lowQualScore : 22222 1 111 1111111111111111 11 2222222222 44444444444444444444444444444444444 222 11111111111 333333333 33 1111111111 111
lowQualScore : 6 4 22222 3 3 3 3 44 5 1 3 44 33 77777 33 33 2 2 33 33 2 2 33 333 0 2 2 0 0 2 4 111 33 444444 5555555555555555 5555 2 2 66 77 66 0000000000 33 44 4444 66666666666666666666666666666666666 0 2 2 2 111 55 5 555 55555555555 2 44 6666 0 33 6666 000000000 2 2 8888888 6 33 22 9999999 0 7 2 555 2222222222 33 888 6 3 55
lowQualScore : . . ..... . . . . .. . . . .. .. ..... .. .. . . .. .. . . .. ... . . . . . . . ... .. ...... ................ .... . . .. .. .. .......... .. .. .... ................................... . . . . ... .. . ... ........... . .. .... . .. .... ......... . . ....... . .. .. ....... . . . ... .......... .. ... . . ..
lowQualScore : 0 0 77777 6 6 6 0 11 8 4 1 22 99 11111 99 99 9 5 44 44 5 5 44 999 2 4 4 2 4 4 7 555 22 777777 9999999999999999 0000 4 4 55 88 55 5555555555 22 00 7777 55555555555555555555555555555555555 8 5 5 5 555 99 0 888 66666666666 9 44 1111 4 77 1111 000000000 8 9 1111111 5 99 66 3333333 2 4 9 000 5555555555 99 999 6 1 44
consensus : CAGTTTTGCTGCAAT-AACT--ATCACAA-TATTTA-GT-ATAATAATGCAACGCTAAATT-A--TTGATT--TT-----AG--CAC--TAT-A-AT--TGT--GA-CG-T--CACA---ATGGAA-AG-CTGAAAGG-A-T---AG--CAC--T---A--T-------------A----ATT-G-TG--ACG-TCA--CAA-TAG------AAA--GC-TG----ANA---------------GG-A--TAACGAAAG---TGGTGC-TA-TT-TTAG-GAAA--CAT-CA--GGTC-TATAAT----ACT-TCTA-TTTT----AGGAAACATCA--GGTC----TATAA-------CATTATTT-AT--A---ATAAG--TCA-CGTGGTGT-------TGTTTCGA-CCAAT---AG----------AA--ATTANG-AAATTACAA-TG-AAAAATAATAA
Reference ( gi|4 ) : CAGTTTTGTTGCAAT-AACT--TTCACAA-TATTTA-GT-ACAACAATGCAACGCTAAATT-A--TTGATT--TT-----AG--CAC--TAT-A-AT--TGT--GA-CG-T--CACA---ATGGAA-AG-CTGAAAGG-A-T---AG--CAC--T---A--T-------------A----ATT-G-TG--ACT-TCA--CAA-TAT------AAA--GC-TG----AAA---------------GG-A--TAACGACA----TGGTGC-TA-TT-TTAG-G-AA--CAT-CA--GGTC-TATAAT----ACT-TCTA-TTTT----AGGAAACATCA--GGTC----TAT-A-------CATTATTT-AT--A---ATAAG--TCATTGTGGTGT-------TGTTTTGA-CCAAT---AG----------AA--ATTACA-AAATTATAA-TG-AAAAATAATAAT
gi|9 : CAGTTTTGCTGCAAT-AACT--ATCACAC-TATTTA-GT-ATAATAATGCAA-GCTAAGTT-T--TTGATT--TT-----AG--CAC--TAT-A-AT--TGT--GA-CG-T--CACA---ATTGAA-AG-CTGAAAGG-A-T---AG--CAC--T---A--T-------------A----ATT-G-TG--ACG-TCA--CAA-TAG------AAA--GC-TG----ACA---------------GG-A--TAACGAAAG---TGGTGC-TA-TT-TTAG-GAAA--CAT-CA--GGTC----AA-------T-TC-A-TT--------------------GTT----TAT-A--------------------A---A-AAG--TCA-TGTGGTGT-------TGCTTCGA-CCAAT---AG----------AA--GTTAAG-AAATTACAA-TG-AAAAATAATA
gi|12 : aaCAGTTTTGCTGCAAT-AACT--ATCACAA-TATTTA-AT-ATAATAATGCAATGCAAAGTT-A--TTGATT--TT-----AG--CAC--TAT-A-AT--TGT--GA-CG-T--CACA---ATAGAA-AG-CTGACAGG-A-T---A----AC--G---A--A-------------A----GTG-G-TGCTATT-TTAGGAAA-CAT------CAG--G--TC----AA-------------------T--TAAC-----------TTC-TA-TT-TTAG-GAAA--CAC-CA--AGTC-TAT
gi|13 : AGTTTTGCTGCAAT-AACT--ATCACAA-TATATA--T-A-AATAATGCAATGCAAAGTT-T--ATGATT--TT-----AG--CAC--TAT-A-AT--TGT--GA-CG-T--CACA---ATAGAA-AG-CTGACAGG-A-T---A----AC--G---A--A-------------A----GTG-G-TGCTATT-TTAGGAAA-CAT------CAG--G--TC----AA-------------------T--TAAC-----------TTC-TATTT-TTAG-GAAA--CAC-CA--AGTC-TATtcattatataaaaaagccatgtagcgttgtttcgaccaatagaaattacaatgaaaaataataa
gi|3 : GTTTTGCTGCAAT-TACT--ATCACAA-TATTTA-GT-ATAATTATGTAACGCTAGATT-A--TTGATT--AA-----AG--CAC--TAT-A-AT--TGT--GA-AG-T--CACA---GTGGAA-AG-CTGAAAGG-A-T---AG--CAC--T---A--T-------------A----ATT-G-TG--ACG-TCA--CAA-TTG------AAA--GC-TG----AAA---------------GG-A--TAGCTAAAG---TGGTGC-TA-TT-TTAG-GAAA--AAT-TA--GGTC-TATAAT----ACT-TCTA-TTTT----AGGAAACATCA--GGTC----TATAA-------CAGTATTT-AT--T---ATAAG--TCA-CGTGGTGT-------TGTTTCGA-CCAAT---AG----------AT--ATT-CAGAAATGACAA-TG-AAAAATGATAtcattatataaaaaagccatgtagcgttgttcgaccaatagaaattacaatgaaaaataata
gi|5 : acTTGTGCTGCAAA-AATT--AAAACAA-TATTTA-GT-ATGATAATGCAGAGCTAAATT-A--TTGATT--TT-----AG--CAC--TAT-A-AT--TGT--GA-CG-T--CAAA---ATGGAA-AG-CTAAAATG-A-T---AA--TCT--C---A--T-------------A----ACT-A-TG--ATA-TCA--CAA-AGG------AGA--GC-TG----ACA---------------TG-ACTCAA--AAG----TGGTAC-TA-TT-TTAGAA-AA--CAT-GA--GATA-TTTAAT----GCT-CATG-TTTT----ATGAAATAGCA--GGTC----TATAA-------TACTATTT-AT--G---ATAAG--TTG-CGCGGTGC-------TGTTTCGA-CCAAA---AT----------AA--ATGAGG-AAAGTACAA-TG--AAAATAATA
gi|7 : acaTTGTGCTGCAAA-AATT--AAAACAA-TATTTA-GT-ATGATAATGCAGAGCTAAATT-A--TTGATT--TT-----AG--CAC--TAT-A-AT--TGT--GA-CG-T--CAAA---ATGGAA-AG-CTAAAATG-A-T---AA--TCT--C---A--T-------------A----ACT-A-TG--ATA-TCA--CAA-AGG------AGA--GC-TG----ACA---------------TG-ACTCAA--AAG----TGGTAC-TA-TT-TTAGAA-AA--CAT-GA---ATA-TTTAAT----GCT-CATG--TTT----ATGAAATAGCA--GGTC----TATAA-------TACTATTT-AT--G---ATAAG--TTGCCGCGGTGC-------TGTTTCGACCCAAA---AT----------AA--ATGAGG-AAAGTACAA-TG--AAAATAATA
gi|6 : acaTTGTGCTGCAAA-AATT--AAAACAA-TATTTA-GT-ATGATAATGCAGAGCTAAATT-A--TTGATT--TT-----AG--CAC--TATAA-AT--TGT--GA-CG-T--CAAA---ATGGAA-AG-CTAAAATG-ATT---AA--TCT--C---A--T-------------A----ACT-A-TG--ATA-TCA--CAA-AGG------AGA--GC-TG----ACA---------------TG-ACTCAA--AAG----TGGTAC-TA-TT-TTAGAA-AA--CAT-GA---ATA-TTTAAT----GCT-CATG--TTT----ATGAAATAGCA--GGTC----TATAA-------TACTATTT-AT--G---ATAAG--TTGCCGC-GTGC-------TGTTTCGC-CCAAA---AT----------AA--ATGAGG-AAAGTACAA-TG--AAAATAATA
gi|1 : acaTTTTGCTGCA-T-AACT--AT-ACAACTATGTA-GT-ATCAGAATGCAATGCTAA-TT-A--TTGATT--TT-----AGTACAC--TGT-G-CTAATGTTCGA-CG-T--CACA---ATTGAA-AG-CAGCAAGA-C-T---AG--CAC--T---GGCT-------------A----ATTCGCTG--ACG-TCA--CAACTA-------AAA--GC-TG----AAA---------------GG-A--T-ACGAAAG---TGGTGCTTA-TTGTTAG-G-AA--TACACA--AGTC--AT--T----ACT-TCTA-TTTT----AGTAAACCT-A--GGTC----
gi|2 : agttTTGCTGCAATTAACT--ATCACAA-TATTTAAGTCATAATAATGCAACGCTAAATT-AATTTGATT--TT-----AG--CAC--TGT-ATAT--TGT--GA-CG-T--TACA---ATGCAA-TGTCTGAAAGC---T---AGTCCAC--T---CGCT-------------A----TTC-G-TG--ACGATCA--CAA-TAG------AAA--GCCTG----AAA---------------GA-A--TAACGGAAGTAGTGGTGC-TT-AT-TTAG-G-AAA-CAC-CA--GG-C-T-CAATTCTAACTCTCTA-TCTT----AGGAAACATCA--GGTCAAATTCT---------CATTGTCC-ATAAA---ACAAGTTTCA-TGTGATTTTCAAGAGTGTTTCGA-C-------AG----------AA--ATTAGA-AAATTAGACTTGCAAAAATAATattagcttgcttttgtaaggaaacattccaggtcagatgtgcgtggttttataaaagtcatgtggtttgttcgaccaatagcatgagaaagaaattatgaaataata
gi|14 : aggCAAT-AACTCATCCA-AA-TGTT------A-AAC--TGCAAC-C---ACC-A--TTTATT--TT-----AG--C----TTT-G-AT--TG----A-CG-TGTCTCA----TGGGA-A--CTGAAAGC-G-TCT-AG--CACCAT---A--T-------------A----ATT-G-T---ACG-TCA--CAA-TAGACGAAAAAA--AC-TACCACAAAACCTCCTACCAAACGGG-AATTAACGAAA-----GTTGC-TA-TT-GAGG-A-AA--CATACA---GTCAAATAAA----ACT-TCTA-TTTT----AGTAACCACCA--GGT
gi|11 : ttgtactgctATAA-TAATTA-G-----ACTATA-AACACGTAAGT-A--TTGATT--T------AG--CTC--TA---------GG--GA-CGAT--C-CA---ATAGAA-AG-CTG---GA-A-T---AG--CAC--C---A--T-------------A----ATT-G-TG--AA--GCA--CAA-T---------GA--G--TG----ACA---------------GGTA--T-ACGA-G----TGGT---TA-TG-TCAG-G-AA--AAT-CA--GG-C-AAT--T----AAC-TCTA-TTTTTAGGAGGAAACAT----AGTC----AAT-T-------CA-TGTTT-AT--AAGCATATG--GCA-TGTGGTGT-------TGTTTCG--CC-AT---AG----------AAGGGTT--A-AGATTAAAA-TG-AAAAAtcaac
gi|10 : tatCAATGCTGAATT-A--TTGATT--TT-----TG--CAC--AAT-A-AT--TGT--GC-TG-T--CATATAAATGGAA-AG-CTGAAAAG-A-T---AG--CAC--T---A--A-------------A----ATT-G-TG--ACG-TAT--CAA-TAG------AAA--AC-TG----AAT---------------GG-A--TAACGAAAG---TGGTGC-TA-TT-TTAG-GAAA--CAT-CG--GGTC-TATAAT----ACT-GCTA-TTTT----AGGAAACATCA--GGTC----TATAA-------CATTATTT---------ATAAG--TCA-CGTGGTGT-------TGATTCGA-CGAAT---AG----------AA--ATTAAG-AAATTACAA-TG-AAAAATAagta
gi|8 : AAATTTA--TTGATTATTTGTATAAG--CACCTTAT-A-AT--TGT--TA-GT-T--AACA---ATGGAA-AG-CTGAAAGACA-T---AA--CAA--T---T--T-------------A----ATT-G-TG--AC--------------------AAA--A--TG----AGG---------------GG-T--T----GCC----TG------A-TT-TAGG-G-AAGTAAT-CAAGGGTC-TA-AAT----ACT-TCTA--TTT----AGGAAACATCAGGGGTC----TAT-
gi|9 : ttattttttaagcagttttgccttgccgaaaatcaattaacatctttctataaatgaaagtcacaaatacatttagagtgttttaatttaattgatatctctttccagccagagttgctcacgTT--TC-----AG--CTT--T-C-A-AT--TGT--GA-CG-T--CACA---AT
gi|9 : aacagttttgctgcaataactatcacactatttagtataataatgcaagctaagtttttgattttagcactata-AT--TGT--GA-CG-T--CACA---AT---------T-------A-T---AG--TGC--T---A--TCCTTTCAGCTTTCA----ATT-G-TG--ACG-TCA--CAATTAT------AGT--GC-TA----AAA---------------ggatagcactataattgtgacgtcacaatagaaagctgacaggataacgaaagtggtgctattttaggaaacatcaggtcaattcattgtttataaaaagtcatgtggtgttgcttcgaccaatagaagttaagaaattacaatgaaaaataata
gi|2 : aacagttttgctgcaataactatcacactatttagtataataatgcaagctaagtttttga-AT--TGT--GATCG-T--CAC-------GAATAG-C-GAGTGG-ACT---AG--CTT--TCAGA--C-------------ATTGCATT-G-TA--ACG-TCA--CAA-TAT------ACAGTGC-TA----AAA---------------agaaagctgacaggataacgaaagtggtgctattttaggaaacatcaggtcaattcattgtttataaaaagtcatgtggtgttgcttcgaccaatagaagttaagaaattacaatgaaaaataata
gi|12 : aggttgctgcaattaactatcacaatatttaagtcataataatgcaacgctaaattaatttgaCA---ATGCAA-AG-TT--ATTG-A-TTTTAG--CAC--T---A--T-------------A----ATT-G-TG--ACG-TCA--CAA-TAG------AAA--GC-TG----ACA---------------GG-A--TAACGAAAG---TGGTGC-TA-TT-TTAG-GAAA--CAT-CA--GGTC-AATTA-----ACT-TCTA-TTTT----AGGAAACACCA--AGTC----TAT-T-------CATTATAT-A---A---AAAAG--CCA-TGTAGCGT-------TGTTTCGA-CCAAT---AG----------AA--ATTAC---------AA-TG-AAAAATAATAAagaaagcctgaaagaataacggaagtagtggtgcttatttaggaaacaccaggctcaattctaactctctatcttaggaaacatcaggtcaaattctcattgtccataaaacaagtttcatgtgattttcaagagtgtttcgacagaaattagaaaattagacttgcaaaaataat
gi|13 : cagttttgctgcaataactatcacaatatttaatataataatgCA---ATGCAA-AG-TTTA--TG-A-TTTTAG--CAC--T---A--T-------------A----ATT-G-TG--ACG-TCA--CAA-TAG------AAA--GC-TG----ACA---------------GG-A--TAACGAAAG---TGGTGC-TA-TT-TTAG-GAAA--CAT-CA--GGTC-AATTA-----ACT-TCTATTTTT----AGGAAACACCA--AGTC----TAT-T-------CATTATAT-A---A---AAAAG--CCA-TGTAGCGT-------TG-TTCGA-CCAAT---AG----------AA--ATTAC---------AA-TG-AAAAATAATA
gi|15 : agttttgctgcaataactatcacaatatatataaataatg-TG----ACA---------------GA-A--TAACAAAAG---TGGTGC-TA-TT-TTAG-GAAA--CAT-CA--GGTC-AATTA-----ACT-TCTA-TTTT----AGGAAACATCA--GGTC----AAT-T-------CATTGTTT-AT--A---AAAAG--TCA-TGTGGTGT-------TGTTTCGA-CCAAT---AG----------AA--GTTAAG-AAATTACAA-TG-AAAAATAA
gi|16 : AACATCA--GGTC----TAT-AACTGTTACATTATTT-AT--A---ATAAA--TCAC-GTGGTGT-------T---TTGA-CTAAT---AG----------TA--ATTATG-AAATTACAA-TG-AAAATTAATAA
gi|17 : TGTTT-AT--A---AACAG--TAAT-GTGGTGT-------TGCTTCGA-CCAATAGAAG----------AA--GTTAAG-AAATTATAA-TG-AAAACTA
gi|1 : aggaaattagcttttctttaTTTTAT--A---A-AAG--TCAT-GTGGT-T-------TGTTC-GA-CCAAT---AGCATGAGAAAGAA--ATTATG-AAATAATA
Alignments
lowQualScore : 111 1111111111111111111 11 11111 111111111 1111111111111111111 111111 111111111 1111111
lowQualScore : 3 3 4 3 3 44 3 2 4 0 2 33 33 77777 33 33 2 2 33 33 2 33 444 2 1 2 2 222 333 44444 33 2 2 2 0 777777 2 8888888888888888888 55 00 55 1 444 0 2 2 2 2 2 2 444 66 2 11111 22 2 5 5555 33 33 666666666 2 33 3333333333333333333 33 333333 000000000 2222222 777777 2 444 77777 33 0 2 2 66
lowQualScore : . . . . . .. . . . . . .. .. ..... .. .. . . .. .. . .. ... . . . . ... ... ..... .. . . . . ...... . ................... .. .. .. . ... . . . . . . . ... .. . ..... .. . . .... .. .. ......... . .. ................... .. ...... ......... ....... ...... . ... ..... .. . . . ..
lowQualScore : 6 3 6 3 3 66 3 4 5 6 9 99 99 11111 99 99 9 9 99 99 9 99 444 5 9 5 5 222 777 66666 44 5 5 5 1 222222 5 2222222222222222222 77 33 88 1 111 2 4 4 4 4 4 4 999 88 7 55555 88 7 3 7777 44 77 888888888 9 77 8888888888888888888 77 000000 777777777 3333333 777777 7 777 33333 77 6 9 7 77
consensus : CAGTTTTGCTGCAAT-AACT-ATCACAA-TATTTA-G--T-ATAATAATGCAACGCTAAATT-A--TTGATT--TT-----AG--CAC--TAT-A-AT--TGT--GACG-T--CACA---ATGGAAAG-CTGAAAGG-A-T---AG--CAC--T--A--TAATT-G-TGACG-TCACAATAG------AAAG-CT-------------------GA-CAGGA--TA-ACGAA---AGTGGTGC-TA-TT-TTAGGAA-AC-AT-CA--GGTC-TATAAT----ACT-TCTA-T-TTT----AGGAAACATCA--GGTCTA--TAAC------ATTA--TTTAT--A---A----------TAAG--TCA------CGTGGT---------GT-------TGT------TTCGA-CCAAT---A----GAA--ATTAAGAAATTACAA-TG-AAAAATAATAA
Reference ( family-13299 ) : CAGTTTTGCTGCAAT-AACT-ATCACAA-TATTTA-G--T-ATAATAATGCAACGCTAAATT-A--TTGATT--TT-----AG--CAC--TAT-A-AT--TGT--GACG-T--CACA---ATGGAAAG-CTGAAAGG-A-T---AG--CAC--T--A--TAATT-G-TGACG-TCACAATAG------AAAG-CT-------------------GA-NAGGA--TA-ACGAA---AGTGGTGC-TA-TT-TTAGGAA-AC-AT-CA--GGTC-TATAAT----ACT-TCTA-T-TTT----AGGAAACATCA--GGTCTA--TAAC------ATTA--TTTAT--A---A----------TAAG--TCA------CGTGGT---------GT-------TGT------TTCGA-CCAAT---A----GAA--ATTANGAAATTACAA-TG-AAAAATAATAA
gi|1 : TTTTGCTGCA-T-AACT-AT-ACAACTATGTA-G--T-ATCAGAATGCAATGCTAA-TT-A--TTGATT--TT-----AGTACAC--TGT-G-CTAATGTTCGACG-T--CACA---ATTGAAAG-CAGCAAGA-C-T---AG--CAC--T--GGCTAATTCGCTGACG-TCACAACTA------AAAG-CT-------------------GA-AAGGA--T--ACGAA---AGTGGTGCTTA-TTGTTAGGAATAC-A--CA--AGTC--AT--T----ACT-TCTA-T-TTT----AGTAAACCT-A--GGTCAT--TAGC-------TTGCTTTTGT--A---AGGAAACATTCCAGG--TCAGATGTGCGTGGTTTTATAAAAGTCA-----TGTGGTTTGTTCGA-CCAAT---AGCATGAG--A--AAGAAATT---A-TG---AAATAATA
gi|10 : agttCAATGCTGAATT-A--TTGATT--TT-----TG--CAC--AAT-A-AT--TGT--GCTG-T--CATATAAATGGAAAG-CTGAAAAG-A-T---AG--CAC--T--A--AAATT-G-TGACG-TATCAATAG------AAAA-CT-------------------GA-ATGGA--TA-ACGAA---AGTGGTGC-TA-TT-TTAGGAA-AC-AT-CG--GGTC-TATAAT----ACT-GCTA-T-TTT----AGGAAACATCA--GGTCTA--TAAC------ATTA--TTT--------A----------TAAG--TCA------CGTGGT---------GT-------TGA------TTCGA-CGAAT---A----GAA--ATTAAGAAATTACAA-TG-AAAAATA
gi|11 : T-AT-ATAA-TAATTA-GACT-ATAA-------ACACGTAAGT-A--TTGATT--T------AG--CTC--TA---------GG--GACGAT--C-CA---ATAGAAAG-CTG---GA-A-T---AG--CAC--C--A--TAATT-G-TGAAG--CACAAT-G------AG----T-------------------GA-CAGG---TATACG-----AGTGGT---TA-TG-TCAGGAA-A--AT-CA--GG-C-AAT--T----AAC-TCTA-T-TTTTAGGAGGAAACAT----AGTCAA--T-TC------A-TG--TTTAT--AAGCA----------TATG--GCA------TGTGGT---------GT-------TGT------TTCG--CC-AT---A----GAAGGGTTAAG--ATTAAAA-TG-AAAAA
gi|12 : CAGTTTTGCTGCAAT-AACT-ATCACAA-TATTTA-A--T-ATAATAATGCAATGCAAAGTT-A--TTGATT--TT-----AG--CAC--TAT-A-AT--TGT--GACG-T--CACA---ATAGAAAG-CTGACAGG-A-T---A----AC--G--A---AA---G-TGGTG-CTATTTTAG------GAAA-C---------------------ATCAGGT--CA-ATTAA-------CTTC-TA-TT-TTAGGAA-AC-AC-CA--AGTC-TATagta
gi|12 : CA---ATGCAAAG-TT--ATTG-A-TTTTAG--CAC--T--A--TAATT-G-TGACG-TCACAATAG------AAAG-CT-------------------GA-CAGGA--TA-ACGAA---AGTGGTGC-TA-TT-TTAGGAA-AC-AT-CA--GGTC-AATTA-----ACT-TCTA-T-TTT----AGGAAACACCA--AGTCTA--T-TC------ATTA--TATA---A---A----------AAAG--CCA------TGTAGC---------GT-------TGT------TTCGA-CCAAT---A--------------GAAATTACAA-TG-AAAAATAATAAtcattatataaaaaagccatgtagcgttgtttcgaccaatagaaattacaatgaaaaataataa
gi|13 : cagttttgctgcaataactatcacaatatttaatataataatgAGTTTTGCTGCAAT-AACT-ATCACAA-TATATA----T-A-AATAATGCAATGCAAAGTT-T--ATGATT--TT-----AG--CAC--TAT-A-AT--TGT--GACG-T--CACA---ATAGAAAG-CTGACAGG-A-T---A----AC--G--A---AA---G-TGGTG-CTATTTTAG------GAAA-C---------------------ATCAGGT--CA-ATTAA-------CTTC-TATTT-TTAGGAA-AC-AC-CA--AGTC-TAT
gi|13 : CA---ATGCAAAG-TTTA--TG-A-TTTTAG--CAC--T--A--TAATT-G-TGACG-TCACAATAG------AAAG-CT-------------------GA-CAGGA--TA-ACGAA---AGTGGTGC-TA-TT-TTAGGAA-AC-AT-CA--GGTC-AATTA-----ACT-TCTATT-TTT----AGGAAACACCA--AGTCTA--T-TC------ATTA--TATA---A---A----------AAAG--CCA------TGTAGC---------GT-------TG-------TTCGA-CCAAT---A--------------GAAATTACAA-TG-AAAAATAATAtcattatataaaaaagccatgtagcgttgttcgaccaatagaaattacaatgaaaaataata
gi|14 : agttttgctgcaataactatcacaatatatataaataatgTGCT-CAAT-AACTCATC-CAA--AT----G--T--TAA-ACTGCAAC-C---ACC-A--TTTATT--TT-----AG--C----TTT-G-AT--TG----ACG-TGTCTCA----TGGGAA--CTGAAAGC-G-TCT-AG--CACCAT--A--TAATT-G-T-ACG-TCACAATAGACGAAAAAAA-CTACCACAAAACCTCCTACCAAA-CGGGAATTA-ACGAA---AGT--TGC-TA--T-TGAGGAA-AC-ATACA---GTCAAATAAA----ACT-TCTA-T-TTT----AGTAACCACCA--GGT
gi|15 : ttgtacT-------------------GA-CAGAA--TA-ACAAA---AGTGGTGC-TA-TT-TTAGGAA-AC-AT-CA--GGTC-AATTA-----ACT-TCTA-T-TTT----AGGAAACATCA--GGTCAA--TT-C------ATTG--TTTAT--A---A----------AAAG--TCA------TGTGGT---------GT-------TGT------TTCGA-CCAAT---A----GAA--GTTAAGAAATTACAA-TG-AAAAATAAtcaac
gi|16 : AACATCA--GGTCTA--TAACTGTTACATTA--TTTAT--A---A----------TAAA--TCA------CGTGGT---------GT-------T---------TTGA-CTAAT---A----GTA--ATTATGAAATTACAA-TG-AAAATTAATAA
gi|17 : TG--TTTAT--A---A----------ACAG--TAA------TGTGGT---------GT-------TGC------TTCGA-CCAATAGAA----GAA--GTTAAGAAATTATAA-TG-AAAACTA
gi|2 : aggaaattagcttttctttaTTGCTGCAATTAACT-ATCACAA-TATTTAAG--TCATAATAATGCAACGCTAAATT-AATTTGATT--TT-----AG--CAC--TGT-ATAT--TGT--GACG-T--TACA---ATGCAATGTCTGAAA-G-C-T---AGTCCAC--TCGC--TATTC-G-TGACGATCACAATAG------AAAGCCT-------------------GA-AAGAA--TA-ACGGAAGTAGTGGTGC-TT-AT-TTAGGAA-AC-AC-CA--GG-C-T-CAATTCTAACTCTCTA-T-CTT----AGGAAACATCA--GGTCAAATTCTC------ATTG--TCCATAAA---A----------CAAGTTTCA------TGTGAT---------TTTCAAGAGTGT------TTCGA-C-------A----GAA--ATTAGAAAATTAGACTTGCAAAAATAAT
gi|3 : aggGTTTTGCTGCAAT-TACT-ATCACAA-TATTTA-G--T-ATAATTATGTAACGCTAGATT-A--TTGATT--AA-----AG--CAC--TAT-A-AT--TGT--GAAG-T--CACA---GTGGAAAG-CTGAAAGG-A-T---AG--CAC--T--A--TAATT-G-TGACG-TCACAATTG------AAAG-CT-------------------GA-AAGGA--TA-GCTAA---AGTGGTGC-TA-TT-TTAGGAA-AA-AT-TA--GGTC-TATAAT----ACT-TCTA-T-TTT----AGGAAACATCA--GGTCTA--TAAC------AGTA--TTTAT--T---A----------TAAG--TCA------CGTGGT---------GT-------TGT------TTCGA-CCAAT---A----GAT--ATTCAGAAATGACAA-TG-AAAAATGATA
gi|4 : acCAGTTTTGTTGCAAT-AACT-TTCACAA-TATTTA-G--T-ACAACAATGCAACGCTAAATT-A--TTGATT--TT-----AG--CAC--TAT-A-AT--TGT--GACG-T--CACA---ATGGAAAG-CTGAAAGG-A-T---AG--CAC--T--A--TAATT-G-TGACT-TCACAATAT------AAAG-CT-------------------GA-AAGGA--TA-ACGAC---A-TGGTGC-TA-TT-TTAGG-A-AC-AT-CA--GGTC-TATAAT----ACT-TCTA-T-TTT----AGGAAACATCA--GGTCTA--T-AC------ATTA--TTTAT--A---A----------TAAG--TCAT-----TGTGGT---------GT-------TGT------TTTGA-CCAAT---A----GAA--ATTACAAAATTATAA-TG-AAAAATAATAA
gi|5 : TTGTGCTGCAAA-AATT-AAAACAA-TATTTA-G--T-ATGATAATGCAGAGCTAAATT-A--TTGATT--TT-----AG--CAC--TAT-A-AT--TGT--GACG-T--CAAA---ATGGAAAG-CTAAAATG-A-T---AA--TCT--C--A--TAACT-A-TGATA-TCACAAAGG------AGAG-CT-------------------GA-CATGAC-T---CAAA---AGTGGTAC-TA-TT-TTAGAAA-AC-AT-GA--GATA-TTTAAT----GCT-CATG-T-TTT----ATGAAATAGCA--GGTCTA--TAAT------ACTA--TTTAT--G---A----------TAAG--TTG------CGCGGT---------GC-------TGT------TTCGA-CCAAA---A----TAA--ATGAGGAAAGTACAA-TG--AAAATAATAt
gi|6 : acaTTGTGCTGCAAA-AATT-AAAACAA-TATTTA-G--T-ATGATAATGCAGAGCTAAATT-A--TTGATT--TT-----AG--CAC--TATAA-AT--TGT--GACG-T--CAAA---ATGGAAAG-CTAAAATG-ATT---AA--TCT--C--A--TAACT-A-TGATA-TCACAAAGG------AGAG-CT-------------------GA-CATGAC-T---CAAA---AGTGGTAC-TA-TT-TTAGAAA-AC-AT-GA---ATA-TTTAAT----GCT---CA-TGTTT----ATGAAATAGCA--GGTCTA--TAAT------ACTA--TTTAT--G---A----------TAAG--TTG------CCGCGT---------GC-------TGT------TTCGC-CCAAA---A----TAA--ATGAGGAAAGTACAA-TG--AAAATAATA
gi|7 : acaTTGTGCTGCAAA-AATT-AAAACAA-TATTTA-G--T-ATGATAATGCAGAGCTAAATT-A--TTGATT--TT-----AG--CAC--TAT-A-AT--TGT--GACG-T--CAAA---ATGGAAAG-CTAAAATG-A-T---AA--TCT--C--A--TAACT-A-TGATA-TCACAAAGG------AGAG-CT-------------------GA-CATGAC-T---CAAA---AGTGGTAC-TA-TT-TTAGAAA-AC-AT-GA---ATA-TTTAAT----GCT---CA-TGTTT----ATGAAATAGCA--GGTCTA--TAAT------ACTA--TTTAT--G---A----------TAAG--TTGC-----CGCGGT---------GC-------TGT------TTCGACCCAAA---A----TAA--ATGAGGAAAGTACAA-TG--AAAATAATA
gi|8 : acaAAATTTA--TTGATTATTTGTATAAG--CACCTTAT-A-AT--TGT--TAGT-T--AACA---ATGGAAAG-CTGAAAGACA-T---AA--CAA--T--T--TAATT-G-TGAC---------AA------AA----T-------------------GA-GGGGT--TG-CC--------TG------A-TT-TAGGGAA-GTAAT-CAAGGGTC-TA-AAT----ACT-TCTA---TTT----AGGAAACATCAGGGGTCTA--T
gi|9 : ttattttttaagcagttttgccttgccgaaaatcaattaacatctttctataaatgaaagtcacaaatacatttagagtgttttaatttaattgatatctctttccagccagagttgctcacgCAGTTTTGCTGCAAT-AACT-ATCACAC-TATTTA-G--T-ATAATAATGCAA-GCTAAGTT-T--TTGATT--TT-----AG--CAC--TAT-A-AT--TGT--GACG-T--CACA---ATTGAAAG-CTGAAAGG-A-T---AG--CAC--T--A--TAATT-G-TGACG-TCACAATAG------AAAG-CT-------------------GA-CAGGA--TA-ACGAA---AGTGGTGC-TA-TT-TTAGGAA-AC-AT-CA--GGTC----AA-------T-TC-A-T-T--------------------GTTTA--TAA-------A----------------------------AAG--TCA------TGTGGT---------GT-------TGC------TTCGA-CCAAT---A----GAA--GTTAAGAAATTACAA-TG-AAAAATAATA
Alignments
lowQualScore : 111 1111111111111111111 11111 11111 111111111 1111111111111111111 111111 111111111 1111111
lowQualScore : 3 3 4 3 3 44 3 2 4 0 2 33 33 77777 33 33 2 2 33 33 2 33 444 2 1 2 2 222 333 44444 33 2 2 2 0 777777 2 8888888888888888888 55 00000 444 2 2 2 2 2 33 2 444 66 2 11111 22 2 5 5555 33 33 666666666 2 33 3333333333333333333 33 333333 000000000 2222222 777777 2 77777777 33 0 2 66
lowQualScore : . . . . . .. . . . . . .. .. ..... .. .. . . .. .. . .. ... . . . . ... ... ..... .. . . . . ...... . ................... .. ..... ... . . . . . .. . ... .. . ..... .. . . .... .. .. ......... . .. ................... .. ...... ......... ....... ...... . ........ .. . . ..
lowQualScore : 6 3 6 3 3 66 3 4 5 6 9 99 99 11111 99 99 9 9 99 99 9 99 444 5 9 5 5 222 777 66666 44 5 5 5 1 222222 5 2222222222222222222 00 88888 111 4 4 4 4 4 22 4 999 88 7 55555 88 7 3 7777 44 77 888888888 9 77 8888888888888888888 77 000000 777777777 3333333 777777 7 99999999 77 6 7 77
consensus : CAGTTTTGCTGCAAT-AACT-ATCACAA-TATTTA-G--T-ATAATAATGCAACGCTAAATT-A--TTGATT--TT-----AG--CAC--TAT-A-AT--TGT--GACG-T--CACA---ATGGAAAG-CTGAAAGG-A-T---AG--CAC--T--A--TAATT-G-TGACG-TCACAATAG------AAAG-CT-------------------GA-CAGGA--TA-ACGAA---AGTGGTG-C-TA-TT-TTAGGAA-A--CAT-CA--GGTC-TATAAT----ACT-TCTA-T-TTT----AGGAAACATCA--GGTCTA--TAAC------ATTA--TTTAT--A---A----------TAAG--TCA------CGTGGT---------GT-------TGT------TTCGA-CCAAT---A----GAA--ATTAAGAAATTACAA-TG-AAAAATAATAA
Reference ( family-13299 ) : CAGTTTTGCTGCAAT-AACT-ATCACAA-TATTTA-G--T-ATAATAATGCAACGCTAAATT-A--TTGATT--TT-----AG--CAC--TAT-A-AT--TGT--GACG-T--CACA---ATGGAAAG-CTGAAAGG-A-T---AG--CAC--T--A--TAATT-G-TGACG-TCACAATAG------AAAG-CT-------------------GA-CAGGA--TA-ACGAA---AGTGGTG-C-TA-TT-TTAGGAA-A--CAT-CA--GGTC-TATAAT----ACT-TCTA-T-TTT----AGGAAACATCA--GGTCTA--TAAC------ATTA--TTTAT--A---A----------TAAG--TCA------CGTGGT---------GT-------TGT------TTCGA-CCAAT---A----GAA--ATTAAGAAATTACAA-TG-AAAAATAATAA
gi|1 : TTTTGCTGCA-T-AACT-AT-ACAACTATGTA-G--T-ATCAGAATGCAATGCTAA-TT-A--TTGATT--TT-----AGTACAC--TGT-G-CTAATGTTCGACG-T--CACA---ATTGAAAG-CAGCAAGA-C-T---AG--CAC--T--GGCTAATTCGCTGACG-TCACAACTA------AAAG-CT-------------------GA-AAGGA--T--ACGAA---AGTGGTG-CTTA-TTGTTAGGAATA--CA--CA--AGTC--AT--T----ACT-TCTA-T-TTT----AGTAAACCT-A--GGTCAT--TAGC-------TTGCTTTTGT--A---AGGAAACATTCCAGG--TCAGATGTGCGTGGTTTTATAAAAGTCA-----TGTGGTTTGTTCGA-CCAAT---AGCATGAG--A--AAGAAATT---A-TG---AAATAATA
gi|10 : agttCAATGCTGAATT-A--TTGATT--TT-----TG--CAC--AAT-A-AT--TGT--GCTG-T--CATATAAATGGAAAG-CTGAAAAG-A-T---AG--CAC--T--A--AAATT-G-TGACG-TATCAATAG------AAAA-CT-------------------GA-ATGGA--TA-ACGAA---AGTGGTG-C-TA-TT-TTAGGAA-A--CAT-CG--GGTC-TATAAT----ACT-GCTA-T-TTT----AGGAAACATCA--GGTCTA--TAAC------ATTA--TTT--------A----------TAAG--TCA------CGTGGT---------GT-------TGA------TTCGA-CGAAT---A----GAA--ATTAAGAAATTACAA-TG-AAAAATA
gi|11 : T-AT-ATAA-TAATTA-GACT-ATAA-------ACACGTAAGT-A--TTGATT--T------AG--CTC--TA---------GG--GACGAT--C-CA---ATAGAAAG-CTG---GA-A-T---AG--CAC--C--A--TAATT-G-TGAAG--CACAAT-G------AG----T-------------------GA-CAGG---TATACG-----AGTGGT----TA-TG-TCAGGAA-A---AT-CA--GG-C-AAT--T----AAC-TCTA-T-TTTTAGGAGGAAACAT----AGTCAA--T-TC------A-TG--TTTAT--AAGCA----------TATG--GCA------TGTGGT---------GT-------TGT------TTCG--CC-AT---A----GAAGGGTTAAG--ATTAAAA-TG-AAAAA
gi|12 : CAGTTTTGCTGCAAT-AACT-ATCACAA-TATTTA-A--T-ATAATAATGCAATGCAAAGTT-A--TTGATT--TT-----AG--CAC--TAT-A-AT--TGT--GACG-T--CACA---ATAGAAAG-CTGACAGG-A-T---A----AC--G--A---AA---G-TGGTG-CTATTTTAG------GAAA-C---------------------ATCAGGT--CA-ATTAA-------CTT-C-TA-TT-TTAGGAA-A--CAC-CA--AGTC-TATagta
gi|12 : CA---ATGCAAAG-TT--ATTG-A-TTTTAG--CAC--T--A--TAATT-G-TGACG-TCACAATAG------AAAG-CT-------------------GA-CAGGA--TA-ACGAA---AGTGGTG-C-TA-TT-TTAGGAA-A--CAT-CA--GGTC-AATTA-----ACT-TCTA-T-TTT----AGGAAACACCA--AGTCTA--T-TC------ATTA--TATA---A---A----------AAAG--CCA------TGTAGC---------GT-------TGT------TTCGA-CCAAT-----------------AGAAATTACAA-TG-AAAAATAATAAtcattatataaaaaagccatgtagcgttgtttcgaccaatagaaattacaatgaaaaataataa
gi|13 : cagttttgctgcaataactatcacaatatttaatataataatgAGTTTTGCTGCAAT-AACT-ATCACAA-TATATA----T-A-AATAATGCAATGCAAAGTT-T--ATGATT--TT-----AG--CAC--TAT-A-AT--TGT--GACG-T--CACA---ATAGAAAG-CTGACAGG-A-T---A----AC--G--A---AA---G-TGGTG-CTATTTTAG------GAAA-C---------------------ATCAGGT--CA-ATTAA-------CTT-C-TATTT-TTAGGAA-A--CAC-CA--AGTC-TAT
gi|13 : CA---ATGCAAAG-TTTA--TG-A-TTTTAG--CAC--T--A--TAATT-G-TGACG-TCACAATAG------AAAG-CT-------------------GA-CAGGA--TA-ACGAA---AGTGGTG-C-TA-TT-TTAGGAA-A--CAT-CA--GGTC-AATTA-----ACT-TCTATT-TTT----AGGAAACACCA--AGTCTA--T-TC------ATTA--TATA---A---A----------AAAG--CCA------TGTAGC---------GT-------TG-------TTCGA-CCAAT-----------------AGAAATTACAA-TG-AAAAATAATAtcattatataaaaaagccatgtagcgttgttcgaccaatagaaattacaatgaaaaataata
gi|14 : agttttgctgcaataactatcacaatatatataaataatgTGCT-CAAT-AACTCATC-CAA--AT----G--T--TAA-ACTGCAAC-C---ACC-A--TTTATT--TT-----AG--C----TTT-G-AT--TG----ACG-TGTCTCA----TGGGAA--CTGAAAGC-G-TCT-AG--CACCAT--A--TAATT-G-T-ACG-TCACAATAGACGAAAAAAA-CTACCACAAAACCTCCTACCAAA-CGGGAATTA-ACGAA---AGT--TG-C-TA--T-TGAGGAA-A--CATACA---GTCAAATAAA----ACT-TCTA-T-TTT----AGTAACCACCA--GGT
gi|15 : ttgtacT-------------------GA-CAGAA--TA-ACAAA---AGTGGTG-C-TA-TT-TTAGGAA-A--CAT-CA--GGTC-AATTA-----ACT-TCTA-T-TTT----AGGAAACATCA--GGTCAA--TT-C------ATTG--TTTAT--A---A----------AAAG--TCA------TGTGGT---------GT-------TGT------TTCGA-CCAAT---A----GAA--GTTAAGAAATTACAA-TG-AAAAATAAtcaac
gi|16 : AACATCA--GGTCTA--TAACTGTTACATTA--TTTAT--A---A----------TAAA--TCA------CGTGGT---------GT-------T---------TTGA-CTAAT---A----GTA--ATTATGAAATTACAA-TG-AAAATTAATAA
gi|17 : TG--TTTAT--A---A----------ACAG--TAA------TGTGGT---------GT-------TGC------TTCGA-CCAATAGAA----GAA--GTTAAGAAATTATAA-TG-AAAACTA
gi|2 : aggaaattagcttttctttaTTGCTGCAATTAACT-ATCACAA-TATTTAAG--TCATAATAATGCAACGCTAAATT-AATTTGATT--TT-----AG--CAC--TGT-ATAT--TGT--GACG-T--TACA---ATGCAATGTCTGAAA-G-C-T---AGTCCAC--TCGC--TATTC-G-TGACGATCACAATAG------AAAGCCT-------------------GA-AAGAA--TA-ACGGAAGTAGTGGTG-C-TT-AT-TTAGGAA-A--CAC-CA--GG-C-T-CAATTCTAACTCTCTA-T-CTT----AGGAAACATCA--GGTCAAATTCTC------ATTG--TCCATAAA---A----------CAAGTTTCA------TGTGAT---------TTTCAAGAGTGT------TTCGA-C-------A----GAA--ATTAGAAAATTAGACTTGCAAAAATAAT
gi|3 : aggGTTTTGCTGCAAT-TACT-ATCACAA-TATTTA-G--T-ATAATTATGTAACGCTAGATT-A--TTGATT--AA-----AG--CAC--TAT-A-AT--TGT--GAAG-T--CACA---GTGGAAAG-CTGAAAGG-A-T---AG--CAC--T--A--TAATT-G-TGACG-TCACAATTG------AAAG-CT-------------------GA-AAGGA--TA-GCTAA---AGTGGTG-C-TA-TT-TTAGGAA-A--AAT-TA--GGTC-TATAAT----ACT-TCTA-T-TTT----AGGAAACATCA--GGTCTA--TAAC------AGTA--TTTAT--T---A----------TAAG--TCA------CGTGGT---------GT-------TGT------TTCGA-CCAAT---A----GAT--ATTCAGAAATGACAA-TG-AAAAATGATA
gi|4 : acCAGTTTTGTTGCAAT-AACT-TTCACAA-TATTTA-G--T-ACAACAATGCAACGCTAAATT-A--TTGATT--TT-----AG--CAC--TAT-A-AT--TGT--GACG-T--CACA---ATGGAAAG-CTGAAAGG-A-T---AG--CAC--T--A--TAATT-G-TGACT-TCACAATAT------AAAG-CT-------------------GA-AAGGA--TA-ACGAC---A-TGGTG-C-TA-TT-TTAGG-A-A--CAT-CA--GGTC-TATAAT----ACT-TCTA-T-TTT----AGGAAACATCA--GGTCTA--T-AC------ATTA--TTTAT--A---A----------TAAG--TCAT-----TGTGGT---------GT-------TGT------TTTGA-CCAAT---A----GAA--ATTACAAAATTATAA-TG-AAAAATAATAA
gi|5 : TTGTGCTGCAAA-AATT-AAAACAA-TATTTA-G--T-ATGATAATGCAGAGCTAAATT-A--TTGATT--TT-----AG--CAC--TAT-A-AT--TGT--GACG-T--CAAA---ATGGAAAG-CTAAAATG-A-T---AA--TCT--C--A--TAACT-A-TGATA-TCACAAAGG------AGAG-CT-------------------GA-CATGAC-T---CAAA---AGTGGTA-C-TA-TT-TTAGAAA-A--CAT-GA--GATA-TTTAAT----GCT-CATG-T-TTT----ATGAAATAGCA--GGTCTA--TAAT------ACTA--TTTAT--G---A----------TAAG--TTG------CGCGGT---------GC-------TGT------TTCGA-CCAAA---A----TAA--ATGAGGAAAGTACAA-TG--AAAATAATAt
gi|6 : acaTTGTGCTGCAAA-AATT-AAAACAA-TATTTA-G--T-ATGATAATGCAGAGCTAAATT-A--TTGATT--TT-----AG--CAC--TATAA-AT--TGT--GACG-T--CAAA---ATGGAAAG-CTAAAATG-ATT---AA--TCT--C--A--TAACT-A-TGATA-TCACAAAGG------AGAG-CT-------------------GA-CATGAC-T---CAAA---AGTGGTA-C-TA-TT-TTAGAAA-A--CAT-GA---ATA-TTTAAT----GCT---CA-TGTTT----ATGAAATAGCA--GGTCTA--TAAT------ACTA--TTTAT--G---A----------TAAG--TTG------CCGCGT---------GC-------TGT------TTCGC-CCAAA---A----TAA--ATGAGGAAAGTACAA-TG--AAAATAATA
gi|7 : acaTTGTGCTGCAAA-AATT-AAAACAA-TATTTA-G--T-ATGATAATGCAGAGCTAAATT-A--TTGATT--TT-----AG--CAC--TAT-A-AT--TGT--GACG-T--CAAA---ATGGAAAG-CTAAAATG-A-T---AA--TCT--C--A--TAACT-A-TGATA-TCACAAAGG------AGAG-CT-------------------GA-CATGAC-T---CAAA---AGTGGTA-C-TA-TT-TTAGAAA-A--CAT-GA---ATA-TTTAAT----GCT---CA-TGTTT----ATGAAATAGCA--GGTCTA--TAAT------ACTA--TTTAT--G---A----------TAAG--TTGC-----CGCGGT---------GC-------TGT------TTCGACCCAAA---A----TAA--ATGAGGAAAGTACAA-TG--AAAATAATA
gi|8 : acaAAATTTA--TTGATTATTTGTATAAG--CACCTTAT-A-AT--TGT--TAGT-T--AACA---ATGGAAAG-CTGAAAGACA-T---AA--CAA--T--T--TAATT-G-TGAC---------AA------AA----T-------------------GA--GGGG--T---------------TGCC-TG-AT-TTAGGGA-AGTAAT-CAAGGGTC-TA-AAT----ACT-TCTA---TTT----AGGAAACATCAGGGGTCTA--T
gi|9 : ttattttttaagcagttttgccttgccgaaaatcaattaacatctttctataaatgaaagtcacaaatacatttagagtgttttaatttaattgatatctctttccagccagagttgctcacgCAGTTTTGCTGCAAT-AACT-ATCACAC-TATTTA-G--T-ATAATAATGCAA-GCTAAGTT-T--TTGATT--TT-----AG--CAC--TAT-A-AT--TGT--GACG-T--CACA---ATTGAAAG-CTGAAAGG-A-T---AG--CAC--T--A--TAATT-G-TGACG-TCACAATAG------AAAG-CT-------------------GA-CAGGA--TA-ACGAA---AGTGGTG-C-TA-TT-TTAGGAA-A--CAT-CA--GGTC----AA-------T-TC-A-T-T--------------------GTTTA--TAA-------A----------------------------AAG--TCA------TGTGGT---------GT-------TGC------TTCGA-CCAAT---A----GAA--GTTAAGAAATTACAA-TG-AAAAATAATA
Alignments
lowQualScore : 111 1111111111111111111 11111 11111 111111111 1111111111111111111 111111 111111111 1111111
lowQualScore : 3 3 4 3 3 44 3 2 4 0 2 33 33 77777 33 33 2 2 33 33 2 33 444 2 1 2 2 222 333 44444 33 2 2 2 0 777777 2 8888888888888888888 55 00000 444 2 2 2 2 2 33 2 444 66 2 11111 22 2 5 5555 33 33 666666666 2 33 3333333333333333333 33 333333 000000000 2222222 777777 2 77777777 33 0 2 66
lowQualScore : . . . . . .. . . . . . .. .. ..... .. .. . . .. .. . .. ... . . . . ... ... ..... .. . . . . ...... . ................... .. ..... ... . . . . . .. . ... .. . ..... .. . . .... .. .. ......... . .. ................... .. ...... ......... ....... ...... . ........ .. . . ..
lowQualScore : 6 3 6 3 3 66 3 4 5 6 9 99 99 11111 99 99 9 9 99 99 9 99 444 5 9 5 5 222 777 66666 44 5 5 5 1 222222 5 2222222222222222222 00 88888 111 4 4 4 4 4 22 4 999 88 7 55555 88 7 3 7777 44 77 888888888 9 77 8888888888888888888 77 000000 777777777 3333333 777777 7 99999999 77 6 7 77
consensus : CAGTTTTGCTGCAAT-AACT-ATCACAA-TATTTA-G--T-ATAATAATGCAACGCTAAATT-A--TTGATT--TT-----AG--CAC--TAT-A-AT--TGT--GACG-T--CACA---ATGGAAAG-CTGAAAGG-A-T---AG--CAC--T--A--TAATT-G-TGACG-TCACAATAG------AAAG-CT-------------------GA-CAGGA--TA-ACGAA---AGTGGTG-C-TA-TT-TTAGGAA-A--CAT-CA--GGTC-TATAAT----ACT-TCTA-T-TTT----AGGAAACATCA--GGTCTA--TAAC------ATTA--TTTAT--A---A----------TAAG--TCA------CGTGGT---------GT-------TGT------TTCGA-CCAAT---A----GAA--ATTAAGAAATTACAA-TG-AAAAATAATAA
Reference ( family-13299 ) : CAGTTTTGCTGCAAT-AACT-ATCACAA-TATTTA-G--T-ATAATAATGCAACGCTAAATT-A--TTGATT--TT-----AG--CAC--TAT-A-AT--TGT--GACG-T--CACA---ATGGAAAG-CTGAAAGG-A-T---AG--CAC--T--A--TAATT-G-TGACG-TCACAATAG------AAAG-CT-------------------GA-CAGGA--TA-ACGAA---AGTGGTG-C-TA-TT-TTAGGAA-A--CAT-CA--GGTC-TATAAT----ACT-TCTA-T-TTT----AGGAAACATCA--GGTCTA--TAAC------ATTA--TTTAT--A---A----------TAAG--TCA------CGTGGT---------GT-------TGT------TTCGA-CCAAT---A----GAA--ATTAAGAAATTACAA-TG-AAAAATAATAA
gi|1 : TTTTGCTGCA-T-AACT-AT-ACAACTATGTA-G--T-ATCAGAATGCAATGCTAA-TT-A--TTGATT--TT-----AGTACAC--TGT-G-CTAATGTTCGACG-T--CACA---ATTGAAAG-CAGCAAGA-C-T---AG--CAC--T--GGCTAATTCGCTGACG-TCACAACTA------AAAG-CT-------------------GA-AAGGA--T--ACGAA---AGTGGTG-CTTA-TTGTTAGGAATA--CA--CA--AGTC--AT--T----ACT-TCTA-T-TTT----AGTAAACCT-A--GGTCAT--TAGC-------TTGCTTTTGT--A---AGGAAACATTCCAGG--TCAGATGTGCGTGGTTTTATAAAAGTCA-----TGTGGTTTGTTCGA-CCAAT---AGCATGAG--A--AAGAAATT---A-TG---AAATAATA
gi|10 : agttCAATGCTGAATT-A--TTGATT--TT-----TG--CAC--AAT-A-AT--TGT--GCTG-T--CATATAAATGGAAAG-CTGAAAAG-A-T---AG--CAC--T--A--AAATT-G-TGACG-TATCAATAG------AAAA-CT-------------------GA-ATGGA--TA-ACGAA---AGTGGTG-C-TA-TT-TTAGGAA-A--CAT-CG--GGTC-TATAAT----ACT-GCTA-T-TTT----AGGAAACATCA--GGTCTA--TAAC------ATTA--TTT--------A----------TAAG--TCA------CGTGGT---------GT-------TGA------TTCGA-CGAAT---A----GAA--ATTAAGAAATTACAA-TG-AAAAATA
gi|11 : T-AT-ATAA-TAATTA-GACT-ATAA-------ACACGTAAGT-A--TTGATT--T------AG--CTC--TA---------GG--GACGAT--C-CA---ATAGAAAG-CTG---GA-A-T---AG--CAC--C--A--TAATT-G-TGAAG--CACAAT-G------AG----T-------------------GA-CAGG---TATACG-----AGTGGT----TA-TG-TCAGGAA-A---AT-CA--GG-C-AAT--T----AAC-TCTA-T-TTTTAGGAGGAAACAT----AGTCAA--T-TC------A-TG--TTTAT--AAGCA----------TATG--GCA------TGTGGT---------GT-------TGT------TTCG--CC-AT---A----GAAGGGTTAAG--ATTAAAA-TG-AAAAA
gi|12 : CAGTTTTGCTGCAAT-AACT-ATCACAA-TATTTA-A--T-ATAATAATGCAATGCAAAGTT-A--TTGATT--TT-----AG--CAC--TAT-A-AT--TGT--GACG-T--CACA---ATAGAAAG-CTGACAGG-A-T---A----AC--G--A---AA---G-TGGTG-CTATTTTAG------GAAA-C---------------------ATCAGGT--CA-ATTAA-------CTT-C-TA-TT-TTAGGAA-A--CAC-CA--AGTC-TATagta
gi|12 : CA---ATGCAAAG-TT--ATTG-A-TTTTAG--CAC--T--A--TAATT-G-TGACG-TCACAATAG------AAAG-CT-------------------GA-CAGGA--TA-ACGAA---AGTGGTG-C-TA-TT-TTAGGAA-A--CAT-CA--GGTC-AATTA-----ACT-TCTA-T-TTT----AGGAAACACCA--AGTCTA--T-TC------ATTA--TATA---A---A----------AAAG--CCA------TGTAGC---------GT-------TGT------TTCGA-CCAAT-----------------AGAAATTACAA-TG-AAAAATAATAAtcattatataaaaaagccatgtagcgttgtttcgaccaatagaaattacaatgaaaaataataa
gi|13 : cagttttgctgcaataactatcacaatatttaatataataatgAGTTTTGCTGCAAT-AACT-ATCACAA-TATATA----T-A-AATAATGCAATGCAAAGTT-T--ATGATT--TT-----AG--CAC--TAT-A-AT--TGT--GACG-T--CACA---ATAGAAAG-CTGACAGG-A-T---A----AC--G--A---AA---G-TGGTG-CTATTTTAG------GAAA-C---------------------ATCAGGT--CA-ATTAA-------CTT-C-TATTT-TTAGGAA-A--CAC-CA--AGTC-TAT
gi|13 : CA---ATGCAAAG-TTTA--TG-A-TTTTAG--CAC--T--A--TAATT-G-TGACG-TCACAATAG------AAAG-CT-------------------GA-CAGGA--TA-ACGAA---AGTGGTG-C-TA-TT-TTAGGAA-A--CAT-CA--GGTC-AATTA-----ACT-TCTATT-TTT----AGGAAACACCA--AGTCTA--T-TC------ATTA--TATA---A---A----------AAAG--CCA------TGTAGC---------GT-------TG-------TTCGA-CCAAT-----------------AGAAATTACAA-TG-AAAAATAATAtcattatataaaaaagccatgtagcgttgttcgaccaatagaaattacaatgaaaaataata
gi|14 : agttttgctgcaataactatcacaatatatataaataatgTGCT-CAAT-AACTCATC-CAA--AT----G--T--TAA-ACTGCAAC-C---ACC-A--TTTATT--TT-----AG--C----TTT-G-AT--TG----ACG-TGTCTCA----TGGGAA--CTGAAAGC-G-TCT-AG--CACCAT--A--TAATT-G-T-ACG-TCACAATAGACGAAAAAAA-CTACCACAAAACCTCCTACCAAA-CGGGAATTA-ACGAA---AGT--TG-C-TA--T-TGAGGAA-A--CATACA---GTCAAATAAA----ACT-TCTA-T-TTT----AGTAACCACCA--GGT
gi|15 : ttgtacT-------------------GA-CAGAA--TA-ACAAA---AGTGGTG-C-TA-TT-TTAGGAA-A--CAT-CA--GGTC-AATTA-----ACT-TCTA-T-TTT----AGGAAACATCA--GGTCAA--TT-C------ATTG--TTTAT--A---A----------AAAG--TCA------TGTGGT---------GT-------TGT------TTCGA-CCAAT---A----GAA--GTTAAGAAATTACAA-TG-AAAAATAAtcaac
gi|16 : AACATCA--GGTCTA--TAACTGTTACATTA--TTTAT--A---A----------TAAA--TCA------CGTGGT---------GT-------T---------TTGA-CTAAT---A----GTA--ATTATGAAATTACAA-TG-AAAATTAATAA
gi|17 : TG--TTTAT--A---A----------ACAG--TAA------TGTGGT---------GT-------TGC------TTCGA-CCAATAGAA----GAA--GTTAAGAAATTATAA-TG-AAAACTA
gi|2 : aggaaattagcttttctttaTTGCTGCAATTAACT-ATCACAA-TATTTAAG--TCATAATAATGCAACGCTAAATT-AATTTGATT--TT-----AG--CAC--TGT-ATAT--TGT--GACG-T--TACA---ATGCAATGTCTGAAA-G-C-T---AGTCCAC--TCGC--TATTC-G-TGACGATCACAATAG------AAAGCCT-------------------GA-AAGAA--TA-ACGGAAGTAGTGGTG-C-TT-AT-TTAGGAA-A--CAC-CA--GG-C-T-CAATTCTAACTCTCTA-T-CTT----AGGAAACATCA--GGTCAAATTCTC------ATTG--TCCATAAA---A----------CAAGTTTCA------TGTGAT---------TTTCAAGAGTGT------TTCGA-C-------A----GAA--ATTAGAAAATTAGACTTGCAAAAATAAT
gi|3 : aggGTTTTGCTGCAAT-TACT-ATCACAA-TATTTA-G--T-ATAATTATGTAACGCTAGATT-A--TTGATT--AA-----AG--CAC--TAT-A-AT--TGT--GAAG-T--CACA---GTGGAAAG-CTGAAAGG-A-T---AG--CAC--T--A--TAATT-G-TGACG-TCACAATTG------AAAG-CT-------------------GA-AAGGA--TA-GCTAA---AGTGGTG-C-TA-TT-TTAGGAA-A--AAT-TA--GGTC-TATAAT----ACT-TCTA-T-TTT----AGGAAACATCA--GGTCTA--TAAC------AGTA--TTTAT--T---A----------TAAG--TCA------CGTGGT---------GT-------TGT------TTCGA-CCAAT---A----GAT--ATTCAGAAATGACAA-TG-AAAAATGATA
gi|4 : acCAGTTTTGTTGCAAT-AACT-TTCACAA-TATTTA-G--T-ACAACAATGCAACGCTAAATT-A--TTGATT--TT-----AG--CAC--TAT-A-AT--TGT--GACG-T--CACA---ATGGAAAG-CTGAAAGG-A-T---AG--CAC--T--A--TAATT-G-TGACT-TCACAATAT------AAAG-CT-------------------GA-AAGGA--TA-ACGAC---A-TGGTG-C-TA-TT-TTAGG-A-A--CAT-CA--GGTC-TATAAT----ACT-TCTA-T-TTT----AGGAAACATCA--GGTCTA--T-AC------ATTA--TTTAT--A---A----------TAAG--TCAT-----TGTGGT---------GT-------TGT------TTTGA-CCAAT---A----GAA--ATTACAAAATTATAA-TG-AAAAATAATAA
gi|5 : TTGTGCTGCAAA-AATT-AAAACAA-TATTTA-G--T-ATGATAATGCAGAGCTAAATT-A--TTGATT--TT-----AG--CAC--TAT-A-AT--TGT--GACG-T--CAAA---ATGGAAAG-CTAAAATG-A-T---AA--TCT--C--A--TAACT-A-TGATA-TCACAAAGG------AGAG-CT-------------------GA-CATGAC-T---CAAA---AGTGGTA-C-TA-TT-TTAGAAA-A--CAT-GA--GATA-TTTAAT----GCT-CATG-T-TTT----ATGAAATAGCA--GGTCTA--TAAT------ACTA--TTTAT--G---A----------TAAG--TTG------CGCGGT---------GC-------TGT------TTCGA-CCAAA---A----TAA--ATGAGGAAAGTACAA-TG--AAAATAATAt
gi|6 : acaTTGTGCTGCAAA-AATT-AAAACAA-TATTTA-G--T-ATGATAATGCAGAGCTAAATT-A--TTGATT--TT-----AG--CAC--TATAA-AT--TGT--GACG-T--CAAA---ATGGAAAG-CTAAAATG-ATT---AA--TCT--C--A--TAACT-A-TGATA-TCACAAAGG------AGAG-CT-------------------GA-CATGAC-T---CAAA---AGTGGTA-C-TA-TT-TTAGAAA-A--CAT-GA---ATA-TTTAAT----GCT---CA-TGTTT----ATGAAATAGCA--GGTCTA--TAAT------ACTA--TTTAT--G---A----------TAAG--TTG------CCGCGT---------GC-------TGT------TTCGC-CCAAA---A----TAA--ATGAGGAAAGTACAA-TG--AAAATAATA
gi|7 : acaTTGTGCTGCAAA-AATT-AAAACAA-TATTTA-G--T-ATGATAATGCAGAGCTAAATT-A--TTGATT--TT-----AG--CAC--TAT-A-AT--TGT--GACG-T--CAAA---ATGGAAAG-CTAAAATG-A-T---AA--TCT--C--A--TAACT-A-TGATA-TCACAAAGG------AGAG-CT-------------------GA-CATGAC-T---CAAA---AGTGGTA-C-TA-TT-TTAGAAA-A--CAT-GA---ATA-TTTAAT----GCT---CA-TGTTT----ATGAAATAGCA--GGTCTA--TAAT------ACTA--TTTAT--G---A----------TAAG--TTGC-----CGCGGT---------GC-------TGT------TTCGACCCAAA---A----TAA--ATGAGGAAAGTACAA-TG--AAAATAATA
gi|8 : acaAAATTTA--TTGATTATTTGTATAAG--CACCTTAT-A-AT--TGT--TAGT-T--AACA---ATGGAAAG-CTGAAAGACA-T---AA--CAA--T--T--TAATT-G-TGAC---------AA------AA----T-------------------GA--GGGG--T---------------TGCC-TG-AT-TTAGGGA-AGTAAT-CAAGGGTC-TA-AAT----ACT-TCTA---TTT----AGGAAACATCAGGGGTCTA--T
gi|9 : ttattttttaagcagttttgccttgccgaaaatcaattaacatctttctataaatgaaagtcacaaatacatttagagtgttttaatttaattgatatctctttccagccagagttgctcacgCAGTTTTGCTGCAAT-AACT-ATCACAC-TATTTA-G--T-ATAATAATGCAA-GCTAAGTT-T--TTGATT--TT-----AG--CAC--TAT-A-AT--TGT--GACG-T--CACA---ATTGAAAG-CTGAAAGG-A-T---AG--CAC--T--A--TAATT-G-TGACG-TCACAATAG------AAAG-CT-------------------GA-CAGGA--TA-ACGAA---AGTGGTG-C-TA-TT-TTAGGAA-A--CAT-CA--GGTC----AA-------T-TC-A-T-T--------------------GTTTA--TAA-------A----------------------------AAG--TCA------TGTGGT---------GT-------TGC------TTCGA-CCAAT---A----GAA--GTTAAGAAATTACAA-TG-AAAAATAATA
blockSeqs : T C C . A AC C T T T AT AT GTATA . CT A T . . A GT TAA T A C T TTT GTC CAT . . . A ACGAAA C ACCACAAAACCTCCTACCA TC ATTA AGT C . T . . GT A AGG AA A TTCTA CT T G TAGG GG AT AACTGTTAC T . TAAGCAT TT T . TCAAGAG . C AGAA GG T CA
blockSeqs : . . C . . . . T C . . . . . . . . . . . . . . G . . TTT G TCG . . . . . . . TC TAT . . . . . . . . G T T T G . G . . . AAC T . TAAAAC . C . . . . A . . A
blockSeqs : . . C . . . . T T . . . . . . . . . . . . . . G . . CT G T . . . . . . . A TA . . . . . . . . G A T T T . . . . . CTC T . TAAA . . . . . . A . . A
blockSeqs : . . C . . . . T T . . . . . . . . . . . . . . T . . . G C . . . . . . . C CA . . . . . . . . A T A A T . . . . . AAC T . TAAT . . . . . . A . . A
blockSeqs : . . C . . . . C C . . . . . . . . . . . . . . G . . . G G . . . . . . . C TA . . . . . . . . G A T T T . . . . . AAT T . TAAA . . . . . . A . . A
blockSeqs : . . C . . . . T C . . . . . . . . . . . . . . T . . . G T . . . . . . . C CA . . . . . . . . A T A T T . . . . . AAT T . TTAT . . . . . . A . . A
blockSeqs : . . A . . . . T C . . . . . . . . . . . . . . G . . . G G . . . . . . . C TA . . . . . . . . G A A T T . . . . . AAT G . TAAT . . . . . . A . . A
blockSeqs : . . A . . . . T C . . . . . . . . . . . . . . G . . . G T . . . . . . . C TA . . . . . . . . G A A T T . . . . . TC T . TGAT . . . . . . A . . A
blockSeqs : . . A . . . . T A . . . . . . . . . . . . . . G . . . A T . . . . . . . A TA . . . . . . . . G T A T T . . . . . TC C . TGAT . . . . . . A . . A
blockSeqs : . . C . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . T . . . A T . . . . . . . A TA . . . . . . . . G T A T C . . . . . TC C . TGAT . . . . . . A . . A
blockSeqs : . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . T . . . A C . . . . . . . A TA . . . . . . . . G T A . T . . . . . TC C . AAA . . . . . . A . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . T . . . A C . . . . . . . C CT . . . . . . . . G T A . T . . . . . AC . . AAA . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . G . . . G C . . . . . . . C CT . . . . . . . . G T A . . . . . . . AA . . AT . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . G . . . . T . . . . . . . C CT . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . . . C TA . . . . . . . . . T .
blockSeqs : . . T . . . . . . . . . .
blockSeqCons : ** ** ** ** TA*** T* ** TGAT*************** ****** ********* ******* ****** A******* A*
originalCons : CAGTTTTGCTGCAAT-AACT-ATCACAA-TATTTA-G--T-ATAATAATGCAACGCTAAATT-A--TTGATT--TT-----AG--CAC--TAT-A-AT--TGT--GACG-T--CACA---ATGGAAAG-CTGAAAGG-A-T---AG--CAC--T--A--TAATT-G-TGACG-TCACAATAG------AAAG-CT-------------------GA-CAGGA--TA-ACGAA---AGTGGTG-C-TA-TT-TTAGGAA-A--CAT-CA--GGTC-TATAAT----ACT-TCTA-T-TTT----AGGAAACATCA--GGTCTA--TAAC------ATTA--TTTAT--A---A----------TAAG--TCA------CGTGGT---------GT-------TGT------TTCGA-CCAAT---A----GAA--ATTAAGAAATTACAA-TG-AAAAATAATAA
finalCons : CAGTTTTGCTGCAAT-AACT-ATCACAA-TATTTA-G--T-ATAATAATGCAACGCTAAATT-A--TTGATT--TT-----AG--CAC--TAT-A-AT--TGT--GACG-T--CACA---ATGGAAAG-CTGAAAGG-A-T---AG--CAC--T--A--TAATT-G-TGACG-TCACAATAG------AAAG-CT-------------------GA-CAGGATA---ACGAA---AGTGGTG-C-TA-TT-TTAGGAA-A--CAT-CA--GGTCT-ATAAT----ACT-TCTA-T-TTT----AGGAAACATCA--GGTCTA--TAAC------ATTA--TTTATGAT---------------AAG--TCA------CGTGGT---------GT-------TGT------TTCGA-CCAATA-------GAA--ATTAAGAAATTACAA-TGA-AAAATAATAA
Alignments
lowQualScore : 111 1111111111111111111 11111 11111 111111111 2222222222222 111111 111111111 1111111
lowQualScore : 3 3 4 3 3 44 3 2 4 0 2 33 33 77777 33 33 2 2 33 33 2 33 444 2 1 2 2 222 333 44444 33 2 2 2 0 777777 2 8888888888888888888 55 00000 444 2 2 2 2 2 33 2 444 66 2 11111 22 2 5 5555 33 33 666666666 2 3333333333333 5555 33 333333 000000000 2222222 777777 2 77777777 33 0 2 66
lowQualScore : . . . . . .. . . . . . .. .. ..... .. .. . . .. .. . .. ... . . . . ... ... ..... .. . . . . ...... . ................... .. ..... ... . . . . . .. . ... .. . ..... .. . . .... .. .. ......... . ............. .... .. ...... ......... ....... ...... . ........ .. . . ..
lowQualScore : 6 3 6 3 3 66 3 4 5 6 9 99 99 11111 99 99 9 9 99 99 9 99 444 5 9 5 5 222 777 66666 44 5 5 5 1 222222 5 2222222222222222222 00 88888 111 4 4 4 4 4 22 4 999 88 7 55555 88 7 3 7777 44 77 888888888 9 3333333333333 2222 77 000000 777777777 3333333 777777 7 99999999 77 6 7 77
consensus : CAGTTTTGCTGCAAT-AACT-ATCACAA-TATTTA-G--T-ATAATAATGCAACGCTAAATT-A--TTGATT--TT-----AG--CAC--TAT-A-AT--TGT--GACG-T--CACA---ATGGAAAG-CTGAAAGG-A-T---AG--CAC--T--A--TAATT-G-TGACG-TCACAATAG------AAAG-CT-------------------GA-CAGGA--TA-ACGAA---AGTGGTG-C-TA-TT-TTAGGAA-A--CAT-CA--GGTC-TATAAT----ACT-TCTA-T-TTT----AGGAAACATCA--GGTCTA--TAAC------ATTATTTAT--A---------AT---AAG--TCA------CGTGGT---------GT-------TGT------TTCGA-CCAAT---A----GAA--ATTAAGAAATTACAA-TG-AAAAATAATAA
Reference ( family-13299 ) : CAGTTTTGCTGCAAT-AACT-ATCACAA-TATTTA-G--T-ATAATAATGCAACGCTAAATT-A--TTGATT--TT-----AG--CAC--TAT-A-AT--TGT--GACG-T--CACA---ATGGAAAG-CTGAAAGG-A-T---AG--CAC--T--A--TAATT-G-TGACG-TCACAATAG------AAAG-CT-------------------GA-CAGGA--TA-ACGAA---AGTGGTG-C-TA-TT-TTAGGAA-A--CAT-CA--GGTC-TATAAT----ACT-TCTA-T-TTT----AGGAAACATCA--GGTCTA--TAAC------ATTATTTAT--G---------AT---AAG--TCA------CGTGGT---------GT-------TGT------TTCGA-CCAAT---A----GAA--ATTAAGAAATTACAA-TG-AAAAATAATAA
gi|1 : TTTTGCTGCA-T-AACT-AT-ACAACTATGTA-G--T-ATCAGAATGCAATGCTAA-TT-A--TTGATT--TT-----AGTACAC--TGT-G-CTAATGTTCGACG-T--CACA---ATTGAAAG-CAGCAAGA-C-T---AG--CAC--T--GGCTAATTCGCTGACG-TCACAACTA------AAAG-CT-------------------GA-AAGGA--T--ACGAA---AGTGGTG-CTTA-TTGTTAGGAATA--CA--CA--AGTC--AT--T----ACT-TCTA-T-TTT----AGTAAACCT-A--GGTCAT--TAGC-------TTGCTTTT--GTAAGGAAACATTCCAGG--TCAGATGTGCGTGGTTTTATAAAAGTCA-----TGTGGTTTGTTCGA-CCAAT---AGCATGAG--A--AAGAAATT---A-TG---AAATAATA
gi|10 : agttCAATGCTGAATT-A--TTGATT--TT-----TG--CAC--AAT-A-AT--TGT--GCTG-T--CATATAAATGGAAAG-CTGAAAAG-A-T---AG--CAC--T--A--AAATT-G-TGACG-TATCAATAG------AAAA-CT-------------------GA-ATGGA--TA-ACGAA---AGTGGTG-C-TA-TT-TTAGGAA-A--CAT-CG--GGTC-TATAAT----ACT-GCTA-T-TTT----AGGAAACATCA--GGTCTA--TAAC------ATTATTT--------------AT---AAG--TCA------CGTGGT---------GT-------TGA------TTCGA-CGAAT---A----GAA--ATTAAGAAATTACAA-TG-AAAAATA
gi|11 : T-AT-ATAA-TAATTA-GACT-ATAA-------ACACGTAAGT-A--TTGATT--T------AG--CTC--TA---------GG--GACGAT--C-CA---ATAGAAAG-CTG---GA-A-T---AG--CAC--C--A--TAATT-G-TGAAG--CACAAT-G------AG----T-------------------GA-CAGG---TATACG-----AGTGGT----TA-TG-TCAGGAA-A---AT-CA--GG-C-AAT--T----AAC-TCTA-T-TTTTAGGAGGAAACAT----AGTCAA--T-TC------A-TGTTTAT--AAGC------AT---ATG--GCA------TGTGGT---------GT-------TGT------TTCG--CC-AT---A----GAAGGGTTAAG--ATTAAAA-TG-AAAAA
gi|12 : CAGTTTTGCTGCAAT-AACT-ATCACAA-TATTTA-A--T-ATAATAATGCAATGCAAAGTT-A--TTGATT--TT-----AG--CAC--TAT-A-AT--TGT--GACG-T--CACA---ATAGAAAG-CTGACAGG-A-T---A----AC--G--A---AA---G-TGGTG-CTATTTTAG------GAAA-C---------------------ATCAGGT--CA-ATTAA-------CTT-C-TA-TT-TTAGGAA-A--CAC-CA--AGTC-TATagta
gi|12 : CA---ATGCAAAG-TT--ATTG-A-TTTTAG--CAC--T--A--TAATT-G-TGACG-TCACAATAG------AAAG-CT-------------------GA-CAGGA--TA-ACGAA---AGTGGTG-C-TA-TT-TTAGGAA-A--CAT-CA--GGTC-AATTA-----ACT-TCTA-T-TTT----AGGAAACACCA--AGTCTA--T-TC------ATTATATA---A---------AA---AAG--CCA------TGTAGC---------GT-------TGT------TTCGA-CCAAT-----------------AGAAATTACAA-TG-AAAAATAATAAtcattatataaaaaagccatgtagcgttgtttcgaccaatagaaattacaatgaaaaataataa
gi|13 : cagttttgctgcaataactatcacaatatttaatataataatgAGTTTTGCTGCAAT-AACT-ATCACAA-TATATA----T-A-AATAATGCAATGCAAAGTT-T--ATGATT--TT-----AG--CAC--TAT-A-AT--TGT--GACG-T--CACA---ATAGAAAG-CTGACAGG-A-T---A----AC--G--A---AA---G-TGGTG-CTATTTTAG------GAAA-C---------------------ATCAGGT--CA-ATTAA-------CTT-C-TATTT-TTAGGAA-A--CAC-CA--AGTC-TAT
gi|13 : CA---ATGCAAAG-TTTA--TG-A-TTTTAG--CAC--T--A--TAATT-G-TGACG-TCACAATAG------AAAG-CT-------------------GA-CAGGA--TA-ACGAA---AGTGGTG-C-TA-TT-TTAGGAA-A--CAT-CA--GGTC-AATTA-----ACT-TCTATT-TTT----AGGAAACACCA--AGTCTA--T-TC------ATTATATA---A---------AA---AAG--CCA------TGTAGC---------GT-------TG-------TTCGA-CCAAT-----------------AGAAATTACAA-TG-AAAAATAATAtcattatataaaaaagccatgtagcgttgttcgaccaatagaaattacaatgaaaaataata
gi|14 : agttttgctgcaataactatcacaatatatataaataatgTGCT-CAAT-AACTCATC-CAA--AT----G--T--TAA-ACTGCAAC-C---ACC-A--TTTATT--TT-----AG--C----TTT-G-AT--TG----ACG-TGTCTCA----TGGGAA--CTGAAAGC-G-TCT-AG--CACCAT--A--TAATT-G-T-ACG-TCACAATAGACGAAAAAAA-CTACCACAAAACCTCCTACCAAA-CGGGAATTA-ACGAA---AGT--TG-C-TA--T-TGAGGAA-A--CATACA---GTCAAATAAA----ACT-TCTA-T-TTT----AGTAACCACCA--GGT
gi|15 : ttgtacT-------------------GA-CAGAA--TA-ACAAA---AGTGGTG-C-TA-TT-TTAGGAA-A--CAT-CA--GGTC-AATTA-----ACT-TCTA-T-TTT----AGGAAACATCA--GGTCAA--TT-C------ATTGTTTAT--A---------AA---AAG--TCA------TGTGGT---------GT-------TGT------TTCGA-CCAAT---A----GAA--GTTAAGAAATTACAA-TG-AAAAATAAtcaac
gi|16 : AACATCA--GGTCTA--TAACTGTTACATTATTTAT--A---------AT---AAA--TCA------CGTGGT---------GT-------T---------TTGA-CTAAT---A----GTA--ATTATGAAATTACAA-TG-AAAATTAATAA
gi|17 : TGTTTAT--A---------AA---CAG--TAA------TGTGGT---------GT-------TGC------TTCGA-CCAATAGAA----GAA--GTTAAGAAATTATAA-TG-AAAACTA
gi|2 : aggaaattagcttttctttaTTGCTGCAATTAACT-ATCACAA-TATTTAAG--TCATAATAATGCAACGCTAAATT-AATTTGATT--TT-----AG--CAC--TGT-ATAT--TGT--GACG-T--TACA---ATGCAATGTCTGAAA-G-C-T---AGTCCAC--TCGC--TATTC-G-TGACGATCACAATAG------AAAGCCT-------------------GA-AAGAA--TA-ACGGAAGTAGTGGTG-C-TT-AT-TTAGGAA-A--CAC-CA--GG-C-T-CAATTCTAACTCTCTA-T-CTT----AGGAAACATCA--GGTCAAATTCTC------ATTGTCCATAAA---------AC---AAGTTTCA------TGTGAT---------TTTCAAGAGTGT------TTCGA-C-------A----GAA--ATTAGAAAATTAGACTTGCAAAAATAAT
gi|3 : aggGTTTTGCTGCAAT-TACT-ATCACAA-TATTTA-G--T-ATAATTATGTAACGCTAGATT-A--TTGATT--AA-----AG--CAC--TAT-A-AT--TGT--GAAG-T--CACA---GTGGAAAG-CTGAAAGG-A-T---AG--CAC--T--A--TAATT-G-TGACG-TCACAATTG------AAAG-CT-------------------GA-AAGGA--TA-GCTAA---AGTGGTG-C-TA-TT-TTAGGAA-A--AAT-TA--GGTC-TATAAT----ACT-TCTA-T-TTT----AGGAAACATCA--GGTCTA--TAAC------AGTATTTAT--T---------AT---AAG--TCA------CGTGGT---------GT-------TGT------TTCGA-CCAAT---A----GAT--ATTCAGAAATGACAA-TG-AAAAATGATA
gi|4 : acCAGTTTTGTTGCAAT-AACT-TTCACAA-TATTTA-G--T-ACAACAATGCAACGCTAAATT-A--TTGATT--TT-----AG--CAC--TAT-A-AT--TGT--GACG-T--CACA---ATGGAAAG-CTGAAAGG-A-T---AG--CAC--T--A--TAATT-G-TGACT-TCACAATAT------AAAG-CT-------------------GA-AAGGA--TA-ACGAC---A-TGGTG-C-TA-TT-TTAGG-A-A--CAT-CA--GGTC-TATAAT----ACT-TCTA-T-TTT----AGGAAACATCA--GGTCTA--T-AC------ATTATTTAT--A---------AT---AAG--TCAT-----TGTGGT---------GT-------TGT------TTTGA-CCAAT---A----GAA--ATTACAAAATTATAA-TG-AAAAATAATAA
gi|5 : TTGTGCTGCAAA-AATT-AAAACAA-TATTTA-G--T-ATGATAATGCAGAGCTAAATT-A--TTGATT--TT-----AG--CAC--TAT-A-AT--TGT--GACG-T--CAAA---ATGGAAAG-CTAAAATG-A-T---AA--TCT--C--A--TAACT-A-TGATA-TCACAAAGG------AGAG-CT-------------------GA-CATGAC-T---CAAA---AGTGGTA-C-TA-TT-TTAGAAA-A--CAT-GA--GATA-TTTAAT----GCT-CATG-T-TTT----ATGAAATAGCA--GGTCTA--TAAT------ACTATTTAT--G---------AT---AAG--TTG------CGCGGT---------GC-------TGT------TTCGA-CCAAA---A----TAA--ATGAGGAAAGTACAA-TG--AAAATAATAt
gi|6 : acaTTGTGCTGCAAA-AATT-AAAACAA-TATTTA-G--T-ATGATAATGCAGAGCTAAATT-A--TTGATT--TT-----AG--CAC--TATAA-AT--TGT--GACG-T--CAAA---ATGGAAAG-CTAAAATG-ATT---AA--TCT--C--A--TAACT-A-TGATA-TCACAAAGG------AGAG-CT-------------------GA-CATGAC-T---CAAA---AGTGGTA-C-TA-TT-TTAGAAA-A--CAT-GA---ATA-TTTAAT----GCT---CA-TGTTT----ATGAAATAGCA--GGTCTA--TAAT------ACTATTTAT--G---------AT---AAG--TTG------CCGCGT---------GC-------TGT------TTCGC-CCAAA---A----TAA--ATGAGGAAAGTACAA-TG--AAAATAATA
gi|7 : acaTTGTGCTGCAAA-AATT-AAAACAA-TATTTA-G--T-ATGATAATGCAGAGCTAAATT-A--TTGATT--TT-----AG--CAC--TAT-A-AT--TGT--GACG-T--CAAA---ATGGAAAG-CTAAAATG-A-T---AA--TCT--C--A--TAACT-A-TGATA-TCACAAAGG------AGAG-CT-------------------GA-CATGAC-T---CAAA---AGTGGTA-C-TA-TT-TTAGAAA-A--CAT-GA---ATA-TTTAAT----GCT---CA-TGTTT----ATGAAATAGCA--GGTCTA--TAAT------ACTATTTAT--G---------AT---AAG--TTGC-----CGCGGT---------GC-------TGT------TTCGACCCAAA---A----TAA--ATGAGGAAAGTACAA-TG--AAAATAATA
gi|8 : acaAAATTTA--TTGATTATTTGTATAAG--CACCTTAT-A-AT--TGT--TAGT-T--AACA---ATGGAAAG-CTGAAAGACA-T---AA--CAA--T--T--TAATT-G-TGAC---------AA------AA----T-------------------GA--GGGG--T---------------TGCC-TG-AT-TTAGGGA-AGTAAT-CAAGGGTC-TA-AAT----ACT-TCTA---TTT----AGGAAACATCAGGGGTCTA--T
gi|9 : ttattttttaagcagttttgccttgccgaaaatcaattaacatctttctataaatgaaagtcacaaatacatttagagtgttttaatttaattgatatctctttccagccagagttgctcacgCAGTTTTGCTGCAAT-AACT-ATCACAC-TATTTA-G--T-ATAATAATGCAA-GCTAAGTT-T--TTGATT--TT-----AG--CAC--TAT-A-AT--TGT--GACG-T--CACA---ATTGAAAG-CTGAAAGG-A-T---AG--CAC--T--A--TAATT-G-TGACG-TCACAATAG------AAAG-CT-------------------GA-CAGGA--TA-ACGAA---AGTGGTG-C-TA-TT-TTAGGAA-A--CAT-CA--GGTC----AA-------T-TC-A-T-T--------------------GTTTA--TAA-------A-------------------------AAG--TCA------TGTGGT---------GT-------TGC------TTCGA-CCAAT---A----GAA--GTTAAGAAATTACAA-TG-AAAAATAATA