lowQualScore : 1111111111111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 22222222 1111111111
lowQualScore : 3 1 66666 1 5 555555 1 1 44 4444444444444 55 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 1 1 44444 555 66666666 333 1 9999999999 22 1 33 222 3333333 77777777 1 1 2 1 11 11 2 4444444 1 22 1 11 2 1 33 2222 5555555 1 22 444 22 22222 2222
lowQualScore : . . ..... . . ...... . . .. ............. .. .......................................................................................... . . . ..... ... ........ ... . .......... .. . .. ... ....... ........ . . . . .. .. . ....... . .. . .. . . .. .... ....... . .. ... .. ..... ....
lowQualScore : 5 7 11111 7 8 000000 7 7 33 3333333333333 00 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 9 8 7 33333 444 33333333 000 7 5555555555 44 7 77 222 2222222 99999999 1 1 2 1 55 55 2 6666666 1 66 1 55 2 1 66 3333 7777777 1 66 222 66 99999 4444
consensus : GCTGTCCCAGC-CT-A-----G-CCATGT------T-CAT-A--CTC----A-------CTA--CATTNNANCCACATNNTANNNNTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------ATCGA-T-AC-A-----TGTA---C------T-A---TG-TA--AG-GC-T-T--G-TA--AGCAC---A--C----G-----A--T-TG-A-CT-TTT--GT--CGT-AG-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--AG-----GC----CCGACAT
Reference ( gi|21 ) : GCTGTCCCAGC-CT-A-----G-CCATGT------T-CAT-A--CTC----A-------CTA--CATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------ATCGA-T-AC-A-----TGTA---C------T-A---TG-TA--AG-GC-T-T--G-TA--AGCAC---A--C----G-----A--T-TG-A-CT-TTT--GT--CGT-AG-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--AG-----GC----CCGACAT
gi|1 : GCTGTCCCAGC-CT-ACGCCGG-CCATGT------T-CAT-A--CTCCA--A-------CTA--CATT
gi|4 : GCTGTACCAGC-CT-A-----G-CCCTGT------T-CTT-A--CTC----A-------nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattcgatacatgtaacatgtactatgctacaaacttgtaagcacacgattgacttttgtcgtagttttgagtcgttgcgaatctaggcccgacat
gi|19 : GCTGTCCCAGC-CT-A-----G-CCCTGT------T-CAT-A--CTC----A--------TAAACATTGATACCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNN-N-NN-N-----NNNN---N------N-N---NN-NN--NN-NN-N-N--N-NATCGATAC---A--T----G--------T-TG-A-CT-TTT--GT--CAT-AG-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--AG-----GC----CCGACATtcaactctgatacccacattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcgatacatgtacatgtattaggcctatgtaagcacacgattgacttttgtcgtggttttgagtcgttgcgaatcttggcccgacat
gi|3 : GCTGTCCCAGC-CT-A-----GCCCATGT------TCCATGA--CTC----A-------CTC--CATT
gi|14 : aGCTGTCCCAGC-CT-A-----G-CC-TGT------T-CAT-A--CTC----A-------nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcgactacatgtacattacatatgtaaggctgtaagcacacaaattgatctttagtcatagttttgagtcatgtgcgaatctaaggccgatccgacatca
gi|16 : GCTGTCCCAGC-CT-A-----G-CCATGTTCATACT-CAT-AAACTCTTATA-------C-A--CATTATACCTATATATTATTATTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNN-N-NN-N-----NNNN---N------N-N---NN-NN--NN-NN-N-N--N-NN--NNNNN---N--N----NN----A--T-CG-A-CT-TTT--GT--CGT-AG-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----C-------G-A--TC---T--AG-----GC----CCAACaaaactctgatacacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaattcgagtacatgttgacttttgtcgtaattttgagtcgttgcgaatctaggcctgacatc
gi|17 : GCTGTCC-AGC-CT-A-----G-CC-TGT------T-CAT-A--CTC----A-------ATA--
gi|22 : GCTGTCCAAGT-CT-A-----G-CCCTGT------T-CAT-A--Caacttctgatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncataaatcgatacatgttgacttttgtcgtagttttgagtcgttgcgaatctagcccgacat
gi|18 : GCTGTCCCAGT-C--A-----G-CCCTGT------T-CAT-A--CTC----A-------ataaactttgaatccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcatacatgttgacttttgtcgtagttttgagtcgttgcgaatctaggccgacatca
gi|13 : aGCTGTC--AGC-CT-A-----G-CCATGT------T-CAT-A--CTC----A-------taaactttgataccttataaaattgctacgcagggattcgcatagaaacacatatcgacaaagcgagaaatcgacatttcggttattcatgtaatttattgatcagatctgaaaacaatcaaatacatgttgacttttgtcgtagtttgagttgttgcgaatgtaggcctgacatca
gi|20 : aGCTGTCCC-GC-CT-A-----G-C--TGT------T-C-T-A--CTC----A--------TA--AACTTGATACACATTATAAATATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNN-N-NN-N-----NNNN---N------N-N---NN-NN--NN-NN-N-N--N-NN--NNNAC---ATAC----G-----ACTT-TG-A-CT-TTT--GT--CGT-AA-------T-TT--T-GC--ATCG-T-T--GC----GA------A-A--TT---T--A------GC----CCAACAtaaactctgatacacatattttaccacatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcgatacgattggacttttgtcgtagttttgatcgttgcgaatttaaaggcccaac
gi|42 : aGCTGTCCCAGC-CT-A-----G-CCCTGT------T-TAT-A--ac
gi|40 : taGCTGTCCCAGC-CT-AC----G-TC-TGT------T--AT-A--CTC----A-------aactctga
gi|10 : aCTGTCCCAGCGCT-A-----G--CAT-T------T-CAT-A--CTCA---A-------CTA--CATtaactctgat
gi|6 : CTGTCC-AGC-CT-A-----G-CCATGT------T-CAT-A--CTC----A-------CTA--CATTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagatcgattacatgtagcatgtactatgtaagcctatgtaagcacacgattgacttttgtcgtgttttgagtcgttgcgaatctaaggccgac
gi|8 : CTGTCCC-GC-CTCA-----G-CCATGT------T--AT-AG-ATCA---A-------CTA--CATTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcgataacatgtacatgtacttatgtaaagcttgtaagcacacgattacttttgtcgtagtttttgagtcgttgcgaaattctaggcccgca
gi|5 : CTGGTCCAGC-CT-A-----G-CCATGT------T-CAT-A--CTC----A-------nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgagatacatgaatgtctatgtagcttgtaagcactcgattccttttgttccgtagttttgagtcgtttgcgatactctgcccgaca
gi|23 : CTGTCCCACCGCT-A-----G-CCATGT------T-C-T-A--CTC----A-------taaactccgaaccattataccgggggtacaatatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatccgagtacgattgagcttttgtcgtagttttgagtcgttggcgaatctaggcccaac
gi|7 : TGTCCCAGC-CT-A-----G-TCATGT------T-CAT-A--CTCA---A-------CTA--CATactgctcatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnactcgaacagtacatgtactaagtaaggttgtaagcacaagatatgaacttcatagtcgtgcgaatctagcccg
gi|12 : gctTGTCCCAGC-CT-A-------CCATGT------T-CAT-A--CTC----A-------nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcgatacattacatgtactatgtaaggcttgtaagcacacgattgacttttgtcgtagtttgagtcgttgcgaatttaggcccgaca
gi|2 : gctTCCCAGC-CT-A-----G-CCTTGT------T-C-T-A--CTtaaactctgatatacatatacctatattaataattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcaatacttgattgacttttgtcgtagtttgtctttggcgaatttagcccaaca
gi|11 : CCCAGC-CT-A-----G-CCCTGT------T-CAT-tcataacaactttgatttacctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatccgatctacattgttgacttttgtctccgtagttttttgagtctcgtcagtttctgagtcgtttggcgaatcctttaggcccgaatca
gi|15 : CCAGC-CT-A-----G-CCATGT------T-CAT-A--CTC----AACTAACGTTA--CATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATCGA-T-AC-A-----TGTA---CATG---T-ACTTTG-TA--AG-GC-T-T--G-TA--AGCAC---A--C----G-----A--T-TG-A-CT-TTT--GT--CTTAAG-------T-TT--T-GA--GTCA-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--AG-----GC----CCGACAtaggactctcgatacaaaatacaattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatagatacgatgtactatgtagcactagcacatgattactttttggcgtagttttgagtcgtttgcgaatcaggcccga
gi|7 : -------ATCGA-T-AC-ATTACATGTA---C------T-A---TG-TA--AG-GC-T-T--G-TA--AGCAC---A--C----G-----A--T-TG-A-CT-TTT--GT--CGT-AG---------TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-A--TT---T--AG-----GC----CCGACA
gi|4 : gcttgtcccagcctagtcatgttcatactcaactacatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-------ATCGA-T-AC-A-----TGTA---C--------A---TG-TATTAG-GC-C-TATG-TA--AGCAC---A--C----G-----A--T-TG-A-CT-TTT--GT--CGT-GG-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--TG-----GC----CCGACAT
gi|9 : gctgtaccagcctagccctgttcttactcatcaactctgatacccacattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-------ATCGA-T-AC-------TGTA---C--------A---TG-TA------T-TAT--G-TA--AGCAC---A--C----G-----A--T-TG-A-CT-TA---GT--CGT-AG-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--TG-----GC----CCGA
gi|3 : gctgtccagtctagccctgtcatactactaaactctgtacccacattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-------ATCGACT-AC-A-----TGTA---CATTACAT-A---TG-TA--AG-GC-T----G-TA--AGCAC---A--C----A-----AA-T-TG-ATCT-TTA--GT--CAT-AG-------T-TT--T-GA--GTCA-TGT--GC----G-------A-A--TC---TA-AG-----GCCGATCCGACAT
gi|11 : agctgtcccagcctagcccatgttccatgactcactccattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-------ATAGA-T-ACGA-----TGTA---C------T-A---TG-TA--GC-AC-T----------AGCAC---A--T----G-----A--T-TA-C-TT-TTT--GG--CGT-AG-------T-TT--T-GA--GTCGTT-T--GC----G-------A-A--TC------AG-----GC----CCGAca
gi|25 : cccagcctagccctgttcattaggactctcgatacaaaatacaattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTCGA-T-AC-A-----TGTA---C--------A---TA-TA------C-TAT--G--A--AGTAC---A--A----G-----A--T-TG-A-CT-TTT--GT--CTT-AG-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----GAAGTATAA-A--TC---T--AG-----GC----CTGACAT
gi|30 : TCGA-T-AC-A-----TGTA---CATGTATT-A---TG-TA--AG-CA-G-T--ACTA--AGCAC---A--C----G-----A--T-TT-A-CT-TTT--TC--TGT-AG-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-A--c
gi|28 : TCGA-T-AC-A-----TG-A---C------T-A---TG-TA--AG-GC-T-T--G-TA--AGCACGTAA--CGACGG-----A--T-TG-A-CTATTC--GT--CGTAAG-------TCTT--T-GAGTGTCG---T--GC----C-------A-A--TC---T--
gi|26 : TCGA-T-GC-A-----TGTA---CATG---C-A---TG-CA--TGTAC-TAT--G-TA--AGCAC---A--A----G-----A--T-TG-A-CA-TGT--GT--C---------------T--T-GA--GTCA-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--AGCGGCAGC----CCGAC
gi|27 : TCGA-TTAC-A-----TGTA---CATG---C-A---TG-CA--TG-TCAT-T--G-TAG-AGCAC---A--A----G-----A--T-TG-A-CT-T---------GT-AG-------T-CT--T-GA--GTCA-T-T--GC----GA------A-A--TCA--T--AG-----------CCGACAT
gi|32 : TCGA-T-AA-C-----TGTATT-C------C-A---TG-TA------C-TAT--G-TA---GCAC---A--G----A-----A--T-TG-A-CT-TTG--TT--CGT-AG-------T-TT--T-GA--G----------------------------TC---T--AG-----GC----CCGACATc
gi|33 : TCGA-T-AC-A-----TGTA---CATG---C-A---TG-CA--TGTAC-TAT--G-AA--AGCAC---A--A----G-----A--T-TG-A-CT-------------------------------GA--GTCA-T-T--AC----G-------A-A--TC---T--A------GC----CCGACATc
gi|31 : TCGA-T-AC-A-----TGTA------------A---TG-CA----------T--G-CA-----------------------------TG-A-CT-TAT--GT--AGT-AGCACCATAT-TTACT-GA--GTCA-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--A------GC----CCGACAT
gi|29 : CGA-T-AC-A-----TGTA---C------T-A---TG-TA--AG-GC-T-T--G-TA--AGCAC---A--C----G-----A--T-TG-A-CT-TTT--GT--CGT-AG-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--AG-----GC----CCGACAc
gi|8 : GA-T-AC-A-----TGAATGTC------T-A---TG-TA-----GC-T-T--G-TA--AGCAC---T--C----G-----A--T-TC---CT-TTT--GTTCCGT-AG-------T-TT--T-GA--GTCGTT-T--GC----G-------ATAC-TC---T---------GC----CCGACA
gi|6 : ctgtcccgcctcagccatgttatagatcaactacattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcga-T-AC-A-----TGTA---C------TTA---TG-TA--AA-GC-T-T--G-TA--AGCAC---A--C----G-----A--T-T--A-CT-TTT--GT--CGT-AGT------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-AATTC---T--AG-----GC----CCG
gi|23 : ctgtccagcctagccatgttcatactcactacattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcgataacatg-T-AC-A-----TGTA---C------T-A---AG-TA--AG-G--T-T--G-TA--AGCAC---A--A----G-----A--TATG-A-AC-TTC--AT------------------------A--GTCG---T--GC----G-------A-A--TC---T--A------GC----CCGca
gi|1 : ctgtcccaccgctagccatgttctactcaactgctcatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnactcgaacag-AC-A-----TGTA---C------T-A---TGCTAC-AA-AC-T-T--G-TA--AGCAC---A--C----G-----A--T-TG-A-CT-TTT--GT--CGT-AG-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--AG-----GC----CCGACAT
gi|10 : gctgtcccagcctacgccggccatgttcatactccaactacattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattcgatacatgtaC-A-----TGTA---C------T-A---TG-TA--AG-CC-TAT--G-TA--AGCAC---A--C----G-----A--T-TG-A-CT-TTT--GT--CGT--G-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--AA-----GG----CCGAC
gi|24 : ctgtcccagcgctagcatttcatactcaactacatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagatcgattacatgtag-TA--AG-AC---A--C----GGACTGA--T-TT-A-CT-TTTATGT--CGT-AG-------T-TT--TTGA--GTCG-T-T--GCTGTGA-------A-A--TCT--T--AG-----GC----CCG
gi|18 : tacattgtaactatggttagaaacacA--AATAC---A--T----G--------T-TG-A-CT-TTT--GT--CGT-AG-------T-TT----GA--GTTG-T-T--GC----G-------A-A--TG---T--AG-----GC----CTGACATgt
gi|14 : agctgtcccagtcagccctgttcatactcataaactttgataccttataaaattgctacgcagggattcgcatagaaacacatatcgacaaagcgagaaatcgacatttcggttattcatgtaatttattgatcagatctgaaaacaatc--AGTAC---A--T----G--------T-TG-A-CT-TTT--GT--CGT-AA-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--AG-----GC----CTGACATca
gi|17 : gctgtcccagcctagcctgttcatactcaaaaactctgatacacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaattcgAC---A--T----G--------T-TG-A-CT-TTT--GT--CGT-AG-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--A------GC----CCGACATc
gi|35 : gctgtccagcctagcctgttcatactcaataaacttctgatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncataaatcgatAC---A--C----A-----A--T-TG-A-CT-TTT--GT--TGT-AG-------T-TT--T-GA--TTCA-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--AG-----GC----CCGATAT
gi|22 : AC---A--T----G--------T-TG-A-CT-TTT--GT--CGT-AG-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--AG-----G-----CCGACATc
gi|36 : gctgtccaagtctagccctgttcatacataaactttgaatccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcatAC---A--T----G--------T-TG-A-CT-TTT--GT--CGT-AG-------T-TT----GA--GTTG-T-T--GC----G-------A-A--TG---T--AG-----GC----CTGACATca
gi|13 : tAT---A--C----G-----A--T-TGGA-CT-TTT--GT--CGT-AG-------T-TT--T-GA---TCG-T-T--GC----G-------A-A--TT---TAAAG-----GC----CCAACc
gi|5 : agctgtcagcctagccatgttcatactcataaactctgatacacatattttaccacatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcg---A--C----G-----A--T-TG-AGCT-TTT--GT--CGT-AG-------T-TT--T-GA--GTCG-T-TG-GC----G-------A-A--TC---T--AG-----GC----CCAAC
gi|37 : ctggtccagcctagccatgttcatactcataaactccgaaccattataccgggggtacaatatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatccgagt--C----G-----T--T-TG-A-CT-TTA--GT--CGT-AG-------T-TG--T-GA--ATCG-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--AG-----GC----CCAACA
gi|12 : ----G-----A--T-TG-A-CT-TTT--GT--CGT-AG-------T-TT--------GTCT-T-TG-GC----G-------A-A--TT---T--A------GC----CCAACAac
gi|38 : gcttgtcccagcctaccatgttcatactcataaactctgatatacatatacctatattaataattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcaatactt--T-TG-A-CT-TTT--GT--CGT-AG-------T-TT--T-GA--GTTG-T-T--GC----G-------A-A--TG---T--AG-----GC----
gi|2 : catg--T-TG-A-GT-CTC--GT--C---AG-------T-TTC-T-GA--GTCG-T-TTGGC----G-------A-A--TCCTTT--AG-----GC----CCGA
gi|34 : tcccagcctagccttgttctacttcataacaactttgatttacctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatccgatctacattgttgacttttgtctccgtagttttT--CGT-AG-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-A--TT---T--AG-----GC----CCGAatca
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|39 ): NNNNTGTACATGGCATGCATTGTTACTATGTAAGCACAAGATT
Unaligned ( gi|41 ): AATCGATACACATGTACATGCATGCATGTACTATGTAAG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 22222222 1111111111
lowQualScore : 3 1 66666 1 4 1 1 1 1 88 99999999999999 33 2 77777 1 0 22 4444 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1 1 1 44444 555 33333333 222 1 6666666666 22 1 33 1 333 11 3333 4444 1 1 2 1 11 11 2 4444444 1 22 1 11 2 1 33 2222 5555555 1 22 444 22 22222 2222
lowQualScore : . . ..... . . . . . . .. .............. .. . ..... . . .. .... ...................................................................... . . . ..... ... ........ ... . .......... .. . .. . ... .. .... .... . . . . .. .. . ....... . .. . .. . . .. .... ....... . .. ... .. ..... ....
lowQualScore : 6 8 44444 8 2 8 8 8 9 33 11111111111111 77 9 88888 0 9 00 0000 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 7 7 6 00000 000 88888888 888 6 2222222222 22 5 44 4 888 66 6666 7777 1 1 2 1 55 44 1 5555555 1 55 1 44 1 1 66 2222 5555555 1 55 111 66 88888 4444
consensus : GCTGTCCCAGC-CT-A-----G-CCATGTT-CAT-A-C-TC--A-------CT-----A--CA-TT---NNATCCACATATTANNNNTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------ATCGA-T-AC-A-----TGTA---C------T-A---TG-TA--AG-GC-T-T--G-TA--AG-CAC---A--C----G-A--T-TG-A-CT-TTT--GT--CGT-AG-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--AG-----GC----CCGACAT
Reference ( family-1286 ) : GCTGTCCCAGC-CT-A-----G-CCATGTT-CAT-A-C-TC--A-------CT-----A--CA-TT---NNANCCACATNNTANNNNTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------ATCGA-T-AC-A-----TGTA---C------T-A---TG-TA--AG-GC-T-T--G-TA--AG-CAC---A--C----G-A--T-TG-A-CT-TTT--GT--CGT-AG-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--AG-----GC----CCGACAT
gi|1 : GCTGTCCCAGC-CT-ACGCCGG-CCATGTT-CAT-A-C-TCCAA-------CT-----A--CA-TT---
gi|1 : -AC-A-----TGTA---C------T-A---TGCTAC-AA-AC-T-T--G-TA--AG-CAC---A--C----G-A--T-TG-A-CT-TTT--GT--CGT-AG-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--AG-----GC----CCGACATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattcgatacatgtaacatgtactatgctacaaacttgtaagcacacgattgacttttgtcgtagttttgagtcgttgcgaatctaggcccgacat
gi|10 : gctgtcccagcctacgccggccatgttcatactccaactacattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattcgatacatgtaCTGTCCCAGCGCT-A-----G--CAT-TT-CAT-A-C-TCA-A-------CT-----A--CA-T
gi|10 : C-A-----TGTA---C------T-A---TG-TA--AG-CC-TAT--G-TA--AG-CAC---A--C----G-A--T-TG-A-CT-TTT--GT--CGT--G-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--AA-----GG----CCGACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagatcgattacatgtagcatgtactatgtaagcctatgtaagcacacgattgacttttgtcgtgttttgagtcgttgcgaatctaaggccgac
gi|11 : ctgtcccagcgctagcatttcatactcaactacatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagatcgattacatgtag-------ATAGA-T-ACGA-----TGTA---C------T-A---TG-TA--GC-AC-T----------AG-CAC---A--T----G-A--T-TA-C-TT-TTT--GG--CGT-AG-------T-TT--T-GA--GTCGTT-T--GC----G-------A-A--TC------AG-----GC----CCGA
gi|12 : cccagcctagccctgttcattaggactctcgatacaaaatacaattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTGTCCCAGC-CT-A-------CCATGTT-CAT-A-C-TC--A-------
gi|12 : gct----G-A--T-TG-A-CT-TTT--GT--CGT-AG-------T-TT--------GTCT-T-TG-GC----G-------A-A--TT---T--A------GC----CCAACAtaaactctgatatacatatacctatattaataattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcaatacttgattgacttttgtcgtagtttgtctttggcgaatttagcccaaca
gi|13 : gcttgtcccagcctaccatgttcatactcataaactctgatatacatatacctatattaataattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcaatacttGCTGTC--AGC-CT-A-----G-CCATGTT-CAT-A-C-TC--A--------T-----A--AACTC---TGATACACATATT
gi|13 : aAT---A--C----G-A--T-TGGA-CT-TTT--GT--CGT-AG-------T-TT--T-GA---TCG-T-T--GC----G-------A-A--TT---TAAAG-----GC----CCAACttaccacatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcgatacgattggacttttgtcgtagttttgatcgttgcgaatttaaaggcccaac
gi|14 : agctgtcagcctagccatgttcatactcataaactctgatacacatattttaccacatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcgGCTGTCCCAGC-CT-A-----G-CC-TGTT-CAT-A-C-TC--A-------
gi|14 : --AG-TAC---A--T----G----T-TG-A-CT-TTT--GT--CGT-AA-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--AG-----GC----CTGACATaaaactctgatacacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaattcgagtacatgttgacttttgtcgtaattttgagtcgttgcgaatctaggcctgacatc
gi|15 : gctgtcccagcctagcctgttcatactcaaaaactctgatacacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaattcgCCAGC-CT-A-----G-CCATGTT-CAT-A-C-TC--AACTAACGTT-----A--CA-TT---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATCGA-T-AC-A-----TGTA---CATG---T-ACTTTG-TA--AG-GC-T-T--G-TA--AG-CAC---A--C----G-A--T-TG-A-CT-TTT--GT--CTTAAG-------T-TT--T-GA--GTCA-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--AG-----GC----CCGACAc
gi|16 : GCTGTCCCAGC-CT-A-----G-CCATGTT-CAT-A-C-TC--ATAAACT-CTTATACA--CA-TT---ATACCTATATATTATTATTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNN-N-NN-N-----NNNN---N------N-N---NN-NN--NN-NN-N-N--N-NN--NN-NNN---N--N----NNA--T-CG-A-CT-TTT--GT--CGT-AG-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----C-------G-A--TC---T--AG-----GC----CCAAC
gi|17 : GCTGTCC-AGC-CT-A-----G-CC-TGTT-CAT-A-C-TC--A-------AT-----A--
gi|17 : AC---A--T----G----T-TG-A-CT-TTT--GT--CGT-AG-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--A------GC----CCGACATaacttctgatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncataaatcgatacatgttgacttttgtcgtagttttgagtcgttgcgaatctagcccgacat
gi|18 : gctgtccagcctagcctgttcatactcaataaacttctgatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncataaatcgatGCTGTCCCAGT-C--A-----G-CCCTGTT-CAT-A-C-TC--A-------
gi|18 : aA--AA-TAC---A--T----G----T-TG-A-CT-TTT--GT--CGT-AG-------T-TT----GA--GTTG-T-T--GC----G-------A-A--TG---T--AG-----GC----CTGACATtaaactttgataccttataaaattgctacgcagggattcgcatagaaacacatatcgacaaagcgagaaatcgacatttcggttattcatgtaatttattgatcagatctgaaaacaatcaaatacatgttgacttttgtcgtagtttgagttgttgcgaatgtaggcctgacatca
gi|19 : agctgtcccagtcagccctgttcatactcataaactttgataccttataaaattgctacgcagggattcgcatagaaacacatatcgacaaagcgagaaatcgacatttcggttattcatgtaatttattgatcagatctgaaaacaatcGCTGTCCCAGC-CT-A-----G-CCCTGTT-CAT-A-C-TC--A--------T-----AAACA-TT---GATACCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNN-N-NN-N-----NNNN---N------N-N---NN-NN--NN-NN-N-N--N-NATCGA-TAC---A--T----G----T-TG-A-CT-TTT--GT--CAT-AG-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--AG-----GC----CCGACATca
gi|2 : --T-TG-A-GT-CTC--GT--C---AG-------T-TTC-T-GA--GTCG-T-TTGGC----G-------A-A--TCCTTT--AG-----GC----CCGA
gi|20 : tcccagcctagccttgttctacttcataacaactttgatttacctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatccgatctacattgttgacttttgtctccgtagttttGCTGTCCC-GC-CT-A-----G-C--TGTT-C-T-A-C-TC--A--------T-----A--AA-CT---TGATACACATTATAAATATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNN-N-NN-N-----NNNN---N------N-N---NN-NN--NN-NN-N-N--N-NN--NN-NAC---ATAC----G-ACTT-TG-A-CT-TTT--GT--CGT-AA-------T-TT--T-GC--ATCG-T-T--GC----GA------A-A--TT---T--A------GC----CCAACAatca
gi|21 : aGCTGTCCCAGC-CT-A-----G-CCATGTT-CAT-A-C-TC--A-------CT-----A--CA-TT---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------ATCGA-T-AC-A-----TGTA---C------T-A---TG-TA--AG-GC-T-T--G-TA--AG-CAC---A--C----G-A--T-TG-A-CT-TTT--GT--CGT-AG-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--AG-----GC----CCGACATac
gi|22 : GCTGTCCAAGT-CT-A-----G-CCCTGTT-CAT-A-CATA--A--------------A--CT-TT---GAATCC-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNN-N-NN-N-----NNNN---N------N-N---NN-NN--NN-NN-N-N--N-NN--AT-CAT---A--C----ATG--T-TG-A-CT-TTT--GT--CGT-AG-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--AG-----G-----CCGACAT
gi|23 : CTGTCCCACCGCT-A-----G-CCATGTT-C-T-A-C-TC--A-------ca
gi|23 : -T-AC-A-----TGTA---C------T-A---AG-TA--AG-G--T-T--G-TA--AG-CAC---A--A----G-A--TATG-A-AC-TTC--AT------------------------A--GTCG---T--GC----G-------A-A--TC---T--A------GC----CCGactgctcatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnactcgaacagtacatgtactaagtaaggttgtaagcacaagatatgaacttcatagtcgtgcgaatctagcccg
gi|24 : ctgtcccaccgctagccatgttctactcaactgctcatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnactcgaacag-TA--AGACACGG-A--CT---G-A--T-TT-A-CT-TTTATGT--CGT-AG-------T-TT--TTGA--GTCG-T-T--GCTGTGA-------A-A--TCT--T--AG-----GC----CCG
gi|25 : tacattgtaactatggttagaaacacTCGA-T-AC-A-----TGTA---C--------A---TA-TA------C-TAT--G--A--AG-TAC---A--A----G-A--T-TG-A-CT-TTT--GT--CTT-AG-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----GAAGTATAA-A--TC---T--AG-----GC----CTGACATgt
gi|26 : TCGA-T-GC-A-----TGTA---CATG---C-A---TG-CA--TGTAC-TAT--G-TA--AG-CAC---A--A----G-A--T-TG-A-CA-TGT--GT--C---------------T--T-GA--GTCA-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--AGCGGCAGC----CCGACc
gi|27 : TCGA-TTAC-A-----TGTA---CATG---C-A---TG-CA--TG-TCAT-T--G-TAG-AG-CAC---A--A----G-A--T-TG-A-CT-T---------GT-AG-------T-CT--T-GA--GTCA-T-T--GC----GA------A-A--TCA--T--AG-----------CCGACAT
gi|28 : TCGA-T-AC-A-----TG-A---C------T-A---TG-TA--AG-GC-T-T--G-TA--AG-CACGTAA--CGACGG-A--T-TG-A-CTATTC--GT--CGTAAG-------TCTT--T-GAGTGTCG---T--GC----C-------A-A--TC---T--c
gi|29 : CGA-T-AC-A-----TGTA---C------T-A---TG-TA--AG-GC-T-T--G-TA--AG-CAC---A--C----G-A--T-TG-A-CT-TTT--GT--CGT-AG-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--AG-----GC----CCGACA
gi|3 : GCTGTCCCAGC-CT-A-----GCCCATGTTCCATGA-C-TC--A-------CT-----C--CA-TT---
gi|3 : a-------ATCGACT-AC-A-----TGTA---CATTACAT-A---TG-TA--AG-GC-T----G-TA--AG-CAC---A--C----A-AA-T-TG-ATCT-TTA--GT--CAT-AG-------T-TT--T-GA--GTCA-TGT--GC----G-------A-A--TC---TA-AG-----GCCGATCCGACATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcgactacatgtacattacatatgtaaggctgtaagcacacaaattgatctttagtcatagttttgagtcatgtgcgaatctaaggccgatccgacatca
gi|30 : agctgtcccagcctagcccatgttccatgactcactccattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTCGA-T-AC-A-----TGTA---CATGTATT-A---TG-TA--AG-CA-G-T--ACTA--AG-CAC---A--C----G-A--T-TT-A-CT-TTT--TC--TGT-AG-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-A--ca
gi|31 : TCGA-T-AC-A-----TGTA------------A---TG-CA----------T--G-CA--------------------------TG-A-CT-TAT--GT--AGT-AGCACCATAT-TTACT-GA--GTCA-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--A------GC----CCGACAT
gi|32 : TCGA-T-AA-C-----TGTATT-C------C-A---TG-TA------C-TAT--G-TA---G-CAC---A--G----A-A--T-TG-A-CT-TTG--TT--CGT-AG-------T-TT--T-GA--G----------------------------TC---T--AG-----GC----CCGACATc
gi|33 : TCGA-T-AC-A-----TGTA---CATG---C-A---TG-CA--TGTAC-TAT--G-AA--AG-CAC---A--A----G-A--T-TG-A-CT-------------------------------GA--GTCA-T-T--AC----G-------A-A--TC---T--A------GC----CCGACATc
gi|34 : T--CGT-AG-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-A--TT---T--AG-----GC----CCGA
gi|35 : atgcaaactacattaccaaaAC---A--C----A-A--T-TG-A-CT-TTT--GT--TGT-AG-------T-TT--T-GA--TTCA-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--AG-----GC----CCGATAT
gi|36 : AC---A--T----G----T-TG-A-CT-TTT--GT--CGT-AG-------T-TT----GA--GTTG-T-T--GC----G-------A-A--TG---T--AG-----GC----CTGACATc
gi|37 : t--C----G-T--T-TG-A-CT-TTA--GT--CGT-AG-------T-TG--T-GA--ATCG-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--AG-----GC----CCAACAc
gi|38 : --T-TG-A-CT-TTT--GT--CGT-AG-------T-TT--T-GA--GTTG-T-T--GC----G-------A-A--TG---T--AG-----GC----ac
gi|4 : catgGCTGTACCAGC-CT-A-----G-CCCTGTT-CTT-A-C-TC--A-------TC-----A---A-CTCTGATACCCACAT
gi|4 : -------ATCGA-T-AC-A-----TGTA---C--------A---TG-TATTAG-GC-C-TATG-TA--AG-CAC---A--C----G-A--T-TG-A-CT-TTT--GT--CGT-GG-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--TG-----GC----CCGACATtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcgatacatgtacatgtattaggcctatgtaagcacacgattgacttttgtcgtggttttgagtcgttgcgaatcttggcccgacat
gi|40 : gctgtaccagcctagccctgttcttactcatcaactctgatacccacattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGCTGTCCCAGC-CT-AC----G-TC-TGTT--AT-A-C-TC--A-------
gi|42 : aGCTGTCCCAGC-CT-A-----G-CCCTGTT-TAT-A-taactctgat
gi|5 : taCTGGTCCAGC-CT-A-----G-CCATGTT-CAT-A-C-TC--A-------aactctga
gi|5 : ---A--C----G-A--T-TG-AGCT-TTT--GT--CGT-AG-------T-TT--T-GA--GTCG-T-TG-GC----G-------A-A--TC---T--AG-----GC----CCAACtaaactccgaaccattataccgggggtacaatatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatccgagtacgattgagcttttgtcgtagttttgagtcgttggcgaatctaggcccaac
gi|6 : ctggtccagcctagccatgttcatactcataaactccgaaccattataccgggggtacaatatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatccgagtCTGTCC-AGC-CT-A-----G-CCATGTT-CAT-A-C-TC--A-------CT-----A--CA-TT---
gi|6 : -T-AC-A-----TGTA---C------TTA---TG-TA--AA-GC-T-T--G-TA--AG-CAC---A--C----G-A--T-T--A-CT-TTT--GT--CGT-AGT------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-AATTC---T--AG-----GC----CCGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcgataacatgtacatgtacttatgtaaagcttgtaagcacacgattacttttgtcgtagtttttgagtcgttgcgaaattctaggcccgca
gi|7 : ctgtccagcctagccatgttcatactcactacattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcgataacatgTGTCCCAGC-CT-A-----G-TCATGTT-CAT-A-C-TCA-A-------CT-----A--CA-Tca
gi|7 : gct-------ATCGA-T-AC-ATTACATGTA---C------T-A---TG-TA--AG-GC-T-T--G-TA--AG-CAC---A--C----G-A--T-TG-A-CT-TTT--GT--CGT-AG---------TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-A--TT---T--AG-----GC----CCGACAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcgatacattacatgtactatgtaaggcttgtaagcacacgattgacttttgtcgtagtttgagtcgttgcgaatttaggcccgaca
gi|8 : gcttgtcccagcctagtcatgttcatactcaactacatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCTGTCCC-GC-CTCA-----G-CCATGTT--AT-AGA-TCA-A-------CT-----A--CA-TT---
gi|8 : GA-T-AC-A-----TGAATGTC------T-A---TG-TA-----GC-T-T--G-TA--AG-CAC---T--C----G-A--T-TC---CT-TTT--GTTCCGT-AG-------T-TT--T-GA--GTCGTT-T--GC----G-------ATAC-TC---T---------GC----CCGACAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgagatacatgaatgtctatgtagcttgtaagcactcgattccttttgttccgtagttttgagtcgtttgcgatactctgcccgaca
gi|9 : ctgtcccgcctcagccatgttatagatcaactacattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcga-------ATCGA-T-AC-------TGTA---C--------A---TG-TA------T-TAT--G-TA--AG-CAC---A--C----G-A--T-TG-A-CT-TA---GT--CGT-AG-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--TG-----GC----CCGA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|39 ): NNNNTGTACATGGCATGCATTGTTACTATGTAAGCACAAGATT
Unaligned ( gi|41 ): AATCGATACACATGTACATGCATGCATGTACTATGTAAG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 22222222 1111111111
lowQualScore : 3 1 66666 1 4 1 1 1 3 88 99999999999999 99 22 888 4444 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 1 1 44444 555 44444444 222 1 6666666666 22 1 33 1 333 4444444 4444 1 1 2 1 11 11 2 4444444 1 22 1 11 2 1 33 2222 5555555 1 22 444 22 22222 2222
lowQualScore : . . ..... . . . . . . .. .............. .. .. ... .... ...................................................................... . . . ..... ... ........ ... . .......... .. . .. . ... ....... .... . . . . .. .. . ....... . .. . .. . . .. .... ....... . .. ... .. ..... ....
lowQualScore : 5 7 11111 7 8 7 7 7 6 00 55555555555555 00 00 777 0000 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 8 7 7 22222 222 88888888 999 7 7777777777 33 6 55 5 888 0000000 5555 1 1 2 1 55 44 1 5555555 1 55 1 44 1 1 66 2222 5555555 1 55 111 66 88888 4444
consensus : GCTGTCCCAGC-CT-A-----G-CCATGTT-CAT-A-C-TC--A-------CT-----ACA--TTTGAT--NCACATATTANNNNTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------ATCGA-T-AC-A-----TGTA---C------T-A---TG-TA--AG-GC-T-T--G-TA--AG-CAC---A--C----G-A--T-TG-A-CT-TTT--GT--CGT-AG-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--AG-----GC----CCGACAT
Reference ( family-1286 ) : GCTGTCCCAGC-CT-A-----G-CCATGTT-CAT-A-C-TC--A-------CT-----ACA--TTNNAT--CCACATATTANNNNTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------ATCGA-T-AC-A-----TGTA---C------T-A---TG-TA--AG-GC-T-T--G-TA--AG-CAC---A--C----G-A--T-TG-A-CT-TTT--GT--CGT-AG-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--AG-----GC----CCGACAT
gi|1 : GCTGTCCCAGC-CT-ACGCCGG-CCATGTT-CAT-A-C-TCCAA-------CT-----ACA--TT
gi|1 : -AC-A-----TGTA---C------T-A---TGCTAC-AA-AC-T-T--G-TA--AG-CAC---A--C----G-A--T-TG-A-CT-TTT--GT--CGT-AG-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--AG-----GC----CCGACATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattcgatacatgtaacatgtactatgctacaaacttgtaagcacacgattgacttttgtcgtagttttgagtcgttgcgaatctaggcccgacat
gi|10 : gctgtcccagcctacgccggccatgttcatactccaactacattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattcgatacatgtaCTGTCCCAGCGCT-A-----G--CAT-TT-CAT-A-C-TCA-A-------CT-----ACA--T
gi|10 : C-A-----TGTA---C------T-A---TG-TA--AG-CC-TAT--G-TA--AG-CAC---A--C----G-A--T-TG-A-CT-TTT--GT--CGT--G-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--AA-----GG----CCGACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagatcgattacatgtagcatgtactatgtaagcctatgtaagcacacgattgacttttgtcgtgttttgagtcgttgcgaatctaaggccgac
gi|11 : ctgtcccagcgctagcatttcatactcaactacatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagatcgattacatgtag-------ATAGA-T-ACGA-----TGTA---C------T-A---TG-TA--GC-AC-T----------AG-CAC---A--T----G-A--T-TA-C-TT-TTT--GG--CGT-AG-------T-TT--T-GA--GTCGTT-T--GC----G-------A-A--TC------AG-----GC----CCGA
gi|12 : cccagcctagccctgttcattaggactctcgatacaaaatacaattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTGTCCCAGC-CT-A-------CCATGTT-CAT-A-C-TC--A--------T-----AAAC-TCTGAT--ATACATAT
gi|12 : gct----G-A--T-TG-A-CT-TTT--GT--CGT-AG-------T-TT--------GTCT-T-TG-GC----G-------A-A--TT---T--A------GC----CCAACAacctatattaataattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcaatacttgattgacttttgtcgtagtttgtctttggcgaatttagcccaaca
gi|13 : gcttgtcccagcctaccatgttcatactcataaactctgatatacatatacctatattaataattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcaatacttGCTGTC--AGC-CT-A-----G-CCATGTT-CAT-A-C-TC--A--------T-----AAAC-TCTGAT--ACACATATT
gi|13 : aAT---A--C----G-A--T-TGGA-CT-TTT--GT--CGT-AG-------T-TT--T-GA---TCG-T-T--GC----G-------A-A--TT---TAAAG-----GC----CCAACttaccacatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcgatacgattggacttttgtcgtagttttgatcgttgcgaatttaaaggcccaac
gi|14 : agctgtcagcctagccatgttcatactcataaactctgatacacatattttaccacatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcgGCTGTCCCAGC-CT-A-----G-CC-TGTT-CAT-A-C-TC--A-------
gi|14 : --AG-TAC---A--T----G----T-TG-A-CT-TTT--GT--CGT-AA-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--AG-----GC----CTGACATaaaactctgatacacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaattcgagtacatgttgacttttgtcgtaattttgagtcgttgcgaatctaggcctgacatc
gi|15 : gctgtcccagcctagcctgttcatactcaaaaactctgatacacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaattcgCCAGC-CT-A-----G-CCATGTT-CAT-A-C-TC--AACTAACGTT-----ACA--TTNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATCGA-T-AC-A-----TGTA---CATG---T-ACTTTG-TA--AG-GC-T-T--G-TA--AG-CAC---A--C----G-A--T-TG-A-CT-TTT--GT--CTTAAG-------T-TT--T-GA--GTCA-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--AG-----GC----CCGACAc
gi|16 : GCTGTCCCAGC-CT-A-----G-CCATGTT-CAT-A-C-TC--ATAAACT-CTTATACACA--TTATAC--CTATATATTATTATTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNN-N-NN-N-----NNNN---N------N-N---NN-NN--NN-NN-N-N--N-NN--NN-NNN---N--N----NNA--T-CG-A-CT-TTT--GT--CGT-AG-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----C-------G-A--TC---T--AG-----GC----CCAAC
gi|17 : GCTGTCC-AGC-CT-A-----G-CC-TGTT-CAT-A-C-TC--A-------AT-----A
gi|17 : AC---A--T----G----T-TG-A-CT-TTT--GT--CGT-AG-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--A------GC----CCGACATaacttctgatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncataaatcgatacatgttgacttttgtcgtagttttgagtcgttgcgaatctagcccgacat
gi|18 : gctgtccagcctagcctgttcatactcaataaacttctgatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncataaatcgatGCTGTCCCAGT-C--A-----G-CCCTGTT-CAT-A-C-TC--A-------
gi|18 : aA--AA-TAC---A--T----G----T-TG-A-CT-TTT--GT--CGT-AG-------T-TT----GA--GTTG-T-T--GC----G-------A-A--TG---T--AG-----GC----CTGACATtaaactttgataccttataaaattgctacgcagggattcgcatagaaacacatatcgacaaagcgagaaatcgacatttcggttattcatgtaatttattgatcagatctgaaaacaatcaaatacatgttgacttttgtcgtagtttgagttgttgcgaatgtaggcctgacatca
gi|19 : agctgtcccagtcagccctgttcatactcataaactttgataccttataaaattgctacgcagggattcgcatagaaacacatatcgacaaagcgagaaatcgacatttcggttattcatgtaatttattgatcagatctgaaaacaatcGCTGTCCCAGC-CT-A-----G-CCCTGTT-CAT-A-C-TC--A-------ca
gi|19 : AC---A--T----G----T-TG-A-CT-TTT--GT--CAT-AG-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--AG-----GC----CCGACATtaaacattgataccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcgatacatgttgacttttgtcatagttttgagtcgttgcgaatctaggcccgacat
gi|2 : gctgtcccagcctagccctgttcatactcataaacattgataccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcgatTCCCAGC-CT-A-----G-CCTTGTT-C-T-A-CTTC--A-------TA-----ACAACTTTGAT--TTAC
gi|2 : --T-TG-A-GT-CTC--GT--C---AG-------T-TTC-T-GA--GTCG-T-TTGGC----G-------A-A--TCCTTT--AG-----GC----CCGActnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatccgatctacattgttgacttttgtctccgtagttttttgagtctcgtcagtttctgagtcgtttggcgaatcctttaggcccgaatca
gi|20 : tcccagcctagccttgttctacttcataacaactttgatttacctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatccgatctacattgttgacttttgtctccgtagttttGCTGTCCC-GC-CT-A-----G-C--TGTT-C-T-A-C-TC--A--------T-----AAA--CTTGAT--ACACATTATAAATATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNN-N-NN-N-----NNNN---N------N-N---NN-NN--NN-NN-N-N--N-NN--NN-NAC---ATAC----G-ACTT-TG-A-CT-TTT--GT--CGT-AA-------T-TT--T-GC--ATCG-T-T--GC----GA------A-A--TT---T--A------GC----CCAACAatca
gi|21 : aGCTGTCCCAGC-CT-A-----G-CCATGTT-CAT-A-C-TC--A-------CT-----ACA--TTNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------ATCGA-T-AC-A-----TGTA---C------T-A---TG-TA--AG-GC-T-T--G-TA--AG-CAC---A--C----G-A--T-TG-A-CT-TTT--GT--CGT-AG-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--AG-----GC----CCGACATac
gi|22 : GCTGTCCAAGT-CT-A-----G-CCCTGTT-CAT-A-CATA--A--------------ACT--TTGAAT--CCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNN-N-NN-N-----NNNN---N------N-N---NN-NN--NN-NN-N-N--N-NATCA--TAC---A--T----G----T-TG-A-CT-TTT--GT--CGT-AG-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--AG-----G-----CCGACAT
gi|23 : CTGTCCCACCGCT-A-----G-CCATGTT-C-T-A-C-TC--A-------ca
gi|23 : -T-AC-A-----TGTA---C------T-A---AG-TA--AG-G--T-T--G-TA--AG-CAC---A--A----G-A--TATG-A-AC-TTC--AT------------------------A--GTCG---T--GC----G-------A-A--TC---T--A------GC----CCGactgctcatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnactcgaacagtacatgtactaagtaaggttgtaagcacaagatatgaacttcatagtcgtgcgaatctagcccg
gi|24 : ctgtcccaccgctagccatgttctactcaactgctcatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnactcgaacag-TA--AGACACGG-A--CT---G-A--T-TT-A-CT-TTTATGT--CGT-AG-------T-TT--TTGA--GTCG-T-T--GCTGTGA-------A-A--TCT--T--AG-----GC----CCG
gi|25 : tacattgtaactatggttagaaacacTCGA-T-AC-A-----TGTA---C--------A---TA-TA------C-TAT--G--A--AG-TAC---A--A----G-A--T-TG-A-CT-TTT--GT--CTT-AG-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----GAAGTATAA-A--TC---T--AG-----GC----CTGACATgt
gi|26 : TCGA-T-GC-A-----TGTA---CATG---C-A---TG-CA--TGTAC-TAT--G-TA--AG-CAC---A--A----G-A--T-TG-A-CA-TGT--GT--C---------------T--T-GA--GTCA-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--AGCGGCAGC----CCGACc
gi|27 : TCGA-TTAC-A-----TGTA---CATG---C-A---TG-CA--TG-TCAT-T--G-TAG-AG-CAC---A--A----G-A--T-TG-A-CT-T---------GT-AG-------T-CT--T-GA--GTCA-T-T--GC----GA------A-A--TCA--T--AG-----------CCGACAT
gi|28 : TCGA-T-AC-A-----TG-A---C------T-A---TG-TA--AG-GC-T-T--G-TA--AG-CACGTAA--CGACGG-A--T-TG-A-CTATTC--GT--CGTAAG-------TCTT--T-GAGTGTCG---T--GC----C-------A-A--TC---T--c
gi|29 : CGA-T-AC-A-----TGTA---C------T-A---TG-TA--AG-GC-T-T--G-TA--AG-CAC---A--C----G-A--T-TG-A-CT-TTT--GT--CGT-AG-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--AG-----GC----CCGACA
gi|3 : GCTGTCCCAGC-CT-A-----GCCCATGTTCCATGA-C-TC--A-------CT-----CCA--TT
gi|3 : a-------ATCGACT-AC-A-----TGTA---CATTACAT-A---TG-TA--AG-GC-T----G-TA--AG-CAC---A--C----A-AA-T-TG-ATCT-TTA--GT--CAT-AG-------T-TT--T-GA--GTCA-TGT--GC----G-------A-A--TC---TA-AG-----GCCGATCCGACATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcgactacatgtacattacatatgtaaggctgtaagcacacaaattgatctttagtcatagttttgagtcatgtgcgaatctaaggccgatccgacatca
gi|30 : agctgtcccagcctagcccatgttccatgactcactccattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTCGA-T-AC-A-----TGTA---CATGTATT-A---TG-TA--AG-CA-G-T--ACTA--AG-CAC---A--C----G-A--T-TT-A-CT-TTT--TC--TGT-AG-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-A--ca
gi|31 : TCGA-T-AC-A-----TGTA------------A---TG-CA----------T--G-CA--------------------------TG-A-CT-TAT--GT--AGT-AGCACCATAT-TTACT-GA--GTCA-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--A------GC----CCGACAT
gi|32 : TCGA-T-AA-C-----TGTATT-C------C-A---TG-TA------C-TAT--G-TA---G-CAC---A--G----A-A--T-TG-A-CT-TTG--TT--CGT-AG-------T-TT--T-GA--G----------------------------TC---T--AG-----GC----CCGACATc
gi|33 : TCGA-T-AC-A-----TGTA---CATG---C-A---TG-CA--TGTAC-TAT--G-AA--AG-CAC---A--A----G-A--T-TG-A-CT-------------------------------GA--GTCA-T-T--AC----G-------A-A--TC---T--A------GC----CCGACATc
gi|34 : T--CGT-AG-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-A--TT---T--AG-----GC----CCGA
gi|35 : atgcaaactacattaccaaaAC---A--C----A-A--T-TG-A-CT-TTT--GT--TGT-AG-------T-TT--T-GA--TTCA-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--AG-----GC----CCGATAT
gi|36 : AC---A--T----G----T-TG-A-CT-TTT--GT--CGT-AG-------T-TT----GA--GTTG-T-T--GC----G-------A-A--TG---T--AG-----GC----CTGACATc
gi|37 : t--C----G-T--T-TG-A-CT-TTA--GT--CGT-AG-------T-TG--T-GA--ATCG-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--AG-----GC----CCAACAc
gi|38 : --T-TG-A-CT-TTT--GT--CGT-AG-------T-TT--T-GA--GTTG-T-T--GC----G-------A-A--TG---T--AG-----GC----ac
gi|4 : catgGCTGTACCAGC-CT-A-----G-CCCTGTT-CTT-A-C-TC--A-------TC-----AAC--TCTGATACCCACAT
gi|4 : -------ATCGA-T-AC-A-----TGTA---C--------A---TG-TATTAG-GC-C-TATG-TA--AG-CAC---A--C----G-A--T-TG-A-CT-TTT--GT--CGT-GG-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--TG-----GC----CCGACATtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcgatacatgtacatgtattaggcctatgtaagcacacgattgacttttgtcgtggttttgagtcgttgcgaatcttggcccgacat
gi|40 : gctgtaccagcctagccctgttcttactcatcaactctgatacccacattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGCTGTCCCAGC-CT-AC----G-TC-TGTT--AT-A-C-TC--A-------
gi|42 : aGCTGTCCCAGC-CT-A-----G-CCCTGTT-TAT-A-taactctgat
gi|5 : taCTGGTCCAGC-CT-A-----G-CCATGTT-CAT-A-C-TC--A-------aactctga
gi|5 : ---A--C----G-A--T-TG-AGCT-TTT--GT--CGT-AG-------T-TT--T-GA--GTCG-T-TG-GC----G-------A-A--TC---T--AG-----GC----CCAACtaaactccgaaccattataccgggggtacaatatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatccgagtacgattgagcttttgtcgtagttttgagtcgttggcgaatctaggcccaac
gi|6 : ctggtccagcctagccatgttcatactcataaactccgaaccattataccgggggtacaatatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatccgagtCTGTCC-AGC-CT-A-----G-CCATGTT-CAT-A-C-TC--A-------CT-----ACA--TT
gi|6 : -T-AC-A-----TGTA---C------TTA---TG-TA--AA-GC-T-T--G-TA--AG-CAC---A--C----G-A--T-T--A-CT-TTT--GT--CGT-AGT------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-AATTC---T--AG-----GC----CCGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcgataacatgtacatgtacttatgtaaagcttgtaagcacacgattacttttgtcgtagtttttgagtcgttgcgaaattctaggcccgca
gi|7 : ctgtccagcctagccatgttcatactcactacattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcgataacatgTGTCCCAGC-CT-A-----G-TCATGTT-CAT-A-C-TCA-A-------CT-----ACA--Tca
gi|7 : gct-------ATCGA-T-AC-ATTACATGTA---C------T-A---TG-TA--AG-GC-T-T--G-TA--AG-CAC---A--C----G-A--T-TG-A-CT-TTT--GT--CGT-AG---------TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-A--TT---T--AG-----GC----CCGACAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcgatacattacatgtactatgtaaggcttgtaagcacacgattgacttttgtcgtagtttgagtcgttgcgaatttaggcccgaca
gi|8 : gcttgtcccagcctagtcatgttcatactcaactacatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCTGTCCC-GC-CTCA-----G-CCATGTT--AT-AGA-TCA-A-------CT-----ACA--TT
gi|8 : GA-T-AC-A-----TGAATGTC------T-A---TG-TA-----GC-T-T--G-TA--AG-CAC---T--C----G-A--T-TC---CT-TTT--GTTCCGT-AG-------T-TT--T-GA--GTCGTT-T--GC----G-------ATAC-TC---T---------GC----CCGACAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgagatacatgaatgtctatgtagcttgtaagcactcgattccttttgttccgtagttttgagtcgtttgcgatactctgcccgaca
gi|9 : ctgtcccgcctcagccatgttatagatcaactacattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcga-------ATCGA-T-AC-------TGTA---C--------A---TG-TA------T-TAT--G-TA--AG-CAC---A--C----G-A--T-TG-A-CT-TA---GT--CGT-AG-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--TG-----GC----CCGA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|39 ): NNNNTGTACATGGCATGCATTGTTACTATGTAAGCACAAGATT
Unaligned ( gi|41 ): AATCGATACACATGTACATGCATGCATGTACTATGTAAG
Alignments
lowQualScore : 22222222222222 11 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 22222222 1111111111
lowQualScore : 3 1 66666 1 4 1 1 1 1 88 55555555555555 00 1 44 4444 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 1 1 44444 555 44444444 222 1 6666666666 22 1 1 1 333 11 3333 4444 1 1 2 1 11 11 2 4444444 1 22 1 11 2 1 33 2222 5555555 1 22 444 22 22222 2222
lowQualScore : . . ..... . . . . . . .. .............. .. . .. .... ...................................................................... . . . ..... ... ........ ... . .......... .. . . . ... .. .... .... . . . . .. .. . ....... . .. . .. . . .. .... ....... . .. ... .. ..... ....
lowQualScore : 5 7 11111 7 8 7 7 7 8 00 22222222222222 88 0 66 0000 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 8 7 7 22222 222 88888888 999 7 7777777777 33 6 5 5 888 66 6666 7777 1 1 2 1 55 44 1 5555555 1 55 1 44 1 1 66 2222 5555555 1 55 111 66 88888 4444
consensus : GCTGTCCCAGC-CT-A-----G-CCATGTT-CAT-A-C-TC--A-------CT-----ACA--TTTGATAC--ACATATTANNNNTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------ATCGA-T-AC-A-----TGTA---C------T-A---TG-TA--AG-GC-T-T--G-TA-AG-CAC---A--C----G-A--T-TG-A-CT-TTT--GT--CGT-AG-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--AG-----GC----CCGACAT
Reference ( family-1286 ) : GCTGTCCCAGC-CT-A-----G-CCATGTT-CAT-A-C-TC--A-------CT-----ACA--TTTGATNC--ACATATTANNNNTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------ATCGA-T-AC-A-----TGTA---C------T-A---TG-TA--AG-GC-T-T--G-TA-AG-CAC---A--C----G-A--T-TG-A-CT-TTT--GT--CGT-AG-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--AG-----GC----CCGACAT
gi|1 : GCTGTCCCAGC-CT-ACGCCGG-CCATGTT-CAT-A-C-TCCAA-------CT-----ACA--TT
gi|1 : -AC-A-----TGTA---C------T-A---TGCTAC-AA-AC-T-T--G-TA-AG-CAC---A--C----G-A--T-TG-A-CT-TTT--GT--CGT-AG-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--AG-----GC----CCGACATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattcgatacatgtaacatgtactatgctacaaacttgtaagcacacgattgacttttgtcgtagttttgagtcgttgcgaatctaggcccgacat
gi|10 : gctgtcccagcctacgccggccatgttcatactccaactacattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattcgatacatgtaCTGTCCCAGCGCT-A-----G--CAT-TT-CAT-A-C-TCA-A-------CT-----ACA--T
gi|10 : C-A-----TGTA---C------T-A---TG-TA--AG-CC-TAT--G-TA-AG-CAC---A--C----G-A--T-TG-A-CT-TTT--GT--CGT--G-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--AA-----GG----CCGACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagatcgattacatgtagcatgtactatgtaagcctatgtaagcacacgattgacttttgtcgtgttttgagtcgttgcgaatctaaggccgac
gi|11 : ctgtcccagcgctagcatttcatactcaactacatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagatcgattacatgtag-------ATAGA-T-ACGA-----TGTA---C------T-A---TG-TA--GC-AC-T---------AG-CAC---A--T----G-A--T-TA-C-TT-TTT--GG--CGT-AG-------T-TT--T-GA--GTCGTT-T--GC----G-------A-A--TC------AG-----GC----CCGA
gi|12 : cccagcctagccctgttcattaggactctcgatacaaaatacaattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTGTCCCAGC-CT-A-------CCATGTT-CAT-A-C-TC--A--------T-----AAAC-TCTGATAT--ACATAT
gi|12 : gct----G-A--T-TG-A-CT-TTT--GT--CGT-AG-------T-TT--------GTCT-T-TG-GC----G-------A-A--TT---T--A------GC----CCAACAacctatattaataattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcaatacttgattgacttttgtcgtagtttgtctttggcgaatttagcccaaca
gi|13 : gcttgtcccagcctaccatgttcatactcataaactctgatatacatatacctatattaataattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcaatacttGCTGTC--AGC-CT-A-----G-CCATGTT-CAT-A-C-TC--A--------T-----AAAC-TCTGATAC--ACATATT
gi|13 : aAT---A--C----G-A--T-TGGA-CT-TTT--GT--CGT-AG-------T-TT--T-GA---TCG-T-T--GC----G-------A-A--TT---TAAAG-----GC----CCAACttaccacatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcgatacgattggacttttgtcgtagttttgatcgttgcgaatttaaaggcccaac
gi|14 : agctgtcagcctagccatgttcatactcataaactctgatacacatattttaccacatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcgGCTGTCCCAGC-CT-A-----G-CC-TGTT-CAT-A-C-TC--A-------AA-----AAC--TCTGATAC--AC
gi|14 : -AG-TAC---A--T----G----T-TG-A-CT-TTT--GT--CGT-AA-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--AG-----GC----CTGACATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaattcgagtacatgttgacttttgtcgtaattttgagtcgttgcgaatctaggcctgacatc
gi|15 : gctgtcccagcctagcctgttcatactcaaaaactctgatacacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaattcgCCAGC-CT-A-----G-CCATGTT-CAT-A-C-TC--AACTAACGTT-----ACA--TTNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATCGA-T-AC-A-----TGTA---CATG---T-ACTTTG-TA--AG-GC-T-T--G-TA-AG-CAC---A--C----G-A--T-TG-A-CT-TTT--GT--CTTAAG-------T-TT--T-GA--GTCA-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--AG-----GC----CCGACAc
gi|16 : GCTGTCCCAGC-CT-A-----G-CCATGTT-CAT-A-C-TC--ATAAACT-CTTATACACA--TT--ATACCTATATATTATTATTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNN-N-NN-N-----NNNN---N------N-N---NN-NN--NN-NN-N-N--N-NN-NN-NNN---N--N----NNA--T-CG-A-CT-TTT--GT--CGT-AG-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----C-------G-A--TC---T--AG-----GC----CCAAC
gi|17 : GCTGTCC-AGC-CT-A-----G-CC-TGTT-CAT-A-C-TC--A-------AT-----AAA--CTT
gi|17 : AC---A--T----G----T-TG-A-CT-TTT--GT--CGT-AG-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--A------GC----CCGACATctgatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncataaatcgatacatgttgacttttgtcgtagttttgagtcgttgcgaatctagcccgacat
gi|18 : gctgtccagcctagcctgttcatactcaataaacttctgatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncataaatcgatGCTGTCCCAGT-C--A-----G-CCCTGTT-CAT-A-C-TC--A--------T-----AAAC-TTTGATAC--
gi|18 : aA-AA-TAC---A--T----G----T-TG-A-CT-TTT--GT--CGT-AG-------T-TT----GA--GTTG-T-T--GC----G-------A-A--TG---T--AG-----GC----CTGACATcttataaaattgctacgcagggattcgcatagaaacacatatcgacaaagcgagaaatcgacatttcggttattcatgtaatttattgatcagatctgaaaacaatcaaatacatgttgacttttgtcgtagtttgagttgttgcgaatgtaggcctgacatca
gi|19 : agctgtcccagtcagccctgttcatactcataaactttgataccttataaaattgctacgcagggattcgcatagaaacacatatcgacaaagcgagaaatcgacatttcggttattcatgtaatttattgatcagatctgaaaacaatcGCTGTCCCAGC-CT-A-----G-CCCTGTT-CAT-A-C-TC--A--------TAA---ACA---TTGATAC--ca
gi|19 : AC---A--T----G----T-TG-A-CT-TTT--GT--CAT-AG-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--AG-----GC----CCGACATcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcgatacatgttgacttttgtcatagttttgagtcgttgcgaatctaggcccgacat
gi|2 : gctgtcccagcctagccctgttcatactcataaacattgataccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcgatTCCCAGC-CT-A-----G-CCTTGTT-C-T-A-CTTC--A-------TA-----ACAACTTTGATTT--AC
gi|2 : --T-TG-A-GT-CTC--GT--C---AG-------T-TTC-T-GA--GTCG-T-TTGGC----G-------A-A--TCCTTT--AG-----GC----CCGActnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatccgatctacattgttgacttttgtctccgtagttttttgagtctcgtcagtttctgagtcgtttggcgaatcctttaggcccgaatca
gi|20 : tcccagcctagccttgttctacttcataacaactttgatttacctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatccgatctacattgttgacttttgtctccgtagttttGCTGTCCC-GC-CT-A-----G-C--TGTT-C-T-A-C-TC--A--------T-----AAA--CTTGATAC--ACATTATAAATATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNN-N-NN-N-----NNNN---N------N-N---NN-NN--NN-NN-N-N--N-NN-NN-NAC---ATAC----G-ACTT-TG-A-CT-TTT--GT--CGT-AA-------T-TT--T-GC--ATCG-T-T--GC----GA------A-A--TT---T--A------GC----CCAACAatca
gi|21 : aGCTGTCCCAGC-CT-A-----G-CCATGTT-CAT-A-C-TC--A-------CT-----ACA--TTNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------ATCGA-T-AC-A-----TGTA---C------T-A---TG-TA--AG-GC-T-T--G-TA-AG-CAC---A--C----G-A--T-TG-A-CT-TTT--GT--CGT-AG-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--AG-----GC----CCGACATac
gi|22 : GCTGTCCAAGT-CT-A-----G-CCCTGTT-CAT-A----C--A--------T-----AAAC-TTTGAATC--CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNN-N-NN-N-----NNNN---N------N-N---NN-NN--NN-NN-N-N--N-NN-AT-CAT---A--C----ATG--T-TG-A-CT-TTT--GT--CGT-AG-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--AG-----G-----CCGACAT
gi|23 : CTGTCCCACCGCT-A-----G-CCATGTT-C-T-A-C-TC--A-------ca
gi|23 : -T-AC-A-----TGTA---C------T-A---AG-TA--AG-G--T-T--G-TA-AG-CAC---A--A----G-A--TATG-A-AC-TTC--AT------------------------A--GTCG---T--GC----G-------A-A--TC---T--A------GC----CCGactgctcatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnactcgaacagtacatgtactaagtaaggttgtaagcacaagatatgaacttcatagtcgtgcgaatctagcccg
gi|24 : ctgtcccaccgctagccatgttctactcaactgctcatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnactcgaacag-TA-AGACACGG-A--CT---G-A--T-TT-A-CT-TTTATGT--CGT-AG-------T-TT--TTGA--GTCG-T-T--GCTGTGA-------A-A--TCT--T--AG-----GC----CCG
gi|25 : tacattgtaactatggttagaaacacTCGA-T-AC-A-----TGTA---C--------A---TA-TA------C-TAT--G--A-AG-TAC---A--A----G-A--T-TG-A-CT-TTT--GT--CTT-AG-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----GAAGTATAA-A--TC---T--AG-----GC----CTGACATgt
gi|26 : TCGA-T-GC-A-----TGTA---CATG---C-A---TG-CA--TGTAC-TAT--G-TA-AG-CAC---A--A----G-A--T-TG-A-CA-TGT--GT--C---------------T--T-GA--GTCA-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--AGCGGCAGC----CCGACc
gi|27 : TCGA-TTAC-A-----TGTA---CATG---C-A---TG-CA--TG-TCAT-T--G-TAGAG-CAC---A--A----G-A--T-TG-A-CT-T---------GT-AG-------T-CT--T-GA--GTCA-T-T--GC----GA------A-A--TCA--T--AG-----------CCGACAT
gi|28 : TCGA-T-AC-A-----TG-A---C------T-A---TG-TA--AG-GC-T-T--G-TA-AG-CACGTAA--CGACGG-A--T-TG-A-CTATTC--GT--CGTAAG-------TCTT--T-GAGTGTCG---T--GC----C-------A-A--TC---T--c
gi|29 : CGA-T-AC-A-----TGTA---C------T-A---TG-TA--AG-GC-T-T--G-TA-AG-CAC---A--C----G-A--T-TG-A-CT-TTT--GT--CGT-AG-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--AG-----GC----CCGACA
gi|3 : GCTGTCCCAGC-CT-A-----GCCCATGTTCCATGA-C-TC--A-------CT-----CCA--TT
gi|3 : a-------ATCGACT-AC-A-----TGTA---CATTACAT-A---TG-TA--AG-GC-T----G-TA-AG-CAC---A--C----A-AA-T-TG-ATCT-TTA--GT--CAT-AG-------T-TT--T-GA--GTCA-TGT--GC----G-------A-A--TC---TA-AG-----GCCGATCCGACATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcgactacatgtacattacatatgtaaggctgtaagcacacaaattgatctttagtcatagttttgagtcatgtgcgaatctaaggccgatccgacatca
gi|30 : agctgtcccagcctagcccatgttccatgactcactccattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTCGA-T-AC-A-----TGTA---CATGTATT-A---TG-TA--AG-CA-G-T--ACTA-AG-CAC---A--C----G-A--T-TT-A-CT-TTT--TC--TGT-AG-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-A--ca
gi|31 : TCGA-T-AC-A-----TGTA------------A---TG-CA----------T--G-CA-------------------------TG-A-CT-TAT--GT--AGT-AGCACCATAT-TTACT-GA--GTCA-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--A------GC----CCGACAT
gi|32 : TCGA-T-AA-C-----TGTATT-C------C-A---TG-TA------C-TAT--G-TA--G-CAC---A--G----A-A--T-TG-A-CT-TTG--TT--CGT-AG-------T-TT--T-GA--G----------------------------TC---T--AG-----GC----CCGACATc
gi|33 : TCGA-T-AC-A-----TGTA---CATG---C-A---TG-CA--TGTAC-TAT--G-AA-AG-CAC---A--A----G-A--T-TG-A-CT-------------------------------GA--GTCA-T-T--AC----G-------A-A--TC---T--A------GC----CCGACATc
gi|34 : T--CGT-AG-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-A--TT---T--AG-----GC----CCGA
gi|35 : atgcaaactacattaccaaaAC---A--C----A-A--T-TG-A-CT-TTT--GT--TGT-AG-------T-TT--T-GA--TTCA-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--AG-----GC----CCGATAT
gi|36 : AC---A--T----G----T-TG-A-CT-TTT--GT--CGT-AG-------T-TT----GA--GTTG-T-T--GC----G-------A-A--TG---T--AG-----GC----CTGACATc
gi|37 : t--C----G-T--T-TG-A-CT-TTA--GT--CGT-AG-------T-TG--T-GA--ATCG-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--AG-----GC----CCAACAc
gi|38 : --T-TG-A-CT-TTT--GT--CGT-AG-------T-TT--T-GA--GTTG-T-T--GC----G-------A-A--TG---T--AG-----GC----ac
gi|4 : catgGCTGTACCAGC-CT-A-----G-CCCTGTT-CTT-A-C-TC--A-------TC-----AAC--TCTGATAC--CCACATT
gi|4 : -------ATCGA-T-AC-A-----TGTA---C--------A---TG-TATTAG-GC-C-TATG-TA-AG-CAC---A--C----G-A--T-TG-A-CT-TTT--GT--CGT-GG-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--TG-----GC----CCGACATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcgatacatgtacatgtattaggcctatgtaagcacacgattgacttttgtcgtggttttgagtcgttgcgaatcttggcccgacat
gi|40 : gctgtaccagcctagccctgttcttactcatcaactctgatacccacattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGCTGTCCCAGC-CT-AC----G-TC-TGTT--AT-A-C-TC--A-------TA-----AC---TCTGAT
gi|42 : aGCTGTCCCAGC-CT-A-----G-CCCTGTT-TAT-A-
gi|5 : taCTGGTCCAGC-CT-A-----G-CCATGTT-CAT-A-C-TC--A-------aactctga
gi|5 : ---A--C----G-A--T-TG-AGCT-TTT--GT--CGT-AG-------T-TT--T-GA--GTCG-T-TG-GC----G-------A-A--TC---T--AG-----GC----CCAACtaaactccgaaccattataccgggggtacaatatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatccgagtacgattgagcttttgtcgtagttttgagtcgttggcgaatctaggcccaac
gi|6 : ctggtccagcctagccatgttcatactcataaactccgaaccattataccgggggtacaatatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatccgagtCTGTCC-AGC-CT-A-----G-CCATGTT-CAT-A-C-TC--A-------CT-----ACA--TT
gi|6 : -T-AC-A-----TGTA---C------TTA---TG-TA--AA-GC-T-T--G-TA-AG-CAC---A--C----G-A--T-T--A-CT-TTT--GT--CGT-AGT------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-AATTC---T--AG-----GC----CCGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcgataacatgtacatgtacttatgtaaagcttgtaagcacacgattacttttgtcgtagtttttgagtcgttgcgaaattctaggcccgca
gi|7 : ctgtccagcctagccatgttcatactcactacattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcgataacatgTGTCCCAGC-CT-A-----G-TCATGTT-CAT-A-C-TCA-A-------CT-----ACA--Tca
gi|7 : gct-------ATCGA-T-AC-ATTACATGTA---C------T-A---TG-TA--AG-GC-T-T--G-TA-AG-CAC---A--C----G-A--T-TG-A-CT-TTT--GT--CGT-AG---------TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-A--TT---T--AG-----GC----CCGACAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcgatacattacatgtactatgtaaggcttgtaagcacacgattgacttttgtcgtagtttgagtcgttgcgaatttaggcccgaca
gi|8 : gcttgtcccagcctagtcatgttcatactcaactacatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCTGTCCC-GC-CTCA-----G-CCATGTT--AT-AGA-TCA-A-------CT-----ACA--TT
gi|8 : GA-T-AC-A-----TGAATGTC------T-A---TG-TA-----GC-T-T--G-TA-AG-CAC---T--C----G-A--T-TC---CT-TTT--GTTCCGT-AG-------T-TT--T-GA--GTCGTT-T--GC----G-------ATAC-TC---T---------GC----CCGACAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgagatacatgaatgtctatgtagcttgtaagcactcgattccttttgttccgtagttttgagtcgtttgcgatactctgcccgaca
gi|9 : ctgtcccgcctcagccatgttatagatcaactacattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcga-------ATCGA-T-AC-------TGTA---C--------A---TG-TA------T-TAT--G-TA-AG-CAC---A--C----G-A--T-TG-A-CT-TA---GT--CGT-AG-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--TG-----GC----CCGA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|39 ): NNNNTGTACATGGCATGCATTGTTACTATGTAAGCACAAGATT
Unaligned ( gi|41 ): AATCGATACACATGTACATGCATGCATGTACTATGTAAG
Alignments
lowQualScore : 22222222222222 11 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 22222222 1111111111
lowQualScore : 3 1 66666 1 4 1 1 1 1 88 44444444444444 22 55 4444 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 1 1 44444 555 55555555 333 1 7777777777 22 1 1 1 333 4444444 4444 1 1 2 1 11 11 2 4444444 1 22 1 11 2 1 33 2222 5555555 1 22 444 22 22222 2222
lowQualScore : . . ..... . . . . . . .. .............. .. .. .... ...................................................................... . . . ..... ... ........ ... . .......... .. . . . ... ....... .... . . . . .. .. . ....... . .. . .. . . .. .... ....... . .. ... .. ..... ....
lowQualScore : 5 7 11111 7 8 7 7 7 8 33 99999999999999 11 55 0000 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 9 8 7 33333 444 88888888 000 7 2222222222 44 7 5 5 888 0000000 5555 1 1 2 1 55 44 1 5555555 1 55 1 44 1 1 66 2222 5555555 1 55 111 66 88888 4444
consensus : GCTGTCCCAGC-CT-A-----G-CCATGTT-CAT-A-C-TC--A-------CT-----ACA--TTTGATAC--ACATATTANNNNTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------ATCGA-T-AC-A-----TGTA---C------T-A---TG-TA--AG-GC-T-T--G-TA-AG-CAC---A--C----G-A--T-TG-A-CT-TTT--GT--CGT-AG-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--AG-----GC----CCGACAT
Reference ( family-1286 ) : GCTGTCCCAGC-CT-A-----G-CCATGTT-CAT-A-C-TC--A-------CT-----ACA--TTTGATAC--ACATATTANNNNTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------ATCGA-T-AC-A-----TGTA---C------T-A---TG-TA--AG-GC-T-T--G-TA-AG-CAC---A--C----G-A--T-TG-A-CT-TTT--GT--CGT-AG-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--AG-----GC----CCGACAT
gi|1 : GCTGTCCCAGC-CT-ACGCCGG-CCATGTT-CAT-A-C-TCCAA-------CT-----ACA--TT
gi|1 : -AC-A-----TGTA---C------T-A---TGCTAC-AA-AC-T-T--G-TA-AG-CAC---A--C----G-A--T-TG-A-CT-TTT--GT--CGT-AG-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--AG-----GC----CCGACATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattcgatacatgtaacatgtactatgctacaaacttgtaagcacacgattgacttttgtcgtagttttgagtcgttgcgaatctaggcccgacat
gi|10 : gctgtcccagcctacgccggccatgttcatactccaactacattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattcgatacatgtaCTGTCCCAGCGCT-A-----G--CAT-TT-CAT-A-C-TCA-A-------CT-----ACA--T
gi|10 : C-A-----TGTA---C------T-A---TG-TA--AG-CC-TAT--G-TA-AG-CAC---A--C----G-A--T-TG-A-CT-TTT--GT--CGT--G-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--AA-----GG----CCGACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagatcgattacatgtagcatgtactatgtaagcctatgtaagcacacgattgacttttgtcgtgttttgagtcgttgcgaatctaaggccgac
gi|11 : ctgtcccagcgctagcatttcatactcaactacatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagatcgattacatgtag-------ATAGA-T-ACGA-----TGTA---C------T-A---TG-TA--GC-AC-T---------AG-CAC---A--T----G-A--T-TA-C-TT-TTT--GG--CGT-AG-------T-TT--T-GA--GTCGTT-T--GC----G-------A-A--TC------AG-----GC----CCGA
gi|12 : cccagcctagccctgttcattaggactctcgatacaaaatacaattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTGTCCCAGC-CT-A-------CCATGTT-CAT-A-C-TC--A--------T-----AAAC-TCTGATAT--ACATAT
gi|12 : gct----G-A--T-TG-A-CT-TTT--GT--CGT-AG-------T-TT--------GTCT-T-TG-GC----G-------A-A--TT---T--A------GC----CCAACAacctatattaataattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcaatacttgattgacttttgtcgtagtttgtctttggcgaatttagcccaaca
gi|13 : gcttgtcccagcctaccatgttcatactcataaactctgatatacatatacctatattaataattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcaatacttGCTGTC--AGC-CT-A-----G-CCATGTT-CAT-A-C-TC--A--------T-----AAAC-TCTGATAC--ACATATT
gi|13 : aAT---A--C----G-A--T-TGGA-CT-TTT--GT--CGT-AG-------T-TT--T-GA---TCG-T-T--GC----G-------A-A--TT---TAAAG-----GC----CCAACttaccacatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcgatacgattggacttttgtcgtagttttgatcgttgcgaatttaaaggcccaac
gi|14 : agctgtcagcctagccatgttcatactcataaactctgatacacatattttaccacatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcgGCTGTCCCAGC-CT-A-----G-CC-TGTT-CAT-A-C-TC--A-------AA-----AAC--TCTGATAC--AC
gi|14 : -AG-TAC---A--T----G----T-TG-A-CT-TTT--GT--CGT-AA-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--AG-----GC----CTGACATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaattcgagtacatgttgacttttgtcgtaattttgagtcgttgcgaatctaggcctgacatc
gi|15 : gctgtcccagcctagcctgttcatactcaaaaactctgatacacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaattcgCCAGC-CT-A-----G-CCATGTT-CAT-A-C-TC--AACTAACGTT-----ACA--TTNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATCGA-T-AC-A-----TGTA---CATG---T-ACTTTG-TA--AG-GC-T-T--G-TA-AG-CAC---A--C----G-A--T-TG-A-CT-TTT--GT--CTTAAG-------T-TT--T-GA--GTCA-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--AG-----GC----CCGACAc
gi|16 : GCTGTCCCAGC-CT-A-----G-CCATGTT-CAT-A-C-TC--ATAAACT-CTTATACACA--TT--ATACCTATATATTATTATTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNN-N-NN-N-----NNNN---N------N-N---NN-NN--NN-NN-N-N--N-NN-NN-NNN---N--N----NNA--T-CG-A-CT-TTT--GT--CGT-AG-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----C-------G-A--TC---T--AG-----GC----CCAAC
gi|17 : GCTGTCC-AGC-CT-A-----G-CC-TGTT-CAT-A-C-TC--A-------AT-----AAACTTCTGATA
gi|17 : AC---A--T----G----T-TG-A-CT-TTT--GT--CGT-AG-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--A------GC----CCGACATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncataaatcgatacatgttgacttttgtcgtagttttgagtcgttgcgaatctagcccgacat
gi|18 : gctgtccagcctagcctgttcatactcaataaacttctgatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncataaatcgatGCTGTCCCAGT-C--A-----G-CCCTGTT-CAT-A-C-TC--A--------T-----AAAC-TTTGATAC--
gi|18 : aA-AA-TAC---A--T----G----T-TG-A-CT-TTT--GT--CGT-AG-------T-TT----GA--GTTG-T-T--GC----G-------A-A--TG---T--AG-----GC----CTGACATcttataaaattgctacgcagggattcgcatagaaacacatatcgacaaagcgagaaatcgacatttcggttattcatgtaatttattgatcagatctgaaaacaatcaaatacatgttgacttttgtcgtagtttgagttgttgcgaatgtaggcctgacatca
gi|19 : agctgtcccagtcagccctgttcatactcataaactttgataccttataaaattgctacgcagggattcgcatagaaacacatatcgacaaagcgagaaatcgacatttcggttattcatgtaatttattgatcagatctgaaaacaatcGCTGTCCCAGC-CT-A-----G-CCCTGTT-CAT-A-C-TC--A--------TAA---ACA---TTGATAC--ca
gi|19 : AC---A--T----G----T-TG-A-CT-TTT--GT--CAT-AG-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--AG-----GC----CCGACATcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcgatacatgttgacttttgtcatagttttgagtcgttgcgaatctaggcccgacat
gi|2 : gctgtcccagcctagccctgttcatactcataaacattgataccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcgatTCCCAGC-CT-A-----G-CCTTGTT-C-T-A-CTTC--A-------TA-----ACAACTTTGAT
gi|2 : --T-TG-A-GT-CTC--GT--C---AG-------T-TTC-T-GA--GTCG-T-TTGGC----G-------A-A--TCCTTT--AG-----GC----CCGAttacctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatccgatctacattgttgacttttgtctccgtagttttttgagtctcgtcagtttctgagtcgtttggcgaatcctttaggcccgaatca
gi|20 : tcccagcctagccttgttctacttcataacaactttgatttacctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatccgatctacattgttgacttttgtctccgtagttttGCTGTCCC-GC-CT-A-----G-C--TGTT-C-T-A-C-TC--A--------T-----AAA--CTTGATAC--ACATTATAAATATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNN-N-NN-N-----NNNN---N------N-N---NN-NN--NN-NN-N-N--N-NN-NN-NAC---ATAC----G-ACTT-TG-A-CT-TTT--GT--CGT-AA-------T-TT--T-GC--ATCG-T-T--GC----GA------A-A--TT---T--A------GC----CCAACAatca
gi|21 : aGCTGTCCCAGC-CT-A-----G-CCATGTT-CAT-A-C-TC--A-------CT-----ACA--TTNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------ATCGA-T-AC-A-----TGTA---C------T-A---TG-TA--AG-GC-T-T--G-TA-AG-CAC---A--C----G-A--T-TG-A-CT-TTT--GT--CGT-AG-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--AG-----GC----CCGACATac
gi|22 : GCTGTCCAAGT-CT-A-----G-CCCTGTT-CAT-A-C-
gi|22 : AC---A--T----G----T-TG-A-CT-TTT--GT--CGT-AG-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--AG-----G-----CCGACATataaactttgaatccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcatacatgttgacttttgtcgtagttttgagtcgttgcgaatctaggccgacatca
gi|23 : gctgtccaagtctagccctgttcatacataaactttgaatccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcatCTGTCCCACCGCT-A-----G-CCATGTT-C-T-A-C-TC--A-------ca
gi|23 : -T-AC-A-----TGTA---C------T-A---AG-TA--AG-G--T-T--G-TA-AG-CAC---A--A----G-A--TATG-A-AC-TTC--AT------------------------A--GTCG---T--GC----G-------A-A--TC---T--A------GC----CCGactgctcatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnactcgaacagtacatgtactaagtaaggttgtaagcacaagatatgaacttcatagtcgtgcgaatctagcccg
gi|24 : ctgtcccaccgctagccatgttctactcaactgctcatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnactcgaacag-TA-AGACACGG-A--CT---G-A--T-TT-A-CT-TTTATGT--CGT-AG-------T-TT--TTGA--GTCG-T-T--GCTGTGA-------A-A--TCT--T--AG-----GC----CCG
gi|25 : tacattgtaactatggttagaaacacTCGA-T-AC-A-----TGTA---C--------A---TA-TA------C-TAT--G--A-AG-TAC---A--A----G-A--T-TG-A-CT-TTT--GT--CTT-AG-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----GAAGTATAA-A--TC---T--AG-----GC----CTGACATgt
gi|26 : TCGA-T-GC-A-----TGTA---CATG---C-A---TG-CA--TGTAC-TAT--G-TA-AG-CAC---A--A----G-A--T-TG-A-CA-TGT--GT--C---------------T--T-GA--GTCA-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--AGCGGCAGC----CCGACc
gi|27 : TCGA-TTAC-A-----TGTA---CATG---C-A---TG-CA--TG-TCAT-T--G-TAGAG-CAC---A--A----G-A--T-TG-A-CT-T---------GT-AG-------T-CT--T-GA--GTCA-T-T--GC----GA------A-A--TCA--T--AG-----------CCGACAT
gi|28 : TCGA-T-AC-A-----TG-A---C------T-A---TG-TA--AG-GC-T-T--G-TA-AG-CACGTAA--CGACGG-A--T-TG-A-CTATTC--GT--CGTAAG-------TCTT--T-GAGTGTCG---T--GC----C-------A-A--TC---T--c
gi|29 : CGA-T-AC-A-----TGTA---C------T-A---TG-TA--AG-GC-T-T--G-TA-AG-CAC---A--C----G-A--T-TG-A-CT-TTT--GT--CGT-AG-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--AG-----GC----CCGACA
gi|3 : GCTGTCCCAGC-CT-A-----GCCCATGTTCCATGA-C-TC--A-------CT-----CCA--TT
gi|3 : a-------ATCGACT-AC-A-----TGTA---CATTACAT-A---TG-TA--AG-GC-T----G-TA-AG-CAC---A--C----A-AA-T-TG-ATCT-TTA--GT--CAT-AG-------T-TT--T-GA--GTCA-TGT--GC----G-------A-A--TC---TA-AG-----GCCGATCCGACATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcgactacatgtacattacatatgtaaggctgtaagcacacaaattgatctttagtcatagttttgagtcatgtgcgaatctaaggccgatccgacatca
gi|30 : agctgtcccagcctagcccatgttccatgactcactccattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTCGA-T-AC-A-----TGTA---CATGTATT-A---TG-TA--AG-CA-G-T--ACTA-AG-CAC---A--C----G-A--T-TT-A-CT-TTT--TC--TGT-AG-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-A--ca
gi|31 : TCGA-T-AC-A-----TGTA------------A---TG-CA----------T--G-CA-------------------------TG-A-CT-TAT--GT--AGT-AGCACCATAT-TTACT-GA--GTCA-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--A------GC----CCGACAT
gi|32 : TCGA-T-AA-C-----TGTATT-C------C-A---TG-TA------C-TAT--G-TA--G-CAC---A--G----A-A--T-TG-A-CT-TTG--TT--CGT-AG-------T-TT--T-GA--G----------------------------TC---T--AG-----GC----CCGACATc
gi|33 : TCGA-T-AC-A-----TGTA---CATG---C-A---TG-CA--TGTAC-TAT--G-AA-AG-CAC---A--A----G-A--T-TG-A-CT-------------------------------GA--GTCA-T-T--AC----G-------A-A--TC---T--A------GC----CCGACATc
gi|34 : T--CGT-AG-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-A--TT---T--AG-----GC----CCGA
gi|35 : atgcaaactacattaccaaaAC---A--C----A-A--T-TG-A-CT-TTT--GT--TGT-AG-------T-TT--T-GA--TTCA-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--AG-----GC----CCGATAT
gi|36 : AC---A--T----G----T-TG-A-CT-TTT--GT--CGT-AG-------T-TT----GA--GTTG-T-T--GC----G-------A-A--TG---T--AG-----GC----CTGACATc
gi|37 : t--C----G-T--T-TG-A-CT-TTA--GT--CGT-AG-------T-TG--T-GA--ATCG-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--AG-----GC----CCAACAc
gi|38 : --T-TG-A-CT-TTT--GT--CGT-AG-------T-TT--T-GA--GTTG-T-T--GC----G-------A-A--TG---T--AG-----GC----ac
gi|4 : catgGCTGTACCAGC-CT-A-----G-CCCTGTT-CTT-A-C-TC--A-------TC-----AAC--TCTGATAC--CCACATT
gi|4 : -------ATCGA-T-AC-A-----TGTA---C--------A---TG-TATTAG-GC-C-TATG-TA-AG-CAC---A--C----G-A--T-TG-A-CT-TTT--GT--CGT-GG-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--TG-----GC----CCGACATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcgatacatgtacatgtattaggcctatgtaagcacacgattgacttttgtcgtggttttgagtcgttgcgaatcttggcccgacat
gi|40 : gctgtaccagcctagccctgttcttactcatcaactctgatacccacattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGCTGTCCCAGC-CT-AC----G-TC-TGTT--AT-A-C-TC--A-------TA-----AC---TCTGAT
gi|42 : aGCTGTCCCAGC-CT-A-----G-CCCTGTT-TAT-A-
gi|5 : taCTGGTCCAGC-CT-A-----G-CCATGTT-CAT-A-C-TC--A-------aactctga
gi|5 : ---A--C----G-A--T-TG-AGCT-TTT--GT--CGT-AG-------T-TT--T-GA--GTCG-T-TG-GC----G-------A-A--TC---T--AG-----GC----CCAACtaaactccgaaccattataccgggggtacaatatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatccgagtacgattgagcttttgtcgtagttttgagtcgttggcgaatctaggcccaac
gi|6 : ctggtccagcctagccatgttcatactcataaactccgaaccattataccgggggtacaatatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatccgagtCTGTCC-AGC-CT-A-----G-CCATGTT-CAT-A-C-TC--A-------CT-----ACA--TT
gi|6 : -T-AC-A-----TGTA---C------TTA---TG-TA--AA-GC-T-T--G-TA-AG-CAC---A--C----G-A--T-T--A-CT-TTT--GT--CGT-AGT------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-AATTC---T--AG-----GC----CCGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcgataacatgtacatgtacttatgtaaagcttgtaagcacacgattacttttgtcgtagtttttgagtcgttgcgaaattctaggcccgca
gi|7 : ctgtccagcctagccatgttcatactcactacattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcgataacatgTGTCCCAGC-CT-A-----G-TCATGTT-CAT-A-C-TCA-A-------CT-----ACA--Tca
gi|7 : gct-------ATCGA-T-AC-ATTACATGTA---C------T-A---TG-TA--AG-GC-T-T--G-TA-AG-CAC---A--C----G-A--T-TG-A-CT-TTT--GT--CGT-AG---------TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-A--TT---T--AG-----GC----CCGACAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcgatacattacatgtactatgtaaggcttgtaagcacacgattgacttttgtcgtagtttgagtcgttgcgaatttaggcccgaca
gi|8 : gcttgtcccagcctagtcatgttcatactcaactacatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCTGTCCC-GC-CTCA-----G-CCATGTT--AT-AGA-TCA-A-------CT-----ACA--TT
gi|8 : GA-T-AC-A-----TGAATGTC------T-A---TG-TA-----GC-T-T--G-TA-AG-CAC---T--C----G-A--T-TC---CT-TTT--GTTCCGT-AG-------T-TT--T-GA--GTCGTT-T--GC----G-------ATAC-TC---T---------GC----CCGACAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgagatacatgaatgtctatgtagcttgtaagcactcgattccttttgttccgtagttttgagtcgtttgcgatactctgcccgaca
gi|9 : ctgtcccgcctcagccatgttatagatcaactacattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcga-------ATCGA-T-AC-------TGTA---C--------A---TG-TA------T-TAT--G-TA-AG-CAC---A--C----G-A--T-TG-A-CT-TA---GT--CGT-AG-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--TG-----GC----CCGA
blockSeqs : G C C C A C G G T A TAAACTCTTATAC CT CT TTAT NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN C T G TTACA TGT ATTACAT CTT . TGTACTA AT C G A GTA CGACG ACT A G T A AT TC A CACCATA C AC T GT T G TG TGTG AAGTATA T AT CTT AA CGGCA CGAT
blockSeqs : G . . . A . . . . A ACTAACGTT AC . AATA NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . TT ATGTATT . . TGTACTA . . . . GG TAC NA . . G . . . A T . C . . T . G . A . C T A . .
blockSeqs : . . . . A . . . . A TAA C . NNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . ATGT . . TTAGGCC . . . . . CT AA . . . . . . . . . . . . . . G . A . . A . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . CT C . . . . . . ATGC . . AGCCTA . . . . . C A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . AA C . . . . . . ATGC . . TGTCAT . . . . . T A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . AT . . . . . . . ATGC . . GCACT . . . . . C A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . TA . . . . . . . TT . . AGGCT . . . . . T A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T . . . . . CT . . . . . . . T . . NNNNN . . . . . C A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . CT . . . . . . . T . . NNNNN . . . . . N A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . TC . . . . . . N . . AGGCT . . . . . T A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . TA . . . . . . N . . AGGCT . . . . . T A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . CT . . . . . . T . . AGGCT . . . . . T A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . CT . . . . . . T . . AGGCT . . . . . C A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . CT . . . . . . T . . AGCAG . . . . . T A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . T . . . . . . T . . AAGCT . . . . . A A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . T . . . . . . C . . AGGCT . . . . . A A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . T . . . . . . T . . AGGT . . . . . A A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . T . . . . . . T . . CTA . . . . . A A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . CTA . . . . . C A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . GCT . . . . . C A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . TTA . . . . . C T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . C A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . T A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . C A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . C A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : ***** ** AGGCT*****
originalCons : GCTGTCCCAGC-CT-A-----G-CCATGTT-CAT-A-C-TC--A-------CT-----ACA--TTTGATAC--ACATATTANNNNTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------ATCGA-T-AC-A-----TGTA---C------T-A---TG-TA--AG-GC-T-T--G-TA-AG-CAC---A--C----G-A--T-TG-A-CT-TTT--GT--CGT-AG-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--AG-----GC----CCGACAT
finalCons : GCTGTCCCAGC-CT-A-----G-CCATGTT-CAT-A-C-TC--A-------CT-----ACA--TTTGATAC--ACATATTANNNNTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------ATCGA-T-AC-A-----TGTA---C------T-A---TG-TAAGGCT-----T--G-TA-AG-CAC---A--C----G-A--T-TG-A-CT-TTT--GT--CGT-AG-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--AG-----GC----CCGACAT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|39 ): NNNNTGTACATGGCATGCATTGTTACTATGTAAGCACAAGATT
Unaligned ( gi|41 ): AATCGATACACATGTACATGCATGCATGTACTATGTAAG
Alignments
lowQualScore : 22222222222222 11 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 22222222 1111111111
lowQualScore : 3 1 66666 1 4 1 1 1 1 88 44444444444444 22 55 4444 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 1 1 44444 555 55555555 333 1 7777777777 22 1 1 1 333 4444444 4444 1 1 2 1 11 11 2 4444444 1 22 1 11 2 1 33 2222 5555555 1 22 444 22 22222 2222
lowQualScore : . . ..... . . . . . . .. .............. .. .. .... ...................................................................... . . . ..... ... ........ ... . .......... .. . . . ... ....... .... . . . . .. .. . ....... . .. . .. . . .. .... ....... . .. ... .. ..... ....
lowQualScore : 5 7 11111 7 8 7 7 7 8 33 99999999999999 11 55 0000 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 9 8 7 33333 444 88888888 000 7 2222222222 44 7 5 5 888 0000000 5555 1 1 2 1 55 44 1 5555555 1 55 1 44 1 1 66 2222 5555555 1 55 111 66 88888 4444
consensus : GCTGTCCCAGC-CT-A-----G-CCATGTT-CAT-A-C-TC--A-------CT-----ACA--TTTGATAC--ACATATTANNNNTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------ATCGA-T-AC-A-----TGTA---C------T-A---TG-TA--AG-GC-T-T--G-TA-AG-CAC---A--C----G-A--T-TG-A-CT-TTT--GT--CGT-AG-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--AG-----GC----CCGACAT
Reference ( family-1286 ) : GCTGTCCCAGC-CT-A-----G-CCATGTT-CAT-A-C-TC--A-------CT-----ACA--TTTGATAC--ACATATTANNNNTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------ATCGA-T-AC-A-----TGTA---C------T-A---TG-TA--AG-GC-T-T--G-TA-AG-CAC---A--C----G-A--T-TG-A-CT-TTT--GT--CGT-AG-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--AG-----GC----CCGACAT
gi|1 : GCTGTCCCAGC-CT-ACGCCGG-CCATGTT-CAT-A-C-TCCAA-------CT-----ACA--TT
gi|1 : -AC-A-----TGTA---C------T-A---TGCTAC-AA-AC-T-T--G-TA-AG-CAC---A--C----G-A--T-TG-A-CT-TTT--GT--CGT-AG-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--AG-----GC----CCGACATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattcgatacatgtaacatgtactatgctacaaacttgtaagcacacgattgacttttgtcgtagttttgagtcgttgcgaatctaggcccgacat
gi|10 : gctgtcccagcctacgccggccatgttcatactccaactacattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattcgatacatgtaCTGTCCCAGCGCT-A-----G--CAT-TT-CAT-A-C-TCA-A-------CT-----ACA--T
gi|10 : C-A-----TGTA---C------T-A---TG-TA--AG-CC-TAT--G-TA-AG-CAC---A--C----G-A--T-TG-A-CT-TTT--GT--CGT--G-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--AA-----GG----CCGACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagatcgattacatgtagcatgtactatgtaagcctatgtaagcacacgattgacttttgtcgtgttttgagtcgttgcgaatctaaggccgac
gi|11 : ctgtcccagcgctagcatttcatactcaactacatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagatcgattacatgtag-------ATAGA-T-ACGA-----TGTA---C------T-A---TG-TA--GC-AC-T---------AG-CAC---A--T----G-A--T-TA-C-TT-TTT--GG--CGT-AG-------T-TT--T-GA--GTCGTT-T--GC----G-------A-A--TC------AG-----GC----CCGA
gi|12 : cccagcctagccctgttcattaggactctcgatacaaaatacaattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTGTCCCAGC-CT-A-------CCATGTT-CAT-A-C-TC--A--------T-----AAAC-TCTGATAT--ACATAT
gi|12 : gct----G-A--T-TG-A-CT-TTT--GT--CGT-AG-------T-TT--------GTCT-T-TG-GC----G-------A-A--TT---T--A------GC----CCAACAacctatattaataattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcaatacttgattgacttttgtcgtagtttgtctttggcgaatttagcccaaca
gi|13 : gcttgtcccagcctaccatgttcatactcataaactctgatatacatatacctatattaataattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcaatacttGCTGTC--AGC-CT-A-----G-CCATGTT-CAT-A-C-TC--A--------T-----AAAC-TCTGATAC--ACATATT
gi|13 : aAT---A--C----G-A--T-TGGA-CT-TTT--GT--CGT-AG-------T-TT--T-GA---TCG-T-T--GC----G-------A-A--TT---TAAAG-----GC----CCAACttaccacatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcgatacgattggacttttgtcgtagttttgatcgttgcgaatttaaaggcccaac
gi|14 : agctgtcagcctagccatgttcatactcataaactctgatacacatattttaccacatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcgGCTGTCCCAGC-CT-A-----G-CC-TGTT-CAT-A-C-TC--A-------AA-----AAC--TCTGATAC--AC
gi|14 : -AG-TAC---A--T----G----T-TG-A-CT-TTT--GT--CGT-AA-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--AG-----GC----CTGACATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaattcgagtacatgttgacttttgtcgtaattttgagtcgttgcgaatctaggcctgacatc
gi|15 : gctgtcccagcctagcctgttcatactcaaaaactctgatacacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaattcgCCAGC-CT-A-----G-CCATGTT-CAT-A-C-TC--AACTAACGTT-----ACA--TTNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATCGA-T-AC-A-----TGTA---CATG---T-ACTTTG-TA--AG-GC-T-T--G-TA-AG-CAC---A--C----G-A--T-TG-A-CT-TTT--GT--CTTAAG-------T-TT--T-GA--GTCA-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--AG-----GC----CCGACAc
gi|16 : GCTGTCCCAGC-CT-A-----G-CCATGTT-CAT-A-C-TC--ATAAACT-CTTATACACA--TT--ATACCTATATATTATTATTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNN-N-NN-N-----NNNN---N------N-N---NN-NN--NN-NN-N-N--N-NN-NN-NNN---N--N----NNA--T-CG-A-CT-TTT--GT--CGT-AG-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----C-------G-A--TC---T--AG-----GC----CCAAC
gi|17 : GCTGTCC-AGC-CT-A-----G-CC-TGTT-CAT-A-C-TC--A-------AT-----AAACTTCTGATA
gi|17 : AC---A--T----G----T-TG-A-CT-TTT--GT--CGT-AG-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--A------GC----CCGACATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncataaatcgatacatgttgacttttgtcgtagttttgagtcgttgcgaatctagcccgacat
gi|18 : gctgtccagcctagcctgttcatactcaataaacttctgatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncataaatcgatGCTGTCCCAGT-C--A-----G-CCCTGTT-CAT-A-C-TC--A--------T-----AAAC-TTTGATAC--
gi|18 : aA-AA-TAC---A--T----G----T-TG-A-CT-TTT--GT--CGT-AG-------T-TT----GA--GTTG-T-T--GC----G-------A-A--TG---T--AG-----GC----CTGACATcttataaaattgctacgcagggattcgcatagaaacacatatcgacaaagcgagaaatcgacatttcggttattcatgtaatttattgatcagatctgaaaacaatcaaatacatgttgacttttgtcgtagtttgagttgttgcgaatgtaggcctgacatca
gi|19 : agctgtcccagtcagccctgttcatactcataaactttgataccttataaaattgctacgcagggattcgcatagaaacacatatcgacaaagcgagaaatcgacatttcggttattcatgtaatttattgatcagatctgaaaacaatcGCTGTCCCAGC-CT-A-----G-CCCTGTT-CAT-A-C-TC--A--------TAA---ACA---TTGATAC--ca
gi|19 : AC---A--T----G----T-TG-A-CT-TTT--GT--CAT-AG-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--AG-----GC----CCGACATcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcgatacatgttgacttttgtcatagttttgagtcgttgcgaatctaggcccgacat
gi|2 : gctgtcccagcctagccctgttcatactcataaacattgataccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcgatTCCCAGC-CT-A-----G-CCTTGTT-C-T-A-CTTC--A-------TA-----ACAACTTTGAT
gi|2 : --T-TG-A-GT-CTC--GT--C---AG-------T-TTC-T-GA--GTCG-T-TTGGC----G-------A-A--TCCTTT--AG-----GC----CCGAttacctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatccgatctacattgttgacttttgtctccgtagttttttgagtctcgtcagtttctgagtcgtttggcgaatcctttaggcccgaatca
gi|20 : tcccagcctagccttgttctacttcataacaactttgatttacctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatccgatctacattgttgacttttgtctccgtagttttGCTGTCCC-GC-CT-A-----G-C--TGTT-C-T-A-C-TC--A--------T-----AAA--CTTGATAC--ACATTATAAATATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNN-N-NN-N-----NNNN---N------N-N---NN-NN--NN-NN-N-N--N-NN-NN-NAC---ATAC----G-ACTT-TG-A-CT-TTT--GT--CGT-AA-------T-TT--T-GC--ATCG-T-T--GC----GA------A-A--TT---T--A------GC----CCAACAatca
gi|21 : aGCTGTCCCAGC-CT-A-----G-CCATGTT-CAT-A-C-TC--A-------CT-----ACA--TTNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------ATCGA-T-AC-A-----TGTA---C------T-A---TG-TA--AG-GC-T-T--G-TA-AG-CAC---A--C----G-A--T-TG-A-CT-TTT--GT--CGT-AG-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--AG-----GC----CCGACATac
gi|22 : GCTGTCCAAGT-CT-A-----G-CCCTGTT-CAT-A-C-
gi|22 : AC---A--T----G----T-TG-A-CT-TTT--GT--CGT-AG-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--AG-----G-----CCGACATataaactttgaatccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcatacatgttgacttttgtcgtagttttgagtcgttgcgaatctaggccgacatca
gi|23 : gctgtccaagtctagccctgttcatacataaactttgaatccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcatCTGTCCCACCGCT-A-----G-CCATGTT-C-T-A-C-TC--A-------ca
gi|23 : -T-AC-A-----TGTA---C------T-A---AG-TA--AG-G--T-T--G-TA-AG-CAC---A--A----G-A--TATG-A-AC-TTC--AT------------------------A--GTCG---T--GC----G-------A-A--TC---T--A------GC----CCGactgctcatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnactcgaacagtacatgtactaagtaaggttgtaagcacaagatatgaacttcatagtcgtgcgaatctagcccg
gi|24 : ctgtcccaccgctagccatgttctactcaactgctcatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnactcgaacag-TA-AGACACGG-A--CT---G-A--T-TT-A-CT-TTTATGT--CGT-AG-------T-TT--TTGA--GTCG-T-T--GCTGTGA-------A-A--TCT--T--AG-----GC----CCG
gi|25 : tacattgtaactatggttagaaacacTCGA-T-AC-A-----TGTA---C--------A---TA-TA------C-TAT--G--A-AG-TAC---A--A----G-A--T-TG-A-CT-TTT--GT--CTT-AG-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----GAAGTATAA-A--TC---T--AG-----GC----CTGACATgt
gi|26 : TCGA-T-GC-A-----TGTA---CATG---C-A---TG-CA--TGTAC-TAT--G-TA-AG-CAC---A--A----G-A--T-TG-A-CA-TGT--GT--C---------------T--T-GA--GTCA-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--AGCGGCAGC----CCGACc
gi|27 : TCGA-TTAC-A-----TGTA---CATG---C-A---TG-CA--TG-TCAT-T--G-TAGAG-CAC---A--A----G-A--T-TG-A-CT-T---------GT-AG-------T-CT--T-GA--GTCA-T-T--GC----GA------A-A--TCA--T--AG-----------CCGACAT
gi|28 : TCGA-T-AC-A-----TG-A---C------T-A---TG-TA--AG-GC-T-T--G-TA-AG-CACGTAA--CGACGG-A--T-TG-A-CTATTC--GT--CGTAAG-------TCTT--T-GAGTGTCG---T--GC----C-------A-A--TC---T--c
gi|29 : CGA-T-AC-A-----TGTA---C------T-A---TG-TA--AG-GC-T-T--G-TA-AG-CAC---A--C----G-A--T-TG-A-CT-TTT--GT--CGT-AG-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--AG-----GC----CCGACA
gi|3 : GCTGTCCCAGC-CT-A-----GCCCATGTTCCATGA-C-TC--A-------CT-----CCA--TT
gi|3 : a-------ATCGACT-AC-A-----TGTA---CATTACAT-A---TG-TA--AG-GC-T----G-TA-AG-CAC---A--C----A-AA-T-TG-ATCT-TTA--GT--CAT-AG-------T-TT--T-GA--GTCA-TGT--GC----G-------A-A--TC---TA-AG-----GCCGATCCGACATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcgactacatgtacattacatatgtaaggctgtaagcacacaaattgatctttagtcatagttttgagtcatgtgcgaatctaaggccgatccgacatca
gi|30 : agctgtcccagcctagcccatgttccatgactcactccattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTCGA-T-AC-A-----TGTA---CATGTATT-A---TG-TA--AG-CA-G-T--ACTA-AG-CAC---A--C----G-A--T-TT-A-CT-TTT--TC--TGT-AG-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-A--ca
gi|31 : TCGA-T-AC-A-----TGTA------------A---TG-CA----------T--G-CA-------------------------TG-A-CT-TAT--GT--AGT-AGCACCATAT-TTACT-GA--GTCA-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--A------GC----CCGACAT
gi|32 : TCGA-T-AA-C-----TGTATT-C------C-A---TG-TA------C-TAT--G-TA--G-CAC---A--G----A-A--T-TG-A-CT-TTG--TT--CGT-AG-------T-TT--T-GA--G----------------------------TC---T--AG-----GC----CCGACATc
gi|33 : TCGA-T-AC-A-----TGTA---CATG---C-A---TG-CA--TGTAC-TAT--G-AA-AG-CAC---A--A----G-A--T-TG-A-CT-------------------------------GA--GTCA-T-T--AC----G-------A-A--TC---T--A------GC----CCGACATc
gi|34 : T--CGT-AG-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-A--TT---T--AG-----GC----CCGA
gi|35 : atgcaaactacattaccaaaAC---A--C----A-A--T-TG-A-CT-TTT--GT--TGT-AG-------T-TT--T-GA--TTCA-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--AG-----GC----CCGATAT
gi|36 : AC---A--T----G----T-TG-A-CT-TTT--GT--CGT-AG-------T-TT----GA--GTTG-T-T--GC----G-------A-A--TG---T--AG-----GC----CTGACATc
gi|37 : t--C----G-T--T-TG-A-CT-TTA--GT--CGT-AG-------T-TG--T-GA--ATCG-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--AG-----GC----CCAACAc
gi|38 : --T-TG-A-CT-TTT--GT--CGT-AG-------T-TT--T-GA--GTTG-T-T--GC----G-------A-A--TG---T--AG-----GC----ac
gi|4 : catgGCTGTACCAGC-CT-A-----G-CCCTGTT-CTT-A-C-TC--A-------TC-----AAC--TCTGATAC--CCACATT
gi|4 : -------ATCGA-T-AC-A-----TGTA---C--------A---TG-TATTAG-GC-C-TATG-TA-AG-CAC---A--C----G-A--T-TG-A-CT-TTT--GT--CGT-GG-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--TG-----GC----CCGACATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcgatacatgtacatgtattaggcctatgtaagcacacgattgacttttgtcgtggttttgagtcgttgcgaatcttggcccgacat
gi|40 : gctgtaccagcctagccctgttcttactcatcaactctgatacccacattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGCTGTCCCAGC-CT-AC----G-TC-TGTT--AT-A-C-TC--A-------TA-----AC---TCTGAT
gi|42 : aGCTGTCCCAGC-CT-A-----G-CCCTGTT-TAT-A-
gi|5 : taCTGGTCCAGC-CT-A-----G-CCATGTT-CAT-A-C-TC--A-------aactctga
gi|5 : ---A--C----G-A--T-TG-AGCT-TTT--GT--CGT-AG-------T-TT--T-GA--GTCG-T-TG-GC----G-------A-A--TC---T--AG-----GC----CCAACtaaactccgaaccattataccgggggtacaatatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatccgagtacgattgagcttttgtcgtagttttgagtcgttggcgaatctaggcccaac
gi|6 : ctggtccagcctagccatgttcatactcataaactccgaaccattataccgggggtacaatatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatccgagtCTGTCC-AGC-CT-A-----G-CCATGTT-CAT-A-C-TC--A-------CT-----ACA--TT
gi|6 : -T-AC-A-----TGTA---C------TTA---TG-TA--AA-GC-T-T--G-TA-AG-CAC---A--C----G-A--T-T--A-CT-TTT--GT--CGT-AGT------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-AATTC---T--AG-----GC----CCGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcgataacatgtacatgtacttatgtaaagcttgtaagcacacgattacttttgtcgtagtttttgagtcgttgcgaaattctaggcccgca
gi|7 : ctgtccagcctagccatgttcatactcactacattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcgataacatgTGTCCCAGC-CT-A-----G-TCATGTT-CAT-A-C-TCA-A-------CT-----ACA--Tca
gi|7 : gct-------ATCGA-T-AC-ATTACATGTA---C------T-A---TG-TA--AG-GC-T-T--G-TA-AG-CAC---A--C----G-A--T-TG-A-CT-TTT--GT--CGT-AG---------TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-A--TT---T--AG-----GC----CCGACAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcgatacattacatgtactatgtaaggcttgtaagcacacgattgacttttgtcgtagtttgagtcgttgcgaatttaggcccgaca
gi|8 : gcttgtcccagcctagtcatgttcatactcaactacatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCTGTCCC-GC-CTCA-----G-CCATGTT--AT-AGA-TCA-A-------CT-----ACA--TT
gi|8 : GA-T-AC-A-----TGAATGTC------T-A---TG-TA-----GC-T-T--G-TA-AG-CAC---T--C----G-A--T-TC---CT-TTT--GTTCCGT-AG-------T-TT--T-GA--GTCGTT-T--GC----G-------ATAC-TC---T---------GC----CCGACAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgagatacatgaatgtctatgtagcttgtaagcactcgattccttttgttccgtagttttgagtcgtttgcgatactctgcccgaca
gi|9 : ctgtcccgcctcagccatgttatagatcaactacattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcga-------ATCGA-T-AC-------TGTA---C--------A---TG-TA------T-TAT--G-TA-AG-CAC---A--C----G-A--T-TG-A-CT-TA---GT--CGT-AG-------T-TT--T-GA--GTCG-T-T--GC----G-------A-A--TC---T--TG-----GC----CCGA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|39 ): NNNNTGTACATGGCATGCATTGTTACTATGTAAGCACAAGATT
Unaligned ( gi|41 ): AATCGATACACATGTACATGCATGCATGTACTATGTAAG