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lowQualScore : . .. . ... .. .... . ...... . . .. ..... . . ................ .... . ... . . ... . . . . ... . .. .. . .. .. . . ...... . . ......... . ....... .. . . . . . . ... . . ... . . . .......... . . .. . ... . . ...... . . . . .. ............ . . . .... . . . . ......... ..... . ........ .. . . . ...... .. . . ... . . .. .. .. .. . . . . .. .. . . .. . .. . . . .... . ........................................... . .. .. . .. . .. . . ............. ... .. . .... ............. .. . ......... .... . ................ .. ... . .. ...... .. .... . .. ...... .. . ... .. ..... ........... . ... . . ...................... . . .. . ... ..... . . . ....... . . ... . ... . .. .......... . ... .. .. . ........... ... . . . . .......... . ... . . . .
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Reference ( gi|7 ) : TGTATC-A--TG-GTTT---T--G----G-TGTTTT------T-C-TT--T-----GTTA-ACT-GCT-A------T-T--C--AG----TAA-TT--CCT-C-AT---A-CCCGCA-AGG-A-GGCG-G-A-GCT-TAG-CCCG-T--GC--GGTATTG-TC-CG-----CT-T-TTGGAAAG--A------GC-CT------GT--GC-GGTA-TT-GTCC-GGTTT-TTGT--AA-GT-TA-A-TGG-A-CAGT----------T-C-AT--A-GT-A-CT-C-CGATT--T--CC-T-GTC-GC-GCTT--C----A-----G-T-GAT-TT-C----A-C-AC-C-T--GTCAGAATCG--A--TGG-GA--------GGTG-GATCCAGGA-CTTTT-----AC--TA-CCTT-TTTTCTA-A-AT--GTTTCTCGG-A--C-GA-T-TCTT-T--A--T-A-TTTTTC--TCA-G--ATCT-A-CGA-CCA--G-G-TGTCG-GC---A--A--ATT-----T--CA-TGTT-------------TA-ATTAAAGC--T--G-AG--T-CGC--A-CG-A-----CT------TTG---TT--TCCCA--T-GG------------TCAC--ATA-A---------GCTT----C-A--A-TAT---------TTTT--AGT-C-CTG-CAGAA--CGT-C-TC-C--TG--T-G-ATG--A----A-TA--GGT-TGTCG---A--TG-----AAC-----A---G-ATGAA-GG-G-GT-T-GC----------------------TTC-AA-T--GTA-TTTTT---G-A--AAAAAAC-ATCTA-CGATATTTCTG-------TTCGT-C-T--GTCATA---A-GAA--AAT---------AA-AAA---A--ATC--TTAT------G----AAAATTA---CT-CCT-AC-A-G---A--T---AA-CAAC---GTTA-G-ATA-CAATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
gi|4 : TGTATCGA--TG-GTTT---T--T----G-TGTTTT------TTC-TT--T-----TGTA-ACT-GCT-G------CAT--C--AG----TAA-TT--CCT-C-ATT--A-CCCGCA-AGG-ACGGAGTG-A-GCT--AG-CCCG-TT-GCC-GGGATTG-TC-CG-----ATGTGTTGGAAAG--AT-----GC-CT------GT--CC-G-TA-TT-GTCCAGGTTT-TTGT--AAAGTATA-ACTGG-A-CAGT----------TTC-ATTCA-GTTA-CTTC-CGATC--TTACC-T-GTC-GC-GCTT--C----A-----GCT-GAT-TT-C----AAC-AC-CAT--GTCAGAATTG--ACATGGTGA--------GGTGCGAATCAGGA-CTTTT-----AC--TAACCTT-TTTT--A-A-AT---TTCTTCGG-A--CCGA-T-TTCT-T--A--T-A-TTTTTC--TCA-AGAATCT-AGCGA-CCAAAG-G--GTCG-CCCATA--A--TTT-----T--CAATGTT--------------A-ATTAAAGC--T--GTAG--T-CGCTCA-CGGA-----CT------TCG---TT--TTCCA--TCGG------------TCAC--ATA-A---------GCTT----C-A--T-TAT---------TTTT--AGT-C-CTG--------CTT-C-TT-CATCG--TGG-ATG--A----ACTA--G---TGTCG---AATTG-----AAC-----A---G-ATGAA-GG-G-GT-TGGC----------------------TTC-AA-T--GTA-TTTTT---G-----AAAAAC-ATCTA-C-ATACTTCTG-------TTCCT-C-T---TC-TA---A-G-A--AAT---------AA-AAA---A--ATC--TTAT------GCTTTAAAATTA---CT-CTT-AC-A-A---T--T---AATCAAC---GTTA-G-ATA-CAATA
gi|5 : TGTATC-AATTG-GCTTATGT--G----GCTGTTTT------C-C-TT--TTTTTTGTTA-ACT-G-T-G------T-T--C--AG----TAACTT--CCT-CCATTTTA-CCCGCA-AGT-A-GGAG-GGA-GCT-TAG-CCCG-T--GC--GGTATT--TC-CGAAATTTT-T-TTGGAA-G--C------GT-CT------GT--GC-GGTACTT-GTCC-GGTTT-TTCTTTAC-GG-TACA-TGGCA-CAGT----------T-CCAT--ACGTTA-CT-C-CGATT--T--CC-T-GTCCGC-GCTTTCC----A-----G-T-GAT-TT-C----A-CTAC-C-CTCGTCA-AATCGGAA--TGG-GA--------GGTG-GATCCAGGA-CTTTT-----AC--TA-CCCT-TTTTCTACA-AT--GTTTCTCGG-A--C-GATT-TCTT-T--A--T-A-TTTTTC--TCG-GATATCT-A-CGA-CCAC-GCG-TGTCG-CCCATA--ATCATT-----TC-CA-TGTT-------------TA-ATTAAAGC--T--GAAG--T-CGC--A-CG-ACTCTTCT------TTG---TT--TTCCA--T-GGGGTTTCTTCTTTTCCC--ACG-AAAAAGGCGGGCTTTTTCC-A--ATTATTTTTTT---TTTT--AGT-CGCTG-CAGAA--CGT-C-TT-C--TGGTT-G-ATG--A----A-TA--GGT-TGTCG---A--TG-----GAC-----AGAGG-ATGAA-GGCC-GTGT-GCCT--------------------TCC-AA-T--GTA--TTTT---G-A--GAAAAACGATCTACCGATATTTATG-------TTCGA-C-T--GTCATAAGCA-GAACCAAT----------A-AAA---A--ATC--TTAT------GTAT-AGGGATA---CT-CCT-AC-AGG---A--T---A---AAC---GTTA-G-ATA-CAATacggaacgagagaagagaagagagagacgaagaggagagaccggacagagatggagaggatagagaagaggaacctatgcataacatcatatatggaaatcacgcaggtggggaagtgagtcgatgtggagaagaaatatactaacctacagataacatacatctacgatcattcatacatgtaa
gi|22 : ggcaaagcatactgacatGTATC-A--TG-GTTT---T--G----G-TGTTTT------T-C-TT--TGGG--GTTA-ACT--CT-AAGCCCCT-T--C--AGTTTTTAA-TTTCCTT-C-AT---A-caacgagagagaccacacaccagcagacgagg
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gi|17 : TC-A--TGTGTTT---T--GTTTGG-TGTTTT------T-C-TT--TT----GTCA-ACA-GCT-G------T-T--C--AA----TAA-TT--CCT-T-AT---A-CCCGCA-AGG-A-GGCA-T-A-GCT-TA--CCCG-T--GC--GGTATCG-TCAGG-----TT-T-TTGGAAccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccgacgagagtgagagacgatgaggtagtaatggatacgattagagaggaaggagagcagaattatccaggatatttataatgagaatttatgcttgtgtgcaaaatgtgtcattaaattaatccaatgtaaaatcactcctacaaataacaaagctagatacatgtacattcatatgtaaatgagagagagagag
gi|14 : TT-A--TG-GATT---T--G----G-TGTTTT------T-C-TT--T-----GTTTTACT-GCT-ACACCA-T-T--C--AA----TAA-TT--CCTTC-AT---A-CA-GCA--GG-A-GGCG-A-AAGCT-TAG-CACG-T--GC--GGTATTG-TC-CG------G-T-TTGGAAAGTTATTGCATAC-CTTATCTGGT--GC-GGTA-TT-GTTG-GTTTT-TTGA--AA-GT-Tgttattagacagtccacatctaat
gi|6 : at--TG-GTTT---TCGG----A-TGTCTTATTTTAT-C-TTCTT-----GTTA-ACT-GCT-G------T-TGCCTGAG----TTA-AT--CCT-C-AT---AGCCCGCA-AGT-A-GGAG-G-A-GCTCTAGACCCG-T--GC--GGTATTG-TC-CGA----TT-T-TTGGAAAG--C------GT-C-------GT--GCCGGTA-TTCGTC--GGTTTCTTGT--AA-GT-TA-A-TGG-A-CAGT------------C-AT--A-GT-A-CT-C-CGATT--T--CC-TTGTC--C-GCTT--C----A-----G-TTGAT-TTTC----A-C--C-C-T--GTCAGA-TGGT-A--TGG-GA--------GGTG-GATCCAGGA-CTTTT-----ACACTA-CCTT-TTT-CTA-A-ATTAGTT-CTCGGGA--C-GA-TCTCTT-T--ACTT-A-TTTTTTCTTCGCG--ATCT-A-CGA-CCA--G-GGTGTCGCAC---ATTA--ATT-----TTTCA-TGAG-------------TA-ATTTAAACCCT--G-AGGTC-CGC--A-CG-A-----CTGT----TTG---TTATTGCCAGTT-GGG-----------TCAC--ATACA---------GCTT----C-A--AATAT---------TTTT--AGT-C-CTGGCAGAA--CGT-C-TTTC--TGAGT-G--TGGAA----A-TA--GAT-TGTCGCA-A--TG-----AGCTAGCAA---G-ATGAA-GG-GAGT-T-GC----------------------TTC-AA-TG-GTATTTTTT---G-----AAAAAC-ATCTA-CGATA-TTATGT------TTCGT-C-T--GTCATA---A-GAA--AATTTTTAACAAAA-AAA---A--ATCTTTTATTTGTAGG----AGATTTA---CT-CCTAAC-A-GCACA--T---AA-CAAC---GGTA-G-ATACCAATg
gi|11 : ggcaaagattactctgaacatttggttatttc---T--G----G-TGTTAT------T-C-TT--T-----GTGA-ACT-GCT-G------T-T--TTGAA----TAA-TT----T-T-AT---A-ACCGCA-AGGTA-GGCA-C-G-TCT-AAC-CCCG-TTGGC--GGTATTG-TC-CG-----AT-T-TTGGAAtaagtctcgtagagagtgacacacacaagcgaatgagacga
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gi|9 : gtg---T--G----G-TGTTAT------T-C-TT--T-----GTGA-ACT-GCT-G------T-T--TTGAA----TAA-TT----T-T-AT---A-ACCGCA-AGGTA-GGCA-C-G-TCT-AAC-CCCG-TTGGC--GGTATTG-TC-CG-----AT-T-TTGGAAgtcattgtacacttcataccaaattctacgtacattggtgcatctggaatccaatgttggtgtgaagtagttctctcaatatctgtgtggcgcttctattgatttcatatacatttatcaaaggtacgcgatccacatttgcagtcttctattggatgtttgcgaacggttcttttaatatacatttatgtgcggaaacttctcctcagatctataatacagttctcctataatatgttgtctatacac
gi|18 : gtg--A------GC-CC------GT--GC-GGTA-TT-GTCC-GATTT-TGGA--AA-Ggtcattgtacacttcataccaaattctacgtacattggtgcatctggaatccaatgttggtgtgaagtagttctctcaatatctgtgtggcgcttctattgatttcatatacatttatcaaaggtacgcgatccacatttgcagtcttctattggatgtttgcgaacggttcttttaatatacatttatgtgcggaaacttctcctcagatctataatacagttctcctataatatgttgtctatacac
gi|17 : atcattgtttttggtgtttttcttttgttaactgctgttcagtaattcctcatacccgcaaggaggaggagcttC-CC------GT--GC-GGTA-TC-GTCA-GGTTT-TTGG--AA-GT-TA-T-TAG-A-CAGT----------C-C-AC--A-agccactg
gi|11 : tcatgtgttttgtttggtgtttttcttttgtcaacagctgttcaataattccttatacccgcaaggaggcatagcttaC-CC------GTTGGC-GGTA-TT-GTCC-GA-TT-TTGG--AA-GT-CA-T-TGT-A-CACT----------T-C-AT--A-tctaat
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gi|9 : gtgtggtgttattctttgtgaactgctgttttgaataattttataaccgcaaggtaggcacgtctaacC-CC------GTTGGC-GGTA-TT-GTCC-GA-TT-TTGG--AA-GT-CA-T-TGT-A-CACT----------T-C-AT--A-ccaaattctacgtacattggtgcatctggaatccaatgttggtgtgaagtagttctctcaatatctgtgtggcgcttctattgatttcatatacatttatcaaaggtacgcgatccacatttgcagtcttctattggatgtttgcgaacggttcttttaatatacatttatgtgcggaaacttctcctcagatctataatacagttctcctataatatgttgtctatacac
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gi|12 : aatttttatcatgtgttttgtttggtgtgttcttttgtcaacagctgttcaataattccttatacccgaaggacattagcttaccgaT-GTCC-GGTTT-TGGG--AA-TT-TA-T-TGG-A-CAGT----------T-C-GC--A-------T-C-CAATT--ttctaatggtgtac
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Reference ( family-1258 ) : TGTATC-A--TG-GTTT---T--G----G-TGTTTT------T-C-TT--T-----GTTA-ACT-GCT-G------T-T--C--AG----TAA-TT--CCT-C-AT---A-CCCGCA-AGG-A-GGCG-G-A-GCT-TAG-CCCG-T--GC--GGTATTG-TCCGA-----T-T-TT-GGAAAG--A--GC---CC-------G-T--GC-GGTA-TT-GTCC-GGTTT-TT------G-GAAGT-TAN-TGG-ACAGT----------T-C-AT--A-GT-A-CT-C-CGATT--T--CC-T-GTC-GC-GCTT--C----A-----G-T-GAT-TT-C-A----C-AC-C-T--GTCAGAATCG--A--TGG-GA-----GG--CGG---ATCCAGGACNTTT------GC--TA-CCTT-CTTTCTA-A-AT--GTTTCTCGG-A--C-GA-T-TCTT-T--A--T-A-------------------TTT------TTC--TCA-G--ATCT-A-CGA-C-CA--G-G-TGTCG--C-C-AT-AA----T-TT--C--ATGT-------------T-------------TA-ATTAAAGC--T--G-AG--T-CGC--A-CG-A-----CT------TCG---TT-TT-CCA-C---GG------------TCAC--ATA-A---------GCTT----C-A--A-TAT---------TTTT--A--GT-----C-CTG-CAGAA--CGT-CTTC--C-----G--T-G-A-C---GA---A-TA--GGT-TGT-CG---A--TG-----AAC-----A---G-ATGAA-GG-G-GT-T-GC----------------------TTC-AA-T--GTA-TTTTT---G-A--AAAAAAC-ATCTA-CGA-TA-TTC-TG-------TTCGT-C-T--GTCATA---A-GAA--AAT---------AA-AAA---A--ATC--TNAT------G----AAAATTACT-C---CT-AC-A-G---A--T---AA-CAAC---GCTA-G-ATA-CAATA
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Reference ( family-1258 ) : TGTATC-A--TG-GTTT---T--G----G-TGTTTT------T-C-TT--T-----GTTA-ACT-GCT-G------T-T--C--AG----TAA-TT--CCT-C-AT---A-CCCGCA-AGG-A-GGCG-G-A-GCT-TAG-CCCG-T--GC--GGTATTG-TCCGA-----T-T-TT-GGAAAG--A--GC---CC-------G-T--GC-GGTA-TT-GTCC-GGTTT-TT------G-GAAGT-TAN-TGG-ACAGT----------T-C-AT--A-GT-A-CT-C-CGATT--T--CC-T-GTC-GC-GCTT--C----A-----G-T-GAT-TT-C-A----C-AC-C-T--GTCAGAATCG--A--TGG-GA-----GG--CGG---ATCCAGGACNTTT------GC--TA-CCTT-CTTTCTA-A-AT--GTTTCTCGG-A--C-GA-T-TCTT-T--A--T-A-------------------TTT------TTC--TCA-G--ATCT-A-CGA-C-CA--G-G-TGTCG--C-C-AT-AA----T-TT--C--ATGT-------------T-------------TA-ATTAAAGC--T--G-AG--T-CGC--A-CG-A-----CT------TCG---TT-TT-CCA-C---GG------------TCAC--ATA-A---------GCTT----C-A--A-TAT---------TTTT--A--GT-----C-CTG-CAGAA--CGT-CTTC--C-----G--T-G-A-C---GA---A-TA--GGT-TGT-CG---A--TG-----AAC-----A---G-ATGAA-GG-G-GT-T-GC----------------------TTC-AA-T--GTA-TTTTT---G-A--AAAAAAC-ATCTA-CGA-TA-TTC-TG-------TTCGT-C-T--GTCATA---A-GAA--AAT---------AA-AAA---A--ATC--TNAT------G----AAAATTACT-C---CT-AC-A-G---A--T---AA-CAAC---GCTA-G-ATA-CAATA
gi|1 : TC-A--TG-GTTT---T--G----G-TGTTTT------T-C-TT--TT----GTTA-ACT-GCT-G------T-T--C--AG----TAA-TA--CCT-C-AT---A-CCCGCA-AGG-A-GGCG-G-A-GCT-TAG-CCCG-T--GT--GGTATTC-TTCGAT----T-T-TT-GGAAAG--A--GC---CT-------G-T--GC-GGTA-TT-GTCC-GGTTT-TC------G-GAAGT-TAG-TGG-ACGGTGTGCTGGCAAT-C-AT--A-GT-A-CT-T-CGACC--T--TC-T-GTC-GC-ACTT--C----A-----G-T-GAT-TT-C-A----C-AC-C-T------GAATCG--A--TGT-GA-----GG--TGG---ATCCAGGACCCTT------AC--TA-CCTT-C-TACTA-A-AT--G-TTCTCGG-A--T-GA-T-TCTT-T--A--T-A--------------------TT------TTC--TCA-G--ATCT-A-CAA-C-CA--G-G-TCTCG--C-C-AT-AA----T-TT--C--ATGT-------------TTGTCTACACCCGCTA-ATTAAAGC--T--G-GG--T-CGC--A-CG-A-----CT------TTG---TT-TT-TCA-C---GA------------TCACAAATA-A---------TTTC----C-ACTA-TATAATCTTCAATTTT--A--GT-----T-CCA-CAGAA--CGT-AATC--T-----G--T-G-A-C---GA---A-TA--GGT-TTT-CC---A--TA-----AAC-----A---G-GTGAA-GG-G-GT-T-GT----------------------CTC-AA-T--GCA-TTTTT---GAA--AAAAAAC-ATTTA-CGA-TA-TTC-TG-------TTCGT-C-T--GTC-TA---A-GAA--AATA--------AA-AAA---A--ATCATTTGT------A----AAATTTACTAC---CA-AC-A-G---AATT---GA-CAAG---GCTA-G-AT
gi|1 : -T--GTCAT-------------T---------AA-ATT---A--ATC--CAAT------GT---AAAATCACT-C---CT-AC-A-A---A--T---AA-CAAA---GCTA-G-ATA-CAccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccgacgagagtgagagacgatgaggtagtaatggatacgattagagaggaaggagagcagaattatccaggatatttataatgagaatttatgcttgtgtgcaaaatgtgtcattaaattaatccaatgtaaaatcactcctacaaataacaaagctagatacatgtacattcatatgtaaatgagagagagagag
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gi|8 : T-C-CGACT--T--CC-T-ATC-GC-GCCT--C----G-----G-T-GAT-TT-C-A----C-AC-C-T--G----AATCG--A--AGG-GACCACGGA--CGGTGCATCCAGGACCCTT------TC--TA-CCTT-CTA-CTA-A-AT--GTT-CTAGG-A--T-GA-G-TCTT-T--A--T-A-------------------TTT------TT---TCA-G--ATCT-A-CGA-C-CA--G-G-TGTCG--C-C-AT-AA----T-TT--C--ATGT-------------T-------------TACATTAAAGC--T--G-GG--T-CGC--A-CG-A-----CT------TTG---TT-TT-CCA-C---GG------------TCACAAATA-A---------GCTT----C-A-----AT---------TTTT--A--GT-----C-CTG-CAGAA--GGT-CTTC--C-----G--T-G-A-C---GA---A-TA--GGT-TGT-CC---A--TG-----AAC-----A---G-ATGAA-GG-G-GT-T-GC----------------------TTC-AA-T--GCA-TTTTT---G-A--AACTAAC-ATCTA-CGA-TA-GTC-TG-------TTCGT-C-T--GTCTTA---A-GAA--AAT---------AA-AAA---AAGATC--TAAT------G----TAAAGTAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|9 : ---T--G----G-TGTTAT------T-C-TT--T-----GTGA-ACT-GCT-G------T-T--TTGAA----TAA-TT----T-T-AT---A-ACCGCA-AGGTA-GGCA-C-G-TCT-AAC-CCCG-TTGGC--GGTATTG-TCCGA-----T-T-TT-GGAAaca
gi|9 : gtgC---CC-------G-TTGGC-GGTA-TT-GTCC-GA-TT-TT------G-GAAGT-CAT-TGT-ACACT----------T-C-AT--A-gtcattgtacacttcataccaaattctacgtacattggtgcatctggaatccaatgttggtgtgaagtagttctctcaatatctgtgtggcgcttctattgatttcatatacatttatcaaaggtacgcgatccacatttgcagtcttctattggatgtttgcgaacggttcttttaatatacatttatgtgcggaaacttctcctcagatctataatacagttctcctataatatgttgtctatacac
gi|9 : gtgtggtgttattctttgtgaactgctgttttgaataattttataaccgcaaggtaggcacgtctaacT--A-GT-T-CT-CTCAATA--T--CTGT-GTG-GC-GCTT--CT---A-----T-T-GAT-TT-C-ATATAC-AT-T-T--ATCAAA----------GG-TA-----CG--CG----ATCCA---CATTT------GC--AG-TCTT-CTAT-TG-G-AT--GTTT-GCGA-A--C-GG-T-TCTT-TTAA--T-ATACATTTATGTGCGGAAACTTC------TCC--TCA-G--ATCT-A-TAA-TACA--G-T-TCTC---C-T-AT-AA----T--------ATGT-------------T-------------ccaaattctacgtacattggtgcatctggaatccaatgttggtgtgaagtagttctctcaatatctgtgtggcgcttctattgatttcatatacatttatcaaaggtacgcgatccacatttgcagtcttctattggatgtttgcgaacggttcttttaatatacatttatgtgcggaaacttctcctcagatctataatacagttctcctataatatgttgtctatacac
blockSeqs : G AT T ATG CG TTTG C ATTTTA T T CT TTTTT T C T AGCCCC A GC TG TTTT C TCC T C TTT G T T C TT A CT GA A TG CG G AATTT G G T TTATT ATA TTATCTG A TG C C C A T C CTTTAC T A AC C . T C CA C AT T T GA TA G T C C TC TAAA CCAGA C T A T G TATA T G A TCGTCA A ACA T CCACG TGC GTGC G A TCTGCT AC A A TAC C T TA TT GG CG C AT C G TAATATACATTTATGTGCGGAAAC CCCCCC CT C GA T G T A CGCGTG AGC A C T TCATTTCC CCGTCTACACCCGT C CC TT C GT C TC T G CTGGGATG C GAA A G TGGGGTTTCTTCTTT AA C AAAAGGCGG TTTC A ATTATTTTTTT TA AC TGATCC G AT G CTGAGTG A C TATA AAG C TA TG G AGC AT TATGA TAGCAAG T C C G G GCATTATCACAACAAGCGACTG A T TG T ATA AAGA G C C C A GTATCGA C A AGA A AGC G CC TTTTAACAA T GAC AG TT A TTGTAGG . GCT A G G CAC . ACC T TTA T C C
blockSeqs : . . T . T TTTG . . . . . GGG . . . CACCA . . TG A . C . . T . . T . TG . A C . TG C . . . . T AT . T . TG . . . . T . . . . CA . . . . TC . TA . T . . G . . . . T . . . . . . TATA . . . ATCAA A GAA . . C G G A . . . . GCC . . . TA A . . G . . TAATATACATTTATGTGCGGAAAC . . . AT . . . A AAGGG GT . . T TTTTCA T . . . T . . T . . CTCTTCT C . . . GTTGGG . . . . . AATAT . . AC . . A ATCG G . TC . . . A . CA . . AGAGG . . A . . CT . . G T . AG . . . T . T . . G A . . . . . . . . C GCTTT . . . . . . . . . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . . . . . . TG . . C . . . . . T . GG . A C . TG . . . . . . A . . . TG . . . . T . . . . T . . . . . . TA . T . . G . . . . T . . . . . . TATA . . . ATCAA A TA . . C T G A . . . . TGC . . . TC A . . G . . TAATATACATTTATGTGCGGAAAC . . . . . . . A GGGTG GC . . . TTTTTC T . . . A . . . . . GGTTCC T . . . TCGG . . . . . ATAT . . CG . . . TGGT . . C . . . T . . . . AAT . . . . . . . . . . . AA . . . . . . . . T A . . . . . . . . A GTAC . . . . . . . . . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . . . . . . TG . . C . . . . . . . C . T G . T . . . . . . C . . . . . . . . T . . . . T . . . . . . TA . . . . . . . . . T . . . . . . A . . . GTCAG A A . . C G G A . . . . TTC . . . CT A . . A . . GATCAC . . . . . . . . GTTC G . . . TATTC T . . . . . . . . . CTGT T . . . TGT . . . . . TTAT . . C . . . CGA . . C . . . T . . . . ATT . . . . . . . . . . . AA . . . . . . . . G A . . . . . . . . A GTAT . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . C . T G . . . . . . . . C . . . . . . . . T . . . . T . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GTCAG A A . . G G G C . . . . TTC . . . TC G . . A . . ACTTA . . . . . . . . GTTC G . . . TTTC T . . . . . . . . . CT C . . . TGG . . . . . ATAT . . C . . . TG . . T . . . T . . . . AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G A . . . . . . . . T GT . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . A . T G . . . . . . . . C . . . . . . . . T . . . . T . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GTCAG A A . . T A G C . . . . TTC . . . TC G . . A . . ATA . . . . . . . . GGTT G . . . TTTC T . . . . . . . . . CG T . . . CGG . . . . . AAC . . C . . . TG . . T . . . T . . . . AG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G A . . . . . . . . T CT . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . T . T G . . . . . . . . A . . . . . . . . T . . . . T . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ATCAA A A . . T G G T . . . . TTC . . . T G . . A . . ATA . . . . . . . . GGTG G . . . TTTC T . . . . . . . . . CT T . . . TG . . . . . ATA . . C . . . TG . . T . . . T . . . . AG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G T . . . . . . . . T T . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . G . T G . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . A . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GA A A . . T G G T . . . . AT . . . T G . . A . . ATA . . . . . . . . GGTG G . . . TTC G . . . . . . . . . CT T . . . C . . . . . AT . . . . . . CG . . C . . . . . . . . AG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T A . . . . . . . . . . . .
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blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . G . T C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . A . . T . . T . . . . TT . . . C A . . G . . ATA . . . . . . . . GGT . . . . T T G . . . . . . . . . . . .
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blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . C . . A . . . . AT . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T .
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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-1258 ) : TGTATC-A--TG-GTTT---T--G----G-TGTTTT------T-C-TT--T-----GTTA-ACT-GCT-G------T-T--C--AG----TAA-TT--CCT-C-AT---A-CCCGCA-AGG-A-GGCG-G-A-GCT-TAG-CCCG-T--GC--GGTATTG-TCCGA-----T-T-TT-GGAAAG--A--GC---CC-------G-T--GC-GGTA-TT-GTCC-GGTTT-TT------G-GAAGT-TAN-TGG-ACAGT----------T-C-AT--A-GT-A-CT-C-CGATT--T--CC-T-GTC-GC-GCTT--C----A-----G-T-GAT-TT-C-A----C-AC-C-T--GTCAGAATCG--A--TGG-GA-----GG--CGG---ATCCAGGACNTTT------GC--TA-CCTT-CTTTCTA-A-AT--GTTTCTCGG-A--C-GA-T-TCTT-T--A--T-A-------------------TTT------TTC--TCA-G--ATCT-A-CGA-C-CA--G-G-TGTCG--C-C-AT-AA----T-TT--C--ATGT-------------T-------------TA-ATTAAAGC--T--G-AG--T-CGC--A-CG-A-----CT------TCG---TT-TT-CCA-C---GG------------TCAC--ATA-A---------GCTT----C-A--A-TAT---------TTTT--A--GT-----C-CTG-CAGAA--CGT-CTTC--C-----G--T-G-A-C---GA---A-TA--GGT-TGT-CG---A--TG-----AAC-----A---G-ATGAA-GG-G-GT-T-GC----------------------TTC-AA-T--GTA-TTTTT---G-A--AAAAAAC-ATCTA-CGA-TA-TTC-TG-------TTCGT-C-T--GTCATA---A-GAA--AAT---------AA-AAA---A--ATC--TNAT------G----AAAATTACT-C---CT-AC-A-G---A--T---AA-CAAC---GCTA-G-ATA-CAATA
gi|1 : TC-A--TG-GTTT---T--G----G-TGTTTT------T-C-TT--TT----GTTA-ACT-GCT-G------T-T--C--AG----TAA-TA--CCT-C-AT---A-CCCGCA-AGG-A-GGCG-G-A-GCT-TAG-CCCG-T--GT--GGTATTC-TTCGAT----T-T-TT-GGAAAG--A--GC---CT-------G-T--GC-GGTA-TT-GTCC-GGTTT-TC------G-GAAGT-TAG-TGG-ACGGTGTGCTGGCAAT-C-AT--A-GT-A-CT-T-CGACC--T--TC-T-GTC-GC-ACTT--C----A-----G-T-GAT-TT-C-A----C-AC-C-T------GAATCG--A--TGT-GA-----GG--TGG---ATCCAGGACCCTT------AC--TA-CCTT-C-TACTA-A-AT--G-TTCTCGG-A--T-GA-T-TCTT-T--A--T-A--------------------TT------TTC--TCA-G--ATCT-A-CAA-C-CA--G-G-TCTCG--C-C-AT-AA----T-TT--C--ATGT-------------TTGTCTACACCCGCTA-ATTAAAGC--T--G-GG--T-CGC--A-CG-A-----CT------TTG---TT-TT-TCA-C---GA------------TCACAAATA-A---------TTTC----C-ACTA-TATAATCTTCAATTTT--A--GT-----T-CCA-CAGAA--CGT-AATC--T-----G--T-G-A-C---GA---A-TA--GGT-TTT-CC---A--TA-----AAC-----A---G-GTGAA-GG-G-GT-T-GT----------------------CTC-AA-T--GCA-TTTTT---GAA--AAAAAAC-ATTTA-CGA-TA-TTC-TG-------TTCGT-C-T--GTC-TA---A-GAA--AATA--------AA-AAA---A--ATCATTTGT------A----AAATTTACTAC---CA-AC-A-G---AATT---GA-CAAG---GCTA-G-AT
gi|1 : -T--GTCAT-------------T---------AA-ATT---A--ATC--CAAT------GT---AAAATCACT-C---CT-AC-A-A---A--T---AA-CAAA---GCTA-G-ATA-CAccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccgacgagagtgagagacgatgaggtagtaatggatacgattagagaggaaggagagcagaattatccaggatatttataatgagaatttatgcttgtgtgcaaaatgtgtcattaaattaatccaatgtaaaatcactcctacaaataacaaagctagatacatgtacattcatatgtaaatgagagagagagag
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gi|8 : T-C-CGACT--T--CC-T-ATC-GC-GCCT--C----G-----G-T-GAT-TT-C-A----C-AC-C-T--G----AATCG--A--AGG-GACCACGGA--CGGTGCATCCAGGACCCTT------TC--TA-CCTT-CTA-CTA-A-AT--GTT-CTAGG-A--T-GA-G-TCTT-T--A--T-A-------------------TTT------TT---TCA-G--ATCT-A-CGA-C-CA--G-G-TGTCG--C-C-AT-AA----T-TT--C--ATGT-------------T-------------TACATTAAAGC--T--G-GG--T-CGC--A-CG-A-----CT------TTG---TT-TT-CCA-C---GG------------TCACAAATA-A---------GCTT----C-A-----AT---------TTTT--A--GT-----C-CTG-CAGAA--GGT-CTTC--C-----G--T-G-A-C---GA---A-TA--GGT-TGT-CC---A--TG-----AAC-----A---G-ATGAA-GG-G-GT-T-GC----------------------TTC-AA-T--GCA-TTTTT---G-A--AACTAAC-ATCTA-CGA-TA-GTC-TG-------TTCGT-C-T--GTCTTA---A-GAA--AAT---------AA-AAA---AAGATC--TAAT------G----TAAAGTAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
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