lowQualScore : 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 1 1 1 1 4444444444444444444 11 22 2222 1111 11 11 2222222222 111111 1111 11111111 11111 44444444444444444444444444 2222222 2222222222 11111 1 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11 22222222 22222 1 11 11111 1 555555555555555555 111 22222222 1 77777777777777777777777777 11 11111 44444 11 1111 1111 2222222222222222222222222222222222 111 1111 33333 55555555555555555555555 22222 1111 3333333333333 2222222222 222 66666666666 111 11 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 4444444444444 33333 11 1 1111111 1 222 1111 11 222222 1 55555555555 11 1 1111 11 22 111 22222 222 222 2 22
lowQualScore : 0 2 7 3 5 3333333333333333333 11 6 1 1 5 22 8 1 4 1111 2 9 1111 11 44 5 0000000000 4 1 5 0 333333 2 0000 0 2 44444444 55555 99 0 11111111111111111111111111 3 66 0 2222222 6 5555555555 2 555 6 44 55555 55 777 88888 3 7777 0 0 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 8 66 4 9 1 11 1 77777777 22222 66 0 5 2 5 3 0 7 5 0 33 22222 7 0 2 5 000000000000000000 77 222 44444444 1 77 8 2 1 4 2 0 66666666666666666666666666 2 2 11 3 55555 5 8 0 4 2 66 00000 6 2 11 2222 0000 5 0000000000000000000000000000000000 5 0 3 777 0000 9999 00000 1 0 2 22222222222222222222222 00000 0 6 7777 1 8888888888888 5 1 7 5555555555 1 3 444 5 33 0 77 1 6 1 77777777777 444 5 3 0 22 33 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 0 1 0 3 8888 6 8 8888888888888 9 11111 33 0 3 999 5 2 6 9999999 2 333 1111 4 88 999999 3 7 88888888888 00 3 11 8888 3 88 0 77 222 0 9 33333 0 3 999 333 6 0 3 77
lowQualScore : . . . . . ................... .. . . . . .. . . . .... . . .... .. .. . .......... . . . . ...... . .... . . ........ ..... .. . .......................... . .. . ....... . .......... . ... . .. ..... .. ... ..... . .... . . .................................................................................................................................................................................. . .. . . . .. . ........ ..... .. . . . . . . . . . .. ..... . . . . .................. .. ... ........ . .. . . . . . . .......................... . . .. . ..... . . . . . .. ..... . . .. .... .... . .................................. . . . ... .... .... ..... . . . ....................... ..... . . .... . ............. . . . .......... . . ... . .. . .. . . . ........... ... . . . .. .. ........................................................ . . . . . .... . . ............. . ..... .. . . ... . . . ....... . ... .... . .. ...... . . ........... .. . .. .... . .. . .. ... . . ..... . . ... ... . . . ..
lowQualScore : 5 0 3 3 0 9999999999999999999 00 8 0 0 3 77 1 0 0 6666 5 9 9999 66 99 7 0000000000 2 8 0 2 999999 7 2222 1 0 88888888 11111 22 5 55555555555555555555555555 6 55 7 0000000 7 6666666666 9 000 2 22 00000 66 777 33333 3 1111 8 0 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 9 11 4 7 3 22 8 88888888 00000 99 8 0 5 0 4 9 1 5 4 88 55555 1 0 2 0 000000000000000000 33 000 22222222 0 11 8 2 2 0 5 0 11111111111111111111111111 8 8 00 0 00000 2 0 8 2 5 88 00000 0 5 00 1111 6666 0 7777777777777777777777777777777777 7 4 0 111 9999 3333 00000 9 7 8 11111111111111111111111 55555 2 0 0000 3 9999999999999 0 0 3 0000000000 6 3 666 0 44 4 99 6 4 7 66666666666 000 2 2 8 00 55 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 2 2 0 2 5555 5 8 2222222222222 5 55555 00 2 7 999 0 2 5 2222222 0 333 0000 0 33 777777 3 3 33333333333 33 3 33 3333 7 33 7 77 000 7 0 77777 7 7 777 000 0 0 0 55
consensus : TTNAGGAGTTTGTT-TTGTTTTT--CG--AA--NTCCGAGCCAGAG--GAGCAGATGCGGCGGA-CTCGGGTGGCTAAACCCTTAGGNACACCTTTGAAAGTATGGGGTGGATGACAACTGGAN-GGCATAAGGT-ACAAA-----TGA-GAGTCGG-TGGGCT--TAG-TGTGGAGAT--TGAACT-----CA-ATTTCNC-CGTTCN-TGAG--------NG---------TG-GNNG-T-GGTATCCAAGAA-TACGT-TCTTGGA---GG-TG-GAA-A---TT-T--C-AC-AGTGAA-CTT--GA-----T-GGAA----TGGT-G-AAATGAGT-TNG-----------CA---A--AN--N---CGAT-AAAGTTT-C----GAGTC-ATT-T-C--GACC-GTCAA--TCCAC-TT-CATC-TCAA-TGTCATCN----ATG--AAACGTAGCCAANTAAGAG-GC--------TTAANC-GGCG---A-TGTATGAGCATGT-T--ACG-TTCCAGTCTCCCCATNAAGATGTTGG----CATACGATGGTGCCATT--TTGGT-TCCCATAGCTGTGCC-ANTAATTCGCAGGTA-GTGT-----TCACCG-TTGAACATG-AAGTTAT-------T--------A-AACTTGAGGACATGTT--------CAAGGAGCTGGACGAGCGATTCNGTNGAA-GGACGTCG---GNC--CCT-TTATC-C--CAAACCTCTCTAC--AAGCCTCGATA--C-CCT-CATCGTGNGGAATGTT--NGTGTAAAGTGAAGTNACATCC--AT----GGTCA----CGA-GGAG----G----GTATTGTCNGG-TNGGTCC-GA---AG-AGGGGGTTTT--ATTGAGGTA---GTC--A-GTC-----CTTCAAGTATGACGGT-AA---NTTT--------CT---ACATGCGGACGGAGATGTAAATTAATAAATTC-AG--A-----G-AT-TTTCTCCGTGGGATGTCCA----------ATGGCACC--NACGACGGGGCGGC--CAGGCATNCCTTCT-TGTGGAT-TTT---AGGCGGTAGATAAAATTG-TCCGGGTCT-A----CAGTTGAG--AGACAG-AGTGNTNCGAA---GACGTCGTCACCA-----ATTTCCTCGTCTTCGTAC-ATCTNTTTGAGAGTTTC-G-TGGTNNT---GGCCGAAAA--C-CTTCGNTGGGGTCGGANTCCAGTTTTGTGTAAAACCGCTCATCCGAGAGTTGT--CTGTGGGCT---TCTACCATGNA--TG-TT-T-CTTGTC-TAATA-CAC-ACCG--GACCCTT-TGTCTATCTTTTTGTTAACGATNT--CATCCCGG-CTTTTAGCGTTTGTAAGACTGA-CC-CTTTTCTTTNCTT-AGATCGTTC-GGAACCTTTNCTGACTTCTGTC
Reference ( gi|1 ) : TTTAGGAGTTTGTT-TTGTGTTT--CG--AA--TTCCGAGCCAGAG--GAACAGATACGACGAA-ATCGTGTAGCTAAACCCTTAGGTACTCCTTTGAAGGTATGAGGTGGATGACAGCTTGAA-GGCATCAAGT-ACAAA-----TGT-GAGTCAG-TGGGCT--TTG-TGTGGAGGT--TGAATT-----CA-ATTTCAC-CATTCA-TGAG--------AG---------TG-GAAG-T-AGTATCCAAGAA-TACGT-TCTTGGA---GC-TA-GAA-A---TT-T--C-AC-TGTAAA-TTT--AA-----T-GGAA----TGGT-G-AAATGAGT-TGG-----------TA---A--AG--G---AGAT-AAAGTTTTC----AAGCCGATT-T-C--GGCC-CTCCG--TCCAT-TT-CATT-TCAA-TGTCATCA----ATG--AAGCGCAACCAACTATGTG-GC--------TTAAAA-GGCG---ACTGTCTGAGTAAGT-T--ACG-TTCAAGTCTTCCCATGAAAATGTTGT----CGTACGAAGGGACCATT--TTCGT-TCCCATAGCTGTGCC-ACTAACTTGTAAGTA-ATGT-----TCGCCA-TTGAACATG-AAGTTAT-------T--------G-AGTTTAAGGACATGTT--------CAAGGAACTTGACCAACGATTCTGTGGAA-GGATGTTTCAGGGT--CCTGCTATC-T--CAAACCTCCCTGC--AGGCTTCAATG--C-CTT-CATCGTGGGGGATGTT--TGAGTAAAGCGAAGTCACATCC--AT----GGTCA----CGA-GAAG----G----GTATTGTCAGG-TAGGTTG-GA---AG-AGGGGGTTTT--GTTGAGGTA---ATC--A-GTC-----CTTCAAGTGTGATGGT-AG---TTTT-------ACA---ACATGTGGGCGGAGGTGTAGGTCAATAAATTC-TG--A-----G-AT-TTTCTCCGTGGGGTGTCCA----------ATGACACT--CACTATGGGGCGGC--CAGGCATACCTTCTTTGTGGAT-TTT---AGGCAATAGATAAAATTG-CCTAGGTCT-A----CAGTTGAG--AGGCAGCAATGTTTCAAA---GACATCATTACCA-----ATTTCCTCGTCTTTGTAC-ATCTGCTCAAGAGTGTCAG-TGGTTGT---GGCAGAAAA--CGCTTTGCTAGGGTCGGAGTCCAGTTTAGTGTAAACCCATTCATCCGAGAATTAT--CTGTGCGCT---TCCGCTATGTA--TG-TTGT-CTTGTC-TAATACCACCACTGTTGACCCTT-TGTCTGCCTTTTTGATAACAATGT--CATCCCGGTTTTTTAGCTCTTGTAAGGCTAA-CCACTCTTCTTTGCTT-AAATTGTTCAGGAATC-TTTCTG--TTTTGTC
gi|3 : TTGAGGA-TTTGTT-TTTTCTTT--TGGAAA--GT---AGTAAGAGCAGAGCAGATGCGGCGGA-CTCGGGTAGCTAAACCCCTGGGAAC-CCTTTAACAGTACGGGG--AACGGAAG-TTGAATGGCACAAAGT-ACAAAATTAATGA-AAATCGA-TTGCCT--TTG-TGTGAAGAT--TGAACT-----CA-ATTTCTC-CATTTA-CGAG--------TG---------TG-GTTG-T-GGTATCCAAGAA-AGTGT-TCTTGGA---GG-TG-AAA-A---TT-T--CTAC-ATTGAA-CTT--GA-----T-GGAA----TAGT-G-----------GG-----------TA---A--AG----------------TTTC-------TCGA---T-C--G------TCA--ACCATATT-CATC-TCAA-TGTCAT-ATTTTATG--AAATTTTATGAA--ATGTT-GCCACGAGATTTAACT-GGTGAAAATTGTTAGAG---GG-T--ACG-TTACAGTCTCCCCATAAAGATGTTGA----TATACGATGGTGCCATT--TTGGT-TCCCATAACTATGCCAAATGATTTGCAAATA-GTGT-----TCACCA-TTGAACATT-AAGTTAT-------T--------A-AACTTGA-GACATGTG--------CAAGAAACT
gi|30 : aaggtcccagtgtctgaactgtatatttgcaaatttgacctctgaggtctgagcatgttttgaatcgctctattcagtctagtccttacttccatgtcgcgcaagtttcagggtgtgtgaaggtactccagccagctaacaggttttcttcgtactggaggagggactgtcggtcctgtcgtggcatctcatcaactgcggaatgaaccttgcaagtatcatgtcctctgtttgtcaagctagtgagttTTCAAGAGTTTGCT-TTGTTTTTTTCG--AAAATTCCGAGCCAGAG--GAACAGATACGACGAACCTCGTGTgaggactttgaattgtcctgttattccaagactcgattcccctcgtgatgtggaatgtcagtgtaa
gi|18 : gcttAGGAATT-GTCGTTGCTTTT--GG--AA--CTTCG---TAGTT--GAACAGATGCGACGGA-TTCGGGTGG----ATC---AG-----CGTTTGAATGTATGAGATGG-TGGCAA----AA-GGTA-CAAATGACAT------TGT-AA--CAG-TGGGCT--TAT-TGTGGATAT--TGAACT-----CATATTAC-C-CGTTTA-TAAG--------TG---------TG-GAAG-T-AGTATCCATGAA-AATAT-TCTTGGA---AG-TC-GAA-A---
gi|9 : gatcatttcctgtctgtgagataagtctcgCATAG--GA-CAAATGCAGCTGA-TTCTTTTGGCTAAATCTTTTGGCATACCTTTGAATGTGTGGGGTGGATGACATTTTGTA-AGTAGCAAGT-ATAAA-----TGA-GAATCAG-TGGGCT--TAT-TGCTAAATC--GGAACT-----CT-ATCTGGG-T-TTCAGTTAT--------CG---------TG-GCTG-T-GGTATACAAGAG-T--GT-TT------------------A---TT-T--CCAC-TGTGAA-TTT--GA-----C-AGAG----TGGT-G-GAATGGGT-TGG-----------CATG-C--AGTCA---CGAT-ATCATTT-------AGGCAATC-T-C--TGCT-ATATGGATGAAC-TT-TTTG-TCAAATTTCATCG----ATG--AAACGCAATAAGCTTAGAG-GC--------CTACAC-GGCA---ATTGCATGAGCGTAT-T--TTG-TTTCAGTTTTACCATGAATAGTTTGG----CATATGA--GGA----T--TTCAT-----ATTGGT-TGCC-GCAAGTTCGAAAGTACATGTAGCAATCACCA-CTGAACATG-AAATTGT-------T--------GAAGTTTA---GCATATT--------CCAGGAGATGGGTGAGCGAATCTGTGCAATGGA
gi|26 : ggttttactcttggtgaagtgtcga--GAGCAGATATGGCGTA-CTCTGGTGGCTAAACCTTTAGGTAcagt
gi|16 : ttttagatggatgctctgttctttataaagtgcaggagtaCAGATGCGGCGGA-TGCGGGTAGCCAAACCCTTAGGAACAC-------------AGGTGGATGAAAACTGGAT-GGCATAAGGT-ACAGA-----TAA-GAGTCGG-TGGGTT--TAG-TGCACAGAT--TGAGCT-----CA-ATTTGCC-CATTTC-TAAA--------TG---------TG-GCTG-T-GGTATACAAAAA-AGTAT-TCTGAGT---GG-TA--AA-A---T--------C-TATAGA-CTT--tgggtagaatggcaactagatggc
gi|14 : ggaggaggattgtcggttctgtcgtgacatctcatcaattgccgtctgtacctcgcagtgatcatatcctctgtttttcagataacttttgaggatttccccatagtctaggaaagcagtagtagtggtgCGGGTAGTCAAACCCTTAGGAACACCTTTGAAAATATGATGTGGATGACTACTGGAT-GGCATAAGGT-ACAGA-----TGA-GAGTCGG-TGGG----------------------------------TTTCCC-CATTTC-TAAA--------TG---------TG-GCTG-T-GGTATTCAAAAAGTA--T-TCTTGGA---GG-TG-GAA-A---TT-T--CCAC-AGCGAA-CTT--GA-----C-GGAA----TATT-G-GAATGAGT-TAA-----------CA---A--TC--T---TGAT-AAAGTCGTT----GAGGC--TT-T-CATGACC-GTCAA--CCCAC-GT--ATTCTCAA-TGTCATCT----ATG--AAACGTAGCCAAATAtcgttgatatagtg
gi|4 : ctgtttttcagacgacttttgaggatgtttcctgctccaggaaagcagcagtagtagtgcagatgACCTTTAGGCACACCTTTGGAAGTATGGAGTGGATGACAGCTGGAT-GGCATAAGGT-ACAAA-----TGA-GAATCTG-TGGGTT--TAG-TGTGAAGAT--TAAACT-----CG-ATTTCTC-CGTCCT-TAAG--------TG---------TT-GTTG-T-GGTATCCagag
gi|6 : TTTCAAAGTATGAGGTG-AT-ACAACTGGAT-AACA-CAAGA-ACAA------TGCAGAACCAGGTGGACC--TAG-TGTGAAATT--T-AATC-----CA-GTTTCTCGCGTTCC-TAAA--------AG---------------G-C-TGTG------------GT-TCTCAGA---GG-TT-GAA-A---TT-T--C--C-AGTGAA-CTT--GACTTGAT-GGAA----TTGT-G-GAAAGAGT----------------A---ATCAC--T---AGA---AAGTTAGC----GAGTC--TT-T-CACGATC-GTCAA--TCCTC-TT-CATT-AGAA-TGTCGT------ATG--AAACTTAACCAACTAAGAG-GT--------TTAAAT-GGTG---Atgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngctctttagtggtgctgtggtatccaaaaactattcctggatgttgcaaaatatcccagtaaacttgatcggaatgttggaaagtttgcaccatcttaataaactcgattgaggctttcacgaccatcaaccccacttacatctcgatgtcatcatggcaaacgtagcaaccatgagagtttacactagtgagtgatgaggagtctgacgactccattcttcccataaatagattggcataggaagcgttccttagtgtcccatagcagtgccactggtttgcaggtttgttcaccgtcaaacatggaagttatacacttagagacatgttcaagaagccgaatgagtgacttagttgagggacgttgactgcccctttgattccaaacctctttacaggcctcaataccctcatcatgtggaatgttggtgtagagtgacgtcacatccatagtcacaaggagggtatggtctgccaggcccgaagtggaggttttattgaggtaatcagtcgtatccttcaagtagatgtatgacggtaaa
gi|23 : gagatctgagcatgttttcgcacacatcattaataaatgtatgggttatccaaatctagtcttgtatcatgctcattcagtgttggtaaactgatttgatccgttgaggttttcttttggtgctggacgagggttgtcgggtttgtcggtccgtcgtgacatctcatgaaatgtccttgaaaggatcttctcctgtttgtctcaaataatgtttgagatttgtcttcggctctgagagattgtccttgcgctgaaaagtatgggaagttatagcaagaatgcagtgatagggccatccaaatcccggcaatGTCGT-TGGACTGTTTGGTGTGGAGGCGCTGAATT---------TTGCAT-CCTTCG-TGAC--------GGCACAAAATATA-AAAGGT-GATATCCAAGAC-TACGTATTTTGGA---ACATA-GCG-ATTCTT-T--C-AC-T-TAAC-TTTGAAA-----T-GGAA----TTAT-G-A------T-TGG-----------TA---A--Aataaagtaggag
gi|21 : tgG-TGTGGAGGC--TGAATTGTTGCCA-AT----C-C-TTCG-TGAGCGGCAAGAAA---------TATAAAG-TGAATATCCAAGAA-TACGTATTTTGGAAACAC-TA-GGATT---TT-T--C-ACGTGTGAACTTT--AA-----T-GGAATAGCTGGT-G-AAA
gi|19 : aatggaagaccagtggtcgttgtggtgtg-TGAA--------AA---------TT-GAA--T-GGT-TTCAAAAA-T-CAT-TGATGGA---GG-TG-GAA-A---TT-T--CCAC-AGTAAA-CTT--GA-----T-GGAA----TAGTGG-AAATACATATAG-----------TATGCA--AT--T---TGAT-AAAGT------------CG--T-T-C--A-----TC----TCAAT-AT-CATT-T-AA---TTAANN----NNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN--------NNNNNN-NNNN---NNNNNNNNNNNNNGC-T--ACG-TTCAAATATCTTCATAAAGATGTGGT----AATAC
gi|4 : G-T-GGTATCCAAAAACTA--T-TCCTGGAT--GT-TGCAAA-A---TA-T--C-CC-AGTAAA-CTT--GA-----TCGGAA----TGTT-G-GAA--AGT-TTGCACCATCTTAATA---A--AC--T---CGATTGAGGCTTTC----A---CGACCAT-C--AACC-C--------CAC-TTACATC-TCGA-TGTCATCA-----TGGCAAACGTAGC-AACCATGAGAGT--------TTACACTAGTG---AGTG-ATGAG-GAGT-CTGACGACTCCATTCTTCCCATAAATAGATTGG----CATAGGAAG----CGTTCCTTAGTGTCCCATAGCAGTGCC-ACTGGTTTGCAGGTT--TGT-----TCACCG-TCAAACATGGAAGTTAT-------A--------C-A-CTTAGAGACATGTT--------CAAGAAGCCGAATGAGTGACTTAGTTGAG-GGACGTTGACTGCC--CCTTTGATT-C--CAAACCTCTTTAC--AGGCCTCAATA--C-CCT-CATCATGTGGAATGTT--GGTGTAGAGTGACGTCACATCC--AT----AGTCA----CAA-GGAG----G----GTATGGTCTGC-CAGGCCC-GA---AG-TGGAGGTTTT--ATTGAGGTA---ATC--A-GTCGTATCCTTCAAGTA-GATGcta
gi|8 : acctttaggcacacctttggaagtatggagtggatgacagctggatggcataaggtacaaatgagaatctgtgggtttagtgtgaagattaaactcgatttctccgtccttaagtgttgttgtggtatcctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngctctttagtggtgct-AATATTCAAC---TATGT-TTTAGGA----T-TA-AAA-T---TT-T--C-AT-AGTAAA-CAT--GA-----T-AGAA----TGATTG-ACA-GAGC-ATG-----------CA---A--AT--GTTCCGAC-ATTGTTTAC----AAATCTAT----C--GACCACTC----TCAA------AAT-TCAA-T-----CA----ATG--AAATGAAGACA---------GC--------TTAACA-GGCT---A-TATATATACATGTAT--ATA-TTCCAGTTTGCCCC--AAAATATT-TAAAACATACACTGGTGCCATT--CTGGT-TCTCATAGCTGT--C-AATAATCTGCGGGTA-CTGT-----TCACCA-TTACACATG-AAtatgacggtaaa
gi|7 : TATTCAAC---TATGT-TTTTAGG---AT-TA--AA-A---TT-TTTC-AT-AGTAAA-CAT--GA-----T-AGAA----TGATTG-ACA-GAGC-ATG-----------CA---A--AT--GTTCCGAC-ATTGTTTAC----AAATCTAT----C--GACCACTC----TCAA------AAT-TCAA-T-----CA----ATG--AAATGAAGACA---------GC--------TTAACA-GGCT---A-TATATATACATGTAT--ATA-TTCCAGTTTGCCCC--AAAATATT-TAAAACATACACTGGTGCCATT--CTGGT-TCTCATAGCTGT--C-AATAATCTGCGGGTA-CTGT-----TCACCA-TTACACATG-AAagagctgaatgtaaaggaaccactgtactacccaaatttccccgtgtgtgtcgatacccaagctattcgttacgttataggtcacgacgaggacacgtgttgcaggcttgatcagagagagagagagttttttattgagcaagtcagtcgtgtctttaaatatgaaggtcatcttctacattccgacaaagatgtaaacaaataaattgagagatgttttccgtaagatatctaagggcactgacatgatgaggggcccggtattcc
gi|12 : aA-A---TTGT--C-AC-GGTGAA-CTT--GA-----T-GGAA----TAGT-GGAAAT-AGT-TTG-----------CA---A--TGT-G---TGAT-AAAGG---CGCAGAAGCT--TT-TAT--AACC-GCCAA--CCCAT-TT-CATC-GCAA-TGTCATCT----ATG--AAACATAGCCAAATAAGAG-AT--------TTA---------------TCTTA--AGGC-T--ATT-TTCCAGTCTTCCAAATTAGATGTTGG----CATACGATGGTGCCATT--TTAGT-TCCCATAGCCGTGCC-ATTAATTCGCAGGTA-GTGC-----GCACCGTTTTAACATG-AAGTTATTATGATAT--------A-AACTTGAGGACAAGGT--------CAA-GAAC-TGACagagctgaatgtaaaggaaccactgtactacccaaatttccccgtgtgtgtcgatacccaagctattcgttacgttataggtcacgacgaggacacggtgttgcaggcttgatcagagagagagagagttttttattgagcaagtcagtcgtgtctttaaatatgaaggtcaatcttctacattccgacaaagatgtaaacaaataaattgagagatgttttccgtaagatatctaagggcactgacatgatgaggggccccggtattcct
gi|10 : A-A---TTGT--C-AC-GGTGAA-CTT--GA-----T-GGAA----TAGT-GGAAAT-AGT-TTG-----------CA---A--TGT-G---TGAT-AAAGG---CGCAGAAGCT--TT-TAT--AACC-GCCAA--ACCAT-TT-CATC-GCAA-TGTCATCTT---ATG--AAACATAGCCAAATAAGAG-AT--------TTA---------------TCTTA--AGGC-T--ATT-TTCCAGTCTCCAAATTAGA-TGTTGG----CATACGATGGTGCCATT--TTAGT-TCC-ATAGCCGTGCC-ATTAATTCGCAGGTA-GTGC-----GCACCGTTTTAACATG-AAGTTAT-------TATGATATAA-AACTTGAGGACAAGGTCAAACTGACAAGAAGCTGAATGAGTGGTTCAGCCGAA-GGACATC----GATAACC--CTATCGTTGCATACTTCTCTAT--AAACCTCAATA--T-CCT-TATaagaagctgaatgagtggttcagccgaaggacatcgataaccctatcgttgcatacttctctataaacctcaatat
gi|2 : TGTATGAGGATGT-T--GCG-TTCAAGTCTTCCCATGAAAATGTTGG----CATACGATGGAGCCATC--TTTGT-TCCCATAGCTGTGCC-ACT----TGTAAGTA-ATGT-----TCTCCG-TTGAACATG-AAGTTGT-------T--------G-AGTTTGATGATATGTT--------CAAGGAGCTTGACCAACGATTCTGTGGAA-GGAATTTGTGGGGC--CTTGTTATT-C--CAACCCTCTCTGC--AGGCTTCAATG--C-CTTCCATCATAGGGGATGTT--CTTATAAAGTGAAGTCACATCC--CT----GGTCA----CAA-GAAG----A----ATATTGTCAGG-TAGGTTG-GA---AG-AAGGGTTTTT--GTTATGGTA---GCT--A-GT-----------AGTATGATGGT-AG---CTTT-------ACA---ACATGTGGTCGGAGATGTgtatttagagttgttccttcaggtgtgatgacaaatc
gi|11 : tTATC------AACTTCCCTACGAAAGCCTCGATAGACACCT-CA-CGTGGA--ATGTT--AGTGCAAAGTGAAGTAACATCCAAATCACAGGTCAAGCCCGA-GAAA----G----AGATT-TTATG-TAGGTccaatgacaccatgggacggccaggcatacactctgtttagggggtagataaaattgtccagatctacagttgagagaaagcagtgatacaaagacattgtcaccaagttccttgtctttgtacatctgcttaagagtttttgtgatggtggcaaaaaacgttttcgtagggttggagtccagttaagtgtaaaaccgttcatccgagagttgtctgtgtgcttctaccatgtatgtttccttgtctaataccaccactgttgaccctttgtctgcctttttgttaacaatgtcatcctggtcttttagcttttgtaagactgacctttctttccttagattgtcctggaaccttgctgttttgtcaagtagtttttcgatgtcctgctcaactgcttggatgtaggactcgagggctgcacattttactgatggaggttccaatttgctcttagttcggtagagtttgtgtttctctaggtcatcaagtgtgacttcatcgtagctggcaccatccttggaaaagagtgtcct
gi|22 : ttaaatggctctataat--CAAATCTTTCTAC--AAGCCTCGATA--C-CAT-CATCCTGTGGAATGTTAGTG-GTAAAGTGAAATAGCATCC--AT----GGTTA----CAA-GTTGT---G----ATA-TGTATGG-TTAGTCC-GA---TG-AGGGAATTTT--ACTGAAGTA---ATcattatcagtatgtcgtgtcctcaaagatgacggtaaatactttcctctacaagttaaaattagacttgttcagtgcaatgtatcgtattctactgtaactcgtatacatgccggcggagatttctccgggggaagttcaataggactgactacagggcggcgtcacatgtcttcgtcgattaaacattaacaaaatttcgcatcgtggatcactgaaatggacgagtagagtgtcctaatttgccccctagaaaag
gi|5 : gggacactgacttgactttttgtcATAC--AT----GGTCG----CGA-GAAT----G----GTAT-GTC--------CTGAGA---AGTAGACA--TTT--GTTTAAGTA---CTTGTA-GTC-----C-----GTGT-----T--G---TTTTTCAGATAACATGTACATGTGGAAGAAAATTTAAAGTGATGAATTC-TG--ATACATGTAT-TTTCTCCATGG-------A----------TTGACACC--TACTACGAGATGAC--CTGACATTCCTTC-----------TT---GGGCAGTGGATGAAATTG-TCCAGGTCA-AACGTTAGTTGA-----ACAA-AGTGTCCCGAATGCGCTATCA--ACTACATGTATTTCGCTGATACCATAC-A-CTGTATAA-AGCGTC-T-TGGT----------GAGCA--C---TCACTGGAGTCGGATTCAAGTTTTG-GAAAAACTGCTCATCTGAAAGTTGT--CTATGGGCT---TCTGTGAAGGA--TG-CC-T-CTTTGC-T-ATA-----------GACCTTTCTGTTTATCTTT---ACAATGATTTGACATTCCGG--TTTTAGGACCTGTAAGACGGA-TCTCTCTTCTATACTT---ATCGCT----AACCTTTTCTGACTTCTGT
gi|8 : act----GGTCA----CGA-CGAG----GACACGTGTTG-CAGGCTTGATCA-GAGAGAG-AGAGAGTTTTTTATTGAGCAA---GTC--A-GTCGTGT-CTTTAAATATGAAGGT-CA---TCTT--------CT---ACATTCCGACAAAGATGTAAACAAATAAATTG-AG--A-----G-AT-GTTTTCCGTAAGATATCTA----------AGGGCACTGACATGATGAGG-GGC--CCGGTATTCCttccacggcatcaatacaagactcttaaggctctagttttacctggtgttgttcccaggcattcctaggtcgaaaaagctatggtttttctaagt
gi|7 : aatattcaactatgttttaggattaaaattttcatagtaaacatgatagaatgattgacagagcatgcaaatgttccgacattgtttacaaatctatcgaccactctcaaaattcaatcaatgaaatgaagacagcttaacaggctatatatatacatgtatatattccagtttgccccaaaatatttaaaacatacactggtgccattctggttctcatagctgtcaataatctgcgggtactgttcaccattacacatgaaagagctgaatgtaaaggaaccactgtactacccaaatttccccgtgtgtgtcgatacccaagctattcgttacgttata----GGTCA----CGACGAGGACACG----GTGTTG-CAGGCTTGATCA-GAGAGAG-AGAGAGTTTTTTATTGAGCAA---GTC--A-GTCGTGT-CTTTAAATATGAAGGTCAA---TCTT--------CT---ACATTCCGACAAAGATGTAAACAAATAAATTG-AG--A-----G-AT-GTTTTCCGTAAGATATCTA----------AGGGCACTGACATGATGAGGGGCC--CCGGTATTCCT
gi|13 : atattcaactatgtttttaggattaaaatttttcatagtaaacatgatagaatgattgacagagcatgcaaatgttccgacattgtttacaaatctatcgaccactctcaaaattcaatcaatgaaatgaagacagcttaacaggctatatatatacatgtatatattccagtttgccccaaaatatttaaaacatacactggtgccattctggttctcatagctgtcaataatctgcgggtactgttcaccattacacatgaaagagctgaatgtaaaggaaccactgtactacccaaatttccccgtgtgtgtcgatacccaagctattcgttacgttataCA----CAA-GGAG----G----G-ATGTTCTGG-TAGACCC-GA---TG-AATGGGTCTT--ATTAAGGTATCCATC--GTGTC-----CTTCAAGTATGACGGT-AAATCTTTT-------------ACATGCTGACGGAGATGTAAATCATTGAATTCAAA--A-----G-AT-TTTCTCCTTGGGATGTACA----------CAGTCACC--AACTACAGGACTA---CAGTC-TAAC----ATGTGGAT-TTT---TGGCAGTAAATAAAATCA-TCCTGGTCC-A----CAGT------AGTTAG-AAT------AA---G--GTTGCCACCG-----AT---CTCGTCCTTGTATGATTTTTTGGAATGTTTCGGTTGATCTT---GGCCGAAAA--C-CTTTGTTGGGGTCAGA
gi|15 : cTC-----TTTGAGGTATGACGGC-AA---ATCT-------TCT---ACATGGGGTTGGATATGTAAATTCAGAAAATC-----------G-ATACCTCTCCTTGGGATGTCCAGATGAAGATGATGGCACT--TGCAATGGGTCGAC--CAGGCACGCCTTCTCTGTGGGTATTTGTAAGGAGATAGACA----TGTCCTGGATTTTG----TAAGTAAGCTAGACAG-AGTTCTTCGTA---AACGTAGTGTTCA-----ATTTCTTCTTTTTTGTAC-ATTTTATCGAGAGTTTC----GGTTATGAGGGCTGAAAATTC-CTCTG-TAAAGTCTGAATTCAGCTTTTTGTAAAACCGCTCACC--AGA--TAG--CTGTtcgtgactttttataatagcgttttccgagagctgtcaatga
gi|29 : tggtaTC-----CTTCAGGTGTGATGAC-AA---ATCC-------TCT---ACAT----GCCGAGATGTGAATTAAGAAATTC-AGATA-----T-AT-TTTCTtgg
gi|28 : cttatgtatttagagttgtTC-----CTTCAGGTGTGATGAC-AA---ATCC-------TCT---ACAT----GCCGAGATGTGAATTAAGAAATTC-AGATA-----T-AT-TTTCT
gi|11 : cttatgtatttagagttgttG--A-----G-AT-TT-CTCCGGGGGAAGTTCA----------ATAGGACT--GACTACAGGGCGGCGTCA--CATGTCTTC---GTCGA---TT---AAACATTA-ACAAAATT
gi|2 : ttaaatggctctataattatcaacttccctacgaaagcctcgatagacacctcacgtggaatgttagtgcaaagtgaagtaacatccaaatcacaggtcaagcccgagaaagagattttatgtaggtcattatcagtatgtcgtgtcctcaaagatgacggtaaatactttcctctacaagttaaaattagacttgttcagtgcaatgtatcgtattctactgtaactcgtatacatgccggcgGAGATGTCCA----------ATGACACC------ATGGGACGGC--CAGGCATACACTCT-----G---TTT---AGGGGGTAGATAAAATTG-TCCAGATCT-A----CAGTTGAG--AGAAAGCAGTGATACAAA---GACATTGTCACCA-----AGTTCCTTGTCTTTGTAC-ATCTGCTTAAGAGTTTTTG-TGATGGT---GGCAAAAAA--CGTTTTCGTAGGGTTGGAGTCCAGTTAAGTGTAAAACCGTTCATCCGAGAGTTGT--CTGTGTGCT---TCTACCATGTA--TG-TTTC-CTTGTC-TAATACCACCACTGTTGACCCTT-TGTCTGCCTTTTTGTTAACAATGT--CATCCTGGTCTTTTAGCTTTTGTAAGACTGA-CC---TTTCTTTCCTT-AGATTGTCCTGGAACC-TTGCTG--TTTTGTCtcgcatcgtggatcactgaaatggacgagtagagtgtcctaatttgccccctagaaaag
gi|17 : ttgtatgaggatgttgcgttcaagtcttcccatgaaaatgttggcatacgatggagccatctttgttcccatagctgtgccacttgtaagtaatgttctccgttgaacatgaagttgttgagtttgatgatatgttcaaggagcttgaccaacgattctgtggaaggaatttgtggggccttgttattccaaccctctctgcaggcttcaatgccttccatcataggggatgttcttataaagtgaagtcacatccctggtcacaagaagaatattgtcaggtaggttggaagaagggtttttgttatggtagctagtagtatgatggtagctttacaacatgtggtcgTATAAAAGCATTCGTTCGAGAGCTACAATTGGGGGCTCTGTTTACCATGCAAGTGCTTGTTCTTGTCCTAACAATAT-ACCG--GAC--TT-TGTCTATTCTTTTATTGACAATAC--CCCCCTGG-TTTCCAGTGTTTGCAACGTTCATCTATTTTCCTTCGTTTGAGATTTTTCGAGAaagtagtttttcgatgtcctgctcaactgcttggatgtaggactcgagggctgcacattttactgatggaggttccaatttgctcttagttcggtagagtttgtgtttctctaggtcatcaagtgtgacttcatcgtagctggcaccatccttggaaaagagtgtcct
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): TTTTCAATGTCTGCTCAACTGCTTCGGATGTAAGACTCGAGGGCTGCACATCTTCCTGATGGAGGTTCCCATTTGCTCTTAGTTCGGTAGAGTTTGTGATTTTTAGGTCATCAAGTTTGGCCTCCTCGTAGTTGCCATCGTCCTCGTCTTTTCTGGAAAAATGTTCCTC
Unaligned ( gi|24 ): ATGTTCGAGAAAACTGAAAATGAGTTATTTAAGTAACAGGGCATTTGGGTGAAACTATTTGTTCCTTGCTTCTCTACAGCTCTCGTACTGTCATTGTGTGGAATGTTACTGATACAGTAAGTAAAATC
Unaligned ( gi|25 ): GGAAAGTTCAATCGGAATGACTACATCTCGCGTCATCCGATAAAACATACAAATTCATGTTCGATTTCTGGAGTGGAGGAGTATGTAAACTTTGTCGTAGAAACGA
Unaligned ( gi|27 ): AAGTATTTTCGGAAGAGAAAATTTCCATAGTGAACTTGAAGGAATAGTGGACAGATTTTGCAATTTTGATAAAGTCGTTGAGGCGTTCACGACC
Unaligned ( gi|31 ): GGATTTTCCAGTAATAAGTAGTAGTGCCGCAGGTGCGGCGGATGCTGGTGGCCAAAGCCCAAGG
Alignments
lowQualScore : 3333333333333333333 11111 11111 1111 33333333333333333333 1111111 111111111111 1 1111111111111 33333333333 5555555555555555555555555555555555555555555555555 2222222222222222 11111 33333333333333333333333333 111 3333333333333333 4444444444 111 44444444444444 1 1 1 22222 111111 1111 11 1111111 1111111111 33333333333333 111111 111 11111111111 2222222222 222 44444444444444444444 11 1111 111 1 1111 22222 3333 111111 1 22222 111 333333333 1 8888888888888 1 11 33 1 222 1111 22 1 33
lowQualScore : 1 6 0 6 3333333333333333333 77 5 4 0 77 2 88888 2 0 3 1 0 1 1 22222 5 55 55 4 4 777 1 1 66 4 00000 4 0000 2 666 1 1 11111111111111111111 22 2 6666666 5 0 555555555555 444 5 66 4 44 77777 2 2 6666 8 8888888888888 55 44444444444 2222222222222222222222222222222222222222222222222 44 3 0 3 2222222222222222 99 55 00000 3 22222222222222222222222222 8 4 3 0 1 1 444 4 0 4 1 4 1 0 3 1 8 0 4 7777777777777777 3 0000000000 5 33 000 4 888 1 5 888 0 55555555555555 7 4 99999 66 4 66 5 0 5 0 3 1 1 1 2 0 2 3 4 00000 4 1 333333 2 5555 4 11 0 3333333 777 1 1111111111 11111111111111 000000 0 3 2 333 8 9 3 6 1 99999999999 4 4 0 1111111111 0 5 111 1 0 66 3 1 44444444444444444444 0 1 9 11 7777 0 666 6 1111 1 3 4 8 00000 0 2 8 0 33 1 3 0 2222 666666 3 33333 8 1 1 0 1 99 2 777 0 1 000000000 0 3 2222222222222 22 0 4444 2 1 33 00 66 0 0 666 1 7777 2 22 7 4 00 0
lowQualScore : . . . . ................... .. . . . .. . ..... . . . . . . . ..... . .. .. . . ... . . .. . ..... . .... . ... . . .................... .. . ....... . . ............ ... . .. . .. ..... . . .... . ............. .. ........... ................................................. .. . . . ................ .. .. ..... . .......................... . . . . . . ... . . . . . . . . . . . . ................ . .......... . .. ... . ... . . ... . .............. . . ..... .. . .. . . . . . . . . . . . . . ..... . . ...... . .... . .. . ....... ... . .......... .............. ...... . . . ... . . . . . ........... . . . .......... . . ... . . .. . . .................... . . . .. .... . ... . .... . . . . ..... . . . . .. . . . .... ...... . ..... . . . . . .. . ... . . ......... . . ............. .. . .... . . .. .. .. . . ... . .... . .. . . .. .
lowQualScore : 0 5 8 7 7777777777777777777 99 7 0 2 22 2 66666 5 1 8 6 1 0 0 55555 0 55 55 0 0 000 6 4 33 0 00000 0 8888 6 000 8 0 55555555555555555555 00 9 0000000 7 2 999999999999 444 3 33 3 33 11111 9 9 1111 6 7777777777777 88 66666666666 4444444444444444444444444444444444444444444444444 00 6 1 6 4444444444444444 55 00 88888 6 99999999999999999999999999 0 0 0 8 0 4 000 4 9 4 1 4 0 8 4 9 9 9 4 3333333333333333 0 0000000000 0 66 000 2 000 0 0 888 4 88888888888888 8 4 00000 11 4 11 0 2 0 4 0 0 4 0 5 0 7 7 4 66666 4 9 000000 9 7777 4 00 7 0000000 000 9 3333333333 55555555555555 555555 4 6 4 999 9 4 8 4 2 99999999999 4 4 2 9999999999 2 9 444 4 2 99 2 0 00000000000000000000 7 0 6 00 0000 8 000 0 4444 4 8 6 0 00000 8 8 0 8 22 8 2 6 0000 888888 2 44444 8 0 4 7 7 22 5 555 2 0 888888888 0 2 0000000000000 88 0 5555 0 0 88 55 88 2 0 555 0 2222 0 55 3 0 33 7
consensus : TTNAGGAGTTTGTT-TTGTTTTT--CG--AAG--T-CCGAGCCAGAG--G-AGCAGATGCGGCGGA-CTCGGGTGGCTAAACCCTTAGGNACACCTTTGAAAGTATGGGGTGGATGACAGCTGGATGGCATAAGGTACAAA-----TG-AGA--GT--C-GGTG-GGCT---TAGTGTGGAGATTG-AACT-----CA-ATTTCNC--CGTTCN--TGAGTG--------TG----------GCTGTGG-TATCCAAGAA-TACGT-TCTTGGAG-GT----GG--AAA---TT-T--C-ACA-GTGA-----AC-TTGAT-GGAA----TGGT-G-AA--ATG-----AGTTTGCA--A-NCG---CGATAAAG-TC--T-C-GA-GNC--TTT--C--GACCGTC-----------AACCC-AC-TT-CATCTCAA-TGTC--A-------------TCN-ATG--AAACGTAGCCAACTAAGAG-GCTTA-ACNGGCGA----T-GTATGAGCA-TGT-TACG-TTCCAGTCTTCCCATNAAGATGTT---GGCATACGATG-GTGCCATTTTGGT-TCCCATAGCTGTGCC-ANTAATTTGCAGGTAGTGTTCACCG-TTGAACATG-AAGTTAT-------T--------GAACTTGAGGACATGTT----------CAAGAAG-CTGGA--CGAGCGATTCN-GTNGAA-GGA---CGTC---GA--GN----CCCT-TT-GTTCCAAACCTCTCTAC--AGGCCTCGA-T--AC-CCT-CATCGTGTGGAATGTTAGTG-TAAAGTGAAGTNACATCCAT-GGTCACGAGGAG-G-----GTATTGTCNGG-TAGGTCCGA---AGAGGGGGT-TTT--ATTGAGGT-------A---GTCA----G-----TC----C---------TTCAA------GTATGACGGT-AANT-T-T-CTACATGCGGACGGAGATGTAAATTAATAAATTC-AG--A-----G-AT-TTTCTCCGTGGGATGTCCA----------ATGGCACCGAC--TACGGGGCGGC--CAGGCATNCCTTC-T----TGTGGAT-TTT---AGGCGGTAGATAAAATTGTCCAGG--TCTA----CAGTTGAG--AGACAGCAGTGTTTCGAAGACGTCGTCA-CCA-----ATTTCCTCGTCTTTGTAC-ATCTGCTCGAGAGTTTC-G--TGGTNGT---GGCNGAAAA-CG-CTTCGCTAGGGTCGGANTCCAGTTTTGTGTAAAACCGTTCATCCGAGAGCTGT--CTGTGNGCT---TCTGCCATGTATGT-----T-T-CTTGTC-TAATA-C-CACCGCTGTTGACCCTT-TGTCTGCCTTTTTGNTAACGATGT--CATCCCGGTTTTTTAGCNCTTGTAAGGCTGA-CC-C-TCTTCTTTNCTT--AGATTGTTC-GGAACCTTT-CTG--TTTTGTC
Reference ( family-136 ) : TTNAGGAGTTTGTT-TTGTTTTT--CG--AAN--T-CCGAGCCAGAG--G-AGCAGATGCGGCGGA-CTCGGGTGGCTAAACCCTTAGGNACACCTTTGAAAGTATGGGGTGGATGACAACTGGANGGCATAAGGTACAAA-----TG-AGA--GT--C-GGTG-GGCT---TAGTGTGGAGATTG-AACT-----CA-ATTTCNC--CGTTCN--TGAGNG--------TG----------GNNGTGG-TATCCAAGAA-TACGT-TCTTGGAG-GT----GG--AAA---TT-T--C-ACA-GTGA-----AC-TTGAT-GGAA----TGGT-G-AA--ATG-----AGTTNGCA--A-ANN---CGATAAAG-TT--T-C-GA-GTC-ATTT--C--GACCGTC-----------AATCC-AC-TT-CATCTCAA-TGTC--A-------------TCN-ATG--AAACGTAGCCAANTAAGAG-GCTTA-ANCGGCGA----T-GTATGAGCA-TGT-TACG-TTCCAGTCTCCCCATNAAGATGTT---GGCATACGATG-GTGCCATTTTGGT-TCCCATAGCTGTGCC-ANTAATTCGCAGGTAGTGTTCACCG-TTGAACATG-AAGTTAT-------T--------AAACTTGAGGACATGTT----------CAAGGAG-CTGGA--CGAGCGATTCN-GTNGAA-GGA---CGTC---G---GN----CCCT-TT-ATCCCAAACCTCTCTAC--AAGCCTCGA-T--AC-CCT-CATCGTGNGGAATGTTNGTG-TAAAGTGAAGTNACATCCAT-GGTCACGAGGAG-G-----GTATTGTCNGG-TNGGTCCGA---AGAGGGGGT-TTT--ATTGAGGT-------A---GTCA----G-----TC----C---------TTCAA------GTATGACGGT-AANT-T-T-CTACATGCGGACGGAGATGTAAATTAATAAATTC-AG--A-----G-AT-TTTCTCCGTGGGATGTCCA----------ATGGCACCNAC--GACGGGGCGGC--CAGGCATNCCTTC-T----TGTGGAT-TTT---AGGCGGTAGATAAAATTGTCCGGG--TCTA----CAGTTGAG--AGACAG-AGTGNTNCGAAGACGTCGTCA-CCA-----ATTTCCTCGTCTTCGTAC-ATCTNTTTGAGAGTTTC-G--TGGTNNT---GGCCGAAAA-C--CTTCGNTGGGGTCGGANTCCAGTTTTGTGTAAAACCGCTCATCCGAGAGTTGT--CTGTGGGCT---TCTACCATGNATGT-----T-T-CTTGTC-TAATA-CACACCG-----GACCCTT-TGTCTATCTTTTTGTTAACGATNT--CATCCCGG-CTTTTAGCGTTTGTAAGACTGA-CC-C-TTTTCTTTNCTT--AGATCGTTC-GGAACCTTTNCTGACTTCTGTC
gi|1 : TTTAGGAGTTTGTT-TTGTGTTT--CG--AAT--T-CCGAGCCAGAG--G-AACAGATACGACGAA-ATCGTGTAGCTAAACCCTTAGGTACTCCTTTGAAGGTATGAGGTGGATGACAGCTTGAAGGCATCAAGTACAAA-----TG-TGA--GT--C-AGTG-GGCT---TTGTGTGGAGGTTG-AATT-----CA-ATTTCAC--CATTCA--TGAGAG--------TG----------GAAGTAG-TATCCAAGAA-TACGT-TCTTGGAG-CT----AG--AAA---TT-T--C-ACT-GTAA-----AT-TTAAT-GGAA----TGGT-G-AA--ATG-----AGTTGGTA--A-AGG---AGATAAAGTTT--T-C-AA-GCCGATTT--C--GGCCCTC-----------CGTCC-AT-TT-CATTTCAA-TGTC--A-------------TCA-ATG--AAGCGCAACCAACTATGTG-GCTTA-AAAGGCGAC---T-GTCTGAGTA-AGT-TACG-TTCAAGTCTTCCCATGAAAATGTT---GTCGTACGAAG-GGACCATTTTCGT-TCCCATAGCTGTGCC-ACTAACTTGTAAGTAATGTTCGCCA-TTGAACATG-AAGTTAT-------T--------GAGTTTAAGGACATGTT----------CAAGGAA-CTTGA--CCAACGATTCT-GTGGAA-GGA---TGTTTCAG---GG----TCCTGCT-ATCTCAAACCTCCCTGC--AGGCTTCAA-T--GC-CTT-CATCGTGGGGGATGTTTGAG-TAAAGCGAAGTCACATCCAT-GGTCACGAGAAG-G-----GTATTGTCAGG-TAGGTTGGA---AGAGGGGGT-TTT--GTTGAGGT-------A---ATCA----G-----TC----C---------TTCAA------GTGTGATGGT-AGTT-T-TACAACATGTGGGCGGAGGTGTAGGTCAATAAATTC-TG--A-----G-AT-TTTCTCCGTGGGGTGTCCA----------ATGACACTCAC--TATGGGGCGGC--CAGGCATACCTTCTT----TGTGGAT-TTT---AGGCAATAGATAAAATTGCCTAGG--TCTA----CAGTTGAG--AGGCAGCAATGTTTCAAAGACATCATTA-CCA-----ATTTCCTCGTCTTTGTAC-ATCTGCTCAAGAGTGTCAG--TGGTTGT---GGCAGAAAA-CG-CTTTGCTAGGGTCGGAGTCCAGTTTAGTGTAAACCCATTCATCCGAGAATTAT--CTGTGCGCT---TCCGCTATGTATGT-----TGT-CTTGTC-TAATA-C-CACCACTGTTGACCCTT-TGTCTGCCTTTTTGATAACAATGT--CATCCCGGTTTTTTAGCTCTTGTAAGGCTAA-CCAC-TCTTCTTTGCTT--AAATTGTTCAGGAATCTTT-CTG--TTTTGTC
gi|10 : AA---TTGT--C-ACG-GTGA-----AC-TTGAT-GGAA----TAGT-GGAA--AT------AGTTTGCA--ATGTG---TGATAAAG-GC--G-CAGA-AGC-TTTTA-T--AACCGCC-----------AAACC-AT-TT-CATCGCAA-TGTC--A-------------TCTTATG--AAACATAGCCAAATAAGAG-ATTTA-------------T-CT-TAAG----GC-TATT-TTCCAGTCTCCAAATTA-GATGTT---GGCATACGATG-GTGCCATTTTAGT-TCC-ATAGCCGTGCC-ATTAATTCGCAGGTAGTGCGCACCGTTTTAACATG-AAGTTAT-------TATGATATAAAACTTGAGGACAAGGTCAAACTGA--CAAGAAG-CTGAA--TGAGTGGTTCA-GCCGAA-GGA---CATC---GAT-AA----CCCTATC-GTTGCATACTTCTCTAT--AAACCTCAA-T--AT-CCT-TAT
gi|11 : -TT-ATC---AACTTCCCTACGAAAGCCTCGA-TAGACACCT-CA-CGT--GGAATGTTAGTG-CAAAGTGAAGTAACATCCA--AATCAC-AG---------------GTC-----AAGCCCGA---GAAAGAGAT-TTT--ATGTAGGTCATTATCA---GTAT----G-----TCGTGTC---------CTCAA------AGATGACGGT-AAAT-gtatttagagttgttccttcaggtgtgatgacaaatc
gi|11 : ttaaatggctctataaC-GG--A-----G-AT-TT-CTCCGGGGGAAGTTCA----------ATAGGACTGAC--TACAGGGCGGCGTCA--CATGTCTTC-------GTCGA---TT---AAACATTA-ACAAAATTactttcctctacaagttaaaattagacttgttcagtgcaatgtatcgtattctactgtaactcgtatacatgccggcggagatttctccgggggaagttcaataggactgactacagggcggcgtcacatgtcttcgtcgattaaacattaacaaaatttcgcatcgtggatcactgaaatggacgagtagagtgtcctaatttgccccctagaaaag
gi|12 : ttaaatggctctataattatcaacttccctacgaaagcctcgatagacacctcacgtggaatgttagtgcaaagtgaagtaacatccaaatcacaggtcaagcccgagaaagagattttatgtaggtcattatcagtatgtcgtgtcctcaaagatgacggtaaatactttcctctacaagttaaaattagacttgttcagtgcaatgtatcgtattctactgtaactcgtatacatgccggAA---TTGT--C-ACG-GTGA-----AC-TTGAT-GGAA----TAGT-GGAA--AT------AGTTTGCA--ATGTG---TGATAAAG-GC--G-CAGA-AGC-TTTTA-T--AACCGCC-----------AACCC-AT-TT-CATCGCAA-TGTC--A-------------TCT-ATG--AAACATAGCCAAATAAGAG-ATTTA-------------T-CT-TAAG----GC-TATT-TTCCAGTCTTCCAAATTAGATGTT---GGCATACGATG-GTGCCATTTTAGT-TCCCATAGCCGTGCC-ATTAATTCGCAGGTAGTGCGCACCGTTTTAACATG-AAGTTATTATGATAT--------AAACTTGAGGACAAGGTCAAGAACTGACAAGAAG-CTGAA--TGAGTGGTTCA-GCCGAA-GGA---CATC---GAT-AA----CCCTATC-GTTGCATACTTCTCTAT--AAACCTCAA-T--Atcgcatcgtggatcactgaaatggacgagtagagtgtcctaatttgccccctagaaaag
gi|13 : CACAAGGAG-G-----G-ATGTTCTGG-TAGACCCGA---TGAATGGGT-CTT--ATTAAGGT-------A---TCCATCGTG-----TC----C---------TTCAA------GTATGACGGT-AAATCT-T-TTACATGCTGACGGAGATGTAAATCATTGAATTCAAA--A-----G-AT-TTTCTCCTTGGGATGTACA----------CAGTCACCAAC--TACAGGAC-----------TACAGTC-TAACATGTGGAT-TTT---TGGCAGTAAATAAAATCATCCTGG--TCCA----CAGT------AGTTAG-AAT------AAG--GTTGCCA-CCG-----AT---CTCGTCCTTGTATGATTTTTTGGAATGTTTC-GGTTGATCTT---GGCCGAAAA-C--CTTTGTTGGGGTCAGATCGTGACTTTTTATAATAGCGTTT-TCCGAGAGCTGT--Ct
gi|14 : cGCAGA-TGCGGGTAGTCAAACCCTTAGGAACACCTTTGAAAATATGATGTGGATGACTACTGGATGGCATAAGGTACAGA-----TG-AGA--GT--C-GGTG-GG---------------------------------TTTCCC--CATTTC--TAAATG--------TG----------GCTGTGG-TATTCAAAAAGTA--T-TCTTGGAG-GT----GG--AAA---TT-T--CCACA-GCGA-----AC-TTGAC-GGAA----TATT-G-GA--ATG-----AGTTAACA--A-TCT---TGATAAAG-TCG-T-T-GA-GGC--TTT--CATGACCGTC-----------AACCC-AC-GT-ATTCTCAA-TGTC--A-------------TCT-ATG--AAACGTAGCCAAATAAGAG-aatga
gi|15 : ctgtttttcagacgacttttgaggatgtttcctgctccaggaaagcagcagtagtagt-----TC----T---------TTGAG------GTATGACGGC-AAATCT-T-CTACATGGGGTTGGATATGTAAATTCAGAAAATC-----------G-ATACCTCTCCTTGGGATGTCCAGATGAAGATGATGGCACTTGC--AATGGGTCGAC--CAGGCACGCCTTC-TC---TGTGGGTATTTGTAAGGAGATAGACA----TGTCCTGGATTTTG----TAAGTAAGCTAGACAG-AGTTCTTCGTAAACGTAGTGT-TCA-----ATTTCTTCTTTTTTGTAC-ATTTTATCGAGAGTTTC-----GGTTATGAGGGCTGAAAATT--CCTCTGTAAAGTCTGAATTCAGCTTTTTGTAAAACCGCTCACCAGATAGCTGT--
gi|16 : tggtaCAGAT--GCGGCGGATGC----------GGGTAGCCAAACCCTTAGGAACAC-------------AGGTGGATGAAAACTGGATGGCATAAGGTACAGA-----TA-AGA--GT--C-GGTG-GGTT---TAGTGCACAGATTG-AGCT-----CA-ATTTGCC--CATTTC--TAAATG--------TG----------GCTGTGG-TATACAAAAA-AGTAT-TCT--GA--GT----GGTAAAA---TC-T--tgg
gi|17 : ggaggaggattgtcggttctgtcgtgacatctcatcaattgccgtctgtacctcgcagtgatcatatcctctgtttttcagataacttttgaggatttccccatagtctaggaaagcagtagtagtggtgTATAAAAGCATTCGTTCGAGAGCTACAATTGGGGGCTCTGTTTACCATGCAAGTGCTTGT-T-CTTGTCCTAACAATATACCG-----GAC--TT-TGTCTATTCTTTTATTGACAATAC--CCCCCTGG-TTTCCAGTGTTTGCAACGTTCA-TC-TATTTTCCTTCGTTTGAGATTTTTC-Gatagactttcgttgatatagtg
gi|18 : tgtgatttacaagcacaatgttttagggtaacgtaggatctagactgtaaccatTCGAGGAATT-GTCGTTGCTTTT--GG--AAC--T-TCG---TAGTT--G-AACAGATGCGACGGA-TTCGGGTGG----ATC---AG-----CGTTTGAATGTATGAGATGG------------TGGCAAAAGGTACAAA-----TG-ACATTGTAAC-AGTG-GGCT---TATTGTGGATATTG-AACT-----CATATTAC-C--CGTTTA--TAAGTG--------TG----------GAAGTAG-TATCCATGAA-AATAT-TCTTGGAA-GT----CG--AAA---agattaaatttggctttgcattaagaatttttgtcg
gi|19 : gatcatttcctgtctgtgagataagtcTGG-T-TTCAAAAA-T-CAT-TGATGGAG-GT----GG--AAA---TT-T--CCACA-GTAA-----AC-TTGAT-GGAA----TAGTGG-AA--ATACATATAGTATGC---A-ATT---TGATAAAG-----T-C-G--------TT--C---ATC-TC-----------AAT---A---T-CAT-TTAA-T-TA--A-------------NNN-NNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNN-NNNNNNNN----N-NNNNNNNNN-NGC-TACG-TTCAAATATCTTCATAAAGATGTG---GTAATAC
gi|2 : tgaaaattgaa----T-GTATGAGGA-TGT-TGCG-TTCAAGTCTTCCCATGAAAATGTT---GGCATACGATG-GAGCCATCTTTGT-TCCCATAGCTGTGCC-AC----TTGTAAGTAATGTTCTCCG-TTGAACATG-AAGTTGT-------T--------GAGTTTGATGATATGTT----------CAAGGAG-CTTGA--CCAACGATTCT-GTGGAA-GGAATTTGTG---G---GG----CCTTGTT-ATTCCAACCCTCTCTGC--AGGCTTCAA-T--GC-CTTCCATCATAGGGGATGTTCTTA-TAAAGTGAAGTCACATCCCT-GGTCACAAGAAG-A-----ATATTGTCAGG-TAGGTTGGA---AGAAGGGTT-TTT--GTTATGGT-------A---GCTA----G-----T-------------------A------GTATGATGGT-AGCT-T-TACAACATGTGGTCGGAGATGTcta
gi|2 : tGAGATGTCCA----------ATGACACC------ATGGGACGGC--CAGGCATACACTC-T--------G---TTT---AGGGGGTAGATAAAATTGTCCAGA--TCTA----CAGTTGAG--AGAAAGCAGTGATACAAAGACATTGTCA-CCA-----AGTTCCTTGTCTTTGTAC-ATCTGCTTAAGAGTTTTTG--TGATGGT---GGCAAAAAA-CGTTTTCG-TAGGGTTGGAGTCCAGTTAAGTGTAAAACCGTTCATCCGAGAGTTGT--CTGTGTGCT---TCTACCATGTATGT-----T-TCCTTGTC-TAATA-C-CACCACTGTTGACCCTT-TGTCTGCCTTTTTGTTAACAATGT--CATCCTGGTCTTTTAGCTTTTGTAAGACTGA-CC----TTTCTTTCCTT--AGATTGTCCTGGAACC-TTGCTG--TTTTGTCccaatgacaccatgggacggccaggcatacactctgtttagggggtagataaaattgtccagatctacagttgagagaaagcagtgatacaaagacattgtcaccaagttccttgtctttgtacatctgcttaagagtttttgtgatggtggcaaaaaacgttttcgtagggttggagtccagttaagtgtaaaaccgttcatccgagagttgtctgtgtgcttctaccatgtatgtttccttgtctaataccaccactgttgaccctttgtctgcctttttgttaacaatgtcatcctggtcttttagcttttgtaagactgacctttctttccttagattgtcctggaaccttgctgttttgtcaagtagtttttcgatgtcctgctcaactgcttggatgtaggactcgagggctgcacattttactgatggaggttccaatttgctcttagttcggtagagtttgtgtttctctaggtcatcaagtgtgacttcatcgtagctggcaccatccttggaaaagagtgtcct
gi|21 : ttgtatgaggatgttgcgttcaagtcttcccatgaaaatgttggcatacgatggagccatctttgttcccatagctgtgccacttgtaagtaatgttctccgttgaacatgaagttgttgagtttgatgatatgttcaaggagcttgaccaacgattctgtggaaggaatttgtggggccttgttattccaaccctctctgcaggcttcaatgccttccatcataggggatgttcttataaagtgaagtcacatccctggtcacaagaagaatattgtcaggtaggttggaagaagggtttttgttatggtagctagtagtatgatggtagctttacaacatgtggtcg--GT--C-GTTGTGGTG---TGGTGTGGAGGCTG-AATTGTTGCCA-AT----C--C-TTCG--TGAGCGGCAAGAAATAT---------AAAGTGAATATCCAAGAA-TACGTATTTTGGAA-ACACTAGG--ATT---TT-T--C-ACGTGTGA-----ACTTTAAT-GGAATAGCTGGT-G-AA--Aaagtagtttttcgatgtcctgctcaactgcttggatgtaggactcgagggctgcacattttactgatggaggttccaatttgctcttagttcggtagagtttgtgtttctctaggtcatcaagtgtgacttcatcgtagctggcaccatccttggaaaagagtgtcct
gi|22 : aatggaagaccagtg---GA----CTTT-TT-GTCC-AAATCTTTCTAC--AAGCCTCGA-T--AC-CAT-CATCCTGTGGAATGTTAGTGGTAAAGTGAAATAGCATCCAT-GGTTACAAGTTGTG-----ATA-TGTATGG-TTAGTCCGA---TGAGGGAAT-TTT--ACTGAAGT-------A---AT
gi|23 : gggacactgactt--GT--C-GTTG-GACTGTTTGGTGTGGAG---G-CGCT-----GA-ATTTTGCATCCTTCG--TGACGG--------CACAAAATATAAAAGGTGA-TATCCAAGAC-TACGTATTTTGGAACAT----AG--CGATTCTT-T--C-AC---TTA-----AC-TT--T-GAAA----TG---G-AATTATG-----A-TTGGTA--A-A
gi|24 : tgATGTT----------CGAGAAAACTGAAAATGAGTTATTTAAGTAACA-GGG---CATTTG-G---GTGAAACTAT-TT-GTTCCTTGCTTCTCTAC--AGCTCTCG--T--AC-TGT-CATTGTGTGGAATGTTACTGATACAGT-AAGTAAAATC
gi|26 : TGCT-CTGTTCTT--TATAAAG--T-GCAGG--AGTA--G-AGCAGATATGGCGTA-CTCTGGTGGCTAAACCTTTAG--------------GTATGGGTAGAATGGCAACTAGATGGC
gi|27 : ttttagatggaT-TTTCGGAA-GA----GA--AAA---TT-T--CCATA-GTGA-----AC-TTGAA-GGAA----TAGT-G-GA--CAG-----ATTTTGCA--A-TTT---TGATAAAG-TCG-T-T-GA-GGC-GTTCA-C--GACC
gi|28 : aagta-----TC----C---------TTCAG------GTGTGATGAC-AAAT-CCT-CTACATGC---CG-AGATGTGAATTAAGAAATTC-AGATA-----T-AT-TTTCT
gi|29 : cttatgtatttagagttgttT--ATTTAG---------A---GTTG----T-----TC----C---------TTCAG------GTGTGATGAC-AAAT-CCT-CTACATGC---CG-AGATGTGAATTAAGAAATTC-AGATA-----T-AT-TTTCT
gi|3 : cttatgTTGAGGA-TTTGTT-TTTTCTTT--TGGAAAG--T----AGTAAGAGCAG-AGCAGATGCGGCGGA-CTCGGGTAGCTAAACCCCTGGGAAC-CCTTTAACAGTACGGGG--AACGGAAGTTGAATGGCACAAAGTACAAAATTAATG-AAA--AT--C-GATT-GCCT---TTGTGTGAAGATTG-AACT-----CA-ATTTCTC--CATTTA--CGAGTG--------TG----------GTTGTGG-TATCCAAGAA-AGTGT-TCTTGGAG-GT----GA--AAA---TT-T--CTACA-TTGA-----AC-TTGAT-GGAA----TAGT-G--------------------------------GGTAAAG-TT--T-C-----------T--C--GATCGTC-----------AA-CC-ATATT-CATCTCAA-TGTC--ATATTTTATGAAATTTT-ATG--AAATGTTGCC----ACGAG-ATTTA-ACTGGTGAAAATT-GTTAGAG----GG-TACG-TTACAGTCTCCCCATAAAGATGTT---GATATACGATG-GTGCCATTTTGGT-TCCCATAACTATGCCAAATGATTTGCAAATAGTGTTCACCA-TTGAACATT-AAGTTAT-------T--------AAACTTGA-GACATGTG----------CAAGAAA-CT------GAG-GACT----TTGAA---------TT-------GT----CCTG-TT-ATTC------------C--AAGACTCGATT--CC-CCT-CGTGATGTGGAATGTCAGTG-TAA
gi|30 : aaggtcccagtgtctgaactgtatatttgcaaatttgacctctgaggtctgagcatgttttgaatcgctctattcagtctagtccttacttccatgtcgcgcaagtttcagggtgtgtgaaggtactccagccagctaacaggttttcttcgtactggaggagggactgtcggtcctgtcgtggcatctcatcaactgcggaatgaaccttgcaagtatcatgtcctctgtttgtcaagctagtgagttTTCAAGAGTTTGCT-TTGTTTTTTTCG--AAAATT-CCGAGCCAGAG--G-AACAGATACGACGAACCTCGTGT
gi|4 : gcttACCTTTAGGCACACCTTTGGAAGTATGGAGTGGATGACAGCTGGATGGCATAAGGTACAAA-----TG-AGA--AT--C-TGTG-GGTT---TAGTGTGAAGATTA-AACT-----CG-ATTTCTC--CGTCCT--TAAGTG--------TT----------GTTGTGG-TATCC
gi|4 : GCTCT--TTAGTG--------GT----------GCTGTGG-TATCCAAAAACTA--T-TCCTGGAT-GT----TGCAAAA---TA-T--C-CCA-GTAA-----AC-TTGATCGGAA----TGTT-G-GA--A-------AGTTTGCACCA-TCT---TAATAAAC-TCGAT-T-GA-GGC--TTT--CACGACCATC-----------AACCCCAC-TTACATCTCGA-TGTC--A-------------TC--ATGGCAAACGTAGC-AACCATGAGAGTTTACACTAGTGAG---T-G-ATGAGGAGTCT-GACGACTCCATTCTTCCCATAAATAGATT---GGCATAGGAAGCGTTCC---TTAGTGTCCCATAGCAGTGCC-ACTGGTTTGCAGGT-TTGTTCACCG-TCAAACATGGAAGTTAT----------------ACACTTAGAGACATGTT----------CAAGAAG-CCGAA--TGAGTGACTTA-GTTGAG-GGA---CGTT---GACTGC----CCCT-TTGATTCCAAACCTCTTTAC--AGGCCTCAA-T--AC-CCT-CATCATGTGGAATGTTGGTG-TAGAGTGACGTCACATCCAT-AGTCACAAGGAG-G-----GTATGGTCTGC-CAGGCCCGA---AGTGGAGGT-TTT--ATTGAGGT-------A---ATCA----GTCGTATC----C---------TTCAAGTAGATGTATGACGGT-AAtgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngctctttagtggtgctgtggtatccaaaaactattcctggatgttgcaaaatatcccagtaaacttgatcggaatgttggaaagtttgcaccatcttaataaactcgattgaggctttcacgaccatcaaccccacttacatctcgatgtcatcatggcaaacgtagcaaccatgagagtttacactagtgagtgatgaggagtctgacgactccattcttcccataaatagattggcataggaagcgttccttagtgtcccatagcagtgccactggtttgcaggtttgttcaccgtcaaacatggaagttatacacttagagacatgttcaagaagccgaatgagtgacttagttgagggacgttgactgcccctttgattccaaacctctttacaggcctcaataccctcatcatgtggaatgttggtgtagagtgacgtcacatccatagtcacaaggagggtatggtctgccaggcccgaagtggaggttttattgaggtaatcagtcgtatccttcaagtagatgtatgacggtaaa
gi|5 : acctttaggcacacctttggaagtatggagtggatgacagctggatggcataaggtacaaatgagaatctgtgggtttagtgtgaagattaaactcgatttctccgtccttaagtgttgttgtggtatcctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATACAT-GGTCGCGAGAAT-G-----GTAT-GTC---------CTGA---GAAGTAGACATTT--GTTTAAGT-------ACTTGT-A----G-----TC----CGTGTTGTTTTTCAG------ATA--ACA----------T-GTACATGTGGAAGAAAATTTAAAGTGATGAATTC-TG--ATACATGTAT-TTTCTCCATGG-AT----------------TGACACCTAC--TACGAGATGAC--CTGACATTCCTTC-T----TG-------------GGCAGTGGATGAAATTGTCCAGG--TCAAACGTTAGTTGA-----ACAA-AGTGTCCCGAATGCGCTATCAACTACATGTATTTCGCTGATACCATAC-A-CTGTATAA-AGCGTC-T--TGGTGA-----GC-----A-C----TCACTGGAGTCGGATTCAAGTTTTG-GAAAAACTGCTCATCTGAAAGTTGT--CTATGGGCT---TCTGTGAAGGATGC-----C-T-CTTTGC-T-ATA-------------GACCTTTCTGTTTATCTTT---ACAATGATTTGACATTCCGG--TTTTAGGACCTGTAAGACGGATCT-C-TCTTCTATACTT----ATCGCT----AACCTTTTCTGACTTCTGTa
gi|6 : actTTTCAAAGTATGAGGTG-AT-ACAACTGGATAACACAAGA-ACAA------TGCAGA--AC--CAGGTG-GACC---TAGTGTGAA-ATTT-AATC-----CA-GTTTCTCG-CGTTCC--TAAAAG--------------------GCTGTGG-T----------------TCTCAGAG-GT----TG--AAA---TT-T--C--CA-GTGAACTTGAC-TTGAT-GGAA----TTGT-G-GA--AAG-----AGT----A--A-TCA---CTAGAAAG-TTA-G-C-GA-GTC--TTTCAC--GATCGTC-----------AATCC-TC-TT-CATTAGAA-TGTC--G-------------T---ATG--AAACTTAACCAACTAAGAG-GTTTA-AATGGTGA----ttccacggcatcaatacaagactcttaaggctctagttttacctggtgttgttcccaggcattcctaggtcgaaaaagctatggtttttctaagt
gi|7 : gagatctgagcatgttttcgcacacatcattaataaatgtatgggttatccaaatctagtcttgtatcatgctcattcagtgttggtaaactgatttgatccgttgaggttttcttttggtgctggacgagggttgtcgggtttgtcggtccgtcgtgacatctcatgaaatgtccttgaaaggatcttctcctgtttgtctcaaataatgtttgagatttgtcttcggctctgagagattgtccttgcgctgaaaagtatgggaagttatagcaagaatgcagtgatagggccatccaaatcccggcaat-TATTCAAC---TATGT-TTTTAG-G-AT----TA--AAA---TT-TTTC-ATA-GTAA-----AC-ATGAT-AGAA----TGATTG-AC--A-G-----AGCATGCA--A-ATGTTCCGACATTG-TT--TAC-AA-ATC--TAT--C--GACC--------------------AC-T-----CTCAA-AATTCAA-------------TCA-ATG--AAATGAAGACA---------GCTTA-ACAGGCTA----T-ATATATACA-TGTATATA-TTCCAGTTTGCCC--CAAAATATTTAAAACATACACTG-GTGCCATTCTGGT-TCTCATAGCTGT--C-AATAATCTGCGGGTACTGTTCACCA-TTACACATG-AAataaagtaggag
gi|7 : aGTTACGTT-ATAGGTCACGACGAG-GACACGGTGTTG-CAGGCTTGATCAGAGAGAGAGAGAGT-TTTTTATTGAGCA-------A---GTCA----G-----TCGTGTC---------TTTAA------ATATGAAGGTCAATC-T-T-CTACATTCCGACAAAGATGTAAACAAATAAATTG-AG--A-----G-AT-GTTTTCCGTAAGATATCTA----------AGGGCACTGACATGATGAGGGGCC--CCGGTATTCCTagagctgaatgtaaaggaaccactgtactacccaaatttccccgtgtgtgtcgatacccaagctattcgttacgttataggtcacgacgaggacacggtgttgcaggcttgatcagagagagagagagttttttattgagcaagtcagtcgtgtctttaaatatgaaggtcaatcttctacattccgacaaagatgtaaacaaataaattgagagatgttttccgtaagatatctaagggcactgacatgatgaggggccccggtattcct
gi|8 : atattcaactatgtttttaggattaaaatttttcatagtaaacatgatagaatgattgacagagcatgcaaatgttccgacattgtttacaaatctatcgaccactctcaaaattcaatcaatgaaatgaagacagcttaacaggctatatatatacatgtatatattccagtttgccccaaaatatttaaaacatacactggtgccattctggttctcatagctgtcaataatctgcgggtactgttcaccattacacatgaaagagctgaatgtaaaggaaccactgtactacccaaatttccccgtgtgtgtcgatacccaagctattc-TATTCAAC---TATGT-TTTAGGA---T----TA--AAA---TT-TT-C-ATA-GTAA-----AC-ATGAT-AGAA----TGATTG-AC--A-G-----AGCATGCA--A-ATGTTCCGACATTG-TT--TAC-AA-ATC--TAT--C--GACC--------------------AC-T-----CTCAA-AATTCAA-------------TCA-ATG--AAATGAAGACA---------GCTTA-ACAGGCTA----T-ATATATACA-TGTATATA-TTCCAGTTTGCCC--CAAAATATTTAAAACATACACTG-GTGCCATTCTGGT-TCTCATAGCTGT--C-AATAATCTGCGGGTACTGTTCACCA-TTACACATG-AA
gi|8 : aaGTTACGTT-ATAGGTCACGACGAG-GACAC-GTGTTG-CAGGCTTGATCAGAGAGAGAGAGAGT-TTTTTATTGAGCA-------A---GTCA----G-----TCGTGTC---------TTTAA------ATATGAAGGT-CATC-T-T-CTACATTCCGACAAAGATGTAAACAAATAAATTG-AG--A-----G-AT-GTTTTCCGTAAGATATCTA----------AGGGCACTGACATGATGAGG-GGC--CCGGTATTCCagagctgaatgtaaaggaaccactgtactacccaaatttccccgtgtgtgtcgatacccaagctattcgttacgttataggtcacgacgaggacacgtgttgcaggcttgatcagagagagagagagttttttattgagcaagtcagtcgtgtctttaaatatgaaggtcatcttctacattccgacaaagatgtaaacaaataaattgagagatgttttccgtaagatatctaagggcactgacatgatgaggggcccggtattcc
gi|9 : aatattcaactatgttttaggattaaaattttcatagtaaacatgatagaatgattgacagagcatgcaaatgttccgacattgtttacaaatctatcgaccactctcaaaattcaatcaatgaaatgaagacagcttaacaggctatatatatacatgtatatattccagtttgccccaaaatatttaaaacatacactggtgccattctggttctcatagctgtcaataatctgcgggtactgttcaccattacacatgaaagagctgaatgtaaaggaaccactgtactacccaaatttccccgtgtgtgtcgatacccaagctattcGTT-TTACTCTTGGTG--AAG--TGTCGA--CATAG--G-A-CAAATGCAGCTGA-TTCTTTTGGCTAAATCTTTTGGCATACCTTTGAATGTGTGGGGTGGATGACATTTTGTAAGTAGCAAGTATAAA-----TG-AGA--AT--C-AGTG-GGCT---TATTGCTAA-ATCGGAACT-----CT-ATCTGG----GTTTCAGTTATCG--------TG----------GCTGTGG-TATACAAGAG-T--GT-TT-------------------A---TT-T--CCACT-GTGA-----AT-TTGAC-AGAG----TGGT-G-GA--ATG-----GGTTGGCA-------------TGCAG-TC--A-C-GATATC-ATTT--A--GGCAATCTCTGCTATATGGATGA-AC-TT-TTTGTCAAATTTC--A-------------TCG-ATG--AAACGCAATAAGCTTAGAG-GCCTA-CACGGCAA----TTGCATGAGCG-TAT-TTTG-TTTCAGTTTTACCATGAATAGTTT---GGCATATGAGG-ATTTCATATTGGT-TGCCGCAAGTTCGAA-AGTA-----CATGTAGCAATCACCA-CTGAACATG-AAATTGT-------T--------GAAGTTTAG--CATATT----------CCAGGAG-ATGGG--TGAGCGAATCT-GTGCAATGGA---C
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): TTTTCAATGTCTGCTCAACTGCTTCGGATGTAAGACTCGAGGGCTGCACATCTTCCTGATGGAGGTTCCCATTTGCTCTTAGTTCGGTAGAGTTTGTGATTTTTAGGTCATCAAGTTTGGCCTCCTCGTAGTTGCCATCGTCCTCGTCTTTTCTGGAAAAATGTTCCTC
Unaligned ( gi|25 ): GGAAAGTTCAATCGGAATGACTACATCTCGCGTCATCCGATAAAACATACAAATTCATGTTCGATTTCTGGAGTGGAGGAGTATGTAAACTTTGTCGTAGAAACGA
Unaligned ( gi|31 ): GGATTTTCCAGTAATAAGTAGTAGTGCCGCAGGTGCGGCGGATGCTGGTGGCCAAAGCCCAAGG
Alignments
lowQualScore : 33333333333333333333 11111 11111 1111 33333333333333 1111111 111111111111 1 2222222 11111 33333333 333333333333333333333333333 11111111111 2222222222222222 11111 22222222222222222222222222 111 33333333333333333 4444444444 11111 4444444444444444444 2 1 22222 111111 1111 11 1111111 1111111111 33333333333333 111111 111 22222222 2222222222 111111 44444444444444444444 11 1111 111 2 1111 22222 2222 222222 22 111 333333333 22222 1 11 11 1 222 1111 22 1 11
lowQualScore : 1 6 0 6 44444444444444444444 2 77 4 66 2 88888 2 0 3 2 0 777 4 22222 5 55 55 4 4 777 1 1 66 4 00000 4 0000 2 22 1 7777 3 77777777777777 2 6666666 5 0 555555555555 444 5 99 1 44 2 555 77777 2 6666 0 8 5 1111111 00000 44 00000000 333333333333333333333333333 33333333333 1 3 0 3 2222222222222222 99 55 00000 3 55555555555555555555555555 8 4 0 0 1 1 444 4 0 4 1 4 1 0 1 8 0 4 77777777777777777 5 3 0000000000 5 00000 1 77 2 4 0000000000000000000 1 0 5 0 66 4 0 5 2 0 5 5 1 2 0 2 3 4 00000 4 1 222222 2 5555 4 11 0 3333333 777 1 1111111111 11111111111111 000000 0 3 2 333 8 9 3 6 1 3 11111111 4 4 0 1111111111 0 7 777777 1 66 0 1 2 44444444444444444444 0 1 1 11 7777 0 666 0 1111 1 3 4 8 00000 0 8 0 8 44 8 0 4444 111111 3 33 8 1 1 1 99 1 777 0 0 000000000 2 22222 99 2 0 3 22 0 3 11 2 0 33 66 11 0 0 666 1 7777 22 3 88
lowQualScore : . . . . .................... . .. . .. . ..... . . . . . ... . ..... . .. .. . . ... . . .. . ..... . .... . .. . .... . .............. . ....... . . ............ ... . .. . .. . ... ..... . .... . . . ....... ..... .. ........ ........................... ........... . . . . ................ .. .. ..... . .......................... . . . . . . ... . . . . . . . . . . . ................. . . .......... . ..... . .. . . ................... . . . . .. . . . . . . . . . . . . . ..... . . ...... . .... . .. . ....... ... . .......... .............. ...... . . . ... . . . . . . ........ . . . .......... . . ...... . .. . . . .................... . . . .. .... . ... . .... . . . . ..... . . . . .. . . .... ...... . .. . . . . .. . ... . . ......... . ..... .. . . . .. . . .. . . .. .. .. . . ... . .... .. . ..
lowQualScore : 0 5 8 7 77777777777777777777 1 99 0 11 2 66666 5 1 8 7 1 888 1 55555 0 55 55 0 0 000 6 4 33 0 00000 0 8888 6 66 8 7777 5 55555555555555 9 0000000 7 2 999999999999 444 3 00 4 33 9 000 11111 9 1111 4 6 7 8888888 77777 66 00000000 999999999999999999999999999 44444444444 2 6 1 6 4444444444444444 55 00 66666 6 33333333333333333333333333 0 0 3 8 0 4 000 4 9 4 1 4 0 8 9 9 9 4 77777777777777777 7 0 0000000000 0 11111 1 88 8 4 1111111111111111111 0 0 0 8 11 4 2 0 7 3 7 7 0 5 0 7 7 4 66666 4 9 888888 9 7777 4 00 7 0000000 000 9 3333333333 55555555555555 555555 4 6 4 999 9 4 8 4 2 9 44444444 4 4 2 9999999999 2 6 999999 1 99 2 4 8 00000000000000000000 7 0 4 00 0000 8 000 0 8888 4 8 6 0 00000 8 0 8 2 66 0 6 0000 888888 8 00 2 0 4 7 22 0 555 2 8 888888888 5 00000 00 5 2 5 88 0 2 22 0 2 88 22 22 2 0 555 0 2222 55 3 33
consensus : TTNAGGAGTTTGTT-TTGTTTTT--CG--AAG--T-CCGAGCCAGNG--GAGCAGATGCGGCGGA-CTCGGGTGGCTAAACCCTTAGGNACACCTTTGAAAGTATGGGGTGGATGACAGCTGG---ATGGCATAAGGTACAAA-----TG-AGA--GT--C-GGTG-GGCT---TAGTGTGGAGATTG-AACT-----CA-ATTTCNC--CGTTCNTGAGT----GTGGC--------T-----GTGG-TATCCAAGAA-TACGT-TCTTGGAG-GT----GG--AAA---TT-T--C-ACA-GTGAAC-TT---GA-----T-GGAA----TGGT-G-AAATG-----AGTT----TGCA--AT-CG---CGATAAAG-TC--T-C-GAGGC--TTT--C--G--ACCGTC--AACCC-ACTT-CATCTCAA-TGTC--A-------------TCN-ATG--AAACGTAGCCAACTAAGAG-GCTTA-ACTGGCGA----T-GTATGAGCA-TGT-TACG-TTCCAGTCTTCCCATNAAGATGTT---GGCATACGATG-GTGCCATTTTGGT-TCCCATAGCTGTGCC-ANTAATTTGCAGGTAGTGTTCACCG-TTGAACATG-AAGTTAT-------T--------GA-ACTTGAGGACATGTT----------CAAGAAG-CTGGA--CGAGCGATTCN-GTNGAA-GGA---CG--TC-----GACT-GACCCTGTTG-TTCCAAACCTCTCTAC--AGGCCTCGA-TACCCT-CATCGTGTGGAATGTTAGT-G-TAAAGTGAAGTNACATCCAT-GGTCACGAGGAG-G-----GTATTGTCNGG-TAGGTCCGA---AGAGGGGGT-TTT--ATTGAGGT-------A---GTCA----G-----TC----C---------TTCAA------GTATGACGGT-AANT-T-T-CTACATGCGGACGGAGATGTAAATTAATAAATTCAG--A-----G-AT-TTTCTCCGTGGGATGTCCA----------ATGGCACCGAC----T-ACGGGGCGGC--CAGGCATNCCTTC-T----TGTGGAT-TTT---AGGCGGTAGATAAAATTGTCCAGG--TCTA----CAGTTGAG--AGACAGCAGTGTTTCGAAGACGTCGTC-ACCA-----ATTTCCTCGTCTTTGTAC-ATCTGCTCGAGAG-TTTC-G--TGGTCGT---GGCNGAAAACG-CTTCGCTAGGGTCGGANTCCAGTTTTGTGTAAAACCGTTCATCCGAGAGCTGT--CTGTGNGCT---TCTGCCATGTATGT-----T-T-CTTGTCT----AATACCACCGCTGTTGACCCTT-TGTCTGCCTTTTTGNTAACGATGT--CATCCCGGTTTTTTAGCNCTTGTAAGGCTGA-CC-C-TCTTCTTTNCTT--AGATTGTTC-GGAACC-TTTCTG--TTTTGTC
Reference ( family-136 ) : TTNAGGAGTTTGTT-TTGTTTTT--CG--AAG--T-CCGAGCCAGAG--GAGCAGATGCGGCGGA-CTCGGGTGGCTAAACCCTTAGGNACACCTTTGAAAGTATGGGGTGGATGACAGCTGG---ATGGCATAAGGTACAAA-----TG-AGA--GT--C-GGTG-GGCT---TAGTGTGGAGATTG-AACT-----CA-ATTTCNC--CGTTCNTGAGT----GTGGC--------T-----GTGG-TATCCAAGAA-TACGT-TCTTGGAG-GT----GG--AAA---TT-T--C-ACA-GTGAAC-TT---GA-----T-GGAA----TGGT-G-AAATG-----AGTT----TGCA--AN-CG---CGATAAAG-TC--T-C-GAGNC--TTT--C--G--ACCGTC--AACCC-ACTT-CATCTCAA-TGTC--A-------------TCN-ATG--AAACGTAGCCAACTAAGAG-GCTTA-ACNGGCGA----T-GTATGAGCA-TGT-TACG-TTCCAGTCTTCCCATNAAGATGTT---GGCATACGATG-GTGCCATTTTGGT-TCCCATAGCTGTGCC-ANTAATTTGCAGGTAGTGTTCACCG-TTGAACATG-AAGTTAT-------T--------GA-ACTTGAGGACATGTT----------CAAGAAG-CTGGA--CGAGCGATTCN-GTNGAA-GGA---CG--TC-----GA---GNCCCT-TTG-TTCCAAACCTCTCTAC--AGGCCTCGA-TACCCT-CATCGTGTGGAATGTTAGT-G-TAAAGTGAAGTNACATCCAT-GGTCACGAGGAG-G-----GTATTGTCNGG-TAGGTCCGA---AGAGGGGGT-TTT--ATTGAGGT-------A---GTCA----G-----TC----C---------TTCAA------GTATGACGGT-AANT-T-T-CTACATGCGGACGGAGATGTAAATTAATAAATTCAG--A-----G-AT-TTTCTCCGTGGGATGTCCA----------ATGGCACCGAC----T-ACGGGGCGGC--CAGGCATNCCTTC-T----TGTGGAT-TTT---AGGCGGTAGATAAAATTGTCCAGG--TCTA----CAGTTGAG--AGACAGCAGTGTTTCGAAGACGTCGTC-ACCA-----ATTTCCTCGTCTTTGTAC-ATCTGCTCGAGAG-TTTC-G--TGGTNGT---GGCNGAAAACG-CTTCGCTAGGGTCGGANTCCAGTTTTGTGTAAAACCGTTCATCCGAGAGCTGT--CTGTGNGCT---TCTGCCATGTATGT-----T-T-CTTGTCT----AATACCACCGCTGTTGACCCTT-TGTCTGCCTTTTTGNTAACGATGT--CATCCCGGTTTTTTAGCNCTTGTAAGGCTGA-CC-C-TCTTCTTTNCTT--AGATTGTTC-GGAACC-TTTCTG--TTTTGTC
gi|1 : TTTAGGAGTTTGTT-TTGTGTTT--CG--AAT--T-CCGAGCCAGAG--GAACAGATACGACGAA-ATCGTGTAGCTAAACCCTTAGGTACTCCTTTGAAGGTATGAGGTGGATGACAGCTTG---AAGGCATCAAGTACAAA-----TG-TGA--GT--C-AGTG-GGCT---TTGTGTGGAGGTTG-AATT-----CA-ATTTCAC--CATTCATGAGA----GTGGA--------A-----GTAG-TATCCAAGAA-TACGT-TCTTGGAG-CT----AG--AAA---TT-T--C-ACT-GTAAAT-TT---AA-----T-GGAA----TGGT-G-AAATG-----AGTT----GGTA--AA-GG---AGATAAAGTTT--T-C-AAGCCGATTT--C--G--GCCCTC--CGTCC-ATTT-CATTTCAA-TGTC--A-------------TCA-ATG--AAGCGCAACCAACTATGTG-GCTTA-AAAGGCGAC---T-GTCTGAGTA-AGT-TACG-TTCAAGTCTTCCCATGAAAATGTT---GTCGTACGAAG-GGACCATTTTCGT-TCCCATAGCTGTGCC-ACTAACTTGTAAGTAATGTTCGCCA-TTGAACATG-AAGTTAT-------T--------GA-GTTTAAGGACATGTT----------CAAGGAA-CTTGA--CCAACGATTCT-GTGGAA-GGA---TGTTTC-----AG---GGTCCTGCTA-TCTCAAACCTCCCTGC--AGGCTTCAA-TGCCTT-CATCGTGGGGGATGTTTGA-G-TAAAGCGAAGTCACATCCAT-GGTCACGAGAAG-G-----GTATTGTCAGG-TAGGTTGGA---AGAGGGGGT-TTT--GTTGAGGT-------A---ATCA----G-----TC----C---------TTCAA------GTGTGATGGT-AGTT-T-TACAACATGTGGGCGGAGGTGTAGGTCAATAAATTCTG--A-----G-AT-TTTCTCCGTGGGGTGTCCA----------ATGACACTCAC----T-ATGGGGCGGC--CAGGCATACCTTCTT----TGTGGAT-TTT---AGGCAATAGATAAAATTGCCTAGG--TCTA----CAGTTGAG--AGGCAGCAATGTTTCAAAGACATCATT-ACCA-----ATTTCCTCGTCTTTGTAC-ATCTGCTCAAGAG-TGTCAG--TGGTTGT---GGCAGAAAACG-CTTTGCTAGGGTCGGAGTCCAGTTTAGTGTAAACCCATTCATCCGAGAATTAT--CTGTGCGCT---TCCGCTATGTATGT-----TGT-CTTGTCT----AATACCACCACTGTTGACCCTT-TGTCTGCCTTTTTGATAACAATGT--CATCCCGGTTTTTTAGCTCTTGTAAGGCTAA-CCAC-TCTTCTTTGCTT--AAATTGTTCAGGAATC-TTTCTG--TTTTGTC
gi|10 : AA---TTGT--C-ACG-GTGAAC-TT---GA-----T-GGAA----TAGT-GGAAAT------AGTT----TGCA--ATGTG---TGATAAAG-GC--G-CAGAAGC--TTT--T--ATAACCGCC--AAACC-ATTT-CATCGCAA-TGTC--A-------------TCTTATG--AAACATAGCCAAATAAGAG-ATTTA-TCT--------------TAAG----GC-TATT-TTCCAGTCTCCAAATTA-GATGTT---GGCATACGATG-GTGCCATTTTAGT-T-CCATAGCCGTGCC-ATTAATTCGCAGGTAGTGCGCACCGTTTTAACATG-AAGTTAT-------TATGATATAAA-ACTTGAGGACAAGGTCAAACTGA--CAAGAAG-CTGAA--TGAGTGGTTCA-GCCGAA-GGA---CA--TC-----GAT--AACCCTATCG-TTGCATACTTCTCTAT--AAACCTCAA-TATCCT-TAT
gi|11 : AACTTCCCTACGAAAGCCTCGA-TAGACA-CCTCACGTGGAATGTTAGT-G-CAAAGTGAAGTAACATCCA--AATCAC-AG---------------GTC-----AAGCCCGA---GAAAGAGAT-TTT--ATGTAGGTCATTATCA---GTAT----G-----TCGTGTC---------CTCAA------AGATGACGGT-AAAT-gtatttagagttgttccttcaggtgtgatgacaaatc
gi|11 : ttaaatggctctataattatcCGG--A-----G-AT-TT-CTCCGGGGGAAGTTCA----------ATAGGACTGAC----T-ACAGGGCGGCGTCA--CATGTCTTC-------GTCGA---TT---AAACATTA-ACAAAATTactttcctctacaagttaaaattagacttgttcagtgcaatgtatcgtattctactgtaactcgtatacatgccggcggagatttctccgggggaagttcaataggactgactacagggcggcgtcacatgtcttcgtcgattaaacattaacaaaatttcgcatcgtggatcactgaaatggacgagtagagtgtcctaatttgccccctagaaaag
gi|12 : ttaaatggctctataattatcaacttccctacgaaagcctcgatagacacctcacgtggaatgttagtgcaaagtgaagtaacatccaaatcacaggtcaagcccgagaaagagattttatgtaggtcattatcagtatgtcgtgtcctcaaagatgacggtaaatactttcctctacaagttaaaattagacttgttcagtgcaatgtatcgtattctactgtaactcgtatacatgccggAA---TTGT--C-ACG-GTGAAC-TT---GA-----T-GGAA----TAGT-GGAAAT------AGTT----TGCA--ATGTG---TGATAAAG-GC--G-CAGAAGC--TTT--T--ATAACCGCC--AACCC-ATTT-CATCGCAA-TGTC--A-------------TCT-ATG--AAACATAGCCAAATAAGAG-ATTTA-TCT--------------TAAG----GC-TATT-TTCCAGTCTTCCAAATTAGATGTT---GGCATACGATG-GTGCCATTTTAGT-TCCCATAGCCGTGCC-ATTAATTCGCAGGTAGTGCGCACCGTTTTAACATG-AAGTTATTATGATAT--------AA-ACTTGAGGACAAGGTCAAGAACTGACAAGAAG-CTGAA--TGAGTGGTTCA-GCCGAA-GGA---CA--TC-----GAT--AACCCTATCG-TTGCATACTTCTCTAT--AAACCTCAA-TAtcgcatcgtggatcactgaaatggacgagtagagtgtcctaatttgccccctagaaaag
gi|13 : CACAAGGAG-G-----G-ATGTTCTGG-TAGACCCGA---TGAATGGGT-CTT--ATTAAGGT-------A---TCCATCGTG-----TC----C---------TTCAA------GTATGACGGT-AAATCT-T-TTACATGCTGACGGAGATGTAAATCATTGAATTCAA--AA----G-AT-TTTCTCCTTGGGATGTACA----------CAGTCACCAAC----T-ACAGGACTAC---AG--------TC-TAACATGTGGAT-TTT---TGGCAGTAAATAAAATCATCCTGG--TCCA----CAGT------AGTTAG-AAT------AAG--GTTGCC-ACCG-----AT---CTCGTCCTTGTATGATTTTTTGGAATG-TTTC-GGTTGATCTT---GGCCGAAAAC--CTTTGTTGGGGTCAGATCGTGACTTTTTATAATAGCGTTT-TCCGAGAGCTGT--Ct
gi|14 : cGCAGA-TGCGGGTAGTCAAACCCTTAGGAACACCTTTGAAAATATGATGTGGATGACTACTGG---ATGGCATAAGGTACAGA-----TG-AGA--GT--C-GGTG-GG---------------------------------TTTCCC--CATTTCTAAAT----GTGGC--------T-----GTGG-TATTCAAAAAGTA--T-TCTTGGAG-GT----GG--AAA---TT-TC-C-ACA-GCGAAC-TT---GA-----C-GGAA----TATT-G-GAATG-----AGTT----AACA--AT-CT---TGATAAAG-TCG-T-T-GAGGC--TTT--CATG--ACCGTC--AACCC-ACGT-ATTCTCAA-TGTC--A-------------TCT-ATG--AAACGTAGCCAAATAAGAG-aatga
gi|15 : ctgtttttcagacgacttttgaggatgtttcctgctccaggaaagcagcagtagtagt-----TC----T---------TTGAG------GTATGACGGC-AAATCT-T-CTACATGGGGTTGGATATGTAAATTCAGAAAATC----------G-ATACCTCTCCTTGGGATGTCCAGATGAAGATGATGGCACTTGC----A-ATGGGTCGAC--CAGGCACGCCTTC-TC---TGTGGGTATTTGTAAGGAGATAGACA----TGTCCTGGATTTTG----TAAGTAAGCTAGACAG-AGTTCTTCGTAAACGTAGTG-TTCA-----ATTTCTTCTTTTTTGTAC-ATTTTATCGAGAG-TTTC-----GGTTATGAGGGCTGAAAATT-CCTCTGTAAAGTCTGAATTCAGCTTTTTGTAAAACCGCTCACCAGATAGCTGT--
gi|16 : tggtaAGTG--GTGCAGATGCGGCGGA-TGCGGGTAGCCAAACCCTTAGGAACAC-------------AGGTGGATGAAAACTGG---ATGGCATAAGGTACAGA-----TA-AGA--GT--C-GGTG-GGTT---TAGTGCACAGATTG-AGCT-----CA-ATTTGCC--CATTTCTAAAT----GTGGC--------T-----GTGG-TATACAAAAA-AGTAT-TCT--GA--GT----GGTAAAA---TC-T--tgg
gi|17 : ggaggaggattgtcggttctgtcgtgacatctcatcaattgccgtctgtacctcgcagtgatcatatcctctgtttttcagataacttttgaggatttccccatagtctaggaaagcagtagtTATAAAAGCATTCGTTCGAGAGCTACAATTGGGGGCTCTGTTTACCATGCAAGTGCTTGT-T-CTTGTCCTAACAATAT-ACCG-----GAC--TT-TGTCTATTCTTTTATTGACAATAC--CCCCCTGG-TTTCCAGTGTTTGCAACGTTCA-TC-TATTTTCCTTCGTTTGAGATTTTTC-Gatagactttcgttgatatagtg
gi|18 : tgtgatttacaagcacaatgttttagggtaacgtaggatctagactgtaaccatTCGAGGAATT-GTCGTTGCTTTT--GG--AAC--T-TCG---TAGTT--GAACAGATGCGACGGA-TTCGGGTGG----ATC---AG-----CGTTTGAATGTATGAGATGG---------------TGGCAAAAGGTACAAA-----TG-ACATTGTAAC-AGTG-GGCT---TATTGTGGATATTG-AACT-----CATATTAC-C--CGTTTATAAGT----GTGGA--------A-----GTAG-TATCCATGAA-AATAT-TCTTGGAA-GT----CG--AAA---agattaaatttggctttgcattaagaatttttgtcg
gi|19 : gatcatttcctgtctgtgagataagtcTGG-T-TTCAAAAA-T-CAT-TGATGGAG-GT----GG--AAA---TT-T--CCACA-GTAAAC-TT---GA-----T-GGAA----TAGTGG-AAATACATATAGTA----TGCA--AT-T----TGATAAAG-----T-C-G-------TT--C-----ATC-TC--AA--T-A--T-CAT-TTAA-T-TA--A-------------NNN-NNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNN-NNNNNNNN----N-NNNNNNNNN-NGC-TACG-TTCAAATATCTTCATAAAGATGTG---GTAATAC
gi|2 : tgaaaattgaa----T-GTATGAGGA-TGT-TGCG-TTCAAGTCTTCCCATGAAAATGTT---GGCATACGATG-GAGCCATCTTTGT-TCCCATAGCTGTGCC-AC----TTGTAAGTAATGTTCTCCG-TTGAACATG-AAGTTGT-------T--------GA-GTTTGATGATATGTT----------CAAGGAG-CTTGA--CCAACGATTCT-GTGGAA-GGAATTTG--T------GG---GGCCTTGTTA-TTCCAACCCTCTCTGC--AGGCTTCAA-TGCCTTCCATCATAGGGGATGTTCTT-A-TAAAGTGAAGTCACATCCCT-GGTCACAAGAAG-A-----ATATTGTCAGG-TAGGTTGGA---AGAAGGGTT-TTT--GTTATGGT-------A---GCTA----G-----T-------------------A------GTATGATGGT-AGCT-T-TACAACATGTGGTCGGAGATGTcta
gi|2 : tGAGATGTCCA----------ATGACACC---------ATGGGACGGC--CAGGCATACACTC-T--------G---TTT---AGGGGGTAGATAAAATTGTCCAGA--TCTA----CAGTTGAG--AGAAAGCAGTGATACAAAGACATTGTC-ACCA-----AGTTCCTTGTCTTTGTAC-ATCTGCTTAAGAGTTTTT-G--TGATGGT---GGCAAAAAACGTTTTCG-TAGGGTTGGAGTCCAGTTAAGTGTAAAACCGTTCATCCGAGAGTTGT--CTGTGTGCT---TCTACCATGTATGT-----T-TCCTTGTCT----AATACCACCACTGTTGACCCTT-TGTCTGCCTTTTTGTTAACAATGT--CATCCTGGTCTTTTAGCTTTTGTAAGACTGA-CC----TTTCTTTCCTT--AGATTGTCCTGGAACC-TTGCTG--TTTTGTCccaatgacaccatgggacggccaggcatacactctgtttagggggtagataaaattgtccagatctacagttgagagaaagcagtgatacaaagacattgtcaccaagttccttgtctttgtacatctgcttaagagtttttgtgatggtggcaaaaaacgttttcgtagggttggagtccagttaagtgtaaaaccgttcatccgagagttgtctgtgtgcttctaccatgtatgtttccttgtctaataccaccactgttgaccctttgtctgcctttttgttaacaatgtcatcctggtcttttagcttttgtaagactgacctttctttccttagattgtcctggaaccttgctgttttgtcaagtagtttttcgatgtcctgctcaactgcttggatgtaggactcgagggctgcacattttactgatggaggttccaatttgctcttagttcggtagagtttgtgtttctctaggtcatcaagtgtgacttcatcgtagctggcaccatccttggaaaagagtgtcct
gi|21 : ttgtatgaggatgttgcgttcaagtcttcccatgaaaatgttggcatacgatggagccatctttgttcccatagctgtgccacttgtaagtaatgttctccgttgaacatgaagttgttgagtttgatgatatgttcaaggagcttgaccaacgattctgtggaaggaatttgtggggccttgttattccaaccctctctgcaggcttcaatgccttccatcataggggatgttcttataaagtgaagtcacatccctggtcacaagaagaatattgtcaggtaggttggaagaagggtttttgttatggtagctagtagtatgatggtagctttacaacatgtggtcg--GT--C-GTTGTGGTG---TGGTGTGGAGGCTG-AATTGTTGCCA-AT----C--C-TTCGTGAGC----G--GCAAGAAATATAAA--GTGAATATCCAAGAA-TACGTATTTTGGAA-ACACTAGG--ATT---TT-T--C-ACGTGTGAACTTT---AA-----T-GGAATAGCTGGT-G-AAAaagtagtttttcgatgtcctgctcaactgcttggatgtaggactcgagggctgcacattttactgatggaggttccaatttgctcttagttcggtagagtttgtgtttctctaggtcatcaagtgtgacttcatcgtagctggcaccatccttggaaaagagtgtcct
gi|22 : aatggaagaccagtg-GGA---CA--CT-----GACTTGACTTT-TTG-T-CCAAATCTTTCTAC--AAGCCTCGA-TACCAT-CATCCTGTGGAATGTTAGTGG-TAAAGTGAAATAGCATCCAT-GGTTACAAGTTGTG-----ATA-TGTATGG-TTAGTCCGA---TGAGGGAAT-TTT--ACTGAAGT-------A---AT
gi|23 : g--GT--C-GTTG-GACTGTTTGGTGTGGAG---G-CGCT-----GA-ATTTTGCATCCTTCGTGA-------CGGCACAAAATATAAAAGGTGA-TATCCAAGAC-TACGTATTTTGGAACAT----AG--CGATTCTT-T--C-AC---TTAAC-TTTGAAA-----T-GGAA----TTAT-G-A
gi|24 : tgATGTT----------CGAGAAAACTGAAAATGAGTTATTTAAGTAACA-GGG---CA--TTTGGGTGA---AACTAT-TTG-TTCCTTGCTTCTCTAC--AGCTCTCG--TACTGT-CATTGTGTGGAATGTTACT-GATACAGT-AAGTAAAATCttggtaaa
gi|26 : TGCT-CTGTTCTT--TATAAAG--T-GCAGG--AGTA--GAGCAGATATGGCGTA-CTCTGGTGGCTAAACCTTTAG--------------GTATGGGTAGAATGGCAACTAG---ATGGC
gi|27 : ttttagatggaT-TTTCGGAA-GA----GA--AAA---TT-T--CCATA-GTGAAC-TT---GA-----A-GGAA----TAGT-G-GACAG-----ATTT----TGCA--AT-TT---TGATAAAG-TCG-T-T-GAGGC--GTTCAC--G--ACC
gi|28 : aagta-----TC----C---------TTCAG------GTGTGATGAC-AAAT-CCT-CTACATGC---CG-AGATGTGAATTAAGAAATTCAGATA-----T-AT-TTTCT
gi|29 : cttatgtatttagagttgttT--ATTTAG---------A---GTTG----T-----TC----C---------TTCAG------GTGTGATGAC-AAAT-CCT-CTACATGC---CG-AGATGTGAATTAAGAAATTCAGATA-----T-AT-TTTCT
gi|3 : cttatgTTGAGGA-TTTGTT-TTTTCTTT--TGGAAAG--T----AGTAAGAGCAGAGCAGATGCGGCGGA-CTCGGGTAGCTAAACCCCTGGGAAC-CCTTTAACAGTACGGGG--AACGGAAGTTGA---ATGGCACAAAGTACAAAATTAATG-AAA--AT--C-GATT-GCCT---TTGTGTGAAGATTG-AACT-----CA-ATTTCTC--CATTTACGAGT----GTGGT--------T-----GTGG-TATCCAAGAA-AGTGT-TCTTGGAG-GT----GA--AAA---TT-T--CTACA-TTGAAC-TT---GA-----T-GGAA----TAGT-G----------------------------------GGTAAAG-TT--T-C----------T--C--G--ATCGTC--AACCA-TATT-CATCTCAA-TGTC--ATATTTTATGAAATTTT-ATG--AAATGTTGCC-AC---GAG-ATTTA-ACTGGTGAAAATT-GTTAGAG----GG-TACG-TTACAGTCTCCCCATAAAGATGTT---GATATACGATG-GTGCCATTTTGGT-TCCCATAACTATGCCAAATGATTTGCAAATAGTGTTCACCA-TTGAACATT-AAGTTAT-------T--------AA-ACTTGA-GACATGTG----------CAAGAAA-CTG---------------------A-GGA---CT--TT-----GAATTGTCCTG-TTA-TTCCAA--------------GACTCGATTCCCCT-CGTGATGTGGAATGTCAGT-G-TAA
gi|30 : aaggtcccagtgtctgaactgtatatttgcaaatttgacctctgaggtctgagcatgttttgaatcgctctattcagtctagtccttacttccatgtcgcgcaagtttcagggtgtgtgaaggtactccagccagctaacaggttttcttcgtactggaggagggactgtcggtcctgtcgtggcatctcatcaactgcggaatgaaccttgcaagtatcatgtcctctgtttgtcaagctagtgagttTTCAAGAGTTTGCT-TTGTTTTTTTCG--AAAATT-CCGAGCCAGAG--GAACAGATACGACGAACCTCGTGT
gi|4 : gcttACCTTTAGGCACACCTTTGGAAGTATGGAGTGGATGACAGCTGG---ATGGCATAAGGTACAAA-----TG-AGA--AT--C-TGTG-GGTT---TAGTGTGAAGATTA-AACT-----CG-ATTTCTC--CGTCCTTAAGT----GTTGT--------T-----GTGG-TATCC
gi|4 : GCTCTTTAGT----GGTGC--------T-----GTGG-TATCCAAAAACTA--T-TCCTGGAT-GT----TGCAAAA---TA-T--C-CCA-GTAAAC-TT---GA-----TCGGAA----TGTT-G-GAA-------AGTT----TGCACCAT-CT---TAATAAAC-TCGAT-T-GAGGC--TTT--CACG--ACCATC--AACCCCACTTACATCTCGA-TGTC--A-------------TC--ATGGCAAACGTAGC-AACCATGAGAGTTTACACTAGTGAG---T-G-ATGAGGAGTCT-GACGACTCCATTCTTCCCATAAATAGATT---GGCATAGGAAGCGTTCC---TTAGTGTCCCATAGCAGTGCC-ACTGGTTTGCAGGT-TTGTTCACCG-TCAAACATGGAAGTTAT-----------------ACACTTAGAGACATGTT----------CAAGAAG-CCGAA--TGAGTGACTTA-GTTGAG-GGA---CG--TT-----GACT-GCCCCT-TTGATTCCAAACCTCTTTAC--AGGCCTCAA-TACCCT-CATCATGTGGAATGTTGGT-G-TAGAGTGACGTCACATCCAT-AGTCACAAGGAG-G-----GTATGGTCTGC-CAGGCCCGA---AGTGGAGGT-TTT--ATTGAGGT-------A---ATCA----GTCGTATC----C---------TTCAAGTAGATGTATGACGGT-AAtgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngctctttagtggtgctgtggtatccaaaaactattcctggatgttgcaaaatatcccagtaaacttgatcggaatgttggaaagtttgcaccatcttaataaactcgattgaggctttcacgaccatcaaccccacttacatctcgatgtcatcatggcaaacgtagcaaccatgagagtttacactagtgagtgatgaggagtctgacgactccattcttcccataaatagattggcataggaagcgttccttagtgtcccatagcagtgccactggtttgcaggtttgttcaccgtcaaacatggaagttatacacttagagacatgttcaagaagccgaatgagtgacttagttgagggacgttgactgcccctttgattccaaacctctttacaggcctcaataccctcatcatgtggaatgttggtgtagagtgacgtcacatccatagtcacaaggagggtatggtctgccaggcccgaagtggaggttttattgaggtaatcagtcgtatccttcaagtagatgtatgacggtaaa
gi|5 : acctttaggcacacctttggaagtatggagtggatgacagctggatggcataaggtacaaatgagaatctgtgggtttagtgtgaagattaaactcgatttctccgtccttaagtgttgttgtggtatcctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATACAT-GGTCGCGAGAAT-G-----GTAT-GTC---------CTGA---GAAGTAGACATTT--GTTTAAGT-------ACTTGT-A----G-----TC----CGTGTTGTTTTTCAG------ATA--ACA----------T-GTACATGTGGAAGAAAATTTAAAGTGATGAATTCTG--ATACATGTAT-TTTCTCCATGG-AT----------------TGACACCTAC----T-ACGAGATGAC--CTGACATTCCTTC-T----TG-------------GGCAGTGGATGAAATTGTCCAGG--TCAAACGTTAGTTGA-----ACAA-AGTGTCCCGAATGCGCTATCAACTACATGTATTTCGCTGATACCATAC-A-CTG-TATAAAG-CGTC-T--TGGT----------GAGCAC----TCACTGGAGTCGGATTCAAGTTTTG-GAAAAACTGCTCATCTGAAAGTTGT--CTATGGGCT---TCTGTGAAGGATGC-----C-T-CTT----------------TGCTATAGACCTTTCTGTTTATCTTT---ACAATGATTTGACATTCCGG--TTTTAGGACCTGTAAGACGGATCT-C-TCTTCTATACTT----ATCGCT----AACCTTTTCTGACTTCTGTa
gi|6 : actTTTCAAAGTATGAGGTG-AT-ACAACTGG---ATAACACAAGA-ACAA------TGCAGA--AC--CAGGTG-GACC---TAGTGTGAA-ATTT-AATC-----CA-GTTTCTCG-CGTTCCTAAAA----G--GC--------T-----GTGG-T----------------TCTCAGAG-GT----TG--AAA---TT-T--C--CA-GTGAAC-TT---GACTTGAT-GGAA----TTGT-G-GAAAG-----AGT--------A--AT-CA---CTAGAAAG-TTA-G-C-GAGTC--TTT--CACG--ATCGTC--AATCC-TCTT-CATTAGAA-TGTC--G-------------T---ATG--AAACTTAACCAACTAAGAG-GTTTA-AATGGTGA----ttccacggcatcaatacaagactcttaaggctctagttttacctggtgttgttcccaggcattcctaggtcgaaaaagctatggtttttctaagt
gi|7 : gagatctgagcatgttttcgcacacatcattaataaatgtatgggttatccaaatctagtcttgtatcatgctcattcagtgttggtaaactgatttgatccgttgaggttttcttttggtgctggacgagggttgtcgggtttgtcggtccgtcgtgacatctcatgaaatgtccttgaaaggatcttctcctgtttgtctcaaataatgtttgagatttgtcttcggctctgagagattgtccttgcgctgaaaagtatgggaagttatagcaagaatgcagtgatagggccatccaaatcccggcaat-TATTCAAC---TATGT-TTTTAG-G-AT----TA--AAA---TT-TTTC-ATA-GTAAAC-AT---GA-----T-AGAA----TGATTG-ACA-G-----AGCA----TGCA--AA-TGTTCCGACATTG-TT--TAC-AAATC--TAT--C--G--ACC-----------ACT-----CTCAA-AATTCAA-------------TCA-ATG--AAATGAAGACA---------GCTTA-ACAGGCTA----T-ATATATACA-TGTATATA-TTCCAGTTTGCCC--CAAAATATTTAAAACATACACTG-GTGCCATTCTGGT-TCTCATAGCTGT--C-AATAATCTGCGGGTACTGTTCACCA-TTACACATG-AAataaagtaggag
gi|7 : aGTTACGTT-ATAGGTCACGACGAG-GACACGGTGTTG-CAGGCTTGATCAGAGAGAGAGAGAGT-TTTTTATTGAGCA-------A---GTCA----G-----TCGTGTC---------TTTAA------ATATGAAGGTCAATC-T-T-CTACATTCCGACAAAGATGTAAACAAATAAATTGAG--A-----G-AT-GTTTTCCGTAAGATATCTA----------AGGGCACTGACATGAT-GAGGGGC--C--CCGGTATTCCTagagctgaatgtaaaggaaccactgtactacccaaatttccccgtgtgtgtcgatacccaagctattcgttacgttataggtcacgacgaggacacggtgttgcaggcttgatcagagagagagagagttttttattgagcaagtcagtcgtgtctttaaatatgaaggtcaatcttctacattccgacaaagatgtaaacaaataaattgagagatgttttccgtaagatatctaagggcactgacatgatgaggggccccggtattcct
gi|8 : atattcaactatgtttttaggattaaaatttttcatagtaaacatgatagaatgattgacagagcatgcaaatgttccgacattgtttacaaatctatcgaccactctcaaaattcaatcaatgaaatgaagacagcttaacaggctatatatatacatgtatatattccagtttgccccaaaatatttaaaacatacactggtgccattctggttctcatagctgtcaataatctgcgggtactgttcaccattacacatgaaagagctgaatgtaaaggaaccactgtactacccaaatttccccgtgtgtgtcgatacccaagctattc-TATTCAAC---TATGT-TTTAGGA---T----TA--AAA---TT-TT-C-ATA-GTAAAC-AT---GA-----T-AGAA----TGATTG-ACA-G-----AGCA----TGCA--AA-TGTTCCGACATTG-TT--TAC-AAATC--TAT--C--G--ACC-----------ACT-----CTCAA-AATTCAA-------------TCA-ATG--AAATGAAGACA---------GCTTA-ACAGGCTA----T-ATATATACA-TGTATATA-TTCCAGTTTGCCC--CAAAATATTTAAAACATACACTG-GTGCCATTCTGGT-TCTCATAGCTGT--C-AATAATCTGCGGGTACTGTTCACCA-TTACACATG-AA
gi|8 : aaGTTACGTT-ATAGGTCACGACGAG-GACAC-GTGTTG-CAGGCTTGATCAGAGAGAGAGAGAGT-TTTTTATTGAGCA-------A---GTCA----G-----TCGTGTC---------TTTAA------ATATGAAGGT-CATC-T-T-CTACATTCCGACAAAGATGTAAACAAATAAATTGAG--A-----G-AT-GTTTTCCGTAAGATATCTA----------AGGGCACTGACA---TGATGAGG-GGC--CCGGTATTCCagagctgaatgtaaaggaaccactgtactacccaaatttccccgtgtgtgtcgatacccaagctattcgttacgttataggtcacgacgaggacacgtgttgcaggcttgatcagagagagagagagttttttattgagcaagtcagtcgtgtctttaaatatgaaggtcatcttctacattccgacaaagatgtaaacaaataaattgagagatgttttccgtaagatatctaagggcactgacatgatgaggggcccggtattcc
gi|9 : aatattcaactatgttttaggattaaaattttcatagtaaacatgatagaatgattgacagagcatgcaaatgttccgacattgtttacaaatctatcgaccactctcaaaattcaatcaatgaaatgaagacagcttaacaggctatatatatacatgtatatattccagtttgccccaaaatatttaaaacatacactggtgccattctggttctcatagctgtcaataatctgcgggtactgttcaccattacacatgaaagagctgaatgtaaaggaaccactgtactacccaaatttccccgtgtgtgtcgatacccaagctattcGTT-TTACTCTTGGTG--AAG--TGTCGA--CATAG--GA-CAAATGCAGCTGA-TTCTTTTGGCTAAATCTTTTGGCATACCTTTGAATGTGTGGGGTGGATGACATTTTGTAAGTAGCA---AGTATAAA-----TG-AGA--AT--C-AGTG-GGCT---TATTGCTAA-ATCGGAACT-----CT-ATCTGG----GTT--TCAGTTATCGTGGC--------T-----GTGG-TATACAAGAG-T--GT-TT-------------------A---TT-T--CCACT-GTGAAT-TT---GA-----C-AGAG----TGGT-G-GAATG-----GGTTGGCATGCA--GT-CA---CGATA----TCA-T-T-TAGGCAATCT--C--T--GCTATATGGATGA-ACTT-TTTGTCAAATTTC--A-------------TCG-ATG--AAACGCAATAAGCTTAGAG-GCCTA-CACGGCAA----TTGCATGAGCG-TAT-TTTG-TTTCAGTTTTACCATGAATAGTTT---GGCATATGAGG-ATTTCATATTGGT-TGCCGCAAGTTCGAA-AGTA-----CATGTAGCAATCACCA-CTGAACATG-AAATTGT-------T--------GA-AGTTTAG--CATATT----------CCAGGAG-ATGGG--TGAGCGAATCT-GTGCAATGGA---C
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): TTTTCAATGTCTGCTCAACTGCTTCGGATGTAAGACTCGAGGGCTGCACATCTTCCTGATGGAGGTTCCCATTTGCTCTTAGTTCGGTAGAGTTTGTGATTTTTAGGTCATCAAGTTTGGCCTCCTCGTAGTTGCCATCGTCCTCGTCTTTTCTGGAAAAATGTTCCTC
Unaligned ( gi|25 ): GGAAAGTTCAATCGGAATGACTACATCTCGCGTCATCCGATAAAACATACAAATTCATGTTCGATTTCTGGAGTGGAGGAGTATGTAAACTTTGTCGTAGAAACGA
Unaligned ( gi|31 ): GGATTTTCCAGTAATAAGTAGTAGTGCCGCAGGTGCGGCGGATGCTGGTGGCCAAAGCCCAAGG
Alignments
lowQualScore : 33333333333333333333 11111 11111 1111 33333333333333 1111111 111111111111 1 2222222 11111 333333333 3333333333333333333333333 11111111111 2222222222222222 11111 22222222222222222222222222 111 33333333333333333 4444444444 11111 222222222222222 1 22222 111111 1111 11 1111111 1111111111 33333333333333 111111 111 11111111111 2222222222 111111 44444444444444444444 11 1111 111 2 1111 22222 2222 222222 22 111 333333333 22222 1 11 11 1 222 1111 22 1 11
lowQualScore : 1 6 0 6 44444444444444444444 1 99 4 0 77 2 88888 2 0 3 2 0 777 4 22222 5 55 55 4 4 777 1 1 66 4 00000 4 0000 2 22 1 7777 3 77777777777777 2 6666666 5 0 555555555555 444 5 99 1 44 2 555 77777 2 6666 0 8 5 1111111 00000 44 111111111 4444444444444444444444444 33333333333 1 3 0 3 2222222222222222 99 55 00000 3 88888888888888888888888888 8 4 0 0 1 1 444 4 0 4 1 4 1 0 1 8 0 4 77777777777777777 5 3 0000000000 5 00000 1 77 2 4 111111111111111 8 666 0 66 4 0 5 2 0 5 5 1 2 0 2 3 4 00000 4 1 222222 2 5555 4 11 0 3333333 777 1 1111111111 11111111111111 000000 0 3 2 333 8 9 3 6 1 99999999999 4 4 0 1111111111 0 7 777777 1 22 66 3 1 44444444444444444444 0 1 1 11 7777 0 666 0 1111 1 3 4 8 00000 0 8 0 8 44 8 0 4444 444444 3 33 8 1 1 1 99 1 777 0 0 000000000 2 22222 99 2 0 3 22 0 3 11 2 0 33 66 11 0 0 666 1 7777 22 3 88
lowQualScore : . . . . .................... . .. . . .. . ..... . . . . . ... . ..... . .. .. . . ... . . .. . ..... . .... . .. . .... . .............. . ....... . . ............ ... . .. . .. . ... ..... . .... . . . ....... ..... .. ......... ......................... ........... . . . . ................ .. .. ..... . .......................... . . . . . . ... . . . . . . . . . . . ................. . . .......... . ..... . .. . . ............... . ... . .. . . . . . . . . . . . . . ..... . . ...... . .... . .. . ....... ... . .......... .............. ...... . . . ... . . . . . ........... . . . .......... . . ...... . .. .. . . .................... . . . .. .... . ... . .... . . . . ..... . . . . .. . . .... ...... . .. . . . . .. . ... . . ......... . ..... .. . . . .. . . .. . . .. .. .. . . ... . .... .. . ..
lowQualScore : 0 5 8 7 77777777777777777777 0 22 0 2 22 2 66666 5 1 8 7 1 888 1 55555 0 55 55 0 0 000 6 4 33 0 00000 0 8888 6 66 8 7777 5 55555555555555 9 0000000 7 2 999999999999 444 3 00 4 33 9 000 11111 9 1111 4 6 7 8888888 77777 66 222222222 5555555555555555555555555 44444444444 2 6 1 6 4444444444444444 55 00 66666 6 11111111111111111111111111 0 0 3 8 0 4 000 4 9 4 1 4 0 8 9 9 9 4 77777777777777777 7 0 0000000000 0 11111 1 88 8 4 333333333333333 5 000 8 11 4 2 0 7 3 7 7 0 5 0 7 7 4 66666 4 9 888888 9 7777 4 00 7 0000000 000 9 3333333333 55555555555555 555555 4 6 4 999 9 4 8 4 2 99999999999 4 4 2 9999999999 2 6 999999 1 88 99 2 0 00000000000000000000 7 0 4 00 0000 8 000 0 8888 4 8 6 0 00000 8 0 8 2 66 0 6 0000 444444 8 00 2 0 4 7 22 0 555 2 8 888888888 5 00000 00 5 2 5 88 0 2 22 0 2 88 22 22 2 0 555 0 2222 55 3 33
consensus : TTNAGGAGTTTGTT-TTGTTTTT--CG--AAG--T-CCGAGCCAGAG--GAGCAGATGCGGCGGA-CTCGGGTGGCTAAACCCTTAGGNACACCTTTGAAAGTATGGGGTGGATGACAGCTGG---ATGGCATAAGGTACAAA-----TG-AGA--GT--C-GGTG-GGCT---TAGTGTGGAGATTG-AACT-----CA-ATTTCNC--CGTTCNTGAGT----GTGGC--------T-----GTGG-TATCCAAGAA-TACGT-TCTTGGAG-GT----GG--AAA---TT-T--C-ACA-GTGAAC-TT---GA-----T-GGAA----TGGT-G-AAATG-----AGTT----TGCA--A----T-C-CGATAAAGTC--T-C-GAGGC---TTT--C--G--ACCGTC--AACCC-ACTT-CATCTCAA-TGTC--A-------------TCN-ATG--AAACGTAGCCAACTAAGAG-GCTTA-ACTGGCGA----T-GTATGAGCA-TGT-TACG-TTCCAGTCTTCCCATNAAGATGTT---GGCATACGATG-GTGCCATTTTGGT-TCCCATAGCTGTGCC-ANTAATTTGCAGGTAGTGTTCACCG-TTGAACATG-AAGTTAT-------T--------GA-ACTTGAGGACATGTT----------CAAGAAG-CTGGA--CGAGCGATTCN-GTNGAA-GGA---CG--TC-GA-T-GGCCCTGTT-G-TTCCAAACCTCTCTAC--AGGCCTCGA-TACCCT-CATCGTGTGGAATGTTAGT-G-TAAAGTGAAGTNACATCCAT-GGTCACGAGGAG-G-----GTATTGTCNGG-TAGGTCCGA---AGAGGGGGT-TTT--ATTGAGGT-------A---GTCA----G-----TC----C---------TTCAA------GTATGACGGT-AANT-T-T-CTACATGCGGACGGAGATGTAAATTAATAAATTC-AG--A-----G-AT-TTTCTCCGTGGGATGTCCA----------ATGGCACCGAC----T-ACGGGGCGGC--CAGGCATNCCTTC-T----TGTGGAT-TTT---AGGCGGTAGATAAAATTGTCCAGG--TCTA----CAGTTGAG--AGACAGCAGTGTTTCGAAGACGTCGTC-ACCA-----ATTTCCTCGTCTTTGTAC-ATCTGCTCGAGAG-TTTC-G--TGGTCGT---GGCNGAAAACG-CTTCGCTAGGGTCGGANTCCAGTTTTGTGTAAAACCGTTCATCCGAGAGCTGT--CTGTGNGCT---TCTGCCATGTATGT-----T-T-CTTGTCT----AATACCACCGCTGTTGACCCTT-TGTCTGCCTTTTTGNTAACGATGT--CATCCCGGTTTTTTAGCNCTTGTAAGGCTGA-CC-C-TCTTCTTTNCTT--AGATTGTTC-GGAACC-TTTCTG--TTTTGTC
Reference ( family-136 ) : TTNAGGAGTTTGTT-TTGTTTTT--CG--AAG--T-CCGAGCCAGNG--GAGCAGATGCGGCGGA-CTCGGGTGGCTAAACCCTTAGGNACACCTTTGAAAGTATGGGGTGGATGACAGCTGG---ATGGCATAAGGTACAAA-----TG-AGA--GT--C-GGTG-GGCT---TAGTGTGGAGATTG-AACT-----CA-ATTTCNC--CGTTCNTGAGT----GTGGC--------T-----GTGG-TATCCAAGAA-TACGT-TCTTGGAG-GT----GG--AAA---TT-T--C-ACA-GTGAAC-TT---GA-----T-GGAA----TGGT-G-AAATG-----AGTT----TGCA--A----T-CGCGATAAAGTC--T-C-GAGGC---TTT--C--G--ACCGTC--AACCC-ACTT-CATCTCAA-TGTC--A-------------TCN-ATG--AAACGTAGCCAACTAAGAG-GCTTA-ACTGGCGA----T-GTATGAGCA-TGT-TACG-TTCCAGTCTTCCCATNAAGATGTT---GGCATACGATG-GTGCCATTTTGGT-TCCCATAGCTGTGCC-ANTAATTTGCAGGTAGTGTTCACCG-TTGAACATG-AAGTTAT-------T--------GA-ACTTGAGGACATGTT----------CAAGAAG-CTGGA--CGAGCGATTCN-GTNGAA-GGA---CG--TC-GACT-GACCCTGTT-G-TTCCAAACCTCTCTAC--AGGCCTCGA-TACCCT-CATCGTGTGGAATGTTAGT-G-TAAAGTGAAGTNACATCCAT-GGTCACGAGGAG-G-----GTATTGTCNGG-TAGGTCCGA---AGAGGGGGT-TTT--ATTGAGGT-------A---GTCA----G-----TC----C---------TTCAA------GTATGACGGT-AANT-T-T-CTACATGCGGACGGAGATGTAAATTAATAAATTC-AG--A-----G-AT-TTTCTCCGTGGGATGTCCA----------ATGGCACCGAC----T-ACGGGGCGGC--CAGGCATNCCTTC-T----TGTGGAT-TTT---AGGCGGTAGATAAAATTGTCCAGG--TCTA----CAGTTGAG--AGACAGCAGTGTTTCGAAGACGTCGTC-ACCA-----ATTTCCTCGTCTTTGTAC-ATCTGCTCGAGAG-TTTC-G--TGGTCGT---GGCNGAAAACG-CTTCGCTAGGGTCGGANTCCAGTTTTGTGTAAAACCGTTCATCCGAGAGCTGT--CTGTGNGCT---TCTGCCATGTATGT-----T-T-CTTGTCT----AATACCACCGCTGTTGACCCTT-TGTCTGCCTTTTTGNTAACGATGT--CATCCCGGTTTTTTAGCNCTTGTAAGGCTGA-CC-C-TCTTCTTTNCTT--AGATTGTTC-GGAACC-TTTCTG--TTTTGTC
gi|1 : TTTAGGAGTTTGTT-TTGTGTTT--CG--AAT--T-CCGAGCCAGAG--GAACAGATACGACGAA-ATCGTGTAGCTAAACCCTTAGGTACTCCTTTGAAGGTATGAGGTGGATGACAGCTTG---AAGGCATCAAGTACAAA-----TG-TGA--GT--C-AGTG-GGCT---TTGTGTGGAGGTTG-AATT-----CA-ATTTCAC--CATTCATGAGA----GTGGA--------A-----GTAG-TATCCAAGAA-TACGT-TCTTGGAG-CT----AG--AAA---TT-T--C-ACT-GTAAAT-TT---AA-----T-GGAA----TGGT-G-AAATG-----AGTT----GGTA--A----A-GGAGATAAAGTT--T-T-CAAGCCGATTT--C--G--GCCCTC--CGTCC-ATTT-CATTTCAA-TGTC--A-------------TCA-ATG--AAGCGCAACCAACTATGTG-GCTTA-AAAGGCGAC---T-GTCTGAGTA-AGT-TACG-TTCAAGTCTTCCCATGAAAATGTT---GTCGTACGAAG-GGACCATTTTCGT-TCCCATAGCTGTGCC-ACTAACTTGTAAGTAATGTTCGCCA-TTGAACATG-AAGTTAT-------T--------GA-GTTTAAGGACATGTT----------CAAGGAA-CTTGA--CCAACGATTCT-GTGGAA-GGA---TGTTTC-AG---GGTCCTGCT-A-TCTCAAACCTCCCTGC--AGGCTTCAA-TGCCTT-CATCGTGGGGGATGTTTGA-G-TAAAGCGAAGTCACATCCAT-GGTCACGAGAAG-G-----GTATTGTCAGG-TAGGTTGGA---AGAGGGGGT-TTT--GTTGAGGT-------A---ATCA----G-----TC----C---------TTCAA------GTGTGATGGT-AGTT-T-TACAACATGTGGGCGGAGGTGTAGGTCAATAAATTC-TG--A-----G-AT-TTTCTCCGTGGGGTGTCCA----------ATGACACTCAC----T-ATGGGGCGGC--CAGGCATACCTTCTT----TGTGGAT-TTT---AGGCAATAGATAAAATTGCCTAGG--TCTA----CAGTTGAG--AGGCAGCAATGTTTCAAAGACATCATT-ACCA-----ATTTCCTCGTCTTTGTAC-ATCTGCTCAAGAG-TGTCAG--TGGTTGT---GGCAGAAAACG-CTTTGCTAGGGTCGGAGTCCAGTTTAGTGTAAACCCATTCATCCGAGAATTAT--CTGTGCGCT---TCCGCTATGTATGT-----TGT-CTTGTCT----AATACCACCACTGTTGACCCTT-TGTCTGCCTTTTTGATAACAATGT--CATCCCGGTTTTTTAGCTCTTGTAAGGCTAA-CCAC-TCTTCTTTGCTT--AAATTGTTCAGGAATC-TTTCTG--TTTTGTC
gi|10 : AA---TTGT--C-ACG-GTGAAC-TT---GA-----T-GGAA----TAGT-GGAAAT------AGTT----TGCA--A----TGTGTGATAAAGGC--G-CAGAAGC---TTT--T--ATAACCGCC--AAACC-ATTT-CATCGCAA-TGTC--A-------------TCTTATG--AAACATAGCCAAATAAGAG-ATTTA-TCT--------------TAAG----GC-TATT-TTCCAGTCTCCAAATTA-GATGTT---GGCATACGATG-GTGCCATTTTAGT-T-CCATAGCCGTGCC-ATTAATTCGCAGGTAGTGCGCACCGTTTTAACATG-AAGTTAT-------TATGATATAAA-ACTTGAGGACAAGGTCAAACTGA--CAAGAAG-CTGAA--TGAGTGGTTCA-GCCGAA-GGA---CA--TC-GA-T-AACCCTATC-G-TTGCATACTTCTCTAT--AAACCTCAA-TATCCT-TAT
gi|11 : AACTTCCCTACGAAAGCCTCGA-TAGACA-CCTCACGTGGAATGTTAGT-G-CAAAGTGAAGTAACATCCA--AATCAC-AG---------------GTC-----AAGCCCGA---GAAAGAGAT-TTT--ATGTAGGTCATTATCA---GTAT----G-----TCGTGTC---------CTCAA------AGATGACGGT-AAAT-gtatttagagttgttccttcaggtgtgatgacaaatc
gi|11 : ttaaatggctctataattatcC-GG--A-----G-AT-TT-CTCCGGGGGAAGTTCA----------ATAGGACTGAC----T-ACAGGGCGGCGTCA--CATGTCTTC-------GTCGA---TT---AAACATTA-ACAAAATTactttcctctacaagttaaaattagacttgttcagtgcaatgtatcgtattctactgtaactcgtatacatgccggcggagatttctccgggggaagttcaataggactgactacagggcggcgtcacatgtcttcgtcgattaaacattaacaaaatttcgcatcgtggatcactgaaatggacgagtagagtgtcctaatttgccccctagaaaag
gi|12 : ttaaatggctctataattatcaacttccctacgaaagcctcgatagacacctcacgtggaatgttagtgcaaagtgaagtaacatccaaatcacaggtcaagcccgagaaagagattttatgtaggtcattatcagtatgtcgtgtcctcaaagatgacggtaaatactttcctctacaagttaaaattagacttgttcagtgcaatgtatcgtattctactgtaactcgtatacatgccggAA---TTGT--C-ACG-GTGAAC-TT---GA-----T-GGAA----TAGT-GGAAAT------AGTT----TGCA--A----TGTGTGATAAAGGC--G-CAGAAGC---TTT--T--ATAACCGCC--AACCC-ATTT-CATCGCAA-TGTC--A-------------TCT-ATG--AAACATAGCCAAATAAGAG-ATTTA-TCT--------------TAAG----GC-TATT-TTCCAGTCTTCCAAATTAGATGTT---GGCATACGATG-GTGCCATTTTAGT-TCCCATAGCCGTGCC-ATTAATTCGCAGGTAGTGCGCACCGTTTTAACATG-AAGTTATTATGATAT--------AA-ACTTGAGGACAAGGTCAAGAACTGACAAGAAG-CTGAA--TGAGTGGTTCA-GCCGAA-GGA---CA--TC-GA-T-AACCCTATC-G-TTGCATACTTCTCTAT--AAACCTCAA-TAtcgcatcgtggatcactgaaatggacgagtagagtgtcctaatttgccccctagaaaag
gi|13 : CACAAGGAG-G-----G-ATGTTCTGG-TAGACCCGA---TGAATGGGT-CTT--ATTAAGGT-------A---TCCATCGTG-----TC----C---------TTCAA------GTATGACGGT-AAATCT-T-TTACATGCTGACGGAGATGTAAATCATTGAATTCAAA--A-----G-AT-TTTCTCCTTGGGATGTACA----------CAGTCACCAAC----T-ACAGGAC-----------TACAGTC-TAACATGTGGAT-TTT---TGGCAGTAAATAAAATCATCCTGG--TCCA----CAGT------AGTTAG-AAT------AAG--GTTGCC-ACCG-----AT---CTCGTCCTTGTATGATTTTTTGGAATG-TTTC-GGTTGATCTT---GGCCGAAAAC--CTTTGTTGGGGTCAGATCGTGACTTTTTATAATAGCGTTT-TCCGAGAGCTGT--Ct
gi|14 : cGCAGA-TGCGGGTAGTCAAACCCTTAGGAACACCTTTGAAAATATGATGTGGATGACTACTGG---ATGGCATAAGGTACAGA-----TG-AGA--GT--C-GGTG-GG---------------------------------TTTCCC--CATTTCTAAAT----GTGGC--------T-----GTGG-TATTCAAAAAGTA--T-TCTTGGAG-GT----GG--AAA---TT-TC-C-ACA-GCGAAC-TT---GA-----C-GGAA----TATT-G-GAATG-----AGTT----AACA--A----T-CTTGATAAAGTCG-T-T-GAGGC---TTT--CATG--ACCGTC--AACCC-ACGT-ATTCTCAA-TGTC--A-------------TCT-ATG--AAACGTAGCCAAATAAGAG-aatga
gi|15 : ctgtttttcagacgacttttgaggatgtttcctgctccaggaaagcagcagtagtagt-----TC----T---------TTGAG------GTATGACGGC-AAATCT-T-CTACATGGGGTTGGATATGTAAATTCAGAAAATC-----------G-ATACCTCTCCTTGGGATGTCCAGATGAAGATGATGGCACTTGC----A-ATGGGTCGAC--CAGGCACGCCTTC-TC---TGTGGGTATTTGTAAGGAGATAGACA----TGTCCTGGATTTTG----TAAGTAAGCTAGACAG-AGTTCTTCGTAAACGTAGTG-TTCA-----ATTTCTTCTTTTTTGTAC-ATTTTATCGAGAG-TTTC-----GGTTATGAGGGCTGAAAATT-CCTCTGTAAAGTCTGAATTCAGCTTTTTGTAAAACCGCTCACCAGATAGCTGT--
gi|16 : tggtaGCGGATGC----------GGGTAGCCAAACCCTTAGGAACAC-------------AGGTGGATGAAAACTGG---ATGGCATAAGGTACAGA-----TA-AGA--GT--C-GGTG-GGTT---TAGTGCACAGATTG-AGCT-----CA-ATTTGCC--CATTTCTAAAT----GTGGC--------T-----GTGG-TATACAAAAA-AGTAT-TCT--GA--GT----GGTAAAA---TC-T--tgg
gi|17 : ggaggaggattgtcggttctgtcgtgacatctcatcaattgccgtctgtacctcgcagtgatcatatcctctgtttttcagataacttttgaggatttccccatagtctaggaaagcagtagtagtggtgcagatgcgTATAAAAGCATTCGTTCGAGAGCTACAATTGGGGGCTCTGTTTACCATGCAAGTGCTTGT-T-CTTGTCCTAACAATAT-ACCG-----GAC--TT-TGTCTATTCTTTTATTGACAATAC--CCCCCTGG-TTTCCAGTGTTTGCAACGTTCA-TC-TATTTTCCTTCGTTTGAGATTTTTC-Gatagactttcgttgatatagtg
gi|18 : tgtgatttacaagcacaatgttttagggtaacgtaggatctagactgtaaccatTCGAGGAATT-GTCGTTGCTTTT--GG--AAC--T-TCG---TAGTT--GAACAGATGCGACGGA-TTCGGGTGG----ATC---AG-----CGTTTGAATGTATGAGATGG---------------TGGCAAAAGGTACAAA-----TG-ACATTGTAAC-AGTG-GGCT---TATTGTGGATATTG-AACT-----CATATTAC-C--CGTTTATAAGT----GTGGA--------A-----GTAG-TATCCATGAA-AATAT-TCTTGGAA-GT----CG--AAA---agattaaatttggctttgcattaagaatttttgtcg
gi|19 : gatcatttcctgtctgtgagataagtcTGG-T-TTCAAAAA-T-CAT-TGATGGAG-GT----GG--AAA---TT-T--CCACA-GTAAAC-TT---GA-----T-GGAA----TAGTGG-AAATACATATAGTA----TGCA--A----T-T-TGATAAAG----T-C-G--------TT--C-----ATC-TC--AA--T-A--T-CAT-TTAA-T-TA--A-------------NNN-NNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNN-NNNNNNNN----N-NNNNNNNNN-NGC-TACG-TTCAAATATCTTCATAAAGATGTG---GTAATAC
gi|2 : tgaaaattgaa----T-GTATGAGGA-TGT-TGCG-TTCAAGTCTTCCCATGAAAATGTT---GGCATACGATG-GAGCCATCTTTGT-TCCCATAGCTGTGCC-ACT----TGTAAGTAATGTTCTCCG-TTGAACATG-AAGTTGT-------T--------GA-GTTTGATGATATGTT----------CAAGGAG-CTTGA--CCAACGATTCT-GTGGAA-GGAATTTG--TG-G----GGCCTTGTT-A-TTCCAACCCTCTCTGC--AGGCTTCAA-TGCCTTCCATCATAGGGGATGTTCTT-A-TAAAGTGAAGTCACATCCCT-GGTCACAAGAAG-A-----ATATTGTCAGG-TAGGTTGGA---AGAAGGGTT-TTT--GTTATGGT-------A---GCTA----G-----T-------------------A------GTATGATGGT-AGCT-T-TACAACATGTGGTCGGAGATGTcta
gi|2 : tGAGATGTCCA----------ATGACACC---------ATGGGACGGC--CAGGCATACACTC-T--------G---TTT---AGGGGGTAGATAAAATTGTCCAGA--TCTA----CAGTTGAG--AGAAAGCAGTGATACAAAGACATTGTC-ACCA-----AGTTCCTTGTCTTTGTAC-ATCTGCTTAAGAGTTTTT-G--TGATGGT---GGCAAAAAACGTTTTCG-TAGGGTTGGAGTCCAGTTAAGTGTAAAACCGTTCATCCGAGAGTTGT--CTGTGTGCT---TCTACCATGTATGT-----T-TCCTTGTCT----AATACCACCACTGTTGACCCTT-TGTCTGCCTTTTTGTTAACAATGT--CATCCTGGTCTTTTAGCTTTTGTAAGACTGA-CC----TTTCTTTCCTT--AGATTGTCCTGGAACC-TTGCTG--TTTTGTCccaatgacaccatgggacggccaggcatacactctgtttagggggtagataaaattgtccagatctacagttgagagaaagcagtgatacaaagacattgtcaccaagttccttgtctttgtacatctgcttaagagtttttgtgatggtggcaaaaaacgttttcgtagggttggagtccagttaagtgtaaaaccgttcatccgagagttgtctgtgtgcttctaccatgtatgtttccttgtctaataccaccactgttgaccctttgtctgcctttttgttaacaatgtcatcctggtcttttagcttttgtaagactgacctttctttccttagattgtcctggaaccttgctgttttgtcaagtagtttttcgatgtcctgctcaactgcttggatgtaggactcgagggctgcacattttactgatggaggttccaatttgctcttagttcggtagagtttgtgtttctctaggtcatcaagtgtgacttcatcgtagctggcaccatccttggaaaagagtgtcct
gi|21 : ttgtatgaggatgttgcgttcaagtcttcccatgaaaatgttggcatacgatggagccatctttgttcccatagctgtgccacttgtaagtaatgttctccgttgaacatgaagttgttgagtttgatgatatgttcaaggagcttgaccaacgattctgtggaaggaatttgtggggccttgttattccaaccctctctgcaggcttcaatgccttccatcataggggatgttcttataaagtgaagtcacatccctggtcacaagaagaatattgtcaggtaggttggaagaagggtttttgttatggtagctagtagtatgatggtagctttacaacatgtggtcg--GT--C-GTTGTGGTG---TGGTGTGGAGGCTG-AATTGTTGCCA-AT----C--C-TTCGTGAGC----G--GCAAGAAATATAAA--GTGAATATCCAAGAA-TACGTATTTTGGAA-ACACTAGG--ATT---TT-T--C-ACGTGTGAACTTT---AA-----T-GGAATAGCTGGT-G-AAAaagtagtttttcgatgtcctgctcaactgcttggatgtaggactcgagggctgcacattttactgatggaggttccaatttgctcttagttcggtagagtttgtgtttctctaggtcatcaagtgtgacttcatcgtagctggcaccatccttggaaaagagtgtcct
gi|22 : aatggaagaccagtg-GGA---CA--CT-GACTTGACTTT-TT-G-T-CCAAATCTTTCTAC--AAGCCTCGA-TACCAT-CATCCTGTGGAATGTTAGTGG-TAAAGTGAAATAGCATCCAT-GGTTACAAGTTGTG-----ATA-TGTATGG-TTAGTCCGA---TGAGGGAAT-TTT--ACTGAAGT-------A---AT
gi|23 : g--GT--C-GTTG-GACTGTTTGGTGTGGAG---G-CGCT-----GA-ATTTTGCATCCTTCGTGA-------CGGCACAAAATATAAAAGGTGA-TATCCAAGAC-TACGTATTTTGGAACAT----AG--CGATTCTT-T--C-AC---TTAAC-TTTGAAA-----T-GGAA----TTAT-G-A
gi|24 : tgATGTT----------CGAGAAAACTGAAAATGAGTTATTTAAGTAACA-GGG---CA--TTTGGGT-GAAACTATTTG-TTCCTTGCTTCTCTAC--AGCTCTCG--TACTGT-CATTGTGTGGAATGTTACT-GATACAGT-AAGTAAAATCttggtaaa
gi|26 : TGCT-CTGTTCTT--TATAAAG--T-GCAGG--AGTA--GAGCAGATATGGCGTA-CTCTGGTGGCTAAACCTTTAG--------------GTATGGGTAGAATGGCAACTAG---ATGGC
gi|27 : ttttagatggaT-TTTCGGAA-GA----GA--AAA---TT-T--CCATA-GTGAAC-TT---GA-----A-GGAA----TAGT-G-GACAG-----ATTT----TGCA--A----T-TTTGATAAAGTCG-T-T-GAGGC---GTTCAC--G--ACC
gi|28 : aagta-----TC----C---------TTCAG------GTGTGATGAC-AAAT-CCT-CTACATGC---CG-AGATGTGAATTAAGAAATTC-AGATA-----T-AT-TTTCT
gi|29 : cttatgtatttagagttgttT--ATTTAG---------A---GTTG----T-----TC----C---------TTCAG------GTGTGATGAC-AAAT-CCT-CTACATGC---CG-AGATGTGAATTAAGAAATTC-AGATA-----T-AT-TTTCT
gi|3 : cttatgTTGAGGA-TTTGTT-TTTTCTTT--TGGAAAG--T----AGTAAGAGCAGAGCAGATGCGGCGGA-CTCGGGTAGCTAAACCCCTGGGAAC-CCTTTAACAGTACGGGG--AACGGAAGTTGA---ATGGCACAAAGTACAAAATTAATG-AAA--AT--C-GATT-GCCT---TTGTGTGAAGATTG-AACT-----CA-ATTTCTC--CATTTACGAGT----GTGGT--------T-----GTGG-TATCCAAGAA-AGTGT-TCTTGGAG-GT----GA--AAA---TT-T--CTACA-TTGAAC-TT---GA-----T-GGAA----TAGT-G-----------------------------------GGTAAAGTT--T-C-----------T--C--G--ATCGTC--AACCA-TATT-CATCTCAA-TGTC--ATATTTTATGAAATTTT-ATG--AAATGTTGCC-AC---GAG-ATTTA-ACTGGTGAAAATT-GTTAGAG----GG-TACG-TTACAGTCTCCCCATAAAGATGTT---GATATACGATG-GTGCCATTTTGGT-TCCCATAACTATGCCAAATGATTTGCAAATAGTGTTCACCA-TTGAACATT-AAGTTAT-------T--------AA-ACTTGA-GACATGTG----------CAAGAAA-CTG---------------------A-GGA---CT--TT-GAAT-TGTCCTGTT-A-TTCCAA--------------GACTCGATTCCCCT-CGTGATGTGGAATGTCAGT-G-TAA
gi|30 : aaggtcccagtgtctgaactgtatatttgcaaatttgacctctgaggtctgagcatgttttgaatcgctctattcagtctagtccttacttccatgtcgcgcaagtttcagggtgtgtgaaggtactccagccagctaacaggttttcttcgtactggaggagggactgtcggtcctgtcgtggcatctcatcaactgcggaatgaaccttgcaagtatcatgtcctctgtttgtcaagctagtgagttTTCAAGAGTTTGCT-TTGTTTTTTTCG--AAAATT-CCGAGCCAGAG--GAACAGATACGACGAACCTCGTGT
gi|4 : gcttACCTTTAGGCACACCTTTGGAAGTATGGAGTGGATGACAGCTGG---ATGGCATAAGGTACAAA-----TG-AGA--AT--C-TGTG-GGTT---TAGTGTGAAGATTA-AACT-----CG-ATTTCTC--CGTCCTTAAGT----GTTGT--------T-----GTGG-TATCC
gi|4 : GCTCTTTAGT----GGTGC--------T-----GTGG-TATCCAAAAACTA--T-TCCTGGAT-GT----TGCAAAA---TA-T--C-CCA-GTAAAC-TT---GA-----TCGGAA----TGTT-G-GAA-------AGTT----TGCACCA----T-CTTAATAAACTCGAT-T-GAGGC---TTT--CACG--ACCATC--AACCCCACTTACATCTCGA-TGTC--A-------------TC--ATGGCAAACGTAGC-AACCATGAGAGTTTACACTAGTGAG---T-G-ATGAGGAGTCT-GACGACTCCATTCTTCCCATAAATAGATT---GGCATAGGAAGCGTTCC---TTAGTGTCCCATAGCAGTGCC-ACTGGTTTGCAGGT-TTGTTCACCG-TCAAACATGGAAGTTAT-----------------ACACTTAGAGACATGTT----------CAAGAAG-CCGAA--TGAGTGACTTA-GTTGAG-GGA---CG--TT-GACT-GCCCCT-TT-GATTCCAAACCTCTTTAC--AGGCCTCAA-TACCCT-CATCATGTGGAATGTTGGT-G-TAGAGTGACGTCACATCCAT-AGTCACAAGGAG-G-----GTATGGTCTGC-CAGGCCCGA---AGTGGAGGT-TTT--ATTGAGGT-------A---ATCA----GTCGTATC----C---------TTCAAGTAGATGTATGACGGT-AAtgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngctctttagtggtgctgtggtatccaaaaactattcctggatgttgcaaaatatcccagtaaacttgatcggaatgttggaaagtttgcaccatcttaataaactcgattgaggctttcacgaccatcaaccccacttacatctcgatgtcatcatggcaaacgtagcaaccatgagagtttacactagtgagtgatgaggagtctgacgactccattcttcccataaatagattggcataggaagcgttccttagtgtcccatagcagtgccactggtttgcaggtttgttcaccgtcaaacatggaagttatacacttagagacatgttcaagaagccgaatgagtgacttagttgagggacgttgactgcccctttgattccaaacctctttacaggcctcaataccctcatcatgtggaatgttggtgtagagtgacgtcacatccatagtcacaaggagggtatggtctgccaggcccgaagtggaggttttattgaggtaatcagtcgtatccttcaagtagatgtatgacggtaaa
gi|5 : acctttaggcacacctttggaagtatggagtggatgacagctggatggcataaggtacaaatgagaatctgtgggtttagtgtgaagattaaactcgatttctccgtccttaagtgttgttgtggtatcctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATACAT-GGTCGCGAGAAT-G-----GTAT-GTC---------CTGA---GAAGTAGACATTT--GTTTAAGT-------ACTTGT-A----G-----TC----CGTGTTGTTTTTCAG------ATA--ACA----------T-GTACATGTGGAAGAAAATTTAAAGTGATGAATTC-TG--ATACATGTAT-TTTCTCCATGG-AT----------------TGACACCTAC----T-ACGAGATGAC--CTGACATTCCTTC-T----TG-------------GGCAGTGGATGAAATTGTCCAGG--TCAAACGTTAGTTGA-----ACAA-AGTGTCCCGAATGCGCTATCAACTACATGTATTTCGCTGATACCATAC-A-CTG-TATAAAG-CGTC-T--TGGT----------GAGCAC----TCACTGGAGTCGGATTCAAGTTTTG-GAAAAACTGCTCATCTGAAAGTTGT--CTATGGGCT---TCTGTGAAGGATGC-----C-T-CTT----------------TGCTATAGACCTTTCTGTTTATCTTT---ACAATGATTTGACATTCCGG--TTTTAGGACCTGTAAGACGGATCT-C-TCTTCTATACTT----ATCGCT----AACCTTTTCTGACTTCTGTa
gi|6 : actTTTCAAAGTATGAGGTG-AT-ACAACTGG---ATAACACAAGA-ACAA------TGCAGA--AC--CAGGTG-GACC---TAGTGTGAA-ATTT-AATC-----CA-GTTTCTCG-CGTTCCTAAAA----G--GC--------T-----GTGG-T----------------TCTCAGAG-GT----TG--AAA---TT-T--C--CA-GTGAAC-TT---GACTTGAT-GGAA----TTGT-G-GAAAG-----AGT--------A--A----T-CACTAGAAAGTTA-G-C-GAGTC---TTT--CACG--ATCGTC--AATCC-TCTT-CATTAGAA-TGTC--G-------------T---ATG--AAACTTAACCAACTAAGAG-GTTTA-AATGGTGA----ttccacggcatcaatacaagactcttaaggctctagttttacctggtgttgttcccaggcattcctaggtcgaaaaagctatggtttttctaagt
gi|7 : gagatctgagcatgttttcgcacacatcattaataaatgtatgggttatccaaatctagtcttgtatcatgctcattcagtgttggtaaactgatttgatccgttgaggttttcttttggtgctggacgagggttgtcgggtttgtcggtccgtcgtgacatctcatgaaatgtccttgaaaggatcttctcctgtttgtctcaaataatgtttgagatttgtcttcggctctgagagattgtccttgcgctgaaaagtatgggaagttatagcaagaatgcagtgatagggccatccaaatcccggcaat-TATTCAAC---TATGT-TTTTAG-G-AT----TA--AAA---TT-TTTC-ATA-GTAAAC-AT---GA-----T-AGAA----TGATTG-ACA-G-----AGCA----TGCA--AATGTT-C-CGACATTGTT--TAC-AAATC---TAT--C--G--ACC-----------ACT-----CTCAA-AATTCAA-------------TCA-ATG--AAATGAAGACA---------GCTTA-ACAGGCTA----T-ATATATACA-TGTATATA-TTCCAGTTTGCCC--CAAAATATTTAAAACATACACTG-GTGCCATTCTGGT-TCTCATAGCTGT--C-AATAATCTGCGGGTACTGTTCACCA-TTACACATG-AAataaagtaggag
gi|7 : aGTTACGTT-ATAGGTCACGACGAG-GACACGGTGTTG-CAGGCTTGATCAGAGAGAGAGAGAGT-TTTTTATTGAGCA-------A---GTCA----G-----TCGTGTC---------TTTAA------ATATGAAGGTCAATC-T-T-CTACATTCCGACAAAGATGTAAACAAATAAATTG-AG--A-----G-AT-GTTTTCCGTAAGATATCTA----------AGGGCACTGACATGAT-GAGGGGC--C--CCGGTATTCCTagagctgaatgtaaaggaaccactgtactacccaaatttccccgtgtgtgtcgatacccaagctattcgttacgttataggtcacgacgaggacacggtgttgcaggcttgatcagagagagagagagttttttattgagcaagtcagtcgtgtctttaaatatgaaggtcaatcttctacattccgacaaagatgtaaacaaataaattgagagatgttttccgtaagatatctaagggcactgacatgatgaggggccccggtattcct
gi|8 : atattcaactatgtttttaggattaaaatttttcatagtaaacatgatagaatgattgacagagcatgcaaatgttccgacattgtttacaaatctatcgaccactctcaaaattcaatcaatgaaatgaagacagcttaacaggctatatatatacatgtatatattccagtttgccccaaaatatttaaaacatacactggtgccattctggttctcatagctgtcaataatctgcgggtactgttcaccattacacatgaaagagctgaatgtaaaggaaccactgtactacccaaatttccccgtgtgtgtcgatacccaagctattc-TATTCAAC---TATGT-TTTAGGA---T----TA--AAA---TT-TT-C-ATA-GTAAAC-AT---GA-----T-AGAA----TGATTG-ACA-G-----AGCA----TGCA--AATGTT-C-CGACATTGTT--TAC-AAATC---TAT--C--G--ACC-----------ACT-----CTCAA-AATTCAA-------------TCA-ATG--AAATGAAGACA---------GCTTA-ACAGGCTA----T-ATATATACA-TGTATATA-TTCCAGTTTGCCC--CAAAATATTTAAAACATACACTG-GTGCCATTCTGGT-TCTCATAGCTGT--C-AATAATCTGCGGGTACTGTTCACCA-TTACACATG-AA
gi|8 : aaGTTACGTT-ATAGGTCACGACGAG-GACAC-GTGTTG-CAGGCTTGATCAGAGAGAGAGAGAGT-TTTTTATTGAGCA-------A---GTCA----G-----TCGTGTC---------TTTAA------ATATGAAGGT-CATC-T-T-CTACATTCCGACAAAGATGTAAACAAATAAATTG-AG--A-----G-AT-GTTTTCCGTAAGATATCTA----------AGGGCACTGACA---TGATGAGG-GGC--CCGGTATTCCagagctgaatgtaaaggaaccactgtactacccaaatttccccgtgtgtgtcgatacccaagctattcgttacgttataggtcacgacgaggacacgtgttgcaggcttgatcagagagagagagagttttttattgagcaagtcagtcgtgtctttaaatatgaaggtcatcttctacattccgacaaagatgtaaacaaataaattgagagatgttttccgtaagatatctaagggcactgacatgatgaggggcccggtattcc
gi|9 : aatattcaactatgttttaggattaaaattttcatagtaaacatgatagaatgattgacagagcatgcaaatgttccgacattgtttacaaatctatcgaccactctcaaaattcaatcaatgaaatgaagacagcttaacaggctatatatatacatgtatatattccagtttgccccaaaatatttaaaacatacactggtgccattctggttctcatagctgtcaataatctgcgggtactgttcaccattacacatgaaagagctgaatgtaaaggaaccactgtactacccaaatttccccgtgtgtgtcgatacccaagctattcGTT-TTACTCTTGGTG--AAG--TGTCGA--CATAG--GA-CAAATGCAGCTGA-TTCTTTTGGCTAAATCTTTTGGCATACCTTTGAATGTGTGGGGTGGATGACATTTTGTAAGTAGCA---AGTATAAA-----TG-AGA--AT--C-AGTG-GGCT---TATTGCTAA-ATCGGAACT-----CT-ATCTGG----GTT--TCAGTTATCGTGGC--------T-----GTGG-TATACAAGAG-T--GT-TT-------------------A---TT-T--CCACT-GTGAAT-TT---GA-----C-AGAG----TGGT-G-GAATG-----GGTTGGCATGCA--G----T-CACGATA---TCA-T-T-TAGGCAA-TCT--C--T--GCTATATGGATGA-ACTT-TTTGTCAAATTTC--A-------------TCG-ATG--AAACGCAATAAGCTTAGAG-GCCTACAC-GGCAA----TTGCATGAGCG-TAT-TTTG-TTTCAGTTTTACCATGAATAGTTT---GGCATATGAGG-ATTTCATATTGGT-TGCCGCAAGTTCGAA-AGTA-----CATGTAGCAATCACCA-CTGAACATG-AAATTGT-------T--------GA-AGTTTAG--CATATT----------CCAGGAG-ATGGG--TGAGCGAATCT-GTGCAATGGA---C
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): TTTTCAATGTCTGCTCAACTGCTTCGGATGTAAGACTCGAGGGCTGCACATCTTCCTGATGGAGGTTCCCATTTGCTCTTAGTTCGGTAGAGTTTGTGATTTTTAGGTCATCAAGTTTGGCCTCCTCGTAGTTGCCATCGTCCTCGTCTTTTCTGGAAAAATGTTCCTC
Unaligned ( gi|25 ): GGAAAGTTCAATCGGAATGACTACATCTCGCGTCATCCGATAAAACATACAAATTCATGTTCGATTTCTGGAGTGGAGGAGTATGTAAACTTTGTCGTAGAAACGA
Unaligned ( gi|31 ): GGATTTTCCAGTAATAAGTAGTAGTGCCGCAGGTGCGGCGGATGCTGGTGGCCAAAGCCCAAGG
Alignments
lowQualScore : 33333333333333333333 11111 11111 1111 33333333333333 1111111 111111111111 1 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11111111111 11 2222222222222222 11111 22222222222222222222222222 111 33333333333333333 2222222222 11111111 11111 1111111111111111 1 22222 111111 1111 11 1111111 1111111111 33333333333333 111111 111 22222222 2222222222 111111 44444444444444444444 11 1111 111 2 1111 22222 11111 1111111 22 111 333333333 22222 1 11 11 1 222 1111 22 1 11
lowQualScore : 1 6 0 6 44444444444444444444 2 77 4 66 2 88888 2 0 3 2 0 777 4 22222 5 55 55 4 4 777 1 1 66 4 00000 4 0000 2 22 1 7777 3 77777777777777 2 6666666 5 0 555555555555 444 5 99 1 44 2 555 77777 2 6666 0 8 5 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 33333333333 1 3 0 3 00 6666666666666666 55 55555 3 88888888888888888888888888 8 4 0 0 1 1 444 4 0 4 1 4 1 0 1 4 55 4 77777777777777777 5 3 1111111111 88888888 5 00000 1 77 2 4 5555555555555555 5 666 0 0 66 4 0 5 2 0 5 5 1 2 0 2 3 4 00000 4 1 222222 2 5555 4 11 0 3333333 777 1 1111111111 11111111111111 000000 0 3 2 333 8 9 3 6 1 3 11111111 4 4 0 1111111111 0 7 777777 1 66 0 1 2 44444444444444444444 0 1 1 11 7777 0 666 0 1111 1 3 4 8 00000 0 8 0 8 44 8 0 44444 9999999 3 33 8 1 1 1 99 1 777 0 0 000000000 2 22222 99 2 0 3 2 0 3 11 2 0 33 66 11 0 0 666 1 7777 22 3 88
lowQualScore : . . . . .................... . .. . .. . ..... . . . . . ... . ..... . .. .. . . ... . . .. . ..... . .... . .. . .... . .............. . ....... . . ............ ... . .. . .. . ... ..... . .... . . . .................................................................... ........... . . . . .. ................ .. ..... . .......................... . . . . . . ... . . . . . . . . . .. . ................. . . .......... ........ . ..... . .. . . ................ . ... . . .. . . . . . . . . . . . . . ..... . . ...... . .... . .. . ....... ... . .......... .............. ...... . . . ... . . . . . . ........ . . . .......... . . ...... . .. . . . .................... . . . .. .... . ... . .... . . . . ..... . . . . .. . . ..... ....... . .. . . . . .. . ... . . ......... . ..... .. . . . . . . .. . . .. .. .. . . ... . .... .. . ..
lowQualScore : 0 5 8 7 77777777777777777777 1 99 0 11 2 66666 5 1 8 7 1 888 1 55555 0 55 55 0 0 000 6 4 33 0 00000 0 8888 6 66 8 7777 5 55555555555555 9 0000000 7 2 999999999999 444 3 00 4 33 9 000 11111 9 1111 4 6 7 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 44444444444 2 6 1 6 00 5555555555555555 00 11111 6 11111111111111111111111111 0 0 3 8 0 4 000 4 9 4 1 4 0 8 9 4 33 4 77777777777777777 7 0 9999999999 11111111 0 11111 1 88 8 4 1111111111111111 4 000 1 8 11 4 2 0 7 3 7 7 0 5 0 7 7 4 66666 4 9 888888 9 7777 4 00 7 0000000 000 9 3333333333 55555555555555 555555 4 6 4 999 9 4 8 4 2 9 44444444 4 4 2 9999999999 2 6 999999 1 99 2 4 8 00000000000000000000 7 0 4 00 0000 8 000 0 8888 4 8 6 0 00000 8 0 8 2 66 0 6 88888 4444444 8 00 2 0 4 7 22 0 555 2 8 888888888 5 00000 00 5 2 5 5 0 2 22 0 2 88 22 22 2 0 555 0 2222 55 3 33
consensus : TTNAGGAGTTTGTT-TTGTTTTT--CG--AAG--T-CCGAGCCAGNG--GAGCAGATGCGGCGGA-CTCGGGTGGCTAAACCCTTAGGNACACCTTTGAAAGTATGGGGTGGATGACAGCTGG---ATGGCATAAGGTACAAA-----TG-AGA--GT--C-GGTG-GGCT---TAGTGTGGAGATTG-AACT-----CA-ATTTCNC--CGTTCNTGAGT----GTGGC--------T-----GTGG-TATCCAAGAA-TACGT-TCTTGGAG-GT----GG--AAA---TT-T--C-ACA-GTGAAC-TT---GA-----T-GGAA----TGGT-G-AAATG-----AGTT----TGC-A--A----TC-C-G--ATAAAGTC--T-C-GAGGC---TTT--C--G--ACCGTC--AACCC-ACTT-CATCTCAA-TGTC--AT-------------CN-ATG--AAACGTAGCCAACTAAGAG-GCTTA-ACTGGCGA----T-GTATGAGCA-TGT-TACG-TTCCAGTCTTCCCATNAAGATGTT---GGCATACGATG-GTGCCATTTTGGT-TCCCATAGCTGTGCC-ANTAATTTGCAGGTAGTGTTCACCG-TTG-AACATG-AAGTTAT-------TG--------A-ACTTGAGGACATGTT----------CAA--------GAAG-CTGGA--CGAGCGATTCN-GTNGAA-GGA---CG--TC--G-A--TGGCCCTGTT-G-TTCCAAACCTCTCTAC--AGGCCTCGA-TACCCT-CATCGTGTGGAATGTTAGT-G-TAAAGTGAAGTNACATCCAT-GGTCACGAGGAG-G-----GTATTGTCNGG-TAGGTCCGA---AGAGGGGGT-TTT--ATTGAGGT-------A---GTCA----G-----TC----C---------TTCAA------GTATGACGGT-AANT-T-T-CTACATGCGGACGGAGATGTAAATTAATAAATTCAG--A-----G-AT-TTTCTCCGTGGGATGTCCA----------ATGGCACCGAC----T-ACGGGGCGGC--CAGGCATNCCTTC-T----TGTGGAT-TTT---AGGCGGTAGATAAAATTGTCCAGG--TCTA----CAGTTGAG--AGACAGCAGTGTTTCGAAGACGTCGTC-ACCA-----ATTTCCTCGTCTTTGTAC-ATCTGCTCGAGAG-TTTC-G--TGGTCGTG---GCNGAAAACG-CTTCGCTAGGGTCGGANTCCAGTTTTGTGTAAAACCGTTCATCCGAGAGCTGT--CTGTGNGCT---TCTGCCATGTATGT-----T-T-CTTGTC----TAATACCACCGCTGTTGACCCTT-TGTCTGCCTTTTTGNTAACGATGT--CATCCCGGTTTTTTAGCNCTTGTAAGGCTGA-CC-C-TCTTCTTTNCTT--AGATTGTTC-GGAACC-TTTCTG--TTTTGTC
Reference ( family-136 ) : TTNAGGAGTTTGTT-TTGTTTTT--CG--AAG--T-CCGAGCCAGAG--GAGCAGATGCGGCGGA-CTCGGGTGGCTAAACCCTTAGGNACACCTTTGAAAGTATGGGGTGGATGACAGCTGG---ATGGCATAAGGTACAAA-----TG-AGA--GT--C-GGTG-GGCT---TAGTGTGGAGATTG-AACT-----CA-ATTTCNC--CGTTCNTGAGT----GTGGC--------T-----GTGG-TATCCAAGAA-TACGT-TCTTGGAG-GT----GG--AAA---TT-T--C-ACA-GTGAAC-TT---GA-----T-GGAA----TGGT-G-AAATG-----AGTT----TGC-A--A----TC-C-G--ATAAAGTC--T-C-GAGGC---TTT--C--G--ACCGTC--AACCC-ACTT-CATCTCAA-TGTC--AT-------------CN-ATG--AAACGTAGCCAACTAAGAG-GCTTA-ACTGGCGA----T-GTATGAGCA-TGT-TACG-TTCCAGTCTTCCCATNAAGATGTT---GGCATACGATG-GTGCCATTTTGGT-TCCCATAGCTGTGCC-ANTAATTTGCAGGTAGTGTTCACCG-TTG-AACATG-AAGTTAT-------TG--------A-ACTTGAGGACATGTT----------CAA--------GAAG-CTGGA--CGAGCGATTCN-GTNGAA-GGA---CG--TC--G-A--TGGCCCTGTT-G-TTCCAAACCTCTCTAC--AGGCCTCGA-TACCCT-CATCGTGTGGAATGTTAGT-G-TAAAGTGAAGTNACATCCAT-GGTCACGAGGAG-G-----GTATTGTCNGG-TAGGTCCGA---AGAGGGGGT-TTT--ATTGAGGT-------A---GTCA----G-----TC----C---------TTCAA------GTATGACGGT-AANT-T-T-CTACATGCGGACGGAGATGTAAATTAATAAATTCAG--A-----G-AT-TTTCTCCGTGGGATGTCCA----------ATGGCACCGAC----T-ACGGGGCGGC--CAGGCATNCCTTC-T----TGTGGAT-TTT---AGGCGGTAGATAAAATTGTCCAGG--TCTA----CAGTTGAG--AGACAGCAGTGTTTCGAAGACGTCGTC-ACCA-----ATTTCCTCGTCTTTGTAC-ATCTGCTCGAGAG-TTTC-G--TGGTCGTG---GCNGAAAACG-CTTCGCTAGGGTCGGANTCCAGTTTTGTGTAAAACCGTTCATCCGAGAGCTGT--CTGTGNGCT---TCTGCCATGTATGT-----T-T-CTTGTC----TAATACCACCGCTGTTGACCCTT-TGTCTGCCTTTTTGNTAACGATGT--CATCCCGGTTTTTTAGCNCTTGTAAGGCTGA-CC-C-TCTTCTTTNCTT--AGATTGTTC-GGAACC-TTTCTG--TTTTGTC
gi|1 : TTTAGGAGTTTGTT-TTGTGTTT--CG--AAT--T-CCGAGCCAGAG--GAACAGATACGACGAA-ATCGTGTAGCTAAACCCTTAGGTACTCCTTTGAAGGTATGAGGTGGATGACAGCTTG---AAGGCATCAAGTACAAA-----TG-TGA--GT--C-AGTG-GGCT---TTGTGTGGAGGTTG-AATT-----CA-ATTTCAC--CATTCATGAGA----GTGGA--------A-----GTAG-TATCCAAGAA-TACGT-TCTTGGAG-CT----AG--AAA---TT-T--C-ACT-GTAAAT-TT---AA-----T-GGAA----TGGT-G-AAATG-----AGTT----GGTAA--A----GG-A-G--ATAAAGTT--T-T-CAAGCCGATTT--C--G--GCCCTC--CGTCC-ATTT-CATTTCAA-TGTC--AT-------------CA-ATG--AAGCGCAACCAACTATGTG-GCTTA-AAAGGCGAC---T-GTCTGAGTA-AGT-TACG-TTCAAGTCTTCCCATGAAAATGTT---GTCGTACGAAG-GGACCATTTTCGT-TCCCATAGCTGTGCC-ACTAACTTGTAAGTAATGTTCGCCA-TTG-AACATG-AAGTTAT-------TG--------A-GTTTAAGGACATGTT----------CAA--------GGAA-CTTGA--CCAACGATTCT-GTGGAA-GGA---TGTTTC----A--GGGTCCTGCT-A-TCTCAAACCTCCCTGC--AGGCTTCAA-TGCCTT-CATCGTGGGGGATGTTTGA-G-TAAAGCGAAGTCACATCCAT-GGTCACGAGAAG-G-----GTATTGTCAGG-TAGGTTGGA---AGAGGGGGT-TTT--GTTGAGGT-------A---ATCA----G-----TC----C---------TTCAA------GTGTGATGGT-AGTT-T-TACAACATGTGGGCGGAGGTGTAGGTCAATAAATTCTG--A-----G-AT-TTTCTCCGTGGGGTGTCCA----------ATGACACTCAC----T-ATGGGGCGGC--CAGGCATACCTTCTT----TGTGGAT-TTT---AGGCAATAGATAAAATTGCCTAGG--TCTA----CAGTTGAG--AGGCAGCAATGTTTCAAAGACATCATT-ACCA-----ATTTCCTCGTCTTTGTAC-ATCTGCTCAAGAG-TGTCAG--TGGTTGTG---GCAGAAAACG-CTTTGCTAGGGTCGGAGTCCAGTTTAGTGTAAACCCATTCATCCGAGAATTAT--CTGTGCGCT---TCCGCTATGTATGT-----TGT-CTTGTC----TAATACCACCACTGTTGACCCTT-TGTCTGCCTTTTTGATAACAATGT--CATCCCGGTTTTTTAGCTCTTGTAAGGCTAA-CCAC-TCTTCTTTGCTT--AAATTGTTCAGGAATC-TTTCTG--TTTTGTC
gi|10 : AA---TTGT--C-ACG-GTGAAC-TT---GA-----T-GGAA----TAGT-GGAAAT------AGTT----TGC-A--A----TG-T-GTGATAAAGGC--G-CAGAAGC---TTT--T--ATAACCGCC--AAACC-ATTT-CATCGCAA-TGTC--AT-------------CTTATG--AAACATAGCCAAATAAGAG-ATTTA-TCT--------------TAAG----GC-TATT-TTCCAGTCTCCAAATTA-GATGTT---GGCATACGATG-GTGCCATTTTAGT-TCC-ATAGCCGTGCC-ATTAATTCGCAGGTAGTGCGCACCG-TTTTAACATG-AAGTTAT-------TATGATATAAA-ACTTGAGGACAAGGT----------CAAACTGACAAGAAG-CTGAA--TGAGTGGTTCA-GCCGAA-GGA---CA--TC--G-A--TAACCCTATC-G-TTGCATACTTCTCTAT--AAACCTCAA-TATCCT-TAT
gi|11 : -A--TGGCTCTATA-A-TTATCAACTTCCCTACGAAAGCCTCGA-TAGACA-CCTCACGTGGAATGTTAGT-G-CAAAGTGAAGTAACATCCA--AATCAC-AG---------------GTC-----AAGCCCGA---GAAAGAGAT-TTT--ATGTAGGTCATTATCA---GTAT----G-----TCGTGTC---------CTCAA------AGATGACGGT-AAAT-gtatttagagttgttccttcaggtgtgatgacaaatc
gi|11 : ttaaCGG--A-----G-AT-TT-CTCCGGGGGAAGTTCA----------ATAGGACTGAC----T-ACAGGGCGGCGTCA--CATGTCTTC-------GTCGA---TT---AAACATTA-ACAAAATTactttcctctacaagttaaaattagacttgttcagtgcaatgtatcgtattctactgtaactcgtatacatgccggcggagatttctccgggggaagttcaataggactgactacagggcggcgtcacatgtcttcgtcgattaaacattaacaaaatttcgcatcgtggatcactgaaatggacgagtagagtgtcctaatttgccccctagaaaag
gi|12 : ttaaatggctctataattatcaacttccctacgaaagcctcgatagacacctcacgtggaatgttagtgcaaagtgaagtaacatccaaatcacaggtcaagcccgagaaagagattttatgtaggtcattatcagtatgtcgtgtcctcaaagatgacggtaaatactttcctctacaagttaaaattagacttgttcagtgcaatgtatcgtattctactgtaactcgtatacatgccggAA---TTGT--C-ACG-GTGAAC-TT---GA-----T-GGAA----TAGT-GGAAAT------AGTT----TGC-A--A----TG-T-GTGATAAAGGC--G-CAGAAGC---TTT--T--ATAACCGCC--AACCC-ATTT-CATCGCAA-TGTC--AT-------------CT-ATG--AAACATAGCCAAATAAGAG-ATTTA-TCT--------------TAAG----GC-TATT-TTCCAGTCTTCCAAATTAGATGTT---GGCATACGATG-GTGCCATTTTAGT-TCCCATAGCCGTGCC-ATTAATTCGCAGGTAGTGCGCACCGTTTT-AACATG-AAGTTATTATGATATA--------A-ACTTGAGGACAAGGTCAAGAACTGACAA--------GAAG-CTGAA--TGAGTGGTTCA-GCCGAA-GGA---CA--TC--G-A--TAACCCTATC-G-TTGCATACTTCTCTAT--AAACCTCAA-TAtcgcatcgtggatcactgaaatggacgagtagagtgtcctaatttgccccctagaaaag
gi|13 : CACAAGGAG-G-----G-ATGTTCTGG-TAGACCCGA---TGAATGGGT-CTT--ATTAAGGT-------A---TCCATCGTG-----TC----C---------TTCAA------GTATGACGGT-AAATCT-T-TTACATGCTGACGGAGATGTAAATCATTGAATTCAA--AA----G-AT-TTTCTCCTTGGGATGTACA----------CAGTCACCAAC----T-ACAGGACTAC---AG--------TC-TAACATGTGGAT-TTT---TGGCAGTAAATAAAATCATCCTGG--TCCA----CAGT------AGTTAG-AAT------AAG--GTTGCC-ACCG-----AT---CTCGTCCTTGTATGATTTTTTGGAATG-TTTC-GGTTGATCTTG---GCCGAAAAC--CTTTGTTGGGGTCAGATCGTGACTTTTTATAATAGCGTTT-TCCGAGAGCTGT--Ct
gi|14 : cGCAGA-TGCGGGTAGTCAAACCCTTAGGAACACCTTTGAAAATATGATGTGGATGACTACTGG---ATGGCATAAGGTACAGA-----TG-AGA--GT--C-GGTG-GG---------------------------------TTTCCC--CATTTCTAAAT----GTGGC--------T-----GTGG-TATTCAAAAAGTA--T-TCTTGGAG-GT----GG--AAA---TT-TC-C-ACA-GCGAAC-TT---GA-----C-GGAA----TATT-G-GAATG-----AGTT----AAC-A--A----TCTT-G--ATAAAGTCG-T-T-GAGGC---TTT--CATG--ACCGTC--AACCC-ACGT-ATTCTCAA-TGTC--AT-------------CT-ATG--AAACGTAGCCAAATAAGAG-aatga
gi|15 : ctgtttttcagacgacttttgaggatgtttcctgctccaggaaagcagcagtagtagt-----TC----T---------TTGAG------GTATGACGGC-AAATCT-T-CTACATGGGGTTGGATATGTAAATTCAGAAAATC----------G-ATACCTCTCCTTGGGATGTCCAGATGAAGATGATGGCACTTGC----A-ATGGGTCGAC--CAGGCACGCCTTC-TC---TGTGGGTATTTGTAAGGAGATAGACA----TGTCCTGGATTTTG----TAAGTAAGCTAGACAG-AGTTCTTCGTAAACGTAGTG-TTCA-----ATTTCTTCTTTTTTGTAC-ATTTTATCGAGAG-TTTC-G----GTTATGAGGGCTGAAAATT-CCTCTGTAAAGTCTGAATTCAGCTTTTTGTAAAACCGCTCACCAGATAGCTGT--
gi|16 : tggtaAGTG--GTGCAGATGCGGCGGA-TGCGGGTAGCCAAACCCTTAGGAACAC-------------AGGTGGATGAAAACTGG---ATGGCATAAGGTACAGA-----TA-AGA--GT--C-GGTG-GGTT---TAGTGCACAGATTG-AGCT-----CA-ATTTGCC--CATTTCTAAAT----GTGGC--------T-----GTGG-TATACAAAAA-AGTAT-TCT--GA--GT----GGTAAAA---TC-T--tgg
gi|17 : ggaggaggattgtcggttctgtcgtgacatctcatcaattgccgtctgtacctcgcagtgatcatatcctctgtttttcagataacttttgaggatttccccatagtctaggaaagcagtagtTATAAAAGCATTCGTTCGAGAGCTACAATTGGGGGCTCTGTTTACCATGCAAGTGCTTGT-T-CTTGTCCTAACAATA-TACCG-----GA--CTT-TGTCTATTCTTTTATTGACAATAC--CCCCCTGG-TTTCCAGTGTTTGCAACGTTCA-TC-TATTTTCCTTCGTTTGAGATTTTTC-Gatagactttcgttgatatagtg
gi|18 : tgtgatttacaagcacaatgttttagggtaacgtaggatctagactgtaaccatTCGAGGAATT-GTCGTTGCTTTT--GG--AAC--T-TCG---TAGTT--GAACAGATGCGACGGA-TTCGGGTGG----ATC---AG-----CGTTTGAATGTATGAGATGG---------------TGGCAAAAGGTACAAA-----TG-ACATTGTAAC-AGTG-GGCT---TATTGTGGATATTG-AACT-----CATATTAC-C--CGTTTATAAGT----GTGGA--------A-----GTAG-TATCCATGAA-AATAT-TCTTGGAA-GT----CG--AAA---agattaaatttggctttgcattaagaatttttgtcg
gi|19 : gatcatttcctgtctgtgagataagtcTGG-T-TTCAAAAA-T-CAT-TGATGGAG-GT----GG--AAA---TT-T--CCACA-GTAAAC-TT---GA-----T-GGAA----TAGTGG-AAATACATATAGTA----TGC-A--A----TT-T-G--ATAAAG----T-C-G--------TT--C-----ATC-TC--AA--T-A--T-CAT-TTAA-T-TA--AN-------------NN-NNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNN-NNNNNNNN----N-NNNNNNNNN-NGC-TACG-TTCAAATATCTTCATAAAGATGTG---GTAATAC
gi|2 : tgaaaattgaa----T-GTATGAGGA-TGT-TGCG-TTCAAGTCTTCCCATGAAAATGTT---GGCATACGATG-GAGCCATCTTTGT-TCCCATAGCTGTGCC-AC----TTGTAAGTAATGTTCTCCG-TTG-AACATG-AAGTTGT-------TG--------A-GTTTGATGATATGTT----------CAA--------GGAG-CTTGA--CCAACGATTCT-GTGGAA-GGAATTTG--TG--G-----GGCCTTGTT-A-TTCCAACCCTCTCTGC--AGGCTTCAA-TGCCTTCCATCATAGGGGATGTTCTT-A-TAAAGTGAAGTCACATCCCT-GGTCACAAGAAG-A-----ATATTGTCAGG-TAGGTTGGA---AGAAGGGTT-TTT--GTTATGGT-------A---GCTA----G-----T-------------------A------GTATGATGGT-AGCT-T-TACAACATGTGGTCGGAGATGTcta
gi|2 : tGAGATGTCCA----------ATGACACC---------ATGGGACGGC--CAGGCATACACTC-T--------G---TTT---AGGGGGTAGATAAAATTGTCCAGA--TCTA----CAGTTGAG--AGAAAGCAGTGATACAAAGACATTGTC-ACCA-----AGTTCCTTGTCTTTGTAC-ATCTGCTTAAGAGTTTTT-G--TGATGGTG---GCAAAAAACGTTTTCG-TAGGGTTGGAGTCCAGTTAAGTGTAAAACCGTTCATCCGAGAGTTGT--CTGTGTGCT---TCTACCATGTATGT-----T-TCCTTGTC----TAATACCACCACTGTTGACCCTT-TGTCTGCCTTTTTGTTAACAATGT--CATCCTGGTCTTTTAGCTTTTGTAAGACTGA-CC----TTTCTTTCCTT--AGATTGTCCTGGAACC-TTGCTG--TTTTGTCccaatgacaccatgggacggccaggcatacactctgtttagggggtagataaaattgtccagatctacagttgagagaaagcagtgatacaaagacattgtcaccaagttccttgtctttgtacatctgcttaagagtttttgtgatggtggcaaaaaacgttttcgtagggttggagtccagttaagtgtaaaaccgttcatccgagagttgtctgtgtgcttctaccatgtatgtttccttgtctaataccaccactgttgaccctttgtctgcctttttgttaacaatgtcatcctggtcttttagcttttgtaagactgacctttctttccttagattgtcctggaaccttgctgttttgtcaagtagtttttcgatgtcctgctcaactgcttggatgtaggactcgagggctgcacattttactgatggaggttccaatttgctcttagttcggtagagtttgtgtttctctaggtcatcaagtgtgacttcatcgtagctggcaccatccttggaaaagagtgtcct
gi|21 : ttgtatgaggatgttgcgttcaagtcttcccatgaaaatgttggcatacgatggagccatctttgttcccatagctgtgccacttgtaagtaatgttctccgttgaacatgaagttgttgagtttgatgatatgttcaaggagcttgaccaacgattctgtggaaggaatttgtggggccttgttattccaaccctctctgcaggcttcaatgccttccatcataggggatgttcttataaagtgaagtcacatccctggtcacaagaagaatattgtcaggtaggttggaagaagggtttttgttatggtagctagtagtatgatggtagctttacaacatgtggtcg--GT--C-GTTGTGGTG---TGGTGTGGAGGCTG-AATTGTTGCCA-AT----C--C-TTCGTGAGC----G--GCAAGAAATATAAA--GTGAATATCCAAGAA-TACGTATTTTGGAA-ACACTAGG--ATT---TT-T--C-ACGTGTGAACTTT---AA-----T-GGAATAGCTGGT-G-AAAaagtagtttttcgatgtcctgctcaactgcttggatgtaggactcgagggctgcacattttactgatggaggttccaatttgctcttagttcggtagagtttgtgtttctctaggtcatcaagtgtgacttcatcgtagctggcaccatccttggaaaagagtgtcct
gi|22 : aatggaagaccagtg-GGA---CA--CT--G-ACTTGACTTT-TT-G-T-CCAAATCTTTCTAC--AAGCCTCGA-TACCAT-CATCCTGTGGAATGTTAGTGG-TAAAGTGAAATAGCATCCAT-GGTTACAAGTTGTG-----ATA-TGTATGG-TTAGTCCGA---TGAGGGAAT-TTT--ACTGAAGT-------A---AT
gi|23 : g--GT--C-GTTG-GACTGTTTGGTGTGGAG---G-CGCT-----GA-ATTTTGCATCCTTCGTGA-------CGGCACAAAATATAAAAGGTGA-TATCCAAGAC-TACGTATTTTGGAACAT----AG--CGATTCTT-T--C-AC---TTAAC-TTTGAAA-----T-GGAA----TTAT-G-A
gi|24 : tgATGTT----------CGA--------GAAAACTGAAAATGAGTTATTTAAGTAACA-GGG---CA--TTTGG-G--TGAAACTATTTG-TTCCTTGCTTCTCTAC--AGCTCTCG--TACTGT-CATTGTGTGGAATGTTACT-GATACAGT-AAGTAAAATCttggtaaa
gi|26 : TGCT-CTGTTCTT--TATAAAG--T-GCAGG--AGTA--GAGCAGATATGGCGTA-CTCTGGTGGCTAAACCTTTAG--------------GTATGGGTAGAATGGCAACTAG---ATGGC
gi|27 : ttttagatggaT-TTTCGGAA-GA----GA--AAA---TT-T--CCATA-GTGAAC-TT---GA-----A-GGAA----TAGT-G-GACAG-----ATTT----TGC-A--AT---TT-T-G--ATAAAGTCG-T-T-GAGGC---GTTCAC--G--ACC
gi|28 : aagta-----TC----C---------TTCAG------GTGTGATGAC-AAAT-CCT-CTACATGC---CG-AGATGTGAATTAAGAAATTCAGATA-----T-AT-TTTCT
gi|29 : cttatgtatttagagttgttT--ATTTAG---------A---GTTG----T-----TC----C---------TTCAG------GTGTGATGAC-AAAT-CCT-CTACATGC---CG-AGATGTGAATTAAGAAATTCAGATA-----T-AT-TTTCT
gi|3 : cttatgTTGAGGA-TTTGTT-TTTTCTTT--TGGAAAG--T----AGTAAGAGCAGAGCAGATGCGGCGGA-CTCGGGTAGCTAAACCCCTGGGAAC-CCTTTAACAGTACGGGG--AACGGAAGTTGA---ATGGCACAAAGTACAAAATTAATG-AAA--AT--C-GATT-GCCT---TTGTGTGAAGATTG-AACT-----CA-ATTTCTC--CATTTACGAGT----GTGGT--------T-----GTGG-TATCCAAGAA-AGTGT-TCTTGGAG-GT----GA--AAA---TT-T--CTACA-TTGAAC-TT---GA-----T-GGAA----TAGT-G------------------------------------G--GTAAAGTT--T-C-----------T--C--G--ATCGTC--AACCA-TATT-CATCTCAA-TGTC--ATATTTTATGAAATTTT-ATG--AAATGTTGCCA-C---GAG-ATTTA-ACTGGTGAAAATT-GTTAGAG----GG-TACG-TTACAGTCTCCCCATAAAGATGTT---GATATACGATG-GTGCCATTTTGGT-TCCCATAACTATGCCAAATGATTTGCAAATAGTGTTCACCA-TTG-AACATT-AAGTTAT-------TA--------A-ACTTGA-GACATGTG----------CAA--------GAAA-CTG---------------------A-GGA---CT--TT--GAA--TTGTCCTGTT-A-TTCCAA--------------GACTCGATTCCCCT-CGTGATGTGGAATGTCAGT-G-TAA
gi|30 : aaggtcccagtgtctgaactgtatatttgcaaatttgacctctgaggtctgagcatgttttgaatcgctctattcagtctagtccttacttccatgtcgcgcaagtttcagggtgtgtgaaggtactccagccagctaacaggttttcttcgtactggaggagggactgtcggtcctgtcgtggcatctcatcaactgcggaatgaaccttgcaagtatcatgtcctctgtttgtcaagctagtgagttTTCAAGAGTTTGCT-TTGTTTTTTTCG--AAAATT-CCGAGCCAGAG--GAACAGATACGACGAACCTCGTGT
gi|4 : gcttACCTTTAGGCACACCTTTGGAAGTATGGAGTGGATGACAGCTGG---ATGGCATAAGGTACAAA-----TG-AGA--AT--C-TGTG-GGTT---TAGTGTGAAGATTA-AACT-----CG-ATTTCTC--CGTCCTTAAGT----GTTGT--------T-----GTGG-TATCC
gi|4 : GCTCTTTAGT----GGTGC--------T-----GTGG-TATCCAAAAACTA--T-TCCTGGAT-GT----TGCAAAA---TA-T--C-CCA-GTAAAC-TT---GA-----TCGGAA----TGTT-G-GAA-------AGTT----TGC-ACCA----TC-TTA--ATAAACTCGAT-T-GAGGC---TTT--CACG--ACCATC--AACCCCACTTACATCTCGA-TGTC--AT-------------C--ATGGCAAACGTAGC-AACCATGAGAGTTTACACTAGTGAG---T-G-ATGAGGAGTCT-GACGACTCCATTCTTCCCATAAATAGATT---GGCATAGGAAGCGTTCC---TTAGTGTCCCATAGCAGTGCC-ACTGGTTTGCAGGT-TTGTTCACCG-TCA-AACATGGAAGTTAT-----------------ACACTTAGAGACATGTT----------CAA--------GAAG-CCGAA--TGAGTGACTTA-GTTGAG-GGA---CG--TT--G-A--CTGCCCCTTT-GATTCCAAACCTCTTTAC--AGGCCTCAA-TACCCT-CATCATGTGGAATGTTGGT-G-TAGAGTGACGTCACATCCAT-AGTCACAAGGAG-G-----GTATGGTCTGC-CAGGCCCGA---AGTGGAGGT-TTT--ATTGAGGT-------A---ATCA----GTCGTATC----C---------TTCAAGTAGATGTATGACGGT-AAtgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngctctttagtggtgctgtggtatccaaaaactattcctggatgttgcaaaatatcccagtaaacttgatcggaatgttggaaagtttgcaccatcttaataaactcgattgaggctttcacgaccatcaaccccacttacatctcgatgtcatcatggcaaacgtagcaaccatgagagtttacactagtgagtgatgaggagtctgacgactccattcttcccataaatagattggcataggaagcgttccttagtgtcccatagcagtgccactggtttgcaggtttgttcaccgtcaaacatggaagttatacacttagagacatgttcaagaagccgaatgagtgacttagttgagggacgttgactgcccctttgattccaaacctctttacaggcctcaataccctcatcatgtggaatgttggtgtagagtgacgtcacatccatagtcacaaggagggtatggtctgccaggcccgaagtggaggttttattgaggtaatcagtcgtatccttcaagtagatgtatgacggtaaa
gi|5 : acctttaggcacacctttggaagtatggagtggatgacagctggatggcataaggtacaaatgagaatctgtgggtttagtgtgaagattaaactcgatttctccgtccttaagtgttgttgtggtatcctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATACAT-GGTCGCGAGAAT-G-----GTAT-GTC---------CTGA---GAAGTAGACATTT--GTTTAAGT-------ACTTGT-A----G-----TC----CGTGTTGTTTTTCAG------ATA--ACA----------T-GTACATGTGGAAGAAAATTTAAAGTGATGAATTCTG--ATACATGTAT-TTTCTCCATGG-AT----------------TGACACCTAC----T-ACGAGATGAC--CTGACATTCCTTC-T----TG-------------GGCAGTGGATGAAATTGTCCAGG--TCAAACGTTAGTTGA-----ACAA-AGTGTCCCGAATGCGCTATCAACTACATGTATTTCGCTGATACCATAC-A-CTG-TATAAAG-CGTC-T--TGGT----------GAGCAC----TCACTGGAGTCGGATTCAAGTTTTG-GAAAAACTGCTCATCTGAAAGTTGT--CTATGGGCT---TCTGTGAAGGATGC-----C-T-CTT----------------TGCTATAGACCTTTCTGTTTATCTTT---ACAATGATTTGACATTCCGG--TTTTAGGACCTGTAAGACGGATCT-C-TCTTCTATACTT----ATCGCT----AACCTTTTCTGACTTCTGTa
gi|6 : actTTTCAAAGTATGAGGTG-AT-ACAACTGG---ATAACACAAGA-ACAA------TGCAGA--AC--CAGGTG-GACC---TAGTGTGAA-ATTT-AATC-----CA-GTTTCTCG-CGTTCCTAAAA----G--GC--------T-----GTGG-T----------------TCTCAGAG-GT----TG--AAA---TT-T--C--CA-GTGAAC-TT---GACTTGAT-GGAA----TTGT-G-GAAAG-----AGT---------A--A----TCAC-T--AGAAAGTTA-G-C-GAGTC---TTT--CACG--ATCGTC--AATCC-TCTT-CATTAGAA-TGTC--GT----------------ATG--AAACTTAACCAACTAAGAG-GTTTA-AATGGTGA----ttccacggcatcaatacaagactcttaaggctctagttttacctggtgttgttcccaggcattcctaggtcgaaaaagctatggtttttctaagt
gi|7 : gagatctgagcatgttttcgcacacatcattaataaatgtatgggttatccaaatctagtcttgtatcatgctcattcagtgttggtaaactgatttgatccgttgaggttttcttttggtgctggacgagggttgtcgggtttgtcggtccgtcgtgacatctcatgaaatgtccttgaaaggatcttctcctgtttgtctcaaataatgtttgagatttgtcttcggctctgagagattgtccttgcgctgaaaagtatgggaagttatagcaagaatgcagtgatagggccatccaaatcccggcaat-TATTCAAC---TATGT-TTTTAG-G-AT----TA--AAA---TT-TTTC-ATA-GTAAAC-AT---GA-----T-AGAA----TGATTG-ACA-G-----AGCA----TGC-A--AATGTTC-C-G--ACATTGTT--TAC-AAATC---TAT--C--G--ACC-----------ACT-----CTCAA-AATTCAAT-------------CA-ATG--AAATGAAGACA---------GCTTA-ACAGGCTA----T-ATATATACA-TGTATATA-TTCCAGTTTGCCC--CAAAATATTTAAAACATACACTG-GTGCCATTCTGGT-TCTCATAGCTGT--C-AATAATCTGCGGGTACTGTTCACCA-TTA-CACATG-AAataaagtaggag
gi|7 : aGTTACGTT-ATAGGTCACGACGAG-GACACGGTGTTG-CAGGCTTGATCAGAGAGAGAGAGAGT-TTTTTATTGAGCA-------A---GTCA----G-----TCGTGTC---------TTTAA------ATATGAAGGTCAATC-T-T-CTACATTCCGACAAAGATGTAAACAAATAAATTGAG--A-----G-AT-GTTTTCCGTAAGATATCTA----------AGGGCACTGACATGAT-GAGGGGC--C--CCGGTATTCCTagagctgaatgtaaaggaaccactgtactacccaaatttccccgtgtgtgtcgatacccaagctattcgttacgttataggtcacgacgaggacacggtgttgcaggcttgatcagagagagagagagttttttattgagcaagtcagtcgtgtctttaaatatgaaggtcaatcttctacattccgacaaagatgtaaacaaataaattgagagatgttttccgtaagatatctaagggcactgacatgatgaggggccccggtattcct
gi|8 : atattcaactatgtttttaggattaaaatttttcatagtaaacatgatagaatgattgacagagcatgcaaatgttccgacattgtttacaaatctatcgaccactctcaaaattcaatcaatgaaatgaagacagcttaacaggctatatatatacatgtatatattccagtttgccccaaaatatttaaaacatacactggtgccattctggttctcatagctgtcaataatctgcgggtactgttcaccattacacatgaaagagctgaatgtaaaggaaccactgtactacccaaatttccccgtgtgtgtcgatacccaagctattc-TATTCAAC---TATGT-TTTAGGA---T----TA--AAA---TT-TT-C-ATA-GTAAAC-AT---GA-----T-AGAA----TGATTG-ACA-G-----AGCA----TGC-A--AATGTTC-C-G--ACATTGTT--TAC-AAATC---TAT--C--G--ACC-----------ACT-----CTCAA-AATTCAAT-------------CA-ATG--AAATGAAGACA---------GCTTA-ACAGGCTA----T-ATATATACA-TGTATATA-TTCCAGTTTGCCC--CAAAATATTTAAAACATACACTG-GTGCCATTCTGGT-TCTCATAGCTGT--C-AATAATCTGCGGGTACTGTTCACCA-TTA-CACATG-AA
gi|8 : aaGTTACGTT-ATAGGTCACGACGAG-GACAC-GTGTTG-CAGGCTTGATCAGAGAGAGAGAGAGT-TTTTTATTGAGCA-------A---GTCA----G-----TCGTGTC---------TTTAA------ATATGAAGGT-CATC-T-T-CTACATTCCGACAAAGATGTAAACAAATAAATTGAG--A-----G-AT-GTTTTCCGTAAGATATCTA----------AGGGCACTGACA---TGATGAGG-GGC--CCGGTATTCCagagctgaatgtaaaggaaccactgtactacccaaatttccccgtgtgtgtcgatacccaagctattcgttacgttataggtcacgacgaggacacgtgttgcaggcttgatcagagagagagagagttttttattgagcaagtcagtcgtgtctttaaatatgaaggtcatcttctacattccgacaaagatgtaaacaaataaattgagagatgttttccgtaagatatctaagggcactgacatgatgaggggcccggtattcc
gi|9 : aatattcaactatgttttaggattaaaattttcatagtaaacatgatagaatgattgacagagcatgcaaatgttccgacattgtttacaaatctatcgaccactctcaaaattcaatcaatgaaatgaagacagcttaacaggctatatatatacatgtatatattccagtttgccccaaaatatttaaaacatacactggtgccattctggttctcatagctgtcaataatctgcgggtactgttcaccattacacatgaaagagctgaatgtaaaggaaccactgtactacccaaatttccccgtgtgtgtcgatacccaagctattcGTT-TTACTCTTGGTG--AAG--TGTCGA--CATAG--GA-CAAATGCAGCTGA-TTCTTTTGGCTAAATCTTTTGGCATACCTTTGAATGTGTGGGGTGGATGACATTTTGTAAGTAGCA---AGTATAAA-----TG-AGA--AT--C-AGTG-GGCT---TATTGCTAA-ATCGGAACT-----CT-ATCTGG----GTT--TCAGTTATCGTGGC--------T-----GTGG-TATACAAGAG-T--GT-TT-------------------A---TT-T--CCACT-GTGAAT-TT---GA-----C-AGAG----TGGT-G-GAATG-----GGTTGGCATGC-A--G----TCAC-G--ATA---TCA-T-T-TAGGCAA-TCT--C--T--GCTATATGGATGA-ACTT-TTTGTCAAATTTC--AT-------------CG-ATG--AAACGCAATAAGCTTAGAG-GCCTACAC-GGCAA----TTGCATGAGCG-TAT-TTTG-TTTCAGTTTTACCATGAATAGTTT---GGCATATGAGG-ATTTCATATTGGT-TGCCGCAAGTTCGAA-AGTA-----CATGTAGCAATCACCA-CTG-AACATG-AAATTGT-------TG--------A-AGTTTAG--CATATT----------CCA--------GGAG-ATGGG--TGAGCGAATCT-GTGCAATGGA---C
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): TTTTCAATGTCTGCTCAACTGCTTCGGATGTAAGACTCGAGGGCTGCACATCTTCCTGATGGAGGTTCCCATTTGCTCTTAGTTCGGTAGAGTTTGTGATTTTTAGGTCATCAAGTTTGGCCTCCTCGTAGTTGCCATCGTCCTCGTCTTTTCTGGAAAAATGTTCCTC
Unaligned ( gi|25 ): GGAAAGTTCAATCGGAATGACTACATCTCGCGTCATCCGATAAAACATACAAATTCATGTTCGATTTCTGGAGTGGAGGAGTATGTAAACTTTGTCGTAGAAACGA
Unaligned ( gi|31 ): GGATTTTCCAGTAATAAGTAGTAGTGCCGCAGGTGCGGCGGATGCTGGTGGCCAAAGCCCAAGG
Alignments
lowQualScore : 33333333333333333333 11111 11111 1111 33333333333333 1111111 111111111111 1 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11111111111 2222222222222222 11111 22222222222222222222222222 111 33333333333333333 2222222222 11111111 11111 1111111111111111 1 22222 111111 1111 11 1111111 1111111111 33333333333333 111111 111 22222222 2222222222 111111 44444444444444444444 11 1111 111 2 1111 22222 2222 222222 22 111 333333333 22222 1 11 11 1 222 1111 22 1 11
lowQualScore : 1 6 0 6 44444444444444444444 1 77 4 66 2 88888 2 0 3 2 0 777 4 22222 5 55 55 4 4 777 1 1 66 4 00000 4 0000 2 22 1 7777 3 77777777777777 2 6666666 5 0 555555555555 444 5 99 1 44 2 555 77777 2 6666 0 8 5 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 33333333333 1 3 0 3 2222222222222222 99 55 00000 3 88888888888888888888888888 8 4 0 0 1 1 444 4 0 4 1 4 1 0 1 4 55 4 77777777777777777 5 3 1111111111 88888888 5 00000 1 77 2 4 5555555555555555 5 666 0 0 66 4 0 5 2 0 5 5 1 2 0 2 3 4 00000 4 1 222222 2 5555 4 11 0 3333333 777 1 1111111111 11111111111111 000000 0 3 2 333 8 9 3 6 1 3 11111111 4 4 0 1111111111 0 7 777777 1 66 0 1 2 44444444444444444444 0 1 1 11 7777 0 666 0 1111 1 3 4 8 00000 0 8 0 8 44 8 0 4444 444444 3 33 8 1 1 1 99 1 777 0 0 000000000 2 22222 99 2 0 3 22 0 3 11 2 0 33 66 11 0 0 666 1 7777 22 3 88
lowQualScore : . . . . .................... . .. . .. . ..... . . . . . ... . ..... . .. .. . . ... . . .. . ..... . .... . .. . .... . .............. . ....... . . ............ ... . .. . .. . ... ..... . .... . . . .................................................................... ........... . . . . ................ .. .. ..... . .......................... . . . . . . ... . . . . . . . . . .. . ................. . . .......... ........ . ..... . .. . . ................ . ... . . .. . . . . . . . . . . . . . ..... . . ...... . .... . .. . ....... ... . .......... .............. ...... . . . ... . . . . . . ........ . . . .......... . . ...... . .. . . . .................... . . . .. .... . ... . .... . . . . ..... . . . . .. . . .... ...... . .. . . . . .. . ... . . ......... . ..... .. . . . .. . . .. . . .. .. .. . . ... . .... .. . ..
lowQualScore : 0 5 8 7 77777777777777777777 0 99 0 11 2 66666 5 1 8 7 1 888 1 55555 0 55 55 0 0 000 6 4 33 0 00000 0 8888 6 66 8 7777 5 55555555555555 9 0000000 7 2 999999999999 444 3 00 4 33 9 000 11111 9 1111 4 6 7 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 44444444444 2 6 1 6 4444444444444444 55 00 66666 6 11111111111111111111111111 0 0 3 8 0 4 000 4 9 4 1 4 0 8 9 4 33 4 77777777777777777 7 0 9999999999 11111111 0 11111 1 88 8 4 1111111111111111 4 000 1 8 11 4 2 0 7 3 7 7 0 5 0 7 7 4 66666 4 9 888888 9 7777 4 00 7 0000000 000 9 3333333333 55555555555555 555555 4 6 4 999 9 4 8 4 2 9 44444444 4 4 2 9999999999 2 6 999999 1 99 2 4 8 00000000000000000000 7 0 4 00 0000 8 000 0 8888 4 8 6 0 00000 8 0 8 2 66 0 6 0000 444444 8 00 2 0 4 7 22 0 555 2 8 888888888 5 00000 00 5 2 5 88 0 2 22 0 2 88 22 22 2 0 555 0 2222 55 3 33
consensus : TTNAGGAGTTTGTT-TTGTTTTT--CG--AAG--T-CCGAGCCAGNG--GAGCAGATGCGGCGGA-CTCGGGTGGCTAAACCCTTAGGNACACCTTTGAAAGTATGGGGTGGATGACAGCTGG---ATGGCATAAGGTACAAA-----TG-AGA--GT--C-GGTG-GGCT---TAGTGTGGAGATTG-AACT-----CA-ATTTCNC--CGTTCNTGAGT----GTGGC--------T-----GTGG-TATCCAAGAA-TACGT-TCTTGGAG-GT----GG--AAA---TT-T--C-ACA-GTGAAC-TT---GA-----T-GGAA----TGGT-G-AAATG-----AGTT----TGC-A--A----TC-C-G--ATAAAGTC--T-C-GAGGC---TTT--C--G--ACCGTC--AACCC-ACTT-CATCTCAA-TGTC--A-------------TCN-ATG--AAACGTAGCCAACTAAGAG-GCTTA-ACTGGCGA----T-GTATGAGCA-TGT-TACG-TTCCAGTCTTCCCATNAAGATGTT---GGCATACGATG-GTGCCATTTTGGT-TCCCATAGCTGTGCC-ANTAATTTGCAGGTAGTGTTCACCG-TTG-AACATG-AAGTTAT-------TG--------A-ACTTGAGGACATGTT----------CAA--------GAAG-CTGGA--CGAGCGATTCN-GTNGAA-GGA---CG--TC--G-A--TGGCCCTGTT-G-TTCCAAACCTCTCTAC--AGGCCTCGA-TACCCT-CATCGTGTGGAATGTTAGT-G-TAAAGTGAAGTNACATCCAT-GGTCACGAGGAG-G-----GTATTGTCNGG-TAGGTCCGA---AGAGGGGGT-TTT--ATTGAGGT-------A---GTCA----G-----TC----C---------TTCAA------GTATGACGGT-AANT-T-T-CTACATGCGGACGGAGATGTAAATTAATAAATTCAG--A-----G-AT-TTTCTCCGTGGGATGTCCA----------ATGGCACCGAC----T-ACGGGGCGGC--CAGGCATNCCTTC-T----TGTGGAT-TTT---AGGCGGTAGATAAAATTGTCCAGG--TCTA----CAGTTGAG--AGACAGCAGTGTTTCGAAGACGTCGTC-ACCA-----ATTTCCTCGTCTTTGTAC-ATCTGCTCGAGAG-TTTC-G--TGGTCGT---GGCNGAAAACG-CTTCGCTAGGGTCGGANTCCAGTTTTGTGTAAAACCGTTCATCCGAGAGCTGT--CTGTGNGCT---TCTGCCATGTATGT-----T-T-CTTGTCT----AATACCACCGCTGTTGACCCTT-TGTCTGCCTTTTTGNTAACGATGT--CATCCCGGTTTTTTAGCNCTTGTAAGGCTGA-CC-C-TCTTCTTTNCTT--AGATTGTTC-GGAACC-TTTCTG--TTTTGTC
Reference ( family-136 ) : TTNAGGAGTTTGTT-TTGTTTTT--CG--AAG--T-CCGAGCCAGNG--GAGCAGATGCGGCGGA-CTCGGGTGGCTAAACCCTTAGGNACACCTTTGAAAGTATGGGGTGGATGACAGCTGG---ATGGCATAAGGTACAAA-----TG-AGA--GT--C-GGTG-GGCT---TAGTGTGGAGATTG-AACT-----CA-ATTTCNC--CGTTCNTGAGT----GTGGC--------T-----GTGG-TATCCAAGAA-TACGT-TCTTGGAG-GT----GG--AAA---TT-T--C-ACA-GTGAAC-TT---GA-----T-GGAA----TGGT-G-AAATG-----AGTT----TGC-A--A----TC-C-G--ATAAAGTC--T-C-GAGGC---TTT--C--G--ACCGTC--AACCC-ACTT-CATCTCAA-TGTC--A-------------TCN-ATG--AAACGTAGCCAACTAAGAG-GCTTA-ACTGGCGA----T-GTATGAGCA-TGT-TACG-TTCCAGTCTTCCCATNAAGATGTT---GGCATACGATG-GTGCCATTTTGGT-TCCCATAGCTGTGCC-ANTAATTTGCAGGTAGTGTTCACCG-TTG-AACATG-AAGTTAT-------TG--------A-ACTTGAGGACATGTT----------CAA--------GAAG-CTGGA--CGAGCGATTCN-GTNGAA-GGA---CG--TC--G-A--TGGCCCTGTT-G-TTCCAAACCTCTCTAC--AGGCCTCGA-TACCCT-CATCGTGTGGAATGTTAGT-G-TAAAGTGAAGTNACATCCAT-GGTCACGAGGAG-G-----GTATTGTCNGG-TAGGTCCGA---AGAGGGGGT-TTT--ATTGAGGT-------A---GTCA----G-----TC----C---------TTCAA------GTATGACGGT-AANT-T-T-CTACATGCGGACGGAGATGTAAATTAATAAATTCAG--A-----G-AT-TTTCTCCGTGGGATGTCCA----------ATGGCACCGAC----T-ACGGGGCGGC--CAGGCATNCCTTC-T----TGTGGAT-TTT---AGGCGGTAGATAAAATTGTCCAGG--TCTA----CAGTTGAG--AGACAGCAGTGTTTCGAAGACGTCGTC-ACCA-----ATTTCCTCGTCTTTGTAC-ATCTGCTCGAGAG-TTTC-G--TGGTCGT---GGCNGAAAACG-CTTCGCTAGGGTCGGANTCCAGTTTTGTGTAAAACCGTTCATCCGAGAGCTGT--CTGTGNGCT---TCTGCCATGTATGT-----T-T-CTTGTCT----AATACCACCGCTGTTGACCCTT-TGTCTGCCTTTTTGNTAACGATGT--CATCCCGGTTTTTTAGCNCTTGTAAGGCTGA-CC-C-TCTTCTTTNCTT--AGATTGTTC-GGAACC-TTTCTG--TTTTGTC
gi|1 : TTTAGGAGTTTGTT-TTGTGTTT--CG--AAT--T-CCGAGCCAGAG--GAACAGATACGACGAA-ATCGTGTAGCTAAACCCTTAGGTACTCCTTTGAAGGTATGAGGTGGATGACAGCTTG---AAGGCATCAAGTACAAA-----TG-TGA--GT--C-AGTG-GGCT---TTGTGTGGAGGTTG-AATT-----CA-ATTTCAC--CATTCATGAGA----GTGGA--------A-----GTAG-TATCCAAGAA-TACGT-TCTTGGAG-CT----AG--AAA---TT-T--C-ACT-GTAAAT-TT---AA-----T-GGAA----TGGT-G-AAATG-----AGTT----GGTAA--A----GG-A-G--ATAAAGTT--T-T-CAAGCCGATTT--C--G--GCCCTC--CGTCC-ATTT-CATTTCAA-TGTC--A-------------TCA-ATG--AAGCGCAACCAACTATGTG-GCTTA-AAAGGCGAC---T-GTCTGAGTA-AGT-TACG-TTCAAGTCTTCCCATGAAAATGTT---GTCGTACGAAG-GGACCATTTTCGT-TCCCATAGCTGTGCC-ACTAACTTGTAAGTAATGTTCGCCA-TTG-AACATG-AAGTTAT-------TG--------A-GTTTAAGGACATGTT----------CAA--------GGAA-CTTGA--CCAACGATTCT-GTGGAA-GGA---TGTTTC----A--GGGTCCTGCT-A-TCTCAAACCTCCCTGC--AGGCTTCAA-TGCCTT-CATCGTGGGGGATGTTTGA-G-TAAAGCGAAGTCACATCCAT-GGTCACGAGAAG-G-----GTATTGTCAGG-TAGGTTGGA---AGAGGGGGT-TTT--GTTGAGGT-------A---ATCA----G-----TC----C---------TTCAA------GTGTGATGGT-AGTT-T-TACAACATGTGGGCGGAGGTGTAGGTCAATAAATTCTG--A-----G-AT-TTTCTCCGTGGGGTGTCCA----------ATGACACTCAC----T-ATGGGGCGGC--CAGGCATACCTTCTT----TGTGGAT-TTT---AGGCAATAGATAAAATTGCCTAGG--TCTA----CAGTTGAG--AGGCAGCAATGTTTCAAAGACATCATT-ACCA-----ATTTCCTCGTCTTTGTAC-ATCTGCTCAAGAG-TGTCAG--TGGTTGT---GGCAGAAAACG-CTTTGCTAGGGTCGGAGTCCAGTTTAGTGTAAACCCATTCATCCGAGAATTAT--CTGTGCGCT---TCCGCTATGTATGT-----TGT-CTTGTCT----AATACCACCACTGTTGACCCTT-TGTCTGCCTTTTTGATAACAATGT--CATCCCGGTTTTTTAGCTCTTGTAAGGCTAA-CCAC-TCTTCTTTGCTT--AAATTGTTCAGGAATC-TTTCTG--TTTTGTC
gi|10 : AA---TTGT--C-ACG-GTGAAC-TT---GA-----T-GGAA----TAGT-GGAAAT------AGTT----TGC-A--A----TG-T-GTGATAAAGGC--G-CAGAAGC---TTT--T--ATAACCGCC--AAACC-ATTT-CATCGCAA-TGTC--A-------------TCTTATG--AAACATAGCCAAATAAGAG-ATTTA-TCT--------------TAAG----GC-TATT-TTCCAGTCTCCAAATTA-GATGTT---GGCATACGATG-GTGCCATTTTAGT-TCC-ATAGCCGTGCC-ATTAATTCGCAGGTAGTGCGCACCG-TTTTAACATG-AAGTTAT-------TATGATATAAA-ACTTGAGGACAAGGT----------CAAACTGACAAGAAG-CTGAA--TGAGTGGTTCA-GCCGAA-GGA---CA--TC--G-A--TAACCCTATC-G-TTGCATACTTCTCTAT--AAACCTCAA-TATCCT-TAT
gi|11 : -A--TGGCTCTATA-A-TTATCAACTTCCCTACGAAAGCCTCGA-TAGACA-CCTCACGTGGAATGTTAGT-G-CAAAGTGAAGTAACATCCA--AATCAC-AG---------------GTC-----AAGCCCGA---GAAAGAGAT-TTT--ATGTAGGTCATTATCA---GTAT----G-----TCGTGTC---------CTCAA------AGATGACGGT-AAAT-gtatttagagttgttccttcaggtgtgatgacaaatc
gi|11 : ttaaCGG--A-----G-AT-TT-CTCCGGGGGAAGTTCA----------ATAGGACTGAC----T-ACAGGGCGGCGTCA--CATGTCTTC-------GTCGA---TT---AAACATTA-ACAAAATTactttcctctacaagttaaaattagacttgttcagtgcaatgtatcgtattctactgtaactcgtatacatgccggcggagatttctccgggggaagttcaataggactgactacagggcggcgtcacatgtcttcgtcgattaaacattaacaaaatttcgcatcgtggatcactgaaatggacgagtagagtgtcctaatttgccccctagaaaag
gi|12 : ttaaatggctctataattatcaacttccctacgaaagcctcgatagacacctcacgtggaatgttagtgcaaagtgaagtaacatccaaatcacaggtcaagcccgagaaagagattttatgtaggtcattatcagtatgtcgtgtcctcaaagatgacggtaaatactttcctctacaagttaaaattagacttgttcagtgcaatgtatcgtattctactgtaactcgtatacatgccggAA---TTGT--C-ACG-GTGAAC-TT---GA-----T-GGAA----TAGT-GGAAAT------AGTT----TGC-A--A----TG-T-GTGATAAAGGC--G-CAGAAGC---TTT--T--ATAACCGCC--AACCC-ATTT-CATCGCAA-TGTC--A-------------TCT-ATG--AAACATAGCCAAATAAGAG-ATTTA-TCT--------------TAAG----GC-TATT-TTCCAGTCTTCCAAATTAGATGTT---GGCATACGATG-GTGCCATTTTAGT-TCCCATAGCCGTGCC-ATTAATTCGCAGGTAGTGCGCACCGTTTT-AACATG-AAGTTATTATGATATA--------A-ACTTGAGGACAAGGTCAAGAACTGACAA--------GAAG-CTGAA--TGAGTGGTTCA-GCCGAA-GGA---CA--TC--G-A--TAACCCTATC-G-TTGCATACTTCTCTAT--AAACCTCAA-TAtcgcatcgtggatcactgaaatggacgagtagagtgtcctaatttgccccctagaaaag
gi|13 : CACAAGGAG-G-----G-ATGTTCTGG-TAGACCCGA---TGAATGGGT-CTT--ATTAAGGT-------A---TCCATCGTG-----TC----C---------TTCAA------GTATGACGGT-AAATCT-T-TTACATGCTGACGGAGATGTAAATCATTGAATTCAA--AA----G-AT-TTTCTCCTTGGGATGTACA----------CAGTCACCAAC----T-ACAGGACTAC---AG--------TC-TAACATGTGGAT-TTT---TGGCAGTAAATAAAATCATCCTGG--TCCA----CAGT------AGTTAG-AAT------AAG--GTTGCC-ACCG-----AT---CTCGTCCTTGTATGATTTTTTGGAATG-TTTC-GGTTGATCTT---GGCCGAAAAC--CTTTGTTGGGGTCAGATCGTGACTTTTTATAATAGCGTTT-TCCGAGAGCTGT--Ct
gi|14 : cGCAGA-TGCGGGTAGTCAAACCCTTAGGAACACCTTTGAAAATATGATGTGGATGACTACTGG---ATGGCATAAGGTACAGA-----TG-AGA--GT--C-GGTG-GG---------------------------------TTTCCC--CATTTCTAAAT----GTGGC--------T-----GTGG-TATTCAAAAAGTA--T-TCTTGGAG-GT----GG--AAA---TT-TC-C-ACA-GCGAAC-TT---GA-----C-GGAA----TATT-G-GAATG-----AGTT----AAC-A--A----TCTT-G--ATAAAGTCG-T-T-GAGGC---TTT--CATG--ACCGTC--AACCC-ACGT-ATTCTCAA-TGTC--A-------------TCT-ATG--AAACGTAGCCAAATAAGAG-aatga
gi|15 : ctgtttttcagacgacttttgaggatgtttcctgctccaggaaagcagcagtagtagt-----TC----T---------TTGAG------GTATGACGGC-AAATCT-T-CTACATGGGGTTGGATATGTAAATTCAGAAAATC----------G-ATACCTCTCCTTGGGATGTCCAGATGAAGATGATGGCACTTGC----A-ATGGGTCGAC--CAGGCACGCCTTC-TC---TGTGGGTATTTGTAAGGAGATAGACA----TGTCCTGGATTTTG----TAAGTAAGCTAGACAG-AGTTCTTCGTAAACGTAGTG-TTCA-----ATTTCTTCTTTTTTGTAC-ATTTTATCGAGAG-TTTC-----GGTTATGAGGGCTGAAAATT-CCTCTGTAAAGTCTGAATTCAGCTTTTTGTAAAACCGCTCACCAGATAGCTGT--
gi|16 : tggtaAGTG--GTGCAGATGCGGCGGA-TGCGGGTAGCCAAACCCTTAGGAACAC-------------AGGTGGATGAAAACTGG---ATGGCATAAGGTACAGA-----TA-AGA--GT--C-GGTG-GGTT---TAGTGCACAGATTG-AGCT-----CA-ATTTGCC--CATTTCTAAAT----GTGGC--------T-----GTGG-TATACAAAAA-AGTAT-TCT--GA--GT----GGTAAAA---TC-T--tgg
gi|17 : ggaggaggattgtcggttctgtcgtgacatctcatcaattgccgtctgtacctcgcagtgatcatatcctctgtttttcagataacttttgaggatttccccatagtctaggaaagcagtagtTATAAAAGCATTCGTTCGAGAGCTACAATTGGGGGCTCTGTTTACCATGCAAGTGCTTGT-T-CTTGTCCTAACAATAT-ACCG-----GAC--TT-TGTCTATTCTTTTATTGACAATAC--CCCCCTGG-TTTCCAGTGTTTGCAACGTTCA-TC-TATTTTCCTTCGTTTGAGATTTTTC-Gatagactttcgttgatatagtg
gi|18 : tgtgatttacaagcacaatgttttagggtaacgtaggatctagactgtaaccatTCGAGGAATT-GTCGTTGCTTTT--GG--AAC--T-TCG---TAGTT--GAACAGATGCGACGGA-TTCGGGTGG----ATC---AG-----CGTTTGAATGTATGAGATGG---------------TGGCAAAAGGTACAAA-----TG-ACATTGTAAC-AGTG-GGCT---TATTGTGGATATTG-AACT-----CATATTAC-C--CGTTTATAAGT----GTGGA--------A-----GTAG-TATCCATGAA-AATAT-TCTTGGAA-GT----CG--AAA---agattaaatttggctttgcattaagaatttttgtcg
gi|19 : gatcatttcctgtctgtgagataagtcTGG-T-TTCAAAAA-T-CAT-TGATGGAG-GT----GG--AAA---TT-T--CCACA-GTAAAC-TT---GA-----T-GGAA----TAGTGG-AAATACATATAGTA----TGC-A--A----TT-T-G--ATAAAG----T-C-G--------TT--C-----ATC-TC--AA--T-A--T-CAT-TTAA-T-TA--A-------------NNN-NNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNN-NNNNNNNN----N-NNNNNNNNN-NGC-TACG-TTCAAATATCTTCATAAAGATGTG---GTAATAC
gi|2 : tgaaaattgaa----T-GTATGAGGA-TGT-TGCG-TTCAAGTCTTCCCATGAAAATGTT---GGCATACGATG-GAGCCATCTTTGT-TCCCATAGCTGTGCC-AC----TTGTAAGTAATGTTCTCCG-TTG-AACATG-AAGTTGT-------TG--------A-GTTTGATGATATGTT----------CAA--------GGAG-CTTGA--CCAACGATTCT-GTGGAA-GGAATTTG--TG--G-----GGCCTTGTT-A-TTCCAACCCTCTCTGC--AGGCTTCAA-TGCCTTCCATCATAGGGGATGTTCTT-A-TAAAGTGAAGTCACATCCCT-GGTCACAAGAAG-A-----ATATTGTCAGG-TAGGTTGGA---AGAAGGGTT-TTT--GTTATGGT-------A---GCTA----G-----T-------------------A------GTATGATGGT-AGCT-T-TACAACATGTGGTCGGAGATGTcta
gi|2 : tGAGATGTCCA----------ATGACACC---------ATGGGACGGC--CAGGCATACACTC-T--------G---TTT---AGGGGGTAGATAAAATTGTCCAGA--TCTA----CAGTTGAG--AGAAAGCAGTGATACAAAGACATTGTC-ACCA-----AGTTCCTTGTCTTTGTAC-ATCTGCTTAAGAGTTTTT-G--TGATGGT---GGCAAAAAACGTTTTCG-TAGGGTTGGAGTCCAGTTAAGTGTAAAACCGTTCATCCGAGAGTTGT--CTGTGTGCT---TCTACCATGTATGT-----T-TCCTTGTCT----AATACCACCACTGTTGACCCTT-TGTCTGCCTTTTTGTTAACAATGT--CATCCTGGTCTTTTAGCTTTTGTAAGACTGA-CC----TTTCTTTCCTT--AGATTGTCCTGGAACC-TTGCTG--TTTTGTCccaatgacaccatgggacggccaggcatacactctgtttagggggtagataaaattgtccagatctacagttgagagaaagcagtgatacaaagacattgtcaccaagttccttgtctttgtacatctgcttaagagtttttgtgatggtggcaaaaaacgttttcgtagggttggagtccagttaagtgtaaaaccgttcatccgagagttgtctgtgtgcttctaccatgtatgtttccttgtctaataccaccactgttgaccctttgtctgcctttttgttaacaatgtcatcctggtcttttagcttttgtaagactgacctttctttccttagattgtcctggaaccttgctgttttgtcaagtagtttttcgatgtcctgctcaactgcttggatgtaggactcgagggctgcacattttactgatggaggttccaatttgctcttagttcggtagagtttgtgtttctctaggtcatcaagtgtgacttcatcgtagctggcaccatccttggaaaagagtgtcct
gi|21 : ttgtatgaggatgttgcgttcaagtcttcccatgaaaatgttggcatacgatggagccatctttgttcccatagctgtgccacttgtaagtaatgttctccgttgaacatgaagttgttgagtttgatgatatgttcaaggagcttgaccaacgattctgtggaaggaatttgtggggccttgttattccaaccctctctgcaggcttcaatgccttccatcataggggatgttcttataaagtgaagtcacatccctggtcacaagaagaatattgtcaggtaggttggaagaagggtttttgttatggtagctagtagtatgatggtagctttacaacatgtggtcg--GT--C-GTTGTGGTG---TGGTGTGGAGGCTG-AATTGTTGCCA-AT----C--C-TTCGTGAGC----G--GCAAGAAATATAAA--GTGAATATCCAAGAA-TACGTATTTTGGAA-ACACTAGG--ATT---TT-T--C-ACGTGTGAACTTT---AA-----T-GGAATAGCTGGT-G-AAAaagtagtttttcgatgtcctgctcaactgcttggatgtaggactcgagggctgcacattttactgatggaggttccaatttgctcttagttcggtagagtttgtgtttctctaggtcatcaagtgtgacttcatcgtagctggcaccatccttggaaaagagtgtcct
gi|22 : aatggaagaccagtg-GGA---CA--CT--G-ACTTGACTTT-TT-G-T-CCAAATCTTTCTAC--AAGCCTCGA-TACCAT-CATCCTGTGGAATGTTAGTGG-TAAAGTGAAATAGCATCCAT-GGTTACAAGTTGTG-----ATA-TGTATGG-TTAGTCCGA---TGAGGGAAT-TTT--ACTGAAGT-------A---AT
gi|23 : g--GT--C-GTTG-GACTGTTTGGTGTGGAG---G-CGCT-----GA-ATTTTGCATCCTTCGTGA-------CGGCACAAAATATAAAAGGTGA-TATCCAAGAC-TACGTATTTTGGAACAT----AG--CGATTCTT-T--C-AC---TTAAC-TTTGAAA-----T-GGAA----TTAT-G-A
gi|24 : tgATGTT----------CGA--------GAAAACTGAAAATGAGTTATTTAAGTAACA-GGG---CA--TTTGG-G--TGAAACTATTTG-TTCCTTGCTTCTCTAC--AGCTCTCG--TACTGT-CATTGTGTGGAATGTTACT-GATACAGT-AAGTAAAATCttggtaaa
gi|26 : TGCT-CTGTTCTT--TATAAAG--T-GCAGG--AGTA--GAGCAGATATGGCGTA-CTCTGGTGGCTAAACCTTTAG--------------GTATGGGTAGAATGGCAACTAG---ATGGC
gi|27 : ttttagatggaT-TTTCGGAA-GA----GA--AAA---TT-T--CCATA-GTGAAC-TT---GA-----A-GGAA----TAGT-G-GACAG-----ATTT----TGC-A--AT---TT-T-G--ATAAAGTCG-T-T-GAGGC---GTTCAC--G--ACC
gi|28 : aagta-----TC----C---------TTCAG------GTGTGATGAC-AAAT-CCT-CTACATGC---CG-AGATGTGAATTAAGAAATTCAGATA-----T-AT-TTTCT
gi|29 : cttatgtatttagagttgttT--ATTTAG---------A---GTTG----T-----TC----C---------TTCAG------GTGTGATGAC-AAAT-CCT-CTACATGC---CG-AGATGTGAATTAAGAAATTCAGATA-----T-AT-TTTCT
gi|3 : cttatgTTGAGGA-TTTGTT-TTTTCTTT--TGGAAAG--T----AGTAAGAGCAGAGCAGATGCGGCGGA-CTCGGGTAGCTAAACCCCTGGGAAC-CCTTTAACAGTACGGGG--AACGGAAGTTGA---ATGGCACAAAGTACAAAATTAATG-AAA--AT--C-GATT-GCCT---TTGTGTGAAGATTG-AACT-----CA-ATTTCTC--CATTTACGAGT----GTGGT--------T-----GTGG-TATCCAAGAA-AGTGT-TCTTGGAG-GT----GA--AAA---TT-T--CTACA-TTGAAC-TT---GA-----T-GGAA----TAGT-G------------------------------------G--GTAAAGTT--T-C-----------T--C--G--ATCGTC--AACCA-TATT-CATCTCAA-TGTC--ATATTTTATGAAATTTT-ATG--AAATGTTGCC-AC---GAG-ATTTA-ACTGGTGAAAATT-GTTAGAG----GG-TACG-TTACAGTCTCCCCATAAAGATGTT---GATATACGATG-GTGCCATTTTGGT-TCCCATAACTATGCCAAATGATTTGCAAATAGTGTTCACCA-TTG-AACATT-AAGTTAT-------TA--------A-ACTTGA-GACATGTG----------CAA--------GAAA-CTG---------------------A-GGA---CT--TT--GAA--TTGTCCTGTT-A-TTCCAA--------------GACTCGATTCCCCT-CGTGATGTGGAATGTCAGT-G-TAA
gi|30 : aaggtcccagtgtctgaactgtatatttgcaaatttgacctctgaggtctgagcatgttttgaatcgctctattcagtctagtccttacttccatgtcgcgcaagtttcagggtgtgtgaaggtactccagccagctaacaggttttcttcgtactggaggagggactgtcggtcctgtcgtggcatctcatcaactgcggaatgaaccttgcaagtatcatgtcctctgtttgtcaagctagtgagttTTCAAGAGTTTGCT-TTGTTTTTTTCG--AAAATT-CCGAGCCAGAG--GAACAGATACGACGAACCTCGTGT
gi|4 : gcttACCTTTAGGCACACCTTTGGAAGTATGGAGTGGATGACAGCTGG---ATGGCATAAGGTACAAA-----TG-AGA--AT--C-TGTG-GGTT---TAGTGTGAAGATTA-AACT-----CG-ATTTCTC--CGTCCTTAAGT----GTTGT--------T-----GTGG-TATCC
gi|4 : GCTCTTTAGT----GGTGC--------T-----GTGG-TATCCAAAAACTA--T-TCCTGGAT-GT----TGCAAAA---TA-T--C-CCA-GTAAAC-TT---GA-----TCGGAA----TGTT-G-GAA-------AGTT----TGC-ACCA----TC-TTA--ATAAACTCGAT-T-GAGGC---TTT--CACG--ACCATC--AACCCCACTTACATCTCGA-TGTC--A-------------TC--ATGGCAAACGTAGC-AACCATGAGAGTTTACACTAGTGAG---T-G-ATGAGGAGTCT-GACGACTCCATTCTTCCCATAAATAGATT---GGCATAGGAAGCGTTCC---TTAGTGTCCCATAGCAGTGCC-ACTGGTTTGCAGGT-TTGTTCACCG-TCA-AACATGGAAGTTAT-----------------ACACTTAGAGACATGTT----------CAA--------GAAG-CCGAA--TGAGTGACTTA-GTTGAG-GGA---CG--TT--G-A--CTGCCCCTTT-GATTCCAAACCTCTTTAC--AGGCCTCAA-TACCCT-CATCATGTGGAATGTTGGT-G-TAGAGTGACGTCACATCCAT-AGTCACAAGGAG-G-----GTATGGTCTGC-CAGGCCCGA---AGTGGAGGT-TTT--ATTGAGGT-------A---ATCA----GTCGTATC----C---------TTCAAGTAGATGTATGACGGT-AAtgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngctctttagtggtgctgtggtatccaaaaactattcctggatgttgcaaaatatcccagtaaacttgatcggaatgttggaaagtttgcaccatcttaataaactcgattgaggctttcacgaccatcaaccccacttacatctcgatgtcatcatggcaaacgtagcaaccatgagagtttacactagtgagtgatgaggagtctgacgactccattcttcccataaatagattggcataggaagcgttccttagtgtcccatagcagtgccactggtttgcaggtttgttcaccgtcaaacatggaagttatacacttagagacatgttcaagaagccgaatgagtgacttagttgagggacgttgactgcccctttgattccaaacctctttacaggcctcaataccctcatcatgtggaatgttggtgtagagtgacgtcacatccatagtcacaaggagggtatggtctgccaggcccgaagtggaggttttattgaggtaatcagtcgtatccttcaagtagatgtatgacggtaaa
gi|5 : acctttaggcacacctttggaagtatggagtggatgacagctggatggcataaggtacaaatgagaatctgtgggtttagtgtgaagattaaactcgatttctccgtccttaagtgttgttgtggtatcctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATACAT-GGTCGCGAGAAT-G-----GTAT-GTC---------CTGA---GAAGTAGACATTT--GTTTAAGT-------ACTTGT-A----G-----TC----CGTGTTGTTTTTCAG------ATA--ACA----------T-GTACATGTGGAAGAAAATTTAAAGTGATGAATTCTG--ATACATGTAT-TTTCTCCATGG-AT----------------TGACACCTAC----T-ACGAGATGAC--CTGACATTCCTTC-T----TG-------------GGCAGTGGATGAAATTGTCCAGG--TCAAACGTTAGTTGA-----ACAA-AGTGTCCCGAATGCGCTATCAACTACATGTATTTCGCTGATACCATAC-A-CTG-TATAAAG-CGTC-T--TGGT----------GAGCAC----TCACTGGAGTCGGATTCAAGTTTTG-GAAAAACTGCTCATCTGAAAGTTGT--CTATGGGCT---TCTGTGAAGGATGC-----C-T-CTT----------------TGCTATAGACCTTTCTGTTTATCTTT---ACAATGATTTGACATTCCGG--TTTTAGGACCTGTAAGACGGATCT-C-TCTTCTATACTT----ATCGCT----AACCTTTTCTGACTTCTGTa
gi|6 : actTTTCAAAGTATGAGGTG-AT-ACAACTGG---ATAACACAAGA-ACAA------TGCAGA--AC--CAGGTG-GACC---TAGTGTGAA-ATTT-AATC-----CA-GTTTCTCG-CGTTCCTAAAA----G--GC--------T-----GTGG-T----------------TCTCAGAG-GT----TG--AAA---TT-T--C--CA-GTGAAC-TT---GACTTGAT-GGAA----TTGT-G-GAAAG-----AGT---------A--A----TCAC-T--AGAAAGTTA-G-C-GAGTC---TTT--CACG--ATCGTC--AATCC-TCTT-CATTAGAA-TGTC--G-------------T---ATG--AAACTTAACCAACTAAGAG-GTTTA-AATGGTGA----ttccacggcatcaatacaagactcttaaggctctagttttacctggtgttgttcccaggcattcctaggtcgaaaaagctatggtttttctaagt
gi|7 : gagatctgagcatgttttcgcacacatcattaataaatgtatgggttatccaaatctagtcttgtatcatgctcattcagtgttggtaaactgatttgatccgttgaggttttcttttggtgctggacgagggttgtcgggtttgtcggtccgtcgtgacatctcatgaaatgtccttgaaaggatcttctcctgtttgtctcaaataatgtttgagatttgtcttcggctctgagagattgtccttgcgctgaaaagtatgggaagttatagcaagaatgcagtgatagggccatccaaatcccggcaat-TATTCAAC---TATGT-TTTTAG-G-AT----TA--AAA---TT-TTTC-ATA-GTAAAC-AT---GA-----T-AGAA----TGATTG-ACA-G-----AGCA----TGC-A--AATGTTC-C-G--ACATTGTT--TAC-AAATC---TAT--C--G--ACC-----------ACT-----CTCAA-AATTCAA-------------TCA-ATG--AAATGAAGACA---------GCTTA-ACAGGCTA----T-ATATATACA-TGTATATA-TTCCAGTTTGCCC--CAAAATATTTAAAACATACACTG-GTGCCATTCTGGT-TCTCATAGCTGT--C-AATAATCTGCGGGTACTGTTCACCA-TTA-CACATG-AAataaagtaggag
gi|7 : aGTTACGTT-ATAGGTCACGACGAG-GACACGGTGTTG-CAGGCTTGATCAGAGAGAGAGAGAGT-TTTTTATTGAGCA-------A---GTCA----G-----TCGTGTC---------TTTAA------ATATGAAGGTCAATC-T-T-CTACATTCCGACAAAGATGTAAACAAATAAATTGAG--A-----G-AT-GTTTTCCGTAAGATATCTA----------AGGGCACTGACATGAT-GAGGGGC--C--CCGGTATTCCTagagctgaatgtaaaggaaccactgtactacccaaatttccccgtgtgtgtcgatacccaagctattcgttacgttataggtcacgacgaggacacggtgttgcaggcttgatcagagagagagagagttttttattgagcaagtcagtcgtgtctttaaatatgaaggtcaatcttctacattccgacaaagatgtaaacaaataaattgagagatgttttccgtaagatatctaagggcactgacatgatgaggggccccggtattcct
gi|8 : atattcaactatgtttttaggattaaaatttttcatagtaaacatgatagaatgattgacagagcatgcaaatgttccgacattgtttacaaatctatcgaccactctcaaaattcaatcaatgaaatgaagacagcttaacaggctatatatatacatgtatatattccagtttgccccaaaatatttaaaacatacactggtgccattctggttctcatagctgtcaataatctgcgggtactgttcaccattacacatgaaagagctgaatgtaaaggaaccactgtactacccaaatttccccgtgtgtgtcgatacccaagctattc-TATTCAAC---TATGT-TTTAGGA---T----TA--AAA---TT-TT-C-ATA-GTAAAC-AT---GA-----T-AGAA----TGATTG-ACA-G-----AGCA----TGC-A--AATGTTC-C-G--ACATTGTT--TAC-AAATC---TAT--C--G--ACC-----------ACT-----CTCAA-AATTCAA-------------TCA-ATG--AAATGAAGACA---------GCTTA-ACAGGCTA----T-ATATATACA-TGTATATA-TTCCAGTTTGCCC--CAAAATATTTAAAACATACACTG-GTGCCATTCTGGT-TCTCATAGCTGT--C-AATAATCTGCGGGTACTGTTCACCA-TTA-CACATG-AA
gi|8 : aaGTTACGTT-ATAGGTCACGACGAG-GACAC-GTGTTG-CAGGCTTGATCAGAGAGAGAGAGAGT-TTTTTATTGAGCA-------A---GTCA----G-----TCGTGTC---------TTTAA------ATATGAAGGT-CATC-T-T-CTACATTCCGACAAAGATGTAAACAAATAAATTGAG--A-----G-AT-GTTTTCCGTAAGATATCTA----------AGGGCACTGACA---TGATGAGG-GGC--CCGGTATTCCagagctgaatgtaaaggaaccactgtactacccaaatttccccgtgtgtgtcgatacccaagctattcgttacgttataggtcacgacgaggacacgtgttgcaggcttgatcagagagagagagagttttttattgagcaagtcagtcgtgtctttaaatatgaaggtcatcttctacattccgacaaagatgtaaacaaataaattgagagatgttttccgtaagatatctaagggcactgacatgatgaggggcccggtattcc
gi|9 : aatattcaactatgttttaggattaaaattttcatagtaaacatgatagaatgattgacagagcatgcaaatgttccgacattgtttacaaatctatcgaccactctcaaaattcaatcaatgaaatgaagacagcttaacaggctatatatatacatgtatatattccagtttgccccaaaatatttaaaacatacactggtgccattctggttctcatagctgtcaataatctgcgggtactgttcaccattacacatgaaagagctgaatgtaaaggaaccactgtactacccaaatttccccgtgtgtgtcgatacccaagctattcGTT-TTACTCTTGGTG--AAG--TGTCGA--CATAG--GA-CAAATGCAGCTGA-TTCTTTTGGCTAAATCTTTTGGCATACCTTTGAATGTGTGGGGTGGATGACATTTTGTAAGTAGCA---AGTATAAA-----TG-AGA--AT--C-AGTG-GGCT---TATTGCTAA-ATCGGAACT-----CT-ATCTGG----GTT--TCAGTTATCGTGGC--------T-----GTGG-TATACAAGAG-T--GT-TT-------------------A---TT-T--CCACT-GTGAAT-TT---GA-----C-AGAG----TGGT-G-GAATG-----GGTTGGCATGC-A--G----TCAC-G--ATA---TCA-T-T-TAGGCAA-TCT--C--T--GCTATATGGATGA-ACTT-TTTGTCAAATTTC--A-------------TCG-ATG--AAACGCAATAAGCTTAGAG-GCCTACAC-GGCAA----TTGCATGAGCG-TAT-TTTG-TTTCAGTTTTACCATGAATAGTTT---GGCATATGAGG-ATTTCATATTGGT-TGCCGCAAGTTCGAA-AGTA-----CATGTAGCAATCACCA-CTG-AACATG-AAATTGT-------TG--------A-AGTTTAG--CATATT----------CCA--------GGAG-ATGGG--TGAGCGAATCT-GTGCAATGGA---C
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): TTTTCAATGTCTGCTCAACTGCTTCGGATGTAAGACTCGAGGGCTGCACATCTTCCTGATGGAGGTTCCCATTTGCTCTTAGTTCGGTAGAGTTTGTGATTTTTAGGTCATCAAGTTTGGCCTCCTCGTAGTTGCCATCGTCCTCGTCTTTTCTGGAAAAATGTTCCTC
Unaligned ( gi|25 ): GGAAAGTTCAATCGGAATGACTACATCTCGCGTCATCCGATAAAACATACAAATTCATGTTCGATTTCTGGAGTGGAGGAGTATGTAAACTTTGTCGTAGAAACGA
Unaligned ( gi|31 ): GGATTTTCCAGTAATAAGTAGTAGTGCCGCAGGTGCGGCGGATGCTGGTGGCCAAAGCCCAAGG
Alignments
lowQualScore : 33333333333333333333 11111 11111 1111 33333333333333 1111111 111111111111 1 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11111111111 2222222222222222 11111 22222222222222222222222222 111 33333333333333333 2222222222 11111111 11111 1111111111111111 1 22222 111111 1111 11 1111111 1111111111 33333333333333 111111 111 22222222 2222222222 111111 44444444444444444444 11 1111 111 2 1111 22222 2222 222222 22 111 333333333 22222 1 11 11 1 222 1111 22 1 11
lowQualScore : 1 6 0 6 44444444444444444444 1 77 4 66 2 88888 2 0 3 2 0 777 4 22222 5 55 55 4 4 777 1 1 66 4 00000 4 0000 2 22 1 7777 3 77777777777777 2 6666666 5 0 555555555555 444 5 99 1 44 2 555 77777 2 6666 0 8 5 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 33333333333 1 3 0 3 2222222222222222 99 55 00000 3 88888888888888888888888888 8 4 0 0 1 1 444 4 0 4 1 4 1 0 1 4 55 4 77777777777777777 5 3 1111111111 88888888 5 00000 1 77 2 4 5555555555555555 5 666 0 0 66 4 0 5 2 0 5 5 1 2 0 2 3 4 00000 4 1 222222 2 5555 4 11 0 3333333 777 1 1111111111 11111111111111 000000 0 3 2 333 8 9 3 6 1 3 11111111 4 4 0 1111111111 0 7 777777 1 66 0 1 2 44444444444444444444 0 1 1 11 7777 0 666 0 1111 1 3 4 8 00000 0 8 0 8 44 8 0 4444 444444 3 33 8 1 1 1 99 1 777 0 0 000000000 2 22222 99 2 0 3 22 0 3 11 2 0 33 66 11 0 0 666 1 7777 22 3 88
lowQualScore : . . . . .................... . .. . .. . ..... . . . . . ... . ..... . .. .. . . ... . . .. . ..... . .... . .. . .... . .............. . ....... . . ............ ... . .. . .. . ... ..... . .... . . . .................................................................... ........... . . . . ................ .. .. ..... . .......................... . . . . . . ... . . . . . . . . . .. . ................. . . .......... ........ . ..... . .. . . ................ . ... . . .. . . . . . . . . . . . . . ..... . . ...... . .... . .. . ....... ... . .......... .............. ...... . . . ... . . . . . . ........ . . . .......... . . ...... . .. . . . .................... . . . .. .... . ... . .... . . . . ..... . . . . .. . . .... ...... . .. . . . . .. . ... . . ......... . ..... .. . . . .. . . .. . . .. .. .. . . ... . .... .. . ..
lowQualScore : 0 5 8 7 77777777777777777777 0 99 0 11 2 66666 5 1 8 7 1 888 1 55555 0 55 55 0 0 000 6 4 33 0 00000 0 8888 6 66 8 7777 5 55555555555555 9 0000000 7 2 999999999999 444 3 00 4 33 9 000 11111 9 1111 4 6 7 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 44444444444 2 6 1 6 4444444444444444 55 00 66666 6 11111111111111111111111111 0 0 3 8 0 4 000 4 9 4 1 4 0 8 9 4 33 4 77777777777777777 7 0 9999999999 11111111 0 11111 1 88 8 4 1111111111111111 4 000 1 8 11 4 2 0 7 3 7 7 0 5 0 7 7 4 66666 4 9 888888 9 7777 4 00 7 0000000 000 9 3333333333 55555555555555 555555 4 6 4 999 9 4 8 4 2 9 44444444 4 4 2 9999999999 2 6 999999 1 99 2 4 8 00000000000000000000 7 0 4 00 0000 8 000 0 8888 4 8 6 0 00000 8 0 8 2 66 0 6 0000 444444 8 00 2 0 4 7 22 0 555 2 8 888888888 5 00000 00 5 2 5 88 0 2 22 0 2 88 22 22 2 0 555 0 2222 55 3 33
consensus : TTNAGGAGTTTGTT-TTGTTTTT--CG--AAG--T-CCGAGCCAGNG--GAGCAGATGCGGCGGA-CTCGGGTGGCTAAACCCTTAGGNACACCTTTGAAAGTATGGGGTGGATGACAGCTGG---ATGGCATAAGGTACAAA-----TG-AGA--GT--C-GGTG-GGCT---TAGTGTGGAGATTG-AACT-----CA-ATTTCNC--CGTTCNTGAGT----GTGGC--------T-----GTGG-TATCCAAGAA-TACGT-TCTTGGAG-GT----GG--AAA---TT-T--C-ACA-GTGAAC-TT---GA-----T-GGAA----TGGT-G-AAATG-----AGTT----TGC-A--A----TC-C-G--ATAAAGTC--T-C-GAGGC---TTT--C--G--ACCGTC--AACCC-ACTT-CATCTCAA-TGTC--A-------------TCN-ATG--AAACGTAGCCAACTAAGAG-GCTTA-ACTGGCGA----T-GTATGAGCA-TGT-TACG-TTCCAGTCTTCCCATNAAGATGTT---GGCATACGATG-GTGCCATTTTGGT-TCCCATAGCTGTGCC-ANTAATTTGCAGGTAGTGTTCACCG-TTG-AACATG-AAGTTAT-------TG--------A-ACTTGAGGACATGTT----------CAA--------GAAG-CTGGA--CGAGCGATTCN-GTNGAA-GGA---CG--TC--G-A--TGGCCCTGTT-G-TTCCAAACCTCTCTAC--AGGCCTCGA-TACCCT-CATCGTGTGGAATGTTAGT-G-TAAAGTGAAGTNACATCCAT-GGTCACGAGGAG-G-----GTATTGTCNGG-TAGGTCCGA---AGAGGGGGT-TTT--ATTGAGGT-------A---GTCA----G-----TC----C---------TTCAA------GTATGACGGT-AANT-T-T-CTACATGCGGACGGAGATGTAAATTAATAAATTCAG--A-----G-AT-TTTCTCCGTGGGATGTCCA----------ATGGCACCGAC----T-ACGGGGCGGC--CAGGCATNCCTTC-T----TGTGGAT-TTT---AGGCGGTAGATAAAATTGTCCAGG--TCTA----CAGTTGAG--AGACAGCAGTGTTTCGAAGACGTCGTC-ACCA-----ATTTCCTCGTCTTTGTAC-ATCTGCTCGAGAG-TTTC-G--TGGTCGT---GGCNGAAAACG-CTTCGCTAGGGTCGGANTCCAGTTTTGTGTAAAACCGTTCATCCGAGAGCTGT--CTGTGNGCT---TCTGCCATGTATGT-----T-T-CTTGTCT----AATACCACCGCTGTTGACCCTT-TGTCTGCCTTTTTGNTAACGATGT--CATCCCGGTTTTTTAGCNCTTGTAAGGCTGA-CC-C-TCTTCTTTNCTT--AGATTGTTC-GGAACC-TTTCTG--TTTTGTC
Reference ( family-136 ) : TTNAGGAGTTTGTT-TTGTTTTT--CG--AAG--T-CCGAGCCAGNG--GAGCAGATGCGGCGGA-CTCGGGTGGCTAAACCCTTAGGNACACCTTTGAAAGTATGGGGTGGATGACAGCTGG---ATGGCATAAGGTACAAA-----TG-AGA--GT--C-GGTG-GGCT---TAGTGTGGAGATTG-AACT-----CA-ATTTCNC--CGTTCNTGAGT----GTGGC--------T-----GTGG-TATCCAAGAA-TACGT-TCTTGGAG-GT----GG--AAA---TT-T--C-ACA-GTGAAC-TT---GA-----T-GGAA----TGGT-G-AAATG-----AGTT----TGC-A--A----TC-C-G--ATAAAGTC--T-C-GAGGC---TTT--C--G--ACCGTC--AACCC-ACTT-CATCTCAA-TGTC--A-------------TCN-ATG--AAACGTAGCCAACTAAGAG-GCTTA-ACTGGCGA----T-GTATGAGCA-TGT-TACG-TTCCAGTCTTCCCATNAAGATGTT---GGCATACGATG-GTGCCATTTTGGT-TCCCATAGCTGTGCC-ANTAATTTGCAGGTAGTGTTCACCG-TTG-AACATG-AAGTTAT-------TG--------A-ACTTGAGGACATGTT----------CAA--------GAAG-CTGGA--CGAGCGATTCN-GTNGAA-GGA---CG--TC--G-A--TGGCCCTGTT-G-TTCCAAACCTCTCTAC--AGGCCTCGA-TACCCT-CATCGTGTGGAATGTTAGT-G-TAAAGTGAAGTNACATCCAT-GGTCACGAGGAG-G-----GTATTGTCNGG-TAGGTCCGA---AGAGGGGGT-TTT--ATTGAGGT-------A---GTCA----G-----TC----C---------TTCAA------GTATGACGGT-AANT-T-T-CTACATGCGGACGGAGATGTAAATTAATAAATTCAG--A-----G-AT-TTTCTCCGTGGGATGTCCA----------ATGGCACCGAC----T-ACGGGGCGGC--CAGGCATNCCTTC-T----TGTGGAT-TTT---AGGCGGTAGATAAAATTGTCCAGG--TCTA----CAGTTGAG--AGACAGCAGTGTTTCGAAGACGTCGTC-ACCA-----ATTTCCTCGTCTTTGTAC-ATCTGCTCGAGAG-TTTC-G--TGGTCGT---GGCNGAAAACG-CTTCGCTAGGGTCGGANTCCAGTTTTGTGTAAAACCGTTCATCCGAGAGCTGT--CTGTGNGCT---TCTGCCATGTATGT-----T-T-CTTGTCT----AATACCACCGCTGTTGACCCTT-TGTCTGCCTTTTTGNTAACGATGT--CATCCCGGTTTTTTAGCNCTTGTAAGGCTGA-CC-C-TCTTCTTTNCTT--AGATTGTTC-GGAACC-TTTCTG--TTTTGTC
gi|1 : TTTAGGAGTTTGTT-TTGTGTTT--CG--AAT--T-CCGAGCCAGAG--GAACAGATACGACGAA-ATCGTGTAGCTAAACCCTTAGGTACTCCTTTGAAGGTATGAGGTGGATGACAGCTTG---AAGGCATCAAGTACAAA-----TG-TGA--GT--C-AGTG-GGCT---TTGTGTGGAGGTTG-AATT-----CA-ATTTCAC--CATTCATGAGA----GTGGA--------A-----GTAG-TATCCAAGAA-TACGT-TCTTGGAG-CT----AG--AAA---TT-T--C-ACT-GTAAAT-TT---AA-----T-GGAA----TGGT-G-AAATG-----AGTT----GGTAA--A----GG-A-G--ATAAAGTT--T-T-CAAGCCGATTT--C--G--GCCCTC--CGTCC-ATTT-CATTTCAA-TGTC--A-------------TCA-ATG--AAGCGCAACCAACTATGTG-GCTTA-AAAGGCGAC---T-GTCTGAGTA-AGT-TACG-TTCAAGTCTTCCCATGAAAATGTT---GTCGTACGAAG-GGACCATTTTCGT-TCCCATAGCTGTGCC-ACTAACTTGTAAGTAATGTTCGCCA-TTG-AACATG-AAGTTAT-------TG--------A-GTTTAAGGACATGTT----------CAA--------GGAA-CTTGA--CCAACGATTCT-GTGGAA-GGA---TGTTTC----A--GGGTCCTGCT-A-TCTCAAACCTCCCTGC--AGGCTTCAA-TGCCTT-CATCGTGGGGGATGTTTGA-G-TAAAGCGAAGTCACATCCAT-GGTCACGAGAAG-G-----GTATTGTCAGG-TAGGTTGGA---AGAGGGGGT-TTT--GTTGAGGT-------A---ATCA----G-----TC----C---------TTCAA------GTGTGATGGT-AGTT-T-TACAACATGTGGGCGGAGGTGTAGGTCAATAAATTCTG--A-----G-AT-TTTCTCCGTGGGGTGTCCA----------ATGACACTCAC----T-ATGGGGCGGC--CAGGCATACCTTCTT----TGTGGAT-TTT---AGGCAATAGATAAAATTGCCTAGG--TCTA----CAGTTGAG--AGGCAGCAATGTTTCAAAGACATCATT-ACCA-----ATTTCCTCGTCTTTGTAC-ATCTGCTCAAGAG-TGTCAG--TGGTTGT---GGCAGAAAACG-CTTTGCTAGGGTCGGAGTCCAGTTTAGTGTAAACCCATTCATCCGAGAATTAT--CTGTGCGCT---TCCGCTATGTATGT-----TGT-CTTGTCT----AATACCACCACTGTTGACCCTT-TGTCTGCCTTTTTGATAACAATGT--CATCCCGGTTTTTTAGCTCTTGTAAGGCTAA-CCAC-TCTTCTTTGCTT--AAATTGTTCAGGAATC-TTTCTG--TTTTGTC
gi|10 : AA---TTGT--C-ACG-GTGAAC-TT---GA-----T-GGAA----TAGT-GGAAAT------AGTT----TGC-A--A----TG-T-GTGATAAAGGC--G-CAGAAGC---TTT--T--ATAACCGCC--AAACC-ATTT-CATCGCAA-TGTC--A-------------TCTTATG--AAACATAGCCAAATAAGAG-ATTTA-TCT--------------TAAG----GC-TATT-TTCCAGTCTCCAAATTA-GATGTT---GGCATACGATG-GTGCCATTTTAGT-TCC-ATAGCCGTGCC-ATTAATTCGCAGGTAGTGCGCACCG-TTTTAACATG-AAGTTAT-------TATGATATAAA-ACTTGAGGACAAGGT----------CAAACTGACAAGAAG-CTGAA--TGAGTGGTTCA-GCCGAA-GGA---CA--TC--G-A--TAACCCTATC-G-TTGCATACTTCTCTAT--AAACCTCAA-TATCCT-TAT
gi|11 : -A--TGGCTCTATA-A-TTATCAACTTCCCTACGAAAGCCTCGA-TAGACA-CCTCACGTGGAATGTTAGT-G-CAAAGTGAAGTAACATCCA--AATCAC-AG---------------GTC-----AAGCCCGA---GAAAGAGAT-TTT--ATGTAGGTCATTATCA---GTAT----G-----TCGTGTC---------CTCAA------AGATGACGGT-AAAT-gtatttagagttgttccttcaggtgtgatgacaaatc
gi|11 : ttaaCGG--A-----G-AT-TT-CTCCGGGGGAAGTTCA----------ATAGGACTGAC----T-ACAGGGCGGCGTCA--CATGTCTTC-------GTCGA---TT---AAACATTA-ACAAAATTactttcctctacaagttaaaattagacttgttcagtgcaatgtatcgtattctactgtaactcgtatacatgccggcggagatttctccgggggaagttcaataggactgactacagggcggcgtcacatgtcttcgtcgattaaacattaacaaaatttcgcatcgtggatcactgaaatggacgagtagagtgtcctaatttgccccctagaaaag
gi|12 : ttaaatggctctataattatcaacttccctacgaaagcctcgatagacacctcacgtggaatgttagtgcaaagtgaagtaacatccaaatcacaggtcaagcccgagaaagagattttatgtaggtcattatcagtatgtcgtgtcctcaaagatgacggtaaatactttcctctacaagttaaaattagacttgttcagtgcaatgtatcgtattctactgtaactcgtatacatgccggAA---TTGT--C-ACG-GTGAAC-TT---GA-----T-GGAA----TAGT-GGAAAT------AGTT----TGC-A--A----TG-T-GTGATAAAGGC--G-CAGAAGC---TTT--T--ATAACCGCC--AACCC-ATTT-CATCGCAA-TGTC--A-------------TCT-ATG--AAACATAGCCAAATAAGAG-ATTTA-TCT--------------TAAG----GC-TATT-TTCCAGTCTTCCAAATTAGATGTT---GGCATACGATG-GTGCCATTTTAGT-TCCCATAGCCGTGCC-ATTAATTCGCAGGTAGTGCGCACCGTTTT-AACATG-AAGTTATTATGATATA--------A-ACTTGAGGACAAGGTCAAGAACTGACAA--------GAAG-CTGAA--TGAGTGGTTCA-GCCGAA-GGA---CA--TC--G-A--TAACCCTATC-G-TTGCATACTTCTCTAT--AAACCTCAA-TAtcgcatcgtggatcactgaaatggacgagtagagtgtcctaatttgccccctagaaaag
gi|13 : CACAAGGAG-G-----G-ATGTTCTGG-TAGACCCGA---TGAATGGGT-CTT--ATTAAGGT-------A---TCCATCGTG-----TC----C---------TTCAA------GTATGACGGT-AAATCT-T-TTACATGCTGACGGAGATGTAAATCATTGAATTCAA--AA----G-AT-TTTCTCCTTGGGATGTACA----------CAGTCACCAAC----T-ACAGGACTAC---AG--------TC-TAACATGTGGAT-TTT---TGGCAGTAAATAAAATCATCCTGG--TCCA----CAGT------AGTTAG-AAT------AAG--GTTGCC-ACCG-----AT---CTCGTCCTTGTATGATTTTTTGGAATG-TTTC-GGTTGATCTT---GGCCGAAAAC--CTTTGTTGGGGTCAGATCGTGACTTTTTATAATAGCGTTT-TCCGAGAGCTGT--Ct
gi|14 : cGCAGA-TGCGGGTAGTCAAACCCTTAGGAACACCTTTGAAAATATGATGTGGATGACTACTGG---ATGGCATAAGGTACAGA-----TG-AGA--GT--C-GGTG-GG---------------------------------TTTCCC--CATTTCTAAAT----GTGGC--------T-----GTGG-TATTCAAAAAGTA--T-TCTTGGAG-GT----GG--AAA---TT-TC-C-ACA-GCGAAC-TT---GA-----C-GGAA----TATT-G-GAATG-----AGTT----AAC-A--A----TCTT-G--ATAAAGTCG-T-T-GAGGC---TTT--CATG--ACCGTC--AACCC-ACGT-ATTCTCAA-TGTC--A-------------TCT-ATG--AAACGTAGCCAAATAAGAG-aatga
gi|15 : ctgtttttcagacgacttttgaggatgtttcctgctccaggaaagcagcagtagtagt-----TC----T---------TTGAG------GTATGACGGC-AAATCT-T-CTACATGGGGTTGGATATGTAAATTCAGAAAATC----------G-ATACCTCTCCTTGGGATGTCCAGATGAAGATGATGGCACTTGC----A-ATGGGTCGAC--CAGGCACGCCTTC-TC---TGTGGGTATTTGTAAGGAGATAGACA----TGTCCTGGATTTTG----TAAGTAAGCTAGACAG-AGTTCTTCGTAAACGTAGTG-TTCA-----ATTTCTTCTTTTTTGTAC-ATTTTATCGAGAG-TTTC-----GGTTATGAGGGCTGAAAATT-CCTCTGTAAAGTCTGAATTCAGCTTTTTGTAAAACCGCTCACCAGATAGCTGT--
gi|16 : tggtaAGTG--GTGCAGATGCGGCGGA-TGCGGGTAGCCAAACCCTTAGGAACAC-------------AGGTGGATGAAAACTGG---ATGGCATAAGGTACAGA-----TA-AGA--GT--C-GGTG-GGTT---TAGTGCACAGATTG-AGCT-----CA-ATTTGCC--CATTTCTAAAT----GTGGC--------T-----GTGG-TATACAAAAA-AGTAT-TCT--GA--GT----GGTAAAA---TC-T--tgg
gi|17 : ggaggaggattgtcggttctgtcgtgacatctcatcaattgccgtctgtacctcgcagtgatcatatcctctgtttttcagataacttttgaggatttccccatagtctaggaaagcagtagtTATAAAAGCATTCGTTCGAGAGCTACAATTGGGGGCTCTGTTTACCATGCAAGTGCTTGT-T-CTTGTCCTAACAATAT-ACCG-----GAC--TT-TGTCTATTCTTTTATTGACAATAC--CCCCCTGG-TTTCCAGTGTTTGCAACGTTCA-TC-TATTTTCCTTCGTTTGAGATTTTTC-Gatagactttcgttgatatagtg
gi|18 : tgtgatttacaagcacaatgttttagggtaacgtaggatctagactgtaaccatTCGAGGAATT-GTCGTTGCTTTT--GG--AAC--T-TCG---TAGTT--GAACAGATGCGACGGA-TTCGGGTGG----ATC---AG-----CGTTTGAATGTATGAGATGG---------------TGGCAAAAGGTACAAA-----TG-ACATTGTAAC-AGTG-GGCT---TATTGTGGATATTG-AACT-----CATATTAC-C--CGTTTATAAGT----GTGGA--------A-----GTAG-TATCCATGAA-AATAT-TCTTGGAA-GT----CG--AAA---agattaaatttggctttgcattaagaatttttgtcg
gi|19 : gatcatttcctgtctgtgagataagtcTGG-T-TTCAAAAA-T-CAT-TGATGGAG-GT----GG--AAA---TT-T--CCACA-GTAAAC-TT---GA-----T-GGAA----TAGTGG-AAATACATATAGTA----TGC-A--A----TT-T-G--ATAAAG----T-C-G--------TT--C-----ATC-TC--AA--T-A--T-CAT-TTAA-T-TA--A-------------NNN-NNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNN-NNNNNNNN----N-NNNNNNNNN-NGC-TACG-TTCAAATATCTTCATAAAGATGTG---GTAATAC
gi|2 : tgaaaattgaa----T-GTATGAGGA-TGT-TGCG-TTCAAGTCTTCCCATGAAAATGTT---GGCATACGATG-GAGCCATCTTTGT-TCCCATAGCTGTGCC-AC----TTGTAAGTAATGTTCTCCG-TTG-AACATG-AAGTTGT-------TG--------A-GTTTGATGATATGTT----------CAA--------GGAG-CTTGA--CCAACGATTCT-GTGGAA-GGAATTTG--TG--G-----GGCCTTGTT-A-TTCCAACCCTCTCTGC--AGGCTTCAA-TGCCTTCCATCATAGGGGATGTTCTT-A-TAAAGTGAAGTCACATCCCT-GGTCACAAGAAG-A-----ATATTGTCAGG-TAGGTTGGA---AGAAGGGTT-TTT--GTTATGGT-------A---GCTA----G-----T-------------------A------GTATGATGGT-AGCT-T-TACAACATGTGGTCGGAGATGTcta
gi|2 : tGAGATGTCCA----------ATGACACC---------ATGGGACGGC--CAGGCATACACTC-T--------G---TTT---AGGGGGTAGATAAAATTGTCCAGA--TCTA----CAGTTGAG--AGAAAGCAGTGATACAAAGACATTGTC-ACCA-----AGTTCCTTGTCTTTGTAC-ATCTGCTTAAGAGTTTTT-G--TGATGGT---GGCAAAAAACGTTTTCG-TAGGGTTGGAGTCCAGTTAAGTGTAAAACCGTTCATCCGAGAGTTGT--CTGTGTGCT---TCTACCATGTATGT-----T-TCCTTGTCT----AATACCACCACTGTTGACCCTT-TGTCTGCCTTTTTGTTAACAATGT--CATCCTGGTCTTTTAGCTTTTGTAAGACTGA-CC----TTTCTTTCCTT--AGATTGTCCTGGAACC-TTGCTG--TTTTGTCccaatgacaccatgggacggccaggcatacactctgtttagggggtagataaaattgtccagatctacagttgagagaaagcagtgatacaaagacattgtcaccaagttccttgtctttgtacatctgcttaagagtttttgtgatggtggcaaaaaacgttttcgtagggttggagtccagttaagtgtaaaaccgttcatccgagagttgtctgtgtgcttctaccatgtatgtttccttgtctaataccaccactgttgaccctttgtctgcctttttgttaacaatgtcatcctggtcttttagcttttgtaagactgacctttctttccttagattgtcctggaaccttgctgttttgtcaagtagtttttcgatgtcctgctcaactgcttggatgtaggactcgagggctgcacattttactgatggaggttccaatttgctcttagttcggtagagtttgtgtttctctaggtcatcaagtgtgacttcatcgtagctggcaccatccttggaaaagagtgtcct
gi|21 : ttgtatgaggatgttgcgttcaagtcttcccatgaaaatgttggcatacgatggagccatctttgttcccatagctgtgccacttgtaagtaatgttctccgttgaacatgaagttgttgagtttgatgatatgttcaaggagcttgaccaacgattctgtggaaggaatttgtggggccttgttattccaaccctctctgcaggcttcaatgccttccatcataggggatgttcttataaagtgaagtcacatccctggtcacaagaagaatattgtcaggtaggttggaagaagggtttttgttatggtagctagtagtatgatggtagctttacaacatgtggtcg--GT--C-GTTGTGGTG---TGGTGTGGAGGCTG-AATTGTTGCCA-AT----C--C-TTCGTGAGC----G--GCAAGAAATATAAA--GTGAATATCCAAGAA-TACGTATTTTGGAA-ACACTAGG--ATT---TT-T--C-ACGTGTGAACTTT---AA-----T-GGAATAGCTGGT-G-AAAaagtagtttttcgatgtcctgctcaactgcttggatgtaggactcgagggctgcacattttactgatggaggttccaatttgctcttagttcggtagagtttgtgtttctctaggtcatcaagtgtgacttcatcgtagctggcaccatccttggaaaagagtgtcct
gi|22 : aatggaagaccagtg-GGA---CA--CT--G-ACTTGACTTT-TT-G-T-CCAAATCTTTCTAC--AAGCCTCGA-TACCAT-CATCCTGTGGAATGTTAGTGG-TAAAGTGAAATAGCATCCAT-GGTTACAAGTTGTG-----ATA-TGTATGG-TTAGTCCGA---TGAGGGAAT-TTT--ACTGAAGT-------A---AT
gi|23 : g--GT--C-GTTG-GACTGTTTGGTGTGGAG---G-CGCT-----GA-ATTTTGCATCCTTCGTGA-------CGGCACAAAATATAAAAGGTGA-TATCCAAGAC-TACGTATTTTGGAACAT----AG--CGATTCTT-T--C-AC---TTAAC-TTTGAAA-----T-GGAA----TTAT-G-A
gi|24 : tgATGTT----------CGA--------GAAAACTGAAAATGAGTTATTTAAGTAACA-GGG---CA--TTTGG-G--TGAAACTATTTG-TTCCTTGCTTCTCTAC--AGCTCTCG--TACTGT-CATTGTGTGGAATGTTACT-GATACAGT-AAGTAAAATCttggtaaa
gi|26 : TGCT-CTGTTCTT--TATAAAG--T-GCAGG--AGTA--GAGCAGATATGGCGTA-CTCTGGTGGCTAAACCTTTAG--------------GTATGGGTAGAATGGCAACTAG---ATGGC
gi|27 : ttttagatggaT-TTTCGGAA-GA----GA--AAA---TT-T--CCATA-GTGAAC-TT---GA-----A-GGAA----TAGT-G-GACAG-----ATTT----TGC-A--AT---TT-T-G--ATAAAGTCG-T-T-GAGGC---GTTCAC--G--ACC
gi|28 : aagta-----TC----C---------TTCAG------GTGTGATGAC-AAAT-CCT-CTACATGC---CG-AGATGTGAATTAAGAAATTCAGATA-----T-AT-TTTCT
gi|29 : cttatgtatttagagttgttT--ATTTAG---------A---GTTG----T-----TC----C---------TTCAG------GTGTGATGAC-AAAT-CCT-CTACATGC---CG-AGATGTGAATTAAGAAATTCAGATA-----T-AT-TTTCT
gi|3 : cttatgTTGAGGA-TTTGTT-TTTTCTTT--TGGAAAG--T----AGTAAGAGCAGAGCAGATGCGGCGGA-CTCGGGTAGCTAAACCCCTGGGAAC-CCTTTAACAGTACGGGG--AACGGAAGTTGA---ATGGCACAAAGTACAAAATTAATG-AAA--AT--C-GATT-GCCT---TTGTGTGAAGATTG-AACT-----CA-ATTTCTC--CATTTACGAGT----GTGGT--------T-----GTGG-TATCCAAGAA-AGTGT-TCTTGGAG-GT----GA--AAA---TT-T--CTACA-TTGAAC-TT---GA-----T-GGAA----TAGT-G------------------------------------G--GTAAAGTT--T-C-----------T--C--G--ATCGTC--AACCA-TATT-CATCTCAA-TGTC--ATATTTTATGAAATTTT-ATG--AAATGTTGCC-AC---GAG-ATTTA-ACTGGTGAAAATT-GTTAGAG----GG-TACG-TTACAGTCTCCCCATAAAGATGTT---GATATACGATG-GTGCCATTTTGGT-TCCCATAACTATGCCAAATGATTTGCAAATAGTGTTCACCA-TTG-AACATT-AAGTTAT-------TA--------A-ACTTGA-GACATGTG----------CAA--------GAAA-CTG---------------------A-GGA---CT--TT--GAA--TTGTCCTGTT-A-TTCCAA--------------GACTCGATTCCCCT-CGTGATGTGGAATGTCAGT-G-TAA
gi|30 : aaggtcccagtgtctgaactgtatatttgcaaatttgacctctgaggtctgagcatgttttgaatcgctctattcagtctagtccttacttccatgtcgcgcaagtttcagggtgtgtgaaggtactccagccagctaacaggttttcttcgtactggaggagggactgtcggtcctgtcgtggcatctcatcaactgcggaatgaaccttgcaagtatcatgtcctctgtttgtcaagctagtgagttTTCAAGAGTTTGCT-TTGTTTTTTTCG--AAAATT-CCGAGCCAGAG--GAACAGATACGACGAACCTCGTGT
gi|4 : gcttACCTTTAGGCACACCTTTGGAAGTATGGAGTGGATGACAGCTGG---ATGGCATAAGGTACAAA-----TG-AGA--AT--C-TGTG-GGTT---TAGTGTGAAGATTA-AACT-----CG-ATTTCTC--CGTCCTTAAGT----GTTGT--------T-----GTGG-TATCC
gi|4 : GCTCTTTAGT----GGTGC--------T-----GTGG-TATCCAAAAACTA--T-TCCTGGAT-GT----TGCAAAA---TA-T--C-CCA-GTAAAC-TT---GA-----TCGGAA----TGTT-G-GAA-------AGTT----TGC-ACCA----TC-TTA--ATAAACTCGAT-T-GAGGC---TTT--CACG--ACCATC--AACCCCACTTACATCTCGA-TGTC--A-------------TC--ATGGCAAACGTAGC-AACCATGAGAGTTTACACTAGTGAG---T-G-ATGAGGAGTCT-GACGACTCCATTCTTCCCATAAATAGATT---GGCATAGGAAGCGTTCC---TTAGTGTCCCATAGCAGTGCC-ACTGGTTTGCAGGT-TTGTTCACCG-TCA-AACATGGAAGTTAT-----------------ACACTTAGAGACATGTT----------CAA--------GAAG-CCGAA--TGAGTGACTTA-GTTGAG-GGA---CG--TT--G-A--CTGCCCCTTT-GATTCCAAACCTCTTTAC--AGGCCTCAA-TACCCT-CATCATGTGGAATGTTGGT-G-TAGAGTGACGTCACATCCAT-AGTCACAAGGAG-G-----GTATGGTCTGC-CAGGCCCGA---AGTGGAGGT-TTT--ATTGAGGT-------A---ATCA----GTCGTATC----C---------TTCAAGTAGATGTATGACGGT-AAtgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngctctttagtggtgctgtggtatccaaaaactattcctggatgttgcaaaatatcccagtaaacttgatcggaatgttggaaagtttgcaccatcttaataaactcgattgaggctttcacgaccatcaaccccacttacatctcgatgtcatcatggcaaacgtagcaaccatgagagtttacactagtgagtgatgaggagtctgacgactccattcttcccataaatagattggcataggaagcgttccttagtgtcccatagcagtgccactggtttgcaggtttgttcaccgtcaaacatggaagttatacacttagagacatgttcaagaagccgaatgagtgacttagttgagggacgttgactgcccctttgattccaaacctctttacaggcctcaataccctcatcatgtggaatgttggtgtagagtgacgtcacatccatagtcacaaggagggtatggtctgccaggcccgaagtggaggttttattgaggtaatcagtcgtatccttcaagtagatgtatgacggtaaa
gi|5 : acctttaggcacacctttggaagtatggagtggatgacagctggatggcataaggtacaaatgagaatctgtgggtttagtgtgaagattaaactcgatttctccgtccttaagtgttgttgtggtatcctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATACAT-GGTCGCGAGAAT-G-----GTAT-GTC---------CTGA---GAAGTAGACATTT--GTTTAAGT-------ACTTGT-A----G-----TC----CGTGTTGTTTTTCAG------ATA--ACA----------T-GTACATGTGGAAGAAAATTTAAAGTGATGAATTCTG--ATACATGTAT-TTTCTCCATGG-AT----------------TGACACCTAC----T-ACGAGATGAC--CTGACATTCCTTC-T----TG-------------GGCAGTGGATGAAATTGTCCAGG--TCAAACGTTAGTTGA-----ACAA-AGTGTCCCGAATGCGCTATCAACTACATGTATTTCGCTGATACCATAC-A-CTG-TATAAAG-CGTC-T--TGGT----------GAGCAC----TCACTGGAGTCGGATTCAAGTTTTG-GAAAAACTGCTCATCTGAAAGTTGT--CTATGGGCT---TCTGTGAAGGATGC-----C-T-CTT----------------TGCTATAGACCTTTCTGTTTATCTTT---ACAATGATTTGACATTCCGG--TTTTAGGACCTGTAAGACGGATCT-C-TCTTCTATACTT----ATCGCT----AACCTTTTCTGACTTCTGTa
gi|6 : actTTTCAAAGTATGAGGTG-AT-ACAACTGG---ATAACACAAGA-ACAA------TGCAGA--AC--CAGGTG-GACC---TAGTGTGAA-ATTT-AATC-----CA-GTTTCTCG-CGTTCCTAAAA----G--GC--------T-----GTGG-T----------------TCTCAGAG-GT----TG--AAA---TT-T--C--CA-GTGAAC-TT---GACTTGAT-GGAA----TTGT-G-GAAAG-----AGT---------A--A----TCAC-T--AGAAAGTTA-G-C-GAGTC---TTT--CACG--ATCGTC--AATCC-TCTT-CATTAGAA-TGTC--G-------------T---ATG--AAACTTAACCAACTAAGAG-GTTTA-AATGGTGA----ttccacggcatcaatacaagactcttaaggctctagttttacctggtgttgttcccaggcattcctaggtcgaaaaagctatggtttttctaagt
gi|7 : gagatctgagcatgttttcgcacacatcattaataaatgtatgggttatccaaatctagtcttgtatcatgctcattcagtgttggtaaactgatttgatccgttgaggttttcttttggtgctggacgagggttgtcgggtttgtcggtccgtcgtgacatctcatgaaatgtccttgaaaggatcttctcctgtttgtctcaaataatgtttgagatttgtcttcggctctgagagattgtccttgcgctgaaaagtatgggaagttatagcaagaatgcagtgatagggccatccaaatcccggcaat-TATTCAAC---TATGT-TTTTAG-G-AT----TA--AAA---TT-TTTC-ATA-GTAAAC-AT---GA-----T-AGAA----TGATTG-ACA-G-----AGCA----TGC-A--AATGTTC-C-G--ACATTGTT--TAC-AAATC---TAT--C--G--ACC-----------ACT-----CTCAA-AATTCAA-------------TCA-ATG--AAATGAAGACA---------GCTTA-ACAGGCTA----T-ATATATACA-TGTATATA-TTCCAGTTTGCCC--CAAAATATTTAAAACATACACTG-GTGCCATTCTGGT-TCTCATAGCTGT--C-AATAATCTGCGGGTACTGTTCACCA-TTA-CACATG-AAataaagtaggag
gi|7 : aGTTACGTT-ATAGGTCACGACGAG-GACACGGTGTTG-CAGGCTTGATCAGAGAGAGAGAGAGT-TTTTTATTGAGCA-------A---GTCA----G-----TCGTGTC---------TTTAA------ATATGAAGGTCAATC-T-T-CTACATTCCGACAAAGATGTAAACAAATAAATTGAG--A-----G-AT-GTTTTCCGTAAGATATCTA----------AGGGCACTGACATGAT-GAGGGGC--C--CCGGTATTCCTagagctgaatgtaaaggaaccactgtactacccaaatttccccgtgtgtgtcgatacccaagctattcgttacgttataggtcacgacgaggacacggtgttgcaggcttgatcagagagagagagagttttttattgagcaagtcagtcgtgtctttaaatatgaaggtcaatcttctacattccgacaaagatgtaaacaaataaattgagagatgttttccgtaagatatctaagggcactgacatgatgaggggccccggtattcct
gi|8 : atattcaactatgtttttaggattaaaatttttcatagtaaacatgatagaatgattgacagagcatgcaaatgttccgacattgtttacaaatctatcgaccactctcaaaattcaatcaatgaaatgaagacagcttaacaggctatatatatacatgtatatattccagtttgccccaaaatatttaaaacatacactggtgccattctggttctcatagctgtcaataatctgcgggtactgttcaccattacacatgaaagagctgaatgtaaaggaaccactgtactacccaaatttccccgtgtgtgtcgatacccaagctattc-TATTCAAC---TATGT-TTTAGGA---T----TA--AAA---TT-TT-C-ATA-GTAAAC-AT---GA-----T-AGAA----TGATTG-ACA-G-----AGCA----TGC-A--AATGTTC-C-G--ACATTGTT--TAC-AAATC---TAT--C--G--ACC-----------ACT-----CTCAA-AATTCAA-------------TCA-ATG--AAATGAAGACA---------GCTTA-ACAGGCTA----T-ATATATACA-TGTATATA-TTCCAGTTTGCCC--CAAAATATTTAAAACATACACTG-GTGCCATTCTGGT-TCTCATAGCTGT--C-AATAATCTGCGGGTACTGTTCACCA-TTA-CACATG-AA
gi|8 : aaGTTACGTT-ATAGGTCACGACGAG-GACAC-GTGTTG-CAGGCTTGATCAGAGAGAGAGAGAGT-TTTTTATTGAGCA-------A---GTCA----G-----TCGTGTC---------TTTAA------ATATGAAGGT-CATC-T-T-CTACATTCCGACAAAGATGTAAACAAATAAATTGAG--A-----G-AT-GTTTTCCGTAAGATATCTA----------AGGGCACTGACA---TGATGAGG-GGC--CCGGTATTCCagagctgaatgtaaaggaaccactgtactacccaaatttccccgtgtgtgtcgatacccaagctattcgttacgttataggtcacgacgaggacacgtgttgcaggcttgatcagagagagagagagttttttattgagcaagtcagtcgtgtctttaaatatgaaggtcatcttctacattccgacaaagatgtaaacaaataaattgagagatgttttccgtaagatatctaagggcactgacatgatgaggggcccggtattcc
gi|9 : aatattcaactatgttttaggattaaaattttcatagtaaacatgatagaatgattgacagagcatgcaaatgttccgacattgtttacaaatctatcgaccactctcaaaattcaatcaatgaaatgaagacagcttaacaggctatatatatacatgtatatattccagtttgccccaaaatatttaaaacatacactggtgccattctggttctcatagctgtcaataatctgcgggtactgttcaccattacacatgaaagagctgaatgtaaaggaaccactgtactacccaaatttccccgtgtgtgtcgatacccaagctattcGTT-TTACTCTTGGTG--AAG--TGTCGA--CATAG--GA-CAAATGCAGCTGA-TTCTTTTGGCTAAATCTTTTGGCATACCTTTGAATGTGTGGGGTGGATGACATTTTGTAAGTAGCA---AGTATAAA-----TG-AGA--AT--C-AGTG-GGCT---TATTGCTAA-ATCGGAACT-----CT-ATCTGG----GTT--TCAGTTATCGTGGC--------T-----GTGG-TATACAAGAG-T--GT-TT-------------------A---TT-T--CCACT-GTGAAT-TT---GA-----C-AGAG----TGGT-G-GAATG-----GGTTGGCATGC-A--G----TCAC-G--ATA---TCA-T-T-TAGGCAA-TCT--C--T--GCTATATGGATGA-ACTT-TTTGTCAAATTTC--A-------------TCG-ATG--AAACGCAATAAGCTTAGAG-GCCTACAC-GGCAA----TTGCATGAGCG-TAT-TTTG-TTTCAGTTTTACCATGAATAGTTT---GGCATATGAGG-ATTTCATATTGGT-TGCCGCAAGTTCGAA-AGTA-----CATGTAGCAATCACCA-CTG-AACATG-AAATTGT-------TG--------A-AGTTTAG--CATATT----------CCA--------GGAG-ATGGG--TGAGCGAATCT-GTGCAATGGA---C
blockSeqs : G A G TTCGAAAATTCCGAGCC T CA G CC C GAACA C A A TAA T ATTAA C TT AA A T GTT A C GA G GTTGC T GCAT A TC A TATC T ACAAAATATAAAAG A AAAGTA A AACACTAGG TTC G TT C GT T TGA CTTGA C TAGC G G AGTTTGCACCATCTTAATAAACTCGATTGAGGCTTTCACG ATATGGATGA T A A ATATTTTATGAAAT TT GC AATAA A CACTAGTGAGTGATGAGGAGT A A T G TAA C G G A T G T TT G TATGATATAA C G CAAGAACTGA ACTGACAA A AAAAT T AA C T ATTTGTGG A TG GA T C A G A A C A A G T ACACG G T AGGCTT C GAGA A TT CATTATC CTT A GTCGTA CGTGTTGTTT GTAGAT C A CT A T A G C G ATACAT T A GATGAAGATG G ATGAT C GT G G TCTGTGGGTATTTGTA A T AT ACGT GCT C TCTT G A T A CATGT G T GG T GGT TATGAG C GT T T T A AA G CTG GCTTGTT G CTAAC CC C T CC C T AT A GA TC TG T TA C TGAG CT T AC
blockSeqs : G G . GGTGAAGTGTCGAC T . A T C GAACA G T A . T . . . . . . . A G TA . . . TCG A TC A . T AAGAAATATAAA . AAAAGT A TGTTGCA . G C C G . . . . . T G TGGGTTGGCATGCAGTCACGATATCATTTAGGCAATCTCT ATCAACCCC T . . CAA T . AATAA . ACTGGTGAAAATTGTTAGAG A . T G TAA . . G . T G . T . TATGATATA . G . . . AAT T A C . CACTGACT A GA . . . A . . C C A A A . ACAC T T AGGCTT C GAGA . TT . . C TCGTG GTGTC . . A CT . G T G T A ATA . . . A ATG C . G G TAACATGTGGATTTT G T . . G . GATA A A A . . . A CG . G CTT T T G A T G . T . TTC G T T C A CT . T GT A . T CT . C C AG C . .
blockSeqs : C . . TATAAAGTGCAGG T . G T T GCACA C A A . A . . . . . . . G G GG . . . CC G TA A . T T . GAAAAT . GTGGTA . . T T G . . . . . T . TAGTTTGCAATGTGTGATAAAGGCGCAGAAGCTTTTATA GCCAAACC C . . CAA T . AATAA . CACGGCAATTGCATGAGCGT . . A G . . . G . C A . G . TG . T . . . AAT C A G . CATTTGGG A G . . . C . . A C . A T . . T T TGGTA G G . . . . T G GTGTC . . A CC . G T G T A ATA . . . T T T . A A GTCGATT G A . . . . GTCC G G T . . . C TA . T GGT A . C G A A . G . CT . . . . . . . . A G . . GA . . A . .
blockSeqs : . TGGAAAGTAGTA A . G T C GCATA C A G . C . . . . . . . G G GA . . . CC C CG G . C T . GAATAC . ACATAG . . . C A . . . . . . . TAGTTTGCAATGTGTGATAAAGGCGCAGAAGCTTTTATA GCCAACCC A . . A N . NNNNN . NNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . G A . . . G . A G . G . TA . A . . . GAC T T A . CTTTGAA G A . . . G . . A C . A G . . G T AGGTA C T . . . . T G GTGTC . . C CC . G A A T A AA . . . T T T . G T TGTTT G A . . . . . . . T . . . . AT . . . . . . T T A .
blockSeqs : . GGAACTTCGT A . A C T GAAC C A G . T . . . . . . . T A GA . . . TC A CG G . T A . GACTAC . GGTGG . . . . A . . . . . . . TGAGTTAACAATCTTGATAAAGTCGTTGAGGCTTTCATG GTCAACCC C . . A T . ACCAT . ACAGGCTATATATATACAT . . A G . . . G . C T . A . TG . G . . . AAT T A T . CATCGA A G . . . A . . C C . G A . . T T TGGTT C A . . . . C T C . . A T . C A A T T A . . . G A C . G T TTG . . .
blockSeqs : A . . C T . . T A . C . . . . . . . A A G . . . TC G TA G . T T . GAAAGT . AGTCG . . . . A . . . . . . . AGATTTTGCAATTTTGATAAAGTCGTTGAGGCGTTCACG GTCAACCA C . . A A . ACTAA . ACAGGCTATATATATACAT . . A T . . . G . A C . A . . . . . . . GGT C T G . CATCGA G A . . . A . . T . . G G . . T T TGCCA T T . . . . C G T . . A T . C A A A A A . . . G T A . . T
blockSeqs : T . . . . T . . . . . . . . . A A A . . . C G CT A . G T . AAACTA . GGTGG . . . . A . . . . . . . GAGCATGCAAATGTTCCGACATTGTTTACAAATCTATCG GTCAATCC C . . A A . GCTTA . TCTTAAG . . C A . . . . . A C . A . . . . . . . . . CGTTGA T G . . . T . . G G . . . . A A A . . . . C G C . . T T . . . . A A A . . . . . T . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A A A . . . C G CT T . T T . AAATC . AGAGA . . . . A . . . . . . . GAGCATGCAAATGTTCCGACATTGTTTACAAATCTATCG TCAAT C . . A G . AC . TCTTAAG . . C A . . . . . G G . G . . . A . . . . . . . . . A G . . . . . G C . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . G G CC A . . T . CTAT . GGTGA . . . . A . . . . . . . AGAGTAATCACTAGAAAGTTAGCGAGTCTTTCACG . C . . G . . . . . . G T . . . . C . . .
blockSeqs : . . C . . T . CTAT . GGTTG . . . . A . . . . . . . TACATATAGTATGCAATTTGATAAAGTCGTTC . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . GAGT . GATTA . . . . A . . . . . . . GGTAAAGTTTCTCG
blockSeqs : . . . TTA . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : NCAGGCTATATGTATGNAN******* CATTGA********** CT* TATTT*************** G** **** **
originalCons : TTNAGGAGTTTGTT-TTGTTTTT--CG--AAG--T-CCGAGCCAGNG--GAGCAGATGCGGCGGA-CTCGGGTGGCTAAACCCTTAGGNACACCTTTGAAAGTATGGGGTGGATGACAGCTGG---ATGGCATAAGGTACAAA-----TG-AGA--GT--C-GGTG-GGCT---TAGTGTGGAGATTG-AACT-----CA-ATTTCNC--CGTTCNTGAGT----GTGGC--------T-----GTGG-TATCCAAGAA-TACGT-TCTTGGAG-GT----GG--AAA---TT-T--C-ACA-GTGAAC-TT---GA-----T-GGAA----TGGT-G-AAATG-----AGTT----TGC-A--A----TC-C-G--ATAAAGTC--T-C-GAGGC---TTT--C--G--ACCGTC--AACCC-ACTT-CATCTCAA-TGTC--A-------------TCN-ATG--AAACGTAGCCAACTAAGAG-GCTTA-ACTGGCGA----T-GTATGAGCA-TGT-TACG-TTCCAGTCTTCCCATNAAGATGTT---GGCATACGATG-GTGCCATTTTGGT-TCCCATAGCTGTGCC-ANTAATTTGCAGGTAGTGTTCACCG-TTG-AACATG-AAGTTAT-------TG--------A-ACTTGAGGACATGTT----------CAA--------GAAG-CTGGA--CGAGCGATTCN-GTNGAA-GGA---CG--TC--G-A--TGGCCCTGTT-G-TTCCAAACCTCTCTAC--AGGCCTCGA-TACCCT-CATCGTGTGGAATGTTAGT-G-TAAAGTGAAGTNACATCCAT-GGTCACGAGGAG-G-----GTATTGTCNGG-TAGGTCCGA---AGAGGGGGT-TTT--ATTGAGGT-------A---GTCA----G-----TC----C---------TTCAA------GTATGACGGT-AANT-T-T-CTACATGCGGACGGAGATGTAAATTAATAAATTCAG--A-----G-AT-TTTCTCCGTGGGATGTCCA----------ATGGCACCGAC----T-ACGGGGCGGC--CAGGCATNCCTTC-T----TGTGGAT-TTT---AGGCGGTAGATAAAATTGTCCAGG--TCTA----CAGTTGAG--AGACAGCAGTGTTTCGAAGACGTCGTC-ACCA-----ATTTCCTCGTCTTTGTAC-ATCTGCTCGAGAG-TTTC-G--TGGTCGT---GGCNGAAAACG-CTTCGCTAGGGTCGGANTCCAGTTTTGTGTAAAACCGTTCATCCGAGAGCTGT--CTGTGNGCT---TCTGCCATGTATGT-----T-T-CTTGTCT----AATACCACCGCTGTTGACCCTT-TGTCTGCCTTTTTGNTAACGATGT--CATCCCGGTTTTTTAGCNCTTGTAAGGCTGA-CC-C-TCTTCTTTNCTT--AGATTGTTC-GGAACC-TTTCTG--TTTTGTC
finalCons : TTNAGGAGTTTGTT-TTGTTTTT--CG--AAG--T-CCGAGCCAGNG--GAGCAGATGCGGCGGA-CTCGGGTGGCTAAACCCTTAGGNACACCTTTGAAAGTATGGGGTGGATGACAGCTGG---ATGGCATAAGGTACAAA-----TG-AGA--GT--C-GGTG-GGCT---TAGTGTGGAGATTG-AACT-----CA-ATTTCNC--CGTTCNTGAGT----GTGGC--------T-----GTGG-TATCCAAGAA-TACGT-TCTTGGAG-GT----GG--AAA---TT-T--C-ACA-GTGAAC-TT---GA-----T-GGAA----TGGT-G-AAATG-----AGTT----TGC-A--A----TC-C-G--ATAAAGTC--T-C-GAGGC---TTT--C--G--ACCGTC--AACCC-ACTT-CATCTCAA-TGTC--A-------------TCN-ATG--AAACGTAGCCAACTAAGAG-GCTTANCAGGCTATATGTATGNAN-------GT-TACG-TTCCAGTCTTCCCATNAAGATGTT---GGCATACGATG-GTGCCATTTTGGT-TCCCATAGCTGTGCC-ANTAATTTGCAGGTAGTGTTCACCG-TTG-AACATG-AAGTTAT-------TG--------A-ACTTGAGGACATGTT----------CAA--------GAAG-CTGGA--CGAGCGATTCN-GTNGAA-GGACATTGA----------TGGCCCTGTT-G-TTCCAAACCTCTCTAC--AGGCCTCGA-TACCCT-CATCGTGTGGAATGTTAGT-G-TAAAGTGAAGTNACATCCAT-GGTCACGAGGAG-G-----GTATTGTCNGG-TAGGTCCGA---AGAGGGGGT-TTT--ATTGAGGT-------A---GTCA----G-----TC----C---------TTCAA------GTATGACGGT-AANTCT-T-CTACATGCGGACGGAGATGTAAATTAATAAATTCAG--A-----G-AT-TTTCTCCGTGGGATGTCCA----------ATGGCACCGAC----T-ACGGGGCGGC--CAGGCATNCCTTCTATTT---------------AGGCGGTAGATAAAATTGTCCAGG--TCTA----CAGTTGAG--AGACAGCAGTGTTTCGAAGACGTCGTC-ACCA-----ATTTCCTCGTCTTTGTAC-ATCTGCTCGAGAG-TTTC----TGGTCGT---GGCNGAAAAC--CTTCGCTAGGGTCGGANTCCAGTTTTGTGTAAAACCGTTCATCCGAGAGCTGT--CTGTGNGCT---TCTGCCATGTATGT-----T-T-CTTGTCT----AATACCACCGCTGTTGACCCTT-TGTCTGCCTTTTTGNTAACGATGT--CATCCCGGTTTTTTAGCNCTTGTAAGGCTGA-CC-C-TCTTCTTTNCTT--AGATTGTTC-GGAACC-TTTCTG--TTTTGTC
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): TTTTCAATGTCTGCTCAACTGCTTCGGATGTAAGACTCGAGGGCTGCACATCTTCCTGATGGAGGTTCCCATTTGCTCTTAGTTCGGTAGAGTTTGTGATTTTTAGGTCATCAAGTTTGGCCTCCTCGTAGTTGCCATCGTCCTCGTCTTTTCTGGAAAAATGTTCCTC
Unaligned ( gi|25 ): GGAAAGTTCAATCGGAATGACTACATCTCGCGTCATCCGATAAAACATACAAATTCATGTTCGATTTCTGGAGTGGAGGAGTATGTAAACTTTGTCGTAGAAACGA
Unaligned ( gi|31 ): GGATTTTCCAGTAATAAGTAGTAGTGCCGCAGGTGCGGCGGATGCTGGTGGCCAAAGCCCAAGG
Alignments
lowQualScore : 33333333333333333333 11111 11111 1111 33333333333333 1111111 111111111111 1 2222222 11111 333333333333333333333333333333333333333333333 11111111111 11 2222222222222222 11111 11111 66666666666666666666666666666 111 33333333333333333 2222222222 11111111 11111 1111111111 1 22222 111111 1111 11 1111111 1111111111 33333333333333 111111 111111 2222222222222 222222222222 111111 1111111 6666666666666666666 111 11 1111 111 2 1111 22222 4444 111 222222 1 111 333333333 22222 1 11 11 1 222 1111 22 1 11
lowQualScore : 1 6 0 6 44444444444444444444 1 77 4 66 2 88888 2 0 3 2 0 777 4 22222 5 55 55 4 4 777 1 1 66 4 00000 4 0000 2 22 1 7777 3 77777777777777 2 6666666 5 0 555555555555 444 5 99 1 44 2 555 77777 2 6666 0 8 5 1111111 00000 44 666666666666666666666666666666666666666666666 33333333333 1 3 0 3 00 6666666666666666 55 55555 3 77777 0 00000000000000000000000000000 0 0 1 1 444 4 0 4 1 4 1 0 1 4 55 4 77777777777777777 5 3 1111111111 88888888 5 00000 1 77 2 4 3333333333 5 666 0 0 66 4 0 5 2 0 5 5 1 2 0 2 3 4 00000 4 1 222222 2 5555 4 11 0 3333333 777 1 1111111111 11111111111111 000000 2 777777 9 3 4 1 4444444444444 4 0 0 888888888888 77 777777 2 2222222 444 0 1 7777777777777777777 444 0 1 11 7777 0 666 0 1111 1 3 4 8 00000 0 8 0 8 44 5 1111 44 444 1 333333 3 1 1 1 99 1 777 0 0 000000000 2 22222 99 2 0 3 22 0 3 11 2 0 33 66 11 0 0 666 1 7777 22 3 88
lowQualScore : . . . . .................... . .. . .. . ..... . . . . . ... . ..... . .. .. . . ... . . .. . ..... . .... . .. . .... . .............. . ....... . . ............ ... . .. . .. . ... ..... . .... . . . ....... ..... .. ............................................. ........... . . . . .. ................ .. ..... . ..... . ............................. . . . . ... . . . . . . . . . .. . ................. . . .......... ........ . ..... . .. . . .......... . ... . . .. . . . . . . . . . . . . . ..... . . ...... . .... . .. . ....... ... . .......... .............. ...... . ...... . . . . ............. . . . ............ .. ...... . ....... ... . . ................... ... . . .. .... . ... . .... . . . . ..... . . . . .. . .... .. ... . ...... . . . . .. . ... . . ......... . ..... .. . . . .. . . .. . . .. .. .. . . ... . .... .. . ..
lowQualScore : 0 5 8 7 77777777777777777777 0 99 0 11 2 66666 5 1 8 7 1 888 1 55555 0 55 55 0 0 000 6 4 33 0 00000 0 8888 6 66 8 7777 5 55555555555555 9 0000000 7 2 999999999999 444 3 00 4 33 9 000 11111 9 1111 4 6 7 8888888 77777 66 999999999999999999999999999999999999999999999 44444444444 2 6 1 6 00 5555555555555555 00 11111 6 77777 3 55555555555555555555555555555 3 8 0 4 000 4 9 4 1 4 0 8 9 4 33 4 77777777777777777 7 0 9999999999 11111111 0 11111 1 88 8 4 9999999999 4 000 1 8 11 4 2 0 7 3 7 7 0 5 0 7 7 4 66666 4 9 888888 9 7777 4 00 7 0000000 000 9 3333333333 55555555555555 555555 6 999999 4 8 7 8 0000000000000 0 2 2 222222222222 66 999999 2 6666666 000 1 0 0000000000000000000 000 8 4 00 0000 8 000 0 8888 4 8 6 0 00000 8 0 8 2 66 6 6666 66 000 0 222222 2 0 4 7 22 0 555 2 8 888888888 5 00000 00 5 2 5 88 0 2 22 0 2 88 22 22 2 0 555 0 2222 55 3 33
consensus : TTNAGGAGTTTGTT-TTGTTTTT--CG--AAG--T-CCGAGCCAGNG--GAGCAGATGCGGCGGA-CTCGGGTGGCTAAACCCTTAGGNACACCTTTGAAAGTATGGGGTGGATGACAGCTGG---ATGGCATAAGGTACAAA-----TG-AGA--GT--C-GGTG-GGCT---TAGTGTGGAGATTG-AACT-----CA-ATTTCNC--CGTTCNTGAGT----GTGGC--------T-----GTGG-TATCCAAGAA-TACGT-TCTTGGAG-GT----GG--AAA---TT-T--C-ACA-GTGAAC-TT---GA-----T-GGAA----TGGT-G-AAATG-----AGTT----TGCA--A----TC-C-G--ATAAAGTC--T-C-GAGGC---TTT--C--G--ACCGTC--AACCC-ACTT-CATCTCAA-TGTC--AT-------------CN-ATG--AAACGTAGCCAACTAAGAG-GCTTANC---AGGCTA-TA--TGT-ATGA--AN-GT--T--ACG-TTCCAGTCTTCCCATNAAGATGTT---GGCATACGATG-GTGCCATTTTGGT-TCCCATAGCTGTGCC-ANTAATTTGCAGGTAGTGTTCACCG-TTG-AACATG-AAGTTAT-------TG--------A-ACTTGAGGACATGTT----------CAA--------GAAG-CTGGA--CGAGCGATTCN-GTNGAA-GGACATT--G-A--T--GGCCCTGTT-G-TTCCAAACCTCTCTAC--AGGCCTCGA-TACCCT-CATCGTGTGGAATGTTAGT-G-TAAAGTGAAGTNACATCCAT-GGTCACGAGGAG-G-----GTATTGTCNGG-TAGGTCCGA---AGAGGGGGT-TTT--ATTGAGGT-------A---GTCA----G-----TC----C---------TTCAA------GTATGACGGTAA-----ATCTTCTACATGCGGACGGAGATGTAAATCAATAAATTC-AG--A-----G-AT-TTTCTCCGTGGGATGTCCA----------ATGGCACCGAC----T-ACGGGGCGGC--CAGGCATNCCTTC--------T------G---TTT---AGGCGGTAGATAAAATTGTCCAGG--TCTA----CAGTTGAG--AGACAGCAGTGTTTCGAAGACGTCGTC-ACCA-----ATTTCCTCGTCTTTGTAC-ATCTGCTCGAGAGTTTC-G-TGGTCGT---GGCNGAAAA--CG-CTTCGCTAGGGTCGGANTCCAGTTTTGTGTAAAACCGTTCATCCGAGAGCTGT--CTGTGNGCT---TCTGCCATGTATGT-----T-T-CTTGTCT----AATACCACCGCTGTTGACCCTT-TGTCTGCCTTTTTGNTAACGATGT--CATCCCGGTTTTTTAGCNCTTGTAAGGCTGA-CC-C-TCTTCTTTNCTT--AGATTGTTC-GGAACC-TTTCTG--TTTTGTC
Reference ( family-136 ) : TTNAGGAGTTTGTT-TTGTTTTT--CG--AAG--T-CCGAGCCAGNG--GAGCAGATGCGGCGGA-CTCGGGTGGCTAAACCCTTAGGNACACCTTTGAAAGTATGGGGTGGATGACAGCTGG---ATGGCATAAGGTACAAA-----TG-AGA--GT--C-GGTG-GGCT---TAGTGTGGAGATTG-AACT-----CA-ATTTCNC--CGTTCNTGAGT----GTGGC--------T-----GTGG-TATCCAAGAA-TACGT-TCTTGGAG-GT----GG--AAA---TT-T--C-ACA-GTGAAC-TT---GA-----T-GGAA----TGGT-G-AAATG-----AGTT----TGCA--A----TC-C-G--ATAAAGTC--T-C-GAGGC---TTT--C--G--ACCGTC--AACCC-ACTT-CATCTCAA-TGTC--AT-------------CN-ATG--AAACGTAGCCAACTAAGAG-GCTTANC---AGGCTA-TA--TGT-ATGN--AN-GT--T--ACG-TTCCAGTCTTCCCATNAAGATGTT---GGCATACGATG-GTGCCATTTTGGT-TCCCATAGCTGTGCC-ANTAATTTGCAGGTAGTGTTCACCG-TTG-AACATG-AAGTTAT-------TG--------A-ACTTGAGGACATGTT----------CAA--------GAAG-CTGGA--CGAGCGATTCN-GTNGAA-GGACATT--G-A--T--GGCCCTGTT-G-TTCCAAACCTCTCTAC--AGGCCTCGA-TACCCT-CATCGTGTGGAATGTTAGT-G-TAAAGTGAAGTNACATCCAT-GGTCACGAGGAG-G-----GTATTGTCNGG-TAGGTCCGA---AGAGGGGGT-TTT--ATTGAGGT-------A---GTCA----G-----TC----C---------TTCAA------GTATGACGGTAA-----NTCTTCTACATGCGGACGGAGATGTAAATTAATAAATTC-AG--A-----G-AT-TTTCTCCGTGGGATGTCCA----------ATGGCACCGAC----T-ACGGGGCGGC--CAGGCATNCCTTC--------T------A---TTT---AGGCGGTAGATAAAATTGTCCAGG--TCTA----CAGTTGAG--AGACAGCAGTGTTTCGAAGACGTCGTC-ACCA-----ATTTCCTCGTCTTTGTAC-ATCTGCTCGAGAGTTTC---TGGTCGT---GGCNGAAAA--C--CTTCGCTAGGGTCGGANTCCAGTTTTGTGTAAAACCGTTCATCCGAGAGCTGT--CTGTGNGCT---TCTGCCATGTATGT-----T-T-CTTGTCT----AATACCACCGCTGTTGACCCTT-TGTCTGCCTTTTTGNTAACGATGT--CATCCCGGTTTTTTAGCNCTTGTAAGGCTGA-CC-C-TCTTCTTTNCTT--AGATTGTTC-GGAACC-TTTCTG--TTTTGTC
gi|1 : TTTAGGAGTTTGTT-TTGTGTTT--CG--AAT--T-CCGAGCCAGAG--GAACAGATACGACGAA-ATCGTGTAGCTAAACCCTTAGGTACTCCTTTGAAGGTATGAGGTGGATGACAGCTTG---AAGGCATCAAGTACAAA-----TG-TGA--GT--C-AGTG-GGCT---TTGTGTGGAGGTTG-AATT-----CA-ATTTCAC--CATTCATGAGA----GTGGA--------A-----GTAG-TATCCAAGAA-TACGT-TCTTGGAG-CT----AG--AAA---TT-T--C-ACT-GTAAAT-TT---AA-----T-GGAA----TGGT-G-AAATG-----AGTT----GGTA--AA---GG-A-G--ATAAAGTT--T-T-CAAGCCGATTT--C--G--GCCCTC--CGTCC-ATTT-CATTTCAA-TGTC--AT-------------CA-ATG--AAGCGCAACCAACTATGTG-GCTTAAA---AGGCGA-C---TGT-CTGAGTAA-GT--T--ACG-TTCAAGTCTTCCCATGAAAATGTT---GTCGTACGAAG-GGACCATTTTCGT-TCCCATAGCTGTGCC-ACTAACTTGTAAGTAATGTTCGCCA-TTG-AACATG-AAGTTAT-------TG--------A-GTTTAAGGACATGTT----------CAA--------GGAA-CTTGA--CCAACGATTCT-GTGGAA-GGATGTT--TCA--G--GGTCCTGCT-A-TCTCAAACCTCCCTGC--AGGCTTCAA-TGCCTT-CATCGTGGGGGATGTTTGA-G-TAAAGCGAAGTCACATCCAT-GGTCACGAGAAG-G-----GTATTGTCAGG-TAGGTTGGA---AGAGGGGGT-TTT--GTTGAGGT-------A---ATCA----G-----TC----C---------TTCAA------GTGTGATGGTAG-----TTTTACAACATGTGGGCGGAGGTGTAGGTCAATAAATTC-TG--A-----G-AT-TTTCTCCGTGGGGTGTCCA----------ATGACACTCAC----T-ATGGGGCGGC--CAGGCATACCTTC--------TTTGTGGAT--TTT---AGGCAATAGATAAAATTGCCTAGG--TCTA----CAGTTGAG--AGGCAGCAATGTTTCAAAGACATCATT-ACCA-----ATTTCCTCGTCTTTGTAC-ATCTGCTCAAGAGTGTCAG-TGGTTGT---GGCAGAAAA--CG-CTTTGCTAGGGTCGGAGTCCAGTTTAGTGTAAACCCATTCATCCGAGAATTAT--CTGTGCGCT---TCCGCTATGTATGT-----TGT-CTTGTCT----AATACCACCACTGTTGACCCTT-TGTCTGCCTTTTTGATAACAATGT--CATCCCGGTTTTTTAGCTCTTGTAAGGCTAA-CCAC-TCTTCTTTGCTT--AAATTGTTCAGGAATC-TTTCTG--TTTTGTC
gi|10 : AA---TTGT--C-ACG-GTGAAC-TT---GA-----T-GGAA----TAGT-GGAAAT------AGTT----TGCA--A----TG-T-GTGATAAAGGC--G-CAGAAGC---TTT--T--ATAACCGCC--AAACC-ATTT-CATCGCAA-TGTC--AT-------------CTTATG--AAACATAGCCAAATAAGAG-ATTTATCTTAAGGCTA-T--------------------T------TTCCAGTCTCCAAATTA-GATGTT---GGCATACGATG-GTGCCATTTTAGT-TCC-ATAGCCGTGCC-ATTAATTCGCAGGTAGTGCGCACCG-TTTTAACATG-AAGTTAT-------TATGATATAAA-ACTTGAGGACAAGGT----------CAAACTGACAAGAAG-CTGAA--TGAGTGGTTCA-GCCGAA-GGACATC--G-A--T--AACCCTATC-G-TTGCATACTTCTCTAT--AAACCTCAA-TATCCT-TAT
gi|11 : -A--T--GGCTCTATA-A-TTATCAACTTCCCTACGAAAGCCTCGA-TAGACA-CCTCACGTGGAATGTTAGT-G-CAAAGTGAAGTAACATCCA--AATCAC-AG---------------GTC-----AAGCCCGA---GAAAGAGAT-TTT--ATGTAGGTCATTATCA---GTAT----G-----TCGTGTC---------CTCAA------AGATGACGGTAAATACTTTCCTCTACAgtatttagagttgttccttcaggtgtgatgacaaatc
gi|11 : ttaaC-GG--A-----G-AT-TT-CTCCGGGGGAAGTTCA----------ATAGGACTGAC----T-ACAGGGCGGCGTCA--CATGTCTTC--------agttaaaattagacttgttcagtgcaatgtatcgtattctactgtaactcgtatacatgccggcggagatttctccgggggaagttcaataggactgactacagggcggcgtcacatgtcttcgtcgattaaacattaacaaaatttcgcatcgtggatcactgaaatggacgagtagagtgtcctaatttgccccctagaaaag
gi|12 : ttaaatggctctataattatcaacttccctacgaaagcctcgatagacacctcacgtggaatgttagtgcaaagtgaagtaacatccaaatcacaggtcaagcccgagaaagagattttatgtaggtcattatcagtatgtcgtgtcctcaaagatgacggtaaatactttcctctacaagttaaaattagacttgttcagtgcaatgtatcgtattctactgtaactcgtatacatgccggAA---TTGT--C-ACG-GTGAAC-TT---GA-----T-GGAA----TAGT-GGAAAT------AGTT----TGCA--A----TG-T-GTGATAAAGGC--G-CAGAAGC---TTT--T--ATAACCGCC--AACCC-ATTT-CATCGCAA-TGTC--AT-------------CT-ATG--AAACATAGCCAAATAAGAG-ATTTATCTTAAGGCTA-T--------------------T------TTCCAGTCTTCCAAATTAGATGTT---GGCATACGATG-GTGCCATTTTAGT-TCCCATAGCCGTGCC-ATTAATTCGCAGGTAGTGCGCACCGTTTT-AACATG-AAGTTATTATGATATA--------A-ACTTGAGGACAAGGTCAAGAACTGACAA--------GAAG-CTGAA--TGAGTGGTTCA-GCCGAA-GGACATC--G-A--T--AACCCTATC-G-TTGCATACTTCTCTAT--AAACCTCAA-TAgtcgattaaacattaacaaaatttcgcatcgtggatcactgaaatggacgagtagagtgtcctaatttgccccctagaaaag
gi|13 : CACAAGGAG-G-----G-ATGTTCTGG-TAGACCCGA---TGAATGGGT-CTT--ATTAAGGT-------A---TCCATCGTG-----TC----C---------TTCAA------GTATGACGGTAA-----ATCTTTTACATGCTGACGGAGATGTAAATCATTGAATTCAAA--A-----G-AT-TTTCTCCTTGGGATGTACA----------CAGTCACCAAC----T-ACAGGACTA---CAGTC-TAACATG--------T------GGATTTT---TGGCAGTAAATAAAATCATCCTGG--TCCA----CAGT------AGTTAG-AAT------AAG--GTTGCC-ACCG-----AT---CTCGTCCTTGTATGATTTTTTGGAATGTTTCGGTTGATCTT---GGCCGAAAA--C--CTTTGTTGGGGTCAGATCGTGACTTTTTATAATAGCGTTT-TCCGAGAGCTGT--Ct
gi|14 : cGCAGA-TGCGGGTAGTCAAACCCTTAGGAACACCTTTGAAAATATGATGTGGATGACTACTGG---ATGGCATAAGGTACAGA-----TG-AGA--GT--C-GGTG-GG---------------------------------TTTCCC--CATTTCTAAAT----GTGGC--------T-----GTGG-TATTCAAAAAGTA--T-TCTTGGAG-GT----GG--AAA---TT-TC-C-ACA-GCGAAC-TT---GA-----C-GGAA----TATT-G-GAATG-----AGTT----AACA--A----TCTT-G--ATAAAGTCG-T-T-GAGGC---TTT--CATG--ACCGTC--AACCC-ACGT-ATTCTCAA-TGTC--AT-------------CT-ATG--AAACGTAGCCAAATAAGAG-aatga
gi|15 : ctgtttttcagacgacttttgaggatgtttcctgctccaggaaagcagcagtagtagt-----TC----T---------TTGAG------GTATGACGGCAA-----ATCTTCTACATGGGGTTGGATATGTAAATTCAGAAAATC-----------G-ATACCTCTCCTTGGGATGTCCAGATGAAGATGATGGCACTTGC----A-ATGGGTCGAC--CAGGCACGCCTTCTCTGTGGGT------A---TTTGTAAGGAGATAGACA----TGTCCTGGATTTTG----TAAGTAAGCTAGACAG-AGTTCTTCGTAAACGTAGTG-TTCA-----ATTTCTTCTTTTTTGTAC-ATTTTATCGAGAGTTTC----GGTTATGAGGGCTGAAAATTC--CTCTG-TAAAGTCTGAATTCAGCTTTTTGTAAAACCGCTCACCAGATAGCTGT--
gi|16 : tggtaAGTG--GTGCAGATGCGGCGGA-TGCGGGTAGCCAAACCCTTAGGAACAC-------------AGGTGGATGAAAACTGG---ATGGCATAAGGTACAGA-----TA-AGA--GT--C-GGTG-GGTT---TAGTGCACAGATTG-AGCT-----CA-ATTTGCC--CATTTCTAAAT----GTGGC--------T-----GTGG-TATACAAAAA-AGTAT-TCT--GA--GT----GGTAAAA---TC-T--tgg
gi|17 : ggaggaggattgtcggttctgtcgtgacatctcatcaattgccgtctgtacctcgcagtgatcatatcctctgtttttcagataacttttgaggatttccccatagtctaggaaagcagtagtTATAAAAGCATTCGTTCGAGAGCTACAATTGGGGGCTCTGTTTACCATGCAAGTGCTTGT-T-CTTGTCCTAACAATAT-ACCG-----GAC--TT-TGTCTATTCTTTTATTGACAATAC--CCCCCTGG-TTTCCAGTGTTTGCAACGTTCA-TC-TATTTTCCTTCGTTTGAGATTTTTC-Gatagactttcgttgatatagtg
gi|18 : tgtgatttacaagcacaatgttttagggtaacgtaggatctagactgtaaccatTCGAGGAATT-GTCGTTGCTTTT--GG--AAC--T-TCG---TAGTT--GAACAGATGCGACGGA-TTCGGGTGG----ATC---AG-----CGTTTGAATGTATGAGATGG---------------TGGCAAAAGGTACAAA-----TG-ACATTGTAAC-AGTG-GGCT---TATTGTGGATATTG-AACT-----CATATTAC-C--CGTTTATAAGT----GTGGA--------A-----GTAG-TATCCATGAA-AATAT-TCTTGGAA-GT----CG--AAA---agattaaatttggctttgcattaagaatttttgtcg
gi|19 : gatcatttcctgtctgtgagataagtcTGG-T-TTCAAAAA-T-CAT-TGATGGAG-GT----GG--AAA---TT-T--CCACA-GTAAAC-TT---GA-----T-GGAA----TAGTGG-AAATACATATAGTA----TGCA--A----TT-T-G--ATAAAG----T-C-G--------TT--C-----ATC-TC--AA--T-A--T-CAT-TTAA-T-TA--AN-------------NN-NNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNN---NNNNNN-NN--NNN-NNNN--NN-GC--T--ACG-TTCAAATATCTTCATAAAGATGTG---GTAATAC
gi|2 : tgaaaattgaa--TGT-ATGAGGAT-GT--T--GCG-TTCAAGTCTTCCCATGAAAATGTT---GGCATACGATG-GAGCCATCTTTGT-TCCCATAGCTGTGCC-AC----TTGTAAGTAATGTTCTCCG-TTG-AACATG-AAGTTGT-------TG--------A-GTTTGATGATATGTT----------CAA--------GGAG-CTTGA--CCAACGATTCT-GTGGAA-GGA-ATT--T-G--TGGGGCCTTGTT-A-TTCCAACCCTCTCTGC--AGGCTTCAA-TGCCTTCCATCATAGGGGATGTTCTT-A-TAAAGTGAAGTCACATCCCT-GGTCACAAGAAG-A-----ATATTGTCAGG-TAGGTTGGA---AGAAGGGTT-TTT--GTTATGGT-------A---GCTA----G-----T-------------------A------GTATGATGGTAG-----CTTTACAACATGTGGTCGGAGATGT---CCAATGA---C-A-------------------CCATGGGACGGCCA------------GGCA-----------------------------TACACTC--------T------G---TTT---AGGGGGTAGATAAAATTGTCCAGA--TCTA----CAGTTGAG--AGAAAGCAGTGATACAAAGACATTGTC-ACCA-----AGTTCCTTGTCTTTGTAC-ATCTGCTTAAGAGTTTTTG-TGATGGT---GGCAAAAAA--CGTTTTCG-TAGGGTTGGAGTCCAGTTAAGTGTAAAACCGTTCATCCGAGAGTTGT--CTGTGTGCT---TCTACCATGTATGT-----T-TCCTTGTCT----AATACCACCACTGTTGACCCTT-TGTCTGCCTTTTTGTTAACAATGT--CATCCTGGTCTTTTAGCTTTTGTAAGACTGA-CC----TTTCTTTCCTT--AGATTGTCCTGGAACC-TTGCTG--TTTTGTCcta
gi|21 : t--GT--C-GTTGTGGTG---TGGTGTGGAGGCTG-AATTGTTGCCA-AT----C--C-TTCGTGAGC----G--GCAAGAAATATAAA--GTGAATATCCAAGAA-TACGTATTTTGGAA-ACACTAGG--ATT---TT-T--C-ACGTGTGAACTTT---AA-----T-GGAATAGCTGGT-G-AAAaagtagtttttcgatgtcctgctcaactgcttggatgtaggactcgagggctgcacattttactgatggaggttccaatttgctcttagttcggtagagtttgtgtttctctaggtcatcaagtgtgacttcatcgtagctggcaccatccttggaaaagagtgtcct
gi|22 : aatggaagaccagtg-GGACACT--G-ACTT--GACTTT-TT-G-T-CCAAATCTTTCTAC--AAGCCTCGA-TACCAT-CATCCTGTGGAATGTTAGTGG-TAAAGTGAAATAGCATCCAT-GGTTACAAGTTGTG-----ATA-TGTATGG-TTAGTCCGA---TGAGGGAAT-TTT--ACTGAAGT-------A---AT
gi|23 : g--GT--C-GTTG-GACTGTTTGGTGTGGAG---G-CGCT-----GA-ATTTTGCATCCTTCGTGA-------CGGCACAAAATATAAAAGGTGA-TATCCAAGAC-TACGTATTTTGGAACAT----AG--CGATTCTT-T--C-AC---TTAAC-TTTGAAA-----T-GGAA----TTAT-G-A
gi|24 : tgATGTT----------CGA--------GAAAACTGAAAATGAGTTATTTAAGTAACA-GGGCATTTGG-G--T--GAAACTATTTG-TTCCTTGCTTCTCTAC--AGCTCTCG--TACTGT-CATTGTGTGGAATGTTACT-GATACAGT-AAGTAAAATCttggtaaa
gi|26 : TGCT-CTGTTCTT--TATAAAG--T-GCAGG--AGTA--GAGCAGATATGGCGTA-CTCTGGTGGCTAAACCTTTAG--------------GTATGGGTAGAATGGCAACTAG---ATGGC
gi|27 : ttttagatggaT-TTTCGGAA-GA----GA--AAA---TT-T--CCATA-GTGAAC-TT---GA-----A-GGAA----TAGT-G-GACAG-----ATTT----TGCA--AT---TT-T-G--ATAAAGTCG-T-T-GAGGC---GTTCAC--G--ACC
gi|28 : aagta-----TC----C---------TTCAG------GTGTGATGACAA-----ATCCTCTACATGC---C-GAGATGTGAATTAAGAAATTC-AGATA-----T-AT-TTTCT
gi|29 : cttatgtatttagagttgttT--ATTTAG---------A---GTTG----T-----TC----C---------TTCAG------GTGTGATGACAA-----ATCCTCTACATGC---C-GAGATGTGAATTAAGAAATTC-AGATA-----T-AT-TTTCT
gi|3 : cttatgTTGAGGA-TTTGTT-TTTTCTTT--TGGAAAG--T----AGTAAGAGCAGAGCAGATGCGGCGGA-CTCGGGTAGCTAAACCCCTGGGAAC-CCTTTAACAGTACGGGG--AACGGAAGTTGA---ATGGCACAAAGTACAAAATTAATG-AAA--AT--C-GATT-GCCT---TTGTGTGAAGATTG-AACT-----CA-ATTTCTC--CATTTACGAGT----GTGGT--------T-----GTGG-TATCCAAGAA-AGTGT-TCTTGGAG-GT----GA--AAA---TT-T--CTACA-TTGAAC-TT---GA-----T-GGAA----TAGT-G-----------------------------------G--GTAAAGTT--T-C-----------T--C--G--ATCGTC--AACCA-TATT-CATCTCAA-TGTC--ATATTTTATGAAATTTT-ATG--AAATGTTGCCA-C---GAG-ATTTAAC---TGGTGA-AAATTGT--TAG--AG-GG--T--ACG-TTACAGTCTCCCCATAAAGATGTT---GATATACGATG-GTGCCATTTTGGT-TCCCATAACTATGCCAAATGATTTGCAAATAGTGTTCACCA-TTG-AACATT-AAGTTAT-------TA--------A-ACTTGA-GACATGTG----------CAA--------GAAA-CTG---------------------A-GGACTTT--GAA--T--TGTCCTGTT-A-TTCCAA--------------GACTCGATTCCCCT-CGTGATGTGGAATGTCAGT-G-TAA
gi|30 : aaggtcccagtgtctgaactgtatatttgcaaatttgacctctgaggtctgagcatgttttgaatcgctctattcagtctagtccttacttccatgtcgcgcaagtttcagggtgtgtgaaggtactccagccagctaacaggttttcttcgtactggaggagggactgtcggtcctgtcgtggcatctcatcaactgcggaatgaaccttgcaagtatcatgtcctctgtttgtcaagctagtgagttTTCAAGAGTTTGCT-TTGTTTTTTTCG--AAAATT-CCGAGCCAGAG--GAACAGATACGACGAACCTCGTGT
gi|4 : gcttACCTTTAGGCACACCTTTGGAAGTATGGAGTGGATGACAGCTGG---ATGGCATAAGGTACAAA-----TG-AGA--AT--C-TGTG-GGTT---TAGTGTGAAGATTA-AACT-----CG-ATTTCTC--CGTCCTTAAGT----GTTGT--------T-----GTGG-TATCC
gi|4 : GCTCTTTAGT----GGTGC--------T-----GTGG-TATCCAAAAACTA--T-TCCTGGAT-GT----TGCAAAA---TA-T--C-CCA-GTAAAC-TT---GA-----TCGGAA----TGTT-G-GAA-------AGTT----TGCACCA----TC-TTA--ATAAACTCGAT-T-GAGGC---TTT--CACG--ACCATC--AACCCCACTTACATCTCGA-TGTC--AT-------------C--ATGGCAAACGTAGC-AACCATGAGAGTTTA-C---A--CTAGTG--AGTGATGA--GGAGT--CTGACGACTCCATTCTTCCCATAAATAGATT---GGCATAGGAAGCGTTCC---TTAGTGTCCCATAGCAGTGCC-ACTGGTTTGCAGGT-TTGTTCACCG-TCA-AACATGGAAGTTAT-----------------ACACTTAGAGACATGTT----------CAA--------GAAG-CCGAA--TGAGTGACTTA-GTTGAG-GGACGTT--G-A--C--TGCCCCTTT-GATTCCAAACCTCTTTAC--AGGCCTCAA-TACCCT-CATCATGTGGAATGTTGGT-G-TAGAGTGACGTCACATCCAT-AGTCACAAGGAG-G-----GTATGGTCTGC-CAGGCCCGA---AGTGGAGGT-TTT--ATTGAGGT-------A---ATCA----GTCGTATC----C---------TTCAAGTAGATGTATGACGGTAA-----tgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngctctttagtggtgctgtggtatccaaaaactattcctggatgttgcaaaatatcccagtaaacttgatcggaatgttggaaagtttgcaccatcttaataaactcgattgaggctttcacgaccatcaaccccacttacatctcgatgtcatcatggcaaacgtagcaaccatgagagtttacactagtgagtgatgaggagtctgacgactccattcttcccataaatagattggcataggaagcgttccttagtgtcccatagcagtgccactggtttgcaggtttgttcaccgtcaaacatggaagttatacacttagagacatgttcaagaagccgaatgagtgacttagttgagggacgttgactgcccctttgattccaaacctctttacaggcctcaataccctcatcatgtggaatgttggtgtagagtgacgtcacatccatagtcacaaggagggtatggtctgccaggcccgaagtggaggttttattgaggtaatcagtcgtatccttcaagtagatgtatgacggtaaa
gi|5 : acctttaggcacacctttggaagtatggagtggatgacagctggatggcataaggtacaaatgagaatctgtgggtttagtgtgaagattaaactcgatttctccgtccttaagtgttgttgtggtatcctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATACAT-GGTCGCGAGAAT-G-----GTAT-GTC---------CTGA---GAAGTAGACATTT--GTTTAAGT-------ACTTGT-A----G-----TC----CGTGTTGTTTTTCA--------------GATAA-------CATGTACATGTGGAAGAAAATTTAAAGTGATGAATTC-TG--ATACATGTAT-TTTCTCCATGG-AT----------------TGACACCTAC----T-ACGAGATGAC--CTGACATTCCTTC--------T------------T---GGGCAGTGGATGAAATTGTCCAGG--TCAAACGTTAGTTGA-----ACAA-AGTGTCCCGAATGCGCTATCAACTACATGTATTTCGCTGATACCATAC-A-CTG-TATAAAGC--------GTCTT---GG-TGAGCA--C----TCACTGGAGTCGGATTCAAGTTTTG-GAAAAACTGCTCATCTGAAAGTTGT--CTATGGGCT---TCTGTGAAGGATGC-----C-T-CTT----------------TGCTATAGACCTTTCTGTTTATCTTT---ACAATGATTTGACATTCCGG--TTTTAGGACCTGTAAGACGGATCT-C-TCTTCTATACTT----ATCGCT----AACCTTTTCTGACTTCTGTa
gi|6 : actTTTCAAAGTATGAGGTG-AT-ACAACTGG---ATAACACAAGA-ACAA------TGCAGA--AC--CAGGTG-GACC---TAGTGTGAA-ATTT-AATC-----CA-GTTTCTCG-CGTTCCTAAAA----G--GC--------T-----GTGG-T----------------TCTCAGAG-GT----TG--AAA---TT-T--C--CA-GTGAAC-TT---GACTTGAT-GGAA----TTGT-G-GAAAG-----AGT--------A--A----TCAC-T--AGAAAGTTA-G-C-GAGTC---TTT--CACG--ATCGTC--AATCC-TCTT-CATTAGAA-TGTC--GT----------------ATG--AAACTTAACCAACTAAGAG-GTTTAttccacggcatcaatacaagactcttaaggctctagttttacctggtgttgttcccaggcattcctaggtcgaaaaagctatggtttttctaagt
gi|7 : gagatctgagcatgttttcgcacacatcattaataaatgtatgggttatccaaatctagtcttgtatcatgctcattcagtgttggtaaactgatttgatccgttgaggttttcttttggtgctggacgagggttgtcgggtttgtcggtccgtcgtgacatctcatgaaatgtccttgaaaggatcttctcctgtttgtctcaaataatgtttgagatttgtcttcggctctgagagattgtccttgcgctgaaaagtatgggaagttatagcaagaatgcagtgatagggccatccaaatcccggcaat-TATTCAAC---TATGT-TTTTAG-G-AT----TA--AAA---TT-TTTC-ATA-GTAAAC-AT---GA-----T-AGAA----TGATTG-ACA-G-----AGCA----TGCA--AATGTTC-C-G--ACATTGTT--TAC-AAATC---TAT--C--G--ACC-----------ACT-----CTCAA-AATTCAAT-------------CA-ATG--AAATGAAGACA---------GCTTAAC---AGGCTA-TA--TAT-ATAC--AT-GTA-T--ATA-TTCCAGTTTGCCC--CAAAATATTTAAAACATACACTG-GTGCCATTCTGGT-TCTCATAGCTGT--C-AATAATCTGCGGGTACTGTTCACCA-TTA-CACATG-AAaatggtgaataaagtaggag
gi|7 : aGTTACGTT-ATAGGTCACGACGAG-GACACGGTGTTG-CAGGCTTGATCAGAGAGAGAGAGAGT-TTTTTATTGAGCA-------A---GTCA----G-----TCGTGTC---------TTTAA------ATATGAAGGTCA-----ATCTTCTACATTCCGACAAAGATGTAAACAAATAAATTG-AG--A-----G-AT-GTTTTCCGTAAGATATCTA----------AGGGCACTGACATGAT-GAGGGGC--C--CCGGTATTCCTagagctgaatgtaaaggaaccactgtactacccaaatttccccgtgtgtgtcgatacccaagctattcgttacgttataggtcacgacgaggacacggtgttgcaggcttgatcagagagagagagagttttttattgagcaagtcagtcgtgtctttaaatatgaaggtcaatcttctacattccgacaaagatgtaaacaaataaattgagagatgttttccgtaagatatctaagggcactgacatgatgaggggccccggtattcct
gi|8 : atattcaactatgtttttaggattaaaatttttcatagtaaacatgatagaatgattgacagagcatgcaaatgttccgacattgtttacaaatctatcgaccactctcaaaattcaatcaatgaaatgaagacagcttaacaggctatatatatacatgtatatattccagtttgccccaaaatatttaaaacatacactggtgccattctggttctcatagctgtcaataatctgcgggtactgttcaccattacacatgaaagagctgaatgtaaaggaaccactgtactacccaaatttccccgtgtgtgtcgatacccaagctattc-TATTCAAC---TATGT-TTTAGGA---T----TA--AAA---TT-TT-C-ATA-GTAAAC-AT---GA-----T-AGAA----TGATTG-ACA-G-----AGCA----TGCA--AATGTTC-C-G--ACATTGTT--TAC-AAATC---TAT--C--G--ACC-----------ACT-----CTCAA-AATTCAAT-------------CA-ATG--AAATGAAGACA---------GCTTAAC---AGGCTA-TA--TAT-ATAC--AT-GTA-T--ATA-TTCCAGTTTGCCC--CAAAATATTTAAAACATACACTG-GTGCCATTCTGGT-TCTCATAGCTGT--C-AATAATCTGCGGGTACTGTTCACCA-TTA-CACATG-AA
gi|8 : aaGTTACGTT-ATAGGTCACGACGAG-GACAC-GTGTTG-CAGGCTTGATCAGAGAGAGAGAGAGT-TTTTTATTGAGCA-------A---GTCA----G-----TCGTGTC---------TTTAA------ATATGAAGGTCA------TCTTCTACATTCCGACAAAGATGTAAACAAATAAATTG-AG--A-----G-AT-GTTTTCCGTAAGATATCTA----------AGGGCACTGACA---TGATGAGG-GGC--CCGGTATTCCagagctgaatgtaaaggaaccactgtactacccaaatttccccgtgtgtgtcgatacccaagctattcgttacgttataggtcacgacgaggacacgtgttgcaggcttgatcagagagagagagagttttttattgagcaagtcagtcgtgtctttaaatatgaaggtcatcttctacattccgacaaagatgtaaacaaataaattgagagatgttttccgtaagatatctaagggcactgacatgatgaggggcccggtattcc
gi|9 : aatattcaactatgttttaggattaaaattttcatagtaaacatgatagaatgattgacagagcatgcaaatgttccgacattgtttacaaatctatcgaccactctcaaaattcaatcaatgaaatgaagacagcttaacaggctatatatatacatgtatatattccagtttgccccaaaatatttaaaacatacactggtgccattctggttctcatagctgtcaataatctgcgggtactgttcaccattacacatgaaagagctgaatgtaaaggaaccactgtactacccaaatttccccgtgtgtgtcgatacccaagctattcGTT-TTACTCTTGGTG--AAG--TGTCGA--CATAG--GA-CAAATGCAGCTGA-TTCTTTTGGCTAAATCTTTTGGCATACCTTTGAATGTGTGGGGTGGATGACATTTTGTAAGTAGCA---AGTATAAA-----TG-AGA--AT--C-AGTG-GGCT---TATTGCTAA-ATCGGAACT-----CT-ATCTGG----GTT--TCAGTTATCGTGGC--------T-----GTGG-TATACAAGAG-T--GT-TT-------------------A---TT-T--CCACT-GTGAAT-TT---GA-----C-AGAG----TGGT-G-GAATG-----GGTTGGCATGCA--G----TCAC-G--ATA---TCA-T-T-TAGGCAA-TCT--C--T--GCTATATGGATGA-ACTT-TTTGTCAAATTTC--AT-------------CG-ATG--AAACGCAATAAGCTTAGAG-GCCTACA---CGGCAA-T---TGC-ATGA--GC-GTATT--TTG-TTTCAGTTTTACCATGAATAGTTT---GGCATATGAGG-ATTTCATATTGGT-TGCCGCAAGTTCGAA-AGTA-----CATGTAGCAATCACCA-CTG-AACATG-AAATTGT-------TG--------A-AGTTTAG--CATATT----------CCA--------GGAG-ATGGG--TGAGCGAATCT-GTGCAATGGACA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): TTTTCAATGTCTGCTCAACTGCTTCGGATGTAAGACTCGAGGGCTGCACATCTTCCTGATGGAGGTTCCCATTTGCTCTTAGTTCGGTAGAGTTTGTGATTTTTAGGTCATCAAGTTTGGCCTCCTCGTAGTTGCCATCGTCCTCGTCTTTTCTGGAAAAATGTTCCTC
Unaligned ( gi|25 ): GGAAAGTTCAATCGGAATGACTACATCTCGCGTCATCCGATAAAACATACAAATTCATGTTCGATTTCTGGAGTGGAGGAGTATGTAAACTTTGTCGTAGAAACGA
Unaligned ( gi|31 ): GGATTTTCCAGTAATAAGTAGTAGTGCCGCAGGTGCGGCGGATGCTGGTGGCCAAAGCCCAAGG