lowQualScore : 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 11 1 1 7777777 33333333333333 22 11 1 1 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11 111111111 5555555555555555555 2222 1 222222222 1 111 111 11111 111111 444444444444444444444444444444444 11111111 11111111 11111 111111 11111 11 111 1 11111111111 1111 55555555555555555555555555555555555555555555555555 11111111 1 2222 2222 2222 1 22222 11 1111 111 3333333333333 2222222222222222 1111
lowQualScore : 6 6 22 6 5 6 7 6 4444444 6 6 99999999999999 44 6 7 88 3 4 1 7 3 3 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 8 11 0 888888888 6 8 8888888888888888888 8 3 2222 0 5 5 777777777 4 2 111 3 6 77 0 6 555 1 0 0 8 0 333 5 5 5 0 77 5 77 0 7 55555 999999 6 6 5 5 5 5 2 444444444444444444444444444444444 5 0 33333333 55 3 55 777 99 33333333 55 00000 111111 66 00000 99 555 3 4 99999999999 5 1111 55 666 3 3 66 3 33333333333333333333333333333333333333333333333333 3 44444444 1 4 1 6 66 66 5 33 0 3333 0000 777 777 777 777 4 0000 555 4 1 00000 5 0 0 99999 5 11 3 7777 6 111 6666666666666 5 5 0 7777777777777777 777 5 77 2222 77 6 5
lowQualScore : . . .. . . . . . ....... . . .............. .. . . .. . . . . . . .................................................................. . .. . ......... . . ................... . . .... . . . ......... . . ... . . .. . . ... . . . . . ... . . . . .. . .. . . ..... ...... . . . . . . . ................................. . . ........ .. . .. ... .. ........ .. ..... ...... .. ..... .. ... . . ........... . .... .. ... . . .. . .................................................. . ........ . . . . .. .. . .. . .... .... ... ... ... ... . .... ... . . ..... . . . ..... . .. . .... . ... ............. . . . ................ ... . .. .... .. . .
lowQualScore : 0 0 00 0 0 0 0 0 0000000 0 0 33333333333333 00 0 3 33 3 7 0 3 3 7 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 00 6 000000000 0 0 0000000000000000000 0 8 2222 8 6 0 111111111 6 8 777 7 7 99 3 6 666 4 1 1 2 1 888 0 7 7 7 99 7 99 1 3 55555 222222 7 0 7 7 0 0 2 888888888888888888888888888888888 0 2 11111111 55 4 55 000 88 22222222 55 00000 555555 11 44444 11 222 3 4 22222222222 4 4444 00 444 6 6 55 6 00000000000000000000000000000000000000000000000000 6 55555555 9 1 9 7 11 33 0 55 8 0000 3333 888 888 888 888 8 0000 999 3 4 11111 0 1 2 66666 0 99 2 0000 7 777 0000000000000 7 7 1 7777777777777777 000 2 99 1111 77 0 7
consensus : TTAGATATATCGCACAAAACTTTGAAAAATAAAATTACAAAGAAACATTATACATGCA-----AAATTT-TGATCAACTGAAAAATATA--TC-AAATAANAATATCGGAAAATTAACATTTTAT-AGCANTATAGTTAGTCTAAATGAAATTAAA-C-CGCAAC-A-TAC------TT---AAAAT-TTTGNAAAAAAAACGTTA-AAGA--AATCAGAAAGATCTATCT----TGACCAAA-TT----------A--------CGAATAAGT-GCTCATTC--ACTTCATATTGAAACAGGAAGATACTCAAGACCTCCAGTGCC---TAGA-GACAAACG--TGTATGCTATTCATGTAAACAGTTTATT---GAAAATGAA-GAA-CA-TTTTGTGTTAT--AT-TGTCC--TCGTTATGATCATTATAGATTAC-AATACAG------TGACATA-TTTAA-TG-TA-G-AATGTT-A--------TATGAGAGAT-AATC----C---TTT-AAAATCTG-------T--TAT--GA---ATCCATCAAA--------TG--TAA-----AAA------CAGCT--A----GAAGACTTTGT-AAATTTCTT-A-GAAN-----AG---TTATGAAT----TTAG--AA---AA-G-AAAGTTTG-AAA-A-TTA------ATTA--AC---T------TAGA--TGT---GTC---TTC-ATATT--------AACAACAGAGTTGTA--TTT-AAC-AACTGACATTGT-C--AAAT---CC---ATT---GT---GTC---CCTCATTCTTTG--TAT-T-GTGT-AATCA--C-TG-ATTTG-T---TGT-ATTCNTAGGTATAATG----GCATTCTTTG---TAT--TG-TGTAA-TCA-CTG-ATTTG-T---------TG---TATNCCTAGGTATAAT--GGTGCTG----TCAATAAATTCA-TTCATTC
Reference ( gi|2 ) : TTGGATGTATCATATAACACTCTGATAGATAAA-TTA--GAGGAACACTGCTCTTGCA-----AAATTTCCGATCAGCTGAAAAATATA--TC-AAATAATAATATTGGAAAATTAACATTTTAT-AGCAGTATAGTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATGAATACATCTTGTTCACAAGATATTTGAAAAAAAAANATTA-AAGA--AATCAGAAAGATCTATCT----TGATCAAA-TT----------A--------CGAATAAGT-GCTCATGT--ACTTCATATTGAAACAGTAAGACAATCAAGGCCCCCAGTACC---TAGA-GACAAACG--TGTATGCTATTCATGTAAACAGTCTATT---GAAAATGAA-GAA-CA-TTTTGTGTTAT--AT-TGTCC--TTGTTATGATCATTATAGACTAA-AATACAG------TGACATA-TTCAA-TG-TA-G-AATATT-A--------TATGAATGAT-AATC----C---TTT-AAAATCTG-------T--TAT--GA---ATCTATCAAA--------TG--TAA-----AAA------CAGCT--A----AAAATCTTTGT-ATATTTCTT-A-GAAA-----AG---TTATAAAT----TTAG--AA---AA-G-AAAGCTTG-AAA-A-TTG------ATTA--AC---T------TAGA--TAT---GTC---TCC-ATATT--------AAGAATAGAGTTGTA--TTT-AAC-AACTGACATTGT-G--AAAT---AC---ATT---GT---GTC---CCTCATTCTTGG--TAT-T-GTGT-AATCA--A-TG-ATTTG-T---TGT-ATTCCTAGGTATAATG----GCATTCTTTG---TAT--TG-TGTAA-TCA-CTG-ATTTG-T---------TG---TATTCCTAGGTATAAT--GGTGCTG----TTGATAAATCCA-TTCATTC
gi|1 : TTAGATATATCGCACAAAACTTTGAAAAATAAAATTACAAAGAAACATTATACATGTAGTCACAAATTTGTGAACAACTGAAAAA-ACACTTCTAAGTCAAGGCTCTGGAAA-TTGACTTTTTATTGGTAAAATAGT-AAATTTAAAATGATACAAATCTGCAACAACTAC------TT---AAAACTTTTCATAAAAAAA---------A--AGTCAGAAAGATC-ATCT----TAACCAAAATT----------A--------AGAATTAGT-GC-CATTTCAATTACATAT--GAACTGGGAGAT--------------GT-CC---TA-A-GAAAAACG--TACTTGTCACGCATGCATACCGATTATTCATGAAGACGAA-ATATCA-CTTTTTGTTCTTTAT-TGTCCAGTTTTAATGATCA-TACAGATT-A-TGTACAGCAATAATGAAATATTTTAATTG-T--G-AATGCTAA--------TATAACAGAA-CATC----CATATTG-GAAATTTG-------T--T-----A---ACCC-CCAAG--------AA--TAG-----AAA------TTGCTCGA----AAAATA--TGTAATTTTTTTT-A-AATG-----AGTGTTTTTAAATA---CCAG--AA---AA-GAAAAACTCC-AAATA-TTA------ATGAATAC---T------TAAA--TGTAAGATT---ACC-ATAT
gi|3 : aatcatatatatatctattaatgaacgggtcattccctttatattctacttgtgatatgaaaatatgttcaaattttattcagactggacgaaattaagagtctatgaaataacttagcgaaccaaaaactagaatatctgcatttaaagaagacaaaaacttggctctagaatatcatggcaaagaaaatgttttactaccaagaaaaattatcccaactttctGCA-----AACTTTCTGATCAACTGAAAAATATA--TC-AAATAATAATATCGGGAAATTAAGATTTTAT-AACAGTATAGTTAGTCTAAATGAAAATAA-----------AATACA----------AAATTATTTGCAACTGT--CGTTA-AAGA--AATCAGAAAGATCTATCTCAAGTGACCAAA-TT----------A--------CGAATAAGT-TCTCATGC--AC-TCATATTGAAACAGGAAGATACTCAAGACCacagggttttcacctaatatatgttacat
gi|4 : -----AAATTT---ATCAACTGAAAAATATA--TC-CAATAACAATATCGAAAAATGAACATTTTAT-AGCACTATAGTTAGTCTAAATGAATTTAAACCACATAAT----------TGTTTGCAAGAT--CTGC--------CTTTA-AAGA--AATCAGAAAGAGCT---T----TGACCAAA-TTGCATGTGTACA--------CGAATAAGT-GCTCATTC--ACTTCATATGGAAACAGGAAGATACTCAAGACCTCCGGTGCC---CAGG-GACAAACG--TGTGTGCTATTCATGTAAACAGTGTATT---AAAAATGAA-GAA-CA-TTTT-TATTAT--AT-AATCC--TCGTTCTGATCATTATAGA-TAACAATACAG------CGACATA-TTTAA-TG-TA-G-ACTATT-A--------TATGA--GAA-AG------G---TTT-AAAGACTGAACAACATTATAT--GA---ATCCATCTAA--------TG--TAA-----AAA------TAGCT--A----GAG------GT-AAATTTCCT-A-AGAACTGATAA---ATATGAGT----TTAG--AA---AAGG-AAAATTTG-AAA-A-TTT------ATAA--AC---TTACATGTAGA--TGT---GTG---TTC-ATATTAGTTGTAAAACAACAGGATTTTA--TTT-AAC-A---GACTATGT-C--TAAT---CC---ATT---GTTGCGTC---TCTCATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcaagacctccagtgcctagagacaaacgcgtgtatgctattcatgtaaacagtttattgaaaatgaagaacattttgtgttatattgtccatgttatgatcattatagattacaatacagtgacatatttaatgtagaatgttatactatagtatgagagataatactttaaaatctgttatgaacccatcaaatgtnggaatgttatatgagagataatactttaagatatgttatgaacccatcaaatgtaaaaactgctagaagcctttgtaaatttcttaagaacagtaatgaatttagaaaagaaagtttgaaaattaattaacctagatgtgtcttcatattaaca
gi|13 : tcatctttggatatatataccacatttataattctgataaatAAGAAAAAAGATTATAAAC--ACTTCTAAAGAGCTATTT----TGACCAAA-TT----------G--------TGAATAAGT-GCCAATAC--ACTTTATATTGAAACAGGGGGATACTCAAGACCTCCAGTGTC---CAAA-GACAAACA--TGTATG-------------CAGTTGATT---GAAAATGAA-GA
gi|9 : TTA-AAGATAGATCAGAAAATTCCTCTT----TGACCAAA-TT----------AAATAAAATCAAATAAATTGCTCTTTC--ACTTCATACTGGAACAGGAAAAC--------CCCCCAGTGCCAGGTAGAGGACAAACG--TGTATACTA--AAGGGAAAC---------------ATGAACGAA-CA-TTTTGTATTAT--ATATGTTC--TCGATATG-TCA-TATA-ATTAC-AATACAG------TGAAATA-TTTAA-TGATAGG-AATGTT-A--------TATGAG-AAT-A-------------T-A-----------------TAT--GA---ATC-ATCAAA--------
gi|3 : aataatttgcaaactgctctATCAAGACCTCCAGTGCC---TAGA-GACAAACGCGTGTATGCTATTCATGTAAACAGTTTATT---GAAAATGAA-GAA-CA-TTTTGTGTTAT--AT-TGTCC--ATGTTATGATCATTATAGATTAC-AATACAG------TGACATA-TTTAA-TG-TA-G-AATGTT-ATACTATAGTATGAGAGAT-AATA----C---TTT-AAAATCTG-------T--TAT--GA---ACCCATCAAA--------TG--TNG-----GAA------atcaa
gi|5 : gcaaactttctgatcaactgaaaaatatatcaaataataatatcgggaaattaagattttataacagtatagttagtctaaatgaaaataaaatacaaaattatttgcaactgtcgttaaagaaatcagaaagatctatctcaagtgaccaaattacgaataagttctcatgcactcatattgaaacaggaagatactcaagaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn---TAAA-GAAAAACA---GTCAG-TATTGATATAAACAGTTTATCA--GAAAATGAA-GAA-CA-TTTTGTGTTAA--AT-TGTTC--TTGTTATGATCATTATAGATTAC-AATACAG------TGACATG-TTTAA-TG-TA-G-AATGTT-A--------TATGAGAGAA-AATC----C---TTT-AAAATTTG-------T--TAT--GA---ATCCATCAAA--------TG--TAA-----AAA------CAGCT--A----GAAGACTTTGT-AAATTTCTTGA-GAAC-----AG---TTATGAAT----TTAG--AA---AA-G-AAAGTTTG-AAA-A-TTG------ATTA--AC---T------TAGA--TGT---GTC---TTC-ATATC--------AACAACAGAGCTGTA--TTT-AAC-AACTGACATTGT-C--AAAT---CC---ATT---GT---GTC---CCTCAATCTCTG--TAT-T-AC-T-GATT-----TGTATTTA-TGACTAT-ATGCCTAGGTATAATG----Gtgttatatgagagataatactttaagatatgttatgaacccatcaaatgtaaaaactgctagaagcctttgtaaatttcttaagaacagtaatgaatttagaaaagaaagtttgaaaattaattaacctagatgtgtcttcatattaaca
gi|7 : agaattCG--TGTATGCTATTCAT-TAA-CAGTTT-TC---GAAA-TGAA-GAA-CAATTTTGTGTTAT-------------------GGCCATTATAGATTAC-AATCCAG------TGACATA-CTTAA-TG-TA-G-AATA--------------------AT---TC----C---TTTTAAAATCT--------T--T-T--GA---AC--ATCAAA--------TG--TAA-----AAA-------A--T--A----GAAGACTTTGT----TT-------GAAA----------T------T----TTAG--AA---AA-G-AAA-TTTG-A---------------------------------AGA--TGT---GTCT--TTC-ATAGT--------AACAACATAGTTGTAAGTTTAAAC-AATGGACATTGTCC--AAAT---CC---ATT---GT---GT----CCTCA-TCTTTG--TAT-TGGTGTAAATCA--C-TG-ATTTGTT---TGT-ATTtgctgtcaataaattcattcat
gi|16 : atATGTAAACAGTTTATT---GAAAATAAA-GAA-CA-TTTTGTATTTT--AT-TGTCC--TTGTTATGATCAtatgactatatgt
gi|3 : AA-TG-TN-GGAATGTT-A--------TATGAGAGAT-AATA----C---TTT-AAGATATG-------T--TAT--GA---ACCCATCAAA--------TG--TAA-----AAA------CTGCT--A----GAAGCCTTTGT-AAATTTCTTAA-GAAC-----AG---TAATGAAT----TTAG--AA---AA-G-AAAGTTTG-AAA-A-TTA------ATTA--AC---C------TAGA--TGT---GTC---TTC-ATATT--------AA
gi|8 : gcaaactttctgatcaactgaaaaatatatcaaataataatatcgggaaattaagattttataacagtatagttagtctaaatgaaaataaaatacaaaattatttgcaactgtcgttaaagaaatcagaaagatctatctcaagtgaccaaattacgaataagttctcatgcactcatattgaaacaggaagatactcaagaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcaagacctccagtgcctagagacaaacgcgtgtatgctattcatgtaaacagtttattgaaaatgaagaacattttgtgttatattgtccatgttatgatcattatagattacaatacagtgacatatttaatgtagaatgttatactatagtatgagagataatactttaaaatctgttatgaacccatcaA-A-AATGTT----------TA-GATTGATCAATCATTTT---TTT-AAATTCTA-------T--TTT--TATTTAT-TATTAAAGATGGTTATGGATAA-----AAA------CAGCT--A----AAAGACTTTGT-ACATTTCTTAA-GAAC-----AG---GTGTGAAT----TTAG--AA---AG-G-AAAATTTG-AAA-AGTTA------TTTA--GCTGAT------TAAAATTAT---GTCAAATCCAATATT--------ca
gi|11 : TG-------T--TAT--GA---ATCCATCAAA--------TG--TAATTTTTAAA------CAG-T--A----GAAGACTTTCT-GAATTTCC--A-GTCA------G---TTATGAATGAATTTAG--AATTTAA-G-AAAATTTG-AAA-A-TTAGGCCTAATTA--AC---T------TAGA--AGT---GTG---TTC-ATATT--------AACAACAGAATTTTA--ATT---C-AACTGACTATGT-C--AAAT---CCATTATT---GT---GTC---TCTCATTCgggtccctcattctttgtacagtgtgtattatgtaattacattgtactgatttactgtattcattactatataccgaagtataatatggtgctgtcaataaattcattcattc
gi|6 : -------T--TATAAGA---ATGTATCAAA--------TG--TAA-----AAA------CAGCT--A----GAAAACTTTGT-AAATTTCTT-A-AAAAC----AG---TTACGAAT----TCAGAAAA---AA-A-AAAGATTGAAAA-A-TTT------ATTA--AC---C------TAGA--TGT---G-------------T--------AAG--T--AGCTGTA--TTT-AAC-AAATGACATTGT-C--AAAA---CC---ATT---GT---GTC---CCTCA-TCTTGT--AATAT-GTGT-AATCATTC-TG-ATTAG-T---TGTAATTC
gi|10 : gtccgacttacgaacgaatttagattgtacataatatgagatttaatgatatcttatgaaatcaatttaattaatcatgacttagtttggcagatatcTCATA--------TG--TAA-----AAAAAACCCCAGCT--ACTATATAGACTTTGC-AAATTTCTT-AAGAAC-----AG---TTATGAAT----TTAG--AA---AA-G-AAAGTTTT-AAA-A-TTG------------------------------TGT---GTT---GAT-ATATT--------AACAACAAAATT-TA--TTT---C-A-CTGACTTTGT-C--AAAT---TC---ATTAATGT---GTC---CCTCATTCTTTG--TAT-T-ATGT-AATTA--C-TG-ATTTG-T---TGT-GTTTATGACTATAATATTATACATT-TCTGACATTT--TC-TCTAA---A-CTT-ATTTT-C---------TG---TATactgacctatatgtctattatagatggtgcttcaatagaaattcatctcatc
gi|15 : -----AG---TTATGAAT----TTAG--AA---AA-G-AAAGGTTG-AA---------------------------------GA--TGT---ATC---TTC-ATAGT--------AACAACATAGTTGTA--TTT-AA
gi|12 : cAT----TTAG--AA---AA-G-AAAGTTTG-AAA--------------------------------------------C---TTC-ATATT--------AACAACAGAGTTGTA--TT--AAC-AACTGACATTGT-C--GAAT---CC---ATT---GT---GTCCCTCCTCATTCTTTG--TAT-T-GT----ATTT--A-TG-A-----C---TGT-ATGCTTAGGTATAATG----G
gi|8 : AAAGTT--A--TTT-AGCTGATTAAAATTAT-GTCAAATCCAAT---ATT---GG---GTC---CCTCATTCTT-----------TGT-A--CA--G-TG-----------TGT-ATT-----ATGTAATT----ACATT----G---TAC--TG----AT-TTA-CTGTATTCA-T---------TACTATATACCGAAGTATAATATGGTGCTG----TCAATAAATTCA-TTCATTCtgctgtcaatagatttattcgatc
gi|14 : aaaatgtttagattgatcaatcatttttttaaattctatttttatttattattaaagatggttatggataaaaacagctaaaagactttgtacatttcttaagaacaggtgtgaatttagaaaggaaaatttga--AAAT---CC---ATT---GT---TTC---CCTCATTCTTTGTATAT-T-GTGTAAATCA--C-TG-ATTTG-T---TTT-ATT
gi|17 : cATCA--ACTG-ATTTG-T---TGT-ATTTATATGTATAATG----Gtagctgtcaataaattcattt
gi|5 : CAATCTCTG---TAT--T----------A-CTG-ATTTG-TATTTATGACTA---TATGCCTAGGTATAAT--GGTGCTG----TCAATAAATTCA-TTCATtgctgtcaattaataaattaattca
gi|12 : agaatttaaagaaaaacagtcagtattgatataaacagtttatcagaaaatgaagaacattttgtgttaaattgttcttgttatgatcattatagattacaatacagtgacatgtttaatgtagaatgttatatgagagaaaatcctttaaaatttgttatgaatccatcaaatgtaaaaacagctagaagactttgtaaatttcttgagaacagttatgaatttagaaaagaaagtttgaaaattgattaacttagatgtgtcttcatatcaacaacagagctgtatttaacaactgacattgtcaaatccattgtgtccctCATTCTTTG---TAT--TG-TAT---TTA--TG-ACT--------------G---TATGCTTAGGTATAAT--GGTGCTG----TCAATAGATTTA-TTC
gi|14 : atttagaaaagaaagtttgaaacttcatattaacaacagagttgtattaacaactgacattgtcgaatccattgtgtccctcctCATTCTTTG---TATATTG-TGTAAATCA-CTG-ATTTG-T---------TT---TATT--TA-------------GCTG----TCAATAAATTCA-TTgatc
gi|7 : caaatccattgtttccctTCTTTG---TAT--TGGTGTAAATCA-CTG-ATTTGTT---------TG---TATTt
gi|17 : atcgtgtatgctattcattaacagttttcgaaatgaagaacaattttgtgttatggccattatagattacaatccagtgacatacttaatgtagaataattccttttaaaatcttttgaacatcaaatgtaaaaaatagaagactttgtttgaaattttagaaaagaaatttgaagatgtgtctttcatagtaacaacatagttgtaagtttaaacaatggacattgtccaaatccattgtgtcctcaA-TCAACTG-ATTTG-T---------TG---TATTTATATGTATAAT--GGTGCTGTCAATTAATAAATTAA-TTCAtatgactatatgt
gi|19 : ATGCCTAGGTATAAT--GGTGCTG----TTAATACATTCATTTCAT
gi|18 : GTATAAT--GGTGCTG----TCAATAAATTCA-TTCA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 11 22222 333 11 1 1 1 000000000000000000000000000000000000 2222222 111 1111 4444444444444444444 111 111111 11111111 111111111 1111111 111111 1111 1 111111 1111 3333333333333333333333333 11111111 1111111111 22222222222 1111 111 1111111111 11 111111111 1111111 11111111 11 11
lowQualScore : 3 4 5 88 4 4 55555 777 3 33 0 1 3 0 1 0 3 444444444444444444444444444444444444 555 1111111 6 222 55 4444 6 6666666666666666666 6 1 6 3 6 3 99 1 000 1 5 66 4 2 0 99999 4 4 5 66 5 77 888 5 666666 5 5 5 5 5 5 88888888 1 333333333 5 0 3333333 55 0 55 0 99999 000000 0 4444 3 3 8 3 000000 3 555 0000 44 555 3 44 3 7777777777777777777777777 77 0 22222222 555 3 1 55 77 44 2 4 777 777 777 777 66 5 5 5 3333333333 0 0 00000000000 5 55 1 7777 3 2 000 5 3333333333 00 4 777 666666666 3 1111111 88888888 33 8888 11 4 8
lowQualScore : . . . .. . . ..... ... . .. . . . . . . . .................................... ... ....... . ... .. .... . ................... . . . . . . .. . ... . . .. . . . ..... . . . .. . .. ... . ...... . . . . . . ........ . ......... . . ....... .. . .. . ..... ...... . .... . . . . ...... . ... .... .. ... . .. . ......................... .. . ........ ... . . .. .. .. . . ... ... ... ... .. . . . .......... . . ........... . .. . .... . . ... . .......... .. . ... ......... . ....... ........ .. .... .. . .
lowQualScore : 0 0 5 00 0 0 00000 000 2 88 0 0 2 0 0 0 8 555555555555555555555555555555555555 888 6666666 7 333 22 2222 7 8888888888888888888 7 7 7 3 7 2 88 0 000 7 7 99 5 0 1 22222 4 4 0 99 0 66 888 0 444444 7 0 0 0 0 0 11111111 4 222222222 0 2 0000000 55 8 55 4 11111 555555 2 1111 6 6 2 6 111111 3 888 4444 66 888 3 66 3 8888888888888888888888888 22 4 11111111 888 6 6 55 22 88 3 0 000 000 000 000 99 0 0 0 9999999999 1 2 99999999999 0 00 0 0000 5 5 000 7 7777777777 66 4 888 000000000 6 5555555 77777777 55 5555 00 0 0
consensus : TTGGATGTATCGCACAANACTCTGANAGATAAAATTACAGAGGAACACTGCNCNTGCA-----AAATTT-C-GATCAACTGAAAAATATA--TC-AAATAATAATATCGGGAAATTAACATTTTA-TAGCAGTATAGTTAGTCT-AAATGAAANTAAACCGCA--------ACA--TACTT------AAAAT--TTTGCAAAA-AAAACATTA-AAGA--AATCAGAAAGATCTATCT----TGACC-AAATT----------A--------CGAATAAGT-GCTCA-TNCACTT-CATATTGAAACAGGAAGATACTCAAGACCTCCAGTGCC---TAGA-GACAAACG--TGTATGCTATTCATGTAAACAGTTTAT---T-GAAAATGAA-G-AACA-TTTTGTGTTA--TAT-TGTCCTCGTT---ATGATCATTATAGATTACAATACAG------TGACATA-TTTAA-TG-TA-G-AATGTT-A--------TATGAGAGATAATCC---TTT-AAAATCTG-------T--TAT--GAATCCATCAAATGTAA-----AAA------CAGCTA----GA-AGACTTTGTAA-ATTTCTTAA-GA----ACA-G---TTATGAAT----TTAG--AA---AA-GAAAG--TTTG-AAAATTG------ATTA--ACT------TAGATGTGTC-TTCATATT--------AACA---ACAG-AGTTGTA--TTT-AACAACTGACATTGT-CAAATCC---ATT---GT---GTC---CCTCATTCTTTG--T-AT-T-GTGT-AATCA--CTGATTTG-T---------TGT-ATTCNTAGGTATAATG----GCATTCTTTG---TA-T--TGTGTAA-TCA--CTG-AT---TTGT---------TGT-AT------GCCTA-------GGTATA--ATGGTGCTGTC----AAT--AAATTCA-T-TCATTC
Reference ( family-1248 ) : TTAGATATATCGCACAAAACTTTGAAAAATAAAATTACAAAGAAACATTATACATGCA-----AAATTT-T-GATCAACTGAAAAATATA--TC-AAATAANAATATCGGAAAATTAACATTTTA-TAGCANTATAGTTAGTCT-AAATGAAATTAAACCGCA--------ACA--TACTT------AAAAT--TTTGNAAAA-AAAACGTTA-AAGA--AATCAGAAAGATCTATCT----TGACC-AAATT----------A--------CGAATAAGT-GCTCA-TTCACTT-CATATTGAAACAGGAAGATACTCAAGACCTCCAGTGCC---TAGA-GACAAACG--TGTATGCTATTCATGTAAACAGTTTAT---T-GAAAATGAA-G-AACA-TTTTGTGTTA--TAT-TGTCCTCGTT---ATGATCATTATAGATTACAATACAG------TGACATA-TTTAA-TG-TA-G-AATGTT-A--------TATGAGAGATAATCC---TTT-AAAATCTG-------T--TAT--GAATCCATCAAATGTAA-----AAA------CAGCTA----GA-AGACTTTGTAA-ATTTCTT-A-GA----ANA-G---TTATGAAT----TTAG--AA---AA-GAAAG--TTTG-AAAATTA------ATTA--ACT------TAGATGTGTC-TTCATATT--------AACA---ACAG-AGTTGTA--TTT-AACAACTGACATTGT-CAAATCC---ATT---GT---GTC---CCTCATTCTTTG--T-AT-T-GTGT-AATCA--CTGATTTG-T---------TGT-ATTCNTAGGTATAATG----GCATTCTTTG---TA-T--TGTGTAA-TCA--CTG-AT---TTGT---------TGT-AT------NCCTA-------GGTATA--ATGGTGCTGTC----AAT--AAATTCA-T-TCATTC
gi|1 : TTAGATATATCGCACAAAACTTTGAAAAATAAAATTACAAAGAAACATTATACATGTAGTCACAAATTTGT-GAACAACTGAAAAA-ACACTTCTAAGTCAAGGC-TCTGGAAATTGACTTTTTATTGGTAAAATAGTAAATTTAAAATGATACAAATCTGCA--------ACAACTACTT------AAAAC--TTTTCATAA-AAAA----A-AAG-----TCAGAAAGATC-ATCT----TAACCAAAATT----------A--------AGAATTAGT-GC-CATTTCAATTACATAT--GAACTGGGAGAT--------------GT-CC---TA-A-GAAAAACG--TACTTGTCACGCATGCATACCGATTATTCAT-GAAGACGAA-ATATCA-CTTTTTGTTCTTTAT-TGTCC-AGTTTTAATGATCA-TACAGATTAT-GTACAGCAATAATGAAATATTTTAATTG-T--G-AATGCTAA--------TATAACAGAACATCCATATTG-GAAATTTG-------T--T-----AACCC-CCAAGAATAG-----AAA------TTGCTC----GA-AAAATATGTAATTTTTTTT-A-AA----TGA-GTGTTTTTAAATA---CCAG--AA---AA-GAAAAACTCCA-AATATTA------ATGAATACT------TAAATGTA------AGATT--------ACCATATACAG-GGTT
gi|10 : aatcatatatatatctattaatgaacgggtcattccctttatattctacttgtgatatgaaaatatgttcaaattttattcagactggacgaaattaagagtctatgaaataacttagcgaaccaaaaactagaatatctgcatttaaagaagacaaaaacttggctctagaatatcatggcaaagaaaatgttttactaccaagaaaaattatcccaactttctTCATATGTAA-----AAAAAACCCCAGCTACTATAT-AGACTTTGCAA-ATTTCTT-AAGA----ACA-G---TTATGAAT----TTAG--AA---AA-GAAAG--TTTT-AAAATTG-------------------------TGTGTT-GATATATT--------AACA---ACAA-AATT-TA--TTT---CA-CTGACTTTGT-CAAATTC---ATTAATGT---GTC---CCTCATTCTTTG--T-AT-T-ATGT-AATTA--CTGATTTG-T---------TGT-GTTTATGACTATAATATTATACATT-TCTGACATT-T--TCTCTAA---A--CTT-AT---TTTC---------TGT-AT------ttcacctaatatatgttacat
gi|11 : TG-------T--TAT--GAATCCATCAAATGTAATTTTTAAA------CAG-TA----GA-AGACTTTCTGA-ATTTCC--A-GT-----CA-G---TTATGAATGAATTTAG--AATTTAA-GAAAA--TTTG-AAAATTAGGCCTAATTA--ACT------TAGAAGTGTG-TTCATATT--------AACA---ACAG-AATTTTA--ATT---CAACTGACTATGT-CAAATCCATTATT---GT---GTC---TCTCATTC
gi|12 : AT----TTAG--AA---AA-GAAAG--TTTG-AAA----------------------------------C-TTCATATT--------AACA---ACAG-AGTTGTA--TT--AACAACTGACATTGT-CGAATCC---ATT---GT---GTCCCTCCTCATTCTTTG--T-AT-T-GTAT---TTA---TGA-----C---------TGT-ATGCTTAGGTATAATG----G
gi|12 : CATTCTTTG---TA-T--TGTAT---TTA---TG-AC---T-------------GT-AT------GCTTA-------GGTATA--ATGGTGCTGTC----AAT--AGATTTA-T-TCtgctgtcaatagatttattcgatc
gi|13 : atttagaaaagaaagtttgaaacttcatattaacaacagagttgtattaacaactgacattgtcgaatccattgtgtccctcctAGAA-AAAAGATTATAAAC--ACTTCTAAAGAGCTATTT----TGACC-AAATT----------G--------TGAATAAGT-GCCAA-TACACTT-TATATTGAAACAGGGGGATACTCAAGACCTCCAGTGTC---CAAA-GACAAACA--TGTATG-------------CAGTTGAT---T-GAAAATGAA-G-Agatc
gi|14 : a-CAAATCC---ATT---GT---TTC---CCTCATTCTTTGTAT-AT-T-GTGTAAATCA--CTGATTTG-T---------TTT-ATT
gi|14 : CATTCTTTG---TA-TATTGTGTAAATCA--CTG-AT---TTGT---------TTT-AT------T--TA--------------------GCTGTC----AAT--AAATTCA-T-tagctgtcaataaattcattt
gi|15 : caaatccattgtttccctA-G---TTATGAAT----TTAG--AA---AA-GAAAG--GTTG-AA----------------------------GATGTATC-TTCATAGT--------AACA---ACAT-AGTTGTA--TTT-AAt
gi|16 : cATGTAAACAGTTTAT---T-GAAAATAAA-G-AACA-TTTTGTATTT--TAT-TGTCCTTGTT---ATGATCA
gi|17 : A-TCAA-CTG-AT---TTGT---------TGT-AT------TTATA-------TGTATA--ATGGTGCTGTCAATTAAT--AAATTAA-T-TCA
gi|18 : ---------TAT-AT------GCTAA-------CGTATA--ATGGTGCTGTC----AAT--AAATTCA-T-TCA
gi|19 : -AT------GCCTA-------GGTATA--ATGGTGCTGTT----AAT--ACATTCATT-TCAT
gi|2 : TTGGATGTATCATATAACACTCTGATAGATAAA-TTA--GAGGAACACTGCTCTTGCA-----AAATTT-CCGATCAGCTGAAAAATATA--TC-AAATAATAATATTGGAAAATTAACATTTTA-TAGCAGTATAGTTNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATGAATACA--T-CTTGTTCACAAGATA-TTTGAAAAA-AAAANATTA-AAGA--AATCAGAAAGATCTATCT----TGATC-AAATT----------A--------CGAATAAGT-GCTCA-TGTACTT-CATATTGAAACAGTAAGACAATCAAGGCCCCCAGTACC---TAGA-GACAAACG--TGTATGCTATTCATGTAAACAGTCTAT---T-GAAAATGAA-G-AACA-TTTTGTGTTA--TAT-TGTCCTTGTT---ATGATCATTATAGACTAAAATACAG------TGACATA-TTCAA-TG-TA-G-AATATT-A--------TATGAATGATAATCC---TTT-AAAATCTG-------T--TAT--GAATCTATCAAATGTAA-----AAA------CAGCTA----AA-AATCTTTGTAT-ATTTCTT-A-GA----AAA-G---TTATAAAT----TTAG--AA---AA-GAAAG--CTTG-AAAATTG------ATTA--ACT------TAGATATGTC-TCCATATT--------AAGA---ATAG-AGTTGTA--TTT-AACAACTGACATTGT-GAAATAC---ATT---GT---GTC---CCTCATTCTTGG--T-AT-T-GTGT-AATCA--ATGATTTG-T---------TGT-ATTCCTAGGTATAATG----GCATTCTTTG---TA-T--TGTGTAA-TCA--CTG-AT---TTGT---------TGT-AT------TCCTA-------GGTATA--ATGGTGCTGTT----GAT--AAATCCA-T-TCATTC
gi|3 : GCA-----AACTTTCT-GATCAACTGAAAAATATA--TC-AAATAATAATATCGGGAAATTAAGATTTTA-TAACAGTATAGTTAGTCT-AAATGAAAATAAA---------------A--TAC--------AAAATTATTTGC--AA-CTGTCGTTA-AAGA--AATCAGAAAGATCTATCTCAAGTGACC-AAATT----------A--------CGAATAAGT-TCTCA-TGCAC-T-CATATTGAAACAGGAAGATACTCAAGACC
gi|3 : TCAAGACCTCCAGTGCC---TAGA-GACAAACGCGTGTATGCTATTCATGTAAACAGTTTAT---T-GAAAATGAA-G-AACA-TTTTGTGTTA--TAT-TGTCCATGTT---ATGATCATTATAGATTACAATACAG------TGACATA-TTTAA-TG-TA-G-AATGTT-ATACTATAGTATGAGAGATAATAC---TTT-AAAATCTG-------T--TAT--GAACCCATCAAATGTNG-----GAA------T-GTTATAT-GAGAGAT------A-ATACTTT-A-AG----ATATG---TTATGAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcaagacctccagtgcctagagacaaacgcgtgtatgctattcatgtaaacagtttattgaaaatgaagaacattttgtgttatattgtccatgttatgatcattatagattacaatacagtgacatatttaatgtagaatgttatactatagtatgagagataatactttaaaatctgttatgaacccatcaaatgtnggaatgttatatgagagataatactttaagatatgttatgaacccatcaaatgtaaaaactgctagaagcctttgtaaatttcttaagaacagtaatgaatttagaaaagaaagtttgaaaattaattaacctagatgtgtcttcatattaaca
gi|3 : gcaaactttctgatcaactgaaaaatatatcaaataataatatcgggaaattaagattttataacagtatagttagtctaaatgaaaataaaatacaaaattatttgcaactgtcgttaaagaaatcagaaagatctatctcaagtgaccaaattacgaataagttctcatgcactcatattgaaacaggaagatactcaagaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaAA-TG-TN-GGAATGTT-A--------TATGAGAGATAATAC---TTT-AAGATATG-------T--TAT--GAACCCATCAAATGTAA-----AAA------CTGCTA----GA-AGCCTTTGTAA-ATTTCTTAA-GA----ACA-G---TAATGAAT----TTAG--AA---AA-GAAAG--TTTG-AAAATTA------ATTA--ACC------TAGATGTGTC-TTCATATT--------AACA---cccatcaaatgtaaaaactgctagaagcctttgtaaatttcttaagaacagtaatgaatttagaaaagaaagtttgaaaattaattaacctagatgtgtcttcatattaaca
gi|4 : gcaaactttctgatcaactgaaaaatatatcaaataataatatcgggaaattaagattttataacagtatagttagtctaaatgaaaataaaatacaaaattatttgcaactgtcgttaaagaaatcagaaagatctatctcaagtgaccaaattacgaataagttctcatgcactcatattgaaacaggaagatactcaagaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcaagacctccagtgcctagagacaaacgcgtgtatgctattcatgtaaacagtttattgaaaatgaagaacattttgtgttatattgtccatgttatgatcattatagattacaatacagtgacatatttaatgtagaatgttatactatagtatgagagataatactttaaaatctgttatgaacccatca-----AAATTT----ATCAACTGAAAAATATA--TC-CAATAACAATATCGAAAAATGAACATTTTA-TAGCACTATAGTTAGTCT-AAATGAATTTAAACC-----------ACA--TAATT------G------TTTGCAAGATCTGCCTTTA-AAGA--AATCAGAAAGAGCT---T----TGACC-AAATTGCATGTGTACA--------CGAATAAGT-GCTCA-TTCACTT-CATATGGAAACAGGAAGATACTCAAGACCTCCGGTGCC---CAGG-GACAAACG--TGTGTGCTATTCATGTAAACAGTGTAT---T-AAAAATGAA-G-AACA-TTTT-TATTA--TAT-AATCCTCGTT---CTGATCATTATAGATAACAATACAG------CGACATA-TTTAA-TG-TA-G-ACTATT-A--------TATGAGAAAGG-------TTT-AAAGACTGAACAACATTATAT--GAATCCATCTAATGTAA-----AAA------TAGCTA----GA-G------GTAA-ATTTCCTAA-GAACTGATA-A---ATATGAGT----TTAG--AA---AAGGAAAA--TTTG-AAAATTT------ATAA--ACTTACATGTAGATGTGTG-TTCATATTAGTTGTAAAACA---ACAG-GATTTTA--TTT-AACA---GACTATGT-CTAATCC---ATT---GTTGCGTC---TCTCAT
gi|5 : tcatctttggatatatataccacatttataattctgataaat---TAAA-GAAAAACA---GTCAG-TATTGATATAAACAGTTTAT---CAGAAAATGAA-G-AACA-TTTTGTGTTA--AAT-TGTTCTTGTT---ATGATCATTATAGATTACAATACAG------TGACATG-TTTAA-TG-TA-G-AATGTT-A--------TATGAGAGAAAATCC---TTT-AAAATTTG-------T--TAT--GAATCCATCAAATGTAA-----AAA------CAGCTA----GA-AGACTTTGTAA-ATTTCTTGA-GA----ACA-G---TTATGAAT----TTAG--AA---AA-GAAAG--TTTG-AAAATTG------ATTA--ACT------TAGATGTGTC-TTCATATC--------AACA---ACAG-AGCTGTA--TTT-AACAACTGACATTGT-CAAATCC---ATT---GT---GTC---CCTCAATCTCTG--T-AT-T----------A--CTGATTTG-TATTTATGACTAT-ATGCCTAGGTATAATG----G
gi|5 : agaattCAATCTCTG---TA-T--T---------A--CTG-AT---TTGTATTTATGACTAT-AT------GCCTA-------GGTATA--ATGGTGCTGTC----AAT--AAATTCA-T-TCATtgctgtcaataaattcattcat
gi|6 : agaatttaaagaaaaacagtcagtattgatataaacagtttatcagaaaatgaagaacattttgtgttaaattgttcttgttatgatcattatagattacaatacagtgacatgtttaatgtagaatgttatatgagagaaaatcctttaaaatttgttatgaatccatcaaatgtaaaaacagctagaagactttgtaaatttcttgagaacagttatgaatttagaaaagaaagtttgaaaattgattaacttagatgtgtcttcatatcaacaacagagctgtatttaacaactgacattgtcaaatccattgtgtccct-------T--TATAAGAATGTATCAAATGTAA-----AAA------CAGCTA----GA-AAACTTTGTAA-ATTTCTTAA-AA----ACA-G---TTACGAAT----TCAGAAAA---AA-AAAAG--ATTGAAAAATTT------ATTA--ACC------TAGATGTGT-----A---------------------AGTAGCTGTA--TTT-AACAAATGACATTGT-CAAAACC---ATT---GT---GTC---CCTCAT--CTTG--TAATAT-GTGT-AATCATTCTGATTAG-T---------TGTAATTC
gi|6 : gtccgacttacgaacgaatttagattgtacataatatgagatttaatgatatcttatgaaatcaatttaattaatcatgacttagtttggcagatatcTTG---TAATA-TGTGTAA-TCATTCTG-AT---TAGT---------TGTAATTCACTGACCTATATGTCTATTATAG-ATGGTGCT-TC----AATAGAAATTCA-TCTCATactgacctatatgtctattatagatggtgcttcaatagaaattcatctcatc
gi|6 : gtccgacttacgaacgaatttagattgtacataatatgagatttaatgatatcttatgaaatcaatttaattaatcatgacttagtttggcagatatcttataagaatgtatcaaatgtaaaaacagctagaaaactttgtaaatttcttaaaaacagttacgaattcagaaaaaaaaaagattgaaaaatttattaacctagatgtgtaagtagctgtatttaacaaatgacattgtcaaaaccattgtgtccctcatc-TCA--CTG-AC---CTAT-------------AT------GTCTA-------T-TATAG-ATGGTGCT-TC----AATAGAAATTCA-TCTCATc
gi|7 : gtccgacttacgaacgaatttagattgtacataatatgagatttaatgatatcttatgaaatcaatttaattaatcatgacttagtttggcagatatcttataagaatgtatcaaatgtaaaaacagctagaaaactttgtaaatttcttaaaaacagttacgaattcagaaaaaaaaaagattgaaaaatttattaacctagatgtgtaagtagctgtatttaacaaatgacattgtcaaaaccattgtgtccctcatcttgtaatatgtgtaatcattctgattagttgtaatCG--TGTATGCTATTCAT-TAA-CAGTTT-T---C-GAAA-TGAA-G-AACAATTTTGTGTTA--T------------------GGCCATTATAGATTACAATCCAG------TGACATA-CTTAA-TG-TA-G-AATA--------------------AT--TCC---TTTTAAAATCT--------T--T-T--GAA--CATCAAATGTAA-----AAA-------A--TA----GA-AGACTTTGT----TT-------GA----A---------AT---T----TTAG--AA---AA-GAAA---TTTG-A----------------------------AGATGTGTCTTTCATAGT--------AACA---ACAT-AGTTGTAAGTTTAAACAATGGACATTGTCCAAATCC---ATT---GT---GT----CCTCA-TCTTTG--T-AT-TGGTGTAAATCA--CTGATTTGTT---------TGT-ATTTATGACTATAc
gi|8 : atTAA-----AAA------CAGCTA----AA-AGACTTTGTAC-ATTTCTTAA-GA----ACA-G---GTGTGAAT----TTAG--AA---AG-GAAAA--TTTG-AAA---A------GTT---ATT------TAGCTG----------ATT--------AA----------AATTATG--T-----CAA--------AT-CCAAT-----ATT---GG---GTC---CCTCATTCTTTG--T-AC-A-GTG----------------------------TGT-ATT-----ATGTAATT----ACA----TTG---TA-C--TG---AT-TTA--CTGTATTCATTAC---------TAT-AT------ACCGA-------AGTATAATATGGTGCTGTC----AAT--AAATTCA-T-TCATTCtgt
gi|9 : aaaatgtttagattgatcaatcatttttttaaattctatttttatttattattaaagatggttatggaTTA-AAGATAGATCAGAAAATTCCTCTT----TGACC-AAATT----------AAATAAAATCAAATAAATTGCTCT-TTCACTT-CATACTGGAACAGGAAAAC--------CCCCCAGTGCCAGGTAGAGGACAAACG--TGTATACTA--AAGGGAAAC----------------ATGAACG-AACA-TTTTGTATTA--TATATGTTCTCGAT---ATG-TCA-TATA-ATTACAATACAG------TGAAATA-TTTAA-TGATAGG-AATGTT-A--------TATGAGA-ATA---------T-A-----------------TAT--GAAT-CATCAAA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 11 22222 333 11 1 1 1 000000000000000000000000000000000000 111111 111 1111 4444444444444444444 111 111111 11111111 111111111 1111111 111111 1111 1111 4444444444444444444444 11111111 1111111111 22222222222 1111 111 1111111111 11 111111111 111111 11111111 11 11
lowQualScore : 1 1 5 88 1 1 55555 666 3 33 0 7 0 0 0 1 444444444444444444444444444444444444 44 111111 6 6 222 55 4444 6 6666666666666666666 6 1 6 1 6 3 99 1 000 1 5 66 4 2 0 99999 4 4 5 66 5 77 888 5 666666 5 5 5 5 5 5 88888888 1 333333333 5 0 3333333 55 0 55 0 99999 000000 0 4444 3 3 1 55 7777 3 0000 44 555 3 44 3 1111111111111111111111 77 0 22222222 555 3 1 55 77 2 2 4 777 777 777 777 66 5 5 5 3333333333 0 0 00000000000 5 55 1 7777 3 2 000 5 3333333333 00 4 777 666666666 000000 55 88888888 33 8888 11 4 8
lowQualScore : . . . .. . . ..... ... . .. . . . . . . .................................... .. ...... . . ... .. .... . ................... . . . . . . .. . ... . . .. . . . ..... . . . .. . .. ... . ...... . . . . . . ........ . ......... . . ....... .. . .. . ..... ...... . .... . . . .. .... . .... .. ... . .. . ...................... .. . ........ ... . . .. .. . . . ... ... ... ... .. . . . .......... . . ........... . .. . .... . . ... . .......... .. . ... ......... ...... .. ........ .. .... .. . .
lowQualScore : 0 0 5 00 0 0 00000 555 2 88 0 0 0 2 0 0 555555555555555555555555555555555555 88 222222 7 7 333 22 2222 7 8888888888888888888 7 7 7 0 7 2 88 0 000 7 7 99 5 0 1 22222 4 4 0 99 0 66 888 0 444444 7 0 0 0 0 0 11111111 4 222222222 0 2 0000000 55 8 55 4 11111 555555 2 1111 6 6 2 00 1111 3 4444 66 888 3 66 3 5555555555555555555555 22 4 11111111 888 6 6 55 22 9 3 0 000 000 000 000 99 0 0 0 9999999999 1 2 99999999999 0 00 0 0000 5 5 000 7 7777777777 66 4 888 000000000 555555 66 77777777 55 5555 00 0 0
consensus : TTGGATGTATCGCACAANACTCTGANAGATAAAATTACAGAGGAACACTGCNCNTGCA-----AAATTT-CCGATCAACTGAAAAATATA--TC-AAATAATAATATCGGGAAATTAACATTTTAT-AGCAGTATAGTTAGTCTAAA-TGAAANTAAACCGCA--------ACA--TACTT------AAAAT--TTTGCAAAAAAAACATT-A-AAGA--AATCAGAAAGATCTATCT----TGACC-AAATT----------A--------CGAATAAGT-GCTCA-TNCACTT-CATATTGAAACAGGAAGATACTCAAGACCTCCAGTGCC---TAGA-GACAAACG--TGTATGCTATTCATGTAAACAGTTTAT---T-GAAAATGAA-G-AACA-TTTTGTGTTA--TAT-TGTCCTCGTT---ATGATCATTATAGATTACAATACAG------TGACATA-TTTAA-TG-TA-G-AATGTT-A--------TATGAGAGATAATCC---TTT-AAAATCTG-------T--TAT--GAATCCATCAAATGTAA-----AAA------CAGCTA----GA-AGACTTTGTAA-ATTTCTTAA--GAAC----A-GTTATGAAT----TTAG--AA---AA-GAAAG--TTTG-AAAATTN------ATTA--ACT------TAGATGTGTC-TTCATATT--------AACA---ACAG-AGTTGTA--TTT-AACAACTGACATTGT-CAAATCC---AT---TGT---GTC---CCTCATTCTTTG--T-AT-T-GTGT-AATCA--CTGATTTG-T---------TGT-ATTCNTAGGTATAATG----GCATTCTTTG---TA-T--TGTGTAA-TCA--CTG-AT---TTGT---------TGTA------TG-CCTA-------GGTATA--ATGGTGCTGTC----AAT--AAATTCA-T-TCATTC
Reference ( family-1248 ) : TTGGATGTATCGCACAANACTCTGANAGATAAAATTACAGAGGAACACTGCNCNTGCA-----AAATTT-C-GATCAACTGAAAAATATA--TC-AAATAATAATATCGGGAAATTAACATTTTAT-AGCAGTATAGTTAGTCTAAA-TGAAANTAAACCGCA--------ACA--TACTT------AAAAT--TTTGCAAAAAAAACATT-A-AAGA--AATCAGAAAGATCTATCT----TGACC-AAATT----------A--------CGAATAAGT-GCTCA-TNCACTT-CATATTGAAACAGGAAGATACTCAAGACCTCCAGTGCC---TAGA-GACAAACG--TGTATGCTATTCATGTAAACAGTTTAT---T-GAAAATGAA-G-AACA-TTTTGTGTTA--TAT-TGTCCTCGTT---ATGATCATTATAGATTACAATACAG------TGACATA-TTTAA-TG-TA-G-AATGTT-A--------TATGAGAGATAATCC---TTT-AAAATCTG-------T--TAT--GAATCCATCAAATGTAA-----AAA------CAGCTA----GA-AGACTTTGTAA-ATTTCTTAA--GAAC----A-GTTATGAAT----TTAG--AA---AA-GAAAG--TTTG-AAAATTG------ATTA--ACT------TAGATGTGTC-TTCATATT--------AACA---ACAG-AGTTGTA--TTT-AACAACTGACATTGT-CAAATCC---AT---TGT---GTC---CCTCATTCTTTG--T-AT-T-GTGT-AATCA--CTGATTTG-T---------TGT-ATTCNTAGGTATAATG----GCATTCTTTG---TA-T--TGTGTAA-TCA--CTG-AT---TTGT---------TGTA------TG-CCTA-------GGTATA--ATGGTGCTGTC----AAT--AAATTCA-T-TCATTC
gi|1 : TTAGATATATCGCACAAAACTTTGAAAAATAAAATTACAAAGAAACATTATACATGTAGTCACAAATTTGT-GAACAACTGAAAAA-ACACTTCTAAGTCA-AGGCTCTGGAAATTGACTTTTTATTGGTAAAATAGTAAATTTAAAATGATACAAATCTGCA--------ACAACTACTT------AAAAC--TTTTCATAAAAAA-----A-AAG-----TCAGAAAGATC-ATCT----TAACCAAAATT----------A--------AGAATTAGT-GC-CATTTCAATTACATAT--GAACTGGGAGAT--------------GT-CC---TA-A-GAAAAACG--TACTTGTCACGCATGCATACCGATTATTCAT-GAAGACGAA-ATATCA-CTTTTTGTTCTTTAT-TGTCC-AGTTTTAATGATCA-TACAGATTAT-GTACAGCAATAATGAAATATTTTAATTG-T--G-AATGCTAA--------TATAACAGAACATCCATATTG-GAAATTTG-------T--T-----AACCC-CCAAGAATAG-----AAA------TTGCTC----GA-AAAATATGTAATTTTTTTTAAATGAGT----G-TTTTTAAATA---CCAG--AA---AA-GAAAAACTCCA-AATATTA------ATGAATACT------TAAATGTA------AGATT--------ACCATATACAG-GGTT
gi|10 : aatcatatatatatctattaatgaacgggtcattccctttatattctacttgtgatatgaaaatatgttcaaattttattcagactggacgaaattaagagtctatgaaataacttagcgaaccaaaaactagaatatctgcatttaaagaagacaaaaacttggctctagaatatcatggcaaagaaaatgttttactaccaagaaaaattatcccaactttctTCATATGTAA-----AAAAAACCCCAGCTACTATAT-AGACTTTGCAA-ATTTCTTAA--GAAC----A-GTTATGAAT----TTAG--AA---AA-GAAAG--TTTT-AAAATTG-------------------------TGTGTT-GATATATT--------AACA---ACAA-AATT-TA--TTT---C-ACTGACTTTGT-CAAATTC---ATTAATGT---GTC---CCTCATTCTTTG--T-AT-T-ATGT-AATTA--CTGATTTG-T---------TGT-GTTTATGACTATAATATTATACATT-TCTGACATT-T--TCTCTAA---A--CTT-AT---TTTC---------TGTA------Tttcacctaatatatgttacat
gi|11 : TG-------T--TAT--GAATCCATCAAATGTAATTTTTAAA------CAG-TA----GA-AGACTTTCTGA-ATTTCC--A--GT-C----A-GTTATGAATGAATTTAG--AATTTAA-GAAAA--TTTG-AAAATTAGGCCTAATTA--ACT------TAGAAGTGTG-TTCATATT--------AACA---ACAG-AATTTTA--ATT---CAACTGACTATGT-CAAATCCATTAT---TGT---GTC---TCTCATTC
gi|12 : AT----TTAG--AA---AA-GAAAG--TTTG-AAA----------------------------------C-TTCATATT--------AACA---ACAG-AGTTGTA--TT--AACAACTGACATTGT-CGAATCC---AT---TGT---GTCCCTCCTCATTCTTTG--T-AT-T-GTAT---TTA---TGA-----C---------TGT-ATGCTTAGGTATAATG----G
gi|12 : CATTCTTTG---TA-T--TGTAT---TTA---TG-AC---T-------------GTA------TG-CTTA-------GGTATA--ATGGTGCTGTC----AAT--AGATTTA-T-TCtgctgtcaatagatttattcgatc
gi|13 : atttagaaaagaaagtttgaaacttcatattaacaacagagttgtattaacaactgacattgtcgaatccattgtgtccctcctAGAAAAAAGATT-ATAAAC--ACTTCTAAAGAGCTATTT----TGACC-AAATT----------G--------TGAATAAGT-GCCAA-TACACTT-TATATTGAAACAGGGGGATACTCAAGACCTCCAGTGTC---CAAA-GACAAACA--TGTATG-------------CAGTTGAT---T-GAAAATGAA-G-Agatc
gi|14 : a-CAAATCC---AT---TGT---TTC---CCTCATTCTTTGTAT-AT-T-GTGTAAATCA--CTGATTTG-T---------TTT-ATT
gi|14 : CATTCTTTG---TA-TATTGTGTAAATCA--CTG-AT---TTGT---------TTTA------T---TTA--------------------GCTGTC----AAT--AAATTCA-T-tagctgtcaataaattcattt
gi|15 : caaatccattgtttccctC----A-GTTATGAAT----TTAG--AA---AA-GAAAG--GTTG-AA----------------------------GATGTATC-TTCATAGT--------AACA---ACAT-AGTTGTA--TTT-AAt
gi|16 : ATGTAAACAGTTTAT---T-GAAAATAAA-G-AACA-TTTTGTATTT--TAT-TGTCCTTGTT---ATGATCA
gi|17 : A-TCAA-CTG-AT---TTGT---------TGTA------TT-TATA-------TGTATA--ATGGTGCTGTCAATTAAT--AAATTAA-T-TCA
gi|18 : ---------TATA------TG-CTAA-------CGTATA--ATGGTGCTGTC----AAT--AAATTCA-T-TCA
gi|19 : A------TG-CCTA-------GGTATA--ATGGTGCTGTT----AAT--ACATTCATT-TCAT
gi|2 : TTGGATGTATCATATAACACTCTGATAGATAAA-TTA--GAGGAACACTGCTCTTGCA-----AAATTT-CCGATCAGCTGAAAAATATA--TC-AAATAATAATATTGGAAAATTAACATTTTAT-AGCAGTATAGTTNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNGATGAATACA--T-CTTGTTCACAAGATA-TTTGAAAAAAAAANATT-A-AAGA--AATCAGAAAGATCTATCT----TGATC-AAATT----------A--------CGAATAAGT-GCTCA-TGTACTT-CATATTGAAACAGTAAGACAATCAAGGCCCCCAGTACC---TAGA-GACAAACG--TGTATGCTATTCATGTAAACAGTCTAT---T-GAAAATGAA-G-AACA-TTTTGTGTTA--TAT-TGTCCTTGTT---ATGATCATTATAGACTAAAATACAG------TGACATA-TTCAA-TG-TA-G-AATATT-A--------TATGAATGATAATCC---TTT-AAAATCTG-------T--TAT--GAATCTATCAAATGTAA-----AAA------CAGCTA----AA-AATCTTTGTAT-ATTTCTT-A--GAAA----A-GTTATAAAT----TTAG--AA---AA-GAAAG--CTTG-AAAATTG------ATTA--ACT------TAGATATGTC-TCCATATT--------AAGA---ATAG-AGTTGTA--TTT-AACAACTGACATTGT-GAAATAC---AT---TGT---GTC---CCTCATTCTTGG--T-AT-T-GTGT-AATCA--ATGATTTG-T---------TGT-ATTCCTAGGTATAATG----GCATTCTTTG---TA-T--TGTGTAA-TCA--CTG-AT---TTGT---------TGTA------TT-CCTA-------GGTATA--ATGGTGCTGTT----GAT--AAATCCA-T-TCATTC
gi|3 : GCA-----AACTTT-CTGATCAACTGAAAAATATA--TC-AAATAATAATATCGGGAAATTAAGATTTTAT-AACAGTATAGTTAGTCTAAA-TGAAAATAAA---------------A--TAC--------AAAATTATTTGC--AACTGTCGTT-A-AAGA--AATCAGAAAGATCTATCTCAAGTGACC-AAATT----------A--------CGAATAAGT-TCTCA-TGCAC-T-CATATTGAAACAGGAAGATACTCAAGACC
gi|3 : TCAAGACCTCCAGTGCC---TAGA-GACAAACGCGTGTATGCTATTCATGTAAACAGTTTAT---T-GAAAATGAA-G-AACA-TTTTGTGTTA--TAT-TGTCCATGTT---ATGATCATTATAGATTACAATACAG------TGACATA-TTTAA-TG-TA-G-AATGTT-ATACTATAGTATGAGAGATAATAC---TTT-AAAATCTG-------T--TAT--GAACCCATCAAATGTNG-----GAA------T-GTTATAT-GAGAGAT------A-ATACTTTAA--G-AT----ATGTTATGAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcaagacctccagtgcctagagacaaacgcgtgtatgctattcatgtaaacagtttattgaaaatgaagaacattttgtgttatattgtccatgttatgatcattatagattacaatacagtgacatatttaatgtagaatgttatactatagtatgagagataatactttaaaatctgttatgaacccatcaaatgtnggaatgttatatgagagataatactttaagatatgttatgaacccatcaaatgtaaaaactgctagaagcctttgtaaatttcttaagaacagtaatgaatttagaaaagaaagtttgaaaattaattaacctagatgtgtcttcatattaaca
gi|3 : gcaaactttctgatcaactgaaaaatatatcaaataataatatcgggaaattaagattttataacagtatagttagtctaaatgaaaataaaatacaaaattatttgcaactgtcgttaaagaaatcagaaagatctatctcaagtgaccaaattacgaataagttctcatgcactcatattgaaacaggaagatactcaagaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaAA-TG-TN-GGAATGTT-A--------TATGAGAGATAATAC---TTT-AAGATATG-------T--TAT--GAACCCATCAAATGTAA-----AAA------CTGCTA----GA-AGCCTTTGTAA-ATTTCTTAA--GAAC----A-GTAATGAAT----TTAG--AA---AA-GAAAG--TTTG-AAAATTA------ATTA--ACC------TAGATGTGTC-TTCATATT--------AACA---cccatcaaatgtaaaaactgctagaagcctttgtaaatttcttaagaacagtaatgaatttagaaaagaaagtttgaaaattaattaacctagatgtgtcttcatattaaca
gi|4 : gcaaactttctgatcaactgaaaaatatatcaaataataatatcgggaaattaagattttataacagtatagttagtctaaatgaaaataaaatacaaaattatttgcaactgtcgttaaagaaatcagaaagatctatctcaagtgaccaaattacgaataagttctcatgcactcatattgaaacaggaagatactcaagaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcaagacctccagtgcctagagacaaacgcgtgtatgctattcatgtaaacagtttattgaaaatgaagaacattttgtgttatattgtccatgttatgatcattatagattacaatacagtgacatatttaatgtagaatgttatactatagtatgagagataatactttaaaatctgttatgaacccatca-----AAATTT----ATCAACTGAAAAATATA--TC-CAATAACAATATCGAAAAATGAACATTTTAT-AGCACTATAGTTAGTCTAAA-TGAATTTAAACC-----------ACA--TAATT------G------TTTGCAAGATCTGCCTTTA-AAGA--AATCAGAAAGAGCT---T----TGACC-AAATTGCATGTGTACA--------CGAATAAGT-GCTCA-TTCACTT-CATATGGAAACAGGAAGATACTCAAGACCTCCGGTGCC---CAGG-GACAAACG--TGTGTGCTATTCATGTAAACAGTGTAT---T-AAAAATGAA-G-AACA-TTTT-TATTA--TAT-AATCCTCGTT---CTGATCATTATAGATAACAATACAG------CGACATA-TTTAA-TG-TA-G-ACTATT-A--------TATGAGAAAGG-------TTT-AAAGACTGAACAACATTATAT--GAATCCATCTAATGTAA-----AAA------TAGCTA----GA-G------GTAA-ATTTCCTAA--GAACTGATA-AATATGAGT----TTAG--AA---AAGGAAAA--TTTG-AAAATTT------ATAA--ACTTACATGTAGATGTGTG-TTCATATTAGTTGTAAAACA---ACAG-GATTTTA--TTT-AACA---GACTATGT-CTAATCC---AT---TGTTGCGTC---TCTCAT
gi|5 : tcatctttggatatatataccacatttataattctgataaat---TAAA-GAAAAACA---GTCAG-TATTGATATAAACAGTTTAT---CAGAAAATGAA-G-AACA-TTTTGTGTTA--AAT-TGTTCTTGTT---ATGATCATTATAGATTACAATACAG------TGACATG-TTTAA-TG-TA-G-AATGTT-A--------TATGAGAGAAAATCC---TTT-AAAATTTG-------T--TAT--GAATCCATCAAATGTAA-----AAA------CAGCTA----GA-AGACTTTGTAA-ATTTCTTGA--GAAC----A-GTTATGAAT----TTAG--AA---AA-GAAAG--TTTG-AAAATTG------ATTA--ACT------TAGATGTGTC-TTCATATC--------AACA---ACAG-AGCTGTA--TTT-AACAACTGACATTGT-CAAATCC---AT---TGT---GTC---CCTCAATCTCTG--T-AT-T----------A--CTGATTTG-TATTTATGACTAT-ATGCCTAGGTATAATG----G
gi|5 : agaattCAATCTCTG---TA-T--T---------A--CTG-AT---TTGTATTTATGACTATA------TG-CCTA-------GGTATA--ATGGTGCTGTC----AAT--AAATTCA-T-TCATtgctgtcaataaattcattcat
gi|6 : agaatttaaagaaaaacagtcagtattgatataaacagtttatcagaaaatgaagaacattttgtgttaaattgttcttgttatgatcattatagattacaatacagtgacatgtttaatgtagaatgttatatgagagaaaatcctttaaaatttgttatgaatccatcaaatgtaaaaacagctagaagactttgtaaatttcttgagaacagttatgaatttagaaaagaaagtttgaaaattgattaacttagatgtgtcttcatatcaacaacagagctgtatttaacaactgacattgtcaaatccattgtgtccct-------T--TATAAGAATGTATCAAATGTAA-----AAA------CAGCTA----GA-AAACTTTGTAA-ATTTCTTAA--AAAC----A-GTTACGAAT----TCAGAAAA---AA-AAAAG--ATTGAAAAATTT------ATTA--ACC------TAGATGTGT-----A---------------------AGTAGCTGTA--TTT-AACAAATGACATTGT-CAAAACC---AT---TGT---GTC---CCTCAT--CTTG--TAATAT-GTGT-AATCATTCTGATTAG-T---------TGTAATTC
gi|6 : gtccgacttacgaacgaatttagattgtacataatatgagatttaatgatatcttatgaaatcaatttaattaatcatgacttagtttggcagatatcTTG---TAATA-TGTGTAA-TCATTCTG-AT---TAGT---------TGTAATTCACTGACCTATATGTCTATTATAG-ATGGTGCT-TC----AATAGAAATTCA-TCTCATactgacctatatgtctattatagatggtgcttcaatagaaattcatctcatc
gi|6 : gtccgacttacgaacgaatttagattgtacataatatgagatttaatgatatcttatgaaatcaatttaattaatcatgacttagtttggcagatatcttataagaatgtatcaaatgtaaaaacagctagaaaactttgtaaatttcttaaaaacagttacgaattcagaaaaaaaaaagattgaaaaatttattaacctagatgtgtaagtagctgtatttaacaaatgacattgtcaaaaccattgtgtccctcatc-TCA--CTG-AC---CTAT------------A------TG-TCTA-------T-TATAG-ATGGTGCT-TC----AATAGAAATTCA-TCTCATc
gi|7 : gtccgacttacgaacgaatttagattgtacataatatgagatttaatgatatcttatgaaatcaatttaattaatcatgacttagtttggcagatatcttataagaatgtatcaaatgtaaaaacagctagaaaactttgtaaatttcttaaaaacagttacgaattcagaaaaaaaaaagattgaaaaatttattaacctagatgtgtaagtagctgtatttaacaaatgacattgtcaaaaccattgtgtccctcatcttgtaatatgtgtaatcattctgattagttgtaatCG--TGTATGCTATTCAT-TAA-CAGTTT-T---C-GAAA-TGAA-G-AACAATTTTGTGTTA--T------------------GGCCATTATAGATTACAATCCAG------TGACATA-CTTAA-TG-TA-G-AATA--------------------AT--TCC---TTTTAAAATCT--------T--T-T--GAA--CATCAAATGTAA-----AAA-------A--TA----GA-AGACTTTGT----TT--------GAA----------AT---T----TTAG--AA---AA-GAAA---TTTG-A----------------------------AGATGTGTCTTTCATAGT--------AACA---ACAT-AGTTGTAAGTTTAAACAATGGACATTGTCCAAATCC---AT---TGT---GT----CCTCA-TCTTTG--T-AT-TGGTGTAAATCA--CTGATTTGTT---------TGT-ATTTATGACTATAc
gi|8 : atTAA-----AAA------CAGCTA----AA-AGACTTTGTAC-ATTTCTTAA--GAAC----A-GGTGTGAAT----TTAG--AA---AG-GAAAA--TTTG-AAAAGTT------AT------T------TAGCTG----------ATT--------AA----------AATTATG--T-----CAA--------AT-CCAAT-----AT---TGG---GTC---CCTCATTCTTTG--T-AC-A-GTG----------------------------TGT-ATT-----ATGTAATT----ACA----TTG---TA-C--TG---AT-TTA--CTGTATTCATTAC---------TATA------TA-CCGA-------AGTATAATATGGTGCTGTC----AAT--AAATTCA-T-TCATTCtgt
gi|9 : aaaatgtttagattgatcaatcatttttttaaattctatttttatttattattaaagatggttatggaTT-A-AAGATAGATCAGAAAATTCCTCTT----TGACC-AAATT----------AAATAAAATCAAATAAATTGCTCT-TTCACTT-CATACTGGAACAGGAAAAC--------CCCCCAGTGCCAGGTAGAGGACAAACG--TGTATACTA--AAGGGAAAC----------------ATGAACG-AACA-TTTTGTATTA--TATATGTTCTCGAT---ATG-TCA-TATA-ATTACAATACAG------TGAAATA-TTTAA-TGATAGG-AATGTT-A--------TATGAGA-ATA---------T-A-----------------TAT--GAAT-CATCAAA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 11 22222 11 11 1 1 1 000000000000000000000000000000000000 111111 111 1111 4444444444444444444 111 111111 11111111 111111111 1111111 111111 1111 3333333333333333333333 11111111 1111111111 22222222222 1111 111 1111111111 11 111111111 111111 11111111 11 11
lowQualScore : 1 1 5 88 1 1 55555 33 3 33 0 7 0 0 0 1 444444444444444444444444444444444444 44 111111 6 6 222 55 4444 6 6666666666666666666 6 1 6 1 6 3 99 1 000 1 5 66 4 2 0 99999 4 4 5 66 5 77 888 5 666666 5 5 5 5 5 5 88888888 1 333333333 5 0 3333333 55 0 55 0 99999 000000 0 4444 3 99999 3 1 55 7777 3 9999 44 555 77777 3 88 3 5555555555555555555555 77 0 22222222 555 3 1 55 77 44 2 4 777 777 777 777 66 5 5 5 3333333333 0 0 00000000000 5 55 1 7777 3 2 000 5 3333333333 00 4 777 666666666 000000 55 88888888 33 8888 11 4 8
lowQualScore : . . . .. . . ..... .. . .. . . . . . . .................................... .. ...... . . ... .. .... . ................... . . . . . . .. . ... . . .. . . . ..... . . . .. . .. ... . ...... . . . . . . ........ . ......... . . ....... .. . .. . ..... ...... . .... . ..... . . .. .... . .... .. ... ..... . .. . ...................... .. . ........ ... . . .. .. .. . . ... ... ... ... .. . . . .......... . . ........... . .. . .... . . ... . .......... .. . ... ......... ...... .. ........ .. .... .. . .
lowQualScore : 0 0 5 00 0 0 00000 00 2 88 0 0 0 2 0 0 555555555555555555555555555555555555 88 222222 7 7 333 22 2222 7 8888888888888888888 7 7 7 0 7 2 88 0 000 7 7 99 5 0 1 22222 4 4 0 99 0 66 888 0 444444 7 0 0 0 0 0 11111111 4 222222222 0 2 0000000 55 8 55 4 11111 555555 2 1111 6 11111 6 2 00 1111 3 6666 22 444 77777 1 55 1 8888888888888888888888 22 4 11111111 888 6 6 55 22 88 3 0 000 000 000 000 99 0 0 0 9999999999 1 2 99999999999 0 00 0 0000 5 5 000 7 7777777777 66 4 888 000000000 555555 66 77777777 55 5555 00 0 0
consensus : TTGGATGTATCGCACAANACTCTGANAGATAAAATTACAGAGGAACACTGCNCNTGCA-----AAATTTCCGATCAACTGAAAAATATA--TC-AAATAATAATATCGGGAAATTAACATTTTAT-AGCAGTATAGTTAGTCTAAA-TGAAANTAAACCGCA--------ACA--TACTT------AAAAT--TTTGCAAAAAAAACATT-A-AAGA--AATCAGAAAGATCTATCT----TGACC-AAATT----------A--------CGAATAAGT-GCTCA-TNCACTT-CATATTGAAACAGGAAGATACTCAAGACCTCCAGTGCC---TAGA-GACAAACG--TGTATGCTATTCATGTAAACAGTTTAT---T-GAAAATGAA-G-AACA-TTTTGTGTTA--TAT-TGTCCTCGTT---ATGATCATTATAGATTACAATACAG------TGACATA-TTTAA-TG-TA-G-AATGTT-A--------TATGAGAGATAATCC---TTT-AAAATCTG-------T--TAT--GAATCCATCAAATGTAA-----AAA------CAGCTA----GA-AG-----ACTTTGTAA-ATTTCTTAA--GAAC----AGTTAT-GAAT----TTAG--AA---A-----A-GAAAG--TTTG-AAAATTN------ATTA--ACT------TAGATGTGTC-TTCATATT--------AACA---ACAG-AGTTGTA--TTT-AACAACTGACATTGT-CAAATCC---ATT---GT---GTC---CCTCATTCTTTG--T-AT-T-GTGT-AATCA--CTGATTTG-T---------TGT-ATTCNTAGGTATAATG----GCATTCTTTG---TA-T--TGTGTAA-TCA--CTG-AT---TTGT---------TGTA------TG-CCTA-------GGTATA--ATGGTGCTGTC----AAT--AAATTCA-T-TCATTC
Reference ( family-1248 ) : TTGGATGTATCGCACAANACTCTGANAGATAAAATTACAGAGGAACACTGCNCNTGCA-----AAATTTCCGATCAACTGAAAAATATA--TC-AAATAATAATATCGGGAAATTAACATTTTAT-AGCAGTATAGTTAGTCTAAA-TGAAANTAAACCGCA--------ACA--TACTT------AAAAT--TTTGCAAAAAAAACATT-A-AAGA--AATCAGAAAGATCTATCT----TGACC-AAATT----------A--------CGAATAAGT-GCTCA-TNCACTT-CATATTGAAACAGGAAGATACTCAAGACCTCCAGTGCC---TAGA-GACAAACG--TGTATGCTATTCATGTAAACAGTTTAT---T-GAAAATGAA-G-AACA-TTTTGTGTTA--TAT-TGTCCTCGTT---ATGATCATTATAGATTACAATACAG------TGACATA-TTTAA-TG-TA-G-AATGTT-A--------TATGAGAGATAATCC---TTT-AAAATCTG-------T--TAT--GAATCCATCAAATGTAA-----AAA------CAGCTA----GA-AG-----ACTTTGTAA-ATTTCTTAA--GAAC----AGTTAT-GAAT----TTAG--AA---A-----A-GAAAG--TTTG-AAAATTN------ATTA--ACT------TAGATGTGTC-TTCATATT--------AACA---ACAG-AGTTGTA--TTT-AACAACTGACATTGT-CAAATCC---ATT---GT---GTC---CCTCATTCTTTG--T-AT-T-GTGT-AATCA--CTGATTTG-T---------TGT-ATTCNTAGGTATAATG----GCATTCTTTG---TA-T--TGTGTAA-TCA--CTG-AT---TTGT---------TGTA------TG-CCTA-------GGTATA--ATGGTGCTGTC----AAT--AAATTCA-T-TCATTC
gi|1 : TTAGATATATCGCACAAAACTTTGAAAAATAAAATTACAAAGAAACATTATACATGTAGTCACAAATTTGTGAACAACTGAAAAA-ACACTTCTAAGTCA-AGGCTCTGGAAATTGACTTTTTATTGGTAAAATAGTAAATTTAAAATGATACAAATCTGCA--------ACAACTACTT------AAAAC--TTTTCATAAAAAA-----A-AAG-----TCAGAAAGATC-ATCT----TAACCAAAATT----------A--------AGAATTAGT-GC-CATTTCAATTACATAT--GAACTGGGAGAT--------------GT-CC---TA-A-GAAAAACG--TACTTGTCACGCATGCATACCGATTATTCAT-GAAGACGAA-ATATCA-CTTTTTGTTCTTTAT-TGTCC-AGTTTTAATGATCA-TACAGATTAT-GTACAGCAATAATGAAATATTTTAATTG-T--G-AATGCTAA--------TATAACAGAACATCCATATTG-GAAATTTG-------T--T-----AACCC-CCAAGAATAG-----AAA------TTGCTC----GA-AA-----AATATGTAATTTTTTTTAAATGAGT----GTTTTT-AAATA---CCAG--AA---A-----A-GAAAAACTCCA-AATATTA------ATGAATACT------TAAATGTA------AGATT--------ACCATATACAG-GGTT
gi|10 : aatcatatatatatctattaatgaacgggtcattccctttatattctacttgtgatatgaaaatatgttcaaattttattcagactggacgaaattaagagtctatgaaataacttagcgaaccaaaaactagaatatctgcatttaaagaagacaaaaacttggctctagaatatcatggcaaagaaaatgttttactaccaagaaaaattatcccaactttctTCATATGTAA-----AAAAAACCCCAGCTACTATAT-AG-----ACTTTGCAA-ATTTCTTAA--GAAC----AGTTAT-GAAT----TTAG--AA---A-----A-GAAAG--TTTT-AAAATTG-------------------------TGTGTT-GATATATT--------AACA---ACAA-AATT-TA--TTT---CA-CTGACTTTGT-CAAATTC---ATTAATGT---GTC---CCTCATTCTTTG--T-AT-T-ATGT-AATTA--CTGATTTG-T---------TGT-GTTTATGACTATAATATTATACATT-TCTGACATT-T--TCTCTAA---A--CTT-AT---TTTC---------TGTA------Tttcacctaatatatgttacat
gi|11 : TG-------T--TAT--GAATCCATCAAATGTAATTTTTAAA------CAG-TA----GA-AG-----ACTTTCTGA-ATTTCC--A--GT-C----AGTTAT-GAATGAATTTAG--AATTTA-----A-GAAAA--TTTG-AAAATTAGGCCTAATTA--ACT------TAGAAGTGTG-TTCATATT--------AACA---ACAG-AATTTTA--ATT---CAACTGACTATGT-CAAATCCATTATT---GT---GTC---TCTCATTC
gi|12 : AT----TTAG--AA---A-----A-GAAAG--TTTG-AAA----------------------------------C-TTCATATT--------AACA---ACAG-AGTTGTA--TT--AACAACTGACATTGT-CGAATCC---ATT---GT---GTCCCTCCTCATTCTTTG--T-AT-T-GTAT---TTA---TGA-----C---------TGT-ATGCTTAGGTATAATG----G
gi|12 : CATTCTTTG---TA-T--TGTAT---TTA---TG-AC---T-------------GTA------TG-CTTA-------GGTATA--ATGGTGCTGTC----AAT--AGATTTA-T-TCtgctgtcaatagatttattcgatc
gi|13 : atttagaaaagaaagtttgaaacttcatattaacaacagagttgtattaacaactgacattgtcgaatccattgtgtccctcctAGAAAAAAGATT-ATAAAC--ACTTCTAAAGAGCTATTT----TGACC-AAATT----------G--------TGAATAAGT-GCCAA-TACACTT-TATATTGAAACAGGGGGATACTCAAGACCTCCAGTGTC---CAAA-GACAAACA--TGTATG-------------CAGTTGAT---T-GAAAATGAA-G-Agatc
gi|14 : a-CAAATCC---ATT---GT---TTC---CCTCATTCTTTGTAT-AT-T-GTGTAAATCA--CTGATTTG-T---------TTT-ATT
gi|14 : CATTCTTTG---TA-TATTGTGTAAATCA--CTG-AT---TTGT---------TTTA------T---TTA--------------------GCTGTC----AAT--AAATTCA-T-tagctgtcaataaattcattt
gi|15 : caaatccattgtttccctC----AGTTAT-GAAT----TTAG--AA---A-----A-GAAAG--GTTG-AA----------------------------GATGTATC-TTCATAGT--------AACA---ACAT-AGTTGTA--TTT-AAt
gi|16 : ATGTAAACAGTTTAT---T-GAAAATAAA-G-AACA-TTTTGTATTT--TAT-TGTCCTTGTT---ATGATCA
gi|17 : A-TCAA-CTG-AT---TTGT---------TGTA------TT-TATA-------TGTATA--ATGGTGCTGTCAATTAAT--AAATTAA-T-TCA
gi|18 : ---------TATA------TG-CTAA-------CGTATA--ATGGTGCTGTC----AAT--AAATTCA-T-TCA
gi|19 : A------TG-CCTA-------GGTATA--ATGGTGCTGTT----AAT--ACATTCATT-TCAT
gi|2 : TTGGATGTATCATATAACACTCTGATAGATAAA-TTA--GAGGAACACTGCTCTTGCA-----AAATTTCCGATCAGCTGAAAAATATA--TC-AAATAATAATATTGGAAAATTAACATTTTAT-AGCAGTATAGTTNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNGATGAATACA--T-CTTGTTCACAAGATA-TTTGAAAAAAAAANATT-A-AAGA--AATCAGAAAGATCTATCT----TGATC-AAATT----------A--------CGAATAAGT-GCTCA-TGTACTT-CATATTGAAACAGTAAGACAATCAAGGCCCCCAGTACC---TAGA-GACAAACG--TGTATGCTATTCATGTAAACAGTCTAT---T-GAAAATGAA-G-AACA-TTTTGTGTTA--TAT-TGTCCTTGTT---ATGATCATTATAGACTAAAATACAG------TGACATA-TTCAA-TG-TA-G-AATATT-A--------TATGAATGATAATCC---TTT-AAAATCTG-------T--TAT--GAATCTATCAAATGTAA-----AAA------CAGCTA----AA-AA-----TCTTTGTAT-ATTTCTT-A--GAAA----AGTTAT-AAAT----TTAG--AA---A-----A-GAAAG--CTTG-AAAATTG------ATTA--ACT------TAGATATGTC-TCCATATT--------AAGA---ATAG-AGTTGTA--TTT-AACAACTGACATTGT-GAAATAC---ATT---GT---GTC---CCTCATTCTTGG--T-AT-T-GTGT-AATCA--ATGATTTG-T---------TGT-ATTCCTAGGTATAATG----GCATTCTTTG---TA-T--TGTGTAA-TCA--CTG-AT---TTGT---------TGTA------TT-CCTA-------GGTATA--ATGGTGCTGTT----GAT--AAATCCA-T-TCATTC
gi|3 : GCA-----AACTTTCTGATCAACTGAAAAATATA--TC-AAATAATAATATCGGGAAATTAAGATTTTAT-AACAGTATAGTTAGTCTAAA-TGAAAATAAA---------------A--TAC--------AAAATTATTTGC--AACTGTCGTT-A-AAGA--AATCAGAAAGATCTATCTCAAGTGACC-AAATT----------A--------CGAATAAGT-TCTCA-TGCAC-T-CATATTGAAACAGGAAGATACTCAAGACC
gi|3 : TCAAGACCTCCAGTGCC---TAGA-GACAAACGCGTGTATGCTATTCATGTAAACAGTTTAT---T-GAAAATGAA-G-AACA-TTTTGTGTTA--TAT-TGTCCATGTT---ATGATCATTATAGATTACAATACAG------TGACATA-TTTAA-TG-TA-G-AATGTT-ATACTATAGTATGAGAGATAATAC---TTT-AAAATCTG-------T--TAT--GAACCCATCAAATGTNG-----GAA------T-GTTATAT-GAGAGATAATACTTTA-AG-ATATGTTAT--GAAC------CCATCAAAT----GTAA--AA---ACTGCTA-G-AAGCCTTTG-TAAATTT------CTTA--Annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcaagacctccagtgcctagagacaaacgcgtgtatgctattcatgtaaacagtttattgaaaatgaagaacattttgtgttatattgtccatgttatgatcattatagattacaatacagtgacatatttaatgtagaatgttatactatagtatgagagataatactttaaaatctgttatgaacccatcaaatgtnggaatgttatatgagagataatactttaagatatgttatgaacccatcaaatgtaaaaactgctagaagcctttgtaaatttcttaagaacagtaatgaatttagaaaagaaagtttgaaaattaattaacctagatgtgtcttcatattaaca
gi|3 : gcaaactttctgatcaactgaaaaatatatcaaataataatatcgggaaattaagattttataacagtatagttagtctaaatgaaaataaaatacaaaattatttgcaactgtcgttaaagaaatcagaaagatctatctcaagtgaccaaattacgaataagttctcatgcactcatattgaaacaggaagatactcaagaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaAA-TG-TN-GGAATGTT-A--------TATGAGAGATAATAC---TTT-AAGATATG-------T--TAT--GAACCCATCAAATGTAA-----AAA------CTGCTA----GA-AG-----CCTTTGTAA-ATTTCTTAA--GAAC----AGTAAT-GAAT----TTAG--AA---A-----A-GAAAG--TTTG-AAAATTA------ATTA--ACC------TAGATGTGTC-TTCATATT--------AACA---gaacagtaatgaatttagaaaagaaagtttgaaaattaattaacctagatgtgtcttcatattaaca
gi|4 : gcaaactttctgatcaactgaaaaatatatcaaataataatatcgggaaattaagattttataacagtatagttagtctaaatgaaaataaaatacaaaattatttgcaactgtcgttaaagaaatcagaaagatctatctcaagtgaccaaattacgaataagttctcatgcactcatattgaaacaggaagatactcaagaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcaagacctccagtgcctagagacaaacgcgtgtatgctattcatgtaaacagtttattgaaaatgaagaacattttgtgttatattgtccatgttatgatcattatagattacaatacagtgacatatttaatgtagaatgttatactatagtatgagagataatactttaaaatctgttatgaacccatca-----AAATTT---ATCAACTGAAAAATATA--TC-CAATAACAATATCGAAAAATGAACATTTTAT-AGCACTATAGTTAGTCTAAA-TGAATTTAAACC-----------ACA--TAATT------G------TTTGCAAGATCTGCCTTTA-AAGA--AATCAGAAAGAGCT---T----TGACC-AAATTGCATGTGTACA--------CGAATAAGT-GCTCA-TTCACTT-CATATGGAAACAGGAAGATACTCAAGACCTCCGGTGCC---CAGG-GACAAACG--TGTGTGCTATTCATGTAAACAGTGTAT---T-AAAAATGAA-G-AACA-TTTT-TATTA--TAT-AATCCTCGTT---CTGATCATTATAGATAACAATACAG------CGACATA-TTTAA-TG-TA-G-ACTATT-A--------TATGAGAAAGG-------TTT-AAAGACTGAACAACATTATAT--GAATCCATCTAATGTAA-----AAA------TAGCTA----GA-G-----------GTAA-ATTTCCTAA--GAACTGATAAATAT-GAGT----TTAG--AA---A-----AGGAAAA--TTTG-AAAATTT------ATAA--ACTTACATGTAGATGTGTG-TTCATATTAGTTGTAAAACA---ACAG-GATTTTA--TTT-AACA---GACTATGT-CTAATCC---ATT---GTTGCGTC---TCTCAT
gi|5 : tcatctttggatatatataccacatttataattctgataaat---TAAA-GAAAAACA---GTCAG-TATTGATATAAACAGTTTAT---CAGAAAATGAA-G-AACA-TTTTGTGTTA--AAT-TGTTCTTGTT---ATGATCATTATAGATTACAATACAG------TGACATG-TTTAA-TG-TA-G-AATGTT-A--------TATGAGAGAAAATCC---TTT-AAAATTTG-------T--TAT--GAATCCATCAAATGTAA-----AAA------CAGCTA----GA-AG-----ACTTTGTAA-ATTTCTTGA--GAAC----AGTTAT-GAAT----TTAG--AA---A-----A-GAAAG--TTTG-AAAATTG------ATTA--ACT------TAGATGTGTC-TTCATATC--------AACA---ACAG-AGCTGTA--TTT-AACAACTGACATTGT-CAAATCC---ATT---GT---GTC---CCTCAATCTCTG--T-AT-T----------A--CTGATTTG-TATTTATGACTAT-ATGCCTAGGTATAATG----G
gi|5 : agaattCAATCTCTG---TA-T--T---------A--CTG-AT---TTGTATTTATGACTATA------TG-CCTA-------GGTATA--ATGGTGCTGTC----AAT--AAATTCA-T-TCATtgctgtcaataaattcattcat
gi|6 : agaatttaaagaaaaacagtcagtattgatataaacagtttatcagaaaatgaagaacattttgtgttaaattgttcttgttatgatcattatagattacaatacagtgacatgtttaatgtagaatgttatatgagagaaaatcctttaaaatttgttatgaatccatcaaatgtaaaaacagctagaagactttgtaaatttcttgagaacagttatgaatttagaaaagaaagtttgaaaattgattaacttagatgtgtcttcatatcaacaacagagctgtatttaacaactgacattgtcaaatccattgtgtccct-------T--TATAAGAATGTATCAAATGTAA-----AAA------CAGCTA----GA-AA-----ACTTTGTAA-ATTTCTTAA--AAAC----AGTTAC-GAAT----TCAGAAAA---A-----A-AAAAG--ATTGAAAAATTT------ATTA--ACC------TAGATGTGT-----A---------------------AGTAGCTGTA--TTT-AACAAATGACATTGT-CAAAACC---ATT---GT---GTC---CCTCAT--CTTG--TAATAT-GTGT-AATCATTCTGATTAG-T---------TGTAATTC
gi|6 : gtccgacttacgaacgaatttagattgtacataatatgagatttaatgatatcttatgaaatcaatttaattaatcatgacttagtttggcagatatcTTG---TAATA-TGTGTAA-TCATTCTG-AT---TAGT---------TGTAATTCACTGACCTATATGTCTATTATAG-ATGGTGCT-TC----AATAGAAATTCA-TCTCATactgacctatatgtctattatagatggtgcttcaatagaaattcatctcatc
gi|6 : gtccgacttacgaacgaatttagattgtacataatatgagatttaatgatatcttatgaaatcaatttaattaatcatgacttagtttggcagatatcttataagaatgtatcaaatgtaaaaacagctagaaaactttgtaaatttcttaaaaacagttacgaattcagaaaaaaaaaagattgaaaaatttattaacctagatgtgtaagtagctgtatttaacaaatgacattgtcaaaaccattgtgtccctcatc-TCA--CTG-AC---CTAT------------A------TG-TCTA-------T-TATAG-ATGGTGCT-TC----AATAGAAATTCA-TCTCATc
gi|7 : gtccgacttacgaacgaatttagattgtacataatatgagatttaatgatatcttatgaaatcaatttaattaatcatgacttagtttggcagatatcttataagaatgtatcaaatgtaaaaacagctagaaaactttgtaaatttcttaaaaacagttacgaattcagaaaaaaaaaagattgaaaaatttattaacctagatgtgtaagtagctgtatttaacaaatgacattgtcaaaaccattgtgtccctcatcttgtaatatgtgtaatcattctgattagttgtaatCG--TGTATGCTATTCAT-TAA-CAGTTT-T---C-GAAA-TGAA-G-AACAATTTTGTGTTA--T------------------GGCCATTATAGATTACAATCCAG------TGACATA-CTTAA-TG-TA-G-AATA--------------------AT--TCC---TTTTAAAATCT--------T--T-T--GAA--CATCAAATGTAA-----AAA-------A--TA----GA-AG-----ACTTTGT----TT--------GAA---------AT----T----TTAG--AA---A-----A-GAAA---TTTG-A----------------------------AGATGTGTCTTTCATAGT--------AACA---ACAT-AGTTGTAAGTTTAAACAATGGACATTGTCCAAATCC---ATT---GT---GT----CCTCA-TCTTTG--T-AT-TGGTGTAAATCA--CTGATTTGTT---------TGT-ATTTATGACTATAc
gi|8 : atTAA-----AAA------CAGCTA----AA-AG-----ACTTTGTAC-ATTTCTTAA--GAAC----AGGTGT-GAAT----TTAG--AA---A-----G-GAAAA--TTTG-AAAAGTT------AT------T------TAGCTG----------ATT--------AA----------AATTATG--T-----CAA--------AT-CCAAT-----ATT---GG---GTC---CCTCATTCTTTG--T-AC-A-GTG----------------------------TGT-ATT-----ATGTAATT----ACA----TTG---TA-C--TG---AT-TTA--CTGTATTCATTAC---------TATA------TA-CCGA-------AGTATAATATGGTGCTGTC----AAT--AAATTCA-T-TCATTCtgt
gi|9 : aaaatgtttagattgatcaatcatttttttaaattctatttttatttattattaaagatggttatggaTT-A-AAGATAGATCAGAAAATTCCTCTT----TGACC-AAATT----------AAATAAAATCAAATAAATTGCTCT-TTCACTT-CATACTGGAACAGGAAAAC--------CCCCCAGTGCCAGGTAGAGGACAAACG--TGTATACTA--AAGGGAAAC----------------ATGAACG-AACA-TTTTGTATTA--TATATGTTCTCGAT---ATG-TCA-TATA-ATTACAATACAG------TGAAATA-TTTAA-TGATAGG-AATGTT-A--------TATGAGA-ATA---------T-A-----------------TAT--GAAT-CATCAAA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 11 22222 11 11 1 1 1 000000000000000000000000000000000000 111111 111 1111 4444444444444444444 111 111111 11111111 111111111 1111111 111111 1111 3333333333333333333333 11111111 1111111111 22222222222 1111 111 1111111111 11 111111111 111111 11111111 11 11
lowQualScore : 1 1 5 88 1 1 55555 33 3 33 0 7 0 0 0 1 444444444444444444444444444444444444 44 111111 6 6 222 55 4444 6 6666666666666666666 6 1 6 1 6 3 99 1 000 1 5 66 4 2 0 99999 4 4 5 66 5 77 888 5 666666 5 5 5 5 5 5 88888888 1 333333333 5 0 3333333 55 0 55 0 99999 000000 0 4444 3 99999 3 1 55 7777 3 9999 44 555 77777 3 88 3 5555555555555555555555 77 0 22222222 555 3 1 55 77 44 2 4 777 777 777 777 66 5 5 5 3333333333 0 0 00000000000 5 55 1 7777 3 2 000 5 3333333333 00 4 777 666666666 000000 55 88888888 33 8888 11 4 8
lowQualScore : . . . .. . . ..... .. . .. . . . . . . .................................... .. ...... . . ... .. .... . ................... . . . . . . .. . ... . . .. . . . ..... . . . .. . .. ... . ...... . . . . . . ........ . ......... . . ....... .. . .. . ..... ...... . .... . ..... . . .. .... . .... .. ... ..... . .. . ...................... .. . ........ ... . . .. .. .. . . ... ... ... ... .. . . . .......... . . ........... . .. . .... . . ... . .......... .. . ... ......... ...... .. ........ .. .... .. . .
lowQualScore : 0 0 5 00 0 0 00000 00 2 88 0 0 0 2 0 0 555555555555555555555555555555555555 88 222222 7 7 333 22 2222 7 8888888888888888888 7 7 7 0 7 2 88 0 000 7 7 99 5 0 1 22222 4 4 0 99 0 66 888 0 444444 7 0 0 0 0 0 11111111 4 222222222 0 2 0000000 55 8 55 4 11111 555555 2 1111 6 11111 6 2 00 1111 3 6666 22 444 77777 1 55 1 8888888888888888888888 22 4 11111111 888 6 6 55 22 88 3 0 000 000 000 000 99 0 0 0 9999999999 1 2 99999999999 0 00 0 0000 5 5 000 7 7777777777 66 4 888 000000000 555555 66 77777777 55 5555 00 0 0
consensus : TTGGATGTATCGCACAANACTCTGANAGATAAAATTACAGAGGAACACTGCNCNTGCA-----AAATTTCCGATCAACTGAAAAATATA--TC-AAATAATAATATCGGGAAATTAACATTTTAT-AGCAGTATAGTTAGTCTAAA-TGAAANTAAACCGCA--------ACA--TACTT------AAAAT--TTTGCAAAAAAAACATT-A-AAGA--AATCAGAAAGATCTATCT----TGACC-AAATT----------A--------CGAATAAGT-GCTCA-TNCACTT-CATATTGAAACAGGAAGATACTCAAGACCTCCAGTGCC---TAGA-GACAAACG--TGTATGCTATTCATGTAAACAGTTTAT---T-GAAAATGAA-G-AACA-TTTTGTGTTA--TAT-TGTCCTCGTT---ATGATCATTATAGATTACAATACAG------TGACATA-TTTAA-TG-TA-G-AATGTT-A--------TATGAGAGATAATCC---TTT-AAAATCTG-------T--TAT--GAATCCATCAAATGTAA-----AAA------CAGCTA----GA-AG-----ACTTTGTAA-ATTTCTTAA--GAAC----AGTTAT-GAAT----TTAG--AA---A-----A-GAAAG--TTTG-AAAATTN------ATTA--ACT------TAGATGTGTC-TTCATATT--------AACA---ACAG-AGTTGTA--TTT-AACAACTGACATTGT-CAAATCC---ATT---GT---GTC---CCTCATTCTTTG--T-AT-T-GTGT-AATCA--CTGATTTG-T---------TGT-ATTCNTAGGTATAATG----GCATTCTTTG---TA-T--TGTGTAA-TCA--CTG-AT---TTGT---------TGTA------TG-CCTA-------GGTATA--ATGGTGCTGTC----AAT--AAATTCA-T-TCATTC
Reference ( family-1248 ) : TTGGATGTATCGCACAANACTCTGANAGATAAAATTACAGAGGAACACTGCNCNTGCA-----AAATTTCCGATCAACTGAAAAATATA--TC-AAATAATAATATCGGGAAATTAACATTTTAT-AGCAGTATAGTTAGTCTAAA-TGAAANTAAACCGCA--------ACA--TACTT------AAAAT--TTTGCAAAAAAAACATT-A-AAGA--AATCAGAAAGATCTATCT----TGACC-AAATT----------A--------CGAATAAGT-GCTCA-TNCACTT-CATATTGAAACAGGAAGATACTCAAGACCTCCAGTGCC---TAGA-GACAAACG--TGTATGCTATTCATGTAAACAGTTTAT---T-GAAAATGAA-G-AACA-TTTTGTGTTA--TAT-TGTCCTCGTT---ATGATCATTATAGATTACAATACAG------TGACATA-TTTAA-TG-TA-G-AATGTT-A--------TATGAGAGATAATCC---TTT-AAAATCTG-------T--TAT--GAATCCATCAAATGTAA-----AAA------CAGCTA----GA-AG-----ACTTTGTAA-ATTTCTTAA--GAAC----AGTTAT-GAAT----TTAG--AA---A-----A-GAAAG--TTTG-AAAATTN------ATTA--ACT------TAGATGTGTC-TTCATATT--------AACA---ACAG-AGTTGTA--TTT-AACAACTGACATTGT-CAAATCC---ATT---GT---GTC---CCTCATTCTTTG--T-AT-T-GTGT-AATCA--CTGATTTG-T---------TGT-ATTCNTAGGTATAATG----GCATTCTTTG---TA-T--TGTGTAA-TCA--CTG-AT---TTGT---------TGTA------TG-CCTA-------GGTATA--ATGGTGCTGTC----AAT--AAATTCA-T-TCATTC
gi|1 : TTAGATATATCGCACAAAACTTTGAAAAATAAAATTACAAAGAAACATTATACATGTAGTCACAAATTTGTGAACAACTGAAAAA-ACACTTCTAAGTCA-AGGCTCTGGAAATTGACTTTTTATTGGTAAAATAGTAAATTTAAAATGATACAAATCTGCA--------ACAACTACTT------AAAAC--TTTTCATAAAAAA-----A-AAG-----TCAGAAAGATC-ATCT----TAACCAAAATT----------A--------AGAATTAGT-GC-CATTTCAATTACATAT--GAACTGGGAGAT--------------GT-CC---TA-A-GAAAAACG--TACTTGTCACGCATGCATACCGATTATTCAT-GAAGACGAA-ATATCA-CTTTTTGTTCTTTAT-TGTCC-AGTTTTAATGATCA-TACAGATTAT-GTACAGCAATAATGAAATATTTTAATTG-T--G-AATGCTAA--------TATAACAGAACATCCATATTG-GAAATTTG-------T--T-----AACCC-CCAAGAATAG-----AAA------TTGCTC----GA-AA-----AATATGTAATTTTTTTTAAATGAGT----GTTTTT-AAATA---CCAG--AA---A-----A-GAAAAACTCCA-AATATTA------ATGAATACT------TAAATGTA------AGATT--------ACCATATACAG-GGTT
gi|10 : aatcatatatatatctattaatgaacgggtcattccctttatattctacttgtgatatgaaaatatgttcaaattttattcagactggacgaaattaagagtctatgaaataacttagcgaaccaaaaactagaatatctgcatttaaagaagacaaaaacttggctctagaatatcatggcaaagaaaatgttttactaccaagaaaaattatcccaactttctTCATATGTAA-----AAAAAACCCCAGCTACTATAT-AG-----ACTTTGCAA-ATTTCTTAA--GAAC----AGTTAT-GAAT----TTAG--AA---A-----A-GAAAG--TTTT-AAAATTG-------------------------TGTGTT-GATATATT--------AACA---ACAA-AATT-TA--TTT---CA-CTGACTTTGT-CAAATTC---ATTAATGT---GTC---CCTCATTCTTTG--T-AT-T-ATGT-AATTA--CTGATTTG-T---------TGT-GTTTATGACTATAATATTATACATT-TCTGACATT-T--TCTCTAA---A--CTT-AT---TTTC---------TGTA------Tttcacctaatatatgttacat
gi|11 : TG-------T--TAT--GAATCCATCAAATGTAATTTTTAAA------CAG-TA----GA-AG-----ACTTTCTGA-ATTTCC--A--GT-C----AGTTAT-GAATGAATTTAG--AATTTA-----A-GAAAA--TTTG-AAAATTAGGCCTAATTA--ACT------TAGAAGTGTG-TTCATATT--------AACA---ACAG-AATTTTA--ATT---CAACTGACTATGT-CAAATCCATTATT---GT---GTC---TCTCATTC
gi|12 : AT----TTAG--AA---A-----A-GAAAG--TTTG-AAA----------------------------------C-TTCATATT--------AACA---ACAG-AGTTGTA--TT--AACAACTGACATTGT-CGAATCC---ATT---GT---GTCCCTCCTCATTCTTTG--T-AT-T-GTAT---TTA---TGA-----C---------TGT-ATGCTTAGGTATAATG----G
gi|12 : CATTCTTTG---TA-T--TGTAT---TTA---TG-AC---T-------------GTA------TG-CTTA-------GGTATA--ATGGTGCTGTC----AAT--AGATTTA-T-TCtgctgtcaatagatttattcgatc
gi|13 : atttagaaaagaaagtttgaaacttcatattaacaacagagttgtattaacaactgacattgtcgaatccattgtgtccctcctAGAAAAAAGATT-ATAAAC--ACTTCTAAAGAGCTATTT----TGACC-AAATT----------G--------TGAATAAGT-GCCAA-TACACTT-TATATTGAAACAGGGGGATACTCAAGACCTCCAGTGTC---CAAA-GACAAACA--TGTATG-------------CAGTTGAT---T-GAAAATGAA-G-Agatc
gi|14 : a-CAAATCC---ATT---GT---TTC---CCTCATTCTTTGTAT-AT-T-GTGTAAATCA--CTGATTTG-T---------TTT-ATT
gi|14 : CATTCTTTG---TA-TATTGTGTAAATCA--CTG-AT---TTGT---------TTTA------T---TTA--------------------GCTGTC----AAT--AAATTCA-T-tagctgtcaataaattcattt
gi|15 : caaatccattgtttccctC----AGTTAT-GAAT----TTAG--AA---A-----A-GAAAG--GTTG-AA----------------------------GATGTATC-TTCATAGT--------AACA---ACAT-AGTTGTA--TTT-AAt
gi|16 : ATGTAAACAGTTTAT---T-GAAAATAAA-G-AACA-TTTTGTATTT--TAT-TGTCCTTGTT---ATGATCA
gi|17 : A-TCAA-CTG-AT---TTGT---------TGTA------TT-TATA-------TGTATA--ATGGTGCTGTCAATTAAT--AAATTAA-T-TCA
gi|18 : ---------TATA------TG-CTAA-------CGTATA--ATGGTGCTGTC----AAT--AAATTCA-T-TCA
gi|19 : A------TG-CCTA-------GGTATA--ATGGTGCTGTT----AAT--ACATTCATT-TCAT
gi|2 : TTGGATGTATCATATAACACTCTGATAGATAAA-TTA--GAGGAACACTGCTCTTGCA-----AAATTTCCGATCAGCTGAAAAATATA--TC-AAATAATAATATTGGAAAATTAACATTTTAT-AGCAGTATAGTTNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNGATGAATACA--T-CTTGTTCACAAGATA-TTTGAAAAAAAAANATT-A-AAGA--AATCAGAAAGATCTATCT----TGATC-AAATT----------A--------CGAATAAGT-GCTCA-TGTACTT-CATATTGAAACAGTAAGACAATCAAGGCCCCCAGTACC---TAGA-GACAAACG--TGTATGCTATTCATGTAAACAGTCTAT---T-GAAAATGAA-G-AACA-TTTTGTGTTA--TAT-TGTCCTTGTT---ATGATCATTATAGACTAAAATACAG------TGACATA-TTCAA-TG-TA-G-AATATT-A--------TATGAATGATAATCC---TTT-AAAATCTG-------T--TAT--GAATCTATCAAATGTAA-----AAA------CAGCTA----AA-AA-----TCTTTGTAT-ATTTCTT-A--GAAA----AGTTAT-AAAT----TTAG--AA---A-----A-GAAAG--CTTG-AAAATTG------ATTA--ACT------TAGATATGTC-TCCATATT--------AAGA---ATAG-AGTTGTA--TTT-AACAACTGACATTGT-GAAATAC---ATT---GT---GTC---CCTCATTCTTGG--T-AT-T-GTGT-AATCA--ATGATTTG-T---------TGT-ATTCCTAGGTATAATG----GCATTCTTTG---TA-T--TGTGTAA-TCA--CTG-AT---TTGT---------TGTA------TT-CCTA-------GGTATA--ATGGTGCTGTT----GAT--AAATCCA-T-TCATTC
gi|3 : GCA-----AACTTTCTGATCAACTGAAAAATATA--TC-AAATAATAATATCGGGAAATTAAGATTTTAT-AACAGTATAGTTAGTCTAAA-TGAAAATAAA---------------A--TAC--------AAAATTATTTGC--AACTGTCGTT-A-AAGA--AATCAGAAAGATCTATCTCAAGTGACC-AAATT----------A--------CGAATAAGT-TCTCA-TGCAC-T-CATATTGAAACAGGAAGATACTCAAGACC
gi|3 : TCAAGACCTCCAGTGCC---TAGA-GACAAACGCGTGTATGCTATTCATGTAAACAGTTTAT---T-GAAAATGAA-G-AACA-TTTTGTGTTA--TAT-TGTCCATGTT---ATGATCATTATAGATTACAATACAG------TGACATA-TTTAA-TG-TA-G-AATGTT-ATACTATAGTATGAGAGATAATAC---TTT-AAAATCTG-------T--TAT--GAACCCATCAAATGTNG-----GAA------T-GTTATAT-GAGAGATAATACTTTA-AG-ATATGTTAT--GAAC------CCATCAAAT----GTAA--AA---ACTGCTA-G-AAGCCTTTG-TAAATTT------CTTA--Annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcaagacctccagtgcctagagacaaacgcgtgtatgctattcatgtaaacagtttattgaaaatgaagaacattttgtgttatattgtccatgttatgatcattatagattacaatacagtgacatatttaatgtagaatgttatactatagtatgagagataatactttaaaatctgttatgaacccatcaaatgtnggaatgttatatgagagataatactttaagatatgttatgaacccatcaaatgtaaaaactgctagaagcctttgtaaatttcttaagaacagtaatgaatttagaaaagaaagtttgaaaattaattaacctagatgtgtcttcatattaaca
gi|3 : gcaaactttctgatcaactgaaaaatatatcaaataataatatcgggaaattaagattttataacagtatagttagtctaaatgaaaataaaatacaaaattatttgcaactgtcgttaaagaaatcagaaagatctatctcaagtgaccaaattacgaataagttctcatgcactcatattgaaacaggaagatactcaagaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaAA-TG-TN-GGAATGTT-A--------TATGAGAGATAATAC---TTT-AAGATATG-------T--TAT--GAACCCATCAAATGTAA-----AAA------CTGCTA----GA-AG-----CCTTTGTAA-ATTTCTTAA--GAAC----AGTAAT-GAAT----TTAG--AA---A-----A-GAAAG--TTTG-AAAATTA------ATTA--ACC------TAGATGTGTC-TTCATATT--------AACA---gaacagtaatgaatttagaaaagaaagtttgaaaattaattaacctagatgtgtcttcatattaaca
gi|4 : gcaaactttctgatcaactgaaaaatatatcaaataataatatcgggaaattaagattttataacagtatagttagtctaaatgaaaataaaatacaaaattatttgcaactgtcgttaaagaaatcagaaagatctatctcaagtgaccaaattacgaataagttctcatgcactcatattgaaacaggaagatactcaagaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcaagacctccagtgcctagagacaaacgcgtgtatgctattcatgtaaacagtttattgaaaatgaagaacattttgtgttatattgtccatgttatgatcattatagattacaatacagtgacatatttaatgtagaatgttatactatagtatgagagataatactttaaaatctgttatgaacccatca-----AAATTT---ATCAACTGAAAAATATA--TC-CAATAACAATATCGAAAAATGAACATTTTAT-AGCACTATAGTTAGTCTAAA-TGAATTTAAACC-----------ACA--TAATT------G------TTTGCAAGATCTGCCTTTA-AAGA--AATCAGAAAGAGCT---T----TGACC-AAATTGCATGTGTACA--------CGAATAAGT-GCTCA-TTCACTT-CATATGGAAACAGGAAGATACTCAAGACCTCCGGTGCC---CAGG-GACAAACG--TGTGTGCTATTCATGTAAACAGTGTAT---T-AAAAATGAA-G-AACA-TTTT-TATTA--TAT-AATCCTCGTT---CTGATCATTATAGATAACAATACAG------CGACATA-TTTAA-TG-TA-G-ACTATT-A--------TATGAGAAAGG-------TTT-AAAGACTGAACAACATTATAT--GAATCCATCTAATGTAA-----AAA------TAGCTA----GA-G-----------GTAA-ATTTCCTAA--GAACTGATAAATAT-GAGT----TTAG--AA---A-----AGGAAAA--TTTG-AAAATTT------ATAA--ACTTACATGTAGATGTGTG-TTCATATTAGTTGTAAAACA---ACAG-GATTTTA--TTT-AACA---GACTATGT-CTAATCC---ATT---GTTGCGTC---TCTCAT
gi|5 : tcatctttggatatatataccacatttataattctgataaat---TAAA-GAAAAACA---GTCAG-TATTGATATAAACAGTTTAT---CAGAAAATGAA-G-AACA-TTTTGTGTTA--AAT-TGTTCTTGTT---ATGATCATTATAGATTACAATACAG------TGACATG-TTTAA-TG-TA-G-AATGTT-A--------TATGAGAGAAAATCC---TTT-AAAATTTG-------T--TAT--GAATCCATCAAATGTAA-----AAA------CAGCTA----GA-AG-----ACTTTGTAA-ATTTCTTGA--GAAC----AGTTAT-GAAT----TTAG--AA---A-----A-GAAAG--TTTG-AAAATTG------ATTA--ACT------TAGATGTGTC-TTCATATC--------AACA---ACAG-AGCTGTA--TTT-AACAACTGACATTGT-CAAATCC---ATT---GT---GTC---CCTCAATCTCTG--T-AT-T----------A--CTGATTTG-TATTTATGACTAT-ATGCCTAGGTATAATG----G
gi|5 : agaattCAATCTCTG---TA-T--T---------A--CTG-AT---TTGTATTTATGACTATA------TG-CCTA-------GGTATA--ATGGTGCTGTC----AAT--AAATTCA-T-TCATtgctgtcaataaattcattcat
gi|6 : agaatttaaagaaaaacagtcagtattgatataaacagtttatcagaaaatgaagaacattttgtgttaaattgttcttgttatgatcattatagattacaatacagtgacatgtttaatgtagaatgttatatgagagaaaatcctttaaaatttgttatgaatccatcaaatgtaaaaacagctagaagactttgtaaatttcttgagaacagttatgaatttagaaaagaaagtttgaaaattgattaacttagatgtgtcttcatatcaacaacagagctgtatttaacaactgacattgtcaaatccattgtgtccct-------T--TATAAGAATGTATCAAATGTAA-----AAA------CAGCTA----GA-AA-----ACTTTGTAA-ATTTCTTAA--AAAC----AGTTAC-GAAT----TCAGAAAA---A-----A-AAAAG--ATTGAAAAATTT------ATTA--ACC------TAGATGTGT-----A---------------------AGTAGCTGTA--TTT-AACAAATGACATTGT-CAAAACC---ATT---GT---GTC---CCTCAT--CTTG--TAATAT-GTGT-AATCATTCTGATTAG-T---------TGTAATTC
gi|6 : gtccgacttacgaacgaatttagattgtacataatatgagatttaatgatatcttatgaaatcaatttaattaatcatgacttagtttggcagatatcTTG---TAATA-TGTGTAA-TCATTCTG-AT---TAGT---------TGTAATTCACTGACCTATATGTCTATTATAG-ATGGTGCT-TC----AATAGAAATTCA-TCTCATactgacctatatgtctattatagatggtgcttcaatagaaattcatctcatc
gi|6 : gtccgacttacgaacgaatttagattgtacataatatgagatttaatgatatcttatgaaatcaatttaattaatcatgacttagtttggcagatatcttataagaatgtatcaaatgtaaaaacagctagaaaactttgtaaatttcttaaaaacagttacgaattcagaaaaaaaaaagattgaaaaatttattaacctagatgtgtaagtagctgtatttaacaaatgacattgtcaaaaccattgtgtccctcatc-TCA--CTG-AC---CTAT------------A------TG-TCTA-------T-TATAG-ATGGTGCT-TC----AATAGAAATTCA-TCTCATc
gi|7 : gtccgacttacgaacgaatttagattgtacataatatgagatttaatgatatcttatgaaatcaatttaattaatcatgacttagtttggcagatatcttataagaatgtatcaaatgtaaaaacagctagaaaactttgtaaatttcttaaaaacagttacgaattcagaaaaaaaaaagattgaaaaatttattaacctagatgtgtaagtagctgtatttaacaaatgacattgtcaaaaccattgtgtccctcatcttgtaatatgtgtaatcattctgattagttgtaatCG--TGTATGCTATTCAT-TAA-CAGTTT-T---C-GAAA-TGAA-G-AACAATTTTGTGTTA--T------------------GGCCATTATAGATTACAATCCAG------TGACATA-CTTAA-TG-TA-G-AATA--------------------AT--TCC---TTTTAAAATCT--------T--T-T--GAA--CATCAAATGTAA-----AAA-------A--TA----GA-AG-----ACTTTGT----TT--------GAA---------AT----T----TTAG--AA---A-----A-GAAA---TTTG-A----------------------------AGATGTGTCTTTCATAGT--------AACA---ACAT-AGTTGTAAGTTTAAACAATGGACATTGTCCAAATCC---ATT---GT---GT----CCTCA-TCTTTG--T-AT-TGGTGTAAATCA--CTGATTTGTT---------TGT-ATTTATGACTATAc
gi|8 : atTAA-----AAA------CAGCTA----AA-AG-----ACTTTGTAC-ATTTCTTAA--GAAC----AGGTGT-GAAT----TTAG--AA---A-----G-GAAAA--TTTG-AAAAGTT------AT------T------TAGCTG----------ATT--------AA----------AATTATG--T-----CAA--------AT-CCAAT-----ATT---GG---GTC---CCTCATTCTTTG--T-AC-A-GTG----------------------------TGT-ATT-----ATGTAATT----ACA----TTG---TA-C--TG---AT-TTA--CTGTATTCATTAC---------TATA------TA-CCGA-------AGTATAATATGGTGCTGTC----AAT--AAATTCA-T-TCATTCtgt
gi|9 : aaaatgtttagattgatcaatcatttttttaaattctatttttatttattattaaagatggttatggaTT-A-AAGATAGATCAGAAAATTCCTCTT----TGACC-AAATT----------AAATAAAATCAAATAAATTGCTCT-TTCACTT-CATACTGGAACAGGAAAAC--------CCCCCAGTGCCAGGTAGAGGACAAACG--TGTATACTA--AAGGGAAAC----------------ATGAACG-AACA-TTTTGTATTA--TATATGTTCTCGAT---ATG-TCA-TATA-ATTACAATACAG------TGAAATA-TTTAA-TGATAGG-AATGTT-A--------TATGAGA-ATA---------T-A-----------------TAT--GAAT-CATCAAA
blockSeqs : C T . . T T . CC T . . T . . N NNNNNNGATGAATACATCTTGTTCACAAGATA AG AAAAGA T T ATA TA CAAG . GCATGTGTACA T C . A . T AC G AGG A G CG C T CA C . A . A TT . T . . . A G G . TACTATAG G TAATCC T AACAACA TA AA TTTTT AAACCC CTAT G ATAAT . A . TGAT C GAAT AA TTT CTGCT G CC A AGGCCTAATTAACT CT AGTTGTAA . T T AG AA AC T C ATT . TGC CCT TA A A G TAATCATTC TATTTATGAC A CT G . T C . A ATTGTGTAAA TT T TCA ATTTATGAC ATTCAC GA TATGTCTA AT AATT AG T C
blockSeqs : . CT T . . T . . A ATACAAAATTA AA AAAANA . . C TA . . AAATAAAAT . T . G . T AA A . G . . C T T . . . . . TT . T . . . . . . . . G TAATAC . . . . . . TAT . . . A . . . . . . . . . . TATAAACTTACATG T . . . G . A AC A . . . . . . . . . TAAATCAC TT . CC G . T C . . ATGTGTAA A . . . . T T G . AG . C
blockSeqs : . . T . . C . . T CCACATAATTG AA CTGTCG . . A TA . . G . T . G . T AC G . G . . C T T . . . . . AT . T . . . . . . . . G TAATAC . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . GATTAACT G . . . G . A AC A . . . . . . . . . TAAATCAC C . CC G . T C . . TGTGTAA . . . . . G C G . . . .
blockSeqs : . TCTGCC . . A CT . . A . T . T . G AC G . G . . C T T . . . . . TC . T . . . . . . . . A AAATCC . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . AATTAACC C . . . G . A AC T . . . . . . . . . TAATCAA T . TA C . A C . . TGTAT . . . . . G G . . . . .
blockSeqs : . . A T . . A . T . T . T . G . A . . C T T . . . . . TT . T . . . . . . . . G TTCC . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . GATTAACT C . . . T . A AA A . . . . . . . . . TTTA T . . A . . . . TGAT . . . . . T G . . . . .
blockSeqs : . G . . . . T . . . . . TC . . . . . . . . . . . GG . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . TATTAACC C . . . G . A AT A . . . . . . . . . AC T . . . T . . . . . G G . . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . . . . . . . . . . TA . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . TATT C . . . G . A A A . . . . . . . . . . . . . . . . . G T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G G . . . G . . . . . . . . . . . . . . A A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . A . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqCons : NNAACA A** TA AC T**** ** TT *** ****** TAATNC*** ** **** ** NATTAACT************** C* *** A* AC *** TAATCAC*** **** ***
originalCons : TTGGATGTATCGCACAANACTCTGANAGATAAAATTACAGAGGAACACTGCNCNTGCA-----AAATTTCCGATCAACTGAAAAATATA--TC-AAATAATAATATCGGGAAATTAACATTTTAT-AGCAGTATAGTTAGTCTAAA-TGAAANTAAACCGCA--------ACA--TACTT------AAAAT--TTTGCAAAAAAAACATT-A-AAGA--AATCAGAAAGATCTATCT----TGACC-AAATT----------A--------CGAATAAGT-GCTCA-TNCACTT-CATATTGAAACAGGAAGATACTCAAGACCTCCAGTGCC---TAGA-GACAAACG--TGTATGCTATTCATGTAAACAGTTTAT---T-GAAAATGAA-G-AACA-TTTTGTGTTA--TAT-TGTCCTCGTT---ATGATCATTATAGATTACAATACAG------TGACATA-TTTAA-TG-TA-G-AATGTT-A--------TATGAGAGATAATCC---TTT-AAAATCTG-------T--TAT--GAATCCATCAAATGTAA-----AAA------CAGCTA----GA-AG-----ACTTTGTAA-ATTTCTTAA--GAAC----AGTTAT-GAAT----TTAG--AA---A-----A-GAAAG--TTTG-AAAATTN------ATTA--ACT------TAGATGTGTC-TTCATATT--------AACA---ACAG-AGTTGTA--TTT-AACAACTGACATTGT-CAAATCC---ATT---GT---GTC---CCTCATTCTTTG--T-AT-T-GTGT-AATCA--CTGATTTG-T---------TGT-ATTCNTAGGTATAATG----GCATTCTTTG---TA-T--TGTGTAA-TCA--CTG-AT---TTGT---------TGTA------TG-CCTA-------GGTATA--ATGGTGCTGTC----AAT--AAATTCA-T-TCATTC
finalCons : TTGGATGTATCGCACAANACTCTGANAGATAAAATTACAGAGGAACACTGCNCNTGCA-----AAATTTCCGATCAACTGAAAAATATA--TC-AAATAATAATATCGGGAAATTAACATTTTAT-AGCAGTATAGTTAGTCTAAA-TGAAANTAAACCGCA--------ACA--TACTT------AAAAT--TTTGCAAAANNAACATT-A-AAGA--AATCAGAAAGATCTATCT----TGACC-AAATT----------A--------CGAATAAGT-GCTCA-TNCACTT-CATATTGAAACAGGAAGATACTCAAGACCTCCAGTGCC---TAGA-GACAAACG--TGTATGCTATTCATGTAAACAGTTTATT----GAAAATGAA-G-AACA-TTTTGTGTTA--TAT-TGTCCTTGTT---ATGATCATTATAGATTACAATACAG------TGACATA-TTTAA-TG-TA-G-AATGTT-A--------TATGAGAGATAATNC---TTT-AAAATCTG-------T--TAT--GAATCCATCAAATGTAA-----AAA------CAGCTA----GA-AG-----ACTTTGTAA-ATTTCTTAA--GAAC----AGTTAT-GAAT----TTAG--AA---A-----A-GAAAG--TTTG-AAAATTNATTAACT--------------TAGATGTGTC-TTCATATT--------AACA---ACAG-AGTTGTA--TTTA-ACAACTGACATTGT-CAAATCC---ATT---GT---GTC---CCTCATTCTTTG--T-AT-T-GTGTAATCAC---TGATTTG-T---------TGT-ATTCNTAGGTATAATG----GCATTCTTTG---TA-T--TGTGTAA-TCA--CTG-AT---TTGT---------TGTA------TG-CCTA-------GGTATA--ATGGTGCTGTC----AAT--AAATTCA-T-TCATTC
Alignments
lowQualScore : 1 11 22222 11 11 1 1 1 999999999999999999999999999999999999 222222 111 1111 4444444444444444444 111 111111 11111111 111 1111111 111111 1111 3333333333333333333333 11111111 1111111111 22222222222 1111 111 1111111111 11 111111111 111111 11111111 11 11
lowQualScore : 1 1 5 88 1 1 55555 33 3 33 0 7 0 0 0 1 999999999999999999999999999999999999 11 111111 8 111 55 4444 6 6666666666666666666 6 1 6 1 6 3 99 1 000 1 5 66 4 2 0 99999 4 4 5 66 5 66 5 666666 5 5 5 5 5 0 5 88888888 1 6 0 2 555 0 3333333 55 0 55 0 99999 000000 0 4444 3 99999 3 3 55 7777 3 9999 44 555 77777 3 88 3 0 5555555555555555555555 6666 22222222 555 3 1 55 77 44 2 4 777 777 777 777 66 5 5 5 3333333333 0 0 00000000000 5 55 1 7777 3 2 000 5 3333333333 00 4 777 666666666 000000 55 88888888 33 8888 11 4 8
lowQualScore : . . . .. . . ..... .. . .. . . . . . . .................................... .. ...... . ... .. .... . ................... . . . . . . .. . ... . . .. . . . ..... . . . .. . .. . ...... . . . . . . . ........ . . . . ... . ....... .. . .. . ..... ...... . .... . ..... . . .. .... . .... .. ... ..... . .. . . ...................... .... ........ ... . . .. .. .. . . ... ... ... ... .. . . . .......... . . ........... . .. . .... . . ... . .......... .. . ... ......... ...... .. ........ .. .... .. . .
lowQualScore : 0 0 5 00 0 0 00000 00 2 88 0 0 0 2 0 0 888888888888888888888888888888888888 88 444444 0 888 22 2222 7 8888888888888888888 7 7 7 0 7 2 88 0 000 7 7 99 5 0 1 22222 4 4 0 99 0 99 0 444444 7 0 0 0 0 2 0 11111111 4 6 1 8 666 2 0000000 55 8 55 4 11111 555555 2 1111 6 11111 6 5 00 1111 3 6666 22 444 77777 1 55 1 5 8888888888888888888888 6666 11111111 888 6 6 55 22 88 3 0 000 000 000 000 99 0 0 0 9999999999 1 2 99999999999 0 00 0 0000 5 5 000 7 7777777777 66 4 888 000000000 555555 66 77777777 55 5555 00 0 0
consensus : TTGGATGTATCGCACAANACTCTGANAGATAAAATTACAGAGGAACACTGCNCNTGCA-----AAATTTCCGATCAACTGAAAAATATA--TC-AAATAATAATATCGGGAAATTAACATTTTAT-AGCAGTATAGTTAGTCTAAA-TGAAANTAAACCGCA--------ACA--TACTT------AAAAT--TTTGCAAAANNNNCNTT-AAAGA--AATCAGAAAGATCTATCT----TGACC-AAATT----------A--------CGAATAAGT-GCTCA-TNCACTT-CATATTGAAACAGGAAGATACTCAAGACCTCCAGTGCC---TAGA-GACAAACG--TGTATGCTATTCATGTAAACAGTTTAT---T-GAAAATGAA-G-AACA-TTTTGTGTTA--TAT-TGTCC--TCGTTATGATCATTATAGATTACAATACAG------TGACATA-TTTAA-TG-TA-G-AATGTT-A--------TATGAGAGATAATNC---TTTAAAATCTG-------T--TAT--GAATCCATCAAATGTAA-----AAA------CAGCTA----GA-AG-----ACTTTGTAA-ATTTCTTAA--GAAC----AGTTAT-GAAT----TTAG--AA---A-----A-GAAAG--TTTG-AAAATTN------ATTA--ACT------TAGATGTGTCTT-CATATT--------AACA---ACAG-AGTTGTA--TTT-AACAACTGACATTGT-CAAATCC---ATT---GT---GTC---CCTCATTCTTTG--T-AT-T-GTGT-AATCA--CTGATTTG-T---------TGT-ATTCNTAGGTATAATG----GCATTCTTTG---TA-T--TGTGTAA-TCA--CTG-AT---TTGT---------TGTA------TG-CCTA-------GGTATA--ATGGTGCTGTC----AAT--AAATTCA-T-TCATTC
Reference ( family-1248 ) : TTGGATGTATCGCACAANACTCTGANAGATAAAATTACAGAGGAACACTGCNCNTGCA-----AAATTTCCGATCAACTGAAAAATATA--TC-AAATAATAATATCGGGAAATTAACATTTTAT-AGCAGTATAGTTAGTCTAAA-TGAAANTAAACCGCA--------ACA--TACTT------AAAAT--TTTGCAAAANNAACATT-AAAGA--AATCAGAAAGATCTATCT----TGACC-AAATT----------A--------CGAATAAGT-GCTCA-TNCACTT-CATATTGAAACAGGAAGATACTCAAGACCTCCAGTGCC---TAGA-GACAAACG--TGTATGCTATTCATGTAAACAGTTTAT---T-GAAAATGAA-G-AACA-TTTTGTGTTA--TAT-TGTCC--TTGTTATGATCATTATAGATTACAATACAG------TGACATA-TTTAA-TG-TA-G-AATGTT-A--------TATGAGAGATAATNC---TTTAAAATCTG-------T--TAT--GAATCCATCAAATGTAA-----AAA------CAGCTA----GA-AG-----ACTTTGTAA-ATTTCTTAA--GAAC----AGTTAT-GAAT----TTAG--AA---A-----A-GAAAG--TTTG-AAAATTN------ATTA--ACT------TAGATGTGTCTT-CATATT--------AACA---ACAG-AGTTGTA--TTT-AACAACTGACATTGT-CAAATCC---ATT---GT---GTC---CCTCATTCTTTG--T-AT-T-GTGT-AATCA--CTGATTTG-T---------TGT-ATTCNTAGGTATAATG----GCATTCTTTG---TA-T--TGTGTAA-TCA--CTG-AT---TTGT---------TGTA------TG-CCTA-------GGTATA--ATGGTGCTGTC----AAT--AAATTCA-T-TCATTC
gi|1 : TTAGATATATCGCACAAAACTTTGAAAAATAAAATTACAAAGAAACATTATACATGTAGTCACAAATTTGTGAACAACTGAAAAA-ACACTTCTAAGTCA-AGGCTCTGGAAATTGACTTTTTATTGGTAAAATAGTAAATTTAAAATGATACAAATCTGCA--------ACAACTACTT------AAAAC--TTTTCATAAAAAA-----AAAG-----TCAGAAAGATC-ATCT----TAACCAAAATT----------A--------AGAATTAGT-GC-CATTTCAATTACATAT--GAACTGGGAGAT--------------GT-CC---TA-A-GAAAAACG--TACTTGTCACGCATGCATACCGATTATTCAT-GAAGACGAA-ATATCA-CTTTTTGTTCTTTAT-TGTCCAGTTTTAATGATCA-TACAGATTAT-GTACAGCAATAATGAAATATTTTAATTG-T--G-AATGCTAA--------TATAACAGAACATCCATATTGGAAATTTG-------T--T-----AACCC-CCAAGAATAG-----AAA------TTGCTC----GA-AA-----AATATGTAATTTTTTTTAAATGAGT----GTTTTT-AAATA---CCAG--AA---A-----A-GAAAAACTCCA-AATATTA------ATGAATACT------TAAATGTA------AGATT--------ACCATATACAG-GGTT
gi|10 : aatcatatatatatctattaatgaacgggtcattccctttatattctacttgtgatatgaaaatatgttcaaattttattcagactggacgaaattaagagtctatgaaataacttagcgaaccaaaaactagaatatctgcatttaaagaagacaaaaacttggctctagaatatcatggcaaagaaaatgttttactaccaagaaaaattatcccaactttctTCATATGTAA-----AAAAAACCCCAGCTACTATAT-AG-----ACTTTGCAA-ATTTCTTAA--GAAC----AGTTAT-GAAT----TTAG--AA---A-----A-GAAAG--TTTT-AAAATTG-------------------------TGTGTTGA-TATATT--------AACA---ACAA-AATT-TA--TTT---CA-CTGACTTTGT-CAAATTC---ATTAATGT---GTC---CCTCATTCTTTG--T-AT-T-ATGT-AATTA--CTGATTTG-T---------TGT-GTTTATGACTATAATATTATACATT-TCTGACATT-T--TCTCTAA---A--CTT-AT---TTTC---------TGTA------Tttcacctaatatatgttacat
gi|11 : TG-------T--TAT--GAATCCATCAAATGTAATTTTTAAA------CAG-TA----GA-AG-----ACTTTCTGA-ATTTCC--A--GT-C----AGTTAT-GAATGAATTTAG--AATTTA-----A-GAAAA--TTTG-AAAATTAGGCCTAATTA--ACT------TAGAAGTGTGTT-CATATT--------AACA---ACAG-AATTTTA--ATT---CAACTGACTATGT-CAAATCCATTATT---GT---GTC---TCTCATTC
gi|12 : AT----TTAG--AA---A-----A-GAAAG--TTTG-AAA----------------------------------CTT-CATATT--------AACA---ACAG-AGTTGTA--TT--AACAACTGACATTGT-CGAATCC---ATT---GT---GTCCCTCCTCATTCTTTG--T-AT-T-GTAT---TTA---TGA-----C---------TGT-ATGCTTAGGTATAATG----G
gi|12 : CATTCTTTG---TA-T--TGTAT---TTA---TG-AC---T-------------GTA------TG-CTTA-------GGTATA--ATGGTGCTGTC----AAT--AGATTTA-T-TCtgctgtcaatagatttattcgatc
gi|13 : atttagaaaagaaagtttgaaacttcatattaacaacagagttgtattaacaactgacattgtcgaatccattgtgtccctcctAAAGAGCTATTT----TGACC-AAATT----------G--------TGAATAAGT-GCCAA-TACACTT-TATATTGAAACAGGGGGATACTCAAGACCTCCAGTGTC---CAAA-GACAAACA--TGTATG-------------CAGTTGAT---T-GAAAATGAA-G-Agatc
gi|14 : aagaaaaaagattataaacacttct-CAAATCC---ATT---GT---TTC---CCTCATTCTTTGTAT-AT-T-GTGTAAATCA--CTGATTTG-T---------TTT-ATT
gi|14 : CATTCTTTG---TA-TATTGTGTAAATCA--CTG-AT---TTGT---------TTTA------T---TTA--------------------GCTGTC----AAT--AAATTCA-T-tagctgtcaataaattcattt
gi|15 : caaatccattgtttccctC----AGTTAT-GAAT----TTAG--AA---A-----A-GAAAG--GTTG-AA----------------------------GATGTATCTT-CATAGT--------AACA---ACAT-AGTTGTA--TTT-AAt
gi|16 : ATGTAAACAGTTTAT---T-GAAAATAAA-G-AACA-TTTTGTATTT--TAT-TGTCC--TTGTTATGATCA
gi|17 : A-TCAA-CTG-AT---TTGT---------TGTA------TT-TATA-------TGTATA--ATGGTGCTGTCAATTAAT--AAATTAA-T-TCA
gi|18 : ---------TATA------TG-CTAA-------CGTATA--ATGGTGCTGTC----AAT--AAATTCA-T-TCA
gi|19 : A------TG-CCTA-------GGTATA--ATGGTGCTGTT----AAT--ACATTCATT-TCAT
gi|2 : TTGGATGTATCATATAACACTCTGATAGATAAA-TTA--GAGGAACACTGCTCTTGCA-----AAATTTCCGATCAGCTGAAAAATATA--TC-AAATAATAATATTGGAAAATTAACATTTTAT-AGCAGTATAGTTNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNGATGAATACA--T-CTTGTTCACAAGATA-TTTGAAAAAAAAANATT-AAAGA--AATCAGAAAGATCTATCT----TGATC-AAATT----------A--------CGAATAAGT-GCTCA-TGTACTT-CATATTGAAACAGTAAGACAATCAAGGCCCCCAGTACC---TAGA-GACAAACG--TGTATGCTATTCATGTAAACAGTCTAT---T-GAAAATGAA-G-AACA-TTTTGTGTTA--TAT-TGTCC--TTGTTATGATCATTATAGACTAAAATACAG------TGACATA-TTCAA-TG-TA-G-AATATT-A--------TATGAATGATAATCC---TTTAAAATCTG-------T--TAT--GAATCTATCAAATGTAA-----AAA------CAGCTA----AA-AA-----TCTTTGTAT-ATTTCTT-A--GAAA----AGTTAT-AAAT----TTAG--AA---A-----A-GAAAG--CTTG-AAAATTG------ATTA--ACT------TAGATATGTCTC-CATATT--------AAGA---ATAG-AGTTGTA--TTT-AACAACTGACATTGT-GAAATAC---ATT---GT---GTC---CCTCATTCTTGG--T-AT-T-GTGT-AATCA--ATGATTTG-T---------TGT-ATTCCTAGGTATAATG----GCATTCTTTG---TA-T--TGTGTAA-TCA--CTG-AT---TTGT---------TGTA------TT-CCTA-------GGTATA--ATGGTGCTGTT----GAT--AAATCCA-T-TCATTC
gi|3 : GCA-----AACTTTCTGATCAACTGAAAAATATA--TC-AAATAATAATATCGGGAAATTAAGATTTTAT-AACAGTATAGTTAGTCTAAA-TGAAAATAAA---------------A--TAC--------AAAATTATTTGC--AACTGTCGTT-AAAGA--AATCAGAAAGATCTATCTCAAGTGACC-AAATT----------A--------CGAATAAGT-TCTCA-TGCAC-T-CATATTGAAACAGGAAGATACTCAAGACC
gi|3 : TCAAGACCTCCAGTGCC---TAGA-GACAAACGCGTGTATGCTATTCATGTAAACAGTTTAT---T-GAAAATGAA-G-AACA-TTTTGTGTTA--TAT-TGTCC--ATGTTATGATCATTATAGATTACAATACAG------TGACATA-TTTAA-TG-TA-G-AATGTT-ATACTATAGTATGAGAGATAATAC---TTTAAAATCTG-------T--TAT--GAACCCATCAAATGTNG-----GAA------T-GTTATAT-GAGAGATAATACTTTA-AG-ATATGTTAT--GAAC------CCATCAAAT----GTAA--AA---ACTGCTA-G-AAGCCTTTG-TAAATTT------CTTA--Annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcaagacctccagtgcctagagacaaacgcgtgtatgctattcatgtaaacagtttattgaaaatgaagaacattttgtgttatattgtccatgttatgatcattatagattacaatacagtgacatatttaatgtagaatgttatactatagtatgagagataatactttaaaatctgttatgaacccatcaaatgtnggaatgttatatgagagataatactttaagatatgttatgaacccatcaaatgtaaaaactgctagaagcctttgtaaatttcttaagaacagtaatgaatttagaaaagaaagtttgaaaattaattaacctagatgtgtcttcatattaaca
gi|3 : gcaaactttctgatcaactgaaaaatatatcaaataataatatcgggaaattaagattttataacagtatagttagtctaaatgaaaataaaatacaaaattatttgcaactgtcgttaaagaaatcagaaagatctatctcaagtgaccaaattacgaataagttctcatgcactcatattgaaacaggaagatactcaagaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaAA-TG-TN-GGAATGTT-A--------TATGAGAGATAATAC---TTTAAGATATG-------T--TAT--GAACCCATCAAATGTAA-----AAA------CTGCTA----GA-AG-----CCTTTGTAA-ATTTCTTAA--GAAC----AGTAAT-GAAT----TTAG--AA---A-----A-GAAAG--TTTG-AAAATTA------ATTA--ACC------TAGATGTGTCTT-CATATT--------AACA---gaacagtaatgaatttagaaaagaaagtttgaaaattaattaacctagatgtgtcttcatattaaca
gi|4 : gcaaactttctgatcaactgaaaaatatatcaaataataatatcgggaaattaagattttataacagtatagttagtctaaatgaaaataaaatacaaaattatttgcaactgtcgttaaagaaatcagaaagatctatctcaagtgaccaaattacgaataagttctcatgcactcatattgaaacaggaagatactcaagaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcaagacctccagtgcctagagacaaacgcgtgtatgctattcatgtaaacagtttattgaaaatgaagaacattttgtgttatattgtccatgttatgatcattatagattacaatacagtgacatatttaatgtagaatgttatactatagtatgagagataatactttaaaatctgttatgaacccatca-----AAATTT---ATCAACTGAAAAATATA--TC-CAATAACAATATCGAAAAATGAACATTTTAT-AGCACTATAGTTAGTCTAAA-TGAATTTAAACC-----------ACA--TAATT------G------TTTGCAAGATCTGCCTTTAAAGA--AATCAGAAAGAGCT---T----TGACC-AAATTGCATGTGTACA--------CGAATAAGT-GCTCA-TTCACTT-CATATGGAAACAGGAAGATACTCAAGACCTCCGGTGCC---CAGG-GACAAACG--TGTGTGCTATTCATGTAAACAGTGTAT---T-AAAAATGAA-G-AACA-TTTT-TATTA--TAT-AATCC--TCGTTCTGATCATTATAGATAACAATACAG------CGACATA-TTTAA-TG-TA-G-ACTATT-A--------TATGAGAAA----GG---TTTAAAGACTGAACAACATTATAT--GAATCCATCTAATGTAA-----AAA------TAGCTA----GA-G-----------GTAA-ATTTCCTAA--GAACTGATAAATAT-GAGT----TTAG--AA---A-----AGGAAAA--TTTG-AAAATTT------ATAA--ACTTACATGTAGATGTGTGTT-CATATTAGTTGTAAAACA---ACAG-GATTTTA--TTT-AACA---GACTATGT-CTAATCC---ATT---GTTGCGTC---TCTCAT
gi|5 : tcatctttggatatatataccacatttataattctgataaat---TAAA-GAAAAACA---GTCAG-TATTGATATAAACAGTTTAT---CAGAAAATGAA-G-AACA-TTTTGTGTTA--AAT-TGTTC--TTGTTATGATCATTATAGATTACAATACAG------TGACATG-TTTAA-TG-TA-G-AATGTT-A--------TATGAGAGAAAATCC---TTTAAAATTTG-------T--TAT--GAATCCATCAAATGTAA-----AAA------CAGCTA----GA-AG-----ACTTTGTAA-ATTTCTTGA--GAAC----AGTTAT-GAAT----TTAG--AA---A-----A-GAAAG--TTTG-AAAATTG------ATTA--ACT------TAGATGTGTCTT-CATATC--------AACA---ACAG-AGCTGTA--TTT-AACAACTGACATTGT-CAAATCC---ATT---GT---GTC---CCTCAATCTCTG--T-AT-T----------A--CTGATTTG-TATTTATGACTAT-ATGCCTAGGTATAATG----G
gi|5 : agaattCAATCTCTG---TA-T--T---------A--CTG-AT---TTGTATTTATGACTATA------TG-CCTA-------GGTATA--ATGGTGCTGTC----AAT--AAATTCA-T-TCATtgctgtcaataaattcattcat
gi|6 : agaatttaaagaaaaacagtcagtattgatataaacagtttatcagaaaatgaagaacattttgtgttaaattgttcttgttatgatcattatagattacaatacagtgacatgtttaatgtagaatgttatatgagagaaaatcctttaaaatttgttatgaatccatcaaatgtaaaaacagctagaagactttgtaaatttcttgagaacagttatgaatttagaaaagaaagtttgaaaattgattaacttagatgtgtcttcatatcaacaacagagctgtatttaacaactgacattgtcaaatccattgtgtccct-------T--TATAAGAATGTATCAAATGTAA-----AAA------CAGCTA----GA-AA-----ACTTTGTAA-ATTTCTTAA--AAAC----AGTTAC-GAAT----TCAGAAAA---A-----A-AAAAG--ATTGAAAAATTT------ATTA--ACC------TAGATGTGT-----A---------------------AGTAGCTGTA--TTT-AACAAATGACATTGT-CAAAACC---ATT---GT---GTC---CCTCAT--CTTG--TAATAT-GTGT-AATCATTCTGATTAG-T---------TGTAATTC
gi|6 : gtccgacttacgaacgaatttagattgtacataatatgagatttaatgatatcttatgaaatcaatttaattaatcatgacttagtttggcagatatcTTG---TAATA-TGTGTAA-TCATTCTG-AT---TAGT---------TGTAATTCACTGACCTATATGTCTATTATAG-ATGGTGCT-TC----AATAGAAATTCA-TCTCATactgacctatatgtctattatagatggtgcttcaatagaaattcatctcatc
gi|6 : gtccgacttacgaacgaatttagattgtacataatatgagatttaatgatatcttatgaaatcaatttaattaatcatgacttagtttggcagatatcttataagaatgtatcaaatgtaaaaacagctagaaaactttgtaaatttcttaaaaacagttacgaattcagaaaaaaaaaagattgaaaaatttattaacctagatgtgtaagtagctgtatttaacaaatgacattgtcaaaaccattgtgtccctcatc-TCA--CTG-AC---CTAT------------A------TG-TCTA-------T-TATAG-ATGGTGCT-TC----AATAGAAATTCA-TCTCATc
gi|7 : gtccgacttacgaacgaatttagattgtacataatatgagatttaatgatatcttatgaaatcaatttaattaatcatgacttagtttggcagatatcttataagaatgtatcaaatgtaaaaacagctagaaaactttgtaaatttcttaaaaacagttacgaattcagaaaaaaaaaagattgaaaaatttattaacctagatgtgtaagtagctgtatttaacaaatgacattgtcaaaaccattgtgtccctcatcttgtaatatgtgtaatcattctgattagttgtaatCG--TGTATGCTATTCAT-TAA-CAGTTT-T---C-GAAA-TGAA-G-AACAATTTTGTGTTA--T-----------------GGCCATTATAGATTACAATCCAG------TGACATA-CTTAA-TG-TA-G-AAT-----------------------AATTCCT-TTTAAAATCT--------T--T-T--GAA--CATCAAATGTAA-----AAA-------A--TA----GA-AG-----ACTTTGT--------TT----GAA---------AT----T----TTAG--AA---A-----A-GAAA---TTTG-AA----------------------------GATGTGTCTTTCATAGT--------AACA---ACAT-AGTTGTAAGTTTAAACAATGGACATTGTCCAAATCC---ATT---GT---GT----CCTCA-TCTTTG--T-AT-TGGTGTAAATCA--CTGATTTGTT---------TGT-ATTTATGACTATAc
gi|8 : atTAA-----AAA------CAGCTA----AA-AG-----ACTTTGTAC-ATTTCTTAA--GAAC----AGGTGT-GAAT----TTAG--AA---A-----G-GAAAA--TTTG-AAAAGTT------AT------T------TAGCTG----------ATT--------AA----------AATTATG--T-----CAA--------AT-CCAAT-----ATT---GG---GTC---CCTCATTCTTTG--T-AC-A-GTG----------------------------TGT-ATT-----ATGTAATT----ACA----TTG---TA-C--TG---AT-TTA--CTGTATTCATTAC---------TATA------TA-CCGA-------AGTATAATATGGTGCTGTC----AAT--AAATTCA-T-TCATTCtgt
gi|9 : aaaatgtttagattgatcaatcatttttttaaattctatttttatttattattaaagatggttatgga--TTTGCAAACTGCTCTTT-AAAGATAGATCAGAAAATTCCTCTT----TGACC-AAATT----------AAATAAAATCAAATAAATTGCTCT-TTCACTT-CATACTGGAACAGGAAAAC--------CCCCCAGTGCCAGGTAGAGGACAAACG--TGTATACTA--AAGGGAAAC----------------ATGAACG-AACA-TTTTGTATTA--TATATGTTC--TCGATATG-TCA-TATA-ATTACAATACAG------TGAAATA-TTTAA-TGATAGG-AATGTT-A--------TATGAGA-ATA---------TA-----------------TAT--GAAT-CATCAAA