lowQualScore : 66666666666 2222 222222222222 11111111 33333333333 888888888888888888888 1111 222222222222222222222 1111111111 2222222222 11111 444444444444444444444444444444444 1111 111111 111 11111 7777777777 1 33333333333333 5555555555555555555555555 11111 111111 111 11111 222222222 777777777777 222222222222222222 1111111 3333333333333
lowQualScore : 99999999999 3 999 1111 6 5 3 3 44 3 0 3 888888888888 5 6 3 88 7 6 3 00000000 666 3 11111111111 4 0 66 5 2 666666666666666666666 5 5555 5555 444 33 33 2222 66666 222222222222222222222 33 5555 33 77777777777 99 7777777777 5 0000000000 999 66666 66 66 555555555555555555555555555555555 2 5555 2 444444 111 11111 33 444 2 2 2 5555 2 33 444 0 2222222222 666 3 7 3 3 777 3 3 3 3 2 77777777777777 55 9999999999999999999999999 00000 4 2 4 55 99 4 3 222222 3 6 44 999 0 4 0 4 4 4 4 33333 222222222 888888 3 555 2 2 2 33 111111111111 2 3 2 2 333333333333333333 7777777 8888888888888 3 55 3
lowQualScore : ........... . ... .... . . . . .. . . . ............ . . . .. . . . ........ ... . ........... . . .. . . ..................... . .... .... ... .. .. .... ..... ..................... .. .... .. ........... .. .......... . .......... ... ..... .. .. ................................. . .... . ...... ... ..... .. ... . . . .... . .. ... . .......... ... . . . . ... . . . . . .............. .. ......................... ..... . . . .. .. . . ...... . . .. ... . . . . . . . ..... ......... ...... . ... . . . .. ............ . . . . .................. ....... ............. . .. .
lowQualScore : 55555555555 6 000 1111 8 2 3 3 66 3 4 3 555555555555 5 7 3 11 3 0 6 77777777 444 6 11111111111 4 1 11 0 1 666666666666666666666 3 7777 7777 777 77 77 1111 77777 666666666666666666666 77 7777 44 88888888888 00 5555555555 0 9999999999 333 00000 33 33 555555555555555555555555555555555 9 0000 7 222222 222 88888 22 111 4 4 4 0000 4 44 777 5 5555555555 444 6 3 3 3 000 3 3 3 6 5 11111111111111 55 4444444444444444444444444 00000 0 9 0 55 55 0 6 888888 3 7 66 777 1 0 8 0 0 0 0 99999 222222222 888888 1 444 9 9 9 99 444444444444 7 1 4 4 999999999999999999 1111111 6666666666666 3 00 6
consensus : CAGGAATATATATG---CATATGCACA-CAAA-CATAAAT-CTTCTTTATTTTGGT-G-AAA--G-CACCA-T-------N----TGTGG-AAAT-CAGCAGAATCAAAATT-CCC-TATCA----TG-TCA---ATTC-TTA------GG--CA-AGG--AAGCA-CTT---------------------CT-G----ATC----CA---GTCGAA--AGACTTT--TC---AG-----TGT-------T-----G---C---AG--GAA----AGAT--TCT---AC------GC--CCGG------C-CTGAC-C--G-------CT---GCAGGATGAA--TGAC--TT--------A-AC---G-----------------TTT-G----AA-AAGCTT----A-TC---ATG-----AT--A---AA-ATG-CA-AT----GG-ACAGAT--TCT-TTAAGT-------GTATTC---ATTGG-GAA-AC-A-TCTACA--ACTT-CA-T-T-TACTTATA----CATAT-----GTCAATA--ACTATATAC---C--G-GT---ATA-A-----ATG-----T-TTGT-T--AATAAAA--T-T-TTGAAAA---A--TG-ACGA-AA--T-T-TAAT-TTGTAAT-TT-AATT-A-ATT--ACTTT-G------NCA------A-AGT---AATTGT-A-ATT-TAAT--TAA-----------TTA-CNTTT-G-TA--------------AA--TTGCA------GTAAT-G------T----GTAATTT-AATTGAAG--AATT-TGGCAA
Reference ( gi|5 ) : CAGGAATATATATGGATTATATGCACA-CAAA-CATAAAT-TTTCTTCATTTTGGT-G-AAA--G-CACCA-T-------A----TATGG-AAAT-CAGCAGAATCAAAATT-CTC-TATCA----TG-TCA---ATTC-TTA------AG--CA-AGG--AAGCA-CTT---------------------CT-G----ATC----CA---GTCGAA--AGACTTT--TC---GG-----TGT-------T-----G---A---AG--GAA----AGAT--TCT---AT------GC--CCGG------T-CTGAC-C--C-------CT---GCAGAAAGAA--TGAC--TT--------A-AC---G-----------------TTT-G----AA-AAGCTT----A-TC---ATG-----AT--A---AA-ATG-CA-AT----GG-ACAGAT--TTT-TTAAGTA--CC-GGTATTC---ATTGG-GAA-AC-A-TCTACA--ACTT-CA-T-T-TACTGATA----CATTT-----GTCAATA--ACTATATAC---C--G-GT--AATA-A-----ATG-----T-TTGT-T--AATAAAA--T-T-TTGAAAA---A--TG-ACAA-AA--T-T-TAAT-TTGTAAT-TT-AATT-A-ATT--GCTTT-A------TCA------A-AGT---AATTGT-A-ATT-TAAT--TAA---CATT----TTA-CATTT-G-TA--------------AA--TTGCA------GTAAT-G------T----GTAATTT-AATTGAAG--AATT-TGGCAA
gi|2 : CAGGAATATATATG---------CACA-CAAT-CATAAAT----CTTTATTGTGGT-G-AAA--G-CACCA-T-------T----TGTGG-AAAT-CAACGGAATCAAGATT-CCC-TATCA----TG-TCA---ATTC-TTA------GG--CA-AGG--ACGCA-TTTGTCAACAACTTAAACAT----CT-G----ATC----CA---GTTAAA--AGATTTT--TC---AG-----TGT-------T-----G---C---AG--GAA----AAAAAACCT---AC------GC--CCGG------C-TTGAC-C--G-------CT---GCATGATGAA--TGAC--TT--------A-AT---G-----------------TTT-G----AA-AAGCTT----A-TC---ATG-----AT--A---AA-ACG-CA-AT----GG-ACAGAT--
gi|13 : aatgcgatataaagatagggatggggtaattgaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgccaattgcatcatactaagagaaatcataccaaaaaaatcttcaatgaagaagtaaaatctttaaaatttcccttctacataatgtaccatgtttctctatacattttacttataagttatcaaaaaatatattttacataaactaattctatttttcattggaactaaatatttcaaacctttCATGAATATA-ATA---TATGTGTACA-CA---CATAAAT-ATTCTTTATTT----------------------------------GTGG-AAAT-CAGCAAAATAAAAATT-CCC-TAGC--------T-----ATTC-TT--------G--CA-AGG--AAGCA-CTTAATTGTCAACAC---------CT-GCAACATCTAATCA---GTAGAA--AGACT-----C---AG-----TGT-------T-----G---C---AG--GAA----AGAT--TCT---TT------GT--CTGG------C-CTGAC-C--G-------CT---GC----AGGA--TGAC---T--------A-AC---G-----------------TTT-G----AA-AAGC--------TG---ATG-----AT--A---AA-ATG-CA-AT----GA-ACAGAT--TCT-TTAA---------GTATTA---ATTGG-GAA-AC-A-TCTACA--ACTT-CA-T-A-TACT
gi|14 : taagacaaattatagaaaataaaaatcttcaatgaaaatttcccttgtatcatgtttctcttgttgattggaactaaatatttaaaaccattCAGGAAAATATAT----------CACA-CAAAACATAAAA-TTT----ATTTTGGTTG-AAA--G-CACCA-T-------AAGTTTGTGG-AA---------AATC--AATT-CCA-TATCATCATTG-TCACATGTCC-TTA------GGGCCA-AGGAAAAGCA-CTT---------------------GT-C----AAC----CA---CTCAAA--ctgtaactcactacaacaaa
gi|15 : taaagatcaaatctcctacttaacatcctgttaactatattattttcaaagttgttataaaaaaaaattaacctaatatatcttcattttgcaagaagttaaaactgaggtatcttctaggtggttgattggaactaaatattttaaaccttCAGGAATGTAT--------T-TGCACAACAAA-CATAAATCTTCCTTTATTTGAGC-GTGAA--G-CAC-----------A----TCTGGAAAAT-CAACAGcatctatctatcgaaa
gi|9 : gcaatatttagataatcactaccccaaaaaaatattttcaaattcctccacattccactttcaatgaacaattaaatttaatttcccttctttgtaagtaccatgtttcctagatacattttacgatcagttataaaaaaaaataatatttgcataaaccctagatatatttctattgttgattggaccaccgagaatatttctaaagcctttcaaATCATATATACG-CA---CATAAAT-CTTCTTTATTTTGGT-G-AAA--G-CAGTA-T-------T----TGTGG-AAAT-CAGCAGAATCAAAATTTCCC-TATCA----TG-TCA---ATTT-TT-----------TA-AGG--AAACA-CTTGTCAATACCTGCAACAT----CT-G----ATC----CA---TTCGAA--AGACTTT--TC---AG-----TGT-------T-----G---T---TG--GAA----AGAT--TTA---AC------GC--CC-----------TGAC-C--G-------CT---ACAGGATGAA--TGAC--TT--------A-AC---T-----------------GTT-G----AA-AAGCTT----A-TC---ATG-----AT--A---AA-ATG-CA-AT----GG-ACATAT--TCT-T-----------AGTATTC---ATCGG-GAA-AC-A-TCTAC---ACTT-CA-T-T-TACTTATA----CAC-----------ATA--ACTA-ATAT---CTTGTAT--AAAATA-----ATG-----T-TTGT-T--AATAAAA--T-T-TTGAAGA---A--CG-AGAG-AA------------TGTAAT-TT-AATT-A-ATT--
gi|10 : tatcaattatcaaaaatatatttagcataaattaattctgctgttggttagaattaaatattaaccgttcgggaacATCATATATAC--CA---CATAA---TCTTTTTATTT-GGT-G-AAA--G-CAGTAAT-------T----TGTGG-AAAT-CAGCAGAAT-AAAATT-TCC-TATCA----T--TCA---ATTT-TTT-------T--CA-AGG--AAACA-CTTGTCAAAATACCTGCAAACATCCT-G----ATC-----A---TTCGAA--AGACTTT--TC---AG-----TGT-------TTTGTTG--------G--GAA----AGAT--TTA---AC------GC--CC-----------TGAC-C--G-------CT---ACAGGATGAAA-TGAC--TT--------ACACCCTG-----------------TT-------GA-AAGCT-----A-TC---ATG------T--A---AA-ATG-CA-AT----GG-ACATAA--TCT-TTAA---------GTATTC---ATCGGCGAA-AC-A-TCTAC---ACTT-CA-T-T-TACTTATA----CAC-----------ATA--ACTATAT-C---T--T-GT---ATA-AATT--ATGGGGGTT-TTTT-T--GTTAAAA--T------AAAA---A-----AAAA-AA--T-T-
gi|6 : tatgcaattatcaaaattatttagcataaattaatttgctgttggttagaaattaaatattaaccgttcgggaaacTATATGCCCA-CAAA-CATAAAT-CTTCTTTATTT-GGT-G-AAA--G-CACCA-T-------T----TGTGG-AAAT-CCGCAGAAT--AAATT-CCC-TATCA----TG-TCA----TTC-TT--------G--CA-AGG--AAGCA-CTTGTCAACACCTGCAACAT----CT-G----ATC----CA---GTCGAA--AGACTTT--TC---AG-----TGT-------T-----G---C---AG--GAA----AGAC--TTT---AC------GT--CCGG------C-CTGAC-C--A-------CT---GC--AATGAA--TGAC--TT--------A-AC---A-----------------TTT-G----AA-AAGCTT-----------ATG-----AT--C---TA-ATG-C--AT----GG-ACAGAT--T------------CT-AGTATTC---ATTGG-GAA-AC---TCTACA--ACGT-CATT-T-TACTTATA----C---T-----GTCAATA--ACTATATA
gi|1 : atactaagacaaatcataccccaaaaaaatcttcaatgaaagaatttaaagatctcaaatttcacttctacatgtaacatttttttctatacattttacttatcaaaaatatattttgcattaactagttttattattgattggaactaaatatattaaacctttcagaaataGCGCA-CAAA-CATACAT----CTTTATTTTGGT-G-AAA--G-CACCA-T-------T----TGTAG-ACAT-CAGCAGAATCAAAATT-CCC-TATCG----T--TCA---ATTC-TTA------Att
gi|4 : aaatgggtacaatagggatggggtaattgaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcatactaagacaaatcataccccccaaaaaatttcaatgaagaattcaaatcttaaatttcccatctacatatgtaccatgtttctctatacattttactgtaaattaccaaaaaatatatttgcataaactaattctattgttagtggaactaaatattttaaacttttcaggtatatatataaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgcgcgcgcgcGCGCA-CAAA-CATACAT----CTTTATTTTGGT-G-AAA--GACA-CA-T-------T----TGTAG-ACAT-CAGCAGAATCAAAATT-CCC-TATCG----TGTTCA---ATTC-TTA------Aagacccaattttaagccacctcccttaatatttacctggacggagatcaaaaacataccgcacatcaatcaccaagagacaagaagcacttgtcaacacctgcacatctgatccaatcgaaagacttctcagtgttgcaggaaagattc
gi|7 : taagacaaatcataccccccaaaaaatcttcaatgaagaattcaaatcttaaatttcccatctacatatgtaccatgtttctctatacattttacttgtaaattaccaaaaaatatattttgcataaactaattctattgttgattggaactaaatattttaaacttttcagtatatattaaaagtgtgttgtgtgggtggtgtgcgcgcgcgcagcCACA--AAA-CATAA-----TCTTTATTTTGGT-G-AGAAGG-CACCA-TT------G----TGTGGGAAATGCAACAG--TCAAAAGT-CCC-TATCA----TG-CCA---ATTCTTTA------GG--CA-AAG--AAGC--CTT---------------------agacccaattttaagccacctcccttaatatttacctggacggagatcaaaaacataccgcacatcaatcacccaagaagacaagaagcactttgtcaacacctgcaacatctgatccaatcgaaagacttctcagtgttgcaggaaagattctacatccggcttgaccagtgttcattggtatatgtcaatgact
gi|3 : -CACA-CATAAAT----CTTTATTTTGGT-G-AAA--G-CACCA-TTGTTGCTA----TATGG-ATAT-CTCCAGAAT--AAATGACCC-TAT---------------AC-C-T---------G--CA-A-------CA---T---------------------CT-G----ATC----CA---GTCGAA--AGAATTT--CC---AG-----TGT-------T-----G---C---AG--GAACTTTAGAT--TCT---AT------GC--CCA-----------GAC-C--G-------CT---GCAGGATGAA--TGAC--TT--------T-AC---C-----------------TTT-G----AA-AAGCTT----A-TC---AGG-----AT--A---AA-ATG-CA-AT----AG-ACAGAggtcacaccgtgccagacgatctggaccgcatcgaaagcttatcatgataaagatggcaattttgggacagatttaagtaaatcgattgggaagacgattacggtacttgtacttatttacttttactaggtcattaattatgatcttataattttttcaaataaaagttttgaaaaaatgacaaaaaatgttaatttgtaattttaattgtattcaactttatcaaagtatgtgtgatttaattattacatttgtaaaggttgcagtattggtaatttaattgaaggaaattgtagcaaagtaaaaatttaaatttgatgtaattactttgtgtatgtaatttgacccatcg
gi|11 : ttaaaggtatttgcactagggatggggtaattgaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgacaaattatatacaaaaatatcaaatgttcaatgaagaattaaaatctttaacttcccttctaccatgtttctcgatacattttacttatcaattacccaaaaaatatatttagctgaaacttattctattgttggttagaactaaatattaacctttcaggaaaataaattA-CATAAAT-CTTCTTTATTTTGGT-G-AGA--G-CACCA-T-------A----TGTGG-AAAT-CAGCAGAATCTGAATT-CCCACATCA----TG-TCA---ATTC-TTACTTGTCAA--CACCTG--CAACA---T---------------------CT-G----CTC----CA---GTCAAA--AGACTTT-------GN-----TGTCAACATCT-----G---ATCCAGTCGAA----AGAC--TTTTGAGT------GTTGCAGGAAAGATT-CT-AC-CTGC-------CT---G----ATGAA--TGAC--TT--------A-AC---G-----------------TTT-G----AA-AAGTTT----A-TC---ATG-----AT--A---AA-ATG-CA-AT----GG-ACAGAT--TCT-TAAA---------GTATTC---ATTGG-GTA-AC-A-TCTACA--ACTT-CA-T-
gi|1 : aaatcttcaatgaagaattaaaatctttacatttttccttctacatgtaccatgtttctctatacctatcaaaaaatatattttgcataaactaattctattgttgattggaactaaatattttaaattaaatctttcaggaatatGCA-CAT---------------------CT-G----ATC----CA---ATCGAA--AGACTTC--TC---AG-----TGT-------T-----G---C---AG--GAA----AGAT--TC
gi|22 : aaatgggtacaatagggatggggtaattgaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcatactaagacaaatcataccccccaaaaaatttcaatgaagaattcaaatcttaaatttcccatctacatatgtaccatgtttctctatacattttactgtaaattaccaaaaaatatatttgcataaactaattctattgttagtggaactaaatattttaaacttttcaggtatatatataaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgcgcgcgcgcgcgcacaaacatacatctttattttggtgaaagcaccatttgtagacatcagcagaatcaaaattccctatcgttcaattcttaaagacccaattttaagccacctcccttaatatttacctggacggagatcaaaaacataccgcacatcaatcaccaagagacaagaagcacttgtcaacacctGCATCTT---------------------CTTG----ATC----CA---G-CGAA---GACTTT--TCCCCGG-----TGT-------------G---A---AG--GAA-----GAT--CTT---AC------GC--CCTG------T-CTGACTC--C-------CTATGACGGCAAGAA--TGAC--TTTTTTACCAG-AC---GCGTTGACTCCTATACCGTTT-GTAGAAA-AAGCTCTTCAA-TCCTAATGTCAATAC--A---AA-ATG-CA-AT----GG-ACAGAT--TTT-CT
gi|21 : GCATCTT---------------------CTTG----ATC----CA---G-CGAA---GACTTT--TCCCCGG-----TGT-------------G---A---AG--GAA-----GAT--CTT---AC------GC--CCTG------T-CTGACTC--C-------CTATGACGGCAAGAA--TGAC--TTTTTTACCAG-AC---GCGTTGACTCCTATACCGTTT-GTAGAAA-AAGCTCTTCAA-TCCTAATGTCAATAC--A---AA-ATG-CA-AT----GG-ACAGAT--TTT-CT
gi|16 : GCA-CAT---------------------CT-G----ATC----CATTAGTCGAATAAGACTTTCATC---AGGGTGATGT-------T-----GTTCA---GG--TAA----AGAT--CC----ATCAAACCACA-CTGG------TTCTGAC-T--TAATTGTGCT---GCA---------CGA-------------A-AC---G-----------------TTTTG----AAGAAGCTTT---A-TC---ATG-----A---AGAGAA-ATG-CA-CT----GGCACAGAT--CT
gi|19 : aatcaagaattaattccctcaaagattcatggtaattatttcacaggcaagcgaagtcagaatgtcaacgcctA-CAT---------------------CT-G----ATC----CA---GTCGAA--AGATTTT--TC---AG-----TGT-------T-----G---C---AG--GAA----AGAT--TAT---TT------GC--CTGG------T-CTGGC-C--G-------CT---GCAGGATGAA--TGACT-TT--------A-AC---G-----------------TTT-GA---AA-AAGCTT----A-TC---ATA-----AT--A---AA-ATA-AA-TT----GG-GCAGATTCTTT-TTAA---------ATATTC---ATTGG-AAA-AC-A-TCTACA--ACTT-CA-T-T-CACTTATA----CATAT-----GTCAATA--ACTATAT-C---T--T-GT---ATA-A-----ATG-----T-Tcctgttttcttatattcgcatatgcgagaaatcatcact
gi|8 : aacacctgcaA-CAT---------------------CT-G----ATC----CA---GGCGAG--AA--------C---AG-----TGT-------T-----G---C---GG--GGA----TGAA--TCT---AT------ACA-CC----------CTGAC-C--A-------CT---GCAGGATAAA--TGAC--TT--------A-AC---C-----------------TTT-G----AA-AAGCTT----A-TCT--ATG-----AT--G---AA-AT---A-AT----GA-ACAGA----TC-ATAAGTT--CTAGATCTTCTCAAGTGA-GAA-ATAA-TCTCCA--AATT-CA-TGTGTACTGATA--------T-----AACAAAA--TCCAAAT-C---A--G-CT--GATA---------G-----TCTTGTAT--AGGATGA--T-TATTGACAA---ACTTG-ATGA-AA--T-G-TATG-CTGTAATATT-AATT-A-ATT--ACTTT-A--------A------A-AGCAAGAATTGT-A-ATT-TAATAATTA---CATT----T----ATTT-G-AAGAGTGTGCTGAAATAA--TTGTG------GTAAT--------T----ATAAGTT-CATGGAAG--AATA-TGG
gi|4 : cgtgtccaacctcatacaaaagaatttaaagtcgaacacctgcaA-CAT---------------------CT-G----ATC----CA---ATCGAA--AGACTTC--TC---AG-----TGT-------T-----G---C---AG--GAA----AGAT--TCT---AC------AT--CCGG------C-TTGAC-C--gcgaagtgaattagtaatttaattaattacttttctagtgtaatgaacctcacgtccta
gi|40 : taagacaaatcataccccccaaaaaatcttcaatgaagaattcaaatcttaaatttcccatctacatatgtaccatgtttctctatacattttacttgtaaattaccaaaaaatatattttgcataaactaattctattgttgattggaactaaatattttaaacttttcagtatatattaaaagtgtgttgtgtgggtggtgtgcgcgcgcgcagcgcgcacaaacatacatctttattttggtgaaagacacatttgtagacatcagcagaatcaaaattccctatcgtgttcaattcttaaagacccaattttaagccacctcccttaatatttacctggacggagatcaaaaacataccgcacatcaatcacccaagaagacaagaagcactttgtcaacacctgcaTT--TC---AG-----TGT-------T-----G---C---AG--GAG----AGAT--TCT---AC------GC--CCAG------C-CTGAC-C--T-------CT---GCAAGATGAA--TGAC--TT--------A-agtgttcattggtatatgtcaatgact
gi|36 : --TCT---AC------GC--CTGG------C-CTAAC-C--A-------CT---GCATGATGAA--TGAC---------------C---G-----------------TTT-G----AA-AAGCCT-----------ATG-----AT--A---AA-AAG-CA-AT----GA-ACAGAT--T
gi|12 : C-C--A-------CT---GCAGGAATAAATTGACCTTT--------A-AC---C-----------------TTT-G----AA-A-GCTT----AATC---ATG-----ATTAA---AA-ATA-AACAT----GG-ACAGAT--TCGATTCAGTAATTC-G--ATCA---ATAGG-GAATAT-A-TCT--A--AC-----------ACAGGT----------------TCAATAATACTTCATACAAAA--G-GTGCAATA-AGCGCTATC-----T-CTGT-G--TATAAAAAGTAT-TTGAAAACTTG--TGTATGA-AA--T-G-TATT-GTGTAAT-TT--ATT-A-ATT--ACTTT-AATCCACTCG------ATAAT---AA-TGTAA-ATT-TAAT--TAATAGCATTAATATTGTTAGTT-GTTA--------------AA--TTGCATAATT-GTAAT--------T----GTAATTTAAACTGAA---AATT-TAGc
gi|7 : ctgcaacatctgatgcacaggcgcaaatgaaacgtgtacgggaaactcgtactctattaacaccctggatcA-AAGCTT----A-TC---ATG-----AT--A---AAGATGGCA-ATTTTGGG-ACAGAT--TT----AAGTA--A-----ATCG---ATTGG-GAAGAC-G-ATTACGGTACTTGTA-C-T-TATT--TA----CTTTTACTAGGTCATTA--ATTATG-AT---C-----T--TATA-A-------------T-TTTT-TCAAATAAAAG-T-T-TTGAAAA---AA-TG-ACAA-AAAATGT-TAAT-TTGTAAT-TTTAATT-GTATTCAACTTT-A------TCA------A-AGT---ATGTGT-G-ATT-TAAT--TA------------TTA-CATTT-G-TA--------------AAGGTTGCA------GTATT-G-----------GTAATTT-AATTGAAGGAAATTGTAGCAAtgcaa
gi|17 : cacaaaacataatctttattttggtgagaaggcaccattgtgtgggaaatgcaacagtcaaaagtccctatcatgccaattctttaggcaaagaagccttggtcacaccgtgccagacgatctggaccgcatcg----A-TC---ATG-----AT--C---AA-ATG-CA-AT----GA-ACAGAT--TCT-TTAAGTA---------TTC---GTTGG-GAA-GC-A-TCTACA--ACTT-CA-T-T-TACTTATAAATGCATAT-----GTCAATA--ACTATAT-C---T--T-GT---ATA-C-----ATG-----T-TTAT-T--AATAGAG--T-T-TTGAAAA---T--TG-ACGA-AA--TGT-TAagtaaaaatttaaatttgatgtaattactttgtgtatgtaatttgacccatcg
gi|18 : tcgtactaagacaaatcaaacaaaaaatgattataaaatcttcaacgaagaatttaaatctttaattccaccatgtttctctatacattttactaatcaattatcaaaaaaaaaaaaTG-----AC--A---AG-ATA-AA-AT----GG-ACAGAT--TCT-TTAAGTA---------TTC---ATTGG-AAA-AC-AATTTA----ATTT-CA-T-T-TACTTATA----CATAT-----GTCAATA--ACTATAT-C---T--T-GT--A-TA-A-----ATG-----T-T-------AATAAT---T-T-TTAAAAA---AGATG-ACAA-AA--T-G-TAAT-TTGTAAT-TT-AATT-A-ATT--ACTTT-G------TCA------A-AGT---AATTGT-A-ATT-TAAT--TAA-----------TTA-CTTTT-G-TATAT-----------AA--TTGt
gi|33 : tgagatattgccagaaatggtacacgactggaatgagttgcctgaagtC-A-TCAACA--ACTT-CA-T-T-TACTTATA----CATAT-----GTCAATA--ACTATATCT---T--G-TT----TA-A-----ATG-----T-TTGC-T--AATAAGA--T-T-TAGAAAA---A--TG-agcccatccctat
gi|20 : ATA-A-----ATG-----T-TTTT-T--ATTAAAA--T-T-TTGAAAA---A--TG-ACAA-AA--T-G-TAAT-TTGTAAT-TT-AATT-A-A-T--ACTTTAA------TCAATTGATA-AGT---AATTGT-ATATTGTAAT--TAA-----------TTA-CA-TT-G-TA--------------A----TGCAG-----GTATT-GTAGAGTT----GTAA-TT-AATTGAAG--AATT-TGGCGA
gi|23 : ttgtT-T--AATTAAA--T-T-TTGAAAA---A--TT-ACAA-AA--T-G-TAAT-TTGTAAT-CT-AATC-A-ATT--ACTTT-A------ACA------A-ATC---AATTGT-A-ATT-CAAT--TAA-----------TTA-CATTTGG-CA--------------AA----GCA-------T-----------T----GTAATTT-AATTAAaagtaatgtattaattatgtacttttgtatt
gi|28 : -TTGTAAA---A--TT-GCAGTAA--T-TGTAAT-T-GTAAT-TT-AATTGA-A----GATTT-G------GCA------A-AGT---AATTGT-A-ATT-TAAT--TAA-----------TTA-CTTTT-G-ttacttttgtatgtaattgaccccatcc
gi|29 : AA---A--TT-GCAGTAA--T-TGTAAT-T-GTAAT-TT-AATT-G-AAG--AATTT-G------GCA------A-AGT---AATTGT-A-ATT-TAAT--TAA-----------TTA-CTTTT-G-TGTGT-----------AA--TTGgtgtaatgatccatccct
gi|25 : tgtA-AA--T-TGCAGTATTGTAGT-TT-AATT-G-AAG--AATTT-G------GCA------A-AGT---AATTGT-A-ATT-TAAT--TAA-----------TTA-CTTTT-G-T-------------------TTGT----------AC-G------T----GTAATTatcca
gi|38 : ttaattcaattaattacatttgtCA------A-TGT---AATTGT-A-ATT-TAAT--TA-----ATTAA--TTA-CTTTT-G-TG-------------------TACC------GTAAT-A------T----Ggacccatcc
gi|37 : ttgCA------A-TGT---AATTGT-A-ATT-TAAT--TA-----ATTAA--TTA-CTTTT-G-TG-------------------TACC------GTAAT-A------T----Gacgcccatccccc
gi|24 : ttgA------A-AGT---AATTGT-A-ATT-TAAT--TAA-----------TTA-CTTTT-G-CA--------------AA--TTGCAAAAATTGTAAT--------T----GCAATTT-AAATGAAG--AATC-TGGCAAacgcccatccccc
gi|43 : gA------A-AGT---AATTGT-A-ATG-TAAT--TAA-----------TTA-CATTT-G-TA--------------AA--TTGCA------GTAAT-attaattgtcatatgattatatatttttgtatgtaattcaccc
gi|25 : gT-A-ATT-CAAT--TAA-----------TTA-CATTT-G-TA--------------AA--TTGCA------GTA-T--------T----GTAGTTT-AATTGAAG--AATT-TGGCAA
gi|35 : t----TTA-CATTT-G-TA--------------AA--TTGCA------GTAATTGCAAT--T----GTAATTT-AATTGACG--AATT-TGGCAAagtaattgtaatttaattaattacttttgtttgtacgtgtaattgacccatcc
gi|28 : aTT-G-TA--------------AAA-TTGCA------GTAATTG------TAATTGTAATTT-AATTGAAG---ATT-TGGCAAagtaattgtaatgtaatta
gi|29 : T-G-TA--------------AA--TTGCA------GTAATTG------TAATTGTAATTT-AATTGAAG--AATT-TGGCAAagtaattgtaatttaattaattacttttggtgtaatgatccatccct
gi|32 : --------------AA--TTG---------TAAT--------T----GTAATTT-AATTGAAG---ATT-TGGCagtaattgtaatttaattaattacttttgtgtgtaattgatcca
gi|31 : agtAT-T------T----GTAATT--AATTGAAG--AATT-TGGCAAcaaataattgtatttatttaattacgttgtatgtattgaccccatcc
8 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): ATATTATGACAAATCATTCCAAAAAAAAAATTCTTCTTAAAAATCTTTAAATCTCCCATCTACATATACCATATATCTCTGTATGTTTTACTTATCAAAAAATATC
Unaligned ( gi|27 ): TTGCTATAAATTCTAACAATTTCAAAAAAGTAACTTGTAATTTGTATTAACGTATTAATTTACATTATCCAAGTGATGGTCATTTAATTAATTACTGTTGT
Unaligned ( gi|30 ): CAAACATTGTTTAATACCTTTAACTTAATAGTAAGAGAGAAATTTAAGTGGACAAGATCAGGATTCAAACCCATGACCACAGTCTACCA
Unaligned ( gi|34 ): ATACATTTTACTTATCAATTATCAAAATATGTATTTAGCGAAAACAAAATTCTTTTGTTGGTTGGAACTAGATACT
Unaligned ( gi|39 ): AGAATTTGGCAAAGTAATTATTATTTAATTAACTACTTTTGTATGTAATTGATTTCATCC
Unaligned ( gi|41 ): AATTGAAAAAAAAGCAATTGTAATTTTATTAATGACTTTTGTATGTAATTGACCCCAT
Unaligned ( gi|42 ): TGGCAAAGTAATTGTAATTTGATTAATTAATTTTGGATGTAATTGACCCCATCCCC
Unaligned ( gi|44 ): TAATTTAATTAATTACTTTCGTATGTAATTAACCCCATCCCTA
Alignments
lowQualScore : 333333333333 11 1111111111111 222222222222 22222222222222222222222222222 888888888888888888888 11111 1111111 111111 222222222 111 22222222222 1111 111111 111 11111 333333333 11111 33333 111111111111111111 11 2222222222222222 222222222222222222222222222 1111111 222222222 111111 3333333333333
lowQualScore : 2 2 111111111111 666 44 4 3 3 44 3 7777777777777 3 2 0 55 6 3 77777 3 6666 44 555 3 444444444444 00000000000000000000000000000 4 1 111111111111111111111 5 5555 5555 444 33 8888 888 11111 33 55 33 2 5555 2 33 7777777 5555 99999999 2222222 2 333333 33 4 33 444 2 55 111111111 111 2 2 66666666666 1111 2 2 2 000000 000 11111 33 333 2 2 2 4444 2 6666 666666666 44444 3 6 3 3 555 44 77777 3 3 77 44 3 3 7777 99999 55 3 666 3 3 55555 3 3 666666666666666666 0 00 3 3 3 77 3 0000000000000000 777777777777777777777777777 2 2 2 5555 2 9999 66 2 3333333 555555 5555 555 1 1 1 7777 1 3333 1 44444 666666666 66666666 777777777 22 888888 2222222222222 3 55 4
lowQualScore : . . ............ ... .. . . . .. . ............. . . . .. . . ..... . .... .. ... . ............ ............................. . . ..................... . .... .... ... .. .... ... ..... .. .. .. . .... . .. ....... .... ........ ....... . ...... .. . .. ... . .. ......... ... . . ........... .... . . . ...... ... ..... .. ... . . . .... . .... ......... ..... . . . . ... .. ..... . . .. .. . . .... ..... .. . ... . . ..... . . .................. . .. . . . .. . ................ ........................... . . . .... . .... .. . ....... ...... .... ... . . . .... . .... . ..... ......... ........ ......... .. ...... ............. . .. .
lowQualScore : 2 0 333333333333 999 22 2 1 1 22 1 6666666666666 1 9 6 22 2 1 77777 1 5555 66 444 1 555555555555 88888888888888888888888888888 7 5 555555555555555555555 0 3333 3333 444 44 8888 888 66666 44 99 44 5 3333 5 22 6666666 3333 55555555 4444444 1 555555 22 7 22 111 4 66 222222222 555 5 5 44444444444 3333 5 5 5 555555 666 11111 11 999 2 2 2 7777 2 2222 222222222 22222 3 7 1 1 444 22 77777 1 1 99 66 6 6 7777 11111 00 6 444 6 6 11111 6 6 000000000000000000 7 00 3 3 1 33 1 9999999999999999 999999999999999999999999999 4 5 5 3333 5 1111 11 1 2222222 222222 7777 777 7 7 7 4444 7 7777 0 33333 777777777 00000000 666666666 88 222222 1111111111111 6 55 0
consensus : CAGGAATATATATG---CATATGCACACAAA-CATAAATCTT-CTTTATTTTGGT-G-AAA--GCAC-CA----TT-------TGTGG-AAAT-CAGCAGAATCAAAATT-CCC-T-----AT-CA----TG-TCA---ATTC-TT----A---GG--CAA----G--------G--AA-----------GCA-CTT---------------------CT-G----ATC----C---AGTCGA--AAGACTTT----TC---AG-----TG--TTG--CAG--G-AA----AGA-T--T-------CTACGC----CCGG------CCTGAC-------CGCT------G--C-A--GG---A-TG--AAT---------GAC---TT-A-AC---------G-TTTG----AA-AA-GC-TT----A-TC---ATG-----AT--A---AA-AT-GCA-AT----GG-ACAGATTC--T-TTAAGT-----GTATTC-----ATTGG-GAA-AC-A-TCT---ACA--ACT-----TCA-T-T--TACT--T-AT-A----CATA---TGTC--AAT-AA---CT-A-TAT-CTT-GT-ATA-A---A----TG--------TTTGTT--AATAA-AA-TTTTG-AAAAA--TG-AC--GA------------AAT-T-TAAT--------------------TTGTAA-T-TTAA----TTG-ATT--AC-TTT-G------NCA------A----AGT---AATTGT-A-A-T----T-TAATTAA----TTACTT-----TT---------G--------TA---------AA--TTGCA------GTAAT-G------T----GTAATTT-AATTGAAG--AATT-TGGCAA
Reference ( family-1298 ) : CAGGAATATATATG---CATATGCACACAAA-CATAAATCTT-CTTTATTTTGGT-G-AAA--GCAC-CA----TN-------TGTGG-AAAT-CAGCAGAATCAAAATT-CCC-T-----AT-CA----TG-TCA---ATTC-TT----A---GG--CAA----G--------G--AA-----------GCA-CTT---------------------CT-G----ATC----C---AGTCGA--AAGACTTT----TC---AG-----TG--TTG--CAG--G-AA----AGA-T--T-------CTACGC----CCGG------CCTGAC-------CGCT------G--C-A--GG---A-TG--AAT---------GAC---TT-A-AC---------G-TTTG----AA-AA-GC-TT----A-TC---ATG-----AT--A---AA-AT-GCA-AT----GG-ACAGATTC--T-TTAAGT-----GTATTC-----ATTGG-GAA-AC-A-TCT---ACA--ACT-----TCA-T-T--TACT--T-AT-A----CATA---TGTC--AAT-AA---CT-A-TATACCG-GT-ATA-A---A----TG--------TTTGTT--AATAA-AA-TTTTG-AAAAA--TG-AC--GA------------AAT-T-TAAT--------------------TTGTAA-T-TTAA----TTA-ATT--AC-TTT-G------NCA------A----AGT---AATTGT-A-A-T----T-TAATTAA----TTACNT-----TT---------G--------TA---------AA--TTGCA------GTAAT-G------T----GTAATTT-AATTGAAG--AATT-TGGCAA
gi|1 : GCGCACAAA-CATACATCTT----TATTTTGGT-G-AAA--GCAC-CA----TT-------TGTAG-ACAT-CAGCAGAATCAAAATT-CCC-T-----AT-CG----T--TCA---ATTC-TT----A---
gi|1 : aaatgggtacaatagggatggggtaattgaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcatactaagacaaatcataccccccaaaaaatttcaatgaagaattcaaatcttaaatttcccatctacatatgtaccatgtttctctatacattttactgtaaattaccaaaaaatatatttgcataaactaattctattgttagtggaactaaatattttaaacttttcaggtatatatataaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgcgcgcgcgc-----------GCA-CAT---------------------CT-G----ATC----C---AATCGA--AAGACTTC----TC---AG-----TG--TTG--CAG--G-AA----AGA-T--T-------Caagacccaattttaagccacctcccttaatatttacctggacggagatcaaaaacataccgcacatcaatcaccaagagacaagaagcacttgtcaacacctgcacatctgatccaatcgaaagacttctcagtgttgcaggaaagattc
gi|10 : aaatgggtacaatagggatggggtaattgaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcatactaagacaaatcataccccccaaaaaatttcaatgaagaattcaaatcttaaatttcccatctacatatgtaccatgtttctctatacattttactgtaaattaccaaaaaatatatttgcataaactaattctattgttagtggaactaaatattttaaacttttcaggtatatatataaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgcgcgcgcgcgcgcacaaacatacatctttattttggtgaaagcaccatttgtagacatcagcagaatcaaaattccctatcgttcaattcttaaagacccaattttaagccacctcccttaatatttacctggacggagatcaaaaacataccgcacatcaatcaccaagagacaagaagcacttgtcaacacctCGGGAA---ACAT----CATATATAC-CA---CATAA-TCTT--TTTATTT-GGT-G-AAA--GCAG-TAA---TT-------TGTGG-AAAT-CAGCAGAAT-AAAATT-TCC-T-----AT-CA----T--TCA---ATTT-TT--------TT--CAA----G--------G--AA-----------ACA-CTTGTCAAAATACCTGCAAACATCCT-G----ATC--------ATTCGA--AAGACTTT----TC---AG-----TGTTTTGT-TGG--G-AA----AGA-T--T-------TAACGC--------------CCTGAC-------CGCT------A--C-A--GG---A-TGA-AAT---------GAC---TT-ACACCCT------G-TT------GA-AA-GC--T----A-TC---ATG------T--A---AA-AT-GCA-AT----GG-ACATAATC--T-TTAA-------GTATTC-----ATCGGCGAA-AC-A-TCT---AC---ACT-----TCA-T-T--TACT--T-AT-A----CAC-----------AT-AA---CT-A-TAT-CTT-GT-ATA-AATTA----TGGGGGTTTTTTTGTTAAAATAA-AA-
gi|11 : tatgcaattatcaaaattatttagcataaattaatttgctgttggttagaaattaaatattaaccgttA-CATAAATCTT-CTTTATTTTGGT-G-AGA--GCAC-CA----TA-------TGTGG-AAAT-CAGCAGAATCTGAATT-CCCAC-----AT-CA----TG-TCA---ATTC-TT----ACTTGT--CAACACCT--------G--CA-----------ACA---T---------------------CT-G----CTC----C---AGTCAA--AAGACTTTGNTGTC---AACATC-TG--ATC--CAGTCG-AA----AGACT--T-------TTGAGTGTTGCAGGAAAGATTCT-AC---------CT------G--C-C--TG---A-TG--AAT---------GAC---TT-A-AC---------G-TTTG----AA-AA-GT-TT----A-TC---ATG-----AT--A---AA-AT-GCA-AT----GG-ACAGATTC--T-TAAA-------GTATTC-----ATTGG-GTA-AC-A-TCT---ACA--ACT-----TCA-T-aaaaaaatt
gi|12 : aaatcttcaatgaagaattaaaatctttacatttttccttctacatgtaccatgtttctctatacctatcaaaaaatatattttgcataaactaattctattgttgattggaactaaatattttaaattaaatctttcaggaatatC-------CACT------G--C-A--GG---AATA--AATT--------GACCT-TT-A-AC---------C-TTTG----AA-A--GC-TT----AATC---ATG-----ATTAA---AA-AT-AAACAT----GG-ACAGATTC--GATTCAGT-----A-ATTCGATCAATAGG-GAATAT-A-TCTAACACA--GGT-----TCA-A-TAATACT--TCAT-A----CAAAAGGTG-C--AAT-AAGCGCT-A-TCT-CTGTGT-ATA-A---AAAG-TA--------TTTG-------AA-AA-CTT-------G--TGTAT--GA------------AAT-G-TATT--------------------GTGTAA-T-TT-A----TTA-ATT--AC-TTT-AATCCACTCG------AT---AAT---AA-TGTAA-A-T----T-TAATTAA----TAGCATTAATATT---------GTTAGTTGTTA---------AA--TTGCATAATT-GTAAT--------T----GTAATTTAAACTGAA---AATT-TAG
gi|13 : ctgcaacatctgatgcacaggcgcaaatgaaacgtgtacgggaaactcgtactctattaacaccctggatcCATGAATATA-ATA---TATGTGTACACA---CATAAATATT-CTTTATTT---------------------------------GTGG-AAAT-CAGCAAAATAAAAATT-CCC-T-----AG-C--------T-----ATTC-TT---------G--CAA----G--------G--AA-----------GCA-CTTAATTGTCAACAC---------CT-GCAACATCTAATC---AGTAGA--AAGACT-------C---AG-----TG--TTG--CAG--G-AA----AGA-T--T-------CTTTGT----CTGG------CCTGAC-------CGCT------G--C-A--GG---A-TG--A-----------------CT-A-AC---------G-TTTG----AA-AA-GC---------TG---ATG-----AT--A---AA-AT-GCA-AT----GA-ACAGATTC--T-TTAA-------GTATTA-----ATTGG-GAA-AC-A-TCT---ACA--ACT-----TCA-T-A--TACT--tgcaa
gi|14 : taagacaaattatagaaaataaaaatcttcaatgaaaatttcccttgtatcatgtttctcttgttgattggaactaaatatttaaaaccattCAGGAAAATATAT----------CACACAAAACATAAA-----ATTTATTTTGGTTG-AAA--GCAC-CATAAGTT-------TGTGG-AA---------AATC--AATT-CCA-T-----AT-CATCATTG-TCACATGTCC-TT----A---GGGCCAA----G--------GAAAA-----------GCA-CTT---------------------GT-C----AAC----C---ACTCAA--Actgtaactcactacaacaaa
gi|15 : taaagatcaaatctcctacttaacatcctgttaactatattattttcaaagttgttataaaaaaaaattaacctaatatatcttcattttgcaagaagttaaaactgaggtatcttctaggtggttgattggaactaaatattttaaaccttCAGGAATGTATTTG---CACA-----ACAAA-CATAAATCTTCCTTTATTTGAGC-GTGAA--GCA--CA----TC-------TG-GA-AAAT-CAACAGcatctatctatcgaaa
gi|16 : gcaatatttagataatcactaccccaaaaaaatattttcaaattcctccacattccactttcaatgaacaattaaatttaatttcccttctttgtaagtaccatgtttcctagatacattttacgatcagttataaaaaaaaataatatttgcataaaccctagatatatttctattgttgattggaccaccgagaatatttctaaagcctttcaaAAT-CA--AGAATTAA--TT-CCC-TCAAAGATTCA----TG-GTA---ATTA-TTTCACA---GG--CAA----GCGAAGTCAG--AATGTCAACGCCTGCA-CAT---------------------CT-G----ATC----CATTAGTCGAATAAGACTTTCA--TC---AGGGTGATG--TTGTTCAG--GTAA----AGA-T--CCATCAAACCACAC----TGGT------TCTGACTTAATTGTGCT------G--C-A--CG---A--------------------------A-AC---------GTTTTG----AAGAA-GCTTT----A-TC---ATG-----A---AGAGAA-AT-GCA-CT----GGCACAGAT
gi|17 : ----A-TC---ATG-----AT--C---AA-AT-GCA-AT----GA-ACAGATTC--T-TTAAGT-------ATTC-----GTTGG-GAA-GC-A-TCT---ACA--ACT-----TCA-T-T--TACT--T-AT-AAATGCATA---TGTC--AAT-AA---CT-A-TAT-CTT-GT-ATA-C---A----TG--------TTTATT--AATAG-AG-TTTTG-AAAAT--TG-AC--GA------------AATGT-TActcctgttttcttatattcgcatatgcgagaaatcatcact
gi|18 : tcgtactaagacaaatcaaacaaaaaatgattataaaatcttcaacgaagaatttaaatctttaattccaccatgtttctctatacattttactaatcaattatcaaaaaaaaaaaaTG-----AC--A---AG-AT-AAA-AT----GG-ACAGATTC--T-TTAAGT-------ATTC-----ATTGG-AAA-AC-AATTT---A----ATT-----TCA-T-T--TACT--T-AT-A----CATA---TGTC--AAT-AA---CT-A-TAT-CTT-GT-ATA-A---A----TG--------TT------AATAA-T--TTTTA-AAAAAGATG-AC--AA------------AAT-G-TAAT--------------------TTGTAA-T-TTAA----TTA-ATT--AC-TTT-G------TCA------A----AGT---AATTGT-A-A-T----T-TAATTAA----TTACTT-----TT---------G--------TATAT------AA--TTGt
gi|19 : tgagatattgccagaaatggtacacgactggaatgagttgcctgaagtA-CAT---------------------CT-G----ATC----C---AGTCGA--AAGATTTT----TC---AG-----TG--TTG--CAG--G-AA----AGA-T--T-------ATTTGC----CTGG------TCTGGC-------CGCT------G--C-A--GG---A-TG--AAT---------GAC---TTTA-AC---------G-TTTG----AA-AAAGC-TT----A-TC---ATA-----AT--A---AA-AT-AAA-TT----GG-GCAGATTCTTT-TTAA-------ATATTC-----ATTGG-AAA-AC-A-TCT---ACA--ACT-----TCA-T-T--CACT--T-AT-A----CATA---TGTC--AAT-AA---CT-A-TAT-CTT-GT-ATA-A---A----TG--------TTagcccatccctat
gi|2 : aacacctgcaCAGGAATATATATG---CA------CACAAT-CATAAATCTT----TATTGTGGT-G-AAA--GCAC-CA----TT-------TGTGG-AAAT-CAACGGAATCAAGATT-CCC-T-----AT-CA----TG-TCA---ATTC-TT----A---GG--CAA----G--------G--AC-----------GCA-TTTGTCAACAACTTAAACAT----CT-G----ATC----C---AGTTAA--AAGATTTT----TC---AG-----TG--TTG--CAG--G-AA----AAA-AAAC-------CTACGC----CCGG------CTTGAC-------CGCT------G--C-A--TG---A-TG--AAT---------GAC---TT-A-AT---------G-TTTG----AA-AA-GC-TT----A-TC---ATG-----AT--A---AA-AC-GCA-AT----GG-ACAGAT
gi|20 : aatgcgatataaagatagggatggggtaattgaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgccaattgcatcatactaagagaaatcataccaaaaaaatcttcaatgaagaagtaaaatctttaaaatttcccttctacataatgtaccatgtttctctatacattttacttataagttatcaaaaaatatattttacataaactaattctatttttcattggaactaaatatttcaaaccttt-GT-ATA-A---A----TG--------TTTTTT--ATTAA-AA-TTTTG-AAAAA--TG-AC--AA------------AAT-G-TAAT--------------------TTGTAA-T-TTAA----TTA-A-T--AC-TTTAA------TCAATTGATA----AGT---AATTGT-ATA-T----TGTAATTAA----TTACA------TT---------G--------TA---------A----TGCAG-----GTATT-GTAGAGTT----GTAA-TT-AATTGAAG--AATT-TGGCGA
gi|21 : tt-----------GCATCTT---------------------CTTG----ATC----C---AG-CGA--A-GACTTT----TCCCCGG-----TG--T-G--AAG--G-AA-----GA-T--C-------TTACGC----CCTG------TCTGACT------CCCTATGACGG--CAA--GA---A-TG--ACTTTTTTACCAGACGCGTT-G-ACTCCTATACCG-TTTGTAGAAA-AA-GC-TCTTCAA-TCCTAATGTCAATAC--A---AA-AT-GCA-AT----GG-ACAGATTT--T-CTaagtaatgtattaattatgtacttttgtatt
gi|22 : -----------GCATCTT---------------------CTTG----ATC----C---AG-CGA--A-GACTTT----TCCCCGG-----TG--T-G--AAG--G-AA-----GA-T--C-------TTACGC----CCTG------TCTGACT------CCCTATGACGG--CAA--GA---A-TG--ACTTTTTTACCAGACGCGTT-G-ACTCCTATACCG-TTTGTAGAAA-AA-GC-TCTTCAA-TCCTAATGTCAATAC--A---AA-AT-GCA-AT----GG-ACAGATTT--T-CT
gi|23 : TT--AATTA-AA-TTTTG-AAAAA--TT-AC--AAAATGTAATTTGTAAT-C-TAATCAATTACTTTAACAAATCAATTGTAA-T-TCAA----TTA-ATT--ACATTT-G------GCA------A----AGC---A-TTGT-A-A-T----T-TAATTAA----TTACTT-----TT---------G--------TATGT------AA--TTG
gi|24 : A------A----AGT---AATTGT-A-A-T----T-TAATTAA----TTACTT-----TT---------G--------CA---------AA--TTGCAAAAATTGTAAT--------T----GCAATTT-AAATGAAG--AATC-TGGCAAaccccatcc
gi|25 : gT-A-A-T----T-CAATTAA----TTACAT-----TT---------G--------TA---------AA--TTGCA------GT-AT--------T----GTAGTTT-AATTGAAG--AATT-TGGCAAattaattgtcatatgattatatatttttgtatgtaattcaccc
gi|25 : tTAA-T-TCAA----TTA-ATT--ACATTT-G------TAA------ATTGCAGT----ATTGT-A-G-T----T-TAATTGA----AGAATT-----TG---------G--------CA---------A-------A------GTAAT--------T----GTAATTT-AATTAAagtaattgtaatttaattaattacttttgtttgtacgtgtaattgacccatcc
gi|25 : tA------------AAT-TGCAGTA-------------------TTGTAG-T-TTAA----TTG-AAG--AA-TTT-G------GCA------A----AGT---AATTGT-A-A-T----T-TAATTAA----TTACTT-----TT---------G--------T--------------TTGT----------AC-G------T----GTAATTttacttttgtttgtacgtgtaattgacccatcc
gi|27 : ttaattcaattaattacatttgtTAACAA-TTTCA-AAAAAG-TA-AC------------------T-TGTAAT--------------------TTGTA----TTAACGTATTA-ATTT-AC-ATT-A------TCC------A----AGT---GATGGT-C-A-T----T-TAATTAA----TTACTG-----TT---------G--------Tgacccatcc
gi|28 : ttgctataaattcTTG-TAAAA--TT-GCA-GT------------AAT-TGTAAT--------------------T-GTAA-T-TTAA----TTG-AAG--A--TTT-G------GCA------A----AGT---AATTGT-A-A-T----T-TAATTAA----TTACTT-----TT---------G--------
gi|29 : T---------G--------TA---------AA--TTGCA------GTAATTG------TAATTGTAATTT-AATTGAAG--AATT-TGGCAAgtgtaatgatccatccct
gi|29 : ------------AAT-TGTAAT--------------------T-GTAA-T-TTAA----TTG-AAG--AA-TTT-G------GCA------A----AGT---AATTGT-A-A-T----T-TAATTAA----TTACTT-----TT---------G--------TGTGT------AA--TTGagtaattgtaatttaattaattacttttgtgtgtaattgatcca
gi|3 : tgtaaattgcagtCACA-CATAAATCTT----TATTTTGGT-G-AAA--GCAC-CA----TTGTTGCTATATGG-ATAT-CTCCAGAAT--AAATGACCC-T-----AT----------------AC-C-T----------G--CAA------------------------------CA---T---------------------CT-G----ATC----C---AGTCGA--AAGAATTT----CC---AG-----TG--TTG--CAG--G-AACTTTAGA-T--T-------CTATGC----CCA----------GAC-------CGCT------G--C-A--GG---A-TG--AAT---------GAC---TT-T-AC---------C-TTTG----AA-AA-GC-TT----A-TC---AGG-----AT--A---AA-AT-GCA-AT----AG-ACAGAatcca
gi|31 : ttaaaggtatttgcactagggatggggtaattgaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgacaaattatatacaaaaatatcaaatgttcaatgaagaattaaaatctttaacttcccttctaccatgtttctcgatacattttacttatcaattacccaaaaaatatatttagctgaaacttattctattgttggttagaactaaatattaacctttcaggaaaataaatt------------AAT-T-GTAT--------------------TTGTAA---TTAA----TTG-AAG--AA-TTT-G------GCA------A----AGTGA-GATTGA-A-ATT----T-TAATT-A----TTACTT-----TT---------G--------T
gi|31 : tAT-T------T----GTAATT--AATTGAAG--AATT-TGGCAAtgtaattgaccccatcccta
gi|32 : taattgt------------AAT-TGTAAT--------------------T-GTAA-T-TTAA----TTG-AAG--AT-TTG-G------CCA------A----A-T---AATTGT-A---T----T-TATTTAA----TTACG------TT---------G--------TA---------agtgagattgaaattttaattattacttttgttgtaattgaccccatcccta
gi|33 : agtC-A-TCA---ACA--ACT-----TCA-T-T--TACT--T-AT-A----CATA---TGTC--AAT-AA---CT-A-TAT-CTT-GT-TTA-A---A----TG--------TTTGCT--AATAA-GA-TTTAG-AAAAA--TG-tgtattgaccccatcc
gi|35 : A----TTACAT-----TT---------G--------TA---------AA--TTGCA------GTAATTGCAAT--T----GTAATTT-AATTGACG--AATT-TGGCAA
gi|35 : TTTG-TAAAT--TG-CA--GT------------AAT-T-GCAA--------------------TTGTAA-T-TTAA----TTG-ACG--AA-TTT-G------GCA------A----AGT---AATTGT-A-A-T----G-TAATTAagtaattgtaatgtaatta
gi|36 : attaca--T-------CTACGC----CTGG------CCTAAC-------CACT------G--C-A--TG---A-TG--AAT---------GAC---------C---------G-TTTG----AA-AA-GC-CT-----------ATG-----AT--A---AA-AA-GCA-AT----GA-ACAGATTC--
gi|37 : TT-G-------CA------A----TGT---AATTGT-A-A-TTTAAT-TAATTAA----TTACTT-----TT---------G--------TG--------------TACC------GTAAT-A------T----G
gi|38 : TT-G-------CA------A----TGT---AATTGT-A-A-TTTAAT-TAATTAA----TTACTT-----TT---------G--------TG--------------TACC------GTAAT-A------T----Gacgcccatccccc
gi|39 : -TTT-G------GCA------A----AGT---AATTAT-T-A-T----T-TAATTAA----CTACTT-----TT---------G--------TATGT------AA--TTGacgcccatccccc
gi|4 : agaaGCGCACAAA-CATACATCTT----TATTTTGGT-G-AAA--G-ACACA----TT-------TGTAG-ACAT-CAGCAGAATCAAAATT-CCC-T-----AT-CG----TGTTCA---ATTC-TT----A---atttcatcc
gi|4 : taagacaaatcataccccccaaaaaatcttcaatgaagaattcaaatcttaaatttcccatctacatatgtaccatgtttctctatacattttacttgtaaattaccaaaaaatatattttgcataaactaattctattgttgattggaactaaatattttaaacttttcagtatatattaaaagtgtgttgtgtgggtggtgtgcgcgcgcgcagcA-CAT---------------------CT-G----ATC----C---AATCGA--AAGACTTC----TC---AG-----TG--TTG--CAG--G-AA----AGA-T--T-------CTACAT----CCGG------CTTGAC-------CAGT------GTTC-ATTGGTATA-TGTCAAT---------GAC---Taagacccaattttaagccacctcccttaatatttacctggacggagatcaaaaacataccgcacatcaatcacccaagaagacaagaagcactttgtcaacacctgcaacatctgatccaatcgaaagacttctcagtgttgcaggaaagattctacatccggcttgaccagtgttcattggtatatgtcaatgact
gi|40 : taagacaaatcataccccccaaaaaatcttcaatgaagaattcaaatcttaaatttcccatctacatatgtaccatgtttctctatacattttacttgtaaattaccaaaaaatatattttgcataaactaattctattgttgattggaactaaatattttaaacttttcagtatatattaaaagtgtgttgtgtgggtggtgtgcgcgcgcgcagcgcgcacaaacatacatctttattttggtgaaagacacatttgtagacatcagcagaatcaaaattccctatcgtgttcaattcttaaagacccaattttaagccacctcccttaatatttacctggacggagatcaaaaacataccgcacatcaatcacccaagaagacaagaagcactttgtcaacacctgcaTT----TC---AG-----TG--TTG--CAG--G-AG----AGA-T--T-------CTACGC----CCAG------CCTGAC-------CTCT------G--C-A--AG---A-TG--AAT---------GAC---TT-A-
gi|41 : A------A----AGC---AATTGT-A-A-T----T-TTATTAA----TGACTT-----TT---------G--------TATGT------AA--TTG
gi|42 : aattgaaaaaT-G------GCA------A----AGT---AATTGT-A-A-T----T-TGATTAA----TTAATT-----TT---------G--------GATGT------AA--TTGaccccat
gi|43 : A------A----AGT---AATTGT-A-A-T----G-TAATTAA----TTACAT-----TT---------G--------TA---------AA--TTGCA------GTAAT-accccatcccc
gi|5 : gCAGGAATATATATGGATTATATGCACACAAA-CATAAATTTT-CTTCATTTTGGT-G-AAA--GCAC-CA----TA-------TATGG-AAAT-CAGCAGAATCAAAATT-CTC-T-----AT-CA----TG-TCA---ATTC-TT----A---AG--CAA----G--------G--AA-----------GCA-CTT---------------------CT-G----ATC----C---AGTCGA--AAGACTTT----TC---GG-----TG--TTG--AAG--G-AA----AGA-T--T-------CTATGC----CCGG------TCTGAC-------CCCT------G--C-A--GA---A-AG--AAT---------GAC---TT-A-AC---------G-TTTG----AA-AA-GC-TT----A-TC---ATG-----AT--A---AA-AT-GCA-AT----GG-ACAGATTT--T-TTAAGTACCG-GTATTC-----ATTGG-GAA-AC-A-TCT---ACA--ACT-----TCA-T-T--TACT--G-AT-A----CATT---TGTC--AAT-AA---CT-A-TATACCG-GTAATA-A---A----TG--------TTTGTT--AATAA-AA-TTTTG-AAAAA--TG-AC--AA------------AAT-T-TAAT--------------------TTGTAA-T-TTAA----TTA-ATT--GC-TTT-A------TCA------A----AGT---AATTGT-A-A-T----T-TAATTAACATTTTACAT-----TT---------G--------TA---------AA--TTGCA------GTAAT-G------T----GTAATTT-AATTGAAG--AATT-TGGCAA
gi|6 : CAGAAATATATATG---C-----C-CACAAA-CATAAATCTT-CTTTATTT-GGT-G-AAA--GCAC-CA----TT-------TGTGG-AAAT-CCGCAGAAT--AAATT-CCC-T-----AT-CA----TG-TCA----TTC-TT---------G--CAA----G--------G--AA-----------GCA-CTTGTCAACACCTGCAACAT----CT-G----ATC----C---AGTCGA--AAGACTTT----TC---AG-----TG--TTG--CAG--G-AA----AGA-C--T-------TTACGT----CCGG------CCTGAC-------CACT------G--C-A-------A-TG--AAT---------GAC---TT-A-AC---------A-TTTG----AA-AA-GC-TT-----------ATG-----AT--C---TA-AT-GC--AT----GG-ACAGATTC-----TA--------GTATTC-----ATTGG-GAA-AC---TCT---ACA--ACG-----TCATT-T--TACT--T-AT-A----C------TGTC--AAT-AA---CT-A-TATA
gi|7 : atactaagacaaatcataccccaaaaaaatcttcaatgaaagaatttaaagatctcaaatttcacttctacatgtaacatttttttctatacattttacttatcaaaaatatattttgcattaactagttttattattgattggaactaaatatattaaacctttCACA-AAA-CATAA----T-CTTTATTTTGGT-G-AGAAGGCAC-CA----TTG------TGTGGGAAATGCAACAG--TCAAAAGT-CCC-T-----AT-CA----TG-CCA---ATTCTTT----A---GG--CAA----A--------G--AA-----------GC--CTT---------------------tt
gi|7 : A-AA-GC-TT----A-TC---ATG-----AT--A---AAGATGGCA-ATTTTGGG-ACAGA-----T-TTAAGT-----AAATCG-----ATTGG-GAAGAC-G-ATT---ACGGTACTTGTACTTA-T-T--TACT--T-TT-A----C-TA---GGTC--ATT-AA---TT-A-TG-ATC--TT-ATA-A------------------TTTTTTCAAATAA-AAGTTTTGAAAAAA--TG-ACAAAA------------AATGT-TAAT--------------------TTGTAATT-TTAA----TTGTATTCAAC-TTT-A------TCA------A----AGT---ATGTGT-G-A-T----T-TAATT-A----TTACAT-----TT---------G--------TA---------AAGGTTGCA------GTATT-G-----------GTAATTT-AATTGAAGGAAATTGTAGCAAggtcacaccgtgccagacgatctggaccgcatcgaaagcttatcatgataaagatggcaattttgggacagatttaagtaaatcgattgggaagacgattacggtacttgtacttatttacttttactaggtcattaattatgatcttataattttttcaaataaaagttttgaaaaaatgacaaaaaatgttaatttgtaattttaattgtattcaactttatcaaagtatgtgtgatttaattattacatttgtaaaggttgcagtattggtaatttaattgaaggaaattgtagcaaagtaaaaatttaaatttgatgtaattactttgtgtatgtaatttgacccatcg
gi|8 : cacaaaacataatctttattttggtgagaaggcaccattgtgtgggaaatgcaacagtcaaaagtccctatcatgccaattctttaggcaaagaagccttggtcacaccgtgccagacgatctggaccgcatcgA-CAT---------------------CT-G----ATC----C---AGGCGA--GAA----------C---AG-----TG--TTG--CGG--G-GA----TGA-A--T-------CTATAC----AC--------CCTGAC-------CACT------G--C-A--GG---A-TA--AAT---------GAC---TT-A-AC---------C-TTTG----AA-AA-GC-TT----A-TCT--ATG-----AT--G---AA-AT---A-AT----GA-ACAGATCA-----TAAGTTCTAGATCTTCTCA--AGTGA-GAA-ATAA-TCT---CCA--AAT-----TCA-TGTG-TACTGAT-ATAA----CA-A---AATCCAAATCAG---CTGA-TAGTCTT-GT-ATAGG---A----TG--------ATTATT--GACAA-AC-T------------TG-AT--GA------------AAT-G-TATG--------------------CTGTAA-TATTAA----TTA-ATT--AC-TTT-A--------A------A----AGCAAGAATTGT-A-A-T----T-TAA-TAA----TTACAT-----TTATTTGAAGAG--------TGTGCTGAAATAA--TTGTG------GTAAT--------T----ATAAGTT-CATGGAAG--AATA-TGGagtaaaaatttaaatttgatgtaattactttgtgtatgtaatttgacccatcg
gi|9 : cgtgtccaacctcatacaaaagaatttaaagtcgaacacctgcaCGGGAACAT--------CATATATACGCA---CATAAATCTT-CTTTATTTTGGT-G-AAA--GCAG-TA----TT-------TGTGG-AAAT-CAGCAGAATCAAAATTTCCC-T-----AT-CA----TG-TCA---ATTT-TT------------TAA----G--------G--AA-----------ACA-CTTGTCAATACCTGCAACAT----CT-G----ATC----C---ATTCGA--AAGACTTT----TC---AG-----TG--TTG--TTG--G-AA----AGA-T--T-------TAACGC----CC----------TGAC-------CGCT------A--C-A--GG---A-TG--AAT---------GAC---TT-A-AC---------T-GTTG----AA-AA-GC-TT----A-TC---ATG-----AT--A---AA-AT-GCA-AT----GG-ACATATTC--T-T--AGT-------ATTC-----ATCGG-GAA-AC-A-TCT---ACA---CT-----TCA-T-T--TACT--T-AT-A----CACA---T---------AA---CT-AATAT-CTT-GT-ATA-A---AATAATG--------TTTGTT--AATAA-AA-TTTTG-AAGAA--CG-AG--AG------------AAT-----------------------------GTAA-T-TTAA----TTA-ATT--gcgaagtgaattagtaatttaattaattacttttctagtgtaatgaacctcacgtccta
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): ATATTATGACAAATCATTCCAAAAAAAAAATTCTTCTTAAAAATCTTTAAATCTCCCATCTACATATACCATATATCTCTGTATGTTTTACTTATCAAAAAATATC
Unaligned ( gi|30 ): CAAACATTGTTTAATACCTTTAACTTAATAGTAAGAGAGAAATTTAAGTGGACAAGATCAGGATTCAAACCCATGACCACAGTCTACCA
Unaligned ( gi|34 ): ATACATTTTACTTATCAATTATCAAAATATGTATTTAGCGAAAACAAAATTCTTTTGTTGGTTGGAACTAGATACT
Unaligned ( gi|44 ): TAATTTAATTAATTACTTTCGTATGTAATTAACCCCATCCCTA
Alignments
lowQualScore : 333333333333 11 1111111111111 222222222222 22222222222222222222222222222 888888888888888888888 11111 111111111 1111111 111111 222222222 111 22222222222 1111 111111 111 11111 333333333 11111 111111111111111111 11 2222222222222222 222222222222222222222222222 11111111111111 1111111 2222222 1111111 3333333333333
lowQualScore : 2 2 111111111111 666 44 4 3 3 44 3 3333333333333 3 2 0 55 6 3 77777 3 6666 44 555 3 444444444444 00000000000000000000000000000 4 1 111111111111111111111 5 5555 5555 444 33 8888 888 11111 33 33 2 33 2 5555 2 33 7777777 5555 111111111 2222222 2 333333 33 4 33 444 2 33 2 111111111 111 2 2 66666666666 1111 2 2 2 000000 000 11111 33 333 2 2 2 4444 2 6666 666666666 44444 3 6 3 3 555 44 77777 3 3 77 44 3 3 7777 2 666 0 55 3 666 3 3 3 3 3 3 3 3 666666666666666666 0 00 3 3 2 66 5 1111111111111111 777777777777777777777777777 44 2 2 2 2 7777 2 77777777777777 2 2222222 555555 5555 444 22 1 1 1 7777 1 1 44444 3333 22 7777777777 55555555 5555555 22 8888888 4444444444444 4 66 4
lowQualScore : . . ............ ... .. . . . .. . ............. . . . .. . . ..... . .... .. ... . ............ ............................. . . ..................... . .... .... ... .. .... ... ..... .. .. . .. . .... . .. ....... .... ......... ....... . ...... .. . .. ... . .. . ......... ... . . ........... .... . . . ...... ... ..... .. ... . . . .... . .... ......... ..... . . . . ... .. ..... . . .. .. . . .... . ... . .. . ... . . . . . . . . .................. . .. . . . .. . ................ ........................... .. . . . . .... . .............. . ....... ...... .... ... .. . . . .... . . ..... .... .. .......... ........ ....... .. ....... ............. . .. .
lowQualScore : 2 0 333333333333 999 22 2 1 1 22 1 5555555555555 1 9 6 22 2 1 77777 1 5555 66 444 1 555555555555 88888888888888888888888888888 7 5 555555555555555555555 0 3333 3333 444 44 8888 888 66666 44 44 5 44 5 3333 5 22 6666666 3333 888888888 4444444 1 555555 22 7 22 111 4 22 4 222222222 555 5 5 44444444444 3333 5 5 5 555555 666 11111 11 999 2 2 2 7777 2 2222 222222222 22222 3 7 1 1 444 22 77777 1 1 99 66 6 6 7777 7 444 5 00 6 444 6 6 6 6 6 3 6 6 000000000000000000 7 00 3 3 9 88 7 2222222222222222 888888888888888888888888888 22 4 4 4 4 4444 4 44444444444444 0 6666666 000000 4444 888 44 7 7 7 1111 7 7 00000 5555 22 0000000000 88888888 0000000 88 9999999 1111111111111 0 11 4
consensus : CAGGAATATATATG---CATATGCACACAAA-CATAAATCTT-CTTTATTTTGGT-G-AAA--GCAC-CA----TT-------TGTGG-AAAT-CAGCAGAATCAAAATT-CCC-T-----AT-CA----TG-TCA---ATTC-TT----A---GG--CAA----G--------G--AA-----------GCA-CTT---------------------CT-G----ATC----C---AGTCGA--AAGACTTT----TC---AG-----TGTT--G--C-AG--G-AA----AGA-T--T-------CTACGC----CCGG------CCTGAC-------CGCT------G--C-A--GG---A-TG--AA-T---------GAC---TT-A-AC---------G-TTTG----AA-AA-GC-TT----A-TC---ATG-----AT--A---AA-AT-GCA-AT----GG-ACAGATTC--T-TTAAGT-----GTATTC-----ATTGG-GAA-AC-A-TCT---ACA--ACT-----TCA-T-T--TACT--T-AT-A----CATA---TGTC--AAT-AA---CT-A-T-A-T-CT-TGT-ATA-A---A----TG--------TTTGTT--AATAA-AA-TTTTG-AAAAA--TG-AC--GA------------AAT-T-TAAT--------------------T-TG-TAA-T-T-TAA----TTG-AT-------T--AC-TTT-G------GCA------A----AGT---AA--TT-GT-A-AT----T-T-AATTA-----A----TTAC-TTT----------TG--------TA-------AA--TTGCA------GTAAT-G------T----GTAATTT-AATTGAAG--AATT-TGGCAA
Reference ( family-1298 ) : CAGGAATATATATG---CATATGCACACAAA-CATAAATCTT-CTTTATTTTGGT-G-AAA--GCAC-CA----TT-------TGTGG-AAAT-CAGCAGAATCAAAATT-CCC-T-----AT-CA----TG-TCA---ATTC-TT----A---GG--CAA----G--------G--AA-----------GCA-CTT---------------------CT-G----ATC----C---AGTCGA--AAGACTTT----TC---AG-----TGTT--G--C-AG--G-AA----AGA-T--T-------CTACGC----CCGG------CCTGAC-------CGCT------G--C-A--GG---A-TG--AA-T---------GAC---TT-A-AC---------G-TTTG----AA-AA-GC-TT----A-TC---ATG-----AT--A---AA-AT-GCA-AT----GG-ACAGATTC--T-TTAAGT-----GTATTC-----ATTGG-GAA-AC-A-TCT---ACA--ACT-----TCA-T-T--TACT--T-AT-A----CATA---TGTC--AAT-AA---CT-A-T-A-T-CT-TGT-ATA-A---A----TG--------TTTGTT--AATAA-AA-TTTTG-AAAAA--TG-AC--GA------------AAT-T-TAAT--------------------T-TG-TAA-T-T-TAA----TTG-AT-------T--AC-TTT-G------NCA------A----AGT---AA--TT-GT-A-AT----T-T-AATTA-----A----TTAC-TTT----------TG--------TA-------AA--TTGCA------GTAAT-G------T----GTAATTT-AATTGAAG--AATT-TGGCAA
gi|1 : GCGCACAAA-CATACATCTT----TATTTTGGT-G-AAA--GCAC-CA----TT-------TGTAG-ACAT-CAGCAGAATCAAAATT-CCC-T-----AT-CG----T--TCA---ATTC-TT----A---
gi|1 : aaatgggtacaatagggatggggtaattgaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcatactaagacaaatcataccccccaaaaaatttcaatgaagaattcaaatcttaaatttcccatctacatatgtaccatgtttctctatacattttactgtaaattaccaaaaaatatatttgcataaactaattctattgttagtggaactaaatattttaaacttttcaggtatatatataaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgcgcgcgcgc-----------GCA-CAT---------------------CT-G----ATC----C---AATCGA--AAGACTTC----TC---AG-----TGTT--G--C-AG--G-AA----AGA-T--T-------Caagacccaattttaagccacctcccttaatatttacctggacggagatcaaaaacataccgcacatcaatcaccaagagacaagaagcacttgtcaacacctgcacatctgatccaatcgaaagacttctcagtgttgcaggaaagattc
gi|10 : aaatgggtacaatagggatggggtaattgaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcatactaagacaaatcataccccccaaaaaatttcaatgaagaattcaaatcttaaatttcccatctacatatgtaccatgtttctctatacattttactgtaaattaccaaaaaatatatttgcataaactaattctattgttagtggaactaaatattttaaacttttcaggtatatatataaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgcgcgcgcgcgcgcacaaacatacatctttattttggtgaaagcaccatttgtagacatcagcagaatcaaaattccctatcgttcaattcttaaagacccaattttaagccacctcccttaatatttacctggacggagatcaaaaacataccgcacatcaatcaccaagagacaagaagcacttgtcaacacctCGGGAA---ACAT----CATATATAC-CA---CATAA-TCTT--TTTATTT-GGT-G-AAA--GCAG-TAA---TT-------TGTGG-AAAT-CAGCAGAAT-AAAATT-TCC-T-----AT-CA----T--TCA---ATTT-TT--------TT--CAA----G--------G--AA-----------ACA-CTTGTCAAAATACCTGCAAACATCCT-G----ATC--------ATTCGA--AAGACTTT----TC---AG-----TGTTTTG--TTGG--G-AA----AGA-T--T-------TAACGC----CC----------TGAC-------CGCT------A--C-A--GG---A-TG--AAAT---------GAC---TT-ACACCCT------G-TT------GA-AA-GC-T-----A-TC---ATG------T--A---AA-AT-GCA-AT----GG-ACATAATC--T-TTAAGT-------ATTC-----ATCGGCGAA-AC-A-TCT---ACA---CT-----TCA-T-T--TACT--T-AT-A----CACA---T---------AA---CT-A-T-A-T-CT-TGT-ATA-AATTA----TGGGGGTTTTTTTGTTAAAATAA-AA-
gi|11 : tatgcaattatcaaaattatttagcataaattaatttgctgttggttagaaattaaatattaaccgttA-CATAAATCTT-CTTTATTTTGGT-G-AGA--GCAC-CA----TA-------TGTGG-AAAT-CAGCAGAATCTGAATT-CCCAC-----AT-CA----TG-TCA---ATTC-TT----ACTTGT--CAACACCT--------G--CA-----------ACA---T---------------------CT-G----CTC----C---AGTCAA--AAGACTTTGNTGTC---AACATC-TGAT--C--C-AGTCG-AA----AGACT--T-------TTGAGTGTTGCAGGAAAGATTCT-AC---------CT------G--C-C--TG---A-TG--AA-T---------GAC---TT-A-AC---------G-TTTG----AA-AA-GT-TT----A-TC---ATG-----AT--A---AA-AT-GCA-AT----GG-ACAGATTC--T-TAAA-------GTATTC-----ATTGG-GTA-AC-A-TCT---ACA--ACT-----TCA-T-aaaaaaatt
gi|12 : aaatcttcaatgaagaattaaaatctttacatttttccttctacatgtaccatgtttctctatacctatcaaaaaatatattttgcataaactaattctattgttgattggaactaaatattttaaattaaatctttcaggaatatC-------CACT------G--C-A--GG---AATA--AA-TT--------GACCT-TT-A-AC---------C-TTTG----AA-A--GC-TT----AATC---ATG-----ATTAA---AA-AT-AAACAT----GG-ACAGATTC--GATTCAGT-----A-ATTCGATCAATAGG-GAATAT-A-TCTAACACA--GGT-----TCA-A-TAATACT--TCAT-A----CAAAAGGTG-C--AAT-AAGCGCT-A-T-C-T-CTGTGT-ATA-A---AAAG-TA--------TTTG-------AA-AA-CTT-------G--TGTAT--GA------------AAT-G-TATT--------------------G-TG-TAA-T-T-T-A----TTA-AT-------T--AC-TTT-AATCCACTCG------AT---AAT---AA---T-GTAA-AT----T-T-AATTAATAGCA----TTAA-TAT----------TGTTAGTTGTTA-------AA--TTGCATAATT-GTAAT--------T----GTAATTTAAACTGAA---AATT-TAG
gi|13 : ctgcaacatctgatgcacaggcgcaaatgaaacgtgtacgggaaactcgtactctattaacaccctggatcCATGAATATA-ATA---TATGTGTACACA---CATAAATATT-CTTTATTT---------------------------------GTGG-AAAT-CAGCAAAATAAAAATT-CCC-T-----AG-C--------T-----ATTC-TT---------G--CAA----G--------G--AA-----------GCA-CTTAATTGTCAACAC---------CT-GCAACATCTAATC---AGTAGA--AAGACT-------C---AG-----TGTT--G--C-AG--G-AA----AGA-T--T-------CTTTGT----CTGG------CCTGAC-------CGCT------G--C-A--GG---A-TG--A------------------CT-A-AC---------G-TTTG----AA-AA-GC---------TG---ATG-----AT--A---AA-AT-GCA-AT----GA-ACAGATTC--T-TTAA-------GTATTA-----ATTGG-GAA-AC-A-TCT---ACA--ACT-----TCA-T-A--TACT--tgcaa
gi|14 : taagacaaattatagaaaataaaaatcttcaatgaaaatttcccttgtatcatgtttctcttgttgattggaactaaatatttaaaaccattCAGGAAAATATAT----------CACACAAAACATAAA-----ATTTATTTTGGTTG-AAA--GCAC-CATAAGTT-------TGTGG-AA---------AATC--AATT-CCA-T-----AT-CATCATTG-TCACATGTCC-TT----A---GGGCCAA----G--------GAAAA-----------GCA-CTT---------------------GT-C----AAC----C---ACTCAA--Actgtaactcactacaacaaa
gi|15 : taaagatcaaatctcctacttaacatcctgttaactatattattttcaaagttgttataaaaaaaaattaacctaatatatcttcattttgcaagaagttaaaactgaggtatcttctaggtggttgattggaactaaatattttaaaccttCAGGAATGTATTTG---CACA-----ACAAA-CATAAATCTTCCTTTATTTGAGC-GTGAA--GCA--CA----TC-------TG-GA-AAAT-CAACAGcatctatctatcgaaa
gi|16 : gcaatatttagataatcactaccccaaaaaaatattttcaaattcctccacattccactttcaatgaacaattaaatttaatttcccttctttgtaagtaccatgtttcctagatacattttacgatcagttataaaaaaaaataatatttgcataaaccctagatatatttctattgttgattggaccaccgagaatatttctaaagcctttcaaAAT-CA--AGAATTAA--TT-CCC-TCAAAGATTCA----TG-GTA---ATTA-TTTCACA---GG--CAA----GCGAAGTCAG--AATGTCAACGCCTGCA-CAT---------------------CT-G----ATC----CATTAGTCGAATAAGACTTTCA--TC---AGGGTGATGTT--GTTC-AG--GTAA----AGA-T--CCATCAAACCACAC----TGGT------TCTGACTTAATTGTGCT------G--C-A--CG---A---------------------------A-AC---------GTTTTG----AAGAA-GCTTT----A-TC---ATG-----A---AGAGAA-AT-GCA-CT----GGCACAGAT
gi|17 : ----A-TC---ATG-----AT--C---AA-AT-GCA-AT----GA-ACAGATTC--T-TTAAGT-------ATTC-----GTTGG-GAA-GC-A-TCT---ACA--ACT-----TCA-T-T--TACT--T-AT-AAATGCATA---TGTC--AAT-AA---CT-A-T-A-T-CT-TGT-ATA-C---A----TG--------TTTATT--AATAG-AG-TTTTG-AAAAT--TG-AC--GA------------AATGT-TActcctgttttcttatattcgcatatgcgagaaatcatcact
gi|18 : tcgtactaagacaaatcaaacaaaaaatgattataaaatcttcaacgaagaatttaaatctttaattccaccatgtttctctatacattttactaatcaattatcaaaaaaaaaaaaTG-----AC--A---AG-AT-AAA-AT----GG-ACAGATTC--T-TTAAGT-------ATTC-----ATTGG-AAA-AC-AATTT---A----ATT-----TCA-T-T--TACT--T-AT-A----CATA---TGTC--AAT-AA---CT-A-T-A-T-CT-TGT-ATA-A---A----TG--------TT------AATAA-T--TTTTA-AAAAAGATG-AC--AA------------AAT-G-TAAT--------------------T-TG-TAA-T-T-TAA----TTA-AT-------T--AC-TTT-G------TCA------A----AGT---AA--TT-GT-A-AT----T-T-AATTA-----A----TTAC-TTT----------TG--------TATAT----AA--TTGt
gi|19 : tgagatattgccagaaatggtacacgactggaatgagttgcctgaagtA-CAT---------------------CT-G----ATC----C---AGTCGA--AAGATTTT----TC---AG-----TGTT--G--C-AG--G-AA----AGA-T--T-------ATTTGC----CTGG------TCTGGC-------CGCT------G--C-A--GG---A-TG--AA-T---------GAC---TTTA-AC---------G-TTTG----AA-AAAGC-TT----A-TC---ATA-----AT--A---AA-AT-AAA-TT----GG-GCAGATTCTTT-TTAA-------ATATTC-----ATTGG-AAA-AC-A-TCT---ACA--ACT-----TCA-T-T--CACT--T-AT-A----CATA---TGTC--AAT-AA---CT-A-T-A-T-CT-TGT-ATA-A---A----TG--------TTagcccatccctat
gi|2 : aacacctgcaCAGGAATATATATG---CA------CACAAT-CATAAATCTT----TATTGTGGT-G-AAA--GCAC-CA----TT-------TGTGG-AAAT-CAACGGAATCAAGATT-CCC-T-----AT-CA----TG-TCA---ATTC-TT----A---GG--CAA----G--------G--AC-----------GCA-TTTGTCAACAACTTAAACAT----CT-G----ATC----C---AGTTAA--AAGATTTT----TC---AG-----TGTT--G--C-AG--G-AA----AAA-AAAC-------CTACGC----CCGG------CTTGAC-------CGCT------G--C-A--TG---A-TG--AA-T---------GAC---TT-A-AT---------G-TTTG----AA-AA-GC-TT----A-TC---ATG-----AT--A---AA-AC-GCA-AT----GG-ACAGAT
gi|20 : aatgcgatataaagatagggatggggtaattgaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgccaattgcatcatactaagagaaatcataccaaaaaaatcttcaatgaagaagtaaaatctttaaaatttcccttctacataatgtaccatgtttctctatacattttacttataagttatcaaaaaatatattttacataaactaattctatttttcattggaactaaatatttcaaacctttT-TGT-ATA-A---A----TG--------TTTTTT--ATTAA-AA-TTTTG-AAAAA--TG-AC--AA------------AAT-G-TAAT--------------------T-TG-TAA-T-T-TAA----TTA-A--------T--AC-TTTAA------TCAATTGATA----AGT---AA--TT-GT-ATAT----TGT-AATTA-----A----TTAC--AT----------TG--------TA-------A----TGCAG-----GTATT-GTAGAGTT----GTAA-TT-AATTGAAG--AATT-TGGCGA
gi|21 : -----------GCATCTT---------------------CTTG----ATC----C---AG-CGA--A-GACTTT----TCCCCGG-----TGT---G--A-AG--G-AA-----GA-T--C-------TTACGC----CCTG------TCTGACT------CCCTATGACGG--CAA--GA---A-TG--AC-TTTTTTACCAGACGCGTT-G-ACTCCTATACCG-TTTGTAGAAA-AA-GC-TCTTCAA-TCCTAATGTCAATAC--A---AA-AT-GCA-AT----GG-ACAGATTT--T-CTaagtaatgtattaattatgtacttttgtatt
gi|22 : -----------GCATCTT---------------------CTTG----ATC----C---AG-CGA--A-GACTTT----TCCCCGG-----TGT---G--A-AG--G-AA-----GA-T--C-------TTACGC----CCTG------TCTGACT------CCCTATGACGG--CAA--GA---A-TG--AC-TTTTTTACCAGACGCGTT-G-ACTCCTATACCG-TTTGTAGAAA-AA-GC-TCTTCAA-TCCTAATGTCAATAC--A---AA-AT-GCA-AT----GG-ACAGATTT--T-CT
gi|23 : TT--AATTA-AA-TTTTG-AAAAA--TT-AC--AAAATGTAATTTGTAAT-C-TAATCAATTACTTTAACAAATCAAT-TG-TAA-T-T-CAA----TTA-AT-------T--ACATTT-G------GCA------A----AGC---A---TT-GT-A-AT----T-T-AATTA-----A----TTAC-TTT----------TG--------TATGT----AA--TTG
gi|24 : A------A----AGT---AA--TT-GT-A-AT----T-T-AATTA-----A----TTAC-TTT----------TG--------CA-------AA--TTGCAAAAATTGTAAT--------T----GCAATTT-AAATGAAG--AATC-TGGCAAaccccatcc
gi|25 : gT-A-AT----T-C-AATTA-----A----TTAC-ATT----------TG--------TA-------AA--TTGCA------GT-AT--------T----GTAGTTT-AATTGAAG--AATT-TGGCAAattaattgtcatatgattatatatttttgtatgtaattcaccc
gi|25 : t-TAA-T-T-CAA----TTA-AT-------T--ACATTT-G------TAA------ATTGCAGT---A---TT-GT-A-GT----T-T-AATTG-----A----AGAA-TTT----------GG--------CA-------AA-------------GTAAT--------T----GTAATTT-AATTAAagtaattgtaatttaattaattacttttgtttgtacgtgtaattgacccatcc
gi|25 : tA------------AAT-TGCAGTA-------------------T-TG-TAG-T-T-TAA----TTG-AA-------G--AA-TTT-G------GCA------A----AGT---AA--TT-GT-A-AT----T-T-AATTA-----A----TTAC-TTT----------TG--------T------------TTGT----------AC-G------T----GTAATTttacttttgtttgtacgtgtaattgacccatcc
gi|27 : ttaattcaattaattacatttgtTAACAA-TTTCA-AAAAAG-TA-AC------------------T-TGTAAT--------------------T-TG-TA----T-TAACGTATTA-AT-------TT-AC-ATT-A------TCC------A----AGT---GA--TG-GT-C-AT----T-T-AATTA-----A----TTAC-TGT----------TG--------Tgacccatcc
gi|28 : ttgctataaattcTTG-TAAAA--TT-GCA-GT------------AAT-TGTAAT--------------------T--G-TAA-T-T-TAA----TTG-AA-------G--A--TTT-G------GCA------A----AGT---AA--TT-GT-A-AT----T-T-AATTA-----A----TTAC-TTT----------TG--------
gi|29 : ----------TG--------TA-------AA--TTGCA------GTAATTG------TAATTGTAATTT-AATTGAAG--AATT-TGGCAAgtgtaatgatccatccct
gi|29 : ------------AAT-TGTAAT--------------------T--G-TAA-T-T-TAA----TTG-AA-------G--AA-TTT-G------GCA------A----AGT---AA--TT-GT-A-AT----T-T-AATTA-----A----TTAC-TTT----------TG--------TGTGT----AA--TTGagtaattgtaatttaattaattacttttgtgtgtaattgatcca
gi|3 : tgtaaattgcagtCACA-CATAAATCTT----TATTTTGGT-G-AAA--GCAC-CA----TTGTTGCTATATGG-ATAT-CTCCAGAAT--AAATGACCC-T-----AT----------------AC-C-T----------G--CAA------------------------------CA---T---------------------CT-G----ATC----C---AGTCGA--AAGAATTT----CC---AG-----TGTT--G--C-AG--G-AACTTTAGA-T--T-------CTATGC----CCA----------GAC-------CGCT------G--C-A--GG---A-TG--AA-T---------GAC---TT-T-AC---------C-TTTG----AA-AA-GC-TT----A-TC---AGG-----AT--A---AA-AT-GCA-AT----AG-ACAGAatcca
gi|31 : ttaaaggtatttgcactagggatggggtaattgaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgacaaattatatacaaaaatatcaaatgttcaatgaagaattaaaatctttaacttcccttctaccatgtttctcgatacattttacttatcaattacccaaaaaatatatttagctgaaacttattctattgttggttagaactaaatattaacctttcaggaaaataaatt------------AAT-T-GTAT--------------------T-TG-TAA-T-T--AA----TTG-AA-------G--AA-TTT-G------GCA------A----AGT---GAGATT-GA-A-AT----T-TTAATTA----------TTAC-TTT----------TG--------T
gi|32 : t------------AAT-TGTAAT--------------------T--G-TAA-T-T-TAA----TTG-AA-------G--A--TTT-G------GCC------A----AAT---AA--TT-GT---AT----T-T-ATTTA-----A----TTAC--GT----------TG--------TA-------tgtaattgaccccatcccta
gi|33 : agtC-A-TCA---ACA--ACT-----TCA-T-T--TACT--T-AT-A----CATA---TGTC--AAT-AA---CT-A-T-A-T-CT-TGT-TTA-A---A----TG--------TTTGCT--AATAA-GA-TTTAG-AAAAA--TG-tgtattgaccccatcc
gi|35 : -----A----TTAC-ATT----------TG--------TA-------AA--TTGCA------GTAATTGCAAT--T----GTAATTT-AATTGACG--AATT-TGGCAA
gi|35 : TTTG-TAAAT--TG-CA--GT------------AAT-T-GCAA--------------------T-TG-TAA-T-T-TAA----TTG-AC-------G--AA-TTT-G------GCA------A----AGT---AA--TT-GT-A-AT----G-T-AATTA-----agtaattgtaatgtaatta
gi|36 : attaca--T-------CTACGC----CTGG------CCTAAC-------CACT------G--C-A--TG---A-TG--AA-T---------GAC---------C---------G-TTTG----AA-AA-GC-CT-----------ATG-----AT--A---AA-AA-GCA-AT----GA-ACAGATTC--
gi|37 : TT-G-------CA------A----TGT---AA--TT-GT-A-ATTTAAT-T-AATTA-----A----TTAC-TTT----------TG--------TG------------TACC------GTAAT-A------T----G
gi|38 : TT-G-------CA------A----TGT---AA--TT-GT-A-ATTTAAT-T-AATTA-----A----TTAC-TTT----------TG--------TG------------TACC------GTAAT-A------T----Gacgcccatccccc
gi|39 : -TTT-G------GCA------A----AGT---AA--TT-AT-T-AT----T-T-AATTA-----A----CTAC-TTT----------TG--------TATGT----AA--TTGacgcccatccccc
gi|4 : agaaGCGCACAAA-CATACATCTT----TATTTTGGT-G-AAA--G-ACACA----TT-------TGTAG-ACAT-CAGCAGAATCAAAATT-CCC-T-----AT-CG----TGTTCA---ATTC-TT----A---atttcatcc
gi|4 : taagacaaatcataccccccaaaaaatcttcaatgaagaattcaaatcttaaatttcccatctacatatgtaccatgtttctctatacattttacttgtaaattaccaaaaaatatattttgcataaactaattctattgttgattggaactaaatattttaaacttttcagtatatattaaaagtgtgttgtgtgggtggtgtgcgcgcgcgcagcA-CAT---------------------CT-G----ATC----C---AATCGA--AAGACTTC----TC---AG-----TGTT--G--C-AG--G-AA----AGA-T--T-------CTACAT----CCGG------CTTGAC-------CAGT------GTTC-ATTGGTATA-TGTCAA-T---------GAC---Taagacccaattttaagccacctcccttaatatttacctggacggagatcaaaaacataccgcacatcaatcacccaagaagacaagaagcactttgtcaacacctgcaacatctgatccaatcgaaagacttctcagtgttgcaggaaagattctacatccggcttgaccagtgttcattggtatatgtcaatgact
gi|40 : taagacaaatcataccccccaaaaaatcttcaatgaagaattcaaatcttaaatttcccatctacatatgtaccatgtttctctatacattttacttgtaaattaccaaaaaatatattttgcataaactaattctattgttgattggaactaaatattttaaacttttcagtatatattaaaagtgtgttgtgtgggtggtgtgcgcgcgcgcagcgcgcacaaacatacatctttattttggtgaaagacacatttgtagacatcagcagaatcaaaattccctatcgtgttcaattcttaaagacccaattttaagccacctcccttaatatttacctggacggagatcaaaaacataccgcacatcaatcacccaagaagacaagaagcactttgtcaacacctgcaTT----TC---AG-----TGTT--G--C-AG--G-AG----AGA-T--T-------CTACGC----CCAG------CCTGAC-------CTCT------G--C-A--AG---A-TG--AA-T---------GAC---TT-A-
gi|41 : A------A----AGC---AA--TT-GT-A-AT----T-T-TATTA-----A----TGAC-TTT----------TG--------TATGT----AA--TTG
gi|42 : aattgaaaaaT-G------GCA------A----AGT---AA--TT-GT-A-AT----T-T-GATTA-----A----TTAA-TTT----------TG--------GATGT----AA--TTGaccccat
gi|43 : A------A----AGT---AA--TT-GT-A-AT----G-T-AATTA-----A----TTAC-ATT----------TG--------TA-------AA--TTGCA------GTAAT-accccatcccc
gi|5 : gCAGGAATATATATGGATTATATGCACACAAA-CATAAATTTT-CTTCATTTTGGT-G-AAA--GCAC-CA----TA-------TATGG-AAAT-CAGCAGAATCAAAATT-CTC-T-----AT-CA----TG-TCA---ATTC-TT----A---AG--CAA----G--------G--AA-----------GCA-CTT---------------------CT-G----ATC----C---AGTCGA--AAGACTTT----TC---GG-----TGTT--G--A-AG--G-AA----AGA-T--T-------CTATGC----CCGG------TCTGAC-------CCCT------G--C-A--GA---A-AG--AA-T---------GAC---TT-A-AC---------G-TTTG----AA-AA-GC-TT----A-TC---ATG-----AT--A---AA-AT-GCA-AT----GG-ACAGATTT--T-TTAAGTACCG-GTATTC-----ATTGG-GAA-AC-A-TCT---ACA--ACT-----TCA-T-T--TACT--G-AT-A----CATT---TGTC--AAT-AA---CT-A-T-A-TACC-GGTAATA-A---A----TG--------TTTGTT--AATAA-AA-TTTTG-AAAAA--TG-AC--AA------------AAT-T-TAAT--------------------T-TG-TAA-T-T-TAA----TTA-AT-------T--GC-TTT-A------TCA------A----AGT---AA--TT-GT-A-AT----T-T-AATTA-----ACATTTTAC-ATT----------TG--------TA-------AA--TTGCA------GTAAT-G------T----GTAATTT-AATTGAAG--AATT-TGGCAA
gi|6 : CAGAAATATATATG---C-----C-CACAAA-CATAAATCTT-CTTTATTT-GGT-G-AAA--GCAC-CA----TT-------TGTGG-AAAT-CCGCAGAAT--AAATT-CCC-T-----AT-CA----TG-TCA----TTC-TT---------G--CAA----G--------G--AA-----------GCA-CTTGTCAACACCTGCAACAT----CT-G----ATC----C---AGTCGA--AAGACTTT----TC---AG-----TGTT--G--C-AG--G-AA----AGA-C--T-------TTACGT----CCGG------CCTGAC-------CACT------G--C-A-------A-TG--AA-T---------GAC---TT-A-AC---------A-TTTG----AA-AA-GC-TT-----------ATG-----AT--C---TA-AT-GC--AT----GG-ACAGATTC-----TA--------GTATTC-----ATTGG-GAA-AC---TCT---ACA--ACG-----TCATT-T--TACT--T-AT-A----C------TGTC--AAT-AA---CT-A-T-A-T-AT-T
gi|7 : atactaagacaaatcataccccaaaaaaatcttcaatgaaagaatttaaagatctcaaatttcacttctacatgtaacatttttttctatacattttacttatcaaaaatatattttgcattaactagttttattattgattggaactaaatatattaaacctttCACA-AAA-CATAA----T-CTTTATTTTGGT-G-AGAAGGCAC-CA----TTG------TGTGGGAAATGCAACAG--TCAAAAGT-CCC-T-----AT-CA----TG-CCA---ATTCTTT----A---GG--CAA----A--------G--AA-----------GC--CTT---------------------
gi|7 : A-AA-GC-TT----A-TC---ATG-----AT--A---AAGATGGCA-ATTTTGGG-ACAGA-----T-TTAAGT-----AAATCG-----ATTGG-GAAGAC-G-ATT---ACGGTACTTGTACTTA-T-T--TACT--T-TT-A----C-TA---GGTC--ATT-AA---TT-A-TGA-T-CT---T-ATA-A------------------TTTTTTCAAATAA-AAGTTTTGAAAAAA--TG-ACAAAA------------AATGT-TAAT--------------------T-TG-TAATT-T-TAA----TTGTAT-------TCAAC-TTT-A------TCA------A----AGT---AT--GT-GT-G-AT----T-T-AATT------A----TTAC-ATT----------TG--------TA-------AAGGTTGCA------GTATT-G-----------GTAATTT-AATTGAAGGAAATTGTAGCAAggtcacaccgtgccagacgatctggaccgcatcgaaagcttatcatgataaagatggcaattttgggacagatttaagtaaatcgattgggaagacgattacggtacttgtacttatttacttttactaggtcattaattatgatcttataattttttcaaataaaagttttgaaaaaatgacaaaaaatgttaatttgtaattttaattgtattcaactttatcaaagtatgtgtgatttaattattacatttgtaaaggttgcagtattggtaatttaattgaaggaaattgtagcaaagtaaaaatttaaatttgatgtaattactttgtgtatgtaatttgacccatcg
gi|8 : cacaaaacataatctttattttggtgagaaggcaccattgtgtgggaaatgcaacagtcaaaagtccctatcatgccaattctttaggcaaagaagccttggtcacaccgtgccagacgatctggaccgcatcgA-CAT---------------------CT-G----ATC----C---AGGCGA--GAA----------C---AG-----TGTT--G--C-GG--G-GA----TGA-A--T-------CTATAC----AC--------CCTGAC-------CACT------G--C-A--GG---A-TA--AA-T---------GAC---TT-A-AC---------C-TTTG----AA-AA-GC-TT----A-TCT--ATG-----AT--G---AA-AT---A-AT----GA-ACAGATCA-----TAAGTTCTAGATCTTCTCA--AGTGA-GAA-ATAA-TCT---CCA--AAT-----TCA-TGTG-TACTGAT-ATAA----CA-A---AATCCAAATCAG---CTGA-T-AGT-CT-TGT-ATAGG---A----TG--------ATTATT--GACAA-AC-T------------TG-AT--GA------------AAT-G-TATG--------------------C-TG-TAA-TAT-TAA----TTA-AT-------T--AC-TTT-A--------A------A----AGCAAGAA--TT-GT-A-AT----T-T-AA-TA-----A----TTACATTTATTTGAAGAGTG--------TGCTGAAATAA--TTGTG------GTAAT--------T----ATAAGTT-CATGGAAG--AATA-TGGagtaaaaatttaaatttgatgtaattactttgtgtatgtaatttgacccatcg
gi|8 : cgtgtccaacctcatacaaaagaatttaaagtcgaacacctgcaTTTG-AAGAG--TGTGCT-GA------------AAT----AAT--------------------TGTGGTAA-T-TATAAG---TTC-ATGGAAGAAT--A---TG-G------GCG------A----AGTG--AA--TTAGT-A-AT----T-T-AATTA-----A----TTAC-TTT----------TC--------TA-------gcgaagtgaattagtaatttaattaattacttttctagtgtaatgaacctcacgtccta
gi|9 : cgtgtccaacctcatacaaaagaatttaaagtcgaacacctgcaacatctgatccaggcgagaacagtgttgcggggatgaatctatacaccctgaccactgcaggataaatgacttaacctttgaaaagcttatctatgatgaaataatgaacagatcataagttctagatcttctcaagtgagaaataatctccaaattcatgtgtactgatataacaaaatccaaatcagctgatagtcttgtataggatgattattgacaaacttgatgaaatgtatgctgtaatattaattaattactttaaaagcaagaattgtaatttaataattacatttaCGGGAACAT--------CATATATACGCA---CATAAATCTT-CTTTATTTTGGT-G-AAA--GCAG-TA----TT-------TGTGG-AAAT-CAGCAGAATCAAAATTTCCC-T-----AT-CA----TG-TCA---ATTT-TT------------TAA----G--------G--AA-----------ACA-CTTGTCAATACCTGCAACAT----CT-G----ATC----C---ATTCGA--AAGACTTT----TC---AG-----TGTT--G--T-TG--G-AA----AGA-T--T-------TAACGC----CC----------TGAC-------CGCT------A--C-A--GG---A-TG--AA-T---------GAC---TT-A-AC---------T-GTTG----AA-AA-GC-TT----A-TC---ATG-----AT--A---AA-AT-GCA-AT----GG-ACATATTC--T-T--AGT-------ATTC-----ATCGG-GAA-AC-A-TCT---ACA---CT-----TCA-T-T--TACT--T-AT-A----CACA---T---------AA---CT-AAT-A-T-CT-TGT-ATA-A---AATAATG--------TTTGTT--AATAA-AA-TTTTG-AAGAA--CG-AG--AG------------AAT------------------------------G-TAA-T-T-TAA----TTA-AT-------T--gtgtaatgaacctcacgtccta
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): ATATTATGACAAATCATTCCAAAAAAAAAATTCTTCTTAAAAATCTTTAAATCTCCCATCTACATATACCATATATCTCTGTATGTTTTACTTATCAAAAAATATC
Unaligned ( gi|30 ): CAAACATTGTTTAATACCTTTAACTTAATAGTAAGAGAGAAATTTAAGTGGACAAGATCAGGATTCAAACCCATGACCACAGTCTACCA
Unaligned ( gi|34 ): ATACATTTTACTTATCAATTATCAAAATATGTATTTAGCGAAAACAAAATTCTTTTGTTGGTTGGAACTAGATACT
Unaligned ( gi|44 ): TAATTTAATTAATTACTTTCGTATGTAATTAACCCCATCCCTA
Alignments
lowQualScore : 333333333333 11 1111111111111 222222222222 22222222222222222222222222222 888888888888888888888 11111 111111111 1111111 111111 222222222 111 22222222222 1111 111111 111 11111 333333333 11111 111111111111111111 1111111111111111 222222222222222222222222222222 11111111111111 2222222 1111111 3333333333333
lowQualScore : 2 2 111111111111 666 44 4 3 3 44 3 3333333333333 3 2 0 55 6 3 77777 3 6666 44 555 3 444444444444 00000000000000000000000000000 4 1 111111111111111111111 5 5555 5555 444 33 8888 888 11111 33 33 2 33 2 5555 2 33 7777777 5555 111111111 2222222 2 333333 33 4 33 444 2 33 2 111111111 111 2 2 66666666666 1111 2 2 2 000000 000 11111 33 333 2 2 2 4444 2 6666 666666666 44444 3 6 3 3 555 44 77777 3 3 77 44 3 3 7777 2 666 0 55 3 666 3 3 3 3 3 3 3 3 666666666666666666 0 99 3 77 3 2 66 5 9999999999999999 666666666666666666666666666666 2 2 2 2 6666 2 66666666666666 333 777777 444444 1 22 44 22 1 1 1 1 6666 1 33333 3333 11 6666666666 55555555 7777777 22 8888888 4444444444444 4 66 4
lowQualScore : . . ............ ... .. . . . .. . ............. . . . .. . . ..... . .... .. ... . ............ ............................. . . ..................... . .... .... ... .. .... ... ..... .. .. . .. . .... . .. ....... .... ......... ....... . ...... .. . .. ... . .. . ......... ... . . ........... .... . . . ...... ... ..... .. ... . . . .... . .... ......... ..... . . . . ... .. ..... . . .. .. . . .... . ... . .. . ... . . . . . . . . .................. . .. . .. . . .. . ................ .............................. . . . . .... . .............. ... ...... ...... . .. .. .. . . . . .... . ..... .... .. .......... ........ ....... .. ....... ............. . .. .
lowQualScore : 2 0 333333333333 999 22 2 1 1 22 1 5555555555555 1 9 6 22 2 1 77777 1 5555 66 444 1 555555555555 88888888888888888888888888888 7 5 555555555555555555555 0 3333 3333 444 44 8888 888 66666 44 44 5 44 5 3333 5 22 6666666 3333 888888888 4444444 1 555555 22 7 22 111 4 22 4 222222222 555 5 5 44444444444 3333 5 5 5 555555 666 11111 11 999 2 2 2 7777 2 2222 222222222 22222 3 7 1 1 444 22 77777 1 1 99 66 6 6 7777 7 444 5 00 6 444 6 6 6 6 6 3 6 6 000000000000000000 7 22 1 33 1 7 33 3 7777777777777777 888888888888888888888888888888 2 2 2 2 9999 2 33333333333333 777 444444 888888 7 33 00 33 7 6 6 6 8888 6 88888 4444 77 7777777777 66666666 0000000 66 9999999 1111111111111 0 11 4
consensus : CAGGAATATATATG---CATATGCACACAAA-CATAAATCTT-CTTTATTTTGGT-G-AAA--GCAC-CA----TT-------TGTGG-AAAT-CAGCAGAATCAAAATT-CCC-T-----AT-CA----TG-TCA---ATTC-TT----A---GG--CAA----G--------G--AA-----------GCA-CTT---------------------CT-G----ATC----C---AGTCGA--AAGACTTT----TC---AG-----TGTT--G--C-AG--G-AA----AGA-T--T-------CTACGC----CCGG------CCTGAC-------CGCT------G--C-A--GG---A-TG--AA-T---------GAC---TT-A-AC---------G-TTTG----AA-AA-GC-TT----A-TC---ATG-----AT--A---AA-AT-GCA-AT----GG-ACAGATTC--T-TTAAGT-----GTATTC-----ATTGG-GAA-AC-A-TCT---ACA--ACT-----TCA-T-T--TACT--T-AT-A----CATA---TGTC--AAT-AA---CT-A-T-A-T-CT-TGT-ATA-A---A----TG--------TTTGTT--AAT-AA--AA-TTTTG-AAAAA--TG-AC--GA------------AAT-T-TAAT--------------------T-TG-TAA-T-T-TAA----TTG-AT-------T--AC-TTT---GG------CA------A-A--GT--A--ATT-GT-A-A-T----T-TAATTA-----A----TTAC-TTT----------TG--------TA-------AA--TTGCA------GTAAT-G------T----GTAATTT-AATTGAAG--AATT-TGGCAA
Reference ( family-1298 ) : CAGGAATATATATG---CATATGCACACAAA-CATAAATCTT-CTTTATTTTGGT-G-AAA--GCAC-CA----TT-------TGTGG-AAAT-CAGCAGAATCAAAATT-CCC-T-----AT-CA----TG-TCA---ATTC-TT----A---GG--CAA----G--------G--AA-----------GCA-CTT---------------------CT-G----ATC----C---AGTCGA--AAGACTTT----TC---AG-----TGTT--G--C-AG--G-AA----AGA-T--T-------CTACGC----CCGG------CCTGAC-------CGCT------G--C-A--GG---A-TG--AA-T---------GAC---TT-A-AC---------G-TTTG----AA-AA-GC-TT----A-TC---ATG-----AT--A---AA-AT-GCA-AT----GG-ACAGATTC--T-TTAAGT-----GTATTC-----ATTGG-GAA-AC-A-TCT---ACA--ACT-----TCA-T-T--TACT--T-AT-A----CATA---TGTC--AAT-AA---CT-A-T-A-T-CT-TGT-ATA-A---A----TG--------TTTGTT--AAT-AA--AA-TTTTG-AAAAA--TG-AC--GA------------AAT-T-TAAT--------------------T-TG-TAA-T-T-TAA----TTG-AT-------T--AC-TTT---GG------CA------A-A--GT--A--ATT-GT-A-A-T----T-TAATTA-----A----TTAC-TTT----------TG--------TA-------AA--TTGCA------GTAAT-G------T----GTAATTT-AATTGAAG--AATT-TGGCAA
gi|1 : GCGCACAAA-CATACATCTT----TATTTTGGT-G-AAA--GCAC-CA----TT-------TGTAG-ACAT-CAGCAGAATCAAAATT-CCC-T-----AT-CG----T--TCA---ATTC-TT----A---
gi|1 : aaatgggtacaatagggatggggtaattgaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcatactaagacaaatcataccccccaaaaaatttcaatgaagaattcaaatcttaaatttcccatctacatatgtaccatgtttctctatacattttactgtaaattaccaaaaaatatatttgcataaactaattctattgttagtggaactaaatattttaaacttttcaggtatatatataaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgcgcgcgcgc-----------GCA-CAT---------------------CT-G----ATC----C---AATCGA--AAGACTTC----TC---AG-----TGTT--G--C-AG--G-AA----AGA-T--T-------Caagacccaattttaagccacctcccttaatatttacctggacggagatcaaaaacataccgcacatcaatcaccaagagacaagaagcacttgtcaacacctgcacatctgatccaatcgaaagacttctcagtgttgcaggaaagattc
gi|10 : aaatgggtacaatagggatggggtaattgaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcatactaagacaaatcataccccccaaaaaatttcaatgaagaattcaaatcttaaatttcccatctacatatgtaccatgtttctctatacattttactgtaaattaccaaaaaatatatttgcataaactaattctattgttagtggaactaaatattttaaacttttcaggtatatatataaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgcgcgcgcgcgcgcacaaacatacatctttattttggtgaaagcaccatttgtagacatcagcagaatcaaaattccctatcgttcaattcttaaagacccaattttaagccacctcccttaatatttacctggacggagatcaaaaacataccgcacatcaatcaccaagagacaagaagcacttgtcaacacctCGGGAA---ACAT----CATATATAC-CA---CATAA-TCTT--TTTATTT-GGT-G-AAA--GCAG-TAA---TT-------TGTGG-AAAT-CAGCAGAAT-AAAATT-TCC-T-----AT-CA----T--TCA---ATTT-TT--------TT--CAA----G--------G--AA-----------ACA-CTTGTCAAAATACCTGCAAACATCCT-G----ATC--------ATTCGA--AAGACTTT----TC---AG-----TGTTTTG--TTGG--G-AA----AGA-T--T-------TAACGC----CC----------TGAC-------CGCT------A--C-A--GG---A-TG--AAAT---------GAC---TT-ACACCCT------G-TT------GA-AA-GC-T-----A-TC---ATG------T--A---AA-AT-GCA-AT----GG-ACATAATC--T-TTAAGT-------ATTC-----ATCGGCGAA-AC-A-TCT---ACA---CT-----TCA-T-T--TACT--T-AT-A----CACA---T---------AA---CT-A-T-A-T-CT-TGT-ATA-AATTA----TGGGGGTTTTTTTGTTAAAAT-AA--AA-
gi|11 : tatgcaattatcaaaattatttagcataaattaatttgctgttggttagaaattaaatattaaccgttA-CATAAATCTT-CTTTATTTTGGT-G-AGA--GCAC-CA----TA-------TGTGG-AAAT-CAGCAGAATCTGAATT-CCCAC-----AT-CA----TG-TCA---ATTC-TT----ACTTGT--CAACACCT--------G--CA-----------ACA---T---------------------CT-G----CTC----C---AGTCAA--AAGACTTTGNTGTC---AACATC-TGAT--C--C-AGTCG-AA----AGACT--T-------TTGAGTGTTGCAGGAAAGATTCT-AC---------CT------G--C-C--TG---A-TG--AA-T---------GAC---TT-A-AC---------G-TTTG----AA-AA-GT-TT----A-TC---ATG-----AT--A---AA-AT-GCA-AT----GG-ACAGATTC--T-TAAA-------GTATTC-----ATTGG-GTA-AC-A-TCT---ACA--ACT-----TCA-T-aaaaaaatt
gi|12 : aaatcttcaatgaagaattaaaatctttacatttttccttctacatgtaccatgtttctctatacctatcaaaaaatatattttgcataaactaattctattgttgattggaactaaatattttaaattaaatctttcaggaatatC-------CACT------G--C-A--GG---AATA--AA-TT--------GACCT-TT-A-AC---------C-TTTG----AA-A--GC-TT----AATC---ATG-----ATTAA---AA-AT-AAACAT----GG-ACAGATTC--GATTCAGT-----A-ATTCGATCAATAGG-GAATAT-A-TCTAACACA--GGT-----TCA-A-TAATACT--TCAT-A----CAAAAGGTG-C--AAT-AAGCGCT-A-T-C-T-CTGTGT-ATA-A---AAAG-TA--------TTTG--------AA--AA-CTT-------G--TGTAT--GA------------AAT-G-TATT--------------------G-TG-TAA-T-T-T-A----TTA-AT-------T--AC-TTT---AATCCACTCG------ATA--AT--A--A-T-GTAA-A-T----T-TAATTAATAGCA----TTAA-TAT----------TGTTAGTTGTTA-------AA--TTGCATAATT-GTAAT--------T----GTAATTTAAACTGAA---AATT-TAG
gi|13 : ctgcaacatctgatgcacaggcgcaaatgaaacgtgtacgggaaactcgtactctattaacaccctggatcCATGAATATA-ATA---TATGTGTACACA---CATAAATATT-CTTTATTT---------------------------------GTGG-AAAT-CAGCAAAATAAAAATT-CCC-T-----AG-C--------T-----ATTC-TT---------G--CAA----G--------G--AA-----------GCA-CTTAATTGTCAACAC---------CT-GCAACATCTAATC---AGTAGA--AAGACT-------C---AG-----TGTT--G--C-AG--G-AA----AGA-T--T-------CTTTGT----CTGG------CCTGAC-------CGCT------G--C-A--GG---A-TG--A------------------CT-A-AC---------G-TTTG----AA-AA-GC---------TG---ATG-----AT--A---AA-AT-GCA-AT----GA-ACAGATTC--T-TTAA-------GTATTA-----ATTGG-GAA-AC-A-TCT---ACA--ACT-----TCA-T-A--TACT--tgcaa
gi|14 : taagacaaattatagaaaataaaaatcttcaatgaaaatttcccttgtatcatgtttctcttgttgattggaactaaatatttaaaaccattCAGGAAAATATAT----------CACACAAAACATAAA-----ATTTATTTTGGTTG-AAA--GCAC-CATAAGTT-------TGTGG-AA---------AATC--AATT-CCA-T-----AT-CATCATTG-TCACATGTCC-TT----A---GGGCCAA----G--------GAAAA-----------GCA-CTT---------------------GT-C----AAC----C---ACTCAA--Actgtaactcactacaacaaa
gi|15 : taaagatcaaatctcctacttaacatcctgttaactatattattttcaaagttgttataaaaaaaaattaacctaatatatcttcattttgcaagaagttaaaactgaggtatcttctaggtggttgattggaactaaatattttaaaccttCAGGAATGTATTTG---CACA-----ACAAA-CATAAATCTTCCTTTATTTGAGC-GTGAA--GCA--CA----TC-------TG-GA-AAAT-CAACAGcatctatctatcgaaa
gi|16 : gcaatatttagataatcactaccccaaaaaaatattttcaaattcctccacattccactttcaatgaacaattaaatttaatttcccttctttgtaagtaccatgtttcctagatacattttacgatcagttataaaaaaaaataatatttgcataaaccctagatatatttctattgttgattggaccaccgagaatatttctaaagcctttcaaAAT-CA--AGAATTAA--TT-CCC-TCAAAGATTCA----TG-GTA---ATTA-TTTCACA---GG--CAA----GCGAAGTCAG--AATGTCAACGCCTGCA-CAT---------------------CT-G----ATC----CATTAGTCGAATAAGACTTTCA--TC---AGGGTGATGTT--GTTC-AG--GTAA----AGA-T--CCATCAAACCACAC----TGGT------TCTGACTTAATTGTGCT------G--C-A--CG---A---------------------------A-AC---------GTTTTG----AAGAA-GCTTT----A-TC---ATG-----A---AGAGAA-AT-GCA-CT----GGCACAGAT
gi|17 : ----A-TC---ATG-----AT--C---AA-AT-GCA-AT----GA-ACAGATTC--T-TTAAGT-------ATTC-----GTTGG-GAA-GC-A-TCT---ACA--ACT-----TCA-T-T--TACT--T-AT-AAATGCATA---TGTC--AAT-AA---CT-A-T-A-T-CT-TGT-ATA-C---A----TG--------TTTATT--AAT-AG--AG-TTTTG-AAAAT--TG-AC--GA------------AATGT-TActcctgttttcttatattcgcatatgcgagaaatcatcact
gi|18 : tcgtactaagacaaatcaaacaaaaaatgattataaaatcttcaacgaagaatttaaatctttaattccaccatgtttctctatacattttactaatcaattatcaaaaaaaaaaaaTG-----AC--A---AG-AT-AAA-AT----GG-ACAGATTC--T-TTAAGT-------ATTC-----ATTGG-AAA-AC-AATTT---A----ATT-----TCA-T-T--TACT--T-AT-A----CATA---TGTC--AAT-AA---CT-A-T-A-T-CT-TGT-ATA-A---A----TG--------TT------AAT-AA--T--TTTTA-AAAAAGATG-AC--AA------------AAT-G-TAAT--------------------T-TG-TAA-T-T-TAA----TTA-AT-------T--AC-TTT---GT------CA------A-A--GT--A--ATT-GT-A-A-T----T-TAATTA-----A----TTAC-TTT----------TG--------TATAT----AA--TTGt
gi|19 : tgagatattgccagaaatggtacacgactggaatgagttgcctgaagtA-CAT---------------------CT-G----ATC----C---AGTCGA--AAGATTTT----TC---AG-----TGTT--G--C-AG--G-AA----AGA-T--T-------ATTTGC----CTGG------TCTGGC-------CGCT------G--C-A--GG---A-TG--AA-T---------GAC---TTTA-AC---------G-TTTG----AA-AAAGC-TT----A-TC---ATA-----AT--A---AA-AT-AAA-TT----GG-GCAGATTCTTT-TTAA-------ATATTC-----ATTGG-AAA-AC-A-TCT---ACA--ACT-----TCA-T-T--CACT--T-AT-A----CATA---TGTC--AAT-AA---CT-A-T-A-T-CT-TGT-ATA-A---A----TG--------TTagcccatccctat
gi|2 : aacacctgcaCAGGAATATATATG---CA------CACAAT-CATAAATCTT----TATTGTGGT-G-AAA--GCAC-CA----TT-------TGTGG-AAAT-CAACGGAATCAAGATT-CCC-T-----AT-CA----TG-TCA---ATTC-TT----A---GG--CAA----G--------G--AC-----------GCA-TTTGTCAACAACTTAAACAT----CT-G----ATC----C---AGTTAA--AAGATTTT----TC---AG-----TGTT--G--C-AG--G-AA----AAA-AAAC-------CTACGC----CCGG------CTTGAC-------CGCT------G--C-A--TG---A-TG--AA-T---------GAC---TT-A-AT---------G-TTTG----AA-AA-GC-TT----A-TC---ATG-----AT--A---AA-AC-GCA-AT----GG-ACAGAT
gi|20 : aatgcgatataaagatagggatggggtaattgaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgccaattgcatcatactaagagaaatcataccaaaaaaatcttcaatgaagaagtaaaatctttaaaatttcccttctacataatgtaccatgtttctctatacattttacttataagttatcaaaaaatatattttacataaactaattctatttttcattggaactaaatatttcaaacctttT-TGT-ATA-A---A----TG--------TTTTTT--ATT-AA--AA-TTTTG-AAAAA--TG-AC--AA------------AAT-G-TAAT--------------------T-TG-TAA-T-T-TAA----TTA-A--------T--AC-TTT---AAT-----CAATTGATA-A--GT--A--ATT-GT-ATA-T----TGTAATTA-----A----TTAC--AT----------TG--------TA-------A----TGCAG-----GTATT-GTAGAGTT----GTAA-TT-AATTGAAG--AATT-TGGCGA
gi|21 : -----------GCATCTT---------------------CTTG----ATC----C---AG-CGA--A-GACTTT----TCCCCGG-----TGT---G--A-AG--G-AA-----GA-T--C-------TTACGC----CCTG------TCTGACT------CCCTATGACGG--CAA--GA---A-TG--AC-TTTTTTACCAGACGCGTT-G-ACTCCTATACCG-TTTGTAGAAA-AA-GC-TCTTCAA-TCCTAATGTCAATAC--A---AA-AT-GCA-AT----GG-ACAGATTT--T-CTaagtaatgtattaattatgtacttttgtatt
gi|22 : -----------GCATCTT---------------------CTTG----ATC----C---AG-CGA--A-GACTTT----TCCCCGG-----TGT---G--A-AG--G-AA-----GA-T--C-------TTACGC----CCTG------TCTGACT------CCCTATGACGG--CAA--GA---A-TG--AC-TTTTTTACCAGACGCGTT-G-ACTCCTATACCG-TTTGTAGAAA-AA-GC-TCTTCAA-TCCTAATGTCAATAC--A---AA-AT-GCA-AT----GG-ACAGATTT--T-CT
gi|23 : TT--AAT-TA--AA-TTTTG-AAAAA--TT-AC--AAAATGTAATTTGTAAT-C-TAATCAATTACTTTAACAAATCAAT-TG-TAA-T-T-CAA----TTA-AT-------T--ACATTT---GG------CA------A-A--GC--A---TT-GT-A-A-T----T-TAATTA-----A----TTAC-TTT----------TG--------TATGT----AA--TTG
gi|24 : A------A-A--GT--A--ATT-GT-A-A-T----T-TAATTA-----A----TTAC-TTT----------TG--------CA-------AA--TTGCAAAAATTGTAAT--------T----GCAATTT-AAATGAAG--AATC-TGGCAAaccccatcc
gi|24 : gTT--AATTAATTAC-TTTTG-CAAAT--TG-CA--AA------------AAT-TGTAAT--------------------T--G-CAA-T-T-TAA----ATG-AA-------G--AA-TCT---GG------CA------A-A--TT--A--ATT-GT-C-A-T----A-TGATTA-----T----ATAT-TTT----------TG--------TATGT----AA--TTattaattgtcatatgattatatatttttgtatgtaattcaccc
gi|25 : gaaagtaattgtaatT-A-A-T----T-CAATTA-----A----TTAC-ATT----------TG--------TA-------AA--TTGCA------GT-AT--------T----GTAGTTT-AATTGAAG--AATT-TGGCAAcaccc
gi|25 : t-TAA-T-T-CAA----TTA-AT-------T--AC-ATT---TG------TA------A-ATTGC--AGTATT-GT-A-G-T----T-TAATTG-----A----AGAA-TTT----------GG--------CA-------AA-------------GTAAT--------T----GTAATTT-AATTAAagtaattgtaatttaattaattacttttgtttgtacgtgtaattgacccatcc
gi|25 : tA------------AAT-TGCAGTA-------------------T-TG-TAG-T-T-TAA----TTG-AA-------G--AA-TTT---GG------CA------A-A--GT--A--ATT-GT-A-A-T----T-TAATTA-----A----TTAC-TTT----------TG--------T------------TTGT----------AC-G------T----GTAATTttacttttgtttgtacgtgtaattgacccatcc
gi|27 : ttaattcaattaattacatttgtT-AAC-AA-TTTCA-AAAAAG-TA-AC------------------T-TGTAAT--------------------T-TG-TA----T-TAACGTATTA-AT-------TT-AC-ATT---AT------CC------A-A--GT--G--ATG-GT-C-A-T----T-TAATTA-----A----TTAC-TGT----------TG--------Tgacccatcc
gi|28 : ttgctataaattcTTG-TAAAA--TT-GCA-GT------------AAT-TGTAAT--------------------T--G-TAA-T-T-TAA----TTG-AA-------G--A--TTT---GG------CA------A-A--GT--A--ATT-GT-A-A-T----T-TAATTA-----A----TTAC-TTT----------TG--------
gi|29 : ----------TG--------TA-------AA--TTGCA------GTAATTG------TAATTGTAATTT-AATTGAAG--AATT-TGGCAAgtgtaatgatccatccct
gi|29 : ------------AAT-TGTAAT--------------------T--G-TAA-T-T-TAA----TTG-AA-------G--AA-TTT---GG------CA------A-A--GT--A--ATT-GT-A-A-T----T-TAATTA-----A----TTAC-TTT----------TG--------TGTGT----AA--TTGagtaattgtaatttaattaattacttttgtgtgtaattgatcca
gi|3 : tgtaaattgcagtCACA-CATAAATCTT----TATTTTGGT-G-AAA--GCAC-CA----TTGTTGCTATATGG-ATAT-CTCCAGAAT--AAATGACCC-T-----AT----------------AC-C-T----------G--CAA------------------------------CA---T---------------------CT-G----ATC----C---AGTCGA--AAGAATTT----CC---AG-----TGTT--G--C-AG--G-AACTTTAGA-T--T-------CTATGC----CCA----------GAC-------CGCT------G--C-A--GG---A-TG--AA-T---------GAC---TT-T-AC---------C-TTTG----AA-AA-GC-TT----A-TC---AGG-----AT--A---AA-AT-GCA-AT----AG-ACAGAatcca
gi|31 : ttaaaggtatttgcactagggatggggtaattgaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgacaaattatatacaaaaatatcaaatgttcaatgaagaattaaaatctttaacttcccttctaccatgtttctcgatacattttacttatcaattacccaaaaaatatatttagctgaaacttattctattgttggttagaactaaatattaacctttcaggaaaataaatt------------AAT-T-GTAT--------------------T-TG-TAA-T-T--AA----TTG-AA-------G--AA-TTT---GG------CA------A-A--GTGAG--ATT-GA-A-ATT----T-TAATT------A----TTAC-TTT----------TG--------T
gi|32 : t------------AAT-TGTAAT--------------------T--G-TAA-T-T-TAA----TTG-AA-------G--A--TTT---GG------CC------A-A--AT--A--ATT-GT---A-T----T-TATTTA-----A----TTAC--GT----------TG--------TA-------tgtaattgaccccatcccta
gi|33 : agtC-A-TCA---ACA--ACT-----TCA-T-T--TACT--T-AT-A----CATA---TGTC--AAT-AA---CT-A-T-A-T-CT-TGT-TTA-A---A----TG--------TTTGCT--AAT-AA--GA-TTTAG-AAAAA--TG-tgtattgaccccatcc
gi|35 : -----A----TTAC-ATT----------TG--------TA-------AA--TTGCA------GTAATTGCAAT--T----GTAATTT-AATTGACG--AATT-TGGCAA
gi|35 : TTTG-TAAAT--TG-CA--GT------------AAT-T-GCAA--------------------T-TG-TAA-T-T-TAA----TTG-AC-------G--AA-TTT---GG------CA------A-A--GT--A--ATT-GT-A-A-T----G-TAATTA-----agtaattgtaatgtaatta
gi|36 : attaca--T-------CTACGC----CTGG------CCTAAC-------CACT------G--C-A--TG---A-TG--AA-T---------GAC---------C---------G-TTTG----AA-AA-GC-CT-----------ATG-----AT--A---AA-AA-GCA-AT----GA-ACAGATTC--
gi|37 : G------CA------A-T--GT--A--ATT-GT-A-A-TTTAAT-TAATTA-----A----TTAC-TTT----------TG--------TG------------TACC------GTAAT-A------T----G
gi|38 : ttG------CA------A-T--GT--A--ATT-GT-A-A-TTTAAT-TAATTA-----A----TTAC-TTT----------TG--------TG------------TACC------GTAAT-A------T----Gacgcccatccccc
gi|39 : tt-TTT---GG------CA------A-A--GT--A--ATT-AT-T-A-T----T-TAATTA-----A----CTAC-TTT----------TG--------TATGT----AA--TTGacgcccatccccc
gi|4 : agaaGCGCACAAA-CATACATCTT----TATTTTGGT-G-AAA--G-ACACA----TT-------TGTAG-ACAT-CAGCAGAATCAAAATT-CCC-T-----AT-CG----TGTTCA---ATTC-TT----A---atttcatcc
gi|4 : taagacaaatcataccccccaaaaaatcttcaatgaagaattcaaatcttaaatttcccatctacatatgtaccatgtttctctatacattttacttgtaaattaccaaaaaatatattttgcataaactaattctattgttgattggaactaaatattttaaacttttcagtatatattaaaagtgtgttgtgtgggtggtgtgcgcgcgcgcagcA-CAT---------------------CT-G----ATC----C---AATCGA--AAGACTTC----TC---AG-----TGTT--G--C-AG--G-AA----AGA-T--T-------CTACAT----CCGG------CTTGAC-------CAGT------GTTC-ATTGGTATA-TGTCAA-T---------GAC---Taagacccaattttaagccacctcccttaatatttacctggacggagatcaaaaacataccgcacatcaatcacccaagaagacaagaagcactttgtcaacacctgcaacatctgatccaatcgaaagacttctcagtgttgcaggaaagattctacatccggcttgaccagtgttcattggtatatgtcaatgact
gi|40 : taagacaaatcataccccccaaaaaatcttcaatgaagaattcaaatcttaaatttcccatctacatatgtaccatgtttctctatacattttacttgtaaattaccaaaaaatatattttgcataaactaattctattgttgattggaactaaatattttaaacttttcagtatatattaaaagtgtgttgtgtgggtggtgtgcgcgcgcgcagcgcgcacaaacatacatctttattttggtgaaagacacatttgtagacatcagcagaatcaaaattccctatcgtgttcaattcttaaagacccaattttaagccacctcccttaatatttacctggacggagatcaaaaacataccgcacatcaatcacccaagaagacaagaagcactttgtcaacacctgcaTT----TC---AG-----TGTT--G--C-AG--G-AG----AGA-T--T-------CTACGC----CCAG------CCTGAC-------CTCT------G--C-A--AG---A-TG--AA-T---------GAC---TT-A-
gi|41 : A------A-A--GC--A--ATT-GT-A-A-T----T-TTATTA-----A----TGAC-TTT----------TG--------TATGT----AA--TTG
gi|42 : aattgaaaaaT---GG------CA------A-A--GT--A--ATT-GT-A-A-T----T-TGATTA-----A----TTAA-TTT----------TG--------GATGT----AA--TTGaccccat
gi|43 : A------A-A--GT--A--ATT-GT-A-A-T----G-TAATTA-----A----TTAC-ATT----------TG--------TA-------AA--TTGCA------GTAAT-accccatcccc
gi|5 : gCAGGAATATATATGGATTATATGCACACAAA-CATAAATTTT-CTTCATTTTGGT-G-AAA--GCAC-CA----TA-------TATGG-AAAT-CAGCAGAATCAAAATT-CTC-T-----AT-CA----TG-TCA---ATTC-TT----A---AG--CAA----G--------G--AA-----------GCA-CTT---------------------CT-G----ATC----C---AGTCGA--AAGACTTT----TC---GG-----TGTT--G--A-AG--G-AA----AGA-T--T-------CTATGC----CCGG------TCTGAC-------CCCT------G--C-A--GA---A-AG--AA-T---------GAC---TT-A-AC---------G-TTTG----AA-AA-GC-TT----A-TC---ATG-----AT--A---AA-AT-GCA-AT----GG-ACAGATTT--T-TTAAGTACCG-GTATTC-----ATTGG-GAA-AC-A-TCT---ACA--ACT-----TCA-T-T--TACT--G-AT-A----CATT---TGTC--AAT-AA---CT-A-T-A-TACC-GGTAATA-A---A----TG--------TTTGTT--AAT-AA--AA-TTTTG-AAAAA--TG-AC--AA------------AAT-T-TAAT--------------------T-TG-TAA-T-T-TAA----TTA-AT-------T--GC-TTT---AT------CA------A-A--GT--A--ATT-GT-A-A-T----T-TAATTA-----ACATTTTAC-ATT----------TG--------TA-------AA--TTGCA------GTAAT-G------T----GTAATTT-AATTGAAG--AATT-TGGCAA
gi|6 : CAGAAATATATATG---C-----C-CACAAA-CATAAATCTT-CTTTATTT-GGT-G-AAA--GCAC-CA----TT-------TGTGG-AAAT-CCGCAGAAT--AAATT-CCC-T-----AT-CA----TG-TCA----TTC-TT---------G--CAA----G--------G--AA-----------GCA-CTTGTCAACACCTGCAACAT----CT-G----ATC----C---AGTCGA--AAGACTTT----TC---AG-----TGTT--G--C-AG--G-AA----AGA-C--T-------TTACGT----CCGG------CCTGAC-------CACT------G--C-A-------A-TG--AA-T---------GAC---TT-A-AC---------A-TTTG----AA-AA-GC-TT-----------ATG-----AT--C---TA-AT-GC--AT----GG-ACAGATTC-----TA--------GTATTC-----ATTGG-GAA-AC---TCT---ACA--ACG-----TCATT-T--TACT--T-AT-A----C------TGTC--AAT-AA---CT-A-T-A-T-AT-T
gi|7 : atactaagacaaatcataccccaaaaaaatcttcaatgaaagaatttaaagatctcaaatttcacttctacatgtaacatttttttctatacattttacttatcaaaaatatattttgcattaactagttttattattgattggaactaaatatattaaacctttCACA-AAA-CATAA----T-CTTTATTTTGGT-G-AGAAGGCAC-CA----TTG------TGTGGGAAATGCAACAG--TCAAAAGT-CCC-T-----AT-CA----TG-CCA---ATTCTTT----A---GG--CAA----A--------G--AA-----------GC--CTT---------------------
gi|7 : A-AA-GC-TT----A-TC---ATG-----AT--A---AAGATGGCA-ATTTTGGG-ACAGA-----T-TTAAGT-----AAATCG-----ATTGG-GAAGAC-G-ATT---ACGGTACTTGTACTTA-T-T--TACT--T-TT-A----C-TA---GGTC--ATT-AA---TT-A-TGA-T-CT---T-ATA-A------------------TTTTTTCAAAT-AA--AAGTTTTGAAAAAA--TG-ACAAAA------------AATGT-TAAT--------------------T-TG-TAATT-T-TAA----TTGTAT-------TCAAC-TTT---AT------CA------A-A--GT--A--TGT-GT-G-A-T----T-TAATT------A----TTAC-ATT----------TG--------TA-------AAGGTTGCA------GTATT-G-----------GTAATTT-AATTGAAGGAAATTGTAGCAAggtcacaccgtgccagacgatctggaccgcatcgaaagcttatcatgataaagatggcaattttgggacagatttaagtaaatcgattgggaagacgattacggtacttgtacttatttacttttactaggtcattaattatgatcttataattttttcaaataaaagttttgaaaaaatgacaaaaaatgttaatttgtaattttaattgtattcaactttatcaaagtatgtgtgatttaattattacatttgtaaaggttgcagtattggtaatttaattgaaggaaattgtagcaaagtaaaaatttaaatttgatgtaattactttgtgtatgtaatttgacccatcg
gi|8 : cacaaaacataatctttattttggtgagaaggcaccattgtgtgggaaatgcaacagtcaaaagtccctatcatgccaattctttaggcaaagaagccttggtcacaccgtgccagacgatctggaccgcatcgA-CAT---------------------CT-G----ATC----C---AGGCGA--GAA----------C---AG-----TGTT--G--C-GG--G-GA----TGA-A--T-------CTATAC----AC--------CCTGAC-------CACT------G--C-A--GG---A-TA--AA-T---------GAC---TT-A-AC---------C-TTTG----AA-AA-GC-TT----A-TCT--ATG-----AT--G---AA-AT---A-AT----GA-ACAGATCA-----TAAGTTCTAGATCTTCTCA--AGTGA-GAA-ATAA-TCT---CCA--AAT-----TCA-TGTG-TACTGAT-ATAA----CA-A---AATCCAAATCAG---CTGA-T-AGT-CT-TGT-ATAGG---A----TG--------ATTATT--GAC-AA--AC-T------------TG-AT--GA------------AAT-G-TATG--------------------C-TG-TAA-TAT-TAA----TTA-AT-------T--AC-TTTAAAAG------CA------A-G------A--ATT-GT-A-A-T----T-TAA-TA-----A----TTACATTTATTTGAAGAGTG--------TGCTGAAATAA--TTGTG------GTAAT--------T----ATAAGTT-CATGGAAG--AATA-TGGagtaaaaatttaaatttgatgtaattactttgtgtatgtaatttgacccatcg
gi|8 : cgtgtccaacctcatacaaaagaatttaaagtcgaacacctgcaTTTG-AAGAG--TGTGCT-GA------------AAT----AAT--------------------TGTGGTAA-T-TATAAG---TTC-ATGGAAGAAT--A---TG---GG------CG------A-A--GTG-A--ATTAGT-A-A-T----T-TAATTA-----A----TTAC-TTT----------TC--------TA-------gcgaagtgaattagtaatttaattaattacttttctagtgtaatgaacctcacgtccta
gi|9 : cgtgtccaacctcatacaaaagaatttaaagtcgaacacctgcaacatctgatccaggcgagaacagtgttgcggggatgaatctatacaccctgaccactgcaggataaatgacttaacctttgaaaagcttatctatgatgaaataatgaacagatcataagttctagatcttctcaagtgagaaataatctccaaattcatgtgtactgatataacaaaatccaaatcagctgatagtcttgtataggatgattattgacaaacttgatgaaatgtatgctgtaatattaattaattactttaaaagcaagaattgtaatttaataattacatttaCGGGAACAT--------CATATATACGCA---CATAAATCTT-CTTTATTTTGGT-G-AAA--GCAG-TA----TT-------TGTGG-AAAT-CAGCAGAATCAAAATTTCCC-T-----AT-CA----TG-TCA---ATTT-TT------------TAA----G--------G--AA-----------ACA-CTTGTCAATACCTGCAACAT----CT-G----ATC----C---ATTCGA--AAGACTTT----TC---AG-----TGTT--G--T-TG--G-AA----AGA-T--T-------TAACGC----CC----------TGAC-------CGCT------A--C-A--GG---A-TG--AA-T---------GAC---TT-A-AC---------T-GTTG----AA-AA-GC-TT----A-TC---ATG-----AT--A---AA-AT-GCA-AT----GG-ACATATTC--T-T--AGT-------ATTC-----ATCGG-GAA-AC-A-TCT---ACA---CT-----TCA-T-T--TACT--T-AT-A----CACA---T---------AA---CT-AAT-A-T-CT-TGT-ATA-A---AATAATG--------TTTGTT--AAT-AA--AA-TTTTG-AAGAA--CG-AG--AG------------AAT------------------------------G-TAA-T-T-TAA----TTA-AT-------T--gtgtaatgaacctcacgtccta
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): ATATTATGACAAATCATTCCAAAAAAAAAATTCTTCTTAAAAATCTTTAAATCTCCCATCTACATATACCATATATCTCTGTATGTTTTACTTATCAAAAAATATC
Unaligned ( gi|30 ): CAAACATTGTTTAATACCTTTAACTTAATAGTAAGAGAGAAATTTAAGTGGACAAGATCAGGATTCAAACCCATGACCACAGTCTACCA
Unaligned ( gi|34 ): ATACATTTTACTTATCAATTATCAAAATATGTATTTAGCGAAAACAAAATTCTTTTGTTGGTTGGAACTAGATACT
Unaligned ( gi|44 ): TAATTTAATTAATTACTTTCGTATGTAATTAACCCCATCCCTA
Alignments
lowQualScore : 333333333333 11 1111111111111 222222222222 22222222222222222222222222222 888888888888888888888 11111 111111111 1111111 111111 222222222 111 22222222222 1111 111111 111 11111 333333333 11111 111111111111111111 1111111111111111 222222222222222222222222222222 11111111111111 2222222 1111111 3333333333333
lowQualScore : 2 2 111111111111 666 44 4 3 3 44 3 3333333333333 3 2 0 55 6 3 77777 3 6666 44 555 3 444444444444 00000000000000000000000000000 4 1 111111111111111111111 5 5555 5555 444 33 8888 888 11111 33 33 2 33 2 5555 2 33 7777777 5555 111111111 2222222 2 333333 33 4 33 444 2 33 2 111111111 111 2 2 66666666666 1111 2 2 2 000000 000 11111 33 333 2 2 2 4444 2 6666 666666666 44444 3 6 3 3 555 44 77777 3 3 77 44 3 3 7777 2 666 0 55 3 666 3 3 3 3 3 3 3 3 666666666666666666 0 99 3 77 3 2 66 5 9999999999999999 666666666666666666666666666666 2 2 2 2 6666 2 66666666666666 333 777777 444444 1 22 44 22 1 1 1 1 6666 1 33333 3333 11 6666666666 55555555 7777777 22 8888888 4444444444444 4 66 4
lowQualScore : . . ............ ... .. . . . .. . ............. . . . .. . . ..... . .... .. ... . ............ ............................. . . ..................... . .... .... ... .. .... ... ..... .. .. . .. . .... . .. ....... .... ......... ....... . ...... .. . .. ... . .. . ......... ... . . ........... .... . . . ...... ... ..... .. ... . . . .... . .... ......... ..... . . . . ... .. ..... . . .. .. . . .... . ... . .. . ... . . . . . . . . .................. . .. . .. . . .. . ................ .............................. . . . . .... . .............. ... ...... ...... . .. .. .. . . . . .... . ..... .... .. .......... ........ ....... .. ....... ............. . .. .
lowQualScore : 2 0 333333333333 999 22 2 1 1 22 1 5555555555555 1 9 6 22 2 1 77777 1 5555 66 444 1 555555555555 88888888888888888888888888888 7 5 555555555555555555555 0 3333 3333 444 44 8888 888 66666 44 44 5 44 5 3333 5 22 6666666 3333 888888888 4444444 1 555555 22 7 22 111 4 22 4 222222222 555 5 5 44444444444 3333 5 5 5 555555 666 11111 11 999 2 2 2 7777 2 2222 222222222 22222 3 7 1 1 444 22 77777 1 1 99 66 6 6 7777 7 444 5 00 6 444 6 6 6 6 6 3 6 6 000000000000000000 7 22 1 33 1 7 33 3 7777777777777777 888888888888888888888888888888 2 2 2 2 9999 2 33333333333333 777 444444 888888 7 33 00 33 7 6 6 6 8888 6 88888 4444 77 7777777777 66666666 0000000 66 9999999 1111111111111 0 11 4
consensus : CAGGAATATATATG---CATATGCACACAAA-CATAAATCTT-CTTTATTTTGGT-G-AAA--GCAC-CA----TT-------TGTGG-AAAT-CAGCAGAATCAAAATT-CCC-T-----AT-CA----TG-TCA---ATTC-TT----A---GG--CAA----G--------G--AA-----------GCA-CTT---------------------CT-G----ATC----C---AGTCGA--AAGACTTT----TC---AG-----TGTT--G--C-AG--G-AA----AGA-T--T-------CTACGC----CCGG------CCTGAC-------CGCT------G--C-A--GG---A-TG--AA-T---------GAC---TT-A-AC---------G-TTTG----AA-AA-GC-TT----A-TC---ATG-----AT--A---AA-AT-GCA-AT----GG-ACAGATTC--T-TTAAGT-----GTATTC-----ATTGG-GAA-AC-A-TCT---ACA--ACT-----TCA-T-T--TACT--T-AT-A----CATA---TGTC--AAT-AA---CT-A-T-A-T-CT-TGT-ATA-A---A----TG--------TTTGTT--AAT-AA--AA-TTTTG-AAAAA--TG-AC--GA------------AAT-T-TAAT--------------------T-TG-TAA-T-T-TAA----TTG-AT-------T--AC-TTT---GG------CA------A-A--GT--A--ATT-GT-A-A-T----T-TAATTA-----A----TTAC-TTT----------TG--------TA-------AA--TTGCA------GTAAT-G------T----GTAATTT-AATTGAAG--AATT-TGGCAA
Reference ( family-1298 ) : CAGGAATATATATG---CATATGCACACAAA-CATAAATCTT-CTTTATTTTGGT-G-AAA--GCAC-CA----TT-------TGTGG-AAAT-CAGCAGAATCAAAATT-CCC-T-----AT-CA----TG-TCA---ATTC-TT----A---GG--CAA----G--------G--AA-----------GCA-CTT---------------------CT-G----ATC----C---AGTCGA--AAGACTTT----TC---AG-----TGTT--G--C-AG--G-AA----AGA-T--T-------CTACGC----CCGG------CCTGAC-------CGCT------G--C-A--GG---A-TG--AA-T---------GAC---TT-A-AC---------G-TTTG----AA-AA-GC-TT----A-TC---ATG-----AT--A---AA-AT-GCA-AT----GG-ACAGATTC--T-TTAAGT-----GTATTC-----ATTGG-GAA-AC-A-TCT---ACA--ACT-----TCA-T-T--TACT--T-AT-A----CATA---TGTC--AAT-AA---CT-A-T-A-T-CT-TGT-ATA-A---A----TG--------TTTGTT--AAT-AA--AA-TTTTG-AAAAA--TG-AC--GA------------AAT-T-TAAT--------------------T-TG-TAA-T-T-TAA----TTG-AT-------T--AC-TTT---GG------CA------A-A--GT--A--ATT-GT-A-A-T----T-TAATTA-----A----TTAC-TTT----------TG--------TA-------AA--TTGCA------GTAAT-G------T----GTAATTT-AATTGAAG--AATT-TGGCAA
gi|1 : GCGCACAAA-CATACATCTT----TATTTTGGT-G-AAA--GCAC-CA----TT-------TGTAG-ACAT-CAGCAGAATCAAAATT-CCC-T-----AT-CG----T--TCA---ATTC-TT----A---
gi|1 : aaatgggtacaatagggatggggtaattgaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcatactaagacaaatcataccccccaaaaaatttcaatgaagaattcaaatcttaaatttcccatctacatatgtaccatgtttctctatacattttactgtaaattaccaaaaaatatatttgcataaactaattctattgttagtggaactaaatattttaaacttttcaggtatatatataaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgcgcgcgcgc-----------GCA-CAT---------------------CT-G----ATC----C---AATCGA--AAGACTTC----TC---AG-----TGTT--G--C-AG--G-AA----AGA-T--T-------Caagacccaattttaagccacctcccttaatatttacctggacggagatcaaaaacataccgcacatcaatcaccaagagacaagaagcacttgtcaacacctgcacatctgatccaatcgaaagacttctcagtgttgcaggaaagattc
gi|10 : aaatgggtacaatagggatggggtaattgaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcatactaagacaaatcataccccccaaaaaatttcaatgaagaattcaaatcttaaatttcccatctacatatgtaccatgtttctctatacattttactgtaaattaccaaaaaatatatttgcataaactaattctattgttagtggaactaaatattttaaacttttcaggtatatatataaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgcgcgcgcgcgcgcacaaacatacatctttattttggtgaaagcaccatttgtagacatcagcagaatcaaaattccctatcgttcaattcttaaagacccaattttaagccacctcccttaatatttacctggacggagatcaaaaacataccgcacatcaatcaccaagagacaagaagcacttgtcaacacctCGGGAA---ACAT----CATATATAC-CA---CATAA-TCTT--TTTATTT-GGT-G-AAA--GCAG-TAA---TT-------TGTGG-AAAT-CAGCAGAAT-AAAATT-TCC-T-----AT-CA----T--TCA---ATTT-TT--------TT--CAA----G--------G--AA-----------ACA-CTTGTCAAAATACCTGCAAACATCCT-G----ATC--------ATTCGA--AAGACTTT----TC---AG-----TGTTTTG--TTGG--G-AA----AGA-T--T-------TAACGC----CC----------TGAC-------CGCT------A--C-A--GG---A-TG--AAAT---------GAC---TT-ACACCCT------G-TT------GA-AA-GC-T-----A-TC---ATG------T--A---AA-AT-GCA-AT----GG-ACATAATC--T-TTAAGT-------ATTC-----ATCGGCGAA-AC-A-TCT---ACA---CT-----TCA-T-T--TACT--T-AT-A----CACA---T---------AA---CT-A-T-A-T-CT-TGT-ATA-AATTA----TGGGGGTTTTTTTGTTAAAAT-AA--AA-
gi|11 : tatgcaattatcaaaattatttagcataaattaatttgctgttggttagaaattaaatattaaccgttA-CATAAATCTT-CTTTATTTTGGT-G-AGA--GCAC-CA----TA-------TGTGG-AAAT-CAGCAGAATCTGAATT-CCCAC-----AT-CA----TG-TCA---ATTC-TT----ACTTGT--CAACACCT--------G--CA-----------ACA---T---------------------CT-G----CTC----C---AGTCAA--AAGACTTTGNTGTC---AACATC-TGAT--C--C-AGTCG-AA----AGACT--T-------TTGAGTGTTGCAGGAAAGATTCT-AC---------CT------G--C-C--TG---A-TG--AA-T---------GAC---TT-A-AC---------G-TTTG----AA-AA-GT-TT----A-TC---ATG-----AT--A---AA-AT-GCA-AT----GG-ACAGATTC--T-TAAA-------GTATTC-----ATTGG-GTA-AC-A-TCT---ACA--ACT-----TCA-T-aaaaaaatt
gi|12 : aaatcttcaatgaagaattaaaatctttacatttttccttctacatgtaccatgtttctctatacctatcaaaaaatatattttgcataaactaattctattgttgattggaactaaatattttaaattaaatctttcaggaatatC-------CACT------G--C-A--GG---AATA--AA-TT--------GACCT-TT-A-AC---------C-TTTG----AA-A--GC-TT----AATC---ATG-----ATTAA---AA-AT-AAACAT----GG-ACAGATTC--GATTCAGT-----A-ATTCGATCAATAGG-GAATAT-A-TCTAACACA--GGT-----TCA-A-TAATACT--TCAT-A----CAAAAGGTG-C--AAT-AAGCGCT-A-T-C-T-CTGTGT-ATA-A---AAAG-TA--------TTTG--------AA--AA-CTT-------G--TGTAT--GA------------AAT-G-TATT--------------------G-TG-TAA-T-T-T-A----TTA-AT-------T--AC-TTT---AATCCACTCG------ATA--AT--A--A-T-GTAA-A-T----T-TAATTAATAGCA----TTAA-TAT----------TGTTAGTTGTTA-------AA--TTGCATAATT-GTAAT--------T----GTAATTTAAACTGAA---AATT-TAG
gi|13 : ctgcaacatctgatgcacaggcgcaaatgaaacgtgtacgggaaactcgtactctattaacaccctggatcCATGAATATA-ATA---TATGTGTACACA---CATAAATATT-CTTTATTT---------------------------------GTGG-AAAT-CAGCAAAATAAAAATT-CCC-T-----AG-C--------T-----ATTC-TT---------G--CAA----G--------G--AA-----------GCA-CTTAATTGTCAACAC---------CT-GCAACATCTAATC---AGTAGA--AAGACT-------C---AG-----TGTT--G--C-AG--G-AA----AGA-T--T-------CTTTGT----CTGG------CCTGAC-------CGCT------G--C-A--GG---A-TG--A------------------CT-A-AC---------G-TTTG----AA-AA-GC---------TG---ATG-----AT--A---AA-AT-GCA-AT----GA-ACAGATTC--T-TTAA-------GTATTA-----ATTGG-GAA-AC-A-TCT---ACA--ACT-----TCA-T-A--TACT--tgcaa
gi|14 : taagacaaattatagaaaataaaaatcttcaatgaaaatttcccttgtatcatgtttctcttgttgattggaactaaatatttaaaaccattCAGGAAAATATAT----------CACACAAAACATAAA-----ATTTATTTTGGTTG-AAA--GCAC-CATAAGTT-------TGTGG-AA---------AATC--AATT-CCA-T-----AT-CATCATTG-TCACATGTCC-TT----A---GGGCCAA----G--------GAAAA-----------GCA-CTT---------------------GT-C----AAC----C---ACTCAA--Actgtaactcactacaacaaa
gi|15 : taaagatcaaatctcctacttaacatcctgttaactatattattttcaaagttgttataaaaaaaaattaacctaatatatcttcattttgcaagaagttaaaactgaggtatcttctaggtggttgattggaactaaatattttaaaccttCAGGAATGTATTTG---CACA-----ACAAA-CATAAATCTTCCTTTATTTGAGC-GTGAA--GCA--CA----TC-------TG-GA-AAAT-CAACAGcatctatctatcgaaa
gi|16 : gcaatatttagataatcactaccccaaaaaaatattttcaaattcctccacattccactttcaatgaacaattaaatttaatttcccttctttgtaagtaccatgtttcctagatacattttacgatcagttataaaaaaaaataatatttgcataaaccctagatatatttctattgttgattggaccaccgagaatatttctaaagcctttcaaAAT-CA--AGAATTAA--TT-CCC-TCAAAGATTCA----TG-GTA---ATTA-TTTCACA---GG--CAA----GCGAAGTCAG--AATGTCAACGCCTGCA-CAT---------------------CT-G----ATC----CATTAGTCGAATAAGACTTTCA--TC---AGGGTGATGTT--GTTC-AG--GTAA----AGA-T--CCATCAAACCACAC----TGGT------TCTGACTTAATTGTGCT------G--C-A--CG---A---------------------------A-AC---------GTTTTG----AAGAA-GCTTT----A-TC---ATG-----A---AGAGAA-AT-GCA-CT----GGCACAGAT
gi|17 : ----A-TC---ATG-----AT--C---AA-AT-GCA-AT----GA-ACAGATTC--T-TTAAGT-------ATTC-----GTTGG-GAA-GC-A-TCT---ACA--ACT-----TCA-T-T--TACT--T-AT-AAATGCATA---TGTC--AAT-AA---CT-A-T-A-T-CT-TGT-ATA-C---A----TG--------TTTATT--AAT-AG--AG-TTTTG-AAAAT--TG-AC--GA------------AATGT-TActcctgttttcttatattcgcatatgcgagaaatcatcact
gi|18 : tcgtactaagacaaatcaaacaaaaaatgattataaaatcttcaacgaagaatttaaatctttaattccaccatgtttctctatacattttactaatcaattatcaaaaaaaaaaaaTG-----AC--A---AG-AT-AAA-AT----GG-ACAGATTC--T-TTAAGT-------ATTC-----ATTGG-AAA-AC-AATTT---A----ATT-----TCA-T-T--TACT--T-AT-A----CATA---TGTC--AAT-AA---CT-A-T-A-T-CT-TGT-ATA-A---A----TG--------TT------AAT-AA--T--TTTTA-AAAAAGATG-AC--AA------------AAT-G-TAAT--------------------T-TG-TAA-T-T-TAA----TTA-AT-------T--AC-TTT---GT------CA------A-A--GT--A--ATT-GT-A-A-T----T-TAATTA-----A----TTAC-TTT----------TG--------TATAT----AA--TTGt
gi|19 : tgagatattgccagaaatggtacacgactggaatgagttgcctgaagtA-CAT---------------------CT-G----ATC----C---AGTCGA--AAGATTTT----TC---AG-----TGTT--G--C-AG--G-AA----AGA-T--T-------ATTTGC----CTGG------TCTGGC-------CGCT------G--C-A--GG---A-TG--AA-T---------GAC---TTTA-AC---------G-TTTG----AA-AAAGC-TT----A-TC---ATA-----AT--A---AA-AT-AAA-TT----GG-GCAGATTCTTT-TTAA-------ATATTC-----ATTGG-AAA-AC-A-TCT---ACA--ACT-----TCA-T-T--CACT--T-AT-A----CATA---TGTC--AAT-AA---CT-A-T-A-T-CT-TGT-ATA-A---A----TG--------TTagcccatccctat
gi|2 : aacacctgcaCAGGAATATATATG---CA------CACAAT-CATAAATCTT----TATTGTGGT-G-AAA--GCAC-CA----TT-------TGTGG-AAAT-CAACGGAATCAAGATT-CCC-T-----AT-CA----TG-TCA---ATTC-TT----A---GG--CAA----G--------G--AC-----------GCA-TTTGTCAACAACTTAAACAT----CT-G----ATC----C---AGTTAA--AAGATTTT----TC---AG-----TGTT--G--C-AG--G-AA----AAA-AAAC-------CTACGC----CCGG------CTTGAC-------CGCT------G--C-A--TG---A-TG--AA-T---------GAC---TT-A-AT---------G-TTTG----AA-AA-GC-TT----A-TC---ATG-----AT--A---AA-AC-GCA-AT----GG-ACAGAT
gi|20 : aatgcgatataaagatagggatggggtaattgaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgccaattgcatcatactaagagaaatcataccaaaaaaatcttcaatgaagaagtaaaatctttaaaatttcccttctacataatgtaccatgtttctctatacattttacttataagttatcaaaaaatatattttacataaactaattctatttttcattggaactaaatatttcaaacctttT-TGT-ATA-A---A----TG--------TTTTTT--ATT-AA--AA-TTTTG-AAAAA--TG-AC--AA------------AAT-G-TAAT--------------------T-TG-TAA-T-T-TAA----TTA-A--------T--AC-TTT---AAT-----CAATTGATA-A--GT--A--ATT-GT-ATA-T----TGTAATTA-----A----TTAC--AT----------TG--------TA-------A----TGCAG-----GTATT-GTAGAGTT----GTAA-TT-AATTGAAG--AATT-TGGCGA
gi|21 : -----------GCATCTT---------------------CTTG----ATC----C---AG-CGA--A-GACTTT----TCCCCGG-----TGT---G--A-AG--G-AA-----GA-T--C-------TTACGC----CCTG------TCTGACT------CCCTATGACGG--CAA--GA---A-TG--AC-TTTTTTACCAGACGCGTT-G-ACTCCTATACCG-TTTGTAGAAA-AA-GC-TCTTCAA-TCCTAATGTCAATAC--A---AA-AT-GCA-AT----GG-ACAGATTT--T-CTaagtaatgtattaattatgtacttttgtatt
gi|22 : -----------GCATCTT---------------------CTTG----ATC----C---AG-CGA--A-GACTTT----TCCCCGG-----TGT---G--A-AG--G-AA-----GA-T--C-------TTACGC----CCTG------TCTGACT------CCCTATGACGG--CAA--GA---A-TG--AC-TTTTTTACCAGACGCGTT-G-ACTCCTATACCG-TTTGTAGAAA-AA-GC-TCTTCAA-TCCTAATGTCAATAC--A---AA-AT-GCA-AT----GG-ACAGATTT--T-CT
gi|23 : TT--AAT-TA--AA-TTTTG-AAAAA--TT-AC--AAAATGTAATTTGTAAT-C-TAATCAATTACTTTAACAAATCAAT-TG-TAA-T-T-CAA----TTA-AT-------T--ACATTT---GG------CA------A-A--GC--A---TT-GT-A-A-T----T-TAATTA-----A----TTAC-TTT----------TG--------TATGT----AA--TTG
gi|24 : A------A-A--GT--A--ATT-GT-A-A-T----T-TAATTA-----A----TTAC-TTT----------TG--------CA-------AA--TTGCAAAAATTGTAAT--------T----GCAATTT-AAATGAAG--AATC-TGGCAAaccccatcc
gi|24 : gTT--AATTAATTAC-TTTTG-CAAAT--TG-CA--AA------------AAT-TGTAAT--------------------T--G-CAA-T-T-TAA----ATG-AA-------G--AA-TCT---GG------CA------A-A--TT--A--ATT-GT-C-A-T----A-TGATTA-----T----ATAT-TTT----------TG--------TATGT----AA--TTattaattgtcatatgattatatatttttgtatgtaattcaccc
gi|25 : gaaagtaattgtaatT-A-A-T----T-CAATTA-----A----TTAC-ATT----------TG--------TA-------AA--TTGCA------GT-AT--------T----GTAGTTT-AATTGAAG--AATT-TGGCAAcaccc
gi|25 : t-TAA-T-T-CAA----TTA-AT-------T--AC-ATT---TG------TA------A-ATTGC--AGTATT-GT-A-G-T----T-TAATTG-----A----AGAA-TTT----------GG--------CA-------AA-------------GTAAT--------T----GTAATTT-AATTAAagtaattgtaatttaattaattacttttgtttgtacgtgtaattgacccatcc
gi|25 : tA------------AAT-TGCAGTA-------------------T-TG-TAG-T-T-TAA----TTG-AA-------G--AA-TTT---GG------CA------A-A--GT--A--ATT-GT-A-A-T----T-TAATTA-----A----TTAC-TTT----------TG--------T------------TTGT----------AC-G------T----GTAATTttacttttgtttgtacgtgtaattgacccatcc
gi|27 : ttaattcaattaattacatttgtT-AAC-AA-TTTCA-AAAAAG-TA-AC------------------T-TGTAAT--------------------T-TG-TA----T-TAACGTATTA-AT-------TT-AC-ATT---AT------CC------A-A--GT--G--ATG-GT-C-A-T----T-TAATTA-----A----TTAC-TGT----------TG--------Tgacccatcc
gi|28 : ttgctataaattcTTG-TAAAA--TT-GCA-GT------------AAT-TGTAAT--------------------T--G-TAA-T-T-TAA----TTG-AA-------G--A--TTT---GG------CA------A-A--GT--A--ATT-GT-A-A-T----T-TAATTA-----A----TTAC-TTT----------TG--------
gi|29 : ----------TG--------TA-------AA--TTGCA------GTAATTG------TAATTGTAATTT-AATTGAAG--AATT-TGGCAAgtgtaatgatccatccct
gi|29 : ------------AAT-TGTAAT--------------------T--G-TAA-T-T-TAA----TTG-AA-------G--AA-TTT---GG------CA------A-A--GT--A--ATT-GT-A-A-T----T-TAATTA-----A----TTAC-TTT----------TG--------TGTGT----AA--TTGagtaattgtaatttaattaattacttttgtgtgtaattgatcca
gi|3 : tgtaaattgcagtCACA-CATAAATCTT----TATTTTGGT-G-AAA--GCAC-CA----TTGTTGCTATATGG-ATAT-CTCCAGAAT--AAATGACCC-T-----AT----------------AC-C-T----------G--CAA------------------------------CA---T---------------------CT-G----ATC----C---AGTCGA--AAGAATTT----CC---AG-----TGTT--G--C-AG--G-AACTTTAGA-T--T-------CTATGC----CCA----------GAC-------CGCT------G--C-A--GG---A-TG--AA-T---------GAC---TT-T-AC---------C-TTTG----AA-AA-GC-TT----A-TC---AGG-----AT--A---AA-AT-GCA-AT----AG-ACAGAatcca
gi|31 : ttaaaggtatttgcactagggatggggtaattgaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgacaaattatatacaaaaatatcaaatgttcaatgaagaattaaaatctttaacttcccttctaccatgtttctcgatacattttacttatcaattacccaaaaaatatatttagctgaaacttattctattgttggttagaactaaatattaacctttcaggaaaataaatt------------AAT-T-GTAT--------------------T-TG-TAA-T-T--AA----TTG-AA-------G--AA-TTT---GG------CA------A-A--GTGAG--ATT-GA-A-ATT----T-TAATT------A----TTAC-TTT----------TG--------T
gi|32 : t------------AAT-TGTAAT--------------------T--G-TAA-T-T-TAA----TTG-AA-------G--A--TTT---GG------CC------A-A--AT--A--ATT-GT---A-T----T-TATTTA-----A----TTAC--GT----------TG--------TA-------tgtaattgaccccatcccta
gi|33 : agtC-A-TCA---ACA--ACT-----TCA-T-T--TACT--T-AT-A----CATA---TGTC--AAT-AA---CT-A-T-A-T-CT-TGT-TTA-A---A----TG--------TTTGCT--AAT-AA--GA-TTTAG-AAAAA--TG-tgtattgaccccatcc
gi|35 : -----A----TTAC-ATT----------TG--------TA-------AA--TTGCA------GTAATTGCAAT--T----GTAATTT-AATTGACG--AATT-TGGCAA
gi|35 : TTTG-TAAAT--TG-CA--GT------------AAT-T-GCAA--------------------T-TG-TAA-T-T-TAA----TTG-AC-------G--AA-TTT---GG------CA------A-A--GT--A--ATT-GT-A-A-T----G-TAATTA-----agtaattgtaatgtaatta
gi|36 : attaca--T-------CTACGC----CTGG------CCTAAC-------CACT------G--C-A--TG---A-TG--AA-T---------GAC---------C---------G-TTTG----AA-AA-GC-CT-----------ATG-----AT--A---AA-AA-GCA-AT----GA-ACAGATTC--
gi|37 : G------CA------A-T--GT--A--ATT-GT-A-A-TTTAAT-TAATTA-----A----TTAC-TTT----------TG--------TG------------TACC------GTAAT-A------T----G
gi|38 : ttG------CA------A-T--GT--A--ATT-GT-A-A-TTTAAT-TAATTA-----A----TTAC-TTT----------TG--------TG------------TACC------GTAAT-A------T----Gacgcccatccccc
gi|39 : tt-TTT---GG------CA------A-A--GT--A--ATT-AT-T-A-T----T-TAATTA-----A----CTAC-TTT----------TG--------TATGT----AA--TTGacgcccatccccc
gi|4 : agaaGCGCACAAA-CATACATCTT----TATTTTGGT-G-AAA--G-ACACA----TT-------TGTAG-ACAT-CAGCAGAATCAAAATT-CCC-T-----AT-CG----TGTTCA---ATTC-TT----A---atttcatcc
gi|4 : taagacaaatcataccccccaaaaaatcttcaatgaagaattcaaatcttaaatttcccatctacatatgtaccatgtttctctatacattttacttgtaaattaccaaaaaatatattttgcataaactaattctattgttgattggaactaaatattttaaacttttcagtatatattaaaagtgtgttgtgtgggtggtgtgcgcgcgcgcagcA-CAT---------------------CT-G----ATC----C---AATCGA--AAGACTTC----TC---AG-----TGTT--G--C-AG--G-AA----AGA-T--T-------CTACAT----CCGG------CTTGAC-------CAGT------GTTC-ATTGGTATA-TGTCAA-T---------GAC---Taagacccaattttaagccacctcccttaatatttacctggacggagatcaaaaacataccgcacatcaatcacccaagaagacaagaagcactttgtcaacacctgcaacatctgatccaatcgaaagacttctcagtgttgcaggaaagattctacatccggcttgaccagtgttcattggtatatgtcaatgact
gi|40 : taagacaaatcataccccccaaaaaatcttcaatgaagaattcaaatcttaaatttcccatctacatatgtaccatgtttctctatacattttacttgtaaattaccaaaaaatatattttgcataaactaattctattgttgattggaactaaatattttaaacttttcagtatatattaaaagtgtgttgtgtgggtggtgtgcgcgcgcgcagcgcgcacaaacatacatctttattttggtgaaagacacatttgtagacatcagcagaatcaaaattccctatcgtgttcaattcttaaagacccaattttaagccacctcccttaatatttacctggacggagatcaaaaacataccgcacatcaatcacccaagaagacaagaagcactttgtcaacacctgcaTT----TC---AG-----TGTT--G--C-AG--G-AG----AGA-T--T-------CTACGC----CCAG------CCTGAC-------CTCT------G--C-A--AG---A-TG--AA-T---------GAC---TT-A-
gi|41 : A------A-A--GC--A--ATT-GT-A-A-T----T-TTATTA-----A----TGAC-TTT----------TG--------TATGT----AA--TTG
gi|42 : aattgaaaaaT---GG------CA------A-A--GT--A--ATT-GT-A-A-T----T-TGATTA-----A----TTAA-TTT----------TG--------GATGT----AA--TTGaccccat
gi|43 : A------A-A--GT--A--ATT-GT-A-A-T----G-TAATTA-----A----TTAC-ATT----------TG--------TA-------AA--TTGCA------GTAAT-accccatcccc
gi|5 : gCAGGAATATATATGGATTATATGCACACAAA-CATAAATTTT-CTTCATTTTGGT-G-AAA--GCAC-CA----TA-------TATGG-AAAT-CAGCAGAATCAAAATT-CTC-T-----AT-CA----TG-TCA---ATTC-TT----A---AG--CAA----G--------G--AA-----------GCA-CTT---------------------CT-G----ATC----C---AGTCGA--AAGACTTT----TC---GG-----TGTT--G--A-AG--G-AA----AGA-T--T-------CTATGC----CCGG------TCTGAC-------CCCT------G--C-A--GA---A-AG--AA-T---------GAC---TT-A-AC---------G-TTTG----AA-AA-GC-TT----A-TC---ATG-----AT--A---AA-AT-GCA-AT----GG-ACAGATTT--T-TTAAGTACCG-GTATTC-----ATTGG-GAA-AC-A-TCT---ACA--ACT-----TCA-T-T--TACT--G-AT-A----CATT---TGTC--AAT-AA---CT-A-T-A-TACC-GGTAATA-A---A----TG--------TTTGTT--AAT-AA--AA-TTTTG-AAAAA--TG-AC--AA------------AAT-T-TAAT--------------------T-TG-TAA-T-T-TAA----TTA-AT-------T--GC-TTT---AT------CA------A-A--GT--A--ATT-GT-A-A-T----T-TAATTA-----ACATTTTAC-ATT----------TG--------TA-------AA--TTGCA------GTAAT-G------T----GTAATTT-AATTGAAG--AATT-TGGCAA
gi|6 : CAGAAATATATATG---C-----C-CACAAA-CATAAATCTT-CTTTATTT-GGT-G-AAA--GCAC-CA----TT-------TGTGG-AAAT-CCGCAGAAT--AAATT-CCC-T-----AT-CA----TG-TCA----TTC-TT---------G--CAA----G--------G--AA-----------GCA-CTTGTCAACACCTGCAACAT----CT-G----ATC----C---AGTCGA--AAGACTTT----TC---AG-----TGTT--G--C-AG--G-AA----AGA-C--T-------TTACGT----CCGG------CCTGAC-------CACT------G--C-A-------A-TG--AA-T---------GAC---TT-A-AC---------A-TTTG----AA-AA-GC-TT-----------ATG-----AT--C---TA-AT-GC--AT----GG-ACAGATTC-----TA--------GTATTC-----ATTGG-GAA-AC---TCT---ACA--ACG-----TCATT-T--TACT--T-AT-A----C------TGTC--AAT-AA---CT-A-T-A-T-AT-T
gi|7 : atactaagacaaatcataccccaaaaaaatcttcaatgaaagaatttaaagatctcaaatttcacttctacatgtaacatttttttctatacattttacttatcaaaaatatattttgcattaactagttttattattgattggaactaaatatattaaacctttCACA-AAA-CATAA----T-CTTTATTTTGGT-G-AGAAGGCAC-CA----TTG------TGTGGGAAATGCAACAG--TCAAAAGT-CCC-T-----AT-CA----TG-CCA---ATTCTTT----A---GG--CAA----A--------G--AA-----------GC--CTT---------------------
gi|7 : A-AA-GC-TT----A-TC---ATG-----AT--A---AAGATGGCA-ATTTTGGG-ACAGA-----T-TTAAGT-----AAATCG-----ATTGG-GAAGAC-G-ATT---ACGGTACTTGTACTTA-T-T--TACT--T-TT-A----C-TA---GGTC--ATT-AA---TT-A-TGA-T-CT---T-ATA-A------------------TTTTTTCAAAT-AA--AAGTTTTGAAAAAA--TG-ACAAAA------------AATGT-TAAT--------------------T-TG-TAATT-T-TAA----TTGTAT-------TCAAC-TTT---AT------CA------A-A--GT--A--TGT-GT-G-A-T----T-TAATT------A----TTAC-ATT----------TG--------TA-------AAGGTTGCA------GTATT-G-----------GTAATTT-AATTGAAGGAAATTGTAGCAAggtcacaccgtgccagacgatctggaccgcatcgaaagcttatcatgataaagatggcaattttgggacagatttaagtaaatcgattgggaagacgattacggtacttgtacttatttacttttactaggtcattaattatgatcttataattttttcaaataaaagttttgaaaaaatgacaaaaaatgttaatttgtaattttaattgtattcaactttatcaaagtatgtgtgatttaattattacatttgtaaaggttgcagtattggtaatttaattgaaggaaattgtagcaaagtaaaaatttaaatttgatgtaattactttgtgtatgtaatttgacccatcg
gi|8 : cacaaaacataatctttattttggtgagaaggcaccattgtgtgggaaatgcaacagtcaaaagtccctatcatgccaattctttaggcaaagaagccttggtcacaccgtgccagacgatctggaccgcatcgA-CAT---------------------CT-G----ATC----C---AGGCGA--GAA----------C---AG-----TGTT--G--C-GG--G-GA----TGA-A--T-------CTATAC----AC--------CCTGAC-------CACT------G--C-A--GG---A-TA--AA-T---------GAC---TT-A-AC---------C-TTTG----AA-AA-GC-TT----A-TCT--ATG-----AT--G---AA-AT---A-AT----GA-ACAGATCA-----TAAGTTCTAGATCTTCTCA--AGTGA-GAA-ATAA-TCT---CCA--AAT-----TCA-TGTG-TACTGAT-ATAA----CA-A---AATCCAAATCAG---CTGA-T-AGT-CT-TGT-ATAGG---A----TG--------ATTATT--GAC-AA--AC-T------------TG-AT--GA------------AAT-G-TATG--------------------C-TG-TAA-TAT-TAA----TTA-AT-------T--AC-TTTAAAAG------CA------A-G------A--ATT-GT-A-A-T----T-TAA-TA-----A----TTACATTTATTTGAAGAGTG--------TGCTGAAATAA--TTGTG------GTAAT--------T----ATAAGTT-CATGGAAG--AATA-TGGagtaaaaatttaaatttgatgtaattactttgtgtatgtaatttgacccatcg
gi|8 : cgtgtccaacctcatacaaaagaatttaaagtcgaacacctgcaTTTG-AAGAG--TGTGCT-GA------------AAT----AAT--------------------TGTGGTAA-T-TATAAG---TTC-ATGGAAGAAT--A---TG---GG------CG------A-A--GTG-A--ATTAGT-A-A-T----T-TAATTA-----A----TTAC-TTT----------TC--------TA-------gcgaagtgaattagtaatttaattaattacttttctagtgtaatgaacctcacgtccta
gi|9 : cgtgtccaacctcatacaaaagaatttaaagtcgaacacctgcaacatctgatccaggcgagaacagtgttgcggggatgaatctatacaccctgaccactgcaggataaatgacttaacctttgaaaagcttatctatgatgaaataatgaacagatcataagttctagatcttctcaagtgagaaataatctccaaattcatgtgtactgatataacaaaatccaaatcagctgatagtcttgtataggatgattattgacaaacttgatgaaatgtatgctgtaatattaattaattactttaaaagcaagaattgtaatttaataattacatttaCGGGAACAT--------CATATATACGCA---CATAAATCTT-CTTTATTTTGGT-G-AAA--GCAG-TA----TT-------TGTGG-AAAT-CAGCAGAATCAAAATTTCCC-T-----AT-CA----TG-TCA---ATTT-TT------------TAA----G--------G--AA-----------ACA-CTTGTCAATACCTGCAACAT----CT-G----ATC----C---ATTCGA--AAGACTTT----TC---AG-----TGTT--G--T-TG--G-AA----AGA-T--T-------TAACGC----CC----------TGAC-------CGCT------A--C-A--GG---A-TG--AA-T---------GAC---TT-A-AC---------T-GTTG----AA-AA-GC-TT----A-TC---ATG-----AT--A---AA-AT-GCA-AT----GG-ACATATTC--T-T--AGT-------ATTC-----ATCGG-GAA-AC-A-TCT---ACA---CT-----TCA-T-T--TACT--T-AT-A----CACA---T---------AA---CT-AAT-A-T-CT-TGT-ATA-A---AATAATG--------TTTGTT--AAT-AA--AA-TTTTG-AAGAA--CG-AG--AG------------AAT------------------------------G-TAA-T-T-TAA----TTA-AT-------T--gtgtaatgaacctcacgtccta
blockSeqs : T T GGATTATATGCA AAA CC T T T AG A TTGTTGCTA G G CT A A CAAAG T TCAT GT CAT T TCACAGG GCGAAGTCAGAATGTCAACGCCT T T GTCAAAATACCTGCAAACATC T CAAC TAAT ATT AT GNTG CCC GGTGA TT TT T TC T CTTT C AA CATCAAA GTTG GGAAAGATT TTAATTG A ATGACG TT A TT TAT A TC . TTTTTACCA GCG T . TCCTATACCG TAGA G A T TTCAA CTA TCAAT TA GAG G G C TTTG C TTT GTTCTAGAT GATCA . T A A AAC GT TGTAC T G AA GA C A AATG A AGG CA C GCG G A G G A G A G AATAATG CA T TT G A GA T AAAATGTAATTTGT CTAATCAATTACTTTAACAAATCAATT G T A A CGTA T TGGAAGAATA AAA T ATTGAT . TT GA GT A . T T TTAA G . CATT AT ATTTGAAGAG . CTGAAAT GG AAAAATT GTAGAGTT . GA G
blockSeqs : A T ATATGTGTA AA C T . . . . TAAGTT . . AA T . . . . G . . ACTTGT CACCTGCA T T GTCAACAACTTAAACAT T . . . . CA CCC CATC . . . . . . . . . . GGC T G ATGACG . A . . . . . TTTTTACCA GCG . . TCCTATACCG TAGA . . . TTCAA CTA TCAAT . . . . . . . GA GTACCGGT TCA . G . . . . . . . G . . . . T . . . . . . . . . . . . AAAGTA . . C . . G . AAAA TGCAGTATT . . . . G . TTCAAC . . . . . G . . . . . TTAA . . . T . . TAT . AG TGTAATT . . .
blockSeqs : T T CATATATA AT C G . . . . ATT . . TA . . . . . G . . AGGGC GGAAAA . T GTCAACACCTGCAACAT . . . . . . . . . . . . . . . . . . GTT T G . . . . . . . . T CT . . GT . . . . AA T . . . . . . . . T GTAA . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . ATG . . . . . . . AGT TGTAATTT . . . . . . TTACA . . . . . . . . . . . . . . . T . . TGT . A TGCAATT . . .
blockSeqs : T T GCACA CA A T . . . . TTG . . CA . . . . . G . . AGG GGAA . A GTCAATACCTGCAACAT . . . . . . . . . . . . . . . . . . GGT . G . . . . . . . . . . . . G . . . . A . . . . . . . . . T GTA . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . ATG . . . . . . . TGA GTTAATTT . . . . . . TTTAC . . . . . . . . . . . . . . . T . . TGT . A GT . . .
blockSeqs : T T GCA AA C T . . . . TA . . CA . . . . . G . . AAG GGAC . A AATTGTCAACAC . . . . . . . . . . . . . . . . . . GGC . G . . . . . . . . . . . . C . . . . A . . . . . . . . . T GT . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . ATG . . . . . . . GA GTAATTT . . . . . . TTAC . . . . . . . . . . . . . . . T . . TGT . A AT . . .
blockSeqs : T . GCC AA C T . . . . TC . . CA . . . . . G . . AGG GGAA . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TGT . C . . . . . . . . . . . . G . . . . A . . . . . . . . . T GT . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . ATG . . . . . . . AA GTAATTT . . . . . . AGAA . . . . . . . . . . . . . . . A . . TGT . C AT . . .
blockSeqs : C . CA AA C T . . . . TT . . CA . . . . . G . . G GGAA . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TGT . C . . . . . . . . . . . . G . . . . A . . . . . . . . . T GT . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . ATG . . . . . . . AA TGTAATT . . . . . . TTAC . . . . . . . . . . . . . . . T . . TGT . C GT . . .
blockSeqs : AA C T . . . . TT . . CA . . . . . G . . G AGAA . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GGC . G . . . . . . . . . . . . G . . . . A . . . . . . . . . T GT . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . ATG . . . . . . . AA TGTAATT . . . . . . AGAA . . . . . . . . . . . . . . . T . . TGT . A T . . .
blockSeqs : . . T . . . . TA . . A . . . . . G . . G GGAA . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GGC . A . . . . . . . . . . . . C . . . . A . . . . . . . . . T AT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ATG . . . . . . . GT TGTAATT . . . . . . AGAA . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . A T .
blockSeqs : . . . . . . . TT . . C . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AGC . A . . . . . . . . . . . . G . . . . A . . . . . . . . . T GT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AA TGTATTT . . . . . . AGAA . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . A T
blockSeqs : . . . . . . . TT . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GGT . T . . . . . . . . . . . . G . . . . A . . . . . . . . . T GT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GA TGTAATT . . . . . . CGAA . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . G G
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GGC . C . . . . . . . . . . . . A . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AG TGCAATT . . . . . . TTGC . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . T
blockSeqs : . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . A . . . . . . . . . . . . C . . . . A . . . . . . . . . . . . . . TTAATTT . . . . . . TTAC . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . A . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . GTATGCT . . . . . . TAC . . . . . . . . . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AATTGT . . . . . . AGA . . . . . . . . . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AGA . . . . . . . . . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . T . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : GCA********* C* G* AGG********* GGC****** G********** ATG*************** ** ****** ***** ******** A******
originalCons : CAGGAATATATATG---CATATGCACACAAA-CATAAATCTT-CTTTATTTTGGT-G-AAA--GCAC-CA----TT-------TGTGG-AAAT-CAGCAGAATCAAAATT-CCC-T-----AT-CA----TG-TCA---ATTC-TT----A---GG--CAA----G--------G--AA-----------GCA-CTT---------------------CT-G----ATC----C---AGTCGA--AAGACTTT----TC---AG-----TGTT--G--C-AG--G-AA----AGA-T--T-------CTACGC----CCGG------CCTGAC-------CGCT------G--C-A--GG---A-TG--AA-T---------GAC---TT-A-AC---------G-TTTG----AA-AA-GC-TT----A-TC---ATG-----AT--A---AA-AT-GCA-AT----GG-ACAGATTC--T-TTAAGT-----GTATTC-----ATTGG-GAA-AC-A-TCT---ACA--ACT-----TCA-T-T--TACT--T-AT-A----CATA---TGTC--AAT-AA---CT-A-T-A-T-CT-TGT-ATA-A---A----TG--------TTTGTT--AAT-AA--AA-TTTTG-AAAAA--TG-AC--GA------------AAT-T-TAAT--------------------T-TG-TAA-T-T-TAA----TTG-AT-------T--AC-TTT---GG------CA------A-A--GT--A--ATT-GT-A-A-T----T-TAATTA-----A----TTAC-TTT----------TG--------TA-------AA--TTGCA------GTAAT-G------T----GTAATTT-AATTGAAG--AATT-TGGCAA
finalCons : CAGGAATATATATGCA---------CACAAA-CATAAATCTTC-TTTATTTTGGT-G-AAA--GCAC-CA----TT-------TGTGG-AAAT-CAGCAGAATCAAAATT-CCC-T-----AT-CA----TG-TCA---ATTC-TTAGG---------CAA----G--------G--AA-----------GCA-CTT---------------------CT-G----ATC----C---AGTCGA--AAGACTTT----TC---AG-----TGTT--G--C-AG--G-AA----AGA-T--T-------CTACGC----CCGGC------CTGAC-------CGCT------G--C-A--GG---A-TG--AA-T---------GAC---TT-A-ACG----------TTTG----AA-AA-GC-TT----A-TC---ATG-----AT--A---AA-AT-GCA-AT----GG-ACAGATTC--T-TTAAGT-----GTATTC-----ATTGG-GAA-AC-A-TCT---ACA--ACT-----TCA-T-T--TACT--T-AT-A----CATA---TGTC--AAT-AA---CT-A-T-A-T-CT-TGT-ATA-AATG---------------TTTGTT--AAT-AA--AA-TTTTG-AAAAA--TG-AC--GA------------AAT-T-TAAT--------------------T-TG-TAA-T-T-TAA----TTG-AT-------T--AC-TTT---GG------CA------A-A--GT--A--ATT-GT-A-A-T----T-TAATTA-----A----TTAC-TTT----------TG--------TA-------AA--TTGCA------GTAAT-G------T----GTAATTT-AATTGAAG--AATT-TGGCAA
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): ATATTATGACAAATCATTCCAAAAAAAAAATTCTTCTTAAAAATCTTTAAATCTCCCATCTACATATACCATATATCTCTGTATGTTTTACTTATCAAAAAATATC
Unaligned ( gi|30 ): CAAACATTGTTTAATACCTTTAACTTAATAGTAAGAGAGAAATTTAAGTGGACAAGATCAGGATTCAAACCCATGACCACAGTCTACCA
Unaligned ( gi|34 ): ATACATTTTACTTATCAATTATCAAAATATGTATTTAGCGAAAACAAAATTCTTTTGTTGGTTGGAACTAGATACT
Unaligned ( gi|44 ): TAATTTAATTAATTACTTTCGTATGTAATTAACCCCATCCCTA
Alignments
lowQualScore : 111111111 111 11 1111111111111 222222222222 22222222222222222222222222222 888888888888888888888 11111 111111111 1111111 111111 222222222 111 22222222222 1111 111111 111 11111 333333333 11111 111111111111111111 1111111111111111 222222222222222222222222222222 11111111111111 2222222 1111111 3333333333333
lowQualScore : 8 666666666 1 3 333 44 4 3 3 44 3 3333333333333 3 2 0 55 6 3 77777 3 6666 44 555 3 444444444444 00000000000000000000000000000 4 1 111111111111111111111 5 5555 5555 444 33 8888 888 11111 33 33 2 33 2 5555 2 33 7777777 5555 111111111 2222222 2 333333 33 4 33 444 2 33 2 111111111 111 2 2 66666666666 1111 2 2 2 000000 000 11111 33 333 2 2 2 4444 2 6666 666666666 44444 3 6 3 3 555 44 77777 3 3 77 44 3 3 7777 2 666 0 55 3 666 3 3 3 3 3 3 3 3 666666666666666666 0 99 3 77 3 2 66 5 9999999999999999 666666666666666666666666666666 2 2 2 2 6666 2 66666666666666 333 777777 444444 1 22 44 22 1 1 1 1 6666 1 33333 3333 11 6666666666 55555555 7777777 22 8888888 4444444444444 4 66 4
lowQualScore : . ......... . . ... .. . . . .. . ............. . . . .. . . ..... . .... .. ... . ............ ............................. . . ..................... . .... .... ... .. .... ... ..... .. .. . .. . .... . .. ....... .... ......... ....... . ...... .. . .. ... . .. . ......... ... . . ........... .... . . . ...... ... ..... .. ... . . . .... . .... ......... ..... . . . . ... .. ..... . . .. .. . . .... . ... . .. . ... . . . . . . . . .................. . .. . .. . . .. . ................ .............................. . . . . .... . .............. ... ...... ...... . .. .. .. . . . . .... . ..... .... .. .......... ........ ....... .. ....... ............. . .. .
lowQualScore : 0 000000000 0 1 222 22 2 1 1 22 1 5555555555555 1 9 6 22 2 1 77777 1 5555 66 444 1 555555555555 88888888888888888888888888888 7 5 555555555555555555555 0 3333 3333 444 44 8888 888 66666 44 44 5 44 5 3333 5 22 6666666 3333 888888888 4444444 1 555555 22 7 22 111 4 22 4 222222222 555 5 5 44444444444 3333 5 5 5 555555 666 11111 11 999 2 2 2 7777 2 2222 222222222 22222 3 7 1 1 444 22 77777 1 1 99 66 6 6 7777 7 444 5 00 6 444 6 6 6 6 6 3 6 6 000000000000000000 7 22 1 33 1 7 33 3 7777777777777777 888888888888888888888888888888 2 2 2 2 9999 2 33333333333333 777 444444 888888 7 33 00 33 7 6 6 6 8888 6 88888 4444 77 7777777777 66666666 0000000 66 9999999 1111111111111 0 11 4
consensus : CAGGAATAT-ATA---------TGCACA-CAAA-CATAAATCTT-CTTTATTTTGGT-G-AAA--GCAC-CA----TT-------TGTGG-AAAT-CAGCAGAATCAAAATT-CCC-T-----AT-CA----TG-TCA---ATTC-TT----A---GG--CAA----G--------G--AA-----------GCA-CTT---------------------CT-G----ATC----C---AGTCGA--AAGACTTT----TC---AG-----TGTT--G--C-AG--G-AA----AGA-T--T-------CTACGC----CCGG------CCTGAC-------CGCT------G--C-A--GG---A-TG--AA-T---------GAC---TT-A-AC---------G-TTTG----AA-AA-GC-TT----A-TC---ATG-----AT--A---AA-AT-GCA-AT----GG-ACAGATTC--T-TTAAGT-----GTATTC-----ATTGG-GAA-AC-A-TCT---ACA--ACT-----TCA-T-T--TACT--T-AT-A----CATA---TGTC--AAT-AA---CT-A-T-A-T-CT-TGT-ATA-A---A----TG--------TTTGTT--AAT-AA--AA-TTTTG-AAAAA--TG-AC--GA------------AAT-T-TAAT--------------------T-TG-TAA-T-T-TAA----TTG-AT-------T--AC-TTT---GG------CA------A-A--GT--A--ATT-GT-A-A-T----T-TAATTA-----A----TTAC-TTT----------TG--------TA-------AA--TTGCA------GTAAT-G------T----GTAATTT-AATTGAAG--AATT-TGGCAA
Reference ( family-1298 ) : CAGGAATAT-ATA---------TGCACA-CAAA-CATAAATCTT-CTTTATTTTGGT-G-AAA--GCAC-CA----TT-------TGTGG-AAAT-CAGCAGAATCAAAATT-CCC-T-----AT-CA----TG-TCA---ATTC-TT----A---GG--CAA----G--------G--AA-----------GCA-CTT---------------------CT-G----ATC----C---AGTCGA--AAGACTTT----TC---AG-----TGTT--G--C-AG--G-AA----AGA-T--T-------CTACGC----CCGG------CCTGAC-------CGCT------G--C-A--GG---A-TG--AA-T---------GAC---TT-A-AC---------G-TTTG----AA-AA-GC-TT----A-TC---ATG-----AT--A---AA-AT-GCA-AT----GG-ACAGATTC--T-TTAAGT-----GTATTC-----ATTGG-GAA-AC-A-TCT---ACA--ACT-----TCA-T-T--TACT--T-AT-A----CATA---TGTC--AAT-AA---CT-A-T-A-T-CT-TGT-ATA-A---A----TG--------TTTGTT--AAT-AA--AA-TTTTG-AAAAA--TG-AC--GA------------AAT-T-TAAT--------------------T-TG-TAA-T-T-TAA----TTG-AT-------T--AC-TTT---GG------CA------A-A--GT--A--ATT-GT-A-A-T----T-TAATTA-----A----TTAC-TTT----------TG--------TA-------AA--TTGCA------GTAAT-G------T----GTAATTT-AATTGAAG--AATT-TGGCAA
gi|1 : GCGCA-CAAA-CATACATCTT----TATTTTGGT-G-AAA--GCAC-CA----TT-------TGTAG-ACAT-CAGCAGAATCAAAATT-CCC-T-----AT-CG----T--TCA---ATTC-TT----A---
gi|1 : aaatgggtacaatagggatggggtaattgaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcatactaagacaaatcataccccccaaaaaatttcaatgaagaattcaaatcttaaatttcccatctacatatgtaccatgtttctctatacattttactgtaaattaccaaaaaatatatttgcataaactaattctattgttagtggaactaaatattttaaacttttcaggtatatatataaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgcgcgcgcgc-----------GCA-CAT---------------------CT-G----ATC----C---AATCGA--AAGACTTC----TC---AG-----TGTT--G--C-AG--G-AA----AGA-T--T-------Caagacccaattttaagccacctcccttaatatttacctggacggagatcaaaaacataccgcacatcaatcaccaagagacaagaagcacttgtcaacacctgcacatctgatccaatcgaaagacttctcagtgttgcaggaaagattc
gi|10 : aaatgggtacaatagggatggggtaattgaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcatactaagacaaatcataccccccaaaaaatttcaatgaagaattcaaatcttaaatttcccatctacatatgtaccatgtttctctatacattttactgtaaattaccaaaaaatatatttgcataaactaattctattgttagtggaactaaatattttaaacttttcaggtatatatataaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgcgcgcgcgcgcgcacaaacatacatctttattttggtgaaagcaccatttgtagacatcagcagaatcaaaattccctatcgttcaattcttaaagacccaattttaagccacctcccttaatatttacctggacggagatcaaaaacataccgcacatcaatcaccaagagacaagaagcacttgtcaacacctGAAACATCATA---------TATAC--CA---CATAA-TCTT--TTTATTT-GGT-G-AAA--GCAG-TAA---TT-------TGTGG-AAAT-CAGCAGAAT-AAAATT-TCC-T-----AT-CA----T--TCA---ATTT-TT--------TT--CAA----G--------G--AA-----------ACA-CTTGTCAAAATACCTGCAAACATCCT-G----ATC--------ATTCGA--AAGACTTT----TC---AG-----TGTTTTG--TTGG--G-AA----AGA-T--T-------TAACGC----CC----------TGAC-------CGCT------A--C-A--GG---A-TG--AAAT---------GAC---TT-ACACCCT------G-TT------GA-AA-GC-T-----A-TC---ATG------T--A---AA-AT-GCA-AT----GG-ACATAATC--T-TTAAGT-------ATTC-----ATCGGCGAA-AC-A-TCT---ACA---CT-----TCA-T-T--TACT--T-AT-A----CACA---T---------AA---CT-A-T-A-T-CT-TGT-ATA-AATTA----TGGGGGTTTTTTTGTTAAAAT-AA--AA-
gi|11 : tatgcaattatcaaaattatttagcataaattaatttgctgttggttagaaattaaatattaaccgttcggCAGGAATAT-A-----------------------CATAAATCTT-CTTTATTTTGGT-G-AGA--GCAC-CA----TA-------TGTGG-AAAT-CAGCAGAATCTGAATT-CCCAC-----AT-CA----TG-TCA---ATTC-TT----ACTTGT--CAACACCT--------G--CA-----------ACA---T---------------------CT-G----CTC----C---AGTCAA--AAGACTTTGNTGTC---AACATC-TGAT--C--C-AGTCG-AA----AGACT--T-------TTGAGTGTTGCAGGAAAGATTCT-AC---------CT------G--C-C--TG---A-TG--AA-T---------GAC---TT-A-AC---------G-TTTG----AA-AA-GT-TT----A-TC---ATG-----AT--A---AA-AT-GCA-AT----GG-ACAGATTC--T-TAAA-------GTATTC-----ATTGG-GTA-AC-A-TCT---ACA--ACT-----TCA-T-aaaaaaatt
gi|12 : aaatcttcaatgaagaattaaaatctttacatttttccttctacatgtaccatgtttctctatacctatcaaaaaatatattttgcataaactaattctattgttgattggaactaaatattttaaattaaatctttC-------CACT------G--C-A--GG---AATA--AA-TT--------GACCT-TT-A-AC---------C-TTTG----AA-A--GC-TT----AATC---ATG-----ATTAA---AA-AT-AAACAT----GG-ACAGATTC--GATTCAGT-----A-ATTCGATCAATAGG-GAATAT-A-TCTAACACA--GGT-----TCA-A-TAATACT--TCAT-A----CAAAAGGTG-C--AAT-AAGCGCT-A-T-C-T-CTGTGT-ATA-A---AAAG-TA--------TTTG--------AA--AA-CTT-------G--TGTAT--GA------------AAT-G-TATT--------------------G-TG-TAA-T-T-T-A----TTA-AT-------T--AC-TTT---AATCCACTCG------ATA--AT--A--A-T-GTAA-A-T----T-TAATTAATAGCA----TTAA-TAT----------TGTTAGTTGTTA-------AA--TTGCATAATT-GTAAT--------T----GTAATTTAAACTGAA---AATT-TAG
gi|13 : ctgcaacatctgatgcacaggcgcaaatgaaacgtgtacgggaaactcgtactctattaacaccctggatcAATAT-ATG---------TGTACA-CA---CATAAATATT-CTTTATTT---------------------------------GTGG-AAAT-CAGCAAAATAAAAATT-CCC-T-----AG-C--------T-----ATTC-TT---------G--CAA----G--------G--AA-----------GCA-CTTAATTGTCAACAC---------CT-GCAACATCTAATC---AGTAGA--AAGACT-------C---AG-----TGTT--G--C-AG--G-AA----AGA-T--T-------CTTTGT----CTGG------CCTGAC-------CGCT------G--C-A--GG---A-TG--A------------------CT-A-AC---------G-TTTG----AA-AA-GC---------TG---ATG-----AT--A---AA-AT-GCA-AT----GA-ACAGATTC--T-TTAA-------GTATTA-----ATTGG-GAA-AC-A-TCT---ACA--ACT-----TCA-T-A--TACT--tgcaa
gi|14 : taagacaaattatagaaaataaaaatcttcaatgaaaatttcccttgtatcatgtttctcttgttgattggaactaaatatttaaaaccattcatgaatatCAGGAAAAT-ATA---------T-CACA-CAAAACATAAA-----ATTTATTTTGGTTG-AAA--GCAC-CATAAGTT-------TGTGG-AA---------AATC--AATT-CCA-T-----AT-CATCATTG-TCACATGTCC-TT----A---GGGCCAA----G--------GAAAA-----------GCA-CTT---------------------GT-C----AAC----C---ACTCAA--Actgtaactcactacaacaaa
gi|15 : taaagatcaaatctcctacttaacatcctgttaactatattattttcaaagttgttataaaaaaaaattaacctaatatatcttcattttgcaagaagttaaaactgaggtatcttctaggtggttgattggaactaaatattttaaaccttCAGGAATGT-ATT---------TGCACAACAAA-CATAAATCTTCCTTTATTTGAGC-GTGAA--GCA--CA----TC-------TG-GA-AAAT-CAACAGcatctatctatcgaaa
gi|16 : gcaatatttagataatcactaccccaaaaaaatattttcaaattcctccacattccactttcaatgaacaattaaatttaatttcccttctttgtaagtaccatgtttcctagatacattttacgatcagttataaaaaaaaataatatttgcataaaccctagatatatttctattgttgattggaccaccgagaatatttctaaagcctttcaaAAT-CA--AGAATTAA--TT-CCC-TCAAAGATTCA----TG-GTA---ATTA-TTTCACA---GG--CAA----GCGAAGTCAG--AATGTCAACGCCTGCA-CAT---------------------CT-G----ATC----CATTAGTCGAATAAGACTTTCA--TC---AGGGTGATGTT--GTTC-AG--GTAA----AGA-T--CCATCAAACCACAC----TGGT------TCTGACTTAATTGTGCT------G--C-A--CG---A---------------------------A-AC---------GTTTTG----AAGAA-GCTTT----A-TC---ATG-----A---AGAGAA-AT-GCA-CT----GGCACAGAT
gi|17 : ----A-TC---ATG-----AT--C---AA-AT-GCA-AT----GA-ACAGATTC--T-TTAAGT-------ATTC-----GTTGG-GAA-GC-A-TCT---ACA--ACT-----TCA-T-T--TACT--T-AT-AAATGCATA---TGTC--AAT-AA---CT-A-T-A-T-CT-TGT-ATA-C---A----TG--------TTTATT--AAT-AG--AG-TTTTG-AAAAT--TG-AC--GA------------AATGT-TActcctgttttcttatattcgcatatgcgagaaatcatcact
gi|18 : tcgtactaagacaaatcaaacaaaaaatgattataaaatcttcaacgaagaatttaaatctttaattccaccatgtttctctatacattttactaatcaattatcaaaaaaaaaaaaTG-----AC--A---AG-AT-AAA-AT----GG-ACAGATTC--T-TTAAGT-------ATTC-----ATTGG-AAA-AC-AATTT---A----ATT-----TCA-T-T--TACT--T-AT-A----CATA---TGTC--AAT-AA---CT-A-T-A-T-CT-TGT-ATA-A---A----TG--------TT------AAT-AA--T--TTTTA-AAAAAGATG-AC--AA------------AAT-G-TAAT--------------------T-TG-TAA-T-T-TAA----TTA-AT-------T--AC-TTT---GT------CA------A-A--GT--A--ATT-GT-A-A-T----T-TAATTA-----A----TTAC-TTT----------TG--------TATAT----AA--TTGt
gi|19 : tgagatattgccagaaatggtacacgactggaatgagttgcctgaagtA-CAT---------------------CT-G----ATC----C---AGTCGA--AAGATTTT----TC---AG-----TGTT--G--C-AG--G-AA----AGA-T--T-------ATTTGC----CTGG------TCTGGC-------CGCT------G--C-A--GG---A-TG--AA-T---------GAC---TTTA-AC---------G-TTTG----AA-AAAGC-TT----A-TC---ATA-----AT--A---AA-AT-AAA-TT----GG-GCAGATTCTTT-TTAA-------ATATTC-----ATTGG-AAA-AC-A-TCT---ACA--ACT-----TCA-T-T--CACT--T-AT-A----CATA---TGTC--AAT-AA---CT-A-T-A-T-CT-TGT-ATA-A---A----TG--------TTagcccatccctat
gi|2 : aacacctgcaCAGGAATAT-ATA---------TGCACA-CAAT-CATAAATCTT----TATTGTGGT-G-AAA--GCAC-CA----TT-------TGTGG-AAAT-CAACGGAATCAAGATT-CCC-T-----AT-CA----TG-TCA---ATTC-TT----A---GG--CAA----G--------G--AC-----------GCA-TTTGTCAACAACTTAAACAT----CT-G----ATC----C---AGTTAA--AAGATTTT----TC---AG-----TGTT--G--C-AG--G-AA----AAA-AAAC-------CTACGC----CCGG------CTTGAC-------CGCT------G--C-A--TG---A-TG--AA-T---------GAC---TT-A-AT---------G-TTTG----AA-AA-GC-TT----A-TC---ATG-----AT--A---AA-AC-GCA-AT----GG-ACAGAT
gi|20 : aatgcgatataaagatagggatggggtaattgaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgccaattgcatcatactaagagaaatcataccaaaaaaatcttcaatgaagaagtaaaatctttaaaatttcccttctacataatgtaccatgtttctctatacattttacttataagttatcaaaaaatatattttacataaactaattctatttttcattggaactaaatatttcaaacctttT-TGT-ATA-A---A----TG--------TTTTTT--ATT-AA--AA-TTTTG-AAAAA--TG-AC--AA------------AAT-G-TAAT--------------------T-TG-TAA-T-T-TAA----TTA-A--------T--AC-TTT---AAT-----CAATTGATA-A--GT--A--ATT-GT-ATA-T----TGTAATTA-----A----TTAC--AT----------TG--------TA-------A----TGCAG-----GTATT-GTAGAGTT----GTAA-TT-AATTGAAG--AATT-TGGCGA
gi|21 : -----------GCATCTT---------------------CTTG----ATC----C---AG-CGA--A-GACTTT----TCCCCGG-----TGT---G--A-AG--G-AA-----GA-T--C-------TTACGC----CCTG------TCTGACT------CCCTATGACGG--CAA--GA---A-TG--AC-TTTTTTACCAGACGCGTT-G-ACTCCTATACCG-TTTGTAGAAA-AA-GC-TCTTCAA-TCCTAATGTCAATAC--A---AA-AT-GCA-AT----GG-ACAGATTT--T-CTaagtaatgtattaattatgtacttttgtatt
gi|22 : -----------GCATCTT---------------------CTTG----ATC----C---AG-CGA--A-GACTTT----TCCCCGG-----TGT---G--A-AG--G-AA-----GA-T--C-------TTACGC----CCTG------TCTGACT------CCCTATGACGG--CAA--GA---A-TG--AC-TTTTTTACCAGACGCGTT-G-ACTCCTATACCG-TTTGTAGAAA-AA-GC-TCTTCAA-TCCTAATGTCAATAC--A---AA-AT-GCA-AT----GG-ACAGATTT--T-CT
gi|23 : TT--AAT-TA--AA-TTTTG-AAAAA--TT-AC--AAAATGTAATTTGTAAT-C-TAATCAATTACTTTAACAAATCAAT-TG-TAA-T-T-CAA----TTA-AT-------T--ACATTT---GG------CA------A-A--GC--A---TT-GT-A-A-T----T-TAATTA-----A----TTAC-TTT----------TG--------TATGT----AA--TTG
gi|24 : A------A-A--GT--A--ATT-GT-A-A-T----T-TAATTA-----A----TTAC-TTT----------TG--------CA-------AA--TTGCAAAAATTGTAAT--------T----GCAATTT-AAATGAAG--AATC-TGGCAAaccccatcc
gi|24 : gTT--AATTAATTAC-TTTTG-CAAAT--TG-CA--AA------------AAT-TGTAAT--------------------T--G-CAA-T-T-TAA----ATG-AA-------G--AA-TCT---GG------CA------A-A--TT--A--ATT-GT-C-A-T----A-TGATTA-----T----ATAT-TTT----------TG--------TATGT----AA--TTattaattgtcatatgattatatatttttgtatgtaattcaccc
gi|25 : gaaagtaattgtaatT-A-A-T----T-CAATTA-----A----TTAC-ATT----------TG--------TA-------AA--TTGCA------GT-AT--------T----GTAGTTT-AATTGAAG--AATT-TGGCAAcaccc
gi|25 : t-TAA-T-T-CAA----TTA-AT-------T--AC-ATT---TG------TA------A-ATTGC--AGTATT-GT-A-G-T----T-TAATTG-----A----AGAA-TTT----------GG--------CA-------AA-------------GTAAT--------T----GTAATTT-AATTAAagtaattgtaatttaattaattacttttgtttgtacgtgtaattgacccatcc
gi|25 : tA------------AAT-TGCAGTA-------------------T-TG-TAG-T-T-TAA----TTG-AA-------G--AA-TTT---GG------CA------A-A--GT--A--ATT-GT-A-A-T----T-TAATTA-----A----TTAC-TTT----------TG--------T------------TTGT----------AC-G------T----GTAATTttacttttgtttgtacgtgtaattgacccatcc
gi|27 : ttaattcaattaattacatttgtT-AAC-AA-TTTCA-AAAAAG-TA-AC------------------T-TGTAAT--------------------T-TG-TA----T-TAACGTATTA-AT-------TT-AC-ATT---AT------CC------A-A--GT--G--ATG-GT-C-A-T----T-TAATTA-----A----TTAC-TGT----------TG--------Tgacccatcc
gi|28 : ttgctataaattcTTG-TAAAA--TT-GCA-GT------------AAT-TGTAAT--------------------T--G-TAA-T-T-TAA----TTG-AA-------G--A--TTT---GG------CA------A-A--GT--A--ATT-GT-A-A-T----T-TAATTA-----A----TTAC-TTT----------TG--------
gi|29 : ----------TG--------TA-------AA--TTGCA------GTAATTG------TAATTGTAATTT-AATTGAAG--AATT-TGGCAAgtgtaatgatccatccct
gi|29 : ------------AAT-TGTAAT--------------------T--G-TAA-T-T-TAA----TTG-AA-------G--AA-TTT---GG------CA------A-A--GT--A--ATT-GT-A-A-T----T-TAATTA-----A----TTAC-TTT----------TG--------TGTGT----AA--TTGagtaattgtaatttaattaattacttttgtgtgtaattgatcca
gi|3 : tgtaaattgcagtCAGGAAAAT-AAA---------TTCACA-CA-----TAAATCTT----TATTTTGGT-G-AAA--GCAC-CA----TTGTTGCTATATGG-ATAT-CTCCAGAAT--AAATGACCC-T-----AT----------------AC-C-T----------G--CAA------------------------------CA---T---------------------CT-G----ATC----C---AGTCGA--AAGAATTT----CC---AG-----TGTT--G--C-AG--G-AACTTTAGA-T--T-------CTATGC----CCA----------GAC-------CGCT------G--C-A--GG---A-TG--AA-T---------GAC---TT-T-AC---------C-TTTG----AA-AA-GC-TT----A-TC---AGG-----AT--A---AA-AT-GCA-AT----AG-ACAGAatcca
gi|31 : ttaaaggtatttgcactagggatggggtaattgaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgacaaattatatacaaaaatatcaaatgttcaatgaagaattaaaatctttaacttcccttctaccatgtttctcgatacattttacttatcaattacccaaaaaatatatttagctgaaacttattctattgttggttagaactaaatattaaccttt------------AAT-T-GTAT--------------------T-TG-TAA-T-T--AA----TTG-AA-------G--AA-TTT---GG------CA------A-A--GTGAG--ATT-GA-A-ATT----T-TAATT------A----TTAC-TTT----------TG--------T
gi|32 : t------------AAT-TGTAAT--------------------T--G-TAA-T-T-TAA----TTG-AA-------G--A--TTT---GG------CC------A-A--AT--A--ATT-GT---A-T----T-TATTTA-----A----TTAC--GT----------TG--------TA-------tgtaattgaccccatcccta
gi|33 : agtC-A-TCA---ACA--ACT-----TCA-T-T--TACT--T-AT-A----CATA---TGTC--AAT-AA---CT-A-T-A-T-CT-TGT-TTA-A---A----TG--------TTTGCT--AAT-AA--GA-TTTAG-AAAAA--TG-tgtattgaccccatcc
gi|35 : -----A----TTAC-ATT----------TG--------TA-------AA--TTGCA------GTAATTGCAAT--T----GTAATTT-AATTGACG--AATT-TGGCAA
gi|35 : TTTG-TAAAT--TG-CA--GT------------AAT-T-GCAA--------------------T-TG-TAA-T-T-TAA----TTG-AC-------G--AA-TTT---GG------CA------A-A--GT--A--ATT-GT-A-A-T----G-TAATTA-----agtaattgtaatgtaatta
gi|36 : attaca--T-------CTACGC----CTGG------CCTAAC-------CACT------G--C-A--TG---A-TG--AA-T---------GAC---------C---------G-TTTG----AA-AA-GC-CT-----------ATG-----AT--A---AA-AA-GCA-AT----GA-ACAGATTC--
gi|37 : G------CA------A-T--GT--A--ATT-GT-A-A-TTTAAT-TAATTA-----A----TTAC-TTT----------TG--------TG------------TACC------GTAAT-A------T----G
gi|38 : ttG------CA------A-T--GT--A--ATT-GT-A-A-TTTAAT-TAATTA-----A----TTAC-TTT----------TG--------TG------------TACC------GTAAT-A------T----Gacgcccatccccc
gi|39 : tt-TTT---GG------CA------A-A--GT--A--ATT-AT-T-A-T----T-TAATTA-----A----CTAC-TTT----------TG--------TATGT----AA--TTGacgcccatccccc
gi|4 : agaaGCGCA-CAAA-CATACATCTT----TATTTTGGT-G-AAA--G-ACACA----TT-------TGTAG-ACAT-CAGCAGAATCAAAATT-CCC-T-----AT-CG----TGTTCA---ATTC-TT----A---atttcatcc
gi|4 : taagacaaatcataccccccaaaaaatcttcaatgaagaattcaaatcttaaatttcccatctacatatgtaccatgtttctctatacattttacttgtaaattaccaaaaaatatattttgcataaactaattctattgttgattggaactaaatattttaaacttttcagtatatattaaaagtgtgttgtgtgggtggtgtgcgcgcgcgcagcA-CAT---------------------CT-G----ATC----C---AATCGA--AAGACTTC----TC---AG-----TGTT--G--C-AG--G-AA----AGA-T--T-------CTACAT----CCGG------CTTGAC-------CAGT------GTTC-ATTGGTATA-TGTCAA-T---------GAC---Taagacccaattttaagccacctcccttaatatttacctggacggagatcaaaaacataccgcacatcaatcacccaagaagacaagaagcactttgtcaacacctgcaacatctgatccaatcgaaagacttctcagtgttgcaggaaagattctacatccggcttgaccagtgttcattggtatatgtcaatgact
gi|40 : taagacaaatcataccccccaaaaaatcttcaatgaagaattcaaatcttaaatttcccatctacatatgtaccatgtttctctatacattttacttgtaaattaccaaaaaatatattttgcataaactaattctattgttgattggaactaaatattttaaacttttcagtatatattaaaagtgtgttgtgtgggtggtgtgcgcgcgcgcagcgcgcacaaacatacatctttattttggtgaaagacacatttgtagacatcagcagaatcaaaattccctatcgtgttcaattcttaaagacccaattttaagccacctcccttaatatttacctggacggagatcaaaaacataccgcacatcaatcacccaagaagacaagaagcactttgtcaacacctgcaTT----TC---AG-----TGTT--G--C-AG--G-AG----AGA-T--T-------CTACGC----CCAG------CCTGAC-------CTCT------G--C-A--AG---A-TG--AA-T---------GAC---TT-A-
gi|41 : A------A-A--GC--A--ATT-GT-A-A-T----T-TTATTA-----A----TGAC-TTT----------TG--------TATGT----AA--TTG
gi|42 : aattgaaaaaT---GG------CA------A-A--GT--A--ATT-GT-A-A-T----T-TGATTA-----A----TTAA-TTT----------TG--------GATGT----AA--TTGaccccat
gi|43 : A------A-A--GT--A--ATT-GT-A-A-T----G-TAATTA-----A----TTAC-ATT----------TG--------TA-------AA--TTGCA------GTAAT-accccatcccc
gi|5 : gCAGGAATAT-ATATGGATTATATGCACA-CAAA-CATAAATTTT-CTTCATTTTGGT-G-AAA--GCAC-CA----TA-------TATGG-AAAT-CAGCAGAATCAAAATT-CTC-T-----AT-CA----TG-TCA---ATTC-TT----A---AG--CAA----G--------G--AA-----------GCA-CTT---------------------CT-G----ATC----C---AGTCGA--AAGACTTT----TC---GG-----TGTT--G--A-AG--G-AA----AGA-T--T-------CTATGC----CCGG------TCTGAC-------CCCT------G--C-A--GA---A-AG--AA-T---------GAC---TT-A-AC---------G-TTTG----AA-AA-GC-TT----A-TC---ATG-----AT--A---AA-AT-GCA-AT----GG-ACAGATTT--T-TTAAGTACCG-GTATTC-----ATTGG-GAA-AC-A-TCT---ACA--ACT-----TCA-T-T--TACT--G-AT-A----CATT---TGTC--AAT-AA---CT-A-T-A-TACC-GGTAATA-A---A----TG--------TTTGTT--AAT-AA--AA-TTTTG-AAAAA--TG-AC--AA------------AAT-T-TAAT--------------------T-TG-TAA-T-T-TAA----TTA-AT-------T--GC-TTT---AT------CA------A-A--GT--A--ATT-GT-A-A-T----T-TAATTA-----ACATTTTAC-ATT----------TG--------TA-------AA--TTGCA------GTAAT-G------T----GTAATTT-AATTGAAG--AATT-TGGCAA
gi|6 : CAGAAATAT-ATA---------TGCCCA-CAAA-CATAAATCTT-CTTTATTT-GGT-G-AAA--GCAC-CA----TT-------TGTGG-AAAT-CCGCAGAAT--AAATT-CCC-T-----AT-CA----TG-TCA----TTC-TT---------G--CAA----G--------G--AA-----------GCA-CTTGTCAACACCTGCAACAT----CT-G----ATC----C---AGTCGA--AAGACTTT----TC---AG-----TGTT--G--C-AG--G-AA----AGA-C--T-------TTACGT----CCGG------CCTGAC-------CACT------G--C-A-------A-TG--AA-T---------GAC---TT-A-AC---------A-TTTG----AA-AA-GC-TT-----------ATG-----AT--C---TA-AT-GC--AT----GG-ACAGATTC-----TA--------GTATTC-----ATTGG-GAA-AC---TCT---ACA--ACG-----TCATT-T--TACT--T-AT-A----C------TGTC--AAT-AA---CT-A-T-A-T-AT-T
gi|7 : atactaagacaaatcataccccaaaaaaatcttcaatgaaagaatttaaagatctcaaatttcacttctacatgtaacatttttttctatacattttacttatcaaaaatatattttgcattaactagttttattattgattggaactaaatatattaaacctttCACA--AAA-CATAA----T-CTTTATTTTGGT-G-AGAAGGCAC-CA----TTG------TGTGGGAAATGCAACAG--TCAAAAGT-CCC-T-----AT-CA----TG-CCA---ATTCTTT----A---GG--CAA----A--------G--AA-----------GC--CTT---------------------
gi|7 : A-AA-GC-TT----A-TC---ATG-----AT--A---AAGATGGCA-ATTTTGGG-ACAGA-----T-TTAAGT-----AAATCG-----ATTGG-GAAGAC-G-ATT---ACGGTACTTGTACTTA-T-T--TACT--T-TT-A----C-TA---GGTC--ATT-AA---TT-A-TGA-T-CT---T-ATA-A------------------TTTTTTCAAAT-AA--AAGTTTTGAAAAAA--TG-ACAAAA------------AATGT-TAAT--------------------T-TG-TAATT-T-TAA----TTGTAT-------TCAAC-TTT---AT------CA------A-A--GT--A--TGT-GT-G-A-T----T-TAATT------A----TTAC-ATT----------TG--------TA-------AAGGTTGCA------GTATT-G-----------GTAATTT-AATTGAAGGAAATTGTAGCAAggtcacaccgtgccagacgatctggaccgcatcgaaagcttatcatgataaagatggcaattttgggacagatttaagtaaatcgattgggaagacgattacggtacttgtacttatttacttttactaggtcattaattatgatcttataattttttcaaataaaagttttgaaaaaatgacaaaaaatgttaatttgtaattttaattgtattcaactttatcaaagtatgtgtgatttaattattacatttgtaaaggttgcagtattggtaatttaattgaaggaaattgtagcaaagtaaaaatttaaatttgatgtaattactttgtgtatgtaatttgacccatcg
gi|8 : cacaaaacataatctttattttggtgagaaggcaccattgtgtgggaaatgcaacagtcaaaagtccctatcatgccaattctttaggcaaagaagccttggtcacaccgtgccagacgatctggaccgcatcgA-CAT---------------------CT-G----ATC----C---AGGCGA--GAA----------C---AG-----TGTT--G--C-GG--G-GA----TGA-A--T-------CTATAC----AC--------CCTGAC-------CACT------G--C-A--GG---A-TA--AA-T---------GAC---TT-A-AC---------C-TTTG----AA-AA-GC-TT----A-TCT--ATG-----AT--G---AA-AT---A-AT----GA-ACAGATCA-----TAAGTTCTAGATCTTCTCA--AGTGA-GAA-ATAA-TCT---CCA--AAT-----TCA-TGTG-TACTGAT-ATAA----CA-A---AATCCAAATCAG---CTGA-T-AGT-CT-TGT-ATAGG---A----TG--------ATTATT--GAC-AA--AC-T------------TG-AT--GA------------AAT-G-TATG--------------------C-TG-TAA-TAT-TAA----TTA-AT-------T--AC-TTTAAAAG------CA------A-G------A--ATT-GT-A-A-T----T-TAA-TA-----A----TTACATTTATTTGAAGAGTG--------TGCTGAAATAA--TTGTG------GTAAT--------T----ATAAGTT-CATGGAAG--AATA-TGGagtaaaaatttaaatttgatgtaattactttgtgtatgtaatttgacccatcg
gi|8 : cgtgtccaacctcatacaaaagaatttaaagtcgaacacctgcaTTTG-AAGAG--TGTGCT-GA------------AAT----AAT--------------------TGTGGTAA-T-TATAAG---TTC-ATGGAAGAAT--A---TG---GG------CG------A-A--GTG-A--ATTAGT-A-A-T----T-TAATTA-----A----TTAC-TTT----------TC--------TA-------gcgaagtgaattagtaatttaattaattacttttctagtgtaatgaacctcacgtccta
gi|9 : cgtgtccaacctcatacaaaagaatttaaagtcgaacacctgcaacatctgatccaggcgagaacagtgttgcggggatgaatctatacaccctgaccactgcaggataaatgacttaacctttgaaaagcttatctatgatgaaataatgaacagatcataagttctagatcttctcaagtgagaaataatctccaaattcatgtgtactgatataacaaaatccaaatcagctgatagtcttgtataggatgattattgacaaacttgatgaaatgtatgctgtaatattaattaattactttaaaagcaagaattgtaatttaataattacatttaCGGGAACATCATA---------TATACG-CA---CATAAATCTT-CTTTATTTTGGT-G-AAA--GCAG-TA----TT-------TGTGG-AAAT-CAGCAGAATCAAAATTTCCC-T-----AT-CA----TG-TCA---ATTT-TT------------TAA----G--------G--AA-----------ACA-CTTGTCAATACCTGCAACAT----CT-G----ATC----C---ATTCGA--AAGACTTT----TC---AG-----TGTT--G--T-TG--G-AA----AGA-T--T-------TAACGC----CC----------TGAC-------CGCT------A--C-A--GG---A-TG--AA-T---------GAC---TT-A-AC---------T-GTTG----AA-AA-GC-TT----A-TC---ATG-----AT--A---AA-AT-GCA-AT----GG-ACATATTC--T-T--AGT-------ATTC-----ATCGG-GAA-AC-A-TCT---ACA---CT-----TCA-T-T--TACT--T-AT-A----CACA---T---------AA---CT-AAT-A-T-CT-TGT-ATA-A---AATAATG--------TTTGTT--AAT-AA--AA-TTTTG-AAGAA--CG-AG--AG------------AAT------------------------------G-TAA-T-T-TAA----TTA-AT-------T--gtgtaatgaacctcacgtccta
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): ATATTATGACAAATCATTCCAAAAAAAAAATTCTTCTTAAAAATCTTTAAATCTCCCATCTACATATACCATATATCTCTGTATGTTTTACTTATCAAAAAATATC
Unaligned ( gi|30 ): CAAACATTGTTTAATACCTTTAACTTAATAGTAAGAGAGAAATTTAAGTGGACAAGATCAGGATTCAAACCCATGACCACAGTCTACCA
Unaligned ( gi|34 ): ATACATTTTACTTATCAATTATCAAAATATGTATTTAGCGAAAACAAAATTCTTTTGTTGGTTGGAACTAGATACT
Unaligned ( gi|44 ): TAATTTAATTAATTACTTTCGTATGTAATTAACCCCATCCCTA