lowQualScore : 1 666666666666666 11 111 11 111 111111 11 11111 11
lowQualScore : 5 555555555555555 11 0 88 333 44 3 555 44 3 111 6 9999 77 77 3 222 555 3 444444 8888 7 22 22222 3 6 3 999999 6 44 3 3 77 6 44 3 6 3 3 3 3 22
lowQualScore : . ............... .. . .. ... .. . ... .. . ... . .... .. .. . ... ... . ...... .... . .. ..... . . . ...... . .. . . .. . .. . . . . . . ..
lowQualScore : 5 777777777777777 00 8 33 222 22 1 888 22 1 555 2 6666 33 00 1 888 555 6 222222 5555 3 33 55555 3 7 3 666666 7 22 1 1 33 2 22 1 7 3 3 3 6 33
consensus : CTCTATATATNCT-----------ATAT--ATATAN-T-A-GA--T-AAAAA--GCAG--GT-AAA---TTT-GC----A--G-TTTC-AAAATA--TATT--CAT-T----T-CACA----AGCGCTTT-CTGGA--TTTTT--N--CATCC-A-TCT-T------C-A--G-GTGA-A--T-AC--A-C-AA-A-TTT-CAA-ATTACAGTT-GTTT
Reference ( gi|8 ) : CTCTATATACCCT-----------ATAT--ATATAT-T-A-GA--T-AAAAA--GCAG--GT-AAA---TTT-GC----A--G-ATTC-AAAATA--CATT--CAT-T----T-CACA----AGCGCTTT-CTGGA--TTTTT--A--CATCC-A-TCT-T------C-A--G-GTGA-A--T-AC--A-C-AA-A-TTT-CAA-ATTACAGTT-CTTT
gi|13 : CTC-ACACACTCA-----------AAAT--A-ATAT-T-G-AA--T-AAAAA--GCAG--GT-AAAT--TTT-GC----A--G-TTTC-AAAATA--TAT
gi|5 : agaataagttgatTATATATCCTTAAAAAAGTTGATATCAATACAT------A--C-AGAAA--TAAT--AT-AAA---TTTTGC----A--G--TTC-AAA-TA--TAGT--CAT-T----T-CACA----AGCGCTTT-CTGGA--TTTTT--ACTCCTCC-ATTCT-T------C-A--GCGTGA-A--T---------AA-A-TTT-CAA-ATTACAGTT-GTTTatatgtgatttctatttcaaagc
gi|3 : tgctATATATGAT-----------ATAT--ATATATAT-A-GA--T-AAAA----CCA--GT-AAAC--TTT-GC----A--G-TTTC-AAAATA---ATT---AT-T------CACA----AGCGCTTT-CTGGA--TTTTTTCA--CTCCC-A-TGT-T------CGA--G-GTGA-A--T-AC--A-C-AACA-TTTACAA-ATCACAGT
gi|7 : ttatatacgggatatactatatattaAC--ATATAA-T-A-GACAT-AAGAA--GCAG--GT-AAA---TTT-GC----AGTG-ATTC-AGCACAACCATT--CATATAA--T-CACA----AGCCATCTACATGA--TTATG--A--AATCC-A---T-T------C-A--G-GTGAGA--TCAC--A-C--A-A-TTT-CAA-ATTACAGTT-gtttat
gi|10 : agaataattgatctc--ATA-AT-TGA-AA--T-AAAAA----AG--G--AAA---TAT-GC----A--G-TTTC-CAAGTA--TACTAGTAT-TCGAAT-CACT----TACGCTTT-CTGGA--TTTTA--A--CATTC-A-TCC-T------C-A--G-GTGA-A--T-----A-C-AA-A-TT---AA-CTAACAGTA-CTTgac
gi|1 : aaaATAA-T-C-GA--T-AAAAA--GCAG--GT-AAA---TTT-GC----A--G-ATTC-GAAATA--TATT--CAT-T----T-CACA----AGCGCTTT-CTAGAT-TTTTT--C--CATCCAA-TCT-T------C-ACGG-GTGA-A--GAAC--A-C-AA-A-TTT-CAACATTATAGTTGCTTTgg
gi|4 : caaaaagaagaagctgatcccactcagtcaaaataaaATAA-T-A-GA--TTAAAAA--GCAG--GT-AAAATTTTT-GC----A--G-TTTC-AAAATA--TATT--CAT-T----T-CACA----AG-GCTTTTCTGGA--TTTTT--T--CATCC-A-TCT-T------C-A--G-GTGG-A--T-AC--A-C-AA-A-TTT-CAatctgc
gi|16 : tccaaaagaataagttgatctcacacagttcaaaATAA-T-A-GA--T-AAAAA--GCAG--GT-AAA---TTT-GC----A--G-TTTCAAAAATA--TATT--CAT-T----T-CAtggttcaattcataggt
gi|6 : ccaagaataagttgatctcacacagtcaaaATAA-T-G-AA--T-AAGAT--GCAG--GTTAAA---TTT-GC----A--GTTTTC-AAAATt
gi|15 : aattcaaatactcgtagaataagttgatctcacacagtacaATAA-T-A-GA--T-AAAAA--GCAG--GT-AAA---TTT-GCTGCAA--G-G-TC-AATATG--AATT----T-T----A-TACA----AGCTCTttttacatccatcttcaaggtgatacacaaaatctcaaattacaggtgtttatctgaaacgt
gi|2 : tccaaaaagaataagttgatctcacacagtcaaaAT-T-ATGA--T-AAAAATTGCATTTGT-AA----TTT-GCG---A--G-TTTC-AATATA--TATT--CAT-A----T-TACATAGAAGCGCTTT-CTGGATTTTTTT--C--TATCC-AGTCTGT------C-A--G-GTGA-AG-T-ACAAA-CAAA-A-TTT-GAA-ATTa
gi|12 : atccaaaagaattaaagtttgatctctacacgagtcaaaatta-T-A-GA--T-AAATA---CAG--GT-AAA---TTT-GC----A--G-TTTC-AAA-----TATT--CAT-T----T-CACA----AGCGCTTT-CTGGA--TTTTT--T--CATCC-A-TCT-T------C-A--G-GTGA-A--T-AC--A-C-AA-ATTTT-CAA-ATTACAGTT-GTTT
gi|11 : -T-A-TA--T-AAAAA--GCAG--GT-AAA---TTTTGC----AA-G-TTTC-AAAATA--TATT--CAT-T----TTCACA----AGCGCTTT-CTGAAT-TTTTT--T--CATCC-A-T-T-T------C-A--G-GTGA-A--T-AC--A-C-AA-A-TTG-C-T-ATTACAGTT-GTTTatctgaa
gi|6 : GTTTT-CAAAA--TTTTT--A--CATCC-A-TCT-T------CAA--G-GTG--A--T-AC--A-CAAA-A-TCT-CAA-ATTACAGGT-GTTTatct
gi|19 : aattcaaatactcgtagaataagttgatctcacacagtacaataatgaataagatgcaggttaaatttgcaGCTCT-CTGGA--TTTTG--A--CATCC-A-TCC-TTACATGT-A--G-GTGA-A--T-AC--A-atctgaaacgt
gi|17 : atCC-A-TCT-T------C-A--A-GTGA-AAGT-AC--AGC-AA-A-TTT-CTA-ATTACAGTT-a
gi|20 : tcca--G-GTGA-A--T-GC--A-C-AA-A-TTT-CAA-ATTACAGTT-GTTTgtatcgtgtcatctgaaatg
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): AGTCAAAATAATTACAGCAAAAAGAAGGAAATATGCAGTTCCAAGGTATATTCAAAACAGTAGCCCTTTTTTGATCTAAAACCTATCCTCGGATGATTCCTTAAATATAATATTAAAGATACGTATAAACT
Unaligned ( gi|14 ): AGTCAAAATAATTAAAATAAAAAAAGAAGTACTATAATATGCGGTTTCCAAGTATATTCAAATCATTAACGATTTTGTTTAGGGACGACCCACCCT
Unaligned ( gi|18 ): ATCCCAAGGAATAAGTTAATTTTCACCAGTCCATAATAGATAAAGCAGGTTAATTTGCAGCTT
Alignments
lowQualScore : 1 1111111 11
lowQualScore : 4 0 33 33 2 33 2 333 33 2 999 5 2 2 33 2 33 33 33 2 3333333 6666 2 3 00 444 33 2 5 2 888888 5 33 2 2 66 66 33 2 5 2 2 2 2 3
lowQualScore : . . .. .. . .. . ... .. . ... . . . .. . .. .. .. . ....... .... . . .. ... .. . . . ...... . .. . . .. .. .. . . . . . . .
lowQualScore : 0 8 77 77 7 77 5 777 44 5 444 0 5 5 44 7 77 77 99 9 1111111 5555 9 1 44 999 99 9 7 9 222222 7 77 7 7 33 11 77 7 7 9 9 9 9 1
consensus : CTCTATATAT-CTATATATATAA-T--A-GA--T-AAAAA--GCAG--GT-AAA---TTT-GC-A-GT--TTC-AAAAT--A--TATT--CAT-T----T--CACA----AGCGC-TTT-CTGGA--TTTTT--NCA--TCC-A-TCT-T------C-A--G-GTGA-A--T-AC--A-C-A-A-A-TTT-CAA-ATTACAGTTGTTT
Reference ( family-1330 ) : CTCTATATATNCTATATATATAN-T--A-GA--T-AAAAA--GCAG--GT-AAA---TTT-GC-A-GT--TTC-AAAAT--A--TATT--CAT-T----T--CACA----AGCGC-TTT-CTGGA--TTTTT--NCA--TCC-A-TCT-T------C-A--G-GTGA-A--T-AC--A-C-A-A-A-TTT-CAA-ATTACAGTTGTTT
gi|1 : ATAA-T--C-GA--T-AAAAA--GCAG--GT-AAA---TTT-GC-A-GA--TTC-GAAAT--A--TATT--CAT-T----T--CACA----AGCGC-TTT-CTAGAT-TTTTT--CCA--TCCAA-TCT-T------C-ACGG-GTGA-A--GAAC--A-C-A-A-A-TTT-CAACATTATAGTTGCTT
gi|10 : caaaaagaagaagctgatcccactcagtcaaaataaaATAA-TTGA-AA--T-AAAAA----AG--G--AAA---TAT-GC-A-GT--TTC-CAAGT--A--TACTAGTAT-TCGAAT--CACT----TACGC-TTT-CTGGA--TTTTA--ACA--TTC-A-TCC-T------C-A--G-GTGA-A--T-----A-C-A-A-A-TT---AA-CTAACAGTtatctgc
gi|11 : aaa-T--A-TA--T-AAAAA--GCAG--GT-AAA---TTTTGC-AAGT--TTC-AAAAT--A--TATT--CAT-T----TT-CACA----AGCGC-TTT-CTGAAT-TTTTT--TCA--TCC-A-T-T-T------C-A--G-GTGA-A--T-AC--A-C-A-A-A-TTG-C-T-ATTACAGTTGTTTacttgg
gi|12 : -T--A-GA--T-AAATA---CAG--GT-AAA---TTT-GC-A-GT--TTC-AAA-------TATT--CAT-T----T--CACA----AGCGC-TTT-CTGGA--TTTTT--TCA--TCC-A-TCT-T------C-A--G-GTGA-A--T-AC--A-C-A-A-ATTTT-CAA-ATTACAGTTGTTTatct
gi|13 : ATA-ATAT-T--G-AA--T-AAAAA--GCAG--GT-AAAT--TTT-GC-A-GT--TTC-AAAAT--A--TATatctgaa
gi|15 : agaataagttgatctcacacactcaaaATAA-T--A-GA--T-AAAAA--GCAG--GT-AAA---TTT-GC-------TGC-AAGGTCAA--TATG--AAT-T----TTATACA----AGCTC-Tatatgtgatttctatttcaaagc
gi|16 : tccaaaaagaataagttgatctcacacagtcaaaATAA-T--A-GA--T-AAAAA--GCAG--GT-AAA---TTT-GC-A-GT--TTCAAAAAT--A--TATT--CAT-T----T--CAa
gi|17 : ccaagaataagttgatctcacacagtcaaaT--CCA---CC-A-TCT-T------C-A--A-GTGA-AAGT-AC--AGC-A-A-A-TTT-CTA-ATTACAGTTGTt
gi|18 : ATAA-T--A-GA--T-AAA----GCAG--GT-TAA---TTT-GC-A-GC--TTatcgtgtcatctgaaatg
gi|19 : atcccaaggaataagttaattttcaccagtccGC-TCT-CTGGA--TTTTG--ACA--TCC-A-TCC-TTACATGT-A--G-GTGA-A--T-AC--A-
gi|2 : atAT-T--ATGA--T-AAAAATTGCATTTGT-AA----TTT-GCGA-GT--TTC-AATAT--A--TATT--CAT-A----T--TACATAGAAGCGC-TTT-CTGGATTTTTTT--CTA--TCC-AGTCTGT------C-A--G-GTGA-AG-T-ACAAA-CAA-A-A-TTT-GAA-ATTa
gi|20 : atccaaaagaattaaagtttgatctctacacgagtcaaaatta--G-GTGA-A--T-GC--A-C-A-A-A-TTT-CAA-ATTACAGTTGTTT
gi|3 : ATATATGATATATATATATAT--A-GA--T-AAAA----CCA--GT-AAAC--TTT-GC-A-GT--TTC-AAAAT--A---ATT---AT-T-------CACA----AGCGC-TTT-CTGGA--TTTTT--TCACTCCC-A-TGT-T------CGA--G-GTGA-A--T-AC--A-C-A-ACA-TTTACAA-ATCACAG-TGTTTatctgaaa
gi|4 : ttatatacgggatatactatatattaATAA-T--A-GA--TTAAAAA--GCAG--GT-AAAATTTTT-GC-A-GT--TTC-AAAAT--A--TATT--CAT-T----T--CACA----AG-GCTTTT-CTGGA--TTTTT--TCA--TCC-A-TCT-T------C-A--G-GTGG-A--T-AC--A-C-A-A-A-TTT-CAat
gi|5 : tccaaaagaataagttgatctcacacagttcaaaATAT-CAATACATACAG----A-AA--T-AATA----------T-AAA---TTTTGC-A-GT--TC---AAAT--A--TAGT--CAT-T----T--CACA----AGCGC-TTT-CTGGA--TTTTTACTCC--TCC-ATTCT-T------C-A--GCGTGA-A--T---------A-A-A-TTT-CAA-ATTACAGTTGTTTtggttcaattcataggt
gi|6 : tgcttatatatccttaaaaaagttgATAA-T--G-AA--T-AAGAT--GCAG--GTTAAA---TTT-GC-A-GT--TT---------------------------T--CA-A----A-------------A--TTTTT--ACA--TCC-A-TCT-T------CAA--G-GTG--A--T-AC--A-CAA-A-A-TCT-CAA-ATTACAGGTGTTT
gi|7 : aattcaaatactcgtagaataagttgatctcacacagtacaACATATAA-T--A-GACAT-AAGAA--GCAG--GT-AAA---TTT-GC-A-GTGATTC-AGCAC--AACCATT--CATATAA--T--CACA----AGCCA-TCTACATGA--TTATG--AAA--TCC-A---T-T------C-A--G-GTGAGA--T--C--A-C-ACA-A-TTT-CAA-ATTACAGTTGatctgaaacgt
gi|8 : agaataattgatctcCTCTATATACCCTATATATATAT-T--A-GA--T-AAAAA--GCAG--GT-AAA---TTT-GC-A-GA--TTC-AAAAT--A--CATT--CAT-T----T--CACA----AGCGC-TTT-CTGGA--TTTTT--ACA--TCC-A-TCT-T------C-A--G-GTGA-A--T-AC--A-C-A-A-A-TTT-CAA-ATTACAGTTCTTTac
gi|9 : -AAAAA--GAAG--G--AAA---TAT-GC-A-GT--TCC-AAGGT--A--TATT--CAA-A----A--CAGT----AGCCC-TTT-TTTGA---TCTA--AAA--CCT-A-TCC-T------C-G--G-ATGA-T--T-CC--T-T-A-A-A-TAT-AAT-ATTAAAG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): AGTCAAAATAATTAAAATAAAAAAAGAAGTACTATAATATGCGGTTTCCAAGTATATTCAAATCATTAACGATTTTGTTTAGGGACGACCCACCCT
Alignments
lowQualScore : 1 111 1111111 11
lowQualScore : 0 000 33 444 33 2 333 33 2 666 7 2 2 33 2 33 33 33 2 3333333 6666 2 3 00 444 33 2 5 2 888888 5 33 2 2 66 55 33 2 5 2 2 2 3
lowQualScore : . ... .. ... .. . ... .. . ... . . . .. . .. .. .. . ....... .... . . .. ... .. . . . ...... . .. . . .. .. .. . . . . . .
lowQualScore : 0 888 99 777 77 5 777 44 5 999 5 5 5 44 7 77 77 99 9 1111111 5555 9 1 44 999 99 9 7 9 222222 7 77 7 7 33 55 77 7 7 9 9 9 1
consensus : CTCTATAT-ATC-TATACATATAAT--A---GA--T-AAAAA--GCAG--GT-AAA---TTT-GC-A-GT--TTC-AAAAT--A--TATT--CAT-T----T--CACA----AGCGC-TTT-CTGGA--TTTTT--NCA--TCC-A-TCT-T------C-A--G-GTGA-A--T-AC--A-C-AA-A-TTT-CAA-ATTACAGTTGTTT
Reference ( family-1330 ) : CTCTATAT-ATC-TATATATATAAT--A---GA--T-AAAAA--GCAG--GT-AAA---TTT-GC-A-GT--TTC-AAAAT--A--TATT--CAT-T----T--CACA----AGCGC-TTT-CTGGA--TTTTT--NCA--TCC-A-TCT-T------C-A--G-GTGA-A--T-AC--A-C-AA-A-TTT-CAA-ATTACAGTTGTTT
gi|1 : ATAAT--C---GA--T-AAAAA--GCAG--GT-AAA---TTT-GC-A-GA--TTC-GAAAT--A--TATT--CAT-T----T--CACA----AGCGC-TTT-CTAGAT-TTTTT--CCA--TCCAA-TCT-T------C-ACGG-GTGA-A--GAAC--A-C-AA-A-TTT-CAACATTATAGTTGCTT
gi|10 : caaaaagaagaagctgatcccactcagtcaaaataaaATAATTGA---AA--T-AAAAA----AG--G--AAA---TAT-GC-A-GT--TTC-CAAGT--A--TACTAGTAT-TCGAAT--CACT----TACGC-TTT-CTGGA--TTTTA--ACA--TTC-A-TCC-T------C-A--G-GTGA-A--T-----A-C-AA-A-TT---AA-CTAACAGTtatctgc
gi|11 : aaaT--A---TA--T-AAAAA--GCAG--GT-AAA---TTTTGC-AAGT--TTC-AAAAT--A--TATT--CAT-T----TT-CACA----AGCGC-TTT-CTGAAT-TTTTT--TCA--TCC-A-T-T-T------C-A--G-GTGA-A--T-AC--A-C-AA-A-TTG-C-T-ATTACAGTTGTTTacttgg
gi|12 : T--A---GA--T-AAATA---CAG--GT-AAA---TTT-GC-A-GT--TTC-AAA-------TATT--CAT-T----T--CACA----AGCGC-TTT-CTGGA--TTTTT--TCA--TCC-A-TCT-T------C-A--G-GTGA-A--T-AC--A-C-AA-ATTTT-CAA-ATTACAGTTGTTTatct
gi|13 : ATAAT--ATTGAA--T-AAAAA--GCAG--GT-AAA---TTTTGC-A-GT--TTC-AAAAT--A--TATatctgaa
gi|15 : agaataagttgatctcacacactcaaaATAAT--A---GA--T-AAAAA--GCAG--GT-AAA---TTT-GC-------TGC-AAGGTCAA--TATG--AAT-T----TTATACA----AGCTC-Tatatgtgatttctatttcaaagc
gi|16 : tccaaaaagaataagttgatctcacacagtcaaaATAAT--A---GA--T-AAAAA--GCAG--GT-AAA---TTT-GC-A-GT--TTCAAAAAT--A--TATT--CAT-T----T--CAa
gi|17 : ccaagaataagttgatctcacacagtcaaaT--CCA---CC-A-TCT-T------C-A--A-GTGA-AAGT-AC--AGC-AA-A-TTT-CTA-ATTACAGTTGTt
gi|18 : ATAAT--A---GA--T-AAA----GCAG--GT-TAA---TTT-GC-A-GC--TTatcgtgtcatctgaaatg
gi|19 : atcccaaggaataagttaattttcaccagtccGC-TCT-CTGGA--TTTTG--ACA--TCC-A-TCC-TTACATGT-A--G-GTGA-A--T-AC--A-
gi|2 : at---GA--T-AAAAATTGCATTTGT-AA----TTT-GCGA-GT--TTC-AATAT--A--TATT--CAT-A----T--TACATAGAAGCGC-TTT-CTGGATTTTTTT--CTA--TCC-AGTCTGT------C-A--G-GTGA-AG-T-ACAAA-CAAA-A-TTT-GAA-ATTa
gi|20 : atccaaaagaattaaagtttgatctctacacgagtcaaaattaattat--G-GTGA-A--T-GC--A-C-AA-A-TTT-CAA-ATTACAGTTGTTT
gi|3 : TATATGATA-TATATATATA-T--A---GA--T-AAAA----CCA--GT-AAAC--TTT-GC-A-GT--TTC-AAAAT--A---ATT---AT-T-------CACA----AGCGC-TTT-CTGGA--TTTTT--TCACTCCC-A-TGT-T------CGA--G-GTGA-A--T-AC--A-C-AACA-TTTACAA-ATCACAG-TGTTTatctgaaa
gi|4 : ttatatacgggatatactatatattaaATAAT--A---GA--TTAAAAA--GCAG--GT-AAAATTTTT-GC-A-GT--TTC-AAAAT--A--TATT--CAT-T----T--CACA----AG-GCTTTT-CTGGA--TTTTT--TCA--TCC-A-TCT-T------C-A--G-GTGG-A--T-AC--A-C-AA-A-TTT-CAat
gi|5 : tccaaaagaataagttgatctcacacagttcaaaAT-ATC-AATACATACAG---A---AA--T-AATA----------T-AAA---TTTTGC-A-GT--TC---AAAT--A--TAGT--CAT-T----T--CACA----AGCGC-TTT-CTGGA--TTTTTACTCC--TCC-ATTCT-T------C-A--GCGTGA-A--T---------AA-A-TTT-CAA-ATTACAGTTGTTTtggttcaattcataggt
gi|6 : tgcttatatatccttaaaaaagttgATAAT--G---AA--T-AAGAT--GCAG--GTTAAA---TTT-GC-A-GT--TT---------------------------T--CA-A----A-------------A--TTTTT--ACA--TCC-A-TCT-T------CAA--G-GTG--A--T-AC--A-CAAA-A-TCT-CAA-ATTACAGGTGTTT
gi|7 : aattcaaatactcgtagaataagttgatctcacacagtaca-ATC-T-CACATATAAT--A---GACAT-AAGAA--GCAG--GT-AAA---TTT-GC-A-GTGATTC-AGCAC--AACCATT--CATATAA--T--CACA----AGCCA-TCTACATGA--TTATG--AAA--TCC-A-T---T------C-A--G-GTGAGA--TCAC--A-C-AA---TTT-CAA-ATTACAGTTGatctgaaacgt
gi|8 : agaataattgCTCTATAT-ACCCTATATATATATT--A---GA--T-AAAAA--GCAG--GT-AAA---TTT-GC-A-GA--TTC-AAAAT--A--CATT--CAT-T----T--CACA----AGCGC-TTT-CTGGA--TTTTT--ACA--TCC-A-TCT-T------C-A--G-GTGA-A--T-AC--A-C-AA-A-TTT-CAA-ATTACAGTTCTTTac
gi|9 : -AAAAA--GAAG--G--AAA---TAT-GC-A-GT--TCC-AAGGT--A--TATT--CAA-A----A--CAGT----AGCCC-TTT-TTTGA---TCTA--AAA--CCT-A-TCC-T------C-G--G-ATGA-T--T-CC--T-T-AA-A-TAT-AAT-ATTAAAG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): AGTCAAAATAATTAAAATAAAAAAAGAAGTACTATAATATGCGGTTTCCAAGTATATTCAAATCATTAACGATTTTGTTTAGGGACGACCCACCCT
Alignments
lowQualScore : 1 111 1111111 11
lowQualScore : 0 000 0 33 444 33 2 333 33 2 666 7 2 2 33 2 33 33 33 2 3333333 6666 2 3 00 444 33 2 5 2 888888 5 33 2 2 66 55 33 2 5 2 2 2 3
lowQualScore : . ... . .. ... .. . ... .. . ... . . . .. . .. .. .. . ....... .... . . .. ... .. . . . ...... . .. . . .. .. .. . . . . . .
lowQualScore : 0 888 8 99 777 77 5 777 44 5 999 5 5 5 44 7 77 77 99 9 1111111 5555 9 1 44 999 99 9 7 9 222222 7 77 7 7 33 55 77 7 7 9 9 9 1
consensus : CTCTATAT-ATC-TATACATATAAT--A---GA--T-AAAAA--GCAG--GT-AAA---TTT-GC-A-GT--TTC-AAAAT--A--TATT--CAT-T----T--CACA----AGCGC-TTT-CTGGA--TTTTT--NCA--TCC-A-TCT-T------C-A--G-GTGA-A--T-AC--A-C-AA-A-TTT-CAA-ATTACAGTTGTTT
Reference ( family-1330 ) : CTCTATAT-ATC-TATACATATAAT--A---GA--T-AAAAA--GCAG--GT-AAA---TTT-GC-A-GT--TTC-AAAAT--A--TATT--CAT-T----T--CACA----AGCGC-TTT-CTGGA--TTTTT--NCA--TCC-A-TCT-T------C-A--G-GTGA-A--T-AC--A-C-AA-A-TTT-CAA-ATTACAGTTGTTT
gi|1 : ATAAT--C---GA--T-AAAAA--GCAG--GT-AAA---TTT-GC-A-GA--TTC-GAAAT--A--TATT--CAT-T----T--CACA----AGCGC-TTT-CTAGAT-TTTTT--CCA--TCCAA-TCT-T------C-ACGG-GTGA-A--GAAC--A-C-AA-A-TTT-CAACATTATAGTTGCTT
gi|10 : caaaaagaagaagctgatcccactcagtcaaaataaaATAATTGA---AA--T-AAAAA----AG--G--AAA---TAT-GC-A-GT--TTC-CAAGT--A--TACTAGTAT-TCGAAT--CACT----TACGC-TTT-CTGGA--TTTTA--ACA--TTC-A-TCC-T------C-A--G-GTGA-A--T-----A-C-AA-A-TT---AA-CTAACAGTtatctgc
gi|11 : aaaT--A---TA--T-AAAAA--GCAG--GT-AAA---TTTTGC-AAGT--TTC-AAAAT--A--TATT--CAT-T----TT-CACA----AGCGC-TTT-CTGAAT-TTTTT--TCA--TCC-A-T-T-T------C-A--G-GTGA-A--T-AC--A-C-AA-A-TTG-C-T-ATTACAGTTGTTTacttgg
gi|12 : T--A---GA--T-AAATA---CAG--GT-AAA---TTT-GC-A-GT--TTC-AAA-------TATT--CAT-T----T--CACA----AGCGC-TTT-CTGGA--TTTTT--TCA--TCC-A-TCT-T------C-A--G-GTGA-A--T-AC--A-C-AA-ATTTT-CAA-ATTACAGTTGTTTatct
gi|13 : ATAAT--ATTGAA--T-AAAAA--GCAG--GT-AAA---TTTTGC-A-GT--TTC-AAAAT--A--TATatctgaa
gi|15 : agaataagttgatctcacacactcaaaATAAT--A---GA--T-AAAAA--GCAG--GT-AAA---TTT-GC-------TGC-AAGGTCAA--TATG--AAT-T----TTATACA----AGCTC-Tatatgtgatttctatttcaaagc
gi|16 : tccaaaaagaataagttgatctcacacagtcaaaATAAT--A---GA--T-AAAAA--GCAG--GT-AAA---TTT-GC-A-GT--TTCAAAAAT--A--TATT--CAT-T----T--CAa
gi|17 : ccaagaataagttgatctcacacagtcaaaT--CCA---CC-A-TCT-T------C-A--A-GTGA-AAGT-AC--AGC-AA-A-TTT-CTA-ATTACAGTTGTt
gi|18 : ATAAT--A---GA--T-AAA----GCAG--GT-TAA---TTT-GC-A-GC--TTatcgtgtcatctgaaatg
gi|19 : atcccaaggaataagttaattttcaccagtccGC-TCT-CTGGA--TTTTG--ACA--TCC-A-TCC-TTACATGT-A--G-GTGA-A--T-AC--A-
gi|2 : at---GA--T-AAAAATTGCATTTGT-AA----TTT-GCGA-GT--TTC-AATAT--A--TATT--CAT-A----T--TACATAGAAGCGC-TTT-CTGGATTTTTTT--CTA--TCC-AGTCTGT------C-A--G-GTGA-AG-T-ACAAA-CAAA-A-TTT-GAA-ATTa
gi|20 : atccaaaagaattaaagtttgatctctacacgagtcaaaattaattat--G-GTGA-A--T-GC--A-C-AA-A-TTT-CAA-ATTACAGTTGTTT
gi|3 : TATATGATA-TATATATATA-T--A---GA--T-AAAA----CCA--GT-AAAC--TTT-GC-A-GT--TTC-AAAAT--A---ATT---AT-T-------CACA----AGCGC-TTT-CTGGA--TTTTT--TCACTCCC-A-TGT-T------CGA--G-GTGA-A--T-AC--A-C-AACA-TTTACAA-ATCACAG-TGTTTatctgaaa
gi|4 : ttatatacgggatatactatatattaaATAAT--A---GA--TTAAAAA--GCAG--GT-AAAATTTTT-GC-A-GT--TTC-AAAAT--A--TATT--CAT-T----T--CACA----AG-GCTTTT-CTGGA--TTTTT--TCA--TCC-A-TCT-T------C-A--G-GTGG-A--T-AC--A-C-AA-A-TTT-CAat
gi|5 : tccaaaagaataagttgatctcacacagttcaaaAT-ATC-AATACATACAG---A---AA--T-AATA----------T-AAA---TTTTGC-A-GT--TC---AAAT--A--TAGT--CAT-T----T--CACA----AGCGC-TTT-CTGGA--TTTTTACTCC--TCC-ATTCT-T------C-A--GCGTGA-A--T---------AA-A-TTT-CAA-ATTACAGTTGTTTtggttcaattcataggt
gi|6 : tgcttatatatccttaaaaaagttgTACA-ATAAT--G---AA--T-AAGAT--GCAG--GTTAAA---TTT-GC-A-GT--TT---------------------------T--CA-A----A-------------A--TTTTT--ACA--TCC-A-TCT-T------CAA--G-GTG--A--T-AC--A-CAAA-A-TCT-CAA-ATTACAGGTGTTT
gi|7 : aattcaaatactcgtagaataagttgatctcacacag-ATC-T-CACATATAAT--A---GACAT-AAGAA--GCAG--GT-AAA---TTT-GC-A-GTGATTC-AGCAC--AACCATT--CATATAA--T--CACA----AGCCA-TCTACATGA--TTATG--AAA--TCC-A-T---T------C-A--G-GTGAGA--TCAC--A-C-AA---TTT-CAA-ATTACAGTTGatctgaaacgt
gi|8 : agaataattgCTCTATAT-ACCCTATATATATATT--A---GA--T-AAAAA--GCAG--GT-AAA---TTT-GC-A-GA--TTC-AAAAT--A--CATT--CAT-T----T--CACA----AGCGC-TTT-CTGGA--TTTTT--ACA--TCC-A-TCT-T------C-A--G-GTGA-A--T-AC--A-C-AA-A-TTT-CAA-ATTACAGTTCTTTac
gi|9 : -AAAAA--GAAG--G--AAA---TAT-GC-A-GT--TCC-AAGGT--A--TATT--CAA-A----A--CAGT----AGCCC-TTT-TTTGA---TCTA--AAA--CCT-A-TCC-T------C-G--G-ATGA-T--T-CC--T-T-AA-A-TAT-AAT-ATTAAAG
blockSeqs : . CTA TG TTG CA T ATT TT T ATT T G A GA A CA AC AG A CGAAT TAGA T A TT ACT CT . G G TACATG G . C G AG CA AA G A C T A .
blockSeqs : . AA . . . . A . . C T . . . . . . . . TTA . . . T A . . T . . A . . . G A . . A . . . .
blockSeqs : . T . . . . A . . . T . . . . . . . . AAT . . . . T . . . . . . . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . . . . . TT . . . . T . . . . . . . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . . . . . T . . . . C . . . . . . . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . . . . . T . . . . A . . . . . . . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . . . . . T . . . . C . . . . . . . . . . G . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . . . . . T . . . . T . . . . . . . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T . . . . . . . . . . . . T . . . . T . . . . . . . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . . . . . T . . . . A . . . . . . . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . . . . . T . . . . A . . . . . . . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . . . . . A . . . . A . . . . . . . . . . C . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqCons : ** ** A*
originalCons : CTCTATAT-ATC-TATACATATAAT--A---GA--T-AAAAA--GCAG--GT-AAA---TTT-GC-A-GT--TTC-AAAAT--A--TATT--CAT-T----T--CACA----AGCGC-TTT-CTGGA--TTTTT--NCA--TCC-A-TCT-T------C-A--G-GTGA-A--T-AC--A-C-AA-A-TTT-CAA-ATTACAGTTGTTT
finalCons : CTCTATAT-ATC-TATACATATAAT--A---GA--T-AAAAA--GCAG--GT-AAA---TTT-GC-A-GT--TTC-AAAAT--A--TATT--CAT-T----T--CACA----AGCGC-TTT-CTGGA--TTTTT--NCA--TCC-A-TCT-T------C-A--G-GTGA-A--TA-C--A-C-AA-A-TTT-CAA-ATTACAGTTGTTT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): AGTCAAAATAATTAAAATAAAAAAAGAAGTACTATAATATGCGGTTTCCAAGTATATTCAAATCATTAACGATTTTGTTTAGGGACGACCCACCCT
Alignments
lowQualScore : 1 111 1111111 11
lowQualScore : 0 000 0 33 444 33 2 333 33 2 666 7 2 2 33 2 33 33 33 2 3333333 6666 2 3 00 444 33 2 5 2 888888 5 33 2 2 66 55 33 2 5 2 2 2 3
lowQualScore : . ... . .. ... .. . ... .. . ... . . . .. . .. .. .. . ....... .... . . .. ... .. . . . ...... . .. . . .. .. .. . . . . . .
lowQualScore : 0 888 8 99 777 77 5 777 44 5 999 5 5 5 44 7 77 77 99 9 1111111 5555 9 1 44 999 99 9 7 9 222222 7 77 7 7 33 55 77 7 7 9 9 9 1
consensus : CTCTATAT-ATC-TATACATATAAT--A---GA--T-AAAAA--GCAG--GT-AAA---TTT-GC-A-GT--TTC-AAAAT--A--TATT--CAT-T----T--CACA----AGCGC-TTT-CTGGA--TTTTT--NCA--TCC-A-TCT-T------C-A--G-GTGA-A--T-AC--A-C-AA-A-TTT-CAA-ATTACAGTTGTTT
Reference ( family-1330 ) : CTCTATAT-ATC-TATACATATAAT--A---GA--T-AAAAA--GCAG--GT-AAA---TTT-GC-A-GT--TTC-AAAAT--A--TATT--CAT-T----T--CACA----AGCGC-TTT-CTGGA--TTTTT--NCA--TCC-A-TCT-T------C-A--G-GTGA-A--T-AC--A-C-AA-A-TTT-CAA-ATTACAGTTGTTT
gi|1 : ATAAT--C---GA--T-AAAAA--GCAG--GT-AAA---TTT-GC-A-GA--TTC-GAAAT--A--TATT--CAT-T----T--CACA----AGCGC-TTT-CTAGAT-TTTTT--CCA--TCCAA-TCT-T------C-ACGG-GTGA-A--GAAC--A-C-AA-A-TTT-CAACATTATAGTTGCTT
gi|10 : caaaaagaagaagctgatcccactcagtcaaaataaaATAATTGA---AA--T-AAAAA----AG--G--AAA---TAT-GC-A-GT--TTC-CAAGT--A--TACTAGTAT-TCGAAT--CACT----TACGC-TTT-CTGGA--TTTTA--ACA--TTC-A-TCC-T------C-A--G-GTGA-A--T-----A-C-AA-A-TT---AA-CTAACAGTtatctgc
gi|11 : aaaT--A---TA--T-AAAAA--GCAG--GT-AAA---TTTTGC-AAGT--TTC-AAAAT--A--TATT--CAT-T----TT-CACA----AGCGC-TTT-CTGAAT-TTTTT--TCA--TCC-A-T-T-T------C-A--G-GTGA-A--T-AC--A-C-AA-A-TTG-C-T-ATTACAGTTGTTTacttgg
gi|12 : T--A---GA--T-AAATA---CAG--GT-AAA---TTT-GC-A-GT--TTC-AAA-------TATT--CAT-T----T--CACA----AGCGC-TTT-CTGGA--TTTTT--TCA--TCC-A-TCT-T------C-A--G-GTGA-A--T-AC--A-C-AA-ATTTT-CAA-ATTACAGTTGTTTatct
gi|13 : ATAAT--ATTGAA--T-AAAAA--GCAG--GT-AAA---TTTTGC-A-GT--TTC-AAAAT--A--TATatctgaa
gi|15 : agaataagttgatctcacacactcaaaATAAT--A---GA--T-AAAAA--GCAG--GT-AAA---TTT-GC-------TGC-AAGGTCAA--TATG--AAT-T----TTATACA----AGCTC-Tatatgtgatttctatttcaaagc
gi|16 : tccaaaaagaataagttgatctcacacagtcaaaATAAT--A---GA--T-AAAAA--GCAG--GT-AAA---TTT-GC-A-GT--TTCAAAAAT--A--TATT--CAT-T----T--CAa
gi|17 : ccaagaataagttgatctcacacagtcaaaT--CCA---CC-A-TCT-T------C-A--A-GTGA-AAGT-AC--AGC-AA-A-TTT-CTA-ATTACAGTTGTt
gi|18 : ATAAT--A---GA--T-AAA----GCAG--GT-TAA---TTT-GC-A-GC--TTatcgtgtcatctgaaatg
gi|19 : atcccaaggaataagttaattttcaccagtccGC-TCT-CTGGA--TTTTG--ACA--TCC-A-TCC-TTACATGT-A--G-GTGA-A--T-AC--A-
gi|2 : at---GA--T-AAAAATTGCATTTGT-AA----TTT-GCGA-GT--TTC-AATAT--A--TATT--CAT-A----T--TACATAGAAGCGC-TTT-CTGGATTTTTTT--CTA--TCC-AGTCTGT------C-A--G-GTGA-AG-T-ACAAA-CAAA-A-TTT-GAA-ATTa
gi|20 : atccaaaagaattaaagtttgatctctacacgagtcaaaattaattat--G-GTGA-A--T-GC--A-C-AA-A-TTT-CAA-ATTACAGTTGTTT
gi|3 : TATATGATA-TATATATATA-T--A---GA--T-AAAA----CCA--GT-AAAC--TTT-GC-A-GT--TTC-AAAAT--A---ATT---AT-T-------CACA----AGCGC-TTT-CTGGA--TTTTT--TCACTCCC-A-TGT-T------CGA--G-GTGA-A--T-AC--A-C-AACA-TTTACAA-ATCACAG-TGTTTatctgaaa
gi|4 : ttatatacgggatatactatatattaaATAAT--A---GA--TTAAAAA--GCAG--GT-AAAATTTTT-GC-A-GT--TTC-AAAAT--A--TATT--CAT-T----T--CACA----AG-GCTTTT-CTGGA--TTTTT--TCA--TCC-A-TCT-T------C-A--G-GTGG-A--T-AC--A-C-AA-A-TTT-CAat
gi|5 : tccaaaagaataagttgatctcacacagttcaaaAT-ATC-AATACATACAG---A---AA--T-AATA----------T-AAA---TTTTGC-A-GT--TC---AAAT--A--TAGT--CAT-T----T--CACA----AGCGC-TTT-CTGGA--TTTTTACTCC--TCC-ATTCT-T------C-A--GCGTGA-A--T---------AA-A-TTT-CAA-ATTACAGTTGTTTtggttcaattcataggt
gi|6 : tgcttatatatccttaaaaaagttgTACA-ATAAT--G---AA--T-AAGAT--GCAG--GTTAAA---TTT-GC-A-GT--TT---------------------------T--CA-A----A-------------A--TTTTT--ACA--TCC-A-TCT-T------CAA--G-GTG--A--T-AC--A-CAAA-A-TCT-CAA-ATTACAGGTGTTT
gi|7 : aattcaaatactcgtagaataagttgatctcacacag-ATC-T-CACATATAAT--A---GACAT-AAGAA--GCAG--GT-AAA---TTT-GC-A-GTGATTC-AGCAC--AACCATT--CATATAA--T--CACA----AGCCA-TCTACATGA--TTATG--AAA--TCC-A-T---T------C-A--G-GTGAGA--TCAC--A-C-AA---TTT-CAA-ATTACAGTTGatctgaaacgt
gi|8 : agaataattgCTCTATAT-ACCCTATATATATATT--A---GA--T-AAAAA--GCAG--GT-AAA---TTT-GC-A-GA--TTC-AAAAT--A--CATT--CAT-T----T--CACA----AGCGC-TTT-CTGGA--TTTTT--ACA--TCC-A-TCT-T------C-A--G-GTGA-A--T-AC--A-C-AA-A-TTT-CAA-ATTACAGTTCTTTac
gi|9 : -AAAAA--GAAG--G--AAA---TAT-GC-A-GT--TCC-AAGGT--A--TATT--CAA-A----A--CAGT----AGCCC-TTT-TTTGA---TCTA--AAA--CCT-A-TCC-T------C-G--G-ATGA-T--T-CC--T-T-AA-A-TAT-AAT-ATTAAAG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): AGTCAAAATAATTAAAATAAAAAAAGAAGTACTATAATATGCGGTTTCCAAGTATATTCAAATCATTAACGATTTTGTTTAGGGACGACCCACCCT