lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 4 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11 11111 333333333 11 555555555555555555555555555 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 99999999999 22 1 4 1 11 2 4444444444444444 11 1111111111111111111 22 55 222222 2 444 1 77777 11 444444444 222 1 6666666666 2 2 1111111 0000000000000000000000000000000000000000000000000 333333333 2222222 111111 1111 1
lowQualScore : 0 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 0 88 5 8888 22222 777 4 777 0 6 7 666666666 3 66 77 33 666666666666666666666666666 2 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2 4 4 11111111111 55 6 6 5 0 5 22 6 6 0 8888888888888888 99 8888888888888888888 22 55 999999 4 0 555 3 55555 88 444444444 333 5 7777777777 88 3 0 0 8888888 5 55 5 3 0000000000000000000000000000000000000000000000000 3 000000000 777 2 5555555 77 77 222222 5 5 4444 0
lowQualScore : . ......................................................... . .. . .... ..... ... . ... . . . ......... . .. .. .. ........................... . ................................................................................................................................................................................................................. . . . ........... .. . . . . . .. . . . ................ .. ................... .. .. ...... . . ... . ..... .. ......... ... . .......... .. . . . ....... . .. . . ................................................. . ......... ... . ....... .. .. ...... . . .... .
lowQualScore : 0 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 8 88 0 5555 22222 000 4 888 7 4 4 666666666 1 99 44 44 888888888888888888888888888 2 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 5 0 0 00000000000 55 0 0 0 0 0 00 0 0 0 7777777777777777 00 5555555555555555555 55 00 000000 0 0 000 3 77777 33 777777777 333 0 0000000000 55 0 0 0 2222222 0 22 0 8 2222222222222222222222222222222222222222222222222 7 999999999 888 6 9999999 99 99 666666 7 7 2222 6
consensus : ATGAGGAATGCTT---AATATGANNTGATC-TATTGATAACACAAAAGT-GATGT---AA-CG---NTGAATCAG--TA-TCACAACCACTAAT----GAT----AA---TTACAGTCATTA---ACAGTTCAAGGTCACCCA-AGT-TC-AATATC--TAGTGTGCC-CCCNACGA---------GC-----------ACCAATGACTGCCTGA----CAACGGATA--------C-C-T---CATGGACGCAATTAGATCTCT---ATAGAAAAT---T-TCC-AGGGATGTTG-TTCCACTCTAA--TCC--AGAACTTTGG-TCAGTTGTTGC-GAGTCCGAGGCCGCGGCTGNCTTTGGCGGAT-----CATTCAGCGCGTCTTCACAATCTGGTCACAGGGCTTAAATCNGGTGAATATGGACGANCANGGAAGANCCCGGATATTGTGTCTTTGCAGAGCATCATAGCAACTGTTAGACAAGCAGTATGTGGTTTTGCGTTGTTATACTGGAATGCTGAATCGTACCCTGGGTACGATT-AA-ATT-A-T-ATAGTACCCNGGATA---CTCAAAAT-ATA---GTACCCNAGGAATT--CCGATGAGACTTTACGAGATNTACCTGATGCAGCGTGTGCTCCGGTAATTGTAG-GAGGAAAGNA-CATAGAGCAC--GTAA----ANC--ACAACA---AATATGGTAAGCGATTGGCGCGCAAGTTTAACTGTG--ATNGCCNCAAAGCGAGATTTGATATCAGGGTACTATTATAA--TTTA-AT-CGT-ACCCNGGGTACG-TTAAC-AAA-CGA--TTT------------GTA-C-A------T-TTAAACGTTCAAATA--------GTAC---CCNGGGTAC-----C-A--A--GAT----A-TAG-T-ACC----CAGGACGACAACGACC
Reference ( gi|1 ) : ATGAGGA-TGCTTCTTAGTATAATTTGATAAGATTGAGAAGACAAAAAT-GATGT---TA-CG---TTGGATCAG--TA-TCACAACCACTAAT----GAC----AA---TTACAGTCATCA---ACAGTTCAAGGTCATCCA-AGG-TCAAATATC--TAGTGCGCC-TCCAACAA---------GC-----------ACCAATAACTGCCTGA----CAATAAATA--------C-CATG--TATGGACACAATTAAATCTCTGTAATAAAAAATAAATGTCT-AGGGATGTTG-TCCCACTCTAAACTTC--AGAACTCTGG-CCAGTTGTTACAGACTTTGAGGCTTCAGTTGTCTTTGGTGGAT----CCATGC-GCGCATCCT---A---TGAT---------------TG-----T-TGGATGACCAAGGAAGAACCCGGATATTGTGTCTTTGCAGAAC-----A-----TGTTAGACGAGTAGTATGTGGTCTGGC-TTTTTATGTTGAAATACTGAAT-ATACCCTGGGTACACAT-AATATT-A-T-ATAGTACCCTGGATAAGGCGGAAAATAATAATCGTACCTC-GGAATTTTCCGATGAGACTTGGCAGAATTTACCTGATGCA-CGTGTGCTC-GCTAATTGTAG-GAGGAAG----CATAGAGCAT--GTAA----AGC--ACAACA---AATAGGGTAAGCGATTGGCGCGCAAATTAAAC-ATGTTATGACCACAAA-CGAGATTTG-TATCAGGGTACTATTATAA--TTTA-AT-CGT-ACCCAGGGTACG-TTAAC-AAA-CGA--TTT------------GTA-C-A------T-TTAAACATTCAAATG--------GTAC---CCAGGGTAC-----C-A--A--GAT----A-TAG-T-ACC----CAGGACGACAACGACC
gi|12 : ATGAGGAATGCTT---AATATGAAATGATC-TATTGATAACACAAAA-T-GATGTAAACA-CGGATTTTAATCAAACTA-TCACAACTACCAGT----GAT----AA---TTACAGCCAT
gi|11 : aacacacggcacaatttcatatagtcatctcaagatTAATTT-AT----TTGAGATGA--AAAGTCAATGT---AAATG---CTGAATCAA--TAATCAGAACCACTTAT----AAT----AA---TTACAATAATTA---ACAATTAAAGGTCACCCT-AAT-TC-ACTATC--TATTGTG-C-TCCCACGA---------GCTAT--------GTCAACGAATGTCTGA----C
gi|7 : ATTAATAACACAAAAG--GAT-T---AA-CA-------ATCAAA-TA-TCACAACCATTAAT----TAC----AA---TTAGGGTCATTA---ACAGTTCAAGGTCACCCT-AGT-TC-AATACC--TA----GCC-CCCA--------------C-----------CCCGAGA---GCCTGG----CAG-AGCTA--------CTCCT-----TGGACGCACTGAAGTCCCT---------AAGCACCGTTA-AAGAATGTTG-CTCCACTTTA
gi|6 : aataattgatttGATAATACAGAAAT-TATAT---AA-AA---ATGAA--AG--TA-TCACAACAACTAGT----GGT----AA---TTGCAATCATTA---ACA---CAA----ATTC---------AATATC--TAGTGTGCC-CCC-ACGA---------GC-----------ACCACTAACTGTCTGA----CA--AGAT---------C-TTTC--CATGGACGCAGTT-TATTTCT-------AAAAT--TTTTCC-AGGGACGTTG-TTCCAATCTTAA---C--AGAA---TGGACTAGTTGTTGC-------GAAG-------TGTC-TTGGCGGAT----GCAT
gi|15 : ATCAAGTTG-TCACTACCATAGAT----GCT----AA---TTACAGCCATTA---ATAGATCAAAACCA-CCG-AGATTCAAAT-TC--TAGTATGCTACCCACCAA----------------------ACTAGTGAATGCCTGA----GAAc
gi|9 : AG--TA-TCACAACCACTAAT----GAT----AA---TGACAGTCATGA---ACTGTTGAA-GTCACCCA-AGT-TCAAc
gi|8 : aaaaatgcatagtacaatttcatatccattgtaagacattagatatagttaatgattgatttattgataatactggattacttgtaataaG--TA-TCACATCCACTAATTAATGACTTCGAACTGTTAAATTAATGA---ACAGTTCGAGGTCACCTA-AGT-TC-AATATC--TAGTATACC--CCTACAA---------GC-----------ACCTATATCTGTCTTA----CAACGCCTT--------C-CA-----ATGGACGCAA--------CTGT-GTAGA---------------GAATGTTG-TTCCACTCTA
gi|10 : --TG-TCAAGACCACTACC----GAA----AT---TTACAGCCA-CG---AC----TAAAAACAT-----GA-------ATC--TAGTACACC-CCCTACAA---------GC-----------ACCAATGGCAGCCTGT----C-ATCGATATCGTCTTCC-TATA--TAAAGACACAATTAGGTCTTT-CAATAACAA-------TCT-A--GATGTTG-
gi|2 : aCACTATT----GAT----AA---ATACAGTCATTA---ACAATTTGAAGT-ACCCA-AAT-TCAA-TATC--CGGTTTGCC-CCCCACGATCACCAATGGCCCCTCACCATCACCAATGACTGCCTGA----C----AACG--------C-C-TGTCTATGGACGCAA-TAAAT-TCT---ATAGAGAAC---TGTCT-AGGGATGTT----TCACTTT-ATTTTC--AAAGCTTTGG-TCAATTATTGCAGAGTCCGA-GCCGCGGTGGCTTTTGGTGGAT-----------GCGCCTCTTCACA---TGATCACAGGGCTTAAATCTGGTGAAT-TGGATGAGCAAAGAAAATCCTAAATATTGTGTCTTTGCAGAGC-----AGCAACTGTTAGACAAGCAGTATGTGGTTTTGCGTTGTTATACTGGAATGCTG
gi|16 : TAAT----GAT----AT---CTACAGTCATCACCTACAGTTCttcagggatgctgcattatt
gi|4 : cgaagtatctagttAGTTCAAGATC--CCACACA-CTTGATATCTATAGTGTGCC-CCT----A---------GC-----------AC----AACTGCGTGAATGCCAGCGCGTA--------C-C-----CATGGACGCAATTTGATCTCT------AAAACT-----TCCAAGGGATGTTGATTTTTCTCTA---TCCGTAGAACTTTGG-TCCGAAGTTGCCGAGTCTAAGGCTGCAGCTGACTTTGGTGGATGGGCCCATTCAGTTTGTCTT---AATCTGGT---------------GA-----TATGGACGACCATGGAAGAACCCGGATATTGTGTCTTTATAGAACATCATA-----TGTTAGA--AGCAGTATGTGATtatatttcatacctcccccaagcaccttgactgtcaggcaacgccttcccttggaagcaatt
gi|18 : TAAAT-GTACCCTGGGTATGATT-AA-ATT-ATT-ATAGTACCC
gi|18 : AATCATACCCAGGGTACATTTAAACATTCA-A-ATAGTACCCAGGAT----CTCAAAAT-ATA---GTACCCA-GGAaacattcaaatagtacccaggatctcaaaatatagtacccaggacgac
gi|5 : gggtactataataatttTACCCTGGGTACGATT-AA-ATT-A-TAATAGAACCTT-GATAcgac
gi|3 : cgagatatacctgatgcacgtgtgctccgggaattgtaagaggaaagtacatagagcacgtaattaaagcacaacaagtatggtaagcgattggcgcgcaaatttaacgtgatcgccacaaacgagatttgCCTCAGGAATT--CCGATGAGACTTTACGAGATTTACCTGATACAGCGTGTGCTCCGGTAATTGTAGCGAGGAAGTACACATGGAGCATTAGTAA----CACTCACAACA---AATATGGTAAGCGATTGGCGCGCAAGTT--ACTATG--ATGGCCCCAAAGCGAGATTTGATATCAGGGTACTATTAT-A--TTTACGTCCGT-ACC--AGGT-CG-TTAACAAAA-CG---TTTAAATTACCCAGGGTA-C-A------T-TTAAACATTCAAAT---------GTACTCGCTAGGGTAC-----CAA--A--GAT----A-TAG-TAACCGCCGCAGGACG--AACGACCccttatcaaacgatttaattacccagggtgcaattaaacattcaaatagtacccagg
gi|5 : ATATACCTGATGCA-CGTGTGCTCCGGGAATTGTAA-GAGGAAAGTA-CATAGAGCAC--GTAATTAAAGC--ACAACA---AGTATGGTAAGCGATTGGCGCGCAAATTTAAC-GTG--ATCGCCACAAA-CGAGATTTG-TATCAAGGTTCTATTATAA--TTTA-AT-CGT-ACCCAGGGTACC-TTATC-AAA-CGA--TTTAATTACCCAGG-GTG-C-A------A-TTAAACATTCAAATA--------GTAC---CCAGGcc
gi|19 : cgagGCTCCGGTAATTGTAG-GAGGAAAGCA-CATAGAGCAT--GTAA----ACT--ACAACAGCAAATATGGTAAGCGATTGGCGCGCA
gi|5 : GGGTACTATTTGAATGTTTA-AT-TGC-ACCCTGGGTA-A-TTA---AAT-CG---TTT------------G-A-------------TAA----------G--------GTAC---CCTGGGTACGAT--T-A--A--ATT----A-TAA-T-A
gi|18 : cgagatatacctgatgcacgtgtgctccgggaattgtaagaggaaagtacatagagcacgtaattaaagcacaacaagtatggtaagcgattggcgcgcaaatttaacgtgatcgccacaaacgagatttgtatcaaggttcGGGTACTATAATAA--TTTA-AT-CAT-ACCCAGGGTA-------------------------------------C-A------T-TTAAACATTCAAATA--------GTAC---CCAGGATCT-----C-A--A--AAT----A-TAG-T-ACC----CAGGACGAagg
gi|18 : GGGTACTATTTGAATGTTTA-AA-TGT-ACCCTGGGTATGATTAA
gi|13 : gggtactataataatGGGTACTAT----A--TCT---T-GGT-ACTCTGGGTAC---TATT-AAA---------------------GT----A------T-TTGGATGTTTAAAT---------GCAC---CCTGGGTAaggatctcaaaatatagtacccaggacgac
gi|13 : aatcgtcacccaggtccgtaacaaaacgatttaatATAC--TTTA-AT-AGT-ACCCAGAGTACaggacgacaacgacccc
gi|13 : aatcgtcacccaggtccgtaacaaaacgatttaattacccagggtgcatttaaacatccaaA-AT-CGTCACCCAGG-TCCG-T-AAC-AAAACGA--TTTAATTACCCAGG-GTG-C-A------T-TTAAACATCCAAATACTTTAATAGTAC---CCAGAGTAC-----C-A--A--GAT----A-TAG-T-ACC----CAGGACGACAACGACCcaagatatagtacccaggacgacaacgacccc
gi|5 : AC-AAA-CGAGATTT------------GTATC-AAGGTTCTATTATA-ATTTAA-TC--------GTAC---CCAGGGTACCTTATC-A--AACGAT----T-TAATT-ACC----CAGGGTG-CAAcc
gi|3 : cgagatatacctgatgcacgtgtgctccgggaattgtaagaggaaagtacatagagcacgtaattaaagcacaacaagtatggtaagcgattggcgcgcaaatttaacgtgatcgcc------------GTA-C-A------T-TTGAATGTTTAAAT---------GTAC---CCTGGGTAttaaacattcaaatagtacccagg
gi|18 : cctcaggaattccgatgagactttacgagatttacctgatacagcgtgtgctccggtaattgtagcgaggaagtacacatggagcattagtaacactcacaacaaatatggtaagcgattggcgcgcaagttactatgatggccccaaagcgagatttgatatcagggtactattatatttacgtccgtaccaggtcgttaacaaaacgtttaaat------------GTA-CTA------T-TTGAATGTTTAAATG---------TAC---CCTGGGTAT-----G-ATTA--AATTATTA-TAG-T-ACC----Ctcgctagggtaccaaagatatagtaaccgccgcaggacgaacgacccc
gi|20 : -----C-A--A--GAT----AATAG-T-ACC----CAGGACGACAACGACCccaggatctcaaaatatagtacccaggacgac
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TGTGGAGTTTAAGGCTGCAGCTGTCTTTAACAGATGTGAATATCCAGTTGGTAACATGTACGCTTGATAGGGTTCAATCCCGATAAACAGAGCCAGGGTATTGTGTCTT
Unaligned ( gi|17 ): ACCATTAACATCAGTAACTGCATGGCATCGTCTTCCCATTGATGAAATCAGATTTCGAATAAACTATTGAGGGATGTTATTCCACTCTATTTGCAATGC
Alignments
lowQualScore : 2222222222222222222222222222222222222222222222 111111111111111111 111111111111
lowQualScore : 1 333 11 11 1111111 33333333333 11 33333333333333333333 1 555555555555555555 77777777777777777777777777 33333333 222 1 1 0000000000000000000000000000000000000000000000 1 222 9999999999 1 44 5555555 222222222222222222 222 22 2 1 2222 111 3333333 111 1 22 2 2 111111111111 333333333 111 1111
lowQualScore : 5 555 11 44 1 9999999 1 77777777777 1 1 88 5 4 8888 55 9999 0 1 3 4 4 55 1 22222222222222222222 2 8 666 11 7777 1 777777777777777777 66 999 0 55555555555555555555555555 1 5 5 55555555 2 0 1 777 33 6 88888 0 4 4 1 1 0 2222222222222222222222222222222222222222222222 33 0 7 444 888 888 1 0 0 3333333333 7 3 5 2 66 1111111 1 888888888888888888 222 77 3 1 3 2 0 1111 555 3333333 777 0 6 00 1 1 3 3 3 8 8 8 3 5 666 1 8 8 5 777777777777 1 6 222222222 444 1 8 8 8 7777 0
lowQualScore : . ... .. .. . ....... . ........... . . .. . . .... .. .... . . . . . .. . .................... . . ... .. .... . .................. .. ... . .......................... . . . ........ . . . ... .. . ..... . . . . . . .............................................. .. . . ... ... ... . . . .......... . . . . .. ....... . .................. ... .. . . . . . .... ... ....... ... . . .. . . . . . . . . . . ... . . . . ............ . . ......... ... . . . . .... .
lowQualScore : 5 000 88 22 4 0000000 0 00000000000 0 4 88 0 0 5555 55 4444 7 6 2 0 0 55 4 55555555555555555555 7 9 444 88 7777 6 111111111111111111 11 111 2 22222222222222222222222222 4 0 7 00000000 5 8 2 555 55 0 22222 0 6 6 4 0 8 5555555555555555555555555555555555555555555555 55 0 0 888 000 000 0 2 7 7777777777 3 0 0 5 00 0000000 0 000000000000000000 555 55 0 0 3 5 0 8888 888 2222222 555 7 0 77 0 0 3 7 2 0 0 0 8 6 444 0 0 0 6 000000000000 8 0 888888888 000 0 0 0 0 0000 8
consensus : ATGAGGAATGCTTCTTAGTATGANTTGATT-TATTGATAACACAAAAGT-GA--TGTA---A-CG----TGAATCAG--TA-TCACAACCACTAAT-GATAATT----ACAGTCA--TTAA----CAGTTCAAGGTCACCCA-AGTTC-AATATCTA--GTGTGC--------------------CCCCCACGAGC---ACCAATGACTGCCTGA----CAACGNNTACC----T--C----ATG--GACGCAATTAGATCTCT---ATAGAAAA--T---T-TCC----AGGGATGTTG-TTCCACTC-TAA--TT-C--AGAACTTTGGTCC--AGTTGTTGCAGAGTCTGAGGCTGCAGCTGTCTTTGGCGGATG----CAT-C-GCGCGTCTT-ACGGT-TGGT-ACA-G---GCTT-AATCTGG-TGAAT-CGGACGANCAAGGAAGAACCCGGATATTGTGTCTTTGCAGAACA----------TGTTAGACAAGCAGTATGTGGTCTNGCGTTNTTATGCTGGAATGCTGAAT-ATACCCTGGGTACACATAATATTATATAGTACCCTGGATAAGGCGGAAAATAATAATCGTACCTCAGGAATTTTCCGATGAGACTTNGCGAGATTTACCTGATGCA-CGTGTGCTCCGGTAATTGTAG-GAGGAAA-GCACATAGAGCAT--GTAAC---A-NCACAA---CAAATATGGTAAGCGATTGGCGCGCAAATT-AAC-TGTGATGGCCACAAA-CGAGATTTG-TATCAGGGTACTATTATAATTTA-AT-CGT-ACCCAGGGTACGTTAAC-AAA-CGATTTAATTACCCAGG-GTGCATTTAAACATTCAAATA--------GTAC---CCAGGGTACC-AAGATA-TAGT-ACC----CAGGACGACAACGACC
Reference ( family-1232 ) : ATGAGGAATGCTT---AATATGANNTGATC-TATTGATAACACAAAAGT-GA--TGTA---A-CG---NTGAATCAG--TA-TCACAACCACTAAT-GATAATT----ACAGTCA--TTAA----CAGTTCAAGGTCACCCA-AGTTC-AATATCTA--GTGTGC--------------------CCCCNACGAGC---ACCAATGACTGCCTGA----CAACGGATACC----T--C----ATG--GACGCAATTAGATCTCT---ATAGAAAA--T---T-TCC----AGGGATGTTG-TTCCACTC-TAA--TC-C--AGAACTTTGGTC---AGTTGTTGC-GAGTCCGAGGCCGCGGCTGNCTTTGGCGGAT-----CATTCAGCGCGTCTTCACAATCTGGTCACAGG---GCTTAAATCNGG-TGAATATGGACGANCANGGAAGANCCCGGATATTGTGTCTTTGCAGAGCATCATAGCAACTGTTAGACAAGCAGTATGTGGTTTTGCGTTGTTATACTGGAATGCTGAATCGTACCCTGGGTACGATTAA-ATTATATAGTACCCNGGATA---CTCAAAAT-ATA---GTACCCNAGGAA--TTCCGATGAGACTTTACGAGATNTACCTGATGCAGCGTGTGCTCCGGTAATTGTAG-GAGGAAA-GNACATAGAGCAC--GTAA----A-NCACAA---CAAATATGGTAAGCGATTGGCGCGCAAGTTTAAC-TGTGATNGCCNCAAAGCGAGATTTGATATCAGGGTACTATTATAATTTA-AT-CGT-ACCCNGGGTACGTTAAC-AAA-CGATTT------------GTACATTTAAACGTTCAAATA--------GTAC---CCNGGGTACC-AAGATA-TAGT-ACC----CAGGACGACAACGACC
gi|1 : ATGAGGA-TGCTTCTTAGTATAATTTGATAAGATTGAGAAGACAAAAAT-GA--TGTT---A-CG---TTGGATCAG--TA-TCACAACCACTAAT-GACAATT----ACAGTCA--TCAA----CAGTTCAAGGTCATCCA-AGGTCAAATATCTA--GTGCGC--------------------CTCCAACAAGC---ACCAATAACTGCCTGA----CAATAAATACCA---TG-T----ATG--GACACAATTAAATCTCTGTAATAAAAAA--TAAATGTCT----AGGGATGTTG-TCCCACTC-TAAACTT-C--AGAACTCTGGCC---AGTTGTTACAGACTTTGAGGCTTCAGTTGTCTTTGGTGGATC----CATGC-GCGCATCCT-ATGAT-----------------------TGT-TGGAT---GAC---CAAGGAAGAACCCGGATATTGTGTCTTTGCAGAACA----------TGTTAGACGAGTAGTATGTGGTCTGGC-TTTTTATGTTGAAATACTGAAT-ATACCCTGGGTACACATAATATTATATAGTACCCTGGATAAGGCGGAAAATAATAATCGTACCTC-GGAATTTTCCGATGAGACTTGGCAGAATTTACCTGATGCA-CGTGTGCT-CGCTAATTGTAG-GAGGAA----GCATAGAGCAT--GTAA----A-GCACAA---CAAATAGGGTAAGCGATTGGCGCGCAAATTAAACATGTTATGACCACAAA-CGAGATTTG-TATCAGGGTACTATTATAATTTA-AT-CGT-ACCCAGGGTACGTTAAC-AAA-CGATTT------------GTACATTTAAACATTCAAATG--------GTAC---CCAGGGTACC-AAGATA-TAGT-ACC----CAGGACGACAACGACC
gi|10 : ATCTA--GTACAC--------------------CCCCTACAAGC---ACCAATGGCAGCCTGT----CATCG-ATATCGTCTT--CCTATATAAAGACACAATTAGGTCTTTCA-ATAACAA---------TCT----A--GATGTTG-
gi|11 : atgtcaagaccactaccgaaatttacagccacgactaaaaacatgaAAAAGTCAA--TGTA---AATG---CTGAATCAA--TAATCAGAACCACTTAT-AATAATT----ACAATAA--TTAA----CAATTAAAGGTCACCCT-AATTC-ACTATCTA--TTGTGC--------------------TCCC-ACGAGCTATGTCAACGAATGTCTGA----C
gi|12 : taatttatttgagatgATGAGGAATGCTT---AATATGAAATGATC-TATTGATAACACAAAA-T-GA--TGTAAACA-CGGATTTTAATCAAACTA-TCACAACTACCAGT-GATAATT----ACAGCCA--T
gi|13 : aacacacggcacaatttcatatagtcatctcaagatA-AT-CGTCACCCAGG-TCCGT-AAC-AAAACGATTTAATTACCCAGG-GTGCATTTAAACATCCAAATACTTTAATAGTAC---CCAGAGTACC-AAGATA-TAGT-ACC----CAGGACGACAACGACC
gi|14 : -GAGTTTAAGGCTGCAGCTGTCTTTAACAGAT-----------GTGAATATC--CAGT-TGGTAACATGTACGCTT-GATAGGGTTCAATCCCGATAAAC-----AGAGCCAGGGTATTGTGTCTTcc
gi|15 : tgtgATCAAGTTG-TCACTACCATAGAT-GCTAATT----ACAGCCA--TTAA----TAGATCAAAACCACCGA-GATTC-AAATTCTA--GTATGC--------------------TACCCACCAA----ACTAGTGAATGCCTGA----GAAC
gi|16 : TAAT-GATATCT----ACAGTCA--------------------TCACCTACAGTTC-TATATTT----CATAC--------------------CTCCCCCAAGC---ACC-TTGACTGTCAGG----CAACGCCTTCC-------C----TTG--GAAGCAATT
gi|17 : cgaagtatctagttAAC---ATCAGTAACTGCATGG----CATCGTCTTCC-------C----ATT--GATGAAATCAGATTTCG---A-ATAAAC--T---A-TTG----AGGGATGTTA-TTCCACTC-TA
gi|18 : accattGGGTACTATAATAATTTA-AT-CAT-ACCCAGGGTAC---------------------------------ATTTAAACATTCAAATA--------GTAC---CCAGGATCTC-AAAATA-TAGT-ACC----CAGGACGACtttgcaatgc
gi|19 : GCTCCGGTAATTGTAG-GAGGAAA-GCACATAGAGCAT--GTAA----A-CTACAACAGCAAATATGGTAAGCGATTGGCGCGCA
gi|2 : CACTATT-GATAAAT----ACAGTCA--TTAA----CAATTTGAAGT-ACCCA-AATTC-AATATCCG--GTTTGCCCCCCACGATCACCAATGGCCCCTCACCATC---ACCAATGACTGCCTGA----CAACGCCTGTC----T-------ATG--GACGCAAT-AAAT-TCT---ATAGAGAA--C---TGTCT----AGGGATGTT----TCACTT-TAT--TTTC--AAAGCTTTGGTC---AATTATTGCAGAGTCCGAG-CCGCGGTGGCTTTTGGTGGAT-----------GCGCCTCTTCACA---TGATCACAGG---GCTTAAATCTGG-TGAAT-TGGATGAGCAAAGAAAATCCTAAATATTGTGTCTTTGCAGAGCA-----GCAACTGTTAGACAAGCAGTATGTGGTTTTGCGTTGTTATACTGGAATGCTG
gi|20 : C-AAGATAATAGT-ACC----CAGGACGACAACGACCttcagggatgctgcattatt
gi|3 : CCTCAGGAA--TTCCGATGAGACTTTACGAGATTTACCTGATACAGCGTGTGCTCCGGTAATTGTAGCGAGGAAGTACACATGGAGCATTAGTAAC---ACTCACAA---CAAATATGGTAAGCGATTGGCGCGCAAGTT--AC-TATGATGGCCCCAAAGCGAGATTTGATATCAGGGTACTATTAT-ATTTACGTCCGT-ACC--AGGT-CGTTAACAAAA-CG-TTTAAATTACCCAGGGTACATTTAAACATTCAAAT---------GTACTCGCTAGGGTACCAAAGATA-TAGTAACCGCCGCAGGACG--AACGACCcct
gi|4 : AGTTCAAGATCCCACA-CACTT-GATATCTATAGTGTGC--------------------CCCT----AGC---AC----AACTGCGTGAATGCCAGCGCGTACC-------C----ATG--GACGCAATTTGATCTCT-------AAAA--C---T-TCCA---AGGGATGTTGATTTTTCTC-T-A--TC-CGTAGAACTTTGGTCCGAAGTTGC--C-GAGTCTAAGGCTGCAGCTGACTTTGGTGGATGGGCCCATTCAGTTTGTCTT-------------------------AATCTGG-TG-ATATGGACGACCATGGAAGAACCCGGATATTGTGTCTTTATAGAACATCATA-----TGTTAG--AAGCAGTATGTGATcc
gi|5 : CGAGATATACCTGATGCA-CGTGTGCTCCGGGAATTGTAA-GAGGAAA-GTACATAGAGCAC--GTAATTAAA-GCACAA---CAAGTATGGTAAGCGATTGGCGCGCAAATTTAAC--GTGATCGCCACAAA-CGAGATTTG-TATCAAGGTTCTATTATAATTTA-AT-CGT-ACCCAGGGTACCTTATC-AAA-CGATTTAATTACCCAGG-GTGCAATTAAACATTCAAATA--------GTAC---CCAGG
gi|6 : GATAATACAGAAAT-TA--TATA---A-AA---ATGAA--AG--TA-TCACAACAACTAGT-GGTAATT----GCAATCA--TTAA----CA-------------CA-AATTC-AATATCTA--GTGTGC--------------------CCCC-ACGAGC---ACCACTAACTGTCTGA----CAA--GAT-CT----TTCC----ATG--GACGCAGTT-TATTTCT-------AAAATTT---T-TCC----AGGGACGTTG-TTCCAATCTTAA-----C--AGAA---TGGACT--AGTTGTTGC-GA-----AG--------TGTC-TTGGCGGATG----CAT
gi|7 : AATTGATT-TATTAATAACACAAAAG--GA--T-TA---A-C-------AATCAAA-TA-TCACAACCATTAAT-TACAATT----AGGGTCA--TTAA----CAGTTCAAGGTCACCCT-AGTTC-AATACCTA--G-------------------------CCCCCAC---C----CCGA-GA--GCCTGG----CAG-AGCTACT----C--C----TTG--GACGCACTGAAGTCCCT---A-AGCA-----------CCGTTAAAGAATGTTG-CTCCACTT-TAc
gi|8 : aatG--TA-TCACATCCACTAATTAATGACTTCGAACTGTTAAATTAATGAACAGTTCGAGGTCACCTA-AGTTC-AATATCTA--GTATA---------------------CCCCTACAAGC---ACCTATATCTGTCTTA----CAACG----CC----T--TCCA-ATG--GACGCAA------CTGT---GTAGA--------------------GAATGTTG-TTCCACTC-TA
gi|9 : ATGAT-TGATT-TATTGATAATACTGGA-T-TACTTGTA---A-------TAA---AG--TA-TCACAACCACTAAT-GATAATG----ACAGTCA--TGAA----CTGTTGAA-GTCACCCA-AGTTC-AA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 11 11 1 111 1111111 555555555555 11 444444444444444444444 111111 3333 77777777777777777777777777777 333333333 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333 55555555555 1 1 11 1 1 1111 11 444444444 1 222222 1 1 1 1 1 11 333333333 111 1111
lowQualScore : 5 88 88 0 8 111 7 9999999 1 888888888888 1 88 5 4 8888 55 9999 0 1 3 4 4 55 1 000000000000000000000 9 666 11 000000 7777 66 7 5555 66 999 0 00000000000000000000000000000 5 5 333333333 2 0 9 99 1 2222 5 1 0 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 6 1 0 77777777777 7 1 5 1 5 88 1 3 2 0 7777 33 333333333 3 222222 3 3 7 0 0 0 2 5 0 8 88 1 0 11 222222222 444 8 8 8 7777 0
lowQualScore : . .. .. . . ... . ....... . ............ . .. . . .... .. .... . . . . . .. . ..................... . ... .. ...... .... .. . .... .. ... . ............................. . . ......... . . . .. . .... . . . ....................................................... . . . . ........... . . . . . .. . . . . .... .. ......... . ...... . . . . . . . . . . .. . . .. ......... ... . . . .... .
lowQualScore : 5 00 33 8 0 777 8 0000000 0 888888888888 4 88 0 0 5555 55 4444 7 6 2 0 0 55 4 000000000000000000000 5 444 88 555555 7777 33 1 1111 11 111 2 66666666666666666666666666666 0 7 555555555 5 8 8 88 8 4444 0 4 8 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 5 2 2 77777777777 3 0 0 0 5 55 0 3 5 0 5555 88 888888888 3 333333 3 3 3 0 0 0 5 6 8 0 88 0 8 00 888888888 000 0 0 0 0000 8
consensus : ATGAGGAATGCTTCTTAGT--ATGAATTGATT-TATT---GATAACACAAAAGT-GA--TGTAA---CG----T-GAATCAG--TA-TCACAACCACTAAT-GATAATT----ACAGTCA--TTAA----CAGTTCAAGGTCACCCA-AGTTCAA-TATCTA--GTGTGC--------------------CCCCCACGAGC---ACCAATGACTGCCT------GA----CAACGCCTNCC---CAT--GGACGCAATTAGATCTCT---ATAGAAAA--T---T-TCC----A-GGGATGTTG-TTCCACTC-TAN--TT-C--AGAACTTTGGTCCAGTTGTTGCGGAGTCTGAGGCTGCAGCTGTCTTTGGCGGATGCAT-CGCGCATCCT-ACGGTTGGT-ACA-G---G-CTTAA-TCTGG-TGA-ATCGGACGACCAAGGAAGAACCCGGATATTGTGTCTTTGCAGAAC-----A-----TGTTAGACAAGCAGTATGTGGTCTNGCGTTNTTATGCTGGAATGCTGAATATACCCTGGGTACACATAATATTATATAGTACCCTGGATAAGGCGGAAAATAATAATCGTACCTCAGGAATTTTCCGATGAGACTTNGCGAGATTTACCTGATGCA-CGTGTGCTCCGGTAATTGTAG-GAGGAAA-GCACATAGAGCAT--GTAA--T---AN-CACAACAAATATGGTAAGCGATTGGCGCGCAAA-TT-AAC-TGTGATGGCCACAAA-CGAGATTTG-TATCAGGGTACTATTATAATTTA-AT-CGT-ACCCAGGGTACGTTAAC-AAA-CGATTTAAT--TACCCAGGGTACATTTAAACATTCAAATA--------GTAC---CCAGGGTACC-AAGATA-TAGT-ACC----CAGGACGACAACGACC
Reference ( family-1232 ) : ATGAGGAATGCTTCTTAGT--ATGANTTGATT-TATT---GATAACACAAAAGT-GA--TGTAA---CG----T-GAATCAG--TA-TCACAACCACTAAT-GATAATT----ACAGTCA--TTAA----CAGTTCAAGGTCACCCA-AGTTCAA-TATCTA--GTGTGC--------------------CCCCCACGAGC---ACCAATGACTGCCT------GA----CAACGNNTACC-T-CAT--GGACGCAATTAGATCTCT---ATAGAAAA--T---T-TCC----A-GGGATGTTG-TTCCACTC-TAA--TT-C--AGAACTTTGGTCCAGTTGTTGCAGAGTCTGAGGCTGCAGCTGTCTTTGGCGGATGCAT-CGCGCGTCTT-ACGGTTGGT-ACA-G---G-CTTAA-TCTGG-TGA-ATCGGACGANCAAGGAAGAACCCGGATATTGTGTCTTTGCAGAAC-----A-----TGTTAGACAAGCAGTATGTGGTCTNGCGTTNTTATGCTGGAATGCTGAATATACCCTGGGTACACATAATATTATATAGTACCCTGGATAAGGCGGAAAATAATAATCGTACCTCAGGAATTTTCCGATGAGACTTNGCGAGATTTACCTGATGCA-CGTGTGCTCCGGTAATTGTAG-GAGGAAA-GCACATAGAGCAT--GTAA--C---AN-CACAACAAATATGGTAAGCGATTGGCGCGCAAA-TT-AAC-TGTGATGGCCACAAA-CGAGATTTG-TATCAGGGTACTATTATAATTTA-AT-CGT-ACCCAGGGTACGTTAAC-AAA-CGATTTAAT--TACCCAGGGTGCATTTAAACATTCAAATA--------GTAC---CCAGGGTACC-AAGATA-TAGT-ACC----CAGGACGACAACGACC
gi|1 : ATGAGGA-TGCTTCTTAGT--ATAATTTGATAAGATT---GAGAAGACAAAAAT-GA--TGTTA---CG----TTGGATCAG--TA-TCACAACCACTAAT-GACAATT----ACAGTCA--TCAA----CAGTTCAAGGTCATCCA-AGGTCAAATATCTA--GTGCGC--------------------CTCCAACAAGC---ACCAATAACTGCCT------GA----CAATAAATACCATGTAT--GGACACAATTAAATCTCTGTAATAAAAAA--TAAATGTCT----A-GGGATGTTG-TCCCACTC-TAAACTT-C--AGAACTCTGG-CCAGTTGTTACAGACTTTGAGGCTTCAGTTGTCTTTGGTGGATCCATGCGCGCATCCT-ATGATTG------------------------------TTGGATGACCAAGGAAGAACCCGGATATTGTGTCTTTGCAGAAC-----A-----TGTTAGACGAGTAGTATGTGGTCTGGC-TTTTTATGTTGAAATACTGAATATACCCTGGGTACACATAATATTATATAGTACCCTGGATAAGGCGGAAAATAATAATCGTACCTC-GGAATTTTCCGATGAGACTTGGCAGAATTTACCTGATGCA-CGTGTGCT-CGCTAATTGTAG-GAGGAA----GCATAGAGCAT--GTAA------AG-CACAACAAATAGGGTAAGCGATTGGCGCGCAAA-TTAAACATGTTATGACCACAAA-CGAGATTTG-TATCAGGGTACTATTATAATTTA-AT-CGT-ACCCAGGGTACGTTAAC-AAA-CGATTT-------------GTACATTTAAACATTCAAATG--------GTAC---CCAGGGTACC-AAGATA-TAGT-ACC----CAGGACGACAACGACC
gi|10 : ATCTA--GTACAC--------------------CCCCTACAAGC---ACCAATGGCAGCCTGTCATCGA----TATCGTCTTCC-TATATAAAGACACAATTAGGTCTTTCA-ATAACAA---------TCT----A---GATGTTG-
gi|11 : atgtcaagaccactaccgaaatttacagccacgactaaaaacatgaTAATT-TATTTGAGATGA----AAAGTCAA--TGTAAA--TGC---T-GAATCAA--TAATCAGAACCACTTAT-AATAATT----ACAATAA--TTAA----CAATTAAAGGTCACCCT-AATTCAC-TATCTA--TTGTG---------------------CTCCCACGAGCTATGTCAACGAATGTCT------GA----C
gi|12 : ATGAGGAATGCTT---AAT--ATGAAATGATC-TATT---GATAACACAAAA-T-GA--TGTAAACACGGATTT-TAATCAAACTA-TCACAACTACCAGT-GATAATT----ACAGCCA--T
gi|13 : aacacacggcacaatttcatatagtcatctcaagatA-AT-CGTCACCCAGG-TCCGT-AAC-AAAACGATTTAAT--TACCCAGGGTGCATTTAAACATCCAAATACTTTAATAGTAC---CCAGAGTACC-AAGATA-TAGT-ACC----CAGGACGACAACGACC
gi|14 : TGTGGAGTTTAAGGCTGCAGCTGTCTTTAACAGATG----TGAATATC----CAGTTGGTAACATGTACG-CTTGA-TAGGGTTCA-ATC--CCGATAAA--CAGAGCCAGGGTATTGTGTCTTcc
gi|15 : ATCAAGTTG-TCACTACCATAGAT-GCTAATT----ACAGCCA--TTAA----TAGATCAAAACCACCGA-GATTCAA-ATTCTA--GTATGC--------------------TACCCACCAA----ACTAGTGAATGCCT------GA----GAAC
gi|16 : TAAT-GATATCT----ACAGTCA--------------------TCACCTACAGTTCTA-TATTT----CATAC--------------------CTCCCCCAAGC---ACC-TTGACTGTCA------GG----CAACGCCTTCC---CTT--GGAAGCAATT
gi|17 : cgaagtatctagttCCATTAAC---ATCAGTAACTGCAT------GG----CATCGTCTTCC---CAT--TGATGAAATCAGATTTCG---A-ATAAAC--T---A-TTG----A-GGGATGTTA-TTCCACTC-TAT--TT-
gi|18 : aGGGTACTATAAT-AA-----TTTAATCATACCCAGGGTACATTTAAACATTCAAATA--------GTAC---CCAGGATCTC-AAAATA-TAGT-ACC----CAGGACGACgcaatgc
gi|19 : GCTCCGGTAATTGTAG-GAGGAAA-GCACATAGAGCAT--GTAAACT---AC-AACAGCAAATATGGTAAGCGATTGGCGCGCA
gi|2 : CACTATT-GATAAAT----ACAGTCA--TTAA----CAATTTGAAGT-ACCCA-AATTCAA-TATCCG--GTTTGCCCCCCACGATCACCAATGGCCCCTCACCATC---ACCAATGACTGCCT------GA----CAACGCCTGTC-T--AT--GGACGCAAT-AAAT-TCT---ATAGAGAA--C---TGTCT----A-GGGATGTT----TCACTT-TAT--TTTC--AAAGCTTTGGTC-AATTATTGCAGAGTCCGAG-CCGCGGTGGCTTTTGGTGGATGC------GCCTCTTCACA--TGATCACA-G---GGCTTAAATCTGG-TGA-ATTGGATGAGCAAAGAAAATCCTAAATATTGTGTCTTTGCAGAGC-----AGCAACTGTTAGACAAGCAGTATGTGGTTTTGCGTTGTTATACTGGAATGCTG
gi|20 : C-AAGATAATAGT-ACC----CAGGACGACAACGACCttcagggatgctgcattatt
gi|3 : CCTCAGGAATT--CCGATGAGACTTTACGAGATTTACCTGATACAGCGTGTGCTCCGGTAATTGTAGCGAGGAAGTACACATGGAGCATTAGTAA--C---ACTCACAACAAATATGGTAAGCGATTGGCGCGCAAG-TT--AC-TATGATGGCCCCAAAGCGAGATTTGATATCAGGGTACTATTAT-ATTTACGTCCGT-ACC--AGGT-CGTTAACAAAA-CGTTTAAAT--TACCCAGGGTACATTTAAACATTCAAAT---------GTACTCGCTAGGGTACCAAAGATA-TAGTAACCGCCGCAGGACG--AACGACCcct
gi|4 : AGTTCAAGATCCCACA-CACTTGA-TATCTATAGTGTGC--------------------CCCT----AGC---AC----AACTGCGT------GAATGCCAGCGCGTACC---CAT--GGACGCAATTTGATCTCT---A----AAA--C---T-TCC----AAGGGATGTTGATTTTTCTC-TA---TC-CGTAGAACTTTGGTCC-GAAGTTGCCGAGTCTAAGGCTGCAGCTGACTTTGGTGGATG----GGCCCATT----CAGTTTGT-----------CTTAA-TCTGG-TGATAT-GGACGACCATGGAAGAACCCGGATATTGTGTCTTTATAGAACATCATA-----TGTTAG--AAGCAGTATGTGATcc
gi|5 : CGAGATATACCTGATGCA-CGTGTGCTCCGGGAATTGTAA-GAGGAAA-GTACATAGAGCAC--GTAA--TTAAAG-CACAACAAGTATGGTAAGCGATTGGCGCGCAAATTT-AAC--GTGATCGCCACAAA-CGAGATTTG-TATCAAGGTTCTATTATAATTTA-AT-CGT-ACCCAGGGTACCTTATC-AAA-CGATTTAAT--TACCCAGGGTGCAATTAAACATTCAAATA--------GTAC---CCAGG
gi|6 : ---GATAATACAGAAAT-TA--TATAA---AAA---T-GAA--AG--TA-TCACAACAACTAGT-GGTAATT----GCAATCA--TTAA----CA-------------CA-AATTCAA-TATCTA--GTGTG---------------------CCCCCACGAGC---ACCACTAACTGTCT------GA----CAAGATCTTTC---CAT--GGACGCAGTT-TATTTCT-------AAAATTT---T-TCC----A-GGGACGTTG-TTCCAATCTTAA-----C--AGAA---TGGACTAGTTGTTGCGAAG--------------TGTC-TTGGCGGATGCAT-C
gi|7 : AATTGATT-TATT---AATAACACAAAAG--GA--T-TAA---C--------AATCAAA-TA-TCACAACCATTAAT-TACAATT----AGGGTCA--TTAA----CAGTTCAAGGTCACCCT-AGTTCAA-TACCTA--G-------------------------CCCCCAC---C----CCGA-GA--GCCT------GG----CAGAG-CTACT-C-CTT--GGACGCACTGAAGTCCCT---A-AGCA-----------CCGTTAA-AGAATGTTG-CTCCACTT-TA
gi|8 : aatG--TA-TCACATCCACTAATTAATGACTTCGAACTGTTAAATTAATGAACAGTTCGAGGTCACCTA-AGTTCAA-TATCTA--GTATA---------------------CCCCTACAAGC---ACCTATATCTGTCT------TA----CAACGCCTTCC---AAT--GGACGCAA------CTGT---GTAGA---------------------GAATGTTG-TTCCACTC-TA
gi|9 : TAGTTAATGA-TTGATT-TATT---GATAATACTGGA-T-TACTTGTAA---------T-AA---AG--TA-TCACAACCACTAAT-GATAATG----ACAGTCA--TGAA----CTGTTGAA-GTCACCCA-AGTTCAA-
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 11 11 111 1111111 44444444444444 11 444444444444444444444 111111 77777777777777777777777777777 222222222 11 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111 55555555555 1 1 11 1 1 1111 11 444444444 1 222222 1 1 1 1 1 11 333333333 111 1111
lowQualScore : 5 88 88 9 8 111 7 9999999 1 99999999999999 1 88 5 4 8888 55 0 9999 0 1 3 4 4 55 1 000000000000000000000 9 666 2 000000 7777 1 777 9999 1 55 0 00000000000000000000000000000 5 5 888888888 2 0 22 3 1 2222 5 1 0 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 6 1 0 77777777777 7 1 5 1 5 88 1 3 2 0 7777 33 000000000 3 222222 3 3 7 0 0 0 2 5 0 8 88 1 0 11 222222222 444 8 8 8 7777 0
lowQualScore : . .. .. . . ... . ....... . .............. . .. . . .... .. . .... . . . . . .. . ..................... . ... . ...... .... . ... .... . .. . ............................. . . ......... . . .. . . .... . . . ....................................................... . . . . ........... . . . . . .. . . . . .... .. ......... . ...... . . . . . . . . . . .. . . .. ......... ... . . . .... .
lowQualScore : 5 00 33 8 0 777 8 0000000 0 88888888888888 4 88 0 0 5555 55 8 4444 7 6 2 0 0 55 4 000000000000000000000 5 444 5 555555 7777 0 888 4444 9 66 2 66666666666666666666666666666 0 7 999999999 5 8 22 2 4 4444 0 4 8 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2 5 2 2 77777777777 3 0 0 0 5 55 0 3 5 0 5555 88 222222222 3 333333 3 3 3 0 0 0 5 6 8 0 88 0 8 00 888888888 000 0 0 0 0000 8
consensus : ATGAGGAATGCTTCTTAGT--ATGAATTGATT-TATT---GATAACACAAAAGT-GA--TGTA---A-CG----T-GAATCAG--TA-TCACAACCACTAAT-GATAATT----ACAGTCA--TTAA----CAGTTCAAGGTCACCCA-AGTTCAA-TATCTA--GTGTGC--------------------CCCCCACGAGC---ACCAATGACTGCCT------GA----CAACGCCTTCC---CAT----GGACGCAATTAGATCTCT---ATAGAAAA--T---T-TCC----A-GGGATGTTG-TTCCACTC-TA-N--TTC--AGAACTTTGGTCCAGTTGTTGCGGAGTCTGAGGCTGCAGCTGTCTTTGGCGGATGCAT-CGCGCATCCT-ACAGTTGGT-ACA-G---GCTT-AATCTGG-TGA-ATCGGACGACCAAGGAAGAACCCGGATATTGTGTCTTTGCAGAAC-----A-----TGTTAGACAAGCAGTATGTGGTCTNGCGTTNTTATGCTGGAATGCTGAATATACCCTGGGTACACATAATATTATATAGTACCCTGGATAAGGCGGAAAATAATAATCGTACCTCAGGAATTTTCCGATGAGACTTNGCGAGATTTACCTGATGCA-CGTGTGCTCCGGTAATTGTAG-GAGGAAA-GCACATAGAGCAT--GTAA--T---AN-CACAACAAATATGGTAAGCGATTGGCGCGCAAA-TT-AAC-TGTGATGGCCACAAA-CGAGATTTG-TATCAGGGTACTATTATAATTTA-AT-CGT-ACCCAGGGTACGTTAAC-AAA-CGATTTAAT--TACCCAGGGTACATTTAAACATTCAAATA--------GTAC---CCAGGGTACC-AAGATA-TAGT-ACC----CAGGACGACAACGACC
Reference ( family-1232 ) : ATGAGGAATGCTTCTTAGT--ATGAATTGATT-TATT---GATAACACAAAAGT-GA--TGTA---A-CG----T-GAATCAG--TA-TCACAACCACTAAT-GATAATT----ACAGTCA--TTAA----CAGTTCAAGGTCACCCA-AGTTCAA-TATCTA--GTGTGC--------------------CCCCCACGAGC---ACCAATGACTGCCT------GA----CAACGCCTNCC---CAT----GGACGCAATTAGATCTCT---ATAGAAAA--T---T-TCC----A-GGGATGTTG-TTCCACTC-TA-N--TTC--AGAACTTTGGTCCAGTTGTTGCGGAGTCTGAGGCTGCAGCTGTCTTTGGCGGATGCAT-CGCGCATCCT-ACGGTTGGT-ACA-G---GCTT-AATCTGG-TGA-ATCGGACGACCAAGGAAGAACCCGGATATTGTGTCTTTGCAGAAC-----A-----TGTTAGACAAGCAGTATGTGGTCTNGCGTTNTTATGCTGGAATGCTGAATATACCCTGGGTACACATAATATTATATAGTACCCTGGATAAGGCGGAAAATAATAATCGTACCTCAGGAATTTTCCGATGAGACTTNGCGAGATTTACCTGATGCA-CGTGTGCTCCGGTAATTGTAG-GAGGAAA-GCACATAGAGCAT--GTAA--T---AN-CACAACAAATATGGTAAGCGATTGGCGCGCAAA-TT-AAC-TGTGATGGCCACAAA-CGAGATTTG-TATCAGGGTACTATTATAATTTA-AT-CGT-ACCCAGGGTACGTTAAC-AAA-CGATTTAAT--TACCCAGGGTACATTTAAACATTCAAATA--------GTAC---CCAGGGTACC-AAGATA-TAGT-ACC----CAGGACGACAACGACC
gi|1 : ATGAGGA-TGCTTCTTAGT--ATAATTTGATAAGATT---GAGAAGACAAAAAT-GA--TGTT---A-CG----TTGGATCAG--TA-TCACAACCACTAAT-GACAATT----ACAGTCA--TCAA----CAGTTCAAGGTCATCCA-AGGTCAAATATCTA--GTGCGC--------------------CTCCAACAAGC---ACCAATAACTGCCT------GA----CAATAAATACCATGTAT----GGACACAATTAAATCTCTGTAATAAAAAA--TAAATGTCT----A-GGGATGTTG-TCCCACTC-TA-AACTTC--AGAACTCTGG-CCAGTTGTTACAGACTTTGAGGCTTCAGTTGTCTTTGGTGGATCCATGCGCGCATCCT-ATGATTG-----------------------------TTGGATGACCAAGGAAGAACCCGGATATTGTGTCTTTGCAGAAC-----A-----TGTTAGACGAGTAGTATGTGGTCTGGC-TTTTTATGTTGAAATACTGAATATACCCTGGGTACACATAATATTATATAGTACCCTGGATAAGGCGGAAAATAATAATCGTACCTC-GGAATTTTCCGATGAGACTTGGCAGAATTTACCTGATGCA-CGTGTGCT-CGCTAATTGTAG-GAGGAA----GCATAGAGCAT--GTAA------AG-CACAACAAATAGGGTAAGCGATTGGCGCGCAAA-TTAAACATGTTATGACCACAAA-CGAGATTTG-TATCAGGGTACTATTATAATTTA-AT-CGT-ACCCAGGGTACGTTAAC-AAA-CGATTT-------------GTACATTTAAACATTCAAATG--------GTAC---CCAGGGTACC-AAGATA-TAGT-ACC----CAGGACGACAACGACC
gi|10 : ATCTA--GTACAC--------------------CCCCTACAAGC---ACCAATGGCAGCCTGTCATCGA----TATCGTCTTCC---TATATAAAGACACAATTAGGTCTTTCA-ATAACAA---------TCT----A---GATGTTG-
gi|11 : atgtcaagaccactaccgaaatttacagccacgactaaaaacatgaTAATT-TATTTGAGATGA----AAAGTCAA--TGTA---AATGC---T-GAATCAA--TAATCAGAACCACTTAT-AATAATT----ACAATAA--TTAA----CAATTAAAGGTCACCCT-AATTCAC-TATCTA--TTGTG---------------------CTCCCACGAGCTATGTCAACGAATGTCT------GA----C
gi|12 : ATGAGGAATGCTT---AAT--ATGAAATGATC-TATT---GATAACACAAAA-T-GA--TGTAAACA-CGGATTT-TAATCAAACTA-TCACAACTACCAGT-GATAATT----ACAGCCA--T
gi|13 : aacacacggcacaatttcatatagtcatctcaagatA-AT-CGTCACCCAGG-TCCGT-AAC-AAAACGATTTAAT--TACCCAGGGTGCATTTAAACATCCAAATACTTTAATAGTAC---CCAGAGTACC-AAGATA-TAGT-ACC----CAGGACGACAACGACC
gi|14 : TGTGGAGTTTAAGGCTGCAGCTGTCTTTAACAGATG----TGAATATC----CAGTTGGTAACATGTACGCTT-GATAGGGTTCA-ATC--CCGATAAA--CAGAGCCAGGGTATTGTGTCTTcc
gi|15 : ATCAAGTTG-TCACTACCATAGAT-GCTAATT----ACAGCCA--TTAA----TAGATCAAAACCACCGA-GATTCAA-ATTCTA--GTATGC--------------------TACCCACCAA----ACTAGTGAATGCCT------GA----GAAC
gi|16 : TAAT-GATATCT----ACAGTCA--T------------------CACCTACAGTTCTA-TATTT----CATAC--------------------CTCCCCCAAGC---ACCT-TGACTGTCA------GG----CAACGCCTTCC---CTT----GGAAGCAATT
gi|17 : cgaagtatctagttCCATTAAC---ATCAGTAACTGCAT------GG----CATCGTCTTCC---CAT----TGATGAAATCAGATTTCG---A-ATAAAC--T---A-TTG----A-GGGATGTTA-TTCCACTC-TA-T--TT
gi|18 : aGGGTACTATAAT-AA-----TTTAATCATACCCAGGGTACATTTAAACATTCAAATA--------GTAC---CCAGGATCTC-AAAATA-TAGT-ACC----CAGGACGACgcaatgc
gi|19 : GCTCCGGTAATTGTAG-GAGGAAA-GCACATAGAGCAT--GTAAACT---AC-AACAGCAAATATGGTAAGCGATTGGCGCGCA
gi|2 : CACTATT-GATAAAT----ACAGTCA--TTAA----CAATTTGAAGT-ACCCA-AATTCAA-TATCCG--GTTTGCCCCCCACGATCACCAATGGCCCCTCACCATC---ACCAATGACTGCCT------GA----CAACGCCTGTC---TAT----GGACGCAA-TAAAT-TCT---ATAGAGAA--C---TGTCT----A-GGGA---TG-TTTCACTT-TATT--TTC--AAAGCTTTGGT-CAATTATTGCAGAGTCCGA-GCCGCGGTGGCTTTTGGTGGAT------GCGCCTCTTCACA--TGATCACAGG---GCTTAAATCTGG-TGA-ATTGGATGAGCAAAGAAAATCCTAAATATTGTGTCTTTGCAGAGC-----AGCAACTGTTAGACAAGCAGTATGTGGTTTTGCGTTGTTATACTGGAATGCTG
gi|20 : C-AAGATAATAGT-ACC----CAGGACGACAACGACCttcagggatgctgcattatt
gi|3 : CCTCAGGAATT--CCGATGAGACTTTACGAGATTTACCTGATACAGCGTGTGCTCCGGTAATTGTAGCGAGGAAGTACACATGGAGCATTAGTAA--C---ACTCACAACAAATATGGTAAGCGATTGGCGCGCAAG-TT--AC-TATGATGGCCCCAAAGCGAGATTTGATATCAGGGTACTATTAT-ATTTACGTCCGT-ACC--AGGT-CGTTAACAAAA-CGTTTAAAT--TACCCAGGGTACATTTAAACATTCAAAT---------GTACTCGCTAGGGTACCAAAGATA-TAGTAACCGCCGCAGGACG--AACGACCcct
gi|4 : AGTTCAAGATCCCACA-CACTTGA-TATCTATAGTGTGC--------------------CCCT----AGC---AC----AACTGCGT------GAATGCCAGCGCGTACC---CAT----GGACGCAATTTGATCTCT---A----AAA--C---T-TCC----AAGGGATGTTGATTTTTCTC-TA----TCCGTAGAACTTTGGTCC-GAAGTTGCCGAGTCTAAGGCTGCAGCTGACTTTGGTGGATGG----GCCCATTC----AGTTTGT----------CTT-AATCTGG-TGATAT-GGACGACCATGGAAGAACCCGGATATTGTGTCTTTATAGAACATCATA-----TGTTAG--AAGCAGTATGTGATcc
gi|5 : CGAGATATACCTGATGCA-CGTGTGCTCCGGGAATTGTAA-GAGGAAA-GTACATAGAGCAC--GTAA--TTAAAG-CACAACAAGTATGGTAAGCGATTGGCGCGCAAATTT-AAC--GTGATCGCCACAAA-CGAGATTTG-TATCAAGGTTCTATTATAATTTA-AT-CGT-ACCCAGGGTACCTTATC-AAA-CGATTTAAT--TACCCAGGGTGCAATTAAACATTCAAATA--------GTAC---CCAGG
gi|6 : ---GATAATACAGAAAT-TA--TATA---A-AAA---T-GAA--AG--TA-TCACAACAACTAGT-GGTAATT----GCAATCA--TTAA----CA-------------CA-AATTCAA-TATCTA--GTGTG---------------------CCCCCACGAGC---ACCACTAACTGTCT------GA----CAAGATCTTTC---CAT----GGACGCAGTT-TATTTCT-------AAAATTT---T-TCC----A-GGGACGTTG-TTCCAATCTTA-A----C--AGAA---TGGACTAGTTGTTGCGAAG--------------TGTC-TTGGCGGATGCAT-C
gi|7 : AATTGATT-TATT---AATAACACAAAAG--GA--T-TA---A-C--------AATCAAA-TA-TCACAACCATTAAT-TACAATT----AGGGTCA--TTAA----CAGTTCAAGGTCACCCT-AGTTCAA-TACCTA--G-------------------------CCCCCAC---C----CCGA-GA--GCCT------GG----CAGAGCTACTC---CTT----GGACGCACTGAAGTCCCT---A-AGCA-----------CCGTTAA-AGAATGTTG-CTCCACTT-TA-
gi|8 : aatG--TA-TCACATCCACTAATTAATGACTTCGAACTGTTAAATTAATGAACAGTTCGAGGTCACCTA-AGTTCAA-TATCTA--GTATA---------------------CCCCTACAAGC---ACCTATATCTGTCT------TA----CAACGCCTTCC---AAT----GGACGCAA------CTGT---GTAGA---------------------GAATGTTG-TTCCACTC-TA-
gi|9 : TAGTTAATGA-TTGATT-TATT---GATAATACTGGA-T-TACTTGTA---A-------T-AA---AG--TA-TCACAACCACTAAT-GATAATG----ACAGTCA--TGAA----CTGTTGAA-GTCACCCA-AGTTCAA-
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 11 11 111 1111111 44444444444444 11 444444444444444444444 111111 77777777777777777777777777777 222222222 11 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111 55555555555 1 1 11 1 1 1111 11 444444444 1 222222 1 1 1 1 1 11 333333333 111 1111
lowQualScore : 5 88 88 9 8 111 7 9999999 1 99999999999999 1 88 5 4 8888 55 0 9999 0 1 3 4 4 55 1 000000000000000000000 9 666 2 000000 7777 1 777 9999 1 55 0 00000000000000000000000000000 5 5 888888888 2 0 22 3 1 2222 5 1 0 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 6 1 0 77777777777 7 1 5 1 5 88 1 3 2 0 7777 33 000000000 3 222222 3 3 7 0 0 0 2 5 0 8 88 1 0 11 222222222 444 8 8 8 7777 0
lowQualScore : . .. .. . . ... . ....... . .............. . .. . . .... .. . .... . . . . . .. . ..................... . ... . ...... .... . ... .... . .. . ............................. . . ......... . . .. . . .... . . . ....................................................... . . . . ........... . . . . . .. . . . . .... .. ......... . ...... . . . . . . . . . . .. . . .. ......... ... . . . .... .
lowQualScore : 5 00 33 8 0 777 8 0000000 0 88888888888888 4 88 0 0 5555 55 8 4444 7 6 2 0 0 55 4 000000000000000000000 5 444 5 555555 7777 1 888 4444 9 66 2 66666666666666666666666666666 0 7 999999999 5 8 22 2 4 4444 0 4 8 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2 5 2 2 77777777777 3 0 0 0 5 55 0 3 5 0 5555 88 222222222 3 333333 3 3 3 0 0 0 5 6 8 0 88 0 8 00 888888888 000 0 0 0 0000 8
consensus : ATGAGGAATGCTTCTTAGT--ATGAATTGATT-TATT---GATAACACAAAAGT-GA--TGTA---A-CG----T-GAATCAG--TA-TCACAACCACTAAT-GATAATT----ACAGTCA--TTAA----CAGTTCAAGGTCACCCA-AGTTCAA-TATCTA--GTGTGC--------------------CCCCCACGAGC---ACCAATGACTGCCT------GA----CAACGCCTTCC---CAT----GGACGCAATTAGATCTCT---ATAGAAAA--T---T-TCC----A-GGGATGTTG-TTCCACTC-TA-N--TTC--AGAACTTTGGTCCAGTTGTTGCGGAGTCTGAGGCTGCAGCTGTCTTTGGCGGATGCAT-CGCGCATCCT-ACAGTTGGT-ACA-G---GCTT-AATCTGG-TGA-ATCGGACGACCAAGGAAGAACCCGGATATTGTGTCTTTGCAGAAC-----A-----TGTTAGACAAGCAGTATGTGGTCTNGCGTTNTTATGCTGGAATGCTGAATATACCCTGGGTACACATAATATTATATAGTACCCTGGATAAGGCGGAAAATAATAATCGTACCTCAGGAATTTTCCGATGAGACTTNGCGAGATTTACCTGATGCA-CGTGTGCTCCGGTAATTGTAG-GAGGAAA-GCACATAGAGCAT--GTAA--T---AN-CACAACAAATATGGTAAGCGATTGGCGCGCAAA-TT-AAC-TGTGATGGCCACAAA-CGAGATTTG-TATCAGGGTACTATTATAATTTA-AT-CGT-ACCCAGGGTACGTTAAC-AAA-CGATTTAAT--TACCCAGGGTACATTTAAACATTCAAATA--------GTAC---CCAGGGTACC-AAGATA-TAGT-ACC----CAGGACGACAACGACC
Reference ( family-1232 ) : ATGAGGAATGCTTCTTAGT--ATGAATTGATT-TATT---GATAACACAAAAGT-GA--TGTA---A-CG----T-GAATCAG--TA-TCACAACCACTAAT-GATAATT----ACAGTCA--TTAA----CAGTTCAAGGTCACCCA-AGTTCAA-TATCTA--GTGTGC--------------------CCCCCACGAGC---ACCAATGACTGCCT------GA----CAACGCCTTCC---CAT----GGACGCAATTAGATCTCT---ATAGAAAA--T---T-TCC----A-GGGATGTTG-TTCCACTC-TA-N--TTC--AGAACTTTGGTCCAGTTGTTGCGGAGTCTGAGGCTGCAGCTGTCTTTGGCGGATGCAT-CGCGCATCCT-ACAGTTGGT-ACA-G---GCTT-AATCTGG-TGA-ATCGGACGACCAAGGAAGAACCCGGATATTGTGTCTTTGCAGAAC-----A-----TGTTAGACAAGCAGTATGTGGTCTNGCGTTNTTATGCTGGAATGCTGAATATACCCTGGGTACACATAATATTATATAGTACCCTGGATAAGGCGGAAAATAATAATCGTACCTCAGGAATTTTCCGATGAGACTTNGCGAGATTTACCTGATGCA-CGTGTGCTCCGGTAATTGTAG-GAGGAAA-GCACATAGAGCAT--GTAA--T---AN-CACAACAAATATGGTAAGCGATTGGCGCGCAAA-TT-AAC-TGTGATGGCCACAAA-CGAGATTTG-TATCAGGGTACTATTATAATTTA-AT-CGT-ACCCAGGGTACGTTAAC-AAA-CGATTTAAT--TACCCAGGGTACATTTAAACATTCAAATA--------GTAC---CCAGGGTACC-AAGATA-TAGT-ACC----CAGGACGACAACGACC
gi|1 : ATGAGGA-TGCTTCTTAGT--ATAATTTGATAAGATT---GAGAAGACAAAAAT-GA--TGTT---A-CG----TTGGATCAG--TA-TCACAACCACTAAT-GACAATT----ACAGTCA--TCAA----CAGTTCAAGGTCATCCA-AGGTCAAATATCTA--GTGCGC--------------------CTCCAACAAGC---ACCAATAACTGCCT------GA----CAATAAATACCATGTAT----GGACACAATTAAATCTCTGTAATAAAAAA--TAAATGTCT----A-GGGATGTTG-TCCCACTC-TA-AACTTC--AGAACTCTGG-CCAGTTGTTACAGACTTTGAGGCTTCAGTTGTCTTTGGTGGATCCATGCGCGCATCCT-ATGATTG-----------------------------TTGGATGACCAAGGAAGAACCCGGATATTGTGTCTTTGCAGAAC-----A-----TGTTAGACGAGTAGTATGTGGTCTGGC-TTTTTATGTTGAAATACTGAATATACCCTGGGTACACATAATATTATATAGTACCCTGGATAAGGCGGAAAATAATAATCGTACCTC-GGAATTTTCCGATGAGACTTGGCAGAATTTACCTGATGCA-CGTGTGCT-CGCTAATTGTAG-GAGGAA----GCATAGAGCAT--GTAA------AG-CACAACAAATAGGGTAAGCGATTGGCGCGCAAA-TTAAACATGTTATGACCACAAA-CGAGATTTG-TATCAGGGTACTATTATAATTTA-AT-CGT-ACCCAGGGTACGTTAAC-AAA-CGATTT-------------GTACATTTAAACATTCAAATG--------GTAC---CCAGGGTACC-AAGATA-TAGT-ACC----CAGGACGACAACGACC
gi|10 : ATCTA--GTACAC--------------------CCCCTACAAGC---ACCAATGGCAGCCTGTCATCGA----TATCGTCTTCC---TATATAAAGACACAATTAGGTCTTTCA-ATAACAA---------TCT----A---GATGTTG-
gi|11 : atgtcaagaccactaccgaaatttacagccacgactaaaaacatgaTAATT-TATTTGAGATGA----AAAGTCAA--TGTA---AATGC---T-GAATCAA--TAATCAGAACCACTTAT-AATAATT----ACAATAA--TTAA----CAATTAAAGGTCACCCT-AATTCAC-TATCTA--TTGTG---------------------CTCCCACGAGCTATGTCAACGAATGTCT------GA----C
gi|12 : ATGAGGAATGCTT---AAT--ATGAAATGATC-TATT---GATAACACAAAA-T-GA--TGTAAACA-CGGATTT-TAATCAAACTA-TCACAACTACCAGT-GATAATT----ACAGCCA--T
gi|13 : aacacacggcacaatttcatatagtcatctcaagatA-AT-CGTCACCCAGG-TCCGT-AAC-AAAACGATTTAAT--TACCCAGGGTGCATTTAAACATCCAAATACTTTAATAGTAC---CCAGAGTACC-AAGATA-TAGT-ACC----CAGGACGACAACGACC
gi|14 : TGTGGAGTTTAAGGCTGCAGCTGTCTTTAACAGATG----TGAATATC----CAGTTGGTAACATGTACGCTT-GATAGGGTTCA-ATC--CCGATAAA--CAGAGCCAGGGTATTGTGTCTTcc
gi|15 : ATCAAGTTG-TCACTACCATAGAT-GCTAATT----ACAGCCA--TTAA----TAGATCAAAACCACCGA-GATTCAA-ATTCTA--GTATGC--------------------TACCCACCAA----ACTAGTGAATGCCT------GA----GAAC
gi|16 : TAAT-GATATCT----ACAGTCA--T------------------CACCTACAGTTCTA-TATTT----CATAC--------------------CTCCCCCAAGC---ACCT-TGACTGTCA------GG----CAACGCCTTCC---CTT----GGAAGCAATT
gi|17 : cgaagtatctagttCCATTAAC---ATCAGTAACTGCAT------GG----CATCGTCTTCC---CAT----TGATGAAATCAGATTTCG---A-ATAAAC--T---A-TTG----A-GGGATGTTA-TTCCACTC-TA-T--TT
gi|18 : aGGGTACTATAAT-AA-----TTTAATCATACCCAGGGTACATTTAAACATTCAAATA--------GTAC---CCAGGATCTC-AAAATA-TAGT-ACC----CAGGACGACgcaatgc
gi|19 : GCTCCGGTAATTGTAG-GAGGAAA-GCACATAGAGCAT--GTAAACT---AC-AACAGCAAATATGGTAAGCGATTGGCGCGCA
gi|2 : CACTATT-GATAAAT----ACAGTCA--TTAA----CAATTTGAAGT-ACCCA-AATTCAA-TATCCG--GTTTGCCCCCCACGATCACCAATGGCCCCTCACCATC---ACCAATGACTGCCT------GA----CAACGCCTGTC---TAT----GGACGCAA-TAAAT-TCT---ATAGAGAA--C---TGTCT----A-GGGA---TG-TTTCACTT-TATT--TTC--AAAGCTTTGGT-CAATTATTGCAGAGTCCGA-GCCGCGGTGGCTTTTGGTGGAT------GCGCCTCTTCACA--TGATCACAGG---GCTTAAATCTGG-TGA-ATTGGATGAGCAAAGAAAATCCTAAATATTGTGTCTTTGCAGAGC-----AGCAACTGTTAGACAAGCAGTATGTGGTTTTGCGTTGTTATACTGGAATGCTG
gi|20 : C-AAGATAATAGT-ACC----CAGGACGACAACGACCttcagggatgctgcattatt
gi|3 : CCTCAGGAATT--CCGATGAGACTTTACGAGATTTACCTGATACAGCGTGTGCTCCGGTAATTGTAGCGAGGAAGTACACATGGAGCATTAGTAA--C---ACTCACAACAAATATGGTAAGCGATTGGCGCGCAAG-TT--AC-TATGATGGCCCCAAAGCGAGATTTGATATCAGGGTACTATTAT-ATTTACGTCCGT-ACC--AGGT-CGTTAACAAAA-CGTTTAAAT--TACCCAGGGTACATTTAAACATTCAAAT---------GTACTCGCTAGGGTACCAAAGATA-TAGTAACCGCCGCAGGACG--AACGACCcct
gi|4 : AGTTCAAGATCCCACA-CACTTGA-TATCTATAGTGTGC--------------------CCCT----AGC---AC----AACTGCGT------GAATGCCAGCGCGTACC---CAT----GGACGCAATTTGATCTCT---A----AAA--C---T-TCC----AAGGGATGTTGATTTTTCTC-TA----TCCGTAGAACTTTGGTCC-GAAGTTGCCGAGTCTAAGGCTGCAGCTGACTTTGGTGGATGG----GCCCATTC----AGTTTGT----------CTT-AATCTGG-TGATAT-GGACGACCATGGAAGAACCCGGATATTGTGTCTTTATAGAACATCATA-----TGTTAG--AAGCAGTATGTGATcc
gi|5 : CGAGATATACCTGATGCA-CGTGTGCTCCGGGAATTGTAA-GAGGAAA-GTACATAGAGCAC--GTAA--TTAAAG-CACAACAAGTATGGTAAGCGATTGGCGCGCAAATTT-AAC--GTGATCGCCACAAA-CGAGATTTG-TATCAAGGTTCTATTATAATTTA-AT-CGT-ACCCAGGGTACCTTATC-AAA-CGATTTAAT--TACCCAGGGTGCAATTAAACATTCAAATA--------GTAC---CCAGG
gi|6 : ---GATAATACAGAAAT-TA--TATA---A-AAA---T-GAA--AG--TA-TCACAACAACTAGT-GGTAATT----GCAATCA--TTAA----CA-------------CA-AATTCAA-TATCTA--GTGTG---------------------CCCCCACGAGC---ACCACTAACTGTCT------GA----CAAGATCTTTC---CAT----GGACGCAGTT-TATTTCT-------AAAATTT---T-TCC----A-GGGACGTTG-TTCCAATCTTA-A----C--AGAA---TGGACTAGTTGTTGCGAAG--------------TGTC-TTGGCGGATGCAT-C
gi|7 : AATTGATT-TATT---AATAACACAAAAG--GA--T-TA---A-C--------AATCAAA-TA-TCACAACCATTAAT-TACAATT----AGGGTCA--TTAA----CAGTTCAAGGTCACCCT-AGTTCAA-TACCTA--G-------------------------CCCCCAC---C----CCGA-GA--GCCT------GG----CAGAGCTACTC---CTT----GGACGCACTGAAGTCCCT---A-AGCA-----------CCGTTAA-AGAATGTTG-CTCCACTT-TA-
gi|8 : aatG--TA-TCACATCCACTAATTAATGACTTCGAACTGTTAAATTAATGAACAGTTCGAGGTCACCTA-AGTTCAA-TATCTA--GTATA---------------------CCCCTACAAGC---ACCTATATCTGTCT------TA----CAACGCCTTCC---AAT----GGACGCAA------CTGT---GTAGA---------------------GAATGTTG-TTCCACTC-TA-
gi|9 : TAGTTAATGA-TTGATT-TATT---GATAATACTGGA-T-TACTTGTA---A-------T-AA---AG--TA-TCACAACCACTAAT-GATAATG----ACAGTCA--TGAA----CTGTTGAA-GTCACCCA-AGTTCAA-
blockSeqs : A . TA A . TGA C GTCAA G AACACGGATTTT T AC A T TCGA AA TGAA A G C . TA A CCCCCCACGATCACCAATGGC A TAT A GTCATC ATGC T . ATAA T AG ATAGAGAACTGTCTAG A T TTTTC C TC A G TTTA G C GTGAATATCCAGTTGGTAACATGTACGCTTGATAGGGTTCAATC A G AGCAAC A T G G A . T G C C GTAC TA TTAAAG T ACT G A A C C C C C A AA A CA ACTTTAATA TCG A A A GCCG
blockSeqs : . A . . T TTACT G AATGCTG T GT . . . . . C A . . . G C G . A . . T . . T AG AATAAACTATTGAG . . TCCGT C AC A A TCCG G T GCGCCTCTTCACATGATCACAGGGCTTAAATCTGGTGAATTG G T ATCATA . . C . AGC . ACTAC . AAC . . . . . . C A . A T . A . . . . .
blockSeqs : . . . C ATTA A AAAATG T A . . . . . T A . . . A C C . G . . T . . T AA CAATAACAATCTA . . AC . T . C TCTA . C GGGCCCATTCAGTTTGTCTTAATCTGGTGATATG . A C . AGT . CACT . . . . A . A A . A . . . . .
blockSeqs : . . T TGA G ATA T . . . . . . C G . . . A C A . G . . G . . T TG AAAATTTTTCCAG . . G . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . GGA . AC . . . . . . . C G . . . T C T . A . . A . . T AA AAGCACCGTTAAA . .
blockSeqs : . . . . . . . C G . . . G . C . C . . T . . T T AAAACTTCCAAG . .
blockSeqs : . . . . . . G . . . . G . G . A . . C . . . . GTAGA .
blockSeqs : . . . . . . . . . A . A . A . . T . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons : GTNA*** AACG********** C******************** *** AATAAACCGTCNAG***************
originalCons : ATGAGGAATGCTTCTTAGT--ATGAATTGATT-TATT---GATAACACAAAAGT-GA--TGTA---A-CG----T-GAATCAG--TA-TCACAACCACTAAT-GATAATT----ACAGTCA--TTAA----CAGTTCAAGGTCACCCA-AGTTCAA-TATCTA--GTGTGC--------------------CCCCCACGAGC---ACCAATGACTGCCT------GA----CAACGCCTTCC---CAT----GGACGCAATTAGATCTCT---ATAGAAAA--T---T-TCC----A-GGGATGTTG-TTCCACTC-TA-N--TTC--AGAACTTTGGTCCAGTTGTTGCGGAGTCTGAGGCTGCAGCTGTCTTTGGCGGATGCAT-CGCGCATCCT-ACAGTTGGT-ACA-G---GCTT-AATCTGG-TGA-ATCGGACGACCAAGGAAGAACCCGGATATTGTGTCTTTGCAGAAC-----A-----TGTTAGACAAGCAGTATGTGGTCTNGCGTTNTTATGCTGGAATGCTGAATATACCCTGGGTACACATAATATTATATAGTACCCTGGATAAGGCGGAAAATAATAATCGTACCTCAGGAATTTTCCGATGAGACTTNGCGAGATTTACCTGATGCA-CGTGTGCTCCGGTAATTGTAG-GAGGAAA-GCACATAGAGCAT--GTAA--T---AN-CACAACAAATATGGTAAGCGATTGGCGCGCAAA-TT-AAC-TGTGATGGCCACAAA-CGAGATTTG-TATCAGGGTACTATTATAATTTA-AT-CGT-ACCCAGGGTACGTTAAC-AAA-CGATTTAAT--TACCCAGGGTACATTTAAACATTCAAATA--------GTAC---CCAGGGTACC-AAGATA-TAGT-ACC----CAGGACGACAACGACC
finalCons : ATGAGGAATGCTTCTTAGT--ATGAATTGATT-TATT---GATAACACAAAAGTNA---TGTAAACG----------AATCAG--TA-TCACAACCACTAAT-GATAATT----ACAGTCA--TTAA----CAGTTCAAGGTCACCCA-AGTTCAA-TATCTA--GTGTGC--------------------CCCCCACGAGC---ACCAATGACTGCCT------GA----CAACGCCTTCC---CAT----GGACGCAATTAGATCTCTAATAAACCGTCNAG---------------GGATGTTG-TTCCACTC-TA-N--TTC--AGAACTTTGGTCCAGTTGTTGCGGAGTCTGAGGCTGCAGCTGTCTTTGGCGGATGCAT-CGCGCATCCT-ACAGTTGGT-ACA-G---GCTT-AATCTGG-TGA-ATCGGACGACCAAGGAAGAACCCGGATATTGTGTCTTTGCAGAAC-----A-----TGTTAGACAAGCAGTATGTGGTCTNGCGTTNTTATGCTGGAATGCTGAATATACCCTGGGTACACATAATATTATATAGTACCCTGGATAAGGCGGAAAATAATAATCGTACCTCAGGAATTTTCCGATGAGACTTNGCGAGATTTACCTGATGCA-CGTGTGCTCCGGTAATTGTAG-GAGGAAA-GCACATAGAGCAT--GTAA--T---AN-CACAACAAATATGGTAAGCGATTGGCGCGCAAA-TT-AAC-TGTGATGGCCACAAA-CGAGATTTG-TATCAGGGTACTATTATAATTTA-AT-CGT-ACCCAGGGTACGTTAAC-AAA-CGATTTAAT--TACCCAGGGTACATTTAAACATTCAAATA--------GTAC---CCAGGGTACC-AAGATA-TAGT-ACC----CAGGACGACAACGACC
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 11 11 111 111111 7777777777777 11 444444444444444444444 111111 3333333333333 222222222 11 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111 55555555555 1 1 11 1 1 1111 11 444444444 1 222222 1 1 1 1 1 11 333333333 111 1111
lowQualScore : 5 88 88 9 8 111 7 999999 1 6666666666666 5 88 5 4 8888 55 0 9999 0 1 3 4 4 55 1 000000000000000000000 9 666 2 000000 7777 1 777 9999 7777 7777777777777 99 1 5 5 5 888888888 2 0 22 3 1 2222 5 1 0 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 6 1 0 77777777777 7 1 5 1 5 88 1 3 2 0 7777 33 000000000 3 222222 3 3 7 0 0 0 2 5 0 8 88 1 0 11 222222222 444 8 8 8 7777 0
lowQualScore : . .. .. . . ... . ...... . ............. . .. . . .... .. . .... . . . . . .. . ..................... . ... . ...... .... . ... .... .... ............. .. . . . . ......... . . .. . . .... . . . ....................................................... . . . . ........... . . . . . .. . . . . .... .. ......... . ...... . . . . . . . . . . .. . . .. ......... ... . . . .... .
lowQualScore : 5 00 33 8 0 777 8 000000 0 8888888888888 0 88 0 0 5555 55 8 4444 7 6 2 0 0 55 4 000000000000000000000 5 444 5 555555 7777 1 888 4444 5555 4444444444444 66 0 0 0 7 999999999 5 8 22 2 4 4444 0 4 8 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2 5 2 2 77777777777 3 0 0 0 5 55 0 3 5 0 5555 88 222222222 3 333333 3 3 3 0 0 0 5 6 8 0 88 0 8 00 888888888 000 0 0 0 0000 8
consensus : ATGAGGAATGCTTCTTAGT--ATGAATTGATT-TATT---GATAACACAAAAGTNA--TGTAAA--CGC-G-----AATCAG--TA-TCACAACCACTAAT-GATAATT----ACAGTCA--TTAA----CAGTTCAAGGTCACCCA-AGTTCAA-TATCTA--GTGTGC--------------------CCCCCACGAGC---ACCAATGACTGCCT------GA----CAACGCCTTCC---CAT----GGACGCAATTAGATCTCT---------AA-AAACTGTCNAG-GGATGTTG-TTCCACTC-TA-N--TTC--AGAACTTTGGTCCAGTTGTTGCGGAGTCTGAGGCTGCAGCTGTCTTTGGCGGATGCAT-CGCGCATCCT-ACAGTTGGT-ACA-G---GCTT-AATCTGG-TGA-ATCGGACGACCAAGGAAGAACCCGGATATTGTGTCTTTGCAGAAC-----A-----TGTTAGACAAGCAGTATGTGGTCTNGCGTTNTTATGCTGGAATGCTGAATATACCCTGGGTACACATAATATTATATAGTACCCTGGATAAGGCGGAAAATAATAATCGTACCTCAGGAATTTTCCGATGAGACTTNGCGAGATTTACCTGATGCA-CGTGTGCTCCGGTAATTGTAG-GAGGAAA-GCACATAGAGCAT--GTAA--T---AN-CACAACAAATATGGTAAGCGATTGGCGCGCAAA-TT-AAC-TGTGATGGCCACAAA-CGAGATTTG-TATCAGGGTACTATTATAATTTA-AT-CGT-ACCCAGGGTACGTTAAC-AAA-CGATTTAAT--TACCCAGGGTACATTTAAACATTCAAATA--------GTAC---CCAGGGTACC-AAGATA-TAGT-ACC----CAGGACGACAACGACC
Reference ( family-1232 ) : ATGAGGAATGCTTCTTAGT--ATGAATTGATT-TATT---GATAACACAAAAGTNA--TGTAAA--CG--------AATCAG--TA-TCACAACCACTAAT-GATAATT----ACAGTCA--TTAA----CAGTTCAAGGTCACCCA-AGTTCAA-TATCTA--GTGTGC--------------------CCCCCACGAGC---ACCAATGACTGCCT------GA----CAACGCCTTCC---CAT----GGACGCAATTAGATCTCT---------AATAAACCGTCNAG-GGATGTTG-TTCCACTC-TA-N--TTC--AGAACTTTGGTCCAGTTGTTGCGGAGTCTGAGGCTGCAGCTGTCTTTGGCGGATGCAT-CGCGCATCCT-ACAGTTGGT-ACA-G---GCTT-AATCTGG-TGA-ATCGGACGACCAAGGAAGAACCCGGATATTGTGTCTTTGCAGAAC-----A-----TGTTAGACAAGCAGTATGTGGTCTNGCGTTNTTATGCTGGAATGCTGAATATACCCTGGGTACACATAATATTATATAGTACCCTGGATAAGGCGGAAAATAATAATCGTACCTCAGGAATTTTCCGATGAGACTTNGCGAGATTTACCTGATGCA-CGTGTGCTCCGGTAATTGTAG-GAGGAAA-GCACATAGAGCAT--GTAA--T---AN-CACAACAAATATGGTAAGCGATTGGCGCGCAAA-TT-AAC-TGTGATGGCCACAAA-CGAGATTTG-TATCAGGGTACTATTATAATTTA-AT-CGT-ACCCAGGGTACGTTAAC-AAA-CGATTTAAT--TACCCAGGGTACATTTAAACATTCAAATA--------GTAC---CCAGGGTACC-AAGATA-TAGT-ACC----CAGGACGACAACGACC
gi|1 : ATGAGGA-TGCTTCTTAGT--ATAATTTGATAAGATT---GAGAAGACAAAAATGA--TGTTA---CGTTG-----GATCAG--TA-TCACAACCACTAAT-GACAATT----ACAGTCA--TCAA----CAGTTCAAGGTCATCCA-AGGTCAAATATCTA--GTGCGC--------------------CTCCAACAAGC---ACCAATAACTGCCT------GA----CAATAAATACCATGTAT----GGACACAATTAAATCTCTGTAATAAAAAATAAAT-GTCTAG-GGATGTTG-TCCCACTC-TA-AACTTC--AGAACTCTGG-CCAGTTGTTACAGACTTTGAGGCTTCAGTTGTCTTTGGTGGATCCATGCGCGCATCCT-ATGATTG-----------------------------TTGGATGACCAAGGAAGAACCCGGATATTGTGTCTTTGCAGAAC-----A-----TGTTAGACGAGTAGTATGTGGTCTGGC-TTTTTATGTTGAAATACTGAATATACCCTGGGTACACATAATATTATATAGTACCCTGGATAAGGCGGAAAATAATAATCGTACCTC-GGAATTTTCCGATGAGACTTGGCAGAATTTACCTGATGCA-CGTGTGCT-CGCTAATTGTAG-GAGGAA----GCATAGAGCAT--GTAA------AG-CACAACAAATAGGGTAAGCGATTGGCGCGCAAA-TTAAACATGTTATGACCACAAA-CGAGATTTG-TATCAGGGTACTATTATAATTTA-AT-CGT-ACCCAGGGTACGTTAAC-AAA-CGATTT-------------GTACATTTAAACATTCAAATG--------GTAC---CCAGGGTACC-AAGATA-TAGT-ACC----CAGGACGACAACGACC
gi|10 : ATCTA--GTACAC--------------------CCCCTACAAGC---ACCAATGGCAGCCTGTCATCGA----TATCGTCTTCC---TATATAAAGACACAATTAGGTCTTTC--------AAT-AACAATCTA---GATGTTG-
gi|11 : atgtcaagaccactaccgaaatttacagccacgactaaaaacatgaTAATT-TATTTGAGATGA----AAAGTCAA-TGTAAA--TGCTG-----AATCAA--TAATCAGAACCACTTAT-AATAATT----ACAATAA--TTAA----CAATTAAAGGTCACCCT-AATTCAC-TATCTA--TTGTG---------------------CTCCCACGAGCTATGTCAACGAATGTCT------GA----C
gi|12 : ATGAGGAATGCTT---AAT--ATGAAATGATC-TATT---GATAACACAAAA-TGA--TGTAAA--CACGGATTTTAATCAAACTA-TCACAACTACCAGT-GATAATT----ACAGCCA--T
gi|13 : aacacacggcacaatttcatatagtcatctcaagatA-AT-CGTCACCCAGG-TCCGT-AAC-AAAACGATTTAAT--TACCCAGGGTGCATTTAAACATCCAAATACTTTAATAGTAC---CCAGAGTACC-AAGATA-TAGT-ACC----CAGGACGACAACGACC
gi|14 : TGTGGAGTTTAAGGCTGCAGCTGTCTTTAACAGATG----TGAATATC----CAGTTGGTAACATGTACGCTT-GATAGGGTTCA-ATC--CCGATAAA--CAGAGCCAGGGTATTGTGTCTTcc
gi|15 : ATCAAGTTG-TCACTACCATAGAT-GCTAATT----ACAGCCA--TTAA----TAGATCAAAACCACCGA-GATTCAA-ATTCTA--GTATGC--------------------TACCCACCAA----ACTAGTGAATGCCT------GA----GAAC
gi|16 : TAAT-GATATCT----ACAGTCA--T------------------CACCTACAGTTCTA-TATTT----CATAC--------------------CTCCCCCAAGC---ACCT-TGACTGTCA------GG----CAACGCCTTCC---CTT----GGAAGCAATT
gi|17 : cgaagtatctagttCCATTAAC---ATCAGTAACTGCAT------GG----CATCGTCTTCC---CAT----TGATGAAATCAGATTTCG---------AATAAACTATTGAG-GGATGTTA-TTCCACTC-TA-T--TT
gi|18 : aGGGTACTATAAT-AA-----TTTAATCATACCCAGGGTACATTTAAACATTCAAATA--------GTAC---CCAGGATCTC-AAAATA-TAGT-ACC----CAGGACGACgcaatgc
gi|19 : GCTCCGGTAATTGTAG-GAGGAAA-GCACATAGAGCAT--GTAAACT---AC-AACAGCAAATATGGTAAGCGATTGGCGCGCA
gi|2 : CACTATT-GATAAAT----ACAGTCA--TTAA----CAATTTGAAGT-ACCCA-AATTCAA-TATCCG--GTTTGCCCCCCACGATCACCAATGGCCCCTCACCATC---ACCAATGACTGCCT------GA----CAACGCCTGTC---TAT----GGACGCAATAAATTCTAT---------AGAGAACTGTCTAG-GGA---TG-TTTCACTT-TATT--TTC--AAAGCTTTGGT-CAATTATTGCAGAGTCCGA-GCCGCGGTGGCTTTTGGTGGAT------GCGCCTCTTCACA--TGATCACAGG---GCTTAAATCTGG-TGA-ATTGGATGAGCAAAGAAAATCCTAAATATTGTGTCTTTGCAGAGC-----AGCAACTGTTAGACAAGCAGTATGTGGTTTTGCGTTGTTATACTGGAATGCTG
gi|20 : C-AAGATAATAGT-ACC----CAGGACGACAACGACCttcagggatgctgcattatt
gi|3 : CCTCAGGAATT--CCGATGAGACTTTACGAGATTTACCTGATACAGCGTGTGCTCCGGTAATTGTAGCGAGGAAGTACACATGGAGCATTAGTAA--C---ACTCACAACAAATATGGTAAGCGATTGGCGCGCAAG-TT--AC-TATGATGGCCCCAAAGCGAGATTTGATATCAGGGTACTATTAT-ATTTACGTCCGT-ACC--AGGT-CGTTAACAAAA-CGTTTAAAT--TACCCAGGGTACATTTAAACATTCAAAT---------GTACTCGCTAGGGTACCAAAGATA-TAGTAACCGCCGCAGGACG--AACGACCcct
gi|4 : AGTTCAAGATCCCACA-CACTTGA-TATCTATAGTGTGC--------------------CCCT----AGC---AC----AACTGCGT------GAATGCCAGCGCGTACC---CAT----GGACGCAATTTGATCTCT---------AA--AACTTCCAAG-GGATGTTGATTTTTCTC-TA----TCCGTAGAACTTTGGTCC-GAAGTTGCCGAGTCTAAGGCTGCAGCTGACTTTGGTGGATGG----GCCCATTC----AGTTTGT----------CTT-AATCTGG-TGATAT-GGACGACCATGGAAGAACCCGGATATTGTGTCTTTATAGAACATCATA-----TGTTAG--AAGCAGTATGTGATcc
gi|5 : CGAGATATACCTGATGCA-CGTGTGCTCCGGGAATTGTAA-GAGGAAA-GTACATAGAGCAC--GTAA--TTAAAG-CACAACAAGTATGGTAAGCGATTGGCGCGCAAATTT-AAC--GTGATCGCCACAAA-CGAGATTTG-TATCAAGGTTCTATTATAATTTA-AT-CGT-ACCCAGGGTACCTTATC-AAA-CGATTTAAT--TACCCAGGGTGCAATTAAACATTCAAATA--------GTAC---CCAGG
gi|6 : ---GATAATACAGAAATTA--TATAAAAATG--------AA--AG--TA-TCACAACAACTAGT-GGTAATT----GCAATCA--TTAA----CA-------------CA-AATTCAA-TATCTA--GTGTG---------------------CCCCCACGAGC---ACCACTAACTGTCT------GA----CAAGATCTTTC---CAT----GGACGCAGTT-TATTTCT---------AA-AATTTTTCCAG-GGACGTTG-TTCCAATCTTA-A----C--AGAA---TGGACTAGTTGTTGCGAAG--------------TGTC-TTGGCGGATGCAT-C
gi|7 : AATTGATT-TATT---AATAACACAAAAG-GA--T-TAA---C---------AATCAAA-TA-TCACAACCATTAAT-TACAATT----AGGGTCA--TTAA----CAGTTCAAGGTCACCCT-AGTTCAA-TACCTA--G-------------------------CCCCCAC---C----CCGA-GA--GCCT------GG----CAGAGCTACTC---CTT----GGACGCACTGAAGTCCCT---------AA-GCACCGTTAAA-GAATGTTG-CTCCACTT-TA-
gi|8 : aatG--TA-TCACATCCACTAATTAATGACTTCGAACTGTTAAATTAATGAACAGTTCGAGGTCACCTA-AGTTCAA-TATCTA--GTATA---------------------CCCCTACAAGC---ACCTATATCTGTCT------TA----CAACGCCTTCC---AAT----GGACGC-------------------------AACTGTGTAGAGAATGTTG-TTCCACTC-TA-
gi|9 : TAGTTAATGA-TTGATT-TATT---GATAATACTGGA-TTACTTGTAA----T--------AA--AG--TA-TCACAACCACTAAT-GATAATG----ACAGTCA--TGAA----CTGTTGAA-GTCACCCA-AGTTCAA-