lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                             11111111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                      1111111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                    1111111111111111111111                                           11111111111111111111111111                             
lowQualScore                  :             1                                                     3       111                           111111                                                                                                                 111    11                        222222222      1111111   1111     1111111111                        1111         11       1      1           11        111   111111111                                1111         1111    22222222222                                 22222222222              1111           22222222222222222222222   11      1                 111111                     2222   1111        22222222222            1  2222222222222222222222222     1111111    4444444444444444444444444        111          333333333333333333333333333       333333333  1111111     11111111  111      111      66666666666666666666666666666666            99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999   222222     1   22222222222      11111111111            111  11  111111111  11111      222222        111111    1111      111      22       11           88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888  111            2222   11           77777777777777777             111111           444444444444444444444444         11       2222222            222222222      22222      11  1    11       1      2222              11    22  1  1    11  111          2222     33          1  111   111    1        1     11111111111111111111111111111111111111111111111                  222    555555555     1       1  1      4      1       22       1     11111    1        1    5555555555555555555555555  1      1               2     11     5555555555555     222222   2222        11     2          2222222222222222222222222222222222222222222222  1  1    2222            11    1111111      1     11  3333   1     11      5555555555555555555555   1         1         1     3333333              0000000000000000000000    1      2222222      22         1       55555555555555555555555555                   22        
lowQualScore                  :             7      5 77   5    77   5      5      66    4      0  5       999       4  9            66  222222  0        5  5 55        3     2 5  5 5  5              5 5  8888     5 5  5    5  5   66    5   5   2          222    11  5 5       66  5   66  000000000      6666666   0000     4444444444   5  5     99       77 6666  5 1  5 33       1    5 1 5   77    55   77 5 000   444444444   0   0   5    66      5 5 0   3333      4  2222    77777777777    5     66   888  5  3   66 3  22222222222 66   5    5  0000  66   5   55555555555555555555555   00   66 0   4     66 999  777777 66   999   4        4444   0000  66  5 66666666666  66   8 66 0  4444444444444444444444444  5  4444444    0000000000000000000000000 4   4  222  4 4     666666666666666666666666666  5    999999999  4444444     77777777  222  88  000   6  11111111111111111111111111111111            22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222   333333  8  0   11111111111      77777777777    8    8  333  11  444444444  33333 3 0  888888        999999    4444      444    0 77   3   66  8 8  1   77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777  666  9999    3 0000   11  8  8     99999999999999999    8   8    666666    5 5  8 666666666666666666666666    0    11    0  9999999 8 0     8  555555555      33333    8 33  0    33       0      8888     3  3     88    00  0  0    33  000     3  1 1111     33          0  777   777    0        3     00000000000000000000000000000000000000000000000                  333    999999999     3       3  3      0      3    9  00       3     88888    3        5    5555555555555555555555555  3      3 6             6     88   7 5555555555555     888888   1111   88   33     0          6666666666666666666666666666666666666666666666  0  0    5555            33    9999999  7   0     33  4444   3     44  6   7777777777777777777777   3         3         3     8888888 7 6          7777777777777777777777    3      5555555  6   00   55  2 0       00000000000000000000000000       66        2 77        
lowQualScore                  :             .      . ..   .    ..   .      .      ..    .      .  .       ...       .  .            ..  ......  .        .  . ..        .     . .  . .  .              . .  ....     . .  .    .  .   ..    .   .   .          ...    ..  . .       ..  .   ..  .........      .......   ....     ..........   .  .     ..       .. ....  . .  . ..       .    . . .   ..    ..   .. . ...   .........   .   .   .    ..      . . .   ....      .  ....    ...........    .     ..   ...  .  .   .. .  ........... ..   .    .  ....  ..   .   .......................   ..   .. .   .     .. ...  ...... ..   ...   .        ....   ....  ..  . ...........  ..   . .. .  .........................  .  .......    ......................... .   .  ...  . .     ...........................  .    .........  .......     ........  ...  ..  ...   .  ................................            ................................................................................   ......  .  .   ...........      ...........    .    .  ...  ..  .........  ..... . .  ......        ......    ....      ...    . ..   .   ..  . .  .   ............................................................................................................................................  ...  ....    . ....   ..  .  .     .................    .   .    ......    . .  . ........................    .    ..    .  ....... . .     .  .........      .....    . ..  .    ..       .      ....     .  .     ..    ..  .  .    ..  ...     .  . ....     ..          .  ...   ...    .        .     ...............................................                  ...    .........     .       .  .      .      .    .  ..       .     .....    .        .    .........................  .      . .             .     ..   . .............     ......   ....   ..   ..     .          ..............................................  .  .    ....            ..    .......  .   .     ..  ....   .     ..  .   ......................   .         .         .     ....... . .          ......................    .      .......  .   ..   ..  . .       ..........................       ..        . ..        
lowQualScore                  :             1      7 99   7    99   7      7      11    4      8  6       666       8  4            22  999999  1        0  0 22        7     5 7  7 7  7              7 7  6666     7 7  7    0  0   99    0   0   5          111    99  0 0       99  0   99  000000000      5555555   6666     6666666666   0  0     22       99 4444  7 4  7 66       4    7 4 7   99    00   99 0 111   555555555   4   4   0    99      0 0 9   0000      4  3333    22222222222    0     99   888  0  1   99 1  11111111111 99   0    0  6666  99   7   77777777777777777777777   66   11 0   4     11 777  222222 11   000   4        8888   6666  99  0 88888888888  99   8 99 0  0000000000000000000000000  0  3333333    9999999999999999999999999 4   4  222  4 4     333333333333333333333333333  0    111111111  9999999     44444444  333  77  000   7  77777777777777777777777777777777            66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666   000000  0  6   88888888888      44444444444    0    0  888  00  222222222  00000 8 8  444444        000000    6666      000    8 00   0   22  0 0  8   66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666  888  4444    2 0000   00  0  0     00000000000000000    0   0    000000    0 6  0 555555555555555555555555    8    00    8  0000000 0 8     0  000000000      88888    0 88  0    88       0      2222     2  2     88    55  0  5    88  222     2  2 2222     88          0  555   555    0        3     77777777777777777777777777777777777777777777777                  333    000000000     3       3  3      0      3    7  00       3     77777    3        0    3333333333333333333333333  3      3 7             7     33   3 0000000000000     888888   2222   22   88     0          2222222222222222222222222222222222222222222222  0  0    0000            88    2222222  0   0     22  8888   3     00  7   7777777777777777777777   3         3         3     3333333 3 7          0000000000000000000000    3      0000000  7   00   00  5 5       00000000000000000000000000       55        5 55        
consensus                     :       CTAGGGGCTCTAA-G--GCC-ACAA--ATC-GGCCCC-AAATTT--ACTA-ATTCTTTATATTCAATCAAATAAATTTCAAAGTATTCTATTATT-AC--T---CTTGACCATTT-GG-T-TGTTCTAAATATAGGNA-TA-T-TT-GCGGGAAATCTTGC-A-TC--AATGACG-T-CA-TATT-CA-CTC--GCTA-TTA-TGACGTTGTTTTCA-G-AAAA--TC-A-TGAAAAT--AT-CAT--TA---------TTTTCTT-TA-T-ATA----TCGAC----CA----AATTAA-TTGCC--TCCGCAT--G-C-GTG-CACC-A--AAGTAAA-ATTT-C-T-TTC--AAAT-ATGC--A-T--TATC---A-A---AGTATCTATCA-GTAA--TCAAAG-T-TTCGT--T-TTGGTG-CA---CGCGT----CT-----GGAC-CATGA--AAA---TA-AATACC--ATTT-A-----GT--A--TGA-TTGT-CT----GT--GCA-TCG---------GA-C----------CTA--TAA--ATTTT-AAACA--A-A-TA------T--TGTAT-AAG-AAATTATG-A--TTT----AA--AT-TC---CGA-T--TT--ATCTT--C-TT-A------TG-TC-T--A-------TA-TA----A--ACAC-C---------GAG---A-C-----A-TGC-TT---AA-T-AAATGT--A--TG-CAGTACAAGAC-T-T-G-TA-TTGA---T-T---AC--GGC--TAAAT-----T--AT--GCTG-TT---GCG-GGCCC--GTA---CACGGGCGAGGA--------GGGGGGGGGGGGG--TAGAC--A------------CA-CGT-AAAT----------CC------------CTGCA-TAAA--CATA-T-TA-ATGC------GC-TATATTTATTGCAAAA-TCAAAG-TCGG-A-TN-TTAC-TCTG-AA-CATT--GA--CT-AT-ATT--A--AAGTAA-C---CCGCCTAAAA---TCCCGCA---CCCCTC---TACAAT--AGTCTGGN-CA-C-GGCCCT--G-------TGT----------AAGATCC--GA-GCA-TCTG-TTGT--TGAT--G----TA-CATGGTTC--TATGTA----A--TGTA--CATGATTGT--GC-GCCTAT-GA---TG----TGCCATGTAT-T---GC-A-TGAAG-CGGGGT---AAAA--GT-CA-CGGTTTT---TACTTTTTT---AAAC-ATT-GACG--A---TAGACCTAC-A--T--C-A-TT--T--ACNTA-T-ATGGTGGAT--ATTTACG--TCC--G-CAACAGT-AC----T----CTGTCATTGTNGATC-A--CT-GAGG--TTTCCTT-AACTTT--TNAAAAAATGAAAAAAATAATA-CGT-TTTATCA--TGAT-CCATTACAAT----AAGAAG-TGTTTCAAAA-TT-A-CTT---CATT-CAGACGAT-AATGT-GATAAT-CTGAA----G--GCATGTT-AATGA-CAA-------T--ATATAGCTTACGGAAAAT---TCGG-GTAGA---AGTAG-CTCAGCT-CC-AACATA-ATGATA-CTGACGCG-TTTACAA-GTATA-AT--AATG-TAAAAAGT-GTTA-----AAT--AATTGGC--------TG-TGTCAT-TGGGAGGAGCCATCTATTTTT--AAATA-------------TAAGA------ATT----CATCTAAT--ATTTTTGCGGGTGGGG-------------T---CGT----------GAAATATNT---TNA-TA-TC-ATTTAG-AAAACAAAATAAA--TTCA---TA--TTTCAT-CGTCA-AGTG--ACCG-CTCCACATACCCC------CAG--AATG-AAT---ATT-ACGTTCTTT-GCAATATTT-TGACA--TAG--GTCCCAACAAAAAAA-------------------ACGAAA-AAACAA-A-AAA-AAAAAAA-AAANNCCNCNCCCAAACA-C-TGGGGCCCCTTCCAAANAAAAAAAAAAAANNGGGGGGGGNGTTTCCTTAAG
Reference ( gi|2 )            :       CTAGGG-CTCTAA-G--GCC-ACAA--ATT-GGCCCC-AAATTT--ACTA-ATTCTTTAT-TTCAATCAAATAAATTTTAACGTATTCTATTATT-AC--T---CTTGACCATTT-GG-T-TGTTCTAAACATAGGCA-TA-T-TT-GCGGGAAATCTTGC-A-TC--AGTGACG-T-CA-TATT-CA-CTC--GCTA-TTA-TGACGTTGTTTTCA-G-AAAA--TC-A-TGAAAAT--AT-CAT--TA---------TTTTCTC-TA-T-ATA----TCGAC----CA----AATTAA-TTGCC--TCCGCAT--G-C-GTG-CACC-A--AAGTAAA-ATTT-C-T-TTC--AAAT-ATGC--A-T--TATC---A-A---AGTATCTATCA-GTAA--TCAAAG-T-TTCGT--T-TTGGTG-CA---CGCGT----CT-----GGAC-CATGA--AAA---TA-AACACC--ATTT-A-----GT--A--TGA-TTGT-CT----GT--GCA-TCG---------GA-C----------CTA--TAA--ACTTT-AAACA--A-A-TA------T--TGTAT-AAG-AAATTATG-A--TTT----AA--AT-TC---CGA-T--TT--ATCGT--C-TT-A------TG-TC-T--A-------TA-TA----A--ACAC-C---------GAG---A-C-----A-TGC-TT---AA-T-AAATGT--A--TG-CAGTACAAAAC-T-T-G-TA-TTGA---T-T---AC--GGC--TAAAT-----T--AT--ACTG-TT---GCA-GG-CC--GTA---CACGGGCGAGGA--------GGGGGGGGGGGGG--TA-AC--A------------CA-CGT-AAA-----------CC------------CTGC--TAAA--CATA-T----ATGC------AC-TATATT-ATTGCAAAA-TCAAAG-TCGG-A-TA-TTAC-TCTG-AA-CATT--GA--CT-AT-ATT--A--AAGTAA-C---CCGCCTAAAA---TCCCGCA---CCCCTC---TACAAT--AGTTTGGC-CA-C-GGTCCT--G-------TGT----------GAGATTC--GA-GCA-TCTA-TTGT--TGAT--G----TA-CATGGTTC--TATGTA----A--TGTA--CATGATTGT--GC-GCCTAT-GA---CG----TGCCATGTAC-T---GC-A-TGAAG-CGGGGT---AAAA--GT-CA-CGGTTTTACCTACTTTTTT--AAAAC-ATT-GACG--A---TAGACCTAC-A--T--C-A-TT--T--ACCTA-T-ATGGTGGAT--ATTTACG--T-T--G-CAACAGT-AC----T----CTGTCA--GTAGATC-A--CT-GAGG--TTTCCTT-AACTTT--AAAAAAAATGAAAAAAATAATA-CGT-TTCATCA--TGAT-CCATTACAAT----AAGAA--TGTTTCAAAA-TT-A-CTT---CATT-CAGACGAT-AATGTTGATAAT-CTGAA----G--GCATGTT-AATGA-CAA-------T--ATATAGCTTACGGAAAAT---TCGG-TTA-----AGTAG-CTCAGCT-CC-AACATATATGATA-CTGATGCG-TTTACAA-GTATA-AT--AATG-TAAAAAGTGGTTA-----AAT--AATTGGC--------TG-TGTCAT-TGGGAGGAGCCATCT-TTTTT--AAATA-------------TAAGA------ATT----CATTTAAT--ATTTT-GCGGGTGGGA-------------T---CG-----------AAAGTATTT---TTA-TA-TC-ATTTAG-AAAACAAAATAAA--TTCA---TA--TTTCAT-CGTCA-AGT---ACCG-CTCCACATACCCC------CAG--A-TG-AAT---ATT-ACGTTCTTT-GCAATATTT-TGACA--TAG--GTCCCAACAAAAAAG-------------------AGAAAA-AAACAA-A-ACA-AACAAAC-AAACCCCCCCCCCAAACACCATGGGACCTGTTCCTAAAA----AAAAAAAAGGGGGGGGGGG--TCCTTAAG
gi|1                          :       CTAGGGGCTCTAA-G---CC-ACAA--ATT-GGCCCC-GAATTT--ACTA-ATTCTTTATATTCAATCAA-TATATTTCAAAGTATTTCTTTATTTAC--T---CT-GACCATTT-GG-TAGGTTCTAAATATAGGAA-TA-T-TT-GCGGGAAATCT-GCGA-TC--AATGACG-T-CA-TATT-CA-CTC--GCTAATTA-TGACGTTGTTTTCA-G-AAAAAATC-AATGAAA-T--AT-CAT--TA---------TTTTCTT-TA-TTATA----TCGAC----CA----AAT-AA-TTTCC--TCCCCAT--G---GTGTCACAGA--AAGTGATTATTTAC-TGTTC--AAAT--TGC--A-A---ATG---ACA---AGTTACTATCA-G-AA--T-GAAG-T-TTACT--CATTGG-G-CA----GCGT----CCTTTTCGGAC-CTAAA--AAA---TA------C--AGTT-G---------A--TGA-GTGT-AT----GT--GCA-TCG---------GA-T----------CTA--TAATTACTT--AAACA--A-CCTA------T--TGTAT-AAGGAAATTATG-AA-TTT----AACAAT-TC----GA-C--TTTCATCTT--C-TT-A------TT-TCCT--A-------TA-TA----A--CAAC-T---------GAGG--A-C-----A-TGC-TT---AA-TCAAATG---A--TG-CAGTGCAAGAC-TAT-G-TA-TTGA---C-TTTCAC--GGCAATAAAT-----C--AT--ACTG-TT---GCGCGG-CCC-GTA---CACGGG---------------GGAGGGGAGACG--TAGACCAA------------CA-CGTCAAA-----------CC------------CTGCAACAAA--CATA-TGTA-ATGC------AC-TATATTTATTGCAAA--TCAAAGCTCGGCA-TT-TTCA-TCTG-AAGCATT--GAACTT-AT-TTT--A--A-GTAAAC---TCGCCTAAAAAACGCCCCCC---CCCCCC---TACAATC-AGTCTGGA-CA-CCGGTCCTT-G-------TGTTACTATTGTTAAGATCC--GATGCA-TATG-TTTT--TAA-----------CATG-TTCA-TATGTAGGGTA--TGTATACATGACTGT--AC-ACCT---------------------TAT-T---GC-A-TGAAG-CGGG-T---AAAA--GTGCAACGGTTTAG--TACTTTTT----AAAC-ATT-GACG--A---TAGACC-AC-A--T--CCA-TTGCT--ACA-A-TGATGGTGGAT--ATTTACG--T-CTGG-CAACAGTTAC----T----CTGTCA--GTTGATC-A--CT-GAGG--TTTCCTTCAACTCT--TTTAAAAATGAAAAATA-AATATTGT-TTTATCA--TG---CCATTACATT----AAGAAG-TGTTTCAAAATTT-ACCTT---CGTT-CAGACGATCAGTGT--------------------GCATG-----------------------TATAGCTATCGGAAAAT---TCGG-GTAGATAGAGTAG-CTCAGCTCCC-AACATA-ATGATACCTGACGCGCTTTACAA-GTATA-AT--AATGTTAAAAAGT-GTTAATCTTAATGCAAGGGGC--------TG-TTGCAT-T-TGAGGAGCCATCTATTTTA--AAATAGGCGCCTATTTATTAAGA------ATT----CATCTAAT--ATTTT-GCGGGTGGAG-------------TGGGCGT----------GGAATA-------TA-AA-TT-ATTTAGAAAAACAAAAAAAC--TTCA---TC--TTTCATATGTCACAGTG--ACCGCCTCCA-ATA-CCC------CAGAAA-TG-AAT---ATT-ACGTTCTTT-GCAATATTT-TGACA--TCG--G-CCCAACAAAAAAGCAAAACAACAACAGAACAAAAAAAA-AAAAAA-A-AAA-AAAAAAA-AAAGAACACACCCAAACA------AACC-------AATA----AAAAAAATTGGGGGGGGTGTTTCCTTAAG
gi|10                         :       CTAGGGGCTCTAA-G--GCC-ACAA--ATC-GGCCCC-AAATTT--ACTA-ATTCTTTATATTCAATC-AATACATTTCAAAGTATTCTATTATT-AC--T---CTTGACCATTT-GG-T-AGTTCTAAATATAGGAA-TA-T-TT-GCGGGAAATCTTGC-A-TC--AATGACG-T-CA-TATT-CA-CTC--GCTA-TTA-TGACGTTGTTTTCA-GAAAAA--TC-A-TGAAAAT--AT-CAT--TA---------TTTTCTT-TA-T-ATA----TCGAC----CA----AATTAA-TTGCC--TCCGCAT--G-C-GTG-CACC-A--AAGTAAA-ATTT-C-T-TTC--AAAT-ATGC--A-T--TATC---A-A---AGTATATATCA-GTAA--TCAAAG-T-TTCGT--T-TTGGTG-CA---tat
gi|15                         :    gagCTAGGGGCTCTAAGG--GCC-A-AA--ATC-AGCCTC-AAATTT--G-TATATTTTTCATACTCCGTCAA-------TTAAC-----TTGTCATG-ACAGT---CTTGACCATTT-G-----GCTCTAAATAGAG
gi|4                          :          GGG-CTCTAA-GCGGCCCACAA--TTT-GGCCCCCAAATTT--ACTA-ATTCTT-ATATTCAATCAATAAAATTTTAACGTATTCTATTAT--AC--TTTTCTTGACCATTTTGG-T-TGTTCTAAACAAAGGCAATA-TATT-GCGGGAAATCCTGC-A-TC--TATGACGGT-CAGTATT-CA-CTC--GCTA-TTAATGACGTTGTTTTCA-G-AAAA--CC-A-TGAAAAT--AT-CAT--TA---------TTTTCTC-TC-T-ATACTAGTCGAC----CA----AATTAA-TTGCCCTTCCGCAT--G-C-GTG-CATT-ACTCAGTAAA-ATTT-CTT-TTC--AAAT-ATGC--A-TTATATCA--A-A---AGTATCTATCA-GTAA--TCAAAGTT-TTCGT--T-TT-GTG-CACAGCGCGT----GT-----GGAC-CATGA--AAACAGTA-AATAAC--AGTTAA-----GT--A--TGA-TTGT-CT----GTTGACATTCG---------AA-C----------CTAT-TAA--ATTTT-AAACAATA-G-TAC-----T--TGT-T-AAG-AAATTATG-ATTTTT----AA--AT-T-----GA-T--TT--ATCGT--C-TT-A------TG-TC-T--AT------TATTA----AATACAC-C---------GAG---AGCA----A-TG--TT---AA-T-AAATGT--ATTTGCCAGTACAAAAC-TCT-GTTA-TTGATT-T-T---ACGGGGC--TAAAT-----TAAATAAACTGTTT---GCA-GGCCC--GTA---CACGGGCGAGGAGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG--T--AC--A------------CA-CGT-AAAT----------CC------------TTGC--TAAG--CATATT----ATGC------AG-TA-ATT-ATTGCAAGATTCAAAG-TCGG-A-TA-TTAC-TCTGAAA-AATT--GA--CT-AT-ATT--ATGAAGTAA-CCCTCCGCCTAAAA---ATCCGCA---CCCCTC---TACAAT--AGTTTGGC-CA-C-GGT-CT--G-------TGT----------G-GA-TC--GA-GCA-TCTATTTGTTCTGATCCG----TA-CATGGTTCTTTATGTA----A--TGTA--CATGATTGT--GCTCCCTATAGAACGTG----TGCCATGTACAG---GCGA-TGAAG-CGGGGT-----AA--GT-CA-CGGTTTTA-CTACTTCTTTGAAGAACAATT-GACG--A---TAGACCTACTAATT--C-ATTT--T--AACTACT-ATGGTGGATGGATTTACGGTC-T--G-C-ACAGT-AC----TAACCCTGTCATTGTAGATC-AAGCT-GAGGTTTTTCCTT-AACTTTTAAAAAAAAATG--AAAAATAATA--GT-TC--TCA--TGAT-CCATT-CAAT----AAGAAGTTGTTTCAAAA-TT-T-CTT---CATT-CAGAa
gi|5                          : gagcttaggGGG-ATCGAA-G--GCC-ACAAGGATTCGGTCCC-AAATTTTAACTA-AGTCTTGATATTCAAT--AATAATTTCCAA-GTATTCTATTATT-AC--T---CTTG-CAATTT-GGGT-TGTTCTTAAT-TAGGGA-TA-T-AT-GCGGGAAATCTTGC-A-TC--AATGACA-TTCA-TATT-CA--TC--GCTA-TTA-TGA-GT-GTTTTCA-G-AAAAA-TC-A-TGAAAAT--A---GT--TT---------TTTTCTT-TG-T-ATA----CTGAC-----A----AATTAAATTGC---TCCGCAT--G-----G-CCAC-A--AAGTAAGGATTT-C-T-TTC--AAATTATGC--AGT--TATC---A-AG--AGTATCTATCA-GTAA--TCAGAG-T-T-CGTCAT-TTGGTGGCA---CGCGT----CT-----GGAC-ATTGA--AAA---TAGAACAC---ATTT-A-----GTGAA--TGA-ATGT-CTAACAGT--GCA-TCG---------GA-C----------CTA--TAA--A-TTT-AAACA--AGA-TA------T--TGTAT--AG-GGATTATGAA--TTT----AA--AT-T----CGA-TCGTT--ATCTT--CATT-A------TGATC-T--A-------TA-TA----A--ACAC-T---------GAG-----C-----A-TGC-TT---AAGC-AGATGT--A--TG-CAGTAC-AGAC-T-TGG-TAGTTGAAATT-T---AC---GC--TAAAT-----T--AT--ACTG-TTTGGGTG-GGCCC--GTA---CAC-------------------GGGGGAGGGGG--TAGAC--A------------CA-CGT-AAA------------C------------CTGCA-TAAAAGCATA-TTTAAATGCGCCGTGAC-TATATC-ATTGC-AAA-TCAAAG-TCGT-AGTA-TCATAGCTG-AA-C-TTCGGA--CTAAT-ATTGAA--AGGTAA-C---CCGCCTAAAA---T-CCGCA-----CCTC---TAAAATAAAGTCTGGTGCA-C-GTCCTT--GTATATGTTGT----------AAGATCCAGGA-GCACTCTG--TGT--TTA---------A-CATGGTTC--TACA-A----A--TGT----ATGAAGGCTAGT-GTCAAT-AA---TGATTACGCTATG-A--T---GC-ATTGAAG-CGGGGG---TAAA--GT-CA-CGGTTTTTAGTACTTTTT----AAAC-ACT-GACG--A---TAGA-CTAC-A--T--T-A-
gi|13                         :      taggGGG-CTTTAA-G--GCC-GCAA--ATC-CGCCCC-AAAT----ACTC-ATTCTTTATATTCAATCAT-TAAATTTCAAAGTATTCTATTATT-AC--A---CTTGACCATTT-GG-T-TGTTCTAAATATAGGCA-CA-T-TT-GCAAGAAATCTTGC-A-TC--AATGACG-T-CA-TATT-CA-CTC--GCTA-GTA-TGACGTTGTTTTCA-GAAAAA--TA-A-TGAAAAT--AT-CAT--TA---------TTGGCTT-TA-T-ATA----TCGAT----CA----A---AA-TTGC
gi|6                          :          gGG-CTCTAG-G--GCC-TCAA--CTC-GGCCCC-AAATCA--ATT---TTTTTTAT-T-CAGTCAA-TAAACTT-GACA----CTA------------------ACAATTT-GG-T-TGTTCTAAATATAGGCA-TA-T-TTTACGGGAAATATTGC-A-CC--AATGATG-T-CA-TATG-CA-CTT--GCTA-TTA-TGACGTTGTTTTCACA-AAAA--TC-A-TGGCAAT--AT-CAT--GA---------CTTTCTT-TT-TTATA----TCGTT----CACATTAATTAA-TTGCC--TCCGCAT--G-C--TA-AACC-A--AAGTAAA-ATTT-C-T-TTC--AAAT-GTGC--A-T--TATC---A-A---AGCATCTATCA-ATAA--TCAAAG-T-GTCGT--T-TTGGTG-CA---AATCT----CT-----GGAC-CATAA--TAA---TT-AATACC--ATTT-A-----GA--A--TGA-TTCT-TT----GT--GCT-TCA---------GA-A----------ATA--CAA--ATTTT-AAACA--A-A-TACTAGTGT--TGTAC-AAG-AAATTGTG-A--TTT----AA--AT-TCGCTTAA-T--TT--ATCTT--C-TTAA------TG-CC-T--A-------CA-TA----A--ACAC-T---------GAC---A-------A-TGC--T---AA-T-AAATGC--------------------------TA-TTGA---TGC---AC---GT--TAAATTTGCGT--AT--GC---TT---GGG-GG-GG--G-------GGGGCGGGGG--------GGGGGGGGGGTGGCTTA-AC--ACATACATGCGCGCA-CGT-CAATCGATATACACCC------------TTGCA-TAAAG-CATA------ATGC------GC-TG-GTT--------AA-TTAAAG-T-AG-A-TCTTTAC-TCTG-AA-CATT--AG--CT--T-TTT--A--AAGTAG-A---TCGCCTAAAA---TCCCGCC---CCCCCCCCTTACA----AGTCTGGG-CACC-GGGCCTAAA-------TGT----------TAAATTC--GA-GCA------------TGAT--GTGGCTA-CATGGTTA--TTTGTA----A--TGAA--CA----TGT--GC-GTCTAT-------G----TGTCG-GTGT-TAAAGT-A-TG--GTCAGGATTAAAAAA--AC-AA-AGGTTT---------------------ATT-GACG--A---TACAATGAT-A--TTGC-ACTT--T--ACATA---ATGA-GGTT--ATTT-CG--TCT--G-CAATAAG-CT----T----CTGTCATTTTAGATC-
gi|20                         :                                         ctataAATTT--ACTA-ATTCTTTATATTTAATC-AATAAATTTTAAAGTATTCTATTATT-gt
gi|18                         :                                               ATTT--ACTA-ATTCTTTATATTCAATC-AATAAATTTCAAAGTATTCTATTACT-AC--T---CTTGACCATTT-GG-T-TGTTCT
gi|12                         :                                                                                                                                                A-TAGT-TT-GTGGGAAATCTTGC-ACTCTAAATGACG-C-AA-TATTACATCTT--GCTA-TTT-TGACGTT-TTCACA-A-AAAC--TCAA-TAGAAATTGAT-CATTCTAACATGGGACTCTTCACTTATT-ATA----TCGAT----C-----AATGAA-TT
gi|8                          :                                                                                                catattcaaagtcaatacattttgagatacagatgactcattcgtcaaagccattctgaattcgaatttctgagctacaaatatccaagcgctATT-CA-CTCCCGCT--TTA-TGA--TTGTTTC-----AAAA--T--A-TGAAAA---ATACAT--TA---------TTTTTT---A---GTA----TC-ACTCGGCA----AATCAA-TTGCC--TC-GCATCTG-CCGTG-C-CC-A--AAG---A-ATTT-C-C-TTT--AAAC--TTC--A-T---ATA---A-A---GGT-TCTAT-A-GTAA--TCAAAA-G-TCCGT--T-TTGGTG-CA---CG-GT-----T-----GGAC-CATGA--AAA---TA-AATATC--ATTT-T-----GTA-A--CGA-TTGTCCT----GT--GCA-TCA---------TACC----------CTT--TAA--A-TTT-AAAC---A-A-TA------T--TGT-T-ACG--AATTATGAA--TTT----AA--AT-T----CGA-T--TT--ATCTT--C-CT-----------TA-T--A-------TA-TC----A--A-AC-C---------GAA-----------A-TGC-TTA--AA-T-AAATG---A---G-CAGTGCAAGA--T-T-G-TA-Tatat
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      gtcaaaCCGCAT--GAC-GTG-AACC-AG-AAGTAAA--TTT-CGT-TTCTGCAAT-GTGTCTA-T--TATCTTTA-ATATGGCATTTTTCACATACCCTCAAAG-TGTCCGTA-T-TTGGTG-CA---AGCCTT---CTTG---GGTCGCATGAGGAAA---GG-AATACCTCATTT-ACTAATGT--AAATGA-TCCT-TT----GT--GCA-TCAATTTAACACGA-CACAGATTACTCTATTTGT--TCTCT-A---A--A-A-TA------T--AGCACAAAG-AAATTGTG-A--TTTTTTAGA--AG-TT---CGA----TA--ATCTT--C-GT--------TG-TC-CTAA-------TA-TA----GTTACAC-CTGAACAAATGAGCGCG-C-----ATTGC-TT---GA-A-AAATGTGGA--TA-CAGg
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      -T--TA-C---A-A---TATATCT--CA-GTAA--TCAAAG-T-TTCGT--A-TTGGTG-CA---TGCATGCCTCT-----GGAC-CATGA--AAA---TA-AACACC--GTTT-A-----GT--A--AGA-TTGT-CT----GT--TCA-TCA---------GA-C----------CTA--TGA--ATTTT-GAACA--A--------------CGT-T-A---GACCTATG-AATTTT----AA--ACATC---AGACC--TT--AT-GTAGT-TT-AAAATATTG-TA-T--AGAAAATTTG-TATTTTA--ACA--T---------GA----A-C-----G-TCC-TT----C-T-AAATAT--T--TG-CAGTA-------------TA-TCGAT--T-T---AC--GAC--TAAAA-----T--AT--GCTG-TT---cgctaga
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                G-CA---CGCGT----CT-----GGAC-CATGA--AAA---AA-AATACA--A-TT-A-----TT--A--TGATTTGT-CT----GT--G
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              CG---------GA-C----------CCA--TAA--ATTTT-AAACA--A-A-TA------T--TGTAT-AAG-AAAT
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          tgc----------CCA--TAA--ATTTTTAAACA--A-A-TA------TATTGTAA-TAG-AAATTATTTA--TTT----AA--AA-TT---CGAGT--TT--ATCTT--CCTT-A------TG-TC-T--A-------TA-TA----A--TCACTC---------GTG---A-CGAGCAA-TGCATTGTAAA-T-AAATGT--A--T--CAGTTCAAGACCT-T-G-TA-TAGA---T-TTA-AC--GGCC-TAAAT-----T--AT---CT---T---GCA-GG-TCACGTAACTTGCAGGCC-GGC--------TGGGGGGGGGGGA--CACAC--A------------CATCGTTAAA-----------CCTCTGCCATCAGTCTGC--TACGT-CAAA-T-----TGC------GCATATATTTGTTA-AGAA-TCGAAG-C--G-A-TT-TCAC-T-TG-AG--ATT--GA--C--ATGATT--A--AAA-AA-------GCCTAAA----TCTGTCAGGTCGCCT-------AATT-AGTCTG---CA-C-CGCCTT------------------------AGATCC--GA-GC----------------T--G----TAACATGGTTC--TGT-TA----AGATG-G--CATAATT-----------AC-GA---AT----T--CA-GTA--T---GC---TGA---CGGGGT---AAAAAAGT-CA-CGGTT------AGTATCTT--TAAAC-ATTTGACGTAAGGTTAGACCTAC-A--T--CCA-TT--TTTAC--A-A-ATGGTGGAT--ATTTACG--T-C--GGCAACAGT-ACCGTTT----CTGTCA--TT-GATCTA--CTAGAGG--TTTCCAT-AATCTT--TTAAAAAATGAAAAAA-TAATA-TGTATTTATCACTTGATACCATTACAGTTATAAAGAA--TGTTTCAAAT-TT-A-CTTTTCCATTTCAGACGAT-CATGT-GATAATACTGAA----AAAGCATGTTTAATGATCAAGATTGCTT--ATATAGCTTACGGGAAATGATTCGG-GTAGA---AGTAGTCTCAGCT-CCCAACATA-ATGAGA-CTGAAGC--TTTACAAAGTATACGTTCAATG-TAAAAAGTGGTTC-----AATTAAATTGGCAAGGGGTCTGATGTCATGTGGAAGGAGCCATCTATTTGT--AAA-A-------------TAGGATACGAAATT----CATCTAATTAATTTT-GCGGTGGGGA-------------T---TGTGGTGGAATATAAATCATCTGAATAA-TA-TC-ATTT-------CAGAATAAAAATTCA---TAATTTCCAT-CGTCA-AGTGATACCA-CTCCAC-TACCTC------CAG--AATG-A-T---ATTTACGATCTTTTGCAATATTTGTTACAACTAGTAGTCCCAACATAAAAA-------------------ATGAAA-AGACAACA-ATACAACAAGCTAAA
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ----A--ACAA-T---------GAG---G-C-----A-TGC-TT---GA-T-AAATGT--A--------TACAAAAA-T-G-A-TA-TTGA---TCT---AC--AAC--TAAAT-----C--AT--GCTA-TT---GCA-GGCCC--GTA---CATGG--GAGGA--------aaaaaaaaaagaaacacacaaaacaacacccataaaaaaaaccttgga
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 --C-A-TT--T--TACAA-T-ATGGTGGAT--ATTTACG--TCT--G-CACCAGT-AC----T----CTGTCA--GTCGATC-A--CT-GAGG--TTTCCTT-AACTTT--TAAAAAA-TGAAAAAA-TAATA-CGT-TTCATCA--TGAT-CCATTACAAT----AAGAAG-TGTTTCAAAA-TTTA-CTT---CATT-CAGACAAT-AATGTTGATAAT-CTGAATTAAG--GCATGTT-AATGA-CAA-------TGTATATAGCTTACAGACAAT---TTGGGTCA-----AGTAG-CTCAGCT-CC-AACATA-ATGATA-CTGACGCG-TTTACAA-GTATA-AT--AATG-TAAAAAGTCATTA-----ATT--AATTAGC--------TG-TGTCAT-TGGGAGGAGCCATCT-TTTTTTGAAATA-------------TAAGA------ATT----CAATTAAT--ATTTTTGCGGGTGGGAGTTGGTGGAATAAT---CA-----------AAAGTATTT---TTA-TA-TC-ATTTAG-AAAACTAAATAAA--TTCACAGTA--TTTCAT-CGTCA-AGT---a
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  A-------------TAAGA------ATCAGTGCATA-AAT--ATTTTTGCGGGTGGAG-------------T---GG-----------GAAATGGAT---TAAATACTCTATTTA---AAACAAAATAAA--ATCA---TA--AT--AT-CGTCA--GT-----CG-CTCCACATACCCCAGAATCCAA--AATGCAATTTAATT-ACGTTCTTT-GCAAAATTT-TGAAA---AA--GTC----CAAAAAAA-------------------ACAACATAAGCAA-ATAAA-AAAAAAA-AAACCC
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ccCCCCTCCCAAAT--C-TGGGGTCCCTTCCAAAAAAAAAAAAAAAAAGGGGGGGGGGG--aaac

Unaligned ( gi|16 ): TACCTTCTTGCAATCAAAAGCGACAATCAATGCTTAGTACGTATTTCGTAGCTGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGAGTGCGCTATAAC

lowQualScore                  :                                                                                                                                                  2                           111111                                                                                                                             11                        111111111                         1111111111                        111          11       1      1           11              111   111                                11                   22222222222                                   11111  11                             11111111111111111111111                            111111                     2222               22222  1111            1111111111          1111111     1111111    3333333333333333333333333        111          111111111          11111111       333333333  111  11          111      1                  111     11111111            44444444444444444444444444          44444444444      222    33333333333333333333    22222222    1                                                                        22222          11111     111      111      22       11           666666666666666666666666              4444444444444444444444        11      1111111  1111         66666666666666666666666666666666666666  111            1111                 4444444444444444444             111111           111111111       111111                     11           111111111      11         11       11               111              11    11          11             111       11             111   111             1    1111     1     3333333     111     44444444444444                  111      222222     1       1  1      1      1       11       1     1  11    1        3333333333333333       33333333  1      1                     1     4444444444444     222222   1111          1             8888888888888888888888       11111              1111            11    111  11                2222   1             222222       111  2222           1         1     2222222              666666666666666       1      55555555555555     2222                      44444444444444                              111         
lowQualScore                  :                                                                                         5 66   5     888        5      55    4                   0                       44  000000           4  4 4            66   9999 5  5 5  5              5 5  66       5 5  5    4  4   66    4   4   1          555    55  4 4      4 66 1   66  777777777     4    999   9999     0000000000   3  4     77       66 222   5 0  5 11       0    5 0 5   66    22   66 4 888   222 4 222           4    66      4 4     00 4      4  9999    22222222222    4     66   9999      8888 1  4 11111  66 66   4    4  9999  66   5   99999999999999999999999   4    2 55  4     55 777  555555 55   666   4        1111   9999  66  4 00000  4444  66    66  5555555555  4  4 66 8888888  4  2222222    1111111111111111111111111 4   4  111  4 4     888888888    0 3   88888888  4    222222222  111  11      66  111 888  0  888   5  3 5    000     22222222            11111111111111111111111111  6   6   33333333333      000    11111111111111111111    44444444    1 1    55   6      666  6 6 77    6    6  99   99  99  6  6   99999 1    00000          22222     111      111      22       00  6 6  7   111111111111111111111111    3 99  6   5555555555555555555555        55   1  4444444  4444     1   66666666666666666666666666666666666666  222   3 6    1 5555   99  6  6      6666666666666666666    6   6    111111    2 3  6 777777777  99   888888         99      6   44       6   999999999      88  3    6 11  8    11       8       999        0     11    44  8  6    11  0 8     0  444       11          8  222   444    8        0    3333     0     5555555     000     33333333333333                  777      666666     0       0  0      0      0    0  22       0     0  33    0        5555555555555555       66666666  0      0 2             9     0   3 4444444444444     333333   7777   22   8 5             4444444444444444444444    8  88888 3 8  8  8    4444            11    444  11  3   8     88  5555   0     55      888888   3   111  0000           0         0     1111111 3 2          222222222222222  22   0      88888888888888     1111         22  1 33     22222222222222    7  1            22        444         
lowQualScore                  :                                                                                         . ..   .     ...        .      ..    .                   .                       ..  ......           .  . .            ..   .... .  . .  .              . .  ..       . .  .    .  .   ..    .   .   .          ...    ..  . .      . .. .   ..  .........     .    ...   ....     ..........   .  .     ..       .. ...   . .  . ..       .    . . .   ..    ..   .. . ...   ... . ...           .    ..      . .     .. .      .  ....    ...........    .     ..   ....      .... .  . .....  .. ..   .    .  ....  ..   .   .......................   .    . ..  .     .. ...  ...... ..   ...   .        ....   ....  ..  . .....  ....  ..    ..  ..........  .  . .. .......  .  .......    ......................... .   .  ...  . .     .........    . .   ........  .    .........  ...  ..      ..  ... ...  .  ...   .  . .    ...     ........            ..........................  .   .   ...........      ...    ....................    ........    . .    ..   .      ...  . . ..    .    .  ..   ..  ..  .  .   ..... .    .....          .....     ...      ...      ..       ..  . .  .   ........................    . ..  .   ......................        ..   .  .......  ....     .   ......................................  ...   . .    . ....   ..  .  .      ...................    .   .    ......    . .  . .........  ..   ......         ..      .   ..       .   .........      ..  .    . ..  .    ..       .       ...        .     ..    ..  .  .    ..  . .     .  ...       ..          .  ...   ...    .        .    ....     .     .......     ...     ..............                  ...      ......     .       .  .      .      .    .  ..       .     .  ..    .        ................       ........  .      . .             .     .   . .............     ......   ....   ..   . .             ......................    .  ..... . .  .  .    ....            ..    ...  ..  .   .     ..  ....   .     ..      ......   .   ...  ....           .         .     ....... . .          ...............  ..   .      ..............     ....         ..  . ..     ..............    .  .            ..        ...         
lowQualScore                  :                                                                                         0 99   0     888        0      55    0                   7                       77  444444           4  4 4            11   8888 0  0 0  0              0 0  99       0 0  0    4  4   11    4   4   1          222    00  4 4      4 11 9   11  888888888     4    888   4444     9999999999   4  4     99       99 555   0 1  0 99       0    0 0 0   99    00   99 4 000   222 4 222           4    11      4 4     66 4      0  9999    11111111111    4     11   8888      9999 8  4 11111  77 11   4    4  4444  11   0   88888888888888888888888   0    3 55  0     55 888  555555 55   333   0        0000   4444  11  4 99999  8888  11    11  4444444444  4  4 11 9999999  4  0000000    0000000000000000000000000 0   0  000  0 0     222222222    5 3   88888888  4    000000000  444  99      99  111 888  0  888   7  0 7    000     99999999            55555555555555555555555555  7   7   33333333333      777    22222222222222222222    22222222    7 7    77   7      888  7 7 77    7    7  22   22  22  7  7   33333 7    88888          00000     777      777      55       00  7 7  8   888888888888888888888888    7 22  7   3333333333333333333333        88   0  3333333  3333     8   55555555555555555555555555555555555555  555   2 7    0 2222   22  7  7      0000000000000000000    7   7    888888    5 2  7 888888888  22   777777         22      7   22       7   333333333      55  3    7 00  0    00       0       888        8     44    44  0  8    00  8 0     8  000       22          0  222   000    0        0    5555     0     2222222     222     55555555555555                  555      555555     0       0  0      0      0    2  55       0     0  88    0        0000000000000000       22222222  0      0 5             8     0   2 0000000000000     000000   0000   22   0 8             4444444444444444444444    0  66666 8 0  0  0    4444            00    000  00  8   0     88  8888   0     88      888888   2   000  8888           0         0     8888888 2 5          555555555555555  22   0      88888888888888     2222         00  0 55     44444444444444    3  0            00        777         
consensus                     :                                                                            CTAGGGGCTCTAA-G--GCC-ACAAA---TCGGCCCC-AAATTT--ACTA-ATTCTTTATATTCAATCAA-TAAATTTCAAAGTATTCTATTATT-AC--T---CTTGACCATTT-GG-T-TGTTCTAAATAT--AGGC---A-TA-T-TT-GCGGGAAATCTTGC-A-TC--AATGACG-T-CA-TATT-CA-CTC--GCTA-TTA-TGACGTTGTTTTCA-G-AAAA--TC-A-TGAAAA-T--ATCAT--TA---------TTTTC-TTTA-T-ATA----TCGAC----CA----AATTAA-TTGCC--TCCGCAT--G-C-GTG-CACC-A--AAGTAAA-ATTT-C-T-TTC--AAAT-ATGC--A-T--TATC---A-A---AGTATCTATCA-GTAA--TCAAAG-T-TTCGT--T-TTGGTG-CA---CGCGT----CT-----GGAC-CATGA--AAA---TAAATAC-C--ATTT-A-----GT--A--TGA-TTGT-CT----GT--GCA-TCG---------GA-C----------CTA-TAAATT--TT-AAACA--A-A-TA------T--TGTAT-AAG-AAATTATG-A--TTT----AA--AT-TC---CGA-T--TT--ATCT--TC-T----T-A-TG-TC-T--A-------TA-TA----A--ACAC-C---------GAG---A-C-----A-TGC-TT---AA-T-AAATGT--A--TG-CAGTACAAGAC-T-T-G-TA-TTGA---T-T---AC--GGC--TAAATT--AT--GC---TG-TT---GCG-GGCC-CGTA---CACGGGCGAGGAGGGGGGGGGGGGG--TAG------AC--A----------CA-CGT-AAA-----------CCCTGC-A-TAAA--C-----ATAT-T--AA--TGCG------C-TATATTTATTGCAAAA-TCAAAG-TCGG-A-T-NTTAC-TCTG-AA-CATT--GA--CT-AT-ATT--A--AAGTAA-C---CCGCCTAAAA---TCCCGCA---CCCCTC---TACAAT--AGTCTGG-NCA-C-GGCCCT--G-------TGT-----------AGATCC--GA-GCA-TCTG-TTGT--TGAT--GTA-CATGGTTC--TATGTA----A--TGTA--CATGATTGC--GC-GCCTAT-GA---TG----TGCCATGTAT-T---GC-A-TGAAG-CGGGGT---AAAA--GT-CA-CGGTTT-T---TACT--TTTTT---AAAC-ATT-GACG--A---TAGACCTAC-A--T--C-A-TT--TACATA-T-ATGGTGGAT--ATTTAC-GTCT-GCAACAG-TAC----T----CTGTCATTGTAGATC-A--CT-GAGG--TTTCCTT-AACTTTT--NAAAAAATGAAAAAAATAATA-CGT-TTCATCA--TGAT-CCATTACA---ATAAGAAG-TGTTTCAAAA-TT-A-CTT---CATT-CAGACGAT-AATG-T-GATAAT-CTGAA----G--GCATGTT-AATGA-CAA-------T--ATATAGCTTACGGAAAAT---TCGGGTAGA---AGTAG-CTCAGCT-CC-AACATA-ATGATA-CTGACGCG-TTTACAA-GTATA-AT--AATG-TAAAAAGT-G-TTA-----AAT--AATTGGC--------TG-TGTCAT-TGGGAGGAGCCATCTATTTTT-AAATA-------------TAAGA------ATT----CATCTAAT-ATTTTTGCGGGTGGG-G-T---C-GTGG---AAT---AAAT-ATTT---TNA-TA-TC-ATTTAG-AAAACAAAATAAA--TTCA---TA--TTTCAT-CGTCA-AGTGA--CCG-CTCCACATACCCC------CAGAATG-A-AT---ATTACGTTCTTT-GCAATATTT-TGACA--TAG--GTCCCAACAAAAAA---------------AACGAAA-AAACAA--------------AAAAA----AAAAAAAAAANCCNCNCCCAAACAC--TGGGGCCC-TTCCAAANAAAAAAAAAAAANGGGGGGGGGGG-TTCCTTAAG
Reference ( family-1292 )     :                                                                            CTAGGGGCTCTAA-G--GCC-ACAAA---TCGGCCCC-AAATTT--ACTA-ATTCTTTATATTCAATCAAATAAATTTCAAAGTATTCTATTATT-AC--T---CTTGACCATTT-GG-T-TGTTCTAAATAT--AGGN---A-TA-T-TT-GCGGGAAATCTTGC-A-TC--AATGACG-T-CA-TATT-CA-CTC--GCTA-TTA-TGACGTTGTTTTCA-G-AAAA--TC-A-TGAAAA-T--ATCAT--TA---------TTTTC-TTTA-T-ATA----TCGAC----CA----AATTAA-TTGCC--TCCGCAT--G-C-GTG-CACC-A--AAGTAAA-ATTT-C-T-TTC--AAAT-ATGC--A-T--TATC---A-A---AGTATCTATCA-GTAA--TCAAAG-T-TTCGT--T-TTGGTG-CA---CGCGT----CT-----GGAC-CATGA--AAA---TAAATAC-C--ATTT-A-----GT--A--TGA-TTGT-CT----GT--GCA-TCG---------GA-C----------CTA-TAAATT--TT-AAACA--A-A-TA------T--TGTAT-AAG-AAATTATG-A--TTT----AA--AT-TC---CGA-T--TT--ATCT--TC-T----T-A-TG-TC-T--A-------TA-TA----A--ACAC-C---------GAG---A-C-----A-TGC-TT---AA-T-AAATGT--A--TG-CAGTACAAGAC-T-T-G-TA-TTGA---T-T---AC--GGC--TAAATT--AT--GC---TG-TT---GCG-GGCC-CGTA---CACGGGCGAGGAGGGGGGGGGGGGG--TAG------AC--A----------CA-CGT-AAAT----------CCCTGC-A-TAAA--C-----ATAT-T--AA--TGCG------C-TATATTTATTGCAAAA-TCAAAG-TCGG-A-T-NTTAC-TCTG-AA-CATT--GA--CT-AT-ATT--A--AAGTAA-C---CCGCCTAAAA---TCCCGCA---CCCCTC---TACAAT--AGTCTGG-NCA-C-GGCCCT--G-------TGT----------AAGATCC--GA-GCA-TCTG-TTGT--TGAT--GTA-CATGGTTC--TATGTA----A--TGTA--CATGATTGT--GC-GCCTAT-GA---TG----TGCCATGTAT-T---GC-A-TGAAG-CGGGGT---AAAA--GT-CA-CGGTTT-T---TACT--TTTTT---AAAC-ATT-GACG--A---TAGACCTAC-A--T--C-A-TT--TACNTA-T-ATGGTGGAT--ATTTAC-GTCC-GCAACAG-TAC----T----CTGTCATTGTNGATC-A--CT-GAGG--TTTCCTT-AACTTTT--NAAAAAATGAAAAAAATAATA-CGT-TTTATCA--TGAT-CCATTACA---ATAAGAAG-TGTTTCAAAA-TT-A-CTT---CATT-CAGACGAT-AATG-T-GATAAT-CTGAA----G--GCATGTT-AATGA-CAA-------T--ATATAGCTTACGGAAAAT---TCGGGTAGA---AGTAG-CTCAGCT-CC-AACATA-ATGATA-CTGACGCG-TTTACAA-GTATA-AT--AATG-TAAAAAGT-G-TTA-----AAT--AATTGGC--------TG-TGTCAT-TGGGAGGAGCCATCTATTTTT-AAATA-------------TAAGA------ATT----CATCTAAT-ATTTTTGCGGGTGGG-G-T---C-GTG----------AAAT-ATNT---TNA-TA-TC-ATTTAG-AAAACAAAATAAA--TTCA---TA--TTTCAT-CGTCA-AGTGA--CCG-CTCCACATACCCC------CAGAATG-A-AT---ATTACGTTCTTT-GCAATATTT-TGACA--TAG--GTCCCAACAAAAAA---------------AACGAAA-AAACAA--------------AAAAA----AAAAAAAAANNCCNCNCCCAAACAC--TGGGGCCCCTTCCAAANAAAAAAAAAAAANNGGGGGGGGNGTTTCCTTAAG
gi|1                          :                                                                            CTAGGGGCTCTAA-G---CC-ACAAA---TTGGCCCC-GAATTT--ACTA-ATTCTTTATATTCAATCAA-TATATTTCAAAGTATTTCTTTATTTAC--T---CT-GACCATTT-GG-TAGGTTCTAAATAT--AGGA---A-TA-T-TT-GCGGGAAATCT-GCGA-TC--AATGACG-T-CA-TATT-CA-CTC--GCTAATTA-TGACGTTGTTTTCA-G-AAAAAATC-AATGAAA--T--ATCAT--TA---------TTTTC-TTTA-TTATA----TCGAC----CA----AAT-AA-TTTCC--TCCCCAT--G---GTGTCACAGA--AAGTGATTATTTAC-TGTTC--AAAT--TGC--A-A---ATG---ACA---AGTTACTATCA-G-AA--T-GAAG-T-TTACT--CATTGG-G-CA----GCGT----CCTTTTCGGAC-C-TAA--AAA------ATAC---------A-----GTTGA--TGA-GTGT-AT----GT--GCA-TCG---------GA-T----------CTA-TAA-TTACTT-AAACA--A-CCTA------T--TGTAT-AAGGAAATTATG-AA-TTT----AACAAT-TC----GA-C--TTTCATCT--TC-T----T-A-TT-TCCT--A-------TA-TA----A--CAAC-T---------GAGG--A-C-----A-TGC-TT---AA-TCAAATG---A--TG-CAGTGCAAGAC-TAT-G-TA-TTGA---C-TTTCAC--GGCAATAAATC--AT--AC---TG-TT---GCGCGGCC-CGTA---CACGGG-------GGAGGGGAGACG--TAG------ACCAA----------CA-CGT-CAAA----------CCCTGC-AACAAA--C-----ATATGT--AA--TGCA------C-TATATTTATTGCAAA--TCAAAGCTCGGCA-T-TTTCA-TCTG-AAGCATT--GAACTT-AT-TTT--A--A-GTAAAC---TCGCCTAAAAAACGCCCCCC---CCCCCC---TACAATC-AGTCTGG-ACA-CCGGTCCTT-G-------TGTTACTATTGTTAAGATCC--GATGCA-TATG-TTTT--TAA-------CATG-TTCA-TATGTAGGGTA--TGTATACATGACTGT--AC-ACCT---------------------TAT-T---GC-A-TGAAG-CGGG-T---AAAA--GTGCAACGGTTTAG---TACT--TTTT----AAAC-ATT-GACG--A---TAGACC-AC-A--TC-C-A-TTGCTACA-A-TGATGGTGGAT--ATTTAC-GTCTGGCAACAGTTAC----T----CTGTCA--GTTGATC-A--CT-GAGG--TTTCCTTCAACTCTT--TTAAAAATGAAAAATA-AATATTGT-TTTATCA--TG---CCATTACA---TTAAGAAG-TGTTTCAAAATTT-ACCTT---CGTT-CAGACGATCAGTG-T--------------------GCATG-----------------------TATAGCTATCGGAAAAT---TCGGGTAGATAGAGTAG-CTCAGCTCCC-AACATA-ATGATACCTGACGCGCTTTACAA-GTATA-AT--AATGTTAAAAAGT-G-TTAATCTTAATGCAAGGGGC--------TG-TTGCAT-T-TGAGGAGCCATCTATTTTA-AAATAGGCGCCTATTTATTAAGA------ATT----CATCTAAT-A-TTTTGCGGGTGGA-G-TGGGC-GTG----------GAAT-AT-------A-AA-TT-ATTTAGAAAAACAAAAAAAC--TTCA---TC--TTTCATATGTCACAGTGA--CCGCCTCCA-ATACCCC------AGAAATG-A-AT---ATTACGTTCTTT-GCAATATTT-TGACA--TCG--G-CCCAACAAAAAAGCAAAACAACAACAGAACAAAA-AAAAAA--------------AAAAAAAAAAAAAAAAAAGAACACACCCAAA-----------------CAAACCAATAAAAAAAATTGGGGGGGGTGTTTCCTTAAG
gi|10                         :                                                                            CTAGGGGCTCTAA-G--GCC-ACAAA---TCGGCCCC-AAATTT--ACTA-ATTCTTTATATTCAATCAA-TACATTTCAAAGTATTCTATTATT-AC--T---CTTGACCATTT-GG-T-AGTTCTAAATAT--AGGA---A-TA-T-TT-GCGGGAAATCTTGC-A-TC--AATGACG-T-CA-TATT-CA-CTC--GCTA-TTA-TGACGTTGTTTTCA-G-AAAAA-TC-A-TGAAAA-T--ATCAT--TA---------TTTTC-TTTA-T-ATA----TCGAC----CA----AATTAA-TTGCC--TCCGCAT--G-C-GTG-CACC-A--AAGTAAA-ATTT-C-T-TTC--AAAT-ATGC--A-T--TATC---A-A---AGTATATATCA-GTAA--TCAAAG-T-TTCGT--T-TTGGTG-CA---tat
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             gag-T--TA-C---A-A---TATATCT--CA-GTAA--TCAAAG-T-TTCGT--A-TTGGTG-CA---TGCATGCCTCT-----GGAC-CATGA--AAA---TAAACAC-C--GTTT-A-----GT--A--AGA-TTGT-CT----GT--TCA-TCA---------GA-C----------CTA-TGAATT--TT-GAACA--A--------------CGT-T-A---GACCTATG-AATTTT----AA--ACATC---AGACC--TT--ATGTAGTT-TAAAAT-ATTG-TA-T--AGAAAATTTG-TATTTTA--ACA--T---------GA----A-C-----G-TCC-TT----C-T-AAATAT--T--TG-CAGTA-------------TA-TCGAT--T-T---AC--GAC--TAAAAT--AT--GC---TG-TT---
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                           AAATATCCAAGCGCTA-TAGT-TT-GTGGGAAATCTTGC-ACTCTAAATGACG-C-AA-TATTACATCTT--GCTA-TTT-TGACGTT-TTCACA-A-AAAC--TCAA-TAGAAA-TTGATCATTCTAACATGGGACTCTTCACTTATT-ATA----TCGAT----C-----AATGAA-TT
gi|13                         : catattcaaagtcaatacattttgagatacagatgactcattcgtcaaagccattctgaattcgaatttctgagctacGGGGCTTTAA-G--GCC-GCAAA---TCCGCCCC-AAAT----ACTC-ATTCTTTATATTCAATCAT-TAAATTTCAAAGTATTCTATTATT-AC--A---CTTGACCATTT-GG-T-TGTTCTAAATAT--AGGC---A-CA-T-TT-GCAAGAAATCTTGC-A-TC--AATGACG-T-CA-TATT-CA-CTC--GCTA-GTA-TGACGTTGTTTTCA-GAAAAA--TA-A-TGAAAA-T--ATCAT--TA---------TTGGC-TTTA-T-ATA----TCGAT----CA----A---AA-TTGCatat
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        A-------------TAAGA------ATCAGTGCATA-AAT-ATTTTTGCGGGTGGA-G-T---G-G-G----------AAAT-GGAT---TAAATACTCTATTTA---AAACAAAATAAA--ATCA---TA--AT--AT-CGTCA--GT-----CG-CTCCACATACCCCAGAATCCAAAATGCA-ATTTAATTACGTTCTTT-GCAAAATTT-TGAAA---AA--GTC----CAAAAAA---------------AACAACATAAGCAA--------------ATAAA----AAAAAAAAAACCC
gi|15                         :                                                                          ccCTAGGGGCTCTAAGG--GCC-A-AAA---TCAGCCTC-AAATTT--G-TATATTTTTCATACTCCGTCAATTAACT------------TGTCATG-ACAGT---CTTGACCATTT-G-----GCTCTAAATAG--AGaaac
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ----A--ACAA-T---------GAG---G-C-----A-TGC-TT---GA-T-AAATGT--A--T------ACAAAAA-T-G-A-TA-TTGA---TCT---AC--AAC--TAAATC--AT--GC---TA-TT---GCA-GGCC-CGTA---CATGG--GAGGAa
gi|18                         :                                                                                                                    ATTT--ACTA-ATTCTTTATATTCAATCAA-TAAATTTCAAAGTATTCTATTACT-AC--T---CTTGACCATTT-GG-T-TGTTCTa
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       CCCCTCCCAAAT-C--TGGGGTCCCTTCCAAAAAAAAAAAAAAAAAGGGGGGGGGGGGTT
gi|2                          :                                                                            CTAGGG-CTCTAA-G--GCC-ACAAA---TTGGCCCC-AAATTT--ACTA-ATTCTTTAT-TTCAATCAAATAAATTTTAACGTATTCTATTATT-AC--T---CTTGACCATTT-GG-T-TGTTCTAAACAT--AGGC---A-TA-T-TT-GCGGGAAATCTTGC-A-TC--AGTGACG-T-CA-TATT-CA-CTC--GCTA-TTA-TGACGTTGTTTTCA-G-AAAA--TC-A-TGAAAA-T--ATCAT--TA---------TTTTC-TCTA-T-ATA----TCGAC----CA----AATTAA-TTGCC--TCCGCAT--G-C-GTG-CACC-A--AAGTAAA-ATTT-C-T-TTC--AAAT-ATGC--A-T--TATC---A-A---AGTATCTATCA-GTAA--TCAAAG-T-TTCGT--T-TTGGTG-CA---CGCGT----CT-----GGAC-CATGA--AAA---TAAACAC-C--ATTT-A-----GT--A--TGA-TTGT-CT----GT--GCA-TCG---------GA-C----------CTA-TAAACT--TT-AAACA--A-A-TA------T--TGTAT-AAG-AAATTATG-A--TTT----AA--AT-TC---CGA-T--TT--ATCG--TC-T----T-A-TG-TC-T--A-------TA-TA----A--ACAC-C---------GAG---A-C-----A-TGC-TT---AA-T-AAATGT--A--TG-CAGTACAAAAC-T-T-G-TA-TTGA---T-T---AC--GGC--TAAATT--AT--AC---TG-TT---GCA-GG-C-CGTA---CACGGGCGAGGAGGGGGGGGGGGGG--TA-------AC--A----------CA-CGT-AAA-----------CCCTGC---TAAA--C-----ATAT-----A--TGCA------C-TATA-TTATTGCAAAA-TCAAAG-TCGG-A-T-ATTAC-TCTG-AA-CATT--GA--CT-AT-ATT--A--AAGTAA-C---CCGCCTAAAA---TCCCGCA---CCCCTC---TACAAT--AGTTTGG-CCA-C-GGTCCT--G-------TGT----------GAGATTC--GA-GCA-TCTA-TTGT--TGAT--GTA-CATGGTTC--TATGTA----A--TGTA--CATGATTGT--GC-GCCTAT-GA---CG----TGCCATGTAC-T---GC-A-TGAAG-CGGGGT---AAAA--GT-CA-CGGTTT-TACCTACT--TTTTTA--AAAC-ATT-GACG--A---TAGACCTAC-A--T--C-A-TT--TACCTA-T-ATGGTGGAT--ATTTAC-GT-T-GCAACAG-TAC----T----CTGTCA--GTAGATC-A--CT-GAGG--TTTCCTT-AACTTTA--AAAAAAATGAAAAAAATAATA-CGT-TTCATCA--TGAT-CCATTACA---ATAAGAA--TGTTTCAAAA-TT-A-CTT---CATT-CAGACGAT-AATGTT-GATAAT-CTGAA----G--GCATGTT-AATGA-CAA-------T--ATATAGCTTACGGAAAAT---TCGGTT--A---AGTAG-CTCAGCT-CC-AACATATATGATA-CTGATGCG-TTTACAA-GTATA-AT--AATG-TAAAAAGTGG-TTA-----AAT--AATTGGC--------TG-TGTCAT-TGGGAGGAGCCATCT-TTTTT-AAATA-------------TAAGA------ATT----CATTTAAT-A-TTTTGCGGGTGGG-A-T---C-G-A----------AAGT-ATTT---TTA-TA-TC-ATTTAG-AAAACAAAATAAA--TTCA---TA--TTTCAT-CGTCA-AGT-A--CCG-CTCCACATACCCC------CAG-ATG-A-AT---ATTACGTTCTTT-GCAATATTT-TGACA--TAG--GTCCCAACAAAAAA---------------GAGAAAA-AAACAA--------------AACAA----ACAAACAAACCCCCCCCCCAAACACCATGGGACCTGTTCC---TAAAAAAAAAAAAGGGGGGGGGGG---TCCTTAAG
gi|20                         :                                                                                                                   AATTT--ACTA-ATTCTTTATATTTAATC-AATAAATTTTAAAGTATTCTATTATT-
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          G-CA---CGCGT----CT-----GGAC-CATGA--AAA---AAAATAC-A--A-TT-A-----TT--A--TGATTTGT-CT----GT--G
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        CG---------GA-C----------CCA-TAAATT--TT-AAACA--A-A-TA------T--TGTAT-AAG-AAAT
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    tgc----------CCA-TAAATT--TTTAAACA--A-A-TA------TATTGTAA-TAG-AAATTATTTA--TTT----AA--AA-TT---CGAGT--TT--ATCT--TCCT----T-A-TG-TC-T--A-------TA-TA----A--TCACTC---------GTG---A-CGAGCAA-TGCATTGTAAA-T-AAATGT--A--T--CAGTTCAAGACCT-T-G-TA-TAGA---T-TTA-AC--GGCC-TAAATT--AT---C---T---T---GCA-GGTCACGTAACTTGCAGGCC-GGCTGGGGGGGGGGGA--CAC------AC--A----------CATCGTTAAAC----------CTCTGCCA-TCAG--TCTGCTACGT-C--AAATTGCG------CATATATTTGTTA-AGAA-TCGAAG-C--G-A-T-TTCAC-T-TG-AG--ATT--GA--C--ATGATT--A--AAA-AA-------GCCTAAA----TCTGTCAGGTCGCCT-------AATT-AGTCTG---CA-C-CGCCTT------------------------AGATCC--GA-GC----------------T--GTAACATGGTTC--TGT-TA----AGATG-G--CATAATTAC--G---------AA---T-------TCA-GTAT-----GC---TGA---CGGGGT---AAAAAAGT-CA-CGGTTA-G---TA----TCTTT---AAAC-ATTTGACGTAAGGTTAGACCTAC-A--T--CCA-TT--TTTACA-A-ATGGTGGAT--ATTTAC-GTCG-GCAACAG-TACCGTTT----CTGTCATTG---ATCTA--CTAGAGG--TTTCCAT-AATCTTT--TAAAAAATGAAAAAA-TAATA-TGTATTTATCACTTGATACCATTACAGTTATAAAGAA-TGTTTCAAAT-TT-A-CTTTTCCATTTCAGACGAT-CATG-T-GATAATACTGAA----AAAGCATGTTTAATGATCAAGATTGCTT--ATATAGCTTACGGGAAATGATTCGGGTAGA---AGTAGTCTCAGCT-CCCAACATA-ATGAGA-CTGAAGC--TTTACAAAGTATACGTTCAATG-TAAAAAGT-GGTTC-----AATTAAATTGGCAAGGGGTCTGATGTCATGTGGAAGGAGCCATCTATTTGT-AAA-A-------------TAGGATACGAAATT----CATCTAATTAATTTTGCGG-TGGG-GAT---T-GTGGTGGAATAT-AAATCATCTGAATAA-TA-TC-ATTT-------CAGAATAAAAATTCA---TAATTTCCAT-CGTCA-AGTGATACCA-CTCCAC-TACCTC------CAGAATG-ATAT----TTACGATCTTTTGCAATATTTGTTACAACTAGTAGTCCCAACATAAAA---------------AATGAAA-AGACAACAATACAACAAGCTAAAAA----AAAAAAAAGAAACACA-CAAAACA
gi|4                          :                                                                               GGGGCTCTAA-GCGGCCCACAAT---TTGGCCCCCAAATTT--ACTA-ATTCTT-ATATTCAATCAATAAAATTTTAACGTATTCTATTAT--AC--TTTTCTTGACCATTTTGG-T-TGTTCTAAACAA--AGGC---AATA-TATT-GCGGGAAATCCTGC-A-TC--TATGACGGT-CAGTATT-CA-CTC--GCTA-TTAATGACGTTGTTTTCA-G-AAAA--CC-A-TGAAAA-T--ATCAT--TA---------TTTTC-TCTC-T-ATACTAGTCGAC----CA----AATTAA-TTGCCCTTCCGCAT--G-C-GTG-CATT-ACTCAGTAAA-ATTT-CTT-TTC--AAAT-ATGC--A-TTATATCA--A-A---AGTATCTATCA-GTAA--TCAAAGTT-TTCGT--T-TT-GTG-CACAGCGCGT----GT-----GGAC-CATGA--AAACAGTAAATAA-C--AGTTAA-----GT--A--TGA-TTGT-CT----GTTGACATTCG---------AA-C----------CTATTAAATT--TT-AAACAATA-G-TAC-----T--TGT-T-AAG-AAATTATG-ATTTTT----AA--AT-T-----GA-T--TT--ATCG--TC-T----T-A-TG-TC-T--AT------TATTA----AATACAC-C---------GAG---AGCA----A-TG--TT---AA-T-AAATGT--ATTTGCCAGTACAAAAC-TCT-GTTA-TTGATT-T-T---ACGGGGC--TAAATTAAATAAAC---TGTTT---GCA-GGCC-CGTA---CACGGGCGAGGAGGGGGGGGGGGGG--GGGGGGGGTAC--A----------CA-CGT-AAAT----------CCTTGC---TAAG--C-----ATAT-T---A--TGCA---------GTAATTATTGCAAGATTCAAAG-TCGG-A-T-ATTAC-TCTGAAA-AATT--GA--CT-AT-ATT--ATGAAGTAA-CCCTCCGCCTAAAA---ATCCGCA---CCCCTC---TACAAT--AGTTTGG-CCA-C-GG-TCT--G-------TGT-----------GGAT-C--GA-GCA-TCTATTTGTTCTGATCCGTA-CATGGTTCTTTATGTA----A--TGTA--CATGATTGT--GCTCCCTATAGAACGTG----TGCCATGTACAG---GCGA-TGAAG-CGGGGT-----AA--GT-CA-CGGTTT-TAC-TACT--TCTTTGAAGAACAATT-GACG--A---TAGACCTACTAATT--C-ATTT--TAACTACT-ATGGTGGATGGATTTACGGTCT-GC-ACAG-TAC----TAACCCTGTCATTGTAGATC-AAGCT-GAGGTTTTTCCTT-AACTTTTAAAAAAAAATG--AAAAATAATA--GT-TC--TCA--TGAT-CCATT-CA---ATAAGAAGTTGTTTCAAAA-TT-T-CTT---CATT-CAGAacacccataaaaaaaaccttgga
gi|5                          :                                                                       gagcttagGGGGATCGAA-G--GCC-ACAAGGATTCGGTCCC-AAATTTTAACTA-AGTCTTGATATTCAAT--AATAA-TTTCCAAGTATTCTATTATT-AC--T---CTTG-CAATTT-GGGT-TGTTCTTAAT-T--AGGG---A-TA-T-AT-GCGGGAAATCTTGC-A-TC--AATGACA-TTCA-TATT-CA--TC--GCTA-TTA-TGA-GT-GTTTTCA-G-AAAAA-TC-A-TGAAAA-T--A--GT--TT---------TTTTC-TTTG-T-ATA----CTGAC-----A----AATTAAATTGC---TCCGCAT--G-----G-CCAC-A--AAGTAAGGATTT-C-T-TTC--AAATTATGC--AGT--TATC---A-AG--AGTATCTATCA-GTAA--TCAGAG-T-T-CGTCAT-TTGGTGGCA---CGCGT----CT-----GGAC-ATTGA--AAA---TAGA-ACAC--ATTT-A-----GTGAA--TGA-ATGT-CTAACAGT--GCA-TCG---------GA-C----------CTA-TAAA-T--TT-AAACA--AGA-TA------T--TGTAT--AG-GGATTATGAA--TTT----AA--AT-T----CGA-TCGTT--ATCT--TCAT----T-A-TGATC-T--A-------TA-TA----A--ACAC-T---------GAG-----C-----A-TGC-TT---AAGC-AGATGT--A--TG-CAGTAC-AGAC-T-TGG-TAGTTGAAATT-T---AC---GC--TAAATT--AT--AC---TG-TTTGGGTG-GGCC-CGTA---CAC-----------GGGGGAGGGGG--TAG------AC--A----------CA-CGT-AAA------------CCTGC-A-TAAAAGC-----ATAT-TTAAA--TGCGCCGTGAC-TATA-TCATTGC-AAA-TCAAAG-TCGT-AGT-ATCATAGCTG-AA-C-TTCGGA--CTAAT-ATTGAA--AGGTAA-C---CCGCCTAAAA---T-CCGCA-----CCTC---TAAAATAAAGTCTGGTGCA-C-GTCCTT--GTATATGTTGT----------AAGATCCAGGA-GCACTCTG--TGT--TTA-----A-CATGGTTC--TACA-A----A--TGT----ATGAAGGCTAGT-GTCAAT-AA---TGATTACGCTATG-A--T---GC-ATTGAAG-CGGGGG---TAAA--GT-CA-CGGTTT-T---TAGTACTTTTT---AAAC-ACT-GACG--A---TAGA-CTAC-A--T--T-A-
gi|6                          :                                                                         tagCTATAGGCTCTAG-G--GCC-TCAAC---TCGGCCCC-AAATC------A-ATTTTTTTTATTCAGTCAA-TAAACTTGACA-----CTA------------------ACAATTT-GG-T-TGTTCTAAATAT--AGGC---A-TA-T-TTTACGGGAAATATTGC-A-CC--AATGATG-T-CA-TATG-CA-CTT--GCTA-TTA-TGACGTTGTTTTCACA-AAAA--TC-A-TGGCAA-T--ATCAT--GA---------CTTTC-TTTT-TTATA----TCGTT----CACATTAATTAA-TTGCC--TCCGCAT--G-C--TA-AACC-A--AAGTAAA-ATTT-C-T-TTC--AAAT-GTGC--A-T--TATC---A-A---AGCATCTATCA-ATAA--TCAAAG-T-GTCGT--T-TTGGTG-CA---AATCT----CT-----GGAC-CATAA--TAA---TTAATAC-C--ATTT-A-----GA--A--TGA-TTCT-TT----GT--GCT-TCA---------GA-A----------ATA-CAAATT--TT-AAACA--A-A-TACTAGTGT--TGTAC-AAG-AAATTGTG-A--TTT----AA--AT-TCGCTTAA-T--TT--ATCT--TC-T----TAA-TG-CC-T--A-------CA-TA----A--ACAC-T---------GAC---A-------A-TGC--T---AA-T-AAATGC--------------------------TA-TTGA---TGC---AC---GT--TAAATT---T--GCGTATGCTT---GGG-GGGG-GG--------GGGCGGGGGGGGGGGGGGGTGGCTTAAC-----AC--ATACATGCGCGCA-CGT-CAATCGATATACACCCTTGC-A-TAAAG-C-----A----T--AA--TGCG------C-TG-GTT--------AA-TTAAAG-T-AG-A-TCTTTAC-TCTG-AA-CATT--AG--CT--T-TTT--A--AAGTAG-A---TCGCCTAAAA---TCCCGCC---CCCCCCCCTTACA----AGTCTGG-GCACC-GGGCCTAAA-------TGT----------TAAATTC--GA-GCA---TG-ATGT--GG----CTA-CATGGTTA--TTTGTA----A--TGAA--CA----TGT--GC-GTCT----A---TG----TGTCG-GTGT-TAAAGT-A-TG--GTCAGGATTAAAAAA--AC-AA-AGGTTT------------------------ATT-GACG--A---TACAATGAT-A--TTGC-ACTT--TACATA---ATGA-GGTT--ATTT-C-GTCT-GCAATAA-GCT----T----CTGTCATTTTAGATC-
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  -TT--TACA-A-T-ATGGTGGAT--ATTTAC-GTCT-GCACCAG-TAC----T----CTGTCA--GTCGATC-A--CT-GAGG--TTTCCTT-AACTTTT---AAAAAATGAAAAAA-TAATA-CGT-TTCATCA--TGAT-CCATTACA---ATAAGAAG-TGTTTCAAAA-TTTA-CTT---CATT-CAGACAAT-AATG-TTGATAAT-CTGAATTAAG--GCATGTT-AATGA-CAA-------TGTATATAGCTTACAGACAAT---TTGGGTC-A---AGTAG-CTCAGCT-CC-AACATA-ATGATA-CTGACGCG-TTTACAA-GTATA-AT--AATG-TAAAAAGTCA-TTA-----ATT--AATTAGC--------TG-TGTCAT-TGGGAGGAGCCATCTTTTTTTGAAATA-------------TAAGA------ATT----CAATTAAT-ATTTTTGCGGGTGGGAG-T---TGGTGGAATAATCAAAAGT-ATTT---TTA-TA-TC-ATTTAG-AAAACTAAATAAA--TTCACAGTA--TTTCAT-CGTCA-AGTgt
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                    catATT-CA-CTCCCGCT--TTA-TGA--TTGTTTC-----AAAA--T--A-TGAAAAAT--A-CAT--TA---------TTTT---TTA---GTA----TC-ACTCGGCA----AATCAA-TTGCC--TC-GCATCTG-CCGTG-C-CC-A--AAG---A-ATTT-C-C-TTT--AAAC--TTC--A-T---ATA---A-A---GGT-TCTAT-A-GTAA--TCAAAA-G-TCCGT--T-TTGGTG-CA---CG-GT-----T-----GGAC-CATGA--AAA---TAAATAT-C--ATTT-T-----GTA-A--CGA-TTGTCCT----GT--GCA-TCA---------TACC----------CTT-TAAA-T--TT-AAAC---A-A-TA------T--TGT-T-ACG--AATTATGAA--TTT----AA--AT-T----CGA-T--TT--ATCT--TC-C----T------TA-T--A-------TA-TC----A--A-AC-C---------GAA-----------A-TGC-TTA--AA-T-AAATG---A---G-CAGTGCAAGA--T-T-G-TA-T
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                gtcaaaCCGCAT--GAC-GTG-AACC-AG-AAGTAAA--TTT-CGT-TTCTGCAAT-GTGTCTA-T--TATCTTTA-ATATGGCATTTTTCACATACCCTCAAAG-TGTCCGTA-T-TTGGTG-CA---AGCCTT---CTTG---GGTCGCATGAGGAAA---GGAATAC-CTCATTT-ACTAATGT--AAATGA-TCCT-TT----GT--GCA-TCAATTTAACACGA-CACAGATTACTCTA-TTTGTT--CT-CTA-A--A-A-TA------T--AGCACAAAG-AAATTGTG-A--TTTTTTAGA--AG-TT---CGA----TA--ATCT--TC-G----T---TG-TC-CTAA-------TA-TA----GTTACAC-CTGAACAAATGAGCGCG-C-----ATTGC-TT---GA-A-AAATGTGGA--TA-CAGCGCTAGAg