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Reference ( family-1255 ) : NNTCCCCAGGATTTTTTG-A-T-AGCGCT---GTA-TTT-----AGA---GCGC-GCGGCACGACCTT-ATTAGAG---C---TT-GT---G-AAA-C-GCGTCGCTGCGGTT-TAATGTTTTTCATGTTTTAA-AT-TTGTTT--ACATTGA--TCTTTGTATTAATTTACTAAGTT-C-AATATGTTT-A-TATTG-AAGCAT---TCATTGATAA-CAT-----A---TATTTTAATATTGCTG---T-AACTG-C-TTACATGATGCTTN-TTTTTTTAAAACAAAAACAACAAACTGTAAACTTAAAT-ACTTTTATTATAAAACCTTACTAATTATTAAACAGCTTACAATTAATACAATCATACTAATCAACAACTTGAAAAATATACAAAAC-AAT-G-TGGT-AA---T-----A-A-TTGTTCAAACCCCGTAC-TTCTAAATTTATTTCTAA-TTTACCCTACGTAATATTA------CAGTCCCAAGTAGGCCGCGGC-----GTTA--CNTTTG------TT-ATCTAAAA----AAGTTAGGTGTTCC-GGGAATACAGCCATAACGTCTATACCTGGA---ACAGTGATCTACCCGTGGCTGGAACGCACNA-ATATTATTGAAGTCCATTTTATAGGGAAATTTCACAATTGTGCAGTTAATCAATACGATGTGATGCGTATAGCCGTTTGTCTACGCGCGAAGATATTTGCTGAGTTGTAAGACTTTTTATAACGCCGGATGATTTCATGTTGATCATGGCTTCATTAATCTAAACTTTAAGTACTCATTATTTGTTTAAAATAACATTTTATAAGTTTAAACTTATTTAACAATTTTCGTAAATGTTCATGACCATTT-ACCTTCGTTCTTTTCGATTT-CGACAAGGATTAA-TCCTACTTTCT-GATTTT--GATCAAAAG-GACGA-GTTATCTCCNCTTATACTGTCGTTTTAACCNCACGAAGTTATAATTAGTTTTGTTGGCACCCAGTGTGGTAACTCTTGAGTCA-ATTTTTANACTCAAGTTATCGCTTTAATA-ACAA-CTATCCAGCATGT-CAGGGTTTAAGTGAA-GTT-AATTAAGAACA-CATTAGTT-GTTGTTTATTTAACAAAGCAATCAAGGATCCTTGAAA---CAGGAGA----GCTATAGG-------TG-G-TTTTCAAAGCT---AAAGGT-GTGAATTT-CGA-C-G-ATTTC-AAGATGTT--GCTGG--G-TAGTATCAGG-TGTG--AAAATCTACCACCT-GGCA-TTCAGG-----------AGAAGTTGG--AAA-TTAATCCGATTGCAA-CAT-AA-----AA-TNNG---C-TAT--GGGGT--GA-AAAATC-TTTGACGTT----G-ACAC-T--CAGGCA---T-G-GCTTCTTA-C-AA-G-ATATTTAA-CC-A-TC-ACAAT-ACACA-ATCT
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Reference ( family-1255 ) : NNTCCCCAGGATTTTTTG-A-T-AGCGCT---GTA-TTT-----AGA---GCGC-GCGGCACGACCTT-ATTAGAG---C---TT-GT---G-AAA-C-GCGTCGCTGCGGTT-TAATGTTTTTCATGTTTTAA-AT-TTGTTT--ACATTGA--TCTTTGTATTAATTTACTAAGTT-C-AATATGTTT-A-TATTG-AAGCAT---TCATTGATAA-CAT-----A---TATTTTAATATTGCTG---T-AACTG-C-TTACATGATGCTTGCTTTTTTTAANACAAAAACAA--AACTG----TAAAT-ACTTTNATTATAAAACCTTACTAATTATTAAACGG-TTACAATTAATACAATCATACTAATCAACAACTTGAAAAATATACAAAAC-AAT-G-TGGT-AA---T-----A-A-TTGTTCAAACCCCGTAC-TTCTAAATTTATTTCTAA-TTTACCCTACGTAATATT------GCAGTCCCAAGTAGGCC-CGGC-----GTTA--CATTTG------TT-ATCTAAAA----AAGTTAGGTGTTCC--GGGAATCAAGCCATAACGTCTATACCTGGA---ACAGTGATCTACCCGTGGCTGGAACGCACTA-ATATTATTGAAGTCCATTTTATAGGAAA--TTCACAATT-TGCAGTTAATCAACACGATGTGATGGTATAGCCGTTTGTCTACGCGCGAAGATATTTGCTGAGTTGTAAGACTTTTTATANCGC--GATGATTTCATGTTGATCATGG--TCATTAAT--AAACTCTAAGTACTCATTATTTGTTTANAATAACATTTNNTAAGTTTAAACTTATTGNACAATTTTCGTGANTGTNNATGACCATTT-ACCTTCGTTCTTT-CGATTT-CAACAAGGATTAA-CCTTACTTTCT-GATTTT--GATCAAAAG-GACGA-GTTATCTCCCCTTATACTGTCGTTTTAACCACACGAAGCTATAATTAGTTTTGTTGGCACCCAGTGTGGTAACTCTTGAGTCA-ATTTTTANACTCAAGTTATCGCTTTAATAGACAA-CTATTCAGCATGT-CAGGGTTGAAGTGAA-GTT-AATTAAGAACA-CATTAGTT-GTTGTTTATTTAACAAAGCAATCAAGGATCCCTGAAA---CAGGAGA----GCTATAGG-------TG-G-TTTTCAAAGCT---AAAGGT-GTGAATTT-CGA-C-G-ATTTC-AAGATGTT--GCTGG--G-TAGTATCAGG-TGTG--AAAATCTACCACCT-GGCA-TTCAGG-----------AGAAGTTGG--AAA-TTAATCCGATTGCAA-CAT-AA-----AA-TGTG----C-TAT--GGGGT--GA-AAAATC-TTTGACGTT----G-ACAC-T--CAGGCA---T-G-GCTTCTTA-C-AA-G-ATATTTAA-CC-A-TC-ACAAT-ACACA-ATCT
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gi|9 : taTTTACGACATAGATTAAATCTTACTCTTTCGATTTT--GATCAAGAG-TA--ATGTTATCTTCCCTTATACTGTCGTTTTAACCACACGAAG-TATAATTAGTTTTGTTGGCACCCAG--------------AATCA-ATTTTTAAACTGAAGTTATC-CTTTAATATACAA-CTATTCAGCATG--CAGGGTTA---TGA--GTT-AATTAAGAACA-CATTAGTT--TTGTT-ATTTAACAAAGC---CAAGAATCCTTGAAA---GAGGAGA----GCTATAGG-------TG-GGTTTTCAAAGCT---AAAGGT-GTGAATTT-CGA-C-GGATTTC-AAGATGT---ACTGG--G-TAG-ATCAGG-TGTG--AAAATCTACCACCT-GGCA-TTCAGG-----------AG-AGTTTT--AAA-TTAATCTGATTGC-A-CATAAA-----AA-TGTA----C-TAT--TGGGT--GA-AAAATC-TTTGA------------------CAGGCA-----G-GCTTCTTA-C-TA-G-ATATTTAA-CC-A-TC-ACAAT-ACACA-ATCTtatacgacagcgctggtagctttatagccagcagcgctcggttaagataggcagagcgcctaaaacttcgataccgctgaaaaatacagccggtaaaagcggtctggagaaca
gi|9 : aaaattttgatgtaattttcattgactagttgtgaacatgCCCAGGCCCTTTT------AGCACT---GTA-TTT-----ACA---GCGC-aattgatctttataggacagcgctagtagctatagcagagcgcttgtattgatagcaagcgctgaaactcgatagcgctgtaaatacagtgctaaaagggcctgggagaaca
blockSeqs : GAAT CGT T TTTTA CCC C T CTTC T TGT T G A G G G T T A CC AT TT T A A A A TCA T A TTTTCATT AT TAA A C C A AA C CAC ACAACAAACTAAACT A T A AAT GC A AA C TACAAAACAATGGTGGTAAATAAATAAATTG C C CC ATTTTTAAAT C TAGGTGTGCAGCCACA CACTGTTCTCA AC ACTCCTTTG AAAA CAGG AA AC T TTT A G A C T T T AAT G A A ATG T T T AT A A T G C A A GCCGGATGATTTCA T C CT TAATCTAA TAA T T A TA A GC C A G TC A T C T CCA A TT TC TT C A AGGAC T ATCT T C C T TAATT GTTGGCACCC GTGGTAACTC C T G T GACAAACTA TG G A GAATTAAGAACAACAT T T AAT AAA AGCC TA A CCTAGTT C G TCAAAGCTCTG T A CG G C CTTG CG C TA A G CA A T A CTCATTTCTTT AA GA T A A CGATA C GAAG T AT TTG C A G AATC A CTG AGCTA T A T A C A A A T G C
blockSeqs : GATT T T TTGT CCC . T TTTG T TGT . . A G G T T . A CC AT T T . . A . TC T A AATACA AT TAA . C C A GC C CAC ACAACAAACTAAACT . A A AAT GC A AG C TACAAAACCAATGGTTGTAAAAATAAATTG C C CC ATTTCTAAT C ACATCCCA CGCGGC TT TT . CT AA AC T . A G C C T G T AAT G A A TGT T T T AC A A T G A A C GCCGGATGATTTCA T C CT TAATCTAA TAA T T C AT A GC C C G GG A T C T ACG . TT T TT C A AGGAC . ATCT A C A C TAATT GTTGGCACCC GTGGTAACTC C A G T GACAAACTA TG A A GAATTAAGAACAACAT T T AAT AAA AGCC TA A CCTAGTT C . TCAAAGCTCTG T A AC G C CTTG CG C TA A G CA A T A CTCATTTCTTT AA GA . A . . C GAAG T . T C . A AATC A CTG TT T . T C C . . . . . .
blockSeqs : GACT T . TTGT . . . CTTG . TTT . . . G . T T . . A . T . . . . . TC T . AATACA AT . . . . A C C AAA ATAAAAC . T A A G A AA . TACAAAACCAATGGTTGTAAAAATAAATTG C C C ATTTCTAAT C ACATCCCA CGCGGC . TT . CA A G C . A G A . T T T A . A A ATG G C T AC A A T . C A A GCGATGATTTCA T C . TAATAAA TAA T T A TA . GC C A G TC A . C . CA . TT T . G T GTGA . ATCT T C C T TAATT GTTGGCACCC . . T T T GACAACTA T G . AATTAAGAACACAT . T . . . TA G . . . TCAAAGCT . . AC . . TT . . A . G A A . . . A . . A . . . . . . T . . A . . AT TT . . . C . . . . . . .
blockSeqs : GACT . . TA . . . CTG . T . . . G . T T . . . . T . . . . . . T . ATA AT . . . . A C . AAA CTG . A . . . . AA . TACAGAACAATGCTGTAAATACATTG C C C ATA . TGCAGT GGC . . . AG A G T . . . C . . . . . . . . TT G C . T . . . . . . C . . . . . . . . C AT . A . C . GG . . . . CA . T . . G T AGTA . ATCT T . A C . . . . A T T TACAACTA T G . AATTAAGAACACAT . T . . . TA G . . . TCAAAGCT . . T . . TT . . A . G A T . . . A . . . . . . . . . T . . A . . AT T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : GAT . . . . . . C . . . . . G . T A . . . . T . . . . . . T . ATA AT . . . . A G . A CTG . A . . . . . . ATTGGT . . . . . TGCAGT . . . . AG A . . . . . C . . . . . . . . TT . . . T . . . . . . C . . . . . . . . C AT . A . C . GG . . . . . . . . . C A . . . . . A C . . . . A . . T . A . . . . . . . . G . . . TCAAAGCT . . C . . T . . T . G . A . . . A . . . . . . . . . T . . A . . T T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : GAT . . . . . . T . . . . . G . T T . . . . T . . . . . . T . ATA AT . . . . A G . . . ATTGGT . . . . . TGCAGT . . . . A A . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . A . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . T . . T . G . A . . . A . . . . . . . . . T . . G . . T T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : GAT . . . . . . C . . . . . G . T T . . . . T . . . . . . T . ATA AT . . . . A . . . A A . . . . . . . . . C . . T . . A . . . . . . . A . . . . . . . . . T . . A . . T T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : GAT . . . . . . C . . . . . G . T T . . . . T . . . . . . T . ATA AT . . . . A . . . . . . A . . . . . . . . . C . . G . . T T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : AAT . . . . . . C . . . . . G . T . . . . . C . . . . . . T . AT AT . . . . A . . . . . . . T . . A . . T T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : AAT . . . . . . C . . . . . G . . . . . . . C . . . . . . . . TT T . . . . A . . . . . . . T . . G . . T T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : GAT . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . T . . . . . . . . T A . . . . . . . . . . . . T . . G . . T T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . T A . . . . . . . . . . . . T . . . . . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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blockSeqs : . . . . . .
blockSeqCons : GAT*** ***** *** C****** *** ** ACAACTGAAC***** A** AA CC ATTTTAAT** TGCAGCCCA******* ********* CG** A* G* AC TAATAA** TAA GC CG* TT T* ATCT TAATT ********** GACAAACTA T* *** TA TCAAAGCT*** CT** A* ** *********** A* T** T*** T****
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finalCons : NNTCCCCAGGATTTTTTGAT---AGCGCT---GTA-TTT-----AGA---GCGC-GCGGCACGACCTT-ATTAGAGC------TT-GT---G-AAA-C-GCGTCGCTGCGGTT-TAATGTTTTTCATGTTTTAA-AT-TTGTTT--ACATTGA--TCTTTGTATTAATTTACTAAGTT-C-AATATGTTT-A-TATTG-AAGCAT---TCATTGATAA-CAT-----A---TATTTTAATATTGCTG---T-AACTG-C-TTACATGATGCTTGCTTTTTTTAANACAAAAACAACTGAAC-----TAAAT-ACTTTNATTATAAAACCTTACTA--TATTAAACGG-TTACAATTAATACAATCATACTAATCAACAACTTGAAAAATATACAAAAC-AAT-G-TGGT-AA---T-----A-A-TTGTTCAAACCCCGTACCTTCTAAATTTATTTTAAT--TTACCCTACGTAATATTGCAGCCCA-------AGTAGGCC-CGGC-----GTTA--CATTTG---------ATCTAAAA----AAGTTAGGTGTTCCG--GGAATCA-GCCATAG-GTCTATACCTGGA---ACAGTGATCTACCCGTGGCTGGAACGCACTA-ATATTATTGAAGTCCATTTTATAGGAAA--TTCACAATT-TGCAGTTAATCAACACGATGTGATGGTATAGCCGTTTGTCTACGCGCGAAGATATTTGCTGAGTTGTAAGACTTTTTATANCGC--GATGATTTCATGTTGATCATGG--TCATTAATAA--ACTCTAAGTACTCATTATTTGTTTANAATAACATTTNNTAAGTTTAAACTTATTGCACAATTTTCGTGANTGTNNATGACCATTT-ACCTTCGTTCTTT-CGATTTCG-ACAAGGATTAA-CCTTACTTTCT-GATTTT--GATCAAAAG-GACGA-GTTATCTCCCCTTATACTGTCGTTTTAACCACACGAAGCTATAATTAGTTTTGTTGGCACCCAGT----------TTGAGTCA-ATTTTTANACTCAAGTTATCGCTTTAATAGACAAACTATTCAGCATGT-CAGGGTTGAAGTGAA-GTT-AATTAAGAACA-CATTAGTT-GTTGTTTATTTAACAAAGC---CAAGGATCCCTGAAA---CAGGAGA----GCTATAGG-------TG-G-TTTTCAAAGCT---AAAGGT-GTGAATTT-CGA-C-G-ATTTC-AAGATGCT--GCTGG--G-TAGA-TCAGG-TGTG--AAAATCTACCACCT-GGCA-TTCAGG-----------AGA-GTTGG--AAA-TTAATCCGATTGCAA-CAT-AA-----AA-TGTG----C-TAT--GGGGT--GA-AAAATC-TTTGACGTT----G-ACACT---CAGGCAT----G-GCTTCTTA-C-AA-G-ATATTTAA-CC-A-TC-ACAAT-ACACA-ATCT
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|27 ): CTAATTGATCTTTATAGGACAGTGCTGATAGCAATAGCACAGTCCTCTCACTTTATAGCGCTGTAAAGCACAGCGCTTTAAGGGCCTGGGGAGAACAC
Unaligned ( gi|28 ): TTCTAATAGATCTTTATAGGACAGTGCTGATAGCAATAGCACAGTGTTCTCACTTGATAGGCTGTAAAGCACAGCGTTTAAGGGCCTGGGGAGAACA
Unaligned ( gi|32 ): ATATTGATCTTTATAGGACAGTGCTGGTAG
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Reference ( family-1255 ) : NNTCCCCAGGATTTTTTG-A-T-AGCGCT---GTA-TTT-----AGA---GCGC-GCGGCACGACCTT-ATTAGAG---C---TT-GT---G-AAA-C-GCGTCGCTGCGGTT-TAATGTTTTTCATGTTTTAA-AT-TTGTTT--ACATTGA--TCTTTGTATTAATTTACTAAGTT-C-AATATGTTT-A-TATTG-AAGCAT---TCATTGATAA-CAT-----A---TATTTTAATATTGCTG---T-AACTG-C-TTACATGATGCTTGCTTTTTTTAANACAAAAACAAC----TGAACT-AAATA-CTTTNATTATAAAACCTTACTA--TATTAAACGG-TTACAATTAATACAATCATACTAATCAACAACTTGAAAAATATACAAAAC-AATG-TGGT-AA-----TA-A-TTGTTCAAACCCCGTACCTTCTAAATTTATTT-T--AATTTACCCTACGTAATATT------GCAGCC-CAAGTAGGCC-CGG------------CGTT--A--C--ATTTG--ATCTAAAA----AAGTTAGGTGTTCC--GGGAATCA-GCCATAG-GTCTATACCTGGA---ACAGTGATCTACCCGTGGCTGGAACGCACTA-ATATTATTGAAGTCCATTTTATAGGAAA--TTCACAATT-TGCAGTTAATCAACACGATGTGATGGTATAGCCGTTTGTCTACGCGCGAAGATATTTGCTGAGTTGTAAGACTTTTTATANCGC--GATGATTTCATGTTGATCATGG--TCATTAA--TAAA-CTCTAAGTACTCATTATTTGTTTANAATAACATTTNNTAAGTTTAAACTTATTGCACAATTTTCGTGANTGTNNATGACCATTT-ACCTTCGTTCTTT-CGATTT-C-GACAAGGATTAA-CCTTACTTTCT-GATTTT--GATCAAAAG-GACGA-GTTATCTCCCCTTATACTGTCGTTTTAACCACACGAAGCTATAATTAGTTTTGTTGGCACCCAGT----------TTGAGTCA-ATTTTTANACTCAAGTTATCGCTTTAATAGACAAACTATTCAGCATGT-CAGGGTTGAAGTGAA-GTT-AATTAAGAACA-CATTAGTT-GTTGTTTATTTAACAAAGC---CAAGGATCCCTG---AAACAGGAGA----GCTATAGG-------TG-G-TTTTCAAAGCT---AAA-GGTGTGAATTT-CG-AC-G-ATTT-CAAGATGCT--GCTGG-G--TAG-ATCAGG-TGTG--AAAATCTACCACC-TGGC-ATTCAGG-----------AG-AGTTGG--AAATT-AATCCGATTGC-AA-CAT-AA-----AA-TGT----GC-TAT--GGGGT--GA-AAAATC-TTTGACGTT----G-ACAC-T--CAGGCA---T-G-GCTTCTTA-CAA-G-ATATTTAA-CC-A-TC-ACAAT-ACACA-ATCT
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gi|31 : caaaacTTCAGCATG--CAGGGTTGA-GTGAA-GTT----------------TAGTT-GTTGTTTATTTAACAAAGC---CA
gi|4 : ---TT-TT---G-AAA-C-GCGTCGCT-TGTTT-TAATGTTTT-CATGTTT-AA-AT-TTGTTT--ACATTGGATTTTTTGTAT-AATTTACTAAGTTTC-AATATGTTT-AATATTG-AAGCAT---TCAT-GATCA-CAT-----A---TATTTTAATATTGCTG---T-AGCT--C-TTACATA---CTTGCTTTTTTTAACACAAAA----C----TG---T-AAATA-CTTTTATTATAAAACCTTACTAATTATTAAACG--TTACAATTAATACAATCATACTAATT--CAACTTGAAAAATA----------AT--TGGT----------------TTCAAACCCCGTA--TTCTAAATTTATTTCT--AATTTACC-TACGTAATAT-------ACATCC-CAAGTAGGC------------------GTT--A--C--ATTTGTTATCTAAAA----AAGTTAGGTGTTC---AGGAATAAAGCCATAACATCTATACCTGGA---ACAGTGATCTACCTGTGGCTGGAATGCA-TA-ATATTAT-GAAGTCCATTTTATAGGAA---TTCACAATT-TGCAGTTAATCAATACGATG-GATGGTATAGCCGTTTGTCT-TGTGTGA-GAT-TTTGCTGAGTTGTAAGACTTTTT-TAAC--------------TGT-GAT-ATGG--TCAT--------A-TTT---GTACTCATTATT-GTT-AAAATAACATTTTATAAGTTTAAACTTATTA-ACAATTTT-GTAAAT-TTCATGACCATTT-ACCTTCATT-TTT-CGATTT----ACAAGAATTAA-CC--ACTTTCT-GATTTT--GATCAAAAG-GACGA-GTT----CCACTTATACTGTTGTTTTAACCCTACAAAGTTATAATTAGTTTTGTTGGCACCCAGTGTGGTAACTCTTGAGTCA-ATTTTTATACTCAAGTTATCGCTTTAATA-------T-TCCAGCATGT-CAGGGTTGAAGTGAA-GTT----------------TAGTT-GTTGTT-ATTTAACAAAGCAATTAAGGATCCTTG---AAACAGGAAA----GC--TAAG-------TG-G-TTT---------------GGTGTGAATTT-CG-AT-G-ATTT-CAAGATGTT--GCTGA-G--TAGTATCAGA-T-TGA-AAAATCTACAACC-TGGC-ATTCAAACTCATTTCTTTAGAAGTTGG--AAATT-AATCTGATTGC-AA-CAT-AA-----AACTGT----GCTTAT--GGGG---GACAAAATC-TTTGACATT----GAACACAT--CAGGCAT--T-G-GCTT
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6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|28 ): TTCTAATAGATCTTTATAGGACAGTGCTGATAGCAATAGCACAGTGTTCTCACTTGATAGGCTGTAAAGCACAGCGTTTAAGGGCCTGGGGAGAACA
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