lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111 111 2 33333333333333333 22222222 44444444444444444444444444 222 55555555555555555555555555555555
lowQualScore : 4 55 222222222 44 888 66666666666666666666666666666666666666666666666666666 33 0 888 2 888888 2 3 2 2 2 2 2 2 2 66666 33 2 0 22222222222222222 33 666 99999999 0 66666 99999999999999999999999999 0 33 0 444 33 33333333333333333333333333333333 99999 2 2 2 2 2
lowQualScore : . .. ......... .. ... ..................................................... .. . ... . ...... . . . . . . . . . ..... .. . . ................. .. ... ........ . ..... .......................... . .. . ... .. ................................ ..... . . . . .
lowQualScore : 4 55 999999999 66 555 77777777777777777777777777777777777777777777777777777 99 7 888 9 222222 6 6 7 7 5 5 5 5 5 22222 44 5 8 99999999999999999 44 999 22222222 2 77777 55555555555555555555555555 5 22 6 666 77 11111111111111111111111111111111 11111 7 7 7 9 9
consensus : TACA-CT--GA------A--CCCC--CCCCC---CCCC------AAAAATAA----AA-GA-AAGGC---------------CAA-----C--AACAAAA-A-CT-TTACC------AACAGAAA-C-AACAGAT-AG-AT-AT-G-CT-----GAT--AG-ACA-------TAAATAG--GAA--A---TACA--G--T--TTTATCTAA-----GATAT-----------T-CTACAAAAATGT-TACTCTCT--CTTTTTC--ATTCCTA--CGT---AACC-------A---A-AT-T----T---CC---G-CAT-CTGA-ACGC-TGC-A-TTGAAT
Reference ( gi|3 ) : TACA-CT--GA------A--CCCC--CCCCC---CCCC------AAAAACAA----AAGGA-AAGGC---------------CAAA----C--AACAAAA-A-CT-TTACC------AACTGAAA-C-AATAGAT-AG-AT-AT-G-CT-----GAT--AG-ACA-------TAAATAG--GAA--A---TACA--G--T--TTTATCTAA-----GATAT-----------T-CTACAAAAATGTTTACTCTCT--CCTTTTCA-ATTCCTA--CGT---AACC-------A---A-AT-T----T---CC---G-CAT-CTGA-ACGC-TGC-A-TTGAAT
gi|7 : TACA-CT--GA------A--CCCC--CCCCC---CCCCCCCCCCAAAAA--A----AAG---AAGGC---------------CAA-----C--AACAAAA---CT-TTACT------AACAGAA--C-AATAGAT--G-AT---------------T--AG-ACA-------TAA-TAG---AA--A---TACA--G--T--TTTATCTAA-----GATA------------T-CTACAAAAATG--TACTCTCT--CCTTTTC---TTCCTA--CGT---AACC-------A---A-TA-T----T---CC---G-T-T-CTGA-ACGC-TGC-A-TTAAAT
gi|2 : aatTACA-CT--GA------A--CCTC--CCCCCACCCCCC------GACCCCCACCCCAAAGA-AAGTC---------------CA------C--AACAAAA-C-TT-TTACT------A-CAGGAA-C-AATAGAT-AG-ATCAT-G-CT-----GAT--AGGACA-------TAAG--A--GAA--A---TACA--G--T--TTATTCTAA-----GATAT-------------CTACAAAAATGT--ACTCTTT--CCTTTTCA-TTCCTTA--CGG---AACC-------A---ATAT-TCATAT---GC---A-CAT-CTGA-CCGC-TGC-A-TTGAA
gi|5 : aatTACA-CCTGGA------A--CCCC--CCCCC---CCCC------CCAAA-AA----AA--A-AAAGC---------------CAA-----T--AACAAAA---CT-TTACT------A-CAGAAA-CCAATAGAT-AG-AT-AT-G-CTTCCTTGAT--AG-ATC-------TAG-TAG---AA--A---TAC---------TTTATTCAA-----GATAT-------------CTACAAAAATGT--ACTTCCT--TCTCTTTC-ATTCCTA--CGT---AACC-------A---A-TA-T----T---CC---G-CAA-CT-A-ACGCTTGC-A-TTGat
gi|9 : TACA-TT--GA------A--TCCC--CTCC--------------------AA----AAG---AAGGC---------------CAT-----C--AACAAAA-A--T-TTACC------AACAGACA-C-ATCAGAT-AG-AT-AT-G-CT-----GAT--AG-ATA-------T-AATA---GAA--A---TATA--G-----TTTATCTAA-----GATA------------T-CTTCAAAAATG--TACTCTCT--CCCTCTC--ATTCCTA--CGTTTAAAC--------------AT-TA---TG--CT---T-CAT-CTGA-ACGC-Tta
gi|10 : atatTACA-CT--GACCCCAAA--CCCCCCCCCCC---CCCC------CAAAAAAG----AAGG------------------------------C--AGCAAAA----C-TTACT------AAC--AAA-C-AATAG-T-AT-AT--T-G-CT-----G-T---G-AC----------AATA---GAA--A---TACA--G-----TTTATCTAA-----GATAT-----------T--TAC--AAATG--TACTCTCT--CCTTTCC---TTCC-A--C-T---AACT-------------AT-G----T---CC---G-CAT-CTG--ACGC-TGC-A--TGAAT
gi|13 : aatTACAATT--GA------ATACCCC--CCCCCG--CCCC------AAA-----------TGA-A--TC---------------CATA----C--AA--AAA-A-CT-TTACC------AACAGAAA-C-AACAGATAAA-AT-AT-G-CT-----GAT--AG-----------------------------TACA-----C--TTTATTTAA-----GATATA----------T-CT-C-------TCT-CTCTCT--CTTTTT
gi|8 : tggcatatACA-CT--GA-----------------CCC---TCCC------AAA--TAA-------GA-A--GC-----------------AA----C--AACAAAA---CT-TTACT------AAA-GAAA-C-A-TAGTT-AG-AT-ATAG-CT-----GAT--AG-A-A-------TAA-TAG---AA--T---TACA--G--T--TTTATTCTA-----GATAT-------------CTACAAAA-TGTAT-CTCTTC--CTTTTTTC-ATTCTTA--CGT---GTAC-------A---T-AT-T--------CC---GTCATTCTGA-ACGC-TGC-A-TTGAtttctctctctcatccctatgt
gi|12 : ACA-TT--GA------A--CCCC--CC-------------------AATAA----A--------GC---------------CAA----------CAAAA-ATCT-TTACC------AACAGAAA-C-AACAGAT-AG-AT-AT-G-CT-----GAT--AG-ACA-------TAATAAGA-GAA--A---TACA--A--T--T---------------TAT-----------T-C----AAGATATTTACTTTCT--CTATT----ATTCCTA--TGT--------------------AT-T----TATGCC---T-CA--CTGA-ATGC-TGC-A-ta
gi|11 : gcatataACA-TT--GA------A--TACC--CTCCC---CCC----------AATAA----AG--------------------------------C--AACAAAA-A-CT-T-ACC------AAC-GAAA-C-AACA-AT-AG-AT-AT-G-CT-----GAT-----ACA-------TAATAAGGAGAA--A---TACA--A-----TTTATTTAA-----GATGT-----------TACT-------------CTCTCT--CCTT-----ATTCCTA--TGT---ATCC-------ATTTA-ATAT----G---CC---T-CAT-CC-A-ACGC-TGCAA-TTAAA
gi|16 : catatta--GA------A--TACC--CCCCT---CCC----------AATAA----A--------GC---------------CAA-----C--AA-AAAA-A-CT-TTACC------A-CAGAAA-C-TACAAAT-AG-AT-AT-G-CT-----GAT--AG-ACA-------T-AATAA--AAA--AAATTACA--A-----TTTATTTAA-----G
gi|1 : tagtaacgtgCC--CCACC---CCCC------AAAAAAAA----AAAGA-AGGACATTCACTTCATACATCAAAACAAC--AACAAAA-AACTCTTACCCTGCCAAACAGAAAAC-AATAGAT-AG-AT-AT-GAAT-----GATTAAG-ACA-------CATATAG--AAATTAT--TACA--GAATAGTTTATCTAA-----AAT-T-----------A-CTAC-AAAATG--TACTCTCTTCCTTTTTCAGATCCCTAATCGTA--AACCAAAAAAAA---A-AA-T----T---CC---G-CAT-TTGACACGC--GC-ATTTGAA
gi|6 : cccaC--CCCCC---CACC------AAAAGCAA----CAACACAAGAA---------------CTTA----CGGAACAGAATA-TC-TTA--------AGC----A-C-GATAGG--AGTAT-CT-G-CT-----GAC--TG-ATACCGATTCTGACTAG--TCA--A---TACATTG--T--CTTATCTAA-----GATAT-------------CTACAAAAATGT--ACTCTCC--CGTTTTCA--TTCCTA--CGA---AACC-------A---ATAT-T---------C---G-CAA-CTAA-ACGC-TGC-A-catat
gi|4 : cattatCC---CCCC------AAA--TAA----A--------GC---------------CAA-----C--AA--AAA-A-TT-TTACC------AACAGAAA-C-AACAGAT-AA-AT-AG-G-CT-----GAT--AG-ACA-------T-AATAGA-GAA--A---TACA--A-----TTTATTTAA-----GATATCTNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNTCTCT--CTCTCTCT-CTCTCT------------C-------A--------T----T---CCTATG-CAT-CTGA-ACGC-TGC-A-TTGAA
gi|15 : gcacattatatcgaatacaGC---------------CAA-----C--AACAAAG---CT-TTACC------AACAGAAA-C-AACA----AG-AT-AT-G-CT-----GAT--AG-ACG-------T-AGTAGA-GAA--A---CACA-----------ATTTAA-----GATAT----------------CA------TCTACTCTCT--CTCTCTCa
gi|21 : catattacattgaatccccaggatGAAA-C-AACAGAT-AG-AT-AT-G-CT-----GAT--AG-A-A-------TTCATAGA-GAA--A---TACA--tctc
gi|14 : ataT-AG-AT-AT-T-CT-----CAT--AG-ACA-------T-AATAGA-GAA--A---TATA--A-----TTCATTTAANNNNNNNNNN-----------N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNN-NNNNNNN--NNN---NNNN-------N---N-NN-N----N---NN---N-NAT-ATGA-ACGC-TTC-A-TTGAAa
gi|18 : actacaaaactTACTCGCT--CTCTTTCTTACTCCTA--TGT---ACCC-------A--------T----TATGCC---T-CAT-ATAA-ACGC-TGC-A-ATGAataaa
gi|19 : CTCTCT--CTCTCTC----TCCTA--CGT---ATCC-------A---G-TA-T----G---CC---T-AAT-CTGA-ACGC-TGC-A-TTAAAcatag
gi|20 : tctCTCTCT--CTT------ATTCCTA--TGT---ATC------------A-AT-TA---TG--CC---T-CAT-CTGT-AAGC-TGC-A-TTGAAata
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TGGCGTATTACATTAATTGAATACCCCCCCCCCCCATCCCCAAACGAAAGCCAACAACAAATCTTTACCAACA
Alignments
lowQualScore : 111111 77777777777777777777777777777777777777777777777777 11 22222222222222222 22222222 3333333333333333333333333333333333333333 44444444444444444444444444444444
lowQualScore : 3 44 999999 44 222222 777 55555555555555555555555555555555555555555555555555 2 2 44 00 2 999999 2 2 7777 2 2 5555 2 2 2 55555 33 2 0 66666666666666666 33 666 99999999 8888888 8888888888888888888888888888888888888888 2 33 33 77777 2 33 88888888888888888888888888888888 33 2 2 2 2 2
lowQualScore : . .. ...... .. ...... ... .................................................. . . .. .. . ...... . . .... . . .... . . . ..... .. . . ................. .. ... ........ ....... ........................................ . .. .. ..... . .. ................................ .. . . . . .
lowQualScore : 6 66 666666 66 111111 333 11111111111111111111111111111111111111111111111111 5 5 11 55 5 777777 5 5 8888 5 4 0000 4 4 4 99999 22 4 2 66666666666666666 22 555 33333333 1111111 2222222222222222222222222222222222222222 2 11 11 66666 4 44 66666666666666666666666666666666 66 5 5 5 7 7
consensus : TACA-CT--GA------A--CCCC------CCCCC---CCCCAA-----A--AAT----AAAA-GAAAGGC--------------------C-A-ACAACAAAAA-CT-TTACC------AACAGAA-A-C----AACA-GAT-AG----AT-AT-G-CT-----GAT--AG-ACA-------TAAATAG--GAA--A---TACA--G--T--TTTATCTAA-------GATAT--TCTACAAAAATG-TTA---------------------C-TC--TCT--CTTTTT-C--ATTCC-TA--CGT---AACC-------A---A-AT-T----T---CCG-CAT-CTGA-ACGC-TGC-A-TTGAAT
Reference ( family-1306 ) : TACA-CT--GA------A--CCCC------CCCCC---CCCCAA-----A--AAT----AAAA-GAAAGGC--------------------C-A-ACAACAAAAA-CT-TTACC------AACAGAA-A-C----AACA-GAT-AG----AT-AT-G-CT-----GAT--AG-ACA-------TAAATAG--GAA--A---TACA--G--T--TTTATCTAA-------GATAT--TCTACAAAAATG-TTA---------------------C-TC--TCT--CTTTTT-C--ATTCC-TA--CGT---AACC-------A---A-AT-T----T---CCG-CAT-CTGA-ACGC-TGC-A-TTGAAT
gi|1 : CCC------CACCC---CCCAAA-----A--AAA----AAAA-GAAGGACATTCACTTCATACATCAAAAC-A-ACAACAAAAAACTCTTACCCTGCCAAACAGAA-AAC----AATA-GAT-AG----AT-AT-GAAT-----GATTAAG-ACA-------CATATAG--AAATTAT--TACA--GAATAGTTTATCTAA-------AAT-T--ACTAC-AAAATG--TA---------------------C-TC--TCTTCCTTTTT-CAGATCCC-TAATCGTA--AACCAAAAAAAA---A-AA-T----T---CCG-CAT-TTGACACGC--GC-ATTTGAA
gi|10 : cccaTACA-CT--GACCCCAAA--CCCC------CCCCC---CCCCCC-----C--AA-----AAAA-GAAGG---------------------------CAGCAAAA---C-TTACT------AAC--AA-A-C----AATA-G-T-AT----AT--T-G-CT-----G-T---G-AC----------AATA---GAA--A---TACA--G-----TTTATCTAA-------GATAT--T-TAC--AAATG--TA---------------------C-TC--TCT--CCTTTC-C---TTCC--A--C-T---AACT-------------AT-G----T---CCG-CAT-CTG--ACGC-TGC-A--TGAATcatat
gi|11 : aatACA-TT--GA------A--TACC------CTCCC---CCC-----------AAT----AAAG---------------------------------CAACAAAAA-CT-T-ACC------AAC-GAA-A-C----AACA--AT-AG----AT-AT-G-CT-----GAT-----ACA-------TAATAAGGAGAA--A---TACA--A-----TTTATTTAA-------G---------------ATG-TTA---------------------C-TC--TCT--CTCCTT----ATTCC-TA--TGT---ATCC-------ATTTA-ATAT----G---CCT-CAT-CC-A-ACGC-TGCAA-TTAAA
gi|12 : catattaACA-TT--GA------A--CCCC------CC--------------------AAT----AAA-------GC--------------------C-A-ACAA--AAAT-CT-TTACC------AACAGAA-A-C----AACA-GAT-AG----AT-AT-G-CT-----GAT--AG-ACA-------TAATAAGA-GAA--A---TACA--A-----TTTATTCAA-------GATAT---------------TTA---------------------C-TT--TCT--CTATT-----ATTCC-TA--TGT--------------------AT-T----TATGCCT-CA--CTGA-ATGC-TGC-A-
gi|13 : gcatataTACAATT--GA------ATACCCC------CCCCCG--CCCCAA-----ATGAAT---------------C--------------------C-ATACAA--AAAA-CT-TTACC------AACAGAA-A-C----AACA-GATAAA----AT-AT-G-CT-----GAT--AG-----------------------------TACA-----C--TTTATTTAA-------GATATA-TCT-C--------TCT---------------------C-TC--TCT--CTTTTT-----TTTC-T
gi|14 : tggcatatT-AG----AT-AT-T-CT-----CAT--AG-ACA-------T-AATAGA-GAA--A---TATA--A-----TTCATTTAANNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNN-NNN---------------------N-NN--NNN--NNNNNN-N--NNNNN-NN--NNN---NNNN-------N---N-NN-N----N---NNN-NAT-ATGA-ACGC-TTC-A-TTGAActctctcatccctatgt
gi|15 : actacaaaactGC--------------------C-A-ACAACAAAG--CT-TTACC------AACAGAA-A-C----AACA-----AG----AT-AT-G-CT-----GAT--AG-ACG-------T-AGTAGA-GAA--A---CACA-----------ATTTAA-------GATATCATCTAC--------TCT---------------------C-TC--TCT--CTCTCT-C--ataaa
gi|16 : catattacattgaatccccaggat--GA------A--TACC------CCCCT---CCC-----------AAT----AAA-------GC--------------------C-A-ACAA-AAAAA-CT-TTACC------A-CAGAA-A-C----TACA-AAT-AG----AT-AT-G-CT-----GAT--AG-ACA-------T-AATAA--AAA--AAATTACA--A-----TTTATTTAA-------G
gi|17 : tagtaacgtgA-TT--GA------A--TACC------CCCCC---CCCC----------CATCCCCAAAC-GAAA-GC--------------------C-A-ACAAC-AAAT-CT-TTACC------AACA
gi|18 : tggcgtattacattaTA---------------------C-TCGCTCT--CTTTCT-T--ACTCC-TA--TGT---ACCC-------A--------T----TATGCCT-CAT-ATAA-ACGC-TGC-A-ATGA
gi|19 : ---------------------C-TC--TCT--CTCTCT-C--TCTCC-TA--CGT---ATCC-------A---G-TA-T----G---CCT-AAT-CTGA-ACGC-TGC-A-TTAAAcatag
gi|2 : tTACA-CT--GA------A--CCTC------CCCCCACCCCCCGACCCCCA--CCC----CAAA-GAAAGTC--------------------C-A--CAACAAAAC-TT-TTACT------A-CAGGA-A-C----AATA-GAT-AG----ATCAT-G-CT-----GAT--AGGACA-------TAAG--A--GAA--A---TACA--G--T--TTATTCTAA-------GATA---TCTACAAAAATG--TA---------------------C-TC--TTT--CCTTTT-C--ATTCCTTA--CGG---AACC-------A---ATAT-TCATAT---GCA-CAT-CTGA-CCGC-TGC-A-TTGAAata
gi|20 : aat---------------------C-TC--TCT--CTT-------ATTCC-TA--TGT---ATC------------A-AT-TA---TG--CCT-CAT-CTGT-AAGC-TGC-A-TTGAAat
gi|21 : ATAGAA-A-C----AACA-GAT-AG----AT-AT-G-CT-----GAT--AG-A-A-------TTCATAGA-GAA--A---TACA--atag
gi|3 : TACA-CT--GA------A--CCCCCC------CCC---CCCCAA-----A--AAC----AAAAGGAAAGGC--------------------CAA-ACAACAAAAA-CT-TTACC------AACTGAA-A-C----AATA-GAT-AG----AT-AT-G-CT-----GAT--AG-ACA-------TAAATAG--GAA--A---TACA--G--T--TTTATCTAA-------GATAT--TCTACAAAAATGTTTA---------------------C-TC--TCT--CCTTTT-CA-ATTCC-TA--CGT---AACC-------A---A-AT-T----T---CCG-CAT-CTGA-ACGC-TGC-A-TTGAATa
gi|4 : CC---CCCCAA-----A----T----AAA-------GC--------------------C-A-ACAA--AAAA-TT-TTACC------AACAGAA-A-C----AACA-GAT-AA----AT-AG-G-CT-----GAT--AG-ACA-------T-AATAGA-GAA--A---TACA--A-----TTTATTTAA-------GATA---TCTNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNTCTCTCTC-TC--TCT--CTCTCT-C--ATTCC-TA--------------------------------------TG-CAT-CTGA-ACGC-TGC-A-TTGAA
gi|5 : gcacattatatcgaatacaTACA-CCTGGA------A--CCCC------CCCCC---CCCCCC-----A--AA------AAA-AAAAAGC--------------------C-A-ATAACAAAA--CT-TTACT------A-CAGAA-A-CC---AATA-GAT-AG----AT-AT-G-CTTCCTTGAT--AG-ATC-------TAG-TAG---AA--A---TAC---------TTTATTCAA-------GATAT---CTACAAAAATG--TA---------------------CTTC--CTT--CTCTTT-C--ATTCC-TA--CGT---AACC-------A---A-TA-T----T---CCG-CAA-CT-A-ACGCTTGC-A-TTGa
gi|6 : C------CCCCC---CACCAA-----A--AGC----AA------------------------------C-A-ACA-CAAGAA-CT-T-ACGG-----AACAGAATA-TCTTAAGCACGAT-AGGAGTAT-CT-G-CT-----GAC--TG-ATACCGATTCTGACTAG--TCA--A---TACATTG--T--CTTATCTAA-------GATAT---CTACAAAAATG-T-A---------------------C-TC--TCC--CGTTTT-C--ATTCC-TA--CGA---AACC-------A---ATAT-T---------CG-CAA-CTAA-ACGC-TGC-A-ta
gi|7 : cattatTACA-CT--GA------A--CCCCCCCCCCCCCCC---CCCCAA-----A--A------AAAA-G-AAGGC--------------------C-A-ACAAC-AAAA-CT-TTACT------AACAG-A-A-C----AATA-GAT--G----AT---------------T--AG-ACA-------T-AATA---GAA--A---TACA--G--T--TTTATCTAA-------GATA---TCTACAAAAATG--TA---------------------C-TC--TCT--CCTTTT-C---TTCC-TA--CGT---AACC-------A---A-TA-T----T---CCG-T-T-CTGA-ACGC-TGC-A-TTAAAT
gi|8 : aatACA-CT--GA---------------------CCC---TCCCAA-----A----T----AAGA----AG----------------------C-A-ACAACAAAA--CT-TTACT------AA-AGAA-A-C----A-TA-GTT-AG----AT-ATAG-CT-----GAT--AG-A-A-------TAA-TAG---AA--T---TACA--G--T--TTTATTCTA-------GATAT---CTACAAAA-TG-TAT---------------------C-TC--TTC--CTTTTTTC--ATTCT-TA--CGT---GTAC-------A---T-AT-T--------CCGTCATTCTGA-ACGC-TGC-A-TTGA
gi|9 : TACA-TT--GA------A--TCCC------CTCC-------------------------AAAA-GAA-GGC--------------------C-A-TCAACAAAAA--T-TTACC------AACAGAC-A-C----ATCA-GAT-AG----AT-AT-G-CT-----GAT--AG-ATA-------T-AATA---GAA--A---TATA--G-----TTTATCTAA-------GATA---TCTTCAAAAATG--TA---------------------C-TC--TCT--CCCTCT-C--ATTCC-TA--CGTTTAAAC--------------AT-TA---TG--CTT-CAT-CTGA-ACGC-Tta
Alignments
lowQualScore : 111111 77777777777777777777777777777777777777777777777777 11 22222222222222222 22222222 3333333333333333333333333333333333333333 44444444444444444444444444444444
lowQualScore : 3 44 999999 44 222222 777 55555555555555555555555555555555555555555555555555 2 2 44 00 2 999999 2 2 7777 2 2 5555 2 2 2 55555 33 2 0 66666666666666666 33 666 99999999 8888888 8888888888888888888888888888888888888888 2 33 33 77777 2 33 88888888888888888888888888888888 33 2 2 2 2 2
lowQualScore : . .. ...... .. ...... ... .................................................. . . .. .. . ...... . . .... . . .... . . . ..... .. . . ................. .. ... ........ ....... ........................................ . .. .. ..... . .. ................................ .. . . . . .
lowQualScore : 6 66 666666 66 111111 333 11111111111111111111111111111111111111111111111111 5 5 11 55 5 777777 5 5 8888 5 4 0000 4 4 4 99999 22 4 2 66666666666666666 22 555 33333333 1111111 2222222222222222222222222222222222222222 2 11 11 66666 4 44 66666666666666666666666666666666 66 5 5 5 7 7
consensus : TACA-CT--GA------A--CCCC------CCCCC---CCCCAA-----A--AAT----AAAA-GAAAGGC--------------------C-A-ACAACAAAAA-CT-TTACC------AACAGAA-A-C----AACA-GAT-AG----AT-AT-G-CT-----GAT--AG-ACA-------TAAATAG--GAA--A---TACA--G--T--TTTATCTAA-------GATAT--TCTACAAAAATG-TTA---------------------C-TC--TCT--CTTTTT-C--ATTCC-TA--CGT---AACC-------A---A-AT-T----T---CCG-CAT-CTGA-ACGC-TGC-A-TTGAAT
Reference ( family-1306 ) : TACA-CT--GA------A--CCCC------CCCCC---CCCCAA-----A--AAT----AAAA-GAAAGGC--------------------C-A-ACAACAAAAA-CT-TTACC------AACAGAA-A-C----AACA-GAT-AG----AT-AT-G-CT-----GAT--AG-ACA-------TAAATAG--GAA--A---TACA--G--T--TTTATCTAA-------GATAT--TCTACAAAAATG-TTA---------------------C-TC--TCT--CTTTTT-C--ATTCC-TA--CGT---AACC-------A---A-AT-T----T---CCG-CAT-CTGA-ACGC-TGC-A-TTGAAT
gi|1 : CCC------CACCC---CCCAAA-----A--AAA----AAAA-GAAGGACATTCACTTCATACATCAAAAC-A-ACAACAAAAAACTCTTACCCTGCCAAACAGAA-AAC----AATA-GAT-AG----AT-AT-GAAT-----GATTAAG-ACA-------CATATAG--AAATTAT--TACA--GAATAGTTTATCTAA-------AAT-T--ACTAC-AAAATG--TA---------------------C-TC--TCTTCCTTTTT-CAGATCCC-TAATCGTA--AACCAAAAAAAA---A-AA-T----T---CCG-CAT-TTGACACGC--GC-ATTTGAA
gi|10 : cccaTACA-CT--GACCCCAAA--CCCC------CCCCC---CCCCCC-----C--AA-----AAAA-GAAGG---------------------------CAGCAAAA---C-TTACT------AAC--AA-A-C----AATA-G-T-AT----AT--T-G-CT-----G-T---G-AC----------AATA---GAA--A---TACA--G-----TTTATCTAA-------GATAT--T-TAC--AAATG--TA---------------------C-TC--TCT--CCTTTC-C---TTCC--A--C-T---AACT-------------AT-G----T---CCG-CAT-CTG--ACGC-TGC-A--TGAATcatat
gi|11 : aatACA-TT--GA------A--TACC------CTCCC---CCC-----------AAT----AAAG---------------------------------CAACAAAAA-CT-T-ACC------AAC-GAA-A-C----AACA--AT-AG----AT-AT-G-CT-----GAT-----ACA-------TAATAAGGAGAA--A---TACA--A-----TTTATTTAA-------G---------------ATG-TTA---------------------C-TC--TCT--CTCCTT----ATTCC-TA--TGT---ATCC-------ATTTA-ATAT----G---CCT-CAT-CC-A-ACGC-TGCAA-TTAAA
gi|12 : catattaACA-TT--GA------A--CCCC------CC--------------------AAT----AAA-------GC--------------------C-A-ACAA--AAAT-CT-TTACC------AACAGAA-A-C----AACA-GAT-AG----AT-AT-G-CT-----GAT--AG-ACA-------TAATAAGA-GAA--A---TACA--A-----TTTATTCAA-------GATAT---------------TTA---------------------C-TT--TCT--CTATT-----ATTCC-TA--TGT--------------------AT-T----TATGCCT-CA--CTGA-ATGC-TGC-A-
gi|13 : gcatataTACAATT--GA------ATACCCC------CCCCCG--CCCCAA-----ATGAAT---------------C--------------------C-ATACAA--AAAA-CT-TTACC------AACAGAA-A-C----AACA-GATAAA----AT-AT-G-CT-----GAT--AG-----------------------------TACA-----C--TTTATTTAA-------GATATA-TCT-C--------TCT---------------------C-TC--TCT--CTTTTT-----TTTC-T
gi|14 : tggcatatT-AG----AT-AT-T-CT-----CAT--AG-ACA-------T-AATAGA-GAA--A---TATA--A-----TTCATTTAANNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNN-NNN---------------------N-NN--NNN--NNNNNN-N--NNNNN-NN--NNN---NNNN-------N---N-NN-N----N---NNN-NAT-ATGA-ACGC-TTC-A-TTGAActctctcatccctatgt
gi|15 : actacaaaactGC--------------------C-A-ACAACAAAG--CT-TTACC------AACAGAA-A-C----AACA-----AG----AT-AT-G-CT-----GAT--AG-ACG-------T-AGTAGA-GAA--A---CACA-----------ATTTAA-------GATATCATCTAC--------TCT---------------------C-TC--TCT--CTCTCT-C--ataaa
gi|16 : catattacattgaatccccaggat--GA------A--TACC------CCCCT---CCC-----------AAT----AAA-------GC--------------------C-A-ACAA-AAAAA-CT-TTACC------A-CAGAA-A-C----TACA-AAT-AG----AT-AT-G-CT-----GAT--AG-ACA-------T-AATAA--AAA--AAATTACA--A-----TTTATTTAA-------G
gi|17 : tagtaacgtgA-TT--GA------A--TACC------CCCCC---CCCC----------CATCCCCAAAC-GAAA-GC--------------------C-A-ACAAC-AAAT-CT-TTACC------AACA
gi|18 : tggcgtattacattaTA---------------------C-TCGCTCT--CTTTCT-T--ACTCC-TA--TGT---ACCC-------A--------T----TATGCCT-CAT-ATAA-ACGC-TGC-A-ATGA
gi|19 : ---------------------C-TC--TCT--CTCTCT-C--TCTCC-TA--CGT---ATCC-------A---G-TA-T----G---CCT-AAT-CTGA-ACGC-TGC-A-TTAAAcatag
gi|2 : tTACA-CT--GA------A--CCTC------CCCCCACCCCCCGACCCCCA--CCC----CAAA-GAAAGTC--------------------C-A--CAACAAAAC-TT-TTACT------A-CAGGA-A-C----AATA-GAT-AG----ATCAT-G-CT-----GAT--AGGACA-------TAAG--A--GAA--A---TACA--G--T--TTATTCTAA-------GATA---TCTACAAAAATG--TA---------------------C-TC--TTT--CCTTTT-C--ATTCCTTA--CGG---AACC-------A---ATAT-TCATAT---GCA-CAT-CTGA-CCGC-TGC-A-TTGAAata
gi|20 : aat---------------------C-TC--TCT--CTT-------ATTCC-TA--TGT---ATC------------A-AT-TA---TG--CCT-CAT-CTGT-AAGC-TGC-A-TTGAAat
gi|21 : ATAGAA-A-C----AACA-GAT-AG----AT-AT-G-CT-----GAT--AG-A-A-------TTCATAGA-GAA--A---TACA--atag
gi|3 : TACA-CT--GA------A--CCCCCC------CCC---CCCCAA-----A--AAC----AAAAGGAAAGGC--------------------CAA-ACAACAAAAA-CT-TTACC------AACTGAA-A-C----AATA-GAT-AG----AT-AT-G-CT-----GAT--AG-ACA-------TAAATAG--GAA--A---TACA--G--T--TTTATCTAA-------GATAT--TCTACAAAAATGTTTA---------------------C-TC--TCT--CCTTTT-CA-ATTCC-TA--CGT---AACC-------A---A-AT-T----T---CCG-CAT-CTGA-ACGC-TGC-A-TTGAATa
gi|4 : CC---CCCCAA-----A----T----AAA-------GC--------------------C-A-ACAA--AAAA-TT-TTACC------AACAGAA-A-C----AACA-GAT-AA----AT-AG-G-CT-----GAT--AG-ACA-------T-AATAGA-GAA--A---TACA--A-----TTTATTTAA-------GATA---TCTNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNTCTCTCTC-TC--TCT--CTCTCT-C--ATTCC-TA--------------------------------------TG-CAT-CTGA-ACGC-TGC-A-TTGAA
gi|5 : gcacattatatcgaatacaTACA-CCTGGA------A--CCCC------CCCCC---CCCCCC-----A--AA------AAA-AAAAAGC--------------------C-A-ATAACAAAA--CT-TTACT------A-CAGAA-A-CC---AATA-GAT-AG----AT-AT-G-CTTCCTTGAT--AG-ATC-------TAG-TAG---AA--A---TAC---------TTTATTCAA-------GATAT---CTACAAAAATG--TA---------------------CTTC--CTT--CTCTTT-C--ATTCC-TA--CGT---AACC-------A---A-TA-T----T---CCG-CAA-CT-A-ACGCTTGC-A-TTGa
gi|6 : C------CCCCC---CACCAA-----A--AGC----AA------------------------------C-A-ACA-CAAGAA-CT-T-ACGG-----AACAGAATA-TCTTAAGCACGAT-AGGAGTAT-CT-G-CT-----GAC--TG-ATACCGATTCTGACTAG--TCA--A---TACATTG--T--CTTATCTAA-------GATAT---CTACAAAAATG-T-A---------------------C-TC--TCC--CGTTTT-C--ATTCC-TA--CGA---AACC-------A---ATAT-T---------CG-CAA-CTAA-ACGC-TGC-A-ta
gi|7 : cattatTACA-CT--GA------A--CCCCCCCCCCCCCCC---CCCCAA-----A--A------AAAA-G-AAGGC--------------------C-A-ACAAC-AAAA-CT-TTACT------AACAG-A-A-C----AATA-GAT--G----AT---------------T--AG-ACA-------T-AATA---GAA--A---TACA--G--T--TTTATCTAA-------GATA---TCTACAAAAATG--TA---------------------C-TC--TCT--CCTTTT-C---TTCC-TA--CGT---AACC-------A---A-TA-T----T---CCG-T-T-CTGA-ACGC-TGC-A-TTAAAT
gi|8 : aatACA-CT--GA---------------------CCC---TCCCAA-----A----T----AAGA----AG----------------------C-A-ACAACAAAA--CT-TTACT------AA-AGAA-A-C----A-TA-GTT-AG----AT-ATAG-CT-----GAT--AG-A-A-------TAA-TAG---AA--T---TACA--G--T--TTTATTCTA-------GATAT---CTACAAAA-TG-TAT---------------------C-TC--TTC--CTTTTTTC--ATTCT-TA--CGT---GTAC-------A---T-AT-T--------CCGTCATTCTGA-ACGC-TGC-A-TTGA
gi|9 : TACA-TT--GA------A--TCCC------CTCC-------------------------AAAA-GAA-GGC--------------------C-A-TCAACAAAAA--T-TTACC------AACAGAC-A-C----ATCA-GAT-AG----AT-AT-G-CT-----GAT--AG-ATA-------T-AATA---GAA--A---TATA--G-----TTTATCTAA-------GATA---TCTTCAAAAATG--TA---------------------C-TC--TCT--CCCTCT-C--ATTCC-TA--CGTTTAAAC--------------AT-TA---TG--CTT-CAT-CTGA-ACGC-Tta
blockSeqs : A TG . TA CCCCCC ACC CGACCCCCACCCCAAAGAAAGTC A T CA A . G T . CTTA C A GAGT C A . TCCTT . G CCGATTCTGACTAGT . AAT TTGT NNNNNNN TCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCTCTCT T GC . CAA T . AACCAATATTCATAT GT T . T A .
blockSeqs : . . . . CC G CAAAAACAAAAGGAAAGGC . . CA T . . . . C . . . . . . . . . TAATAAGGAG . . GT . TTCTACAAAAATGTTTA . . . TCA . . ATCCATTTAATATG G . . . . .
blockSeqs : . . . . . . CCATCCCCAAACGAAAGC . . CA A . . . . . . . . . . . . . . TAATAAGAG . . GT . NNNNNNNNNNNNNNNN . . . NN . . TTAAACATTATG T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . CCCAAAAAAAAAAAGC . . CA A . . . . . . . . . . . . . . TTCATAGAG . . GT . TCTACAAAAATGTA . . . TA . . NNNNNNNNNN T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . CCCCAAAAAAGAAGG . . CA T . . . . . . . . . . . . . . TAATAGAG . . GT . TCTACAAAAATGTA . . . CT . . ACCCATTATG N . . . . .
blockSeqs : . . . . . . CAAAAAAAAGAAGGC . . CA C . . . . . . . . . . . . . . TAGTAGAG . . G . TCTACAAAAATGTA . . . CA . . ATCCAGTATG T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . CAAATAAGAAG . . CA A . . . . . . . . . . . . . . TAAATAGG . . A . TCTACAAAAATGTA . . . CA . . ATCAATTATG T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . CAAATGAATC . . CA A . . . . . . . . . . . . . . TAATAGAG . . A . TCTACAAAATGTAT . . . CA . . AACCAAATTT A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . CAAATAAAGC . . CA A . . . . . . . . . . . . . . TAATAAA . . C . TCTTCAAAAATGTA . . . CA . . AACCAATATT T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . AAAAGAAGGC . . A A . . . . . . . . . . . . . . TAAGAG . . A . TTTACAAATGTA . . . CA . . AACCAATATT G . . . . .
blockSeqs : . . . . . CAAAAGCAA . . C A . . . . . . . . . . . . . . TAGTAG . . A . TCATCTACTCT . . . C . . AACCAATATT G . . . . .
blockSeqs : . . AATAAAGC . . C . . . . . . . . . . . . . . . TAATAG . . A . TATCTCTCT . . . A . . GTACATATT G . . . . .
blockSeqs : . . AATAAAGC . . . . . . . . . . . . . . . . . . TAATAG . . G . ATGTTA . . . A . . AACTATGT G . . . . .
blockSeqs : . AATAAAG . . . . . . . . . . . . . . . . . . TAATAG . . . . TTTA . . . A . . ATTTATG G . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . AATAG . . . . . . . C . . . T . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : ****** CAAANAAAGC**************************************** A* ****** ** TAATAGAG********* ** *** A******* ** CA*** ** ANCCAATATT**********************
originalCons : TACA-CT--GA------A--CCCC------CCCCC---CCCCAA-----A--AAT----AAAA-GAAAGGC--------------------C-A-ACAACAAAAA-CT-TTACC------AACAGAA-A-C----AACA-GAT-AG----AT-AT-G-CT-----GAT--AG-ACA-------TAAATAG--GAA--A---TACA--G--T--TTTATCTAA-------GATAT--TCTACAAAAATG-TTA---------------------C-TC--TCT--CTTTTT-C--ATTCC-TA--CGT---AACC-------A---A-AT-T----T---CCG-CAT-CTGA-ACGC-TGC-A-TTGAAT
finalCons : TACA-CT--GA------A--CCCC------CCCCC---CCCCAAANAAAGC----------------------------------------C-A-ACAACAAAAA-CT-TTACC------AACAGAA-A-C----AACA-GAT-AG----AT-AT-G-CT-----GAT--AG-ACATAATAGAG---------AA--A---TACAA-------TTTATCTAA-------GATAT--TCTACAAAAATG-TTA---------------------C-TC--TCT--CTTTTTCA---TTCC-TA--CGTANCCAATATT----------------------CCG-CAT-CTGA-ACGC-TGC-A-TTGAAT
Alignments
lowQualScore : 333333333333333333333333333333 111111111111 11 333333333333333333333333333 111111111
lowQualScore : 3 44 999999 44 33 999999999999999999999999999999 222222222222 33 33 2 2 11 44 2 0 999999 2 5 5555 2 5555 2 2 2 2 55555 33 2 7777777 2 2 6666 33 999999999 66 444 2 2 8888888 999999999999999999999999999 2 33 33 99999 2 33 33 2 1 666666666 77777777 33 2 2 2 2 2
lowQualScore : . .. ...... .. .. .............................. ............ .. .. . . .. .. . . ...... . . .... . .... . . . . ..... .. . ....... . . .... .. ......... .. ... . . ....... ........................... . .. .. ..... . .. .. . . ......... ........ .. . . . . .
lowQualScore : 6 66 666666 22 99 111111111111111111111111111111 555555555555 77 44 5 5 88 44 5 2 777777 5 0 3333 5 0000 4 4 4 4 99999 22 4 6666666 4 4 6666 22 444444444 22 444 5 5 1111111 000000000000000000000000000 2 11 11 22222 4 44 44 5 0 111111111 88888888 66 5 5 5 7 7
consensus : TACA-CT--GA------A--CCCC--CCCCC---------------CCCC-----------AAAN-A---------A--AGC--CA-A-CAACAAAAA-CT-TTACC------AACAGAA-A-C----AACA-GATAG----A-T-AT-G-C-----TGAT--A-GACA-------T-AA-T-A--GAGAAA--T---------ACAG-T---TT-A-TCTAA-------GATAT------------TCTACAAAAATG-TTAC-TC--TCT--CTTTTT-C--ATTCC-TA--CG--T-ANCC-------AATAT-TC-----CG-CAT-CTGA-ACGC-TGC-A-TTGAAT
Reference ( family-1306 ) : TACA-CT--GA------A--CCCC--CCCCC---------------CCCC-----------AAAN-A---------A--AGC--CA-A-CAACAAAAA-CT-TTACC------AACAGAA-A-C----AACA-GATAG----A-T-AT-G-C-----TGAT--A-GACA-------T-AA-T-A--GAGAAA--T---------ACAA-T---TT-A-TCTAA-------GATAT------------TCTACAAAAATG-TTAC-TC--TCT--CTTTTT-C--ATTCC-TA--CG--T-ANCC-------AATAT-TC-----CG-CAT-CTGA-ACGC-TGC-A-TTGAAT
gi|1 : --CA-A-CAACAAAAAACTCTTACCCTGCCAAACAGAA-AAC----AATA-GATAG----A-T-AT-GAA-----TGATTAA-GACA-------C--A-T-A--TAGAAA--TTATTACAGAATAG-T---TT-A-TCTAA-------AAT-T------------ACTAC-AAAATG--TAC-TC--TCTTCCTTTTT-CAGATCCC-TAATCG--TAAACCAAAAAAAAAAAT-TC-----CG-CAT-TTGACACGC--GC-ATTTGAA
gi|10 : cccaccccaccccccaaaaaaaaaaagaaggacattcacttcatacatcaaaaTACA-CT--GACCCCAAA--CCCC--CCCCC---------------CCCCCCCAA------AAAA-G---------A--AGG--CA-G-CAA----AA-CT-T-ACT------AACA--A-A-C----AATA-G-TAT----A-T--T-G-C-----TG-T----GACA----------A-T-A--GA--AA--T---------ACAG-T---TT-A-TCTAA-------GATAT------------T-TAC--AAATG--TAC-TC--TCT--CCTTTC-C---TTCC--A--C---T-AAC----------TATGTC-----CG-CAT-CTG--ACGC-TGC-A--TGAATcatat
gi|11 : aatACA-TT--GA------A--TACC--CTCCC---------------CCC-------------AAT-A---------A--AGC--------AACAAAAA-CT-T-ACC------AAC-GAA-A-C----AACA--ATAG----A-T-AT-G-C-----TGAT--A---CA-------T-AA-T-AAGGAGAAA--T---------ACAA-T---TT-A-TTTAA-------GAT-------------------------G-TTAC-TC--TCT--CTCCTT----ATTCC-TA--TG--T-ATCCATTT---AATAT-GC-----CT-CAT-CC-A-ACGC-TGCAA-TTAAA
gi|12 : catattaACA-TT--GA------A--CCCC--CC----------------------------------AAT-A---------A--AGC--CA-A-CAA--AAAT-CT-TTACC------AACAGAA-A-C----AACA-GATAG----A-T-AT-G-C-----TGAT--A-GACA-------T-AA-TAA--GAGAAA--T---------ACAA-T---TT-A-TTCAA-------GATAT-------------------------TTAC-TT--TCT--CTATT-----ATTCC-TA--TG--T-ATT----------TAT-GC-----CT-CA--CTGA-ATGC-TGC-A-
gi|13 : gcatataTACAATT--GA------ATACCCC--CCCCCG--------------CCCC-----------AAAT-G---------A--ATC--CATA-CAA--AAAA-CT-TTACC------AACAGAA-A-C----AACA-GATAA----AAT-AT-G-C-----TGAT--A-G----------------------------T---------ACAC-T---TT-A-TTTAA-------GATATA-----------TCT-C--------TCTC-TC--TCT--CTTTTT-----TTTC-T
gi|14 : tggcatatTAG----A-T-AT-T-C-----TCAT--A-GACA-------T-AA-T-A--GAGAAA--T---------ATAA-T---TC-A-TTTAANNNNNNNNNNNN------------NNNNNNNNNNNN-NNNN-NN--NNN--NNNNNN-N--NNNNN-NN--NN--N-NNNN-------NNNNN-NN-----NN-NAT-ATGA-ACGC-TTC-A-TTGAActctctcatccctatgt
gi|15 : actacaaaactTACA-TT--GA------A--TCCC--C------------------------------------AG-G---------A--TGC--CA-A-CAACAAAG--CT-TTACC------AACAGAA-A-C----AACA----AG----A-T-AT-G-C-----TGAT--A-GACG-------T-AG-T-A--GAGAAA--C---------ACAA-T---T------TAA-------GATATCA----------TCTAC--------TCTC-TC--TCT--CTCTCT-C--ataaa
gi|16 : catat--GA------A--TACC--CCCCT---------------CCC-------------AAT-A---------A--AGC--CA-A-CAA-AAAAA-CT-TTACC------A-CAGAA-A-C----TACA-AATAG----A-T-AT-G-C-----TGAT--A-GACA-------T-AA-T-A--AAAAAAATT---------ACAA-T---TT-A-TTTAA-------G
gi|17 : tagtaacgtg--CCCC--CCCCCAT-------------CCCC-----------AAACGA---------A--AGC--CA-A-CAAC-AAAT-CT-TTACC------AACA
gi|18 : tggcgtattacattaattgaatacccTAC-TCGCTCT--CTTTCT-T--ACTCC-TA--TG--T-ACCC-------ATTAT-GC-----CT-CAT-ATAA-ACGC-TGC-A-ATGA
gi|19 : C-TC--TCT--CTCTCT-C--TCTCC-TA--CG--T-ATCC-------AGTAT-GC-----CT-AAT-CTGA-ACGC-TGC-A-TTAAAcatag
gi|2 : tTACA-CT--GA------A--CCTC--CCCCCACCCCCCGACCCCCACCCC-----------AAAG-A---------A--AGT--CC-A-CAACAAAAC-TT-TTACT------A-CAGGA-A-C----AATA-GATAG----A-TCAT-G-C-----TGAT--AGGACA-------T-A----A--GAGAAA--T---------ACAG-T---TT-ATTCTAA-------GATA-------------TCTACAAAAATG--TAC-TC--TTT--CCTTTT-C--ATTCCTTA--CG--G-AACC-------AATAT-TCATATGCA-CAT-CTGA-CCGC-TGC-A-TTGAAata
gi|20 : aatC-TC--TCT--CTT-------ATTCC-TA--TG--T-ATCA-------ATTAT-GC-----CT-CAT-CTGT-AAGC-TGC-A-TTGAAat
gi|21 : ATAGAA-A-C----AACA-GATAG----A-T-AT-G-C-----TGAT--A-GAAT-------T-CA-T-A--GAGAAA--T---------ACAA-atag
gi|3 : TACA-CT--GA------A--CCCC--CCCCC---------------CCCC-----------AAAA-ACAAAAGGAAA--GGC--CA-AACAACAAAAA-CT-TTACC------AACTGAA-A-C----AATA-GATAG----A-T-AT-G-C-----TGAT--A-GACA-------TAAA-T-A--G-GAAA--T---------ACAGTT---TT-A-TCTAA-------GATAT------------TCTACAAAAATGTTTAC-TC--TCT--CCTTTT-CA-ATTCC-TA--CG--T-AACC-------AAATT-TC-----CG-CAT-CTGA-ACGC-TGC-A-TTGAAT
gi|4 : CC---------------CCCC-----------AAAT-A---------A--AGC--CA-A-CAA--AAAA-TT-TTACC------AACAGAA-A-C----AACA-GATAA----A-T-AG-G-C-----TGAT--A-GACA-------T-AA-T-A--GAGAAA--T---------ACAA-T---TT-A-TTTAA-------GATATCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNN-TC--TCT--CTCTCT-C--TCTCT-CT--CA--T--TCC---------TAT---------G-CAT-CTGA-ACGC-TGC-A-TTGAA
gi|5 : gcacattatatcgaatacaTACA-CCTGGA------A--CCCCCCCCCCC---------------CCCCAAAA-------AAAA-A---------A--AGC--CA-A-TAAC-AAAA-CT-TTACT-------ACAGAA-ACC----AATA-GATAG----A-T-AT-G-CTTCCTTGAT--A-GATC-------T-AG-T-----AGAAA--T---------AC---T---TT-A-TTCAA-------GATA-------------TCTACAAAAATG--TACTTC--CTT--CTCTTT-C--ATTCC-TA--CG--T-AACC-------AATAT-TC-----CG-CAA-CT-A-ACGCTTGC-A-TTGa
gi|6 : C--CCCCC---------------CACC-----------AAA---------------AGCAACA-A-CA-CAAGAA-CT-T-ACGG-----AACAGAATA-TCTTAAGCACGATAGGAGTA-T-CT-G-C-----TGAC--T-GATACCGATTCT-GACT-A--G-TCAA--T---------ACAT-TGTCTT-A-TCTAA-------GATAT-------------CTACAAAAATG-T-AC-TC--TCC--CGTTTT-C--ATTCC-TA--CG--A-AACC-------AATAT-T------CG-CAA-CTAA-ACGC-TGC-A-ta
gi|7 : cattatTACA-CT--GA------A--CCCC--CCCCC---------------CCCCCCCCCCAAAAAAAAG-A---------A--GGC--CA-A-CAAC-AAAA-CT-TTACT------AACAG-A-A-C----AATA-GAT-G----A-T---------------T--A-GACA-------T-AA-T-----AGAAA--T---------ACAGTT---TT-A-TCTAA-------GATA-------------TCTACAAAAATG--TAC-TC--TCT--CCTTTT-C---TTCC-TA--CG--T-AACC-------AATAT-TC-----CG-T-T-CTGA-ACGC-TGC-A-TTAAAT
gi|8 : aatACA-CT--GA-----------------CCC---------------TCCC-----------AAAT-A---------AGAAGC---A-A-CAACAAAA--CT-TTACT------AA-AGAA-A-C----A-TA-GTTAG----A-T-ATAG-C-----TGAT--A-GA-A-------T-AA-T-A--GA--AT--T---------ACAG-T---TTTA-TTCTA-------GATAT-------------CTACAAAA-TG-TATC-TC--TTC--CTTTTTTC--ATTCT-TA--CG--T-GTAC-------A-TAT-TC-----CGTCATTCTGA-ACGC-TGC-A-TTGA
gi|9 : TACA-TT--GA------A--TCCC--CTCCA------------------------------AAAG-A---------A--GGC--CA-T-CAACAAAAA--T-TTACC------AACAGAC-A-C----ATCA-GATAG----A-T-AT-G-C-----TGAT--A-GATA-------T-AA-T-----AGAAA--T---------ATAG-T---TT-A-TCTAA-------GATA-------------TCTTCAAAAATG--TAC-TC--TCT--CCCTCT-C--ATTCC-TA--CGTTT-AAAC-------ATTAT-GC-----TT-CAT-CTGA-ACGC-Tta