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lowQualScore                  :            1         44 5  5   4   7 666 2 11 11 6  2  2        999   4  4444  4   22      6666   4 7      4   4 4  2 11    2       2 4 2 8 9   2 2  9   66666 444444  4   2 11    2 2   7777777777   11 11    4   888    2 2   111 99 9     3333        1  5555  1 444  9 9999  9 888    999   9  2222222 000 1111  44444444444     88888888888888  55555 0     555   4       4 4   4      99      55555   4 9     4  11    0 33333  11111           9    4 4  9  111 0         4444      4    4     99 99 0      99            44      7   99    7  7 444444 0   7   22 5    77777777 7   7   7  99  66   88  7   88888888       0       0     8                0000    7     7   99    7   7  333     55       2222  88     0 8     8     0  0         2      0                3    
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Reference ( gi|3 )            :     AATACAA-TACAATGAG--A-AG-TTT-TGT-AC--A-G--C--GTCC-TA-TTTTAAAAAAATCT-AA----CT-CTA--AAGCGCTTTTAAC-A-TAAAAC-CAG-T-AT-A--AAAC-AAACATT-G-A-T-A-TAA-T-GATCGA-----T------GC-AAT-G--CGCA-T-ACG----------TAT--A--TGAA-CAT-A-AATT-A-AGA---CC-T-ATGTT---AAATAAAAG-TA----CA-G---CT-T----AA-A---TATC---AAT-AT-------A---A----AA---T--A----TTTAG-----G----C-T-GA-----A-AGGCTT--GTC-TAAAAAG-G-TGT-GTTTTC--AAGCCT-----TTT-TTGAAAA-TG--TCAA-T---TCAC-----CTGGCTACGCG-CAGA-T-GT-AC-A-G-CAGCGAATT----CCAAAG-CGAG-GCTGC--A--A-CCTTGT--CGAACCGACGTT-CTCCATA-TGT--TTTT-GT-A------CGGGT-CGA--TGGTAC--------T-GAA-GAA-GA--GA--TGC-TGA-TTC------AGAGCGCAA-GGATCTC-GCAGGTTTGTACGGCTTGATAA--G-CTCC-TTGAG-ATA--TACA-GGT-GC-C-AAGTT--TTTAGCGCCT-TGA-AGACG-TACAATAAAAGTT-TG-TATTGGCTTCTGAACC-CCACTGGAAGCCAGTG-TAGG
gi|2                          :     AATACAAATACAATGAG--A-AG-TTT-TGT-ACT-A-G--C--GCCC-TA-TTTTAAAA---TCT-AAA---CT-CTA--AAGCGCTTT-AAC-ACTAAAACGCAG-T-AT-ATAAAAC-GGA-ACT-G-AAT-AATAA-T-GAT-GA-----T------GC-AAT-G--CGCA-T-ACG----------TAT--A--TGAA-CAG-A-AATT-A-AGA---CG-T-ATGTTG--AAATAAAAT-TA----CA-G---CT-T----AATG---TATC---AAT-AT-------A---A----AAAAAG--A----TTTAG-----G----C-TTGA-----A-AGGCT---GTC-TAAAAAG-GGTGT-GTTGTCCAAAGCCTGTTTTTTT-TTGAAAA-TG--TCAAAT---TGAC-----CTGGCTACGCG-CAGA-T-GTTAC-T-G-CAGCGAATTAAACCCAAAG-CCGA-GC-GC--A--A-CGTTGT--CGAACGGACGTGACTCCATACTGT--TTTTTGT-A------CGGGTTCGA--TGGTAT--------T-GAAAGAA-G---TA--TGC-TGA-TCC------GAGGCGCAA-GGATCTC-GCAGTTATGTATGCCTTGATAA--G-CTCCATTGAG-ATA--ATCATGGT-GC-CAAAGTTTGTTTAGCG-AT-TGA-A-ACGCTACAATAAAA--T-TG-TATTGGTTCTTGAACCTCCACTGGAA
gi|1                          :     AGTACAA-TACAATGAG--A--G-TTT-TGTTAT--A-GGAC--GCCC-TA-ATTTTAAAAAATCTGAA----CT-CTA--AAGCGCTTT-AAC-A-TTAAAC-CAG-TCAT-A--AAACCAAACATT-G-A-T-A--GA-T-GAT-GACTATGT------GC-AAT-G--CGCA-T-ACG----------TATTTA--TGAA-CAT-C-AATTCA-AGA---CCGTGATGTTTCGACATAAAAG-TA----CA-GGGCCTGT----AA-A---TATC---AAT-ATTAA----A---A----AA---T--AACTCTCTAGATA--G----T-T-GA-----A-AGGCTA--GTCCTGAAAAG-A-TGT-GTTTTC--AAGTCT-----TTTATAGAAAA-TG--TCAA-T---TTGC-----CT-GCT-CGCGCCAGACT-GTCAC-T-G-CAGCGAATT----CCAAAGACGAG-GCTGCAAA--A-CCTTGT--CGAACCGACGTT--TCCATA-TGT--TTTT-GT-A------TGCGT-CGA--T-GTACATGTTACTT-GAA-GAA-GA--GGATTGCTTGA-TTCCTTCGAACGGCGCAG-GAATCTCTGCAGGTTTGTACGGTTTGATAATTC-TTCC-TTGAGAATATTTACA-GGT-G--C-AAGTT--GGTAGCGCCTGTGACAGACG-GACAATAAAAGTTCTGCTATTGGCGT-TGAACCTCCA-TGGAAGCCAGTGTTAGGagcgc
gi|12                         :     AATACAA-TACAATGAG--A-AG-TTT-TGT-AT--A-G--C--GCCC-TA-TTTCAAAAA--TCT-AA----CT-TCA--AAGCGCTT--AAC-A-TAAAAC-CAG-T-AT-A--AAAC-AGACATT-G-A-TAA-TAA-T-GA-CGA-----T------GC-ACT-G--TGCA-T-ACG----------TAT--A--TGAA-CAT-T-A--T-A-AGA---CC-T-ATGTT---TAATAAAAG-TA----CA-G---CT-T----AA-A---TATA---AAT-AT-------A---A----AA---t
gi|10                         :    cAATACAA-TACAATGAG--A-AA-TTT-TGT-AT--A-G--C--GCCC-TA-TTTTAAAAA--TCT-AA----CT-CTA--AAGCGCTT--AAC-A-TAAAAC-CAG-T-AT-A--AAAC-AAACATT-G-A-TAA-TAA-T-GA-CGA-----T------GC-AAT-G--CGCA-T-ACT----------TAT--A--TGAA-CAT-A-AA-T-A-AGA---CC-T-CTGTT---GAATAAAAG-TACATGCA-G---CT-TTC--AA-AGTGTACCA--AATAAT-------A---A----AA---T--aaagatt
gi|16                         :   acAATACAA-TACAATAAG--A-AG-TTT-TGT-AT--A-G--C--ACCC-TA-TTTTAAAA--ATCT-AA----CT-CTA--AAGCGCTTATTAC-A-TAAAAT-CAG-T-AA-A--AAAC-AAACATT-T-A-TAA-TAA-T-GA-CTA-----T------GC-AAT-G--CGCA-T-ACG----------TAT--A--TGTA-CAT-A-AATT-A-AGA---tatggaaaaatatcgagttcaaaa
gi|11                         :     AATACAG-TACAATAAG--A-AG-TNN-NNN-NN--N-N--N--NNNN-NN-NNNNNNNNNNNNNN-NN----NN-NNN--NNNNNNNNNNNNN-N-N----C-CAG-T-AT-A--AAAC-AAACATT-G-A-TAA-TGA-T-GA-CGA-----T------GC-AAT-G--CGCA-T-ACG----------TAT--A--TGAA-CAT-A-AATT-A-AGA---CC-T-ATGTC---GAATAAAAG-AA----CA-G---CT-T----TA-A---TATC---AAT-AT-------A---A----AA---
gi|18                         :    cAATACAA-TACAATGAG--A-AG-TTT-TGT-AT--A-G--C--GCCC-TA-TTTT--AAAAATCT-AAAGTTCT-CTA--AAGCAC--TTAAC-A-TAAAAC-CAG-T-aagaaaat
gi|31                         : atacAATACAA-TACAGTGAG--A-AG-TTT-TGT-AT--A-G--C--GCCC-TA-TTTTAAtgttttgaattcaagatggtactcccgggaataata
gi|8                          :      cTACAA-TACAATGAG--A-AG-TTT-TGT-AT--A-G--C--GCCC-TA-TTTT--AAAAATCT-AA----CT-CTA--AAGCGCT-----------------------T-A--AAAC-AAACATT-G-A-TAA-TAA-T-GA-CGA-----T------GC-AAT-G--CGCA-T-ACG----------TAT--A--TGAA-C-T-A-AATT-A-AGA---CC-T-ATGTT----GATAAAAG-TA----CA-G---CT-T----AA-A---TATC----AT-ATAAAAAAAA---A----AA---G--A----TTTAG-----G----CTT-GA-----A-AGGCTT--GTC-TAAAAAG-G-TGT-G-TTTC--AAGCCT-----TTT-TGGAAAA-TG--TCAA-T---TGAC-----CTGGCTACGCG-CAGC-T-GT-ACTG-G-CAGCGAA
gi|4                          :      atACAA-TACAATGAG--A-AG-TTT-TGT-AT--A-G--C--ACCC-TA-TTTCAAAAA--TCT-AA----CT-TCA--AAGCGCTT--AAC-A-TAAAAC-CAG-T-AT-A--AAAC-AGACATT-G-A-T-AATAA-T-GA-CGA-----T------GC-ACT-G--TGCA-T-ACG----------TAT--A--TGAA-CAT-T-A--T-A-AGA---C--T-ATGTT---TAATAAAAG-TA----CAAG---CT-T----AA-A---TATA---AAT-AT-------A---A----AAAAAG--A----TTTAG-----G----C-TTGA-----A-AGGCTT--GTC-TAAAAAG-G-TGT---TTTC--AAGCCT-----TTT-TTGAAAA-TG--TCAA-T---TGAC-----CTGGCTTCGCG-CAGA-T-GT-ACTG-G-CAGCGAATT----CCAAAG-CGAG-GCTAA--A--A-CCTTGT--CGAACCGACGTT-CTCCATA-TAT--TTTT-GTTA------CAGGT-CGA--TGGTAC--------TTGAA-GAA-GA--GA--TGC-TGA-ATC------CGAGCGCAA-GGATCTC-GCAGGTTTGTACGGCTTTATAA--G-CT-C-TTGAG-ATA--TACA-GGT-GC-G-AAGTTG-TTTAGCGCCT-TGA-AGACG-TACAATAAAAGTT-TG-TACTGGCTTCTGAACT-CCACTGGAAGCCAGTG-TAGGgattgc
gi|13                         :        ACAA-TACAATGAGGAA-AG-TTT-TGT-AATGA-G--C--GCCC-TAATTTTAAAA--ATCT-AA----CT-CTA--AAGCGC-TTTAAC-A-TAAAAC-CAGTT-ATAA--AAAC-AAAC-TT-GAA-T-A-TGA-T-GA-CTA-----T------GC-AAT-G---GCATT-ACG----------TAT--A--ATAA-CATGA-AATT-A-A
gi|9                          :        aCAA-TGCAATGAG--A-AG-TTT-TGT-AT--A-G--C--GCCC-TA-TTTTAAAAA--TCT-AA----CT-CTA--AAGCGCTT--AAC-A-TAAAAC-CAG-T-AT-A--AAAC-AAACATT-G-A-T-AATGA-T-GA-CTA-----T------GC-AAT-G--CGCA-T-ACG----------TAT--ATATGAA-CAT-A-AATT-A-AGA---CC-T-ATGTT---GAATAAAAG-TA----CA-G---CT-T----AA-A---TATC---AAT-ATAA-----A---A----AA---TAAA----TTTAGT----G----T-T-GAAAGCTA-AGGCTA--GTC-TAAAAAG-A-TGT-GTTTatgaacggagagattgtaagaccatgttaata
gi|7                          :           g-TACAAATAA--A-AG-TTTGTGT--T--A-G--TCGGGCC-TA-TTTTAAAA--ATCT-AA----CCATTA--AAGCGC--TTAACAA-TAAAGC-AGA-T-AT-A--AAAC-AAAC-TT-G-A-T-A-TAA-T-GA-CGA-----T-------C-AATGG--CGAT-T-ACG----------TAT--A--TTAA-CAT---AATT-A-AGA---AC-T-CTGTT---GAAT-ACAG-TA----CA-G---CT-TA---AA-A---TACT---AA--AT-------A---A----AA---
gi|6                          :              ACAATGAA--ATAGATTT-TGTCAT--A-G--C--AGCTATG-TTCTAAGAGA---T-AT----CT-CTA--AAGCGCTT--AAC-A-TA---C-C--------------C-AAACATTAG-A-T-A--GA-C-AATTGA-----TTAGTTGGC-TAT-GACCGCA-TCACG----------TAT--A--TGAAACAT-TTCATT-ATAGA---C--T-ATTAT---GAATAAAAGGTA----CA-G---CT-T----AA-AA--TATCCCAGAT-AT-------A---ATCACAA---T--AAG--TTTGGTTAGTGTTACC-C-AA-----A-AGGCTTTAGTC-TGAAAAG-A-TGG-TTTTTC--AACCTC-----CTT-CCTAGAA-TT--ACAA-TGAGTCATGAGCGCTGGCTACGCGGCAGA-TTGT-ACTG-G-CAGCGAATT----CCAAAG-CGAGCGCTGC--AACA-CTTTGA--TGAACCGACGTT-CTCTATG-AGTTATTTT-GT-AATGCGGCGGTC-CGAACTGGTAC--------T-GAA-GAATGAGCGA--GGC-GGAGTTC------A-AGCaaaaaactacaattcattcaaatcttgcgtaatcctagcggataagcagcaaaatgaagatttaggcttgaagaggcttgtccaaaaaacgtgtgtttccaaagcctttttgaaaagtgtcaa
gi|17                         :           attcCAATGAG--A-AG-TTT-TGT-AT--G-G--C--GCCC-TA-TTTTAAAAAT-TCT-AA----CT-CTA--AAGCGCTT--AAC-A-TAAAAC-CAG-T-AT-T--TAAC-AAACATT-G-A-TAA-TGA-A-GA-CTA-----T------GC-AAT-G--CGCA-T-ACG----------TAT--A--TGAA-CAT-A-AATT-A-AGA---Cccgtagcattatggttctcggccggagtttgggcg
gi|5                          :                    AG--A-AG-TTG-TGT-AT--AAG--C--G-CC-TA-TTTTAAAAAAATCT-AA----CT-CTAATAGGCGC-TTAAAC-A-TAAAAC-CAG-T-GT-A--AAAC-AAACATT-T-A-T-A-AAA-TGGACGGA-----T------GCAAAT-G--CGCA-T-ACATGTACGCTACTAT--A--TGTA-CAC-A-AATT-A-AGAAACCT-T-ATGTT---AAATAAAAG-AA----CA-G---CT-T----AA-AAT-TAT----AAT-AT-------A---A----AA---
gi|14                         :                         aatatTT-TGT-AT--A-G--C--GCCC-TT-TTTTTAAAAA-TCT-AT----AT-CTA--A-GCGCTT--AAC-GGTAAAAC-CAG-T-AT-A--AA-C-AAACATT-GCA-T-A-AAAAT-GA-CG------T------GC-GTG-G--CGCA-T-AC-----------TAG--A--TGAAACAT-A-A--T-A-AGA---CC-C-ATGTT---GAATAAACA-TA----CA-G---CT-T----AA-A---TATC---AAT-AT-------ACAGA----AA---T--gaaaaactaccattacttccaaatcttacgtatcctagcggtaagcttcaatgatgatttaaagcttgaaatgctttgtctaaaagggtgtcgttttcaagccttttgggaaaatgggtcaatctgcctggcacgcgcagatgtaagcagcgaattccaaagcgaggctgcaagccttgttacgggtcgatggtacttgaagaagagattgcgattccgagcgcaacggatctcagcaggttgtacggcttgtaagctccttgagatatacaggtgccaagt
gi|19                         :                                       --A-G--C--GCCC-TA-TTTTAAAAA--TCT-AA----CT-CTA--AAGCGCTT--AAC-A-TAAAAC-CAG-T-AT-A--AAAC-AAACATT-G-A-TAA-TAA-T-GA-CGA-----T------GC-AAT-G--CACA-T-ACG----------TAT--A--TAAA-CAT-A-AATT-A-AGA---CC-T-ATGT
gi|21                         :                                                                                                                    T-A--TAAC-AAATATT-G-A-T-AATAA-T-GA-CGA-----T------GC-AAT-G--CGCA-T-ACA----------TAT--A--TGAA-CAT-A-AATT-A-AGA---CC-T-ATGTT---GAATAAAAG-TA----CA-G---CT-TTTAAAA-A---TATC---AAT-AT-------A---A----AA---
gi|27                         :                                                                                                                    T-A--AAAC-AAACATT-T-A-TAA-TAA-T-GA-CTA-----T------GCGAAT-G---GC--T-ACG----------AAT--A--TGTA--AT-A-AATT-A-AGA---aagattta
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                          -T----AA-G---CAGC---AAA-AT-------G---A----AG------A----TTTAG-----G----C-TTGA-----AGAGGCTT--GTC-CAAAAAACG-TGT-GTTTCC--AAAGCC-----TTT-TTGAAAAGTG--TCAA-
gi|5                          :                                                                                                  tacaaataaaagtttgtgttagtcgggcctattttaaaaatctaaccattaaagcgcttaacaataaagcagatataaaacaaacttgatataatgacgatcaatggcgattacgtatattaacataattaagaactctgttgaatacagtacagcttaaaatactaaataaaaaaaaaactacaattcattcaaatcttgcgtaatcctagcgga--A----TTTAAA----G----C-TTGA-----A-ATGCTTT-GTC-TAAAAGG-G-TGTCGTTTTC--AAGCCT-----TTT-GGGAAAA-TGGGTCAA-T---CTGC-----CTGGC-ACGCG-CAGA-T-GT-A--A-G-CAGCGAATT----CCAAAG-CGAG-GCTGC--A--AGCCTTGTTACGGGTCGATG---------------------GT-A------C---------------T--------T-GAA-GAA-GA--GAT-TGC--GA-TTC------CGAGCGCAACGGATCTCAGCAGG-TTGTACGGCTTG-TAA--G-CTCC-TTGAG-ATA--TACA-GGT-GC-C-AAGT
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gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TT-TT--AAA-TG--TCAA-T---TGAC-----CTGGCTACGCG-CAGA-T-GT-AC-A-GGCAGCGAATT----CCAAAG-CGAG-GCTGC--A--A-CCTTGT--CGAAC
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gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      -G-CAGCGAATT----CCAAAG-CGAG-GATGC--A--A-ACTTGT--AGAACCGACGTT-CTCCGTA-TGT--TTTT-GT-A------Ctc
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Unaligned ( gi|25 ): TGTCTACATACATGTATAACAAGAAATGTTTAATAACAAAGAAATGACTTGTCACTGATTGCAAGATTAC
Unaligned ( gi|29 ): ACAACATTGCACCATTGTAAGATCAGTGTTGAAGATGAAAAACAATTGTTTTAGTTG
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gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      --------T-G-AAGAA-GA--TA--TGC-TAATTC---CGA---GCGCAA-GGATCTC-GCAGGTTTGTACGGCTTGATAA--G-CTCC-TTGAG-ATA--TACA-GGT-GC-C-AAGTTG-TTTAGCGCTC-TGA-AGACG-TACAATAAAAGTT-TG-TATTGGCTTCTGAAC-TCCACTGGAAGCCAGTT-TAGG
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                               ctAATACAA-TACAATAAG--A-AG-TTT-TGT-A-T-A-G--C--ACCCTA-TTTTAAAAA--TCT-AA----CT-CTAA--AGCGCTTAT-TACA-TA---AAAT-CAG-T-AA-A--AAA-CAAACA-TTT-A-T-A-ATAAT-GA-C-TA--TGC-AAT-GCGCA-T-ACG----------TA--TA--TGTA-CAT-A-AATT-A-AGA---tg
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                           CAATGAG--A-AG-TTT-TGT-A-T-G-G--C--GCCCTA-TTTTAAAAAT-TCT-AA----CT-CTAA--AGCGCTT---AACA-TA---AAAC-CAG-T-AT-T--TAA-CAAACA-TTG-A-T-A-ATGAA-GA-C-TA--TGC-AAT-GCGCA-T-ACG----------TA--TA--TGAA-CAT-A-AATT-A-AGA---C
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                 AATACAA-TACAATGAG--A-AG-TTT-TGT-A-T-A-G--C--GCCCTA-TTTT--AAAAATCT-AAAGTTCT-CTAA--AGCAC-T-T-AACA-TA---AAAC-CAG-T-
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                atac-A-G--C--GCCCTA-TTTTAAAAA--TCT-AA----CT-CTAA--AGCGCTT---AACA-TA---AAAC-CAG-T-AT-A--AAA-CAAACA-TTG-A-T-A-ATAAT-GA-C-GA--TGC-AAT-GCACA-T-ACG----------TA--TA--TAAA-CAT-A-AATT-A-AGA---CC-T-ATGTtgttttgaattcaagatggtactcccgggaataata
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                 AATACAAATACAATGAG--A-AG-TTT-TGT-ACT-A-G--C--GCCCTA-TTTTAAAA---TCT-AAA---CT-CTAA--AGCGCTT-T-AACACTA---AAACGCAG-T-AT-ATAAAA-CGGA-A-CTG-AAT-A-ATAAT-GA-T-GA--TGC-AAT-GCGCA-T-ACG----------TA--TA--TGAA-CAG-A-AATT-A-AGA---CG-T-ATGTT--GAA-ATAAAAT-TA----CA-G---CT-T----AATG---TATC---AAT-ATAAA----A---A----AA---G--A----TTTAG-GC--T--TG-------A-----A-AGGC-T--GT-CTAAAAAGG-GTGT-GTTGTCCAAAGC--CTGTTTTTTT-TTGAA----AA-TG--TCAAATTGA-C-CTGGCTACGCG-CAGA-T-GTT-AC-TGCAGCGAATTAAACCCAAAGCCGAG---CGC--A--A-CGTTGT--CGAACGGACGTGACTCCATACTGTT--TTTTGT-A------CGGGTTCGA--TGGTAT--------T-GAAAGAA-G---TA--TGC-TGA-TC---CGAG--GCGCAA-GGATCTC-GCAGTTATGTATGCCTTGATAA--G-CTCCATTGAG-ATA--ATCATGGT-GC-CAAAGTTTGTTTAGCG-AT-TGA-A-ACGCTACAATAAAA--T-TG-TATTGGTTCTTGAACCTCCACTGGAA
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ATTGA-C-CTGGCTACGTG-CAGA-T-G-T-ACAGGCAGCGAATT----CCAAAG-CGAG-GCTGC--A--A-CCTTGT--CGAACCGACGTT-CTCCATA-TG-T--TTTTGT-A------CGGG-TCGA--TGGTAC--------T-T---GAA-GA--GA--TGagcgc
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  T-A--TAA-CAAATA-TTG-A-T-A-ATAAT-GA-C-GA--TGC-AAT-GCGCA-T-ACA----------TA--TA--TGAA-CAT-A-AATT-A-AGA---CC-T-ATGTT--G-A-ATAAAAG-TA----CA-G---CT-TTTAAAA-A---TATC---AAT-AT-------A---A----AA---tc
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              -CTAAAAA-G-GTGT-GTTTTC--AAGC--C-----TTTT-TTGAA----AA-TG--TC-AATGGA-T-CTGGTTACGCG-CAGA-T-G-T-ACAGGCAGCGAATT----CCAAAG-CGAG-GCaagattta
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TT-TT--A----AA-TG--TC-AATTGA-C-CTGGCTACGCG-CAGA-T-G-T-ACAGGCAGCGAATT----CCAAAG-CGAG-GCTGC--A--A-CCTTGT--CGAAC
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         A--TGCA-GGT-GCAT-AGATT--GTTAGTG--T-TG---GGCG-T----TA---GTT-TG-TATTGGCTTCTAGACT
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           c-GGCAGCGAATT----CCAAAG-CGAG-GATGC--A--A-ACTTGT--AGAACCGACGTT-CTCCGTA-TG-T--TTTTGT-A------Cacaccctaggccgca
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ctT-A--AAA-CAAACA-TTT-A-T-A-ATAAT-GA-C-TA--TGCGAAT-G-GC--T-ACG----------AA--TA--TGTA--AT-A-AATT-A-AGA---
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TTGATAA--GGCTCC-TTGAG-ATA--TA-A-GGTGGC-C-AAGTT--T
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                 AATACAA-TACAATGAG--A-AG-TTT-TGT-A-C-A-G--C--GTCCTA-TTTTAAAAAAATCT-AA----CT-CTAA--AGCGCTT-TTAACA-TA---AAAC-CAG-T-AT-A--AAA-CAAACA-TTG-A-T-A--TAAT-GATC-GA--TGC-AAT-GCGCA-T-ACG----------TA--TA--TGAA-CAT-A-AATT-A-AGA---CC-T-ATGTT--A-A-ATAAAAG-TA----CA-G---CT-T----AA-A---TATC---AAT-AT-------A---A----AA---T--A----TTTAG-GC--T---G-------A-----A-AGGCTT--GT-CTAAAAA-G-GTGT-GTTTTC--AAGC--C-----TTTT-TTGAA----AA-TG--TC-AATTCA-C-CTGGCTACGCG-CAGA-T-G-T-AC-AGCAGCGAATT----CCAAAG-CGAG-GCTGC--A--A-CCTTGT--CGAACCGACGTT-CTCCATA-TG-T--TTTTGT-A------CGGG-TCGA--TGGTAC--------T-G-AAGAA-GA--GA--TGC-TGATTC---AGA---GCGCAA-GGATCTC-GCAGGTTTGTACGGCTTGATAA--G-CTCC-TTGAG-ATA--TACA-GGT-GC-C-AAGTT--TTTAGCGCCT-TGA-AGACG-TACAATAAAAGTT-TG-TATTGGCTTCTGAAC-CCCACTGGAAGCCAGTG-TAGGgtttaagggtcgccgggtttgaa
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                 AATACAA-TACAGTGAG--A-AG-TTT-TGT-A-T-A-G--C--GCCCTA-TTTTAA
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                   cACAA-TACAATGAG--A-AG-TTT-TGT-A-T-A-G--C--ACCCTA-TTTCAAAAA--TCT-AA----CT-TCAA--AGCGCTT---AACA-TA---AAAC-CAG-T-AT-A--AAA-CAGACA-TTG-A-T-A-ATAAT-GA-C-GA--TGC-ACT-GTGCA-T-ACG----------TA--TA--TGAA-CAT-T-A--T-A-AGA---C--T-ATGTT--T-A-ATAAAAG-TA----CAAG---CT-T----AA-A---TATA---AAT-AT-------A---A----AAAAAG--A----TTTAG-GC--T--TG-------A-----A-AGGCTT--GT-CTAAAAA-G-GTGT---TTTC--AAGC--C-----TTTT-TTGAA----AA-TG--TC-AATTGA-C-CTGGCTTCGCG-CAGA-T-G-T-ACTGGCAGCGAATT----CCAAAG-CGAG-GCTAA--A--A-CCTTGT--CGAACCGACGTT-CTCCATA-TA-T--TTTTGTTA------CAGG-TCGA--TGGTAC--------TTG-AAGAA-GA--GA--TGC-TGAATC---CGA---GCGCAA-GGATCTC-GCAGGTTTGTACGGCTTTATAA--G-CT-C-TTGAG-ATA--TACA-GGT-GC-G-AAGTTG-TTTAGCGCCT-TGA-AGACG-TACAATAAAAGTT-TG-TACTGGCTTCTGAAC-TCCACTGGAAGCCAGTG-TAGG
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                AG--A-AG-TTG-TGT-A-T-AAG--C--GCC-TA-TTTTAAAAAAATCT-AA----CT-CTAATAGGCGCTT-A-AACA-TA---AAAC-CAG-T-GT-A--AAA-CAAACA-TTT-A-T-A-A-AATGGA-CGGA--TGCAAAT-GCGCA-T-ACATGTACGCTACTA--TA--TGTA-CAC-A-AATT-A-AGAAACCT-T-ATGTT--A-A-ATAAAAG-AA----CA-G---CT-T----AA-AAT-TAT----AAT-AT-------A---A----AA---
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          aatat--A----TTTAAAGC--T--TG-------A-----A-ATGCTTT-GT-CTAAAAG-G-GTGTCGTTTTC--AAGC--C-----TTTT-GGGAA----AA-TGGGTC-AATCTG-C-CTGGC-ACGCG-CAGA-T-G-T-A--AGCAGCGAATT----CCAAAG-CGAG-GCTGC--A--AGCCTTGTTACGGGTCGATG---------------------GT-A------C---------------T--------T-G-AAGAA-GA--GAT-TGC--GATTC---CGA---GCGCAACGGATCTCAGCAGG-TTGTACGGCTTG-TAA--G-CTCC-TTGAG-ATA--TACA-GGT-GC-C-AAGTgaaaaactaccattacttccaaatcttacgtatcctagcggtaagcttcaatgatgatttaaagcttgaaatgctttgtctaaaagggtgtcgttttcaagccttttgggaaaatgggtcaatctgcctggcacgcgcagatgtaagcagcgaattccaaagcgaggctgcaagccttgttacgggtcgatggtacttgaagaagagattgcgattccgagcgcaacggatctcagcaggttgtacggcttgtaagctccttgagatatacaggtgccaagt
gi|6                          : aatatagaagttgtgtataagcgcctattttaaaaaaatctaactctaataggcgcttaaacataaaaccagtgtaaaacaaacatttataaaatggacggatgcaaatgcgcatacatgtacgctactatatgtacacaaattaagaaaccttatgttaaataaaagaacagcttaaaattataatataaaagaaaaactaccattacttccaaatcttacgtatcctagcggtaagcttcaatgatgACAATGAA--ATAGATTT-TGTCA-T-A-G--CA-GCTATG-TTCTAAGAGA---T-AT----CT-CTAA--AGCGCTT---AACA-TACCCAAAC-------AT-T--AGA-TAGACAATTG-A-TTA-GT--T-GG-C-TA--TG---AC--CGCA-TCACG----------TA--TA--TGAAACAT-TTCATT-ATAGA---C--T-ATTAT--G-A-ATAAAAGGTA----CA-G---CT-T----AA-AA--TATCCCAGAT-AT-------A---ATCACAA---T--AAG--TTT-G-GT--TAGTGTTACCCAA-----A-AGGCTTTAGT-CTGAAAA-G-ATGG-TTTTTC--AACCTCC-----TTCC-TAGAATTACAA-TGAGTC-A--TGAGCGCTGGCTACGCGGCAGA-TTG-T-ACTGGCAGCGAATT----CCAAAG-CGAGCGCTGC--AACA-CTTTGA--TGAACCGACGTT-CTCTATG-AG-TTATTTTGT-AATGCGGCGGT-CCGAACTGGTAC--------T-G-AAGAATGAGCGA--GGC-GGAGTT---CAA---GC
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                    attc-TACAAATAA--A-AG-TTTGTGT---T-A-G--TCGGGCCTA-TTTTAAAAA--TCT-AA----CCATTAA--AGCGCTT---AACAATA---AAGC-AGA-T-AT-A--AAA-CAAAC--TTG-A-T---ATAAT-GA-C-GA--T-C-AATGGCGAT-T-ACG----------TA--TA--TTAA-CAT---AATT-A-AGA---AC-T-CTGTT--G-A-AT-ACAG-TA----CA-G---CT-TA---AA-A---TACT---AA--AT-------A---A----AA---ccgtagcattatggttctcggccggagtttgggcg
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Reference ( family-1343 )     :                                                                                                                                                                                                                                                 AATACAA-TACAATGAG--A-AG-TTT-TGT-A-T-A-G--C--GCCCTA-TTTTAAAAAA-TCT-AA----CT-CTAA--AGCGC-TT--A--A-C-A-TA---AAAC-CAG-T-AT-A--AAAC-AAACA-TTG-A-T-A-ATAAT-GA-C-GATG--C-AAT-GCGCA-T-ACG----------TAT--ATGAA-CAT-A-AATT-A-AGA---CC-T-ATGTT--G-A-ATAAAAG-TA----C-AG---CT-T----AA-A---TATC---AAT-AT-------A---A----AAT--A----TTTAG-GC--T--TG-------A-----A-AGGCTT--GTC-TAAAAA-G-GTGT-GTTTTC--AAGC--C-----TTTT-TTGAA----AA-TG--TC-AATTGA-C-CTGGCTACGCG-CAGA-T-G-T-AC-GGCAGCGAATT----CCAAAG-CGAG-GCTGC--A--A-CCTTGT--CGAACCGACGTT-CTCCATA-TG-T--TTTTG-TA------CGGG-TCGA--TGGTAC--------TG-AAGAA-GA--GA--TGC-TGATTC---CGA---GCGCAA-GGATCTC-GCAGGTTTGTACGGCTTGATAA--G-CTCC-TTGAG-ATA--TACA-GGT-GCC-AAGTT--TTTAGCGCCT-TGA-AGACG-TACAATAAAAGTT-TG-TATTGGCTTCTGAACCTCCACTGGAAGCCAGTG-TAGG
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gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                 AATACAA-TACAATGAG--A-AG-TTT-TGT-A-T-A-G--C--GCCCTA-TTTT-AAAAA-TCT-AAAGTTCT-CTAA--AGCAC-TT--A--A-C-A-TA---AAAC-CAG-T-
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gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                 AATACAAATACAATGAG--A-AG-TTT-TGT-ACT-A-G--C--GCCCTA-TTTTAAAA---TCT-AAA---CT-CTAA--AGCGC-TTT-A--A-C-ACTA---AAACGCAG-T-AT-ATAAAAC-GGA-A-CTG-AAT-A-ATAAT-GA-T-GATG--C-AAT-GCGCA-T-ACG----------TAT--ATGAA-CAG-A-AATT-A-AGA---CG-T-ATGTT--GAA-ATAAAAT-TA----C-AG---CT-T----AATG---TATC---AAT-ATAAA----A---A----AAG--A----TTTAG-GC--T--TG-------A-----A-AGGC-T--GTC-TAAAAAGG-GTGT-GTTGTCCAAAGC--CTGTTTTTTT-TTGAA----AA-TG--TCAAATTGA-C-CTGGCTACGCG-CAGA-T-GTT-AC-TGCAGCGAATTAAACCCAAAGCCGAG---CGC--A--A-CGTTGT--CGAACGGACGTGACTCCATACTGTT--TTTTG-TA------CGGGTTCGA--TGGTAT--------TGAAAGAA-G---TA--TGC-TGA-TC---CGAG--GCGCAA-GGATCTC-GCAGTTATGTATGCCTTGATAA--G-CTCCATTGAG-ATA--ATCATGGT-GCCAAAGTTTGTTTAGCG-AT-TGA-A-ACGCTACAATAAAA--T-TG-TATTGGTTCTTGAACCTCCACTGGAA
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ATTGA-C-CTGGCTACGTG-CAGA-T-G-T-ACAGGCAGCGAATT----CCAAAG-CGAG-GCTGC--A--A-CCTTGT--CGAACCGACGTT-CTCCATA-TG-T--TTTTG-TA------CGGG-TCGA--TGGTAC--------TT---GAA-GA--GA--TGagcgc
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      T-A--TAAC-AAATA-TTG-A-T-A-ATAAT-GA-C-GATG--C-AAT-GCGCA-T-ACA----------TAT--ATGAA-CAT-A-AATT-A-AGA---CC-T-ATGTT--G-A-ATAAAAG-TA----C-AG---CT-TTTAAAA-A---TATC---AAT-AT-------A---A----AAtc
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             C-TAAAAA-G-GTGT-GTTTTC--AAGC--C-----TTTT-TTGAA----AA-TG--TC-AATGGA-T-CTGGTTACGCG-CAGA-T-G-T-ACAGGCAGCGAATT----CCAAAG-CGAG-GCaagattta
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TT-TT--A----AA-TG--TC-AATTGA-C-CTGGCTACGCG-CAGA-T-G-T-ACAGGCAGCGAATT----CCAAAG-CGAG-GCTGC--A--A-CCTTGT--CGAAC
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           -GGCAGCGAATT----CCAAAG-CGAG-GATGC--A--A-ACTTGT--AGAACCGACGTT-CTCCGTA-TG-T--TTTTG-TA------C
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ctT-A--AAAC-AAACA-TTT-A-T-A-ATAAT-GA-C-TATG--CGAAT-G-GC--T-ACG----------AAT--ATGTA--AT-A-AATT-A-AGA---
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               TTGATAA--GGCTCC-TTGAG-ATA--TA-A-GGTGGCC-AAGTT--T
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                 AATACAA-TACAATGAG--A-AG-TTT-TGT-A-C-A-G--C--GTCCTA-TTTTAAAAAAATCT-AA----CT-CTAA--AGCGC-TTTTA--A-C-A-TA---AAAC-CAG-T-AT-A--AAAC-AAACA-TTG-A-T-A--TAAT-GATC-GATG--C-AAT-GCGCA-T-ACG----------TAT--ATGAA-CAT-A-AATT-A-AGA---CC-T-ATGTT--A-A-ATAAAAG-TA----C-AG---CT-T----AA-A---TATC---AAT-AT-------A---A----AAT--A----TTTAG-GC--T---G-------A-----A-AGGCTT--GTC-TAAAAA-G-GTGT-GTTTTC--AAGC--C-----TTTT-TTGAA----AA-TG--TC-AATTCA-C-CTGGCTACGCG-CAGA-T-G-T-AC-AGCAGCGAATT----CCAAAG-CGAG-GCTGC--A--A-CCTTGT--CGAACCGACGTT-CTCCATA-TG-T--TTTTG-TA------CGGG-TCGA--TGGTAC--------TG-AAGAA-GA--GA--TGC-TGATTC---AGA---GCGCAA-GGATCTC-GCAGGTTTGTACGGCTTGATAA--G-CTCC-TTGAG-ATA--TACA-GGT-GCC-AAGTT--TTTAGCGCCT-TGA-AGACG-TACAATAAAAGTT-TG-TATTGGCTTCTGAACC-CCACTGGAAGCCAGTG-TAGGgtttaagggtcgccgggtttgaa
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                 AATACAA-TACAGTGAG--A-AG-TTT-TGT-A-T-A-G--C--GCCCTA-TTTTAA
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                   cACAA-TACAATGAG--A-AG-TTT-TGT-A-T-A-G--C--ACCCTA-TTTCAAAA-A-TCT-AA----CT-TCAA--AGCGC-TT--A--A-C-A-TA---AAAC-CAG-T-AT-A--AAAC-AGACA-TTG-A-T-A-ATAAT-GA-C-GATG--C-ACT-GTGCA-T-ACG----------TAT--ATGAA-CAT-T-A--T-A-AGA----C-T-ATGTT--T-A-ATAAAAG-TA----CAAG---CT-T----AA-A---TATA---AAT-ATAAA----A---A----AAG--A----TTTAG-GC--T--TG-------A-----A-AGGCTT--GTC-TAAAAA-G---GT-GTTTTC--AAGC--C-----TTTT-TTGAA----AA-TG--TC-AATTGA-C-CTGGCTTCGCG-CAGA-T-G-T-ACTGGCAGCGAATT----CCAAAG-CGAG-GCTAA--A--A-CCTTGT--CGAACCGACGTT-CTCCATA-TA-T--TTTTGTTA------CAGG-TCGA--TGGTACT-------TG-AAGAA-GA--GA--TGC-TGAATC---CGA---GCGCAA-GGATCTC-GCAGGTTTGTACGGCTTTATAA--G-CT-C-TTGAG-ATA--TACA-GGT-GCG-AAGTTG-TTTAGCGCCT-TGA-AGACG-TACAATAAAAGTT-TG-TACTGGCTTCTGAA-CTCCACTGGAAGCCAGTG-TAGG
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                AG--A-AG-TTG-TGT-A-T-AAG--C--GCC-TA-TTTTAAAAAAATCT-AA----CT-CTAATAGGCGC-TT--A--AAC-A-TA---AAAC-CAG-T-GT-A--AAAC-AAACA-TTT-A-T-A-A-AATGGA-CGGATG--CAAAT-GCGCA-T-ACATGTACGCTACTAT--ATGTA-CAC-A-AATT-A-AGAAACCT-T-ATGTT--A-A-ATAAAAG-AA----C-AG---CT-T----AA-AAT-TAT----AAT-AT-------A---A----AA
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         aatat--A----TTTAAAGC--T--TG-------A-----A-ATGCTTT-GTC-TAAAAG-G-GTGTCGTTTTC--AAGC--C-----TTTT-GGGAA----AA-TGGGTC-AATCTG-C-CTGGC-ACGCG-CAGA-T-G-T-A--AGCAGCGAATT----CCAAAG-CGAG-GCTGC--A--AGCCTTGTTACGGGTCGATG---------------------G-TA------C---------------T--------TG-AAGAA-GA--GAT-TGC--GATTC---CGA---GCGCAACGGATCTCAGCAGG-TTGTACGGCTTG-TAA--G-CTCC-TTGAG-ATA--TACA-GGT-GCC-AAGTgaaaaactaccattacttccaaatcttacgtatcctagcggtaagcttcaatgatgatttaaagcttgaaatgctttgtctaaaagggtgtcgttttcaagccttttgggaaaatgggtcaatctgcctggcacgcgcagatgtaagcagcgaattccaaagcgaggctgcaagccttgttacgggtcgatggtacttgaagaagagattgcgattccgagcgcaacggatctcagcaggttgtacggcttgtaagctccttgagatatacaggtgccaagt
gi|6                          : aatatagaagttgtgtataagcgcctattttaaaaaaatctaactctaataggcgcttaaacataaaaccagtgtaaaacaaacatttataaaatggacggatgcaaatgcgcatacatgtacgctactatatgtacacaaattaagaaaccttatgttaaataaaagaacagcttaaaattataatataaaagaaaaactaccattacttccaaatcttacgtatcctagcggtaagcttcaatgatgACAATGAA--ATAGATTT-TGTCA-T-A-G--CA-GCTATG-TTCTAAGAGA-TAT-------CT-CTAA--AGCGC-TT--A--A-C-A-TACCCAAAC-------AT-T--AGAT-AGACAATTG-A-TTA-GT--T-GG-C-TATG-----AC--CGCA-TCACG----------TAT--ATGAAACAT-TTCATT-ATAGA---C--T-ATTAT--G-A-ATAAAAGGTA----C-AG---CT-T----AA-AA--TATCCCAGAT-AT-------A---ATCACAAT--AAG--TTT-G-GT--TAGTGTTACCCAA-----A-AGGCTTTAGTC-TGAAAA-G-ATGG-TTTTTC--AACCTCC-----TTCC-TAGAATTACAA-TGAGTC-A--TGAGCGCTGGCTACGCGGCAGA-TTG-T-ACTGGCAGCGAATT----CCAAAG-CGAGCGCTGC--AACA-CTTTGA--TGAACCGACGTT-CTCTATG-AG-TTATTTTG-TAATGCGGCGGT-CCGAACTGGTAC--------TG-AAGAATGAGCGA--GGC-GGAGTT---CAA---GC
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gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 -T----AA-G---CAGC---AAA-AT-------G---A----AG---A----TTTAG-GC--T--TG-------A-----AGAGGCTT--GTC-CAAAAA-ACGTGT-GTTTCC--AAAG--C-----CTTT-TTGAA----AAGTG--TC-AAaaaaaactacaattcattcaaatcttgcgtaatcctagcggataagcagcaaaatgaagatttaggcttgaagaggcttgtccaaaaaacgtgtgtttccaaagcctttttgaaaagtgtcaa
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