lowQualScore : 444444 11 1 1111 222 66666666666666666666666666666666666666666 3333333333333333333333333 11111111 44444444444444 2222 11111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 4444444444444444444 2 222222 2 11111111111 11 3333333333333333 666666666666666666666666 111 1111 55555555555555555555555555555555 2222222222 333 22 333333333333333333333333333333333333333333333333333333 44444444 111 3 11 55555555555 77777777777 3 1111 1
lowQualScore : 3 222222 3 77 7 2 5 2222 666 33 11111111111111111111111111111111111111111 33 2 33 33 777777 2 33 9999999999999999999999999 5 2 11111111 5555 2 11111111111111 444 33 2 5555 2 33 5 2 2 2 44444 2 888 33 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 4444444444444444444 3 4 77777 77 888888 3 3 3 0 3 000000 88 2 3 555 0 7 3 3 44 44 2 2 55555555555 2 88 7 33 66 2 6666666666666666 88 222222222222222222222222 555 333 5 0000 2 33 777 66666666666666666666666666666666 33 88 2 3 3 333 1111111111 77 333 4 4 44 3 777777777777777777777777777777777777777777777777777777 4 66 66 22222222 444 4 66 4 4 44 0 777 5 3 66 44 77 5 44444444444 1 77 11111111111 6 6 99 1 6 8888 5 3
lowQualScore : . ...... . .. . . . .... ... .. ......................................... .. . .. .. ...... . .. ......................... . . ........ .... . .............. ... .. . .... . .. . . . . ..... . ... .. ............................................................................ . ................... . . ..... .. ...... . . . . . ...... .. . . ... . . . . .. .. . . ........... . .. . .. .. . ................ .. ........................ ... ... . .... . .. ... ................................ .. .. . . . ... .......... .. ... . . .. . ...................................................... . .. .. ........ ... . .. . . .. . ... . . .. .. .. . ........... . .. ........... . . .. . . .... . .
lowQualScore : 1 555555 1 55 3 7 3 2222 222 44 88888888888888888888888888888888888888888 44 7 77 77 777777 7 77 1111111111111111111111111 7 9 00000000 7777 7 77777777777777 777 77 7 3333 9 99 7 9 9 9 33333 9 999 99 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 9 9999999999999999999 1 9 77777 33 888888 1 1 1 5 1 777777 33 1 1 444 6 8 1 1 22 22 9 7 33333333333 7 11 3 77 33 7 6666666666666666 88 111111111111111111111111 000 888 7 0000 9 99 111 22222222222222222222222222222222 99 88 9 1 1 555 7777777777 22 000 0 0 11 7 888888888888888888888888888888888888888888888888888888 4 11 88 99999999 333 4 11 4 9 66 4 222 0 8 99 44 99 7 99999999999 7 99 11111111111 7 7 22 8 7 7777 5 2
consensus : TATTTGATT-T---T-TA-TTCGGAAATTT-TGGCA-CA----TAT--ACA--TTA---A--ATTA-G-C-ACT--A-TACAT-G----AA-CA--TAAA--ACAG-AT--G--A------CAA-A--TTGGACA-NT-GAAA--------T--GAA-ATA-AA-TA-A-ACA----TAT-A--AG----T--G--C---A--TA-TTAAAATT-G--C-A-C-GA-C-----TA-GATT--NT--TAC-AT--ATATA-G-ATT-AA-ATG-TAAT-T--GGTG---ANTT---------TA-AA-----N---------A--ATGATG-ATA---------AT--------TA-CATTA-TA-----AA--AAGTTG------TAA-TAC-AT-CGG-TAT----GAAAAGATCATAA-T---ATTT-GTTG-A-C--AA--T-CA-G-----------AA-GAG--TTAC--AATTTT--AA-T-TATA-----------AAAAG-AATTG-A-AT---------C---TT-TAAAAA---T--GG-T----G-CA--CTAAA--TTCCTAGGAT------AT-AAC-CCATA-AAAAG--AC-ACG--AA-GTCTTA-TTTCC-A-A-A-GGGT----CCT-ATANTAGT-NAACCACTC-C-AGT-CAAAATGACATAATA-T---T--TA-C-AAAGA---TGA-AA-TT-T--A--T----A-T-----TTG-A--TTA-AA-GTTNG-GATT-A-T-G--T-AAAAAGT-AAATT--GAATA-TTTGA-T--AGAAGGAC--T-ACATAGTT---GT----GGATATTTGGT--TTAG-GATGA----TTTAGAACA-TA-AAGAA--GTCCTGAT-TATGT-TT---GGATTTTAGTTCATTAAAAAGGAAA
Reference ( gi|2 ) : TATTTGATT-T---T-TA-TTCAGAAATTT-TGGCA-CA----TA---ACA--TTA---A--ATTA-G-C-AC---A-TACA-------AA-CA-ATAAA--ACAG-AT--G--A------CAA-A--TTGGACA-AT-GAAA--------T--GAA-ATA-AA-TA-A-ACA----TAT-A--AG----T-AG--C---A--TA-TTAAAATT-G--C-A-C-GA-C-----TA-GATT--TT--TAC-ATCAACACA-G-ATT-AA-ATG-TAAT-T--GGTG---AGGT---------TA-AA-----G---------A--ATAATG-ATA---------AT--------TA-CATTAATA-----AA--AAGTTG------TAA-TAC-AT-CGA-TAA----GAAAAAGTCATAA-T---ATTTCGTTG-A-C--AA--T-CA-G-----------AA-GAG-TTTAC--AATTTT--AA-TATATA-----------AAAAG-AATTG-AGAT---------C---TTATAAAAA---T--TG-T----G-CA--CTAAA--TTCCTAGGAT-----TAT-AAC-ACACA-AAAAG--AC-GCG--AA-GTCTTA-TTTCC-A-A-A-GGCT----TCC-ATAATAG--AAACCACTC-C-AGTCCAAAATGACATAGTA-T---T--TA-C-AAAGA---TGA-AA-TT-T--A--T----A-T-----TTG-A--TTA-AACGTTAGCGATT-A-T-G--T-AAAAAGT-AAATT--AAATA-TTTGACT--AGAAGGAC--T-ACATAGTTTG-GT----AGATATTTGGT--TTAGTGATGGAT--TTTAGAACA-TA-AAGAA--GTCCTGATATATGT-TT---TGATTTTAGTTCATTAAAAAGGAAA
gi|5 : TATTTGATT-T------A-TTCAGAATTTTATGGCATCA----TAT--ACA--TTA---A--ATTC-A-C-ACT--A-TACA-------AA-AC-ATAAA--A-AG-AT--G--A------CAA-A--TGTGACA--T-GAAA--------TT-GAATATA-AA-TT-A-ACA----TATCA--AA----T-GC--C---A--TAATTAAATTTTG--CCA-C-GA-C-----TA-GATT--TT--TAC-AC--ATACA-G-AAT-AA--TG-TAAT-TT-GGTG------T---------TA-AA------------------ATAA-G-GTA---------AT---------A-CATTA-TA-----AA--AAGTTG------ATA-TAC-A--CGA-TAA-----AAAGATTCATAA-T---ATTT-GT-G-A-C--AA--T-CA-G-----------AA-GAG-TT-AC--AATTTT--AA-T---TA-----------AAAAG-AATTT-A-AT---------C---TTA--AAAA---T--TG-TTT--G-CA--CTAA---TTCCT-GGAT----------AC--CATA-AAA-G--A--GCG--AA-GT-TAA-TTTCC-A-A-A-GGGT----CCT-ATAA-AGT-AAACCACTC-C-AGTC--AAATGACATA-TA-T---TCTTA-C-AA-GA---TGA-AA-AT-T--A--T----A-T-----TTG-A--TTA-AA-GTTAG-GATA-T-T-G--T-AAAAAGT-AAATT--AAATA-TTTGA-T--AGAGAGAC--TAACATAGTT---GT----TGATATTTGGT--TTAG-GATA-----TTTAGAATA--A-AAGAA--GTCCTAGAATATGC-TTTTGTGA--TTAGTTCCATATAAAGGAA
gi|30 : ttTATTTGATT-T------A-TT--GGAATTT-TGGCA-CA----TAT--ACA--TT-------ATTA-G-C-A----A-TAgtt
gi|13 : tATTTGATT-T------A-TTTGGAA--TA-TGGCA-CAAG--TA---ACA--TTT-------TTC-G-C-ACT--A-TACATTGATAAAA-CA--TAAG--ACAG-AT--G--A------CAA-A--CTG-ACA--T-------------T--GAA-ATA-AA-TA-A--CA----TAT-AT-AG----T--G--C---A--TA-TTATA-TT-G--C-A-T-GA-TGACTATA-GATT--GT--TAC-AT--ATCTA-G-ATT-AA-ATG-TAAC-T--GGGT---AATT---------TA-AA-----AT--------A--ATGATG-ATA---------ATGATGA---TA-CATTA-TA-----AA--AAGTTG------TAA-TAC-AT-CAG-TAT----GAAAAGATCATAA-T---ATTT-GTTG-A-C--AA--T-CA-G-----------AA-GGG--TTAC--AATTTT--AA-T-TATT-----------AAAAA-AATT---GAT---------C---T--TAAAAA---TGGTGAT----G-CA--CTAAA--TTCTTAGGATACGG-GAT-AAC-CCAT--AAAAG--AC-ACG--AA-ATCTTA-TTTCC-A-A-A-GGtct
gi|17 : gATTTGATT-T------A-TTTGGAA-TTT-TGGCA-CA----TAT--ACA--TTATACATTATTAAG-C-ACT--A-TACA-------AA-CA--TAAA--ACAG-AT--G--A------CAA-A--TT-GACATTT-GAAAT-------T--GAA-ATA-AA-T--A-ACA----TAT-AAGAG----T--G--C---A--TA-TT--AATT-G--C-A-C-GA-C-----TA-GATT--GT--TAT-AT---TACA-G-CTT-AA-ATG-TAATCT--GGTA---ATTT---------AA-AA-----T---------A--ATGATG-ATA---------ATGATGC---TA-CATT-AT------AA--AAGTTG------TAA-TAC-AT-CAG-TAT----GAAAAGAT-ATAA-T---ATTT-GTTG-A-C--AA--T-CA-G-----------AA-GAG--TTAC--AATTTT--AA-gatc
gi|22 : tgATTTGATT-T------A-TTTGGAA-TTT-TGGCA-CA----TATATACA--TTA-------TTA-G-C-ACT--A-TACA-------AA-CA--TAAA--ACAG-AT--G--A------CAA-A--TTG-----AT---AT--------T--GAA-ATA-AA-T--A-ACA----TAT-AAGAG----T--G--C---A--TA-TTAA
gi|20 : tttaATTTGATT-T------A-TTTTGAA--TT-TGGCA-CAACAATA---ACA--CTAT--AC-ATGA-G-C-ACT--A-TACATTGATGAAA-CA-A-AAA--ACAG-AT--G--A------GAA-A--CTGG-CA-TT-GAAA--------T--AAA-A-A-A---A-A-AT-----TAA-G--AG----T--G--C---A--TA-TT--GACT-G--C-A-T-GA-C-----TA-GATT--AT--TA-----AATATA-G-ATT-AA-TTG-CAATCT--GGAT---AATT---------TA-AA-----AT--------A--ATGATG-ATA---------AT--------ttggaagtcaaaaaagttttcctacaacataaa
gi|28 : ttgATTTGATT-T------A-TT-GGGAATTA-TGGCA-CA----TAT--ACA--TT-------ATTA-G-C-ACT--A-TACATTGAT--AA-AATATAAA--ACAgatga
gi|7 : ttgTTTGATT-TGATT-TA-TTCAGAA-TTT-TGGCA-CA----TA----TA--CTA---A---TTA-G---ACT--A-TACA-------A--CA--TAAA--ACAGGAT--G--A------AAA-A--TTGTACA-ATAGAAA--------TTGAAA-ATA-GAGCATA-ACA----TAT-A--AG------AG--TGCAA--TA-TTAA--TT-G--C-A-CAGA-C-----CA-GATT--TT--TAC-AT----ACA-G-ATT-AA-TTT-GAAT-TT-GGTG---ATGT---------TA-AAATAATG---------ATGATAATG-ATA---------AT--------CAGCATTA-TA-----AA--A-GTTG------TAA-TACCAT-CGAGTGATATTGAAAAGATCATAA-T---ATTT-GTTG-A-C--AAAATGCA-GT----------AA-GAGAGTTA---AATTTT--AA-T-TATA-----------AAAAG-AATTG-A--T---------C---T---AAAAA---T--GG-T----G-CA--CTAAA--TT-CTAGG--------AT-AAC-CCATA-ATAAGAAAC--CG--AACGTCTTATTTTCC-A-A-G-CGGT----CCT-AT-ATTG--TAACCACTCAC-AGGTCAAAATGGCATCATAGT---T--TA-C-AAAAA---TGA-AA--T-T--A--T----A-T-----TTGCA--TTA-AA-G-TAGGTATT-ATT-G--TCAAAAAGTAAAATT--AAATA-TTTGA-T--AGAA
gi|1 : TCTGATTAT---T-TAATT--GAATTTT-AGGCA-CA----TA---ACAGATTAG--A--ACTATA-C-ATTG-A-TACA-------AA-CA--TAAA--ACAG-AT--AGAA------CAA-C--T--GACA--T--AAA--------T--TGA-ATA-A--TA-A-GCGCCAGTAA-A--AGAG--TGAA--C---A--CT-TTCAAGTT-GGCC-AGC-GA-C-----TA-AGTT--GT--TA----------------------TG-TAAT-C--GG-G---AATT---------TA-TA---------------A--ATA-T--ATA---------GA--------TA-CATTA-TA-----AAC-AAGTTG------TAAATAC-AT-CAG-TAT----TGAAAGATCATAG-T---ATTT-GTTG-A-CCAAA--T-AAAG-----------AA-GAG-TT-AC--AATTTT--AA-TATATATTAAAAAAAAAAAAAA-AACTG-ATATTAAAATCATC---TTCTTAAAA---T--GG-T----G-CA--CTAA---TTCCTAGGAT---------AAC-CC-CATAAAAG--ACCACG--AA--TCTTA-TTTCC-A-A-AGGGGT----TCT-ATATTAG--TAA-CACTC-CGAGT-CAAATTGGCATATTA-T---T--AA-CAAAAAA---TGA-AACTT-T--A-------A-TTTTGATTG-A--TTT-AAAGTTTG-GATT-ATT-G--T-AAAA--C-TAATCCGGAATA-TTTGA-T--AGAACGAG--T-ACATTGTGTGTGTGTGGGGATA-TTGGCCGTTAG-GATGA----CTTAGTACA-TATAAGAA--GTTCTGAT-TATGT-TT---GGA--TTAGTTC-TTATAGAAGAA
gi|14 : tTTTGATT-TGATT-TA-TTCGGAA-TTT-TGGCA-CA----TAT--ACA--ATA---A--GTCA-C-CGAT---A-TACA-------TC-CC-TTACC---CAG-AT--G--C------TAACA--T--GAGA-AC-GGAA--------TT-GAA-ATA-TA-TA-ACATA----TAT-G--AG----T--G--C---A--TA-TTCAA-TT-G--C-A-C-GA-C-----TA-TATT--TT--TAC-AT----ATA-G-ATT-AG-AT--------------------T---------TA-AA------------------ATAATG-ATG---------AT---------A-CATTA-TA-----AT--AAGTTG------TAA-TAC-AC-CGA-CTA----AAAAAGATCATAA-T---ATTT-GTTG-A-T--AA--A-CA-G-----------AA-GAG--TTAC--AA-TTT--AA-T-TAT------------TAAAG-AATT---GAT---------C---T--TAAAAA---T--GG-T----G-CA--CTAAA--TTCCTAGG--------AT-AAC-CCTT---AAAG--AC-ACG--AA-GTCTgtaattcaagtttcacctccgatgattg
gi|3 : TTGATT-TGA-TATA-TTC-GCAATTT-GGCCATCA----TA---ACA--TTA---A--ATTA-GAC-ACT--A-TACA-------AAGC---TAAC--ACAG-AT-----A------CAA-A--T--GACA-AT-GACA--------TT-GA---TA-AA-TA-A--CA----TAT-A--AGAAAGT-GG--C------CA-TTA---TT-G----A-C-GA-C-----TA-GATT--TT---------AA-ATA-G-ATTTAA-ATGATAAT-TT-GGTG---A--T---------TT-AA-----T---------A--ATGATG-ATA---------AT--------TA---TGAATACATTTAA--AAGTTG------TAT-CTC-TT---A-TGA--------AAGTAATAAAT---AT---GTTG-A-C--A---T-C--G-----------AA------TTAC--AATTT---AA-TTTA--------------AAAG-AATTG-A--T---------C---TTC---AAA---T--GG-T----GACA--CTAAA--TTC-TAGGAT-----C--------CATA-AAA-----C-ACG--AA-CTCTTA-TT--C-AGA-A-GGGT----CCT-ATAATAG--TAAACACTC-C-AGTC-AAAATG-CACTATA-T---T--T--T-AAA-----TGA-A---T-T--A--T----AAT-----TTG-A--T---AA-GTTAG-GATT---T-G--T-AA---GT-AA-TT--AAATAGTTTGA-T--AGAAG-AC--T--CATAGTT---GT----AGATATTTGGT--TTTTGGATG--T--TTTAGAACA-TA-AAGAA--GTCCTGAT-TATGTCTT---TGATTTAAATTCATTAAAAAGAAAa
gi|12 : atttgaGATT-TA--T-TA-TTTG--AATAA-TGGCA-CAAG--TA---ACA--TTT-------TTC-G-C-ACTACA-TACATGATAAAAA-CA--TAAG--ACAG-AG--G--A------CAG-AACTTGGACA-TC-------------T--GAA-ACA-A--TA-A--CA----TAT-ATTAG----T--G--C---A--TA-TTAT--TT-G--C-A-T-GA-TGACTATA-GATC--TTGTTACTATC----TA-G-ATT-AA-ATG-TAAC-T--G-TGGATAATT---------TA-AA-----ATAATATGATA--ATAATGCATG---------AC--------TA-CATTA-TA-----AA--AA-TTG------TAA-TAC-ATTCAG-TAT----GAAAAGATCATA--T---ATTT-GTTA-G-C--AA--T-CA-G-----------AA-GG---TTAC--AATTTTTTAA-TAT-TA-----------AAAA--AATTGTAGG----------C---TTA--AACA---T--GG-TAGATG-CA--CTAA---TTCTTAGGATACGGGGATCAAC-CCATA-AAA-G--AC-ACG--AA-ATCTTA-TTTCC-A-A-A-GGgtttaacctggtgatttgaatttaagattgtttatttatcagcattgatgaa
gi|10 : -T---T-TA-TTTGGAA--TT-TGGCA-CA----TAATTACA--TTG---A--A--A-A-C-AC---AGTA-A-------AA-C--ATAAA--ACAC-TT--G--ATATCTTCAA-A--TT---CA-AT-atc
gi|23 : gaGGAATTT-TGGCA-CA----TAT--ACA--TTA-------TTA-G-C-ACC--A-TATA-------AA-CA--TAAA--ACAG-AT--G--A------CAA-A--TT-GATA-TT-GAAA--------T--G-A-AT--------A-ACA----TAT-AGGAG----T--G--C---A--TA-TT--AATT-G--C-A-C-GA-C-----GA-GATT--GC--TAC-AT----ACA-G-ATT-AA-ATG-TAATCT--GGagttccaaactcgttggataaattactaggctaaagagtattattgcattttggtcctttataaaactaatgatgcagtatatatagtatgttggtacgcatcaatatgaatgattacattagtttattacaataaagttaaaaaaaaaaaagtttacaattttaacgaaaagaattggtgcactaaattcctaggataagccataaaaataagaaatcttattttcaaaagggtcctatattagctgaaccactccagtcaaaatgatataatatatatttcaaaataataattgtaagtaaaatttagctaaattggaacttacataaaatgcaacaacttgagcat
gi|4 : tgatttATTT----CA-AA----TAT--ACA--TTA---G--A------C-AC---T-TACATTGAAA-AA-CA--TAAACAACAG-AT--G--A------TAA-----TGGACA----------------T--GAA-ATA-AA-TA-G-G-A----TTT-A--AG------AGTGC---A--TA-T-ATAATT-G--C-A-T-GA-C-----TA-GATT----------GTAAATATA-GTATT-AA--TG-CAAT-C----TG---AGATCT-------TA-AA------------------ATAATG-ATA---------ATAATGATGATA-CATTA-TA-----AG--AAGTT-------TA--TAC-AT-CAG-TATT---GAAAAAATTAT----------TC-TTGCA-C--AA--T-CA-G-----------AA-GAG-TT-AC--A--TTT--AA-TAACTT-----------AAAA--AATTG-A--T---------C---TTTTAAAAAAAAT--GG-T----G-CA--GTAAA--TTCCTAGGAT---------AAC-CCATA-AAA----------------------TTTCC-A-A-A-GGGG----TCCTATATTAGT-AAACCCCTC-C-AGTC-AAAAT----------T---T--TA-C-AAAAA---AGA-CA-TT-TTAA--TTTTGA-T-----TTG-A--TTT-AA-GTTTG-GATTTG-T-A--T-AAAAAGT-GTATT--GAACA-TT-AAAT--AGAAG-AC--T-ACATAGTT---GT----GGATATTTGGT--TTAG-GATGA----TTTAGAACA-TA-GAGAA--GTCCTGAT-TATGT-TT---GGATTTTAATTCATTAAAAAGGAAA
gi|6 : attA----TA---ACA--TTA--------TG-A-C-ACT--A-TACATTGCAAAAA-CA-TAAAA--ACAG-AC--G--A------TAA-A--T--GACA-TT-------------T--GAA-ATA-AA-TA-G--CA----TTT-A--AG------AGTGC---A--TA-TTAA--TT-G--C-A-T-GA-C-----TA-GATT--GT--TA------ATATATG-ATT-AA-ATG-TAATCT--GGTA---ATCT---------TA-AA-----AT--------A--ATGATG-ATA---------ATGCATGA--TA-CATTA-TA-----AG--AAGT-G------TTA-TAC-AT-CAG-TAT----GAAAAAAC--TTA-T---ATTTC-TTG-A-C--AA--T-CA-G-----------AA-GAG--TTAC--AATTTT--AACTAT-TA-----------AAA---AATT---GAT---------CTTTTTAAAAAAA---T--GG-T----G-CC--AGAAA--TT-CTAGG--------AT-AAC-CCATA-AA---------------------A-TTTCC-A-A-A-GGGT----CTT-AT--TAGT-AAACCCCTC-C-G---CAAAAT----------T---T--TA-CAAAAGACATTTT-AA-TT-T--T--TG---A-T-----TTG-A--TTT-AA-GTT--TGATT-A-T-GTAT-AAAAAGT-GTATT--GAACA--TTAAAT--AGAA-GAC--T-ACATAGTT---GT----GGATATTT-GT--TTA--GATGA----TTTAGAACA-TA-GGAGA--GTCCTGAT-TATGT-TT---GGA-TTTAATTCATTAAAAAGGAAAgttttcaccttcaatttgaattttgatcacattgatgga
gi|11 : aA-TA-ATAAG--GTAG--TCAG--A------AAA-G--TTGTACA-AT-GAAATTCTATATT--GAACATACAA-TA-T-ACA----TAT-AAGAG----T--G--C---AATTA-TT-TAATT-G--CTA-C-GA-C-----TATGATT--TT--TAC-agctttcaccttcaatttgaattttttgatcacattgatgga
gi|11 : acact----TAT-A--------T-AT--C---A--GA-TTAAAAT--G--T-A-C-AATC-----TG-GGGTGATT--TAA-AT--A-ATA-G-ATG-AACATG-TAA-----AGTG---AGATGATACATTATA-AAAGTT-G---------T--ATAAT--ATA---------GTAAA-----TA-CAAGAAAA-----AATAAAGTCAATCGAATAA-AAG-AT-TGG-TAT----AAAAAGATCATAA-TTTAATAT-GTTG-AAC--AA--T-CT-G-----------AAAGAG-TT-ACTAAATTTT--AA-T-TATA-----------AAAAGCAATTG-AT-T---------C---TTA--AAAA---T--GG-T----G-CAGCTTAAAACTTCCTAGGA-------AT-AAC-CCATA-AAAGA--AC-ACGAAAA-GACTTA-Ttatatatcagattaaaatgtacaatctggggtgatttaaataatagatgaacatgtaaagtgagatgatacattataaaagttgtataatatagtaaatacaagaaaaaataaagtcaatcgaataaaagattggtataaaaagatcataatttaatatgttgaacaatctgaaagagttactaaattttaattataaaaagcaattgattcttaaaaatggtgcagcttaaaacttcctaggaataacccataaaagaacacgaaaagacttat
gi|19 : acactataataaggtagtcagaaaagttgtacaatgaaattctatattgaacatacaatatacatataagagtgcaattatttaattgctacgactatgatttttacCA-G-ATT-AA-ATG-TAAT-TTGGGTG---ATTT---------AA-AA-----T---------A--ATGATG-ATACATGTAATGATGA------TA-CATTA-TA-----AA--AAGTTG------TAA-TAC-AT-CGA-TAT----GAAAAGATCATAA-T---ATAT-GTTG-A-C--AA--T-CA-G-----------AA-GAG--TTAC--AATTTT--AA-T-TATA-----------AAAAG-AATT---GAT---------C---T--TAAAAA---T--GG-T----G-CA--CTAAA--TTCCTAGG--------AT-AAC-CCAT--AAAAG--AC-ACG--AA-GTCTTA-TTTCC-A-A-A-GG
gi|10 : T---------TATAA-----A---------A--CTAATG-ATGC--------AG--------TA-TAT--ATA-----GT--ATGTTG------GTA-CGC-AT-CAA-TAT----GAATGA-TTACAT-T---AGTTTATT--A-C--AA--T-AA-AGTTAAAAAAAAAA-AAG-TTTAC--AATTTT--AA-CG---------------AAAAG-AATTG----------------------------------G-T----G-CA--CTAAA--TTCCTAGG--------AT-AAG-CCATA-AAAAT--A---AG--AA-ATCTTA-TTTTCAA-A-A-GGGT----CCT-ATATTAGCTGAACCACTC-C-AGT-CAAAATGATATAATA-TATAT--TT-C-AAA-A---TAATAA-TTGT--AAGTAAA-A-T-----TTA-G--CTA-AA--TTGGAACTT-A-C-A--T-AAAATGC-AAg
gi|24 : gatttatttggaatttggcacataattacattgaaaacacagtaaaacataaaacacttgatatcttcaaattcaatagttccaaactcgttggataaattactaggctaaagagtattattgcattttggtcct-CA-G-----------AA-------TAC--AAGTTT--AA-C-TATT-----------AAAAA-AATTG-A--T---------C---TTA---AAA---T--TGGT----G-CA--CTAAA--CTCCTGGGAT-----------G-ACCCA-TAAAG--AT-ATG--GA-GTCTGA-TTTCC-A-ATG-GGGT----CCT-ATATTAGT-AAACCACTC-C-AGT-CAAAATGACATAcaacttgagcat
gi|15 : aA-G-----------AA-AAG-AT-AC--AATTTTT-AA-TTTTTA-----------AAAA---ATTG-A--T---------C---TT-TAAAAA---T--GG-T----G-CA--CTAAC--T--CT---AT-----TAG-AATGACCTA-TAAAG--AT-ACG--GA--TC-TA-TTCCC-A-A-T-GGGG----TCT-ATAATt
gi|8 : ttggatttggcacatacatcaaactatacatgaacttatacattgataaaacatattgcattggaaataaataaacatttaggggtgcaaatttcatgacatgataagttgttatgcaatcttggatactttttaaaatcatcggatgatgcattaaatattgttatctcatatgaatttttgctaccattagaaaTA-TTTCC-A-A-T-GGATCGGATCCTGTATTAGTTGACCCACTC-C-AGT-CAAAATGACATA--A-T---T--TATC-TAGGC---CTA-AG----T--A--G----A-G-----TTG-AGCTTATAATGTGAAC--TT-A-T-G--T-AAAATGC-AATTT--GAGGA-TGTAA-TAAAAAAGGACGTT-ACCAAGC------------ATAATAAGT--TTA-----AAATCACTTAACACATTA-AAAAAACACCCCGAT-TGTGC-AC---GGATTTTAGTTCATTAAAAAGtcattagt
gi|27 : aaaatacaattttaacCACTC-C-AGT-CAAAATGACATTATA-A---T--TA-agcatttctcaccctagatctgaatttaattttgttatctatacataggaatgacaggagcgggggatggggactatataaatgaaaacggaagccttagcaagaacataacaagacgatggagtcaccagtattcccatacagctatggtcctaatctccagctatcttcattatcacagtaaacttgcttgtaccaggatacttattttgtagctgacgacatcccttgacaggaata
gi|26 : attttcaatggtttttttttaatattgttgtg----A-T-----TTG-A--TTA-AA-GTTTG-GATT-A-TTG--T-AAAAATT-TAATT--GAATA-TTTGA-T--AGAA-GAC--T-ACATAGTT---GT----GGATATTAGGT--TTAG-GATGatcaagaccaaagaagagttga
7 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): ATAATTTTACGAAATCCTATTTCCAATTGGACCCTATATTATTTGACCCACACAATGACAATTTATCTAGTCCTAGGTACAGATGAGGTTATAATGTGAACTTATGTAAAATGCAATTTGAGCATGTCATAAAAAAGGAGGTCACCATACATAATAAGTTTAAAATCACATTGAAAAAAAAAAACTCATTGTGCATGAAATGTAGTTCATTAAAAAGAGCATTTTCACCCTAGATTTGAATATAATCTATACATCGGAATAGAAGCGGCGGAGGGGGGCGACATAACAGAAAGTGAAAGCCTCAACAAGAACATAAAAAGATGATGGAGTCACCAGTATTCCCACACAGCTATAGTCCTAACCTCTAGCTATCTTCCTAATCGCAGTAATCTTGCTTGTACTGGGATGATTATTTTGTAACTGACGGCATCCCTTGAAAGGATTA
Unaligned ( gi|16 ): TTTTTTCATTTTGGTCGATACAAAATAATGAGGCAATATGTTGGTACAAGATCAATGTTAAATTGTACATTAAATCAATTTATTTTAATCAAAATAATTAATAAAGATACAATTTTAACTGTAAGAATTCATGCACTAAATTCCTAACCCATAATTTTACGAAATCCTATTTCCAATTGGACCCTATATTATTTGACCCACACAATGACAATTTATCTAGTCCTAGGTACAGATGAGGTTATAATGTGAACTTATGTAAAATGCAATTTGAGCAT
Unaligned ( gi|18 ): GTTTATTTGGAATTAAGAACAGTACACATACTCACAATACATATAAAACACATAGTAAAACATATTAAACACTTATCATTTTATCAAATTACATTTTCATTTATTGAATGTTCCAGACTCATTACATACATCACTATGATTAAAGTATTGTATCATTTTGGACAATATAAGATAATGGGGCAGTATAGTAGATACCGGTGTGTTGATACGCTTCAAATGACAAGACGAATGTTACATTA
Unaligned ( gi|21 ): TTACTTGTTTAAACTAAGCATGCACTATACATGTACATGGAAAACACAGTAAAAACATTAAACACTTGACATTTAGTCAAAAATAAATAACACTGAAAGTCCCAAACTCATTACATACATTTTGGACGATATAAAATAACGAGGCACTATA
Unaligned ( gi|25 ): ATTATGCATGAATTTTAGATCATTAAAAAGAGCATTTTTCACCTCAGATTTAAATTTAGCCGTTTTGTTTTCTACACATCTGATGA
Unaligned ( gi|29 ): AAATCCGCCTATGATAAAAACACTCGTATTAAAAACAGCTGGTGCCACGTCAATCAAAACAAGTGATAGA
Unaligned ( gi|31 ): ATAGATTTATTTGGAATTTGGCACAAATACA
Alignments
lowQualScore : 333333 2 1111 111 2222222222 55555555555555 1111111111111111111111 222222222 222222 11111 222222222222 222222 11 555555555555555555555555555 11111111111 111111111111111111 4444444444444444444444 3333333333333333 11111 111111 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1 11111 111111 11 11111111 1
lowQualScore : 2 444444 5 1 2 2 2 4 22 0000 444 4444444444 2 2 22 66666666666666 2 22 2 22 55 55 33 2 33 88 33 7777777777777777777777 4 2 22 3333 55 4444 2 555555555 2 2 2 55 444444 2 33 4 444 66666 55 33 3 555555555555 2 2 4 3333 111111 333 4 6 4 2 22 55 33 55555 111111111111111111111111111 2 2 4444 2 333 2 2 7777 777777 77 0 444 2 2 2 2 66 2 2 55555555555 2 55555 4 33 55 777777777777777777 55 5555555555555555555555 444 8888 2 33 555 33 4444444444444444 3 33333 2 33 77 2 2 2 333333 5 2 3 4 33 3 3 44 3 0 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3 3 44 88888 3 33 3 3 888 3 44 3 9999 3 3 44 3 4 00000 888888 22 4 66666666 1 4 66 888 1 66 777 5 5 5 4 6666 4 0
lowQualScore : . ...... . . . . . . .. .... ... .......... . . .. .............. . .. . .. .. .. .. . .. .. .. ...................... . . .. .... .. .... . ......... . . . .. ...... . .. . ... ..... .. .. . ............ . . . .... ...... ... . . . . .. .. .. ..... ........................... . . .... . ... . . .... ...... .. . ... . . . . .. . . ........... . ..... . .. .. .................. .. ...................... ... .... . .. ... .. ................ . ..... . .. .. . . . ...... . . . . .. . . .. . . ........................................................... . . .. ..... . .. . . ... . .. . .... . . .. . . ..... ...... .. . ........ . . .. ... . .. ... . . . . .... . .
lowQualScore : 7 444444 2 4 2 2 2 4 99 3333 555 9999999999 2 1 88 22222222222222 1 99 1 99 33 33 11 2 11 00 11 3333333333333333333333 4 2 88 9999 88 7777 2 222222222 2 2 2 33 333333 4 22 7 888 88888 66 22 3 777777777777 2 2 7 6666 777777 999 4 4 5 4 66 66 22 99999 555555555555555555555555555 5 5 5555 5 888 7 7 5555 666666 11 2 777 7 7 5 5 99 4 4 33333333333 4 99999 7 22 66 444444444444444444 99 9999999999999999999999 444 8888 5 44 111 44 5555555555555555 2 11111 4 22 44 4 5 5 111111 0 1 3 2 44 1 1 66 1 8 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 3 66 33333 3 44 3 3 555 3 66 3 4444 3 6 66 3 0 00000 444444 22 4 33333333 9 4 11 000 1 99 222 0 0 0 4 6666 4 2
consensus : TATTTGATT-T---T-TATTCGGAA-TTT-T-GGC-A-C--A----TA--TACATT-A---A--ATTA-G-CACTA--TACAT------AA-----ACA-TAAA--A-CA--G--ATG--A--CAA-A--TTGGAC--A-T--T-GAAA--------T--GAA-ATA-AA-T--A-A-ACA----TAT-A--A-G----T-GC-A-TA--TTA--AAATT-G--C-A-C-GAC-----TA--GAT--TGTTAC-AT--ATAT-AG-ATT-AAATG-T--AAT--T---G---G-TGATTTTA-AAN-AAT--GAT--GA-----TA---------A--TG------TA-----C-ATTA-TA---AA-AAGTTGTAA-TAC-AT-CG-G-TA----T-GAAAAGAT-CATAAT---A-TTT-GTTG-A-C--AAT-CA-G-----------AA-GAGT-----T-AC--AATTTT--AAT---TA--T---------AAAAAG-AATTGA----------ATCTT-T----AAAAATGG---T----G-CA--CTAAA--TTCCTA--GGAT-----AT-------AACCCATAAAAAGACA-CG--AA-GTCTTA-TTTCC-A-A---A--GGG-TCCTATATTAG-TAAACC-ACTC-C-A-GT-CAAAATGACA-------TAAT--A-T---T---TA---C-AAAGA---TGA-AA-TT-T--A--T----A-TTTG-A--TT-----AAA-GTTNG-GA-TT-A-T-G--T-AAAA---AGT-AAATT--GAACA-TTTGA-TA-----GAA--GG--AC--T-ACATAGT-----T--GTGGATAT-TTGGT--TTA-G-GATGA--TTTAGAACAT--A-AAGAA-GTCCT-GAT-TATG--T-TTG-GATTTTAGTTCATTAAAAAGGAAA
Reference ( family-1342 ) : TATTTGATT-T---T-TATTCGGAAATTT-T-GGC-A-C--A----TA--TACATT-A---A--ATTA-G-CACTA--TACAT------GA-----ACA-TAAA--A-CA--G--ATG--A--CAA-A--TTGGAC--A-N--T-GAAA--------T--GAA-ATA-AA-T--A-A-ACA----TAT-A--A-G----T-GC-A-TA--TTA--AAATT-G--C-A-C-GAC-----TA--GAT--TNTTAC-AT--ATAT-AG-ATT-AAATG-T--AAT--T---G---G-TGANTTTA-AAN-AAT--GAT--GA-----TA---------A--T-------TA-----C-ATTA-TA---AA-AAGTTGTAA-TAC-AT-CG-G-TA----T-GAAAAGAT-CATAAT---A-TTT-GTTG-A-C--AAT-CA-G-----------AA-GAGT-----T-AC--AATTTT--AAT---TA--T---------AAAAAG-AATTGA----------ATCTT-T----AAAAATGG---T----G-CA--CTAAA--TTCCTA--GGAT-----AT-------AACCCATAAAAAGACA-CG--AA-GTCTTA-TTTCC-A-A---A--GGG-TCCTATANTAG-TNAACC-ACTC-C-A-GT-CAAAATGACA-------TAAT--A-T---T---TA---C-AAAGA---TGA-AA-TT-T--A--T----A-TTTG-A--TT-----AAA-GTTNG-GA-TT-A-T-G--T-AAAA---AGT-AAATT--GAATA-TTTGA-TA-----GAA--GG--AC--T-ACATAGT-----T--GTGGATAT-TTGGT--TTA-G-GATGA--TTTAGAACAT--A-AAGAA-GTCCT-GAT-TATG--T-TTG-GATTTTAGTTCATTAAAAAGGAAA
gi|1 : TCTGATTAT---T-TAATTG--AATTT-TAGGC-A-C--A----TA---ACA-------G--ATTA-G-AACTA--TACATTGATACAA-----ACA-TAAA--A-CA--G--ATAGAA--CAA-C--T--GAC--A-T-----AAA--------T--TGA-ATA-A--T--A-A-GCGCCAGTAA-A--A-GAG--T-GA-A-CACTTTC--AAGTT-GGCC-AGC-GAC-----TA--AGT--TGTTA---------------------TG-T--AAT--C---G---G--GAATTTA-TA--AAT---AT---A-----TA---------G--A-------TA-----C-ATTA-TA---AACAAGTTGTAAATAC-AT-CA-G-TA----T-TGAAAGAT-CATAGT---A-TTT-GTTG-A-CCAAAT-AAAG-----------AA-GAGT-----T-AC--AATTTT--AATATATA--TTAAAAAAAAAAAAAA-AACTGATATTAAAATCATCTTCT----TAAAATGG---T----G-CA--CTAA---TTCCTA--GGAT-----A--------ACCCCATAAAAGACCA-CG--AA--TCTTA-TTTCC-A-A---A--GGGGTTCTATATTAG-TAA--C-ACTC-CGA-GT-CAAATTGGCA-------TATT--A-T---T---AA---C-AAAAAA--TGA-AACTT-T--A--A----T-TTTG-A--TTGATTTAAA-GTTTG-GA-TT-A-TTG--T-AAAA-----C-TAATCCGGAATA-TTTGA-TA-----GAA--CG--AG--T-ACATTGTGTGTGT--GTGGGGATATTGGCCGTTA-G-GATGA--CTTAGTACAT--ATAAGAA-GTTCT-GAT-TATG--T-TTG-GA--TTAGTTC-TTATAGAAGAA
gi|10 : t-T---T-TATTTGGAA--TT-T-GGC-A-C--A----TAATTACATTGA---A--A----------A--CACA----------------G-TAAA--A-CA------TA--A--AAC-A--CTTGAT--A-TCTT-CAAA--------T--TCA-ATA-GT-TCCA-A-ACT----CGT-----------T-GG-A-TA--------AATT-A--C-T-A-GGC-----TAAAGAG--TATTAT--------T-GC-ATT------------T--T---G---G-TC-CTTTATAAA-ACT--AAT--GA-----TGC--------A--G-------TA-----T-AT-A-TA---GT-ATGTTGGTA-CGC-AT-CA-A-TA----T-GAAT-GAT-TACATT---AGTTT-ATT--A-C--AAT-AA-AGTTAAAAAAAAAA-AAGT-----TTAC--AATTTT--AAC-----------------GAAAAG-AATTG-----------------------------G---T----G-CA--CTAAA--TTCCTA--GG-------AT-------AAGCCATAAAA--ATA-AG--AA-ATCTTA-TTTTCAA-A---A--GGG-TCCTATATTAGCTGAACC-ACTC-C-A-GT-CAAAATGATA-------TAAT--A-TATAT---TT---C-AAA-A---TAATAA-TTGT--AAGTAAA-A-TTTA-G--CT-----AAA--TTGG-AACTT-A-C-A--T-AAAATGCAAC-AACTT--GAGCA-Tgtaattcaagtttcacctccgatgattg
gi|11 : ga-CACTA--TA------------------A-TAAG--G-TA--GTCA-G--A--AAA-G--TTGTAC--A-A--T-GAAATTCTATATT--GAACATACAA-T--A-T-ACA----TAT-AAGA-G----T-GC-A--A--TTATTTAATT-G--CTA-C-GAC-----TAT-GAT--TTTTACTAT--ATATCAG-ATTAAAATG-TACAAT--CTGGG---G-TGA-TTTA-AAT-AATA-GAT--GAACATGTA---------AAGTGAGATGATA-----C-ATTA-T----AA-AAGTTGTA
gi|11 : aACTA--TATAT------CA-----G-A-TTAA--A--------ATGT-A--CAA-T--CTGGGGTGA-T--T-TAAA--------T----A-ATA-GA-T--G-A-ACA----TGT-A--AAG----T-G--A-GA--TGAT-ACATT-A--T-A------------A--AAG--TTGTAT-A---ATAT-AG---T-AAATA-C--AA--------------GA------AAA-AAT--AAA--GT-----CA---------A--T-------CG-----A-AT--------AA-AAG-----------AT-TG-G-TA----T-AAAAAGAT-CATAATTTAA-TAT-GTTG-AAC--AAT-CT-G-----------AAAGAGT-----T-ACTAAATTTT--AAT---TA--T---------AAAAAGCAATTGA----------TTC-T-T----AAAAATGG---T----G-CAGCTTAAAACTTCCTA--GGA------AT-------AACCCATAAAAGAACA-CGAAAA-GACTTA-Ttaatatagtaaatacaagaaaaaataaagtcaatcgaataaaagattggtataaaaagatcataatttaatatgttgaacaatctgaaagagttactaaattttaattataaaaagcaattgattcttaaaaatggtgcagcttaaaacttcctaggaataacccataaaagaacacgaaaagacttat
gi|12 : acactataataaggtagtcagaaaagttgtacaatgaaattctatattgaacatacaatatacatataagagtgcaattatttaattgctacgactatgatttttGATT-TA--T-TATTTG--AATAA-T-GGC-A-C--AAG--TA---ACATT-T-------TTC-G-CACTACATACAT------GATAAAAACA-TAAG--A-CA--G--AGG--A--CAG-AACTTGGAC--A-T--C-------------T--GAA-ACA-A--T--A-A--CA----TAT-ATTA-G----T-GC-A-TA--TTA--T--TT-G--C-A-T-GATGACTATA--GATCTTGTTAC--T--ATCT-AG-ATT-AAATG-T--AAC--T---GTGGA-TAATTTAA-AAT-AATATGAT--AA-----TA---------A--TGCATGACTA-----C-ATTA-TA---AA-AA-TTGTAA-TAC-ATTCA-G-TA----T-GAAAAGAT-CATA-T---A-TTT-GTTA-G-C--AAT-CA-G-----------AA-G-GT-----T-AC--AATTTTTTAAT----A--T---------TAAAAA-AATTGT----------AGGCT-T----AAACATGG---TAGATG-CA--CTAA---TTCTTA--GGAT-----ACGGGGATCAACCCATAAAA-GACA-CG--AA-ATCTTA-TTTCC-A-A---A--GGA-TC
gi|13 : ATTTGATT-T------ATTTGGAA--TA-T-GGC-A-C--AAG--TA---ACATT-T-------TTC-G-CACTA--TACATTGATA-AA-----ACA-TAAG--A-CA--G--ATG--A--CAA-A--CTG-AC--A-T--T-GAAA--------T--------A-AA-T--A-A--CA----TAT-AT-A-G----T-GC-A-TA--TTA--TA-TT-G--C-A-T-GATGACTATA--GAT--TGTTAC-AT--ATCT-AG-ATT-AAATG-T--AAC--T---G---GGTAATTTAA-AAT-AAT--GAT--GA-----TA---------A--TGATGA--TA-----C-ATTA-TA---AA-AAGTTGTAA-TAC-AT-CA-G-TA----T-GAAAAGAT-CATAAT---A-TTT-GTTG-A-C--AAT-CA-G-----------AA-GGGT-----T-AC--AATTTT--AAT---TA--T---------TAAAAA-AATTG-----------ATC-T-T----AAAAATGGTGAT----G-CA--CTAAA--TTCTTA--GGATACGGGAT-------AACCCAT-AAAAGACA-CG--AA-ATCTTA-TTTCC-A-A---A--GGG-
gi|14 : gTTTGATT-TGATT-TATTCGGAA-TTT-T-GGC-A-C--A----TA--TACAAT-A---A--GTCA-C-CGATA--TACAT------C-------CC-TTAC--C-CA--G--ATG--C--TAACA--TGAGA---A-C--G-GAAT--------T--GAA-ATA-TA-T--A-ACATA----TAT-G--A-G----T-GC-A-TA--TTC--AA-TT-G--C-A-C-GAC-----TA--TAT--TTTTAC-AT--ATA---G-ATT-A------------------------GATTTAA-AAT-AAT--GAT--GA-----TA---------------------------C-ATTA-TA---AT-AAGTTGTAA-TAC-AC-CG-ACTA------AAAAAGAT-CATAAT---A-TTT-GTTG-A-T--AAA-CA-G-----------AA-GAGT-----T-AC--AA-TTT--AAT---TA--T----------TAAAG-AATTG-----------ATC-T-T----AAAAATGG---T----G-CA--CTAAA--TTCCTA--GG-------AT-------AACCCTT--AAAGACA-CG--AA-GTCTatc
gi|15 : TT-T-GGC-A-C--A----TA----CATC-A---A--A--------CTA--TACAT------GA-----ACT-TATA----CATTG--ATA--AAACAT-A--TTG--C--A-T--T-G--------------GAA-ATA-AA-T--A-A-ACA----TTT-A--G-GGG--T-GC-A-----------AATT-T--C-A-T-GACATGA-TA--AGT--TGTTA---------------------TG-C--AATCTT---G---G-ATACTTTT-TAA-AAT--CATCGGA-----TG---------A--T--------G-----C-ATTA-------A-ATATTGT---TAT-CT-CA---TA----T-GAA-----------T---T-TTT-GCT--A-C--CAT-TA-G-----------AA-AAGAAAAGAT-AC--AATTTTT-AAT---TT--T---------TAAAA--AATTGA-----------TCTT-T----AAAAATGG---T----G-CA--CTAAC--T--CTATTAGA------AT-------GACCTAT--AAAGATA-CG--GA--TC-TA-TTCCC-A-A---T--GGG-GTCTATAATa
gi|16 : ttgga-A-T--AAT-TA-A-----------TA-AAGA-----T-AC--AATTTT--AAC---TG--T---------AA---G-AATTCA--------------------------------T----G-CA--CTAAA--TTCCTA---------------------ACCCATAAT--TTTA-CG--AA-ATCCTA-TTTCC-A-AT--T--GGA-CCCTATATTAT-TTGAC-----C-C-A----CACAATGACAATTTATCTAGT--C-C---TAGGTA---C---AGA---TGA-----------------------G-G--TT-----ATA-ATGTG-AACTT-A-T-G--T-AAAA---TGC-AATTT--GAGCA-Ttcattagt
gi|17 : ttttttcattttggtcgatacaaaataatgaggcaatatgttggtacaagatcaatgttaaattgtacattaaatcaatttattttaatcaaaATTTGATT-T------ATTTGGAA-TTT-T-GGC-A-C--A----TA--TACATT-ATACATTATTAAG-CACTA--TACA--------A-----ACA-TAAA--A-CA--G--ATG--A--CAA-A--TT-GAC--ATT--T-GAAAT-------T--GAA-ATA-AA-T----A-ACA----TAT-AAGA-G----T-GC-A-TA--TT----AATT-G--C-A-C-GAC-----TA--GAT--TGTTAT-AT---TAC-AG-CTT-AAATG-T--AATC-T---G---G-TAATTTAA-AAT-AAT--GAT--GA-----TA---------A--TGATGC--TA-----C-ATTA-T----AA-AAGTTGTAA-TAC-AT-CA-G-TA----T-GAAAAGAT--ATAAT---A-TTT-GTTG-A-C--AAT-CA-G-----------AA-GAGT-----T-AC--AATTTT--AA
gi|19 : tg-AG-ATT-AAATG-T--AAT--TTG-G---G-TGATTTAA-AAT-AAT--GAT--GA-----TACATGTAATGA--TGA-----TA-----C-ATTA-TA---AA-AAGTTGTAA-TAC-AT-CG-A-TA----T-GAAAAGAT-CATAAT---A-TAT-GTTG-A-C--AAT-CA-G-----------AA-GAGT-----T-AC--AATTTT--AAT---TA--T---------AAAAAG-AATTG-----------ATC-T-T----AAAAATGG---T----G-CA--CTAAA--TTCCTA--GG-------AT-------AACCCAT-AAAAGACA-CG--AA-GTCTTA-TTTCC-A-A---A--GGG-
gi|2 : cTATTTGATT-T---T-TATTCAGAAATTT-T-GGC-A-C--A----TA---ACATT-A---A--ATTA-G-CAC-A--TACA--------A-----ACAATAAA--A-CA--G--ATG--A--CAA-A--TTGGAC--A-A--T-GAAA--------T--GAA-ATA-AA-T--A-A-ACA----TAT-A--A-G----TAGC-A-TA--TTA--AAATT-G--C-A-C-GAC-----TA--GAT--TTTTAC-ATCAACAC-AG-ATT-AAATG-T--AAT--T---G---G-TGAGGTTA-AAG-AAT--AAT--GA-----TA---------A--T-------TA-----C-ATTAATA---AA-AAGTTGTAA-TAC-AT-CG-A-TA----A-GAAAAAGT-CATAAT---A-TTTCGTTG-A-C--AAT-CA-G-----------AA-GAGT-----TTAC--AATTTT--AATA--TA--T---------AAAAAG-AATTGAG---------ATCTTAT----AAAAATTG---T----G-CA--CTAAA--TTCCTA--GGATT----AT-------AACACACAAAAAGACG-CG--AA-GTCTTA-TTTCC-A-A---A--GGC-TTCCATAATAG--AAACC-ACTC-C-A-GTCCAAAATGACA-------TAGT--A-T---T---TA---C-AAAGA---TGA-AA-TT-T--A--T----A-TTTG-A--TT-----AAACGTTAGCGA-TT-A-T-G--T-AAAA---AGT-AAATT--AAATA-TTTGACTA-----GAA--GG--AC--T-ACATAGT-----TTGGTAGATAT-TTGGT--TTA-GTGATGGATTTTAGAACAT--A-AAGAA-GTCCT-GATATATG--T-TTT-GATTTTAGTTCATTAAAAAGGAAA
gi|20 : ATTTGATT-T------ATTTTGAA--TT-T-GGC-A-C--AACAATA---ACACT-AT--AC-ATGA-G-CACTA--TACATTGATG-AA-----ACA-AAAA--A-CA--G--ATG--A--GAA-A--CTGG-C--A-T--T-GAAA--------T--AAA-A---AA----A-A-AT-----TAA-G--A-G----T-GC-A-TA--TTG--A--CT-G--C-A-T-GAC-----TA--GAT--TATTA--A---ATAT-AG-ATT-AATTG-C--AATC-T---G---GATAATTTAA-AAT-AAT--GAT--GA-----TA---------A--T-------
gi|22 : ttgATTTGATT-T------ATTTGGAA-TTT-T-GGC-A-CATA----TA--TACATT--------ATTA-G-CACTA--TACA--------A-----ACA-TAAA--A-CA--G--ATG--A--CAA-A--TT-GAT--A-T--T-GAAA--------T---AA-AT----------A-ACA----TAT-AAGA-G----T-GC-A-TA--TTA--Agatga
gi|23 : tttaATTTGGAA-TTT-T-GGC-A-C--A----TA--TACATT-A-------TTA-G-CACCA--TATA--------A-----ACA-TAAA--A-CA--G--ATG--A--CAA-A--TT-GAT--A-T--T-GAAA--------T--G-A-AT----------A-ACA----TAT-AGGA-G----T-GC-A-TA--TT----AATT-G--C-A-C-GAC-----GA--GAT--TGCTAC-----ATAC-AG-ATT-AAATG-T--AATC-T---G---G-ttggaagtcaaaaaagttttcctacaacataaa
gi|24 : tg-CA-G-----------AA----------T-AC--AAGTTT--AAC---TA--T---------TAAAAA-AATTGA-----------TCTT------AAAATTGG---T----G-CA--CTAAA--CTCCTG--GGAT-----G---------ACCCATAAA--GATA-TG--GA-GTCTGA-TTTCC-A-AT--G--GGG-TCCTATATTAG-TAAACC-ACTC-C-A-GT-CAAAATGACA-------TA
gi|25 : aAT-TATG--C-ATG-AATTTTAGATCATTAAAAAGt
gi|26 : ----A-TTTG-A--TT-----AAA-GTTTG-GA-TT-ATT-G--T-AAAA---ATT-TAATT--GAATA-TTTGA-TA-----GAA---G--AC--T-ACATAGT-----T--GTGGATAT-TAGGT--TTA-G-GATGagcatttttcacctcagatttaaatttagccgttttgttttctacacatctgatga
gi|27 : C-ACTC-C-A-GT-CAAAATGACA-------TTAT--A-A---T---TA---
gi|28 : attttcaatggtttttttttaatattgttgtgATTTGATT-T------ATT-GGGAATTA-T-GGC-A-C--A----TA--TACATT--------ATTA-G-CACTA--TACATTGATA-AA-----ATA-TAAA--A-CA--atcaagaccaaagaagagttga
gi|3 : ttgTTGATT-TGA-TATATTCGCAA--TT-T-GGCCATC--A----TA---ACATT-A---A--ATTA-GACACTA--TACA--------A-----AGC-TAAC--A-CA--G--AT---A--CAA-A--T--GAC--A-A--T-GACA--------TT-GA---TA-AA-T--A-A--CA----TAT-A--A-GAAAGT-GG-C-CA--TTA-----TT-G----A-C-GAC-----TA--GAT--T-TTAA-AT--AGAT-----TT-AAATGAT--AAT--TT--G---G-TGATTT---AAT-AAT--GAT--GA-----TA---------A--T-------TA-----TGAATA-CATTTAA-AAGTTGTA----T-CT-CT---TA----T-GAAAGTA---ATAA----A-TAT-GTTG-A-C--A-T-C-----------------GAAT-----T-AC--AATTT---AAT---T---T---------AAAA-G-AATTGA-----------TCTT-C----AAA--TGG---T----GACA--CTAAA--TTC-TA--GGAT-----------------CCATAAAA---CA-CG--AA-CTCTTA-TT--C-AGA---A--GGG-TCCTATAATAG-TAAAC--ACTC-C-A-GT-CAAAATG-CA-------CTAT--A-T---T---T----T-AAA-----TGA-A---T-T--A--T----AATTTG-A--T-------AA-GTTAG-GA-TT---T-G--T-AA------GT-AA-TT--AAATAGTTTGA-TA-----GAA--G---AC--T--CATAGT-----T--GTAGATAT-TTGGT--TTTTG-GATGT--TTTAGAACAT--A-AAGAA-GTCCT-GAT-TATG--TCTTT-GATTTAAATTCATTAAAAAGAAA
gi|30 : atttgaTATTTGATT-T------ATT--GGAATTT-T-GGC-A-C--A----TA--TACATT--------ATTA-G-CAATA--Tgtttaacctggtgatttgaatttaagattgtttatttatcagcattgatgaa
gi|31 : t-T---T-TATTTGGAA--TT-T-GGC-A-C--A----AA--TACAct
gi|4 : atagaATTT-----C-A-A--A----TA--TACATT-A---G--A------CACT---TACATTGAA--AA-----ACA-TAAACAA-CA--G--ATG--A--TAA-----TGGAC--A------------------T--GAA-ATA-AA-T--A-G-G-A----TTT-A--A-GAG--T-GC-A-TA--T-A--TAATT-G--C-A-T-GAC-----TA--GAT--TGTAA------ATAT-AGTATT-AA-TG-C--AAT--C---T---G-AGATCTTA-AAATAAT--GAT--AA-----TA---------A--TGATGA--TA-----C-ATTA-TA---AG-AAGTT-TA--TAC-AT-CA-G-TA----TTGAAAAAAT------T---A-TTC--TTGCA-C--AAT-CA-G-----------AA-GAGT-----T-AC--A--TTT--AAT---AACTT---------AAAAA---ATTGA-----------TCTT-TTAAAAAAAATGG---T----G-CA--GTAAA--TTCCTA--GGAT-----A---------ACCCATAAAA--------------------TTTCC-A-A---A--GGGGTCCTATATTAG-TAAACC-CCTC-C-A-GT-CAAAAT-------------------T---T---TA---C-AAAAA---AGA-CA-TT-TTAA--TTTTGA-TTTG-A--TT-----TAA-GTTTG-GA-TTTG-T-A--T-AAAA---AGT-GTATT--GAACA-TTAAA-TA-----GAA--G---AC--T-ACATAGT-----T--GTGGATAT-TTGGT--TTA-G-GATGA--TTTAGAACAT--A-GAGAA-GTCCT-GAT-TATG--T-TTG-GATTTTAATTCATTAAAAAGGAAA
gi|5 : attTATTTGATT-T------ATTCAGAATTTTAT-GGC-ATC--A----TA--TACATT-A---A--ATTC-A-CACTA--TACA-------AA-----ACA-TAAA--A--A--G--ATG--A--CAA-A--TGTGAC--A----T-GAAA--------TT-GAATATA-AA-T--T-A-ACA----TATCA--A-A----T-GCCA-TAA-TTA--AATTTTG--CCA-C-GAC-----TA--GAT--TTTTAC-AC--ATAC-AG-AAT-AA-TG-T--AAT--TT--G---G-TG---TTA-AA---AT--AA---GG-----TA---------A--T--------A-----C-ATTA-TA---AA-AAGTTGATA-TAC-A--CG-A-TA-------AAAAGATTCATAAT---A-TTT-GT-G-A-C--AAT-CA-G-----------AA-GAGT-----T-AC--AATTTT--AAT---TA-------------AAAAG-AATTTA----------ATCTT------AAAAATTG---TTT--G-CA--CTAA---TTCCT---GGAT-----A-----------CCATAAAA-GA-G-CG--AA-GT-TAA-TTTCC-A-A---A--GGG-TCCTATAA-AG-TAAACC-ACTC-C-A-GT-CAAA-TGACA-------TA-T--A-T---TCT-TA---C-AA-GA---TGA-AA-AT-T--A--T----A-TTTG-A--TT-----AAA-GTTAG-GA-TA-T-T-G--T-AAAA---AGT-AAATT--AAATA-TTTGA-TA-----GAG--AG--AC--TAACATAGT-----T--GTTGATAT-TTGGT--TTA-G-GAT-A--TTTAGAATA---A-AAGAA-GTCCTAGAA-TATGCTT-TTGTGA--TTAGTTCCATATAAAGGAAgttttcaccttcaatttgaattttgatcacattgatgga
gi|6 : tt--A----TA---ACATT-A--------TG-A-CACTA--TACATTGCAA-AA-----ACA-TAAA--AACA--G--ACG--A--TAA-A--T--GAC--A-T--T-------------T--GAA-ATA-AA-T--A-G--CA----TTT-A--A-GAG--T-GC-A-TA--TTA--A--TT-G--C-A-T-GAC-----TA--GAT--TGTTA--AT--ATAT--G-ATT-AAATG-T--AATC-T---G---G-TAATCTTA-AAATAAT--GAT--GA-----TA---------A--TGCATGA-TA-----C-ATTA-TA---AG-AAGT-GTTA-TAC-AT-CA-G-TA----T-GAAAAAAC---TTAT---A-TTT-CTTG-A-C--AAT-CA-G-----------AA-GAGT-----T-AC--AATTTT--AAC---TA--T---------TAAAA--AATTG-----------ATCTT-TTTAAAAAAATGG---T----G-CC--AGAAA--TT-CTA--GG-------AT-------AACCCATAAA-------------------A-TTTCC-A-A---A--GGG-TCTTAT--TAG-TAAACC-CCTC-C-G----CAAAAT-------------------T---T---TA---CAAAAGACATTTT-AA-TT-T--T--TG---A-TTTG-A--TT-----TAA-GTTT--GA-TT-A-T-GTAT-AAAA---AGT-GTATT--GAACA-TTAAA-TA-----GAA---G--AC--T-ACATAGT-----T--GTGGATAT-TT-GT--TTA---GATGA--TTTAGAACAT--A-GGAGA-GTCCT-GAT-TATG--T-TTG-GA-TTTAATTCATTAAAAAGGAAAgtt
gi|7 : aTTTGATT-TGATT-TATTCAGAA-TTT-T-GGC-A-C--A----TA--TAC--T-A---A---TTA-G--ACTA--TACA--------------ACA-TAAA--A-CA--GG-ATG--A--AAA-A--TTGTAC--A-A--TAGAAA--------TTGAAA-ATA-GAGC--ATA-ACA----TAT-A--A-GAG--T-GC-AATA--TTA--A--TT-G--C-A-CAGAC-----CA--GAT--TTTTAC-AT--ACA---G-ATT-AATTT-G--AAT--TT--G---G-TGATGTTA-AAATAAT--GAT--GA-----TA---------A--TGA-----TAATCAGC-ATTA-TA---AA-A-GTTGTAA-TACCAT-CGAG-TGATATT-GAAAAGAT-CATAAT---A-TTT-GTTG-A-CAAAATGCA-GTAA--------GA-GAGT-----T-A---AATTTT--AAT---TA--T---------AAAAAG-AATTGA-------------TC-T----AAAAATGG---T----G-CA--CTAAA--TT-CTA--GG-------AT-------AACCCATAATAAGAAACCG--AACGTCTTATTTTCC-A-A---G--CGG-TCCTATATT-G-T-AACC-ACTCAC-AGGT-CAAAATGGCA-------TCAT--AGT---T---TA---C-AAAAA---TGA-AA--T-T--A--T----A-TTTGCA--TT-----AAA-GTAGG-TA-TT-ATT-G--TCAAAA---AGTAAAATT--AAATA-TTTGA-TA-----GAA--agctttcaccttcaatttgaattttttgatcacattgatgga
gi|8 : TA-TTTCC-A-ATGGATCGGA-TCCTGTATTAG-TTGACCCACTC-C-A-GT-CAAAATGACA-------TAATTTA-T---C---TAGGCC-TAAG--------------T--A--G----A-GTTG-AGCTT-----ATA-ATGTG-AACTT-A-T-G--T-AAAA---TGC-AATTT--GAGGA-TGTAA-TA-----AAAAAGG--ACGTT-ACCAAGC------------ATAA-TAAGT--TTA-A-AATCA--CTTAACACATTAA-AAAAACACCCC-GAT-TGTG--C-ACG-GATTTTAGTTCATTAAAAAG
gi|9 : aaaatacaattttaacA-CG--AA-ATCCTA-TTTCC-A-A---TT-GGA-CCCTATATTAT-TTGACC------C-A----CACAATGACAATTTATCTAGT--C-C---TAGGTA---C-A--GA---TGA-GG-TT----A--T----A------A--T----------GT--G-AACTT-A-T-G--T-AAAA---TGC-AATTT--GAGCA-TGTCA-TAAAAAAGGA--GGTCACCAT-ACATA--------------ATA----AGT--TTA-A-AATCA--CATTGAAAAA--A-AAAAA-CTC----AT-TGTG--C-ATG-AAATGTAGTTCATTAAAAAGagcatttctcaccctagatctgaatttaattttgttatctatacataggaatgacaggagcgggggatggggactatataaatgaaaacggaagccttagcaagaacataacaagacgatggagtcaccagtattcccatacagctatggtcctaatctccagctatcttcattatcacagtaaacttgcttgtaccaggatacttattttgtagctgacgacatcccttgacaggaata
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): GTTTATTTGGAATTAAGAACAGTACACATACTCACAATACATATAAAACACATAGTAAAACATATTAAACACTTATCATTTTATCAAATTACATTTTCATTTATTGAATGTTCCAGACTCATTACATACATCACTATGATTAAAGTATTGTATCATTTTGGACAATATAAGATAATGGGGCAGTATAGTAGATACCGGTGTGTTGATACGCTTCAAATGACAAGACGAATGTTACATTA
Unaligned ( gi|21 ): TTACTTGTTTAAACTAAGCATGCACTATACATGTACATGGAAAACACAGTAAAAACATTAAACACTTGACATTTAGTCAAAAATAAATAACACTGAAAGTCCCAAACTCATTACATACATTTTGGACGATATAAAATAACGAGGCACTATA
Unaligned ( gi|29 ): AAATCCGCCTATGATAAAAACACTCGTATTAAAAACAGCTGGTGCCACGTCAATCAAAACAAGTGATAGA
Alignments
lowQualScore : 333333 111 1111 111 222222222 4444444 111 111111111 22222222 2222 11111 1111111111111 22222222 111 5555555555555555555555555 11111111111 111111111111111111 4444444444444444444444 3333333333333333 11111 111111 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111 1 111 11111 111111 11 11111111 1
lowQualScore : 2 444444 2 5 2 111 4 22 0000 444 333333333 2 2 22 7777777 2 33 2 33 55 33 33 2 33 222 44444 2 777777777 4 2 4444444 66 5555 2 55555555 2 2 55 55 0000 2 33 4 2 2 2 66666 2 33 444 8888888888888 2 666 2 33 33 22222222 333 4 2 77 555 55 2 33 55555 1111111111111111111111111 66666 2 99999999 2 0 777777 2 2 2 7777 777777 77 0 444 2 2 2 2 66 2 2 55555555555 2 55555 4 33 55 777777777777777777 55 5555555555555555555555 444 8888 2 33 555 33 4444444444444444 3 33333 2 33 77 2 2 2 333333 5 77777 3 55 0 3 3 44 3 0 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3 3 22222 3 33 3 3 111 44 3 9999 3 3 44 0 3 4 00000 888888 22 4 66666666 1 4 66 888 1 66 777 5 5 5 4 6666 4 0
lowQualScore : . ...... . . . ... . .. .... ... ......... . . .. ....... . .. . .. .. .. .. . .. ... ..... . ......... . . ....... .. .... . ........ . . .. .. .... . .. . . . . ..... . .. ... ............. . ... . .. .. ........ ... . . .. ... .. . .. ..... ......................... ..... . ........ . . ...... . . . .... ...... .. . ... . . . . .. . . ........... . ..... . .. .. .................. .. ...................... ... .... . .. ... .. ................ . ..... . .. .. . . . ...... . ..... . .. . . . .. . . ........................................................... . . ..... . .. . . ... .. . .... . . .. . . . ..... ...... .. . ........ . . .. ... . .. ... . . . . .... . .
lowQualScore : 7 444444 5 8 2 222 4 99 3333 555 666666666 2 1 99 5555555 2 11 2 11 66 22 22 4 22 222 99999 4 222222222 7 4 9999999 66 0000 4 44444444 4 2 33 33 5555 4 22 7 4 4 4 88888 4 22 555 1111111111111 2 444 2 11 11 11111111 999 4 4 88 999 66 4 22 99999 8888888888888888888888888 22222 5 11111111 5 4 222222 7 7 7 5555 666666 11 2 777 7 7 5 5 99 4 4 33333333333 4 99999 7 22 66 444444444444444444 99 9999999999999999999999 444 8888 5 44 111 44 5555555555555555 2 11111 4 22 44 4 5 5 111111 0 77777 1 00 3 1 1 66 1 8 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 3 99999 3 44 3 3 888 66 3 4444 3 6 66 1 3 0 00000 444444 22 4 33333333 9 4 11 000 1 99 222 0 0 0 4 6666 4 2
consensus : TATTTGATT-T---T-TA-TTCGGAA-TTTT--GGCA-C--A----TA--TACATTA---A--ATTA-G-CACTA--TACAT------AAACA-TAAA--A-CA--G--ATG--A--CAA-A--TTGGACA-TT-GAAA-T--------GAA-ATA-AA-T--A-A-ACA----TAT-A--AG-G--T-GC-A--TA--TTAAAATT-G--C-A-C-GA-C-----TA-GAT--TG--TTAC-AT--A-TAT-AG-ATTAA-A-TG-TA--A--T----T---G---G-TG-ATTT-TAAAT--AAT--G-AT--GA-----TA---------A--T-----G------TA-----CATTA-TAA--------A-AAGTTG------TAA-TAC-AT-CG-G-TA----T-GAAAAGAT-CATAAT---A-TTT-GTTG-A-C--AAT-CA-G-----------AA-GAGT-----T-AC--AATTTT--AAT---TA--T---------AAAAAG-AATTGA----------ATCTT-T----AAAAATGG---T----G-CA--CTAAA--TTCCTA--GGAT-----AT-------AACCCATAAAAAGACA-CG--AA-GTCTTA-TTTCC-A-A---A--GGG-TCCTAT-----ATTAG-T-AAACCACTC-C-A-GT-CAAAATGACA-------TAAT--A-T---T---TA---C-AAAGA---TGA-AA-TT-T--A--T----A-TTTG-A-----TTAAA-GTTNG-GA-TT-A-TG--T-AAAA---AGT-AAATT--GAACA-TTTGA-TA-----GAA--GG--AC--T-ACATAGT-----T--GTGGATAT-TTGGT--TTA-G-GATGA--TTTAGAACAT--A-AAGAA-GTCCT-GAT-TATG--T-TTG-GATTTTAGTTCATTAAAAAGGAAA
Reference ( family-1342 ) : TATTTGATT-T---T-TA-TTCGGAA-TTTT--GGCA-C--A----TA--TACATTA---A--ATTA-G-CACTA--TACAT------AAACA-TAAA--A-CA--G--ATG--A--CAA-A--TTGGACA-TT-GAAA-T--------GAA-ATA-AA-T--A-A-ACA----TAT-A--AG----T-GC-A--TA--TTAAAATT-G--C-A-C-GA-C-----TA-GAT--TG--TTAC-AT--A-TAT-AG-ATTAA-A-TG-TA--A--T----T---G---G-TG-ATTT-TAAAN--AAT--G-AT--GA-----TA---------A--T-----G------TA-----CATTA-TAA--------A-AAGTTG------TAA-TAC-AT-CG-G-TA----T-GAAAAGAT-CATAAT---A-TTT-GTTG-A-C--AAT-CA-G-----------AA-GAGT-----T-AC--AATTTT--AAT---TA--T---------AAAAAG-AATTGA----------ATCTT-T----AAAAATGG---T----G-CA--CTAAA--TTCCTA--GGAT-----AT-------AACCCATAAAAAGACA-CG--AA-GTCTTA-TTTCC-A-A---A--GGG-TCCTAT-----ATTAG-T-AAACCACTC-C-A-GT-CAAAATGACA-------TAAT--A-T---T---TA---C-AAAGA---TGA-AA-TT-T--A--T----A-TTTG-A-----TTAAA-GTTNG-GA-TT-A-TG--T-AAAA---AGT-AAATT--GAACA-TTTGA-TA-----GAA--GG--AC--T-ACATAGT-----T--GTGGATAT-TTGGT--TTA-G-GATGA--TTTAGAACAT--A-AAGAA-GTCCT-GAT-TATG--T-TTG-GATTTTAGTTCATTAAAAAGGAAA
gi|1 : TCTGATTAT---T-TAATT--GAA-TTTTA-GGCA-C--A----TA---ACA------G--ATTA-G-AACTA--TACATTGATACAAACA-TAAA--A-CA--G--ATAGAA--CAA-C--T--GACA-T---AAA-T--------TGA-ATA-A--T--A-A-GCGCCAGTAA-A--AGAG--T-GA-A--CACTTTCAAGTT-GGCC-AGC-GA-C-----TA-AGT--TG--TTA-----------------------TG-TA--A--T----C---G---G-GA-ATTTATAAAT--A-------T---A-----TA---------G--------A------TA-----CATTA-TAA--------ACAAGTTG------TAAATAC-AT-CA-G-TA----T-TGAAAGAT-CATAGT---A-TTT-GTTG-A-CCAAAT-AAAG-----------AA-GAGT-----T-AC--AATTTT--AATATATA--TTAAAAAAAAAAAAAA-AACTGATATTAAAATCATCTTCT----TAAAATGG---T----G-CA--CTAA---TTCCTA--GGAT-----A--------ACCCCATAAAAGACCA-CG--AA--TCTTA-TTTCC-A-A---A--GGGGTTCTAT-----ATTAG-T-AA--CACTC-CGA-GT-CAAATTGGCA-------TATT--A-T---T---AA---CAAAAAA---TGA-AACTT-T--A--A----T-TTTG-ATTGATTTAAA-GTTTG-GA-TT-ATTG--T-AAAA-----C-TAATCCGGAATA-TTTGA-TA-----GAA--CG--AG--T-ACATTGTGTGTGT--GTGGGGATATTGGCCGTTA-G-GATGA--CTTAGTACAT--ATAAGAA-GTTCT-GAT-TATG--T-TTG-GA--TTAGTTC-TTATAGAAGAA
gi|10 : t-T---T-TA-TTTGGAA-TTT---GGCA-C--A----TAATTACATTG---A--A--A-A-CACAG--TA---------AAACA-TAAA--A-CA--C--TTG--A--TA-----TC------TT-CAAA-T--------TCA-ATA-GT-TCCA-A-ACT----CGT----------T-GG-A--TA------AATT-----------A-C-----TA-G-----G--CTAA-AG--AGTAT--T-ATTGC-A-T--T------T----T---G---G-TC-CTTTATAAAACTAAT--G-AT--G------CA---------G--T-----A------TA--------TA-TAG--------T-ATGTTG------GTA-CGC-AT-CA-A-TA----T-GAAT-GAT-TACATT---AGTTT-ATT--A-C--AAT-AA-AGTTAAAAAAAAAA-AAGT-----TTAC--AATTTT--AAC-----------------GAAAAG-AATTG-----------------------------G---T----G-CA--CTAAA--TTCCTA--GG-------AT-------AAGCCATAAAA--ATA-AG--AA-ATCTTA-TTTTCAA-A---A--GGG-TCCTAT-----ATTAGCT-GAACCACTC-C-A-GT-CAAAATGATA-------TAAT--A-TATAT---TT---C-AAA-A---TAATAA-TTGT--AAGTAAA-A-TTTA-G-----CTAAA--TTGG-AACTT-A-CA--T-AAAATGCAAC-AACTT--GAGCA-Tgtaattcaagtttcacctccgatgattg
gi|11 : ga-CACTA--TA-------------A-TAAG--G-TA--GTCA-G--A--AAA-G--TTGTACA-AT-GAAA-TTCTATATTGAACATACAA-T--A-T-ACA----TAT-A--AGAG--T-GC-AATTA--TTTAA-TT-G--CTA-C-GA-C-----TATGAT--TT--TTACTAT--A-TATCAG-ATTAA-AATG-TACAA--T----CTGGG---G-TG-A-TT-TAAAT--AATA-G-AT--GAACATGTA---------AAGT-----GAGATGATA-----CATTA-T-A--------A-AAGTTG------TA
gi|11 : aC-A--GA--TTAAAAT--G--T-A-C-AATC-----TG-GGG--TGATTTAA-AT--A--AT-AG-ATGAACA-TG-TA--AAGTGAGAT---G---A-TACATTA-TAAAA--GTT--GTAT--AA-----TA---------T--A-----G------TA-----AAT-A-CAAGAAAAAATA-AAGTCAATCGAATAA-AAG-AT-TG-G-TA----T-AAAAAGAT-CATAATTTAA-TAT-GTTG-AAC--AAT-CT-G-----------AAAGAGT-----T-ACTAAATTTT--AAT---TA--T---------AAAAAGCAATTGA----------TTC-T-T----AAAAATGG---T----G-CAGCTTAAAACTTCCTA--GGA------AT-------AACCCATAAAAGAACA-CGAAAA-GACTTA-Ttaatatagtaaatacaagaaaaaataaagtcaatcgaataaaagattggtataaaaagatcataatttaatatgttgaacaatctgaaagagttactaaattttaattataaaaagcaattgattcttaaaaatggtgcagcttaaaacttcctaggaataacccataaaagaacacgaaaagacttat
gi|12 : acactataataaggtagtcagaaaagttgtacaatgaaattctatattgaacatacaatatacatataagagtgcaattatttaattgctacgactatgatttttactatatatGATT-TA--T-TA-TTTG-AA-TAAT--GGCA-C--AAG--TA---ACATTT-------TTC-G-CACTACATACATGATAA-AAACA-TAAG--A-CA--G--AGG--A--CAG-AACTTGGACA-TC------T--------GAA-ACA-A--T--A-A--CA----TAT-ATTAG----T-GC-A--TA--TTAT--TT-G--C-A-T-GA-TGACTATA-GATCTTG--TTAC--T--A-TCT-AG-ATTAA-A-TG-TA--A--C----T---GTGGA-TA-ATTT-AAAAT--AATATG-AT--AA-----TA---------A--T-----GCATGACTA-----CATTA-TAA--------A-AA-TTG------TAA-TAC-ATTCA-G-TA----T-GAAAAGAT-CATA-T---A-TTT-GTTA-G-C--AAT-CA-G-----------AA-G-GT-----T-AC--AATTTTTTAAT----A--T---------TAAAAA-AATTGT----------AGGCT-T----AAACATGG---TAGATG-CA--CTAA---TTCTTA--GGAT-----ACGGGGATCAACCCATAAAA-GACA-CG--AA-ATCTTA-TTTCC-A-A---A--GGA-TC
gi|13 : ATTTGATT-T------A-TTTGGAA-TAT---GGCA-C--AAG--TA---ACATTT-------TTC-G-CACTA--TACATTGATA-AAACA-TAAG--A-CA--G--ATG--A--CAA-A--CTG-ACA-TT-GAAA-T--------------A-AA-T--A-A--CA----TAT-AT-AG----T-GC-A--TA--TTATA-TT-G--C-A-T-GA-TGACTATA-GAT--TG--TTAC-AT--A-TCT-AG-ATTAA-A-TG-TA--A--C----T---G---GGTA-ATTT-AAAAT--AAT--G-AT--GA-----TA---------A--T-----GATGA--TA-----CATTA-TAA--------A-AAGTTG------TAA-TAC-AT-CA-G-TA----T-GAAAAGAT-CATAAT---A-TTT-GTTG-A-C--AAT-CA-G-----------AA-GGGT-----T-AC--AATTTT--AAT---TA--T---------TAAAAA-AATTG-----------ATC-T-T----AAAAATGGTGAT----G-CA--CTAAA--TTCTTA--GGATACGGGAT-------AACCCAT-AAAAGACA-CG--AA-ATCTTA-TTTCC-A-A---A--GGG-
gi|14 : gTTTGATT-TGATT-TA-TTCGGAA-TTTT--GGCA-C--A----TA--TACAATA---A--GTCA-C-CGATA--TACAT------C--CC-TTAC--C-CA--G--ATG--C--TAACA--TGAGA-A-CG-GAAT-T--------GAA-ATA-TA-T--A-ACATA----TAT-G--AG----T-GC-A--TA--TTCAA-TT-G--C-A-C-GA-C-----TA-TAT--TT--TTAC-AT--A-TA---G-ATTA------------------------------G-ATTT-AAAAT--AAT--G-AT--GA-----TA--------------------------------CATTA-TAA--------T-AAGTTG------TAA-TAC-AC-CG-ACTA------AAAAAGAT-CATAAT---A-TTT-GTTG-A-T--AAA-CA-G-----------AA-GAGT-----T-AC--AA-TTT--AAT---TA--T----------TAAAG-AATTG-----------ATC-T-T----AAAAATGG---T----G-CA--CTAAA--TTCCTA--GG-------AT-------AACCCTT--AAAGACA-CG--AA-GTCTatc
gi|15 : TTGGA---TTT--GGCA-C--A----TA----CATCA---A--A--------CTA--TACAT------GAACT-TATA----CATTG--ATA--AAACAT-A--TTG--CA-TT-G-------------GAA-ATA-AA-T--A-A-ACA----TTT-A--GGGG--T-GC-A----------AATT-T--C-A-T-GA-CATGA-TA-AGT--TG--TTAT-GC--A--AT-C---TTGG-A-T------A--C----T-------------TTT-TAAA----AT--C-ATCGGA-----TG---------A--T-----G-------------CATTA------------A-ATATTG------T---TAT-CT-CA---TA----T-GAA-----------T---T-TTT-GCT--A-C--CAT-TA-G-----------AA-AAGAAAAGAT-AC--AATTTTT-AAT---TT--T---------TAAAA--AATTGA-----------TCTT-T----AAAAATGG---T----G-CA--CTAAC--T--CTATTAGA------AT-------GACCTAT--AAAGATA-CG--GA--TC-TA-TTCCC-A-A---T--GGG-GTCTATAATTCATTAG-T-a
gi|16 : -A-T--AAT-TA-A-----------TA-AAGA-----T-AC--AATTTT--AAC---TG--T---------AA---G-AATTCA--------------------------------T----G-CA--CTAAA--TTCCTA---------------------ACCCATAAT--TTTA-CG--AA-ATCCTA-TTTCC-A-AT--T--GGA-CCCTAT-----ATTAT-T-TGAC----C-C-A----CACAATGACAATTTATCTAGT--C-C---TAGGTA---C---AGA---TGA-----------------------G-G-----TTATA-ATGTG-AACTT-A-TG--T-AAAA---TGC-AATTT--GAGCA-T
gi|17 : ttttttcattttggtcgatacaaaataatgaggcaatatgttggtacaagatcaatgttaaattgtacattaaatcaatttattttaatcaaaATTTGATT-T------A-TTTGGAA-TTTT--GGCA-C--A----TA--TACATTATACATTATTAAG-CACTA--TACA--------AACA-TAAA--A-CA--G--ATG--A--CAA-A--TT-GACATTT-GAAATT--------GAA-ATA-AA-T----A-ACA----TAT-AAGAG----T-GC-A--TA--TT--AATT-G--C-A-C-GA-C-----TA-GAT--TG--TTAT-AT----TAC-AG-CTTAA-A-TG-TA--A--TC---T---G---G-TA-ATTT-AAAAT--AAT--G-AT--GA-----TA---------A--T-----GATGC--TA-----CATTA-T-A--------A-AAGTTG------TAA-TAC-AT-CA-G-TA----T-GAAAAGAT--ATAAT---A-TTT-GTTG-A-C--AAT-CA-G-----------AA-GAGT-----T-AC--AATTTT--AA
gi|19 : tg-AG-ATTAA-A-TG-TA--A--T----TTG-G---G-TG-ATTT-AAAAT--AAT--G-AT--GA-----TACATGTAATGA--T-----GA-----TA-----CATTA-TAA--------A-AAGTTG------TAA-TAC-AT-CG-A-TA----T-GAAAAGAT-CATAAT---A-TAT-GTTG-A-C--AAT-CA-G-----------AA-GAGT-----T-AC--AATTTT--AAT---TA--T---------AAAAAG-AATTG-----------ATC-T-T----AAAAATGG---T----G-CA--CTAAA--TTCCTA--GG-------AT-------AACCCAT-AAAAGACA-CG--AA-GTCTTA-TTTCC-A-A---A--GGG-
gi|2 : cTATTTGATT-T---T-TA-TTCAGAAATTTT--GGCA-C--A----TA---ACATTA---A--ATTA-G-CAC-A--TACA--------AACAATAAA--A-CA--G--ATG--A--CAA-A--TTGGACA-AT-GAAA-T--------GAA-ATA-AA-T--A-A-ACA----TAT-A--AG----TAGC-A--TA--TTAAAATT-G--C-A-C-GA-C-----TA-GAT--TT--TTAC-ATCAA-CAC-AG-ATTAA-A-TG-TA--A--T----T---G---G-TG-AGGT-TAAAG--AAT--A-AT--GA-----TA---------A--T------------TA-----CATTAATAA--------A-AAGTTG------TAA-TAC-AT-CG-A-TA----A-GAAAAAGT-CATAAT---A-TTTCGTTG-A-C--AAT-CA-G-----------AA-GAGT-----TTAC--AATTTT--AATA--TA--T---------AAAAAG-AATTGAG---------ATCTTAT----AAAAATTG---T----G-CA--CTAAA--TTCCTA--GGATT----AT-------AACACACAAAAAGACG-CG--AA-GTCTTA-TTTCC-A-A---A--GGC-TTCCAT-----AATAG---AAACCACTC-C-A-GTCCAAAATGACA-------TAGT--A-T---T---TA---C-AAAGA---TGA-AA-TT-T--A--T----A-TTTG-A-----TTAAACGTTAGCGA-TT-A-TG--T-AAAA---AGT-AAATT--AAATA-TTTGACTA-----GAA--GG--AC--T-ACATAGT-----TTGGTAGATAT-TTGGT--TTA-GTGATGGATTTTAGAACAT--A-AAGAA-GTCCT-GATATATG--T-TTT-GATTTTAGTTCATTAAAAAGGAAA
gi|20 : ATTTGATT-T------A-TTTTGAA-TTT---GGCA-C--AACAATA---ACACTAT--AC-ATGA-G-CACTA--TACATTGATG-AAACA-AAAA--A-CA--G--ATG--A--GAA-A--CTGG-CA-TT-GAAA-T--------AAA-A---AA----A-A-AT-----TAA-G--AG----T-GC-A--TA--TTGA--CT-G--C-A-T-GA-C-----TA-GAT--TA--TTA--A---A-TAT-AG-ATTAA-T-TG-CA--A--TC---T---G---GATA-ATTT-AAAAT--AAT--G-AT--GA-----TA---------A--T-----G------
gi|22 : ttgATTTGATT-T------A-TTTGGAA-TTTT--GGCA-CATA----TA--TACATT-------ATTA-G-CACTA--TAC--------AAACA-TAAA--A-CA--G--ATG--A--CAA-A--TT-GATA-TT-GAAA-T---------AA-AT----------A-ACA----TAT-AAGAG----T-GC-A--TA--TTAAatga
gi|23 : tttaA-TTTGGAA-TTTT--GGCA-C--A----TA--TACATTA-------TTA-G-CACCA--TA--T------AAACA-TAAA--A-CA--G--ATG--A--CAA-A--TT-GATA-TT-GAAA-T--------G-A-AT----------A-ACA----TAT-AGGAG----T-GC-A--TA--TT--AATT-G--C-A-C-GA-C-----GA-GAT--TG--CTAC-----A-TAC-AG-ATTAA-A-TG-TA--A--TC---T---G---G-ttggaagtcaaaaaagttttcctacaacataaa
gi|24 : tg-CA-G-----------AA----------T-AC--AAGTTT--AAC---TA--T---------TAAAAA-AATTGA-----------TCTT------AAAATTGG---T----G-CA--CTAAA--CTCCTG--GGAT-----G---------ACCCATAAA--GATA-TG--GA-GTCTGA-TTTCC-A-AT--G--GGG-TCCTAT-----ATTAG-T-AAACCACTC-C-A-GT-CAAAATGACA-------TA
gi|25 : aAT-TATG--C-ATG-AATTTTAGATCATTAAAAAGt
gi|26 : ----A-TTTG-A-----TTAAA-GTTTG-GA-TT-ATTG--T-AAAA---ATT-TAATT--GAATA-TTTGA-TA-----GAA---G--AC--T-ACATAGT-----T--GTGGATAT-TAGGT--TTA-G-GATGagcatttttcacctcagatttaaatttagccgttttgttttctacacatctgatga
gi|27 : CACTC-C-A-GT-CAAAATGACA-------TTAT--A-A---T---TA---
gi|28 : attttcaatggtttttttttaatattgttgtgATTTGATT-T------A-TTGGGAA-TTAT--GGCA-C--A----TA--TACATT-------ATTA-G-CACTA--TACATTGATA-AAATA-TAAA--A-CA--atcaagaccaaagaagagttga
gi|3 : ttgTTGATT-TGA-TATA-TTCGCAA-TTTG--GCCATC--A----TA---ACATTA---A--ATTA-GACACTA--TACA-------AAGC--TAAC--A-CA--G--AT---A--CAA-A--T--GACA-AT-GACA-TT-------GA---TA-AA-T--A-A--CA----TAT-A--AGAAAGT-GG-C--CA--TTA---TT-G----A-C-GA-C-----TA-GAT--T---TTAA-AT--A-GAT-----TTAA-A-TGATA--A--T----TT--G---G-TG-ATTT---AAT--AAT--G-AT--GA-----TA---------A--TTATGAA------TA-----CATT--TAA--------A-A-GTTG------TA----T-CT-CT---TA----T-GAAAGTA---ATAA----A-TAT-GTTG-A-C--A-T-C-----------------GAAT-----T-AC--AATTT---AAT---T---T---------AAAA-G-AATTGA-----------TCTT-C----AAA--TGG---T----GACA--CTAAA--TTC-TA--GGAT-----------------CCATAAAA---CA-CG--AA-CTCTTA-TT--C-AGA---A--GGG-TCCTAT-----AATAG-T-AAAC-ACTC-C-A-GT-CAAAATG-CA-------CTAT--A-T---T---T----T-AAA-----TGA-A---T-T--A--T----AATTTG-A-----T--AA-GTTAG-GA-TT---TG--T-AA------GT-AA-TT--AAATAGTTTGA-TA-----GAA--G---AC--T--CATAGT-----T--GTAGATAT-TTGGT--TTTTG-GATGT--TTTAGAACAT--A-AAGAA-GTCCT-GAT-TATG--TCTTT-GATTTAAATTCATTAAAAAGAAA
gi|30 : atttgaTATTTGATT-T------A-TT-GGAA-TTTT--GGCA-C--A----TA--TACATT-------ATTA-G-CAATA--Tgtttaacctggtgatttgaatttaagattgtttatttatcagcattgatgaa
gi|31 : t-T---T-TA-TTTGGAA-TTT---GGCA-C--A----AA--TACAct
gi|4 : atagaA-TTT-----CA-A--A----TA--TACATTA---G--A------CACT---TACATTGAA--AAACA-TAAACAA-CA--G--ATG--A--TAA-----TGGACA-T----------------GAA-ATA-AA-T--A-G-G-A----TTT-A--AGAG--T-GC-A--TA--T-ATAATT-G--C-A-T-GA-C-----TA-GAT--TG--TAA------A-TAT-AGTATTAA---TG-CA--A--T----C---T---G-AG-ATCT-TAAAAT-AAT--G-AT--AA-----TA---------A--T-----GATGA--TA-----CATTA-TAA--------G-AAGTT-------TA--TAC-AT-CA-G-TA----TTGAAAAAAT------T---A-TTC--TTGCA-C--AAT-CA-G-----------AA-GAGT-----T-AC--A--TTT--AAT---AACTT---------AAAAA---ATTGA-----------TCTT-TTAAAAAAAATGG---T----G-CA--GTAAA--TTCCTA--GGAT-----A---------ACCCATAAAA--------------------TTTCC-A-A---A--GGGGTCCTAT-----ATTAG-T-AAACCCCTC-C-A-GT-CAAAAT-------------------T---T---TA---C-AAAAA---AGA-CA-TT-TTAA--TTTTGA-TTTG-A-----TTTAA-GTTTG-GA-TTTG-TA--T-AAAA---AGT-GTATT--GAACA-TTAAA-TA-----GAA--G---AC--T-ACATAGT-----T--GTGGATAT-TTGGT--TTA-G-GATGA--TTTAGAACAT--A-GAGAA-GTCCT-GAT-TATG--T-TTG-GATTTTAATTCATTAAAAAGGAAA
gi|5 : attTATTTGATT-T------A-TTCAGAA-TTTTATGGCATC--A----TA--TACATTA---A--ATTC-A-CACTA--TACA-------AAACA-TAAA--A--A--G--ATG--A--CAA-A--TGTGACA-T--GAAA-TT-------GAATATA-AA-T--T-A-ACA----TATCA--AA----T-GCCA--TAA-TTAAATTTTG--CCA-C-GA-C-----TA-GAT--TT--TTAC-AC--A-TAC-AG-AATAA---TG-TA--A--T----TT--G---G-TG----T-TAAA----AT--A-A---GG-----TA---------A--T-------------A-----CATTA-TAA--------A-AAGTTG------ATA-TAC-A--CG-A-TA-------AAAAGATTCATAAT---A-TTT-GT-G-A-C--AAT-CA-G-----------AA-GAGT-----T-AC--AATTTT--AAT---TA-------------AAAAG-AATTTA----------ATCTT------AAAAATTG---TTT--G-CA--CTAA---TTCCT---GGAT-----A-----------CCATAAAA-GA-G-CG--AA-GT-TAA-TTTCC-A-A---A--GGG-TCCTAT-----AA-AG-T-AAACCACTC-C-A-GT-CAAA-TGACA-------TA-T--A-T---TCT-TA---C-AA-GA---TGA-AA-AT-T--A--T----A-TTTG-A-----TTAAA-GTTAG-GA-TA-T-TG--T-AAAA---AGT-AAATT--AAATA-TTTGA-TA-----GAG--AG--AC--TAACATAGT-----T--GTTGATAT-TTGGT--TTA-G-GAT-A--TTTAGAATA---A-AAGAA-GTCCTAGAA-TATGCTT-TTGTGA--TTAGTTCCATATAAAGGAAgttttcaccttcaatttgaattttgatcacattgatgga
gi|6 : tt--A----TA---ACATTA--------TG-A-CACTA--TACATTGCAA-AAACA-TAAA--AACA--G--ACG--A--TAA-A--T--GACA-TT------T--------GAA-ATA-AA-T--A-G--CA----TTT-A--AGAG--T-GC-A--TA--TTAA--TT-G--C-A-T-GA-C-----TA-GAT--TG--TTA--AT--A-TAT--G-ATTAA-A-TG-TA--A--TC---T---G---G-TA-ATCT-TAAAAT-AAT--G-AT--GA-----TA---------A--T-----GCATGA-TA-----CATTA-TAA--------G-AAGT-G------TTA-TAC-AT-CA-G-TA----T-GAAAAAAC---TTAT---A-TTT-CTTG-A-C--AAT-CA-G-----------AA-GAGT-----T-AC--AATTTT--AAC---TA--T---------TAAAA--AATTG-----------ATCTT-TTTAAAAAAATGG---T----G-CC--AGAAA--TT-CTA--GG-------AT-------AACCCATAAA-------------------A-TTTCC-A-A---A--GGG-TCT--T-----ATTAG-T-AAACCCCTC-C-G----CAAAAT-------------------T---T---TA---CAAAAGACATTTT-AA-TT-T--T--TG---A-TTTG-A-----TTTAA-GTTT--GA-TT-A-TGTAT-AAAA---AGT-GTATT--GAACA-TTAAA-TA-----GAA---G--AC--T-ACATAGT-----T--GTGGATAT-TT-GT--TTA---GATGA--TTTAGAACAT--A-GGAGA-GTCCT-GAT-TATG--T-TTG-GA-TTTAATTCATTAAAAAGGAAAgtt
gi|7 : aTTTGATT-TGATT-TA-TTCAGAA-TTTT--GGCA-C--A----TA--TAC--TA---A---TTA-G--ACTA--TACA---------ACA-TAAA--A-CA--GG-ATG--A--AAA-A--TTGTACA-ATAGAAA-TTG------AAA-ATA-GAGC--ATA-ACA----TAT-A--AGAG--T-GC-AA-TA--TTAA--TT-G--C-A-CAGA-C-----CA-GAT--TT--TTAC-AT--A-CA---G-ATTAA-T-TT-GA--A--T----TT--G---G-TG-ATGT-TAAAAT-AAT--G-AT--GA-----TA---------A--T-----GA-----TAATCAGCATTA-TAA--------A-A-GTTG------TAA-TACCAT-CGAG-TGATATT-GAAAAGAT-CATAAT---A-TTT-GTTG-A-CAAAATGCA-GTAA--------GA-GAGT-----T-A---AATTTT--AAT---TA--T---------AAAAAG-AATTGA-------------TC-T----AAAAATGG---T----G-CA--CTAAA--TT-CTA--GG-------AT-------AACCCATAATAAGAAACCG--AACGTCTTATTTTCC-A-A---G--CGG-TCCTAT-----ATT-G-T--AACCACTCAC-AGGT-CAAAATGGCA-------TCAT--AGT---T---TA---C-AAAAA---TGA-AA--T-T--A--T----A-TTTGCA-----TTAAA-GTAGG-TA-TT-ATTG--TCAAAA---AGTAAAATT--AAATA-TTTGA-TA-----GAA--agctttcaccttcaatttgaattttttgatcacattgatgga
gi|8 : TA-TTTCC-A-ATGGATCGGA-TCCTGT-----ATTAG-TTGACCCACTC-C-A-GT-CAAAATGACA-------TAATTTA-T---C---TAGGCC-TAAG--------------T--A--G----A-GTTG-AGC---TTATA-ATGTG-AACTT-A-TG--T-AAAA---TGC-AATTT--GAGGA-TGTAA-TA-----AAAAAGG--ACGTT-ACCAAGC------------ATAA-TAAGT--TTA-A-AATCA--CTTAACACATTAA-AAAAACACCCC-GAT-TGTG--C-ACG-GATTTTAGTTCATTAAAAAG
gi|9 : aaaatacaattttaacA-CG--AA-ATCCTA-TTTCC-A-A---TT-GGA-CCCTAT-----ATTAT-T-TGACC-----C-A----CACAATGACAATTTATCTAGT--C-C---TAGGTA---C-A--GA---TGA-GG-TT----A--T----A------A-----T-----GT--G-AACTT-A-TG--T-AAAA---TGC-AATTT--GAGCA-TGTCA-TAAAAAAGGA--GGTCACCAT-ACATA--------------ATA----AGT--TTA-A-AATCA--CATTGAAAAA--A-AAAAA-CTC----AT-TGTG--C-ATG-AAATGTAGTTCATTAAAAAGagcatttctcaccctagatctgaatttaattttgttatctatacataggaatgacaggagcgggggatggggactatataaatgaaaacggaagccttagcaagaacataacaagacgatggagtcaccagtattcccatacagctatggtcctaatctccagctatcttcattatcacagtaaacttgcttgtaccaggatacttattttgtagctgacgacatcccttgacaggaata
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): GTTTATTTGGAATTAAGAACAGTACACATACTCACAATACATATAAAACACATAGTAAAACATATTAAACACTTATCATTTTATCAAATTACATTTTCATTTATTGAATGTTCCAGACTCATTACATACATCACTATGATTAAAGTATTGTATCATTTTGGACAATATAAGATAATGGGGCAGTATAGTAGATACCGGTGTGTTGATACGCTTCAAATGACAAGACGAATGTTACATTA
Unaligned ( gi|21 ): TTACTTGTTTAAACTAAGCATGCACTATACATGTACATGGAAAACACAGTAAAAACATTAAACACTTGACATTTAGTCAAAAATAAATAACACTGAAAGTCCCAAACTCATTACATACATTTTGGACGATATAAAATAACGAGGCACTATA
Unaligned ( gi|29 ): AAATCCGCCTATGATAAAAACACTCGTATTAAAAACAGCTGGTGCCACGTCAATCAAAACAAGTGATAGA
Alignments
lowQualScore : 333333 111 1111 111 222222222 4444444 11111 111111111 1 222 2222 11111 1111111111111 22222222 11 1111111 555555555555555555555555555555 11111111 11111111111 111111111111111111 4444444444444444444444 33333333333333333 11111 111111 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111 1 111 11111 111111 11 11111111 1
lowQualScore : 2 444444 2 5 2 111 4 22 0000 444 333333333 2 2 22 7777777 2 33 2 33 55 33 33 2 33 888 00000 999999999 4 5555 33 2 0 5555 33 777 2 2 55 55 0000 2 33 4 2 2 2 66666 2 33 444 8888888888888 2 666 2 33 33 22222222 333 4 2 22 7777777 55 33 55555 222222222222222222222222222222 66666 2 2 11111111 33 2 2 2 7777 777777 77 0 444 2 2 2 2 66 2 2 55555555555 2 2 55555 2 33 55 777777777777777777 55 5555555555555555555555 444 8888 2 33 555 33 44444444444444444 3 33333 2 33 77 2 2 2 333333 5 77777 3 55 0 3 3 44 3 0 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3 3 22222 3 33 3 3 111 44 3 9999 3 3 44 0 3 4 00000 888888 22 4 66666666 1 4 66 888 1 66 777 5 5 5 4 6666 4 0
lowQualScore : . ...... . . . ... . .. .... ... ......... . . .. ....... . .. . .. .. .. .. . .. ... ..... ......... . .... .. . . .... .. ... . . .. .. .... . .. . . . . ..... . .. ... ............. . ... . .. .. ........ ... . . .. ....... .. .. ..... .............................. ..... . . ........ .. . . . .... ...... .. . ... . . . . .. . . ........... . . ..... . .. .. .................. .. ...................... ... .... . .. ... .. ................. . ..... . .. .. . . . ...... . ..... . .. . . . .. . . ........................................................... . . ..... . .. . . ... .. . .... . . .. . . . ..... ...... .. . ........ . . .. ... . .. ... . . . . .... . .
lowQualScore : 7 444444 5 8 2 222 4 99 3333 555 666666666 2 1 99 5555555 2 11 2 11 66 22 22 4 22 444 22222 555555555 7 8888 22 4 1 0000 22 666 4 2 33 33 7777 4 22 7 4 4 4 88888 4 22 555 1111111111111 2 444 2 11 11 11111111 999 4 4 22 9999999 66 22 99999 666666666666666666666666666666 22222 5 5 66666666 44 7 7 7 5555 666666 11 2 777 7 7 5 5 99 4 4 33333333333 4 4 99999 4 22 66 444444444444444444 99 9999999999999999999999 444 8888 5 44 111 44 55555555555555555 2 11111 4 22 44 4 5 5 111111 0 77777 1 00 3 1 1 66 1 8 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 3 99999 3 44 3 3 888 66 3 4444 3 6 66 1 3 0 00000 444444 22 4 33333333 9 4 11 000 1 99 222 0 0 0 4 6666 4 2
consensus : TATTTGATT-T---T-TA-TTCGGAA-TTTT--GGCA-C--A----TA--TACATTA---A--ATTA-G-CACTA--TACAT------AAACA-TAAA--A-CA--G--ATG--A--CAA-A--TTGGACAT--T-GAAAT--------GAA-ATA-AA-T--A-AACA----TATA--AGA--G-TGC-A--TA--TTAAA-TT-G--C-A-C-GA-C-----TA-GAT--TG--TTAC-AT--A-TAT-AG-ATTAA-A-TG-TA--A--T----T---G---G-TG-ATTT-NAAA-------TAAT--GAT--GA-----TA---------A-------T-----G------TA-----CATT-ATAAA-A-------AGTTG--TAA-TAC-AT-CG-G-TA----T-GAAAAGAT-CATAAT---A-TTT-GTTG-A-C--AAT-CA-G-----------AA-GAG-T-----T-AC--AATTTT--AAT---TA--T---------AAAAAG-AATTGA----------ATCTT-T----AAAAATGG---T----G-CA--CTAAA--TTCCTA--GGA-T-----AT-------AACCCATAAAAAGACA-CG--AA-GTCTTA-TTTCC-A-A---A--GGG-TCCTAT-----ATTAG-T-AAACCACTC-C-A-GT-CAAAATGACA-------TAAT--A-T---T---TA---C-AAAGA---TGA-AA-TT-T--A--T----A-TTTG-A-----TTAAA-GTTNG-GA-TT-A-TG--T-AAAA---AGT-AAATT--GAACA-TTTGA-TA-----GAA--GG--AC--T-ACATAGT-----T--GTGGATAT-TTGGT--TTA-G-GATGA--TTTAGAACAT--A-AAGAA-GTCCT-GAT-TATG--T-TTG-GATTTTAGTTCATTAAAAAGGAAA
Reference ( family-1342 ) : TATTTGATT-T---T-TA-TTCGGAA-TTTT--GGCA-C--A----TA--TACATTA---A--ATTA-G-CACTA--TACAT------AAACA-TAAA--A-CA--G--ATG--A--CAA-A--TTGGACAT--T-GAAAT--------GAA-ATA-AA-T--A-AACA----TATA--AG---G-TGC-A--TA--TTAAAATT-G--C-A-C-GA-C-----TA-GAT--TG--TTAC-AT--A-TAT-AG-ATTAA-A-TG-TA--A--T----T---G---G-TG-ATTT-TAAA-------TAAT--GAT--GA-----TA---------A-------T-----G------TA-----CATT-ATAAA-A-------AGTTG--TAA-TAC-AT-CG-G-TA----T-GAAAAGAT-CATAAT---A-TTT-GTTG-A-C--AAT-CA-G-----------AA-GAG-T-----T-AC--AATTTT--AAT---TA--T---------AAAAAG-AATTGA----------ATCTT-T----AAAAATGG---T----G-CA--CTAAA--TTCCTA--GGA-T-----AT-------AACCCATAAAAAGACA-CG--AA-GTCTTA-TTTCC-A-A---A--GGG-TCCTAT-----ATTAG-T-AAACCACTC-C-A-GT-CAAAATGACA-------TAAT--A-T---T---TA---C-AAAGA---TGA-AA-TT-T--A--T----A-TTTG-A-----TTAAA-GTTNG-GA-TT-A-TG--T-AAAA---AGT-AAATT--GAACA-TTTGA-TA-----GAA--GG--AC--T-ACATAGT-----T--GTGGATAT-TTGGT--TTA-G-GATGA--TTTAGAACAT--A-AAGAA-GTCCT-GAT-TATG--T-TTG-GATTTTAGTTCATTAAAAAGGAAA
gi|1 : TCTGATTAT---T-TAATT--GAA-TTTTA-GGCA-C--A----TA---ACA------G--ATTA-G-AACTA--TACATTGATACAAACA-TAAA--A-CA--G--ATAGAA--CAA-C--T--GACAT-----AAAT--------TGA-ATA-A--T--A-AGCGCCAGTAAA--AGA--G-TGA-A--CACTTTCAAGTT-GGCC-AGC-GA-C-----TA-AGT--TG--TTA-----------------------TG-TA--A--T----C---G---G-GA-ATTTATAAA-------TA------T---A-----TA---------G-------------A------TA-----CATT-ATAAACA-------AGTTG--TAAATAC-AT-CA-G-TA----T-TGAAAGAT-CATAGT---A-TTT-GTTG-A-CCAAAT-AAAG-----------AA-GAG-T-----T-AC--AATTTT--AATATATA--TTAAAAAAAAAAAAAA-AACTGATATTAAAATCATCTTCT----TAAAATGG---T----G-CA--CTAA---TTCCTA--GGA-T-----A--------ACCCCATAAAAGACCA-CG--AA--TCTTA-TTTCC-A-A---A--GGGGTTCTAT-----ATTAG-T-AA--CACTC-CGA-GT-CAAATTGGCA-------TATT--A-T---T---AA---CAAAAAA---TGA-AACTT-T--A--A----T-TTTG-ATTGATTTAAA-GTTTG-GA-TT-ATTG--T-AAAA-----C-TAATCCGGAATA-TTTGA-TA-----GAA--CG--AG--T-ACATTGTGTGTGT--GTGGGGATATTGGCCGTTA-G-GATGA--CTTAGTACAT--ATAAGAA-GTTCT-GAT-TATG--T-TTG-GA--TTAGTTC-TTATAGAAGAA
gi|10 : t-T---T-TA-TTTGGAA-TTT---GGCA-C--A----TAATTACATTG---A--A--A-A-CACAG--TA---------AAACA-T-AA--A-------------A--CA-----CTTGATATCTT-CAAAT--------TCA-ATA-GT-TCCA-AACT----CGT----------TGG-A--TA------AATT-----------A-C-----TA-G-----G--CTAA-AG--AGTAT--T-ATTGC-A-T--T------T----T---G---G-TC-CTTTATAAAAC-----TAAT--GAT--G------CA---------G-------T-----A------TA--------T-ATAGT-A-------TGTTG--GTA-CGC-AT-CA-A-TA----T-GAAT-GAT-TACATT---AGTTT-ATT--A-C--AAT-AA-AGTTAAAAAAAAAA-AAG-T-----TTAC--AATTTT--AAC-----------------GAAAAG-AATTG-----------------------------G---T----G-CA--CTAAA--TTCCTA--GG--------AT-------AAGCCATAAAA--ATA-AG--AA-ATCTTA-TTTTCAA-A---A--GGG-TCCTAT-----ATTAGCT-GAACCACTC-C-A-GT-CAAAATGATA-------TAAT--A-TATAT---TT---C-AAA-A---TAATAA-TTGT--AAGTAAA-A-TTTA-G-----CTAAA--TTGG-AACTT-A-CA--T-AAAATGCAAC-AACTT--GAGCA-Tgtaattcaagtttcacctccgatgattg
gi|11 : ga-CACTA--TA-------------A-TAAG--G-TA--GTCA-G--A--AAA-G--TTGTACAA--T-GAAATTCTATATTGAACATACAA-T--A-TACA----TATA--AGA--G-TGC-AATTA--TTTAA-TT-G--CTA-C-GA-C-----TATGAT--TT--TTACTAT--A-TATCAG-ATTAA-AATG-TACAA--T----CTGGG---G-TG-ATTT--AAA-------TAATA-GAT--GAACATGTA---------AAGTGAGAT-----GA-----TA-----CATT-AT-AA-A-------AGTTG--TA
gi|11 : aC-A--GA--TTAAAAT--G--T-A-C-AATC-----TG-GGG--TGATTTAA-AT--A--AT-AG-ATGAACA-TG-TA--AAGTGAGAT---G---A-TACATTA-TAAAAGTTGTATAAT---AT--AG-----TA---------A-------------A------TA-----CAAG-AAAAA-ATAAAGTCAATCGAATAA-AAG-AT-TG-G-TA----T-AAAAAGAT-CATAATTTAA-TAT-GTTG-AAC--AAT-CT-G-----------AAAGAG-T-----T-ACTAAATTTT--AAT---TA--T---------AAAAAGCAATTGA----------TTC-T-T----AAAAATGG---T----G-CAGCTTAAAACTTCCTA--GGA-------AT-------AACCCATAAAAGAACA-CGAAAA-GACTTA-Ttaatatagtaaatacaagaaaaaataaagtcaatcgaataaaagattggtataaaaagatcataatttaatatgttgaacaatctgaaagagttactaaattttaattataaaaagcaattgattcttaaaaatggtgcagcttaaaacttcctaggaataacccataaaagaacacgaaaagacttat
gi|12 : acactataataaggtagtcagaaaagttgtacaatgaaattctatattgaacatacaatatacatataagagtgcaattatttaattgctacgactatgatttttactatatatGATT-TA--T-TA-TTTG-AA-TAAT--GGCA-C--AAG--TA---ACATTT-------TTC-G-CACTACATACATGATAA-AAACA-TAAG--A-CA--G--AGG--A--CAG-AACTTGGACAT--C-----T--------GAA-ACA-A--T--A-A-CA----TATATTAG-----TGC-A--TA--TTAT--TT-G--C-A-T-GA-TGACTATA-GATCTTG--TTAC--T--A-TCT-AG-ATTAA-A-TG-TA--A--C----T---GTGGA-TA-ATTT-AAAA-------TAATATGAT--AA-----TA---------A-------T-----GCATGACTA-----CATT-ATAAA-A-------A-TTG--TAA-TAC-ATTCA-G-TA----T-GAAAAGAT-CATA-T---A-TTT-GTTA-G-C--AAT-CA-G-----------AA-G-G-T-----T-AC--AATTTTTTAAT----A--T---------TAAAAA-AATTGT----------AGGCT-T----AAACATGG---TAGATG-CA--CTAA---TTCTTA--GGA-T-----ACGGGGATCAACCCATAAAA-GACA-CG--AA-ATCTTA-TTTCC-A-A---A--GGA-TC
gi|13 : ATTTGATT-T------A-TTTGGAA-TAT---GGCA-C--AAG--TA---ACATTT-------TTC-G-CACTA--TACATTGATA-AAACA-TAAG--A-CA--G--ATG--A--CAA-A--CTG-ACAT--T-GAAAT--------------A-AA-T--A-A-CA----TATA--TA---G-TGC-A--TA--TTATA-TT-G--C-A-T-GA-TGACTATA-GAT--TG--TTAC-AT--A-TCT-AG-ATTAA-A-TG-TA--A--C----T---G---GGTA-ATTT-AAAA-------TAAT--GAT--GA-----TA---------A-------T-----GATGA--TA-----CATT-ATAAA-A-------AGTTG--TAA-TAC-AT-CA-G-TA----T-GAAAAGAT-CATAAT---A-TTT-GTTG-A-C--AAT-CA-G-----------AA-GGG-T-----T-AC--AATTTT--AAT---TA--T---------TAAAAA-AATTG-----------ATC-T-T----AAAAATGGTGAT----G-CA--CTAAA--TTCTTA--GGA-TACGGGAT-------AACCCAT-AAAAGACA-CG--AA-ATCTTA-TTTCC-A-A---A--GGG-
gi|14 : gTTTGATT-TGATT-TA-TTCGGAA-TTTT--GGCA-C--A----TA--TACAATA---A--GTCA-C-CGATA--TACAT------C--CC-TTAC--C-CA--G--ATG--C--TAACA--TGAGA-AC--G-GAATT--------GAA-ATA-TA-T--A-A-CA----TATA--TGA--G-TGC-A--TA--TTCAA-TT-G--C-A-C-GA-C-----TA-TAT--TT--TTAC-AT--A-TA---G-ATTA------------------------------G-ATTT-AAAA-------TAAT--GAT--GA-----TA-------------------------------------CATT-ATAAT-A-------AGTTG--TAA-TAC-AC-CG-ACTA------AAAAAGAT-CATAAT---A-TTT-GTTG-A-T--AAA-CA-G-----------AA-GAG-T-----T-AC--AA-TTT--AAT---TA--T----------TAAAG-AATTG-----------ATC-T-T----AAAAATGG---T----G-CA--CTAAA--TTCCTA--GG--------AT-------AACCCTT--AAAGACA-CG--AA-GTCTatc
gi|15 : TTGGA---TTT--GGCA-C--A----TA----CATCA---A--A--------CTA--TACAT------GAACT-TATA----CATTG--ATA--AAACAT-A--TTG--CAT--T-G------------GAA-ATA-AA-T--A-AACA----TTTA--GG---GGTGC-A----------AATT-T--C-A-T-GA-CATGA-TA-AGT--TG--TTAT-GC--A--AT-C---TTGG-A-T------A--C----T-------------TTT-TAAA---------AT--CATCGGA-----TG---------A-------T-----G-------------CATT-A---A-A-------TATTG--T---TAT-CT-CA---TA----T-GAA-----------T---T-TTT-GCT--A-C--CAT-TA-G-----------AA-AAG-AAAAGAT-AC--AATTTTT-AAT---TT--T---------TAAAA--AATTGA-----------TCTT-T----AAAAATGG---T----G-CA--CTAAC--T--CTATTAGA-------AT-------GACCTAT--AAAGATA-CG--GA--TC-TA-TTCCC-A-A---T--GGG-GTCTATAATTCATTAG-T-a
gi|16 : -A-T--AAT-TA-A-----------TA-AAG-A-----T-AC--AATTTT--AAC---TG--T---------AA---G-AATTCA--------------------------------T----G-CA--CTAAA--TTCCTA----------------------ACCCATAAT--TTTA-CG--AA-ATCCTA-TTTCC-A-AT--T--GGA-CCCTAT-----ATTAT-T-TGAC----C-C-A----CACAATGACAATTTATCTAGT--C-C---TAGGTA---C---AGA---TGA-----------------------G-G-----TTATA-ATGTG-AACTT-A-TG--T-AAAA---TGC-AATTT--GAGCA-T
gi|17 : ttttttcattttggtcgatacaaaataatgaggcaatatgttggtacaagatcaatgttaaattgtacattaaatcaatttattttaatcaaaATTTGATT-T------A-TTTGGAA-TTTT--GGCA-C--A----TA--TACATTATACATTATTAAG-CACTA--TACA--------AACA-TAAA--A-CA--G--ATG--A--CAA-A--TTG-ACAT--TTGAAATT-------GAA-ATA-AA-T--A-A-CA----TATA--AGA--G-TGC-A--TA--TTAA--TT-G--C-A-C-GA-C-----TA-GAT--TG--TTAT-AT----TAC-AG-CTTAA-A-TG-TA--A--TC---T---G---G-TA-ATTT-AAAA-------TAAT--GAT--GA-----TA---------A-------T-----GATGC--TA-----CATT-ATAAA-A--------GTTG--TAA-TAC-AT-CA-G-TA----T-GAAAAGAT--ATAAT---A-TTT-GTTG-A-C--AAT-CA-G-----------AA-GAG-T-----T-AC--AATTTT--AA
gi|19 : tg-AG-ATTAA-A-TG-TA--A--T----TTG-G---G-TG-ATTT-AAAA-------TAAT--GAT--GA-----TACATGTAATGA-------T-----GA-----TA-----CATT-ATAAA-A-------AGTTG--TAA-TAC-AT-CG-A-TA----T-GAAAAGAT-CATAAT---A-TAT-GTTG-A-C--AAT-CA-G-----------AA-GAG-T-----T-AC--AATTTT--AAT---TA--T---------AAAAAG-AATTG-----------ATC-T-T----AAAAATGG---T----G-CA--CTAAA--TTCCTA--GG--------AT-------AACCCAT-AAAAGACA-CG--AA-GTCTTA-TTTCC-A-A---A--GGG-
gi|2 : cTATTTGATT-T---T-TA-TTCAGAAATTTT--GGCA-C--A----TA---ACATTA---A--ATTA-G-CAC-A--TACA--------AACAATAAA--A-CA--G--ATG--A--CAA-A--TTGGACAA--T-GAAAT--------GAA-ATA-AA-T--A-AACA----TATA--AG---T-AGC-A--TA--TTAAAATT-G--C-A-C-GA-C-----TA-GAT--TT--TTAC-ATCAA-CAC-AG-ATTAA-A-TG-TA--A--T----T---G---G-TG-AGGT-TAAA-------GAAT--AAT--GA-----TA---------A-------T------------TA-----CATTAATAAA-A-------AGTTG--TAA-TAC-AT-CG-A-TA----A-GAAAAAGT-CATAAT---A-TTTCGTTG-A-C--AAT-CA-G-----------AA-GAGTT-----T-AC--AATTTT--AATA--TA--T---------AAAAAG-AATTGAG---------ATCTTAT----AAAAATTG---T----G-CA--CTAAA--TTCCTA--GGATT-----AT-------AACACACAAAAAGACG-CG--AA-GTCTTA-TTTCC-A-A---A--GGC-TTCCAT-----AATAG---AAACCACTC-C-A-GTCCAAAATGACA-------TAGT--A-T---T---TA---C-AAAGA---TGA-AA-TT-T--A--T----A-TTTG-A-----TTAAACGTTAGCGA-TT-A-TG--T-AAAA---AGT-AAATT--AAATA-TTTGACTA-----GAA--GG--AC--T-ACATAGT-----TTGGTAGATAT-TTGGT--TTA-GTGATGGATTTTAGAACAT--A-AAGAA-GTCCT-GATATATG--T-TTT-GATTTTAGTTCATTAAAAAGGAAA
gi|20 : ATTTGATT-T------A-TTTTGAA-TTT---GGCA-C--AACAATA---ACACTAT--AC-ATGA-G-CACTA--TACATTGATG-AAACA-AAAA--A-CA--G--ATG--A--GAA-A--CTGG-CAT--T-GAAAT--------AAA-A---------A-AAAA----T-TA--AGA--G-TGC-A--TA--TTGA--CT-G--C-A-T-GA-C-----TA-GAT--TA--TTA--A---A-TAT-AG-ATTAA-T-TG-CA--A--TC---T---G---GATA-ATTT-AAAA-------TAAT--GAT--GA-----TA---------A-------T-----G------
gi|22 : ttgATTTGATT-T------A-TTTGGAA-TTTT--GGCA-CATA----TA--TACATT-------ATTA-G-CACTA--TAC--------AAACA-TAAA--A-CA--G--ATG--A--CAA-A--TT-GATAT--T-GAAAT---------AA-AT----------AACA----TATA--AGA--G-TGC-A--TA--TTAAatga
gi|23 : tttaA-TTTGGAA-TTTT--GGCA-C--A----TA--TACATTA-------TTA-G-CACCA--TA--T------AAACA-TAAA--A-CA--G--ATG--A--CAA-A--TT-GATAT--T-GAAAT--------G-A-AT----------AACA----TATA--GGA--G-TGC-A--TA--TT--AATT-G--C-A-C-GA-C-----GA-GAT--TG--CTAC-----A-TAC-AG-ATTAA-A-TG-TA--A--TC---T---G---G-ttggaagtcaaaaaagttttcctacaacataaa
gi|24 : tg-CA-G-----------AA-----------T-AC--AAGTTT--AAC---TA--T---------TAAAAA-AATTGA-----------TCTT------AAAATTGG---T----G-CA--CTAAA--CTCCTG--GGA-T-----G---------ACCCATAAA--GATA-TG--GA-GTCTGA-TTTCC-A-AT--G--GGG-TCCTAT-----ATTAG-T-AAACCACTC-C-A-GT-CAAAATGACA-------TA
gi|25 : aAT-TATG--C-ATG-AATTTTAGATCATTAAAAAGt
gi|26 : ----A-TTTG-A-----TTAAA-GTTTG-GA-TT-ATTG--T-AAAA---ATT-TAATT--GAATA-TTTGA-TA-----GAA---G--AC--T-ACATAGT-----T--GTGGATAT-TAGGT--TTA-G-GATGagcatttttcacctcagatttaaatttagccgttttgttttctacacatctgatga
gi|27 : CACTC-C-A-GT-CAAAATGACA-------TTAT--A-A---T---TA---
gi|28 : attttcaatggtttttttttaatattgttgtgATTTGATT-T------A-TTGGGAA-TTAT--GGCA-C--A----TA--TACATT-------ATTA-G-CACTA--TACATTGATA-AAATA-TAAA--A-CA--atcaagaccaaagaagagttga
gi|3 : ttgTTGATT-TGA-TATA-TTCGCAA-TTTG--GCCATC--A----TA---ACATTA---A--ATTA-GACACTA--TACA-------AAGC--TAAC--A-CA--G--AT---A--CAA-A--T--GACAA--T-GACATT-------GA---TA-AA-T--A-A-CA----TATA--AGAAAG-TGG-C--CA--TTA---TT-G----A-C-GA-C-----TA-GAT--T---TTAA-AT--A-GAT-----TTAA-A-TGATA--A--T----TT--G---G-TG-ATTT---AA-------TAAT--GAT--GA-----TA---------A-------TTATGAA------TA-----CATT--TAAA-A--------GTTG--TA----T-CT-CT---TA----T-GAAAGTA---ATAA----A-TAT-GTTG-A-C--A-T-C-----------------GAA-T-----T-AC--AATTT---AAT---T---T---------AAAA-G-AATTGA-----------TCTT-C----AAA--TGG---T----GACA--CTAAA--TTC-TA--GGA-T-----------------CCATAAAA---CA-CG--AA-CTCTTA-TT--C-AGA---A--GGG-TCCTAT-----AATAG-T-AAAC-ACTC-C-A-GT-CAAAATG-CA-------CTAT--A-T---T---T----T-AAA-----TGA-A---T-T--A--T----AATTTG-A-----T--AA-GTTAG-GA-TT---TG--T-AA------GT-AA-TT--AAATAGTTTGA-TA-----GAA--G---AC--T--CATAGT-----T--GTAGATAT-TTGGT--TTTTG-GATGT--TTTAGAACAT--A-AAGAA-GTCCT-GAT-TATG--TCTTT-GATTTAAATTCATTAAAAAGAAA
gi|30 : atttgaTATTTGATT-T------A-TT-GGAA-TTTT--GGCA-C--A----TA--TACATT-------ATTA-G-CAATA--Tgtttaacctggtgatttgaatttaagattgtttatttatcagcattgatgaa
gi|31 : t-T---T-TA-TTTGGAA-TTT---GGCA-C--A----AA--TACAct
gi|4 : atagaA-TTT-----CA-A--A----TA--TACATTA---G--A------CACT---TACATTGAA--AAACA-TAAACAA-CA--G--ATG--A--TAA-----TGGACAT-----------------GAA-ATA-AA-T--A-GG-A----TTTA--AGA--G-TGC-A--TA--T-ATAATT-G--C-A-T-GA-C-----TA-GAT--TG--TAA------A-TAT-AGTATTAA---TG-CA--A--T----C---T---G-AG-ATCT-TAAAA------TAAT--GAT--AA-----TA---------A-------T-----GATGA--TA-----CATT-ATAAG-A-------AGTT---TA--TAC-AT-CA-G-TA----TTGAAAAAAT------T---A-TTC--TTGCA-C--AAT-CA-G-----------AA-GAG-T-----T-AC--A--TTT--AAT---AACTT---------AAAAA---ATTGA-----------TCTT-TTAAAAAAAATGG---T----G-CA--GTAAA--TTCCTA--GGA-T-----A---------ACCCATAAAA--------------------TTTCC-A-A---A--GGGGTCCTAT-----ATTAG-T-AAACCCCTC-C-A-GT-CAAAAT-------------------T---T---TA---C-AAAAA---AGA-CA-TT-TTAA--TTTTGA-TTTG-A-----TTTAA-GTTTG-GA-TTTG-TA--T-AAAA---AGT-GTATT--GAACA-TTAAA-TA-----GAA--G---AC--T-ACATAGT-----T--GTGGATAT-TTGGT--TTA-G-GATGA--TTTAGAACAT--A-GAGAA-GTCCT-GAT-TATG--T-TTG-GATTTTAATTCATTAAAAAGGAAA
gi|5 : attTATTTGATT-T------A-TTCAGAA-TTTTATGGCATC--A----TA--TACATTA---A--ATTC-A-CACTA--TACA-------AAACA-TAAA--A--A--G--ATG--A--CAA-A--TGTGACAT----GAAATT-------GAATATA-AA-T--T-AACA----TATC--AA---A-TGCCA--TAA-TTAAATTTTG--CCA-C-GA-C-----TA-GAT--TT--TTAC-AC--A-TAC-AG-AATAA---TG-TA--A--T----TT--G---G-TG---TT-AAAA-------TAA--------GG-----TA---------A-------T-------------A-----CATT-ATAAA-A-------AGTTG--ATA-TAC-A--CG-A-TA-------AAAAGATTCATAAT---A-TTT-GT-G-A-C--AAT-CA-G-----------AA-GAG-T-----T-AC--AATTTT--AAT---TA-------------AAAAG-AATTTA----------ATCTT------AAAAATTG---TTT--G-CA--CTAA---TTCCT---GGA-T-----A-----------CCATAAAA-GA-G-CG--AA-GT-TAA-TTTCC-A-A---A--GGG-TCCTAT-----AA-AG-T-AAACCACTC-C-A-GT-CAAA-TGACA-------TA-T--A-T---TCT-TA---C-AA-GA---TGA-AA-AT-T--A--T----A-TTTG-A-----TTAAA-GTTAG-GA-TA-T-TG--T-AAAA---AGT-AAATT--AAATA-TTTGA-TA-----GAG--AG--AC--TAACATAGT-----T--GTTGATAT-TTGGT--TTA-G-GAT-A--TTTAGAATA---A-AAGAA-GTCCTAGAA-TATGCTT-TTGTGA--TTAGTTCCATATAAAGGAAgttttcaccttcaatttgaattttgatcacattgatgga
gi|6 : tt--A----TA---ACATTA--------TG-A-CACTA--TACATTGCAA-AAACA-TAAA--AACA--G--ACG--A--TAA-A--T--GACAT--T-----T--------GAA-ATA-AA-T--A-G-CA----TTTA--AGA--G-TGC-A--TA--TTAA--TT-G--C-A-T-GA-C-----TA-GAT--TG--TTA--AT--A-TAT--G-ATTAA-A-TG-TA--A--TC---T---G---G-TA-ATCT-TAAAA------TAAT--GAT--GA-----TA---------A-------T-----GCATGA-TA-----CATT-ATAAG-A-------AGT-G--TTA-TAC-AT-CA-G-TA----T-GAAAAAAC---TTAT---A-TTT-CTTG-A-C--AAT-CA-G-----------AA-GAG-T-----T-AC--AATTTT--AAC---TA--T---------TAAAA--AATTG-----------ATCTT-TTTAAAAAAATGG---T----G-CC--AGAAA--TT-CTA--GG--------AT-------AACCCATAAA-------------------A-TTTCC-A-A---A--GGG-TCT--T-----ATTAG-T-AAACCCCTC-C-G----CAAAAT-------------------T---T---TA---CAAAAGACATTTT-AA-TT-T--T--TG---A-TTTG-A-----TTTAA-GTTT--GA-TT-A-TGTAT-AAAA---AGT-GTATT--GAACA-TTAAA-TA-----GAA---G--AC--T-ACATAGT-----T--GTGGATAT-TT-GT--TTA---GATGA--TTTAGAACAT--A-GGAGA-GTCCT-GAT-TATG--T-TTG-GA-TTTAATTCATTAAAAAGGAAAgtt
gi|7 : aTTTGATT-TGATT-TA-TTCAGAA-TTTT--GGCA-C--A----TA--TAC--TA---A---TTA-G--ACTA--TACA---------ACA-TAAA--A-CA--GG-ATG--A--AAA-A--TTGTACAA--TAGAAATTG------AAA-ATA-GAGC--ATAACA----TATA--AGA--G-TGC-AA-TA--TTAA--TT-G--C-A-CAGA-C-----CA-GAT--TT--TTAC-AT--A-CA---G-ATTAA-T-TT-GA--A--T----TT--G---G-TG-ATGT-TAAAA------TAAT--GAT--GA-----TA---------A-------T-----GA-----TAATCAGCATT-ATAAA-A--------GTTG--TAA-TACCAT-CGAG-TGATATT-GAAAAGAT-CATAAT---A-TTT-GTTG-A-CAAAATGCA-GTAA--------GA-GAG-T-----T-A---AATTTT--AAT---TA--T---------AAAAAG-AATTGA-------------TC-T----AAAAATGG---T----G-CA--CTAAA--TT-CTA--GG--------AT-------AACCCATAATAAGAAACCG--AACGTCTTATTTTCC-A-A---G--CGG-TCCTAT-----ATT-G-T--AACCACTCAC-AGGT-CAAAATGGCA-------TCAT--AGT---T---TA---C-AAAAA---TGA-AA--T-T--A--T----A-TTTGCA-----TTAAA-GTAGG-TA-TT-ATTG--TCAAAA---AGTAAAATT--AAATA-TTTGA-TA-----GAA--agctttcaccttcaatttgaattttttgatcacattgatgga
gi|8 : TA-TTTCC-A-ATGGATCGGA-TCCTGT-----ATTAG-TTGACCCACTC-C-A-GT-CAAAATGACA-------TAATTTA-T---C---TAGGCC-TAAG--------------T--A--G----A-GTTG-AGC---TTATA-ATGTG-AACTT-A-TG--T-AAAA---TGC-AATTT--GAGGA-TGTAA-TA-----AAAAAGG--ACGTT-ACCAAGC------------ATAA-TAAGT--TTA-A-AATCA--CTTAACACATTAA-AAAAACACCCC-GAT-TGTG--C-ACG-GATTTTAGTTCATTAAAAAG
gi|9 : aaaatacaattttaacA-CG--AA-ATCCTA-TTTCC-A-A---TT-GGA-CCCTAT-----ATTAT-T-TGACC-----C-A----CACAATGACAATTTATCTAGT--C-C---TAGGTA---C-A--GA---TGA-GG-TT----A--T----A------A-----T-----GT--G-AACTT-A-TG--T-AAAA---TGC-AATTT--GAGCA-TGTCA-TAAAAAAGGA--GGTCACCAT-ACATA--------------ATA----AGT--TTA-A-AATCA--CATTGAAAAA--A-AAAAA-CTC----AT-TGTG--C-ATG-AAATGTAGTTCATTAAAAAGagcatttctcaccctagatctgaatttaattttgttatctatacataggaatgacaggagcgggggatggggactatataaatgaaaacggaagccttagcaagaacataacaagacgatggagtcaccagtattcccatacagctatggtcctaatctccagctatcttcattatcacagtaaacttgcttgtaccaggatacttattttgtagctgacgacatcccttgacaggaata
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): GTTTATTTGGAATTAAGAACAGTACACATACTCACAATACATATAAAACACATAGTAAAACATATTAAACACTTATCATTTTATCAAATTACATTTTCATTTATTGAATGTTCCAGACTCATTACATACATCACTATGATTAAAGTATTGTATCATTTTGGACAATATAAGATAATGGGGCAGTATAGTAGATACCGGTGTGTTGATACGCTTCAAATGACAAGACGAATGTTACATTA
Unaligned ( gi|21 ): TTACTTGTTTAAACTAAGCATGCACTATACATGTACATGGAAAACACAGTAAAAACATTAAACACTTGACATTTAGTCAAAAATAAATAACACTGAAAGTCCCAAACTCATTACATACATTTTGGACGATATAAAATAACGAGGCACTATA
Unaligned ( gi|29 ): AAATCCGCCTATGATAAAAACACTCGTATTAAAAACAGCTGGTGCCACGTCAATCAAAACAAGTGATAGA
Alignments
lowQualScore : 333333 111 1111 111 222222222 4444444 11 111111111 1111111 11111 1111111111111 111111111 111 55555555555555555555555555 1111 11111111111 111111111111111111 4444444444444444444444 3333333333333333 11111 111111 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111 1 111 11111 111111 11 11111111 1
lowQualScore : 2 444444 2 5 2 111 4 22 0000 444 333333333 2 2 22 4444444 2 22 2 22 55 55 33 3333 00 33 2 444 2 888888888 4 5555 3333 6 4444 2 33 2 55 2 33 5555555 33 33 4 444 11111 2 33 1 7777777777777 2 2 2 2 33 777777777 4 2 6 000 2 88 55555 77777777777777777777777777 55555 2 7777 0 55 2 2 2222 888888 66 1 444 2 2 9999999999 2 66 2 2 55555555555 2 55555 4 33 55 777777777777777777 55 5555555555555555555555 444 8888 2 33 555 33 4444444444444444 3 33333 2 33 77 2 2 2 333333 5 77777 3 55 0 3 3 44 3 0 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3 3 22222 3 33 3 3 111 44 3 9999 3 3 44 0 3 4 00000 888888 22 4 66666666 1 4 66 888 1 66 777 5 5 5 4 6666 4 0
lowQualScore : . ...... . . . ... . .. .... ... ......... . . .. ....... . .. . .. .. .. .. .... .. .. . ... . ......... . .... .... . .... . .. . .. . .. ....... .. .. . ... ..... . .. . ............. . . . . .. ......... . . . ... . .. ..... .......................... ..... . .... . .. . . .... ...... .. . ... . . .......... . .. . . ........... . ..... . .. .. .................. .. ...................... ... .... . .. ... .. ................ . ..... . .. .. . . . ...... . ..... . .. . . . .. . . ........................................................... . . ..... . .. . . ... .. . .... . . .. . . . ..... ...... .. . ........ . . .. ... . .. ... . . . . .... . .
lowQualScore : 7 444444 5 8 2 222 4 99 3333 555 666666666 2 1 88 5555555 1 99 1 99 33 33 11 9999 22 11 2 777 2 444444444 4 3333 9999 3 7777 2 11 2 33 2 11 1111111 11 11 7 888 88888 4 22 2 0000000000000 2 2 0 2 11 555555555 2 2 7 666 2 33 66666 77777777777777777777777777 99999 4 4444 7 77 5 5 1111 111111 00 1 444 5 5 8888888888 5 99 4 4 33333333333 4 99999 7 22 66 444444444444444444 99 9999999999999999999999 444 8888 5 44 111 44 5555555555555555 2 11111 4 22 44 4 5 5 111111 0 77777 1 00 3 1 1 66 1 8 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 3 99999 3 44 3 3 888 66 3 4444 3 6 66 1 3 0 00000 444444 22 4 33333333 9 4 11 000 1 99 222 0 0 0 4 6666 4 2
consensus : TATTTGATT-T---T-TA-TTCGGAA-TTTT--GGCA-C--A----TA--TACATTA---A--ATTA-G-CACTA--TACAT------AAACA-TAAA--A-CA--G--ATG--A--CAA-A--TTGGAC--A-TT-GAAA-T--------GAA-ATA-AA-T--A-AACA----TATAAG-A--GTGC-A--TA-T--T---AAA-TT--G--C-A-C-GAC-----TA-GAT--TGTTAC-AT--A-TAT-AG-ATT-AAATG-T--AAT-T---G---G-T-GAT-TTA--AAA-TAAT--GATGA-----TA---------A--T------G------TA-----CATTA-TAAA----AAGTTGTAA-TAC-AT-CG-G-TA----T-GAAAAGAT-CATAAT---A-TTT-GTT--------G-A-C--AAT-CA-G-----------AA-GAGT-----T-AC--AATTTT--AAT---TA--T---------AAAAAG-AATTGA----------ATCTT-T----AAAAATGG---T----G-CA--CTAAA--TTCCTA--GGAT-----AT-------AACCCATAAAAAGACA-CG--AA-GTCTTA-TTTCC-A-A---A--GGG-TCCTAT-----ATTAG-T-AAACCACTC-C-A-GT-CAAAATGACA-------TAAT--A-T---T---TA---C-AAAGA---TGA-AA-TT-T--A--T----A-TTTG-A-----TTAAA-GTTNG-GA-TT-A-TG--T-AAAA---AGT-AAATT--GAACA-TTTGA-TA-----GAA--GG--AC--T-ACATAGT-----T--GTGGATAT-TTGGT--TTA-G-GATGA--TTTAGAACAT--A-AAGAA-GTCCT-GAT-TATG--T-TTG-GATTTTAGTTCATTAAAAAGGAAA
Reference ( family-1342 ) : TATTTGATT-T---T-TA-TTCGGAA-TTTT--GGCA-C--A----TA--TACATTA---A--ATTA-G-CACTA--TACAT------AAACA-TAAA--A-CA--G--ATG--A--CAA-A--TTGGAC--A-TT-GAAA-T--------GAA-ATA-AA-T--A-AACA----TATAAG-A--GTGC-A--TA-T--T---AAA-TT--G--C-A-C-GAC-----TA-GAT--TGTTAC-AT--A-TAT-AG-ATT-AAATG-T--AAT-T---G---G-T-GAT-TTN--AAA-TAAT--GATGA-----TA---------A--T------G------TA-----CATTA-TAAA----AAGTTGTAA-TAC-AT-CG-G-TA----T-GAAAAGAT-CATAAT---A-TTT-GTT--------G-A-C--AAT-CA-G-----------AA-GAGT-----T-AC--AATTTT--AAT---TA--T---------AAAAAG-AATTGA----------ATCTT-T----AAAAATGG---T----G-CA--CTAAA--TTCCTA--GGAT-----AT-------AACCCATAAAAAGACA-CG--AA-GTCTTA-TTTCC-A-A---A--GGG-TCCTAT-----ATTAG-T-AAACCACTC-C-A-GT-CAAAATGACA-------TAAT--A-T---T---TA---C-AAAGA---TGA-AA-TT-T--A--T----A-TTTG-A-----TTAAA-GTTNG-GA-TT-A-TG--T-AAAA---AGT-AAATT--GAACA-TTTGA-TA-----GAA--GG--AC--T-ACATAGT-----T--GTGGATAT-TTGGT--TTA-G-GATGA--TTTAGAACAT--A-AAGAA-GTCCT-GAT-TATG--T-TTG-GATTTTAGTTCATTAAAAAGGAAA
gi|1 : TCTGATTAT---T-TAATT--GAA-TTTTA-GGCA-C--A----TA---ACA------G--ATTA-G-AACTA--TACATTGATACAAACA-TAAA--A-CA--G--ATAGAA--CAA-C--T--GAC--A-T---AAA-T--------TGA-ATA-A--T--A-AGCGCCAGTAAAAG-A--GTGA-A--CA-C--TTTCAAG-TT--GGCC-AGC-GAC-----TA-AGT--TGTTA----------------------TG-T--AAT-C---G---G-G-AAT-TT-----A-TAA----AT-A-----TAT--------A--G------A------TA-----CATTA-TAAAC---AAGTTGTAAATAC-AT-CA-G-TA----T-TGAAAGAT-CATAGT---A-TTT-GTT--------G-A-CCAAAT-AAAG-----------AA-GAGT-----T-AC--AATTTT--AATATATA--TTAAAAAAAAAAAAAA-AACTGATATTAAAATCATCTTCT----TAAAATGG---T----G-CA--CTAA---TTCCTA--GGAT-----A--------ACCCCATAAAAGACCA-CG--AA--TCTTA-TTTCC-A-A---A--GGGGTTCTAT-----ATTAG-T-AA--CACTC-CGA-GT-CAAATTGGCA-------TATT--A-T---T---AA---CAAAAAA---TGA-AACTT-T--A--A----T-TTTG-ATTGATTTAAA-GTTTG-GA-TT-ATTG--T-AAAA-----C-TAATCCGGAATA-TTTGA-TA-----GAA--CG--AG--T-ACATTGTGTGTGT--GTGGGGATATTGGCCGTTA-G-GATGA--CTTAGTACAT--ATAAGAA-GTTCT-GAT-TATG--T-TTG-GA--TTAGTTC-TTATAGAAGAA
gi|10 : t-T---T-TA-TTTGGAA-TTT---GGCA-C--A----TAATTACATTG---A--A--A-A-CACAG--TA---------AAACA-TAAA--A-CA--C--TTG--A--TA-----TC--------TT-CAAA-T--------TCA-ATA-GT-TCCA-AACT----CGTTGG-A----------------T---AAA-TT------------AC-----TA-G-----GCTAA-AG--AGTAT--T-ATT-GCAT--T----T-T---G---G-T-CCT-TTATAAAACTAAT--GATG------CA---------G--T------A------TA--------TA-TAGT----ATGTTGGTA-CGC-AT-CA-A-TA----T-GAAT-GAT-TACATT---AGTTT-ATT----------A-C--AAT-AA-AGTTAAAAAAAAAA-AAGT-----TTAC--AATTTT--AAC-----------------GAAAAG-AATTG-----------------------------G---T----G-CA--CTAAA--TTCCTA--GG-------AT-------AAGCCATAAAA--ATA-AG--AA-ATCTTA-TTTTCAA-A---A--GGG-TCCTAT-----ATTAGCT-GAACCACTC-C-A-GT-CAAAATGATA-------TAAT--A-TATAT---TT---C-AAA-A---TAATAA-TTGT--AAGTAAA-A-TTTA-G-----CTAAA--TTGG-AACTT-A-CA--T-AAAATGCAAC-AACTT--GAGCA-Tgtaattcaagtttcacctccgatgattg
gi|11 : ga-CACTA--TA-------------A-TAAG--G-TA--GTCA-G--A--AAA-G--TTGTAC--A-AT-GAAA-TTCTATATTGAACATACAA-T--A-TACA----TATAAG-A--GTGC-AATTA-T--T---TAA-TT--G--CTA-C-GAC-----TATGAT--TTTTACTAT--A-TATCAG-ATTAAAATG-TACAAT-CTGGG---G-T-GAT-TT---AAA-TAATA-GATGAACATGTA---------AAGT------GAGATGATA-----CATTA-T-AA----AAGTTGTA
gi|11 : aACTA--TATAT------CAG-A-TTAA--A--------ATGT-A--CAA-T--CTGGGGTGA-TT-TAAA-T----------A-ATA-GA-T--G-AACA----TGTAA--A--GTG--A--GA-TGAT---ACA-TT--A--T-A------------A-AA----GTTGT-AT--AATAT-AG---T-AAATA-C--AA--------------------G--AAA-AAAT--AAAGT-----CA---------A--T------C------GA---------A-TAAA----AGATTG--------------G-TA----T-AAAAAGAT-CATAATTTAA-TAT-GTT--------G-AAC--AAT-CT-G-----------AAAGAGT-----T-ACTAAATTTT--AAT---TA--T---------AAAAAGCAATTGA----------TTC-T-T----AAAAATGG---T----G-CAGCTTAAAACTTCCTA--GGA------AT-------AACCCATAAAAGAACA-CGAAAA-GACTTA-Ttaatatagtaaatacaagaaaaaataaagtcaatcgaataaaagattggtataaaaagatcataatttaatatgttgaacaatctgaaagagttactaaattttaattataaaaagcaattgattcttaaaaatggtgcagcttaaaacttcctaggaataacccataaaagaacacgaaaagacttat
gi|12 : acactataataaggtagtcagaaaagttgtacaatgaaattctatattgaacatacaatatacatataagagtgcaattatttaattgctacgactatgatttttGATT-TA--T-TA-TTTG-AA-TAAT--GGCA-C--AAG--TA---ACATTT-------TTC-G-CACTACATACATGATAA-AAACA-TAAG--A-CA--G--AGG--A--CAG-AACTTGGAC--A-TC------T--------GAA-ACA-A--T--A-A-CA----TATATT-A--GTGC-A--TA-T--T---AT--TT--G--C-A-T-GATGACTATA-GATCTTGTTAC--T--A-TCT-AG-ATT-AAATG-T--AAC-T---GTGGA-T-AAT-TTA--AAA-TAATATGATAA-----TA---------A--T------GCATGACTA-----CATTA-TAAA----AA-TTGTAA-TAC-ATTCA-G-TA----T-GAAAAGAT-CATA-T---A-TTT-GTT--------A-G-C--AAT-CA-G-----------AA-G-GT-----T-AC--AATTTTTTAAT----A--T---------TAAAAA-AATTGT----------AGGCT-T----AAACATGG---TAGATG-CA--CTAA---TTCTTA--GGAT-----ACGGGGATCAACCCATAAAA-GACA-CG--AA-ATCTTA-TTTCC-A-A---A--GGA-TC
gi|13 : ATTTGATT-T------A-TTTGGAA-TAT---GGCA-C--AAG--TA---ACATTT-------TTC-G-CACTA--TACATTGATA-AAACA-TAAG--A-CA--G--ATG--A--CAA-A--CTG-AC--A-TT-GAAA-T--------------A-AA-T--A-A-CA----TATA-T-A--GTGC-A--TA-T--T---ATA-TT--G--C-A-T-GATGACTATA-GAT--TGTTAC-AT--A-TCT-AG-ATT-AAATG-T--AAC-T---G---GGT-AAT-TTA--AAA-TAAT--GATGA-----TA---------A--T------GATGA--TA-----CATTA-TAAA----AAGTTGTAA-TAC-AT-CA-G-TA----T-GAAAAGAT-CATAAT---A-TTT-GTT--------G-A-C--AAT-CA-G-----------AA-GGGT-----T-AC--AATTTT--AAT---TA--T---------TAAAAA-AATTG-----------ATC-T-T----AAAAATGGTGAT----G-CA--CTAAA--TTCTTA--GGATACGGGAT-------AACCCAT-AAAAGACA-CG--AA-ATCTTA-TTTCC-A-A---A--GGG-
gi|14 : gTTTGATT-TGATT-TA-TTCGGAA-TTTT--GGCA-C--A----TA--TACAATA---A--GTCA-C-CGATA--TACAT------C--CC-TTAC--C-CA--G--ATG--C--TAACA--TGAGA---A-CG-GAAT-T--------GAA-ATA-TA-T--A-A-CA----TATATG-A--GTGC-A--TA-T--T---CAA-TT--G--C-A-C-GAC-----TA-TAT--TTTTAC-AT--A-TA---G-ATT-A------------------------GAT-TTA--AAA-TAAT--GATGA-----TA---------------------------------CATTA-TAAT----AAGTTGTAA-TAC-AC-CG-ACTA------AAAAAGAT-CATAAT---A-TTT-GTT--------G-A-T--AAA-CA-G-----------AA-GAGT-----T-AC--AA-TTT--AAT---TA--T----------TAAAG-AATTG-----------ATC-T-T----AAAAATGG---T----G-CA--CTAAA--TTCCTA--GG-------AT-------AACCCTT--AAAGACA-CG--AA-GTCTatc
gi|15 : TTGGA---TTT--GGCA-C--A----TA----CATCA---A--A--------CTA--TACAT------GAACT-TATA----CATTG--ATA--AAACAT-A--TTG--C--A-TT-G-------------GAA-ATA-AA-T--A-AACA----TTTAGG-G--GTGC-A--AA-T--T---TCA-TG--A--C-A-T-GA------TA-AGT--TGTTAT-GC--A--AT-C---TT-GGAT-----ACT-T-------------T-TTA--AAA-TCATCGGATGA-----TG---------------------------------CATTA----A----ATATTGT---TAT-CT-CA---TA----T-GAA-----------T---T-TTT-GCT----------A-C--CAT-TA-G-----------AA-AAGAAAAGAT-AC--AATTTTT-AAT---TT--T---------TAAAA--AATTGA-----------TCTT-T----AAAAATGG---T----G-CA--CTAAC--T--CTATTAGA------AT-------GACCTAT--AAAGATA-CG--GA--TC-TA-TTCCC-A-A---T--GGG-GTCTATAATTCATTAG-T-a
gi|16 : T-T---G---G-TCGAT-ACA--AAA-TAAT--GA-GG-----CA---------A--TATGTTGG------TA-----CAAGA-TCAATGTTAAATTGTA----C-AT-T----------------AAAT-CA-------A-TTT-ATTTTAATCAAA-A-T--AAT-TA-A-----------TA-AAGA-----T-AC--AATTTT--AAC---TG--T---------AA---G-AATTCA--------------------------------T----G-CA--CTAAA--TTCCTA---------------------ACCCATAAT--TTTA-CG--AA-ATCCTA-TTTCC-A-AT--T--GGA-CCCTAT-----ATTAT-T-TGAC----C-C-A----CACAATGACAATTTATCTAGT--C-C---TAGGTA---C---AGA---TGA-----------------------G-G-----TTATA-ATGTG-AACTT-A-TG--T-AAAA---TGC-AATTT--GAGCA-T
gi|17 : ttttttcattATTTGATT-T------A-TTTGGAA-TTTT--GGCA-C--A----TA--TACATTATACATTATTAAG-CACTA--TACA--------AACA-TAAA--A-CA--G--ATG--A--CAA-A--TT-GAC--ATTT-GAAATT--------GAA-ATA-AA-T----AACA----TATAAG-A--GTGC-A--TA-T--T----AA-TT--G--C-A-C-GAC-----TA-GAT--TGTTAT-AT----TAC-AG-CTT-AAATG-T--AATCT---G---G-T-AAT-TTA--AAA-TAAT--GATGA-----TA---------A--T------GATGC--TA-----CATTA-T-AA----AAGTTGTAA-TAC-AT-CA-G-TA----T-GAAAAGAT--ATAAT---A-TTT-GTT--------G-A-C--AAT-CA-G-----------AA-GAGT-----T-AC--AATTTT--AA
gi|19 : tg-AG-ATT-AAATG-T--AAT-TTG-G---G-T-GAT-TTA--AAA-TAAT--GATGA-----TACATGTAATGA--T------GA-----TA-----CATTA-TAAA----AAGTTGTAA-TAC-AT-CG-A-TA----T-GAAAAGAT-CATAAT---A-TAT-GTT--------G-A-C--AAT-CA-G-----------AA-GAGT-----T-AC--AATTTT--AAT---TA--T---------AAAAAG-AATTG-----------ATC-T-T----AAAAATGG---T----G-CA--CTAAA--TTCCTA--GG-------AT-------AACCCAT-AAAAGACA-CG--AA-GTCTTA-TTTCC-A-A---A--GGG-
gi|2 : cTATTTGATT-T---T-TA-TTCAGAAATTTT--GGCA-C--A----TA---ACATTA---A--ATTA-G-CAC-A--TACA--------AACAATAAA--A-CA--G--ATG--A--CAA-A--TTGGAC--A-AT-GAAA-T--------GAA-ATA-AA-T--A-AACA----TATAAGTA--G--C-A--TA-T--T---AAAATT--G--C-A-C-GAC-----TA-GAT--TTTTAC-ATCAA-CAC-AG-ATT-AAATG-T--AAT-T---G---G-T-GAG-GTT--AAA-GAAT--AATGA-----TA---------A--T-------------TA-----CATTAATAAA----AAGTTGTAA-TAC-AT-CG-A-TA----A-GAAAAAGT-CATAAT---A-TTTCGTT--------G-A-C--AAT-CA-G-----------AA-GAGT-----TTAC--AATTTT--AATA--TA--T---------AAAAAG-AATTGAG---------ATCTTAT----AAAAATTG---T----G-CA--CTAAA--TTCCTA--GGATT----AT-------AACACACAAAAAGACG-CG--AA-GTCTTA-TTTCC-A-A---A--GGC-TTCCAT-----AATAG---AAACCACTC-C-A-GTCCAAAATGACA-------TAGT--A-T---T---TA---C-AAAGA---TGA-AA-TT-T--A--T----A-TTTG-A-----TTAAACGTTAGCGA-TT-A-TG--T-AAAA---AGT-AAATT--AAATA-TTTGACTA-----GAA--GG--AC--T-ACATAGT-----TTGGTAGATAT-TTGGT--TTA-GTGATGGATTTTAGAACAT--A-AAGAA-GTCCT-GATATATG--T-TTT-GATTTTAGTTCATTAAAAAGGAAA
gi|20 : ATTTGATT-T------A-TTTTGAA-TTT---GGCA-C--AACAATA---ACACTAT--AC-ATGA-G-CACTA--TACATTGATG-AAACA-AAAA--A-CA--G--ATG--A--GAA-A--CTGG-C--A-TT-GAAA-T--------AAA-A---------A-AAAA----T-TAAG-A--GTGC-A--TA-T--T---GA--CT--G--C-A-T-GAC-----TA-GAT--TATTA--A---A-TAT-AG-ATT-AATTG-C--AATCT---G---GAT-AAT-TTA--AAA-TAAT--GATGA-----TA---------A--T------G------
gi|22 : ttgATTTGATT-T------A-TTTGGAA-TTTT--GGCA-CATA----TA--TACATT-------ATTA-G-CACTA--TAC--------AAACA-TAAA--A-CA--G--ATG--A--CAA-A--TT-GAT--A-TT-GAAA-T---------AA-AT----------AACA----TATAAG-A--GTGC-A--TA-T--T----AA-TT--G--atga
gi|23 : tttaA-TTTGGAA-TTTT--GGCA-C--A----TA--TACATTA-------TTA-G-CACCA--TA--T------AAACA-TAAA--A-CA--G--ATG--A--CAA-A--TT-GAT--A-TT-GAAA-T--------G-A-AT----------AACA----TATAGG-A--GTGC-A--TA-T--T----AA-TT--G--C-A-C-GAC-----GA-GAT--TGCTAC-----A-TAC-AG-ATT-AAATG-T--AATCT---G---G-gaagtcaaaaaagttttcctacaacataaa
gi|24 : tg-CA-G-----------AA----------T-AC--AAGTTT--AAC---TA--T---------TAAAAA-AATTGA-----------TCTT------AAAATTGG---T----G-CA--CTAAA--CTCCTG--GGAT-----G---------ACCCATAAA--GATA-TG--GA-GTCTGA-TTTCC-A-AT--G--GGG-TCCTAT-----ATTAG-T-AAACCACTC-C-A-GT-CAAAATGACA-------TA
gi|25 : aAT-TATG--C-ATG-AATTTTAGATCATTAAAAAGt
gi|26 : ----A-TTTG-A-----TTAAA-GTTTG-GA-TT-ATTG--T-AAAA---ATT-TAATT--GAATA-TTTGA-TA-----GAA---G--AC--T-ACATAGT-----T--GTGGATAT-TAGGT--TTA-G-GATGagcatttttcacctcagatttaaatttagccgttttgttttctacacatctgatga
gi|27 : CACTC-C-A-GT-CAAAATGACA-------TTAT--A-A---T---TA---
gi|28 : attttcaatggtttttttttaatattgttgtgATTTGATT-T------A-TTGGGAA-TTAT--GGCA-C--A----TA--TACATT-------ATTA-G-CACTA--TACATTGATA-AAATA-TAAA--A-CA--atcaagaccaaagaagagttga
gi|3 : ttgTTGATT-TGA-TATA-TTCGCAA-TTTG--GCCATC--A----TA---ACATTA---A--ATTA-GACACTA--TACA-------AAGC--TAAC--A-CA--G--AT---A--CAA-A--T--GAC--A-AT-GACA-TT-------GA---TA-AA-T--A-A-CA----TATAAG-AAAGTGG-C--CA-T--T---A---TT--G----A-C-GAC-----TA-GAT--T-TTAA-AT--A-GAT-----TT-AAATGAT--AAT-TT--G---G-T-GAT-TT----AA-TAAT--GATGA-----TA---------A--TTATGA-A------TA-----CATT--TAAA----A-GTTGTA----T-CT-CT---TA----T-GAAAGTA---ATAA----A-TAT-GTT--------G-A-C--A-T-C-----------------GAAT-----T-AC--AATTT---AAT---T---T---------AAAA-G-AATTGA-----------TCTT-C----AAA--TGG---T----GACA--CTAAA--TTC-TA--GGAT-----------------CCATAAAA---CA-CG--AA-CTCTTA-TT--C-AGA---A--GGG-TCCTAT-----AATAG-T-AAAC-ACTC-C-A-GT-CAAAATG-CA-------CTAT--A-T---T---T----T-AAA-----TGA-A---T-T--A--T----AATTTG-A-----T--AA-GTTAG-GA-TT---TG--T-AA------GT-AA-TT--AAATAGTTTGA-TA-----GAA--G---AC--T--CATAGT-----T--GTAGATAT-TTGGT--TTTTG-GATGT--TTTAGAACAT--A-AAGAA-GTCCT-GAT-TATG--TCTTT-GATTTAAATTCATTAAAAAGAAA
gi|30 : atttgaTATTTGATT-T------A-TT-GGAA-TTTT--GGCA-C--A----TA--TACATT-------ATTA-G-CAATA--Tgtttaacctggtgatttgaatttaagattgtttatttatcagcattgatgaa
gi|31 : t-T---T-TA-TTTGGAA-TTT---GGCA-C--A----AA--TACAct
gi|4 : atagaA-TTT-----CA-A--A----TA--TACATTA---G--A------CACT---TACATTGAA--AAACA-TAAACAA-CA--G--ATG--A--TAA-----TGGAC--A-T----------------GAA-ATA-AA-T--A-GG-A----TTTAAG-A--GTGC-A--TA-T--A---TAA-TT--G--C-A-T-GAC-----TA-GAT--TGTAA------A-TAT-AGTATT-AA-TG-C--AAT-C---T---G-A-GATCTTA--AAA-TAAT--GATAA-----TA---------A--T------GATGA--TA-----CATTA-TAAG----AAGTT-TA--TAC-AT-CA-G-TA----TTGAAAAAAT------T---A-TTC--TT--------GCA-C--AAT-CA-G-----------AA-GAGT-----T-AC--A--TTT--AAT---AACTT---------AAAAA---ATTGA-----------TCTT-TTAAAAAAAATGG---T----G-CA--GTAAA--TTCCTA--GGAT-----A---------ACCCATAAAA--------------------TTTCC-A-A---A--GGGGTCCTAT-----ATTAG-T-AAACCCCTC-C-A-GT-CAAAAT-------------------T---T---TA---C-AAAAA---AGA-CA-TT-TTAA--TTTTGA-TTTG-A-----TTTAA-GTTTG-GA-TTTG-TA--T-AAAA---AGT-GTATT--GAACA-TTAAA-TA-----GAA--G---AC--T-ACATAGT-----T--GTGGATAT-TTGGT--TTA-G-GATGA--TTTAGAACAT--A-GAGAA-GTCCT-GAT-TATG--T-TTG-GATTTTAATTCATTAAAAAGGAAA
gi|5 : attTATTTGATT-T------A-TTCAGAA-TTTTATGGCATC--A----TA--TACATTA---A--ATTC-A-CACTA--TACA-------AAACA-TAAA--A--A--G--ATG--A--CAA-A--TGTGAC--A-T--GAAA-TT-------GAATATA-AA-T--T-AACA----TATCAA-A---TGCCA--TAAT--T---AAA-TTTTG--CCA-C-GAC-----TA-GAT--TTTTAC-AC--A-TAC-AG-AAT-AA-TG-T--AAT-TT--G---G-T-G---TTA--AAA-TAA------GG-----TA---------A--T--------------A-----CATTA-TAAA----AAGTTGATA-TAC-A--CG-A-TA-------AAAAGATTCATAAT---A-TTT-GT---------G-A-C--AAT-CA-G-----------AA-GAGT-----T-AC--AATTTT--AAT---TA-------------AAAAG-AATTTA----------ATCTT------AAAAATTG---TTT--G-CA--CTAA---TTCCT---GGAT-----A-----------CCATAAAA-GA-G-CG--AA-GT-TAA-TTTCC-A-A---A--GGG-TCCTAT-----AA-AG-T-AAACCACTC-C-A-GT-CAAA-TGACA-------TA-T--A-T---TCT-TA---C-AA-GA---TGA-AA-AT-T--A--T----A-TTTG-A-----TTAAA-GTTAG-GA-TA-T-TG--T-AAAA---AGT-AAATT--AAATA-TTTGA-TA-----GAG--AG--AC--TAACATAGT-----T--GTTGATAT-TTGGT--TTA-G-GAT-A--TTTAGAATA---A-AAGAA-GTCCTAGAA-TATGCTT-TTGTGA--TTAGTTCCATATAAAGGAAgttttcaccttcaatttgaattttgatcacattgatgga
gi|6 : tt--A----TA---ACATTA--------TG-A-CACTA--TACATTGCAA-AAACA-TAAA--AACA--G--ACG--A--TAA-A--T--GAC--A-TT------T--------GAA-ATA-AA-T--A-G-CA----TTTAAG-A--GTGC-A--TA-T--T---AA--TT--G--C-A-T-GAC-----TA-GAT--TGTTA--AT--A-TAT--G-ATT-AAATG-T--AATCT---G---G-T-AATCTTA--AAA-TAAT--GATGA-----TA---------A--T------GCATGA-TA-----CATTA-TAAG----AAGT-GTTA-TAC-AT-CA-G-TA----T-GAAAAAAC---TTAT---A-TTT-CTT--------G-A-C--AAT-CA-G-----------AA-GAGT-----T-AC--AATTTT--AAC---TA--T---------TAAAA--AATTG-----------ATCTT-TTTAAAAAAATGG---T----G-CC--AGAAA--TT-CTA--GG-------AT-------AACCCATAAA-------------------A-TTTCC-A-A---A--GGG-TCT--T-----ATTAG-T-AAACCCCTC-C-G----CAAAAT-------------------T---T---TA---CAAAAGACATTTT-AA-TT-T--T--TG---A-TTTG-A-----TTTAA-GTTT--GA-TT-A-TGTAT-AAAA---AGT-GTATT--GAACA-TTAAA-TA-----GAA---G--AC--T-ACATAGT-----T--GTGGATAT-TT-GT--TTA---GATGA--TTTAGAACAT--A-GGAGA-GTCCT-GAT-TATG--T-TTG-GA-TTTAATTCATTAAAAAGGAAAgtt
gi|7 : aTTTGATT-TGATT-TA-TTCAGAA-TTTT--GGCA-C--A----TA--TAC--TA---A---TTA-G--ACTA--TACA---------ACA-TAAA--A-CA--GG-ATG--A--AAA-A--TTGTAC--A-ATAGAAA-TTG------AAA-ATA-GAGC--ATAACA----TATAAG-A--GTGC-AA-TA-T--T---AA--TT--G--C-A-CAGAC-----CA-GAT--TTTTAC-AT--A-CA---G-ATT-AATTT-G--AAT-TT--G---G-T-GATGTTA--AAA-TAAT--GATGA-----TA---------A--T------GA-----TAATCAGCATTA-TAAA----A-GTTGTAA-TACCAT-CGAG-TGATATT-GAAAAGAT-CATAAT---A-TTT-GTT--------G-A-CAAAATGCA-GTAA--------GA-GAGT-----T-A---AATTTT--AAT---TA--T---------AAAAAG-AATTGA-------------TC-T----AAAAATGG---T----G-CA--CTAAA--TT-CTA--GG-------AT-------AACCCATAATAAGAAACCG--AACGTCTTATTTTCC-A-A---G--CGG-TCCTAT-----ATT-G-T--AACCACTCAC-AGGT-CAAAATGGCA-------TCAT--AGT---T---TA---C-AAAAA---TGA-AA--T-T--A--T----A-TTTGCA-----TTAAA-GTAGG-TA-TT-ATTG--TCAAAA---AGTAAAATT--AAATA-TTTGA-TA-----GAA--agctttcaccttcaatttgaattttttgatcacattgatgga
gi|8 : TA-TTTCC-A-ATGGATCGGA-TCCTGT-----ATTAG-TTGACCCACTC-C-A-GT-CAAAATGACA-------TAATTTA-T---C---TAGGCC-TAAG--------------T--A--G----A-GTTG-AGC---TTATA-ATGTG-AACTT-A-TG--T-AAAA---TGC-AATTT--GAGGA-TGTAA-TA-----AAAAAGG--ACGTT-ACCAAGC------------ATAA-TAAGT--TTA-A-AATCA--CTTAACACATTAA-AAAAACACCCC-GAT-TGTG--C-ACG-GATTTTAGTTCATTAAAAAG
gi|9 : aaaatacaattttaacA-CG--AA-ATCCTA-TTTCC-A-A---TT-GGA-CCCTAT-----ATTAT-T-TGACC-----C-A----CACAATGACAATTTATCTAGT--C-C---TAGGTA---C-A--GA---TGA-GG-TT----A--T----A------A-----T-----GT--G-AACTT-A-TG--T-AAAA---TGC-AATTT--GAGCA-TGTCA-TAAAAAAGGA--GGTCACCAT-ACATA--------------ATA----AGT--TTA-A-AATCA--CATTGAAAAA--A-AAAAA-CTC----AT-TGTG--C-ATG-AAATGTAGTTCATTAAAAAGagcatttctcaccctagatctgaatttaattttgttatctatacataggaatgacaggagcgggggatggggactatataaatgaaaacggaagccttagcaagaacataacaagacgatggagtcaccagtattcccatacagctatggtcctaatctccagctatcttcattatcacagtaaacttgcttgtaccaggatacttattttgtagctgacgacatcccttgacaggaata
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): GTTTATTTGGAATTAAGAACAGTACACATACTCACAATACATATAAAACACATAGTAAAACATATTAAACACTTATCATTTTATCAAATTACATTTTCATTTATTGAATGTTCCAGACTCATTACATACATCACTATGATTAAAGTATTGTATCATTTTGGACAATATAAGATAATGGGGCAGTATAGTAGATACCGGTGTGTTGATACGCTTCAAATGACAAGACGAATGTTACATTA
Unaligned ( gi|21 ): TTACTTGTTTAAACTAAGCATGCACTATACATGTACATGGAAAACACAGTAAAAACATTAAACACTTGACATTTAGTCAAAAATAAATAACACTGAAAGTCCCAAACTCATTACATACATTTTGGACGATATAAAATAACGAGGCACTATA
Unaligned ( gi|29 ): AAATCCGCCTATGATAAAAACACTCGTATTAAAAACAGCTGGTGCCACGTCAATCAAAACAAGTGATAGA
Alignments
lowQualScore : 333333 111 1111 111 222222222 4444444 11 111111111 1111111 11111 1111111111111 111111111 55555555555555555555555555 1111 11111111111 111111111111111111 4444444444444444444444 3333333333333333 11111 111111 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111 1 111 11111 111111 11 11111111 1
lowQualScore : 2 444444 2 5 2 111 4 22 0000 444 333333333 2 2 22 4444444 2 22 2 22 55 55 33 3333 00 33 2 444 2 888888888 4 5555 3333 6 4444 2 33 2 55 2 33 5555555 33 33 4 444 11111 2 33 1 7777777777777 2 2 2 2 33 777777777 4 2 6 55 2 88 55555 77777777777777777777777777 55555 2 1 7777 2 44 2 2 0000 888888 66 1 444 2 2 9999999999 2 66 2 2 55555555555 2 55555 4 33 55 777777777777777777 55 5555555555555555555555 444 8888 2 33 555 33 4444444444444444 3 33333 2 33 77 2 2 2 333333 5 77777 3 55 0 3 3 44 3 0 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3 3 22222 3 33 3 3 111 44 3 9999 3 3 44 0 3 4 00000 888888 22 4 66666666 1 4 66 888 1 66 777 5 5 5 4 6666 4 0
lowQualScore : . ...... . . . ... . .. .... ... ......... . . .. ....... . .. . .. .. .. .. .... .. .. . ... . ......... . .... .... . .... . .. . .. . .. ....... .. .. . ... ..... . .. . ............. . . . . .. ......... . . . .. . .. ..... .......................... ..... . . .... . .. . . .... ...... .. . ... . . .......... . .. . . ........... . ..... . .. .. .................. .. ...................... ... .... . .. ... .. ................ . ..... . .. .. . . . ...... . ..... . .. . . . .. . . ........................................................... . . ..... . .. . . ... .. . .... . . .. . . . ..... ...... .. . ........ . . .. ... . .. ... . . . . .... . .
lowQualScore : 7 444444 5 8 2 222 4 99 3333 555 666666666 2 1 88 5555555 1 99 1 99 33 33 11 9999 22 11 2 777 2 444444444 4 3333 9999 3 7777 2 11 2 33 2 11 1111111 11 11 7 888 88888 4 22 2 0000000000000 2 2 0 2 11 555555555 2 2 7 33 2 33 66666 88888888888888888888888888 99999 4 0 4444 7 22 5 5 5555 111111 00 1 444 5 5 8888888888 5 99 4 4 33333333333 4 99999 7 22 66 444444444444444444 99 9999999999999999999999 444 8888 5 44 111 44 5555555555555555 2 11111 4 22 44 4 5 5 111111 0 77777 1 00 3 1 1 66 1 8 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 3 99999 3 44 3 3 888 66 3 4444 3 6 66 1 3 0 00000 444444 22 4 33333333 9 4 11 000 1 99 222 0 0 0 4 6666 4 2
consensus : TATTTGATT-T---T-TA-TTCGGAA-TTTT--GGCA-C--A----TA--TACATTA---A--ATTA-G-CACTA--TACAT------AAACA-TAAA--A-CA--G--ATG--A--CAA-A--TTGGAC--A-TT-GAAA-T--------GAA-ATA-AA-T--A-AACA----TATAAG-A--GTGC-A--TA-T--T---AAA-TT--G--C-A-C-GAC-----TA-GAT--TGTTAC-AT--A-TAT-AG-ATT-AAATG-T--AAT-T---G---G-T-GAT-TTA--AAA-TAAT--GATGA-----TA---------A--T------G------TA-----CATTA-TAAA----AAGTTGTAA-TAC-AT-CG-G-TA----T-GAAAAGAT-CATAAT---A-TTT-GTT--------G-A-C--AAT-CA-G-----------AA-GAGT-----T-AC--AATTTT--AAT---TA--T---------AAAAAG-AATTGA----------ATCTT-T----AAAAATGG---T----G-CA--CTAAA--TTCCTA--GGAT-----AT-------AACCCATAAAAAGACA-CG--AA-GTCTTA-TTTCC-A-A---A--GGG-TCCTAT-----ATTAG-T-AAACCACTC-C-A-GT-CAAAATGACA-------TAAT--A-T---T---TA---C-AAAGA---TGA-AA-TT-T--A--T----A-TTTG-A-----TTAAA-GTTNG-GA-TT-A-TG--T-AAAA---AGT-AAATT--GAACA-TTTGA-TA-----GAA--GG--AC--T-ACATAGT-----T--GTGGATAT-TTGGT--TTA-G-GATGA--TTTAGAACAT--A-AAGAA-GTCCT-GAT-TATG--T-TTG-GATTTTAGTTCATTAAAAAGGAAA
Reference ( family-1342 ) : TATTTGATT-T---T-TA-TTCGGAA-TTTT--GGCA-C--A----TA--TACATTA---A--ATTA-G-CACTA--TACAT------AAACA-TAAA--A-CA--G--ATG--A--CAA-A--TTGGAC--A-TT-GAAA-T--------GAA-ATA-AA-T--A-AACA----TATAAG-A--GTGC-A--TA-T--T---AAA-TT--G--C-A-C-GAC-----TA-GAT--TGTTAC-AT--A-TAT-AG-ATT-AAATG-T--AAT-T---G---G-T-GAT-TTA--AAA-TAAT--GATGA-----TA---------A--T------G------TA-----CATTA-TAAA----AAGTTGTAA-TAC-AT-CG-G-TA----T-GAAAAGAT-CATAAT---A-TTT-GTT--------G-A-C--AAT-CA-G-----------AA-GAGT-----T-AC--AATTTT--AAT---TA--T---------AAAAAG-AATTGA----------ATCTT-T----AAAAATGG---T----G-CA--CTAAA--TTCCTA--GGAT-----AT-------AACCCATAAAAAGACA-CG--AA-GTCTTA-TTTCC-A-A---A--GGG-TCCTAT-----ATTAG-T-AAACCACTC-C-A-GT-CAAAATGACA-------TAAT--A-T---T---TA---C-AAAGA---TGA-AA-TT-T--A--T----A-TTTG-A-----TTAAA-GTTNG-GA-TT-A-TG--T-AAAA---AGT-AAATT--GAACA-TTTGA-TA-----GAA--GG--AC--T-ACATAGT-----T--GTGGATAT-TTGGT--TTA-G-GATGA--TTTAGAACAT--A-AAGAA-GTCCT-GAT-TATG--T-TTG-GATTTTAGTTCATTAAAAAGGAAA
gi|1 : TCTGATTAT---T-TAATT--GAA-TTTTA-GGCA-C--A----TA---ACA------G--ATTA-G-AACTA--TACATTGATACAAACA-TAAA--A-CA--G--ATAGAA--CAA-C--T--GAC--A-T---AAA-T--------TGA-ATA-A--T--A-AGCGCCAGTAAAAG-A--GTGA-A--CA-C--TTTCAAG-TT--GGCC-AGC-GAC-----TA-AGT--TGTTA----------------------TG-T--AAT-C---G---G-G-AAT-TTAT-AAA-TA------T-A-----TA---------G---------A------TA-----CATTA-TAAAC---AAGTTGTAAATAC-AT-CA-G-TA----T-TGAAAGAT-CATAGT---A-TTT-GTT--------G-A-CCAAAT-AAAG-----------AA-GAGT-----T-AC--AATTTT--AATATATA--TTAAAAAAAAAAAAAA-AACTGATATTAAAATCATCTTCT----TAAAATGG---T----G-CA--CTAA---TTCCTA--GGAT-----A--------ACCCCATAAAAGACCA-CG--AA--TCTTA-TTTCC-A-A---A--GGGGTTCTAT-----ATTAG-T-AA--CACTC-CGA-GT-CAAATTGGCA-------TATT--A-T---T---AA---CAAAAAA---TGA-AACTT-T--A--A----T-TTTG-ATTGATTTAAA-GTTTG-GA-TT-ATTG--T-AAAA-----C-TAATCCGGAATA-TTTGA-TA-----GAA--CG--AG--T-ACATTGTGTGTGT--GTGGGGATATTGGCCGTTA-G-GATGA--CTTAGTACAT--ATAAGAA-GTTCT-GAT-TATG--T-TTG-GA--TTAGTTC-TTATAGAAGAA
gi|10 : t-T---T-TA-TTTGGAA-TTT---GGCA-C--A----TAATTACATTG---A--A--A-A-CACAG--TA---------AAACA-TAAA--A-CA--C--TTG--A--TA-----TC--------TT-CAAA-T--------TCA-ATA-GT-TCCA-AACT----CGTTGG-A----------------T---AAA-TT------------AC-----TA-G-----GCTAA-AG--AGTAT--T-ATT-GCAT--T----T-T---G---G-T-CCT-TTATAAAACTAAT--GATG------CA---------G--T------A------TA--------TA-TAGT----ATGTTGGTA-CGC-AT-CA-A-TA----T-GAAT-GAT-TACATT---AGTTT-ATT----------A-C--AAT-AA-AGTTAAAAAAAAAA-AAGT-----TTAC--AATTTT--AAC-----------------GAAAAG-AATTG-----------------------------G---T----G-CA--CTAAA--TTCCTA--GG-------AT-------AAGCCATAAAA--ATA-AG--AA-ATCTTA-TTTTCAA-A---A--GGG-TCCTAT-----ATTAGCT-GAACCACTC-C-A-GT-CAAAATGATA-------TAAT--A-TATAT---TT---C-AAA-A---TAATAA-TTGT--AAGTAAA-A-TTTA-G-----CTAAA--TTGG-AACTT-A-CA--T-AAAATGCAAC-AACTT--GAGCA-Tgtaattcaagtttcacctccgatgattg
gi|11 : ga-CACTA--TA-------------A-TAAG--G-TA--GTCA-G--A--AAA-G--TTGTAC--A-AT-GAAA-TTCTATATTGAACATACAA-T--A-TACA----TATAAG-A--GTGC-AATTA-T--T---TAA-TT--G--CTA-C-GAC-----TATGAT--TTTTACTAT--A-TATCAG-ATTAAAATG-TACAAT-CTGGG---G-T-GAT-TT---AAA-TAATA-GATGAACATGTA---------AAGT------GAGATGATA-----CATTA-T-AA----AAGTTGTA
gi|11 : aACTA--TATAT------CAG-A-TTAA--A--------ATGT-A--CAA-T--CTGGGGTGA-TT-TAAA-T----------A-ATA-GA-T--G-AACA----TGTAA--A--GTG--A--GA-TGAT---ACA-TT--A--T-A------------A-AA----GTTGT-AT--AATAT-AG---T-AAATA-C--AA--------------GA----A--AAA-----------A-----TA---------A--A------G------T------CA--A-TCGA----A-----TAA-AAG-AT-TG-G-TA----T-AAAAAGAT-CATAATTTAA-TAT-GTT--------G-AAC--AAT-CT-G-----------AAAGAGT-----T-ACTAAATTTT--AAT---TA--T---------AAAAAGCAATTGA----------TTC-T-T----AAAAATGG---T----G-CAGCTTAAAACTTCCTA--GGA------AT-------AACCCATAAAAGAACA-CGAAAA-GACTTA-Ttaatatagtaaatacaagaaaaaataaagtcaatcgaataaaagattggtataaaaagatcataatttaatatgttgaacaatctgaaagagttactaaattttaattataaaaagcaattgattcttaaaaatggtgcagcttaaaacttcctaggaataacccataaaagaacacgaaaagacttat
gi|12 : acactataataaggtagtcagaaaagttgtacaatgaaattctatattgaacatacaatatacatataagagtgcaattatttaattgctacgactatgatttttGATT-TA--T-TA-TTTG-AA-TAAT--GGCA-C--AAG--TA---ACATTT-------TTC-G-CACTACATACATGATAA-AAACA-TAAG--A-CA--G--AGG--A--CAG-AACTTGGAC--A-TC------T--------GAA-ACA-A--T--A-A-CA----TATATT-A--GTGC-A--TA-T--T---AT--TT--G--C-A-T-GATGACTATA-GATCTTGTTAC--T--A-TCT-AG-ATT-AAATG-T--AAC-T---GTGGA-T-AAT-TTA--AAA-TAATATGATAA-----TA---------A--T------GCATGACTA-----CATTA-TAAA----AA-TTGTAA-TAC-ATTCA-G-TA----T-GAAAAGAT-CATA-T---A-TTT-GTT--------A-G-C--AAT-CA-G-----------AA-G-GT-----T-AC--AATTTTTTAAT----A--T---------TAAAAA-AATTGT----------AGGCT-T----AAACATGG---TAGATG-CA--CTAA---TTCTTA--GGAT-----ACGGGGATCAACCCATAAAA-GACA-CG--AA-ATCTTA-TTTCC-A-A---A--GGA-TC
gi|13 : ATTTGATT-T------A-TTTGGAA-TAT---GGCA-C--AAG--TA---ACATTT-------TTC-G-CACTA--TACATTGATA-AAACA-TAAG--A-CA--G--ATG--A--CAA-A--CTG-AC--A-TT-GAAA-T--------------A-AA-T--A-A-CA----TATA-T-A--GTGC-A--TA-T--T---ATA-TT--G--C-A-T-GATGACTATA-GAT--TGTTAC-AT--A-TCT-AG-ATT-AAATG-T--AAC-T---G---GGT-AAT-TTA--AAA-TAAT--GATGA-----TA---------A--T------GATGA--TA-----CATTA-TAAA----AAGTTGTAA-TAC-AT-CA-G-TA----T-GAAAAGAT-CATAAT---A-TTT-GTT--------G-A-C--AAT-CA-G-----------AA-GGGT-----T-AC--AATTTT--AAT---TA--T---------TAAAAA-AATTG-----------ATC-T-T----AAAAATGGTGAT----G-CA--CTAAA--TTCTTA--GGATACGGGAT-------AACCCAT-AAAAGACA-CG--AA-ATCTTA-TTTCC-A-A---A--GGG-
gi|14 : gTTTGATT-TGATT-TA-TTCGGAA-TTTT--GGCA-C--A----TA--TACAATA---A--GTCA-C-CGATA--TACAT------C--CC-TTAC--C-CA--G--ATG--C--TAACA--TGAGA---A-CG-GAAT-T--------GAA-ATA-TA-T--A-A-CA----TATATG-A--GTGC-A--TA-T--T---CAA-TT--G--C-A-C-GAC-----TA-TAT--TTTTAC-AT--A-TA---G-ATT-A------------------------GAT-TTA--AAA-TAAT--GATGA-----TA---------------------------------CATTA-TAAT----AAGTTGTAA-TAC-AC-CG-ACTA------AAAAAGAT-CATAAT---A-TTT-GTT--------G-A-T--AAA-CA-G-----------AA-GAGT-----T-AC--AA-TTT--AAT---TA--T----------TAAAG-AATTG-----------ATC-T-T----AAAAATGG---T----G-CA--CTAAA--TTCCTA--GG-------AT-------AACCCTT--AAAGACA-CG--AA-GTCTatc
gi|15 : TTGGA---TTT--GGCA-C--A----TA----CATCA---A--A--------CTA--TACAT------GAACT-TATA----CATTG--ATA--AAACAT-A--TTG--C--A-TT-G-------------GAA-ATA-AA-T--A-AACA----TTTAGG-G--GTGC-A--AA-T--T---TCA-TG--A--C-A-T-GA------TA-AGT--TGTTAT-GC--A--AT-C---TT-GGAT-----ACT-T-------------T-TTA--AAA-TCATCGGATGA-----TG---------------------------------CATTA----A----ATATTGT---TAT-CT-CA---TA----T-GAA-----------T---T-TTT-GCT----------A-C--CAT-TA-G-----------AA-AAGAAAAGAT-AC--AATTTTT-AAT---TT--T---------TAAAA--AATTGA-----------TCTT-T----AAAAATGG---T----G-CA--CTAAC--T--CTATTAGA------AT-------GACCTAT--AAAGATA-CG--GA--TC-TA-TTCCC-A-A---T--GGG-GTCTATAATTCATTAG-T-a
gi|16 : T-T---G---G-TCGAT-ACA--AAA-TAAT--GA-GG-----CA---------A--TATGTTGG------TA-----CAAGA-TCAATGTTAAATTGTA----C-AT-T----------------AAAT-CA-------A-TTT-ATTTTAATCAAA-A-T--AAT-TA-A-----------TA-AAGA-----T-AC--AATTTT--AAC---TG--T---------AA---G-AATTCA--------------------------------T----G-CA--CTAAA--TTCCTA---------------------ACCCATAAT--TTTA-CG--AA-ATCCTA-TTTCC-A-AT--T--GGA-CCCTAT-----ATTAT-T-TGAC----C-C-A----CACAATGACAATTTATCTAGT--C-C---TAGGTA---C---AGA---TGA-----------------------G-G-----TTATA-ATGTG-AACTT-A-TG--T-AAAA---TGC-AATTT--GAGCA-T
gi|17 : ttttttcattATTTGATT-T------A-TTTGGAA-TTTT--GGCA-C--A----TA--TACATTATACATTATTAAG-CACTA--TACA--------AACA-TAAA--A-CA--G--ATG--A--CAA-A--TT-GAC--ATTT-GAAATT--------GAA-ATA-AA-T----AACA----TATAAG-A--GTGC-A--TA-T--T----AA-TT--G--C-A-C-GAC-----TA-GAT--TGTTAT-AT----TAC-AG-CTT-AAATG-T--AATCT---G---G-T-AAT-TTA--AAA-TAAT--GATGA-----TA---------A--T------GATGC--TA-----CATTA-T-AA----AAGTTGTAA-TAC-AT-CA-G-TA----T-GAAAAGAT--ATAAT---A-TTT-GTT--------G-A-C--AAT-CA-G-----------AA-GAGT-----T-AC--AATTTT--AA
gi|19 : tg-AG-ATT-AAATG-T--AAT-TTG-G---G-T-GAT-TTA--AAA-TAAT--GATGA-----TACATGTAATGA--T------GA-----TA-----CATTA-TAAA----AAGTTGTAA-TAC-AT-CG-A-TA----T-GAAAAGAT-CATAAT---A-TAT-GTT--------G-A-C--AAT-CA-G-----------AA-GAGT-----T-AC--AATTTT--AAT---TA--T---------AAAAAG-AATTG-----------ATC-T-T----AAAAATGG---T----G-CA--CTAAA--TTCCTA--GG-------AT-------AACCCAT-AAAAGACA-CG--AA-GTCTTA-TTTCC-A-A---A--GGG-
gi|2 : cTATTTGATT-T---T-TA-TTCAGAAATTTT--GGCA-C--A----TA---ACATTA---A--ATTA-G-CAC-A--TACA--------AACAATAAA--A-CA--G--ATG--A--CAA-A--TTGGAC--A-AT-GAAA-T--------GAA-ATA-AA-T--A-AACA----TATAAGTA--G--C-A--TA-T--T---AAAATT--G--C-A-C-GAC-----TA-GAT--TTTTAC-ATCAA-CAC-AG-ATT-AAATG-T--AAT-T---G---G-T-GAG-GTT--AAA-GAAT--AATGA-----TA---------A--T-------------TA-----CATTAATAAA----AAGTTGTAA-TAC-AT-CG-A-TA----A-GAAAAAGT-CATAAT---A-TTTCGTT--------G-A-C--AAT-CA-G-----------AA-GAGT-----TTAC--AATTTT--AATA--TA--T---------AAAAAG-AATTGAG---------ATCTTAT----AAAAATTG---T----G-CA--CTAAA--TTCCTA--GGATT----AT-------AACACACAAAAAGACG-CG--AA-GTCTTA-TTTCC-A-A---A--GGC-TTCCAT-----AATAG---AAACCACTC-C-A-GTCCAAAATGACA-------TAGT--A-T---T---TA---C-AAAGA---TGA-AA-TT-T--A--T----A-TTTG-A-----TTAAACGTTAGCGA-TT-A-TG--T-AAAA---AGT-AAATT--AAATA-TTTGACTA-----GAA--GG--AC--T-ACATAGT-----TTGGTAGATAT-TTGGT--TTA-GTGATGGATTTTAGAACAT--A-AAGAA-GTCCT-GATATATG--T-TTT-GATTTTAGTTCATTAAAAAGGAAA
gi|20 : ATTTGATT-T------A-TTTTGAA-TTT---GGCA-C--AACAATA---ACACTAT--AC-ATGA-G-CACTA--TACATTGATG-AAACA-AAAA--A-CA--G--ATG--A--GAA-A--CTGG-C--A-TT-GAAA-T--------AAA-A---------A-AAAA----T-TAAG-A--GTGC-A--TA-T--T---GA--CT--G--C-A-T-GAC-----TA-GAT--TATTA--A---A-TAT-AG-ATT-AATTG-C--AATCT---G---GAT-AAT-TTA--AAA-TAAT--GATGA-----TA---------A--T------G------
gi|22 : ttgATTTGATT-T------A-TTTGGAA-TTTT--GGCA-CATA----TA--TACATT-------ATTA-G-CACTA--TAC--------AAACA-TAAA--A-CA--G--ATG--A--CAA-A--TT-GAT--A-TT-GAAA-T---------AA-AT----------AACA----TATAAG-A--GTGC-A--TA-T--T----AA-TT--G--atga
gi|23 : tttaA-TTTGGAA-TTTT--GGCA-C--A----TA--TACATTA-------TTA-G-CACCA--TA--T------AAACA-TAAA--A-CA--G--ATG--A--CAA-A--TT-GAT--A-TT-GAAA-T--------G-A-AT----------AACA----TATAGG-A--GTGC-A--TA-T--T----AA-TT--G--C-A-C-GAC-----GA-GAT--TGCTAC-----A-TAC-AG-ATT-AAATG-T--AATCT---G---G-gaagtcaaaaaagttttcctacaacataaa
gi|24 : tg-CA-G-----------AA----------T-AC--AAGTTT--AAC---TA--T---------TAAAAA-AATTGA-----------TCTT------AAAATTGG---T----G-CA--CTAAA--CTCCTG--GGAT-----G---------ACCCATAAA--GATA-TG--GA-GTCTGA-TTTCC-A-AT--G--GGG-TCCTAT-----ATTAG-T-AAACCACTC-C-A-GT-CAAAATGACA-------TA
gi|25 : aAT-TATG--C-ATG-AATTTTAGATCATTAAAAAGt
gi|26 : ----A-TTTG-A-----TTAAA-GTTTG-GA-TT-ATTG--T-AAAA---ATT-TAATT--GAATA-TTTGA-TA-----GAA---G--AC--T-ACATAGT-----T--GTGGATAT-TAGGT--TTA-G-GATGagcatttttcacctcagatttaaatttagccgttttgttttctacacatctgatga
gi|27 : CACTC-C-A-GT-CAAAATGACA-------TTAT--A-A---T---TA---
gi|28 : attttcaatggtttttttttaatattgttgtgATTTGATT-T------A-TTGGGAA-TTAT--GGCA-C--A----TA--TACATT-------ATTA-G-CACTA--TACATTGATA-AAATA-TAAA--A-CA--atcaagaccaaagaagagttga
gi|3 : ttgTTGATT-TGA-TATA-TTCGCAA-TTTG--GCCATC--A----TA---ACATTA---A--ATTA-GACACTA--TACA-------AAGC--TAAC--A-CA--G--AT---A--CAA-A--T--GAC--A-AT-GACA-TT-------GA---TA-AA-T--A-A-CA----TATAAG-AAAGTGG-C--CA-T--T---A---TT--G----A-C-GAC-----TA-GAT--T-TTAA-AT--A-GAT-----TT-AAATGAT--AAT-TT--G---G-T-GAT-TTA--A---TAAT--GATGA-----TA---------A--TTATGA-A------TA-----CATT--TAAA----A-GTTGTA----T-CT-CT---TA----T-GAAAGTA---ATAA----A-TAT-GTT--------G-A-C--A-T-C-----------------GAAT-----T-AC--AATTT---AAT---T---T---------AAAA-G-AATTGA-----------TCTT-C----AAA--TGG---T----GACA--CTAAA--TTC-TA--GGAT-----------------CCATAAAA---CA-CG--AA-CTCTTA-TT--C-AGA---A--GGG-TCCTAT-----AATAG-T-AAAC-ACTC-C-A-GT-CAAAATG-CA-------CTAT--A-T---T---T----T-AAA-----TGA-A---T-T--A--T----AATTTG-A-----T--AA-GTTAG-GA-TT---TG--T-AA------GT-AA-TT--AAATAGTTTGA-TA-----GAA--G---AC--T--CATAGT-----T--GTAGATAT-TTGGT--TTTTG-GATGT--TTTAGAACAT--A-AAGAA-GTCCT-GAT-TATG--TCTTT-GATTTAAATTCATTAAAAAGAAA
gi|30 : atttgaTATTTGATT-T------A-TT-GGAA-TTTT--GGCA-C--A----TA--TACATT-------ATTA-G-CAATA--Tgtttaacctggtgatttgaatttaagattgtttatttatcagcattgatgaa
gi|31 : t-T---T-TA-TTTGGAA-TTT---GGCA-C--A----AA--TACAct
gi|4 : atagaA-TTT-----CA-A--A----TA--TACATTA---G--A------CACT---TACATTGAA--AAACA-TAAACAA-CA--G--ATG--A--TAA-----TGGAC--A-T----------------GAA-ATA-AA-T--A-GG-A----TTTAAG-A--GTGC-A--TA-T--A---TAA-TT--G--C-A-T-GAC-----TA-GAT--TGTAA------A-TAT-AGTATT-AA-TG-C--AAT-C---T---G-A-GATCTTA--AAA-TAAT--GATAA-----TA---------A--T------GATGA--TA-----CATTA-TAAG----AAGTT-TA--TAC-AT-CA-G-TA----TTGAAAAAAT------T---A-TTC--TT--------GCA-C--AAT-CA-G-----------AA-GAGT-----T-AC--A--TTT--AAT---AACTT---------AAAAA---ATTGA-----------TCTT-TTAAAAAAAATGG---T----G-CA--GTAAA--TTCCTA--GGAT-----A---------ACCCATAAAA--------------------TTTCC-A-A---A--GGGGTCCTAT-----ATTAG-T-AAACCCCTC-C-A-GT-CAAAAT-------------------T---T---TA---C-AAAAA---AGA-CA-TT-TTAA--TTTTGA-TTTG-A-----TTTAA-GTTTG-GA-TTTG-TA--T-AAAA---AGT-GTATT--GAACA-TTAAA-TA-----GAA--G---AC--T-ACATAGT-----T--GTGGATAT-TTGGT--TTA-G-GATGA--TTTAGAACAT--A-GAGAA-GTCCT-GAT-TATG--T-TTG-GATTTTAATTCATTAAAAAGGAAA
gi|5 : attTATTTGATT-T------A-TTCAGAA-TTTTATGGCATC--A----TA--TACATTA---A--ATTC-A-CACTA--TACA-------AAACA-TAAA--A--A--G--ATG--A--CAA-A--TGTGAC--A-T--GAAA-TT-------GAATATA-AA-T--T-AACA----TATCAA-A---TGCCA--TAAT--T---AAA-TTTTG--CCA-C-GAC-----TA-GAT--TTTTAC-AC--A-TAC-AG-AAT-AA-TG-T--AAT-TT--G---G-T-G---TTA--AAA-TAA------GG-----TA---------A--T--------------A-----CATTA-TAAA----AAGTTGATA-TAC-A--CG-A-TA-------AAAAGATTCATAAT---A-TTT-GT---------G-A-C--AAT-CA-G-----------AA-GAGT-----T-AC--AATTTT--AAT---TA-------------AAAAG-AATTTA----------ATCTT------AAAAATTG---TTT--G-CA--CTAA---TTCCT---GGAT-----A-----------CCATAAAA-GA-G-CG--AA-GT-TAA-TTTCC-A-A---A--GGG-TCCTAT-----AA-AG-T-AAACCACTC-C-A-GT-CAAA-TGACA-------TA-T--A-T---TCT-TA---C-AA-GA---TGA-AA-AT-T--A--T----A-TTTG-A-----TTAAA-GTTAG-GA-TA-T-TG--T-AAAA---AGT-AAATT--AAATA-TTTGA-TA-----GAG--AG--AC--TAACATAGT-----T--GTTGATAT-TTGGT--TTA-G-GAT-A--TTTAGAATA---A-AAGAA-GTCCTAGAA-TATGCTT-TTGTGA--TTAGTTCCATATAAAGGAAgttttcaccttcaatttgaattttgatcacattgatgga
gi|6 : tt--A----TA---ACATTA--------TG-A-CACTA--TACATTGCAA-AAACA-TAAA--AACA--G--ACG--A--TAA-A--T--GAC--A-TT------T--------GAA-ATA-AA-T--A-G-CA----TTTAAG-A--GTGC-A--TA-T--T---AA--TT--G--C-A-T-GAC-----TA-GAT--TGTTA--AT--A-TAT--G-ATT-AAATG-T--AATCT---G---G-T-AATCTTA--AAA-TAAT--GATGA-----TA---------A--T------GCATGA-TA-----CATTA-TAAG----AAGT-GTTA-TAC-AT-CA-G-TA----T-GAAAAAAC---TTAT---A-TTT-CTT--------G-A-C--AAT-CA-G-----------AA-GAGT-----T-AC--AATTTT--AAC---TA--T---------TAAAA--AATTG-----------ATCTT-TTTAAAAAAATGG---T----G-CC--AGAAA--TT-CTA--GG-------AT-------AACCCATAAA-------------------A-TTTCC-A-A---A--GGG-TCT--T-----ATTAG-T-AAACCCCTC-C-G----CAAAAT-------------------T---T---TA---CAAAAGACATTTT-AA-TT-T--T--TG---A-TTTG-A-----TTTAA-GTTT--GA-TT-A-TGTAT-AAAA---AGT-GTATT--GAACA-TTAAA-TA-----GAA---G--AC--T-ACATAGT-----T--GTGGATAT-TT-GT--TTA---GATGA--TTTAGAACAT--A-GGAGA-GTCCT-GAT-TATG--T-TTG-GA-TTTAATTCATTAAAAAGGAAAgtt
gi|7 : aTTTGATT-TGATT-TA-TTCAGAA-TTTT--GGCA-C--A----TA--TAC--TA---A---TTA-G--ACTA--TACA---------ACA-TAAA--A-CA--GG-ATG--A--AAA-A--TTGTAC--A-ATAGAAA-TTG------AAA-ATA-GAGC--ATAACA----TATAAG-A--GTGC-AA-TA-T--T---AA--TT--G--C-A-CAGAC-----CA-GAT--TTTTAC-AT--A-CA---G-ATT-AATTT-G--AAT-TT--G---G-T-GATGTTA--AAA-TAAT--GATGA-----TA---------A--T------GA-----TAATCAGCATTA-TAAA----A-GTTGTAA-TACCAT-CGAG-TGATATT-GAAAAGAT-CATAAT---A-TTT-GTT--------G-A-CAAAATGCA-GTAA--------GA-GAGT-----T-A---AATTTT--AAT---TA--T---------AAAAAG-AATTGA-------------TC-T----AAAAATGG---T----G-CA--CTAAA--TT-CTA--GG-------AT-------AACCCATAATAAGAAACCG--AACGTCTTATTTTCC-A-A---G--CGG-TCCTAT-----ATT-G-T--AACCACTCAC-AGGT-CAAAATGGCA-------TCAT--AGT---T---TA---C-AAAAA---TGA-AA--T-T--A--T----A-TTTGCA-----TTAAA-GTAGG-TA-TT-ATTG--TCAAAA---AGTAAAATT--AAATA-TTTGA-TA-----GAA--agctttcaccttcaatttgaattttttgatcacattgatgga
gi|8 : TA-TTTCC-A-ATGGATCGGA-TCCTGT-----ATTAG-TTGACCCACTC-C-A-GT-CAAAATGACA-------TAATTTA-T---C---TAGGCC-TAAG--------------T--A--G----A-GTTG-AGC---TTATA-ATGTG-AACTT-A-TG--T-AAAA---TGC-AATTT--GAGGA-TGTAA-TA-----AAAAAGG--ACGTT-ACCAAGC------------ATAA-TAAGT--TTA-A-AATCA--CTTAACACATTAA-AAAAACACCCC-GAT-TGTG--C-ACG-GATTTTAGTTCATTAAAAAG
gi|9 : aaaatacaattttaacA-CG--AA-ATCCTA-TTTCC-A-A---TT-GGA-CCCTAT-----ATTAT-T-TGACC-----C-A----CACAATGACAATTTATCTAGT--C-C---TAGGTA---C-A--GA---TGA-GG-TT----A--T----A------A-----T-----GT--G-AACTT-A-TG--T-AAAA---TGC-AATTT--GAGCA-TGTCA-TAAAAAAGGA--GGTCACCAT-ACATA--------------ATA----AGT--TTA-A-AATCA--CATTGAAAAA--A-AAAAA-CTC----AT-TGTG--C-ATG-AAATGTAGTTCATTAAAAAGagcatttctcaccctagatctgaatttaattttgttatctatacataggaatgacaggagcgggggatggggactatataaatgaaaacggaagccttagcaagaacataacaagacgatggagtcaccagtattcccatacagctatggtcctaatctccagctatcttcattatcacagtaaacttgcttgtaccaggatacttattttgtagctgacgacatcccttgacaggaata
blockSeqs : . GATTT . T A TAT T AT ACAA ATT ATACATTAT A A CA TGATAA A CA A TT TC T AA AAC TG TG T TAG T TCTATATTG C CAA CCA A . T AA C AT A GA AAAA TT . T CA GACTA T CT G CTATATATCA T A A A AC CTGGG G C C TA C AT ACATG CATGTAATGATGA ATCAG A A TGTT T A C T GAC ATATT TC T TTA G C TTAATCAAA A AA G . GTTAAAAAAAA A AAAGA T TA TT AACTTA GC ATCTTTTAAA TGA AGAT A GC AAC TT ATACGGGGATC A AGAAC C AA CG T A G TGGATC G AATTC C TG A . GG C TAATATATATTTCAAAATAATAATTGTAAGTAAA A C GC C TG C C AT TA C TGCA A C . G C AAAAA AAGG GT A TTG A . . GT G AT TTA . C A A CTT T T
blockSeqs : . GATAT . T . T T . AG T ATACAT . . . TTGATA . . . . G . . CA TG . . TC . TGA T GAG AT A . . . . A . . AAA . . C C GACTA . . T CATCAACACA . . A . . TGTGG A . C . . CG . AAGTGAGATGA . . C . A A . . GAG TT T A . . . GC . . . . TAA . . T . T ATATA G ATCTTTTTAA . TT . . A . ATACGGGAT A AAGAC . . A . . . TT . . . G . . G . ATTTATCTAGTCCTAGGTACAGATGAGGTTAT . . . . GT . C TG . . T . T . . . . GGTC CA . T G . . TG G . T . . . . TC . T
blockSeqs : . GATTT . T . T . . AG T AAGT . . . TTGATG . . . . . . . G TG . . TG . TG . GT A A . . . . . . . TAA . . . T . . . G TATAATATA . . A . . TTGG . . G . . A . ATGCATGAC . . A . A A . . AA T C A . . . G . . . . . . . . . . TATA A AGATCTTAT . . . . A . ATTAT A AAGAC . . G . . . TG . . . T . . G . ATTTATCTAGTCCTAGGTACAGATGA . . . . TA . C AT . . A . A . . . . GG . . T A . . G G . T . . . . T . T
blockSeqs : . ATT . C . T . . . T AAAT . . . TTGATA . . . . . . . T TG . . TT . TG . GA G A . . . . . . . ACA . . . T . . . G AAGAGTAT . . A . . CTG . . . . . . . ATATGTTGG . . A . A A . . GG T C A . . . A . . . . . . . . . . TATT A TAGGCTT . . . . A . AAT A AAGAT . . A . . . TT . . . A . . G . TTTACAAAAAAGACATTTTAATTTTG . . . . TT . C A . . A . A . . . . AG . . T G . . G G . T . . . . C . T
blockSeqs : . TT . T . T . . . T AAAT . . . TTGCAA . . . . . . . A GA . . TG . T . AA A A . . . . . . . ATA . . . C . . . G CATATCTA . . A . . CTG . . . . . . . ATTATGAA . . A . A A . . AG T C A . . . G . . . . . . . . . . TTTT G ATTCTT . . . . C . AAT A AAGAC . . A . . . A . . . A . . G . TAGTATTTACAAAGATGAAATTTAT . . . . TA . . A . . A . A . . . . G . . T T . . G G . T . . . . T . T
blockSeqs : . TT . T . T . . . T AAAT . . . TTGAA . . . . . . . A TG . . GG . G . TA A A . . . . . . . CAA . . . T . . . T CACATACA . . A . . CTG . . . . . . . ATGCATGA . . C . T A . . AG T C A . . . G . . . . . . . . . . TGTA G ATCTTT . . . . A . ATG A AAGAC . . G . . . A . . . A . . G . TATATTCTTACAAGATGAAAATTAT . . . . TT . . A . . A . A . . . . G . . T G . . A C . A . . . . T . A
blockSeqs : . TT . C . T . . . T GAA . . . T . . . . . . . A TG . . TG . G . AA A A . . . . . . . TCA . . . C . . . G CTATCTA . . A . . TTG . . . . . . . ATGATGA . . A . A A . . AG T C A . . . G . . . . . . . . . . TATA G ATCTTC . . . . A . ATA A AAGAA . . A . . . A . . . A . . G . TTTACAAAAGACATTTTAATTTTTG . . . . TA . . T . . A . A . . . . G . . . . . . A C . . . . . . C . .
blockSeqs : . . . T . T . . . T AAA . . . T . . . . . . . A TG . . TG . G . AA A A . . . . . . . TAA . . . C . . . G TGCAATC . . A . . TTG . . . . . . . ATGATGC . . A . A A . . GA T C A . . . G . . . . . . . . . . TATT G AATCTT . . . . A . ATA A AGAC . . G . . . T . . . A . . G . TCATAGTTTACAAAAATGAAATTAT . . . . TT . . A . . A . A . . . . G . . . . . . . . . C . .
blockSeqs : . . . T . T . . . T AGA . . . T . . . . . . . A TG . . TG . G . AA A A . . . . . . . AAA . . . T . . . T TATTACA . . A . . CTG . . . . . . . ATGATGA . . A . A A . . GA T C A . . . G . . . . . . . . . . TATT A ATCTT . . . . A . AT A AAT . . G . . . A . . . A . . G . TAATTTATCTAGGCCTAAGTAG . . . . AG . . A . . T . T . . . .
blockSeqs : . . . T . G . . . T AAT . . . T . . . . . . . A GT . . TG . G . AA A G . . . . . . . AT . . . C . . . A AATAGAT . . T . . TTG . . . . . . . ATGA . . A . A A . . AG A C A . . . G . . . . . . . . . . TATA G ATCTT . . . . A . AT A TTT . . G . . . A . . . T . . . . CTATATTTTAAATGAATTAT . . . . GT . . A . . T . T . .
blockSeqs : . . . G . T . . . T TT . . . . . . . . . . . A TG . . TG . A . AA A A . . . . . . . AA . . . C . . . G CATATA . . A . . TG . . . . . . . GTA . . A . A A . . GA T . A . . . G . . . . . . . . . . ATT G ATCTT . . . . A . AT A GAT . . C . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . C . T . . . . TT . . . . . . . . . . . A C . . TG . G . AA A A . . . . . . . GA . . . T . . . G AATATA . . A . . TG . . . . . . . AAG . . A . A . . . AG T . . . . . G . . . . . . . . . . TAT G ATCTT . . . . A . AT . AGA . . G . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . AT . . . . . . . . . . . A T . . TG . G . AA T . . . . . . . . AA . . . C . . . T CATACA . . A . . TG . . . . . . . ATG . . A . A . . . A . . . . . . G . . . . . . . . . . TTA . ATCT . . . . A . AT . AC . . A . . . A .
blockSeqs : . . . C . . . . . . AT . . . . . . . . . . . A T . . C . G . A A . . . . . . . . AA . . . T . . . G ATATAT . . T . . TG . . . . . . . AT . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . TA . A . . . . . . AT . A . . . . . . A .
blockSeqs : . C . . . . . . AT . . . . . . . . . . . A T . . G . . . . . . . . . . . . . AA . . . . . . . T CATACA . . . . . CT . . . . . . . AT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . G .
blockSeqs : . . . . . . . AT . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . AA . . . . . . . . ATATA . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : TT**** T** T** AAAT***** T****** ** TG TG* AA** **** AA***** ** C** CATATA******* TTG****** ** ATGATGA******************* **** A* ** TATN************** ATCTT***************** A** AT************** G* ***** A** A*** ** G***** T******* **
originalCons : TATTTGATT-T---T-TA-TTCGGAA-TTTT--GGCA-C--A----TA--TACATTA---A--ATTA-G-CACTA--TACAT------AAACA-TAAA--A-CA--G--ATG--A--CAA-A--TTGGAC--A-TT-GAAA-T--------GAA-ATA-AA-T--A-AACA----TATAAG-A--GTGC-A--TA-T--T---AAA-TT--G--C-A-C-GAC-----TA-GAT--TGTTAC-AT--A-TAT-AG-ATT-AAATG-T--AAT-T---G---G-T-GAT-TTA--AAA-TAAT--GATGA-----TA---------A--T------G------TA-----CATTA-TAAA----AAGTTGTAA-TAC-AT-CG-G-TA----T-GAAAAGAT-CATAAT---A-TTT-GTT--------G-A-C--AAT-CA-G-----------AA-GAGT-----T-AC--AATTTT--AAT---TA--T---------AAAAAG-AATTGA----------ATCTT-T----AAAAATGG---T----G-CA--CTAAA--TTCCTA--GGAT-----AT-------AACCCATAAAAAGACA-CG--AA-GTCTTA-TTTCC-A-A---A--GGG-TCCTAT-----ATTAG-T-AAACCACTC-C-A-GT-CAAAATGACA-------TAAT--A-T---T---TA---C-AAAGA---TGA-AA-TT-T--A--T----A-TTTG-A-----TTAAA-GTTNG-GA-TT-A-TG--T-AAAA---AGT-AAATT--GAACA-TTTGA-TA-----GAA--GG--AC--T-ACATAGT-----T--GTGGATAT-TTGGT--TTA-G-GATGA--TTTAGAACAT--A-AAGAA-GTCCT-GAT-TATG--T-TTG-GATTTTAGTTCATTAAAAAGGAAA
finalCons : TATTTGATT-TTT----A-TTCGGAA-TTTT--GGCA-C--A----TAT--ACATTAAAT-----TA-G-CACTA--TACAT------AAACA-TAAA--A-CA--G--ATG--A--CAA-A--TTGGAC--A-TTG-AAA-T--------GAA-ATAAA--T--A-AACA----TATAAG-A--GTGC-A--TA-T--TAA-----TT--G--C-AC--GAC-----TA-GAT--TGTTACATATA-------G-ATT-AAATG-T--AATTTG------G-T-GAT-TTA--AAA-TAAT--GATGA-----TAATGATGA-------------------TA-----CATTA-TAAA----AAGTTGTAA-TAC-AT-CG-G-TA----T-GAAAAGAT-CATAAT---A-TTT-GTT--------G-A-C--AAT-CA-G-----------AA-GAGT-----T-AC--AATTTT--AATTATN--------------AAAAG-AATTGATCTT-----------------AAAAATGG---T----G-CA--CTAAA--TTCCTA--GGAT--------------AACCCATAAAAAGACA-CG--AAG-TCTTA-TTTCC-A-A---A--GGG-TCCTAT-----ATTAG-T-AAACCACTC-C-A-GT-CAAAATGACA-------TAAT--A-T---T---TA---C-AAAGA---TGA-AA-TT-T--A--T----A-TTTG-A-----TTAAA-GTTNG-GA-TTA--TG--T-AAAAA---GT-AAATT--GAACA-TTTGA-TA-----GAAG-----AC--T-ACATAGTT-------GTGGATAT-TTGGT--TTA-G-GATGA--TTTAGAACAT--A-AAGAA-GTCCT-GAT-TATG--T-TTG-GATTTTAGTTCATTAAAAAGGAAA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): GTTTATTTGGAATTAAGAACAGTACACATACTCACAATACATATAAAACACATAGTAAAACATATTAAACACTTATCATTTTATCAAATTACATTTTCATTTATTGAATGTTCCAGACTCATTACATACATCACTATGATTAAAGTATTGTATCATTTTGGACAATATAAGATAATGGGGCAGTATAGTAGATACCGGTGTGTTGATACGCTTCAAATGACAAGACGAATGTTACATTA
Unaligned ( gi|21 ): TTACTTGTTTAAACTAAGCATGCACTATACATGTACATGGAAAACACAGTAAAAACATTAAACACTTGACATTTAGTCAAAAATAAATAACACTGAAAGTCCCAAACTCATTACATACATTTTGGACGATATAAAATAACGAGGCACTATA
Unaligned ( gi|29 ): AAATCCGCCTATGATAAAAACACTCGTATTAAAAACAGCTGGTGCCACGTCAATCAAAACAAGTGATAGA
Alignments
lowQualScore : 333333 111 1111 111 222222222 4444444 111111111 11111 11111111111111 111111111111111111111111 1111 11111111111 111111111 11111 1111111111111 1111111111111 11111 111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111 1 11111 1
lowQualScore : 2 444444 2 5 2 111 4 22 0000 444 333333333 2 2 22 4444444 2 22 2 22 55 55 33 3333 999 33 2 444 2 888888888 4 5555 33 2 9 4444 2 33 2 55 4 2 6666 77777 33 4 222 66666 2 33 33 1 2 77777777777777 55 2 4 33 3 3333 3333 999 6 55 2 55 555555555555555555555555 4 33 2 2 7777 0 55 2 2 2222 888888 66 1 444 2 2 9999999999 2 66 2 2 55555555555 2 55555 4 33 55 666 4 33 000000000 2 33 33 2 55555 33 3333333333333 444 8888 2 33 33 2 8888888 2 1111111111111 2 6 00000 2 33 77 2 2 2 888888 77777 3 55 1 3 3 44 3 0 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3 22222 3 1 3 6 6 3 44 3 9999 3 3 44 0 3 4 4 8 4 11111 66 777 4 4 66 4 1 66 777 5 5 5 4 6666 4 0
lowQualScore : . ...... . . . ... . .. .... ... ......... . . .. ....... . .. . .. .. .. .. .... ... .. . ... . ......... . .... .. . . .... . .. . .. . . .... ..... .. . ... ..... . .. .. . . .............. .. . . .. . .... .... ... . .. . .. ........................ . .. . . .... . .. . . .... ...... .. . ... . . .......... . .. . . ........... . ..... . .. .. ... . .. ......... . .. .. . ..... .. ............. ... .... . .. .. . ....... . ............. . . ..... . .. .. . . . ...... ..... . .. . . . .. . . ............................................................. . ..... . . . . . . .. . .... . . .. . . . . . . ..... .. ... . . .. . . .. ... . . . . .... . .
lowQualScore : 7 444444 5 8 2 222 4 99 3333 555 666666666 2 1 88 5555555 1 99 1 99 33 33 11 9999 999 11 2 777 2 444444444 4 3333 11 2 0 7777 2 11 2 33 4 2 9999 99999 11 7 888 88888 4 22 22 2 4 22222222222222 33 2 4 11 4 6666 6666 000 7 33 2 33 222222222222222222222222 4 22 4 5 4444 6 77 5 5 1111 111111 00 1 444 5 5 8888888888 5 99 4 4 33333333333 4 99999 7 22 66 999 3 88 000000000 5 44 44 5 00000 44 8888888888888 444 8888 5 44 44 5 1111111 5 8888888888888 5 3 11111 4 22 44 4 5 5 111111 77777 1 00 5 1 1 66 1 8 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 3 99999 3 0 3 7 7 3 66 3 4444 3 6 66 1 3 0 0 0 4 11111 11 888 4 4 11 4 1 99 222 0 0 0 4 6666 4 2
consensus : TATTTGATT-T---T-TA-TTCGGAA-TTTT--GGCA-C--A----TA--TACATTA---A--ATTA-G-CACTA--TACAT------AAACA-TAAA--A-CA--G--ATG--A--CAA-A--TTGGAC--A-TT-GAAA-T--------GAA-ATA-AA-T--A-AACA----TATAAG-A--GTGC-A--TA-T-T----A-A---TTG--C-A-C-GAC-----TA-GA--T--TGT-TAC-A-T----AT---A--G-ATT-A--AATG-T--AATT-T--GG-T-GAT-TTA--AAA-TAAT--GATG--A-----TA------A--T--G-ATGA-T--ACATTA-TAAA----AAGTTGTAA-TAC-AT-CG-G-TA----T-GAAAAGAT-CATAAT---A-TTT-GTT--------G-A-C--AAT-CA-G-----------AA-GAGT-----T-AC--AATTTT--AAT---TATTAAAAG-AA---------TT-G--A--T-CTT-----A--AAA-------------ATGG---T----G-CA--CTAAA--T-TCCTA-------GGA-T---A---------A-CCCATAAAAAGACA-CG--AA-GTCTTA-TTTCC-A-A---A--GGGTCCTAT-----ATTAG-T-AAACCACTC-C-A-GT-CAAAATGACA-------TAAT--A-T---T---TA---C-AAAGA---TGA-AA-TT-T--A--T----A-TTTG-A-----TTAAA-GTTTG-GACTTA-T-G--T-AAAA---AGT-AAATT--GAACA-TTTGA-TAGA-A-GACT-ACATAGT-----T--GT---GGATAT-TTGG-T--TTAG-GATGA--TTTAGAACAT--A-AAGAA-GTCCT-GAT-TATG--T-TTG-GATTTTAGTTCATTAAAAAGGAAA
Reference ( family-1342 ) : TATTTGATT-T---T-TA-TTCGGAA-TTTT--GGCA-C--A----TA--TACATTA---A--ATTA-G-CACTA--TACAT------AAACA-TAAA--A-CA--G--ATG--A--CAA-A--TTGGAC--A-TT-GAAA-T--------GAA-ATA-AA-T--A-AACA----TATAAG-A--GTGC-A--TA-T-T----A-A---TTG--C-A-C-GAC-----TA-GA--T--TGT-TAC-A-T----AT---A--G-ATT-A--AATG-T--AATT-T--GG-T-GAT-TTA--AAA-TAAT--GATG--A-----TA------A--T--G-ATGA-T--ACATTA-TAAA----AAGTTGTAA-TAC-AT-CG-G-TA----T-GAAAAGAT-CATAAT---A-TTT-GTT--------G-A-C--AAT-CA-G-----------AA-GAGT-----T-AC--AATTTT--AAT---TATNAAAAG-AA---------TT-G--A--T-CTT-----A--AAA-------------ATGG---T----G-CA--CTAAA--T-TCCTA-------GGA-T---A---------A-CCCATAAAAAGACA-CG--AA-GTCTTA-TTTCC-A-A---A--GGGTCCTAT-----ATTAG-T-AAACCACTC-C-A-GT-CAAAATGACA-------TAAT--A-T---T---TA---C-AAAGA---TGA-AA-TT-T--A--T----A-TTTG-A-----TTAAA-GTTNG-GA-TTA-T-G--T-AAAA---AGT-AAATT--GAACA-TTTGA-TAGA-A-GACT-ACATAGT-----T--GT---GGATAT-TTGG-T--TTAG-GATGA--TTTAGAACAT--A-AAGAA-GTCCT-GAT-TATG--T-TTG-GATTTTAGTTCATTAAAAAGGAAA
gi|1 : TCTGATTAT---T-TAATT--GAA-TTTTA-GGCA-C--A----TA---ACA------G--ATTA-G-AACTA--TACATTGATACAAACA-TAAA--A-CA--G--ATAGAA--CAA-C--T--GAC--A-T---AAA-T--------TGA-ATA-A--T--A-AGCGCCAGTAAAAG-A--GTGA-A--CA-C-TTTCAA-G---TTGGCC-AGC-GAC-----TA-AG--T--TGT-TA----------------------------TG-T--AATC-G--GG---AAT-TTAT-AAA-TA------T---A-----TA----------------GA-T--ACATTA-TAAAC---AAGTTGTAAATAC-AT-CA-G-TA----T-TGAAAGAT-CATAGT---A-TTT-GTT--------G-A-CCAAAT-AAAG-----------AA-GAGT-----T-AC--AATTTT--AATATATATTAAAAA-AAAAAAAAAAACT-G--A--T-ATT-----A--AAATCATCTTCTTAAAATGG---T----G-CA--CT-AA--T-TCCTA-------GGA-T---A---------ACCCCATAAAAGACCA-CG--AA--TCTTA-TTTCC-A-A---AG-GGGTTCTAT-----ATTAG-T-AA--CACTC-CGA-GT-CAAATTGGCA-------TATT--A-T---T---AA---CAAAAAA---TGA-AACTT-T--A--A----T-TTTG-ATTGATTTAAA-GTTTG-GA-TTATT-G--T-AAAA-----C-TAATCCGGAATA-TTTGA-TAGA-ACGAGT-ACATTGTGTGTGT--GT---GGGGATATTGG-CCGTTAG-GATGA--CTTAGTACAT--ATAAGAA-GTTCT-GAT-TATG--T-TTG-GA--TTAGTTC-TTATAGAAGAA
gi|10 : t-T---T-TA-TTTGGAA-TTT---GGCA-C--A----TAATTACATTG---A--A--A-A-CACAG--TA---------AAACA-TAAA--A-CA--C--TTG--A--TA-----TC--------TT-CAAA-T--------TCA-ATA-GT-TCCA-AACT----CGT--------TGG-A--TA--------A-A---TT----------AC-----TA-G-------GC-TA---------A----A--G-AGT-ATTATTG-C--ATTT-T--GG-T-CCT-TTATAAAACTAAT--GATG--------CA------G--T----AT-A-T--ATAGTA-T---------GTTGGTA-CGC-AT-CA-A-TA----T-GAAT-GAT-TACATT---AGTTT-ATT----------A-C--AAT-AA-AGTTAAAAAAAAAA-AAGT-----TTAC--AATTTT--AAC------GAAAAG-AA---------TT-G-------------------------------------G---T----G-CA--CTAAA--T-TCCTA-------GGA-T---A---------A-GCCATAAAA--ATA-AG--AA-ATCTTA-TTTTCAA-A---A--GGGTCCTAT-----ATTAGCT-GAACCACTC-C-A-GT-CAAAATGATA-------TAAT--A-TATAT---TT---C-AAA-A---TAATAA-TTGT--AAGTAAA-A-TTTA-G-----CTAAA--TTGG-AACTTA-C-A--T-AAAATGCAAC-AACTT--GAGCA-Tgtaattcaagtttcacctccgatgattg
gi|11 : ga-CACTA--TA-------------A-TAAG--G-TA--GTCA-G--A--AAA-G--TTGTAC--A-AT-GAAA-TTCTATATTGAACATACAA-T--A-TACA----TATAAG-A--GTGC-AATTATT-T----A-A---TTG--CTA-C-GAC-----TATGA--T--TTT-TACTA-T----ATATCA--G-ATTAA--AATG-TACAATC-TGGGG-T-GAT-TT---AAA-TAATA-GATG--AACATGTA------AAGTGAG-ATGA-T--ACATTA-T-AA----AAGTTGTA
gi|11 : aACTA--TATAT------CAG-A-TTAA--A--------ATGT-A--CAA-T--CTGGGGTGA-TT-TAAA-T----------A-ATA-GA-T--G-AACA----TGTAA--A--GTG--A--GA-T-G----A------TA--C-A-T-TA------TA-AAAGT--TGTATA--A-T----AT---A--G---T-A--AATA-C--AA-----------GA-------AAA--AAT--AAAG--T-----CA------A--T-----CGA---------A-TAAA----AGATTG--------------G-TA----T-AAAAAGAT-CATAATTTAA-TAT-GTT--------G-AAC--AAT-CT-G-----------AAAGAGT-----T-ACTAAATTTT--AAT---TATAAAAAGCAA---------TT-G--A--TTCTT-----A--AAA-------------ATGG---T----G-CAGCTTAAAACT-TCCTA-------GGAAT---A---------A-CCCATAAAAGAACA-CGAAAA-GACTTA-Ttaatatagtaaatacaagaaaaaataaagtcaatcgaataaaagattggtataaaaagatcataatttaatatgttgaacaatctgaaagagttactaaattttaattataaaaagcaattgattcttaaaaatggtgcagcttaaaacttcctaggaataacccataaaagaacacgaaaagacttat
gi|12 : acactataataaggtagtcagaaaagttgtacaatgaaattctatattgaacatacaatatacatataagagtgcaattatttaattgctacgactatgatttttGATT-TA--T-TA-TTTG-AA-TAAT--GGCA-C--AAG--TA---ACATTT-------TTC-G-CACTACATACATGATAA-AAACA-TAAG--A-CA--G--AGG--A--CAG-AACTTGGAC--A-TC------T--------GAA-ACA-A--T--A-A-CA----TATATT-A--GTGC-A--TA-T-T----A-T---TTG--C-A-T-GATGACTATA-GA--TCTTGT-TACTA-T----CT---A--G-ATT-A--AATG-T--AACTGT--GGAT-AAT-TTA--AAA-TAATATGATA--A-----TA------A--T--GCATGACT--ACATTA-TAAA----AA-TTGTAA-TAC-ATTCA-G-TA----T-GAAAAGAT-CATA-T---A-TTT-GTT--------A-G-C--AAT-CA-G-----------AA-G-GT-----T-AC--AATTTTTTAAT----ATTAAAAA-AA---------TT-GTAG--G-CTT-----A--AAC-------------ATGG---TAGATG-CA--CTAA---T-TCTTA-------GGA-T---ACGGGGATCAA-CCCATAAAA-GACA-CG--AA-ATCTTA-TTTCC-A-A---A--GGATC
gi|13 : ATTTGATT-T------A-TTTGGAA-TAT---GGCA-C--AAG--TA---ACATTT-------TTC-G-CACTA--TACATTGATA-AAACA-TAAG--A-CA--G--ATG--A--CAA-A--CTG-AC--A-TT-GAAA-T--------------A-AA-T--A-A-CA----TATA-T-A--GTGC-A--TA-T-T----ATA---TTG--C-A-T-GATGACTATA-GA--T--TGT-TAC-A-T----ATCT-A--G-ATT-A--AATG-T--AACT-G--GG-T-AAT-TTA--AAA-TAAT--GATG--A-----TA------A--T--G-ATGA-T--ACATTA-TAAA----AAGTTGTAA-TAC-AT-CA-G-TA----T-GAAAAGAT-CATAAT---A-TTT-GTT--------G-A-C--AAT-CA-G-----------AA-GGGT-----T-AC--AATTTT--AAT---TATTAAAAA-AA---------TT-G--A--T-CTT-----A--AAA-------------ATGGTGAT----G-CA--CTAAA--T-TCTTAGGATACGGGA-T---A---------A-CCCAT-AAAAGACA-CG--AA-ATCTTA-TTTCC-A-A---A--GGG
gi|14 : gTTTGATT-TGATT-TA-TTCGGAA-TTTT--GGCA-C--A----TA--TACAATA---A--GTCA-C-CGATA--TACAT------C--CC-TTAC--C-CA--G--ATG--C--TAACA--TGAGA---A-CG-GAAT-T--------GAA-ATA-TA-T--A-A-CA----TATATG-A--GTGC-A--TA-T-TC---A-A---TTG--C-A-C-GAC-----TA-TA--T--TTT-TAC-A-T----AT---A--G-ATT-A-----------------------GAT-TTA--AAA-TAA--------------------------T--G-ATGA-T--ACATTA-TAAT----AAGTTGTAA-TAC-AC-CG-ACTA------AAAAAGAT-CATAAT---A-TTT-GTT--------G-A-T--AAA-CA-G-----------AA-GAGT-----T-AC--AA-TTT--AAT---TATT-AAAG-AA---------TT-G--A--T-CTT-----A--AAA-------------ATGG---T----G-CA--CTAAA--T-TCCTA-------GGA-T---A---------A-CCCTT--AAAGACA-CG--AA-GTCTatc
gi|15 : TTGGA---TTT--GGCA-C--A----TA----CATCA---A--A--------CTA--TACAT------GAACT-TATA----CATTG--ATA--AAACAT-A--TTG--C--A-TT-G-------------GAA-ATA-AA-T--A-AACA----TTTAGG-G--GTGC-A------------A-A---TTT--C-A-T-GACATGA-TA-AG--T--TGT-TAT-G-C----A----A--T-CTT-G--GAT------ACT-T---------T-TTA--AAA-TCAT----CG----------------------G-ATGA-T--GCATTA----A----ATATTGT---TAT-CT-CA---TA----T-GAA-----------T---T-TTT-GCT----------A-C--CAT-TA-G-----------AA-AAGAAAAGAT-AC--AATTTTT-AAT---TTTTAAAA--AA---------TT-G--A--T-CTTT----A--AAA-------------ATGG---T----G-CA--CTAAC--TCTATTA-------GAA-T---G---------A-CCTAT--AAAGATA-CG--GA--TC-TA-TTCCC-A-A---T--GGGGTCTATAATTCATTAG-T-a
gi|16 : TT-T--GG-TCGAT-ACA--AAA-TAAT--GAGGCAA-----TA---------T--G-TTGG-T--ACAAGA-TCAATGTTAAATTGTA----C-AT-T----------------AAAT-CA-------A-TTT-ATTTTAATCAAA-A-T--AAT-TA-A-----------TA-AAGA-----T-AC--AATTTT--AAC---TGT---AAG-AA---------TT-C--A--T----------------------------------------G-CA--CTAAA--T-TCCTA-------------------------A-CCCATAAT--TTTA-CG--AA-ATCCTA-TTTCC-A-AT--T--GGACCCTAT-----ATTAT-T-TGAC----C-C-A----CACAATGACAATTTATCTAGT--C-C---TAGGTA---C---AGA---TGA-----------------------G-G-----TTATA-ATGTG-AACTTA-T-G--T-AAAA---TGC-AATTT--GAGCA-T
gi|17 : ttttttcatATTTGATT-T------A-TTTGGAA-TTTT--GGCA-C--A----TA--TACATTATACATTATTAAG-CACTA--TACA--------AACA-TAAA--A-CA--G--ATG--A--CAA-A--TT-GAC--ATTT-GAAATT--------GAA-ATA-AA-T----AACA----TATAAG-A--GTGC-A--TA-T-T----A-A---TTG--C-A-C-GAC-----TA-GA--T--TGT-TAT-ATT----AC---A--G-CTT-A--AATG-T--AATC-T--GG-T-AAT-TTA--AAA-TAAT--GATG--A-----TA------A--T--G-ATGC-T--ACATTA-T-AA----AAGTTGTAA-TAC-AT-CA-G-TA----T-GAAAAGAT--ATAAT---A-TTT-GTT--------G-A-C--AAT-CA-G-----------AA-GAGT-----T-AC--AATTTT--AA
gi|19 : tg---A--G-ATT-A--AATG-T--AATT-T--GGGT-GAT-TTA--AAA-TAAT--GATG--A-----TACATGTAA--T--G-ATGA-T--ACATTA-TAAA----AAGTTGTAA-TAC-AT-CG-A-TA----T-GAAAAGAT-CATAAT---A-TAT-GTT--------G-A-C--AAT-CA-G-----------AA-GAGT-----T-AC--AATTTT--AAT---TATAAAAAG-AA---------TT-G--A--T-CTT-----A--AAA-------------ATGG---T----G-CA--CTAAA--T-TCCTA-------GGA-T---A---------A-CCCAT-AAAAGACA-CG--AA-GTCTTA-TTTCC-A-A---A--GGG
gi|2 : cTATTTGATT-T---T-TA-TTCAGAAATTTT--GGCA-C--A----TA---ACATTA---A--ATTA-G-CAC-A--TACA--------AACAATAAA--A-CA--G--ATG--A--CAA-A--TTGGAC--A-AT-GAAA-T--------GAA-ATA-AA-T--A-AACA----TATAAGTA--G--C-A--TA-T-T----A-AAA-TTG--C-A-C-GAC-----TA-GA--T--TTT-TAC-A-TCAACAC---A--G-ATT-A--AATG-T--AATT----GG-T-GAG-GTT--AAA-GAAT--AATG--A-----TA------A--T---------T--ACATTAATAAA----AAGTTGTAA-TAC-AT-CG-A-TA----A-GAAAAAGT-CATAAT---A-TTTCGTT--------G-A-C--AAT-CA-G-----------AA-GAGT-----TTAC--AATTTT--AATA--TATAAAAAG-AA---------TT-G--AGAT-CTT-----ATAAAA-------------ATTG---T----G-CA--CTAAA--T-TCCTA-------GGA-TTATA---------A-CACACAAAAAGACG-CG--AA-GTCTTA-TTTCC-A-A---A--GGCTTCCAT-----AATAG---AAACCACTC-C-A-GTCCAAAATGACA-------TAGT--A-T---T---TA---C-AAAGA---TGA-AA-TT-T--A--T----A-TTTG-A-----TTAAACGTTAGCGA-TTA-T-G--T-AAAA---AGT-AAATT--AAATA-TTTGACTAGA-AGGACT-ACATAGT-----TTGGT---AGATAT-TTGG-T--TTAGTGATGGATTTTAGAACAT--A-AAGAA-GTCCT-GATATATG--T-TTT-GATTTTAGTTCATTAAAAAGGAAA
gi|20 : ATTTGATT-T------A-TTTTGAA-TTT---GGCA-C--AACAATA---ACACTAT--AC-ATGA-G-CACTA--TACATTGATG-AAACA-AAAA--A-CA--G--ATG--A--GAA-A--CTGG-C--A-TT-GAAA-T--------AAA-A---------A-AAAA----T-TAAG-A--GTGC-A--TA-T-T----G-A---CTG--C-A-T-GAC-----TA-GA--T--TAT-TAA-A-T----AT---A--G-ATT-A--ATTG-C--AATC-T--GGAT-AAT-TTA--AAA-TAAT--GATG--A-----TA------A--T--G-ATGA-
gi|22 : ttgATTTGATT-T------A-TTTGGAA-TTTT--GGCA-CATA----TA--TACATT-------ATTA-G-CACTA--TAC--------AAACA-TAAA--A-CA--G--ATG--A--CAA-A--TT-GAT--A-TT-GAAA-T---------AA-AT----------AACA----TATAAG-A--GTGC-A--TA-T-T----A-A---TTG--
gi|23 : tttaA-TTTGGAA-TTTT--GGCA-C--A----TA--TACATTA-------TTA-G-CACCA--TA--T------AAACA-TAAA--A-CA--G--ATG--A--CAA-A--TTG-AT--A-TT-GAAA-T--------GAA--------T--A-A-CA----TATAGG-A--GTGC-A--TA-T-T----A-A---TTG--C-A-C-GAC-----GA-GA--T--TGC-TAC-A-T----AC---A--G-ATT-A--AATG-T--AATC-T--GG-gaagtcaaaaaagttttcctacaacataaa
gi|24 : tg-CA-G-----------AA----------T-AC--AAGTTT--AAC---TATTAAAAA-AA---------TT-G--A--T-CTT-----A--AAA-------------TTGG---T----G-CA--CTAAA--C-TCCTG-------GGA-T---G---------A-CCCAT--AAAGATA-TG--GA-GTCTGA-TTTCC-A-AT--G--GGGTCCTAT-----ATTAG-T-AAACCACTC-C-A-GT-CAAAATGACA-------TA
gi|25 : aAT-TATG--C-ATG-AATTTTAGATCATTAAAAAGt
gi|26 : ----A-TTTG-A-----TTAAA-GTTTG-GA-TTA-TTG--T-AAAA---ATT-TAATT--GAATA-TTTGA-TAGA-A-GACT-ACATAGT-----T--GT---GGATAT-TAGG-T--TTAG-GATGagcatttttcacctcagatttaaatttagccgttttgttttctacacatctgatga
gi|27 : CACTC-C-A-GT-CAAAATGACA-------TTAT--A-A---T---TA---
gi|28 : attttcaatggtttttttttaatattgttgtgATTTGATT-T------A-TTGGGAA-TTAT--GGCA-C--A----TA--TACATT-------ATTA-G-CACTA--TACATTGATA-AAATA-TAAA--A-CA--atcaagaccaaagaagagttga
gi|3 : ttgTTGATT-TGA-TATA-TTCGCAA-TTTG--GCCATC--A----TA---ACATTA---A--ATTA-GACACTA--TACA-------AAGC--TAAC--A-CA--G--AT---A--CAA-A--T--GAC--A-AT-GACA-TT-------GA---TA-AA-T--A-A-CA----TATAAG-AAAGTGG-C--CA-T-T----A-----TTG----A-C-GAC-----TA-GA--T--T-T-TA--A------AT---A--G-ATTTA--AATGAT--AATT-T--GG-T-GAT-TTA--A---TAAT--GATG--A-----TA------A--T--T-ATGAAT--ACATT--TAAA----A-GTTGTA----T-CT-CT---TA----T-GAAAGTA---ATAA----A-TAT-GTT--------G-A-C--A-T-C-----------------GAAT-----T-AC--AATTT---AAT---T--TAAAAG-AA---------TT-G--A--T-CTT-----C--AAA--------------TGG---T----GACA--CTAAA--T-TC-TA-------GGA-T----------------CCATAAAA---CA-CG--AA-CTCTTA-TT--C-AGA---A--GGGTCCTAT-----AATAG-T-AAAC-ACTC-C-A-GT-CAAAATG-CA-------CTAT--A-T---T---T----T-AAA-----TGA-A---T-T--A--T----AATTTG-A-----T--AA-GTTAG-GA-TT--T-G--T-AA------GT-AA-TT--AAATAGTTTGA-TAGA-A-GACT--CATAGT-----T--GT---AGATAT-TTGGTT--TTTG-GATGT--TTTAGAACAT--A-AAGAA-GTCCT-GAT-TATG--TCTTT-GATTTAAATTCATTAAAAAGAAA
gi|30 : atttgaTATTTGATT-T------A-TT-GGAA-TTTT--GGCA-C--A----TA--TACATT-------ATTA-G-CAATA--Tgtttaacctggtgatttgaatttaagattgtttatttatcagcattgatgaa
gi|31 : t-T---T-TA-TTTGGAA-TTT---GGCA-C--A----AA--TACAct
gi|4 : atagaA-TTT-----CA-A--A----TA--TACATTA---G--A------CACT---TACATTGAA--AAACA-TAAACAA-CA--G--ATG--A--TAA-----TGGAC--A-T----------------GAA-ATA-AA-T--A-GG-A----TTTAAG-A--GTGC-A--TA-TAT----A-A---TTG--C-A-T-GAC-----TA-GA--T--TGT--AA-A-T----AT---A--GTATT-A--A-TG-C--AATC-T--GA---GATCTTA--AAA-TAAT--GATA--A-----TA------A--T--G-ATGA-T--ACATTA-TAAG----AAGTT-TA--TAC-AT-CA-G-TA----TTGAAAAAAT------T---A-TTC--TT--------GCA-C--AAT-CA-G-----------AA-GAGT-----T-AC--A--TTT--AAT---AACTTAAAA-AA---------TT-G--A--T-CTTTTAAAA--AAA-------------ATGG---T----G-CA--GTAAA--T-TCCTA-------GGA-T---A---------A-CCCATAAA-------------------A-TTTCC-A-A---AG-GGGTCCTAT-----ATTAG-T-AAACCCCTC-C-A-GT-CAAAAT-------------------T---T---TA---C-AAAAA---AGA-CA-TT-TTAA--TTTTGA-TTTG-A-----TTTAA-GTTTG-GATTTG-T-A--T-AAAA---AGT-GTATT--GAACA-TTAAA-TAGA-A-GACT-ACATAGT-----T--GT---GGATAT-TTGG-T--TTAG-GATGA--TTTAGAACAT--A-GAGAA-GTCCT-GAT-TATG--T-TTG-GATTTTAATTCATTAAAAAGGAAA
gi|5 : attTATTTGATT-T------A-TTCAGAA-TTTTATGGCATC--A----TA--TACATTA---A--ATTC-A-CACTA--TACA-------AAACA-TAAA--A--A--G--ATG--A--CAA-A--TGTGAC--A-T--GAAA-TT-------GAATATA-AA-T--T-AACA----TATCAA-A---TGCCA--TAAT-T----A-AATTTTG--CCA-C-GAC-----TA-GA--T--TTT-TAC-A-C----AT---ACAG-AAT-A--A-TG-T--AATT-T--GG-T-G---TTA--AAA-TAA-----------------------------G-GTAA-T--ACATTA-TAAA----AAGTTGATA-TAC-A--CG-A-TA-------AAAAGATTCATAAT---A-TTT-GT---------G-A-C--AAT-CA-G-----------AA-GAGT-----T-AC--AATTTT--AAT---TA--AAAAG-AA---------TTTA--A--T-CTT-----A--AAA-------------ATTG---TTT--G-CA--CTAA---T-TCCT--------GGA-T---A------------CCATAAAA-GA-G-CG--AA-GT-TAA-TTTCC-A-A---A--GGGTCCTAT-----AA-AG-T-AAACCACTC-C-A-GT-CAAA-TGACA-------TA-T--A-T---TCT-TA---C-AA-GA---TGA-AA-AT-T--A--T----A-TTTG-A-----TTAAA-GTTAG-GA-TAT-T-G--T-AAAA---AGT-AAATT--AAATA-TTTGA-TAGAGA-GACTAACATAGT-----T--GT---TGATAT-TTGG-T--TTAG-GAT-A--TTTAGAATA---A-AAGAA-GTCCTAGAA-TATGCTT-TTGTGA--TTAGTTCCATATAAAGGAAgttttcaccttcaatttgaattttgatcacattgatgga
gi|6 : tt--A----TA---ACATTA--------TG-A-CACTA--TACATTGCAA-AAACA-TAAA--AACA--G--ACG--A--TAA-A--T--GAC--A-TT------T--------GAA-ATA-AA-T--A-G-CA----TTTAAG-A--GTGC-A--TA-T-T----A-A---TTG--C-A-T-GAC-----TA-GA--T--TGT-TA--A-T----AT---AT-G-ATT-A--AATG-T--AATC-T--GG-T-AATCTTA--AAA-TAAT--GATG--A-----TA------A--T--GCATGA-T--ACATTA-TAAG----AAG-TGTTA-TAC-AT-CA-G-TA----T-GAAAAAAC---TTAT---A-TTT-CTT--------G-A-C--AAT-CA-G-----------AA-GAGT-----T-AC--AATTTT--AAC---TATTAAAA--AA---------TT-G--A--T-CTTTTTAAA--AAA-------------ATGG---T----G-CC--AGAAA--T-T-CTA-------GGA-T---A---------A-CCCATAAA-------------------A-TTTCC-A-A---A--GGGTCT--T-----ATTAG-T-AAACCCCTC-C-G----CAAAAT-------------------T---T---TA---CAAAAGACATTTT-AA-TT-T--T--TG---A-TTTG-A-----TTTAA-GTTT--GA-TTA-T-GTAT-AAAA---AGT-GTATT--GAACA-TTAAA-TAGA-A-GACT-ACATAGT-----T--GT---GGATAT-TT-G-T--TTA--GATGA--TTTAGAACAT--A-GGAGA-GTCCT-GAT-TATG--T-TTG-GA-TTTAATTCATTAAAAAGGAAAgtt
gi|7 : aTTTGATT-TGATT-TA-TTCAGAA-TTTT--GGCA-C--A----TA--TAC--TA---A---TTA-G--ACTA--TACA---------ACA-TAAA--A-CA--GG-ATG--A--AAA-A--TTGTAC--A-ATAGAAA-TTG------AAA-ATA-GAGC--ATAACA----TATAAG-A--GTGC-AA-TA-T-T----A-A---TTG--C-A-CAGAC-----CA-GA--T--TTT-TAC-A-T----AC---A--G-ATT-A--ATTT-G--AATT-T--GG-T-GATGTTA--AAA-TAAT--GATG--A-----TA------A--T--G-ATAA-TCAGCATTA-TAAA----A-GTTGTAA-TACCAT-CGAG-TGATATT-GAAAAGAT-CATAAT---A-TTT-GTT--------G-A-CAAAATGCA-GTAA--------GA-GAGT-----T-A---AATTTT--AAT---TATAAAAAG-AA---------TT-G--A--T-C-T-----A--AAA-------------ATGG---T----G-CA--CTAAA--T-T-CTA-------GGA-T---A---------A-CCCATAATAAGAAACCG--AACGTCTTATTTTCC-A-A---G--CGGTCCTAT-----ATT-G-T--AACCACTCAC-AGGT-CAAAATGGCA-------TCAT--AGT---T---TA---C-AAAAA---TGA-AA--T-T--A--T----A-TTTGCA-----TTAAA-GTAGG-TA-TTATT-G--TCAAAA---AGTAAAATT--AAATA-TTTGA-TAGA-A-agctttcaccttcaatttgaattttttgatcacattgatgga
gi|8 : TA-TTTCC-A-ATGGATCGGATCCTGT-----ATTAG-TTGACCCACTC-C-A-GT-CAAAATGACA-------TAATTTA-T---C---TAGGCC-TAAG--------------T--A--G----A-GTTG-AGC---TTATA-ATGTG-AACTTA-T-G--T-AAAA---TGC-AATTT--GAGGA-TGTAA-TAAA-A-AAGG-AC---GT-----T--ACCAAGCATAA-TAAG-T--TTAA-AATCA--CTTAACACATTAA-AAAAACACCCC-GAT-TGTG--C-ACG-GATTTTAGTTCATTAAAAAG
gi|9 : aaaatacaattttaacA-CG--AA-ATCCTA-TTTCC-A-AT--T--GGACCCTAT-----ATTAT-T-TGAC----C-C-A----CACAATGACAATTTATCTAGT--C-C---TAGGTA---C---AGA---TGA-----------------------G-G-----TTATA-ATGTG-AACTTA-T-G--T-AAAA---TGC-AATTT--GAGCA-TGTCA-TAAA-A-AAGG-AGGTCAC-----C--AT---ACATAA-TAAG-T--TTAA-AATCA--CATTGAAAAA--A-AAAAA----CT-CAT-TGTG--C-ATG-AAATGTAGTTCATTAAAAAGagcatttctcaccctagatctgaatttaattttgttatctatacataggaatgacaggagcgggggatggggactatataaatgaaaacggaagccttagcaagaacataacaagacgatggagtcaccagtattcccatacagctatggtcctaatctccagctatcttcattatcacagtaaacttgcttgtaccaggatacttattttgtagctgacgacatcccttgacaggaata
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): GTTTATTTGGAATTAAGAACAGTACACATACTCACAATACATATAAAACACATAGTAAAACATATTAAACACTTATCATTTTATCAAATTACATTTTCATTTATTGAATGTTCCAGACTCATTACATACATCACTATGATTAAAGTATTGTATCATTTTGGACAATATAAGATAATGGGGCAGTATAGTAGATACCGGTGTGTTGATACGCTTCAAATGACAAGACGAATGTTACATTA
Unaligned ( gi|21 ): TTACTTGTTTAAACTAAGCATGCACTATACATGTACATGGAAAACACAGTAAAAACATTAAACACTTGACATTTAGTCAAAAATAAATAACACTGAAAGTCCCAAACTCATTACATACATTTTGGACGATATAAAATAACGAGGCACTATA
Unaligned ( gi|29 ): AAATCCGCCTATGATAAAAACACTCGTATTAAAAACAGCTGGTGCCACGTCAATCAAAACAAGTGATAGA