCG---AGAAAGAAATTC-TTAACTTACACAATGATCTTCT---ATAA---AAT-C--GAAATTT-TT--TAACAAC-----AG-ATAA----ATAA-TTT-TCAT---AACCCC-AG-TATCG
Reference ( gi|5 ) : GTGTGTATGAACA-GAA--CA-G--A-AT------GT---TTATTT-T--AATTC---AGA-GTCCA----AAACA-GA-CAAA-GT--GAGAT---CA-TA---ACAAC-A----AT--AAG-----AG-AACAGT--T--GCCAATCCA--TAGAATAT-ACA----------------------AA------AG-----ACTAAG----A-T--AACC----A--AATC--TGTA---A--A-TGC--A-AT-T-TT-AAGCACC---T----AT---G-AT-TTGA-T--------------ATTT-----------TT-------------T--TAA---TAA--A---TCT-G---CCAACAAG-ATCAA-G-GATTTCCTT-CTC-TT-CAGAGT---T--GAGCA--GCCA-ATA-T-AGTTT-TT--GC-TCATTATTCAAGG----T---A-CA-A---TTTTTTT--AATA-TTTT----GA-T-ATT-AATAA---TT--GAA----A-ATTT---CTTGTCT-CTCATCATCATAT--TT--TTG-ACAAGTT--T-----CAAA-A-AA-TGTAATTCATTTTC-AATGG-TGTT--A-G-AAC--TG-CATT-TAGT-GCATAA----ACGTTCAT-CTCT----AGG--AGTG-TT--GGT----AAAT-C-------TA--C---------CAGA-T------------TCAATTTTTAAC---CTGTG---AGAAAGAAATTC-TTAACTTACACAATGATCTTCT---AT-----AAT-C--GAAATTT-TT--TAACAAC-----AG-ATAA----ATAA-TTT-TCAT---AACCCC-AG-TATTG
gi|1 : GTGTAAATAGACA-GAAAATA-GGCA-AT------GTAGTTTATTTGT--AATTTCCAAGAAGTCCA----AAACA-GAACAAAAGT--GAAATTT-CA-TAGAAACAAC-A----TTTGAAG-----AGGAACGAT--T--GCCAATCCATCTAGAATTT-AC-----------------------AA------AG-----ACTAAGAAGAA-TA-AAAC----A--AATC--TATA---AAGA-TGC--AGATAT-TT-AAGCACC---T----ACTAAG-AT-TTGATT--------------ATTA-----------AT-------------G--TAA---TGA--A---T
gi|11 : aagTGAAGACGAA--GATG--A-ATA-----GT---TTATTTCT--AATTC---AGA-GTCCA----AAATA-GA-CAAA-GT--GAGAT---CA-TT---ATAAC------AT--ATGCATTAAG-GACAAT--------AATCCA--CAactaagaccttatatattttatatagttccaaaaatgaaccctctcgtccacaagtatcaaaagatttctttctcattcagagttttgagcacagccaatatagtttttttgctcattattcaaggcaattagaattatttggaaataattgtcaaaggtgattaatcgcttttgaatatttcttgtcttctcatcatcatatatttttggaccagtttatcaaaaaaatgtaattcatgttcaatggatgttcagcaacaatgcattatagtagcaaaacgttcactcttctgaggaaagtgtttcggttacaagatactacccgattcaatttttaaccaactgtatacagaaaaaaatctaacttatacgatattcttctataaaatacaaggaatttatataaaaactaactagaataaataatggatcataaaaaccccgagatattgttcatcaacagttatgtggatgttaatttgcactattacctaaaaataaaaatgcaagttggaatataatttatataacaatttgatacatctg
gi|3 : gccaaggattgtcaatgatgtcgattgctgatcatgatggatctgtcaatgatacGAACA-GAA--CA----A-AT------GT---TTTTTC-T--AATTC---AAG-ATCCA----AA-CA-GA-CAAA-GT--GAGTT---CAATA---ACAAC-T-----T--AAG-----AG-AACAGT--TATGCCAA-ACA--TAGAATAT-ACA----------------------AA-------G-----ACTAAG----A-T--AACC----A--AGTC--TATA---A--AATGC--A-AT-T-TT-AAGCACC---T----GT---G-AT-TTGA-T--------------ATTT-----------TTATTATATTATTTGT--TAA---TAA--A---TCT-G---CCAACAA--ATCAA-G-GATTTCTTT-CTC-TT-CAGAGT---T--GAGCA--GCCA-ATA-T-AGTTT-TT--GC-TCATTATTCAAGG----T---A-GA-AAAATTTT------ATA-TTTA----AA---ATT-AATAA---TTTTGAA----T-ATTT---CTTGTCT-TCCA-CATCATAT--TT--TTG-ACAAGTTA-T-----C-AA-A-AA-TTTAATTCATTTTC-AATGG-TGTT--A-G-AAC--TG-CATT-TAGT-GCATAA----ACGTTCAT-CTCT----AGG--AGTG-TT--GGT----AAAT-C-------TA--C---------C-GA--------------TCAATTTTTAAC---TTGTG---AGAA--GAATTC-TTAACTTACACAATGATCTTCT---AT------AT-C--AAAA-TT-TT--TAACAAC-----AG-ATAA----ATAA-TTT-TCAT---AACCCC-CG-TATTGtgttcaaattgataaaattattcaaacgaatattgttaaataca
gi|4 : tagaacaGAACA-GAA--CA-G--A-ATCAGAAAGT---T-ATTT-CTAAATTC---A-A-GTCCA----AAACA-GA-CAAA-GTTGAAGAT---CA-TA---ACAAC-A----TT--AAG-----AG-AACAGTGTT--GCCAATACC--TAGAATATGACA----------------------AA-------G-----ACTAAG----A-T--AACC----A--AA-C--T---------A-TGC--A-AT-TCTT-AAGCACC---T----AT---G-AT-TTGA-TTATTTGTATTTTATATTT-----------TT-------------TGTTAA---TAA--A---TCT-GGGGCCAACAAG-ATCAATG-GATTTCTTT-CTC-CTGCAGAGT---T--GAGCA--GCCA--TA-TTAGTTT-TT--GC-TCATTATTCAAGG----T---AGCA-AGA-TATTTTT--TATA-TTT------ACT-ATT-AATAA---TTTTGAA----T-ATTT---TT---CT-CTCATCATCATAT--TT----G-ACAAATTC-T-----CAAATA-AACTGTAATTCATTTTC-A-TGG-TGTTTTA-G-AAC--TGTCATT-TAGT-GC-TAA----ACGTTCATGCTCT----AGG--AGTG-TT--GGT----AAAT-C-------TAAGC---------CTGA--------------TCAATTTTTAAC---CTGTG---AG-AAGAAATTC-TAAACTTACACAATTATCTTTT---AT-----AAT-C--AAAATTT-TTTATAACAAC-----AG-ATAA----ATAA-TTT-CCAT---AACCCC-AG-TATCGtttcatttcaacatatgtgcttaatttgccttctctaaataaatgcaagttggaataccagtctttcacataataatcctttatagatttat
gi|8 : GAATA-AAA--TA-G--A-ATA-----GT---TTATTTCT--AATTA---AGA-GTCCA----AAACA-GA-CATA-GT--GAGAT---CA-TA---ACAAC-A----TT--AAG-----AG-GACAGT--T--GCCAATCCA--TAGAATAT-AC-----------------------TA------AG-----ACTAAG----A-T--AACC----A--AATCTGTGTA---C--A-TGT--A----T-GT-AGGTAC---------AT---GTAT-TTAAGT--------------ATtttcatttcaacatatgtgcttaatttgccttctctaaataaatgcaagttggatacatgtacgtataa
gi|17 : gtgaaactctgggaatatgtacagaAAAA-AAA--TA-G--ATAC------GA---TTATTTCT--AATTC---AGA-GTCCATGCAAAATA-GA-CAAA-GT--AAGAT---CA-TG---ACAAC-AT---TT--AAG-----AG-AACAGgaaccaccaacctatagatggttttaattatatttaggtgttttcagcaccttttagtgttttctgtaat
gi|6 : atagaaaaaaaaaaACA-GAA--CA-G--A-AT------GT---TTATTTCT--AATTC---AGA-GTCCA----AAACA-GA-CAAA-GT--GAGAT---CG-TA---ACAAC-A----AT--AAG-----AG-AACAGT-----GTCAATCCA--TAGAATAT-ACA----------------------AA------A-------CTAA-----A-T--AACC----A--AATC--TGTACTAA--G-TGC--A-AT-T-TT-AAGCACC---T----TA---G-ATATTTA-T--------------ATTG-----------TT-------------A--TTA---TAT--A---T--------------------------TTTCTTT-CTC-TT-CAGAGT---T--GAGCA--GCCA-ATA-TAAGTTT-TT--GC-TCATTATTCAA-G----T---A-GACA---TTTTTT----ATA--TTT----GA-T-ATT-AATAATT-TT--GAA----T-ATTT---TTTGTCT-CTCATCATCAT-T--TT--TTG-ACAAGTTA-T-----CCAA-A-AA-TGTAATTCA-TTTC-AATGG-AGTT--A-G-AAC--TG-CATT-TAGT-GCATAA----ACGTTCAT-
gi|2 : tgagaatCA-GAA--CA-G--A-AT------GT---TTATTTCT--ACTTC---A-A-GTC-A----AAACA-GA-CAAA-GT--G-GATATTCA-TA---ACAACTA----AT--AAG-----AG-AACA-T--T--GCCA-TTCA--TTAGATAT-ACC----------------------AA------AG-----A-TAAG----AAT--AACC----A--AATC--TGTA---A--A-TGTTTA-AT-T-TT-AAGCACCCCTT----AT---G-AT-TTGA-T--------------ATTTGTATTATATATTT-------------T--TGT---TAACAA---TCT-G---CCAACAAG-ATCAAAG-GATTTTCTTTCTC-TT-CAGAGT---T--GAGCA--GCCACATACT-AATTTCTT--GCCTCATTATTCAAGG----CTAGA-AA-A---GTTTTTT--A-TA-TTT-----GA-T-ATT-AATAA---TT--TTA----ATATTT---CTTTTCT-CTCGTCATCA-AT--TTATTTACACAAGTTATC-----CAAA-A-AA-TGTAATTCATTTTCCAATGG-TGTT--AAG-AAC--TG-CATT-TAGT-GCATAA----ACGCTCAT-CTCT----AGG--AGTGGTT--GGT----AAAT-C-------TA--C---------CCGACT------------TCAA-TGTTAAC---CTGCG---AG-AAGAAATTCTTTAACTTACACAATGATCTTCT---AT-----AAT-C--GAAA-TT-CT--TAACAAC-----AT-ATAA----ATAATTTT-TCAT---AACCCC-
gi|10 : --CA-G--A-ATA-----GT---TTATTTCT--AATTC---AGA-GTCCA----AAACA-GA-CAAA-GT--GAGAT---CA-TA---ACAAC-AT---TT--AAG-----AG-AACAGT--T--GCCAATCCA--TAGAATAT-AC-----------------------AA------AG-----ACTAAG----A-T--AACC----A--AATC--TGTA---A--A-TGC--A-AT-T-TT-AAGGACC---T----AT---G-AT-TTGA-T--------------ATTTGTA--------TTATATATTTTTG--T--TAA---TAA--A---TCT-G---CCAACAAG-ATCAA-G-GATTTCcagctcttgtgtgcttaatttgcctttcaaataaattgccaagttggatgacgattgaacctgcttttctactcccctatacgtggttatgataa
gi|7 : A-A--A-ATA-----GT---TTATTTCT--AATTC---AGA-GTCCA----AAATA-AA-CAAA-GT--GGGG----CA-TT---ACAAC-A----AC--AAG-----A---ACAGT--T--GCTA-TCCA--TAGAATAT-ACA----------------------AT-------G-----ACAAAA----A-T--AACT----A--TGTC--TGTA---A--A-TGC--A-AT-T-TT-AAGCACC---TATGCAT---G-AT-TTGA-T--------------AT
gi|14 : agaacaattaaga-AT------GT---T-ATTTCT--AAATC---AGA-GTCCA----AAACA-GA-CAAA-GT--GAGAT---CA-TA---ACAAC-A----TT--AAG-----AG-AACAGT--T--GCCAATACA--TAGAATAT-ACAAAGACAATACATAAAAATATACAA------AG-----ACTAAG----A-T--AACCAATTA--AATC--TATA---A--A-TGCA-A-AT-T-TT-Aacctgatatgcctacttaatctctttttaagtatatatttttgttaataaatctgccaacaagatcaaggaattcttcagagttgatgagcagccaatat
gi|15 : T---TTGTTTCT--AATTC---AGA-GT-CA----AAATAGGA-CAAA-GT--GAAAT---CA--G---ACAAC-AAATGAT--CAA-----AG-AACAGT--T--GCCAATCCA--T-GAATAT-ACA----------------------------------------AAG----A-T--AA------A--AA----TGCA---A--A-T-------T-T-TTAAAACACC--------AT---G-AT-
gi|1 : -TA---AGAAG-A----AT--AA---------AACA----------AATCTA--TA-AAGAT-GCA----------------------GATATTTAAGCACCTACTAAG----A-TTTGATT----ATTAAT----GTA---A----TG---A-AT-A-CT-AAG-ACC---TT---AT---ATAT-TTTA-T--------------ATAG-----------TT-------------C--CAAAAATGA--ACCCTCTCG---TCCACAAGTATCAA-AAGATTTCTTT-CTCATT-CAGAGT---TTTGAGCACAGCCA-ATA-T-AGTTT-TTTTGC-TCATTATTCAAGGCAATT---A-GA-A---TTATTTGGAAATAATTGTCAAAGG-TGATT-AATCGCTTTT--GAA----T-ATTT---CTTGTCTTCTCATCATCATATATTT--TTGGACCAGTT--TAT---CAAA-AAAA-TGTAATTCATGTTC-AATGGATGTTC-A-GCAACAATG-CATTATAGTAGCA-AA----ACGTTCA--CTCTTCTGAGGAAAGTG-TTTCGGTTACAAGATAC-------TA--C---------CCGA-T------------TCAATTTTTAACCAACTGTATACAGAAAAAAAT---CTAACTTATACGATATTCTTCT---ATAA---AATACAAGGAATTTATA--TAAAAACTAACTAGAATAA----ATAA-TGGATCATAAAAACCCCGAGATATTGg
gi|18 : aaggtgtaaatagacagaaaataggcaatgtagtttatttgtaatttccaagaagtccaaaacagaacaaaagtgaaatttcatagaaacaacatttgaagaggaacgattgccaatccatctagaatttacaaagacCCAATCCA--TAGAATAT-AC-----------------------AA------AG-----ACAAAG----A-T--AACT--------ATT--TGTA---A--A-TGC--A-AT-T-TT-AAttcatcaacagttatgtggatgttaatttgcactattacctaaaaataaaaatgcaagttggaatataatttatataacaatttgatacatctg
gi|7 : T-T-TT-AAG-------T----AT-----------A-T--------------ATTT-----------TTG------------T--TAA---TAA--A---TCT-G---CCAACAAG-ATCAA-G-GAAT-------TC-TT-CAGAGTTGAT--GAGCA--GCCA-ATA-T-
gi|13 : agaacaattaagaaaaatagtttatttctaattcagagtccaaaataaacaaagtggggcattacaacaacaagaacagttgctatccatagaatatacaatgacaaaaataactatgtctgtaaatgcaattttaagcacctatgcatgatttgatatacctgatatgcctacttaatctct-T-ATC-AATAA---TT--TAA----ATATTT---CTTGTCT-CTCATAATGAT-T--TT--TTC-ACAAGTTA-T-----TAAA-A-AA-TGTAATTCATTTTC-AATGG-TGTT--T-G-AAC--TG-CATT-TAGT-GAATAAATTTACGTCCAT-CTCA----AGG--
gi|9 : tttaaaatcgttaaatac-T-ATTCAATAA---TT--AAACTGGA-ATTTTCTCTTTTCT-TTGGGTATCATAT--TT--T----CATATA--TGCGACCAAA-A-AG-TGCCTTTCATTTCC-TATGG-TATT--A-G-AGT--TG-CATT-TAGT-ACTTAA----TCGATCCT-TTCT----AAA--GATA-TT--GGT----AAAC-CTAATATGTA--CAGGTCTATGCAGA-TGTACATGTATATTCAATTTTTAAC---CTGCG---AG-AAGAAATTT-TCAAttacatgttaaa
gi|12 : aggctatagtgttatttcagatatgTAAT---ATATG---A-AAAGAAATTC-TTAATTTACACCCTGATCTTCTGAGATAAAAAAAA-A--AAAA----TA--TGACAAC-----TC-ATAAATTTATAA-TTC-TCAC---AACCCC-AC-TATt
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): CAGTATTGTGTGCTTAATTTGCCTTCTCTAAATAATTGCAAGTTGGATACACATGTACAGATGTATATACGATTAACCTGCTTTTTCTACTCCCTATGAT
Unaligned ( gi|19 ): AATATAATGCACTTGTTTTGAAAATGTTTTAAAAAAATATC
Alignments
lowQualScore : 222222 11111 44444444444444444444444444444444444444 11111111 22222222222222 66666666666666666666666666666 111 111 1 2222 22222 11 22222 222 1111 11111 1 11 1111 1111 1111 11 111 111 1 111 33 1111 1 11111111 1111 111
lowQualScore : 4 55 3 55 3 222222 555 2 555 1 2 6666 2 2 2 33 888 555 2 555 555 2 22222 33 2 88888 33 3 44444444444444444444444444444444444444 6666 3 77 6666 44 44 555 44 3 77 3 2 2 2 1 33333333 88888 3 7 11111111111111 88888888888888888888888888888 777 66 777 5 888 5 000 5 5 5 000 77 77 1 5 5 6 99 6 0000 99 77 66666 44 11111 5 5 5 222 4444 11111 888 5 22 3 66 66 5 55 55 5 5 5 5 5 11 5 5 66 5 5 5 0 0000 5 2222 77 6 99 4444 6 99 44 111 0 111 2 5 111 00 0000 1 6 99 77777777 4444 6 6 111 0
lowQualScore : . .. . .. . ...... ... . ... . . .... . . . .. ... ... . ... ... . ..... .. . ..... .. . ...................................... .... . .. .... .. .. ... .. . .. . . . . . ........ ..... . . .............. ............................. ... .. ... . ... . ... . . . ... .. .. . . . . .. . .... .. .. ..... .. ..... . . . ... .... ..... ... . .. . .. .. . .. .. . . . . . .. . . .. . . . . .... . .... .. . .. .... . .. .. ... . ... . . ... .. .... . . .. ........ .... . . ... .
lowQualScore : 4 55 6 00 3 999999 444 9 000 9 9 1111 9 9 9 99 999 000 9 000 000 9 88888 99 9 88888 99 1 55555555555555555555555555555555555555 5555 1 33 5555 22 22 444 22 1 33 1 9 9 9 8 33333333 00000 3 3 44444444444444 11111111111111111111111111111 888 11 888 0 888 0 111 0 7 7 000 99 99 4 7 7 7 22 7 8888 22 33 77777 00 55555 0 0 0 555 0000 66666 888 0 11 2 99 99 0 11 11 0 0 0 0 0 99 0 0 99 0 0 0 4 6666 0 1111 99 7 22 2222 7 22 00 777 7 777 0 7 777 77 0000 7 7 22 00000000 2222 7 7 777 7
consensus : GTGTAAATGAACA-GAA--CA-G--A-AT------GT---TTATTTCTAA-TTC---AGA-GTCCA----AAACA-GA-CAAA-GT--GAGAT---C---A-TA---ACA---AC-A----NT--AAGAG-AACAGT--T--GCCAATCCA--TAGAATAT-ACAA----------------------A------AG-----ACTAAG----A-T--AACC----A--AATC--TGTA---A--A-TGC--A-AT-T-TT-AAGCACC---T----AT---G-AT-TTGA-T--------------ATTT-----------TT-------------T--TAA---TAA--A---TCT-G---CCAACAAG-ATCAA-G-GATTT-CTTTCTC-TT-CAGAGT---T--GAGCA--GCCA-ATA-T-AGTTT-TT--GC-TCATTATTCAAGG----TAG--AAATNTTTTT----ATA-TTTT----GA-T-ATT-AATAA-T-TT--G-AAT----ATTT---CTTGTCT-CTCATCATCATAT--TT--TTG-ACAAGTT-ATC-AAA-A-AA-TGTAATTCATTTTC-AATGG-TGTT--A-G-AAC--TG-CATT-TAGT-GCATAA----ACGTTCAT-CTCT----AGG--AGTG-TT--GGT----AAAT-CTA--CCCGA-TTCAATTTTTAAC---CTGCG---AGAAAGAAATTC-TTAACTTACACAATGATCTTCT---AT--AAT-C--GAAATTT-TT--TAACAAC-----AG-ATAA----ATAA-TTT-TCAT---AACCCCAGTATCG
Reference ( family-1373 ) : GTGTAAATGAACA-GAA--CA-G--A-AT------GT---TTATTTCTAA-TTC---AGA-GTCCA----AAACA-GA-CAAA-GT--GAGAT---C---A-TA---ACA---AC-A----NT--AAGAG-AACAGT--T--GCCAATCCA--TAGAATAT-ACAA----------------------A------AG-----ACTAAG----A-T--AACC----A--AATC--TGTA---A--A-TGC--A-AT-T-TT-AAGCACC---T----AT---G-AT-TTGA-T--------------ATTT-----------TT-------------T--TAA---TAA--A---TCT-G---CCAACAAG-ATCAA-G-GATTT-CTTTCTC-TT-CAGAGT---T--GAGCA--GCCA-ATA-T-AGTTT-TT--GC-TCATTATTCAAGG----TAG--AAATTTTTTT---AATA-TTTT----GA-T-ATT-AATAA---TT--G-AAN----ATTT---CTTGTCT-CTCGTCATCATAT--TT--TTG-ACAAGTT-ATC-AAA-A-AA-TGTAATTCATTTTC-AATGG-TGTT--A-G-AAC--TG-CATT-TAGT-GCATAA----ACGTTCAT-CTCT----AGG--AGTG-TT--GGT----AAAT-CTA--CCCGA-TTCAATTTTTAAC---CTGCG---AGAAAGAAATTC-TTAACTTACACAATGATCTTCT---ATAAAAT-C--GAAATTT-TT--TAACAAC-----AG-ATAA----ATAA-TTT-TCAT---AACCCCAGTATCG
gi|1 : GTGTAAATAGACA-GAAAATA-GGCA-AT------GTAGTTTATTTGTAA-TTTCCAAGAAGTCCA----AAACA-GAACAAAAGT--GAAATTT-C---A-TAGAAACA---AC-A----TTTGAAGAGGAACGAT--T--GCCAATCCATCTAGAATTT-AC-A----------------------A------AG-----ACTAAGAAGAA-TA-AAAC----A--AATC--TATA---AAGA-TGC--AGATAT-TT-AAGCACC---T----ACTAAG-AT-TTGATT--------------ATTA-----------AT-------------G--TAA---TGA--A---T
gi|1 : aagATTGCCAA-TCC---A----TCTA----GAATT-TA-CAAA-G------AC---------TA---AGA---AG-A----AT--AA----AACA----------AATCTA--TA-AAGAT-GCAG----------------------ATATTTAAGCACCTACTAAG----A-TTTGATT----ATTAAT----GTA---A----TG---A-AT-A-CT-AAG-ACC---TT---AT---ATAT-TTTA-T--------------ATAG-----------TT-------------C--CAAAAATGA--ACCCTCTCG---TCCACAAGTATCAA-AAGATTT-CTTTCTCATT-CAGAGT---TTTGAGCACAGCCA-ATA-T-AGTTT-TTTTGC-TCATTATTCAAGGCAATTAG--AA--TTATTTGGAAATAATTGTCAAAGG-TGATT-AATCGCTTTT--G-AAT----ATTT---CTTGTCTTCTCATCATCATATATTT--TTGGACCAGTTTATC-AAA-AAAA-TGTAATTCATGTTC-AATGGATGTTC-A-GCAACAATG-CATTATAGTAGCA-AA----ACGTTCA--CTCTTCTGAGGAAAGTG-TTTCGGTTACAAGATACTA--CCCGA-TTCAATTTTTAACCAACTGTATACAGAAAAAAAT---CTAACTTATACGATATTCTTCT---ATAAAATACAAGGAATTTATA--TAAAAACTAACTAGAATAA----ATAA-TGGATCATAAAAACCCCactaagaccttatatattttatatagttccaaaaatgaaccctctcgtccacaagtatcaaaagatttctttctcattcagagttttgagcacagccaatatagtttttttgctcattattcaaggcaattagaattatttggaaataattgtcaaaggtgattaatcgcttttgaatatttcttgtcttctcatcatcatatatttttggaccagtttatcaaaaaaatgtaattcatgttcaatggatgttcagcaacaatgcattatagtagcaaaacgttcactcttctgaggaaagtgtttcggttacaagatactacccgattcaatttttaaccaactgtatacagaaaaaaatctaacttatacgatattcttctataaaatacaaggaatttatataaaaactaactagaataaataatggatcataaaaaccccgagatattgttcatcaacagttatgtggatgttaatttgcactattacctaaaaataaaaatgcaagttggaatataatttatataacaatttgatacatctg
gi|10 : aaggtgtaaatagacagaaaataggcaatgtagtttatttgtaatttccaagaagtccaaaacagaacaaaagtgaaatttcatagaaacaacatttgaagaggaacg--CA-G--A-ATA-----GT---TTATTTCTAA-TTC---AGA-GTCCA----AAACA-GA-CAAA-GT--GAGAT---C---A-TA---ACA---AC-AT---TT--AAGAG-AACAGT--T--GCCAATCCA--TAGAATAT-AC-A----------------------A------AG-----ACTAAG----A-T--AACC----A--AATC--TGTA---A--A-TGC--A-AT-T-TT-AAGGACC---T----AT---G-AT-TTGA-T--------------ATTTGTA--------TTATATATTTTTG--T--TAA---TAA--A---TCT-G---CCAACAAG-ATCAA-G-GATTT-Cgagatattgttcatcaacagttatgtggatgttaatttgcactattacctaaaaataaaaatgcaagttggaatataatttatataacaatttgatacatctg
gi|11 : TGAAGACGAA--GATG--A-ATA-----GT---TTATTTCTAA-TTC---AGA-GTCCA----AAATA-GA-CAAA-GT--GAGAT---CATTA-TA---ACATATGC-A----TT--A--AG-GACAAT--------AATCCA--CA
gi|12 : gccaaggattgtcaatgatgtcgattgctgatcatgatggatctgtcaatgatacAAAGAAATTC-TTAATTTACACCCTGATCTTCTGAGATAAAAA-A--AAAAAAA-TA--TGACAAC-----TC-ATAAATTTATAA-TTC-TCAC---AACCCCACTATtgttcaaattgataaaattattcaaacgaatattgttaaataca
gi|13 : actaatatatga-T-ATC-AATAA---TTT-A-AAT----ATTT---CTTGTCT-CTCATAATGAT-T--TT--TTC-ACAAGTT-ATT-AAA-A-AA-TGTAATTCATTTTC-AATGG-TGTT--T-G-AAC--TG-CATT-TAGT-GAATAAATTTACGTCCAT-CTCA----AGG--agttgccatgcatctgcttagtgttgcaaacttaaataccgatctttcaca
gi|14 : tttaaaatcgttaaatac-AT------GT---T-ATTTCTAA-ATC---AGA-GTCCA----AAACA-GA-CAAA-GT--GAGAT---C---A-TA---ACA---AC-A----TT--AAGAG-AACAGT--T--GCCAATACA--TAGAATAT-ACAAAGACAATACATAAAAATATACAA------AG-----ACTAAG----A-T--AACCAATTA--AATC--TATA---A--A-TGCA-A-AT-T-TT-Attacatgttaaa
gi|15 : T---TTGTTTCTAA-TTC---AGA-GT-CA----AAATAGGA-CAAA-GT--GAAAT---C---A--G---ACA---AC-AAATGAT--CAAAG-AACAGT--T--GCCAATCCA--T-GAATAT-ACA----------------------------------------AAG----A-T--AA------A--AA----TGCA---A--A-T-------T-T-TTAAAACACC--------AT---G-AT-
gi|17 : AAAAAAAAA-AAA--TA-G--ATAC------GA---TTATTTCTAA-TTC---AGA-GTCCATGCAAAATA-GA-CAAA-GT--AAGAT---C---A-TG---ACA---AC-AT---TT--AAGAG-AACAGg
gi|18 : atagaaaaaCCAATCCA--TAGAATAT-AC-A----------------------A------AG-----ACAAAG----A-T--AACT--------ATT--TGTA---A--A-TGC--A-AT-T-TT-AA
gi|2 : CA-GAA--CA-G--A-AT------GT---TTATTTCTAC-TTC---A-A-GTC-A----AAACA-GA-CAAA-GT--G-GATATTC---A-TA---ACA---ACTA----AT--AAGAG-AACA-T--T--GCCA-TTCA--TTAGATAT-ACCA----------------------A------AG-----A-TAAG----AAT--AACC----A--AATC--TGTA---A--A-TGTTTA-AT-T-TT-AAGCACCCCTT----AT---G-AT-TTGA-T--------------ATTTGTATTATATATTT-------------T--TGT---TAACAA---TCT-G---CCAACAAG-ATCAAAG-GATTTTCTTTCTC-TT-CAGAGT---T--GAGCA--GCCACATACT-AATTTCTT--GCCTCATTATTCAAGGC---TAG--AAAAGTTTTT---TATA-TTT-----GA-T-ATT-AATAA---TT--TTAAT----ATTT---CTTTTCT-CTCGTCATCA-AT--TTATTTACACAAGTT-ATCCAAA-A-AA-TGTAATTCATTTTCCAATGG-TGTT--AAG-AAC--TG-CATT-TAGT-GCATAA----ACGCTCAT-CTCT----AGG--AGTGGTT--GGT----AAAT-CTA--CCCGACTTCAA-TGTTAAC---CTGCG---AG-AAGAAATTCTTTAACTTACACAATGATCTTCT---AT--AAT-C--GAAA-TT-CT--TAACAAC-----AT-ATAA----ATAATTTT-TCAT---AACCCC
gi|3 : GAACA-GAA--CA----A-AT------GT---TT-TTTCTAA-TTC---AAG-ATCCA----AA-CA-GA-CAAA-GT--GAGTT---C---AATA---ACA---AC------TT--AAGAG-AACAGT--TATGCCAA-ACA--TAGAATAT-ACAA----------------------A-------G-----ACTAAG----A-T--AACC----A--AGTC--TATA---A--AATGC--A-AT-T-TT-AAGCACC---T----GT---G-AT-TTGA-T--------------ATTT-----------TTATTATATTATTTGT--TAA---TAA--A---TCT-G---CCAACAA--ATCAA-G-GATTT-CTTTCTC-TT-CAGAGT---T--GAGCA--GCCA-ATA-T-AGTTT-TT--GC-TCATTATTCAAGG----TAG--AAAAATTTT-----ATA--TTT----AA-A-ATT-AATAATT-TT--G-AAT----ATTT---CTTGTCT-TCCA-CATCATAT--TT--TTG-ACAAGTT-ATC--AA-A-AA-TTTAATTCATTTTC-AATGG-TGTT--A-G-AAC--TG-CATT-TAGT-GCATAA----ACGTTCAT-CTCT----AGG--AGTG-TT--GGT----AAAT-CTA---CCGA--TCAATTTTTAAC---TTGTG---AGAA--GAATTC-TTAACTTACACAATGATCTTCT---AT---AT-C--AAAA-TT-TT--TAACAAC-----AG-ATAA----ATAA-TTT-TCAT---AACCCCCGTATTGcagctcttgtgtgcttaatttgcctttcaaataaattgccaagttggatgacgattgaacctgcttttctactcccctatacgtggttatgataa
gi|4 : tagaacaGAACA-GAA--CA-G--A-ATCAGAAAGT---T-ATTTCTAAATTC---A-A-GTCCA----AAACA-GA-CAAA-GTTGAAGAT---C---A-TA---ACA---AC-A----TT--AAGAG-AACAGTGTT--GCCAATACC--TAGAATATGACAA----------------------A-------G-----ACTAAG----A-T--AACC----A--AA-C--T---------A-TGC--A-AT-TCTT-AAGCACC---T----AT---G-AT-TTGA-TTATTTGTATTTTATATTT-----------TT-------------TGTTAA---TAA--A---TCT-GGGGCCAACAAG-ATCAATG-GATTT-CTTTCTC-CTGCAGAGT---T--GAGCA--GCCATAT--T-AGTTT-TT--GC-TCATTATTCAAGG----TAGCAAGATATTTTT---TATA-TTT------ACT-ATT-AATAA---TTTTG-AAT----ATTT---TT---CT-CTCATCATCATAT--TT----G-ACAAATT-CTC-AAATA-AACTGTAATTCATTTTC-A-TGG-TGTTTTA-G-AAC--TGTCATT-TAGT-GC-TAA----ACGTTCATGCTCT----AGG--AGTG-TT--GGT----AAAT-CTAAGCCTGA--TCAATTTTTAAC---CTGTG---AG-AAGAAATTC-TAAACTTACACAATTATCTTTT---AT--AAT-C--AAAATTT-TTTATAACAAC-----AG-ATAA----ATAA-TTT-CCAT---AACCCCAGTATCGtttcatttcaacatatgtgcttaatttgccttctctaaataaatgcaagttggaataccagtctttcacataataatcctttatagatttat
gi|5 : GTGTGTATGAACA-GAA--CA-G--A-AT------GT---TTATTT-TAA-TTC---AGA-GTCCA----AAACA-GA-CAAA-GT--GAGAT---C---A-TA---ACA---AC-A----AT--AAGAG-AACAGT--T--GCCAATCCA--TAGAATAT-ACAA----------------------A------AG-----ACTAAG----A-T--AACC----A--AATC--TGTA---A--A-TGC--A-AT-T-TT-AAGCACC---T----AT---G-AT-TTGA-T--------------ATTT-----------TT-------------T--TAA---TAA--A---TCT-G---CCAACAAG-ATCAA-G-GATTT-CCTTCTC-TT-CAGAGT---T--GAGCA--GCCA-ATA-T-AGTTT-TT--GC-TCATTATTCAAGG----TA---CAATTTTTTT---AATA-TTTT----GA-T-ATT-AATAA---TT--G-AAA----ATTT---CTTGTCT-CTCATCATCATAT--TT--TTG-ACAAGTT--TC-AAA-A-AA-TGTAATTCATTTTC-AATGG-TGTT--A-G-AAC--TG-CATT-TAGT-GCATAA----ACGTTCAT-CTCT----AGG--AGTG-TT--GGT----AAAT-CTA--CCAGA-TTCAATTTTTAAC---CTGTG---AGAAAGAAATTC-TTAACTTACACAATGATCTTCT---AT--AAT-C--GAAATTT-TT--TAACAAC-----AG-ATAA----ATAA-TTT-TCAT---AACCCCAGTATTGtttcatttcaacatatgtgcttaatttgccttctctaaataaatgcaagttggatacatgtacgtataa
gi|6 : ACA-GAA--CA-G--A-AT------GT---TTATTTCTAA-TTC---AGA-GTCCA----AAACA-GA-CAAA-GT--GAGAT---C---G-TA---ACA---AC-A----AT--AAGAG-AACAGT-----GTCAATCCA--TAGAATAT-ACAA----------------------A------A-------CTAA-----A-T--AACC----A--AATC--TGTACTAA--G-TGC--A-AT-T-TT-AAGCACC---T----TA---G-ATATTTA-T--------------ATTG-----------TT-------------A--TTA---TAT--A---T--------------------------TTT-CTTTCTC-TT-CAGAGT---T--GAGCA--GCCA-ATA-TAAGTTT-TT--GC-TCATTATTCAA-G----TAG--ACATTTTTT-----ATA--TTT----GA-T-ATT-AATAATT-TT--G-AAT----ATTT---TTTGTCT-CTCATCATCAT-T--TT--TTG-ACAAGTT-ATC-CAA-A-AA-TGTAATTCA-TTTC-AATGG-AGTT--A-G-AAC--TG-CATT-TAGT-GCATAA----ACGTTCAT-
gi|7 : tgagaatA-A--A-ATA-----GT---TTATTTCTAA-TTC---AGA-GTCCA----AAATA-AA-CAAA-GT--GGGG----C---A-TT---ACA---AC-A----AC--A--AG-AACAGT--T--GCT-ATCCA--TAGAATAT-AC-A----------------------A------TG-----ACAAAA----A-T--AACT----A--TGTC--TGTA---A--A-TGC--A-AT-T-TT-AAGCACC---TATGCAT---G-AT-TTGA-T--------------AT
gi|7 : agaacaattaagaT-T-TT-AAG-------T----AT-----------A-T--------------ATTT-----------TTG------------T--TAA---TAA--A---TCT-G---CCAACAAG-ATCAA-G-GAAT-------TC-TT-CAGAGTTGAT--GAGCA--GCCA-ATA-T-acctgatatgcctacttaatctctttttaagtatatatttttgttaataaatctgccaacaagatcaaggaattcttcagagttgatgagcagccaatat
gi|8 : agaacaattaagaaaaatagtttatttctaattcagagtccaaaataaacaaagtggggcattacaacaacaagaacagttgctatccatagaatatacaatgacaaaaataactatgtctgtaaatgcaattttaagcacctatgcatgatttgatatacctgatatgcctacttaatctctGAATA-AAA--TA-G--A-ATA-----GT---TTATTTCTAA-TTA---AGA-GTCCA----AAACA-GA-CATA-GT--GAGAT---C---A-TA---ACA---AC-A----TT--AAGAG-GACAGT--T--GCCAATCCA--TAGAATAT-AC-T----------------------A------AG-----ACTAAG----A-T--AACC----A--AATCTGTGTA---C--A-TGT--A----T-GT-AGGTAC---------AT---GTAT-TTAAGT--------------AT
gi|9 : gtgaaactctgggaatatgtacaga-T-ATTCAATAA---TT--A-AACTGGAATTTTCTCTTTTCT-TTGGGTATCATAT--TT--TCATATATGCG-ACC-AAA-A-AG-TGCCTTTCATTTCC-TATGG-TATT--A-G-AGT--TG-CATT-TAGT-ACTTAA----TCGATCCT-TTCT----AAA--GATA-TT--GGT----AAAC-CTA--gaaccaccaacctatagatggttttaattatatttaggtgttttcagcaccttttagtgttttctgtaat
gi|9 : aggctatagtgttatttcagatatgA-TTCAATTTTTAAC---CTGCG---AG-AAGAAATTT-TCAAatatgtacaggtctatgcagatgtacatgtatattcaatttttaacctgcgagaagaaattttcaat
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): CAGTATTGTGTGCTTAATTTGCCTTCTCTAAATAATTGCAAGTTGGATACACATGTACAGATGTATATACGATTAACCTGCTTTTTCTACTCCCTATGAT
Unaligned ( gi|19 ): AATATAATGCACTTGTTTTGAAAATGTTTTAAAAAAATATC
Alignments
lowQualScore : 222222 11111 44444444444444444444444444444444444444 11111111 22222222222222 66666666666666666666666666666 111 111 1 2222 111 222222 33333 11111111 1 11 1111 1111 1111 11 111 111 1 111 1111 222222222222 11111111 1111 111
lowQualScore : 4 55 3 55 3 222222 555 2 555 1 2 6666 2 2 2 33 888 555 2 555 555 2 22222 33 2 88888 33 3 44444444444444444444444444444444444444 6666 3 77 6666 44 44 555 44 3 77 3 2 2 2 1 33333333 88888 3 7 11111111111111 88888888888888888888888888888 777 66 777 5 888 5 000 5 5 5 000 77 77 1 5 6 6 99 6 0000 99 333 444444 44444 777 5 66 66666666 5 5 0 3 66 66 5 55 5 5 5 5 5 5 11 5 5 66 5 5 5 0 0000 5 2222 77 6 99 4444 6 99 44 111 0 111 2 5 111 99 0000 777777777777 77777777 4444 6 6 111 0
lowQualScore : . .. . .. . ...... ... . ... . . .... . . . .. ... ... . ... ... . ..... .. . ..... .. . ...................................... .... . .. .... .. .. ... .. . .. . . . . . ........ ..... . . .............. ............................. ... .. ... . ... . ... . . . ... .. .. . . . . .. . .... .. ... ...... ..... ... . .. ........ . . . . .. .. . .. . . . . . . .. . . .. . . . . .... . .... .. . .. .... . .. .. ... . ... . . ... .. .... ............ ........ .... . . ... .
lowQualScore : 4 55 6 00 3 999999 444 9 000 9 9 1111 9 9 9 99 999 000 9 000 000 9 88888 99 9 88888 99 1 55555555555555555555555555555555555555 5555 1 33 5555 22 22 444 22 1 33 1 9 9 9 8 33333333 00000 3 3 44444444444444 11111111111111111111111111111 888 11 888 0 888 0 111 0 7 7 000 99 99 4 7 7 7 22 7 8888 22 555 333333 00000 111 0 99 88888888 0 0 1 2 99 99 0 11 0 0 0 0 0 0 99 0 0 99 0 0 0 4 6666 0 1111 99 7 22 2222 7 22 00 777 7 777 0 7 777 22 0000 000000000000 00000000 2222 7 7 777 7
consensus : GTGTAAATGAACA-GAA--CA-G--A-AT------GT---TTATTTCTAA-TTC---AGA-GTCCA----AAACA-GA-CAAA-GT--GAGAT---C---A-TA---ACA---AC-A----NT--AAGAG-AACAGT--T--GCCAATCCA--TAGAATAT-ACAA----------------------A------AG-----ACTAAG----A-T--AACC----A--AATC--TGTA---A--A-TGC--A-AT-T-TT-AAGCACC---T----AT---G-AT-TTGA-T--------------ATTT-----------TT-------------T--TAA---TAA--A---TCT-G---CCAACAAG-ATCAA-G-GATTT-CTTTCTC-TT-CAGAGT---T--GAGCA--GCCA-ATA-TA-GTTT-TT--GC-TCATTATTCAAGG----TAG--AAA-TATTTT----T-ATATTT-----GA-T-ATT-AATAA--TT----TTG-AATATT-TCTTGTCT-CTCATCATCATAT--TT--TTG-ACAAGTT-ATC-AAA-A-AA-TGTAATTCATTTTC-AATGG-TGTT--A-G-AAC--TG-CATT-TAGT-GCATAA----ACGTTCAT-CTCT----AGG--AGTG-TT--GGT----AAAT-CTA--CCCGA-TTCAATTTTTAAC---CTGCG---AGAAAGAAATTC-TTAACTTACACAATGATCTTCT---AT--AAT-C--GAAATTT-----TT--TAACAAC-----AG-ATAA----ATAA-TTT-TCAT---AACCCCAGTATCG
Reference ( family-1373 ) : GTGTAAATGAACA-GAA--CA-G--A-AT------GT---TTATTTCTAA-TTC---AGA-GTCCA----AAACA-GA-CAAA-GT--GAGAT---C---A-TA---ACA---AC-A----NT--AAGAG-AACAGT--T--GCCAATCCA--TAGAATAT-ACAA----------------------A------AG-----ACTAAG----A-T--AACC----A--AATC--TGTA---A--A-TGC--A-AT-T-TT-AAGCACC---T----AT---G-AT-TTGA-T--------------ATTT-----------TT-------------T--TAA---TAA--A---TCT-G---CCAACAAG-ATCAA-G-GATTT-CTTTCTC-TT-CAGAGT---T--GAGCA--GCCA-ATA-TA-GTTT-TT--GC-TCATTATTCAAGG----TAG--AAA-TNTTTT----T-ATATTTT----GA-T-ATT-AATAA--TT----T-G-AATATT-TCTTGTCT-CTCATCATCATAT--TT--TTG-ACAAGTT-ATC-AAA-A-AA-TGTAATTCATTTTC-AATGG-TGTT--A-G-AAC--TG-CATT-TAGT-GCATAA----ACGTTCAT-CTCT----AGG--AGTG-TT--GGT----AAAT-CTA--CCCGA-TTCAATTTTTAAC---CTGCG---AGAAAGAAATTC-TTAACTTACACAATGATCTTCT---AT--AAT-C--GAAATTT-----TT--TAACAAC-----AG-ATAA----ATAA-TTT-TCAT---AACCCCAGTATCG
gi|1 : GTGTAAATAGACA-GAAAATA-GGCA-AT------GTAGTTTATTTGTAA-TTTCCAAGAAGTCCA----AAACA-GAACAAAAGT--GAAATTT-C---A-TAGAAACA---AC-A----TTTGAAGAGGAACGAT--T--GCCAATCCATCTAGAATTT-AC-A----------------------A------AG-----ACTAAGAAGAA-TA-AAAC----A--AATC--TATA---AAGA-TGC--AGATAT-TT-AAGCACC---T----ACTAAG-AT-TTGATT--------------ATTA-----------AT-------------G--TAA---TGA--A---T
gi|1 : aagATTGCCAA-TCC---A----TCTA----GAATT-TA-CAAA-G------AC---------TA---AGA---AG-A----AT--AA----AACA----------AATCTA--TA-AAGAT-GCAG----------------------ATATTTAAGCACCTACTAAG----A-TTTGATT----ATTAAT----GTA---A----TG---A-AT-A-CT-AAG-ACC---TT---AT---ATAT-TTTA-T--------------ATAG-----------TT-------------C--CAAAAATGA--ACCCTCTCG---TCCACAAGTATCAA-AAGATTT-CTTTCTCATT-CAGAGT---TTTGAGCACAGCCA-ATA-TA-GTTT-TTTTGC-TCATTATTCAAGGCAATTAG--AAT-TATTTGGAAAT-A-ATTGTCAAAGG-TGATT-AATCGCTTT----T-G-AATATT-TCTTGTCTTCTCATCATCATATATTT--TTGGACCAGTTTATC-AAA-AAAA-TGTAATTCATGTTC-AATGGATGTTC-A-GCAACAATG-CATTATAGTAGCA-AA----ACGTTCA--CTCTTCTGAGGAAAGTG-TTTCGGTTACAAGATACTA--CCCGA-TTCAATTTTTAACCAACTGTATACAGAAAAAAAT---CTAACTTATACGATATTCTTCT---ATAAAATACAAGGAATTTA----TA--TAAAAACTAACTAGAATAA----ATAA-TGGATCATAAAAACCCCactaagaccttatatattttatatagttccaaaaatgaaccctctcgtccacaagtatcaaaagatttctttctcattcagagttttgagcacagccaatatagtttttttgctcattattcaaggcaattagaattatttggaaataattgtcaaaggtgattaatcgcttttgaatatttcttgtcttctcatcatcatatatttttggaccagtttatcaaaaaaatgtaattcatgttcaatggatgttcagcaacaatgcattatagtagcaaaacgttcactcttctgaggaaagtgtttcggttacaagatactacccgattcaatttttaaccaactgtatacagaaaaaaatctaacttatacgatattcttctataaaatacaaggaatttatataaaaactaactagaataaataatggatcataaaaaccccgagatattgttcatcaacagttatgtggatgttaatttgcactattacctaaaaataaaaatgcaagttggaatataatttatataacaatttgatacatctg
gi|10 : aaggtgtaaatagacagaaaataggcaatgtagtttatttgtaatttccaagaagtccaaaacagaacaaaagtgaaatttcatagaaacaacatttgaagaggaacg--CA-G--A-ATA-----GT---TTATTTCTAA-TTC---AGA-GTCCA----AAACA-GA-CAAA-GT--GAGAT---C---A-TA---ACA---AC-AT---TT--AAGAG-AACAGT--T--GCCAATCCA--TAGAATAT-AC-A----------------------A------AG-----ACTAAG----A-T--AACC----A--AATC--TGTA---A--A-TGC--A-AT-T-TT-AAGGACC---T----AT---G-AT-TTGA-T--------------ATTTGTA--------TTATATATTTTTG--T--TAA---TAA--A---TCT-G---CCAACAAG-ATCAA-G-GATTT-Cgagatattgttcatcaacagttatgtggatgttaatttgcactattacctaaaaataaaaatgcaagttggaatataatttatataacaatttgatacatctg
gi|11 : TGAAGACGAA--GATG--A-ATA-----GT---TTATTTCTAA-TTC---AGA-GTCCA----AAATA-GA-CAAA-GT--GAGAT---CATTA-TA---ACATATGC-A----TT--A--AG-GACAAT--------AATCCA--CA
gi|12 : gccaaggattgtcaatgatgtcgattgctgatcatgatggatctgtcaatgatacAAAGAAATTC-TTAATTTACACCCTGATCTTCTGAGAT--AAA-A--AAAA---AAAAATA--TGACAAC-----TC-ATAAATTTATAA-TTC-TCAC---AACCCCACTATtgttcaaattgataaaattattcaaacgaatattgttaaataca
gi|13 : actaatatatga-T-ATC-AATAA--TT----T-A-AATATT-TCTTGTCT-CTCATAATGAT-T--TT--TTC-ACAAGTT-ATT-AAA-A-AA-TGTAATTCATTTTC-AATGG-TGTT--T-G-AAC--TG-CATT-TAGT-GAATAAATTTACGTCCAT-CTCA----AGG--agttgccatgcatctgcttagtgttgcaaacttaaataccgatctttcaca
gi|14 : tttaaaatcgttaaatac-AT------GT---T-ATTTCTAA-ATC---AGA-GTCCA----AAACA-GA-CAAA-GT--GAGAT---C---A-TA---ACA---AC-A----TT--AAGAG-AACAGT--T--GCCAATACA--TAGAATAT-ACAAAGACAATACATAAAAATATACAA------AG-----ACTAAG----A-T--AACCAATTA--AATC--TATA---A--A-TGCA-A-AT-T-TT-Attacatgttaaa
gi|15 : T---TTGTTTCTAA-TTC---AGA-GT-CA----AAATAGGA-CAAA-GT--GAAAT---C---A--G---ACA---AC-AAATGAT--CAAAG-AACAGT--T--GCCAATCCA--T-GAATAT-ACA----------------------------------------AAG----A-T--AA------A--AA----TGCA---A--A-T-------T-T-TTAAAACACC--------AT---G-AT-
gi|17 : AAAAAAAAA-AAA--TA-G--ATAC------GA---TTATTTCTAA-TTC---AGA-GTCCATGCAAAATA-GA-CAAA-GT--AAGAT---C---A-TG---ACA---AC-AT---TT--AAGAG-AACAGg
gi|18 : atagaaaaaCCAATCCA--TAGAATAT-AC-A----------------------A------AG-----ACAAAG----A-T--AACT--------ATT--TGTA---A--A-TGC--A-AT-T-TT-AA
gi|2 : CA-GAA--CA-G--A-AT------GT---TTATTTCTAC-TTC---A-A-GTC-A----AAACA-GA-CAAA-GT--G-GATATTC---A-TA---ACA---ACTA----AT--AAGAG-AACA-T--T--GCCA-TTCA--TTAGATAT-ACCA----------------------A------AG-----A-TAAG----AAT--AACC----A--AATC--TGTA---A--A-TGTTTA-AT-T-TT-AAGCACCCCTT----AT---G-AT-TTGA-T--------------ATTTGTATTATATATTT-------------T--TGT---TAACAA---TCT-G---CCAACAAG-ATCAAAG-GATTTTCTTTCTC-TT-CAGAGT---T--GAGCA--GCCACATACTA-ATTTCTT--GCCTCATTATTCAAGGC---TAG--AAAAGTTTTT----T-ATATTT-----GA-T-ATT-AATAA--TT----T-T-AATATT-TCTTTTCT-CTCGTCATCA-AT--TTATTTACACAAGTT-ATCCAAA-A-AA-TGTAATTCATTTTCCAATGG-TGTT--AAG-AAC--TG-CATT-TAGT-GCATAA----ACGCTCAT-CTCT----AGG--AGTGGTT--GGT----AAAT-CTA--CCCGACTTCAA-TGTTAAC---CTGCG---AG-AAGAAATTCTTTAACTTACACAATGATCTTCT---AT--AAT-C--GAAA-TT-----CT--TAACAAC-----AT-ATAA----ATAATTTT-TCAT---AACCCC
gi|3 : GAACA-GAA--CA----A-AT------GT---TT-TTTCTAA-TTC---AAG-ATCCA----AA-CA-GA-CAAA-GT--GAGTT---C---AATA---ACA---AC------TT--AAGAG-AACAGT--TATGCCAA-ACA--TAGAATAT-ACAA----------------------A-------G-----ACTAAG----A-T--AACC----A--AGTC--TATA---A--AATGC--A-AT-T-TT-AAGCACC---T----GT---G-AT-TTGA-T--------------ATTT-----------TTATTATATTATTTGT--TAA---TAA--A---TCT-G---CCAACAA--ATCAA-G-GATTT-CTTTCTC-TT-CAGAGT---T--GAGCA--GCCA-ATA-TA-GTTT-TT--GC-TCATTATTCAAGG----TAG--AAA-AATTTT------ATATTTA----AA---ATT-AATAA--TT----TTG-AATATT-TCTTGTCT-TCCA-CATCATAT--TT--TTG-ACAAGTT-ATC-AAA-A-A--TTTAATTCATTTTC-AATGG-TGTT--A-G-AAC--TG-CATT-TAGT-GCATAA----ACGTTCAT-CTCT----AGG--AGTG-TT--GGT----AAAT-CTA---CCGA--TCAATTTTTAAC---TTGTG---AGAA--GAATTC-TTAACTTACACAATGATCTTCT---AT---AT-C--AAAA-TT-----TT--TAACAAC-----AG-ATAA----ATAA-TTT-TCAT---AACCCCCGTATTGcagctcttgtgtgcttaatttgcctttcaaataaattgccaagttggatgacgattgaacctgcttttctactcccctatacgtggttatgataa
gi|4 : tagaacaGAACA-GAA--CA-G--A-ATCAGAAAGT---T-ATTTCTAAATTC---A-A-GTCCA----AAACA-GA-CAAA-GTTGAAGAT---C---A-TA---ACA---AC-A----TT--AAGAG-AACAGTGTT--GCCAATACC--TAGAATATGACAA----------------------A-------G-----ACTAAG----A-T--AACC----A--AA-C--T---------A-TGC--A-AT-TCTT-AAGCACC---T----AT---G-AT-TTGA-TTATTTGTATTTTATATTT-----------TT-------------TGTTAA---TAA--A---TCT-GGGGCCAACAAG-ATCAATG-GATTT-CTTTCTC-CTGCAGAGT---T--GAGCA--GCCATAT--TA-GTTT-TT--GC-TCATTATTCAAGG----TAGCAAGA-TATTTT----TTATATTT------ACT-ATT-AATAA--TT----TTG-AATATT-TTT---CT-CTCATCATCATAT--TT----G-ACAAATT-CTC-AAATA-AACTGTAATTCATTTTC-A-TGG-TGTTTTA-G-AAC--TGTCATT-TAGT-GC-TAA----ACGTTCATGCTCT----AGG--AGTG-TT--GGT----AAAT-CTAAGCCTGA--TCAATTTTTAAC---CTGTG---AG-AAGAAATTC-TAAACTTACACAATTATCTTTT---AT--AAT-C--AAAATTT-----TTTATAACAAC-----AG-ATAA----ATAA-TTT-CCAT---AACCCCAGTATCGtttcatttcaacatatgtgcttaatttgccttctctaaataaatgcaagttggaataccagtctttcacataataatcctttatagatttat
gi|5 : GTGTGTATGAACA-GAA--CA-G--A-AT------GT---TTATTT-TAA-TTC---AGA-GTCCA----AAACA-GA-CAAA-GT--GAGAT---C---A-TA---ACA---AC-A----AT--AAGAG-AACAGT--T--GCCAATCCA--TAGAATAT-ACAA----------------------A------AG-----ACTAAG----A-T--AACC----A--AATC--TGTA---A--A-TGC--A-AT-T-TT-AAGCACC---T----AT---G-AT-TTGA-T--------------ATTT-----------TT-------------T--TAA---TAA--A---TCT-G---CCAACAAG-ATCAA-G-GATTT-CCTTCTC-TT-CAGAGT---T--GAGCA--GCCA-ATA-TA-GTTT-TT--GC-TCATTATTCAAGG----TAC--AAT-TTTTTT----A-ATATTTT----GA-T-ATT-AATAA---T----T-G-AAAATT-TCTTGTCT-CTCATCATCATAT--TT--TTG-ACAAGTT--TC-AAA-A-AA-TGTAATTCATTTTC-AATGG-TGTT--A-G-AAC--TG-CATT-TAGT-GCATAA----ACGTTCAT-CTCT----AGG--AGTG-TT--GGT----AAAT-CTA--CCAGA-TTCAATTTTTAAC---CTGTG---AGAAAGAAATTC-TTAACTTACACAATGATCTTCT---AT--AAT-C--GAAATTT-----TT--TAACAAC-----AG-ATAA----ATAA-TTT-TCAT---AACCCCAGTATTGtttcatttcaacatatgtgcttaatttgccttctctaaataaatgcaagttggatacatgtacgtataa
gi|6 : ACA-GAA--CA-G--A-AT------GT---TTATTTCTAA-TTC---AGA-GTCCA----AAACA-GA-CAAA-GT--GAGAT---C---G-TA---ACA---AC-A----AT--AAGAG-AACAGT-----GTCAATCCA--TAGAATAT-ACAA----------------------A------A-------CTAA-----A-T--AACC----A--AATC--TGTACTAA--G-TGC--A-AT-T-TT-AAGCACC---T----TA---G-ATATTTA-T--------------ATTG-----------TT-------------A--TTA---TAT--A---T--------------------------TTT-CTTTCTC-TT-CAGAGT---T--GAGCA--GCCA-ATA-TAAGTTT-TT--GC-TCATTATTCAAG-----TAG--ACA-T-TTTT----T-ATATTT-----GA-T-ATT-AATAA--TT----TTG-AATATT-TTTTGTCT-CTCATCATCAT-T--TT--TTG-ACAAGTT-ATC-CAA-A-AA-TGTAATTCATTT-C-AATGG-AGTT--A-G-AAC--TG-CATT-TAGT-GCATAA----ACGTTCAT-
gi|7 : tgagaatA-A--A-ATA-----GT---TTATTTCTAA-TTC---AGA-GTCCA----AAATA-AA-CAAA-GT--GGGG----C---A-TT---ACA---AC-A----AC--A--AG-AACAGT--T--GCT-ATCCA--TAGAATAT-AC-A----------------------A------TG-----ACAAAA----A-T--AACT----A--TGTC--TGTA---A--A-TGC--A-AT-T-TT-AAGCACC---TATGCAT---G-AT-TTGA-T--------------AT
gi|7 : agaacaattaagaT-T-TT-AAG-------T----AT-----------A-T--------------ATTT-----------TTG------------T--TAA---TAA--A---TCT-G---CCAACAAG-ATCAA-G-GAAT-------TC-TT-CAGAGTTGAT--GAGCA--GCCA-ATA-Tacctgatatgcctacttaatctctttttaagtatatatttttgttaataaatctgccaacaagatcaaggaattcttcagagttgatgagcagccaatat
gi|8 : agaacaattaagaaaaatagtttatttctaattcagagtccaaaataaacaaagtggggcattacaacaacaagaacagttgctatccatagaatatacaatgacaaaaataactatgtctgtaaatgcaattttaagcacctatgcatgatttgatatacctgatatgcctacttaatctctGAATA-AAA--TA-G--A-ATA-----GT---TTATTTCTAA-TTA---AGA-GTCCA----AAACA-GA-CATA-GT--GAGAT---C---A-TA---ACA---AC-A----TT--AAGAG-GACAGT--T--GCCAATCCA--TAGAATAT-AC-T----------------------A------AG-----ACTAAG----A-T--AACC----A--AATCTGTGTA---C--A-TGT--A----T-GT-AGGTAC---------AT---GTAT-TTAAGT--------------AT
gi|9 : gtgaaactctgggaatatgtacaga-T-ATTCAATAA--TTAAACT-GGAATTTTCTCTTTTCT-TTGGGTATCATAT--TT--TCATATATGCG-ACC-AAA-A-AG-TGCCTTTCATTTCC-TATGG-TATT--A-G-AGT--TG-CATT-TAGT-ACTTAA----TCGATCCT-TTCT----AAA--GATA-TT--GGT----AAAC-CTA--gaaccaccaacctatagatggttttaattatatttaggtgttttcagcaccttttagtgttttctgtaat
gi|9 : aggctatagtgttatttcagatatgA-TTCAATTTTTAAC---CTGCG---AG-AAGAAATTT-TCAAatatgtacaggtctatgcagatgtacatgtatattcaatttttaacctgcgagaagaaattttcaat
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): CAGTATTGTGTGCTTAATTTGCCTTCTCTAAATAATTGCAAGTTGGATACACATGTACAGATGTATATACGATTAACCTGCTTTTTCTACTCCCTATGAT
Unaligned ( gi|19 ): AATATAATGCACTTGTTTTGAAAATGTTTTAAAAAAATATC
Alignments
lowQualScore : 222222 11111 44444444444444444444444444444444444444 11111111 22222222222222 66666666666666666666666666666 111 111 1 2222 22222 2222222 1111 1 1111 1111 1111 11 111 111 1 111 1111 222222222222 11111111 1111 111
lowQualScore : 4 55 3 55 3 222222 555 2 555 1 2 6666 2 2 2 33 888 555 2 555 555 2 22222 33 2 88888 33 3 44444444444444444444444444444444444444 6666 3 77 6666 44 44 555 44 3 77 3 2 2 2 1 33333333 88888 3 7 11111111111111 88888888888888888888888888888 777 66 777 5 888 5 000 5 5 5 000 77 77 5 1 6 6 99 6 0000 99 22222 7 5 77 0000000 5 5 5 0000 0 5 5 0 7777 66 5 55 5 5 5 5 55 5 66 5 5 5 66 5 5 5 0 0000 5 2222 77 6 99 4444 6 99 44 111 0 111 2 5 111 99 0000 777777777777 77777777 4444 6 6 111 0
lowQualScore : . .. . .. . ...... ... . ... . . .... . . . .. ... ... . ... ... . ..... .. . ..... .. . ...................................... .... . .. .... .. .. ... .. . .. . . . . . ........ ..... . . .............. ............................. ... .. ... . ... . ... . . . ... .. .. . . . . .. . .... .. ..... . . .. ....... . . . .... . . . . .... .. . .. . . . . .. . .. . . . .. . . . . .... . .... .. . .. .... . .. .. ... . ... . . ... .. .... ............ ........ .... . . ... .
lowQualScore : 4 55 6 00 3 999999 444 9 000 9 9 1111 9 9 9 99 999 000 9 000 000 9 88888 99 9 88888 99 1 55555555555555555555555555555555555555 5555 1 33 5555 22 22 444 22 1 33 1 9 9 9 8 33333333 00000 3 3 44444444444444 11111111111111111111111111111 888 11 888 0 888 0 111 0 7 7 000 99 99 7 4 7 7 22 7 8888 22 88888 3 7 99 0000000 0 0 0 6666 1 0 0 1 2222 99 0 11 0 0 0 0 44 0 99 0 0 0 99 0 0 0 4 6666 0 1111 99 7 22 2222 7 22 00 777 7 777 0 7 777 22 0000 000000000000 00000000 2222 7 7 777 7
consensus : GTGTAAATGAACA-GAA--CA-G--A-AT------GT---TTATTTCTAA-TTC---AGA-GTCCA----AAACA-GA-CAAA-GT--GAGAT---C---A-TA---ACA---AC-A----NT--AAGAG-AACAGT--T--GCCAATCCA--TAGAATAT-ACAA----------------------A------AG-----ACTAAG----A-T--AACC----A--AATC--TGTA---A--A-TGC--A-AT-T-TT-AAGCACC---T----AT---G-AT-TTGA-T--------------ATTT-----------TT-------------T--TAA---TAA--A---TCT-G---CCAACAAG-ATCAA-G-GATTT-CTTTCTC-TT-CAGAGT---T--GAGCA--GCCA-ATA-TA-GTTT-TT--GC-TCATTATTCAAGG----TAG--AAA--TA-TTTTNATA-T--TTG------AT-ATT-AATAA-TT----TTGAATATT-TCTTGTCT-CTCATCATCATAT--TT--TTG-ACAAGTT-ATC-AAA-A-AA-TGTAATTCATTTTC-AATGG-TG--TT-A-G-AAC--TG-CATT-TAGT-GCATAA----ACGTTCAT-CTCT----AGG--AGTG-TT--GGT----AAAT-CTA--CCCGA-TTCAATTTTTAAC---CTGCG---AGAAAGAAATTC-TTAACTTACACAATGATCTTCT---AT--AAT-C--GAAATTT-----TT--TAACAAC-----AG-ATAA----ATAA-TTT-TCAT---AACCCCAGTATCG
Reference ( family-1373 ) : GTGTAAATGAACA-GAA--CA-G--A-AT------GT---TTATTTCTAA-TTC---AGA-GTCCA----AAACA-GA-CAAA-GT--GAGAT---C---A-TA---ACA---AC-A----NT--AAGAG-AACAGT--T--GCCAATCCA--TAGAATAT-ACAA----------------------A------AG-----ACTAAG----A-T--AACC----A--AATC--TGTA---A--A-TGC--A-AT-T-TT-AAGCACC---T----AT---G-AT-TTGA-T--------------ATTT-----------TT-------------T--TAA---TAA--A---TCT-G---CCAACAAG-ATCAA-G-GATTT-CTTTCTC-TT-CAGAGT---T--GAGCA--GCCA-ATA-TA-GTTT-TT--GC-TCATTATTCAAGG----TAG--AAA--TA-TTTTTATA-T--TTG------AT-ATT-AATAA-TT----TTGAATATT-TCTTGTCT-CTCATCATCATAT--TT--TTG-ACAAGTT-ATC-AAA-A-AA-TGTAATTCATTTTC-AATGG-TG--TT-A-G-AAC--TG-CATT-TAGT-GCATAA----ACGTTCAT-CTCT----AGG--AGTG-TT--GGT----AAAT-CTA--CCCGA-TTCAATTTTTAAC---CTGCG---AGAAAGAAATTC-TTAACTTACACAATGATCTTCT---AT--AAT-C--GAAATTT-----TT--TAACAAC-----AG-ATAA----ATAA-TTT-TCAT---AACCCCAGTATCG
gi|1 : GTGTAAATAGACA-GAAAATA-GGCA-AT------GTAGTTTATTTGTAA-TTTCCAAGAAGTCCA----AAACA-GAACAAAAGT--GAAATTT-C---A-TAGAAACA---AC-A----TTTGAAGAGGAACGAT--T--GCCAATCCATCTAGAATTT-AC-A----------------------A------AG-----ACTAAGAAGAA-TA-AAAC----A--AATC--TATA---AAGA-TGC--AGATAT-TT-AAGCACC---T----ACTAAG-AT-TTGATT--------------ATTA-----------AT-------------G--TAA---TGA--A---T
gi|1 : aagATTGCCAA-TCC---A----TCTA----GAATT-TA-CAAA-G------AC---------TA---AGA---AG-A----AT--AA----AACA----------AATCTA--TA-AAGAT-GCAG----------------------ATATTTAAGCACCTACTAAG----A-TTTGATT----ATTAAT----GTA---A----TG---A-AT-A-CT-AAG-ACC---TT---AT---ATAT-TTTA-T--------------ATAG-----------TT-------------C--CAAAAATGA--ACCCTCTCG---TCCACAAGTATCAA-AAGATTT-CTTTCTCATT-CAGAGT---TTTGAGCACAGCCA-ATA-TA-GTTT-TTTTGC-TCATTATTCAAGGCAATTAG--AAT--TA-TTTGGAAA-TAATTGTCAAAGGTGATT-AATCGCTT----TTGAATATT-TCTTGTCTTCTCATCATCATATATTT--TTGGACCAGTTTATC-AAA-AAAA-TGTAATTCATGTTC-AATGGATG--TTCA-GCAACAATG-CATTATAGTAGCA-AA----ACGTTCA--CTCTTCTGAGGAAAGTG-TTTCGGTTACAAGATACTA--CCCGA-TTCAATTTTTAACCAACTGTATACAGAAAAAAAT---CTAACTTATACGATATTCTTCT---ATAAAATACAAGGAATTTA----TA--TAAAAACTAACTAGAATAA----ATAA-TGGATCATAAAAACCCCactaagaccttatatattttatatagttccaaaaatgaaccctctcgtccacaagtatcaaaagatttctttctcattcagagttttgagcacagccaatatagtttttttgctcattattcaaggcaattagaattatttggaaataattgtcaaaggtgattaatcgcttttgaatatttcttgtcttctcatcatcatatatttttggaccagtttatcaaaaaaatgtaattcatgttcaatggatgttcagcaacaatgcattatagtagcaaaacgttcactcttctgaggaaagtgtttcggttacaagatactacccgattcaatttttaaccaactgtatacagaaaaaaatctaacttatacgatattcttctataaaatacaaggaatttatataaaaactaactagaataaataatggatcataaaaaccccgagatattgttcatcaacagttatgtggatgttaatttgcactattacctaaaaataaaaatgcaagttggaatataatttatataacaatttgatacatctg
gi|10 : aaggtgtaaatagacagaaaataggcaatgtagtttatttgtaatttccaagaagtccaaaacagaacaaaagtgaaatttcatagaaacaacatttgaagaggaacg--CA-G--A-ATA-----GT---TTATTTCTAA-TTC---AGA-GTCCA----AAACA-GA-CAAA-GT--GAGAT---C---A-TA---ACA---AC-AT---TT--AAGAG-AACAGT--T--GCCAATCCA--TAGAATAT-AC-A----------------------A------AG-----ACTAAG----A-T--AACC----A--AATC--TGTA---A--A-TGC--A-AT-T-TT-AAGGACC---T----AT---G-AT-TTGA-T--------------ATTTGTA--------TTATATATTTTTG--T--TAA---TAA--A---TCT-G---CCAACAAG-ATCAA-G-GATTT-Cgagatattgttcatcaacagttatgtggatgttaatttgcactattacctaaaaataaaaatgcaagttggaatataatttatataacaatttgatacatctg
gi|11 : TGAAGACGAA--GATG--A-ATA-----GT---TTATTTCTAA-TTC---AGA-GTCCA----AAATA-GA-CAAA-GT--GAGAT---CATTA-TA---ACATATGC-A----TT--A--AG-GACAAT--------AATCCA--CA
gi|12 : gccaaggattgtcaatgatgtcgattgctgatcatgatggatctgtcaatgatacAAAGAAATTC-TTAATTTACACCCTGATCTTCTGAGAT--AAA-A--AAAA---AAAAATA--TGACAAC-----TC-ATAAATTTATAA-TTC-TCAC---AACCCCACTATtgttcaaattgataaaattattcaaacgaatattgttaaataca
gi|13 : actaatatatgaT-ATC-AATAA-TT----T-AAATATT-TCTTGTCT-CTCATAATGAT-T--TT--TTC-ACAAGTT-ATT-AAA-A-AA-TGTAATTCATTTTC-AATGG-TG--TT-T-G-AAC--TG-CATT-TAGT-GAATAAATTTACGTCCAT-CTCA----AGG--agttgccatgcatctgcttagtgttgcaaacttaaataccgatctttcaca
gi|14 : tttaaaatcgttaaatac-AT------GT---T-ATTTCTAA-ATC---AGA-GTCCA----AAACA-GA-CAAA-GT--GAGAT---C---A-TA---ACA---AC-A----TT--AAGAG-AACAGT--T--GCCAATACA--TAGAATAT-ACAAAGACAATACATAAAAATATACAA------AG-----ACTAAG----A-T--AACCAATTA--AATC--TATA---A--A-TGCA-A-AT-T-TT-Attacatgttaaa
gi|15 : T---TTGTTTCTAA-TTC---AGA-GT-CA----AAATAGGA-CAAA-GT--GAAAT---C---A--G---ACA---AC-AAATGAT--CAAAG-AACAGT--T--GCCAATCCA--T-GAATAT-ACA----------------------------------------AAG----A-T--AA------A--AA----TGCA---A--A-T-------T-T-TTAAAACACC--------AT---G-AT-
gi|17 : AAAAAAAAA-AAA--TA-G--ATAC------GA---TTATTTCTAA-TTC---AGA-GTCCATGCAAAATA-GA-CAAA-GT--AAGAT---C---A-TG---ACA---AC-AT---TT--AAGAG-AACAGg
gi|18 : atagaaaaaCCAATCCA--TAGAATAT-AC-A----------------------A------AG-----ACAAAG----A-T--AACT--------ATT--TGTA---A--A-TGC--A-AT-T-TT-AA
gi|2 : CA-GAA--CA-G--A-AT------GT---TTATTTCTAC-TTC---A-A-GTC-A----AAACA-GA-CAAA-GT--G-GATATTC---A-TA---ACA---ACTA----AT--AAGAG-AACA-T--T--GCCA-TTCA--TTAGATAT-ACCA----------------------A------AG-----A-TAAG----AAT--AACC----A--AATC--TGTA---A--A-TGTTTA-AT-T-TT-AAGCACCCCTT----AT---G-AT-TTGA-T--------------ATTTGTATTATATATTT-------------T--TGT---TAACAA---TCT-G---CCAACAAG-ATCAAAG-GATTTTCTTTCTC-TT-CAGAGT---T--GAGCA--GCCACATACTA-ATTTCTT--GCCTCATTATTCAAGGC---TAG--AAAAGT--TTTTTATA-T--TTG------AT-ATT-AATAA-TT----TT-AATATT-TCTTTTCT-CTCGTCATCA-AT--TTATTTACACAAGTT-ATCCAAA-A-AA-TGTAATTCATTTTCCAATGG-TG--TT-AAG-AAC--TG-CATT-TAGT-GCATAA----ACGCTCAT-CTCT----AGG--AGTGGTT--GGT----AAAT-CTA--CCCGACTTCAA-TGTTAAC---CTGCG---AG-AAGAAATTCTTTAACTTACACAATGATCTTCT---AT--AAT-C--GAAA-TT-----CT--TAACAAC-----AT-ATAA----ATAATTTT-TCAT---AACCCC
gi|3 : GAACA-GAA--CA----A-AT------GT---TT-TTTCTAA-TTC---AAG-ATCCA----AA-CA-GA-CAAA-GT--GAGTT---C---AATA---ACA---AC------TT--AAGAG-AACAGT--TATGCCAA-ACA--TAGAATAT-ACAA----------------------A-------G-----ACTAAG----A-T--AACC----A--AGTC--TATA---A--AATGC--A-AT-T-TT-AAGCACC---T----GT---G-AT-TTGA-T--------------ATTT-----------TTATTATATTATTTGT--TAA---TAA--A---TCT-G---CCAACAA--ATCAA-G-GATTT-CTTTCTC-TT-CAGAGT---T--GAGCA--GCCA-ATA-TA-GTTT-TT--GC-TCATTATTCAAGG----TAG--AAA--AA-TTTT-ATA-T--TTA------AA-ATT-AATAA-TT----TTGAATATT-TCTTGTCT-TCCA-CATCATAT--TT--TTG-ACAAGTT-ATC-AAA-A-A--TTTAATTCATTTTC-AATGG-TG--TT-A-G-AAC--TG-CATT-TAGT-GCATAA----ACGTTCAT-CTCT----AGG--AGTG-TT--GGT----AAAT-CTA---CCGA--TCAATTTTTAAC---TTGTG---AGAA--GAATTC-TTAACTTACACAATGATCTTCT---AT---AT-C--AAAA-TT-----TT--TAACAAC-----AG-ATAA----ATAA-TTT-TCAT---AACCCCCGTATTGcagctcttgtgtgcttaatttgcctttcaaataaattgccaagttggatgacgattgaacctgcttttctactcccctatacgtggttatgataa
gi|4 : tagaacaGAACA-GAA--CA-G--A-ATCAGAAAGT---T-ATTTCTAAATTC---A-A-GTCCA----AAACA-GA-CAAA-GTTGAAGAT---C---A-TA---ACA---AC-A----TT--AAGAG-AACAGTGTT--GCCAATACC--TAGAATATGACAA----------------------A-------G-----ACTAAG----A-T--AACC----A--AA-C--T---------A-TGC--A-AT-TCTT-AAGCACC---T----AT---G-AT-TTGA-TTATTTGTATTTTATATTT-----------TT-------------TGTTAA---TAA--A---TCT-GGGGCCAACAAG-ATCAATG-GATTT-CTTTCTC-CTGCAGAGT---T--GAGCA--GCC--ATATTA-GTTT-TT--GC-TCATTATTCAAGG----TAGCAAGA--TATTTTTTATA-T--TTA------CT-ATT-AATAA-TT----TTGAATATT-TT---TCT-CTCATCATCATA----T--TTG-ACAAATT-CTC-AAATA-AACTGTAATTCATTTTC--ATGG-TGTTTT-A-G-AAC--TGTCATT-TAGT-GC-TAA----ACGTTCATGCTCT----AGG--AGTG-TT--GGT----AAAT-CTAAGCCTGA--TCAATTTTTAAC---CTGTG---AG-AAGAAATTC-TAAACTTACACAATTATCTTTT---AT--AAT-C--AAAATTT-----TTTATAACAAC-----AG-ATAA----ATAA-TTT-CCAT---AACCCCAGTATCGtttcatttcaacatatgtgcttaatttgccttctctaaataaatgcaagttggaataccagtctttcacataataatcctttatagatttat
gi|5 : GTGTGTATGAACA-GAA--CA-G--A-AT------GT---TTATTT-TAA-TTC---AGA-GTCCA----AAACA-GA-CAAA-GT--GAGAT---C---A-TA---ACA---AC-A----AT--AAGAG-AACAGT--T--GCCAATCCA--TAGAATAT-ACAA----------------------A------AG-----ACTAAG----A-T--AACC----A--AATC--TGTA---A--A-TGC--A-AT-T-TT-AAGCACC---T----AT---G-AT-TTGA-T--------------ATTT-----------TT-------------T--TAA---TAA--A---TCT-G---CCAACAAG-ATCAA-G-GATTT-CCTTCTC-TT-CAGAGT---T--GAGCA--GCCA-ATA-TA-GTTT-TT--GC-TCATTATTCAAGG----TAC--AAT--TT-TTTTAATATT--TTG------AT-ATT-AATAA-------TTGAAAATT-TCTTGTCT-CTCATCATCATAT--TT--TTG-ACAAGTT--TC-AAA-A-AA-TGTAATTCATTTTC-AATGG-TG--TT-A-G-AAC--TG-CATT-TAGT-GCATAA----ACGTTCAT-CTCT----AGG--AGTG-TT--GGT----AAAT-CTA--CCAGA-TTCAATTTTTAAC---CTGTG---AGAAAGAAATTC-TTAACTTACACAATGATCTTCT---AT--AAT-C--GAAATTT-----TT--TAACAAC-----AG-ATAA----ATAA-TTT-TCAT---AACCCCAGTATTGtttcatttcaacatatgtgcttaatttgccttctctaaataaatgcaagttggatacatgtacgtataa
gi|6 : ACA-GAA--CA-G--A-AT------GT---TTATTTCTAA-TTC---AGA-GTCCA----AAACA-GA-CAAA-GT--GAGAT---C---G-TA---ACA---AC-A----AT--AAGAG-AACAGT-----GTCAATCCA--TAGAATAT-ACAA----------------------A------A-------CTAA-----A-T--AACC----A--AATC--TGTACTAA--G-TGC--A-AT-T-TT-AAGCACC---T----TA---G-ATATTTA-T--------------ATTG-----------TT-------------A--TTA---TAT--A---T--------------------------TTT-CTTTCTC-TT-CAGAGT---T--GAGCA--GCCA-ATA-TAAGTTT-TT--GC-TCATTATTCAAG-----TAG--ACA--T--TTTTTATA-T--TTG------AT-ATT-AATAA-TT----TTGAATATT-TTTTGTCT-CTCATCATCAT-T--TT--TTG-ACAAGTT-ATC-CAA-A-AA-TGTAATTCA-TTTC-AATGG-AG--TT-A-G-AAC--TG-CATT-TAGT-GCATAA----ACGTTCAT-
gi|7 : tgagaatA-A--A-ATA-----GT---TTATTTCTAA-TTC---AGA-GTCCA----AAATA-AA-CAAA-GT--GGGG----C---A-TT---ACA---AC-A----AC--A--AG-AACAGT--T--GCT-ATCCA--TAGAATAT-AC-A----------------------A------TG-----ACAAAA----A-T--AACT----A--TGTC--TGTA---A--A-TGC--A-AT-T-TT-AAGCACC---TATGCAT---G-AT-TTGA-T--------------AT
gi|7 : agaacaattaagaT-T-TT-AAG-------T----AT-----------A-T--------------ATTT-----------TTG------------T--TAA---TAA--A---TCT-G---CCAACAAG-ATCAA-G-GAAT-------TC-TT-CAGAGTTGAT--GAGCA--GCCA-ATA-Tacctgatatgcctacttaatctctttttaagtatatatttttgttaataaatctgccaacaagatcaaggaattcttcagagttgatgagcagccaatat
gi|8 : agaacaattaagaaaaatagtttatttctaattcagagtccaaaataaacaaagtggggcattacaacaacaagaacagttgctatccatagaatatacaatgacaaaaataactatgtctgtaaatgcaattttaagcacctatgcatgatttgatatacctgatatgcctacttaatctctGAATA-AAA--TA-G--A-ATA-----GT---TTATTTCTAA-TTA---AGA-GTCCA----AAACA-GA-CATA-GT--GAGAT---C---A-TA---ACA---AC-A----TT--AAGAG-GACAGT--T--GCCAATCCA--TAGAATAT-AC-T----------------------A------AG-----ACTAAG----A-T--AACC----A--AATCTGTGTA---C--A-TGT--A----T-GT-AGGTAC---------AT---GTAT-TTAAGT--------------AT
gi|9 : gtgaaactctgggaatatgtacagaTTTCAGA-T--ATG-------T-ATTCAATAA-TTAAACTGGAATTTTCTCTTTTCT-TTGGGTATCATAT--TT--TCATATATGCG-ACC-AAA-A-AG-TGCCTTTCATTTCC-TATGG-TA--TT-A-G-AGT--TG-CATT-TAGT-ACTTAA----TCGATCCT-TTCT----AAA--GATA-TT--GGT----AAAC-CTA--gaaccaccaacctatagatggttttaattatatttaggtgttttcagcaccttttagtgttttctgtaat
gi|9 : aggctatagtgttaA-TTCAATTTTTAAC---CTGCG---AG-AAGAAATTT-TCAAatatgtacaggtctatgcagatgtacatgtatattcaatttttaacctgcgagaagaaattttcaat
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): CAGTATTGTGTGCTTAATTTGCCTTCTCTAAATAATTGCAAGTTGGATACACATGTACAGATGTATATACGATTAACCTGCTTTTTCTACTCCCTATGAT
Unaligned ( gi|19 ): AATATAATGCACTTGTTTTGAAAATGTTTTAAAAAAATATC
Alignments
lowQualScore : 222222 11111 44444444444444444444444444444444444444 11111111 22222222222222 66666666666666666666666666666 111 111 1 2222 22222 2222222 1111 1 1111 1111 1111 11 111 111 1 111 1111 222222222222 11111111 1111 111
lowQualScore : 4 55 3 55 3 222222 555 2 555 1 2 6666 2 2 2 33 888 555 2 555 555 2 22222 33 2 88888 33 3 44444444444444444444444444444444444444 6666 3 77 6666 44 44 555 44 3 77 3 2 2 2 1 33333333 88888 3 7 11111111111111 88888888888888888888888888888 777 66 777 5 888 5 000 5 5 5 000 77 77 5 1 6 6 99 6 0000 99 22222 6 5 77 0000000 5 5 5 0000 0 5 5 0 7777 66 5 55 5 5 5 5 55 5 66 5 5 5 66 5 5 5 0 0000 5 2222 77 6 99 4444 6 99 44 111 0 111 2 5 111 99 0000 777777777777 77777777 4444 6 6 111 0
lowQualScore : . .. . .. . ...... ... . ... . . .... . . . .. ... ... . ... ... . ..... .. . ..... .. . ...................................... .... . .. .... .. .. ... .. . .. . . . . . ........ ..... . . .............. ............................. ... .. ... . ... . ... . . . ... .. .. . . . . .. . .... .. ..... . . .. ....... . . . .... . . . . .... .. . .. . . . . .. . .. . . . .. . . . . .... . .... .. . .. .... . .. .. ... . ... . . ... .. .... ............ ........ .... . . ... .
lowQualScore : 4 55 6 00 3 999999 444 9 000 9 9 1111 9 9 9 99 999 000 9 000 000 9 88888 99 9 88888 99 1 55555555555555555555555555555555555555 5555 1 33 5555 22 22 444 22 1 33 1 9 9 9 8 33333333 00000 3 3 44444444444444 11111111111111111111111111111 888 11 888 0 888 0 111 0 7 7 000 99 99 7 4 7 7 22 7 8888 22 88888 6 7 99 0000000 0 0 0 6666 1 0 0 1 2222 99 0 11 0 0 0 0 44 0 99 0 0 0 99 0 0 0 4 6666 0 1111 99 7 22 2222 7 22 00 777 7 777 0 7 777 22 0000 000000000000 00000000 2222 7 7 777 7
consensus : GTGTAAATGAACA-GAA--CA-G--A-AT------GT---TTATTTCTAA-TTC---AGA-GTCCA----AAACA-GA-CAAA-GT--GAGAT---C---A-TA---ACA---AC-A----NT--AAGAG-AACAGT--T--GCCAATCCA--TAGAATAT-ACAA----------------------A------AG-----ACTAAG----A-T--AACC----A--AATC--TGTA---A--A-TGC--A-AT-T-TT-AAGCACC---T----AT---G-AT-TTGA-T--------------ATTT-----------TT-------------T--TAA---TAA--A---TCT-G---CCAACAAG-ATCAA-G-GATTT-CTTTCTC-TT-CAGAGT---T--GAGCA--GCCA-ATA-TA-GTTT-TT--GC-TCATTATTCAAGG----TAG--AAA--TA-TTTTNATA-T--TTG------AT-ATT-AATAA-TT----TTGAATATT-TCTTGTCT-CTCATCATCATAT--TT--TTG-ACAAGTT-ATC-AAA-A-AA-TGTAATTCATTTTC-AATGG-TG--TT-A-G-AAC--TG-CATT-TAGT-GCATAA----ACGTTCAT-CTCT----AGG--AGTG-TT--GGT----AAAT-CTA--CCCGA-TTCAATTTTTAAC---CTGCG---AGAAAGAAATTC-TTAACTTACACAATGATCTTCT---AT--AAT-C--GAAATTT-----TT--TAACAAC-----AG-ATAA----ATAA-TTT-TCAT---AACCCCAGTATCG
Reference ( family-1373 ) : GTGTAAATGAACA-GAA--CA-G--A-AT------GT---TTATTTCTAA-TTC---AGA-GTCCA----AAACA-GA-CAAA-GT--GAGAT---C---A-TA---ACA---AC-A----NT--AAGAG-AACAGT--T--GCCAATCCA--TAGAATAT-ACAA----------------------A------AG-----ACTAAG----A-T--AACC----A--AATC--TGTA---A--A-TGC--A-AT-T-TT-AAGCACC---T----AT---G-AT-TTGA-T--------------ATTT-----------TT-------------T--TAA---TAA--A---TCT-G---CCAACAAG-ATCAA-G-GATTT-CTTTCTC-TT-CAGAGT---T--GAGCA--GCCA-ATA-TA-GTTT-TT--GC-TCATTATTCAAGG----TAG--AAA--TA-TTTTNATA-T--TTG------AT-ATT-AATAA-TT----TTGAATATT-TCTTGTCT-CTCATCATCATAT--TT--TTG-ACAAGTT-ATC-AAA-A-AA-TGTAATTCATTTTC-AATGG-TG--TT-A-G-AAC--TG-CATT-TAGT-GCATAA----ACGTTCAT-CTCT----AGG--AGTG-TT--GGT----AAAT-CTA--CCCGA-TTCAATTTTTAAC---CTGCG---AGAAAGAAATTC-TTAACTTACACAATGATCTTCT---AT--AAT-C--GAAATTT-----TT--TAACAAC-----AG-ATAA----ATAA-TTT-TCAT---AACCCCAGTATCG
gi|1 : GTGTAAATAGACA-GAAAATA-GGCA-AT------GTAGTTTATTTGTAA-TTTCCAAGAAGTCCA----AAACA-GAACAAAAGT--GAAATTT-C---A-TAGAAACA---AC-A----TTTGAAGAGGAACGAT--T--GCCAATCCATCTAGAATTT-AC-A----------------------A------AG-----ACTAAGAAGAA-TA-AAAC----A--AATC--TATA---AAGA-TGC--AGATAT-TT-AAGCACC---T----ACTAAG-AT-TTGATT--------------ATTA-----------AT-------------G--TAA---TGA--A---T
gi|1 : aagATTGCCAA-TCC---A----TCTA----GAATT-TA-CAAA-G------AC---------TA---AGA---AG-A----AT--AA----AACA----------AATCTA--TA-AAGAT-GCAG----------------------ATATTTAAGCACCTACTAAG----A-TTTGATT----ATTAAT----GTA---A----TG---A-AT-A-CT-AAG-ACC---TT---AT---ATAT-TTTA-T--------------ATAG-----------TT-------------C--CAAAAATGA--ACCCTCTCG---TCCACAAGTATCAA-AAGATTT-CTTTCTCATT-CAGAGT---TTTGAGCACAGCCA-ATA-TA-GTTT-TTTTGC-TCATTATTCAAGGCAATTAG--AAT--TA-TTTGGAAA-TAATTGTCAAAGGTGATT-AATCGCTT----TTGAATATT-TCTTGTCTTCTCATCATCATATATTT--TTGGACCAGTTTATC-AAA-AAAA-TGTAATTCATGTTC-AATGGATG--TTCA-GCAACAATG-CATTATAGTAGCA-AA----ACGTTCA--CTCTTCTGAGGAAAGTG-TTTCGGTTACAAGATACTA--CCCGA-TTCAATTTTTAACCAACTGTATACAGAAAAAAAT---CTAACTTATACGATATTCTTCT---ATAAAATACAAGGAATTTA----TA--TAAAAACTAACTAGAATAA----ATAA-TGGATCATAAAAACCCCactaagaccttatatattttatatagttccaaaaatgaaccctctcgtccacaagtatcaaaagatttctttctcattcagagttttgagcacagccaatatagtttttttgctcattattcaaggcaattagaattatttggaaataattgtcaaaggtgattaatcgcttttgaatatttcttgtcttctcatcatcatatatttttggaccagtttatcaaaaaaatgtaattcatgttcaatggatgttcagcaacaatgcattatagtagcaaaacgttcactcttctgaggaaagtgtttcggttacaagatactacccgattcaatttttaaccaactgtatacagaaaaaaatctaacttatacgatattcttctataaaatacaaggaatttatataaaaactaactagaataaataatggatcataaaaaccccgagatattgttcatcaacagttatgtggatgttaatttgcactattacctaaaaataaaaatgcaagttggaatataatttatataacaatttgatacatctg
gi|10 : aaggtgtaaatagacagaaaataggcaatgtagtttatttgtaatttccaagaagtccaaaacagaacaaaagtgaaatttcatagaaacaacatttgaagaggaacg--CA-G--A-ATA-----GT---TTATTTCTAA-TTC---AGA-GTCCA----AAACA-GA-CAAA-GT--GAGAT---C---A-TA---ACA---AC-AT---TT--AAGAG-AACAGT--T--GCCAATCCA--TAGAATAT-AC-A----------------------A------AG-----ACTAAG----A-T--AACC----A--AATC--TGTA---A--A-TGC--A-AT-T-TT-AAGGACC---T----AT---G-AT-TTGA-T--------------ATTTGTA--------TTATATATTTTTG--T--TAA---TAA--A---TCT-G---CCAACAAG-ATCAA-G-GATTT-Cgagatattgttcatcaacagttatgtggatgttaatttgcactattacctaaaaataaaaatgcaagttggaatataatttatataacaatttgatacatctg
gi|11 : TGAAGACGAA--GATG--A-ATA-----GT---TTATTTCTAA-TTC---AGA-GTCCA----AAATA-GA-CAAA-GT--GAGAT---CATTA-TA---ACATATGC-A----TT--A--AG-GACAAT--------AATCCA--CA
gi|12 : gccaaggattgtcaatgatgtcgattgctgatcatgatggatctgtcaatgatacAAAGAAATTC-TTAATTTACACCCTGATCTTCTGAGAT--AAA-A--AAAA---AAAAATA--TGACAAC-----TC-ATAAATTTATAA-TTC-TCAC---AACCCCACTATtgttcaaattgataaaattattcaaacgaatattgttaaataca
gi|13 : actaatatatgaT-ATC-AATAA-TT----T-AAATATT-TCTTGTCT-CTCATAATGAT-T--TT--TTC-ACAAGTT-ATT-AAA-A-AA-TGTAATTCATTTTC-AATGG-TG--TT-T-G-AAC--TG-CATT-TAGT-GAATAAATTTACGTCCAT-CTCA----AGG--agttgccatgcatctgcttagtgttgcaaacttaaataccgatctttcaca
gi|14 : tttaaaatcgttaaatac-AT------GT---T-ATTTCTAA-ATC---AGA-GTCCA----AAACA-GA-CAAA-GT--GAGAT---C---A-TA---ACA---AC-A----TT--AAGAG-AACAGT--T--GCCAATACA--TAGAATAT-ACAAAGACAATACATAAAAATATACAA------AG-----ACTAAG----A-T--AACCAATTA--AATC--TATA---A--A-TGCA-A-AT-T-TT-Attacatgttaaa
gi|15 : T---TTGTTTCTAA-TTC---AGA-GT-CA----AAATAGGA-CAAA-GT--GAAAT---C---A--G---ACA---AC-AAATGAT--CAAAG-AACAGT--T--GCCAATCCA--T-GAATAT-ACA----------------------------------------AAG----A-T--AA------A--AA----TGCA---A--A-T-------T-T-TTAAAACACC--------AT---G-AT-
gi|17 : AAAAAAAAA-AAA--TA-G--ATAC------GA---TTATTTCTAA-TTC---AGA-GTCCATGCAAAATA-GA-CAAA-GT--AAGAT---C---A-TG---ACA---AC-AT---TT--AAGAG-AACAGg
gi|18 : atagaaaaaCCAATCCA--TAGAATAT-AC-A----------------------A------AG-----ACAAAG----A-T--AACT--------ATT--TGTA---A--A-TGC--A-AT-T-TT-AA
gi|2 : CA-GAA--CA-G--A-AT------GT---TTATTTCTAC-TTC---A-A-GTC-A----AAACA-GA-CAAA-GT--G-GATATTC---A-TA---ACA---ACTA----AT--AAGAG-AACA-T--T--GCCA-TTCA--TTAGATAT-ACCA----------------------A------AG-----A-TAAG----AAT--AACC----A--AATC--TGTA---A--A-TGTTTA-AT-T-TT-AAGCACCCCTT----AT---G-AT-TTGA-T--------------ATTTGTATTATATATTT-------------T--TGT---TAACAA---TCT-G---CCAACAAG-ATCAAAG-GATTTTCTTTCTC-TT-CAGAGT---T--GAGCA--GCCACATACTA-ATTTCTT--GCCTCATTATTCAAGGC---TAG--AAAAGT--TTTTTATA-T--TTG------AT-ATT-AATAA-TT----TT-AATATT-TCTTTTCT-CTCGTCATCA-AT--TTATTTACACAAGTT-ATCCAAA-A-AA-TGTAATTCATTTTCCAATGG-TG--TT-AAG-AAC--TG-CATT-TAGT-GCATAA----ACGCTCAT-CTCT----AGG--AGTGGTT--GGT----AAAT-CTA--CCCGACTTCAA-TGTTAAC---CTGCG---AG-AAGAAATTCTTTAACTTACACAATGATCTTCT---AT--AAT-C--GAAA-TT-----CT--TAACAAC-----AT-ATAA----ATAATTTT-TCAT---AACCCC
gi|3 : GAACA-GAA--CA----A-AT------GT---TT-TTTCTAA-TTC---AAG-ATCCA----AA-CA-GA-CAAA-GT--GAGTT---C---AATA---ACA---AC------TT--AAGAG-AACAGT--TATGCCAA-ACA--TAGAATAT-ACAA----------------------A-------G-----ACTAAG----A-T--AACC----A--AGTC--TATA---A--AATGC--A-AT-T-TT-AAGCACC---T----GT---G-AT-TTGA-T--------------ATTT-----------TTATTATATTATTTGT--TAA---TAA--A---TCT-G---CCAACAA--ATCAA-G-GATTT-CTTTCTC-TT-CAGAGT---T--GAGCA--GCCA-ATA-TA-GTTT-TT--GC-TCATTATTCAAGG----TAG--AAA--AA-TTTT-ATA-T--TTA------AA-ATT-AATAA-TT----TTGAATATT-TCTTGTCT-TCCA-CATCATAT--TT--TTG-ACAAGTT-ATC-AAA-A-A--TTTAATTCATTTTC-AATGG-TG--TT-A-G-AAC--TG-CATT-TAGT-GCATAA----ACGTTCAT-CTCT----AGG--AGTG-TT--GGT----AAAT-CTA---CCGA--TCAATTTTTAAC---TTGTG---AGAA--GAATTC-TTAACTTACACAATGATCTTCT---AT---AT-C--AAAA-TT-----TT--TAACAAC-----AG-ATAA----ATAA-TTT-TCAT---AACCCCCGTATTGcagctcttgtgtgcttaatttgcctttcaaataaattgccaagttggatgacgattgaacctgcttttctactcccctatacgtggttatgataa
gi|4 : tagaacaGAACA-GAA--CA-G--A-ATCAGAAAGT---T-ATTTCTAAATTC---A-A-GTCCA----AAACA-GA-CAAA-GTTGAAGAT---C---A-TA---ACA---AC-A----TT--AAGAG-AACAGTGTT--GCCAATACC--TAGAATATGACAA----------------------A-------G-----ACTAAG----A-T--AACC----A--AA-C--T---------A-TGC--A-AT-TCTT-AAGCACC---T----AT---G-AT-TTGA-TTATTTGTATTTTATATTT-----------TT-------------TGTTAA---TAA--A---TCT-GGGGCCAACAAG-ATCAATG-GATTT-CTTTCTC-CTGCAGAGT---T--GAGCA--GCC--ATATTA-GTTT-TT--GC-TCATTATTCAAGG----TAGCAAGA--TATTTTTTATA-T--TTA------CT-ATT-AATAA-TT----TTGAATATT-TT---TCT-CTCATCATCATA----T--TTG-ACAAATT-CTC-AAATA-AACTGTAATTCATTTTC--ATGG-TGTTTT-A-G-AAC--TGTCATT-TAGT-GC-TAA----ACGTTCATGCTCT----AGG--AGTG-TT--GGT----AAAT-CTAAGCCTGA--TCAATTTTTAAC---CTGTG---AG-AAGAAATTC-TAAACTTACACAATTATCTTTT---AT--AAT-C--AAAATTT-----TTTATAACAAC-----AG-ATAA----ATAA-TTT-CCAT---AACCCCAGTATCGtttcatttcaacatatgtgcttaatttgccttctctaaataaatgcaagttggaataccagtctttcacataataatcctttatagatttat
gi|5 : GTGTGTATGAACA-GAA--CA-G--A-AT------GT---TTATTT-TAA-TTC---AGA-GTCCA----AAACA-GA-CAAA-GT--GAGAT---C---A-TA---ACA---AC-A----AT--AAGAG-AACAGT--T--GCCAATCCA--TAGAATAT-ACAA----------------------A------AG-----ACTAAG----A-T--AACC----A--AATC--TGTA---A--A-TGC--A-AT-T-TT-AAGCACC---T----AT---G-AT-TTGA-T--------------ATTT-----------TT-------------T--TAA---TAA--A---TCT-G---CCAACAAG-ATCAA-G-GATTT-CCTTCTC-TT-CAGAGT---T--GAGCA--GCCA-ATA-TA-GTTT-TT--GC-TCATTATTCAAGG----TAC--AAT--TT-TTTTAATATT--TTG------AT-ATT-AATAA-------TTGAAAATT-TCTTGTCT-CTCATCATCATAT--TT--TTG-ACAAGTT--TC-AAA-A-AA-TGTAATTCATTTTC-AATGG-TG--TT-A-G-AAC--TG-CATT-TAGT-GCATAA----ACGTTCAT-CTCT----AGG--AGTG-TT--GGT----AAAT-CTA--CCAGA-TTCAATTTTTAAC---CTGTG---AGAAAGAAATTC-TTAACTTACACAATGATCTTCT---AT--AAT-C--GAAATTT-----TT--TAACAAC-----AG-ATAA----ATAA-TTT-TCAT---AACCCCAGTATTGtttcatttcaacatatgtgcttaatttgccttctctaaataaatgcaagttggatacatgtacgtataa
gi|6 : ACA-GAA--CA-G--A-AT------GT---TTATTTCTAA-TTC---AGA-GTCCA----AAACA-GA-CAAA-GT--GAGAT---C---G-TA---ACA---AC-A----AT--AAGAG-AACAGT-----GTCAATCCA--TAGAATAT-ACAA----------------------A------A-------CTAA-----A-T--AACC----A--AATC--TGTACTAA--G-TGC--A-AT-T-TT-AAGCACC---T----TA---G-ATATTTA-T--------------ATTG-----------TT-------------A--TTA---TAT--A---T--------------------------TTT-CTTTCTC-TT-CAGAGT---T--GAGCA--GCCA-ATA-TAAGTTT-TT--GC-TCATTATTCAAG-----TAG--ACA--T--TTTTTATA-T--TTG------AT-ATT-AATAA-TT----TTGAATATT-TTTTGTCT-CTCATCATCAT-T--TT--TTG-ACAAGTT-ATC-CAA-A-AA-TGTAATTCA-TTTC-AATGG-AG--TT-A-G-AAC--TG-CATT-TAGT-GCATAA----ACGTTCAT-
gi|7 : tgagaatA-A--A-ATA-----GT---TTATTTCTAA-TTC---AGA-GTCCA----AAATA-AA-CAAA-GT--GGGG----C---A-TT---ACA---AC-A----AC--A--AG-AACAGT--T--GCT-ATCCA--TAGAATAT-AC-A----------------------A------TG-----ACAAAA----A-T--AACT----A--TGTC--TGTA---A--A-TGC--A-AT-T-TT-AAGCACC---TATGCAT---G-AT-TTGA-T--------------AT
gi|7 : agaacaattaagaT-T-TT-AAG-------T----AT-----------A-T--------------ATTT-----------TTG------------T--TAA---TAA--A---TCT-G---CCAACAAG-ATCAA-G-GAAT-------TC-TT-CAGAGTTGAT--GAGCA--GCCA-ATA-Tacctgatatgcctacttaatctctttttaagtatatatttttgttaataaatctgccaacaagatcaaggaattcttcagagttgatgagcagccaatat
gi|8 : agaacaattaagaaaaatagtttatttctaattcagagtccaaaataaacaaagtggggcattacaacaacaagaacagttgctatccatagaatatacaatgacaaaaataactatgtctgtaaatgcaattttaagcacctatgcatgatttgatatacctgatatgcctacttaatctctGAATA-AAA--TA-G--A-ATA-----GT---TTATTTCTAA-TTA---AGA-GTCCA----AAACA-GA-CATA-GT--GAGAT---C---A-TA---ACA---AC-A----TT--AAGAG-GACAGT--T--GCCAATCCA--TAGAATAT-AC-T----------------------A------AG-----ACTAAG----A-T--AACC----A--AATCTGTGTA---C--A-TGT--A----T-GT-AGGTAC---------AT---GTAT-TTAAGT--------------AT
gi|9 : gtgaaactctgggaatatgtacagaTTTCAGA-T--ATG-------T-ATTCAATAA-TTAAACTGGAATTTTCTCTTTTCT-TTGGGTATCATAT--TT--TCATATATGCG-ACC-AAA-A-AG-TGCCTTTCATTTCC-TATGG-TA--TT-A-G-AGT--TG-CATT-TAGT-ACTTAA----TCGATCCT-TTCT----AAA--GATA-TT--GGT----AAAC-CTA--gaaccaccaacctatagatggttttaattatatttaggtgttttcagcaccttttagtgttttctgtaat
gi|9 : aggctatagtgttaA-TTCAATTTTTAAC---CTGCG---AG-AAGAAATTT-TCAAatatgtacaggtctatgcagatgtacatgtatattcaatttttaacctgcgagaagaaattttcaat
blockSeqs : C . T . T CAGAAA . A . G . TGCA G . . TG ATT ATT A . TAT T AATGA . . TAT . G AAAGACAATACATAAAAATATACAAAG . A TT AATT TT TG CTA . A TT . . C A G TATGC AT A G TATTTGTATTTTAT GTATTATATATTTTTGT AAA CA CCC . GGG . AG T . G TGA . . C C A C . C C CA AGT T T . A . C . AAAC C . AT AT C A C T . C CA . TT . A . . T . . ATTT G . . G . . . AG CT . . A T GAG . A AAAAATA TC ATTT T . .
blockSeqs : . . . . . A . . . G . . . . . . . . . . . . TT . . GTT . . AGATATTTAAGCACCT . . . . . . . . . A . . . . C CCTT GT . . . TTATTATATTATTTGT . . . . . . TG . . . . . . . T . . . . . . TAT T . . A . . . . . . AT . T A . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . A . . . C TTTTTTA AT . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . G . . . . . . . . . . . . TT . . T . . CAAAG . . . . . . . . . . . . . . C TT G . . . GTATTATATATTTT . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . AA A . . C . . . . . . AT . . A . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . A . . . C TTTTT AG . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . G . . . . . . . . . . . . A . . T . . AAAAG . . . . . . . . . . . . . . C T G . . . TTTGT . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . TT T . . A . . . . . . AT . . C . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C TTCT AG . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . G . . . . . . . . . . . . T . . T . . AAAG . . . . . . . . . . . . . . C T G . . . TTGT . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . T C . . A . . . . . . T . . A . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C TTTT AG . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . T . . T . . AAAG . . . . . . . . . . . . . . C T G . . . TTC . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . A . . . . T . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . A . . T . . AAAG . . . . . . . . . . . . . . C T G . . . TTT . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . T . . T . . AAAG . . . . . . . . . . . . . . C T G . . . TTA . . .
blockSeqs : . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . T . . T . . AAAA . . . . . . . . . . . . . . T T G . . .
blockSeqs : . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . A . . . . . AATG . . . . . . . . . . . . . . . . G . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . TAAG . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . .
blockSeqCons : ** ** *** *** *** *** ** ** **** ** ** G**** G** ** ** ** **** GT*** ** A****** AT** A* ** **** ** ** **** *** *** ** C*** TTTT******** AG****** ***
originalCons : GTGTAAATGAACA-GAA--CA-G--A-AT------GT---TTATTTCTAA-TTC---AGA-GTCCA----AAACA-GA-CAAA-GT--GAGAT---C---A-TA---ACA---AC-A----NT--AAGAG-AACAGT--T--GCCAATCCA--TAGAATAT-ACAA----------------------A------AG-----ACTAAG----A-T--AACC----A--AATC--TGTA---A--A-TGC--A-AT-T-TT-AAGCACC---T----AT---G-AT-TTGA-T--------------ATTT-----------TT-------------T--TAA---TAA--A---TCT-G---CCAACAAG-ATCAA-G-GATTT-CTTTCTC-TT-CAGAGT---T--GAGCA--GCCA-ATA-TA-GTTT-TT--GC-TCATTATTCAAGG----TAG--AAA--TA-TTTTNATA-T--TTG------AT-ATT-AATAA-TT----TTGAATATT-TCTTGTCT-CTCATCATCATAT--TT--TTG-ACAAGTT-ATC-AAA-A-AA-TGTAATTCATTTTC-AATGG-TG--TT-A-G-AAC--TG-CATT-TAGT-GCATAA----ACGTTCAT-CTCT----AGG--AGTG-TT--GGT----AAAT-CTA--CCCGA-TTCAATTTTTAAC---CTGCG---AGAAAGAAATTC-TTAACTTACACAATGATCTTCT---AT--AAT-C--GAAATTT-----TT--TAACAAC-----AG-ATAA----ATAA-TTT-TCAT---AACCCCAGTATCG
finalCons : GTGTAAATGAACA-GAA--CA-G--A-AT------GT---TTATTTCTAA-TTC---AGA-GTCCA----AAACA-GA-CAAA-GT--GAGAT---C---A-TA---ACA---AC-A----NT--AAGAG-AACAGT--T--GCCAATCCA--TAGAATAT-ACAA----------------------A------AG-----ACTAAG----A-T--AACC----A--AATC--TGTA---A--A-TGC--A-AT-T-TT-AAGCACC---T----ATG----AT-TTGA-T--------------ATTT-----------TT-------------T--TAA---TAA--A---TCT-G---CCAACAAG-ATCAAG--GATTT-CTTTCTC-TT-CAGAGT---T--GAGCA--GCCA-ATA-TA-GTTT-TT--GC-TCATTATTCAAGG----TAG--AAAGT---TTTTNATA-T--TTGA------T-ATT-AATAA-TT----TTGAATATT-TCTTGTCT-CTCATCATCATAT--TT--TTG-ACAAGTTA-TC-AAA-A-AA-TGTAATTCATTTTC-AATGG-TG--TT-A-G-AAC--TG-CATT-TAGT-GCATAA----ACGTTCAT-CTCT----AGG--AGTG-TT--GGT----AAAT-CTA--CCCGA-TTCAATTTTTAAC---CTGCG---AGAAAGAAATTC-TTAACTTACACAATGATCTTCT---AT--AATC---GAAATTTT--------TAACAACAG------ATAA----ATAA-TTT-TCAT---AACCCCAGTATCG
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): CAGTATTGTGTGCTTAATTTGCCTTCTCTAAATAATTGCAAGTTGGATACACATGTACAGATGTATATACGATTAACCTGCTTTTTCTACTCCCTATGAT
Unaligned ( gi|19 ): AATATAATGCACTTGTTTTGAAAATGTTTTAAAAAAATATC
Alignments
lowQualScore : 222222 11111 44444444444444444444444444444444444444 11111111 22222222222222 66666666666666666666666666666 111 111 1 2222 222222 1 1111 2222222 1111 1 11 1111 1111 1111 11 111 111 1 111 222 1111 22222 11111111 1111 111
lowQualScore : 4 55 3 55 3 222222 555 2 555 1 2 6666 2 2 2 33 888 555 2 555 555 2 22222 33 2 88888 33 3 44444444444444444444444444444444444444 6666 3 77 6666 44 44 555 44 3 77 3 2 2 2 1 33333333 88888 3 7 11111111111111 88888888888888888888888888888 777 66 777 5 888 5 000 5 5 5 000 77 77 1 5 6 6 99 6 0000 555555 1 6666 5 0000000 5 5 5 0000 0 5 5 0 3 66 66 5 55 5 5 5 5 5 5 11 5 5 66 5 5 5 0 0000 5 2222 77 6 99 4444 6 99 44 111 0 111 2 5 111 000 0000 6 00000 77777777 4444 6 6 111 0
lowQualScore : . .. . .. . ...... ... . ... . . .... . . . .. ... ... . ... ... . ..... .. . ..... .. . ...................................... .... . .. .... .. .. ... .. . .. . . . . . ........ ..... . . .............. ............................. ... .. ... . ... . ... . . . ... .. .. . . . . .. . .... ...... . .... . ....... . . . .... . . . . . .. .. . .. . . . . . . .. . . .. . . . . .... . .... .. . .. .... . .. .. ... . ... . . ... ... .... . ..... ........ .... . . ... .
lowQualScore : 4 55 6 00 3 999999 444 9 000 9 9 1111 9 9 9 99 999 000 9 000 000 9 88888 99 9 88888 99 1 55555555555555555555555555555555555555 5555 1 33 5555 22 22 444 22 1 33 1 9 9 9 8 33333333 00000 3 3 44444444444444 11111111111111111111111111111 888 11 888 0 888 0 111 0 7 7 000 99 99 4 7 7 7 22 7 8888 888888 4 6666 7 0000000 0 0 0 6666 1 0 0 1 2 99 99 0 11 0 0 0 0 0 0 99 0 0 99 0 0 0 4 6666 0 1111 99 7 22 2222 7 22 00 777 7 777 0 7 777 888 0000 7 33333 00000000 2222 7 7 777 7
consensus : GTGTAAATGAACA-GAA--CA-G--A-AT------GT---TTATTTCTAA-TTC---AGA-GTCCA----AAACA-GA-CAAA-GT--GAGAT---C---A-TA---ACA---AC-A----NT--AAGAG-AACAGT--T--GCCAATCCA--TAGAATAT-ACAA----------------------A------AG-----ACTAAG----A-T--AACC----A--AATC--TGTA---A--A-TGC--A-AT-T-TT-AAGCACC---T----AT---G-AT-TTGA-T--------------ATTT-----------TT-------------T--TAA---TAA--A---TCT-G---CCAACAAG-ATCAA-G-GATTT-CTTTCTC-TT-CAGAGT---T--GAGCA--GCCA-ATA-TA-GTTT-TT--GC-TCATTATTCAAGG----TAGAAA-G---TT-TTTN---ATA-TTTG------AT-ATT-AATAA-TT----TTGAATATT-TCTTGTCT-CTCATCATCATAT--TT--TTG-ACAAGTT-ATC-AAA-A-AA-TGTAATTCATTTTC-AATGG-TGTT--A-G-AAC--TG-CATT-TAGT-GCATAA----ACGTTCAT-CTCT----AGG--AGTG-TT--GGT----AAAT-CTA--CCCGA-TTCAATTTTTAAC---CTGCG---AGAAAGAAATTC-TTAACTTACACAATGATCTTCT---AT---AAT-C--GAAA-TTT-T---TAACAAC-----AG-ATAA----ATAA-TTT-TCAT---AACCCCAGTATCG
Reference ( family-1373 ) : GTGTAAATGAACA-GAA--CA-G--A-AT------GT---TTATTTCTAA-TTC---AGA-GTCCA----AAACA-GA-CAAA-GT--GAGAT---C---A-TA---ACA---AC-A----NT--AAGAG-AACAGT--T--GCCAATCCA--TAGAATAT-ACAA----------------------A------AG-----ACTAAG----A-T--AACC----A--AATC--TGTA---A--A-TGC--A-AT-T-TT-AAGCACC---T----AT---G-AT-TTGA-T--------------ATTT-----------TT-------------T--TAA---TAA--A---TCT-G---CCAACAAG-ATCAA-G-GATTT-CTTTCTC-TT-CAGAGT---T--GAGCA--GCCA-ATA-TA-GTTT-TT--GC-TCATTATTCAAGG----TAGAAA-G---TT-TTTN---ATA-TTTG------AT-ATT-AATAA-TT----TTGAATATT-TCTTGTCT-CTCATCATCATAT--TT--TTG-ACAAGTT-ATC-AAA-A-AA-TGTAATTCATTTTC-AATGG-TGTT--A-G-AAC--TG-CATT-TAGT-GCATAA----ACGTTCAT-CTCT----AGG--AGTG-TT--GGT----AAAT-CTA--CCCGA-TTCAATTTTTAAC---CTGCG---AGAAAGAAATTC-TTAACTTACACAATGATCTTCT---AT---AAT-C--GAAA-TTT-T---TAACAAC-----AG-ATAA----ATAA-TTT-TCAT---AACCCCAGTATCG
gi|1 : GTGTAAATAGACA-GAAAATA-GGCA-AT------GTAGTTTATTTGTAA-TTTCCAAGAAGTCCA----AAACA-GAACAAAAGT--GAAATTT-C---A-TAGAAACA---AC-A----TTTGAAGAGGAACGAT--T--GCCAATCCATCTAGAATTT-AC-A----------------------A------AG-----ACTAAGAAGAA-TA-AAAC----A--AATC--TATA---AAGA-TGC--AGATAT-TT-AAGCACC---T----ACTAAG-AT-TTGATT--------------ATTA-----------AT-------------G--TAA---TGA--A---T
gi|1 : aagATTGCCAA-TCC---A----TCTA----GAATT-TA-CAAA-G------AC---------TA---AGA---AG-A----AT--AA----AACA----------AATCTA--TA-AAGAT-GCAG----------------------ATATTTAAGCACCTACTAAG----A-TTTGATT----ATTAAT----GTA---A----TG---A-AT-A-CT-AAG-ACC---TT---AT---ATAT-TTTA-T--------------ATAG-----------TT-------------C--CAAAAATGA--ACCCTCTCG---TCCACAAGTATCAA-AAGATTT-CTTTCTCATT-CAGAGT---TTTGAGCACAGCCA-ATA-TA-GTTT-TTTTGC-TCATTATTCAAGGCAATTAGAA------TTATTTGGAAATA-ATTGTCAAAGGTGATT-AATCGCTT----TTGAATATT-TCTTGTCTTCTCATCATCATATATTT--TTGGACCAGTTTATC-AAA-AAAA-TGTAATTCATGTTC-AATGGATGTTC-A-GCAACAATG-CATTATAGTAGCA-AA----ACGTTCA--CTCTTCTGAGGAAAGTG-TTTCGGTTACAAGATACTA--CCCGA-TTCAATTTTTAACCAACTGTATACAGAAAAAAAT---CTAACTTATACGATATTCTTCT---ATAA-AATACAAGGAA-TTTATA--TAAAAACTAACTAGAATAA----ATAA-TGGATCATAAAAACCCCactaagaccttatatattttatatagttccaaaaatgaaccctctcgtccacaagtatcaaaagatttctttctcattcagagttttgagcacagccaatatagtttttttgctcattattcaaggcaattagaattatttggaaataattgtcaaaggtgattaatcgcttttgaatatttcttgtcttctcatcatcatatatttttggaccagtttatcaaaaaaatgtaattcatgttcaatggatgttcagcaacaatgcattatagtagcaaaacgttcactcttctgaggaaagtgtttcggttacaagatactacccgattcaatttttaaccaactgtatacagaaaaaaatctaacttatacgatattcttctataaaatacaaggaatttatataaaaactaactagaataaataatggatcataaaaaccccgagatattgttcatcaacagttatgtggatgttaatttgcactattacctaaaaataaaaatgcaagttggaatataatttatataacaatttgatacatctg
gi|10 : aaggtgtaaatagacagaaaataggcaatgtagtttatttgtaatttccaagaagtccaaaacagaacaaaagtgaaatttcatagaaacaacatttgaagaggaacg--CA-G--A-ATA-----GT---TTATTTCTAA-TTC---AGA-GTCCA----AAACA-GA-CAAA-GT--GAGAT---C---A-TA---ACA---AC-AT---TT--AAGAG-AACAGT--T--GCCAATCCA--TAGAATAT-AC-A----------------------A------AG-----ACTAAG----A-T--AACC----A--AATC--TGTA---A--A-TGC--A-AT-T-TT-AAGGACC---T----AT---G-AT-TTGA-T--------------ATTTGTA--------TTATATATTTTTG--T--TAA---TAA--A---TCT-G---CCAACAAG-ATCAA-G-GATTT-Cgagatattgttcatcaacagttatgtggatgttaatttgcactattacctaaaaataaaaatgcaagttggaatataatttatataacaatttgatacatctg
gi|11 : TGAAGACGAA--GATG--A-ATA-----GT---TTATTTCTAA-TTC---AGA-GTCCA----AAATA-GA-CAAA-GT--GAGAT---CATTA-TA---ACATATGC-A----TT--A--AG-GACAAT--------AATCCA--CA
gi|12 : gccaaggattgtcaatgatgtcgattgctgatcatgatggatctgtcaatgatacAAAGAAATTC-TTAATTTACACCCTGATCTTCTGAGATAAAAAA-A--AAAA-AAT-A---TGACAAC-----TC-ATAAATTTATAA-TTC-TCAC---AACCCCACTATtgttcaaattgataaaattattcaaacgaatattgttaaataca
gi|13 : actaatatatgaT-ATC-AATAA-TT----T-AAATATT-TCTTGTCT-CTCATAATGAT-T--TT--TTC-ACAAGTT-ATT-AAA-A-AA-TGTAATTCATTTTC-AATGG-TGTT--T-G-AAC--TG-CATT-TAGT-GAATAAATTTACGTCCAT-CTCA----AGG--agttgccatgcatctgcttagtgttgcaaacttaaataccgatctttcaca
gi|14 : tttaaaatcgttaaatac-AT------GT---T-ATTTCTAA-ATC---AGA-GTCCA----AAACA-GA-CAAA-GT--GAGAT---C---A-TA---ACA---AC-A----TT--AAGAG-AACAGT--T--GCCAATACA--TAGAATAT-ACAAAGACAATACATAAAAATATACAA------AG-----ACTAAG----A-T--AACCAATTA--AATC--TATA---A--A-TGCA-A-AT-T-TT-Attacatgttaaa
gi|15 : T---TTGTTTCTAA-TTC---AGA-GT-CA----AAATAGGA-CAAA-GT--GAAAT---C---A--G---ACA---AC-AAATGAT--CAAAG-AACAGT--T--GCCAATCCA--T-GAATAT-ACA----------------------------------------AAG----A-T--AA------A--AA----TGCA---A--A-T-------T-T-TTAAAACACC--------AT---G-AT-
gi|17 : AAAAAAAAA-AAA--TA-G--ATAC------GA---TTATTTCTAA-TTC---AGA-GTCCATGCAAAATA-GA-CAAA-GT--AAGAT---C---A-TG---ACA---AC-AT---TT--AAGAG-AACAGg
gi|18 : atagaaaaaCCAATCCA--TAGAATAT-AC-A----------------------A------AG-----ACAAAG----A-T--AACT--------ATT--TGTA---A--A-TGC--A-AT-T-TT-AA
gi|2 : CA-GAA--CA-G--A-AT------GT---TTATTTCTAC-TTC---A-A-GTC-A----AAACA-GA-CAAA-GT--G-GATATTC---A-TA---ACA---ACTA----AT--AAGAG-AACA-T--T--GCCA-TTCA--TTAGATAT-ACCA----------------------A------AG-----A-TAAG----AAT--AACC----A--AATC--TGTA---A--A-TGTTTA-AT-T-TT-AAGCACCCCTT----AT---G-AT-TTGA-T--------------ATTTGTATTATATATTT-------------T--TGT---TAACAA---TCT-G---CCAACAAG-ATCAAAG-GATTTTCTTTCTC-TT-CAGAGT---T--GAGCA--GCCACATACTA-ATTTCTT--GCCTCATTATTCAAGGC---TAGAAAAG---TT-TTTT---ATA-TTTG------AT-ATT-AATAA-TT----TT-AATATT-TCTTTTCT-CTCGTCATCA-AT--TTATTTACACAAGTT-ATCCAAA-A-AA-TGTAATTCATTTTCCAATGG-TGTT--AAG-AAC--TG-CATT-TAGT-GCATAA----ACGCTCAT-CTCT----AGG--AGTGGTT--GGT----AAAT-CTA--CCCGACTTCAA-TGTTAAC---CTGCG---AG-AAGAAATTCTTTAACTTACACAATGATCTTCT---AT---AAT-C--GAAA-TTC-T---TAACAAC-----AT-ATAA----ATAATTTT-TCAT---AACCCC
gi|3 : GAACA-GAA--CA----A-AT------GT---TT-TTTCTAA-TTC---AAG-ATCCA----AA-CA-GA-CAAA-GT--GAGTT---C---AATA---ACA---AC------TT--AAGAG-AACAGT--TATGCCAA-ACA--TAGAATAT-ACAA----------------------A-------G-----ACTAAG----A-T--AACC----A--AGTC--TATA---A--AATGC--A-AT-T-TT-AAGCACC---T----GT---G-AT-TTGA-T--------------ATTT-----------TTATTATATTATTTGT--TAA---TAA--A---TCT-G---CCAACAA--ATCAA-G-GATTT-CTTTCTC-TT-CAGAGT---T--GAGCA--GCCA-ATA-TA-GTTT-TT--GC-TCATTATTCAAGG----TAGAAA-A---AT-TTT----ATA-TTTA------AA-ATT-AATAA-TT----TTGAATATT-TCTTGTCT-TCCA-CATCATAT--TT--TTG-ACAAGTT-ATC-AAA-A-A--TTTAATTCATTTTC-AATGG-TGTT--A-G-AAC--TG-CATT-TAGT-GCATAA----ACGTTCAT-CTCT----AGG--AGTG-TT--GGT----AAAT-CTA---CCGA--TCAATTTTTAAC---TTGTG---AGAA--GAATTC-TTAACTTACACAATGATCTTCT---AT----AT-C--AAAA-TTT-T---TAACAAC-----AG-ATAA----ATAA-TTT-TCAT---AACCCCCGTATTGcagctcttgtgtgcttaatttgcctttcaaataaattgccaagttggatgacgattgaacctgcttttctactcccctatacgtggttatgataa
gi|4 : tagaacaGAACA-GAA--CA-G--A-ATCAGAAAGT---T-ATTTCTAAATTC---A-A-GTCCA----AAACA-GA-CAAA-GTTGAAGAT---C---A-TA---ACA---AC-A----TT--AAGAG-AACAGTGTT--GCCAATACC--TAGAATATGACAA----------------------A-------G-----ACTAAG----A-T--AACC----A--AA-C--T---------A-TGC--A-AT-TCTT-AAGCACC---T----AT---G-AT-TTGA-TTATTTGTATTTTATATTT-----------TT-------------TGTTAA---TAA--A---TCT-GGGGCCAACAAG-ATCAATG-GATTT-CTTTCTC-CTGCAGAGT---T--GAGCA--GCCATAT--TA-GTTT-TT--GC-TCATTATTCAAGG----TAGCAA-GATATT-TTTT---ATA-TTTA------CT-ATT-AATAA-TT----TTGAATATT-TTT---CT-CTCATCATCATAT--TT----G-ACAAATT-CTC-AAATA-AACTGTAATTCATTTTC-A-TGG-TGTTTTA-G-AAC--TGTCATT-TAGT-GC-TAA----ACGTTCATGCTCT----AGG--AGTG-TT--GGT----AAAT-CTAAGCCTGA--TCAATTTTTAAC---CTGTG---AG-AAGAAATTC-TAAACTTACACAATTATCTTTT---AT---AAT-C--AAAA-TTT-TTTATAACAAC-----AG-ATAA----ATAA-TTT-CCAT---AACCCCAGTATCGtttcatttcaacatatgtgcttaatttgccttctctaaataaatgcaagttggaataccagtctttcacataataatcctttatagatttat
gi|5 : GTGTGTATGAACA-GAA--CA-G--A-AT------GT---TTATTT-TAA-TTC---AGA-GTCCA----AAACA-GA-CAAA-GT--GAGAT---C---A-TA---ACA---AC-A----AT--AAGAG-AACAGT--T--GCCAATCCA--TAGAATAT-ACAA----------------------A------AG-----ACTAAG----A-T--AACC----A--AATC--TGTA---A--A-TGC--A-AT-T-TT-AAGCACC---T----AT---G-AT-TTGA-T--------------ATTT-----------TT-------------T--TAA---TAA--A---TCT-G---CCAACAAG-ATCAA-G-GATTT-CCTTCTC-TT-CAGAGT---T--GAGCA--GCCA-ATA-TA-GTTT-TT--GC-TCATTATTCAAGG----TACAAT-T---TT-TTTA---ATATTTTG------AT-ATT-AATAA-------TTGAAAATT-TCTTGTCT-CTCATCATCATAT--TT--TTG-ACAAGTT--TC-AAA-A-AA-TGTAATTCATTTTC-AATGG-TGTT--A-G-AAC--TG-CATT-TAGT-GCATAA----ACGTTCAT-CTCT----AGG--AGTG-TT--GGT----AAAT-CTA--CCAGA-TTCAATTTTTAAC---CTGTG---AGAAAGAAATTC-TTAACTTACACAATGATCTTCT---AT---AAT-C--GAAATTTT-T---TAACAAC-----AG-ATAA----ATAA-TTT-TCAT---AACCCCAGTATTGtttcatttcaacatatgtgcttaatttgccttctctaaataaatgcaagttggatacatgtacgtataa
gi|6 : ACA-GAA--CA-G--A-AT------GT---TTATTTCTAA-TTC---AGA-GTCCA----AAACA-GA-CAAA-GT--GAGAT---C---G-TA---ACA---AC-A----AT--AAGAG-AACAGT-----GTCAATCCA--TAGAATAT-ACAA----------------------A------A-------CTAA-----A-T--AACC----A--AATC--TGTACTAA--G-TGC--A-AT-T-TT-AAGCACC---T----TA---G-ATATTTA-T--------------ATTG-----------TT-------------A--TTA---TAT--A---T--------------------------TTT-CTTTCTC-TT-CAGAGT---T--GAGCA--GCCA-ATA-TAAGTTT-TT--GC-TCATTATTCAAG-----TAGACA-----TT-TTTT---ATA-TTTG------AT-ATT-AATAA-TT----TTGAATATT-TTTTGTCT-CTCATCATCAT-T--TT--TTG-ACAAGTT-ATC-CAA-A-AA-TGTAATTCA-TTTC-AATGG-AGTT--A-G-AAC--TG-CATT-TAGT-GCATAA----ACGTTCAT-
gi|7 : tgagaatA-A--A-ATA-----GT---TTATTTCTAA-TTC---AGA-GTCCA----AAATA-AA-CAAA-GT--GGGG----C---A-TT---ACA---AC-A----AC--A--AG-AACAGT--T--GCT-ATCCA--TAGAATAT-AC-A----------------------A------TG-----ACAAAA----A-T--AACT----A--TGTC--TGTA---A--A-TGC--A-AT-T-TT-AAGCACC---TATGCAT---G-AT-TTGA-T--------------AT
gi|7 : agaacaattaagaT-T-TT-AAG-------T----AT-----------A-T--------------ATTT-----------TTG------------T--TAA---TAA--A---TCT-G---CCAACAAG-ATCAA-G-GAAT-------TC-TT-CAGAGTTGAT--GAGCA--GCCA-ATA-Tacctgatatgcctacttaatctctttttaagtatatatttttgttaataaatctgccaacaagatcaaggaattcttcagagttgatgagcagccaatat
gi|8 : agaacaattaagaaaaatagtttatttctaattcagagtccaaaataaacaaagtggggcattacaacaacaagaacagttgctatccatagaatatacaatgacaaaaataactatgtctgtaaatgcaattttaagcacctatgcatgatttgatatacctgatatgcctacttaatctctGAATA-AAA--TA-G--A-ATA-----GT---TTATTTCTAA-TTA---AGA-GTCCA----AAACA-GA-CATA-GT--GAGAT---C---A-TA---ACA---AC-A----TT--AAGAG-GACAGT--T--GCCAATCCA--TAGAATAT-AC-T----------------------A------AG-----ACTAAG----A-T--AACC----A--AATCTGTGTA---C--A-TGT--A----T-GT-AGGTAC---------AT---GTAT-TTAAGT--------------AT
gi|9 : gtgaaactctgggaatatgtacaga-G---TTATTTC---AGA-TATG-------T-ATTCAATAA-TTAAACTGGAATTTTCTCTTTTCT-TTGGGTATCATAT--TT--TCATATATGCG-ACC-AAA-A-AG-TGCCTTTCATTTCC-TATGG-TATT--A-G-AGT--TG-CATT-TAGT-ACTTAA----TCGATCCT-TTCT----AAA--GATA-TT--GGT----AAAC-CTA--gaaccaccaacctatagatggttttaattatatttaggtgttttcagcaccttttagtgttttctgtaat
gi|9 : aggctatagtA-TTCAATTTTTAAC---CTGCG---AG-AAGAAATTT-TCAAatatgtacaggtctatgcagatgtacatgtatattcaatttttaacctgcgagaagaaattttcaat
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): CAGTATTGTGTGCTTAATTTGCCTTCTCTAAATAATTGCAAGTTGGATACACATGTACAGATGTATATACGATTAACCTGCTTTTTCTACTCCCTATGAT
Unaligned ( gi|19 ): AATATAATGCACTTGTTTTGAAAATGTTTTAAAAAAATATC