lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 5555555555555555555555 111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 33333333333 11111111 111 1 11 33333333333333333 1111 111111 44444 1111111111 2 1 11111 222 1111 111111111 1111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2222222222222 11111 2222222 1111 1111111111 1111111111111 11111 11 1 111 111111
lowQualScore : 4 6 2222222222222222222222 55 3 444 1 3 1 3 1 1 1 1 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 33333333333 8 88888888 666 3 3 6 0 55 555 11 3 0 6 6 88 555 3 6666 666 33333333333333333 5555 222222 99 00000 1111111111 4 7 0 2 777 66 55555 55 55 55 444 44 3 0000 666666666 88 44 3 3 3 3 555 555 77 5555 3 777777 2 8 2 666 5 5555 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 66 99999999 2 2 5 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 77 2 333 2 2 666 5555555555555 2 2 55555 2 666 2 3 7777777 333 3 8888 3333333333 3 7 6666666666666 4 22222 7 3 3 77 666 666 4 3 4 111 5 666666 5 5
lowQualScore : . . ...................... .. . ... . . . . . . . . ........................................................................................................ ........... . ........ ... . . . . .. ... .. . . . . .. ... . .... ... ................. .... ...... .. ..... .......... . . . . ... .. ..... .. .. .. ... .. . .... ......... .. .. . . . . ... ... .. .... . ...... . . . ... . .... ........................................................................ .. ........ . . . ......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... .. . ... . . ... ............. . . ..... . ... . . ....... ... . .... .......... . . ............. . ..... . . . .. ... ... . . . ... . ...... . .
lowQualScore : 1 5 9999999999999999999999 00 6 444 7 3 7 3 7 7 7 8 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 22222222222 9 55555555 555 3 3 7 0 88 888 00 1 8 7 2 55 444 1 5555 444 55555555555555555 4444 666666 44 00000 7777777777 0 5 1 0 888 11 77777 00 00 00 555 66 3 4444 111111111 55 22 1 1 1 1 444 444 33 8888 1 666666 9 6 9 999 0 7777 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 99 11111111 5 5 0 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 44 1 555 0 0 444 5555555555555 2 4 66666 4 999 9 9 3333333 555 3 9999 7777777777 6 3 4444444444444 0 00000 3 6 6 99 444 444 7 3 4 000 0 222222 0 0
consensus : TTTTCACTTTTACT---------T---C--GGT--GAAA--A-AGCA-A-G-C-G-ATAA-T-TCTC-C-GAGTGA-AACACTACTCAATTACCGATTTACACGTGGNGANAATAGTAGTCNNNNNTTGTNGCGTAATNNNNNNNNNGCCCNCNNNCCCGGANNCANNNNNNGNNNNNTGANA-------GCGTATTA------A----A-ATCA--------TGCCN-TGAAAA-C-AAA-GGA-CC-CA---A-ACC-TGCATGTTTTAAAC-CAT-A--C---G-A----AAAA---AA---AAGA--------TAATGAA--TA---TAAAATCC-TTTAN----GTG-----C-T--AAGAAA-TGTTGAAAGAA-ATCAAAA---TTAT--GAA--ANTGAA--T--G--TAC--AAT--T-T----TTT------C--CAA--CCTC--A-AC-T-T-T---TAAA---G--C----T-ATTG-A---CT-CC-AG-ACTC---C-ACAGG----TGC-TT------CA--AGC-A--CT---TG-TGGG---------C-A--GGA-TTCT-TGGCGTAGCA----C-CC--CCC--------CCCT-TC-TTT-ATG-A-CG-------T-T-AT--TTTT---TAT----AT--A-A---T--CCTG-T-NG-AT----GACAT-TTTC--T-AA-A----A-ACGG---NT-TT-T----AA-TGC-G------AG-A-T-TT-GT-GC-A---N--TGCATTG-AACC-GAA-AT----A-CTCTG-A-TG--T-T-CA--TAT--T-TTA-TT--TAA-A----AAT-----N----C------A----CC------------G--AA----AT-----------A----------T---------------A----------CA-----T-T-----A-----AAAA-T--T-A-------T-----A---A-----G------GGGGN----------G--GG-------G-T-G-T-TA--------------CC-GG-AAGT---C-CT-G--TC-----NAC-----A-AG-CAC----CT-GTGAA---TAAATCTT-GGTAAGN---T--TTTTCNTTT-TA--T-AAAN---AGAA-ATT-AT-A--AA-TA-A----TA-GAAA--A--A-T-AAT-GTA-TTT---AT---GANC-T-TAA-T-TT-ACA-GAG-TAC-A-TGTACACTT
Reference ( gi|4 ) : TTTTTACTTTTACT---------T---C--GGT--GAAA--A-AGCA-T-G-C-G-ATAA-T-TCTC-C-GAGTGA-AACACTACTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----GCGTATTA------A----A-ATCA--------TGCCT-TGAAAA-C-AAA-GGA-CC-CA---A-GCC-TGCATGTTTTAAAC-CAT-A--C---G-A----AAAA---AA---ACCA--------TGATGCA--TA---TAAAATCA-TTTA-----GTG-----C-T--AAGAAA-TGTTGCAAGAA-ATCAAAA---TTAT--GAA--ATTGAA--T--G--TA---AAT--T-T----TTT------C--CAA--CCTC--A-AC-T-T-T---TAAA---G--C----T-ATTG-A---CT-CC-AG-ACTC---C-ACAGG----TG--TT------CA--AGC-A-TCT---TG-TTGG---------C-A--GAA-TTCT-TAGCATGGTA----C-CC--CCC--------CCCT-TC-TTT-ATG-A-CG-------T-TCATGATTTT---TAT----AT--A-A---T--CCTG-T-AG-AT----GGCAT-CTTC--T-AA-A----A-ACGG---AT-TG-T----AA-TGC-C------AG-A-T-TT-GT-GC-A---C--TGCATTG-ACCC-GAA-AC----A-CTCTG-A-TG--T-T-CA-GTAT--T-TTAATT--TAA-A----AAT-----C----C------A----CC------------G--AA----AT-----------A----------T---------------A----------TA-----T-T-----A-----AAAA-T--T-A-------T-----A---A-----G------GGGGT----------GTTGG-------G-T-G-T-TA--------------AC-AG-AAGT---C-CT-G--CC-----AGC-----A-AG-CAG----CT-GTGAA---TAAATCTT-GGTAAGA---T--TTTCCTTTT-TA--C-AAAT---AGAA-ATT-AT-A--AA-TA-A----TA-GAAA--A--A-T-AAT-GTT-TTT---AT---GAGC-T-TAA-T-TT-ACA-GAG-TAC-A-TGTACACTT
gi|3 : TTTTTACTCT--CT---------T---C--GG----AAA--A-AACAAT-G-C-GGATAAAT-TCTC-C-GAGTGG-AAAACTACTCATTACGATTTTCACCTGGGTAAAGTAGTCACTAACCTATGTGCATATAAAACGACCCCATGTTCTCAGACCAGAAAATATGTTGAAAAAAATAAT--------GC-TATTA------A----A-TTCA--------TGCCT-TGAGAA-C-AAA-GGA-CC-CA---A-GCC-TGCATGTTTT-AAC-CAT-A--C---GAA----AAAA---AA---ACCA--------T-ATGCA--TA---CTAAATCAGTTTAT----GTGTTTTAC-T--AAG-AC-TGTTTGAAGAATATCAAAA----TAT--GAA--AGTG-A--T--G--TAC--AAT--T-T----TTT------C--CAA--CCTC--A-ACTT-T-T---TAAA---GGCC----T-ATTG-A----T-CC-AG-ACTC---C-ACAGG----TG--TT------CA--AGC-A-TCTA--TG---GG---------C-A--GAA-TT-T-TAGC-TGGTACCC-C-CC--CCC--------CCCT-TCTTTT-ATG-A-AC-------T-TCAT--TTTT---TAT----A---A---------CCG-T-A--AT-----GCAT-C-TC--T-AA-A----A-ACGG---AT-T--T----AA-TGC-C------AG-A---TT-GT-GC-A---CA-TGCATTG-AACC-GAATAC----C-ATCTG---TG--T-T-C---TAT--T-T--ATT--TAA-A----AATA----C----C------A----CC------------C--AA----AT-----------A----------TAAAGAAATTAG----A----------TA-----T-T-----------AAAA-T--T-A-------T-----A---A------------GGGGT-----------TTGG-------G-T---------------------AC--G-AAGT---C-CT-G--CC-----AGC-----A-AG-CAG----CT-GTGAAAGTTAAATCTT--GTAAT----T--TTTCCTTAT-TA--C-AAAT---AAAA---T-AT-A--AA--A-A----TA-GAAA--A--A-T--AT-ATT-TTT---AT---GAGCTT-TAA-TATT-ACAGGAG-TAC-A-TGTAC
gi|7 : ttctacaaacttacgtttcctagtaatttcttgagatagaaTTTTCACTTTTACT---------TAGCCTAGGT---AAA--A-AGCA-TTG-CCG-ATAA-T-TCTC-C-GAGTGA-AACACTACTCAATTACCGATTTTCACATGGTGAAAATAGTAGTCTACTATTGTGGCATAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------GCGTATTA------ATCT-ATATCA--------TGCCT--GCAAA-C-AAG-GAAACC-CA---A-ACC-TGCATGTTTTAAAC-CAT-ATCC---C-A----AAAG---AG---AACA--------TAATGAA--TA---TATAATCC-TTTAA----GTG-----CCT--AAGAAA-TGTTGAATGAA-ATCAAAA---TTAT--GAA--CATGAA--T--G--TAC--AAT--T-T----TAT------C--CAA--CCTC--A-AC-T-T-T---TAAA---G--C----C-ATTG-A---CT-CCAAG-ACTT---C-ACAGG----TGC-TT------CAGTAGC----TT---TG-TGGG---------C-A--GGA-TTTT-CGGTA
gi|6 : ttcctaacaattttacgtttccgtagtaattttcgctgagatagaTTTTCACTTTTACT---------TAGCCTAGGT---AAA--A-AGCA-TTG-CCG-ATAA-T-TCTC-C-GAGTGA-AACACTACTCAATTACCGATTTTCACATGGTGAAAATAGTAGTCTACTATTGTGGCATAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------GCGTATTA------ATCT-ATATCA--------TGCCT--GCAAA-C-AAG-GAAACC-CA---A-ACC-TGCATGTTTTAAAC-CAT-ATCC---C-A----AAAG---AG---AACA--------TAATGAA--TA---TATAATCC-TTTAA----GTG-----CCT--AAGAAA-TGTTGAATGAA-ATCAAAA---TTAT--GAA--CATGAA--T--G--TAC--AAT--T-T----TAT------C--CAA--CCTC--A-AC-T-T-T---TAAA---G--C----C-ATTG-A---CT-CCAAG-ACTT---C-ACAGG----TGC-TT------CAGTAGC----TT---TG-TGGG---------C-A--GGA-TTTT-CGGTAacc
gi|2 : ttcctaacaattttacgtttccgtagtaattttcgctgagatagaTTTTCACTTTAACT---------T---A--GGT--GGAATAA-AGCA-T---C-G-ATAAAT-TATT-T-GA-TGA-CACACTACTCAATTTATGTTTCAACCTGGTAAATAGTAGTATATATAGCTTATTCTGTGGCTATAAAATAACCCATTTCTCCAGACTCAATAGTTGTTTTTTGAAAAAAAATTGCGTTTTTT-----A----A-ATC---------TTCCTATGAAAA-CTAAA-GGATCC-CA---A---C-TG-ATGTTTTAAATATAT-A--C---G-A----AAAATATAA---ATAAAAGAGAGATAATGAA--TA---TATAATCA-TTT-------TG-----C-T--AAGAAA-TGT-G-AAGAAGATCAAAA---TTTT--TGACCATTGAA--T--G--TA---AAT--T-T----TTTGTATCTC--GAA--CCTC--A-AC-TATAT---TAAA---G--CC---T-ATTG-A---GT-CC-AG-GATC---C-ACAGG----TGT-TT------CA--AGC-G--CT------TTGG---------C-------------TAGGATGGTA----A-CC--CCC--------TCATGCC-TTT-TT-------------T-T-----TTTT---TAT----GTTCA-A---T--GC-G---AG-AT--------T-TT-----------------------GT-TG-C----AA-TGC-----------A-T-----T-GA-A---C--TGTAT------------AC----ATCTCTG-A-TG--T-TGTA-TTAT--T-TTATTTAATAA-AATACAAT-----C----C------C----GC------------G--AA----ATACCA-------A----------T---------------AGAATTAATACTA-----T-T-----C-----AAAATT--T-A-------T-----A---A-----GAA----GGGGTGGGGGGG---GGTGGGGGAGGAG-TAG-T-TA--------------CC-GG-AAGTAAGT-CT-G--TC-----CAC-----AGAA-CAC----CT-GTGAC---TAAATCTTCGGTCA-A---T-------TTTT-TA----AAAT---A------T-AT-AG-AA-TA-A----TT-AGAA--A--A-T-TAT-GCA-TTC---AT---TGAC-C-TAA-T-TT-ACA-GTGAAAC-ATTGTACACTTacc
gi|12 : attccttacaactttatgtttcgtagctaattttcttgagtatatgaTTTTCGCTTTTACT---------T---G--GGC---AAA--A-AGCA-T-G-C-G-ATAA-T-TCTC-C-GTGTGA-AACACTACTCAATCACCAATTTACACCTGGGGATAAAAGTAGTCATAACCTATTGTGTCATATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------GCGTACTAGTAACAA----A-ATCA--------TGCCA-TGAAAA-C-AAA-GGA-CC-CA---A-ACC-TGCATGTTTTAAAC-CAT-A--C---G-AAAAGAAAA---GA---AAGA--------TAATGAA--TA---TAAAATCC-TTTA-----GTG-----C-T--AAGAAC-TGTTG-AAGAA-ATtgct
gi|8 : atttcctacaactttacgtttctgtagtgattttcttgagatagatTTTTCACTGT-ACT---------T---TA-GGCTGGAAA--A-ATCAAT-GGC-G-ATA--T-TCTC-C-GAGTGGTAGTACTACTtcatctaatttgatgaccacataactc
gi|36 : catctcctaacaaggctacgtgtccgtagttgaatttttcttgaagattatctgatagatTTTTCACTTTTACT---------T---A--AGT--AAAA--A-AGCA-T-G-T-G-ATAA-T-TCTC-C-GAGTcaatttccgatttttcacctggggagtaaagagagtggtcattattaacgtattgctgtggcgatatttaaaaacgaaccctttgcttcagaccaaaaagataatgttaaaaaaaattgcgtattaactcaaagcatgaccaaaggaccgaaagcatgcatgtttaaaaccatacgaaaaaaaaagatgatctcctttaggtgcttaagaatgttgaataatatcaaaattatgactattgaactggtaaacaagttttcggcaacatcaactgttaaagcttactgagactcccaatccctcacgaa
gi|30 : tctgacaagtttacatttccgtagtaattttcttgagataattTTTTCACTTTTACTATTAAGCCCT---CA-GGT--AAAA--AAAGCA-T-G-C-A-AGAA-TCTCTC-
gi|1 : attcacagtattgtagttatcacattccaatacaattttacatattccatagtatttcttgagatacgat--GGT---AAG--A-AGCA-G-G-C-G-ATAA-T-TCTC-C-GAGTGA-AGC
gi|21 : aacaatttttagcgggtttcgtaggtagattgtattgtctgaggatacatgtttttcagctatttactgtagcgtataGT--GAAA--A-AATA-A-G-C-G-ACAA-T-TCTT-C-GAGTGA-AACACTACTgacatgtctcaagtgtaccgattttcacatggtgaaaaatagtagtcataacctagattgtagcatataaaggacgaacctaattcttcaagacgcaacaaggttgtcgtatgaaaaatgagtattaaaatcacgaattcatgccgatgaaaagcaaaggaccgcagagagccgcgcatgttttaaacatacccggaaaaagagaggattacgaatacctttagataatgtgtttaaggaaagtgttgaacgaagataaaattatggacattgaaattgtacagagtttgtttcggcaactcagatttttaagcctattgaaagttccaggactccacaggtgcctgtccaagcaagcttgtgggcaatggatttgtgggtaacaccgcccgccgccatcccctctttaagtcgaaccggatattgtgttgttttgataataggctggtgatgacatctttagaaagacggtttgttaattgcagaatttgtgtaatgcattgagcttaagtgtattgaatgtggtaatattttattaaagatgacaccgttaaatacaaaggagatatgaagtcgatatgtgtacagttcagagattatttagagaaaggggggggggacggtaggtgctggtccctcaaaggcagcctgatgattctggtgcattttataagaggaattataggagtaaagtgtagaaaaataatgtttgtgacattaatgttacggataacatggtagccaagctggctttaaacatgtgcgagtcgtgagttggtgtcctgtactgtaacatgtatgctcttcgtggtcagaacagaa
gi|20 : atctcctacaagcttacctttccgtcgtaattttcgtgagaaagataaaA--A-AGCA-A-G-C-G-ATAA-T-TCTC-C-GAGTGA-AACACTACTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaaatcatgccatgaaaacaaaggacccaaacctgcatgt
gi|43 : atctcctacagcttacgtttcccgttagtaattttcttgaggagagatttttcactGCA-A-G-C-A-ATAA-T-TCTC-C-ATGTGA-AACACTACTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgcgtattaaaattactaccatgtaaacaaagacccaacctgcatgtttaaaa
gi|45 : CA-A-G-C-G-ATAA-T-TCTC-C-GAGTGA-AACACTACT
gi|52 : CA-A-G-C-G-ATAA-T-TCTC-C-GAGTGA-AACACTAC
gi|49 : CA-A-G-C-G-ATAA-T-TCTC-C-GAGTGA-AACACTAC
gi|48 : CA-A-G-C-G-ATAA-T-TCTC-C-GAGTGA-AACACTAC
gi|47 : CA-A-G-C-A-ATAA-T-TCTC-C-GAGTGA-AACACTACT
gi|44 : CA-A-G-C-G-ATAA-T-TCTCTC-GAGTGA-AACACTACT
gi|51 : CA-A-G-C-G-ATAA-T-TCTC-C-GAGTG--AACACTACT
gi|53 : CA-A-G-C-G-ATAA-T--CTC-C-GAGTGA-AACACTACT
gi|46 : CA-A-G-C-G-ATAA-T-TCTC-CAGAGTGA-AACACTAC
gi|55 : CA-A-G-C-G--TAA-T-TCTC-C-GAGTGA-AACACTAC
gi|54 : -G-C-G-ATAA-T-TCTC-C-GAGTGA-AACACTAC
gi|50 : aa-G-C-G-ATAA-T-TCTC-C-GAGTGA-AACACTAC
gi|8 : aga-----GCGTATTA------ACTCAA-AGCA--------TGAC---------C-AAA-GGA-CC-GA---AAGCA-TGCATGTTTAAAAC-CAT-A--C---G-A----AAAA---AA---AAGA--------TGAT-C-------------TCC-TTTAG----GTG-----C-T--TAAGAA-TGTTG-AATAATATCAAAA---TTAT--GACT-ATTGAA--CTGG--TA---AACAAG-T----TTT------CGGCAA--CATC--A-AC-T-G-T---TAAA---G--CT---T-ACTG-----------AG-ACTC---C-
gi|20 : catctcctaacaaggctacgtgtccgtagttgaatttttcttgaagattatctgatagatttttcactgtactttaggctggaaaaatcaatggcgatattctccgagtggtagtactactcaatttccgatttttcacctggggagtaaagagagtggtcattattaacgtattgctgtggcgatatttaaaaacgaaccctttgcttcagaccaaaaagataatgttaaaaaaaatt-----GCGTATTA------A----A-ATTAC-------TACCA-TGTAAA-C-AAA-G-A-CC-CA---A--CC-TGCATGTTTAAAAcaatccctcacgaa
gi|1 : atctcctacagcttacgtttcccgttagtaattttcttgaggagagatttttcactaaagcaagcgataattctccgagtgaaacactactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatGTATTA------A----A-ATCACGAATTCATGCCGATGAAAAGC-AAA-GGA-CCGCAGAGA-GCCGCGCATGTTTTAAAC--AT-A--CCCGG-A----AAAA---GAG--AGGA--------TTACGAA--TACCTTTAGATAA-T--------GTG-----T-TTAAGGAAAGTGTTGAACGAA-GATAAAA---TTAT--GGAC-ATTGAAATT--G--TACAGAGT--T-TG---TTT------CGGCAA--C-TC--AGAT-T-T-T---TAAG---C--C----T-ATTG-AAAGTT-CC-AGGACTC---C-ACAGGTGCCTG--TC------CA--AGCAA-GCT---TG-TGGG---------C-AATGGA-TTTG-TGG-GTAACA----C-CG--CCCGCCGCCATCCCC-TC-TTT-AAG-T-CGAACCGGATATTGTGTTGTT---TTG----AT--A-A---TAGGCTG-G-TG-AT----GACAT-CTTTA-G-AA-A----G-ACGG---TT-TGTT----AA-TTG-C------AGAA-T-TT-GT-GT-A---A--TGCATTG-AGCT-TAA-GT----G-TATTGAA-TG--TGG-TA-ATAT--T-TTA--T--TAA-A----GATG----A----C------A----CC------------GTTAA----AT-----------A----------C---------------A----------
gi|21 : aacaatttttagcgggtttcgtaggtagattgtattgtctgaggatacatgtttttcagctatttactgtagcgtataggtaagaagcaggcgataattctccgagtgaagcgacatgtctcaagtgtaccgattttcacatggtgaaaaatagtagtcataacctagattgtagcatataaaggacgaacctaattcttcaagacgcaacaaggttgtcgtatgaaaaatgaTA------A----A-ATCA--------TGCCA-TGAAAA-C-AAA-GGA-CC-CA---A-ACC-TGCATGTaaggagatatgaagtcgatatgtgtacagttcagagattatttagagaaaggggggggggacggtaggtgctggtccctcaaaggcagcctgatgattctggtgcattttataagaggaattataggagtaaagtgtagaaaaataatgtttgtgacattaatgttacggataacatggtagccaagctggctttaaacatgtgcgagtcgtgagttggtgtcctgtactgtaacatgtatgctcttcgtggtcagaacagaa
gi|40 : atctcctacaagcttacctttccgtcgtaattttcgtgagaaagataaagtgaaaaaataagcgacaattcttcgagtgaaacactactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCA--------TGCCA-TGAAAA-C-AAA-GGA-CC-AA---A-ACC-GATATGTTTTAAAC-CAT-A--C---G-A----AAAG---A
gi|14 : -TGAAAA-C-AAACGGA-CC--A---A-ACC-TGCATGTTTAAAAC-CATAA--C---G-G----AAA
gi|13 : catctctacaagcttttacgttccgtagtagtgtctcttgagatagatttttcacttgttaaatctgtggttcgaaaaagcatgcgcattaatatttcttgatgtggacctgactctcaacttcatacttatgccgatctctgtcaacctggggatgaaatgttagctgcctcattaatcttgtgtagagatatattagaaaacacgacaagtttactctcgaacactccgaaagagaatagtgtataaaaaaaacgacaataaagttatcgcgtaatattgaccaattcg-TGAAAA-C-AAACGGA-CC--A---A-ACC-TGCATGTTTAAAAC-CATAA--C---G-G----AAAcagaa
gi|5 : catctctacaagcttttacgttccgtagtagtgtctcttgagatagatttttcacttgttaaatctgtggttcgaaaaagcatgcgcattaatatttcttgatgtggacctgactctcaacttcatacttatgccgatctctgtcaacctggggatgaaatgttagctgcctcattaatcttgtgtagagatatattagaaaacacgacaagtttactctcgaacactccgaaagagaatagtgtataaaaaaaacgacaataaagttatcgcgtaatattgaccaattcgCC-CGCATATTTTAAACACAT-A--C---A-A----AAAA---AG---G------------AATG----TA---CAGAATCC-TTTATCATAGTG-----T-T--AAGAAA-TGTTG-AAGAA-ATC-ATA---TTATAAGAC--ATTGAA--T--GATCA---AAT--T-G----TTT------C--TAA---CTC--A-AT-T-T-A---TAAA---G--CCTGAT-ATT------CT-CC-AG-ACTC------CAAG----TGC-TT------CA--AGCAA-GCT---TA-GTGGAGTCATAATC-A--GGA-TTTC-T---GTAACA----C-CC--CCT--------CCCC-TC-TTTAATGAA-CG------------TAATTTT---TTTTTTAAT--A-A---T---CGG-T--G-AT----GACAT--TTC--T-AA-A----A-A--G---GT-TT-T----AA-TGC-G------AGAA-T-TT-GT-G--------------TG-AAAT-GAA-A--------TCTT-G-TGTTT-T-CA--TAT--T-TTA--T--TAA-A----AATAC---C----C------AAAATCC------------A--AAGG--AT-----------C----------T---------------A----------CA-----T-T-----A-----CAAG-T--T-A-------TTAAGAA---A-----G------GGGG--------------GG-------G---G-T-T---------------AC-GG-AAGT---C-CT-G--T--------C-----A-AG-CA---------------------CTT-----AGA-------TTCTTTTT-TA--A-AAATAAAAGAA-ATTGAT-A--AT-TC-A----TAGGAAG--A--A-TAAAT-GTGATCT---AT----ACCAT-TAA-T-TT-ACA-GGA-TAC-A-TGTACcagaa
gi|10 : aTTTGAAAC-C-T-A--C---G-G----GGGA---AA---AAAA--------TGA-GTAATTAG--TGAAAGCA-TATACTTTTGTG-----C-TG-AAGAAA-TATTGAAGAAA-ATAAAAA---TTAT--GAC--AGTAAA--T--G--CAC--GAT--TGT----TTT------C--C-A--CCTCAAA-AC-T-T-T---TAAA---G--C----TCATTG-A---CC-CCTTG-ACTT---C-ACGGG----TG---------------------CT---TG-TGGC---------C-A--GGA-CTC--CGGTA-AACA----C-CC--CCC--------CCCC-CC-TTT-ctcg
gi|9 : -A--C---A-A----AAAA---GAGAGAAGA--------TAATGAA--TA---TCATATCC-TTTAA----GTG-----C-T--AG--AA-TGTTG-AAGAA--TCAAAAATTTCAT--G-------GAT--T--A--TA---CAT--T-TATTGTTT------T--AAC--CCTC--A-AC-T-T-T---TAAAAGCG--C----T-ATTG-A---CTTCC-AG-ACTC---CCACAGG----TGCCTT------CA--AGC-AAGCT---TG-G-GG---------C-A--GGT-TTCT-T-----GTTA----C-CC--CCC--------CCCT-CT-TTT-ATG---CG-------T-T-------TT---T-T----AT--A-A---T--CG-G-T--G-AT----GACAT--TTC--T-AA-A----A-A--A---AT-TG-TTTTGAA-TGC-CCG----AG-A-T-T--GT-GA-A---A--TGCA---------------------CTCTG-AATG--T-TGCA--TAT--C-T--ATT--AAG-A----AAT-----A----A------A----CCCGTAACAAA---G--GA----AT-----------A----------T---------------G----------CA-----T-T-----C-----AAA--T--G-A-------T-----A---A-----A------GGGG--------------GG-------G-T-G-T-TA--------------CCCGG-AAGT---C-CT-G--TC-----A-C-----A--G-CAC----CT-GTGAA---TAAATCTT-GGCGTCT---T--TTTCATTTT-TA--ccgttctaaatgtgaacgtttcattttgatgctttatggagatttgtgcaattgcattgaaactgaatagattcttttattaaaaatacacccgaaatagccaagaatatacattcagaaaaaatataatagggggttggggttggggttggggtggttaccagcaagtcctgtcaacaatc
gi|15 : ctgctgttttatcgaaaaaaggaaaA--ATTG----T--A--CA---ATT--T-T----TTT------T--CAAAACCTC--A-AC-T-T-T---TAAA---GC-C----T-ATTGAA---CT-CC-AG-ACTC---CAACAGG----TGT-TT------CA--AGC-G-TCT---TG-TGGG---------CAA--GGA-TTTC-TGGTAAACCA----CACC--CCT--------CGCT-TC-TTTGATGAA-CG-------T-TCAC--TTTT---T-T----AT--A-ACTCT--CCCG-G-TG-GT----GACAT--TTC--TCAATA----A-ACGG----T-TT-T----GA-TGCGA------AG-A-T-TG-CTCGC-A------TGCATTG-AACT-GAT-AA----A-CTCTG-A-TT--T-TACA-CTCT--T-TTA--T--TAACA----AAT-----A----C------A----CCTT----------G--AA----ATTACAAAGGA--A----------TA--------------A----------TAATT--T-C-----A-----AAAC-T--T-A-------T-----AC--A-----GCA----AGGGTG---------GTTGG-------G-ataaa
gi|17 : AA--T--G--TAC--AAT--T-T----TTT------TT-CAA--CCTC--A-AC-T-T-T---TAAA---G--CC---T-ATTG-A---CT-CC-AG-ACTC---C-ACAGG----TGT-TT------CA--AGC-G-TCT---TG-TGGG---------C-A--GGA-TTTC-TGG--TAACA----C-CA--CCC--------CCCT-TC-TTT-ATGAA-CG-------T-TCAC--TTTT-----T----AT--A-A---T---CGG-T--G-GT----GACAT--TTC--T-AA-A----A-ACGG----T-TT-T----GA-TGC-G------AG-A-T-TT-GT-GC-A---A--TGCATTG-AACT-GCATAA----A-CTCTG-A-TT--T-TACA--TAT--T-TTA--T--TAA-A----AAT-----A----C------A----CCTGAAATACCAAAG--GA----AT-----------A----------T---------------A----------TA-----T-T-----C-----AAAA-T--T-A-------T-----A---A-----GA-----AGGGTGG--------GTTGG-------G-g
gi|11 : T--T-T----TTT------C--CAATACATC--A-AC-T-T-TGTTTAAA---G--C----T-ATTG-A---CT-TC-AG-ACTCT--C-AC-GT----TGC-TT------CA--AGC-AGCCT---TG-TGGG---------C-A--GGATTTCT-GAAC---GTA-----------------------------TTT-A------------------------TT---TAT--------------T--CC-G-T--G-AT----AATAT--TTC--T-AA-A----A-ACGG---GT----T----AA-TGC-G------A--A-T-TT-GT-GTAA---A--TGCATTG-AACT--AT-AT----A-CTCTG-A--G--T-TGCA-TAAT--T-TT--TT--TAA-A----AAT-----A----C------A----CC------------G--GA----AT-----------A----------TCAAGGA---------A----------TATACATT-C-----A-----AAAC-T--T-A-------T-----A---A-----GAAT---GGGGG----------A--GG-------G-G-G-CATA--------------CC-GA-AAGT---C-CT-G--TC-----A-C-----A-AG--AC----CT-GT-AA---TAAATC-T-GGTAAGT---C--TTTTCATTT-TA--T-AAAA---AATA-ATT-AT-A--AATTA-ATT--TA-GAAA--A--ATT-AAT--TA-TTT---AT---TACC-TCTAA-T-TTAACA-G-G-TA--G-T-TACACTg
gi|19 : tA--CCTC-------T-T-T---TAA------------T-ATTA------T-CC-AA----T---C-ACAG-----TGC-TT------CA--AGC-A-TTT---T---TGG---------C-A--GGA-TT--------TGGTAACCAC-CC--CCT--------CCCC-TC-TTT-ATA-A-CG-----------ATAATTTT---TTT-------------------TA-T-TG-AT----GACAT--TTC----AA-A----A-ACTG----T-TT-T----AT-TG--C------GG-A-T-TT-GT-GT-A---A--TGCATT-----T-GAA-TT----A--TCTT-C-TG--T-T-TC-ATAT--T-TTA--T--TAA-A----Aggct
gi|18 : accctggctgttttaaacatcacggaaaaaaaaaagaagagttttgctgcttaagacatttgaagagtttgtattG-A---CT-CA-AG-ATTTAATC-ACAGG----TG--TT----------------------TG-TGGA---------C-A--GGG---CT-T--C-CGGTA----------CCC--------CCTT-TT-CTT-ATT-A-TT-------T-T--TGAATGT---TAT----CT--A-A---T--TCTG-T-GG-GT----tac
gi|27 : ttaataattggtgatatgacatttttaaaacggtttttaatcgagattttgtgcattgcattgaaatgaatgtactctgaggttgcatatttattaaaaatacacccgaaatTT---C-ACAGG----TG--CTTGTGGACA--GG--A-CTT---TG-TGGA---------C-A--GGA---CT-TA-CGTAACA----C-CCCCCCC--------CCCC-CC-TTT-ATA-A-ttttcattttataaacagaagttataggcctacataataatggccttgtaaaa
gi|26 : aaaTT---C-ACAGG----TG--CTTGTGGACA--GG--A-CTT---TG-TGGA---------C-A--GGA---CT-TA-CGTAACA----C-CCCCCCC--------CCCC-CC-TTT-ATA-A-taaatcttggtaaggtcttttttcattttataaaaaagaaattataaaataatagaaaccaacataatgtatttatga
gi|5 : aaaA--AGA-A-TCTAAGTGCTTGA---------C-A--GGACTTCCGTAAC----------C-CC--CCC--------CCTT-TC-TTA-ATA-A-C----------------TTGT---AAT----GT--AGA---T--CCTT-T-GG-ATTTTGGGTAT-TTTTAAT-AA-A----ATATGA---A----------AA-CAC-A------AG-A-T-TT-----C-A---T--TTCAC---AC----AA-------A-TTCTC-G-CA--T-T-AA-A-AC--C-TT--TT--TAG-A----AATGTCA-T----C------A----CC------------G--------AT-------------------------------------------------TA-----T-TAAAAAA-----AAAA-T--T-ACGTTCATT-----AAAGA-----G------GGGAG----------G--GG-------G-T-G-T-T---------------AC-AG-AAAT---C-CT-G--taaatcttggtaaggtcttttttcattttataaaaaagaaattataaaataatagaaaccaacataatgtatttatga
gi|16 : acccgcatattttaaacacatacaaaaaaaggaatgtacagaatcctttatcatagtgttaagaaatgttgaagaaatcatattataagacattgaatgatcaaattgtttctaactcaatttataaagcctgatattctccagactccaagtgcttcaagcaagcttagtggagtcataatG-TGGG---------C-A--GGA-TTCT-T----TAACT----C-CC--CCC--------CCCT-TC-TT--ATG-AACG-------TATCAT--TTTT---TTT----AT--A-A---T--CGTGAT-AA-AT------------TC--T-AA-C----A-ATCG---TT-TT-T----AA-AGC-G------AGTA-T-TT-GT-G----------------------AAA-GC----A-C-CTG-A-TG--T-T--A-ACAT--A-TTA--T--TAA-A----CAT-----A----C------A----CC------------G--AA----ATACCAAAGGAACA----------T---------------A----------CA-----T-T-----C-----AAAA-TACT-A-------T-----A---A-----GAAA---GGAG--------------GG-------G-G-G-T-C-------------------G-AAGT---C-CT-G--TC-----CAC-----A-AGACAC----CT-GTGAA---TTAA--CT-GGCAAGA---A--GTCTCT--------C-ATGT-------------T-A--AA---------------A--A--A-T-AAT-GTA-TTTATAAT---GAGC-C-TAATT-TT-AC--GA---AC-A-TGT-CACTttttaaaaataaaagaaattgataattcataggaagaataaatgtgatctataccattaatttacaggatacatgtacctcg
gi|17 : C--CCA--------CCCT-TC-TT---------------------ATAATTTTGAATAT----AT--A-T---T--CCTT-T-GGTATTTCAGGTGTATTTT--T-AATA----A-A------ATATG-T----AA-AAT-C------AG-AGT-TT-AT-GC-AGTTCAATGCATTGCAC----AA-AT------CTCGC-A-T-------CA-AAAC--CGTT--TT--TAG-A----AATGTCA-C----C------A----CC------------G--ATT---AT-----------A----------A---------------A----------AA-----G-T-----G-----AACG-T--TCA-------T-----A---AAGAAGG------GGGGT----------G-----------G-T-G-T-TA--------------CC-AG-AAAT---C-CT-G--CC-----CAC-----A-AG-ACG----CT--TGAA---
gi|28 : aatgtacaattttttttcaacctcaacttttaaagcctattgactccagactccacaggtgtTTTT---TA-----AT--A-A---T--CG-G-TGAC-AT----GACAT-TTT-----AG-A----A-ACGG---TT-AA-T----A--TGC-G------AG-A-T-AT-GT-TC-A---A--TGCATTG-AAAT-AAATAC----A-CTCTG-A-GG-------------------------TAA-A----AAT-----A----C------AC---CC------------G--AA----AT-----------A----------CTCAAGGAATTTA---A----------TA-----T-T-----C-----AAAA-A--T-A-------TG----A---A-----A------AGGGC----------GTTttgggg
gi|18 : -AT----GACAT-TTTT-----A-A----A-ACGG---TT-TT-T----AA-T-C-G------AG-A-T-TTTGT-GC-A---T--TGCATTG-AAAT-GAATGT----A-CTCTG-A-GG--T-T----GCATA-T-TTA--T--TAA-A----AAT-----A----C------A----CCC-----------G--AA----AT-----------A----------CCCACAGAATTAGATAA----------CA-----T-TC----A-----AAAA-T--A-A-------T-----A---A-----G------AAAAG----------G--GG-------G-T------A--------------CC-GG-AAGC---C-CT-G--TC-----CAC-----A-AA-CAC----CT-GTGAT---TAAATCTT-G---AGT---C--TTTTCATTT-TA--T-AAAC---AGAA-GTT-AT-A--
gi|32 : ttaataattggtgatCAT-TTT---T-AA-A----A-ACGG---TT-TT-T----AAATAC-G------AG-A-T-TG-GA-AT-A---T--TGCATTG-AATAAGAT-AC----A-CTCCG-A-GG--T-TGCA--TATA-T-TTA--T--TAA-A----AAT-----A----C------A----CCC-----------G--AA----AT-----------A----------ggcctacataataatggccttgtaaaa
gi|10 : atcggcgatacgcTTC--T-AA-ATGTGA-ACGTTTCAT-TT-T----GA-TGC-TTTATGGAG-A-T-TT-GT-GC-AA--T--TGCATTG-AAAC-TGA-AT----A-----G-A-T-----T-C-----T--T-TTA--T--TAA-A----AAT-----A----C------A----CCC-----------G--AA----AT-----------AGCCAAGAATAT---------------A----------CA-----T-TCAG--A-----AAAA-A--T-A-------T-----A---ATA---G------GGGGTTGGGGTTGGGGTTGG-------GGT-GGT-TA--------------CC-AGCAAGT---C-CT-G--TC-----AAC-----A-Act
gi|25 : tttgaaacctacgggggaaaaaaatgagtaattagtgaaagcatatacttttgtgctgaagaaatattgaagaaaataaaaattatgacagtaaatgcacgattgttttccacctcaaaacttttaaagctcattgaccccttgacttcacgggtgcttgtggccaggactccggtaaacacccccccccccctttccgTTT--T-TA-A----A-ACG----AT-TT-T----AT-TGC-G------AG-A-AATT-GT-GC-A---T--TGCATTGAATTC-AAT-AT----A-ATCTG-A-GG--T-T-AA-ATAT--T-T--ATT----A-A----AATACA--C----C------C----CC------------G--AA----AT-----------ACCGCGAAATTT---------------A----------TA-------T-----A-----AAAA----T-A-------T-----A---A-----G------tc
gi|29 : t-T----AA-TGC-A------AG-A-T-TT-GT-GT-A---A--TGCATTG-AACT-G-A-AT----A-CTCTG-A-TG--T-TGCATATATAGT-TTA--T--TAA-A----AAT-----T----C------A----CCTGATATACCAAAG--GA----AT-----------A----------T---------------A----------CA-----TGT-----ACATTCAAAA-T--T-A-------T-----A---A-----G------aaaaagatttccggaaatccccttccacaaagat
gi|23 : ttC-C------AG-AAT-TT-GT-GT-A---A--TGC-TTG-ACCC-TTA-ATGTTAA-ATCTG-A-TG--T-T-CA--TAT--T----ATT--AAA-A----AACA----C----CTTAAATA----CC------------A--AAGGCAAT-----------AC---------T---------------A----------CA-----T-TCC---AC----AAAA-T--T-A-------T-----A---A-----GTAAAAGGGGGA----------GGGGG-------G-T-A-T-----------------AC-CG-AAGT---C-CT-G--TC-----CTC-----A-AG-CAC----CT-GCGAA---T---TCTT-attaaagaaaggggggggg
gi|33 : ----A-CTCTG-A-TG--T-TGCA--TAT--C-TTA--T--TAA-A----AATAAACCCGAAAC------A----CCAAA---------G--GA----AT-----------A----------T---------------G----------CA-----T-T-----C-----AAAA-T--G-A-------T-----A---A-----GA-----GGGGG----------GGGGG-------G-T-G-T-TA--------------CC-GG-AAGT---C-AT-G--TC-----attca
gi|35 : -A----AAT-----------------A----CC------------A--AAG---AT-----------A----------T---------------A----------CA-----T-T-----C-----AAA--T--T-A-------T-----A---A-----A------GGGGA----------G--GG-------G-C-G-T-TA--------------CC-GG-CAGT---CTCT-G--TC-----CAC-----A-AG-TGG----TT-ca
gi|27 : acaccctAAA-T--T-A-------T-----A---AAGG--G------GGGGG----------GGGGG-------G-T-G-T-TACGTAAGTCCTGTCCAC-A--AAGT---C-CT-G--TC-----CAC-----A-AG-CAC----CT-GTGAA---TAAATCTT-GGTAAGGTCTT--TTTTCATTT-TA--TAAAAA---AGAA-ATT-ATAA--AA-TA-A----TA-GAAACCAACA-T-AAT-GTA-TTT---AT---GAaaacctatgtggca
gi|26 : AAA-T--T-A-------T-----A---AAGG--G------GGGGG----------GGGGG-------G-T-G-T-TACGTAAGTCCTGTCCAC-A--AAGT---C-CT-G--TC-----CAC-----A-AG-CAC----CT-GTGAA---TAAATCTT-GGTAAGGTCTT--TTTTCATTT-TA--TAAAAA---AGAA-ATT-ATAA--AA-TA-A----TA-GAAACCAACA-T-AAT-GTA-TTT---AT---GA
gi|10 : -----A---A-----G------GGGGG----------GGGGG-------G-T-G-T-TT--------------AC-CG-GAGT---C-CTGG--CC-----A-C-----A-AG-CAC----CC-GTGAA---
gi|7 : tttgaaacctacgggggaaaaaaatgagtaattagtgaaagcatatacttttgtgctgaagaaatattgaagaaaataaaaattatgacagtaaatgcacgattgttttccacctcaaaacttttaaagctcattgaccccttgac-G-T-TA--------------CC-GA-AAAT---C-CT-G--CCCACAAAGCTACTGA-AG-CAC----CT-GTG------AAGTCTT-GGtccgttctaaatgtgaacgtttcattttgatgctttatggagatttgtgcaattgcattgaaactgaatagattcttttattaaaaatacacccgaaatagccaagaatatacattcagaaaaaatataatagggggttggggttggggttggggtggttaccagcaagtcctgtcaacaatc
gi|6 : ttcctaacaattttacgtttccgtagtaattttcgctgagatagattttcacttttacttagcctaggtaaaaagcattgccgataattctccgagtgaaacactactcaattaccgattttcacatggtgaaaatagtagtctactattgtggcataatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcgtattaatctatatcatgcctgcaaacaaggaaacccaaacctgcatgttttaaaccatatcccaaaagagaacataatgaatatataatcctttaagtgcctaagaaatgttgaatgaaatcaaaattatgaacatgaatgtacaattttatccaacctcaacttttaaagccattgact-G-T-TA--------------CC-GA-AAAT---C-CT-G--CCCACAAAGCTACTGA-AG-CAC----CT-GTG------AAGTCTT-GGc
gi|22 : ttcctaacaattttacgtttccgtagtaattttcgctgagatagattttcacttttacttagcctaggtaaaaagcattgccgataattctccgagtgaaacactactcaattaccgattttcacatggtgaaaatagtagtctactattgtggcataatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcgtattaatctatatcatgcctgcaaacaaggaaacccaaacctgcatgttttaaaccatatcccaaaagagaacataatgaatatataatcctttaagtgcctaagaaatgttgaatgaaatcaaaattatgaacatgaatgtacaattttatccaacctcaacttttaaagccattgactG-AAGT---C-CT-GTTCC-----GAC-----A-AG-CAC----CTTGTGAAA--TAAATCTT-GGCAAGA---TGCTTTTCATTT-TA--T-AAAA---AGAAGATT-AT-A--AA-TACA----TA-GAAA--A--ATT-AATCGTA-TTT---GT---GAGCTT-TAATT-TT-ACAGGAA-TACAA-TGTACAc
gi|31 : AGT---C-CT-GGTTC-----AAC-----A-AG-CGGAGCACT-GTGAA-----AATCTT-GG-AAGT---C--TTTTATTTTATAATT-AAAT---AGA---TT--T-A-----TC-A----TA-GAAA--A--A-T-AGT-GTA-CTT---GC---GAAT-T-Tactggctttaacactgagtctgtcctgcatataccaagtaatgtt
gi|1 : ggcTTT-TA--T-AAG----AGGA-ATT-AT-AGGAG-TA-AAGTGTA-GAAA--A--A-T-AAT-G---TTT---GT---GACA-T-TAA-TGTT-ACG-GAT-AAC-A-TGtggactttttac
gi|41 : aacaatttttagcgggtttcgtaggtagattgtattgtctgaggatacatgtttttcagctatttactgtagcgtataggtaagaagcaggcgataattctccgagtgaagcgacatgtctcaagtgtaccgattttcacatggtgaaaaatagtagtcataacctagattgtagcatataaaggacgaacctaattcttcaagacgcaacaaggttgtcgtatgaaaaatgagtattaaaatcacgaattcatgccgatgaaaagcaaaggaccgcagagagccgcgcatgttttaaacatacccggaaaaagagaggattacgaatacctttagataatgtgtttaaggaaagtgttgaacgaagataaaattatggacattgaaattgtacagagtttgtttcggcaactcagatttttaagcctattgaaagttccaggactccacaggtgcctgtccaagcaagcttgtgggcaatggatttgtgggtaacaccgcccgccgccatcccctctttaagtcgaaccggatattgtgttgttttgataataggctggtgatgacatctttagaaagacggtttgttaattgcagaatttgtgtaatgcattgagcttaagtgtattgaatgtggtaatattttattaaagatgacaccgttaaatacaaaggagatatgaagtcgatatgtgtacagttcagagattatttagagaaaggggggggggacggtaggtgctggtccctcaaaggcagcctgatgattctggtgca--A-T-AAT-GTA-TTT---ATAATGACC-T-TAA-T-TT-ACA-TAA-TAC-A-TGTACACTgtagccaagctggctttaaacatgtgcgagtcgtgagttggtgtcctgtactgtaacatgtatgctcttcgtggtcagaacagaa
6 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): AATCACTATTTGGTGCACAATGATATTCTTAAAATACAGTTTCATGCAAGATTTGGTTATCCTATAATAAAAACACTGATAAGTTACATATTTTCTTTAAAACACACCTAAAATACCCAAGAAATTAAACATTAAAATATAAGGAAGGGAGTACCGGAAG
Unaligned ( gi|34 ): AAAATGTAGAAAAAAGAATTCATTTATGAGCTAAATTTACAGCATACATAACATGTACTCTGACTTTAACAACTGAGTTTGTCCTGTATGTACCAGTATG
Unaligned ( gi|37 ): AATTTTTTTTTCAAAACAGCCACACTTTGTTTGAAGATATTGATTCAGTAATGGTGGTTCAGGCAGCTGGCTT
Unaligned ( gi|38 ): ATCTGCATCACGAGTTTGCCTGATTACCCAGTATGTCCTATGTATCTCTTTCATGTCGATAGAA
Unaligned ( gi|39 ): TTTAAAACACTCTGCATCAGTGAGTTGTCCGTAATGTACATGATCTTCTTTGTCAGATCAGAAA
Unaligned ( gi|42 ): ACATTGTACCATTAATGTATCTTTTGTTTAGACAGAA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 444444444444444444444 11 11111111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 222222222222 11111111 11 1111 11111111 11111111 222222 1 11111 1111111111111 1111 1111111 222 444444444444 11111111 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111 1 22222222222222 2 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1111111 3333333333333333 3333333333333333333333333333333333333 2222222 1111111111111 1 11111
lowQualScore : 4 4 4 222222222222222222222 55 66666 1 3 1 1 1 333 5 5 33 9 44444444 99 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111111111 66666666 00 3 3 6 9 44 5555 5 0 6 5 77 555 1111 00000000 555 6666666 3 0 4 44444444 3 666666 9999999 88 3 1 3 777 55 44444 44 44 3 44 0 555 44 3 3 5555555555555 33 0 33 2 2 2 2 555 555 66 4444 2 0000000 8 2 2 2 2 88 555 77 777 2 99999999 2 33 2 555555555555 3 11111111 555 3 555 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 44 55555 2 2 2 2 2 2 55 33 666666 2 4 2 2 2 44 888 11111111111111 3333 2 5555 2 22 0 6 8888 66 9 22 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 3 22 0000000 22 6666666666666666 33 22 6666666666666666666666666666666666666 666 2 88888 33 6 2 2 777 2 2 777 0 2 33 1111111 3 3 44 99 555 44 2 1 33 3 6 3333333333333 3 99 88 9 3 3 3 555 555 1 0 3 8 8 4 00000 4 4
lowQualScore : . . . ..................... .. ..... . . . . . ... . . .. . ........ .. ............................................................................................... ............ ........ .. . . . . .. .... . . . . .. ... .... ........ ... ....... . . . ........ . ...... ....... .. . . . ... .. ..... .. .. . .. . ... .. . . ............. .. . .. . . . . ... ... .. .... . ....... . . . . . .. ... .. ... . ........ . .. . ............ . ........ ... . ... ....................................................... . .. ..... . . . . . . .. .. ...... . . . . . .. ... .............. .... . .... . .. . . .... .. . .. ........................................................................................................................ . . .. ....... .. ................ .. .. ..................................... ... . ..... .. . . . ... . . ... . . .. ....... . . .. .. ... .. . . .. . . ............. . .. .. . . . . ... ... . . . . . . ..... . .
lowQualScore : 4 4 8 555555555555555555555 00 77777 7 3 7 7 7 000 0 0 55 9 88888888 66 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 999999999999 88888888 11 1 1 2 2 66 1111 7 1 2 7 99 000 1111 44444444 444 0000000 6 5 3 00000000 6 222222 3333333 66 6 9 6 000 55 77777 66 66 3 66 4 888 22 1 1 8888888888888 99 7 99 9 9 9 9 000 000 88 6666 9 5555555 6 9 9 7 7 88 000 99 222 7 77777777 7 77 7 111111111111 1 22222222 444 3 777 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111 8 88 44444 4 4 4 5 2 2 33 11 444444 2 2 1 1 1 66 777 66666666666666 8888 0 5555 0 88 0 0 2222 55 6 88 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 9 8 66 2222222 66 5555555555555555 88 99 2222222222222222222222222222222222222 111 2 66666 11 1 4 7 999 9 9 999 9 9 44 8888888 2 1 22 00 444 22 2 0 77 3 2 6666666666666 3 22 55 2 1 1 1 444 444 0 9 6 0 0 0 88888 0 0
consensus : TTTTCA-CT-TTTACT--------T---C--GGT--GAAA--AAGCA--A--GCG-ATAA-TTCTC-C-GAGTGA-A---ACACTACTCAA-T-TACCGATTTT-CACCTGGTGAA----AA-TAGTAGT---CATNAN-----T----------TGTGGCG-TA---ATNAANNACGAACCCNNTNCTCCA-GACNCAANANGN--GNNNNNTGAAAAA-----GCGTATTA------A---A-ATCA--------TGCCG-TGAAAA-C-AAA-GGA-CC-CAAA---CC-TGCATGTTTTAAAC-CAT-A--C---GA----AAAA--------AA---A---A-G-A-TAATGAATATAAA----ATC-CTTTAN-----GTG-----C-T--AAGAAA-TGTTGAANGAA-ATCAAAA---TTAT--GAA--ANTGAA--T--G-T--ACA---A--TT-T-TTT------C--C---AA--CCTC--A-AC-T-T-T---TAAA---G--C----T-ATTG-A---C-TCC-AG-ACT-C-C-ACAGGTG-CTT---CA--AGCA--CTT-GTGGG--------C-A--G-GATTTTTGG---GTAACAC-CCCCC--------C---CCTTC-TTT-A-TG----A-C--G-T--T-AT--T------T-TTTAT---ATAA---TC--C-GTTG-ATGACAT-TTTCT--AA-AA-ACG-GNTT-TTAA-T--G--C------G-AG-AT-TT-GT-GC-A-A-TGCATTGAAC-TG-AA-AT----A-C--TCTG-A-T--G-T--TGCA-TAT----TTTA-TTTA--AAAAT-A---------C-------A---C---C-------------GA----------A----A-T-------------A----------T---------------AC-A--T-T---A------A-AAA-T--TAT-------A--A-----G----------GGGG-GG--GGGT-------------GT-TA-C-------CGG------AAGT---C-CTG-----T--CCACA-AG-CA---C-CT-GTGAA---TAAATCTT-GGTAAG---TT--TTTTCATT-TT--AT-A---A--AAAGAA-ATT-AT-A--AA-TA-A----TA-GAAA--A--A-T-AAT-GT-ATTT---AT---GAGC-T-TAA-T-TT-ACA-GAG-TAC-A-TGTACACTT
Reference ( family-1299 ) : TTTTCA-CT-TTTACT--------T---C--GGT--GAAA--AAGCA--A--GCG-ATAA-TTCTC-C-GAGTGA-A---ACACTACTCAA-T-TACCGATTTA-CACGTGGNGAN----AA-TAGTAGT---CNNNNN-----T----------TGTNGCG-TA---ATNNNNNNNNNGCCCNCNNNCCCG-GANNCANNNNNN--GNNNNNTGANA-------GCGTATTA------A---A-ATCA--------TGCCN-TGAAAA-C-AAA-GGA-CC-CAAA---CC-TGCATGTTTTAAAC-CAT-A--C---GA----AAAA--------AA---A---A-G-A-TAATGAATATAAA----ATC-CTTTAN-----GTG-----C-T--AAGAAA-TGTTGAAAGAA-ATCAAAA---TTAT--GAA--ANTGAA--T--G-T--ACA---A--TT-T-TTT------C--C---AA--CCTC--A-AC-T-T-T---TAAA---G--C----T-ATTG-A---C-TCC-AG-ACT-C-C-ACAGGTG-CTT---CA--AGCA--CTT-GTGGG--------C-A--G-GATTCTTGGC--GTAGCAC-CCCCC--------C---CCTTC-TTT-A-TG----A-C--G-T--T-AT--T------T-TTTAT---ATAA---TC--CTGTNG-ATGACAT-TTTCT--AA-AA-ACG-GNTT-TTAA-T--G--C------G-AG-AT-TT-GT-GC-A-N-TGCATTGAAC-CG-AA-AT----A-C--TCTG-A-T--G-T--T-CA-TAT----TTTA-TTTA--AAAAT-N---------C-------A---C---C-------------GA----------A----A-T-------------A----------T---------------AC-A--T-T---A------A-AAA-T--TAT-------A--A-----G----------GGGG-NG--GGGT-------------GT-TA-C-------CGG------AAGT---C-CTG-----T--CNACA-AG-CA---C-CT-GTGAA---TAAATCTT-GGTAAG---NT--TTTTCNTT-TT--AT-A---A--ANAGAA-ATT-AT-A--AA-TA-A----TA-GAAA--A--A-T-AAT-GT-ATTT---AT---GANC-T-TAA-T-TT-ACA-GAG-TAC-A-TGTACACTT
gi|1 : TTTTCAGCTATTTACTGTAGCGTAT---A--GGT---AAG--AAGCA--G--GCG-ATAA-TTCTC-C-GAGTGA-AGCGACATGTCTCAAGTGTACCGATTTT-CACATGGTGAA----AAATAGTAGT---CATAACCTAGAT----------TGTAGCA-TA----TAAAGGACGAACCTAATTCTTCAAGACGCAACAAGGTTGTCGTATGAAAAAT----GAGTATTA------A---A-ATCACGAATTCATGCCGATGAAAAGC-AAA-GGA-CCGCAGAGAGCCGCGCATGTTTTAAAC--AT-A--CCCGGA----AAAA--------GA---G---A-GGA-TTACGAATA----------C-CTTTAGATAATGTG-----T-TTAAGGAAAGTGTTGAACGAA-GATAAAA---TTAT--GGAC-ATTGAAATT--G-T--ACA---GAGTT-TGTTT------CGGC---AA--C-TC--AGAT-T-T-T---TAAG---C--C----T-ATTG-AAAGT-TCC-AGGACT-C-C-ACAGGTG-CCTGTCCA--AGCAAGCTT-GTGGG--------C-AATG-GATTTGTGG---GTAACAC-CGCCCGCCGCCATC---CCCTC-TTT-A-AGTCGAA-CCGG-A--T-AT--TGTGTTGT-TTTG----ATAA---TAGGCTGGTG-ATGACATCTTTAG--AA-AG-ACG-GTTTGTTAA-TT-G--C------A-GA-AT-TT-GT-GT-A-A-TGCATTGAGC-TT-AA-GT----G-T--ATTG-AAT--G-TGGT-AA-TAT----TTTA-TT-A--AAGAT-GA--------C-------A---C---CGTTAAATACAAAGGA----------G----A-T-------------A----------TGAAGTCGATATGTGTAC-AGTT-C---A------G-AGA-T--TATTTAGAGAA--A-----G----------GGGG-GG--GGG------------------A-C-------GGT------AGGT---G-CTGGTCCCT--CAA-A-GG-CAG--C-CT-G---A---TGATTCT--GGTG-------------CATT-TT--AT-A---A---GAGGA-ATT-AT-AGGAG-TA-AAGTGTA-GAAA--A--A-T-AAT-G---TTT---GT---GACA-T-TAA-TGTT-ACG-GAT-AAC-A-TG
gi|10 : aacaatttttagcgggtttcgtaggtagattgtattgtctgaggatacatgtTTTGAAAC-C-T-A--C---GGGGG-AAAA--------AA---A---T-G-AGTAATTAGTG-AAAGCATATA-CTTT-T-----GTG-----C-TG-AAGAAA-TATTGAAGAAA-ATAAAAA---TTAT--GAC--AGTAAA--T--G-C--ACG---A--TTGT-TTT------C--C----A--CCTCAAA-AC-T-T-T---TAAA---G--C----TCATTG-A---C-CCCTTG-ACT-T-C-ACGGGTG-----------------CTT-GTGGC--------C-A--G-GACTC-CGGT--A-AACAC-CCCCC--------C---CCCCC-TTT-C-CG---------------------------T-TCTA------AA--------TGTGA-ACG-----TTTC--------------ATT-TTGA-T--G--CTTTATGG-AG-AT-TT-GT-GCAA-T-TGCATTGAAA-CT-GA-AT----A-------G-A------T--T-C----T----TTTA--TTA--AAAAT-A---------C-------AC--C---C-------------GAAATAGCCAAGA----A-T-------------A----------T---------------AC-A--T-TCAGA------A-AAA-A--TAT-------AATA-----G----------GGGGTTG--GGGTTGGGGTTGGGGTGGT-TA-C-------CAGC-----AAGT---C-CTG-----T--CAACA-Agtagccaagctggctttaaacatgtgcgagtcgtgagttggtgtcctgtactgtaacatgtatgctcttcgtggtcagaacagaa
gi|11 : --TT-T-TTT------C--C---AATACATC--A-AC-T-T-TGTTTAAA---G--C----T-ATTG-A---C-TTC-AG-ACT-CTC-AC-GTTG-CTT---CA--AGCAGCCTT-GTGGG--------C-A--G-GAT------------------------------------TTC-T------G----AAC--G-T----AT--T------TATTTAT----------TC--C-GT-G-ATAATAT-TT-CT--AA-AA-ACG-GGTT---AA-T--G--C------G-A--AT-TT-GT-GT-A-AATGCATTGAAC-T--AT-AT----A-C--TCTG-A----G-T--TGCA-TAA----TTTT-TTTA--AAAAT-A---------C-------A---C---C-------------GG----------A----A-T-------------A----------TCAAGGAATAT-----AC-A--T-T---C------A-AAACT--TAT-------A--A-----GAATG------GGGG-AG--GGG--------------GCATA-C-------CGA------AAGT---C-CTG-----T--C-ACA-AG--A---C-CT-GT-AA---TAAATCT--GGTAAG---TC--TTTTCATT-TT--AT-A---A--AAAATA-ATT-AT-A--AATTA-ATT--TA-GAAA--A--ATT-AAT--T-ATTT---AT---TACC-TCTAA-T-TTAACA-G-G-TA--G-T-TACACTtc
gi|12 : tTTTTCG-CT-TTTACT--------T---G--GGC---AAA--AAGCA--T--GCG-ATAA-TTCTC-C-GTGTGA-A---ACACTACTCAA-T-CACCAATTTA-CACCTGGGGAT----AA-AAGTAGT---CATAAC-----C----------TATTGTG-TC---ATATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNN-------GCGTACTAGTAACAA---A-ATCA--------TGCCA-TGAAAA-C-AAA-GGA-CC-CAAA---CC-TGCATGTTTTAAAC-CAT-A--C---GAAAAGAAAA--------GA---A---A-G-A-TAATGAATATAAA----ATC-CTTTA------GTG-----C-T--AAGAAC-TGTTG-AAGAA-ATggct
gi|13 : atttcctacaactttacgtttctgtagtgattttcttgagatagatCG-TGAAAA-C-AAACGGA-CC--AAA---CC-TGCATGTTTAAAAC-CATAA--C---GG----AAAC--------AG---A---A-tcatctaatttgatgaccacataactc
gi|14 : catctctacaagcttttacgttccgtagtagtgtctcttgagatagatttttcacttgttaaatctgtggttcgaaaaagcatgcgcattaatatttcttgatgtggacctgactctcaacttcatacttatgccgatctctgtcaacctggggatgaaatgttagctgcctcattaatcttgtgtagagatatattagaaaacacgacaagtttactctcgaacactccgaaagagaatagtgtataaaaaaaacgacaataaagttatcgcgtaatattgaccaattCG-TGAAAA-C-AAACGGA-CC--AAA---CC-TGCATGTTTAAAAC-CATAA--C---GG----AAAC--------AG---A---A-
gi|15 : catctctacaagcttttacgttccgtagtagtgtctcttgagatagatttttcacttgttaaatctgtggttcgaaaaagcatgcgcattaatatttcttgatgtggacctgactctcaacttcatacttatgccgatctctgtcaacctggggatgaaatgttagctgcctcattaatcttgtgtagagatatattagaaaacacgacaagtttactctcgaacactccgaaagagaatagtgtataaaaaaaacgacaataaagttatcgcgtaatattgaccaatt--T--G-T--ACA---A--TT-T-TTT------T--TCAAAA--CCTC--A-AC-T-T-T---TAAA---GC-C----T-ATTGAA---C-TCC-AG-ACT-C-CAACAGGTG-TTT---CA--AGCGT-CTT-GTGGG--------CAA--G-GATTTCTGGT--AAACCACACCCCT--------C---GCTTC-TTTGA-TGA---A-C--G-T--TCAC--T------T-TTT-T---ATAACTCTC--CCGGTG-GTGACAT-TTCTC--AATAA-ACG-G-TT-TTGA-T--G--C------GAAG-AT-TG-CTCGC-A---TGCATTGAAC-TG-AT-AA----A-C--TCTG-A-T--T-T--TACACTCT----TTTA-TTAA--CAAAT-A---------C-------A---C---CTT-----------GA----------A----A-T------------------------T---------------AC-A--------A------AGGAA-T--AAT-------A--A-----
gi|16 : aat-GTGGG--------C-A--G-GATTCTT------TAACTC-CCCCC--------C---CCTTC-TT--A-TG----AAC--G-TATC-AT--T------T-TTTTT---ATAA---TC----GT-G-ATAA-AT-T--CT--AA-CA-ATC-GTTT-TTAA-A--G--C------G-AGTAT-TT-GT-G------------------A-AA-GC----A-C---CTG-A-T--G-T--T-AA-CAT----ATTA-TT-A--AACAT-A---------C-------A---C---C-------------GA----------A----A-TACCAAAGGAAC--A----------T---------------AC-A--T-T---C------A-AAA-TACTAT-------A--A-----GA---------AAGG-AG--GGGG-------------GT-C------------G------AAGT---C-CTG-----T--CCACA-AGACA---C-CT-GTGAA---TTAA--CT-GGCAAGAA-GT--CTCTCATG-TT--A-----------------------------------------AAA--A--A-T-AAT-GT-ATTTATAAT---GAGC-C-TAATT-TT-AC--GA---AC-A-TGT-CACTtttcaaaacttatacagcaagggtggttgggg
gi|17 : AA--T--G-T--ACA---A--TT-T-TTT------TT-C---AA--CCTC--A-AC-T-T-T---TAAA---G--CC---T-ATTG-A---C-TCC-AG-ACT-C-C-ACAGGTG-TTT---CA--AGCGT-CTT-GTGGG--------C-A--G-GATTTCTG----GTAACAC-CACCC--------C---CCTTC-TTT-A-TGA---A-C--G-T--TCAC--T------T-TT--T---ATAA---TC----GGTG-GTGACA--TTTCT--AA-AA-ACG-G-TT-TTGA-T--G--C------G-AG-AT-TT-GT-GC-A-A-TGCATTGAAC-TG-CATAA----A-C--TCTG-A-T--T-T--TACA-TAT----TTTA--TTA--AAAAT-A---------C-------A---C---CTGAAATACCAAA-GG----------A----A-T-------------A----------T---------------AT-A--T-T---C------A-AAA-T--TAT-------A--A-----GA---------AGGG-TG--GGTT-------------G
gi|18 : -ATGACAT-TTTT----A-AA-ACG-GTTT-TTAA-T-----C------G-AG-AT-TTTGT-GC-A-T-TGCATTGAAA-TG-AATGT----A-C--TCTG-A-G--G-T--TGCA-TAT----TT-A-TT-A--AAAAT-A---------C-------A---C---CC------------GA----------A----A-T-------------A----------CCCACAGAATTAGATAAC-A--T-TC--A------A-AAA-T--AAT-------A--A-----G----------AAAA-GG--GGGT-----------------A-C-------CGG------AAGC---C-CTG-----T--CCACA-AA-CA---C-CT-GTGAT---TAAATCTT-G---AG---TC--TTTTCATT-TT--AT-A---A--ACAGAA-GTT-AT-A--ggg
gi|19 : ttaataattggtgatA--CCTC-------T-T-T---TAA------------T-ATTA-------TCC-AA-----T-C-ACAG-TG-CTT---CA--AGCA--TTT-TTGG---------C-A--G-GATT--TGGT--A-ACCAC-CCCCT--------C---CCCTC-TTT-A-TA----A-C--GAT--A-AT--T------T-TTTTT---A-------------TTG-ATGACAT-TT--C--AA-AA-ACT-G-TT-TTAT-T--G--C------G--G-AT-TT-GT-GT-A-A-TGCATT-----TG-AA-TT----A----TCTT-C-T--GTT--T-CA-TAT----TTTA-TT----AAAAT-A---------C-------ggcctacataataatggccttgtaaaa
gi|2 : accctggctgttttaaacatcacggaaaaaaaaaagaagagttttgctgcttaagacatttgaagagtttgtattTTTTCA-CT-TTAACT--------T---A--GGT--GGAATAAAGCA-----TCG-ATAAATTATT-T-GA-TGA-C---ACACTACTCAA-T-TTATGTTTCA--ACCTGGT--A----AA-TAGTAGTATATATAGC-----T----------TATTCTG-TG---GCTATAAAATAACCCATTTCTCCA-GACTCAATAGTT--GTTTTTTGAAAAAAAATTGCGTTTTTT-----A---A-ATCT--------TCCTA-TGAAAA-CTAAA-GGATCC-CAA-----C-TG-ATGTTTTAAATATAT-A--C---GA----AAAATATAAATAAA---AGAGA-G-A-TAATGAATATATA----ATC-ATTT--------TG-----C-T--AAGAAA-TGT-GAAGAAG-ATCAAAA---TTTT--TGACCATTGAA--T--G-T--A-A---A--TT-T-TTTGTATCTC--G---AA--CCTC--A-AC-TATAT---TAAA---G--CC---T-ATTG-A---G-TCC-AG-GAT-C-C-ACAGGTG-TTT---CA--AGCG--CTT--TGGC--------T-A--G-GA----TG----GTA--AC-CCCCT--------CATGCCTTT-TTT----------------------T--T------T-TTTAT---GT------------TCA-ATG-------------------CGAGATT-TTG-----------------------TT-G---C-A-A-TGCATTGAAC-TGTAT-AC----ATC--TCTG-A-T--G-T--TGTATTAT----TTTA-TTTAATAAAAT-A---------C-------AAT-CCCGC-------------GA----------A----A-TACCAATAGAATTAA----------T---------------ACTA--T-T---C------A-AAATT--TAT-------A--A-----GAAGGGGT---GGGG-GG--GGGTGGGGGAGGAGTA-GT-TA-C-------CGG------AAGTAAGT-CTG-----T--CCACAGAA-CA---C-CT-GTGAC---TAAATCTTCGGTCAA---TT--------TT-TT--A--A---A--ATA------T-AT-AG-AA-TA-A----TT-AGAA--A--A-T-TAT-GC-ATTC---AT---TGAC-C-TAA-T-TT-ACA-GTGAAAC-ATTGTACACTT
gi|20 : attccttacaactttatgtttcgtagctaattttcttgagtatatgaA--AAGCA--A--GCG-ATAA-TTCTC-C-GAGTGA-A---ACACTACTtgct
gi|20 : atctcctacagcttacgtttcccgttagtaattttcttgaggagagatttttcact-------GCGTATTA------A---A-ATTAC-------TACCA-TGTAAA-C-AAA-G-A-CC-CAA----CC-TGCATGTTTAAAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgcgtattaaaattactaccatgtaaacaaagacccaacctgcatgtttaaaa
gi|21 : atctcctacagcttacgtttcccgttagtaattttcttgaggagagatttttcactaaagcaagcgataattctccgagtgaaacactactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatGT--GAAA--AAATA--A--GCG-ACAA-TTCTT-C-GAGTGA-A---ACACTACT
gi|21 : atctcctacaagcttacctttccgtcgtaattttcgtgagaaagataaaTA------A---A-ATCA--------TGCCA-TGAAAA-C-AAA-GGA-CC-CAAA---CC-TGCATGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaaatcatgccatgaaaacaaaggacccaaacctgcatgt
gi|22 : atctcctacaagcttacctttccgtcgtaattttcgtgagaaagataaagtgaaaaaataagcgacaattcttcgagtgaaacactactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnG------AAGT---C-CTG-----TTCCGACA-AG-CA---C-CTTGTGAAA--TAAATCTT-GGCAAG---ATGCTTTTCATT-TT--AT-A---A--AAAGAAGATT-AT-A--AA-TACA----TA-GAAA--A--ATT-AATCGT-ATTT---GT---GAGCTT-TAATT-TT-ACAGGAA-TACAA-TGTACA
gi|23 : -AT-TT-GT-GT-A-A-TGC-TTGACC-CT-TA-ATGTTAA-A--TCTG-A-T--G-T--T-CA-TAT----T--A-TTAA--AAAAC-A---------CCTTAAATA---C---C-------------AA----------AGGCAA-T-------------AC---------T---------------AC-A--T-TCC-AC-----A-AAA-T--TAT-------A--A-----GTAAAAG----GGGG-AG--GGGG-------------GTATA-C-------CG-------AAGT---C-CTG-----T--CCTCA-AG-CA---C-CT-GCGAA---T---TCTT-actggctttaacactgagtctgtcctgcatataccaagtaatgtt
gi|24 : ccaga-ATGATAT-TCT-T--AA-AATACA-G--T-TTCA-T--G--C------A-AG-AT-TT-GG-TT-A-T-CCTAT--AAT----AA-AA----A-C--ACTG-A-TAAG-T--TACA-TAT----TTTC-TTT---AAAAC-A---------C-------A---C---CTAAAATACCCAA-GA----------A----ATT-------------A----------A---------------AC-A--T-T---A------A-AA-----TAT-------A--A-----G----------GAAG-GG--AG------------------TA-C-------CGG------AAGattca
gi|25 : aatcactatttggtgcacaT-TTTTT--AA-AA--CG--ATT-TTAT-T--G--C------G-AG-AAATT-GT-GC-A-T-TGCATTGAAT-TC-AATAT----A-A--TCTG-A-G--G-T--T-AA--ATA---TTTA-TT----AAAAT-A---------C-------ACCCC---C-------------GA----------A----A-T-------------ACCGCGAAATTT---------------AT-A----T---A------A-AAA----TAT-------A--A-----G----------AAAA-AG-------------------AT-TT-C-------CGG------AAATC--C-CCT-----T--CCACA-A
gi|26 : -AAA-T--TAT-------A--AAGGGGG----------GGGG-GG--GGGT-------------GT-TA-CGTAAGTCCTGTCCACAAAGT---C-CTG-----T--CCACA-AG-CA---C-CT-GTGAA---TAAATCTT-GGTAAGGTCTT--TTTTCATT-TT--ATAA---A--AAAGAA-ATT-ATAA--AA-TA-A----TA-GAAACCAACA-T-AAT-GT-ATTT---AT---GAagat
gi|27 : -AAA-T--TAT-------A--AAGGGGG----------GGGG-GG--GGGT-------------GT-TA-CGTAAGTCCTGTCCACAAAGT---C-CTG-----T--CCACA-AG-CA---C-CT-GTGAA---TAAATCTT-GGTAAGGTCTT--TTTTCATT-TT--ATAA---A--AAAGAA-ATT-ATAA--AA-TA-A----TA-GAAACCAACA-T-AAT-GT-ATTT---AT---GA
gi|28 : --T------T-TTTA----ATAA---TC--G-GTGACATGACAT-TTT----AG-AA-ACG-G----TTAA-TATG--C------G-AG-AT-AT-GT-TC-A-A-TGCATTGAAA-TA-AATAC----A-C--TCTG-A-G--G-----------------------TA--AAAAT-A---------C-------AC--C---C-------------GA----------A----A-T-------------A----------C---------------TC-A--------A------G-GAA-T--T-T-------A--A-----
gi|29 : T-TTAA-T--G--C------A-AG-AT-TT-GT-GT-A-A-TGCATTGAAC-TG--A-AT----A-C--TCTG-A-T--G-T--TGCA-TATATAGTTTA--TTA--AAAAT-T---------C-------A---C---CTGATATACCAAA-GG----------A----A-T-------------A----------T---------------AC-A--TGT---ACATTC-A-AAA-T--TAT-------A--A-----GATTAAAGAAAGGGG-GG--GGGtattcaaaaatatgaaaagggcgtt
gi|3 : TTTTTA-CT-CT--CT--------T---C--GG----AAA--AAACA--AT-GCGGATAAATTCTC-C-GAGTGG-A---AAACTACTCA--T-TAC-GATTTT-CACCTGGG--T----AA--AGTAGT---CACTAA-----CCTA-------TGT-GCA-TATAAAACGACCCCATGTTCTCAGACCAG-AAAATATGTTGA--AAAAAATAAT--------GC-TATTA------A---A-TTCA--------TGCCT-TGAGAA-C-AAA-GGA-CC-CAAG---CC-TGCATGTTTT-AAC-CAT-A--C---GA----AAAA--------AA---A---ACC-A-T-ATGCATACTAA----ATCAGTTTAT-----GTGTTTTAC-T--AAG-AC-TGTTTGAAGAATATCAAAA----TAT--GAA--AGTG-A--T--G-T--ACA---A--TT-T-TTT------C--C---AA--CCTC--A-ACTT-T-T---TAAA---GGCC----T-ATTG-A-----TCC-AG-ACT-C-C-ACAGGTG--TT---CA--AGCA--TCT-ATGGG--------C-A--G-AATT-TTAGCTGGTACCCC-CCCCC--------C---CCTTCTTTT-A-TGA---A-C--T-T--C-AT--T------T-TTTAT---A-A--------CCGTA--ATG-CA--TCTCT--AA-AA-ACG-GA-T-TTAA-T--G--C------C-AG-A--TT-GT-GC-ACA-TGCATTGAAC-CG--A-AT----A-CCATCTG---T--G-T--T-C--TA-----TTTA-TTTA--AAAATAC---------C-------A---C---C-------------CA----------A----A-T-------------A----------TAAAG-----------AA-A--T-T---AGATATTA-AAA-T--TAT-------A--A-----G----------GGGT-TT--GGG-----------------TA-C---------G------AAGT---C-CTG-----C--CAGCA-AG-CA---G-CT-GTGAAAGTTAAATCTT--GTAA-----T--TTTTCCTTATT--AC-A---A--ATAAAA---T-AT-A--AA--A-A----TA-GAAA--A--A-T--AT-AT-TTTT---AT---GAGCTT-TAA-TATT-ACAGGAG-TAC-A-TGTAC
gi|31 : ttctacaaacttacgtttcctagtaatttcttgagatagaaGG------CAGT---C-CTGGT---T--CAACA-AG-CGGAGCACT-GTGAA-----AATCTT-GG-AAG---TC--TTTT-ATT-TT--AT-A---ATTAAATAG-ATT--T-A-----TC-A----TA-GAAA--A--A-T-AGT-GT-ACTT---GC---GAAT-T-T
gi|32 : CAT-TTT-T--AA-AA-ACG-GTTT-TTAAAT--A--C------G-AG-AT-TG-GA-AT-A-T-TGCATTGAATAAG-AT-AC----A-C--TCCG-A-G--G-T--TGCA-TATA---TTTA--TTA--AAAAT-A---------C-------AC--C---C-------------GA----------A----A-T-------------A----------tggactttttac
gi|33 : atcggcgatacgc----A-C--TCTG-A-T--G-T--TGCA-TAT----CTTA-TT-A--AAAAT-AAACCCGAAAC-------A---C---CAAA----------GG----------A----A-T-------------A----------T---------------GC-A--T-T---C------A-AAA-T--GAT-------A--A-----GAGG-------GGGG-GG--GGGT-------------GT-TA-C-------CGG------AAGT---C-ATG-----T--CCAct
gi|34 : -A--AA-TG------TA-GAAA--A--AAG-AAT-TC-ATTT---AT---GAGC-T-AAA-T-TT-ACA-GCA-TAC-A-
gi|35 : aAAAT-------------------A---C---C-------------AA----------AG---A-T-------------A----------T---------------AC-A--T-T---C------A-AA--T--TAT-------A--A-----A----------GGGG-AG--GGGC-------------GT-TA-C-------CGG------CAGT---CTCTG-----T--CCACA-AG-aacatgtactctgactttaacaactgagtttgtcctgtatgtaccagtatg
gi|35 : acaccct-C-ATAGGT----T---TA--ACCA--CTT-GTGGA--------C-A--GAGACTGCCG----GTAACGC-CCCTC--------C---CCTTtggttaaacctatgtggca
gi|36 : acaccctaaataccaaagatatacattcaaattataTTTTCA-CT-TTTACT--------T---A--AGT--AAAA--AAGCA--T--GTG-ATAA-TTCTC-C-GAGTtggca
gi|4 : tctgacaagtttacatttccgtagtaattttcttgagataattTTTTTA-CT-TTTACT--------T---C--GGT--GAAA--AAGCA--T--GCG-ATAA-TTCTC-C-GAGTGA-A---ACACTACTNNN-N-NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNN----NN-NNNNNNN---NNNNNN-----N----------NNNNNNN-NN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNN-----GCGTATTA------A---A-ATCA--------TGCCT-TGAAAA-C-AAA-GGA-CC-CAAG---CC-TGCATGTTTTAAAC-CAT-A--C---GA----AAAA--------AA---A---C-C-A-TGATGCATATAAA----ATC-ATTTA------GTG-----C-T--AAGAAA-TGTTGCAAGAA-ATCAAAA---TTAT--GAA--ATTGAA--T--G-T--A-A---A--TT-T-TTT------C--C---AA--CCTC--A-AC-T-T-T---TAAA---G--C----T-ATTG-A---C-TCC-AG-ACT-C-C-ACAGGTG--TT---CA--AGCAT-CTT-GTTGG--------C-A--G-AATTCTTAGC--ATGGTAC-CCCCC--------C---CCTTC-TTT-A-TG----A-C--G-T--TCATGAT------T-TTTAT---ATAA---TC--CTGTAG-ATGGCAT-CTTCT--AA-AA-ACG-GATT-GTAA-T--G--C------C-AG-AT-TT-GT-GC-A-C-TGCATTGACC-CG-AA-AC----A-C--TCTG-A-T--G-T--T-CAGTAT----TTTAATTTA--AAAAT-C---------C-------A---C---C-------------GA----------A----A-T-------------A----------T---------------AT-A--T-T---A------A-AAA-T--TAT-------A--A-----G----------GGGG-TGTTGGGT-------------GT-TA-A-------CAG------AAGT---C-CTG-----C--CAGCA-AG-CA---G-CT-GTGAA---TAAATCTT-GGTAAG---AT--TTTCCTTT-TT--AC-A---A--ATAGAA-ATT-AT-A--AA-TA-A----TA-GAAA--A--A-T-AAT-GT-TTTT---AT---GAGC-T-TAA-T-TT-ACA-GAG-TAC-A-TGTACACTT
gi|40 : CA--------TGCCA-TGAAAA-C-AAA-GGA-CC-AAAA---CC-GATATGTTTTAAAC-CAT-A--C---GA----AAAG--------A
gi|41 : --A-T-AAT-GT-ATTT---ATAATGACC-T-TAA-T-TT-ACA-TAA-TAC-A-TGTACACT
gi|43 : GCA--A--GCA-ATAA-TTCTC-C-ATGTGA-A---ACACTACTggc
gi|44 : CA--A--GCG-ATAA-TTCTCTC-GAGTGA-A---ACACTACT
gi|45 : CA--A--GCG-ATAA-TTCTC-C-GAGTGA-A---ACACTACT
gi|46 : CA--A--GCG-ATAA-TTCTC-CAGAGTGA-A---ACACTAC
gi|47 : CA--A--GCA-ATAA-TTCTC-C-GAGTGA-A---ACACTACT
gi|48 : CA--A--GCG-ATAA-TTCTC-C-GAGTGA-A---ACACTAC
gi|49 : CA--A--GCG-ATAA-TTCTC-C-GAGTGA-A---ACACTAC
gi|5 : A---CC-CGCATATTTTAAACACAT-A--C----------AAA--------AA---A---A-G-G--AATG--TACAGA----ATC-CTTTATCATA-GTG-----T-T--AAGAAA-TGTTGAA-GAA-ATCATA----TTATAAGAC--ATTGAA--T--GAT--CAA---A--TT-G-TTT------C--T---AA--C-TC--A-AT-T-T-A---TAAA---G--CCTGAT-ATT------C-TCC-AG-ACT-C-C-A--AGTG-CTT---CA--AGCAAGCTTAGTGGAGTCATAATC-A--G-GATTTCTG-----TAACAC-CCCCT--------C---CCCTC-TTT-AATG----AAC--G-T--A-AT--T------T-TTTTTTTAATAA---TC----GGTG-ATGACAT-TT-CT--AA-AA-A---GGTT-TTAA-T--G--C------G-AGAAT-TT-GT-G-----------TGAAA-TG-AA-AT----C-T--TGTG---T--T-T--T-CA-TAT----TTTA--TTA--AAAAT-A---------C-----------C---C-------------AA----------A----A-TCC-----------AAAGGATC---T---------------AC-A--T-T---A------C-AAG-T--TATTAAG---A--A-----A----------GGGG-GG--GG---------------GT-TA---------CGG------AAGT---C-CTG-----T-----CA-AG-CA---C-TT----------------------AG---AT--TCTT--TT-TT--AA-AAATA--AAAGAA-ATTGAT-A--AT-TC-A----TAGGAAG--A--A-TAAAT-GTGATCT---AT----ACCAT-TAA-T-TT-ACA-GGA-TAC-A-TGTAC
gi|50 : --A--GCG-ATAA-TTCTC-C-GAGTGA-A---ACACTACctcg
gi|51 : agCA--A--GCG-ATAA-TTCTC-C-GAGTG--A---ACACTACT
gi|52 : CA--A--GCG-ATAA-TTCTC-C-GAGTGA-A---ACACTAC
gi|53 : CA--A--GCG-ATAA-T-CTC-C-GAGTGA-A---ACACTACT
gi|54 : A--A--GCG-ATAA-TTCTC-C-GAGTGA-A---ACACTAC
gi|55 : CA--A--GCG--TAA-TTCTC-C-GAGTGA-A---ACACTAC
gi|6 : TTTTCA-CT-TTTACT--------TAGCCTAGGT---AAA--AAGCATTG--CCG-ATAA-TTCTC-C-GAGTGA-A---ACACTACTCAA-T-TACCGATTTT-CACATGGTGAA----AA-TAGTAGT---CTACTA-----T----------TGTGGCA-TA---ATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNN-------GCGTATTA------ATCTATATCA--------TGCC--TGCAAA-C-AAG-GAAACC-CAAA---CC-TGCATGTTTTAAAC-CAT-ATCC---CA----AAAG--------AG---A---A-C-A-TAATGAATATATA----ATC-CTTTAA-----GTG-----CCT--AAGAAA-TGTTGAATGAA-ATCAAAA---TTAT--GAA--CATGAA--T--G-T--ACA---A--TT-T-TAT------C--C---AA--CCTC--A-AC-T-T-T---TAAA---G--C----C-ATTG-A---C-TCCAAG-ACT-T-C-ACAGGTG-CTT---CAGTAGC---TTT-GTGGG--------C-A--G-GATTTTCGG
gi|7 : ttcctaacaattttacgtttccgtagtaattttcgctgagatagaTTTTCA-CT-TTTACT--------TAGCCTAGGT---AAA--AAGCATTG--CCG-ATAA-TTCTC-C-GAGTGA-A---ACACTACTCAA-T-TACCGATTTT-CACATGGTGAA----AA-TAGTAGT---CTACTA-----T----------TGTGGCA-TA---ATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNN-------GCGTATTA------ATCTATATCA--------TGCC--TGCAAA-C-AAG-GAAACC-CAAA---CC-TGCATGTTTTAAAC-CAT-ATCC---CA----AAAG--------AG---A---A-C-A-TAATGAATATATA----ATC-CTTTAA-----GTG-----CCT--AAGAAA-TGTTGAATGAA-ATCAAAA---TTAT--GAA--CATGAA--T--G-T--ACA---A--TT-T-TAT------C--C---AA--CCTC--A-AC-T-T-T---TAAA---G--C----C-ATTG-A---C-TCCAAG-ACT-T-C-ACAGGTG-CTT---CAGTAGC---TTT-GTGGG--------C-A--G-GATTTTCGGtaacc
gi|8 : ttcctaacaattttacgtttccgtagtaattttcgctgagatagaTTTTCA-CT-GT-ACT--------T---TA-GGCTGGAAA--AATCA--ATGGCG-ATA--TTCTC-C-GAGTGGTA---GTACTACTCAA-T-TTCCGATTTTTCACCTGGGGAGTAAAGA-GAGTGGT---CATTAT-----TAACGTATTGCTGTGGCGATA---TTTAAAAACGAACCCTTTGCTTCA-GAC-CAAAAAGA--TAATGTTAAAAAAAATT-GCGTATTA------A---C--TCA--------AAGCA-TGAC---C-AAA-GGA-CC-GAAA---GCATGCATGTTTAAAAC-CAT-A--C---GA----AAAA--------AA---A---A-G-A-TGATC-------------TC-CTTTAG-----GTG-----C-T--TAAGAA-TGTTGAATAAT-ATCAAAA---TTAT--GACT-ATTGAA--CTGG-TAAACA---A---G-T-TTT------CGGC---AA--CATC--A-AC-T-G-T---TAAA---G--CT---T-ACTG-----------AG-ACT-C-C-taacc
gi|9 : catctcctaacaaggctacgtgtccgtagttgaatttttcttgaagattatctgatagat-A--C---AA----AAAA--------GAGAGA---A-G-A-TAATGAATATCAT----ATC-CTTTAA-----GTG-----C-T--A--GAA-TGTTGAA--GA-ATCAAAAATTTCAT--G-------GAT--T--A-T--ACATTTA--TT-G-TTT------T--A---AC--CCTC--A-AC-T-T-T---TAAAAGCG--C----T-ATTG-A---CTTCC-AG-ACTCC-C-ACAGGTGCCTT---CA--AGCAAGCTT-G-GGG--------C-A--G-GTTTCTT-----GT--TAC-CCCCC--------C---CCTCT-TTT-A-TG------C--G-T--T--T--T------T-----T---ATAA---TC----GGTG-ATGACA--TTTCTAAAA-AA-ATT-GTTT-TGAA-T--GCCC------G-AG-A--TT-GT-GA-A-A-TGC--------------------A-C--TCTGAA-T--G-T--TGCA-TA-----TCTA-TTAA--GAAAT-A---------A-------A---C---CCGTAACAAA----GG----------A----A-T-------------A----------T---------------GC-A--T-T----------C-AAA-T--GAT-------A--A-----A----------GGG---G--GGGT-------------GT-TACC-------CGG------AAGT---C-CTG-----T--C-AC--AG-CA---C-CT-GTGAA---TAAATCTT-GGC--GT--CT--TTTTCATT-TTTAAT-A---A--Acaatccctcacgaa
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|30 ): ATTCACAGTATTGTAGTTATCACATTCCAATACAATTTTACATATTCCATAGTATTTCTTGAGATACGATTTTTCACTTTTACTATTAAGCCCTCAGGTAAAAAAAGCATGCAAGAATCTCTC
Unaligned ( gi|37 ): AATTTTTTTTTCAAAACAGCCACACTTTGTTTGAAGATATTGATTCAGTAATGGTGGTTCAGGCAGCTGGCTT
Unaligned ( gi|38 ): ATCTGCATCACGAGTTTGCCTGATTACCCAGTATGTCCTATGTATCTCTTTCATGTCGATAGAA
Unaligned ( gi|39 ): TTTAAAACACTCTGCATCAGTGAGTTGTCCGTAATGTACATGATCTTCTTTGTCAGATCAGAAA
Unaligned ( gi|42 ): ACATTGTACCATTAATGTATCTTTTGTTTAGACAGAA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 444444444444444444444 33333333 11 111 1 111111111 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 22222222222 11111111 4444444444444444444 1111 11111111 2222222 11 111111 1111111111111 1111 11111 222 22222222 11111111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111 1 2222222222222222 1 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1111111111 1111111 3333333333333333 3333333333333333333333333333333333333 22222222 1111111111111 1 11111
lowQualScore : 3 3 7 2 222 111111111111111111111 44 77777 99999 3 1 1 3 1 222 44 33333333 4 11 4 444 4 2 888888888 55 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 7 22222222222 6 44444444 6 6666666666666666666 3 3 6 9 3 4444 5 5 8 77 444 0000 99999999 555 555 555 3 3 77777777 3 4444444 88888 6 11 3 77 3 666 55 777777 44 44 3 44 3 555 33 2 2 8888888888888 33 0 33 2 2 2 2 555 555 33 7777 2 00000 8 2 2 2 2 88 555 77 777 2 99999999 66 2 66666666 2 333 2 11111111 555 3 3 6 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000 33 0 66 44444 2 2 2 2 2 2 55 33 2 4 2 2 2 1 666 2 2 2 2222222222222222 3333 2 77 8 6666 2 3 22 66666666 1 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 2 22 9999999999 1 3 22 0000000 9999999999999999 22 22 7777777777777777777777777777777777777 666 2 55 666 2 2 777 2 2 777 0 2 33 11111111 1 3 44 777777 44 77 3 6 3333333333333 3 99 88 9 3 3 3 555 555 2 0 3 8 8 4 00000 4 4
lowQualScore : . . . . ... ..................... .. ..... ..... . . . . . ... .. ........ . .. . ... . . ......... .. ........................................................................................................................ . ........... . ........ . ................... . . . . . .... . . . .. ... .... ........ ... ... ... . . ........ . ....... ..... . .. . .. . ... .. ...... .. .. . .. . ... .. . . ............. .. . .. . . . . ... ... .. .... . ..... . . . . . .. ... .. ... . ........ .. . ........ . ... . ........ ... . . . ....................................................... .. . .. ..... . . . . . . .. .. . . . . . . ... . . . ................ .... . .. . .... . . .. ........ . ......................................................................................................... . .. .......... . . .. ....... ................ .. .. ..................................... ... . .. ... . . ... . . ... . . .. ........ . . .. ...... .. .. . . ............. . .. .. . . . . ... ... . . . . . . ..... . .
lowQualScore : 6 6 3 3 777 222222222222222222222 22 55555 22222 1 5 5 1 6 888 44 00000000 0 00 0 000 0 0 333333333 99 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 3 77777777777 7 22222222 2 6666666666666666666 1 1 2 2 1 8888 3 7 0 33 777 3333 77777777 000 000 999 3 2 88888888 3 5555555 33333 7 22 3 99 3 444 00 888888 22 22 1 22 5 444 99 9 9 6666666666666 99 7 99 9 9 9 9 000 000 99 5555 9 88888 6 9 9 7 9 88 000 99 222 7 77777777 33 7 99999999 7 777 7 22222222 444 1 3 7 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888 77 1 33 00000 4 4 4 5 2 2 33 11 2 2 1 1 1 2 555 1 1 7 7777777777777777 0000 0 22 0 2222 0 3 88 99999999 9 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 99 3333333333 9 8 66 2222222 7777777777777777 99 99 1111111111111111111111111111111111111 111 2 33 999 4 7 999 9 9 999 9 9 44 22222222 5 1 22 222222 22 88 3 2 6666666666666 3 22 55 2 1 1 1 444 444 0 9 6 0 0 0 88888 0 0
consensus : TTTTCA-CT-T-TTA---CT--------T---C--GGT--GAAA--AAGCA--A--GCG-----ATAA-TTCTC-C-GA-GTGA-A---AC--ACTACTCAA--------T-TA--CCGAT-TT---T-CA-CCTGG----TGA--AAA-TAGTAG-----T---C-A-TNAC-----T----------T-----GTG-GCG-TA-ATNA---AANACGA--ACCCNATTCTC-CA-G-ACTCNAAAAGA--GNATNNTG-----AAAAA------GCG-TATTA------A----A-ATCA--------T-GC----------------CG-TGAAAA-C-AAA-GGA-CC-CAAA---CC-TGCATGTTTTAAAC-CAT-A--C---GA----AAAA--------AA---A---A-G-A-TAATGAATATAAA----ATC-CTTTAN-----GTG-----C-T--AAGAAA-TGTTGAAGGAA-ATCAAAA---TTAT--GAA--ANTGAA--T--G-T--ACA---A--TT-T-TTT------C--C---AA--CCTC--A-AC-T-T-T---TAAA---G--C----T-ATTGA---C-TCC-AG-ACT-C-CA-CAGGTG-CTT---CA--AGCA--CTT-GTGGG--------CA--G-GATTTCTG--G-GT-AA--C-ACCCCCC--------C---C-CTTC-TTT-ATG----A-C--G-T--T-AT--T------T-TTTAT---AT---AAT----CC-GTTGA--TGACAT-TTTCT--AA-AA-ACG-GNTT-TTAA-T--G--CGA-G-AT-TT-GT-GCA-A-TGC-ATTG-AACTG-AA-AT----A-C--TCTGA-T--G-TTG-CA-TAT----TTTA-TTTA--AAA--------AT-A---------C-------A---C---C-------------GA----------A---------A-T-------------A-----------T---------------AC-A--TT---A------A-AAA-T--TAT-------AA-----G----------GGGGG--G--GGGT-------------GT-TA-C-------CGG------AAGT---C-CTG--TCC---ACA-AG-CA---C-CT-GTGAA---TAAATCTT-GGTAAG---T-T--TTTTCATT-TT--AT-A---A--AAAGAA-ATT-AT-A--AA-TA-A----TA-GAAA--A--A-T-AAT-GT-ATTT---AT---GAGC-T-TAA-T-TT-ACA-GAG-TAC-A-TGTACACTT
Reference ( family-1299 ) : TTTTCA-CT-T-TTA---CT--------T---C--GGT--GAAA--AAGCA--A--GCG-----ATAA-TTCTC-C-GA-GTGA-A---AC--ACTACTCAA--------T-TA--CCGAT-TT---T-CA-CCTGG----TGA--AAA-TAGTAG-----T---C-A-TNAN-----T----------T-----GTG-GCG-TA-ATNA---ANNACGA--ACCCNNTNCTC-CA-G-ACNCAANANGN--GNNNNNTG-----AAAAA------GCG-TATTA------A----A-ATCA--------T-GC----------------CG-TGAAAA-C-AAA-GGA-CC-CAAA---CC-TGCATGTTTTAAAC-CAT-A--C---GA----AAAA--------AA---A---A-G-A-TAATGAATATAAA----ATC-CTTTAN-----GTG-----C-T--AAGAAA-TGTTGAANGAA-ATCAAAA---TTAT--GAA--ANTGAA--T--G-T--ACA---A--TT-T-TTT------C--C---AA--CCTC--A-AC-T-T-T---TAAA---G--C----T-ATTGA---C-TCC-AG-ACT-C-CA-CAGGTG-CTT---CA--AGCA--CTT-GTGGG--------CA--G-GATTTTTG--G-GT-AA--C-ACCCCCC--------C---C-CTTC-TTT-ATG----A-C--G-T--T-AT--T------T-TTTAT---AT---AAT----CC-GTTGA--TGACAT-TTTCT--AA-AA-ACG-GNTT-TTAA-T--G--CGA-G-AT-TT-GT-GCA-A-TGC-ATTG-AACTG-AA-AT----A-C--TCTGA-T--G-TTG-CA-TAT----TTTA-TTTA--AAA--------AT-A---------C-------A---C---C-------------GA----------A---------A-T-------------A-----------T---------------AC-A--TT---A------A-AAA-T--TAT-------AA-----G----------GGGGG--G--GGGT-------------GT-TA-C-------CGG------AAGT---C-CTG--TCC---ACA-AG-CA---C-CT-GTGAA---TAAATCTT-GGTAAG---T-T--TTTTCATT-TT--AT-A---A--AAAGAA-ATT-AT-A--AA-TA-A----TA-GAAA--A--A-T-AAT-GT-ATTT---AT---GAGC-T-TAA-T-TT-ACA-GAG-TAC-A-TGTACACTT
gi|1 : TTTTCAGCTAT-TTA---CTGTAGCGTAT---A--GGT---AAG--AAGCA--G--GCG-----ATAA-TTCTC-C-GA-GTGA-AGCGAC--ATGTCTCAAG-------TGTA--CCGAT-TT---T-CA-CATGG----TGA--AAAATAGTAG-----T---C-A-TAACCTAGAT----------T-----GTA-GCA-TA--TAA---AGGACGA--ACCTAATTCTT-CAAG-ACGCAACAAGGTTGTCGTATG-----AAAAAT-----GAG-TATTA------A----A-ATCACGAATTCAT-GC----------------CGATGAAAAGC-AAA-GGA-CCGCAGAGAGCCGCGCATGTTTTAAAC--AT-A--CCCGGA----AAAA--------GA---G---A-GGA-TTACGAATA----------C-CTTTAGATAATGTG-----T-TTAAGGAAAGTGTTGAACGAA-GATAAAA---TTAT--GGAC-ATTGAAATT--G-T--ACA---GAGTT-TGTTT------CGGC---AA--C-TC--AGAT-T-T-T---TAAG---C--C----T-ATTGAAAGT-TCC-AGGACT-C-CA-CAGGTG-CCTGTCCA--AGCAAGCTT-GTGGG--------CAATG-GATTTGTG--G-GT-AA--C-ACCGCCCGCCGCCATC---C-CCTC-TTT-AAGTCGAA-CCGG-A--T-AT--TGTGTTGT-TTTG----AT---AATAGG-CT-GGTGA--TGACATCTTTAG--AA-AG-ACG-GTTTGTTAA-TT-G--CAG-A-AT-TT-GT-GTA-A-TGC-ATTG-AGCTT-AA-GT----G-T--ATTGAAT--G-TGG-TAATAT----TTTA-TT-A--AAG--------ATGA---------C-------A---C---CGTTAAATACAAAGGA----------G---------A-T-------------A-----------TGAAGTCGATATGTGTAC-AGTTC---A------G-AGA-T--TATTTAGAGAAA-----G----------GGGGG--G--GGG------------------A-C-------GGT------AGGT---G-CTGG-TCCCTCAAA-GG-CAG--C-CT-G---A---TGATTCT--GGTG--------------CATT-TT--AT-A---A--GAGGAA--TT-AT-AGGAG-TA-AAGTGTA-GAAA--A--A-T-AAT-G---TTT---GT---GACA-T-TAA-TGTT-ACG-GAT-AAC-A-TG
gi|10 : aacaatttttagcgggtttcgtaggtagattgtattgtctgaggatacatgtTTTGAAAC-C-T-A--C---GGGGG-AAAA--------AA---A---T-G-AGTAATTAGTG-AAAGCATATA-CTTT-T-----GTG-----C-TG-AAGAAA-TATTGAAGAAA-ATAAAAA---TTAT--GAC--AGTAAA--T--G-C--ACG---A--TTGT-TTT------C--C----A--CCTCAAA-AC-T-T-T---TAAA---G--C----TCATTGA---C-CCCTTG-ACT-T-CA-CGGGTG-----------------CTT-GTGGC--------CA--G-GACTCC----G-GTAAA--C-ACCCCCC--------C---C-CCCC-TTT-CCG---------------------------T-TCTAA---ATGTGAA------C-GTT----T--CAT-TTT--------G-AT--GCTT-T--A-T--G---GA-G-AT-TT-GT-GCA-ATTGC-ATTGAAACTG--A-AT----A-------GA-T-----------TCT----TTTA--TTA--AAA--------AT-A---------C-------AC--C---C-------------GAAATAGCCAAGA---------A-T-------------A-----------T---------------AC-A--TTCAGA------A-AAA-A--TAT-------AAT----A----------GGGGGTTG--GGGTTGGGGTTGGGGTGGT-TA-C-------CAGC-----AAGT---C-CTG--TCA---ACA-Agtagccaagctggctttaaacatgtgcgagtcgtgagttggtgtcctgtactgtaacatgtatgctcttcgtggtcagaacagaa
gi|11 : --TT-T-TTT------C--C---AATACATC--A-AC-T-T-TGTTTAAA---G--C----T-ATTGA---C-TTC-AG-ACT-CTCA-C-GTTG-CTT---CA--AGCAGCCTT-GTGGG--------CA--G-GATTTCTG--A-----------------------------------------------A-C--G-T----AT--T------TATTTAT----------T----CC-GT-GA--TAATAT-TT-CT--AA-AA-ACG-GGTT---AA-T--G--CGA---AT-TT-GT-GTA-AATGC-ATTG-AACT--AT-AT----A-C--TCTGA----G-TTG-CA-TAA----TTTT-TTTA--AAA--------AT-A---------C-------A---C---C-------------GG----------A---------A-T-------------A-----------TCAAGGAATAT-----AC-A--TT---C------A-AAACT--TAT-------AA-----GAAT-------GGGGG--A--GGGG-------------GCATA-C-------CGA------AAGT---C-CTG--TC----ACA-AG--A---C-CT-GT-AA---TAAATCT--GGTAAG---T-C--TTTTCATT-TT--AT-A---A--AAAATA-ATT-AT-A--AATTA-ATT--TA-GAAA--A--ATT-AAT--T-ATTT---AT---TACC-TCTAA-T-TTAACA-G-G-TA--G-T-TACACTtc
gi|12 : tTTTTCG-CT-T-TTA---CT--------T---G--GGC---AAA--AAGCA--T--GCG-----ATAA-TTCTC-C-GT-GTGA-A---AC--ACTACTCAA--------T-CA--CCAAT-TT---A-CA-CCTGG----GGA--TAA-AAGTAG-----T---C-A-TAAC-----C----------T-----ATT-GTG-TC-AT-----ATNNNNN--NNNNNNNNNNN-NN-N-NNNNNNNNNNN--NNNNNNNN-----NNNNN------GCG-TACTAGTAACAA----A-ATCA--------T-GC----------------CA-TGAAAA-C-AAA-GGA-CC-CAAA---CC-TGCATGTTTTAAAC-CAT-A--C---GAAAAGAAAA--------GA---A---A-G-A-TAATGAATATAAA----ATC-CTTTA------GTG-----C-T--AAGAAC-TGTTGAAGAAA-TTCAggct
gi|13 : atttcctacaactttacgtttctgtagtgattttcttgagatagatTTTTCA-CT-TGTTAAATCT--------G---T--GGTTCGAAA--AAGCA--T--GCGCATTAATAT-TTCTT---GATGTGG-A---CCTGACT-CTCAACTTCATACT-TATGCCGAT-CTCTGT-CAACCTGG----GGATGAAA-TGTTAGCTGCCT---C-A-TTAA-----TCTTG------T-----GTA-GAGATATATTAGAAAACACGACAAGTTTACTCTC-GA-ACACTCCGAAAGA--GAATAGTGTATAAAAAAA------ACGACAATA------A----A-GTTA--------TCGCGTAATATTGACCAATTCG-TGAAAA-C-AAACGGA--C-CAAA---CC-TGCATGTTTAAAAC-CATAA--C---GG----AAAC--------AG---A---A-tctaatttgatgaccacataactc
gi|14 : catctctacaagcttttacgttccgtagtagtgtctcttgagatagatTTTTCA-CT-TGTTAAATCT--------G---T--GGTTCGAAA--AAGCA--T--GCGCATTAATAT-TTCTT---GATGTGG-A---CCTGACT-CTCAACTTCATACT-TATGCCGAT-CTCTGT-CAACCTGG----GGATGAAA-TGTTAGCTGCCT---C-A-TTAA-----TCTTG------T-----GTA-GAGATATATTAGAAAACACGACAAGTTTACTCTC-GA-ACACTCCGAAAGA--GAATAGTGTATAAAAAAA------ACGACAATA------A----A-GTTA--------TCGCGTAATATTGACCAATTCG-TGAAAA-C-AAACGGA--C-CAAA---CC-TGCATGTTTAAAAC-CATAA--C---GG----AAAC--------AG---A---A-
gi|15 : catctctacaagcttttacgttccgtagtagtgtctcttgagatagat--T--G-T--ACA---A--TT-T-TTT------T--TCAAAA--CCTC--A-AC-T-T-T---TAAA---G--CC---T-ATTGAA--C-TCC-AG-ACT-C-CAACAGGTG-TTT---CA--AGCGT-CTT-GTGGG--------CAA-G-GATTTCTG--G--T-AAACC-ACACCCC--------T---CGCTTC-TTTGATG----AAC--G-T--TCAC--T------T-TTT-T---AT---AACTCTCCC-GGTGG--TGACAT-TTCTC--AATAA-ACG-G-TT-TTGA-T--G--CGAAG-AT-TG-CTCGCA---TGC-ATTG-AACTG-AT-AA----A-C--TCTGA-T--T-TTA-CACTCT----TTTA-TTAA--CAA--------AT-A---------C-------A---C---CTT-----------GA----------A---------A-T-------------------------T---------------AC-A-------A------AGGAA-T--AAT-------AA-----
gi|16 : aat-GTGGG--------CA--G-GATTCTT------T-AA--C-TCCCCCC--------C---C-CTTC-TT--ATG----AAC--G-TATC-AT--T------T-TTTTT---AT---AAT----C--GT-GA--TAA-AT-T--CT--AA-CA-ATC-GTTT-TTAA-A--G--CGA-GTAT-TT-GT-GAA-A--GC-AC------------------------CTGA-T--G-TTAACA-TAT----T--A-TT-A--AAC--------AT-A---------C-------A---C---C-------------GA----------A---------A-T-------------ACCAAAGGAACAT---------------AC-A--TT---C------A-AAA-TACTAT-------AA-----GAAA-------GGAGG--G--GGGT---------------------------CG-------AAGT---C-CTG--TCC---ACA-AGACA---C-CT-GTGAA---TTAA--CT-GGCAAGAA-G-T--CTCTCATG-TT--A-----------------------------------------AAA--A--A-T-AAT-GT-ATTTATAAT---GAGC-C-TAATT-TT-AC--GA---AC-A-TGT-CACTtttcaaaacttatacagcaagggtggttgggg
gi|17 : AA--T--G-T--ACA---A--TT-T-TTT------TT-C---AA--CCTC--A-AC-T-T-T---TAAA---G--CC---T-ATTGA---C-TCC-AG-ACT-C-CA-CAGGTG-TTT---CA--AGCGT-CTT-GTGGG--------CA--G-GATTTCT---G-GT-AA--C-ACCACCC--------C---C-CTTC-TTT-ATGA---A-C--G-T--TCAC--T------T-TT--T---AT---AAT-----C-GGTGG--TGACA--TTTCT--AA-AA-ACG-G-TT-TTGA-T--G--CGA-G-AT-TT-GT-GCA-A-TGC-ATTG-AACTG-CATAA----A-C--TCTGA-T--T-TTA-CA-TAT----TTTA--TTA--AAA--------AT-A---------C-------A---C---CTGAAATACCAAA-GG----------A---------A-T-------------A-----------T---------------AT-A--TT---C------A-AAA-T--TAT-------AA-----G----------AAGGG--T--GGGT-------------
gi|18 : A--TGACAT-TTTT----A-AA-ACG-GTTT-TTAA-T-----CGA-G-AT-TTTGT-GCA-T-TGC-ATTG-AAATG-AATGT----A-C--TCTGA-G--G-TTG-CA-TAT----TT-A-TT-A--AAA--------AT-A---------C-------A---C---CC------------GA----------A---------A-T-------------A-----------CCCACAGAATTAGATAAC-A--TTC--A------A-AAA-T--AAT-------AA-----G----------AAAAG--G--GGGT-----------------A-C-------CGG------AAGC---C-CTG--TCC---ACA-AA-CA---C-CT-GTGAT---TAAATCTT-G---AG---T-C--TTTTCATT-TT--AT-A---A--ACAGAA-GTT-AT-A--tgggg
gi|19 : ttaataattggtgat---CC-TGGCTGTTTTAAAC--ATCA--C---GG----AAAA--------AA---A---A-A-A-GAA-GAGT--------------TTTGC------TG-----C-TT-AAGACA-T-TTGAAG---------AG---TT-----------------T--G-T--A--------------TT--------------A--CCTC-------T-T-T---TAA------------T-ATTA------TCC-AA-----T-CA-CAG-TG-CTT---CA--AGCA--TTT-TTGG---------CA--G-GATTT-----G-GT-AA--CCACCCCCT--------C---C-CCTC-TTT-ATA----A-C--GAT--A-AT--T------T-TTTTT---A---------------TTGA--TGACAT-TT--C--AA-AA-ACT-G-TT-TTAT-T--G--CG--G-AT-TT-GT-GTA-A-TGC-ATT-----TG-AA-TT----A----TCTTC-T--G-TTT-CA-TAT----TTTA-TT----AAA--------AT-A---------C-------ggcctacataataatggccttgtaaaa
gi|2 : acTTTTCA-CT-T-TAA---CT--------T---A--GGT--GGAATAAAGCA-----TCG-----ATAAATTATT-T-GA--TGA-C---AC--ACTACTCAA--------T-T-----TATGTT---T-CAACCTGG----T----AAA-TAGTAG-----TATAT-A-TAGC-----T----------TATTCTGTG-GC--TA--TAA---AATA-----ACCCATTTCTC-CA-G-ACTCAATAGTT--GTTTTTTG-----AAAAAAAATT-GCG-TTTTTT-----A----A-ATCT--------T-CC----------------TA-TGAAAA-CTAAA-GGATCC-CAA-----C-TG-ATGTTTTAAATATAT-A--C---GA----AAAATATAAATAAA---AGAGA-G-A-TAATGAATATATA----ATC-ATTT--------TG-----C-T--AAGAAA-TGT-GAAGAAG-ATCAAAA---TTTT--TGACCATTGAA--T--G-T--A-A---A--TT-T-TTTGTATCTC--G---AA--CCTC--A-AC-TATAT---TAAA---G--CC---T-ATTGA---G-TCC-AG-GAT-C-CA-CAGGTG-TTT---CA--AGCG--CTT--TGGC--------TA--G-GAT-------G-GT-A-----ACCCCCT--------CATGC-CTTT-TTT---------------------T--T------T-TTTAT---GT--------------TCAA--TG-------------------CGAGATT-TTG-----------------TT-G---CA-A-TGC-ATTG-AACTGTAT-AC----ATC--TCTGA-T--G-TTG-TATTAT----TTTA-TTTAATAAA--------AT-A---------C-------AAT-CCCGC-------------GA----------A---------A-TACCAATAGAATTAA-----------T---------------ACTA--TT---C------A-AAATT--TAT-------AA-----GAAGGGGT---GGGGG--G--GGGTGGGGGAGGAGTA-GT-TA-C-------CGG------AAGTAAGT-CTG--TCC---ACAGAA-CA---C-CT-GTGAC---TAAATCTTCGGTCAA---T-T--TTTT----------------A--AAATA----T-AT-AG-AA-TA-A----TT-AGAA--A--A-T-TAT-GC-ATTC---AT---TGAC-C-TAA-T-TT-ACA-GTGAAAC-ATTGTACACTT
gi|20 : attccttacaactttatgtttcgtagctaattttcttgagtatatgaA--AAGCA--A--GCG-----ATAA-TTCTC-C-GA-GTGA-A---AC--ACTACTtgct
gi|20 : atctcctacagcttacgtttcccgttagtaattttcttgaggagagatttttcact------GCG-TATTA------A----A-ATTAC-------T-AC----------------CA-TGTAAA-C-AAA-G-A-CC-CAA----CC-TGCATGTTTAAAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgcgtattaaaattactaccatgtaaacaaagacccaacctgcatgtttaaaa
gi|21 : atctcctacagcttacgtttcccgttagtaattttcttgaggagagatttttcactaaagcaagcgataattctccgagtgaaacactactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatGT--GAAA--AAATA--A--GCG-----ACAA-TTCTT-C-GA-GTGA-A---AC--ACTACT
gi|21 : atctcctacaagcttacctttccgtcgtaattttcgtgagaaagataaaTA------A----A-ATCA--------T-GC----------------CA-TGAAAA-C-AAA-GGA-CC-CAAA---CC-TGCATGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaaatcatgccatgaaaacaaaggacccaaacctgcatgt
gi|22 : atctcctacaagcttacctttccgtcgtaattttcgtgagaaagataaagtgaaaaaataagcgacaattcttcgagtgaaacactactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnG------AAGT---C-CTG--TTCCG-ACA-AG-CA---C-CTTGTGAAA--TAAATCTT-GGCAAG---A-TGCTTTTCATT-TT--AT-A---A--AAAGAAGATT-AT-A--AA-TACA----TA-GAAA--A--ATT-AATCGT-ATTT---GT---GAGCTT-TAATT-TT-ACAGGAA-TACAA-TGTACA
gi|23 : -AT-TT-GT-GTA-A-TGC--TTG-ACCCT-TA-ATGTTAA-A--TCTGA-T--G-TT--CA-TAT----T--A-TTAA--AAA--------AC-A---------CCTTAAATA---C---C-------------AA----------AGGCA-----A-T-------------AC----------T---------------AC-A--TTCC-AC-----A-AAA-T--TAT-------AA-----GTAAAAG----GGGGA--G--GGGG-------------GTATA-C-------CG-------AAGT---C-CTG--TCC---TCA-AG-CA---C-CT-GCGAA---T---TCTT-actggctttaacactgagtctgtcctgcatataccaagtaatgtt
gi|24 : ccagaA--TGATAT-TCT-T--AA-AATACA-G--T-TTCA-T--G--CAA-G-AT-TT-G--GTT-A-TCCTAT---AA-TA-AA-A-----A-C--ACTGA-TAAG-TTA-CA-TAT----TTTC-TTT---AAA--------AC-A---------C-------A---C---CTAAAATACCCAA-GA----------A---------ATT-------------A-----------A---------------AC-A--TT---A------A-AA-----TAT-------AA-----G----------GAAGG--G--AG------------------TA-C-------CGG------AAGattca
gi|25 : aatcactatttggtgcacaT-TTTTT--AA-AA--CG--ATT-TTAT-T--G--CGA-G-AAATT-GT-GCA-T-TGC-ATTG-AATTC-AATAT----A-A--TCTGA-G--G-TTA-AA-TA-----TTTA-TT----AAA--------AT-A---------C-------ACCCC---C-------------GA----------A---------A-T-------------ACCGCGAAATT-T---------------AT-A---T---A------A-AAA----TAT-------AA-----G----------AAAAA--G-------------------AT-TT-C-------CGG------AAATC--C-CCT--TCC---ACA-A
gi|26 : -AAA-T--TAT-------AAAGGGGG----------GGGGG--G--GGGT-------------GT-TA-CGTAAGTCCTGTCCACAAAGT---C-CTG--TCC---ACA-AG-CA---C-CT-GTGAA---TAAATCTT-GGTAAGGTCT-T--TTTTCATT-TT--ATAA---A--AAAGAA-ATT-ATAA--AA-TA-A----TA-GAAACCAACA-T-AAT-GT-ATTT---AT---GAagat
gi|27 : -AAA-T--TAT-------AAAGGGGG----------GGGGG--G--GGGT-------------GT-TA-CGTAAGTCCTGTCCACAAAGT---C-CTG--TCC---ACA-AG-CA---C-CT-GTGAA---TAAATCTT-GGTAAGGTCT-T--TTTTCATT-TT--ATAA---A--AAAGAA-ATT-ATAA--AA-TA-A----TA-GAAACCAACA-T-AAT-GT-ATTT---AT---GA
gi|28 : --T------T-TTTA----AT---AAT----CG-GT-GACATGACAT-TTT----AG-AA-ACG-G----TTAA-TATG--CGA-G-AT-AT-GT-TCA-A-TGC-ATTG-AAATA-AATAC----A-C--TCTGA-G--G----------------------TA--AAA--------AT-A---------C-------AC--C---C-------------GA----------A---------A-T-------------A-----------C---------------TC-A-------A------G-GAA-T--T-T-------AA-----
gi|29 : T-TTAA-T--G--CAA-G-AT-TT-GT-GTA-A-TGC-ATTG-AACTG--A-AT----A-C--TCTGA-T--G-TTG-CA-TATATAGTTTA-TTAA--AAATTCACCTGAT-A---------T-------A---C---C-------------AA----------AGGAATATACA-T-------------G-----------T---------------AC-A--TT---C------A-AAA-T--TAT-------AA-----GATTAAAGAAAGGGGG--G--GGGtattcaaaaatatgaaaagggcgtt
gi|3 : TTTTTA-CT-C-T-----CT--------T---C--GG----AAA--AAACA--AT-GCGG----ATAAATTCTC-C-GA-GTGG-A---AA--ACTACTCA---------T-TA--C-GAT-TT---T-CA-CCTGG-----GT--AAA---GTAG-----T---C-ACTAAC-----C----------T-----ATGTGCA-TA--TAA---A--ACGA---CCCCATGTTCTCA-G-ACCAGAAAA-----TATGTTG-----AAAAAAATAATGC--TATTA------A----A-TTCA--------T-GC----------------CT-TGAGAA-C-AAA-GGA-CC-CAAG---CC-TGCATGTTTT-AAC-CAT-A--C---GA----AAAA--------AA---A---ACC-A-T-ATGCATACTAA----ATCAGTTTAT-----GTGTTTTAC-T--AAG-AC-TGTTTGAAGAATATCAAAA----TAT--GAA--AGTG-A--T--G-T--ACA---A--TT-T-TTT------C--C---AA--CCTC--A-ACTT-T-T---TAAA---GGCC----T-ATTGA-----TCC-AG-ACT-C-CA-CAGGTG--TT---CA--AGCA--TCT-ATGGG--------CA--G-AATTTTAGCTG-GT-AC--C-CCCCCCC--------C---C-CTTCTTTT-ATGA---A-C--T-T--C-AT--T------T-TTTAT---A----A------CC-G-TAA--TG-CA--TCTCT--AA-AA-ACG-GA-T-TTAA-T--G--CCA-G-A--TT-GT-GCACA-TGC-ATTG-AACCG--A-AT----A-CCATCTG--T--G-TTC-TA--------TTTA-TTTA--AAA--------AT-AC--------C-------A---C---C-------------CA----------A---------A-T-------------A-----------TAAAG-----------AA-A--TT---AGATATTA-AAA-T--TAT-------AA-----G----------GGGTT--T--GGG-----------------TA-C---------G------AAGT---C-CTG--CCA---GCA-AG-CA---G-CT-GTGAAAGTTAAATCTT--GTAA------T--TTTTCCTTATT--AC-A---A--ATAAAA---T-AT-A--AA--A-A----TA-GAAA--A--A-T--AT-AT-TTTT---AT---GAGCTT-TAA-TATT-ACAGGAG-TAC-A-TGTAC
gi|31 : ttctacaaacttacgtttcctagtaatttcttgagatagaaGG------CAGT---C-CTGGTTCA---ACA-AG-CGGAGCACT-GTGAA-----AATCTT-GG-AAG---T-C--TTTT-ATT-TT--AT-A---ATTAAATAG-ATT--T-A-----TC-A----TA-GAAA--A--A-T-AGT-GT-ACTT---GC---GAAT-T-T
gi|32 : CAT-TTT-T--AA-AA-ACG-GTTT-TTAAAT--A--CGA-G-AT-TG-GA-ATA-T-TGC-ATTG-AA-TA-AG-AT----A-CACTCCGA-G--G-TTG-CA-TATA---TTTA-TT-A--AAA--------AT-A---------C-------AC--C---C-------------GA----------A---------A-T-------------A-----------tggactttttac
gi|33 : atcggcgatacgc----A-C--TCTGA-T--G-TTG-CA-TAT----CTTA-TT-A--AAA--------AT-AAACCCGAAAC-------A---C---CAAA----------GG----------A---------A-T-------------A-----------T---------------GC-A--TT---C------A-AAA-T--GAT-------AA-----GAGG-------GGGGG--G--GGGT-------------GT-TA-C-------CGG------AAGT---C-ATG--TCC---Act
gi|34 : -A--AA-TG------TA-GAAA--A--AAG-AAT-TC-ATTT---AT---GAGC-T-AAA-T-TT-ACA-GCA-TAC-A-
gi|35 : aAA--------AT-A---------C---------------C-------------AA----------AG--------A-T-------------A-----------T---------------AC-A--TT---C------A-AA--T--TAT-------AA-----A----------GGGGA--G--GGGC-------------GT-TA-C-------CGG------CAGT---CTCTG--TCC---ACA-AG-aacatgtactctgactttaacaactgagtttgtcctgtatgtaccagtatg
gi|35 : acaccct-CA-TAGGT----T---TA--ACCA--CTT-GTGGA--------CA--GAGACTGCC---G-GT-AA--C-GCCCCTC--------C---C-CTTtggttaaacctatgtggca
gi|36 : acaccctaaataccaaagatatacattcaaattataTTTTCA-CT-T-TTA---CT--------T---A--AGT--AAAA--AAGCA--T--GTG-----ATAA-TTCTC-C-GA-GTtggca
gi|4 : tctgacaagtttacatttccgtagtaattttcttgagataattTTTTTA-CT-T-TTA---CT--------T---C--GGT--GAAA--AAGCA--T--GCG-----ATAA-TTCTC-C-GA-GTGA-A---AC--ACTACTNNN--------N-NN--NNNNN-NN---N-NN-NNNNN----NNN--NNN-NNNNNN-----N---N-N-NNNN-----N----------N-----NNN-NNN-NN-NNNN---NNNNNNN--NNNNNNNNNNN-NN-N-NNNNNNNNNNN--NNNNNNNN-----NNNNN------GCG-TATTA------A----A-ATCA--------T-GC----------------CT-TGAAAA-C-AAA-GGA-CC-CAAG---CC-TGCATGTTTTAAAC-CAT-A--C---GA----AAAA--------AA---A---C-C-A-TGATGCATATAAA----ATC-ATTTA------GTG-----C-T--AAGAAA-TGTTGCAAGAA-ATCAAAA---TTAT--GAA--ATTGAA--T--G-T--A-A---A--TT-T-TTT------C--C---AA--CCTC--A-AC-T-T-T---TAAA---G--C----T-ATTGA---C-TCC-AG-ACT-C-CA-CAGGTG--TT---CA--AGCAT-CTT-GTTGG--------CA--G-AATTCTTA--GCAT-GG--T-ACCCCCC--------C---C-CTTC-TTT-ATG----A-C--G-T--TCATGAT------T-TTTAT---AT---AAT----CCTGTAGA--TGGCAT-CTTCT--AA-AA-ACG-GATT-GTAA-T--G--CCA-G-AT-TT-GT-GCA-C-TGC-ATTG-ACCCG-AA-AC----A-C--TCTGA-T--G-TT--CAGTAT----TTTAATTTA--AAA--------AT-C---------C-------A---C---C-------------GA----------A---------A-T-------------A-----------T---------------AT-A--TT---A------A-AAA-T--TAT-------AA-----G----------GGGGT--GTTGGGT-------------GT-TA-A-------CAG------AAGT---C-CTG--CCA---GCA-AG-CA---G-CT-GTGAA---TAAATCTT-GGTAAG---A-T--TTTCCTTT-TT--AC-A---A--ATAGAA-ATT-AT-A--AA-TA-A----TA-GAAA--A--A-T-AAT-GT-TTTT---AT---GAGC-T-TAA-T-TT-ACA-GAG-TAC-A-TGTACACTT
gi|40 : CA--------T-GC----------------CA-TGAAAA-C-AAA-GGA-CC-AAAA---CC-GATATGTTTTAAAC-CAT-A--C---GA----AAAG--------A
gi|41 : --A-T-AAT-GT-ATTT---ATAATGACC-T-TAA-T-TT-ACA-TAA-TAC-A-TGTACACT
gi|43 : GCA--A--GCA-----ATAA-TTCTC-C-AT-GTGA-A---AC--ACTACTggc
gi|44 : CA--A--GCG-----ATAA-TTCTCTC-GA-GTGA-A---AC--ACTACT
gi|45 : CA--A--GCG-----ATAA-TTCTC-C-GA-GTGA-A---AC--ACTACT
gi|46 : CA--A--GCG-----ATAA-TTCTC-CAGA-GTGA-A---AC--ACTAC
gi|47 : CA--A--GCA-----ATAA-TTCTC-C-GA-GTGA-A---AC--ACTACT
gi|48 : CA--A--GCG-----ATAA-TTCTC-C-GA-GTGA-A---AC--ACTAC
gi|49 : CA--A--GCG-----ATAA-TTCTC-C-GA-GTGA-A---AC--ACTAC
gi|5 : A---CC-CGCATATTTTAAACACAT-A--C----------AAA--------AA---A---A-G-G--AATG--TACAGA----ATC-CTTTATCATA-GTG-----T-T--AAGAAA-TGTTGAA-GAA-ATCATA----TTATAAGAC--ATTGAA--T--GAT--CAA---A--TT-G-TTT------C--T---AA--C-TC--A-AT-T-T-A---TAAA---G--CCTGAT-ATT-----C-TCC-AG-ACT-C-CA---AGTG-CTT---CA--AGCAAGCTTAGTGGAGTCATAATCA--G-GATTTCTG-----T-AA--C-ACCCCCT--------C---C-CCTC-TTTAATGA---A-C--G-T--A-AT--T------T-TTTTTTTAAT---AAT-----C-GGTGA--TGACA--TTTCT--AA-AA-A---GGTT-TTAA-T--G--CGA-GAAT-TT-GT-G-----------TG-AAATG-AA-A----------TCTTG-T--GTTTT-CA-TAT----TTTA--TTA--AAA--------AT-A---------C-----------C---C-------------AA----------A---------A-TCC-----------AAAGGATC----T---------------AC-A--TT---A------C-AAG-T--TATTAAG---AA-----A----------GGGGG--G--GG---------------GT-TA---------CGG------AAGT---C-CTG--T------CA-AG-CA---C-TT----------------------AG---A-T--TCTT--TT-TT--AA-AAATA--AAAGAA-ATTGAT-A--AT-TC-A----TAGGAAG--A--A-TAAAT-GTGATCT---AT----ACCAT-TAA-T-TT-ACA-GGA-TAC-A-TGTAC
gi|50 : --A--GCG-----ATAA-TTCTC-C-GA-GTGA-A---AC--ACTACctcg
gi|51 : agCA--A--GCG-----ATAA-TTCTC-C-GA-GTG--A---AC--ACTACT
gi|52 : CA--A--GCG-----ATAA-TTCTC-C-GA-GTGA-A---AC--ACTAC
gi|53 : CA--A--GCG-----ATAA-T-CTC-C-GA-GTGA-A---AC--ACTACT
gi|54 : A--A--GCG-----ATAA-TTCTC-C-GA-GTGA-A---AC--ACTAC
gi|55 : CA--A--GCG------TAA-TTCTC-C-GA-GTGA-A---AC--ACTAC
gi|6 : TTTTCA-CT-T-TTA---CT--------TAGCCTAGGT---AAA--AAGCATTG--CCG-----ATAA-TTCTC-C-GA-GTGA-A---AC--ACTACTCAA--------T-TA--CCGAT-TT---T-CA-CATGG----TGA--AAA-TAGTAG-----T---CTA-CTA------T----------T-----GTG-GCA-TA-ATNN---NNNNNNN--NNNNNNNNNNN-NN-N-NNNNNNNNNNN--NNNNNNNN-----NNN--------GCG-TATTA------ATCT-ATATCA--------T-GC----------------C--TGCAAA-C-AAG-GAAACC-CAAA---CC-TGCATGTTTTAAAC-CAT-ATCC---CA----AAAG--------AG---A---A-C-A-TAATGAATATATA----ATC-CTTTAA-----GTG-----CCT--AAGAAA-TGTTGAATGAA-ATCAAAA---TTAT--GAA--CATGAA--T--G-T--ACA---A--TT-T-TAT------C--C---AA--CCTC--A-AC-T-T-T---TAAA---G--C----C-ATTGA---C-TCCAAG-ACT-T-CA-CAGGTG-CTT---CAGTAGC---TTT-GTGGG--------CA--G-GATTTTC---G-GT-AA--C-
gi|7 : ttcctaacaattttacgtttccgtagtaattttcgctgagatagaTTTTCA-CT-T-TTA---CT--------TAGCCTAGGT---AAA--AAGCATTG--CCG-----ATAA-TTCTC-C-GA-GTGA-A---AC--ACTACTCAA--------T-TA--CCGAT-TT---T-CA-CATGG----TGA--AAA-TAGTAG-----T---CTA-CTA------T----------T-----GTG-GCA-TA-ATNN---NNNNNNN--NNNNNNNNNNN-NN-N-NNNNNNNNNNN--NNNNNNNN-----NNN--------GCG-TATTA------ATCT-ATATCA--------T-GC----------------C--TGCAAA-C-AAG-GAAACC-CAAA---CC-TGCATGTTTTAAAC-CAT-ATCC---CA----AAAG--------AG---A---A-C-A-TAATGAATATATA----ATC-CTTTAA-----GTG-----CCT--AAGAAA-TGTTGAATGAA-ATCAAAA---TTAT--GAA--CATGAA--T--G-T--ACA---A--TT-T-TAT------C--C---AA--CCTC--A-AC-T-T-T---TAAA---G--C----C-ATTGA---C-TCCAAG-ACT-T-CA-CAGGTG-CTT---CAGTAGC---TTT-GTGGG--------CA--G-GATTTTC---G-GT-AA--C-c
gi|8 : ttcctaacaattttacgtttccgtagtaattttcgctgagatagaTTTTCA-CT-G-T-A---CT--------T---TA-GGCTGGAAA--AATCA--ATGGCG-----ATA--TTCTC-C-GA-GTGGTA---GT--ACTACTCAA--------T-TT--CCGAT-TT---TTCA-CCTGGGGAGTAA--AGA-GAGTGG-----T---C-A-TTAT-----TAACGTATTGCT-----GTG-GCGATA-TTTA---AAAACGA--ACCCTTTGCTT-CA-G-AC-CAAAAAGA--TAATGTTA-----AAAAAAATT--GCG-TATTA------ACTCAA-AGCA--------T-GA----------------C---------C-AAA-GGA-CC-GAAA---GCATGCATGTTTAAAAC-CAT-A--C---GA----AAAA--------AA---A---A-G-A-TGATC-------------TC-CTTTAG-----GTG-----C-T--TAAGAA-TGTTGAATAAT-ATCAAAA---TTAT--GACT-ATTGAA--CTGG-TAAACA---A---G-T-TTT------CGGC---AA--CATC--A-AC-T-G-T---TAAA---G--CT---T-ACTG----------AG-ACT-C-Cc
gi|9 : catctcctaacaaggctacgtgtccgtagttgaatttttcttgaagattatctgatagat-A--C---AA----AAAA--------GAGAGA---A-G-A-TAATGAATATCAT----ATC-CTTTAA-----GTG-----C-T--A--GAA-TGTTGAAG--A-ATCAAAAATTTCAT--G-------GAT--T--A-T--ACATTTA--TT-G-TTT------T--A---AC--CCTC--A-AC-T-T-T---TAAAAGCG--C----T-ATTGA---CTTCC-AG-ACTCC-CA-CAGGTGCCTT---CA--AGCAAGCTT-G-GGG--------CA--G-GTTTCTT-----GT-----T-ACCCCCC--------C---C-CTCT-TTT-ATG------C--G-T--T--T--T------T-----T---AT---AAT-----C-GGTGA--TGACA--TTTCTAAAA-AA-ATT-GTTT-TGAA-T--GCCCGA-G-A--TT-GT-GAA-A-TGC-ACT----CTG-A-----------------A-T--G-TTG-CA-TA-----TCTA-TTAA--GAA--------AT-A---------A-------A---C---CCGTAACAAA----GG----------A---------A-T-------------A-----------T---------------GC-A--TT----------C-AAA-T--GAT-------AA-----------------AGGG--G--GGGT-------------GT-TACC-------CGG------AAGT---C-CTG--T-C---AC--AG-CA---C-CT-GTGAA---TAAATCTT-GGC--G---TCT--TTTTCATT-TTTAAT-A---A--Acaatccctcacgaa
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|30 ): ATTCACAGTATTGTAGTTATCACATTCCAATACAATTTTACATATTCCATAGTATTTCTTGAGATACGATTTTTCACTTTTACTATTAAGCCCTCAGGTAAAAAAAGCATGCAAGAATCTCTC
Unaligned ( gi|37 ): AATTTTTTTTTCAAAACAGCCACACTTTGTTTGAAGATATTGATTCAGTAATGGTGGTTCAGGCAGCTGGCTT
Unaligned ( gi|38 ): ATCTGCATCACGAGTTTGCCTGATTACCCAGTATGTCCTATGTATCTCTTTCATGTCGATAGAA
Unaligned ( gi|39 ): TTTAAAACACTCTGCATCAGTGAGTTGTCCGTAATGTACATGATCTTCTTTGTCAGATCAGAAA
Unaligned ( gi|42 ): ACATTGTACCATTAATGTATCTTTTGTTTAGACAGAA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 444444444444444444444 33333333 11 111 1 111111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 22222222222 11111111 4444444444444444444 1111 11111111 2222222 11 111111 1111111111111 1111 11111 222 222222222 11111111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111 1 2222222222222222 1 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1111111111 1111111 3333333333333333 3333333333333333333333333333333333333 22222222 1111111111111 1 11111
lowQualScore : 3 3 7 2 222 111111111111111111111 44 77777 99999 3 1 1 3 1 222 44 33333333 4 11 4 444 4 2 888888888 55 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 7 22222222222 6 44444444 6 6666666666666666666 3 3 6 9 3 4444 5 5 8 77 444 0000 99999999 555 555 555 3 3 77777777 3 4444444 88888 6 11 3 3 9 666 55 777777 44 44 3 44 3 555 33 2 2 8888888888888 33 0 33 2 2 2 2 555 555 33 7777 2 00000 8 2 2 2 2 88 555 77 777 2 99999999 66 2 444444444 2 333 2 11111111 555 3 3 6 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000 33 0 66 44444 2 2 2 2 2 2 55 33 2 4 2 2 2 1 666 2 2 2 2222222222222222 3333 2 77 8 6666 2 3 22 66666666 1 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 2 22 9999999999 1 3 22 0000000 9999999999999999 22 22 7777777777777777777777777777777777777 666 2 55 666 2 2 777 2 2 777 0 2 33 11111111 1 3 44 777777 44 77 3 6 3333333333333 3 99 88 9 3 3 3 555 555 2 0 3 8 8 4 00000 4 4
lowQualScore : . . . . ... ..................... .. ..... ..... . . . . . ... .. ........ . .. . ... . . ......... .. ........................................................................................................................... . ........... . ........ . ................... . . . . . .... . . . .. ... .... ........ ... ... ... . . ........ . ....... ..... . .. . . . ... .. ...... .. .. . .. . ... .. . . ............. .. . .. . . . . ... ... .. .... . ..... . . . . . .. ... .. ... . ........ .. . ......... . ... . ........ ... . . . ....................................................... .. . .. ..... . . . . . . .. .. . . . . . . ... . . . ................ .... . .. . .... . . .. ........ . ......................................................................................................... . .. .......... . . .. ....... ................ .. .. ..................................... ... . .. ... . . ... . . ... . . .. ........ . . .. ...... .. .. . . ............. . .. .. . . . . ... ... . . . . . . ..... . .
lowQualScore : 6 6 3 3 777 222222222222222222222 22 55555 22222 1 5 5 1 6 888 44 00000000 0 00 0 000 0 0 333333333 99 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3 77777777777 7 22222222 2 6666666666666666666 1 1 2 2 1 8888 3 7 0 33 777 3333 77777777 000 000 999 3 2 88888888 3 5555555 33333 7 22 3 3 2 444 00 888888 22 22 1 22 5 444 99 9 9 6666666666666 99 7 99 9 9 9 9 000 000 99 5555 9 88888 6 9 9 7 9 88 000 99 222 7 77777777 33 7 555555555 7 777 7 22222222 444 1 3 7 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888 77 1 33 00000 4 4 4 5 2 2 33 11 2 2 1 1 1 2 555 1 1 7 7777777777777777 0000 0 22 0 2222 0 3 88 99999999 9 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 99 3333333333 9 8 66 2222222 7777777777777777 99 99 1111111111111111111111111111111111111 111 2 33 999 4 7 999 9 9 999 9 9 44 22222222 5 1 22 222222 22 88 3 2 6666666666666 3 22 55 2 1 1 1 444 444 0 9 6 0 0 0 88888 0 0
consensus : TTTTCA-CT-T-TTA---CT--------T---C--GGT--GAAA--AAGCA--A--GCG-----ATAA-TTCTC-C-GA-GTGA-A---AC--ACTACTCAA--------T-TA--CCGAT-TT---T-CA-CCTGG----TGA--AAA-TAGTAG-----T---C-A-TNA--C-----T----------T-----GTG--GCG-TA-ATTA---AANACGA--ACCCN-NTTCTCCA-G-ACTCNAAAAGAGNATNNT--G-----AAAAA------GCG-TATTA------A----A-ATCA--------T-GC----------------CG-TGAAAA-C-AAA-GGA-CC-CAAA---CC-TGCATGTTTTAAAC-CAT-A--C---GA----AAAA--------AA---A---A-G-A-TAATGAATATAAA----ATC-CTTTAN-----GTG-----C-T--AAGAAA-TG-TTGAAGGAAATCAAAA---TTAT--GAA--ANTGAA--T--G-T--ACA---A--TT-T-TTT------C--C---AA--CCTC--A-AC-T-T-T---TAAA---G--C----T-ATTGA---C-TCC-AG-ACT-C-CA-CAGGTG-CTT---CA--AGCA--CTT-GTGGG--------CA--G-GATTT---CT-G-GT-AA--C-ACCCCCC--------C---C-CTTC-TTT-ATG----A-C--G-T--T-AT--T------T-TTTAT---AT---AAT----CC-GTTGA--TGACAT-TTTCT--AA-AA-ACG-GNTT-TTAA-T--G--CGA-G-AT-TT-GT-GCA-A-TGC-ATTG-AACTG-AA-AT----A-C--TCTGA-T--G-TTG-CA-TAT----TTTA-TTTA--AAA--------AT-A---------C-------A---C---C-------------GA----------A---------A-T-------------A-----------T---------------AC-A--TT---A------A-AAA-T--TAT-------AA-----G----------GGGGG--G--GGGT-------------GT-TA-C-------CGG------AAGT---C-CTG--TCC---ACA-AG-CA---C-CT-GTGAA---TAAATCTT-GGTAAG---T-T--TTTTCATT-TT--AT-A---A--AAAGAA-ATT-AT-A--AA-TA-A----TA-GAAA--A--A-T-AAT-GT-ATTT---AT---GAGC-T-TAA-T-TT-ACA-GAG-TAC-A-TGTACACTT
Reference ( family-1299 ) : TTTTCA-CT-T-TTA---CT--------T---C--GGT--GAAA--AAGCA--A--GCG-----ATAA-TTCTC-C-GA-GTGA-A---AC--ACTACTCAA--------T-TA--CCGAT-TT---T-CA-CCTGG----TGA--AAA-TAGTAG-----T---C-A-TNA--C-----T----------T-----GTG--GCG-TA-ATNA---AANACGA--ACCCN-ATTCTCCA-G-ACTCNAAAAGAGNATNNT--G-----AAAAA------GCG-TATTA------A----A-ATCA--------T-GC----------------CG-TGAAAA-C-AAA-GGA-CC-CAAA---CC-TGCATGTTTTAAAC-CAT-A--C---GA----AAAA--------AA---A---A-G-A-TAATGAATATAAA----ATC-CTTTAN-----GTG-----C-T--AAGAAA-TG-TTGAAGGAAATCAAAA---TTAT--GAA--ANTGAA--T--G-T--ACA---A--TT-T-TTT------C--C---AA--CCTC--A-AC-T-T-T---TAAA---G--C----T-ATTGA---C-TCC-AG-ACT-C-CA-CAGGTG-CTT---CA--AGCA--CTT-GTGGG--------CA--G-GATTT---CTGG-GT-AA--C-ACCCCCC--------C---C-CTTC-TTT-ATG----A-C--G-T--T-AT--T------T-TTTAT---AT---AAT----CC-GTTGA--TGACAT-TTTCT--AA-AA-ACG-GNTT-TTAA-T--G--CGA-G-AT-TT-GT-GCA-A-TGC-ATTG-AACTG-AA-AT----A-C--TCTGA-T--G-TTG-CA-TAT----TTTA-TTTA--AAA--------AT-A---------C-------A---C---C-------------GA----------A---------A-T-------------A-----------T---------------AC-A--TT---A------A-AAA-T--TAT-------AA-----G----------GGGGG--G--GGGT-------------GT-TA-C-------CGG------AAGT---C-CTG--TCC---ACA-AG-CA---C-CT-GTGAA---TAAATCTT-GGTAAG---T-T--TTTTCATT-TT--AT-A---A--AAAGAA-ATT-AT-A--AA-TA-A----TA-GAAA--A--A-T-AAT-GT-ATTT---AT---GAGC-T-TAA-T-TT-ACA-GAG-TAC-A-TGTACACTT
gi|1 : TTTTCAGCTAT-TTA---CTGTAGCGTAT---A--GGT---AAG--AAGCA--G--GCG-----ATAA-TTCTC-C-GA-GTGA-AGCGAC--ATGTCTCAAG-------TGTA--CCGAT-TT---T-CA-CATGG----TGA--AAAATAGTAG-----T---C-A-TAA--CCTAGAT----------T-----GTA--GCA-TA--TAA---AGGACGA--ACCTA-ATTCTTCAAG-ACGCAACAAGGTTGTCGTATG-----AAAAAT-----GAG-TATTA------A----A-ATCACGAATTCAT-GC----------------CGATGAAAAGC-AAA-GGA-CCGCAGAGAGCCGCGCATGTTTTAAAC--AT-A--CCCGGA----AAAA--------GA---G---A-GGA-TTACGAATA----------C-CTTTAGATAATGTG-----T-TTAAGGAAAGTG-TTGAACGAAGATAAAA---TTAT--GGAC-ATTGAAATT--G-T--ACA---GAGTT-TGTTT------CGGC---AA--C-TC--AGAT-T-T-T---TAAG---C--C----T-ATTGAAAGT-TCC-AGGACT-C-CA-CAGGTG-CCTGTCCA--AGCAAGCTT-GTGGG--------CAATG-GATTT---GTGG-GT-AA--C-ACCGCCCGCCGCCATC---C-CCTC-TTT-AAGTCGAA-CCGG-A--T-AT--TGTGTTGT-TTTG----AT---AATAGG-CT-GGTGA--TGACATCTTTAG--AA-AG-ACG-GTTTGTTAA-TT-G--CAG-A-AT-TT-GT-GTA-A-TGC-ATTG-AGCTT-AA-GT----G-T--ATTGAAT--G-TGG-TAATAT----TTTA-TT-A--AAG--------ATGA---------C-------A---C---CGTTAAATACAAAGGA----------G---------A-T-------------A-----------TGAAGTCGATATGTGTAC-AGTTC---A------G-AGA-T--TATTTAGAGAAA-----G----------GGGGG--G--GGG------------------A-C-------GGT------AGGT---G-CTGG-TCCCTCAAA-GG-CAG--C-CT-G---A---TGATTCT--GGTG--------------CATT-TT--AT-A---A--GAGGAA--TT-AT-AGGAG-TA-AAGTGTA-GAAA--A--A-T-AAT-G---TTT---GT---GACA-T-TAA-TGTT-ACG-GAT-AAC-A-TG
gi|10 : aacaatttttagcgggtttcgtaggtagattgtattgtctgaggatacatgtTTTGAAAC-C-T-A--C---GGGGG-AAAA--------AA---A---T-G-AGTAATTAGTG-AAAGCATATA-CTTT-T-----GTG-----C-TG-AAGAAA-TA-TTGAAGAAAATAAAAA---TTAT--GAC--AGTAAA--T--G-C--ACG---A--TTGT-TTT------C--C----A--CCTCAAA-AC-T-T-T---TAAA---G--C----TCATTGA---C-CCCTTG-ACT-T-CA-CGGGTG-----------------CTT-GTGGC--------CA--G-GACTC---C--G-GTAAA--C-ACCCCCC--------C---C-CCCC-TTT-CCG---------------------------T-TCTAA---ATGTGAA------C-GTT----T--CAT-TTT--------G-AT--GCTT-T--A-T--G---GA-G-AT-TT-GT-GCA-ATTGC-ATTGAAACTG--A-AT----A-------GA-T-----------TCT----TTTA--TTA--AAA--------AT-A---------C-------AC--C---C-------------GAAATAGCCAAGA---------A-T-------------A-----------T---------------AC-A--TTCAGA------A-AAA-A--TAT-------AAT----A----------GGGGGTTG--GGGTTGGGGTTGGGGTGGT-TA-C-------CAGC-----AAGT---C-CTG--TCA---ACA-Agtagccaagctggctttaaacatgtgcgagtcgtgagttggtgtcctgtactgtaacatgtatgctcttcgtggtcagaacagaa
gi|11 : --TT-T-TTT------C--C---AATACATC--A-AC-T-T-TGTTTAAA---G--C----T-ATTGA---C-TTC-AG-ACT-CTCA-C-GTTG-CTT---CA--AGCAGCCTT-GTGGG--------CA--G-GATTT---CTGA-----------------------------------------------A-C--G-T----AT--T------TATTTAT----------T----CC-GT-GA--TAATAT-TT-CT--AA-AA-ACG-GGTT---AA-T--G--CGA---AT-TT-GT-GTA-AATGC-ATTG-AACT--AT-AT----A-C--TCTGA----G-TTG-CA-TAA----TTTT-TTTA--AAA--------AT-A---------C-------A---C---C-------------GG----------A---------A-T-------------A-----------TCAAGGAATAT-----AC-A--TT---C------A-AAACT--TAT-------AA-----GAAT-------GGGGG--A--GGGG-------------GCATA-C-------CGA------AAGT---C-CTG--TC----ACA-AG--A---C-CT-GT-AA---TAAATCT--GGTAAG---T-C--TTTTCATT-TT--AT-A---A--AAAATA-ATT-AT-A--AATTA-ATT--TA-GAAA--A--ATT-AAT--T-ATTT---AT---TACC-TCTAA-T-TTAACA-G-G-TA--G-T-TACACTtc
gi|12 : tTTTTCG-CT-T-TTA---CT--------T---G--GGC---AAA--AAGCA--T--GCG-----ATAA-TTCTC-C-GT-GTGA-A---AC--ACTACTCAA--------T-CA--CCAAT-TT---A-CA-CCTGG----GGA--TAA-AAGTAG-----T---C-A-TAA--C-----C----------T-----ATT--GTG-TC-AT-----ATNNNNN--NNNNN-NNNNNNNN-N-NNNNNNNNNNNNNNNNNN--N-----NNNNN------GCG-TACTAGTAACAA----A-ATCA--------T-GC----------------CA-TGAAAA-C-AAA-GGA-CC-CAAA---CC-TGCATGTTTTAAAC-CAT-A--C---GAAAAGAAAA--------GA---A---A-G-A-TAATGAATATAAA----ATC-CTTTA------GTG-----C-T--AAGAAC-TG-TTGAAGAAATTCAggct
gi|13 : atttcctacaactttacgtttctgtagtgattttcttgagatagatTTTTCA-CT-TGTTAAATCT--------G---T--GGTTCGAAA--AAGCA--T--GCGCATTAATAT-TTCTT---GATGTGG-A---CCTGACT-CTCAACTTCATACT-TATGCCGAT-CTCTGT-CAACCTGG----GGATGAAA-TGTTAGCTGCCT---C-A-TTAATC-----T----------T-----GTGTAGAGATATATTAGAAAACACGACAAGTTT-ACTCTCGA-ACACTCCGAAAGAGAATAGT--GTATAAAAAAA------ACGACAATA------A----A-GTTA--------TCGCGTAATATTGACCAATTCG-TGAAAA-C-AAACGGA--C-CAAA---CC-TGCATGTTTAAAAC-CATAA--C---GG----AAAC--------AG---A---A-tctaatttgatgaccacataactc
gi|14 : catctctacaagcttttacgttccgtagtagtgtctcttgagatagatTTTTCA-CT-TGTTAAATCT--------G---T--GGTTCGAAA--AAGCA--T--GCGCATTAATAT-TTCTT---GATGTGG-A---CCTGACT-CTCAACTTCATACT-TATGCCGAT-CTCTGT-CAACCTGG----GGATGAAA-TGTTAGCTGCCT---C-A-TTAATC-----T----------T-----GTGTAGAGATATATTAGAAAACACGACAAGTTT-ACTCTCGA-ACACTCCGAAAGAGAATAGT--GTATAAAAAAA------ACGACAATA------A----A-GTTA--------TCGCGTAATATTGACCAATTCG-TGAAAA-C-AAACGGA--C-CAAA---CC-TGCATGTTTAAAAC-CATAA--C---GG----AAAC--------AG---A---A-
gi|15 : catctctacaagcttttacgttccgtagtagtgtctcttgagatagat--T--G-T--ACA---A--TT-T-TTT------T--TCAAAA--CCTC--A-AC-T-T-T---TAAA---G--CC---T-ATTGAA--C-TCC-AG-ACT-C-CAACAGGTG-TTT---CA--AGCGT-CTT-GTGGG--------CAA-G-GATTT---CTGG--T-AAACC-ACACCCC--------T---CGCTTC-TTTGATG----AAC--G-T--TCAC--T------T-TTT-T---AT---AACTCTCCC-GGTGG--TGACAT-TTCTC--AATAA-ACG-G-TT-TTGA-T--G--CGAAG-AT-TG-CTCGCA---TGC-ATTG-AACTG-AT-AA----A-C--TCTGA-T--T-TTA-CACTCT----TTTA-TTAA--CAA--------AT-A---------C-------A---C---CTT-----------GA----------A---------A-T-------------------------T---------------AC-A-------A------AGGAA-T--AAT-------AA-----
gi|16 : aat-GTGGG--------CA--G-GATTC---TT----T-AA--C-TCCCCCC--------C---C-CTTC-TT--ATG----AAC--G-TATC-AT--T------T-TTTTT---AT---AAT----C--GT-GA--TAA-AT-T--CT--AA-CA-ATC-GTTT-TTAA-A--G--CGA-GTAT-TT-GT-GAA-A--GC-AC------------------------CTGA-T--G-TTAACA-TAT----T--A-TT-A--AAC--------AT-A---------C-------A---C---C-------------GA----------A---------A-T-------------ACCAAAGGAACAT---------------AC-A--TT---C------A-AAA-TACTAT-------AA-----GAAA-------GGAGG--G--GGGT---------------------------CG-------AAGT---C-CTG--TCC---ACA-AGACA---C-CT-GTGAA---TTAA--CT-GGCAAGAA-G-T--CTCTCATG-TT--A-----------------------------------------AAA--A--A-T-AAT-GT-ATTTATAAT---GAGC-C-TAATT-TT-AC--GA---AC-A-TGT-CACTtttcaaaacttatacagcaagggtggttgggg
gi|17 : AA--T--G-T--ACA---A--TT-T-TTT------TT-C---AA--CCTC--A-AC-T-T-T---TAAA---G--CC---T-ATTGA---C-TCC-AG-ACT-C-CA-CAGGTG-TTT---CA--AGCGT-CTT-GTGGG--------CA--G-GATTT---CT-G-GT-AA--C-ACCACCC--------C---C-CTTC-TTT-ATGA---A-C--G-T--TCAC--T------T-TT--T---AT---AAT-----C-GGTGG--TGACA--TTTCT--AA-AA-ACG-G-TT-TTGA-T--G--CGA-G-AT-TT-GT-GCA-A-TGC-ATTG-AACTG-CATAA----A-C--TCTGA-T--T-TTA-CA-TAT----TTTA--TTA--AAA--------AT-A---------C-------A---C---CTGAAATACCAAA-GG----------A---------A-T-------------A-----------T---------------AT-A--TT---C------A-AAA-T--TAT-------AA-----G----------AAGGG--T--GGGT-------------
gi|18 : A--TGACAT-TTTT----A-AA-ACG-GTTT-TTAA-T-----CGA-G-AT-TTTGT-GCA-T-TGC-ATTG-AAATG-AATGT----A-C--TCTGA-G--G-TTG-CA-TAT----TT-A-TT-A--AAA--------AT-A---------C-------A---C---CC------------GA----------A---------A-T-------------A-----------CCCACAGAATTAGATAAC-A--TTC--A------A-AAA-T--AAT-------AA-----G----------AAAAG--G--GGGT-----------------A-C-------CGG------AAGC---C-CTG--TCC---ACA-AA-CA---C-CT-GTGAT---TAAATCTT-G---AG---T-C--TTTTCATT-TT--AT-A---A--ACAGAA-GTT-AT-A--tgggg
gi|19 : ttaataattggtgat---CC-TGGCTGTTTTAAAC--ATCA--C---GG----AAAA--------AA---A---A-A-A-GAA-GAGT--------------TTTGC------TG-----C-TT-AAGACA-T--TTGAAG--------AG---TT-----------------T--G-T--A--------------TT--------------A--CCTC-------T-T-T---TAA------------T-ATTA------TCC-AA-----T-CA-CAG-TG-CTT---CA--AGCA--TTT-TTGG---------CA--G-GATTT------G-GT-AA--CCACCCCCT--------C---C-CCTC-TTT-ATA----A-C--GAT--A-AT--T------T-TTTTT---A---------------TTGA--TGACAT-TT--C--AA-AA-ACT-G-TT-TTAT-T--G--CG--G-AT-TT-GT-GTA-A-TGC-ATT-----TG-AA-TT----A----TCTTC-T--G-TTT-CA-TAT----TTTA-TT----AAA--------AT-A---------C-------ggcctacataataatggccttgtaaaa
gi|2 : acTTTTCA-CT-T-TAA---CT--------T---A--GGT--GGAATAAAGCA-----TCG-----ATAAATTATT-T-GA--TGA-C---AC--ACTACTCAA--------T-T-----TATGTT---T-CAACCTGG----T----AAA-TAGTAG-----TATAT-A-TAG--C-----T----------TATTCTGTG--GC--TA--TAA---AATA-----ACCCA-TTTCTCCA-G-ACTCAATAGTTGTTTTTT--G-----AAAAAAAATT-GCG-TTTTTT-----A----A-ATCT--------T-CC----------------TA-TGAAAA-CTAAA-GGATCC-CAA-----C-TG-ATGTTTTAAATATAT-A--C---GA----AAAATATAAATAAA---AGAGA-G-A-TAATGAATATATA----ATC-ATTT--------TG-----C-T--AAGAAA-TG-T-GAAGAAGATCAAAA---TTTT--TGACCATTGAA--T--G-T--A-A---A--TT-T-TTTGTATCTC--G---AA--CCTC--A-AC-TATAT---TAAA---G--CC---T-ATTGA---G-TCC-AG-GAT-C-CA-CAGGTG-TTT---CA--AGCG--CTT--TGGC--------TA--G-GAT--------G-GT-A-----ACCCCCT--------CATGC-CTTT-TTT---------------------T--T------T-TTTAT---GT--------------TCAA--TG-------------------CGAGATT-TTG-----------------TT-G---CA-A-TGC-ATTG-AACTGTAT-AC----ATC--TCTGA-T--G-TTG-TATTAT----TTTA-TTTAATAAA--------AT-A---------C-------AAT-CCCGC-------------GA----------A---------A-TACCAATAGAATTAA-----------T---------------ACTA--TT---C------A-AAATT--TAT-------AA-----GAAGGGGT---GGGGG--G--GGGTGGGGGAGGAGTA-GT-TA-C-------CGG------AAGTAAGT-CTG--TCC---ACAGAA-CA---C-CT-GTGAC---TAAATCTTCGGTCAA---T-T--TTTT----------------A--AAATA----T-AT-AG-AA-TA-A----TT-AGAA--A--A-T-TAT-GC-ATTC---AT---TGAC-C-TAA-T-TT-ACA-GTGAAAC-ATTGTACACTT
gi|20 : attccttacaactttatgtttcgtagctaattttcttgagtatatgaA--AAGCA--A--GCG-----ATAA-TTCTC-C-GA-GTGA-A---AC--ACTACTtgct
gi|20 : atctcctacagcttacgtttcccgttagtaattttcttgaggagagatttttcact------GCG-TATTA------A----A-ATTAC-------T-AC----------------CA-TGTAAA-C-AAA-G-A-CC-CAA----CC-TGCATGTTTAAAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgcgtattaaaattactaccatgtaaacaaagacccaacctgcatgtttaaaa
gi|21 : atctcctacagcttacgtttcccgttagtaattttcttgaggagagatttttcactaaagcaagcgataattctccgagtgaaacactactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatGT--GAAA--AAATA--A--GCG-----ACAA-TTCTT-C-GA-GTGA-A---AC--ACTACT
gi|21 : atctcctacaagcttacctttccgtcgtaattttcgtgagaaagataaaTA------A----A-ATCA--------T-GC----------------CA-TGAAAA-C-AAA-GGA-CC-CAAA---CC-TGCATGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaaatcatgccatgaaaacaaaggacccaaacctgcatgt
gi|22 : atctcctacaagcttacctttccgtcgtaattttcgtgagaaagataaagtgaaaaaataagcgacaattcttcgagtgaaacactactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnG------AAGT---C-CTG--TTCCG-ACA-AG-CA---C-CTTGTGAAA--TAAATCTT-GGCAAG---A-TGCTTTTCATT-TT--AT-A---A--AAAGAAGATT-AT-A--AA-TACA----TA-GAAA--A--ATT-AATCGT-ATTT---GT---GAGCTT-TAATT-TT-ACAGGAA-TACAA-TGTACA
gi|23 : -AT-TT-GT-GTA-A-TGC--TTG-ACCCT-TA-ATGTTAA-A--TCTGA-T--G-TT--CA-TAT----T--A-TTAA--AAA--------AC-A---------CCTTAAATA---C---C-------------AA----------AGGCA-----A-T-------------AC----------T---------------AC-A--TTCC-AC-----A-AAA-T--TAT-------AA-----GTAAAAG----GGGGA--G--GGGG-------------GTATA-C-------CG-------AAGT---C-CTG--TCC---TCA-AG-CA---C-CT-GCGAA---T---TCTT-actggctttaacactgagtctgtcctgcatataccaagtaatgtt
gi|24 : ccagaA--TGATAT-TCT-T--AA-AATACA-G--T-TTCA-T--G--CAA-G-AT-TT-G--GTT-A-TCCTAT---AA-TA-AA-A-----A-C--ACTGA-TAAG-TTA-CA-TAT----TTTC-TTT---AAA--------AC-A---------C-------A---C---CTAAAATACCCAA-GA----------A---------ATT-------------A-----------A---------------AC-A--TT---A------A-AA-----TAT-------AA-----G----------GAAGG--G--AG------------------TA-C-------CGG------AAGattca
gi|25 : aatcactatttggtgcacaT-TTTTT--AA-AA--CG--ATT-TTAT-T--G--CGA-G-AAATT-GT-GCA-T-TGC-ATTG-AATTC-AATAT----A-A--TCTGA-G--G-TTA-AA-TA-----TTTA-TT----AAA--------AT-A---------C-------ACCCC---C-------------GA----------A---------A-T-------------ACCGCGAAATT-T---------------AT-A---T---A------A-AAA----TAT-------AA-----G----------AAAAA--G-------------------AT-TT-C-------CGG------AAATC--C-CCT--TCC---ACA-A
gi|26 : -AAA-T--TAT-------AAAGGGGG----------GGGGG--G--GGGT-------------GT-TA-CGTAAGTCCTGTCCACAAAGT---C-CTG--TCC---ACA-AG-CA---C-CT-GTGAA---TAAATCTT-GGTAAGGTCT-T--TTTTCATT-TT--ATAA---A--AAAGAA-ATT-ATAA--AA-TA-A----TA-GAAACCAACA-T-AAT-GT-ATTT---AT---GAagat
gi|27 : -AAA-T--TAT-------AAAGGGGG----------GGGGG--G--GGGT-------------GT-TA-CGTAAGTCCTGTCCACAAAGT---C-CTG--TCC---ACA-AG-CA---C-CT-GTGAA---TAAATCTT-GGTAAGGTCT-T--TTTTCATT-TT--ATAA---A--AAAGAA-ATT-ATAA--AA-TA-A----TA-GAAACCAACA-T-AAT-GT-ATTT---AT---GA
gi|28 : --T------T-TTTA----AT---AAT----CG-GT-GACATGACAT-TTT----AG-AA-ACG-G----TTAA-TATG--CGA-G-AT-AT-GT-TCA-A-TGC-ATTG-AAATA-AATAC----A-C--TCTGA-G--G----------------------TA--AAA--------AT-A---------C-------AC--C---C-------------GA----------A---------A-T-------------A-----------C---------------TC-A-------A------G-GAA-T--T-T-------AA-----
gi|29 : T-TTAA-T--G--CAA-G-AT-TT-GT-GTA-A-TGC-ATTG-AACTG--A-AT----A-C--TCTGA-T--G-TTG-CA-TATATAGTTTA-TTAA--AAATTCACCTGAT-A---------T-------A---C---C-------------AA----------AGGAATATACA-T-------------G-----------T---------------AC-A--TT---C------A-AAA-T--TAT-------AA-----GATTAAAGAAAGGGGG--G--GGGtattcaaaaatatgaaaagggcgtt
gi|3 : TTTTTA-CT-C-T-----CT--------T---C--GG----AAA--AAACA--AT-GCGG----ATAAATTCTC-C-GA-GTGG-A---AA--ACTACTCA---------T-TA--C-GAT-TT---T-CA-CCTGG-----GT--AAA---GTAG-----T---C-ACTAA--C-----C----------T-----ATGT-GCA-TA---TA---AA-ACGA--CCCCATGTTCTC-A-G-ACCAGAAAA---TATGTT--G-----AAAAAAATAATGC--TATTA------A----A-TTCA--------T-GC----------------CT-TGAGAA-C-AAA-GGA-CC-CAAG---CC-TGCATGTTTT-AAC-CAT-A--C---GA----AAAA--------AA---A---ACC-A-T-ATGCATACTAA----ATCAGTTTAT-----GTGTTTTAC-T--AAG-AC-TGTTTGAAGAATATCAAAA----TAT--GAA--AGTG-A--T--G-T--ACA---A--TT-T-TTT------C--C---AA--CCTC--A-ACTT-T-T---TAAA---GGCC----T-ATTGA-----TCC-AG-ACT-C-CA-CAGGTG--TT---CA--AGCA--TCT-ATGGG--------CA--G-AATTTTAGCT-G-GT-AC--C-CCCCCCC--------C---C-CTTCTTTT-ATGA---A-C--T-T--C-AT--T------T-TTTAT---A----A------CC-G-TAA--TG-CA--TCTCT--AA-AA-ACG-GA-T-TTAA-T--G--CCA-G-A--TT-GT-GCACA-TGC-ATTG-AACCG--A-AT----A-CCATCTG--T--G-TTC-TA--------TTTA-TTTA--AAA--------AT-AC--------C-------A---C---C-------------CA----------A---------A-T-------------A-----------TAAAG-----------AA-A--TT---AGATATTA-AAA-T--TAT-------AA-----G----------GGGTT--T--GGG-----------------TA-C---------G------AAGT---C-CTG--CCA---GCA-AG-CA---G-CT-GTGAAAGTTAAATCTT--GTAA------T--TTTTCCTTATT--AC-A---A--ATAAAA---T-AT-A--AA--A-A----TA-GAAA--A--A-T--AT-AT-TTTT---AT---GAGCTT-TAA-TATT-ACAGGAG-TAC-A-TGTAC
gi|31 : ttctacaaacttacgtttcctagtaatttcttgagatagaaGG------CAGT---C-CTGGTTCA---ACA-AG-CGGAGCACT-GTGAA-----AATCTT-GG-AAG---T-C--TTTT-ATT-TT--AT-A---ATTAAATAG-ATT--T-A-----TC-A----TA-GAAA--A--A-T-AGT-GT-ACTT---GC---GAAT-T-T
gi|32 : CAT-TTT-T--AA-AA-ACG-GTTT-TTAAAT--A--CGA-G-AT-TG-GA-ATA-T-TGC-ATTG-AA-TA-AG-AT----A-CACTCCGA-G--G-TTG-CA-TATA---TTTA-TT-A--AAA--------AT-A---------C-------AC--C---C-------------GA----------A---------A-T-------------A-----------tggactttttac
gi|33 : atcggcgatacgc----A-C--TCTGA-T--G-TTG-CA-TAT----CTTA-TT-A--AAA--------AT-AAACCCGAAAC-------A---C---CAAA----------GG----------A---------A-T-------------A-----------T---------------GC-A--TT---C------A-AAA-T--GAT-------AA-----GAGG-------GGGGG--G--GGGT-------------GT-TA-C-------CGG------AAGT---C-ATG--TCC---Act
gi|34 : -A--AA-TG------TA-GAAA--A--AAG-AAT-TC-ATTT---AT---GAGC-T-AAA-T-TT-ACA-GCA-TAC-A-
gi|35 : aAA--------AT-A---------C---------------C-------------AA----------AG--------A-T-------------A-----------T---------------AC-A--TT---C------A-AA--T--TAT-------AA-----A----------GGGGA--G--GGGC-------------GT-TA-C-------CGG------CAGT---CTCTG--TCC---ACA-AG-aacatgtactctgactttaacaactgagtttgtcctgtatgtaccagtatg
gi|35 : acaccct-CA-TAGGT----T---TA--ACCA--CTT-GTGGA--------CA--GAGACTG---CC-G-GT-AA--C-GCCCCTC--------C---C-CTTtggttaaacctatgtggca
gi|36 : acaccctaaataccaaagatatacattcaaattataTTTTCA-CT-T-TTA---CT--------T---A--AGT--AAAA--AAGCA--T--GTG-----ATAA-TTCTC-C-GA-GTtggca
gi|4 : tctgacaagtttacatttccgtagtaattttcttgagataattTTTTTA-CT-T-TTA---CT--------T---C--GGT--GAAA--AAGCA--T--GCG-----ATAA-TTCTC-C-GA-GTGA-A---AC--ACTACTNNN--------N-NN--NNNNN-NN---N-NN-NNNNN----NNN--NNN-NNNNNN-----N---N-N-NNN--N-----N----------N-----NNN--NNN-NN-NNNN---NNNNNNN--NNNNN-NNNNNNNN-N-NNNNNNNNNNNNNNNNNN--N-----NNNNN------GCG-TATTA------A----A-ATCA--------T-GC----------------CT-TGAAAA-C-AAA-GGA-CC-CAAG---CC-TGCATGTTTTAAAC-CAT-A--C---GA----AAAA--------AA---A---C-C-A-TGATGCATATAAA----ATC-ATTTA------GTG-----C-T--AAGAAA-TG-TTGCAAGAAATCAAAA---TTAT--GAA--ATTGAA--T--G-T--A-A---A--TT-T-TTT------C--C---AA--CCTC--A-AC-T-T-T---TAAA---G--C----T-ATTGA---C-TCC-AG-ACT-C-CA-CAGGTG--TT---CA--AGCAT-CTT-GTTGG--------CA--G-AATTC---TTAGCAT-GG--T-ACCCCCC--------C---C-CTTC-TTT-ATG----A-C--G-T--TCATGAT------T-TTTAT---AT---AAT----CCTGTAGA--TGGCAT-CTTCT--AA-AA-ACG-GATT-GTAA-T--G--CCA-G-AT-TT-GT-GCA-C-TGC-ATTG-ACCCG-AA-AC----A-C--TCTGA-T--G-TT--CAGTAT----TTTAATTTA--AAA--------AT-C---------C-------A---C---C-------------GA----------A---------A-T-------------A-----------T---------------AT-A--TT---A------A-AAA-T--TAT-------AA-----G----------GGGGT--GTTGGGT-------------GT-TA-A-------CAG------AAGT---C-CTG--CCA---GCA-AG-CA---G-CT-GTGAA---TAAATCTT-GGTAAG---A-T--TTTCCTTT-TT--AC-A---A--ATAGAA-ATT-AT-A--AA-TA-A----TA-GAAA--A--A-T-AAT-GT-TTTT---AT---GAGC-T-TAA-T-TT-ACA-GAG-TAC-A-TGTACACTT
gi|40 : CA--------T-GC----------------CA-TGAAAA-C-AAA-GGA-CC-AAAA---CC-GATATGTTTTAAAC-CAT-A--C---GA----AAAG--------A
gi|41 : --A-T-AAT-GT-ATTT---ATAATGACC-T-TAA-T-TT-ACA-TAA-TAC-A-TGTACACT
gi|43 : GCA--A--GCA-----ATAA-TTCTC-C-AT-GTGA-A---AC--ACTACTggc
gi|44 : CA--A--GCG-----ATAA-TTCTCTC-GA-GTGA-A---AC--ACTACT
gi|45 : CA--A--GCG-----ATAA-TTCTC-C-GA-GTGA-A---AC--ACTACT
gi|46 : CA--A--GCG-----ATAA-TTCTC-CAGA-GTGA-A---AC--ACTAC
gi|47 : CA--A--GCA-----ATAA-TTCTC-C-GA-GTGA-A---AC--ACTACT
gi|48 : CA--A--GCG-----ATAA-TTCTC-C-GA-GTGA-A---AC--ACTAC
gi|49 : CA--A--GCG-----ATAA-TTCTC-C-GA-GTGA-A---AC--ACTAC
gi|5 : A---CC-CGCATATTTTAAACACAT-A--C----------AAA--------AA---A---A-G-G--AATG--TACAGA----ATC-CTTTATCATA-GTG-----T-T--AAGAAA-TG-TTGAAG-AAATCATA----TTATAAGAC--ATTGAA--T--GAT--CAA---A--TT-G-TTT------C--T---AA--C-TC--A-AT-T-T-A---TAAA---G--CCTGAT-ATT-----C-TCC-AG-ACT-C-CA---AGTG-CTT---CA--AGCAAGCTTAGTGGAGTCATAATCA--G-GATTT---CTG---T-AA--C-ACCCCCT--------C---C-CCTC-TTTAATGA---A-C--G-T--A-AT--T------T-TTTTTTTAAT---AAT-----C-GGTGA--TGACA--TTTCT--AA-AA-A---GGTT-TTAA-T--G--CGA-GAAT-TT-GT-G-----------TG-AAATG-AA-A----------TCTTG-T--GTTTT-CA-TAT----TTTA--TTA--AAA--------AT-A---------C-----------C---C-------------AA----------A---------A-TCC-----------AAAGGATC----T---------------AC-A--TT---A------C-AAG-T--TATTAAG---AA-----A----------GGGGG--G--GG---------------GT-TA---------CGG------AAGT---C-CTG--T------CA-AG-CA---C-TT----------------------AG---A-T--TCTT--TT-TT--AA-AAATA--AAAGAA-ATTGAT-A--AT-TC-A----TAGGAAG--A--A-TAAAT-GTGATCT---AT----ACCAT-TAA-T-TT-ACA-GGA-TAC-A-TGTAC
gi|50 : --A--GCG-----ATAA-TTCTC-C-GA-GTGA-A---AC--ACTACctcg
gi|51 : agCA--A--GCG-----ATAA-TTCTC-C-GA-GTG--A---AC--ACTACT
gi|52 : CA--A--GCG-----ATAA-TTCTC-C-GA-GTGA-A---AC--ACTAC
gi|53 : CA--A--GCG-----ATAA-T-CTC-C-GA-GTGA-A---AC--ACTACT
gi|54 : A--A--GCG-----ATAA-TTCTC-C-GA-GTGA-A---AC--ACTAC
gi|55 : CA--A--GCG------TAA-TTCTC-C-GA-GTGA-A---AC--ACTAC
gi|6 : TTTTCA-CT-T-TTA---CT--------TAGCCTAGGT---AAA--AAGCATTG--CCG-----ATAA-TTCTC-C-GA-GTGA-A---AC--ACTACTCAA--------T-TA--CCGAT-TT---T-CA-CATGG----TGA--AAA-TAGTAG-----T---CTA-CTA--------T----------T-----GTG--GCA-TA-ATNN---NNNNNNN--NNNNN-NNNNNNNN-N-NNNNNNNNNNNNNNNNNN--N-----NNN--------GCG-TATTA------ATCT-ATATCA--------T-GC----------------C--TGCAAA-C-AAG-GAAACC-CAAA---CC-TGCATGTTTTAAAC-CAT-ATCC---CA----AAAG--------AG---A---A-C-A-TAATGAATATATA----ATC-CTTTAA-----GTG-----CCT--AAGAAA-TG-TTGAATGAAATCAAAA---TTAT--GAA--CATGAA--T--G-T--ACA---A--TT-T-TAT------C--C---AA--CCTC--A-AC-T-T-T---TAAA---G--C----C-ATTGA---C-TCCAAG-ACT-T-CA-CAGGTG-CTT---CAGTAGC---TTT-GTGGG--------CA--G-GATTT----TCG-GT-AA--C-
gi|7 : ttcctaacaattttacgtttccgtagtaattttcgctgagatagaTTTTCA-CT-T-TTA---CT--------TAGCCTAGGT---AAA--AAGCATTG--CCG-----ATAA-TTCTC-C-GA-GTGA-A---AC--ACTACTCAA--------T-TA--CCGAT-TT---T-CA-CATGG----TGA--AAA-TAGTAG-----T---CTA-CTA--------T----------T-----GTG--GCA-TA-ATNN---NNNNNNN--NNNNN-NNNNNNNN-N-NNNNNNNNNNNNNNNNNN--N-----NNN--------GCG-TATTA------ATCT-ATATCA--------T-GC----------------C--TGCAAA-C-AAG-GAAACC-CAAA---CC-TGCATGTTTTAAAC-CAT-ATCC---CA----AAAG--------AG---A---A-C-A-TAATGAATATATA----ATC-CTTTAA-----GTG-----CCT--AAGAAA-TG-TTGAATGAAATCAAAA---TTAT--GAA--CATGAA--T--G-T--ACA---A--TT-T-TAT------C--C---AA--CCTC--A-AC-T-T-T---TAAA---G--C----C-ATTGA---C-TCCAAG-ACT-T-CA-CAGGTG-CTT---CAGTAGC---TTT-GTGGG--------CA--G-GATTT----TCG-GT-AA--C-c
gi|8 : ttcctaacaattttacgtttccgtagtaattttcgctgagatagaTTTTCA-CT-G-T-A---CT--------T---TA-GGCTGGAAA--AATCA--ATGGCG-----ATA--TTCTC-C-GA-GTGGTA---GT--ACTACTCAA--------T-TT--CCGAT-TT---TTCA-CCTGGGGAGTAA--AGA-GAGTGG-----T---C-A-TTA--T-----TAACGTATTGCT-----GTG--GCGATA-TTTA---AAAACGA--ACCCT-TTGCTTCA-G-AC-CAAAAAGATAATGTT--A-----AAAAAAATT--GCG-TATTA------ACTCAA-AGCA--------T-GA----------------C---------C-AAA-GGA-CC-GAAA---GCATGCATGTTTAAAAC-CAT-A--C---GA----AAAA--------AA---A---A-G-A-TGATC-------------TC-CTTTAG-----GTG-----C-T--TAAGAA-TG-TTGAATAATATCAAAA---TTAT--GACT-ATTGAA--CTGG-TAAACA---A---G-T-TTT------CGGC---AA--CATC--A-AC-T-G-T---TAAA---G--CT---T-ACTG----------AG-ACT-C-Cc
gi|9 : catctcctaacaaggctacgtgtccgtagttgaatttttcttgaagattatctgatagat-A--C---AA----AAAA--------GAGAGA---A-G-A-TAATGAATATCAT----ATC-CTTTAA-----GTG-----C-T--A--GAA-TG-TTGAAG--AATCAAAAATTTCAT--G-------GAT--T--A-T--ACATTTA--TT-G-TTT------T--A---AC--CCTC--A-AC-T-T-T---TAAAAGCG--C----T-ATTGA---CTTCC-AG-ACTCC-CA-CAGGTGCCTT---CA--AGCAAGCTT-G-GGG--------CA--G-G-TTT---CTTG-TT-------ACCCCCC--------C---C-CTCT-TTT-ATG------C--G-T--T--T--T------T-----T---AT---AAT-----C-GGTGA--TGACA--TTTCTAAAA-AA-ATT-GTTT-TGAA-T--GCCCGA-G-A--TT-GT-GAA-A-TGC-ACT----CTG-A-----------------A-T--G-TTG-CA-TA-----TCTA-TTAA--GAA--------AT-A---------A-------A---C---CCGTAACAAA----GG----------A---------A-T-------------A-----------T---------------GC-A--TT----------C-AAA-T--GAT-------AA-----------------AGGG--G--GGGT-------------GT-TACC-------CGG------AAGT---C-CTG--T-C---AC--AG-CA---C-CT-GTGAA---TAAATCTT-GGC--G---TCT--TTTTCATT-TTTAAT-A---A--Acaatccctcacgaa
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|30 ): ATTCACAGTATTGTAGTTATCACATTCCAATACAATTTTACATATTCCATAGTATTTCTTGAGATACGATTTTTCACTTTTACTATTAAGCCCTCAGGTAAAAAAAGCATGCAAGAATCTCTC
Unaligned ( gi|37 ): AATTTTTTTTTCAAAACAGCCACACTTTGTTTGAAGATATTGATTCAGTAATGGTGGTTCAGGCAGCTGGCTT
Unaligned ( gi|38 ): ATCTGCATCACGAGTTTGCCTGATTACCCAGTATGTCCTATGTATCTCTTTCATGTCGATAGAA
Unaligned ( gi|39 ): TTTAAAACACTCTGCATCAGTGAGTTGTCCGTAATGTACATGATCTTCTTTGTCAGATCAGAAA
Unaligned ( gi|42 ): ACATTGTACCATTAATGTATCTTTTGTTTAGACAGAA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 444444444444444444444 33333333 11 111 1 111111111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 22222222222 11111111 4444444444444444444 1111 11111111 2222222 11 111111 1111111111111 1111 11111 222 11111111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111 1 2222222222222222 1 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1111111111 1111111 3333333333333333 3333333333333333333333333333333333333 22222222 1111111111111 1 11111
lowQualScore : 3 3 7 2 222 111111111111111111111 44 77777 99999 3 1 1 3 1 222 44 33333333 4 11 4 444 4 2 888888888 55 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 7 22222222222 6 44444444 6 6666666666666666666 3 3 6 9 3 4444 5 5 8 77 444 0000 99999999 555 555 555 3 3 77777777 3 4444444 88888 6 11 3 3 9 666 55 777777 44 44 3 44 3 555 33 2 2 8888888888888 33 0 33 2 2 2 2 555 555 33 7777 2 00000 8 2 2 2 2 88 555 77 777 2 99999999 66 2 5555 2 2 77777 2 11111111 555 3 3 6 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000 33 0 66 44444 2 2 2 2 2 2 55 33 2 4 2 2 2 1 666 2 2 2 2222222222222222 3333 2 77 8 6666 2 3 22 66666666 1 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 2 22 9999999999 1 3 22 0000000 9999999999999999 22 22 7777777777777777777777777777777777777 666 2 55 666 2 2 777 2 2 777 0 2 33 11111111 1 3 44 777777 44 77 3 6 3333333333333 3 99 88 9 3 3 3 555 555 2 0 3 8 8 4 00000 4 4
lowQualScore : . . . . ... ..................... .. ..... ..... . . . . . ... .. ........ . .. . ... . . ......... .. ............................................................................................................................ . ........... . ........ . ................... . . . . . .... . . . .. ... .... ........ ... ... ... . . ........ . ....... ..... . .. . . . ... .. ...... .. .. . .. . ... .. . . ............. .. . .. . . . . ... ... .. .... . ..... . . . . . .. ... .. ... . ........ .. . .... . . ..... . ........ ... . . . ....................................................... .. . .. ..... . . . . . . .. .. . . . . . . ... . . . ................ .... . .. . .... . . .. ........ . ......................................................................................................... . .. .......... . . .. ....... ................ .. .. ..................................... ... . .. ... . . ... . . ... . . .. ........ . . .. ...... .. .. . . ............. . .. .. . . . . ... ... . . . . . . ..... . .
lowQualScore : 6 6 3 3 777 222222222222222222222 22 55555 22222 1 5 5 1 6 888 44 00000000 0 00 0 000 0 0 333333333 99 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3 77777777777 7 22222222 2 6666666666666666666 1 1 2 2 1 8888 3 7 0 33 777 3333 77777777 000 000 999 3 2 88888888 3 5555555 33333 7 22 3 3 2 444 00 888888 22 22 1 22 5 444 99 9 9 6666666666666 99 7 99 9 9 9 9 000 000 99 5555 9 88888 6 9 9 7 9 88 000 99 222 7 77777777 33 7 6666 7 7 44444 7 22222222 444 1 3 7 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888 77 1 33 00000 4 4 4 5 2 2 33 11 2 2 1 1 1 2 555 1 1 7 7777777777777777 0000 0 22 0 2222 0 3 88 99999999 9 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 99 3333333333 9 8 66 2222222 7777777777777777 99 99 1111111111111111111111111111111111111 111 2 33 999 4 7 999 9 9 999 9 9 44 22222222 5 1 22 222222 22 88 3 2 6666666666666 3 22 55 2 1 1 1 444 444 0 9 6 0 0 0 88888 0 0
consensus : TTTTCA-CT-T-TTA---CT--------T---C--GGT--GAAA--AAGCA--A--GCG-----ATAA-TTCTC-C-GA-GTGA-A---AC--ACTACTCAA--------T-TA--CCGAT-TT---T-CA-CCTGG----TGA--AAA-TAGTAG-----T---C-A-TNA--C-----T----------T-----GTG--GCG-TA-ATTA---AAN-ACGA--ACCCNN-TTCTCCA-G-ACTCNAAAAGAGNATNNT--G-----AAAAA------GCG-TATTA------A----A-ATCA--------T-GC----------------CG-TGAAAA-C-AAA-GGA-CC-CAAA---CC-TGCATGTTTTAAAC-CAT-A--C---GA----AAAA--------AA---A---A-G-A-TAATGAATATAAA----ATC-CTTTAN-----GTG-----C-T--AAGAAA-TG-TTGAAGGAAATCAAAA---TTAT--GAA--ANTGAA--T--G-T--ACA---A--TT-T-TTT------C--C---AA--CCTC--A-AC-T-T-T---TAAA---G--C----T-ATTGA---C-TCC-AG-ACT-C-CA-CAGGTG-CTT---CA--AGCA--CTT-GTGGG--------CA--G-GATTT---CTGG-T-A--A--C-ACCCCCC--------C---C-CTTC-TTT-ATG----A-C--G-T--T-AT--T------T-TTTAT---AT---AAT----CC-GTTGA--TGACAT-TTTCT--AA-AA-ACG-GNTT-TTAA-T--G--CGA-G-AT-TT-GT-GCA-A-TGC-ATTG-AACTG-AA-AT----A-C--TCTGA-T--G-TTG-CA-TAT----TTTA-TTTA--AAA--------AT-A---------C-------A---C---C-------------GA----------A---------A-T-------------A-----------T---------------AC-A--TT---A------A-AAA-T--TAT-------AA-----G----------GGGGG--G--GGGT-------------GT-TA-C-------CGG------AAGT---C-CTG--TCC---ACA-AG-CA---C-CT-GTGAA---TAAATCTT-GGTAAG---T-T--TTTTCATT-TT--AT-A---A--AAAGAA-ATT-AT-A--AA-TA-A----TA-GAAA--A--A-T-AAT-GT-ATTT---AT---GAGC-T-TAA-T-TT-ACA-GAG-TAC-A-TGTACACTT
Reference ( family-1299 ) : TTTTCA-CT-T-TTA---CT--------T---C--GGT--GAAA--AAGCA--A--GCG-----ATAA-TTCTC-C-GA-GTGA-A---AC--ACTACTCAA--------T-TA--CCGAT-TT---T-CA-CCTGG----TGA--AAA-TAGTAG-----T---C-A-TNA--C-----T----------T-----GTG--GCG-TA-ATTA---AAN-ACGA--ACCCNN-TTCTCCA-G-ACTCNAAAAGAGNATNNT--G-----AAAAA------GCG-TATTA------A----A-ATCA--------T-GC----------------CG-TGAAAA-C-AAA-GGA-CC-CAAA---CC-TGCATGTTTTAAAC-CAT-A--C---GA----AAAA--------AA---A---A-G-A-TAATGAATATAAA----ATC-CTTTAN-----GTG-----C-T--AAGAAA-TG-TTGAAGGAAATCAAAA---TTAT--GAA--ANTGAA--T--G-T--ACA---A--TT-T-TTT------C--C---AA--CCTC--A-AC-T-T-T---TAAA---G--C----T-ATTGA---C-TCC-AG-ACT-C-CA-CAGGTG-CTT---CA--AGCA--CTT-GTGGG--------CA--G-GATTT---CTGG-T-A--A--C-ACCCCCC--------C---C-CTTC-TTT-ATG----A-C--G-T--T-AT--T------T-TTTAT---AT---AAT----CC-GTTGA--TGACAT-TTTCT--AA-AA-ACG-GNTT-TTAA-T--G--CGA-G-AT-TT-GT-GCA-A-TGC-ATTG-AACTG-AA-AT----A-C--TCTGA-T--G-TTG-CA-TAT----TTTA-TTTA--AAA--------AT-A---------C-------A---C---C-------------GA----------A---------A-T-------------A-----------T---------------AC-A--TT---A------A-AAA-T--TAT-------AA-----G----------GGGGG--G--GGGT-------------GT-TA-C-------CGG------AAGT---C-CTG--TCC---ACA-AG-CA---C-CT-GTGAA---TAAATCTT-GGTAAG---T-T--TTTTCATT-TT--AT-A---A--AAAGAA-ATT-AT-A--AA-TA-A----TA-GAAA--A--A-T-AAT-GT-ATTT---AT---GAGC-T-TAA-T-TT-ACA-GAG-TAC-A-TGTACACTT
gi|1 : TTTTCAGCTAT-TTA---CTGTAGCGTAT---A--GGT---AAG--AAGCA--G--GCG-----ATAA-TTCTC-C-GA-GTGA-AGCGAC--ATGTCTCAAG-------TGTA--CCGAT-TT---T-CA-CATGG----TGA--AAAATAGTAG-----T---C-A-TAA--CCTAGAT----------T-----GTA--GCA-TA---TA---AAGGACGA--ACCTAA-TTCTTCAAG-ACGCAACAAGGTTGTCGTATG-----AAAAAT-----GAG-TATTA------A----A-ATCACGAATTCAT-GC----------------CGATGAAAAGC-AAA-GGA-CCGCAGAGAGCCGCGCATGTTTTAAAC--AT-A--CCCGGA----AAAA--------GA---G---A-GGA-TTACGAATA----------C-CTTTAGATAATGTG-----T-TTAAGGAAAGTG-TTGAACGAAGATAAAA---TTAT--GGAC-ATTGAAATT--G-T--ACA---GAGTT-TGTTT------CGGC---AA--C-TC--AGAT-T-T-T---TAAG---C--C----T-ATTGAAAGT-TCC-AGGACT-C-CA-CAGGTG-CCTGTCCA--AGCAAGCTT-GTGGG--------CAATG-GATTT---GTGGGT-A--A--C-ACCGCCCGCCGCCATC---C-CCTC-TTT-AAGTCGAA-CCGG-A--T-AT--TGTGTTGT-TTTG----AT---AATAGG-CT-GGTGA--TGACATCTTTAG--AA-AG-ACG-GTTTGTTAA-TT-G--CAG-A-AT-TT-GT-GTA-A-TGC-ATTG-AGCTT-AA-GT----G-T--ATTGAAT--G-TGG-TAATAT----TTTA-TT-A--AAG--------ATGA---------C-------A---C---CGTTAAATACAAAGGA----------G---------A-T-------------A-----------TGAAGTCGATATGTGTAC-AGTTC---A------G-AGA-T--TATTTAGAGAAA-----G----------GGGGG--G--GGG------------------A-C-------GGT------AGGT---G-CTGG-TCCCTCAAA-GG-CAG--C-CT-G---A---TGATTCT--GGTG--------------CATT-TT--AT-A---A--GAGGAA--TT-AT-AGGAG-TA-AAGTGTA-GAAA--A--A-T-AAT-G---TTT---GT---GACA-T-TAA-TGTT-ACG-GAT-AAC-A-TG
gi|10 : aacaatttttagcgggtttcgtaggtagattgtattgtctgaggatacatgtTTTGAAAC-C-T-A--C---GGGGG-AAAA--------AA---A---T-G-AGTAATTAGTG-AAAGCATATA-CTTT-T-----GTG-----C-TG-AAGAAA-TA-TTGAAGAAAATAAAAA---TTAT--GAC--AGTAAA--T--G-C--ACG---A--TTGT-TTT------C--C----A--CCTCAAA-AC-T-T-T---TAAA---G--C----TCATTGA---C-CCCTTG-ACT-T-CA-CGGGTG-----------------CTT-GTGGC--------CA--G-GA-CT---CCGG-TAA--A--C-ACCCCCC--------C---C-CCCC-TTT-CCG---------------------------T-TCTAA---ATGTGAA------C-GTT----T--CAT-TTT--------G-AT--GCTT-T--A-T--G---GA-G-AT-TT-GT-GCA-ATTGC-ATTGAAACTG--A-AT----A-------GA-T-----------TCT----TTTA--TTA--AAA--------AT-A---------C-------AC--C---C-------------GAAATAGCCAAGA---------A-T-------------A-----------T---------------AC-A--TTCAGA------A-AAA-A--TAT-------AAT----A----------GGGGGTTG--GGGTTGGGGTTGGGGTGGT-TA-C-------CAGC-----AAGT---C-CTG--TCA---ACA-Agtagccaagctggctttaaacatgtgcgagtcgtgagttggtgtcctgtactgtaacatgtatgctcttcgtggtcagaacagaa
gi|11 : --TT-T-TTT------C--C---AATACATC--A-AC-T-T-TGTTTAAA---G--C----T-ATTGA---C-TTC-AG-ACT-CTCA-C-GTTG-CTT---CA--AGCAGCCTT-GTGGG--------CA--G-GATTT---CTGA------------------------------------------------A-C--G-T----AT--T------TATTTAT----------T----CC-GT-GA--TAATAT-TT-CT--AA-AA-ACG-GGTT---AA-T--G--CGA---AT-TT-GT-GTA-AATGC-ATTG-AACT--AT-AT----A-C--TCTGA----G-TTG-CA-TAA----TTTT-TTTA--AAA--------AT-A---------C-------A---C---C-------------GG----------A---------A-T-------------A-----------TCAAGGAATAT-----AC-A--TT---C------A-AAACT--TAT-------AA-----GAAT-------GGGGG--A--GGGG-------------GCATA-C-------CGA------AAGT---C-CTG--TC----ACA-AG--A---C-CT-GT-AA---TAAATCT--GGTAAG---T-C--TTTTCATT-TT--AT-A---A--AAAATA-ATT-AT-A--AATTA-ATT--TA-GAAA--A--ATT-AAT--T-ATTT---AT---TACC-TCTAA-T-TTAACA-G-G-TA--G-T-TACACTtc
gi|12 : tTTTTCG-CT-T-TTA---CT--------T---G--GGC---AAA--AAGCA--T--GCG-----ATAA-TTCTC-C-GT-GTGA-A---AC--ACTACTCAA--------T-CA--CCAAT-TT---A-CA-CCTGG----GGA--TAA-AAGTAG-----T---C-A-TAA--C-----C----------T-----ATT--GTG-TC-AT-----ATN-NNNN--NNNNNN-NNNNNNN-N-NNNNNNNNNNNNNNNNNN--N-----NNNNN------GCG-TACTAGTAACAA----A-ATCA--------T-GC----------------CA-TGAAAA-C-AAA-GGA-CC-CAAA---CC-TGCATGTTTTAAAC-CAT-A--C---GAAAAGAAAA--------GA---A---A-G-A-TAATGAATATAAA----ATC-CTTTA------GTG-----C-T--AAGAAC-TG-TTGAAGAAATTCAggct
gi|13 : atttcctacaactttacgtttctgtagtgattttcttgagatagatTTTTCA-CT-TGTTAAATCT--------G---T--GGTTCGAAA--AAGCA--T--GCGCATTAATAT-TTCTT---GATGTGG-A---CCTGACT-CTCAACTTCATACT-TATGCCGAT-CTCTGT-CAACCTGG----GGATGAAA-TGTTAGCTGCCT---C-A-TTAATC-----T----------T-----GTGTAGAGATATATTAGAAAAC-ACGACAAGTTTA-CTCTCGA-ACACTCCGAAAGAGAATAGT--GTATAAAAAAA------ACGACAATA------A----A-GTTA--------TCGCGTAATATTGACCAATTCG-TGAAAA-C-AAACGGA--C-CAAA---CC-TGCATGTTTAAAAC-CATAA--C---GG----AAAC--------AG---A---A-tctaatttgatgaccacataactc
gi|14 : catctctacaagcttttacgttccgtagtagtgtctcttgagatagatTTTTCA-CT-TGTTAAATCT--------G---T--GGTTCGAAA--AAGCA--T--GCGCATTAATAT-TTCTT---GATGTGG-A---CCTGACT-CTCAACTTCATACT-TATGCCGAT-CTCTGT-CAACCTGG----GGATGAAA-TGTTAGCTGCCT---C-A-TTAATC-----T----------T-----GTGTAGAGATATATTAGAAAAC-ACGACAAGTTTA-CTCTCGA-ACACTCCGAAAGAGAATAGT--GTATAAAAAAA------ACGACAATA------A----A-GTTA--------TCGCGTAATATTGACCAATTCG-TGAAAA-C-AAACGGA--C-CAAA---CC-TGCATGTTTAAAAC-CATAA--C---GG----AAAC--------AG---A---A-
gi|15 : catctctacaagcttttacgttccgtagtagtgtctcttgagatagat--T--G-T--ACA---A--TT-T-TTT------T--TCAAAA--CCTC--A-AC-T-T-T---TAAA---G--CC---T-ATTGAA--C-TCC-AG-ACT-C-CAACAGGTG-TTT---CA--AGCGT-CTT-GTGGG--------CAA-G-GATTT---CTGG-T-A--AACC-ACACCCC--------T---CGCTTC-TTTGATG----AAC--G-T--TCAC--T------T-TTT-T---AT---AACTCTCCC-GGTGG--TGACAT-TTCTC--AATAA-ACG-G-TT-TTGA-T--G--CGAAG-AT-TG-CTCGCA---TGC-ATTG-AACTG-AT-AA----A-C--TCTGA-T--T-TTA-CACTCT----TTTA-TTAA--CAA--------AT-A---------C-------A---C---CTT-----------GA----------A---------A-T-------------------------T---------------AC-A-------A------AGGAA-T--AAT-------AA-----
gi|16 : aat-GTGGG--------CA--G-GATTC---TT---T-A--A--C-TCCCCCC--------C---C-CTTC-TT--ATG----AAC--G-TATC-AT--T------T-TTTTT---AT---AAT----C--GT-GA--TAA-AT-T--CT--AA-CA-ATC-GTTT-TTAA-A--G--CGA-GTAT-TT-GT-GAA-A--GC-AC------------------------CTGA-T--G-TTAACA-TAT----T--A-TT-A--AAC--------AT-A---------C-------A---C---C-------------GA----------A---------A-T-------------ACCAAAGGAACAT---------------AC-A--TT---C------A-AAA-TACTAT-------AA-----GAAA-------GGAGG--G--GGGT---------------------------CG-------AAGT---C-CTG--TCC---ACA-AGACA---C-CT-GTGAA---TTAA--CT-GGCAAGAA-G-T--CTCTCATG-TT--A-----------------------------------------AAA--A--A-T-AAT-GT-ATTTATAAT---GAGC-C-TAATT-TT-AC--GA---AC-A-TGT-CACTtttcaaaacttatacagcaagggtggttgggg
gi|17 : AA--T--G-T--ACA---A--TT-T-TTT------TT-C---AA--CCTC--A-AC-T-T-T---TAAA---G--CC---T-ATTGA---C-TCC-AG-ACT-C-CA-CAGGTG-TTT---CA--AGCGT-CTT-GTGGG--------CA--G-GATTT---CTGG-T-A--A--C-ACCACCC--------C---C-CTTC-TTT-ATGA---A-C--G-T--TCAC--T------T-TT--T---AT---AAT-----C-GGTGG--TGACA--TTTCT--AA-AA-ACG-G-TT-TTGA-T--G--CGA-G-AT-TT-GT-GCA-A-TGC-ATTG-AACTG-CATAA----A-C--TCTGA-T--T-TTA-CA-TAT----TTTA--TTA--AAA--------AT-A---------C-------A---C---CTGAAATACCAAA-GG----------A---------A-T-------------A-----------T---------------AT-A--TT---C------A-AAA-T--TAT-------AA-----G----------AAGGG--T--GGGT-------------
gi|18 : A--TGACAT-TTTT----A-AA-ACG-GTTT-TTAA-T-----CGA-G-AT-TTTGT-GCA-T-TGC-ATTG-AAATG-AATGT----A-C--TCTGA-G--G-TTG-CA-TAT----TT-A-TT-A--AAA--------AT-A---------C-------A---C---CC------------GA----------A---------A-T-------------A-----------CCCACAGAATTAGATAAC-A--TTC--A------A-AAA-T--AAT-------AA-----G----------AAAAG--G--GGGT-----------------A-C-------CGG------AAGC---C-CTG--TCC---ACA-AA-CA---C-CT-GTGAT---TAAATCTT-G---AG---T-C--TTTTCATT-TT--AT-A---A--ACAGAA-GTT-AT-A--tgggg
gi|19 : ttaataattggtgat---CC-TGGCTGTTTTAAAC--ATCA--C---GG----AAAA--------AA---A---A-A-A-GAA-GAGT--------------TTTGC------TG-----C-TT-AAGACA-T--TTGAAG--------AG---TT-----------------T--G-T--A--------------TT--------------A--CCTC-------T-T-T---TAA------------T-ATTA------TCC-AA-----T-CA-CAG-TG-CTT---CA--AGCA--TTT-TTGG---------CA--G-GATTT-----GG-T-A--A--CCACCCCCT--------C---C-CCTC-TTT-ATA----A-C--GAT--A-AT--T------T-TTTTT---A---------------TTGA--TGACAT-TT--C--AA-AA-ACT-G-TT-TTAT-T--G--CG--G-AT-TT-GT-GTA-A-TGC-ATT-----TG-AA-TT----A----TCTTC-T--G-TTT-CA-TAT----TTTA-TT----AAA--------AT-A---------C-------ggcctacataataatggccttgtaaaa
gi|2 : acTTTTCA-CT-T-TAA---CT--------T---A--GGT--GGAATAAAGCA-----TCG-----ATAAATTATT-T-GA--TGA-C---AC--ACTACTCAA--------T-T-----TATGTT---T-CAACCTGG----T----AAA-TAGTAG-----TATAT-A-TAG--C-----T----------TATTCTGTG--GC--TA---TA---AAA---TA--ACCCAT-TTCTCCA-G-ACTCAATAGTTGTTTTTT--G-----AAAAAAAATT-GCG-TTTTTT-----A----A-ATCT--------T-CC----------------TA-TGAAAA-CTAAA-GGATCC-CAA-----C-TG-ATGTTTTAAATATAT-A--C---GA----AAAATATAAATAAA---AGAGA-G-A-TAATGAATATATA----ATC-ATTT--------TG-----C-T--AAGAAA-TG-T-GAAGAAGATCAAAA---TTTT--TGACCATTGAA--T--G-T--A-A---A--TT-T-TTTGTATCTC--G---AA--CCTC--A-AC-TATAT---TAAA---G--CC---T-ATTGA---G-TCC-AG-GAT-C-CA-CAGGTG-TTT---CA--AGCG--CTT--TGGC--------TA--G-GA-------TGG-T-A-------ACCCCCT--------CATGC-CTTT-TTT---------------------T--T------T-TTTAT---GT--------------TCAA--TG-------------------CGAGATT-TTG-----------------TT-G---CA-A-TGC-ATTG-AACTGTAT-AC----ATC--TCTGA-T--G-TTG-TATTAT----TTTA-TTTAATAAA--------AT-A---------C-------AAT-CCCGC-------------GA----------A---------A-TACCAATAGAATTAA-----------T---------------ACTA--TT---C------A-AAATT--TAT-------AA-----GAAGGGGT---GGGGG--G--GGGTGGGGGAGGAGTA-GT-TA-C-------CGG------AAGTAAGT-CTG--TCC---ACAGAA-CA---C-CT-GTGAC---TAAATCTTCGGTCAA---T-T--TTTT----------------A--AAATA----T-AT-AG-AA-TA-A----TT-AGAA--A--A-T-TAT-GC-ATTC---AT---TGAC-C-TAA-T-TT-ACA-GTGAAAC-ATTGTACACTT
gi|20 : attccttacaactttatgtttcgtagctaattttcttgagtatatgaA--AAGCA--A--GCG-----ATAA-TTCTC-C-GA-GTGA-A---AC--ACTACTtgct
gi|20 : atctcctacagcttacgtttcccgttagtaattttcttgaggagagatttttcact------GCG-TATTA------A----A-ATTAC-------T-AC----------------CA-TGTAAA-C-AAA-G-A-CC-CAA----CC-TGCATGTTTAAAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgcgtattaaaattactaccatgtaaacaaagacccaacctgcatgtttaaaa
gi|21 : atctcctacagcttacgtttcccgttagtaattttcttgaggagagatttttcactaaagcaagcgataattctccgagtgaaacactactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatGT--GAAA--AAATA--A--GCG-----ACAA-TTCTT-C-GA-GTGA-A---AC--ACTACT
gi|21 : atctcctacaagcttacctttccgtcgtaattttcgtgagaaagataaaTA------A----A-ATCA--------T-GC----------------CA-TGAAAA-C-AAA-GGA-CC-CAAA---CC-TGCATGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaaatcatgccatgaaaacaaaggacccaaacctgcatgt
gi|22 : atctcctacaagcttacctttccgtcgtaattttcgtgagaaagataaagtgaaaaaataagcgacaattcttcgagtgaaacactactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnG------AAGT---C-CTG--TTCCG-ACA-AG-CA---C-CTTGTGAAA--TAAATCTT-GGCAAG---A-TGCTTTTCATT-TT--AT-A---A--AAAGAAGATT-AT-A--AA-TACA----TA-GAAA--A--ATT-AATCGT-ATTT---GT---GAGCTT-TAATT-TT-ACAGGAA-TACAA-TGTACA
gi|23 : -AT-TT-GT-GTA-A-TGC--TTG-ACCCT-TA-ATGTTAA-A--TCTGA-T--G-TT--CA-TAT----T--A-TTAA--AAA--------AC-A---------CCTTAAATA---C---C-------------AA----------AGGCA-----A-T-------------AC----------T---------------AC-A--TTCC-AC-----A-AAA-T--TAT-------AA-----GTAAAAG----GGGGA--G--GGGG-------------GTATA-C-------CG-------AAGT---C-CTG--TCC---TCA-AG-CA---C-CT-GCGAA---T---TCTT-actggctttaacactgagtctgtcctgcatataccaagtaatgtt
gi|24 : ccagaA--TGATAT-TCT-T--AA-AATACA-G--T-TTCA-T--G--CAA-G-AT-TT-G--GTT-A-TCCTAT---AA-TA-AA-A-----A-C--ACTGA-TAAG-TTA-CA-TAT----TTTC-TTT---AAA--------AC-A---------C-------A---C---CTAAAATACCCAA-GA----------A---------ATT-------------A-----------A---------------AC-A--TT---A------A-AA-----TAT-------AA-----G----------GAAGG--G--AG------------------TA-C-------CGG------AAGattca
gi|25 : aatcactatttggtgcacaT-TTTTT--AA-AA--CG--ATT-TTAT-T--G--CGA-G-AAATT-GT-GCA-T-TGC-ATTG-AATTC-AATAT----A-A--TCTGA-G--G-TTA-AA-TA-----TTTA-TT----AAA--------AT-A---------C-------ACCCC---C-------------GA----------A---------A-T-------------ACCGCGAAATT-T---------------AT-A---T---A------A-AAA----TAT-------AA-----G----------AAAAA--G-------------------AT-TT-C-------CGG------AAATC--C-CCT--TCC---ACA-A
gi|26 : -AAA-T--TAT-------AAAGGGGG----------GGGGG--G--GGGT-------------GT-TA-CGTAAGTCCTGTCCACAAAGT---C-CTG--TCC---ACA-AG-CA---C-CT-GTGAA---TAAATCTT-GGTAAGGTCT-T--TTTTCATT-TT--ATAA---A--AAAGAA-ATT-ATAA--AA-TA-A----TA-GAAACCAACA-T-AAT-GT-ATTT---AT---GAagat
gi|27 : -AAA-T--TAT-------AAAGGGGG----------GGGGG--G--GGGT-------------GT-TA-CGTAAGTCCTGTCCACAAAGT---C-CTG--TCC---ACA-AG-CA---C-CT-GTGAA---TAAATCTT-GGTAAGGTCT-T--TTTTCATT-TT--ATAA---A--AAAGAA-ATT-ATAA--AA-TA-A----TA-GAAACCAACA-T-AAT-GT-ATTT---AT---GA
gi|28 : --T------T-TTTA----AT---AAT----CG-GT-GACATGACAT-TTT----AG-AA-ACG-G----TTAA-TATG--CGA-G-AT-AT-GT-TCA-A-TGC-ATTG-AAATA-AATAC----A-C--TCTGA-G--G----------------------TA--AAA--------AT-A---------C-------AC--C---C-------------GA----------A---------A-T-------------A-----------C---------------TC-A-------A------G-GAA-T--T-T-------AA-----
gi|29 : T-TTAA-T--G--CAA-G-AT-TT-GT-GTA-A-TGC-ATTG-AACTG--A-AT----A-C--TCTGA-T--G-TTG-CA-TATATAGTTTA-TTAA--AAATTCACCTGAT-A---------T-------A---C---C-------------AA----------AGGAATATACA-T-------------G-----------T---------------AC-A--TT---C------A-AAA-T--TAT-------AA-----GATTAAAGAAAGGGGG--G--GGGtattcaaaaatatgaaaagggcgtt
gi|3 : TTTTTA-CT-C-T-----CT--------T---C--GG----AAA--AAACA--AT-GCGG----ATAAATTCTC-C-GA-GTGG-A---AA--ACTACTCA---------T-TA--C-GAT-TT---T-CA-CCTGG-----GT--AAA---GTAG-----T---C-ACTAA--C-----C----------T-----ATGT-GCA-TA---TA---AA--ACGA--CCCCATGTTCTC-A-G-ACCAGAAAA---TATGTT--G-----AAAAAAATAATGC--TATTA------A----A-TTCA--------T-GC----------------CT-TGAGAA-C-AAA-GGA-CC-CAAG---CC-TGCATGTTTT-AAC-CAT-A--C---GA----AAAA--------AA---A---ACC-A-T-ATGCATACTAA----ATCAGTTTAT-----GTGTTTTAC-T--AAG-AC-TGTTTGAAGAATATCAAAA----TAT--GAA--AGTG-A--T--G-T--ACA---A--TT-T-TTT------C--C---AA--CCTC--A-ACTT-T-T---TAAA---GGCC----T-ATTGA-----TCC-AG-ACT-C-CA-CAGGTG--TT---CA--AGCA--TCT-ATGGG--------CA--G-AATTTTAGCTGG-T-A--C--C-CCCCCCC--------C---C-CTTCTTTT-ATGA---A-C--T-T--C-AT--T------T-TTTAT---A----A------CC-G-TAA--TG-CA--TCTCT--AA-AA-ACG-GA-T-TTAA-T--G--CCA-G-A--TT-GT-GCACA-TGC-ATTG-AACCG--A-AT----A-CCATCTG--T--G-TTC-TA--------TTTA-TTTA--AAA--------AT-AC--------C-------A---C---C-------------CA----------A---------A-T-------------A-----------TAAAG-----------AA-A--TT---AGATATTA-AAA-T--TAT-------AA-----G----------GGGTT--T--GGG-----------------TA-C---------G------AAGT---C-CTG--CCA---GCA-AG-CA---G-CT-GTGAAAGTTAAATCTT--GTAA------T--TTTTCCTTATT--AC-A---A--ATAAAA---T-AT-A--AA--A-A----TA-GAAA--A--A-T--AT-AT-TTTT---AT---GAGCTT-TAA-TATT-ACAGGAG-TAC-A-TGTAC
gi|31 : ttctacaaacttacgtttcctagtaatttcttgagatagaaGG------CAGT---C-CTGGTTCA---ACA-AG-CGGAGCACT-GTGAA-----AATCTT-GG-AAG---T-C--TTTT-ATT-TT--AT-A---ATTAAATAG-ATT--T-A-----TC-A----TA-GAAA--A--A-T-AGT-GT-ACTT---GC---GAAT-T-T
gi|32 : CAT-TTT-T--AA-AA-ACG-GTTT-TTAAAT--A--CGA-G-AT-TG-GA-ATA-T-TGC-ATTG-AA-TA-AG-AT----A-CACTCCGA-G--G-TTG-CA-TATA---TTTA-TT-A--AAA--------AT-A---------C-------AC--C---C-------------GA----------A---------A-T-------------A-----------tggactttttac
gi|33 : atcggcgatacgc----A-C--TCTGA-T--G-TTG-CA-TAT----CTTA-TT-A--AAA--------AT-AAACCCGAAAC-------A---C---CAAA----------GG----------A---------A-T-------------A-----------T---------------GC-A--TT---C------A-AAA-T--GAT-------AA-----GAGG-------GGGGG--G--GGGT-------------GT-TA-C-------CGG------AAGT---C-ATG--TCC---Act
gi|34 : -A--AA-TG------TA-GAAA--A--AAG-AAT-TC-ATTT---AT---GAGC-T-AAA-T-TT-ACA-GCA-TAC-A-
gi|35 : aAA--------AT-A---------C---------------C-------------AA----------AG--------A-T-------------A-----------T---------------AC-A--TT---C------A-AA--T--TAT-------AA-----A----------GGGGA--G--GGGC-------------GT-TA-C-------CGG------CAGT---CTCTG--TCC---ACA-AG-aacatgtactctgactttaacaactgagtttgtcctgtatgtaccagtatg
gi|35 : acaccct-CA-TAGGT----T---TA--ACCA--CTT-GTGGA--------CA--GAGACTG---CCGG-T-A--A--C-GCCCCTC--------C---C-CTTtggttaaacctatgtggca
gi|36 : acaccctaaataccaaagatatacattcaaattataTTTTCA-CT-T-TTA---CT--------T---A--AGT--AAAA--AAGCA--T--GTG-----ATAA-TTCTC-C-GA-GTtggca
gi|4 : tctgacaagtttacatttccgtagtaattttcttgagataattTTTTTA-CT-T-TTA---CT--------T---C--GGT--GAAA--AAGCA--T--GCG-----ATAA-TTCTC-C-GA-GTGA-A---AC--ACTACTNNN--------N-NN--NNNNN-NN---N-NN-NNNNN----NNN--NNN-NNNNNN-----N---N-N-NNN--N-----N----------N-----NNN--NNN-NN-NNNN---NNN-NNNN--NNNNNN-NNNNNNN-N-NNNNNNNNNNNNNNNNNN--N-----NNNNN------GCG-TATTA------A----A-ATCA--------T-GC----------------CT-TGAAAA-C-AAA-GGA-CC-CAAG---CC-TGCATGTTTTAAAC-CAT-A--C---GA----AAAA--------AA---A---C-C-A-TGATGCATATAAA----ATC-ATTTA------GTG-----C-T--AAGAAA-TG-TTGCAAGAAATCAAAA---TTAT--GAA--ATTGAA--T--G-T--A-A---A--TT-T-TTT------C--C---AA--CCTC--A-AC-T-T-T---TAAA---G--C----T-ATTGA---C-TCC-AG-ACT-C-CA-CAGGTG--TT---CA--AGCAT-CTT-GTTGG--------CA--G-AATTC---TTAG-C-ATGG--T-ACCCCCC--------C---C-CTTC-TTT-ATG----A-C--G-T--TCATGAT------T-TTTAT---AT---AAT----CCTGTAGA--TGGCAT-CTTCT--AA-AA-ACG-GATT-GTAA-T--G--CCA-G-AT-TT-GT-GCA-C-TGC-ATTG-ACCCG-AA-AC----A-C--TCTGA-T--G-TT--CAGTAT----TTTAATTTA--AAA--------AT-C---------C-------A---C---C-------------GA----------A---------A-T-------------A-----------T---------------AT-A--TT---A------A-AAA-T--TAT-------AA-----G----------GGGGT--GTTGGGT-------------GT-TA-A-------CAG------AAGT---C-CTG--CCA---GCA-AG-CA---G-CT-GTGAA---TAAATCTT-GGTAAG---A-T--TTTCCTTT-TT--AC-A---A--ATAGAA-ATT-AT-A--AA-TA-A----TA-GAAA--A--A-T-AAT-GT-TTTT---AT---GAGC-T-TAA-T-TT-ACA-GAG-TAC-A-TGTACACTT
gi|40 : CA--------T-GC----------------CA-TGAAAA-C-AAA-GGA-CC-AAAA---CC-GATATGTTTTAAAC-CAT-A--C---GA----AAAG--------A
gi|41 : --A-T-AAT-GT-ATTT---ATAATGACC-T-TAA-T-TT-ACA-TAA-TAC-A-TGTACACT
gi|43 : GCA--A--GCA-----ATAA-TTCTC-C-AT-GTGA-A---AC--ACTACTggc
gi|44 : CA--A--GCG-----ATAA-TTCTCTC-GA-GTGA-A---AC--ACTACT
gi|45 : CA--A--GCG-----ATAA-TTCTC-C-GA-GTGA-A---AC--ACTACT
gi|46 : CA--A--GCG-----ATAA-TTCTC-CAGA-GTGA-A---AC--ACTAC
gi|47 : CA--A--GCA-----ATAA-TTCTC-C-GA-GTGA-A---AC--ACTACT
gi|48 : CA--A--GCG-----ATAA-TTCTC-C-GA-GTGA-A---AC--ACTAC
gi|49 : CA--A--GCG-----ATAA-TTCTC-C-GA-GTGA-A---AC--ACTAC
gi|5 : A---CC-CGCATATTTTAAACACAT-A--C----------AAA--------AA---A---A-G-G--AATG--TACAGA----ATC-CTTTATCATA-GTG-----T-T--AAGAAA-TG-TTGAAG-AAATCATA----TTATAAGAC--ATTGAA--T--GAT--CAA---A--TT-G-TTT------C--T---AA--C-TC--A-AT-T-T-A---TAAA---G--CCTGAT-ATT-----C-TCC-AG-ACT-C-CA---AGTG-CTT---CA--AGCAAGCTTAGTGGAGTCATAATCA--G-GATTT---CT-G-T-A--A--C-ACCCCCT--------C---C-CCTC-TTTAATGA---A-C--G-T--A-AT--T------T-TTTTTTTAAT---AAT-----C-GGTGA--TGACA--TTTCT--AA-AA-A---GGTT-TTAA-T--G--CGA-GAAT-TT-GT-G-----------TG-AAATG-AA-A----------TCTTG-T--GTTTT-CA-TAT----TTTA--TTA--AAA--------AT-A---------C-----------C---C-------------AA----------A---------A-TCC-----------AAAGGATC----T---------------AC-A--TT---A------C-AAG-T--TATTAAG---AA-----A----------GGGGG--G--GG---------------GT-TA---------CGG------AAGT---C-CTG--T------CA-AG-CA---C-TT----------------------AG---A-T--TCTT--TT-TT--AA-AAATA--AAAGAA-ATTGAT-A--AT-TC-A----TAGGAAG--A--A-TAAAT-GTGATCT---AT----ACCAT-TAA-T-TT-ACA-GGA-TAC-A-TGTAC
gi|50 : --A--GCG-----ATAA-TTCTC-C-GA-GTGA-A---AC--ACTACctcg
gi|51 : agCA--A--GCG-----ATAA-TTCTC-C-GA-GTG--A---AC--ACTACT
gi|52 : CA--A--GCG-----ATAA-TTCTC-C-GA-GTGA-A---AC--ACTAC
gi|53 : CA--A--GCG-----ATAA-T-CTC-C-GA-GTGA-A---AC--ACTACT
gi|54 : A--A--GCG-----ATAA-TTCTC-C-GA-GTGA-A---AC--ACTAC
gi|55 : CA--A--GCG------TAA-TTCTC-C-GA-GTGA-A---AC--ACTAC
gi|6 : TTTTCA-CT-T-TTA---CT--------TAGCCTAGGT---AAA--AAGCATTG--CCG-----ATAA-TTCTC-C-GA-GTGA-A---AC--ACTACTCAA--------T-TA--CCGAT-TT---T-CA-CATGG----TGA--AAA-TAGTAG-----T---CTA-CTA--------T----------T-----GTG--GCA-TA-ATNN---NNN-NNNN--NNNNNN-NNNNNNN-N-NNNNNNNNNNNNNNNNNN--N-----NNN--------GCG-TATTA------ATCT-ATATCA--------T-GC----------------C--TGCAAA-C-AAG-GAAACC-CAAA---CC-TGCATGTTTTAAAC-CAT-ATCC---CA----AAAG--------AG---A---A-C-A-TAATGAATATATA----ATC-CTTTAA-----GTG-----CCT--AAGAAA-TG-TTGAATGAAATCAAAA---TTAT--GAA--CATGAA--T--G-T--ACA---A--TT-T-TAT------C--C---AA--CCTC--A-AC-T-T-T---TAAA---G--C----C-ATTGA---C-TCCAAG-ACT-T-CA-CAGGTG-CTT---CAGTAGC---TTT-GTGGG--------CA--G-GATTT---TCGG-T-A--A--C-
gi|7 : ttcctaacaattttacgtttccgtagtaattttcgctgagatagaTTTTCA-CT-T-TTA---CT--------TAGCCTAGGT---AAA--AAGCATTG--CCG-----ATAA-TTCTC-C-GA-GTGA-A---AC--ACTACTCAA--------T-TA--CCGAT-TT---T-CA-CATGG----TGA--AAA-TAGTAG-----T---CTA-CTA--------T----------T-----GTG--GCA-TA-ATNN---NNN-NNNN--NNNNNN-NNNNNNN-N-NNNNNNNNNNNNNNNNNN--N-----NNN--------GCG-TATTA------ATCT-ATATCA--------T-GC----------------C--TGCAAA-C-AAG-GAAACC-CAAA---CC-TGCATGTTTTAAAC-CAT-ATCC---CA----AAAG--------AG---A---A-C-A-TAATGAATATATA----ATC-CTTTAA-----GTG-----CCT--AAGAAA-TG-TTGAATGAAATCAAAA---TTAT--GAA--CATGAA--T--G-T--ACA---A--TT-T-TAT------C--C---AA--CCTC--A-AC-T-T-T---TAAA---G--C----C-ATTGA---C-TCCAAG-ACT-T-CA-CAGGTG-CTT---CAGTAGC---TTT-GTGGG--------CA--G-GATTT---TCGG-T-A--A--C-c
gi|8 : ttcctaacaattttacgtttccgtagtaattttcgctgagatagaTTTTCA-CT-G-T-A---CT--------T---TA-GGCTGGAAA--AATCA--ATGGCG-----ATA--TTCTC-C-GA-GTGGTA---GT--ACTACTCAA--------T-TT--CCGAT-TT---TTCA-CCTGGGGAGTAA--AGA-GAGTGG-----T---C-A-TTA--T-----TAACGTATTGCT-----GTG--GCGATA-TTTA---AAA-ACGA--ACCCTT-TGCTTCA-G-AC-CAAAAAGATAATGTT--A-----AAAAAAATT--GCG-TATTA------ACTCAA-AGCA--------T-GA----------------C---------C-AAA-GGA-CC-GAAA---GCATGCATGTTTAAAAC-CAT-A--C---GA----AAAA--------AA---A---A-G-A-TGATC-------------TC-CTTTAG-----GTG-----C-T--TAAGAA-TG-TTGAATAATATCAAAA---TTAT--GACT-ATTGAA--CTGG-TAAACA---A---G-T-TTT------CGGC---AA--CATC--A-AC-T-G-T---TAAA---G--CT---T-ACTG----------AG-ACT-C-Cc
gi|9 : catctcctaacaaggctacgtgtccgtagttgaatttttcttgaagattatctgatagat-A--C---AA----AAAA--------GAGAGA---A-G-A-TAATGAATATCAT----ATC-CTTTAA-----GTG-----C-T--A--GAA-TG-TTGAAG--AATCAAAAATTTCAT--G-------GAT--T--A-T--ACATTTA--TT-G-TTT------T--A---AC--CCTC--A-AC-T-T-T---TAAAAGCG--C----T-ATTGA---CTTCC-AG-ACTCC-CA-CAGGTGCCTT---CA--AGCAAGCTT-G-GGG--------CA--G-G-TTT---CTTG-T-------T-ACCCCCC--------C---C-CTCT-TTT-ATG------C--G-T--T--T--T------T-----T---AT---AAT-----C-GGTGA--TGACA--TTTCTAAAA-AA-ATT-GTTT-TGAA-T--GCCCGA-G-A--TT-GT-GAA-A-TGC-ACT----CTG-A-----------------A-T--G-TTG-CA-TA-----TCTA-TTAA--GAA--------AT-A---------A-------A---C---CCGTAACAAA----GG----------A---------A-T-------------A-----------T---------------GC-A--TT----------C-AAA-T--GAT-------AA-----------------AGGG--G--GGGT-------------GT-TACC-------CGG------AAGT---C-CTG--T-C---AC--AG-CA---C-CT-GTGAA---TAAATCTT-GGC--G---TCT--TTTTCATT-TTTAAT-A---A--Acaatccctcacgaa
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|30 ): ATTCACAGTATTGTAGTTATCACATTCCAATACAATTTTACATATTCCATAGTATTTCTTGAGATACGATTTTTCACTTTTACTATTAAGCCCTCAGGTAAAAAAAGCATGCAAGAATCTCTC
Unaligned ( gi|37 ): AATTTTTTTTTCAAAACAGCCACACTTTGTTTGAAGATATTGATTCAGTAATGGTGGTTCAGGCAGCTGGCTT
Unaligned ( gi|38 ): ATCTGCATCACGAGTTTGCCTGATTACCCAGTATGTCCTATGTATCTCTTTCATGTCGATAGAA
Unaligned ( gi|39 ): TTTAAAACACTCTGCATCAGTGAGTTGTCCGTAATGTACATGATCTTCTTTGTCAGATCAGAAA
Unaligned ( gi|42 ): ACATTGTACCATTAATGTATCTTTTGTTTAGACAGAA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 444444444444444444444 33333333 11 111 1 111111111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 22222222222 11111111 4444444444444444444 1111 11111111 2222222 11 111111 1111111111111 1111 11111 222 11111111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111 1 2222222222222222 1 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1111111111 1111111 3333333333333333 3333333333333333333333333333333333333 22222222 1111111111111 1 11111
lowQualScore : 3 3 7 2 222 111111111111111111111 44 77777 99999 3 1 1 3 1 222 44 33333333 4 11 4 444 4 2 888888888 55 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 7 22222222222 6 44444444 6 6666666666666666666 3 3 6 9 3 4444 5 5 8 77 444 0000 99999999 555 555 555 3 3 77777777 3 4444444 88888 6 11 3 3 9 666 55 777777 44 44 3 44 3 555 33 2 2 8888888888888 33 0 33 2 2 2 2 555 555 33 7777 2 00000 8 2 2 2 2 88 555 77 777 2 99999999 66 2 5555 2 2 77777 2 11111111 555 3 3 6 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000 33 0 66 44444 2 2 2 2 2 2 55 33 2 4 2 2 2 1 666 2 2 2 2222222222222222 3333 2 77 8 6666 2 3 22 66666666 1 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 2 22 9999999999 1 3 22 0000000 9999999999999999 22 22 7777777777777777777777777777777777777 666 2 55 666 2 2 777 2 2 777 0 2 33 11111111 1 3 44 777777 44 77 3 6 3333333333333 3 99 88 9 3 3 3 555 555 2 0 3 8 8 4 00000 4 4
lowQualScore : . . . . ... ..................... .. ..... ..... . . . . . ... .. ........ . .. . ... . . ......... .. ............................................................................................................................ . ........... . ........ . ................... . . . . . .... . . . .. ... .... ........ ... ... ... . . ........ . ....... ..... . .. . . . ... .. ...... .. .. . .. . ... .. . . ............. .. . .. . . . . ... ... .. .... . ..... . . . . . .. ... .. ... . ........ .. . .... . . ..... . ........ ... . . . ....................................................... .. . .. ..... . . . . . . .. .. . . . . . . ... . . . ................ .... . .. . .... . . .. ........ . ......................................................................................................... . .. .......... . . .. ....... ................ .. .. ..................................... ... . .. ... . . ... . . ... . . .. ........ . . .. ...... .. .. . . ............. . .. .. . . . . ... ... . . . . . . ..... . .
lowQualScore : 6 6 3 3 777 222222222222222222222 22 55555 22222 1 5 5 1 6 888 44 00000000 0 00 0 000 0 0 333333333 99 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3 77777777777 7 22222222 2 6666666666666666666 1 1 2 2 1 8888 3 7 0 33 777 3333 77777777 000 000 999 3 2 88888888 3 5555555 33333 7 22 3 3 2 444 00 888888 22 22 1 22 5 444 99 9 9 6666666666666 99 7 99 9 9 9 9 000 000 99 5555 9 88888 6 9 9 7 9 88 000 99 222 7 77777777 33 7 6666 7 7 44444 7 22222222 444 1 3 7 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888 77 1 33 00000 4 4 4 5 2 2 33 11 2 2 1 1 1 2 555 1 1 7 7777777777777777 0000 0 22 0 2222 0 3 88 99999999 9 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 99 3333333333 9 8 66 2222222 7777777777777777 99 99 1111111111111111111111111111111111111 111 2 33 999 4 7 999 9 9 999 9 9 44 22222222 5 1 22 222222 22 88 3 2 6666666666666 3 22 55 2 1 1 1 444 444 0 9 6 0 0 0 88888 0 0
consensus : TTTTCA-CT-T-TTA---CT--------T---C--GGT--GAAA--AAGCA--A--GCG-----ATAA-TTCTC-C-GA-GTGA-A---AC--ACTACTCAA--------T-TA--CCGAT-TT---T-CA-CCTGG----TGA--AAA-TAGTAG-----T---C-A-TNA--C-----T----------T-----GTG--GCG-TA-ATTA---AAN-ACGA--ACCCNN-TTCTCCA-G-ACTCNAAAAGAGNATNNT--G-----AAAAA------GCG-TATTA------A----A-ATCA--------T-GC----------------CG-TGAAAA-C-AAA-GGA-CC-CAAA---CC-TGCATGTTTTAAAC-CAT-A--C---GA----AAAA--------AA---A---A-G-A-TAATGAATATAAA----ATC-CTTTAN-----GTG-----C-T--AAGAAA-TG-TTGAAGGAAATCAAAA---TTAT--GAA--ANTGAA--T--G-T--ACA---A--TT-T-TTT------C--C---AA--CCTC--A-AC-T-T-T---TAAA---G--C----T-ATTGA---C-TCC-AG-ACT-C-CA-CAGGTG-CTT---CA--AGCA--CTT-GTGGG--------CA--G-GATTT---CTGG-T-A--A--C-ACCCCCC--------C---C-CTTC-TTT-ATG----A-C--G-T--T-AT--T------T-TTTAT---AT---AAT----CC-GTTGA--TGACAT-TTTCT--AA-AA-ACG-GNTT-TTAA-T--G--CGA-G-AT-TT-GT-GCA-A-TGC-ATTG-AACTG-AA-AT----A-C--TCTGA-T--G-TTG-CA-TAT----TTTA-TTTA--AAA--------AT-A---------C-------A---C---C-------------GA----------A---------A-T-------------A-----------T---------------AC-A--TT---A------A-AAA-T--TAT-------AA-----G----------GGGGG--G--GGGT-------------GT-TA-C-------CGG------AAGT---C-CTG--TCC---ACA-AG-CA---C-CT-GTGAA---TAAATCTT-GGTAAG---T-T--TTTTCATT-TT--AT-A---A--AAAGAA-ATT-AT-A--AA-TA-A----TA-GAAA--A--A-T-AAT-GT-ATTT---AT---GAGC-T-TAA-T-TT-ACA-GAG-TAC-A-TGTACACTT
Reference ( family-1299 ) : TTTTCA-CT-T-TTA---CT--------T---C--GGT--GAAA--AAGCA--A--GCG-----ATAA-TTCTC-C-GA-GTGA-A---AC--ACTACTCAA--------T-TA--CCGAT-TT---T-CA-CCTGG----TGA--AAA-TAGTAG-----T---C-A-TNA--C-----T----------T-----GTG--GCG-TA-ATTA---AAN-ACGA--ACCCNN-TTCTCCA-G-ACTCNAAAAGAGNATNNT--G-----AAAAA------GCG-TATTA------A----A-ATCA--------T-GC----------------CG-TGAAAA-C-AAA-GGA-CC-CAAA---CC-TGCATGTTTTAAAC-CAT-A--C---GA----AAAA--------AA---A---A-G-A-TAATGAATATAAA----ATC-CTTTAN-----GTG-----C-T--AAGAAA-TG-TTGAAGGAAATCAAAA---TTAT--GAA--ANTGAA--T--G-T--ACA---A--TT-T-TTT------C--C---AA--CCTC--A-AC-T-T-T---TAAA---G--C----T-ATTGA---C-TCC-AG-ACT-C-CA-CAGGTG-CTT---CA--AGCA--CTT-GTGGG--------CA--G-GATTT---CTGG-T-A--A--C-ACCCCCC--------C---C-CTTC-TTT-ATG----A-C--G-T--T-AT--T------T-TTTAT---AT---AAT----CC-GTTGA--TGACAT-TTTCT--AA-AA-ACG-GNTT-TTAA-T--G--CGA-G-AT-TT-GT-GCA-A-TGC-ATTG-AACTG-AA-AT----A-C--TCTGA-T--G-TTG-CA-TAT----TTTA-TTTA--AAA--------AT-A---------C-------A---C---C-------------GA----------A---------A-T-------------A-----------T---------------AC-A--TT---A------A-AAA-T--TAT-------AA-----G----------GGGGG--G--GGGT-------------GT-TA-C-------CGG------AAGT---C-CTG--TCC---ACA-AG-CA---C-CT-GTGAA---TAAATCTT-GGTAAG---T-T--TTTTCATT-TT--AT-A---A--AAAGAA-ATT-AT-A--AA-TA-A----TA-GAAA--A--A-T-AAT-GT-ATTT---AT---GAGC-T-TAA-T-TT-ACA-GAG-TAC-A-TGTACACTT
gi|1 : TTTTCAGCTAT-TTA---CTGTAGCGTAT---A--GGT---AAG--AAGCA--G--GCG-----ATAA-TTCTC-C-GA-GTGA-AGCGAC--ATGTCTCAAG-------TGTA--CCGAT-TT---T-CA-CATGG----TGA--AAAATAGTAG-----T---C-A-TAA--CCTAGAT----------T-----GTA--GCA-TA---TA---AAGGACGA--ACCTAA-TTCTTCAAG-ACGCAACAAGGTTGTCGTATG-----AAAAAT-----GAG-TATTA------A----A-ATCACGAATTCAT-GC----------------CGATGAAAAGC-AAA-GGA-CCGCAGAGAGCCGCGCATGTTTTAAAC--AT-A--CCCGGA----AAAA--------GA---G---A-GGA-TTACGAATA----------C-CTTTAGATAATGTG-----T-TTAAGGAAAGTG-TTGAACGAAGATAAAA---TTAT--GGAC-ATTGAAATT--G-T--ACA---GAGTT-TGTTT------CGGC---AA--C-TC--AGAT-T-T-T---TAAG---C--C----T-ATTGAAAGT-TCC-AGGACT-C-CA-CAGGTG-CCTGTCCA--AGCAAGCTT-GTGGG--------CAATG-GATTT---GTGGGT-A--A--C-ACCGCCCGCCGCCATC---C-CCTC-TTT-AAGTCGAA-CCGG-A--T-AT--TGTGTTGT-TTTG----AT---AATAGG-CT-GGTGA--TGACATCTTTAG--AA-AG-ACG-GTTTGTTAA-TT-G--CAG-A-AT-TT-GT-GTA-A-TGC-ATTG-AGCTT-AA-GT----G-T--ATTGAAT--G-TGG-TAATAT----TTTA-TT-A--AAG--------ATGA---------C-------A---C---CGTTAAATACAAAGGA----------G---------A-T-------------A-----------TGAAGTCGATATGTGTAC-AGTTC---A------G-AGA-T--TATTTAGAGAAA-----G----------GGGGG--G--GGG------------------A-C-------GGT------AGGT---G-CTGG-TCCCTCAAA-GG-CAG--C-CT-G---A---TGATTCT--GGTG--------------CATT-TT--AT-A---A--GAGGAA--TT-AT-AGGAG-TA-AAGTGTA-GAAA--A--A-T-AAT-G---TTT---GT---GACA-T-TAA-TGTT-ACG-GAT-AAC-A-TG
gi|10 : aacaatttttagcgggtttcgtaggtagattgtattgtctgaggatacatgtTTTGAAAC-C-T-A--C---GGGGG-AAAA--------AA---A---T-G-AGTAATTAGTG-AAAGCATATA-CTTT-T-----GTG-----C-TG-AAGAAA-TA-TTGAAGAAAATAAAAA---TTAT--GAC--AGTAAA--T--G-C--ACG---A--TTGT-TTT------C--C----A--CCTCAAA-AC-T-T-T---TAAA---G--C----TCATTGA---C-CCCTTG-ACT-T-CA-CGGGTG-----------------CTT-GTGGC--------CA--G-GA-CT---CCGG-TAA--A--C-ACCCCCC--------C---C-CCCC-TTT-CCG---------------------------T-TCTAA---ATGTGAA------C-GTT----T--CAT-TTT--------G-AT--GCTT-T--A-T--G---GA-G-AT-TT-GT-GCA-ATTGC-ATTGAAACTG--A-AT----A-------GA-T-----------TCT----TTTA--TTA--AAA--------AT-A---------C-------AC--C---C-------------GAAATAGCCAAGA---------A-T-------------A-----------T---------------AC-A--TTCAGA------A-AAA-A--TAT-------AAT----A----------GGGGGTTG--GGGTTGGGGTTGGGGTGGT-TA-C-------CAGC-----AAGT---C-CTG--TCA---ACA-Agtagccaagctggctttaaacatgtgcgagtcgtgagttggtgtcctgtactgtaacatgtatgctcttcgtggtcagaacagaa
gi|11 : --TT-T-TTT------C--C---AATACATC--A-AC-T-T-TGTTTAAA---G--C----T-ATTGA---C-TTC-AG-ACT-CTCA-C-GTTG-CTT---CA--AGCAGCCTT-GTGGG--------CA--G-GATTT---CTGA------------------------------------------------A-C--G-T----AT--T------TATTTAT----------T----CC-GT-GA--TAATAT-TT-CT--AA-AA-ACG-GGTT---AA-T--G--CGA---AT-TT-GT-GTA-AATGC-ATTG-AACT--AT-AT----A-C--TCTGA----G-TTG-CA-TAA----TTTT-TTTA--AAA--------AT-A---------C-------A---C---C-------------GG----------A---------A-T-------------A-----------TCAAGGAATAT-----AC-A--TT---C------A-AAACT--TAT-------AA-----GAAT-------GGGGG--A--GGGG-------------GCATA-C-------CGA------AAGT---C-CTG--TC----ACA-AG--A---C-CT-GT-AA---TAAATCT--GGTAAG---T-C--TTTTCATT-TT--AT-A---A--AAAATA-ATT-AT-A--AATTA-ATT--TA-GAAA--A--ATT-AAT--T-ATTT---AT---TACC-TCTAA-T-TTAACA-G-G-TA--G-T-TACACTtc
gi|12 : tTTTTCG-CT-T-TTA---CT--------T---G--GGC---AAA--AAGCA--T--GCG-----ATAA-TTCTC-C-GT-GTGA-A---AC--ACTACTCAA--------T-CA--CCAAT-TT---A-CA-CCTGG----GGA--TAA-AAGTAG-----T---C-A-TAA--C-----C----------T-----ATT--GTG-TC-AT-----ATN-NNNN--NNNNNN-NNNNNNN-N-NNNNNNNNNNNNNNNNNN--N-----NNNNN------GCG-TACTAGTAACAA----A-ATCA--------T-GC----------------CA-TGAAAA-C-AAA-GGA-CC-CAAA---CC-TGCATGTTTTAAAC-CAT-A--C---GAAAAGAAAA--------GA---A---A-G-A-TAATGAATATAAA----ATC-CTTTA------GTG-----C-T--AAGAAC-TG-TTGAAGAAATTCAggct
gi|13 : atttcctacaactttacgtttctgtagtgattttcttgagatagatTTTTCA-CT-TGTTAAATCT--------G---T--GGTTCGAAA--AAGCA--T--GCGCATTAATAT-TTCTT---GATGTGG-A---CCTGACT-CTCAACTTCATACT-TATGCCGAT-CTCTGT-CAACCTGG----GGATGAAA-TGTTAGCTGCCT---C-A-TTAATC-----T----------T-----GTGTAGAGATATATTAGAAAAC-ACGACAAGTTTA-CTCTCGA-ACACTCCGAAAGAGAATAGT--GTATAAAAAAA------ACGACAATA------A----A-GTTA--------TCGCGTAATATTGACCAATTCG-TGAAAA-C-AAACGGA--C-CAAA---CC-TGCATGTTTAAAAC-CATAA--C---GG----AAAC--------AG---A---A-tctaatttgatgaccacataactc
gi|14 : catctctacaagcttttacgttccgtagtagtgtctcttgagatagatTTTTCA-CT-TGTTAAATCT--------G---T--GGTTCGAAA--AAGCA--T--GCGCATTAATAT-TTCTT---GATGTGG-A---CCTGACT-CTCAACTTCATACT-TATGCCGAT-CTCTGT-CAACCTGG----GGATGAAA-TGTTAGCTGCCT---C-A-TTAATC-----T----------T-----GTGTAGAGATATATTAGAAAAC-ACGACAAGTTTA-CTCTCGA-ACACTCCGAAAGAGAATAGT--GTATAAAAAAA------ACGACAATA------A----A-GTTA--------TCGCGTAATATTGACCAATTCG-TGAAAA-C-AAACGGA--C-CAAA---CC-TGCATGTTTAAAAC-CATAA--C---GG----AAAC--------AG---A---A-
gi|15 : catctctacaagcttttacgttccgtagtagtgtctcttgagatagat--T--G-T--ACA---A--TT-T-TTT------T--TCAAAA--CCTC--A-AC-T-T-T---TAAA---G--CC---T-ATTGAA--C-TCC-AG-ACT-C-CAACAGGTG-TTT---CA--AGCGT-CTT-GTGGG--------CAA-G-GATTT---CTGG-T-A--AACC-ACACCCC--------T---CGCTTC-TTTGATG----AAC--G-T--TCAC--T------T-TTT-T---AT---AACTCTCCC-GGTGG--TGACAT-TTCTC--AATAA-ACG-G-TT-TTGA-T--G--CGAAG-AT-TG-CTCGCA---TGC-ATTG-AACTG-AT-AA----A-C--TCTGA-T--T-TTA-CACTCT----TTTA-TTAA--CAA--------AT-A---------C-------A---C---CTT-----------GA----------A---------A-T-------------------------T---------------AC-A-------A------AGGAA-T--AAT-------AA-----
gi|16 : aat-GTGGG--------CA--G-GATTC---TT---T-A--A--C-TCCCCCC--------C---C-CTTC-TT--ATG----AAC--G-TATC-AT--T------T-TTTTT---AT---AAT----C--GT-GA--TAA-AT-T--CT--AA-CA-ATC-GTTT-TTAA-A--G--CGA-GTAT-TT-GT-GAA-A--GC-AC------------------------CTGA-T--G-TTAACA-TAT----T--A-TT-A--AAC--------AT-A---------C-------A---C---C-------------GA----------A---------A-T-------------ACCAAAGGAACAT---------------AC-A--TT---C------A-AAA-TACTAT-------AA-----GAAA-------GGAGG--G--GGGT---------------------------CG-------AAGT---C-CTG--TCC---ACA-AGACA---C-CT-GTGAA---TTAA--CT-GGCAAGAA-G-T--CTCTCATG-TT--A-----------------------------------------AAA--A--A-T-AAT-GT-ATTTATAAT---GAGC-C-TAATT-TT-AC--GA---AC-A-TGT-CACTtttcaaaacttatacagcaagggtggttgggg
gi|17 : AA--T--G-T--ACA---A--TT-T-TTT------TT-C---AA--CCTC--A-AC-T-T-T---TAAA---G--CC---T-ATTGA---C-TCC-AG-ACT-C-CA-CAGGTG-TTT---CA--AGCGT-CTT-GTGGG--------CA--G-GATTT---CTGG-T-A--A--C-ACCACCC--------C---C-CTTC-TTT-ATGA---A-C--G-T--TCAC--T------T-TT--T---AT---AAT-----C-GGTGG--TGACA--TTTCT--AA-AA-ACG-G-TT-TTGA-T--G--CGA-G-AT-TT-GT-GCA-A-TGC-ATTG-AACTG-CATAA----A-C--TCTGA-T--T-TTA-CA-TAT----TTTA--TTA--AAA--------AT-A---------C-------A---C---CTGAAATACCAAA-GG----------A---------A-T-------------A-----------T---------------AT-A--TT---C------A-AAA-T--TAT-------AA-----G----------AAGGG--T--GGGT-------------
gi|18 : A--TGACAT-TTTT----A-AA-ACG-GTTT-TTAA-T-----CGA-G-AT-TTTGT-GCA-T-TGC-ATTG-AAATG-AATGT----A-C--TCTGA-G--G-TTG-CA-TAT----TT-A-TT-A--AAA--------AT-A---------C-------A---C---CC------------GA----------A---------A-T-------------A-----------CCCACAGAATTAGATAAC-A--TTC--A------A-AAA-T--AAT-------AA-----G----------AAAAG--G--GGGT-----------------A-C-------CGG------AAGC---C-CTG--TCC---ACA-AA-CA---C-CT-GTGAT---TAAATCTT-G---AG---T-C--TTTTCATT-TT--AT-A---A--ACAGAA-GTT-AT-A--tgggg
gi|19 : ttaataattggtgat---CC-TGGCTGTTTTAAAC--ATCA--C---GG----AAAA--------AA---A---A-A-A-GAA-GAGT--------------TTTGC------TG-----C-TT-AAGACA-T--TTGAAG--------AG---TT-----------------T--G-T--A--------------TT--------------A--CCTC-------T-T-T---TAA------------T-ATTA------TCC-AA-----T-CA-CAG-TG-CTT---CA--AGCA--TTT-TTGG---------CA--G-GATTT-----GG-T-A--A--CCACCCCCT--------C---C-CCTC-TTT-ATA----A-C--GAT--A-AT--T------T-TTTTT---A---------------TTGA--TGACAT-TT--C--AA-AA-ACT-G-TT-TTAT-T--G--CG--G-AT-TT-GT-GTA-A-TGC-ATT-----TG-AA-TT----A----TCTTC-T--G-TTT-CA-TAT----TTTA-TT----AAA--------AT-A---------C-------ggcctacataataatggccttgtaaaa
gi|2 : acTTTTCA-CT-T-TAA---CT--------T---A--GGT--GGAATAAAGCA-----TCG-----ATAAATTATT-T-GA--TGA-C---AC--ACTACTCAA--------T-T-----TATGTT---T-CAACCTGG----T----AAA-TAGTAG-----TATAT-A-TAG--C-----T----------TATTCTGTG--GC--TA---TA---AAA---TA--ACCCAT-TTCTCCA-G-ACTCAATAGTTGTTTTTT--G-----AAAAAAAATT-GCG-TTTTTT-----A----A-ATCT--------T-CC----------------TA-TGAAAA-CTAAA-GGATCC-CAA-----C-TG-ATGTTTTAAATATAT-A--C---GA----AAAATATAAATAAA---AGAGA-G-A-TAATGAATATATA----ATC-ATTT--------TG-----C-T--AAGAAA-TG-T-GAAGAAGATCAAAA---TTTT--TGACCATTGAA--T--G-T--A-A---A--TT-T-TTTGTATCTC--G---AA--CCTC--A-AC-TATAT---TAAA---G--CC---T-ATTGA---G-TCC-AG-GAT-C-CA-CAGGTG-TTT---CA--AGCG--CTT--TGGC--------TA--G-GA-------TGG-T-A-------ACCCCCT--------CATGC-CTTT-TTT---------------------T--T------T-TTTAT---GT--------------TCAA--TG-------------------CGAGATT-TTG-----------------TT-G---CA-A-TGC-ATTG-AACTGTAT-AC----ATC--TCTGA-T--G-TTG-TATTAT----TTTA-TTTAATAAA--------AT-A---------C-------AAT-CCCGC-------------GA----------A---------A-TACCAATAGAATTAA-----------T---------------ACTA--TT---C------A-AAATT--TAT-------AA-----GAAGGGGT---GGGGG--G--GGGTGGGGGAGGAGTA-GT-TA-C-------CGG------AAGTAAGT-CTG--TCC---ACAGAA-CA---C-CT-GTGAC---TAAATCTTCGGTCAA---T-T--TTTT----------------A--AAATA----T-AT-AG-AA-TA-A----TT-AGAA--A--A-T-TAT-GC-ATTC---AT---TGAC-C-TAA-T-TT-ACA-GTGAAAC-ATTGTACACTT
gi|20 : attccttacaactttatgtttcgtagctaattttcttgagtatatgaA--AAGCA--A--GCG-----ATAA-TTCTC-C-GA-GTGA-A---AC--ACTACTtgct
gi|20 : atctcctacagcttacgtttcccgttagtaattttcttgaggagagatttttcact------GCG-TATTA------A----A-ATTAC-------T-AC----------------CA-TGTAAA-C-AAA-G-A-CC-CAA----CC-TGCATGTTTAAAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgcgtattaaaattactaccatgtaaacaaagacccaacctgcatgtttaaaa
gi|21 : atctcctacagcttacgtttcccgttagtaattttcttgaggagagatttttcactaaagcaagcgataattctccgagtgaaacactactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatGT--GAAA--AAATA--A--GCG-----ACAA-TTCTT-C-GA-GTGA-A---AC--ACTACT
gi|21 : atctcctacaagcttacctttccgtcgtaattttcgtgagaaagataaaTA------A----A-ATCA--------T-GC----------------CA-TGAAAA-C-AAA-GGA-CC-CAAA---CC-TGCATGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaaatcatgccatgaaaacaaaggacccaaacctgcatgt
gi|22 : atctcctacaagcttacctttccgtcgtaattttcgtgagaaagataaagtgaaaaaataagcgacaattcttcgagtgaaacactactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnG------AAGT---C-CTG--TTCCG-ACA-AG-CA---C-CTTGTGAAA--TAAATCTT-GGCAAG---A-TGCTTTTCATT-TT--AT-A---A--AAAGAAGATT-AT-A--AA-TACA----TA-GAAA--A--ATT-AATCGT-ATTT---GT---GAGCTT-TAATT-TT-ACAGGAA-TACAA-TGTACA
gi|23 : -AT-TT-GT-GTA-A-TGC--TTG-ACCCT-TA-ATGTTAA-A--TCTGA-T--G-TT--CA-TAT----T--A-TTAA--AAA--------AC-A---------CCTTAAATA---C---C-------------AA----------AGGCA-----A-T-------------AC----------T---------------AC-A--TTCC-AC-----A-AAA-T--TAT-------AA-----GTAAAAG----GGGGA--G--GGGG-------------GTATA-C-------CG-------AAGT---C-CTG--TCC---TCA-AG-CA---C-CT-GCGAA---T---TCTT-actggctttaacactgagtctgtcctgcatataccaagtaatgtt
gi|24 : ccagaA--TGATAT-TCT-T--AA-AATACA-G--T-TTCA-T--G--CAA-G-AT-TT-G--GTT-A-TCCTAT---AA-TA-AA-A-----A-C--ACTGA-TAAG-TTA-CA-TAT----TTTC-TTT---AAA--------AC-A---------C-------A---C---CTAAAATACCCAA-GA----------A---------ATT-------------A-----------A---------------AC-A--TT---A------A-AA-----TAT-------AA-----G----------GAAGG--G--AG------------------TA-C-------CGG------AAGattca
gi|25 : aatcactatttggtgcacaT-TTTTT--AA-AA--CG--ATT-TTAT-T--G--CGA-G-AAATT-GT-GCA-T-TGC-ATTG-AATTC-AATAT----A-A--TCTGA-G--G-TTA-AA-TA-----TTTA-TT----AAA--------AT-A---------C-------ACCCC---C-------------GA----------A---------A-T-------------ACCGCGAAATT-T---------------AT-A---T---A------A-AAA----TAT-------AA-----G----------AAAAA--G-------------------AT-TT-C-------CGG------AAATC--C-CCT--TCC---ACA-A
gi|26 : -AAA-T--TAT-------AAAGGGGG----------GGGGG--G--GGGT-------------GT-TA-CGTAAGTCCTGTCCACAAAGT---C-CTG--TCC---ACA-AG-CA---C-CT-GTGAA---TAAATCTT-GGTAAGGTCT-T--TTTTCATT-TT--ATAA---A--AAAGAA-ATT-ATAA--AA-TA-A----TA-GAAACCAACA-T-AAT-GT-ATTT---AT---GAagat
gi|27 : -AAA-T--TAT-------AAAGGGGG----------GGGGG--G--GGGT-------------GT-TA-CGTAAGTCCTGTCCACAAAGT---C-CTG--TCC---ACA-AG-CA---C-CT-GTGAA---TAAATCTT-GGTAAGGTCT-T--TTTTCATT-TT--ATAA---A--AAAGAA-ATT-ATAA--AA-TA-A----TA-GAAACCAACA-T-AAT-GT-ATTT---AT---GA
gi|28 : --T------T-TTTA----AT---AAT----CG-GT-GACATGACAT-TTT----AG-AA-ACG-G----TTAA-TATG--CGA-G-AT-AT-GT-TCA-A-TGC-ATTG-AAATA-AATAC----A-C--TCTGA-G--G----------------------TA--AAA--------AT-A---------C-------AC--C---C-------------GA----------A---------A-T-------------A-----------C---------------TC-A-------A------G-GAA-T--T-T-------AA-----
gi|29 : T-TTAA-T--G--CAA-G-AT-TT-GT-GTA-A-TGC-ATTG-AACTG--A-AT----A-C--TCTGA-T--G-TTG-CA-TATATAGTTTA-TTAA--AAATTCACCTGAT-A---------T-------A---C---C-------------AA----------AGGAATATACA-T-------------G-----------T---------------AC-A--TT---C------A-AAA-T--TAT-------AA-----GATTAAAGAAAGGGGG--G--GGGtattcaaaaatatgaaaagggcgtt
gi|3 : TTTTTA-CT-C-T-----CT--------T---C--GG----AAA--AAACA--AT-GCGG----ATAAATTCTC-C-GA-GTGG-A---AA--ACTACTCA---------T-TA--C-GAT-TT---T-CA-CCTGG-----GT--AAA---GTAG-----T---C-ACTAA--C-----C----------T-----ATGT-GCA-TA---TA---AA--ACGA--CCCCATGTTCTC-A-G-ACCAGAAAA---TATGTT--G-----AAAAAAATAATGC--TATTA------A----A-TTCA--------T-GC----------------CT-TGAGAA-C-AAA-GGA-CC-CAAG---CC-TGCATGTTTT-AAC-CAT-A--C---GA----AAAA--------AA---A---ACC-A-T-ATGCATACTAA----ATCAGTTTAT-----GTGTTTTAC-T--AAG-AC-TGTTTGAAGAATATCAAAA----TAT--GAA--AGTG-A--T--G-T--ACA---A--TT-T-TTT------C--C---AA--CCTC--A-ACTT-T-T---TAAA---GGCC----T-ATTGA-----TCC-AG-ACT-C-CA-CAGGTG--TT---CA--AGCA--TCT-ATGGG--------CA--G-AATTTTAGCTGG-T-A--C--C-CCCCCCC--------C---C-CTTCTTTT-ATGA---A-C--T-T--C-AT--T------T-TTTAT---A----A------CC-G-TAA--TG-CA--TCTCT--AA-AA-ACG-GA-T-TTAA-T--G--CCA-G-A--TT-GT-GCACA-TGC-ATTG-AACCG--A-AT----A-CCATCTG--T--G-TTC-TA--------TTTA-TTTA--AAA--------AT-AC--------C-------A---C---C-------------CA----------A---------A-T-------------A-----------TAAAG-----------AA-A--TT---AGATATTA-AAA-T--TAT-------AA-----G----------GGGTT--T--GGG-----------------TA-C---------G------AAGT---C-CTG--CCA---GCA-AG-CA---G-CT-GTGAAAGTTAAATCTT--GTAA------T--TTTTCCTTATT--AC-A---A--ATAAAA---T-AT-A--AA--A-A----TA-GAAA--A--A-T--AT-AT-TTTT---AT---GAGCTT-TAA-TATT-ACAGGAG-TAC-A-TGTAC
gi|31 : ttctacaaacttacgtttcctagtaatttcttgagatagaaGG------CAGT---C-CTGGTTCA---ACA-AG-CGGAGCACT-GTGAA-----AATCTT-GG-AAG---T-C--TTTT-ATT-TT--AT-A---ATTAAATAG-ATT--T-A-----TC-A----TA-GAAA--A--A-T-AGT-GT-ACTT---GC---GAAT-T-T
gi|32 : CAT-TTT-T--AA-AA-ACG-GTTT-TTAAAT--A--CGA-G-AT-TG-GA-ATA-T-TGC-ATTG-AA-TA-AG-AT----A-CACTCCGA-G--G-TTG-CA-TATA---TTTA-TT-A--AAA--------AT-A---------C-------AC--C---C-------------GA----------A---------A-T-------------A-----------tggactttttac
gi|33 : atcggcgatacgc----A-C--TCTGA-T--G-TTG-CA-TAT----CTTA-TT-A--AAA--------AT-AAACCCGAAAC-------A---C---CAAA----------GG----------A---------A-T-------------A-----------T---------------GC-A--TT---C------A-AAA-T--GAT-------AA-----GAGG-------GGGGG--G--GGGT-------------GT-TA-C-------CGG------AAGT---C-ATG--TCC---Act
gi|34 : -A--AA-TG------TA-GAAA--A--AAG-AAT-TC-ATTT---AT---GAGC-T-AAA-T-TT-ACA-GCA-TAC-A-
gi|35 : aAA--------AT-A---------C---------------C-------------AA----------AG--------A-T-------------A-----------T---------------AC-A--TT---C------A-AA--T--TAT-------AA-----A----------GGGGA--G--GGGC-------------GT-TA-C-------CGG------CAGT---CTCTG--TCC---ACA-AG-aacatgtactctgactttaacaactgagtttgtcctgtatgtaccagtatg
gi|35 : acaccct-CA-TAGGT----T---TA--ACCA--CTT-GTGGA--------CA--GAGACTG---CCGG-T-A--A--C-GCCCCTC--------C---C-CTTtggttaaacctatgtggca
gi|36 : acaccctaaataccaaagatatacattcaaattataTTTTCA-CT-T-TTA---CT--------T---A--AGT--AAAA--AAGCA--T--GTG-----ATAA-TTCTC-C-GA-GTtggca
gi|4 : tctgacaagtttacatttccgtagtaattttcttgagataattTTTTTA-CT-T-TTA---CT--------T---C--GGT--GAAA--AAGCA--T--GCG-----ATAA-TTCTC-C-GA-GTGA-A---AC--ACTACTNNN--------N-NN--NNNNN-NN---N-NN-NNNNN----NNN--NNN-NNNNNN-----N---N-N-NNN--N-----N----------N-----NNN--NNN-NN-NNNN---NNN-NNNN--NNNNNN-NNNNNNN-N-NNNNNNNNNNNNNNNNNN--N-----NNNNN------GCG-TATTA------A----A-ATCA--------T-GC----------------CT-TGAAAA-C-AAA-GGA-CC-CAAG---CC-TGCATGTTTTAAAC-CAT-A--C---GA----AAAA--------AA---A---C-C-A-TGATGCATATAAA----ATC-ATTTA------GTG-----C-T--AAGAAA-TG-TTGCAAGAAATCAAAA---TTAT--GAA--ATTGAA--T--G-T--A-A---A--TT-T-TTT------C--C---AA--CCTC--A-AC-T-T-T---TAAA---G--C----T-ATTGA---C-TCC-AG-ACT-C-CA-CAGGTG--TT---CA--AGCAT-CTT-GTTGG--------CA--G-AATTC---TTAG-C-ATGG--T-ACCCCCC--------C---C-CTTC-TTT-ATG----A-C--G-T--TCATGAT------T-TTTAT---AT---AAT----CCTGTAGA--TGGCAT-CTTCT--AA-AA-ACG-GATT-GTAA-T--G--CCA-G-AT-TT-GT-GCA-C-TGC-ATTG-ACCCG-AA-AC----A-C--TCTGA-T--G-TT--CAGTAT----TTTAATTTA--AAA--------AT-C---------C-------A---C---C-------------GA----------A---------A-T-------------A-----------T---------------AT-A--TT---A------A-AAA-T--TAT-------AA-----G----------GGGGT--GTTGGGT-------------GT-TA-A-------CAG------AAGT---C-CTG--CCA---GCA-AG-CA---G-CT-GTGAA---TAAATCTT-GGTAAG---A-T--TTTCCTTT-TT--AC-A---A--ATAGAA-ATT-AT-A--AA-TA-A----TA-GAAA--A--A-T-AAT-GT-TTTT---AT---GAGC-T-TAA-T-TT-ACA-GAG-TAC-A-TGTACACTT
gi|40 : CA--------T-GC----------------CA-TGAAAA-C-AAA-GGA-CC-AAAA---CC-GATATGTTTTAAAC-CAT-A--C---GA----AAAG--------A
gi|41 : --A-T-AAT-GT-ATTT---ATAATGACC-T-TAA-T-TT-ACA-TAA-TAC-A-TGTACACT
gi|43 : GCA--A--GCA-----ATAA-TTCTC-C-AT-GTGA-A---AC--ACTACTggc
gi|44 : CA--A--GCG-----ATAA-TTCTCTC-GA-GTGA-A---AC--ACTACT
gi|45 : CA--A--GCG-----ATAA-TTCTC-C-GA-GTGA-A---AC--ACTACT
gi|46 : CA--A--GCG-----ATAA-TTCTC-CAGA-GTGA-A---AC--ACTAC
gi|47 : CA--A--GCA-----ATAA-TTCTC-C-GA-GTGA-A---AC--ACTACT
gi|48 : CA--A--GCG-----ATAA-TTCTC-C-GA-GTGA-A---AC--ACTAC
gi|49 : CA--A--GCG-----ATAA-TTCTC-C-GA-GTGA-A---AC--ACTAC
gi|5 : A---CC-CGCATATTTTAAACACAT-A--C----------AAA--------AA---A---A-G-G--AATG--TACAGA----ATC-CTTTATCATA-GTG-----T-T--AAGAAA-TG-TTGAAG-AAATCATA----TTATAAGAC--ATTGAA--T--GAT--CAA---A--TT-G-TTT------C--T---AA--C-TC--A-AT-T-T-A---TAAA---G--CCTGAT-ATT-----C-TCC-AG-ACT-C-CA---AGTG-CTT---CA--AGCAAGCTTAGTGGAGTCATAATCA--G-GATTT---CT-G-T-A--A--C-ACCCCCT--------C---C-CCTC-TTTAATGA---A-C--G-T--A-AT--T------T-TTTTTTTAAT---AAT-----C-GGTGA--TGACA--TTTCT--AA-AA-A---GGTT-TTAA-T--G--CGA-GAAT-TT-GT-G-----------TG-AAATG-AA-A----------TCTTG-T--GTTTT-CA-TAT----TTTA--TTA--AAA--------AT-A---------C-----------C---C-------------AA----------A---------A-TCC-----------AAAGGATC----T---------------AC-A--TT---A------C-AAG-T--TATTAAG---AA-----A----------GGGGG--G--GG---------------GT-TA---------CGG------AAGT---C-CTG--T------CA-AG-CA---C-TT----------------------AG---A-T--TCTT--TT-TT--AA-AAATA--AAAGAA-ATTGAT-A--AT-TC-A----TAGGAAG--A--A-TAAAT-GTGATCT---AT----ACCAT-TAA-T-TT-ACA-GGA-TAC-A-TGTAC
gi|50 : --A--GCG-----ATAA-TTCTC-C-GA-GTGA-A---AC--ACTACctcg
gi|51 : agCA--A--GCG-----ATAA-TTCTC-C-GA-GTG--A---AC--ACTACT
gi|52 : CA--A--GCG-----ATAA-TTCTC-C-GA-GTGA-A---AC--ACTAC
gi|53 : CA--A--GCG-----ATAA-T-CTC-C-GA-GTGA-A---AC--ACTACT
gi|54 : A--A--GCG-----ATAA-TTCTC-C-GA-GTGA-A---AC--ACTAC
gi|55 : CA--A--GCG------TAA-TTCTC-C-GA-GTGA-A---AC--ACTAC
gi|6 : TTTTCA-CT-T-TTA---CT--------TAGCCTAGGT---AAA--AAGCATTG--CCG-----ATAA-TTCTC-C-GA-GTGA-A---AC--ACTACTCAA--------T-TA--CCGAT-TT---T-CA-CATGG----TGA--AAA-TAGTAG-----T---CTA-CTA--------T----------T-----GTG--GCA-TA-ATNN---NNN-NNNN--NNNNNN-NNNNNNN-N-NNNNNNNNNNNNNNNNNN--N-----NNN--------GCG-TATTA------ATCT-ATATCA--------T-GC----------------C--TGCAAA-C-AAG-GAAACC-CAAA---CC-TGCATGTTTTAAAC-CAT-ATCC---CA----AAAG--------AG---A---A-C-A-TAATGAATATATA----ATC-CTTTAA-----GTG-----CCT--AAGAAA-TG-TTGAATGAAATCAAAA---TTAT--GAA--CATGAA--T--G-T--ACA---A--TT-T-TAT------C--C---AA--CCTC--A-AC-T-T-T---TAAA---G--C----C-ATTGA---C-TCCAAG-ACT-T-CA-CAGGTG-CTT---CAGTAGC---TTT-GTGGG--------CA--G-GATTT---TCGG-T-A--A--C-
gi|7 : ttcctaacaattttacgtttccgtagtaattttcgctgagatagaTTTTCA-CT-T-TTA---CT--------TAGCCTAGGT---AAA--AAGCATTG--CCG-----ATAA-TTCTC-C-GA-GTGA-A---AC--ACTACTCAA--------T-TA--CCGAT-TT---T-CA-CATGG----TGA--AAA-TAGTAG-----T---CTA-CTA--------T----------T-----GTG--GCA-TA-ATNN---NNN-NNNN--NNNNNN-NNNNNNN-N-NNNNNNNNNNNNNNNNNN--N-----NNN--------GCG-TATTA------ATCT-ATATCA--------T-GC----------------C--TGCAAA-C-AAG-GAAACC-CAAA---CC-TGCATGTTTTAAAC-CAT-ATCC---CA----AAAG--------AG---A---A-C-A-TAATGAATATATA----ATC-CTTTAA-----GTG-----CCT--AAGAAA-TG-TTGAATGAAATCAAAA---TTAT--GAA--CATGAA--T--G-T--ACA---A--TT-T-TAT------C--C---AA--CCTC--A-AC-T-T-T---TAAA---G--C----C-ATTGA---C-TCCAAG-ACT-T-CA-CAGGTG-CTT---CAGTAGC---TTT-GTGGG--------CA--G-GATTT---TCGG-T-A--A--C-c
gi|8 : ttcctaacaattttacgtttccgtagtaattttcgctgagatagaTTTTCA-CT-G-T-A---CT--------T---TA-GGCTGGAAA--AATCA--ATGGCG-----ATA--TTCTC-C-GA-GTGGTA---GT--ACTACTCAA--------T-TT--CCGAT-TT---TTCA-CCTGGGGAGTAA--AGA-GAGTGG-----T---C-A-TTA--T-----TAACGTATTGCT-----GTG--GCGATA-TTTA---AAA-ACGA--ACCCTT-TGCTTCA-G-AC-CAAAAAGATAATGTT--A-----AAAAAAATT--GCG-TATTA------ACTCAA-AGCA--------T-GA----------------C---------C-AAA-GGA-CC-GAAA---GCATGCATGTTTAAAAC-CAT-A--C---GA----AAAA--------AA---A---A-G-A-TGATC-------------TC-CTTTAG-----GTG-----C-T--TAAGAA-TG-TTGAATAATATCAAAA---TTAT--GACT-ATTGAA--CTGG-TAAACA---A---G-T-TTT------CGGC---AA--CATC--A-AC-T-G-T---TAAA---G--CT---T-ACTG----------AG-ACT-C-Cc
gi|9 : catctcctaacaaggctacgtgtccgtagttgaatttttcttgaagattatctgatagat-A--C---AA----AAAA--------GAGAGA---A-G-A-TAATGAATATCAT----ATC-CTTTAA-----GTG-----C-T--A--GAA-TG-TTGAAG--AATCAAAAATTTCAT--G-------GAT--T--A-T--ACATTTA--TT-G-TTT------T--A---AC--CCTC--A-AC-T-T-T---TAAAAGCG--C----T-ATTGA---CTTCC-AG-ACTCC-CA-CAGGTGCCTT---CA--AGCAAGCTT-G-GGG--------CA--G-G-TTT---CTTG-T-------T-ACCCCCC--------C---C-CTCT-TTT-ATG------C--G-T--T--T--T------T-----T---AT---AAT-----C-GGTGA--TGACA--TTTCTAAAA-AA-ATT-GTTT-TGAA-T--GCCCGA-G-A--TT-GT-GAA-A-TGC-ACT----CTG-A-----------------A-T--G-TTG-CA-TA-----TCTA-TTAA--GAA--------AT-A---------A-------A---C---CCGTAACAAA----GG----------A---------A-T-------------A-----------T---------------GC-A--TT----------C-AAA-T--GAT-------AA-----------------AGGG--G--GGGT-------------GT-TACC-------CGG------AAGT---C-CTG--T-C---AC--AG-CA---C-CT-GTGAA---TAAATCTT-GGC--G---TCT--TTTTCATT-TTTAAT-A---A--Acaatccctcacgaa
blockSeqs : . . G T AAT TAGCCTAGGT TA TTG CATTA A T A T T . TG CTTCATAC . TG G CTG T A GGAGTAA A CTGCCTCATTAATCTTGTGTAGAGATATATTAGAAAACACGACAAGTTTACTCTCGAACACTCCGAAAGAGAATAGTGTATAAAAAAA A GTAACAA T C C GTAATATTGACCAATTCG . T C T . A A A A TC . AAAG TATAAATA GAG GAG CC G A AAAGCAT A ATCATA TTTTA C G . T A ATT AA GACCAT . TG A AA C TTT . G . GTATCTCG TA AA . T A A GTT AGC GC CTGA C AC T . C T A CC . GT AGC A GTCATAAT A A TAGC . A AAC C . ATG G T G AACGTTCACTTTTTTATAACTCTCCCGGT CA T TCTAA T T A C . A AT CC A T A T C C AT T A C TTAATGTTAAA TAA T AA C ATAG A T AT TTCACCTG . CAATCCCGCGAAATACCAATAGAATTAAT T . AGATATT G C AC TAAG GATTAAAGAAA TT TT TTGGGGTTGGGGTGGTTACCAGC AAG T GT CG G A GAG A T AGT C TA GTCTT C A TA AAAAT TT GA G A AATTAATT G CC AC T A C G ATA AAT C T C T A A GTGA A T
blockSeqs : . . G T AAT TAGCCTAGGT . TTG CATTA A . . T . . TG CTTCATAC . TG . CTG . A GGATG T CTGCCTCATTAATCTTGTGTAGAGATATATTAGAAAACACGACAAGTTTACTCTCGAACACTCCGAAAGAGAATAGTGTATAAAAAAA A ACTCA T . C GTAATATTGACCAATTCG . . C A . A . A A TC . GGG . . . G . A TAAA . GC . C T . . A . . ACTAT . . . . C . . . . TTCAA . . . . . . . . . C . CT A . . . . C . GT AAG . . . . C . . TGG . . . . . A ACGTTCATGATTTTTATATAATCCTGTA . T CTC . . . G . . . . . A . . . T AA . . C GTATACATC T . G T A . T . . . CACCCGAAATACCCACAGAATTAGATA . . CAGA . T . . GAAGGGGT . . TGTTACGTAAGTCCTGTCCACA C . . . . . . . . A . CA GTCTT C . . TAA . A . A GAATAA . CC AC T . . . . . G T . T . . GGAA . .
blockSeqs : . . . T . TTAGGCTGG . ATG G . . . . . . . . . . . . . A GGATG T TCATTATTAACGTATTGCTGTGGCGATATTTAAAAACGAACCCTTTGCTTCAGACCAAAAAGATAATGTTAAAAAAAATT . ATCT . . . CA . . . A . A . . C . . . . . . G . A TATA . AT . . . . . A . . ACAG . . . . C . . . . CGGC . . . . . . . . . C . C A . . . . T . . AAG . . . . C . . A . . . . . . AACGTAATTTTTTTTTTAATAATCGGT . T TCT . . . T . . . . . . . . . C CA . . C AAGATACAC T . A G . . A . . . CACCTAAAATACCCAAGAAATTAA . . CCAC . . . . GTAAAAG . . TGTTACGTAAGTCCTGTCCACA . . . . . . . . . . . TC AAGT C . . TAA . G . . AATACA . . . A . . . . . A A . . . . GGAG . .
blockSeqs : . . . A . GTGGTTCG . AT . . . . . . . . . . . . . . . GGA T TATATATAGCTTATTCTGTGGCTATAAAATAACCCATTTCTCCAGACTCAATAGTTGTTTTTTGAAAAAAAATT . ATCT . . . TA . . . . . A . . . . . . . . . A . A CTAA . AA . . . . . A . . AAAG . . . . C . . . . TTC . . . . . . . . . C . C . . . . . T . . GT . . . . C . . A . . . . . . AACGTATCATTTTTTTTATAATCGT . T TTT . . . T . . . . . . . . . A A . . C GCATAAAC T . A . . . T . . . CACCCCCGAAATACCGCGAAATTT . . CA . . . . AGGGGG . . TGGGGGAGGAGTAGTTACCGG . . . . . . . . . . . CA ATGC C . . TA . A . . AATAA . . . . . . . . . G . . . . . GCA . .
blockSeqs : . . . T . GTGGTTCG . T . . . . . . . . . . . . . . . NNN N TCACTAACCTATGTGCATATAAAACGACCCCATGTTCTCAGACCAGAAAATATGTTGAAAAAAATAAT . TA . . . CA . . . . . G . . . . . . . . . G . C TAAA . AA . . . . . G . . AAAT . . . . A . . . . CC . . . . . . . . . T . C . . . . . C . . GT . . . . T . . A . . . . . . AACGTTCACTTTTTATAATCGGT . T TCT . . . A . . . . . . . . . C A . . A GAATGTAC T . G . . . T . . . CACCTGAAATACCAAAGGAATAT . . C . . . . AGGGGG . . GGCATACCGA . . . . . . . . . . . TA TCT C . . TA . A . . AATAA . . . . . . . . . G . . . . . GAG . .
blockSeqs : . . . T . TAGGTG . T . . . . . . . . . . . . . . . TGA T NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . A . . . CA . . . . . G . . . . . . . . . C . C CAGA . AG . . . . . G . . ACAT . . . . C . . . . CC . . . . . . . . . . . G . . . . . T . . AT . . . . C . . A . . . . . . AACTTCATTTTTTATAACCGT . T TCT . . . A . . . . . . . . . C T . . C CAATATAA G . T . . . A . . . CCTTAAATACCAAAGGCAATACT . . A . . . . GAAT . . TGTTACCCGG . . . . . . . . . . . TA TC C . . TA . A . . AATAA . . . . . . . . . A . . . . . TAA . .
blockSeqs : . . . T . TAAGTA . T . . . . . . . . . . . . . . . TGA T TCATAACCTATTGTGTCATATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . A . . . CT . . . . . A . . . . . . . . . G . A TATA . AA . . . . . G . . AACA . . . . C . . . . CC . . . . . . . . . . . C . . . . . C . . A . . . . C . . C . . . . . . ACGTATTTATTTATTCCGT . T TCT . . . A . . . . . . . . . T A . . C AAATACAC T . G . . . T . . . AACCCGAAACACCAAAGGAATAT . . C . . . . GAAA . . GGTATACCG . . . . . . . . . . . TA TC C . . CA . A . . ATTCA . . . . . . . . . G . . . . . GGA . .
blockSeqs : . . . T . TCGGTG . A . . . . . . . . . . . . . . . GT G TCTACTATTGTGGCATAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . A . . . CT . . . . . A . . . . . . . . . C . A TATA . T . . . . . A . . AACA . . . . C . . . . CC . . . . . . . . . . . C . . . . . C . . G . . . . T . . A . . . . . . ACGATAATTTTTTTTATT . T CT . . . T . . . . . . . . . C A . . T GAATACCA T . A . . . T . . . CACCCGAAATAGCCAAGAATAT . . C . . . . GAGG . . TGTTACCGG . . . . . . . . . . . TA TT C . . TA . A . . AAAA . . . . . . . . . G . . . . . GG . .
blockSeqs : . . . . . TGGGC . A . . . . . . . . . . . . . . . T . TCTACTATTGTGGCATAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . A . . . CA . . . . . A . . . . . . . . . C . A TCAT . A . . . . . . . . . . . . . C . . . . CT . . . . . . . . . . . C . . . . . C . . A . . . . C . . A . . . . . . TTCTAAATGTGAACGTT . T CT . . . A . . . . . . . . . T A . . A GATAAAC T . A . . . A . . . CACCGAAATACCAAAGGAACAT . . C . . . . TA . . CGTTACCGG . . . . . . . . . . . A TC C . . CA . . . . AATG . . . . . . . . . C . . . . . GA . .
blockSeqs : . . . . . TCGG . T . . . . . . . . . A . . . C . . . . . A . . . . . . . . . G . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . CC . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . A . . . . T . . A . . . . . . CGTTTTTTATAATCGGT . T TT . . . G . . . . . . . . . T A . . C GAAACAC G . G . . . T . . . CACCGGAATATCAAGGAATAT . . A . . . . G . . TGTTAACAG . . . . . . . . . . . C AT . . . TA . . . . TCA . . . . . . . . . C . .
blockSeqs : . T . . . . . . . . A . . . C . . . . . A . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . CC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . A . . . . . . TTTTTTATGTTC . T TT . . . T . . . . . . . . . C T . . C ATATAC G . C . . . T . . . TACCAAAGGAATATACATGT . . A . . . . G . . ATTTCCGG . . . . . . . . . . . . AT . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . A . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . TT . . . . . . . . . . . . . C A . . C GAATTA T . G . . . T . . . AACCCGTAACAAAGGAATAT . . A . . . . G . . GTTACGG . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . T A . . A AAAAAC T . G . . . A . . . CCCAAAATCCAAAGGATCT . . C . . . . G . . TACCGG . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . C T . . C GAATAC G . T . . . . . . . CCACCCAAATATAAAG . . C . . . . G . . TACCGG . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . T C . . . GAATA T . G . . . . . . . CACCTTGAAATT . . C . . . . A . . TACG . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C A . . . GAAA T . . . . . . . . . CACCCGAAATAC . . A . . . . G . . TCG . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . GA T . . . . . . . . . CACCGAAATAT . . A . . . . A . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . CCAAAGATAT . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqCons : TNGGTG*************** *** ******** T* ******** CA***************** A*** *** G** TANA**** AN***** ** AAAN** ** ** CC*********** C**** *** A** ** ******** T* ** GAATAC********** T*** ** ******* TGTTACCGG**************************** ** *** *** TT****** A* AATAA********
originalCons : TTTTCA-CT-T-TTA---CT--------T---C--GGT--GAAA--AAGCA--A--GCG-----ATAA-TTCTC-C-GA-GTGA-A---AC--ACTACTCAA--------T-TA--CCGAT-TT---T-CA-CCTGG----TGA--AAA-TAGTAG-----T---C-A-TNA--C-----T----------T-----GTG--GCG-TA-ATTA---AAN-ACGA--ACCCNN-TTCTCCA-G-ACTCNAAAAGAGNATNNT--G-----AAAAA------GCG-TATTA------A----A-ATCA--------T-GC----------------CG-TGAAAA-C-AAA-GGA-CC-CAAA---CC-TGCATGTTTTAAAC-CAT-A--C---GA----AAAA--------AA---A---A-G-A-TAATGAATATAAA----ATC-CTTTAN-----GTG-----C-T--AAGAAA-TG-TTGAAGGAAATCAAAA---TTAT--GAA--ANTGAA--T--G-T--ACA---A--TT-T-TTT------C--C---AA--CCTC--A-AC-T-T-T---TAAA---G--C----T-ATTGA---C-TCC-AG-ACT-C-CA-CAGGTG-CTT---CA--AGCA--CTT-GTGGG--------CA--G-GATTT---CTGG-T-A--A--C-ACCCCCC--------C---C-CTTC-TTT-ATG----A-C--G-T--T-AT--T------T-TTTAT---AT---AAT----CC-GTTGA--TGACAT-TTTCT--AA-AA-ACG-GNTT-TTAA-T--G--CGA-G-AT-TT-GT-GCA-A-TGC-ATTG-AACTG-AA-AT----A-C--TCTGA-T--G-TTG-CA-TAT----TTTA-TTTA--AAA--------AT-A---------C-------A---C---C-------------GA----------A---------A-T-------------A-----------T---------------AC-A--TT---A------A-AAA-T--TAT-------AA-----G----------GGGGG--G--GGGT-------------GT-TA-C-------CGG------AAGT---C-CTG--TCC---ACA-AG-CA---C-CT-GTGAA---TAAATCTT-GGTAAG---T-T--TTTTCATT-TT--AT-A---A--AAAGAA-ATT-AT-A--AA-TA-A----TA-GAAA--A--A-T-AAT-GT-ATTT---AT---GAGC-T-TAA-T-TT-ACA-GAG-TAC-A-TGTACACTT
finalCons : TTTTCA-CT-T-TTA---CTTNGGTG---------------AAA--AAGCA--A--GCG-----ATAA-TTCTC-C-GA-GTGA-A---AC--ACTACTCAA--------T-TA--CCGAT-TT---T-CA-CCTGG----TGA--AAAT-AGTAG-----T---C-A-TNA--C-----T----------T-----GTG--GCG-TA-ATTA---AAN-ACGA--ACCCNN-TTCTCCA-G-ACTCNAAAAGAGNATNNT--G-----AAAAA------GCG-TATTA------A----A-ATCA--------T-GCCA-----------------TGAAAA-C-AAA-GGA-CC-CAAA---CC-TGCATGTTTTAAAC-CAT-A--C---GA----AAAA--------AA---A---AG--A-TAATGAATATANA----ATC-CTTTAN-----GTG-----C-T--AAGAAA-TG-TTGAAGGAAATCAAAA---TTAT--GAAAN--TGAA--T--G-T--ACA---A--TT-T-TTTCC-----------AA--CCTC--A-AC-T-T-T---TAAA---G--C----T-ATTGAC----TCC-AG-ACT-C-CA-CAGGTG-CTT---CA--AGCA--CTT-GTGGG--------CA--G-GATTT---CTGG-T-A--A--C-ACCCCCC--------C---C-CTTC-TTT-ATG----A-C--G-T--T-AT--T------T-TTTAT---AT---AAT----CC-GTTGA--TGACAT-TTTCT--AA-AA-ACG-GNTT-TTAA-T--G--CGA-G-AT-TT-GT-GCA-A-TGC-ATTG-AACTGAATAC----------TCTGAT---G-TTG-CA-TAT----TTTA-TTTA--AAA--------AT-A---------C-------A---C---C-------------GA----------A---------A-T-------------A-----------T---------------AC-A--TT---A------A-AAA-T--TAT-------AA-----G----------GGGGG--G--GGGTGTTACCGG----------------------------AAGT---C-CTG--TCC---ACA-AG-CA---C-CT-GTGAA---TAAATCTT-GGTAAGTT------TTTTCATT-TT--AT-A---A--AAAGAAA-TT-AT-AAATAA--------TA-GAAA--A--A-T-AAT-GT-ATTT---AT---GAGC-T-TAA-T-TT-ACA-GAG-TAC-A-TGTACACTT
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|30 ): ATTCACAGTATTGTAGTTATCACATTCCAATACAATTTTACATATTCCATAGTATTTCTTGAGATACGATTTTTCACTTTTACTATTAAGCCCTCAGGTAAAAAAAGCATGCAAGAATCTCTC
Unaligned ( gi|37 ): AATTTTTTTTTCAAAACAGCCACACTTTGTTTGAAGATATTGATTCAGTAATGGTGGTTCAGGCAGCTGGCTT
Unaligned ( gi|38 ): ATCTGCATCACGAGTTTGCCTGATTACCCAGTATGTCCTATGTATCTCTTTCATGTCGATAGAA
Unaligned ( gi|39 ): TTTAAAACACTCTGCATCAGTGAGTTGTCCGTAATGTACATGATCTTCTTTGTCAGATCAGAAA
Unaligned ( gi|42 ): ACATTGTACCATTAATGTATCTTTTGTTTAGACAGAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 3333333333333333333333 33333333 11 111 1 111111111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111111111 11111111 4444444444444444 1111 2222222 11 111111 1111111111111 1111 1111111 222 11111111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111 1 22222222222222222 1 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1111111111 1111111 3333333333333333 3333333333333333333333333333333333333 22222222 1111111111111 1 11111
lowQualScore : 3 3 7 2 222 2222222222222222222222 44 77777 99999 3 1 1 3 1 222 44 33333333 4 11 4 444 4 2 888888888 55 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 7 5555555555 6 44444444 6 0000000000000000 77 3 3 6 9 44 4444 5 5 8 77 444 0000 99999999 555 555 6 88888 1 44 77777 3 4444444 88888 6 11 3 3 88 666 55 777777 44 44 3 44 3 555 33 2 2 8888888888888 33 33 2 2 2 555 2 555 66 4444 2 0000000 8 2 2 2 2 88 555 77 777 2 99999999 2 33 2 5555 2 2 77777 2 3 11111111 555 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 33 0 66 55555 2 2 2 2 2 2 55 33 2 4 2 2 2 1 2 4 2 2 44 33333333333333333 3333 2 77 8 88888 44 0 22 66666666 1 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 2 22 9999999999 1 3 22 0000000 9999999999999999 22 22 7777777777777777777777777777777777777 666 2 55 666 2 2 777 2 2 777 0 2 33 11111111 1 3 44 777777 44 77 3 6 3333333333333 3 99 88 9 3 3 3 555 555 2 0 3 8 8 4 00000 4 4
lowQualScore : . . . . ... ...................... .. ..... ..... . . . . . ... .. ........ . .. . ... . . ......... .. ............................................................................................................................ . .......... . ........ . ................ .. . . . . .. .... . . . .. ... .... ........ ... ... . ..... . .. ..... . ....... ..... . .. . . .. ... .. ...... .. .. . .. . ... .. . . ............. .. .. . . . ... . ... .. .... . ....... . . . . . .. ... .. ... . ........ . .. . .... . . ..... . . ........ ... ............................................................. .. . .. ..... . . . . . . .. .. . . . . . . . . . . .. ................. .... . .. . ..... .. . .. ........ . ........................................................................................................ . .. .......... . . .. ....... ................ .. .. ..................................... ... . .. ... . . ... . . ... . . .. ........ . . .. ...... .. .. . . ............. . .. .. . . . . ... ... . . . . . . ..... . .
lowQualScore : 6 6 3 3 777 7777777777777777777777 22 55555 22222 1 5 5 1 6 888 44 00000000 0 00 0 000 0 0 333333333 99 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3 6666666666 7 22222222 2 8888888888888888 99 1 1 2 2 66 8888 3 7 0 33 777 3333 77777777 000 000 7 33333 1 66 55555 3 5555555 33333 7 22 3 3 88 444 00 888888 22 22 1 22 5 444 99 9 9 6666666666666 99 99 9 9 9 000 9 000 88 6666 9 5555555 6 9 9 7 7 88 000 99 222 7 77777777 7 77 7 6666 7 7 44444 7 1 22222222 444 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 77 1 33 55555 4 4 4 5 2 2 33 11 2 2 1 1 1 2 1 2 1 1 88 88888888888888888 0000 0 22 0 33333 00 9 88 99999999 9 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 99 3333333333 9 8 66 2222222 7777777777777777 99 99 4444444444444444444444444444444444444 111 2 33 999 4 7 999 9 9 999 9 9 44 22222222 5 1 22 222222 22 88 3 2 6666666666666 3 22 55 2 1 1 1 444 444 0 9 6 0 0 0 88888 0 0
consensus : TTTTCA-CT-T-TTA---CT--------TN-G-----GT--GAAA--AAGCA--A--GCG-----ATAA-TTCTC-C-GA-GTGA-A---AC--ACTACTCAA--------T-TA--CCGAT-TT---T-CA-CCTGG----TGA--AAA-TAGTAG-----T---C-A-TNA--C-----T----------T-----GTG--GCG-TA-ATTA---AAN-ACGA--ACCCNN-TTCTCCA-G-ACTCNAAAAGAGNATNNT--G-----AAAAA------GCG-TATTA------A---A-ATCA--------T-GC----------------C-ATGAAAA-C-AAA-GGA-CC-CAAA---CC-TGCATGTTTTAAAC-CAT-A--C---GA----AAAA--------AA---A---AG-A-----TAATGAA--TATANAATCC-TTTAN-----GTG-----C-T--AAGAAA-TGTT-GAAGGAAATCAAAA---TTAT--GAA--ANTGAA--T--G-T--ACA---A--TT-T-TTT------C--C---AA--CCTC--A-ACT-T-T---T-AAA---G--C----T-ATTG-A---C-TCC-AG-ACT-C-C-ACAGGTG-CTT---CA--AGCA--CTT-GTGGG--------C-A--G-GATTT---CTGG-T-A--A--C-AC-CCCCC--------C---CCTTCTTT-ATG----A-C--G--TT-AT--T------T-TTTAT---AT---AA----T---CC-GTTGA--TGACAT-TTTCT--AA-AA-ACG-GNTT-TTAA-T--G--CG-AG-AT-TT-GT-GCA-A-TGC-ATTG-AAC-TGA---A-T----A---C--TCTGA-T--G-TT-GCA-TAT----TTTA-TTTA--AAA--------AT-A---------C-------A---C---C-------------GA----------A---------A-T-------------A----------T---------------AC-A--TT---A------A-AAA-T--TAT-------AA-----G----------GGGGG--G--GGGT-------------GT-TA-C-------CGG------AAGT---C-CTG--TCC---ACA-AG-CA---C-CT-GTGAA---TAAATCTT-GGTAAG---T-T--TTTTCATT-TT--AT-A---A--AAAGAA-ATT-AT-A--AA-TA-A----TA-GAAA--A--A-T-AAT-GT-ATTT---AT---GAGC-T-TAA-T-TT-ACA-GAG-TAC-A-TGTACACTT
Reference ( family-1299 ) : TTTTCA-CT-T-TTA---CT--------TN-G-----GT--GAAA--AAGCA--A--GCG-----ATAA-TTCTC-C-GA-GTGA-A---AC--ACTACTCAA--------T-TA--CCGAT-TT---T-CA-CCTGG----TGA--AAA-TAGTAG-----T---C-A-TNA--C-----T----------T-----GTG--GCG-TA-ATTA---AAN-ACGA--ACCCNN-TTCTCCA-G-ACTCNAAAAGAGNATNNT--G-----AAAAA------GCG-TATTA------A---A-ATCA--------T-GC----------------C-ATGAAAA-C-AAA-GGA-CC-CAAA---CC-TGCATGTTTTAAAC-CAT-A--C---GA----AAAA--------AA---A---AG-A-----TAATGAA--TATANAATCC-TTTAN-----GTG-----C-T--AAGAAA-TGTT-GAAGGAAATCAAAA---TTAT--GAA--ANTGAA--T--G-T--ACA---A--TT-T-TTT------C--C---AA--CCTC--A-ACT-T-T---T-AAA---G--C----T-ATTG-A---C-TCC-AG-ACT-C-C-ACAGGTG-CTT---CA--AGCA--CTT-GTGGG--------C-A--G-GATTT---CTGG-T-A--A--C-AC-CCCCC--------C---CCTTCTTT-ATG----A-C--G--TT-AT--T------T-TTTAT---AT---AA----T---CC-GTTGA--TGACAT-TTTCT--AA-AA-ACG-GNTT-TTAA-T--G--CG-AG-AT-TT-GT-GCA-A-TGC-ATTG-AAC-TGA---A-T----A---C--TCTGA-T--G-TT-GCA-TAT----TTTA-TTTA--AAA--------AT-A---------C-------A---C---C-------------GA----------A---------A-T-------------A----------T---------------AC-A--TT---A------A-AAA-T--TAT-------AA-----G----------GGGGG--G--GGGT-------------GT-TA-C-------CGG------AAGT---C-CTG--TCC---ACA-AG-CA---C-CT-GTGAA---TAAATCTT-GGTAAG---T-T--TTTTCATT-TT--AT-A---A--AAAGAA-ATT-AT-A--AA-TA-A----TA-GAAA--A--A-T-AAT-GT-ATTT---AT---GAGC-T-TAA-T-TT-ACA-GAG-TAC-A-TGTACACTT
gi|1 : TTTTCAGCTAT-TTA---CTGTAGCGTATA-G-----GT---AAG--AAGCA--G--GCG-----ATAA-TTCTC-C-GA-GTGA-AGCGAC--ATGTCTCAAG-------TGTA--CCGAT-TT---T-CA-CATGG----TGA--AAAATAGTAG-----T---C-A-TAA--CCTAGAT----------T-----GTA--GCA-TA---TA---AAGGACGA--ACCTAA-TTCTTCAAG-ACGCAACAAGGTTGTCGTATG-----AAAAAT-----GAG-TATTA------A---A-ATCACGAATTCAT-GC----------------CGATGAAAAGC-AAA-GGA-CCGCAGAGAGCCGCGCATGTTTTAAAC--AT-A--CCCGGA----AAAA--------GA---G---AGGA-----TTACGAA--TA------CC-TTTAGATAATGTG-----T-TTAAGGAAAGTGTT-GAACGAAGATAAAA---TTAT--GGAC-ATTGAAATT--G-T--ACA---GAGTT-TGTTT------CGGC---AA--C-TC--AGATT-T-T---T-AAG---C--C----T-ATTG-AAAGT-TCC-AGGACT-C-C-ACAGGTG-CCTGTCCA--AGCAAGCTT-GTGGG--------C-AATG-GATTT---GTGGGT-A--A--C-AC-CGCCCGCCGCCATC---CCCTCTTT-AAGTCGAA-CCGG--AT-AT--TGTGTTGT-TTTG----AT---AA----TAGGCT-GGTGA--TGACATCTTTAG--AA-AG-ACG-GTTTGTTAA-TT-G--CA-GA-AT-TT-GT-GTA-A-TGC-ATTG-AGC-TTA---AGT----G---T--ATTGAAT--G-TG-GTAATAT----TTTA-TT-A--AAG--------ATGA---------C-------A---C---CGTTAAATACAAAGGA----------G---------A-T-------------A----------TGAAGTCGATATGTGTAC-AGTTC---A------G-AGA-T--TATTTAGAGAAA-----G----------GGGGG--G--GGG------------------A-C-------GGT------AGGT---G-CTGG-TCCCTCAAA-GG-CAG--C-CT-G---A---TGATTCT--GGTG--------------CATT-TT--AT-A---A--GAGGAA--TT-AT-AGGAG-TA-AAGTGTA-GAAA--A--A-T-AAT-G---TTT---GT---GACA-T-TAA-TGTT-ACG-GAT-AAC-A-TG
gi|10 : aacaatttttagcgggtttcgtaggtagattgtattgtctgaggatacatgtTTTGAAAC-C-T-A--C---GGGGG-AAAA--------AA---A---TG-AGTAATTAGTGAAAGCATATA---C-TTT-T-----GTG-----C-TG-AAGAAA-TATT-GAAGAAAATAAAAA---TTAT--GAC--AGTAAA--T--G-C--ACG---A--TTGT-TTT------C--C----A--CCTCAAA-ACT-T-T---T-AAA---G--C----TCATTG-A---C-CCCTTG-ACT-T-C-ACGGGTG-----------------CTT-GTGGC--------C-A--G-GA-CT---CCGG-TAA--A--C-AC-CCCCC--------C---CCCCCTTT-CCG--------------------------T-TCTAA---ATGTGAA---------C-GTT----T--CAT-TTT--------G-AT--GCTT-T--A-T--G---G-AG-AT-TT-GT-GCA-ATTGC-ATTGAAAC-TGA---A-T----A---------GA-T-----------TCT----TTTA--TTA--AAA--------AT-A---------C-------AC--C---C-------------GAAATAGCCAAGA---------A-T-------------A----------T---------------AC-A--TTCAGA------A-AAA-A--TAT-------AAT----A----------GGGGGTTG--GGGTTGGGGTTGGGGTGGT-TA-C-------CAGC-----AAGT---C-CTG--TCA---ACA-Agtagccaagctggctttaaacatgtgcgagtcgtgagttggtgtcctgtactgtaacatgtatgctcttcgtggtcagaacagaa
gi|11 : --TT-T-TTT------C--C---AATACATC--A-ACT-T-TGTTT-AAA---G--C----T-ATTG-A---C-TTC-AG-ACT-CTC-AC-GTTG-CTT---CA--AGCAGCCTT-GTGGG--------C-A--G-GATTT---CTGA-----------------------------------------------A-C--G--T--AT--T------TATTTAT--------------T---CC-GT-GA--TAATAT-TT-CT--AA-AA-ACG-GGTT---AA-T--G--CG-A--AT-TT-GT-GTA-AATGC-ATTG-AAC-TAT---A-T----A---C--TCTGA----G-TT-GCA-TAA----TTTT-TTTA--AAA--------AT-A---------C-------A---C---C-------------GG----------A---------A-T-------------A----------TCAAGGAATAT-----AC-A--TT---C------A-AAACT--TAT-------AA-----GAAT-------GGGGG--A--GGGG-------------GCATA-C-------CGA------AAGT---C-CTG--TC----ACA-AG--A---C-CT-GT-AA---TAAATCT--GGTAAG---T-C--TTTTCATT-TT--AT-A---A--AAAATA-ATT-AT-A--AATTA-ATT--TA-GAAA--A--ATT-AAT--T-ATTT---AT---TACC-TCTAA-T-TTAACA-G-G-TA--G-T-TACACTtc
gi|12 : tTTTTCG-CT-T-TTA---CT--------TG-G-----GC---AAA--AAGCA--T--GCG-----ATAA-TTCTC-C-GT-GTGA-A---AC--ACTACTCAA--------T-CA--CCAAT-TT---A-CA-CCTGG----GGA--TAA-AAGTAG-----T---C-A-TAA--C-----C----------T-----ATT--GTG-TC-AT-----ATN-NNNN--NNNNNN-NNNNNNN-N-NNNNNNNNNNNNNNNNNN--N-----NNNNN------GCG-TACTAGTAACAA---A-ATCA--------T-GC----------------C-ATGAAAA-C-AAA-GGA-CC-CAAA---CC-TGCATGTTTTAAAC-CAT-A--C---GAAAAGAAAA--------GA---A---AG-A-----TAATGAA--TATAAAATCC-TTTA------GTG-----C-T--AAGAAC-TGTT-GAAGAAATTCAggct
gi|13 : atttcctacaactttacgtttctgtagtgattttcttgagatagatTTTTCA-CT-TGTTAAATCT--------GT-G-----GTTCGAAA--AAGCA--T--GCGCATTAATAT-TTCTT---GATGTGG-A---CCTGACT-CTCAACTTCATACT-TATGCCGAT-CTCTGT-CAACCTGG----GGATGAAA-TGTTAGCTGCCT---C-A-TTAATC-----T----------T-----GTGTAGAGATATATTAGAAAAC-ACGACAAGTTTA-CTCTCGA-ACACTCCGAAAGAGAATAGT--GTATAAAAAAA------ACGACAATA------A---A-GTTA--------TCGCGTAATATTGACCAATTC-GTGAAAA-C-AAACGGA-CC--AAA---CC-TGCATGTTTAAAAC-CATAA--C---GG----AAAC--------AG---A---Atctaatttgatgaccacataactc
gi|14 : catctctacaagcttttacgttccgtagtagtgtctcttgagatagatTTTTCA-CT-TGTTAAATCT--------GT-G-----GTTCGAAA--AAGCA--T--GCGCATTAATAT-TTCTT---GATGTGG-A---CCTGACT-CTCAACTTCATACT-TATGCCGAT-CTCTGT-CAACCTGG----GGATGAAA-TGTTAGCTGCCT---C-A-TTAATC-----T----------T-----GTGTAGAGATATATTAGAAAAC-ACGACAAGTTTA-CTCTCGA-ACACTCCGAAAGAGAATAGT--GTATAAAAAAA------ACGACAATA------A---A-GTTA--------TCGCGTAATATTGACCAATTC-GTGAAAA-C-AAACGGA-CC--AAA---CC-TGCATGTTTAAAAC-CATAA--C---GG----AAAC--------AG---A---A
gi|15 : catctctacaagcttttacgttccgtagtagtgtctcttgagatagat--T--G-T--ACA---A--TT-T-TTT------T--TCAAAA--CCTC--A-ACT-T-T---T-AAA---GC-C----T-ATTGAA---C-TCC-AG-ACT-C-CAACAGGTG-TTT---CA--AGCGT-CTT-GTGGG--------CAA--G-GATTT---CTGG-T-A--AACC-ACACCCCT--------C---GCTTCTTTGATGA---A-C--G--TTCAC--T------T-TTT-T---AT---AACTCTC---CC-GGTGG--TGACAT-TTCTC--AATAA-ACG-G-TT-TTGA-T--G--CGAAG-AT-TG-CTCGC--A-TGC-ATTG-AAC-TGAT--A-A----A---C--TCTGA-T--T-TT-ACACTCT----TTTA-TTAA--CAA--------AT-A---------C-------A---C---CTT-----------GA----------A---------A-T------------------------T---------------AC-A-------A------AGGAA-T--AAT-------AA-----
gi|16 : aat-GTGGG--------C-A--G-GATTC---TT---T-A--A--C-TC-CCCCC--------C---CCTTC-TT-ATGA---A-C--GTATC-AT--T------T-TTTTT---AT---AA----T----C-G-TGA--TAA-A---TTCT--AA-CA-ATC-GTTT-TTAA-A--G--CG-AGTAT-TT-GT-GAA-A--GC-A----------------------------CCTGA-T--G-TTAACA-TA------TTA--TTA--AAC--------AT-A---------C-------A---C---C-------------GA----------A---------A-TACCAAAGGAAC--A----------T---------------AC-A--TT---C------A-AAA-TACTAT-------AA-----GAAA-------GGAGG--G--GGGT-------------------C---------G------AAGT---C-CTG--TCC---ACA-AGACA---C-CT-GTGAA---TTAA--CT-GGCAAGAA-G-T--CTCTCATG-TT--A-----------------------------------------AAA--A--A-T-AAT-GT-ATTTATAAT---GAGC-C-TAATT-TT-AC--GA---AC-A-TGT-CACTtttcaaaacttatacagcaagggtggttgggg
gi|17 : AA--T--G-T--ACA---A--TT-T-TTT------TT-C---AA--CCTC--A-ACT-T-T---T-AAA---G--CC---T-ATTG-A---C-TCC-AG-ACT-C-C-ACAGGTG-TTT---CA--AGCGT-CTT-GTGGG--------C-A--G-GATTT---CTGG-T-A--A--C-AC-CACCC--------C---CCTTCTTT-ATGA---A-C--G--TTCAC--T------T-TT--T---AT---AA----T----C-GGTGG--TGACA--TTTCT--AA-AA-ACG-G-TT-TTGA-T--G--CG-AG-AT-TT-GT-GCA-A-TGC-ATTG-AAC-TGC---A-TAA--A---C--TCTGA-T--T-TT-ACA-TAT----TTTA--TTA--AAA--------AT-A---------C-------A---C---CTGAAATACCAAA-GG----------A---------A-T-------------A----------T---------------AT-A--TT---C------A-AAA-T--TAT-------AA-----G----------AAGGG--T--GGGT-------------
gi|18 : A--TGACAT-TTTT----A-AA-ACG-GTTT-TTAA-T-----CG-AG-AT-TTTGT-GCA-T-TGC-ATTG-AAA-TGA---A-TGT--A---C--TCTGA-G--G-TT-GCA-TAT----TT-A-TT-A--AAA--------AT-A---------C-------A---C---CC------------GA----------A---------A-T-------------A----------CCCACAGAATTAGATAAC-A--TTC--A------A-AAA-T--AAT-------AA-----G----------AAAAG--G--GGGT-----------------A-C-------CGG------AAGC---C-CTG--TCC---ACA-AA-CA---C-CT-GTGAT---TAAATCTT-G---AG---T-C--TTTTCATT-TT--AT-A---A--ACAGAA-GTT-AT-A--tgggg
gi|19 : ttaataattggtgat---CC-TGGCTGTTTTAAAC--ATCA--C---GG----AAAA--------AA---A---AA-A-----GAA-GAG--T----------TTTGC------TG-----C-TT-AAGACA-T-TT-GAAG--------AG---TT-----------------T--G-T--A--------------TT--------------A--CCTC------T-T-T---T-AA------------T-ATTA-------TCC-AA-----T-C-ACAG-TG-CTT---CA--AGCA--TTT-TTGG---------C-A--G-GATTT-----GG-T-A--A--CCAC-CCCCT--------C---CCCTCTTT-ATA----A-C--GA-TA-AT--T------T-TTTTT---A------------------TTGA--TGACAT-TT--C--AA-AA-ACT-G-TT-TTAT-T--G--CG--G-AT-TT-GT-GTA-A-TGC-ATT------TGA---A-T----T---A--TCTTC-T--G-TT-TCA-TAT----TTTA-TT----AAA--------AT-A---------C-------ggcctacataataatggccttgtaaaa
gi|2 : acTTTTCA-CT-T-TAA---CT--------TA-G-----GT--GGAATAAAGCA-----TCG-----ATAAATTATT-T-GA--TGA-C---AC--ACTACTCAA--------T-T-----TATGTT---T-CAACCTGG----T----AAA-TAGTAG-----TATAT-A-TAG--C-----T----------TATTCTGTG--GC--TA---TA---AAA---TA--ACCCAT-TTCTCCA-G-ACTCAATAGTTGTTTTTT--G-----AAAAAAAATT-GCG-TTTTTT-----A---A-ATCT--------T-CC----------------T-ATGAAAA-CTAAA-GGATCC-CAA-----C-TG-ATGTTTTAAATATAT-A--C---GA----AAAATATAAATAAA---AGAGAG-A-----TAATGAA--TATATAATCA-TTT--------TG-----C-T--AAGAAA-TGT--GAAGAAGATCAAAA---TTTT--TGACCATTGAA--T--G-T--A-A---A--TT-T-TTTGTATCTC--G---AA--CCTC--A-ACTATAT---T-AAA---G--CC---T-ATTG-A---G-TCC-AG-GAT-C-C-ACAGGTG-TTT---CA--AGCG--CTT--TGGC--------T-A--G-GA-------TGG-T-A-------AC-CCCCT--------CATGCCTTTTTT--------------------T--T------T-TTTAT---GT-----------------TCAA--TG-------------------CGAGATT-TTG-----------------TT-G---CA-A-TGC-ATTG-AAC-TGT---A-T----ACATC--TCTGA-T--G-TT-GTATTAT----TTTA-TTTAATAAA--------AT-A---------C-------AAT-CCCGC-------------GA----------A---------A-TACCAATAGAATTAA----------T---------------ACTA--TT---C------A-AAATT--TAT-------AA-----GAAGGGGT---GGGGG--G--GGGTGGGGGAGGAGTA-GT-TA-C-------CGG------AAGTAAGT-CTG--TCC---ACAGAA-CA---C-CT-GTGAC---TAAATCTTCGGTCAA---T-T--TTTT----------------A--AAATA----T-AT-AG-AA-TA-A----TT-AGAA--A--A-T-TAT-GC-ATTC---AT---TGAC-C-TAA-T-TT-ACA-GTGAAAC-ATTGTACACTT
gi|20 : attccttacaactttatgtttcgtagctaattttcttgagtatatgaA--AAGCA--A--GCG-----ATAA-TTCTC-C-GA-GTGA-A---AC--ACTACTtgct
gi|20 : atctcctacagcttacgtttcccgttagtaattttcttgaggagagatttttcact------GCG-TATTA------A---A-ATTAC-------T-AC----------------C-ATGTAAA-C-AAA-G-A-CC-CAA----CC-TGCATGTTTAAAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgcgtattaaaattactaccatgtaaacaaagacccaacctgcatgtttaaaa
gi|21 : atctcctacagcttacgtttcccgttagtaattttcttgaggagagatttttcactaaagcaagcgataattctccgagtgaaacactactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnat-----GT--GAAA--AAATA--A--GCG-----ACAA-TTCTT-C-GA-GTGA-A---AC--ACTACT
gi|21 : atctcctacaagcttacctttccgtcgtaattttcgtgagaaagataaaTA------A---A-ATCA--------T-GC----------------C-ATGAAAA-C-AAA-GGA-CC-CAAA---CC-TGCATGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaaatcatgccatgaaaacaaaggacccaaacctgcatgt
gi|22 : atctcctacaagcttacctttccgtcgtaattttcgtgagaaagataaagtgaaaaaataagcgacaattcttcgagtgaaacactactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnG------AAGT---C-CTG--TTCCG-ACA-AG-CA---C-CTTGTGAAA--TAAATCTT-GGCAAG---A-TGCTTTTCATT-TT--AT-A---A--AAAGAAGATT-AT-A--AA-TACA----TA-GAAA--A--ATT-AATCGT-ATTT---GT---GAGCTT-TAATT-TT-ACAGGAA-TACAA-TGTACA
gi|23 : -AT-TT-GT-GTA-A-TGC--TTG-ACCCTTA---A-TGTTAA---A--TCTGA-T--G-TT--CA-TAT----T--A-TTAA--AAA--------AC-A---------CCTTAAATA---C---C-------------AA----------AGGCA-----A-T-------------AC---------T---------------AC-A--TTCC-AC-----A-AAA-T--TAT-------AA-----GTAAAAG----GGGGA--G--GGGG-------------GTATA-C-------CG-------AAGT---C-CTG--TCC---TCA-AG-CA---C-CT-GCGAA---T---TCTT-actggctttaacactgagtctgtcctgcatataccaagtaatgtt
gi|24 : ccagaA--TGATAT-TCT-T--AA-AATACA-G--T-TTCA-T--G--CA-AG-AT-TT-G--GTT-A-TCCTAT---AA--TAA---A-A----A---C--ACTGA-TAAG-TT-ACA-TAT----TTTC-TTT---AAA--------AC-A---------C-------A---C---CTAAAATACCCAA-GA----------A---------ATT-------------A----------A---------------AC-A--TT---A------A-AA-----TAT-------AA-----G----------GAAGG--G--AG------------------TA-C-------CGG------AAGattca
gi|25 : aatcactatttggtgcacaT-TTTTT--AA-AA--CG--ATT-TTAT-T--G--CG-AG-AAATT-GT-GCA-T-TGC-ATTG-AAT-TCA---A-T----A---TAATCTGA-G--G-TT-AAA-TA-----TTTA-TT----AAA--------AT-A---------C-------ACCCC---C-------------GA----------A---------A-T-------------ACCGCGAAATTT---------------AT-A---T---A------A-AAA----TAT-------AA-----G----------AAAAA--G-------------------AT-TT-C-------CGG------AAATC--C-CCT--TCC---ACA-A
gi|26 : -AAA-T--TAT-------AAAGGGGG----------GGGGG--G--GGGT-------------GT-TA-CGTAAGTCCTGTCCACAAAGT---C-CTG--TCC---ACA-AG-CA---C-CT-GTGAA---TAAATCTT-GGTAAGGTCT-T--TTTTCATT-TT--ATAA---A--AAAGAA-ATT-ATAA--AA-TA-A----TA-GAAACCAACA-T-AAT-GT-ATTT---AT---GAagat
gi|27 : -AAA-T--TAT-------AAAGGGGG----------GGGGG--G--GGGT-------------GT-TA-CGTAAGTCCTGTCCACAAAGT---C-CTG--TCC---ACA-AG-CA---C-CT-GTGAA---TAAATCTT-GGTAAGGTCT-T--TTTTCATT-TT--ATAA---A--AAAGAA-ATT-ATAA--AA-TA-A----TA-GAAACCAACA-T-AAT-GT-ATTT---AT---GA
gi|28 : --T------T-TTTA----AT---AA----T---CG-GT-GACATGACAT-TTT----AG-AA-ACG-G----TTAA-TATG--CG-AG-AT-AT-GT-TCA-A-TGC-ATTG-AAA-TAA---A-TAC--A---C--TCTGA-G--G----------------------TA--AAA--------AT-A---------C-------AC--C---C-------------GA----------A---------A-T-------------A----------C---------------TC-A-------A------G-GAA-T--T-T-------AA-----
gi|29 : T-TTAA-T--G--CA-AG-AT-TT-GT-GTA-A-TGC-ATTG-AAC-TGA---A-T----A---C--TCTGA-T--G-TT-GCA-TATATAGTTTA-TTAA--AAATTCACCTGAT-A---------T-------A---C---C-------------AA----------AGGAATATACA-T-------------G----------T---------------AC-A--TT---C------A-AAA-T--TAT-------AA-----GATTAAAGAAAGGGGG--G--GGGtattcaaaaatatgaaaagggcgtt
gi|3 : TTTTTA-CT-C-T-----CT--------TC-G-----G----AAA--AAACA--AT-GCGG----ATAAATTCTC-C-GA-GTGG-A---AA--ACTACTCA---------T-TA--C-GAT-TT---T-CA-CCTGG-----GT--AAA---GTAG-----T---C-ACTAA--C-----C----------T-----ATGT-GCA-TA---TA---AA--ACGA--CCCCATGTTCTC-A-G-ACCAGAAAA---TATGTT--G-----AAAAAAATAATGC--TATTA------A---A-TTCA--------T-GC----------------C-TTGAGAA-C-AAA-GGA-CC-CAAG---CC-TGCATGTTTTAA-C-CAT-A--C---GA----AAAA--------AA---A---ACCA-----TA-TGCA--TACTAAATCAGTTTAT-----GTGTTTTAC-T--AAGAC--TGTTTGAAGAATATCAAAA---T-AT--GAA--AGTGA---T--G-T--ACA---A--TT-T-TTT------C--C---AA--CCTC--A-ACT-T-T---TTAAA---GGCC----T-ATTG-A-----TCC-AG-ACT-C-C-ACAGGTG--TT---CA--AGCA--TCT-ATGGG--------C-A--G-AATTTTAGCTGG-T-A--C--C-CC-CCCCC--------C---CCTTCTTTTATG----AAC--T--TC-AT--T------T-TTTAT---A-----A--------CC-GT-AA--TG-CAT-CT-CT--AA-AA-ACG-GATT-T-AA-T--G--CC-AG-AT-T--GT-GCACA-TGC-ATTG-AAC-CGA---A-T----A---CCATCTG--T--G-TT-CTA-T-------TTA-TTTA--AAA--------AT-AC--------C-------A---C---C-------------CA----------A---------A-T-------------A----------TAAAG-----------AA-A--TT---AGATATTA-AAA-T--TAT-------AA-----G----------GGGTT--T--GGG-----------------TA-C---------G------AAGT---C-CTG--CCA---GCA-AG-CA---G-CT-GTGAAAGTTAAATCTT--GTAA------T--TTTTCCTTATT--AC-A---A--ATAAAA---T-AT-A--AA--A-A----TA-GAAA--A--A-T--AT-AT-TTTT---AT---GAGCTT-TAA-TATT-ACAGGAG-TAC-A-TGTAC
gi|31 : ttctacaaacttacgtttcctagtaatttcttgagatagaaGG------CAGT---C-CTGGTTCA---ACA-AG-CGGAGCACT-GTGAA-----AATCTT-GG-AAG---T-C--TTTT-ATT-TT--AT-A---ATTAAATAG-ATT--T-A-----TC-A----TA-GAAA--A--A-T-AGT-GT-ACTT---GC---GAAT-T-T
gi|32 : CAT-TTT-T--AA-AA-ACG-GTTT-TTAAAT--A--CG-AG-AT-TG-GA-ATA-T-TGC-ATTG-AA--TAAGATA-C----A---C--TCCGA-G--G-TT-GCA-TATA---TTTA-TT-A--AAA--------AT-A---------C-------AC--C---C-------------GA----------A---------A-T-------------A----------tggactttttac
gi|33 : atcggcgatacgc----A---C--TCTGA-T--G-TT-GCA-TAT----CTTA-TT-A--AAA--------AT-AAACCCGAAAC-------A---C---CAAA----------GG----------A---------A-T-------------A----------T---------------GC-A--TT---C------A-AAA-T--GAT-------AA-----GAGG-------GGGGG--G--GGGT-------------GT-TA-C-------CGG------AAGT---C-ATG--TCC---Act
gi|34 : -A--AA-TG------TA-GAAA--A--AAG-AAT-TC-ATTT---AT---GAGC-T-AAA-T-TT-ACA-GCA-TAC-A-
gi|35 : aAA--------AT-A---------C---------------C-------------AA----------AG--------A-T-------------A----------T---------------AC-A--TT---C------A-AA--T--TAT-------AA-----A----------GGGGA--G--GGGC-------------GT-TA-C-------CGG------CAGT---CTCTG--TCC---ACA-AG-aacatgtactctgactttaacaactgagtttgtcctgtatgtaccagtatg
gi|35 : acaccct-C-ATAGGT----T---TA--ACCA--CTT-GTGGA--------C-A--GAGACTG---CCGG-T-A--A--C-GC-CCCTC--------C---CCTTtggttaaacctatgtggca
gi|36 : acaccctaaataccaaagatatacattcaaattataTTTTCA-CT-T-TTA---CT--------TA-A-----GT--AAAA--AAGCA--T--GTG-----ATAA-TTCTC-C-GA-GTtggca
gi|4 : tctgacaagtttacatttccgtagtaattttcttgagataattTTTTTA-CT-T-TTA---CT--------TC-G-----GT--GAAA--AAGCA--T--GCG-----ATAA-TTCTC-C-GA-GTGA-A---AC--ACTACTNNN--------N-NN--NNNNN-NN---N-NN-NNNNN----NNN--NNN-NNNNNN-----N---N-N-NNN--N-----N----------N-----NNN--NNN-NN-NNNN---NNN-NNNN--NNNNNN-NNNNNNN-N-NNNNNNNNNNNNNNNNNN--N-----NNNNN------GCG-TATTA------A---A-ATCA--------T-GC----------------C-TTGAAAA-C-AAA-GGA-CC-CAAG---CC-TGCATGTTTTAAAC-CAT-A--C---GA----AAAA--------AA---A---CC-A-----TGATGCA--TATAAAATCA-TTTA------GTG-----C-T--AAGAAA-TGTT-GCAAGAAATCAAAA---TTAT--GAA--ATTGAA--T--G-T--A-A---A--TT-T-TTT------C--C---AA--CCTC--A-ACT-T-T---T-AAA---G--C----T-ATTG-A---C-TCC-AG-ACT-C-C-ACAGGTG--TT---CA--AGCAT-CTT-GTTGG--------C-A--G-AATTC---TTAG-C-ATGG--T-AC-CCCCC--------C---CCTTCTTT-ATG----A-C--G--TTCATGAT------T-TTTAT---AT---AA----T---CCTGTAGA--TGGCAT-CTTCT--AA-AA-ACG-GATT-GTAA-T--G--CC-AG-AT-TT-GT-GCA-C-TGC-ATTG-ACC-CGA---AAC----A---C--TCTGA-T--G-TT--CAGTAT----TTTAATTTA--AAA--------AT-C---------C-------A---C---C-------------GA----------A---------A-T-------------A----------T---------------AT-A--TT---A------A-AAA-T--TAT-------AA-----G----------GGGGT--GTTGGGT-------------GT-TA-A-------CAG------AAGT---C-CTG--CCA---GCA-AG-CA---G-CT-GTGAA---TAAATCTT-GGTAAG---A-T--TTTCCTTT-TT--AC-A---A--ATAGAA-ATT-AT-A--AA-TA-A----TA-GAAA--A--A-T-AAT-GT-TTTT---AT---GAGC-T-TAA-T-TT-ACA-GAG-TAC-A-TGTACACTT
gi|40 : CA--------T-GC----------------C-ATGAAAA-C-AAA-GGA-CC-AAAA---CC-GATATGTTTTAAAC-CAT-A--C---GA----AAAG--------A
gi|41 : --A-T-AAT-GT-ATTT---ATAATGACC-T-TAA-T-TT-ACA-TAA-TAC-A-TGTACACT
gi|43 : GCA--A--GCA-----ATAA-TTCTC-C-AT-GTGA-A---AC--ACTACTggc
gi|44 : CA--A--GCG-----ATAA-TTCTCTC-GA-GTGA-A---AC--ACTACT
gi|45 : CA--A--GCG-----ATAA-TTCTC-C-GA-GTGA-A---AC--ACTACT
gi|46 : CA--A--GCG-----ATAA-TTCTC-CAGA-GTGA-A---AC--ACTAC
gi|47 : CA--A--GCA-----ATAA-TTCTC-C-GA-GTGA-A---AC--ACTACT
gi|48 : CA--A--GCG-----ATAA-TTCTC-C-GA-GTGA-A---AC--ACTAC
gi|49 : CA--A--GCG-----ATAA-TTCTC-C-GA-GTGA-A---AC--ACTAC
gi|5 : A---CC-CGCATATTTTAAACACAT-A--C----------AAA--------AA---A---AG-G------AATG----TACAGAATCC-TTTATCATA-GTG-----T-T--AAGAAA-TGTT-GAA-GAAATC-ATA---TTATAAGAC--ATTGAA--T--GAT--CAA---A--TT-G-TTT------C--T---AA---CTC--A-ATT-T-A---T-AAA---G--CCTGAT-ATT------C-TCC-AG-ACT-C----CAAGTG-CTT---CA--AGCAAGCTTAGTGGAGTCATAATC-A--G-GATTT---CT-G-T-A--A--C-AC-CCCCT--------C---CCCTCTTTAATGA---A-C--G--TA-AT--T------T-TTTTTTTAAT---AA----T----C-GGTGA--TGACA--TTTCT--AA-AA-A---GGTT-TTAA-T--G--CG-AGAAT-TT-GT-G-----------TG-AAA-TGA---A------A------TCTTG-T--GTTT-TCA-TAT----TTTA--TTA--AAA--------AT-A---------C-----------C---C-------------AA----------A---------A-TCC-----------AAAGGATC---T---------------AC-A--TT---A------C-AAG-T--TATTAAG---AA-----A----------GGGGG--G--GG---------------GT-TA---------CGG------AAGT---C-CTG--T------CA-AG-CA---C-TT----------------------AG---A-T--TCTT--TT-TT--AA-AAATA--AAAGAA-ATTGAT-A--AT-TC-A----TAGGAAG--A--A-TAAAT-GTGATCT---AT----ACCAT-TAA-T-TT-ACA-GGA-TAC-A-TGTAC
gi|50 : --A--GCG-----ATAA-TTCTC-C-GA-GTGA-A---AC--ACTACctcg
gi|51 : agCA--A--GCG-----ATAA-TTCTC-C-GA-GTG--A---AC--ACTACT
gi|52 : CA--A--GCG-----ATAA-TTCTC-C-GA-GTGA-A---AC--ACTAC
gi|53 : CA--A--GCG-----ATAA-T-CTC-C-GA-GTGA-A---AC--ACTACT
gi|54 : A--A--GCG-----ATAA-TTCTC-C-GA-GTGA-A---AC--ACTAC
gi|55 : CA--A--GCG------TAA-TTCTC-C-GA-GTGA-A---AC--ACTAC
gi|6 : TTTTCA-CT-T-TTA---CT--------TA-GCCTAGGT---AAA--AAGCATTG--CCG-----ATAA-TTCTC-C-GA-GTGA-A---AC--ACTACTCAA--------T-TA--CCGAT-TT---T-CA-CATGG----TGA--AAA-TAGTAG-----T---CTA-CTA--------T----------T-----GTG--GCA-TA-ATNN---NNN-NNNN--NNNNNN-NNNNNNN-N-NNNNNNNNNNNNNNNNNN--N-----NNN--------GCG-TATTA------ATCTATATCA--------T-GC----------------C--TGCAAA-C-AAG-GAAACC-CAAA---CC-TGCATGTTTTAAAC-CAT-ATCC---CA----AAAG--------AG---A---AC-A-----TAATGAA--TATATAATCC-TTTAA-----GTG-----CCT--AAGAAA-TGTT-GAATGAAATCAAAA---TTAT--GAA--CATGAA--T--G-T--ACA---A--TT-T-TAT------C--C---AA--CCTC--A-ACT-T-T---T-AAA---G--C----C-ATTG-A---C-TCCAAG-ACT-T-C-ACAGGTG-CTT---CAGTAGC---TTT-GTGGG--------C-A--G-GATTT---TCGG-T-A--A--C-
gi|7 : ttcctaacaattttacgtttccgtagtaattttcgctgagatagaTTTTCA-CT-T-TTA---CT--------TA-GCCTAGGT---AAA--AAGCATTG--CCG-----ATAA-TTCTC-C-GA-GTGA-A---AC--ACTACTCAA--------T-TA--CCGAT-TT---T-CA-CATGG----TGA--AAA-TAGTAG-----T---CTA-CTA--------T----------T-----GTG--GCA-TA-ATNN---NNN-NNNN--NNNNNN-NNNNNNN-N-NNNNNNNNNNNNNNNNNN--N-----NNN--------GCG-TATTA------ATCTATATCA--------T-GC----------------C--TGCAAA-C-AAG-GAAACC-CAAA---CC-TGCATGTTTTAAAC-CAT-ATCC---CA----AAAG--------AG---A---AC-A-----TAATGAA--TATATAATCC-TTTAA-----GTG-----CCT--AAGAAA-TGTT-GAATGAAATCAAAA---TTAT--GAA--CATGAA--T--G-T--ACA---A--TT-T-TAT------C--C---AA--CCTC--A-ACT-T-T---T-AAA---G--C----C-ATTG-A---C-TCCAAG-ACT-T-C-ACAGGTG-CTT---CAGTAGC---TTT-GTGGG--------C-A--G-GATTT---TCGG-T-A--A--C-c
gi|8 : ttcctaacaattttacgtttccgtagtaattttcgctgagatagaTTTTCA-CT-G-T-A---CT--------TTAG-----GCTGGAAA--AATCA--ATGGCG-----ATA--TTCTC-C-GA-GTGGTA---GT--ACTACTCAA--------T-TT--CCGAT-TT---TTCA-CCTGGGGAGTAA--AGA-GAGTGG-----T---C-A-TTA--T-----TAACGTATTGCT-----GTG--GCGATA-TTTA---AAA-ACGA--ACCCTT-TGCTTCA-G-AC-CAAAAAGATAATGTT--A-----AAAAAAATT--GCG-TATTA------A---C--TCA--------A-AG----------------C-ATGAC---C-AAA-GGA-CC-GAAA---GCATGCATGTTTAAAAC-CAT-A--C---GA----AAAA--------AA---A---AG-A-----TGAT-----------CTCC-TTTAG-----GTG-----C-T--TAAGAA-TGTT-GAATAATATCAAAA---TTAT--GACT-ATTGAA--CTGG-TAAACA---A---G-T-TTT------CGGC---AA--CATC--A-ACT-G-T---T-AAA---G--CT---T-ACTG-----------AG-ACT-C-C-c
gi|9 : catctcctaacaaggctacgtgtccgtagttgaatttttcttgaagattatctgatagat-A--C---AA----AAAA--------GAGAGA---AG-A-----TAATGAA--TATCATATCC-TTTAA-----GTG-----C-T--A--GAA-TGTT-GAAG--AATCAAAAATTTCAT--G-------GAT--T--A-T--ACATTTA--TT-G-TTT------T--A---AC--CCTC--A-ACT-T-T---T-AAAAGCG--C----T-ATTG-A---CTTCC-AG-ACTCC-C-ACAGGTGCCTT---CA--AGCAAGCTT-G-GGG--------C-A--G-G-TTT---CTTG-T-------T-AC-CCCCC--------C---CCTCTTTT-ATG------C--G--TT--T--T------T-----T---AT---AA----T----C-GGTGA--TGACA--TTTCTAAAA-AA-ATT-GTTT-TGAA-T--GCCCG-AG-A--TT-GT-GAA-A-TGC-ACT----C-TGA---------------------A-T--G-TT-GCA-TA-----TCTA-TTAA--GAA--------AT-A---------A-------A---C---CCGTAACAAA----GG----------A---------A-T-------------A----------T---------------GC-A--TT----------C-AAA-T--GAT-------AA-----------------AGGG--G--GGGT-------------GT-TACC-------CGG------AAGT---C-CTG--T-C---AC--AG-CA---C-CT-GTGAA---TAAATCTT-GGC--G---TCT--TTTTCATT-TTTAAT-A---A--Acaatccctcacgaa
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|30 ): ATTCACAGTATTGTAGTTATCACATTCCAATACAATTTTACATATTCCATAGTATTTCTTGAGATACGATTTTTCACTTTTACTATTAAGCCCTCAGGTAAAAAAAGCATGCAAGAATCTCTC
Unaligned ( gi|37 ): AATTTTTTTTTCAAAACAGCCACACTTTGTTTGAAGATATTGATTCAGTAATGGTGGTTCAGGCAGCTGGCTT
Unaligned ( gi|38 ): ATCTGCATCACGAGTTTGCCTGATTACCCAGTATGTCCTATGTATCTCTTTCATGTCGATAGAA
Unaligned ( gi|39 ): TTTAAAACACTCTGCATCAGTGAGTTGTCCGTAATGTACATGATCTTCTTTGTCAGATCAGAAA
Unaligned ( gi|42 ): ACATTGTACCATTAATGTATCTTTTGTTTAGACAGAA