lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111        
lowQualScore                  :                     1111              1                                        11111111111111                 1111111         22222222222222222                 111111                   111111111111             2222222222                     222222         222                        111111111111              111111                                        1111111111111     11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111        1111      11111                                               111111111111                             1                   111111            222222222222222                                44444444444444444444444                                  2222222222222222222222222222222222222                 555555555555               1111                 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444  1     
lowQualScore                  :                     0000  2   8888 33 6  5 2 2     9999  2   2  5   444 2  2 2 77777777777777  7777  2 1 666  3333333 2   55  33333333333333333   2   999999  2 999999 444 55555  55   2 444444444444     1 66666 3333333333  2 2 6 2 2   2 5  2 000000 2    33 000 2   2 2 2 33  2 5  33  777777777777  2  9999999  111111  555 2 2 2 5  2  88 2    33   77  3  3 6666666666666  3  55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555  444 5 0000      44444    0 8      2  4   2   55555 5555   2 2     2 888888888888 2  33    2 222 2      2 33  3 5 2 9999999  777  444444  33 3    2 000000000000000   44  55  4    4   777    1  8 99999999999999999999999        66 4 4 4 66 66 777 6   5  9999999999999999999999999999999999999 5    5          666666666666    99  6    6 3333  6     6   99   444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444  5     
lowQualScore                  :                     ....  .   .... .. .  . . .     ....  .   .  .   ... .  . . ..............  ....  . . ...  ....... .   ..  .................   .   ......  . ...... ... .....  ..   . ............     . ..... ..........  . . . . .   . .  . ...... .    .. ... .   . . . ..  . .  ..  ............  .  .......  ......  ... . . . .  .  .. .    ..   ..  .  . .............  .  ...........................................................  ... . ....      .....    . .      .  .   .   ..... ....   . .     . ............ .  ..    . ... .      . ..  . . . .......  ...  ......  .. .    . ...............   ..  ..  .    .   ...    .  . .......................        .. . . . .. .. ... .   .  ..................................... .    .          ............    ..  .    . ....  .     .   ..   ..................................................................  .     
lowQualScore                  :                     2222  9   9999 99 6  0 5 5     7777  5   5  0   444 5  5 5 66666666666666  8888  5 0 999  0000000 5   33  11111111111111111   5   222222  5 999999 444 55555  99   5 666666666666     1 22222 4444444444  5 5 0 5 5   5 0  5 222222 5    44 999 5   7 7 7 99  9 7  99  333333333333  7  3333333  111111  000 7 7 7 3  7  88 7    77   33  1  1 9999999999999  1  11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111  444 7 0000      77777    9 8      5  8   4   99999 0000   4 4     4 888888888888 4  66    2 444 2      4 22  4 7 9 3333333  999  333333  99 1    9 666666666666666   22  00  4    4   888    1  9 66666666666666666666666        11 4 4 3 11 11 888 0   0  1111111111111111111111111111111111111 7    7          333333333333    22  7    7 3333  7     0   22   777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777  0     
consensus                     :                TAGTTTA--GT-TTA----G--CTTT-A-T-TCAGG----CA-GAA-CA-TCA---T-TT-T-T--------G-T--ACA----AA-ATA---TC--A-CT-A-AGA-CAT--T--------------ACA-ATT---A--AC-A----CAA---T-A---TT--ATA-T-AG---------TTCATAC-----C----------AG-A-TGT-T-ATC-A-CA-G----T-C-ATAA--AT--A-TCA-C-A-A--TG-T-TA--TT------------AT-CA-------CA------TA---C-A-A-G-AT-AT-TA-TCAC--AGC--TT-CA-C-------------TA-AG-----------C-------------A----------T------------A-----T---CA-C-A-G----TCTACC-T--AGGATAACCCATTA-AAGCAA-CAA-----T----ATT-G-TTGCT-T------------A-TT-TCCAA-T-G-G-GGTCCT-T--GAGA-A-T-------TT---AA------AA--T-ACAT-A--------T------ATA--TA--CA-CATA-TCA---AAGTCAA-TCAA-TTAATAAA-----TAAATTACAAATGG--A-T-GGC--A--T---GGACA-GCAA-----TGT-AA-A--CA-T-ATTT---AT------G-TAAG-TGAATGATATT-G---------TTGG--CC-TGAA-TA---AA-CTAAGATTA--TTGTA--CAGG-----TTAAGAACNAGAC-ATN-AATTGANGNTNAAAATATTGAATATGCAAAC----TCCCTATT
Reference ( gi|5 )            :                TAGTTAA--GT-TTA----G--CATT-A-T-TCAGG----CA-GAA-CA-TCA---T-TT-T-T--------A-T--GCA----AA-ATA---TC--A-CT-A-AGA-CAT--T--------------ACA-ATT---A--AC-A----CGA---T-A---TT--ATA-T-GG---------TTCATAC-----C----------AG-A-TAT-T-ATC-A-CA-G----C-C-ATAA--AA--A-TCA-C-A-A--TG-T-TA--TT------------AT-CA-------CA------TA---C-A-A-G-AT-AT-CA-TCAC--AGC--TT-CA-C-------------TA-AG-----------C-------------A----------T------------A-----T---CA-C-A-G----TCTACC-C--AGGATAAACCATTA-AAACAA-CAA-----T----ATT-G-TTGCT-T------------A-TT-TCCAA-T-G-G-GGTCCT-T--GATA-A-T-------TT---AA------AA--T-ACAT-A--------T------ATA--TA--CA-CATA-TCA---AAGTCAA-TCAA-CAAACAAA-----CAAACCACAAATGG--A-T-GAC--A--T---GAACA-GCAA-----CAT-AA-A--CA-T-ATTT---AT------G-TAAG-TGAATGATATA-A---------TTGG--CC-TGAA-TA---AA-CTAAGATTA--TTGTACGCAGGT----TTAAGAATGAAA--ATA-AATCAAAGTTGACGATACTGA----GCAGACGGGGTCACTATT
gi|9                          :                TAGCTTA--GT-TTA----G--CTTT-A-T-TCAGG----CA-GAA-CA-TCA---T-TT-T-T--------G-T--ACA----A--------TC--A-CTTA-AGA-CAT--T--------------ACA-ATT---A--AC-A----CAA---T-A---TT--ATA-T-AG---------TTCATAC-----C----------AG-A-TGT-T-ATC-A-CA-G----T-C-ATAA--AT--A-TCA-C-A-A--TG-T-TA--TT------------AT-CA-------CATACATGTA---C-A-A-G-AT-AT-TA-TCAC--AGC--TT-TA-C-------------AA-AG-----------C-------------ACTTNNNNNN-N------------N-----N---NN-N-N-N----NNNNNN-N--NNNNNNNNNNNNNN-NNNNNN-NNN-----N----NNN-N-NNNNN-N------------N-NN-NNNNN-N-N-N-NNNNNN-N--GAGA-T-T-------TT---AA------AA--T-ACAT-A--------T------ATA--TA--CA-CATA-TCA---AAGTCAA-T---------AAA-----AAAATTACAAATGG--A-T-GGC--A--T---GGACA-GC-------CAT-A
gi|13                         :               tTAGTTAATCGTACTA----G--CTTT-AAT-TCAGG----CA---A-CA-TCA---A-GT-T-A--------C-T--ACA----AA--TA----C--A-C--A-AAA-CA------------------ACA-ATC---ACGAC-A-----AA---T-A---TA--ATA---GC---------CCCAAAC-----C----------AG-AATGT-T-A-C-A-CA-T----T-C-ATAACTAC--C-TCA-C-A-A---G-TCTA--TCTGCAACCAACTAAT-TA-------CA------CAGCTC-ACA-T-AT-AT-CA-GCAC--A----TT-C--C-------------TA-GA-----------T------------------------T------------A-----T---C------G----TCTCCT-T--GCGTTCCACCTTGA-AAGCAAGCAA-----T----ATT-C-TTTCT--------------A-TT--CAAA-T-G-G-G-TCCT-T--GAAA-A-T-------TT---AA------AC--T-AT-T-A--------T------ATG--TA--C
gi|4                          :                tAGTTTA--GT-TTA----G--CTTT-A-T-TCAGG----CA-GAA-CA-TCA---T-TA-A-T--------G-T--ACA----AA-AGA---TC--A-C----AGA-TAT--T--------------ATA-AAT---A--AC-A----CAA---T-A---CT--CCA-T-GG---------TTTATAC-----C----------AG-A-TGT-T-ATT-A-CA-G----T-C-ATAA--AT--A-TCA-C-A-A--TG-T-TA--TT------------AT-CA-------TA------TG---C-A-A-G-AT-GT-TA-TCAC--AGC--TT-CA-G-------------CA-GG-----------CACTTTTACAT---A----------T------------A-----C---TA-C-A-G----TCNNNN-N--NNNNNNNNNNNNNN-NNNNNN-NNN-----N----NNN-N-NNNNN-N------------N-NN-NNNNN-N-N-N-NNNNNN-N--GAGA-A-T-------TT---AA------AA--T-ATAT-AGATATATGT------ATA--TA--CA-CATA-TCATTGAAGTCAT-TT-----AATAAA-----TAAATTACAAATGG--A-T-GGC--A--T---GGACA-GC-----------------------------------------AG-TGAATGATATT-T---------TTGG--CC-TGTA-TGTACAA-TTAAG--TA--CTAAAATCAA-------TAAAAA-GAAATTGTA-AATTGAGGTTTA--ATA-TGAATATGCAAAC----TCCCTATT
gi|12                         :                 AGTTTA--GT-TTA----G--CTTT-A-T-TCAGA----CA-GAA-CA-TCT---T-TT-T-T--------G-T--ACA----AA-ATA---TC--A-TT-A-AAA-CAT--T--------------ACA-ATT---T--AA-A----CAA---T-A---TT--ATA-T-AG---------TTCATACCCTGGC----------AG-A-TGT-T-ATC-A-CA-G----T-C-ATAA--AT--A-TCA-C-A-A--TG-T-TA--TT------------AT-AA-------CA------TA---C-A-A-G-AT-AT-TA-TCAC--AGC--TT-CA-C-------------TA-AG-----------C-------------A----------TTTTNNNNNNN--N-----N---NN-N-N-N----NNNNNN-N--NNNNNNNNNNNNNN-NNNNNN-NNN-----N----NNN-N-NNNNN-N------------N-NN-NNNNN-N-N-N-NNNNNN-N--GAGA-A-T-------TT---AA------AA--T-ACATAA--------T------ATA--TA--ctccctctgacgggcatcttgcacaagatgtgttttaactaatgttctagaattctctttatcactgactggcttaataattccaatcaataatggcatggtagtaaatagtagagttattaaaagcccccacccttggaacaatgaaattaaaattggaacct
gi|19                         :                 AGTTA---GT-TTA----G--CTTTAA-T-TCACG----CG-AAA-CA-TCG---T-TT-T-G--------A-G--G---------ACA---T-----CT-A-G----AT--T--------------AC--ATA---A--AC-AC---CAA---T-ATTTTT--CTA-T-AG---------ATAAT-------C----------AG-A-AGT-T--TC-A-CAGG----T-C-ATAA--CA--ATTCA-C-A-AATTG-G-TA--TT------------AC-Ct
gi|16                         : ttaggttttaagtttaaGTTTA--GT-TTAA---G--CTTT-A-T-TCAGG----CAAGAA-CA-TAA---T-TT-A-TGTAATAACA-T--GGA----GA-GGA---TC--A--T-A-AGA-TAT--TTGTTAGTAGTTTCAACA-ATA---A--AT-ATAATCGAGAGT-A---TTG-ATC-T-AGA--------TCCAT-C-----CTATGTTAGCAAG-A-TGT-T-ATCCA-CA-G----T-C-ATTA--AT--A-TCA-C-A-A--TG-T-TA--TT------------AT-CATGGGCATCA------TA---T-A-C-GTAT-AT-TA-TCAC--
gi|11                         :                  gTTAT--GT-TTA----GGCTTTT-A-T-TCAGA----CA-GA--CA-TCT---T-TT-T-T--------G-TA-GCA----AA-ATA---TC--A-AT-A-AAA-CAT--TT-------------ACA-ATT---T--AC-A----TAA---T-A---TT--ATA-TTAG---------TTCATAC-----CCTGGC-----AG-A-TGT-T-ATC-AGCA-G----T-C-ATAA--AT--A-TCA-C-A-A--TG-T-TA--TT------------AT-AA-------CA------TA---CAA-A-G-AT-AT-TA-TCAC--AGC--TA-CT-C-------------AA-AG-----------CATTTTTACATTTTA----------T------------A-----T---CA-C-A-AGT--TCTACC-T--AGGATAACCCATTA-AAG-AA-CAA-----T----ACT-G-TTGCT-T------------A-TT-TCCAA-T---G-GGTCCT-T--GAGA-A-T-------TT---AA------AA--TAACAT-A---------------ATA--Tgcgtt
gi|10                         :                 ttTTTA--GT-TTA----G--CTTTTA-T-TCAGA----CA-GAAGCAATCT---T-TT-T-T--------G-T--ACA----AA-ATA---TTCAA-TT-A-AAA-CATATT--------------ACA-ATT---T--AC-A----TAA---T-A---TT--ATA-TTAG---------TTCATAC-----CCTGGC-----AG-A-TGT-T-ATC-A-CA-G----TTC-ATAA--ATT-A-TCA-C-A-A--TG-T-AT--TT------------AT-AA-------CA------TA---C-A-AAG-AT-AT-TA-TCAC--AGC--TC-CT-C-------------AA-AG-----------C-------------A----------TTTTTACATTTATA-----T---CA-C-AAG----TCTACT----AGGATAACCCATTA-AAGCAA-CA------T----ACT---TTGCT-T------------A-TT-TCCAA-T---G-GGTCCT-T--GAGA-ATT-------TT---AA------AA--T-ACAT-A---------------ATA--T
gi|15                         :                  tTTTA--GT-TTA----G----TT-T-T-TCAGG----CA-GAA-CA-TC----T-TT-T-T--------A-T---CA----AG-ATA---TC--AGCT-A-AGA--AT--T---------------CA--TT---A--AC-A------A---T-----TT--ATA-T-AC---------TTCAT-C-----C----------AG---TGT-T-ATC-A-CA-AGT--C-T-ATA----------TA-C-A----TG-T-TA--TT------------AT-CG-------AA------TA---C-A-A-G-AT-AT----TTAC--AG---TT-CA-C-------------TA-GG-----------CATTTTACCAT---A----------T------------A-----T---CA-C-A-G----TCTAGC-CTTGGGAT-AGCCATTA-AAGCAT-CTA-----T-----TT-GTTTGCT-T------------A-TT---CAA-TGG-G-GGTCTT-T--GAGA-A-T-------TTG--GA------AA--T-ACAC-A--------gaatatttacacaaacgactaaag
gi|3                          :                 gtTTTA--GT-TTATGCTG--CATT-----TCAAGGAT-CA--AG-CA-TGA---T-TTAT-T--------A-TCAGAA----AG-ATAATGTC----------GA-TAT--TTTC-----------ACA-ATT---C--AA-AT---CAA---T-A---TT--ACA-T-AG---------TTCATAC-----C----------AC-A-TGT-T-ATC-A-CA-GT---C-C-ATAA--AT--A-TCA-C-AGA--TG-T-TA---T------------AT-CA-------CA------TA---C-A-A-A-AT-ATCCATTCAC--AGCT-TT-CA-CTCCACGGTATCTATA-GA-----------C-------------A----------T------------A-----TATCTA-CTATG----TCTACCAT--AGGATAACCCAATA-AAGC-A-CAA-----T----ATTCG-TTGCT-TATTTTCCAATACA-TT-TCCAA-T-G-G-GTTCCTGT--GAGA-A-TACATAGATT---AGTTTTTTTG--T-ATGT-AC-------T------ATT--TA--CA-CATATTCA---AAGTCAACTCTA-TTAATTAA-----AAAATT-----TGC--A-T-GGA--A--T---GGACA-G-AA-----TGA-AACA--CA-TAATTTA--AT------GTTAAG-TGAATGATATCTG---------TAGG--CTGTGAA-T----AC-CTAAGATTA--Tc
gi|24                         :                    gtA--GT-TTA----G--CTTT-A-T-TCAGA----CA-GAA-CA-TCA---T-TT-T-T--------G-T--ACA----AA-ATA---TC--A-CT-A-AGG-CAT--T--------------ACA-ATT---A--AC-A----CAA---T-A---TT--ATA-T-AG---------TTCATAC-----C----------AG-A-TGT-T-ATC-A-CA-G----T-C-ATAA--Actttgtgcctttcctaattactcccctctgagggcgtgagtgcacaagggatgtgcattttactccaattttaaatcgttttaatgtttgaatgagtctatgtttaggtcggataggaattgcctcaatcaagtaatggcaatgtgtagtgaatatgattagatatattataagctctc
gi|21                         :                    ttA--GT-TTA----G--CTTT-A-T-TCAGG----CA-GAA-CA-TCA---T-TT-T-T--------GTT--ACA----AA-A-A---TC--A-GT-AGAGA--AT--T--------------ACA-ATT---AC-ACAA----CAA---T-A---TT--ATAGT-GG---------TTCATAC-----C----------AG-A-TGT-T-A-C-A-CA-G----T-CAATAA--AT--A-TCA-C-A-t
gi|25                         :                    ttA--GT-TTA----G--CTTT-A-T-TCAGG----CA-GAG-CA-TCA-----TT-T-T--------A-T--ACA----CA-ATA---TC--A-CT-A-AAATCAT--T--------------ACA----------------------------------ATA-T-AG---------TTCATGC-----C----------AG-A-TGT-T-ATC-A-AA-G----T-C-ATAA--AT--A-TC
gi|14                         :                          T-TTA----G--T-TT-A-T-TCAG-----CA-GAA-CAATCA---T-TT-CAT--------G-T--ACA----AA-AGA---TC--A-CT-A-AAT-TAT--T--------------ACA-ATTAACA--AC-A----CAA---TAA---TT--ATA-T-AA---------TTCATA------C----------AG-A-TGT-T-ATC-A--A-G----T-C-ATAA--AT--A-TCA-C-G-A--T--T-----TT------------AT-CA-------CA------T----C-A-A-GAAT-AT-TA-T--C--AGCTGTT-CA-C-------------TA-GG-----------C-------------ACTTTT-----T------------ACATATT---CA---A-G----TCTACC-T--A-GATAACCCATTAGAAGCAA-CAAATTTGT----ATT-G-TTGCTAT------------G-TT-TCCAAGT-G-G-GGTCCT-T--
gi|2                          :                                   tttgtTT-A-TGTCAGG----CG-TAA-CT-TCA---TGTT-C-TG-------A-T--ACAT---AA-ATAA--TCT-A-C--A-AGA-CAT-----------------ACTTATT---A--AC-A------A---C-----TT--ATA-T-AGAATAGTTCTTTCACAC-----C----------AGTA-TGT-TGATC-A-CA-ATGTCC-T-ATGA--CATTA-T-A-CGA-A--TG-TGTGATTT------------AT-CA-------CAA-----TT---C-C-A-G-AT-CT-TA-T-ACGAAGC--TTACAAC-------------TA-AGTCGATCGTTTCC-------------A----------T------------AGTAG-T---CA-C-A-AGTATTCTACA-T---GTATTACCTATTA-AAGCAG-CAA-----TCTATATT-G-TTGCT-T------------AATT-TCCAA-T-G-GTGGTCCT-T--GAGAGA-T-------TT---AAAATA--AA--T-ACAT-A--------TATGGTAATA--TA--CGTCATA-TCA---AAGTAAACTTAA-GTAATAAAAATTGAAAATTA-AAATGGTAA-TGGAC--A--T---GGACA-GCAAATTGGGGT-AA-GACCA-T-GTTC---ATTAATTGG-TAAGATG--TGATATG-GATTGATCTTTTGGATCC-TGAATTA---AATCTAAGATTAGTTCGT-TGTAGG------TAAGAAAGAGAC-ATATAATTAATAATGAAAATATTG
gi|17                         :                          ttcgtttatagcttTT-A-T-TCAGGGAGCCA-AAA-CA-TCACTGT-TT-T-T--------G-T--ACATACGAATGTA---TCT-A-CTTA-AGA-TACA-T--------------ACG-ATT---A--AC-A----CAA---T-A---TCTAATA-T-AG---------TTCAAAC-----A----------GA-A-TGTAA-ATC-ATCA-GTC--T-C-ATTA--AATGA-TCACC-A-A--TGAT-TA--TTAG----------ATGCA--------A------TA---C-A-A-G--T-AT-TA-TCAC--AGtaaatttgagcgttacatgatctataaaacataatctttccgctgatttcatttacgctgcttgaagggcgtatttgcacaaggatgtgtcttgttaaactaattattttaaatattgcttttgatgtgttgattgacgtgaaatttcaagggtgcgtaagatgtaatttccatgtgtcaataatggcacggtatgta
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                              tcatttaagcattccagact--A-TCA-C-A-A--TG-T-TA--TT------------AT-CA-------CA------TA---C-A-A-G-AT-AA-TA-TCAC--AGC--TT-CA-C-------------TA-AG-----------C-------------A----------C----------------------CGTC-A-G----TCNNNN-N--NNNNNNNNNNNNNN-NNNNNN-NNN-----N----NNN-N-NNNNN-N------------N-NN-NNNNN-N-N-N-NNNNNN-N--GAGA-A-T-------TTTTAGA------AA--T-ACAT-A--------T------ATA--TATACA-CATA-TCA---AAGTCAA-TTAA-TAAATAAA-----T----TACAAATGG--A-T-GGC--A--T---GGACA-GCAA-----TGT-AA-A--CA-T-ATTT---AT------G-TAAG-TGAATGATATT-A---------TTGG--CC-TGAA-TA---AA-CTAAGATTA--TTG---ACAGGTACAGTTAAGAA
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                           T------------AT-CA-------CA------TA---C-A-A-G-AT-AT-TA-TCAC--ATC--TT-CA-T-------------TA-AG-----------C-------------ACTTTTACATAT------------A-----T---CA-G-A-G----TCTACC-T--TGGATAATCCATTA-AAGCAA-CAA-----T----ATT-G-TTGCT-T------------A-TT-TCCAA-T-GTG-TGTCCT-T--ctatttagaatcaataataaaatgtaaattgaggttcagtttctatatacaaactccctattctccctctgacgggcttcttgcacaagatgtgctttaactaatatttgaa
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  -A-A-G-ATTAT-TA-TCAC--AGC--TT-CA-C-------------TACAG-----------T-------------ACTTTCACATAT------------A-----T---CA-C-A-G----TCTAAC-C--TGGATAACCCATTA-AAGCAA-C
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  -------------A----------T------------A-----T---CA-C-A-G----TCTAAC-T--AGAATAACCCATTA-AAGCAA-CAA-----T----ATC-G-TTGCT-T------------A-TT-TCCAA-A-G-G-GGTCCT-T--
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ctaggcacttttacat-AAGCAA-CAA-----T----ATT-G-TTGCT-TTAATGG------A-TTATCCAA-G-G-T-AGACTC-T--GATATA-T-------GT---AA------AA--
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               tatcacatacaagatattatcacatcttcattaagcac-AAGCAA-CGA-----T----ATT-G-TTGCT-T-------------------TAA-T-G-G-Gatttccaatgtgtgtcctt
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ctaggcacttttacatatatcacagtctaactagaataa-CAA-----T----ATT-G-TTGCT-T------------A-TT-TCCAA-T-G-G-GGTCCT-TTGAAGA-A-T-------TT---AA------AA--T-ACAT-A--------T------ATGTTTA--CA-CATA-TCA---AA---AA-TCAATTTAATAAA-----C-AATTACAAAT-G--A-T-AGCTGA--T---GGACatttccaaaggggtcctt
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               A-----T----AAT-G-TTACT-T------------A-T---CCAA-T-G-G-G-TCCT-T--GAGA-A-T-------T----AA------AA--T-ACAT-A--------T------ATA--TA--CA-CATA-TCA---AAGTCAA-TAAA-AAATTAAA-----T---CTACAAA--G--A-T-GGC--AGAT---GGACA-GCAA-----TGT-AA-A--CA-T-AGTT---TT------G-TAAG-TGAATGATATT-A---------TTTG--CC-TGAA-TA---AA-CTAAGTTTT--TTGTA--CAG------TTAAGAACTAGA--ATC-AAT
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      T-TTCAA-T-G-G-AGTCCT-T--GAGA-A-T-------TT---AA------AAAAT-ACTA-A--------T------ATA--TA--CA-CATA-TCA---AAGTCAA-TTAA--------A-----TCAATTACAAATGG--A-T-GGC--A--T---GGACA-GCAA-----TGT-AA-A--CA-T-ATTT---AT------G-TAAG-TGAATTATAT---------------------TAAA-TA---AA-CTAAGGTTA--ATATA--CAG------TTAAGAACTAAA--ATC-AATagtaaaatgtaaattgaggttaaatatctataaacaaactccctattctccctctgacgggtttcttgcacaagatgtgctttaactaatattttaaaatttgctttattgttgactgacttaatttcaggtggtaaagaattccagtcaataatggcatggtagtaaaaattagaactattataagcccccacccttggaacaatgaaatgaaattaaaattggaaccccctcttgtaacattattgtttctaacaaactgctctgcctcatgcaagtatctaggtgagatattatggaagatattaaaaacatgattaagacaaagttgtcttattctattacttacacagagtgtgttcacagattccagaatatcacaatttatagtggctctagggcctagattctgaatgaacctgattgttttgtttttgagaacctgtaatttcttttgcaagggtttagataatcctgcataccatgcagaggttcagatgctaaagttgaccttgacagcctatttagccaggggccatttctatacaggaatctttaacttgagttgaagttggcgatatatctcattcacgatgagattacatttcagaaacctgtcaatagttacccctaagtatttgacctgat
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 cAT-T--------T------GTA--TA------ATA-TCA---AAGT----TCAA-TTAATAAA-----TAAATTACAAATGG--AGT-GGC--A--TATGGGACACGCAA-----TGTGAA-A--CATT-ATTTAAAAT------G-TAAG-TGaataaaatgtaaattgaggttcaatatctgtatgcaaactccctatgacttctcgcacaagatgtgctttgattaatgttttaaaatttgctttattgttgactaacttaatttcaggtggtaaagaattccaatcaataatggcatggtagtaaaatttagattataatcccacccttggaacaatgaaattaaaattggaacctctcgtaacattatcgtttctaacaaattgctcaggcaagta

Unaligned ( gi|8 ): TAAAAATTAGAACTATTATAAGCCCCCACCCTTGGAACAATGATATTAAAATTGGAACCCCCTCACGTAACATTATTGTTTCTAACAAACTGCTCATGCAAGATTAAGACGAAGTTGTCTTACTCTATTACTAACACAGAGTGTGTTTACAGATTCCAGAATATCACAATTTATAGTGGCTCTAGGGCCTAGATTTTGAATGAACCTGATTGTTTTGTTTTGGAGAACCTGTAATTTCTTTTGCAAGGGTTTAGATAATCCTGCATACCATGCAGAGGAACAATAATCGAAGTAGCATTGAATAAGTGCAGATGCTAGAGTTGACCCTGACAACCTATTTAGCCAGGGACCATCCTTAGGATATCATACTGAACATATTTTA
Unaligned ( gi|18 ): TTCAATATCTATAAACAAACCCTAATCTCCTCTGACGGGCTTCTTGCACAAGATGTGCTTTTAACTAAATTTTAAAATTTTGCTTTAAATTGTTGATGATTTTAATTTAAGGTGGTAAAGAATCCAGTCATAATAGCATGGTAGTAAACAATCAACTATGATAGCCCCACC
Unaligned ( gi|20 ): ATAATCCTGCATGCAGTGGAACAATGCCTAATCAAAGTACTAGCATTGAATAAGTGCAGATCTCTATGCTATTTGACCAGTCACCTTGACAACCTATTTAGCTGGGCGCCATTTCTTATTTATACAGGAATTTTA
Unaligned ( gi|29 ): AACAGTAGTCGAAATAACCTTGAATGAGCGCTGATGATAGAGTTGATCTTAAC

lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      11111111111111111111111111111111111111111111111111111111                     
lowQualScore                  :                                                                                                              1111111         22222222222222222                      11111111111            111111111             2222222222                                                                                111111                                   11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                                                              111111111111                                                111111              111111111111111                         22222222222         111                                                                  11111111111                    22222222                            3333333333333333333333              00000000000000000000000000000000000000000000000000000000         1111        
lowQualScore                  :                         2     5 33    7 2 2  33   8888  2   2  4   444 2  2 2  4 2 4  7777  7777  7777777 2  0000000 2   44  11111111111111111   2   888888  2 77   22222222222  55   2 4  444444444     0 55555 2222222222  4    2 2   2 4  77 33 4 2 2  55   4 33   2  666 33  2 2  33  33  2 2 8888888  000000   2  2 5  5  2  2 2      66  2  2 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 444  555 2 9999   2 33  2 4      0   33  2 2      2   66666 5555   2 2     2 222222222222 2       2 666 2      2 33    2 2 9999999  777  444444  33 2  33  2 888888888888888   33    4    4   777    22222222222   55    111    4         55 4   4 55 55 777     4  4   9999  5  7777  5 5    99999999999 5   888    5       55555555    77  5    5 0  5         1111111111111111111111 6       22   33333333333333333333333333333333333333333333333333333333  1      7777        
lowQualScore                  :                         .     . ..    . . .  ..   ....  .   .  .   ... .  . .  . . .  ....  ....  ....... .  ....... .   ..  .................   .   ......  . ..   ...........  ..   . .  .........     . ..... ..........  .    . .   . .  .. .. . . .  ..   . ..   .  ... ..  . .  ..  ..  . . .......  ......   .  . .  .  .  . .      ..  .  . .......................................................................... ...  ... . ....   . ..  . .      .   ..  . .      .   ..... ....   . .     . ............ .       . ... .      . ..    . . .......  ...  ......  .. .  ..  . ...............   ..    .    .   ...    ...........   ..    ...    .         .. .   . .. .. ...     .  .   ....  .  ....  . .    ........... .   ...    .       ........    ..  .    . .  .         ...................... .       ..   ........................................................  .      ....        
lowQualScore                  :                         7     0 22    1 4 4  22   2222  4   4  7   111 4  4 4  7 4 7  4444  4444  6666666 4  6666666 4   44  22222222222222222   4   111111  4 88   33333333333  66   4 7  111111111     5 99999 1111111111  7    4 4   4 7  99 22 7 4 4  66   4 22   5  999 77  7 7  77  44  5 5 7777777  333333   5  5 0  0  5  5 5      88  9  9 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 777  555 7 3333   7 77  7 7      1   77  7 7      5   22222 3333   5 5     5 888888888888 5       4 111 4      4 22    9 9 3333333  999  333333  99 9  77  7 555555555555555   99    0    0   000    77777777777   55    000    0         55 0   0 55 55 000     4  4   4444  0  8888  0 0    44444444444 0   888    7       77777777    99  7    7 1  7         8888888888888888888888 7       00   55555555555555555555555555555555555555555555555555555555  0      0000        
consensus                     :                  TAGTTTA-GTTTA-G--CTTT-A-T-TC--AGG----CA-GAA-CA-TCA---T-TT-T-TG-T-A-CA----AA----AT-------A-TC--A-CT-A-AGA-CAT--T--------------ACA-ATT---A--AC-A-CAAT-------A---TT--ATA-T-AG---------TTCATAC-----C----------AG-ATGT-T-ATC-A-CA--G--T-C-A-TA--AAT-A--TCA-CA---A--TG-T-TA--TT--AT-C-A-------CA------TAC-AA-G-AT-AT-TA-T-CACAGC--TT-CA-C-------------TA----AG-----------C-------------A----------T----------A-----T---CA-C-A-G----TCT-A--CC-TAGGATAACCCA--TT-A-AAGCAA-CAA-----T----ATT-G-TTGCT-T------------A-TTTCCAA-T-G-G-GGTCCT-T--GAGA-A-T-------TT---AA------AA--T-AC--AT-A--------T------ATA--TACA-CATA-TCA---AAGTCAA-TCAA-TTAAT--AAAT---AAAT-TACAAATGG--A-TGG-C--A--T---GGACA-GC-AAT----GT-AA-A--CA-T-ATTT---AT------G-TAA---GTGA-ATGATAT-TA-----TTGG--CC-TGAA-TAAA-CTAAGATTA-----TTGTA--C--AG-----G-TTAAGAACNAGA--CA-TA--------T-AAATCGAGGTTNAAA---ATAT-TGA------------ATATGCAAAC----TCCCTATT
Reference ( family-1272 )     :                  TAGTTTA-GTTTA-G--CTTT-A-T-TC--AGG----CA-GAA-CA-TCA---T-TT-T-TG-T-A-CA----AA----AT-------A-TC--A-CT-A-AGA-CAT--T--------------ACA-ATT---A--AC-A-CAAT-------A---TT--ATA-T-AG---------TTCATAC-----C----------AG-ATGT-T-ATC-A-CA--G--T-C-A-TA--AAT-A--TCA-CA---A--TG-T-TA--TT--AT-C-A-------CA------TAC-AA-G-AT-AT-TA-T-CACAGC--TT-CA-C-------------TA----AG-----------C-------------A----------T----------A-----T---CA-C-A-G----TCT-A--CC-TAGGATAACCCA--TT-A-AAGCAA-CAA-----T----ATT-G-TTGCT-T------------A-TTTCCAA-T-G-G-GGTCCT-T--GAGA-A-T-------TT---AA------AA--T-AC--AT-A--------T------ATA--TACA-CATA-TCA---AAGTCAA-TCAA-TTAAT--AAAT---AAAT-TACAAATGG--A-TGG-C--A--T---GGACA-GC-AAT----GT-AA-A--CA-T-ATTT---AT------G-TAA---GTGA-ATGATAT-TG-----TTGG--CC-TGAA-TAAA-CTAAGATTA-----TTGTA--C--AG-----G-TTAAGAACNAGA--CA-----------T-NAATTGANGNTNAAA---ATAT-TGA------------ATATGCAAAC----TCCCTATT
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     A-----T----AAT-G-TTACT-T------------A-T--CCAA-T-G-G-G-TCCT-T--GAGA-A-T-------T----AA------AA--T-AC--AT-A--------T------ATA--TACA-CATA-TCA---AAGTCAA-TAAA--------AAATT--AAATCTACAAA--G--A-TGG-C--AGAT---GGACA-GC-AAT----GT-AA-A--CA-T-AGTT---TT------G-TAA---GTGA-ATGATAT-TA-----TTTG--CC-TGAA-TAAA-CTAAGTTTT-----TTGTA--C--A------G-TTAAGAACTAGAATCAATAGTAAAATGT-AAATTGAGGTT--AA---ATATCT--------------ATAAACAAAC----TCCCTATT
gi|10                         :                     TTTA-GTTTA-G--CTTTTA-T-TC--AGA----CA-GAAGCAATCT---T-TT-T-TG-T-A-CA----AA----AT-------A-TTCAA-TT-A-AAA-CATATT--------------ACA-ATT---T--AC-A-TAAT-------A---TT--ATA-TTAG---------TTCATAC-----CCTGGC-----AG-ATGT-T-ATC-A-CA--G--TTC-A-TA--AATTA--TCA-CA---A--TG-T-AT--TT--AT-A-A-------CA------TAC-AAAG-AT-AT-TA-T-CACAGC--TC-CT-C-------------AA----AG-----------CATTTTTACATTT-A----------T----------A-----T---CA-CAA-G----TCT-A---C-TAGGATAACCCA--TT-A-AAGCAA-C-A-----T----ACT---TTGCT-T------------A-TTTCCAA-T---G-GGTCCT-T--GAGA-ATT-------TT---AA------AA--T-AC--AT-A---------------ATA--Tctccctctgacgggtttcttgcacaagatgtgctttaactaatattttaaaatttgctttattgttgactgacttaatttcaggtggtaaagaattccagtcaataatggcatggtagtaaaaattagaactattataagcccccacccttggaacaatgaaatgaaattaaaattggaaccccctcttgtaacattattgtttctaacaaactgctctgcctcatgcaagtatctaggtgagatattatggaagatattaaaaacatgattaagacaaagttgtcttattctattacttacacagagtgtgttcacagattccagaatatcacaatttatagtggctctagggcctagattctgaatgaacctgattgttttgtttttgagaacctgtaatttcttttgcaagggtttagataatcctgcataccatgcagaggttcagatgctaaagttgaccttgacagcctatttagccaggggccatttctatacaggaatctttaacttgagttgaagttggcgatatatctcattcacgatgagattacatttcagaaacctgtcaatagttacccctaagtatttgacctgat
gi|11                         :                    tTTTATGTTTA-GGCTTTT-A-T-TC--AGA----CA-GA--CA-TCT---T-TT-T-TG-T-AGCA----AA----AT-------A-TC--A-AT-A-AAA-CAT--TT-------------ACA-ATT---T--AC-A-TAAT-------A---TT--ATA-TTAG---------TTCATAC-----CCTGGC-----AG-ATGT-T-ATC-AGCA--G--T-C-A-TA--AAT-A--TCA-CA---A--TG-T-TA--TT--AT-A-A-------CA------TACAAA-G-AT-AT-TA-T-CACAGC--TA-CT-C-------------AA----AG-----------CATTTTTACATTTTA----------T----------A-----T---CA-C-A-AGT--TCT-A--CC-TAGGATAACCCA--TT-A-AAG-AA-CAA-----T----ACT-G-TTGCT-T------------A-TTTCCAA-T---G-GGTCCT-T--GAGA-A-T-------TT---AA------AA--TAAC--AT-A---------------ATA--Tgaatatttacacaaacgactaaag
gi|12                         :                  tAGTTTA-GTTTA-G--CTTT-A-T-TC--AGA----CA-GAA-CA-TCT---T-TT-T-TG-T-A-CA----AA----AT-------A-TC--A-TT-A-AAA-CAT--T--------------ACA-ATT---T--AA-A-CAAT-------A---TT--ATA-T-AG---------TTCATACCCTGGC----------AG-ATGT-T-ATC-A-CA--G--T-C-A-TA--AAT-A--TCA-CA---A--TG-T-TA--TT--AT-A-A-------CA------TAC-AA-G-AT-AT-TA-T-CACAGC--TT-CA-C-------------TA----AG-----------C-------------A----------TTTTNNNNNNNN-----N---NN-N-N-N----NNN-N--NN-NNNNNNNNNNNN--NN-N-NNNNNN-NNN-----N----NNN-N-NNNNN-N------------N-NNNNNNN-N-N-N-NNNNNN-N--GAGA-A-T-------TT---AA------AA--T-AC--ATAA--------T------ATA--TA
gi|13                         :                             TA-G--CTTT-AAT-TC--AGG----C---AA-CA-TCA---A-GT-T-AC-T-A-C-----AA----AT-------A--C--A-C--A-AAA-CA------------------ACA-ATC---ACGAC-A--AAT-------A----T--A-A-T-AGC--------CCCAAAC-----C----------AGAATGT-T-A-C-A-CA--T--T-C-A-TA--ACT-ACCTCA-CA---A---G-T-----CT--AT-CTG-------CA-------AC-CA-A-CTAAT-TA---CACAGC---T-CA-CA------------TATATCAG-----------C-------------A----------CATTCCTAG--A-----T---TA-T-C-G----TCT----CC-TTGCGT--TCCACCTTGA-AAGCAAGCAA-----T----ATT-C-TTTC--T------------A--TTCAAA-T---G-GGTCCT-T--GAAA-A-T-------TT---AA------AC--T-AT---T-A--------T------ATG--TACt
gi|14                         :       ttagttaatcgtacTTTG-TTTTA-G---TTT-A-T-TC--AG-----CA-GAA-CAATCA---T-TT-CATG-T-A-CA----AA----AG-------A-TC--A-CT-A-AAT-TAT--T--------------ACA-ATTAACA--AC-A-CAATA------A---TT--ATA-T-AA---------TTCATA------C----------AG-ATGT-T-ATC-A--A--G--T-C-A-TA--AAT-A--TCA-CG---A--T--T-----TT--AT-C-A-------CA------T-C-AA-GAAT-AT-TA-T---CAGCTGTT-CA-C-------------TA----GG-----------C-------------ACTTTT-----T----------ACATATT---CA---A-G----TCT-A--CC-TA-GATAACCCA--TT-AGAAGCAA-CAAATTTGT----ATT-G-TTGCTAT------------G-TTTCCAAGT-G-G-GGTCCT-T--
gi|15                         :                     TTTA-GTTTA-G--TTTT-----TC--AGG----CA-GAA-CA-TC----T-TT-T-TA-T---CA----AG----AT-------A-TC--AGCT-A-AGA--AT--T---------------CA--TT---A--AC-A---AT-----------TT--ATA-T-AC---------TTCAT-C-----C----------AG--TGT-T-ATC-A-CAA-G--T-C---TA----T-A--T-A-CA------TG-T-TA--TT--AT-C-G-------AA------TAC-AA-G-AT-AT----T-TACAG---TT-CA-C-------------TA----GG-----------CATTTTACCAT---A----------T----------A-----T---CA-C-A-G----TCT-AGCCT-TGGGATAG-CCA--TT-A-AAGCAT-CTA-----T-----TT-GTTTGCT-T------------A-TT--CAA-TGG-G-GGTCTT-T--GAGA-A-T-------TTG--GA------AA--T-AC--AC-A--------
gi|16                         :                  gtGTTTA-GTTTAAG--CTTT-A-T-TC--AGG----CAAGAA-CA-TAA---T-TT-A-TG-T-AATA----AC----ATGGAGAGGA-TC--A--T-A-AGA-TAT--TTGTTAGTAGTTTCAACA-ATA---A--AT-A-TAATCGAGAGTA---TTG-ATC-T-AGA--------TCCAT-C-----CTATGTTAGCAAG-ATGT-T-ATCCA-CA--G--T-C-A-TT--AAT-A--TCA-CA---A--TG-T-TA--TT--AT-C-ATGGGCATCA------TAT-AC-GTAT-AT-TA-T-CACc
gi|17                         :                                g--CTTT-A-T-TC--AGGGAGCCA-AAA-CA-TCACTGT-TT-T-TG-T-A-CATACGAAT---GT-------A-TCT-A-CTTA-AGA-TACA-T--------------ACG-ATT---A--AC-A-CAAT-------A---TCTAATA-T-AG---------TTCAAAC-----A----------GA-ATGTAA-ATC-ATCA--GTCT-C-ATTA--AATGA--TCACCA---A--TGAT-TA--TTAGATGC-A--------A------TAC-AA-G--T-AT-TA-T-CACAGgcgtt
gi|19                         :    tcatttaagcattccagaTTA-GTTTA-G--CTTTAA-T-TC--ACG----CG-AAA-CA-TCG-----TT-T-TG------A----GG----AC-------A-T-----CT-A-G----AT--T--------------AC--ATA---A--AC-ACCAAT-------ATTTTT--CTA-T-AG---------ATAAT-------C----------AG-AAGT-T--TC-A-CAG-G--T-C-A-TAACAAT----TCA-CA---AATTG-G-TA--TT--AC-C-
gi|2                          : ttaggttttaagtttaaagGTTTA----TA-G--CTTTTA-TGTC--AGG----CG-TAA-CT-TCA---TGTT-C-TGAT-A-CAT---AA----AT-------AATCT-A-C--A-AGA-CAT-----------------ACTTATT---A--AC-A---AC-----------TT--ATA-T-AGAATAGTTCTTTCACAC-----C----------AGTATGT-TGATC-A-CAATG--T-C-C-TAT-GAC-A--TTA-TACGAA--TG-TGTGATTT--AT-C-A-------CAA-----TTC-CA-G-AT-CT-TA-TACGAAGC--TTACAAC-------------TA----AGTCGATCGTTTCC-------------A----------T----------AGTAG-T---CA-C-A-AGTATTCT-A--CA-T-GTATTACCTA--TT-A-AAGCAG-CAA-----TCTATATT-G-TTGCT-T------------AATTTCCAA-T-G-GTGGTCCT-T--GAGAGA-T-------TT---AAAATA--AA--T-AC--AT-A--------TATGGTAATA--TACGTCATA-TCA---AAGTAAACTTAA-GTAATAAAAATTGAAAAT-TA-AAATGGTAA-TGGAC--A--T---GGACA-GCAAATTGGGGT-AA-GACCA-T-GTTC---ATTAATTGG-TAAGATGTGATATGG-AT-TGATCTTTTGGATCC-TGAATTAAATCTAAGATTAGTTCGTTGT------AG-----G--TAAGAAAGAGA--CA-----------TATAATTAATAATGAAA---ATAT-TG
gi|21                         :                   ttcTTA-GTTTA-G--CTTT-A-T-TC--AGG----CA-GAA-CA-TCA---T-TT-T-TGTT-A-CA----AA----A--------A-TC--A-GT-AGAGA--AT--T--------------ACA-ATT---AC-ACAA-CAAT-------A---TT--ATAGT-GG---------TTCATAC-----C----------AG-ATGT-T-A-C-A-CA--G--T-CAA-TA--AAT-A--TCA-CA---taaatttgagcgttacatgatctataaaacataatctttccgctgatttcatttacgctgcttgaagggcgtatttgcacaaggatgtgtcttgttaaactaattattttaaatattgcttttgatgtgttgattgacgtgaaatttcaagggtgcgtaagatgtaatttccatgtgtcaataatggcacggtatgta
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                          T--AT-C-A-------CA------TAC-AA-G-AT-AT-TA-T-CACATC--TT-CA-T-------------TA----AG-----------C-------------ACTTTTACATAT----------A-----T---CA-G-A-G----TCT-A--CC-TTGGATAATCCA--TT-A-AAGCAA-CAA-----T----ATT-G-TTGCT-T------------A-TTTCCAA-T-GTG-TGTCCT-T--
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  -CAA-----T----ATT-G-TTGCT-T------------A-TTTCCAA-T-G-G-GGTCCT-TTGAAGA-A-T-------TT---AA------AA--T-AC--AT-A--------T------ATGTTTACA-CATA-TCA---AA---AA-TCAATTTAAT--AAAC----AAT-TACAAAT-G--A-TAG-CTGA--T---GGAC
gi|24                         :                      TTA-GTTTA-G--CTTT-A-T-TC--AGA----CA-GAA-CA-TCA---T-TT-T-TG-T-A-CA----AA----AT-------A-TC--A-CT-A-AGG-CAT--T--------------ACA-ATT---A--AC-A-CAAT-------A---TT--ATA-T-AG---------TTCATAC-----C----------AG-ATGT-T-ATC-A-CA--G--T-C-A-TA--AAT-
gi|25                         :                        A-GTTTA-G--CTTT-A-T-TC--AGG----CA-GAG-CA-TCA---T-TT-T--A-T-A-CA----CA----AT-------A-TC--A-CT-A-AAATCAT--T--------------ACA-AT---------------------------------A-T-AG---------TTCATGC-----C----------AG-ATGT-T-ATC-A-AA--G--T-C-A-TA--AAT-A--TC
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       --AT-T--------T------GTA--TA----ATA-TCA---AAGT----TCAA-TTAAT--AAAT---AAAT-TACAAATGG--AGTGG-C--A--TATGGGACACGC-AAT----GTGAA-A--CATT-ATTTAAAAT------G-TAA---GTG
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      -------------A----------T----------A-----T---CA-C-A-G----TCT-A--AC-TAGAATAACCCA--TT-A-AAGCAA-CAA-----T----ATC-G-TTGCT-T------------A-TTTCCAA-A-G-G-GGTCCT-T--c
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ctaggcacttttacat-AA-G-ATTAT-TA-T-CACAGC--TT-CA-C-------------TAC---AG-----------T-------------ACTTTCACATAT----------A-----T---CA-C-A-G----TCTAA--CC-T-GGATAACCCA--TT-A-AAGCAA-C
gi|3                          :                     TTTA-GTTTATG--CTGC-A-T-TTCAAGGAT--CA--AG-CA-TGA---T-TTAT-TA-TCA-GA----AAGATAAT-------G-TC----------GA-TAT--TTTC-----------ACA-ATT---C--AA-ATCAAT-------A---TT--ACA-T-AG---------TTCATAC-----C----------AC-ATGT-T-ATC-A-CA--G--TCC-A-TA--AAT-A--TCA-CAG--A--TG-T-TA---T--AT-C-A-------CA------TAC-AA-A-AT-ATCCATT-CACAGCT-TT-CA-CTCCACGGTATCTATA----GA-----------C-------------A----------T----------A-----TATCTA-CTATG----TCT-A--CCATAGGATAACCCA--AT-A-AAGC-A-CAA-----T----ATTCG-TTGCT-TATTTTCCAATACA-TTTCCAA-T-G-G-GTTCCTGT--GAGA-A-TACATAGATT---AGTTTTTTTG--T-AT--GT-AC-------T------ATT--TACA-CATATTCA---AAGTCAACTCTA-TTAAT--TAAA---AAAT-T-----TGC--A-TGG-A--A--T---GGACA-G--AAT----GA-AACA--CA-TAATTTA--AT------GTTAA---GTGA-ATGATATCTG-----TAGG--CTGTGAA-T-AC-CTAAGATTA-----T
gi|4                          :                 gtAGTTTA-GTTTA-G--CTTT-A-T-TC--AGG----CA-GAA-CA-TCA---T-TA-A-TG-T-A-CA----AA----AG-------A-TC--A-C----AGA-TAT--T--------------ATA-AAT---A--AC-A-CAAT-------A---CT--CCA-T-GG---------TTTATAC-----C----------AG-ATGT-T-ATT-A-CA--G--T-C-A-TA--AAT-A--TCA-CA---A--TG-T-TA--TT--AT-C-A-------TA------TGC-AA-G-AT-GT-TA-T-CACAGC--TT-CA-G-------------CA----GG-----------CACTTTTACAT---A----------T----------A-----C---TA-C-A-G----TCN-N--NN-NNNNNNNNNNNN--NN-N-NNNNNN-NNN-----N----NNN-N-NNNNN-N------------N-NNNNNNN-N-N-N-NNNNNN-N--GAGA-A-T-------TT---AA------AA--T-AT--AT-AGATATATGT------ATA--TACA-CATA-TCATTGAAGTC-A-T----TTAAT--AAAT---AAAT-TACAAATGG--A-TGG-C--A--T---GGACA-GC-----------------------------------------A---GTGA-ATGATAT-TT-----TTGG--CC-TGTA-TG----TACAATTA------AGTA--CTAAA-----A-TCAATAAAAAGA--AATTG--------T-AAATTGAGGTTT--A---ATA--TGA------------ATATGCAAAC----TCCCTATTctttgtgcctttcctaattactcccctctgagggcgtgagtgcacaagggatgtgcattttactccaattttaaatcgttttaatgtttgaatgagtctatgtttaggtcggataggaattgcctcaatcaagtaatggcaatgtgtagtgaatatgattagatatattataagctctc
gi|5                          :                  TAGTTAA-GTTTA-G--CATT-A-T-TC--AGG----CA-GAA-CA-TCA---T-TT-T-TA-T-G-CA----AA----AT-------A-TC--A-CT-A-AGA-CAT--T--------------ACA-ATT---A--AC-A-CGAT-------A---TT--ATA-T-GG---------TTCATAC-----C----------AG-ATAT-T-ATC-A-CA--G--C-C-A-TA--AAA-A--TCA-CA---A--TG-T-TA--TT--AT-C-A-------CA------TAC-AA-G-AT-AT-CA-T-CACAGC--TT-CA-C-------------TA----AG-----------C-------------A----------T----------A-----T---CA-C-A-G----TCT-A--CC-CAGGATAAACCA--TT-A-AAACAA-CAA-----T----ATT-G-TTGCT-T------------A-TTTCCAA-T-G-G-GGTCCT-T--GATA-A-T-------TT---AA------AA--T-AC--AT-A--------T------ATA--TACA-CATA-TCA---AAGTCAA-TCAA-CAAAC--AAAC---AAAC-CACAAATGG--A-TGA-C--A--T---GAACA-GC-AAC----AT-AA-A--CA-T-ATTT---AT------G-TAA---GTGA-ATGATAT-AA-----TTGG--CC-TGAA-TAAA-CTAAGATTA-----TTGTACGC--AG-----GTTTAAGAATGAAA---A-----------T-AAATCAAAGTTGACG---ATAC-TGA----------------GCAGACGGGGTCACTATTctccctctgacgggcatcttgcacaagatgtgttttaactaatgttctagaattctctttatcactgactggcttaataattccaatcaataatggcatggtagtaaatagtagagttattaaaagcccccacccttggaacaatgaaattaaaattggaacct
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TTTCAA-T-G-G-AGTCCT-T--GAGA-A-T-------TT---AA------AAAAT-AC--TA-A--------T------ATA--TACA-CATA-TCA---AAGTCAA-T--------T--AAAT---CAAT-TACAAATGG--A-TGG-C--A--T---GGACA-GC-AAT----GT-AA-A--CA-T-ATTT---AT------G-TAA---GTGA-ATTATAT-----------------TAAA-TAAA-CTAAGGTTA-----ATATA--C--A------G-TTAAGAACTAAAATCAATAATAAAATGT-AAATTGAGGTTC--A---ATATCTG--------------TATGCAAAC----TCCCTAT
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                               c-A--TCA-CA---A--TG-T-TA--TT--AT-C-A-------CA------TAC-AA-G-AT-AA-TA-T-CACAGC--TT-CA-C-------------TA----AG-----------C-----------------------------------A-----C---CGTC-A-G----TCN-N--NN-NNNNNNNNNNNN--NN-N-NNNNNN-NNN-----N----NNN-N-NNNNN-N------------N-NNNNNNN-N-N-N-NNNNNN-N--GAGA-A-T-------TTTTAGA------AA--T-ACATAT-A--------T------ATA--TACA-CATA-TCA---AAG-----TCAA-TTAAT--AAAT---AAAT-TACAAATGG--A-TGG-C--A--T---GGACA-GC-AAT----GT-AA-A--CA-T-ATTT---AT------G-TAA---GTGA-ATGATAT-TA-----TTGG--CC-TGAA-TAAA-CTAAGATTA-----TTG-A--C--AGGTACAG-TTAAGAACTATT--TA-------------GAATCAATAATAAAATGTAAAT-TGAGGTTCAGTTTCTATATACAAAC----TCCCTATTgacttctcgcacaagatgtgctttgattaatgttttaaaatttgctttattgttgactaacttaatttcaggtggtaaagaattccaatcaataatggcatggtagtaaaatttagattataatcccacccttggaacaatgaaattaaaattggaacctctcgtaacattatcgtttctaacaaattgctcaggcaagta
gi|9                          :                  TAGCTTA-GTTTA-G--CTTT-A-T-TC--AGG----CA-GAA-CA-TCA---T-TT-T-TG-T-A-CA----A----------------TC--A-CTTA-AGA-CAT--T--------------ACA-ATT---A--AC-A-CAAT-------A---TT--ATA-T-AG---------TTCATAC-----C----------AG-ATGT-T-ATC-A-CA--G--T-C-A-TA--AAT-A--TCA-CA---A--TG-T-TA--TT--AT-C-A-------CATACATGTAC-AA-G-AT-AT-TA-T-CACAGC--TT-TA-C-------------AA----AG-----------C-------------ACTTNNNNNN-N----------N-----N---NN-N-N-N----NNN-N--NN-NNNNNNNNNNNN--NN-N-NNNNNN-NNN-----N----NNN-N-NNNNN-N------------N-NNNNNNN-N-N-N-NNNNNN-N--GAGA-T-T-------TT---AA------AA--T-AC--AT-A--------T------ATA--TACA-CATA-TCA---AAGTC----------AAT--AAAA---AAAT-TACAAATGG--A-TGG-C--A--T---GGACA-GC-CAT----ctccctctgacgggcttcttgcacaagatgtgctttaactaatatttgaa

Unaligned ( gi|8 ): TAAAAATTAGAACTATTATAAGCCCCCACCCTTGGAACAATGATATTAAAATTGGAACCCCCTCACGTAACATTATTGTTTCTAACAAACTGCTCATGCAAGATTAAGACGAAGTTGTCTTACTCTATTACTAACACAGAGTGTGTTTACAGATTCCAGAATATCACAATTTATAGTGGCTCTAGGGCCTAGATTTTGAATGAACCTGATTGTTTTGTTTTGGAGAACCTGTAATTTCTTTTGCAAGGGTTTAGATAATCCTGCATACCATGCAGAGGAACAATAATCGAAGTAGCATTGAATAAGTGCAGATGCTAGAGTTGACCCTGACAACCTATTTAGCCAGGGACCATCCTTAGGATATCATACTGAACATATTTTA
Unaligned ( gi|18 ): TTCAATATCTATAAACAAACCCTAATCTCCTCTGACGGGCTTCTTGCACAAGATGTGCTTTTAACTAAATTTTAAAATTTTGCTTTAAATTGTTGATGATTTTAATTTAAGGTGGTAAAGAATCCAGTCATAATAGCATGGTAGTAAACAATCAACTATGATAGCCCCACC
Unaligned ( gi|20 ): ATAATCCTGCATGCAGTGGAACAATGCCTAATCAAAGTACTAGCATTGAATAAGTGCAGATCTCTATGCTATTTGACCAGTCACCTTGACAACCTATTTAGCTGGGCGCCATTTCTTATTTATACAGGAATTTTA
Unaligned ( gi|29 ): AACAGTAGTCGAAATAACCTTGAATGAGCGCTGATGATAGAGTTGATCTTAAC

lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          11111111111111                                                
lowQualScore                  :                                                                                                              1111111         22222222222222222                      11111111111            111111111             2222222222                                                                                111111                                   11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                                                              111111111111                                                111111              111111111111111                         22222222222         111                                                                  11111111111      11111111                                          3333333333333333333333         111111   11111111111111              3333333333333         1111        
lowQualScore                  :                         2     5 33    7 2 2  33   8888  2   2  4   444 2  2 2  4 2 4  7777  7777  7777777 2  0000000 2   44  11111111111111111   2   888888  2 77   22222222222  55   2 4  444444444     0 55555 2222222222  4    2 2   2 4  77 33 4 2 2  55   4 33   2  666 33  2 2  33  33  2 2 8888888  000000   2  2 5  5  2  2 2      66  2  2 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 444  555 2 9999   2 33  2 4      0   33  2 2      2   66666 5555   2 2     2 222222222222 2       2 666 2      2 33    2 2 9999999  777  444444  33 2  33  2 888888888888888   33    4    4   777    22222222222   55    111    4         55 4   4 55 55 777     4  4   9999  5  7777  5 5    99999999999 5    88888888    5      5 3    77  5    5 0  5         1111111111111111111111 6       666666   11111111111111 1     3      6666666666666  1      7777        
lowQualScore                  :                         .     . ..    . . .  ..   ....  .   .  .   ... .  . .  . . .  ....  ....  ....... .  ....... .   ..  .................   .   ......  . ..   ...........  ..   . .  .........     . ..... ..........  .    . .   . .  .. .. . . .  ..   . ..   .  ... ..  . .  ..  ..  . . .......  ......   .  . .  .  .  . .      ..  .  . .......................................................................... ...  ... . ....   . ..  . .      .   ..  . .      .   ..... ....   . .     . ............ .       . ... .      . ..    . . .......  ...  ......  .. .  ..  . ...............   ..    .    .   ...    ...........   ..    ...    .         .. .   . .. .. ...     .  .   ....  .  ....  . .    ........... .    ........    .      . .    ..  .    . .  .         ...................... .       ......   .............. .     .      .............  .      ....        
lowQualScore                  :                         7     0 22    1 4 4  22   2222  4   4  7   111 4  4 4  7 4 7  4444  4444  6666666 4  6666666 4   44  22222222222222222   4   111111  4 88   33333333333  66   4 7  111111111     5 99999 1111111111  7    4 4   4 7  99 22 7 4 4  66   4 22   5  999 77  7 7  77  44  5 5 7777777  333333   5  5 0  0  5  5 5      88  9  9 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 777  555 7 3333   7 77  7 7      1   77  7 7      5   22222 3333   5 5     5 888888888888 5       4 111 4      4 22    9 9 3333333  999  333333  99 9  77  7 555555555555555   99    0    0   000    77777777777   55    000    0         55 0   0 55 55 000     4  4   4444  0  8888  0 0    44444444444 0    11111111    7      7 9    99  7    7 1  7         8888888888888888888888 7       222222   77777777777777 0     3      1111111111111  0      0000        
consensus                     :                  TAGTTTA-GTTTA-G--CTTT-A-T-TC--AGG----CA-GAA-CA-TCA---T-TT-T-TG-T-A-CA----AA----AT-------A-TC--A-CT-A-AGA-CAT--T--------------ACA-ATT---A--AC-A-CAAT-------A---TT--ATA-T-AG---------TTCATAC-----C----------AG-ATGT-T-ATC-A-CA--G--T-C-A-TA--AAT-A--TCA-CA---A--TG-T-TA--TT--AT-C-A-------CA------TAC-AA-G-AT-AT-TA-T-CACAGC--TT-CA-C-------------TA----AG-----------C-------------A----------T----------A-----T---CA-C-A-G----TCT-A--CC-TAGGATAACCCA--TT-A-AAGCAA-CAA-----T----ATT-G-TTGCT-T------------A-TTTCCAA-T-G-G-GGTCCT-T--GAGA-A-T-------TT---AA------AA--T-AC--AT-A--------T------ATA--TACA-CATA-TCA---AAGTCAA-TCAA-TTAAT--AAAT---AAAT-TACAAATGG--A-TGG-C--A--T---GGACA-GC-AAT----GT-AA-A--CA-T-ATTT---AT------G-TAAG--------TGAA-TGATAT-TATTGG--CC-TGAA-TAAA-CTAAGATTA-----TTGTA--C--AG-----G-TTAAGAAC----NAGAATCAATAATAAAA-TGTAAATTGAGGTTN--AATAT-TGAATATGCAAAC----TCCCTATT
Reference ( family-1272 )     :                  TAGTTTA-GTTTA-G--CTTT-A-T-TC--AGG----CA-GAA-CA-TCA---T-TT-T-TG-T-A-CA----AA----AT-------A-TC--A-CT-A-AGA-CAT--T--------------ACA-ATT---A--AC-A-CAAT-------A---TT--ATA-T-AG---------TTCATAC-----C----------AG-ATGT-T-ATC-A-CA--G--T-C-A-TA--AAT-A--TCA-CA---A--TG-T-TA--TT--AT-C-A-------CA------TAC-AA-G-AT-AT-TA-T-CACAGC--TT-CA-C-------------TA----AG-----------C-------------A----------T----------A-----T---CA-C-A-G----TCT-A--CC-TAGGATAACCCA--TT-A-AAGCAA-CAA-----T----ATT-G-TTGCT-T------------A-TTTCCAA-T-G-G-GGTCCT-T--GAGA-A-T-------TT---AA------AA--T-AC--AT-A--------T------ATA--TACA-CATA-TCA---AAGTCAA-TCAA-TTAAT--AAAT---AAAT-TACAAATGG--A-TGG-C--A--T---GGACA-GC-AAT----GT-AA-A--CA-T-ATTT---AT------G-TAAG--------TGAA-TGATAT-TATTGG--CC-TGAA-TAAA-CTAAGATTA-----TTGTA--C--AG-----G-TTAAGAAC----NAGA--C---------A-TATAAATCGAGGTTNAAAATAT-TGAATATGCAAAC----TCCCTATT
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     A-----T----AAT-G-TTACT-T------------A-T--CCAA-T-G-G-G-TCCT-T--GAGA-A-T-------T----AA------AA--T-AC--AT-A--------T------ATA--TACA-CATA-TCA---AAGTCAA-TAAA--------AAATT--AAATCTACAAA--G--A-TGG-C--AGAT---GGACA-GC-AAT----GT-AA-A--CA-T-AGTT---TT------G-TAAG--------TGAA-TGATAT-TATTTG--CC-TGAA-TAAA-CTAAGTTTT-----TTGTA--C--A------G-TTAAGAAC----TAGAATCAATAGTAAAA-TGTAAATTGAGGTT--AAATATCT--ATAAACAAAC----TCCCTATT
gi|10                         :                     TTTA-GTTTA-G--CTTTTA-T-TC--AGA----CA-GAAGCAATCT---T-TT-T-TG-T-A-CA----AA----AT-------A-TTCAA-TT-A-AAA-CATATT--------------ACA-ATT---T--AC-A-TAAT-------A---TT--ATA-TTAG---------TTCATAC-----CCTGGC-----AG-ATGT-T-ATC-A-CA--G--TTC-A-TA--AATTA--TCA-CA---A--TG-T-AT--TT--AT-A-A-------CA------TAC-AAAG-AT-AT-TA-T-CACAGC--TC-CT-C-------------AA----AG-----------CATTTTTACATTT-A----------T----------A-----T---CA-CAA-G----TCT-A---C-TAGGATAACCCA--TT-A-AAGCAA-C-A-----T----ACT---TTGCT-T------------A-TTTCCAA-T---G-GGTCCT-T--GAGA-ATT-------TT---AA------AA--T-AC--AT-A---------------ATA--Tctccctctgacgggtttcttgcacaagatgtgctttaactaatattttaaaatttgctttattgttgactgacttaatttcaggtggtaaagaattccagtcaataatggcatggtagtaaaaattagaactattataagcccccacccttggaacaatgaaatgaaattaaaattggaaccccctcttgtaacattattgtttctaacaaactgctctgcctcatgcaagtatctaggtgagatattatggaagatattaaaaacatgattaagacaaagttgtcttattctattacttacacagagtgtgttcacagattccagaatatcacaatttatagtggctctagggcctagattctgaatgaacctgattgttttgtttttgagaacctgtaatttcttttgcaagggtttagataatcctgcataccatgcagaggttcagatgctaaagttgaccttgacagcctatttagccaggggccatttctatacaggaatctttaacttgagttgaagttggcgatatatctcattcacgatgagattacatttcagaaacctgtcaatagttacccctaagtatttgacctgat
gi|11                         :                    tTTTATGTTTA-GGCTTTT-A-T-TC--AGA----CA-GA--CA-TCT---T-TT-T-TG-T-AGCA----AA----AT-------A-TC--A-AT-A-AAA-CAT--TT-------------ACA-ATT---T--AC-A-TAAT-------A---TT--ATA-TTAG---------TTCATAC-----CCTGGC-----AG-ATGT-T-ATC-AGCA--G--T-C-A-TA--AAT-A--TCA-CA---A--TG-T-TA--TT--AT-A-A-------CA------TACAAA-G-AT-AT-TA-T-CACAGC--TA-CT-C-------------AA----AG-----------CATTTTTACATTTTA----------T----------A-----T---CA-C-A-AGT--TCT-A--CC-TAGGATAACCCA--TT-A-AAG-AA-CAA-----T----ACT-G-TTGCT-T------------A-TTTCCAA-T---G-GGTCCT-T--GAGA-A-T-------TT---AA------AA--TAAC--AT-A---------------ATA--Tgaatatttacacaaacgactaaag
gi|12                         :                  tAGTTTA-GTTTA-G--CTTT-A-T-TC--AGA----CA-GAA-CA-TCT---T-TT-T-TG-T-A-CA----AA----AT-------A-TC--A-TT-A-AAA-CAT--T--------------ACA-ATT---T--AA-A-CAAT-------A---TT--ATA-T-AG---------TTCATACCCTGGC----------AG-ATGT-T-ATC-A-CA--G--T-C-A-TA--AAT-A--TCA-CA---A--TG-T-TA--TT--AT-A-A-------CA------TAC-AA-G-AT-AT-TA-T-CACAGC--TT-CA-C-------------TA----AG-----------C-------------A----------TTTTNNNNNNNN-----N---NN-N-N-N----NNN-N--NN-NNNNNNNNNNNN--NN-N-NNNNNN-NNN-----N----NNN-N-NNNNN-N------------N-NNNNNNN-N-N-N-NNNNNN-N--GAGA-A-T-------TT---AA------AA--T-AC--ATAA--------T------ATA--TA
gi|13                         :                             TA-G--CTTT-AAT-TC--AGG----C---AA-CA-TCA---A-GT-T-AC-T-A-C-----AA----AT-------A--C--A-C--A-AAA-CA------------------ACA-ATC---ACGAC-A--AAT-------A----T--A-A-T-AGC--------CCCAAAC-----C----------AGAATGT-T-A-C-A-CA--T--T-C-A-TA--ACT-ACCTCA-CA---A---G-T-----CT--AT-CTG-------CA-------AC-CA-A-CTAAT-TA---CACAGC---T-CA-CA------------TATATCAG-----------C-------------A----------CATTCCTAG--A-----T---TA-T-C-G----TCT----CC-TTGCGT--TCCACCTTGA-AAGCAAGCAA-----T----ATT-C-TTTC--T------------A--TTCAAA-T---G-GGTCCT-T--GAAA-A-T-------TT---AA------AC--T-AT---T-A--------T------ATG--TACt
gi|14                         :       ttagttaatcgtacTTTG-TTTTA-G---TTT-A-T-TC--AG-----CA-GAA-CAATCA---T-TT-CATG-T-A-CA----AA----AG-------A-TC--A-CT-A-AAT-TAT--T--------------ACA-ATTAACA--AC-A-CAATA------A---TT--ATA-T-AA---------TTCATA------C----------AG-ATGT-T-ATC-A--A--G--T-C-A-TA--AAT-A--TCA-CG---A--T--T-----TT--AT-C-A-------CA------T-C-AA-GAAT-AT-TA-T---CAGCTGTT-CA-C-------------TA----GG-----------C-------------ACTTTT-----T----------ACATATT---CA---A-G----TCT-A--CC-TA-GATAACCCA--TT-AGAAGCAA-CAAATTTGT----ATT-G-TTGCTAT------------G-TTTCCAAGT-G-G-GGTCCT-T--
gi|15                         :                     TTTA-GTTTA-G--TTTT-----TC--AGG----CA-GAA-CA-TC----T-TT-T-TA-T---CA----AG----AT-------A-TC--AGCT-A-AGA--AT--T---------------CA--TT---A--AC-A---AT-----------TT--ATA-T-AC---------TTCAT-C-----C----------AG--TGT-T-ATC-A-CAA-G--T-C---TA----T-A--T-A-CA------TG-T-TA--TT--AT-C-G-------AA------TAC-AA-G-AT-AT----T-TACAG---TT-CA-C-------------TA----GG-----------CATTTTACCAT---A----------T----------A-----T---CA-C-A-G----TCT-AGCCT-TGGGATAG-CCA--TT-A-AAGCAT-CTA-----T-----TT-GTTTGCT-T------------A-TT--CAA-TGG-G-GGTCTT-T--GAGA-A-T-------TTG--GA------AA--T-AC--AC-A--------
gi|16                         :                  gtGTTTA-GTTTAAG--CTTT-A-T-TC--AGG----CAAGAA-CA-TAA---T-TT-A-TG-T-AATA----AC----ATGGAGAGGA-TC--A--T-A-AGA-TAT--TTGTTAGTAGTTTCAACA-ATA---A--AT-A-TAATCGAGAGTA---TTG-ATC-T-AGA--------TCCAT-C-----CTATGTTAGCAAG-ATGT-T-ATCCA-CA--G--T-C-A-TT--AAT-A--TCA-CA---A--TG-T-TA--TT--AT-C-ATGGGCATCA------TAT-AC-GTAT-AT-TA-T-CACc
gi|17                         :                                g--CTTT-A-T-TC--AGGGAGCCA-AAA-CA-TCACTGT-TT-T-TG-T-A-CATACGAAT---GT-------A-TCT-A-CTTA-AGA-TACA-T--------------ACG-ATT---A--AC-A-CAAT-------A---TCTAATA-T-AG---------TTCAAAC-----A----------GA-ATGTAA-ATC-ATCA--GTCT-C-ATTA--AATGA--TCACCA---A--TGAT-TA--TTAGATGC-A--------A------TAC-AA-G--T-AT-TA-T-CACAGgcgtt
gi|19                         :    tcatttaagcattccagaTTA-GTTTA-G--CTTTAA-T-TC--ACG----CG-AAA-CA-TCG-----TT-T-TG------A----GG----AC-------A-T-----CT-A-G----AT--T--------------AC--ATA---A--AC-ACCAAT-------ATTTTT--CTA-T-AG---------ATAAT-------C----------AG-AAGT-T--TC-A-CAG-G--T-C-A-TAACAAT----TCA-CA---AATTG-G-TA--TT--AC-C-
gi|2                          : ttaggttttaagtttaaagGTTTA----TA-G--CTTTTA-TGTC--AGG----CG-TAA-CT-TCA---TGTT-C-TGAT-A-CAT---AA----AT-------AATCT-A-C--A-AGA-CAT-----------------ACTTATT---A--AC-A---AC-----------TT--ATA-T-AGAATAGTTCTTTCACAC-----C----------AGTATGT-TGATC-A-CAATG--T-C-C-TAT-GAC-A--TTA-TACGAA--TG-TGTGATTT--AT-C-A-------CAA-----TTC-CA-G-AT-CT-TA-TACGAAGC--TTACAAC-------------TA----AGTCGATCGTTTCC-------------A----------T----------AGTAG-T---CA-C-A-AGTATTCT-A--CA-T-GTATTACCTA--TT-A-AAGCAG-CAA-----TCTATATT-G-TTGCT-T------------AATTTCCAA-T-G-GTGGTCCT-T--GAGAGA-T-------TT---AAAATA--AA--T-AC--AT-A--------TATGGTAATA--TACGTCATA-TCA---AAGTAAACTTAA-GTAATAAAAATTGAAAAT-TA-AAATGGTAA-TGGAC--A--T---GGACA-GCAAATTGGGGT-AA-GACCA-T-GTTC---ATTAATTGG-TAAGATGTGATATGGATTGATCT-T-TTGGATCC-TGAATTAAATCTAAGATTAGTTCGTTGT------AG-----G--TAAGAAA----GAGA--C---------A-TAT-AATTAATAATGAAAATAT-TG
gi|21                         :                   ttcTTA-GTTTA-G--CTTT-A-T-TC--AGG----CA-GAA-CA-TCA---T-TT-T-TGTT-A-CA----AA----A--------A-TC--A-GT-AGAGA--AT--T--------------ACA-ATT---AC-ACAA-CAAT-------A---TT--ATAGT-GG---------TTCATAC-----C----------AG-ATGT-T-A-C-A-CA--G--T-CAA-TA--AAT-A--TCA-CA---taaatttgagcgttacatgatctataaaacataatctttccgctgatttcatttacgctgcttgaagggcgtatttgcacaaggatgtgtcttgttaaactaattattttaaatattgcttttgatgtgttgattgacgtgaaatttcaagggtgcgtaagatgtaatttccatgtgtcaataatggcacggtatgta
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                          T--AT-C-A-------CA------TAC-AA-G-AT-AT-TA-T-CACATC--TT-CA-T-------------TA----AG-----------C-------------ACTTTTACATAT----------A-----T---CA-G-A-G----TCT-A--CC-TTGGATAATCCA--TT-A-AAGCAA-CAA-----T----ATT-G-TTGCT-T------------A-TTTCCAA-T-GTG-TGTCCT-T--
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  -CAA-----T----ATT-G-TTGCT-T------------A-TTTCCAA-T-G-G-GGTCCT-TTGAAGA-A-T-------TT---AA------AA--T-AC--AT-A--------T------ATGTTTACA-CATA-TCA---AA---AA-TCAATTTAAT--AAAC----AAT-TACAAAT-G--A-TAG-CTGA--T---GGAC
gi|24                         :                      TTA-GTTTA-G--CTTT-A-T-TC--AGA----CA-GAA-CA-TCA---T-TT-T-TG-T-A-CA----AA----AT-------A-TC--A-CT-A-AGG-CAT--T--------------ACA-ATT---A--AC-A-CAAT-------A---TT--ATA-T-AG---------TTCATAC-----C----------AG-ATGT-T-ATC-A-CA--G--T-C-A-TA--AAT-
gi|25                         :                        A-GTTTA-G--CTTT-A-T-TC--AGG----CA-GAG-CA-TCA---T-TT-T--A-T-A-CA----CA----AT-------A-TC--A-CT-A-AAATCAT--T--------------ACA-AT---------------------------------A-T-AG---------TTCATGC-----C----------AG-ATGT-T-ATC-A-AA--G--T-C-A-TA--AAT-A--TC
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       --AT-T--------T------GTA--TA----ATA-TCA---AAGT----TCAA-TTAAT--AAAT---AAAT-TACAAATGG--AGTGG-C--A--TATGGGACACGC-AAT----GTGAA-A--CATT-ATTTAAAAT------G-TAAG--------TG
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      -------------A----------T----------A-----T---CA-C-A-G----TCT-A--AC-TAGAATAACCCA--TT-A-AAGCAA-CAA-----T----ATC-G-TTGCT-T------------A-TTTCCAA-A-G-G-GGTCCT-T--c
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ctaggcacttttacat-AA-G-ATTAT-TA-T-CACAGC--TT-CA-C-------------TAC---AG-----------T-------------ACTTTCACATAT----------A-----T---CA-C-A-G----TCTAA--CC-T-GGATAACCCA--TT-A-AAGCAA-C
gi|3                          :                     TTTA-GTTTATG--CTGC-A-T-TTCAAGGAT--CA--AG-CA-TGA---T-TTAT-TA-TCA-GA----AAGATAAT-------G-TC----------GA-TAT--TTTC-----------ACA-ATT---C--AA-ATCAAT-------A---TT--ACA-T-AG---------TTCATAC-----C----------AC-ATGT-T-ATC-A-CA--G--TCC-A-TA--AAT-A--TCA-CAG--A--TG-T-TA---T--AT-C-A-------CA------TAC-AA-A-AT-ATCCATT-CACAGCT-TT-CA-CTCCACGGTATCTATA----GA-----------C-------------A----------T----------A-----TATCTA-CTATG----TCT-A--CCATAGGATAACCCA--AT-A-AAGC-A-CAA-----T----ATTCG-TTGCT-TATTTTCCAATACA-TTTCCAA-T-G-G-GTTCCTGT--GAGA-A-TACATAGATT---AGTTTTTTTG--T-AT--GT-AC-------T------ATT--TACA-CATATTCA---AAGTCAACTCTA-TTAAT--TAAA---AAAT-T-----TGC--A-TGG-A--A--T---GGACA-G--AAT----GA-AACA--CA-TAATTTA--AT------GTTAAG--------TGAA-TGATATCTGTAGG--CTGTGAA-T-AC-CTAAGATTA-----T
gi|4                          :                 gtAGTTTA-GTTTA-G--CTTT-A-T-TC--AGG----CA-GAA-CA-TCA---T-TA-A-TG-T-A-CA----AA----AG-------A-TC--A-C----AGA-TAT--T--------------ATA-AAT---A--AC-A-CAAT-------A---CT--CCA-T-GG---------TTTATAC-----C----------AG-ATGT-T-ATT-A-CA--G--T-C-A-TA--AAT-A--TCA-CA---A--TG-T-TA--TT--AT-C-A-------TA------TGC-AA-G-AT-GT-TA-T-CACAGC--TT-CA-G-------------CA----GG-----------CACTTTTACAT---A----------T----------A-----C---TA-C-A-G----TCN-N--NN-NNNNNNNNNNNN--NN-N-NNNNNN-NNN-----N----NNN-N-NNNNN-N------------N-NNNNNNN-N-N-N-NNNNNN-N--GAGA-A-T-------TT---AA------AA--T-AT--AT-AGATATATGT------ATA--TACA-CATA-TCATTGAAGTC-A-T----TTAAT--AAAT---AAAT-TACAAATGG--A-TGG-C--A--T---GGACA-GC-----------------------------------------AG--------TGAA-TGATAT-TTTTGG--CC-TGTA-TG----TACAATTA------AGTA--CTAAA-----A-TCAATAAA----AAGA--A---------ATTGTAAATTGAGGTTT--AATA--TGAATATGCAAAC----TCCCTATTctttgtgcctttcctaattactcccctctgagggcgtgagtgcacaagggatgtgcattttactccaattttaaatcgttttaatgtttgaatgagtctatgtttaggtcggataggaattgcctcaatcaagtaatggcaatgtgtagtgaatatgattagatatattataagctctc
gi|5                          :                  TAGTTAA-GTTTA-G--CATT-A-T-TC--AGG----CA-GAA-CA-TCA---T-TT-T-TA-T-G-CA----AA----AT-------A-TC--A-CT-A-AGA-CAT--T--------------ACA-ATT---A--AC-A-CGAT-------A---TT--ATA-T-GG---------TTCATAC-----C----------AG-ATAT-T-ATC-A-CA--G--C-C-A-TA--AAA-A--TCA-CA---A--TG-T-TA--TT--AT-C-A-------CA------TAC-AA-G-AT-AT-CA-T-CACAGC--TT-CA-C-------------TA----AG-----------C-------------A----------T----------A-----T---CA-C-A-G----TCT-A--CC-CAGGATAAACCA--TT-A-AAACAA-CAA-----T----ATT-G-TTGCT-T------------A-TTTCCAA-T-G-G-GGTCCT-T--GATA-A-T-------TT---AA------AA--T-AC--AT-A--------T------ATA--TACA-CATA-TCA---AAGTCAA-TCAA-CAAAC--AAAC---AAAC-CACAAATGG--A-TGA-C--A--T---GAACA-GC-AAC----AT-AA-A--CA-T-ATTT---AT------G-TAAG--------TGAA-TGATAT-AATTGG--CC-TGAA-TAAA-CTAAGATTA-----TTGTACGC--AG-----GTTTAAGAAT----GAAA---------------ATAAATCAAAGTTGACGATAC-TGA----GCAGACGGGGTCACTATTctccctctgacgggcatcttgcacaagatgtgttttaactaatgttctagaattctctttatcactgactggcttaataattccaatcaataatggcatggtagtaaatagtagagttattaaaagcccccacccttggaacaatgaaattaaaattggaacct
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TTTCAA-T-G-G-AGTCCT-T--GAGA-A-T-------TT---AA------AAAAT-AC--TA-A--------T------ATA--TACA-CATA-TCA---AAGTCAA-T--------T--AAAT---CAAT-TACAAATGG--A-TGG-C--A--T---GGACA-GC-AAT----GT-AA-A--CA-T-ATTT---AT------G-TAAG--------TGAA-TTATAT-TA-----------AA-TAAA-CTAAGGTTA-----ATATA--C--A------G-TTAAGAAC----TAAAATCAATAATAAAA-TGTAAATTGAGGTTC--AATATCTG--TATGCAAAC----TCCCTAT
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                               c-A--TCA-CA---A--TG-T-TA--TT--AT-C-A-------CA------TAC-AA-G-AT-AA-TA-T-CACAGC--TT-CA-C-------------TA----AG-----------C-----------------------------------A-----C---CGTC-A-G----TCN-N--NN-NNNNNNNNNNNN--NN-N-NNNNNN-NNN-----N----NNN-N-NNNNN-N------------N-NNNNNNN-N-N-N-NNNNNN-N--GAGA-A-T-------TTTTAGA------AA--T-ACATAT-A--------T------ATA--TACA-CATA-TCA---AAG-----TCAA-TTAAT--AAAT---AAAT-TACAAATGG--A-TGG-C--A--T---GGACA-GC-AAT----GT-AA-A--CA-T-ATTT---AT------G-TAAG--------TGAA-TGATAT-TATTGG--CC-TGAA-TAAA-CTAAGATTA-----TTG-A--C--AGGTACAG-TTAAGAACTATTTAGAATCAATAATAAAA-TGTAAATTGAGGTTC--AGT-T-TCTATATACAAAC----TCCCTATTgacttctcgcacaagatgtgctttgattaatgttttaaaatttgctttattgttgactaacttaatttcaggtggtaaagaattccaatcaataatggcatggtagtaaaatttagattataatcccacccttggaacaatgaaattaaaattggaacctctcgtaacattatcgtttctaacaaattgctcaggcaagta
gi|9                          :                  TAGCTTA-GTTTA-G--CTTT-A-T-TC--AGG----CA-GAA-CA-TCA---T-TT-T-TG-T-A-CA----A----------------TC--A-CTTA-AGA-CAT--T--------------ACA-ATT---A--AC-A-CAAT-------A---TT--ATA-T-AG---------TTCATAC-----C----------AG-ATGT-T-ATC-A-CA--G--T-C-A-TA--AAT-A--TCA-CA---A--TG-T-TA--TT--AT-C-A-------CATACATGTAC-AA-G-AT-AT-TA-T-CACAGC--TT-TA-C-------------AA----AG-----------C-------------ACTTNNNNNN-N----------N-----N---NN-N-N-N----NNN-N--NN-NNNNNNNNNNNN--NN-N-NNNNNN-NNN-----N----NNN-N-NNNNN-N------------N-NNNNNNN-N-N-N-NNNNNN-N--GAGA-T-T-------TT---AA------AA--T-AC--AT-A--------T------ATA--TACA-CATA-TCA---AAGTC----------AAT--AAAA---AAAT-TACAAATGG--A-TGG-C--A--T---GGACA-GC-CAT----ctccctctgacgggcttcttgcacaagatgtgctttaactaatatttgaa